chr	start	end	name	FBgn	gene_name	thomas_et_al_dhs	thomas_et_al_dhs_distal	cad4	cad4_distal	2to4_tested	6to8_tested	10to12_tested	clade_specific	frac_all	frac_2to4	frac_6to8	frac_10to12	frac_2to4_clade1	frac_2to4_clade2	frac_2to4_clade3	frac_2to4_clade4	frac_2to4_clade5	frac_6to8_clade1	frac_6to8_clade2	frac_6to8_clade3	frac_6to8_clade4	frac_10to12_clade1	frac_10to12_clade2	frac_10to12_clade3	frac_10to12_clade4
chr2L	5543	5980	chr2L:5544-5980	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1016	0.1451	0.0947	0.0607	0.1103	0.1388	0.1981	0.1799	0.1103	0.1262	0.1064	0.1262	0.0651	0.108	0.0574	0.108	0.0641
chr2L	6666	6881	chr2L:6667-6881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.037	0.0532	0.0382	0.0177	0.0308	0.0524	0.0757	0.0666	0.0308	0.0393	0.0553	0.0393	0.0186	0.0245	0.0187	0.0245	0.0167
chr2L	7488	8077	chr2L:7489-8077	FBgn0031208	CG11023	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1248	0.1554	0.15	0.0629	0.105	0.1782	0.1691	0.2298	0.105	0.1993	0.1791	0.1993	0.1224	0.0743	0.0845	0.0743	0.0849
chr2L	8229	8647	chr2L:8230-8647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0914	0.1218	0.102	0.0457	0.0997	0.1306	0.141	0.1592	0.0997	0.1063	0.1325	0.1063	0.0906	0.0482	0.0554	0.0482	0.0672
chr2L	8778	9035	chr2L:8779-9035	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0726	0.1022	0.0798	0.0315	0.0732	0.1058	0.1241	0.1439	0.0732	0.0876	0.1035	0.0876	0.0596	0.0383	0.0342	0.0383	0.0401
chr2L	9048	9337	chr2L:9049-9337	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.0925	0.0675	0.0338	0.071	0.0971	0.1159	0.1213	0.071	0.0616	0.083	0.0616	0.0682	0.0383	0.0426	0.0383	0.049
chr2L	12666	12817	chr2L:12667-12817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.054	0.0397	0.0205	0.0424	0.0519	0.0649	0.0793	0.0424	0.0429	0.0447	0.0429	0.0418	0.0222	0.0226	0.0222	0.0287
chr2L	16278	16429	chr2L:16279-16429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0337	0.0336	0.0338	0.0337	0.0159	0.0364	0.0402	0.0513	0.0159	0.0175	0.035	0.0175	0.0674	0.0092	0.0206	0.0092	0.0745
chr2L	18589	18778	chr2L:18590-18778	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0006.1,VT0007.1	VT0006.1,VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.13	0.1939	0.1395	0.0838	0.1767	0.1315	0.1732	0.0838	0.2385	0.2203	0.2385	0.1588	0.1432	0.1663	0.1432	0.1631
chr2L	18830	19017	chr2L:18831-19017	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0006.1,VT0007.1	VT0006.1,VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1967	0.1658	0.2424	0.181	0.0997	0.2063	0.1791	0.2338	0.0997	0.2832	0.2711	0.2832	0.244	0.1608	0.2192	0.1608	0.2262
chr2L	19079	19273	chr2L:19080-19273	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0007.1	VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1073	0.094	0.136	0.0907	0.0488	0.1233	0.0973	0.1359	0.0488	0.1329	0.1553	0.1329	0.1681	0.0528	0.1038	0.0528	0.1298
chr2L	19582	19789	chr2L:19583-19789	distal	distal	none	none	VT0007.1	VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0638	0.0788	0.059	0.0371	0.0772	0.0688	0.0959	0.0371	0.0942	0.0891	0.0942	0.0891	0.0574	0.087	0.0574	0.0834
chr2L	19819	19996	chr2L:19820-19996	distal	distal	none	none	VT0007.1	VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.076	0.0738	0.0845	0.0691	0.0498	0.0879	0.0787	0.1113	0.0498	0.0845	0.1032	0.0845	0.0914	0.0689	0.0948	0.0689	0.0964
chr2L	21412	21563	chr2L:21413-21563	FBgn0002121,FBgn0263584	CR43609,l(2)gl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0485	0.0396	0.0646	0.0408	0.0308	0.0495	0.0376	0.056	0.0308	0.0694	0.074	0.0694	0.0596	0.0352	0.0438	0.0352	0.0599
chr2L	21674	21867	chr2L:21675-21867	FBgn0002121,FBgn0263584	CR43609,l(2)gl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1057	0.094	0.1286	0.0937	0.0721	0.1078	0.1103	0.1179	0.0721	0.1383	0.1489	0.1383	0.1294	0.0873	0.1154	0.0873	0.1266
chr2L	22108	22259	chr2L:22109-22259	FBgn0263584	CR43609	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0356	0.0344	0.0318	0.0255	0.035	0.0467	0.048	0.0255	0.0374	0.0412	0.0374	0.0411	0.0237	0.0419	0.0237	0.0537
chr2L	26483	26660	chr2L:26484-26660	distal	distal	none	none	VT0013.1	VT0013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0427	0.0652	0.0449	0.0152	0.0297	0.0709	0.0839	0.0899	0.0297	0.0338	0.0717	0.0338	0.0294	0.0184	0.0284	0.0184	0.0115
chr2L	26732	26898	chr2L:26733-26898	distal	distal	none	none	VT0013.1	VT0013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.071	0.0428	0.0155	0.0488	0.0641	0.1025	0.0926	0.0488	0.0308	0.0711	0.0308	0.0217	0.0138	0.029	0.0138	0.012
chr2L	27021	27352	chr2L:27022-27352	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT0013.1	VT0013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0998	0.1982	0.073	0.0194	0.1633	0.165	0.2682	0.2785	0.1633	0.0513	0.1212	0.0513	0.0302	0.0145	0.0303	0.0145	0.0156
chr2L	28017	28279	chr2L:28018-28279	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0909	0.17	0.0777	0.0171	0.1506	0.1073	0.2517	0.2498	0.1506	0.0344	0.1492	0.0344	0.0279	0.0168	0.0355	0.0168	0.0115
chr2L	28680	28881	chr2L:28681-28881	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0628	0.1408	0.0332	0.0079	0.1506	0.0791	0.2331	0.1686	0.1506	0.0278	0.0469	0.0278	0.0248	0.0077	0.0116	0.0077	0.0068
chr2L	30555	30706	chr2L:30556-30706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0259	0.0297	0.034	0.013	0.0159	0.0272	0.0437	0.0393	0.0159	0.0242	0.0412	0.0242	0.0279	0.01	0.0187	0.01	0.0182
chr2L	33755	33974	chr2L:33756-33974	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.052	0.0922	0.0395	0.0207	0.0689	0.0757	0.1406	0.1086	0.0689	0.0393	0.0527	0.0393	0.031	0.0191	0.0309	0.0191	0.0162
chr2L	34062	34368	chr2L:34063-34368	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0759	0.1014	0.0798	0.0429	0.052	0.1345	0.1103	0.1306	0.052	0.0803	0.1064	0.0803	0.0728	0.0413	0.0696	0.0413	0.0474
chr2L	34733	34884	chr2L:34734-34884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.023	0.0233	0.0264	0.0191	0.0095	0.0243	0.0316	0.032	0.0095	0.0308	0.0331	0.0308	0.0263	0.049	0.0181	0.049	0.013
chr2L	34948	35192	chr2L:34949-35192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0354	0.0405	0.0387	0.026	0.0212	0.0471	0.0484	0.0546	0.0212	0.0368	0.0492	0.0368	0.0442	0.0482	0.0245	0.0482	0.0281
chr2L	35565	35834	chr2L:35566-35834	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1005	0.1439	0.0916	0.0618	0.1135	0.1388	0.1786	0.2052	0.1135	0.1099	0.1293	0.1099	0.062	0.0835	0.0819	0.0835	0.0693
chr2L	35849	36016	chr2L:35850-36016	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0537	0.0713	0.0574	0.0299	0.0445	0.0738	0.0895	0.1046	0.0445	0.0688	0.0836	0.0688	0.0333	0.0421	0.0355	0.0421	0.024
chr2L	36209	36592	chr2L:36210-36592	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0499	0.0563	0.0604	0.0313	0.0255	0.0549	0.0761	0.0819	0.0255	0.0731	0.0814	0.0731	0.0294	0.0383	0.0335	0.0383	0.0271
chr2L	42090	42346	chr2L:42091-42346	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0305	0.0405	0.0506	0.0138	0.0335	0.0355	0.0486	0.0138	0.035	0.0518	0.035	0.0589	0.0314	0.0729	0.0314	0.086
chr2L	43223	43382	chr2L:43224-43382	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0238	0.0287	0.0233	0.0106	0.0233	0.0342	0.0293	0.0106	0.0356	0.0302	0.0356	0.0387	0.0222	0.0309	0.0222	0.0302
chr2L	44030	44197	chr2L:44031-44197	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.039	0.0268	0.0145	0.0085	0.035	0.0627	0.05	0.0085	0.035	0.0325	0.035	0.0201	0.013	0.0213	0.013	0.0193
chr2L	47067	47218	chr2L:47068-47218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0203	0.0181	0.023	0.0199	0.0053	0.017	0.0264	0.0273	0.0053	0.0223	0.0299	0.0223	0.0232	0.0084	0.0406	0.0084	0.0224
chr2L	47234	47385	chr2L:47235-47385	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0135	0.0176	0.021	0.0085	0.0117	0.0238	0.012	0.0085	0.0163	0.0251	0.0163	0.0163	0.0092	0.0413	0.0092	0.0255
chr2L	53736	53887	chr2L:53737-53887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0221	0.0214	0.0293	0.0149	0.0127	0.0272	0.0264	0.0233	0.0127	0.0489	0.0312	0.0489	0.0178	0.0207	0.0148	0.0207	0.0125
chr2L	55042	55353	chr2L:55043-55353	distal	distal	stage5	stage5	VT0025.1	VT0025.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.031	0.0461	0.0274	0.018	0.0255	0.0442	0.0623	0.062	0.0255	0.0332	0.037	0.0332	0.0225	0.0184	0.0342	0.0184	0.0156
chr2L	57630	57790	chr2L:57631-57790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0209	0.0279	0.0206	0.0127	0.0228	0.0216	0.032	0.0127	0.0199	0.0447	0.0199	0.0186	0.01	0.0548	0.01	0.012
chr2L	57992	58293	chr2L:57993-58293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0307	0.0363	0.0302	0.0148	0.0272	0.0441	0.0366	0.0148	0.0338	0.0547	0.0338	0.024	0.0138	0.0651	0.0138	0.0188
chr2L	59208	59424	chr2L:59209-59424	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0143	0.0242	0.0432	0.0064	0.0165	0.0242	0.0113	0.0064	0.0211	0.036	0.0211	0.0217	0.0107	0.1077	0.0107	0.025
chr2L	59545	59696	chr2L:59546-59696	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0154	0.0125	0.0124	0.0219	0.0074	0.0087	0.0242	0.0107	0.0074	0.0133	0.0151	0.0133	0.0139	0.0115	0.0348	0.0115	0.0182
chr2L	64947	65109	chr2L:64948-65109	FBgn0051973	Cda5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0647	0.056	0.0865	0.0504	0.0297	0.0757	0.0528	0.0866	0.0297	0.1238	0.1045	0.1238	0.0651	0.0636	0.0645	0.0636	0.0735
chr2L	65182	65333	chr2L:65183-65333	FBgn0051973	Cda5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0491	0.0369	0.0689	0.0409	0.0223	0.0539	0.0363	0.048	0.0223	0.1014	0.0839	0.1014	0.0488	0.0567	0.0477	0.0567	0.0631
chr2L	65755	65962	chr2L:65756-65962	FBgn0051973	Cda5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0882	0.0783	0.1127	0.0723	0.0361	0.1083	0.0744	0.1179	0.0361	0.18	0.1248	0.18	0.0914	0.1018	0.0909	0.1018	0.1027
chr2L	66457	66608	chr2L:66458-66608	FBgn0067779	dbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0681	0.0444	0.0872	0.0735	0.0148	0.0699	0.0385	0.0646	0.0148	0.1298	0.0939	0.1298	0.086	0.1141	0.0812	0.1141	0.0922
chr2L	66800	67045	chr2L:66801-67045	FBgn0067779	dbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2625	0.223	0.3132	0.2509	0.1463	0.3243	0.1851	0.3225	0.1463	0.3943	0.3473	0.3943	0.2912	0.2933	0.2792	0.2933	0.2882
chr2L	67170	67400	chr2L:67171-67400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1363	0.127	0.1519	0.1296	0.0774	0.1801	0.1112	0.1872	0.0774	0.1969	0.1572	0.1969	0.1479	0.1562	0.1393	0.1562	0.1558
chr2L	72318	72670	chr2L:72319-72670	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0725	0.0451	0.051	0.1266	0.0255	0.0553	0.0588	0.0513	0.0255	0.0622	0.0453	0.0622	0.0751	0.1753	0.0838	0.1753	0.1553
chr2L	72724	72957	chr2L:72725-72957	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0303	0.0313	0.0726	0.0095	0.0383	0.0411	0.034	0.0095	0.0411	0.0289	0.0411	0.0387	0.0934	0.0477	0.0934	0.087
chr2L	73148	73392	chr2L:73149-73392	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0628	0.0242	0.0354	0.1361	0.0042	0.0374	0.0298	0.022	0.0042	0.0368	0.0315	0.0368	0.0542	0.2014	0.0748	0.2014	0.1662
chr2L	73924	74075	chr2L:73925-74075	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0133	0.014	0.0418	0.0064	0.0117	0.0229	0.0147	0.0064	0.0163	0.0135	0.0163	0.0108	0.036	0.0193	0.036	0.0323
chr2L	79040	79265	chr2L:79041-79265	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0318	0.0455	0.0284	0.0203	0.017	0.0578	0.0523	0.0646	0.017	0.0284	0.0389	0.0284	0.0225	0.0314	0.0226	0.0314	0.0167
chr2L	80156	80318	chr2L:80157-80318	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0305	0.0333	0.0195	0.0394	0.0138	0.0485	0.0424	0.0313	0.0138	0.029	0.0177	0.029	0.017	0.0475	0.0181	0.0475	0.0182
chr2L	81201	81352	chr2L:81202-81352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0282	0.0425	0.0189	0.0223	0.0212	0.0612	0.051	0.0446	0.0212	0.0199	0.0199	0.0199	0.0271	0.0559	0.0135	0.0559	0.0156
chr2L	84057	84208	chr2L:84058-84208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0278	0.0477	0.0199	0.0142	0.0371	0.0752	0.0454	0.0453	0.0371	0.0314	0.0196	0.0314	0.0155	0.0253	0.0123	0.0253	0.013
chr2L	85863	86014	chr2L:85864-86014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.033	0.043	0.0288	0.0265	0.0297	0.0612	0.0415	0.05	0.0297	0.0326	0.0273	0.0326	0.055	0.026	0.0129	0.026	0.0552
chr2L	87352	87539	chr2L:87353-87539	FBgn0002931	net	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1754	0.1852	0.1953	0.1425	0.1453	0.2417	0.1851	0.2485	0.1453	0.2784	0.2093	0.2784	0.2022	0.2121	0.1309	0.2121	0.1735
chr2L	87649	87846	chr2L:87650-87846	FBgn0002931	net	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1399	0.1424	0.1571	0.1182	0.1082	0.166	0.173	0.1712	0.1082	0.2059	0.1727	0.2059	0.1596	0.1501	0.118	0.1501	0.1428
chr2L	88026	88177	chr2L:88027-88177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0377	0.0447	0.0383	0.0292	0.0286	0.0476	0.0627	0.05	0.0286	0.0598	0.0373	0.0598	0.0395	0.0413	0.0284	0.0413	0.0323
chr2L	89271	89449	chr2L:89272-89449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0923	0.0213	0.0099	0.0891	0.0597	0.1427	0.1173	0.0891	0.0254	0.0273	0.0254	0.0225	0.0123	0.009	0.0123	0.0078
chr2L	90155	90306	chr2L:90156-90306	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0325	0.0674	0.0175	0.01	0.052	0.117	0.0653	0.054	0.052	0.0447	0.01	0.0447	0.0124	0.026	0.0045	0.026	0.0089
chr2L	91025	91184	chr2L:91026-91184	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0609	0.082	0.0539	0.0451	0.0424	0.115	0.0913	0.0959	0.0424	0.1196	0.045	0.1196	0.031	0.1462	0.0271	0.1462	0.0182
chr2L	91487	91749	chr2L:91488-91749	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0878	0.1674	0.0562	0.0336	0.1707	0.167	0.205	0.2059	0.1707	0.0978	0.0601	0.0978	0.0418	0.0789	0.0277	0.0789	0.0224
chr2L	93146	93297	chr2L:93147-93297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0242	0.0236	0.0239	0.0252	0.0117	0.0432	0.0216	0.024	0.0117	0.0411	0.0235	0.0411	0.0217	0.0666	0.0206	0.0666	0.0219
chr2L	94161	94332	chr2L:94162-94332	FBgn0031216	CG11376	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0446	0.031	0.0376	0.0675	0.0148	0.0461	0.0359	0.0313	0.0148	0.0628	0.0296	0.0628	0.0503	0.1409	0.0464	0.1409	0.0792
chr2L	94641	94823	chr2L:94642-94823	FBgn0031216	CG11376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1079	0.1011	0.1193	0.103	0.0679	0.1223	0.1185	0.1266	0.0679	0.1552	0.1309	0.1552	0.1332	0.1401	0.089	0.1401	0.1365
chr2L	94870	95046	chr2L:94871-95046	FBgn0031216	CG11376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0855	0.0839	0.099	0.0726	0.052	0.1	0.1029	0.1059	0.052	0.1347	0.1058	0.1347	0.1038	0.085	0.0632	0.085	0.0964
chr2L	95138	95497	chr2L:95139-95497	FBgn0031216	CG11376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0707	0.0761	0.0829	0.0512	0.0382	0.084	0.1038	0.0953	0.0382	0.1039	0.0916	0.1039	0.0798	0.0498	0.0554	0.0498	0.0724
chr2L	102241	102425	chr2L:102242-102425	FBgn0031217	CG11377	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1337	0.1381	0.1536	0.1071	0.0933	0.1646	0.1683	0.1706	0.0933	0.1769	0.1653	0.1769	0.1526	0.0896	0.1012	0.0896	0.136
chr2L	102495	102706	chr2L:102496-102706	FBgn0031217	CG11377	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0702	0.0758	0.089	0.0433	0.0414	0.0898	0.0965	0.0926	0.0414	0.1099	0.0974	0.1099	0.0767	0.0352	0.0258	0.0352	0.0422
chr2L	102808	102959	chr2L:102809-102959	FBgn0031217	CG11377	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0434	0.0436	0.0541	0.0316	0.0159	0.0529	0.0601	0.048	0.0159	0.0568	0.0566	0.0568	0.0767	0.0299	0.029	0.0299	0.0401
chr2L	106420	106633	chr2L:106421-106633	FBgn0005278,FBgn0026787	Nhe1,Sam-S	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0875	0.0729	0.11	0.0791	0.0286	0.1019	0.0822	0.0953	0.0286	0.1232	0.1158	0.1232	0.1371	0.0858	0.0761	0.0858	0.1063
chr2L	106668	106851	chr2L:106669-106851	FBgn0005278,FBgn0026787	Nhe1,Sam-S	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1155	0.0946	0.1464	0.105	0.0488	0.1286	0.1029	0.1272	0.0488	0.1878	0.1524	0.1878	0.1596	0.1256	0.1096	0.1256	0.1271
chr2L	107117	107295	chr2L:107118-107295	FBgn0005278,FBgn0026787	Nhe1,Sam-S	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0666	0.053	0.0914	0.0547	0.0201	0.0767	0.051	0.0793	0.0201	0.1473	0.0839	0.1473	0.0953	0.0789	0.0554	0.0789	0.0703
chr2L	107524	107718	chr2L:107525-107718	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0748	0.0709	0.0904	0.0621	0.0467	0.0981	0.0792	0.0853	0.0467	0.1298	0.0881	0.1298	0.0984	0.085	0.0606	0.085	0.0912
chr2L	107823	108265	chr2L:107824-108265	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.255	0.2127	0.282	0.2727	0.1548	0.2893	0.2206	0.2652	0.1548	0.343	0.2839	0.343	0.3664	0.3285	0.2927	0.3285	0.3486
chr2L	108539	109131	chr2L:108540-109131	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1491	0.1353	0.1716	0.1397	0.0509	0.2228	0.1172	0.1805	0.0509	0.2035	0.173	0.2035	0.2308	0.1715	0.1451	0.1715	0.1641
chr2L	109182	109400	chr2L:109183-109400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1201	0.0997	0.1277	0.1345	0.0339	0.1976	0.0783	0.1046	0.0339	0.1582	0.1212	0.1582	0.1929	0.1753	0.1141	0.1753	0.174
chr2L	109447	109685	chr2L:109448-109685	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0751	0.0594	0.0868	0.0797	0.0223	0.0937	0.0631	0.0626	0.0223	0.1002	0.0768	0.1002	0.1665	0.0781	0.0677	0.0781	0.1391
chr2L	114515	114716	chr2L:114516-114716	FBgn0031228	CG11455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0967	0.1189	0.1038	0.0642	0.0806	0.1306	0.1505	0.1506	0.0806	0.1123	0.1113	0.1123	0.1301	0.0513	0.0445	0.0513	0.1021
chr2L	114724	114921	chr2L:114725-114921	FBgn0031228	CG11455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0719	0.0917	0.0782	0.0428	0.0604	0.0985	0.1272	0.1066	0.0604	0.1002	0.0775	0.1002	0.0891	0.0398	0.0271	0.0398	0.0688
chr2L	115132	115388	chr2L:115133-115388	FBgn0031228	CG11455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0725	0.098	0.0745	0.0418	0.071	0.1204	0.1207	0.1059	0.071	0.1123	0.0666	0.1123	0.0806	0.0452	0.0374	0.0452	0.061
chr2L	115721	115872	chr2L:115722-115872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0375	0.0387	0.0238	0.0159	0.0417	0.051	0.0466	0.0159	0.0519	0.0405	0.0519	0.0434	0.0322	0.02	0.0322	0.0375
chr2L	120613	120896	chr2L:120614-120896	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0532	0.0313	0.0473	0.0841	0.0159	0.0417	0.0437	0.028	0.0159	0.0435	0.0357	0.0435	0.1092	0.0567	0.0438	0.0567	0.2157
chr2L	121038	121272	chr2L:121039-121272	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0512	0.0289	0.0459	0.082	0.0148	0.034	0.0398	0.0326	0.0148	0.0405	0.0376	0.0405	0.0999	0.0781	0.038	0.0781	0.1928
chr2L	121420	121860	chr2L:121421-121860	FBgn0031220	CG4822	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.097	0.0459	0.0996	0.1512	0.0244	0.0675	0.0593	0.0373	0.0244	0.1135	0.072	0.1135	0.227	0.1646	0.0774	0.1646	0.3429
chr2L	122395	122548	chr2L:122396-122548	FBgn0031220	CG4822	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0277	0.0155	0.0218	0.0478	0.0021	0.0272	0.0195	0.012	0.0021	0.0187	0.0199	0.0187	0.0465	0.0513	0.0393	0.0513	0.0954
chr2L	123437	123588	chr2L:123438-123588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0211	0.0358	0.0221	0.0042	0.0267	0.0298	0.0213	0.0042	0.0399	0.0428	0.0399	0.0426	0.0337	0.0193	0.0337	0.0323
chr2L	124325	124476	chr2L:124326-124476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0259	0.0312	0.0274	0.0184	0.0085	0.0286	0.042	0.0526	0.0085	0.0278	0.0315	0.0278	0.0279	0.0161	0.0129	0.0161	0.0334
chr2L	124597	124852	chr2L:124598-124852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0389	0.0551	0.0339	0.0265	0.0233	0.049	0.0783	0.0833	0.0233	0.0296	0.0412	0.0296	0.0333	0.0184	0.0297	0.0184	0.0448
chr2L	128589	128880	chr2L:128590-128880	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0817	0.0327	0.0806	0.1377	0.0064	0.0466	0.0467	0.03	0.0064	0.0767	0.0666	0.0767	0.1007	0.0949	0.1206	0.0949	0.2043
chr2L	129064	129361	chr2L:129065-129361	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1701	0.049	0.2162	0.2547	0.0106	0.0927	0.0502	0.0446	0.0106	0.2886	0.1711	0.2886	0.2665	0.3009	0.256	0.3009	0.3476
chr2L	129609	129763	chr2L:129610-129763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.0203	0.0454	0.0652	0.0085	0.0291	0.0298	0.0153	0.0085	0.0459	0.0373	0.0459	0.086	0.0574	0.078	0.0574	0.112
chr2L	131179	131396	chr2L:131180-131396	FBgn0025683	CG3164	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0592	0.0432	0.068	0.0673	0.0223	0.0451	0.0571	0.0566	0.0223	0.0996	0.0662	0.0996	0.0782	0.0934	0.0548	0.0934	0.0969
chr2L	131446	131653	chr2L:131447-131653	FBgn0001142	Gs1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0758	0.0389	0.0766	0.116	0.0255	0.0466	0.0519	0.0433	0.0255	0.1033	0.0688	0.1033	0.1015	0.1394	0.0671	0.1394	0.1668
chr2L	131872	132123	chr2L:131873-132123	FBgn0001142	Gs1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.12	0.0411	0.1272	0.2003	0.0138	0.065	0.0454	0.0446	0.0138	0.2065	0.109	0.2065	0.172	0.2266	0.1966	0.2266	0.272
chr2L	134666	134867	chr2L:134667-134867	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	ewg_intronicCRM	ewg_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0516	0.0386	0.0566	0.0606	0.0159	0.051	0.0497	0.0406	0.0159	0.0833	0.0447	0.0833	0.0775	0.0697	0.0561	0.0697	0.0948
chr2L	135353	135504	chr2L:135354-135504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0174	0.0246	0.0315	0.0085	0.0175	0.029	0.0127	0.0085	0.0308	0.0283	0.0308	0.0225	0.0276	0.0587	0.0276	0.0391
chr2L	136929	137080	chr2L:136930-137080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0132	0.0202	0.0285	0.0074	0.0146	0.019	0.0153	0.0074	0.0332	0.0125	0.0332	0.0364	0.0582	0.0187	0.0582	0.0412
chr2L	137205	137356	chr2L:137206-137356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0115	0.0171	0.0324	0	0.0136	0.0173	0.0147	0	0.0217	0.0145	0.0217	0.0318	0.0322	0.0206	0.0322	0.073
chr2L	138214	138508	chr2L:138215-138508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.058	0.0508	0.0712	0.0517	0.0329	0.0568	0.0558	0.0759	0.0329	0.0779	0.0945	0.0779	0.0728	0.0498	0.0896	0.0498	0.0662
chr2L	140130	140281	chr2L:140131-140281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0186	0.0288	0.0248	0.0032	0.0199	0.0285	0.022	0.0032	0.0254	0.0434	0.0254	0.024	0.0123	0.058	0.0123	0.0276
chr2L	142863	143014	chr2L:142864-143014	FBgn0031224,FBgn0051974	CG11454,CG31974	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0414	0.0353	0.0495	0.0394	0.0191	0.0408	0.0424	0.0433	0.0191	0.0562	0.0514	0.0562	0.0658	0.0467	0.0406	0.0467	0.0511
chr2L	143170	143373	chr2L:143171-143373	FBgn0031224,FBgn0051974	CG11454,CG31974	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1339	0.1185	0.1627	0.1195	0.0838	0.1466	0.1215	0.1692	0.0838	0.1938	0.1775	0.1938	0.1882	0.1348	0.109	0.1348	0.1647
chr2L	143663	143814	chr2L:143664-143814	FBgn0031224	CG11454	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0381	0.0401	0.0458	0.0274	0.0138	0.0466	0.0536	0.0546	0.0138	0.0646	0.0473	0.0646	0.0511	0.0283	0.0239	0.0283	0.0406
chr2L	149663	149821	chr2L:149664-149821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0204	0.0244	0.0152	0.018	0.0223	0.0272	0.022	0.018	0.0187	0.0344	0.0187	0.0147	0.0123	0.0316	0.0123	0.012
chr2L	150708	150859	chr2L:150709-150859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0266	0.0258	0.0311	0.0224	0.0074	0.0296	0.0368	0.032	0.0074	0.0302	0.0322	0.0302	0.031	0.0176	0.011	0.0176	0.037
chr2L	153322	153473	chr2L:153323-153473	FBgn0259818	CG42399	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0292	0.0292	0.0288	0.0298	0.0095	0.0383	0.0424	0.0286	0.0095	0.0368	0.0296	0.0368	0.0232	0.0176	0.0181	0.0176	0.0167
chr2L	155240	155424	chr2L:155241-155424	FBgn0031227	CG3709	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1319	0.1346	0.1532	0.1056	0.0986	0.1626	0.1626	0.1632	0.0986	0.1824	0.1698	0.1824	0.158	0.1118	0.1128	0.1118	0.1266
chr2L	155505	155915	chr2L:155506-155915	FBgn0031227,FBgn0031229	CG3436,CG3709	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1779	0.1786	0.2135	0.138	0.123	0.233	0.1886	0.2325	0.123	0.2421	0.2395	0.2421	0.2246	0.1447	0.1502	0.1447	0.1767
chr2L	156031	156204	chr2L:156032-156204	FBgn0031229	CG3436	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1725	0.1731	0.1963	0.1457	0.1357	0.2165	0.1981	0.2045	0.1357	0.2367	0.2186	0.2367	0.1991	0.1623	0.1502	0.1623	0.1866
chr2L	156349	156500	chr2L:156350-156500	FBgn0031229	CG3436	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0857	0.0773	0.0982	0.0813	0.0573	0.085	0.0973	0.0933	0.0573	0.1081	0.1135	0.1081	0.103	0.0858	0.0851	0.0858	0.1146
chr2L	158609	158797	chr2L:158610-158797	FBgn0016977,FBgn0053635	CG33635,spen	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1706	0.1598	0.1984	0.1522	0.1145	0.1854	0.1843	0.2159	0.1145	0.2482	0.227	0.2482	0.1867	0.1708	0.1464	0.1708	0.185
chr2L	158912	159089	chr2L:158913-159089	FBgn0016977,FBgn0053635	CG33635,spen	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2289	0.2272	0.2589	0.198	0.2068	0.2578	0.2612	0.2791	0.2068	0.3219	0.2807	0.3219	0.2378	0.206	0.1792	0.206	0.2381
chr2L	160474	160684	chr2L:160475-160684	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.219	0.175	0.2668	0.2157	0.0912	0.2311	0.1856	0.2352	0.0912	0.3267	0.2958	0.3267	0.2517	0.2282	0.216	0.2282	0.2444
chr2L	160699	160973	chr2L:160700-160973	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2984	0.2178	0.3736	0.3059	0.1103	0.3165	0.2098	0.2851	0.1103	0.5072	0.3955	0.5072	0.3416	0.3277	0.3153	0.3277	0.3392
chr2L	160998	161172	chr2L:160999-161172	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1945	0.1433	0.2435	0.1977	0.0594	0.2238	0.1172	0.2092	0.0594	0.3098	0.2743	0.3098	0.2277	0.2037	0.2089	0.2037	0.2308
chr2L	161471	161665	chr2L:161472-161665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2408	0.1767	0.2895	0.2592	0.1103	0.2519	0.1561	0.2505	0.1103	0.3635	0.3186	0.3635	0.2998	0.2741	0.2573	0.2741	0.2986
chr2L	161824	162043	chr2L:161825-162043	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3436	0.3192	0.3904	0.3196	0.2534	0.3942	0.346	0.4011	0.2534	0.5048	0.4151	0.5048	0.3501	0.3216	0.3224	0.3216	0.3637
chr2L	165650	165852	chr2L:165651-165852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1206	0.1424	0.1429	0.0717	0.0753	0.1699	0.1397	0.2412	0.0753	0.1214	0.2068	0.1214	0.11	0.0574	0.1012	0.0574	0.0703
chr2L	166230	166616	chr2L:166231-166616	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2035	0.1933	0.2556	0.1576	0.1209	0.249	0.1851	0.2931	0.1209	0.2452	0.3595	0.2452	0.1991	0.1478	0.2495	0.1478	0.1261
chr2L	166679	166904	chr2L:166680-166904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1991	0.2013	0.2315	0.1611	0.1463	0.2655	0.1907	0.2831	0.1463	0.2917	0.2743	0.2917	0.227	0.1907	0.1773	0.1907	0.1615
chr2L	168530	168681	chr2L:168531-168681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0379	0.0417	0.0406	0.0306	0.0297	0.0432	0.0536	0.0573	0.0297	0.0459	0.0479	0.0459	0.031	0.0184	0.0245	0.0184	0.0224
chr2L	170454	170634	chr2L:170455-170634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0487	0.0477	0.0609	0.0365	0.0212	0.0602	0.061	0.0593	0.0212	0.0386	0.0662	0.0386	0.1185	0.0176	0.0258	0.0176	0.0823
chr2L	171607	171904	chr2L:171608-171904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1247	0.1357	0.1594	0.0742	0.0923	0.1291	0.1665	0.2025	0.0923	0.1021	0.2778	0.1021	0.0953	0.0444	0.1947	0.0444	0.0433
chr2L	172139	172338	chr2L:172140-172338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0424	0.0451	0.0534	0.0273	0.0244	0.0427	0.0696	0.0513	0.0244	0.026	0.0971	0.026	0.0287	0.0145	0.0696	0.0145	0.0177
chr2L	172616	172767	chr2L:172617-172767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0499	0.0459	0.021	0.0276	0.0456	0.0731	0.0653	0.0276	0.038	0.0749	0.038	0.0209	0.0092	0.0606	0.0092	0.0099
chr2L	172833	173082	chr2L:172834-173082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0558	0.0659	0.0702	0.0287	0.0361	0.0631	0.0908	0.0926	0.0361	0.0519	0.1161	0.0519	0.031	0.0161	0.0748	0.0161	0.0172
chr2L	179172	179470	chr2L:179173-179470	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0572	0.0623	0.0629	0.0453	0.0445	0.0689	0.0787	0.0746	0.0445	0.0465	0.0685	0.0465	0.0449	0.0153	0.0284	0.0153	0.0318
chr2L	181108	181265	chr2L:181109-181265	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0489	0.0444	0.0527	0.0497	0.0244	0.0471	0.0636	0.05	0.0244	0.0489	0.0666	0.0489	0.0395	0.0253	0.0355	0.0253	0.0224
chr2L	181517	181766	chr2L:181518-181766	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0839	0.0808	0.1114	0.0572	0.0456	0.1024	0.0934	0.1039	0.0456	0.1552	0.1215	0.1552	0.0682	0.0521	0.0471	0.0521	0.0464
chr2L	182248	182604	chr2L:182249-182604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0921	0.1159	0.0991	0.0577	0.087	0.1034	0.1687	0.1426	0.087	0.1051	0.1151	0.1051	0.0674	0.0383	0.06	0.0383	0.0604
chr2L	182703	182901	chr2L:182704-182901	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1306	0.1381	0.1336	0.1188	0.0923	0.1359	0.192	0.1686	0.0923	0.1383	0.1386	0.1383	0.1278	0.0904	0.1199	0.0904	0.1386
chr2L	182940	183161	chr2L:182941-183161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1001	0.1056	0.0991	0.095	0.0668	0.0995	0.1505	0.1352	0.0668	0.09	0.1103	0.09	0.1046	0.0796	0.0993	0.0796	0.1199
chr2L	183281	183432	chr2L:183282-183432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.047	0.0642	0.0461	0.0287	0.0636	0.0471	0.0934	0.0819	0.0636	0.0465	0.0543	0.0465	0.0364	0.0237	0.0322	0.0237	0.0339
chr2L	183447	183598	chr2L:183448-183598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0728	0.0338	0.021	0.0626	0.0573	0.1099	0.0879	0.0626	0.0314	0.0379	0.0314	0.0325	0.0115	0.0226	0.0115	0.0281
chr2L	195239	195390	chr2L:195240-195390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0421	0.0324	0.0196	0.0371	0.0379	0.0584	0.0506	0.0371	0.032	0.0399	0.032	0.0271	0.0184	0.0213	0.0184	0.0188
chr2L	195392	195591	chr2L:195393-195591	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.039	0.0507	0.0396	0.0253	0.0477	0.0427	0.0714	0.062	0.0477	0.0374	0.0514	0.0374	0.0333	0.0199	0.0348	0.0199	0.0328
chr2L	195714	195983	chr2L:195715-195983	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0577	0.0771	0.0482	0.0462	0.0721	0.067	0.096	0.1079	0.0721	0.0483	0.0624	0.0483	0.0426	0.0291	0.0484	0.0291	0.0735
chr2L	199463	199718	chr2L:199464-199718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0478	0.0698	0.0454	0.0259	0.0732	0.0495	0.1077	0.0773	0.0732	0.0411	0.064	0.0411	0.0318	0.023	0.0297	0.023	0.0292
chr2L	203308	203563	chr2L:203309-203563	FBgn0031231	mRpL10	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0987	0.09	0.1109	0.0951	0.0583	0.1024	0.1055	0.1206	0.0583	0.1214	0.1322	0.1214	0.1123	0.1049	0.0845	0.1049	0.1235
chr2L	203654	203847	chr2L:203655-203847	FBgn0031231	mRpL10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.1069	0.1368	0.1136	0.0573	0.1233	0.1337	0.1359	0.0573	0.1528	0.1572	0.1528	0.1394	0.1317	0.1135	0.1317	0.1412
chr2L	206112	206263	chr2L:206113-206263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0258	0.0254	0.0268	0.0252	0.0148	0.035	0.0272	0.0313	0.0148	0.0236	0.0341	0.0236	0.031	0.0597	0.0155	0.0597	0.0203
chr2L	207262	207441	chr2L:207263-207441	FBgn0031232,FBgn0031233	CG11490,CG11617	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.14	0.1292	0.1714	0.1177	0.0976	0.1515	0.1436	0.1805	0.0976	0.2077	0.19	0.2077	0.1689	0.1508	0.1289	0.1508	0.1397
chr2L	209566	209719	chr2L:209567-209719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0397	0.0523	0.0437	0.0212	0.0223	0.0573	0.0584	0.0846	0.0223	0.0531	0.054	0.0531	0.0356	0.0168	0.0264	0.0168	0.0182
chr2L	210144	210303	chr2L:210145-210303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0457	0.056	0.0542	0.0248	0.0382	0.0442	0.0705	0.0913	0.0382	0.0604	0.0601	0.0604	0.0496	0.0176	0.0251	0.0176	0.0281
chr2L	210584	210735	chr2L:210585-210735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0577	0.0468	0.0196	0.0392	0.065	0.067	0.0799	0.0392	0.0477	0.0572	0.0477	0.0442	0.0161	0.0187	0.0161	0.0224
chr2L	215151	215302	chr2L:215152-215302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0567	0.0301	0.0159	0.0435	0.0485	0.0813	0.07	0.0435	0.0284	0.0363	0.0284	0.0248	0.0138	0.0187	0.0138	0.0167
chr2L	219484	219642	chr2L:219485-219642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0659	0.0786	0.068	0.0493	0.0679	0.0786	0.1008	0.0986	0.0679	0.0447	0.0601	0.0447	0.0356	0.0123	0.0181	0.0123	0.0219
chr2L	219710	219873	chr2L:219711-219873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0743	0.09	0.0857	0.0443	0.053	0.0985	0.1142	0.1213	0.053	0.0827	0.0826	0.0827	0.0503	0.0337	0.0155	0.0337	0.0219
chr2L	220531	220785	chr2L:220532-220785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2002	0.2299	0.2431	0.1198	0.1962	0.2587	0.2612	0.3058	0.1962	0.2784	0.2762	0.2784	0.2657	0.0636	0.1399	0.0636	0.1683
chr2L	221904	222133	chr2L:221905-222133	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2587	0.292	0.2948	0.1819	0.281	0.3083	0.3478	0.3658	0.281	0.3593	0.3338	0.3593	0.2727	0.1363	0.2218	0.1363	0.2074
chr2L	222168	222476	chr2L:222169-222476	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.3384	0.3642	0.3997	0.2424	0.3362	0.4165	0.404	0.457	0.3362	0.5109	0.4267	0.5109	0.3563	0.1547	0.274	0.1547	0.259
chr2L	223037	223247	chr2L:223038-223247	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.189	0.249	0.2283	0.079	0.2365	0.2558	0.2954	0.3271	0.2365	0.2826	0.2711	0.2826	0.1782	0.0881	0.0922	0.0881	0.0709
chr2L	223973	224143	chr2L:223974-224143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1481	0.1669	0.1679	0.1056	0.1315	0.1976	0.2024	0.1965	0.1315	0.1715	0.191	0.1715	0.1611	0.1126	0.0858	0.1126	0.0797
chr2L	224213	224555	chr2L:224214-224555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.2564	0.264	0.2907	0.2103	0.2163	0.3175	0.3149	0.3038	0.2163	0.3164	0.3158	0.3164	0.2951	0.2014	0.1805	0.2014	0.211
chr2L	224832	225081	chr2L:224833-225081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1089	0.1215	0.1193	0.0834	0.0817	0.1505	0.1406	0.1612	0.0817	0.1335	0.1238	0.1335	0.1077	0.0697	0.0516	0.0697	0.0709
chr2L	230774	230925	chr2L:230775-230925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.044	0.0335	0.013	0.035	0.0374	0.0601	0.0613	0.035	0.0411	0.0428	0.0411	0.0256	0.0107	0.0148	0.0107	0.0146
chr2L	236071	236222	chr2L:236072-236222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0306	0.0466	0.0303	0.013	0.0488	0.0413	0.0657	0.052	0.0488	0.0386	0.0322	0.0386	0.0325	0.0123	0.0084	0.0123	0.0146
chr2L	243252	243403	chr2L:243253-243403	FBgn0262252	mir-965	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0413	0.0209	0.0205	0.0297	0.0374	0.0558	0.0613	0.0297	0.0217	0.0222	0.0217	0.0124	0.0084	0.0064	0.0084	0.013
chr2L	243625	243776	chr2L:243626-243776	FBgn0262252	mir-965	none	none	VT0108.1	VT0108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0555	0.0321	0.0279	0.0498	0.0524	0.077	0.062	0.0498	0.0338	0.0338	0.0338	0.0256	0.0084	0.0135	0.0084	0.0172
chr2L	244473	244662	chr2L:244474-244662	distal	distal	stage5	stage5	VT0108.1	VT0108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0719	0.1125	0.0608	0.0387	0.0742	0.1243	0.1328	0.1606	0.0742	0.0954	0.0585	0.0954	0.0442	0.0322	0.0419	0.0322	0.0302
chr2L	244800	244951	chr2L:244801-244951	distal	distal	none	none	VT0108.1	VT0108.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0528	0.0572	0.0582	0.0418	0.0467	0.065	0.067	0.0713	0.0467	0.093	0.0611	0.093	0.0349	0.0199	0.0542	0.0199	0.0188
chr2L	246638	247033	chr2L:246639-247033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0109.1	VT0109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2352	0.2377	0.2689	0.1954	0.1729	0.2612	0.2474	0.3718	0.1729	0.3563	0.2768	0.3563	0.2603	0.2052	0.1915	0.2052	0.2121
chr2L	247470	247799	chr2L:247471-247799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0109.1	VT0109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1363	0.1699	0.1363	0.0987	0.1368	0.1539	0.231	0.2232	0.1368	0.1322	0.1511	0.1322	0.1177	0.0528	0.1122	0.0528	0.0818
chr2L	248790	248996	chr2L:248791-248996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1052	0.139	0.1006	0.0724	0.1124	0.1403	0.189	0.1712	0.1124	0.1341	0.1087	0.1341	0.0813	0.0643	0.06	0.0643	0.0823
chr2L	249236	249437	chr2L:249237-249437	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2593	0.2529	0.3122	0.2086	0.21	0.2927	0.2872	0.3304	0.21	0.407	0.345	0.407	0.2827	0.2243	0.2224	0.2243	0.2267
chr2L	249897	250097	chr2L:249898-250097	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1163	0.1626	0.1154	0.0655	0.1304	0.168	0.1834	0.2452	0.1304	0.1437	0.126	0.1437	0.0914	0.0819	0.0606	0.0819	0.0552
chr2L	250248	250399	chr2L:250249-250399	FBgn0086902	kis	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0851	0.1077	0.0905	0.0539	0.0721	0.1097	0.1406	0.1432	0.0721	0.1184	0.099	0.1184	0.0705	0.062	0.0438	0.062	0.0568
chr2L	250467	250663	chr2L:250468-250663	FBgn0086902	kis	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1337	0.1418	0.1555	0.1007	0.1039	0.1592	0.1778	0.1699	0.1039	0.1981	0.1701	0.1981	0.1441	0.1049	0.1012	0.1049	0.1032
chr2L	250750	250945	chr2L:250751-250945	FBgn0086902	kis	stage11,stage14,stage5	none	VT0112.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2031	0.1894	0.2442	0.1734	0.1379	0.2335	0.2232	0.2225	0.1379	0.2995	0.2678	0.2995	0.2308	0.1876	0.1805	0.1876	0.2121
chr2L	251009	251167	chr2L:251010-251167	FBgn0086902	kis	stage11,stage14,stage5	none	VT0112.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1227	0.1108	0.1425	0.1142	0.0679	0.1393	0.1349	0.1246	0.0679	0.1691	0.1627	0.1691	0.1208	0.1095	0.1277	0.1095	0.1313
chr2L	252297	252467	chr2L:252298-252467	FBgn0022246	Rpp30	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1073	0.0987	0.1287	0.0936	0.0573	0.118	0.1155	0.1372	0.0573	0.1661	0.1469	0.1661	0.1224	0.085	0.1135	0.085	0.1152
chr2L	259226	259377	chr2L:259227-259377	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.0192	0.0138	0.0123	0.0095	0.0194	0.029	0.0253	0.0095	0.0121	0.0141	0.0121	0.017	0.0054	0.0058	0.0054	0.0063
chr2L	267236	267512	chr2L:267237-267512	FBgn0031239	CG17075	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0424	0.033	0.0319	0.0643	0.018	0.0301	0.0532	0.0366	0.018	0.0248	0.0254	0.0248	0.0201	0.0069	0.02	0.0069	0.0287
chr2L	267806	268011	chr2L:267807-268011	FBgn0031239	CG17075	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0383	0.0228	0.0258	0.0695	0.0127	0.0223	0.0324	0.0286	0.0127	0.0199	0.0215	0.0199	0.0302	0.0107	0.0445	0.0107	0.0615
chr2L	268342	268493	chr2L:268343-268493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.0181	0.0181	0.0174	0.0117	0.0233	0.0225	0.022	0.0117	0.0242	0.0174	0.0242	0.0209	0.0115	0.0077	0.0115	0.0109
chr2L	271395	271557	chr2L:271396-271557	FBgn0031238	CG3645	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0674	0.0723	0.0402	0.0424	0.0699	0.0904	0.0886	0.0424	0.0827	0.0846	0.0827	0.0705	0.0452	0.0355	0.0452	0.0511
chr2L	271685	271850	chr2L:271686-271850	FBgn0031238	CG3645	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.122	0.1204	0.1482	0.095	0.0976	0.1316	0.1462	0.1552	0.0976	0.1854	0.1669	0.1854	0.1495	0.098	0.0941	0.098	0.1146
chr2L	271920	272093	chr2L:271921-272093	FBgn0031238	CG3645	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.072	0.0622	0.0958	0.0567	0.0318	0.0767	0.0787	0.0786	0.0318	0.1329	0.1013	0.1329	0.103	0.0781	0.058	0.0781	0.0688
chr2L	273623	273817	chr2L:273624-273817	FBgn0086856,FBgn0086912	CG11555,mbm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.114	0.1014	0.1393	0.1003	0.0647	0.133	0.1133	0.1272	0.0647	0.1763	0.1543	0.1763	0.1441	0.1149	0.0941	0.1149	0.1324
chr2L	273837	274093	chr2L:273838-274093	FBgn0086856,FBgn0086912	CG11555,mbm	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1036	0.0973	0.1232	0.0891	0.07	0.1146	0.1081	0.1312	0.07	0.1661	0.1354	0.1661	0.1232	0.1018	0.0941	0.1018	0.1126
chr2L	277191	277369	chr2L:277192-277369	FBgn0003444,FBgn0086855	CG17078,smo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2182	0.2059	0.259	0.1873	0.1612	0.2155	0.2604	0.2625	0.1612	0.3031	0.282	0.3031	0.2587	0.1991	0.1902	0.1991	0.2095
chr2L	277453	277662	chr2L:277454-277662	FBgn0003444,FBgn0086855	CG17078,smo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1688	0.1753	0.1912	0.1367	0.1527	0.1694	0.2279	0.2225	0.1527	0.2403	0.208	0.2403	0.1859	0.1639	0.1431	0.1639	0.1537
chr2L	277770	278009	chr2L:277771-278009	FBgn0003444,FBgn0086855	CG17078,smo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.088	0.1037	0.0939	0.0641	0.0848	0.0961	0.1423	0.1306	0.0848	0.1123	0.1042	0.1123	0.0899	0.075	0.0632	0.075	0.0782
chr2L	278175	278335	chr2L:278176-278335	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0926	0.0497	0.0262	0.0838	0.0718	0.1423	0.1106	0.0838	0.061	0.0592	0.061	0.0449	0.0276	0.0335	0.0276	0.0339
chr2L	278657	278978	chr2L:278658-278978	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.1844	0.0425	0.0163	0.2333	0.0898	0.3032	0.2199	0.2333	0.0543	0.0495	0.0543	0.0341	0.0138	0.0161	0.0138	0.0193
chr2L	280297	280448	chr2L:280298-280448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0722	0.022	0.0121	0.0679	0.0296	0.1423	0.0753	0.0679	0.0236	0.0273	0.0236	0.0186	0.0184	0.0135	0.0184	0.013
chr2L	282349	282563	chr2L:282350-282563	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0843	0.1707	0.0536	0.0213	0.176	0.0738	0.2829	0.2332	0.176	0.0411	0.0756	0.0411	0.0488	0.0268	0.0232	0.0268	0.0229
chr2L	283150	283330	chr2L:283151-283330	FBgn0031244	CG11601	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.085	0.0705	0.0901	0.0955	0.0657	0.0539	0.1038	0.0926	0.0657	0.0483	0.1113	0.0483	0.1541	0.0628	0.1161	0.0628	0.1485
chr2L	283419	283570	chr2L:283420-283570	FBgn0031244	CG11601	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0513	0.0503	0.0525	0.0511	0.035	0.0413	0.0792	0.0613	0.035	0.0308	0.0617	0.0308	0.0937	0.0406	0.0567	0.0406	0.0797
chr2L	283870	284100	chr2L:283871-284100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0558	0.1011	0.0398	0.0227	0.0551	0.0612	0.1315	0.1992	0.0551	0.038	0.0511	0.038	0.0325	0.0245	0.0264	0.0245	0.0261
chr2L	284945	285100	chr2L:284946-285100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0499	0.0445	0.0605	0.0444	0.0286	0.0451	0.0597	0.0573	0.0286	0.058	0.065	0.058	0.0473	0.0383	0.0329	0.0383	0.0459
chr2L	285298	285461	chr2L:285299-285461	distal	distal	stage11	stage11	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0602	0.0436	0.0769	0.0604	0.0244	0.0417	0.0575	0.0673	0.0244	0.0688	0.0923	0.0688	0.0627	0.0613	0.0574	0.0613	0.0552
chr2L	285663	285846	chr2L:285664-285846	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1799	0.1138	0.2364	0.1918	0.0636	0.1354	0.1176	0.1872	0.0636	0.2059	0.2965	0.2059	0.1998	0.2113	0.2257	0.2113	0.1751
chr2L	286059	286451	chr2L:286060-286451	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1283	0.0851	0.167	0.1341	0.0403	0.1078	0.0982	0.1159	0.0403	0.0972	0.2511	0.0972	0.1464	0.1011	0.2141	0.1011	0.1313
chr2L	286541	286811	chr2L:286542-286811	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0716	0.0515	0.0836	0.0809	0.0223	0.0573	0.067	0.0686	0.0223	0.0483	0.1051	0.0483	0.1301	0.0559	0.0729	0.0559	0.1141
chr2L	290464	290615	chr2L:290465-290615	distal	distal	none	none	VT0132.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0183	0.0383	0.0277	0.0138	0.0257	0.0212	0.0193	0.0138	0.0616	0.036	0.0616	0.0496	0.0368	0.0251	0.0368	0.0438
chr2L	291789	291973	chr2L:291790-291973	FBgn0031245,FBgn0031247	CG11562,CG3625	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0378	0.0299	0.0324	0.0525	0.017	0.0248	0.0471	0.0346	0.017	0.0356	0.0367	0.0356	0.038	0.0544	0.0322	0.0544	0.0464
chr2L	292037	292257	chr2L:292038-292257	FBgn0031245,FBgn0031247	CG11562,CG3625	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0486	0.0413	0.0496	0.0556	0.0244	0.0466	0.0554	0.05	0.0244	0.0501	0.055	0.0501	0.0682	0.0727	0.0458	0.0727	0.0745
chr2L	292318	292501	chr2L:292319-292501	FBgn0031247	CG11562	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0838	0.0659	0.0881	0.0992	0.0456	0.0777	0.0731	0.0899	0.0456	0.093	0.1023	0.093	0.1162	0.1172	0.1012	0.1172	0.1438
chr2L	292532	292798	chr2L:292533-292798	FBgn0031247	CG11562	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0746	0.0664	0.0867	0.0703	0.0445	0.0728	0.0869	0.0806	0.0445	0.0845	0.1023	0.0845	0.1092	0.0827	0.0729	0.0827	0.0995
chr2L	294567	294774	chr2L:294568-294774	FBgn0017457,FBgn0024352	Hop,U2af38	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.1013	0.1315	0.1	0.0838	0.1092	0.1276	0.1306	0.0838	0.163	0.1431	0.163	0.1301	0.1034	0.1115	0.1034	0.1115
chr2L	295018	295220	chr2L:295019-295220	FBgn0017457,FBgn0024352	Hop,U2af38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.129	0.1099	0.157	0.1196	0.0657	0.1369	0.1367	0.1346	0.0657	0.1751	0.1768	0.1751	0.1611	0.1302	0.1315	0.1302	0.135
chr2L	295284	295435	chr2L:295285-295435	FBgn0024352	Hop	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0683	0.0685	0.0819	0.0532	0.0329	0.0801	0.0874	0.0906	0.0329	0.0954	0.0865	0.0954	0.086	0.0528	0.0619	0.0528	0.0573
chr2L	297413	297587	chr2L:297414-297587	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.1201	0.1736	0.1432	0.0965	0.1612	0.1202	0.1526	0.0965	0.1963	0.1859	0.1963	0.2006	0.1669	0.1373	0.1669	0.1704
chr2L	297784	297977	chr2L:297785-297977	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2429	0.2031	0.289	0.2367	0.1569	0.2801	0.1907	0.2751	0.1569	0.3545	0.3122	0.3545	0.2874	0.2519	0.2502	0.2519	0.2741
chr2L	298078	298252	chr2L:298079-298252	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1582	0.1138	0.2019	0.1599	0.0583	0.1607	0.1133	0.1539	0.0583	0.2711	0.2093	0.2711	0.1983	0.1922	0.1522	0.1922	0.1996
chr2L	298343	298546	chr2L:298344-298546	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1118	0.0641	0.1472	0.1263	0.018	0.0913	0.0619	0.0959	0.018	0.1854	0.1514	0.1854	0.1596	0.1639	0.1199	0.1639	0.1516
chr2L	305391	305582	chr2L:305392-305582	FBgn0004611	Plc21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0649	0.054	0.0774	0.0634	0.0318	0.0743	0.0567	0.0686	0.0318	0.0767	0.0942	0.0767	0.0899	0.0697	0.0858	0.0697	0.0714
chr2L	305625	305797	chr2L:305626-305797	FBgn0004611	Plc21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1102	0.082	0.1392	0.11	0.052	0.1199	0.0766	0.1039	0.052	0.1492	0.1576	0.1492	0.1766	0.1126	0.1322	0.1126	0.1407
chr2L	305823	306021	chr2L:305824-306021	FBgn0004611	Plc21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1232	0.082	0.1489	0.1412	0.0467	0.118	0.0757	0.1133	0.0467	0.1528	0.1678	0.1528	0.1936	0.1401	0.1599	0.1401	0.1829
chr2L	306253	306502	chr2L:306254-306502	FBgn0004611	Plc21C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0455	0.0222	0.04	0.0776	0.0106	0.0272	0.0277	0.0253	0.0106	0.0338	0.046	0.0338	0.0635	0.0398	0.1057	0.0398	0.111
chr2L	306538	306729	chr2L:306539-306729	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0332	0.0166	0.0263	0.0595	0.0011	0.016	0.0285	0.02	0.0011	0.0229	0.0241	0.0229	0.0565	0.0421	0.0638	0.0421	0.1115
chr2L	307055	307507	chr2L:307056-307507	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0418	0.0171	0.0345	0.0773	0.0064	0.0214	0.0238	0.018	0.0064	0.035	0.0267	0.035	0.0674	0.1478	0.0503	0.1478	0.0797
chr2L	307519	307670	chr2L:307520-307670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0093	0.0151	0.028	0.0032	0.0117	0.0138	0.0087	0.0032	0.0175	0.0096	0.0175	0.0271	0.0727	0.0123	0.0727	0.0214
chr2L	310081	310246	chr2L:310082-310246	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0093	0.0146	0.0656	0.0021	0.0097	0.0156	0.01	0.0021	0.0115	0.0122	0.0115	0.0271	0.0406	0.0554	0.0406	0.0896
chr2L	312351	312666	chr2L:312352-312666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0173	0.0216	0.0355	0.0085	0.0194	0.0285	0.0127	0.0085	0.0151	0.0196	0.0151	0.0503	0.0184	0.0148	0.0184	0.0964
chr2L	313321	313601	chr2L:313322-313601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0224	0.0191	0.0208	0.0277	0.0074	0.0102	0.0368	0.0233	0.0074	0.0193	0.019	0.0193	0.0372	0.0191	0.0181	0.0191	0.0615
chr2L	314161	314312	chr2L:314162-314312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.008	0.0108	0.0167	0	0.0083	0.0125	0.0107	0	0.006	0.0084	0.006	0.0232	0.0084	0.0039	0.0084	0.0224
chr2L	315086	315237	chr2L:315087-315237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0206	0.016	0.0206	0.0258	0.0106	0.0141	0.0268	0.016	0.0106	0.0211	0.0196	0.0211	0.0325	0.0199	0.0129	0.0199	0.0339
chr2L	322983	323134	chr2L:322984-323134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0133	0.0184	0.013	0.0042	0.0121	0.0247	0.012	0.0042	0.0145	0.0164	0.0145	0.0442	0.0115	0.009	0.0115	0.024
chr2L	328381	328532	chr2L:328382-328532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0107	0.0108	0.0164	0.0043	0	0.0112	0.0147	0.0167	0	0.0097	0.0312	0.0097	0.0046	0.0023	0.0058	0.0023	0.0068
chr2L	345726	345877	chr2L:345727-345877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0216	0.0253	0.0253	0.0134	0.0223	0.0267	0.0333	0.0293	0.0223	0.0229	0.0305	0.0229	0.038	0.0084	0.0155	0.0084	0.0214
chr2L	346225	346468	chr2L:346226-346468	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0361	0.0456	0.0386	0.0228	0.0297	0.0505	0.0619	0.052	0.0297	0.0399	0.046	0.0399	0.0612	0.0398	0.0155	0.0398	0.0334
chr2L	346675	347080	chr2L:346676-347080	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.07	0.0865	0.0765	0.0443	0.0604	0.1097	0.1094	0.0913	0.0604	0.0864	0.0794	0.0864	0.1123	0.0697	0.0297	0.0697	0.062
chr2L	347088	347303	chr2L:347089-347303	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0376	0.0491	0.0371	0.0252	0.0382	0.049	0.0709	0.054	0.0382	0.032	0.0402	0.032	0.0565	0.0337	0.0226	0.0337	0.0375
chr2L	347425	347602	chr2L:347426-347602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0525	0.0315	0.0187	0.0456	0.0456	0.0731	0.0673	0.0456	0.0278	0.0376	0.0278	0.0387	0.0184	0.0239	0.0184	0.0245
chr2L	347677	347859	chr2L:347678-347859	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0541	0.0284	0.0192	0.0509	0.0461	0.0679	0.0806	0.0509	0.0248	0.0367	0.0248	0.0356	0.0291	0.0161	0.0291	0.024
chr2L	355891	356219	chr2L:355892-356219	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0599	0.1072	0.0423	0.0265	0.0764	0.084	0.1522	0.1486	0.0764	0.0368	0.0537	0.0368	0.055	0.0222	0.0206	0.0222	0.0469
chr2L	356225	356553	chr2L:356226-356553	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0919	0.1812	0.059	0.0283	0.176	0.1301	0.2755	0.2219	0.176	0.0483	0.0791	0.0483	0.0682	0.026	0.0284	0.026	0.0443
chr2L	356581	356732	chr2L:356582-356732	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0664	0.0282	0.017	0.0467	0.0495	0.1051	0.0866	0.0467	0.0242	0.0373	0.0242	0.0333	0.013	0.0168	0.013	0.0261
chr2L	356783	357812	chr2L:356784-357812	FBgn0031250	Ent1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1653	0.1937	0.164	0.1349	0.1559	0.2	0.2578	0.2365	0.1559	0.1757	0.1833	0.1757	0.2014	0.1018	0.1283	0.1018	0.2293
chr2L	357857	358032	chr2L:357858-358032	FBgn0031250	Ent1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1168	0.1081	0.1404	0.1007	0.0594	0.1252	0.1241	0.1606	0.0594	0.1636	0.165	0.1636	0.1402	0.1026	0.0999	0.1026	0.1386
chr2L	358212	358363	chr2L:358213-358363	FBgn0031250	Ent1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0248	0.0322	0.0201	0.0191	0.0233	0.0368	0.0286	0.0191	0.0266	0.0402	0.0266	0.0302	0.0237	0.0174	0.0237	0.0229
chr2L	368241	368465	chr2L:368242-368465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0207	0.0376	0.0203	0.0064	0.0184	0.0324	0.028	0.0064	0.0236	0.0682	0.0236	0.0178	0.0161	0.0445	0.0161	0.0151
chr2L	368758	368975	chr2L:368759-368975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0747	0.0481	0.1088	0.067	0.0212	0.0602	0.0489	0.0766	0.0212	0.0954	0.174	0.0954	0.0627	0.0628	0.1283	0.0628	0.0422
chr2L	369259	369410	chr2L:369260-369410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0246	0.0231	0.0372	0.0127	0.0085	0.0272	0.0307	0.03	0.0085	0.0314	0.0582	0.0314	0.0186	0.0077	0.0174	0.0077	0.0135
chr2L	369732	369883	chr2L:369733-369883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0201	0.0172	0.0311	0.0113	0.0042	0.0107	0.0281	0.0286	0.0042	0.0248	0.0482	0.0248	0.0256	0.0061	0.0181	0.0061	0.0125
chr2L	371863	372112	chr2L:371864-372112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0292	0.0227	0.0447	0.0196	0.0106	0.0233	0.0329	0.0313	0.0106	0.0284	0.0743	0.0284	0.0349	0.0115	0.038	0.0115	0.0271
chr2L	372312	372523	chr2L:372313-372523	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.031	0.0232	0.0478	0.0213	0.0032	0.0209	0.0381	0.0293	0.0032	0.0411	0.082	0.0411	0.024	0.0153	0.0509	0.0153	0.0198
chr2L	373740	373994	chr2L:373741-373994	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0352	0.0328	0.06	0.0106	0.0085	0.035	0.042	0.0506	0.0085	0.026	0.1129	0.026	0.024	0.0061	0.0161	0.0061	0.0078
chr2L	375205	375356	chr2L:375206-375356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0167	0.015	0.0232	0.0114	0.0042	0.0136	0.0242	0.0207	0.0042	0.0115	0.0315	0.0115	0.0217	0.0061	0.02	0.0061	0.012
chr2L	376593	376833	chr2L:376594-376833	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0364	0.0499	0.0453	0.0117	0.0106	0.0451	0.0489	0.1119	0.0106	0.026	0.0659	0.026	0.0465	0.0092	0.02	0.0092	0.0141
chr2L	377779	378178	chr2L:377780-378178	FBgn0000061	al	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1159	0.0845	0.1803	0.0802	0.0318	0.0757	0.0973	0.1652	0.0318	0.0477	0.3531	0.0477	0.1278	0.0245	0.2508	0.0245	0.0526
chr2L	379186	379337	chr2L:379187-379337	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0141	0.0268	0.0123	0.0053	0.0146	0.0225	0.0147	0.0053	0.0139	0.0367	0.0139	0.0372	0.0069	0.0142	0.0069	0.0224
chr2L	380736	380887	chr2L:380737-380887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0206	0.0327	0.0143	0.0095	0.0233	0.0234	0.0293	0.0095	0.0139	0.0598	0.0139	0.024	0.0054	0.0355	0.0054	0.013
chr2L	384835	384986	chr2L:384836-384986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0081	0.0159	0.012	0.0032	0.0087	0.0138	0.008	0.0032	0.0139	0.0254	0.0139	0.0101	0.0061	0.0393	0.0061	0.0073
chr2L	388082	388332	chr2L:388083-388332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0222	0.0202	0.0265	0.0198	0.0064	0.0194	0.0346	0.018	0.0064	0.0103	0.0482	0.0103	0.0155	0.0054	0.0606	0.0054	0.0115
chr2L	389616	389767	chr2L:389617-389767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0122	0.0222	0.0139	0.0042	0.0112	0.0212	0.0127	0.0042	0.0103	0.0408	0.0103	0.0139	0.0023	0.0432	0.0023	0.0073
chr2L	389772	390070	chr2L:389773-390070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0165	0.0329	0.0192	0.0095	0.0146	0.0281	0.0147	0.0095	0.0199	0.0579	0.0199	0.0209	0.0038	0.0567	0.0038	0.013
chr2L	390626	390777	chr2L:390627-390777	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.012	0.0168	0.0113	0.0021	0.0092	0.0216	0.0127	0.0021	0.0115	0.0273	0.0115	0.0124	0.01	0.0277	0.01	0.0063
chr2L	393704	393855	chr2L:393705-393855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0209	0.0226	0.0325	0.0063	0.0053	0.018	0.035	0.036	0.0053	0.0115	0.0672	0.0115	0.0101	0.0061	0.0129	0.0061	0.0031
chr2L	394383	394534	chr2L:394384-394534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0102	0.0066	0.0128	0.0113	0	0.0053	0.0095	0.0127	0	0.0115	0.0212	0.0115	0.007	0.0031	0.0387	0.0031	0.0047
chr2L	395466	395690	chr2L:395467-395690	FBgn0263871	CR43718	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0428	0.0333	0.0471	0.0489	0.0148	0.0301	0.045	0.0526	0.0148	0.0344	0.0688	0.0344	0.0395	0.0329	0.0503	0.0329	0.0318
chr2L	395732	395951	chr2L:395733-395951	FBgn0263871	CR43718	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0352	0.0287	0.0373	0.0401	0.0117	0.0296	0.0411	0.0386	0.0117	0.0254	0.0537	0.0254	0.031	0.0184	0.0277	0.0184	0.0198
chr2L	401803	401954	chr2L:401804-401954	FBgn0031251	CG4213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0213	0.0226	0.0179	0.0237	0.0095	0.0257	0.0307	0.0266	0.0095	0.0332	0.0148	0.0332	0.0178	0.0827	0.0174	0.0827	0.0078
chr2L	402118	402348	chr2L:402119-402348	FBgn0031251	CG4213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0456	0.0408	0.04	0.0571	0.0191	0.0617	0.0433	0.0473	0.0191	0.087	0.0328	0.087	0.0318	0.2044	0.04	0.2044	0.025
chr2L	403714	403888	chr2L:403715-403888	FBgn0003278	RpI135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1026	0.1013	0.1166	0.0887	0.0604	0.1267	0.1202	0.1266	0.0604	0.1335	0.1299	0.1335	0.1278	0.0888	0.0812	0.0888	0.11
chr2L	403941	404123	chr2L:403942-404123	FBgn0003278	RpI135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1511	0.137	0.1802	0.1351	0.0891	0.1816	0.1505	0.1706	0.0891	0.2349	0.1968	0.2349	0.1797	0.1432	0.1219	0.1432	0.172
chr2L	404190	404361	chr2L:404191-404361	FBgn0003278	RpI135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1339	0.1234	0.1662	0.11	0.0795	0.1689	0.128	0.1546	0.0795	0.2234	0.1775	0.2234	0.1673	0.1263	0.0967	0.1263	0.1496
chr2L	412884	413045	chr2L:412885-413045	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.038	0.0312	0.0452	0.0379	0.0159	0.0388	0.0398	0.038	0.0159	0.0326	0.0379	0.0326	0.0829	0.0184	0.0245	0.0184	0.0875
chr2L	413258	413409	chr2L:413259-413409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0269	0.0201	0.0332	0.0277	0.0032	0.0214	0.0324	0.0227	0.0032	0.0242	0.0264	0.0242	0.0635	0.013	0.0123	0.013	0.0683
chr2L	413886	414384	chr2L:413887-414384	FBgn0263350	alpha-Adaptin	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0944	0.0707	0.1195	0.0934	0.0308	0.0903	0.0787	0.0993	0.0308	0.1159	0.1289	0.1159	0.1448	0.085	0.0825	0.085	0.1303
chr2L	414448	414599	chr2L:414449-414599	FBgn0263350,FBgn0263933	alpha-Adaptin,ebi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0619	0.1138	0.0787	0.0244	0.084	0.0597	0.0999	0.0244	0.1262	0.1254	0.1262	0.1177	0.0819	0.0651	0.0819	0.1037
chr2L	414690	414862	chr2L:414691-414862	FBgn0263350,FBgn0263933	alpha-Adaptin,ebi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1772	0.1432	0.2263	0.1614	0.088	0.185	0.1471	0.2059	0.088	0.2723	0.2379	0.2723	0.237	0.17	0.1522	0.17	0.1907
chr2L	414971	415363	chr2L:414972-415363	FBgn0263350,FBgn0263933	alpha-Adaptin,ebi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1791	0.158	0.2241	0.1533	0.1135	0.1835	0.1717	0.2272	0.1135	0.2796	0.2376	0.2796	0.2246	0.1715	0.1605	0.1715	0.1725
chr2L	419338	419499	chr2L:419339-419499	FBgn0002593,FBgn0031252	CG13690,RpLP1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0769	0.0863	0.0468	0.0467	0.0888	0.0921	0.0993	0.0467	0.1021	0.0968	0.1021	0.079	0.0413	0.0464	0.0413	0.0532
chr2L	419564	419734	chr2L:419565-419734	FBgn0002593,FBgn0031252	CG13690,RpLP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1753	0.165	0.2128	0.1455	0.1273	0.2083	0.1881	0.1959	0.1273	0.256	0.2354	0.256	0.2107	0.157	0.1348	0.157	0.1845
chr2L	419843	420026	chr2L:419844-420026	FBgn0002593,FBgn0031252	CG13690,RpLP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2285	0.2024	0.2816	0.1994	0.1569	0.2485	0.224	0.2585	0.1569	0.3545	0.3055	0.3545	0.2734	0.2198	0.207	0.2198	0.2381
chr2L	420172	420672	chr2L:420173-420672	FBgn0002593	RpLP1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1274	0.1102	0.1655	0.1047	0.052	0.1466	0.1202	0.1519	0.052	0.2186	0.1759	0.2186	0.1727	0.1271	0.0954	0.1271	0.1542
chr2L	420750	420901	chr2L:420751-420901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0587	0.0507	0.0784	0.0461	0.0265	0.0665	0.0593	0.0646	0.0265	0.0924	0.0836	0.0924	0.0968	0.059	0.0387	0.059	0.0631
chr2L	420961	421273	chr2L:420962-421273	FBgn0031253,FBgn0031254	CG11885,CG13692	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.139	0.1149	0.1788	0.1223	0.071	0.1684	0.1129	0.1466	0.071	0.221	0.1897	0.221	0.2091	0.144	0.1212	0.144	0.1579
chr2L	421410	421583	chr2L:421411-421583	FBgn0031253,FBgn0031254	CG11885,CG13692	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1667	0.153	0.1958	0.15	0.105	0.1956	0.1626	0.2039	0.105	0.25	0.2186	0.25	0.1774	0.1539	0.167	0.1539	0.1782
chr2L	429617	429778	chr2L:429618-429778	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0186	0.0529	0.0423	0.0042	0.0267	0.0229	0.022	0.0042	0.0284	0.1016	0.0284	0.024	0.0061	0.1547	0.0061	0.0167
chr2L	430029	430182	chr2L:430030-430182	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0446	0.0181	0.0692	0.0472	0.0032	0.0262	0.0242	0.0207	0.0032	0.0223	0.136	0.0223	0.0465	0.0092	0.1702	0.0092	0.0193
chr2L	430380	430543	chr2L:430381-430543	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0454	0.0246	0.064	0.0482	0.0021	0.0408	0.0272	0.026	0.0021	0.0411	0.1051	0.0411	0.0573	0.0077	0.1644	0.0077	0.0302
chr2L	431094	431277	chr2L:431095-431277	FBgn0004583	ex	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2196	0.2303	0.275	0.1468	0.1994	0.2689	0.2457	0.3065	0.1994	0.3291	0.3257	0.3291	0.2634	0.1018	0.2244	0.1018	0.2444
chr2L	431666	431871	chr2L:431667-431871	FBgn0004583	ex	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1779	0.181	0.2203	0.128	0.1813	0.2146	0.1981	0.2179	0.1813	0.2367	0.2498	0.2367	0.2517	0.0582	0.1908	0.0582	0.2277
chr2L	439107	439328	chr2L:439108-439328	FBgn0263870	CR43717	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0538	0.0267	0.101	0.0324	0.0106	0.0335	0.0342	0.0313	0.0106	0.064	0.1981	0.064	0.0201	0.0153	0.1025	0.0153	0.0141
chr2L	440735	440939	chr2L:440736-440939	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0545	0.0238	0.0961	0.0432	0.0042	0.0374	0.0225	0.0366	0.0042	0.0368	0.21	0.0368	0.0201	0.0115	0.1528	0.0115	0.0156
chr2L	441301	441582	chr2L:441302-441582	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.08	0.0408	0.1494	0.0476	0.0074	0.0558	0.045	0.06	0.0074	0.0954	0.3026	0.0954	0.024	0.0199	0.1676	0.0199	0.013
chr2L	441585	441736	chr2L:441586-441736	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0575	0.0431	0.0949	0.0326	0.0074	0.0471	0.0536	0.0713	0.0074	0.0471	0.1965	0.0471	0.017	0.0138	0.1109	0.0138	0.0115
chr2L	441887	442085	chr2L:441888-442085	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0798	0.09	0.1053	0.0405	0.052	0.0646	0.109	0.1739	0.052	0.0356	0.2309	0.0356	0.0186	0.0077	0.1534	0.0077	0.0073
chr2L	442239	442414	chr2L:442240-442414	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0632	0.0535	0.0906	0.0441	0.0308	0.0466	0.0536	0.1039	0.0308	0.0356	0.19	0.0356	0.0209	0.0199	0.147	0.0199	0.0182
chr2L	442424	442641	chr2L:442425-442641	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0713	0.0558	0.1055	0.0512	0.0361	0.0456	0.0606	0.1079	0.0361	0.0459	0.2209	0.0459	0.0232	0.026	0.1702	0.026	0.0182
chr2L	447215	447443	chr2L:447216-447443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0325	0.049	0.0319	0.0148	0.035	0.0422	0.0718	0.0633	0.035	0.0169	0.0505	0.0169	0.0333	0.0145	0.0226	0.0145	0.0203
chr2L	451846	452020	chr2L:451847-452020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0295	0.0435	0.0412	0.0127	0.0427	0.035	0.0313	0.0127	0.0332	0.0434	0.0332	0.0821	0.023	0.0303	0.023	0.0933
chr2L	452061	452212	chr2L:452062-452212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0313	0.0451	0.0383	0.0106	0.0442	0.035	0.042	0.0106	0.0423	0.0424	0.0423	0.0697	0.0237	0.0309	0.0237	0.0787
chr2L	452365	452824	chr2L:452366-452824	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1196	0.1074	0.1435	0.1069	0.0594	0.1383	0.1272	0.1352	0.0594	0.1679	0.1582	0.1679	0.1433	0.1164	0.1148	0.1164	0.1214
chr2L	452977	453146	chr2L:452978-453146	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1977	0.1719	0.2391	0.1812	0.1166	0.2233	0.176	0.2378	0.1166	0.2778	0.2592	0.2778	0.2401	0.1884	0.187	0.1884	0.2079
chr2L	453273	453424	chr2L:453274-453424	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0572	0.0471	0.0754	0.0485	0.018	0.0646	0.0441	0.0766	0.018	0.0942	0.081	0.0942	0.0736	0.049	0.0464	0.049	0.0631
chr2L	453442	453593	chr2L:453443-453593	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0338	0.0456	0.0306	0.017	0.0427	0.0407	0.0413	0.017	0.0489	0.0495	0.0489	0.0511	0.0245	0.0322	0.0245	0.0365
chr2L	455433	455613	chr2L:455434-455613	FBgn0031257	CG4133	stage5	none	VT0204.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0528	0.0619	0.0552	0.0401	0.052	0.0675	0.0696	0.0859	0.052	0.0592	0.0592	0.0592	0.0403	0.0115	0.0168	0.0115	0.0214
chr2L	455760	456020	chr2L:455761-456020	FBgn0031257	CG4133	none	none	VT0204.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0486	0.0431	0.0547	0.048	0.0233	0.0515	0.0484	0.0626	0.0233	0.0471	0.0482	0.0471	0.0496	0.0222	0.0232	0.0222	0.0344
chr2L	467869	468028	chr2L:467870-468028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0189	0.0305	0.0394	0.0074	0.0194	0.0316	0.018	0.0074	0.0278	0.0334	0.0278	0.0287	0.0161	0.0271	0.0161	0.0323
chr2L	469088	469305	chr2L:469089-469305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0105	0.0247	0.0611	0.0042	0.0107	0.0156	0.01	0.0042	0.0254	0.0222	0.0254	0.0503	0.0245	0.0896	0.0245	0.1188
chr2L	470206	470662	chr2L:470207-470662	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0634	0.0332	0.0392	0.1238	0.0106	0.0427	0.0497	0.0313	0.0106	0.0332	0.0354	0.0332	0.0798	0.0781	0.0741	0.0781	0.2694
chr2L	470883	471243	chr2L:470884-471243	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0682	0.0239	0.0627	0.1237	0.0074	0.0316	0.0324	0.0266	0.0074	0.0797	0.0457	0.0797	0.1263	0.0743	0.0696	0.0743	0.2871
chr2L	471395	471546	chr2L:471396-471546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0389	0.0162	0.0379	0.0652	0.0074	0.0223	0.0221	0.014	0.0074	0.0525	0.0283	0.0525	0.0705	0.0482	0.0438	0.0482	0.1423
chr2L	472185	472563	chr2L:472186-472563	FBgn0027592	MED15	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0765	0.0456	0.0659	0.1227	0.017	0.049	0.0696	0.0473	0.017	0.0652	0.0691	0.0652	0.0976	0.144	0.136	0.144	0.1459
chr2L	472578	472791	chr2L:472579-472791	FBgn0027592	MED15	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.0415	0.0582	0.0668	0.0201	0.0432	0.0575	0.0526	0.0201	0.0652	0.0614	0.0652	0.0744	0.0842	0.0664	0.0842	0.0761
chr2L	472925	473094	chr2L:472926-473094	FBgn0027592	MED15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0799	0.1138	0.1075	0.0509	0.0913	0.0913	0.1139	0.0509	0.1335	0.1222	0.1335	0.1208	0.1263	0.0961	0.1263	0.1199
chr2L	473178	473350	chr2L:473179-473350	FBgn0027592	MED15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0544	0.0417	0.0622	0.0599	0.0244	0.0447	0.0506	0.0606	0.0244	0.067	0.0695	0.067	0.0596	0.059	0.0458	0.059	0.0578
chr2L	478707	478959	chr2L:478708-478959	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1324	0.0881	0.1754	0.1347	0.0424	0.1301	0.0913	0.1159	0.0424	0.1957	0.1926	0.1957	0.2153	0.1332	0.1676	0.1332	0.1636
chr2L	479097	479307	chr2L:479098-479307	FBgn0043364	cbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2189	0.1373	0.2937	0.2281	0.0689	0.2209	0.1254	0.1679	0.0689	0.375	0.3219	0.375	0.3284	0.2802	0.276	0.2802	0.2725
chr2L	479684	479907	chr2L:479685-479907	FBgn0043364	cbt	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1867	0.052	0.2883	0.2257	0.0095	0.1175	0.029	0.0513	0.0095	0.3907	0.3296	0.3907	0.3571	0.2986	0.2798	0.2986	0.32
chr2L	480139	480400	chr2L:480140-480400	FBgn0043364	cbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2089	0.0839	0.3023	0.2461	0.0223	0.1665	0.0532	0.1053	0.0223	0.3816	0.3585	0.3816	0.3703	0.2994	0.3075	0.2994	0.3481
chr2L	480534	480685	chr2L:480535-480685	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1052	0.0455	0.1522	0.1205	0.0159	0.0786	0.0359	0.06	0.0159	0.1854	0.1968	0.1854	0.1448	0.1286	0.1689	0.1286	0.1548
chr2L	480689	481026	chr2L:480690-481026	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2334	0.1185	0.3426	0.2417	0.052	0.2	0.0852	0.1739	0.052	0.4487	0.4087	0.4487	0.3586	0.2856	0.2843	0.2856	0.3262
chr2L	481184	481389	chr2L:481185-481389	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2194	0.14	0.3004	0.2192	0.0774	0.2417	0.0982	0.1945	0.0774	0.3774	0.3556	0.3774	0.33	0.2397	0.2482	0.2397	0.3002
chr2L	484416	484567	chr2L:484417-484567	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0475	0.0133	0.0575	0.0746	0.0021	0.0296	0.0121	0.0093	0.0021	0.0568	0.0469	0.0568	0.1448	0.0919	0.0361	0.0919	0.1704
chr2L	484637	484839	chr2L:484638-484839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0642	0.0247	0.0796	0.0914	0.0064	0.0456	0.0268	0.0193	0.0064	0.064	0.0431	0.064	0.2672	0.0613	0.0335	0.0613	0.2527
chr2L	485888	486042	chr2L:485889-486042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0398	0.0187	0.051	0.051	0.0032	0.0345	0.0177	0.0213	0.0032	0.0417	0.0309	0.0417	0.1619	0.0322	0.0284	0.0322	0.1245
chr2L	490117	490386	chr2L:490118-490386	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1539	0.1178	0.1832	0.1621	0.0668	0.1549	0.1198	0.1692	0.0668	0.1969	0.2061	0.1969	0.2138	0.1692	0.1767	0.1692	0.2079
chr2L	490594	490871	chr2L:490595-490871	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1612	0.1068	0.1565	0.2271	0.0562	0.1476	0.1073	0.1532	0.0562	0.1226	0.1698	0.1226	0.251	0.2427	0.2534	0.2427	0.3054
chr2L	490919	491105	chr2L:490920-491105	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0589	0.0591	0.0541	0.0641	0.0318	0.0738	0.0653	0.0839	0.0318	0.0417	0.0621	0.0417	0.0806	0.0582	0.0671	0.0582	0.1063
chr2L	491915	492255	chr2L:491916-492255	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0536	0.0723	0.062	0.0361	0.0617	0.0722	0.0593	0.0361	0.0556	0.091	0.0556	0.1108	0.0459	0.0851	0.0459	0.1027
chr2L	492334	492532	chr2L:492335-492532	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0689	0.0538	0.0826	0.0707	0.0371	0.0597	0.0727	0.0613	0.0371	0.0713	0.0942	0.0713	0.1348	0.0567	0.0761	0.0567	0.1339
chr2L	493135	493286	chr2L:493136-493286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.012	0.0171	0.0368	0.0042	0.018	0.0143	0.0127	0.0042	0.0145	0.0161	0.0145	0.0356	0.0084	0.0245	0.0084	0.098
chr2L	494078	494229	chr2L:494079-494229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0115	0.0263	0.0326	0.0053	0.0165	0.0143	0.0107	0.0053	0.0242	0.0199	0.0242	0.0697	0.0046	0.0168	0.0046	0.0943
chr2L	495476	495754	chr2L:495477-495754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0433	0.0273	0.0565	0.0467	0.0127	0.0345	0.0376	0.028	0.0127	0.0465	0.0601	0.0465	0.1177	0.0299	0.0496	0.0299	0.0964
chr2L	495947	496188	chr2L:495948-496188	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0385	0.0289	0.0462	0.0408	0.0127	0.035	0.0402	0.032	0.0127	0.0435	0.0466	0.0435	0.0891	0.0253	0.0297	0.0253	0.1006
chr2L	496456	496679	chr2L:496457-496679	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0396	0.0322	0.0538	0.0323	0.0159	0.0422	0.0415	0.0326	0.0159	0.0616	0.0502	0.0616	0.0984	0.0115	0.0258	0.0115	0.0766
chr2L	497706	497857	chr2L:497707-497857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.026	0.0193	0.0283	0.0309	0.0042	0.0252	0.0307	0.0153	0.0042	0.0278	0.0277	0.0278	0.0589	0.026	0.0219	0.026	0.0709
chr2L	498106	498344	chr2L:498107-498344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0292	0.0203	0.0343	0.0337	0.0064	0.0262	0.0342	0.0113	0.0064	0.0344	0.0277	0.0344	0.0852	0.0459	0.0219	0.0459	0.0693
chr2L	498438	498714	chr2L:498439-498714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0289	0.0135	0.0331	0.0416	0.0021	0.0199	0.0177	0.0093	0.0021	0.0266	0.0238	0.0266	0.096	0.0697	0.0219	0.0697	0.0808
chr2L	498919	499070	chr2L:498920-499070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0091	0.0194	0.023	0.0042	0.0136	0.013	0.006	0.0042	0.0163	0.0154	0.0163	0.0534	0.0176	0.009	0.0176	0.0578
chr2L	501828	502151	chr2L:501829-502151	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0427	0.03	0.0495	0.0494	0.0074	0.0388	0.0376	0.0353	0.0074	0.0356	0.0511	0.0356	0.1053	0.013	0.0374	0.013	0.1188
chr2L	503876	504034	chr2L:503877-504034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0241	0.0211	0.0286	0.0226	0.0085	0.0252	0.0298	0.022	0.0085	0.0175	0.0389	0.0175	0.0457	0.0222	0.0406	0.0222	0.0261
chr2L	505106	505494	chr2L:505107-505494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0323	0.0534	0.0439	0.0085	0.0519	0.0411	0.0253	0.0085	0.0326	0.0408	0.0326	0.1603	0.013	0.0297	0.013	0.1131
chr2L	507176	507358	chr2L:507177-507358	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.026	0.009	0.0247	0.0465	0	0.0136	0.0138	0.0067	0	0.0175	0.0305	0.0175	0.0473	0.0207	0.1173	0.0207	0.0521
chr2L	510638	510921	chr2L:510639-510921	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1224	0.0906	0.1675	0.1083	0.0361	0.1359	0.0753	0.1439	0.0361	0.1733	0.1984	0.1733	0.2525	0.1945	0.0903	0.1945	0.1027
chr2L	511853	512036	chr2L:511854-512036	distal	distal	none	none	ush_-12475/-6925	ush_-12475/-6925	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0103	0.0371	0.0297	0.0021	0.0121	0.0169	0.0093	0.0021	0.026	0.0338	0.026	0.1053	0.013	0.0264	0.013	0.0662
chr2L	515952	516103	chr2L:515953-516103	distal	distal	none	none	ush_-12475/-6925	ush_-12475/-6925	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0112	0.0275	0.0363	0.0021	0.015	0.0138	0.014	0.0021	0.0236	0.018	0.0236	0.0689	0.0138	0.0123	0.0138	0.0724
chr2L	516362	516762	chr2L:516363-516762	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	ush_-12475/-6925	ush_-12475/-6925	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0922	0.0555	0.1034	0.1209	0.0148	0.1	0.0471	0.0646	0.0148	0.1153	0.0704	0.1153	0.2347	0.0636	0.04	0.0636	0.2225
chr2L	517851	518002	chr2L:517852-518002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0527	0.0734	0.0549	0.027	0.0392	0.1126	0.064	0.0939	0.0392	0.0773	0.0514	0.0773	0.072	0.0237	0.0135	0.0237	0.05
chr2L	518270	518676	chr2L:518271-518676	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1342	0.2625	0.0948	0.0343	0.2704	0.217	0.3365	0.3584	0.2704	0.0833	0.0939	0.0833	0.141	0.023	0.0174	0.023	0.0636
chr2L	519128	519314	chr2L:519129-519314	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0686	0.1053	0.0574	0.04	0.0944	0.0898	0.1427	0.1472	0.0944	0.0574	0.0633	0.0574	0.0829	0.0168	0.0355	0.0168	0.0782
chr2L	519492	519737	chr2L:519493-519737	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0956	0.0836	0.122	0.0801	0.0435	0.1218	0.08	0.1186	0.0435	0.1335	0.1164	0.1335	0.2169	0.0329	0.0587	0.0329	0.1652
chr2L	520554	520705	chr2L:520555-520705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0411	0.0961	0.0497	0.0148	0.0549	0.0437	0.0593	0.0148	0.1268	0.1064	0.1268	0.1363	0.026	0.0722	0.026	0.0724
chr2L	521083	521319	chr2L:521084-521319	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1098	0.0783	0.1657	0.0837	0.0403	0.1126	0.074	0.1119	0.0403	0.1787	0.182	0.1787	0.2215	0.0421	0.0851	0.0421	0.1376
chr2L	522231	522488	chr2L:522232-522488	distal	distal	none	none	ush_-1421/-25	ush_-1421/-25	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1145	0.1034	0.132	0.1078	0.0689	0.1461	0.0921	0.1492	0.0689	0.1262	0.1193	0.1262	0.182	0.0482	0.0948	0.0482	0.1454
chr2L	523124	523346	chr2L:523125-523346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	ush_-1421/-25	ush_-1421/-25	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1953	0.1486	0.2449	0.1931	0.1103	0.2083	0.1332	0.2065	0.1103	0.2663	0.2669	0.2663	0.3222	0.1953	0.2025	0.1953	0.2757
chr2L	523377	523776	chr2L:523378-523776	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	ush_-1421/-25	ush_-1421/-25	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.3469	0.2967	0.4148	0.3285	0.2598	0.3864	0.2625	0.4237	0.2598	0.4994	0.4691	0.4994	0.4555	0.3522	0.3501	0.3522	0.4294
chr2L	524642	524793	chr2L:524643-524793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0464	0.034	0.0604	0.045	0.0148	0.0422	0.0342	0.0546	0.0148	0.0562	0.0698	0.0562	0.0937	0.0184	0.0355	0.0184	0.1027
chr2L	526032	526217	chr2L:526033-526217	distal	distal	none	none	ush_1809/7908	ush_1809/7908	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0282	0.0443	0.0429	0.0117	0.0354	0.0294	0.0446	0.0117	0.0332	0.0334	0.0332	0.0411	0.0168	0.0213	0.0168	0.0334
chr2L	528788	528939	chr2L:528789-528939	distal	distal	none	none	ush_1809/7908	ush_1809/7908	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.018	0.0194	0.0175	0.0169	0.0138	0.017	0.0251	0.0293	0.0138	0.0254	0.0161	0.0254	0.0209	0.0054	0.0052	0.0054	0.0115
chr2L	531519	531757	chr2L:531520-531757	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0656	0.0374	0.05	0.0551	0.0631	0.083	0.0913	0.0551	0.055	0.0367	0.055	0.0465	0.0904	0.0264	0.0904	0.0891
chr2L	531773	532020	chr2L:531774-532020	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0487	0.0406	0.0563	0.0382	0.0519	0.0549	0.07	0.0382	0.0598	0.035	0.0598	0.0612	0.0804	0.029	0.0804	0.1162
chr2L	532166	532317	chr2L:532167-532317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0248	0.0225	0.0191	0.0085	0.0306	0.0298	0.0353	0.0085	0.0272	0.0228	0.0272	0.0256	0.026	0.011	0.026	0.0354
chr2L	540241	540458	chr2L:540242-540458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0914	0.0753	0.1147	0.0837	0.0467	0.0903	0.0917	0.0893	0.0467	0.1329	0.126	0.1329	0.141	0.0758	0.0793	0.0758	0.1287
chr2L	540617	541158	chr2L:540618-541158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3546	0.301	0.4185	0.3442	0.1983	0.3961	0.3093	0.4004	0.1983	0.5217	0.4415	0.5217	0.4229	0.356	0.3862	0.356	0.3898
chr2L	541339	541604	chr2L:541340-541604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0957	0.0935	0.1165	0.0753	0.0615	0.1175	0.096	0.1306	0.0615	0.1479	0.1251	0.1479	0.1115	0.0804	0.087	0.0804	0.1011
chr2L	542273	542452	chr2L:542274-542452	FBgn0010602	lwr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0772	0.0669	0.0984	0.0655	0.0498	0.0786	0.0714	0.0946	0.0498	0.1147	0.1074	0.1147	0.103	0.0704	0.0748	0.0704	0.0792
chr2L	542508	542704	chr2L:542509-542704	FBgn0010602	lwr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1386	0.1305	0.1662	0.1173	0.0753	0.1612	0.1375	0.1879	0.0753	0.1896	0.1794	0.1896	0.1766	0.121	0.1289	0.121	0.1496
chr2L	544049	544200	chr2L:544050-544200	FBgn0031260	Spp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0373	0.0581	0.033	0.0187	0.0297	0.0311	0.1185	0.0586	0.0297	0.0356	0.0415	0.0356	0.0333	0.0145	0.0219	0.0145	0.0255
chr2L	544562	544737	chr2L:544563-544737	FBgn0031260,FBgn0031261	Spp,nAcRbeta-21C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.125	0.1155	0.1557	0.1018	0.0912	0.1282	0.1393	0.1446	0.0912	0.18	0.1666	0.18	0.1743	0.0781	0.1122	0.0781	0.1386
chr2L	545058	545209	chr2L:545059-545209	FBgn0031260,FBgn0031261	Spp,nAcRbeta-21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0217	0.0378	0.0461	0.0095	0.0267	0.0268	0.0273	0.0095	0.0399	0.0344	0.0399	0.0736	0.0153	0.0251	0.0153	0.1178
chr2L	547317	547468	chr2L:547318-547468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0079	0.0128	0.0181	0.0032	0.0087	0.0117	0.0067	0.0032	0.0103	0.0119	0.0103	0.0147	0.0038	0.0052	0.0038	0.0078
chr2L	548044	548195	chr2L:548045-548195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0136	0.0198	0.0249	0.0032	0.0136	0.0199	0.02	0.0032	0.0109	0.0228	0.0109	0.0256	0.0054	0.0161	0.0054	0.0151
chr2L	549637	549788	chr2L:549638-549788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.012	0.0169	0.0202	0.0042	0.0107	0.0195	0.014	0.0042	0.0139	0.0167	0.0139	0.0186	0.0145	0.0129	0.0145	0.0172
chr2L	549971	550122	chr2L:549972-550122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.015	0.0115	0.0146	0.0195	0.0021	0.015	0.0143	0.0147	0.0021	0.0127	0.0154	0.0127	0.0163	0.0092	0.0084	0.0092	0.0156
chr2L	550217	550368	chr2L:550218-550368	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0108	0.0108	0.0163	0.0011	0.0092	0.0195	0.0113	0.0011	0.0121	0.0116	0.0121	0.0108	0.0084	0.0032	0.0084	0.0104
chr2L	552543	552734	chr2L:552544-552734	FBgn0005660	Ets21C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0285	0.0128	0.0214	0.0538	0.0042	0.0146	0.0186	0.0167	0.0042	0.0133	0.0289	0.0133	0.0356	0.0237	0.136	0.0237	0.0636
chr2L	559464	559669	chr2L:559465-559669	FBgn0031263	CG2789	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0634	0.0356	0.0661	0.0915	0.0244	0.0427	0.042	0.0466	0.0244	0.061	0.0752	0.061	0.1069	0.121	0.1225	0.121	0.1172
chr2L	559712	559863	chr2L:559713-559863	FBgn0031263,FBgn0260933	CG2789,rempA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0229	0.0397	0.0421	0.0106	0.0243	0.0298	0.032	0.0106	0.0477	0.0408	0.0477	0.0503	0.059	0.0471	0.059	0.0573
chr2L	559870	560021	chr2L:559871-560021	FBgn0031263,FBgn0260933	CG2789,rempA	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.036	0.0218	0.0431	0.0441	0.0148	0.0199	0.0329	0.024	0.0148	0.0441	0.0447	0.0441	0.0643	0.0513	0.0567	0.0513	0.0568
chr2L	560034	560261	chr2L:560035-560261	FBgn0031263,FBgn0260933	CG2789,rempA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0695	0.0417	0.0852	0.0833	0.0201	0.0515	0.051	0.056	0.0201	0.0882	0.0955	0.0882	0.1084	0.0888	0.098	0.0888	0.1157
chr2L	560299	560496	chr2L:560300-560496	FBgn0260933	rempA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0806	0.0553	0.1014	0.0859	0.035	0.0748	0.0532	0.0786	0.035	0.1081	0.1145	0.1081	0.1286	0.0949	0.0974	0.0949	0.1193
chr2L	564027	564239	chr2L:564028-564239	FBgn0031265	CG2794	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1177	0.1152	0.1429	0.093	0.0838	0.1388	0.1211	0.1619	0.0838	0.1872	0.1579	0.1872	0.1487	0.1141	0.0961	0.1141	0.1287
chr2L	568017	568205	chr2L:568018-568205	FBgn0021874,FBgn0031266	CG2807,Nle	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.12	0.1415	0.0939	0.0742	0.1476	0.1324	0.1632	0.0742	0.1824	0.1611	0.1824	0.1294	0.0888	0.1135	0.0888	0.1209
chr2L	568227	568409	chr2L:568228-568409	FBgn0021874,FBgn0031266	CG2807,Nle	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1368	0.1403	0.1602	0.1072	0.087	0.1665	0.1661	0.1845	0.087	0.1993	0.1762	0.1993	0.1572	0.121	0.1186	0.121	0.1324
chr2L	568521	568714	chr2L:568522-568714	FBgn0021874,FBgn0031266	CG2807,Nle	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0646	0.0736	0.0492	0.0382	0.066	0.0869	0.0839	0.0382	0.0906	0.0833	0.0906	0.0751	0.0643	0.0522	0.0643	0.0584
chr2L	574147	574342	chr2L:574148-574342	FBgn0031267,FBgn0031268	Ipk2,cold	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1417	0.1267	0.1808	0.1156	0.0954	0.1655	0.122	0.1832	0.0954	0.215	0.2106	0.215	0.1782	0.1172	0.1244	0.1172	0.1558
chr2L	574411	574579	chr2L:574412-574579	FBgn0031267,FBgn0031268	Ipk2,cold	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1315	0.1094	0.1605	0.1242	0.0848	0.1403	0.112	0.1506	0.0848	0.1944	0.1846	0.1944	0.1549	0.1317	0.1444	0.1317	0.1579
chr2L	574876	575027	chr2L:574877-575027	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0389	0.0356	0.0476	0.0331	0.0148	0.0471	0.0428	0.0446	0.0148	0.0562	0.054	0.0562	0.0449	0.0253	0.0438	0.0253	0.0433
chr2L	575083	575234	chr2L:575084-575234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0309	0.0377	0.0212	0.0201	0.0369	0.0389	0.0386	0.0201	0.0441	0.0421	0.0441	0.0395	0.0138	0.0316	0.0138	0.0281
chr2L	576884	577073	chr2L:576885-577073	FBgn0013323,FBgn0023489	Pph13,Ptth	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.072	0.0591	0.1048	0.0503	0.0255	0.0762	0.0562	0.0946	0.0255	0.1268	0.1174	0.1268	0.1022	0.0567	0.0561	0.0567	0.0782
chr2L	583042	583232	chr2L:583043-583232	distal	distal	none	none	VT0268.1	VT0268.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0298	0.0223	0.0135	0.0085	0.0383	0.0238	0.0553	0.0085	0.0145	0.0225	0.0145	0.0077	0.0077	0.011	0.0077	0.0089
chr2L	585393	585636	chr2L:585394-585636	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0435	0.0315	0.0476	0.0524	0.0117	0.0398	0.0337	0.048	0.0117	0.0248	0.0415	0.0248	0.0302	0.0092	0.0213	0.0092	0.0172
chr2L	588011	588184	chr2L:588012-588184	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0535	0.0299	0.0085	0.0414	0.0427	0.0843	0.062	0.0414	0.0362	0.0322	0.0362	0.0263	0.0084	0.0064	0.0084	0.0083
chr2L	588319	588674	chr2L:588320-588674	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0571	0.0255	0.0131	0.0435	0.0451	0.0826	0.0793	0.0435	0.0284	0.0302	0.0284	0.0147	0.013	0.011	0.013	0.0125
chr2L	589314	589465	chr2L:589315-589465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0128	0.0113	0.0138	0.0011	0.0102	0.0216	0.0193	0.0011	0.0066	0.0135	0.0066	0.0062	0.0023	0.0052	0.0023	0.0094
chr2L	589820	590049	chr2L:589821-590049	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0355	0.0394	0.0505	0.0148	0.017	0.0437	0.0467	0.0646	0.017	0.0314	0.0601	0.0314	0.0813	0.01	0.0316	0.01	0.0078
chr2L	590093	590277	chr2L:590094-590277	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0438	0.0598	0.0513	0.0178	0.0276	0.0689	0.0705	0.0886	0.0276	0.0266	0.0691	0.0266	0.079	0.0084	0.0458	0.0084	0.0099
chr2L	591616	591769	chr2L:591617-591769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0274	0.0373	0.0319	0.0074	0.034	0.0333	0.0386	0.0074	0.0242	0.0228	0.0242	0.0256	0.01	0.0129	0.01	0.0109
chr2L	594695	594982	chr2L:594696-594982	FBgn0010323	Gsc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2148	0.197	0.2731	0.1707	0.1251	0.2369	0.2128	0.2805	0.1251	0.3533	0.3109	0.3533	0.1859	0.2282	0.2031	0.2282	0.1178
chr2L	595156	595332	chr2L:595157-595332	FBgn0010323	Gsc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0374	0.0787	0.0696	0.0159	0.0422	0.0519	0.0453	0.0159	0.0936	0.0942	0.0936	0.0759	0.0766	0.0703	0.0766	0.073
chr2L	597804	598060	chr2L:597805-598060	distal	distal	none	none	VT0277.1,VT0278.1	VT0277.1,VT0278.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0478	0.0799	0.05	0.0095	0.0626	0.0519	0.1293	0.1026	0.0626	0.0332	0.072	0.0332	0.0194	0.0054	0.0097	0.0054	0.0063
chr2L	599615	599793	chr2L:599616-599793	distal	distal	none	none	VT0278.1,VT0279.1	VT0278.1,VT0279.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.034	0.0466	0.0462	0.0064	0.0148	0.0646	0.0281	0.1019	0.0148	0.0556	0.063	0.0556	0.0155	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr2L	600640	600867	chr2L:600641-600867	distal	distal	stage5	stage5	VT0279.1	VT0279.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0699	0.0208	0.0088	0.0615	0.0296	0.1289	0.0759	0.0615	0.0229	0.0267	0.0229	0.0116	0.0092	0.0058	0.0092	0.0094
chr2L	601651	601887	chr2L:601652-601887	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0785	0.0308	0.0149	0.0657	0.0422	0.1272	0.1086	0.0657	0.0326	0.036	0.0326	0.0232	0.0123	0.0161	0.0123	0.0162
chr2L	601982	602227	chr2L:601983-602227	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0745	0.0528	0.0334	0.0382	0.0519	0.1168	0.1099	0.0382	0.0543	0.0556	0.0543	0.0558	0.0268	0.0342	0.0268	0.037
chr2L	602450	602635	chr2L:602451-602635	FBgn0031270	CG13689	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1323	0.1199	0.1547	0.1216	0.0764	0.1427	0.1332	0.1679	0.0764	0.1944	0.1701	0.1944	0.1387	0.124	0.1296	0.124	0.1318
chr2L	602692	602896	chr2L:602693-602896	FBgn0031270	CG13689	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1114	0.1008	0.1345	0.0978	0.0657	0.115	0.1146	0.1439	0.0657	0.1618	0.1595	0.1618	0.1177	0.0896	0.1109	0.0896	0.1131
chr2L	602999	603275	chr2L:603000-603275	FBgn0031270	CG13689	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0649	0.0605	0.0389	0.0339	0.0728	0.0861	0.0833	0.0339	0.0592	0.0759	0.0592	0.048	0.023	0.0477	0.023	0.0438
chr2L	606226	606377	chr2L:606227-606377	FBgn0263657	CR43648	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0358	0.0298	0.013	0.0117	0.049	0.0337	0.058	0.0117	0.032	0.0405	0.032	0.024	0.01	0.0187	0.01	0.0162
chr2L	606440	606622	chr2L:606441-606622	FBgn0263657	CR43648	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.034	0.0507	0.0345	0.0146	0.0255	0.0646	0.0536	0.0766	0.0255	0.032	0.0489	0.032	0.0287	0.0138	0.0155	0.0138	0.0198
chr2L	606827	606988	chr2L:606828-606988	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.043	0.0321	0.0109	0.0297	0.0515	0.0424	0.068	0.0297	0.032	0.0402	0.032	0.0356	0.0115	0.0123	0.0115	0.0141
chr2L	610259	610442	chr2L:610260-610442	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0236	0.0415	0.019	0.0085	0.0286	0.0563	0.051	0.042	0.0286	0.0229	0.0248	0.0229	0.0108	0.0107	0.009	0.0107	0.0089
chr2L	616859	617010	chr2L:616860-617010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0106	0.009	0.0093	0.0138	0.0074	0.0073	0.0147	0.0087	0.0074	0.0091	0.0093	0.0091	0.017	0.0077	0.0071	0.0077	0.0349
chr2L	638871	639022	chr2L:638872-639022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0273	0.0268	0.0074	0.0159	0.0267	0.0411	0.0326	0.0159	0.0181	0.0489	0.0181	0.0085	0.0038	0.0142	0.0038	0.0057
chr2L	639487	639638	chr2L:639488-639638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0177	0.0258	0.0092	0.0085	0.0243	0.0182	0.0247	0.0085	0.0157	0.0434	0.0157	0.0147	0.0046	0.0206	0.0046	0.0063
chr2L	654707	654858	chr2L:654708-654858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0115	0.0209	0.0093	0.0053	0.0092	0.0143	0.0207	0.0053	0.0072	0.0392	0.0072	0.0132	0.0069	0.0303	0.0069	0.0021
chr2L	654861	655012	chr2L:654862-655012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.011	0.0206	0.0123	0.0032	0.0083	0.0156	0.0187	0.0032	0.0097	0.0376	0.0097	0.0139	0.0084	0.0374	0.0084	0.0047
chr2L	663314	663465	chr2L:663315-663465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0149	0.0187	0.0189	0.0063	0.0064	0.0184	0.019	0.0373	0.0064	0.0163	0.0302	0.0163	0.0139	0.0084	0.011	0.0084	0.0042
chr2L	664276	664427	chr2L:664277-664427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0264	0.0207	0.007	0.0212	0.0257	0.0298	0.0413	0.0212	0.0193	0.0302	0.0193	0.0139	0.0069	0.0142	0.0069	0.0063
chr2L	667622	667786	chr2L:667623-667786	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0419	0.0226	0.0093	0.0329	0.0524	0.0554	0.04	0.0329	0.0248	0.036	0.0248	0.0108	0.0092	0.02	0.0092	0.0068
chr2L	667807	667958	chr2L:667808-667958	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0209	0.0345	0.0213	0.0052	0.0255	0.0369	0.0506	0.036	0.0255	0.0199	0.0373	0.0199	0.0085	0.0046	0.0116	0.0046	0.0031
chr2L	668302	668453	chr2L:668303-668453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0173	0.0209	0.0226	0.0074	0.0117	0.017	0.0294	0.032	0.0117	0.0133	0.0431	0.0133	0.0093	0.0115	0.0103	0.0115	0.0057
chr2L	668904	669055	chr2L:668905-669055	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0228	0.0259	0.01	0.0085	0.0252	0.032	0.0266	0.0085	0.0187	0.0444	0.0187	0.0139	0.0092	0.0239	0.0092	0.0094
chr2L	671150	671301	chr2L:671151-671301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0123	0.0131	0.0181	0.0049	0.0011	0.0087	0.0164	0.0306	0.0011	0.0091	0.0354	0.0091	0.0108	0.0038	0.0097	0.0038	0.0031
chr2L	671564	671739	chr2L:671565-671739	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0245	0.0415	0.0234	0.0067	0.0392	0.0233	0.0502	0.0766	0.0392	0.0115	0.0457	0.0115	0.0116	0.0061	0.0155	0.0061	0.0016
chr2L	675621	675794	chr2L:675622-675794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0179	0.0264	0.0142	0.0064	0.017	0.0229	0.03	0.0064	0.0157	0.0453	0.0157	0.0139	0.0069	0.0335	0.0069	0.0083
chr2L	675937	676088	chr2L:675938-676088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0165	0.0157	0.0231	0.0103	0.0042	0.0165	0.0156	0.0286	0.0042	0.0079	0.0434	0.0079	0.0108	0.0046	0.0258	0.0046	0.0068
chr2L	676373	676524	chr2L:676374-676524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0153	0.0242	0.0099	0.0042	0.0136	0.0203	0.0266	0.0042	0.0145	0.0428	0.0145	0.0147	0.0069	0.0206	0.0069	0.0104
chr2L	679931	680082	chr2L:679932-680082	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0106	0.0207	0.0209	0.0053	0.0107	0.0108	0.018	0.0053	0.0091	0.0389	0.0091	0.0132	0.0115	0.0645	0.0115	0.0109
chr2L	682047	682198	chr2L:682048-682198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0173	0.0241	0.0148	0.0064	0.018	0.0199	0.0306	0.0064	0.0169	0.0405	0.0169	0.0209	0.0107	0.029	0.0107	0.0182
chr2L	682560	682955	chr2L:682561-682955	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0384	0.0319	0.0492	0.0338	0.0148	0.0383	0.0372	0.046	0.0148	0.0483	0.0788	0.0483	0.0271	0.0429	0.0735	0.0429	0.0297
chr2L	683028	683181	chr2L:683029-683181	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0187	0.0128	0.022	0.0216	0.0053	0.0126	0.0143	0.022	0.0053	0.0115	0.0357	0.0115	0.0163	0.0283	0.0477	0.0283	0.0167
chr2L	683556	683825	chr2L:683557-683825	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.03	0.0322	0.0231	0.0053	0.0316	0.0389	0.0493	0.0053	0.0242	0.0524	0.0242	0.0217	0.0222	0.0625	0.0222	0.0167
chr2L	683936	684087	chr2L:683937-684087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0242	0.0311	0.0114	0.0074	0.0243	0.0307	0.0393	0.0074	0.0284	0.0463	0.0284	0.0201	0.0145	0.0251	0.0145	0.0089
chr2L	684156	684395	chr2L:684157-684395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.0395	0.0495	0.0266	0.0191	0.0417	0.0437	0.066	0.0191	0.0477	0.072	0.0477	0.0403	0.0345	0.0529	0.0345	0.0234
chr2L	684548	684699	chr2L:684549-684699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0231	0.026	0.0097	0.0053	0.0189	0.0307	0.0393	0.0053	0.0163	0.0434	0.0163	0.0139	0.0077	0.0245	0.0077	0.0063
chr2L	685397	685548	chr2L:685398-685548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.016	0.0186	0.0214	0.0072	0.0095	0.0136	0.0238	0.034	0.0095	0.0127	0.0405	0.0127	0.0085	0.0038	0.0251	0.0038	0.0021
chr2L	696095	696246	chr2L:696096-696246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.0106	0.023	0.0113	0.0011	0.0126	0.0108	0.0193	0.0011	0.0266	0.037	0.0266	0.0062	0.0115	0.0303	0.0115	0.0036
chr2L	696277	696469	chr2L:696278-696469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0167	0.026	0.0143	0.0032	0.0189	0.0195	0.026	0.0032	0.0229	0.0473	0.0229	0.0108	0.0069	0.04	0.0069	0.0078
chr2L	701368	701586	chr2L:701369-701586	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.044	0.0486	0.0581	0.0234	0.0148	0.0563	0.0541	0.0799	0.0148	0.0332	0.0968	0.0332	0.0395	0.0115	0.0593	0.0115	0.0177
chr2L	701784	701990	chr2L:701785-701990	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1405	0.1449	0.1858	0.0859	0.087	0.1607	0.138	0.2632	0.087	0.125	0.2929	0.125	0.1371	0.0995	0.1947	0.0995	0.0558
chr2L	702120	702271	chr2L:702121-702271	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0617	0.0471	0.0904	0.0467	0.0286	0.0549	0.0381	0.0946	0.0286	0.0405	0.1621	0.0405	0.0581	0.0421	0.1302	0.0421	0.0234
chr2L	704911	705094	chr2L:704912-705094	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.053	0.0404	0.0846	0.0323	0.0064	0.0422	0.0355	0.0906	0.0064	0.0175	0.1814	0.0175	0.0279	0.0084	0.118	0.0084	0.0094
chr2L	708091	708242	chr2L:708092-708242	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0426	0.0305	0.0698	0.0262	0.0138	0.0296	0.0368	0.0526	0.0138	0.0175	0.1502	0.0175	0.0217	0.0054	0.0941	0.0054	0.0109
chr2L	708323	708506	chr2L:708324-708506	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0752	0.0819	0.1114	0.0279	0.0498	0.0767	0.0848	0.1579	0.0498	0.0181	0.2473	0.0181	0.0232	0.0077	0.0986	0.0077	0.0104
chr2L	712868	713078	chr2L:712869-713078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0585	0.0718	0.0797	0.0205	0.0318	0.0573	0.0627	0.1785	0.0318	0.0175	0.1682	0.0175	0.0287	0.0038	0.0787	0.0038	0.0057
chr2L	713397	713795	chr2L:713398-713795	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.148	0.1548	0.2121	0.07	0.0848	0.1476	0.1215	0.3544	0.0848	0.0755	0.4145	0.0755	0.1332	0.026	0.2398	0.026	0.0276
chr2L	714315	714517	chr2L:714316-714517	FBgn0000497	ds	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0673	0.0699	0.0862	0.0436	0.0201	0.0631	0.0644	0.1619	0.0201	0.0223	0.1659	0.0223	0.062	0.0253	0.1173	0.0253	0.0234
chr2L	714546	714750	chr2L:714547-714750	FBgn0000497	ds	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0548	0.0425	0.0819	0.0389	0.0117	0.0388	0.0372	0.0999	0.0117	0.0356	0.1473	0.0356	0.0658	0.0383	0.0961	0.0383	0.0214
chr2L	714966	715205	chr2L:714967-715205	FBgn0000497	ds	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.162	0.1583	0.2188	0.1039	0.0965	0.1607	0.125	0.3351	0.0965	0.1117	0.3949	0.1117	0.1619	0.1256	0.2669	0.1256	0.0464
chr2L	715226	715479	chr2L:715227-715479	FBgn0000497	ds	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1561	0.1543	0.2075	0.1017	0.1082	0.1515	0.1285	0.3205	0.1082	0.0737	0.3842	0.0737	0.1518	0.0865	0.3011	0.0865	0.0391
chr2L	715628	715813	chr2L:715629-715813	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0596	0.0384	0.0985	0.0405	0.0201	0.0379	0.0368	0.0793	0.0201	0.0278	0.191	0.0278	0.0604	0.0069	0.1393	0.0069	0.0141
chr2L	720825	720976	chr2L:720826-720976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0106	0.011	0.0106	0.0064	0.0068	0.0164	0.0153	0.0064	0.0079	0.018	0.0079	0.0077	0.0054	0.0284	0.0054	0.0073
chr2L	739875	740036	chr2L:739876-740036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.036	0.0317	0.0518	0.0234	0.0148	0.033	0.0463	0.0366	0.0148	0.0399	0.073	0.0399	0.055	0.0168	0.0297	0.0168	0.0297
chr2L	740132	740327	chr2L:740133-740327	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0865	0.0669	0.1204	0.071	0.0339	0.0738	0.0878	0.0853	0.0339	0.1008	0.1614	0.1008	0.1309	0.0574	0.0961	0.0574	0.0834
chr2L	745826	746010	chr2L:745827-746010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0361	0.0204	0.0288	0.0616	0.0085	0.0141	0.0363	0.0233	0.0085	0.0121	0.0405	0.0121	0.0449	0.0245	0.0858	0.0245	0.0865
chr2L	750456	750607	chr2L:750457-750607	FBgn0031275	GABA-B-R3	none	none	VT0353.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0066	0.0076	0.0234	0.0021	0.0049	0.0134	0.006	0.0021	0.0054	0.008	0.0054	0.0023	0.0054	0.0071	0.0054	0.0073
chr2L	790118	790269	chr2L:790119-790269	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0112	0.0093	0.0137	0.0106	0.0011	0.0083	0.0195	0.0073	0.0011	0.0127	0.0141	0.0127	0.0248	0.0092	0.0077	0.0092	0.0208
chr2L	798440	798632	chr2L:798441-798632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0145	0.0125	0.023	0.0075	0.0032	0.0199	0.0173	0.0093	0.0032	0.0562	0.0103	0.0562	0.0341	0.0084	0.0032	0.0084	0.0089
chr2L	798753	798904	chr2L:798754-798904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0126	0.0113	0.017	0.0093	0.0053	0.0126	0.0173	0.012	0.0053	0.0308	0.0122	0.0308	0.0287	0.0115	0.0052	0.0115	0.0089
chr2L	810213	810364	chr2L:810214-810364	FBgn0051658	Nnf1b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0289	0.0265	0.0274	0.0127	0.0335	0.0359	0.04	0.0127	0.0187	0.0286	0.0187	0.0418	0.0245	0.0226	0.0245	0.0443
chr2L	810458	810859	chr2L:810459-810859	FBgn0051658	Nnf1b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0685	0.076	0.0708	0.0575	0.0445	0.0937	0.0839	0.1039	0.0445	0.0574	0.0749	0.0574	0.1084	0.0429	0.0516	0.0429	0.0974
chr2L	811052	811203	chr2L:811053-811203	FBgn0051658,FBgn0086130	KH1,Nnf1b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0198	0.0277	0.0246	0.0074	0.0262	0.0251	0.0253	0.0074	0.0242	0.0312	0.0242	0.0395	0.0268	0.0168	0.0268	0.0313
chr2L	811250	811426	chr2L:811251-811426	FBgn0086130	KH1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0307	0.0204	0.0362	0.0362	0.0127	0.0272	0.0242	0.0233	0.0127	0.026	0.0453	0.026	0.0558	0.0352	0.0355	0.0352	0.049
chr2L	811491	811684	chr2L:811492-811684	FBgn0086130	KH1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.057	0.0319	0.0683	0.0727	0.0223	0.0437	0.0333	0.0393	0.0223	0.0652	0.0778	0.0652	0.0891	0.0735	0.0677	0.0735	0.1063
chr2L	815610	815761	chr2L:815611-815761	FBgn0031281,FBgn0031282	Pex12,Saf6	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0408	0.048	0.0347	0.0201	0.0379	0.0549	0.062	0.0201	0.0556	0.0553	0.0556	0.0496	0.0314	0.0432	0.0314	0.0474
chr2L	815886	816058	chr2L:815887-816058	FBgn0031281,FBgn0031282	Pex12,Saf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.114	0.1043	0.1352	0.1017	0.0636	0.116	0.1215	0.1426	0.0636	0.154	0.154	0.154	0.1495	0.1049	0.1032	0.1049	0.1313
chr2L	816147	816307	chr2L:816148-816307	FBgn0031281,FBgn0031282	Pex12,Saf6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0513	0.0801	0.0515	0.0233	0.0641	0.0545	0.0779	0.0233	0.0906	0.09	0.0906	0.0837	0.0666	0.0477	0.0666	0.0568
chr2L	819521	819782	chr2L:819522-819782	FBgn0015621,FBgn0031284	CG3876,Clp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1281	0.1132	0.143	0.1284	0.0657	0.1417	0.1263	0.1552	0.0657	0.1673	0.1547	0.1673	0.165	0.1332	0.1238	0.1332	0.1735
chr2L	819846	820032	chr2L:819847-820032	FBgn0015621,FBgn0031284	CG3876,Clp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1522	0.1358	0.1777	0.1426	0.0848	0.1583	0.1644	0.1799	0.0848	0.2313	0.1945	0.2313	0.1689	0.1493	0.1406	0.1493	0.1819
chr2L	820993	821191	chr2L:820994-821191	FBgn0031285	CG3662	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0668	0.0718	0.0784	0.0485	0.0594	0.0743	0.0921	0.0933	0.0594	0.1069	0.0836	0.1069	0.0705	0.0536	0.0406	0.0536	0.0599
chr2L	821335	821521	chr2L:821336-821521	FBgn0031285	CG3662	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1335	0.128	0.1506	0.1207	0.105	0.1476	0.1458	0.1666	0.105	0.2017	0.1592	0.2017	0.1487	0.1202	0.0961	0.1202	0.1438
chr2L	821613	821854	chr2L:821614-821854	FBgn0031285	CG3662	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.083	0.0654	0.0926	0.0922	0.0509	0.0752	0.0787	0.0826	0.0509	0.1087	0.0929	0.1087	0.0953	0.0636	0.0522	0.0636	0.0797
chr2L	825807	826016	chr2L:825808-826016	FBgn0010583,FBgn0031286	CG3862,dock	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2047	0.1879	0.2412	0.1833	0.1432	0.2131	0.2119	0.2638	0.1432	0.2971	0.2662	0.2971	0.2308	0.2098	0.1663	0.2098	0.2277
chr2L	826107	826356	chr2L:826108-826356	FBgn0010583,FBgn0031286	CG3862,dock	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1656	0.164	0.1929	0.1373	0.0997	0.1932	0.1838	0.2378	0.0997	0.2603	0.2084	0.2603	0.1456	0.157	0.1173	0.157	0.1485
chr2L	826433	826725	chr2L:826434-826725	FBgn0010583	dock	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1854	0.2349	0.1923	0.1227	0.1866	0.2529	0.2695	0.3384	0.1866	0.2307	0.1958	0.2307	0.1007	0.0972	0.0709	0.0972	0.0782
chr2L	826874	827029	chr2L:826875-827029	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0463	0.0398	0.0415	0.0589	0.0255	0.0427	0.0528	0.0486	0.0255	0.0338	0.028	0.0338	0.031	0.026	0.02	0.026	0.0459
chr2L	827206	827393	chr2L:827207-827393	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.052	0.029	0.0433	0.0872	0.017	0.0282	0.0376	0.0426	0.017	0.0314	0.0293	0.0314	0.1154	0.121	0.0393	0.121	0.1626
chr2L	827399	827564	chr2L:827400-827564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0427	0.0255	0.0369	0.0682	0.0053	0.0267	0.035	0.0366	0.0053	0.0229	0.0222	0.0229	0.1092	0.0972	0.0413	0.0972	0.1277
chr2L	827779	827935	chr2L:827780-827935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0429	0.0288	0.0541	0.0465	0.0127	0.0345	0.032	0.0393	0.0127	0.0362	0.0325	0.0362	0.1634	0.0322	0.0329	0.0322	0.1021
chr2L	831766	831917	chr2L:831767-831917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0262	0.0346	0.027	0.0157	0.0212	0.0272	0.0402	0.0673	0.0212	0.032	0.0273	0.032	0.0333	0.0123	0.02	0.0123	0.0245
chr2L	831935	832386	chr2L:831936-832386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0575	0.083	0.0546	0.0322	0.0647	0.0704	0.1016	0.1312	0.0647	0.0598	0.0624	0.0598	0.0527	0.0299	0.0251	0.0299	0.0516
chr2L	832495	832646	chr2L:832496-832646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0286	0.0406	0.0286	0.0152	0.0297	0.0306	0.0532	0.068	0.0297	0.0338	0.0334	0.0338	0.0294	0.0107	0.0168	0.0107	0.0219
chr2L	832698	832907	chr2L:832699-832907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0394	0.0542	0.0405	0.0216	0.0414	0.0413	0.0675	0.0919	0.0414	0.0483	0.0405	0.0483	0.0519	0.0184	0.0181	0.0184	0.0354
chr2L	833203	833452	chr2L:833204-833452	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0547	0.0537	0.0701	0.039	0.0414	0.0549	0.0593	0.0813	0.0414	0.0948	0.0775	0.0948	0.0728	0.0413	0.0316	0.0413	0.0787
chr2L	834201	834352	chr2L:834202-834352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0365	0.0232	0.0167	0.0244	0.0282	0.0502	0.0573	0.0244	0.0254	0.0251	0.0254	0.0248	0.0161	0.02	0.0161	0.0167
chr2L	837909	838060	chr2L:837910-838060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.017	0.0229	0.0135	0.0142	0.017	0.0204	0.0264	0.0406	0.017	0.0193	0.0167	0.0193	0.007	0.0107	0.0168	0.0107	0.0052
chr2L	838543	838717	chr2L:838544-838717	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0275	0.036	0.0307	0.0143	0.017	0.051	0.0324	0.0526	0.017	0.0634	0.028	0.0634	0.0209	0.0191	0.0155	0.0191	0.0162
chr2L	838925	839650	chr2L:838926-839650	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0663	0.0735	0.0651	0.0596	0.0318	0.1029	0.0822	0.0959	0.0318	0.1316	0.0621	0.1316	0.0341	0.1309	0.0683	0.1309	0.0516
chr2L	839931	840429	chr2L:839932-840429	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.05	0.072	0.0485	0.0272	0.0382	0.0699	0.0887	0.1159	0.0382	0.0707	0.0543	0.0707	0.0302	0.0322	0.0342	0.0322	0.0276
chr2L	844567	844718	chr2L:844568-844718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0153	0.0148	0.0234	0.0042	0.0131	0.0199	0.0247	0.0042	0.0187	0.0186	0.0187	0.0116	0.0513	0.0355	0.0513	0.0162
chr2L	845269	845479	chr2L:845270-845479	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0325	0.0396	0.0268	0.0308	0.017	0.0515	0.0385	0.0646	0.017	0.0459	0.0244	0.0459	0.0194	0.0796	0.0284	0.0796	0.0229
chr2L	845795	845946	chr2L:845796-845946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.0163	0.0189	0.0276	0.0042	0.0214	0.0147	0.0286	0.0042	0.038	0.0164	0.038	0.0178	0.0873	0.0251	0.0873	0.0167
chr2L	846479	846865	chr2L:846480-846865	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0385	0.0308	0.0652	0.0233	0.0364	0.0471	0.0586	0.0233	0.0296	0.0373	0.0296	0.0403	0.1187	0.1277	0.1187	0.0433
chr2L	847697	847848	chr2L:847698-847848	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0377	0.0348	0.0298	0.0497	0.0159	0.032	0.0394	0.0666	0.0159	0.0205	0.0395	0.0205	0.0403	0.0268	0.0877	0.0268	0.0776
chr2L	847950	848117	chr2L:847951-848117	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.031	0.0419	0.0443	0.0127	0.034	0.0303	0.058	0.0127	0.0193	0.0727	0.0193	0.0341	0.0214	0.1186	0.0214	0.0386
chr2L	849845	850186	chr2L:849846-850186	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1397	0.2668	0.1114	0.0287	0.2365	0.2505	0.3106	0.4024	0.2365	0.1075	0.1666	0.1075	0.0542	0.0314	0.0342	0.0314	0.0271
chr2L	850613	850836	chr2L:850614-850836	FBgn0020304	drongo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1172	0.1284	0.1382	0.0816	0.0954	0.1345	0.1445	0.1979	0.0954	0.1576	0.1659	0.1576	0.1348	0.0781	0.0877	0.0781	0.0948
chr2L	850980	851158	chr2L:850981-851158	FBgn0020304	drongo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2191	0.2101	0.2544	0.1902	0.1601	0.251	0.2366	0.2698	0.1601	0.3086	0.2801	0.3086	0.2463	0.2014	0.207	0.2014	0.2272
chr2L	851320	851471	chr2L:851321-851471	FBgn0020304	drongo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0688	0.0673	0.0844	0.0533	0.0424	0.0835	0.0804	0.0813	0.0424	0.1202	0.09	0.1202	0.0767	0.059	0.0503	0.059	0.0646
chr2L	852663	852920	chr2L:852664-852920	FBgn0020545,FBgn0031287	CG4291,kraken	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1343	0.1047	0.1615	0.1374	0.07	0.1272	0.1267	0.1233	0.07	0.1854	0.1765	0.1854	0.2146	0.1799	0.1509	0.1799	0.185
chr2L	855336	855543	chr2L:855337-855543	FBgn0031288	CG13949	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1151	0.1093	0.1317	0.1032	0.053	0.1233	0.1471	0.1399	0.053	0.1546	0.1479	0.1546	0.1425	0.1041	0.1051	0.1041	0.1449
chr2L	855664	855815	chr2L:855665-855815	FBgn0031288	CG13949	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0405	0.0345	0.0527	0.0337	0.0074	0.0393	0.048	0.046	0.0074	0.0616	0.0592	0.0616	0.0643	0.0306	0.0271	0.0306	0.0511
chr2L	856434	856585	chr2L:856435-856585	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0354	0.0307	0.0508	0.024	0.0085	0.0437	0.0407	0.034	0.0085	0.0356	0.0486	0.0356	0.1255	0.0207	0.0251	0.0207	0.0459
chr2L	856608	856760	chr2L:856609-856760	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.0315	0.0595	0.0288	0.0053	0.0476	0.0424	0.0333	0.0053	0.029	0.0688	0.029	0.1425	0.0123	0.0368	0.0123	0.0615
chr2L	856881	857095	chr2L:856882-857095	FBgn0262177	mir-375	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0541	0.0375	0.0831	0.0407	0.0106	0.0515	0.0471	0.0433	0.0106	0.0302	0.0968	0.0302	0.2107	0.0207	0.0593	0.0207	0.0797
chr2L	857320	857471	chr2L:857321-857471	FBgn0262177	mir-375	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0145	0.0359	0.0255	0.0032	0.0146	0.0212	0.02	0.0032	0.0121	0.0347	0.0121	0.1092	0.0184	0.0206	0.0184	0.0604
chr2L	858000	858162	chr2L:858001-858162	FBgn0262177	mir-375	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0277	0.0161	0.0339	0.0338	0.0085	0.0209	0.0182	0.0213	0.0085	0.0199	0.0241	0.0199	0.1084	0.0161	0.0213	0.0161	0.0907
chr2L	858369	858552	chr2L:858370-858552	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0167	0.0319	0.0255	0.0064	0.0218	0.026	0.0153	0.0064	0.0187	0.0248	0.0187	0.0999	0.0069	0.0181	0.0069	0.0631
chr2L	865781	865978	chr2L:865782-865978	FBgn0086031	snoRNA:Me28S-U1230	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0677	0.0926	0.0735	0.0334	0.0647	0.0883	0.1185	0.1372	0.0647	0.0616	0.0785	0.0616	0.1325	0.0123	0.0529	0.0123	0.0568
chr2L	867035	867214	chr2L:867036-867214	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0909	0.0445	0.1278	0.1022	0.0159	0.0626	0.042	0.0686	0.0159	0.0779	0.172	0.0779	0.1596	0.0245	0.2108	0.0245	0.124
chr2L	867236	867445	chr2L:867237-867445	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1064	0.0756	0.1472	0.0961	0.0339	0.0762	0.0856	0.1386	0.0339	0.0731	0.2363	0.0731	0.1433	0.0161	0.2611	0.0161	0.086
chr2L	867645	867828	chr2L:867646-867828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1258	0.1467	0.1544	0.0709	0.1145	0.1194	0.1964	0.2185	0.1145	0.0731	0.2637	0.0731	0.1317	0.0199	0.1928	0.0199	0.0547
chr2L	867962	868125	chr2L:867963-868125	FBgn0029095	aru	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.138	0.1661	0.1648	0.077	0.1326	0.1447	0.2215	0.2405	0.1326	0.0864	0.2768	0.0864	0.1418	0.036	0.1915	0.036	0.0584
chr2L	868259	868432	chr2L:868260-868432	FBgn0029095	aru	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1336	0.1514	0.1565	0.0886	0.1283	0.1243	0.1903	0.2385	0.1283	0.0906	0.2695	0.0906	0.1177	0.0459	0.2115	0.0459	0.0839
chr2L	869750	869945	chr2L:869751-869945	FBgn0020305	dbe	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1286	0.1214	0.1585	0.1039	0.0817	0.1359	0.1436	0.1686	0.0817	0.183	0.1936	0.183	0.151	0.1187	0.1231	0.1187	0.1225
chr2L	870369	870556	chr2L:870370-870556	FBgn0053526	PNUTS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1722	0.1588	0.2049	0.1514	0.1177	0.1864	0.1691	0.2252	0.1177	0.2645	0.2109	0.2645	0.2076	0.1631	0.1638	0.1631	0.1793
chr2L	870764	870954	chr2L:870765-870954	FBgn0053526	PNUTS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1745	0.1646	0.2102	0.1464	0.1135	0.2063	0.192	0.2099	0.1135	0.2729	0.2219	0.2729	0.1859	0.1501	0.1457	0.1501	0.1725
chr2L	870969	871143	chr2L:870970-871143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2104	0.1997	0.2508	0.178	0.1527	0.2495	0.2262	0.2478	0.1527	0.3225	0.2746	0.3225	0.2355	0.1953	0.1838	0.1953	0.2048
chr2L	871379	871567	chr2L:871380-871567	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2505	0.2393	0.2849	0.2252	0.1898	0.2908	0.2772	0.2911	0.1898	0.3635	0.3113	0.3635	0.2641	0.2381	0.2405	0.2381	0.2574
chr2L	871648	871832	chr2L:871649-871832	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1523	0.1548	0.1741	0.1256	0.1177	0.1772	0.205	0.1726	0.1177	0.2277	0.1868	0.2277	0.1588	0.1348	0.1386	0.1348	0.1407
chr2L	873830	873981	chr2L:873831-873981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0534	0.0492	0.0602	0.0506	0.0392	0.0549	0.0601	0.0626	0.0392	0.0646	0.0643	0.0646	0.079	0.0505	0.0368	0.0505	0.0703
chr2L	874226	874423	chr2L:874227-874423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0751	0.0739	0.0954	0.054	0.0573	0.083	0.0895	0.0953	0.0573	0.0906	0.1135	0.0906	0.1325	0.0413	0.0664	0.0413	0.0829
chr2L	884708	885016	chr2L:884709-885016	FBgn0031292	CG15824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.0521	0.0725	0.049	0.0308	0.0558	0.0662	0.072	0.0308	0.0864	0.0852	0.0864	0.0713	0.0482	0.0529	0.0482	0.0657
chr2L	885090	885253	chr2L:885091-885253	FBgn0031292	CG15824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0728	0.0641	0.0883	0.0656	0.0361	0.0704	0.0796	0.0873	0.0361	0.1051	0.1006	0.1051	0.0945	0.0697	0.0741	0.0697	0.0808
chr2L	885419	885570	chr2L:885420-885570	FBgn0031292	CG15824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0212	0.0237	0.0213	0.0184	0.0117	0.0214	0.0342	0.0293	0.0117	0.0242	0.0273	0.0242	0.0147	0.0184	0.0161	0.0184	0.0162
chr2L	886587	886738	chr2L:886588-886738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0088	0.0069	0.0123	0.0011	0.0083	0.0151	0.01	0.0011	0.0048	0.0061	0.0048	0.0046	0.0023	6e-04	0.0023	0.0036
chr2L	892766	892917	chr2L:892767-892917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0076	0.0076	0.0089	0.0011	0.0068	0.0147	0.0073	0.0011	0.0072	0.0061	0.0072	0.0054	0.0046	0.0013	0.0046	0.0031
chr2L	893419	893570	chr2L:893420-893570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0113	0.0117	0.0141	0.0021	0.0136	0.0169	0.014	0.0021	0.0145	0.0122	0.0145	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	893801	893952	chr2L:893802-893952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0142	0.0119	0.0125	0.0021	0.0155	0.0251	0.0133	0.0021	0.0085	0.0135	0.0085	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0042
chr2L	901363	901551	chr2L:901364-901551	FBgn0003916	snRNA:U1:21D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1386	0.1901	0.1312	0.0893	0.1866	0.2049	0.2124	0.2465	0.1866	0.1655	0.137	0.1655	0.1294	0.1263	0.0754	0.1263	0.1006
chr2L	901552	901769	chr2L:901553-901769	FBgn0003916	snRNA:U1:21D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.2142	0.2019	0.1397	0.1888	0.2393	0.2504	0.2605	0.1888	0.2361	0.1974	0.2361	0.237	0.1639	0.1225	0.1639	0.1579
chr2L	914048	914199	chr2L:914049-914199	FBgn0046113	GluRIIC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0112	0.0135	0.0089	0.0113	0.0032	0.0218	0.0164	0.01	0.0032	0.0127	0.0096	0.0127	0.0077	0.0398	0.0045	0.0398	0.0073
chr2L	914538	914689	chr2L:914539-914689	FBgn0046113	GluRIIC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0118	0.01	0.0113	0.0053	0.018	0.016	0.008	0.0053	0.0121	0.0113	0.0121	0.0093	0.0406	0.0045	0.0406	0.0021
chr2L	918892	919052	chr2L:918893-919052	distal	distal	none	none	VT0440.1	VT0440.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0108	0.0156	0.032	0.0053	0.0117	0.019	0.0073	0.0053	0.0103	0.0113	0.0103	0.0101	0.01	0.0052	0.01	0.0099
chr2L	921900	922090	chr2L:921901-922090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0649	0.0728	0.0694	0.0511	0.0498	0.0835	0.0852	0.0959	0.0498	0.0694	0.0727	0.0694	0.0705	0.0276	0.0438	0.0276	0.0453
chr2L	922183	922364	chr2L:922184-922364	FBgn0028481	CG4341	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0578	0.0669	0.0569	0.0487	0.0551	0.0748	0.0761	0.0906	0.0551	0.0598	0.0592	0.0598	0.0434	0.0184	0.0226	0.0184	0.036
chr2L	922643	922870	chr2L:922644-922870	FBgn0028481	CG4341	stage14,stage5	none	VT0443.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0402	0.0429	0.0246	0.0544	0.0308	0.0359	0.0696	0.0466	0.0308	0.0242	0.0222	0.0242	0.0085	0.01	0.0071	0.01	0.0109
chr2L	928447	928598	chr2L:928448-928598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0082	0.0066	0.0138	0.0042	0.0039	0.016	0.0093	0.0042	0.0097	0.0061	0.0097	0.0046	0.013	0.0077	0.013	0.0146
chr2L	930931	931082	chr2L:930932-931082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0079	0.0072	0.0107	0.0032	0.0078	0.0151	0.0053	0.0032	0.0066	0.01	0.0066	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr2L	931431	931582	chr2L:931432-931582	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.006	0.0041	0.0097	0.0021	0.0024	0.0125	0.006	0.0021	0.0054	0.0032	0.0054	0.0023	8e-04	0.0026	8e-04	0.001
chr2L	937023	937174	chr2L:937024-937174	distal	distal	none	none	VT0450.1,VT0451.1	VT0450.1,VT0451.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0061	0.0072	0.0095	0.0011	0.0053	0.0104	0.0073	0.0011	0.0085	0.0087	0.0085	0.0039	0.0061	0.0045	0.0061	0.0047
chr2L	937306	937457	chr2L:937307-937457	distal	distal	none	none	VT0450.1,VT0451.1	VT0450.1,VT0451.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0083	0.0051	0.0089	0.0074	0.0053	0.0151	0.0067	0.0074	0.0072	0.0045	0.0072	0.0031	0.0054	0.0019	0.0054	0.0063
chr2L	984646	984797	chr2L:984647-984797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0075	0.0062	0.0099	0.0042	0.0083	0.0125	0.0033	0.0042	0.006	0.0058	0.006	0.0015	8e-04	0.0026	8e-04	0.0036
chr2L	991374	991525	chr2L:991375-991525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0117	0.011	0.0143	0.0096	0.0053	0.0058	0.0221	0.0107	0.0053	0.0103	0.0122	0.0103	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0036
chr2L	991828	991979	chr2L:991829-991979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0123	0.013	0.0117	0.0124	0.0032	0.0146	0.0195	0.0147	0.0032	0.0163	0.0106	0.0163	0.0062	0.0283	0.0071	0.0283	0.0057
chr2L	994913	995064	chr2L:994914-995064	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0059	0.0063	0.0081	0.0042	0.0034	0.0117	0.0053	0.0042	0.0091	0.0061	0.0091	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0057
chr2L	1006602	1006794	chr2L:1006603-1006794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0876	0.0748	0.108	0.0797	0.0498	0.085	0.0913	0.1013	0.0498	0.1322	0.1186	0.1322	0.0991	0.085	0.0825	0.085	0.0813
chr2L	1006970	1007121	chr2L:1006971-1007121	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0249	0.0429	0.0259	0.0074	0.034	0.0307	0.03	0.0074	0.0447	0.0486	0.0447	0.0318	0.0268	0.0342	0.0268	0.0198
chr2L	1007207	1007367	chr2L:1007208-1007367	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0463	0.0339	0.0689	0.0354	0.0074	0.0578	0.0329	0.04	0.0074	0.0592	0.0781	0.0592	0.0411	0.0345	0.0361	0.0345	0.0302
chr2L	1007369	1007792	chr2L:1007370-1007792	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0998	0.0694	0.1378	0.092	0.0233	0.1175	0.0653	0.0793	0.0233	0.0924	0.1572	0.0924	0.0728	0.0919	0.0864	0.0919	0.0698
chr2L	1007847	1008260	chr2L:1007848-1008260	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1407	0.088	0.1766	0.1603	0.0361	0.1388	0.0904	0.0979	0.0361	0.1588	0.1775	0.1588	0.0976	0.2067	0.1283	0.2067	0.1105
chr2L	1019715	1019866	chr2L:1019716-1019866	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0066	0.0075	0.0085	0.0011	0.0078	0.0104	0.0073	0.0011	0.006	0.0093	0.006	0.0039	8e-04	0.0026	8e-04	0.0026
chr2L	1036905	1037056	chr2L:1036906-1037056	FBgn0031296	CG4415	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0205	0.0381	0.0132	0.0088	0.0255	0.0238	0.0657	0.0486	0.0255	0.0181	0.0138	0.0181	0.0139	0.0084	0.0084	0.0084	0.012
chr2L	1043272	1043423	chr2L:1043273-1043423	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0047	0.0041	0.0162	0.0011	0.0034	0.0104	0.0033	0.0011	0.0048	0.0045	0.0048	0.0015	0.0069	0.0058	0.0069	0.0099
chr2L	1047658	1047826	chr2L:1047659-1047826	FBgn0031294	IA-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0323	0.0267	0.0329	0.0379	0.0138	0.0248	0.0394	0.034	0.0138	0.0368	0.035	0.0368	0.0558	0.0383	0.0368	0.0383	0.0464
chr2L	1048172	1048339	chr2L:1048173-1048339	FBgn0031294	IA-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0225	0.0137	0.0128	0.0429	0.0042	0.0126	0.0225	0.018	0.0042	0.0127	0.0145	0.0127	0.0178	0.0253	0.0213	0.0253	0.0334
chr2L	1048876	1049027	chr2L:1048877-1049027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0165	0.0162	0.0327	0.0032	0.018	0.0216	0.0247	0.0032	0.0169	0.017	0.0169	0.0139	0.0115	0.011	0.0115	0.0125
chr2L	1049383	1049674	chr2L:1049384-1049674	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0597	0.0508	0.0744	0.0536	0.0212	0.0578	0.0554	0.0833	0.0212	0.0942	0.0894	0.0942	0.0744	0.0559	0.0651	0.0559	0.062
chr2L	1049793	1049949	chr2L:1049794-1049949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0314	0.0308	0.0374	0.0256	0.0159	0.033	0.032	0.0533	0.0159	0.0556	0.0431	0.0556	0.0287	0.0245	0.0387	0.0245	0.0302
chr2L	1050111	1050333	chr2L:1050112-1050333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.034	0.0381	0.0379	0.0249	0.0212	0.0345	0.0433	0.0666	0.0212	0.0483	0.046	0.0483	0.0356	0.0268	0.0361	0.0268	0.0297
chr2L	1050388	1050550	chr2L:1050389-1050550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0335	0.0305	0.0174	0.0201	0.0311	0.0411	0.0533	0.0201	0.0338	0.0389	0.0338	0.0279	0.0168	0.0232	0.0168	0.0208
chr2L	1050697	1050848	chr2L:1050698-1050848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0288	0.0235	0.011	0.0223	0.0233	0.0402	0.04	0.0223	0.0302	0.0283	0.0302	0.0178	0.0069	0.0168	0.0069	0.0141
chr2L	1054729	1054880	chr2L:1054730-1054880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0209	0.0229	0.0242	0.0149	0.0064	0.0228	0.0324	0.0326	0.0064	0.0175	0.0273	0.0175	0.0225	0.0084	0.0193	0.0084	0.0172
chr2L	1054967	1055195	chr2L:1054968-1055195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0299	0.0319	0.0214	0.017	0.0296	0.0363	0.0486	0.017	0.0254	0.0293	0.0254	0.0217	0.0092	0.0232	0.0092	0.0104
chr2L	1055211	1055406	chr2L:1055212-1055406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0323	0.0305	0.0242	0.0223	0.0277	0.042	0.05	0.0223	0.0254	0.0315	0.0254	0.0194	0.0145	0.0239	0.0145	0.0167
chr2L	1055589	1055858	chr2L:1055590-1055858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0353	0.0394	0.0407	0.0246	0.0265	0.0408	0.0489	0.058	0.0265	0.0411	0.0486	0.0411	0.0248	0.0176	0.0206	0.0176	0.0177
chr2L	1056365	1056516	chr2L:1056366-1056516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0276	0.0287	0.0302	0.0237	0.0106	0.0316	0.0272	0.056	0.0106	0.0223	0.0309	0.0223	0.038	0.0138	0.0116	0.0138	0.0203
chr2L	1056679	1056901	chr2L:1056680-1056901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0332	0.0302	0.0363	0.0331	0.0106	0.0301	0.0385	0.044	0.0106	0.038	0.0399	0.038	0.0256	0.023	0.0168	0.023	0.0214
chr2L	1057675	1057826	chr2L:1057676-1057826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0252	0.0317	0.0275	0.0153	0.0148	0.0277	0.0424	0.0506	0.0148	0.0254	0.0405	0.0254	0.017	0.0092	0.0213	0.0092	0.0146
chr2L	1058487	1058638	chr2L:1058488-1058638	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0315	0.0463	0.0305	0.0159	0.0383	0.026	0.0593	0.0159	0.0386	0.0736	0.0386	0.0287	0.0299	0.0696	0.0299	0.0167
chr2L	1058831	1059000	chr2L:1058832-1059000	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0361	0.0253	0.0405	0.0433	0.0106	0.0286	0.0234	0.048	0.0106	0.0326	0.0672	0.0326	0.0201	0.0597	0.0993	0.0597	0.0156
chr2L	1062527	1062872	chr2L:1062528-1062872	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.165	0.1233	0.2735	0.0927	0.0392	0.1874	0.1003	0.1992	0.0392	0.4481	0.3405	0.4481	0.1394	0.1294	0.1689	0.1294	0.0782
chr2L	1063118	1063314	chr2L:1063119-1063314	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1553	0.1478	0.2286	0.0834	0.0785	0.2136	0.1406	0.2012	0.0785	0.375	0.2695	0.375	0.1208	0.0835	0.1431	0.0835	0.0813
chr2L	1064699	1064858	chr2L:1064700-1064858	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0449	0.0353	0.0506	0.0493	0.017	0.0388	0.0385	0.058	0.017	0.0676	0.0704	0.0676	0.0279	0.1386	0.0645	0.1386	0.0188
chr2L	1066308	1066546	chr2L:1066309-1066546	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0728	0.1373	0.061	0.0136	0.1124	0.1146	0.1613	0.2392	0.1124	0.0459	0.1051	0.0459	0.0201	0.0115	0.0245	0.0115	0.0099
chr2L	1066769	1066920	chr2L:1066770-1066920	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0355	0.0657	0.031	0.0067	0.0233	0.0704	0.0614	0.1372	0.0233	0.0242	0.0492	0.0242	0.0139	0.01	0.0097	0.01	0.0042
chr2L	1067970	1068354	chr2L:1067971-1068354	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1672	0.2213	0.2036	0.0668	0.1898	0.1995	0.2617	0.3431	0.1898	0.221	0.3035	0.221	0.1077	0.1271	0.1083	0.1271	0.0464
chr2L	1068487	1068651	chr2L:1068488-1068651	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.1226	0.1043	0.0195	0.0668	0.1437	0.1215	0.2045	0.0668	0.1425	0.1566	0.1425	0.0356	0.0283	0.0264	0.0283	0.0167
chr2L	1068693	1068902	chr2L:1068694-1068902	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.1356	0.0995	0.0166	0.0848	0.1801	0.1151	0.2185	0.0848	0.1727	0.1312	0.1727	0.0341	0.023	0.0264	0.023	0.0109
chr2L	1069353	1069504	chr2L:1069354-1069504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0263	0.0304	0.0354	0.0118	0.0106	0.0277	0.0372	0.0533	0.0106	0.0405	0.0498	0.0405	0.0201	0.0077	0.0058	0.0077	0.0068
chr2L	1070903	1071054	chr2L:1070904-1071054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0198	0.0274	0.0311	0.0127	0.0204	0.0251	0.0266	0.0127	0.0308	0.0373	0.0308	0.0248	0.0207	0.0703	0.0207	0.0292
chr2L	1071452	1071603	chr2L:1071453-1071603	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0414	0.0319	0.0495	0.0432	0.0117	0.0325	0.0437	0.0453	0.0117	0.0374	0.0807	0.0374	0.0442	0.0291	0.1128	0.0291	0.0323
chr2L	1072331	1072483	chr2L:1072332-1072483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0413	0.0446	0.0543	0.0234	0.0297	0.0563	0.0476	0.0626	0.0297	0.0423	0.0579	0.0423	0.1015	0.0268	0.0245	0.0268	0.0396
chr2L	1074393	1074586	chr2L:1074394-1074586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0736	0.0567	0.098	0.0656	0.0244	0.0738	0.0709	0.0686	0.0244	0.1226	0.1267	0.1226	0.0906	0.1455	0.0961	0.1455	0.0495
chr2L	1074747	1074898	chr2L:1074748-1074898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0425	0.057	0.0475	0.0212	0.0456	0.0532	0.0633	0.0212	0.0737	0.0768	0.0737	0.0457	0.1103	0.0664	0.1103	0.0302
chr2L	1075615	1075870	chr2L:1075616-1075870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1084	0.0841	0.1555	0.084	0.0498	0.1223	0.0874	0.1099	0.0498	0.2615	0.1563	0.2615	0.1673	0.1011	0.0922	0.1011	0.1172
chr2L	1076582	1076797	chr2L:1076583-1076797	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.1812	0.0604	0.0184	0.1644	0.1277	0.2388	0.2898	0.1644	0.0586	0.0788	0.0586	0.0565	0.0184	0.0284	0.0184	0.0151
chr2L	1077067	1077272	chr2L:1077068-1077272	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1608	0.175	0.1879	0.115	0.1304	0.1942	0.2249	0.2005	0.1304	0.2162	0.2273	0.2162	0.1952	0.1677	0.1444	0.1677	0.1376
chr2L	1077419	1077609	chr2L:1077420-1077609	FBgn0003310,FBgn0015905	S,ast	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2023	0.2005	0.2331	0.1703	0.1654	0.2248	0.2392	0.2472	0.1654	0.282	0.272	0.282	0.2363	0.1868	0.1999	0.1868	0.2038
chr2L	1077676	1077907	chr2L:1077677-1077907	FBgn0003310,FBgn0015905	S,ast	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2827	0.2607	0.3424	0.2416	0.2153	0.2874	0.2954	0.3551	0.2153	0.4293	0.3707	0.4293	0.3145	0.2603	0.2386	0.2603	0.2845
chr2L	1080828	1081008	chr2L:1080829-1081008	FBgn0031298	Atg4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.0905	0.1155	0.0907	0.0541	0.1083	0.0908	0.1419	0.0541	0.1286	0.1305	0.1286	0.1325	0.0965	0.0883	0.0965	0.1183
chr2L	1081038	1081265	chr2L:1081039-1081265	FBgn0031298	Atg4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0712	0.0607	0.0879	0.0646	0.0339	0.068	0.0666	0.0939	0.0339	0.0954	0.0997	0.0954	0.0868	0.0567	0.0683	0.0567	0.0912
chr2L	1082804	1082955	chr2L:1082805-1082955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0167	0.0195	0.0281	0.0032	0.0233	0.0216	0.0213	0.0032	0.0217	0.0177	0.0217	0.0186	0.0253	0.0148	0.0253	0.0208
chr2L	1086758	1086921	chr2L:1086759-1086921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0373	0.034	0.0195	0.0127	0.033	0.0541	0.0553	0.0127	0.0308	0.0473	0.0308	0.0294	0.0214	0.029	0.0214	0.0167
chr2L	1089651	1089803	chr2L:1089652-1089803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0207	0.0217	0.0192	0.0212	0.0085	0.0252	0.0294	0.028	0.0085	0.0181	0.019	0.0181	0.031	0.0291	0.0239	0.0291	0.0307
chr2L	1094735	1094886	chr2L:1094736-1094886	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0066	0.0049	0.006	0.0093	0.0011	0.0053	0.0095	0.002	0.0011	0.0103	0.0058	0.0103	0.0062	0.026	0.0052	0.026	0.0068
chr2L	1102507	1102695	chr2L:1102508-1102695	FBgn0031299	CG4629	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0117	0.0175	0.0476	0.0064	0.0126	0.0186	0.0107	0.0064	0.0163	0.0132	0.0163	0.0442	0.0475	0.0181	0.0475	0.1032
chr2L	1107728	1107961	chr2L:1107729-1107961	FBgn0261938	mtRNApol	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0373	0.0599	0.0377	0.017	0.0408	0.0523	0.0473	0.017	0.0809	0.0585	0.0809	0.072	0.0467	0.0303	0.0467	0.049
chr2L	1108023	1108197	chr2L:1108024-1108197	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.0702	0.1008	0.0801	0.035	0.0811	0.0874	0.0913	0.035	0.1262	0.0942	0.1262	0.1371	0.0988	0.0664	0.0988	0.1027
chr2L	1108298	1108471	chr2L:1108299-1108471	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1731	0.1433	0.2184	0.1567	0.0997	0.1694	0.1704	0.1812	0.0997	0.2693	0.2315	0.2693	0.2254	0.1937	0.1554	0.1937	0.1871
chr2L	1108532	1108709	chr2L:1108533-1108709	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.0943	0.1327	0.0947	0.0615	0.1068	0.1133	0.1246	0.0615	0.1479	0.1553	0.1479	0.1201	0.1141	0.0974	0.1141	0.111
chr2L	1108858	1109009	chr2L:1108859-1109009	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0254	0.0317	0.0188	0.0106	0.0286	0.0376	0.0293	0.0106	0.0374	0.0318	0.0374	0.0325	0.0138	0.0239	0.0138	0.024
chr2L	1117548	1117715	chr2L:1117549-1117715	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.039	0.0631	0.0291	0.023	0.0509	0.0282	0.109	0.0813	0.0509	0.0266	0.0405	0.0266	0.024	0.0245	0.0451	0.0245	0.0198
chr2L	1118213	1118404	chr2L:1118214-1118404	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.089	0.0976	0.0879	0.0806	0.0732	0.0951	0.1233	0.1352	0.0732	0.1353	0.0891	0.1353	0.0953	0.1845	0.0561	0.1845	0.0844
chr2L	1118742	1118893	chr2L:1118743-1118893	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0799	0.0364	0.0453	0.0764	0.0617	0.1081	0.1113	0.0764	0.0628	0.0299	0.0628	0.0511	0.1041	0.0297	0.1041	0.0604
chr2L	1118920	1119188	chr2L:1118921-1119188	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1343	0.1691	0.1076	0.1246	0.1326	0.1592	0.2396	0.2025	0.1326	0.1963	0.082	0.1963	0.1689	0.258	0.0928	0.258	0.1824
chr2L	1119268	1119478	chr2L:1119269-1119478	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.1094	0.0731	0.0606	0.0742	0.1	0.1535	0.1426	0.0742	0.1202	0.0566	0.1202	0.1201	0.1164	0.0484	0.1164	0.0886
chr2L	1119542	1119888	chr2L:1119543-1119888	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0928	0.1692	0.0556	0.0482	0.1336	0.132	0.234	0.2398	0.1336	0.0755	0.0502	0.0755	0.0937	0.062	0.049	0.062	0.0844
chr2L	1119943	1120123	chr2L:1119944-1120123	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.1326	0.0131	0.0075	0.1495	0.0636	0.2271	0.1539	0.1495	0.0145	0.0151	0.0145	0.017	0.0084	0.0103	0.0084	0.0109
chr2L	1122567	1122718	chr2L:1122568-1122718	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0174	0.0181	0.0189	0.0106	0.015	0.0229	0.028	0.0106	0.0211	0.0232	0.0211	0.0186	0.0153	0.0542	0.0153	0.0104
chr2L	1128413	1128810	chr2L:1128414-1128810	FBgn0016926	Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.0985	0.1298	0.1029	0.0817	0.1039	0.1159	0.1372	0.0817	0.1419	0.1367	0.1419	0.1503	0.1034	0.0948	0.1034	0.1277
chr2L	1128881	1129049	chr2L:1128882-1129049	FBgn0016926,FBgn0031304	CG4552,Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1349	0.1119	0.1638	0.129	0.087	0.1228	0.128	0.1599	0.087	0.1818	0.1768	0.1818	0.1689	0.1294	0.1302	0.1294	0.1553
chr2L	1129187	1129359	chr2L:1129188-1129359	FBgn0016926,FBgn0031304	CG4552,Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1468	0.1164	0.1777	0.1471	0.0806	0.133	0.1397	0.1539	0.0806	0.2029	0.1958	0.2029	0.1875	0.144	0.1451	0.144	0.1944
chr2L	1129446	1129726	chr2L:1129447-1129726	FBgn0016926,FBgn0031304	CG4552,Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0776	0.0587	0.0939	0.0809	0.0382	0.0709	0.0696	0.074	0.0382	0.1075	0.1016	0.1075	0.1193	0.0827	0.0767	0.0827	0.1157
chr2L	1134404	1134555	chr2L:1134405-1134555	FBgn0031305,FBgn0031306	CG4577,Iris	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0101	0.0119	0.0171	0.0021	0.0083	0.0177	0.0113	0.0021	0.0157	0.0125	0.0157	0.0116	0.0199	0.0045	0.0199	0.0047
chr2L	1135846	1135997	chr2L:1135847-1135997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0138	0.0147	0.0109	0.016	0.0042	0.0146	0.0264	0.0133	0.0042	0.0145	0.0125	0.0145	0.0124	0.0345	0.0168	0.0345	0.0135
chr2L	1136479	1136681	chr2L:1136480-1136681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0209	0.0179	0.0157	0.0299	0.0064	0.018	0.0268	0.024	0.0064	0.0175	0.0164	0.0175	0.0217	0.0567	0.0206	0.0567	0.038
chr2L	1137108	1137259	chr2L:1137109-1137259	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0103	0.0098	0.0139	0	0.0078	0.0203	0.0107	0	0.0085	0.0119	0.0085	0.0132	0.0123	0.0039	0.0123	0.0083
chr2L	1142752	1143238	chr2L:1142753-1143238	FBgn0031307	MFS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1578	0.0748	0.1679	0.2395	0.0329	0.0927	0.0878	0.1059	0.0329	0.1443	0.2421	0.1443	0.141	0.3086	0.3282	0.3086	0.2178
chr2L	1144689	1144840	chr2L:1144690-1144840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0152	0.0143	0.0295	0.0021	0.0189	0.0247	0.014	0.0021	0.0145	0.0151	0.0145	0.017	0.0322	0.0129	0.0322	0.0584
chr2L	1147459	1147610	chr2L:1147460-1147610	FBgn0031308	CG4749	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.041	0.0383	0.0476	0.0368	0.0138	0.0388	0.0497	0.0606	0.0138	0.0531	0.0521	0.0531	0.0604	0.0643	0.0277	0.0643	0.0479
chr2L	1147701	1147905	chr2L:1147702-1147905	FBgn0031308	CG4749	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0851	0.0814	0.0928	0.0808	0.0424	0.0951	0.0913	0.1193	0.0424	0.1123	0.1032	0.1123	0.1185	0.1149	0.0709	0.1149	0.1079
chr2L	1147916	1148125	chr2L:1147917-1148125	FBgn0031308	CG4749	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.05	0.0491	0.0524	0.0483	0.0265	0.0529	0.0666	0.062	0.0265	0.0556	0.0566	0.0556	0.0759	0.0666	0.0432	0.0666	0.0683
chr2L	1149637	1149788	chr2L:1149638-1149788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0289	0.0214	0.0136	0.0223	0.018	0.045	0.044	0.0223	0.0266	0.0219	0.0266	0.024	0.0153	0.0123	0.0153	0.0203
chr2L	1150609	1150807	chr2L:1150610-1150807	FBgn0031309,FBgn0031310	CG4764,Tfb4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1367	0.1352	0.1602	0.1127	0.105	0.1563	0.1561	0.1752	0.105	0.2095	0.165	0.2095	0.1503	0.1325	0.0986	0.1325	0.1386
chr2L	1156294	1156479	chr2L:1156295-1156479	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0705	0.0803	0.0826	0.0462	0.0562	0.0917	0.0891	0.1153	0.0562	0.1123	0.0887	0.1123	0.0395	0.013	0.0213	0.013	0.0281
chr2L	1157531	1157737	chr2L:1157532-1157737	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1137	0.1165	0.1211	0.1025	0.0764	0.133	0.1445	0.1466	0.0764	0.1069	0.1257	0.1069	0.1441	0.1034	0.0916	0.1034	0.0995
chr2L	1157840	1158021	chr2L:1157841-1158021	FBgn0261458	capt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1821	0.1567	0.2028	0.1877	0.0891	0.1786	0.1903	0.2065	0.0891	0.195	0.1865	0.195	0.2595	0.219	0.1464	0.219	0.2168
chr2L	1158102	1158284	chr2L:1158103-1158284	FBgn0031312,FBgn0261458	Tango14,capt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.2534	0.2145	0.3129	0.2314	0.1495	0.2388	0.2478	0.2965	0.1495	0.3659	0.3232	0.3659	0.3269	0.2527	0.2121	0.2527	0.283
chr2L	1158360	1158555	chr2L:1158361-1158555	FBgn0031312,FBgn0261458	Tango14,capt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.1195	0.2057	0.1341	0.0647	0.1417	0.1479	0.1559	0.0647	0.2554	0.2273	0.2554	0.1898	0.1409	0.1315	0.1409	0.1699
chr2L	1158587	1158796	chr2L:1158588-1158796	FBgn0031312,FBgn0261458	Tango14,capt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.2141	0.1957	0.2674	0.1762	0.1347	0.2092	0.2483	0.2605	0.1347	0.317	0.2961	0.317	0.2657	0.1975	0.1876	0.1975	0.2105
chr2L	1158856	1159007	chr2L:1158857-1159007	FBgn0031312,FBgn0264267	CR43767,Tango14	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1227	0.0909	0.1709	0.1053	0.0562	0.0966	0.1151	0.1246	0.0562	0.2114	0.1794	0.2114	0.1743	0.1485	0.0967	0.1485	0.1303
chr2L	1162329	1162480	chr2L:1162330-1162480	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG5080	CG5080	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0211	0.0362	0.0595	0.0138	0.0233	0.0277	0.0266	0.0138	0.0694	0.0293	0.0694	0.0372	0.2473	0.0155	0.2473	0.0224
chr2L	1163825	1164057	chr2L:1163826-1164057	FBgn0031313,FBgn0031314	CG4785,CG5080	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0507	0.0279	0.0511	0.0756	0.0085	0.0417	0.0359	0.0266	0.0085	0.0737	0.0534	0.0737	0.0503	0.2312	0.0342	0.2312	0.0625
chr2L	1164064	1164245	chr2L:1164065-1164245	FBgn0031313,FBgn0031314	CG4785,CG5080	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0405	0.0278	0.0458	0.0487	0.0095	0.0316	0.0337	0.0386	0.0095	0.0622	0.0469	0.0622	0.0519	0.1149	0.0348	0.1149	0.0505
chr2L	1164336	1164516	chr2L:1164337-1164516	FBgn0031313,FBgn0031314	CG4785,CG5080	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0873	0.0621	0.108	0.0929	0.0392	0.084	0.0601	0.0893	0.0392	0.1443	0.1186	0.1443	0.0976	0.1401	0.0838	0.1401	0.1105
chr2L	1164559	1164710	chr2L:1164560-1164710	FBgn0031314	CG4785	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0365	0.0544	0.0426	0.0286	0.0417	0.0385	0.0526	0.0286	0.0664	0.0617	0.0664	0.0434	0.0421	0.0419	0.0421	0.0552
chr2L	1166410	1166591	chr2L:1166411-1166591	FBgn0031315	CG14341	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0563	0.0512	0.0632	0.0543	0.0382	0.0505	0.0662	0.07	0.0382	0.0713	0.0704	0.0713	0.0666	0.0467	0.0613	0.0467	0.0771
chr2L	1169810	1169984	chr2L:1169811-1169984	FBgn0024314,FBgn0051922	CG31922,Plap	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1306	0.119	0.1561	0.1154	0.0891	0.1374	0.1401	0.1559	0.0891	0.1896	0.1614	0.1896	0.1596	0.121	0.1044	0.121	0.1308
chr2L	1170082	1170252	chr2L:1170083-1170252	FBgn0024314,FBgn0051922	CG31922,Plap	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1215	0.1758	0.133	0.087	0.1485	0.1384	0.1619	0.087	0.2071	0.1894	0.2071	0.1758	0.1294	0.1418	0.1294	0.1506
chr2L	1172252	1172403	chr2L:1172253-1172403	FBgn0031317	CG5118	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0405	0.0322	0.0561	0.0327	0.0223	0.0383	0.0359	0.0413	0.0223	0.0574	0.0685	0.0574	0.0589	0.0268	0.0316	0.0268	0.0526
chr2L	1172468	1172619	chr2L:1172469-1172619	FBgn0031317,FBgn0031318	CG4887,CG5118	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0471	0.0803	0.0476	0.0233	0.0607	0.0497	0.0666	0.0233	0.0876	0.1003	0.0876	0.0689	0.0444	0.0606	0.0444	0.0563
chr2L	1172690	1172873	chr2L:1172691-1172873	FBgn0031317,FBgn0031318	CG4887,CG5118	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.1183	0.1961	0.1454	0.0827	0.1495	0.1241	0.1579	0.0827	0.2428	0.2209	0.2428	0.1967	0.1501	0.1651	0.1501	0.1819
chr2L	1172921	1173123	chr2L:1172922-1173123	FBgn0031317,FBgn0031318	CG4887,CG5118	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1324	0.1062	0.1695	0.121	0.0742	0.1286	0.1172	0.1432	0.0742	0.2089	0.1875	0.2089	0.1743	0.1263	0.1277	0.1263	0.1548
chr2L	1177584	1177771	chr2L:1177585-1177771	FBgn0031319	CG4896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1211	0.1103	0.1447	0.1072	0.0764	0.1199	0.1306	0.1519	0.0764	0.1685	0.1707	0.1685	0.1425	0.1179	0.0999	0.1179	0.1428
chr2L	1177848	1178034	chr2L:1177849-1178034	FBgn0031319	CG4896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0652	0.0652	0.074	0.0556	0.0403	0.0689	0.0813	0.0906	0.0403	0.0815	0.0839	0.0815	0.0821	0.0758	0.0477	0.0758	0.0709
chr2L	1183959	1184141	chr2L:1183960-1184141	FBgn0031320,FBgn0031321	CG5126,Tgt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0893	0.0811	0.1005	0.0862	0.0636	0.0942	0.0783	0.1272	0.0636	0.1171	0.1125	0.1171	0.1309	0.1034	0.0774	0.1034	0.1287
chr2L	1184228	1184379	chr2L:1184229-1184379	FBgn0031320,FBgn0031321	CG5126,Tgt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0407	0.0405	0.0444	0.0368	0.0265	0.0505	0.0415	0.0593	0.0265	0.0604	0.0498	0.0604	0.0534	0.0329	0.0432	0.0329	0.0573
chr2L	1185764	1185958	chr2L:1185765-1185958	FBgn0031322	CG5001	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0477	0.0254	0.0325	0.0893	0.0106	0.033	0.0303	0.0313	0.0106	0.0254	0.0376	0.0254	0.0581	0.1317	0.1309	0.1317	0.1152
chr2L	1186033	1186263	chr2L:1186034-1186263	FBgn0031322	CG5001	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0333	0.0128	0.0237	0.0666	0.0042	0.017	0.013	0.0187	0.0042	0.0223	0.0241	0.0223	0.0411	0.1485	0.0754	0.1485	0.0714
chr2L	1186704	1186855	chr2L:1186705-1186855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0125	0.0088	0.0105	0.0187	0.0053	0.0083	0.0156	0.0067	0.0053	0.0115	0.0132	0.0115	0.0108	0.0643	0.0116	0.0643	0.0063
chr2L	1186950	1187101	chr2L:1186951-1187101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0082	0.0089	0.0198	0.0021	0.0097	0.0134	0.006	0.0021	0.0115	0.0109	0.0115	0.0046	0.0643	0.0116	0.0643	0.0125
chr2L	1200099	1200250	chr2L:1200100-1200250	FBgn0263081	CG43349	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.0087	0.009	0.0125	0.0011	0.0117	0.013	0.008	0.0011	0.0054	0.0096	0.0054	0.0194	0.0046	0.0052	0.0046	0.0344
chr2L	1200815	1200966	chr2L:1200816-1200966	FBgn0040723	CG5011	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0103	0.0087	0.0096	0.0128	0.0032	0.0092	0.0164	0.0047	0.0032	0.0127	0.0068	0.0127	0.0225	0.0038	0.0052	0.0038	0.0344
chr2L	1201175	1201326	chr2L:1201176-1201326	FBgn0040723	CG5011	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0094	0.0092	0.0088	0.0104	0.0032	0.0073	0.0199	0.006	0.0032	0.0091	0.0074	0.0091	0.0194	0.0046	0.0045	0.0046	0.0287
chr2L	1201569	1201720	chr2L:1201570-1201720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0095	0.0093	0.0081	0.0111	0.0032	0.0107	0.0177	0.0033	0.0032	0.0066	0.0077	0.0066	0.017	0.0023	0.0039	0.0023	0.0307
chr2L	1205668	1205819	chr2L:1205669-1205819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0093	0.01	0.0071	0.0109	0.0053	0.0078	0.0203	0.0067	0.0053	0.0036	0.0093	0.0036	0.0031	0.0031	6e-04	0.0031	0.001
chr2L	1207786	1207937	chr2L:1207787-1207937	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.004	0.0052	0.0096	0.0011	0.0049	0.0074	0.0027	0.0011	0.0048	0.0048	0.0048	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0052
chr2L	1208161	1208312	chr2L:1208162-1208312	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.004	0.0063	0.0142	0.0021	0.0034	0.0091	7e-04	0.0021	0.0042	0.0058	0.0042	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0078
chr2L	1213366	1213517	chr2L:1213367-1213517	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0054	0.0061	0.0107	0.0021	0.0029	0.0121	0.0033	0.0021	0.0054	0.0048	0.0054	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chr2L	1214125	1214276	chr2L:1214126-1214276	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.006	0.0066	0.0091	0.0011	0.0049	0.0099	0.008	0.0011	0.0066	0.0077	0.0066	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0021
chr2L	1216056	1216207	chr2L:1216057-1216207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.008	0.0094	0.013	0.0064	0.0073	0.0143	0.0053	0.0064	0.0121	0.0113	0.0121	0.0054	0.0069	0.0039	0.0069	0.0099
chr2L	1216984	1217135	chr2L:1216985-1217135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0086	0.0081	0.0058	0.0121	0.0032	0.0034	0.0169	0.0053	0.0032	0.006	0.0064	0.006	0.0054	8e-04	0.0039	8e-04	0.0083
chr2L	1217401	1217552	chr2L:1217402-1217552	FBgn0262944	CR43263	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0115	0.0082	0.0084	0.0187	0.0042	0.0053	0.019	0.004	0.0042	0.0042	0.0058	0.0042	0.0062	0.0046	0.0013	0.0046	0.0057
chr2L	1217964	1218115	chr2L:1217965-1218115	FBgn0262944	CR43263	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0094	0.0067	0.0071	0.015	0.0021	0.0049	0.0138	0.0033	0.0021	0.0048	0.0074	0.0048	0.0132	0.0061	0.0071	0.0061	0.0339
chr2L	1230378	1230529	chr2L:1230379-1230529	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0052	0.0038	0.0084	0.0021	0.0058	0.0108	0.002	0.0021	0.006	0.0035	0.006	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chr2L	1230547	1230698	chr2L:1230548-1230698	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0056	0.0042	0.0053	0.0075	0.0011	0.0049	0.0082	0.002	0.0011	0.0085	0.0055	0.0085	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chr2L	1233771	1233922	chr2L:1233772-1233922	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.006	0.0069	0.0118	0.0032	0.0044	0.0134	0.0027	0.0032	0.006	0.0087	0.006	0.0093	0.0031	0.0045	0.0031	0.0063
chr2L	1234306	1234457	chr2L:1234307-1234457	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0093	0.0057	0.0127	0.0042	0.0058	0.0177	0.0087	0.0042	0.0066	0.0048	0.0066	0.0031	8e-04	0	8e-04	0.0031
chr2L	1234688	1234839	chr2L:1234689-1234839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0074	0.0076	0.0106	0.0011	0.0058	0.0143	0.0053	0.0011	0.0097	0.008	0.0097	0.0023	8e-04	6e-04	8e-04	0.0026
chr2L	1235564	1235715	chr2L:1235565-1235715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0075	0.0074	0.0099	0.0021	0.0078	0.0147	0.004	0.0021	0.006	0.0093	0.006	0.0015	0	0	0	0.0026
chr2L	1236165	1236316	chr2L:1236166-1236316	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0061	0.0046	0.0104	0.0021	0.0024	0.0134	0.004	0.0021	6e-04	0.0048	6e-04	0.0031	0.0031	0	0.0031	0.0021
chr2L	1236831	1236982	chr2L:1236832-1236982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0108	0.0116	0.0096	0.0113	0.0085	0.0092	0.0234	0.0073	0.0085	0.0097	0.009	0.0097	0.0085	0.0069	0.0026	0.0069	0.0057
chr2L	1244016	1244167	chr2L:1244017-1244167	distal	distal	stage14	stage14	VT0605.1,VT0606.1	VT0605.1,VT0606.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0057	0.0056	0.0152	0.0011	0.0044	0.0121	0.0047	0.0011	0.0079	0.0055	0.0079	0.0023	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chr2L	1247232	1247383	chr2L:1247233-1247383	distal	distal	none	none	VT0607.1	VT0607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0101	0.0095	0.0099	0.0111	0.0053	0.0049	0.0221	0.0053	0.0053	0.0103	0.0071	0.0103	0.0054	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr2L	1247583	1247786	chr2L:1247584-1247786	distal	distal	none	none	VT0607.1,VT0608.1	VT0607.1,VT0608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0147	0.018	0.0284	0.0064	0.0117	0.0272	0.0153	0.0064	0.0079	0.0125	0.0079	0.0077	0.0046	0.011	0.0046	0.0083
chr2L	1252205	1252356	chr2L:1252206-1252356	distal	distal	none	none	VT0610.1	VT0610.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0099	0.0065	0.0082	0.0155	0.0011	0.0053	0.0151	0.0027	0.0011	0.0091	0.008	0.0091	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chr2L	1253861	1254012	chr2L:1253862-1254012	distal	distal	none	none	VT0611.1	VT0611.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0065	0.006	0.0138	0.0032	0.0044	0.0134	0.0047	0.0032	0.0091	0.0039	0.0091	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chr2L	1255777	1255928	chr2L:1255778-1255928	FBgn0041097	robo3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0146	0.0098	0.0084	0.0267	0.0032	0.0078	0.0195	0.008	0.0032	0.0066	0.0084	0.0066	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0099
chr2L	1256217	1256399	chr2L:1256218-1256399	FBgn0041097	robo3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0113	0.0124	0.0377	0.0042	0.0107	0.019	0.012	0.0042	0.0091	0.0106	0.0091	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr2L	1264885	1265036	chr2L:1264886-1265036	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0103	0.0065	0.0089	0.016	0.0053	0.0034	0.0134	0.006	0.0053	0.0048	0.008	0.0048	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chr2L	1271425	1271576	chr2L:1271426-1271576	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0125	0.0085	0.0104	0.0194	0.0053	0.0044	0.0186	0.006	0.0053	0.0127	0.0106	0.0127	0.0031	8e-04	0.0039	8e-04	0.0057
chr2L	1271948	1272099	chr2L:1271949-1272099	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0061	0.0086	0.0206	0.0053	0.0053	0.0112	0.004	0.0053	0.0085	0.0061	0.0085	0.0054	0.0023	0.0077	0.0023	0.0057
chr2L	1279866	1280017	chr2L:1279867-1280017	distal	distal	none	none	VT0625.1	VT0625.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.008	0.01	0.0136	0.0074	0.0092	0.013	0.0033	0.0074	0.0103	0.0109	0.0103	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr2L	1288682	1288833	chr2L:1288683-1288833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0087	0.0086	0.0113	0.0021	0.0058	0.0147	0.0133	0.0021	0.0103	0.0093	0.0103	0.0039	0.0069	0.0039	0.0069	0.0063
chr2L	1291064	1291215	chr2L:1291065-1291215	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0057	0.0057	0.0153	0.0053	0.0044	0.0121	0.0027	0.0053	0.006	0.0051	0.006	0.0054	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chr2L	1296259	1296410	chr2L:1296260-1296410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0075	0.0072	0.0128	0.0011	0.0044	0.0164	0.0053	0.0011	0.0079	0.0093	0.0079	0.0031	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chr2L	1297121	1297272	chr2L:1297122-1297272	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0059	0.0047	0.0093	0.0074	0.0034	0.0104	0.0047	0.0074	0.003	0.0061	0.003	0.0023	8e-04	0.0019	8e-04	0.0026
chr2L	1297868	1298019	chr2L:1297869-1298019	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0046	0.0074	0.0095	0.0021	0.0039	0.0087	0.0033	0.0021	0.0066	0.0077	0.0066	0.007	0	0.0013	0	0.0057
chr2L	1298633	1298784	chr2L:1298634-1298784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0068	0.0064	0.0049	0.0093	0.0053	0.0049	0.0143	0.0013	0.0053	0.0066	0.0048	0.0066	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.001
chr2L	1303500	1303651	chr2L:1303501-1303651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0116	0.0124	0.0128	0.0085	0.0112	0.0156	0.0153	0.0085	0.0199	0.0138	0.0199	0.0054	0.0038	0.0058	0.0038	0.0047
chr2L	1304155	1304306	chr2L:1304156-1304306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0207	0.0148	0.0206	0.018	0.0112	0.0363	0.0253	0.018	0.0127	0.0151	0.0127	0.0085	0.0092	0.0039	0.0092	0.0135
chr2L	1308037	1308188	chr2L:1308038-1308188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0091	0.0077	0.0067	0.0132	0.0032	0.0049	0.0156	0.006	0.0032	0.0048	0.0058	0.0048	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chr2L	1312192	1312343	chr2L:1312193-1312343	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0057	0.0071	0.0173	0.0053	0.0034	0.013	0.0027	0.0053	0.0079	0.0061	0.0079	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr2L	1320374	1320611	chr2L:1320375-1320611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0164	0.0107	0.014	0.0253	0.0053	0.0078	0.0225	0.008	0.0053	0.0115	0.0132	0.0115	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0073
chr2L	1321409	1321560	chr2L:1321410-1321560	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.007	0.0053	0.0107	0.0074	0.0053	0.0125	0.006	0.0074	0.0042	0.0042	0.0042	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chr2L	1321669	1321820	chr2L:1321670-1321820	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0054	0.0056	0.0084	0.0032	0.0015	0.0121	0.0053	0.0032	0.006	0.0042	0.006	0.0015	0.0031	6e-04	0.0031	0.001
chr2L	1330487	1330638	chr2L:1330488-1330638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.007	0.0064	0.0058	0.0091	0.0011	0.0034	0.0143	0.006	0.0011	0.0115	0.0045	0.0115	0.0031	0.0038	0.0026	0.0038	0.0031
chr2L	1336233	1336384	chr2L:1336234-1336384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0107	0.0079	0.0094	0.0152	0.0032	0.0049	0.0164	0.0073	0.0032	0.0121	0.0064	0.0121	0.0031	0.0054	0.0032	0.0054	0.0042
chr2L	1346100	1346251	chr2L:1346101-1346251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0086	0.0114	0.0258	0.0032	0.0073	0.0169	0.008	0.0032	0.0121	0.0135	0.0121	0.0023	0.013	0.0058	0.013	0.0073
chr2L	1349735	1349886	chr2L:1349736-1349886	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0055	0.0069	0.0093	0.0032	0.0044	0.0121	0.0013	0.0032	0.0066	0.0077	0.0066	0.0046	8e-04	0.0064	8e-04	0.0036
chr2L	1361687	1361838	chr2L:1361688-1361838	FBgn0053126	NLaz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0091	0.0104	0.0294	0.0074	0.0102	0.0147	0.0073	0.0074	0.0072	0.0109	0.0072	0.0124	0.0299	0.0309	0.0299	0.0182
chr2L	1362340	1362507	chr2L:1362341-1362507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0253	0.014	0.0156	0.0485	0.0095	0.017	0.0164	0.018	0.0095	0.0115	0.0138	0.0115	0.0256	0.0429	0.0368	0.0429	0.0448
chr2L	1372445	1372662	chr2L:1372446-1372662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0146	0.0183	0.0128	0.0042	0.0141	0.0221	0.0187	0.0042	0.0121	0.0174	0.0121	0.0062	0.0023	0.0045	0.0023	0.0083
chr2L	1372687	1372906	chr2L:1372688-1372906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0192	0.0181	0.0141	0.0095	0.0194	0.0342	0.0147	0.0095	0.0175	0.0132	0.0175	0.0039	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chr2L	1373078	1373229	chr2L:1373079-1373229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0138	0.0109	0.0095	0.0095	0.0097	0.0242	0.0167	0.0095	0.0121	0.0084	0.0121	0.007	0.0015	0.0026	0.0015	0.0063
chr2L	1375623	1375816	chr2L:1375624-1375816	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0332	0.0195	0.0095	0.018	0.0311	0.0489	0.0406	0.018	0.0199	0.0257	0.0199	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0057
chr2L	1377569	1377720	chr2L:1377570-1377720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0152	0.0116	0.0179	0.0162	0.0021	0.0146	0.0173	0.0113	0.0021	0.0175	0.0257	0.0175	0.0039	0.0084	0.0084	0.0084	0.0094
chr2L	1377882	1378033	chr2L:1377883-1378033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0096	0.019	0.017	0.0032	0.0107	0.013	0.0127	0.0032	0.0175	0.0254	0.0175	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0052
chr2L	1378682	1379221	chr2L:1378683-1379221	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0497	0.0553	0.0678	0.0235	0.0318	0.0573	0.0606	0.0953	0.0318	0.0694	0.1003	0.0694	0.0217	0.0138	0.0226	0.0138	0.0193
chr2L	1379500	1379759	chr2L:1379501-1379759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0401	0.0548	0.0447	0.0187	0.0403	0.0553	0.0623	0.0839	0.0403	0.0368	0.0666	0.0368	0.0217	0.0138	0.0239	0.0138	0.0125
chr2L	1379881	1380032	chr2L:1379882-1380032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0279	0.0406	0.0294	0.012	0.0286	0.0345	0.0497	0.066	0.0286	0.0254	0.0418	0.0254	0.0116	0.0077	0.0142	0.0077	0.0115
chr2L	1380724	1380910	chr2L:1380725-1380910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0548	0.0464	0.0189	0.052	0.0495	0.0593	0.0866	0.052	0.0483	0.065	0.0483	0.0225	0.0115	0.0322	0.0115	0.0167
chr2L	1380953	1381128	chr2L:1380954-1381128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0513	0.0406	0.0157	0.0435	0.0437	0.0584	0.0826	0.0435	0.0386	0.0605	0.0386	0.0147	0.0084	0.0271	0.0084	0.0167
chr2L	1381309	1381460	chr2L:1381310-1381460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0286	0.041	0.0329	0.01	0.0286	0.032	0.051	0.072	0.0286	0.0272	0.0524	0.0272	0.0116	0.0061	0.0155	0.0061	0.0083
chr2L	1381476	1381627	chr2L:1381477-1381627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0288	0.0371	0.0363	0.0113	0.0265	0.0306	0.0467	0.0613	0.0265	0.0314	0.0553	0.0314	0.0132	0.0046	0.0174	0.0046	0.0099
chr2L	1386121	1386319	chr2L:1386122-1386319	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0438	0.0619	0.0532	0.0134	0.0467	0.0519	0.0779	0.0953	0.0467	0.0489	0.0524	0.0489	0.0232	0.0115	0.0148	0.0115	0.013
chr2L	1387017	1387168	chr2L:1387018-1387168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0298	0.0373	0.0385	0.012	0.0212	0.0379	0.0433	0.0613	0.0212	0.0417	0.0521	0.0417	0.0155	0.0054	0.0148	0.0054	0.0073
chr2L	1390307	1390489	chr2L:1390308-1390489	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0514	0.0522	0.0685	0.0316	0.0361	0.0534	0.058	0.0859	0.0361	0.0302	0.0698	0.0302	0.0194	0.0054	0.0187	0.0054	0.0094
chr2L	1390810	1391028	chr2L:1390811-1391028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0475	0.0548	0.0558	0.0301	0.017	0.0529	0.0696	0.0926	0.017	0.0441	0.0601	0.0441	0.0256	0.0061	0.0232	0.0061	0.0198
chr2L	1391533	1391684	chr2L:1391534-1391684	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.044	0.0418	0.0135	0.0403	0.0451	0.051	0.0606	0.0403	0.0368	0.0505	0.0368	0.017	0.0092	0.0116	0.0092	0.0125
chr2L	1395916	1396103	chr2L:1395917-1396103	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0481	0.0604	0.0551	0.0267	0.035	0.0626	0.0601	0.1086	0.035	0.0435	0.0868	0.0435	0.0263	0.0107	0.0477	0.0107	0.0162
chr2L	1396574	1396951	chr2L:1396575-1396951	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0698	0.0796	0.0885	0.0384	0.0657	0.0762	0.0982	0.1106	0.0657	0.1033	0.1183	0.1033	0.0318	0.0207	0.038	0.0207	0.0245
chr2L	1396971	1397211	chr2L:1396972-1397211	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.057	0.0725	0.0688	0.0267	0.0424	0.0655	0.0926	0.1113	0.0424	0.0737	0.0913	0.0737	0.024	0.0168	0.0303	0.0168	0.0188
chr2L	1397218	1397464	chr2L:1397219-1397464	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0523	0.0693	0.0643	0.0202	0.0297	0.0641	0.0913	0.1053	0.0297	0.0694	0.0878	0.0694	0.0263	0.0138	0.0232	0.0138	0.0125
chr2L	1399409	1399560	chr2L:1399410-1399560	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0548	0.0541	0.0709	0.0377	0.0308	0.0592	0.067	0.0733	0.0308	0.0833	0.0842	0.0833	0.0813	0.0674	0.0451	0.0674	0.0354
chr2L	1399573	1399838	chr2L:1399574-1399838	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0873	0.0738	0.1178	0.0689	0.0392	0.0806	0.0921	0.1006	0.0392	0.1492	0.1373	0.1492	0.1309	0.1332	0.0793	0.1332	0.0766
chr2L	1402021	1402172	chr2L:1402022-1402172	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0348	0.0588	0.0326	0.0104	0.0403	0.0607	0.0753	0.0799	0.0403	0.0266	0.0489	0.0266	0.0155	0.0084	0.0077	0.0084	0.0063
chr2L	1402201	1402487	chr2L:1402202-1402487	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0556	0.0871	0.0565	0.0194	0.0626	0.082	0.1285	0.1046	0.0626	0.0628	0.0765	0.0628	0.0194	0.0123	0.0174	0.0123	0.0146
chr2L	1404707	1405301	chr2L:1404708-1405301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1511	0.1843	0.1877	0.0737	0.1559	0.1922	0.2279	0.2358	0.1559	0.1636	0.2717	0.1636	0.0666	0.0513	0.1199	0.0513	0.05
chr2L	1405483	1405732	chr2L:1405484-1405732	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0729	0.095	0.0887	0.0309	0.0901	0.1131	0.1073	0.1133	0.0901	0.0978	0.1051	0.0978	0.0364	0.0153	0.0342	0.0153	0.0245
chr2L	1406565	1406716	chr2L:1406566-1406716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.031	0.0325	0.0369	0.0227	0.0212	0.0306	0.0458	0.046	0.0212	0.032	0.0543	0.032	0.0178	0.0077	0.0264	0.0077	0.0318
chr2L	1406908	1407059	chr2L:1406909-1407059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0387	0.0406	0.0466	0.028	0.0255	0.0442	0.0545	0.0493	0.0255	0.0399	0.0566	0.0399	0.0178	0.0138	0.0213	0.0138	0.0266
chr2L	1407124	1407275	chr2L:1407125-1407275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0378	0.0431	0.041	0.0284	0.0212	0.0413	0.0571	0.0633	0.0212	0.0393	0.0531	0.0393	0.0201	0.0176	0.0264	0.0176	0.0396
chr2L	1407437	1407687	chr2L:1407438-1407687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0649	0.0595	0.0352	0.0286	0.0631	0.0895	0.0873	0.0286	0.0761	0.0714	0.0761	0.0387	0.0375	0.0355	0.0375	0.0495
chr2L	1409377	1409534	chr2L:1409378-1409534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0743	0.1316	0.0684	0.0167	0.1166	0.0922	0.1899	0.1839	0.1166	0.0568	0.1058	0.0568	0.0356	0.0138	0.0187	0.0138	0.012
chr2L	1410883	1411503	chr2L:1410884-1411503	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	lea_robo2_5054	lea_robo2_5054	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.3007	0.469	0.3331	0.0771	0.4348	0.4558	0.5869	0.5883	0.4348	0.4191	0.5019	0.4191	0.0968	0.0375	0.2121	0.0375	0.0302
chr2L	1411738	1412009	chr2L:1411739-1412009	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.105	0.2029	0.0827	0.0202	0.1676	0.1417	0.3045	0.2705	0.1676	0.0773	0.1328	0.0773	0.0263	0.0115	0.0361	0.0115	0.0141
chr2L	1413403	1413554	chr2L:1413404-1413554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0492	0.0659	0.0673	0.0107	0.0424	0.0694	0.0766	0.0993	0.0424	0.1171	0.081	0.1171	0.0147	0.0161	0.009	0.0161	0.0135
chr2L	1414284	1414464	chr2L:1414285-1414464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.053	0.0773	0.0588	0.0196	0.0435	0.0786	0.0956	0.1173	0.0435	0.1093	0.0511	0.1093	0.0542	0.0138	0.0309	0.0138	0.0188
chr2L	1414879	1415030	chr2L:1414880-1415030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.053	0.0813	0.0496	0.0252	0.0626	0.0515	0.1267	0.1113	0.0626	0.0441	0.082	0.0441	0.0178	0.0115	0.0619	0.0115	0.0198
chr2L	1418310	1418507	chr2L:1418311-1418507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0719	0.0831	0.0765	0.0542	0.0414	0.0816	0.0965	0.1412	0.0414	0.0755	0.0875	0.0755	0.0302	0.0138	0.0309	0.0138	0.0323
chr2L	1419146	1419434	chr2L:1419147-1419434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0968	0.1235	0.1121	0.0501	0.088	0.1461	0.1505	0.1526	0.088	0.1685	0.1135	0.1685	0.079	0.0674	0.0632	0.0674	0.0474
chr2L	1419587	1419738	chr2L:1419588-1419738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.066	0.0749	0.0754	0.0457	0.0541	0.0777	0.0995	0.0959	0.0541	0.1135	0.0839	0.1135	0.0496	0.1141	0.0432	0.1141	0.0292
chr2L	1419802	1419974	chr2L:1419803-1419974	FBgn0002543	lea	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0935	0.1196	0.1034	0.0533	0.0923	0.1214	0.1717	0.1366	0.0923	0.1812	0.1061	0.1812	0.0565	0.0904	0.0542	0.0904	0.0485
chr2L	1420345	1420582	chr2L:1420346-1420582	FBgn0002543	lea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3183	0.3228	0.3689	0.2576	0.2842	0.3718	0.3828	0.3751	0.2842	0.442	0.399	0.442	0.3346	0.2726	0.2637	0.2726	0.2897
chr2L	1420607	1420758	chr2L:1420608-1420758	FBgn0002543	lea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2031	0.215	0.2311	0.1592	0.1813	0.2316	0.2526	0.2831	0.1813	0.2717	0.2624	0.2717	0.206	0.1639	0.1702	0.1639	0.1813
chr2L	1421092	1421331	chr2L:1421093-1421331	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.094	0.0793	0.1478	0.0514	0.0498	0.0723	0.0943	0.1319	0.0498	0.0912	0.2447	0.0912	0.1394	0.0345	0.0961	0.0345	0.0709
chr2L	1421556	1421895	chr2L:1421557-1421895	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.187	0.2795	0.2241	0.0429	0.2587	0.2015	0.3728	0.4184	0.2587	0.0791	0.4119	0.0791	0.1751	0.0214	0.1283	0.0214	0.0255
chr2L	1422134	1422306	chr2L:1422135-1422306	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1018	0.1749	0.1041	0.0175	0.1336	0.1257	0.2483	0.2558	0.1336	0.0513	0.183	0.0513	0.0806	0.0092	0.0361	0.0092	0.0151
chr2L	1426098	1426406	chr2L:1426099-1426406	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1055	0.1027	0.1423	0.0684	0.0604	0.0942	0.1453	0.1459	0.0604	0.2186	0.1855	0.2186	0.0635	0.1141	0.0703	0.1141	0.0875
chr2L	1426429	1426627	chr2L:1426430-1426627	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0745	0.0526	0.1128	0.0568	0.0212	0.0636	0.0532	0.0939	0.0212	0.1673	0.1457	0.1673	0.0589	0.0926	0.0613	0.0926	0.0677
chr2L	1426648	1426851	chr2L:1426649-1426851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0363	0.0878	0.0514	0.0117	0.0451	0.0394	0.056	0.0117	0.1335	0.1093	0.1335	0.0589	0.0613	0.0664	0.0613	0.0709
chr2L	1427007	1427248	chr2L:1427008-1427248	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0768	0.0324	0.1249	0.0735	0.0064	0.0539	0.035	0.038	0.0064	0.1999	0.1395	0.1999	0.127	0.1041	0.0961	0.1041	0.1053
chr2L	1427521	1427672	chr2L:1427522-1427672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0298	0.0173	0.0439	0.0283	0.0032	0.0228	0.0225	0.02	0.0032	0.0483	0.0508	0.0483	0.055	0.0314	0.0335	0.0314	0.0459
chr2L	1429555	1429815	chr2L:1429556-1429815	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0752	0.1291	0.0741	0.0163	0.0827	0.1214	0.1561	0.2065	0.0827	0.0586	0.0855	0.0586	0.0209	0.0161	0.0245	0.0161	0.013
chr2L	1430471	1430831	chr2L:1430472-1430831	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.096	0.1039	0.1214	0.0592	0.0477	0.1519	0.0813	0.1712	0.0477	0.2126	0.1286	0.2126	0.0503	0.1577	0.0484	0.1577	0.0334
chr2L	1433688	1433860	chr2L:1433689-1433860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0142	0.0261	0.0274	0.0042	0.0175	0.0199	0.014	0.0042	0.0399	0.0264	0.0399	0.0217	0.0459	0.0258	0.0459	0.0386
chr2L	1433983	1434134	chr2L:1433984-1434134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.021	0.0133	0.0237	0.0265	0.0021	0.0209	0.0147	0.016	0.0021	0.0356	0.0228	0.0356	0.0209	0.0391	0.0213	0.0391	0.0443
chr2L	1435069	1435258	chr2L:1435070-1435258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0443	0.0475	0.0515	0.0329	0.0127	0.0816	0.0515	0.0473	0.0127	0.0598	0.0469	0.0598	0.0565	0.0391	0.0258	0.0391	0.0495
chr2L	1435523	1435969	chr2L:1435524-1435969	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0713	0.0684	0.101	0.0421	0.017	0.1087	0.0666	0.0906	0.017	0.0725	0.0839	0.0725	0.0325	0.0207	0.0181	0.0207	0.0234
chr2L	1436377	1436549	chr2L:1436378-1436549	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0357	0.0403	0.0484	0.0169	0.0074	0.0835	0.0355	0.0333	0.0074	0.0888	0.0347	0.0888	0.017	0.013	0.0142	0.013	0.0094
chr2L	1436985	1437247	chr2L:1436986-1437247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0331	0.0292	0.0463	0.0228	0.0074	0.0471	0.0355	0.024	0.0074	0.0441	0.0643	0.0441	0.017	0.0199	0.0309	0.0199	0.0109
chr2L	1437599	1437750	chr2L:1437600-1437750	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0168	0.018	0.0231	0.0053	0.0184	0.0238	0.022	0.0053	0.0187	0.0164	0.0187	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr2L	1439807	1440056	chr2L:1439808-1440056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0494	0.0812	0.0547	0.0424	0.0655	0.0623	0.0406	0.0424	0.1329	0.0826	0.1329	0.0341	0.0812	0.0593	0.0812	0.0349
chr2L	1441102	1441310	chr2L:1441103-1441310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0299	0.0202	0.048	0.0209	0.0021	0.0272	0.0268	0.0247	0.0021	0.0248	0.0254	0.0248	0.0085	0.0054	0.009	0.0054	0.0089
chr2L	1441826	1442332	chr2L:1441827-1442332	FBgn0263321	CG43402	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0624	0.0444	0.0921	0.0499	0.0127	0.0641	0.0484	0.062	0.0127	0.0978	0.0723	0.0978	0.0705	0.0184	0.0206	0.0184	0.0761
chr2L	1443503	1443668	chr2L:1443504-1443668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0325	0.0207	0.0505	0.026	0.0064	0.0311	0.0264	0.0207	0.0064	0.0483	0.0775	0.0483	0.0194	0.026	0.049	0.026	0.0203
chr2L	1443715	1443913	chr2L:1443716-1443913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0386	0.0224	0.0584	0.0351	0.0064	0.0364	0.029	0.018	0.0064	0.0797	0.0768	0.0797	0.0263	0.0398	0.0606	0.0398	0.0287
chr2L	1445015	1445178	chr2L:1445016-1445178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.0265	0.0595	0.0259	0.0042	0.0354	0.0333	0.0353	0.0042	0.035	0.1039	0.035	0.024	0.0153	0.0632	0.0153	0.0172
chr2L	1445330	1445757	chr2L:1445331-1445757	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0631	0.04	0.1066	0.0411	0.0074	0.0607	0.0454	0.0533	0.0074	0.0791	0.1794	0.0791	0.0449	0.0276	0.0864	0.0276	0.0349
chr2L	1446325	1446607	chr2L:1446326-1446607	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0482	0.0383	0.0591	0.0472	0.0191	0.0461	0.0584	0.0353	0.0191	0.0604	0.0817	0.0604	0.0387	0.0888	0.0774	0.0888	0.0354
chr2L	1446683	1446988	chr2L:1446684-1446988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0366	0.0456	0.045	0.0159	0.0364	0.0584	0.0413	0.0159	0.0495	0.0588	0.0495	0.0325	0.0743	0.0799	0.0743	0.0354
chr2L	1447317	1447469	chr2L:1447318-1447469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0251	0.0211	0.0358	0.0178	0.0074	0.035	0.0212	0.0247	0.0074	0.0187	0.0354	0.0187	0.0736	0.0107	0.0206	0.0107	0.0208
chr2L	1447824	1447975	chr2L:1447825-1447975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0098	0.0181	0.0244	0	0.0121	0.0147	0.012	0	0.0133	0.0167	0.0133	0.0294	0.0046	0.011	0.0046	0.012
chr2L	1448242	1448620	chr2L:1448243-1448620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.039	0.0343	0.0566	0.0249	0.0095	0.0553	0.0342	0.044	0.0095	0.0242	0.0797	0.0242	0.086	0.0153	0.0264	0.0153	0.0156
chr2L	1449182	1449333	chr2L:1449183-1449333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0105	0.0108	0.0155	0.0064	0.0102	0.0199	0.006	0.0064	0.0079	0.01	0.0079	0.007	0.0061	0.0103	0.0061	0.0063
chr2L	1450080	1450381	chr2L:1450081-1450381	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0339	0.0358	0.0405	0.0245	0.0148	0.0359	0.0428	0.0613	0.0148	0.0296	0.0585	0.0296	0.0302	0.0207	0.0368	0.0207	0.0307
chr2L	1452062	1452213	chr2L:1452063-1452213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.0098	0.0148	0.0173	0.0021	0.0092	0.0177	0.01	0.0021	0.0121	0.0193	0.0121	0.0116	0.0322	0.0168	0.0322	0.0094
chr2L	1454679	1454830	chr2L:1454680-1454830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0108	0.0135	0.0135	0.0042	0.0136	0.0125	0.0153	0.0042	0.0097	0.018	0.0097	0.0085	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2L	1455264	1455415	chr2L:1455265-1455415	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0077	0.0059	0.0093	0.0081	0.0011	0.0058	0.0091	0.008	0.0011	0.0085	0.0109	0.0085	0.0023	8e-04	0.0026	8e-04	0.0026
chr2L	1456203	1456391	chr2L:1456204-1456391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.023	0.0132	0.0379	0.0177	0.0042	0.0199	0.0143	0.016	0.0042	0.0453	0.0418	0.0453	0.055	0.0214	0.0297	0.0214	0.0167
chr2L	1456551	1456844	chr2L:1456552-1456844	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0443	0.0436	0.0633	0.0242	0.0212	0.0621	0.0484	0.0533	0.0212	0.0616	0.0772	0.0616	0.0868	0.0329	0.0413	0.0329	0.0214
chr2L	1457179	1457384	chr2L:1457180-1457384	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0389	0.0466	0.0522	0.0157	0.0276	0.0549	0.0554	0.06	0.0276	0.0332	0.0865	0.0332	0.0294	0.0184	0.0322	0.0184	0.0115
chr2L	1460926	1461135	chr2L:1460927-1461135	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1332	0.1201	0.1843	0.0919	0.0657	0.1607	0.1194	0.1765	0.0657	0.2053	0.2386	0.2053	0.1627	0.0873	0.1251	0.0873	0.1006
chr2L	1461430	1461581	chr2L:1461431-1461581	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0469	0.046	0.0636	0.0295	0.0159	0.066	0.0506	0.0593	0.0159	0.0803	0.0849	0.0803	0.0449	0.0283	0.0554	0.0283	0.0297
chr2L	1461686	1461837	chr2L:1461687-1461837	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0539	0.0437	0.0877	0.0281	0.0127	0.0704	0.0446	0.0553	0.0127	0.1039	0.1228	0.1039	0.0713	0.0191	0.078	0.0191	0.0151
chr2L	1461927	1462187	chr2L:1461928-1462187	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_BN31	Unspecified_BN31	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1271	0.1037	0.2121	0.0599	0.0403	0.185	0.0887	0.1173	0.0403	0.3037	0.2794	0.3037	0.134	0.0329	0.1818	0.0329	0.0318
chr2L	1462357	1462623	chr2L:1462358-1462623	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN31	Unspecified_BN31	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1289	0.1124	0.211	0.0571	0.0647	0.2257	0.0809	0.1026	0.0647	0.3376	0.2466	0.3376	0.1518	0.0559	0.1386	0.0559	0.0433
chr2L	1463315	1463648	chr2L:1463316-1463648	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1118	0.1285	0.1546	0.0464	0.0774	0.1136	0.1272	0.2558	0.0774	0.0779	0.2904	0.0779	0.086	0.0161	0.1457	0.0161	0.0214
chr2L	1465937	1466088	chr2L:1465938-1466088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0259	0.0202	0.0437	0.0127	0.0074	0.0228	0.0199	0.038	0.0074	0.0229	0.0695	0.0229	0.0155	0.0069	0.0258	0.0069	0.0094
chr2L	1466417	1466568	chr2L:1466418-1466568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0202	0.0316	0.0143	0.0106	0.0238	0.0212	0.0326	0.0106	0.0248	0.0302	0.0248	0.0124	0.0046	0.009	0.0046	0.0094
chr2L	1466753	1466915	chr2L:1466754-1466915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0288	0.03	0.0382	0.0171	0.0159	0.0291	0.0407	0.0406	0.0159	0.0326	0.035	0.0326	0.0178	0.0046	0.009	0.0046	0.0141
chr2L	1467201	1467369	chr2L:1467202-1467369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0163	0.0346	0.0138	0.0053	0.0199	0.0216	0.022	0.0053	0.0205	0.0325	0.0205	0.0108	0.0038	0.0045	0.0038	0.0063
chr2L	1468389	1468540	chr2L:1468390-1468540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0197	0.0315	0.0128	0.0053	0.0214	0.0277	0.0273	0.0053	0.0193	0.0566	0.0193	0.0062	0.0138	0.0258	0.0138	0.0073
chr2L	1469970	1470179	chr2L:1469971-1470179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0426	0.0369	0.0628	0.0267	0.0191	0.0558	0.0342	0.0506	0.0191	0.0876	0.0669	0.0876	0.0302	0.0345	0.0142	0.0345	0.0177
chr2L	1470260	1470479	chr2L:1470261-1470479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0417	0.0355	0.0654	0.0227	0.017	0.0524	0.0346	0.0473	0.017	0.1027	0.0675	0.1027	0.0318	0.023	0.011	0.023	0.013
chr2L	1470494	1470645	chr2L:1470495-1470645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0219	0.0181	0.0357	0.011	0.0053	0.0223	0.0212	0.0286	0.0053	0.0537	0.0412	0.0537	0.0139	0.0123	0.0077	0.0123	0.0047
chr2L	1471027	1471273	chr2L:1471028-1471273	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0336	0.0249	0.0561	0.0187	0.0074	0.0408	0.0255	0.03	0.0074	0.1165	0.0585	0.1165	0.0194	0.036	0.0148	0.036	0.0135
chr2L	1471430	1471611	chr2L:1471431-1471611	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0235	0.0169	0.0374	0.0155	0.0032	0.0223	0.0208	0.0227	0.0032	0.0634	0.0431	0.0634	0.0232	0.0306	0.0155	0.0306	0.0104
chr2L	1473187	1473467	chr2L:1473188-1473467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.04	0.0417	0.0497	0.0273	0.0233	0.0403	0.0705	0.042	0.0233	0.0393	0.0434	0.0393	0.0124	0.0084	0.0103	0.0084	0.0125
chr2L	1473694	1473866	chr2L:1473695-1473866	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0233	0.0398	0.0195	0.0064	0.0257	0.0298	0.0366	0.0064	0.0411	0.0408	0.0411	0.0093	0.0069	0.0077	0.0069	0.0036
chr2L	1474426	1474603	chr2L:1474427-1474603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0294	0.0507	0.0269	0.0082	0.0265	0.0403	0.0554	0.1073	0.0265	0.0181	0.0386	0.0181	0.0108	0.0061	0.0064	0.0061	0.0047
chr2L	1476585	1476754	chr2L:1476586-1476754	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0287	0.0341	0.0109	0.018	0.0277	0.0368	0.0426	0.018	0.0217	0.0479	0.0217	0.0124	0.013	0.011	0.013	0.0036
chr2L	1478509	1478727	chr2L:1478510-1478727	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0391	0.0725	0.0292	0.0127	0.0456	0.0704	0.0908	0.1059	0.0456	0.0254	0.0408	0.0254	0.0155	0.0069	0.0142	0.0069	0.0094
chr2L	1478796	1478994	chr2L:1478797-1478994	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0282	0.0525	0.0208	0.0091	0.0382	0.0447	0.0727	0.0733	0.0382	0.0151	0.0305	0.0151	0.0062	0.0069	0.0071	0.0069	0.0047
chr2L	1484005	1484156	chr2L:1484006-1484156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0137	0.0216	0.0118	0.0071	0.0085	0.018	0.0398	0.0193	0.0085	0.0115	0.019	0.0115	0.0039	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr2L	1484243	1484394	chr2L:1484244-1484394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0196	0.026	0.0199	0.012	0.0117	0.0272	0.0441	0.0207	0.0117	0.0175	0.0315	0.0175	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0047
chr2L	1485949	1486100	chr2L:1485950-1486100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0261	0.046	0.0228	0.0074	0.0392	0.0432	0.0688	0.0513	0.0392	0.0205	0.0318	0.0205	0.0116	0.0168	0.0032	0.0168	0.0047
chr2L	1486204	1486448	chr2L:1486205-1486448	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0377	0.0694	0.0292	0.0117	0.0573	0.0796	0.0895	0.074	0.0573	0.0205	0.0334	0.0205	0.0116	0.0161	0.0077	0.0161	0.0104
chr2L	1489423	1489574	chr2L:1489424-1489574	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.012	0.0127	0.015	0.0078	0.0032	0.0107	0.0238	0.0107	0.0032	0.0145	0.0209	0.0145	0.0077	0.0023	0.0052	0.0023	0.0026
chr2L	1491896	1492080	chr2L:1491897-1492080	FBgn0051928	CG31928	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.0759	0.0952	0.0891	0.0456	0.0879	0.0973	0.0939	0.0456	0.1069	0.1045	0.1069	0.103	0.0896	0.0845	0.0896	0.1063
chr2L	1492255	1492506	chr2L:1492256-1492506	FBgn0051928	CG31928	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0557	0.0582	0.0561	0.0525	0.0392	0.0558	0.0813	0.07	0.0392	0.0519	0.0579	0.0519	0.072	0.0444	0.049	0.0444	0.0584
chr2L	1502287	1502438	chr2L:1502288-1502438	FBgn0031344	CG7420	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.028	0.0315	0.0182	0.017	0.0286	0.035	0.0413	0.017	0.0362	0.0367	0.0362	0.031	0.0176	0.0264	0.0176	0.0208
chr2L	1502805	1503004	chr2L:1502806-1503004	FBgn0031344	CG7420	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1228	0.1319	0.0992	0.0923	0.1485	0.1375	0.1639	0.0923	0.1643	0.1492	0.1643	0.1379	0.108	0.1161	0.108	0.1131
chr2L	1504112	1504299	chr2L:1504113-1504299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0447	0.0397	0.0312	0.0297	0.0505	0.0593	0.0546	0.0297	0.0386	0.0453	0.0386	0.0426	0.0383	0.0297	0.0383	0.0391
chr2L	1504379	1504735	chr2L:1504380-1504735	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1231	0.1416	0.1359	0.0883	0.1135	0.1544	0.167	0.1912	0.1135	0.1745	0.1527	0.1745	0.1224	0.1003	0.0909	0.1003	0.0948
chr2L	1508144	1508420	chr2L:1508145-1508420	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0209	0.0444	0.0122	0.0042	0.0286	0.0165	0.0835	0.0593	0.0286	0.0109	0.0135	0.0109	0.0108	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2L	1509087	1509238	chr2L:1509088-1509238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0147	0.029	0.0095	0.0043	0.0148	0.0121	0.0359	0.068	0.0148	0.0054	0.0138	0.0054	0.0046	0.0038	0.0077	0.0038	0.0021
chr2L	1510247	1510398	chr2L:1510248-1510398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0119	0.0233	0.0091	0.0022	0.0148	0.0126	0.0316	0.0453	0.0148	0.0085	0.0125	0.0085	0.0062	0.0023	0.0013	0.0023	0.001
chr2L	1510419	1510570	chr2L:1510420-1510570	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.013	0.0248	0.0107	0.0022	0.0053	0.0136	0.0363	0.0506	0.0053	0.0145	0.0113	0.0145	0.0077	0	0.0019	0	0.0026
chr2L	1510959	1511110	chr2L:1510960-1511110	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0159	0.0313	0.0121	0.0028	0.0159	0.0155	0.0666	0.0293	0.0159	0.0079	0.0193	0.0079	0.0116	0.0015	0.0026	0.0015	0.0042
chr2L	1517185	1517362	chr2L:1517186-1517362	FBgn0031345	CG18132	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0577	0.1442	0.0157	0.0072	0.1792	0.0437	0.2872	0.1286	0.1792	0.0097	0.0241	0.0097	0.0132	0.0046	0.0084	0.0046	0.0073
chr2L	1517368	1517519	chr2L:1517369-1517519	FBgn0031345	CG18132	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0464	0.1144	0.0146	0.0053	0.1495	0.0316	0.2331	0.0899	0.1495	0.0127	0.0225	0.0127	0.0077	0.0038	0.0077	0.0038	0.0057
chr2L	1517587	1517738	chr2L:1517588-1517738	FBgn0001174,FBgn0031345	CG18132,halo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0527	0.1294	0.0156	0.0078	0.1665	0.0393	0.2638	0.0999	0.1665	0.0151	0.0257	0.0151	0.0046	0.0084	0.0129	0.0084	0.0073
chr2L	1517915	1518220	chr2L:1517916-1518220	FBgn0001174,FBgn0031345	CG18132,halo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.1088	0.2703	0.0377	0.0064	0.3309	0.1175	0.4615	0.3118	0.3309	0.0302	0.064	0.0302	0.0155	0.0054	0.0103	0.0054	0.0047
chr2L	1524499	1524650	chr2L:1524500-1524650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0146	0.0338	0.0067	0.0019	0.0297	0.0073	0.0774	0.03	0.0297	0.0079	0.008	0.0079	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.001
chr2L	1524726	1524995	chr2L:1524727-1524995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.023	0.053	0.0099	0.0039	0.0488	0.015	0.1163	0.042	0.0488	0.0115	0.0138	0.0115	0.007	0.0031	0.0052	0.0031	0.0031
chr2L	1525273	1525479	chr2L:1525274-1525479	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0425	0.1094	0.009	0.0045	0.1304	0.0199	0.2552	0.066	0.1304	0.0085	0.0125	0.0085	0.0101	0.0015	0.009	0.0015	0.0026
chr2L	1525800	1525951	chr2L:1525801-1525951	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0125	0.0279	0.0039	0.0047	0.0244	0.0097	0.0644	0.0187	0.0244	0.003	0.0055	0.003	0.0046	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr2L	1554427	1554593	chr2L:1554428-1554593	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0571	0.0383	0.077	0.0564	0.0138	0.0413	0.0411	0.068	0.0138	0.0314	0.1379	0.0314	0.0589	0.0123	0.1167	0.0123	0.0495
chr2L	1554985	1555175	chr2L:1554986-1555175	FBgn0261509	haf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0618	0.0239	0.0928	0.07	0.0106	0.0262	0.0303	0.0333	0.0106	0.0151	0.1891	0.0151	0.0519	0.0084	0.2018	0.0084	0.0255
chr2L	1555385	1555614	chr2L:1555386-1555614	FBgn0261509	haf	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0174	0.0477	0.0422	0.0085	0.0189	0.0221	0.024	0.0085	0.0151	0.0965	0.0151	0.0209	0.0069	0.1431	0.0069	0.0146
chr2L	1556380	1556531	chr2L:1556381-1556531	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0247	0.0579	0.0226	0.0138	0.033	0.0216	0.0393	0.0138	0.0121	0.1219	0.0121	0.0302	0.0054	0.0696	0.0054	0.0094
chr2L	1556712	1556983	chr2L:1556713-1556983	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.0525	0.1462	0.0415	0.0159	0.0738	0.0463	0.0859	0.0159	0.038	0.2772	0.038	0.1286	0.01	0.1128	0.01	0.0208
chr2L	1557223	1557551	chr2L:1557224-1557551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0499	0.0227	0.0855	0.0414	0.0085	0.0291	0.0277	0.03	0.0085	0.0223	0.1595	0.0223	0.0736	0.0115	0.1096	0.0115	0.0234
chr2L	1559597	1559890	chr2L:1559598-1559890	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0634	0.0371	0.1058	0.0461	0.0191	0.0456	0.0484	0.0446	0.0191	0.0308	0.2177	0.0308	0.0488	0.0092	0.1625	0.0092	0.0193
chr2L	1560126	1560345	chr2L:1560127-1560345	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0234	0.0551	0.0299	0.0085	0.0301	0.0294	0.0286	0.0085	0.0157	0.1109	0.0157	0.0341	0.0061	0.1064	0.0061	0.0089
chr2L	1561677	1561828	chr2L:1561678-1561828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0105	0.0214	0.0246	0.0042	0.0131	0.0173	0.0073	0.0042	0.0103	0.0386	0.0103	0.0116	0.0054	0.0806	0.0054	0.0125
chr2L	1569060	1569211	chr2L:1569061-1569211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0104	0.0086	0.0113	0.0114	0.0032	0.0049	0.0164	0.0107	0.0032	0.0042	0.0212	0.0042	0.0093	0.0054	0.0297	0.0054	0.0031
chr2L	1570271	1570422	chr2L:1570272-1570422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0095	0.0072	0.0112	0.0102	0.0042	0.0053	0.0147	0.0047	0.0042	0.0115	0.018	0.0115	0.007	0.0054	0.0277	0.0054	0.0036
chr2L	1573790	1573944	chr2L:1573791-1573944	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.0125	0.032	0.0326	0.0064	0.0141	0.0169	0.0153	0.0064	0.0151	0.0585	0.0151	0.024	0.0061	0.109	0.0061	0.0115
chr2L	1574427	1574578	chr2L:1574428-1574578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0097	0.0143	0.0138	0.0011	0.0087	0.0173	0.01	0.0011	0.0133	0.0215	0.0133	0.0108	0.0046	0.0348	0.0046	0.0083
chr2L	1578791	1578942	chr2L:1578792-1578942	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0107	0.0102	0.0102	0.0117	0.0053	0.0078	0.0208	0.0073	0.0053	0.0103	0.0158	0.0103	0.0062	0.0061	0.0277	0.0061	0.0078
chr2L	1579023	1579174	chr2L:1579024-1579174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0156	0.0153	0.0137	0.018	0.0095	0.0092	0.0281	0.016	0.0095	0.0097	0.0209	0.0097	0.007	0.0107	0.0426	0.0107	0.0141
chr2L	1579495	1579646	chr2L:1579496-1579646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.011	0.0178	0.0195	0.0064	0.0083	0.019	0.012	0.0064	0.0169	0.0232	0.0169	0.0147	0.0145	0.0464	0.0145	0.0135
chr2L	1579965	1580116	chr2L:1579966-1580116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0062	0.0117	0.0148	0.0021	0.0039	0.0121	0.0073	0.0021	0.0054	0.0148	0.0054	0.0163	0.0077	0.0342	0.0077	0.013
chr2L	1590121	1590272	chr2L:1590122-1590272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0069	0.0072	0.0166	0.0032	0.0063	0.0117	0.0073	0.0032	0.0054	0.0109	0.0054	0.0046	0.0138	0.0361	0.0138	0.0063
chr2L	1594176	1594327	chr2L:1594177-1594327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0133	0.017	0.0111	0.0106	0.0083	0.0208	0.018	0.0106	0.0127	0.0141	0.0127	0.0077	0.0038	0.0129	0.0038	0.0073
chr2L	1596728	1596952	chr2L:1596729-1596952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0136	0.0317	0.0432	0.0085	0.0117	0.0225	0.0127	0.0085	0.0133	0.0559	0.0133	0.0248	0.0145	0.1464	0.0145	0.0156
chr2L	1611080	1611245	chr2L:1611081-1611245	FBgn0031351,FBgn0051935	CG14352,CG31935	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1156	0.0886	0.1461	0.1122	0.0636	0.1121	0.1016	0.1119	0.0636	0.1649	0.1588	0.1649	0.1549	0.1064	0.1225	0.1064	0.135
chr2L	1611323	1611496	chr2L:1611324-1611496	FBgn0031351,FBgn0051935	CG14352,CG31935	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0903	0.0618	0.1152	0.0947	0.0445	0.0801	0.0679	0.0833	0.0445	0.1329	0.1264	0.1329	0.1154	0.0873	0.1109	0.0873	0.1157
chr2L	1611596	1611756	chr2L:1611597-1611756	FBgn0031351,FBgn0051935	CG14352,CG31935	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0283	0.0585	0.044	0.0117	0.033	0.0355	0.04	0.0117	0.0586	0.0688	0.0586	0.0612	0.0505	0.0516	0.0505	0.05
chr2L	1613558	1614011	chr2L:1613559-1614011	FBgn0021906	RFeSP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.0857	0.1228	0.0848	0.0562	0.0971	0.1159	0.0979	0.0562	0.1341	0.1363	0.1341	0.1201	0.0911	0.0883	0.0911	0.099
chr2L	1614116	1614297	chr2L:1614117-1614297	FBgn0021906	RFeSP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1561	0.1302	0.1901	0.1476	0.0912	0.1549	0.1665	0.1472	0.0912	0.2101	0.2016	0.2101	0.1913	0.1401	0.1476	0.1401	0.1605
chr2L	1614474	1614676	chr2L:1614475-1614676	FBgn0021906	RFeSP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0625	0.0464	0.0784	0.0629	0.035	0.0607	0.0502	0.054	0.035	0.0688	0.0756	0.0688	0.0604	0.0375	0.0554	0.0375	0.0448
chr2L	1615683	1615834	chr2L:1615684-1615834	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0067	0.0148	0.0377	0.0011	0.0107	0.0104	0.0047	0.0011	0.0066	0.0113	0.0066	0.0139	0.0077	0.0077	0.0077	0.0177
chr2L	1617787	1618037	chr2L:1617788-1618037	distal	distal	stage14	stage14	VT0809.1,VT0810.1	VT0809.1,VT0810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0252	0.0087	0.011	0.0592	0.0032	0.0092	0.0138	0.0093	0.0032	0.0079	0.0074	0.0079	0.0085	0.01	0.0071	0.01	0.0125
chr2L	1624733	1624884	chr2L:1624734-1624884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0065	0.0046	0.0155	0.0021	0.0068	0.0108	0.0067	0.0021	0.003	0.0045	0.003	0.0015	0.0023	0.0013	0.0023	0.0068
chr2L	1625029	1625180	chr2L:1625030-1625180	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0035	0.0046	0.0134	0	0.0029	0.0069	0.0033	0	0.0024	0.0032	0.0024	0.0023	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	1625763	1625914	chr2L:1625764-1625914	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0042	0.0079	0.0141	0.0021	0.0024	0.0091	0.004	0.0021	0.0066	0.0084	0.0066	0.0077	0.0023	0.0039	0.0023	0.0109
chr2L	1626794	1626945	chr2L:1626795-1626945	distal	distal	none	none	VT0815.1	VT0815.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0051	0.0034	0.0117	0.0021	0.0029	0.0108	0.0047	0.0021	0.003	0.0032	0.003	0.0031	0.0031	0.0039	0.0031	0.0021
chr2L	1627506	1627657	chr2L:1627507-1627657	distal	distal	none	none	VT0815.1	VT0815.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0135	0.0087	0.0122	0.0202	0.0085	0.0073	0.0147	0.0073	0.0085	0.0121	0.0103	0.0121	0.0232	0.0145	0.02	0.0145	0.037
chr2L	1627938	1628089	chr2L:1627939-1628089	distal	distal	stage14	stage14	VT0815.1	VT0815.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0105	0.011	0.0291	0.0074	0.0092	0.0182	0.0087	0.0074	0.0133	0.0077	0.0133	0.0232	0.0123	0.0206	0.0123	0.0693
chr2L	1630674	1630825	chr2L:1630675-1630825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0067	0.0063	0.0117	0.0032	0.0039	0.0117	0.008	0.0032	0.003	0.0077	0.003	0.0101	0.0084	0.0271	0.0084	0.0099
chr2L	1632969	1633120	chr2L:1632970-1633120	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0059	0.0095	0.0224	0.0042	0.0058	0.0112	0.002	0.0042	0.0054	0.008	0.0054	0.0209	0.0153	0.0193	0.0153	0.0375
chr2L	1636566	1636760	chr2L:1636567-1636760	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0277	0.0122	0.0199	0.0535	0.0074	0.0087	0.0264	0.0067	0.0074	0.0127	0.0209	0.0127	0.0488	0.0421	0.0503	0.0421	0.11
chr2L	1637367	1637518	chr2L:1637368-1637518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0099	0.0069	0.0072	0.0162	0.0032	0.0044	0.0143	0.006	0.0032	0.0036	0.01	0.0036	0.0101	0.0077	0.0393	0.0077	0.0167
chr2L	1638478	1638652	chr2L:1638479-1638652	distal	distal	stage14	stage14	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0321	0.0098	0.0207	0.0695	0.0064	0.0097	0.0212	0.0027	0.0064	0.0133	0.0235	0.0133	0.0364	0.0413	0.0761	0.0413	0.1485
chr2L	1638868	1639027	chr2L:1638869-1639027	distal	distal	none	none	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0088	0.0148	0.0468	0.0064	0.0087	0.016	0.006	0.0064	0.0115	0.0199	0.0115	0.0232	0.023	0.0625	0.023	0.0959
chr2L	1639185	1639336	chr2L:1639186-1639336	distal	distal	none	none	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0159	0.0102	0.0123	0.0263	0.0064	0.0078	0.0208	0.0073	0.0064	0.0072	0.0177	0.0072	0.0132	0.0123	0.0496	0.0123	0.0412
chr2L	1639511	1639678	chr2L:1639512-1639678	distal	distal	none	none	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0299	0.0223	0.0266	0.0421	0.0074	0.0218	0.0368	0.026	0.0074	0.0211	0.0341	0.0211	0.038	0.0436	0.0535	0.0436	0.0709
chr2L	1643144	1643366	chr2L:1643145-1643366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0088	0.0146	0.0551	0.0042	0.0126	0.0138	0.004	0.0042	0.0115	0.0164	0.0115	0.024	0.0421	0.1064	0.0421	0.0636
chr2L	1643657	1643845	chr2L:1643658-1643845	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0075	0.0244	0.0785	0.0074	0.0087	0.0108	0.0027	0.0074	0.0151	0.0167	0.0151	0.0674	0.0735	0.0696	0.0735	0.1204
chr2L	1646293	1646558	chr2L:1646294-1646558	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0277	0.016	0.0273	0.0412	0.0042	0.017	0.026	0.0173	0.0042	0.0229	0.0193	0.0229	0.0256	0.0628	0.0181	0.0628	0.0615
chr2L	1646835	1646986	chr2L:1646836-1646986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0136	0.0245	0.0336	0.0127	0.0107	0.0229	0.0127	0.0127	0.0157	0.0225	0.0157	0.0232	0.0245	0.0155	0.0245	0.0422
chr2L	1648781	1648959	chr2L:1648782-1648959	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0827.1	VT0827.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0504	0.0277	0.0414	0.0856	0.0138	0.0286	0.0441	0.0266	0.0138	0.0386	0.0318	0.0386	0.0767	0.0743	0.0432	0.0743	0.087
chr2L	1648993	1649219	chr2L:1648994-1649219	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0827.1	VT0827.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0587	0.0248	0.0452	0.1114	0.0159	0.0267	0.035	0.0266	0.0159	0.0411	0.0286	0.0411	0.0775	0.1026	0.0477	0.1026	0.1136
chr2L	1649542	1649693	chr2L:1649543-1649693	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0061	0.0211	0.0614	0.0021	0.0058	0.0091	0.006	0.0021	0.0133	0.0129	0.0133	0.0225	0.0375	0.0239	0.0375	0.0599
chr2L	1649907	1650093	chr2L:1649908-1650093	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.032	0.0079	0.0201	0.0721	0.0021	0.0117	0.0112	0.0067	0.0021	0.0121	0.0151	0.0121	0.0279	0.0368	0.0335	0.0368	0.0636
chr2L	1650813	1650974	chr2L:1650814-1650974	FBgn0086758	chinmo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.037	0.0228	0.0388	0.0508	0.0074	0.0272	0.0264	0.0333	0.0074	0.0308	0.0186	0.0308	0.017	0.0138	0.0161	0.0138	0.0188
chr2L	1651167	1651340	chr2L:1651168-1651340	FBgn0086758	chinmo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0628	0.025	0.0552	0.1132	0.0085	0.0272	0.0346	0.03	0.0085	0.0296	0.0302	0.0296	0.0573	0.0773	0.0754	0.0773	0.1126
chr2L	1652020	1652171	chr2L:1652021-1652171	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0305	0.0191	0.0301	0.0436	0.0053	0.0175	0.035	0.02	0.0053	0.0109	0.0167	0.0109	0.0217	0.0161	0.0219	0.0161	0.0271
chr2L	1654378	1654553	chr2L:1654379-1654553	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT0830.1	VT0830.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0978	0.0512	0.1184	0.1273	0.0244	0.0612	0.0709	0.054	0.0244	0.1504	0.1116	0.1504	0.0976	0.1417	0.1044	0.1417	0.1574
chr2L	1656672	1656923	chr2L:1656673-1656923	distal	distal	stage14	stage14	VT0831.1,VT0832.1	VT0831.1,VT0832.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0126	0.0162	0.0454	0.0042	0.0121	0.019	0.014	0.0042	0.0151	0.0113	0.0151	0.0333	0.0452	0.0284	0.0452	0.0896
chr2L	1657096	1657306	chr2L:1657097-1657306	distal	distal	stage14	stage14	VT0832.1	VT0832.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0338	0.0107	0.0178	0.0773	0.0011	0.0155	0.0156	0.01	0.0011	0.0121	0.0141	0.0121	0.0411	0.0949	0.0613	0.0949	0.1371
chr2L	1658244	1658395	chr2L:1658245-1658395	distal	distal	none	none	VT0832.1	VT0832.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.025	0.0111	0.0253	0.0404	0.0042	0.0121	0.0177	0.0107	0.0042	0.0169	0.0267	0.0169	0.0232	0.0191	0.0774	0.0191	0.0328
chr2L	1658752	1658903	chr2L:1658753-1658903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0212	0.0117	0.0293	0.0228	0.0064	0.0092	0.0229	0.008	0.0064	0.0211	0.027	0.0211	0.0163	0.0184	0.0239	0.0184	0.0266
chr2L	1662575	1662823	chr2L:1662576-1662823	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0148	0.0241	0.0609	0.0085	0.0126	0.026	0.0127	0.0085	0.0133	0.0116	0.0133	0.0116	0.0168	0.0193	0.0168	0.025
chr2L	1662956	1663107	chr2L:1662957-1663107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0355	0.0217	0.0348	0.0517	0.0117	0.0218	0.0342	0.02	0.0117	0.0236	0.0199	0.0236	0.0194	0.0168	0.0206	0.0168	0.0302
chr2L	1663221	1663443	chr2L:1663222-1663443	distal	distal	stage14	stage14	VT0836.1	VT0836.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0482	0.0229	0.0439	0.081	0.0064	0.0277	0.0346	0.0193	0.0064	0.035	0.0244	0.035	0.0248	0.0176	0.0245	0.0176	0.0396
chr2L	1667598	1667749	chr2L:1667599-1667749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0219	0.0137	0.026	0.0265	0.0064	0.0121	0.0247	0.0127	0.0064	0.0272	0.0251	0.0272	0.0225	0.0498	0.0148	0.0498	0.0224
chr2L	1669752	1670002	chr2L:1669753-1670002	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0382	0.0547	0.0374	0.0206	0.0308	0.0388	0.0787	0.0893	0.0308	0.0193	0.0248	0.0193	0.0271	0.0123	0.0123	0.0123	0.0146
chr2L	1670448	1670599	chr2L:1670449-1670599	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0111	0.0308	0.0309	0.0011	0.0126	0.0173	0.0113	0.0011	0.0121	0.0119	0.0121	0.0039	0.0038	0.0071	0.0038	0.0083
chr2L	1670607	1670758	chr2L:1670608-1670758	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0103	0.0378	0.0287	0.0042	0.0117	0.016	0.0087	0.0042	0.0133	0.0174	0.0133	0.0054	0.0031	0.0077	0.0031	0.0063
chr2L	1671256	1671427	chr2L:1671257-1671427	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0103	0.0188	0.0245	0.0032	0.0087	0.0169	0.012	0.0032	0.0066	0.008	0.0066	0.0085	0.0031	0.0026	0.0031	0.0073
chr2L	1672289	1672443	chr2L:1672290-1672443	distal	distal	stage14	stage14	VT0841.1	VT0841.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0307	0.0108	0.0299	0.0538	0.0053	0.0136	0.0143	0.012	0.0053	0.0223	0.0141	0.0223	0.0101	0.0077	0.0135	0.0077	0.0125
chr2L	1677451	1677701	chr2L:1677452-1677701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0077	0.0126	0.0279	0.0053	0.0049	0.0147	0.008	0.0053	0.0024	0.0093	0.0024	0.0039	0	0.0026	0	0.0073
chr2L	1677849	1678000	chr2L:1677850-1678000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0065	0.0081	0.0152	0.0011	0.0068	0.0112	0.0073	0.0011	0.0048	0.0058	0.0048	0.0039	0	0.0019	0	0.0036
chr2L	1688418	1688569	chr2L:1688419-1688569	distal	distal	stage5	stage5	VT0845.1	VT0845.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0246	0.0115	0.0136	0.0255	0.0165	0.045	0.018	0.0255	0.0109	0.0122	0.0109	0.0077	0.0061	0.0064	0.0061	0.0146
chr2L	1690980	1691131	chr2L:1690981-1691131	distal	distal	none	none	VT0847.1	VT0847.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.01	0.0103	0.021	0.0042	0.0107	0.0164	0.008	0.0042	0.0079	0.009	0.0079	0.0085	0.0046	0.0071	0.0046	0.012
chr2L	1691137	1691288	chr2L:1691138-1691288	distal	distal	none	none	VT0847.1	VT0847.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0126	0.009	0.0102	0.0192	0.0064	0.0068	0.0177	0.006	0.0064	0.0085	0.0064	0.0085	0.0077	0.0054	0.0103	0.0054	0.0104
chr2L	1692635	1692786	chr2L:1692636-1692786	distal	distal	none	none	VT0849.1	VT0849.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0093	0.0069	0.0063	0.0152	0.0032	0.0053	0.013	0.006	0.0032	0.006	0.0042	0.006	0.0108	0.0038	0.0084	0.0038	0.0334
chr2L	1693072	1693223	chr2L:1693073-1693223	distal	distal	stage14	stage14	VT0849.1	VT0849.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0131	0.0066	0.0093	0.0246	0	0.0058	0.0143	0.004	0	0.003	0.0068	0.003	0.0217	0.0038	0.0045	0.0038	0.0662
chr2L	1693653	1693804	chr2L:1693654-1693804	distal	distal	none	none	VT0849.1	VT0849.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0104	0.0079	0.0085	0.0155	0.0021	0.0073	0.0173	0.0033	0.0021	0.0048	0.0084	0.0048	0.0155	0.0061	0.0032	0.0061	0.0125
chr2L	1699110	1699261	chr2L:1699111-1699261	distal	distal	none	none	VT0850.1	VT0850.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0173	0.0178	0.0157	0.0185	0.0032	0.0146	0.0333	0.0213	0.0032	0.0157	0.018	0.0157	0.0116	0.0084	0.0135	0.0084	0.0177
chr2L	1704532	1704703	chr2L:1704533-1704703	FBgn0011570	cpb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0486	0.0445	0.0485	0.0532	0.0308	0.0437	0.0683	0.0473	0.0308	0.0519	0.0537	0.0519	0.0488	0.0582	0.0432	0.0582	0.0584
chr2L	1704798	1704980	chr2L:1704799-1704980	FBgn0011570	cpb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.113	0.1031	0.1296	0.1058	0.0657	0.1165	0.1319	0.1299	0.0657	0.1546	0.1408	0.1546	0.1371	0.1057	0.0961	0.1057	0.1371
chr2L	1705111	1705333	chr2L:1705112-1705333	FBgn0011570	cpb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.076	0.0659	0.0876	0.0745	0.0424	0.0699	0.0913	0.072	0.0424	0.1008	0.0923	0.1008	0.0976	0.0574	0.0677	0.0574	0.1146
chr2L	1710352	1710521	chr2L:1710353-1710521	FBgn0031356,FBgn0031357	CG17660,mRpL48	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1612	0.1553	0.1879	0.1384	0.1018	0.1738	0.199	0.1939	0.1018	0.244	0.2013	0.244	0.1859	0.1554	0.1348	0.1554	0.1777
chr2L	1710822	1710973	chr2L:1710823-1710973	FBgn0031356,FBgn0031357	CG17660,mRpL48	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0457	0.0479	0.0565	0.0313	0.0255	0.05	0.0662	0.06	0.0255	0.0688	0.0682	0.0688	0.0589	0.0345	0.0329	0.0345	0.0479
chr2L	1715540	1715703	chr2L:1715541-1715703	FBgn0086698	frtz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.0492	0.0676	0.045	0.0244	0.0612	0.058	0.0633	0.0244	0.093	0.0746	0.093	0.0713	0.0574	0.049	0.0574	0.0625
chr2L	1715813	1715995	chr2L:1715814-1715995	FBgn0086698	frtz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1511	0.1281	0.2022	0.1206	0.0859	0.1573	0.1445	0.1639	0.0859	0.2796	0.2084	0.2796	0.196	0.1539	0.1438	0.1539	0.1574
chr2L	1716090	1716278	chr2L:1716091-1716278	FBgn0086698	frtz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0525	0.0466	0.0709	0.039	0.018	0.0549	0.0614	0.0586	0.018	0.1298	0.0595	0.1298	0.0697	0.062	0.0419	0.062	0.05
chr2L	1716514	1716812	chr2L:1716515-1716812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0432	0.0385	0.061	0.0288	0.017	0.035	0.0606	0.0473	0.017	0.1256	0.0486	0.1256	0.0658	0.0368	0.0361	0.0368	0.036
chr2L	1717088	1717239	chr2L:1717089-1717239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0237	0.0209	0.0364	0.0128	0.0085	0.0248	0.0316	0.0207	0.0085	0.0864	0.0228	0.0864	0.0372	0.0191	0.0161	0.0191	0.0151
chr2L	1717623	1717774	chr2L:1717624-1717774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0151	0.0364	0.011	0.0053	0.0209	0.0199	0.014	0.0053	0.09	0.0251	0.09	0.0333	0.0207	0.0077	0.0207	0.0109
chr2L	1717996	1718147	chr2L:1717997-1718147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0235	0.016	0.0424	0.0111	0.0053	0.018	0.0242	0.0173	0.0053	0.1081	0.027	0.1081	0.0411	0.0153	0.0129	0.0153	0.0125
chr2L	1718176	1718327	chr2L:1718177-1718327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0248	0.0179	0.0447	0.0106	0.0053	0.0223	0.0229	0.022	0.0053	0.1171	0.0293	0.1171	0.038	0.0138	0.0084	0.0138	0.013
chr2L	1718690	1718841	chr2L:1718691-1718841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0274	0.0183	0.0501	0.0125	0.0106	0.0204	0.0238	0.0227	0.0106	0.1347	0.0289	0.1347	0.0449	0.026	0.009	0.026	0.013
chr2L	1719283	1719434	chr2L:1719284-1719434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0275	0.0192	0.047	0.0155	0.0085	0.0277	0.0268	0.0153	0.0085	0.1214	0.0277	0.1214	0.0496	0.0291	0.0148	0.0291	0.013
chr2L	1719444	1719595	chr2L:1719445-1719595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0227	0.0171	0.04	0.0102	0.0074	0.0252	0.0225	0.014	0.0074	0.1129	0.0203	0.1129	0.0411	0.0191	0.0103	0.0191	0.0089
chr2L	1721042	1721194	chr2L:1721043-1721194	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.03	0.0169	0.0418	0.0316	0.0042	0.0184	0.0225	0.024	0.0042	0.0694	0.0277	0.0694	0.0899	0.0168	0.0161	0.0168	0.0766
chr2L	1723229	1723443	chr2L:1723230-1723443	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0822	0.0501	0.1225	0.0739	0.0233	0.0782	0.0446	0.0726	0.0233	0.1226	0.1929	0.1226	0.0782	0.1233	0.1309	0.1233	0.0568
chr2L	1723735	1723901	chr2L:1723736-1723901	FBgn0031359	CG18317	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0622	0.0406	0.094	0.0512	0.0106	0.0641	0.0281	0.074	0.0106	0.0743	0.1466	0.0743	0.0751	0.0505	0.0993	0.0505	0.0511
chr2L	1724316	1724504	chr2L:1724317-1724504	FBgn0031359	CG18317	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0983	0.0643	0.1253	0.1068	0.0286	0.0917	0.0593	0.0993	0.0286	0.151	0.1399	0.151	0.1572	0.1462	0.1051	0.1462	0.1303
chr2L	1727193	1727374	chr2L:1727194-1727374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0177	0.0317	0.0568	0.0032	0.0209	0.0255	0.02	0.0032	0.0429	0.0264	0.0429	0.0418	0.1202	0.0239	0.1202	0.0469
chr2L	1727664	1727851	chr2L:1727665-1727851	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0883	0.035	0.0852	0.1514	0.0148	0.0461	0.0415	0.044	0.0148	0.0966	0.0804	0.0966	0.1108	0.2106	0.1238	0.2106	0.1532
chr2L	1728006	1728200	chr2L:1728007-1728200	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1299	0.0755	0.1471	0.1717	0.0371	0.1024	0.0761	0.1126	0.0371	0.1667	0.1521	0.1667	0.1805	0.2029	0.1728	0.2029	0.1855
chr2L	1728388	1728563	chr2L:1728389-1728563	FBgn0260648	Rrp40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1699	0.1324	0.2024	0.1763	0.0986	0.1646	0.1462	0.1752	0.0986	0.2566	0.2129	0.2566	0.206	0.2159	0.1805	0.2159	0.1907
chr2L	1728651	1728823	chr2L:1728652-1728823	FBgn0260648	Rrp40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1509	0.1243	0.1799	0.1489	0.0954	0.1602	0.1276	0.1699	0.0954	0.2264	0.1926	0.2264	0.1782	0.183	0.147	0.183	0.1626
chr2L	1729825	1729976	chr2L:1729826-1729976	FBgn0000579,FBgn0031360	CG31937,Eno	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0449	0.0374	0.0533	0.0441	0.0244	0.0451	0.0402	0.058	0.0244	0.058	0.0624	0.058	0.0713	0.0268	0.0748	0.0268	0.0631
chr2L	1732296	1732512	chr2L:1732297-1732512	FBgn0031361,FBgn0264494	CG17646,CG17652	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1558	0.1289	0.2009	0.1365	0.0976	0.1597	0.1319	0.1832	0.0976	0.2397	0.2039	0.2397	0.1805	0.1332	0.1225	0.1332	0.1365
chr2L	1732770	1732922	chr2L:1732771-1732922	FBgn0031361,FBgn0264494	CG17646,CG17652	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.041	0.0307	0.0509	0.0418	0.0117	0.0417	0.0411	0.0286	0.0117	0.0459	0.0395	0.0459	0.0426	0.0199	0.0303	0.0199	0.036
chr2L	1736988	1737160	chr2L:1736989-1737160	distal	distal	stage5	stage5	VT0872.1	VT0872.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0466	0.0401	0.059	0.0402	0.0148	0.0573	0.045	0.05	0.0148	0.0707	0.0678	0.0707	0.0813	0.0337	0.06	0.0337	0.0636
chr2L	1737292	1737566	chr2L:1737293-1737566	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0872.1	VT0872.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1358	0.0693	0.1801	0.1615	0.0297	0.1228	0.0619	0.0753	0.0297	0.2729	0.1846	0.2729	0.2285	0.209	0.2147	0.209	0.2428
chr2L	1737792	1738100	chr2L:1737793-1738100	distal	distal	stage14	stage14	VT0872.1	VT0872.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0385	0.0162	0.0401	0.0616	0.0085	0.0209	0.0221	0.018	0.0085	0.058	0.0399	0.058	0.055	0.0513	0.1219	0.0513	0.0745
chr2L	1738380	1738565	chr2L:1738381-1738565	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0101	0.0175	0.0485	0.0011	0.0112	0.0173	0.0107	0.0011	0.0151	0.0209	0.0151	0.0248	0.0314	0.0928	0.0314	0.0688
chr2L	1739073	1739224	chr2L:1739074-1739224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0198	0.0125	0.016	0.032	0.0042	0.0136	0.0242	0.0067	0.0042	0.0169	0.0183	0.0169	0.0209	0.0123	0.0251	0.0123	0.0771
chr2L	1743691	1743842	chr2L:1743692-1743842	distal	distal	none	none	VT0875.1	VT0875.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.0107	0.0142	0.0177	0.0053	0.0092	0.0173	0.012	0.0053	0.0145	0.0129	0.0145	0.0263	0.0084	0.0148	0.0084	0.0365
chr2L	1751598	1751749	chr2L:1751599-1751749	FBgn0027597	CG17712	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0272	0.0302	0.0312	0.0194	0.0106	0.0524	0.0316	0.03	0.0106	0.0405	0.0318	0.0405	0.0333	0.0191	0.0219	0.0191	0.0219
chr2L	1751764	1751978	chr2L:1751765-1751978	FBgn0027597,FBgn0031364	CG17648,CG17712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0484	0.0446	0.0594	0.0407	0.0138	0.0689	0.0502	0.0466	0.0138	0.0773	0.064	0.0773	0.0573	0.0391	0.0393	0.0391	0.0474
chr2L	1752035	1752207	chr2L:1752036-1752207	FBgn0027597,FBgn0031364	CG17648,CG17712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0906	0.0774	0.1126	0.0813	0.0392	0.1	0.0856	0.1073	0.0392	0.1389	0.1267	0.1389	0.103	0.0796	0.087	0.0796	0.1021
chr2L	1752424	1752575	chr2L:1752425-1752575	FBgn0027597,FBgn0031364	CG17648,CG17712	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0199	0.0286	0.0209	0.0085	0.0252	0.0281	0.0233	0.0085	0.0393	0.0312	0.0393	0.024	0.026	0.0161	0.026	0.0261
chr2L	1753007	1753158	chr2L:1753008-1753158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0136	0.0154	0.0146	0.0085	0.017	0.0182	0.0147	0.0085	0.0211	0.0138	0.0211	0.0116	0.0069	0.0103	0.0069	0.0109
chr2L	1754120	1754271	chr2L:1754121-1754271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0161	0.0115	0.0092	0.0053	0.016	0.0298	0.0127	0.0053	0.0127	0.0141	0.0127	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0063
chr2L	1755968	1756119	chr2L:1755969-1756119	FBgn0041249	Gr22f	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0166	0.0277	0.0138	0.0074	0.0148	0.0252	0.0484	0.0227	0.0148	0.0109	0.0154	0.0109	0.0178	0.0084	0.0097	0.0084	0.0068
chr2L	1759045	1759215	chr2L:1759046-1759215	FBgn0031365	CG17650	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0209	0.0333	0.0175	0.0109	0.035	0.0282	0.0484	0.038	0.035	0.0133	0.0206	0.0133	0.024	0.0084	0.0058	0.0084	0.0089
chr2L	1786250	1786401	chr2L:1786251-1786401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.008	0.0088	0.0109	0.0085	0.0044	0.013	0.0087	0.0085	0.0121	0.0077	0.0121	0.0046	0	0.0058	0	0.0026
chr2L	1788228	1788379	chr2L:1788229-1788379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0072	0.0071	0.0091	0.0032	0.0083	0.0121	0.006	0.0032	0.0054	0.0074	0.0054	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr2L	1812518	1812669	chr2L:1812519-1812669	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	none	0.0062	0.0045	0.0071	0.007	0.0011	0.0029	0.0099	0.0033	0.0011	0.0097	0.0064	0.0097	0.0054	8e-04	6e-04	8e-04	0.0031
chr2L	1836377	1836528	chr2L:1836378-1836528	FBgn0051665	wry	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0075	0.0056	0.0223	0.0074	0.0053	0.0147	0.0047	0.0074	0.0036	0.0068	0.0036	0.0023	0.0038	0.0019	0.0038	0.0042
chr2L	1837573	1837724	chr2L:1837574-1837724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0072	0.0067	0.0125	0.0064	0.0053	0.0147	0.004	0.0064	0.0072	0.0055	0.0072	0.0108	0.0023	0.0052	0.0023	0.0083
chr2L	1838062	1838213	chr2L:1838063-1838213	distal	distal	none	none	VT0921.1	VT0921.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0066	0.0058	0.0185	0.0074	0.0029	0.0143	0.004	0.0074	0.0036	0.0058	0.0036	0.0054	0.0046	0.0039	0.0046	0.0073
chr2L	1838608	1838759	chr2L:1838609-1838759	distal	distal	none	none	VT0921.1	VT0921.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0074	0.0052	0.0072	0.01	0.0032	0.0058	0.0087	0.0033	0.0032	0.0085	0.0074	0.0085	0.0023	0.0023	0.0026	0.0023	0.0047
chr2L	1871817	1871968	chr2L:1871818-1871968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0093	0.0075	0.01	0.0021	0.0049	0.0182	0.0113	0.0021	0.0085	0.0074	0.0085	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0063
chr2L	1879215	1879366	chr2L:1879216-1879366	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0139	0.0095	0.0082	0.0252	0.0032	0.0078	0.0169	0.0093	0.0032	0.0097	0.0071	0.0097	0.0139	0.0145	0.0116	0.0145	0.0677
chr2L	1884470	1884746	chr2L:1884471-1884746	FBgn0031373,FBgn0031374	CG15358,CG7337	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2341	0.1644	0.2954	0.2447	0.0944	0.1981	0.1743	0.2438	0.0944	0.3762	0.3257	0.3762	0.2897	0.281	0.2631	0.281	0.2871
chr2L	1884934	1885162	chr2L:1884935-1885162	FBgn0031374	CG7337	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.109	0.0998	0.1269	0.0996	0.0689	0.0942	0.1047	0.1819	0.0689	0.1407	0.1424	0.1407	0.1394	0.1011	0.0986	0.1011	0.111
chr2L	1885358	1885542	chr2L:1885359-1885542	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0436	0.0313	0.0489	0.0517	0.0117	0.0272	0.0381	0.0546	0.0117	0.0405	0.064	0.0405	0.0364	0.0214	0.0297	0.0214	0.0302
chr2L	1885876	1886160	chr2L:1885877-1886160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0533	0.0425	0.0773	0.039	0.0117	0.049	0.042	0.0806	0.0117	0.0489	0.1373	0.0489	0.0473	0.0191	0.0696	0.0191	0.0417
chr2L	1886459	1886610	chr2L:1886460-1886610	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0711	0.0871	0.0878	0.0348	0.0647	0.0563	0.1189	0.1479	0.0647	0.0193	0.1814	0.0193	0.0596	0.0168	0.1019	0.0168	0.024
chr2L	1886617	1886839	chr2L:1886618-1886839	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1146	0.1403	0.1536	0.0432	0.0997	0.0932	0.1791	0.2612	0.0997	0.0362	0.3129	0.0362	0.1015	0.0123	0.1412	0.0123	0.0224
chr2L	1886989	1887176	chr2L:1886990-1887176	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0565	0.0594	0.0822	0.0251	0.0339	0.0413	0.0705	0.1179	0.0339	0.0169	0.1762	0.0169	0.0271	0.0077	0.0877	0.0077	0.0104
chr2L	1902170	1902321	chr2L:1902171-1902321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0151	0.0128	0.0189	0.0135	0.0021	0.0165	0.0177	0.016	0.0021	0.0169	0.0254	0.0169	0.0194	0.0069	0.0226	0.0069	0.0208
chr2L	1902364	1902515	chr2L:1902365-1902515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0202	0.0194	0.024	0.017	0.0117	0.0209	0.0268	0.0233	0.0117	0.0187	0.0296	0.0187	0.0387	0.0123	0.0239	0.0123	0.0276
chr2L	1903045	1903296	chr2L:1903046-1903296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0167	0.0294	0.026	0.0085	0.0209	0.0234	0.0187	0.0085	0.0211	0.0482	0.0211	0.0232	0.0046	0.0761	0.0046	0.0193
chr2L	1903961	1904112	chr2L:1903962-1904112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0096	0.0204	0.0117	0.0064	0.0078	0.0151	0.012	0.0064	0.0157	0.0344	0.0157	0.0132	0.0061	0.0264	0.0061	0.0109
chr2L	1909331	1909482	chr2L:1909332-1909482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0253	0.0157	0.0274	0.0338	0.0053	0.0155	0.019	0.0286	0.0053	0.0211	0.0363	0.0211	0.0287	0.013	0.0361	0.013	0.0339
chr2L	1909799	1910002	chr2L:1909800-1910002	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1399	0.097	0.1924	0.1302	0.0657	0.1175	0.106	0.1346	0.0657	0.2077	0.2145	0.2077	0.2355	0.075	0.1657	0.075	0.1954
chr2L	1910079	1910230	chr2L:1910080-1910230	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0702	0.051	0.0995	0.0595	0.0286	0.0621	0.0606	0.066	0.0286	0.1033	0.1058	0.1033	0.1433	0.0345	0.0729	0.0345	0.098
chr2L	1910303	1910454	chr2L:1910304-1910454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0197	0.0373	0.0294	0.0117	0.0189	0.0277	0.0253	0.0117	0.0459	0.0399	0.0459	0.0503	0.0153	0.0432	0.0153	0.0479
chr2L	1911289	1911440	chr2L:1911290-1911440	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0113	0.0237	0.0384	0.0074	0.0092	0.019	0.0113	0.0074	0.0163	0.0257	0.0163	0.0457	0.0199	0.0464	0.0199	0.0808
chr2L	1911601	1911781	chr2L:1911602-1911781	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0281	0.0106	0.0218	0.0544	0.0064	0.0102	0.0164	0.0133	0.0064	0.0097	0.0235	0.0097	0.0511	0.0176	0.0696	0.0176	0.1193
chr2L	1913446	1913597	chr2L:1913447-1913597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0091	0.0293	0.024	0.0021	0.0102	0.0125	0.0133	0.0021	0.0272	0.0312	0.0272	0.0643	0.026	0.0206	0.026	0.0443
chr2L	1918753	1918904	chr2L:1918754-1918904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.0107	0.0195	0.0152	0.0042	0.0087	0.0169	0.014	0.0042	0.0133	0.0283	0.0133	0.0201	0.01	0.0284	0.01	0.0156
chr2L	1918960	1919111	chr2L:1918961-1919111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0111	0.0213	0.013	0.0021	0.0102	0.013	0.02	0.0021	0.0187	0.0302	0.0187	0.0225	0.0077	0.0284	0.0077	0.013
chr2L	1926233	1926689	chr2L:1926234-1926689	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.046	0.0216	0.0609	0.0568	0.0074	0.0272	0.0251	0.0273	0.0074	0.0694	0.0672	0.0694	0.0937	0.0743	0.0722	0.0743	0.0844
chr2L	1930708	1930859	chr2L:1930709-1930859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.011	0.0088	0.0127	0.0117	0.0042	0.0092	0.0138	0.008	0.0042	0.0066	0.0199	0.0066	0.0124	0.0077	0.0316	0.0077	0.0078
chr2L	1937816	1937967	chr2L:1937817-1937967	FBgn0011859	tRNA:G3:22BCa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0306	0.0353	0.033	0.0227	0.0265	0.0388	0.0441	0.044	0.0265	0.0531	0.0338	0.0531	0.0287	0.0283	0.0219	0.0283	0.037
chr2L	1938087	1938291	chr2L:1938088-1938291	FBgn0011859	tRNA:G3:22BCa	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0958	0.1077	0.0945	0.084	0.0859	0.1272	0.1246	0.1359	0.0859	0.1757	0.0704	0.1757	0.1263	0.1378	0.0671	0.1378	0.1428
chr2L	1944667	1944954	chr2L:1944668-1944954	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0403	0.0223	0.05	0.0497	0.0106	0.0248	0.029	0.028	0.0106	0.0314	0.0498	0.0314	0.0395	0.0123	0.0335	0.0123	0.0302
chr2L	1946213	1946364	chr2L:1946214-1946364	FBgn0053673	CG33673	none	none	CG31760_R9D03	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0169	0.0254	0.0086	0.0064	0.0209	0.0199	0.0247	0.0064	0.0242	0.0341	0.0242	0.0186	0.0092	0.011	0.0092	0.0078
chr2L	1948070	1948385	chr2L:1948071-1948385	distal	distal	none	none	CG31760_R9D03	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0228	0.0174	0.0297	0.0212	0.0074	0.017	0.0234	0.0266	0.0074	0.0236	0.0251	0.0236	0.0473	0.0115	0.009	0.0115	0.0459
chr2L	1949117	1949268	chr2L:1949118-1949268	distal	distal	none	none	CG31760_R9D03	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0113	0.0156	0.0096	0.0053	0.0112	0.0156	0.016	0.0053	0.0103	0.0199	0.0103	0.017	0.0054	0.0052	0.0054	0.0047
chr2L	1954585	1954803	chr2L:1954586-1954803	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG31760_R9D06	CG31760_R9D06	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1506	0.2155	0.1591	0.0688	0.1813	0.232	0.2171	0.3398	0.1813	0.224	0.146	0.224	0.0302	0.0145	0.0264	0.0145	0.0109
chr2L	1954916	1955067	chr2L:1954917-1955067	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG31760_R9D06	CG31760_R9D06	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0665	0.086	0.0772	0.0331	0.0541	0.0976	0.0718	0.1632	0.0541	0.0912	0.0897	0.0912	0.0287	0.0459	0.02	0.0459	0.0151
chr2L	1957457	1957608	chr2L:1957458-1957608	distal	distal	stage5	stage5	CG31760_R9D06,VT0983.1	CG31760_R9D06,VT0983.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.023	0.0451	0.0161	0.0058	0.035	0.034	0.0683	0.0593	0.035	0.0151	0.0199	0.0151	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chr2L	1958157	1958367	chr2L:1958158-1958367	distal	distal	stage5	stage5	VT0983.1,VT0984.1	VT0983.1,VT0984.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0419	0.0891	0.024	0.0088	0.0944	0.0549	0.1276	0.1292	0.0944	0.0127	0.028	0.0127	0.0108	0.0031	0.0071	0.0031	0.0036
chr2L	1958400	1958551	chr2L:1958401-1958551	distal	distal	stage5	stage5	VT0983.1,VT0984.1	VT0983.1,VT0984.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0281	0.0616	0.0145	0.0056	0.0615	0.0374	0.09	0.0879	0.0615	0.0091	0.0154	0.0091	0.0116	0.0015	0.0058	0.0015	0.0057
chr2L	1959181	1959332	chr2L:1959182-1959332	distal	distal	stage14	stage14	VT0984.1	VT0984.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.012	0.0113	0.0164	0.0053	0.0112	0.0173	0.0147	0.0053	0.0079	0.0103	0.0079	0.0085	0.0038	0.0032	0.0038	0.0063
chr2L	1959924	1960075	chr2L:1959925-1960075	distal	distal	stage14	stage14	CG31760_R9D10,VT0984.1,VT0985.1	CG31760_R9D10,VT0984.1,VT0985.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0095	0.0121	0.0226	0.0021	0.0112	0.0151	0.0093	0.0021	0.0085	0.0087	0.0085	0.0101	0.0061	0.0019	0.0061	0.0068
chr2L	1960961	1961232	chr2L:1960962-1961232	distal	distal	stage5	stage5	CG31760_R9D10,VT0985.1	CG31760_R9D10,VT0985.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.036	0.0708	0.0251	0.0089	0.0509	0.0432	0.099	0.1219	0.0509	0.0205	0.0331	0.0205	0.0085	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr2L	1962087	1962399	chr2L:1962088-1962399	distal	distal	stage5	stage5	CG31760_R9D10,CG31760_R9D11	CG31760_R9D10	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0388	0.0639	0.026	0.0246	0.0498	0.049	0.1077	0.0686	0.0498	0.0242	0.0219	0.0242	0.0248	0.0069	0.0103	0.0069	0.0135
chr2L	1965353	1965504	chr2L:1965354-1965504	FBgn0051942	tRNA:CR31942	none	none	CG31760_R9D11	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0284	0.0273	0.0118	0.0223	0.0223	0.0446	0.034	0.0223	0.0266	0.0296	0.0266	0.0217	0.0084	0.0077	0.0084	0.0109
chr2L	1967348	1967524	chr2L:1967349-1967524	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.033	0.027	0.035	0.0373	0.0064	0.0393	0.0303	0.038	0.0064	0.0217	0.0193	0.0217	0.0194	0.0084	0.0123	0.0084	0.0162
chr2L	1967565	1967716	chr2L:1967566-1967716	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.0257	0.0345	0.0376	0.0064	0.0306	0.0337	0.0366	0.0064	0.0242	0.0244	0.0242	0.0287	0.0123	0.0135	0.0123	0.0276
chr2L	1970481	1970784	chr2L:1970482-1970784	FBgn0031375	erm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2248	0.1676	0.2888	0.2184	0.0753	0.2456	0.1626	0.2278	0.0753	0.3472	0.3084	0.3472	0.2091	0.2205	0.1979	0.2205	0.2293
chr2L	1972779	1972988	chr2L:1972780-1972988	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.236	0.2394	0.2664	0.199	0.1866	0.265	0.2777	0.3191	0.1866	0.3273	0.3141	0.3273	0.2239	0.2381	0.2179	0.2381	0.2017
chr2L	1973188	1973371	chr2L:1973189-1973371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0601	0.087	0.0581	0.0323	0.0498	0.0718	0.1384	0.1086	0.0498	0.0543	0.0781	0.0543	0.0403	0.0268	0.0471	0.0268	0.0307
chr2L	1974027	1974225	chr2L:1974028-1974225	FBgn0031376	Der-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.0881	0.1159	0.0861	0.0424	0.1058	0.0999	0.1252	0.0424	0.1504	0.1257	0.1504	0.1007	0.0819	0.0986	0.0819	0.1115
chr2L	1974233	1974431	chr2L:1974234-1974431	FBgn0031376	Der-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0826	0.0728	0.1041	0.0699	0.0339	0.0903	0.0796	0.1079	0.0339	0.1407	0.1023	0.1407	0.1022	0.0689	0.0761	0.0689	0.0985
chr2L	1979365	1979810	chr2L:1979366-1979810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1036	0.1301	0.1142	0.0624	0.087	0.1437	0.1561	0.1759	0.087	0.1069	0.1373	0.1069	0.103	0.0636	0.0645	0.0636	0.0834
chr2L	1979826	1979977	chr2L:1979827-1979977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0442	0.0472	0.0551	0.0288	0.0308	0.0578	0.0536	0.0626	0.0308	0.0586	0.0585	0.0586	0.0565	0.0253	0.0335	0.0253	0.0339
chr2L	1980449	1980634	chr2L:1980450-1980634	FBgn0031377	CG15356	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0471	0.0877	0.0524	0.0201	0.0621	0.0519	0.0673	0.0201	0.1063	0.0987	0.1063	0.0844	0.0406	0.0535	0.0406	0.0625
chr2L	1980710	1980877	chr2L:1980711-1980877	FBgn0031377,FBgn0031378	CG15356,CG15362	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1241	0.0935	0.1631	0.1156	0.052	0.1102	0.1125	0.1233	0.052	0.2059	0.1746	0.2059	0.1689	0.1018	0.1212	0.1018	0.1376
chr2L	1981052	1981362	chr2L:1981053-1981362	FBgn0031377,FBgn0031378	CG15356,CG15362	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1135	0.0842	0.1415	0.1154	0.0498	0.1073	0.0934	0.1119	0.0498	0.1721	0.1601	0.1721	0.1464	0.111	0.1315	0.111	0.1537
chr2L	1981512	1981737	chr2L:1981513-1981737	FBgn0031378,FBgn0031379	CG15362,CG7289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0563	0.0379	0.0741	0.0572	0.0159	0.0519	0.0458	0.0466	0.0159	0.0857	0.0804	0.0857	0.0875	0.0674	0.0696	0.0674	0.0683
chr2L	1981776	1981962	chr2L:1981777-1981962	FBgn0031379	CG7289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.052	0.0369	0.0676	0.0517	0.018	0.0466	0.0441	0.05	0.018	0.0797	0.0704	0.0797	0.0798	0.0559	0.0619	0.0559	0.0657
chr2L	1982094	1982280	chr2L:1982095-1982280	FBgn0031379	CG7289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1284	0.1008	0.1656	0.1182	0.0573	0.1345	0.1029	0.1392	0.0573	0.2132	0.1749	0.2132	0.1572	0.134	0.1315	0.134	0.1412
chr2L	1982364	1982556	chr2L:1982365-1982556	FBgn0031379	CG7289	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0604	0.0467	0.0808	0.0532	0.0201	0.0573	0.0541	0.0633	0.0201	0.1045	0.0945	0.1045	0.0813	0.0766	0.0535	0.0766	0.0604
chr2L	1986437	1986588	chr2L:1986438-1986588	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0123	0.0209	0.024	0.0021	0.0175	0.0169	0.0127	0.0021	0.0181	0.0215	0.0181	0.0418	0.0115	0.0129	0.0115	0.0573
chr2L	1987462	1987635	chr2L:1987463-1987635	FBgn0001125	Got2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0328	0.012	0.0237	0.0661	0.0011	0.016	0.0186	0.0113	0.0011	0.0254	0.0222	0.0254	0.0488	0.0521	0.0542	0.0521	0.1261
chr2L	1987697	1987878	chr2L:1987698-1987878	FBgn0001125,FBgn0031381	Got2,Npc2a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0344	0.0087	0.0194	0.0797	0.0011	0.0141	0.0117	0.0073	0.0011	0.006	0.0193	0.006	0.048	0.0636	0.0606	0.0636	0.1485
chr2L	1988164	1988354	chr2L:1988165-1988354	FBgn0001125,FBgn0031381	Got2,Npc2a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.008	0.015	0.0572	0.0011	0.0121	0.0117	0.006	0.0011	0.0066	0.0141	0.0066	0.0395	0.0383	0.0342	0.0383	0.1282
chr2L	1989274	1989425	chr2L:1989275-1989425	FBgn0262148	CR42874	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0111	0.0074	0.0077	0.0191	0.0011	0.0073	0.0143	0.0053	0.0011	0.0042	0.0084	0.0042	0.0155	0.0077	0.0052	0.0077	0.0568
chr2L	1989612	1989763	chr2L:1989613-1989763	FBgn0262148	CR42874	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.009	0.0072	0.0063	0.0138	0.0011	0.0063	0.0134	0.0053	0.0011	0.0072	0.0051	0.0072	0.0101	0.0069	0.0039	0.0069	0.0391
chr2L	2006441	2006592	chr2L:2006442-2006592	FBgn0053543	CG33543	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0064	0.0056	0.017	0.0032	0.0063	0.0095	0.006	0.0032	0.0036	0.0051	0.0036	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chr2L	2009075	2009289	chr2L:2009076-2009289	FBgn0051943,FBgn0051944	tRNA:CR31943,tRNA:CR31944	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1481	0.1636	0.1651	0.112	0.1516	0.1767	0.1912	0.2019	0.1516	0.2126	0.1814	0.2126	0.1727	0.1508	0.1141	0.1508	0.1485
chr2L	2009411	2009614	chr2L:2009412-2009614	FBgn0031384,FBgn0051943,FBgn0051944	CG4238,tRNA:CR31943,tRNA:CR31944	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.156	0.1656	0.1741	0.1253	0.1548	0.1816	0.1903	0.2059	0.1548	0.2313	0.1762	0.2313	0.1766	0.1631	0.118	0.1631	0.1673
chr2L	2009723	2009901	chr2L:2009724-2009901	FBgn0031384,FBgn0051944	CG4238,tRNA:CR31944	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1257	0.1711	0.122	0.0848	0.149	0.1458	0.1612	0.0848	0.192	0.1859	0.192	0.182	0.1302	0.1309	0.1302	0.1501
chr2L	2010043	2010267	chr2L:2010044-2010267	FBgn0031384,FBgn0051939	CG4238,tRNA:CR31939	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0607	0.0906	0.0685	0.035	0.0699	0.067	0.0893	0.035	0.099	0.0965	0.099	0.1007	0.072	0.0806	0.072	0.0875
chr2L	2010379	2010530	chr2L:2010380-2010530	FBgn0051939,FBgn0051940	tRNA:CR31939,tRNA:CR31940	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.0277	0.0506	0.0434	0.0191	0.0345	0.0272	0.042	0.0191	0.0562	0.054	0.0562	0.0643	0.0482	0.0503	0.0482	0.0578
chr2L	2010621	2010798	chr2L:2010622-2010798	FBgn0051939,FBgn0051940	tRNA:CR31939,tRNA:CR31940	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0779	0.0789	0.1014	0.0511	0.0636	0.0922	0.0891	0.1026	0.0636	0.1516	0.1	0.1516	0.1038	0.075	0.0496	0.075	0.0745
chr2L	2010860	2011047	chr2L:2010861-2011047	FBgn0051939,FBgn0051940	tRNA:CR31939,tRNA:CR31940	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1245	0.1297	0.1515	0.089	0.1071	0.1524	0.1401	0.1759	0.1071	0.2089	0.1637	0.2089	0.1464	0.1263	0.098	0.1263	0.1318
chr2L	2012847	2012998	chr2L:2012848-2012998	FBgn0051669	tRNA:CR31669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0372	0.0386	0.0472	0.0245	0.0212	0.0417	0.0502	0.0493	0.0212	0.0543	0.0633	0.0543	0.0387	0.0138	0.0471	0.0138	0.0281
chr2L	2013167	2013354	chr2L:2013168-2013354	FBgn0051669	tRNA:CR31669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1095	0.1383	0.1284	0.0564	0.1113	0.1481	0.176	0.1706	0.1113	0.16	0.136	0.16	0.1425	0.0888	0.069	0.0888	0.0714
chr2L	2013542	2013730	chr2L:2013543-2013730	FBgn0051669	tRNA:CR31669	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0717	0.048	0.0139	0.052	0.0845	0.077	0.0999	0.052	0.0513	0.0466	0.0513	0.0627	0.013	0.0174	0.013	0.0135
chr2L	2013915	2014121	chr2L:2013916-2014121	distal	distal	stage11,stage5	stage11	Unspecified_5278	Unspecified_5278	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1213	0.2021	0.1194	0.033	0.1718	0.2233	0.2297	0.2705	0.1718	0.1389	0.1235	0.1389	0.0999	0.0222	0.0361	0.0222	0.0245
chr2L	2031315	2031466	chr2L:2031316-2031466	FBgn0011860	tRNA:G3:22BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0232	0.0253	0.0228	0.0212	0.017	0.0267	0.0394	0.0187	0.017	0.0393	0.0244	0.0393	0.0225	0.0306	0.0251	0.0306	0.0266
chr2L	2031616	2031792	chr2L:2031617-2031792	FBgn0011860	tRNA:G3:22BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.097	0.1223	0.0931	0.0731	0.1135	0.1204	0.1574	0.1452	0.1135	0.1582	0.0836	0.1582	0.1232	0.108	0.078	0.108	0.1141
chr2L	2031981	2032132	chr2L:2031982-2032132	FBgn0011860	tRNA:G3:22BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0289	0.0353	0.0313	0.0192	0.0265	0.0364	0.0489	0.0406	0.0265	0.0441	0.0325	0.0441	0.0325	0.0191	0.0258	0.0191	0.0313
chr2L	2032324	2032475	chr2L:2032325-2032475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0231	0.0229	0.0251	0.021	0.0095	0.0282	0.0337	0.0247	0.0095	0.0326	0.0322	0.0326	0.0186	0.0107	0.0464	0.0107	0.0245
chr2L	2037579	2037765	chr2L:2037580-2037765	FBgn0003557,FBgn0259230	Su(dx),lectin-22C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1969	0.1856	0.2307	0.1725	0.1453	0.2087	0.2111	0.2478	0.1453	0.2645	0.2614	0.2645	0.2386	0.1899	0.1812	0.1899	0.1959
chr2L	2037865	2038368	chr2L:2037866-2038368	FBgn0003557	Su(dx)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.217	0.2281	0.2307	0.1895	0.1909	0.2146	0.3123	0.2778	0.1909	0.2343	0.2672	0.2343	0.2665	0.1899	0.1941	0.1899	0.26
chr2L	2038882	2039052	chr2L:2038883-2039052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0351	0.0357	0.0281	0.0244	0.0393	0.0471	0.0393	0.0244	0.0302	0.0305	0.0302	0.0744	0.0176	0.0155	0.0176	0.0662
chr2L	2045072	2045303	chr2L:2045073-2045303	FBgn0028952	Kebab	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0428	0.0481	0.0558	0.0226	0.017	0.0471	0.0696	0.0693	0.017	0.0676	0.0685	0.0676	0.0457	0.0391	0.0251	0.0391	0.0219
chr2L	2045389	2045559	chr2L:2045390-2045559	FBgn0028952	Kebab	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0996	0.1079	0.1412	0.0447	0.0732	0.115	0.1306	0.1552	0.0732	0.195	0.1637	0.195	0.11	0.0789	0.049	0.0789	0.0453
chr2L	2109951	2110102	chr2L:2109952-2110102	FBgn0053516	dpr3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.01	0.0074	0.0159	0.0053	0.0083	0.0182	0.0073	0.0053	0.0079	0.0077	0.0079	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr2L	2110441	2110726	chr2L:2110442-2110726	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0345	0.0596	0.0178	0.0249	0.0382	0.0432	0.0839	0.0939	0.0382	0.0199	0.0209	0.0199	0.0054	0.0015	0.0032	0.0015	0.0078
chr2L	2127537	2127688	chr2L:2127538-2127688	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0193	0.0235	0.0089	0.0138	0.0199	0.026	0.0227	0.0138	0.0356	0.0293	0.0356	0.0093	0.0054	0.0097	0.0054	0.0063
chr2L	2130341	2130520	chr2L:2130342-2130520	FBgn0004507	GlyP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1215	0.0494	0.1292	0.1936	0.017	0.0869	0.0402	0.06	0.017	0.163	0.135	0.163	0.1929	0.2312	0.2012	0.2312	0.2569
chr2L	2130678	2130903	chr2L:2130679-2130903	FBgn0004507	GlyP	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0782	0.0223	0.0593	0.1614	0.0064	0.035	0.0229	0.026	0.0064	0.0568	0.0588	0.0568	0.1255	0.2144	0.1612	0.2144	0.2251
chr2L	2132561	2132712	chr2L:2132562-2132712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0176	0.0138	0.0127	0.0272	0.0021	0.0175	0.0203	0.0133	0.0021	0.0139	0.0132	0.0139	0.0194	0.0735	0.0148	0.0735	0.0261
chr2L	2134177	2134328	chr2L:2134178-2134328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0213	0.0168	0.0164	0.0106	0.0282	0.0255	0.026	0.0106	0.0145	0.017	0.0145	0.0325	0.0123	0.0193	0.0123	0.0307
chr2L	2138223	2138452	chr2L:2138224-2138452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.038	0.0259	0.0136	0.0191	0.0393	0.0631	0.0326	0.0191	0.026	0.0315	0.026	0.0225	0.0199	0.0129	0.0199	0.0146
chr2L	2144649	2144800	chr2L:2144650-2144800	FBgn0031390	tho2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0489	0.056	0.0557	0.0337	0.0276	0.0621	0.0792	0.0626	0.0276	0.0821	0.0531	0.0821	0.0596	0.0475	0.0239	0.0475	0.0464
chr2L	2144856	2145033	chr2L:2144857-2145033	FBgn0031390	tho2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0656	0.0654	0.0836	0.046	0.0382	0.0704	0.096	0.0666	0.0382	0.1165	0.0839	0.1165	0.0829	0.072	0.0387	0.072	0.0526
chr2L	2145062	2145282	chr2L:2145063-2145282	FBgn0031390	tho2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1176	0.1581	0.0961	0.0838	0.1184	0.1609	0.1446	0.0838	0.2017	0.1717	0.2017	0.1541	0.1087	0.0748	0.1087	0.1225
chr2L	2145336	2145547	chr2L:2145337-2145547	FBgn0031390	tho2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.0894	0.106	0.0648	0.0742	0.0864	0.1202	0.1153	0.0742	0.1407	0.1203	0.1407	0.0844	0.0704	0.049	0.0704	0.0808
chr2L	2145594	2146015	chr2L:2145595-2146015	FBgn0031390	tho2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.1123	0.114	0.0659	0.0817	0.1165	0.1579	0.1292	0.0817	0.1431	0.1334	0.1431	0.0984	0.0689	0.0658	0.0689	0.075
chr2L	2147190	2147390	chr2L:2147191-2147390	FBgn0027509,FBgn0031391	CG11723,CG7261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.166	0.1726	0.1914	0.1306	0.1326	0.1966	0.2033	0.2305	0.1326	0.2542	0.2051	0.2542	0.1789	0.1378	0.1257	0.1378	0.1662
chr2L	2147451	2147652	chr2L:2147452-2147652	FBgn0027509,FBgn0031391	CG11723,CG7261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1176	0.114	0.1401	0.0968	0.0912	0.1272	0.1362	0.1472	0.0912	0.1824	0.1492	0.1824	0.1325	0.1072	0.0922	0.1072	0.1225
chr2L	2151666	2151839	chr2L:2151667-2151839	FBgn0031392	AIF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0943	0.0918	0.1133	0.0763	0.053	0.101	0.122	0.1173	0.053	0.131	0.1305	0.131	0.1201	0.0881	0.0729	0.0881	0.0964
chr2L	2151962	2152180	chr2L:2151963-2152180	FBgn0031392	AIF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0809	0.1055	0.0667	0.0403	0.0864	0.1133	0.1006	0.0403	0.1316	0.1154	0.1316	0.1077	0.0789	0.0613	0.0789	0.0943
chr2L	2155604	2155803	chr2L:2155605-2155803	FBgn0031393	CG15382	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0668	0.123	0.0532	0.0191	0.1071	0.0519	0.2591	0.0899	0.1071	0.064	0.073	0.064	0.048	0.0176	0.0206	0.0176	0.0276
chr2L	2155932	2156118	chr2L:2155933-2156118	FBgn0031393	CG15382	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0651	0.0965	0.0701	0.0245	0.0339	0.0631	0.1817	0.1059	0.0339	0.0912	0.1006	0.0912	0.0449	0.0268	0.0309	0.0268	0.0313
chr2L	2156927	2157078	chr2L:2156928-2157078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0381	0.0555	0.0388	0.018	0.0233	0.0408	0.0947	0.0706	0.0233	0.0429	0.0563	0.0429	0.0232	0.0199	0.0213	0.0199	0.0261
chr2L	2161440	2161693	chr2L:2161441-2161693	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2684	0.2606	0.3302	0.2094	0.1739	0.3466	0.2266	0.3944	0.1739	0.4789	0.3929	0.4789	0.2301	0.3553	0.2863	0.3553	0.26
chr2L	2162319	2162647	chr2L:2162320-2162647	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1082.1	VT1082.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.1169	0.172	0.1782	0.0626	0.1816	0.0986	0.1599	0.0626	0.2271	0.2248	0.2271	0.1495	0.2917	0.2547	0.2917	0.2204
chr2L	2162958	2163598	chr2L:2162959-2163598	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1082.1	VT1082.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2436	0.1828	0.3168	0.2313	0.0615	0.3068	0.1358	0.2638	0.0615	0.5079	0.3916	0.5079	0.2293	0.4541	0.3308	0.4541	0.2303
chr2L	2163703	2163942	chr2L:2163704-2163942	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1082.1,VT1083.1	VT1082.1,VT1083.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1708	0.183	0.2164	0.1074	0.1156	0.184	0.2046	0.3025	0.1156	0.2681	0.3283	0.2681	0.1224	0.1922	0.2224	0.1922	0.0568
chr2L	2164597	2164910	chr2L:2164598-2164910	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1083.1	VT1083.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1715	0.2202	0.2009	0.0849	0.1527	0.2636	0.2184	0.3411	0.1527	0.3339	0.2797	0.3339	0.0519	0.1616	0.1399	0.1616	0.0589
chr2L	2164995	2165402	chr2L:2164996-2165402	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1083.1	VT1083.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2493	0.3568	0.2904	0.084	0.3277	0.3689	0.4157	0.4697	0.3277	0.462	0.3981	0.462	0.0976	0.1103	0.158	0.1103	0.062
chr2L	2166732	2166935	chr2L:2166733-2166935	distal	distal	stage11	stage11	VT1085.1	VT1085.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.074	0.0662	0.1041	0.0499	0.0244	0.0835	0.0619	0.1166	0.0244	0.099	0.1852	0.099	0.0294	0.0237	0.1515	0.0237	0.0318
chr2L	2166965	2167116	chr2L:2166966-2167116	distal	distal	stage11	stage11	VT1085.1	VT1085.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.06	0.0449	0.0871	0.0471	0.0223	0.0558	0.0441	0.0746	0.0223	0.0773	0.1559	0.0773	0.0248	0.0283	0.1348	0.0283	0.0281
chr2L	2168292	2168505	chr2L:2168293-2168505	distal	distal	none	none	VT1085.1,aop_E-lacZ	VT1085.1,aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.061	0.0467	0.0878	0.0475	0.017	0.0694	0.0458	0.0673	0.017	0.0839	0.0907	0.0839	0.1859	0.0237	0.0438	0.0237	0.1042
chr2L	2169516	2169667	chr2L:2169517-2169667	distal	distal	none	none	aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.032	0.0283	0.0425	0.0246	0.0074	0.033	0.0376	0.04	0.0074	0.0441	0.0524	0.0441	0.0604	0.0115	0.0174	0.0115	0.0578
chr2L	2170120	2170296	chr2L:2170121-2170296	distal	distal	none	none	aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0457	0.032	0.0522	0.0538	0.0159	0.0413	0.0346	0.046	0.0159	0.0495	0.0563	0.0495	0.0968	0.0237	0.0361	0.0237	0.1433
chr2L	2171342	2171527	chr2L:2171343-2171527	distal	distal	none	none	aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0223	0.039	0.0312	0.0106	0.0262	0.0203	0.0386	0.0106	0.0386	0.0405	0.0386	0.079	0.026	0.0245	0.026	0.0698
chr2L	2172421	2172735	chr2L:2172422-2172735	distal	distal	stage5	stage5	aop_D-lacZ,aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1078	0.2205	0.0675	0.026	0.1686	0.1796	0.2439	0.3984	0.1686	0.0628	0.0887	0.0628	0.0542	0.0237	0.0232	0.0237	0.038
chr2L	2173479	2173630	chr2L:2173480-2173630	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0286	0.0335	0.0282	0.0235	0.0201	0.0267	0.0389	0.0613	0.0201	0.032	0.0334	0.032	0.0333	0.0092	0.0219	0.0092	0.0287
chr2L	2174973	2175124	chr2L:2174974-2175124	distal	distal	none	none	VT1090.1,aop_D-lacZ	VT1090.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0633	0.0636	0.0737	0.0517	0.0297	0.0665	0.0735	0.1059	0.0297	0.0773	0.0965	0.0773	0.086	0.0421	0.0542	0.0421	0.0907
chr2L	2175485	2175708	chr2L:2175486-2175708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1090.1,aop_D-lacZ	VT1090.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1201	0.1028	0.164	0.0912	0.0626	0.1092	0.0999	0.1872	0.0626	0.1304	0.2569	0.1304	0.1619	0.1217	0.1567	0.1217	0.0938
chr2L	2177322	2177505	chr2L:2177323-2177505	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0603	0.047	0.0843	0.049	0.017	0.0641	0.0402	0.0813	0.017	0.0864	0.1003	0.0864	0.1363	0.0444	0.0535	0.0444	0.0855
chr2L	2178048	2178519	chr2L:2178049-2178519	FBgn0000097	aop	stage14,stage5	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2064	0.2087	0.2341	0.1734	0.1368	0.2476	0.2137	0.3171	0.1368	0.3068	0.2505	0.3068	0.3075	0.1799	0.1651	0.1799	0.2595
chr2L	2178652	2178847	chr2L:2178653-2178847	FBgn0000097	aop	stage14,stage5	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1918	0.1734	0.2292	0.1714	0.1273	0.217	0.1605	0.2712	0.1273	0.3134	0.2662	0.3134	0.2401	0.1853	0.1825	0.1853	0.2147
chr2L	2180002	2180153	chr2L:2180003-2180153	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0344	0.0199	0.0447	0.0394	0.0053	0.0311	0.0186	0.0286	0.0053	0.0556	0.0646	0.0556	0.0256	0.0168	0.1006	0.0168	0.0433
chr2L	2180418	2180569	chr2L:2180419-2180569	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0376	0.0244	0.0511	0.0375	0.0032	0.0393	0.0281	0.026	0.0032	0.096	0.0547	0.096	0.0364	0.0391	0.0451	0.0391	0.0672
chr2L	2180791	2180962	chr2L:2180792-2180962	distal	distal	stage14	stage14	VT1093.1,aop_D-lacZ	VT1093.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0754	0.0586	0.0971	0.0703	0.0117	0.1369	0.0389	0.0466	0.0117	0.253	0.0723	0.253	0.0643	0.1631	0.0445	0.1631	0.098
chr2L	2181664	2181908	chr2L:2181665-2181908	distal	distal	stage11,stage5	stage5	VT1093.1,aop_J-lacZ	VT1093.1,aop_J-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.105	0.1143	0.173	0.0202	0.0403	0.1495	0.0783	0.2352	0.0403	0.346	0.2135	0.346	0.0395	0.0222	0.0387	0.0222	0.0167
chr2L	2182092	2182350	chr2L:2182093-2182350	distal	distal	stage11,stage5	stage5	VT1093.1,aop_J-lacZ	VT1093.1,aop_J-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1641	0.16	0.2651	0.0579	0.0689	0.2403	0.112	0.2831	0.0689	0.4541	0.326	0.4541	0.1309	0.0544	0.1038	0.0544	0.0651
chr2L	2182579	2182846	chr2L:2182580-2182846	distal	distal	stage11	none	VT1093.1,aop_J-lacZ	VT1093.1,aop_J-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1229	0.0798	0.2293	0.0544	0.0265	0.1369	0.058	0.1133	0.0265	0.3744	0.3122	0.3744	0.0759	0.0391	0.0961	0.0391	0.0756
chr2L	2182985	2183332	chr2L:2182986-2183332	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1391	0.0941	0.2593	0.0577	0.0265	0.1563	0.0623	0.1519	0.0265	0.401	0.3871	0.401	0.0612	0.0551	0.1096	0.0551	0.0677
chr2L	2183576	2183727	chr2L:2183577-2183727	FBgn0264082	CG43751	none	none	VT1095.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0424	0.0916	0.0142	0.0117	0.0529	0.0359	0.0833	0.0117	0.1274	0.1498	0.1274	0.0124	0.0214	0.0232	0.0214	0.0135
chr2L	2187642	2187793	chr2L:2187643-2187793	distal	distal	none	none	VT1097.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0092	0.0176	0.0153	0.0011	0.0112	0.0138	0.0113	0.0011	0.0217	0.0235	0.0217	0.0116	0.0092	0.0084	0.0092	0.0078
chr2L	2188189	2188474	chr2L:2188190-2188474	distal	distal	stage11	stage11	VT1097.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0556	0.0313	0.0926	0.0422	0.0117	0.0471	0.0368	0.034	0.0117	0.1111	0.1466	0.1111	0.0403	0.0207	0.1025	0.0207	0.0318
chr2L	2188774	2189073	chr2L:2188775-2189073	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0715	0.0406	0.1138	0.0595	0.0148	0.0587	0.0433	0.0573	0.0148	0.1335	0.1772	0.1335	0.0581	0.0214	0.1825	0.0214	0.0318
chr2L	2189090	2189241	chr2L:2189091-2189241	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.044	0.028	0.0685	0.0348	0.0223	0.034	0.0281	0.042	0.0223	0.0972	0.1003	0.0972	0.0302	0.0153	0.107	0.0153	0.0198
chr2L	2189326	2189557	chr2L:2189327-2189557	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0673	0.0422	0.1044	0.0544	0.018	0.0573	0.0497	0.0526	0.018	0.1365	0.1611	0.1365	0.0349	0.0214	0.1689	0.0214	0.0313
chr2L	2191433	2191584	chr2L:2191434-2191584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0345	0.0329	0.0178	0.0159	0.0325	0.0532	0.0406	0.0159	0.0393	0.0431	0.0393	0.0232	0.0184	0.0251	0.0184	0.0182
chr2L	2192328	2192498	chr2L:2192329-2192498	FBgn0031395	CG10874	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.1138	0.1721	0.1249	0.0626	0.1422	0.1306	0.1546	0.0626	0.2089	0.1949	0.2089	0.1704	0.1279	0.1418	0.1279	0.1532
chr2L	2193542	2193717	chr2L:2193543-2193717	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.107	0.027	0.0958	0.2087	0.0074	0.0354	0.0407	0.0253	0.0074	0.0471	0.0987	0.0471	0.2192	0.2297	0.2166	0.2297	0.2788
chr2L	2195441	2195612	chr2L:2195442-2195612	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0685	0.0786	0.0869	0.0369	0.0339	0.1005	0.0878	0.1099	0.0339	0.1014	0.1196	0.1014	0.0651	0.0413	0.0406	0.0413	0.0417
chr2L	2196619	2196891	chr2L:2196620-2196891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2575	0.1772	0.3282	0.2697	0.0965	0.2568	0.1384	0.2798	0.0965	0.436	0.383	0.436	0.3253	0.2994	0.2869	0.2994	0.3382
chr2L	2196904	2197272	chr2L:2196905-2197272	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3498	0.26	0.433	0.3589	0.1485	0.367	0.2119	0.4051	0.1485	0.5761	0.4926	0.5761	0.4322	0.4257	0.4068	0.4257	0.4059
chr2L	2197589	2198012	chr2L:2197590-2198012	FBgn0085201	CG34172	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1382	0.0587	0.1496	0.2145	0.0255	0.101	0.0437	0.0793	0.0255	0.1111	0.1662	0.1111	0.2851	0.3216	0.2418	0.3216	0.2058
chr2L	2198685	2199031	chr2L:2198686-2199031	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1439	0.0456	0.1731	0.2218	0.0106	0.0913	0.0372	0.0466	0.0106	0.2035	0.1678	0.2035	0.3253	0.3017	0.2353	0.3017	0.2835
chr2L	2199650	2199801	chr2L:2199651-2199801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.051	0.0128	0.0576	0.0865	0.0011	0.0282	0.013	0.0067	0.0011	0.0658	0.064	0.0658	0.0844	0.0949	0.1393	0.0949	0.1032
chr2L	2199912	2200063	chr2L:2199913-2200063	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0648	0.0169	0.0835	0.0979	0.0032	0.0335	0.0182	0.0127	0.0032	0.1039	0.1016	0.1039	0.0999	0.0865	0.1915	0.0865	0.1089
chr2L	2200258	2200512	chr2L:2200259-2200512	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1924	0.0663	0.2926	0.2234	0.0148	0.132	0.0489	0.0726	0.0148	0.3973	0.3428	0.3973	0.3455	0.2757	0.2727	0.2757	0.3168
chr2L	2201419	2201629	chr2L:2201420-2201629	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0761	0.0232	0.0901	0.1198	0.0064	0.0398	0.0195	0.0313	0.0064	0.1256	0.0807	0.1256	0.1572	0.1983	0.1154	0.1983	0.1939
chr2L	2202077	2202310	chr2L:2202078-2202310	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1972	0.085	0.2898	0.221	0.0286	0.1534	0.0519	0.1272	0.0286	0.4052	0.3379	0.4052	0.33	0.3063	0.2837	0.3063	0.3299
chr2L	2202450	2202631	chr2L:2202451-2202631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1624	0.0859	0.2332	0.1703	0.0382	0.1345	0.0601	0.1419	0.0382	0.3267	0.255	0.3267	0.2998	0.2534	0.2076	0.2534	0.2559
chr2L	2202952	2203103	chr2L:2202953-2203103	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0696	0.0259	0.0924	0.0934	0.0148	0.0408	0.0285	0.0286	0.0148	0.1679	0.073	0.1679	0.1456	0.1485	0.0696	0.1485	0.1579
chr2L	2203198	2203504	chr2L:2203199-2203504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1282	0.0336	0.1651	0.1933	0.0117	0.068	0.0311	0.0293	0.0117	0.2874	0.1305	0.2874	0.2719	0.2703	0.1812	0.2703	0.3106
chr2L	2212543	2212694	chr2L:2212544-2212694	FBgn0031397	CG15385	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0141	0.0195	0.034	0.0053	0.0107	0.0225	0.0187	0.0053	0.0211	0.018	0.0211	0.0217	0.0222	0.0103	0.0222	0.0255
chr2L	2213959	2214145	chr2L:2213960-2214145	FBgn0010288,FBgn0085203	CG34174,Uch	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0851	0.0662	0.0989	0.0912	0.0361	0.082	0.0683	0.1026	0.0361	0.1171	0.1109	0.1171	0.1263	0.0896	0.0883	0.0896	0.1225
chr2L	2214167	2214344	chr2L:2214168-2214344	FBgn0010288,FBgn0085203	CG34174,Uch	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1131	0.0941	0.1371	0.1081	0.0573	0.1146	0.1086	0.1292	0.0573	0.1757	0.1598	0.1757	0.1425	0.111	0.1032	0.111	0.1433
chr2L	2216007	2216177	chr2L:2216008-2216177	FBgn0031398	CG10880	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0485	0.0783	0.049	0.0191	0.0592	0.0562	0.0713	0.0191	0.0972	0.0913	0.0972	0.0829	0.0513	0.0503	0.0513	0.0547
chr2L	2216240	2216407	chr2L:2216241-2216407	FBgn0031398	CG10880	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1049	0.087	0.1298	0.0976	0.0445	0.1189	0.0869	0.1219	0.0445	0.16	0.1495	0.16	0.134	0.0965	0.1096	0.0965	0.1209
chr2L	2216546	2217114	chr2L:2216547-2217114	FBgn0031398,FBgn0031399,FBgn0040715,FBgn0259717	CG10880,CG15386,CG42371,mio	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.127	0.1107	0.1584	0.1108	0.0636	0.135	0.1328	0.1446	0.0636	0.1902	0.1791	0.1902	0.1782	0.1202	0.1373	0.1202	0.1344
chr2L	2217191	2217391	chr2L:2217192-2217391	FBgn0031399,FBgn0040715,FBgn0259717	CG15386,CG42371,mio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1464	0.1392	0.1734	0.1248	0.0944	0.1709	0.1618	0.1759	0.0944	0.2289	0.1855	0.2289	0.1828	0.1394	0.1212	0.1394	0.1532
chr2L	2220395	2220550	chr2L:2220396-2220550	FBgn0031401	papi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0457	0.0615	0.0428	0.0318	0.0495	0.0532	0.0626	0.0318	0.0797	0.0682	0.0797	0.062	0.0475	0.0451	0.0475	0.0547
chr2L	2220638	2220820	chr2L:2220639-2220820	FBgn0031401	papi	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1067	0.0889	0.1324	0.0985	0.053	0.1078	0.1034	0.1193	0.053	0.1661	0.154	0.1661	0.1371	0.1233	0.1225	0.1233	0.1037
chr2L	2220858	2221256	chr2L:2220859-2221256	FBgn0031401	papi	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1018	0.0783	0.1268	0.1007	0.0414	0.0903	0.1003	0.1039	0.0414	0.1473	0.1611	0.1473	0.1208	0.1187	0.1625	0.1187	0.0881
chr2L	2221941	2222132	chr2L:2221942-2222132	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0557	0.0788	0.0437	0.043	0.0742	0.0612	0.0939	0.1306	0.0742	0.0356	0.0431	0.0356	0.0457	0.0337	0.0464	0.0337	0.0526
chr2L	2225780	2226133	chr2L:2225781-2226133	FBgn0010704	l(2)s5379	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1062	0.0842	0.1305	0.104	0.0403	0.1078	0.099	0.1079	0.0403	0.1757	0.1444	0.1757	0.1216	0.1141	0.0922	0.1141	0.1042
chr2L	2226214	2226396	chr2L:2226215-2226396	FBgn0010704,FBgn0031403	CG15387,l(2)s5379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1069	0.1544	0.1239	0.0594	0.1413	0.1103	0.1492	0.0594	0.1963	0.1768	0.1963	0.1332	0.1302	0.1296	0.1302	0.1454
chr2L	2226426	2226603	chr2L:2226427-2226603	FBgn0010704,FBgn0031403	CG15387,l(2)s5379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1196	0.1684	0.1348	0.071	0.1447	0.1215	0.1832	0.071	0.2077	0.1887	0.2077	0.1704	0.1394	0.1483	0.1394	0.1589
chr2L	2226729	2226991	chr2L:2226730-2226991	FBgn0010704,FBgn0031403	CG15387,l(2)s5379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1159	0.1077	0.1308	0.1086	0.0498	0.132	0.1081	0.1726	0.0498	0.1437	0.1341	0.1437	0.1689	0.1194	0.1128	0.1194	0.1433
chr2L	2227347	2227498	chr2L:2227348-2227498	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0282	0.044	0.0421	0.0106	0.034	0.0298	0.046	0.0106	0.0465	0.0524	0.0465	0.055	0.0398	0.0509	0.0398	0.0594
chr2L	2228217	2228507	chr2L:2228218-2228507	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0567	0.0389	0.0585	0.0746	0.0106	0.0631	0.0437	0.0406	0.0106	0.0519	0.0489	0.0519	0.134	0.059	0.0477	0.059	0.1678
chr2L	2235944	2236095	chr2L:2235945-2236095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0213	0.016	0.0241	0.0241	0.0074	0.0199	0.019	0.0213	0.0074	0.0229	0.0315	0.0229	0.0225	0.01	0.0251	0.01	0.0485
chr2L	2236215	2236671	chr2L:2236216-2236671	FBgn0262126	gho	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0789	0.0626	0.0949	0.0797	0.0361	0.0738	0.0757	0.0833	0.0361	0.1063	0.1167	0.1063	0.1069	0.0697	0.0928	0.0697	0.1256
chr2L	2236833	2237045	chr2L:2236834-2237045	FBgn0262126	gho	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1445	0.1203	0.1746	0.1384	0.0742	0.151	0.1237	0.1732	0.0742	0.2107	0.1968	0.2107	0.1921	0.1401	0.1496	0.1401	0.1751
chr2L	2237154	2237343	chr2L:2237155-2237343	FBgn0262126	gho	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0405	0.0575	0.0352	0.0212	0.049	0.0433	0.058	0.0212	0.067	0.0704	0.067	0.048	0.036	0.0297	0.036	0.049
chr2L	2242244	2242435	chr2L:2242245-2242435	FBgn0031405	CG4267	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0828	0.0258	0.1119	0.1145	0.0095	0.0427	0.0281	0.0293	0.0095	0.1171	0.1428	0.1171	0.1619	0.1087	0.1702	0.1087	0.1944
chr2L	2279485	2279698	chr2L:2279486-2279698	FBgn0264084	CR43753	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.023	0.0127	0.0185	0.0395	0.0085	0.0087	0.0247	0.0107	0.0085	0.0151	0.017	0.0151	0.0364	0.0299	0.0309	0.0299	0.0485
chr2L	2279842	2279993	chr2L:2279843-2279993	FBgn0264084	CR43753	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0172	0.0096	0.0174	0.0255	0.0085	0.0087	0.0143	0.01	0.0085	0.0223	0.0167	0.0223	0.0294	0.0176	0.0335	0.0176	0.0401
chr2L	2311483	2311634	chr2L:2311484-2311634	FBgn0031414	eys	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0166	0.0175	0.0274	0.0085	0.0117	0.0294	0.02	0.0085	0.0127	0.0199	0.0127	0.0201	0.0054	0.0142	0.0054	0.012
chr2L	2311957	2312108	chr2L:2311958-2312108	FBgn0031414	eys	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0092	0.0095	0.0102	0.0032	0.0058	0.0151	0.0153	0.0032	0.0103	0.0096	0.0103	0.0046	8e-04	0.0084	8e-04	0.0073
chr2L	2334821	2334972	chr2L:2334822-2334972	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0046	0.0057	0.0148	0.0032	0.0039	0.0065	0.006	0.0032	0.0042	0.0071	0.0042	0.0062	0.0061	0.0329	0.0061	0.0078
chr2L	2335101	2335252	chr2L:2335102-2335252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0099	0.0064	0.0085	0.0153	0.0042	0.0034	0.0125	0.0073	0.0042	0.0079	0.0122	0.0079	0.0085	0.0038	0.0329	0.0038	0.012
chr2L	2356171	2356400	chr2L:2356172-2356400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0165	0.0258	0.0164	0.0042	0.0131	0.026	0.024	0.0042	0.0199	0.0354	0.0199	0.0325	0.0115	0.029	0.0115	0.0214
chr2L	2357070	2357221	chr2L:2357071-2357221	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0355	0.0486	0.0338	0.0297	0.0359	0.0424	0.0506	0.0297	0.0356	0.0691	0.0356	0.0527	0.0237	0.0535	0.0237	0.0412
chr2L	2357269	2357483	chr2L:2357270-2357483	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0964	0.0745	0.1269	0.0875	0.0403	0.0796	0.0869	0.1186	0.0403	0.1153	0.164	0.1153	0.1479	0.0804	0.1103	0.0804	0.1162
chr2L	2357515	2357689	chr2L:2357516-2357689	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.095	0.0725	0.124	0.0883	0.0382	0.0869	0.0774	0.1079	0.0382	0.1322	0.1511	0.1322	0.1441	0.0942	0.0928	0.0942	0.1199
chr2L	2357758	2358148	chr2L:2357759-2358148	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0712	0.058	0.0905	0.0648	0.0318	0.0689	0.0709	0.0726	0.0318	0.0918	0.1103	0.0918	0.1084	0.0674	0.0735	0.0674	0.0896
chr2L	2362325	2362521	chr2L:2362326-2362521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0334	0.0524	0.0405	0.0053	0.0422	0.0493	0.034	0.0053	0.0314	0.0386	0.0314	0.1526	0.0191	0.0232	0.0191	0.111
chr2L	2362772	2363041	chr2L:2362773-2363041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0559	0.0421	0.0635	0.0631	0.0127	0.0515	0.0562	0.0486	0.0127	0.0694	0.0598	0.0694	0.1146	0.0544	0.0625	0.0544	0.1209
chr2L	2363052	2363226	chr2L:2363053-2363226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.057	0.0384	0.0671	0.0666	0.0117	0.0519	0.0454	0.0526	0.0117	0.0719	0.0691	0.0719	0.1069	0.0812	0.0664	0.0812	0.1115
chr2L	2363515	2363701	chr2L:2363516-2363701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0822	0.0575	0.1	0.0902	0.0318	0.0748	0.0649	0.0779	0.0318	0.1214	0.1183	0.1214	0.1015	0.1034	0.0961	0.1034	0.1365
chr2L	2363783	2363976	chr2L:2363784-2363976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0809	0.0567	0.098	0.0893	0.0286	0.0718	0.0619	0.0793	0.0286	0.1087	0.1068	0.1087	0.1387	0.0949	0.0935	0.0949	0.1277
chr2L	2364064	2364229	chr2L:2364065-2364229	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.093	0.0586	0.1189	0.103	0.0329	0.0859	0.0571	0.0759	0.0329	0.1407	0.1241	0.1407	0.1627	0.1133	0.1122	0.1133	0.1324
chr2L	2364336	2364512	chr2L:2364337-2364512	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.1008	0.2579	0.205	0.0297	0.1689	0.0766	0.1512	0.0297	0.3297	0.2772	0.3297	0.2835	0.2152	0.2108	0.2152	0.2517
chr2L	2364594	2364783	chr2L:2364595-2364783	FBgn0014010	Rab5	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1432	0.0801	0.1999	0.1514	0.0286	0.115	0.0757	0.1166	0.0286	0.247	0.2251	0.247	0.2107	0.1608	0.158	0.1608	0.1876
chr2L	2364868	2365050	chr2L:2364869-2365050	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2096	0.1687	0.2571	0.203	0.1082	0.2102	0.183	0.2298	0.1082	0.3074	0.2823	0.3074	0.2603	0.2098	0.2076	0.2098	0.2314
chr2L	2365230	2365426	chr2L:2365231-2365426	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2298	0.2117	0.2673	0.2087	0.1453	0.2456	0.2457	0.2745	0.1453	0.337	0.2817	0.337	0.251	0.2129	0.2211	0.2129	0.235
chr2L	2365493	2365688	chr2L:2365494-2365688	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.136	0.1297	0.1668	0.1092	0.0848	0.1568	0.1505	0.1646	0.0848	0.2095	0.1778	0.2095	0.1534	0.1018	0.1302	0.1018	0.1183
chr2L	2365728	2365934	chr2L:2365729-2365934	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0833	0.0654	0.0533	0.0647	0.0728	0.1146	0.1086	0.0647	0.0755	0.0691	0.0755	0.0689	0.0536	0.0516	0.0536	0.0667
chr2L	2366128	2366284	chr2L:2366129-2366284	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0419	0.0766	0.0299	0.0162	0.0647	0.0369	0.1397	0.0893	0.0647	0.0314	0.0383	0.0314	0.0248	0.0207	0.0161	0.0207	0.0188
chr2L	2370401	2370595	chr2L:2370402-2370595	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0565	0.0268	0.0185	0.0562	0.033	0.1029	0.052	0.0562	0.026	0.0331	0.026	0.0294	0.0176	0.0142	0.0176	0.0281
chr2L	2371803	2372004	chr2L:2371804-2372004	FBgn0031417	CG3597	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0415	0.0426	0.0425	0.039	0.0276	0.0359	0.0701	0.046	0.0276	0.0368	0.0376	0.0368	0.0991	0.0222	0.0245	0.0222	0.0907
chr2L	2373668	2373849	chr2L:2373669-2373849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0417	0.0304	0.0516	0.0433	0.0148	0.0296	0.0398	0.04	0.0148	0.0507	0.0453	0.0507	0.0937	0.0291	0.0335	0.0291	0.099
chr2L	2374535	2374750	chr2L:2374536-2374750	FBgn0031418,FBgn0031419	CG15390,CG3609	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1704	0.1476	0.1954	0.1685	0.0933	0.182	0.1769	0.1865	0.0933	0.2421	0.2084	0.2421	0.206	0.2037	0.167	0.2037	0.2006
chr2L	2375519	2375670	chr2L:2375520-2375670	FBgn0031420	CG9866	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.0459	0.0745	0.0462	0.0212	0.0481	0.0649	0.058	0.0212	0.0936	0.0781	0.0936	0.0689	0.0551	0.0484	0.0551	0.0495
chr2L	2375773	2375951	chr2L:2375774-2375951	FBgn0031420	CG9866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.172	0.1539	0.2019	0.1593	0.0912	0.1757	0.189	0.1999	0.0912	0.2331	0.2199	0.2331	0.2076	0.1776	0.1657	0.1776	0.1798
chr2L	2376217	2376396	chr2L:2376218-2376396	FBgn0031420	CG9866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2088	0.1833	0.2434	0.1991	0.1135	0.235	0.2059	0.2318	0.1135	0.3116	0.2585	0.3116	0.22	0.1998	0.2076	0.1998	0.2262
chr2L	2376495	2376646	chr2L:2376496-2376646	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0632	0.0704	0.0671	0.0507	0.0467	0.0723	0.0817	0.1079	0.0467	0.0894	0.0727	0.0894	0.0697	0.0559	0.0445	0.0559	0.0563
chr2L	2380565	2380737	chr2L:2380566-2380737	FBgn0264672	Eogt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0744	0.0748	0.0921	0.0544	0.0339	0.0816	0.0965	0.1066	0.0339	0.1045	0.1061	0.1045	0.0922	0.0444	0.069	0.0444	0.0703
chr2L	2380783	2381225	chr2L:2380784-2381225	FBgn0264672	Eogt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1888	0.1796	0.2242	0.1603	0.1283	0.1932	0.2137	0.2585	0.1283	0.2355	0.2736	0.2355	0.2308	0.1317	0.2005	0.1317	0.1996
chr2L	2383047	2383224	chr2L:2383048-2383224	FBgn0031422	CG9870	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0682	0.0865	0.0756	0.0371	0.084	0.0731	0.1019	0.0371	0.0894	0.1051	0.0894	0.0914	0.0888	0.087	0.0888	0.0943
chr2L	2383390	2383591	chr2L:2383391-2383591	FBgn0031422	CG9870	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0346	0.043	0.0379	0.0276	0.0311	0.0381	0.0573	0.0276	0.0489	0.0527	0.0489	0.0442	0.0306	0.049	0.0306	0.049
chr2L	2388657	2388808	chr2L:2388658-2388808	distal	distal	stage14	stage14	VT1206.1	VT1206.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0212	0.0142	0.0224	0.0085	0.0238	0.0251	0.0333	0.0085	0.0109	0.0183	0.0109	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0078
chr2L	2389157	2389308	chr2L:2389158-2389308	distal	distal	none	none	VT1206.1	VT1206.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0158	0.0143	0.0205	0.0064	0.0175	0.0247	0.016	0.0064	0.0079	0.018	0.0079	0.0054	0.0054	0.0045	0.0054	0.0094
chr2L	2391539	2391690	chr2L:2391540-2391690	FBgn0031424	VGlut	stage14	none	VT1208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0069	0.0074	0.0202	0.0042	0.0049	0.013	0.0067	0.0042	0.0072	0.0068	0.0072	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chr2L	2392735	2392886	chr2L:2392736-2392886	distal	distal	none	none	VT1208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0085	0.0085	0.0182	0.0032	0.0092	0.013	0.01	0.0032	0.0085	0.0058	0.0085	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chr2L	2397033	2397184	chr2L:2397034-2397184	distal	distal	none	none	VT1211.1	VT1211.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0082	0.0062	0.0163	0.0064	0.0078	0.0151	0.004	0.0064	0.0036	0.008	0.0036	0.0015	0.0061	0.0039	0.0061	0.0052
chr2L	2397802	2397953	chr2L:2397803-2397953	distal	distal	none	none	VT1211.1	VT1211.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0113	0.0076	0.0099	0.017	0.0032	0.0063	0.0156	0.0047	0.0032	0.0103	0.0084	0.0103	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0031
chr2L	2400055	2400206	chr2L:2400056-2400206	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0061	0.0086	0.0315	0.0032	0.0049	0.0112	0.006	0.0032	0.0091	0.0045	0.0091	0.0031	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	2402113	2402264	chr2L:2402114-2402264	distal	distal	none	none	VT1214.1	VT1214.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0121	0.0076	0.0156	0.0042	0.0102	0.0203	0.016	0.0042	0.0109	0.0071	0.0109	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0031
chr2L	2402519	2402670	chr2L:2402520-2402670	distal	distal	none	none	VT1214.1,VT1215.1	VT1214.1,VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.008	0.0081	0.0136	0.0042	0.0068	0.0143	0.008	0.0042	0.0085	0.0064	0.0085	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0057
chr2L	2402735	2402886	chr2L:2402736-2402886	distal	distal	stage14	stage14	VT1214.1,VT1215.1	VT1214.1,VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.009	0.0079	0.0139	0.0074	0.0083	0.0164	0.006	0.0074	0.0066	0.0061	0.0066	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0073
chr2L	2403924	2404075	chr2L:2403925-2404075	distal	distal	none	none	VT1215.1	VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0103	0.0095	0.0117	0.0032	0.0112	0.0177	0.0087	0.0032	0.0079	0.0093	0.0079	0.0039	0.0054	0.0013	0.0054	0.0026
chr2L	2404185	2404336	chr2L:2404186-2404336	distal	distal	none	none	VT1215.1	VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0106	0.0103	0.0128	0.0032	0.0102	0.0203	0.0087	0.0032	0.0048	0.0096	0.0048	0.0077	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chr2L	2404414	2404610	chr2L:2404415-2404610	distal	distal	none	none	VT1215.1	VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0133	0.0101	0.0107	0.0198	0.0064	0.0058	0.0199	0.0107	0.0064	0.0054	0.0064	0.0054	0.0039	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chr2L	2405758	2405909	chr2L:2405759-2405909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0098	0.0088	0.0118	0.0042	0.0121	0.0156	0.0067	0.0042	0.0097	0.0045	0.0097	0.0054	8e-04	0.0013	8e-04	0.0026
chr2L	2415249	2415400	chr2L:2415250-2415400	FBgn0031426	CG18641	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0081	0.0064	0.0091	0.0088	0.0021	0.0029	0.0134	0.0073	0.0021	0.0066	0.0135	0.0066	0.0077	0.0023	0.0316	0.0023	0.0036
chr2L	2420238	2420389	chr2L:2420239-2420389	FBgn0031428,FBgn0085476	CG34447,CG9886	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0242	0.0286	0.0178	0.0127	0.0282	0.0268	0.036	0.0127	0.0326	0.0296	0.0326	0.0403	0.0191	0.0206	0.0191	0.0214
chr2L	2420479	2420659	chr2L:2420480-2420659	FBgn0031428,FBgn0085476	CG34447,CG9886	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0912	0.0739	0.1102	0.0898	0.0382	0.0951	0.0766	0.1059	0.0382	0.1437	0.1186	0.1437	0.1263	0.098	0.0974	0.098	0.1152
chr2L	2420686	2420926	chr2L:2420687-2420926	FBgn0031428	CG9886	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0759	0.0581	0.0958	0.0741	0.0318	0.0786	0.0562	0.0833	0.0318	0.1184	0.109	0.1184	0.1092	0.0773	0.0748	0.0773	0.1068
chr2L	2423896	2424161	chr2L:2423897-2424161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0131	0.0174	0.0216	0.0074	0.0126	0.0199	0.016	0.0074	0.0187	0.0174	0.0187	0.0279	0.0115	0.0135	0.0115	0.0505
chr2L	2427863	2428014	chr2L:2427864-2428014	FBgn0000490	dpp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.009	0.0102	0.0146	0.0064	0.0068	0.0164	0.008	0.0064	0.0103	0.0148	0.0103	0.0062	0.0061	0.0322	0.0061	0.0177
chr2L	2430453	2430604	chr2L:2430454-2430604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0089	0.0093	0.0072	0.0102	0.0042	0.0058	0.0195	0.008	0.0042	0.0036	0.0113	0.0036	0.0101	0.0061	0.0322	0.0061	0.0036
chr2L	2433467	2433618	chr2L:2433468-2433618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0099	0.0069	0.0085	0.0148	0.0032	0.0068	0.0087	0.01	0.0032	0.0048	0.0138	0.0048	0.0108	0.0046	0.038	0.0046	0.0146
chr2L	2433742	2433893	chr2L:2433743-2433893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0103	0.0155	0.0178	0.0011	0.0107	0.0173	0.0127	0.0011	0.0085	0.0244	0.0085	0.017	0.0015	0.0554	0.0015	0.0156
chr2L	2438056	2438207	chr2L:2438057-2438207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0114	0.011	0.0124	0.0107	0.0032	0.0136	0.0143	0.0127	0.0032	0.0145	0.0203	0.0145	0.0046	0.0115	0.0258	0.0115	0.0052
chr2L	2438804	2438958	chr2L:2438805-2438958	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0218	0.034	0.0206	0.0074	0.0252	0.0324	0.022	0.0074	0.0169	0.0559	0.0169	0.0372	0.0092	0.0664	0.0092	0.0115
chr2L	2439165	2439343	chr2L:2439166-2439343	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0265	0.0259	0.033	0.0201	0.0042	0.0311	0.0385	0.0306	0.0042	0.0157	0.0611	0.0157	0.0201	0.0092	0.0664	0.0092	0.0104
chr2L	2444071	2444222	chr2L:2444072-2444222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.027	0.0298	0.0117	0.0042	0.0325	0.0402	0.0306	0.0042	0.0405	0.0389	0.0405	0.0186	0.0153	0.0135	0.0153	0.0104
chr2L	2444293	2444444	chr2L:2444294-2444444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0383	0.0486	0.0451	0.0194	0.0159	0.0592	0.064	0.0606	0.0159	0.0513	0.0614	0.0513	0.0325	0.0237	0.0226	0.0237	0.0151
chr2L	2445904	2446064	chr2L:2445905-2446064	distal	distal	none	none	dpp_265lacZ,dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	dpp_265lacZ,dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0255	0.0201	0.0435	0.0117	0.0021	0.0374	0.0173	0.0247	0.0021	0.0948	0.0283	0.0948	0.062	0.026	0.0129	0.026	0.0109
chr2L	2446182	2446392	chr2L:2446183-2446392	distal	distal	none	none	dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0227	0.0189	0.0297	0.0191	0.0011	0.0248	0.0242	0.024	0.0011	0.0525	0.0257	0.0525	0.0356	0.0413	0.0239	0.0413	0.0177
chr2L	2447498	2447649	chr2L:2447499-2447649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0305	0.0401	0.0379	0.0114	0.0095	0.0461	0.0307	0.0873	0.0095	0.032	0.0601	0.032	0.0302	0.0115	0.0187	0.0115	0.0125
chr2L	2448076	2448236	chr2L:2448077-2448236	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0373	0.0737	0.0293	0.0056	0.0106	0.1058	0.0381	0.1686	0.0106	0.0393	0.0434	0.0393	0.0139	0.0046	0.009	0.0046	0.0052
chr2L	2448474	2448922	chr2L:2448475-2448922	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.0906	0.1872	0.0719	0.0138	0.1272	0.0709	0.1719	0.0138	0.3231	0.2399	0.3231	0.0953	0.1409	0.1103	0.1409	0.0568
chr2L	2449718	2450047	chr2L:2449719-2450047	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.116	0.1468	0.1586	0.035	0.0838	0.1398	0.1912	0.2159	0.0838	0.1298	0.2817	0.1298	0.0767	0.0306	0.0922	0.0306	0.024
chr2L	2450814	2451285	chr2L:2450815-2451285	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2181	0.2019	0.2582	0.192	0.1622	0.1961	0.2379	0.2951	0.1622	0.2687	0.3598	0.2687	0.2758	0.2481	0.2908	0.2481	0.2616
chr2L	2451966	2452175	chr2L:2451967-2452175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0304	0.0365	0.0374	0.0159	0.0191	0.034	0.0471	0.0593	0.0191	0.0332	0.0428	0.0332	0.0689	0.0138	0.0258	0.0138	0.024
chr2L	2454495	2454721	chr2L:2454496-2454721	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1453	0.2051	0.1519	0.0713	0.1941	0.1437	0.3062	0.2645	0.1941	0.1322	0.2334	0.1322	0.11	0.0904	0.1341	0.0904	0.0521
chr2L	2454742	2454940	chr2L:2454743-2454940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2042	0.2443	0.244	0.1157	0.2047	0.2112	0.3283	0.3331	0.2047	0.2911	0.3325	0.2911	0.2068	0.1677	0.2192	0.1677	0.0875
chr2L	2456558	2456718	chr2L:2456559-2456718	distal	distal	stage5	stage5	dpp_dl_mel	dpp_dl_mel	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0766	0.1871	0.0261	0.0085	0.2291	0.0825	0.3365	0.1832	0.2291	0.0205	0.0415	0.0205	0.0163	0.0031	0.0142	0.0031	0.0047
chr2L	2456806	2457026	chr2L:2456807-2457026	distal	distal	stage5	stage5	dpp_85.8MX,dpp_dl_mel	dpp_85.8MX,dpp_dl_mel	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0902	0.2125	0.0374	0.0114	0.2598	0.1063	0.3257	0.2758	0.2598	0.0332	0.0559	0.0332	0.0256	0.0054	0.0206	0.0054	0.0073
chr2L	2457083	2457309	chr2L:2457084-2457309	distal	distal	stage5	stage5	dpp_85.8MX	dpp_85.8MX	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0803	0.1929	0.0308	0.0088	0.2291	0.0816	0.3023	0.2698	0.2291	0.0254	0.0508	0.0254	0.0194	0.0107	0.0135	0.0107	0.0063
chr2L	2460962	2461148	chr2L:2460963-2461148	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0375	0.0474	0.0508	0.012	0.018	0.0388	0.0471	0.1086	0.018	0.0199	0.0987	0.0199	0.0209	0.0038	0.0297	0.0038	0.0073
chr2L	2461407	2461661	chr2L:2461408-2461661	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0849	0.0866	0.1275	0.0363	0.0297	0.0864	0.0835	0.1805	0.0297	0.0459	0.2511	0.0459	0.0767	0.0069	0.1289	0.0069	0.012
chr2L	2461852	2462301	chr2L:2461853-2462301	FBgn0012016	tRNA:Y1:22Fa	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0814	0.0995	0.1076	0.0326	0.0382	0.0971	0.1142	0.1805	0.0382	0.0586	0.2026	0.0586	0.0635	0.0145	0.0999	0.0145	0.0125
chr2L	2462464	2462712	chr2L:2462465-2462712	FBgn0012016	tRNA:Y1:22Fa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0792	0.1168	0.084	0.0319	0.088	0.0913	0.1592	0.1746	0.088	0.0429	0.1447	0.0429	0.0775	0.01	0.0928	0.01	0.0219
chr2L	2463257	2463420	chr2L:2463258-2463420	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0304	0.0252	0.0499	0.0148	0.0053	0.0238	0.0329	0.0433	0.0053	0.0193	0.1048	0.0193	0.0132	0.0092	0.0458	0.0092	0.0063
chr2L	2468158	2468309	chr2L:2468159-2468309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.0132	0.0155	0.0081	0.0042	0.015	0.0177	0.0173	0.0042	0.0109	0.028	0.0109	0.0077	0.0031	0.0264	0.0031	0.0031
chr2L	2470485	2470637	chr2L:2470486-2470637	distal	distal	stage11	stage11	dpp_BS1.1	dpp_BS1.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.0137	0.0307	0.011	0.0032	0.016	0.0203	0.0167	0.0032	0.0139	0.063	0.0139	0.0062	0.0077	0.0361	0.0077	0.0036
chr2L	2473820	2474121	chr2L:2473821-2474121	distal	distal	stage14	stage14	dpp_BS2.0	dpp_BS2.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0143	0.0184	0.0187	0.0053	0.016	0.0199	0.0193	0.0053	0.0054	0.0392	0.0054	0.0054	0.0031	0.0735	0.0031	0.0042
chr2L	2483874	2484025	chr2L:2483875-2484025	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0176	0.0127	0.0334	0.0058	0.0074	0.015	0.0177	0.0147	0.0074	0.0272	0.0588	0.0272	0.0093	0.0023	0.0077	0.0023	0.0052
chr2L	2484501	2484652	chr2L:2484502-2484652	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0159	0.0145	0.0273	0.0052	0.0106	0.0175	0.019	0.0153	0.0106	0.0254	0.0444	0.0254	0.0108	0.0031	0.011	0.0031	0.0031
chr2L	2485764	2485915	chr2L:2485765-2485915	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0101	0.027	0.0077	0.0032	0.0131	0.0138	0.0113	0.0032	0.0097	0.055	0.0097	0.0101	0.0084	0.0181	0.0084	0.0063
chr2L	2488453	2488604	chr2L:2488454-2488604	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0173	0.025	0.029	0.0117	0.0218	0.0234	0.0153	0.0117	0.0193	0.0421	0.0193	0.0132	0.0123	0.0825	0.0123	0.0229
chr2L	2492344	2492495	chr2L:2492345-2492495	FBgn0011818,FBgn0015816	Slh,oaf	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0485	0.0605	0.0402	0.035	0.0447	0.0657	0.064	0.035	0.0761	0.0717	0.0761	0.0534	0.0413	0.0516	0.0413	0.05
chr2L	2492633	2492784	chr2L:2492634-2492784	FBgn0011818,FBgn0015816	Slh,oaf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1679	0.1706	0.1863	0.1447	0.1718	0.1835	0.1929	0.2232	0.1718	0.2258	0.1977	0.2258	0.189	0.1524	0.1509	0.1524	0.1714
chr2L	2492803	2493064	chr2L:2492804-2493064	FBgn0011818,FBgn0015816	Slh,oaf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2551	0.2493	0.2924	0.2207	0.2195	0.2942	0.2682	0.3351	0.2195	0.3708	0.3026	0.3708	0.3021	0.2427	0.2431	0.2427	0.2517
chr2L	2493291	2493520	chr2L:2493292-2493520	FBgn0011818	oaf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.1211	0.1214	0.0866	0.087	0.1398	0.1423	0.1559	0.087	0.157	0.1264	0.157	0.1278	0.1018	0.0948	0.1018	0.0943
chr2L	2493705	2493889	chr2L:2493706-2493889	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0575	0.0804	0.0576	0.0318	0.052	0.0859	0.1012	0.1113	0.052	0.0924	0.0605	0.0924	0.0426	0.036	0.0335	0.036	0.038
chr2L	2493913	2494128	chr2L:2493914-2494128	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0645	0.0897	0.0688	0.0316	0.0785	0.0981	0.1055	0.1153	0.0785	0.122	0.0666	0.122	0.0558	0.0391	0.0309	0.0391	0.0406
chr2L	2494556	2494739	chr2L:2494557-2494739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0436	0.0516	0.0534	0.024	0.0297	0.0612	0.0588	0.0726	0.0297	0.0966	0.0482	0.0966	0.0434	0.0191	0.0213	0.0191	0.0198
chr2L	2529505	2529796	chr2L:2529506-2529796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0131	0.0111	0.0109	0.0178	0.0032	0.0112	0.0208	0.0093	0.0032	0.0151	0.0093	0.0151	0.0085	0.0352	0.0045	0.0352	0.0047
chr2L	2530380	2530531	chr2L:2530381-2530531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0146	0.0138	0.0114	0.0106	0.0146	0.0255	0.01	0.0106	0.0236	0.0116	0.0236	0.0054	0.01	0.0032	0.01	0.0057
chr2L	2574781	2574942	chr2L:2574782-2574942	FBgn0026778,FBgn0085343	CG34314,Rad1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0702	0.099	0.0661	0.0426	0.1029	0.068	0.1626	0.0986	0.1029	0.0694	0.0743	0.0694	0.0806	0.0375	0.0419	0.0375	0.0625
chr2L	2575024	2575201	chr2L:2575025-2575201	FBgn0026778,FBgn0085343	CG34314,Rad1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1417	0.1601	0.1518	0.1102	0.1188	0.165	0.2154	0.1865	0.1188	0.1673	0.1794	0.1673	0.1487	0.1149	0.1083	0.1149	0.1443
chr2L	2575256	2575426	chr2L:2575257-2575426	FBgn0026778,FBgn0085343	CG34314,Rad1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0838	0.0996	0.0895	0.06	0.0636	0.0976	0.1337	0.1299	0.0636	0.1021	0.1029	0.1021	0.0875	0.0666	0.0658	0.0666	0.073
chr2L	2576626	2576850	chr2L:2576627-2576850	FBgn0031434	insv	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1365	0.2333	0.1128	0.0544	0.2078	0.1903	0.3261	0.3011	0.2078	0.0918	0.1219	0.0918	0.0697	0.0436	0.0548	0.0436	0.0464
chr2L	2576881	2577032	chr2L:2576882-2577032	FBgn0031434	insv	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0788	0.1243	0.0654	0.0428	0.1018	0.1063	0.1752	0.1539	0.1018	0.061	0.0704	0.061	0.0442	0.0368	0.0432	0.0368	0.0417
chr2L	2577180	2577430	chr2L:2577181-2577430	FBgn0031434,FBgn0031435	CG9883,insv	stage11,stage5	none	Unspecified_HC_21	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1209	0.2157	0.0987	0.0393	0.1919	0.2092	0.2504	0.3091	0.1919	0.0936	0.1125	0.0936	0.0364	0.0207	0.0387	0.0207	0.0292
chr2L	2577749	2578094	chr2L:2577750-2578094	FBgn0031435	CG9883	stage5	none	Unspecified_HC_21	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1168	0.2605	0.0514	0.028	0.3531	0.0961	0.4671	0.2538	0.3531	0.0453	0.0608	0.0453	0.0519	0.0299	0.029	0.0299	0.0271
chr2L	2578404	2578555	chr2L:2578405-2578555	distal	distal	stage5	none	Unspecified_HC_21	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0909	0.0237	0.0116	0.106	0.0364	0.1804	0.0726	0.106	0.0223	0.0254	0.0223	0.0279	0.01	0.0097	0.01	0.0167
chr2L	2578581	2578732	chr2L:2578582-2578732	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0941	0.0236	0.0123	0.1029	0.0388	0.1946	0.0673	0.1029	0.0199	0.0273	0.0199	0.024	0.013	0.0116	0.013	0.0172
chr2L	2578916	2579086	chr2L:2578917-2579086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.1054	0.0222	0.0127	0.1485	0.0379	0.205	0.0839	0.1485	0.0205	0.0277	0.0205	0.0217	0.0145	0.0103	0.0145	0.0162
chr2L	2579374	2579526	chr2L:2579375-2579526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.1007	0.0344	0.0201	0.1198	0.0476	0.1959	0.0753	0.1198	0.0393	0.0395	0.0393	0.0318	0.0222	0.0226	0.0222	0.0266
chr2L	2579759	2579910	chr2L:2579760-2579910	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0702	0.092	0.0671	0.0493	0.0764	0.0684	0.1505	0.1013	0.0764	0.0719	0.0775	0.0719	0.0627	0.0567	0.0451	0.0567	0.0641
chr2L	2579971	2580162	chr2L:2579972-2580162	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1374	0.1463	0.1471	0.117	0.1262	0.1447	0.1877	0.1825	0.1262	0.1733	0.1605	0.1733	0.1464	0.1256	0.1186	0.1256	0.1407
chr2L	2580178	2580354	chr2L:2580179-2580354	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1456	0.1527	0.1622	0.1195	0.1304	0.1597	0.1899	0.1912	0.1304	0.1969	0.1691	0.1969	0.1634	0.1256	0.1219	0.1256	0.1475
chr2L	2580431	2580597	chr2L:2580432-2580597	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0602	0.0609	0.0706	0.048	0.0445	0.0597	0.0835	0.0779	0.0445	0.0707	0.0682	0.0707	0.0821	0.049	0.0503	0.049	0.0589
chr2L	2584382	2584533	chr2L:2584383-2584533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0188	0.0237	0.0245	0.0053	0.0165	0.0316	0.0253	0.0053	0.0248	0.0193	0.0248	0.0534	0.0145	0.0148	0.0145	0.0584
chr2L	2584658	2584980	chr2L:2584659-2584980	FBgn0026479	Drp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0541	0.045	0.0628	0.0546	0.017	0.0568	0.0567	0.06	0.017	0.0707	0.0595	0.0707	0.0922	0.0436	0.0464	0.0436	0.0865
chr2L	2585076	2585270	chr2L:2585077-2585270	FBgn0026479	Drp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0722	0.0537	0.093	0.0699	0.0233	0.0631	0.0688	0.0686	0.0233	0.1081	0.1013	0.1081	0.1046	0.0773	0.0754	0.0773	0.0818
chr2L	2585305	2585563	chr2L:2585306-2585563	FBgn0026479	Drp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1484	0.109	0.1948	0.1415	0.0604	0.1311	0.138	0.1306	0.0604	0.2192	0.2071	0.2192	0.2107	0.16	0.1476	0.16	0.1631
chr2L	2585746	2585897	chr2L:2585747-2585897	FBgn0026479	Drp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0278	0.0368	0.027	0.0201	0.0272	0.0385	0.0353	0.0201	0.0386	0.0418	0.0386	0.0387	0.0291	0.0213	0.0291	0.0328
chr2L	2595463	2595614	chr2L:2595464-2595614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0097	0.0118	0.0223	0.0021	0.0097	0.0156	0.0113	0.0021	0.0133	0.0119	0.0133	0.0155	0.0107	0.0161	0.0107	0.0193
chr2L	2605233	2605384	chr2L:2605234-2605384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0068	0.009	0.0042	0.0071	0.0021	0.0049	0.0216	0.0053	0.0021	0.006	0.0032	0.006	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chr2L	2611833	2611984	chr2L:2611834-2611984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0223	0.0322	0.024	0.0093	0.0233	0.0223	0.0571	0.032	0.0233	0.026	0.0302	0.026	0.0139	0.0123	0.0045	0.0123	0.0031
chr2L	2612124	2612301	chr2L:2612125-2612301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0823	0.1168	0.0883	0.0373	0.0891	0.1126	0.1587	0.1439	0.0891	0.1008	0.1064	0.1008	0.0503	0.0161	0.0193	0.0161	0.0162
chr2L	2615380	2615531	chr2L:2615381-2615531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0076	0.0069	0.0097	0.0042	0.0053	0.0138	0.0073	0.0042	0.0085	0.0048	0.0085	0.0039	8e-04	0.0032	8e-04	0.0052
chr2L	2615663	2615814	chr2L:2615664-2615814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0133	0.0076	0.0146	0.0106	0.0107	0.0247	0.0107	0.0106	0.0085	0.0087	0.0085	0.0046	0.0061	0.0045	0.0061	0.0089
chr2L	2631791	2631942	chr2L:2631792-2631942	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0057	0.0065	0.0096	0.0032	0.0044	0.0095	0.0053	0.0032	0.0079	0.0077	0.0079	0.0015	0.0015	6e-04	0.0015	0.0026
chr2L	2632800	2632951	chr2L:2632801-2632951	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0061	0.0048	0.0123	0.0032	0.0039	0.0138	0.004	0.0032	0.006	0.0035	0.006	0.0031	0.0061	0.0026	0.0061	0.0021
chr2L	2633249	2633400	chr2L:2633250-2633400	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0027	0.0053	0.0159	0	0.0024	0.0048	0.0033	0	0.003	0.0045	0.003	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chr2L	2636440	2636611	chr2L:2636441-2636611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0072	0.0084	0.0384	0.0021	0.0044	0.0138	0.008	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0031	0.0023	0.0052	0.0023	0.0063
chr2L	2636968	2637160	chr2L:2636969-2637160	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0219	0.01	0.0117	0.0465	0.0032	0.0097	0.0203	0.0067	0.0032	0.0048	0.0071	0.0048	0.007	0.0038	0.0064	0.0038	0.0109
chr2L	2637300	2637451	chr2L:2637301-2637451	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0146	0.0133	0.0089	0.0224	0.0053	0.0068	0.0303	0.0093	0.0053	0.0085	0.0045	0.0085	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0073
chr2L	2657583	2657734	chr2L:2657584-2657734	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0055	0.0044	0.0039	0.0086	0.0011	0.0024	0.0091	0.0053	0.0011	0.0042	0.0042	0.0042	0.0039	0.0023	0	0.0023	0.0031
chr2L	2664225	2664376	chr2L:2664226-2664376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0102	0.0088	0.0096	0.0032	0.0039	0.0186	0.0153	0.0032	0.0103	0.009	0.0103	0.0054	0.0015	0.0019	0.0015	0.0052
chr2L	2674838	2674989	chr2L:2674839-2674989	FBgn0051690	CG31690	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0088	0.0096	0.0066	0.0104	0.0042	0.0053	0.0203	0.008	0.0042	0.0066	0.0068	0.0066	0.0077	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chr2L	2676402	2676553	chr2L:2676403-2676553	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0045	0.0037	0.0196	0.0032	0.0049	0.0078	0.0013	0.0032	0.0012	0.0023	0.0012	8e-04	0.0031	0.0013	0.0031	0.0078
chr2L	2677573	2677809	chr2L:2677574-2677809	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0547	0.0532	0.0325	0.0806	0.0456	0.0427	0.0809	0.0613	0.0456	0.0169	0.0167	0.0169	0.0558	0.0406	0.0258	0.0406	0.0709
chr2L	2690309	2690460	chr2L:2690310-2690460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.016	0.0104	0.0142	0.0095	0.0136	0.0238	0.02	0.0095	0.0157	0.0084	0.0157	0.0085	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr2L	2697999	2698150	chr2L:2698000-2698150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0067	0.0061	0.0084	0.0032	0.0044	0.0134	0.006	0.0032	0.0097	0.0077	0.0097	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0042
chr2L	2698587	2698738	chr2L:2698588-2698738	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0056	0.0042	0.0089	0.0011	0.0039	0.0143	0.002	0.0011	0.0054	0.0042	0.0054	0.0031	0.0046	0.0026	0.0046	0.0036
chr2L	2700402	2700553	chr2L:2700403-2700553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0221	0.0273	0.0224	0.0127	0.0243	0.0294	0.028	0.0127	0.0386	0.0286	0.0386	0.0294	0.0237	0.0219	0.0237	0.036
chr2L	2705686	2705837	chr2L:2705687-2705837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0095	0.0074	0.0085	0.0085	0.0053	0.0164	0.01	0.0085	0.0115	0.0061	0.0115	0.0046	8e-04	0.0032	8e-04	0.001
chr2L	2709462	2709613	chr2L:2709463-2709613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0113	0.0063	0.0095	0.0042	0.0087	0.0208	0.0127	0.0042	0.0066	0.0058	0.0066	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0057
chr2L	2716048	2716199	chr2L:2716049-2716199	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0073	0.0054	0.0063	0.0104	0.0053	0.0039	0.0104	0.004	0.0053	0.0042	0.0051	0.0042	0.0085	0.0031	0.0026	0.0031	0.0036
chr2L	2724522	2724739	chr2L:2724523-2724739	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0885	0.0893	0.0836	0.0467	0.1015	0.1172	0.1066	0.0467	0.1087	0.099	0.1087	0.0829	0.0674	0.098	0.0674	0.099
chr2L	2724849	2725037	chr2L:2724850-2725037	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0424	0.0383	0.0478	0.0409	0.0106	0.0447	0.0545	0.046	0.0106	0.0465	0.0585	0.0465	0.0503	0.0345	0.0567	0.0345	0.0474
chr2L	2727316	2727467	chr2L:2727317-2727467	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0075	0.0064	0.0065	0.0099	0.0021	0.0044	0.0117	0.006	0.0021	0.0054	0.0077	0.0054	0.0085	0.0077	0.0251	0.0077	0.0089
chr2L	2728215	2728366	chr2L:2728216-2728366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0109	0.0086	0.0085	0.016	0	0.0068	0.0195	0.0053	0	0.0072	0.0122	0.0072	0.0054	0.0084	0.0464	0.0084	0.0109
chr2L	2730026	2730177	chr2L:2730027-2730177	FBgn0031449	CG31689	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	none	0.0105	0.0064	0.0055	0.0207	0.0032	0.0063	0.0108	0.006	0.0032	0.0054	0.0045	0.0054	0.0101	0.0291	0.0226	0.0291	0.0302
chr2L	2731689	2731840	chr2L:2731690-2731840	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0074	0.0102	0.0284	0.0032	0.0073	0.0134	0.0047	0.0032	0.0072	0.0093	0.0072	0.024	0.0145	0.011	0.0145	0.0797
chr2L	2731893	2732178	chr2L:2731894-2732178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0263	0.0143	0.0165	0.0503	0.0032	0.015	0.026	0.0093	0.0032	0.0169	0.0148	0.0169	0.0349	0.0666	0.0284	0.0666	0.1079
chr2L	2733032	2733308	chr2L:2733033-2733308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0194	0.0157	0.0181	0.0251	0.0032	0.0136	0.0285	0.014	0.0032	0.0284	0.0151	0.0284	0.0248	0.0383	0.0135	0.0383	0.049
chr2L	2733542	2733693	chr2L:2733543-2733693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0125	0.0106	0.01	0.0173	0.0042	0.0073	0.0208	0.0093	0.0042	0.0042	0.0129	0.0042	0.0194	0.0138	0.0103	0.0138	0.0375
chr2L	2739637	2739835	chr2L:2739638-2739835	FBgn0031450	Hrs	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0647	0.0638	0.076	0.0533	0.0276	0.0694	0.0856	0.0839	0.0276	0.1008	0.082	0.1008	0.0736	0.059	0.0477	0.059	0.0667
chr2L	2739929	2740099	chr2L:2739930-2740099	FBgn0031450	Hrs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.1185	0.1633	0.1228	0.0626	0.1335	0.154	0.1559	0.0626	0.2029	0.1823	0.2029	0.1565	0.1317	0.1438	0.1317	0.1417
chr2L	2740276	2740427	chr2L:2740277-2740427	FBgn0031450	Hrs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0323	0.0404	0.0341	0.0127	0.0379	0.0407	0.0433	0.0127	0.0513	0.0453	0.0513	0.038	0.0329	0.0393	0.0329	0.0485
chr2L	2745004	2745176	chr2L:2745005-2745176	FBgn0031451,FBgn0031452	CG9961,Cwc25	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0898	0.0917	0.107	0.0688	0.0604	0.0956	0.1146	0.1326	0.0604	0.1383	0.1209	0.1383	0.0937	0.0865	0.0587	0.0865	0.0829
chr2L	2748633	2748792	chr2L:2748634-2748792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.121	0.1002	0.1487	0.1139	0.0657	0.1325	0.1051	0.1326	0.0657	0.1969	0.1608	0.1969	0.1448	0.1172	0.1161	0.1172	0.147
chr2L	2749478	2749768	chr2L:2749479-2749768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1468	0.1361	0.1637	0.1402	0.0891	0.1393	0.1825	0.1726	0.0891	0.1721	0.1987	0.1721	0.1495	0.1462	0.1425	0.1462	0.1188
chr2L	2750236	2750405	chr2L:2750237-2750405	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1336	0.1429	0.1706	0.0827	0.0954	0.1481	0.1912	0.1759	0.0954	0.1395	0.2479	0.1395	0.1534	0.0812	0.1489	0.0812	0.0719
chr2L	2750883	2751162	chr2L:2750884-2751162	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1832	0.2861	0.1739	0.0784	0.2609	0.2592	0.3841	0.3564	0.2609	0.1824	0.201	0.1824	0.1998	0.0735	0.0967	0.0735	0.0902
chr2L	2752355	2752562	chr2L:2752356-2752562	FBgn0031453	CG9894	stage11,stage14	none	CG9894_5174	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2238	0.1466	0.2799	0.2486	0.0838	0.2209	0.1263	0.2045	0.0838	0.3865	0.2624	0.3865	0.2626	0.2772	0.2392	0.2772	0.2715
chr2L	2752762	2752959	chr2L:2752763-2752959	FBgn0031453,FBgn0250906	CG9894,Pgk	stage11,stage14,stage5	none	CG9894_5174,VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2575	0.2246	0.3107	0.2359	0.1697	0.283	0.2413	0.2891	0.1697	0.3841	0.3203	0.3841	0.3114	0.2351	0.2373	0.2351	0.2731
chr2L	2753047	2753324	chr2L:2753048-2753324	FBgn0031453,FBgn0250906	CG9894,Pgk	stage11,stage14,stage5	none	CG9894_5174,VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3795	0.373	0.4378	0.3228	0.334	0.4393	0.4325	0.4317	0.334	0.5368	0.4637	0.5368	0.4121	0.3308	0.323	0.3308	0.358
chr2L	2753422	2753573	chr2L:2753423-2753573	FBgn0250906	Pgk	stage11,stage5	none	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1849	0.2268	0.2113	0.109	0.2036	0.2413	0.282	0.2685	0.2036	0.3255	0.2125	0.3255	0.1448	0.1057	0.1051	0.1057	0.1105
chr2L	2753669	2754061	chr2L:2753670-2754061	distal	distal	stage11,stage5	none	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2665	0.2768	0.3088	0.2085	0.2397	0.3136	0.3279	0.3324	0.2397	0.4197	0.3141	0.4197	0.2734	0.2358	0.1954	0.2358	0.2574
chr2L	2754107	2754258	chr2L:2754108-2754258	distal	distal	stage5	none	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1407	0.1553	0.1627	0.1001	0.1569	0.1684	0.1912	0.1779	0.1569	0.2246	0.1711	0.2246	0.1356	0.0926	0.1057	0.0926	0.1172
chr2L	2754433	2754621	chr2L:2754434-2754621	distal	distal	stage11	stage11	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2089	0.2187	0.231	0.1738	0.1856	0.2534	0.2608	0.2605	0.1856	0.3037	0.2392	0.3037	0.2076	0.1884	0.176	0.1884	0.1902
chr2L	2755124	2755275	chr2L:2755125-2755275	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2074	0.2245	0.2402	0.1522	0.2036	0.2592	0.266	0.2612	0.2036	0.2935	0.255	0.2935	0.2262	0.1179	0.1509	0.1179	0.1787
chr2L	2755305	2755553	chr2L:2755306-2755553	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.307	0.2969	0.3549	0.2656	0.2503	0.3578	0.34	0.3504	0.2503	0.4378	0.3762	0.4378	0.3447	0.2642	0.2585	0.2642	0.3085
chr2L	2755930	2756193	chr2L:2755931-2756193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1186	0.1776	0.1179	0.0535	0.1951	0.1466	0.2574	0.1992	0.1951	0.1425	0.1135	0.1425	0.0744	0.0482	0.049	0.0482	0.0417
chr2L	2757455	2757681	chr2L:2757456-2757681	distal	distal	none	none	VT1406.1	VT1406.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.155	0.1935	0.1676	0.098	0.1845	0.185	0.237	0.2505	0.1845	0.1854	0.1553	0.1854	0.1301	0.0475	0.0619	0.0475	0.1183
chr2L	2757970	2758192	chr2L:2757971-2758192	distal	distal	stage11	stage11	VT1406.1	VT1406.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1415	0.1758	0.1547	0.0886	0.1707	0.167	0.2236	0.2265	0.1707	0.1419	0.1498	0.1419	0.0999	0.059	0.0632	0.059	0.0735
chr2L	2759596	2759783	chr2L:2759597-2759783	FBgn0031454,FBgn0031455,FBgn0031456	CG9960,Trn-SR,snapin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1622	0.1569	0.1929	0.1344	0.1007	0.1864	0.189	0.2019	0.1007	0.2325	0.2116	0.2325	0.1782	0.1332	0.1219	0.1332	0.1751
chr2L	2759826	2760022	chr2L:2759827-2760022	FBgn0031454,FBgn0031455,FBgn0031456	CG9960,Trn-SR,snapin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1673	0.1601	0.1991	0.1404	0.0901	0.1917	0.2024	0.1939	0.0901	0.2512	0.2174	0.2512	0.182	0.1432	0.1322	0.1432	0.172
chr2L	2765606	2765786	chr2L:2765607-2765786	FBgn0031457,FBgn0031458	CG3077,aph-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0698	0.1577	0.1166	0.0414	0.099	0.0636	0.1006	0.0414	0.1975	0.163	0.1975	0.172	0.1363	0.1251	0.1363	0.1501
chr2L	2765835	2766021	chr2L:2765836-2766021	FBgn0031457,FBgn0031458	CG3077,aph-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1488	0.111	0.1898	0.1459	0.0817	0.1529	0.1168	0.1346	0.0817	0.2428	0.2032	0.2428	0.1836	0.147	0.1554	0.147	0.186
chr2L	2766115	2766292	chr2L:2766116-2766292	FBgn0031457,FBgn0031458	CG3077,aph-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1776	0.1665	0.2089	0.1558	0.1177	0.2058	0.1946	0.1939	0.1177	0.2585	0.2232	0.2585	0.2022	0.1447	0.1767	0.1447	0.197
chr2L	2767488	2767647	chr2L:2767489-2767647	FBgn0028398	Taf10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0772	0.0788	0.0905	0.0609	0.0498	0.0864	0.1003	0.0999	0.0498	0.1099	0.0965	0.1099	0.0899	0.0559	0.0619	0.0559	0.0823
chr2L	2767770	2767947	chr2L:2767771-2767947	FBgn0026324,FBgn0028398	Taf10,Taf10b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1517	0.1462	0.1782	0.1288	0.1379	0.1617	0.167	0.1892	0.1379	0.2246	0.1839	0.2246	0.1921	0.134	0.1244	0.134	0.1709
chr2L	2769624	2769956	chr2L:2769625-2769956	FBgn0019830,FBgn0031459	CG2862,colt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1263	0.1204	0.1501	0.1068	0.0742	0.1272	0.1531	0.1679	0.0742	0.1757	0.1685	0.1757	0.1549	0.1187	0.1225	0.1187	0.1386
chr2L	2770027	2770229	chr2L:2770028-2770229	FBgn0019830,FBgn0031459	CG2862,colt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1337	0.1324	0.1524	0.1146	0.0901	0.1447	0.1626	0.1799	0.0901	0.1975	0.1717	0.1975	0.1402	0.1332	0.1277	0.1332	0.136
chr2L	2779393	2779837	chr2L:2779394-2779837	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0956	0.1249	0.1062	0.0512	0.1029	0.1189	0.1825	0.1286	0.1029	0.1673	0.0974	0.1673	0.1278	0.0666	0.0355	0.0666	0.0709
chr2L	2779870	2780021	chr2L:2779871-2780021	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0511	0.0543	0.0221	0.0392	0.0427	0.0779	0.054	0.0392	0.0731	0.0527	0.0731	0.079	0.0345	0.0116	0.0345	0.0323
chr2L	2780319	2780497	chr2L:2780320-2780497	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0344	0.0344	0.0414	0.0267	0.0255	0.0422	0.0471	0.028	0.0255	0.0586	0.0386	0.0586	0.0589	0.0207	0.0116	0.0207	0.0552
chr2L	2797438	2797589	chr2L:2797439-2797589	FBgn0264369	CR43821	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0067	0.0065	0.0173	0.0011	0.0063	0.0108	0.0093	0.0011	0.0042	0.0042	0.0042	0.007	0.0031	0.0052	0.0031	0.0083
chr2L	2798996	2799147	chr2L:2798997-2799147	distal	distal	stage14	stage14	VT1427.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0172	0.0182	0.0089	0.0251	0.0127	0.0146	0.032	0.016	0.0127	0.0109	0.0061	0.0109	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0125
chr2L	2799621	2799772	chr2L:2799622-2799772	FBgn0004242	Syt1	none	none	VT1427.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.008	0.0052	0.0219	0.0064	0.0068	0.0138	0.0067	0.0064	0.006	0.0045	0.006	0.0031	0.0046	0.0013	0.0046	0.0115
chr2L	2799955	2800106	chr2L:2799956-2800106	FBgn0004242	Syt1	stage14	none	VT1427.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0052	0.0065	0.0249	0.0053	0.0044	0.0087	0.0047	0.0053	0.003	0.0061	0.003	0.0046	0.0023	0.0064	0.0023	0.012
chr2L	2800359	2800510	chr2L:2800360-2800510	FBgn0004242	Syt1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.017	0.0088	0.01	0.0337	0.0064	0.0102	0.013	0.008	0.0064	0.0097	0.009	0.0097	0.0155	0.0092	0.0045	0.0092	0.0271
chr2L	2801166	2801351	chr2L:2801167-2801351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0103	0.0188	0.0195	0.0053	0.0112	0.0151	0.0113	0.0053	0.0109	0.0122	0.0109	0.0589	0.0077	0.011	0.0077	0.0521
chr2L	2804699	2804937	chr2L:2804700-2804937	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1261	0.0661	0.1688	0.1464	0.0233	0.0966	0.0709	0.0833	0.0233	0.2059	0.1862	0.2059	0.2378	0.1769	0.2044	0.1769	0.223
chr2L	2805050	2805231	chr2L:2805051-2805231	FBgn0031461	daw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0313	0.0709	0.0731	0.0127	0.0379	0.0424	0.038	0.0127	0.09	0.0746	0.09	0.1022	0.0773	0.0922	0.0773	0.1271
chr2L	2807481	2807632	chr2L:2807482-2807632	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.017	0.0222	0.0128	0.0159	0.0127	0.0131	0.0372	0.0313	0.0127	0.0127	0.0135	0.0127	0.0186	0.0123	0.0174	0.0123	0.0292
chr2L	2807699	2807850	chr2L:2807700-2807850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0185	0.0194	0.0165	0.0195	0.0117	0.0141	0.0372	0.018	0.0117	0.0127	0.0161	0.0127	0.031	0.0084	0.0181	0.0084	0.0453
chr2L	2808087	2808301	chr2L:2808088-2808301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0822	0.086	0.082	0.0781	0.0732	0.0612	0.1479	0.0846	0.0732	0.1087	0.082	0.1087	0.1247	0.0858	0.0877	0.0858	0.1443
chr2L	2814944	2815139	chr2L:2814945-2815139	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.1159	0.0197	0.0088	0.1421	0.0277	0.2167	0.1332	0.1421	0.0229	0.0251	0.0229	0.0163	0.0092	0.0135	0.0092	0.0063
chr2L	2815750	2815901	chr2L:2815751-2815901	FBgn0031463	CG15400	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0363	0.0194	0.0279	0.0308	0.0248	0.0588	0.04	0.0308	0.0145	0.0177	0.0145	0.0209	0.013	0.0123	0.013	0.0167
chr2L	2822533	2822835	chr2L:2822534-2822835	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0244	0.0303	0.0278	0.0142	0.0095	0.0199	0.0411	0.0586	0.0095	0.0248	0.0463	0.0248	0.0108	0.0054	0.0406	0.0054	0.0099
chr2L	2829726	2829923	chr2L:2829727-2829923	FBgn0031464	Duox	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0775	0.0304	0.1213	0.082	0.0138	0.0408	0.0333	0.0366	0.0138	0.1655	0.1482	0.1655	0.1077	0.0743	0.1689	0.0743	0.0865
chr2L	2830049	2830323	chr2L:2830050-2830323	FBgn0031464	Duox	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1144	0.028	0.1826	0.1362	0.0074	0.0505	0.0272	0.026	0.0074	0.2615	0.217	0.2615	0.1975	0.1095	0.2482	0.1095	0.1886
chr2L	2830622	2830980	chr2L:2830623-2830980	FBgn0031464	Duox	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0746	0.0193	0.0978	0.1108	0.0053	0.032	0.0268	0.012	0.0053	0.1528	0.117	0.1528	0.1007	0.1026	0.2263	0.1026	0.1266
chr2L	2837821	2837972	chr2L:2837822-2837972	FBgn0031466,FBgn0031467	CG3119,Cpr23B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.0088	0.0151	0.0125	0.0064	0.0083	0.0164	0.0053	0.0064	0.0072	0.0299	0.0072	0.0062	0.0061	0.04	0.0061	0.0052
chr2L	2840209	2840360	chr2L:2840210-2840360	FBgn0031468	CG2975	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0114	0.0085	0.0138	0.0121	0.0053	0.0058	0.0164	0.0073	0.0053	0.0072	0.0238	0.0072	0.0093	0.0046	0.0393	0.0046	0.0047
chr2L	2855259	2855531	chr2L:2855260-2855531	FBgn0031473	CG3104	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0437	0.0237	0.048	0.0614	0.0085	0.0301	0.0285	0.0333	0.0085	0.0489	0.0563	0.0489	0.0596	0.0567	0.0754	0.0567	0.0891
chr2L	2855671	2855841	chr2L:2855672-2855841	FBgn0015521,FBgn0031473	CG3104,RpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1564	0.1221	0.193	0.1544	0.071	0.1553	0.1419	0.1466	0.071	0.2367	0.2064	0.2367	0.1789	0.1822	0.1541	0.1822	0.1808
chr2L	2855967	2856163	chr2L:2855968-2856163	FBgn0015521,FBgn0031473	CG3104,RpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1946	0.1515	0.2451	0.1873	0.088	0.2015	0.1708	0.1879	0.088	0.317	0.2588	0.317	0.2076	0.1907	0.1902	0.1907	0.2246
chr2L	2856269	2856494	chr2L:2856270-2856494	FBgn0015521	RpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1109	0.0816	0.149	0.1017	0.0382	0.1078	0.0947	0.1039	0.0382	0.1963	0.1579	0.1963	0.1418	0.1011	0.1103	0.1011	0.1178
chr2L	2856754	2856948	chr2L:2856755-2856948	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1115	0.112	0.1401	0.0794	0.0774	0.1345	0.1259	0.1452	0.0774	0.1685	0.1643	0.1685	0.1278	0.1087	0.0683	0.1087	0.0912
chr2L	2857031	2857224	chr2L:2857032-2857224	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1983	0.177	0.2401	0.1763	0.1198	0.2175	0.1955	0.2298	0.1198	0.2995	0.2601	0.2995	0.2339	0.1953	0.1754	0.1953	0.2001
chr2L	2857302	2857488	chr2L:2857303-2857488	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.089	0.1109	0.0695	0.0541	0.1	0.1099	0.1159	0.0541	0.1395	0.117	0.1395	0.1053	0.0681	0.0638	0.0681	0.0803
chr2L	2857505	2857685	chr2L:2857506-2857685	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0763	0.0734	0.0902	0.0643	0.0541	0.0767	0.0982	0.0873	0.0541	0.1039	0.0913	0.1039	0.0899	0.0613	0.0574	0.0613	0.0631
chr2L	2858183	2858334	chr2L:2858184-2858334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0526	0.0475	0.0603	0.0499	0.0127	0.0568	0.0502	0.0793	0.0127	0.0417	0.0579	0.0417	0.1139	0.075	0.0587	0.075	0.0547
chr2L	2861626	2861845	chr2L:2861627-2861845	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.0692	0.1627	0.1039	0.018	0.1068	0.0532	0.1159	0.018	0.0755	0.2643	0.0755	0.1967	0.1271	0.2083	0.1271	0.0917
chr2L	2862406	2862609	chr2L:2862407-2862609	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1665	0.1198	0.2307	0.1483	0.0636	0.1845	0.0861	0.1859	0.0636	0.2705	0.2839	0.2705	0.2595	0.2266	0.1883	0.2266	0.2142
chr2L	2864277	2864428	chr2L:2864278-2864428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0351	0.0307	0.0433	0.0311	0.0127	0.0413	0.0402	0.0353	0.0127	0.038	0.0514	0.038	0.0503	0.0322	0.0226	0.0322	0.0396
chr2L	2867616	2868041	chr2L:2867617-2868041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0545	0.0631	0.0617	0.0369	0.0541	0.0568	0.0878	0.0766	0.0541	0.0749	0.0682	0.0749	0.079	0.0383	0.04	0.0383	0.0537
chr2L	2872215	2872366	chr2L:2872216-2872366	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0275	0.0196	0.0255	0.0386	0.0042	0.0199	0.0277	0.026	0.0042	0.0266	0.0296	0.0266	0.0302	0.0329	0.0761	0.0329	0.0412
chr2L	2872766	2872917	chr2L:2872767-2872917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0464	0.0447	0.0448	0.05	0.0233	0.0505	0.0502	0.068	0.0233	0.0429	0.0511	0.0429	0.0581	0.0498	0.0464	0.0498	0.0907
chr2L	2873010	2873161	chr2L:2873011-2873161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0406	0.0425	0.0378	0.0415	0.0371	0.0471	0.0493	0.0573	0.0371	0.0308	0.0463	0.0308	0.048	0.0306	0.0426	0.0306	0.0735
chr2L	2873239	2873391	chr2L:2873240-2873391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.071	0.0558	0.0358	0.0615	0.0655	0.0813	0.1126	0.0615	0.0568	0.0675	0.0568	0.0519	0.036	0.0438	0.036	0.0422
chr2L	2873717	2873953	chr2L:2873718-2873953	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1196	0.1573	0.1334	0.0622	0.1283	0.168	0.1648	0.2425	0.1283	0.1649	0.1637	0.1649	0.1084	0.0567	0.0567	0.0567	0.0672
chr2L	2874136	2874353	chr2L:2874137-2874353	FBgn0051694	CG31694	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1109	0.112	0.1327	0.0858	0.0679	0.1282	0.1298	0.1606	0.0679	0.1763	0.137	0.1763	0.1348	0.0858	0.0909	0.0858	0.1105
chr2L	2874450	2874631	chr2L:2874451-2874631	FBgn0031478,FBgn0051694	CG31694,CG8814	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1945	0.1836	0.2297	0.1679	0.1347	0.2049	0.2106	0.2478	0.1347	0.2814	0.2531	0.2814	0.2332	0.2006	0.1728	0.2006	0.1928
chr2L	2874787	2874971	chr2L:2874788-2874971	FBgn0031478,FBgn0051694	CG31694,CG8814	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1817	0.1534	0.2185	0.173	0.1124	0.1806	0.1786	0.1959	0.1124	0.2627	0.2502	0.2627	0.2432	0.1975	0.1747	0.1975	0.2199
chr2L	2878158	2878342	chr2L:2878159-2878342	FBgn0031479,FBgn0051950	CG31950,Prx6005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.0935	0.1584	0.1125	0.0668	0.1141	0.1112	0.1166	0.0668	0.1896	0.1749	0.1896	0.1758	0.1049	0.1225	0.1049	0.135
chr2L	2878402	2878578	chr2L:2878403-2878578	FBgn0031479,FBgn0051950	CG31950,Prx6005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1502	0.1162	0.1949	0.1391	0.0848	0.1612	0.1215	0.1406	0.0848	0.2385	0.2167	0.2385	0.2045	0.1485	0.1406	0.1485	0.1615
chr2L	2878664	2878901	chr2L:2878665-2878901	FBgn0028970,FBgn0031479,FBgn0051950	CG31950,Prx6005,betaggt-II	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1083	0.083	0.1449	0.0965	0.0583	0.1034	0.0921	0.1046	0.0583	0.195	0.1527	0.195	0.1464	0.098	0.0999	0.098	0.1105
chr2L	2879009	2879189	chr2L:2879010-2879189	FBgn0028970	betaggt-II	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1219	0.0987	0.1537	0.1131	0.0647	0.1369	0.1012	0.1226	0.0647	0.2023	0.1614	0.2023	0.151	0.0942	0.1186	0.0942	0.1371
chr2L	2885124	2885331	chr2L:2885125-2885331	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2479	0.2292	0.2886	0.2241	0.2078	0.267	0.2526	0.2885	0.2078	0.3659	0.3312	0.3659	0.2796	0.2305	0.234	0.2305	0.2725
chr2L	2887133	2887284	chr2L:2887134-2887284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0759	0.0865	0.0873	0.0515	0.052	0.1	0.1034	0.1173	0.052	0.0845	0.1122	0.0845	0.0759	0.0482	0.0593	0.0482	0.0646
chr2L	2888083	2888263	chr2L:2888084-2888263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1573	0.1609	0.1806	0.1278	0.1188	0.1806	0.1894	0.2179	0.1188	0.2319	0.1875	0.2319	0.1851	0.134	0.1302	0.134	0.1475
chr2L	2888907	2889127	chr2L:2888908-2889127	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1483.1	VT1483.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1709	0.2205	0.1769	0.109	0.1729	0.234	0.2422	0.3251	0.1729	0.2512	0.192	0.2512	0.1541	0.1715	0.1264	0.1715	0.1172
chr2L	2889273	2889485	chr2L:2889274-2889485	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1483.1	VT1483.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1379	0.174	0.1577	0.0758	0.1166	0.1995	0.205	0.2318	0.1166	0.2548	0.1563	0.2548	0.1448	0.1386	0.0845	0.1386	0.0808
chr2L	2894133	2894292	chr2L:2894134-2894292	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0322	0.0237	0.0347	0.0138	0.0369	0.0389	0.0446	0.0138	0.0175	0.0186	0.0175	0.017	0.0046	0.0084	0.0046	0.0099
chr2L	2895824	2895975	chr2L:2895825-2895975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0133	0.0128	0.0242	0.0042	0.0165	0.0186	0.016	0.0042	0.0145	0.0141	0.0145	0.0093	0.0069	0.0045	0.0069	0.012
chr2L	2896092	2896243	chr2L:2896093-2896243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0183	0.0161	0.0164	0.0228	0.0064	0.0131	0.0272	0.02	0.0064	0.0151	0.0183	0.0151	0.0147	0.0123	0.0097	0.0123	0.012
chr2L	2896794	2896964	chr2L:2896795-2896964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0319	0.0378	0.0458	0.0106	0.0442	0.0394	0.0386	0.0106	0.0386	0.0334	0.0386	0.0674	0.0391	0.0277	0.0391	0.0714
chr2L	2897243	2897447	chr2L:2897244-2897447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1311	0.0889	0.1614	0.145	0.0414	0.1534	0.0852	0.0919	0.0414	0.2452	0.1312	0.2452	0.2424	0.1853	0.0993	0.1853	0.2277
chr2L	2897708	2897919	chr2L:2897709-2897919	distal	distal	none	none	VT1488.1	VT1488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0422	0.029	0.0499	0.0485	0.0095	0.0374	0.0389	0.0326	0.0095	0.0519	0.045	0.0519	0.0875	0.0712	0.0387	0.0712	0.0558
chr2L	2898286	2898499	chr2L:2898287-2898499	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1488.1	VT1488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0513	0.0356	0.059	0.0604	0.0127	0.0451	0.0428	0.048	0.0127	0.0628	0.0505	0.0628	0.0558	0.0291	0.0335	0.0291	0.0537
chr2L	2899668	2899819	chr2L:2899669-2899819	distal	distal	none	none	VT1488.1	VT1488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0158	0.0147	0.0184	0.0095	0.0184	0.0195	0.02	0.0095	0.0187	0.0141	0.0187	0.0201	0.0551	0.011	0.0551	0.0089
chr2L	2900313	2900464	chr2L:2900314-2900464	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.023	0.0303	0.0198	0.0182	0.0138	0.0262	0.0532	0.0286	0.0138	0.0139	0.0215	0.0139	0.0403	0.0161	0.0155	0.0161	0.0323
chr2L	2900557	2900709	chr2L:2900558-2900709	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0325	0.0356	0.033	0.0284	0.0201	0.0393	0.0476	0.042	0.0201	0.0302	0.0241	0.0302	0.0852	0.0191	0.0181	0.0191	0.0651
chr2L	2906305	2906456	chr2L:2906306-2906456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.02	0.0208	0.0263	0.0121	0.0074	0.0252	0.032	0.0207	0.0074	0.0175	0.0206	0.0175	0.0782	0.0153	0.009	0.0153	0.0203
chr2L	2907809	2908236	chr2L:2907810-2908236	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0506	0.0508	0.0555	0.0451	0.017	0.0515	0.0653	0.0819	0.017	0.0471	0.065	0.0471	0.0782	0.023	0.0619	0.023	0.0406
chr2L	2908382	2908533	chr2L:2908383-2908533	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0251	0.0269	0.0251	0.0231	0.0127	0.0218	0.0428	0.0346	0.0127	0.0157	0.0322	0.0157	0.0418	0.0115	0.0374	0.0115	0.0214
chr2L	2908836	2909063	chr2L:2908837-2909063	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.075	0.0861	0.0687	0.0696	0.0498	0.0947	0.0917	0.1372	0.0498	0.0393	0.0907	0.0393	0.1115	0.0268	0.1599	0.0268	0.037
chr2L	2909244	2909454	chr2L:2909245-2909454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0386	0.0355	0.0276	0.0244	0.035	0.0502	0.06	0.0244	0.0266	0.0473	0.0266	0.0473	0.013	0.0445	0.013	0.0156
chr2L	2909559	2909846	chr2L:2909560-2909846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0475	0.0475	0.0456	0.0496	0.0212	0.0437	0.0528	0.0893	0.0212	0.0296	0.0611	0.0296	0.0426	0.0176	0.0561	0.0176	0.0292
chr2L	2910327	2910478	chr2L:2910328-2910478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0176	0.0227	0.0231	0.0085	0.017	0.0251	0.022	0.0085	0.0205	0.028	0.0205	0.0256	0.0107	0.0213	0.0107	0.0146
chr2L	2911159	2911310	chr2L:2911160-2911310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0088	0.0081	0.0162	0.0042	0.0087	0.0156	0.0067	0.0042	0.0048	0.008	0.0048	0.0132	0.0107	0.0052	0.0107	0.0057
chr2L	2915966	2916117	chr2L:2915967-2916117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0178	0.0143	0.0139	0.0053	0.0175	0.0238	0.0293	0.0053	0.0139	0.0129	0.0139	0.0132	0.0092	0.0058	0.0092	0.0068
chr2L	2916200	2916351	chr2L:2916201-2916351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0167	0.0131	0.0107	0.0127	0.0126	0.0234	0.026	0.0127	0.0121	0.0138	0.0121	0.0085	0.0069	0.0039	0.0069	0.0078
chr2L	2918340	2918491	chr2L:2918341-2918491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.0131	0.0126	0.0175	0.0074	0.0155	0.016	0.0153	0.0074	0.0175	0.0135	0.0175	0.0139	0.049	0.0103	0.049	0.0073
chr2L	2920085	2920236	chr2L:2920086-2920236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0303	0.0184	0.0148	0.0223	0.0277	0.048	0.032	0.0223	0.0199	0.0174	0.0199	0.024	0.0161	0.0084	0.0161	0.0115
chr2L	2920287	2920447	chr2L:2920288-2920447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0345	0.0188	0.0128	0.0233	0.0282	0.0558	0.038	0.0233	0.0175	0.0193	0.0175	0.0201	0.013	0.0064	0.013	0.0099
chr2L	2920982	2921133	chr2L:2920983-2921133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0076	0.0115	0.0226	0.0011	0.0087	0.0121	0.0093	0.0011	0.0121	0.0119	0.0121	0.0101	0.0092	0.0071	0.0092	0.0099
chr2L	2925172	2925323	chr2L:2925173-2925323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0123	0.0102	0.016	0.0127	0.0112	0.0177	0.014	0.0127	0.0085	0.0103	0.0085	0.0147	0.0054	0.0052	0.0054	0.0083
chr2L	2929915	2930066	chr2L:2929916-2930066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0116	0.0115	0.0155	0.0064	0.0136	0.0138	0.016	0.0064	0.0121	0.0148	0.0121	0.0101	0.0092	0.0103	0.0092	0.0141
chr2L	2930696	2930861	chr2L:2930697-2930861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0118	0.0164	0.0182	0.0064	0.0107	0.0186	0.0147	0.0064	0.0115	0.0129	0.0115	0.0155	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr2L	2931712	2931863	chr2L:2931713-2931863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0158	0.0245	0.0185	0.0095	0.0218	0.0169	0.02	0.0095	0.0284	0.0225	0.0284	0.031	0.0283	0.0142	0.0283	0.0135
chr2L	2932001	2932188	chr2L:2932002-2932188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0211	0.0247	0.0262	0.0074	0.0272	0.0277	0.0227	0.0074	0.029	0.0257	0.029	0.0294	0.0413	0.02	0.0413	0.012
chr2L	2935937	2936090	chr2L:2935938-2936090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0117	0.0236	0.0203	0.0053	0.0117	0.0212	0.0087	0.0053	0.0193	0.0161	0.0193	0.0713	0.0184	0.0129	0.0184	0.0422
chr2L	2937841	2937992	chr2L:2937842-2937992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0142	0.0098	0.0125	0.0021	0.0141	0.0234	0.0193	0.0021	0.0103	0.01	0.0103	0.0093	0.0107	0.009	0.0107	0.0073
chr2L	2938086	2938237	chr2L:2938087-2938237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0127	0.0104	0.0123	0.0053	0.0121	0.019	0.0147	0.0053	0.0079	0.0129	0.0079	0.0101	0.0077	0.0064	0.0077	0.0073
chr2L	2941217	2941368	chr2L:2941218-2941368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0154	0.015	0.0161	0.0152	0.0085	0.0175	0.0182	0.018	0.0085	0.0229	0.0122	0.0229	0.017	0.0069	0.0064	0.0069	0.0047
chr2L	2944917	2945068	chr2L:2944918-2945068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0257	0.0267	0.0286	0.0216	0.0106	0.0282	0.0329	0.0366	0.0106	0.0302	0.0273	0.0302	0.0465	0.0306	0.0239	0.0306	0.0271
chr2L	2945300	2945618	chr2L:2945301-2945618	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0439	0.0519	0.0269	0.0276	0.0485	0.0558	0.0533	0.0276	0.055	0.0579	0.055	0.0581	0.0268	0.0245	0.0268	0.0281
chr2L	2945750	2945929	chr2L:2945751-2945929	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0628	0.0711	0.0344	0.0318	0.0748	0.0735	0.0906	0.0318	0.0743	0.0862	0.0743	0.0813	0.0375	0.0368	0.0375	0.0412
chr2L	2945987	2946180	chr2L:2945988-2946180	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.073	0.0813	0.0376	0.0308	0.0883	0.0891	0.1039	0.0308	0.0912	0.0939	0.0912	0.0914	0.0452	0.0464	0.0452	0.0391
chr2L	2954475	2954626	chr2L:2954476-2954626	FBgn0010263	Rbp9	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0373	0.0237	0.0206	0.0212	0.0354	0.058	0.044	0.0212	0.0205	0.0296	0.0205	0.0271	0.0214	0.0142	0.0214	0.0271
chr2L	2954747	2954898	chr2L:2954748-2954898	FBgn0010263	Rbp9	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0263	0.0223	0.022	0.0138	0.0286	0.0381	0.028	0.0138	0.0199	0.0283	0.0199	0.0248	0.0214	0.0142	0.0214	0.0334
chr2L	2955721	2956157	chr2L:2955722-2956157	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0866	0.0626	0.0999	0.099	0.0223	0.0796	0.0766	0.0866	0.0223	0.1286	0.1039	0.1286	0.1286	0.1034	0.1122	0.1034	0.1433
chr2L	2956684	2956858	chr2L:2956685-2956858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0268	0.0207	0.0313	0.0285	0.0117	0.0252	0.0255	0.026	0.0117	0.0362	0.028	0.0362	0.0527	0.0383	0.0277	0.0383	0.0433
chr2L	2956968	2957318	chr2L:2956969-2957318	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0764	0.0748	0.0761	0.0785	0.0424	0.083	0.0822	0.1126	0.0424	0.0906	0.0791	0.0906	0.11	0.1026	0.0896	0.1026	0.1209
chr2L	2957429	2957580	chr2L:2957430-2957580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0243	0.0291	0.04	0.0117	0.0301	0.0346	0.0253	0.0117	0.029	0.0293	0.029	0.0465	0.0329	0.0458	0.0329	0.0714
chr2L	2957823	2958106	chr2L:2957824-2958106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0351	0.0451	0.0634	0.018	0.0398	0.0433	0.0486	0.018	0.035	0.0595	0.035	0.0573	0.0444	0.0974	0.0444	0.099
chr2L	2958142	2958299	chr2L:2958143-2958299	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0294	0.0264	0.0246	0.0095	0.0301	0.0407	0.04	0.0095	0.0199	0.0373	0.0199	0.0232	0.0314	0.0329	0.0314	0.0214
chr2L	2958974	2959146	chr2L:2958975-2959146	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.028	0.0148	0.0203	0.0512	0.0074	0.0165	0.019	0.0193	0.0074	0.0272	0.0196	0.0272	0.0271	0.1685	0.0451	0.1685	0.0255
chr2L	2967041	2967222	chr2L:2967042-2967222	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0295	0.0454	0.0308	0.0103	0.0244	0.0485	0.0614	0.0613	0.0244	0.029	0.0347	0.029	0.0232	0.013	0.0077	0.013	0.0104
chr2L	2969585	2969769	chr2L:2969586-2969769	FBgn0024920	Ts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0983	0.1034	0.1148	0.0744	0.0573	0.1325	0.1055	0.1559	0.0573	0.1021	0.1428	0.1021	0.1177	0.0896	0.078	0.0896	0.0907
chr2L	2969893	2970044	chr2L:2969894-2970044	FBgn0024920	Ts	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.05	0.0499	0.0329	0.0159	0.0655	0.0545	0.07	0.0159	0.0453	0.0653	0.0453	0.0442	0.0375	0.038	0.0375	0.0448
chr2L	2972401	2972584	chr2L:2972402-2972584	FBgn0004584,FBgn0260639	Rrp1,gammaTub23C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1095	0.1782	0.1301	0.0636	0.168	0.083	0.1632	0.0636	0.2186	0.1846	0.2186	0.1789	0.1447	0.1296	0.1447	0.1569
chr2L	2972779	2972948	chr2L:2972780-2972948	FBgn0004584,FBgn0260639	Rrp1,gammaTub23C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1178	0.0856	0.1548	0.1132	0.0488	0.1175	0.0718	0.1372	0.0488	0.1969	0.1678	0.1969	0.1464	0.1256	0.1206	0.1256	0.136
chr2L	2976790	2976993	chr2L:2976791-2976993	FBgn0031483,FBgn0031484	CG3165,CG9641	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1098	0.0776	0.1529	0.0983	0.035	0.1136	0.0718	0.1093	0.035	0.2095	0.1701	0.2095	0.1332	0.1309	0.1103	0.1309	0.1006
chr2L	2977047	2977224	chr2L:2977048-2977224	FBgn0031483,FBgn0031484	CG3165,CG9641	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1499	0.1265	0.1958	0.1256	0.0732	0.1752	0.1172	0.1852	0.0732	0.2736	0.2148	0.2736	0.1766	0.1662	0.1199	0.1662	0.136
chr2L	2977559	2977710	chr2L:2977560-2977710	FBgn0031484	CG3165	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0444	0.0406	0.0574	0.0345	0.0159	0.0544	0.0471	0.0513	0.0159	0.0996	0.0572	0.0996	0.0465	0.0513	0.0322	0.0513	0.036
chr2L	2978803	2979125	chr2L:2978804-2979125	FBgn0031485	CG9643	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.1002	0.1264	0.073	0.0583	0.1107	0.1371	0.1206	0.0583	0.1649	0.1447	0.1649	0.1092	0.0911	0.0677	0.0911	0.0969
chr2L	2979207	2979402	chr2L:2979208-2979402	FBgn0031485	CG9643	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.1076	0.1387	0.0976	0.0827	0.1306	0.1211	0.1399	0.0827	0.1763	0.1576	0.1763	0.127	0.1103	0.1012	0.1103	0.1251
chr2L	2979650	2980060	chr2L:2979651-2980060	FBgn0031485	CG9643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.099	0.0929	0.0627	0.0679	0.1	0.1324	0.1199	0.0679	0.096	0.1129	0.096	0.093	0.0681	0.0613	0.0681	0.0818
chr2L	2980226	2980377	chr2L:2980227-2980377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0446	0.0409	0.0195	0.0244	0.0383	0.0727	0.0526	0.0244	0.0423	0.055	0.0423	0.0325	0.0123	0.02	0.0123	0.0255
chr2L	2987358	2987814	chr2L:2987359-2987814	FBgn0025109,FBgn0250786	Bem46,Chd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1974	0.1989	0.2249	0.1656	0.1559	0.2199	0.2439	0.2485	0.1559	0.2681	0.2412	0.2681	0.2363	0.1608	0.1844	0.1608	0.211
chr2L	2988017	2988207	chr2L:2988018-2988207	FBgn0025109,FBgn0250786	Bem46,Chd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1429	0.1444	0.1631	0.1191	0.1198	0.1553	0.1765	0.1812	0.1198	0.2095	0.1836	0.2095	0.1479	0.0995	0.1431	0.0995	0.1464
chr2L	2988279	2988548	chr2L:2988280-2988548	FBgn0025109	Bem46	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.0864	0.0978	0.0602	0.0626	0.0777	0.1155	0.1106	0.0626	0.1202	0.1058	0.1202	0.0984	0.0582	0.0748	0.0582	0.0735
chr2L	2989066	2989297	chr2L:2989067-2989297	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0444	0.053	0.0467	0.0322	0.0318	0.0485	0.0761	0.0653	0.0318	0.0525	0.0421	0.0525	0.0937	0.0436	0.0174	0.0436	0.0589
chr2L	2992438	2992589	chr2L:2992439-2992589	FBgn0002989,FBgn0025681	CG3558,okr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0441	0.0613	0.0316	0.0286	0.0413	0.0623	0.056	0.0286	0.0779	0.0669	0.0779	0.0442	0.0368	0.0309	0.0368	0.0354
chr2L	2992695	2993096	chr2L:2992696-2993096	FBgn0002989,FBgn0025681	CG3558,okr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1938	0.1849	0.2303	0.1636	0.141	0.2024	0.2262	0.2378	0.141	0.2699	0.2695	0.2699	0.2084	0.1822	0.1825	0.1822	0.1939
chr2L	2993116	2993283	chr2L:2993117-2993283	FBgn0002989,FBgn0025681	CG3558,okr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0849	0.0824	0.099	0.0724	0.0668	0.0801	0.1021	0.1186	0.0668	0.0966	0.1286	0.0966	0.0945	0.0896	0.0851	0.0896	0.0803
chr2L	2993321	2993509	chr2L:2993322-2993509	FBgn0025681	CG3558	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1076	0.1163	0.117	0.0877	0.1029	0.0942	0.1492	0.1719	0.1029	0.1008	0.1637	0.1008	0.1224	0.1049	0.1264	0.1049	0.0964
chr2L	2993607	2993758	chr2L:2993608-2993758	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0321	0.0303	0.0336	0.0323	0.0159	0.0252	0.0471	0.038	0.0159	0.0266	0.0405	0.0266	0.0534	0.0176	0.0309	0.0176	0.0709
chr2L	2998826	2999013	chr2L:2998827-2999013	FBgn0031488	CG17265	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.0729	0.085	0.059	0.053	0.0709	0.0965	0.0939	0.053	0.1099	0.1	0.1099	0.086	0.0835	0.0716	0.0835	0.0787
chr2L	2999149	2999351	chr2L:2999150-2999351	FBgn0031488	CG17265	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1928	0.2058	0.2291	0.1384	0.1622	0.2267	0.2548	0.2518	0.1622	0.288	0.264	0.288	0.2285	0.1799	0.1844	0.1799	0.1829
chr2L	2999443	2999687	chr2L:2999444-2999687	FBgn0031488	CG17265	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.109	0.141	0.1197	0.0617	0.1145	0.1345	0.1955	0.1672	0.1145	0.1443	0.1402	0.1443	0.1007	0.0643	0.0767	0.0643	0.0776
chr2L	2999745	2999950	chr2L:2999746-2999950	FBgn0031488	CG17265	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.106	0.1577	0.1086	0.0453	0.1304	0.1505	0.2076	0.1992	0.1304	0.1238	0.1215	0.1238	0.0953	0.0475	0.0464	0.0475	0.0438
chr2L	3000253	3000495	chr2L:3000254-3000495	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0962	0.1434	0.1063	0.0322	0.1209	0.1117	0.1894	0.2205	0.1209	0.0616	0.1871	0.0616	0.048	0.0184	0.0845	0.0184	0.0172
chr2L	3000600	3000925	chr2L:3000601-3000925	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1319	0.1914	0.1435	0.0528	0.1792	0.1252	0.2781	0.2712	0.1792	0.0845	0.2585	0.0845	0.0674	0.0268	0.156	0.0268	0.0219
chr2L	3001414	3001565	chr2L:3001415-3001565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0229	0.0251	0.0198	0.0138	0.0199	0.0329	0.0306	0.0138	0.0163	0.0424	0.0163	0.0147	0.01	0.0632	0.01	0.0078
chr2L	3004065	3004216	chr2L:3004066-3004216	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0137	0.0179	0.0199	0.0074	0.0141	0.016	0.0227	0.0074	0.0145	0.0305	0.0145	0.0093	0.0038	0.0677	0.0038	0.0089
chr2L	3005166	3005317	chr2L:3005167-3005317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0251	0.0312	0.0279	0.0153	0.0244	0.0233	0.0398	0.0506	0.0244	0.0175	0.0505	0.0175	0.0085	0.0061	0.0387	0.0061	0.0115
chr2L	3005595	3005850	chr2L:3005596-3005850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0653	0.1081	0.0598	0.0237	0.1188	0.0641	0.151	0.1579	0.1188	0.032	0.108	0.032	0.0263	0.0084	0.0567	0.0084	0.0208
chr2L	3006107	3006263	chr2L:3006108-3006263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0293	0.0311	0.021	0.0138	0.0316	0.0368	0.0453	0.0138	0.0272	0.0495	0.0272	0.0163	0.0191	0.049	0.0191	0.0172
chr2L	3007042	3007262	chr2L:3007043-3007262	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.0771	0.0188	0.0141	0.0806	0.051	0.1194	0.0926	0.0806	0.0097	0.0322	0.0097	0.0139	0.0054	0.0426	0.0054	0.0068
chr2L	3008047	3008278	chr2L:3008048-3008278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0278	0.029	0.036	0.0174	0.0095	0.0306	0.0346	0.0493	0.0095	0.0115	0.0717	0.0115	0.0132	0.0023	0.0632	0.0023	0.0036
chr2L	3018249	3018448	chr2L:3018250-3018448	FBgn0031489,FBgn0031490	CG17224,CG17264	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1047	0.1033	0.119	0.0904	0.0986	0.1248	0.1211	0.1153	0.0986	0.1347	0.128	0.1347	0.1696	0.1585	0.0845	0.1585	0.1386
chr2L	3023087	3023267	chr2L:3023088-3023267	FBgn0031491,FBgn0031492	CG3542,alpha4GT1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1318	0.1262	0.1619	0.1049	0.0954	0.1476	0.1484	0.1632	0.0954	0.1938	0.1733	0.1938	0.1743	0.1072	0.1103	0.1072	0.1146
chr2L	3023399	3023550	chr2L:3023400-3023550	FBgn0031491,FBgn0031492	CG3542,alpha4GT1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0413	0.0605	0.0395	0.0233	0.0466	0.0558	0.048	0.0233	0.0797	0.0598	0.0797	0.0674	0.049	0.0406	0.049	0.0448
chr2L	3026132	3026283	chr2L:3026133-3026283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0466	0.0393	0.0174	0.0308	0.0461	0.0644	0.052	0.0308	0.0477	0.0424	0.0477	0.0364	0.0199	0.0181	0.0199	0.0208
chr2L	3026381	3026678	chr2L:3026382-3026678	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0707	0.0529	0.0238	0.0477	0.067	0.0956	0.0933	0.0477	0.064	0.0621	0.064	0.048	0.0299	0.0226	0.0299	0.0313
chr2L	3028856	3029015	chr2L:3028857-3029015	FBgn0031493,FBgn0031494	CG17219,CG3605	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0613	0.058	0.0731	0.0521	0.0392	0.0607	0.0809	0.0693	0.0392	0.0888	0.0775	0.0888	0.0682	0.0559	0.0464	0.0559	0.0776
chr2L	3029135	3029310	chr2L:3029136-3029310	FBgn0031493,FBgn0031494	CG17219,CG3605	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.136	0.127	0.1664	0.1127	0.0838	0.1456	0.1548	0.1572	0.0838	0.2114	0.1785	0.2114	0.1572	0.1179	0.1173	0.1179	0.1407
chr2L	3029435	3029755	chr2L:3029436-3029755	FBgn0031493,FBgn0031494	CG17219,CG3605	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0836	0.0996	0.0558	0.0498	0.0893	0.1146	0.0986	0.0498	0.1528	0.0965	0.1528	0.0806	0.0513	0.0548	0.0513	0.0683
chr2L	3029808	3029959	chr2L:3029809-3029959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.037	0.042	0.0461	0.0214	0.0191	0.0408	0.058	0.0566	0.0191	0.0556	0.0482	0.0556	0.0411	0.0184	0.0148	0.0184	0.0261
chr2L	3030089	3030293	chr2L:3030090-3030293	FBgn0031495	GABPI	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0639	0.057	0.082	0.0518	0.0414	0.0583	0.0705	0.0753	0.0414	0.093	0.0865	0.093	0.0891	0.0436	0.0419	0.0436	0.0636
chr2L	3030420	3030593	chr2L:3030421-3030593	FBgn0031495	GABPI	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1229	0.1572	0.1142	0.0795	0.1417	0.1471	0.1592	0.0795	0.1896	0.1669	0.1896	0.1704	0.1126	0.1122	0.1126	0.1423
chr2L	3030672	3030844	chr2L:3030673-3030844	FBgn0031495	GABPI	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.053	0.0495	0.0654	0.0434	0.0339	0.0563	0.0584	0.0686	0.0339	0.0882	0.0605	0.0882	0.0883	0.0406	0.0464	0.0406	0.0651
chr2L	3037165	3037359	chr2L:3037166-3037359	FBgn0031497,FBgn0031498	CG17259,CG17260	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1142	0.0779	0.1451	0.1209	0.0467	0.0995	0.0813	0.1073	0.0467	0.1667	0.1714	0.1667	0.1518	0.121	0.1341	0.121	0.1391
chr2L	3037432	3037601	chr2L:3037433-3037601	FBgn0031497,FBgn0031498	CG17259,CG17260	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.0922	0.1576	0.1331	0.0636	0.1126	0.096	0.1286	0.0636	0.1769	0.1859	0.1769	0.158	0.1409	0.1457	0.1409	0.1496
chr2L	3039333	3039492	chr2L:3039334-3039492	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.035	0.0557	0.0341	0.0201	0.0393	0.0407	0.054	0.0201	0.07	0.0566	0.07	0.0511	0.0375	0.0277	0.0375	0.0485
chr2L	3039503	3039706	chr2L:3039504-3039706	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0661	0.0553	0.0862	0.0563	0.0286	0.0714	0.0675	0.07	0.0286	0.1027	0.0868	0.1027	0.0837	0.0605	0.0567	0.0605	0.0641
chr2L	3039780	3039965	chr2L:3039781-3039965	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.129	0.1092	0.1588	0.1186	0.0626	0.1432	0.1168	0.1512	0.0626	0.192	0.1695	0.192	0.1534	0.1225	0.1225	0.1225	0.1303
chr2L	3039976	3040198	chr2L:3039977-3040198	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.1138	0.1444	0.1079	0.0732	0.1374	0.1293	0.1532	0.0732	0.1667	0.1572	0.1667	0.1549	0.111	0.1025	0.111	0.1287
chr2L	3040273	3040458	chr2L:3040274-3040458	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0459	0.0669	0.0468	0.0286	0.0505	0.0584	0.0553	0.0286	0.0707	0.0678	0.0707	0.0852	0.0436	0.0458	0.0436	0.0552
chr2L	3041922	3042129	chr2L:3041923-3042129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0362	0.0275	0.032	0.0504	0.0117	0.0257	0.0476	0.024	0.0117	0.026	0.0209	0.026	0.086	0.0191	0.0206	0.0191	0.1391
chr2L	3044757	3044908	chr2L:3044758-3044908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0135	0.0174	0.0213	0.0064	0.015	0.0208	0.014	0.0064	0.0115	0.0145	0.0115	0.0418	0.0084	0.0084	0.0084	0.0578
chr2L	3045103	3045269	chr2L:3045104-3045269	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0196	0.0237	0.0244	0.0032	0.0228	0.029	0.022	0.0032	0.0139	0.0232	0.0139	0.0627	0.0153	0.0097	0.0153	0.0599
chr2L	3046614	3046915	chr2L:3046615-3046915	FBgn0263847	CR43708	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0536	0.0576	0.0655	0.0362	0.0297	0.0631	0.0597	0.0993	0.0297	0.0658	0.054	0.0658	0.1255	0.0459	0.0232	0.0459	0.0709
chr2L	3048571	3048899	chr2L:3048572-3048899	FBgn0003934	snRNA:U5:23D	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.1609	0.0499	0.0125	0.1601	0.1141	0.2037	0.2525	0.1601	0.0248	0.0646	0.0248	0.0682	0.013	0.02	0.013	0.0115
chr2L	3049243	3049394	chr2L:3049244-3049394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.031	0.0136	0.0079	0.0297	0.0214	0.0467	0.0393	0.0297	0.0127	0.0161	0.0127	0.0124	0.0061	0.0103	0.0061	0.0115
chr2L	3055232	3055383	chr2L:3055233-3055383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0149	0.0218	0.0156	0.0064	0.0085	0.0199	0.0411	0.0187	0.0085	0.0133	0.0183	0.0133	0.0186	0.0031	0.0077	0.0031	0.0083
chr2L	3055514	3055665	chr2L:3055515-3055665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0179	0.0249	0.0165	0.0117	0.0138	0.0146	0.0476	0.028	0.0138	0.0199	0.0145	0.0199	0.0232	0.0084	0.0174	0.0084	0.0177
chr2L	3055889	3056110	chr2L:3055890-3056110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.04	0.0405	0.0296	0.0508	0.0339	0.0277	0.0597	0.056	0.0339	0.0163	0.0305	0.0163	0.0457	0.0153	0.0896	0.0153	0.0646
chr2L	3056428	3056650	chr2L:3056429-3056650	FBgn0027571	CG3523	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0466	0.026	0.0331	0.0844	0.0127	0.0218	0.0437	0.0266	0.0127	0.0175	0.0322	0.0175	0.055	0.0467	0.1296	0.0467	0.0865
chr2L	3056827	3057005	chr2L:3056828-3057005	FBgn0027571	CG3523	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0307	0.0318	0.0307	0.0294	0.0117	0.0383	0.0398	0.042	0.0117	0.038	0.0305	0.038	0.024	0.0084	0.0187	0.0084	0.0193
chr2L	3057936	3058343	chr2L:3057937-3058343	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.0241	0.0445	0.0553	0.0095	0.032	0.0363	0.0193	0.0095	0.0278	0.0264	0.0278	0.1565	0.0207	0.0303	0.0207	0.1464
chr2L	3058538	3058751	chr2L:3058539-3058751	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.015	0.0354	0.0518	0.0064	0.017	0.0212	0.0147	0.0064	0.0266	0.0203	0.0266	0.1177	0.0406	0.0348	0.0406	0.1214
chr2L	3059121	3059376	chr2L:3059122-3059376	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0522	0.0351	0.0362	0.089	0.0148	0.0325	0.0532	0.0413	0.0148	0.0248	0.0354	0.0248	0.0658	0.0528	0.0909	0.0528	0.1172
chr2L	3069943	3070094	chr2L:3069944-3070094	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0189	0.0409	0.0095	0.0047	0.0456	0.0121	0.058	0.0746	0.0456	0.0103	0.0113	0.0103	0.007	0.0023	0.0084	0.0023	0.0047
chr2L	3070257	3070408	chr2L:3070258-3070408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0456	0.0115	0.0084	0.0477	0.0141	0.0722	0.0713	0.0477	0.0133	0.0119	0.0133	0.0108	0.0023	0.0129	0.0023	0.0125
chr2L	3070502	3070653	chr2L:3070503-3070653	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0489	0.0118	0.0093	0.0424	0.0204	0.0826	0.068	0.0424	0.0115	0.0164	0.0115	0.0085	0.0061	0.0129	0.0061	0.0135
chr2L	3070900	3071308	chr2L:3070901-3071308	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0884	0.0197	0.0114	0.0944	0.0417	0.1397	0.1146	0.0944	0.0175	0.0232	0.0175	0.0186	0.0023	0.0123	0.0023	0.0141
chr2L	3071540	3071691	chr2L:3071541-3071691	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0345	0.0783	0.0142	0.0079	0.1029	0.0306	0.1285	0.0906	0.1029	0.0121	0.017	0.0121	0.0124	0.0031	0.0161	0.0031	0.0047
chr2L	3071870	3072067	chr2L:3071871-3072067	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0616	0.1473	0.0193	0.0121	0.21	0.0699	0.2465	0.1486	0.21	0.0181	0.0296	0.0181	0.0108	0.0077	0.0232	0.0077	0.0109
chr2L	3072268	3072493	chr2L:3072269-3072493	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0904	0.2246	0.0254	0.012	0.2768	0.1155	0.3421	0.2911	0.2768	0.0157	0.0392	0.0157	0.0194	0.0145	0.0174	0.0145	0.012
chr2L	3078417	3078614	chr2L:3078418-3078614	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0248	0.0567	0.0099	0.0056	0.0488	0.0286	0.1025	0.0653	0.0488	0.0091	0.0141	0.0091	0.0077	0.0015	0.0097	0.0015	0.0063
chr2L	3078800	3079049	chr2L:3078801-3079049	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0689	0.0142	0.0086	0.0647	0.0524	0.1064	0.074	0.0647	0.0103	0.0196	0.0103	0.0163	0.0084	0.0135	0.0084	0.0052
chr2L	3079538	3079689	chr2L:3079539-3079689	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0486	0.0157	0.0077	0.0403	0.018	0.083	0.0753	0.0403	0.0175	0.0196	0.0175	0.0108	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2L	3079748	3079934	chr2L:3079749-3079934	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0279	0.0621	0.0124	0.0067	0.071	0.0228	0.1272	0.0466	0.071	0.0109	0.0167	0.0109	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0094
chr2L	3080275	3080426	chr2L:3080276-3080426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0235	0.0451	0.0171	0.0064	0.0403	0.0218	0.0774	0.054	0.0403	0.0193	0.019	0.0193	0.0155	0.0046	0.0058	0.0046	0.0073
chr2L	3080452	3080688	chr2L:3080453-3080688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.074	0.0296	0.0077	0.052	0.0427	0.1185	0.1039	0.052	0.0374	0.0347	0.0374	0.0217	0.0077	0.0077	0.0077	0.0094
chr2L	3082910	3083163	chr2L:3082911-3083163	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0422	0.0955	0.014	0.0138	0.0965	0.0646	0.1207	0.1566	0.0965	0.0109	0.0177	0.0109	0.0108	0.0069	0.0148	0.0069	0.0068
chr2L	3083620	3083829	chr2L:3083621-3083829	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0439	0.0971	0.0188	0.0121	0.0562	0.0879	0.0952	0.1932	0.0562	0.0205	0.0206	0.0205	0.017	0.0084	0.0168	0.0084	0.0104
chr2L	3086436	3086587	chr2L:3086437-3086587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0134	0.0091	0.0115	0.0203	0.0021	0.0073	0.0156	0.0093	0.0021	0.0151	0.0103	0.0151	0.0178	0.0291	0.0148	0.0291	0.0365
chr2L	3088372	3088523	chr2L:3088373-3088523	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0135	0.0103	0.0343	0.0053	0.0131	0.0229	0.0147	0.0053	0.0072	0.0106	0.0072	0.0132	0.0184	0.0097	0.0184	0.0089
chr2L	3090036	3090187	chr2L:3090037-3090187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0096	0.0081	0.0121	0.0042	0.0112	0.0156	0.006	0.0042	0.0066	0.0122	0.0066	0.0039	0.0084	0.0077	0.0084	0.0047
chr2L	3090340	3090491	chr2L:3090341-3090491	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0116	0.0138	0.0249	0.0011	0.0141	0.0182	0.0113	0.0011	0.0097	0.0161	0.0097	0.0124	0.0138	0.0129	0.0138	0.0109
chr2L	3094364	3094515	chr2L:3094365-3094515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0286	0.0231	0.0339	0.029	0.0117	0.0262	0.0281	0.0306	0.0117	0.0338	0.046	0.0338	0.0395	0.0314	0.0496	0.0314	0.036
chr2L	3094602	3094753	chr2L:3094603-3094753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0214	0.0206	0.0256	0.0177	0.0095	0.0189	0.0324	0.0247	0.0095	0.0193	0.0379	0.0193	0.0318	0.013	0.0329	0.013	0.0219
chr2L	3095020	3095337	chr2L:3095021-3095337	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1056	0.0765	0.1279	0.1135	0.0276	0.0757	0.0995	0.1153	0.0276	0.1262	0.1727	0.1262	0.1464	0.1478	0.1618	0.1478	0.149
chr2L	3100783	3100934	chr2L:3100784-3100934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0148	0.014	0.0132	0.0175	0.0074	0.0092	0.0221	0.0207	0.0074	0.0157	0.0138	0.0157	0.0178	0.049	0.0155	0.049	0.0104
chr2L	3101106	3101257	chr2L:3101107-3101257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0214	0.0133	0.0173	0.0348	0.0032	0.0136	0.019	0.016	0.0032	0.029	0.0125	0.029	0.024	0.1133	0.0245	0.1133	0.0167
chr2L	3106373	3106549	chr2L:3106374-3106549	distal	distal	stage14	stage14	VT1593.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0116	0.0246	0.0299	0.0011	0.0136	0.0156	0.018	0.0011	0.0187	0.0412	0.0187	0.0155	0.023	0.0722	0.023	0.0208
chr2L	3106585	3106736	chr2L:3106586-3106736	distal	distal	stage14	stage14	VT1593.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.011	0.0175	0.0196	0.0011	0.0112	0.016	0.0173	0.0011	0.0157	0.0277	0.0157	0.0108	0.0092	0.0522	0.0092	0.0104
chr2L	3107220	3107371	chr2L:3107221-3107371	distal	distal	none	none	VT1593.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0071	0.0127	0.0187	0.0053	0.0049	0.0117	0.0093	0.0053	0.0066	0.0193	0.0066	0.0139	0.0092	0.0516	0.0092	0.0068
chr2L	3107640	3107791	chr2L:3107641-3107791	distal	distal	none	none	VT1593.1,VT1594.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.01	0.0162	0.0281	0.0042	0.0068	0.0186	0.01	0.0042	0.0121	0.0244	0.0121	0.0163	0.0138	0.0845	0.0138	0.0141
chr2L	3108068	3108292	chr2L:3108069-3108292	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.082	0.0401	0.09	0.12	0.018	0.0524	0.0493	0.0513	0.018	0.0676	0.1177	0.0676	0.1301	0.1455	0.2141	0.1455	0.1407
chr2L	3108293	3108568	chr2L:3108294-3108568	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.129	0.0889	0.1542	0.1462	0.0467	0.1097	0.1042	0.1159	0.0467	0.1594	0.1823	0.1594	0.2045	0.1516	0.2153	0.1516	0.2027
chr2L	3116131	3116282	chr2L:3116132-3116282	distal	distal	none	none	VT1598.1	VT1598.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0135	0.0112	0.0102	0.0196	0.0053	0.0083	0.0225	0.01	0.0053	0.0157	0.0087	0.0157	0.0178	0.0613	0.0097	0.0613	0.0125
chr2L	3121885	3122036	chr2L:3121886-3122036	distal	distal	none	none	VT1601.1	VT1601.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0147	0.0085	0.0197	0.0163	0.0032	0.0112	0.0099	0.0107	0.0032	0.0091	0.0138	0.0091	0.0666	0.0107	0.0174	0.0107	0.0287
chr2L	3122277	3122428	chr2L:3122278-3122428	distal	distal	none	none	VT1601.1	VT1601.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0149	0.0128	0.0136	0.0187	0.0053	0.0107	0.0216	0.0153	0.0053	0.0109	0.0138	0.0109	0.0248	0.0077	0.0322	0.0077	0.024
chr2L	3123641	3123831	chr2L:3123642-3123831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0096	0.0129	0.0178	0.0032	0.0126	0.0138	0.0093	0.0032	0.0097	0.0106	0.0097	0.0349	0.0115	0.011	0.0115	0.0406
chr2L	3124739	3124918	chr2L:3124740-3124918	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0072	0.0156	0.0529	0.0021	0.0112	0.0121	0.0027	0.0021	0.0115	0.0167	0.0115	0.0287	0.0513	0.0458	0.0513	0.1136
chr2L	3128227	3128488	chr2L:3128228-3128488	FBgn0031504	CG15403	none	none	VT1603.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0229	0.0168	0.0206	0.0323	0.0106	0.0136	0.0307	0.016	0.0106	0.0223	0.0164	0.0223	0.0124	0.0061	0.0123	0.0061	0.0156
chr2L	3130558	3130778	chr2L:3130559-3130778	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0177	0.0296	0.0322	0.0074	0.0228	0.0225	0.0207	0.0074	0.0525	0.0141	0.0525	0.0155	0.013	0.0161	0.013	0.0135
chr2L	3131520	3131671	chr2L:3131521-3131671	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0241	0.0189	0.0302	0.0231	0.0148	0.016	0.0255	0.026	0.0148	0.0417	0.0309	0.0417	0.0225	0.0138	0.0213	0.0138	0.0198
chr2L	3131764	3131965	chr2L:3131765-3131965	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0674	0.0557	0.0895	0.0561	0.0286	0.066	0.064	0.0779	0.0286	0.1431	0.0881	0.1431	0.0906	0.0582	0.0477	0.0582	0.0787
chr2L	3132306	3132457	chr2L:3132307-3132457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0171	0.0241	0.0139	0.0085	0.0189	0.0225	0.02	0.0085	0.0429	0.0206	0.0429	0.031	0.0107	0.0097	0.0107	0.0203
chr2L	3144091	3144242	chr2L:3144092-3144242	FBgn0015600	toc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0123	0.0117	0.0203	0.0053	0.0102	0.019	0.016	0.0053	0.0115	0.0129	0.0115	0.0124	0.0077	0.0084	0.0077	0.0156
chr2L	3144809	3144988	chr2L:3144810-3144988	FBgn0015600	toc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1092	0.0845	0.1273	0.1171	0.0498	0.0976	0.1051	0.1066	0.0498	0.1449	0.1392	0.1449	0.1418	0.108	0.109	0.108	0.135
chr2L	3145110	3145503	chr2L:3145111-3145503	FBgn0015600,FBgn0031505	CG12400,toc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0899	0.1396	0.1142	0.0456	0.0985	0.1133	0.1233	0.0456	0.1679	0.1553	0.1679	0.1448	0.1187	0.1109	0.1187	0.1475
chr2L	3145642	3145819	chr2L:3145643-3145819	FBgn0031505	CG12400	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.0937	0.1418	0.1131	0.0573	0.1107	0.109	0.1272	0.0573	0.1703	0.1514	0.1703	0.1518	0.1309	0.1083	0.1309	0.1501
chr2L	3149072	3149306	chr2L:3149073-3149306	distal	distal	stage11	stage11	VT1615.1	VT1615.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0401	0.0228	0.0478	0.0508	0.0064	0.0296	0.0303	0.0286	0.0064	0.029	0.0257	0.029	0.1108	0.026	0.0239	0.026	0.1068
chr2L	3151126	3151277	chr2L:3151127-3151277	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.027	0.0196	0.0387	0.0226	0.0021	0.0286	0.0281	0.018	0.0021	0.0326	0.027	0.0326	0.1115	0.0222	0.0142	0.0222	0.0427
chr2L	3152071	3152431	chr2L:3152072-3152431	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0663	0.0447	0.085	0.0699	0.0148	0.0689	0.0532	0.044	0.0148	0.1039	0.0508	0.1039	0.2332	0.1516	0.0271	0.1516	0.1146
chr2L	3152743	3152935	chr2L:3152744-3152935	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.07	0.058	0.0817	0.0707	0.035	0.0728	0.0675	0.0706	0.035	0.1165	0.0582	0.1165	0.1712	0.147	0.0355	0.147	0.111
chr2L	3153140	3153346	chr2L:3153141-3153346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0617	0.0293	0.0736	0.0848	0.0074	0.0529	0.0311	0.026	0.0074	0.1111	0.0489	0.1111	0.1518	0.1891	0.0335	0.1891	0.1318
chr2L	3153436	3153679	chr2L:3153437-3153679	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0569	0.0247	0.0627	0.0865	0.0053	0.0413	0.0277	0.0227	0.0053	0.09	0.036	0.09	0.134	0.1868	0.0251	0.1868	0.135
chr2L	3158115	3158290	chr2L:3158116-3158290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0516	0.059	0.0636	0.0255	0.0631	0.064	0.064	0.0255	0.0845	0.045	0.0845	0.1177	0.0865	0.0251	0.0865	0.1397
chr2L	3158408	3158570	chr2L:3158409-3158570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0618	0.0496	0.0704	0.0659	0.0233	0.0689	0.0558	0.0573	0.0233	0.1063	0.0486	0.1063	0.1348	0.085	0.0316	0.085	0.1402
chr2L	3158641	3158858	chr2L:3158642-3158858	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1119	0.1322	0.1019	0.0604	0.1379	0.1293	0.1486	0.0604	0.1836	0.1277	0.1836	0.1766	0.124	0.0735	0.124	0.1735
chr2L	3158859	3159038	chr2L:3158860-3159038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0903	0.0783	0.1135	0.0783	0.0361	0.1087	0.0731	0.1186	0.0361	0.1697	0.1222	0.1697	0.1077	0.1133	0.0767	0.1133	0.1027
chr2L	3159205	3159425	chr2L:3159206-3159425	FBgn0011648	Mad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1848	0.1619	0.2105	0.1821	0.1135	0.2073	0.1743	0.2079	0.1135	0.2772	0.2283	0.2772	0.2053	0.2458	0.1831	0.2458	0.2163
chr2L	3159541	3159712	chr2L:3159542-3159712	FBgn0011648,FBgn0260817	Mad,gkt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1278	0.1155	0.1461	0.1216	0.088	0.1374	0.1354	0.1426	0.088	0.1775	0.1569	0.1775	0.1557	0.1401	0.1315	0.1401	0.1381
chr2L	3163607	3163789	chr2L:3163608-3163789	FBgn0014906	Hydr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.07	0.0643	0.0907	0.0538	0.0477	0.0772	0.0714	0.0846	0.0477	0.1232	0.0913	0.1232	0.0991	0.0636	0.0438	0.0636	0.0745
chr2L	3163873	3164416	chr2L:3163874-3164416	FBgn0014906	Hydr2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0848	0.0909	0.1009	0.0604	0.0647	0.0966	0.1168	0.1213	0.0647	0.1208	0.1141	0.1208	0.1154	0.0613	0.0535	0.0613	0.0881
chr2L	3164586	3164871	chr2L:3164587-3164871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0529	0.0573	0.0589	0.0415	0.0286	0.0646	0.0783	0.0713	0.0286	0.0604	0.0723	0.0604	0.0674	0.0391	0.0277	0.0391	0.0761
chr2L	3165417	3165619	chr2L:3165418-3165619	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0642	0.0627	0.0876	0.0404	0.0318	0.0544	0.0627	0.1319	0.0318	0.0278	0.1762	0.0278	0.0434	0.0107	0.1128	0.0107	0.0261
chr2L	3165834	3166002	chr2L:3165835-3166002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.0376	0.0435	0.0246	0.0244	0.0383	0.045	0.0573	0.0244	0.035	0.0698	0.035	0.0349	0.0168	0.0561	0.0168	0.0261
chr2L	3169537	3169710	chr2L:3169538-3169710	FBgn0011985	tRNA:S7:23Eb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.086	0.0904	0.0994	0.0664	0.0668	0.0956	0.112	0.1139	0.0668	0.1039	0.1206	0.1039	0.0976	0.0704	0.0683	0.0704	0.1027
chr2L	3170577	3170728	chr2L:3170578-3170728	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0558	0.0518	0.0248	0.0371	0.0694	0.0722	0.062	0.0371	0.0664	0.0624	0.0664	0.0395	0.0207	0.0226	0.0207	0.0281
chr2L	3170732	3170937	chr2L:3170733-3170937	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0664	0.0773	0.0788	0.0405	0.0541	0.1034	0.0839	0.0933	0.0541	0.1002	0.0952	0.1002	0.0596	0.0375	0.0342	0.0375	0.0537
chr2L	3171038	3171217	chr2L:3171039-3171217	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1269	0.1322	0.1476	0.0982	0.1029	0.1553	0.1479	0.1739	0.1029	0.1775	0.1707	0.1775	0.1294	0.1103	0.0935	0.1103	0.124
chr2L	3171319	3171513	chr2L:3171320-3171513	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0695	0.0743	0.0859	0.0462	0.0498	0.085	0.0934	0.0853	0.0498	0.1081	0.1023	0.1081	0.072	0.0528	0.0503	0.0528	0.0578
chr2L	3171537	3171688	chr2L:3171538-3171688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0507	0.0537	0.0285	0.0392	0.0578	0.0644	0.056	0.0392	0.0694	0.0624	0.0694	0.0434	0.036	0.0264	0.036	0.0328
chr2L	3172444	3172674	chr2L:3172445-3172674	FBgn0011984,FBgn0085435	CG34406,tRNA:S7:23Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.08	0.1044	0.0582	0.0509	0.0869	0.099	0.1026	0.0509	0.1383	0.1158	0.1383	0.0937	0.0528	0.0671	0.0528	0.074
chr2L	3172764	3172946	chr2L:3172765-3172946	FBgn0011984,FBgn0085435	CG34406,tRNA:S7:23Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1582	0.1503	0.1832	0.1394	0.122	0.1728	0.1683	0.1952	0.122	0.2331	0.2026	0.2331	0.1619	0.1562	0.1393	0.1562	0.1589
chr2L	3172995	3173190	chr2L:3172996-3173190	FBgn0011984,FBgn0085435	CG34406,tRNA:S7:23Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2215	0.213	0.2543	0.195	0.176	0.249	0.2392	0.2692	0.176	0.3019	0.2862	0.3019	0.2494	0.232	0.1844	0.232	0.2355
chr2L	3199665	3199835	chr2L:3199666-3199835	FBgn0085422	CG34393	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0283	0.0408	0.0325	0.0099	0.0212	0.0417	0.0454	0.0686	0.0212	0.0598	0.0331	0.0598	0.0101	0.0015	0.0032	0.0015	0.0021
chr2L	3265715	3265885	chr2L:3265716-3265885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0433	0.0465	0.057	0.0248	0.0212	0.05	0.0536	0.0713	0.0212	0.0791	0.0617	0.0791	0.0457	0.0207	0.0193	0.0207	0.0188
chr2L	3280560	3280792	chr2L:3280561-3280792	FBgn0031514	CG3332	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0145	0.0131	0.0154	0.0152	0.0032	0.0097	0.0264	0.0087	0.0032	0.0133	0.0135	0.0133	0.0372	0.0077	0.0123	0.0077	0.0339
chr2L	3293782	3293948	chr2L:3293783-3293948	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0345	0.0194	0.0379	0.0476	0.0074	0.0257	0.0208	0.0273	0.0074	0.0344	0.0437	0.0344	0.0658	0.0291	0.0509	0.0291	0.0995
chr2L	3294093	3294251	chr2L:3294094-3294251	FBgn0031515	CG9664	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0166	0.0329	0.0422	0.0032	0.0199	0.0182	0.0273	0.0032	0.032	0.0312	0.032	0.0736	0.0199	0.0419	0.0199	0.0959
chr2L	3294655	3294845	chr2L:3294656-3294845	FBgn0031515	CG9664	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0415	0.031	0.0444	0.0501	0.0201	0.0393	0.0329	0.0453	0.0201	0.0405	0.0453	0.0405	0.0868	0.0253	0.049	0.0253	0.1214
chr2L	3295858	3296009	chr2L:3295859-3296009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0174	0.0147	0.0221	0.0153	0.0042	0.0175	0.019	0.0187	0.0042	0.0242	0.0093	0.0242	0.0666	0.01	0.0064	0.01	0.0365
chr2L	3298083	3298249	chr2L:3298084-3298249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0152	0.031	0.0292	0.0011	0.0223	0.0208	0.0167	0.0011	0.0296	0.0219	0.0296	0.086	0.0084	0.0123	0.0084	0.0813
chr2L	3298309	3298460	chr2L:3298310-3298460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0262	0.0155	0.0332	0.0304	0.0053	0.0262	0.0169	0.0133	0.0053	0.0326	0.0219	0.0326	0.096	0.013	0.011	0.013	0.0818
chr2L	3299340	3299503	chr2L:3299341-3299503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.034	0.0217	0.0405	0.0405	0.0042	0.0335	0.0264	0.0193	0.0042	0.0302	0.0331	0.0302	0.1123	0.0153	0.0116	0.0153	0.1209
chr2L	3299763	3299918	chr2L:3299764-3299918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0421	0.0275	0.0548	0.0444	0.0095	0.0485	0.0272	0.024	0.0095	0.0465	0.0344	0.0465	0.1673	0.0184	0.0161	0.0184	0.1266
chr2L	3302048	3302355	chr2L:3302049-3302355	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1707	0.1011	0.2242	0.1898	0.0223	0.1767	0.0593	0.1712	0.0223	0.3514	0.237	0.3514	0.2091	0.2611	0.2025	0.2611	0.2486
chr2L	3302482	3302633	chr2L:3302483-3302633	FBgn0031516	CG9663	none	none	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0724	0.0425	0.1013	0.0741	0.0085	0.082	0.0247	0.066	0.0085	0.157	0.1003	0.157	0.11	0.098	0.0793	0.098	0.0985
chr2L	3302641	3302869	chr2L:3302642-3302869	FBgn0031516	CG9663	stage11,stage14	none	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0568	0.142	0.1141	0.018	0.1029	0.0337	0.0893	0.018	0.1854	0.1563	0.1854	0.1689	0.1294	0.1115	0.1294	0.1787
chr2L	3303064	3303465	chr2L:3303065-3303465	FBgn0031516	CG9663	stage11,stage14,stage5	none	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2642	0.1746	0.3473	0.2729	0.0573	0.3024	0.0913	0.2991	0.0573	0.4535	0.39	0.4535	0.3153	0.2933	0.2721	0.2933	0.3163
chr2L	3303572	3303784	chr2L:3303573-3303784	FBgn0031516,FBgn0031518	CG3277,CG9663	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1314	0.0955	0.169	0.1303	0.0477	0.1476	0.0731	0.1432	0.0477	0.1999	0.1977	0.1999	0.1518	0.1302	0.1302	0.1302	0.1563
chr2L	3308215	3308375	chr2L:3308216-3308375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0196	0.0216	0.0214	0.0085	0.018	0.032	0.0207	0.0085	0.0193	0.0235	0.0193	0.0434	0.01	0.0168	0.01	0.0485
chr2L	3308629	3308780	chr2L:3308630-3308780	FBgn0031517	CG15406	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0255	0.0336	0.0244	0.0177	0.0191	0.0311	0.0484	0.0446	0.0191	0.0211	0.0289	0.0211	0.0403	0.0168	0.0129	0.0168	0.0281
chr2L	3319599	3319771	chr2L:3319600-3319771	FBgn0031519,FBgn0031520	CG3326,CG8837	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0417	0.0466	0.0194	0.0223	0.0451	0.0493	0.0593	0.0223	0.0616	0.0537	0.0616	0.0418	0.026	0.0174	0.026	0.0245
chr2L	3319858	3320041	chr2L:3319859-3320041	FBgn0031519,FBgn0031520	CG3326,CG8837	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0825	0.0816	0.094	0.0707	0.0498	0.0932	0.0978	0.1086	0.0498	0.1027	0.1129	0.1027	0.1131	0.0888	0.0793	0.0888	0.1006
chr2L	3320268	3320419	chr2L:3320269-3320419	FBgn0031519,FBgn0031520	CG3326,CG8837	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0195	0.0223	0.0181	0.018	0.0095	0.0194	0.042	0.0187	0.0095	0.0205	0.0219	0.0205	0.0209	0.0191	0.0168	0.0191	0.0266
chr2L	3323206	3323357	chr2L:3323207-3323357	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0181	0.0173	0.0141	0.0233	0.0042	0.018	0.0337	0.0127	0.0042	0.0151	0.0148	0.0151	0.0256	0.0138	0.0155	0.0138	0.0532
chr2L	3323413	3323564	chr2L:3323414-3323564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0165	0.015	0.0132	0.022	0.0074	0.016	0.0242	0.0147	0.0074	0.0151	0.0135	0.0151	0.0194	0.0084	0.0103	0.0084	0.0537
chr2L	3324084	3324235	chr2L:3324085-3324235	FBgn0053281	CG33281	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0136	0.0165	0.0095	0.015	0.0127	0.0092	0.0324	0.0147	0.0127	0.0127	0.009	0.0127	0.0139	0.0077	0.0071	0.0077	0.0339
chr2L	3338726	3338960	chr2L:3338727-3338960	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0814	0.0272	0.0749	0.1491	0.0085	0.0422	0.0346	0.024	0.0085	0.0791	0.0556	0.0791	0.1975	0.193	0.1644	0.193	0.2606
chr2L	3339105	3339299	chr2L:3339106-3339299	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0721	0.0221	0.0647	0.1361	0.0117	0.0311	0.0311	0.0167	0.0117	0.0688	0.0508	0.0688	0.158	0.1845	0.176	0.1845	0.2152
chr2L	3339514	3339713	chr2L:3339515-3339713	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0843	0.0178	0.0761	0.1675	0.0011	0.0379	0.019	0.0093	0.0011	0.0978	0.0585	0.0978	0.1751	0.255	0.2031	0.255	0.2444
chr2L	3345899	3346200	chr2L:3345900-3346200	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0259	0.0086	0.0234	0.0482	0.0053	0.0112	0.0138	0.006	0.0053	0.0211	0.026	0.0211	0.0395	0.0444	0.1032	0.0444	0.0563
chr2L	3346405	3346786	chr2L:3346406-3346786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.013	0.0284	0.0721	0.0074	0.0136	0.0195	0.0147	0.0074	0.0278	0.0437	0.0278	0.0209	0.0498	0.2037	0.0498	0.0526
chr2L	3348151	3348302	chr2L:3348152-3348302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0148	0.0074	0.009	0.0295	0.0074	0.0053	0.0134	0.0053	0.0074	0.0103	0.0074	0.0103	0.0194	0.0551	0.0232	0.0551	0.0443
chr2L	3348366	3348617	chr2L:3348367-3348617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0284	0.0092	0.0183	0.0609	0.0042	0.0092	0.0169	0.0047	0.0042	0.0211	0.0116	0.0211	0.048	0.1018	0.0548	0.1018	0.0985
chr2L	3354781	3354958	chr2L:3354782-3354958	FBgn0020445	E23	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0864	0.0178	0.0844	0.1653	0.0085	0.0383	0.0173	0.008	0.0085	0.0562	0.0923	0.0562	0.1936	0.2312	0.2095	0.2312	0.2621
chr2L	3355220	3355404	chr2L:3355221-3355404	FBgn0020445	E23	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0586	0.0216	0.0522	0.1069	0.0074	0.0286	0.029	0.0213	0.0074	0.0368	0.0572	0.0368	0.1131	0.1432	0.1399	0.1432	0.1714
chr2L	3366184	3366395	chr2L:3366185-3366395	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0111	0.0171	0.0213	0.0053	0.0102	0.016	0.016	0.0053	0.0175	0.0138	0.0175	0.0387	0.0084	0.0103	0.0084	0.0521
chr2L	3366650	3366801	chr2L:3366651-3366801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.0095	0.0114	0.0146	0.0053	0.0092	0.0156	0.01	0.0053	0.0115	0.0119	0.0115	0.0217	0.0092	0.0123	0.0092	0.0313
chr2L	3372174	3372325	chr2L:3372175-3372325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0204	0.0293	0.029	0.0138	0.0233	0.026	0.0253	0.0138	0.026	0.0305	0.026	0.0519	0.0184	0.0161	0.0184	0.061
chr2L	3372528	3372781	chr2L:3372529-3372781	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0828	0.0779	0.0989	0.0707	0.0424	0.0981	0.0887	0.1113	0.0424	0.128	0.1068	0.128	0.0999	0.0697	0.0677	0.0697	0.1037
chr2L	3372790	3372941	chr2L:3372791-3372941	FBgn0085423	CG34394	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0406	0.0381	0.0494	0.0337	0.0148	0.0456	0.048	0.0506	0.0148	0.0725	0.0486	0.0725	0.0457	0.0306	0.0342	0.0306	0.0391
chr2L	3372997	3373218	chr2L:3372998-3373218	FBgn0085423	CG34394	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.0553	0.0925	0.0699	0.0138	0.0689	0.067	0.0773	0.0138	0.1147	0.1032	0.1147	0.1061	0.0743	0.078	0.0743	0.087
chr2L	3373369	3373542	chr2L:3373370-3373542	FBgn0085423	CG34394	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1177	0.1072	0.1359	0.1095	0.0647	0.1257	0.1215	0.1532	0.0647	0.1824	0.1441	0.1824	0.1278	0.1164	0.1199	0.1164	0.1371
chr2L	3373643	3373794	chr2L:3373644-3373794	FBgn0085423	CG34394	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0356	0.0491	0.0376	0.0212	0.0403	0.0484	0.044	0.0212	0.061	0.0534	0.061	0.0418	0.0368	0.0438	0.0368	0.0474
chr2L	3375593	3375744	chr2L:3375594-3375744	FBgn0031528	CG15412	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0231	0.0203	0.0198	0.0085	0.0214	0.0329	0.0313	0.0085	0.0332	0.0199	0.0332	0.0132	0.0574	0.0123	0.0574	0.0135
chr2L	3376410	3376598	chr2L:3376411-3376598	FBgn0016698,FBgn0031529	CG9662,Ptpa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0381	0.0523	0.0393	0.0233	0.0461	0.0428	0.0493	0.0233	0.0616	0.0572	0.0616	0.0519	0.0452	0.0374	0.0452	0.0495
chr2L	3376676	3376846	chr2L:3376677-3376846	FBgn0016698,FBgn0031529	CG9662,Ptpa	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1071	0.0928	0.1232	0.1054	0.0551	0.1248	0.0913	0.1306	0.0551	0.1443	0.137	0.1443	0.1177	0.1003	0.1006	0.1003	0.1303
chr2L	3376886	3377064	chr2L:3376887-3377064	FBgn0016698,FBgn0031529	CG9662,Ptpa	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.0926	0.1164	0.1017	0.0573	0.115	0.1016	0.1272	0.0573	0.1413	0.1235	0.1413	0.117	0.0965	0.0967	0.0965	0.1261
chr2L	3411761	3411912	chr2L:3411762-3411912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0091	0.0062	0.0077	0.0138	0.0042	0.0044	0.0125	0.0033	0.0042	0.0042	0.0122	0.0042	0.007	0.01	0.0361	0.01	0.0057
chr2L	3412242	3412393	chr2L:3412243-3412393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0069	0.0088	0.0149	0.0021	0.0063	0.013	0.0033	0.0021	0.0103	0.0106	0.0103	0.007	0.0069	0.0406	0.0069	0.0073
chr2L	3413772	3413923	chr2L:3413773-3413923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0085	0.007	0.0167	0.0053	0.0044	0.0156	0.0093	0.0053	0.0066	0.0077	0.0066	0.0085	0.0046	0.0219	0.0046	0.0323
chr2L	3414162	3414313	chr2L:3414163-3414313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0138	0.0096	0.0112	0.0214	0.0085	0.0097	0.0147	0.0073	0.0085	0.0145	0.0109	0.0145	0.0163	0.0115	0.0239	0.0115	0.0427
chr2L	3417644	3417795	chr2L:3417645-3417795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0082	0.0127	0.0206	0.0032	0.0092	0.0125	0.0073	0.0032	0.0145	0.0183	0.0145	0.0023	0.0038	0.0664	0.0038	0.0094
chr2L	3418088	3418239	chr2L:3418089-3418239	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.006	0.007	0.0125	0.0032	0.0049	0.0108	0.006	0.0032	0.0054	0.0077	0.0054	0.0062	0.0031	0.0374	0.0031	0.0089
chr2L	3422921	3423141	chr2L:3422922-3423141	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0638	0.0566	0.0628	0.073	0.035	0.0655	0.0627	0.0839	0.035	0.0453	0.082	0.0453	0.0705	0.0643	0.1225	0.0643	0.0803
chr2L	3426117	3426345	chr2L:3426118-3426345	FBgn0031530	pgant2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0745	0.0598	0.0728	0.0927	0.0467	0.065	0.0722	0.0806	0.0467	0.0453	0.0572	0.0453	0.0558	0.0268	0.0426	0.0268	0.0698
chr2L	3426742	3426907	chr2L:3426743-3426907	FBgn0031530	pgant2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0328	0.0146	0.0305	0.0558	0.0148	0.0121	0.019	0.0173	0.0148	0.0151	0.0154	0.0151	0.0209	0.0061	0.0297	0.0061	0.0292
chr2L	3439433	3439584	chr2L:3439434-3439584	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0085	0.0169	0.0308	0.0032	0.0083	0.0138	0.01	0.0032	0.0091	0.0309	0.0091	0.0093	0.0107	0.1077	0.0107	0.0104
chr2L	3439938	3440100	chr2L:3439939-3440100	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0107	0.0213	0.0327	0.0042	0.0097	0.0164	0.014	0.0042	0.0079	0.0408	0.0079	0.0155	0.0054	0.1096	0.0054	0.0151
chr2L	3441230	3441421	chr2L:3441231-3441421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0361	0.0304	0.0322	0.0468	0.0127	0.0238	0.045	0.0453	0.0127	0.0248	0.0415	0.0248	0.0364	0.0237	0.0948	0.0237	0.0401
chr2L	3443512	3443663	chr2L:3443513-3443663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0302	0.0141	0.0081	0.0244	0.018	0.0476	0.044	0.0244	0.0127	0.0161	0.0127	0.0178	0.013	0.0071	0.013	0.0099
chr2L	3449574	3449752	chr2L:3449575-3449752	FBgn0031534	Snx1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0562	0.035	0.0453	0.0918	0.0201	0.0408	0.048	0.0393	0.0201	0.0362	0.0434	0.0362	0.0922	0.0827	0.0999	0.0827	0.1386
chr2L	3449871	3450195	chr2L:3449872-3450195	FBgn0031534	Snx1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0217	0.0312	0.0767	0.0064	0.0257	0.0294	0.026	0.0064	0.0199	0.0302	0.0199	0.0697	0.0613	0.0729	0.0613	0.1475
chr2L	3450219	3450414	chr2L:3450220-3450414	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0142	0.017	0.0343	0.0021	0.0165	0.0208	0.018	0.0021	0.0121	0.0186	0.0121	0.0356	0.0245	0.0174	0.0245	0.0829
chr2L	3451823	3452261	chr2L:3451824-3452261	FBgn0031535	CG12795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0652	0.0611	0.0647	0.0705	0.0392	0.0607	0.0843	0.0779	0.0392	0.0845	0.0688	0.0845	0.0697	0.072	0.0671	0.072	0.1001
chr2L	3452377	3452581	chr2L:3452378-3452581	FBgn0031535	CG12795	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0972	0.0899	0.1115	0.0898	0.0679	0.1024	0.1146	0.1053	0.0679	0.1479	0.1232	0.1479	0.1053	0.0888	0.0993	0.0888	0.1172
chr2L	3456735	3456924	chr2L:3456736-3456924	FBgn0031536,FBgn0031537	Cog3,sec5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0505	0.0618	0.0404	0.0308	0.0539	0.074	0.054	0.0308	0.0682	0.0678	0.0682	0.0666	0.0521	0.0413	0.0521	0.0495
chr2L	3456995	3457170	chr2L:3456996-3457170	FBgn0031536,FBgn0031537	Cog3,sec5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1094	0.1516	0.1124	0.0721	0.1306	0.1259	0.1432	0.0721	0.1872	0.1685	0.1872	0.1565	0.1164	0.1283	0.1164	0.1417
chr2L	3457236	3457417	chr2L:3457237-3457417	FBgn0031536,FBgn0031537	Cog3,sec5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1264	0.1084	0.1557	0.1143	0.0668	0.1291	0.122	0.1466	0.0668	0.1884	0.1807	0.1884	0.1565	0.1172	0.1206	0.1172	0.1501
chr2L	3461938	3462103	chr2L:3461939-3462103	FBgn0031538	CG3246	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0428	0.0429	0.0383	0.0475	0.0265	0.0354	0.0735	0.0426	0.0265	0.035	0.0312	0.035	0.0875	0.0184	0.0245	0.0184	0.1329
chr2L	3465635	3465845	chr2L:3465636-3465845	FBgn0005616,FBgn0021967	Pdsw,msl-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0983	0.1436	0.0859	0.0614	0.1029	0.1097	0.2409	0.1579	0.1029	0.1135	0.082	0.1135	0.1007	0.0689	0.0587	0.0689	0.0954
chr2L	3466015	3466214	chr2L:3466016-3466214	FBgn0005616,FBgn0021967	Pdsw,msl-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2013	0.2247	0.2159	0.159	0.1803	0.2316	0.2984	0.2725	0.1803	0.2603	0.2405	0.2603	0.2324	0.1914	0.1515	0.1914	0.2017
chr2L	3466341	3466617	chr2L:3466342-3466617	FBgn0005616,FBgn0021967	Pdsw,msl-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.1241	0.1343	0.0964	0.0827	0.1369	0.1661	0.1472	0.0827	0.1618	0.1479	0.1618	0.1518	0.1126	0.0903	0.1126	0.1256
chr2L	3466786	3466937	chr2L:3466787-3466937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0397	0.0456	0.0463	0.0258	0.0223	0.0485	0.064	0.056	0.0223	0.0447	0.0466	0.0447	0.0674	0.0322	0.0219	0.0322	0.0354
chr2L	3469681	3469832	chr2L:3469682-3469832	FBgn0031540,FBgn0051776	CG31776,CG3238	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0526	0.0662	0.0333	0.0329	0.0646	0.0631	0.066	0.0329	0.0779	0.0759	0.0779	0.0705	0.0467	0.0322	0.0467	0.05
chr2L	3469907	3470109	chr2L:3469908-3470109	FBgn0031540,FBgn0051776	CG31776,CG3238	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1284	0.1589	0.0852	0.088	0.1422	0.1462	0.1805	0.088	0.1932	0.1807	0.1932	0.165	0.124	0.1006	0.124	0.1193
chr2L	3470228	3470379	chr2L:3470229-3470379	FBgn0031540,FBgn0051776	CG31776,CG3238	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0462	0.064	0.0299	0.0276	0.0485	0.0554	0.066	0.0276	0.0779	0.0772	0.0779	0.0589	0.0375	0.0361	0.0375	0.0401
chr2L	3472362	3472540	chr2L:3472363-3472540	FBgn0051956	pgant4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0825	0.0698	0.1079	0.0688	0.0361	0.0825	0.093	0.0833	0.0361	0.1147	0.1322	0.1147	0.1077	0.0766	0.0703	0.0766	0.0912
chr2L	3476486	3476776	chr2L:3476487-3476776	FBgn0264549	CR43928	stage11,stage14,stage5	none	Thor,VT1787.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1627	0.1761	0.1952	0.1121	0.1294	0.1524	0.202	0.3091	0.1294	0.0785	0.317	0.0785	0.1046	0.0482	0.1335	0.0482	0.0485
chr2L	3478339	3478537	chr2L:3478340-3478537	FBgn0261560	Thor	stage11,stage14,stage5	none	VT1787.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.189	0.1453	0.2292	0.1937	0.0997	0.1738	0.1337	0.2338	0.0997	0.215	0.2945	0.215	0.237	0.2259	0.2218	0.2259	0.2277
chr2L	3478716	3478867	chr2L:3478717-3478867	FBgn0261560	Thor	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0558	0.0446	0.0706	0.0522	0.0191	0.051	0.0497	0.07	0.0191	0.0598	0.0916	0.0598	0.0813	0.0582	0.0729	0.0582	0.0558
chr2L	3478955	3479142	chr2L:3478956-3479142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0455	0.0329	0.059	0.0447	0.0127	0.0432	0.0316	0.052	0.0127	0.0447	0.0759	0.0447	0.0728	0.0352	0.0535	0.0352	0.0683
chr2L	3480022	3480211	chr2L:3480023-3480211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0432	0.0399	0.049	0.0405	0.0255	0.0461	0.0515	0.048	0.0255	0.0646	0.0521	0.0646	0.0542	0.0658	0.0361	0.0658	0.0469
chr2L	3480554	3480728	chr2L:3480555-3480728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.077	0.0747	0.0929	0.0621	0.0488	0.0854	0.0856	0.1046	0.0488	0.1033	0.1071	0.1033	0.0991	0.0812	0.0754	0.0812	0.0803
chr2L	3491036	3491235	chr2L:3491037-3491235	FBgn0031542	CG15414	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0588	0.0548	0.0825	0.0372	0.0286	0.0617	0.0692	0.0726	0.0286	0.0966	0.1068	0.0966	0.086	0.0391	0.0787	0.0391	0.038
chr2L	3504788	3505056	chr2L:3504789-3505056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0225	0.0217	0.0197	0.0265	0.0042	0.0364	0.0221	0.024	0.0042	0.0356	0.0135	0.0356	0.0039	0.0023	0.0071	0.0023	0.0089
chr2L	3505106	3505341	chr2L:3505107-3505341	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0244	0.0249	0.0217	0.0269	0.0106	0.0345	0.0303	0.0273	0.0106	0.0374	0.0167	0.0374	0.0108	0.0138	0.0084	0.0138	0.0141
chr2L	3506213	3506364	chr2L:3506214-3506364	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0113	0.0061	0.0085	0.0202	0.0011	0.0078	0.0108	0.004	0.0011	0.0115	0.0077	0.0115	0.0108	0.0092	0.0181	0.0092	0.0266
chr2L	3506373	3506559	chr2L:3506374-3506559	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0095	0.0136	0.035	0.0021	0.0112	0.0156	0.0073	0.0021	0.0145	0.0119	0.0145	0.024	0.0138	0.0393	0.0138	0.0542
chr2L	3507261	3507434	chr2L:3507262-3507434	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0295	0.0106	0.0199	0.0611	0.0053	0.0146	0.0164	0.006	0.0053	0.0248	0.0151	0.0248	0.0395	0.0459	0.0883	0.0459	0.0974
chr2L	3507892	3508043	chr2L:3507893-3508043	FBgn0014396	tim	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0141	0.0112	0.0131	0.0185	0.0021	0.0092	0.0221	0.01	0.0021	0.0248	0.0113	0.0248	0.0178	0.0115	0.02	0.0115	0.0313
chr2L	3514547	3514719	chr2L:3514548-3514719	FBgn0031544,FBgn0053123	CG17593,CG33123	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0843	0.0594	0.1104	0.0836	0.0339	0.0859	0.0597	0.0746	0.0339	0.1516	0.1129	0.1516	0.1294	0.0972	0.089	0.0972	0.1089
chr2L	3514766	3514966	chr2L:3514767-3514966	FBgn0031544,FBgn0053123	CG17593,CG33123	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0865	0.0678	0.1112	0.0805	0.0424	0.083	0.0774	0.0846	0.0424	0.1371	0.1244	0.1371	0.117	0.0842	0.0825	0.0842	0.11
chr2L	3515081	3515414	chr2L:3515082-3515414	FBgn0031544,FBgn0053123	CG17593,CG33123	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0539	0.053	0.0637	0.0443	0.0297	0.0587	0.0731	0.0573	0.0297	0.0972	0.0595	0.0972	0.0759	0.0498	0.0355	0.0498	0.0568
chr2L	3524632	3524783	chr2L:3524633-3524783	FBgn0031548	CG8852	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0161	0.0106	0.0159	0.0226	0.0042	0.0107	0.0182	0.0107	0.0042	0.0326	0.0148	0.0326	0.0116	0.0743	0.009	0.0743	0.0135
chr2L	3524938	3525089	chr2L:3524939-3525089	FBgn0031548	CG8852	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0156	0.0125	0.0152	0.0196	0.0053	0.0155	0.0143	0.018	0.0053	0.0266	0.0141	0.0266	0.0163	0.0643	0.0103	0.0643	0.0104
chr2L	3530017	3530217	chr2L:3530018-3530217	FBgn0031549	Spindly	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0411	0.0425	0.056	0.0233	0.0148	0.0539	0.0549	0.0526	0.0148	0.0767	0.0637	0.0767	0.0442	0.0322	0.0239	0.0322	0.0224
chr2L	3530320	3530483	chr2L:3530321-3530483	FBgn0031549,FBgn0031550	Che-13,Spindly	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0961	0.0902	0.1189	0.0777	0.0679	0.1112	0.0999	0.1093	0.0679	0.1407	0.1389	0.1407	0.1115	0.0904	0.0832	0.0904	0.0907
chr2L	3530573	3530911	chr2L:3530574-3530911	FBgn0031549,FBgn0031550	Che-13,Spindly	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0623	0.0778	0.0574	0.0445	0.0718	0.0696	0.0813	0.0445	0.0833	0.0942	0.0833	0.079	0.0743	0.0445	0.0743	0.0688
chr2L	3532463	3532648	chr2L:3532464-3532648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0439	0.0334	0.0097	0.0074	0.0718	0.035	0.0673	0.0074	0.0435	0.0367	0.0435	0.0434	0.0123	0.0116	0.0123	0.0115
chr2L	3532958	3533222	chr2L:3532959-3533222	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0452	0.0618	0.0569	0.0138	0.017	0.099	0.0471	0.0953	0.017	0.055	0.0588	0.055	0.1077	0.0123	0.0155	0.0123	0.0219
chr2L	3533385	3533647	chr2L:3533386-3533647	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0338	0.0535	0.0329	0.0128	0.017	0.0791	0.0471	0.0859	0.017	0.0266	0.037	0.0266	0.0589	0.0107	0.0174	0.0107	0.0182
chr2L	3534183	3534467	chr2L:3534184-3534467	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0568	0.0181	0.0511	0.1063	0.0042	0.0291	0.0208	0.0187	0.0042	0.0592	0.0601	0.0592	0.0697	0.0972	0.1457	0.0972	0.1746
chr2L	3538633	3538835	chr2L:3538634-3538835	FBgn0024244	drm	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1329	0.117	0.1829	0.0958	0.0668	0.134	0.1237	0.1859	0.0668	0.1117	0.281	0.1117	0.1782	0.049	0.205	0.049	0.0881
chr2L	3539003	3539178	chr2L:3539004-3539178	FBgn0024244	drm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1815	0.1716	0.2383	0.1301	0.1188	0.2121	0.1821	0.2392	0.1188	0.2494	0.3048	0.2494	0.2138	0.1149	0.1992	0.1149	0.1391
chr2L	3539444	3539676	chr2L:3539445-3539676	FBgn0024244	drm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2264	0.2212	0.2897	0.1627	0.1697	0.2587	0.2379	0.3025	0.1697	0.3696	0.3392	0.3696	0.2781	0.1394	0.2469	0.1394	0.211
chr2L	3540024	3540235	chr2L:3540025-3540235	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.0914	0.1859	0.1618	0.0456	0.1286	0.0792	0.1419	0.0456	0.224	0.2399	0.224	0.1712	0.2328	0.2353	0.2328	0.1881
chr2L	3541367	3541555	chr2L:3541368-3541555	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0568	0.0733	0.0796	0.0134	0.0265	0.0646	0.0606	0.1772	0.0265	0.0586	0.1434	0.0586	0.0341	0.0153	0.0193	0.0153	0.0177
chr2L	3541813	3541964	chr2L:3541814-3541964	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0403	0.0632	0.0454	0.0092	0.018	0.0752	0.0484	0.1359	0.018	0.032	0.0768	0.032	0.024	0.0084	0.0155	0.0084	0.0099
chr2L	3542116	3542267	chr2L:3542117-3542267	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0366	0.0649	0.0335	0.0085	0.0212	0.0714	0.0631	0.1233	0.0212	0.035	0.0466	0.035	0.0302	0.0061	0.0135	0.0061	0.0104
chr2L	3545278	3545540	chr2L:3545279-3545540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0544	0.038	0.0604	0.0661	0.0095	0.0524	0.0441	0.052	0.0095	0.0393	0.0553	0.0393	0.1557	0.0559	0.0522	0.0559	0.1376
chr2L	3545658	3545809	chr2L:3545659-3545809	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0376	0.0274	0.0185	0.017	0.035	0.0463	0.0653	0.017	0.0205	0.0322	0.0205	0.0465	0.0161	0.029	0.0161	0.0266
chr2L	3546864	3547015	chr2L:3546865-3547015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0351	0.0429	0.0425	0.0184	0.0191	0.0549	0.045	0.0633	0.0191	0.061	0.0502	0.061	0.0411	0.0268	0.029	0.0268	0.0177
chr2L	3547043	3547221	chr2L:3547044-3547221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0432	0.0526	0.0562	0.0184	0.0223	0.0723	0.0515	0.0753	0.0223	0.0882	0.0662	0.0882	0.0473	0.0283	0.0277	0.0283	0.0162
chr2L	3548928	3549558	chr2L:3548929-3549558	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.1493	0.118	0.0287	0.0594	0.1854	0.1285	0.2712	0.0594	0.0664	0.1453	0.0664	0.1952	0.0115	0.0432	0.0115	0.0422
chr2L	3549703	3549983	chr2L:3549704-3549983	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0501	0.1011	0.0327	0.0123	0.0308	0.1243	0.0679	0.2212	0.0308	0.0175	0.0502	0.0175	0.0256	0.0077	0.02	0.0077	0.0073
chr2L	3550578	3550729	chr2L:3550579-3550729	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0307	0.0317	0.015	0.0138	0.0354	0.0342	0.0493	0.0138	0.029	0.0434	0.029	0.031	0.0092	0.0361	0.0092	0.0135
chr2L	3550788	3550939	chr2L:3550789-3550939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.034	0.0349	0.0138	0.0127	0.0383	0.0411	0.0513	0.0127	0.0284	0.0502	0.0284	0.0333	0.0107	0.0245	0.0107	0.0167
chr2L	3553091	3553242	chr2L:3553092-3553242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.015	0.0254	0.0137	0.0049	0.0201	0.0121	0.048	0.0273	0.0201	0.0163	0.019	0.0163	0.0101	0.0015	0.0097	0.0015	0.0057
chr2L	3555410	3555722	chr2L:3555411-3555722	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0401	0.0706	0.0249	0.0159	0.049	0.0506	0.054	0.0159	0.035	0.1328	0.035	0.0318	0.0069	0.0735	0.0069	0.0172
chr2L	3555972	3556132	chr2L:3555973-3556132	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0174	0.0435	0.0169	0.0032	0.0223	0.0242	0.02	0.0032	0.0236	0.0823	0.0236	0.0232	0.0038	0.0471	0.0038	0.0146
chr2L	3556303	3556454	chr2L:3556304-3556454	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0239	0.0294	0.0132	0.0117	0.0214	0.0376	0.0293	0.0117	0.0151	0.0547	0.0151	0.0132	0.0031	0.0413	0.0031	0.0078
chr2L	3556543	3556694	chr2L:3556544-3556694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0161	0.0227	0.0149	0.0085	0.015	0.0264	0.016	0.0085	0.0121	0.0424	0.0121	0.0101	0.0077	0.0445	0.0077	0.0099
chr2L	3557005	3557156	chr2L:3557006-3557156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0128	0.012	0.0152	0.011	0.0042	0.0092	0.0229	0.012	0.0042	0.0109	0.0244	0.0109	0.007	0.0069	0.029	0.0069	0.0094
chr2L	3557248	3557399	chr2L:3557249-3557399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.0116	0.0145	0.011	0.0042	0.0092	0.0199	0.014	0.0042	0.0115	0.0219	0.0115	0.0077	0.0061	0.0309	0.0061	0.0068
chr2L	3558133	3558284	chr2L:3558134-3558284	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0178	0.0362	0.0102	0.0053	0.0214	0.0242	0.0233	0.0053	0.032	0.0614	0.032	0.0186	0.0061	0.0251	0.0061	0.0099
chr2L	3561752	3561903	chr2L:3561753-3561903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0156	0.0117	0.0198	0.0152	0.0042	0.0146	0.016	0.0147	0.0042	0.0151	0.0232	0.0151	0.0209	0.0184	0.0168	0.0184	0.025
chr2L	3562724	3562875	chr2L:3562725-3562875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0217	0.0176	0.0292	0.0181	0.0053	0.0228	0.0212	0.0207	0.0053	0.0296	0.0447	0.0296	0.0139	0.0207	0.0277	0.0207	0.0214
chr2L	3563183	3563440	chr2L:3563184-3563440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.025	0.036	0.0207	0.0085	0.0311	0.0337	0.0313	0.0085	0.026	0.054	0.026	0.031	0.0145	0.04	0.0145	0.0203
chr2L	3564736	3564887	chr2L:3564737-3564887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0201	0.0199	0.0269	0.0127	0.0106	0.0267	0.0242	0.0213	0.0106	0.0272	0.0305	0.0272	0.0116	0.0123	0.0148	0.0123	0.0109
chr2L	3566289	3566440	chr2L:3566290-3566440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.0106	0.0193	0.0156	0.0011	0.0117	0.0182	0.0107	0.0011	0.0181	0.0257	0.0181	0.0155	0.0107	0.0413	0.0107	0.0104
chr2L	3566493	3566644	chr2L:3566494-3566644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0113	0.0218	0.0188	0.0021	0.0141	0.0173	0.0127	0.0021	0.0205	0.0286	0.0205	0.0186	0.0145	0.0509	0.0145	0.0115
chr2L	3566760	3566911	chr2L:3566761-3566911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0121	0.0221	0.0155	0.0053	0.0131	0.0195	0.0133	0.0053	0.0211	0.0331	0.0211	0.0178	0.0123	0.0413	0.0123	0.0094
chr2L	3569739	3569890	chr2L:3569740-3569890	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0137	0.0201	0.0198	0.0064	0.0141	0.0199	0.0153	0.0064	0.0151	0.0309	0.0151	0.0163	0.0069	0.0613	0.0069	0.0104
chr2L	3570203	3570354	chr2L:3570204-3570354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0189	0.0126	0.0255	0.0187	0.0021	0.0209	0.0143	0.0153	0.0021	0.0399	0.0322	0.0399	0.0186	0.0214	0.0471	0.0214	0.012
chr2L	3570430	3570864	chr2L:3570431-3570864	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0553	0.0413	0.0788	0.0453	0.0095	0.0646	0.0428	0.054	0.0095	0.0797	0.0904	0.0797	0.1301	0.0406	0.0896	0.0406	0.0511
chr2L	3571555	3571780	chr2L:3571556-3571780	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0603	0.0327	0.0886	0.0603	0.0042	0.0534	0.0303	0.0466	0.0042	0.0568	0.081	0.0568	0.0573	0.0138	0.0187	0.0138	0.0349
chr2L	3572731	3572982	chr2L:3572732-3572982	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.041	0.029	0.0534	0.0407	0.0074	0.0456	0.0251	0.0433	0.0074	0.0423	0.0563	0.0423	0.0991	0.0459	0.0355	0.0459	0.0698
chr2L	3573265	3573420	chr2L:3573266-3573420	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0234	0.0095	0.0247	0.0376	0.0021	0.0175	0.0134	0.0033	0.0021	0.0145	0.0183	0.0145	0.0759	0.0253	0.0155	0.0253	0.0959
chr2L	3573650	3573990	chr2L:3573651-3573990	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0539	0.0268	0.0725	0.0638	0.0095	0.0456	0.0272	0.0273	0.0095	0.0791	0.0585	0.0791	0.1751	0.0758	0.0355	0.0758	0.1313
chr2L	3574215	3574438	chr2L:3574216-3574438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0304	0.0141	0.042	0.0358	0.0021	0.0238	0.0147	0.018	0.0021	0.0411	0.0453	0.0411	0.0806	0.0597	0.0303	0.0597	0.0568
chr2L	3579832	3580075	chr2L:3579833-3580075	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0425	0.0527	0.0467	0.0265	0.0477	0.0466	0.0722	0.0653	0.0477	0.032	0.0814	0.032	0.031	0.0291	0.0593	0.0291	0.0234
chr2L	3580177	3580350	chr2L:3580178-3580350	FBgn0004892	sob	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.038	0.0409	0.0496	0.022	0.0212	0.0369	0.0567	0.0606	0.0212	0.0193	0.0971	0.0193	0.031	0.0168	0.0567	0.0168	0.0162
chr2L	3580810	3581085	chr2L:3580811-3581085	FBgn0004892	sob	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2045	0.2555	0.2313	0.1182	0.2291	0.2039	0.3101	0.4017	0.2291	0.0688	0.3958	0.0688	0.2417	0.1187	0.2785	0.1187	0.0974
chr2L	3584007	3584158	chr2L:3584008-3584158	distal	distal	none	none	VT1839.1	VT1839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0305	0.0647	0.0162	0.0064	0.0403	0.0268	0.0586	0.0064	0.0272	0.1228	0.0272	0.0325	0.0046	0.0477	0.0046	0.0146
chr2L	3584226	3584377	chr2L:3584227-3584377	distal	distal	none	none	VT1839.1	VT1839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0346	0.0299	0.0603	0.0117	0.0117	0.035	0.026	0.06	0.0117	0.0284	0.1032	0.0284	0.055	0.0054	0.0309	0.0054	0.012
chr2L	3584437	3584609	chr2L:3584438-3584609	distal	distal	none	none	VT1839.1	VT1839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0405	0.053	0.0132	0.0106	0.0568	0.0346	0.07	0.0106	0.0272	0.0875	0.0272	0.0565	0.0061	0.0355	0.0061	0.0109
chr2L	3587248	3587399	chr2L:3587249-3587399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0091	0.0311	0.0217	0.0032	0.0155	0.0125	0.006	0.0032	0.0181	0.0585	0.0181	0.017	0.01	0.0729	0.01	0.0104
chr2L	3587986	3588175	chr2L:3587987-3588175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0742	0.0378	0.128	0.056	0.0159	0.0485	0.0385	0.06	0.0159	0.0707	0.255	0.0707	0.0302	0.0689	0.1444	0.0689	0.0214
chr2L	3588195	3588436	chr2L:3588196-3588436	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0995	0.0622	0.1642	0.07	0.0265	0.084	0.0493	0.1086	0.0265	0.1274	0.2942	0.1274	0.0604	0.0957	0.1721	0.0957	0.0292
chr2L	3588647	3589117	chr2L:3588648-3589117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0449	0.1316	0.0522	0.0138	0.0617	0.0424	0.0733	0.0138	0.0658	0.2209	0.0658	0.0519	0.0322	0.0941	0.0322	0.0287
chr2L	3589345	3589542	chr2L:3589346-3589542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0482	0.0403	0.0836	0.0181	0.0053	0.0568	0.0264	0.0873	0.0053	0.058	0.1453	0.058	0.0271	0.0145	0.0277	0.0145	0.0109
chr2L	3591119	3591270	chr2L:3591120-3591270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0106	0.0326	0.0266	0.0032	0.0117	0.0138	0.014	0.0032	0.0175	0.0592	0.0175	0.0232	0.013	0.0799	0.013	0.0208
chr2L	3593334	3593485	chr2L:3593335-3593485	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0106	0.0199	0.0132	0.0011	0.0117	0.016	0.014	0.0011	0.0157	0.0325	0.0157	0.0124	0.0054	0.0387	0.0054	0.0089
chr2L	3593861	3594116	chr2L:3593862-3594116	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0528	0.0427	0.0864	0.0273	0.0244	0.0568	0.0415	0.0626	0.0244	0.0694	0.1325	0.0694	0.0759	0.0153	0.0658	0.0153	0.0266
chr2L	3594232	3594455	chr2L:3594233-3594455	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0629	0.0538	0.1094	0.022	0.0223	0.0854	0.051	0.072	0.0223	0.1051	0.1624	0.1051	0.0922	0.013	0.0464	0.013	0.0245
chr2L	3598823	3598987	chr2L:3598824-3598987	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0252	0.013	0.0307	0.0327	0.0021	0.018	0.0186	0.0133	0.0021	0.0296	0.0495	0.0296	0.0163	0.0436	0.0729	0.0436	0.0261
chr2L	3599310	3599461	chr2L:3599311-3599461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0204	0.0122	0.0278	0.0214	0.0032	0.0165	0.0156	0.0153	0.0032	0.029	0.0405	0.029	0.0217	0.0306	0.0316	0.0306	0.0182
chr2L	3599610	3599761	chr2L:3599611-3599761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0241	0.0188	0.0379	0.0149	0.0074	0.0214	0.0238	0.0273	0.0074	0.0278	0.0569	0.0278	0.0426	0.0199	0.0264	0.0199	0.012
chr2L	3600322	3600473	chr2L:3600323-3600473	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0327	0.0158	0.0633	0.018	0.0074	0.015	0.0195	0.0266	0.0074	0.0236	0.1331	0.0236	0.0147	0.0054	0.0587	0.0054	0.0104
chr2L	3600512	3600663	chr2L:3600513-3600663	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0199	0.0593	0.0201	0.0085	0.0243	0.0186	0.0353	0.0085	0.0302	0.1196	0.0302	0.0147	0.0046	0.0703	0.0046	0.0094
chr2L	3600735	3600898	chr2L:3600736-3600898	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0265	0.0742	0.0202	0.0064	0.0345	0.0177	0.0573	0.0064	0.0507	0.1376	0.0507	0.031	0.0046	0.0664	0.0046	0.012
chr2L	3601225	3601439	chr2L:3601226-3601439	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0398	0.037	0.0647	0.0156	0.0127	0.0505	0.0346	0.0593	0.0127	0.0821	0.0939	0.0821	0.0442	0.0084	0.038	0.0084	0.0172
chr2L	3602827	3603015	chr2L:3602828-3603015	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0494	0.1038	0.0321	0.0075	0.0371	0.116	0.0541	0.2598	0.0371	0.0308	0.0415	0.0308	0.0116	0.0038	0.0123	0.0038	0.0078
chr2L	3605208	3605359	chr2L:3605209-3605359	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0381	0.0666	0.0343	0.0106	0.0774	0.0592	0.0856	0.0799	0.0774	0.0393	0.0453	0.0393	0.031	0.0107	0.0174	0.0107	0.0109
chr2L	3606518	3606994	chr2L:3606519-3606994	FBgn0002985	odd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3945	0.4504	0.4596	0.2607	0.4369	0.4879	0.5143	0.5443	0.4369	0.5978	0.5383	0.5978	0.3803	0.3193	0.3669	0.3193	0.2496
chr2L	3610616	3610767	chr2L:3610617-3610767	distal	distal	stage5	stage5	odd_-5_construct	odd_-5_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0526	0.1205	0.0245	0.0075	0.1379	0.0417	0.247	0.0919	0.1379	0.0223	0.0305	0.0223	0.0139	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr2L	3610771	3611285	chr2L:3610772-3611285	distal	distal	stage5	stage5	odd_-5_construct	odd_-5_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.118	0.2569	0.0648	0.0212	0.2651	0.1015	0.4628	0.2878	0.2651	0.0537	0.0804	0.0537	0.0372	0.0092	0.0155	0.0092	0.0104
chr2L	3611777	3612099	chr2L:3611778-3612099	distal	distal	none	none	odd_-5_construct	odd_-5_construct	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0626	0.0845	0.0641	0.0366	0.0774	0.0583	0.1609	0.062	0.0774	0.0773	0.0624	0.0773	0.0852	0.0299	0.0432	0.0299	0.0448
chr2L	3612140	3612349	chr2L:3612141-3612349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.0439	0.0604	0.0472	0.0361	0.0388	0.0779	0.0346	0.0361	0.0604	0.0627	0.0604	0.0736	0.036	0.0535	0.036	0.0542
chr2L	3612679	3612830	chr2L:3612680-3612830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0308	0.025	0.05	0.0162	0.0085	0.0325	0.0368	0.024	0.0085	0.1057	0.0495	0.1057	0.0341	0.0153	0.0239	0.0153	0.0229
chr2L	3612916	3613126	chr2L:3612917-3613126	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0445	0.0452	0.074	0.0113	0.0191	0.0801	0.042	0.0446	0.0191	0.2162	0.0505	0.2162	0.0294	0.0092	0.0155	0.0092	0.0172
chr2L	3613324	3613475	chr2L:3613325-3613475	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.032	0.043	0.0411	0.0096	0.018	0.0835	0.0376	0.0346	0.018	0.1262	0.0235	0.1262	0.0194	0.0145	0.0084	0.0145	0.0109
chr2L	3613635	3613880	chr2L:3613636-3613880	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0474	0.0685	0.056	0.0145	0.0382	0.1214	0.0619	0.0633	0.0382	0.1425	0.0328	0.1425	0.0503	0.0176	0.0168	0.0176	0.0219
chr2L	3614544	3614837	chr2L:3614545-3614837	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0582	0.129	0.0316	0.0082	0.122	0.1146	0.1458	0.1939	0.122	0.0483	0.037	0.0483	0.0186	0.0069	0.0135	0.0069	0.0083
chr2L	3615064	3615276	chr2L:3615065-3615276	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.059	0.1343	0.0288	0.0078	0.2036	0.067	0.2219	0.1252	0.2036	0.0459	0.0338	0.0459	0.0163	0.0038	0.0116	0.0038	0.013
chr2L	3615343	3615640	chr2L:3615344-3615640	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0653	0.1508	0.031	0.0075	0.2163	0.0806	0.2487	0.1459	0.2163	0.0447	0.0373	0.0447	0.0186	0.0038	0.011	0.0038	0.0115
chr2L	3617389	3617540	chr2L:3617390-3617540	distal	distal	none	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0199	0.0158	0.0256	0.0182	0.0106	0.0238	0.0203	0.012	0.0106	0.0477	0.0238	0.0477	0.0271	0.0107	0.0084	0.0107	0.0453
chr2L	3617701	3617852	chr2L:3617702-3617852	distal	distal	none	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0308	0.0327	0.0349	0.0244	0.0223	0.0432	0.0441	0.028	0.0223	0.0658	0.0309	0.0658	0.0325	0.0191	0.0174	0.0191	0.0516
chr2L	3618245	3618464	chr2L:3618246-3618464	distal	distal	none	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0578	0.0688	0.0731	0.0287	0.0477	0.0961	0.0757	0.0759	0.0477	0.1353	0.0714	0.1353	0.0658	0.0337	0.0309	0.0337	0.0427
chr2L	3618774	3618951	chr2L:3618775-3618951	FBgn0015663	Dot	stage11	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0679	0.0575	0.0539	0.0509	0.0757	0.0843	0.0833	0.0509	0.0785	0.0633	0.0785	0.0596	0.0528	0.0664	0.0528	0.0709
chr2L	3619055	3619362	chr2L:3619056-3619362	FBgn0015663	Dot	stage11,stage14,stage5	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0866	0.119	0.064	0.0752	0.071	0.135	0.1561	0.1406	0.071	0.0646	0.0775	0.0646	0.0767	0.0712	0.087	0.0712	0.1157
chr2L	3620382	3620533	chr2L:3620383-3620533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0127	0.0211	0.0149	0.0042	0.015	0.0156	0.0173	0.0042	0.0211	0.0305	0.0211	0.0178	0.0123	0.0322	0.0123	0.0172
chr2L	3624514	3624928	chr2L:3624515-3624928	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0433	0.0401	0.0609	0.0274	0.0085	0.0539	0.0407	0.0666	0.0085	0.0399	0.101	0.0399	0.0589	0.0161	0.0387	0.0161	0.0443
chr2L	3625063	3625214	chr2L:3625064-3625214	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0237	0.0204	0.036	0.0138	0.0095	0.0238	0.0234	0.032	0.0095	0.0284	0.0588	0.0284	0.0294	0.0176	0.0174	0.0176	0.0193
chr2L	3628912	3629173	chr2L:3628913-3629173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0517	0.044	0.0725	0.0375	0.0201	0.0743	0.0446	0.0473	0.0201	0.0682	0.0605	0.0682	0.1851	0.0322	0.0322	0.0322	0.0844
chr2L	3630947	3631098	chr2L:3630948-3631098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0226	0.0184	0.0289	0.0203	0.0106	0.0282	0.0195	0.0193	0.0106	0.0236	0.0402	0.0236	0.0341	0.01	0.0509	0.01	0.0182
chr2L	3631406	3631630	chr2L:3631407-3631630	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0506	0.0577	0.0595	0.0327	0.0318	0.0786	0.051	0.0899	0.0318	0.055	0.0884	0.055	0.0503	0.0322	0.06	0.0322	0.037
chr2L	3631693	3631921	chr2L:3631694-3631921	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0706	0.0689	0.089	0.0524	0.0318	0.0951	0.0614	0.1079	0.0318	0.1045	0.1135	0.1045	0.0751	0.0827	0.0619	0.0827	0.0651
chr2L	3632046	3632346	chr2L:3632047-3632346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.1371	0.2751	0.1406	0.0901	0.1835	0.1034	0.2318	0.0901	0.3309	0.3431	0.3309	0.2943	0.1899	0.1921	0.1899	0.1959
chr2L	3632527	3632751	chr2L:3632528-3632751	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1115	0.0894	0.1581	0.0851	0.0435	0.115	0.0679	0.1732	0.0435	0.189	0.2087	0.189	0.151	0.1225	0.118	0.1225	0.123
chr2L	3632838	3633094	chr2L:3632839-3633094	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.078	0.0773	0.0967	0.0583	0.0382	0.101	0.0653	0.1359	0.0382	0.1141	0.1277	0.1141	0.0775	0.0972	0.0619	0.0972	0.0834
chr2L	3633984	3634165	chr2L:3633985-3634165	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.067	0.0945	0.044	0.0488	0.0767	0.0701	0.1026	0.0488	0.1232	0.1161	0.1232	0.0937	0.0681	0.0619	0.0681	0.0516
chr2L	3639889	3640259	chr2L:3639890-3640259	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0369	0.0198	0.0372	0.0557	0.0032	0.0286	0.0264	0.016	0.0032	0.0495	0.0309	0.0495	0.0689	0.0559	0.0251	0.0559	0.1376
chr2L	3640932	3641083	chr2L:3640933-3641083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0093	0.0118	0.0167	0.0021	0.0068	0.0169	0.0113	0.0021	0.006	0.0132	0.006	0.0248	0.0115	0.0103	0.0115	0.0433
chr2L	3642320	3642471	chr2L:3642321-3642471	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0097	0.0054	0.0075	0.0169	0	0.0053	0.0095	0.006	0	0.0115	0.0055	0.0115	0.0108	0.0452	0.0129	0.0452	0.0193
chr2L	3646079	3646282	chr2L:3646080-3646282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0315	0.0192	0.0226	0.0255	0.0238	0.0523	0.034	0.0255	0.0139	0.0257	0.0139	0.0256	0.0054	0.0496	0.0054	0.0349
chr2L	3647779	3647930	chr2L:3647780-3647930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0103	0.0076	0.0095	0.0141	0.0032	0.0044	0.0138	0.0093	0.0032	0.0133	0.0103	0.0133	0.0101	0.0046	0.0116	0.0046	0.0313
chr2L	3648225	3648404	chr2L:3648226-3648404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0302	0.0069	0.0174	0.0705	0.0032	0.0092	0.0078	0.0087	0.0032	0.0103	0.0129	0.0103	0.0534	0.0766	0.0748	0.0766	0.1126
chr2L	3648495	3648668	chr2L:3648496-3648668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0306	0.0141	0.0251	0.0551	0.0085	0.015	0.0143	0.0253	0.0085	0.0296	0.0235	0.0296	0.0442	0.0681	0.0767	0.0681	0.0834
chr2L	3655339	3655494	chr2L:3655340-3655494	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0405	0.0191	0.0424	0.0625	0.0053	0.0306	0.0234	0.0147	0.0053	0.0495	0.045	0.0495	0.0666	0.0904	0.0799	0.0904	0.0964
chr2L	3655603	3655794	chr2L:3655604-3655794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0969	0.0442	0.1194	0.1309	0.017	0.0816	0.0363	0.0453	0.017	0.1479	0.1354	0.1479	0.1681	0.1715	0.1767	0.1715	0.1939
chr2L	3655893	3656108	chr2L:3655894-3656108	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1222	0.0661	0.1513	0.153	0.0286	0.1277	0.0532	0.064	0.0286	0.2428	0.1473	0.2428	0.2115	0.2052	0.1921	0.2052	0.2345
chr2L	3656377	3656559	chr2L:3656378-3656559	FBgn0000721	for	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0603	0.0354	0.0775	0.0693	0.018	0.0655	0.0294	0.0353	0.018	0.1371	0.0691	0.1371	0.1046	0.0881	0.0961	0.0881	0.0974
chr2L	3656590	3656761	chr2L:3656591-3656761	FBgn0000721	for	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0509	0.0305	0.0605	0.0632	0.0201	0.0553	0.0255	0.0286	0.0201	0.1129	0.0527	0.1129	0.0759	0.0789	0.0825	0.0789	0.0985
chr2L	3656858	3657020	chr2L:3656859-3657020	FBgn0000721	for	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0744	0.044	0.0892	0.0922	0.0244	0.0801	0.0376	0.044	0.0244	0.1473	0.0839	0.1473	0.1201	0.1248	0.1277	0.1248	0.1334
chr2L	3657372	3657775	chr2L:3657373-3657775	FBgn0000721	for	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2072	0.1839	0.2453	0.1913	0.1485	0.2228	0.199	0.2372	0.1485	0.3031	0.2711	0.3031	0.2115	0.1845	0.1844	0.1845	0.2319
chr2L	3657948	3658118	chr2L:3657949-3658118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0726	0.0557	0.0944	0.0675	0.0339	0.0757	0.0588	0.0733	0.0339	0.1141	0.0849	0.1141	0.0527	0.0352	0.0496	0.0352	0.038
chr2L	3658290	3658441	chr2L:3658291-3658441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0389	0.0293	0.0464	0.0414	0.0148	0.0398	0.0303	0.0386	0.0148	0.055	0.0473	0.055	0.0403	0.0467	0.0419	0.0467	0.0328
chr2L	3662163	3662324	chr2L:3662164-3662324	FBgn0085369	CG34340	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0592	0.0214	0.0924	0.065	0.0095	0.0388	0.0199	0.0207	0.0095	0.1673	0.0794	0.1673	0.1046	0.0988	0.0529	0.0988	0.0735
chr2L	3662450	3662650	chr2L:3662451-3662650	FBgn0085369	CG34340	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1536	0.0904	0.2044	0.1686	0.0636	0.135	0.0783	0.1193	0.0636	0.3261	0.1759	0.3261	0.1882	0.2098	0.1309	0.2098	0.1855
chr2L	3667790	3667941	chr2L:3667791-3667941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0243	0.0221	0.0344	0.0159	0.0148	0.0248	0.0247	0.0306	0.0148	0.0314	0.0482	0.0314	0.0349	0.0115	0.0245	0.0115	0.0245
chr2L	3672710	3672861	chr2L:3672711-3672861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0106	0.0097	0.0118	0.0103	0.0032	0.0102	0.013	0.0127	0.0032	0.0115	0.0109	0.0115	0.0093	0.0069	0.0064	0.0069	0.0198
chr2L	3673643	3673803	chr2L:3673644-3673803	distal	distal	none	none	VT1887.1	VT1887.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0186	0.0183	0.0231	0.0139	0.0042	0.0325	0.0186	0.02	0.0042	0.0531	0.0177	0.0531	0.007	0.0092	0.0064	0.0092	0.012
chr2L	3675765	3675916	chr2L:3675766-3675916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0065	0.0067	0.0095	0.0032	0.0034	0.0117	0.008	0.0032	0.0066	0.0064	0.0066	0.0039	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr2L	3676038	3676189	chr2L:3676039-3676189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.011	0.0102	0.0114	0.0032	0.0102	0.0186	0.012	0.0032	0.0115	0.009	0.0115	0.007	0.0046	0.0013	0.0046	0.0057
chr2L	3677090	3677241	chr2L:3677091-3677241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.01	0.0069	0.0081	0.0155	0.0021	0.0044	0.0147	0.006	0.0021	0.0085	0.0068	0.0085	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0063
chr2L	3681371	3681538	chr2L:3681372-3681538	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0138	0.025	0.0242	0.0085	0.015	0.0212	0.014	0.0085	0.0205	0.0167	0.0205	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0078
chr2L	3681615	3681791	chr2L:3681616-3681791	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0223	0.0278	0.0202	0.0074	0.0262	0.0277	0.028	0.0074	0.0169	0.0212	0.0169	0.0108	0.0061	0.0045	0.0061	0.0078
chr2L	3682212	3682385	chr2L:3682213-3682385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.035	0.0293	0.0299	0.0244	0.0359	0.0407	0.054	0.0244	0.032	0.0315	0.032	0.0333	0.0268	0.0322	0.0268	0.0422
chr2L	3682766	3682917	chr2L:3682767-3682917	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0093	0.0119	0.0361	0.0085	0.0083	0.0164	0.0073	0.0085	0.0079	0.0103	0.0079	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.012
chr2L	3685026	3685177	chr2L:3685027-3685177	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.012	0.0146	0.0182	0.0064	0.0117	0.016	0.0167	0.0064	0.0145	0.0093	0.0145	0.0093	0.0077	0.0045	0.0077	0.0182
chr2L	3685594	3685759	chr2L:3685595-3685759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.011	0.025	0.0338	0.0064	0.0112	0.0147	0.0153	0.0064	0.0109	0.0119	0.0109	0.0062	0.0069	0.0045	0.0069	0.0099
chr2L	3686387	3686538	chr2L:3686388-3686538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0075	0.0112	0.0205	0.0011	0.0068	0.0125	0.0087	0.0011	0.0066	0.0096	0.0066	0.0062	0.0061	0.0045	0.0061	0.012
chr2L	3693283	3693555	chr2L:3693284-3693555	FBgn0031559,FBgn0051779	Acp24A4,CG3513	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0162	0.0168	0.0206	0.0032	0.0155	0.0264	0.0207	0.0032	0.0175	0.0174	0.0175	0.024	0.0145	0.0116	0.0145	0.0401
chr2L	3705473	3705624	chr2L:3705474-3705624	FBgn0051778	CG31778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0104	0.0093	0.0075	0.0149	0.0021	0.0073	0.0186	0.0087	0.0021	0.0054	0.008	0.0054	0.0132	0.0031	0.0058	0.0031	0.0443
chr2L	3705896	3706047	chr2L:3705897-3706047	FBgn0051778	CG31778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0133	0.0131	0.0098	0.0174	0.0053	0.0102	0.0229	0.0153	0.0053	0.0097	0.0103	0.0097	0.0132	0.0038	0.0071	0.0038	0.05
chr2L	3706978	3707129	chr2L:3706979-3707129	FBgn0051777	CG31777	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0153	0.0131	0.033	0.0064	0.016	0.0229	0.018	0.0064	0.0091	0.0093	0.0091	0.0325	0.0107	0.0058	0.0107	0.1027
chr2L	3711650	3711829	chr2L:3711651-3711829	FBgn0015376	cutlet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0679	0.1025	0.0816	0.0265	0.082	0.0718	0.1053	0.0265	0.1159	0.1074	0.1159	0.1208	0.0819	0.0845	0.0819	0.1042
chr2L	3711941	3712092	chr2L:3711942-3712092	FBgn0015376	cutlet	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0275	0.0527	0.0458	0.0095	0.034	0.0307	0.042	0.0095	0.0592	0.0582	0.0592	0.0635	0.0544	0.0464	0.0544	0.0594
chr2L	3712752	3712965	chr2L:3712753-3712965	FBgn0031566,FBgn0051955	CG2818,CG31955	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.075	0.0571	0.0926	0.0758	0.0255	0.0796	0.0571	0.0773	0.0255	0.1087	0.1026	0.1087	0.1123	0.075	0.0651	0.075	0.1115
chr2L	3713064	3713235	chr2L:3713065-3713235	FBgn0031566,FBgn0051955	CG2818,CG31955	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1482	0.1107	0.1978	0.1358	0.071	0.1456	0.1138	0.1512	0.071	0.2391	0.2109	0.2391	0.2324	0.1455	0.1289	0.1455	0.1829
chr2L	3713285	3713470	chr2L:3713286-3713470	FBgn0031566,FBgn0051955	CG2818,CG31955	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.139	0.1097	0.176	0.1312	0.0636	0.1417	0.1068	0.1626	0.0636	0.2271	0.1749	0.2271	0.2339	0.1386	0.1219	0.1386	0.1949
chr2L	3713593	3714000	chr2L:3713594-3714000	FBgn0031566	CG2818	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1075	0.0808	0.1382	0.1036	0.053	0.1102	0.0813	0.1019	0.053	0.1818	0.1408	0.1818	0.1689	0.0949	0.0851	0.0949	0.1704
chr2L	3718096	3718247	chr2L:3718097-3718247	FBgn0003386,FBgn0040104	Shaw,lectin-24A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.009	0.01	0.016	0.0032	0.0107	0.0112	0.012	0.0032	0.0169	0.0077	0.0169	0.0101	0.0191	0.0045	0.0191	0.013
chr2L	3718516	3718667	chr2L:3718517-3718667	FBgn0003386	Shaw	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0123	0.0091	0.0118	0.0074	0.0131	0.0169	0.014	0.0074	0.0115	0.01	0.0115	0.0054	0.0153	0.0052	0.0153	0.0078
chr2L	3718710	3718861	chr2L:3718711-3718861	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0142	0.0093	0.0138	0.0095	0.0097	0.0221	0.0187	0.0095	0.0157	0.009	0.0157	0.007	0.0161	0.0039	0.0161	0.0099
chr2L	3719223	3719374	chr2L:3719224-3719374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.013	0.012	0.0121	0.0153	0.0053	0.0102	0.0186	0.0147	0.0053	0.0085	0.0119	0.0085	0.0232	0.0276	0.0084	0.0276	0.0167
chr2L	3719466	3719629	chr2L:3719467-3719629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0228	0.019	0.0295	0.0085	0.0257	0.0298	0.028	0.0085	0.0193	0.0196	0.0193	0.0372	0.0429	0.0193	0.0429	0.0469
chr2L	3719742	3719893	chr2L:3719743-3719893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0198	0.0142	0.0173	0.0117	0.018	0.026	0.032	0.0117	0.0193	0.0135	0.0193	0.0209	0.0322	0.0129	0.0322	0.0182
chr2L	3730048	3730199	chr2L:3730049-3730199	FBgn0031568	CG10019	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0071	0.009	0.0313	0.0021	0.0078	0.0125	0.0053	0.0021	0.0066	0.0084	0.0066	0.0139	0.0191	0.0161	0.0191	0.0391
chr2L	3730301	3730522	chr2L:3730302-3730522	FBgn0031568	CG10019	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0071	0.0108	0.0473	0.0021	0.0073	0.0134	0.0047	0.0021	0.0079	0.01	0.0079	0.0163	0.0544	0.0226	0.0544	0.0573
chr2L	3732563	3732714	chr2L:3732564-3732714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0221	0.0158	0.0251	0.0259	0.0074	0.0218	0.0212	0.014	0.0074	0.0229	0.0312	0.0229	0.0349	0.0436	0.0264	0.0436	0.0292
chr2L	3740551	3740702	chr2L:3740552-3740702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0226	0.0198	0.0246	0.0234	0.0106	0.0184	0.0311	0.024	0.0106	0.0302	0.0296	0.0302	0.0287	0.0184	0.0258	0.0184	0.0375
chr2L	3748798	3748968	chr2L:3748799-3748968	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0267	0.031	0.0297	0.0106	0.032	0.0381	0.028	0.0106	0.0417	0.036	0.0417	0.0341	0.0398	0.0329	0.0398	0.0485
chr2L	3755456	3755607	chr2L:3755457-3755607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0129	0.0113	0.0127	0.0149	0.0074	0.0063	0.0221	0.0107	0.0074	0.0097	0.0154	0.0097	0.0178	0.0046	0.0142	0.0046	0.0172
chr2L	3756935	3757086	chr2L:3756936-3757086	FBgn0263846	CG43707	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0065	0.0055	0.0141	0.0032	0.0034	0.013	0.008	0.0032	0.003	0.0071	0.003	0.0023	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr2L	3762831	3763024	chr2L:3762832-3763024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0233	0.0419	0.0387	0.0127	0.0223	0.032	0.0306	0.0127	0.035	0.0569	0.035	0.0542	0.049	0.0471	0.049	0.0584
chr2L	3766020	3766316	chr2L:3766021-3766316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0241	0.0143	0.015	0.045	0.0021	0.0131	0.0238	0.0193	0.0021	0.0145	0.0174	0.0145	0.0194	0.1577	0.0181	0.1577	0.0349
chr2L	3769582	3769738	chr2L:3769583-3769738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0558	0.0521	0.0772	0.0365	0.0159	0.0583	0.0549	0.0993	0.0159	0.0242	0.1669	0.0242	0.0178	0.0299	0.1141	0.0299	0.0146
chr2L	3770162	3770615	chr2L:3770163-3770615	FBgn0263843	CR43704	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1093	0.128	0.1364	0.0586	0.0498	0.115	0.1263	0.2751	0.0498	0.0356	0.2887	0.0356	0.0519	0.0276	0.1844	0.0276	0.0292
chr2L	3771110	3771383	chr2L:3771111-3771383	FBgn0004893	bowl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1901	0.2256	0.2255	0.1117	0.158	0.2078	0.2591	0.3671	0.158	0.0616	0.4148	0.0616	0.1704	0.0322	0.3121	0.0322	0.0787
chr2L	3771595	3771971	chr2L:3771596-3771971	FBgn0004893	bowl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2583	0.2914	0.3093	0.1653	0.2524	0.2714	0.314	0.4644	0.2524	0.1866	0.5061	0.1866	0.292	0.17	0.3798	0.17	0.1386
chr2L	3772932	3773195	chr2L:3772933-3773195	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1149	0.0512	0.1763	0.1188	0.0201	0.085	0.0368	0.0839	0.0201	0.1401	0.2707	0.1401	0.2006	0.1279	0.2489	0.1279	0.11
chr2L	3773622	3773833	chr2L:3773623-3773833	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0742	0.0409	0.114	0.0678	0.0138	0.0481	0.0355	0.0839	0.0138	0.0211	0.2392	0.0211	0.0643	0.0176	0.2302	0.0176	0.0302
chr2L	3775711	3775975	chr2L:3775712-3775975	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1188	0.112	0.1769	0.0627	0.0583	0.1655	0.0965	0.1612	0.0583	0.0682	0.301	0.0682	0.2037	0.0268	0.1534	0.0268	0.0651
chr2L	3776336	3776571	chr2L:3776337-3776571	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1085	0.0894	0.1642	0.0688	0.0201	0.1592	0.0515	0.1499	0.0201	0.0531	0.2711	0.0531	0.2316	0.0168	0.1838	0.0168	0.0787
chr2L	3776874	3777253	chr2L:3776875-3777253	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1086	0.0819	0.1645	0.0773	0.0318	0.133	0.0662	0.1126	0.0318	0.0821	0.2566	0.0821	0.2401	0.0528	0.1631	0.0528	0.0959
chr2L	3777344	3777495	chr2L:3777345-3777495	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0511	0.0328	0.0779	0.0422	0.0117	0.0529	0.0307	0.0413	0.0117	0.0386	0.1096	0.0386	0.1448	0.0268	0.0787	0.0268	0.0615
chr2L	3778656	3779050	chr2L:3778657-3779050	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.133	0.1233	0.1846	0.0873	0.0604	0.1782	0.1094	0.1845	0.0604	0.1413	0.264	0.1413	0.2641	0.0513	0.1599	0.0513	0.1376
chr2L	3781106	3781424	chr2L:3781107-3781424	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0676	0.0307	0.1142	0.0577	0.0106	0.0476	0.035	0.0333	0.0106	0.0362	0.2299	0.0362	0.0674	0.0176	0.1986	0.0176	0.025
chr2L	3785523	3785701	chr2L:3785524-3785701	FBgn0051958	CG31958	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0493	0.0408	0.0614	0.0454	0.0127	0.0646	0.0376	0.0573	0.0127	0.0616	0.0765	0.0616	0.0705	0.0436	0.0529	0.0436	0.0703
chr2L	3786324	3786498	chr2L:3786325-3786498	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.0734	0.1367	0.0834	0.0297	0.1092	0.0683	0.1026	0.0297	0.1739	0.1646	0.1739	0.1201	0.0904	0.1051	0.0904	0.1126
chr2L	3787072	3787328	chr2L:3787073-3787328	FBgn0031571	CG3921	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0413	0.0199	0.0387	0.068	0.0032	0.0209	0.0329	0.02	0.0032	0.0236	0.0576	0.0236	0.0449	0.0214	0.2005	0.0214	0.0537
chr2L	3787486	3787637	chr2L:3787487-3787637	FBgn0031571	CG3921	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0093	0.0176	0.0288	0.0011	0.0097	0.013	0.0153	0.0011	0.0133	0.0244	0.0133	0.0225	0.0069	0.0967	0.0069	0.0182
chr2L	3789223	3789402	chr2L:3789224-3789402	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0257	0.0102	0.0187	0.0507	0.0032	0.0121	0.0147	0.012	0.0032	0.0072	0.0277	0.0072	0.0263	0.0283	0.1244	0.0283	0.0469
chr2L	3789665	3790023	chr2L:3789666-3790023	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0696	0.0374	0.0544	0.1221	0.018	0.0466	0.0446	0.0453	0.018	0.0284	0.0781	0.0284	0.0798	0.0559	0.2701	0.0559	0.1417
chr2L	3790919	3791070	chr2L:3790920-3791070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0087	0.0119	0.0141	0.0011	0.0097	0.0156	0.0067	0.0011	0.0133	0.0154	0.0133	0.007	0.0077	0.0097	0.0077	0.0073
chr2L	3791758	3791909	chr2L:3791759-3791909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0166	0.0122	0.0142	0.0241	0.0053	0.0121	0.0182	0.0147	0.0053	0.0115	0.0164	0.0115	0.0271	0.0084	0.0271	0.0084	0.0495
chr2L	3802831	3802996	chr2L:3802832-3802996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0741	0.0578	0.0792	0.0866	0.0329	0.0718	0.0631	0.0806	0.0329	0.0719	0.0913	0.0719	0.1046	0.0888	0.0922	0.0888	0.11
chr2L	3803100	3803291	chr2L:3803101-3803291	FBgn0021800	l(2)k16918	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0721	0.0609	0.0721	0.0845	0.0371	0.0757	0.0727	0.0799	0.0371	0.0664	0.0814	0.0664	0.1115	0.0865	0.0851	0.0865	0.1183
chr2L	3803336	3803561	chr2L:3803337-3803561	FBgn0021800	l(2)k16918	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1233	0.0813	0.1247	0.1686	0.0414	0.116	0.0839	0.1013	0.0414	0.1202	0.1453	0.1202	0.1673	0.1792	0.1747	0.1792	0.2116
chr2L	3803742	3804040	chr2L:3803743-3804040	FBgn0021800	l(2)k16918	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1818	0.1418	0.1749	0.2342	0.0954	0.1752	0.1691	0.1632	0.0954	0.1896	0.1939	0.1896	0.2006	0.2848	0.2173	0.2848	0.2527
chr2L	3804335	3804486	chr2L:3804336-3804486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.046	0.0214	0.0463	0.073	0.0032	0.0325	0.0264	0.0207	0.0032	0.0338	0.0633	0.0338	0.0589	0.0842	0.0948	0.0842	0.0735
chr2L	3804527	3804695	chr2L:3804528-3804695	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0603	0.026	0.0478	0.1121	0.0074	0.0437	0.0238	0.03	0.0074	0.0477	0.0498	0.0477	0.0775	0.1539	0.1154	0.1539	0.1313
chr2L	3804845	3805023	chr2L:3804846-3805023	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0661	0.0206	0.051	0.1335	0.0095	0.0325	0.0203	0.022	0.0095	0.0465	0.045	0.0465	0.1053	0.1968	0.1122	0.1968	0.173
chr2L	3805572	3805789	chr2L:3805573-3805789	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0817	0.0445	0.0641	0.1427	0.0201	0.0578	0.048	0.0626	0.0201	0.0713	0.0543	0.0713	0.117	0.2144	0.1012	0.2144	0.1829
chr2L	3806000	3806173	chr2L:3806001-3806173	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0564	0.0683	0.0391	0.062	0.0573	0.0573	0.09	0.0993	0.0573	0.0362	0.0322	0.0362	0.0364	0.0651	0.0271	0.0651	0.0417
chr2L	3806301	3806650	chr2L:3806302-3806650	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1176	0.1599	0.0989	0.0908	0.1315	0.1646	0.1933	0.2225	0.1315	0.0888	0.1016	0.0888	0.0767	0.0781	0.049	0.0781	0.049
chr2L	3813108	3813259	chr2L:3813109-3813259	FBgn0031573	CG3407	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0409	0.0619	0.0394	0.0223	0.0529	0.0463	0.0526	0.0223	0.0815	0.0614	0.0815	0.0689	0.0421	0.0471	0.0421	0.0365
chr2L	3813350	3813546	chr2L:3813351-3813546	FBgn0031573	CG3407	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1378	0.1174	0.1778	0.1167	0.0657	0.15	0.1341	0.1526	0.0657	0.2391	0.1897	0.2391	0.1766	0.1294	0.118	0.1294	0.1303
chr2L	3813661	3814058	chr2L:3813662-3814058	FBgn0031573	CG3407	none	none	slp1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0745	0.0666	0.1004	0.055	0.0265	0.0825	0.08	0.0866	0.0265	0.1643	0.1045	0.1643	0.0759	0.0766	0.0529	0.0766	0.0568
chr2L	3814195	3814417	chr2L:3814196-3814417	distal	distal	stage11	stage11	slp1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0415	0.028	0.0675	0.028	0.0074	0.0481	0.0281	0.032	0.0074	0.1679	0.0495	0.1679	0.0426	0.0513	0.0251	0.0513	0.0292
chr2L	3816337	3816488	chr2L:3816338-3816488	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0059	0.0071	0.0089	0.0021	0.0063	0.0087	0.008	0.0021	0.0091	0.0077	0.0091	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0042
chr2L	3818002	3818196	chr2L:3818003-3818196	distal	distal	stage5	stage5	VT1965.1,slp1_u8172	VT1965.1,slp1_u8172	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0465	0.0963	0.0311	0.0078	0.0445	0.1267	0.0644	0.1905	0.0445	0.0543	0.0325	0.0543	0.0124	0.0038	0.0077	0.0038	0.0068
chr2L	3818208	3818359	chr2L:3818209-3818359	distal	distal	stage5	stage5	VT1965.1,slp1_u8172	VT1965.1,slp1_u8172	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0376	0.074	0.0273	0.0081	0.0318	0.0985	0.0446	0.1526	0.0318	0.0525	0.0277	0.0525	0.0093	0.0038	0.0097	0.0038	0.0063
chr2L	3818727	3818967	chr2L:3818728-3818967	distal	distal	stage11	stage11	VT1965.1,VT1966.1,slp1_u6550	VT1965.1,VT1966.1,slp1_u6550	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0645	0.0739	0.1	0.0152	0.018	0.1257	0.0588	0.1013	0.018	0.2579	0.0904	0.2579	0.0287	0.0306	0.0193	0.0306	0.0063
chr2L	3820158	3820317	chr2L:3820159-3820317	distal	distal	none	none	VT1966.1,VT1967.1,slp1_5-4,slp1_u6550	VT1966.1,VT1967.1,slp1_5-4,slp1_u6550	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0399	0.0553	0.0544	0.0068	0.0255	0.0675	0.0415	0.1126	0.0255	0.0556	0.0923	0.0556	0.0054	0.0092	0.0071	0.0092	0.0063
chr2L	3821395	3821694	chr2L:3821396-3821694	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1967.1,slp1_u4739	VT1967.1,slp1_u4739	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0616	0.0911	0.0731	0.0159	0.0308	0.1233	0.0744	0.1586	0.0308	0.0996	0.0804	0.0996	0.0279	0.0123	0.0123	0.0123	0.0104
chr2L	3822228	3822379	chr2L:3822229-3822379	distal	distal	none	none	slp1_5-3	slp1_5-3	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.038	0.0805	0.0242	0.0056	0.053	0.049	0.1466	0.0946	0.053	0.0338	0.0277	0.0338	0.0085	0.0023	0.0064	0.0023	0.0052
chr2L	3822427	3822705	chr2L:3822428-3822705	distal	distal	stage5	stage5	slp1_5-3	slp1_5-3	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0644	0.1432	0.0369	0.0065	0.1166	0.1379	0.1622	0.2212	0.1166	0.0568	0.0463	0.0568	0.007	0.0061	0.0071	0.0061	0.0052
chr2L	3823666	3823817	chr2L:3823667-3823817	distal	distal	none	none	slp1_5-2,slp1_u1609	slp1_5-2	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0632	0.0623	0.012	0.0286	0.0748	0.0528	0.1252	0.0286	0.093	0.0884	0.093	0.0225	0.0123	0.0206	0.0123	0.013
chr2L	3824733	3824884	chr2L:3824734-3824884	distal	distal	none	none	slp1_u1609	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0376	0.0598	0.04	0.01	0.0382	0.0379	0.1099	0.0606	0.0382	0.0616	0.0476	0.0616	0.0124	0.0069	0.0142	0.0069	0.0052
chr2L	3825475	3825680	chr2L:3825476-3825680	FBgn0003430	slp1	stage11,stage14,stage5	none	slp1_u1609	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2404	0.2547	0.2915	0.1684	0.1983	0.2825	0.3067	0.3165	0.1983	0.3955	0.319	0.3955	0.1898	0.1485	0.1863	0.1485	0.1381
chr2L	3827444	3827715	chr2L:3827445-3827715	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1970.1	VT1970.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1296	0.1463	0.1923	0.0422	0.0541	0.2078	0.1042	0.2738	0.0541	0.2307	0.3061	0.2307	0.0387	0.0314	0.1006	0.0314	0.0261
chr2L	3827961	3828260	chr2L:3827962-3828260	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1970.1,slp2_i2330	VT1970.1,slp2_i2330	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.0975	0.1831	0.0529	0.0435	0.1573	0.0644	0.1599	0.0435	0.3146	0.254	0.3146	0.0356	0.0681	0.1186	0.0681	0.0375
chr2L	3828377	3828557	chr2L:3828378-3828557	distal	distal	stage11	stage11	VT1970.1,VT1971.1,slp2_i2330	VT1970.1,VT1971.1,slp2_i2330	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0474	0.0304	0.0812	0.0294	0.0117	0.0437	0.0316	0.044	0.0117	0.1081	0.1228	0.1081	0.0248	0.0237	0.0619	0.0237	0.0344
chr2L	3829164	3829315	chr2L:3829165-3829315	distal	distal	none	none	VT1970.1,VT1971.1,slp1_slp_B	VT1970.1,VT1971.1,slp1_slp_B	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0566	0.0362	0.011	0.0308	0.0515	0.0887	0.058	0.0308	0.0459	0.0441	0.0459	0.0209	0.01	0.0116	0.01	0.0125
chr2L	3831582	3831813	chr2L:3831583-3831813	distal	distal	stage14	stage14	VT1972.1,VT1973.1	VT1972.1,VT1973.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0429	0.0315	0.0618	0.035	0.0148	0.0306	0.0446	0.0466	0.0148	0.0598	0.0768	0.0598	0.0318	0.0237	0.0258	0.0237	0.0568
chr2L	3832219	3832388	chr2L:3832220-3832388	distal	distal	none	none	VT1973.1	VT1973.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0871	0.043	0.1202	0.1	0.0095	0.085	0.0368	0.0446	0.0095	0.2258	0.0958	0.2258	0.0844	0.1639	0.049	0.1639	0.0912
chr2L	3832556	3832734	chr2L:3832557-3832734	distal	distal	none	none	VT1973.1	VT1973.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0593	0.0399	0.0772	0.0613	0.017	0.067	0.0372	0.048	0.017	0.151	0.064	0.151	0.0287	0.0842	0.0271	0.0842	0.0594
chr2L	3833159	3833310	chr2L:3833160-3833310	distal	distal	none	none	VT1973.1,VT1974.1	VT1973.1,VT1974.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0269	0.0371	0.0223	0.0106	0.0325	0.0268	0.0433	0.0106	0.0435	0.0376	0.0435	0.0139	0.0107	0.0116	0.0107	0.0141
chr2L	3833932	3834136	chr2L:3833933-3834136	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_02,VT1974.1	Unspecified_HC_02,VT1974.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0529	0.1043	0.0387	0.0111	0.0933	0.0583	0.2007	0.0893	0.0933	0.0459	0.0534	0.0459	0.0209	0.0107	0.0103	0.0107	0.0089
chr2L	3835330	3835591	chr2L:3835331-3835591	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	slp2_i93109	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1191	0.0666	0.1703	0.1216	0.0339	0.0825	0.0692	0.1019	0.0339	0.1655	0.2431	0.1655	0.1758	0.1746	0.2147	0.1746	0.0995
chr2L	3836559	3836870	chr2L:3836560-3836870	FBgn0004567	slp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2544	0.2458	0.3107	0.2023	0.1856	0.3039	0.2465	0.3398	0.1856	0.4046	0.3617	0.4046	0.2099	0.2067	0.2379	0.2067	0.1933
chr2L	3840636	3840861	chr2L:3840637-3840861	distal	distal	none	none	slp2_d2445	slp2_d2445	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0352	0.0236	0.0537	0.0279	0.0106	0.0345	0.0229	0.0313	0.0106	0.0531	0.0752	0.0531	0.0271	0.0245	0.0464	0.0245	0.0328
chr2L	3842437	3842588	chr2L:3842438-3842588	distal	distal	none	none	slp2_d5778	slp2_d5778	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0207	0.0324	0.0207	0.0075	0.0117	0.0296	0.0359	0.0646	0.0117	0.0223	0.0254	0.0223	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	3842886	3843037	chr2L:3842887-3843037	distal	distal	none	none	slp2_d5778	slp2_d5778	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0206	0.0252	0.0265	0.0091	0.0095	0.0238	0.0281	0.05	0.0095	0.0236	0.0296	0.0236	0.0124	0.0077	0.0032	0.0077	0.0063
chr2L	3843757	3843908	chr2L:3843758-3843908	distal	distal	none	none	slp2_d5778,slp2_d6383	slp2_d5778,slp2_d6383	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.023	0.0174	0.0287	0.023	0.0074	0.0209	0.0212	0.024	0.0074	0.0272	0.0357	0.0272	0.0271	0.0092	0.0284	0.0092	0.0422
chr2L	3845245	3845583	chr2L:3845246-3845583	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1979.1	VT1979.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0627	0.0593	0.0761	0.0517	0.0244	0.0743	0.0606	0.0913	0.0244	0.0429	0.0527	0.0429	0.0124	0.0092	0.0181	0.0092	0.0089
chr2L	3846588	3846746	chr2L:3846589-3846746	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1979.1,VT1980.1	VT1979.1,VT1980.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0373	0.0228	0.0491	0.0405	0.0085	0.0286	0.0285	0.0293	0.0085	0.0242	0.0347	0.0242	0.0147	0.01	0.011	0.01	0.013
chr2L	3849097	3849248	chr2L:3849098-3849248	distal	distal	none	none	VT1981.1	VT1981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0262	0.0345	0.0175	0.0042	0.0257	0.0381	0.0393	0.0042	0.0223	0.0341	0.0223	0.0093	0.0054	0.0123	0.0054	0.0052
chr2L	3849357	3849575	chr2L:3849358-3849575	distal	distal	stage11	stage11	VT1981.1	VT1981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0479	0.0457	0.0689	0.0272	0.0286	0.051	0.0467	0.0766	0.0286	0.0477	0.0659	0.0477	0.0232	0.0061	0.0142	0.0061	0.012
chr2L	3849585	3849793	chr2L:3849586-3849793	distal	distal	stage11	stage11	VT1981.1	VT1981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0501	0.0503	0.0777	0.0196	0.0255	0.0636	0.0497	0.0799	0.0255	0.0592	0.0849	0.0592	0.0287	0.0046	0.0148	0.0046	0.0094
chr2L	3850809	3850960	chr2L:3850810-3850960	distal	distal	none	none	VT1982.1	VT1982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0167	0.0353	0.0188	0.0085	0.0189	0.0199	0.0247	0.0085	0.0223	0.0579	0.0223	0.0186	0.0123	0.0548	0.0123	0.0073
chr2L	3851208	3851365	chr2L:3851209-3851365	distal	distal	stage14	stage14	VT1982.1	VT1982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0206	0.0449	0.0299	0.0053	0.0238	0.0251	0.028	0.0053	0.0229	0.0849	0.0229	0.017	0.0145	0.1012	0.0145	0.0094
chr2L	3851916	3852128	chr2L:3851917-3852128	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1982.1	VT1982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0233	0.05	0.0287	0.0085	0.0228	0.0311	0.0353	0.0085	0.0163	0.0984	0.0163	0.0155	0.013	0.0954	0.013	0.0089
chr2L	3853284	3853503	chr2L:3853285-3853503	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0375	0.051	0.047	0.0121	0.0159	0.0388	0.0389	0.1359	0.0159	0.0248	0.0842	0.0248	0.0155	0.0107	0.0284	0.0107	0.0042
chr2L	3853974	3854125	chr2L:3853975-3854125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0161	0.0252	0.0173	0.0047	0.0085	0.0214	0.0264	0.0526	0.0085	0.0103	0.0264	0.0103	0.0054	0.0015	0.0084	0.0015	0.0036
chr2L	3854375	3854609	chr2L:3854376-3854609	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0285	0.0555	0.0214	0.0063	0.0361	0.0432	0.0493	0.1226	0.0361	0.0187	0.0264	0.0187	0.0054	0.0038	0.0103	0.0038	0.0042
chr2L	3855295	3855597	chr2L:3855296-3855597	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0626	0.0395	0.0933	0.0546	0.0223	0.0495	0.0424	0.0586	0.0223	0.0936	0.1354	0.0936	0.0643	0.0666	0.1115	0.0666	0.049
chr2L	3855952	3856178	chr2L:3855953-3856178	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0314	0.053	0.0446	0.0159	0.0413	0.0398	0.0333	0.0159	0.055	0.0765	0.055	0.0349	0.0658	0.089	0.0658	0.024
chr2L	3856241	3856430	chr2L:3856242-3856430	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0381	0.0233	0.0478	0.0439	0.0053	0.0301	0.0255	0.038	0.0053	0.0411	0.0794	0.0411	0.0232	0.0651	0.1032	0.0651	0.0177
chr2L	3856631	3856810	chr2L:3856632-3856810	distal	distal	none	none	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0388	0.0191	0.0496	0.049	0.0074	0.0248	0.0247	0.0227	0.0074	0.0326	0.0942	0.0326	0.0155	0.0597	0.1322	0.0597	0.0193
chr2L	3860568	3860719	chr2L:3860569-3860719	distal	distal	none	none	VT1987.1	VT1987.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0287	0.0223	0.0103	0.0233	0.0267	0.0407	0.034	0.0233	0.0199	0.0318	0.0199	0.0147	0.0061	0.0193	0.0061	0.0073
chr2L	3860799	3860950	chr2L:3860800-3860950	distal	distal	none	none	VT1987.1	VT1987.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0363	0.0291	0.0097	0.0159	0.034	0.0536	0.046	0.0159	0.0205	0.0476	0.0205	0.0101	0.0092	0.0187	0.0092	0.0047
chr2L	3861224	3861519	chr2L:3861225-3861519	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.075	0.0973	0.1043	0.018	0.0541	0.0985	0.0852	0.1979	0.0541	0.0562	0.1971	0.0562	0.0318	0.0153	0.0342	0.0153	0.0104
chr2L	3861650	3862122	chr2L:3861651-3862122	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1015	0.1061	0.161	0.0311	0.0382	0.1267	0.0839	0.2205	0.0382	0.1093	0.2865	0.1093	0.0666	0.0207	0.0542	0.0207	0.024
chr2L	3862527	3862715	chr2L:3862528-3862715	FBgn0031574	CG3964	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1413	0.1246	0.1741	0.1238	0.0668	0.151	0.1319	0.1939	0.0668	0.2035	0.1994	0.2035	0.1541	0.134	0.1244	0.134	0.1459
chr2L	3862776	3862958	chr2L:3862777-3862958	FBgn0031574	CG3964	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1536	0.1257	0.1939	0.1404	0.0689	0.1621	0.1341	0.1819	0.0689	0.2337	0.2164	0.2337	0.1859	0.1447	0.1386	0.1447	0.1704
chr2L	3867551	3867750	chr2L:3867552-3867750	FBgn0031575	Cep97	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.0923	0.1656	0.1181	0.0435	0.118	0.1077	0.1219	0.0435	0.2017	0.192	0.2017	0.1557	0.1126	0.1225	0.1126	0.1454
chr2L	3867962	3868202	chr2L:3867963-3868202	FBgn0031575	Cep97	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0656	0.0427	0.0869	0.0677	0.0127	0.051	0.0519	0.0613	0.0127	0.119	0.1006	0.119	0.0875	0.0697	0.0606	0.0697	0.0803
chr2L	3872101	3872295	chr2L:3872102-3872295	FBgn0051957	CG31957	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0492	0.1015	0.062	0.0286	0.0568	0.058	0.0726	0.0286	0.1232	0.109	0.1232	0.1108	0.0712	0.0651	0.0712	0.0688
chr2L	3872395	3872573	chr2L:3872396-3872573	FBgn0051957	CG31957	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1579	0.1206	0.2119	0.1401	0.0817	0.1544	0.1324	0.1559	0.0817	0.2687	0.2322	0.2687	0.2107	0.1585	0.1464	0.1585	0.1652
chr2L	3872664	3872848	chr2L:3872665-3872848	FBgn0051957	CG31957	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0708	0.0626	0.0868	0.0624	0.0424	0.0825	0.067	0.0773	0.0424	0.093	0.1074	0.093	0.0798	0.0658	0.0651	0.0658	0.0834
chr2L	3888321	3888504	chr2L:3888322-3888504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0562	0.0137	0.1014	0.0542	0.0011	0.0204	0.016	0.0193	0.0011	0.0187	0.1945	0.0187	0.096	0.0069	0.1599	0.0069	0.0459
chr2L	3888770	3888968	chr2L:3888771-3888968	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0543	0.0172	0.0822	0.065	0.0064	0.0233	0.0247	0.0153	0.0064	0.0217	0.1527	0.0217	0.079	0.01	0.176	0.01	0.0709
chr2L	3889364	3889531	chr2L:3889365-3889531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.011	0.0298	0.0316	0.0032	0.0112	0.0186	0.012	0.0032	0.0151	0.0505	0.0151	0.0302	0.0069	0.0883	0.0069	0.0307
chr2L	3889684	3889876	chr2L:3889685-3889876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0172	0.0501	0.0455	0.0032	0.0238	0.0199	0.0227	0.0032	0.0338	0.0768	0.0338	0.0604	0.0161	0.0909	0.0161	0.0709
chr2L	3890131	3890282	chr2L:3890132-3890282	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0307	0.0194	0.0421	0.0308	0.0095	0.0238	0.0272	0.018	0.0095	0.032	0.0608	0.032	0.048	0.0276	0.0464	0.0276	0.0521
chr2L	3896065	3896284	chr2L:3896066-3896284	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0465	0.0233	0.0529	0.0655	0.0106	0.0301	0.0311	0.0266	0.0106	0.0417	0.0675	0.0417	0.0751	0.0299	0.0593	0.0299	0.1277
chr2L	3896662	3896813	chr2L:3896663-3896813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0086	0.016	0.0329	0.0042	0.0092	0.0151	0.0067	0.0042	0.0151	0.0161	0.0151	0.0294	0.0092	0.0123	0.0092	0.0907
chr2L	3914725	3914898	chr2L:3914726-3914898	FBgn0051773	CG31773	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0413	0.0165	0.0097	0.0403	0.0155	0.0774	0.0433	0.0403	0.0205	0.0203	0.0205	0.0077	0.0077	0.0116	0.0077	0.0078
chr2L	3933858	3934009	chr2L:3933859-3934009	distal	distal	none	none	VT2028.1	VT2028.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0065	0.0085	0.018	0.0011	0.0073	0.0112	0.0067	0.0011	0.0085	0.0122	0.0085	0.0054	0.0077	0.0445	0.0077	0.0078
chr2L	3939296	3939447	chr2L:3939297-3939447	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0047	0.0063	0.0113	0.0032	0.0029	0.0099	0.002	0.0032	0.0048	0.009	0.0048	0.0023	0.0015	0.0019	0.0015	0.0068
chr2L	3991782	3991933	chr2L:3991783-3991933	FBgn0051774	fred	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0168	0.0117	0.0231	0.0148	0.0107	0.0285	0.0193	0.0148	0.0103	0.0129	0.0103	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0057
chr2L	3992496	3992647	chr2L:3992497-3992647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0141	0.0104	0.0109	0.0138	0.0155	0.0173	0.0153	0.0138	0.0103	0.0132	0.0103	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chr2L	4018302	4018453	chr2L:4018303-4018453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0113	0.0091	0.0113	0.0021	0.0121	0.0182	0.0133	0.0021	0.0066	0.0096	0.0066	0.0054	0.0077	0.0026	0.0077	0.0036
chr2L	4019859	4020047	chr2L:4019860-4020047	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0694	0.0666	0.0829	0.0577	0.0361	0.083	0.08	0.0813	0.0361	0.0924	0.1058	0.0924	0.0775	0.0528	0.087	0.0528	0.0766
chr2L	4020305	4020547	chr2L:4020306-4020547	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.03	0.0329	0.0241	0.0191	0.034	0.0389	0.0373	0.0191	0.0254	0.054	0.0254	0.0232	0.0161	0.049	0.0161	0.0203
chr2L	4021018	4021234	chr2L:4021019-4021234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0126	0.0232	0.0175	0.0042	0.0141	0.0195	0.0133	0.0042	0.0115	0.0437	0.0115	0.0116	0.0115	0.0535	0.0115	0.0068
chr2L	4021571	4021727	chr2L:4021572-4021727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0132	0.0297	0.0181	0.0074	0.0126	0.019	0.0187	0.0074	0.0187	0.0572	0.0187	0.0085	0.0138	0.0554	0.0138	0.0057
chr2L	4022032	4022322	chr2L:4022033-4022322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2079.1	VT2079.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0697	0.0556	0.0942	0.0588	0.0286	0.0626	0.0666	0.0813	0.0286	0.0537	0.174	0.0537	0.0527	0.0375	0.1425	0.0375	0.0448
chr2L	4023413	4023564	chr2L:4023414-4023564	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2079.1	VT2079.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0274	0.0207	0.0294	0.0327	0.0106	0.0243	0.0234	0.0313	0.0106	0.026	0.037	0.026	0.0132	0.0145	0.0251	0.0145	0.0099
chr2L	4023622	4023875	chr2L:4023623-4023875	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2079.1,VT2080.1	VT2079.1,VT2080.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0317	0.0416	0.0514	0.0106	0.0456	0.0277	0.0513	0.0106	0.0326	0.0518	0.0326	0.0209	0.0138	0.0297	0.0138	0.0141
chr2L	4027788	4027939	chr2L:4027789-4027939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0103	0.0072	0.0131	0.0106	0.0021	0.0121	0.0069	0.0093	0.0021	0.0199	0.0167	0.0199	0.0062	0.0322	0.0077	0.0322	0.0036
chr2L	4028824	4029029	chr2L:4028825-4029029	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1112	0.1398	0.1352	0.0531	0.0859	0.1451	0.154	0.2305	0.0859	0.0755	0.2553	0.0755	0.072	0.0237	0.1612	0.0237	0.0193
chr2L	4030337	4030548	chr2L:4030338-4030548	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1616	0.1715	0.1928	0.1164	0.1326	0.1709	0.2063	0.2418	0.1326	0.0815	0.3116	0.0815	0.1844	0.0391	0.2489	0.0391	0.1068
chr2L	4030743	4030894	chr2L:4030744-4030894	FBgn0000547	ed	none	none	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0535	0.0626	0.0567	0.0397	0.0361	0.0578	0.0787	0.0993	0.0361	0.032	0.101	0.032	0.0325	0.0145	0.1135	0.0145	0.0245
chr2L	4031268	4031483	chr2L:4031269-4031483	FBgn0000547	ed	stage11,stage14,stage5	none	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2126	0.2159	0.2574	0.1599	0.1686	0.2417	0.2539	0.2751	0.1686	0.2983	0.3016	0.2983	0.2347	0.1608	0.2005	0.1608	0.1897
chr2L	4031756	4032011	chr2L:4031757-4032011	FBgn0000547	ed	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1959	0.2475	0.2254	0.106	0.2025	0.2282	0.3283	0.3165	0.2025	0.2017	0.3174	0.2017	0.1805	0.0858	0.2205	0.0858	0.0896
chr2L	4034463	4034739	chr2L:4034464-4034739	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.2451	0.1346	0.0189	0.2163	0.2422	0.3062	0.3151	0.2163	0.1908	0.1887	0.1908	0.062	0.0084	0.0374	0.0084	0.0104
chr2L	4037340	4037491	chr2L:4037341-4037491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.032	0.0464	0.0319	0.0162	0.0286	0.0451	0.0666	0.0533	0.0286	0.0236	0.0527	0.0236	0.0186	0.0061	0.0335	0.0061	0.0115
chr2L	4037990	4038231	chr2L:4037991-4038231	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0551	0.0592	0.0552	0.0506	0.0403	0.0481	0.0852	0.0839	0.0403	0.0278	0.054	0.0278	0.0155	0.0077	0.0309	0.0077	0.0167
chr2L	4038576	4038727	chr2L:4038577-4038727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0181	0.0124	0.0182	0.0127	0.0141	0.0307	0.0207	0.0127	0.0072	0.0151	0.0072	0.0054	0.0015	0.0071	0.0015	0.0042
chr2L	4041014	4041297	chr2L:4041015-4041297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0353	0.0405	0.0402	0.0242	0.0371	0.0272	0.0614	0.0553	0.0371	0.0314	0.0572	0.0314	0.0194	0.0061	0.0226	0.0061	0.0042
chr2L	4042733	4043718	chr2L:4042734-4043718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1033	0.1259	0.1187	0.0613	0.0891	0.1204	0.1704	0.1579	0.0891	0.0737	0.1781	0.0737	0.1309	0.062	0.109	0.062	0.0537
chr2L	4043886	4044037	chr2L:4043887-4044037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0278	0.0299	0.0136	0.017	0.0316	0.0372	0.03	0.017	0.0236	0.0518	0.0236	0.0155	0.0138	0.0239	0.0138	0.0083
chr2L	4045309	4045482	chr2L:4045310-4045482	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.053	0.0552	0.0575	0.0455	0.0308	0.0718	0.0631	0.0706	0.0308	0.128	0.0563	0.128	0.0263	0.1317	0.0419	0.1317	0.0245
chr2L	4045672	4045849	chr2L:4045673-4045849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0405	0.04	0.0337	0.0233	0.0471	0.0471	0.0533	0.0233	0.0688	0.0498	0.0688	0.0201	0.0896	0.038	0.0896	0.0177
chr2L	4049049	4049200	chr2L:4049050-4049200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0339	0.0409	0.0367	0.0231	0.0308	0.0311	0.0601	0.0573	0.0308	0.0236	0.0611	0.0236	0.0349	0.0168	0.0368	0.0168	0.0313
chr2L	4050015	4050166	chr2L:4050016-4050166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0293	0.0379	0.0299	0.0189	0.0244	0.0345	0.0463	0.0593	0.0244	0.0211	0.0511	0.0211	0.0077	0.0115	0.0271	0.0115	0.0094
chr2L	4050832	4050996	chr2L:4050833-4050996	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.0583	0.0319	0.0102	0.0435	0.0282	0.0856	0.0999	0.0435	0.0181	0.0582	0.0181	0.0155	0.0061	0.0206	0.0061	0.0057
chr2L	4052038	4052189	chr2L:4052039-4052189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0345	0.0411	0.0371	0.0244	0.0201	0.0388	0.0575	0.056	0.0201	0.026	0.0682	0.026	0.0101	0.0145	0.0741	0.0145	0.0078
chr2L	4052652	4052911	chr2L:4052653-4052911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0652	0.0641	0.0803	0.0499	0.053	0.0592	0.0835	0.0833	0.053	0.0592	0.1479	0.0592	0.024	0.0391	0.1431	0.0391	0.0188
chr2L	4053350	4053534	chr2L:4053351-4053534	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0714	0.057	0.1049	0.0508	0.0424	0.0519	0.0709	0.0833	0.0424	0.0465	0.2061	0.0465	0.0511	0.036	0.127	0.036	0.0401
chr2L	4053725	4053933	chr2L:4053726-4053933	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1061	0.1301	0.1311	0.0519	0.1018	0.1092	0.1587	0.2059	0.1018	0.0731	0.2527	0.0731	0.0519	0.026	0.1605	0.026	0.0214
chr2L	4053963	4054192	chr2L:4053964-4054192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.099	0.1265	0.1192	0.0462	0.1166	0.0864	0.1765	0.1852	0.1166	0.067	0.2341	0.067	0.0364	0.0153	0.1547	0.0153	0.012
chr2L	4054848	4055058	chr2L:4054849-4055058	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0669	0.0533	0.1052	0.04	0.0265	0.0578	0.0558	0.0913	0.0265	0.0827	0.1958	0.0827	0.0225	0.0452	0.1064	0.0452	0.012
chr2L	4055277	4055540	chr2L:4055278-4055540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0562	0.0739	0.0671	0.0245	0.0424	0.0646	0.0843	0.1326	0.0424	0.0876	0.1016	0.0876	0.0186	0.0299	0.0613	0.0299	0.012
chr2L	4055807	4056071	chr2L:4055808-4056071	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.1009	0.1543	0.1129	0.0281	0.1442	0.1442	0.1847	0.2125	0.1442	0.221	0.1338	0.221	0.0341	0.0245	0.0561	0.0245	0.0099
chr2L	4057019	4057252	chr2L:4057020-4057252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0701	0.0805	0.0807	0.0468	0.0721	0.0767	0.106	0.1026	0.0721	0.1027	0.1116	0.1027	0.055	0.0613	0.0845	0.0613	0.0401
chr2L	4060510	4060661	chr2L:4060511-4060661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0338	0.0382	0.0207	0.0159	0.032	0.0502	0.0433	0.0159	0.0223	0.0723	0.0223	0.0178	0.0077	0.0561	0.0077	0.0073
chr2L	4060792	4060973	chr2L:4060793-4060973	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0542	0.0604	0.0642	0.0363	0.0509	0.0583	0.0705	0.0873	0.0509	0.0586	0.1084	0.0586	0.0325	0.0237	0.0948	0.0237	0.013
chr2L	4063345	4063564	chr2L:4063346-4063564	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0417	0.0364	0.0177	0.0339	0.0354	0.0584	0.0553	0.0339	0.0272	0.0627	0.0272	0.0201	0.0061	0.0374	0.0061	0.012
chr2L	4063648	4063878	chr2L:4063649-4063878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0441	0.0466	0.0338	0.0414	0.0417	0.0532	0.062	0.0414	0.0471	0.0688	0.0471	0.0442	0.023	0.0696	0.023	0.0323
chr2L	4064679	4064870	chr2L:4064680-4064870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0334	0.0457	0.0343	0.0185	0.0308	0.0364	0.0558	0.0746	0.0308	0.0199	0.0556	0.0199	0.0279	0.01	0.0297	0.01	0.0115
chr2L	4064978	4065250	chr2L:4064979-4065250	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0439	0.0556	0.0437	0.0311	0.0467	0.049	0.0757	0.0773	0.0467	0.0211	0.0666	0.0211	0.0503	0.0161	0.038	0.0161	0.0349
chr2L	4065486	4065637	chr2L:4065487-4065637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0195	0.0269	0.0203	0.0104	0.0127	0.0189	0.0437	0.036	0.0127	0.0145	0.0312	0.0145	0.0186	0.0061	0.0168	0.0061	0.0078
chr2L	4069989	4070404	chr2L:4069990-4070404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0476	0.0587	0.0525	0.0299	0.0498	0.0451	0.0783	0.0853	0.0498	0.0284	0.0955	0.0284	0.024	0.0161	0.0709	0.0161	0.0141
chr2L	4070863	4071117	chr2L:4070864-4071117	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0361	0.0566	0.0348	0.0146	0.0382	0.0451	0.0722	0.0959	0.0382	0.0211	0.0621	0.0211	0.0147	0.0054	0.0251	0.0054	0.0073
chr2L	4071311	4071696	chr2L:4071312-4071696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0576	0.0847	0.0586	0.026	0.0594	0.0684	0.1172	0.1286	0.0594	0.0429	0.1016	0.0429	0.0256	0.0176	0.0548	0.0176	0.013
chr2L	4071748	4072063	chr2L:4071749-4072063	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0436	0.0601	0.0444	0.0244	0.053	0.0413	0.0822	0.0893	0.053	0.032	0.073	0.032	0.0341	0.0176	0.0625	0.0176	0.0109
chr2L	4073243	4073394	chr2L:4073244-4073394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0219	0.032	0.0195	0.0132	0.0244	0.0262	0.0433	0.044	0.0244	0.0151	0.0325	0.0151	0.0108	0.0038	0.0226	0.0038	0.0057
chr2L	4074877	4075061	chr2L:4074878-4075061	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0324	0.0421	0.0312	0.0228	0.0244	0.0335	0.0644	0.0566	0.0244	0.0175	0.054	0.0175	0.0116	0.0077	0.0232	0.0077	0.0089
chr2L	4079865	4080016	chr2L:4079866-4080016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0289	0.0344	0.036	0.0149	0.0159	0.032	0.0454	0.0553	0.0159	0.0266	0.0605	0.0266	0.0201	0.0092	0.0316	0.0092	0.0063
chr2L	4080404	4080555	chr2L:4080405-4080555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.0396	0.0299	0.0149	0.0329	0.0248	0.0619	0.0546	0.0329	0.0163	0.0521	0.0163	0.0186	0.013	0.029	0.013	0.0099
chr2L	4080706	4080874	chr2L:4080707-4080874	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0438	0.0626	0.0449	0.0217	0.0562	0.0597	0.0748	0.0879	0.0562	0.0236	0.0823	0.0236	0.031	0.0184	0.0542	0.0184	0.0115
chr2L	4081091	4081305	chr2L:4081092-4081305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0394	0.0563	0.0414	0.0184	0.0445	0.0549	0.0675	0.0806	0.0445	0.0211	0.0807	0.0211	0.0178	0.01	0.0529	0.01	0.0057
chr2L	4084824	4084975	chr2L:4084825-4084975	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.024	0.0268	0.0247	0.0199	0.0223	0.0233	0.032	0.0433	0.0223	0.0217	0.0424	0.0217	0.0054	0.0054	0.0161	0.0054	0.0063
chr2L	4085334	4085485	chr2L:4085335-4085485	FBgn0086032	snoRNA:Me28S-C437	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0188	0.0228	0.0202	0.0128	0.017	0.0238	0.0251	0.0366	0.017	0.0109	0.0357	0.0109	0.0077	0.0077	0.0148	0.0077	0.0026
chr2L	4085534	4085685	chr2L:4085535-4085685	FBgn0086032	snoRNA:Me28S-C437	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0215	0.0253	0.0226	0.0162	0.018	0.0248	0.0298	0.038	0.018	0.0151	0.037	0.0151	0.0155	0.013	0.0245	0.013	0.0036
chr2L	4089570	4089732	chr2L:4089571-4089732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0247	0.0275	0.0184	0.0191	0.0267	0.029	0.0366	0.0191	0.0266	0.0447	0.0266	0.0201	0.0222	0.0393	0.0222	0.0099
chr2L	4089802	4089978	chr2L:4089803-4089978	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0399	0.0462	0.0451	0.0272	0.0201	0.0481	0.0497	0.0799	0.0201	0.0447	0.0714	0.0447	0.0279	0.0276	0.0529	0.0276	0.0172
chr2L	4091761	4091912	chr2L:4091762-4091912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0227	0.0283	0.0209	0.0185	0.0148	0.0291	0.032	0.0453	0.0148	0.0187	0.0331	0.0187	0.0132	0.0398	0.0264	0.0398	0.0078
chr2L	4092038	4092189	chr2L:4092039-4092189	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0237	0.0255	0.0254	0.0196	0.0138	0.0277	0.0229	0.0466	0.0138	0.0211	0.0383	0.0211	0.0225	0.0429	0.0226	0.0429	0.0099
chr2L	4093594	4093869	chr2L:4093595-4093869	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0497	0.0528	0.0562	0.0391	0.0308	0.0563	0.0528	0.0906	0.0308	0.0399	0.0904	0.0399	0.038	0.0391	0.0832	0.0391	0.0214
chr2L	4094010	4094194	chr2L:4094011-4094194	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0424	0.0481	0.028	0.0286	0.0442	0.048	0.0646	0.0286	0.0399	0.0801	0.0399	0.024	0.0237	0.06	0.0237	0.0141
chr2L	4094311	4094472	chr2L:4094312-4094472	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0349	0.0409	0.041	0.0214	0.0244	0.0383	0.0458	0.0706	0.0244	0.0302	0.0714	0.0302	0.0178	0.0123	0.0477	0.0123	0.0073
chr2L	4096330	4096642	chr2L:4096331-4096642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0461	0.0629	0.0505	0.0226	0.0562	0.065	0.0657	0.0979	0.0562	0.0447	0.083	0.0447	0.0201	0.01	0.0484	0.01	0.0156
chr2L	4098408	4098559	chr2L:4098409-4098559	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0267	0.0324	0.0339	0.0125	0.0138	0.0325	0.0372	0.0566	0.0138	0.0199	0.0643	0.0199	0.0116	0.0031	0.0264	0.0031	0.0036
chr2L	4098650	4098801	chr2L:4098651-4098801	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0264	0.0338	0.0332	0.0106	0.0138	0.034	0.0394	0.056	0.0138	0.0163	0.0592	0.0163	0.0194	0.0069	0.0219	0.0069	0.0042
chr2L	4098933	4099084	chr2L:4098934-4099084	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0242	0.0262	0.0325	0.0128	0.0106	0.0248	0.0324	0.044	0.0106	0.0248	0.0559	0.0248	0.0163	0.0077	0.0303	0.0077	0.0052
chr2L	4099323	4099615	chr2L:4099324-4099615	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0361	0.044	0.0437	0.0189	0.0255	0.0335	0.0476	0.0873	0.0255	0.0326	0.0743	0.0326	0.0225	0.0145	0.0361	0.0145	0.0099
chr2L	4101944	4102095	chr2L:4101945-4102095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0206	0.0229	0.0234	0.0149	0.0085	0.0296	0.0229	0.0353	0.0085	0.0193	0.0395	0.0193	0.0101	0.0031	0.0264	0.0031	0.0078
chr2L	4104847	4105127	chr2L:4104848-4105127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0322	0.0391	0.0382	0.0178	0.0201	0.0427	0.0372	0.0733	0.0201	0.029	0.0585	0.029	0.0232	0.0092	0.0335	0.0092	0.0068
chr2L	4105271	4105501	chr2L:4105272-4105501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.032	0.035	0.0396	0.0202	0.0191	0.0345	0.0376	0.066	0.0191	0.0272	0.0662	0.0272	0.0287	0.0168	0.0374	0.0168	0.0146
chr2L	4107570	4107721	chr2L:4107571-4107721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0217	0.0214	0.0308	0.0121	0.0095	0.0248	0.0225	0.0373	0.0095	0.0193	0.0534	0.0193	0.0139	0.0077	0.0193	0.0077	0.0073
chr2L	4108545	4108696	chr2L:4108546-4108696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0208	0.0213	0.0254	0.0153	0.018	0.0233	0.0255	0.0253	0.018	0.0187	0.0421	0.0187	0.0101	0.0046	0.0226	0.0046	0.0047
chr2L	4113573	4113781	chr2L:4113574-4113781	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0279	0.034	0.0335	0.0149	0.0138	0.035	0.0324	0.0693	0.0138	0.029	0.0559	0.029	0.0139	0.0069	0.0251	0.0069	0.0063
chr2L	4116086	4116242	chr2L:4116087-4116242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0247	0.035	0.0256	0.0123	0.0159	0.0345	0.0376	0.066	0.0159	0.0217	0.0383	0.0217	0.0139	0.0092	0.0219	0.0092	0.0047
chr2L	4116579	4116982	chr2L:4116580-4116982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0409	0.0446	0.0504	0.0265	0.018	0.0539	0.0398	0.0846	0.018	0.0417	0.0788	0.0417	0.0201	0.0191	0.0406	0.0191	0.0104
chr2L	4117557	4117708	chr2L:4117558-4117708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0221	0.0187	0.0297	0.0175	0.0053	0.0243	0.019	0.0313	0.0053	0.0187	0.0489	0.0187	0.0178	0.0084	0.0303	0.0084	0.0109
chr2L	4118747	4119005	chr2L:4118748-4119005	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0378	0.0426	0.035	0.0244	0.032	0.0588	0.0426	0.0244	0.0181	0.0405	0.0181	0.0395	0.0023	0.0155	0.0023	0.0125
chr2L	4119330	4119517	chr2L:4119331-4119517	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0301	0.0186	0.0294	0.0439	0.0064	0.0267	0.0255	0.016	0.0064	0.0145	0.0257	0.0145	0.0155	0.0031	0.0129	0.0031	0.0172
chr2L	4121646	4121806	chr2L:4121647-4121806	FBgn0014033	Sr-CI	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0249	0.0299	0.0214	0.0127	0.0282	0.032	0.0313	0.0127	0.0187	0.0357	0.0187	0.0488	0.0046	0.0174	0.0046	0.0479
chr2L	4123235	4123541	chr2L:4123236-4123541	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0459	0.0651	0.0511	0.0188	0.053	0.0573	0.0982	0.07	0.053	0.035	0.0736	0.035	0.0465	0.0061	0.0226	0.0061	0.0193
chr2L	4123594	4123984	chr2L:4123595-4123984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.0796	0.0711	0.0305	0.0477	0.0757	0.1189	0.0873	0.0477	0.035	0.0936	0.035	0.0914	0.0107	0.0245	0.0107	0.0464
chr2L	4124147	4124298	chr2L:4124148-4124298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0246	0.0293	0.018	0.0138	0.0272	0.0311	0.0293	0.0138	0.0157	0.0347	0.0157	0.0395	0.0054	0.0097	0.0054	0.0287
chr2L	4124864	4125027	chr2L:4124865-4125027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.015	0.0343	0.045	0.0106	0.0209	0.0147	0.02	0.0106	0.0121	0.0267	0.0121	0.0116	0.0015	0.0129	0.0015	0.012
chr2L	4125331	4125482	chr2L:4125332-4125482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0097	0.0136	0.0355	0.0021	0.0136	0.0117	0.014	0.0021	0.0048	0.0122	0.0048	0.0085	0.0054	0.0058	0.0054	0.0109
chr2L	4125600	4125751	chr2L:4125601-4125751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0126	0.023	0.026	0.0011	0.015	0.0186	0.0147	0.0011	0.0121	0.019	0.0121	0.017	0.0038	0.0077	0.0038	0.012
chr2L	4125882	4126033	chr2L:4125883-4126033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0162	0.0175	0.0174	0.0095	0.0155	0.0242	0.0167	0.0095	0.0079	0.0141	0.0079	0.0132	0.0031	0.0077	0.0031	0.0083
chr2L	4128696	4128860	chr2L:4128697-4128860	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0113	0.0209	0.0354	0.0042	0.0121	0.0186	0.012	0.0042	0.0072	0.0129	0.0072	0.0054	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr2L	4129313	4129464	chr2L:4129314-4129464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0087	0.0123	0.0245	0.0042	0.0092	0.0104	0.014	0.0042	0.0085	0.0122	0.0085	0.0085	0.0046	0.0032	0.0046	0.0057
chr2L	4132332	4132483	chr2L:4132333-4132483	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0192	0.0199	0.016	0.022	0.0042	0.0393	0.0182	0.0193	0.0042	0.0115	0.0148	0.0115	0.0085	0.0092	0.0064	0.0092	0.0057
chr2L	4132495	4132649	chr2L:4132496-4132649	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.022	0.0242	0.0165	0.0258	0.0095	0.0476	0.0208	0.0207	0.0095	0.0103	0.017	0.0103	0.0085	0.0107	0.0039	0.0107	0.0078
chr2L	4132994	4133164	chr2L:4132995-4133164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.013	0.018	0.0297	0.0053	0.0107	0.0199	0.0173	0.0053	0.0151	0.0116	0.0151	0.0101	0.0077	0.009	0.0077	0.0146
chr2L	4133648	4133853	chr2L:4133649-4133853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0093	0.0104	0.0164	0.0021	0.0112	0.0147	0.0093	0.0021	0.0097	0.009	0.0097	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0089
chr2L	4134237	4134388	chr2L:4134238-4134388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0117	0.0155	0.0132	0.0064	0.0131	0.0169	0.0107	0.0064	0.0085	0.0174	0.0085	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0068
chr2L	4142473	4142624	chr2L:4142474-4142624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0089	0.0093	0.0062	0.0114	0.0053	0.0053	0.0186	0.0073	0.0053	0.0091	0.0058	0.0091	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0021
chr2L	4153324	4153475	chr2L:4153325-4153475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0072	0.0102	0.0141	0.0021	0.0053	0.0147	0.0073	0.0021	0.0054	0.0129	0.0054	0.007	0.0038	0.0071	0.0038	0.0057
chr2L	4185957	4186108	chr2L:4185958-4186108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0239	0.0294	0.0225	0.0192	0.0159	0.0233	0.0515	0.03	0.0159	0.0157	0.0296	0.0157	0.024	0.023	0.0206	0.023	0.025
chr2L	4187470	4187640	chr2L:4187471-4187640	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0406	0.0509	0.0434	0.0286	0.0442	0.0523	0.0493	0.0286	0.0507	0.0675	0.0507	0.0503	0.0406	0.0426	0.0406	0.0542
chr2L	4187716	4187886	chr2L:4187717-4187886	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0754	0.1009	0.0769	0.0509	0.0961	0.0839	0.0986	0.0509	0.1081	0.1183	0.1081	0.1146	0.0896	0.0864	0.0896	0.0907
chr2L	4187977	4188184	chr2L:4187978-4188184	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0409	0.0494	0.034	0.0212	0.049	0.0519	0.054	0.0212	0.0628	0.0576	0.0628	0.0488	0.0436	0.0348	0.0436	0.0427
chr2L	4188232	4188383	chr2L:4188233-4188383	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0244	0.0229	0.0293	0.0207	0.0117	0.0252	0.0311	0.0286	0.0117	0.038	0.0328	0.038	0.0294	0.0368	0.0155	0.0368	0.0266
chr2L	4194898	4195049	chr2L:4194899-4195049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.0206	0.0234	0.015	0.0064	0.0238	0.0324	0.0193	0.0064	0.0169	0.0257	0.0169	0.0534	0.0161	0.0219	0.0161	0.0182
chr2L	4197334	4197523	chr2L:4197335-4197523	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0606	0.0305	0.0685	0.0854	0.0127	0.0447	0.0268	0.0466	0.0127	0.0332	0.1006	0.0332	0.1038	0.0789	0.127	0.0789	0.1032
chr2L	4197566	4197825	chr2L:4197567-4197825	FBgn0031589	CG3714	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0694	0.0302	0.073	0.1093	0.0042	0.0447	0.0294	0.044	0.0042	0.0435	0.0952	0.0435	0.1139	0.0965	0.1386	0.0965	0.147
chr2L	4197990	4198155	chr2L:4197991-4198155	FBgn0031589	CG3714	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0683	0.0239	0.0671	0.1192	0.0095	0.0354	0.0268	0.0293	0.0095	0.0453	0.073	0.0453	0.127	0.1172	0.1244	0.1172	0.1725
chr2L	4198210	4198387	chr2L:4198211-4198387	FBgn0031589	CG3714	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0508	0.0258	0.0504	0.0791	0.0127	0.032	0.0307	0.0333	0.0127	0.0302	0.0614	0.0302	0.0906	0.0781	0.0928	0.0781	0.1115
chr2L	4198467	4198643	chr2L:4198468-4198643	FBgn0031589	CG3714	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0331	0.0227	0.0381	0.0393	0.0064	0.0243	0.0303	0.0306	0.0064	0.0211	0.0514	0.0211	0.0581	0.026	0.0709	0.026	0.0479
chr2L	4199066	4199217	chr2L:4199067-4199217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0207	0.0169	0.0275	0.0173	0.0053	0.0131	0.0212	0.0326	0.0053	0.0103	0.0489	0.0103	0.0225	0.013	0.0342	0.013	0.0125
chr2L	4208784	4208935	chr2L:4208785-4208935	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.023	0.0356	0.0246	0.0072	0.0074	0.0272	0.0333	0.0839	0.0074	0.0175	0.0408	0.0175	0.0124	0.0069	0.0161	0.0069	0.0042
chr2L	4218739	4218890	chr2L:4218740-4218890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0295	0.0221	0.0386	0.0279	0.0074	0.0194	0.0242	0.0433	0.0074	0.0133	0.0781	0.0133	0.0163	0.0046	0.107	0.0046	0.0073
chr2L	4219171	4219322	chr2L:4219172-4219322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0274	0.0543	0.0285	0.017	0.0267	0.0311	0.0406	0.017	0.0127	0.1196	0.0127	0.0124	0.0077	0.1096	0.0077	0.0078
chr2L	4220399	4220550	chr2L:4220400-4220550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0303	0.0523	0.0301	0.0106	0.0417	0.0264	0.0526	0.0106	0.029	0.1042	0.029	0.0132	0.0084	0.1064	0.0084	0.0068
chr2L	4220573	4220724	chr2L:4220574-4220724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0354	0.0278	0.0525	0.0252	0.0106	0.035	0.0281	0.0466	0.0106	0.0236	0.1058	0.0236	0.0186	0.0061	0.0864	0.0061	0.0073
chr2L	4221241	4221446	chr2L:4221242-4221446	FBgn0001075	ft	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1086	0.1336	0.1379	0.0485	0.0636	0.1718	0.1163	0.2258	0.0636	0.1057	0.2203	0.1057	0.0999	0.0153	0.1586	0.0153	0.0219
chr2L	4221542	4221693	chr2L:4221543-4221693	FBgn0001075	ft	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0791	0.088	0.1038	0.0419	0.0594	0.1034	0.0843	0.1439	0.0594	0.0616	0.1791	0.0616	0.0736	0.01	0.1425	0.01	0.0193
chr2L	4221705	4221936	chr2L:4221706-4221936	FBgn0001075	ft	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1509	0.1641	0.2095	0.0717	0.1209	0.1748	0.1298	0.3291	0.1209	0.096	0.3698	0.096	0.1534	0.0123	0.256	0.0123	0.0255
chr2L	4222410	4222680	chr2L:4222411-4222680	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1321	0.1079	0.2136	0.0698	0.0255	0.133	0.0722	0.2385	0.0255	0.154	0.3666	0.154	0.1402	0.026	0.2224	0.026	0.037
chr2L	4222758	4223000	chr2L:4222759-4223000	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1006	0.0773	0.1694	0.0512	0.0201	0.0961	0.051	0.1706	0.0201	0.125	0.3003	0.125	0.0906	0.013	0.1818	0.013	0.0193
chr2L	4223208	4223359	chr2L:4223209-4223359	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.06	0.036	0.1119	0.0298	0.0064	0.0461	0.0242	0.0779	0.0064	0.0688	0.2177	0.0688	0.038	0.01	0.0967	0.01	0.0162
chr2L	4223920	4224071	chr2L:4223921-4224071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0575	0.0431	0.0872	0.0411	0.018	0.0505	0.0458	0.07	0.018	0.0839	0.1305	0.0839	0.0713	0.023	0.0696	0.023	0.05
chr2L	4224209	4224379	chr2L:4224210-4224379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1109	0.0958	0.1466	0.0887	0.0551	0.1209	0.0965	0.1426	0.0551	0.1697	0.1814	0.1697	0.1479	0.0789	0.109	0.0789	0.1162
chr2L	4224510	4224718	chr2L:4224511-4224718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0815	0.0666	0.1088	0.0684	0.035	0.0772	0.0774	0.0959	0.035	0.1051	0.1212	0.1051	0.1696	0.0521	0.0677	0.0521	0.1261
chr2L	4224995	4225146	chr2L:4224996-4225146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0318	0.0274	0.042	0.0256	0.0095	0.033	0.0346	0.0366	0.0095	0.0417	0.0531	0.0417	0.0434	0.0237	0.0187	0.0237	0.0521
chr2L	4226874	4227086	chr2L:4226875-4227086	FBgn0031590	CG3702	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1429	0.1377	0.167	0.1223	0.105	0.1505	0.173	0.1606	0.105	0.1938	0.1887	0.1938	0.1479	0.1279	0.1302	0.1279	0.1417
chr2L	4227609	4227776	chr2L:4227610-4227776	FBgn0003941	RpL40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.136	0.1246	0.1596	0.1228	0.0721	0.135	0.1522	0.1772	0.0721	0.2023	0.1756	0.2023	0.1541	0.1378	0.1051	0.1378	0.1595
chr2L	4227853	4228217	chr2L:4227854-4228217	FBgn0003941	RpL40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1076	0.1003	0.1329	0.088	0.0551	0.1141	0.1289	0.1326	0.0551	0.1751	0.1466	0.1751	0.1301	0.1133	0.078	0.1133	0.1141
chr2L	4244560	4244711	chr2L:4244561-4244711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0108	0.0105	0.0117	0.0042	0.0073	0.0182	0.0167	0.0042	0.0109	0.0122	0.0109	0.007	0.0015	0.0039	0.0015	0.0078
chr2L	4252849	4253015	chr2L:4252850-4253015	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0153	0.0245	0.0224	0.0095	0.0146	0.0225	0.0207	0.0095	0.0157	0.0219	0.0157	0.0116	0.0031	0.0103	0.0031	0.0063
chr2L	4253208	4253423	chr2L:4253209-4253423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0198	0.0168	0.0187	0.0245	0.0064	0.0126	0.0368	0.01	0.0064	0.0175	0.0174	0.0175	0.0108	0.0054	0.0116	0.0054	0.012
chr2L	4256860	4257027	chr2L:4256861-4257027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0157	0.0242	0.0157	0.0061	0.0106	0.0311	0.0234	0.0386	0.0106	0.0145	0.0164	0.0145	0.0077	0.01	0.0019	0.01	0.0042
chr2L	4257077	4257236	chr2L:4257078-4257236	FBgn0031591	CG15425	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0165	0.0247	0.0166	0.0072	0.017	0.0291	0.0242	0.042	0.017	0.0139	0.0145	0.0139	0.0085	0.0084	0.0064	0.0084	0.0073
chr2L	4280591	4280742	chr2L:4280592-4280742	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.032	0.0647	0.018	0.0107	0.053	0.033	0.1302	0.0553	0.053	0.0097	0.0305	0.0097	0.007	0.0015	0.0064	0.0015	0.0042
chr2L	4281334	4281543	chr2L:4281335-4281543	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0685	0.1488	0.0319	0.0189	0.1463	0.0612	0.2686	0.1765	0.1463	0.0175	0.0508	0.0175	0.0232	0.01	0.0213	0.01	0.0115
chr2L	4281772	4281923	chr2L:4281773-4281923	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0517	0.1001	0.0232	0.029	0.0944	0.0432	0.1899	0.1039	0.0944	0.0133	0.0296	0.0133	0.0077	0.0061	0.0148	0.0061	0.0094
chr2L	4281925	4282287	chr2L:4281926-4282287	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1083	0.1925	0.0628	0.0641	0.2057	0.0883	0.3607	0.1779	0.2057	0.0211	0.099	0.0211	0.0263	0.0123	0.069	0.0123	0.0146
chr2L	4282502	4282768	chr2L:4282503-4282768	FBgn0010473	tutl	stage11	none	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0969	0.1062	0.1117	0.0702	0.0721	0.0767	0.1734	0.1206	0.0721	0.0284	0.2277	0.0284	0.038	0.0168	0.2044	0.0168	0.0276
chr2L	4282914	4283261	chr2L:4282915-4283261	FBgn0010473	tutl	stage11,stage14,stage5	none	VT2208.1,VT2209.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2818	0.3224	0.2869	0.2307	0.3107	0.2893	0.4187	0.4037	0.3107	0.2283	0.4206	0.2283	0.1487	0.1922	0.3378	0.1922	0.1261
chr2L	4283373	4283608	chr2L:4283374-4283608	FBgn0010473	tutl	stage11,stage14,stage5	none	VT2209.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1062	0.1051	0.1043	0.1095	0.087	0.0883	0.1535	0.1286	0.087	0.0658	0.1386	0.0658	0.0465	0.0482	0.1051	0.0482	0.0521
chr2L	4284116	4284267	chr2L:4284117-4284267	distal	distal	none	none	VT2209.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0438	0.0572	0.0388	0.0344	0.0403	0.0413	0.0839	0.0866	0.0403	0.0139	0.0727	0.0139	0.0093	0.0115	0.058	0.0115	0.0068
chr2L	4286056	4286207	chr2L:4286057-4286207	distal	distal	none	none	VT2210.1	VT2210.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0355	0.0386	0.0352	0.0324	0.0191	0.0267	0.0657	0.048	0.0191	0.0157	0.064	0.0157	0.0248	0.0123	0.087	0.0123	0.0234
chr2L	4286755	4286925	chr2L:4286756-4286925	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2210.1	VT2210.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0508	0.0389	0.0623	0.0514	0.0286	0.0262	0.0558	0.0586	0.0286	0.0199	0.126	0.0199	0.0294	0.0084	0.1683	0.0084	0.0276
chr2L	4286972	4287241	chr2L:4286973-4287241	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0842	0.1147	0.0871	0.0469	0.1145	0.0709	0.1293	0.2159	0.1145	0.0242	0.183	0.0242	0.0287	0.0153	0.1476	0.0153	0.0229
chr2L	4287329	4287561	chr2L:4287330-4287561	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.065	0.1115	0.0528	0.0263	0.1124	0.0583	0.1246	0.2312	0.1124	0.0175	0.1039	0.0175	0.0209	0.0107	0.0825	0.0107	0.0073
chr2L	4289501	4289652	chr2L:4289502-4289652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0152	0.0071	0.0095	0.0106	0.0044	0.035	0.0127	0.0106	0.0048	0.0113	0.0048	0.0039	0.0046	0.0077	0.0046	0.0036
chr2L	4289718	4289869	chr2L:4289719-4289869	distal	distal	none	none	VT2213.1	VT2213.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0115	0.0141	0.0085	0.012	0.0064	0.0073	0.0272	0.0153	0.0064	0.0036	0.0138	0.0036	0.0023	0.0038	0.0103	0.0038	0.0031
chr2L	4292474	4292625	chr2L:4292475-4292625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.011	0.0132	0.0096	0.0102	0.0032	0.0087	0.0264	0.014	0.0032	0.0085	0.0141	0.0085	0.0023	0.0031	0.0116	0.0031	0.0042
chr2L	4292888	4293039	chr2L:4292889-4293039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0166	0.0211	0.0145	0.0141	0.0064	0.0092	0.042	0.026	0.0064	0.0054	0.0206	0.0054	0.0062	0.0038	0.0174	0.0038	0.0099
chr2L	4301526	4301677	chr2L:4301527-4301677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0201	0.038	0.0143	0.0064	0.0382	0.0194	0.0627	0.0466	0.0382	0.0097	0.0228	0.0097	0.0062	0.0046	0.0084	0.0046	0.0031
chr2L	4302546	4302697	chr2L:4302547-4302697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0097	0.0122	0.0086	0.0081	0.0074	0.0083	0.0229	0.0107	0.0074	0.0018	0.0132	0.0018	0.0039	0.0046	0.0032	0.0046	0.0016
chr2L	4305942	4306093	chr2L:4305943-4306093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.019	0.0292	0.0162	0.0106	0.0212	0.015	0.0549	0.032	0.0212	0.0097	0.0228	0.0097	0.0147	0.0054	0.0155	0.0054	0.0099
chr2L	4310376	4310527	chr2L:4310377-4310527	distal	distal	stage14	stage14	VT2223.1	VT2223.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0156	0.0192	0.014	0.0135	0.0106	0.0112	0.0407	0.0127	0.0106	0.0085	0.0196	0.0085	0.007	0.0054	0.0129	0.0054	0.0047
chr2L	4310581	4310732	chr2L:4310582-4310732	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0159	0.0206	0.0129	0.0141	0.0106	0.0136	0.0415	0.016	0.0106	0.0066	0.0154	0.0066	0.0093	0.0046	0.0103	0.0046	0.0052
chr2L	4312366	4312591	chr2L:4312367-4312591	distal	distal	none	none	VT2225.1,VT2226.1	VT2225.1,VT2226.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0292	0.0369	0.0317	0.018	0.0329	0.0155	0.0662	0.0453	0.0329	0.0163	0.0505	0.0163	0.0132	0.0077	0.0155	0.0077	0.0135
chr2L	4314748	4314899	chr2L:4314749-4314899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.014	0.0257	0.0093	0.0061	0.0233	0.0112	0.0506	0.0233	0.0233	0.0036	0.0154	0.0036	0.007	0.0031	0.009	0.0031	0.0031
chr2L	4314958	4315109	chr2L:4314959-4315109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0122	0.0231	0.0074	0.0054	0.0201	0.0078	0.0502	0.0187	0.0201	0.006	0.0103	0.006	0.0062	0.0031	0.009	0.0031	0.0031
chr2L	4322232	4322492	chr2L:4322233-4322492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.04	0.027	0.021	0.0456	0.0165	0.0709	0.0433	0.0456	0.0175	0.0399	0.0175	0.0201	0.0123	0.0342	0.0123	0.0234
chr2L	4322791	4322942	chr2L:4322792-4322942	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.022	0.0323	0.0181	0.0149	0.0286	0.0194	0.058	0.0326	0.0286	0.0127	0.0277	0.0127	0.0108	0.0115	0.0181	0.0115	0.0156
chr2L	4324379	4324657	chr2L:4324380-4324657	FBgn0028482	CG16857	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0237	0.0187	0.0226	0.0306	0.0032	0.0131	0.0376	0.0187	0.0032	0.0187	0.0312	0.0187	0.017	0.0222	0.0406	0.0222	0.0433
chr2L	4331909	4332060	chr2L:4331910-4332060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0107	0.0207	0.0688	0.0021	0.0073	0.0186	0.0133	0.0021	0.0127	0.0235	0.0127	0.0333	0.0444	0.0767	0.0444	0.1178
chr2L	4332586	4332737	chr2L:4332587-4332737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0141	0.0242	0.0368	0.0064	0.0131	0.0212	0.016	0.0064	0.0181	0.0193	0.0181	0.0565	0.0245	0.0245	0.0245	0.086
chr2L	4332764	4332948	chr2L:4332765-4332948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0151	0.0303	0.0458	0.0032	0.0209	0.0177	0.018	0.0032	0.0205	0.0283	0.0205	0.072	0.036	0.0361	0.036	0.1011
chr2L	4333278	4333546	chr2L:4333279-4333546	FBgn0020762	Atet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.187	0.0943	0.2221	0.2519	0.0382	0.1471	0.0835	0.1213	0.0382	0.2198	0.2807	0.2198	0.2378	0.3055	0.2798	0.3055	0.3022
chr2L	4333719	4333943	chr2L:4333720-4333943	FBgn0020762	Atet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1838	0.1191	0.1916	0.2475	0.0764	0.1568	0.1224	0.1539	0.0764	0.1238	0.2614	0.1238	0.2177	0.2933	0.2643	0.2933	0.2949
chr2L	4334128	4334367	chr2L:4334129-4334367	FBgn0020762	Atet	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0847	0.054	0.0937	0.1092	0.0318	0.0816	0.0567	0.0573	0.0318	0.0797	0.117	0.0797	0.103	0.1263	0.1425	0.1263	0.1089
chr2L	4334520	4334682	chr2L:4334521-4334682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0449	0.027	0.0425	0.0675	0.017	0.0267	0.0433	0.0253	0.017	0.0254	0.0363	0.0254	0.0395	0.0452	0.0419	0.0452	0.0401
chr2L	4334797	4335015	chr2L:4334798-4335015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0487	0.0375	0.0444	0.066	0.0276	0.0316	0.0688	0.0286	0.0276	0.0272	0.0434	0.0272	0.0364	0.0383	0.0516	0.0383	0.062
chr2L	4335040	4335191	chr2L:4335041-4335191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0314	0.0317	0.0282	0.0348	0.0244	0.0277	0.0554	0.0253	0.0244	0.0169	0.0244	0.0169	0.0356	0.023	0.0309	0.023	0.0443
chr2L	4335871	4336225	chr2L:4335872-4336225	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0888	0.0946	0.0964	0.0741	0.0562	0.1063	0.0852	0.1679	0.0562	0.0864	0.1331	0.0864	0.0852	0.0574	0.0974	0.0574	0.1282
chr2L	4339812	4339963	chr2L:4339813-4339963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0169	0.023	0.0228	0.0064	0.0189	0.0285	0.0153	0.0064	0.0127	0.0296	0.0127	0.0294	0.0168	0.0135	0.0168	0.0469
chr2L	4340095	4340652	chr2L:4340096-4340652	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0757	0.0718	0.0603	0.0969	0.0488	0.0699	0.0952	0.0939	0.0488	0.0477	0.0624	0.0477	0.0782	0.0804	0.0316	0.0804	0.124
chr2L	4344635	4344901	chr2L:4344636-4344901	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.052	0.0424	0.0525	0.0622	0.0244	0.051	0.0584	0.042	0.0244	0.0876	0.0511	0.0876	0.0411	0.1845	0.0471	0.1845	0.0401
chr2L	4344922	4345198	chr2L:4344923-4345198	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0502	0.0609	0.047	0.0416	0.053	0.0607	0.0874	0.0606	0.053	0.0779	0.0489	0.0779	0.031	0.1049	0.0303	0.1049	0.0354
chr2L	4345348	4345499	chr2L:4345349-4345499	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0444	0.047	0.0462	0.0397	0.0265	0.0505	0.061	0.0613	0.0265	0.0658	0.0469	0.0658	0.0364	0.0766	0.0413	0.0766	0.0328
chr2L	4345579	4345735	chr2L:4345580-4345735	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0713	0.0673	0.082	0.0639	0.0392	0.0791	0.0804	0.0873	0.0392	0.09	0.0945	0.09	0.0697	0.085	0.0664	0.085	0.0662
chr2L	4345804	4346033	chr2L:4345805-4346033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1776	0.1543	0.2074	0.1711	0.0901	0.1976	0.1657	0.2052	0.0901	0.2494	0.2177	0.2494	0.2014	0.206	0.1689	0.206	0.174
chr2L	4346725	4347054	chr2L:4346726-4347054	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1592	0.1037	0.2046	0.1714	0.0424	0.1626	0.0917	0.1452	0.0424	0.2633	0.1859	0.2633	0.1061	0.2243	0.1006	0.2243	0.0834
chr2L	4349734	4349887	chr2L:4349735-4349887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0445	0.0406	0.0709	0.0198	0.0159	0.0578	0.035	0.068	0.0159	0.058	0.0836	0.058	0.0132	0.0153	0.0187	0.0153	0.0135
chr2L	4349893	4350070	chr2L:4349894-4350070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0525	0.0501	0.0832	0.0214	0.0223	0.0641	0.0463	0.0819	0.0223	0.0791	0.1026	0.0791	0.017	0.0191	0.0213	0.0191	0.0141
chr2L	4350650	4350816	chr2L:4350651-4350816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0456	0.0275	0.0892	0.018	0.0042	0.0466	0.0221	0.038	0.0042	0.1588	0.0887	0.1588	0.0124	0.0184	0.0174	0.0184	0.0182
chr2L	4350996	4351153	chr2L:4350997-4351153	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0715	0.0533	0.135	0.022	0.0064	0.1102	0.0264	0.0773	0.0064	0.2174	0.1325	0.2174	0.0209	0.0145	0.0181	0.0145	0.0141
chr2L	4351214	4351399	chr2L:4351215-4351399	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0611	0.0659	0.0964	0.017	0.017	0.133	0.0467	0.0733	0.017	0.157	0.0884	0.157	0.0186	0.0153	0.0116	0.0153	0.0083
chr2L	4351743	4351894	chr2L:4351744-4351894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0362	0.0432	0.0495	0.0138	0.0148	0.0714	0.0385	0.0526	0.0148	0.0676	0.0395	0.0676	0.0077	0.0145	0.0123	0.0145	0.0068
chr2L	4351992	4352215	chr2L:4351993-4352215	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0563	0.071	0.0708	0.024	0.0244	0.1005	0.0735	0.1006	0.0244	0.0864	0.0656	0.0864	0.0186	0.0184	0.0239	0.0184	0.0068
chr2L	4354851	4355098	chr2L:4354852-4355098	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0403	0.0651	0.0428	0.01	0.035	0.0398	0.109	0.0879	0.035	0.0332	0.0714	0.0332	0.0163	0.0084	0.0258	0.0084	0.0047
chr2L	4355146	4355357	chr2L:4355147-4355357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0385	0.0451	0.0139	0.0074	0.0306	0.0601	0.0553	0.0074	0.0284	0.0768	0.0284	0.0248	0.0061	0.0451	0.0061	0.0063
chr2L	4357796	4358283	chr2L:4357797-4358283	distal	distal	stage11	stage11	VT2248.1	VT2248.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0567	0.0637	0.0793	0.0241	0.035	0.0583	0.0934	0.0839	0.035	0.061	0.1109	0.061	0.0705	0.01	0.0542	0.01	0.0208
chr2L	4358346	4358497	chr2L:4358347-4358497	distal	distal	none	none	VT2248.1	VT2248.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0184	0.0272	0.0113	0.0085	0.0233	0.0264	0.0187	0.0085	0.0229	0.0421	0.0229	0.0186	0.0031	0.0264	0.0031	0.0109
chr2L	4358988	4359285	chr2L:4358989-4359285	distal	distal	none	none	VT2248.1	VT2248.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0262	0.0487	0.0319	0.0042	0.0282	0.0342	0.0386	0.0042	0.0634	0.0508	0.0634	0.0434	0.0406	0.0413	0.0406	0.0354
chr2L	4359399	4359607	chr2L:4359400-4359607	distal	distal	none	none	Unspecified_BN35	Unspecified_BN35	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0313	0.0254	0.0438	0.0241	0.0106	0.0301	0.0311	0.0346	0.0106	0.0731	0.0453	0.0731	0.0318	0.0375	0.0245	0.0375	0.0323
chr2L	4362627	4362858	chr2L:4362628-4362858	FBgn0026319	Traf4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0454	0.0477	0.0596	0.027	0.0117	0.0573	0.0597	0.0626	0.0117	0.1039	0.0662	0.1039	0.0341	0.036	0.0445	0.036	0.0255
chr2L	4363152	4363303	chr2L:4363153-4363303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0356	0.0449	0.047	0.0128	0.0212	0.049	0.058	0.0593	0.0212	0.0574	0.0675	0.0574	0.0209	0.0199	0.02	0.0199	0.0094
chr2L	4363659	4364042	chr2L:4363660-4364042	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1567	0.2621	0.1759	0.018	0.1866	0.2898	0.3032	0.3544	0.1866	0.3992	0.1839	0.3992	0.0333	0.0207	0.0251	0.0207	0.0151
chr2L	4364150	4364301	chr2L:4364151-4364301	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0652	0.1036	0.0777	0.0086	0.0604	0.1112	0.1207	0.1506	0.0604	0.1479	0.0894	0.1479	0.0209	0.0054	0.0103	0.0054	0.0099
chr2L	4364536	4364687	chr2L:4364537-4364687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0428	0.0556	0.053	0.0173	0.0382	0.0631	0.0727	0.0613	0.0382	0.0924	0.0537	0.0924	0.0457	0.0191	0.0193	0.0191	0.0276
chr2L	4364815	4365270	chr2L:4364816-4365270	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0891	0.0694	0.1316	0.0646	0.0308	0.0942	0.0882	0.0646	0.0308	0.1963	0.1096	0.1963	0.2262	0.0536	0.0535	0.0536	0.1376
chr2L	4365664	4365826	chr2L:4365665-4365826	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0269	0.0552	0.0311	0.0095	0.0374	0.0372	0.0253	0.0095	0.0465	0.0598	0.0465	0.1077	0.0291	0.0393	0.0291	0.0552
chr2L	4365830	4365981	chr2L:4365831-4365981	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.034	0.0221	0.0506	0.0292	0.0095	0.0257	0.0316	0.024	0.0095	0.0495	0.0527	0.0495	0.0906	0.0268	0.0426	0.0268	0.0479
chr2L	4366023	4366174	chr2L:4366024-4366174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0327	0.0244	0.0463	0.0272	0.0085	0.0301	0.0333	0.0286	0.0085	0.0501	0.0553	0.0501	0.0612	0.0199	0.0529	0.0199	0.0344
chr2L	4366712	4366879	chr2L:4366713-4366879	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0512	0.1109	0.0288	0.0091	0.0795	0.0913	0.144	0.1699	0.0795	0.0272	0.0421	0.0272	0.0178	0.0023	0.0206	0.0023	0.0089
chr2L	4368518	4368669	chr2L:4368519-4368669	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.074	0.1463	0.0546	0.0145	0.1495	0.1199	0.1817	0.2112	0.1495	0.0622	0.0659	0.0622	0.0387	0.0084	0.0193	0.0084	0.0255
chr2L	4368770	4369038	chr2L:4368771-4369038	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1302	0.2213	0.1152	0.0448	0.2365	0.2073	0.2478	0.3165	0.2365	0.1262	0.1511	0.1262	0.0953	0.0314	0.0651	0.0314	0.0766
chr2L	4369184	4369413	chr2L:4369185-4369413	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0652	0.0692	0.0811	0.0432	0.035	0.0888	0.0627	0.1113	0.035	0.0628	0.0965	0.0628	0.1317	0.0145	0.0606	0.0145	0.0907
chr2L	4370092	4370302	chr2L:4370093-4370302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0673	0.1246	0.0589	0.0124	0.0668	0.1553	0.1207	0.1979	0.0668	0.0495	0.0688	0.0495	0.0256	0.0115	0.0168	0.0115	0.0115
chr2L	4370666	4370914	chr2L:4370667-4370914	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0808	0.1097	0.0896	0.039	0.0636	0.1369	0.1047	0.1739	0.0636	0.0574	0.1344	0.0574	0.0503	0.0168	0.1161	0.0168	0.0182
chr2L	4371411	4371617	chr2L:4371412-4371617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.125	0.1619	0.076	0.071	0.165	0.1151	0.1885	0.071	0.1969	0.1682	0.1969	0.1084	0.0513	0.0709	0.0513	0.0985
chr2L	4371811	4372033	chr2L:4371812-4372033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3014	0.2917	0.3676	0.2394	0.2428	0.3592	0.2855	0.3964	0.2428	0.4789	0.3759	0.4789	0.3253	0.2741	0.2708	0.2741	0.3048
chr2L	4372300	4372451	chr2L:4372301-4372451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0683	0.084	0.0464	0.0435	0.0947	0.0619	0.0986	0.0435	0.1262	0.0781	0.1262	0.0759	0.0735	0.0374	0.0735	0.0646
chr2L	4372908	4373070	chr2L:4372909-4373070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0562	0.0517	0.066	0.0504	0.018	0.0864	0.0467	0.0606	0.018	0.0815	0.0531	0.0815	0.1193	0.059	0.0335	0.059	0.1016
chr2L	4373294	4373445	chr2L:4373295-4373445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0522	0.0663	0.0648	0.0227	0.0191	0.1165	0.061	0.0753	0.0191	0.1274	0.0527	0.1274	0.0449	0.0406	0.0135	0.0406	0.0328
chr2L	4375192	4375380	chr2L:4375193-4375380	distal	distal	none	none	Traf1_PE,Traf4_1.7kb_CRM	Traf1_PE,Traf4_1.7kb_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0989	0.1152	0.1266	0.0504	0.0636	0.1403	0.0982	0.2045	0.0636	0.0882	0.2116	0.0882	0.0511	0.0544	0.1193	0.0544	0.0323
chr2L	4375807	4375958	chr2L:4375808-4375958	distal	distal	stage14	stage14	Traf4_1.7kb_CRM	Traf4_1.7kb_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0499	0.0461	0.0528	0.0508	0.0244	0.0757	0.0389	0.0573	0.0244	0.058	0.0653	0.058	0.0534	0.1516	0.0471	0.1516	0.0297
chr2L	4376439	4376590	chr2L:4376440-4376590	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0482	0.0414	0.0476	0.0564	0.0212	0.0733	0.0363	0.0426	0.0212	0.0809	0.0453	0.0809	0.0395	0.1761	0.0484	0.1761	0.0344
chr2L	4376641	4376836	chr2L:4376642-4376836	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0648	0.0508	0.0751	0.0692	0.0191	0.0917	0.0433	0.0553	0.0191	0.1377	0.073	0.1377	0.0565	0.206	0.0658	0.206	0.0438
chr2L	4377808	4378077	chr2L:4377809-4378077	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0797	0.0722	0.0966	0.0695	0.0318	0.115	0.0727	0.0779	0.0318	0.1159	0.1183	0.1159	0.1015	0.0827	0.0793	0.0827	0.1157
chr2L	4378329	4378653	chr2L:4378330-4378653	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1276	0.1935	0.1303	0.0508	0.1198	0.216	0.2163	0.2845	0.1198	0.1208	0.1637	0.1208	0.1681	0.0804	0.0554	0.0804	0.0646
chr2L	4379227	4379406	chr2L:4379228-4379406	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0428	0.0633	0.0407	0.022	0.0201	0.1053	0.0398	0.0979	0.0201	0.0556	0.0428	0.0556	0.0349	0.0536	0.0142	0.0536	0.0219
chr2L	4382341	4382613	chr2L:4382342-4382613	FBgn0031597	CG17612	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0938	0.0876	0.1193	0.0728	0.0583	0.1097	0.0973	0.1113	0.0583	0.1528	0.1325	0.1528	0.1061	0.0988	0.069	0.0988	0.0891
chr2L	4382673	4382842	chr2L:4382674-4382842	FBgn0031597	CG17612	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.1102	0.1357	0.0982	0.0764	0.1296	0.1272	0.1446	0.0764	0.1649	0.1511	0.1649	0.1317	0.1348	0.0922	0.1348	0.1251
chr2L	4385908	4386162	chr2L:4385909-4386162	FBgn0031598	CG3338	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1243	0.1145	0.1533	0.1033	0.0742	0.1267	0.1419	0.1479	0.0742	0.1926	0.1756	0.1926	0.1487	0.1126	0.109	0.1126	0.1334
chr2L	4386262	4386730	chr2L:4386263-4386730	FBgn0031598	CG3338	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1085	0.1054	0.1291	0.0894	0.0573	0.1199	0.1315	0.1379	0.0573	0.1564	0.1502	0.1564	0.1278	0.1087	0.1038	0.1087	0.1172
chr2L	4386742	4386893	chr2L:4386743-4386893	FBgn0261976	Psf2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0503	0.066	0.0348	0.0276	0.0573	0.0649	0.062	0.0276	0.0694	0.0823	0.0694	0.0713	0.0429	0.0426	0.0429	0.0547
chr2L	4387002	4387167	chr2L:4387003-4387167	FBgn0261976	Psf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1151	0.1193	0.1412	0.0819	0.0901	0.1447	0.1362	0.1452	0.0901	0.1963	0.1582	0.1963	0.134	0.1011	0.1012	0.1011	0.1324
chr2L	4387272	4387447	chr2L:4387273-4387447	FBgn0261976	Psf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0459	0.0515	0.0544	0.0304	0.0265	0.065	0.0649	0.0593	0.0265	0.07	0.0595	0.07	0.0565	0.0329	0.0309	0.0329	0.0537
chr2L	4393402	4393553	chr2L:4393403-4393553	FBgn0031600	CG3652	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0358	0.0442	0.0252	0.0212	0.0306	0.0467	0.0533	0.0212	0.0465	0.0556	0.0465	0.048	0.0237	0.0251	0.0237	0.0287
chr2L	4393783	4393962	chr2L:4393784-4393962	FBgn0022153,FBgn0031600	CG3652,l(2)k05819	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1403	0.1152	0.1763	0.129	0.0785	0.1461	0.1272	0.1392	0.0785	0.1963	0.21	0.1963	0.1782	0.1371	0.1425	0.1371	0.161
chr2L	4394105	4394284	chr2L:4394106-4394284	FBgn0022153,FBgn0031600	CG3652,l(2)k05819	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1448	0.1203	0.1773	0.1365	0.0817	0.1519	0.1345	0.1466	0.0817	0.1981	0.2167	0.1981	0.1704	0.1394	0.1528	0.1394	0.1798
chr2L	4394424	4394580	chr2L:4394425-4394580	FBgn0022153	l(2)k05819	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0387	0.032	0.0472	0.0368	0.0085	0.0388	0.0385	0.044	0.0085	0.0586	0.0527	0.0586	0.0496	0.0352	0.0393	0.0352	0.0573
chr2L	4396618	4396769	chr2L:4396619-4396769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.011	0.0154	0.0163	0.0042	0.0121	0.0156	0.0147	0.0042	0.0157	0.0206	0.0157	0.0163	0.0498	0.009	0.0498	0.012
chr2L	4403138	4403318	chr2L:4403139-4403318	FBgn0031601	Dim1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0653	0.0879	0.0597	0.0435	0.0733	0.0766	0.0906	0.0435	0.1141	0.0974	0.1141	0.0914	0.062	0.0677	0.062	0.0782
chr2L	4403403	4403669	chr2L:4403404-4403669	FBgn0031601	Dim1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0502	0.0577	0.0425	0.0318	0.051	0.0679	0.0646	0.0318	0.07	0.065	0.07	0.0658	0.0459	0.0496	0.0459	0.049
chr2L	4405314	4405465	chr2L:4405315-4405465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0237	0.0147	0.0077	0.0138	0.0189	0.0342	0.032	0.0138	0.0205	0.0164	0.0205	0.0108	0.0107	0.009	0.0107	0.0073
chr2L	4418183	4418343	chr2L:4418184-4418343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0229	0.0155	0.0256	0.0283	0.0053	0.0189	0.0212	0.0187	0.0053	0.0417	0.0199	0.0417	0.0341	0.0559	0.0155	0.0559	0.0334
chr2L	4418969	4419169	chr2L:4418970-4419169	FBgn0051963	tRNA:CR31963	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0421	0.0263	0.05	0.018	0.05	0.0532	0.0526	0.018	0.0489	0.0148	0.0489	0.0496	0.0881	0.0193	0.0881	0.0948
chr2L	4440729	4440880	chr2L:4440730-4440880	FBgn0031602	CG15431	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0095	0.0095	0.0265	0.0011	0.0078	0.016	0.012	0.0011	0.0066	0.0087	0.0066	0.0062	0.0084	0.0071	0.0084	0.0115
chr2L	4441171	4441372	chr2L:4441172-4441372	FBgn0031602	CG15431	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0258	0.0117	0.0171	0.051	0.0032	0.0136	0.0169	0.0113	0.0032	0.0115	0.0174	0.0115	0.0256	0.0436	0.038	0.0436	0.0438
chr2L	4442027	4442225	chr2L:4442028-4442225	FBgn0031603,FBgn0259958	CG15432,Sfp24F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0397	0.0394	0.0451	0.0341	0.0191	0.051	0.0458	0.05	0.0191	0.0543	0.0495	0.0543	0.0534	0.0322	0.0316	0.0322	0.0464
chr2L	4442300	4442503	chr2L:4442301-4442503	FBgn0031603,FBgn0259958	CG15432,Sfp24F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0789	0.1013	0.077	0.052	0.0888	0.0904	0.1093	0.052	0.1063	0.1238	0.1063	0.1146	0.0865	0.078	0.0865	0.0959
chr2L	4442665	4442837	chr2L:4442666-4442837	FBgn0031603	CG15432	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0394	0.0551	0.0345	0.0212	0.0451	0.0484	0.05	0.0212	0.0495	0.0698	0.0495	0.0666	0.0352	0.0368	0.0352	0.0448
chr2L	4444381	4444532	chr2L:4444382-4444532	FBgn0027609,FBgn0031604	Elp3,morgue	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0638	0.0641	0.0764	0.0496	0.0498	0.0675	0.0843	0.0746	0.0498	0.1014	0.0862	0.1014	0.079	0.0559	0.0554	0.0559	0.0578
chr2L	4444619	4444834	chr2L:4444620-4444834	FBgn0027609,FBgn0031604	Elp3,morgue	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1459	0.1375	0.177	0.1212	0.1018	0.1641	0.1566	0.1759	0.1018	0.2415	0.2006	0.2415	0.1735	0.1363	0.1244	0.1363	0.1569
chr2L	4448255	4448406	chr2L:4448256-4448406	FBgn0025684	MFS18	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.037	0.067	0.0395	0.0159	0.0447	0.0441	0.052	0.0159	0.0906	0.072	0.0906	0.0666	0.0436	0.0406	0.0436	0.0505
chr2L	4448498	4448717	chr2L:4448499-4448717	FBgn0025684	MFS18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0889	0.0705	0.11	0.0862	0.0498	0.0942	0.0792	0.0866	0.0498	0.1516	0.1228	0.1516	0.1092	0.0934	0.0948	0.0934	0.11
chr2L	4448816	4449006	chr2L:4448817-4449006	FBgn0025684	MFS18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1232	0.1149	0.1404	0.1136	0.0817	0.151	0.1189	0.1492	0.0817	0.1878	0.1572	0.1878	0.1294	0.1309	0.1064	0.1309	0.1428
chr2L	4452853	4453135	chr2L:4452854-4453135	FBgn0031606	CG15439	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1201	0.1307	0.1428	0.0834	0.1039	0.1461	0.151	0.1779	0.1039	0.1914	0.1518	0.1914	0.1479	0.1064	0.0806	0.1064	0.0834
chr2L	4453262	4453413	chr2L:4453263-4453413	FBgn0031606	CG15439	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0509	0.0612	0.0631	0.026	0.0403	0.0684	0.083	0.0733	0.0403	0.0827	0.0701	0.0827	0.0565	0.0222	0.0239	0.0222	0.0261
chr2L	4454164	4454326	chr2L:4454165-4454326	FBgn0031607,FBgn0040705	CG15434,CG15440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0728	0.0669	0.0901	0.0604	0.0339	0.0748	0.0913	0.0813	0.0339	0.1165	0.0981	0.1165	0.0837	0.0643	0.0619	0.0643	0.0651
chr2L	4454411	4454584	chr2L:4454412-4454584	FBgn0031607,FBgn0040705	CG15434,CG15440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1413	0.1622	0.1288	0.0933	0.1733	0.1652	0.1799	0.0933	0.2059	0.1768	0.2059	0.1603	0.1432	0.1328	0.1432	0.148
chr2L	4456775	4456926	chr2L:4456776-4456926	FBgn0019982	Gs1l	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0666	0.0557	0.069	0.076	0.0361	0.0621	0.0701	0.0693	0.0361	0.0767	0.073	0.0767	0.0976	0.0773	0.0574	0.0773	0.1313
chr2L	4458237	4458450	chr2L:4458238-4458450	FBgn0261606	RpL27A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2116	0.1924	0.25	0.1909	0.1463	0.2325	0.2089	0.2578	0.1463	0.3146	0.2656	0.3146	0.2595	0.2067	0.2005	0.2067	0.2288
chr2L	4458539	4458719	chr2L:4458540-4458719	FBgn0261606	RpL27A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.108	0.0906	0.1329	0.1001	0.0551	0.1131	0.1077	0.1113	0.0551	0.1649	0.1531	0.1649	0.1084	0.1087	0.1096	0.1087	0.1079
chr2L	4458794	4458958	chr2L:4458795-4458958	FBgn0261606	RpL27A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.188	0.1701	0.2236	0.1691	0.1156	0.2126	0.1938	0.2112	0.1156	0.2723	0.2447	0.2723	0.2223	0.1715	0.1799	0.1715	0.1944
chr2L	4459079	4459247	chr2L:4459080-4459247	FBgn0053002	mRpL27	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0934	0.0828	0.1207	0.0755	0.0414	0.1039	0.0973	0.1099	0.0414	0.1498	0.1341	0.1498	0.1154	0.0858	0.0787	0.0858	0.0917
chr2L	4459297	4459451	chr2L:4459298-4459451	FBgn0031608,FBgn0053002	CG15435,mRpL27	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0827	0.0678	0.1058	0.0739	0.0318	0.0985	0.0779	0.0819	0.0318	0.1407	0.118	0.1407	0.1046	0.0658	0.0825	0.0658	0.0875
chr2L	4459529	4459705	chr2L:4459530-4459705	FBgn0031608,FBgn0053002	CG15435,mRpL27	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.154	0.1264	0.1978	0.1367	0.0742	0.1675	0.141	0.1586	0.0742	0.2572	0.2228	0.2572	0.1797	0.1417	0.1534	0.1417	0.1621
chr2L	4459791	4459964	chr2L:4459792-4459964	FBgn0031608,FBgn0053002	CG15435,mRpL27	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1465	0.1295	0.1768	0.1323	0.1018	0.1568	0.1501	0.1606	0.1018	0.2295	0.1961	0.2295	0.1658	0.1493	0.1412	0.1493	0.1569
chr2L	4462956	4463107	chr2L:4462957-4463107	FBgn0031609	CG15443	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0835	0.0737	0.1133	0.0617	0.0382	0.0874	0.0874	0.1013	0.0382	0.1347	0.1322	0.1347	0.117	0.0651	0.0722	0.0651	0.061
chr2L	4463408	4463641	chr2L:4463409-4463641	FBgn0031609,FBgn0031610	CG15436,CG15443	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1603	0.1593	0.1854	0.1338	0.1198	0.1825	0.1721	0.2199	0.1198	0.2168	0.21	0.2168	0.1797	0.147	0.1489	0.147	0.1381
chr2L	4463963	4464114	chr2L:4463964-4464114	FBgn0031610	CG15436	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0456	0.0562	0.048	0.0318	0.0558	0.0528	0.0553	0.0318	0.064	0.0656	0.064	0.0658	0.0636	0.0542	0.0636	0.0542
chr2L	4464330	4464481	chr2L:4464331-4464481	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0466	0.0447	0.0522	0.0426	0.017	0.0592	0.0562	0.05	0.017	0.0761	0.0566	0.0761	0.0465	0.0421	0.0503	0.0421	0.0568
chr2L	4464576	4464978	chr2L:4464577-4464978	FBgn0031611	CG17840	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1017	0.0946	0.1109	0.0994	0.0498	0.1175	0.109	0.1259	0.0498	0.1401	0.1199	0.1401	0.1309	0.1133	0.1083	0.1133	0.1423
chr2L	4465063	4465227	chr2L:4465064-4465227	FBgn0031611	CG17840	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.07	0.0891	0.0815	0.035	0.0888	0.0748	0.1046	0.035	0.1045	0.1016	0.1045	0.1015	0.0926	0.0916	0.0926	0.1131
chr2L	4475643	4475878	chr2L:4475644-4475878	distal	distal	stage14	stage14	VT2311.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0121	0.0203	0.026	0.0042	0.0141	0.0195	0.0107	0.0042	0.0085	0.0293	0.0085	0.0325	0.0084	0.0406	0.0084	0.0521
chr2L	4477083	4477244	chr2L:4477084-4477244	FBgn0011603	ine	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0233	0.0186	0.0235	0.0285	0.0085	0.015	0.0316	0.0233	0.0085	0.0151	0.0341	0.0151	0.0279	0.0145	0.0458	0.0145	0.0521
chr2L	4531606	4531757	chr2L:4531607-4531757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0142	0.0204	0.0097	0.0085	0.0107	0.0234	0.0187	0.0085	0.0139	0.0331	0.0139	0.0147	0.0069	0.0219	0.0069	0.0063
chr2L	4532178	4532379	chr2L:4532179-4532379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0182	0.0201	0.0263	0.0071	0.0074	0.0121	0.0234	0.046	0.0074	0.0157	0.0476	0.0157	0.0116	0.0069	0.0135	0.0069	0.0042
chr2L	4533566	4533811	chr2L:4533567-4533811	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0374	0.0305	0.0127	0.0201	0.0252	0.0571	0.0586	0.0201	0.0163	0.0489	0.0163	0.0248	0.0046	0.0277	0.0046	0.0094
chr2L	4568194	4568377	chr2L:4568195-4568377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0169	0.0292	0.0148	0.0053	0.018	0.0107	0.0476	0.0493	0.018	0.0103	0.028	0.0103	0.0046	0.0038	0.0116	0.0038	0.0042
chr2L	4569300	4569451	chr2L:4569301-4569451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0121	0.0195	0.0162	0.0042	0.0102	0.0212	0.0133	0.0042	0.0085	0.037	0.0085	0.0108	0.0061	0.0477	0.0061	0.0146
chr2L	4570476	4570627	chr2L:4570477-4570627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0212	0.0348	0.0212	0.0061	0.0276	0.0218	0.0493	0.054	0.0276	0.0103	0.0408	0.0103	0.0132	0.0038	0.0135	0.0038	0.0036
chr2L	4570901	4571080	chr2L:4570902-4571080	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0283	0.0556	0.0198	0.0071	0.053	0.0238	0.0973	0.0713	0.053	0.0115	0.037	0.0115	0.0139	0.0038	0.0193	0.0038	0.0052
chr2L	4571350	4571567	chr2L:4571351-4571567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0255	0.0307	0.0226	0.017	0.0165	0.0407	0.0366	0.017	0.0133	0.0621	0.0133	0.0108	0.0092	0.0767	0.0092	0.0094
chr2L	4573478	4573710	chr2L:4573479-4573710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0273	0.036	0.0285	0.018	0.0209	0.0424	0.0373	0.018	0.0121	0.0743	0.0121	0.0116	0.0038	0.1025	0.0038	0.012
chr2L	4573910	4574061	chr2L:4573911-4574061	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0265	0.0349	0.0224	0.0159	0.0199	0.0398	0.0386	0.0159	0.0109	0.074	0.0109	0.0132	0.0015	0.0851	0.0015	0.0057
chr2L	4574093	4574244	chr2L:4574094-4574244	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0295	0.0376	0.0224	0.0233	0.0233	0.042	0.0366	0.0233	0.0085	0.0842	0.0085	0.0108	0.0023	0.0838	0.0023	0.0031
chr2L	4574553	4574888	chr2L:4574554-4574888	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0665	0.1147	0.0617	0.0181	0.1007	0.0592	0.1622	0.1919	0.1007	0.0175	0.1267	0.0175	0.0232	0.0054	0.0587	0.0054	0.0073
chr2L	4576206	4576357	chr2L:4576207-4576357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.041	0.0291	0.007	0.0339	0.0228	0.0796	0.0373	0.0339	0.0169	0.0559	0.0169	0.0077	0.0061	0.0142	0.0061	0.0063
chr2L	4576607	4576768	chr2L:4576608-4576768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0369	0.0318	0.058	0.0194	0.0201	0.0209	0.0575	0.0353	0.0201	0.0254	0.1177	0.0254	0.0155	0.0153	0.0542	0.0153	0.0135
chr2L	4577911	4578062	chr2L:4577912-4578062	FBgn0031613	HP6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0329	0.0327	0.0107	0.0265	0.0272	0.051	0.04	0.0265	0.0157	0.063	0.0157	0.0163	0.0046	0.0348	0.0046	0.0036
chr2L	4578155	4578307	chr2L:4578156-4578307	FBgn0031613	HP6	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0461	0.0212	0.0099	0.0424	0.0282	0.0731	0.06	0.0424	0.0139	0.0392	0.0139	0.0093	0.0054	0.0297	0.0054	0.0052
chr2L	4578921	4579072	chr2L:4578922-4579072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0118	0.0227	0.0187	0.0042	0.0087	0.0199	0.0167	0.0042	0.0103	0.046	0.0103	0.0085	0.0015	0.0722	0.0015	0.0063
chr2L	4579771	4579922	chr2L:4579772-4579922	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0207	0.0339	0.0077	0.0085	0.0214	0.0316	0.0233	0.0085	0.0151	0.0659	0.0151	0.0132	0.0054	0.0213	0.0054	0.0036
chr2L	4582830	4582981	chr2L:4582831-4582981	FBgn0263869	CR43716	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0138	0.027	0.0127	0.0032	0.0117	0.0234	0.0187	0.0032	0.0085	0.0489	0.0085	0.0155	0.0061	0.0387	0.0061	0.0036
chr2L	4583243	4583411	chr2L:4583244-4583411	FBgn0263869	CR43716	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0196	0.0274	0.0135	0.0042	0.0184	0.0277	0.0286	0.0042	0.0151	0.0498	0.0151	0.0101	0.0046	0.0393	0.0046	0.0078
chr2L	4583611	4583766	chr2L:4583612-4583766	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0174	0.0284	0.0131	0.0032	0.0126	0.0281	0.0273	0.0032	0.0133	0.0553	0.0133	0.0108	0.0023	0.04	0.0023	0.0063
chr2L	4585897	4586048	chr2L:4585898-4586048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0116	0.0198	0.0103	0.0042	0.0087	0.016	0.0207	0.0042	0.0097	0.0389	0.0097	0.0062	8e-04	0.0368	8e-04	0.0031
chr2L	4586078	4586336	chr2L:4586079-4586336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0172	0.0273	0.0162	0.0053	0.015	0.0251	0.0233	0.0053	0.0097	0.054	0.0097	0.0132	0.0046	0.0587	0.0046	0.0031
chr2L	4588921	4589072	chr2L:4588922-4589072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0143	0.0196	0.0138	0.0088	0.0085	0.0165	0.0164	0.0486	0.0085	0.0054	0.0241	0.0054	0.0085	0.0061	0.029	0.0061	0.0026
chr2L	4589107	4589258	chr2L:4589108-4589258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0158	0.0189	0.0175	0.0104	0.0064	0.015	0.0203	0.0426	0.0064	0.0066	0.0315	0.0066	0.0108	0.0023	0.0374	0.0023	0.0036
chr2L	4591952	4592185	chr2L:4591953-4592185	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0417	0.0654	0.0336	0.024	0.0445	0.0267	0.1189	0.0853	0.0445	0.0079	0.0717	0.0079	0.0147	0.0023	0.0896	0.0023	0.0078
chr2L	4594953	4595208	chr2L:4594954-4595208	FBgn0053196	dp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1232	0.1502	0.1524	0.061	0.1283	0.0976	0.1579	0.3065	0.1283	0.0254	0.3328	0.0254	0.0333	0.0054	0.2347	0.0054	0.0167
chr2L	4597411	4597835	chr2L:4597412-4597835	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	GJ5377	GJ5377	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1151	0.1255	0.1735	0.0393	0.052	0.1063	0.0722	0.3471	0.052	0.0266	0.381	0.0266	0.0403	0.0054	0.1483	0.0054	0.0073
chr2L	4598659	4598810	chr2L:4598660-4598810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0227	0.0218	0.0348	0.0104	0.0053	0.0184	0.0268	0.0433	0.0053	0.0048	0.0768	0.0048	0.0062	0.0015	0.0406	0.0015	0.0026
chr2L	4610666	4610850	chr2L:4610667-4610850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0371	0.0203	0.0079	0.0339	0.0189	0.0627	0.0486	0.0339	0.0066	0.0389	0.0066	0.0085	0.0023	0.0258	0.0023	0.0031
chr2L	4614232	4614461	chr2L:4614233-4614461	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0992	0.0867	0.1357	0.073	0.0668	0.0772	0.1107	0.1266	0.0668	0.035	0.2817	0.035	0.0534	0.0061	0.274	0.0061	0.0214
chr2L	4614510	4614708	chr2L:4614511-4614708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0673	0.0653	0.089	0.0457	0.0477	0.0544	0.0869	0.0933	0.0477	0.0229	0.1807	0.0229	0.038	0.0069	0.1702	0.0069	0.0109
chr2L	4627354	4627505	chr2L:4627355-4627505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.013	0.0133	0.0171	0.0064	0.0097	0.0195	0.0167	0.0064	0.0079	0.0215	0.0079	0.0085	0.0054	0.0554	0.0054	0.0073
chr2L	4627641	4627792	chr2L:4627642-4627792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0101	0.0093	0.0121	0.0089	0.0053	0.0063	0.0169	0.01	0.0053	0.006	0.0199	0.006	0.0093	0.0031	0.0258	0.0031	0.0047
chr2L	4661046	4661216	chr2L:4661047-4661216	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0132	0.0253	0.065	0.0032	0.0136	0.0225	0.0133	0.0032	0.0163	0.0312	0.0163	0.0403	0.0521	0.089	0.0521	0.0813
chr2L	4682701	4682852	chr2L:4682702-4682852	FBgn0031620	CG11929	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0155	0.0378	0.0043	0.0028	0.017	0.0078	0.0982	0.0187	0.017	0.0048	0.0029	0.0048	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0026
chr2L	4683306	4683457	chr2L:4683307-4683457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0157	0.037	0.0063	0.0022	0.0095	0.0083	0.1025	0.0093	0.0095	0.0048	0.0113	0.0048	0.0039	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr2L	4683707	4683858	chr2L:4683708-4683858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0136	0.0328	0.0055	0.0013	0.0085	0.0073	0.0921	0.008	0.0085	0.0072	0.0071	0.0072	0.0023	0.0023	6e-04	0.0023	5e-04
chr2L	4684095	4684246	chr2L:4684096-4684246	FBgn0000227	Bsg25A	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0194	0.0476	0.0062	0.0022	0.0159	0.0083	0.1311	0.0113	0.0159	0.0066	0.0077	0.0066	0.0054	0.0038	0.0019	0.0038	0.0021
chr2L	4684400	4684605	chr2L:4684401-4684605	FBgn0000227	Bsg25A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0295	0.0744	0.0084	0.0025	0.0435	0.0117	0.2016	0.0213	0.0435	0.0091	0.0103	0.0091	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0.0021
chr2L	4687366	4687603	chr2L:4687367-4687603	FBgn0031621	CG15634	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0252	0.0611	0.0085	0.0035	0.0297	0.015	0.1652	0.016	0.0297	0.0091	0.0113	0.0091	0.0077	0.0015	0.0039	0.0015	0.0031
chr2L	4687692	4687843	chr2L:4687693-4687843	FBgn0031621	CG15634	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0176	0.0413	0.0063	0.0035	0.0159	0.0068	0.1172	0.008	0.0159	0.006	0.0077	0.006	0.0077	0.0023	0.0058	0.0023	0.0016
chr2L	4688148	4688299	chr2L:4688149-4688299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0174	0.0383	0.0089	0.0033	0.0127	0.0087	0.1029	0.0113	0.0127	0.0133	0.009	0.0133	0.0101	0.0061	0.0019	0.0061	0.0021
chr2L	4700960	4701111	chr2L:4700961-4701111	FBgn0031623	Taf12L	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0096	0.0183	0.0057	0.004	0.0064	0.0141	0.0376	0.0147	0.0064	0.0048	0.0064	0.0048	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0047
chr2L	4725868	4726061	chr2L:4725869-4726061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0214	0.0262	0.0198	0.0178	0.0159	0.016	0.0497	0.0253	0.0159	0.0145	0.027	0.0145	0.0217	0.0123	0.0181	0.0123	0.0177
chr2L	4726128	4726357	chr2L:4726129-4726357	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.058	0.0733	0.0548	0.0446	0.0445	0.0549	0.1077	0.1006	0.0445	0.0441	0.0746	0.0441	0.0434	0.0314	0.0445	0.0314	0.0417
chr2L	4760628	4760779	chr2L:4760629-4760779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0085	0.0072	0.0066	0.012	0.0042	0.0019	0.016	0.0073	0.0042	0.0085	0.0068	0.0085	0.0046	0.0015	0.0045	0.0015	0.0031
chr2L	4793997	4794194	chr2L:4793998-4794194	FBgn0031627,FBgn0031628	CG15630,CG3294	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0503	0.0405	0.0458	0.0661	0.0138	0.0481	0.0562	0.0446	0.0138	0.0447	0.0453	0.0447	0.0666	0.0689	0.0535	0.0689	0.0693
chr2L	4794254	4794430	chr2L:4794255-4794430	FBgn0031627,FBgn0031628	CG15630,CG3294	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.05	0.081	0.1163	0.0191	0.0646	0.0567	0.0706	0.0191	0.087	0.0855	0.087	0.0953	0.1233	0.1115	0.1233	0.1381
chr2L	4794518	4794689	chr2L:4794519-4794689	FBgn0031627,FBgn0031628	CG15630,CG3294	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0659	0.1124	0.1186	0.0339	0.0752	0.0748	0.0953	0.0339	0.1286	0.1232	0.1286	0.1216	0.134	0.1251	0.134	0.1391
chr2L	4798939	4799090	chr2L:4798940-4799090	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0113	0.0166	0.0178	0.0042	0.0078	0.0208	0.0147	0.0042	0.0151	0.027	0.0151	0.0054	0.0038	0.0625	0.0038	0.0057
chr2L	4800269	4800420	chr2L:4800270-4800420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0086	0.0161	0.0202	0.0021	0.0097	0.0151	0.008	0.0021	0.0127	0.0267	0.0127	0.0124	8e-04	0.078	8e-04	0.0083
chr2L	4801445	4801596	chr2L:4801446-4801596	FBgn0031629	Clect27	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0139	0.0126	0.0121	0.0174	0.0042	0.0097	0.0251	0.0093	0.0042	0.006	0.0222	0.006	0.0046	0.0015	0.069	0.0015	0.0031
chr2L	4801880	4802031	chr2L:4801881-4802031	FBgn0031629	Clect27	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0105	0.0119	0.0267	0.0074	0.0117	0.0173	0.0067	0.0074	0.0066	0.0212	0.0066	0.0101	0.0054	0.0948	0.0054	0.0104
chr2L	4802252	4802403	chr2L:4802253-4802403	FBgn0031629	Clect27	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0086	0.0137	0.0189	0.0042	0.0121	0.0121	0.0073	0.0042	0.0085	0.0215	0.0085	0.0132	0.0031	0.0703	0.0031	0.0089
chr2L	4805939	4806090	chr2L:4805940-4806090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0112	0.0169	0.0093	0.0042	0.0121	0.0156	0.0153	0.0042	0.0103	0.0141	0.0103	0.007	0.0031	0.0103	0.0031	0.0042
chr2L	4810182	4810366	chr2L:4810183-4810366	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1994	0.1451	0.2463	0.2087	0.0795	0.1976	0.1488	0.1979	0.0795	0.279	0.2775	0.279	0.2308	0.2213	0.2508	0.2213	0.2168
chr2L	4810508	4810686	chr2L:4810509-4810686	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1108	0.072	0.1501	0.1108	0.0339	0.1078	0.0705	0.0913	0.0339	0.1202	0.1871	0.1202	0.1356	0.0804	0.1663	0.0804	0.1172
chr2L	4810867	4811058	chr2L:4810868-4811058	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1519	0.0734	0.2179	0.1671	0.0286	0.1262	0.0437	0.1139	0.0286	0.1999	0.2823	0.1999	0.1952	0.1355	0.207	0.1355	0.197
chr2L	4811500	4811878	chr2L:4811501-4811878	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3783	0.3178	0.4435	0.3745	0.263	0.418	0.2872	0.4324	0.263	0.5133	0.4907	0.5133	0.4229	0.3874	0.3985	0.3874	0.4294
chr2L	4812324	4812511	chr2L:4812325-4812511	FBgn0031630	CG15629	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.1092	0.1379	0.1069	0.0859	0.1335	0.1116	0.1572	0.0859	0.1624	0.1669	0.1624	0.1325	0.1302	0.1418	0.1302	0.1303
chr2L	4812774	4812925	chr2L:4812775-4812925	FBgn0031630	CG15629	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0435	0.0391	0.0482	0.0432	0.0329	0.0369	0.0532	0.0486	0.0329	0.0393	0.0752	0.0393	0.0325	0.023	0.1122	0.023	0.0313
chr2L	4817800	4818052	chr2L:4817801-4818052	FBgn0031631,FBgn0263577	CG3225,mir-4910	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0656	0.0671	0.0507	0.0424	0.0684	0.0904	0.0746	0.0424	0.0791	0.0788	0.0791	0.0651	0.0482	0.0548	0.0482	0.0677
chr2L	4818183	4818363	chr2L:4818184-4818363	FBgn0031631,FBgn0263577	CG3225,mir-4910	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.1154	0.124	0.0948	0.0838	0.1272	0.1501	0.1346	0.0838	0.1588	0.135	0.1588	0.1278	0.1041	0.0986	0.1041	0.1084
chr2L	4820480	4820680	chr2L:4820481-4820680	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0759	0.1135	0.0622	0.0489	0.0817	0.1005	0.1362	0.1812	0.0817	0.0332	0.0669	0.0332	0.0256	0.0084	0.02	0.0084	0.0141
chr2L	4820802	4820990	chr2L:4820803-4820990	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1131	0.1685	0.093	0.0731	0.1357	0.135	0.1912	0.2805	0.1357	0.0592	0.0981	0.0592	0.0318	0.0153	0.0316	0.0153	0.0167
chr2L	4821075	4821425	chr2L:4821076-4821425	FBgn0031632	CG15628	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1104	0.1695	0.0905	0.0663	0.1516	0.1345	0.205	0.2645	0.1516	0.0634	0.0971	0.0634	0.0372	0.0168	0.0219	0.0168	0.0198
chr2L	4821647	4821837	chr2L:4821648-4821837	FBgn0031632	CG15628	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0997	0.1732	0.0602	0.061	0.1909	0.1223	0.2253	0.2472	0.1909	0.0308	0.0646	0.0308	0.0194	0.0176	0.0168	0.0176	0.013
chr2L	4822353	4822504	chr2L:4822354-4822504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0487	0.0733	0.0467	0.0235	0.0456	0.0641	0.1021	0.1039	0.0456	0.0393	0.0595	0.0393	0.0178	0.0107	0.0187	0.0107	0.012
chr2L	4823626	4823777	chr2L:4823627-4823777	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.1463	0.0232	0.0078	0.1644	0.049	0.2318	0.2132	0.1644	0.0181	0.0331	0.0181	0.0116	0.0077	0.011	0.0077	0.0042
chr2L	4823883	4824164	chr2L:4823884-4824164	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.2369	0.0396	0.0174	0.2619	0.0854	0.3828	0.3284	0.2619	0.0205	0.0617	0.0205	0.024	0.0176	0.0239	0.0176	0.0099
chr2L	4829185	4829374	chr2L:4829186-4829374	distal	distal	stage5	none	VT2458.1	VT2458.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.04	0.0754	0.0279	0.0138	0.0679	0.0534	0.1133	0.0973	0.0679	0.0229	0.0293	0.0229	0.0442	0.0138	0.009	0.0138	0.0182
chr2L	4829506	4829657	chr2L:4829507-4829657	FBgn0263575	mir-4912	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0536	0.0242	0.0092	0.0414	0.0316	0.0882	0.0706	0.0414	0.0248	0.0254	0.0248	0.0294	0.0092	0.0103	0.0092	0.0078
chr2L	4830392	4830543	chr2L:4830393-4830543	FBgn0031633,FBgn0263575	CG2976,mir-4912	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0729	0.0895	0.075	0.0522	0.0668	0.0816	0.1289	0.1033	0.0668	0.0827	0.081	0.0827	0.0798	0.0482	0.0535	0.0482	0.075
chr2L	4830603	4830792	chr2L:4830604-4830792	FBgn0031633	CG2976	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1453	0.131	0.0996	0.1198	0.149	0.1821	0.1839	0.1198	0.1612	0.1453	0.1612	0.1294	0.1103	0.0961	0.1103	0.1287
chr2L	4830941	4831092	chr2L:4830942-4831092	FBgn0031633	CG2976	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0364	0.0373	0.0299	0.0339	0.032	0.0497	0.046	0.0339	0.0489	0.0408	0.0489	0.0302	0.0299	0.0322	0.0299	0.0365
chr2L	4835473	4835624	chr2L:4835474-4835624	FBgn0031634	Ir25a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0268	0.0187	0.0285	0.0233	0.0214	0.042	0.0313	0.0233	0.0272	0.0196	0.0272	0.017	0.0911	0.0116	0.0911	0.0208
chr2L	4835785	4835936	chr2L:4835786-4835936	FBgn0031634	Ir25a	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0239	0.0249	0.0217	0.0252	0.0117	0.0233	0.0372	0.0313	0.0117	0.0308	0.0219	0.0308	0.024	0.0835	0.011	0.0835	0.0167
chr2L	4836035	4836186	chr2L:4836036-4836186	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0209	0.0189	0.0192	0.0251	0.0053	0.0199	0.0281	0.024	0.0053	0.0314	0.0183	0.0314	0.0178	0.0835	0.011	0.0835	0.0151
chr2L	4837915	4838081	chr2L:4837916-4838081	FBgn0031635,FBgn0031636	CG12194,CG15626	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1871	0.1832	0.2251	0.1497	0.1442	0.1951	0.2223	0.2372	0.1442	0.2548	0.2662	0.2548	0.2014	0.1462	0.1696	0.1462	0.1647
chr2L	4838182	4838406	chr2L:4838183-4838406	FBgn0031635,FBgn0031636	CG12194,CG15626	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1558	0.1877	0.1701	0.1044	0.1729	0.1655	0.2491	0.2385	0.1729	0.1691	0.2074	0.1691	0.1565	0.0804	0.1193	0.0804	0.0886
chr2L	4838763	4838962	chr2L:4838764-4838962	FBgn0031636	CG12194	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0646	0.1028	0.048	0.0402	0.1071	0.0626	0.1687	0.1139	0.1071	0.0429	0.0608	0.0429	0.0349	0.0352	0.0445	0.0352	0.0328
chr2L	4840704	4840855	chr2L:4840705-4840855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0241	0.0343	0.0194	0.018	0.0117	0.0223	0.0679	0.0353	0.0117	0.0175	0.0235	0.0175	0.0225	0.0299	0.0123	0.0299	0.0156
chr2L	4846785	4846982	chr2L:4846786-4846982	FBgn0031637	CG2950	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1036	0.0867	0.1146	0.1104	0.0541	0.1068	0.096	0.1146	0.0541	0.1178	0.1415	0.1178	0.1193	0.1531	0.1167	0.1531	0.1428
chr2L	4847235	4847409	chr2L:4847236-4847409	FBgn0031637,FBgn0031638	CG11927,CG2950	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.116	0.0805	0.1358	0.1341	0.0403	0.1199	0.0822	0.0993	0.0403	0.1443	0.1656	0.1443	0.1433	0.1723	0.1302	0.1723	0.1553
chr2L	4847636	4847846	chr2L:4847637-4847846	FBgn0031637,FBgn0031638	CG11927,CG2950	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0915	0.0805	0.1096	0.084	0.0573	0.0908	0.0969	0.1066	0.0573	0.1371	0.1238	0.1371	0.1022	0.0942	0.0851	0.0942	0.0995
chr2L	4849978	4850258	chr2L:4849979-4850258	FBgn0031639,FBgn0031640	CG11926,mRpS2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0644	0.0675	0.0518	0.0414	0.0689	0.0787	0.0899	0.0414	0.0833	0.0772	0.0833	0.0596	0.0597	0.0342	0.0597	0.0709
chr2L	4850323	4850502	chr2L:4850324-4850502	FBgn0031639,FBgn0031640	CG11926,mRpS2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0847	0.1042	0.0817	0.0562	0.1024	0.0891	0.1199	0.0562	0.1292	0.1141	0.1292	0.0976	0.0842	0.0767	0.0842	0.1089
chr2L	4850540	4850745	chr2L:4850541-4850745	FBgn0031639,FBgn0031640	CG11926,mRpS2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0796	0.0678	0.0939	0.077	0.0488	0.0786	0.0722	0.0933	0.0488	0.1165	0.101	0.1165	0.093	0.0796	0.0761	0.0796	0.0917
chr2L	4852630	4852933	chr2L:4852631-4852933	FBgn0051660	pog	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0868	0.0915	0.0879	0.0802	0.0615	0.0951	0.1081	0.1366	0.0615	0.1021	0.0987	0.1021	0.0418	0.0345	0.0219	0.0345	0.0292
chr2L	4853166	4853317	chr2L:4853167-4853317	FBgn0051660	pog	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0406	0.0214	0.0468	0.0223	0.0379	0.0536	0.0586	0.0223	0.0181	0.0199	0.0181	0.0147	0.013	0.0064	0.013	0.0135
chr2L	4853525	4853676	chr2L:4853526-4853676	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0187	0.0129	0.0221	0.0106	0.015	0.0268	0.0273	0.0106	0.0181	0.0113	0.0181	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr2L	4855963	4856114	chr2L:4855964-4856114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.013	0.0121	0.0104	0.0169	0.0021	0.015	0.0156	0.0147	0.0021	0.0163	0.0106	0.0163	0.0046	0.0314	0.0103	0.0314	0.0073
chr2L	4856340	4856491	chr2L:4856341-4856491	distal	distal	none	none	VT2472.1	VT2472.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0191	0.0126	0.022	0.0085	0.0228	0.0251	0.022	0.0085	0.0193	0.0138	0.0193	0.0077	0.0383	0.0161	0.0383	0.0135
chr2L	4857523	4857674	chr2L:4857524-4857674	distal	distal	stage14	stage14	VT2472.1	VT2472.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0096	0.0081	0.0177	0.0032	0.0058	0.016	0.0133	0.0032	0.0066	0.0071	0.0066	0.0062	0.01	0.0026	0.01	0.0089
chr2L	4865719	4865870	chr2L:4865720-4865870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0092	0.0077	0.0095	0.0032	0.0068	0.0164	0.01	0.0032	0.0109	0.0077	0.0109	0.0093	0.0222	0.0097	0.0222	0.0031
chr2L	4874298	4874449	chr2L:4874299-4874449	distal	distal	none	none	VT2481.1	VT2481.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.0138	0.0157	0.0121	0.0042	0.0155	0.0208	0.0127	0.0042	0.0205	0.018	0.0205	0.0132	0.0314	0.0077	0.0314	0.0068
chr2L	4880453	4880604	chr2L:4880454-4880604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0175	0.014	0.0146	0.0245	0.0085	0.0165	0.0173	0.0193	0.0085	0.0187	0.0177	0.0187	0.0132	0.0919	0.011	0.0919	0.0089
chr2L	4880625	4880776	chr2L:4880626-4880776	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.012	0.0113	0.0262	0.0042	0.0112	0.0195	0.0153	0.0042	0.0151	0.0119	0.0151	0.0108	0.0972	0.0142	0.0972	0.0094
chr2L	4882513	4882664	chr2L:4882514-4882664	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0343	0.039	0.0331	0.0302	0.0212	0.0413	0.048	0.0566	0.0212	0.0477	0.0331	0.0477	0.0341	0.0697	0.0219	0.0697	0.0266
chr2L	4882675	4882931	chr2L:4882676-4882931	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0804	0.0619	0.0934	0.0869	0.0382	0.0743	0.074	0.0786	0.0382	0.1322	0.0965	0.1322	0.1007	0.17	0.0767	0.17	0.0849
chr2L	4883017	4883209	chr2L:4883018-4883209	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1216	0.1022	0.144	0.1186	0.0657	0.1204	0.1146	0.1372	0.0657	0.1793	0.1662	0.1793	0.1309	0.16	0.1161	0.16	0.1371
chr2L	4883236	4883405	chr2L:4883237-4883405	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0768	0.0962	0.0808	0.053	0.0816	0.1008	0.0959	0.053	0.1178	0.1135	0.1178	0.0914	0.0873	0.069	0.0873	0.1073
chr2L	4883465	4883687	chr2L:4883466-4883687	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0495	0.0581	0.0501	0.0297	0.05	0.0657	0.0653	0.0297	0.0713	0.0685	0.0713	0.0519	0.0636	0.0484	0.0636	0.0573
chr2L	4886695	4886905	chr2L:4886696-4886905	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0568	0.0288	0.044	0.1022	0.0117	0.0393	0.0415	0.0247	0.0117	0.0942	0.0328	0.0942	0.0511	0.245	0.0664	0.245	0.1266
chr2L	4887665	4887850	chr2L:4887666-4887850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0574	0.0333	0.0629	0.0783	0.0085	0.0432	0.045	0.0373	0.0085	0.0876	0.0659	0.0876	0.0798	0.1524	0.0787	0.1524	0.0964
chr2L	4889546	4889767	chr2L:4889547-4889767	FBgn0031644	CG15625	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0839	0.1887	0.0401	0.0149	0.2089	0.118	0.2967	0.2032	0.2089	0.0338	0.0389	0.0338	0.0318	0.0222	0.0161	0.0222	0.0167
chr2L	4891904	4892210	chr2L:4891905-4892210	FBgn0031645	CG3036	stage11,stage14,stage5	none	VT2489.1,VT2490.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.3342	0.3215	0.3786	0.2997	0.2831	0.3859	0.3547	0.3791	0.2831	0.4626	0.4003	0.4626	0.3819	0.3515	0.3146	0.3515	0.346
chr2L	4893157	4893308	chr2L:4893158-4893308	distal	distal	none	none	VT2490.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0675	0.0338	0.0167	0.053	0.0777	0.0986	0.0553	0.053	0.0465	0.0296	0.0465	0.0426	0.0207	0.0142	0.0207	0.0219
chr2L	4893915	4894066	chr2L:4893916-4894066	distal	distal	none	none	VT2490.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.0417	0.0301	0.0169	0.0265	0.0515	0.051	0.0506	0.0265	0.0266	0.0215	0.0266	0.0813	0.0115	0.0077	0.0115	0.0401
chr2L	4898421	4898594	chr2L:4898422-4898594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0293	0.038	0.0273	0.0219	0.0223	0.0544	0.0484	0.0313	0.0223	0.0181	0.0135	0.0181	0.0999	0.026	0.0129	0.026	0.0433
chr2L	4902353	4902614	chr2L:4902354-4902614	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0519	0.1029	0.0367	0.0116	0.0848	0.082	0.1652	0.1066	0.0848	0.026	0.0315	0.026	0.0937	0.0184	0.0103	0.0184	0.0135
chr2L	4903480	4903869	chr2L:4903481-4903869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0887	0.0786	0.0652	0.0456	0.1078	0.1181	0.0926	0.0456	0.0966	0.0727	0.0966	0.1232	0.0896	0.0748	0.0896	0.1021
chr2L	4903954	4904121	chr2L:4903955-4904121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0619	0.0587	0.0676	0.0593	0.0318	0.0772	0.074	0.0606	0.0318	0.0864	0.0611	0.0864	0.1046	0.0743	0.0722	0.0743	0.087
chr2L	4905530	4905681	chr2L:4905531-4905681	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0168	0.0162	0.0159	0.0095	0.0209	0.0251	0.0127	0.0095	0.0121	0.0212	0.0121	0.0248	0.013	0.0393	0.013	0.013
chr2L	4906685	4906857	chr2L:4906686-4906857	FBgn0031646	CG2837	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0314	0.0336	0.0348	0.0253	0.0265	0.0403	0.0433	0.032	0.0265	0.032	0.0322	0.032	0.0806	0.0161	0.0348	0.0161	0.0448
chr2L	4908451	4908610	chr2L:4908452-4908610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0332	0.0285	0.0307	0.0411	0.018	0.0301	0.0372	0.036	0.018	0.032	0.0347	0.032	0.048	0.0628	0.0438	0.0628	0.0641
chr2L	4913557	4913708	chr2L:4913558-4913708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0107	0.0101	0.0104	0.0118	0.0032	0.0063	0.0208	0.0067	0.0032	0.0127	0.0084	0.0127	0.0217	0.0046	0.0084	0.0046	0.0287
chr2L	4915987	4916156	chr2L:4915988-4916156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0112	0.0166	0.0181	0.0032	0.0131	0.0195	0.0093	0.0032	0.0181	0.0113	0.0181	0.0465	0.0084	0.0148	0.0084	0.0401
chr2L	4917843	4917994	chr2L:4917844-4917994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0081	0.0076	0.0164	0.0064	0.0097	0.0117	0.0073	0.0064	0.0054	0.0093	0.0054	0.0101	0.0061	0.0071	0.0061	0.0453
chr2L	4928482	4928633	chr2L:4928483-4928633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0137	0.0074	0.0086	0.0263	0.0021	0.0034	0.0173	0.0053	0.0021	0.0079	0.0068	0.0079	0.0186	0.0077	0.009	0.0077	0.0662
chr2L	4929297	4929448	chr2L:4929298-4929448	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0099	0.0062	0.0066	0.0175	0.0011	0.0068	0.0121	0.0033	0.0011	0.0036	0.0055	0.0036	0.0163	0.0069	0.0058	0.0069	0.0479
chr2L	4929669	4929820	chr2L:4929670-4929820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0112	0.0082	0.0088	0.0171	0.0021	0.0078	0.0147	0.0093	0.0021	0.0066	0.0058	0.0066	0.0132	0.013	0.0123	0.013	0.036
chr2L	4929962	4930113	chr2L:4929963-4930113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0103	0.0081	0.0134	0.0032	0.0087	0.0177	0.0113	0.0032	0.0066	0.0055	0.0066	0.0147	0.0054	0.0045	0.0054	0.0323
chr2L	4936518	4936669	chr2L:4936519-4936669	FBgn0031649	hoe2	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0057	0.0077	0.0132	0.0042	0.0053	0.0091	0.0053	0.0042	0.0097	0.0068	0.0097	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0063
chr2L	4941474	4941625	chr2L:4941475-4941625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0128	0.0123	0.015	0.0032	0.0146	0.0212	0.0113	0.0032	0.0133	0.0129	0.0133	0.0139	0.0145	0.0058	0.0145	0.0026
chr2L	4944862	4945013	chr2L:4944863-4945013	FBgn0031651	mRpL24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0319	0.0292	0.0419	0.0241	0.0265	0.0301	0.0424	0.0247	0.0265	0.0483	0.0424	0.0483	0.0542	0.0283	0.0181	0.0283	0.0297
chr2L	4945053	4945206	chr2L:4945054-4945206	FBgn0015000,FBgn0031651	betaggt-I,mRpL24	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0376	0.0537	0.0384	0.0223	0.0451	0.0471	0.0453	0.0223	0.0707	0.0582	0.0707	0.0604	0.0406	0.0342	0.0406	0.0526
chr2L	4945275	4945458	chr2L:4945276-4945458	FBgn0015000,FBgn0031651	betaggt-I,mRpL24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.0779	0.1192	0.1007	0.0445	0.1	0.0809	0.1073	0.0445	0.1437	0.128	0.1437	0.1239	0.121	0.1012	0.121	0.1235
chr2L	4945498	4945685	chr2L:4945499-4945685	FBgn0015000,FBgn0031651	betaggt-I,mRpL24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1032	0.1494	0.1145	0.0594	0.1364	0.1068	0.1332	0.0594	0.1872	0.1617	0.1872	0.1611	0.1363	0.118	0.1363	0.1324
chr2L	4949442	4949593	chr2L:4949443-4949593	FBgn0031652	jet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.0391	0.061	0.0391	0.0233	0.0413	0.0463	0.0566	0.0233	0.0749	0.0659	0.0749	0.0635	0.0421	0.0413	0.0421	0.0505
chr2L	4949698	4949905	chr2L:4949699-4949905	FBgn0031652	jet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.0906	0.1353	0.0997	0.052	0.1087	0.0939	0.1359	0.052	0.157	0.1473	0.157	0.1441	0.1103	0.1096	0.1103	0.1303
chr2L	4955387	4955595	chr2L:4955388-4955595	FBgn0020906,FBgn0031655	Jon25Bi,Marcal1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0737	0.0754	0.0911	0.0526	0.0445	0.084	0.0878	0.1133	0.0445	0.1069	0.1064	0.1069	0.0899	0.0613	0.0574	0.0613	0.0683
chr2L	4955673	4955841	chr2L:4955674-4955841	FBgn0031655	Marcal1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.037	0.042	0.0234	0.0127	0.0388	0.0476	0.0566	0.0127	0.0525	0.0476	0.0525	0.0372	0.0245	0.0277	0.0245	0.0292
chr2L	4955936	4956154	chr2L:4955937-4956154	FBgn0031655	Marcal1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0333	0.0317	0.0178	0.0148	0.0374	0.0467	0.0413	0.0148	0.0368	0.0357	0.0368	0.0364	0.0168	0.0161	0.0168	0.0245
chr2L	4965596	4965762	chr2L:4965597-4965762	FBgn0083961,FBgn0264372	CG34125,CR43824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0576	0.0587	0.0581	0.0557	0.0318	0.0704	0.0623	0.0893	0.0318	0.0574	0.0659	0.0574	0.0829	0.0421	0.0709	0.0421	0.0943
chr2L	4967698	4967876	chr2L:4967699-4967876	FBgn0015834	Trip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1329	0.1319	0.1522	0.1129	0.1029	0.1612	0.154	0.1646	0.1029	0.1836	0.163	0.1836	0.1704	0.121	0.1167	0.121	0.1344
chr2L	4968874	4969040	chr2L:4968875-4969040	FBgn0031657,FBgn0262467	CG3756,Scox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.1088	0.1237	0.0927	0.0594	0.1248	0.1306	0.1519	0.0594	0.1612	0.1241	0.1612	0.1332	0.108	0.1006	0.108	0.1032
chr2L	4969209	4969360	chr2L:4969210-4969360	FBgn0031657,FBgn0262467	CG3756,Scox	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0576	0.0633	0.0402	0.0382	0.0631	0.0796	0.0673	0.0382	0.0749	0.0701	0.0749	0.0604	0.0406	0.0406	0.0406	0.0532
chr2L	4971062	4971213	chr2L:4971063-4971213	FBgn0031659	CG14043	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0787	0.0751	0.1008	0.0583	0.0477	0.0976	0.0835	0.0919	0.0477	0.1389	0.1013	0.1389	0.1022	0.0613	0.0554	0.0613	0.0745
chr2L	4971361	4971549	chr2L:4971362-4971549	FBgn0031659	CG14043	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1963	0.17	0.2444	0.173	0.122	0.2053	0.1959	0.2132	0.122	0.3092	0.2595	0.3092	0.2409	0.2014	0.1734	0.2014	0.1928
chr2L	4971595	4971797	chr2L:4971596-4971797	FBgn0031659	CG14043	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1435	0.1209	0.1735	0.1358	0.0657	0.1466	0.1449	0.1546	0.0657	0.2174	0.1871	0.2174	0.1689	0.1524	0.1438	0.1524	0.148
chr2L	4973889	4974061	chr2L:4973890-4974061	FBgn0010607,FBgn0031660	l(2)05714,mRpL28	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1109	0.0899	0.1423	0.1001	0.053	0.1218	0.1047	0.1106	0.053	0.1709	0.1543	0.1709	0.1572	0.1018	0.1038	0.1018	0.1266
chr2L	4976699	4976850	chr2L:4976700-4976850	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.05	0.0678	0.0433	0.0201	0.049	0.0709	0.0653	0.0201	0.0719	0.0743	0.0719	0.0751	0.0444	0.038	0.0444	0.0573
chr2L	4976938	4977123	chr2L:4976939-4977123	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1453	0.1316	0.1758	0.1273	0.07	0.1544	0.1544	0.1779	0.07	0.2077	0.1945	0.2077	0.1859	0.1363	0.1231	0.1363	0.1569
chr2L	4977217	4977416	chr2L:4977218-4977416	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1339	0.1167	0.1626	0.1218	0.0594	0.1519	0.1254	0.1586	0.0594	0.1836	0.1765	0.1836	0.1782	0.121	0.1103	0.121	0.1605
chr2L	4977424	4977576	chr2L:4977425-4977576	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0733	0.0626	0.0855	0.072	0.0308	0.0864	0.0627	0.0853	0.0308	0.0839	0.0881	0.0839	0.1286	0.0452	0.0613	0.0452	0.1245
chr2L	4981230	4981415	chr2L:4981231-4981415	FBgn0031664,FBgn0083962	CG34126,CG8892	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1661	0.1324	0.2046	0.1615	0.0976	0.1665	0.1388	0.1785	0.0976	0.2657	0.2232	0.2657	0.2115	0.1884	0.1638	0.1884	0.1881
chr2L	4981521	4981685	chr2L:4981522-4981685	FBgn0031664,FBgn0083962	CG34126,CG8892	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1851	0.1429	0.2311	0.1819	0.0997	0.2039	0.141	0.1812	0.0997	0.2772	0.263	0.2772	0.2432	0.1991	0.1767	0.1991	0.2282
chr2L	4981777	4982025	chr2L:4981778-4982025	FBgn0031664,FBgn0083962	CG34126,CG8892	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0848	0.0682	0.1088	0.077	0.035	0.0917	0.0796	0.0779	0.035	0.1208	0.1248	0.1208	0.1154	0.0781	0.0671	0.0781	0.111
chr2L	4991525	4991676	chr2L:4991526-4991676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0292	0.0349	0.0247	0.0276	0.0201	0.0262	0.0584	0.0373	0.0201	0.0284	0.0318	0.0284	0.0271	0.0352	0.0368	0.0352	0.0307
chr2L	4995389	4995540	chr2L:4995390-4995540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0354	0.0382	0.0476	0.0159	0.0345	0.0575	0.036	0.0159	0.0537	0.0447	0.0537	0.038	0.0812	0.0606	0.0812	0.0537
chr2L	4995855	4996006	chr2L:4995856-4996006	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.041	0.0545	0.0357	0.0318	0.0233	0.0364	0.1021	0.054	0.0233	0.0386	0.0457	0.0386	0.0387	0.0314	0.0554	0.0314	0.0328
chr2L	4996440	4996591	chr2L:4996441-4996591	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0411	0.0341	0.0458	0.0436	0.0127	0.0306	0.0489	0.052	0.0127	0.0236	0.0746	0.0236	0.0473	0.0138	0.1212	0.0138	0.0386
chr2L	4997379	4997591	chr2L:4997380-4997591	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1366	0.0487	0.1885	0.1778	0.0191	0.0796	0.0562	0.042	0.0191	0.2156	0.2219	0.2156	0.2634	0.157	0.2444	0.157	0.2814
chr2L	4997753	4997941	chr2L:4997754-4997941	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1271	0.0561	0.169	0.1606	0.0255	0.0767	0.0722	0.0566	0.0255	0.1963	0.1842	0.1963	0.2595	0.1593	0.2186	0.1593	0.2527
chr2L	4998103	4998278	chr2L:4998104-4998278	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0832	0.0738	0.1081	0.0664	0.0297	0.0835	0.1034	0.0866	0.0297	0.1268	0.1183	0.1268	0.1317	0.0352	0.0806	0.0352	0.1115
chr2L	4999017	4999200	chr2L:4999018-4999200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.103	0.0867	0.1255	0.0965	0.0541	0.1092	0.1029	0.1059	0.0541	0.1413	0.1463	0.1413	0.1464	0.1531	0.0928	0.1531	0.1355
chr2L	5000286	5000508	chr2L:5000287-5000508	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2436	0.3045	0.2919	0.1227	0.3171	0.3102	0.3538	0.3857	0.3171	0.3865	0.3553	0.3865	0.2254	0.2037	0.1599	0.2037	0.1454
chr2L	5000693	5000922	chr2L:5000694-5000922	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1978	0.2808	0.2286	0.0714	0.2842	0.2481	0.3529	0.3638	0.2842	0.1999	0.3257	0.1999	0.1689	0.1248	0.1038	0.1248	0.0641
chr2L	5001065	5001294	chr2L:5001066-5001294	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1439	0.1519	0.1807	0.0944	0.1071	0.1636	0.183	0.2005	0.1071	0.2023	0.2344	0.2023	0.1394	0.1087	0.136	0.1087	0.1167
chr2L	5001312	5001555	chr2L:5001313-5001555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1397	0.1427	0.1647	0.1089	0.0827	0.1447	0.1825	0.1945	0.0827	0.1679	0.2138	0.1679	0.134	0.108	0.1483	0.108	0.1209
chr2L	5003788	5004007	chr2L:5003789-5004007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0807	0.0889	0.1062	0.0434	0.0583	0.1	0.1163	0.1053	0.0583	0.1316	0.1328	0.1316	0.062	0.0283	0.0368	0.0283	0.0208
chr2L	5004024	5004215	chr2L:5004025-5004215	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0915	0.1007	0.1175	0.0528	0.0604	0.1121	0.1315	0.1219	0.0604	0.1419	0.1399	0.1419	0.0767	0.0368	0.049	0.0368	0.0328
chr2L	5004447	5004598	chr2L:5004448-5004598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0272	0.0275	0.022	0.0327	0.0148	0.0262	0.0381	0.0366	0.0148	0.0169	0.0273	0.0169	0.0178	0.0161	0.02	0.0161	0.0193
chr2L	5004883	5005034	chr2L:5004884-5005034	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0371	0.0183	0.0293	0.0667	0.0011	0.0194	0.0264	0.026	0.0011	0.0211	0.0299	0.0211	0.0263	0.0413	0.0271	0.0413	0.0334
chr2L	5005411	5005562	chr2L:5005412-5005562	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0287	0.0122	0.0212	0.0553	0.0053	0.0146	0.0216	0.006	0.0053	0.0187	0.0154	0.0187	0.0263	0.0329	0.0148	0.0329	0.0349
chr2L	5006290	5006441	chr2L:5006291-5006441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0214	0.0141	0.0211	0.0301	0.0053	0.0146	0.0186	0.0193	0.0053	0.0211	0.0193	0.0211	0.0403	0.0681	0.0142	0.0681	0.0406
chr2L	5009401	5009580	chr2L:5009402-5009580	FBgn0053113	Rtnl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1363	0.1317	0.1765	0.0972	0.0573	0.1777	0.1427	0.1752	0.0573	0.2319	0.1955	0.2319	0.151	0.1072	0.1012	0.1072	0.0933
chr2L	5009683	5009872	chr2L:5009684-5009872	FBgn0053113	Rtnl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2308	0.2049	0.2773	0.2089	0.1379	0.2602	0.2379	0.2352	0.1379	0.3249	0.3064	0.3249	0.2564	0.2312	0.2147	0.2312	0.2355
chr2L	5010222	5010373	chr2L:5010223-5010373	FBgn0031668,FBgn0259719	CG31917,Tfb5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.048	0.064	0.039	0.0255	0.0563	0.0588	0.0633	0.0255	0.0713	0.0733	0.0713	0.0542	0.0368	0.0406	0.0368	0.0511
chr2L	5010511	5010679	chr2L:5010512-5010679	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0517	0.0735	0.0482	0.0233	0.0573	0.0636	0.0713	0.0233	0.0888	0.0791	0.0888	0.0689	0.0559	0.0458	0.0559	0.0568
chr2L	5010755	5010924	chr2L:5010756-5010924	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1432	0.1241	0.1746	0.1299	0.0965	0.1456	0.1388	0.1612	0.0965	0.2264	0.1852	0.2264	0.1619	0.1394	0.1418	0.1394	0.1459
chr2L	5011002	5011171	chr2L:5011003-5011171	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1709	0.1453	0.2098	0.1568	0.1092	0.1733	0.1548	0.1952	0.1092	0.25	0.2273	0.25	0.2091	0.1746	0.1625	0.1746	0.1923
chr2L	5011243	5011440	chr2L:5011244-5011440	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.083	0.0694	0.1039	0.0751	0.0445	0.0728	0.0891	0.0886	0.0445	0.1286	0.1084	0.1286	0.1131	0.0743	0.0722	0.0743	0.1136
chr2L	5011679	5011830	chr2L:5011680-5011830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0313	0.0282	0.0343	0.0316	0.0138	0.0311	0.0359	0.0346	0.0138	0.0405	0.0296	0.0405	0.0434	0.0199	0.0148	0.0199	0.074
chr2L	5020092	5020243	chr2L:5020093-5020243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0132	0.0117	0.0096	0.0187	0.0032	0.0097	0.0203	0.0147	0.0032	0.0175	0.009	0.0175	0.0085	0.0475	0.0064	0.0475	0.0266
chr2L	5020683	5020834	chr2L:5020684-5020834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0199	0.0221	0.0176	0.0199	0.0148	0.0248	0.0307	0.0213	0.0148	0.0308	0.0167	0.0308	0.0186	0.036	0.0077	0.036	0.0328
chr2L	5021812	5021963	chr2L:5021813-5021963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0135	0.0126	0.0189	0.0064	0.015	0.0229	0.008	0.0064	0.0139	0.0087	0.0139	0.0294	0.01	0.0019	0.01	0.0558
chr2L	5022007	5022158	chr2L:5022008-5022158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.016	0.0136	0.0217	0.0085	0.018	0.0272	0.012	0.0085	0.0187	0.0096	0.0187	0.024	0.0161	0.0032	0.0161	0.0594
chr2L	5022729	5022880	chr2L:5022730-5022880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0155	0.0213	0.0219	0.0074	0.0155	0.026	0.0133	0.0074	0.0393	0.0158	0.0393	0.0287	0.0253	0.0071	0.0253	0.0521
chr2L	5023607	5023822	chr2L:5023608-5023822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0247	0.0186	0.0213	0.0352	0.0021	0.0189	0.0363	0.014	0.0021	0.0199	0.0148	0.0199	0.0519	0.0153	0.0064	0.0153	0.1053
chr2L	5024630	5024821	chr2L:5024631-5024821	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0183	0.0352	0.0583	0.0074	0.0248	0.0268	0.016	0.0074	0.0465	0.0235	0.0465	0.0744	0.0896	0.0181	0.0896	0.1235
chr2L	5027390	5027593	chr2L:5027391-5027593	distal	distal	stage11,stage14	stage11	Cg25C_Promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0611	0.0359	0.0675	0.0823	0.017	0.0476	0.0532	0.026	0.017	0.1111	0.0505	0.1111	0.1208	0.1217	0.0387	0.1217	0.1772
chr2L	5028047	5028318	chr2L:5028048-5028318	FBgn0016075	vkg	none	none	Cg25C_Promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0162	0.0214	0.0423	0.0095	0.0189	0.0251	0.01	0.0095	0.0217	0.0219	0.0217	0.0372	0.0237	0.011	0.0237	0.1162
chr2L	5029424	5029681	chr2L:5029425-5029681	FBgn0000299	Cg25C	stage11,stage14	none	Cg25C_Promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0477	0.0239	0.0363	0.0869	0.0159	0.0233	0.0385	0.0233	0.0159	0.0459	0.0244	0.0459	0.0821	0.1233	0.0226	0.1233	0.2064
chr2L	5030638	5030799	chr2L:5030639-5030799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0191	0.0306	0.04	0.0042	0.0233	0.0272	0.0193	0.0042	0.0272	0.0277	0.0272	0.0689	0.0291	0.0193	0.0291	0.1047
chr2L	5036199	5036398	chr2L:5036200-5036398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0385	0.035	0.0452	0.0351	0.0117	0.0393	0.042	0.0546	0.0117	0.0447	0.0486	0.0447	0.0325	0.0199	0.0161	0.0199	0.0599
chr2L	5037377	5037807	chr2L:5037378-5037807	FBgn0260451,FBgn0260470	CG14042,SP555	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.082	0.0527	0.065	0.1335	0.0159	0.066	0.0536	0.0833	0.0159	0.0435	0.0514	0.0435	0.0395	0.0314	0.038	0.0314	0.1308
chr2L	5042058	5042229	chr2L:5042059-5042229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.046	0.0623	0.0449	0.029	0.0477	0.0772	0.0735	0.0666	0.0477	0.1039	0.0325	0.1039	0.0302	0.0498	0.0258	0.0498	0.0255
chr2L	5042375	5042543	chr2L:5042376-5042543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0402	0.0465	0.0466	0.0262	0.0265	0.0646	0.0532	0.0466	0.0265	0.1027	0.0338	0.1027	0.0294	0.0559	0.0193	0.0559	0.0193
chr2L	5042754	5042957	chr2L:5042755-5042957	FBgn0031674,FBgn0053995	CG31919,CG33995	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0541	0.048	0.0647	0.0492	0.0339	0.0573	0.0558	0.056	0.0339	0.0996	0.0621	0.0996	0.0519	0.0697	0.0438	0.0697	0.0443
chr2L	5043140	5043319	chr2L:5043141-5043319	FBgn0031674,FBgn0053995	CG31919,CG33995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1899	0.1793	0.222	0.1664	0.1326	0.2204	0.1994	0.2345	0.1326	0.282	0.2367	0.282	0.2022	0.1753	0.1715	0.1753	0.1923
chr2L	5043534	5043778	chr2L:5043535-5043778	FBgn0031674,FBgn0053995	CG31919,CG33995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1306	0.1254	0.1627	0.1011	0.0753	0.1675	0.128	0.1666	0.0753	0.1836	0.1852	0.1836	0.1394	0.0888	0.1044	0.0888	0.0959
chr2L	5043781	5043932	chr2L:5043782-5043932	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0731	0.0588	0.0928	0.0675	0.0318	0.0752	0.0649	0.0813	0.0318	0.0876	0.1161	0.0876	0.0736	0.0498	0.0948	0.0498	0.0698
chr2L	5044339	5044578	chr2L:5044340-5044578	FBgn0031673	CG31650	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0633	0.0482	0.075	0.0674	0.0265	0.0646	0.0571	0.0546	0.0265	0.0471	0.1061	0.0471	0.096	0.0398	0.1296	0.0398	0.0803
chr2L	5044639	5044851	chr2L:5044640-5044851	FBgn0031673	CG31650	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0475	0.0309	0.0532	0.0599	0.0138	0.0432	0.0381	0.0333	0.0138	0.0338	0.0598	0.0338	0.0968	0.0375	0.0883	0.0375	0.0995
chr2L	5045296	5045490	chr2L:5045297-5045490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0611	0.036	0.0647	0.0851	0.0095	0.0534	0.0489	0.0326	0.0095	0.0374	0.0614	0.0374	0.1541	0.1011	0.069	0.1011	0.1511
chr2L	5045705	5045856	chr2L:5045706-5045856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0323	0.0289	0.0377	0.0301	0.0106	0.0432	0.0376	0.0253	0.0106	0.0266	0.037	0.0266	0.0829	0.0283	0.0226	0.0283	0.0495
chr2L	5050109	5050267	chr2L:5050110-5050267	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.0594	0.1202	0.0622	0.0212	0.0709	0.0454	0.1266	0.0212	0.0362	0.2158	0.0362	0.0852	0.026	0.1257	0.026	0.0636
chr2L	5050952	5051237	chr2L:5050953-5051237	FBgn0031675	CG9121	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0722	0.0459	0.0735	0.1003	0.0191	0.0597	0.0502	0.0593	0.0191	0.0411	0.0701	0.0411	0.0596	0.1156	0.0516	0.1156	0.0604
chr2L	5052457	5052640	chr2L:5052458-5052640	FBgn0022023,FBgn0031676	CG14040,eIF-3p40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1099	0.0946	0.1373	0.0968	0.07	0.1199	0.1012	0.1199	0.07	0.1649	0.1367	0.1649	0.1448	0.1026	0.0986	0.1026	0.1162
chr2L	5052703	5052898	chr2L:5052704-5052898	FBgn0022023,FBgn0031676	CG14040,eIF-3p40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1936	0.174	0.2301	0.1756	0.1368	0.2141	0.183	0.2318	0.1368	0.2681	0.2379	0.2681	0.2525	0.1845	0.1689	0.1845	0.2241
chr2L	5052988	5053139	chr2L:5052989-5053139	FBgn0022023,FBgn0031676	CG14040,eIF-3p40	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.082	0.0729	0.0966	0.076	0.053	0.0874	0.074	0.1066	0.053	0.1105	0.1064	0.1105	0.1038	0.0689	0.0671	0.0689	0.1214
chr2L	5053534	5053954	chr2L:5053535-5053954	FBgn0022023	eIF-3p40	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.085	0.1301	0.0789	0.0414	0.1018	0.0922	0.1873	0.1819	0.1018	0.0978	0.09	0.0978	0.0666	0.0413	0.04	0.0413	0.0677
chr2L	5054703	5054872	chr2L:5054704-5054872	FBgn0014857,FBgn0031677	CG14036,His3.3A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0759	0.1089	0.0713	0.0477	0.0859	0.0887	0.1046	0.0477	0.1262	0.1232	0.1262	0.1131	0.0658	0.0754	0.0658	0.0912
chr2L	5055015	5055259	chr2L:5055016-5055259	FBgn0014857,FBgn0031677	CG14036,His3.3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2107	0.2311	0.2319	0.1649	0.1866	0.2563	0.2738	0.2885	0.1866	0.282	0.2466	0.282	0.2239	0.1715	0.1457	0.1715	0.2048
chr2L	5055404	5055612	chr2L:5055405-5055612	FBgn0014857,FBgn0031677	CG14036,His3.3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1063	0.1175	0.1297	0.068	0.0764	0.1184	0.1535	0.1519	0.0764	0.1691	0.1267	0.1691	0.1092	0.0597	0.0451	0.0597	0.0818
chr2L	5055701	5056032	chr2L:5055702-5056032	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1401	0.1462	0.172	0.0983	0.1039	0.1699	0.1756	0.1812	0.1039	0.2138	0.1682	0.2138	0.1658	0.0766	0.06	0.0766	0.1277
chr2L	5056162	5056468	chr2L:5056163-5056468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1072	0.1332	0.1217	0.0622	0.1039	0.1374	0.1691	0.1726	0.1039	0.1443	0.1177	0.1443	0.1201	0.0597	0.0419	0.0597	0.0829
chr2L	5059710	5059905	chr2L:5059711-5059905	FBgn0028694	Rpn11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1432	0.1223	0.1805	0.1256	0.0827	0.1466	0.1406	0.1572	0.0827	0.2258	0.1907	0.2258	0.1797	0.1263	0.1367	0.1263	0.1501
chr2L	5060085	5060253	chr2L:5060086-5060253	FBgn0028694	Rpn11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1058	0.0864	0.1299	0.1011	0.0626	0.1049	0.099	0.1086	0.0626	0.1721	0.1392	0.1721	0.1239	0.1026	0.1115	0.1026	0.1193
chr2L	5060327	5060484	chr2L:5060328-5060484	FBgn0028572	qtc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0391	0.0585	0.0389	0.0212	0.0505	0.048	0.0446	0.0212	0.0743	0.0646	0.0743	0.0558	0.0345	0.0406	0.0345	0.0542
chr2L	5061573	5061724	chr2L:5061574-5061724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0111	0.0168	0.0181	0.0021	0.0087	0.0156	0.0187	0.0021	0.0103	0.0241	0.0103	0.0186	0.01	0.0368	0.01	0.0125
chr2L	5062873	5063047	chr2L:5062874-5063047	FBgn0264368	CR43820	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.0156	0.0194	0.038	0.0085	0.0175	0.0212	0.018	0.0085	0.0193	0.0158	0.0193	0.0124	0.0107	0.0064	0.0107	0.013
chr2L	5063179	5063330	chr2L:5063180-5063330	FBgn0264368	CR43820	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0171	0.0206	0.0251	0.0064	0.0175	0.0268	0.0187	0.0064	0.0181	0.019	0.0181	0.0225	0.0077	0.0058	0.0077	0.0135
chr2L	5064102	5064371	chr2L:5064103-5064371	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0207	0.0246	0.0483	0.0117	0.0228	0.0251	0.0253	0.0117	0.0169	0.0232	0.0169	0.0209	0.0123	0.0277	0.0123	0.0151
chr2L	5065465	5065616	chr2L:5065466-5065616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0165	0.0166	0.0168	0.016	0.0032	0.016	0.0281	0.0193	0.0032	0.0091	0.026	0.0091	0.0155	0.0038	0.0277	0.0038	0.0109
chr2L	5070585	5070767	chr2L:5070586-5070767	FBgn0261608	RpL37A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0665	0.058	0.0824	0.0586	0.0286	0.0636	0.0774	0.0706	0.0286	0.1123	0.0884	0.1123	0.0744	0.0666	0.0619	0.0666	0.0709
chr2L	5070887	5071057	chr2L:5070888-5071057	FBgn0261608	RpL37A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1322	0.1891	0.1333	0.0933	0.1544	0.1553	0.1686	0.0933	0.2343	0.2064	0.2343	0.1828	0.1447	0.1399	0.1447	0.1631
chr2L	5071131	5071412	chr2L:5071132-5071412	FBgn0261608	RpL37A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0878	0.0801	0.1104	0.0714	0.0541	0.0971	0.0995	0.0893	0.0541	0.1401	0.1138	0.1401	0.1239	0.075	0.0722	0.075	0.0912
chr2L	5072349	5072537	chr2L:5072350-5072537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0414	0.0427	0.0513	0.0291	0.0212	0.0505	0.0519	0.0526	0.0212	0.0779	0.0489	0.0779	0.0581	0.0413	0.0316	0.0413	0.037
chr2L	5073270	5073436	chr2L:5073271-5073436	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0525	0.0449	0.0246	0.0339	0.0573	0.0692	0.0613	0.0339	0.0694	0.0434	0.0694	0.0565	0.0368	0.0219	0.0368	0.0365
chr2L	5073534	5073753	chr2L:5073535-5073753	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0584	0.089	0.0577	0.0249	0.0774	0.0883	0.1047	0.1199	0.0774	0.0876	0.0601	0.0876	0.0627	0.0345	0.0219	0.0345	0.0334
chr2L	5078222	5078373	chr2L:5078223-5078373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0167	0.0209	0.0138	0.0064	0.0136	0.0298	0.018	0.0064	0.0236	0.0222	0.0236	0.0178	0.0077	0.0071	0.0077	0.012
chr2L	5079266	5079447	chr2L:5079267-5079447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.0242	0.0434	0.0227	0.017	0.0282	0.0294	0.0306	0.017	0.0459	0.0469	0.0459	0.0658	0.0253	0.0187	0.0253	0.0391
chr2L	5080829	5080980	chr2L:5080830-5080980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0131	0.0216	0.0185	0.0042	0.0126	0.0151	0.0227	0.0042	0.0133	0.0341	0.0133	0.0194	0.0153	0.0361	0.0153	0.0193
chr2L	5084262	5084425	chr2L:5084263-5084425	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.026	0.0186	0.0296	0.0304	0.0053	0.0199	0.0281	0.022	0.0053	0.0429	0.0299	0.0429	0.0395	0.0766	0.0219	0.0766	0.0302
chr2L	5084471	5084660	chr2L:5084472-5084660	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0277	0.0315	0.0323	0.0148	0.0262	0.0446	0.0313	0.0148	0.0465	0.0305	0.0465	0.0426	0.0459	0.029	0.0459	0.0453
chr2L	5086996	5087195	chr2L:5086997-5087195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0237	0.0461	0.0304	0.0064	0.035	0.0298	0.0193	0.0064	0.0405	0.035	0.0405	0.1232	0.0191	0.0232	0.0191	0.0568
chr2L	5087355	5087552	chr2L:5087356-5087552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0337	0.0248	0.0437	0.0326	0.0106	0.0301	0.0316	0.028	0.0106	0.035	0.0395	0.035	0.1061	0.0153	0.0239	0.0153	0.0714
chr2L	5092709	5092915	chr2L:5092710-5092915	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1035	0.1221	0.1099	0.0758	0.0817	0.1218	0.151	0.1752	0.0817	0.0954	0.1424	0.0954	0.0945	0.0681	0.1141	0.0681	0.0667
chr2L	5092969	5093192	chr2L:5092970-5093192	FBgn0031681	pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2035	0.1959	0.236	0.1763	0.1336	0.2252	0.215	0.2845	0.1336	0.2621	0.2691	0.2621	0.2223	0.1746	0.1973	0.1746	0.2001
chr2L	5093215	5093401	chr2L:5093216-5093401	FBgn0031681	pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2181	0.1922	0.268	0.1923	0.1315	0.2476	0.2016	0.2512	0.1315	0.3219	0.2958	0.3219	0.2595	0.1922	0.2076	0.1922	0.2345
chr2L	5093475	5093669	chr2L:5093476-5093669	FBgn0031681,FBgn0031682	CG5828,pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.191	0.1575	0.2266	0.1894	0.1156	0.1956	0.1691	0.2085	0.1156	0.2856	0.2453	0.2856	0.2401	0.1907	0.2083	0.1907	0.2324
chr2L	5093884	5094061	chr2L:5093885-5094061	FBgn0031681,FBgn0031682	CG5828,pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1166	0.0918	0.1357	0.1232	0.0573	0.0981	0.1159	0.1226	0.0573	0.157	0.1473	0.157	0.1588	0.1271	0.1302	0.1271	0.1496
chr2L	5096285	5096458	chr2L:5096286-5096458	FBgn0031683	CG4230	stage11,stage14,stage5	none	VT2594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1627	0.135	0.1977	0.1551	0.0774	0.167	0.1319	0.1972	0.0774	0.2524	0.2135	0.2524	0.1867	0.1455	0.1554	0.1455	0.1902
chr2L	5096863	5097015	chr2L:5096864-5097015	distal	distal	stage14	stage14	VT2594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.043	0.0305	0.0454	0.0543	0.0159	0.034	0.0368	0.042	0.0159	0.0501	0.0367	0.0501	0.0271	0.0314	0.0193	0.0314	0.0261
chr2L	5099735	5100025	chr2L:5099736-5100025	FBgn0031684	CG8680	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0785	0.0707	0.0925	0.0719	0.0414	0.0796	0.0826	0.1039	0.0414	0.1045	0.1023	0.1045	0.103	0.0781	0.0651	0.0781	0.0891
chr2L	5100138	5100301	chr2L:5100139-5100301	FBgn0031684	CG8680	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1125	0.0988	0.1315	0.1069	0.0467	0.1194	0.1172	0.1332	0.0467	0.1504	0.1489	0.1504	0.134	0.121	0.0999	0.121	0.1298
chr2L	5100731	5100888	chr2L:5100732-5100888	FBgn0261836	Msp-300	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0337	0.0174	0.0325	0.0533	0.0032	0.0218	0.0264	0.0153	0.0032	0.0725	0.0251	0.0725	0.0294	0.2067	0.0174	0.2067	0.0214
chr2L	5101366	5101517	chr2L:5101367-5101517	FBgn0261836	Msp-300	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0233	0.0128	0.0164	0.0425	0.0032	0.0184	0.019	0.01	0.0032	0.0296	0.0141	0.0296	0.0194	0.1669	0.0181	0.1669	0.0167
chr2L	5105027	5105290	chr2L:5105028-5105290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0297	0.0345	0.0249	0.0297	0.0201	0.0383	0.0441	0.0453	0.0201	0.0489	0.0225	0.0489	0.0155	0.0919	0.0187	0.0919	0.0109
chr2L	5105296	5105447	chr2L:5105297-5105447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0241	0.0236	0.0212	0.028	0.0085	0.033	0.0281	0.0266	0.0085	0.0459	0.0158	0.0459	0.0132	0.1034	0.0129	0.1034	0.0057
chr2L	5107691	5107940	chr2L:5107692-5107940	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0346	0.0374	0.0887	0.018	0.0277	0.0588	0.0393	0.018	0.0193	0.0383	0.0193	0.0682	0.0345	0.1289	0.0345	0.0917
chr2L	5108389	5108598	chr2L:5108390-5108598	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0703	0.0305	0.0449	0.1426	0.0117	0.034	0.0441	0.0353	0.0117	0.0199	0.0531	0.0199	0.072	0.0314	0.1889	0.0314	0.209
chr2L	5108833	5109013	chr2L:5108834-5109013	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.029	0.0213	0.0212	0.0462	0.0106	0.0199	0.0316	0.0273	0.0106	0.0193	0.0193	0.0193	0.0201	0.0153	0.0316	0.0153	0.0344
chr2L	5109199	5109350	chr2L:5109200-5109350	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0079	0.009	0.0246	0.0011	0.0058	0.0134	0.0093	0.0011	0.0109	0.0077	0.0109	0.0054	0.0107	0.0071	0.0107	0.0073
chr2L	5113210	5113361	chr2L:5113211-5113361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0162	0.0162	0.0192	0.0085	0.0194	0.0238	0.0173	0.0085	0.0163	0.0183	0.0163	0.0225	0.0237	0.0355	0.0237	0.0156
chr2L	5119141	5119292	chr2L:5119142-5119292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0121	0.0185	0.0132	0.0042	0.0126	0.0195	0.0127	0.0042	0.0133	0.028	0.0133	0.0186	0.0145	0.0322	0.0145	0.0078
chr2L	5119644	5119795	chr2L:5119645-5119795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0141	0.0102	0.0128	0.0198	0.0021	0.0087	0.0208	0.0087	0.0021	0.0109	0.0203	0.0109	0.007	0.0168	0.0509	0.0168	0.0156
chr2L	5119820	5119971	chr2L:5119821-5119971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0124	0.0085	0.0095	0.0201	0.0064	0.0063	0.0173	0.004	0.0064	0.0127	0.0109	0.0127	0.0077	0.0168	0.0406	0.0168	0.0229
chr2L	5145172	5145469	chr2L:5145173-5145469	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0321	0.0157	0.0227	0.0606	0.0085	0.0223	0.0195	0.012	0.0085	0.0163	0.0267	0.0163	0.0403	0.0505	0.0928	0.0505	0.1021
chr2L	5145472	5145632	chr2L:5145473-5145632	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0096	0.0142	0.0602	0.0042	0.0126	0.013	0.0087	0.0042	0.0054	0.0161	0.0054	0.0302	0.0253	0.0922	0.0253	0.1172
chr2L	5145896	5146260	chr2L:5145897-5146260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0416	0.0151	0.0197	0.0954	0.0138	0.0165	0.0247	0.0107	0.0138	0.0115	0.0183	0.0115	0.0434	0.0475	0.1186	0.0475	0.1761
chr2L	5147637	5147799	chr2L:5147638-5147799	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0071	0.0141	0.0375	0.0021	0.0063	0.0138	0.0053	0.0021	0.0115	0.0161	0.0115	0.0256	0.0299	0.0471	0.0299	0.0631
chr2L	5149510	5149661	chr2L:5149511-5149661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0151	0.0121	0.0105	0.0234	0.0042	0.0102	0.0199	0.012	0.0042	0.0085	0.0109	0.0085	0.0194	0.0222	0.0148	0.0222	0.0547
chr2L	5149954	5150105	chr2L:5149955-5150105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0117	0.0173	0.0333	0.0074	0.0107	0.019	0.012	0.0074	0.0205	0.0167	0.0205	0.0263	0.0949	0.0206	0.0949	0.0302
chr2L	5151301	5151452	chr2L:5151302-5151452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0148	0.0101	0.0127	0.0223	0.0064	0.0078	0.019	0.0073	0.0064	0.0054	0.0161	0.0054	0.0232	0.0214	0.04	0.0214	0.0208
chr2L	5153744	5153895	chr2L:5153745-5153895	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0061	0.0037	0.0049	0.0099	0.0042	0.0019	0.0056	0.004	0.0042	0.0042	0.0058	0.0042	0.007	0.0375	0.0039	0.0375	0.0036
chr2L	5153934	5154085	chr2L:5153935-5154085	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0081	0.006	0.0069	0.012	0.0042	0.0053	0.0104	0.0047	0.0042	0.0085	0.0087	0.0085	0.0085	0.0406	0.0045	0.0406	0.0052
chr2L	5156450	5156601	chr2L:5156451-5156601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0106	0.008	0.0084	0.016	0.0064	0.0078	0.013	0.006	0.0064	0.0127	0.0071	0.0127	0.0116	0.0452	0.011	0.0452	0.0146
chr2L	5156602	5156753	chr2L:5156603-5156753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0101	0.0085	0.008	0.0143	0.0032	0.0083	0.0156	0.006	0.0032	0.0151	0.0061	0.0151	0.0077	0.0475	0.0084	0.0475	0.0094
chr2L	5185705	5185856	chr2L:5185706-5185856	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0229	0.0217	0.0182	0.017	0.0189	0.032	0.0293	0.017	0.0175	0.0296	0.0175	0.0209	0.0276	0.0316	0.0276	0.013
chr2L	5186612	5186958	chr2L:5186613-5186958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0332	0.0349	0.0322	0.0323	0.0127	0.0345	0.0558	0.036	0.0127	0.0368	0.0289	0.0368	0.0356	0.0858	0.0168	0.0858	0.0245
chr2L	5195456	5195607	chr2L:5195457-5195607	FBgn0065107	snmRNA:128	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0112	0.0171	0.0071	0.0091	0.0117	0.0087	0.0411	0.0067	0.0117	0.0079	0.008	0.0079	0.0101	0.0115	0.0058	0.0115	0.0146
chr2L	5195797	5195948	chr2L:5195798-5195948	FBgn0065107	snmRNA:128	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0121	0.0113	0.0344	0.0053	0.0107	0.0225	0.0087	0.0053	0.0085	0.009	0.0085	0.0302	0.0161	0.0226	0.0161	0.0849
chr2L	5196132	5196283	chr2L:5196133-5196283	FBgn0065107	snmRNA:128	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0127	0.0118	0.0107	0.0159	0.0074	0.0068	0.0234	0.0113	0.0074	0.0091	0.0116	0.0091	0.0178	0.0145	0.0123	0.0145	0.0328
chr2L	5196695	5196883	chr2L:5196696-5196883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0178	0.0225	0.0263	0.0032	0.015	0.0316	0.0187	0.0032	0.0127	0.0193	0.0127	0.0658	0.026	0.0116	0.026	0.0604
chr2L	5196948	5197099	chr2L:5196949-5197099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.0145	0.0195	0.0213	0.0064	0.0165	0.0234	0.012	0.0064	0.0103	0.019	0.0103	0.0503	0.0184	0.0077	0.0184	0.0532
chr2L	5197347	5197650	chr2L:5197348-5197650	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0278	0.0385	0.0653	0.0085	0.0403	0.0376	0.0247	0.0085	0.032	0.0289	0.032	0.096	0.0475	0.0187	0.0475	0.1647
chr2L	5202691	5202874	chr2L:5202692-5202874	FBgn0083028	snoRNA:Psi18S-525k	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0391	0.0875	0.0127	0.0141	0.0827	0.0272	0.1778	0.0826	0.0827	0.0097	0.017	0.0097	0.0163	0.0291	0.0155	0.0291	0.0115
chr2L	5208916	5209067	chr2L:5208917-5209067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0235	0.0253	0.0241	0.0207	0.0138	0.0291	0.035	0.0266	0.0138	0.026	0.0286	0.026	0.0271	0.0452	0.0174	0.0452	0.0224
chr2L	5209080	5209252	chr2L:5209081-5209252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0324	0.036	0.0368	0.0234	0.0148	0.0359	0.0467	0.0533	0.0148	0.0368	0.0514	0.0368	0.0325	0.0467	0.0187	0.0467	0.0271
chr2L	5209342	5209521	chr2L:5209343-5209521	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0839	0.0859	0.093	0.0716	0.0498	0.0956	0.112	0.1033	0.0498	0.1105	0.109	0.1105	0.1092	0.1095	0.0735	0.1095	0.1068
chr2L	5209613	5209848	chr2L:5209614-5209848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0518	0.048	0.0608	0.0462	0.0308	0.0568	0.0631	0.0513	0.0308	0.064	0.0666	0.064	0.0922	0.0559	0.0458	0.0559	0.0844
chr2L	5210399	5210550	chr2L:5210400-5210550	FBgn0031689	Cyp28d1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.018	0.016	0.0147	0.0238	0.0032	0.0146	0.0277	0.0153	0.0032	0.0181	0.0164	0.0181	0.0194	0.0276	0.0155	0.0276	0.0433
chr2L	5217624	5217818	chr2L:5217625-5217818	FBgn0031692	TpnC25D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0273	0.0371	0.0195	0.0064	0.0388	0.0329	0.032	0.0064	0.0314	0.0598	0.0314	0.0333	0.0314	0.0284	0.0314	0.0172
chr2L	5217902	5218053	chr2L:5217903-5218053	FBgn0031692	TpnC25D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0231	0.0374	0.0185	0.0074	0.0306	0.0255	0.03	0.0074	0.0284	0.0611	0.0284	0.0349	0.0222	0.0335	0.0222	0.0167
chr2L	5218188	5218368	chr2L:5218189-5218368	FBgn0031692	TpnC25D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.0349	0.0448	0.022	0.0106	0.0485	0.0467	0.0366	0.0106	0.0374	0.0714	0.0374	0.038	0.026	0.0335	0.026	0.0266
chr2L	5218389	5218836	chr2L:5218390-5218836	FBgn0031692	TpnC25D	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0577	0.0642	0.0758	0.0305	0.0318	0.0874	0.077	0.0726	0.0318	0.0592	0.126	0.0592	0.0589	0.0276	0.0593	0.0276	0.0349
chr2L	5219411	5219629	chr2L:5219412-5219629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.039	0.0456	0.047	0.023	0.0244	0.0612	0.0484	0.0586	0.0244	0.0489	0.0704	0.0489	0.0411	0.0176	0.0355	0.0176	0.0328
chr2L	5219683	5219834	chr2L:5219684-5219834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0274	0.0335	0.0332	0.0141	0.0138	0.0456	0.0376	0.0406	0.0138	0.029	0.0531	0.029	0.0263	0.0069	0.0251	0.0069	0.0203
chr2L	5219861	5220078	chr2L:5219862-5220078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0379	0.0444	0.0453	0.0224	0.0201	0.0607	0.0493	0.0546	0.0201	0.0399	0.0711	0.0399	0.0403	0.0184	0.0348	0.0184	0.0339
chr2L	5220282	5220500	chr2L:5220283-5220500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.037	0.0427	0.0471	0.0194	0.0233	0.049	0.0549	0.0506	0.0233	0.0356	0.074	0.0356	0.0511	0.0237	0.0297	0.0237	0.0224
chr2L	5220810	5220961	chr2L:5220811-5220961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0299	0.0353	0.0387	0.0142	0.018	0.0417	0.0415	0.0473	0.018	0.0302	0.0624	0.0302	0.0372	0.0199	0.0258	0.0199	0.0141
chr2L	5221532	5221683	chr2L:5221533-5221683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0303	0.037	0.036	0.0164	0.017	0.0471	0.0424	0.0466	0.017	0.0266	0.0605	0.0266	0.0263	0.0123	0.0361	0.0123	0.0156
chr2L	5225510	5225773	chr2L:5225511-5225773	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.0586	0.0605	0.0543	0.0244	0.0743	0.0662	0.0773	0.0244	0.0543	0.0875	0.0543	0.0496	0.1026	0.0638	0.1026	0.0563
chr2L	5227320	5227534	chr2L:5227321-5227534	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0385	0.0406	0.0486	0.0251	0.0148	0.0583	0.0463	0.05	0.0148	0.0429	0.0775	0.0429	0.0395	0.0176	0.06	0.0176	0.0214
chr2L	5228759	5228910	chr2L:5228760-5228910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0258	0.0349	0.0224	0.0117	0.0398	0.0225	0.034	0.0117	0.0133	0.0592	0.0133	0.0403	0.0107	0.0464	0.0107	0.0276
chr2L	5231712	5231864	chr2L:5231713-5231864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0457	0.0385	0.0627	0.0351	0.0233	0.0587	0.032	0.05	0.0233	0.0731	0.092	0.0731	0.0473	0.0191	0.06	0.0191	0.0573
chr2L	5232166	5232442	chr2L:5232167-5232442	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0769	0.0842	0.1069	0.0359	0.0339	0.1311	0.0804	0.1093	0.0339	0.1757	0.1322	0.1757	0.0589	0.0498	0.049	0.0498	0.0427
chr2L	5233536	5233763	chr2L:5233537-5233763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0734	0.1094	0.0483	0.0255	0.1044	0.0783	0.0946	0.0255	0.0876	0.1206	0.0876	0.2215	0.0291	0.0451	0.0291	0.1016
chr2L	5233916	5234140	chr2L:5233917-5234140	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0722	0.0896	0.085	0.0387	0.0414	0.0985	0.0688	0.1879	0.0414	0.0604	0.1186	0.0604	0.0984	0.023	0.058	0.023	0.0532
chr2L	5234817	5234984	chr2L:5234818-5234984	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1124	0.0815	0.1817	0.0709	0.0403	0.1325	0.0649	0.1119	0.0403	0.2428	0.2531	0.2428	0.134	0.1378	0.1186	0.1378	0.0459
chr2L	5235052	5235266	chr2L:5235053-5235266	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.122	0.2088	0.0666	0.0636	0.1772	0.1163	0.1619	0.0636	0.2893	0.2961	0.2893	0.1332	0.1225	0.1193	0.1225	0.0474
chr2L	5236426	5236577	chr2L:5236427-5236577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0663	0.0482	0.0871	0.0638	0.0233	0.0738	0.0497	0.0553	0.0233	0.1069	0.1135	0.1069	0.0945	0.1317	0.0941	0.1317	0.049
chr2L	5237294	5237583	chr2L:5237295-5237583	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2891	0.2929	0.35	0.2182	0.2248	0.3573	0.3101	0.3797	0.2248	0.4384	0.4119	0.4384	0.3486	0.2917	0.276	0.2917	0.2652
chr2L	5237991	5238193	chr2L:5237992-5238193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0941	0.1125	0.1075	0.0588	0.0997	0.082	0.1618	0.1539	0.0997	0.1431	0.1466	0.1431	0.0697	0.1164	0.0806	0.1164	0.0505
chr2L	5238577	5238783	chr2L:5238578-5238783	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1274	0.0894	0.1759	0.1166	0.017	0.1641	0.0575	0.1332	0.017	0.3116	0.2322	0.3116	0.072	0.2443	0.1689	0.2443	0.1021
chr2L	5239642	5239989	chr2L:5239643-5239989	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	tkv_5428	tkv_5428	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1571	0.1574	0.2115	0.0969	0.0382	0.2947	0.0783	0.2558	0.0382	0.2198	0.3379	0.2198	0.0852	0.1577	0.2012	0.1577	0.0495
chr2L	5240060	5240211	chr2L:5240061-5240211	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.086	0.103	0.0564	0.0276	0.1558	0.051	0.1292	0.0276	0.1377	0.1524	0.1377	0.0341	0.1149	0.0993	0.1149	0.0302
chr2L	5240630	5240855	chr2L:5240631-5240855	FBgn0051914,FBgn0051971	tRNA:CR31914,tRNA:CR31971	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1667	0.1694	0.1976	0.1298	0.1071	0.2184	0.1847	0.2132	0.1071	0.2591	0.2138	0.2591	0.1828	0.1983	0.1322	0.1983	0.172
chr2L	5241066	5241243	chr2L:5241067-5241243	FBgn0051914,FBgn0051971	tRNA:CR31914,tRNA:CR31971	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.1012	0.1048	0.0709	0.0891	0.1117	0.1237	0.1146	0.0891	0.1341	0.1129	0.1341	0.1139	0.1087	0.0774	0.1087	0.098
chr2L	5242884	5243059	chr2L:5242885-5243059	FBgn0046776	CR14033	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0344	0.057	0.0307	0.0134	0.0509	0.0476	0.0766	0.074	0.0509	0.0308	0.0318	0.0308	0.0395	0.013	0.0129	0.013	0.0167
chr2L	5245473	5245674	chr2L:5245474-5245674	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_5481	Unspecified_5481	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.067	0.0351	0.1152	0.0496	0.0064	0.0665	0.0316	0.038	0.0064	0.1492	0.1637	0.1492	0.0604	0.0919	0.0845	0.0919	0.025
chr2L	5245829	5246041	chr2L:5245830-5246041	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_5481	Unspecified_5481	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0449	0.0255	0.0717	0.0372	0	0.0369	0.032	0.0333	0	0.0628	0.1209	0.0628	0.0302	0.0536	0.0883	0.0536	0.0182
chr2L	5247013	5247369	chr2L:5247014-5247369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0553	0.0315	0.0763	0.0589	0.0064	0.0451	0.0359	0.0353	0.0064	0.1117	0.1026	0.1117	0.0364	0.1156	0.0825	0.1156	0.0552
chr2L	5247533	5248015	chr2L:5247534-5248015	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0997	0.0546	0.1504	0.0944	0.0127	0.0947	0.0523	0.06	0.0127	0.1775	0.217	0.1775	0.1131	0.147	0.1818	0.147	0.0761
chr2L	5248704	5248855	chr2L:5248705-5248855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0174	0.0263	0.0234	0.0053	0.0204	0.0264	0.0187	0.0053	0.0181	0.0457	0.0181	0.0155	0.0184	0.0638	0.0184	0.0141
chr2L	5249790	5249941	chr2L:5249791-5249941	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0169	0.0194	0.0212	0.0093	0.0042	0.0218	0.0208	0.0346	0.0042	0.0229	0.0341	0.0229	0.0093	0.0038	0.0226	0.0038	0.0073
chr2L	5249957	5250108	chr2L:5249958-5250108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0166	0.0202	0.0221	0.0067	0.0074	0.0233	0.0177	0.0413	0.0074	0.0272	0.0344	0.0272	0.0077	0.0054	0.0129	0.0054	0.0063
chr2L	5253628	5253779	chr2L:5253629-5253779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0182	0.0273	0.0092	0.0032	0.018	0.032	0.0193	0.0032	0.0103	0.0521	0.0103	0.0201	0.0061	0.02	0.0061	0.0068
chr2L	5254049	5254243	chr2L:5254050-5254243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0228	0.0174	0.0269	0.0244	0.0042	0.0199	0.0303	0.0127	0.0042	0.0121	0.0437	0.0121	0.0333	0.0084	0.0484	0.0084	0.0349
chr2L	5254426	5254577	chr2L:5254427-5254577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0163	0.022	0.0201	0.0032	0.0214	0.0221	0.0187	0.0032	0.0199	0.0299	0.0199	0.0225	0.0077	0.0426	0.0077	0.0245
chr2L	5255430	5255597	chr2L:5255431-5255597	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0155	0.0552	0.0318	0.0074	0.0228	0.016	0.0153	0.0074	0.0423	0.0961	0.0423	0.0364	0.0161	0.0819	0.0161	0.0313
chr2L	5255713	5255864	chr2L:5255714-5255864	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0102	0.04	0.0363	0.0042	0.0141	0.013	0.0113	0.0042	0.0169	0.0723	0.0169	0.0403	0.0161	0.0909	0.0161	0.0417
chr2L	5256250	5256670	chr2L:5256251-5256670	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0825	0.0455	0.1269	0.0751	0.0117	0.0728	0.0484	0.0506	0.0117	0.0646	0.1553	0.0646	0.2618	0.0214	0.1057	0.0214	0.1532
chr2L	5261481	5261669	chr2L:5261482-5261669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0622	0.0618	0.0864	0.0361	0.0255	0.0757	0.0675	0.0953	0.0255	0.0924	0.1228	0.0924	0.072	0.036	0.0613	0.036	0.0412
chr2L	5261738	5261915	chr2L:5261739-5261915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0677	0.0733	0.0879	0.0391	0.0424	0.084	0.0861	0.0993	0.0424	0.0876	0.1232	0.0876	0.0813	0.0452	0.06	0.0452	0.0479
chr2L	5262042	5262193	chr2L:5262043-5262193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0263	0.0335	0.0317	0.0124	0.0159	0.0359	0.0493	0.0393	0.0159	0.0248	0.0489	0.0248	0.0271	0.0153	0.0174	0.0153	0.0141
chr2L	5262258	5262515	chr2L:5262259-5262515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0339	0.039	0.0463	0.0145	0.0212	0.0388	0.0549	0.0513	0.0212	0.032	0.0817	0.032	0.0248	0.0145	0.0245	0.0145	0.013
chr2L	5262565	5262748	chr2L:5262566-5262748	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0375	0.042	0.016	0.0286	0.0481	0.045	0.042	0.0286	0.0405	0.0662	0.0405	0.0209	0.0168	0.0355	0.0168	0.0104
chr2L	5264314	5264465	chr2L:5264315-5264465	FBgn0031693	Cyp4ac1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0183	0.0157	0.0232	0.0159	0.0074	0.0165	0.0238	0.0173	0.0074	0.0284	0.0257	0.0284	0.031	0.0084	0.0103	0.0084	0.037
chr2L	5269694	5269953	chr2L:5269695-5269953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0508	0.0575	0.032	0.0223	0.0636	0.064	0.0573	0.0223	0.0682	0.0698	0.0682	0.0527	0.0391	0.0393	0.0391	0.0401
chr2L	5270016	5270189	chr2L:5270017-5270189	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0523	0.0571	0.0301	0.0329	0.0592	0.0636	0.0666	0.0329	0.067	0.0695	0.067	0.0503	0.036	0.04	0.036	0.0318
chr2L	5270329	5270533	chr2L:5270330-5270533	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.118	0.1123	0.1438	0.0959	0.0604	0.1427	0.1259	0.1472	0.0604	0.1787	0.1678	0.1787	0.127	0.1462	0.1251	0.1462	0.1131
chr2L	5270600	5271001	chr2L:5270601-5271001	FBgn0003716	tkv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1706	0.1559	0.2067	0.1475	0.0732	0.1985	0.1726	0.2112	0.0732	0.2856	0.2344	0.2856	0.1828	0.2052	0.1715	0.2052	0.1819
chr2L	5271046	5271237	chr2L:5271047-5271237	FBgn0003716	tkv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1379	0.1097	0.1725	0.1315	0.0626	0.1383	0.1189	0.1466	0.0626	0.2283	0.1997	0.2283	0.1743	0.173	0.1444	0.173	0.1558
chr2L	5271268	5271449	chr2L:5271269-5271449	FBgn0003716	tkv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.121	0.1046	0.1463	0.1117	0.0626	0.1214	0.1207	0.1386	0.0626	0.1812	0.1675	0.1812	0.1526	0.1432	0.1135	0.1432	0.136
chr2L	5274048	5274199	chr2L:5274049-5274199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0336	0.0695	0.0199	0.0084	0.0403	0.0233	0.1782	0.024	0.0403	0.0211	0.0228	0.0211	0.0209	0.01	0.0064	0.01	0.0109
chr2L	5274603	5274754	chr2L:5274604-5274754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0643	0.0141	0.0089	0.052	0.0194	0.1605	0.0266	0.052	0.0181	0.0161	0.0181	0.0108	0.0123	0.0084	0.0123	0.0104
chr2L	5275107	5275258	chr2L:5275108-5275258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0295	0.0664	0.0122	0.0071	0.0509	0.0092	0.1773	0.0173	0.0509	0.0163	0.0119	0.0163	0.0139	0.0092	0.0084	0.0092	0.0057
chr2L	5275541	5275692	chr2L:5275542-5275692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0332	0.0714	0.0143	0.0111	0.0467	0.0189	0.1817	0.0233	0.0467	0.0205	0.0125	0.0205	0.0147	0.0084	0.0148	0.0084	0.0089
chr2L	5276218	5276369	chr2L:5276219-5276369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0421	0.081	0.024	0.0185	0.0541	0.0228	0.1951	0.0406	0.0541	0.0187	0.0248	0.0187	0.0225	0.0168	0.0116	0.0168	0.0219
chr2L	5277024	5277212	chr2L:5277025-5277212	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.127	0.0256	0.0109	0.1357	0.0471	0.2807	0.066	0.1357	0.0248	0.0341	0.0248	0.0201	0.0168	0.0123	0.0168	0.0125
chr2L	5277214	5277492	chr2L:5277215-5277492	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_27	Unspecified_HC_27	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0775	0.1734	0.0353	0.0166	0.2185	0.0612	0.3612	0.1019	0.2185	0.0423	0.0421	0.0423	0.0279	0.0291	0.0135	0.0291	0.0177
chr2L	5277844	5278187	chr2L:5277845-5278187	FBgn0000228	Bsg25D	stage11	none	Unspecified_HC_27	Unspecified_HC_27	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0768	0.0922	0.083	0.0526	0.0732	0.0757	0.1553	0.0859	0.0732	0.1008	0.0916	0.1008	0.0868	0.0697	0.0509	0.0697	0.062
chr2L	5278222	5278373	chr2L:5278223-5278373	FBgn0000228	Bsg25D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.069	0.0971	0.0663	0.0308	0.0704	0.0947	0.0839	0.0308	0.128	0.101	0.128	0.1038	0.0835	0.0651	0.0835	0.0719
chr2L	5278466	5278648	chr2L:5278467-5278648	FBgn0000228,FBgn0031696	Bsg25D,Bub1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.165	0.1449	0.1964	0.153	0.0848	0.1699	0.1843	0.1719	0.0848	0.2542	0.2109	0.2542	0.189	0.1608	0.1457	0.1608	0.1876
chr2L	5278700	5278851	chr2L:5278701-5278851	FBgn0000228,FBgn0031696	Bsg25D,Bub1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.0714	0.0948	0.068	0.0477	0.0835	0.0904	0.0846	0.0477	0.1208	0.1023	0.1208	0.0852	0.0789	0.0619	0.0789	0.0709
chr2L	5278944	5279128	chr2L:5278945-5279128	FBgn0000228,FBgn0031696	Bsg25D,Bub1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1435	0.129	0.1678	0.1331	0.0891	0.1383	0.1808	0.1339	0.0891	0.2126	0.1814	0.2126	0.1557	0.1539	0.127	0.1539	0.1569
chr2L	5288824	5289018	chr2L:5288825-5289018	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.094	0.0788	0.1076	0.0961	0.0403	0.0927	0.0965	0.1039	0.0403	0.1008	0.1434	0.1008	0.1294	0.0827	0.1644	0.0827	0.1256
chr2L	5291357	5291534	chr2L:5291358-5291534	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2664.1	VT2664.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0373	0.0178	0.04	0.0561	0.0106	0.0272	0.0195	0.0173	0.0106	0.0296	0.0225	0.0296	0.1332	0.0222	0.0187	0.0222	0.1647
chr2L	5292321	5292646	chr2L:5292322-5292646	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT2666.1	VT2666.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0478	0.0417	0.06	0.0411	0.0095	0.0524	0.0562	0.0446	0.0095	0.0598	0.0363	0.0598	0.1588	0.0329	0.0309	0.0329	0.0881
chr2L	5293004	5293284	chr2L:5293005-5293284	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2666.1	VT2666.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1326	0.058	0.1802	0.1639	0.0148	0.0864	0.0623	0.0653	0.0148	0.2198	0.1714	0.2198	0.3029	0.2297	0.1547	0.2297	0.2673
chr2L	5293381	5293563	chr2L:5293382-5293563	distal	distal	none	none	VT2666.1	VT2666.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0545	0.0277	0.0737	0.0635	0.0106	0.0379	0.029	0.0353	0.0106	0.0888	0.0698	0.0888	0.1325	0.0842	0.0516	0.0842	0.1131
chr2L	5294666	5294817	chr2L:5294667-5294817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0229	0.0115	0.0166	0.0426	0.0032	0.016	0.0177	0.006	0.0032	0.0115	0.0113	0.0115	0.0496	0.0536	0.0232	0.0536	0.0969
chr2L	5294847	5294998	chr2L:5294848-5294998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0242	0.0123	0.0195	0.0425	0.0021	0.0121	0.0242	0.0087	0.0021	0.0139	0.017	0.0139	0.0519	0.0712	0.0232	0.0712	0.0813
chr2L	5296967	5297178	chr2L:5296968-5297178	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2668.1,VT2669.1	VT2668.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0598	0.118	0.1192	0.0191	0.0898	0.0536	0.0866	0.0191	0.1021	0.1611	0.1021	0.1425	0.0919	0.2063	0.0919	0.1683
chr2L	5297678	5297829	chr2L:5297679-5297829	distal	distal	stage14	stage14	VT2668.1,VT2669.1	VT2668.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0302	0.0116	0.024	0.0578	0.0042	0.0126	0.0182	0.01	0.0042	0.0145	0.0334	0.0145	0.0426	0.0322	0.1302	0.0322	0.074
chr2L	5298853	5299004	chr2L:5298854-5299004	distal	distal	none	none	VT2669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.01	0.017	0.0441	0.0053	0.0136	0.0138	0.0087	0.0053	0.0066	0.0186	0.0066	0.0426	0.0337	0.0484	0.0337	0.0948
chr2L	5299189	5299359	chr2L:5299190-5299359	FBgn0016076	vri	none	none	VT2669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0399	0.0122	0.0289	0.083	0.0032	0.0218	0.0151	0.0087	0.0032	0.0127	0.0325	0.0127	0.0736	0.0827	0.1038	0.0827	0.1542
chr2L	5299526	5299677	chr2L:5299527-5299677	FBgn0016076	vri	stage14	none	VT2669.1,VT2670.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0329	0.0115	0.0246	0.0659	0.0053	0.0199	0.0112	0.012	0.0053	0.0121	0.0318	0.0121	0.0527	0.0674	0.0806	0.0674	0.1188
chr2L	5300297	5300607	chr2L:5300298-5300607	distal	distal	stage14	stage14	VT2670.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0536	0.0133	0.0334	0.1209	0.0053	0.0165	0.0199	0.012	0.0053	0.0217	0.0354	0.0217	0.0775	0.0942	0.1934	0.0942	0.1996
chr2L	5301365	5301588	chr2L:5301366-5301588	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2670.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0692	0.0282	0.0835	0.0994	0.0042	0.0447	0.0277	0.0393	0.0042	0.0616	0.1061	0.0616	0.1309	0.1049	0.1831	0.1049	0.1006
chr2L	5305441	5305766	chr2L:5305442-5305766	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2673.1	VT2673.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1977	0.1658	0.2203	0.2087	0.1071	0.217	0.1704	0.2172	0.1071	0.2343	0.2543	0.2343	0.3021	0.2381	0.265	0.2381	0.3179
chr2L	5306537	5306769	chr2L:5306538-5306769	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1137	0.0937	0.1089	0.1413	0.0435	0.1194	0.0934	0.1379	0.0435	0.1347	0.0859	0.1347	0.1325	0.1194	0.0858	0.1194	0.1668
chr2L	5314204	5314360	chr2L:5314205-5314360	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0314	0.0234	0.0195	0.0191	0.0252	0.0441	0.0466	0.0191	0.0248	0.0273	0.0248	0.0217	0.0138	0.0148	0.0138	0.0151
chr2L	5314454	5314605	chr2L:5314455-5314605	FBgn0031697	CG14024	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0213	0.0197	0.0149	0.0127	0.0136	0.0333	0.0326	0.0127	0.026	0.0186	0.026	0.017	0.0123	0.0097	0.0123	0.0099
chr2L	5314715	5314976	chr2L:5314716-5314976	FBgn0031697	CG14024	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0319	0.0264	0.0303	0.0398	0.0064	0.0277	0.0415	0.03	0.0064	0.026	0.0318	0.026	0.0302	0.013	0.011	0.013	0.0188
chr2L	5316839	5317127	chr2L:5316840-5317127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.0532	0.0398	0.0266	0.0403	0.0529	0.0744	0.0626	0.0403	0.0447	0.0473	0.0447	0.0395	0.0299	0.0264	0.0299	0.037
chr2L	5320124	5320275	chr2L:5320125-5320275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0232	0.0267	0.0241	0.0182	0.0117	0.0233	0.0424	0.032	0.0117	0.0266	0.027	0.0266	0.0333	0.0077	0.011	0.0077	0.0459
chr2L	5324947	5325130	chr2L:5324948-5325130	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1447	0.138	0.1685	0.1262	0.0986	0.1529	0.1652	0.1812	0.0986	0.2005	0.1968	0.2005	0.1588	0.1309	0.1502	0.1309	0.1475
chr2L	5325425	5325616	chr2L:5325426-5325616	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2126	0.1825	0.2549	0.1997	0.1347	0.2136	0.2089	0.2298	0.1347	0.3092	0.2801	0.3092	0.2626	0.2175	0.2289	0.2175	0.2147
chr2L	5325777	5326121	chr2L:5325778-5326121	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1233	0.1153	0.1438	0.1099	0.0891	0.1204	0.1432	0.1472	0.0891	0.1727	0.1592	0.1727	0.1518	0.1202	0.1341	0.1202	0.1162
chr2L	5326166	5326379	chr2L:5326167-5326379	FBgn0031698	Ncoa6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1281	0.1063	0.1542	0.1238	0.0732	0.1223	0.1198	0.1419	0.0732	0.1703	0.1743	0.1703	0.1642	0.1417	0.1418	0.1417	0.1324
chr2L	5326660	5326828	chr2L:5326661-5326828	FBgn0015031,FBgn0031698	Ncoa6,cype	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1737	0.1422	0.2107	0.1685	0.0891	0.168	0.1644	0.1965	0.0891	0.2572	0.2312	0.2572	0.1975	0.1723	0.1779	0.1723	0.1866
chr2L	5326943	5327102	chr2L:5326944-5327102	FBgn0015031,FBgn0031698	Ncoa6,cype	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.0535	0.0772	0.0649	0.0361	0.0558	0.0683	0.0713	0.0361	0.0894	0.082	0.0894	0.079	0.0597	0.0754	0.0597	0.0662
chr2L	5327153	5327339	chr2L:5327154-5327339	FBgn0015031,FBgn0031698	Ncoa6,cype	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.1128	0.147	0.1145	0.0764	0.1126	0.1453	0.1486	0.0764	0.1643	0.1611	0.1643	0.1588	0.1233	0.1135	0.1233	0.1376
chr2L	5332808	5332959	chr2L:5332809-5332959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0115	0.0126	0.0118	0.01	0.0064	0.0058	0.0229	0.0167	0.0064	0.0091	0.0148	0.0091	0.017	8e-04	0.0077	8e-04	0.0276
chr2L	5361901	5362052	chr2L:5361902-5362052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.028	0.0296	0.0192	0.0095	0.035	0.0355	0.0386	0.0095	0.0223	0.0363	0.0223	0.0341	0.0245	0.0193	0.0245	0.0214
chr2L	5362134	5362788	chr2L:5362135-5362788	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1162	0.1484	0.1127	0.071	0.1063	0.1622	0.1559	0.071	0.0864	0.1929	0.0864	0.1673	0.1654	0.0993	0.1654	0.0829
chr2L	5363167	5363318	chr2L:5363168-5363318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0286	0.0405	0.0282	0.0159	0.0286	0.0209	0.0705	0.0506	0.0286	0.0272	0.0383	0.0272	0.0232	0.0184	0.0181	0.0184	0.0151
chr2L	5363761	5363912	chr2L:5363762-5363912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0254	0.039	0.0249	0.0107	0.0276	0.0214	0.0636	0.0566	0.0276	0.0109	0.0399	0.0109	0.0225	0.0153	0.0097	0.0153	0.0104
chr2L	5365742	5365928	chr2L:5365743-5365928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.0776	0.1265	0.0891	0.0477	0.0913	0.0943	0.0926	0.0477	0.1534	0.1408	0.1534	0.1193	0.1049	0.1032	0.1049	0.1016
chr2L	5366003	5366187	chr2L:5366004-5366187	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.077	0.1278	0.0946	0.0424	0.0932	0.0947	0.0919	0.0424	0.1528	0.1453	0.1528	0.1162	0.0957	0.1057	0.0957	0.1084
chr2L	5366498	5366751	chr2L:5366499-5366751	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0499	0.0373	0.0244	0.0318	0.0408	0.0636	0.0693	0.0318	0.0338	0.0476	0.0338	0.0349	0.0214	0.0361	0.0214	0.0297
chr2L	5366975	5367276	chr2L:5366976-5367276	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0365	0.046	0.0414	0.0205	0.0148	0.0578	0.0528	0.066	0.0148	0.0477	0.0563	0.0477	0.0248	0.0191	0.0438	0.0191	0.0141
chr2L	5367732	5367883	chr2L:5367733-5367883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0128	0.0171	0.0124	0.0074	0.0136	0.0195	0.0127	0.0074	0.0145	0.0264	0.0145	0.0085	0.01	0.0251	0.01	0.0115
chr2L	5370741	5370892	chr2L:5370742-5370892	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0169	0.0345	0.0103	0.0043	0.0223	0.0223	0.0588	0.04	0.0223	0.0097	0.0109	0.0097	0.0116	0.0061	0.0039	0.0061	0.0036
chr2L	5376488	5376639	chr2L:5376489-5376639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0142	0.0198	0.0171	0.0064	0.017	0.0199	0.016	0.0064	0.0169	0.0309	0.0169	0.0093	0.0107	0.0548	0.0107	0.0042
chr2L	5377111	5377262	chr2L:5377112-5377262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0218	0.0204	0.033	0.011	0.0095	0.0257	0.0251	0.0233	0.0095	0.0658	0.0357	0.0658	0.0147	0.0107	0.0193	0.0107	0.0099
chr2L	5377315	5377488	chr2L:5377316-5377488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0336	0.0377	0.0128	0.0095	0.0563	0.0355	0.034	0.0095	0.093	0.0344	0.093	0.0124	0.0153	0.0219	0.0153	0.0141
chr2L	5378822	5378973	chr2L:5378823-5378973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0128	0.0197	0.0189	0.0042	0.0131	0.019	0.0167	0.0042	0.0199	0.0264	0.0199	0.0132	0.0077	0.0464	0.0077	0.0198
chr2L	5379276	5379497	chr2L:5379277-5379497	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0122	0.0313	0.0189	0.0042	0.017	0.0143	0.0153	0.0042	0.0393	0.0434	0.0393	0.0217	0.01	0.0535	0.01	0.012
chr2L	5381347	5381767	chr2L:5381348-5381767	FBgn0262097	CG42850	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0455	0.078	0.0448	0.01	0.0255	0.1034	0.0446	0.1712	0.0255	0.0737	0.0569	0.0737	0.0155	0.0107	0.0084	0.0107	0.0063
chr2L	5381912	5382148	chr2L:5381913-5382148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0272	0.0422	0.027	0.0104	0.0106	0.067	0.0337	0.066	0.0106	0.0495	0.0289	0.0495	0.0108	0.0046	0.0071	0.0046	0.0052
chr2L	5382174	5382325	chr2L:5382175-5382325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0178	0.025	0.0189	0.0084	0.0085	0.0325	0.0203	0.0466	0.0085	0.0338	0.0203	0.0338	0.0077	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2L	5383189	5383340	chr2L:5383190-5383340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0143	0.0141	0.0213	0.0067	0.0032	0.0194	0.0169	0.0187	0.0032	0.0145	0.0334	0.0145	0.0155	0.0054	0.0148	0.0054	0.0047
chr2L	5391902	5392148	chr2L:5391903-5392148	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0395	0.0562	0.048	0.0116	0.018	0.0612	0.0493	0.1126	0.018	0.0507	0.0505	0.0507	0.0163	0.013	0.0155	0.013	0.0073
chr2L	5392223	5392374	chr2L:5392224-5392374	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0226	0.0379	0.0222	0.006	0.0159	0.033	0.0303	0.0953	0.0159	0.0127	0.0254	0.0127	0.0116	0.0061	0.0071	0.0061	0.0031
chr2L	5392926	5393077	chr2L:5392927-5393077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0168	0.0198	0.0254	0.0039	0.0085	0.0194	0.0277	0.028	0.0085	0.0145	0.0476	0.0145	0.0116	0.0069	0.0064	0.0069	0.0016
chr2L	5399187	5399367	chr2L:5399188-5399367	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0354	0.0304	0.0613	0.0125	0.0042	0.0354	0.0242	0.0693	0.0042	0.0248	0.1273	0.0248	0.0132	0.0153	0.029	0.0153	0.0057
chr2L	5400706	5400857	chr2L:5400707-5400857	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0204	0.0391	0.0168	0.0033	0.0106	0.0408	0.0402	0.072	0.0106	0.0223	0.0174	0.0223	0.0077	8e-04	0.0039	8e-04	0.0036
chr2L	5403660	5403882	chr2L:5403661-5403882	FBgn0016660	H15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2939	0.2909	0.3358	0.2514	0.2375	0.3437	0.3248	0.3584	0.2375	0.4263	0.3621	0.4263	0.3013	0.2818	0.2766	0.2818	0.271
chr2L	5410466	5410782	chr2L:5410467-5410782	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0668	0.1481	0.0344	0.0117	0.105	0.1262	0.1522	0.2751	0.105	0.0223	0.0402	0.0223	0.0186	0.0061	0.0103	0.0061	0.0151
chr2L	5412121	5412309	chr2L:5412122-5412309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0535	0.0223	0.0077	0.0488	0.0393	0.0934	0.0453	0.0488	0.0199	0.026	0.0199	0.024	0.0092	0.0103	0.0092	0.0057
chr2L	5412542	5412710	chr2L:5412543-5412710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0515	0.0082	0.0079	0.0403	0.0262	0.1051	0.0446	0.0403	0.0085	0.0077	0.0085	0.0062	0.0084	0.0026	0.0084	0.0042
chr2L	5414630	5414888	chr2L:5414631-5414888	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0546	0.0693	0.0698	0.0216	0.0276	0.0835	0.0822	0.0979	0.0276	0.0888	0.0897	0.0888	0.038	0.026	0.0213	0.026	0.0214
chr2L	5418201	5418384	chr2L:5418202-5418384	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0393	0.0359	0.0666	0.0132	0.0106	0.0466	0.0251	0.0726	0.0106	0.0344	0.127	0.0344	0.0155	0.0077	0.0206	0.0077	0.0031
chr2L	5418694	5418845	chr2L:5418695-5418845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0149	0.0158	0.022	0.0063	0.0053	0.017	0.0234	0.0187	0.0053	0.0091	0.0402	0.0091	0.0124	0.0038	0.011	0.0038	0.0052
chr2L	5421696	5421878	chr2L:5421697-5421878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.0217	0.0299	0.0437	0.0064	0.0223	0.0303	0.03	0.0064	0.0169	0.0289	0.0169	0.0349	0.0161	0.0258	0.0161	0.0261
chr2L	5423057	5423208	chr2L:5423058-5423208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0143	0.0284	0.0096	0.0085	0.0146	0.0177	0.022	0.0085	0.0266	0.0479	0.0266	0.0124	0.0077	0.0226	0.0077	0.0047
chr2L	5423299	5423450	chr2L:5423300-5423450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0146	0.0137	0.0218	0.0078	0.0053	0.015	0.0208	0.012	0.0053	0.0399	0.0232	0.0399	0.0116	0.0084	0.0142	0.0084	0.0047
chr2L	5423607	5423758	chr2L:5423608-5423758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0176	0.0142	0.0272	0.0109	0.0021	0.0223	0.0177	0.0107	0.0021	0.0707	0.0193	0.0707	0.0139	0.0199	0.0168	0.0199	0.0052
chr2L	5423904	5424055	chr2L:5423905-5424055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0153	0.0117	0.0214	0.0127	0.0032	0.0136	0.0177	0.01	0.0032	0.0489	0.0164	0.0489	0.0139	0.0329	0.0077	0.0329	0.0104
chr2L	5424109	5424260	chr2L:5424110-5424260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0132	0.0092	0.0154	0.0153	0	0.0121	0.0121	0.01	0	0.0362	0.0119	0.0362	0.0077	0.0413	0.0097	0.0413	0.0156
chr2L	5424471	5424622	chr2L:5424472-5424622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0123	0.0105	0.0181	0.0081	0.0032	0.0184	0.0099	0.0133	0.0032	0.0501	0.0122	0.0501	0.0077	0.0237	0.0039	0.0237	0.0052
chr2L	5424630	5424781	chr2L:5424631-5424781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0193	0.0174	0.0292	0.0106	0.0042	0.0286	0.0186	0.02	0.0042	0.0827	0.018	0.0827	0.0124	0.0245	0.0077	0.0245	0.0089
chr2L	5425321	5425472	chr2L:5425322-5425472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0146	0.0169	0.0187	0.0064	0.0121	0.0238	0.016	0.0064	0.0169	0.018	0.0169	0.0085	0.0084	0.0142	0.0084	0.0052
chr2L	5425657	5425808	chr2L:5425658-5425808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0146	0.0178	0.0199	0.0074	0.017	0.0216	0.0133	0.0074	0.0139	0.0196	0.0139	0.0077	0.0054	0.0155	0.0054	0.0099
chr2L	5427227	5427465	chr2L:5427228-5427465	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0293	0.0218	0.0354	0.0311	0.0074	0.0233	0.0316	0.0266	0.0074	0.0453	0.0437	0.0453	0.0147	0.1057	0.0168	0.1057	0.0109
chr2L	5428093	5428244	chr2L:5428094-5428244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.011	0.0207	0.0091	0.0053	0.0083	0.0169	0.0153	0.0053	0.0236	0.0305	0.0236	0.007	0.0077	0.0239	0.0077	0.0031
chr2L	5429503	5429654	chr2L:5429504-5429654	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0163	0.0247	0.0164	0.007	0.0159	0.018	0.0394	0.032	0.0159	0.0187	0.0196	0.0187	0.0147	0.0069	0.009	0.0069	0.0063
chr2L	5430716	5431005	chr2L:5430717-5431005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0331	0.0236	0.0478	0.0276	0.0159	0.0272	0.0298	0.024	0.0159	0.0368	0.0556	0.0368	0.0225	0.023	0.0426	0.023	0.0234
chr2L	5431066	5431320	chr2L:5431067-5431320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0232	0.0516	0.024	0.0095	0.0238	0.0324	0.028	0.0095	0.0368	0.0489	0.0368	0.0124	0.0107	0.0181	0.0107	0.0125
chr2L	5431927	5432154	chr2L:5431928-5432154	FBgn0263866	CR43713	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0332	0.0209	0.0377	0.0421	0.0095	0.0194	0.0329	0.0227	0.0095	0.0127	0.017	0.0127	0.0194	0.0092	0.0064	0.0092	0.0125
chr2L	5432917	5433116	chr2L:5432918-5433116	FBgn0263867	CR43714	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0236	0.0303	0.0185	0.0106	0.018	0.0411	0.028	0.0106	0.0242	0.0312	0.0242	0.0294	0.0115	0.0148	0.0115	0.0099
chr2L	5433240	5433391	chr2L:5433241-5433391	FBgn0263867	CR43714	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0182	0.0298	0.0141	0.0085	0.0141	0.0242	0.0313	0.0085	0.026	0.0238	0.026	0.0209	0.0092	0.0064	0.0092	0.0063
chr2L	5437680	5437874	chr2L:5437681-5437874	FBgn0086033	snoRNA:Me28S-A2486	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0137	0.0193	0.029	0.0021	0.0121	0.0234	0.0173	0.0021	0.0248	0.0238	0.0248	0.0101	0.0865	0.0284	0.0865	0.013
chr2L	5442645	5442796	chr2L:5442646-5442796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0133	0.0325	0.0249	0.0021	0.0146	0.0195	0.018	0.0021	0.0205	0.0511	0.0205	0.0302	0.0123	0.0703	0.0123	0.0162
chr2L	5442863	5443014	chr2L:5442864-5443014	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0143	0.0258	0.0295	0.0064	0.017	0.0221	0.0127	0.0064	0.0103	0.0463	0.0103	0.0163	0.01	0.0967	0.01	0.0109
chr2L	5443434	5443626	chr2L:5443435-5443626	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0197	0.027	0.0246	0.0095	0.0194	0.0294	0.0227	0.0095	0.0205	0.0405	0.0205	0.0194	0.0077	0.0799	0.0077	0.0089
chr2L	5445618	5445798	chr2L:5445619-5445798	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0115	0.0268	0.0475	0.0032	0.015	0.0177	0.0093	0.0032	0.0109	0.0125	0.0109	0.0108	0.01	0.0084	0.01	0.0109
chr2L	5446356	5446594	chr2L:5446357-5446594	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0196	0.0439	0.0728	0.0117	0.0175	0.0281	0.024	0.0117	0.0205	0.0244	0.0205	0.0147	0.0191	0.0123	0.0191	0.024
chr2L	5448290	5448454	chr2L:5448291-5448454	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0126	0.0192	0.0287	0.0011	0.0121	0.0195	0.0173	0.0011	0.0145	0.0113	0.0145	0.0054	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chr2L	5451827	5451978	chr2L:5451828-5451978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0092	0.0108	0.0106	0.0021	0.0102	0.0125	0.0113	0.0021	0.0133	0.0106	0.0133	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0063
chr2L	5452134	5452285	chr2L:5452135-5452285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0138	0.0171	0.0174	0.0032	0.0141	0.0182	0.022	0.0032	0.0236	0.0167	0.0236	0.007	0.0031	0.0064	0.0031	0.0057
chr2L	5452890	5453041	chr2L:5452891-5453041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0112	0.0203	0.0142	0.0032	0.0117	0.0147	0.0167	0.0032	0.0272	0.0193	0.0272	0.0155	0.0314	0.0077	0.0314	0.0083
chr2L	5453260	5453641	chr2L:5453261-5453641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0322	0.026	0.0391	0.0316	0.0106	0.034	0.0376	0.0233	0.0106	0.0791	0.0347	0.0791	0.0248	0.0536	0.0251	0.0536	0.0203
chr2L	5453797	5454001	chr2L:5453798-5454001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0239	0.0167	0.032	0.0231	0.0021	0.0209	0.0242	0.0213	0.0021	0.0586	0.0344	0.0586	0.0186	0.0513	0.0258	0.0513	0.0162
chr2L	5454433	5454584	chr2L:5454434-5454584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0149	0.0142	0.0227	0.0071	0.0042	0.0175	0.0173	0.0213	0.0042	0.0163	0.0209	0.0163	0.0263	0.0107	0.0058	0.0107	0.0068
chr2L	5454637	5454788	chr2L:5454638-5454788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0134	0.0133	0.0201	0.0061	0.0011	0.015	0.0182	0.02	0.0011	0.0175	0.0193	0.0175	0.0124	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chr2L	5455597	5455825	chr2L:5455598-5455825	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0351	0.0592	0.0339	0.0096	0.0223	0.0655	0.0679	0.0893	0.0223	0.0556	0.0354	0.0556	0.0124	0.0115	0.009	0.0115	0.0063
chr2L	5456476	5456695	chr2L:5456477-5456695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0379	0.048	0.0552	0.0075	0.0085	0.0723	0.032	0.0899	0.0085	0.1329	0.0498	0.1329	0.0108	0.0054	0.0077	0.0054	0.0047
chr2L	5457042	5457193	chr2L:5457043-5457193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0207	0.0391	0.018	0.0031	0.0255	0.0233	0.0372	0.0946	0.0255	0.0332	0.0206	0.0332	0.0062	0.0046	0.0019	0.0046	0.0026
chr2L	5459652	5459803	chr2L:5459653-5459803	distal	distal	none	none	GJ5451	GJ5451	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0205	0.0293	0.0259	0.0047	0.0021	0.0621	0.026	0.0253	0.0021	0.0664	0.0212	0.0664	0.0101	0.0069	0.0039	0.0069	0.0031
chr2L	5461270	5461652	chr2L:5461271-5461652	FBgn0261963	mid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3844	0.374	0.4584	0.315	0.3224	0.4427	0.3962	0.4704	0.3224	0.5368	0.527	0.5368	0.3633	0.3247	0.3881	0.3247	0.3028
chr2L	5464735	5465008	chr2L:5464736-5465008	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.051	0.0754	0.0586	0.0153	0.0233	0.0539	0.0528	0.2099	0.0233	0.035	0.1068	0.035	0.0256	0.01	0.0322	0.01	0.0068
chr2L	5465241	5465392	chr2L:5465242-5465392	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0292	0.0265	0.0478	0.0118	0.0074	0.0311	0.019	0.06	0.0074	0.0441	0.081	0.0441	0.0201	0.0115	0.0232	0.0115	0.0057
chr2L	5467902	5468200	chr2L:5467903-5468200	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0706	0.073	0.0989	0.0368	0.035	0.1039	0.0476	0.1312	0.035	0.1594	0.1225	0.1594	0.0542	0.0375	0.0696	0.0375	0.0297
chr2L	5468608	5469071	chr2L:5468609-5469071	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0736	0.0376	0.098	0.087	0.0085	0.0636	0.0407	0.0386	0.0085	0.195	0.0984	0.195	0.0573	0.2029	0.0993	0.2029	0.0672
chr2L	5471912	5472139	chr2L:5471913-5472139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0316	0.0489	0.0293	0.0148	0.0297	0.0383	0.064	0.0759	0.0297	0.0229	0.0264	0.0229	0.007	0.0092	0.0123	0.0092	0.0047
chr2L	5472542	5472693	chr2L:5472543-5472693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0196	0.028	0.0198	0.01	0.0138	0.0408	0.032	0.0346	0.0138	0.0356	0.0215	0.0356	0.0093	0.0199	0.0077	0.0199	0.0078
chr2L	5473546	5473697	chr2L:5473547-5473697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0351	0.0197	0.0077	0.0297	0.0214	0.0606	0.036	0.0297	0.0248	0.0209	0.0248	0.017	0.0054	0.0077	0.0054	0.0089
chr2L	5473979	5474168	chr2L:5473980-5474168	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0431	0.1017	0.017	0.0064	0.1336	0.0485	0.1795	0.0959	0.1336	0.0236	0.0228	0.0236	0.0093	0.0031	0.011	0.0031	0.0047
chr2L	5474185	5474446	chr2L:5474186-5474446	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0382	0.087	0.018	0.0058	0.1018	0.0461	0.1445	0.0926	0.1018	0.0229	0.0248	0.0229	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0036
chr2L	5474756	5474979	chr2L:5474757-5474979	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0326	0.0383	0.0463	0.0113	0.0159	0.0417	0.0398	0.0626	0.0159	0.0314	0.0855	0.0314	0.0155	0.0069	0.0284	0.0069	0.0078
chr2L	5475342	5475493	chr2L:5475343-5475493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0214	0.0253	0.0255	0.0125	0.0106	0.0267	0.0255	0.0453	0.0106	0.0242	0.0376	0.0242	0.017	0.01	0.0168	0.01	0.0109
chr2L	5476622	5476820	chr2L:5476623-5476820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0301	0.0249	0.0416	0.0231	0.0127	0.0291	0.0333	0.03	0.0127	0.0356	0.0534	0.0356	0.062	0.0107	0.0477	0.0107	0.0281
chr2L	5476906	5477116	chr2L:5476907-5477116	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0336	0.0287	0.0475	0.0238	0.0095	0.032	0.0415	0.036	0.0095	0.0405	0.065	0.0405	0.0651	0.0176	0.0535	0.0176	0.0245
chr2L	5477294	5477445	chr2L:5477295-5477445	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0206	0.0307	0.0166	0.0053	0.0238	0.0324	0.0227	0.0053	0.0248	0.0469	0.0248	0.024	0.0107	0.0413	0.0107	0.0146
chr2L	5477500	5477651	chr2L:5477501-5477651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.015	0.0227	0.0136	0.0085	0.0175	0.0212	0.0167	0.0085	0.0169	0.0389	0.0169	0.0101	0.0077	0.0413	0.0077	0.0078
chr2L	5478901	5479052	chr2L:5478902-5479052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0126	0.0152	0.0139	0.0032	0.0155	0.0164	0.0153	0.0032	0.0193	0.0161	0.0193	0.0139	0.0138	0.0258	0.0138	0.0063
chr2L	5480296	5480447	chr2L:5480297-5480447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0152	0.0142	0.024	0.0068	0.0042	0.017	0.0225	0.0127	0.0042	0.0326	0.0363	0.0326	0.007	0.0061	0.0097	0.0061	0.0063
chr2L	5484396	5484547	chr2L:5484397-5484547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0138	0.0203	0.0138	0.0053	0.0141	0.0216	0.0167	0.0053	0.0169	0.0315	0.0169	0.0163	0.0084	0.0393	0.0084	0.0073
chr2L	5484570	5484721	chr2L:5484571-5484721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0121	0.0183	0.0132	0.0053	0.0146	0.0182	0.0127	0.0053	0.0187	0.0273	0.0187	0.0116	0.0092	0.0342	0.0092	0.0094
chr2L	5488388	5488539	chr2L:5488389-5488539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0142	0.0157	0.0183	0.0079	0.0074	0.0146	0.0234	0.02	0.0074	0.0193	0.018	0.0193	0.0085	0.0077	0.0103	0.0077	0.0057
chr2L	5489190	5489367	chr2L:5489191-5489367	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0278	0.0383	0.0383	0.0095	0.0296	0.0411	0.0346	0.0095	0.0133	0.0315	0.0133	0.0116	0.0031	0.0116	0.0031	0.0104
chr2L	5489803	5490027	chr2L:5489804-5490027	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0467	0.0307	0.0753	0.0333	0.0085	0.0311	0.0329	0.058	0.0085	0.0435	0.1309	0.0435	0.0403	0.0268	0.0825	0.0268	0.0156
chr2L	5491158	5491309	chr2L:5491159-5491309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0148	0.0111	0.0245	0.0084	0.0053	0.0092	0.0182	0.0147	0.0053	0.0405	0.0238	0.0405	0.0139	0.0153	0.009	0.0153	0.0036
chr2L	5491481	5491632	chr2L:5491482-5491632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0179	0.0192	0.024	0.0097	0.0085	0.017	0.0268	0.0286	0.0085	0.0447	0.0277	0.0447	0.0093	0.0115	0.0129	0.0115	0.0078
chr2L	5495801	5495952	chr2L:5495802-5495952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0086	0.0081	0.0086	0.0092	0.0032	0.0053	0.0143	0.0113	0.0032	0.0097	0.0132	0.0097	0.0039	0.0031	0.0297	0.0031	0.0052
chr2L	5496625	5496824	chr2L:5496626-5496824	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0171	0.0301	0.029	0.0127	0.0165	0.0251	0.018	0.0127	0.0211	0.0521	0.0211	0.0108	0.0077	0.0967	0.0077	0.0115
chr2L	5496952	5497103	chr2L:5496953-5497103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0096	0.0175	0.0209	0.0032	0.0107	0.0169	0.008	0.0032	0.0103	0.0312	0.0103	0.0093	0.0092	0.0703	0.0092	0.0047
chr2L	5500481	5500672	chr2L:5500482-5500672	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0301	0.0434	0.0306	0.0146	0.0318	0.0393	0.0575	0.0626	0.0318	0.0495	0.0331	0.0495	0.0217	0.023	0.0123	0.023	0.0214
chr2L	5501970	5502121	chr2L:5501971-5502121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.013	0.0209	0.0095	0.0078	0.0127	0.0141	0.0411	0.0213	0.0127	0.0139	0.009	0.0139	0.0077	0.0061	0.009	0.0061	0.0068
chr2L	5502992	5503143	chr2L:5502993-5503143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.013	0.017	0.0156	0.0011	0.0117	0.0199	0.018	0.0011	0.0163	0.0244	0.0163	0.0132	0.0107	0.0342	0.0107	0.0151
chr2L	5504834	5504985	chr2L:5504835-5504985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0141	0.0222	0.0123	0.0071	0.0127	0.0141	0.0454	0.0153	0.0127	0.0127	0.0174	0.0127	0.0077	0.0054	0.0187	0.0054	0.0031
chr2L	5505160	5505311	chr2L:5505161-5505311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0131	0.0136	0.013	0.0042	0.0092	0.0247	0.0127	0.0042	0.0097	0.0228	0.0097	0.0093	0.0061	0.0387	0.0061	0.0073
chr2L	5505451	5505602	chr2L:5505452-5505602	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0135	0.0173	0.0139	0.0032	0.0165	0.0186	0.0173	0.0032	0.0145	0.027	0.0145	0.0132	0.0123	0.038	0.0123	0.0089
chr2L	5505635	5505817	chr2L:5505636-5505817	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0176	0.0216	0.0152	0.0085	0.0184	0.0247	0.024	0.0085	0.0133	0.035	0.0133	0.0163	0.01	0.0426	0.01	0.0104
chr2L	5507675	5507959	chr2L:5507676-5507959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0196	0.0166	0.0272	0.0146	0.0011	0.018	0.0225	0.026	0.0011	0.0236	0.0376	0.0236	0.0054	0.0046	0.0155	0.0046	0.0068
chr2L	5508182	5508339	chr2L:5508183-5508339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0188	0.0123	0.0209	0.0235	0.0042	0.0107	0.0234	0.01	0.0042	0.0139	0.0196	0.0139	0.0139	0.0054	0.0077	0.0054	0.0063
chr2L	5510319	5510496	chr2L:5510320-5510496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0165	0.0145	0.0137	0.0217	0.0042	0.0121	0.0285	0.0133	0.0042	0.0054	0.0106	0.0054	0.0023	0.0077	0.0064	0.0077	0.0078
chr2L	5510599	5511007	chr2L:5510600-5511007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0259	0.0203	0.0256	0.0324	0.0042	0.0155	0.0398	0.0207	0.0042	0.0145	0.0206	0.0145	0.0124	0.0107	0.009	0.0107	0.0172
chr2L	5515080	5515231	chr2L:5515081-5515231	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0234	0.0165	0.0256	0.0127	0.0233	0.0285	0.0333	0.0127	0.0169	0.0154	0.0169	0.0093	0.0015	0.0077	0.0015	0.0063
chr2L	5517498	5517649	chr2L:5517499-5517649	FBgn0031707	CG14020	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.04	0.0246	0.0104	0.0286	0.0306	0.0558	0.0546	0.0286	0.0284	0.0277	0.0284	0.0163	0.0031	0.0097	0.0031	0.0073
chr2L	5519503	5519735	chr2L:5519504-5519735	FBgn0000318,FBgn0031708	CG7382,cl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0583	0.0703	0.0483	0.0329	0.0684	0.0779	0.0646	0.0329	0.0827	0.0859	0.0827	0.0635	0.0429	0.0516	0.0429	0.0537
chr2L	5519832	5520003	chr2L:5519833-5520003	FBgn0000318,FBgn0031708	CG7382,cl	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1044	0.0852	0.1212	0.1075	0.053	0.1024	0.1025	0.1066	0.053	0.1443	0.1437	0.1443	0.1193	0.1164	0.1141	0.1164	0.1329
chr2L	5520113	5520325	chr2L:5520114-5520325	FBgn0000318,FBgn0031708	CG7382,cl	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0964	0.0556	0.1046	0.133	0.0223	0.0796	0.0597	0.0733	0.0223	0.1069	0.1161	0.1069	0.1317	0.1348	0.147	0.1348	0.1751
chr2L	5520566	5520717	chr2L:5520567-5520717	FBgn0000318	cl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0351	0.0233	0.0362	0.0471	0.0148	0.0316	0.0268	0.026	0.0148	0.032	0.0383	0.032	0.0596	0.0383	0.0554	0.0383	0.0677
chr2L	5523612	5523763	chr2L:5523613-5523763	FBgn0031710,FBgn0031711	CG6907,CG7371	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0521	0.0442	0.0598	0.0525	0.0201	0.0534	0.0541	0.0513	0.0201	0.067	0.0685	0.067	0.0635	0.0467	0.0574	0.0467	0.062
chr2L	5523824	5523984	chr2L:5523825-5523984	FBgn0031710,FBgn0031711	CG6907,CG7371	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0824	0.0672	0.0881	0.0933	0.0424	0.0859	0.0709	0.0859	0.0424	0.0966	0.1039	0.0966	0.086	0.0972	0.1019	0.0972	0.1032
chr2L	5524194	5524386	chr2L:5524195-5524386	FBgn0031710,FBgn0031711	CG6907,CG7371	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1076	0.0936	0.1203	0.1092	0.0668	0.1141	0.0995	0.1219	0.0668	0.1479	0.1421	0.1479	0.1022	0.1087	0.1083	0.1087	0.1308
chr2L	5525805	5525973	chr2L:5525806-5525973	FBgn0051989	Cap-D3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1045	0.0967	0.1292	0.0861	0.0742	0.1117	0.1176	0.1206	0.0742	0.1655	0.1424	0.1655	0.1294	0.0904	0.0916	0.0904	0.1068
chr2L	5526135	5526286	chr2L:5526136-5526286	FBgn0051989	Cap-D3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.041	0.049	0.0281	0.0191	0.0417	0.0541	0.0566	0.0191	0.0664	0.0476	0.0664	0.0496	0.0345	0.0303	0.0345	0.0302
chr2L	5526516	5526711	chr2L:5526517-5526711	FBgn0051648	CG31648	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.056	0.0734	0.0389	0.0265	0.0578	0.0761	0.0726	0.0265	0.0912	0.0781	0.0912	0.0728	0.0459	0.04	0.0459	0.0459
chr2L	5526835	5527042	chr2L:5526836-5527042	FBgn0051648	CG31648	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1148	0.1039	0.1396	0.0998	0.0541	0.1223	0.1215	0.1392	0.0541	0.1902	0.1405	0.1902	0.1379	0.1026	0.1038	0.1026	0.1214
chr2L	5527989	5528201	chr2L:5527990-5528201	FBgn0051915	CG31915	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1045	0.087	0.1296	0.0966	0.0498	0.1141	0.0973	0.1019	0.0498	0.2095	0.1132	0.2095	0.1472	0.1432	0.0722	0.1432	0.1381
chr2L	5531894	5532082	chr2L:5531895-5532082	FBgn0031713	CG7277	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0366	0.0302	0.0424	0.0376	0.0212	0.032	0.0411	0.034	0.0212	0.0586	0.037	0.0586	0.0604	0.0429	0.04	0.0429	0.0552
chr2L	5532157	5532331	chr2L:5532158-5532331	FBgn0031713	CG7277	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0424	0.0666	0.0735	0.0233	0.0485	0.0493	0.062	0.0233	0.0845	0.0633	0.0845	0.0999	0.0911	0.0819	0.0911	0.0959
chr2L	5532436	5532608	chr2L:5532437-5532608	FBgn0031713	CG7277	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0297	0.0402	0.039	0.0117	0.0291	0.0389	0.0453	0.0117	0.0495	0.0405	0.0495	0.0519	0.049	0.0426	0.049	0.0563
chr2L	5536931	5537082	chr2L:5536932-5537082	FBgn0031715	tomb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0239	0.0236	0.0202	0.017	0.0267	0.0311	0.0293	0.017	0.0236	0.0248	0.0236	0.0302	0.0375	0.0155	0.0375	0.0281
chr2L	5537171	5537400	chr2L:5537172-5537400	FBgn0031715	tomb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0424	0.04	0.0477	0.0391	0.0223	0.0461	0.0489	0.0513	0.0223	0.0513	0.0492	0.0513	0.0635	0.0551	0.0316	0.0551	0.0641
chr2L	5539149	5539300	chr2L:5539150-5539300	FBgn0031716	CG14015	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0354	0.0444	0.0325	0.0285	0.035	0.0461	0.0519	0.066	0.035	0.0386	0.0286	0.0386	0.0302	0.0153	0.0077	0.0153	0.0188
chr2L	5541975	5542167	chr2L:5541976-5542167	FBgn0002525,FBgn0014189	Hel25E,Lam	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0971	0.1203	0.0751	0.0721	0.1058	0.1254	0.1146	0.0721	0.1425	0.1376	0.1425	0.0968	0.075	0.0793	0.075	0.0808
chr2L	5542215	5542396	chr2L:5542216-5542396	FBgn0002525,FBgn0014189	Hel25E,Lam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1716	0.1629	0.1986	0.1517	0.1103	0.1796	0.1929	0.2192	0.1103	0.2518	0.2135	0.2518	0.1867	0.1516	0.1528	0.1516	0.1824
chr2L	5542445	5542636	chr2L:5542446-5542636	FBgn0002525,FBgn0014189	Hel25E,Lam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1934	0.1803	0.2272	0.171	0.1177	0.1971	0.2314	0.2185	0.1177	0.2899	0.2399	0.2899	0.2262	0.1738	0.1786	0.1738	0.2064
chr2L	5542932	5543118	chr2L:5542933-5543118	FBgn0002525	Lam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2032	0.1861	0.2387	0.1834	0.1304	0.2301	0.2037	0.2292	0.1304	0.2947	0.2614	0.2947	0.2262	0.2067	0.1954	0.2067	0.2183
chr2L	5543346	5543497	chr2L:5543347-5543497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.046	0.0621	0.0574	0.0223	0.0553	0.0567	0.0606	0.0223	0.0815	0.0576	0.0815	0.0736	0.0842	0.0741	0.0842	0.0698
chr2L	5546222	5546536	chr2L:5546223-5546536	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1197	0.1139	0.1169	0.1294	0.0774	0.1311	0.1445	0.1279	0.0774	0.1135	0.137	0.1135	0.1348	0.1807	0.2102	0.1807	0.1329
chr2L	5546739	5546963	chr2L:5546740-5546963	FBgn0031717	Oscillin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1358	0.1063	0.1405	0.1635	0.0636	0.1393	0.1224	0.1233	0.0636	0.1461	0.1457	0.1461	0.1875	0.206	0.1928	0.206	0.1944
chr2L	5546984	5547232	chr2L:5546985-5547232	FBgn0031717	Oscillin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1765	0.1633	0.1966	0.1693	0.0954	0.2068	0.1782	0.2112	0.0954	0.2059	0.2051	0.2059	0.2246	0.193	0.1663	0.193	0.2027
chr2L	5547440	5547737	chr2L:5547441-5547737	FBgn0031717	Oscillin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0726	0.0791	0.083	0.0539	0.0498	0.0937	0.0969	0.0919	0.0498	0.0809	0.0759	0.0809	0.1418	0.0528	0.0406	0.0528	0.0928
chr2L	5550810	5550988	chr2L:5550811-5550988	FBgn0031718	CG14014	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0986	0.0131	0.0077	0.088	0.0291	0.2331	0.0526	0.088	0.0103	0.0174	0.0103	0.0124	0.0092	0.0084	0.0092	0.0089
chr2L	5551918	5552069	chr2L:5551919-5552069	FBgn0031719	CG18269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0205	0.0437	0.0105	0.0056	0.0085	0.0141	0.1194	0.0153	0.0085	0.0127	0.0135	0.0127	0.0077	0.0084	0.0077	0.0084	0.0031
chr2L	5552284	5552435	chr2L:5552285-5552435	FBgn0031719	CG18269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0312	0.0085	0.0042	0.0032	0.0092	0.0804	0.018	0.0032	0.0133	0.01	0.0133	0.0054	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr2L	5554950	5555101	chr2L:5554951-5555101	FBgn0004620	GluRIIA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0114	0.0123	0.0071	0.015	0.0042	0.0112	0.0221	0.0113	0.0042	0.0115	0.008	0.0115	0.0062	0.0551	0.0058	0.0551	0.0057
chr2L	5558722	5558873	chr2L:5558723-5558873	FBgn0020429	GluRIIB	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0103	0.0096	0.0061	0.0157	0	0.0049	0.0203	0.0107	0	0.0115	0.0029	0.0115	0.0054	0.0567	0.0084	0.0567	0.0073
chr2L	5559159	5559310	chr2L:5559160-5559310	FBgn0020429	GluRIIB	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0193	0.0174	0.0112	0.0304	0.0032	0.0121	0.0324	0.02	0.0032	0.0133	0.0103	0.0133	0.0147	0.1194	0.0135	0.1194	0.0099
chr2L	5560141	5560292	chr2L:5560142-5560292	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.0092	0.0157	0.0238	0.0011	0.0121	0.0138	0.0073	0.0011	0.0302	0.0093	0.0302	0.0248	0.0972	0.0084	0.0972	0.0068
chr2L	5564220	5564371	chr2L:5564221-5564371	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0145	0.0212	0.0071	0.0152	0.0138	0.0155	0.0381	0.0173	0.0138	0.0079	0.0087	0.0079	0	0.013	0.0052	0.013	0.0036
chr2L	5564551	5564702	chr2L:5564552-5564702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0112	0.0043	0.0114	0.0042	0.0097	0.0182	0.012	0.0042	0.0036	0.0029	0.0036	0.0031	0.0061	0.0032	0.0061	0.0047
chr2L	5565159	5565310	chr2L:5565160-5565310	FBgn0041719	snRNA:U4:25F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0147	0.0267	0.0082	0.0084	0.0127	0.0155	0.0541	0.0227	0.0127	0.0054	0.0109	0.0054	0.0046	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chr2L	5565498	5565649	chr2L:5565499-5565649	FBgn0041719	snRNA:U4:25F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0128	0.0217	0.0089	0.0071	0.0085	0.0121	0.0502	0.0133	0.0085	0.0072	0.0106	0.0072	0.0046	0.0054	0.0077	0.0054	0.0031
chr2L	5593903	5594054	chr2L:5593904-5594054	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0117	0.0198	0.0108	0.0038	0.0106	0.0112	0.0372	0.0173	0.0106	0.0133	0.0109	0.0133	0.0085	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chr2L	5599718	5599869	chr2L:5599719-5599869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0081	0.0161	0.0036	0.0042	0.0106	0.0058	0.0415	0.0047	0.0106	0.0054	0.0035	0.0054	0.0023	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	5601039	5601190	chr2L:5601040-5601190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0101	0.0198	0.0049	0.0049	0.0064	0.0068	0.0519	0.01	0.0064	0.0036	0.0064	0.0036	0.0023	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr2L	5602504	5602655	chr2L:5602505-5602655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0136	0.0297	0.0062	0.0038	0.0255	0.0112	0.0662	0.02	0.0255	0.0079	0.0071	0.0079	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0016
chr2L	5609559	5609710	chr2L:5609560-5609710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0066	0.0089	0.0136	0.0032	0.0044	0.013	0.0047	0.0032	0.0079	0.0096	0.0079	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr2L	5609873	5610024	chr2L:5609874-5610024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0108	0.0102	0.0128	0.0064	0.0107	0.0186	0.0093	0.0064	0.006	0.0087	0.006	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0068
chr2L	5610025	5610176	chr2L:5610026-5610176	distal	distal	none	none	VT2834.1	VT2834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0125	0.0113	0.016	0.0095	0.0131	0.0208	0.0093	0.0095	0.0091	0.008	0.0091	0.0046	0.0038	0.0052	0.0038	0.0068
chr2L	5612214	5612365	chr2L:5612215-5612365	distal	distal	none	none	VT2834.1	VT2834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0077	0.0084	0.0114	0	0.0034	0.0151	0.01	0	0.0097	0.0093	0.0097	0.0023	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr2L	5612528	5612679	chr2L:5612529-5612679	distal	distal	none	none	VT2834.1	VT2834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0075	0.008	0.0082	0.0021	0.0044	0.0147	0.0087	0.0021	0.0109	0.008	0.0109	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0021
chr2L	5615185	5615336	chr2L:5615186-5615336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0186	0.0269	0.0189	0.0091	0.0127	0.0199	0.0489	0.0286	0.0127	0.0296	0.019	0.0296	0.0116	0.0061	0.0077	0.0061	0.0115
chr2L	5617932	5618083	chr2L:5617933-5618083	FBgn0031725	CG14010	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0105	0.0081	0.0214	0.0042	0.0087	0.019	0.01	0.0042	0.0103	0.0068	0.0103	0.0054	0.0046	0.0019	0.0046	0.0068
chr2L	5618130	5618281	chr2L:5618131-5618281	FBgn0031725	CG14010	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0098	0.0127	0.0276	0.0021	0.0087	0.0195	0.0067	0.0021	0.0127	0.0138	0.0127	0.007	0.0115	0.0071	0.0115	0.0151
chr2L	5623732	5623955	chr2L:5623733-5623955	FBgn0031726	Cyp6a16Psi	stage11,stage5	none	VT2841.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0346	0.0223	0.0343	0.0487	0.0148	0.0286	0.0251	0.0293	0.0148	0.029	0.037	0.029	0.0565	0.0345	0.0554	0.0345	0.0787
chr2L	5624121	5624303	chr2L:5624122-5624303	FBgn0031726	Cyp6a16Psi	stage11,stage14,stage5	none	VT2841.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0669	0.0419	0.068	0.0936	0.0286	0.0485	0.0385	0.0726	0.0286	0.0598	0.082	0.0598	0.0945	0.0796	0.0916	0.0796	0.1152
chr2L	5627273	5627424	chr2L:5627274-5627424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0121	0.0133	0.0117	0.0111	0.0032	0.0107	0.0272	0.0113	0.0032	0.0079	0.008	0.0079	0.0054	0.0023	6e-04	0.0023	0.0021
chr2L	5627491	5627642	chr2L:5627492-5627642	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0105	0.0099	0.0157	0.0032	0.0117	0.0182	0.008	0.0032	0.0115	0.0074	0.0115	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0021
chr2L	5628570	5628721	chr2L:5628571-5628721	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0087	0.009	0.0069	0.0104	0.0042	0.0107	0.0117	0.0107	0.0042	0.0103	0.0058	0.0103	0.0023	0.0031	0.0013	0.0031	0.0016
chr2L	5631766	5631917	chr2L:5631767-5631917	distal	distal	none	none	VT2844.1	VT2844.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0069	0.0077	0.0093	0.0032	0.0092	0.0099	0.0053	0.0032	0.0091	0.008	0.0091	0.0062	0.0015	0.0026	0.0015	0.0052
chr2L	5635298	5635449	chr2L:5635299-5635449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.027	0.0255	0.0241	0.0117	0.0262	0.045	0.0253	0.0117	0.0314	0.0244	0.0314	0.0403	0.026	0.0226	0.026	0.0459
chr2L	5644540	5644691	chr2L:5644541-5644691	distal	distal	none	none	VT2851.1	VT2851.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0076	0.0076	0.0057	0.0097	0.0021	0.0039	0.0156	0.0053	0.0021	0.006	0.0071	0.006	0.0023	0.0038	0.0032	0.0038	0.0052
chr2L	5658544	5658790	chr2L:5658545-5658790	FBgn0051646	CG31646	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0434	0.073	0.0231	0.0327	0.0795	0.0524	0.1086	0.0746	0.0795	0.0513	0.0158	0.0513	0.0124	0.0123	0.0097	0.0123	0.0078
chr2L	5659251	5659402	chr2L:5659252-5659402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0181	0.0217	0.0133	0.0192	0.0138	0.0243	0.0303	0.0253	0.0138	0.0181	0.0154	0.0181	0.0101	0.0184	0.0123	0.0184	0.013
chr2L	5720926	5721123	chr2L:5720927-5721123	FBgn0024191,FBgn0031732	CG11149,sip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.0755	0.0978	0.0706	0.0488	0.0874	0.0913	0.0979	0.0488	0.1081	0.1138	0.1081	0.1046	0.0735	0.0658	0.0735	0.0933
chr2L	5721180	5721331	chr2L:5721181-5721331	FBgn0024191,FBgn0031732	CG11149,sip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0393	0.0532	0.0355	0.0148	0.0413	0.0515	0.0573	0.0148	0.0628	0.0585	0.0628	0.0643	0.0398	0.0329	0.0398	0.0443
chr2L	5723978	5724172	chr2L:5723979-5724172	FBgn0031736	CG11030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1158	0.1152	0.1195	0.1124	0.0785	0.1369	0.1367	0.1399	0.0785	0.1655	0.1215	0.1655	0.1046	0.1279	0.1032	0.1279	0.1277
chr2L	5724598	5724788	chr2L:5724599-5724788	FBgn0031736	CG11030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1753	0.1498	0.2168	0.1582	0.0901	0.1951	0.1696	0.1805	0.0901	0.2639	0.2402	0.2639	0.1921	0.1807	0.1605	0.1807	0.1829
chr2L	5724933	5725164	chr2L:5724934-5725164	FBgn0031736	CG11030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0975	0.071	0.1218	0.1003	0.0255	0.1019	0.0822	0.0799	0.0255	0.1383	0.1309	0.1383	0.1301	0.1294	0.1019	0.1294	0.11
chr2L	5725800	5725994	chr2L:5725801-5725994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0402	0.0204	0.0444	0.0577	0.0032	0.0238	0.0294	0.022	0.0032	0.0411	0.0264	0.0411	0.0225	0.013	0.0258	0.013	0.0302
chr2L	5730326	5730477	chr2L:5730327-5730477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0121	0.0083	0.0105	0.0181	0.0011	0.0155	0.0078	0.01	0.0011	0.0163	0.0106	0.0163	0.0093	0.0375	0.0058	0.0375	0.0162
chr2L	5730792	5731190	chr2L:5730793-5731190	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0398	0.0502	0.0381	0.0301	0.0095	0.0791	0.0415	0.0806	0.0095	0.0688	0.036	0.0688	0.0209	0.0391	0.0161	0.0391	0.0219
chr2L	5733293	5733444	chr2L:5733294-5733444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0145	0.0136	0.0146	0.0042	0.016	0.0242	0.0133	0.0042	0.0163	0.0129	0.0163	0.0147	0.0107	0.0084	0.0107	0.0094
chr2L	5739251	5739443	chr2L:5739252-5739443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.024	0.0436	0.0199	0.0064	0.0255	0.0481	0.0437	0.0733	0.0255	0.0115	0.0318	0.0115	0.0139	0.0054	0.009	0.0054	0.0078
chr2L	5740883	5741034	chr2L:5740884-5741034	FBgn0031734	CG11147	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0105	0.0085	0.0109	0.0124	0.0021	0.0083	0.0164	0.0073	0.0021	0.0054	0.0164	0.0054	0.0093	0.0069	0.0368	0.0069	0.0052
chr2L	5748685	5748836	chr2L:5748686-5748836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0162	0.0153	0.0165	0.017	0.0053	0.017	0.0238	0.0173	0.0053	0.0205	0.0122	0.0205	0.0294	0.023	0.0103	0.023	0.0115
chr2L	5750923	5751074	chr2L:5750924-5751074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0151	0.0123	0.0116	0.0064	0.0131	0.026	0.0153	0.0064	0.0115	0.0138	0.0115	0.0163	0.0077	0.0052	0.0077	0.0068
chr2L	5751141	5751292	chr2L:5751142-5751292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0138	0.014	0.0113	0.0021	0.0189	0.0156	0.0153	0.0021	0.0139	0.0154	0.0139	0.017	0.0069	0.0077	0.0069	0.0063
chr2L	5754366	5754517	chr2L:5754367-5754517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0072	0.0105	0.0106	0	0.0068	0.0121	0.0093	0	0.0097	0.0122	0.0097	0.0155	0.0069	0.0052	0.0069	0.0063
chr2L	5756661	5756821	chr2L:5756662-5756821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0229	0.0376	0.0189	0.0107	0.0265	0.0379	0.0493	0.048	0.0265	0.026	0.0151	0.026	0.0225	0.0077	0.0077	0.0077	0.0198
chr2L	5757139	5757300	chr2L:5757140-5757300	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0459	0.0218	0.0074	0.035	0.0398	0.0679	0.056	0.035	0.0284	0.0203	0.0284	0.0248	0.0054	0.0045	0.0054	0.0094
chr2L	5765208	5765359	chr2L:5765209-5765359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0132	0.0192	0.0178	0.0042	0.0146	0.0216	0.012	0.0042	0.0145	0.027	0.0145	0.0178	0.0069	0.0458	0.0069	0.0141
chr2L	5771019	5771180	chr2L:5771020-5771180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0319	0.0352	0.0213	0.0191	0.0306	0.0515	0.0326	0.0191	0.0423	0.0341	0.0423	0.0449	0.0253	0.0148	0.0253	0.0292
chr2L	5771282	5771460	chr2L:5771283-5771460	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0808	0.0956	0.0769	0.0467	0.0874	0.1029	0.1053	0.0467	0.1171	0.1019	0.1171	0.0999	0.0804	0.0741	0.0804	0.1016
chr2L	5772307	5772475	chr2L:5772308-5772475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0199	0.0344	0.0326	0.0127	0.0233	0.026	0.022	0.0127	0.032	0.0286	0.032	0.0829	0.0245	0.0297	0.0245	0.0683
chr2L	5777632	5777783	chr2L:5777633-5777783	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0322	0.0184	0.0093	0.0212	0.033	0.0541	0.0227	0.0212	0.0217	0.0228	0.0217	0.0232	0.0153	0.0097	0.0153	0.0125
chr2L	5779848	5779999	chr2L:5779849-5779999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0184	0.0275	0.0159	0.011	0.0148	0.0233	0.0502	0.02	0.0148	0.0187	0.0151	0.0187	0.024	0.0107	0.0045	0.0107	0.0229
chr2L	5780607	5780972	chr2L:5780608-5780972	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.054	0.0573	0.0461	0.0589	0.018	0.1146	0.0584	0.0286	0.018	0.0556	0.0357	0.0556	0.0953	0.0322	0.0271	0.0322	0.1641
chr2L	5781211	5781418	chr2L:5781212-5781418	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0338	0.0455	0.0299	0.0249	0.0201	0.0752	0.0523	0.0373	0.0201	0.0459	0.0318	0.0459	0.0349	0.0176	0.0264	0.0176	0.05
chr2L	5782869	5783020	chr2L:5782870-5783020	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0183	0.0178	0.0237	0.013	0.0053	0.0335	0.0195	0.0153	0.0053	0.0368	0.0277	0.0368	0.0225	0.0161	0.011	0.0161	0.024
chr2L	5783216	5783379	chr2L:5783217-5783379	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0207	0.0166	0.0254	0.0203	0.0127	0.0282	0.0164	0.0133	0.0127	0.0574	0.0209	0.0574	0.0217	0.0452	0.0232	0.0452	0.0214
chr2L	5783560	5783711	chr2L:5783561-5783711	FBgn0051913	CG31913	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0211	0.0237	0.0225	0.0167	0.0138	0.0267	0.035	0.0233	0.0138	0.0435	0.0206	0.0435	0.0201	0.0276	0.0239	0.0276	0.0156
chr2L	5788732	5788883	chr2L:5788733-5788883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0218	0.0359	0.0171	0.0111	0.018	0.0544	0.0381	0.036	0.018	0.0308	0.0158	0.0308	0.0178	0.0145	0.0084	0.0145	0.0135
chr2L	5789417	5789629	chr2L:5789418-5789629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.1309	0.0164	0.0088	0.1612	0.0874	0.1782	0.1659	0.1612	0.0217	0.018	0.0217	0.0147	0.0084	0.011	0.0084	0.0063
chr2L	5789825	5790031	chr2L:5789826-5790031	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0553	0.0148	0.0104	0.0509	0.0345	0.0891	0.0673	0.0509	0.0169	0.017	0.0169	0.0139	0.0092	0.0077	0.0092	0.0146
chr2L	5791309	5791460	chr2L:5791310-5791460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0135	0.0105	0.0123	0.0064	0.0112	0.0229	0.0133	0.0064	0.0097	0.0093	0.0097	0.0225	0.0061	0.0052	0.0061	0.0307
chr2L	5799609	5799854	chr2L:5799610-5799854	FBgn0031738	CG9171	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1761	0.1343	0.2193	0.1755	0.0626	0.1951	0.1215	0.1899	0.0626	0.2446	0.2637	0.2446	0.227	0.2044	0.2431	0.2044	0.1912
chr2L	5800117	5800341	chr2L:5800118-5800341	FBgn0031738	CG9171	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2353	0.2126	0.2617	0.2319	0.1453	0.2544	0.2422	0.2638	0.1453	0.3182	0.282	0.3182	0.2579	0.2665	0.2431	0.2665	0.2527
chr2L	5801656	5802038	chr2L:5801657-5802038	FBgn0031739,FBgn0031740	CG14005,CG7239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1347	0.1603	0.1343	0.1067	0.1336	0.1738	0.1972	0.1992	0.1336	0.1757	0.1556	0.1757	0.1139	0.1179	0.1115	0.1179	0.1313
chr2L	5802157	5802345	chr2L:5802158-5802345	FBgn0031739,FBgn0031740	CG14005,CG7239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1012	0.1093	0.1082	0.0844	0.0785	0.1282	0.1298	0.1379	0.0785	0.1461	0.1183	0.1461	0.1038	0.085	0.0851	0.085	0.1089
chr2L	5805205	5805466	chr2L:5805206-5805466	FBgn0031741	CG11034	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1515	0.151	0.194	0.1053	0.1198	0.1369	0.1864	0.2212	0.1198	0.221	0.2701	0.221	0.1967	0.0812	0.1999	0.0812	0.1433
chr2L	5805864	5806015	chr2L:5805865-5806015	FBgn0031741	CG11034	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0247	0.0255	0.0253	0.018	0.0238	0.0381	0.0227	0.018	0.0121	0.0383	0.0121	0.0364	0.0123	0.0458	0.0123	0.0427
chr2L	5823693	5823844	chr2L:5823694-5823844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0098	0.0086	0.0082	0.0128	0	0.0053	0.0177	0.0093	0	0.0097	0.0103	0.0097	0.0039	0.0077	0.0084	0.0077	0.0073
chr2L	5827200	5827351	chr2L:5827201-5827351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0172	0.0338	0.0096	0.007	0.0106	0.0306	0.042	0.056	0.0106	0.0199	0.0068	0.0199	0.0116	0.0107	0.0052	0.0107	0.0104
chr2L	5845588	5845739	chr2L:5845589-5845739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0116	0.012	0.0108	0.012	0.0032	0.0107	0.0251	0.0073	0.0032	0.0163	0.0096	0.0163	0.0054	0.0061	0.0032	0.0061	0.0135
chr2L	5855246	5855397	chr2L:5855247-5855397	distal	distal	none	none	VT2963.1	VT2963.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0117	0.0145	0.0178	0.0032	0.0107	0.0199	0.014	0.0032	0.0133	0.0196	0.0133	0.0124	0.0153	0.0374	0.0153	0.0224
chr2L	5862006	5862157	chr2L:5862007-5862157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.018	0.0138	0.0228	0.0174	0.0064	0.0175	0.0186	0.014	0.0064	0.0393	0.0238	0.0393	0.0116	0.0214	0.0187	0.0214	0.025
chr2L	5862391	5862542	chr2L:5862392-5862542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0154	0.0141	0.0183	0.0138	0.0053	0.015	0.0234	0.0133	0.0053	0.0302	0.0193	0.0302	0.0085	0.013	0.009	0.013	0.0271
chr2L	5870939	5871263	chr2L:5870940-5871263	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1297	0.2001	0.1467	0.0324	0.1389	0.2286	0.2305	0.2632	0.1389	0.2252	0.2177	0.2252	0.0411	0.0459	0.0567	0.0459	0.0302
chr2L	5871487	5871696	chr2L:5871488-5871696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0824	0.1231	0.0928	0.0256	0.0901	0.1005	0.1674	0.1785	0.0901	0.0827	0.1614	0.0827	0.0511	0.023	0.0464	0.023	0.0318
chr2L	5871927	5872109	chr2L:5871928-5872109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.042	0.0513	0.0476	0.0253	0.0233	0.0553	0.0649	0.0759	0.0233	0.0501	0.0778	0.0501	0.0256	0.0184	0.0368	0.0184	0.0396
chr2L	5874501	5874652	chr2L:5874502-5874652	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0366	0.027	0.0345	0.0496	0.0085	0.034	0.0355	0.0313	0.0085	0.0562	0.0428	0.0562	0.0201	0.108	0.0335	0.108	0.0714
chr2L	5874654	5874805	chr2L:5874655-5874805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0209	0.0329	0.0444	0.0053	0.0223	0.0298	0.026	0.0053	0.0453	0.0408	0.0453	0.0302	0.075	0.029	0.075	0.0808
chr2L	5877267	5877418	chr2L:5877268-5877418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0288	0.0406	0.0299	0.0142	0.0276	0.0248	0.0649	0.0573	0.0276	0.0284	0.0479	0.0284	0.0163	0.013	0.0219	0.013	0.0162
chr2L	5877704	5877896	chr2L:5877705-5877896	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0752	0.1311	0.0735	0.0148	0.1029	0.068	0.1851	0.2258	0.1029	0.0507	0.1383	0.0507	0.0217	0.0123	0.029	0.0123	0.0167
chr2L	5879079	5879231	chr2L:5879080-5879231	FBgn0031745	CG8965	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0611	0.0522	0.0826	0.0473	0.0361	0.0519	0.0649	0.0753	0.0361	0.0984	0.118	0.0984	0.0589	0.059	0.0761	0.059	0.0526
chr2L	5879428	5879627	chr2L:5879429-5879627	FBgn0031745	CG8965	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.222	0.1882	0.2811	0.1951	0.1591	0.218	0.1964	0.2605	0.1591	0.3877	0.3428	0.3877	0.2618	0.2098	0.2856	0.2098	0.2647
chr2L	5879814	5880007	chr2L:5879815-5880007	FBgn0031745	CG8965	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.0695	0.2124	0.16	0.0297	0.1165	0.0532	0.0966	0.0297	0.2723	0.2547	0.2723	0.2424	0.124	0.2392	0.124	0.2298
chr2L	5887000	5887151	chr2L:5887001-5887151	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0124	0.0111	0.0113	0.015	0.0032	0.0121	0.016	0.0133	0.0032	0.0085	0.0151	0.0085	0.0108	0.0046	0.0445	0.0046	0.0078
chr2L	5887240	5887391	chr2L:5887241-5887391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0171	0.014	0.013	0.0106	0.017	0.0255	0.02	0.0106	0.0133	0.0183	0.0133	0.0093	0.0054	0.0361	0.0054	0.0094
chr2L	5890728	5890985	chr2L:5890729-5890985	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0413	0.0713	0.0359	0.0136	0.035	0.0442	0.0913	0.1372	0.035	0.0175	0.0637	0.0175	0.0178	0.0123	0.02	0.0123	0.0089
chr2L	5891215	5891366	chr2L:5891216-5891366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0302	0.0253	0.0127	0.0255	0.0233	0.0428	0.0406	0.0255	0.0103	0.046	0.0103	0.0178	0.0123	0.0271	0.0123	0.0083
chr2L	5891861	5892125	chr2L:5891862-5892125	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0648	0.1041	0.0628	0.023	0.0721	0.0398	0.1886	0.1346	0.0721	0.0223	0.1296	0.0223	0.0201	0.0084	0.0651	0.0084	0.013
chr2L	5892544	5892711	chr2L:5892545-5892711	FBgn0002856	Acp26Ab	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.029	0.0465	0.0283	0.0103	0.0286	0.0388	0.0662	0.0606	0.0286	0.0278	0.0424	0.0278	0.0186	0.0176	0.009	0.0176	0.0125
chr2L	5895417	5895644	chr2L:5895418-5895644	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0241	0.0316	0.0394	0.0138	0.0218	0.0385	0.0233	0.0138	0.0362	0.0418	0.0362	0.0271	0.0184	0.0613	0.0184	0.0657
chr2L	5896378	5896529	chr2L:5896379-5896529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0113	0.015	0.017	0.0011	0.0121	0.0195	0.012	0.0011	0.0145	0.0196	0.0145	0.0155	0.0161	0.0174	0.0161	0.0328
chr2L	5899337	5899491	chr2L:5899338-5899491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0103	0.0204	0.0221	0.0032	0.0121	0.0151	0.0113	0.0032	0.0151	0.0267	0.0151	0.0225	0.0107	0.0368	0.0107	0.0307
chr2L	5899581	5899732	chr2L:5899582-5899732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0106	0.0141	0.0238	0.0021	0.0112	0.019	0.0093	0.0021	0.0133	0.0193	0.0133	0.0163	0.0176	0.0484	0.0176	0.0245
chr2L	5899975	5900126	chr2L:5899976-5900126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.0121	0.0174	0.022	0.0032	0.0141	0.0186	0.012	0.0032	0.0163	0.0235	0.0163	0.0209	0.0107	0.0458	0.0107	0.0245
chr2L	5902706	5902870	chr2L:5902707-5902870	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0415	0.0292	0.0603	0.0348	0.0064	0.0602	0.0238	0.0247	0.0064	0.1051	0.0495	0.1051	0.0976	0.0712	0.0322	0.0712	0.0406
chr2L	5902998	5903218	chr2L:5902999-5903218	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0728	0.0532	0.1076	0.0565	0.0138	0.118	0.0376	0.0466	0.0138	0.2337	0.0823	0.2337	0.1038	0.1585	0.0348	0.1585	0.0505
chr2L	5907009	5907182	chr2L:5907010-5907182	FBgn0043362	bchs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1964	0.168	0.2358	0.1849	0.1294	0.2087	0.17	0.2219	0.1294	0.3001	0.2447	0.3001	0.2455	0.196	0.1908	0.196	0.2137
chr2L	5907343	5907543	chr2L:5907344-5907543	FBgn0043362	bchs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2371	0.2127	0.2765	0.2211	0.1782	0.2466	0.2271	0.2851	0.1782	0.3261	0.2907	0.3261	0.2974	0.242	0.2308	0.242	0.234
chr2L	5923724	5923918	chr2L:5923725-5923918	FBgn0031751	CG9016	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0562	0.03	0.0648	0.0759	0.0064	0.0451	0.0294	0.0453	0.0064	0.0604	0.0415	0.0604	0.0356	0.0283	0.0206	0.0283	0.0281
chr2L	5924266	5924417	chr2L:5924267-5924417	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0135	0.0289	0.0326	0.0032	0.0155	0.0199	0.016	0.0032	0.0157	0.0145	0.0157	0.0093	0.01	0.0084	0.01	0.0068
chr2L	5925308	5925480	chr2L:5925309-5925480	FBgn0015381,FBgn0264547	CR43926,dsf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0395	0.0228	0.0387	0.059	0.0106	0.0262	0.0281	0.0293	0.0106	0.0187	0.0212	0.0187	0.0116	0.0069	0.0155	0.0069	0.013
chr2L	5933491	5933642	chr2L:5933492-5933642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0105	0.0116	0.0131	0.0064	0.0053	0.0117	0.0169	0.0127	0.0053	0.0157	0.0093	0.0157	0.007	0.0023	0.0045	0.0023	0.0063
chr2L	5933702	5933853	chr2L:5933703-5933853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.013	0.0117	0.0089	0.0032	0.0175	0.0169	0.016	0.0032	0.0157	0.0087	0.0157	0.0023	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chr2L	5934055	5934315	chr2L:5934056-5934315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0314	0.0338	0.0294	0.0308	0.0053	0.0578	0.0281	0.0466	0.0053	0.0187	0.0148	0.0187	0.0085	0.0115	0.009	0.0115	0.0089
chr2L	5943547	5943718	chr2L:5943548-5943718	FBgn0001128,FBgn0261055	Gpdh,Sfp26Ad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1909	0.1792	0.2151	0.1776	0.1421	0.2136	0.1907	0.2298	0.1421	0.2482	0.2315	0.2482	0.2146	0.1776	0.1921	0.1776	0.197
chr2L	5943814	5944005	chr2L:5943815-5944005	FBgn0001128	Gpdh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2086	0.1975	0.2335	0.1937	0.1654	0.234	0.2115	0.2398	0.1654	0.2935	0.2331	0.2935	0.2424	0.2205	0.1896	0.2205	0.2121
chr2L	5944454	5944909	chr2L:5944455-5944909	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1605	0.1226	0.1855	0.1752	0.0732	0.1786	0.1311	0.1406	0.0732	0.2579	0.1627	0.2579	0.2494	0.281	0.1219	0.281	0.2705
chr2L	5948863	5949055	chr2L:5948864-5949055	FBgn0031752	CG9044	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1174	0.0928	0.1486	0.1107	0.0573	0.1194	0.0978	0.1219	0.0573	0.1824	0.1598	0.1824	0.151	0.1302	0.1128	0.1302	0.1454
chr2L	5949067	5949268	chr2L:5949068-5949268	FBgn0031752	CG9044	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.0879	0.1529	0.1192	0.0467	0.1214	0.0848	0.1239	0.0467	0.183	0.1633	0.183	0.1797	0.1294	0.1257	0.1294	0.1376
chr2L	5949346	5949536	chr2L:5949347-5949536	FBgn0031752	CG9044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1639	0.1345	0.1997	0.1574	0.105	0.165	0.1345	0.1865	0.105	0.2536	0.2116	0.2536	0.2115	0.17	0.1734	0.17	0.1829
chr2L	5949600	5949751	chr2L:5949601-5949751	FBgn0031752	CG9044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0617	0.0553	0.0717	0.0578	0.0318	0.0626	0.0735	0.064	0.0318	0.09	0.0756	0.09	0.0759	0.0582	0.0703	0.0582	0.073
chr2L	5956236	5956387	chr2L:5956237-5956387	FBgn0031753,FBgn0040949	CG13998,CG13999	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0165	0.0141	0.0214	0.0064	0.0189	0.0255	0.016	0.0064	0.0169	0.0151	0.0169	0.0116	0.0061	0.0077	0.0061	0.0057
chr2L	5961303	5961585	chr2L:5961304-5961585	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0437	0.0397	0.0304	0.0159	0.0699	0.0497	0.0386	0.0159	0.0459	0.0309	0.0459	0.079	0.0322	0.0309	0.0322	0.0453
chr2L	5961706	5961923	chr2L:5961707-5961923	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.0457	0.0544	0.0343	0.0276	0.0883	0.0402	0.0353	0.0276	0.0628	0.0437	0.0628	0.1154	0.0452	0.0271	0.0452	0.0599
chr2L	5965151	5965302	chr2L:5965152-5965302	FBgn0086265	psd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0163	0.0137	0.0161	0.0195	0.0074	0.0189	0.0177	0.0133	0.0074	0.0266	0.0154	0.0266	0.0139	0.062	0.0097	0.062	0.0089
chr2L	5968198	5968349	chr2L:5968199-5968349	FBgn0031756,FBgn0031757	CG13992,Ucp4C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.026	0.0405	0.0244	0.0116	0.0127	0.0903	0.0307	0.0253	0.0127	0.0374	0.0241	0.0374	0.0271	0.0153	0.0097	0.0153	0.0151
chr2L	5968811	5968962	chr2L:5968812-5968962	FBgn0031757	Ucp4C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0187	0.0288	0.0178	0.0085	0.0085	0.0408	0.0285	0.04	0.0085	0.0314	0.0138	0.0314	0.0201	0.0161	0.0071	0.0161	0.0078
chr2L	5969087	5969330	chr2L:5969088-5969330	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0502	0.0268	0.015	0.0127	0.0874	0.0316	0.0779	0.0127	0.038	0.0254	0.038	0.0318	0.0191	0.0161	0.0191	0.0172
chr2L	5971116	5971267	chr2L:5971117-5971267	FBgn0263442	CR43465	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0249	0.0292	0.0262	0.0127	0.032	0.0281	0.0306	0.0127	0.0405	0.0206	0.0405	0.048	0.0352	0.0303	0.0352	0.0276
chr2L	5971364	5971598	chr2L:5971365-5971598	FBgn0263442	CR43465	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0418	0.035	0.0372	0.0543	0.0148	0.0587	0.0359	0.0313	0.0148	0.0483	0.0248	0.0483	0.0658	0.0911	0.0309	0.0911	0.0912
chr2L	5971875	5972026	chr2L:5971876-5972026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0278	0.0241	0.027	0.0329	0.0201	0.0345	0.0294	0.016	0.0201	0.0447	0.0193	0.0447	0.0403	0.0796	0.02	0.0796	0.0391
chr2L	5972158	5972417	chr2L:5972159-5972417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0466	0.0439	0.0486	0.0475	0.0276	0.0544	0.0567	0.0446	0.0276	0.0719	0.036	0.0719	0.0713	0.0965	0.0426	0.0965	0.0532
chr2L	5972711	5972917	chr2L:5972712-5972917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.059	0.0527	0.0628	0.0618	0.0339	0.0738	0.0631	0.0573	0.0339	0.1117	0.0514	0.1117	0.0713	0.1631	0.0535	0.1631	0.049
chr2L	5974013	5974164	chr2L:5974014-5974164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0437	0.0394	0.0449	0.0471	0.0297	0.0432	0.0532	0.044	0.0297	0.0477	0.0486	0.0477	0.0558	0.0475	0.0928	0.0475	0.0396
chr2L	5977296	5977453	chr2L:5977297-5977453	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1016	0.0915	0.1187	0.0943	0.0477	0.1146	0.1159	0.0999	0.0477	0.1226	0.0984	0.1226	0.0991	0.0551	0.0593	0.0551	0.0771
chr2L	5978373	5978696	chr2L:5978374-5978696	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2278	0.2321	0.2714	0.1752	0.1495	0.2782	0.2375	0.3205	0.1495	0.3231	0.2878	0.3231	0.275	0.2289	0.1225	0.2289	0.185
chr2L	5978732	5978970	chr2L:5978733-5978970	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2104	0.1595	0.2689	0.203	0.0933	0.2646	0.1241	0.2019	0.0933	0.34	0.255	0.34	0.3292	0.2557	0.1315	0.2557	0.2668
chr2L	5979071	5979295	chr2L:5979072-5979295	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1496	0.1085	0.1838	0.1581	0.0456	0.1757	0.1042	0.1266	0.0456	0.2488	0.1421	0.2488	0.1929	0.1753	0.0787	0.1753	0.1657
chr2L	5979961	5980112	chr2L:5979962-5980112	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2287	0.1922	0.2728	0.221	0.1516	0.2529	0.1756	0.2538	0.1516	0.3557	0.2913	0.3557	0.2463	0.2305	0.2128	0.2305	0.2637
chr2L	5980150	5980434	chr2L:5980151-5980434	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3769	0.3488	0.4353	0.3441	0.2853	0.4447	0.3529	0.4364	0.2853	0.5616	0.4585	0.5616	0.3958	0.3714	0.3585	0.3714	0.3736
chr2L	5980605	5980799	chr2L:5980606-5980799	FBgn0000308	chic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2191	0.217	0.2476	0.1901	0.1622	0.2359	0.2673	0.2692	0.1622	0.3007	0.2585	0.3007	0.2455	0.1968	0.1915	0.1968	0.2142
chr2L	5980907	5981110	chr2L:5980908-5981110	FBgn0000308	chic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2547	0.2395	0.2961	0.2263	0.1792	0.2767	0.2772	0.2998	0.1792	0.3798	0.308	0.3798	0.2943	0.2412	0.2444	0.2412	0.2642
chr2L	5981426	5981584	chr2L:5981427-5981584	FBgn0000308,FBgn0001942	chic,eIF-4a	stage5	none	eIF-4a_p5′-436eIF4awt-luc/lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1835	0.1499	0.224	0.1764	0.0933	0.1913	0.1587	0.1992	0.0933	0.2748	0.2428	0.2748	0.2285	0.193	0.1928	0.193	0.1996
chr2L	5981987	5982155	chr2L:5981988-5982155	FBgn0001942	eIF-4a	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1867	0.1492	0.2155	0.1972	0.0986	0.1937	0.1566	0.1932	0.0986	0.2482	0.2206	0.2482	0.2455	0.1539	0.1934	0.1539	0.2475
chr2L	5982417	5982616	chr2L:5982418-5982616	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2818	0.2754	0.331	0.2351	0.211	0.3422	0.298	0.3351	0.211	0.3756	0.3576	0.3756	0.3153	0.1792	0.2566	0.1792	0.2913
chr2L	5983479	5983759	chr2L:5983480-5983759	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1252	0.2318	0.0892	0.0457	0.2471	0.1646	0.33	0.2925	0.2471	0.0833	0.1032	0.0833	0.0922	0.0245	0.0548	0.0245	0.0625
chr2L	5986230	5986439	chr2L:5986231-5986439	FBgn0001941	ifc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1903	0.1787	0.2234	0.1671	0.1273	0.2175	0.186	0.2452	0.1273	0.2548	0.2431	0.2548	0.2494	0.1616	0.156	0.1616	0.2298
chr2L	5986900	5987209	chr2L:5986901-5987209	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1123	0.1031	0.1336	0.0992	0.0551	0.1403	0.1099	0.1292	0.0551	0.1419	0.1145	0.1419	0.1898	0.0789	0.0761	0.0789	0.148
chr2L	5988097	5988420	chr2L:5988098-5988420	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0569	0.048	0.0679	0.0549	0.0244	0.0476	0.064	0.06	0.0244	0.0694	0.0617	0.0694	0.1371	0.0314	0.0303	0.0314	0.1235
chr2L	5988752	5988903	chr2L:5988753-5988903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0358	0.0358	0.0354	0.0212	0.0369	0.0506	0.0393	0.0212	0.0393	0.0354	0.0393	0.0558	0.0283	0.0219	0.0283	0.0683
chr2L	5997044	5997552	chr2L:5997045-5997552	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1844	0.2362	0.2118	0.0964	0.1951	0.1922	0.2781	0.3837	0.1951	0.18	0.3032	0.18	0.1487	0.0789	0.1057	0.0789	0.0844
chr2L	5997558	5997818	chr2L:5997559-5997818	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1156	0.1291	0.1209	0.0946	0.0976	0.1184	0.1492	0.1979	0.0976	0.122	0.1447	0.122	0.1038	0.0605	0.0645	0.0605	0.0803
chr2L	5997868	5998124	chr2L:5997869-5998124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1636	0.1638	0.1726	0.1536	0.1315	0.1655	0.1708	0.2532	0.1315	0.1866	0.182	0.1866	0.134	0.134	0.1077	0.134	0.135
chr2L	5998288	5998568	chr2L:5998289-5998568	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0892	0.1114	0.0824	0.0719	0.0806	0.0966	0.1358	0.1805	0.0806	0.0815	0.0952	0.0815	0.0573	0.075	0.0632	0.075	0.0719
chr2L	5998697	5998902	chr2L:5998698-5998902	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0701	0.0704	0.084	0.0546	0.0445	0.0709	0.0917	0.0959	0.0445	0.1033	0.0907	0.1033	0.0581	0.0613	0.0477	0.0613	0.049
chr2L	5998914	5999295	chr2L:5998915-5999295	FBgn0031759	lid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1347	0.129	0.1657	0.1069	0.0912	0.1345	0.1505	0.1785	0.0912	0.2107	0.1736	0.2107	0.1379	0.124	0.0986	0.124	0.124
chr2L	5999401	5999602	chr2L:5999402-5999602	FBgn0031759	lid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1867	0.1609	0.2316	0.1663	0.1039	0.2005	0.1674	0.2172	0.1039	0.2687	0.2527	0.2687	0.2378	0.1692	0.1728	0.1692	0.2178
chr2L	6000125	6000301	chr2L:6000126-6000301	FBgn0031760	Tsp26A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0886	0.0724	0.1088	0.0845	0.0276	0.0995	0.0718	0.1113	0.0276	0.1268	0.1309	0.1268	0.1061	0.0988	0.0986	0.0988	0.0823
chr2L	6004726	6005197	chr2L:6004727-6005197	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0607	0.0818	0.0701	0.0269	0.0456	0.068	0.0926	0.1546	0.0456	0.0465	0.1251	0.0465	0.0426	0.0199	0.0445	0.0199	0.0328
chr2L	6006706	6006857	chr2L:6006707-6006857	FBgn0001089	Gal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0184	0.0138	0.0146	0.0276	0.0042	0.0155	0.0203	0.0153	0.0042	0.0133	0.0174	0.0133	0.0201	0.013	0.0174	0.013	0.0625
chr2L	6010637	6010844	chr2L:6010638-6010844	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0463	0.0571	0.0439	0.0369	0.0244	0.0587	0.0644	0.0926	0.0244	0.0628	0.046	0.0628	0.0271	0.0168	0.0097	0.0168	0.012
chr2L	6010939	6011340	chr2L:6010940-6011340	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0575	0.0521	0.0551	0.0661	0.0265	0.0471	0.0696	0.0799	0.0265	0.07	0.0511	0.07	0.024	0.0168	0.0135	0.0168	0.0208
chr2L	6012722	6013012	chr2L:6012723-6013012	FBgn0031762	CG9098	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0491	0.043	0.0608	0.0432	0.0233	0.0529	0.0532	0.0453	0.0233	0.07	0.0743	0.07	0.0503	0.0459	0.0368	0.0459	0.0756
chr2L	6013121	6013303	chr2L:6013122-6013303	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0597	0.0566	0.072	0.0499	0.0244	0.0718	0.067	0.0646	0.0244	0.0918	0.0778	0.0918	0.0682	0.0681	0.0516	0.0681	0.0651
chr2L	6013350	6013501	chr2L:6013351-6013501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0283	0.0371	0.0223	0.0085	0.0291	0.0381	0.0386	0.0085	0.0501	0.037	0.0501	0.0372	0.0329	0.0322	0.0329	0.0203
chr2L	6014719	6014891	chr2L:6014720-6014891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0429	0.0516	0.0588	0.0157	0.0318	0.0631	0.0593	0.066	0.0318	0.0972	0.065	0.0972	0.0395	0.0222	0.0168	0.0222	0.0151
chr2L	6015046	6015251	chr2L:6015047-6015251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0355	0.0396	0.0471	0.0182	0.0138	0.0568	0.045	0.0473	0.0138	0.0906	0.0405	0.0906	0.0356	0.0452	0.0142	0.0452	0.0162
chr2L	6017596	6017747	chr2L:6017597-6017747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0228	0.0208	0.0322	0.0146	0.0074	0.0316	0.0238	0.0213	0.0074	0.064	0.0315	0.064	0.0279	0.0352	0.0142	0.0352	0.0099
chr2L	6019359	6019540	chr2L:6019360-6019540	FBgn0001170	H2.0	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0309	0.0246	0.0429	0.0248	0.0053	0.0447	0.0225	0.028	0.0053	0.0894	0.0402	0.0894	0.0318	0.0658	0.0361	0.0658	0.0083
chr2L	6019861	6020098	chr2L:6019862-6020098	FBgn0001170	H2.0	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1075	0.0835	0.1555	0.0816	0.0138	0.1981	0.0381	0.0853	0.0138	0.2705	0.1814	0.2705	0.0999	0.1692	0.156	0.1692	0.038
chr2L	6022312	6022463	chr2L:6022313-6022463	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0252	0.0293	0.0178	0.0106	0.032	0.0294	0.0313	0.0106	0.0356	0.0373	0.0356	0.0256	0.0153	0.0374	0.0153	0.0167
chr2L	6022662	6022844	chr2L:6022663-6022844	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0356	0.053	0.0279	0.0159	0.0485	0.0424	0.0393	0.0159	0.0628	0.0704	0.0628	0.038	0.0161	0.0735	0.0161	0.0219
chr2L	6023094	6023279	chr2L:6023095-6023279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0363	0.0335	0.0452	0.0295	0.0148	0.0364	0.0502	0.036	0.0148	0.0507	0.0569	0.0507	0.038	0.0199	0.0651	0.0199	0.0318
chr2L	6024025	6024176	chr2L:6024026-6024176	FBgn0031764	CG9107	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0417	0.0412	0.0219	0.0191	0.05	0.0636	0.0366	0.0191	0.055	0.0431	0.055	0.0349	0.0276	0.0271	0.0276	0.0214
chr2L	6024426	6024627	chr2L:6024427-6024627	FBgn0031764	CG9107	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0953	0.0872	0.1218	0.0753	0.0498	0.1063	0.1103	0.0933	0.0498	0.1431	0.1299	0.1431	0.1363	0.0812	0.0838	0.0812	0.0938
chr2L	6024966	6025117	chr2L:6024967-6025117	FBgn0031764	CG9107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0244	0.0216	0.0312	0.0202	0.0106	0.016	0.0381	0.022	0.0106	0.0362	0.035	0.0362	0.0287	0.0153	0.0226	0.0153	0.0276
chr2L	6034428	6034579	chr2L:6034429-6034579	FBgn0031765	CG9109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0174	0.0207	0.015	0.0021	0.0204	0.026	0.0213	0.0021	0.0193	0.0212	0.0193	0.0209	0.0054	0.0097	0.0054	0.0089
chr2L	6036583	6036734	chr2L:6036584-6036734	FBgn0025742	mtm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0487	0.0356	0.0635	0.0472	0.017	0.0461	0.0424	0.0413	0.017	0.0688	0.0682	0.0688	0.0697	0.0452	0.0554	0.0452	0.0703
chr2L	6036841	6037034	chr2L:6036842-6037034	FBgn0025742	mtm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.0955	0.1296	0.0925	0.0647	0.1112	0.1133	0.1193	0.0647	0.1655	0.1383	0.1655	0.1263	0.0988	0.1051	0.0988	0.1193
chr2L	6037157	6037773	chr2L:6037158-6037773	FBgn0025742,FBgn0031766,FBgn0051643	CG31643,CG9117,mtm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.1081	0.1395	0.0994	0.0689	0.1204	0.1298	0.1459	0.0689	0.1757	0.1588	0.1757	0.1441	0.1141	0.1141	0.1141	0.1209
chr2L	6037791	6037977	chr2L:6037792-6037977	FBgn0031766,FBgn0051643	CG31643,CG9117	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1136	0.1009	0.1345	0.1049	0.0732	0.1243	0.1068	0.1379	0.0732	0.1691	0.1585	0.1691	0.1464	0.1141	0.1161	0.1141	0.1438
chr2L	6038017	6038231	chr2L:6038018-6038231	FBgn0031766,FBgn0051643	CG31643,CG9117	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.0819	0.1015	0.0794	0.0467	0.0985	0.0848	0.1193	0.0467	0.122	0.1219	0.122	0.103	0.0911	0.0838	0.0911	0.1141
chr2L	6045654	6045805	chr2L:6045655-6045805	FBgn0000052,FBgn0262317	ade2,mir-966	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0201	0.0373	0.0407	0.0106	0.0267	0.0251	0.022	0.0106	0.0356	0.0399	0.0356	0.0705	0.0207	0.0342	0.0207	0.0928
chr2L	6045933	6046138	chr2L:6045934-6046138	FBgn0000052,FBgn0262317	ade2,mir-966	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0587	0.0322	0.056	0.0912	0.0297	0.0354	0.0394	0.0386	0.0297	0.0513	0.0489	0.0513	0.1216	0.0352	0.0903	0.0352	0.1845
chr2L	6046304	6046455	chr2L:6046305-6046455	FBgn0000052	ade2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0284	0.0341	0.0383	0.0233	0.0325	0.0355	0.034	0.0233	0.0248	0.0344	0.0248	0.0666	0.0207	0.029	0.0207	0.0875
chr2L	6047579	6047761	chr2L:6047580-6047761	FBgn0031768	CG12393	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.0649	0.0836	0.0602	0.0562	0.0709	0.0792	0.0746	0.0562	0.0996	0.0875	0.0996	0.0953	0.0636	0.058	0.0636	0.0766
chr2L	6047868	6048038	chr2L:6047869-6048038	FBgn0031768	CG12393	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1728	0.1601	0.2032	0.1536	0.1262	0.1937	0.1795	0.2005	0.1262	0.2512	0.2148	0.2512	0.213	0.1585	0.1534	0.1585	0.2043
chr2L	6048197	6048510	chr2L:6048198-6048510	FBgn0029161,FBgn0031768,FBgn0085208	CG12393,CG34179,slmo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1332	0.1265	0.1595	0.1117	0.0838	0.1529	0.1527	0.1512	0.0838	0.1957	0.1756	0.1957	0.151	0.1064	0.1141	0.1064	0.1527
chr2L	6048647	6048901	chr2L:6048648-6048901	FBgn0029161,FBgn0085208	CG34179,slmo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.148	0.171	0.1608	0.1083	0.1421	0.1553	0.2223	0.2239	0.1421	0.1896	0.1878	0.1896	0.1363	0.1172	0.118	0.1172	0.1334
chr2L	6050744	6050922	chr2L:6050745-6050922	FBgn0031769	CG9135	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1618	0.1575	0.1881	0.1376	0.1103	0.1767	0.1739	0.2219	0.1103	0.2391	0.2048	0.2391	0.1673	0.1256	0.1721	0.1256	0.1475
chr2L	6051194	6051372	chr2L:6051195-6051372	FBgn0031769	CG9135	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1568	0.1397	0.1972	0.1315	0.0827	0.1534	0.1561	0.2112	0.0827	0.2301	0.2074	0.2301	0.1991	0.0727	0.1728	0.0727	0.1636
chr2L	6051487	6051638	chr2L:6051488-6051638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.0608	0.0745	0.0572	0.0371	0.0655	0.0779	0.0779	0.0371	0.0809	0.0801	0.0809	0.0821	0.0299	0.0909	0.0299	0.0756
chr2L	6053991	6054375	chr2L:6053992-6054375	FBgn0031770	CG13995	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0657	0.072	0.0638	0.0607	0.0414	0.0757	0.0921	0.0986	0.0414	0.0598	0.0675	0.0598	0.0449	0.0184	0.0271	0.0184	0.0261
chr2L	6058819	6058970	chr2L:6058820-6058970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.0138	0.0147	0.0206	0.0064	0.0155	0.0221	0.0127	0.0064	0.0145	0.017	0.0145	0.0201	0.0123	0.0142	0.0123	0.0479
chr2L	6062381	6062532	chr2L:6062382-6062532	FBgn0031771,FBgn0031772	CG13994,CG9140	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.038	0.0532	0.049	0.0233	0.0485	0.0454	0.04	0.0233	0.0592	0.0617	0.0592	0.0503	0.0643	0.0471	0.0643	0.0511
chr2L	6062642	6062822	chr2L:6062643-6062822	FBgn0031771,FBgn0031772	CG13994,CG9140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1264	0.1038	0.1558	0.1193	0.0657	0.1296	0.1142	0.1332	0.0657	0.1872	0.1727	0.1872	0.1689	0.1447	0.1283	0.1447	0.1433
chr2L	6062878	6063085	chr2L:6062879-6063085	FBgn0031771,FBgn0031772	CG13994,CG9140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1296	0.1162	0.159	0.1122	0.1018	0.1301	0.1328	0.1426	0.1018	0.1866	0.1778	0.1866	0.1813	0.1363	0.1109	0.1363	0.1438
chr2L	6065879	6066059	chr2L:6065880-6066059	FBgn0031773,FBgn0031774	CG9147,Fbw5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1346	0.112	0.1596	0.1323	0.0795	0.1466	0.1125	0.1459	0.0795	0.1836	0.1797	0.1836	0.1689	0.147	0.138	0.147	0.1631
chr2L	6066110	6066298	chr2L:6066111-6066298	FBgn0031773,FBgn0031774	CG9147,Fbw5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0883	0.0709	0.1027	0.0919	0.0498	0.0951	0.0627	0.1026	0.0498	0.1214	0.117	0.1214	0.1046	0.1126	0.0909	0.1126	0.1126
chr2L	6068972	6069158	chr2L:6068973-6069158	FBgn0031775,FBgn0031776	CG13993,CG9150	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1057	0.0925	0.1286	0.0954	0.052	0.1019	0.112	0.1272	0.052	0.1498	0.1511	0.1498	0.1325	0.1041	0.0974	0.1041	0.1167
chr2L	6070316	6070467	chr2L:6070317-6070467	FBgn0031777	CG9154	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0327	0.06	0.0404	0.0117	0.0398	0.0376	0.0473	0.0117	0.0761	0.0643	0.0761	0.0736	0.0436	0.0458	0.0436	0.0459
chr2L	6070618	6070863	chr2L:6070619-6070863	FBgn0028419,FBgn0031777	CG9154,Kr-h2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1041	0.0754	0.1199	0.1188	0.0456	0.1034	0.0709	0.1013	0.0456	0.1419	0.1379	0.1419	0.1387	0.1524	0.1289	0.1524	0.1522
chr2L	6070940	6071120	chr2L:6070941-6071120	FBgn0028419,FBgn0031777	CG9154,Kr-h2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1104	0.1774	0.1562	0.0541	0.1505	0.1129	0.1486	0.0541	0.2083	0.2023	0.2083	0.1936	0.1937	0.1631	0.1937	0.1991
chr2L	6071231	6071435	chr2L:6071232-6071435	FBgn0028419	Kr-h2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0705	0.0505	0.0888	0.0728	0.017	0.068	0.0558	0.0666	0.017	0.1045	0.099	0.1045	0.1007	0.0819	0.0787	0.0819	0.0964
chr2L	6074086	6074267	chr2L:6074087-6074267	distal	distal	stage14	none	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0647	0.038	0.0668	0.0923	0.0117	0.0471	0.0446	0.054	0.0117	0.0749	0.0788	0.0749	0.079	0.1508	0.0858	0.1508	0.1063
chr2L	6074413	6074599	chr2L:6074414-6074599	FBgn0264345	CR43801	stage14	none	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0609	0.0167	0.0388	0.1345	0.0021	0.0204	0.0238	0.0167	0.0021	0.0308	0.0395	0.0308	0.0651	0.196	0.1019	0.196	0.1412
chr2L	6075493	6075834	chr2L:6075494-6075834	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1301	0.0446	0.1425	0.2119	0.0138	0.0869	0.0307	0.056	0.0138	0.1763	0.145	0.1763	0.1952	0.268	0.1786	0.268	0.2585
chr2L	6076179	6076402	chr2L:6076180-6076402	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1411	0.0945	0.1492	0.1842	0.0488	0.1354	0.093	0.1239	0.0488	0.1715	0.1614	0.1715	0.1673	0.196	0.185	0.196	0.2183
chr2L	6076922	6077073	chr2L:6076923-6077073	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0288	0.0127	0.0171	0.0597	0.0042	0.017	0.0173	0.012	0.0042	0.0133	0.0116	0.0133	0.0178	0.0345	0.0264	0.0345	0.0354
chr2L	6078785	6079218	chr2L:6078786-6079218	FBgn0031778	CR9162	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2646	0.2026	0.3108	0.2831	0.0859	0.3097	0.1631	0.2971	0.0859	0.4535	0.2984	0.4535	0.4043	0.3951	0.3211	0.3951	0.4028
chr2L	6081260	6081411	chr2L:6081261-6081411	FBgn0028420	Kr-h1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.037	0.026	0.0256	0.0616	0.0085	0.033	0.0316	0.0306	0.0085	0.029	0.0186	0.029	0.0232	0.0888	0.0368	0.0888	0.0552
chr2L	6081426	6081578	chr2L:6081427-6081578	FBgn0028420	Kr-h1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0341	0.0254	0.0235	0.0556	0.0138	0.0296	0.0333	0.0306	0.0138	0.0199	0.0151	0.0199	0.0232	0.062	0.0284	0.062	0.049
chr2L	6082414	6082631	chr2L:6082415-6082631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0508	0.0167	0.0279	0.1141	0.0042	0.0238	0.0264	0.012	0.0042	0.0187	0.0267	0.0187	0.0542	0.108	0.138	0.108	0.1647
chr2L	6083047	6083326	chr2L:6083048-6083326	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0574	0.0203	0.0364	0.1217	0.0085	0.0282	0.0298	0.0167	0.0085	0.0229	0.0296	0.0229	0.1084	0.1462	0.1412	0.1462	0.2084
chr2L	6087801	6088112	chr2L:6087802-6088112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0545	0.0201	0.0317	0.1178	0.0085	0.0267	0.029	0.0167	0.0085	0.026	0.0367	0.026	0.0496	0.1279	0.1773	0.1279	0.1584
chr2L	6088403	6088639	chr2L:6088404-6088639	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2163	0.1746	0.2183	0.2607	0.1082	0.232	0.1873	0.2112	0.1082	0.2452	0.2241	0.2452	0.2773	0.304	0.2573	0.304	0.3069
chr2L	6089121	6089351	chr2L:6089122-6089351	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0867	0.0737	0.0642	0.1259	0.0498	0.0825	0.0969	0.0766	0.0498	0.061	0.0566	0.061	0.0813	0.1164	0.1109	0.1164	0.1475
chr2L	6090448	6090705	chr2L:6090449-6090705	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0671	0.0161	0.0434	0.15	0.0042	0.0286	0.0164	0.0153	0.0042	0.0393	0.0405	0.0393	0.0991	0.2067	0.2037	0.2067	0.2069
chr2L	6091283	6091486	chr2L:6091284-6091486	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1679	0.111	0.1972	0.1994	0.0562	0.1675	0.0939	0.1559	0.0562	0.2313	0.1997	0.2313	0.2231	0.2113	0.1992	0.2113	0.2355
chr2L	6091568	6091745	chr2L:6091569-6091745	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.0654	0.103	0.0923	0.0371	0.0874	0.0636	0.0913	0.0371	0.1322	0.1096	0.1322	0.0953	0.098	0.0974	0.098	0.0964
chr2L	6092459	6092649	chr2L:6092460-6092649	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0479	0.0282	0.0444	0.0737	0.017	0.0413	0.0268	0.0353	0.017	0.0411	0.0331	0.0411	0.0511	0.0368	0.0426	0.0368	0.0573
chr2L	6098658	6098809	chr2L:6098659-6098809	FBgn0031779	CG9175	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.071	0.0389	0.0921	0.0838	0.0148	0.0573	0.0463	0.0393	0.0148	0.1008	0.1	0.1008	0.1162	0.0689	0.0683	0.0689	0.1438
chr2L	6098928	6099148	chr2L:6098929-6099148	FBgn0031779	CG9175	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1846	0.1396	0.2364	0.1781	0.0764	0.1942	0.1522	0.1632	0.0764	0.2651	0.2682	0.2651	0.2432	0.1692	0.1831	0.1692	0.2262
chr2L	6100215	6100437	chr2L:6100216-6100437	FBgn0051641	stai	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.027	0.0421	0.062	0.0106	0.0286	0.042	0.0266	0.0106	0.0459	0.0566	0.0459	0.0372	0.072	0.0845	0.072	0.0776
chr2L	6104526	6104677	chr2L:6104527-6104677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0098	0.0129	0.0207	0.0053	0.0112	0.0164	0.0073	0.0053	0.0079	0.0129	0.0079	0.0147	0.0092	0.0045	0.0092	0.0063
chr2L	6109140	6109291	chr2L:6109141-6109291	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0127	0.0115	0.0397	0.0074	0.0121	0.019	0.0133	0.0074	0.0103	0.0103	0.0103	0.007	0.0092	0.0161	0.0092	0.0172
chr2L	6109507	6109667	chr2L:6109508-6109667	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0252	0.013	0.0129	0.0522	0.0085	0.0121	0.0242	0.0087	0.0085	0.0085	0.0077	0.0085	0.0101	0.0054	0.0077	0.0054	0.0125
chr2L	6115827	6115978	chr2L:6115828-6115978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0096	0.0072	0.0117	0.0053	0.0063	0.0195	0.008	0.0053	0.006	0.0087	0.006	0.007	0.0061	0.0052	0.0061	0.0052
chr2L	6117952	6118103	chr2L:6117953-6118103	FBgn0051642	CG31642	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0118	0.0231	0.0055	0.0061	0.0127	0.0117	0.048	0.0173	0.0127	0.0042	0.0058	0.0042	0.0054	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chr2L	6121632	6121814	chr2L:6121633-6121814	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.021	0.0123	0.0157	0.0365	0.0042	0.0102	0.0208	0.014	0.0042	0.0097	0.0084	0.0097	0.007	0.0077	0.0097	0.0077	0.0042
chr2L	6123938	6124089	chr2L:6123939-6124089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0169	0.0176	0.0233	0.0095	0.0199	0.0242	0.0173	0.0095	0.0344	0.0151	0.0344	0.0124	0.0498	0.0116	0.0498	0.0188
chr2L	6124465	6124616	chr2L:6124466-6124616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0254	0.0339	0.0315	0.0138	0.0301	0.0359	0.0266	0.0138	0.0489	0.036	0.0489	0.0279	0.0429	0.0284	0.0429	0.0271
chr2L	6124816	6124992	chr2L:6124817-6124992	FBgn0031781	Arc-p20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1238	0.11	0.1409	0.1203	0.071	0.1272	0.1406	0.1252	0.071	0.1733	0.1505	0.1733	0.1518	0.1424	0.1186	0.1424	0.1407
chr2L	6125045	6125241	chr2L:6125046-6125241	FBgn0031781	Arc-p20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1315	0.1608	0.1246	0.0912	0.1427	0.1652	0.1606	0.0912	0.1848	0.1781	0.1848	0.1743	0.1493	0.1244	0.1493	0.1501
chr2L	6126734	6126910	chr2L:6126735-6126910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.035	0.0331	0.0226	0.0148	0.0345	0.0549	0.0353	0.0148	0.0326	0.0434	0.0326	0.024	0.0207	0.0226	0.0207	0.0292
chr2L	6126974	6127125	chr2L:6126975-6127125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0289	0.0307	0.0205	0.0127	0.0296	0.0411	0.0346	0.0127	0.0368	0.0354	0.0368	0.0302	0.0168	0.0187	0.0168	0.0266
chr2L	6127329	6127480	chr2L:6127330-6127480	FBgn0031782	WDR79	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0405	0.0468	0.034	0.0276	0.0379	0.061	0.0486	0.0276	0.0519	0.0518	0.0519	0.0542	0.0276	0.0368	0.0276	0.0479
chr2L	6127564	6127743	chr2L:6127565-6127743	FBgn0031782	WDR79	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.0937	0.0967	0.0788	0.0689	0.1107	0.1025	0.1259	0.0689	0.1292	0.1061	0.1292	0.0953	0.0812	0.0793	0.0812	0.0995
chr2L	6130608	6130776	chr2L:6130609-6130776	FBgn0031784,FBgn0261683,FBgn0261697	CG42730,CG9222,tectonic	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0274	0.0429	0.0279	0.0095	0.0233	0.0383	0.0597	0.0553	0.0233	0.0368	0.0315	0.0368	0.0178	0.0061	0.0052	0.0061	0.0099
chr2L	6148216	6148367	chr2L:6148217-6148367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0085	0.0086	0.0069	0.0102	0.0064	0.0063	0.0143	0.0107	0.0064	0.0036	0.0058	0.0036	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0021
chr2L	6155629	6155826	chr2L:6155630-6155826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0074	0.0098	0.0237	0.0021	0.0049	0.0108	0.0113	0.0021	0.0085	0.0035	0.0085	0.0046	0	0.0026	0	0.0078
chr2L	6156006	6156157	chr2L:6156007-6156157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0079	0.0089	0.0121	0.0064	0.0063	0.0138	0.0067	0.0064	0.0091	0.0061	0.0091	0.0093	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chr2L	6156654	6156991	chr2L:6156655-6156991	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0286	0.0523	0.0154	0.0166	0.0371	0.0485	0.0753	0.0586	0.0371	0.0139	0.0141	0.0139	0.0124	0.0069	0.0071	0.0069	0.0115
chr2L	6177059	6177210	chr2L:6177060-6177210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0295	0.0378	0.0398	0.0089	0.0127	0.067	0.035	0.0393	0.0127	0.0393	0.0232	0.0393	0.1154	0.0061	0.0071	0.0061	0.0156
chr2L	6177228	6177379	chr2L:6177229-6177379	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0356	0.041	0.0509	0.0128	0.0148	0.0714	0.0355	0.0466	0.0148	0.0634	0.0286	0.0634	0.1317	0.0092	0.0071	0.0092	0.0229
chr2L	6177415	6177636	chr2L:6177416-6177636	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0479	0.0573	0.068	0.0153	0.0223	0.0937	0.0584	0.0593	0.0223	0.0996	0.0412	0.0996	0.1425	0.0145	0.0116	0.0145	0.0156
chr2L	6177673	6177824	chr2L:6177674-6177824	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0403	0.0499	0.0541	0.0145	0.018	0.082	0.0454	0.0573	0.018	0.0743	0.0424	0.0743	0.1077	0.0077	0.0116	0.0077	0.0182
chr2L	6178258	6178445	chr2L:6178259-6178445	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0597	0.051	0.0834	0.0436	0.0339	0.0723	0.0562	0.056	0.0339	0.0785	0.0768	0.0785	0.1572	0.0322	0.049	0.0322	0.0776
chr2L	6178614	6178815	chr2L:6178615-6178815	FBgn0085409	CG34380	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1896	0.1893	0.2301	0.1457	0.1654	0.2184	0.1925	0.2678	0.1654	0.2512	0.2595	0.2512	0.2486	0.1409	0.1605	0.1409	0.1537
chr2L	6179013	6179226	chr2L:6179014-6179226	FBgn0085409	CG34380	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2564	0.2475	0.3094	0.208	0.1866	0.3019	0.2578	0.3225	0.1866	0.3394	0.3505	0.3394	0.3044	0.1968	0.2321	0.1968	0.2282
chr2L	6179386	6179537	chr2L:6179387-6179537	FBgn0085409	CG34380	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0951	0.1134	0.1159	0.0519	0.07	0.116	0.1163	0.1945	0.07	0.1208	0.1434	0.1208	0.1208	0.0544	0.0593	0.0544	0.0547
chr2L	6180057	6180208	chr2L:6180058-6180208	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0479	0.052	0.0584	0.0318	0.0191	0.0733	0.045	0.0766	0.0191	0.0707	0.0698	0.0707	0.0666	0.0337	0.0477	0.0337	0.036
chr2L	6181867	6182018	chr2L:6181868-6182018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0342	0.0221	0.0513	0.0291	0.0127	0.0383	0.0186	0.024	0.0127	0.0441	0.0682	0.0441	0.048	0.0597	0.0297	0.0597	0.0219
chr2L	6183564	6183715	chr2L:6183565-6183715	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0337	0.0287	0.0487	0.0228	0.0064	0.0466	0.026	0.0373	0.0064	0.0411	0.0534	0.0411	0.0372	0.0069	0.0284	0.0069	0.0203
chr2L	6184599	6185146	chr2L:6184600-6185146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0599	0.0581	0.0816	0.038	0.0201	0.0932	0.0545	0.0733	0.0201	0.1129	0.0855	0.1129	0.0457	0.0337	0.0374	0.0337	0.0344
chr2L	6185211	6185362	chr2L:6185212-6185362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0237	0.0227	0.0364	0.0109	0.0127	0.0306	0.0242	0.0266	0.0127	0.058	0.0315	0.058	0.0209	0.013	0.0084	0.013	0.0094
chr2L	6186410	6186760	chr2L:6186411-6186760	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0512	0.0659	0.0579	0.0276	0.0339	0.0917	0.0666	0.0893	0.0339	0.0731	0.0572	0.0731	0.0426	0.0191	0.0174	0.0191	0.0245
chr2L	6186876	6187027	chr2L:6186877-6187027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0156	0.0164	0.0169	0.0042	0.0214	0.019	0.0173	0.0042	0.0169	0.0148	0.0169	0.0209	0.0145	0.0084	0.0145	0.0156
chr2L	6187815	6188109	chr2L:6187816-6188109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0276	0.0213	0.0316	0.0304	0.0053	0.0296	0.0255	0.0247	0.0053	0.0332	0.0283	0.0332	0.0325	0.0214	0.0213	0.0214	0.0526
chr2L	6189892	6190043	chr2L:6189893-6190043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0118	0.0136	0.0148	0.0032	0.0126	0.0147	0.0193	0.0032	0.0205	0.0109	0.0205	0.0093	0.0077	0.009	0.0077	0.013
chr2L	6192102	6192308	chr2L:6192103-6192308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0314	0.0269	0.0349	0.0327	0.0106	0.0374	0.0307	0.0306	0.0106	0.0483	0.0354	0.0483	0.024	0.0858	0.0264	0.0858	0.0261
chr2L	6192636	6192787	chr2L:6192637-6192787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0206	0.0174	0.0226	0.022	0.0021	0.0252	0.0177	0.024	0.0021	0.0272	0.0257	0.0272	0.0186	0.0314	0.0303	0.0314	0.0198
chr2L	6192818	6192969	chr2L:6192819-6192969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.0201	0.0306	0.0231	0.0042	0.0277	0.0251	0.024	0.0042	0.0308	0.0418	0.0308	0.0163	0.0222	0.0393	0.0222	0.0214
chr2L	6193072	6193302	chr2L:6193073-6193302	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0272	0.0167	0.0332	0.0324	0.0074	0.0267	0.0164	0.0133	0.0074	0.0302	0.0428	0.0302	0.0372	0.0237	0.0587	0.0237	0.0391
chr2L	6193464	6193615	chr2L:6193465-6193615	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0209	0.0194	0.0222	0.0212	0.0064	0.0316	0.0208	0.022	0.0064	0.0199	0.0235	0.0199	0.0294	0.0161	0.0368	0.0161	0.0234
chr2L	6194043	6194299	chr2L:6194044-6194299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0574	0.0417	0.0698	0.0614	0.0233	0.0602	0.0458	0.0386	0.0233	0.0942	0.0765	0.0942	0.0682	0.1279	0.0716	0.1279	0.0563
chr2L	6194311	6194462	chr2L:6194312-6194462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0336	0.0222	0.0429	0.0362	0.0085	0.0316	0.026	0.0213	0.0085	0.055	0.0463	0.055	0.0488	0.0674	0.0438	0.0674	0.037
chr2L	6197674	6197904	chr2L:6197675-6197904	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0309	0.0339	0.0391	0.0185	0.0085	0.065	0.026	0.034	0.0085	0.0471	0.0334	0.0471	0.0604	0.0138	0.0097	0.0138	0.0292
chr2L	6198632	6198783	chr2L:6198633-6198783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.025	0.0166	0.0303	0.0287	0.0064	0.0282	0.0164	0.018	0.0064	0.0272	0.0347	0.0272	0.0325	0.0138	0.0554	0.0138	0.0344
chr2L	6198883	6199274	chr2L:6198884-6199274	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0519	0.0265	0.0594	0.072	0.0106	0.0408	0.0281	0.0247	0.0106	0.0471	0.0714	0.0471	0.0837	0.0207	0.1167	0.0207	0.1251
chr2L	6201004	6201332	chr2L:6201005-6201332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0416	0.0254	0.0576	0.0422	0.0074	0.0476	0.026	0.0213	0.0074	0.1014	0.0662	0.1014	0.0287	0.0965	0.0509	0.0965	0.0177
chr2L	6202906	6203057	chr2L:6202907-6203057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0258	0.0166	0.0312	0.0301	0.0042	0.0267	0.0147	0.022	0.0042	0.0242	0.0322	0.0242	0.0279	0.0184	0.0206	0.0184	0.0172
chr2L	6203870	6204092	chr2L:6203871-6204092	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0359	0.0744	0.0212	0.0074	0.0578	0.0337	0.0513	0.0074	0.0495	0.0675	0.0495	0.0325	0.0115	0.0245	0.0115	0.0146
chr2L	6204202	6204450	chr2L:6204203-6204450	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.071	0.0499	0.1235	0.0372	0.0159	0.0845	0.0407	0.0653	0.0159	0.1171	0.1283	0.1171	0.0651	0.0345	0.04	0.0345	0.0313
chr2L	6204749	6205161	chr2L:6204750-6205161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0937	0.1509	0.0673	0.0191	0.1796	0.0489	0.1446	0.0191	0.2331	0.1476	0.2331	0.055	0.0995	0.0632	0.0995	0.0349
chr2L	6205269	6205444	chr2L:6205270-6205444	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0437	0.0379	0.0638	0.028	0.0106	0.0665	0.0255	0.058	0.0106	0.0821	0.0527	0.0821	0.0217	0.0245	0.0226	0.0245	0.0125
chr2L	6205488	6205639	chr2L:6205489-6205639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.026	0.0473	0.0171	0.0042	0.0427	0.0199	0.0426	0.0042	0.0652	0.0399	0.0652	0.0201	0.0069	0.0148	0.0069	0.0073
chr2L	6207896	6208047	chr2L:6207897-6208047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0125	0.0269	0.0269	0.0053	0.0175	0.0134	0.0147	0.0053	0.0296	0.0215	0.0296	0.0132	0.01	0.0116	0.01	0.0172
chr2L	6210846	6210997	chr2L:6210847-6210997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0171	0.0162	0.0251	0.0092	0.0042	0.0291	0.0164	0.0133	0.0042	0.0592	0.0174	0.0592	0.0108	0.0145	0.0058	0.0145	0.0089
chr2L	6211263	6211493	chr2L:6211264-6211493	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.037	0.0323	0.0567	0.0205	0.0117	0.0558	0.0316	0.0326	0.0117	0.1153	0.0441	0.1153	0.0449	0.0268	0.0142	0.0268	0.0141
chr2L	6213510	6213788	chr2L:6213511-6213788	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0668	0.0925	0.0816	0.0219	0.0806	0.0888	0.0973	0.1506	0.0806	0.0459	0.0952	0.0459	0.0178	0.0123	0.0129	0.0123	0.0125
chr2L	6214343	6214599	chr2L:6214344-6214599	distal	distal	none	none	VT3137.1	VT3137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0427	0.0573	0.047	0.0216	0.0403	0.0684	0.0714	0.0646	0.0403	0.0405	0.0402	0.0405	0.0201	0.0077	0.0071	0.0077	0.0094
chr2L	6215719	6215908	chr2L:6215720-6215908	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT3137.1	VT3137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0397	0.0343	0.0609	0.0224	0.0127	0.0505	0.0298	0.052	0.0127	0.0399	0.0685	0.0399	0.024	0.0084	0.0123	0.0084	0.0125
chr2L	6216004	6216319	chr2L:6216005-6216319	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3137.1	VT3137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0606	0.0507	0.0911	0.038	0.0201	0.082	0.042	0.07	0.0201	0.0501	0.0785	0.0501	0.0287	0.0069	0.0116	0.0069	0.0146
chr2L	6216927	6217078	chr2L:6216928-6217078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0173	0.0316	0.0142	0.0053	0.0209	0.0242	0.0167	0.0053	0.0405	0.0344	0.0405	0.0116	0.0168	0.0052	0.0168	0.0057
chr2L	6218832	6218983	chr2L:6218833-6218983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0267	0.032	0.0143	0.0106	0.0311	0.0329	0.036	0.0106	0.0145	0.0495	0.0145	0.0147	0.0069	0.0206	0.0069	0.0078
chr2L	6219302	6219515	chr2L:6219303-6219515	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.028	0.0199	0.041	0.0228	0.0095	0.0199	0.0346	0.0167	0.0095	0.029	0.0598	0.029	0.0256	0.0092	0.02	0.0092	0.0255
chr2L	6221723	6221992	chr2L:6221724-6221992	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0273	0.0223	0.0174	0.0106	0.0325	0.0298	0.042	0.0106	0.0223	0.0212	0.0223	0.0093	0.01	0.0039	0.01	0.0089
chr2L	6228360	6228534	chr2L:6228361-6228534	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0197	0.0263	0.0143	0.0148	0.0204	0.0294	0.0173	0.0148	0.0157	0.0177	0.0157	0.0116	0.0061	0.0058	0.0061	0.0083
chr2L	6228633	6228811	chr2L:6228634-6228811	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0282	0.0255	0.039	0.0192	0.0138	0.0282	0.0415	0.0173	0.0138	0.0211	0.027	0.0211	0.0108	0.0084	0.0084	0.0084	0.0125
chr2L	6229103	6229254	chr2L:6229104-6229254	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0246	0.0308	0.0332	0.0084	0.017	0.0335	0.0428	0.034	0.017	0.0181	0.0559	0.0181	0.0085	0.0107	0.0071	0.0107	0.0068
chr2L	6229289	6229676	chr2L:6229290-6229676	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0528	0.0592	0.0864	0.0088	0.0647	0.0505	0.0796	0.0686	0.0647	0.0356	0.1627	0.0356	0.0217	0.01	0.0155	0.01	0.0036
chr2L	6233721	6233872	chr2L:6233722-6233872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0142	0.0151	0.0157	0.0042	0.0117	0.0242	0.0153	0.0042	0.0133	0.0148	0.0133	0.007	0.0046	0.009	0.0046	0.0109
chr2L	6234058	6234209	chr2L:6234059-6234209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0113	0.0161	0.0142	0.0021	0.0121	0.0186	0.012	0.0021	0.0121	0.0122	0.0121	0.0077	0.0023	0.0058	0.0023	0.0052
chr2L	6234427	6234578	chr2L:6234428-6234578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0139	0.0121	0.015	0.0148	0.0021	0.0194	0.0125	0.0127	0.0021	0.0085	0.0116	0.0085	0.0132	8e-04	0.0058	8e-04	0.0078
chr2L	6234918	6235069	chr2L:6234919-6235069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0172	0.0247	0.0095	0.0085	0.0204	0.0212	0.0227	0.0085	0.0205	0.0164	0.0205	0.007	0.0038	0.0084	0.0038	0.0094
chr2L	6235297	6235448	chr2L:6235298-6235448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0147	0.0177	0.0188	0.0068	0.0053	0.0189	0.0212	0.0273	0.0053	0.0217	0.0106	0.0217	0.0077	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chr2L	6236055	6236210	chr2L:6236056-6236210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0267	0.0163	0.0339	0.0304	0.0032	0.0267	0.0195	0.0167	0.0032	0.0453	0.0293	0.0453	0.0442	0.0475	0.0187	0.0475	0.0459
chr2L	6236372	6236523	chr2L:6236373-6236523	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.028	0.0118	0.0345	0.039	0.0021	0.0214	0.013	0.0073	0.0021	0.0501	0.0219	0.0501	0.0387	0.0796	0.0206	0.0796	0.0552
chr2L	6236552	6236913	chr2L:6236553-6236913	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0493	0.0231	0.0576	0.0696	0.0085	0.0388	0.0238	0.022	0.0085	0.0761	0.0453	0.0761	0.0875	0.1103	0.0406	0.1103	0.1131
chr2L	6238346	6238528	chr2L:6238347-6238528	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0223	0.0344	0.0171	0.0095	0.0301	0.0247	0.0273	0.0095	0.035	0.0273	0.035	0.0085	0.0023	0.0026	0.0023	0.0047
chr2L	6240618	6240836	chr2L:6240619-6240836	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0487	0.0408	0.0841	0.0188	0.0085	0.0733	0.0307	0.0513	0.0085	0.1818	0.0871	0.1818	0.0225	0.023	0.0187	0.023	0.0203
chr2L	6240962	6241158	chr2L:6240963-6241158	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_5565	Unspecified_5565	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.057	0.0568	0.0989	0.0113	0.0053	0.1228	0.0303	0.072	0.0053	0.2699	0.0788	0.2699	0.0163	0.0123	0.0084	0.0123	0.0089
chr2L	6241261	6241412	chr2L:6241262-6241412	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_5565	Unspecified_5565	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0366	0.0474	0.0523	0.0075	0.0085	0.0835	0.0221	0.0859	0.0085	0.1359	0.0386	0.1359	0.0101	0.0168	0.0026	0.0168	0.0031
chr2L	6242002	6242474	chr2L:6242003-6242474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0523	0.0836	0.0468	0.0234	0.0138	0.1607	0.0497	0.1173	0.0138	0.0501	0.0357	0.0501	0.0163	0.0061	0.0103	0.0061	0.0104
chr2L	6242485	6242636	chr2L:6242486-6242636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0178	0.0228	0.0202	0.0097	0.0032	0.0393	0.0212	0.0253	0.0032	0.0151	0.0154	0.0151	0.007	0.0046	0.0052	0.0046	0.0042
chr2L	6247640	6247807	chr2L:6247641-6247807	distal	distal	none	none	VT3155.1	VT3155.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0246	0.0184	0.026	0.0301	0.0106	0.0252	0.0229	0.0173	0.0106	0.0242	0.0148	0.0242	0.0147	0.0123	0.0097	0.0123	0.0109
chr2L	6250199	6250559	chr2L:6250200-6250559	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0589	0.0578	0.0918	0.024	0.0201	0.0607	0.0489	0.1246	0.0201	0.0284	0.1585	0.0284	0.1084	0.0092	0.0542	0.0092	0.0188
chr2L	6251070	6251221	chr2L:6251071-6251221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0212	0.0194	0.0288	0.0148	0.0042	0.0296	0.0221	0.0233	0.0042	0.0193	0.0277	0.0193	0.0627	0.0092	0.0116	0.0092	0.0261
chr2L	6251284	6251435	chr2L:6251285-6251435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0174	0.0162	0.023	0.0127	0.0053	0.0228	0.0195	0.0187	0.0053	0.0169	0.018	0.0169	0.0565	0.0054	0.009	0.0054	0.0229
chr2L	6252414	6252602	chr2L:6252415-6252602	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0937	0.0566	0.127	0.0986	0.0329	0.0811	0.051	0.0779	0.0329	0.1763	0.146	0.1763	0.134	0.1072	0.1135	0.1072	0.0959
chr2L	6252802	6253059	chr2L:6252803-6253059	FBgn0053531	Ddr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1228	0.0779	0.1692	0.1221	0.035	0.1199	0.0631	0.1133	0.035	0.2343	0.19	0.2343	0.1797	0.1286	0.1115	0.1286	0.1089
chr2L	6259724	6259938	chr2L:6259725-6259938	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0424	0.0618	0.0435	0.0195	0.0127	0.0471	0.0476	0.1626	0.0127	0.0223	0.0814	0.0223	0.0225	0.0199	0.0451	0.0199	0.0094
chr2L	6274057	6274249	chr2L:6274058-6274249	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0147	0.0277	0.0258	0.0127	0.0146	0.0225	0.0153	0.0127	0.0151	0.0518	0.0151	0.0101	0.0107	0.0812	0.0107	0.0104
chr2L	6277678	6277829	chr2L:6277679-6277829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0147	0.0115	0.0142	0.0188	0.0032	0.0117	0.0177	0.0127	0.0032	0.0169	0.0132	0.0169	0.0279	0.0138	0.0213	0.0138	0.0302
chr2L	6278011	6278282	chr2L:6278012-6278282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0245	0.012	0.0217	0.0416	0.0032	0.0131	0.019	0.0107	0.0032	0.0193	0.0209	0.0193	0.0434	0.023	0.0484	0.023	0.0803
chr2L	6278817	6278968	chr2L:6278818-6278968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0162	0.0133	0.017	0.0184	0.0085	0.0126	0.0234	0.012	0.0085	0.0229	0.018	0.0229	0.0194	0.0115	0.0303	0.0115	0.0245
chr2L	6283435	6283586	chr2L:6283436-6283586	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.013	0.0106	0.0155	0.013	0.0032	0.0126	0.0147	0.0133	0.0032	0.0127	0.0164	0.0127	0.0294	0.0214	0.0135	0.0214	0.0146
chr2L	6290584	6290735	chr2L:6290585-6290735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0113	0.0069	0.0141	0.0131	0	0.0087	0.0121	0.0053	0	0.0157	0.0093	0.0157	0.0364	0.0283	0.0077	0.0283	0.0188
chr2L	6291253	6291404	chr2L:6291254-6291404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0144	0.0081	0.0188	0.0167	0.0021	0.0131	0.0087	0.0067	0.0021	0.0229	0.0103	0.0229	0.0542	0.0176	0.0064	0.0176	0.0417
chr2L	6291732	6291939	chr2L:6291733-6291939	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_5570	Unspecified_5570	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0531	0.0202	0.0689	0.0724	0.0085	0.0413	0.0182	0.0133	0.0085	0.0773	0.035	0.0773	0.2153	0.0812	0.0277	0.0812	0.1735
chr2L	6303478	6303629	chr2L:6303479-6303629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0076	0.0067	0.01	0.0011	0.0058	0.016	0.0073	0.0011	0.0072	0.0071	0.0072	0.007	0.0015	0.0026	0.0015	0.0068
chr2L	6310218	6310369	chr2L:6310219-6310369	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0055	0.0057	0.01	0.0011	0.0049	0.0104	0.0053	0.0011	0.0066	0.0055	0.0066	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chr2L	6316765	6317008	chr2L:6316766-6317008	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.031	0.0315	0.0351	0.0085	0.035	0.0424	0.0406	0.0085	0.0242	0.0154	0.0242	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0135
chr2L	6319222	6319397	chr2L:6319223-6319397	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0217	0.026	0.037	0.0159	0.0184	0.0346	0.0247	0.0159	0.026	0.0164	0.026	0.0101	0.0046	0.0097	0.0046	0.0099
chr2L	6323643	6323818	chr2L:6323644-6323818	FBgn0021873	Gef26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2136	0.209	0.2379	0.192	0.1379	0.2427	0.2362	0.2771	0.1379	0.2941	0.2611	0.2941	0.2316	0.2075	0.2031	0.2075	0.2204
chr2L	6323925	6324096	chr2L:6323926-6324096	FBgn0021873	Gef26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1904	0.1621	0.2269	0.1819	0.1135	0.1917	0.1959	0.1905	0.1135	0.2941	0.236	0.2941	0.2301	0.1937	0.1915	0.1937	0.2152
chr2L	6324157	6324338	chr2L:6324158-6324338	FBgn0021873	Gef26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1393	0.1098	0.173	0.1354	0.0817	0.1248	0.1337	0.1352	0.0817	0.2228	0.1833	0.2228	0.196	0.1531	0.1476	0.1531	0.1574
chr2L	6324382	6324582	chr2L:6324383-6324582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.0936	0.153	0.1367	0.0594	0.1141	0.1055	0.1239	0.0594	0.195	0.1669	0.195	0.182	0.1792	0.1451	0.1792	0.1714
chr2L	6330166	6330371	chr2L:6330167-6330371	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0314	0.0319	0.0306	0.0318	0.0138	0.0277	0.0476	0.04	0.0138	0.0411	0.035	0.0411	0.0279	0.0827	0.0239	0.0827	0.024
chr2L	6331945	6332096	chr2L:6331946-6332096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0248	0.0206	0.0169	0.0148	0.0257	0.0324	0.0313	0.0148	0.0205	0.0257	0.0205	0.0271	0.0245	0.0142	0.0245	0.0255
chr2L	6337677	6337881	chr2L:6337678-6337881	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0672	0.0568	0.0901	0.0536	0.0212	0.0738	0.0593	0.0853	0.0212	0.1063	0.1019	0.1063	0.0976	0.049	0.0722	0.049	0.0651
chr2L	6337896	6338267	chr2L:6337897-6338267	FBgn0031799	Pez	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1323	0.0891	0.1834	0.1245	0.0318	0.117	0.0921	0.1252	0.0318	0.2367	0.2219	0.2367	0.1836	0.1531	0.1509	0.1531	0.1694
chr2L	6338358	6338532	chr2L:6338359-6338532	FBgn0015623,FBgn0031799	Cpr,Pez	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1758	0.1482	0.2197	0.1585	0.0901	0.1772	0.1579	0.2099	0.0901	0.2778	0.2601	0.2778	0.2246	0.1861	0.1715	0.1861	0.222
chr2L	6338689	6338886	chr2L:6338690-6338886	FBgn0015623,FBgn0031799	Cpr,Pez	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2549	0.2417	0.2986	0.2217	0.1898	0.2816	0.2638	0.3158	0.1898	0.3925	0.3347	0.3925	0.2889	0.2511	0.2502	0.2511	0.2908
chr2L	6339257	6339435	chr2L:6339258-6339435	FBgn0015623	Cpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2086	0.1984	0.2586	0.1652	0.14	0.2209	0.221	0.2825	0.14	0.3285	0.3186	0.3285	0.2223	0.2182	0.2366	0.2182	0.1871
chr2L	6339585	6339736	chr2L:6339586-6339736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0673	0.0617	0.0815	0.0579	0.0403	0.0597	0.0835	0.0773	0.0403	0.1063	0.0984	0.1063	0.0868	0.0613	0.0883	0.0613	0.0714
chr2L	6343544	6343747	chr2L:6343545-6343747	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0752	0.0743	0.0869	0.0634	0.0509	0.0893	0.0826	0.0939	0.0509	0.1129	0.0804	0.1129	0.1216	0.072	0.0529	0.072	0.099
chr2L	6343873	6344024	chr2L:6343874-6344024	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0293	0.0353	0.0263	0.017	0.0316	0.0368	0.0366	0.017	0.0477	0.0299	0.0477	0.0527	0.0383	0.0174	0.0383	0.0375
chr2L	6351526	6351711	chr2L:6351527-6351711	FBgn0031801	CG9498	stage14	none	VT3211.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0148	0.0168	0.0251	0.0064	0.017	0.0216	0.014	0.0064	0.0097	0.0232	0.0097	0.0248	0.0084	0.0413	0.0084	0.0459
chr2L	6356364	6356591	chr2L:6356365-6356591	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0594	0.0684	0.0383	0.0361	0.0665	0.0757	0.0733	0.0361	0.0906	0.0791	0.0906	0.0503	0.0322	0.0393	0.0322	0.0464
chr2L	6356796	6357191	chr2L:6356797-6357191	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1841	0.1842	0.2015	0.1647	0.1707	0.1976	0.2115	0.2239	0.1707	0.2506	0.2254	0.2506	0.1797	0.1593	0.1721	0.1593	0.2001
chr2L	6357399	6357550	chr2L:6357400-6357550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0274	0.032	0.0185	0.0117	0.0262	0.0424	0.028	0.0117	0.0326	0.0376	0.0326	0.0395	0.0176	0.0193	0.0176	0.0208
chr2L	6357571	6357722	chr2L:6357572-6357722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0243	0.0269	0.0171	0.0085	0.0252	0.0329	0.0333	0.0085	0.0284	0.0344	0.0284	0.0256	0.0176	0.0168	0.0176	0.0193
chr2L	6361798	6361949	chr2L:6361799-6361949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0162	0.0254	0.0138	0.0084	0.0138	0.017	0.0489	0.022	0.0138	0.0109	0.0145	0.0109	0.0248	0.0054	0.0058	0.0054	0.0162
chr2L	6367020	6367238	chr2L:6367021-6367238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0502	0.0663	0.0463	0.0365	0.0456	0.0529	0.1029	0.0746	0.0456	0.0405	0.0556	0.0405	0.0589	0.0306	0.0406	0.0306	0.0641
chr2L	6373216	6373408	chr2L:6373217-6373408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0544	0.1452	0.0088	0.0029	0.1951	0.0238	0.3521	0.0446	0.1951	0.0103	0.009	0.0103	0.007	0.0023	0.0064	0.0023	0.0021
chr2L	6373461	6373850	chr2L:6373462-6373850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0808	0.2162	0.0124	0.0045	0.3097	0.035	0.5143	0.058	0.3097	0.0139	0.0135	0.0139	0.0124	0.0061	0.0077	0.0061	0.0016
chr2L	6373950	6374101	chr2L:6373951-6374101	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.047	0.1257	0.0072	0.0028	0.1697	0.0146	0.3084	0.0326	0.1697	0.0072	0.009	0.0072	0.007	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr2L	6374125	6374463	chr2L:6374126-6374463	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0704	0.1899	0.0086	0.0047	0.2874	0.0252	0.4554	0.0413	0.2874	0.006	0.01	0.006	0.0093	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr2L	6374539	6374694	chr2L:6374540-6374694	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0474	0.129	0.0049	0.0028	0.1824	0.015	0.317	0.0247	0.1824	0.0036	0.0051	0.0036	0.0085	0.0054	0	0.0054	0.0047
chr2L	6374865	6375078	chr2L:6374866-6375078	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0586	0.1558	0.0088	0.0046	0.2556	0.0189	0.3685	0.038	0.2556	0.0127	0.0103	0.0127	0.007	0.0061	0.0026	0.0061	0.0089
chr2L	6375546	6375819	chr2L:6375547-6375819	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0641	0.1696	0.0095	0.0061	0.263	0.0262	0.401	0.0393	0.263	0.0133	0.0116	0.0133	0.007	0.01	0.0077	0.01	0.0073
chr2L	6375839	6376109	chr2L:6375840-6376109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0604	0.1626	0.0071	0.0047	0.246	0.0184	0.3997	0.0313	0.246	0.0109	0.0087	0.0109	0.0039	0.0084	0.0019	0.0084	0.0047
chr2L	6376282	6376476	chr2L:6376283-6376476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0521	0.1383	0.008	0.004	0.2004	0.0199	0.333	0.028	0.2004	0.0109	0.0055	0.0109	0.0101	0.0077	0.0026	0.0077	0.0047
chr2L	6376500	6376786	chr2L:6376501-6376786	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0652	0.1721	0.0104	0.0058	0.2503	0.0267	0.407	0.0453	0.2503	0.0127	0.0106	0.0127	0.0077	0.0084	0.0052	0.0084	0.0068
chr2L	6377307	6377502	chr2L:6377308-6377502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0462	0.1196	0.0104	0.0033	0.1792	0.0204	0.2829	0.032	0.1792	0.0151	0.0109	0.0151	0.0101	0.0038	0.0013	0.0038	0.0036
chr2L	6389607	6389758	chr2L:6389608-6389758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0128	0.0236	0.0081	0.0058	0.0117	0.0136	0.0484	0.0193	0.0117	0.0091	0.0084	0.0091	0.0101	0.0061	0.0058	0.0061	0.0052
chr2L	6389845	6389996	chr2L:6389846-6389996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0104	0.0194	0.007	0.004	0.0074	0.0136	0.0394	0.0147	0.0074	0.0072	0.0077	0.0072	0.0062	0.0023	0.0039	0.0023	0.0031
chr2L	6390285	6390436	chr2L:6390286-6390436	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0155	0.0325	0.007	0.0058	0.0191	0.0442	0.0441	0.026	0.0191	0.0109	0.0071	0.0109	0.007	0.0092	0.0032	0.0092	0.0068
chr2L	6390439	6390634	chr2L:6390440-6390634	distal	distal	stage5	stage5	VT3226.1	VT3226.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0282	0.0608	0.0135	0.0079	0.0276	0.0801	0.0766	0.0686	0.0276	0.0193	0.0151	0.0193	0.0116	0.0084	0.0026	0.0084	0.0068
chr2L	6391135	6391286	chr2L:6391136-6391286	distal	distal	none	none	VT3226.1	VT3226.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0103	0.0193	0.0067	0.0042	0.0011	0.0155	0.0368	0.0173	0.0011	0.0042	0.0093	0.0042	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr2L	6394500	6394651	chr2L:6394501-6394651	distal	distal	none	none	VT3228.1	VT3228.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0129	0.0123	0.0096	0.017	0.0053	0.0121	0.0229	0.0087	0.0053	0.0066	0.0119	0.0066	0.017	0.0107	0.02	0.0107	0.0323
chr2L	6397128	6397279	chr2L:6397129-6397279	FBgn0259715	CG42369	none	none	VT3229.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.01	0.0108	0.0217	0.0021	0.0121	0.0138	0.0107	0.0021	0.0115	0.0087	0.0115	0.0186	0.0046	0.0097	0.0046	0.0641
chr2L	6398705	6398856	chr2L:6398706-6398856	distal	distal	none	none	VT3229.1,VT3230.1	VT3230.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0095	0.0081	0.0071	0.0138	0.0011	0.0073	0.0173	0.0047	0.0011	0.0091	0.0061	0.0091	0.0101	0.0084	0.0032	0.0084	0.0344
chr2L	6399012	6399163	chr2L:6399013-6399163	distal	distal	none	none	VT3229.1,VT3230.1	VT3230.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0115	0.012	0.0088	0.0139	0.0011	0.0117	0.0255	0.006	0.0011	0.0079	0.009	0.0079	0.0124	0.0077	0.0032	0.0077	0.038
chr2L	6411238	6411482	chr2L:6411239-6411482	FBgn0259714	CG42368	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1143	0.1294	0.1081	0.1042	0.1156	0.1369	0.1561	0.1532	0.1156	0.2059	0.0981	0.2059	0.0775	0.1884	0.0696	0.1884	0.0902
chr2L	6411688	6411839	chr2L:6411689-6411839	FBgn0031811,FBgn0259714	CG13982,CG42368	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.033	0.034	0.0297	0.0355	0.0191	0.0476	0.0411	0.03	0.0191	0.0519	0.0283	0.0519	0.024	0.0544	0.0213	0.0544	0.036
chr2L	6412076	6412276	chr2L:6412077-6412276	FBgn0031811	CG13982	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0137	0.0133	0.0586	0.0095	0.0126	0.0208	0.0147	0.0095	0.0133	0.0106	0.0133	0.0139	0.0322	0.0135	0.0322	0.037
chr2L	6417362	6417513	chr2L:6417363-6417513	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0137	0.0218	0.0089	0.0099	0.0032	0.0359	0.0238	0.0233	0.0032	0.0097	0.0096	0.0097	0.0132	0.0115	0.0032	0.0115	0.0234
chr2L	6422660	6423046	chr2L:6422661-6423046	FBgn0011722	Tig	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0193	0.032	0.0873	0.0106	0.0243	0.0316	0.01	0.0106	0.0459	0.0225	0.0459	0.0627	0.1547	0.0226	0.1547	0.1839
chr2L	6423204	6423453	chr2L:6423205-6423453	FBgn0011722	Tig	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0491	0.0232	0.034	0.0946	0.0085	0.0301	0.032	0.0247	0.0085	0.0435	0.0244	0.0435	0.0705	0.1953	0.0297	0.1953	0.1761
chr2L	6423519	6423925	chr2L:6423520-6423925	FBgn0011722,FBgn0263278	Tig,l(2)k11101	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0585	0.0472	0.053	0.077	0.0244	0.0597	0.061	0.0553	0.0244	0.07	0.0563	0.07	0.0682	0.1409	0.0496	0.1409	0.1167
chr2L	6424250	6424425	chr2L:6424251-6424425	FBgn0263278	l(2)k11101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1199	0.1042	0.1447	0.1104	0.0626	0.1388	0.1055	0.1412	0.0626	0.1836	0.1576	0.1836	0.158	0.1271	0.1135	0.1271	0.1464
chr2L	6424717	6424868	chr2L:6424718-6424868	FBgn0263278	l(2)k11101	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0277	0.0414	0.0302	0.0106	0.0267	0.0398	0.0326	0.0106	0.0519	0.0469	0.0519	0.0434	0.0291	0.0297	0.0291	0.0422
chr2L	6447465	6447629	chr2L:6447466-6447629	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0278	0.0223	0.0296	0.032	0.0074	0.0257	0.0346	0.0207	0.0074	0.0254	0.0347	0.0254	0.0449	0.0276	0.0432	0.0276	0.0547
chr2L	6447821	6448387	chr2L:6447822-6448387	FBgn0031813	CG9527	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1108	0.0763	0.1253	0.1335	0.0403	0.1078	0.0934	0.0706	0.0403	0.1268	0.1476	0.1268	0.1634	0.1302	0.1515	0.1302	0.2069
chr2L	6448461	6448634	chr2L:6448462-6448634	FBgn0031813	CG9527	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.057	0.0806	0.0688	0.0424	0.067	0.0662	0.07	0.0424	0.096	0.0949	0.096	0.0821	0.0781	0.0677	0.0781	0.0938
chr2L	6455142	6455324	chr2L:6455143-6455324	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1381	0.1139	0.1646	0.1362	0.052	0.1529	0.1237	0.1439	0.052	0.1938	0.1685	0.1938	0.1603	0.1577	0.1199	0.1577	0.1621
chr2L	6455400	6455581	chr2L:6455401-6455581	FBgn0031814,FBgn0031815	frj,retm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1471	0.1302	0.174	0.1363	0.0732	0.1636	0.1419	0.1699	0.0732	0.2029	0.1849	0.2029	0.1751	0.1662	0.1309	0.1662	0.1454
chr2L	6455866	6456058	chr2L:6455867-6456058	FBgn0031814,FBgn0031815	frj,retm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2309	0.2024	0.2791	0.2099	0.141	0.25	0.2171	0.2558	0.141	0.346	0.2952	0.346	0.2928	0.2274	0.2244	0.2274	0.2548
chr2L	6456192	6456411	chr2L:6456193-6456411	FBgn0031814,FBgn0031815	frj,retm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1403	0.1301	0.172	0.1168	0.0965	0.1476	0.1587	0.1539	0.0965	0.212	0.1891	0.212	0.1642	0.1233	0.1206	0.1233	0.1548
chr2L	6461294	6461445	chr2L:6461295-6461445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0303	0.0227	0.0357	0.033	0.0064	0.0243	0.0337	0.0273	0.0064	0.0314	0.0418	0.0314	0.0573	0.0237	0.0458	0.0237	0.0604
chr2L	6462327	6462549	chr2L:6462328-6462549	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0456	0.0416	0.0636	0.0304	0.0106	0.0723	0.0376	0.0506	0.0106	0.035	0.0704	0.035	0.1402	0.0283	0.0522	0.0283	0.0386
chr2L	6462551	6462735	chr2L:6462552-6462735	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0483	0.0486	0.0614	0.0334	0.0148	0.0723	0.0476	0.0646	0.0148	0.035	0.064	0.035	0.1363	0.0329	0.0548	0.0329	0.0459
chr2L	6463292	6463467	chr2L:6463293-6463467	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0316	0.0218	0.0367	0.037	0.0117	0.0262	0.0329	0.0193	0.0117	0.0374	0.0412	0.0374	0.0527	0.0421	0.04	0.0421	0.0667
chr2L	6464203	6464354	chr2L:6464204-6464354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0198	0.0294	0.0167	0.0042	0.0248	0.0285	0.0187	0.0042	0.0181	0.0322	0.0181	0.0705	0.0077	0.0213	0.0077	0.0307
chr2L	6465125	6465276	chr2L:6465126-6465276	FBgn0031816	CG16947	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0234	0.0194	0.0204	0.0312	0.0106	0.0165	0.029	0.0233	0.0106	0.0109	0.0267	0.0109	0.0333	0.0168	0.0522	0.0168	0.0485
chr2L	6465588	6465798	chr2L:6465589-6465798	FBgn0031816	CG16947	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0554	0.0212	0.0438	0.1065	0.0085	0.0248	0.0294	0.0213	0.0085	0.029	0.0463	0.029	0.0829	0.059	0.1173	0.059	0.1902
chr2L	6467635	6467828	chr2L:6467636-6467828	FBgn0031817	CG9531	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1007	0.093	0.1113	0.0978	0.052	0.1102	0.1151	0.1139	0.052	0.1298	0.1273	0.1298	0.134	0.1126	0.0909	0.1126	0.135
chr2L	6473358	6473603	chr2L:6473359-6473603	FBgn0259749	mmy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1576	0.1159	0.1919	0.1667	0.0498	0.1544	0.128	0.1519	0.0498	0.2114	0.1952	0.2114	0.2711	0.1815	0.127	0.1815	0.2678
chr2L	6473658	6473983	chr2L:6473659-6473983	FBgn0259749	mmy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.227	0.1959	0.2747	0.2093	0.1188	0.2485	0.2215	0.2445	0.1188	0.3424	0.2923	0.3424	0.2943	0.2305	0.1921	0.2305	0.2876
chr2L	6474482	6474633	chr2L:6474483-6474633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0639	0.0631	0.078	0.0493	0.0467	0.0709	0.0813	0.0746	0.0467	0.1021	0.0871	0.1021	0.0751	0.0482	0.049	0.0482	0.0709
chr2L	6476918	6477084	chr2L:6476919-6477084	FBgn0031818	CG9536	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.132	0.1287	0.149	0.1171	0.0827	0.1427	0.1613	0.1526	0.0827	0.1618	0.1778	0.1618	0.1534	0.1064	0.1431	0.1064	0.1548
chr2L	6479394	6479585	chr2L:6479395-6479585	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1598	0.141	0.1871	0.1511	0.0859	0.1689	0.1522	0.1999	0.0859	0.2126	0.2087	0.2126	0.2223	0.1378	0.1805	0.1378	0.1949
chr2L	6479741	6479943	chr2L:6479742-6479943	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1801	0.1618	0.2146	0.1627	0.0976	0.2141	0.154	0.2332	0.0976	0.2506	0.2392	0.2506	0.2239	0.1501	0.1631	0.1501	0.1892
chr2L	6480370	6480578	chr2L:6480371-6480578	FBgn0031820,FBgn0086357	DLP,Sec61alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2572	0.2292	0.3075	0.2333	0.1654	0.2816	0.25	0.2878	0.1654	0.369	0.3347	0.369	0.3036	0.2243	0.256	0.2243	0.2793
chr2L	6480784	6480975	chr2L:6480785-6480975	FBgn0031820,FBgn0086357	DLP,Sec61alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2339	0.1868	0.2841	0.2314	0.1145	0.2583	0.1843	0.2405	0.1145	0.3744	0.2974	0.3744	0.275	0.242	0.2437	0.242	0.272
chr2L	6481102	6481274	chr2L:6481103-6481274	FBgn0031820	DLP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1358	0.0986	0.1766	0.1327	0.0286	0.1495	0.099	0.1326	0.0286	0.2283	0.1868	0.2283	0.1689	0.1355	0.147	0.1355	0.1516
chr2L	6481350	6481570	chr2L:6481351-6481570	FBgn0031820	DLP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2043	0.1376	0.2529	0.2256	0.0848	0.1985	0.1367	0.1712	0.0848	0.3062	0.2672	0.3062	0.2773	0.2358	0.2521	0.2358	0.2637
chr2L	6481590	6481741	chr2L:6481591-6481741	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1214	0.0677	0.1449	0.1555	0.0361	0.0883	0.0826	0.0786	0.0361	0.1721	0.1524	0.1721	0.1844	0.1914	0.1663	0.1914	0.1886
chr2L	6488698	6488888	chr2L:6488699-6488888	FBgn0027496,FBgn0031821	CG9542,epsilonCOP	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1103	0.0856	0.1311	0.1152	0.0615	0.1078	0.0895	0.1146	0.0615	0.1377	0.1492	0.1377	0.1472	0.1011	0.1335	0.1011	0.1334
chr2L	6488987	6489193	chr2L:6488988-6489193	FBgn0027496,FBgn0031821	CG9542,epsilonCOP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1527	0.136	0.183	0.1383	0.0785	0.1748	0.1453	0.1819	0.0785	0.2222	0.2068	0.2222	0.1751	0.1256	0.1438	0.1256	0.1808
chr2L	6489252	6489403	chr2L:6489253-6489403	FBgn0027496	epsilonCOP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0781	0.0715	0.0996	0.0618	0.0403	0.0888	0.0809	0.0906	0.0403	0.1341	0.11	0.1341	0.0852	0.0582	0.0671	0.0582	0.0818
chr2L	6489528	6489679	chr2L:6489529-6489679	FBgn0027496	epsilonCOP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0384	0.0451	0.0248	0.0265	0.0481	0.0454	0.0426	0.0265	0.0525	0.0547	0.0525	0.0449	0.0268	0.0193	0.0268	0.0313
chr2L	6489973	6490124	chr2L:6489974-6490124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0396	0.0513	0.0267	0.0223	0.0481	0.0523	0.0453	0.0223	0.0556	0.0611	0.0556	0.0488	0.0276	0.0297	0.0276	0.0318
chr2L	6490222	6490694	chr2L:6490223-6490694	FBgn0031822,FBgn0051638	CG31638,CG9548	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1206	0.111	0.1542	0.0946	0.0668	0.1413	0.1298	0.1359	0.0668	0.1769	0.1826	0.1769	0.1441	0.0896	0.1019	0.0896	0.124
chr2L	6490745	6490926	chr2L:6490746-6490926	FBgn0031822,FBgn0051638	CG31638,CG9548	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1066	0.0943	0.1209	0.1046	0.0583	0.1058	0.112	0.1239	0.0583	0.151	0.1399	0.151	0.1092	0.1049	0.1096	0.1049	0.1287
chr2L	6490981	6491331	chr2L:6490982-6491331	FBgn0031822,FBgn0051638	CG31638,CG9548	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1155	0.1378	0.1164	0.0901	0.1252	0.1397	0.1372	0.0901	0.1757	0.1466	0.1757	0.1363	0.1325	0.1173	0.1325	0.1459
chr2L	6494474	6494665	chr2L:6494475-6494665	FBgn0031824	CG9547	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.0236	0.0269	0.0574	0.0106	0.0257	0.035	0.0253	0.0106	0.0205	0.0219	0.0205	0.0713	0.0222	0.0542	0.0222	0.1428
chr2L	6498194	6498367	chr2L:6498195-6498367	FBgn0051637	CG31637	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0531	0.0495	0.0678	0.0411	0.0223	0.0534	0.0636	0.0673	0.0223	0.0948	0.0707	0.0948	0.0674	0.049	0.04	0.049	0.0474
chr2L	6498518	6498735	chr2L:6498519-6498735	FBgn0051637	CG31637	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1948	0.1766	0.2326	0.1738	0.1485	0.201	0.1929	0.2372	0.1485	0.3092	0.2566	0.3092	0.2378	0.196	0.1941	0.196	0.2256
chr2L	6500136	6500356	chr2L:6500137-6500356	distal	distal	none	none	VT3274.1	VT3274.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.0273	0.0359	0.0306	0.0159	0.0311	0.0372	0.0306	0.0159	0.0302	0.0341	0.0302	0.0689	0.0115	0.0161	0.0115	0.0808
chr2L	6500933	6501084	chr2L:6500934-6501084	distal	distal	none	none	VT3274.1	VT3274.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0184	0.0249	0.0136	0.0064	0.0209	0.0264	0.0193	0.0064	0.0254	0.0244	0.0254	0.0503	0.0138	0.0148	0.0138	0.0229
chr2L	6503060	6503330	chr2L:6503061-6503330	distal	distal	stage5	stage5	VT3275.1	VT3275.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0432	0.0421	0.0419	0.0458	0.0148	0.0471	0.0476	0.0673	0.0148	0.0278	0.055	0.0278	0.0596	0.0145	0.0806	0.0145	0.0792
chr2L	6504216	6504367	chr2L:6504217-6504367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0122	0.0115	0.013	0.0021	0.0097	0.0182	0.016	0.0021	0.0127	0.0138	0.0127	0.0108	0.0145	0.0284	0.0145	0.0125
chr2L	6504588	6504739	chr2L:6504589-6504739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0096	0.0117	0.0157	0.0053	0.0044	0.0164	0.014	0.0053	0.0079	0.0161	0.0079	0.0124	0.0115	0.0432	0.0115	0.0115
chr2L	6508033	6508224	chr2L:6508034-6508224	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0217	0.0279	0.0195	0.017	0.0243	0.0272	0.0266	0.017	0.0187	0.0434	0.0187	0.024	0.0084	0.0464	0.0084	0.0193
chr2L	6508647	6508798	chr2L:6508648-6508798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0153	0.0258	0.0115	0.0077	0.0212	0.0218	0.0285	0.044	0.0212	0.0115	0.0135	0.0115	0.0163	0.0054	0.0077	0.0054	0.0156
chr2L	6510751	6511124	chr2L:6510752-6511124	distal	distal	none	none	VT3280.1	VT3280.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0279	0.0241	0.0293	0.0308	0.0138	0.0291	0.0311	0.0266	0.0138	0.0223	0.0302	0.0223	0.0596	0.0337	0.0413	0.0337	0.0459
chr2L	6511127	6511290	chr2L:6511128-6511290	distal	distal	none	none	VT3280.1	VT3280.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0145	0.0207	0.018	0.0064	0.0165	0.0199	0.018	0.0064	0.0157	0.0273	0.0157	0.0287	0.0253	0.0303	0.0253	0.0177
chr2L	6513691	6513855	chr2L:6513692-6513855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0186	0.0268	0.0171	0.0106	0.0175	0.0285	0.0173	0.0106	0.0284	0.0273	0.0284	0.0457	0.0207	0.0135	0.0207	0.0302
chr2L	6522315	6522466	chr2L:6522316-6522466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0157	0.0158	0.0173	0.0138	0.0148	0.0136	0.0216	0.0187	0.0148	0.0236	0.0167	0.0236	0.024	0.0092	0.0123	0.0092	0.0281
chr2L	6526032	6526295	chr2L:6526033-6526295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.033	0.0379	0.0288	0.0212	0.033	0.0502	0.0333	0.0212	0.0393	0.0357	0.0393	0.0635	0.013	0.02	0.013	0.0683
chr2L	6526679	6526830	chr2L:6526680-6526830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0263	0.0293	0.0247	0.0246	0.0212	0.0306	0.0368	0.036	0.0212	0.0314	0.0273	0.0314	0.0287	0.0237	0.0239	0.0237	0.0391
chr2L	6527068	6527255	chr2L:6527069-6527255	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0833	0.0834	0.0912	0.0745	0.0541	0.1024	0.0908	0.1039	0.0541	0.1135	0.0949	0.1135	0.0968	0.0842	0.0838	0.0842	0.0865
chr2L	6527379	6527831	chr2L:6527380-6527831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0734	0.0763	0.0878	0.0543	0.0456	0.099	0.0852	0.0826	0.0456	0.1111	0.1029	0.1111	0.0775	0.0544	0.0716	0.0544	0.0646
chr2L	6527961	6528222	chr2L:6527962-6528222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0405	0.0356	0.0574	0.0273	0.0138	0.0515	0.0376	0.0413	0.0138	0.0646	0.0836	0.0646	0.0318	0.023	0.0503	0.023	0.0281
chr2L	6528252	6528403	chr2L:6528253-6528403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0255	0.039	0.0152	0.0095	0.0417	0.0264	0.0266	0.0095	0.0405	0.0579	0.0405	0.0232	0.0107	0.0322	0.0107	0.0135
chr2L	6531095	6531310	chr2L:6531096-6531310	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	eya_meso_eya_(1)	eya_meso_eya_(1)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0793	0.0596	0.1445	0.0297	0.0159	0.1544	0.0277	0.0406	0.0159	0.3599	0.1441	0.3599	0.0372	0.062	0.0374	0.062	0.024
chr2L	6532057	6532260	chr2L:6532058-6532260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0375	0.0327	0.0467	0.0329	0.0117	0.0587	0.0329	0.0286	0.0117	0.1057	0.0453	0.1057	0.024	0.0528	0.0355	0.0528	0.0156
chr2L	6532280	6532684	chr2L:6532281-6532684	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0634	0.0841	0.0792	0.023	0.0403	0.1403	0.0744	0.0966	0.0403	0.154	0.0929	0.154	0.0279	0.0291	0.0309	0.0291	0.0167
chr2L	6534246	6534491	chr2L:6534247-6534491	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0472	0.0206	0.0872	0.0331	0.0074	0.0408	0.0156	0.022	0.0074	0.0743	0.1447	0.0743	0.0674	0.0084	0.1096	0.0084	0.0167
chr2L	6536080	6536358	chr2L:6536081-6536358	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.231	0.1826	0.3202	0.1872	0.1156	0.2748	0.1436	0.2578	0.1156	0.4372	0.3595	0.4372	0.2494	0.2052	0.2502	0.2052	0.1714
chr2L	6539783	6539934	chr2L:6539784-6539934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0203	0.0207	0.023	0.0117	0.0272	0.0255	0.022	0.0117	0.0211	0.0238	0.0211	0.0124	0.0123	0.0129	0.0123	0.0172
chr2L	6540440	6540591	chr2L:6540441-6540591	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0196	0.0126	0.0239	0.0227	0.0064	0.0141	0.0164	0.016	0.0064	0.0399	0.0232	0.0399	0.0085	0.0123	0.0129	0.0123	0.012
chr2L	6541033	6541239	chr2L:6541034-6541239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.0194	0.033	0.0322	0.0053	0.0257	0.0242	0.0247	0.0053	0.0423	0.0267	0.0423	0.0139	0.013	0.0071	0.013	0.0156
chr2L	6541468	6541619	chr2L:6541469-6541619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0171	0.0211	0.0173	0.0053	0.0199	0.0238	0.0227	0.0053	0.0187	0.0232	0.0187	0.0124	0.0061	0.0135	0.0061	0.0073
chr2L	6543961	6544188	chr2L:6543962-6544188	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0245	0.0384	0.0274	0.0057	0.0138	0.0272	0.0502	0.0726	0.0138	0.0362	0.0386	0.0362	0.0062	0.0069	0.0032	0.0069	0.0031
chr2L	6544722	6544873	chr2L:6544723-6544873	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0225	0.0369	0.0211	0.0079	0.0223	0.034	0.0415	0.066	0.0223	0.0278	0.0277	0.0278	0.007	0.0046	0.0077	0.0046	0.0078
chr2L	6545199	6545409	chr2L:6545200-6545409	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0372	0.054	0.044	0.0109	0.0244	0.0505	0.0631	0.0913	0.0244	0.0761	0.046	0.0761	0.0062	0.0069	0.0084	0.0069	0.0057
chr2L	6545584	6545735	chr2L:6545585-6545735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0272	0.028	0.0079	0.0148	0.0262	0.0372	0.0386	0.0148	0.0229	0.0408	0.0229	0.0108	0.0061	0.0123	0.0061	0.0042
chr2L	6546963	6547203	chr2L:6546964-6547203	FBgn0000320	eya	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1097	0.081	0.1581	0.0886	0.0297	0.1277	0.0627	0.1266	0.0297	0.1902	0.1913	0.1902	0.1084	0.0796	0.1109	0.0796	0.0792
chr2L	6547345	6547496	chr2L:6547346-6547496	FBgn0000320	eya	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.028	0.0416	0.0188	0.0159	0.0354	0.0316	0.036	0.0159	0.0537	0.0453	0.0537	0.0225	0.0176	0.0193	0.0176	0.0125
chr2L	6548127	6548306	chr2L:6548128-6548306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0289	0.0133	0.0378	0.0366	0.0032	0.0218	0.0156	0.0107	0.0032	0.0556	0.0338	0.0556	0.0201	0.0168	0.0129	0.0168	0.012
chr2L	6549667	6549818	chr2L:6549668-6549818	distal	distal	stage11	stage11	eya_ecto_eya_(2)	eya_ecto_eya_(2)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0253	0.0176	0.0353	0.023	0.0053	0.0204	0.0225	0.0253	0.0053	0.0248	0.0524	0.0248	0.0287	0.0145	0.0284	0.0145	0.0125
chr2L	6549908	6550300	chr2L:6549909-6550300	distal	distal	stage11	stage11	eya_ecto_eya_(2)	eya_ecto_eya_(2)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0676	0.0491	0.1118	0.0397	0.018	0.0743	0.0433	0.0726	0.018	0.0827	0.1762	0.0827	0.103	0.0237	0.0767	0.0237	0.0266
chr2L	6550569	6550787	chr2L:6550570-6550787	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0206	0.0562	0.0237	0.0011	0.032	0.026	0.0207	0.0011	0.0543	0.0881	0.0543	0.0457	0.0161	0.0522	0.0161	0.0224
chr2L	6553341	6553519	chr2L:6553342-6553519	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0424	0.0156	0.0609	0.0521	0.0011	0.0194	0.0195	0.0233	0.0011	0.0537	0.1019	0.0537	0.038	0.0413	0.1251	0.0413	0.0552
chr2L	6553705	6553865	chr2L:6553706-6553865	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.016	0.0581	0.0468	0.0042	0.0214	0.0225	0.016	0.0042	0.0435	0.1029	0.0435	0.0256	0.0268	0.1128	0.0268	0.049
chr2L	6557472	6557640	chr2L:6557473-6557640	FBgn0031829,FBgn0031830	CoVb,osm-6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1745	0.155	0.2131	0.1539	0.1113	0.1879	0.1838	0.1885	0.1113	0.2621	0.236	0.2621	0.213	0.1753	0.1528	0.1753	0.1876
chr2L	6557724	6557907	chr2L:6557725-6557907	FBgn0031829,FBgn0031830	CoVb,osm-6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1643	0.1499	0.1935	0.1484	0.1166	0.1748	0.1799	0.1832	0.1166	0.253	0.209	0.253	0.1913	0.1662	0.1573	0.1662	0.1808
chr2L	6558052	6558267	chr2L:6558053-6558267	FBgn0031830	CoVb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0535	0.0843	0.0681	0.0276	0.0612	0.0705	0.0673	0.0276	0.1057	0.0865	0.1057	0.0976	0.0842	0.0625	0.0842	0.0969
chr2L	6561371	6561522	chr2L:6561372-6561522	FBgn0031832	CG9596	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0592	0.0484	0.0775	0.0511	0.0244	0.0529	0.061	0.0706	0.0244	0.1081	0.0833	0.1081	0.0728	0.0513	0.0496	0.0513	0.074
chr2L	6561559	6561784	chr2L:6561560-6561784	FBgn0031832	CG9596	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1203	0.113	0.1418	0.1047	0.07	0.1286	0.1319	0.1506	0.07	0.1902	0.1556	0.1902	0.1371	0.124	0.1135	0.124	0.1355
chr2L	6562044	6562195	chr2L:6562045-6562195	FBgn0031832,FBgn0263916	CG9596,Ent2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1073	0.0971	0.1272	0.0968	0.0721	0.1126	0.1224	0.1106	0.0721	0.1594	0.1328	0.1594	0.1518	0.0942	0.1057	0.0942	0.1423
chr2L	6562213	6562414	chr2L:6562214-6562414	FBgn0263916	Ent2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1771	0.1696	0.2095	0.1498	0.1315	0.2015	0.2046	0.1945	0.1315	0.2669	0.2199	0.2669	0.2355	0.1478	0.1747	0.1478	0.2084
chr2L	6562496	6562647	chr2L:6562497-6562647	FBgn0263916	Ent2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.072	0.0581	0.089	0.0688	0.0286	0.0733	0.0675	0.0746	0.0286	0.0833	0.1016	0.0833	0.1177	0.0436	0.1206	0.0436	0.0902
chr2L	6565062	6565239	chr2L:6565063-6565239	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0405	0.0388	0.0463	0.0362	0.0286	0.0471	0.048	0.0433	0.0286	0.0519	0.0379	0.0519	0.0984	0.0291	0.0213	0.0291	0.0829
chr2L	6566117	6566300	chr2L:6566118-6566300	FBgn0031834	CG13766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.1199	0.151	0.1095	0.0997	0.1383	0.1393	0.1472	0.0997	0.1793	0.1698	0.1793	0.1448	0.1103	0.1051	0.1103	0.1402
chr2L	6566583	6566806	chr2L:6566584-6566806	FBgn0031834	CG13766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0387	0.0298	0.052	0.034	0.0191	0.0345	0.0381	0.0346	0.0191	0.0779	0.0572	0.0779	0.0395	0.0444	0.0284	0.0444	0.0349
chr2L	6567056	6567207	chr2L:6567057-6567207	FBgn0031834	CG13766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0347	0.0318	0.0499	0.0214	0.0117	0.034	0.048	0.0366	0.0117	0.0827	0.0453	0.0827	0.0442	0.0283	0.0142	0.0283	0.024
chr2L	6567357	6567508	chr2L:6567358-6567508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0299	0.0336	0.0131	0.0127	0.034	0.0428	0.03	0.0127	0.0483	0.0338	0.0483	0.0263	0.0184	0.0064	0.0184	0.0146
chr2L	6569909	6570060	chr2L:6569910-6570060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0294	0.0173	0.0075	0.0085	0.0248	0.0476	0.0393	0.0085	0.0211	0.0196	0.0211	0.0108	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr2L	6601076	6601227	chr2L:6601077-6601227	FBgn0031835	CG11319	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0106	0.0066	0.0162	0.0032	0.0068	0.0177	0.0147	0.0032	0.0091	0.0064	0.0091	0.0054	0.0061	0.0064	0.0061	0.0057
chr2L	6610889	6611101	chr2L:6610890-6611101	FBgn0031836	CG11050	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2282	0.2192	0.2631	0.2	0.1739	0.2466	0.2612	0.2698	0.1739	0.2947	0.2823	0.2947	0.2889	0.2067	0.2083	0.2067	0.2308
chr2L	6611236	6611682	chr2L:6611237-6611682	FBgn0031836	CG11050	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.2107	0.2564	0.2086	0.1621	0.2312	0.2568	0.3248	0.3118	0.2312	0.2409	0.2138	0.2409	0.2146	0.1998	0.1702	0.1998	0.1756
chr2L	6611824	6612042	chr2L:6611825-6612042	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0808	0.1033	0.0819	0.0546	0.0806	0.1039	0.1362	0.1226	0.0806	0.1057	0.0865	0.1057	0.0635	0.0681	0.0471	0.0681	0.0714
chr2L	6612389	6612607	chr2L:6612390-6612607	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1758	0.1529	0.2023	0.1724	0.1166	0.1937	0.1825	0.1666	0.1166	0.3152	0.2109	0.3152	0.2053	0.2351	0.1915	0.2351	0.2397
chr2L	6612766	6612959	chr2L:6612767-6612959	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1317	0.0829	0.1439	0.1728	0.0477	0.117	0.099	0.0813	0.0477	0.221	0.146	0.221	0.1727	0.2228	0.1908	0.2228	0.2189
chr2L	6613215	6613366	chr2L:6613216-6613366	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0328	0.0391	0.0409	0.0223	0.034	0.0433	0.0386	0.0223	0.0417	0.0482	0.0417	0.0333	0.0345	0.0542	0.0345	0.0328
chr2L	6617334	6617523	chr2L:6617335-6617523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0499	0.0175	0.012	0.0456	0.034	0.0774	0.0626	0.0456	0.0181	0.0193	0.0181	0.0163	0.0115	0.0116	0.0115	0.0167
chr2L	6617563	6617794	chr2L:6617564-6617794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0503	0.023	0.0157	0.0414	0.0354	0.0683	0.0773	0.0414	0.0302	0.0225	0.0302	0.0209	0.0153	0.0161	0.0153	0.0224
chr2L	6622706	6622916	chr2L:6622707-6622916	FBgn0085374	CG34345	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1113	0.1463	0.1017	0.0732	0.1223	0.141	0.1359	0.0732	0.1582	0.1621	0.1582	0.172	0.1118	0.1122	0.1118	0.1188
chr2L	6623076	6623297	chr2L:6623077-6623297	FBgn0085374	CG34345	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0411	0.042	0.05	0.0304	0.0233	0.0447	0.0614	0.0466	0.0233	0.0531	0.0553	0.0531	0.0658	0.0322	0.0271	0.0322	0.0417
chr2L	6628015	6628166	chr2L:6628016-6628166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0131	0.0115	0.011	0.0011	0.0146	0.0182	0.0193	0.0011	0.0121	0.0141	0.0121	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0073
chr2L	6629399	6629553	chr2L:6629400-6629553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0123	0.0118	0.0141	0.0042	0.0121	0.019	0.0153	0.0042	0.0085	0.009	0.0085	0.0085	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	6630325	6630476	chr2L:6630326-6630476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0156	0.0155	0.0132	0.0032	0.0165	0.0229	0.0207	0.0032	0.0145	0.0183	0.0145	0.0124	0.0069	0.0097	0.0069	0.0109
chr2L	6632311	6632548	chr2L:6632312-6632548	FBgn0051634	Oatp26F	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0491	0.0729	0.042	0.0304	0.0477	0.0772	0.0861	0.1013	0.0477	0.0441	0.0434	0.0441	0.0302	0.013	0.02	0.013	0.0182
chr2L	6633381	6633542	chr2L:6633382-6633542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0341	0.0217	0.0152	0.018	0.0296	0.0489	0.0486	0.018	0.0181	0.0277	0.0181	0.0225	0.0207	0.0123	0.0207	0.0177
chr2L	6641062	6641213	chr2L:6641063-6641213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0159	0.0213	0.017	0.0086	0.0042	0.0383	0.0251	0.016	0.0042	0.0272	0.019	0.0272	0.017	0.0069	0.0052	0.0069	0.0182
chr2L	6644543	6644736	chr2L:6644544-6644736	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0503	0.0309	0.0626	0.0585	0.0117	0.0549	0.029	0.0326	0.0117	0.0525	0.0582	0.0525	0.158	0.0306	0.0606	0.0306	0.123
chr2L	6646349	6646569	chr2L:6646350-6646569	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0619	0.0953	0.0523	0.0351	0.0721	0.0908	0.1319	0.1113	0.0721	0.0827	0.0572	0.0827	0.0465	0.0567	0.0277	0.0567	0.0532
chr2L	6647042	6647241	chr2L:6647043-6647241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1008	0.1037	0.1122	0.0851	0.0509	0.1286	0.1116	0.1479	0.0509	0.1298	0.1228	0.1298	0.1387	0.108	0.0883	0.108	0.1209
chr2L	6647310	6647607	chr2L:6647311-6647607	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1906	0.2177	0.1937	0.1571	0.175	0.2379	0.2379	0.3018	0.175	0.2222	0.2061	0.2222	0.2332	0.1914	0.1502	0.1914	0.1996
chr2L	6648069	6648271	chr2L:6648070-6648271	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1774	0.1699	0.214	0.1457	0.1039	0.2146	0.1799	0.2298	0.1039	0.2911	0.2405	0.2911	0.1875	0.1807	0.1406	0.1807	0.1454
chr2L	6648430	6648607	chr2L:6648431-6648607	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1625	0.1427	0.1995	0.1441	0.0912	0.167	0.1596	0.1959	0.0912	0.2572	0.226	0.2572	0.1751	0.1746	0.1354	0.1746	0.1511
chr2L	6648661	6648913	chr2L:6648662-6648913	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.108	0.097	0.1277	0.0987	0.07	0.1121	0.1103	0.1246	0.07	0.1455	0.1479	0.1455	0.1402	0.0988	0.1006	0.0988	0.1266
chr2L	6649052	6649240	chr2L:6649053-6649240	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1752	0.1503	0.2115	0.1631	0.0827	0.2039	0.1531	0.1972	0.0827	0.2488	0.2383	0.2488	0.2161	0.1485	0.1812	0.1485	0.2126
chr2L	6649273	6649470	chr2L:6649274-6649470	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1672	0.1427	0.2041	0.154	0.0753	0.1859	0.1609	0.1765	0.0753	0.2283	0.2418	0.2283	0.1975	0.1593	0.1689	0.1593	0.1902
chr2L	6649608	6649759	chr2L:6649609-6649759	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0564	0.048	0.0643	0.057	0.0255	0.0607	0.0588	0.0526	0.0255	0.0688	0.0797	0.0688	0.062	0.0597	0.0548	0.0597	0.0771
chr2L	6655943	6656094	chr2L:6655944-6656094	FBgn0051633	CG31633	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0204	0.0156	0.0234	0.0226	0.0053	0.016	0.0234	0.02	0.0053	0.0217	0.0251	0.0217	0.0372	0.013	0.0342	0.013	0.0354
chr2L	6656238	6656437	chr2L:6656239-6656437	FBgn0051633	CG31633	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0171	0.022	0.0549	0.0074	0.0214	0.026	0.0153	0.0074	0.0193	0.0254	0.0193	0.0349	0.0391	0.0606	0.0391	0.0969
chr2L	6657946	6658333	chr2L:6657947-6658333	FBgn0028467,FBgn0051636	CG11070,CG31636	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.054	0.0499	0.0605	0.0514	0.0191	0.0553	0.0683	0.0586	0.0191	0.0562	0.0614	0.0562	0.0922	0.0467	0.0516	0.0467	0.0792
chr2L	6658423	6658586	chr2L:6658424-6658586	FBgn0028467	CG11070	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0931	0.0768	0.116	0.0862	0.0286	0.0976	0.0908	0.1013	0.0286	0.1389	0.1318	0.1389	0.1239	0.0965	0.0896	0.0965	0.1131
chr2L	6658664	6658841	chr2L:6658665-6658841	FBgn0028467	CG11070	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0558	0.044	0.0764	0.0462	0.0138	0.0583	0.0532	0.054	0.0138	0.0906	0.0878	0.0906	0.0759	0.0521	0.0509	0.0521	0.0532
chr2L	6663834	6664022	chr2L:6663835-6664022	FBgn0000392,FBgn0031844,FBgn0085339	CG13771,CG34310,cup	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0577	0.052	0.0704	0.0503	0.0371	0.0573	0.0657	0.0613	0.0371	0.0767	0.0775	0.0767	0.0976	0.0888	0.0542	0.0888	0.0625
chr2L	6667918	6668116	chr2L:6667919-6668116	FBgn0263200	Galt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1381	0.1211	0.1539	0.1398	0.0817	0.1714	0.1034	0.1659	0.0817	0.1697	0.1421	0.1697	0.2765	0.1616	0.1257	0.1616	0.2319
chr2L	6668315	6668656	chr2L:6668316-6668656	FBgn0263200	Galt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0625	0.0532	0.0721	0.0622	0.0286	0.0631	0.0593	0.0773	0.0286	0.0767	0.0765	0.0767	0.1108	0.0697	0.058	0.0697	0.1047
chr2L	6673314	6673525	chr2L:6673315-6673525	FBgn0028990	Spn27A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0833	0.0334	0.0994	0.1216	0.0117	0.0646	0.0268	0.032	0.0117	0.1208	0.1074	0.1208	0.1495	0.0498	0.1954	0.0498	0.2069
chr2L	6673837	6674044	chr2L:6673838-6674044	FBgn0028990	Spn27A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1024	0.0819	0.1211	0.1049	0.0594	0.1015	0.0878	0.1073	0.0594	0.1498	0.1238	0.1498	0.151	0.1072	0.1225	0.1072	0.1334
chr2L	6674152	6674581	chr2L:6674153-6674581	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0802	0.0788	0.0902	0.0709	0.0488	0.0966	0.0934	0.1006	0.0488	0.1129	0.0913	0.1129	0.1185	0.0666	0.0799	0.0666	0.0818
chr2L	6677530	6677730	chr2L:6677531-6677730	FBgn0031848	CG11329	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.079	0.0986	0.067	0.0477	0.0898	0.09	0.1086	0.0477	0.1238	0.1087	0.1238	0.0991	0.0896	0.0651	0.0896	0.099
chr2L	6683073	6683224	chr2L:6683074-6683224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0284	0.0242	0.0326	0.0285	0.0117	0.0325	0.0303	0.026	0.0117	0.0266	0.0405	0.0266	0.038	0.0237	0.0284	0.0237	0.0485
chr2L	6683418	6683613	chr2L:6683419-6683613	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0434	0.0391	0.0487	0.0422	0.0159	0.0451	0.0484	0.0546	0.0159	0.0495	0.0563	0.0495	0.0527	0.0291	0.0361	0.0291	0.0641
chr2L	6683947	6684098	chr2L:6683948-6684098	FBgn0028703	Nhe3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0371	0.0274	0.0473	0.0368	0.0074	0.0369	0.0324	0.0313	0.0074	0.0634	0.0482	0.0634	0.055	0.0352	0.04	0.0352	0.0401
chr2L	6684290	6684466	chr2L:6684291-6684466	FBgn0028703	Nhe3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.1174	0.1811	0.1411	0.0827	0.1505	0.1181	0.1552	0.0827	0.2252	0.1971	0.2252	0.1836	0.1608	0.1393	0.1608	0.1673
chr2L	6684698	6684874	chr2L:6684699-6684874	FBgn0028703	Nhe3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1635	0.1649	0.1883	0.1347	0.1092	0.1816	0.1881	0.2312	0.1092	0.2126	0.2199	0.2126	0.182	0.1217	0.1367	0.1217	0.1615
chr2L	6684930	6685206	chr2L:6684931-6685206	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.068	0.0758	0.0479	0.0424	0.0718	0.0904	0.0813	0.0424	0.0845	0.0904	0.0845	0.0713	0.0498	0.049	0.0498	0.0537
chr2L	6691077	6691423	chr2L:6691078-6691423	distal	distal	stage11	stage11	VT3374.1	VT3374.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0589	0.0355	0.1081	0.0311	0.0106	0.0379	0.0385	0.0633	0.0106	0.0507	0.217	0.0507	0.0341	0.0237	0.0864	0.0237	0.0162
chr2L	6693689	6693840	chr2L:6693690-6693840	distal	distal	none	none	VT3375.1,VT3376.1	VT3375.1,VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0135	0.0242	0.0327	0.0064	0.0146	0.0221	0.0113	0.0064	0.0145	0.0421	0.0145	0.0155	0.01	0.1012	0.01	0.0146
chr2L	6694217	6694509	chr2L:6694218-6694509	distal	distal	stage14	stage14	VT3376.1	VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0174	0.0433	0.0563	0.0074	0.0223	0.0229	0.018	0.0074	0.0205	0.0801	0.0205	0.0294	0.0306	0.1754	0.0306	0.0266
chr2L	6695178	6695329	chr2L:6695179-6695329	distal	distal	stage11	stage11	VT3376.1	VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0221	0.0584	0.0177	0.0095	0.0194	0.035	0.0253	0.0095	0.0145	0.1264	0.0145	0.0116	0.0069	0.0664	0.0069	0.0031
chr2L	6695483	6695842	chr2L:6695484-6695842	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3376.1	VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.028	0.0989	0.0462	0.0095	0.034	0.0376	0.0346	0.0095	0.0278	0.209	0.0278	0.0349	0.0161	0.1605	0.0161	0.0167
chr2L	6696382	6696582	chr2L:6696383-6696582	distal	distal	stage11	stage11	VT3378.1	VT3378.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0179	0.047	0.0234	0.0021	0.0194	0.0281	0.0227	0.0021	0.0236	0.0814	0.0236	0.0426	0.0115	0.078	0.0115	0.0104
chr2L	6700895	6701092	chr2L:6700896-6701092	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT3380.1	VT3380.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0495	0.0491	0.0135	0.0265	0.0811	0.0489	0.05	0.0265	0.0248	0.054	0.0248	0.1193	0.0176	0.0187	0.0176	0.013
chr2L	6701691	6701921	chr2L:6701692-6701921	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3380.1	VT3380.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0272	0.0666	0.0277	0.0074	0.0432	0.0407	0.014	0.0074	0.0326	0.1151	0.0326	0.0666	0.0268	0.0696	0.0268	0.0188
chr2L	6704158	6704376	chr2L:6704159-6704376	distal	distal	none	none	VT3381.1,VT3382.1	VT3381.1,VT3382.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0177	0.0341	0.0198	0.0074	0.0209	0.0247	0.0213	0.0074	0.0211	0.0582	0.0211	0.0248	0.0138	0.049	0.0138	0.0172
chr2L	6704487	6704675	chr2L:6704488-6704675	distal	distal	none	none	VT3382.1	VT3382.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0174	0.0425	0.018	0.0074	0.0243	0.0251	0.0147	0.0074	0.0242	0.0736	0.0242	0.0279	0.0054	0.0561	0.0054	0.0115
chr2L	6705220	6705371	chr2L:6705221-6705371	distal	distal	stage14	stage14	VT3382.1,VT3383.1	VT3382.1,VT3383.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0234	0.0357	0.0224	0.017	0.0214	0.0355	0.0273	0.017	0.0326	0.054	0.0326	0.0302	0.0123	0.0638	0.0123	0.0141
chr2L	6708598	6708839	chr2L:6708599-6708839	FBgn0031850	Tsp	none	none	VT3384.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0323	0.0227	0.0471	0.0267	0.0074	0.0194	0.0407	0.02	0.0074	0.0399	0.0743	0.0399	0.0395	0.0337	0.0587	0.0337	0.0193
chr2L	6709004	6709402	chr2L:6709005-6709402	FBgn0031850	Tsp	stage11,stage14,stage5	none	VT3384.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.099	0.0631	0.1426	0.0914	0.0255	0.0801	0.0943	0.0553	0.0255	0.1558	0.2013	0.1558	0.1526	0.1539	0.1863	0.1539	0.0667
chr2L	6710045	6710196	chr2L:6710046-6710196	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0123	0.0236	0.0187	0.0042	0.0112	0.0203	0.0133	0.0042	0.0362	0.0293	0.0362	0.0178	0.0329	0.0368	0.0329	0.0115
chr2L	6710390	6710541	chr2L:6710391-6710541	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0103	0.017	0.0202	0.0011	0.0112	0.0169	0.01	0.0011	0.0229	0.0222	0.0229	0.017	0.036	0.0322	0.036	0.0151
chr2L	6715999	6716150	chr2L:6716000-6716150	FBgn0025595	GRHR	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0246	0.0386	0.019	0.0149	0.0255	0.0301	0.0679	0.0366	0.0255	0.0217	0.0219	0.0217	0.0232	0.0084	0.0155	0.0084	0.025
chr2L	6716283	6716434	chr2L:6716284-6716434	FBgn0025595	GRHR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.022	0.0363	0.0217	0.0063	0.0286	0.0296	0.0584	0.034	0.0286	0.035	0.0244	0.035	0.017	0.0031	0.0045	0.0031	0.0115
chr2L	6717089	6717285	chr2L:6717090-6717285	FBgn0031851	CG11188	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0722	0.0981	0.0661	0.0392	0.0757	0.0939	0.0933	0.0392	0.1105	0.1106	0.1105	0.1115	0.0835	0.0864	0.0835	0.0938
chr2L	6717520	6717722	chr2L:6717521-6717722	FBgn0031851	CG11188	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1297	0.1195	0.1529	0.1154	0.0764	0.134	0.1436	0.1492	0.0764	0.1975	0.1682	0.1975	0.1479	0.1539	0.1231	0.1539	0.147
chr2L	6717845	6717996	chr2L:6717846-6717996	FBgn0031851	CG11188	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0483	0.047	0.0586	0.0384	0.018	0.0524	0.067	0.0506	0.018	0.0839	0.0627	0.0839	0.048	0.0574	0.0374	0.0574	0.0427
chr2L	6722938	6723137	chr2L:6722939-6723137	FBgn0025777	homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2212	0.2207	0.2457	0.195	0.1824	0.2233	0.2777	0.2698	0.1824	0.2953	0.2916	0.2953	0.2479	0.2427	0.2276	0.2427	0.2262
chr2L	6723258	6723451	chr2L:6723259-6723451	FBgn0025777,FBgn0046704	Liprin-alpha,homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2102	0.204	0.2307	0.1945	0.1485	0.2248	0.2444	0.2598	0.1485	0.2784	0.2585	0.2784	0.2378	0.1953	0.2211	0.1953	0.2178
chr2L	6723594	6723785	chr2L:6723595-6723785	FBgn0025777,FBgn0046704	Liprin-alpha,homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.174	0.1606	0.1931	0.1678	0.1092	0.1762	0.1769	0.2292	0.1092	0.2174	0.217	0.2174	0.1991	0.1616	0.1857	0.1616	0.1902
chr2L	6723826	6724030	chr2L:6723827-6724030	FBgn0025777,FBgn0046704	Liprin-alpha,homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1848	0.1811	0.2081	0.1632	0.14	0.2039	0.2141	0.2292	0.14	0.2548	0.2318	0.2548	0.1975	0.1547	0.1915	0.1547	0.1829
chr2L	6724279	6724467	chr2L:6724280-6724467	FBgn0046704	Liprin-alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1724	0.1583	0.2037	0.154	0.1018	0.1845	0.183	0.2065	0.1018	0.2198	0.2457	0.2198	0.2208	0.157	0.1831	0.157	0.1949
chr2L	6734681	6734832	chr2L:6734682-6734832	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0129	0.0253	0.0086	0.0038	0.0064	0.0228	0.0255	0.0526	0.0064	0.0127	0.0093	0.0127	0.0085	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chr2L	6737819	6738064	chr2L:6737820-6738064	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0242	0.049	0.0145	0.0072	0.035	0.0252	0.096	0.044	0.035	0.0157	0.0174	0.0157	0.0108	0.0115	0.0064	0.0115	0.0047
chr2L	6738352	6738544	chr2L:6738353-6738544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0214	0.0398	0.0162	0.0064	0.0223	0.0199	0.0701	0.0513	0.0223	0.0157	0.0219	0.0157	0.0139	0.0084	0.0045	0.0084	0.0068
chr2L	6742050	6742201	chr2L:6742051-6742201	FBgn0031855	CG11221	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0051	0.0047	0.0174	0	0.0068	0.0095	0.0027	0	0.003	0.0058	0.003	0.0039	0.01	0.009	0.01	0.0135
chr2L	6742392	6742543	chr2L:6742393-6742543	FBgn0031855	CG11221	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.009	0.0066	0.0198	0.0042	0.0083	0.0143	0.0093	0.0042	0.0054	0.0061	0.0054	0.0093	0.0176	0.0064	0.0176	0.0125
chr2L	6743509	6743660	chr2L:6743510-6743660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0128	0.0161	0.0147	0.0071	0.0032	0.0257	0.019	0.014	0.0032	0.0417	0.0061	0.0417	0.0077	0.0084	0.0064	0.0084	0.0052
chr2L	6750992	6751143	chr2L:6750993-6751143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0119	0.0086	0.0129	0.0143	0	0.0117	0.0138	0.0047	0	0.0284	0.0087	0.0284	0.0155	0.0391	0.0071	0.0391	0.0146
chr2L	6751296	6751447	chr2L:6751297-6751447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0072	0.0084	0.0111	0.0042	0.0068	0.0117	0.0053	0.0042	0.0157	0.0087	0.0157	0.0054	0.0253	0.0052	0.0253	0.0141
chr2L	6751811	6751962	chr2L:6751812-6751962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0109	0.0125	0.0102	0.0099	0.0095	0.0155	0.0186	0.0073	0.0095	0.0296	0.0048	0.0296	0.0077	0.0306	0.0058	0.0306	0.0068
chr2L	6772022	6772173	chr2L:6772023-6772173	FBgn0031857	CG11321	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0126	0.0062	0.0058	0.0273	0.0011	0.0039	0.0125	0.0067	0.0011	0.0097	0.0055	0.0097	0.0046	0.124	0.0084	0.124	0.0073
chr2L	6772381	6772532	chr2L:6772382-6772532	FBgn0031857	CG11321	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0081	0.0045	0.0039	0.0169	0.0032	0.0034	0.0095	0.002	0.0032	0.0091	0.0039	0.0091	0.0015	0.0766	0.0045	0.0766	0.0026
chr2L	6772754	6772905	chr2L:6772755-6772905	FBgn0031857	CG11321	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0141	0.008	0.01	0.0255	0.0042	0.0107	0.013	0.0053	0.0042	0.0187	0.0074	0.0187	0.0132	0.0995	0.0142	0.0995	0.0083
chr2L	6773814	6773965	chr2L:6773815-6773965	FBgn0031858	CG17378	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0143	0.0122	0.0076	0.0241	0.0064	0.0083	0.0251	0.01	0.0064	0.0066	0.0058	0.0066	0.0124	0.0245	0.0135	0.0245	0.0167
chr2L	6781555	6781706	chr2L:6781556-6781706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0137	0.0138	0.0171	0.0106	0.0112	0.0251	0.01	0.0106	0.0133	0.0106	0.0133	0.0248	0.0161	0.0129	0.0161	0.0146
chr2L	6783323	6783474	chr2L:6783324-6783474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0184	0.0216	0.0135	0.0202	0.0138	0.016	0.032	0.028	0.0138	0.0115	0.0167	0.0115	0.0132	0.0145	0.0129	0.0145	0.0125
chr2L	6784454	6784605	chr2L:6784455-6784605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0117	0.0141	0.0251	0.0021	0.0097	0.0225	0.0113	0.0021	0.0048	0.0228	0.0048	0.0186	0.0084	0.0806	0.0084	0.0172
chr2L	6785836	6785987	chr2L:6785837-6785987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0148	0.0208	0.0398	0.0011	0.018	0.0212	0.0187	0.0011	0.0115	0.0183	0.0115	0.0542	0.0168	0.0258	0.0168	0.1042
chr2L	6786311	6786462	chr2L:6786312-6786462	FBgn0015776	nrv1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0309	0.0161	0.026	0.0528	0.0074	0.0218	0.0203	0.016	0.0074	0.0187	0.0228	0.0187	0.0627	0.0467	0.0645	0.0467	0.0954
chr2L	6786814	6786995	chr2L:6786815-6786995	FBgn0015776	nrv1	stage11,stage14	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0864	0.0227	0.0646	0.1816	0.0032	0.0398	0.0264	0.0207	0.0032	0.035	0.0614	0.035	0.1603	0.2335	0.1908	0.2335	0.2751
chr2L	6787327	6787559	chr2L:6787328-6787559	FBgn0015776	nrv1	stage11,stage14	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0893	0.0198	0.0623	0.1965	0.0064	0.0393	0.0199	0.0153	0.0064	0.0272	0.0614	0.0272	0.1549	0.2297	0.2295	0.2297	0.2616
chr2L	6787722	6787916	chr2L:6787723-6787916	distal	distal	stage11,stage14	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0917	0.0188	0.0675	0.1997	0.0042	0.034	0.0199	0.0147	0.0042	0.0356	0.0598	0.0356	0.1673	0.2251	0.1857	0.2251	0.2814
chr2L	6788251	6788402	chr2L:6788252-6788402	distal	distal	none	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0156	0.0242	0.0428	0.0042	0.0136	0.0255	0.0193	0.0042	0.0163	0.0241	0.0163	0.0426	0.0291	0.0264	0.0291	0.0703
chr2L	6792076	6792348	chr2L:6792077-6792348	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1031	0.0703	0.1269	0.1135	0.0382	0.1	0.0493	0.1179	0.0382	0.0942	0.1846	0.0942	0.1464	0.1126	0.1625	0.1126	0.1746
chr2L	6793691	6793940	chr2L:6793692-6793940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1042	0.1004	0.1255	0.0849	0.0583	0.115	0.0852	0.1879	0.0583	0.1057	0.145	0.1057	0.0775	0.0597	0.078	0.0597	0.0584
chr2L	6794052	6794352	chr2L:6794053-6794352	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1976	0.1655	0.247	0.1792	0.1007	0.2218	0.1298	0.2758	0.1007	0.2101	0.3055	0.2101	0.2014	0.1677	0.1999	0.1677	0.1756
chr2L	6794530	6794725	chr2L:6794531-6794725	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1681	0.1507	0.2065	0.1454	0.0774	0.2175	0.0947	0.2785	0.0774	0.1298	0.2826	0.1298	0.158	0.0712	0.1863	0.0712	0.1449
chr2L	6795228	6795427	chr2L:6795229-6795427	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.082	0.0823	0.1055	0.0558	0.0265	0.1058	0.0601	0.1632	0.0265	0.0791	0.1158	0.0791	0.038	0.013	0.0316	0.013	0.0198
chr2L	6797524	6797701	chr2L:6797525-6797701	distal	distal	stage5	stage5	nrv2_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.1031	0.1549	0.1167	0.0594	0.1218	0.1142	0.1446	0.0594	0.1842	0.165	0.1842	0.1526	0.1156	0.1296	0.1156	0.1423
chr2L	6797806	6797982	chr2L:6797807-6797982	distal	distal	none	none	nrv2_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0565	0.0794	0.0553	0.0212	0.0704	0.0614	0.0833	0.0212	0.087	0.0936	0.087	0.0775	0.0597	0.0593	0.0597	0.0641
chr2L	6799665	6799856	chr2L:6799666-6799856	FBgn0051631,FBgn0263585	CR43610,tRNA:CR31631	none	none	nrv2_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0513	0.0688	0.0609	0.0213	0.0488	0.0684	0.0921	0.0859	0.0488	0.093	0.0611	0.093	0.0527	0.0368	0.0135	0.0368	0.0302
chr2L	6805719	6805910	chr2L:6805720-6805910	FBgn0031861	CG17375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0302	0.0308	0.0297	0.0301	0.017	0.0413	0.0316	0.04	0.017	0.0278	0.0293	0.0278	0.0565	0.0322	0.0355	0.0322	0.049
chr2L	6805928	6806110	chr2L:6805929-6806110	FBgn0031861	CG17375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0291	0.0288	0.0274	0.0312	0.0159	0.0398	0.0307	0.034	0.0159	0.029	0.0264	0.029	0.0473	0.0383	0.0329	0.0383	0.0495
chr2L	6806190	6806341	chr2L:6806191-6806341	FBgn0031861	CG17375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0212	0.0209	0.0265	0.0106	0.0267	0.026	0.024	0.0106	0.0181	0.0183	0.0181	0.0418	0.0276	0.0187	0.0276	0.0448
chr2L	6812335	6812511	chr2L:6812336-6812511	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0194	0.0278	0.0128	0.0053	0.0238	0.0303	0.0147	0.0053	0.0157	0.0186	0.0157	0.0837	0.0077	0.0084	0.0077	0.0276
chr2L	6814965	6815254	chr2L:6814966-6815254	distal	distal	none	none	VT3436.1	VT3436.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0232	0.0275	0.0191	0.0095	0.0306	0.0242	0.0346	0.0095	0.0236	0.0212	0.0236	0.0155	0.0092	0.0045	0.0092	0.0115
chr2L	6816347	6816579	chr2L:6816348-6816579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0227	0.0322	0.0234	0.0064	0.0267	0.0294	0.032	0.0064	0.0374	0.0267	0.0374	0.0395	0.0352	0.0123	0.0352	0.0318
chr2L	6817536	6817776	chr2L:6817537-6817776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0347	0.0177	0.0341	0.0542	0.0042	0.035	0.0203	0.0107	0.0042	0.0236	0.0196	0.0236	0.1022	0.0383	0.0239	0.0383	0.1084
chr2L	6818377	6818544	chr2L:6818378-6818544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0282	0.0255	0.0391	0.0192	0.0064	0.0417	0.0268	0.03	0.0064	0.0278	0.0248	0.0278	0.1208	0.0176	0.0116	0.0176	0.0427
chr2L	6818965	6819202	chr2L:6818966-6819202	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0377	0.0226	0.0595	0.0306	0.0053	0.0374	0.0277	0.018	0.0053	0.0978	0.035	0.0978	0.1185	0.0521	0.0135	0.0521	0.0547
chr2L	6819244	6819445	chr2L:6819245-6819445	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0466	0.0278	0.0654	0.0471	0.0042	0.049	0.0316	0.0213	0.0042	0.1262	0.036	0.1262	0.1069	0.1256	0.0174	0.1256	0.0526
chr2L	6820341	6820531	chr2L:6820342-6820531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0273	0.0233	0.035	0.0233	0.0074	0.0427	0.0229	0.024	0.0074	0.0906	0.0177	0.0906	0.0387	0.0681	0.011	0.0681	0.0234
chr2L	6821739	6821942	chr2L:6821740-6821942	FBgn0051632	sens-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1442	0.0986	0.1722	0.1645	0.0286	0.1597	0.0804	0.1379	0.0286	0.1812	0.1415	0.1812	0.237	0.1708	0.1335	0.1708	0.1808
chr2L	6826134	6826285	chr2L:6826135-6826285	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0256	0.028	0.0336	0.0139	0.0138	0.0388	0.0355	0.024	0.0138	0.0314	0.0215	0.0314	0.0883	0.013	0.009	0.013	0.0245
chr2L	6826429	6826695	chr2L:6826430-6826695	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0506	0.0561	0.0643	0.0295	0.0297	0.0767	0.0705	0.0553	0.0297	0.0525	0.0531	0.0525	0.1479	0.0168	0.0245	0.0168	0.0594
chr2L	6826775	6826926	chr2L:6826776-6826926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0316	0.031	0.0398	0.0231	0.0138	0.0408	0.0381	0.036	0.0138	0.0302	0.0367	0.0302	0.0829	0.0084	0.0187	0.0084	0.0469
chr2L	6826963	6827211	chr2L:6826964-6827211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.0248	0.0334	0.0205	0.0085	0.0267	0.0333	0.0326	0.0085	0.0223	0.0286	0.0223	0.0767	0.0115	0.0123	0.0115	0.0396
chr2L	6827677	6827884	chr2L:6827678-6827884	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0364	0.0636	0.0312	0.0118	0.035	0.066	0.0813	0.0853	0.035	0.0145	0.0383	0.0145	0.0294	0.0092	0.0097	0.0092	0.0167
chr2L	6828842	6829089	chr2L:6828843-6829089	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0174	0.0325	0.0432	0.0042	0.0243	0.0225	0.022	0.0042	0.0254	0.0219	0.0254	0.017	0.0038	0.0071	0.0038	0.013
chr2L	6829625	6829800	chr2L:6829626-6829800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0277	0.0152	0.0301	0.039	0.0074	0.0267	0.0164	0.0127	0.0074	0.0441	0.0193	0.0441	0.0271	0.0391	0.0058	0.0391	0.0177
chr2L	6830077	6830394	chr2L:6830078-6830394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0736	0.0528	0.1057	0.0617	0.0159	0.083	0.0411	0.0826	0.0159	0.1866	0.0749	0.1866	0.0395	0.0459	0.011	0.0459	0.0229
chr2L	6830627	6830810	chr2L:6830628-6830810	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0668	0.047	0.1056	0.0465	0.0191	0.0767	0.0333	0.0733	0.0191	0.1872	0.0762	0.1872	0.0287	0.0176	0.0123	0.0176	0.0172
chr2L	6833500	6833651	chr2L:6833501-6833651	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0412	0.0223	0.047	0.0561	0.0117	0.0325	0.0195	0.0293	0.0117	0.038	0.0431	0.038	0.0542	0.0291	0.0239	0.0291	0.0479
chr2L	6833739	6833960	chr2L:6833740-6833960	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.16	0.1186	0.2018	0.1604	0.0562	0.1728	0.1038	0.1732	0.0562	0.2331	0.2077	0.2331	0.2022	0.1807	0.1373	0.1807	0.172
chr2L	6836157	6836481	chr2L:6836158-6836481	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0609	0.0467	0.0827	0.0528	0.0148	0.0714	0.0489	0.054	0.0148	0.1099	0.0659	0.1099	0.151	0.0582	0.0251	0.0582	0.1073
chr2L	6841200	6841441	chr2L:6841201-6841441	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0498	0.0513	0.0522	0.0454	0.0064	0.0791	0.0311	0.0946	0.0064	0.0284	0.0209	0.0284	0.0186	0.01	0.0064	0.01	0.0151
chr2L	6841597	6841811	chr2L:6841598-6841811	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0421	0.033	0.0458	0.0483	0.0032	0.0524	0.0242	0.0553	0.0032	0.0248	0.0193	0.0248	0.0155	0.01	0.0071	0.01	0.0125
chr2L	6843353	6843504	chr2L:6843354-6843504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0249	0.0269	0.0231	0.0246	0.0085	0.0481	0.0264	0.026	0.0085	0.029	0.0235	0.029	0.007	0.0069	0.0071	0.0069	0.0094
chr2L	6843509	6843660	chr2L:6843510-6843660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.027	0.0242	0.0261	0.0311	0.0074	0.0374	0.0277	0.0266	0.0074	0.0296	0.0251	0.0296	0.0116	0.0084	0.0052	0.0084	0.0104
chr2L	6846767	6846918	chr2L:6846768-6846918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0182	0.0301	0.018	0.0042	0.0233	0.0208	0.0247	0.0042	0.0193	0.0267	0.0193	0.0279	0.01	0.0187	0.01	0.0156
chr2L	6847517	6847703	chr2L:6847518-6847703	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0332	0.0193	0.0503	0.0299	0.0064	0.0383	0.0195	0.0147	0.0064	0.0598	0.0354	0.0598	0.0411	0.0222	0.0219	0.0222	0.0401
chr2L	6851024	6851218	chr2L:6851025-6851218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0316	0.0243	0.0349	0.0361	0.0117	0.0359	0.0247	0.0266	0.0117	0.0272	0.0293	0.0272	0.0155	0.0123	0.0168	0.0123	0.0146
chr2L	6851946	6852145	chr2L:6851947-6852145	FBgn0017551	Rca1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1697	0.1472	0.2084	0.1525	0.1018	0.2005	0.1501	0.1905	0.1018	0.2542	0.2302	0.2542	0.2022	0.1608	0.1593	0.1608	0.1834
chr2L	6852226	6852389	chr2L:6852227-6852389	FBgn0017551	Rca1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1938	0.1787	0.2334	0.1671	0.1156	0.2345	0.1834	0.2432	0.1156	0.2832	0.2685	0.2832	0.1991	0.1853	0.1625	0.1853	0.1871
chr2L	6854026	6854213	chr2L:6854027-6854213	FBgn0086451	l(2)k09022	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1333	0.1245	0.1683	0.1049	0.0721	0.1539	0.1371	0.1652	0.0721	0.2132	0.1862	0.2132	0.1696	0.124	0.0993	0.124	0.1397
chr2L	6854346	6854497	chr2L:6854347-6854497	FBgn0086451	l(2)k09022	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0401	0.0409	0.0513	0.0269	0.017	0.0563	0.0458	0.0493	0.017	0.0725	0.0566	0.0725	0.0503	0.0391	0.0264	0.0391	0.0323
chr2L	6861203	6861354	chr2L:6861204-6861354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0144	0.0146	0.0197	0.0085	0.0032	0.018	0.0195	0.018	0.0032	0.0266	0.0196	0.0266	0.031	0.0123	0.0052	0.0123	0.0167
chr2L	6873381	6873532	chr2L:6873382-6873532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0089	0.0103	0.0057	0.0107	0.0095	0.0068	0.0203	0.008	0.0095	0.0042	0.0074	0.0042	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0089
chr2L	6874187	6874338	chr2L:6874188-6874338	distal	distal	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0066	0.0051	0.0233	0.0032	0.0063	0.0134	0.002	0.0032	0.0036	0.0068	0.0036	0.0031	0.0123	0.0064	0.0123	0.0198
chr2L	6874350	6874501	chr2L:6874351-6874501	FBgn0031866	neuroligin	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0123	0.007	0.006	0.0251	0.0053	0.0049	0.016	0.002	0.0053	0.0042	0.0074	0.0042	0.0054	0.0207	0.0129	0.0207	0.0276
chr2L	6874872	6875023	chr2L:6874873-6875023	FBgn0031866	neuroligin	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.008	0.0076	0.0252	0.0074	0.0073	0.0138	0.0047	0.0074	0.006	0.0071	0.006	0.0132	0.0214	0.011	0.0214	0.0271
chr2L	6875124	6875275	chr2L:6875125-6875275	FBgn0031866	neuroligin	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0103	0.0098	0.022	0.0042	0.0112	0.0169	0.0093	0.0042	0.0085	0.0096	0.0085	0.0147	0.0123	0.0168	0.0123	0.0156
chr2L	6875729	6875880	chr2L:6875730-6875880	distal	distal	stage14	stage14	VT3466.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0079	0.006	0.0178	0.0042	0.0083	0.013	0.0067	0.0042	0.0036	0.0058	0.0036	0.0054	0.0038	0.0039	0.0038	0.0089
chr2L	6885207	6885358	chr2L:6885208-6885358	distal	distal	none	none	VT3469.1	VT3469.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0076	0.0075	0.0074	0.0081	0.0032	0.0063	0.0125	0.0073	0.0032	0.0042	0.0071	0.0042	0.0077	0.0015	0.0032	0.0015	0.001
chr2L	6889400	6889551	chr2L:6889401-6889551	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0152	0.0137	0.0114	0.0095	0.0131	0.0264	0.014	0.0095	0.0223	0.0116	0.0223	0.0132	0.0031	0.0045	0.0031	0.0057
chr2L	6907476	6907649	chr2L:6907477-6907649	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0635	0.0548	0.082	0.0529	0.035	0.0694	0.0644	0.0646	0.035	0.0984	0.092	0.0984	0.086	0.0536	0.0535	0.0536	0.0651
chr2L	6907747	6907939	chr2L:6907748-6907939	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1244	0.1127	0.1473	0.1124	0.087	0.1427	0.1172	0.1459	0.087	0.1938	0.1617	0.1938	0.158	0.1378	0.1103	0.1378	0.1386
chr2L	6907956	6908148	chr2L:6907957-6908148	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1116	0.1044	0.1346	0.0943	0.0721	0.1214	0.1099	0.1506	0.0721	0.1661	0.1502	0.1661	0.1495	0.1126	0.0954	0.1126	0.1199
chr2L	6908224	6908412	chr2L:6908225-6908412	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0552	0.0535	0.0692	0.0419	0.0276	0.0568	0.0636	0.0726	0.0276	0.0827	0.0749	0.0827	0.0782	0.0391	0.0368	0.0391	0.061
chr2L	6913810	6913963	chr2L:6913811-6913963	FBgn0011737	wee	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0676	0.069	0.0798	0.0525	0.0509	0.0748	0.0865	0.0813	0.0509	0.1008	0.0849	0.1008	0.0844	0.0544	0.0574	0.0544	0.0683
chr2L	6914102	6914285	chr2L:6914103-6914285	FBgn0011737	wee	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.194	0.2065	0.2162	0.1557	0.141	0.2427	0.2336	0.2678	0.141	0.2723	0.2354	0.2723	0.2014	0.17	0.1605	0.17	0.1782
chr2L	6918693	6918880	chr2L:6918694-6918880	FBgn0026196	nop5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2133	0.2078	0.2515	0.1777	0.158	0.2481	0.231	0.2538	0.158	0.3321	0.2746	0.3321	0.2401	0.2106	0.1954	0.2106	0.2011
chr2L	6919206	6919391	chr2L:6919207-6919391	FBgn0026196	nop5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2534	0.2495	0.2898	0.2178	0.2057	0.2874	0.2872	0.2945	0.2057	0.3551	0.3064	0.3551	0.2641	0.2312	0.2211	0.2312	0.2418
chr2L	6919603	6919754	chr2L:6919604-6919754	FBgn0028554	x16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0694	0.0707	0.0853	0.0506	0.0435	0.0782	0.0774	0.1026	0.0435	0.1153	0.0852	0.1153	0.0635	0.0413	0.0387	0.0413	0.0563
chr2L	6919870	6920046	chr2L:6919871-6920046	FBgn0028554	x16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.105	0.1193	0.1218	0.0706	0.0774	0.1364	0.1401	0.1559	0.0774	0.1697	0.1232	0.1697	0.1115	0.0727	0.06	0.0727	0.0912
chr2L	6920084	6920317	chr2L:6920085-6920317	FBgn0004838,FBgn0028554	Hrb27C,x16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1755	0.1746	0.2034	0.1458	0.1273	0.2044	0.1925	0.2298	0.1273	0.2591	0.2225	0.2591	0.1844	0.1508	0.1489	0.1508	0.174
chr2L	6920585	6920764	chr2L:6920586-6920764	FBgn0004838,FBgn0028554	Hrb27C,x16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1798	0.1659	0.2115	0.1604	0.1198	0.1845	0.2007	0.2079	0.1198	0.2627	0.2289	0.2627	0.1991	0.173	0.1644	0.173	0.1777
chr2L	6920886	6921046	chr2L:6920887-6921046	FBgn0004838	Hrb27C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1144	0.1756	0.1209	0.0795	0.1291	0.1358	0.1466	0.0795	0.2198	0.183	0.2198	0.1704	0.1325	0.1231	0.1325	0.1298
chr2L	6921144	6921313	chr2L:6921145-6921313	FBgn0004838	Hrb27C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1825	0.1675	0.2129	0.1659	0.122	0.1835	0.1964	0.2145	0.122	0.2717	0.2219	0.2717	0.206	0.1907	0.1767	0.1907	0.1834
chr2L	6921514	6921722	chr2L:6921515-6921722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1867	0.2028	0.216	0.1367	0.1633	0.2257	0.2314	0.2672	0.1633	0.2711	0.2424	0.2711	0.1766	0.1524	0.147	0.1524	0.1631
chr2L	6921738	6921937	chr2L:6921739-6921937	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1546	0.1574	0.183	0.1203	0.1273	0.1845	0.1782	0.1985	0.1273	0.2246	0.2158	0.2246	0.1541	0.124	0.147	0.124	0.1412
chr2L	6922000	6922392	chr2L:6922001-6922392	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2439	0.2515	0.2911	0.1837	0.1919	0.2883	0.2595	0.3524	0.1919	0.2965	0.382	0.2965	0.2432	0.1998	0.2592	0.1998	0.172
chr2L	6927004	6927302	chr2L:6927005-6927302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.114	0.0808	0.0356	0.1103	0.1068	0.1354	0.1512	0.1103	0.096	0.0936	0.096	0.0829	0.0299	0.0445	0.0299	0.0448
chr2L	6927929	6928228	chr2L:6927930-6928228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0677	0.0963	0.0698	0.0336	0.0838	0.0951	0.1215	0.1179	0.0838	0.0797	0.0814	0.0797	0.0806	0.0391	0.0277	0.0391	0.0542
chr2L	6928510	6928661	chr2L:6928511-6928661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.035	0.0465	0.034	0.0231	0.0329	0.0471	0.0614	0.058	0.0329	0.0386	0.0412	0.0386	0.0287	0.0276	0.0193	0.0276	0.036
chr2L	6928682	6929102	chr2L:6928683-6929102	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0838	0.1115	0.0831	0.0535	0.0954	0.118	0.1393	0.1286	0.0954	0.1051	0.0955	0.1051	0.0751	0.0681	0.0522	0.0681	0.0771
chr2L	6929141	6929421	chr2L:6929142-6929421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0687	0.0627	0.0397	0.0467	0.0714	0.0908	0.0806	0.0467	0.0725	0.0711	0.0725	0.0689	0.0475	0.0406	0.0475	0.0547
chr2L	6937438	6937622	chr2L:6937439-6937622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0244	0.0314	0.0311	0.0092	0.0074	0.0398	0.0298	0.0573	0.0074	0.0223	0.0514	0.0223	0.0178	0.0092	0.009	0.0092	0.0135
chr2L	6939851	6940069	chr2L:6939852-6940069	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0948	0.119	0.1077	0.0535	0.0774	0.1223	0.1349	0.1779	0.0774	0.0797	0.1518	0.0797	0.1115	0.0237	0.0799	0.0237	0.0829
chr2L	6941895	6942046	chr2L:6941896-6942046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.0173	0.0155	0.0304	0.0074	0.018	0.0238	0.02	0.0074	0.0211	0.0154	0.0211	0.0155	0.1087	0.0123	0.1087	0.013
chr2L	6942259	6942410	chr2L:6942260-6942410	FBgn0031869	CG18304	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0213	0.0277	0.0251	0.0085	0.0204	0.029	0.03	0.0085	0.0356	0.0312	0.0356	0.0248	0.0858	0.0129	0.0858	0.0146
chr2L	6942669	6942820	chr2L:6942670-6942820	FBgn0031869	CG18304	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0196	0.0176	0.0246	0.0106	0.0175	0.0285	0.024	0.0106	0.0193	0.0225	0.0193	0.0163	0.0796	0.0142	0.0796	0.0162
chr2L	6944954	6945134	chr2L:6944955-6945134	FBgn0031871	CG10158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0411	0.0624	0.0384	0.0191	0.0524	0.0471	0.052	0.0191	0.0809	0.073	0.0809	0.0565	0.0521	0.0335	0.0521	0.0511
chr2L	6945222	6945415	chr2L:6945223-6945415	FBgn0031871	CG10158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1054	0.1009	0.1265	0.0873	0.0647	0.1165	0.1142	0.1326	0.0647	0.163	0.1383	0.163	0.1232	0.1087	0.0883	0.1087	0.1141
chr2L	6945508	6945740	chr2L:6945509-6945740	FBgn0031871	CG10158	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.0784	0.0854	0.0525	0.0414	0.0908	0.093	0.1026	0.0414	0.1045	0.0984	0.1045	0.086	0.0628	0.0548	0.0628	0.0714
chr2L	6948520	6948671	chr2L:6948521-6948671	FBgn0031872	ihog	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0806	0.0713	0.0959	0.0742	0.052	0.0806	0.0783	0.0979	0.052	0.119	0.1151	0.119	0.0883	0.075	0.0793	0.075	0.0902
chr2L	6948746	6948920	chr2L:6948747-6948920	FBgn0031872	ihog	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1428	0.1309	0.1734	0.1227	0.088	0.151	0.1522	0.1706	0.088	0.2252	0.191	0.2252	0.172	0.134	0.1238	0.134	0.1501
chr2L	6949506	6949687	chr2L:6949507-6949687	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0431	0.0401	0.0543	0.0343	0.0201	0.0471	0.0523	0.0453	0.0201	0.064	0.0595	0.064	0.072	0.0398	0.04	0.0398	0.0328
chr2L	6949845	6949996	chr2L:6949846-6949996	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0548	0.0652	0.0411	0.0339	0.0597	0.0783	0.0573	0.0339	0.0845	0.0707	0.0845	0.0643	0.0398	0.0438	0.0398	0.05
chr2L	6950052	6950259	chr2L:6950053-6950259	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.0866	0.0892	0.0709	0.052	0.0985	0.1151	0.0979	0.052	0.1184	0.0971	0.1184	0.0767	0.0796	0.0664	0.0796	0.0928
chr2L	6950346	6950543	chr2L:6950347-6950543	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0953	0.0852	0.1161	0.0837	0.0583	0.0981	0.1008	0.1093	0.0583	0.1359	0.1312	0.1359	0.1146	0.0957	0.0761	0.0957	0.1089
chr2L	6950551	6950758	chr2L:6950552-6950758	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0722	0.0855	0.0551	0.0551	0.066	0.0952	0.0986	0.0551	0.1021	0.0897	0.1021	0.0868	0.0666	0.0522	0.0666	0.0662
chr2L	6950774	6950925	chr2L:6950775-6950925	FBgn0020616	SA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0508	0.0614	0.0341	0.0308	0.0544	0.0701	0.0606	0.0308	0.0761	0.0646	0.0761	0.0651	0.0345	0.0309	0.0345	0.0443
chr2L	6956260	6956435	chr2L:6956261-6956435	FBgn0031874	CG13775	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.045	0.0451	0.0569	0.0319	0.018	0.0553	0.0558	0.054	0.018	0.0725	0.0659	0.0725	0.0534	0.0283	0.0329	0.0283	0.049
chr2L	6956519	6956759	chr2L:6956520-6956759	FBgn0031874,FBgn0031875	CG13775,CG3430	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0965	0.0925	0.1225	0.0726	0.0403	0.118	0.1003	0.1239	0.0403	0.1473	0.1402	0.1473	0.1177	0.0842	0.0683	0.0842	0.0959
chr2L	6956884	6957063	chr2L:6956885-6957063	FBgn0031874,FBgn0031875	CG13775,CG3430	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1244	0.1186	0.1579	0.094	0.0806	0.1427	0.1233	0.1692	0.0806	0.1938	0.1711	0.1938	0.1472	0.1187	0.0903	0.1187	0.1141
chr2L	6960256	6960428	chr2L:6960257-6960428	FBgn0031876,FBgn0031877	Atac1,CG10399	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0949	0.1087	0.1084	0.0646	0.0721	0.1199	0.1211	0.1572	0.0721	0.1274	0.1212	0.1274	0.1162	0.0789	0.0761	0.0789	0.0881
chr2L	6963977	6964183	chr2L:6963978-6964183	FBgn0021944,FBgn0031878	Coprox,sip2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1552	0.1609	0.1803	0.1212	0.1124	0.1898	0.1782	0.2159	0.1124	0.2403	0.1923	0.2403	0.1665	0.1394	0.1225	0.1394	0.149
chr2L	6964292	6964509	chr2L:6964293-6964509	FBgn0021944,FBgn0031878	Coprox,sip2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.136	0.1651	0.126	0.0923	0.1607	0.1492	0.1779	0.0923	0.2065	0.174	0.2065	0.1673	0.1371	0.1212	0.1371	0.1615
chr2L	6964532	6964683	chr2L:6964533-6964683	FBgn0021944,FBgn0031878	Coprox,sip2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0702	0.0678	0.0873	0.054	0.0435	0.082	0.0722	0.0893	0.0435	0.1123	0.0846	0.1123	0.0976	0.0482	0.0567	0.0482	0.0818
chr2L	6966351	6966715	chr2L:6966352-6966715	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.198	0.2309	0.2331	0.1227	0.1972	0.2534	0.2349	0.3384	0.1972	0.279	0.2389	0.279	0.1967	0.1057	0.0896	0.1057	0.1219
chr2L	6967054	6967250	chr2L:6967055-6967250	FBgn0026170	smt3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.1138	0.1206	0.0762	0.0679	0.1413	0.1176	0.1619	0.0679	0.1534	0.1209	0.1534	0.1007	0.0888	0.0625	0.0888	0.0787
chr2L	6967501	6967722	chr2L:6967502-6967722	FBgn0026170	smt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1828	0.1773	0.2157	0.1529	0.1304	0.2126	0.2003	0.2212	0.1304	0.2554	0.2318	0.2554	0.2138	0.1914	0.1425	0.1914	0.1756
chr2L	6967994	6968159	chr2L:6967995-6968159	FBgn0026170	smt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.167	0.1479	0.2119	0.139	0.0997	0.1845	0.1648	0.1832	0.0997	0.2446	0.236	0.2446	0.1936	0.1631	0.1348	0.1631	0.1636
chr2L	6968239	6968428	chr2L:6968240-6968428	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1688	0.1694	0.1991	0.1348	0.1485	0.1888	0.1955	0.2072	0.1485	0.2283	0.2251	0.2283	0.1782	0.1516	0.1341	0.1516	0.1621
chr2L	6971670	6971920	chr2L:6971671-6971920	FBgn0016978,FBgn0262616	CR43142,snRNP-U1-70K	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2096	0.2131	0.2392	0.1732	0.1782	0.233	0.2556	0.2585	0.1782	0.2566	0.2685	0.2566	0.244	0.1953	0.1844	0.1953	0.198
chr2L	6974937	6975088	chr2L:6974938-6975088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0217	0.0398	0.0151	0.0088	0.0233	0.0233	0.0761	0.0366	0.0233	0.0097	0.0254	0.0097	0.0093	0.0038	0.0181	0.0038	0.0063
chr2L	6975141	6975292	chr2L:6975142-6975292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0378	0.0183	0.0086	0.0382	0.0223	0.0675	0.0366	0.0382	0.0079	0.0283	0.0079	0.0147	0.0069	0.0219	0.0069	0.0047
chr2L	6983204	6983355	chr2L:6983205-6983355	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0322	0.0169	0.0107	0.0286	0.0126	0.061	0.038	0.0286	0.0121	0.0293	0.0121	0.0093	0.0023	0.0258	0.0023	0.0099
chr2L	6987078	6987229	chr2L:6987079-6987229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0165	0.0214	0.0154	0.0123	0.0148	0.0102	0.0428	0.0227	0.0148	0.0085	0.0264	0.0085	0.0101	0.0069	0.038	0.0069	0.0078
chr2L	6990258	6990536	chr2L:6990259-6990536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0428	0.0556	0.0457	0.0255	0.0361	0.0345	0.0887	0.0793	0.0361	0.0199	0.083	0.0199	0.024	0.0023	0.0799	0.0023	0.0156
chr2L	6990789	6990940	chr2L:6990790-6990940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0223	0.0198	0.0113	0.0244	0.0112	0.0342	0.0313	0.0244	0.0091	0.0373	0.0091	0.0085	0.0046	0.0368	0.0046	0.0047
chr2L	6991083	6991257	chr2L:6991084-6991257	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0198	0.0235	0.0184	0.0106	0.0097	0.0329	0.03	0.0106	0.0085	0.0469	0.0085	0.0108	0.0054	0.0638	0.0054	0.0063
chr2L	6998631	6998782	chr2L:6998632-6998782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0104	0.0101	0.0121	0.0089	0.0064	0.0053	0.0169	0.016	0.0064	0.0048	0.0235	0.0048	0.0046	0.0015	0.0284	0.0015	0.0042
chr2L	6998836	6998987	chr2L:6998837-6998987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0131	0.0161	0.0141	0.0088	0.0138	0.0092	0.029	0.0193	0.0138	0.0085	0.0241	0.0085	0.0085	0	0.029	0	0.0021
chr2L	7001380	7001531	chr2L:7001381-7001531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0132	0.0208	0.0124	0.0056	0.0148	0.0117	0.0381	0.0233	0.0148	0.0042	0.0212	0.0042	0.0124	0.0015	0.0142	0.0015	0.0042
chr2L	7001637	7001788	chr2L:7001638-7001788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0133	0.0218	0.0105	0.0067	0.0074	0.0107	0.0437	0.0253	0.0074	0.0048	0.0151	0.0048	0.0108	0.0015	0.0213	0.0015	0.0026
chr2L	7003116	7003288	chr2L:7003117-7003288	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0322	0.0394	0.0377	0.0182	0.0318	0.032	0.0489	0.062	0.0318	0.0091	0.0804	0.0091	0.0132	0.0023	0.0664	0.0023	0.0063
chr2L	7003466	7003617	chr2L:7003467-7003617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0389	0.0272	0.015	0.0361	0.0228	0.0549	0.0586	0.0361	0.0103	0.0514	0.0103	0.0139	0.0038	0.0477	0.0038	0.0078
chr2L	7004474	7004640	chr2L:7004475-7004640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0302	0.0209	0.041	0.0287	0.018	0.0141	0.0355	0.0227	0.018	0.0072	0.0923	0.0072	0.0101	0.0015	0.1122	0.0015	0.0068
chr2L	7005591	7005745	chr2L:7005592-7005745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.045	0.0334	0.0637	0.0373	0.017	0.0267	0.0428	0.0553	0.017	0.0103	0.1418	0.0103	0.0209	0.0031	0.1502	0.0031	0.0094
chr2L	7006732	7006921	chr2L:7006733-7006921	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0575	0.0975	0.0553	0.0153	0.0912	0.0471	0.1497	0.1439	0.0912	0.0109	0.1212	0.0109	0.0101	0.0023	0.0516	0.0023	0.0057
chr2L	7007650	7007801	chr2L:7007651-7007801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0403	0.0432	0.0523	0.024	0.0382	0.0262	0.0627	0.0693	0.0382	0.0145	0.1113	0.0145	0.0116	8e-04	0.0935	8e-04	0.0068
chr2L	7008766	7008917	chr2L:7008767-7008917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0404	0.0444	0.0252	0.0286	0.0267	0.0657	0.0466	0.0286	0.0097	0.0961	0.0097	0.0201	0.0023	0.0954	0.0023	0.0068
chr2L	7009851	7010027	chr2L:7009852-7010027	FBgn0031879	uif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1318	0.1935	0.1317	0.0629	0.2227	0.1039	0.2703	0.2798	0.2227	0.0217	0.29	0.0217	0.0271	0.0069	0.2392	0.0069	0.0188
chr2L	7010152	7010352	chr2L:7010153-7010352	FBgn0031879	uif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1155	0.1631	0.1173	0.0604	0.1771	0.0942	0.234	0.2252	0.1771	0.0242	0.2553	0.0242	0.0287	0.0084	0.2411	0.0084	0.012
chr2L	7010424	7010637	chr2L:7010425-7010637	FBgn0031879	uif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.117	0.2145	0.0923	0.0351	0.2047	0.1092	0.3335	0.2991	0.2047	0.0211	0.2006	0.0211	0.0271	0.0061	0.1348	0.0061	0.0109
chr2L	7011114	7011265	chr2L:7011115-7011265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0343	0.0735	0.0201	0.006	0.0721	0.034	0.1246	0.0913	0.0721	0.0109	0.0357	0.0109	0.0108	8e-04	0.0148	8e-04	0.0052
chr2L	7013009	7013160	chr2L:7013010-7013160	FBgn0263027	CG43322	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0486	0.0443	0.0337	0.0382	0.0422	0.0692	0.0613	0.0382	0.0405	0.0576	0.0405	0.0465	0.0383	0.0419	0.0383	0.0453
chr2L	7013257	7013424	chr2L:7013258-7013424	FBgn0263027	CG43322	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1006	0.1125	0.1065	0.0808	0.0923	0.1092	0.1484	0.1352	0.0923	0.1057	0.1338	0.1057	0.1123	0.0865	0.0909	0.0865	0.112
chr2L	7013526	7013729	chr2L:7013527-7013729	FBgn0263027	CG43322	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0648	0.067	0.0394	0.0392	0.0626	0.09	0.0806	0.0392	0.0779	0.0794	0.0779	0.0705	0.0421	0.0419	0.0421	0.0526
chr2L	7023168	7023319	chr2L:7023169-7023319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0316	0.0243	0.0393	0.0313	0.0117	0.0345	0.0277	0.03	0.0117	0.0296	0.0476	0.0296	0.0651	0.0191	0.0516	0.0191	0.0526
chr2L	7023818	7024052	chr2L:7023819-7024052	FBgn0000053	ade3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0885	0.0932	0.0817	0.0905	0.087	0.0947	0.1311	0.0933	0.087	0.0417	0.072	0.0417	0.2308	0.0306	0.136	0.0306	0.1845
chr2L	7024396	7024577	chr2L:7024397-7024577	FBgn0000053	ade3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0401	0.0409	0.0335	0.0464	0.0276	0.0476	0.0536	0.0413	0.0276	0.0229	0.0357	0.0229	0.0635	0.0222	0.0664	0.0222	0.087
chr2L	7026697	7026848	chr2L:7026698-7026848	FBgn0051908	CG31908	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0566	0.0618	0.0492	0.0329	0.0631	0.0657	0.0806	0.0329	0.067	0.0723	0.067	0.0689	0.0559	0.0438	0.0559	0.0646
chr2L	7026974	7027373	chr2L:7026975-7027373	FBgn0031881,FBgn0051908	CG31908,CG3476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2234	0.214	0.2525	0.2019	0.158	0.2495	0.253	0.2632	0.158	0.3013	0.2807	0.3013	0.2579	0.2136	0.2141	0.2136	0.2564
chr2L	7027441	7027613	chr2L:7027442-7027613	FBgn0031881,FBgn0051908	CG31908,CG3476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1588	0.1509	0.1826	0.1415	0.1188	0.1782	0.1773	0.1772	0.1188	0.2331	0.1994	0.2331	0.1851	0.1462	0.1431	0.1462	0.1902
chr2L	7029152	7029303	chr2L:7029153-7029303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.032	0.0252	0.0273	0.0448	0.0127	0.0272	0.0385	0.0207	0.0127	0.0223	0.0296	0.0223	0.0442	0.0214	0.0516	0.0214	0.0865
chr2L	7032237	7032451	chr2L:7032238-7032451	FBgn0031882,FBgn0031883	CG11266,Rab30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0732	0.067	0.0865	0.0653	0.0382	0.068	0.0891	0.0866	0.0382	0.0845	0.1048	0.0845	0.0767	0.0567	0.0825	0.0567	0.0787
chr2L	7032588	7032777	chr2L:7032589-7032777	FBgn0031882,FBgn0031883	CG11266,Rab30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1985	0.1912	0.2258	0.1769	0.141	0.2155	0.2167	0.2538	0.141	0.279	0.2479	0.279	0.2122	0.1838	0.1818	0.1838	0.209
chr2L	7032906	7033102	chr2L:7032907-7033102	FBgn0031882,FBgn0031883	CG11266,Rab30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.1186	0.1665	0.1259	0.0848	0.1243	0.138	0.1692	0.0848	0.2005	0.1804	0.2005	0.1627	0.121	0.1238	0.121	0.1506
chr2L	7033120	7033559	chr2L:7033121-7033559	FBgn0031883	CG11266	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2032	0.2064	0.219	0.1824	0.1718	0.2369	0.2336	0.2565	0.1718	0.2639	0.2193	0.2639	0.22	0.1799	0.2089	0.1799	0.222
chr2L	7037917	7038127	chr2L:7037918-7038127	FBgn0262872	milt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1842	0.1882	0.214	0.1472	0.1654	0.1976	0.2171	0.2458	0.1654	0.2705	0.2312	0.2705	0.2161	0.1692	0.1502	0.1692	0.1751
chr2L	7038190	7038341	chr2L:7038191-7038341	FBgn0262872	milt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.114	0.1198	0.1316	0.0883	0.1007	0.1311	0.1453	0.1432	0.1007	0.1618	0.1505	0.1618	0.1232	0.098	0.0903	0.098	0.1073
chr2L	7038381	7038576	chr2L:7038382-7038576	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1325	0.1026	0.1576	0.1383	0.0615	0.133	0.1125	0.1266	0.0615	0.2186	0.1785	0.2186	0.1363	0.1623	0.1264	0.1623	0.1688
chr2L	7038607	7038795	chr2L:7038608-7038795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0997	0.0948	0.1128	0.0908	0.0604	0.1126	0.1116	0.1179	0.0604	0.1582	0.119	0.1582	0.103	0.1172	0.0838	0.1172	0.1209
chr2L	7038885	7039088	chr2L:7038886-7039088	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.099	0.1117	0.1066	0.0765	0.0827	0.1165	0.1349	0.1452	0.0827	0.1455	0.1055	0.1455	0.1139	0.111	0.0664	0.111	0.0917
chr2L	7042183	7042384	chr2L:7042184-7042384	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	milt_5633	milt_5633	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1633	0.1266	0.1862	0.1792	0.0689	0.1723	0.1367	0.1546	0.0689	0.2234	0.1907	0.2234	0.2301	0.196	0.1779	0.196	0.2465
chr2L	7042712	7042938	chr2L:7042713-7042938	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0849	0.0688	0.0741	0.1147	0.0403	0.0956	0.0757	0.0779	0.0403	0.0821	0.0598	0.0821	0.1557	0.2121	0.0858	0.2121	0.1631
chr2L	7043025	7043394	chr2L:7043026-7043394	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1133	0.1149	0.0992	0.127	0.0817	0.1684	0.1267	0.1066	0.0817	0.096	0.0772	0.096	0.2494	0.1761	0.0935	0.1761	0.2288
chr2L	7045664	7045815	chr2L:7045665-7045815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0333	0.0511	0.0264	0.0209	0.0392	0.0388	0.0701	0.07	0.0392	0.0193	0.0415	0.0193	0.0217	0.0123	0.0593	0.0123	0.0109
chr2L	7048771	7048981	chr2L:7048772-7048981	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.163	0.0609	0.038	0.1962	0.1019	0.2647	0.1566	0.1962	0.0586	0.0704	0.0586	0.0589	0.0429	0.0451	0.0429	0.0438
chr2L	7049087	7049311	chr2L:7049088-7049311	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1897	0.1994	0.2162	0.1498	0.176	0.2243	0.221	0.2645	0.176	0.2597	0.2408	0.2597	0.1944	0.157	0.1496	0.157	0.1631
chr2L	7049446	7049630	chr2L:7049447-7049630	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1243	0.1209	0.1519	0.0979	0.088	0.1549	0.1116	0.1819	0.088	0.1993	0.1672	0.1993	0.1232	0.0873	0.098	0.0873	0.099
chr2L	7049796	7050006	chr2L:7049797-7050006	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1163	0.1436	0.1247	0.0765	0.1347	0.1568	0.1471	0.2072	0.1347	0.1594	0.1492	0.1594	0.0852	0.0475	0.0877	0.0475	0.0756
chr2L	7050080	7050448	chr2L:7050081-7050448	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.093	0.0991	0.101	0.0776	0.07	0.117	0.1051	0.1419	0.07	0.1244	0.1026	0.1244	0.0713	0.0498	0.0445	0.0498	0.0568
chr2L	7050571	7050737	chr2L:7050572-7050737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0603	0.0444	0.0737	0.0632	0.0308	0.0583	0.0415	0.0633	0.0308	0.1286	0.0695	0.1286	0.0503	0.072	0.0484	0.072	0.0469
chr2L	7055854	7056005	chr2L:7055855-7056005	FBgn0031885	Mnn1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0491	0.048	0.0338	0.0286	0.0505	0.0597	0.0673	0.0286	0.0447	0.0537	0.0447	0.0581	0.0391	0.0368	0.0391	0.0417
chr2L	7056196	7056405	chr2L:7056197-7056405	FBgn0031885	Mnn1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2055	0.2056	0.2317	0.1767	0.1644	0.2359	0.2284	0.2738	0.1644	0.2675	0.2605	0.2675	0.2184	0.1853	0.1902	0.1853	0.2038
chr2L	7056657	7056855	chr2L:7056658-7056855	FBgn0031885	Mnn1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1324	0.159	0.1552	0.0776	0.1007	0.1723	0.1531	0.2758	0.1007	0.1504	0.2151	0.1504	0.1038	0.0819	0.1161	0.0819	0.0719
chr2L	7063255	7063406	chr2L:7063256-7063406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0268	0.0303	0.0293	0.0201	0.0159	0.0364	0.0415	0.0293	0.0159	0.0254	0.0363	0.0254	0.0372	0.0184	0.0206	0.0184	0.0354
chr2L	7063880	7064092	chr2L:7063881-7064092	FBgn0040954	CG13779	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1001	0.0972	0.1156	0.0862	0.0604	0.1063	0.1077	0.1432	0.0604	0.1407	0.1305	0.1407	0.0976	0.0949	0.0851	0.0949	0.1084
chr2L	7064105	7064436	chr2L:7064106-7064436	FBgn0040954	CG13779	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0985	0.0973	0.1132	0.0838	0.0456	0.115	0.1094	0.1359	0.0456	0.1298	0.1248	0.1298	0.1038	0.0842	0.0903	0.0842	0.1126
chr2L	7064587	7064738	chr2L:7064588-7064738	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0334	0.034	0.0173	0.0127	0.0413	0.0471	0.0386	0.0127	0.0332	0.0399	0.0332	0.0325	0.0138	0.0187	0.0138	0.0229
chr2L	7064797	7065031	chr2L:7064798-7065031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0464	0.0438	0.0198	0.0191	0.0505	0.0644	0.0613	0.0191	0.0441	0.0508	0.0441	0.0473	0.0184	0.0187	0.0184	0.0287
chr2L	7065040	7065216	chr2L:7065041-7065216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0385	0.0388	0.0201	0.017	0.0432	0.0476	0.058	0.017	0.0411	0.0457	0.0411	0.038	0.0176	0.0168	0.0176	0.0281
chr2L	7065304	7065455	chr2L:7065305-7065455	FBgn0031886	Nuf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0383	0.0324	0.021	0.018	0.0398	0.048	0.06	0.018	0.038	0.0383	0.038	0.031	0.0153	0.0239	0.0153	0.0281
chr2L	7065512	7065703	chr2L:7065513-7065703	FBgn0031886	Nuf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0841	0.0901	0.0614	0.0679	0.0869	0.1025	0.1079	0.0679	0.1039	0.1026	0.1039	0.0899	0.0544	0.0677	0.0544	0.0803
chr2L	7065752	7065959	chr2L:7065753-7065959	FBgn0031886	Nuf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.128	0.1181	0.157	0.1074	0.0859	0.1359	0.1298	0.1566	0.0859	0.1781	0.1839	0.1781	0.1456	0.108	0.1186	0.108	0.1324
chr2L	7079191	7079342	chr2L:7079192-7079342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0151	0.0132	0.0211	0.0107	0.0042	0.0165	0.0186	0.0133	0.0042	0.0121	0.0196	0.0121	0.0534	0.0191	0.011	0.0191	0.0167
chr2L	7083090	7083315	chr2L:7083091-7083315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0147	0.0355	0.0192	0.0032	0.018	0.0221	0.0147	0.0032	0.0411	0.0322	0.0411	0.072	0.0145	0.0103	0.0145	0.0438
chr2L	7084559	7084734	chr2L:7084560-7084734	FBgn0031888	Pvf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.022	0.0086	0.0166	0.0428	0.0053	0.0087	0.0164	0.0047	0.0053	0.0139	0.0132	0.0139	0.0395	0.0574	0.04	0.0574	0.0803
chr2L	7086577	7086728	chr2L:7086578-7086728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.0081	0.0128	0.0189	0.0021	0.0087	0.013	0.006	0.0021	0.0103	0.0154	0.0103	0.0232	0.0123	0.011	0.0123	0.0448
chr2L	7089241	7089476	chr2L:7089242-7089476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.0166	0.0352	0.0359	0.0053	0.0189	0.026	0.014	0.0053	0.0242	0.0289	0.0242	0.0984	0.0345	0.0284	0.0345	0.0761
chr2L	7089696	7090010	chr2L:7089697-7090010	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0374	0.0259	0.0501	0.0362	0.0074	0.0354	0.029	0.0326	0.0074	0.0386	0.0508	0.0386	0.1131	0.0521	0.0329	0.0521	0.0578
chr2L	7096450	7096601	chr2L:7096451-7096601	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0325	0.0251	0.0132	0.035	0.0204	0.0532	0.0333	0.035	0.0205	0.0338	0.0205	0.0217	0.013	0.011	0.013	0.0188
chr2L	7096669	7096880	chr2L:7096670-7096880	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0263	0.0449	0.0213	0.011	0.0445	0.0286	0.0735	0.048	0.0445	0.0151	0.0254	0.0151	0.017	0.01	0.0116	0.01	0.0104
chr2L	7097489	7097640	chr2L:7097490-7097640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0176	0.0133	0.0178	0.0223	0.0074	0.0078	0.0255	0.016	0.0074	0.0085	0.0228	0.0085	0.0287	0.0199	0.02	0.0199	0.0396
chr2L	7116032	7116183	chr2L:7116033-7116183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0163	0.0112	0.0173	0.021	0.0053	0.0112	0.0182	0.0113	0.0053	0.0187	0.0196	0.0187	0.0256	0.0123	0.0181	0.0123	0.0495
chr2L	7116284	7116500	chr2L:7116285-7116500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0108	0.0277	0.0206	0.0011	0.0102	0.0164	0.0153	0.0011	0.0284	0.0344	0.0284	0.0302	0.0299	0.0219	0.0299	0.0328
chr2L	7117721	7117872	chr2L:7117722-7117872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0201	0.0142	0.0274	0.0187	0.0106	0.0146	0.0177	0.0147	0.0106	0.0296	0.0386	0.0296	0.017	0.0329	0.0232	0.0329	0.0208
chr2L	7119700	7119891	chr2L:7119701-7119891	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.0417	0.0359	0.0155	0.018	0.0481	0.0454	0.0686	0.018	0.0302	0.055	0.0302	0.0217	0.0084	0.0271	0.0084	0.012
chr2L	7121162	7121334	chr2L:7121163-7121334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.031	0.0158	0.0374	0.0409	0.0064	0.0228	0.0208	0.0153	0.0064	0.0507	0.0402	0.0507	0.0364	0.0459	0.0206	0.0459	0.0818
chr2L	7121430	7121581	chr2L:7121431-7121581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.019	0.0097	0.0199	0.0284	0.0011	0.0117	0.0134	0.012	0.0011	0.0193	0.0244	0.0193	0.0263	0.023	0.0135	0.023	0.0677
chr2L	7122071	7122270	chr2L:7122072-7122270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0354	0.0364	0.0411	0.028	0.0148	0.0248	0.0554	0.0566	0.0148	0.0223	0.064	0.0223	0.0271	0.0222	0.0471	0.0222	0.025
chr2L	7123626	7123829	chr2L:7123627-7123829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0207	0.0461	0.0356	0.0064	0.0291	0.0268	0.0233	0.0064	0.0658	0.0617	0.0658	0.031	0.0291	0.058	0.0291	0.0537
chr2L	7123960	7124248	chr2L:7123961-7124248	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0371	0.0184	0.0518	0.0419	0.0032	0.0267	0.0199	0.028	0.0032	0.0598	0.072	0.0598	0.0418	0.0375	0.0716	0.0375	0.0558
chr2L	7125287	7125591	chr2L:7125288-7125591	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0667	0.0553	0.0901	0.0538	0.018	0.0772	0.0497	0.0866	0.018	0.0725	0.136	0.0725	0.0798	0.0429	0.1032	0.0429	0.0636
chr2L	7127416	7127676	chr2L:7127417-7127676	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0167	0.0419	0.0267	0.0053	0.0228	0.0169	0.0286	0.0053	0.0193	0.0765	0.0193	0.0318	0.0123	0.0619	0.0123	0.0281
chr2L	7134038	7134242	chr2L:7134039-7134242	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1839	0.1874	0.2127	0.1484	0.1198	0.218	0.2063	0.2505	0.1198	0.2397	0.2563	0.2397	0.1991	0.2098	0.1631	0.2098	0.1813
chr2L	7134759	7134910	chr2L:7134760-7134910	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0193	0.027	0.0213	0.0085	0.0127	0.0184	0.0229	0.072	0.0127	0.0139	0.0347	0.0139	0.0163	0.0107	0.0135	0.0107	0.0057
chr2L	7136585	7136963	chr2L:7136586-7136963	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0577	0.0497	0.0888	0.0323	0.0117	0.0655	0.0454	0.0833	0.0117	0.0489	0.1129	0.0489	0.0945	0.023	0.0271	0.023	0.0334
chr2L	7137643	7137794	chr2L:7137644-7137794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.0132	0.0214	0.0189	0.0064	0.0087	0.0216	0.0167	0.0064	0.0229	0.0296	0.0229	0.0147	0.0551	0.0142	0.0551	0.0099
chr2L	7138155	7138306	chr2L:7138156-7138306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0259	0.0432	0.0259	0.0065	0.0297	0.0204	0.077	0.0586	0.0297	0.0097	0.0495	0.0097	0.0062	0.0092	0.0077	0.0092	0.0047
chr2L	7138544	7138836	chr2L:7138545-7138836	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1005	0.1734	0.101	0.0185	0.1824	0.0859	0.2465	0.2685	0.1824	0.0254	0.2074	0.0254	0.0232	0.0107	0.04	0.0107	0.013
chr2L	7143616	7143767	chr2L:7143617-7143767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0179	0.0136	0.0131	0.0085	0.0165	0.0229	0.0293	0.0085	0.0091	0.0193	0.0091	0.0046	0.0077	0.0077	0.0077	0.0109
chr2L	7147213	7147364	chr2L:7147214-7147364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0126	0.0176	0.0142	0.0064	0.0092	0.0203	0.018	0.0064	0.0133	0.0283	0.0133	0.0116	0.0145	0.0297	0.0145	0.013
chr2L	7148046	7148197	chr2L:7148047-7148197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0224	0.0212	0.0226	0.0234	0.0117	0.0209	0.0225	0.0366	0.0117	0.0272	0.0322	0.0272	0.0132	0.0697	0.0213	0.0697	0.012
chr2L	7148356	7148647	chr2L:7148357-7148647	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0465	0.0654	0.0439	0.0281	0.0509	0.0655	0.0722	0.1033	0.0509	0.0477	0.0598	0.0477	0.0349	0.0727	0.0271	0.0727	0.0182
chr2L	7148707	7148858	chr2L:7148708-7148858	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0267	0.0328	0.0346	0.0111	0.0159	0.0291	0.0389	0.0573	0.0159	0.0236	0.0598	0.0236	0.017	0.0191	0.0168	0.0191	0.0094
chr2L	7150581	7150773	chr2L:7150582-7150773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0213	0.0151	0.0242	0.0251	0.0021	0.0146	0.0199	0.0207	0.0021	0.0229	0.0341	0.0229	0.0178	0.0291	0.0503	0.0291	0.0214
chr2L	7155309	7155574	chr2L:7155310-7155574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0362	0.0259	0.0461	0.0368	0.0127	0.0286	0.0285	0.0406	0.0127	0.0278	0.063	0.0278	0.0635	0.0176	0.0316	0.0176	0.086
chr2L	7156612	7156763	chr2L:7156613-7156763	FBgn0085407	Pvf3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0181	0.0231	0.0216	0.0086	0.0085	0.0204	0.0242	0.0446	0.0085	0.0103	0.0399	0.0103	0.0108	0.0107	0.0097	0.0107	0.0135
chr2L	7157625	7157836	chr2L:7157626-7157836	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1131	0.0943	0.1496	0.0939	0.0732	0.1117	0.096	0.1339	0.0732	0.1377	0.2026	0.1377	0.158	0.1179	0.1219	0.1179	0.136
chr2L	7158458	7158614	chr2L:7158459-7158614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.014	0.0275	0.0136	0.0074	0.016	0.019	0.0147	0.0074	0.0217	0.0473	0.0217	0.0186	0.0069	0.0316	0.0069	0.0146
chr2L	7158894	7159045	chr2L:7158895-7159045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0166	0.0111	0.0214	0.0175	0.0064	0.0117	0.016	0.014	0.0064	0.0121	0.0235	0.0121	0.0511	0.0123	0.0329	0.0123	0.0198
chr2L	7174441	7174592	chr2L:7174442-7174592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0122	0.0079	0.0141	0.015	0.0021	0.0087	0.013	0.0053	0.0021	0.0085	0.0257	0.0085	0.0077	0.0061	0.0393	0.0061	0.0083
chr2L	7181673	7181848	chr2L:7181674-7181848	FBgn0031893	CG4495	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0484	0.076	0.0635	0.0255	0.0592	0.0515	0.0693	0.0255	0.0882	0.0846	0.0882	0.079	0.072	0.0716	0.072	0.0667
chr2L	7181926	7182330	chr2L:7181927-7182330	FBgn0031893	CG4495	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1613	0.1419	0.1953	0.1455	0.1007	0.1738	0.16	0.1772	0.1007	0.2222	0.2206	0.2222	0.1975	0.1562	0.1515	0.1562	0.1662
chr2L	7182447	7182629	chr2L:7182448-7182629	FBgn0031893	CG4495	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0574	0.0576	0.0713	0.0419	0.0318	0.0782	0.067	0.066	0.0318	0.0894	0.0781	0.0894	0.0713	0.0559	0.0374	0.0559	0.0511
chr2L	7182631	7182782	chr2L:7182632-7182782	FBgn0031893	CG4495	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.036	0.039	0.0428	0.0251	0.0127	0.0587	0.0497	0.0353	0.0127	0.0543	0.0463	0.0543	0.0387	0.0368	0.0251	0.0368	0.0266
chr2L	7188380	7188576	chr2L:7188381-7188576	FBgn0031894	CG4496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0591	0.0363	0.0549	0.0891	0.0159	0.0485	0.0441	0.0393	0.0159	0.0622	0.0489	0.0622	0.0945	0.1011	0.0606	0.1011	0.1105
chr2L	7188696	7188940	chr2L:7188697-7188940	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0801	0.0344	0.0749	0.1367	0.0106	0.0558	0.0363	0.0353	0.0106	0.0761	0.0714	0.0761	0.1332	0.1478	0.0812	0.1478	0.2032
chr2L	7193328	7193527	chr2L:7193329-7193527	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0297	0.0246	0.0411	0.0228	0.0074	0.0417	0.0264	0.022	0.0074	0.1238	0.0219	0.1238	0.0186	0.0735	0.0116	0.0735	0.0135
chr2L	7194056	7194262	chr2L:7194057-7194262	FBgn0031895	CG4497	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0887	0.0922	0.1156	0.0553	0.0414	0.1068	0.1025	0.1412	0.0414	0.1806	0.118	0.1806	0.0883	0.0605	0.0484	0.0605	0.0464
chr2L	7194330	7194519	chr2L:7194331-7194519	FBgn0031895	CG4497	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1243	0.1139	0.1595	0.0972	0.0636	0.1422	0.1263	0.1432	0.0636	0.2071	0.1707	0.2071	0.1526	0.111	0.089	0.111	0.1183
chr2L	7194543	7194739	chr2L:7194544-7194739	FBgn0031895	CG4497	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1291	0.1178	0.157	0.1113	0.0732	0.1432	0.1228	0.1659	0.0732	0.2011	0.1801	0.2011	0.1394	0.121	0.107	0.121	0.136
chr2L	7194824	7195242	chr2L:7194825-7195242	FBgn0031895	CG4497	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0615	0.0667	0.0654	0.0515	0.0477	0.0743	0.0804	0.0839	0.0477	0.0936	0.0746	0.0936	0.0565	0.0605	0.0503	0.0605	0.0677
chr2L	7199942	7200240	chr2L:7199943-7200240	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0557	0.0591	0.0415	0.0675	0.0392	0.0602	0.0722	0.0806	0.0392	0.0374	0.0428	0.0374	0.0534	0.098	0.0606	0.098	0.0703
chr2L	7200602	7200753	chr2L:7200603-7200753	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0152	0.0141	0.0217	0.0095	0.0146	0.0234	0.0167	0.0095	0.0199	0.0145	0.0199	0.0147	0.0168	0.0193	0.0168	0.0292
chr2L	7200790	7201032	chr2L:7200791-7201032	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0293	0.028	0.0234	0.0372	0.0127	0.033	0.0402	0.0273	0.0127	0.0326	0.0267	0.0326	0.0201	0.0214	0.038	0.0214	0.0438
chr2L	7202811	7202962	chr2L:7202812-7202962	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0219	0.0155	0.0202	0.0311	0.0053	0.0126	0.0264	0.0167	0.0053	0.0217	0.0219	0.0217	0.0248	0.0567	0.0258	0.0567	0.0276
chr2L	7203643	7203979	chr2L:7203644-7203979	FBgn0031896	CG4502	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.061	0.0477	0.0608	0.0762	0.0276	0.0456	0.0597	0.0713	0.0276	0.0586	0.0627	0.0586	0.0713	0.0505	0.0632	0.0505	0.074
chr2L	7204204	7204413	chr2L:7204205-7204413	FBgn0031896	CG4502	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1342	0.1238	0.1514	0.1269	0.088	0.1379	0.1449	0.1559	0.088	0.1824	0.1672	0.1824	0.1619	0.1348	0.1115	0.1348	0.1631
chr2L	7204527	7204708	chr2L:7204528-7204708	FBgn0031896	CG4502	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0534	0.0648	0.0518	0.0425	0.0541	0.0563	0.0895	0.0786	0.0541	0.0574	0.0601	0.0574	0.0542	0.0559	0.038	0.0559	0.0552
chr2L	7204804	7204955	chr2L:7204805-7204955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.041	0.0239	0.0233	0.035	0.0262	0.064	0.048	0.035	0.0284	0.0244	0.0284	0.0318	0.023	0.0239	0.023	0.0344
chr2L	7205851	7206002	chr2L:7205852-7206002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0399	0.0226	0.0155	0.0286	0.0325	0.061	0.0473	0.0286	0.0236	0.0248	0.0236	0.0271	0.0145	0.0161	0.0145	0.0193
chr2L	7211772	7211944	chr2L:7211773-7211944	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0593	0.0263	0.0148	0.0361	0.0544	0.0804	0.0773	0.0361	0.0332	0.0338	0.0332	0.017	0.0115	0.0148	0.0115	0.0229
chr2L	7212465	7212738	chr2L:7212466-7212738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0552	0.0373	0.0284	0.0308	0.0801	0.0484	0.0759	0.0308	0.0435	0.0405	0.0435	0.0434	0.0207	0.0187	0.0207	0.0391
chr2L	7212785	7212936	chr2L:7212786-7212936	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0279	0.0179	0.0221	0.0127	0.0325	0.0311	0.0406	0.0127	0.0242	0.018	0.0242	0.0248	0.0184	0.011	0.0184	0.0323
chr2L	7213714	7213904	chr2L:7213715-7213904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.031	0.0338	0.0268	0.0326	0.0255	0.0325	0.042	0.046	0.0255	0.0229	0.0251	0.0229	0.0488	0.0123	0.011	0.0123	0.0933
chr2L	7215027	7215205	chr2L:7215028-7215205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0333	0.037	0.0292	0.0336	0.0244	0.0311	0.0619	0.0326	0.0244	0.0254	0.0248	0.0254	0.0705	0.0107	0.0116	0.0107	0.0964
chr2L	7218122	7218360	chr2L:7218123-7218360	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.081	0.1569	0.0576	0.022	0.1315	0.1286	0.2115	0.2125	0.1315	0.0513	0.0637	0.0513	0.0937	0.0214	0.0148	0.0214	0.036
chr2L	7218858	7219128	chr2L:7218859-7219128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0652	0.0803	0.0734	0.0394	0.0657	0.0772	0.0978	0.1053	0.0657	0.1286	0.0666	0.1286	0.0798	0.0835	0.0251	0.0835	0.0453
chr2L	7219339	7219577	chr2L:7219340-7219577	FBgn0031897	CG13784	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1373	0.1884	0.134	0.0837	0.1877	0.185	0.2189	0.2425	0.1877	0.1769	0.1495	0.1769	0.1092	0.144	0.0767	0.144	0.0891
chr2L	7219639	7219814	chr2L:7219640-7219814	FBgn0031897	CG13784	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1047	0.1157	0.1162	0.0799	0.0923	0.1296	0.1345	0.1492	0.0923	0.1443	0.1299	0.1443	0.0991	0.108	0.0767	0.108	0.0948
chr2L	7219932	7220133	chr2L:7219933-7220133	FBgn0031897	CG13784	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1964	0.2031	0.2237	0.1589	0.1697	0.2175	0.2396	0.2618	0.1697	0.2754	0.2405	0.2754	0.2215	0.1884	0.1509	0.1884	0.1939
chr2L	7220661	7220861	chr2L:7220662-7220861	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0483	0.0435	0.0524	0.0492	0.0233	0.0534	0.0627	0.0366	0.0233	0.0888	0.0466	0.0888	0.0565	0.1126	0.0284	0.1126	0.0552
chr2L	7222741	7222892	chr2L:7222742-7222892	FBgn0263133	ico	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0457	0.0491	0.0384	0.0297	0.0481	0.0688	0.0453	0.0297	0.0477	0.0547	0.0477	0.0527	0.0337	0.0464	0.0337	0.0479
chr2L	7223003	7223181	chr2L:7223004-7223181	FBgn0263133	ico	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.0996	0.1048	0.0831	0.0827	0.1053	0.1332	0.1086	0.0827	0.1159	0.1167	0.1159	0.1255	0.0881	0.0896	0.0881	0.1073
chr2L	7226741	7226940	chr2L:7226742-7226940	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0565	0.0751	0.056	0.0362	0.0498	0.0694	0.1051	0.0953	0.0498	0.0737	0.0617	0.0737	0.0581	0.0429	0.0309	0.0429	0.0542
chr2L	7227045	7227196	chr2L:7227046-7227196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0327	0.022	0.0128	0.0308	0.0257	0.0545	0.032	0.0308	0.0278	0.0238	0.0278	0.0263	0.0115	0.009	0.0115	0.0208
chr2L	7227611	7227762	chr2L:7227612-7227762	FBgn0264343	CG43799	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0211	0.0198	0.0171	0.0191	0.0107	0.0372	0.0227	0.0191	0.0229	0.0183	0.0229	0.0341	0.01	0.0064	0.01	0.0464
chr2L	7228815	7229071	chr2L:7228816-7229071	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.0411	0.0137	0.0125	0.0286	0.0388	0.0532	0.0573	0.0286	0.0157	0.0125	0.0157	0.0248	0.0084	0.0135	0.0084	0.025
chr2L	7233609	7233819	chr2L:7233610-7233819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0163	0.0238	0.0141	0.0103	0.0148	0.0131	0.0458	0.0233	0.0148	0.0121	0.0158	0.0121	0.0186	0.0092	0.0084	0.0092	0.0162
chr2L	7239287	7239438	chr2L:7239288-7239438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0187	0.0237	0.0193	0.0125	0.0191	0.017	0.045	0.0167	0.0191	0.0139	0.0209	0.0139	0.0341	0.0084	0.0148	0.0084	0.0208
chr2L	7239982	7240133	chr2L:7239983-7240133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0108	0.0138	0.0071	0.0116	0.0117	0.0068	0.0281	0.012	0.0117	0.006	0.0096	0.006	0.0077	0.0046	0.0077	0.0046	0.0302
chr2L	7240460	7240611	chr2L:7240461-7240611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0212	0.0269	0.0173	0.0192	0.0191	0.0257	0.048	0.018	0.0191	0.0145	0.0199	0.0145	0.0263	0.0153	0.0123	0.0153	0.0459
chr2L	7240950	7241101	chr2L:7240951-7241101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0226	0.0176	0.022	0.0148	0.0199	0.0381	0.0207	0.0148	0.0115	0.0206	0.0115	0.0333	0.0214	0.0206	0.0214	0.0412
chr2L	7241659	7241857	chr2L:7241660-7241857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0667	0.0449	0.0234	0.0456	0.0447	0.106	0.0859	0.0456	0.0284	0.0801	0.0284	0.0217	0.013	0.0529	0.013	0.0188
chr2L	7243795	7243995	chr2L:7243796-7243995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0293	0.0254	0.0302	0.0326	0.018	0.0209	0.045	0.0193	0.018	0.0223	0.0215	0.0223	0.0899	0.0199	0.0232	0.0199	0.0584
chr2L	7244921	7245072	chr2L:7244922-7245072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0274	0.057	0.0147	0.0082	0.0562	0.0364	0.0804	0.0753	0.0562	0.0133	0.0209	0.0133	0.0132	0.0077	0.0103	0.0077	0.0083
chr2L	7245311	7245652	chr2L:7245312-7245652	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0962	0.1466	0.0846	0.0526	0.1474	0.1063	0.2132	0.1765	0.1474	0.058	0.1376	0.058	0.0651	0.0268	0.1231	0.0268	0.0443
chr2L	7247520	7247704	chr2L:7247521-7247704	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0748	0.0147	0.0097	0.0827	0.0393	0.1289	0.0766	0.0827	0.0133	0.0199	0.0133	0.0101	0.0084	0.0129	0.0084	0.0073
chr2L	7249450	7249659	chr2L:7249451-7249659	FBgn0259111	Ndae1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1226	0.1373	0.149	0.0773	0.1241	0.1417	0.1817	0.1446	0.1241	0.2053	0.1711	0.2053	0.1038	0.0919	0.0374	0.0919	0.0297
chr2L	7254666	7254861	chr2L:7254667-7254861	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.0604	0.0754	0.0492	0.0371	0.0709	0.0722	0.0766	0.0371	0.0658	0.0952	0.0658	0.086	0.0413	0.0632	0.0413	0.0594
chr2L	7254927	7255170	chr2L:7254928-7255170	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0507	0.0721	0.0517	0.0382	0.0626	0.0593	0.054	0.0382	0.0501	0.0961	0.0501	0.0991	0.0176	0.0986	0.0176	0.0735
chr2L	7256376	7256527	chr2L:7256377-7256527	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0296	0.027	0.0369	0.0245	0.0138	0.0243	0.0342	0.0413	0.0138	0.0314	0.0514	0.0314	0.0395	0.0306	0.0316	0.0306	0.0318
chr2L	7258206	7258379	chr2L:7258207-7258379	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1059	0.0976	0.1222	0.0972	0.0647	0.0971	0.1302	0.1246	0.0647	0.1419	0.1344	0.1419	0.141	0.0888	0.0954	0.0888	0.1443
chr2L	7260056	7260251	chr2L:7260057-7260251	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0125	0.0241	0.0283	0.0011	0.0146	0.0186	0.016	0.0011	0.0217	0.0334	0.0217	0.0225	0.0536	0.0451	0.0536	0.0172
chr2L	7261905	7262056	chr2L:7261906-7262056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.009	0.0156	0.0248	0.0053	0.0087	0.0151	0.0087	0.0053	0.0229	0.0141	0.0229	0.0108	0.0092	0.0084	0.0092	0.012
chr2L	7262287	7262438	chr2L:7262288-7262438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0082	0.0174	0.0242	0.0011	0.0087	0.0117	0.012	0.0011	0.0242	0.0151	0.0242	0.0077	0.0115	0.0077	0.0115	0.0057
chr2L	7263040	7263191	chr2L:7263041-7263191	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0145	0.0181	0.0202	0.0021	0.0165	0.0264	0.012	0.0021	0.0302	0.0167	0.0302	0.0085	0.0283	0.0155	0.0283	0.012
chr2L	7265071	7265251	chr2L:7265072-7265251	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0194	0.0317	0.0433	0.0053	0.0214	0.0247	0.0286	0.0053	0.0254	0.0289	0.0254	0.0116	0.0329	0.0219	0.0329	0.0182
chr2L	7265411	7265623	chr2L:7265412-7265623	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0208	0.0316	0.0372	0.0117	0.0189	0.0298	0.0266	0.0117	0.0338	0.0367	0.0338	0.0279	0.0605	0.0361	0.0605	0.0234
chr2L	7266601	7266752	chr2L:7266602-7266752	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0231	0.0288	0.0246	0.015	0.0127	0.0422	0.0337	0.0247	0.0127	0.0332	0.0267	0.0332	0.0147	0.0222	0.0155	0.0222	0.0146
chr2L	7267313	7267464	chr2L:7267314-7267464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0189	0.0132	0.0275	0.0157	0.0042	0.0165	0.0173	0.0173	0.0042	0.035	0.0363	0.035	0.024	0.0245	0.0187	0.0245	0.013
chr2L	7267594	7267845	chr2L:7267595-7267845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0303	0.0174	0.0404	0.0336	0.0074	0.0272	0.0182	0.0207	0.0074	0.0489	0.0466	0.0489	0.0473	0.0574	0.0342	0.0574	0.0339
chr2L	7268734	7268885	chr2L:7268735-7268885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0103	0.0164	0.0166	0.0032	0.0107	0.0143	0.0133	0.0032	0.0163	0.026	0.0163	0.0023	0.0069	0.0484	0.0069	0.0094
chr2L	7269239	7269390	chr2L:7269240-7269390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0105	0.0152	0.0139	0.0074	0.0121	0.016	0.0073	0.0074	0.0115	0.0225	0.0115	0.0139	0.0084	0.0316	0.0084	0.0094
chr2L	7270136	7270310	chr2L:7270137-7270310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0203	0.0128	0.0259	0.0226	0.0042	0.0117	0.0242	0.01	0.0042	0.0242	0.0392	0.0242	0.0201	0.0237	0.0419	0.0237	0.0182
chr2L	7270654	7270901	chr2L:7270655-7270901	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0199	0.0463	0.0244	0.0053	0.0257	0.0229	0.0253	0.0053	0.035	0.065	0.035	0.0116	0.0268	0.0348	0.0268	0.024
chr2L	7272040	7272191	chr2L:7272041-7272191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0123	0.0176	0.0169	0.0064	0.016	0.016	0.0133	0.0064	0.0151	0.0164	0.0151	0.0085	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chr2L	7272507	7272741	chr2L:7272508-7272741	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.0258	0.068	0.0465	0.0053	0.0383	0.0247	0.0406	0.0053	0.0411	0.0801	0.0411	0.031	0.0145	0.0309	0.0145	0.0266
chr2L	7276663	7276901	chr2L:7276664-7276901	FBgn0010453	Wnt4	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0689	0.0366	0.1108	0.0589	0.018	0.0544	0.0342	0.0466	0.018	0.0839	0.1762	0.0839	0.0821	0.0505	0.1186	0.0505	0.0505
chr2L	7277091	7277294	chr2L:7277092-7277294	FBgn0010453	Wnt4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1098	0.2143	0.1638	0.0827	0.149	0.1064	0.1432	0.0827	0.2633	0.2389	0.2633	0.2045	0.1914	0.185	0.1914	0.161
chr2L	7278358	7278623	chr2L:7278359-7278623	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0586	0.0289	0.0996	0.0468	0.0106	0.0451	0.029	0.0393	0.0106	0.0537	0.146	0.0537	0.1572	0.0168	0.0658	0.0168	0.0959
chr2L	7281248	7281408	chr2L:7281249-7281408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0381	0.0541	0.0369	0.0286	0.0359	0.0506	0.0513	0.0286	0.058	0.063	0.058	0.0488	0.0436	0.0316	0.0436	0.0438
chr2L	7281552	7281733	chr2L:7281553-7281733	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1314	0.1745	0.1253	0.0838	0.1427	0.1561	0.1779	0.0838	0.2101	0.1971	0.2101	0.158	0.1279	0.1212	0.1279	0.1631
chr2L	7281982	7282155	chr2L:7281983-7282155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0422	0.0511	0.05	0.0237	0.035	0.051	0.0588	0.0753	0.035	0.0453	0.0662	0.0453	0.0403	0.0268	0.0213	0.0268	0.0313
chr2L	7282598	7282749	chr2L:7282599-7282749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0133	0.0168	0.0221	0.0021	0.0107	0.0238	0.0147	0.0021	0.0139	0.0212	0.0139	0.0155	0.0145	0.0174	0.0145	0.0521
chr2L	7288817	7288968	chr2L:7288818-7288968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0168	0.0148	0.0201	0.0155	0.0032	0.0141	0.0221	0.0227	0.0032	0.0151	0.026	0.0151	0.0287	0.0115	0.0251	0.0115	0.0219
chr2L	7289638	7289789	chr2L:7289639-7289789	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0619	0.0208	0.0078	0.0604	0.032	0.093	0.0886	0.0604	0.0187	0.0286	0.0187	0.0139	0.0107	0.0064	0.0107	0.0057
chr2L	7289946	7290162	chr2L:7289947-7290162	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0652	0.1392	0.0395	0.0107	0.1241	0.0811	0.1808	0.2298	0.1241	0.038	0.0637	0.038	0.0116	0.0077	0.0123	0.0077	0.0083
chr2L	7290289	7290569	chr2L:7290290-7290569	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0533	0.1064	0.0346	0.0145	0.0986	0.0675	0.151	0.1532	0.0986	0.0266	0.054	0.0266	0.0155	0.013	0.0239	0.013	0.0089
chr2L	7291534	7291685	chr2L:7291535-7291685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0368	0.0214	0.0056	0.0159	0.0534	0.0381	0.0426	0.0159	0.0103	0.0373	0.0103	0.0194	0.0069	0.009	0.0069	0.0063
chr2L	7293092	7293243	chr2L:7293093-7293243	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.014	0.041	0.0294	0.0032	0.0189	0.0195	0.0133	0.0032	0.0236	0.0765	0.0236	0.0178	0.0345	0.0664	0.0345	0.0214
chr2L	7293318	7293488	chr2L:7293319-7293488	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0141	0.0485	0.026	0.0042	0.0141	0.0186	0.0207	0.0042	0.0229	0.1026	0.0229	0.0093	0.013	0.0819	0.013	0.0115
chr2L	7294049	7294256	chr2L:7294050-7294256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0351	0.0308	0.0499	0.0237	0.0085	0.0374	0.0324	0.052	0.0085	0.0199	0.0974	0.0199	0.0201	0.0107	0.0696	0.0107	0.0193
chr2L	7294454	7294623	chr2L:7294455-7294623	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0317	0.0227	0.0504	0.0213	0.0032	0.0257	0.0238	0.0433	0.0032	0.0199	0.1029	0.0199	0.0147	0.0069	0.0735	0.0069	0.0109
chr2L	7294829	7295103	chr2L:7294830-7295103	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.0308	0.0607	0.0316	0.0053	0.0456	0.0333	0.0433	0.0053	0.038	0.1003	0.038	0.048	0.0123	0.0658	0.0123	0.0427
chr2L	7295141	7295536	chr2L:7295142-7295536	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0553	0.068	0.0609	0.035	0.0085	0.1199	0.0528	0.0966	0.0085	0.0393	0.0984	0.0393	0.0465	0.0145	0.0574	0.0145	0.0526
chr2L	7295603	7296051	chr2L:7295604-7296051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0686	0.0911	0.0669	0.0453	0.0074	0.1597	0.0536	0.1539	0.0074	0.0465	0.1158	0.0465	0.0318	0.0207	0.1109	0.0207	0.0505
chr2L	7296237	7296452	chr2L:7296238-7296452	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0523	0.0591	0.0614	0.0347	0.0095	0.0816	0.0411	0.1206	0.0095	0.0453	0.1071	0.0453	0.0325	0.0283	0.0716	0.0283	0.0422
chr2L	7296626	7296860	chr2L:7296627-7296860	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0466	0.084	0.042	0.0097	0.0117	0.0917	0.0489	0.2152	0.0117	0.0308	0.0736	0.0308	0.0155	0.0046	0.0239	0.0046	0.0073
chr2L	7299084	7299407	chr2L:7299085-7299407	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0477	0.0572	0.0627	0.0207	0.0286	0.0568	0.0601	0.1046	0.0286	0.035	0.1064	0.035	0.0527	0.0061	0.0464	0.0061	0.0255
chr2L	7299492	7299696	chr2L:7299493-7299696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0418	0.0732	0.0378	0.0113	0.0551	0.0743	0.093	0.0899	0.0551	0.0308	0.0585	0.0308	0.0271	0.0092	0.0181	0.0092	0.0135
chr2L	7300015	7300341	chr2L:7300016-7300341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0443	0.0809	0.0396	0.0086	0.0467	0.1248	0.0891	0.0779	0.0467	0.0628	0.046	0.0628	0.0194	0.0092	0.009	0.0092	0.0078
chr2L	7302486	7302637	chr2L:7302487-7302637	distal	distal	none	none	wg_del-wg	wg_del-wg	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0304	0.0248	0.0524	0.0124	0.0032	0.033	0.0255	0.0413	0.0032	0.0616	0.0559	0.0616	0.0349	0.013	0.0155	0.013	0.012
chr2L	7303380	7303544	chr2L:7303381-7303544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.04	0.0437	0.0522	0.0226	0.0191	0.0451	0.048	0.0799	0.0191	0.0272	0.1032	0.0272	0.0116	0.0092	0.0709	0.0092	0.0104
chr2L	7304471	7304676	chr2L:7304472-7304676	distal	distal	stage5	stage5	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0456	0.1027	0.0244	0.0052	0.0573	0.0966	0.1042	0.1839	0.0573	0.0181	0.0254	0.0181	0.0147	0.0038	0.0097	0.0038	0.0057
chr2L	7305042	7305193	chr2L:7305043-7305193	distal	distal	stage5	stage5	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0661	0.0203	0.007	0.0498	0.0563	0.093	0.0873	0.0498	0.0175	0.028	0.0175	0.0155	0.0069	0.011	0.0069	0.0068
chr2L	7305617	7305768	chr2L:7305618-7305768	distal	distal	none	none	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0869	0.0294	0.0095	0.071	0.0408	0.1847	0.062	0.071	0.032	0.0379	0.032	0.0217	0.013	0.0129	0.013	0.0083
chr2L	7306266	7306421	chr2L:7306267-7306421	distal	distal	none	none	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0578	0.0627	0.074	0.0347	0.0318	0.0675	0.0779	0.0866	0.0318	0.0477	0.1254	0.0477	0.0496	0.0329	0.0916	0.0329	0.024
chr2L	7306903	7307113	chr2L:7306904-7307113	FBgn0004009	wg	stage11,stage14,stage5	none	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2774	0.3199	0.3226	0.1803	0.2969	0.3432	0.3824	0.3664	0.2969	0.3937	0.3762	0.3937	0.3075	0.2435	0.2585	0.2435	0.235
chr2L	7309849	7310000	chr2L:7309850-7310000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0425	0.0511	0.0621	0.0113	0.0212	0.0553	0.0623	0.0773	0.0212	0.122	0.073	0.122	0.0178	0.0084	0.0219	0.0084	0.013
chr2L	7310288	7310494	chr2L:7310289-7310494	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0605	0.121	0.0476	0.0071	0.1241	0.0699	0.1955	0.1419	0.1241	0.0707	0.065	0.0707	0.0225	0.0069	0.0123	0.0069	0.0047
chr2L	7310767	7310918	chr2L:7310768-7310918	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0409	0.0754	0.0378	0.0058	0.0339	0.0612	0.0657	0.1712	0.0339	0.0266	0.0646	0.0266	0.0178	0.0038	0.0135	0.0038	0.0047
chr2L	7311024	7311175	chr2L:7311025-7311175	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0425	0.0825	0.0334	0.0079	0.0392	0.065	0.0861	0.1666	0.0392	0.0278	0.0479	0.0278	0.0232	0.0054	0.0129	0.0054	0.0078
chr2L	7311622	7311773	chr2L:7311623-7311773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0431	0.0646	0.0501	0.0113	0.0445	0.065	0.0792	0.0899	0.0445	0.0423	0.0614	0.0423	0.0829	0.0084	0.0174	0.0084	0.0151
chr2L	7312094	7312319	chr2L:7312095-7312319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.1122	0.067	0.0118	0.0944	0.1146	0.1462	0.1266	0.0944	0.096	0.0859	0.096	0.0534	0.0153	0.0206	0.0153	0.012
chr2L	7313386	7313537	chr2L:7313387-7313537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0296	0.0247	0.0367	0.0273	0.0085	0.0277	0.0234	0.0426	0.0085	0.0489	0.046	0.0489	0.0325	0.072	0.0258	0.072	0.0255
chr2L	7313723	7313903	chr2L:7313724-7313903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0246	0.0243	0.0306	0.0184	0.0053	0.0262	0.0316	0.0353	0.0053	0.0682	0.0318	0.0682	0.0108	0.059	0.0155	0.059	0.0104
chr2L	7315648	7315836	chr2L:7315649-7315836	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0561	0.0842	0.0636	0.0164	0.052	0.084	0.1073	0.1133	0.052	0.0827	0.0817	0.0827	0.0248	0.0115	0.0161	0.0115	0.0083
chr2L	7320317	7320468	chr2L:7320318-7320468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0165	0.0183	0.0253	0.0049	0.0032	0.0218	0.0234	0.0266	0.0032	0.0048	0.0441	0.0048	0.0279	0.0038	0.009	0.0038	0.0042
chr2L	7320868	7321019	chr2L:7320869-7321019	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0173	0.0214	0.0226	0.0068	0.0095	0.0277	0.0216	0.03	0.0095	0.0236	0.0318	0.0236	0.017	0.0084	0.0123	0.0084	0.0036
chr2L	7321069	7321220	chr2L:7321070-7321220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0228	0.0218	0.0074	0.0095	0.0282	0.0234	0.0346	0.0095	0.0278	0.0277	0.0278	0.0194	0.0084	0.0097	0.0084	0.0073
chr2L	7330625	7330776	chr2L:7330626-7330776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0198	0.0142	0.0234	0.0221	0.0032	0.0204	0.0186	0.012	0.0032	0.0217	0.0299	0.0217	0.0318	0.0429	0.02	0.0429	0.0266
chr2L	7332269	7332420	chr2L:7332270-7332420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0132	0.0092	0.0183	0.0121	0.0011	0.0126	0.0151	0.0073	0.0011	0.0091	0.0228	0.0091	0.0333	0.01	0.0258	0.01	0.0099
chr2L	7332669	7332894	chr2L:7332670-7332894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0169	0.0428	0.0468	0.0021	0.0257	0.0242	0.0127	0.0021	0.0236	0.0489	0.0236	0.0968	0.0812	0.0593	0.0812	0.0573
chr2L	7333088	7333274	chr2L:7333089-7333274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0455	0.0173	0.0461	0.0765	0.0064	0.0296	0.019	0.014	0.0064	0.0356	0.0466	0.0356	0.1061	0.1554	0.0825	0.1554	0.0917
chr2L	7333536	7333754	chr2L:7333537-7333754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0448	0.0182	0.0449	0.0744	0.0042	0.0296	0.0229	0.0147	0.0042	0.0465	0.0479	0.0465	0.0891	0.1462	0.0729	0.1462	0.1053
chr2L	7339630	7339823	chr2L:7339631-7339823	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.027	0.0182	0.0461	0.0159	0.0042	0.0243	0.026	0.02	0.0042	0.0272	0.0659	0.0272	0.0775	0.0161	0.0329	0.0161	0.0162
chr2L	7340177	7340423	chr2L:7340178-7340423	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0745	0.0378	0.1189	0.0668	0.018	0.0568	0.0363	0.05	0.018	0.0996	0.1849	0.0996	0.1232	0.1539	0.1064	0.1539	0.0433
chr2L	7340551	7340741	chr2L:7340552-7340741	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0505	0.0194	0.0714	0.0621	0.0064	0.0306	0.0234	0.0193	0.0064	0.0755	0.1045	0.0755	0.0689	0.1838	0.0819	0.1838	0.024
chr2L	7352825	7352976	chr2L:7352826-7352976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.0177	0.0184	0.0146	0.0074	0.017	0.0294	0.0153	0.0074	0.0169	0.0251	0.0169	0.0155	0.0123	0.029	0.0123	0.0151
chr2L	7353434	7353647	chr2L:7353435-7353647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.022	0.0136	0.0246	0.0284	0.0011	0.0131	0.0234	0.0153	0.0011	0.0187	0.0357	0.0187	0.0279	0.0161	0.0458	0.0161	0.0495
chr2L	7353718	7353979	chr2L:7353719-7353979	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.024	0.0145	0.0319	0.0259	0.0074	0.015	0.0234	0.014	0.0074	0.0229	0.0498	0.0229	0.0318	0.0153	0.0471	0.0153	0.0417
chr2L	7354795	7354994	chr2L:7354796-7354994	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0304	0.0229	0.0565	0.01	0.0042	0.0223	0.0221	0.0486	0.0042	0.0187	0.1158	0.0187	0.0209	0.0069	0.0277	0.0069	0.0042
chr2L	7355335	7355486	chr2L:7355336-7355486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.015	0.0182	0.0195	0.0064	0.0085	0.017	0.0247	0.0247	0.0085	0.0127	0.0334	0.0127	0.0124	0.0084	0.011	0.0084	0.0052
chr2L	7355628	7355779	chr2L:7355629-7355779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0162	0.0221	0.0211	0.0042	0.0106	0.0248	0.0316	0.026	0.0106	0.0079	0.0395	0.0079	0.0124	0.0054	0.0084	0.0054	0.0026
chr2L	7355840	7355991	chr2L:7355841-7355991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.014	0.0158	0.0203	0.0052	0.0085	0.016	0.0199	0.0247	0.0085	0.0157	0.035	0.0157	0.0085	0.0061	0.0071	0.0061	0.0047
chr2L	7358832	7359001	chr2L:7358833-7359001	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.024	0.008	0.0171	0.0493	0.0021	0.0078	0.0134	0.0073	0.0021	0.0139	0.0145	0.0139	0.0139	0.0628	0.0142	0.0628	0.0203
chr2L	7361305	7361456	chr2L:7361306-7361456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.015	0.014	0.0204	0.0103	0.0021	0.0107	0.026	0.0153	0.0021	0.0133	0.026	0.0133	0.0116	0.0054	0.0071	0.0054	0.0052
chr2L	7362986	7363200	chr2L:7362987-7363200	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0212	0.0165	0.0142	0.0138	0.0175	0.0303	0.0313	0.0138	0.0121	0.0161	0.0121	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0063
chr2L	7375684	7375835	chr2L:7375685-7375835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0098	0.0228	0.0181	0.0053	0.0112	0.013	0.0127	0.0053	0.026	0.0206	0.026	0.0457	0.0061	0.0148	0.0061	0.0464
chr2L	7386535	7386830	chr2L:7386536-7386830	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0435	0.0573	0.0468	0.0245	0.0498	0.065	0.0657	0.0673	0.0498	0.0827	0.0437	0.0827	0.0457	0.036	0.0168	0.036	0.0344
chr2L	7387114	7387377	chr2L:7387115-7387377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0376	0.0635	0.0415	0.0233	0.0607	0.0342	0.0413	0.0233	0.096	0.0569	0.096	0.0953	0.0651	0.0264	0.0651	0.0703
chr2L	7387696	7387847	chr2L:7387697-7387847	FBgn0031904	CG5149	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0329	0.0595	0.0366	0.017	0.0495	0.0316	0.042	0.017	0.0725	0.0659	0.0725	0.0713	0.0406	0.0426	0.0406	0.038
chr2L	7387922	7388113	chr2L:7387923-7388113	FBgn0031904,FBgn0031905	CG5149,CG5155	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.0895	0.1258	0.0841	0.0541	0.1049	0.1021	0.1199	0.0541	0.151	0.1415	0.151	0.1123	0.0735	0.0961	0.0735	0.0891
chr2L	7388180	7388366	chr2L:7388181-7388366	FBgn0031904,FBgn0031905	CG5149,CG5155	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1325	0.1099	0.1698	0.1168	0.0742	0.1354	0.1224	0.1419	0.0742	0.2053	0.1884	0.2053	0.1596	0.1225	0.1206	0.1225	0.1475
chr2L	7397227	7397378	chr2L:7397228-7397378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.013	0.0092	0.0129	0.0173	0.0042	0.0073	0.0143	0.012	0.0042	0.0109	0.0161	0.0109	0.0186	0.0345	0.0193	0.0345	0.0156
chr2L	7398687	7398864	chr2L:7398688-7398864	FBgn0031906	CG5160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0382	0.0258	0.0373	0.0532	0.0148	0.0282	0.035	0.0273	0.0148	0.0356	0.0389	0.0356	0.0651	0.0681	0.0761	0.0681	0.0625
chr2L	7402993	7403144	chr2L:7402994-7403144	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0121	0.0118	0.0167	0.0053	0.0092	0.0229	0.0113	0.0053	0.0085	0.0148	0.0085	0.0186	0.0092	0.0129	0.0092	0.0386
chr2L	7405063	7405214	chr2L:7405064-7405214	FBgn0031908	CG5177	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0165	0.0168	0.0287	0.0042	0.017	0.0285	0.0147	0.0042	0.0181	0.0199	0.0181	0.0209	0.1087	0.0084	0.1087	0.012
chr2L	7406492	7406643	chr2L:7406493-7406643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.0092	0.0098	0.0217	0.0053	0.0097	0.013	0.0087	0.0053	0.0139	0.01	0.0139	0.0101	0.072	0.009	0.072	0.0125
chr2L	7407741	7407951	chr2L:7407742-7407951	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0328	0.0236	0.0299	0.0462	0.0127	0.0238	0.035	0.0233	0.0127	0.0574	0.0286	0.0574	0.0271	0.1753	0.0245	0.1753	0.0229
chr2L	7409414	7409635	chr2L:7409415-7409635	FBgn0031909	CG5181	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0504	0.042	0.0582	0.0512	0.017	0.0481	0.0519	0.0566	0.017	0.0725	0.0653	0.0725	0.0542	0.0704	0.0567	0.0704	0.0615
chr2L	7409697	7409880	chr2L:7409698-7409880	FBgn0031909	CG5181	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0627	0.0881	0.0783	0.053	0.0757	0.067	0.0759	0.053	0.1039	0.1023	0.1039	0.079	0.0995	0.0793	0.0995	0.1006
chr2L	7410031	7410182	chr2L:7410032-7410182	FBgn0031909	CG5181	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0243	0.0186	0.0274	0.0272	0.0074	0.0233	0.0234	0.0207	0.0074	0.0296	0.0299	0.0296	0.0318	0.0237	0.0232	0.0237	0.0479
chr2L	7411565	7411904	chr2L:7411566-7411904	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0601	0.0669	0.0397	0.018	0.0689	0.0917	0.0593	0.018	0.0876	0.0723	0.0876	0.0604	0.0482	0.0374	0.0482	0.0479
chr2L	7412311	7412503	chr2L:7412312-7412503	FBgn0028387	chm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.0998	0.1392	0.092	0.0689	0.115	0.1233	0.1179	0.0689	0.1715	0.1453	0.1715	0.1433	0.0957	0.1025	0.0957	0.1146
chr2L	7412580	7412790	chr2L:7412581-7412790	FBgn0028387	chm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0516	0.0608	0.0398	0.0212	0.0529	0.0757	0.0633	0.0212	0.0731	0.0617	0.0731	0.0705	0.0391	0.0419	0.0391	0.0479
chr2L	7418457	7418718	chr2L:7418458-7418718	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0782	0.0957	0.0647	0.0734	0.0573	0.0961	0.0995	0.1639	0.0573	0.0411	0.0685	0.0411	0.1177	0.0352	0.098	0.0352	0.0782
chr2L	7419701	7419891	chr2L:7419702-7419891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0664	0.0774	0.0549	0.0666	0.0424	0.0816	0.0913	0.1113	0.0424	0.0628	0.0534	0.0628	0.048	0.0544	0.0264	0.0544	0.05
chr2L	7419986	7420336	chr2L:7419987-7420336	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.102	0.1011	0.0906	0.1156	0.0636	0.115	0.112	0.1446	0.0636	0.0954	0.0772	0.0954	0.1022	0.1003	0.0477	0.1003	0.1063
chr2L	7420559	7420713	chr2L:7420560-7420713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0231	0.0245	0.0334	0.0106	0.0184	0.0359	0.032	0.0106	0.0254	0.0167	0.0254	0.0132	0.01	0.011	0.01	0.0156
chr2L	7421021	7421176	chr2L:7421022-7421176	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.0241	0.0272	0.0334	0.0053	0.0306	0.0294	0.0293	0.0053	0.0266	0.0209	0.0266	0.0287	0.0107	0.0148	0.0107	0.0193
chr2L	7422537	7422776	chr2L:7422538-7422776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0541	0.0376	0.0522	0.0748	0.0159	0.0403	0.048	0.048	0.0159	0.0386	0.0569	0.0386	0.096	0.0842	0.1206	0.0842	0.0766
chr2L	7423502	7423668	chr2L:7423503-7423668	FBgn0264439	CR43857	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0546	0.0314	0.0707	0.0629	0.0074	0.0422	0.0437	0.032	0.0074	0.0833	0.0582	0.0833	0.1332	0.0919	0.0477	0.0919	0.0907
chr2L	7424979	7425169	chr2L:7424980-7425169	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.03	0.0471	0.0641	0.0191	0.0311	0.0415	0.036	0.0191	0.0284	0.0598	0.0284	0.0852	0.0651	0.0993	0.0651	0.0891
chr2L	7425777	7426026	chr2L:7425778-7426026	FBgn0262453,FBgn0262458	mir-275,mir-305	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0634	0.0471	0.083	0.06	0.0233	0.0592	0.0497	0.0666	0.0233	0.0785	0.1058	0.0785	0.1084	0.0651	0.0986	0.0651	0.0589
chr2L	7426308	7426459	chr2L:7426309-7426459	FBgn0031912,FBgn0262458	CG5261,mir-305	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.048	0.0339	0.0581	0.0525	0.017	0.0422	0.0355	0.0493	0.017	0.0737	0.0669	0.0737	0.0658	0.0773	0.0567	0.0773	0.0636
chr2L	7426544	7426720	chr2L:7426545-7426720	FBgn0031912	CG5261	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1218	0.0955	0.1406	0.1305	0.0551	0.1243	0.1034	0.1193	0.0551	0.1733	0.1608	0.1733	0.1387	0.1455	0.1431	0.1455	0.1516
chr2L	7426901	7427089	chr2L:7426902-7427089	FBgn0031912	CG5261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1535	0.1199	0.1865	0.1549	0.0689	0.1675	0.1142	0.1506	0.0689	0.2385	0.208	0.2385	0.1844	0.1646	0.167	0.1646	0.2032
chr2L	7427177	7427412	chr2L:7427178-7427412	FBgn0031912	CG5261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0668	0.1234	0.0848	0.0191	0.0913	0.0727	0.0913	0.0191	0.157	0.1437	0.157	0.1154	0.1118	0.0916	0.1118	0.1094
chr2L	7427439	7427831	chr2L:7427440-7427831	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.083	0.0634	0.0996	0.0868	0.0318	0.0714	0.077	0.0899	0.0318	0.1286	0.1026	0.1286	0.117	0.0926	0.0716	0.0926	0.1595
chr2L	7432316	7432518	chr2L:7432317-7432518	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0179	0.0274	0.0521	0.0095	0.0223	0.0238	0.016	0.0095	0.0151	0.0196	0.0151	0.0899	0.0222	0.0226	0.0222	0.1506
chr2L	7433085	7433237	chr2L:7433086-7433237	FBgn0031913	CG5958	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0121	0.017	0.0279	0.0032	0.0136	0.019	0.0127	0.0032	0.0139	0.0093	0.0139	0.0511	0.0092	0.0161	0.0092	0.0771
chr2L	7433494	7433703	chr2L:7433495-7433703	FBgn0031913	CG5958	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0299	0.0157	0.025	0.0512	0.0042	0.0194	0.029	0.0093	0.0042	0.0127	0.0132	0.0127	0.093	0.0145	0.0116	0.0145	0.16
chr2L	7434337	7434488	chr2L:7434338-7434488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.009	0.011	0.0233	0.0021	0.0107	0.0125	0.01	0.0021	0.0103	0.0087	0.0103	0.0271	0.0107	0.0052	0.0107	0.0709
chr2L	7436937	7437088	chr2L:7436938-7437088	FBgn0031914	CG5973	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0209	0.0095	0.0119	0.0434	0.0032	0.0126	0.013	0.0093	0.0032	0.0054	0.0113	0.0054	0.0318	0.0077	0.0645	0.0077	0.086
chr2L	7437280	7437462	chr2L:7437281-7437462	FBgn0031914	CG5973	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0235	0.0087	0.0124	0.0522	0.0032	0.0097	0.0125	0.0113	0.0032	0.0042	0.0122	0.0042	0.0318	0.0092	0.0832	0.0092	0.086
chr2L	7437830	7437981	chr2L:7437831-7437981	FBgn0031914	CG5973	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0113	0.0081	0.009	0.0174	0.0042	0.0053	0.0134	0.0087	0.0042	0.0024	0.0103	0.0024	0.0139	0.0015	0.0368	0.0015	0.012
chr2L	7440305	7440456	chr2L:7440306-7440456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0107	0.0069	0.0142	0.0111	0.0011	0.0073	0.0099	0.01	0.0011	0.0103	0.0125	0.0103	0.0403	0.0046	0.0058	0.0046	0.0297
chr2L	7440565	7440716	chr2L:7440566-7440716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0087	0.0154	0.0221	0.0042	0.0107	0.0134	0.0073	0.0042	0.0127	0.0129	0.0127	0.0387	0.0061	0.0064	0.0061	0.0667
chr2L	7440779	7440930	chr2L:7440780-7440930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0102	0.0141	0.0294	0.0064	0.0107	0.0147	0.0107	0.0064	0.0109	0.0125	0.0109	0.0333	0.0115	0.0155	0.0115	0.0844
chr2L	7442298	7442449	chr2L:7442299-7442449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0095	0.0077	0.0082	0.013	0.0042	0.0053	0.0121	0.01	0.0042	0.0054	0.0116	0.0054	0.0116	0.0061	0.029	0.0061	0.0151
chr2L	7447611	7447762	chr2L:7447612-7447762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0111	0.017	0.0214	0.0085	0.0102	0.0156	0.0127	0.0085	0.0193	0.0167	0.0193	0.0287	0.0168	0.0226	0.0168	0.0422
chr2L	7447842	7448029	chr2L:7447843-7448029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0241	0.0409	0.0471	0.0117	0.0238	0.0298	0.034	0.0117	0.0465	0.0418	0.0465	0.0666	0.0452	0.0606	0.0452	0.0839
chr2L	7448100	7448274	chr2L:7448101-7448274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0367	0.0273	0.0395	0.0441	0.0106	0.0282	0.0376	0.032	0.0106	0.0423	0.0383	0.0423	0.0728	0.0406	0.0535	0.0406	0.0818
chr2L	7452005	7452156	chr2L:7452006-7452156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0222	0.0283	0.022	0.0117	0.0238	0.029	0.024	0.0117	0.0229	0.0392	0.0229	0.0387	0.0199	0.0219	0.0199	0.0313
chr2L	7452227	7452393	chr2L:7452228-7452393	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0395	0.0542	0.0433	0.017	0.0466	0.0493	0.0486	0.017	0.0531	0.0691	0.0531	0.0651	0.0398	0.0503	0.0398	0.0599
chr2L	7459559	7459710	chr2L:7459560-7459710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.016	0.0162	0.0124	0.0085	0.0194	0.0208	0.018	0.0085	0.0109	0.0161	0.0109	0.0349	0.0115	0.0155	0.0115	0.0214
chr2L	7459866	7460017	chr2L:7459867-7460017	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.0146	0.0216	0.0111	0.0053	0.0175	0.0216	0.0153	0.0053	0.0103	0.018	0.0103	0.0666	0.0077	0.0071	0.0077	0.0229
chr2L	7466139	7466594	chr2L:7466140-7466594	FBgn0031918	CG6055	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0711	0.0715	0.0893	0.0506	0.0509	0.0694	0.09	0.0979	0.0509	0.0399	0.1643	0.0399	0.0434	0.0107	0.1721	0.0107	0.0219
chr2L	7470360	7470511	chr2L:7470361-7470511	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT3764.1	VT3764.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0223	0.019	0.012	0.0064	0.0228	0.0303	0.0293	0.0064	0.0163	0.0315	0.0163	0.0147	0.0046	0.0284	0.0046	0.0099
chr2L	7483668	7483856	chr2L:7483669-7483856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0197	0.026	0.0288	0.0064	0.0262	0.0298	0.0167	0.0064	0.0519	0.0193	0.0519	0.0325	0.0881	0.0123	0.0881	0.0193
chr2L	7491458	7491609	chr2L:7491459-7491609	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0326	0.0491	0.0316	0.0152	0.0329	0.0335	0.0727	0.07	0.0329	0.0121	0.0527	0.0121	0.0403	0.0107	0.0374	0.0107	0.0104
chr2L	7494050	7494258	chr2L:7494051-7494258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0174	0.0334	0.0283	0.0064	0.0218	0.0234	0.0207	0.0064	0.0266	0.0305	0.0266	0.0782	0.0145	0.0271	0.0145	0.0651
chr2L	7494679	7494893	chr2L:7494680-7494893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.0328	0.0802	0.0614	0.0085	0.0471	0.0346	0.046	0.0085	0.0682	0.1225	0.0682	0.0837	0.0475	0.1109	0.0475	0.0928
chr2L	7495357	7495847	chr2L:7495358-7495847	FBgn0260486	CG42533	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1992	0.2296	0.208	0.1555	0.1909	0.2228	0.266	0.3225	0.1909	0.2277	0.2617	0.2277	0.1689	0.1256	0.2257	0.1256	0.0995
chr2L	7496245	7496523	chr2L:7496246-7496523	FBgn0260486	CG42533	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2333	0.1862	0.291	0.2227	0.1251	0.232	0.1821	0.2612	0.1251	0.3744	0.3257	0.3744	0.2804	0.2443	0.2489	0.2443	0.2637
chr2L	7496809	7497026	chr2L:7496810-7497026	FBgn0011283	Pbprp5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0548	0.0518	0.074	0.037	0.0191	0.0655	0.064	0.066	0.0191	0.0864	0.0846	0.0864	0.0829	0.0467	0.0496	0.0467	0.0391
chr2L	7498344	7498519	chr2L:7498345-7498519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0431	0.0659	0.0437	0.017	0.0626	0.0641	0.0943	0.0633	0.0626	0.0465	0.0495	0.0465	0.0372	0.0115	0.0187	0.0115	0.0281
chr2L	7503074	7503354	chr2L:7503075-7503354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.043	0.0524	0.0386	0.0276	0.0544	0.0471	0.0553	0.0276	0.0628	0.0598	0.0628	0.0426	0.0406	0.0393	0.0406	0.0401
chr2L	7505581	7505904	chr2L:7505582-7505904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0464	0.0525	0.0566	0.0283	0.0414	0.0675	0.0506	0.0686	0.0414	0.0809	0.0621	0.0809	0.0449	0.023	0.0458	0.023	0.025
chr2L	7507515	7507887	chr2L:7507516-7507887	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0635	0.0588	0.0834	0.0471	0.035	0.0665	0.064	0.0879	0.035	0.1745	0.0695	0.1745	0.0604	0.0911	0.0406	0.0911	0.0573
chr2L	7508912	7509135	chr2L:7508913-7509135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0389	0.0411	0.0459	0.0287	0.0244	0.05	0.0402	0.064	0.0244	0.0731	0.0502	0.0731	0.0418	0.0398	0.049	0.0398	0.0229
chr2L	7511376	7511527	chr2L:7511377-7511527	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0299	0.0286	0.0167	0.0265	0.0311	0.032	0.0473	0.0265	0.0217	0.0412	0.0217	0.0271	0.0046	0.0554	0.0046	0.0068
chr2L	7512519	7512670	chr2L:7512520-7512670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.03	0.0472	0.0296	0.0113	0.0297	0.0437	0.0653	0.062	0.0297	0.0199	0.0469	0.0199	0.0116	0.0084	0.0181	0.0084	0.0073
chr2L	7512795	7512994	chr2L:7512796-7512994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0548	0.0801	0.0613	0.0195	0.0445	0.0777	0.096	0.1292	0.0445	0.0417	0.092	0.0417	0.031	0.0123	0.0258	0.0123	0.0125
chr2L	7513060	7513399	chr2L:7513061-7513399	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0687	0.0747	0.0943	0.0338	0.0308	0.0859	0.0817	0.1119	0.0308	0.0707	0.136	0.0707	0.0782	0.0176	0.0406	0.0176	0.0412
chr2L	7513450	7513601	chr2L:7513451-7513601	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0394	0.0508	0.0207	0.018	0.0466	0.0428	0.0546	0.018	0.0525	0.0662	0.0525	0.0503	0.0107	0.029	0.0107	0.0255
chr2L	7515082	7515233	chr2L:7515083-7515233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.0496	0.0454	0.0196	0.0361	0.0408	0.0623	0.0766	0.0361	0.0435	0.0662	0.0435	0.0271	0.013	0.0342	0.013	0.0167
chr2L	7515362	7515531	chr2L:7515363-7515531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0444	0.0598	0.0499	0.0212	0.0339	0.0505	0.0696	0.1053	0.0339	0.038	0.0762	0.038	0.0318	0.0084	0.0464	0.0084	0.0135
chr2L	7516425	7516632	chr2L:7516426-7516632	distal	distal	stage11	stage11	Rapgap1_802bp_CRM,VT3784.1	Rapgap1_802bp_CRM,VT3784.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0531	0.0801	0.0627	0.0124	0.0498	0.1005	0.077	0.1126	0.0498	0.1286	0.0633	0.1286	0.0294	0.0161	0.011	0.0161	0.0151
chr2L	7518420	7518598	chr2L:7518421-7518598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0439	0.052	0.057	0.0206	0.0361	0.0583	0.0541	0.0813	0.0361	0.0344	0.1023	0.0344	0.0217	0.0145	0.0438	0.0145	0.0167
chr2L	7519009	7519259	chr2L:7519010-7519259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0373	0.0475	0.0423	0.0206	0.0318	0.05	0.0558	0.064	0.0318	0.0368	0.0383	0.0368	0.0829	0.013	0.0174	0.013	0.0391
chr2L	7519740	7519996	chr2L:7519741-7519996	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1023	0.1917	0.0872	0.0189	0.2025	0.1515	0.2595	0.2398	0.2025	0.0942	0.1296	0.0942	0.0426	0.0153	0.0303	0.0153	0.0203
chr2L	7520381	7520582	chr2L:7520382-7520582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0448	0.0685	0.0472	0.0157	0.0488	0.0665	0.0804	0.1013	0.0488	0.0562	0.0605	0.0562	0.031	0.0191	0.0174	0.0191	0.0162
chr2L	7522385	7522700	chr2L:7522386-7522700	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0516	0.0527	0.0635	0.0373	0.0318	0.0752	0.051	0.0626	0.0318	0.1105	0.0646	0.1105	0.0465	0.0574	0.06	0.0574	0.0292
chr2L	7522799	7522950	chr2L:7522800-7522950	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.031	0.0334	0.0373	0.0214	0.0201	0.0432	0.0372	0.0406	0.0201	0.0483	0.0447	0.0483	0.0232	0.0253	0.0413	0.0253	0.0156
chr2L	7525367	7525518	chr2L:7525368-7525518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0327	0.038	0.0423	0.0164	0.0212	0.0481	0.0389	0.0506	0.0212	0.0284	0.035	0.0284	0.1115	0.0145	0.0155	0.0145	0.0287
chr2L	7526236	7526494	chr2L:7526237-7526494	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1421	0.2058	0.1635	0.0475	0.1898	0.2316	0.2076	0.2831	0.1898	0.1528	0.2186	0.1528	0.1998	0.0605	0.0516	0.0605	0.0724
chr2L	7527117	7527409	chr2L:7527118-7527409	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1107	0.1321	0.1362	0.0588	0.052	0.2248	0.0973	0.1772	0.052	0.2228	0.1395	0.2228	0.1309	0.1072	0.0716	0.1072	0.0594
chr2L	7527948	7528099	chr2L:7527949-7528099	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0499	0.0506	0.0558	0.0426	0.0297	0.0752	0.0506	0.0586	0.0297	0.0574	0.0717	0.0574	0.0689	0.0421	0.0754	0.0421	0.0547
chr2L	7528385	7528536	chr2L:7528386-7528536	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0436	0.0401	0.0482	0.0423	0.0244	0.0544	0.0433	0.044	0.0244	0.0562	0.0547	0.0562	0.0589	0.0337	0.0542	0.0337	0.0756
chr2L	7530492	7530673	chr2L:7530493-7530673	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2136	0.1776	0.268	0.1941	0.1453	0.2612	0.1458	0.2199	0.1453	0.3629	0.2936	0.3629	0.2742	0.2175	0.2424	0.2175	0.2413
chr2L	7530842	7531011	chr2L:7530843-7531011	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1664	0.1229	0.2142	0.1627	0.0944	0.183	0.0999	0.1572	0.0944	0.2748	0.2453	0.2748	0.2308	0.1723	0.1921	0.1723	0.2215
chr2L	7532512	7532746	chr2L:7532513-7532746	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1233	0.154	0.1471	0.0629	0.1241	0.1869	0.1894	0.1579	0.1241	0.1775	0.1852	0.1775	0.134	0.1317	0.0928	0.1317	0.0396
chr2L	7532927	7533279	chr2L:7532928-7533279	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1415	0.1635	0.175	0.0802	0.1156	0.2112	0.1734	0.2052	0.1156	0.1787	0.2344	0.1787	0.1619	0.1371	0.1373	0.1371	0.0516
chr2L	7533991	7534142	chr2L:7533992-7534142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0486	0.0948	0.0416	0.0255	0.067	0.0441	0.0686	0.0255	0.1129	0.1174	0.1129	0.0899	0.0352	0.0619	0.0352	0.061
chr2L	7534149	7534344	chr2L:7534150-7534344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.078	0.0687	0.1175	0.0451	0.0424	0.0913	0.0649	0.0959	0.0424	0.1461	0.1399	0.1461	0.1069	0.0467	0.0587	0.0467	0.0427
chr2L	7535017	7535205	chr2L:7535018-7535205	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1755	0.1514	0.222	0.1514	0.0923	0.1859	0.1786	0.1785	0.0923	0.2923	0.2322	0.2923	0.2401	0.1746	0.1734	0.1746	0.1886
chr2L	7537306	7537457	chr2L:7537307-7537457	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0401	0.0324	0.0723	0.0132	0.0095	0.0495	0.0385	0.034	0.0095	0.2071	0.0457	0.2071	0.0201	0.0161	0.0168	0.0161	0.0094
chr2L	7539006	7539293	chr2L:7539007-7539293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0515	0.0643	0.0683	0.0188	0.0244	0.0748	0.0662	0.1059	0.0244	0.0984	0.0801	0.0984	0.0294	0.0061	0.0161	0.0061	0.0115
chr2L	7539969	7540120	chr2L:7539970-7540120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0322	0.0553	0.0278	0.0113	0.0414	0.0306	0.0956	0.0706	0.0414	0.0229	0.0367	0.0229	0.0132	0.0046	0.0103	0.0046	0.0052
chr2L	7543980	7544206	chr2L:7543981-7544206	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1264	0.1985	0.1338	0.0376	0.1845	0.1733	0.2513	0.2678	0.1845	0.1304	0.1926	0.1304	0.086	0.0306	0.0509	0.0306	0.0344
chr2L	7544359	7544550	chr2L:7544360-7544550	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.2143	0.2514	0.2558	0.1273	0.1909	0.267	0.2894	0.3344	0.1909	0.2784	0.2881	0.2784	0.2386	0.0812	0.1534	0.0812	0.1751
chr2L	7544649	7544897	chr2L:7544650-7544897	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1317	0.1347	0.1751	0.0808	0.0795	0.1534	0.1522	0.1945	0.0795	0.131	0.2077	0.131	0.1673	0.0352	0.1109	0.0352	0.1167
chr2L	7545301	7545471	chr2L:7545302-7545471	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0473	0.0513	0.0632	0.0253	0.0244	0.0461	0.0679	0.0806	0.0244	0.0266	0.1196	0.0266	0.0271	0.0107	0.0722	0.0107	0.013
chr2L	7545521	7545851	chr2L:7545522-7545851	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.072	0.0657	0.0959	0.0528	0.035	0.0534	0.0856	0.1126	0.035	0.0314	0.1814	0.0314	0.0426	0.0107	0.1651	0.0107	0.0208
chr2L	7546045	7546196	chr2L:7546046-7546196	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0176	0.0283	0.0269	0.0095	0.0131	0.0238	0.0253	0.0095	0.0127	0.0428	0.0127	0.0108	0.0061	0.0567	0.0061	0.0099
chr2L	7547027	7547178	chr2L:7547028-7547178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0075	0.0141	0.0294	0.0032	0.0112	0.0104	0.006	0.0032	0.0115	0.0074	0.0115	0.0101	0.0077	0.0103	0.0077	0.0151
chr2L	7547385	7547536	chr2L:7547386-7547536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0101	0.0122	0.0167	0.0032	0.0146	0.0138	0.0087	0.0032	0.0133	0.0106	0.0133	0.0108	0.0031	0.0077	0.0031	0.0104
chr2L	7560586	7560751	chr2L:7560587-7560751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.008	0.0152	0.0253	0.0011	0.0087	0.0143	0.0067	0.0011	0.0199	0.017	0.0199	0.0178	0.0521	0.0432	0.0521	0.0156
chr2L	7560960	7561111	chr2L:7560961-7561111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0131	0.0096	0.014	0.016	0	0.0121	0.0156	0.0093	0	0.0145	0.018	0.0145	0.0132	0.0314	0.0155	0.0314	0.0224
chr2L	7564810	7564984	chr2L:7564811-7564984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0204	0.0132	0.0275	0.0207	0.0127	0.018	0.0143	0.0133	0.0127	0.0229	0.045	0.0229	0.0132	0.0536	0.0232	0.0536	0.0094
chr2L	7565161	7565346	chr2L:7565162-7565346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.022	0.0096	0.0316	0.0255	0.0042	0.0112	0.0091	0.016	0.0042	0.0242	0.0534	0.0242	0.0147	0.0658	0.0277	0.0658	0.0141
chr2L	7565418	7565681	chr2L:7565419-7565681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0193	0.0282	0.0221	0.0032	0.0277	0.0216	0.0253	0.0032	0.0187	0.045	0.0187	0.017	0.026	0.038	0.026	0.0162
chr2L	7566213	7566364	chr2L:7566214-7566364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.0126	0.0157	0.0181	0.0042	0.0126	0.0195	0.016	0.0042	0.0139	0.0222	0.0139	0.0108	0.0268	0.0374	0.0268	0.0063
chr2L	7566574	7566725	chr2L:7566575-7566725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0165	0.0085	0.0124	0.0301	0.0011	0.0087	0.0121	0.0107	0.0011	0.0139	0.0154	0.0139	0.0116	0.0949	0.0309	0.0949	0.0104
chr2L	7566914	7567065	chr2L:7566915-7567065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0075	0.011	0.0274	0	0.0092	0.0134	0.0053	0	0.0109	0.0138	0.0109	0.0077	0.0911	0.0245	0.0911	0.012
chr2L	7569511	7569797	chr2L:7569512-7569797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0284	0.0238	0.0368	0.0244	0.0127	0.0301	0.0342	0.0207	0.0127	0.029	0.0514	0.029	0.0287	0.0199	0.0245	0.0199	0.0156
chr2L	7573572	7573723	chr2L:7573573-7573723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0123	0.0244	0.0265	0.0011	0.0165	0.019	0.012	0.0011	0.0145	0.0357	0.0145	0.0248	0.01	0.0625	0.01	0.0297
chr2L	7575400	7575551	chr2L:7575401-7575551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0211	0.012	0.0286	0.0231	0.0042	0.0165	0.0134	0.012	0.0042	0.0187	0.0476	0.0187	0.0263	0.0306	0.0426	0.0306	0.0224
chr2L	7576471	7576773	chr2L:7576472-7576773	FBgn0085403	Rapgap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1351	0.0571	0.1619	0.1929	0.0286	0.0864	0.0588	0.0666	0.0286	0.195	0.1682	0.195	0.2448	0.1815	0.2353	0.1815	0.2871
chr2L	7576912	7577115	chr2L:7576913-7577115	FBgn0085403	Rapgap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1074	0.053	0.1359	0.1369	0.0212	0.0888	0.0463	0.0606	0.0212	0.1775	0.1338	0.1775	0.2045	0.1669	0.1715	0.1669	0.2032
chr2L	7577168	7577350	chr2L:7577169-7577350	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0891	0.0593	0.116	0.0927	0.0265	0.0956	0.0489	0.0779	0.0265	0.1341	0.1058	0.1341	0.213	0.098	0.0941	0.098	0.1579
chr2L	7577659	7577886	chr2L:7577660-7577886	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0718	0.042	0.1003	0.0739	0.0191	0.0621	0.0389	0.0566	0.0191	0.1021	0.0955	0.1021	0.213	0.0452	0.0825	0.0452	0.1516
chr2L	7578916	7579067	chr2L:7578917-7579067	FBgn0031923	CG13791	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0055	0.0192	0.0246	0.0042	0.0049	0.0069	0.0067	0.0042	0.0139	0.0199	0.0139	0.0426	0.01	0.0206	0.01	0.0646
chr2L	7582372	7582523	chr2L:7582373-7582523	FBgn0083141	Spn7	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0175	0.0233	0.0212	0.007	0.0276	0.016	0.0324	0.0286	0.0276	0.0187	0.0315	0.0187	0.0116	0.0061	0.011	0.0061	0.0047
chr2L	7584690	7584893	chr2L:7584691-7584893	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0301	0.0383	0.0412	0.0088	0.017	0.0563	0.0303	0.062	0.017	0.0851	0.0457	0.0851	0.0124	0.0092	0.0058	0.0092	0.0026
chr2L	7585080	7585312	chr2L:7585081-7585312	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.0679	0.0673	0.0104	0.0148	0.0893	0.0675	0.1119	0.0148	0.096	0.0961	0.096	0.017	0.0115	0.0129	0.0115	0.0104
chr2L	7587038	7587189	chr2L:7587039-7587189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0067	0.0127	0.0125	0.0032	0.0058	0.0117	0.006	0.0032	0.0163	0.0132	0.0163	0.0062	0.01	0.0064	0.01	0.0042
chr2L	7587312	7587463	chr2L:7587313-7587463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0071	0.0095	0.0106	0.0032	0.0063	0.0117	0.0073	0.0032	0.0121	0.0077	0.0121	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr2L	7587908	7588059	chr2L:7587909-7588059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0085	0.0079	0.0107	0.0068	0.0042	0.0073	0.0134	0.006	0.0042	0.0024	0.0048	0.0024	0.0031	0.0015	0.0032	0.0015	0.001
chr2L	7588905	7589056	chr2L:7588906-7589056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0137	0.0126	0.0079	0.0074	0.0121	0.0199	0.018	0.0074	0.0079	0.0138	0.0079	0.0062	0.0038	0.0019	0.0038	0.0026
chr2L	7590252	7590403	chr2L:7590253-7590403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0207	0.0239	0.0274	0.0097	0.0064	0.0199	0.0303	0.0433	0.0064	0.0163	0.027	0.0163	0.0271	0.0031	0.0058	0.0031	0.0094
chr2L	7590564	7590743	chr2L:7590565-7590743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0318	0.0312	0.0103	0.0085	0.0233	0.0523	0.0433	0.0085	0.0254	0.0248	0.0254	0.0155	0.0054	0.0071	0.0054	0.0083
chr2L	7591018	7591316	chr2L:7591019-7591316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0616	0.083	0.0799	0.0174	0.0445	0.0937	0.0878	0.1326	0.0445	0.096	0.0913	0.096	0.0248	0.0107	0.0239	0.0107	0.0099
chr2L	7591481	7591738	chr2L:7591482-7591738	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0405	0.053	0.048	0.0184	0.0308	0.0413	0.0709	0.0826	0.0308	0.0459	0.0595	0.0459	0.0178	0.013	0.029	0.013	0.013
chr2L	7591795	7592099	chr2L:7591796-7592099	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0379	0.0422	0.0449	0.0252	0.0255	0.0354	0.0519	0.0726	0.0255	0.032	0.0482	0.032	0.0209	0.0153	0.0284	0.0153	0.0167
chr2L	7592561	7592712	chr2L:7592562-7592712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0172	0.0247	0.0192	0.0068	0.0159	0.016	0.0446	0.0253	0.0159	0.0151	0.0222	0.0151	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr2L	7592952	7593151	chr2L:7592953-7593151	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0445	0.0683	0.044	0.0184	0.0382	0.0447	0.1051	0.0993	0.0382	0.0338	0.065	0.0338	0.024	0.0176	0.0284	0.0176	0.0182
chr2L	7596695	7596964	chr2L:7596696-7596964	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0647	0.0358	0.1047	0.0532	0.0138	0.0612	0.0307	0.0406	0.0138	0.1473	0.1428	0.1473	0.0674	0.0636	0.0858	0.0636	0.0662
chr2L	7597134	7597339	chr2L:7597135-7597339	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0454	0.0209	0.0687	0.0473	0.0042	0.0408	0.0164	0.0247	0.0042	0.0942	0.0952	0.0942	0.0457	0.0567	0.0858	0.0567	0.0495
chr2L	7608194	7608345	chr2L:7608195-7608345	FBgn0031926	CG6739	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0064	0.0141	0.022	0.0021	0.0058	0.0087	0.0093	0.0021	0.0097	0.0219	0.0097	0.0139	0.0031	0.0787	0.0031	0.0089
chr2L	7611334	7611500	chr2L:7611335-7611500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0202	0.0354	0.0184	0.0052	0.0244	0.0248	0.0532	0.05	0.0244	0.0127	0.0257	0.0127	0.0147	0.0015	0.0097	0.0015	0.0047
chr2L	7616163	7616315	chr2L:7616164-7616315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0179	0.0185	0.0256	0.0106	0.0199	0.0303	0.0093	0.0106	0.0109	0.0248	0.0109	0.0093	0.0413	0.0251	0.0413	0.0297
chr2L	7616722	7616946	chr2L:7616723-7616946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0404	0.0615	0.0352	0.018	0.0451	0.0515	0.0546	0.018	0.0278	0.0833	0.0278	0.0325	0.0153	0.0471	0.0153	0.049
chr2L	7617125	7617276	chr2L:7617126-7617276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0227	0.0161	0.0348	0.017	0.0095	0.0214	0.0182	0.018	0.0095	0.0121	0.0405	0.0121	0.0209	0.0038	0.02	0.0038	0.0229
chr2L	7617285	7617436	chr2L:7617286-7617436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0156	0.027	0.0089	0.0021	0.0194	0.0177	0.022	0.0021	0.0072	0.0228	0.0072	0.0108	0.0031	0.0064	0.0031	0.0068
chr2L	7617511	7617662	chr2L:7617512-7617662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.014	0.0218	0.0077	0.0032	0.0165	0.0169	0.0207	0.0032	0.006	0.017	0.006	0.0062	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2L	7618529	7618878	chr2L:7618530-7618878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.027	0.035	0.0329	0.0116	0.0053	0.0553	0.032	0.05	0.0053	0.0236	0.0318	0.0236	0.0108	0.0061	0.0135	0.0061	0.0078
chr2L	7618980	7619131	chr2L:7618981-7619131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0146	0.015	0.018	0.0103	0.0021	0.0218	0.0186	0.0167	0.0021	0.0157	0.0164	0.0157	0.0116	0.0038	0.0148	0.0038	0.0042
chr2L	7619140	7619291	chr2L:7619141-7619291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0156	0.023	0.0142	0.0042	0.0155	0.0212	0.0233	0.0042	0.0163	0.026	0.0163	0.0163	0.0061	0.0174	0.0061	0.0083
chr2L	7619731	7619927	chr2L:7619732-7619927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0322	0.0365	0.0134	0.0011	0.0534	0.0281	0.048	0.0011	0.0296	0.0376	0.0296	0.0163	0.0084	0.0174	0.0084	0.0094
chr2L	7620758	7621045	chr2L:7620759-7621045	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0273	0.0401	0.0305	0.0095	0.0095	0.0515	0.0415	0.064	0.0095	0.0314	0.0341	0.0314	0.0163	0.0084	0.009	0.0084	0.0083
chr2L	7622351	7622511	chr2L:7622352-7622511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0226	0.0153	0.0352	0.017	0.0032	0.0175	0.0212	0.0193	0.0032	0.0229	0.0389	0.0229	0.0403	0.0153	0.0271	0.0153	0.0219
chr2L	7622889	7623040	chr2L:7622890-7623040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0155	0.0208	0.0082	0.0011	0.0146	0.0216	0.0253	0.0011	0.0066	0.0135	0.0066	0.0093	8e-04	0.0052	8e-04	0.0052
chr2L	7624145	7624296	chr2L:7624146-7624296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.027	0.0275	0.0134	0.0201	0.0272	0.0368	0.0293	0.0201	0.0399	0.027	0.0399	0.0108	0.0061	0.0142	0.0061	0.0063
chr2L	7624467	7624914	chr2L:7624468-7624914	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0583	0.0607	0.077	0.0352	0.035	0.0762	0.0787	0.0593	0.035	0.1093	0.0595	0.1093	0.0519	0.0268	0.0297	0.0268	0.0307
chr2L	7625822	7625973	chr2L:7625823-7625973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.016	0.0141	0.0266	0.0065	0.0021	0.0189	0.0186	0.0167	0.0021	0.0109	0.0154	0.0109	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0068
chr2L	7626584	7626735	chr2L:7626585-7626735	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0187	0.0132	0.0175	0.026	0.0064	0.0165	0.0177	0.0167	0.0064	0.0217	0.0151	0.0217	0.0217	0.0306	0.0155	0.0306	0.0469
chr2L	7628324	7628682	chr2L:7628325-7628682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0502	0.0297	0.0633	0.0588	0.0106	0.0408	0.0372	0.0346	0.0106	0.0525	0.0595	0.0525	0.1294	0.1348	0.0309	0.1348	0.0698
chr2L	7632547	7632896	chr2L:7632548-7632896	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0679	0.0996	0.0703	0.0298	0.0954	0.0714	0.1414	0.1352	0.0954	0.0278	0.0936	0.0278	0.0333	0.0061	0.0464	0.0061	0.0193
chr2L	7633091	7633313	chr2L:7633092-7633313	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0732	0.1011	0.0857	0.0283	0.0668	0.0791	0.1419	0.1506	0.0668	0.0199	0.1617	0.0199	0.0263	0.0061	0.0716	0.0061	0.0172
chr2L	7635068	7635323	chr2L:7635069-7635323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0308	0.0406	0.0319	0.0185	0.018	0.0505	0.0402	0.0633	0.018	0.0217	0.0328	0.0217	0.0178	0.0115	0.0168	0.0115	0.0094
chr2L	7635479	7635630	chr2L:7635480-7635630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0196	0.0285	0.0199	0.0092	0.0138	0.0383	0.0268	0.0446	0.0138	0.0169	0.0212	0.0169	0.0093	0.0145	0.0084	0.0145	0.0052
chr2L	7639684	7640023	chr2L:7639685-7640023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0408	0.0526	0.0478	0.0198	0.0265	0.0859	0.0411	0.0686	0.0265	0.0429	0.0469	0.0429	0.0271	0.0161	0.0168	0.0161	0.0146
chr2L	7640028	7640179	chr2L:7640029-7640179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0214	0.0278	0.026	0.0092	0.0064	0.0529	0.0199	0.0306	0.0064	0.0242	0.0299	0.0242	0.0147	0.0069	0.0077	0.0069	0.0089
chr2L	7640187	7640338	chr2L:7640188-7640338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0201	0.0264	0.0239	0.0088	0.0095	0.049	0.0212	0.0306	0.0095	0.0236	0.027	0.0236	0.0124	0.0061	0.0097	0.0061	0.0073
chr2L	7640606	7640776	chr2L:7640607-7640776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0266	0.0366	0.0335	0.0078	0.0106	0.0549	0.0398	0.0453	0.0106	0.0386	0.0248	0.0386	0.0139	0.0061	0.0052	0.0061	0.0057
chr2L	7640901	7641152	chr2L:7640902-7641152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0367	0.0581	0.0373	0.0123	0.0297	0.0621	0.0584	0.0993	0.0297	0.0229	0.0289	0.0229	0.0124	0.0046	0.0045	0.0046	0.0057
chr2L	7641330	7641521	chr2L:7641331-7641521	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.0365	0.0452	0.0178	0.0085	0.0413	0.0467	0.05	0.0085	0.0284	0.0302	0.0284	0.0263	0.0084	0.0123	0.0084	0.0115
chr2L	7641692	7641891	chr2L:7641693-7641891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0628	0.0578	0.0753	0.0547	0.0308	0.0748	0.0696	0.068	0.0308	0.0996	0.0727	0.0996	0.0674	0.0574	0.0619	0.0574	0.0636
chr2L	7642004	7642185	chr2L:7642005-7642185	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.039	0.0494	0.0308	0.0201	0.0437	0.0571	0.0393	0.0201	0.0568	0.0514	0.0568	0.0503	0.0299	0.0309	0.0299	0.0386
chr2L	7674674	7674825	chr2L:7674675-7674825	FBgn0264087	Slob	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0057	0.0046	0.0131	0.0032	0.0073	0.0091	0.0033	0.0032	0.0036	0.0042	0.0036	0.0031	0.0038	0.0142	0.0038	0.0063
chr2L	7675154	7675332	chr2L:7675155-7675332	FBgn0264087	Slob	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.009	0.0103	0.0362	0.0095	0.0087	0.0134	0.0067	0.0095	0.0066	0.0084	0.0066	0.0155	0.0168	0.0245	0.0168	0.0344
chr2L	7675669	7675854	chr2L:7675670-7675854	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0061	0.008	0.043	0.0042	0.0053	0.0095	0.006	0.0042	0.0048	0.0061	0.0048	0.0124	0.0191	0.0297	0.0191	0.0667
chr2L	7701527	7701699	chr2L:7701528-7701699	FBgn0041182	TepII	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0182	0.0749	0.0706	0.0074	0.0238	0.0255	0.014	0.0074	0.0411	0.1196	0.0411	0.0868	0.013	0.1399	0.013	0.1287
chr2L	7702101	7702437	chr2L:7702102-7702437	FBgn0041181	TepIII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0236	0.0334	0.0397	0.018	0.0218	0.0402	0.0187	0.018	0.0181	0.0498	0.0181	0.0496	0.0153	0.0812	0.0153	0.0521
chr2L	7702604	7702861	chr2L:7702605-7702861	FBgn0041181	TepIII	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0465	0.0303	0.0352	0.0771	0.0276	0.0291	0.0454	0.0273	0.0276	0.0187	0.0534	0.0187	0.0503	0.0391	0.1876	0.0391	0.0766
chr2L	7710844	7710995	chr2L:7710845-7710995	FBgn0012018,FBgn0031934	Ntl,tRNA:Y1:28C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0101	0.0091	0.0079	0.0136	0.0053	0.0063	0.0164	0.0073	0.0053	0.0066	0.01	0.0066	0.007	0.0398	0.0097	0.0398	0.0068
chr2L	7711294	7711524	chr2L:7711295-7711524	FBgn0012018,FBgn0031934	Ntl,tRNA:Y1:28C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0202	0.0123	0.0123	0.0377	0.0074	0.0117	0.0225	0.008	0.0074	0.0121	0.0125	0.0121	0.0108	0.108	0.0226	0.108	0.0167
chr2L	7726281	7726432	chr2L:7726282-7726432	FBgn0031937	CG13795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0109	0.0076	0.0112	0.0142	0.0032	0.0053	0.0164	0.0047	0.0032	0.0121	0.0119	0.0121	0.0147	0.0031	0.0052	0.0031	0.0401
chr2L	7726658	7726809	chr2L:7726659-7726809	FBgn0031937	CG13795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0116	0.0092	0.01	0.0159	0.0042	0.0058	0.0186	0.0073	0.0042	0.0091	0.0109	0.0091	0.0186	0.0054	0.0058	0.0054	0.0448
chr2L	7772055	7772206	chr2L:7772056-7772206	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0235	0.0369	0.0195	0.0128	0.0148	0.0641	0.0402	0.0306	0.0148	0.0199	0.0212	0.0199	0.0279	0.0092	0.0155	0.0092	0.0203
chr2L	7782320	7782510	chr2L:7782321-7782510	FBgn0031947	CG7154	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0394	0.037	0.0511	0.0291	0.018	0.0383	0.051	0.048	0.018	0.0694	0.0524	0.0694	0.0457	0.0306	0.0432	0.0306	0.0276
chr2L	7782776	7782950	chr2L:7782777-7782950	FBgn0031947	CG7154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1243	0.1108	0.1499	0.1114	0.0742	0.1335	0.1298	0.1372	0.0742	0.1812	0.1608	0.1812	0.1603	0.1302	0.1141	0.1302	0.1219
chr2L	7783011	7783208	chr2L:7783012-7783208	FBgn0031947	CG7154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1213	0.1145	0.1429	0.1051	0.0774	0.1364	0.1397	0.1352	0.0774	0.1715	0.1579	0.1715	0.1456	0.1172	0.1038	0.1172	0.1292
chr2L	7786487	7786638	chr2L:7786488-7786638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0258	0.0363	0.0256	0.0142	0.0223	0.032	0.0549	0.044	0.0223	0.0344	0.027	0.0344	0.0279	0.0092	0.0116	0.0092	0.0271
chr2L	7790452	7790738	chr2L:7790453-7790738	FBgn0031948	CG7149	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0634	0.0521	0.0536	0.0869	0.0392	0.0553	0.0787	0.0473	0.0392	0.0429	0.0386	0.0429	0.1495	0.0276	0.029	0.0276	0.2465
chr2L	7790954	7791112	chr2L:7790955-7791112	FBgn0031948	CG7149	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0226	0.0227	0.0372	0.0127	0.0223	0.035	0.022	0.0127	0.0169	0.0209	0.0169	0.0565	0.0077	0.0116	0.0077	0.1141
chr2L	7795929	7796080	chr2L:7795930-7796080	FBgn0025687	LKR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0169	0.0232	0.0333	0.0095	0.0165	0.0272	0.0187	0.0095	0.0223	0.0235	0.0223	0.0496	0.0107	0.0142	0.0107	0.0964
chr2L	7799112	7799263	chr2L:7799113-7799263	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0345	0.0359	0.0262	0.0233	0.0393	0.0437	0.0373	0.0233	0.0326	0.036	0.0326	0.0612	0.0283	0.0148	0.0283	0.0474
chr2L	7799724	7799907	chr2L:7799725-7799907	FBgn0031950,FBgn0031951	Herp,r2d2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1789	0.1685	0.209	0.1576	0.1686	0.1908	0.183	0.2059	0.1686	0.2403	0.2341	0.2403	0.2239	0.1616	0.1534	0.1616	0.2053
chr2L	7800030	7800201	chr2L:7800031-7800201	FBgn0031950,FBgn0031951	Herp,r2d2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2515	0.2254	0.2923	0.2359	0.1877	0.2583	0.2452	0.2898	0.1877	0.3496	0.3203	0.3496	0.3083	0.2496	0.2302	0.2496	0.2814
chr2L	7800301	7800484	chr2L:7800302-7800484	FBgn0031950,FBgn0031951	Herp,r2d2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1423	0.1171	0.175	0.1344	0.0912	0.1437	0.1198	0.1552	0.0912	0.2295	0.1881	0.2295	0.1743	0.1508	0.1193	0.1508	0.173
chr2L	7809129	7809510	chr2L:7809130-7809510	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1076	0.0708	0.119	0.1362	0.0318	0.1286	0.0623	0.0706	0.0318	0.1153	0.117	0.1153	0.2363	0.1945	0.167	0.1945	0.1761
chr2L	7809642	7809902	chr2L:7809643-7809902	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1327	0.0435	0.1227	0.2434	0.017	0.0748	0.0463	0.0393	0.017	0.1075	0.128	0.1075	0.2301	0.2802	0.2772	0.2802	0.285
chr2L	7809984	7810135	chr2L:7809985-7810135	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0249	0.0808	0.1338	0.0074	0.0413	0.029	0.0187	0.0074	0.093	0.074	0.093	0.1541	0.17	0.138	0.17	0.1772
chr2L	7810620	7810840	chr2L:7810621-7810840	FBgn0031952	cdc14	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1312	0.0795	0.15	0.1684	0.0488	0.1	0.0891	0.0993	0.0488	0.2083	0.1595	0.2083	0.1797	0.2006	0.1779	0.2006	0.2236
chr2L	7811026	7811200	chr2L:7811027-7811200	FBgn0031952,FBgn0261800	LanB1,cdc14	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.077	0.1312	0.099	0.0456	0.1019	0.0761	0.1073	0.0456	0.1655	0.1511	0.1655	0.1394	0.1302	0.1167	0.1302	0.1298
chr2L	7811314	7811601	chr2L:7811315-7811601	FBgn0261800	LanB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2314	0.1725	0.2996	0.2225	0.0997	0.2447	0.1587	0.2398	0.0997	0.4161	0.3379	0.4161	0.3253	0.3109	0.2837	0.3109	0.2996
chr2L	7811821	7812007	chr2L:7811822-7812007	FBgn0261800	LanB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1436	0.1132	0.2015	0.1142	0.0657	0.183	0.0973	0.1326	0.0657	0.3056	0.2087	0.3056	0.2579	0.1562	0.1425	0.1562	0.1532
chr2L	7813422	7813573	chr2L:7813423-7813573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0568	0.0304	0.0766	0.0645	0.0074	0.0544	0.0281	0.032	0.0074	0.0978	0.0579	0.0978	0.1689	0.0735	0.0303	0.0735	0.1428
chr2L	7813730	7813921	chr2L:7813731-7813921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0494	0.0236	0.0623	0.0642	0.0095	0.0427	0.0247	0.0173	0.0095	0.0755	0.0431	0.0755	0.1619	0.0544	0.0219	0.0544	0.1647
chr2L	7814191	7814342	chr2L:7814192-7814342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0341	0.0201	0.0372	0.0465	0.0064	0.032	0.0234	0.0207	0.0064	0.0465	0.0286	0.0465	0.0829	0.0352	0.0116	0.0352	0.1287
chr2L	7820545	7820727	chr2L:7820546-7820727	FBgn0027515	CG7115	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0434	0.0308	0.0326	0.0286	0.0427	0.0636	0.042	0.0286	0.0386	0.0322	0.0386	0.0387	0.0283	0.0271	0.0283	0.0433
chr2L	7821008	7821336	chr2L:7821009-7821336	FBgn0027515	CG7115	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0747	0.0646	0.0835	0.0765	0.0392	0.0767	0.0709	0.0866	0.0392	0.0936	0.1	0.0936	0.0999	0.0758	0.0703	0.0758	0.1245
chr2L	7821406	7821590	chr2L:7821407-7821590	FBgn0027515	CG7115	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.121	0.0963	0.1411	0.1264	0.0764	0.115	0.0921	0.1392	0.0764	0.163	0.1566	0.163	0.1704	0.1447	0.1302	0.1447	0.1683
chr2L	7821637	7821859	chr2L:7821638-7821859	FBgn0027515	CG7115	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1027	0.0698	0.1268	0.1131	0.0509	0.0932	0.064	0.0933	0.0509	0.1781	0.1318	0.1781	0.1363	0.1692	0.1038	0.1692	0.1511
chr2L	7827163	7827348	chr2L:7827164-7827348	FBgn0004177,FBgn0020618	Rack1,mts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1671	0.1431	0.2075	0.1497	0.088	0.1947	0.1492	0.1732	0.088	0.282	0.2193	0.282	0.1851	0.1577	0.1676	0.1577	0.1683
chr2L	7827683	7827863	chr2L:7827684-7827863	FBgn0004177,FBgn0020618	Rack1,mts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2302	0.198	0.2712	0.2211	0.1516	0.2456	0.2106	0.2525	0.1516	0.3333	0.2952	0.3333	0.2541	0.2351	0.2289	0.2351	0.2579
chr2L	7827947	7828147	chr2L:7827948-7828147	FBgn0004177	mts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.139	0.1816	0.1383	0.0859	0.1592	0.1548	0.1945	0.0859	0.2083	0.2032	0.2083	0.1751	0.1225	0.1676	0.1225	0.1595
chr2L	7828290	7828488	chr2L:7828291-7828488	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3073	0.2809	0.3536	0.286	0.2195	0.3335	0.3036	0.3518	0.2195	0.4336	0.3775	0.4336	0.3354	0.2825	0.2882	0.2825	0.3309
chr2L	7828632	7829223	chr2L:7828633-7829223	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2761	0.2176	0.3367	0.275	0.105	0.3126	0.2037	0.2978	0.105	0.413	0.3624	0.413	0.361	0.3361	0.3005	0.3361	0.3429
chr2L	7832897	7833079	chr2L:7832898-7833079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0548	0.0632	0.0661	0.033	0.035	0.0631	0.0692	0.1053	0.035	0.0713	0.09	0.0713	0.0426	0.0222	0.0148	0.0222	0.0214
chr2L	7833506	7833659	chr2L:7833507-7833659	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0298	0.0243	0.0395	0.0253	0.0064	0.034	0.0251	0.0326	0.0064	0.0622	0.0447	0.0622	0.0279	0.0436	0.0193	0.0436	0.0297
chr2L	7833726	7833958	chr2L:7833727-7833958	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0298	0.0194	0.0412	0.0287	0.0074	0.0267	0.0208	0.0253	0.0074	0.0767	0.0405	0.0767	0.024	0.0459	0.0258	0.0459	0.0323
chr2L	7834892	7835043	chr2L:7834893-7835043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0086	0.0095	0.0128	0.0011	0.0121	0.0125	0.008	0.0011	0.0085	0.0129	0.0085	0.0039	0.01	0.009	0.01	0.0036
chr2L	7838478	7838629	chr2L:7838479-7838629	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.006	0.0058	0.0091	0.0032	0.0078	0.0087	0.004	0.0032	0.0048	0.0058	0.0048	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr2L	7838806	7838957	chr2L:7838807-7838957	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0207	0.0122	0.0155	0.0191	0.0228	0.0303	0.0173	0.0191	0.0151	0.0125	0.0151	0.0039	0.0031	0.0045	0.0031	0.0078
chr2L	7843905	7844056	chr2L:7843906-7844056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0072	0.0072	0.0145	0.0011	0.0073	0.0125	0.0067	0.0011	0.0085	0.0042	0.0085	0.0031	8e-04	0.0032	8e-04	0.0016
chr2L	7844546	7844781	chr2L:7844547-7844781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0133	0.0259	0.0319	0.0095	0.0131	0.0203	0.0127	0.0095	0.0356	0.0209	0.0356	0.0209	0.01	0.0052	0.01	0.0167
chr2L	7849772	7849923	chr2L:7849773-7849923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0083	0.0093	0.0163	0.0011	0.0097	0.0117	0.008	0.0011	0.0097	0.01	0.0097	0.0085	0.0084	0.0026	0.0084	0.0078
chr2L	7850324	7850475	chr2L:7850325-7850475	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.01	0.0113	0.0244	0.0042	0.0112	0.0169	0.0073	0.0042	0.0091	0.0122	0.0091	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0083
chr2L	7854862	7855037	chr2L:7854863-7855037	FBgn0031955	CG14535	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0296	0.0227	0.0339	0.0327	0.0127	0.0218	0.0272	0.0326	0.0127	0.0211	0.0434	0.0211	0.0209	0.0054	0.0245	0.0054	0.012
chr2L	7855240	7855493	chr2L:7855241-7855493	FBgn0031955	CG14535	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0996	0.0801	0.1293	0.0888	0.0562	0.0913	0.077	0.1173	0.0562	0.0543	0.2161	0.0543	0.1022	0.01	0.1502	0.01	0.0328
chr2L	7856502	7856695	chr2L:7856503-7856695	FBgn0040099	lectin-28C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0336	0.0536	0.0422	0.0191	0.0481	0.0355	0.0446	0.0191	0.0489	0.0688	0.0489	0.0689	0.0352	0.0561	0.0352	0.0537
chr2L	7857775	7857926	chr2L:7857776-7857926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0264	0.0183	0.0131	0.018	0.0335	0.035	0.026	0.018	0.0217	0.018	0.0217	0.0225	0.0084	0.0123	0.0084	0.0141
chr2L	7858159	7858354	chr2L:7858160-7858354	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0495	0.0404	0.0116	0.0286	0.0704	0.0575	0.0506	0.0286	0.038	0.0395	0.038	0.0798	0.0077	0.0077	0.0077	0.0182
chr2L	7858416	7858567	chr2L:7858417-7858567	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0246	0.0324	0.0301	0.0099	0.0085	0.0524	0.0363	0.0326	0.0085	0.0229	0.0238	0.0229	0.0782	0.0084	0.0064	0.0084	0.0188
chr2L	7861944	7862095	chr2L:7861945-7862095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0112	0.0143	0.0163	0.0032	0.0107	0.0216	0.008	0.0032	0.0127	0.0196	0.0127	0.0101	0.0038	0.0516	0.0038	0.0078
chr2L	7867303	7867460	chr2L:7867304-7867460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0128	0.0213	0.0276	0.0011	0.0131	0.0212	0.0153	0.0011	0.0103	0.0122	0.0103	0.0039	0.0046	0.0026	0.0046	0.0078
chr2L	7868072	7868223	chr2L:7868073-7868223	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0116	0.0131	0.0146	0.0011	0.0102	0.0182	0.016	0.0011	0.0072	0.0109	0.0072	0.0147	0.0046	0.0071	0.0046	0.0052
chr2L	7868346	7868497	chr2L:7868347-7868497	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0108	0.017	0.0149	0.0011	0.0112	0.0199	0.01	0.0011	0.0091	0.0219	0.0091	0.0147	0.0054	0.0084	0.0054	0.0078
chr2L	7871501	7871652	chr2L:7871502-7871652	FBgn0045038	Proct	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0105	0.0129	0.0142	0.0074	0.0053	0.0208	0.0113	0.0074	0.0133	0.0158	0.0133	0.0101	0.0115	0.0071	0.0115	0.0036
chr2L	7872182	7872630	chr2L:7872183-7872630	FBgn0011861	tRNA:G3:28D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0457	0.0328	0.0472	0.0586	0.0148	0.0325	0.0532	0.0333	0.0148	0.0254	0.0646	0.0254	0.0488	0.0482	0.0522	0.0482	0.0547
chr2L	7872699	7872916	chr2L:7872700-7872916	FBgn0011861	tRNA:G3:28D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0473	0.0333	0.0411	0.0698	0.0265	0.033	0.0471	0.034	0.0265	0.0266	0.0418	0.0266	0.0798	0.075	0.0619	0.075	0.1021
chr2L	7876869	7877096	chr2L:7876870-7877096	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0317	0.0297	0.0456	0.0188	0.0117	0.0282	0.0372	0.0513	0.0117	0.0447	0.065	0.0447	0.0349	0.0084	0.0535	0.0084	0.0109
chr2L	7877323	7877474	chr2L:7877324-7877474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.027	0.0261	0.0116	0.0148	0.0311	0.0268	0.044	0.0148	0.0229	0.0367	0.0229	0.0225	0.01	0.0245	0.01	0.0068
chr2L	7880339	7880490	chr2L:7880340-7880490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0211	0.0232	0.0185	0.0074	0.0175	0.0333	0.0293	0.0074	0.0121	0.0441	0.0121	0.0139	0.0023	0.06	0.0023	0.0099
chr2L	7880610	7880786	chr2L:7880611-7880786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0228	0.0336	0.0341	0.0085	0.0267	0.0268	0.036	0.0085	0.0175	0.0624	0.0175	0.0209	0.0069	0.1154	0.0069	0.0151
chr2L	7885119	7885305	chr2L:7885120-7885305	FBgn0083968,FBgn0261790	CG34132,SmE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0947	0.0981	0.1121	0.0717	0.071	0.1029	0.1289	0.1213	0.071	0.1479	0.1206	0.1479	0.1092	0.0704	0.0729	0.0704	0.0891
chr2L	7885391	7885599	chr2L:7885392-7885599	FBgn0083968,FBgn0261790	CG34132,SmE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1752	0.1653	0.2041	0.1546	0.123	0.1947	0.2003	0.1932	0.123	0.2391	0.2241	0.2391	0.2184	0.1631	0.1612	0.1631	0.1892
chr2L	7885746	7885979	chr2L:7885747-7885979	FBgn0083968,FBgn0261790	CG34132,SmE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.0877	0.1179	0.092	0.0583	0.101	0.1029	0.1126	0.0583	0.119	0.1389	0.119	0.127	0.0949	0.1006	0.0949	0.1193
chr2L	7886066	7886233	chr2L:7886067-7886233	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1187	0.1104	0.1393	0.1054	0.0657	0.1223	0.1263	0.1619	0.0657	0.1425	0.1691	0.1425	0.1363	0.1118	0.1057	0.1118	0.1298
chr2L	7886321	7886583	chr2L:7886322-7886583	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0739	0.0768	0.0897	0.0535	0.0361	0.0767	0.0943	0.1219	0.0361	0.09	0.1116	0.09	0.0813	0.0628	0.049	0.0628	0.0677
chr2L	7887141	7887313	chr2L:7887142-7887313	FBgn0031961	CG7102	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0638	0.0689	0.0881	0.0315	0.0286	0.0709	0.0683	0.1299	0.0286	0.0242	0.1727	0.0242	0.0496	0.0138	0.098	0.0138	0.013
chr2L	7887446	7887611	chr2L:7887447-7887611	FBgn0031961	CG7102	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0741	0.0965	0.0918	0.0298	0.0774	0.0786	0.1051	0.1765	0.0774	0.032	0.1839	0.032	0.0426	0.0138	0.0993	0.0138	0.0115
chr2L	7890519	7890670	chr2L:7890520-7890670	FBgn0053121	Spn28Db	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0373	0.0391	0.0448	0.0272	0.0244	0.0413	0.048	0.0573	0.0244	0.0423	0.054	0.0423	0.0542	0.0406	0.0303	0.0406	0.0307
chr2L	7890807	7890995	chr2L:7890808-7890995	FBgn0053121	Spn28Db	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1053	0.1073	0.122	0.0847	0.0859	0.1131	0.1254	0.1446	0.0859	0.1322	0.1479	0.1322	0.127	0.1225	0.1006	0.1225	0.0938
chr2L	7911254	7911405	chr2L:7911255-7911405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0132	0.0083	0.0138	0.0178	0.0042	0.0078	0.0173	0.004	0.0042	0.0103	0.0167	0.0103	0.0163	0.049	0.0097	0.049	0.0078
chr2L	7912741	7912892	chr2L:7912742-7912892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0095	0.0104	0.033	0.0064	0.0083	0.0156	0.0087	0.0064	0.0151	0.0093	0.0151	0.0124	0.121	0.0213	0.121	0.0104
chr2L	7913138	7913301	chr2L:7913139-7913301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0191	0.013	0.0113	0.0345	0.0053	0.0092	0.0212	0.016	0.0053	0.0163	0.0113	0.0163	0.0116	0.108	0.029	0.108	0.0125
chr2L	7915100	7915275	chr2L:7915101-7915275	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0501	0.0441	0.0467	0.0604	0.0223	0.0437	0.0627	0.0493	0.0223	0.0531	0.0524	0.0531	0.055	0.1279	0.0471	0.1279	0.0537
chr2L	7925360	7925518	chr2L:7925361-7925518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0139	0.0086	0.0123	0.0217	0.0021	0.0073	0.0151	0.0087	0.0021	0.0133	0.0109	0.0133	0.0116	0.0337	0.0052	0.0337	0.0083
chr2L	7925699	7925946	chr2L:7925700-7925946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0217	0.0096	0.0166	0.0408	0.0042	0.0078	0.016	0.0107	0.0042	0.0205	0.0141	0.0205	0.0116	0.0681	0.0084	0.0681	0.013
chr2L	7926544	7926695	chr2L:7926545-7926695	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0114	0.0097	0.0085	0.0164	0.0085	0.0058	0.016	0.012	0.0085	0.0048	0.01	0.0048	0.0163	0.0176	0.0077	0.0176	0.0307
chr2L	7932236	7932387	chr2L:7932237-7932387	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0049	0.0047	0.0199	0.0021	0.0039	0.0099	0.0027	0.0021	0.0042	0.0051	0.0042	0.0046	0.0092	0.0039	0.0092	0.0042
chr2L	7933010	7933161	chr2L:7933011-7933161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0164	0.0087	0.0096	0.0324	0.0032	0.0039	0.0177	0.012	0.0032	0.0097	0.0074	0.0097	0.0101	0.0077	0.0052	0.0077	0.0104
chr2L	7933216	7933367	chr2L:7933217-7933367	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0079	0.0108	0.0313	0.0064	0.0044	0.0138	0.008	0.0064	0.0091	0.0093	0.0091	0.0124	0.0084	0.0052	0.0084	0.0109
chr2L	7936567	7936718	chr2L:7936568-7936718	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0047	0.0063	0.0214	0	0.0034	0.0091	0.006	0	0.0048	0.0071	0.0048	0.0015	0.01	6e-04	0.01	0.0036
chr2L	7940588	7940843	chr2L:7940589-7940843	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0131	0.0164	0.0446	0.0053	0.0136	0.0242	0.0093	0.0053	0.0151	0.0167	0.0151	0.0186	0.0283	0.0129	0.0283	0.0234
chr2L	7956727	7956878	chr2L:7956728-7956878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0161	0.0066	0.0103	0.033	0.0011	0.0058	0.013	0.006	0.0011	0.0109	0.0103	0.0109	0.0178	0.0069	0.0503	0.0069	0.0651
chr2L	7956914	7957065	chr2L:7956915-7957065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0167	0.0067	0.0114	0.0336	0.0011	0.0068	0.0121	0.0067	0.0011	0.0085	0.0154	0.0085	0.0163	0.01	0.0645	0.01	0.0542
chr2L	7957401	7957557	chr2L:7957402-7957557	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0115	0.019	0.0333	0.0053	0.0102	0.0199	0.0113	0.0053	0.0097	0.0286	0.0097	0.0232	0.0253	0.0645	0.0253	0.0433
chr2L	7960910	7961061	chr2L:7960911-7961061	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0061	0.0108	0.0284	0.0042	0.0097	0.0082	0.0033	0.0042	0.0072	0.0068	0.0072	0.0364	0.01	0.0058	0.01	0.086
chr2L	7961150	7961301	chr2L:7961151-7961301	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0102	0.0131	0.0267	0.0053	0.0126	0.0156	0.0087	0.0053	0.0079	0.0113	0.0079	0.0364	0.0138	0.0077	0.0138	0.0709
chr2L	7965759	7965910	chr2L:7965760-7965910	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0121	0.0113	0.0115	0.0136	0.0064	0.0126	0.019	0.0093	0.0064	0.0097	0.0077	0.0097	0.0263	0.0161	0.011	0.0161	0.0224
chr2L	7965994	7966145	chr2L:7965995-7966145	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.008	0.006	0.0067	0.0117	0	0.0049	0.0108	0.0067	0	0.006	0.0026	0.006	0.0178	0.0176	0.0064	0.0176	0.0229
chr2L	7966586	7966886	chr2L:7966587-7966886	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0274	0.0204	0.0236	0.0393	0.0095	0.0209	0.0311	0.0227	0.0095	0.0254	0.0212	0.0254	0.0356	0.0482	0.0548	0.0482	0.0505
chr2L	7973691	7973842	chr2L:7973692-7973842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0092	0.0082	0.0107	0.0032	0.0087	0.0169	0.0087	0.0032	0.0091	0.0093	0.0091	0.0046	0.0069	0.0039	0.0069	0.0089
chr2L	7976782	7976961	chr2L:7976783-7976961	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0948	0.0652	0.1044	0.1174	0.0339	0.0772	0.0865	0.074	0.0339	0.1014	0.1042	0.1014	0.151	0.1386	0.1044	0.1386	0.1501
chr2L	7984171	7984368	chr2L:7984172-7984368	FBgn0031968,FBgn0085450	CG7231,Snoo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1735	0.141	0.2016	0.1789	0.0997	0.1762	0.1548	0.1672	0.0997	0.2566	0.2164	0.2566	0.2022	0.1953	0.1599	0.1953	0.2204
chr2L	7984541	7984755	chr2L:7984542-7984755	FBgn0085450	Snoo	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0409	0.059	0.0486	0.018	0.0417	0.051	0.06	0.018	0.0725	0.0653	0.0725	0.0604	0.0467	0.0419	0.0467	0.0657
chr2L	7984810	7984961	chr2L:7984811-7984961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0203	0.0298	0.0284	0.0074	0.0209	0.029	0.0253	0.0074	0.0248	0.035	0.0248	0.0411	0.0391	0.0206	0.0391	0.037
chr2L	7985123	7985355	chr2L:7985124-7985355	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0417	0.0621	0.0829	0.0191	0.0524	0.0536	0.0466	0.0191	0.0598	0.0576	0.0598	0.0782	0.1286	0.0361	0.1286	0.086
chr2L	7985538	7985689	chr2L:7985539-7985689	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0301	0.0273	0.034	0.0288	0.0106	0.0335	0.0355	0.0346	0.0106	0.0356	0.0357	0.0356	0.0411	0.0314	0.0168	0.0314	0.05
chr2L	7991571	7991904	chr2L:7991572-7991904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.187	0.1375	0.2622	0.1599	0.07	0.1947	0.1272	0.1845	0.07	0.3605	0.2817	0.3605	0.3075	0.1723	0.1663	0.1723	0.2986
chr2L	7992369	7992520	chr2L:7992370-7992520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0445	0.0427	0.0534	0.0368	0.0233	0.0519	0.0519	0.046	0.0233	0.0658	0.0588	0.0658	0.0689	0.0283	0.0297	0.0283	0.0599
chr2L	7992915	7993066	chr2L:7992916-7993066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.04	0.0322	0.0473	0.0408	0.0095	0.0451	0.035	0.042	0.0095	0.0495	0.0543	0.0495	0.055	0.0138	0.0419	0.0138	0.0469
chr2L	7993210	7993361	chr2L:7993211-7993361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0369	0.0302	0.0348	0.0467	0.0127	0.0393	0.0333	0.0373	0.0127	0.0326	0.0383	0.0326	0.0542	0.026	0.0477	0.026	0.0677
chr2L	7993480	7993631	chr2L:7993481-7993631	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0581	0.0652	0.0605	0.0475	0.0255	0.0917	0.0735	0.072	0.0255	0.1021	0.0595	0.1021	0.0589	0.0766	0.0496	0.0766	0.0547
chr2L	7994065	7994280	chr2L:7994066-7994280	FBgn0031969	pes	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2574	0.2202	0.326	0.2238	0.1601	0.284	0.2098	0.2878	0.1601	0.4366	0.3543	0.4366	0.3362	0.2603	0.2876	0.2603	0.3142
chr2L	7994447	7994657	chr2L:7994448-7994657	FBgn0031969	pes	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2375	0.2334	0.2868	0.1879	0.1813	0.2762	0.2439	0.3118	0.1813	0.3599	0.3277	0.3599	0.2889	0.232	0.225	0.232	0.2366
chr2L	7994794	7994945	chr2L:7994795-7994945	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.105	0.1104	0.1344	0.0667	0.0817	0.1325	0.1189	0.1499	0.0817	0.1854	0.1579	0.1854	0.1301	0.0766	0.0767	0.0766	0.1042
chr2L	7998216	7998390	chr2L:7998217-7998390	FBgn0031970	CG7227	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0475	0.0389	0.0553	0.0485	0.0201	0.0485	0.0588	0.03	0.0201	0.0447	0.0473	0.0447	0.1239	0.0222	0.0355	0.0222	0.112
chr2L	7998783	7998990	chr2L:7998784-7998990	FBgn0031971	CG7224	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.125	0.1226	0.161	0.088	0.0795	0.1573	0.1341	0.1519	0.0795	0.2258	0.1662	0.2258	0.1634	0.0942	0.0877	0.0942	0.1214
chr2L	8000809	8000960	chr2L:8000810-8000960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.0196	0.0277	0.0262	0.0117	0.0248	0.0277	0.018	0.0117	0.038	0.0235	0.038	0.0356	0.0245	0.0174	0.0245	0.0229
chr2L	8001459	8001722	chr2L:8001460-8001722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.05	0.0848	0.0755	0.0159	0.0767	0.0454	0.07	0.0159	0.1268	0.0788	0.1268	0.1108	0.111	0.069	0.111	0.1006
chr2L	8002008	8002227	chr2L:8002009-8002227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0526	0.0431	0.0665	0.048	0.0201	0.0568	0.0454	0.0566	0.0201	0.1135	0.0608	0.1135	0.0643	0.0812	0.0368	0.0812	0.0646
chr2L	8003917	8004150	chr2L:8003918-8004150	FBgn0031972	Wwox	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0417	0.038	0.0451	0.0422	0.0191	0.0461	0.0463	0.0486	0.0191	0.0435	0.0511	0.0435	0.0643	0.0429	0.0393	0.0429	0.0599
chr2L	8004238	8004411	chr2L:8004239-8004411	FBgn0031972	Wwox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0632	0.0562	0.061	0.0735	0.035	0.0665	0.0541	0.0879	0.035	0.0399	0.0794	0.0399	0.0945	0.0796	0.069	0.0796	0.1006
chr2L	8009382	8009568	chr2L:8009383-8009568	FBgn0031974	CG12560	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0411	0.0148	0.0321	0.0802	0.0032	0.0257	0.0173	0.0127	0.0032	0.0272	0.026	0.0272	0.0844	0.0781	0.0877	0.0781	0.1454
chr2L	8009902	8010103	chr2L:8009903-8010103	FBgn0031974	CG12560	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.0199	0.035	0.0322	0.0064	0.0277	0.0264	0.0187	0.0064	0.0278	0.0293	0.0278	0.0953	0.0176	0.0309	0.0176	0.073
chr2L	8010202	8010353	chr2L:8010203-8010353	FBgn0054010	CG34010	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0307	0.0254	0.0339	0.0331	0.0117	0.0383	0.0272	0.028	0.0117	0.0296	0.0334	0.0296	0.0736	0.0291	0.0329	0.0291	0.0646
chr2L	8010408	8010635	chr2L:8010409-8010635	FBgn0054010	CG34010	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.059	0.0427	0.0626	0.0731	0.0276	0.0587	0.0363	0.0626	0.0276	0.0471	0.0691	0.0471	0.1309	0.0735	0.0722	0.0735	0.1443
chr2L	8010651	8010867	chr2L:8010652-8010867	FBgn0054010	CG34010	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0682	0.0475	0.0717	0.0875	0.0318	0.0626	0.0407	0.074	0.0318	0.0489	0.0768	0.0489	0.1565	0.1095	0.098	0.1095	0.1501
chr2L	8011238	8011424	chr2L:8011239-8011424	FBgn0031975	Tg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0299	0.0199	0.0329	0.0377	0.0095	0.0204	0.0333	0.0173	0.0095	0.0217	0.0331	0.0217	0.0775	0.0276	0.0651	0.0276	0.0573
chr2L	8011596	8011749	chr2L:8011597-8011749	FBgn0031975	Tg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0208	0.0143	0.0263	0.0221	0.0074	0.0146	0.0242	0.01	0.0074	0.0139	0.027	0.0139	0.0612	0.01	0.0509	0.01	0.0297
chr2L	8012631	8012782	chr2L:8012632-8012782	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0167	0.0156	0.0272	0.0042	0.0165	0.0272	0.02	0.0042	0.0127	0.0228	0.0127	0.0155	0.0107	0.089	0.0107	0.0182
chr2L	8029133	8029313	chr2L:8029134-8029313	FBgn0031977	baf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1164	0.1129	0.1357	0.0992	0.087	0.1189	0.1324	0.1519	0.087	0.1721	0.1521	0.1721	0.1247	0.098	0.1148	0.098	0.1303
chr2L	8029408	8029800	chr2L:8029409-8029800	FBgn0031977	baf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2375	0.2532	0.2744	0.1794	0.2248	0.2869	0.2894	0.3058	0.2248	0.337	0.2945	0.337	0.2641	0.1953	0.2005	0.1953	0.2137
chr2L	8029885	8030449	chr2L:8029886-8030449	FBgn0031977,FBgn0044323	Cka,baf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2068	0.2369	0.2414	0.1351	0.1782	0.2718	0.282	0.2905	0.1782	0.3068	0.274	0.3068	0.1851	0.1539	0.156	0.1539	0.1714
chr2L	8030642	8030821	chr2L:8030643-8030821	FBgn0044323	Cka	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1942	0.1863	0.2302	0.1636	0.1304	0.217	0.2158	0.2325	0.1304	0.2941	0.2576	0.2941	0.1998	0.183	0.1812	0.183	0.1949
chr2L	8030939	8031111	chr2L:8030940-8031111	FBgn0044323	Cka	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.26	0.2349	0.3058	0.2377	0.1665	0.2854	0.269	0.2798	0.1665	0.3841	0.3405	0.3841	0.2889	0.2473	0.2682	0.2473	0.2819
chr2L	8031228	8031394	chr2L:8031229-8031394	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.1185	0.1461	0.1044	0.0944	0.1345	0.1423	0.1506	0.0944	0.1739	0.1691	0.1739	0.1425	0.0904	0.1064	0.0904	0.1277
chr2L	8031465	8031652	chr2L:8031466-8031652	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.152	0.1165	0.1887	0.1512	0.0647	0.1578	0.1129	0.1652	0.0647	0.2446	0.2129	0.2446	0.1789	0.144	0.1651	0.144	0.1772
chr2L	8031725	8031930	chr2L:8031726-8031930	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1254	0.1041	0.1572	0.1143	0.0679	0.1398	0.1073	0.1332	0.0679	0.2005	0.1714	0.2005	0.1418	0.0896	0.1238	0.0896	0.1183
chr2L	8039122	8039273	chr2L:8039123-8039273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0551	0.0307	0.0148	0.0456	0.0471	0.0939	0.0466	0.0456	0.0399	0.0315	0.0399	0.0356	0.0153	0.0174	0.0153	0.0182
chr2L	8040575	8040726	chr2L:8040576-8040726	FBgn0031979	CG7429	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0454	0.0474	0.0485	0.04	0.0308	0.0476	0.0644	0.0533	0.0308	0.0634	0.0534	0.0634	0.0558	0.0352	0.0406	0.0352	0.0594
chr2L	8040977	8041168	chr2L:8040978-8041168	FBgn0031979	CG7429	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0888	0.0603	0.1065	0.1014	0.0318	0.0777	0.0692	0.0753	0.0318	0.1129	0.1296	0.1129	0.1185	0.0965	0.1051	0.0965	0.1548
chr2L	8041258	8041669	chr2L:8041259-8041669	FBgn0031979	CG7429	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0846	0.0672	0.1074	0.0792	0.035	0.0772	0.0822	0.0846	0.035	0.1159	0.1215	0.1159	0.1379	0.0888	0.0735	0.0888	0.1235
chr2L	8041989	8042182	chr2L:8041990-8042182	FBgn0065055	snoRNA:Psi28S-2648	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0517	0.0469	0.0642	0.0434	0.035	0.0519	0.0657	0.0446	0.035	0.0694	0.0723	0.0694	0.0837	0.0475	0.0374	0.0475	0.0651
chr2L	8042379	8042665	chr2L:8042380-8042665	FBgn0031980,FBgn0065055	RpL36A,snoRNA:Psi28S-2648	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1042	0.0996	0.1245	0.0872	0.0604	0.1068	0.1289	0.1259	0.0604	0.1667	0.1273	0.1667	0.1317	0.0988	0.078	0.0988	0.1183
chr2L	8042792	8042985	chr2L:8042793-8042985	FBgn0031980,FBgn0031981,FBgn0065055	CG7466,RpL36A,snoRNA:Psi28S-2648	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1768	0.1777	0.1968	0.1539	0.1453	0.199	0.2059	0.2265	0.1453	0.2524	0.209	0.2524	0.1921	0.17	0.1528	0.17	0.1839
chr2L	8043308	8043500	chr2L:8043309-8043500	FBgn0031980,FBgn0031981	CG7466,RpL36A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1705	0.1628	0.1928	0.1547	0.1294	0.1898	0.1869	0.2032	0.1294	0.2295	0.2029	0.2295	0.2045	0.1853	0.138	0.1853	0.1839
chr2L	8055417	8055568	chr2L:8055418-8055568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0165	0.0174	0.0193	0.0123	0.0021	0.0199	0.029	0.016	0.0021	0.035	0.0154	0.035	0.0178	0.023	0.0077	0.023	0.0135
chr2L	8056226	8056517	chr2L:8056227-8056517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0354	0.0435	0.0406	0.0207	0.0223	0.0524	0.0627	0.042	0.0223	0.0815	0.0322	0.0815	0.0325	0.0322	0.0135	0.0322	0.024
chr2L	8056590	8056741	chr2L:8056591-8056741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0229	0.0293	0.0236	0.015	0.017	0.0296	0.0415	0.0353	0.017	0.0501	0.019	0.0501	0.0178	0.026	0.0155	0.026	0.0188
chr2L	8057364	8057637	chr2L:8057365-8057637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0324	0.0416	0.0376	0.0164	0.0106	0.0476	0.0601	0.0473	0.0106	0.0719	0.0344	0.0719	0.0271	0.0253	0.0103	0.0253	0.0172
chr2L	8058445	8058655	chr2L:8058446-8058655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0278	0.0356	0.034	0.0123	0.018	0.035	0.058	0.0306	0.018	0.0634	0.0293	0.0634	0.0279	0.0153	0.0071	0.0153	0.0177
chr2L	8064467	8064618	chr2L:8064468-8064618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0263	0.0253	0.0131	0.0064	0.0311	0.0394	0.026	0.0064	0.0332	0.0267	0.0332	0.0279	0.0123	0.0148	0.0123	0.0146
chr2L	8071101	8071293	chr2L:8071102-8071293	FBgn0011230	poe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0487	0.0607	0.0482	0.0286	0.0587	0.064	0.0506	0.0286	0.0694	0.0627	0.0694	0.0736	0.0513	0.0387	0.0513	0.0578
chr2L	8071537	8071719	chr2L:8071538-8071719	FBgn0011230	poe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1743	0.1685	0.1892	0.1643	0.1166	0.1879	0.202	0.2099	0.1166	0.2162	0.2158	0.2162	0.1875	0.17	0.1805	0.17	0.1787
chr2L	8071970	8072180	chr2L:8071971-8072180	FBgn0011230	poe	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0603	0.0906	0.0604	0.0276	0.0699	0.0753	0.0773	0.0276	0.099	0.1074	0.099	0.0782	0.0727	0.06	0.0727	0.0672
chr2L	8072304	8072689	chr2L:8072305-8072689	FBgn0010287,FBgn0013531	MED20,Trf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1185	0.1041	0.1504	0.0996	0.0435	0.1301	0.125	0.1286	0.0435	0.1999	0.1608	0.1999	0.1487	0.1087	0.1077	0.1087	0.1136
chr2L	8072801	8073042	chr2L:8072802-8073042	FBgn0010287,FBgn0013531	MED20,Trf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1621	0.1517	0.1943	0.1383	0.1166	0.1811	0.1644	0.1992	0.1166	0.2355	0.2068	0.2355	0.2208	0.1646	0.1444	0.1646	0.1709
chr2L	8080549	8080700	chr2L:8080550-8080700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0269	0.0174	0.0273	0.0372	0.0011	0.0209	0.0225	0.026	0.0011	0.0417	0.028	0.0417	0.0287	0.1286	0.0174	0.1286	0.0229
chr2L	8080968	8081119	chr2L:8080969-8081119	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0387	0.0308	0.041	0.0451	0.017	0.0374	0.0346	0.0326	0.017	0.0713	0.0424	0.0713	0.0325	0.1508	0.0232	0.1508	0.0307
chr2L	8081762	8082093	chr2L:8081763-8082093	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1646	0.2188	0.1994	0.0659	0.1782	0.1927	0.2608	0.3284	0.1782	0.1298	0.3248	0.1298	0.1379	0.0505	0.1161	0.0505	0.0537
chr2L	8082638	8082822	chr2L:8082639-8082822	FBgn0020240	Mcr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1338	0.1199	0.1685	0.1113	0.0689	0.1539	0.1241	0.1699	0.0689	0.1793	0.1891	0.1793	0.1898	0.0842	0.1412	0.0842	0.1412
chr2L	8082904	8083071	chr2L:8082905-8083071	FBgn0020240,FBgn0261822	Bsg,Mcr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2386	0.2226	0.2807	0.2104	0.1516	0.2665	0.2448	0.2891	0.1516	0.3357	0.31	0.3357	0.2843	0.2198	0.2218	0.2198	0.235
chr2L	8083261	8083449	chr2L:8083262-8083449	FBgn0020240,FBgn0261822	Bsg,Mcr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2568	0.251	0.2945	0.2218	0.1718	0.3083	0.2625	0.3304	0.1718	0.3653	0.3183	0.3653	0.2874	0.2228	0.2282	0.2228	0.247
chr2L	8083680	8083875	chr2L:8083681-8083875	FBgn0261822	Bsg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2472	0.1917	0.3051	0.2456	0.105	0.2971	0.1492	0.2585	0.105	0.3786	0.3302	0.3786	0.3052	0.2588	0.2695	0.2588	0.2788
chr2L	8084347	8085115	chr2L:8084348-8085115	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2097	0.1512	0.2827	0.1948	0.0689	0.2345	0.128	0.2119	0.0689	0.2512	0.399	0.2512	0.2742	0.1547	0.3101	0.1547	0.2272
chr2L	8085590	8085741	chr2L:8085591-8085741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0491	0.0709	0.0639	0.0286	0.0583	0.0593	0.064	0.0286	0.0393	0.0939	0.0393	0.1115	0.0237	0.1141	0.0237	0.098
chr2L	8087067	8087239	chr2L:8087068-8087239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0568	0.051	0.0685	0.0504	0.0223	0.068	0.0623	0.0546	0.0223	0.0296	0.0608	0.0296	0.1998	0.0245	0.0477	0.0245	0.1094
chr2L	8087533	8087724	chr2L:8087534-8087724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0462	0.0511	0.0486	0.038	0.0244	0.0481	0.0683	0.072	0.0244	0.032	0.0357	0.032	0.1441	0.0161	0.0187	0.0161	0.1006
chr2L	8090574	8090725	chr2L:8090575-8090725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.028	0.0312	0.0264	0.0262	0.0212	0.0277	0.0502	0.0286	0.0212	0.0229	0.0232	0.0229	0.0596	0.0291	0.02	0.0291	0.0386
chr2L	8091028	8091278	chr2L:8091029-8091278	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0548	0.0658	0.057	0.0401	0.0445	0.0641	0.1025	0.0626	0.0445	0.0688	0.0617	0.0688	0.0775	0.059	0.0548	0.059	0.0469
chr2L	8091309	8091460	chr2L:8091310-8091460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0405	0.0372	0.0227	0.0255	0.0471	0.0545	0.044	0.0255	0.0393	0.0453	0.0393	0.0473	0.0283	0.0335	0.0283	0.0297
chr2L	8093106	8093506	chr2L:8093107-8093506	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0654	0.0614	0.0796	0.0542	0.0233	0.0748	0.074	0.0786	0.0233	0.0628	0.0839	0.0628	0.1588	0.0291	0.0729	0.0291	0.0964
chr2L	8095219	8095370	chr2L:8095220-8095370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0251	0.0181	0.0255	0.0326	0.0085	0.0238	0.0229	0.0193	0.0085	0.0193	0.0257	0.0193	0.0565	0.0138	0.0129	0.0138	0.0917
chr2L	8097524	8097675	chr2L:8097525-8097675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0205	0.0137	0.0223	0.0262	0.0032	0.0252	0.0138	0.012	0.0032	0.0205	0.0183	0.0205	0.0565	0.0383	0.0103	0.0383	0.0537
chr2L	8098463	8098631	chr2L:8098464-8098631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0409	0.0336	0.0397	0.0503	0.0106	0.0403	0.0463	0.0373	0.0106	0.0562	0.0392	0.0562	0.0534	0.1233	0.0335	0.1233	0.0474
chr2L	8099011	8099162	chr2L:8099012-8099162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0194	0.0166	0.0183	0.024	0.0053	0.0233	0.0199	0.0187	0.0053	0.0163	0.0177	0.0163	0.0403	0.049	0.0123	0.049	0.0323
chr2L	8100088	8100266	chr2L:8100089-8100266	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.039	0.0283	0.034	0.0564	0.0223	0.0335	0.0398	0.0213	0.0223	0.0296	0.0244	0.0296	0.0899	0.0835	0.0322	0.0835	0.0995
chr2L	8100716	8101004	chr2L:8100717-8101004	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0703	0.0614	0.0845	0.0645	0.0233	0.099	0.0709	0.0473	0.0233	0.0441	0.0547	0.0441	0.2812	0.0322	0.0264	0.0322	0.172
chr2L	8101030	8101181	chr2L:8101031-8101181	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.0414	0.0456	0.033	0.0106	0.0699	0.0502	0.0273	0.0106	0.0308	0.0357	0.0308	0.1263	0.0115	0.0193	0.0115	0.0875
chr2L	8104086	8104304	chr2L:8104087-8104304	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0567	0.0422	0.0577	0.0719	0.0127	0.0544	0.051	0.0566	0.0127	0.0562	0.0559	0.0562	0.086	0.0628	0.089	0.0628	0.1131
chr2L	8104375	8104697	chr2L:8104376-8104697	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0573	0.0422	0.0641	0.0667	0.0138	0.049	0.0584	0.0493	0.0138	0.0338	0.0727	0.0338	0.1301	0.0459	0.098	0.0459	0.1053
chr2L	8104920	8105071	chr2L:8104921-8105071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0237	0.0317	0.0231	0.0156	0.018	0.0306	0.0554	0.0233	0.018	0.0169	0.026	0.0169	0.0434	0.01	0.0168	0.01	0.0307
chr2L	8110904	8111055	chr2L:8110905-8111055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0241	0.0282	0.0221	0.0217	0.0138	0.0257	0.0463	0.0293	0.0138	0.0236	0.0219	0.0236	0.0356	0.0283	0.0155	0.0283	0.0281
chr2L	8111106	8111305	chr2L:8111107-8111305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0351	0.0451	0.0344	0.0248	0.0244	0.035	0.0779	0.0466	0.0244	0.0374	0.0347	0.0374	0.0573	0.0345	0.0155	0.0345	0.0354
chr2L	8111427	8111578	chr2L:8111428-8111578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0239	0.0259	0.0231	0.0226	0.0074	0.0257	0.042	0.028	0.0074	0.0242	0.0241	0.0242	0.0372	0.0406	0.0142	0.0406	0.0261
chr2L	8112088	8112239	chr2L:8112089-8112239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0165	0.0151	0.0166	0.0178	0.0042	0.016	0.0242	0.0167	0.0042	0.0266	0.0154	0.0266	0.0209	0.059	0.0071	0.059	0.0156
chr2L	8116772	8116923	chr2L:8116773-8116923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0252	0.0314	0.0279	0.0153	0.018	0.0393	0.0372	0.0306	0.018	0.0157	0.028	0.0157	0.0674	0.0145	0.0161	0.0145	0.0224
chr2L	8123527	8123692	chr2L:8123528-8123692	FBgn0031985	mon2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0291	0.0226	0.0326	0.0324	0.0074	0.0282	0.0294	0.0273	0.0074	0.0308	0.0302	0.0308	0.0418	0.0337	0.0232	0.0337	0.0323
chr2L	8123958	8124145	chr2L:8123959-8124145	FBgn0031985,FBgn0031986	CG8673,mon2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1204	0.1089	0.141	0.1107	0.0636	0.1383	0.1168	0.1459	0.0636	0.1594	0.154	0.1594	0.1596	0.1064	0.1025	0.1064	0.1344
chr2L	8124239	8124390	chr2L:8124240-8124390	FBgn0031985,FBgn0031986	CG8673,mon2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0369	0.0388	0.0313	0.0223	0.0398	0.0493	0.044	0.0223	0.029	0.0453	0.029	0.0511	0.0237	0.0303	0.0237	0.0433
chr2L	8126572	8126764	chr2L:8126573-8126764	FBgn0031987,FBgn0031988	CG12375,CG8668	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.0613	0.0783	0.0532	0.0392	0.065	0.0783	0.074	0.0392	0.093	0.0826	0.093	0.0837	0.0605	0.0503	0.0605	0.0714
chr2L	8126863	8127040	chr2L:8126864-8127040	FBgn0031987,FBgn0031988	CG12375,CG8668	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1522	0.1593	0.1636	0.1319	0.1156	0.1835	0.1873	0.1965	0.1156	0.1938	0.1814	0.1938	0.1658	0.1401	0.1283	0.1401	0.1688
chr2L	8127138	8127476	chr2L:8127139-8127476	FBgn0031987,FBgn0031988	CG12375,CG8668	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0996	0.1029	0.1066	0.0881	0.0679	0.1087	0.125	0.1372	0.0679	0.1329	0.1219	0.1329	0.1115	0.0957	0.0877	0.0957	0.1157
chr2L	8127479	8127744	chr2L:8127480-8127744	FBgn0031988	CG8668	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0833	0.0688	0.0579	0.0615	0.0786	0.106	0.1079	0.0615	0.0797	0.0814	0.0797	0.0682	0.0567	0.0696	0.0567	0.074
chr2L	8127951	8128102	chr2L:8127952-8128102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0297	0.0265	0.0321	0.0306	0.0233	0.0243	0.0346	0.0353	0.0233	0.0362	0.0347	0.0362	0.0442	0.026	0.0309	0.026	0.0558
chr2L	8128920	8129071	chr2L:8128921-8129071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0188	0.0171	0.021	0.0148	0.018	0.029	0.0167	0.0148	0.0169	0.0125	0.0169	0.0364	0.013	0.0064	0.013	0.0589
chr2L	8129177	8129370	chr2L:8129178-8129370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0317	0.0262	0.0336	0.0358	0.0106	0.0296	0.0355	0.0266	0.0106	0.0296	0.0283	0.0296	0.0829	0.0237	0.0168	0.0237	0.0902
chr2L	8133391	8133542	chr2L:8133392-8133542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0282	0.034	0.0283	0.0217	0.0233	0.0311	0.0489	0.0433	0.0233	0.0374	0.0283	0.0374	0.038	0.0161	0.0258	0.0161	0.0375
chr2L	8133557	8133918	chr2L:8133558-8133918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0627	0.0722	0.0631	0.0518	0.0456	0.0796	0.0908	0.0879	0.0456	0.07	0.0688	0.07	0.0821	0.0528	0.0574	0.0528	0.075
chr2L	8134031	8134264	chr2L:8134032-8134264	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.127	0.1136	0.1063	0.0848	0.1306	0.1665	0.1646	0.0848	0.1159	0.1341	0.1159	0.1247	0.1156	0.1128	0.1156	0.136
chr2L	8134398	8134549	chr2L:8134399-8134549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0491	0.0477	0.0533	0.0461	0.0265	0.0485	0.0683	0.056	0.0265	0.0447	0.0643	0.0447	0.0705	0.0436	0.0529	0.0436	0.0651
chr2L	8142618	8142769	chr2L:8142619-8142769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0267	0.0409	0.0256	0.012	0.0297	0.0238	0.0744	0.0453	0.0297	0.0103	0.0482	0.0103	0.0201	0.0046	0.0251	0.0046	0.0156
chr2L	8144098	8144276	chr2L:8144099-8144276	FBgn0261830	CG42762	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0523	0.1007	0.0405	0.0111	0.0976	0.0451	0.1769	0.1193	0.0976	0.0205	0.0746	0.0205	0.0209	0.0077	0.0213	0.0077	0.0141
chr2L	8144435	8144586	chr2L:8144436-8144586	FBgn0261830	CG42762	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0243	0.0389	0.0259	0.0061	0.0339	0.0194	0.0714	0.0353	0.0339	0.0151	0.0463	0.0151	0.0147	0.0031	0.011	0.0031	0.0089
chr2L	8145325	8145625	chr2L:8145326-8145625	FBgn0261831,FBgn0263256	CG42763,CG43394	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0694	0.1598	0.0305	0.0111	0.1644	0.068	0.3088	0.1379	0.1644	0.0109	0.0543	0.0109	0.017	0.01	0.0168	0.01	0.0135
chr2L	8146854	8147058	chr2L:8146855-8147058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0464	0.0928	0.0266	0.0163	0.0954	0.0325	0.1786	0.0893	0.0954	0.0127	0.0482	0.0127	0.0201	0.0084	0.0316	0.0084	0.0177
chr2L	8148707	8148945	chr2L:8148708-8148945	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0751	0.1186	0.068	0.0343	0.1241	0.065	0.1834	0.1539	0.1241	0.0229	0.1344	0.0229	0.0364	0.0161	0.0986	0.0161	0.0219
chr2L	8150197	8150373	chr2L:8150198-8150373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0304	0.0255	0.0171	0.0244	0.0214	0.0489	0.0346	0.0244	0.0127	0.0466	0.0127	0.0139	0.01	0.0484	0.01	0.013
chr2L	8150650	8150801	chr2L:8150651-8150801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0243	0.018	0.0135	0.0201	0.0199	0.0363	0.0293	0.0201	0.0115	0.0264	0.0115	0.0232	0.0054	0.0413	0.0054	0.0094
chr2L	8156451	8156772	chr2L:8156452-8156772	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.08	0.0874	0.0874	0.0635	0.0732	0.085	0.109	0.1086	0.0732	0.0936	0.1093	0.0936	0.0875	0.0567	0.0561	0.0567	0.0657
chr2L	8156863	8157064	chr2L:8156864-8157064	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.132	0.165	0.1125	0.0838	0.1515	0.1613	0.1572	0.0838	0.1902	0.1932	0.1902	0.1782	0.1179	0.109	0.1179	0.1282
chr2L	8157149	8157357	chr2L:8157150-8157357	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0735	0.0854	0.0501	0.0361	0.0835	0.0913	0.0966	0.0361	0.0918	0.1013	0.0918	0.0984	0.0444	0.0477	0.0444	0.0683
chr2L	8159299	8159450	chr2L:8159300-8159450	FBgn0031990,FBgn0261064	CG8552,Rbsn-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0384	0.0253	0.0412	0.0499	0.0106	0.0345	0.0247	0.036	0.0106	0.029	0.0482	0.029	0.0744	0.0429	0.0548	0.0429	0.0808
chr2L	8159535	8159703	chr2L:8159536-8159703	FBgn0031990,FBgn0261064	CG8552,Rbsn-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0801	0.0454	0.0854	0.1129	0.0265	0.0568	0.051	0.0586	0.0265	0.0713	0.0981	0.0713	0.1317	0.124	0.1051	0.124	0.1574
chr2L	8159792	8159946	chr2L:8159793-8159946	FBgn0031990,FBgn0261064	CG8552,Rbsn-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0727	0.0516	0.0843	0.0836	0.0318	0.0646	0.0545	0.0686	0.0318	0.0785	0.0945	0.0785	0.1185	0.0911	0.0799	0.0911	0.1152
chr2L	8162058	8162256	chr2L:8162059-8162256	FBgn0031992	CG8498	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0802	0.0627	0.0996	0.0784	0.0403	0.0762	0.0709	0.0813	0.0403	0.0996	0.1219	0.0996	0.1084	0.0881	0.0916	0.0881	0.1094
chr2L	8162381	8162550	chr2L:8162382-8162550	FBgn0031992	CG8498	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1585	0.127	0.1964	0.1519	0.088	0.1519	0.1406	0.1599	0.088	0.2144	0.2338	0.2144	0.1998	0.1593	0.1702	0.1593	0.1944
chr2L	8162685	8162852	chr2L:8162686-8162852	FBgn0031992,FBgn0031993	CG8498,Piezo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1685	0.1244	0.2142	0.1677	0.0732	0.165	0.1263	0.1686	0.0732	0.2554	0.2585	0.2554	0.1967	0.1784	0.2018	0.1784	0.1928
chr2L	8162965	8163159	chr2L:8162966-8163159	FBgn0031993	Piezo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2041	0.1621	0.2464	0.2044	0.1145	0.2015	0.1618	0.2245	0.1145	0.2953	0.2907	0.2953	0.2393	0.2251	0.2373	0.2251	0.2298
chr2L	8163387	8163874	chr2L:8163388-8163874	FBgn0031993	Piezo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1448	0.1235	0.1713	0.1394	0.0551	0.1505	0.1332	0.1819	0.0551	0.1733	0.2154	0.1733	0.206	0.173	0.1676	0.173	0.1834
chr2L	8163974	8164144	chr2L:8163975-8164144	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0504	0.0393	0.0602	0.0521	0.0127	0.0456	0.048	0.0533	0.0127	0.0453	0.0611	0.0453	0.1286	0.0467	0.0445	0.0467	0.1115
chr2L	8166073	8166379	chr2L:8166074-8166379	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0867	0.1275	0.0933	0.034	0.106	0.1015	0.17	0.1852	0.106	0.0374	0.1781	0.0374	0.0604	0.0191	0.0838	0.0191	0.0276
chr2L	8167335	8167486	chr2L:8167336-8167486	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.021	0.0348	0.0188	0.0081	0.0159	0.032	0.0363	0.0673	0.0159	0.0085	0.0331	0.0085	0.0108	0.0077	0.0103	0.0077	0.0109
chr2L	8168461	8168612	chr2L:8168462-8168612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0138	0.012	0.0152	0.0142	0.0042	0.0058	0.0238	0.0147	0.0042	0.0103	0.0212	0.0103	0.0139	0.0368	0.011	0.0368	0.0125
chr2L	8170111	8170262	chr2L:8170112-8170262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0136	0.0116	0.0131	0.0164	0.0042	0.0117	0.016	0.0187	0.0042	0.0085	0.0164	0.0085	0.0217	0.0061	0.0135	0.0061	0.038
chr2L	8170615	8170766	chr2L:8170616-8170766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0118	0.009	0.0119	0.0149	0.0032	0.0117	0.0104	0.0113	0.0032	0.0072	0.0141	0.0072	0.0232	0.0123	0.0181	0.0123	0.0276
chr2L	8171624	8171789	chr2L:8171625-8171789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0101	0.019	0.0287	0.0032	0.0121	0.0138	0.0113	0.0032	0.0121	0.0145	0.0121	0.0503	0.0107	0.0155	0.0107	0.0688
chr2L	8174323	8174474	chr2L:8174324-8174474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0146	0.0193	0.0165	0.0071	0.0053	0.0204	0.0212	0.034	0.0053	0.0163	0.0225	0.0163	0.0155	0.0092	0.0077	0.0092	0.0083
chr2L	8185050	8185282	chr2L:8185051-8185282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0434	0.0652	0.0405	0.0223	0.0594	0.0476	0.1016	0.0713	0.0594	0.0543	0.0502	0.0543	0.0294	0.0498	0.0206	0.0498	0.0224
chr2L	8196539	8196762	chr2L:8196540-8196762	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0511	0.0384	0.0594	0.0563	0.0127	0.051	0.0484	0.042	0.0127	0.0713	0.0614	0.0713	0.0689	0.0582	0.0458	0.0582	0.0881
chr2L	8196844	8197035	chr2L:8196845-8197035	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1052	0.0776	0.1249	0.1143	0.0382	0.0995	0.0848	0.0979	0.0382	0.1329	0.1389	0.1329	0.1549	0.1271	0.1051	0.1271	0.149
chr2L	8197095	8197289	chr2L:8197096-8197289	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1041	0.0938	0.1204	0.0975	0.0509	0.1058	0.1068	0.1292	0.0509	0.1347	0.1338	0.1347	0.1487	0.111	0.0961	0.111	0.1261
chr2L	8197328	8197496	chr2L:8197329-8197496	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0481	0.0403	0.0603	0.0434	0.0138	0.049	0.0489	0.0526	0.0138	0.0797	0.0659	0.0797	0.0635	0.0436	0.0413	0.0436	0.0604
chr2L	8198543	8198771	chr2L:8198544-8198771	FBgn0031997	CG8455	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.043	0.053	0.0447	0.0244	0.0461	0.0497	0.0646	0.0244	0.058	0.0627	0.058	0.0496	0.0505	0.0451	0.0505	0.062
chr2L	8198836	8199020	chr2L:8198837-8199020	FBgn0031997	CG8455	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0877	0.0755	0.0999	0.088	0.0445	0.0883	0.0792	0.1146	0.0445	0.1135	0.1164	0.1135	0.1115	0.098	0.0883	0.098	0.1193
chr2L	8199084	8199235	chr2L:8199085-8199235	FBgn0031997	CG8455	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0391	0.0557	0.0384	0.0233	0.0422	0.0489	0.0486	0.0233	0.0688	0.0611	0.0688	0.0635	0.0383	0.0426	0.0383	0.0516
chr2L	8199308	8199483	chr2L:8199309-8199483	FBgn0031997	CG8455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0436	0.0401	0.0277	0.0244	0.0413	0.0709	0.04	0.0244	0.0556	0.0431	0.0556	0.0333	0.0291	0.0277	0.0291	0.0354
chr2L	8204666	8204821	chr2L:8204667-8204821	FBgn0031998	CG8451	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.014	0.0129	0.0265	0.0074	0.0083	0.026	0.0173	0.0074	0.0109	0.0135	0.0109	0.0178	0.0153	0.0161	0.0153	0.0396
chr2L	8205047	8205223	chr2L:8205048-8205223	FBgn0031998	CG8451	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0459	0.0176	0.0235	0.1021	0.0042	0.0189	0.0277	0.0167	0.0042	0.0115	0.0228	0.0115	0.0527	0.0904	0.0709	0.0904	0.1751
chr2L	8205358	8205547	chr2L:8205359-8205547	FBgn0031998	CG8451	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0157	0.0198	0.089	0.0053	0.018	0.0221	0.0187	0.0053	0.0127	0.0199	0.0127	0.0418	0.0819	0.0651	0.0819	0.1423
chr2L	8208999	8209150	chr2L:8209000-8209150	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0783	0.0278	0.007	0.071	0.0879	0.0943	0.0833	0.071	0.0447	0.0257	0.0447	0.0178	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2L	8209373	8209576	chr2L:8209374-8209576	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0781	0.1736	0.0402	0.0131	0.1792	0.1786	0.2305	0.1659	0.1792	0.07	0.0383	0.07	0.0248	0.0153	0.011	0.0153	0.0151
chr2L	8209776	8210054	chr2L:8209777-8210054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.1231	0.0449	0.013	0.0891	0.1432	0.1665	0.1166	0.0891	0.0694	0.0469	0.0694	0.024	0.013	0.0129	0.013	0.0156
chr2L	8210241	8210450	chr2L:8210242-8210450	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0608	0.1137	0.0482	0.0155	0.0742	0.1136	0.1618	0.1306	0.0742	0.0809	0.0482	0.0809	0.0287	0.0153	0.0129	0.0153	0.013
chr2L	8210472	8210781	chr2L:8210473-8210781	FBgn0003607	Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0775	0.1138	0.081	0.0333	0.0679	0.1282	0.1462	0.1372	0.0679	0.1171	0.0817	0.1171	0.0651	0.0406	0.029	0.0406	0.0313
chr2L	8210812	8210963	chr2L:8210813-8210963	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0713	0.0713	0.0409	0.0573	0.0811	0.0852	0.0899	0.0573	0.0888	0.0746	0.0888	0.079	0.0421	0.0277	0.0421	0.0532
chr2L	8210987	8211229	chr2L:8210988-8211229	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.1493	0.1506	0.109	0.1304	0.1689	0.1786	0.1785	0.1304	0.1854	0.1611	0.1854	0.1487	0.1026	0.0903	0.1026	0.1438
chr2L	8211259	8211434	chr2L:8211260-8211434	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1215	0.115	0.1435	0.1046	0.0657	0.1437	0.1427	0.1319	0.0657	0.1848	0.1537	0.1848	0.1325	0.1034	0.0935	0.1034	0.1344
chr2L	8211505	8211795	chr2L:8211506-8211795	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0782	0.0702	0.0997	0.0636	0.035	0.0956	0.0787	0.0853	0.035	0.1214	0.1051	0.1214	0.096	0.0681	0.0516	0.0681	0.0829
chr2L	8212600	8212751	chr2L:8212601-8212751	FBgn0032000,FBgn0032001	CG8360,CG8372	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0371	0.0615	0.0379	0.0138	0.0466	0.0428	0.0493	0.0138	0.0725	0.0585	0.0725	0.072	0.0406	0.0297	0.0406	0.0521
chr2L	8212811	8213203	chr2L:8212812-8213203	FBgn0032000,FBgn0032001	CG8360,CG8372	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1652	0.1391	0.2062	0.1493	0.0933	0.185	0.1285	0.1979	0.0933	0.2524	0.2158	0.2524	0.2184	0.1539	0.158	0.1539	0.1855
chr2L	8213884	8214061	chr2L:8213885-8214061	FBgn0032002	CG8353	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.04	0.0628	0.0313	0.0255	0.0495	0.0493	0.044	0.0255	0.0374	0.0405	0.0374	0.0488	0.0176	0.0213	0.0176	0.0261
chr2L	8214141	8214292	chr2L:8214142-8214292	FBgn0032002	CG8353	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0441	0.0537	0.0529	0.0235	0.0318	0.0602	0.0787	0.0533	0.0318	0.0356	0.036	0.0356	0.0589	0.0237	0.02	0.0237	0.0177
chr2L	8218330	8218481	chr2L:8218331-8218481	FBgn0032004	CG8292	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0199	0.027	0.0167	0.0095	0.0199	0.0298	0.0233	0.0095	0.035	0.0193	0.035	0.0527	0.0123	0.0097	0.0123	0.0334
chr2L	8220175	8220326	chr2L:8220176-8220326	FBgn0032005	Snx6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0169	0.0277	0.0248	0.0074	0.0218	0.0212	0.018	0.0074	0.0205	0.0341	0.0205	0.0457	0.0207	0.0251	0.0207	0.0401
chr2L	8220394	8220620	chr2L:8220395-8220620	FBgn0032005	Snx6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0463	0.0365	0.0516	0.0512	0.0138	0.0466	0.0458	0.044	0.0138	0.0525	0.0563	0.0525	0.0751	0.0421	0.0484	0.0421	0.0881
chr2L	8220628	8220827	chr2L:8220629-8220827	FBgn0032005	Snx6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0628	0.048	0.0701	0.0713	0.0223	0.0578	0.0575	0.0626	0.0223	0.0682	0.0804	0.0682	0.0922	0.0658	0.0754	0.0658	0.1089
chr2L	8221053	8221204	chr2L:8221054-8221204	FBgn0032005	Snx6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0228	0.0178	0.0216	0.0298	0.0085	0.0214	0.0251	0.0193	0.0085	0.0181	0.0277	0.0181	0.0248	0.0184	0.0284	0.0184	0.0584
chr2L	8229158	8229692	chr2L:8229159-8229692	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.064	0.0361	0.0731	0.0852	0.0159	0.0539	0.0471	0.024	0.0159	0.0453	0.0768	0.0453	0.172	0.0352	0.0406	0.0352	0.2371
chr2L	8230652	8230803	chr2L:8230653-8230803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0106	0.0122	0.0262	0.0042	0.0112	0.0169	0.0087	0.0042	0.0054	0.0103	0.0054	0.0372	0.0107	0.011	0.0107	0.074
chr2L	8231162	8231313	chr2L:8231163-8231313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0142	0.0115	0.0095	0.0224	0.0032	0.0136	0.016	0.016	0.0032	0.0066	0.0103	0.0066	0.0201	0.0092	0.0071	0.0092	0.0636
chr2L	8232686	8232837	chr2L:8232687-8232837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0155	0.0132	0.0188	0.0143	0.0021	0.0209	0.0173	0.0127	0.0021	0.0344	0.0183	0.0344	0.0194	0.0322	0.0123	0.0322	0.0125
chr2L	8236463	8236614	chr2L:8236464-8236614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0146	0.0217	0.0125	0.0074	0.0184	0.0199	0.0133	0.0074	0.0139	0.0232	0.0139	0.0527	0.0092	0.0071	0.0092	0.0297
chr2L	8238723	8238909	chr2L:8238724-8238909	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0451	0.0259	0.0648	0.045	0.0053	0.0374	0.0316	0.03	0.0053	0.0181	0.1248	0.0181	0.0473	0.0161	0.1122	0.0161	0.0485
chr2L	8239078	8239326	chr2L:8239079-8239326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.077	0.0532	0.1082	0.0693	0.0265	0.0772	0.067	0.0493	0.0265	0.0441	0.1707	0.0441	0.1518	0.0214	0.1244	0.0214	0.123
chr2L	8239381	8239572	chr2L:8239382-8239572	FBgn0032006	Pvr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.039	0.0736	0.0525	0.0308	0.0495	0.0471	0.0393	0.0308	0.0344	0.1061	0.0344	0.1201	0.0283	0.0806	0.0283	0.0891
chr2L	8239787	8240005	chr2L:8239788-8240005	FBgn0032006	Pvr	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1508	0.1127	0.1772	0.1646	0.0721	0.1369	0.1406	0.1246	0.0721	0.1606	0.2273	0.1606	0.2076	0.147	0.1889	0.147	0.2402
chr2L	8240079	8240256	chr2L:8240080-8240256	FBgn0032006	Pvr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1361	0.1145	0.1574	0.1367	0.0732	0.1388	0.1458	0.1213	0.0732	0.1727	0.1839	0.1727	0.1627	0.1524	0.1399	0.1524	0.1866
chr2L	8256928	8257079	chr2L:8256929-8257079	FBgn0032010	CG8086	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.0166	0.0212	0.0196	0.0042	0.015	0.0247	0.022	0.0042	0.0248	0.0264	0.0248	0.017	0.013	0.0329	0.013	0.0135
chr2L	8257112	8257263	chr2L:8257113-8257263	FBgn0032010	CG8086	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.027	0.0284	0.0195	0.0106	0.0306	0.0346	0.0373	0.0106	0.0374	0.0338	0.0374	0.0232	0.0207	0.0277	0.0207	0.0151
chr2L	8257471	8257683	chr2L:8257472-8257683	FBgn0032010	CG8086	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1025	0.1019	0.1067	0.0986	0.0742	0.1058	0.1207	0.1426	0.0742	0.1196	0.1312	0.1196	0.1177	0.124	0.1264	0.124	0.1152
chr2L	8257832	8258216	chr2L:8257833-8258216	FBgn0032010,FBgn0262374	CG8086,mir-2b-1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0754	0.0646	0.0874	0.0744	0.0371	0.0631	0.0839	0.0873	0.0371	0.0906	0.1125	0.0906	0.0937	0.1141	0.0767	0.1141	0.0954
chr2L	8258396	8258588	chr2L:8258397-8258588	FBgn0262374	mir-2b-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.0308	0.0296	0.0356	0.0201	0.0272	0.0368	0.05	0.0201	0.0266	0.0373	0.0266	0.0449	0.0337	0.0451	0.0337	0.0568
chr2L	8258609	8258969	chr2L:8258610-8258969	FBgn0262374	mir-2b-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0535	0.0495	0.0571	0.0539	0.0297	0.0476	0.0636	0.0693	0.0297	0.0586	0.0678	0.0586	0.0798	0.0651	0.0671	0.0651	0.073
chr2L	8259055	8259264	chr2L:8259056-8259264	FBgn0262374	mir-2b-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.041	0.0434	0.037	0.0339	0.0354	0.0545	0.0526	0.0339	0.0417	0.0559	0.0417	0.0496	0.0375	0.0445	0.0375	0.0526
chr2L	8260220	8260723	chr2L:8260221-8260723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0585	0.0688	0.0652	0.0397	0.07	0.0519	0.0908	0.0953	0.07	0.0676	0.0868	0.0676	0.0689	0.0322	0.049	0.0322	0.0573
chr2L	8266854	8267049	chr2L:8266855-8267049	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0747	0.1028	0.0764	0.0414	0.0764	0.0617	0.1406	0.1659	0.0764	0.0187	0.1402	0.0187	0.072	0.0199	0.0909	0.0199	0.0464
chr2L	8267261	8267419	chr2L:8267262-8267419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0383	0.0375	0.0438	0.0333	0.0255	0.035	0.042	0.064	0.0255	0.0272	0.0727	0.0272	0.0434	0.0184	0.0567	0.0184	0.0573
chr2L	8274820	8275065	chr2L:8274821-8275065	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0889	0.1474	0.0839	0.0291	0.1283	0.1073	0.186	0.2312	0.1283	0.0429	0.1424	0.0429	0.0852	0.0184	0.0535	0.0184	0.0354
chr2L	8275226	8275560	chr2L:8275227-8275560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0869	0.0941	0.1089	0.0547	0.0689	0.1053	0.1008	0.1319	0.0689	0.0713	0.1563	0.0713	0.158	0.0306	0.0922	0.0306	0.0875
chr2L	8275758	8276044	chr2L:8275759-8276044	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0976	0.1124	0.1171	0.0597	0.0742	0.1383	0.1267	0.1419	0.0742	0.1401	0.1331	0.1401	0.172	0.0398	0.0767	0.0398	0.1115
chr2L	8276045	8276563	chr2L:8276046-8276563	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.187	0.2754	0.2076	0.0656	0.2577	0.2602	0.3486	0.3384	0.2577	0.1757	0.3045	0.1757	0.2401	0.0513	0.1244	0.0513	0.0813
chr2L	8277148	8277317	chr2L:8277149-8277317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0841	0.0786	0.1056	0.0666	0.0435	0.0883	0.0913	0.1126	0.0435	0.1226	0.1453	0.1226	0.1061	0.0681	0.1206	0.0681	0.0813
chr2L	8277589	8277793	chr2L:8277590-8277793	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1783	0.1486	0.2349	0.1494	0.1018	0.1757	0.1687	0.1812	0.1018	0.3237	0.2968	0.3237	0.227	0.1838	0.2263	0.1838	0.21
chr2L	8277950	8278138	chr2L:8277951-8278138	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.136	0.072	0.1972	0.1402	0.0276	0.1005	0.074	0.1013	0.0276	0.3116	0.2248	0.3116	0.1936	0.2243	0.1773	0.2243	0.1866
chr2L	8278296	8278523	chr2L:8278297-8278523	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1093	0.087	0.1355	0.1054	0.0583	0.1175	0.0774	0.1266	0.0583	0.2271	0.1621	0.2271	0.0953	0.2083	0.1625	0.2083	0.0933
chr2L	8279516	8279688	chr2L:8279517-8279688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0557	0.0312	0.0787	0.0579	0.0074	0.0388	0.0333	0.0506	0.0074	0.0658	0.1392	0.0658	0.0349	0.0758	0.1386	0.0758	0.025
chr2L	8280293	8280474	chr2L:8280294-8280474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0851	0.0626	0.1272	0.0641	0.0329	0.0655	0.0614	0.1106	0.0329	0.0447	0.2582	0.0447	0.0596	0.0214	0.2012	0.0214	0.0349
chr2L	8281869	8282206	chr2L:8281870-8282206	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0798	0.0545	0.1225	0.0613	0.0042	0.0883	0.058	0.064	0.0042	0.1274	0.1434	0.1274	0.1851	0.0636	0.0787	0.0636	0.0954
chr2L	8282750	8282901	chr2L:8282751-8282901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0301	0.0287	0.0435	0.0171	0.0085	0.0413	0.0346	0.0326	0.0085	0.0791	0.0434	0.0791	0.0395	0.0153	0.0206	0.0153	0.024
chr2L	8282993	8283144	chr2L:8282994-8283144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0242	0.0212	0.0362	0.0145	0.0064	0.0291	0.0285	0.0187	0.0064	0.0616	0.035	0.0616	0.0349	0.0123	0.0155	0.0123	0.0224
chr2L	8284671	8284822	chr2L:8284672-8284822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0126	0.0216	0.0251	0.0042	0.0141	0.0199	0.0127	0.0042	0.0229	0.026	0.0229	0.0248	0.0291	0.0219	0.0291	0.0474
chr2L	8285381	8285532	chr2L:8285382-8285532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0108	0.0204	0.0297	0.0064	0.0097	0.0156	0.0127	0.0064	0.0151	0.0241	0.0151	0.0341	0.0161	0.0297	0.0161	0.0677
chr2L	8287408	8287637	chr2L:8287409-8287637	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0595	0.1104	0.05	0.0131	0.0848	0.0578	0.1328	0.2159	0.0848	0.0302	0.0904	0.0302	0.024	0.0077	0.0161	0.0077	0.0104
chr2L	8287711	8287877	chr2L:8287712-8287877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.046	0.0742	0.0454	0.0152	0.052	0.0476	0.08	0.1539	0.052	0.0338	0.0695	0.0338	0.0333	0.0184	0.0161	0.0184	0.0162
chr2L	8288131	8288432	chr2L:8288132-8288432	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.073	0.068	0.1023	0.0464	0.0361	0.0976	0.058	0.0966	0.0361	0.0984	0.1318	0.0984	0.1208	0.0467	0.0529	0.0467	0.0641
chr2L	8288449	8288600	chr2L:8288450-8288600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0386	0.0319	0.0577	0.0251	0.017	0.0451	0.0255	0.0453	0.017	0.0519	0.0823	0.0519	0.0612	0.0329	0.0342	0.0329	0.0266
chr2L	8289676	8289827	chr2L:8289677-8289827	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0738	0.0329	0.1146	0.0748	0.0148	0.0631	0.0277	0.0333	0.0148	0.1588	0.1441	0.1588	0.1146	0.1194	0.1057	0.1194	0.0808
chr2L	8289833	8290315	chr2L:8289834-8290315	FBgn0011902	tRNA:K5:29A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1634	0.1264	0.227	0.1348	0.07	0.1898	0.122	0.1552	0.07	0.3521	0.2682	0.3521	0.1913	0.307	0.1638	0.307	0.1047
chr2L	8290643	8290833	chr2L:8290644-8290833	FBgn0011902	tRNA:K5:29A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0497	0.0689	0.0519	0.0259	0.0562	0.0786	0.0792	0.0879	0.0562	0.0785	0.0431	0.0785	0.0519	0.0505	0.0232	0.0505	0.0255
chr2L	8292320	8292503	chr2L:8292321-8292503	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.0194	0.0704	0.0778	0.0042	0.0267	0.0272	0.02	0.0042	0.0507	0.0981	0.0507	0.1038	0.0605	0.1289	0.0605	0.1219
chr2L	8292664	8292815	chr2L:8292665-8292815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0347	0.0153	0.0406	0.05	0.0053	0.0194	0.0203	0.0187	0.0053	0.029	0.0643	0.029	0.0387	0.0276	0.107	0.0276	0.0677
chr2L	8292988	8293139	chr2L:8292989-8293139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0176	0.0335	0.0311	0.0074	0.017	0.0225	0.0266	0.0074	0.0169	0.055	0.0169	0.0287	0.01	0.0825	0.01	0.0271
chr2L	8293420	8293577	chr2L:8293421-8293577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0208	0.0458	0.0265	0.0064	0.0267	0.0277	0.0233	0.0064	0.0344	0.0772	0.0344	0.0287	0.0092	0.0761	0.0092	0.0198
chr2L	8294601	8294752	chr2L:8294602-8294752	FBgn0264083	CR43752	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0303	0.033	0.0149	0.017	0.0311	0.0454	0.032	0.017	0.029	0.0476	0.029	0.024	0.0145	0.0258	0.0145	0.013
chr2L	8295810	8295961	chr2L:8295811-8295961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0263	0.0365	0.017	0.0095	0.0233	0.0424	0.032	0.0095	0.0254	0.0363	0.0254	0.0139	0.0069	0.0155	0.0069	0.0146
chr2L	8296451	8296649	chr2L:8296452-8296649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0686	0.0543	0.0831	0.0685	0.0244	0.0515	0.0709	0.0819	0.0244	0.0839	0.0701	0.0839	0.0558	0.0329	0.0413	0.0329	0.0339
chr2L	8296791	8296952	chr2L:8296792-8296952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0348	0.0501	0.0512	0.0106	0.0398	0.0458	0.0426	0.0106	0.0417	0.0347	0.0417	0.0248	0.0107	0.0264	0.0107	0.0172
chr2L	8297139	8297350	chr2L:8297140-8297350	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0869	0.0753	0.1015	0.0837	0.0318	0.0956	0.0804	0.1066	0.0318	0.0984	0.0749	0.0984	0.0465	0.0123	0.0251	0.0123	0.038
chr2L	8299552	8299757	chr2L:8299553-8299757	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.051	0.03	0.0849	0.0373	0.0117	0.0432	0.0329	0.0386	0.0117	0.0779	0.118	0.0779	0.096	0.0513	0.0432	0.0513	0.0485
chr2L	8300287	8300476	chr2L:8300288-8300476	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0966	0.1147	0.114	0.0575	0.0753	0.1204	0.1414	0.1486	0.0753	0.1069	0.1257	0.1069	0.1309	0.0283	0.0413	0.0283	0.1324
chr2L	8300490	8300941	chr2L:8300491-8300941	FBgn0003502	Btk29A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2192	0.2321	0.2641	0.1557	0.1665	0.2549	0.285	0.2785	0.1665	0.3098	0.2974	0.3098	0.2758	0.121	0.1676	0.121	0.2606
chr2L	8300976	8301177	chr2L:8300977-8301177	FBgn0003502	Btk29A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.159	0.1626	0.1871	0.1241	0.123	0.1743	0.1951	0.2092	0.123	0.2271	0.2125	0.2271	0.1851	0.0934	0.1502	0.0934	0.173
chr2L	8302542	8302820	chr2L:8302543-8302820	FBgn0261020	wol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0907	0.0923	0.106	0.072	0.053	0.0879	0.1185	0.1292	0.053	0.1117	0.1251	0.1117	0.117	0.0781	0.0761	0.0781	0.0948
chr2L	8302850	8303071	chr2L:8302851-8303071	FBgn0032013,FBgn0261020	Scgalpha,wol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1183	0.1265	0.1008	0.0764	0.1083	0.1548	0.1592	0.0764	0.1341	0.1502	0.1341	0.1309	0.1087	0.107	0.1087	0.1167
chr2L	8303339	8303493	chr2L:8303340-8303493	FBgn0032013,FBgn0261020	Scgalpha,wol	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0449	0.0513	0.0579	0.0276	0.0505	0.0519	0.0593	0.0276	0.0519	0.0566	0.0519	0.0612	0.1003	0.0387	0.1003	0.0339
chr2L	8304765	8304916	chr2L:8304766-8304916	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0809	0.0439	0.0252	0.0467	0.0772	0.0913	0.1266	0.0467	0.0495	0.0518	0.0495	0.0449	0.0138	0.0355	0.0138	0.0292
chr2L	8305469	8305648	chr2L:8305470-8305648	FBgn0032014	CG7840	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0972	0.0859	0.1166	0.0887	0.0573	0.0976	0.1016	0.1106	0.0573	0.131	0.135	0.131	0.1301	0.0896	0.1019	0.0896	0.1126
chr2L	8305743	8305899	chr2L:8305744-8305899	FBgn0032014	CG7840	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0586	0.0501	0.0749	0.0501	0.0265	0.0505	0.0662	0.0686	0.0265	0.093	0.0772	0.093	0.0945	0.0475	0.0567	0.0475	0.0714
chr2L	8307871	8308056	chr2L:8307872-8308056	FBgn0032015,FBgn0032016	CG7818,CG7830	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.069	0.0926	0.0721	0.035	0.0806	0.0882	0.0866	0.035	0.1135	0.1026	0.1135	0.0953	0.0689	0.0819	0.0689	0.0969
chr2L	8308107	8308281	chr2L:8308108-8308281	FBgn0032015,FBgn0032016	CG7818,CG7830	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.1103	0.1388	0.1203	0.0668	0.1282	0.1298	0.1432	0.0668	0.1733	0.1576	0.1733	0.1356	0.1355	0.1302	0.1355	0.1501
chr2L	8308351	8308548	chr2L:8308352-8308548	FBgn0032015,FBgn0032016	CG7818,CG7830	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1104	0.1038	0.1251	0.1015	0.0891	0.1083	0.1267	0.1252	0.0891	0.1667	0.1399	0.1667	0.1092	0.1194	0.0941	0.1194	0.1318
chr2L	8309700	8309851	chr2L:8309701-8309851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.041	0.0268	0.0114	0.0286	0.0345	0.0601	0.0513	0.0286	0.0314	0.0296	0.0314	0.0271	0.0145	0.0097	0.0145	0.0115
chr2L	8311100	8311293	chr2L:8311101-8311293	FBgn0032017,FBgn0032018	CG7806,CG7810	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0912	0.0891	0.1056	0.0777	0.052	0.1121	0.1077	0.1079	0.052	0.1383	0.1064	0.1383	0.1239	0.0888	0.0735	0.0888	0.1094
chr2L	8311347	8311546	chr2L:8311348-8311546	FBgn0032017,FBgn0032018	CG7806,CG7810	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0965	0.0823	0.1127	0.0947	0.0467	0.1039	0.0921	0.1033	0.0467	0.1371	0.1196	0.1371	0.1441	0.1103	0.0799	0.1103	0.1475
chr2L	8311632	8311981	chr2L:8311633-8311981	FBgn0032017,FBgn0032018	CG7806,CG7810	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0742	0.071	0.0933	0.0568	0.0297	0.0869	0.0878	0.0833	0.0297	0.0954	0.0939	0.0954	0.1255	0.059	0.0477	0.059	0.0875
chr2L	8319842	8320099	chr2L:8319843-8320099	FBgn0032020,FBgn0262598	CG7787,mtsh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0519	0.052	0.0623	0.0405	0.0212	0.0553	0.0692	0.0673	0.0212	0.0731	0.0707	0.0731	0.0503	0.0329	0.0458	0.0329	0.0401
chr2L	8320222	8320406	chr2L:8320223-8320406	FBgn0032020,FBgn0262598	CG7787,mtsh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1067	0.0955	0.1254	0.0987	0.052	0.1228	0.1047	0.1213	0.052	0.1419	0.1418	0.1419	0.1278	0.0842	0.0993	0.0842	0.1199
chr2L	8320476	8320665	chr2L:8320477-8320665	FBgn0032020	CG7787	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0652	0.0896	0.0656	0.0382	0.0772	0.0718	0.0899	0.0382	0.1021	0.0974	0.1021	0.0999	0.0582	0.0677	0.0582	0.0849
chr2L	8320699	8320967	chr2L:8320700-8320967	FBgn0032020	CG7787	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.048	0.0415	0.058	0.0444	0.0148	0.0573	0.048	0.0506	0.0148	0.0713	0.0559	0.0713	0.0666	0.0421	0.0432	0.0421	0.0589
chr2L	8324301	8324452	chr2L:8324302-8324452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0076	0.0085	0.0188	0.0032	0.0049	0.0125	0.01	0.0032	0.0079	0.0093	0.0079	0.0077	0.0054	0.0019	0.0054	0.0073
chr2L	8324658	8324809	chr2L:8324659-8324809	FBgn0032021	CG7781	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0091	0.0109	0.0201	0.0021	0.0087	0.0156	0.0087	0.0021	0.0109	0.0129	0.0109	0.0124	0.0077	0.0052	0.0077	0.0063
chr2L	8325313	8325464	chr2L:8325314-8325464	FBgn0032021	CG7781	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0056	0.008	0.0269	0.0042	0.0073	0.0091	0.002	0.0042	0.0103	0.0055	0.0103	0.007	0.0038	0.0103	0.0038	0.0167
chr2L	8326930	8327123	chr2L:8326931-8327123	FBgn0032022	CG14275	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0208	0.007	0.015	0.0426	0.0032	0.0073	0.0121	0.0053	0.0032	0.0066	0.019	0.0066	0.0271	0.0046	0.0709	0.0046	0.0631
chr2L	8327285	8327436	chr2L:8327286-8327436	FBgn0032022	CG14275	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0088	0.0204	0.0274	0.0032	0.0078	0.0151	0.0107	0.0032	0.0121	0.035	0.0121	0.0194	0.0046	0.0761	0.0046	0.0234
chr2L	8327793	8327944	chr2L:8327794-8327944	FBgn0032022	CG14275	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.008	0.011	0.0159	0.0042	0.0073	0.0134	0.0093	0.0042	0.0042	0.0196	0.0042	0.0116	0.0038	0.0458	0.0038	0.0089
chr2L	8328067	8328218	chr2L:8328068-8328218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0174	0.0131	0.0189	0.0205	0.0053	0.0102	0.0242	0.0147	0.0053	0.0085	0.0299	0.0085	0.0248	0.0107	0.0509	0.0107	0.0203
chr2L	8328763	8328915	chr2L:8328764-8328915	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0128	0.0165	0.0315	0.0021	0.0097	0.0216	0.016	0.0021	0.0085	0.0251	0.0085	0.0209	0.0077	0.0864	0.0077	0.024
chr2L	8334845	8334996	chr2L:8334846-8334996	distal	distal	none	none	VT4193.1	VT4193.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0172	0.0175	0.0214	0.0085	0.0165	0.029	0.0187	0.0085	0.0242	0.017	0.0242	0.0248	0.023	0.0297	0.023	0.0344
chr2L	8342448	8342599	chr2L:8342449-8342599	FBgn0032024	CG14273	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0081	0.0079	0.0162	0.0085	0.0063	0.016	0.004	0.0085	0.0066	0.0074	0.0066	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.0474
chr2L	8346386	8346571	chr2L:8346387-8346571	FBgn0032025	CG7778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0143	0.0296	0.034	0.0021	0.0131	0.026	0.014	0.0021	0.0139	0.0495	0.0139	0.0287	0.0061	0.0993	0.0061	0.0323
chr2L	8348341	8348520	chr2L:8348342-8348520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0186	0.027	0.0184	0.0095	0.018	0.0121	0.0536	0.026	0.018	0.0133	0.017	0.0133	0.0426	0.0107	0.0103	0.0107	0.0146
chr2L	8355517	8355685	chr2L:8355518-8355685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0288	0.0444	0.0204	0.0207	0.0329	0.0427	0.0567	0.0586	0.0329	0.0127	0.0277	0.0127	0.0263	0.0138	0.0335	0.0138	0.0261
chr2L	8361329	8361548	chr2L:8361330-8361548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0748	0.0766	0.0924	0.0535	0.035	0.1218	0.0779	0.0866	0.035	0.093	0.0804	0.093	0.1712	0.0475	0.0348	0.0475	0.0891
chr2L	8361901	8362057	chr2L:8361902-8362057	FBgn0032026	CG7627	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0616	0.0566	0.0684	0.0596	0.0276	0.0791	0.0666	0.062	0.0276	0.0743	0.0579	0.0743	0.1084	0.0949	0.038	0.0949	0.073
chr2L	8362370	8362606	chr2L:8362371-8362606	FBgn0032026	CG7627	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.0768	0.1301	0.0953	0.0191	0.116	0.0649	0.1166	0.0191	0.1697	0.1106	0.1697	0.2029	0.1608	0.0561	0.1608	0.148
chr2L	8364273	8364463	chr2L:8364274-8364463	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1203	0.1097	0.1444	0.1057	0.0689	0.1238	0.1328	0.1339	0.0689	0.1848	0.1527	0.1848	0.1565	0.1133	0.0954	0.1133	0.1464
chr2L	8364528	8364704	chr2L:8364529-8364704	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2013	0.1868	0.2376	0.1778	0.1379	0.2199	0.2111	0.2365	0.1379	0.2899	0.2627	0.2899	0.2347	0.1998	0.1728	0.1998	0.2298
chr2L	8364762	8364954	chr2L:8364763-8364954	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1962	0.1884	0.2293	0.1685	0.1432	0.2316	0.2059	0.2325	0.1432	0.2766	0.2521	0.2766	0.2169	0.1876	0.1689	0.1876	0.2079
chr2L	8365090	8365312	chr2L:8365091-8365312	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1109	0.1467	0.0961	0.071	0.1257	0.1423	0.1299	0.071	0.1745	0.1717	0.1745	0.1201	0.1041	0.0941	0.1041	0.1131
chr2L	8365419	8365584	chr2L:8365420-8365584	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1029	0.0968	0.1324	0.0774	0.0689	0.1078	0.1207	0.1113	0.0689	0.1558	0.1486	0.1558	0.1232	0.0789	0.0696	0.0789	0.0938
chr2L	8365647	8365832	chr2L:8365648-8365832	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1522	0.1381	0.1789	0.1387	0.1156	0.1476	0.1644	0.1726	0.1156	0.2071	0.1981	0.2071	0.1975	0.1378	0.1322	0.1378	0.1668
chr2L	8365955	8366164	chr2L:8365956-8366164	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.148	0.1387	0.1725	0.1315	0.1198	0.1587	0.1553	0.1672	0.1198	0.2035	0.1878	0.2035	0.1782	0.1378	0.1354	0.1378	0.147
chr2L	8366185	8366403	chr2L:8366186-8366403	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1456	0.1421	0.169	0.1238	0.0997	0.1587	0.1713	0.1706	0.0997	0.1938	0.183	0.1938	0.1805	0.1317	0.1322	0.1317	0.1329
chr2L	8366421	8366610	chr2L:8366422-8366610	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.118	0.1274	0.1265	0.0982	0.0901	0.1316	0.1561	0.1652	0.0901	0.1256	0.1241	0.1256	0.141	0.1072	0.0864	0.1072	0.0964
chr2L	8370424	8370626	chr2L:8370425-8370626	FBgn0032029	CG17292	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.0338	0.0766	0.0909	0.0212	0.0422	0.0394	0.0446	0.0212	0.0622	0.099	0.0622	0.1139	0.1279	0.156	0.1279	0.1042
chr2L	8370789	8370940	chr2L:8370790-8370940	FBgn0032029	CG17292	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0405	0.0318	0.0424	0.048	0.0159	0.0335	0.0493	0.0366	0.0159	0.0386	0.045	0.0386	0.0798	0.0658	0.0735	0.0658	0.0604
chr2L	8370999	8371150	chr2L:8371000-8371150	FBgn0032029	CG17292	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.031	0.0257	0.0363	0.0311	0.0127	0.0311	0.0346	0.0306	0.0127	0.032	0.0367	0.032	0.0666	0.0406	0.0316	0.0406	0.05
chr2L	8374039	8374234	chr2L:8374040-8374234	FBgn0032030	Wdr82	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0587	0.0582	0.0433	0.0414	0.0558	0.083	0.0666	0.0414	0.0616	0.0678	0.0616	0.0596	0.0467	0.0438	0.0467	0.0573
chr2L	8374352	8374524	chr2L:8374353-8374524	FBgn0032030	Wdr82	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1021	0.1023	0.1169	0.0856	0.0657	0.1078	0.1345	0.1233	0.0657	0.1383	0.1322	0.1383	0.1247	0.0858	0.0909	0.0858	0.1131
chr2L	8374647	8374798	chr2L:8374648-8374798	FBgn0032030	Wdr82	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0472	0.0618	0.0363	0.0233	0.05	0.0679	0.0553	0.0233	0.0713	0.0646	0.0713	0.0759	0.0398	0.04	0.0398	0.0464
chr2L	8376734	8376899	chr2L:8376735-8376899	FBgn0032031,FBgn0032032	CG13390,CG17294	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0449	0.0692	0.0707	0.0148	0.0573	0.0515	0.0626	0.0148	0.0876	0.0836	0.0876	0.0705	0.0819	0.069	0.0819	0.0917
chr2L	8376915	8377107	chr2L:8376916-8377107	FBgn0032031,FBgn0032032	CG13390,CG17294	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0758	0.0607	0.0824	0.0854	0.0244	0.0752	0.0705	0.0773	0.0244	0.1008	0.0945	0.1008	0.0945	0.1049	0.0825	0.1049	0.1032
chr2L	8381433	8381584	chr2L:8381434-8381584	FBgn0027094	Aats-ala	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0671	0.0641	0.0813	0.0547	0.0265	0.0728	0.0804	0.0879	0.0265	0.1014	0.0887	0.1014	0.0914	0.0505	0.0593	0.0505	0.0787
chr2L	8381661	8381851	chr2L:8381662-8381851	FBgn0027094	Aats-ala	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.123	0.1163	0.1442	0.1074	0.0795	0.132	0.1406	0.1406	0.0795	0.1703	0.1598	0.1703	0.1681	0.1126	0.1122	0.1126	0.1423
chr2L	8381932	8382164	chr2L:8381933-8382164	FBgn0027094	Aats-ala	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.085	0.0798	0.1022	0.0721	0.0477	0.0961	0.0861	0.1113	0.0477	0.1268	0.1174	0.1268	0.1077	0.0697	0.0806	0.0697	0.0985
chr2L	8382172	8382594	chr2L:8382173-8382594	FBgn0027094,FBgn0032033,FBgn0032034	Aats-ala,CG13392,Rcd4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.127	0.1251	0.1508	0.1029	0.0764	0.1515	0.1432	0.1632	0.0764	0.1763	0.1656	0.1763	0.1712	0.1064	0.1019	0.1064	0.1371
chr2L	8382749	8382932	chr2L:8382750-8382932	FBgn0032033,FBgn0032034	CG13392,Rcd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1907	0.198	0.2121	0.159	0.1803	0.2189	0.2154	0.2558	0.1803	0.2343	0.2354	0.2343	0.2308	0.1677	0.1657	0.1677	0.1949
chr2L	8383776	8383982	chr2L:8383777-8383982	FBgn0032036,FBgn0263852	CG13384,l(2)k12914	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0898	0.0933	0.103	0.0714	0.0689	0.0961	0.1138	0.1159	0.0689	0.1165	0.119	0.1165	0.0999	0.075	0.0748	0.075	0.0803
chr2L	8384051	8384229	chr2L:8384052-8384229	FBgn0032036,FBgn0263852	CG13384,l(2)k12914	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.1203	0.1264	0.1096	0.0954	0.1359	0.1371	0.1499	0.0954	0.1425	0.1428	0.1425	0.1216	0.1202	0.1161	0.1202	0.1251
chr2L	8384385	8384581	chr2L:8384386-8384581	FBgn0032036,FBgn0263852	CG13384,l(2)k12914	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1346	0.1331	0.1529	0.1163	0.1166	0.1451	0.1557	0.1652	0.1166	0.1812	0.1678	0.1812	0.1472	0.1286	0.1141	0.1286	0.1355
chr2L	8384716	8384945	chr2L:8384717-8384945	FBgn0032036	CG13384	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.1127	0.0961	0.0634	0.0817	0.1078	0.1527	0.1406	0.0817	0.1057	0.11	0.1057	0.0968	0.0643	0.0658	0.0643	0.0677
chr2L	8385958	8386109	chr2L:8385959-8386109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.0588	0.0306	0.0318	0.0467	0.0393	0.1034	0.0606	0.0467	0.0344	0.026	0.0344	0.0542	0.01	0.0135	0.01	0.0896
chr2L	8386145	8386296	chr2L:8386146-8386296	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0391	0.0653	0.0289	0.021	0.0551	0.034	0.1224	0.0666	0.0551	0.0344	0.0273	0.0344	0.0449	0.0092	0.011	0.0092	0.05
chr2L	8387172	8387383	chr2L:8387173-8387383	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0654	0.1482	0.0283	0.0135	0.1039	0.1063	0.215	0.1999	0.1039	0.0332	0.0302	0.0332	0.0294	0.0092	0.0135	0.0092	0.0203
chr2L	8389591	8389805	chr2L:8389592-8389805	FBgn0041717,FBgn0262001	CG42819,snRNA:U6atac:29B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0447	0.0649	0.0368	0.0308	0.0509	0.0573	0.0965	0.072	0.0509	0.0362	0.0408	0.0362	0.0581	0.0398	0.0361	0.0398	0.0339
chr2L	8400324	8400490	chr2L:8400325-8400490	FBgn0051898	CG31898	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0623	0.0613	0.0698	0.0553	0.0424	0.0631	0.0688	0.0933	0.0424	0.0857	0.0723	0.0857	0.072	0.0613	0.058	0.0613	0.0735
chr2L	8403008	8403217	chr2L:8403009-8403217	FBgn0001084,FBgn0020497	emb,fy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0997	0.1119	0.1075	0.0774	0.0753	0.1248	0.1367	0.1386	0.0753	0.1256	0.1183	0.1256	0.117	0.0835	0.0812	0.0835	0.0928
chr2L	8403455	8403636	chr2L:8403456-8403636	FBgn0001084,FBgn0020497	emb,fy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2272	0.2168	0.2594	0.2033	0.158	0.2485	0.2643	0.2585	0.158	0.3146	0.2733	0.3146	0.2703	0.2159	0.2276	0.2159	0.2241
chr2L	8403741	8403931	chr2L:8403742-8403931	FBgn0001084,FBgn0020497	emb,fy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1809	0.1572	0.2184	0.1661	0.0976	0.183	0.1864	0.1979	0.0976	0.2808	0.2251	0.2808	0.2448	0.1838	0.1734	0.1838	0.1985
chr2L	8411520	8411718	chr2L:8411521-8411718	FBgn0014417	CG13397	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0554	0.0283	0.0635	0.077	0.018	0.0393	0.0311	0.0293	0.018	0.0598	0.0643	0.0598	0.1131	0.0926	0.0903	0.0926	0.1365
chr2L	8414935	8415132	chr2L:8414936-8415132	FBgn0032042	CG13398	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.0733	0.0944	0.0719	0.0445	0.0704	0.1055	0.0859	0.0445	0.1141	0.1039	0.1141	0.0991	0.0835	0.0606	0.0835	0.0917
chr2L	8415172	8415350	chr2L:8415173-8415350	FBgn0027932,FBgn0032042	Akap200,CG13398	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1125	0.0968	0.1327	0.1076	0.0732	0.101	0.1224	0.1179	0.0732	0.1848	0.1431	0.1848	0.1216	0.1263	0.1038	0.1263	0.1219
chr2L	8415632	8415821	chr2L:8415633-8415821	FBgn0027932,FBgn0032042	Akap200,CG13398	stage11,stage14,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2103	0.1978	0.2524	0.178	0.1591	0.218	0.2388	0.2365	0.1591	0.3345	0.2778	0.3345	0.2153	0.1914	0.1831	0.1914	0.2147
chr2L	8415849	8416000	chr2L:8415850-8416000	FBgn0027932	Akap200	stage11,stage14,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1373	0.1447	0.1617	0.1022	0.105	0.1422	0.1873	0.1825	0.105	0.2174	0.1743	0.2174	0.1456	0.108	0.1115	0.108	0.1303
chr2L	8416051	8416294	chr2L:8416052-8416294	FBgn0027932	Akap200	stage11,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1549	0.1651	0.1962	0.0982	0.1273	0.1801	0.1873	0.2185	0.1273	0.2464	0.2386	0.2464	0.158	0.0842	0.1161	0.0842	0.1047
chr2L	8416390	8416617	chr2L:8416391-8416617	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2603	0.2984	0.3129	0.16	0.2259	0.3301	0.3434	0.3904	0.2259	0.4022	0.3585	0.4022	0.2603	0.1386	0.1921	0.1386	0.1506
chr2L	8416896	8417083	chr2L:8416897-8417083	distal	distal	stage11,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1618	0.2312	0.1675	0.0778	0.1697	0.2325	0.2846	0.3078	0.1697	0.2114	0.192	0.2114	0.1433	0.075	0.0864	0.075	0.075
chr2L	8419342	8419531	chr2L:8419343-8419531	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4241.1	VT4241.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.104	0.0674	0.1449	0.0998	0.0244	0.0956	0.0688	0.0906	0.0244	0.2222	0.1534	0.2222	0.1394	0.147	0.0999	0.147	0.1563
chr2L	8419633	8419864	chr2L:8419634-8419864	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4241.1	VT4241.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0984	0.0689	0.1251	0.1019	0.0318	0.0917	0.0748	0.0893	0.0318	0.154	0.1344	0.154	0.1495	0.1172	0.1006	0.1172	0.1834
chr2L	8420292	8420466	chr2L:8420293-8420466	distal	distal	none	none	VT4241.1	VT4241.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0773	0.0575	0.1114	0.0621	0.0223	0.0699	0.0627	0.0839	0.0223	0.0731	0.173	0.0731	0.0999	0.0505	0.1141	0.0505	0.0823
chr2L	8421390	8421673	chr2L:8421391-8421673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.0818	0.106	0.0732	0.0626	0.0869	0.1042	0.0933	0.0626	0.1588	0.1006	0.1588	0.1325	0.0942	0.0677	0.0942	0.1271
chr2L	8421745	8422045	chr2L:8421746-8422045	distal	distal	none	none	VT4243.1	VT4243.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0734	0.0674	0.0915	0.0602	0.0414	0.0864	0.0774	0.074	0.0414	0.1111	0.0855	0.1111	0.1448	0.0551	0.0419	0.0551	0.1282
chr2L	8422169	8422320	chr2L:8422170-8422320	distal	distal	none	none	VT4243.1	VT4243.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0556	0.0532	0.0612	0.0521	0.0233	0.0665	0.0575	0.0786	0.0233	0.0646	0.0611	0.0646	0.0875	0.0276	0.0322	0.0276	0.1235
chr2L	8423020	8423223	chr2L:8423021-8423223	distal	distal	none	none	VT4243.1	VT4243.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0573	0.0517	0.0607	0.0597	0.035	0.0549	0.0614	0.0726	0.035	0.0525	0.0646	0.0525	0.1038	0.0306	0.0542	0.0306	0.1381
chr2L	8423574	8423816	chr2L:8423575-8423816	distal	distal	none	none	VT4243.1,VT4244.1	VT4243.1,VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0973	0.0834	0.1053	0.1042	0.0509	0.0961	0.0982	0.1119	0.0509	0.1027	0.1392	0.1027	0.0953	0.1018	0.1277	0.1018	0.1563
chr2L	8423962	8424312	chr2L:8423963-8424312	distal	distal	none	none	VT4243.1,VT4244.1	VT4243.1,VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1234	0.1049	0.1211	0.1466	0.0764	0.1223	0.1276	0.1246	0.0764	0.1709	0.1241	0.1709	0.1201	0.1998	0.1425	0.1998	0.2303
chr2L	8424429	8424580	chr2L:8424430-8424580	distal	distal	none	none	VT4244.1	VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.056	0.0573	0.0549	0.0556	0.0477	0.0592	0.0692	0.072	0.0477	0.07	0.055	0.07	0.0457	0.0574	0.0355	0.0574	0.0818
chr2L	8424839	8425086	chr2L:8424840-8425086	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4244.1	VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1263	0.1593	0.1166	0.1001	0.1145	0.1534	0.1955	0.2219	0.1145	0.1196	0.1116	0.1196	0.0728	0.0436	0.0664	0.0436	0.0688
chr2L	8425224	8425375	chr2L:8425225-8425375	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4244.1	VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0615	0.0693	0.0596	0.0549	0.0382	0.0714	0.0939	0.0873	0.0382	0.0604	0.0608	0.0604	0.0511	0.0291	0.0432	0.0291	0.0578
chr2L	8425959	8426173	chr2L:8425960-8426173	distal	distal	stage14	stage14	VT4245.1	VT4245.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0542	0.0584	0.0556	0.048	0.0255	0.0743	0.0584	0.0846	0.0255	0.0393	0.0486	0.0393	0.0411	0.0291	0.0206	0.0291	0.0406
chr2L	8429800	8429951	chr2L:8429801-8429951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0372	0.0471	0.043	0.0198	0.0339	0.05	0.0562	0.0586	0.0339	0.0513	0.0576	0.0513	0.0349	0.0168	0.0135	0.0168	0.0354
chr2L	8431574	8432324	chr2L:8431575-8432324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1077	0.1205	0.1202	0.0798	0.0944	0.1199	0.1462	0.1666	0.0944	0.1298	0.1383	0.1298	0.134	0.0651	0.0554	0.0651	0.1423
chr2L	8433235	8433386	chr2L:8433236-8433386	FBgn0001137	grk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0301	0.0287	0.033	0.0287	0.0085	0.0335	0.0368	0.0386	0.0085	0.0314	0.0376	0.0314	0.0387	0.0567	0.0181	0.0567	0.038
chr2L	8433552	8433905	chr2L:8433553-8433905	FBgn0001137	grk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.067	0.1043	0.0731	0.0308	0.0845	0.0753	0.0953	0.0308	0.1377	0.1029	0.1377	0.1069	0.1279	0.0509	0.1279	0.1146
chr2L	8437042	8437193	chr2L:8437043-8437193	FBgn0002887,FBgn0027490,FBgn0043002	Chrac-14,D12,mus201	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0485	0.0603	0.0391	0.0308	0.0602	0.0515	0.0673	0.0308	0.0821	0.0588	0.0821	0.0713	0.0406	0.038	0.0406	0.0443
chr2L	8437307	8437482	chr2L:8437308-8437482	FBgn0002887,FBgn0027490,FBgn0043002	Chrac-14,D12,mus201	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1528	0.1494	0.1811	0.1255	0.0901	0.1864	0.1579	0.2012	0.0901	0.2409	0.1897	0.2409	0.1867	0.1417	0.118	0.1417	0.1558
chr2L	8437548	8438024	chr2L:8437549-8438024	FBgn0002887,FBgn0027490,FBgn0043002	Chrac-14,D12,mus201	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1387	0.133	0.1778	0.1024	0.0721	0.1728	0.1419	0.1719	0.0721	0.2355	0.1939	0.2355	0.1681	0.1179	0.0967	0.1179	0.1266
chr2L	8438041	8438360	chr2L:8438042-8438360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0834	0.0732	0.1023	0.0741	0.0467	0.0966	0.077	0.0913	0.0467	0.1298	0.1058	0.1298	0.1154	0.0766	0.0696	0.0766	0.1016
chr2L	8449245	8449431	chr2L:8449246-8449431	FBgn0027780	U26	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0406	0.0536	0.0352	0.0191	0.0485	0.0458	0.058	0.0191	0.0604	0.054	0.0604	0.0674	0.0329	0.0387	0.0329	0.0479
chr2L	8449468	8449670	chr2L:8449469-8449670	FBgn0027780	U26	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0743	0.0612	0.0858	0.0765	0.0223	0.0801	0.0571	0.1006	0.0223	0.0906	0.0894	0.0906	0.1108	0.0674	0.0851	0.0674	0.1079
chr2L	8449779	8449943	chr2L:8449780-8449943	FBgn0027780	U26	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.0289	0.0324	0.0333	0.0053	0.034	0.0376	0.0366	0.0053	0.0278	0.036	0.0278	0.0465	0.023	0.038	0.023	0.0547
chr2L	8450674	8450825	chr2L:8450675-8450825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0173	0.0131	0.019	0.0201	0.0021	0.0121	0.0203	0.0173	0.0021	0.0223	0.0225	0.0223	0.0248	0.0115	0.0103	0.0115	0.0438
chr2L	8451464	8451738	chr2L:8451465-8451738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.0247	0.032	0.0348	0.0032	0.0286	0.0346	0.0286	0.0032	0.0242	0.0293	0.0242	0.0744	0.026	0.0174	0.026	0.0834
chr2L	8451963	8452114	chr2L:8451964-8452114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0123	0.0118	0.0103	0.0149	0.0011	0.0146	0.0169	0.012	0.0011	0.0097	0.0103	0.0097	0.017	0.0069	0.0064	0.0069	0.038
chr2L	8462187	8462390	chr2L:8462188-8462390	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0338	0.0232	0.0263	0.0539	0.0085	0.0267	0.0346	0.0247	0.0085	0.0248	0.019	0.0248	0.0581	0.0161	0.0303	0.0161	0.1287
chr2L	8462539	8462690	chr2L:8462540-8462690	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0199	0.0241	0.0277	0.0095	0.018	0.0294	0.0233	0.0095	0.0272	0.0196	0.0272	0.0457	0.0138	0.0155	0.0138	0.061
chr2L	8463092	8463270	chr2L:8463093-8463270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0234	0.0279	0.0389	0.0148	0.0252	0.0333	0.026	0.0148	0.0296	0.0254	0.0296	0.0178	0.0069	0.0193	0.0069	0.0297
chr2L	8463437	8463826	chr2L:8463438-8463826	FBgn0026718	fu12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0766	0.0793	0.0652	0.0861	0.053	0.0874	0.1021	0.0979	0.053	0.0749	0.0611	0.0749	0.0527	0.0352	0.0406	0.0352	0.0651
chr2L	8463875	8464241	chr2L:8463876-8464241	FBgn0026718,FBgn0029173	fu12,fu2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0813	0.0637	0.0816	0.1005	0.0265	0.0816	0.0839	0.0706	0.0265	0.0809	0.0887	0.0809	0.093	0.0796	0.078	0.0796	0.1298
chr2L	8464371	8464563	chr2L:8464372-8464563	FBgn0026718,FBgn0029173	fu12,fu2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1053	0.0876	0.1273	0.101	0.0456	0.1092	0.1008	0.1159	0.0456	0.1425	0.1463	0.1425	0.1232	0.1034	0.0948	0.1034	0.1214
chr2L	8464633	8464784	chr2L:8464634-8464784	FBgn0029173	fu2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0417	0.0656	0.0444	0.0148	0.0447	0.0506	0.064	0.0148	0.0743	0.0733	0.0743	0.0682	0.0475	0.0393	0.0475	0.0526
chr2L	8466700	8466915	chr2L:8466701-8466915	FBgn0262029	d	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0831	0.0713	0.0959	0.0823	0.0551	0.0816	0.0792	0.0933	0.0551	0.1268	0.1051	0.1268	0.1278	0.1049	0.1025	0.1049	0.1313
chr2L	8467046	8467197	chr2L:8467047-8467197	FBgn0262029	d	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0324	0.0307	0.0379	0.0281	0.0127	0.0335	0.0363	0.05	0.0127	0.038	0.0482	0.038	0.0418	0.0291	0.0342	0.0291	0.0459
chr2L	8477811	8477979	chr2L:8477812-8477979	FBgn0053194	CheA29a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0619	0.0609	0.0336	0.0339	0.0583	0.0856	0.0779	0.0339	0.0634	0.073	0.0634	0.0658	0.0329	0.0451	0.0329	0.036
chr2L	8478084	8478283	chr2L:8478085-8478283	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1553	0.1798	0.1779	0.1029	0.1442	0.1743	0.215	0.2478	0.1442	0.1685	0.2254	0.1685	0.1797	0.1072	0.1612	0.1072	0.1105
chr2L	8478429	8478707	chr2L:8478430-8478707	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1906	0.241	0.223	0.0989	0.2206	0.199	0.285	0.3611	0.2206	0.1075	0.3923	0.1075	0.158	0.0536	0.2818	0.0536	0.0646
chr2L	8478866	8479065	chr2L:8478867-8479065	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0893	0.1017	0.1157	0.0465	0.0636	0.0845	0.109	0.1912	0.0636	0.0411	0.2212	0.0411	0.0682	0.0115	0.1605	0.0115	0.0214
chr2L	8479326	8479554	chr2L:8479327-8479554	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1083	0.1494	0.1259	0.0432	0.1103	0.1306	0.1579	0.2665	0.1103	0.0483	0.2328	0.0483	0.0875	0.0123	0.1393	0.0123	0.0182
chr2L	8480432	8480583	chr2L:8480433-8480583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.027	0.0213	0.0311	0.029	0.0127	0.0214	0.0247	0.0313	0.0127	0.0121	0.0563	0.0121	0.0232	0.0084	0.0961	0.0084	0.0135
chr2L	8480794	8480945	chr2L:8480795-8480945	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0218	0.0284	0.0329	0.0095	0.0204	0.0316	0.0293	0.0095	0.0103	0.0543	0.0103	0.0163	0.0092	0.1199	0.0092	0.0109
chr2L	8481721	8481901	chr2L:8481722-8481901	FBgn0051892,FBgn0051896,FBgn0264340	CG43796,tRNA:CR31892,tRNA:CR31896	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1162	0.1341	0.1188	0.0934	0.1304	0.1495	0.1639	0.1446	0.1304	0.1824	0.1116	0.1824	0.1239	0.1792	0.049	0.1792	0.1298
chr2L	8482034	8482215	chr2L:8482035-8482215	FBgn0051892,FBgn0051896,FBgn0264340	CG43796,tRNA:CR31892,tRNA:CR31896	none	none	Unspecified_5749	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1298	0.1469	0.1362	0.1037	0.1198	0.1689	0.1812	0.1626	0.1198	0.2204	0.1148	0.2204	0.1526	0.1861	0.0413	0.1861	0.1558
chr2L	8485677	8485869	chr2L:8485678-8485869	FBgn0263489	unsRNA:d-a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.1107	0.0879	0.0769	0.088	0.1282	0.1293	0.1319	0.088	0.1461	0.0678	0.1461	0.1115	0.1103	0.0374	0.1103	0.1188
chr2L	8488479	8488632	chr2L:8488480-8488632	FBgn0032047	CG13088	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0241	0.0319	0.0248	0.018	0.0262	0.029	0.0313	0.018	0.0248	0.046	0.0248	0.0349	0.0176	0.04	0.0176	0.0313
chr2L	8488849	8489028	chr2L:8488850-8489028	FBgn0032047	CG13088	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0906	0.0783	0.1048	0.0888	0.0498	0.0966	0.0917	0.0899	0.0498	0.1238	0.1138	0.1238	0.1325	0.1057	0.0922	0.1057	0.1199
chr2L	8509981	8510132	chr2L:8509982-8510132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.025	0.0462	0.0206	0.0063	0.035	0.0184	0.0774	0.0666	0.035	0.0308	0.0222	0.0308	0.017	0.0084	0.0045	0.0084	0.012
chr2L	8510476	8510663	chr2L:8510477-8510663	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.1557	0.0235	0.0072	0.175	0.0767	0.2465	0.1939	0.175	0.0278	0.0293	0.0278	0.0217	0.0084	0.0071	0.0084	0.0083
chr2L	8510856	8511047	chr2L:8510857-8511047	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0995	0.0305	0.0127	0.1188	0.0544	0.1393	0.1379	0.1188	0.0435	0.0357	0.0435	0.0271	0.0138	0.0123	0.0138	0.0141
chr2L	8511413	8511686	chr2L:8511414-8511686	FBgn0032050	CG13096	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0749	0.091	0.0812	0.0501	0.0785	0.0985	0.1142	0.0973	0.0785	0.1171	0.0961	0.1171	0.0682	0.0498	0.0464	0.0498	0.0625
chr2L	8511818	8512032	chr2L:8511819-8512032	FBgn0032050	CG13096	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1825	0.1736	0.2157	0.156	0.1294	0.1956	0.205	0.2132	0.1294	0.2603	0.2373	0.2603	0.206	0.17	0.1528	0.17	0.1839
chr2L	8512213	8512450	chr2L:8512214-8512450	FBgn0032050	CG13096	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0593	0.0883	0.0517	0.0329	0.0655	0.0809	0.0693	0.0329	0.1184	0.0961	0.1184	0.0852	0.072	0.04	0.072	0.0698
chr2L	8514769	8514952	chr2L:8514770-8514952	FBgn0032051,FBgn0032052	CG13089,CG13097	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1076	0.0956	0.132	0.0943	0.053	0.1126	0.1107	0.1292	0.053	0.1655	0.1441	0.1655	0.1472	0.0911	0.1038	0.0911	0.1271
chr2L	8515005	8515174	chr2L:8515006-8515174	FBgn0032051,FBgn0032052	CG13089,CG13097	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.145	0.1287	0.1811	0.1235	0.0859	0.1451	0.1527	0.1712	0.0859	0.2156	0.1945	0.2156	0.2014	0.1325	0.127	0.1325	0.1563
chr2L	8517297	8517683	chr2L:8517298-8517683	FBgn0032053,FBgn0032054	CG13090,mRpL51	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1617	0.1503	0.185	0.1487	0.0986	0.1961	0.1592	0.1972	0.0986	0.2349	0.1961	0.2349	0.2115	0.1715	0.1425	0.1715	0.185
chr2L	8521524	8521729	chr2L:8521525-8521729	FBgn0016122	Acer	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0972	0.1248	0.1029	0.0602	0.088	0.1209	0.1527	0.1712	0.088	0.1461	0.1199	0.1461	0.0782	0.0835	0.0535	0.0835	0.0688
chr2L	8521837	8522284	chr2L:8521838-8522284	FBgn0016122	Acer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2516	0.33	0.2377	0.1792	0.3203	0.2762	0.4247	0.4304	0.3203	0.2935	0.2714	0.2935	0.2564	0.2289	0.1908	0.2289	0.235
chr2L	8522560	8522715	chr2L:8522561-8522715	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0416	0.0572	0.0391	0.0269	0.0562	0.0383	0.0848	0.0753	0.0562	0.0628	0.0373	0.0628	0.0473	0.0429	0.0193	0.0429	0.0438
chr2L	8522930	8523081	chr2L:8522931-8523081	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0344	0.0326	0.0267	0.0212	0.0286	0.0532	0.044	0.0212	0.0441	0.0293	0.0441	0.0457	0.0337	0.0168	0.0337	0.049
chr2L	8528165	8528335	chr2L:8528166-8528335	FBgn0085470,FBgn0250903	CG34441,lmg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.061	0.0604	0.0725	0.049	0.0339	0.067	0.0761	0.0786	0.0339	0.0876	0.0775	0.0876	0.0953	0.0459	0.0458	0.0459	0.0641
chr2L	8528425	8528604	chr2L:8528426-8528604	FBgn0085470,FBgn0250903	CG34441,lmg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1252	0.1537	0.1154	0.0774	0.1505	0.1419	0.1632	0.0774	0.1896	0.1746	0.1896	0.1642	0.1217	0.1148	0.1217	0.1475
chr2L	8528638	8528832	chr2L:8528639-8528832	FBgn0028394,FBgn0085470,FBgn0250903	CG17834,CG34441,lmg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0814	0.0949	0.0771	0.0541	0.0927	0.0882	0.1139	0.0541	0.1129	0.1071	0.1129	0.1092	0.085	0.089	0.085	0.1016
chr2L	8528902	8529194	chr2L:8528903-8529194	FBgn0028394,FBgn0085470,FBgn0250903	CG17834,CG34441,lmg	stage14	none	VT4293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0627	0.0576	0.0692	0.0613	0.0318	0.0602	0.0727	0.0746	0.0318	0.0682	0.0785	0.0682	0.103	0.0567	0.0793	0.0567	0.0995
chr2L	8529546	8529697	chr2L:8529547-8529697	FBgn0028394	CG17834	none	none	VT4293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0317	0.0234	0.0159	0.0244	0.0218	0.0528	0.0346	0.0244	0.0187	0.0244	0.0187	0.0356	0.0123	0.0174	0.0123	0.024
chr2L	8530466	8530617	chr2L:8530467-8530617	distal	distal	none	none	VT4293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0192	0.0237	0.0226	0.0106	0.016	0.0311	0.0193	0.0106	0.0151	0.0215	0.0151	0.0643	0.0207	0.0161	0.0207	0.0459
chr2L	8533773	8534121	chr2L:8533774-8534121	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0243	0.0424	0.0454	0.0095	0.0311	0.0368	0.022	0.0095	0.0187	0.0302	0.0187	0.1394	0.0184	0.0587	0.0184	0.0907
chr2L	8534434	8534852	chr2L:8534435-8534852	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0605	0.0368	0.0537	0.0944	0.0148	0.0466	0.0502	0.0386	0.0148	0.0302	0.0527	0.0302	0.1394	0.0972	0.1161	0.0972	0.16
chr2L	8535053	8535334	chr2L:8535054-8535334	distal	distal	stage14	stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0651	0.0198	0.0539	0.1278	0.0042	0.0282	0.0303	0.0153	0.0042	0.0296	0.0514	0.0296	0.1464	0.1715	0.1438	0.1715	0.223
chr2L	8535667	8535840	chr2L:8535668-8535840	distal	distal	stage14	stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0448	0.0115	0.0363	0.0915	0.0011	0.0175	0.0151	0.01	0.0011	0.0205	0.0367	0.0205	0.0984	0.1034	0.1096	0.1034	0.1621
chr2L	8535969	8536178	chr2L:8535970-8536178	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0359	0.0168	0.0341	0.0592	0.0032	0.0267	0.0195	0.018	0.0032	0.0139	0.0405	0.0139	0.0821	0.036	0.1109	0.036	0.0933
chr2L	8541572	8541771	chr2L:8541573-8541771	FBgn0011259,FBgn0051603,FBgn0051604	Sema-1a,tRNA:CR31603,tRNA:CR31604	none	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2233	0.2216	0.253	0.1926	0.1983	0.2573	0.2452	0.2618	0.1983	0.3134	0.2611	0.3134	0.2517	0.1845	0.1876	0.1845	0.2449
chr2L	8542025	8542200	chr2L:8542026-8542200	FBgn0011259,FBgn0051603,FBgn0051604	Sema-1a,tRNA:CR31603,tRNA:CR31604	stage11,stage14,stage5	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1514	0.126	0.2015	0.1248	0.0944	0.151	0.1423	0.1546	0.0944	0.2349	0.2322	0.2349	0.1813	0.108	0.1586	0.108	0.1339
chr2L	8542297	8542473	chr2L:8542298-8542473	FBgn0011259	Sema-1a	stage11,stage14,stage5	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1265	0.0976	0.1641	0.1175	0.0551	0.1267	0.1064	0.1279	0.0551	0.195	0.19	0.195	0.1441	0.1363	0.1406	0.1363	0.1183
chr2L	8542755	8542918	chr2L:8542756-8542918	distal	distal	none	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0959	0.072	0.1183	0.0982	0.0424	0.1034	0.0705	0.0886	0.0424	0.1612	0.127	0.1612	0.0883	0.0896	0.1135	0.0896	0.0985
chr2L	8543225	8543413	chr2L:8543226-8543413	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1689	0.1449	0.2151	0.1448	0.088	0.1879	0.16	0.1839	0.088	0.2893	0.2305	0.2893	0.1851	0.1493	0.1496	0.1493	0.1553
chr2L	8543642	8543803	chr2L:8543643-8543803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0759	0.0816	0.0925	0.0511	0.0509	0.0981	0.0952	0.1039	0.0509	0.1196	0.0974	0.1196	0.0782	0.0513	0.0445	0.0513	0.0516
chr2L	8543979	8544280	chr2L:8543980-8544280	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2368	0.2329	0.29	0.1828	0.1697	0.2908	0.2413	0.2991	0.1697	0.3738	0.3129	0.3738	0.2455	0.1715	0.1644	0.1715	0.1866
chr2L	8544695	8544877	chr2L:8544696-8544877	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0725	0.0809	0.0967	0.0366	0.0467	0.1117	0.0882	0.0939	0.0467	0.1582	0.0849	0.1582	0.0852	0.0245	0.0329	0.0245	0.0427
chr2L	8545569	8545866	chr2L:8545570-8545866	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1125	0.1307	0.1306	0.0721	0.0435	0.2345	0.0748	0.1945	0.0435	0.1878	0.1222	0.1878	0.1875	0.0666	0.0703	0.0666	0.1329
chr2L	8550692	8550872	chr2L:8550693-8550872	distal	distal	none	none	VT4304.1	VT4304.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0215	0.0182	0.0245	0.022	0.0106	0.0291	0.016	0.022	0.0106	0.0211	0.0203	0.0211	0.017	0.0092	0.0161	0.0092	0.0177
chr2L	8551252	8551403	chr2L:8551253-8551403	distal	distal	stage5	stage5	VT4304.1	VT4304.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0257	0.0343	0.025	0.0169	0.0085	0.0714	0.0333	0.02	0.0085	0.0326	0.0228	0.0326	0.0217	0.01	0.0129	0.01	0.0109
chr2L	8553630	8553881	chr2L:8553631-8553881	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4305.1	VT4305.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0532	0.0174	0.0638	0.0813	0.0021	0.0311	0.0169	0.0173	0.0021	0.0833	0.0547	0.0833	0.1154	0.062	0.0896	0.062	0.1522
chr2L	8554069	8554320	chr2L:8554070-8554320	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4305.1	VT4305.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0168	0.0595	0.0678	0.0042	0.0296	0.0147	0.0193	0.0042	0.0362	0.074	0.0362	0.1038	0.0406	0.1115	0.0406	0.0886
chr2L	8554539	8554740	chr2L:8554540-8554740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0427	0.025	0.0537	0.0503	0.0085	0.0383	0.0242	0.032	0.0085	0.0483	0.0611	0.0483	0.0542	0.0207	0.0651	0.0207	0.0422
chr2L	8555602	8556042	chr2L:8555603-8556042	distal	distal	none	none	VT4307.1	VT4307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0432	0.0275	0.0489	0.0544	0.0085	0.034	0.0398	0.0293	0.0085	0.0447	0.0431	0.0447	0.0318	0.0161	0.0129	0.0161	0.0188
chr2L	8556185	8556545	chr2L:8556186-8556545	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4307.1	VT4307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0645	0.0444	0.0726	0.078	0.0286	0.0563	0.0588	0.042	0.0286	0.0362	0.0614	0.0362	0.0473	0.0207	0.0393	0.0207	0.0219
chr2L	8556905	8557136	chr2L:8556906-8557136	distal	distal	none	none	VT4307.1	VT4307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0287	0.0229	0.0329	0.0305	0.0095	0.0286	0.0294	0.0273	0.0095	0.029	0.0219	0.029	0.0403	0.0115	0.0135	0.0115	0.0177
chr2L	8557845	8558097	chr2L:8557846-8558097	distal	distal	none	none	VT4308.1	VT4308.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0331	0.0213	0.0433	0.0351	0.0032	0.0306	0.0264	0.0193	0.0032	0.0181	0.0508	0.0181	0.0875	0.0176	0.0355	0.0176	0.0563
chr2L	8558527	8558722	chr2L:8558528-8558722	distal	distal	none	none	VT4308.1	VT4308.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.0282	0.0584	0.0337	0.0021	0.0602	0.0242	0.0233	0.0021	0.0338	0.0633	0.0338	0.1216	0.01	0.0522	0.01	0.0334
chr2L	8560402	8560553	chr2L:8560403-8560553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0172	0.0193	0.0197	0.012	0.0074	0.032	0.0203	0.0207	0.0074	0.0296	0.0151	0.0296	0.0263	0.0054	0.0084	0.0054	0.0089
chr2L	8562289	8562440	chr2L:8562290-8562440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0248	0.0243	0.031	0.0185	0.0095	0.0403	0.0238	0.024	0.0095	0.0326	0.0338	0.0326	0.0387	0.0153	0.0187	0.0153	0.0203
chr2L	8563380	8563531	chr2L:8563381-8563531	distal	distal	none	none	VT4311.1	VT4311.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0121	0.0171	0.0143	0.0042	0.015	0.0182	0.0093	0.0042	0.0145	0.0158	0.0145	0.024	0.0092	0.0071	0.0092	0.0125
chr2L	8570760	8570944	chr2L:8570761-8570944	FBgn0051895	tRNA:CR31895	stage14	none	VT4315.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0447	0.031	0.0411	0.0638	0.0255	0.0383	0.042	0.026	0.0255	0.0356	0.036	0.0356	0.093	0.0513	0.0503	0.0513	0.135
chr2L	8572656	8572931	chr2L:8572657-8572931	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0395	0.0312	0.0464	0.0414	0.0095	0.0427	0.0376	0.038	0.0095	0.0405	0.0605	0.0405	0.0279	0.0145	0.0251	0.0145	0.0229
chr2L	8573175	8573326	chr2L:8573176-8573326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0194	0.0146	0.0212	0.023	0.0021	0.0243	0.013	0.0173	0.0021	0.0205	0.0241	0.0205	0.017	0.013	0.0103	0.013	0.0151
chr2L	8574609	8574760	chr2L:8574610-8574760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0123	0.0234	0.0231	0.0011	0.0175	0.0156	0.012	0.0011	0.0314	0.0251	0.0314	0.0263	0.0391	0.0335	0.0391	0.0141
chr2L	8574900	8575096	chr2L:8574901-8575096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0348	0.0176	0.0429	0.0451	0.0042	0.034	0.016	0.0153	0.0042	0.0713	0.0373	0.0713	0.0527	0.1118	0.0368	0.1118	0.0344
chr2L	8576550	8576975	chr2L:8576551-8576975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4319.1	VT4319.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0661	0.0508	0.0812	0.0666	0.0201	0.0864	0.0515	0.0466	0.0201	0.0513	0.0695	0.0513	0.1588	0.0628	0.0503	0.0628	0.075
chr2L	8577428	8577591	chr2L:8577429-8577591	distal	distal	stage14	stage14	VT4319.1	VT4319.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0213	0.0357	0.032	0.0053	0.0282	0.0294	0.0227	0.0053	0.032	0.0347	0.032	0.0356	0.0176	0.0309	0.0176	0.0266
chr2L	8578592	8578803	chr2L:8578593-8578803	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT4319.1,VT4320.1	VT4319.1,VT4320.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0456	0.0454	0.0571	0.0333	0.018	0.0471	0.0571	0.0633	0.018	0.029	0.0994	0.029	0.0395	0.0268	0.0554	0.0268	0.025
chr2L	8579878	8580029	chr2L:8579879-8580029	distal	distal	none	none	VT4320.1	VT4320.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0184	0.0118	0.0197	0.0244	0.0021	0.0165	0.0134	0.014	0.0021	0.0175	0.0206	0.0175	0.0248	0.0551	0.0142	0.0551	0.0177
chr2L	8580239	8580439	chr2L:8580240-8580439	distal	distal	none	none	VT4320.1,VT4321.1	VT4320.1,VT4321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0321	0.0177	0.0269	0.0538	0.0064	0.0248	0.0225	0.016	0.0064	0.0344	0.0254	0.0344	0.0349	0.124	0.0239	0.124	0.0615
chr2L	8580720	8580871	chr2L:8580721-8580871	distal	distal	none	none	VT4321.1	VT4321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0196	0.0143	0.0234	0.0214	0.0053	0.0194	0.0203	0.0133	0.0053	0.026	0.0257	0.026	0.0256	0.0406	0.0155	0.0406	0.0255
chr2L	8581730	8582094	chr2L:8581731-8582094	distal	distal	none	none	VT4321.1	VT4321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0449	0.0298	0.0575	0.048	0.0074	0.0456	0.0333	0.0346	0.0074	0.0821	0.0672	0.0821	0.0395	0.1041	0.0496	0.1041	0.0354
chr2L	8583042	8583193	chr2L:8583043-8583193	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0105	0.0211	0.0258	0.0042	0.0146	0.0112	0.0127	0.0042	0.0217	0.0183	0.0217	0.0318	0.0253	0.0142	0.0253	0.0198
chr2L	8584581	8584732	chr2L:8584582-8584732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0228	0.0202	0.0302	0.0175	0.0095	0.0238	0.0294	0.0187	0.0095	0.032	0.0254	0.032	0.0318	0.0375	0.009	0.0375	0.012
chr2L	8584903	8585054	chr2L:8584904-8585054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0177	0.0313	0.0148	0.0064	0.0136	0.0307	0.0213	0.0064	0.0326	0.0215	0.0326	0.0287	0.0123	0.0077	0.0123	0.0135
chr2L	8585375	8585556	chr2L:8585376-8585556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0257	0.0226	0.0312	0.0233	0.0095	0.0204	0.0355	0.0253	0.0095	0.0308	0.0193	0.0308	0.0302	0.0299	0.0135	0.0299	0.0162
chr2L	8585973	8586124	chr2L:8585974-8586124	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0107	0.0222	0.0265	0.0064	0.0141	0.0143	0.0093	0.0064	0.0236	0.0209	0.0236	0.0294	0.049	0.0155	0.049	0.0266
chr2L	8586192	8586343	chr2L:8586193-8586343	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0117	0.0208	0.0245	0.0085	0.015	0.0164	0.01	0.0085	0.0169	0.0193	0.0169	0.0294	0.0337	0.0168	0.0337	0.0302
chr2L	8587956	8588180	chr2L:8587957-8588180	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0587	0.053	0.067	0.056	0.0392	0.0495	0.0856	0.046	0.0392	0.067	0.0585	0.067	0.0782	0.0406	0.0554	0.0406	0.0459
chr2L	8588325	8588544	chr2L:8588326-8588544	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0467	0.0375	0.0591	0.0432	0.0201	0.0432	0.0497	0.046	0.0201	0.0622	0.0592	0.0622	0.0821	0.0391	0.0438	0.0391	0.049
chr2L	8588639	8588790	chr2L:8588640-8588790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0232	0.0171	0.0275	0.0253	0.0074	0.0199	0.0242	0.0187	0.0074	0.0302	0.0267	0.0302	0.0403	0.0214	0.0245	0.0214	0.0234
chr2L	8590767	8590918	chr2L:8590768-8590918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0124	0.0097	0.0142	0.0134	0.0064	0.0087	0.013	0.0147	0.0064	0.0145	0.0135	0.0145	0.0201	0.01	0.0123	0.01	0.0229
chr2L	8592655	8592806	chr2L:8592656-8592806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0179	0.0225	0.015	0.0095	0.0223	0.0281	0.014	0.0095	0.0236	0.019	0.0236	0.0263	0.0107	0.0077	0.0107	0.0151
chr2L	8594115	8594266	chr2L:8594116-8594266	FBgn0264437	CR43855	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.0177	0.0209	0.0141	0.0138	0.0238	0.0221	0.0147	0.0138	0.0187	0.0212	0.0187	0.024	0.0046	0.0174	0.0046	0.0135
chr2L	8601815	8601966	chr2L:8601816-8601966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0274	0.0209	0.0348	0.0266	0.0138	0.0209	0.0285	0.024	0.0138	0.0356	0.035	0.0356	0.0511	0.0253	0.0264	0.0253	0.037
chr2L	8602544	8602695	chr2L:8602545-8602695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0074	0.0159	0.0206	0.0095	0.0068	0.0095	0.008	0.0095	0.0145	0.0151	0.0145	0.0147	0.0061	0.0058	0.0061	0.0094
chr2L	8602873	8603106	chr2L:8602874-8603106	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0135	0.0236	0.0319	0.0074	0.0155	0.019	0.0147	0.0074	0.0242	0.0186	0.0242	0.0279	0.0054	0.0077	0.0054	0.0219
chr2L	8603220	8603371	chr2L:8603221-8603371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.014	0.0174	0.0203	0.0032	0.0112	0.0251	0.012	0.0032	0.0205	0.0154	0.0205	0.0178	0.0054	0.0123	0.0054	0.013
chr2L	8607143	8607294	chr2L:8607144-8607294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0135	0.018	0.021	0.0032	0.0165	0.0195	0.0147	0.0032	0.0169	0.0161	0.0169	0.0163	0.01	0.0077	0.01	0.0109
chr2L	8607556	8607707	chr2L:8607557-8607707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0088	0.0113	0.0202	0.0053	0.0117	0.0125	0.006	0.0053	0.0109	0.0087	0.0109	0.0147	0.0069	0.0058	0.0069	0.012
chr2L	8611288	8611439	chr2L:8611289-8611439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0092	0.0171	0.024	0.0053	0.0131	0.013	0.0067	0.0053	0.0175	0.0141	0.0175	0.0163	0.0123	0.0097	0.0123	0.0162
chr2L	8612192	8612377	chr2L:8612193-8612377	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0465	0.0194	0.0569	0.0655	0.0053	0.0335	0.0195	0.022	0.0053	0.0284	0.0315	0.0284	0.0302	0.0161	0.0161	0.0161	0.0229
chr2L	8612513	8612664	chr2L:8612514-8612664	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0324	0.0181	0.0371	0.0434	0.0064	0.0286	0.0182	0.0213	0.0064	0.0223	0.0203	0.0223	0.0186	0.0077	0.011	0.0077	0.0109
chr2L	8614149	8614300	chr2L:8614150-8614300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0181	0.0113	0.0217	0.0217	0.0032	0.0146	0.0134	0.014	0.0032	0.0169	0.0225	0.0169	0.0225	0.0084	0.0142	0.0084	0.0328
chr2L	8614729	8614893	chr2L:8614730-8614893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0117	0.035	0.0231	0.0021	0.017	0.0108	0.02	0.0021	0.029	0.035	0.029	0.0263	0.0123	0.0084	0.0123	0.0208
chr2L	8615496	8615751	chr2L:8615497-8615751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0285	0.0127	0.0348	0.0393	0.0053	0.0218	0.0134	0.0113	0.0053	0.0356	0.0299	0.0356	0.0263	0.0413	0.0187	0.0413	0.0391
chr2L	8616229	8616380	chr2L:8616230-8616380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0122	0.0236	0.0259	0.0085	0.0141	0.0169	0.0113	0.0085	0.0217	0.0215	0.0217	0.0271	0.0191	0.0116	0.0191	0.0302
chr2L	8619477	8619628	chr2L:8619478-8619628	FBgn0051602	tRNA:CR31602	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.01	0.0171	0.0234	0.0021	0.0131	0.0125	0.0113	0.0021	0.0157	0.0135	0.0157	0.0139	0.0107	0.0103	0.0107	0.0261
chr2L	8619705	8619856	chr2L:8619706-8619856	FBgn0051602	tRNA:CR31602	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.01	0.0174	0.027	0.0021	0.0102	0.0164	0.0107	0.0021	0.0169	0.0138	0.0169	0.0248	0.0184	0.0129	0.0184	0.0375
chr2L	8619872	8620111	chr2L:8619873-8620111	FBgn0051602	tRNA:CR31602	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0292	0.0315	0.0405	0.018	0.0325	0.0394	0.0306	0.018	0.0254	0.0318	0.0254	0.0488	0.0352	0.0277	0.0352	0.0563
chr2L	8620634	8620785	chr2L:8620635-8620785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0115	0.014	0.017	0.0021	0.0131	0.0208	0.0073	0.0021	0.0103	0.0125	0.0103	0.0124	0.0092	0.0103	0.0092	0.0104
chr2L	8622364	8622584	chr2L:8622365-8622584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0244	0.0177	0.0289	0.027	0.0095	0.0175	0.026	0.0207	0.0095	0.0236	0.0293	0.0236	0.0473	0.0138	0.0316	0.0138	0.0255
chr2L	8622648	8622799	chr2L:8622649-8622799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.0117	0.0193	0.0173	0.0053	0.0131	0.0151	0.0147	0.0053	0.0157	0.0177	0.0157	0.0263	0.0077	0.0123	0.0077	0.013
chr2L	8624581	8624847	chr2L:8624582-8624847	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0253	0.0504	0.0166	0.0106	0.034	0.029	0.028	0.0106	0.0393	0.055	0.0393	0.0906	0.0184	0.0135	0.0184	0.0177
chr2L	8625168	8625409	chr2L:8625169-8625409	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0409	0.029	0.0698	0.0226	0.0085	0.0529	0.0329	0.0213	0.0085	0.0399	0.0768	0.0399	0.1356	0.0138	0.0232	0.0138	0.0219
chr2L	8632778	8632929	chr2L:8632779-8632929	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0173	0.015	0.0181	0.0189	0.0064	0.0199	0.0195	0.0147	0.0064	0.0223	0.0183	0.0223	0.0225	0.0084	0.0084	0.0084	0.0115
chr2L	8633773	8633978	chr2L:8633774-8633978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.03	0.031	0.0311	0.0277	0.0159	0.0257	0.0554	0.0273	0.0159	0.0362	0.0273	0.0362	0.0279	0.0276	0.0116	0.0276	0.0188
chr2L	8648530	8648681	chr2L:8648531-8648681	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0061	0.0095	0.0104	0.0011	0.0068	0.0104	0.006	0.0011	0.0097	0.008	0.0097	0.0124	0.0031	0.0077	0.0031	0.0083
chr2L	8653331	8653482	chr2L:8653332-8653482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0136	0.01	0.0126	0.0188	0.0011	0.0155	0.0125	0.0113	0.0011	0.0169	0.01	0.0169	0.0201	0.0161	0.0116	0.0161	0.0354
chr2L	8653718	8653869	chr2L:8653719-8653869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0183	0.014	0.0174	0.0241	0.0053	0.0155	0.0234	0.0113	0.0053	0.0193	0.0186	0.0193	0.0201	0.0199	0.0168	0.0199	0.038
chr2L	8670408	8670559	chr2L:8670409-8670559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.012	0.0181	0.0159	0.0032	0.0165	0.0151	0.01	0.0032	0.0103	0.0164	0.0103	0.0395	0.0176	0.0058	0.0176	0.0276
chr2L	8671509	8671740	chr2L:8671510-8671740	FBgn0001114	Glt	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0284	0.0156	0.0277	0.0434	0.0074	0.0209	0.0234	0.0087	0.0074	0.0284	0.0264	0.0284	0.0449	0.0253	0.0232	0.0253	0.1037
chr2L	8672249	8672400	chr2L:8672250-8672400	FBgn0001114	Glt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0204	0.0147	0.018	0.0292	0.0127	0.017	0.019	0.0133	0.0127	0.0151	0.018	0.0151	0.0271	0.0176	0.0187	0.0176	0.0646
chr2L	8672617	8672804	chr2L:8672618-8672804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0176	0.0261	0.0441	0.0074	0.0209	0.0268	0.0173	0.0074	0.0223	0.0225	0.0223	0.0542	0.0161	0.0187	0.0161	0.1172
chr2L	8673081	8673232	chr2L:8673082-8673232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0115	0.0187	0.0337	0.0011	0.016	0.0156	0.012	0.0011	0.0223	0.0145	0.0223	0.0349	0.0161	0.0129	0.0161	0.0907
chr2L	8675654	8675852	chr2L:8675655-8675852	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0483	0.0774	0.0442	0.0205	0.0551	0.0752	0.1073	0.0799	0.0551	0.0737	0.0412	0.0737	0.038	0.0161	0.0116	0.0161	0.038
chr2L	8679033	8679217	chr2L:8679034-8679217	FBgn0051889	tRNA:CR31889	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0779	0.0598	0.0404	0.0615	0.0796	0.0926	0.1026	0.0615	0.0857	0.0582	0.0857	0.072	0.0858	0.0271	0.0858	0.0578
chr2L	8683385	8683562	chr2L:8683386-8683562	FBgn0051888,FBgn0051890	tRNA:CR31888,tRNA:CR31890	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0992	0.1185	0.108	0.068	0.1124	0.1267	0.1319	0.1512	0.1124	0.1486	0.1058	0.1486	0.1317	0.1095	0.0419	0.1095	0.1001
chr2L	8683755	8683953	chr2L:8683756-8683953	FBgn0032058,FBgn0051888,FBgn0051890	CG9289,tRNA:CR31888,tRNA:CR31890	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.114	0.1292	0.1183	0.0922	0.105	0.1432	0.1393	0.1712	0.105	0.1492	0.1296	0.1492	0.134	0.1049	0.0922	0.1049	0.1344
chr2L	8684043	8684194	chr2L:8684044-8684194	FBgn0032058,FBgn0051888	CG9289,tRNA:CR31888	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0431	0.0462	0.0495	0.0327	0.0276	0.0515	0.0571	0.0626	0.0276	0.0495	0.0569	0.0495	0.0558	0.0467	0.0368	0.0467	0.0354
chr2L	8684702	8684853	chr2L:8684703-8684853	FBgn0032058	CG9289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0319	0.0354	0.0362	0.0233	0.017	0.0359	0.0515	0.0373	0.017	0.058	0.0363	0.058	0.0364	0.0375	0.0277	0.0375	0.0224
chr2L	8684939	8685092	chr2L:8684940-8685092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0346	0.0473	0.032	0.0233	0.0369	0.0441	0.04	0.0233	0.0888	0.0405	0.0888	0.0519	0.0597	0.0271	0.0597	0.0401
chr2L	8685300	8685546	chr2L:8685301-8685546	FBgn0032059	PrBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.0449	0.0522	0.0416	0.0255	0.0432	0.0623	0.0586	0.0255	0.0658	0.0605	0.0658	0.0565	0.0613	0.0632	0.0613	0.0339
chr2L	8685831	8686030	chr2L:8685832-8686030	FBgn0032059,FBgn0260861	PrBP,Trs23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1033	0.1016	0.1141	0.0934	0.0689	0.1165	0.1107	0.1372	0.0689	0.1552	0.119	0.1552	0.1239	0.1401	0.087	0.1401	0.1053
chr2L	8686142	8686321	chr2L:8686143-8686321	FBgn0032059,FBgn0260861	PrBP,Trs23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1173	0.1108	0.1348	0.1053	0.0764	0.1296	0.1189	0.1412	0.0764	0.189	0.1399	0.189	0.141	0.1217	0.1019	0.1217	0.1355
chr2L	8686468	8686619	chr2L:8686469-8686619	FBgn0260861	Trs23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0366	0.0335	0.0434	0.0327	0.0255	0.0311	0.042	0.0466	0.0255	0.0604	0.0386	0.0604	0.0565	0.0299	0.0271	0.0299	0.0526
chr2L	8690469	8690625	chr2L:8690470-8690625	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0436	0.0264	0.0284	0.0212	0.0408	0.0657	0.054	0.0212	0.0362	0.0318	0.0362	0.0186	0.0138	0.049	0.0138	0.0464
chr2L	8691135	8691359	chr2L:8691136-8691359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0533	0.0228	0.0487	0.0923	0.0074	0.0306	0.0307	0.0227	0.0074	0.0332	0.0527	0.0332	0.1115	0.0467	0.1541	0.0467	0.1668
chr2L	8691583	8691825	chr2L:8691584-8691825	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0712	0.0193	0.0777	0.122	0.0074	0.0398	0.0199	0.0127	0.0074	0.061	0.0907	0.061	0.1596	0.0505	0.2012	0.0505	0.2314
chr2L	8692633	8692784	chr2L:8692634-8692784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0233	0.0174	0.0256	0.0274	0.0085	0.0214	0.0234	0.0167	0.0085	0.0284	0.0251	0.0284	0.0457	0.0306	0.04	0.0306	0.0323
chr2L	8693043	8693194	chr2L:8693044-8693194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0105	0.0151	0.0195	0.0064	0.0131	0.0134	0.0113	0.0064	0.0187	0.0158	0.0187	0.024	0.0337	0.0174	0.0337	0.0307
chr2L	8694320	8694471	chr2L:8694321-8694471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0183	0.0122	0.0178	0.0258	0.0032	0.0117	0.0238	0.0067	0.0032	0.0157	0.0119	0.0157	0.0457	0.0107	0.0148	0.0107	0.0724
chr2L	8699964	8700188	chr2L:8699965-8700188	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0328	0.0196	0.0303	0.0503	0.0053	0.0243	0.0316	0.0153	0.0053	0.0169	0.0257	0.0169	0.086	0.0406	0.0168	0.0406	0.1344
chr2L	8700791	8700958	chr2L:8700792-8700958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.0162	0.0217	0.0429	0.0074	0.0214	0.0229	0.0127	0.0074	0.0193	0.017	0.0193	0.0534	0.0176	0.0193	0.0176	0.1193
chr2L	8701099	8701250	chr2L:8701100-8701250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0128	0.0189	0.0348	0.0074	0.0141	0.0195	0.0113	0.0074	0.0169	0.0161	0.0169	0.0426	0.0191	0.0161	0.0191	0.0948
chr2L	8701713	8702037	chr2L:8701714-8702037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0395	0.0246	0.0444	0.0507	0.0074	0.0354	0.0342	0.0193	0.0074	0.0543	0.0309	0.0543	0.0976	0.0413	0.0226	0.0413	0.1277
chr2L	8702997	8703170	chr2L:8702998-8703170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.022	0.0177	0.022	0.0267	0.0074	0.0262	0.0242	0.012	0.0074	0.0181	0.0148	0.0181	0.0604	0.0115	0.0168	0.0115	0.0724
chr2L	8708525	8708679	chr2L:8708526-8708679	FBgn0004914	Hnf4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0125	0.0189	0.0372	0.0064	0.0126	0.0203	0.012	0.0064	0.0139	0.0154	0.0139	0.0527	0.013	0.0374	0.013	0.0902
chr2L	8709001	8709215	chr2L:8709002-8709215	FBgn0004914	Hnf4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0481	0.0257	0.0456	0.076	0.0095	0.032	0.0277	0.0353	0.0095	0.026	0.0531	0.026	0.0945	0.0345	0.0999	0.0345	0.1569
chr2L	8709273	8709427	chr2L:8709274-8709427	FBgn0004914	Hnf4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0314	0.0178	0.0305	0.0476	0.0074	0.0218	0.0199	0.022	0.0074	0.0145	0.0376	0.0145	0.0589	0.0283	0.0664	0.0283	0.0875
chr2L	8709586	8709763	chr2L:8709587-8709763	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0511	0.0249	0.0482	0.0836	0.0117	0.0286	0.0324	0.0286	0.0117	0.029	0.0489	0.029	0.11	0.075	0.1103	0.075	0.1443
chr2L	8709877	8710047	chr2L:8709878-8710047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0147	0.0232	0.0348	0	0.0175	0.0212	0.0187	0	0.0193	0.0225	0.0193	0.0473	0.0306	0.0451	0.0306	0.0578
chr2L	8715593	8715744	chr2L:8715594-8715744	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0174	0.0118	0.0171	0.0238	0.0095	0.016	0.0151	0.01	0.0095	0.0151	0.0199	0.0151	0.0248	0.0758	0.0206	0.0758	0.0089
chr2L	8717975	8718243	chr2L:8717976-8718243	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1002	0.0466	0.1063	0.1535	0.0159	0.0743	0.045	0.054	0.0159	0.0731	0.1251	0.0731	0.1998	0.2167	0.2282	0.2167	0.1605
chr2L	8719751	8719902	chr2L:8719752-8719902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0187	0.0132	0.0265	0.0163	0.0011	0.0209	0.0156	0.012	0.0011	0.0103	0.0225	0.0103	0.0782	0.0138	0.0135	0.0138	0.036
chr2L	8719977	8720147	chr2L:8719978-8720147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.0141	0.0301	0.0227	0.0021	0.0243	0.0151	0.0093	0.0021	0.0175	0.0225	0.0175	0.0937	0.0168	0.0187	0.0168	0.0474
chr2L	8720630	8720781	chr2L:8720631-8720781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.012	0.0076	0.0107	0.0184	0.0021	0.0107	0.0087	0.0113	0.0021	0.0054	0.0125	0.0054	0.024	0.0161	0.0155	0.0161	0.037
chr2L	8734432	8734625	chr2L:8734433-8734625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0287	0.0192	0.0316	0.0361	0.0032	0.0272	0.0268	0.0167	0.0032	0.0236	0.0264	0.0236	0.0767	0.0153	0.0181	0.0153	0.0922
chr2L	8734807	8734958	chr2L:8734808-8734958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0147	0.022	0.0209	0.0064	0.016	0.0229	0.0127	0.0064	0.0157	0.0238	0.0157	0.0426	0.0176	0.0193	0.0176	0.0412
chr2L	8735682	8735863	chr2L:8735683-8735863	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0736	0.0233	0.0708	0.1327	0.0095	0.0354	0.0277	0.022	0.0095	0.0399	0.0871	0.0399	0.1371	0.1922	0.1863	0.1922	0.1876
chr2L	8738383	8738600	chr2L:8738384-8738600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0358	0.0318	0.0442	0.0312	0.0064	0.065	0.0264	0.0293	0.0064	0.0278	0.0277	0.0278	0.1526	0.0237	0.02	0.0237	0.0714
chr2L	8740026	8740467	chr2L:8740027-8740467	FBgn0003209	raw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1895	0.1259	0.2246	0.222	0.0583	0.1806	0.1267	0.1632	0.0583	0.1914	0.2955	0.1914	0.2835	0.2711	0.294	0.2711	0.2335
chr2L	8740584	8740772	chr2L:8740585-8740772	FBgn0003209	raw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1517	0.1305	0.1678	0.1578	0.0838	0.1655	0.1345	0.1759	0.0838	0.192	0.1961	0.192	0.1712	0.1975	0.1605	0.1975	0.1912
chr2L	8740948	8741175	chr2L:8740949-8741175	FBgn0003209	raw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0955	0.0968	0.1027	0.0861	0.07	0.1175	0.109	0.1113	0.07	0.1359	0.1135	0.1359	0.0891	0.0888	0.0825	0.0888	0.0985
chr2L	8743250	8743401	chr2L:8743251-8743401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0123	0.0188	0.0228	0.0053	0.0141	0.0177	0.012	0.0053	0.0193	0.0183	0.0193	0.0194	0.0069	0.0142	0.0069	0.012
chr2L	8746219	8746370	chr2L:8746220-8746370	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0046	0.0074	0.0224	0	0.0063	0.0078	0.002	0	0.0042	0.0042	0.0042	0.0039	0.0031	0.0052	0.0031	0.0073
chr2L	8746622	8746774	chr2L:8746623-8746774	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0112	0.0222	0.0369	0.0042	0.0117	0.019	0.0107	0.0042	0.0109	0.0141	0.0109	0.0101	0.0031	0.0045	0.0031	0.0104
chr2L	8747644	8747795	chr2L:8747645-8747795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0081	0.0096	0.0301	0.0011	0.0068	0.013	0.0093	0.0011	0.0066	0.0061	0.0066	0.0039	0.0015	0.0058	0.0015	0.0068
chr2L	8753720	8753871	chr2L:8753721-8753871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0101	0.0143	0.0091	0.0065	0.0053	0.018	0.0216	0.012	0.0053	0.006	0.0087	0.006	0.0015	0.0031	0.0019	0.0031	0.001
chr2L	8754077	8754228	chr2L:8754078-8754228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0118	0.0143	0.0072	0.0053	0.0126	0.0156	0.0167	0.0053	0.006	0.0109	0.006	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0042
chr2L	8754316	8754467	chr2L:8754317-8754467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0124	0.013	0.0169	0.007	0.0042	0.0121	0.0199	0.016	0.0042	0.0079	0.0151	0.0079	0.0085	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chr2L	8759646	8759797	chr2L:8759647-8759797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0074	0.0066	0.0077	0.0079	0.0042	0.0073	0.0104	0.004	0.0042	0.0066	0.0087	0.0066	0.0015	0.0038	0.0013	0.0038	0.0047
chr2L	8760626	8760777	chr2L:8760627-8760777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0088	0.0176	0.0072	0.0032	0.0112	0.0121	0.0113	0.0032	0.0048	0.01	0.0048	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	8761612	8761763	chr2L:8761613-8761763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0132	0.0143	0.0188	0.0058	0.0053	0.0121	0.0169	0.026	0.0053	0.0066	0.018	0.0066	0.0101	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chr2L	8762629	8762780	chr2L:8762630-8762780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0097	0.0214	0.0081	0.0021	0.0092	0.0151	0.0133	0.0021	0.0127	0.0212	0.0127	0.0093	0.0038	0.0071	0.0038	0.0047
chr2L	8764588	8764739	chr2L:8764589-8764739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.016	0.0178	0.0135	0.0095	0.0189	0.0203	0.014	0.0095	0.0175	0.0199	0.0175	0.0085	0.0046	0.0071	0.0046	0.0057
chr2L	8764986	8765137	chr2L:8764987-8765137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0115	0.0117	0.0084	0.0074	0.0073	0.0208	0.012	0.0074	0.0097	0.0116	0.0097	0.007	8e-04	0.0039	8e-04	0.0047
chr2L	8783498	8783649	chr2L:8783499-8783649	distal	distal	none	none	VT4416.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.009	0.0112	0.0088	0.0021	0.0087	0.0177	0.006	0.0021	0.0079	0.0116	0.0079	0.0062	0.0023	0.0071	0.0023	0.0031
chr2L	8786997	8787198	chr2L:8786998-8787198	distal	distal	none	none	VT4419.1	VT4419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0092	0.0168	0.0192	0.0021	0.0083	0.0169	0.0107	0.0021	0.0115	0.0109	0.0115	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0089
chr2L	8787365	8787667	chr2L:8787366-8787667	distal	distal	stage14	stage14	VT4419.1	VT4419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0145	0.025	0.0283	0.0074	0.0175	0.0182	0.02	0.0074	0.0109	0.0312	0.0109	0.0085	0.0054	0.0097	0.0054	0.0083
chr2L	8787950	8788101	chr2L:8787951-8788101	distal	distal	none	none	VT4419.1	VT4419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.013	0.0192	0.0118	0.0095	0.0087	0.0203	0.0133	0.0095	0.0115	0.0244	0.0115	0.0085	0.0046	0.0032	0.0046	0.0047
chr2L	8788441	8788592	chr2L:8788442-8788592	distal	distal	none	none	VT4419.1,VT4420.1	VT4419.1,VT4420.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0159	0.0186	0.0152	0.0136	0.0106	0.0136	0.0242	0.034	0.0106	0.0097	0.0196	0.0097	0.0054	0.0023	0.0058	0.0023	0.0068
chr2L	8789151	8789302	chr2L:8789152-8789302	distal	distal	stage5	stage5	VT4420.1	VT4420.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0226	0.0383	0.0209	0.007	0.0318	0.0243	0.0437	0.0706	0.0318	0.0127	0.0322	0.0127	0.007	0.0031	0.0064	0.0031	5e-04
chr2L	8789311	8789490	chr2L:8789312-8789490	distal	distal	stage5	stage5	VT4420.1	VT4420.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0291	0.0561	0.0216	0.0071	0.0562	0.0354	0.064	0.0986	0.0562	0.0091	0.0325	0.0091	0.0101	0.0015	0.009	0.0015	0.0026
chr2L	8790549	8790700	chr2L:8790550-8790700	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0116	0.0151	0.0155	0.0074	0.0083	0.0186	0.014	0.0074	0.0121	0.0132	0.0121	0.0093	0.0054	0.0071	0.0054	0.0063
chr2L	8790743	8790918	chr2L:8790744-8790918	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0127	0.0171	0.0224	0.0053	0.0102	0.019	0.0187	0.0053	0.0127	0.0167	0.0127	0.0054	0.0061	0.0032	0.0061	0.0052
chr2L	8790956	8791120	chr2L:8790957-8791120	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0135	0.0145	0.0214	0.0074	0.0097	0.0234	0.016	0.0074	0.0103	0.0151	0.0103	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0057
chr2L	8791835	8791986	chr2L:8791836-8791986	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0086	0.009	0.0143	0.0032	0.0107	0.0112	0.0093	0.0032	0.0109	0.0093	0.0109	0.0054	0.0031	0.0045	0.0031	0.0073
chr2L	8794048	8794199	chr2L:8794049-8794199	distal	distal	stage14	stage14	VT4423.1	VT4423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0166	0.0151	0.0189	0.0032	0.0165	0.0234	0.0247	0.0032	0.0091	0.0122	0.0091	0.0062	8e-04	0.0013	8e-04	0.0047
chr2L	8794240	8794433	chr2L:8794241-8794433	distal	distal	stage14	stage14	VT4423.1	VT4423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0161	0.0175	0.0294	0.0074	0.0136	0.0229	0.0233	0.0074	0.0115	0.0148	0.0115	0.007	0.0015	0.0032	0.0015	0.0078
chr2L	8799116	8799267	chr2L:8799117-8799267	distal	distal	stage14	stage14	VT4426.1	VT4426.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0079	0.009	0.0246	0.0074	0.0063	0.0117	0.01	0.0074	0.0048	0.0061	0.0048	0.0085	0.0023	6e-04	0.0023	0.0042
chr2L	8799596	8799747	chr2L:8799597-8799747	distal	distal	none	none	VT4426.1	VT4426.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0102	0.0094	0.0128	0.0053	0.0078	0.0186	0.01	0.0053	0.0103	0.0113	0.0103	0.0039	0.0092	6e-04	0.0092	0.0068
chr2L	8800099	8800445	chr2L:8800100-8800445	distal	distal	none	none	VT4426.1	VT4426.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0272	0.031	0.0308	0.0189	0.0064	0.0282	0.0588	0.026	0.0064	0.0284	0.0309	0.0284	0.0101	0.0145	0.0129	0.0145	0.0109
chr2L	8804209	8804462	chr2L:8804210-8804462	distal	distal	none	none	VT4428.1,VT4429.1	VT4428.1,VT4429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0201	0.0178	0.0245	0.0064	0.0238	0.0234	0.0293	0.0064	0.0115	0.0183	0.0115	0.0077	0.0031	0.0064	0.0031	0.0042
chr2L	8808696	8808847	chr2L:8808697-8808847	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0237	0.0324	0.0132	0.0053	0.0189	0.0381	0.0313	0.0053	0.0151	0.0595	0.0151	0.0108	0.0046	0.0297	0.0046	0.0125
chr2L	8809095	8809329	chr2L:8809096-8809329	FBgn0261629	CG42712	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0429	0.0384	0.0694	0.0188	0.0212	0.0291	0.0506	0.062	0.0212	0.0266	0.109	0.0266	0.0256	0.01	0.0406	0.01	0.0099
chr2L	8809889	8810087	chr2L:8809890-8810087	FBgn0261629	CG42712	stage11,stage14,stage5	none	VT4432.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.1899	0.0766	0.0134	0.1898	0.1063	0.25	0.3145	0.1898	0.0229	0.1096	0.0229	0.0225	0.0069	0.0226	0.0069	0.0031
chr2L	8811334	8811592	chr2L:8811335-8811592	distal	distal	stage5	stage5	VT4432.1,VT4433.1	VT4433.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.048	0.1012	0.0313	0.0068	0.0954	0.0393	0.1488	0.1692	0.0954	0.0157	0.045	0.0157	0.0124	0.0046	0.0103	0.0046	0.0036
chr2L	8815737	8815888	chr2L:8815738-8815888	distal	distal	none	none	VT4435.1	VT4435.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0188	0.0201	0.0244	0.0114	0.0085	0.018	0.0264	0.0313	0.0085	0.0217	0.035	0.0217	0.0186	0.0092	0.0148	0.0092	0.0104
chr2L	8817423	8817615	chr2L:8817424-8817615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0247	0.025	0.033	0.0153	0.0117	0.0272	0.0337	0.032	0.0117	0.029	0.0453	0.029	0.0132	0.0077	0.0348	0.0077	0.0141
chr2L	8817884	8818057	chr2L:8817885-8818057	distal	distal	none	none	VT4437.1	VT4437.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0226	0.0248	0.0331	0.0085	0.0064	0.0218	0.0272	0.0493	0.0064	0.0272	0.0424	0.0272	0.0178	0.0069	0.0129	0.0069	0.0089
chr2L	8818165	8818444	chr2L:8818166-8818444	distal	distal	none	none	VT4437.1	VT4437.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0344	0.0419	0.0451	0.0145	0.0106	0.0456	0.0441	0.072	0.0106	0.0344	0.0518	0.0344	0.0132	0.0077	0.02	0.0077	0.012
chr2L	8822370	8822521	chr2L:8822371-8822521	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0405	0.0586	0.0456	0.0148	0.0255	0.0558	0.0497	0.1206	0.0255	0.0314	0.0556	0.0314	0.0341	0.01	0.0155	0.01	0.0156
chr2L	8825346	8825678	chr2L:8825347-8825678	FBgn0029123	SoxN	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3658	0.3509	0.4225	0.3203	0.3446	0.3942	0.3655	0.4417	0.3446	0.4197	0.5058	0.4197	0.3586	0.2734	0.3843	0.2734	0.3273
chr2L	8832193	8832344	chr2L:8832194-8832344	distal	distal	stage5	stage5	VT4442.1	VT4442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0281	0.0479	0.0236	0.011	0.0286	0.0209	0.0878	0.064	0.0286	0.0145	0.0357	0.0145	0.0201	8e-04	0.029	8e-04	0.0099
chr2L	8832468	8833049	chr2L:8832469-8833049	distal	distal	stage5	stage5	VT4442.1	VT4442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0944	0.1787	0.0652	0.0323	0.1453	0.0733	0.3218	0.2072	0.1453	0.035	0.0733	0.035	0.0937	0.0084	0.0303	0.0084	0.0672
chr2L	8833098	8833299	chr2L:8833099-8833299	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT4442.1	VT4442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0371	0.0457	0.0405	0.0237	0.0159	0.0505	0.058	0.062	0.0159	0.029	0.0325	0.029	0.0612	0.0069	0.0193	0.0069	0.0547
chr2L	8835142	8835293	chr2L:8835143-8835293	distal	distal	none	none	VT4444.1	VT4444.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0174	0.0196	0.0181	0.0141	0.0106	0.0175	0.0281	0.0247	0.0106	0.0133	0.0215	0.0133	0.0186	0.0061	0.0123	0.0061	0.0271
chr2L	8836138	8836380	chr2L:8836139-8836380	distal	distal	none	none	VT4444.1	VT4444.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0239	0.0301	0.0206	0.0095	0.032	0.0285	0.028	0.0095	0.0205	0.0466	0.0205	0.0194	0.0084	0.0535	0.0084	0.013
chr2L	8836814	8836965	chr2L:8836815-8836965	distal	distal	none	none	VT4444.1,VT4445.1	VT4444.1,VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0152	0.0277	0.0109	0.0032	0.0165	0.0242	0.0147	0.0032	0.0127	0.0196	0.0127	0.0155	0.0054	0.0116	0.0054	0.0063
chr2L	8837069	8837269	chr2L:8837070-8837269	distal	distal	none	none	VT4445.1	VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0191	0.0241	0.0146	0.0064	0.0194	0.0303	0.0187	0.0064	0.0079	0.0135	0.0079	0.0139	0.0023	0.0077	0.0023	0.0021
chr2L	8837454	8837605	chr2L:8837455-8837605	distal	distal	none	none	VT4445.1	VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0136	0.0133	0.0159	0.0113	0.0021	0.0112	0.0255	0.0113	0.0021	0.0079	0.0158	0.0079	0.0108	0.0038	0.0077	0.0038	0.0031
chr2L	8838310	8838461	chr2L:8838311-8838461	distal	distal	none	none	VT4445.1	VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0204	0.0155	0.0145	0.0095	0.0126	0.0359	0.0207	0.0095	0.0109	0.0177	0.0109	0.0116	0.0031	0.0123	0.0031	0.0083
chr2L	8840640	8840791	chr2L:8840641-8840791	distal	distal	stage14	stage14	VT4447.1	VT4447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0158	0.0155	0.017	0.0064	0.0121	0.0221	0.0266	0.0064	0.0072	0.0238	0.0072	0.0155	0.0054	0.0464	0.0054	0.0099
chr2L	8840935	8841086	chr2L:8840936-8841086	distal	distal	stage14	stage14	VT4447.1	VT4447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0178	0.0222	0.0142	0.0053	0.0199	0.0247	0.0227	0.0053	0.0079	0.035	0.0079	0.0147	0.0015	0.0406	0.0015	0.0104
chr2L	8841443	8841594	chr2L:8841444-8841594	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0496	0.0889	0.0464	0.0092	0.0647	0.0796	0.0913	0.1606	0.0647	0.0242	0.0646	0.0242	0.0225	0.0031	0.0148	0.0031	0.0063
chr2L	8841690	8842147	chr2L:8841691-8842147	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1828	0.3633	0.1447	0.0231	0.3659	0.283	0.4537	0.5023	0.3659	0.0803	0.2273	0.0803	0.0418	0.0115	0.0426	0.0115	0.0167
chr2L	8842857	8843086	chr2L:8842858-8843086	distal	distal	none	none	VT4448.1	VT4448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.035	0.0492	0.0226	0.0138	0.0383	0.045	0.0486	0.0138	0.0296	0.0698	0.0296	0.0534	0.013	0.0445	0.013	0.0224
chr2L	8843687	8844106	chr2L:8843688-8844106	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4448.1,VT4449.1	VT4448.1,VT4449.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0761	0.0712	0.0989	0.0565	0.0445	0.0733	0.0882	0.0973	0.0445	0.067	0.0878	0.067	0.0689	0.0375	0.0496	0.0375	0.0479
chr2L	8844810	8845003	chr2L:8844811-8845003	distal	distal	none	none	VT4449.1,VT4450.1	VT4449.1,VT4450.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0476	0.0442	0.0596	0.038	0.018	0.0461	0.0528	0.064	0.018	0.0332	0.0656	0.0332	0.0201	0.0107	0.0174	0.0107	0.0099
chr2L	8846089	8846331	chr2L:8846090-8846331	distal	distal	stage5	stage5	VT4450.1	VT4450.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.1332	0.0492	0.0104	0.1304	0.0903	0.2189	0.1359	0.1304	0.029	0.0646	0.029	0.0813	0.0077	0.0174	0.0077	0.0078
chr2L	8846718	8847201	chr2L:8846719-8847201	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4450.1,VT4451.1	VT4450.1,VT4451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1811	0.2633	0.2093	0.0583	0.2333	0.2087	0.3421	0.3524	0.2333	0.0978	0.4051	0.0978	0.0899	0.0161	0.1999	0.0161	0.0203
chr2L	8847332	8847483	chr2L:8847333-8847483	distal	distal	stage11	stage11	VT4451.1	VT4451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0595	0.072	0.0827	0.0201	0.0308	0.066	0.096	0.1073	0.0308	0.0405	0.1566	0.0405	0.0263	0.0084	0.0619	0.0084	0.0078
chr2L	8848312	8848463	chr2L:8848313-8848463	distal	distal	stage14	stage14	VT4451.1	VT4451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0189	0.0199	0.013	0.0148	0.0141	0.0272	0.0233	0.0148	0.0085	0.0334	0.0085	0.0116	0.0054	0.0419	0.0054	0.0052
chr2L	8849373	8849611	chr2L:8849374-8849611	distal	distal	stage5	stage5	VT4452.1	VT4452.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.05	0.1016	0.0324	0.0117	0.0721	0.0791	0.0882	0.2179	0.0721	0.0205	0.0527	0.0205	0.0139	0.0084	0.0206	0.0084	0.0047
chr2L	8849988	8850149	chr2L:8849989-8850149	distal	distal	stage5	stage5	VT4452.1	VT4452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0294	0.0286	0.0205	0.0127	0.032	0.035	0.04	0.0127	0.029	0.0267	0.029	0.0318	0.0054	0.0071	0.0054	0.0177
chr2L	8850242	8850393	chr2L:8850243-8850393	distal	distal	none	none	VT4452.1	VT4452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.023	0.0198	0.0296	0.0195	0.0074	0.0306	0.0216	0.0207	0.0074	0.0405	0.0183	0.0405	0.0473	0.0038	0.009	0.0038	0.0214
chr2L	8852056	8852580	chr2L:8852057-8852580	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4454.1	VT4454.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1281	0.1415	0.1777	0.0589	0.0657	0.2262	0.1146	0.1759	0.0657	0.3345	0.154	0.3345	0.1836	0.0436	0.0548	0.0436	0.0584
chr2L	8853188	8853339	chr2L:8853189-8853339	distal	distal	none	none	VT4454.1	VT4454.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.005	0.0122	0.0093	0.0011	0.0053	0.0074	0.0053	0.0011	0.0127	0.0113	0.0127	0.0101	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2L	8853942	8854190	chr2L:8853943-8854190	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4454.1,VT4455.1	VT4454.1,VT4455.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0364	0.0282	0.0516	0.029	0.0085	0.0282	0.0316	0.05	0.0085	0.0393	0.0916	0.0393	0.0271	0.0115	0.0819	0.0115	0.0156
chr2L	8854196	8854347	chr2L:8854197-8854347	distal	distal	stage14	stage14	VT4455.1	VT4455.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0282	0.0238	0.0392	0.021	0.0053	0.0277	0.0247	0.044	0.0053	0.0223	0.0704	0.0223	0.0201	0.0069	0.0567	0.0069	0.0135
chr2L	8857480	8857631	chr2L:8857481-8857631	distal	distal	stage11	stage11	VT4457.1	VT4457.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0121	0.0412	0.0177	0.0032	0.016	0.0164	0.0127	0.0032	0.0236	0.0807	0.0236	0.0101	0.0138	0.0522	0.0138	0.0099
chr2L	8857767	8858181	chr2L:8857768-8858181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4457.1	VT4457.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0626	0.0338	0.106	0.0472	0.0085	0.0417	0.042	0.044	0.0085	0.0519	0.1904	0.0519	0.0496	0.0145	0.1186	0.0145	0.0313
chr2L	8860084	8860261	chr2L:8860085-8860261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0205	0.0169	0.0265	0.0178	0.0032	0.0136	0.0277	0.0233	0.0032	0.0157	0.0273	0.0157	0.0581	0.0038	0.0213	0.0038	0.036
chr2L	8860696	8860864	chr2L:8860697-8860864	distal	distal	none	none	VT4459.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0158	0.0062	0.0179	0.0242	0.0011	0.0058	0.0082	0.01	0.0011	0.0187	0.0219	0.0187	0.0263	0.0199	0.0148	0.0199	0.0401
chr2L	8861057	8861351	chr2L:8861058-8861351	distal	distal	stage14	stage14	VT4459.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0187	0.0421	0.0422	0.0021	0.018	0.0311	0.0193	0.0021	0.0248	0.0605	0.0248	0.0496	0.0268	0.069	0.0268	0.0469
chr2L	8861574	8861725	chr2L:8861575-8861725	distal	distal	none	none	VT4459.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0165	0.0204	0.015	0.0032	0.0121	0.0234	0.0266	0.0032	0.0139	0.028	0.0139	0.0178	0.0061	0.0226	0.0061	0.012
chr2L	8865969	8866203	chr2L:8865970-8866203	FBgn0052983	CG32983	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0325	0.0553	0.0311	0.0086	0.0265	0.0583	0.061	0.0839	0.0265	0.0254	0.0408	0.0254	0.0232	0.0069	0.0077	0.0069	0.0063
chr2L	8866369	8866520	chr2L:8866370-8866520	FBgn0032072	CG9483	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0274	0.0283	0.0103	0.0106	0.0286	0.0372	0.0393	0.0106	0.0272	0.0334	0.0272	0.024	0.0077	0.0123	0.0077	0.012
chr2L	8868998	8869152	chr2L:8868999-8869152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.013	0.024	0.0189	0.0085	0.0083	0.0203	0.0173	0.0085	0.0079	0.0161	0.0079	0.0077	0.0015	0.0071	0.0015	0.0073
chr2L	8870217	8870368	chr2L:8870218-8870368	distal	distal	none	none	VT4465.1	VT4465.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0187	0.0305	0.0174	0.007	0.0148	0.0316	0.0407	0.038	0.0148	0.0115	0.0174	0.0115	0.0077	0.0015	0.0071	0.0015	0.0021
chr2L	8871662	8871919	chr2L:8871663-8871919	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0308	0.0335	0.0406	0.0171	0.0148	0.0335	0.0458	0.0426	0.0148	0.0163	0.0408	0.0163	0.0139	0.0092	0.0123	0.0092	0.0026
chr2L	8872384	8872673	chr2L:8872385-8872673	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0682	0.1347	0.0503	0.0136	0.0944	0.0709	0.1687	0.2638	0.0944	0.0169	0.0942	0.0169	0.0163	0.0069	0.0226	0.0069	0.012
chr2L	8874086	8874237	chr2L:8874087-8874237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0217	0.0301	0.0081	0.0053	0.0272	0.0268	0.032	0.0053	0.0157	0.0444	0.0157	0.0077	0.0015	0.0077	0.0015	0.0052
chr2L	8874799	8875195	chr2L:8874800-8875195	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0443	0.0577	0.0546	0.0181	0.0286	0.0529	0.0804	0.0779	0.0286	0.0393	0.0537	0.0393	0.0225	0.0145	0.0129	0.0145	0.0115
chr2L	8875927	8876197	chr2L:8875928-8876197	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0576	0.1152	0.0447	0.0075	0.0583	0.085	0.0999	0.2771	0.0583	0.0254	0.0768	0.0254	0.0101	0.0046	0.0058	0.0046	0.0042
chr2L	8877575	8877726	chr2L:8877576-8877726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0122	0.0174	0.0175	0.0053	0.0126	0.0151	0.0187	0.0053	0.0103	0.0325	0.0103	0.0077	0.0015	0.0613	0.0015	0.0068
chr2L	8877900	8878051	chr2L:8877901-8878051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0212	0.0261	0.0155	0.017	0.0194	0.0242	0.034	0.017	0.0163	0.045	0.0163	0.0124	0.0061	0.0484	0.0061	0.0057
chr2L	8878336	8878525	chr2L:8878337-8878525	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0417	0.0236	0.0659	0.0355	0.0064	0.032	0.0238	0.0353	0.0064	0.0417	0.1228	0.0417	0.0225	0.0245	0.1122	0.0245	0.0125
chr2L	8878641	8878792	chr2L:8878642-8878792	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0198	0.0424	0.0298	0.0095	0.0218	0.0221	0.034	0.0095	0.0278	0.0797	0.0278	0.0085	0.0138	0.0974	0.0138	0.012
chr2L	8879301	8879452	chr2L:8879302-8879452	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.012	0.0212	0.0226	0.0032	0.0126	0.016	0.0187	0.0032	0.0079	0.0383	0.0079	0.0132	0.0031	0.0722	0.0031	0.0089
chr2L	8879593	8879787	chr2L:8879594-8879787	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0237	0.0405	0.0276	0.0032	0.0223	0.032	0.0386	0.0032	0.0151	0.0746	0.0151	0.0163	0.0069	0.0916	0.0069	0.0125
chr2L	8882431	8882582	chr2L:8882432-8882582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0177	0.0296	0.016	0.0064	0.016	0.0225	0.0313	0.0064	0.0151	0.0563	0.0151	0.0101	0.0077	0.0522	0.0077	0.0057
chr2L	8884292	8884462	chr2L:8884293-8884462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0156	0.0275	0.0401	0.0074	0.0121	0.0221	0.0247	0.0074	0.0121	0.0177	0.0121	0.0132	0.0038	0.0123	0.0038	0.0068
chr2L	8885113	8885264	chr2L:8885114-8885264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0174	0.026	0.0107	0.0064	0.0204	0.0199	0.026	0.0064	0.0145	0.0453	0.0145	0.0116	0.0054	0.0239	0.0054	0.0057
chr2L	8885353	8885504	chr2L:8885354-8885504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0135	0.026	0.0085	0.0074	0.017	0.0147	0.0167	0.0074	0.0127	0.0444	0.0127	0.0147	0.0046	0.0168	0.0046	0.0063
chr2L	8887652	8887803	chr2L:8887653-8887803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0146	0.0302	0.0139	0.0106	0.0165	0.0199	0.016	0.0106	0.0193	0.045	0.0193	0.0318	0.0069	0.0309	0.0069	0.0104
chr2L	8888404	8888597	chr2L:8888405-8888597	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0642	0.0469	0.0893	0.0558	0.0159	0.0544	0.0532	0.0753	0.0159	0.055	0.1392	0.055	0.0658	0.0444	0.1154	0.0444	0.0438
chr2L	8888666	8888870	chr2L:8888667-8888870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1191	0.112	0.1249	0.1206	0.087	0.1374	0.1189	0.1406	0.087	0.1232	0.1489	0.1232	0.117	0.1286	0.1393	0.1286	0.1313
chr2L	8888944	8889156	chr2L:8888945-8889156	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1094	0.1014	0.1176	0.1092	0.0689	0.1228	0.1146	0.1233	0.0689	0.1304	0.1315	0.1304	0.1092	0.1179	0.1193	0.1179	0.1318
chr2L	8889311	8889547	chr2L:8889312-8889547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0348	0.0305	0.0431	0.0304	0.0127	0.034	0.0411	0.0333	0.0127	0.0471	0.0547	0.0471	0.0465	0.0214	0.0503	0.0214	0.0349
chr2L	8898140	8898291	chr2L:8898141-8898291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.0174	0.0268	0.0295	0.0053	0.0126	0.0251	0.028	0.0053	0.0151	0.0424	0.0151	0.0271	0.0054	0.1012	0.0054	0.012
chr2L	8898632	8898796	chr2L:8898633-8898796	FBgn0085427	CG34398	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0151	0.0242	0.0391	0.0074	0.0117	0.0251	0.0173	0.0074	0.0109	0.0428	0.0109	0.0155	0.0069	0.1457	0.0069	0.0073
chr2L	8906049	8906200	chr2L:8906050-8906200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0079	0.007	0.0072	0.0096	0.0032	0.0034	0.0151	0.0067	0.0032	0.0018	0.0122	0.0018	0.0093	0.0046	0.0258	0.0046	0.0036
chr2L	8907468	8907619	chr2L:8907469-8907619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0141	0.0119	0.0109	0.0085	0.0146	0.0216	0.0153	0.0085	0.0066	0.0193	0.0066	0.0077	0.0015	0.0335	0.0015	0.0042
chr2L	8908404	8908555	chr2L:8908405-8908555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0097	0.014	0.0134	0	0.0087	0.0177	0.012	0	0.0072	0.027	0.0072	0.007	0.0023	0.0509	0.0023	0.0021
chr2L	8908741	8908892	chr2L:8908742-8908892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.01	0.0155	0.015	0.0032	0.0092	0.0173	0.012	0.0032	0.0072	0.0299	0.0072	0.0054	0.0023	0.0535	0.0023	0.0036
chr2L	8914142	8914293	chr2L:8914143-8914293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0085	0.007	0.0088	0.0099	0.0021	0.0049	0.0134	0.0067	0.0021	0.0079	0.0158	0.0079	8e-04	0.0023	0.0329	0.0023	0.0047
chr2L	8915857	8916008	chr2L:8915858-8916008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.01	0.0071	0.0123	0.0106	0.0011	0.0053	0.0138	0.0073	0.0011	0.0085	0.0206	0.0085	0.0085	0.0061	0.0355	0.0061	0.0031
chr2L	8917445	8917596	chr2L:8917446-8917596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0141	0.0168	0.017	0.0032	0.015	0.0212	0.016	0.0032	0.0121	0.0264	0.0121	0.0139	0.0176	0.0438	0.0176	0.0099
chr2L	8936575	8936748	chr2L:8936576-8936748	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0426	0.0103	0.0088	0.0414	0.0233	0.0692	0.0493	0.0414	0.0139	0.0116	0.0139	0.0101	0.0061	0.011	0.0061	0.0109
chr2L	8941033	8941184	chr2L:8941034-8941184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0119	0.0125	0.0166	0.006	0.0021	0.0141	0.0208	0.0093	0.0021	0.0344	0.0113	0.0344	0.0225	0.0069	0.0032	0.0069	0.0083
chr2L	8942906	8943076	chr2L:8942907-8943076	FBgn0032076,FBgn0032077	CG9510,CG9515	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.0386	0.0405	0.0277	0.0191	0.0485	0.0471	0.044	0.0191	0.0453	0.0473	0.0453	0.0418	0.0276	0.0335	0.0276	0.0297
chr2L	8943199	8943417	chr2L:8943200-8943417	FBgn0032076,FBgn0032077	CG9510,CG9515	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0852	0.0841	0.0902	0.0808	0.0467	0.0966	0.1073	0.0973	0.0467	0.0972	0.1039	0.0972	0.0991	0.0919	0.0819	0.0919	0.1011
chr2L	8943489	8943685	chr2L:8943490-8943685	FBgn0032076,FBgn0032077	CG9510,CG9515	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0491	0.046	0.0561	0.0448	0.0212	0.0529	0.0606	0.0566	0.0212	0.0586	0.065	0.0586	0.0581	0.0498	0.0432	0.0498	0.0636
chr2L	8943694	8943845	chr2L:8943695-8943845	FBgn0032076,FBgn0032077	CG9510,CG9515	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0252	0.0226	0.0293	0.0237	0.0095	0.0335	0.0285	0.0213	0.0095	0.0284	0.0325	0.0284	0.0411	0.0306	0.02	0.0306	0.0297
chr2L	8948827	8949018	chr2L:8948828-8949018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0212	0.0321	0.0315	0.0042	0.0267	0.032	0.018	0.0042	0.0326	0.0232	0.0326	0.0705	0.0123	0.011	0.0123	0.0829
chr2L	8949095	8949265	chr2L:8949096-8949265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0279	0.0216	0.0348	0.0276	0.0074	0.0306	0.0268	0.0207	0.0074	0.0338	0.0289	0.0338	0.0643	0.0222	0.011	0.0222	0.0604
chr2L	8949332	8949483	chr2L:8949333-8949483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0327	0.0236	0.0429	0.0319	0.0042	0.0316	0.0277	0.032	0.0042	0.0483	0.0408	0.0483	0.0651	0.0391	0.02	0.0391	0.0558
chr2L	8949931	8950221	chr2L:8949932-8950221	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1154	0.1934	0.1476	0.0583	0.1796	0.1021	0.1506	0.0583	0.2693	0.1531	0.2693	0.2153	0.2052	0.0696	0.2052	0.2095
chr2L	8950588	8950829	chr2L:8950589-8950829	FBgn0032078	C1GalTA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0645	0.0618	0.077	0.0536	0.0276	0.0966	0.0528	0.0813	0.0276	0.0785	0.0791	0.0785	0.0759	0.0559	0.0284	0.0559	0.0594
chr2L	8951123	8951308	chr2L:8951124-8951308	FBgn0032078	C1GalTA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.072	0.0356	0.0751	0.1092	0.0117	0.0524	0.035	0.04	0.0117	0.0779	0.0633	0.0779	0.0976	0.1363	0.0696	0.1363	0.1391
chr2L	8951476	8951662	chr2L:8951477-8951662	FBgn0032078	C1GalTA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0681	0.0375	0.073	0.0968	0.0201	0.0456	0.0446	0.0466	0.0201	0.0664	0.0672	0.0664	0.0844	0.1064	0.0812	0.1064	0.099
chr2L	8951691	8951855	chr2L:8951692-8951855	FBgn0032078	C1GalTA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0473	0.0314	0.0557	0.0557	0.0138	0.0393	0.0355	0.044	0.0138	0.0652	0.0463	0.0652	0.0457	0.0551	0.0329	0.0551	0.0438
chr2L	8952571	8952731	chr2L:8952572-8952731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0419	0.0627	0.0373	0.0238	0.0382	0.0738	0.0627	0.0953	0.0382	0.0399	0.0386	0.0399	0.038	0.0268	0.02	0.0268	0.0334
chr2L	8952841	8953005	chr2L:8952842-8953005	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0697	0.0789	0.0751	0.0535	0.0435	0.0966	0.0826	0.1086	0.0435	0.0815	0.0756	0.0815	0.0968	0.0544	0.058	0.0544	0.0813
chr2L	8957378	8957947	chr2L:8957379-8957947	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1148	0.0923	0.1429	0.1092	0.0414	0.1286	0.0878	0.1239	0.0414	0.1443	0.1653	0.1443	0.1751	0.0957	0.1019	0.0957	0.1574
chr2L	8957988	8958180	chr2L:8957989-8958180	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1461	0.1094	0.1846	0.1447	0.053	0.1655	0.0865	0.1539	0.053	0.2095	0.2032	0.2095	0.1913	0.1462	0.1296	0.1462	0.1777
chr2L	8958334	8958508	chr2L:8958335-8958508	FBgn0032079	CG31886	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.0765	0.1084	0.0847	0.0456	0.1063	0.0727	0.0999	0.0456	0.1256	0.1167	0.1256	0.1061	0.0919	0.0819	0.0919	0.0964
chr2L	8967370	8967521	chr2L:8967371-8967521	FBgn0032082	CG18088	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0152	0.0126	0.0151	0.0181	0.0021	0.0194	0.0138	0.0153	0.0021	0.0199	0.0138	0.0199	0.024	0.01	0.0374	0.01	0.0234
chr2L	8974609	8974760	chr2L:8974610-8974760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0304	0.0299	0.0219	0.0191	0.0286	0.0389	0.0433	0.0191	0.0326	0.036	0.0326	0.038	0.0161	0.0297	0.0161	0.0365
chr2L	8975319	8975470	chr2L:8975320-8975470	FBgn0032083	CG9541	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0231	0.0213	0.0142	0.0106	0.0335	0.029	0.02	0.0106	0.0187	0.0315	0.0187	0.0209	0.0069	0.0258	0.0069	0.0156
chr2L	8975644	8975795	chr2L:8975645-8975795	FBgn0032083	CG9541	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0143	0.0186	0.0166	0.007	0.0074	0.0301	0.0234	0.0133	0.0074	0.0223	0.0212	0.0223	0.0101	0.0015	0.0084	0.0015	0.0099
chr2L	8984824	8985016	chr2L:8984825-8985016	FBgn0032084	CG13101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0777	0.0995	0.0868	0.0433	0.0986	0.0767	0.1263	0.1399	0.0986	0.055	0.1357	0.055	0.0844	0.013	0.1244	0.013	0.0339
chr2L	8985173	8985392	chr2L:8985174-8985392	FBgn0032084	CG13101	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0258	0.0263	0.0206	0.0191	0.0209	0.0329	0.0346	0.0191	0.0145	0.0428	0.0145	0.0287	0.0054	0.0509	0.0054	0.0203
chr2L	8986932	8987083	chr2L:8986933-8987083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0168	0.0208	0.0146	0.0032	0.0184	0.0285	0.014	0.0032	0.0151	0.0219	0.0151	0.0395	0.0046	0.0142	0.0046	0.036
chr2L	8987267	8987418	chr2L:8987268-8987418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0111	0.012	0.0105	0.0107	0.0053	0.0107	0.0221	0.0093	0.0053	0.0072	0.0125	0.0072	0.0155	0.0023	0.0084	0.0023	0.0266
chr2L	8987522	8987673	chr2L:8987523-8987673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0117	0.0156	0.0146	0.0021	0.0121	0.0199	0.01	0.0021	0.0109	0.018	0.0109	0.0302	0.0054	0.0116	0.0054	0.0365
chr2L	8987676	8987866	chr2L:8987677-8987866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0178	0.0142	0.0212	0.0182	0.0032	0.0141	0.0251	0.0113	0.0032	0.0139	0.0222	0.0139	0.0527	0.0084	0.0116	0.0084	0.0464
chr2L	8987966	8988157	chr2L:8987967-8988157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0158	0.0147	0.0179	0.0146	0.0042	0.0214	0.0199	0.014	0.0042	0.0103	0.0161	0.0103	0.0496	0.0107	0.011	0.0107	0.0313
chr2L	8989136	8989311	chr2L:8989137-8989311	FBgn0011705	rost	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0111	0.0217	0.0344	0.0053	0.0131	0.0156	0.0107	0.0053	0.0127	0.0177	0.0127	0.0604	0.0222	0.0355	0.0222	0.0766
chr2L	8996860	8997011	chr2L:8996861-8997011	FBgn0013746	alien	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0309	0.0335	0.0188	0.0117	0.0277	0.0489	0.0346	0.0117	0.0399	0.0357	0.0399	0.0294	0.0145	0.0226	0.0145	0.0224
chr2L	8997054	8997214	chr2L:8997055-8997214	FBgn0013746,FBgn0040964	CG18661,alien	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0602	0.0529	0.0394	0.0339	0.0597	0.0852	0.0693	0.0339	0.064	0.0556	0.064	0.0627	0.0368	0.0438	0.0368	0.0537
chr2L	8997329	8997583	chr2L:8997330-8997583	FBgn0013746,FBgn0040964	CG18661,alien	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1964	0.1781	0.2343	0.1752	0.1463	0.2078	0.2054	0.2105	0.1463	0.2893	0.2437	0.2893	0.2502	0.193	0.1779	0.193	0.1985
chr2L	8997810	8997961	chr2L:8997811-8997961	FBgn0013746,FBgn0040964	CG18661,alien	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0298	0.0472	0.0331	0.0201	0.034	0.0359	0.0353	0.0201	0.0537	0.0531	0.0537	0.0558	0.0398	0.0297	0.0398	0.038
chr2L	9019490	9019683	chr2L:9019491-9019683	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0505	0.0661	0.0485	0.0354	0.0371	0.066	0.0804	0.0933	0.0371	0.0531	0.0601	0.0531	0.0387	0.0352	0.0264	0.0352	0.0271
chr2L	9034622	9034773	chr2L:9034623-9034773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0097	0.0086	0.0113	0.0032	0.0097	0.0173	0.0067	0.0032	0.0109	0.0068	0.0109	0.0039	8e-04	0.0019	8e-04	0.0031
chr2L	9054659	9054810	chr2L:9054660-9054810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0233	0.0221	0.0095	0.0148	0.0141	0.0363	0.036	0.0148	0.0121	0.0376	0.0121	0.0155	0.0077	0.0181	0.0077	0.0052
chr2L	9056724	9056875	chr2L:9056725-9056875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0201	0.0243	0.0253	0.0097	0.0148	0.0228	0.0372	0.026	0.0148	0.0501	0.0267	0.0501	0.0101	0.0077	0.009	0.0077	0.0057
chr2L	9069898	9070049	chr2L:9069899-9070049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0161	0.0254	0.0151	0.0067	0.0095	0.0282	0.035	0.0286	0.0095	0.0326	0.0132	0.0326	0.0046	0.0107	0.0084	0.0107	0.0016
chr2L	9071214	9071532	chr2L:9071215-9071532	FBgn0051708	CG31708	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.034	0.0425	0.0338	0.0249	0.0276	0.0359	0.0567	0.0613	0.0276	0.0217	0.0508	0.0217	0.024	0.0107	0.029	0.0107	0.0151
chr2L	9082935	9083270	chr2L:9082936-9083270	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0483	0.0411	0.0418	0.0635	0.0148	0.0403	0.0584	0.054	0.0148	0.0181	0.0473	0.0181	0.062	0.0092	0.0574	0.0092	0.0558
chr2L	9089704	9089855	chr2L:9089705-9089855	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.011	0.0049	0.0058	0.0237	0.0021	0.0063	0.0074	0.0027	0.0021	0.0024	0.0068	0.0024	0.0116	0.0092	0.0148	0.0092	0.0417
chr2L	9090054	9090205	chr2L:9090055-9090205	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.01	0.0044	0.0067	0.0201	0	0.0034	0.0091	0.004	0	0.0048	0.0032	0.0048	0.0178	0.0115	0.0084	0.0115	0.0224
chr2L	9120549	9120775	chr2L:9120550-9120775	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0626	0.0685	0.0736	0.0439	0.035	0.0617	0.0839	0.1126	0.035	0.0459	0.1193	0.0459	0.0736	0.0421	0.0716	0.0421	0.0677
chr2L	9120933	9121249	chr2L:9120934-9121249	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0787	0.1098	0.0878	0.034	0.0859	0.0762	0.141	0.1805	0.0859	0.0175	0.1894	0.0175	0.0356	0.0123	0.0999	0.0123	0.0271
chr2L	9122579	9122730	chr2L:9122580-9122730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0227	0.0231	0.0205	0.0085	0.0301	0.0264	0.024	0.0085	0.0133	0.0241	0.0133	0.0542	0.0046	0.0135	0.0046	0.0563
chr2L	9122862	9123097	chr2L:9122863-9123097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0354	0.0275	0.0353	0.0444	0.0095	0.0325	0.0411	0.026	0.0095	0.0223	0.0399	0.0223	0.079	0.0153	0.0451	0.0153	0.1042
chr2L	9123671	9123862	chr2L:9123672-9123862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.027	0.0133	0.0349	0.0337	0.0042	0.0209	0.0151	0.0133	0.0042	0.0139	0.0505	0.0139	0.0612	0.0268	0.04	0.0268	0.0667
chr2L	9124482	9124690	chr2L:9124483-9124690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0703	0.0587	0.0975	0.0536	0.0297	0.0626	0.0597	0.1013	0.0297	0.09	0.1408	0.09	0.0852	0.0574	0.0638	0.0574	0.0662
chr2L	9124827	9124993	chr2L:9124828-9124993	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.087	0.0763	0.1034	0.081	0.0392	0.0835	0.0882	0.1133	0.0392	0.1196	0.1299	0.1196	0.086	0.0881	0.0851	0.0881	0.1073
chr2L	9125212	9125385	chr2L:9125213-9125385	FBgn0052982	CG32982	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0931	0.0806	0.1135	0.0847	0.0583	0.0942	0.0856	0.1119	0.0583	0.1407	0.1338	0.1407	0.1038	0.1011	0.0825	0.1011	0.1167
chr2L	9125637	9125826	chr2L:9125638-9125826	FBgn0052982	CG32982	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1844	0.1874	0.2202	0.1419	0.1251	0.2248	0.1968	0.2572	0.1251	0.2627	0.2727	0.2627	0.2099	0.1799	0.1715	0.1799	0.1819
chr2L	9126146	9126382	chr2L:9126147-9126382	FBgn0052982	CG32982	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0845	0.1327	0.0769	0.039	0.0806	0.1248	0.1449	0.2298	0.0806	0.0459	0.1312	0.0459	0.0534	0.0276	0.0748	0.0276	0.0469
chr2L	9127093	9127344	chr2L:9127094-9127344	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0522	0.0427	0.0574	0.057	0.0244	0.0558	0.0346	0.0713	0.0244	0.0948	0.0611	0.0948	0.0682	0.1348	0.0671	0.1348	0.0485
chr2L	9128334	9128606	chr2L:9128335-9128606	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0451	0.0774	0.0344	0.0207	0.0498	0.0738	0.0887	0.1126	0.0498	0.0223	0.0473	0.0223	0.0488	0.0153	0.0368	0.0153	0.0255
chr2L	9128660	9128841	chr2L:9128661-9128841	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0537	0.1129	0.0263	0.0175	0.087	0.1	0.1419	0.1619	0.087	0.0127	0.0341	0.0127	0.0496	0.01	0.0277	0.01	0.0229
chr2L	9130739	9130993	chr2L:9130740-9130993	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0332	0.0216	0.039	0.0398	0.0085	0.0388	0.0156	0.028	0.0085	0.038	0.0296	0.038	0.0999	0.0276	0.0213	0.0276	0.0735
chr2L	9133174	9133339	chr2L:9133175-9133339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0267	0.0202	0.0306	0.0298	0.0064	0.0291	0.0225	0.0266	0.0064	0.0338	0.0293	0.0338	0.0581	0.0299	0.0213	0.0299	0.0578
chr2L	9133494	9133715	chr2L:9133495-9133715	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0328	0.0208	0.0363	0.0425	0.0064	0.0296	0.0203	0.0286	0.0064	0.035	0.0331	0.035	0.0713	0.0337	0.0322	0.0337	0.0792
chr2L	9134231	9134382	chr2L:9134232-9134382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0193	0.0184	0.0188	0.0053	0.0262	0.0221	0.0227	0.0053	0.0145	0.0167	0.0145	0.0426	0.0184	0.0142	0.0184	0.036
chr2L	9135123	9135274	chr2L:9135124-9135274	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0264	0.0176	0.0269	0.0358	0.0074	0.0286	0.0156	0.0213	0.0074	0.0266	0.035	0.0266	0.0364	0.0827	0.0426	0.0827	0.0323
chr2L	9136909	9137069	chr2L:9136910-9137069	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0448	0.0237	0.0615	0.0501	0.0106	0.0374	0.0221	0.03	0.0106	0.0199	0.1241	0.0199	0.0294	0.01	0.1683	0.01	0.0208
chr2L	9137765	9137916	chr2L:9137766-9137916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0232	0.0264	0.0143	0.0095	0.0286	0.0264	0.0306	0.0095	0.0115	0.0479	0.0115	0.017	0.0084	0.0368	0.0084	0.0115
chr2L	9138180	9138436	chr2L:9138181-9138436	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0519	0.0849	0.0466	0.0207	0.0615	0.1175	0.0662	0.1272	0.0615	0.0266	0.0756	0.0266	0.0341	0.0107	0.038	0.0107	0.0266
chr2L	9145809	9146166	chr2L:9145810-9146166	distal	distal	stage5	stage5	CG32982	CG32982	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0876	0.1757	0.0581	0.0214	0.1516	0.2277	0.1864	0.1979	0.1516	0.0912	0.064	0.0912	0.0527	0.0184	0.0245	0.0184	0.0281
chr2L	9146325	9146790	chr2L:9146326-9146790	distal	distal	stage5	stage5	CG32982	CG32982	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1267	0.2893	0.0621	0.0162	0.2959	0.2107	0.3841	0.4017	0.2959	0.0519	0.1013	0.0519	0.0395	0.01	0.0258	0.01	0.0198
chr2L	9148166	9148458	chr2L:9148167-9148458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.0577	0.0298	0.0273	0.0318	0.0714	0.064	0.0726	0.0318	0.0314	0.0389	0.0314	0.0325	0.023	0.0426	0.023	0.0417
chr2L	9148985	9149136	chr2L:9148986-9149136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0702	0.0339	0.0157	0.0329	0.0927	0.0714	0.0973	0.0329	0.0386	0.0418	0.0386	0.0325	0.0176	0.0181	0.0176	0.0156
chr2L	9149932	9150083	chr2L:9149933-9150083	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0318	0.0667	0.0173	0.0086	0.0329	0.0883	0.0428	0.1186	0.0329	0.0103	0.0273	0.0103	0.0132	0.0084	0.009	0.0084	0.0141
chr2L	9150193	9150352	chr2L:9150194-9150352	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0865	0.0174	0.0084	0.0392	0.1112	0.0554	0.1679	0.0392	0.0151	0.0241	0.0151	0.0108	0.0077	0.0084	0.0077	0.0135
chr2L	9150898	9151092	chr2L:9150899-9151092	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0565	0.1046	0.0373	0.024	0.0827	0.1718	0.0826	0.1179	0.0827	0.0525	0.0367	0.0525	0.0426	0.0222	0.0297	0.0222	0.0281
chr2L	9158122	9158287	chr2L:9158123-9158287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.045	0.0661	0.0379	0.0292	0.0424	0.085	0.0662	0.0873	0.0424	0.0362	0.0489	0.0362	0.0387	0.0299	0.0297	0.0299	0.0354
chr2L	9158418	9158605	chr2L:9158419-9158605	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0998	0.1245	0.1018	0.07	0.0742	0.1437	0.1501	0.1639	0.0742	0.1171	0.1312	0.1171	0.0914	0.0766	0.0967	0.0766	0.0703
chr2L	9164086	9164237	chr2L:9164087-9164237	FBgn0032100	CG13108	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0213	0.0213	0.0108	0.0329	0.0064	0.0437	0.0125	0.0213	0.0064	0.0097	0.01	0.0097	0.0155	0.0061	0.0103	0.0061	0.0177
chr2L	9166144	9166295	chr2L:9166145-9166295	FBgn0032101,FBgn0041092	CG9586,tai	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0381	0.0335	0.0456	0.035	0.0212	0.0408	0.0359	0.0406	0.0212	0.0507	0.0531	0.0507	0.0581	0.0329	0.0361	0.0329	0.0511
chr2L	9166408	9166583	chr2L:9166409-9166583	FBgn0032101,FBgn0041092	CG9586,tai	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0891	0.0719	0.1085	0.087	0.0573	0.0898	0.0623	0.1073	0.0573	0.131	0.1244	0.131	0.1115	0.0934	0.087	0.0934	0.1214
chr2L	9166687	9166861	chr2L:9166688-9166861	FBgn0032101,FBgn0041092	CG9586,tai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.1249	0.1839	0.1522	0.0795	0.165	0.1202	0.1692	0.0795	0.2192	0.2096	0.2192	0.2006	0.1784	0.1676	0.1784	0.1819
chr2L	9166968	9167158	chr2L:9166969-9167158	FBgn0032101,FBgn0041092	CG9586,tai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1138	0.0899	0.1316	0.1212	0.0456	0.1301	0.0792	0.1272	0.0456	0.154	0.1576	0.154	0.1495	0.1417	0.1476	0.1417	0.149
chr2L	9167178	9167354	chr2L:9167179-9167354	FBgn0041092	tai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0761	0.0589	0.0852	0.0852	0.0255	0.0859	0.051	0.0913	0.0255	0.1008	0.0965	0.1008	0.1069	0.1041	0.1051	0.1041	0.0969
chr2L	9168041	9168192	chr2L:9168042-9168192	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0165	0.0225	0.0192	0.0064	0.015	0.0221	0.0253	0.0064	0.0193	0.0315	0.0193	0.0194	0.0107	0.0451	0.0107	0.0151
chr2L	9168872	9169023	chr2L:9168873-9169023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.016	0.0159	0.0238	0.0053	0.0209	0.0199	0.018	0.0053	0.0181	0.0164	0.0181	0.0139	0.0337	0.0097	0.0337	0.0094
chr2L	9175307	9175500	chr2L:9175308-9175500	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0376	0.0147	0.0312	0.0702	0.0064	0.0199	0.0212	0.0127	0.0064	0.0272	0.0347	0.0272	0.0558	0.108	0.0554	0.108	0.0938
chr2L	9176178	9176462	chr2L:9176179-9176462	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2571	0.1646	0.3381	0.2714	0.106	0.2417	0.1332	0.2252	0.106	0.4342	0.39	0.4342	0.3664	0.3086	0.3088	0.3086	0.3418
chr2L	9176560	9176711	chr2L:9176561-9176711	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.0881	0.1551	0.1054	0.0488	0.1184	0.0817	0.1252	0.0488	0.2047	0.1846	0.2047	0.1464	0.1325	0.1277	0.1325	0.1193
chr2L	9176787	9176990	chr2L:9176788-9176990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1209	0.0904	0.158	0.1143	0.052	0.1228	0.0852	0.1239	0.052	0.2041	0.1859	0.2041	0.1603	0.1286	0.1309	0.1286	0.1454
chr2L	9178386	9178537	chr2L:9178387-9178537	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0285	0.0631	0.0373	0.0095	0.05	0.0264	0.0286	0.0095	0.0374	0.0675	0.0374	0.1541	0.0123	0.0683	0.0123	0.0604
chr2L	9178561	9178761	chr2L:9178562-9178761	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0634	0.0441	0.0798	0.0668	0.0201	0.0733	0.0428	0.0466	0.0201	0.0604	0.0926	0.0604	0.1658	0.0368	0.109	0.0368	0.1141
chr2L	9179325	9179549	chr2L:9179326-9179549	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0677	0.0523	0.0802	0.0712	0.017	0.0791	0.0428	0.0746	0.017	0.0634	0.0785	0.0634	0.1898	0.0276	0.049	0.0276	0.1881
chr2L	9182698	9182939	chr2L:9182699-9182939	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0459	0.0219	0.0574	0.06	0.0074	0.0311	0.0272	0.024	0.0074	0.0332	0.0842	0.0332	0.0829	0.0337	0.127	0.0337	0.0823
chr2L	9185998	9186149	chr2L:9185999-9186149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0219	0.0189	0.026	0.0207	0.0053	0.0223	0.0251	0.0213	0.0053	0.0169	0.035	0.0169	0.0457	0.0069	0.0161	0.0069	0.0521
chr2L	9186758	9186909	chr2L:9186759-9186909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0236	0.0283	0.0292	0.0123	0.0138	0.0408	0.0324	0.0286	0.0138	0.0236	0.0325	0.0236	0.0527	0.01	0.0142	0.01	0.0198
chr2L	9187902	9188053	chr2L:9187903-9188053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.021	0.0193	0.0291	0.0139	0.0085	0.0316	0.0199	0.0193	0.0085	0.0242	0.0238	0.0242	0.0798	0.01	0.0064	0.01	0.0349
chr2L	9188997	9189186	chr2L:9188998-9189186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0276	0.0202	0.0396	0.0228	0.0117	0.032	0.0247	0.0127	0.0117	0.0356	0.0421	0.0356	0.0852	0.0077	0.0645	0.0077	0.0214
chr2L	9189406	9189627	chr2L:9189407-9189627	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.048	0.0378	0.0792	0.0252	0.0106	0.083	0.0298	0.0227	0.0106	0.0864	0.0579	0.0864	0.2099	0.0214	0.0264	0.0214	0.0464
chr2L	9190100	9190358	chr2L:9190101-9190358	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0623	0.0432	0.077	0.0675	0.0085	0.0752	0.0437	0.0393	0.0085	0.0833	0.0698	0.0833	0.1673	0.0574	0.0554	0.0574	0.1511
chr2L	9190379	9190650	chr2L:9190380-9190650	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0681	0.0461	0.0817	0.0777	0.0117	0.0811	0.0458	0.0413	0.0117	0.0924	0.0743	0.0924	0.1751	0.108	0.0735	0.108	0.1329
chr2L	9193724	9193936	chr2L:9193725-9193936	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0376	0.0219	0.0494	0.0421	0.0064	0.0267	0.0277	0.028	0.0064	0.038	0.0762	0.038	0.0558	0.0115	0.0819	0.0115	0.0698
chr2L	9195604	9195773	chr2L:9195605-9195773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0075	0.0209	0.0187	0.0021	0.0073	0.0117	0.0087	0.0021	0.0187	0.018	0.0187	0.0488	0.0077	0.0097	0.0077	0.0448
chr2L	9198579	9198763	chr2L:9198580-9198763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0105	0.0239	0.0352	0.0021	0.0131	0.0143	0.0113	0.0021	0.0332	0.0257	0.0332	0.0279	0.0743	0.0484	0.0743	0.0328
chr2L	9203455	9203728	chr2L:9203456-9203728	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0858	0.0535	0.1096	0.0957	0.0159	0.0816	0.0588	0.0553	0.0159	0.1649	0.0929	0.1649	0.1627	0.1493	0.0716	0.1493	0.1037
chr2L	9205153	9205488	chr2L:9205154-9205488	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1206	0.0597	0.1286	0.1799	0.0339	0.0854	0.0519	0.0813	0.0339	0.1322	0.1293	0.1322	0.2239	0.2121	0.1896	0.2121	0.2147
chr2L	9205734	9205885	chr2L:9205735-9205885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0254	0.0179	0.028	0.0308	0.0053	0.0262	0.0195	0.024	0.0053	0.0266	0.028	0.0266	0.0527	0.0513	0.0361	0.0513	0.0313
chr2L	9206349	9206500	chr2L:9206350-9206500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0153	0.0108	0.0145	0.0213	0.0032	0.0126	0.0138	0.014	0.0032	0.0097	0.018	0.0097	0.0279	0.0123	0.06	0.0123	0.0146
chr2L	9206917	9207068	chr2L:9206918-9207068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0153	0.009	0.0156	0.022	0.0021	0.0092	0.016	0.0073	0.0021	0.0097	0.0212	0.0097	0.0201	0.0084	0.0709	0.0084	0.0094
chr2L	9207473	9207624	chr2L:9207474-9207624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0086	0.0159	0.029	0.0021	0.0126	0.0099	0.012	0.0021	0.0085	0.0251	0.0085	0.0194	0.0061	0.1019	0.0061	0.0146
chr2L	9207940	9208091	chr2L:9207941-9208091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0154	0.0151	0.0137	0.0177	0.0159	0.0136	0.0225	0.0153	0.0159	0.0127	0.0203	0.0127	0.0155	0.0077	0.0496	0.0077	0.0125
chr2L	9211548	9211699	chr2L:9211549-9211699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.022	0.0171	0.0218	0.0279	0.0042	0.0199	0.0255	0.0147	0.0042	0.0187	0.026	0.0187	0.0349	0.026	0.0387	0.026	0.0401
chr2L	9212580	9212731	chr2L:9212581-9212731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.018	0.0141	0.0241	0.0156	0.0032	0.018	0.0182	0.016	0.0032	0.0254	0.0264	0.0254	0.0387	0.013	0.0193	0.013	0.0198
chr2L	9213283	9213434	chr2L:9213284-9213434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0107	0.0204	0.0155	0.0053	0.0165	0.013	0.0073	0.0053	0.0163	0.0193	0.0163	0.0457	0.0138	0.0187	0.0138	0.0261
chr2L	9213649	9213854	chr2L:9213650-9213854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0128	0.0344	0.026	0.0053	0.0136	0.0182	0.0113	0.0053	0.0169	0.0299	0.0169	0.1053	0.013	0.0322	0.013	0.049
chr2L	9224389	9224540	chr2L:9224390-9224540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0103	0.0185	0.0206	0.0042	0.0107	0.013	0.0147	0.0042	0.0115	0.0286	0.0115	0.0178	0.0123	0.0625	0.0123	0.0125
chr2L	9224670	9224821	chr2L:9224671-9224821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0108	0.0168	0.0141	0.0042	0.0121	0.0125	0.016	0.0042	0.0193	0.0177	0.0193	0.0225	0.013	0.0297	0.013	0.0125
chr2L	9226274	9226598	chr2L:9226275-9226598	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0521	0.0317	0.0188	0.0201	0.0811	0.0441	0.0726	0.0201	0.0236	0.0392	0.0236	0.0496	0.013	0.0155	0.013	0.0297
chr2L	9228319	9228470	chr2L:9228320-9228470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0191	0.0174	0.0261	0.0132	0.0106	0.0194	0.0285	0.014	0.0106	0.0229	0.0325	0.0229	0.038	0.0092	0.0193	0.0092	0.0172
chr2L	9228672	9228823	chr2L:9228673-9228823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0193	0.0161	0.0254	0.0163	0.0095	0.0165	0.0225	0.0207	0.0095	0.0229	0.0299	0.0229	0.0387	0.0138	0.0174	0.0138	0.0255
chr2L	9229894	9230045	chr2L:9229895-9230045	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0103	0.0146	0.017	0.0095	0.0087	0.0138	0.0127	0.0095	0.0103	0.0167	0.0103	0.024	0.0161	0.02	0.0161	0.0276
chr2L	9244121	9244272	chr2L:9244122-9244272	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0177	0.0133	0.0165	0.024	0.0032	0.015	0.0182	0.0187	0.0032	0.0151	0.0196	0.0151	0.0248	0.0475	0.0284	0.0475	0.0281
chr2L	9244375	9244656	chr2L:9244376-9244656	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0344	0.0199	0.0316	0.0536	0.0106	0.0238	0.0294	0.016	0.0106	0.0326	0.0354	0.0326	0.0465	0.157	0.0374	0.157	0.0453
chr2L	9252184	9252476	chr2L:9252185-9252476	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0409	0.0533	0.0484	0.0189	0.0276	0.0714	0.0588	0.0613	0.0276	0.0634	0.0489	0.0634	0.0496	0.0222	0.0187	0.0222	0.0224
chr2L	9252547	9252984	chr2L:9252548-9252984	FBgn0028433,FBgn0032105	Ggamma30A,borr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0852	0.093	0.106	0.0536	0.0562	0.1131	0.1086	0.1139	0.0562	0.1316	0.1132	0.1316	0.103	0.0505	0.0477	0.0505	0.0677
chr2L	9253034	9253230	chr2L:9253035-9253230	FBgn0028433,FBgn0032105	Ggamma30A,borr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1006	0.1107	0.1131	0.0756	0.0838	0.1301	0.1237	0.1379	0.0838	0.1389	0.128	0.1389	0.0999	0.0712	0.0787	0.0712	0.099
chr2L	9253343	9253496	chr2L:9253344-9253496	FBgn0028433,FBgn0032105	Ggamma30A,borr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.031	0.0435	0.0258	0.0228	0.0339	0.0471	0.0562	0.0453	0.0339	0.029	0.0328	0.029	0.0232	0.0207	0.0213	0.0207	0.0365
chr2L	9256394	9256661	chr2L:9256395-9256661	FBgn0263984	CG43733	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.049	0.0505	0.0424	0.0546	0.0191	0.0476	0.0792	0.0533	0.0191	0.0495	0.0386	0.0495	0.0565	0.0559	0.0374	0.0559	0.0776
chr2L	9256961	9257129	chr2L:9256962-9257129	FBgn0263984	CG43733	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0371	0.0464	0.0308	0.0336	0.0233	0.0417	0.0783	0.0393	0.0233	0.0308	0.0331	0.0308	0.0372	0.0291	0.029	0.0291	0.0516
chr2L	9271308	9271494	chr2L:9271309-9271494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0437	0.0461	0.0435	0.0412	0.0233	0.0505	0.0593	0.0593	0.0233	0.0453	0.0492	0.0453	0.0465	0.0276	0.0322	0.0276	0.0474
chr2L	9271661	9271812	chr2L:9271662-9271812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0126	0.0118	0.0244	0.0074	0.0155	0.0182	0.0107	0.0074	0.0127	0.0122	0.0127	0.0062	0.0145	0.0045	0.0145	0.0115
chr2L	9272253	9272404	chr2L:9272254-9272404	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0074	0.0126	0.0359	0.0042	0.0087	0.0108	0.0067	0.0042	0.0121	0.0103	0.0121	0.0124	0.0145	0.0058	0.0145	0.0167
chr2L	9320191	9320342	chr2L:9320192-9320342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0274	0.0231	0.0212	0.0106	0.0286	0.0381	0.0333	0.0106	0.0314	0.0251	0.0314	0.0163	0.0077	0.0148	0.0077	0.0125
chr2L	9320502	9320653	chr2L:9320503-9320653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.036	0.0393	0.0368	0.0316	0.018	0.0417	0.0554	0.046	0.018	0.0453	0.0424	0.0453	0.0356	0.0191	0.0258	0.0191	0.036
chr2L	9330623	9330823	chr2L:9330624-9330823	FBgn0010314	Cks30A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1463	0.1517	0.1703	0.1139	0.1145	0.1558	0.1972	0.1739	0.1145	0.2132	0.19	0.2132	0.1541	0.1256	0.1296	0.1256	0.1329
chr2L	9330933	9331225	chr2L:9330934-9331225	FBgn0010314	Cks30A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0957	0.1063	0.1181	0.0592	0.0774	0.1049	0.1471	0.1219	0.0774	0.1588	0.126	0.1588	0.0976	0.0567	0.0709	0.0567	0.0636
chr2L	9331316	9331623	chr2L:9331317-9331623	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0664	0.0727	0.0862	0.0377	0.052	0.0801	0.093	0.0793	0.052	0.0978	0.0862	0.0978	0.0806	0.0314	0.04	0.0314	0.0453
chr2L	9386415	9386566	chr2L:9386416-9386566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.021	0.0202	0.0202	0.0228	0.0042	0.0243	0.0281	0.022	0.0042	0.0199	0.0183	0.0199	0.0418	0.0253	0.0193	0.0253	0.0417
chr2L	9387543	9387694	chr2L:9387544-9387694	FBgn0012036	Aldh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0136	0.012	0.0141	0.015	0.0042	0.015	0.0208	0.006	0.0042	0.0115	0.0087	0.0115	0.0426	0.0184	0.009	0.0184	0.0281
chr2L	9388023	9388174	chr2L:9388024-9388174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0163	0.0148	0.0131	0.0053	0.0214	0.0251	0.01	0.0053	0.0115	0.008	0.0115	0.0473	0.0077	0.0032	0.0077	0.0349
chr2L	9388250	9388410	chr2L:9388251-9388410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0194	0.0203	0.0188	0.0106	0.0214	0.029	0.0167	0.0106	0.0127	0.0109	0.0127	0.0651	0.01	0.0071	0.01	0.049
chr2L	9389176	9389333	chr2L:9389177-9389333	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0171	0.027	0.027	0.0074	0.0248	0.0229	0.008	0.0074	0.0187	0.009	0.0187	0.1061	0.0084	0.0064	0.0084	0.0771
chr2L	9389518	9389740	chr2L:9389519-9389740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0184	0.0253	0.0185	0.0095	0.0189	0.0307	0.0147	0.0095	0.0151	0.0161	0.0151	0.0813	0.0107	0.0084	0.0107	0.0474
chr2L	9415155	9415306	chr2L:9415156-9415306	FBgn0085395	Shawl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0123	0.0067	0.0081	0.0042	0.0097	0.0251	0.01	0.0042	0.0091	0.0074	0.0091	0.0039	8e-04	0.0013	8e-04	0.001
chr2L	9416290	9416504	chr2L:9416291-9416504	FBgn0032116	CG3759	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0384	0.0588	0.0297	0.0251	0.0361	0.0267	0.1194	0.0633	0.0361	0.0085	0.0614	0.0085	0.0093	0.0077	0.087	0.0077	0.0052
chr2L	9420675	9420826	chr2L:9420676-9420826	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0252	0.0314	0.0213	0.0224	0.0244	0.0199	0.0528	0.0346	0.0244	0.0169	0.0315	0.0169	0.0186	0.0176	0.0496	0.0176	0.0188
chr2L	9421489	9421687	chr2L:9421490-9421687	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.0698	0.0166	0.0106	0.0817	0.0204	0.151	0.0466	0.0817	0.0127	0.0212	0.0127	0.0147	0.0054	0.0181	0.0054	0.0089
chr2L	9430612	9430913	chr2L:9430613-9430913	FBgn0011232,FBgn0032117	FucTB,scat	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0706	0.068	0.0835	0.0592	0.0498	0.0699	0.0835	0.0926	0.0498	0.1123	0.0852	0.1123	0.0991	0.0444	0.0567	0.0444	0.098
chr2L	9430964	9431153	chr2L:9430965-9431153	FBgn0011232,FBgn0032117	FucTB,scat	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1089	0.0973	0.136	0.0922	0.0859	0.1141	0.1086	0.1173	0.0859	0.1643	0.1486	0.1643	0.151	0.0888	0.1006	0.0888	0.1256
chr2L	9431337	9431562	chr2L:9431338-9431562	FBgn0011232,FBgn0032117	FucTB,scat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1241	0.1132	0.1525	0.1051	0.0838	0.1345	0.141	0.1239	0.0838	0.1793	0.1723	0.1793	0.1549	0.1217	0.1064	0.1217	0.1339
chr2L	9431579	9431811	chr2L:9431580-9431811	FBgn0011232	scat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0831	0.092	0.0893	0.0664	0.0615	0.1015	0.1319	0.0926	0.0615	0.1008	0.1023	0.1008	0.1092	0.0758	0.0683	0.0758	0.0792
chr2L	9431943	9432104	chr2L:9431944-9432104	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0512	0.0269	0.017	0.0403	0.0359	0.0895	0.048	0.0403	0.0205	0.0331	0.0205	0.0349	0.0153	0.0226	0.0153	0.0203
chr2L	9432833	9432984	chr2L:9432834-9432984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0199	0.0381	0.0127	0.0075	0.0265	0.0146	0.0861	0.0253	0.0265	0.0133	0.0129	0.0133	0.0186	0.0077	0.0064	0.0077	0.0099
chr2L	9437260	9437579	chr2L:9437261-9437579	FBgn0002973,FBgn0085211	RpS28-like,numb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0969	0.0956	0.0901	0.106	0.0573	0.0937	0.1306	0.1226	0.0573	0.1256	0.0794	0.1256	0.0751	0.0498	0.087	0.0498	0.0907
chr2L	9442714	9442928	chr2L:9442715-9442928	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0268	0.0282	0.0226	0.0299	0.0053	0.0184	0.0584	0.0273	0.0053	0.0157	0.0167	0.0157	0.0085	0.0084	0.0077	0.0084	0.0083
chr2L	9443086	9443237	chr2L:9443087-9443237	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0189	0.0109	0.0284	0.0064	0.0126	0.0333	0.024	0.0064	0.0097	0.008	0.0097	0.0039	0.0023	0.0058	0.0023	0.0063
chr2L	9446542	9446693	chr2L:9446543-9446693	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0118	0.0187	0.0259	0.0085	0.0117	0.0164	0.0113	0.0085	0.0121	0.0244	0.0121	0.0225	0.0054	0.0748	0.0054	0.0203
chr2L	9448270	9448493	chr2L:9448271-9448493	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	numb_5870	numb_5870	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.1264	0.1539	0.1477	0.0723	0.1029	0.1383	0.1925	0.2225	0.1029	0.1504	0.1698	0.1504	0.1325	0.0574	0.1122	0.0574	0.0813
chr2L	9448597	9448809	chr2L:9448598-9448809	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	numb_5870	numb_5870	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.129	0.1239	0.1745	0.0848	0.0838	0.1437	0.1207	0.1912	0.0838	0.1836	0.2077	0.1836	0.1472	0.0413	0.1476	0.0413	0.0985
chr2L	9449249	9449447	chr2L:9449250-9449447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2101	0.2357	0.2534	0.134	0.2153	0.2286	0.3019	0.2771	0.2153	0.282	0.2958	0.282	0.2332	0.0536	0.2089	0.0536	0.1631
chr2L	9449685	9449912	chr2L:9449686-9449912	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2446	0.2648	0.308	0.1525	0.2481	0.2621	0.3261	0.3145	0.2481	0.3527	0.3495	0.3527	0.2595	0.0666	0.2405	0.0666	0.1939
chr2L	9451782	9451933	chr2L:9451783-9451933	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0346	0.0298	0.0404	0.0336	0.018	0.0257	0.0502	0.03	0.018	0.0205	0.0691	0.0205	0.0287	0.0046	0.1096	0.0046	0.0177
chr2L	9454411	9454711	chr2L:9454412-9454711	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1526	0.2739	0.1434	0.027	0.2524	0.2777	0.3261	0.3404	0.2524	0.2802	0.1437	0.2802	0.0411	0.0153	0.0471	0.0153	0.0146
chr2L	9455184	9455414	chr2L:9455185-9455414	distal	distal	stage11	stage11	numb_CD1	numb_CD1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0573	0.0859	0.0637	0.0182	0.0477	0.0917	0.1159	0.1053	0.0477	0.0694	0.0563	0.0694	0.0263	0.013	0.0206	0.013	0.0109
chr2L	9457871	9458101	chr2L:9457872-9458101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0435	0.0318	0.0594	0.0393	0.0191	0.0277	0.0502	0.03	0.0191	0.029	0.0929	0.029	0.0674	0.0061	0.1044	0.0061	0.038
chr2L	9458629	9458780	chr2L:9458630-9458780	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0248	0.027	0.0375	0.0233	0.0218	0.0394	0.0213	0.0233	0.0181	0.0392	0.0181	0.0232	0.0054	0.1244	0.0054	0.0172
chr2L	9458968	9459119	chr2L:9458969-9459119	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0373	0.0409	0.0276	0.0255	0.0291	0.0575	0.0413	0.0255	0.0362	0.0576	0.0362	0.0333	0.0069	0.069	0.0069	0.025
chr2L	9459866	9460078	chr2L:9459867-9460078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0566	0.0512	0.0651	0.0532	0.0276	0.051	0.0796	0.0493	0.0276	0.0652	0.0582	0.0652	0.0806	0.013	0.06	0.013	0.1053
chr2L	9460154	9460469	chr2L:9460155-9460469	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1507	0.1337	0.2086	0.1061	0.071	0.1534	0.1903	0.1279	0.071	0.2814	0.1929	0.2814	0.1658	0.0413	0.1212	0.0413	0.1428
chr2L	9464509	9464838	chr2L:9464510-9464838	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1265	0.124	0.1513	0.1021	0.1039	0.1359	0.1289	0.1752	0.1039	0.1908	0.1733	0.1908	0.1286	0.0743	0.1038	0.0743	0.1084
chr2L	9486310	9486461	chr2L:9486311-9486461	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0288	0.0333	0.0264	0.0266	0.0191	0.0345	0.0411	0.0473	0.0191	0.0103	0.0341	0.0103	0.0225	0.0092	0.0168	0.0092	0.0125
chr2L	9486667	9486818	chr2L:9486668-9486818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0232	0.0314	0.0198	0.0178	0.0212	0.0252	0.0407	0.0473	0.0212	0.0109	0.0267	0.0109	0.0147	0.0038	0.0135	0.0038	0.0047
chr2L	9490851	9491002	chr2L:9490852-9491002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0231	0.0112	0.0202	0.0397	0.0021	0.0117	0.0143	0.018	0.0021	0.0109	0.0228	0.0109	0.0349	0.0306	0.0413	0.0306	0.0401
chr2L	9493962	9494177	chr2L:9493963-9494177	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1004	0.0839	0.1128	0.1053	0.0488	0.1068	0.0813	0.1199	0.0488	0.1002	0.1277	0.1002	0.1596	0.0551	0.1077	0.0551	0.1548
chr2L	9494269	9494594	chr2L:9494270-9494594	FBgn0004868	Gdi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1254	0.0975	0.1565	0.1227	0.0392	0.1417	0.0913	0.1332	0.0392	0.1818	0.1756	0.1818	0.1627	0.1064	0.1257	0.1064	0.1652
chr2L	9494714	9494907	chr2L:9494715-9494907	FBgn0004868	Gdi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1799	0.1453	0.2235	0.1707	0.0901	0.1782	0.1462	0.2079	0.0901	0.2772	0.2514	0.2772	0.2115	0.1876	0.1676	0.1876	0.2095
chr2L	9495386	9495585	chr2L:9495387-9495585	FBgn0032120	CG33298	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.1507	0.1585	0.1255	0.1294	0.1563	0.1782	0.1912	0.1294	0.1751	0.1823	0.1751	0.172	0.1424	0.1386	0.1424	0.1443
chr2L	9495621	9495836	chr2L:9495622-9495836	FBgn0032120	CG33298	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1322	0.1446	0.1402	0.1095	0.1071	0.149	0.1765	0.1912	0.1071	0.1498	0.1675	0.1498	0.1387	0.1256	0.1277	0.1256	0.1126
chr2L	9495930	9496123	chr2L:9495931-9496123	FBgn0032120	CG33298	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1109	0.1301	0.1188	0.0809	0.1039	0.1146	0.1752	0.1746	0.1039	0.1389	0.1402	0.1389	0.0906	0.0904	0.1096	0.0904	0.0709
chr2L	9496391	9496759	chr2L:9496392-9496759	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.108	0.1188	0.1284	0.0735	0.0562	0.1146	0.1648	0.1519	0.0562	0.1298	0.1958	0.1298	0.0775	0.0972	0.1489	0.0972	0.0485
chr2L	9497047	9497198	chr2L:9497048-9497198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0298	0.0445	0.0293	0.0138	0.0308	0.0238	0.0869	0.0386	0.0308	0.0284	0.0415	0.0284	0.0217	0.0199	0.0193	0.0199	0.0151
chr2L	9498510	9498661	chr2L:9498511-9498661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0358	0.0354	0.0248	0.0201	0.0393	0.0571	0.03	0.0201	0.0405	0.037	0.0405	0.0542	0.0184	0.02	0.0184	0.0532
chr2L	9505512	9505724	chr2L:9505513-9505724	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0152	0.0203	0.0306	0.0074	0.0146	0.0212	0.018	0.0074	0.0145	0.026	0.0145	0.0341	0.0145	0.0432	0.0145	0.0323
chr2L	9508367	9508536	chr2L:9508368-9508536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0332	0.0282	0.0473	0.0233	0.0117	0.0296	0.0329	0.0433	0.0117	0.0181	0.0836	0.0181	0.0209	0.01	0.0651	0.01	0.0151
chr2L	9508585	9508949	chr2L:9508586-9508949	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0817	0.0614	0.1198	0.0627	0.0191	0.0631	0.0545	0.1299	0.0191	0.0374	0.2383	0.0374	0.0457	0.0199	0.2057	0.0199	0.0271
chr2L	9510243	9510394	chr2L:9510244-9510394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0213	0.0206	0.0266	0.0162	0.0085	0.0248	0.026	0.026	0.0085	0.0181	0.0312	0.0181	0.0496	0.0054	0.0277	0.0054	0.0214
chr2L	9510679	9510830	chr2L:9510680-9510830	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0126	0.0169	0.018	0.0064	0.0117	0.0234	0.0093	0.0064	0.0145	0.0199	0.0145	0.0201	0.0176	0.0181	0.0176	0.0162
chr2L	9511535	9511686	chr2L:9511536-9511686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.0184	0.0239	0.0169	0.0042	0.0218	0.0242	0.026	0.0042	0.0193	0.0241	0.0193	0.0465	0.0176	0.0174	0.0176	0.0177
chr2L	9511751	9511902	chr2L:9511752-9511902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0195	0.0199	0.0209	0.0175	0.0074	0.0267	0.0247	0.0227	0.0074	0.0151	0.0254	0.0151	0.0318	0.013	0.0142	0.013	0.0203
chr2L	9511970	9512121	chr2L:9511971-9512121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0212	0.0228	0.0171	0.0053	0.0165	0.0368	0.024	0.0053	0.0127	0.0305	0.0127	0.0325	0.01	0.02	0.01	0.0234
chr2L	9512525	9512681	chr2L:9512526-9512681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0339	0.0481	0.0343	0.0175	0.035	0.0369	0.0779	0.052	0.035	0.0278	0.0415	0.0278	0.0372	0.01	0.0213	0.01	0.0292
chr2L	9520252	9520734	chr2L:9520253-9520734	FBgn0032123	Oatp30B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1157	0.1169	0.1305	0.098	0.1039	0.1262	0.1432	0.1346	0.1039	0.1588	0.1505	0.1588	0.1294	0.1179	0.1135	0.1179	0.1105
chr2L	9520805	9521019	chr2L:9520806-9521019	FBgn0032123	Oatp30B	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1949	0.1763	0.2254	0.1821	0.1495	0.2058	0.1929	0.2239	0.1495	0.2711	0.2585	0.2711	0.2146	0.1937	0.2031	0.1937	0.2147
chr2L	9521126	9521320	chr2L:9521127-9521320	FBgn0032123	Oatp30B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2019	0.173	0.2522	0.1791	0.1188	0.2097	0.1769	0.2398	0.1188	0.3146	0.3032	0.3146	0.22	0.2098	0.2179	0.2098	0.1991
chr2L	9521495	9521739	chr2L:9521496-9521739	FBgn0032123	Oatp30B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.195	0.1603	0.2656	0.1564	0.0912	0.1932	0.1622	0.2445	0.0912	0.337	0.3473	0.337	0.2076	0.2075	0.2353	0.2075	0.112
chr2L	9521998	9522181	chr2L:9521999-9522181	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0599	0.0411	0.0976	0.0394	0.0117	0.0665	0.0316	0.064	0.0117	0.1908	0.1119	0.1908	0.038	0.0674	0.0593	0.0674	0.0214
chr2L	9522234	9522385	chr2L:9522235-9522385	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0526	0.049	0.0718	0.0356	0.0244	0.0699	0.0467	0.0666	0.0244	0.119	0.0871	0.119	0.0349	0.0551	0.0542	0.0551	0.0266
chr2L	9522900	9523090	chr2L:9522901-9523090	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0736	0.0629	0.0996	0.0568	0.0201	0.0777	0.0571	0.1079	0.0201	0.0616	0.1653	0.0616	0.0627	0.0314	0.1496	0.0314	0.0412
chr2L	9525553	9525704	chr2L:9525554-9525704	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0282	0.0186	0.0297	0.0372	0.0074	0.0252	0.0216	0.0207	0.0074	0.0284	0.0267	0.0284	0.0697	0.0697	0.0387	0.0697	0.0505
chr2L	9525788	9526088	chr2L:9525789-9526088	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.054	0.0302	0.0547	0.0799	0.0085	0.049	0.0355	0.026	0.0085	0.0598	0.0405	0.0598	0.1325	0.1945	0.0587	0.1945	0.0881
chr2L	9529755	9529906	chr2L:9529756-9529906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.013	0.0117	0.0127	0.0149	0.0053	0.0097	0.0203	0.0113	0.0053	0.0133	0.0141	0.0133	0.0201	0.0123	0.0103	0.0123	0.0307
chr2L	9529994	9530145	chr2L:9529995-9530145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0152	0.0174	0.0169	0.0085	0.0209	0.0199	0.012	0.0085	0.0139	0.0196	0.0139	0.0318	0.01	0.0142	0.01	0.0375
chr2L	9539561	9540021	chr2L:9539562-9540021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0635	0.0536	0.0801	0.0564	0.0308	0.0505	0.0792	0.06	0.0308	0.1111	0.0881	0.1111	0.0775	0.0796	0.0696	0.0796	0.0615
chr2L	9540089	9540259	chr2L:9540090-9540259	FBgn0032124	CG17855	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0634	0.055	0.0735	0.0618	0.0329	0.0583	0.0701	0.0706	0.0329	0.0972	0.0801	0.0972	0.0751	0.0727	0.0722	0.0727	0.0818
chr2L	9540441	9540592	chr2L:9540442-9540592	FBgn0032124	CG17855	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0167	0.0137	0.0152	0.0216	0.0021	0.0141	0.0216	0.0167	0.0021	0.0181	0.0167	0.0181	0.0186	0.0237	0.0155	0.0237	0.0422
chr2L	9551196	9551347	chr2L:9551197-9551347	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0185	0.01	0.0121	0.0351	0.0032	0.0112	0.0173	0.0073	0.0032	0.026	0.0109	0.026	0.0101	0.1432	0.0129	0.1432	0.0104
chr2L	9557975	9558126	chr2L:9557976-9558126	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0113	0.0105	0.026	0.0021	0.0117	0.0182	0.012	0.0021	0.0163	0.0113	0.0163	0.007	0.1041	0.0129	0.1041	0.0068
chr2L	9558714	9558865	chr2L:9558715-9558865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0104	0.0098	0.0072	0.0143	0.0021	0.0078	0.0182	0.01	0.0021	0.0085	0.0071	0.0085	0.0085	0.0406	0.0123	0.0406	0.0109
chr2L	9559287	9559438	chr2L:9559288-9559438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.013	0.0123	0.024	0.0064	0.0117	0.0182	0.018	0.0064	0.0151	0.0119	0.0151	0.017	0.0911	0.0077	0.0911	0.0115
chr2L	9559927	9560078	chr2L:9559928-9560078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0102	0.0112	0.0077	0.0118	0.0053	0.0117	0.0186	0.0107	0.0053	0.0103	0.0074	0.0103	0.0132	0.0459	0.0052	0.0459	0.0036
chr2L	9566949	9567100	chr2L:9566950-9567100	FBgn0032129	jp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0088	0.0132	0.0233	0.0021	0.0073	0.0121	0.0133	0.0021	0.0109	0.0132	0.0109	0.0139	0.0092	0.0103	0.0092	0.012
chr2L	9567522	9567891	chr2L:9567523-9567891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1044	0.0972	0.0622	0.1586	0.0774	0.0782	0.128	0.1359	0.0774	0.055	0.065	0.055	0.0922	0.1531	0.1883	0.1531	0.1944
chr2L	9568251	9568612	chr2L:9568252-9568612	FBgn0032130	CG3838	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.247	0.2485	0.2603	0.2307	0.176	0.3015	0.2292	0.3757	0.176	0.3043	0.2698	0.3043	0.299	0.3338	0.2701	0.3338	0.2804
chr2L	9568814	9569012	chr2L:9568815-9569012	FBgn0032130	CG3838	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2006	0.1689	0.2235	0.2111	0.1103	0.2316	0.1462	0.2392	0.1103	0.2838	0.2309	0.2838	0.2711	0.3155	0.2366	0.3155	0.271
chr2L	9569221	9569410	chr2L:9569222-9569410	FBgn0032130	CG3838	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1038	0.0943	0.1136	0.1036	0.0615	0.1252	0.0874	0.1332	0.0615	0.1322	0.1167	0.1322	0.1534	0.1378	0.0851	0.1378	0.1657
chr2L	9569740	9569975	chr2L:9569741-9569975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1043	0.1054	0.1146	0.0918	0.0573	0.1243	0.1073	0.1646	0.0573	0.1262	0.1138	0.1262	0.1704	0.121	0.0632	0.121	0.1527
chr2L	9570204	9570461	chr2L:9570205-9570461	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0829	0.1266	0.0717	0.0464	0.0838	0.0879	0.1657	0.2105	0.0838	0.0586	0.0749	0.0586	0.1053	0.0436	0.0458	0.0436	0.0693
chr2L	9570731	9570905	chr2L:9570732-9570905	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0415	0.0399	0.0387	0.0464	0.017	0.035	0.0584	0.056	0.017	0.0314	0.0447	0.0314	0.0674	0.0498	0.0613	0.0498	0.0688
chr2L	9576287	9576527	chr2L:9576288-9576527	FBgn0028479	Mtpalpha	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0759	0.0709	0.0812	0.0755	0.0329	0.0733	0.0934	0.0979	0.0329	0.0918	0.0836	0.0918	0.1139	0.0674	0.0799	0.0674	0.1256
chr2L	9576681	9576884	chr2L:9576682-9576884	FBgn0028479	Mtpalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1385	0.1365	0.1529	0.1251	0.088	0.1437	0.1678	0.1845	0.088	0.1806	0.1582	0.1806	0.1611	0.124	0.1264	0.124	0.1563
chr2L	9577179	9577349	chr2L:9577180-9577349	FBgn0028479	Mtpalpha	none	none	gcm_+3.5/+4.5,gcm_+3.8/+4.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0406	0.0456	0.0513	0.0234	0.0159	0.0641	0.0493	0.062	0.0159	0.0483	0.0524	0.0483	0.0395	0.0199	0.0187	0.0199	0.0302
chr2L	9581694	9581898	chr2L:9581695-9581898	FBgn0014179	gcm	stage11,stage14,stage5	none	VT4849.1,gcm_-0.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2228	0.1973	0.2981	0.1686	0.1612	0.2515	0.1821	0.2712	0.1612	0.2971	0.3605	0.2971	0.2618	0.1041	0.2328	0.1041	0.1714
chr2L	9583059	9583239	chr2L:9583060-9583239	distal	distal	stage5	stage5	VT4849.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0392	0.0641	0.0391	0.0114	0.0445	0.05	0.0804	0.1019	0.0445	0.0374	0.0505	0.0374	0.0155	0.01	0.0129	0.01	0.0109
chr2L	9583434	9583605	chr2L:9583435-9583605	distal	distal	none	none	VT4849.1,VT4850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0389	0.0558	0.0448	0.0134	0.0244	0.0709	0.0692	0.0693	0.0244	0.0393	0.055	0.0393	0.0294	0.0084	0.0135	0.0084	0.0182
chr2L	9584179	9584386	chr2L:9584180-9584386	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT4849.1,VT4850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0586	0.0597	0.0891	0.0238	0.0212	0.0631	0.0446	0.1266	0.0212	0.0411	0.1457	0.0411	0.0767	0.0138	0.0516	0.0138	0.0234
chr2L	9584412	9584578	chr2L:9584413-9584578	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT4850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0561	0.0684	0.0773	0.0191	0.0329	0.0704	0.0575	0.1406	0.0329	0.035	0.1248	0.035	0.0744	0.0092	0.0406	0.0092	0.0188
chr2L	9585169	9585361	chr2L:9585170-9585361	distal	distal	stage5	none	VT4850.1,VT4851.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0418	0.0688	0.0397	0.0139	0.0445	0.0553	0.0714	0.1352	0.0445	0.0296	0.046	0.0296	0.0085	0.01	0.0045	0.01	0.0073
chr2L	9585504	9585655	chr2L:9585505-9585655	FBgn0263612	CR43621	stage5	none	VT4850.1,VT4851.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.0339	0.0268	0.0134	0.017	0.0388	0.0394	0.0473	0.017	0.0151	0.0267	0.0151	0.0147	0.0061	0.0103	0.0061	0.0089
chr2L	9586245	9586421	chr2L:9586246-9586421	FBgn0263612	CR43621	none	none	VT4851.1,gcm_-7.4/-4.4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0323	0.0213	0.041	0.035	0.0032	0.0286	0.0255	0.0247	0.0032	0.0417	0.0457	0.0417	0.0201	0.0398	0.0387	0.0398	0.0516
chr2L	9586601	9586752	chr2L:9586602-9586752	distal	distal	none	none	VT4851.1,gcm_-7.4/-4.4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0225	0.0192	0.0247	0.0237	0.0053	0.0233	0.0277	0.0187	0.0053	0.0211	0.0283	0.0211	0.0155	0.023	0.0226	0.023	0.0396
chr2L	9587189	9587369	chr2L:9587190-9587369	distal	distal	none	none	gcm_-7.4/-4.4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0317	0.0427	0.0374	0.013	0.0212	0.0447	0.0441	0.074	0.0212	0.0187	0.0437	0.0187	0.0271	0.0061	0.0052	0.0061	0.0141
chr2L	9587384	9587728	chr2L:9587385-9587728	distal	distal	none	none	gcm_-7.4/-4.4	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0543	0.0558	0.0262	0.0201	0.0621	0.0619	0.0813	0.0201	0.0284	0.0553	0.0284	0.0899	0.0077	0.0129	0.0077	0.0448
chr2L	9591337	9591488	chr2L:9591338-9591488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0133	0.022	0.0163	0.0042	0.0155	0.0208	0.0113	0.0042	0.0181	0.0199	0.0181	0.0147	0.0084	0.0058	0.0084	0.0135
chr2L	9592642	9592922	chr2L:9592643-9592922	distal	distal	stage11	stage11	gcm_-11.5/-10	gcm_-11.5/-10	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0304	0.0285	0.0528	0.0078	0.0085	0.0277	0.0303	0.0513	0.0085	0.0254	0.0897	0.0254	0.0124	0.0046	0.0116	0.0046	0.0068
chr2L	9593908	9594059	chr2L:9593909-9594059	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0211	0.0487	0.0146	0.0095	0.0257	0.0303	0.0187	0.0095	0.0199	0.0836	0.0199	0.0279	0.0054	0.0258	0.0054	0.013
chr2L	9594691	9594981	chr2L:9594692-9594981	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0434	0.0184	0.0645	0.0482	0.0053	0.033	0.0173	0.02	0.0053	0.0254	0.0344	0.0254	0.0201	0.0046	0.011	0.0046	0.0099
chr2L	9595148	9595366	chr2L:9595149-9595366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0359	0.0213	0.0529	0.0334	0.0064	0.0311	0.0229	0.028	0.0064	0.0248	0.0534	0.0248	0.0163	0.0115	0.0103	0.0115	0.0146
chr2L	9596621	9596772	chr2L:9596622-9596772	distal	distal	none	none	gcm_-20/-14	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0197	0.0187	0.025	0.0149	0.0021	0.0252	0.0229	0.0233	0.0021	0.0236	0.0254	0.0236	0.0256	0.0268	0.0077	0.0268	0.0198
chr2L	9598334	9598503	chr2L:9598335-9598503	distal	distal	none	none	gcm_-20/-14	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0271	0.0197	0.04	0.0213	0.0074	0.0306	0.0212	0.0213	0.0074	0.0537	0.0402	0.0537	0.031	0.0115	0.0206	0.0115	0.038
chr2L	9598646	9598797	chr2L:9598647-9598797	distal	distal	none	none	gcm_-20/-14	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0238	0.0203	0.0345	0.0159	0.0074	0.0369	0.0182	0.0213	0.0074	0.0471	0.037	0.0471	0.0256	0.0107	0.0168	0.0107	0.0255
chr2L	9601350	9601540	chr2L:9601351-9601540	FBgn0032132	CG4382	stage11,stage5	none	gcm_-20/-14	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0412	0.056	0.0542	0.0106	0.0244	0.051	0.0463	0.1246	0.0244	0.032	0.0887	0.032	0.0163	0.0054	0.009	0.0054	0.0109
chr2L	9602033	9602184	chr2L:9602034-9602184	distal	distal	stage5	stage5	gcm_-20/-14	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0254	0.0479	0.0199	0.0063	0.0255	0.0451	0.0294	0.1113	0.0255	0.0169	0.0264	0.0169	0.0139	0.0069	0.009	0.0069	0.0052
chr2L	9602198	9602394	chr2L:9602199-9602394	distal	distal	stage5	stage5	gcm_-20/-14	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0695	0.0313	0.0085	0.0244	0.0694	0.0407	0.1652	0.0244	0.0278	0.0405	0.0278	0.0209	0.0123	0.0103	0.0123	0.0057
chr2L	9602538	9602689	chr2L:9602539-9602689	distal	distal	none	none	gcm_-20/-14,gcm_-24/-20	gcm_-24/-20	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0206	0.0299	0.0245	0.006	0.0127	0.033	0.0277	0.054	0.0127	0.0151	0.0206	0.0151	0.0124	0.0038	0.0071	0.0038	0.0057
chr2L	9602718	9602869	chr2L:9602719-9602869	distal	distal	none	none	gcm_-24/-20	gcm_-24/-20	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.024	0.0314	0.0329	0.0058	0.0117	0.0325	0.0359	0.0506	0.0117	0.0211	0.0254	0.0211	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0042
chr2L	9604146	9604297	chr2L:9604147-9604297	distal	distal	none	none	gcm_-24/-20	gcm_-24/-20	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0211	0.0162	0.0396	0.0061	0.0011	0.0204	0.0203	0.0227	0.0011	0.029	0.0669	0.029	0.0147	0.0054	0.0071	0.0054	0.0052
chr2L	9607127	9607278	chr2L:9607128-9607278	distal	distal	none	none	gcm_-29/-24	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0184	0.0509	0.0201	0.0064	0.0267	0.0208	0.0227	0.0064	0.0344	0.0785	0.0344	0.0248	0.013	0.0277	0.013	0.0266
chr2L	9607910	9608065	chr2L:9607911-9608065	FBgn0019809	gcm2	stage11	none	gcm_-29/-24	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0597	0.0439	0.086	0.0486	0.0138	0.0583	0.0484	0.0586	0.0138	0.0785	0.0859	0.0785	0.0751	0.0398	0.0393	0.0398	0.0573
chr2L	9608157	9608339	chr2L:9608158-9608339	FBgn0019809	gcm2	stage11,stage14,stage5	none	gcm_-29/-24	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1281	0.0956	0.1768	0.1111	0.0445	0.1325	0.0882	0.1332	0.0445	0.1854	0.2029	0.1854	0.165	0.1064	0.1077	0.1064	0.124
chr2L	9608462	9608751	chr2L:9608463-9608751	FBgn0019809	gcm2	stage14	none	gcm_-29/-24	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0697	0.053	0.0929	0.0629	0.0308	0.0655	0.0536	0.0713	0.0308	0.1057	0.0971	0.1057	0.1224	0.0459	0.0677	0.0459	0.0907
chr2L	9609308	9609609	chr2L:9609309-9609609	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	gcm_-29/-24	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0397	0.0184	0.056	0.0455	0.0053	0.0257	0.0177	0.0286	0.0053	0.0338	0.0949	0.0338	0.0403	0.0191	0.0922	0.0191	0.0662
chr2L	9609680	9609925	chr2L:9609681-9609925	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	gcm_-29/-24	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0441	0.0335	0.0676	0.0302	0.0106	0.0354	0.0281	0.0733	0.0106	0.0417	0.1235	0.0417	0.0349	0.0191	0.0729	0.0191	0.0281
chr2L	9612509	9612660	chr2L:9612510-9612660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0583	0.0471	0.0788	0.0482	0.0233	0.0539	0.058	0.0606	0.0233	0.1021	0.0797	0.1021	0.0852	0.0391	0.0406	0.0391	0.0683
chr2L	9612745	9612939	chr2L:9612746-9612939	FBgn0040070	Trx-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1074	0.0713	0.1749	0.0737	0.0445	0.0845	0.0839	0.0893	0.0445	0.215	0.1913	0.215	0.1758	0.0712	0.0741	0.0712	0.0912
chr2L	9613245	9613484	chr2L:9613246-9613484	FBgn0040070	Trx-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1712	0.1188	0.2379	0.1564	0.0817	0.1709	0.1125	0.1466	0.0817	0.2838	0.2643	0.2838	0.2401	0.1685	0.1612	0.1685	0.1996
chr2L	9613719	9613922	chr2L:9613720-9613922	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0864	0.053	0.1136	0.0939	0.0223	0.0718	0.0541	0.0726	0.0223	0.1244	0.1296	0.1244	0.1224	0.1018	0.087	0.1018	0.1204
chr2L	9613967	9614169	chr2L:9613968-9614169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0748	0.0398	0.1014	0.0847	0.018	0.0534	0.0368	0.0566	0.018	0.0912	0.128	0.0912	0.1115	0.0942	0.1012	0.0942	0.0954
chr2L	9614950	9615101	chr2L:9614951-9615101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0254	0.0163	0.0297	0.0309	0.0085	0.016	0.0247	0.0187	0.0085	0.029	0.0296	0.029	0.0511	0.0153	0.0155	0.0153	0.0714
chr2L	9616747	9616966	chr2L:9616748-9616966	FBgn0032135	GlcAT-S	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1919	0.1643	0.2391	0.1711	0.1156	0.2024	0.1843	0.2052	0.1156	0.2911	0.2582	0.2911	0.244	0.1708	0.1657	0.1708	0.2209
chr2L	9620144	9620307	chr2L:9620145-9620307	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0167	0.0294	0.0199	0.0064	0.0223	0.0251	0.014	0.0064	0.0175	0.0248	0.0175	0.0782	0.0123	0.0226	0.0123	0.0323
chr2L	9633196	9633369	chr2L:9633197-9633369	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0331	0.0184	0.0443	0.0373	0.0085	0.0282	0.0212	0.0133	0.0085	0.0211	0.0228	0.0211	0.172	0.0153	0.0116	0.0153	0.1006
chr2L	9633593	9633857	chr2L:9633594-9633857	FBgn0032136	CG15828	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0285	0.0153	0.0336	0.0375	0.0032	0.0218	0.0229	0.0113	0.0032	0.0314	0.0154	0.0314	0.1092	0.0123	0.011	0.0123	0.1001
chr2L	9634098	9634290	chr2L:9634099-9634290	FBgn0032136	CG15828	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.014	0.0249	0.0393	0.0064	0.017	0.0221	0.01	0.0064	0.0223	0.0119	0.0223	0.0744	0.0077	0.0097	0.0077	0.0954
chr2L	9634662	9634813	chr2L:9634663-9634813	FBgn0032136	CG15828	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0117	0.0145	0.0188	0.0064	0.0131	0.0164	0.0127	0.0064	0.0109	0.01	0.0109	0.0434	0.0061	0.009	0.0061	0.0505
chr2L	9657005	9657156	chr2L:9657006-9657156	FBgn0053299	CG33299	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0095	0.0062	0.0085	0.0143	0.0053	0.0029	0.0121	0.006	0.0053	0.0091	0.0071	0.0091	0.0116	0.0077	0.0077	0.0077	0.0339
chr2L	9657457	9657608	chr2L:9657458-9657608	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0171	0.0039	0.0089	0.0408	0.0011	0.0058	0.0043	0.0027	0.0011	0.0066	0.0058	0.0066	0.0232	0.0115	0.0264	0.0115	0.0688
chr2L	9657663	9657814	chr2L:9657664-9657814	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0198	0.0081	0.0108	0.0426	0.0074	0.0087	0.0138	0.0033	0.0074	0.0072	0.009	0.0072	0.0194	0.0161	0.0129	0.0161	0.0459
chr2L	9660388	9660539	chr2L:9660389-9660539	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0061	0.0086	0.0149	0.0042	0.0039	0.0117	0.0053	0.0042	0.0133	0.0058	0.0133	0.0101	0.0061	0.0052	0.0061	0.012
chr2L	9660815	9660966	chr2L:9660816-9660966	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0051	0.0044	0.0111	0.0021	0.0034	0.0095	0.006	0.0021	0.003	0.0032	0.003	0.0046	0.0061	0.0026	0.0061	0.0089
chr2L	9661024	9661175	chr2L:9661025-9661175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0077	0.0086	0.0182	0.0021	0.0068	0.016	0.0047	0.0021	0.0109	0.0068	0.0109	0.0124	0.0153	0.0071	0.0153	0.0172
chr2L	9673096	9673247	chr2L:9673097-9673247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0133	0.0131	0.0089	0.0185	0.0064	0.0131	0.0203	0.0147	0.0064	0.0085	0.0103	0.0085	0.0101	0.0191	0.0168	0.0191	0.024
chr2L	9677285	9677436	chr2L:9677286-9677436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0123	0.011	0.01	0.0162	0.0064	0.0087	0.0169	0.0153	0.0064	0.0066	0.0113	0.0066	0.0132	0.0291	0.0071	0.0291	0.0146
chr2L	9677550	9677701	chr2L:9677551-9677701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0113	0.0075	0.0135	0.0095	0.0053	0.0229	0.0113	0.0095	0.006	0.0093	0.006	0.0054	0.0138	0.0058	0.0138	0.0068
chr2L	9681128	9681279	chr2L:9681129-9681279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0159	0.0156	0.0142	0.0181	0.0127	0.0126	0.0234	0.0193	0.0127	0.0145	0.0177	0.0145	0.0155	0.0345	0.0174	0.0345	0.0115
chr2L	9681304	9681455	chr2L:9681305-9681455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.016	0.0135	0.0166	0.0106	0.0126	0.0285	0.016	0.0106	0.0115	0.0164	0.0115	0.0132	0.0283	0.0155	0.0283	0.0104
chr2L	9685896	9686086	chr2L:9685897-9686086	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0254	0.0241	0.0178	0.0354	0.018	0.0272	0.0277	0.032	0.018	0.0103	0.0222	0.0103	0.0271	0.0168	0.0187	0.0168	0.0662
chr2L	9686164	9686369	chr2L:9686165-9686369	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0469	0.0201	0.0299	0.0445	0.0335	0.051	0.0813	0.0445	0.0127	0.0277	0.0127	0.0302	0.0138	0.04	0.0138	0.0464
chr2L	9689906	9690088	chr2L:9689907-9690088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0279	0.0424	0.0226	0.0175	0.0223	0.0417	0.0554	0.056	0.0223	0.0187	0.0283	0.0187	0.0248	0.0092	0.0148	0.0092	0.0339
chr2L	9691238	9691531	chr2L:9691239-9691531	distal	distal	none	none	VT4905.1	VT4905.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0264	0.0278	0.0358	0.0191	0.0199	0.0381	0.0346	0.0191	0.0127	0.0235	0.0127	0.0705	0.013	0.0193	0.013	0.0907
chr2L	9693430	9693581	chr2L:9693431-9693581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0122	0.0122	0.0149	0.0032	0.0117	0.0199	0.0133	0.0032	0.0145	0.0132	0.0145	0.0155	0.0061	0.0264	0.0061	0.0141
chr2L	9694013	9694217	chr2L:9694014-9694217	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0209	0.0237	0.027	0.0138	0.0233	0.0294	0.0227	0.0138	0.0139	0.0212	0.0139	0.0596	0.0123	0.0161	0.0123	0.0662
chr2L	9698528	9698846	chr2L:9698529-9698846	FBgn0000273	Pka-C1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1751	0.1771	0.2	0.1455	0.1548	0.2034	0.1894	0.2245	0.1548	0.2446	0.2244	0.2446	0.213	0.1884	0.1702	0.1884	0.1725
chr2L	9698911	9699101	chr2L:9698912-9699101	FBgn0000273	Pka-C1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1741	0.1621	0.2096	0.1483	0.1135	0.2015	0.1717	0.2065	0.1135	0.2446	0.2357	0.2446	0.2014	0.1784	0.1502	0.1784	0.1652
chr2L	9699210	9699396	chr2L:9699211-9699396	FBgn0000273,FBgn0015393	Pka-C1,hoip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2113	0.1831	0.2585	0.1909	0.1326	0.2291	0.2042	0.2199	0.1326	0.2923	0.2875	0.2923	0.2572	0.2014	0.1767	0.2014	0.2204
chr2L	9699702	9699924	chr2L:9699703-9699924	FBgn0000273,FBgn0015393	Pka-C1,hoip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2124	0.2076	0.2491	0.1774	0.1506	0.2432	0.2353	0.2518	0.1506	0.3219	0.2746	0.3219	0.2517	0.2167	0.1709	0.2167	0.2183
chr2L	9699948	9700328	chr2L:9699949-9700328	FBgn0011207,FBgn0015393	hoip,pelo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1924	0.1763	0.2434	0.1544	0.122	0.2267	0.1834	0.2272	0.122	0.3382	0.2646	0.3382	0.2595	0.1991	0.1631	0.1991	0.2043
chr2L	9700438	9700627	chr2L:9700439-9700627	FBgn0011207	pelo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1901	0.174	0.2284	0.166	0.1357	0.2141	0.1795	0.2305	0.1357	0.2959	0.2463	0.2959	0.2347	0.196	0.1773	0.196	0.2001
chr2L	9700722	9700895	chr2L:9700723-9700895	FBgn0011207	pelo	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1551	0.1343	0.189	0.1411	0.1039	0.1631	0.1393	0.1825	0.1039	0.2337	0.2096	0.2337	0.2014	0.1531	0.1315	0.1531	0.1751
chr2L	9705235	9705759	chr2L:9705236-9705759	FBgn0051710	CG31710	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1526	0.2107	0.1425	0.0987	0.1983	0.1655	0.2824	0.2765	0.1983	0.1461	0.1772	0.1461	0.1774	0.1248	0.1406	0.1248	0.1397
chr2L	9705867	9706092	chr2L:9705868-9706092	FBgn0051710	CG31710	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1638	0.1968	0.1345	0.1262	0.1733	0.2024	0.1952	0.1262	0.2391	0.2412	0.2391	0.2471	0.1799	0.1883	0.1799	0.1996
chr2L	9707027	9707217	chr2L:9707028-9707217	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0408	0.0335	0.0392	0.0507	0.0223	0.0379	0.0424	0.0346	0.0223	0.0773	0.0273	0.0773	0.0534	0.1692	0.0226	0.1692	0.0328
chr2L	9710794	9711117	chr2L:9710795-9711117	FBgn0032138	CG4364	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.081	0.0904	0.0563	0.0498	0.0888	0.109	0.0913	0.0498	0.1238	0.0929	0.1238	0.103	0.0681	0.0567	0.0681	0.0766
chr2L	9711177	9711379	chr2L:9711178-9711379	FBgn0032138	CG4364	stage11,stage14,stage5	none	CG4364_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1002	0.1022	0.1037	0.0941	0.0732	0.1146	0.122	0.1246	0.0732	0.1383	0.1077	0.1383	0.1123	0.1172	0.1032	0.1172	0.1094
chr2L	9711517	9711768	chr2L:9711518-9711768	FBgn0032138	CG4364	stage11,stage14	none	CG4364_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0496	0.0459	0.0511	0.0233	0.0539	0.0662	0.062	0.0233	0.0568	0.0518	0.0568	0.0465	0.0505	0.058	0.0505	0.0589
chr2L	9711769	9711920	chr2L:9711770-9711920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0335	0.0369	0.032	0.018	0.0325	0.051	0.036	0.018	0.0423	0.0415	0.0423	0.0442	0.0268	0.0342	0.0268	0.0396
chr2L	9712268	9712552	chr2L:9712269-9712552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0439	0.0618	0.0395	0.0288	0.0467	0.0607	0.0856	0.064	0.0467	0.0556	0.0325	0.0556	0.0596	0.0184	0.0148	0.0184	0.0578
chr2L	9712669	9712924	chr2L:9712670-9712924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0343	0.0532	0.0272	0.021	0.0297	0.0549	0.0835	0.0466	0.0297	0.0356	0.028	0.0356	0.0341	0.0161	0.0168	0.0161	0.036
chr2L	9713035	9713199	chr2L:9713036-9713199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0563	0.0223	0.016	0.0541	0.0427	0.0926	0.0553	0.0541	0.0205	0.0248	0.0205	0.0325	0.0123	0.0148	0.0123	0.0255
chr2L	9713312	9713463	chr2L:9713313-9713463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.047	0.0222	0.0143	0.0435	0.035	0.0779	0.0466	0.0435	0.0229	0.0254	0.0229	0.0279	0.0161	0.0103	0.0161	0.0214
chr2L	9714410	9714561	chr2L:9714411-9714561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0308	0.0195	0.026	0.0233	0.0238	0.048	0.0326	0.0233	0.0175	0.0212	0.0175	0.0325	0.0191	0.0155	0.0191	0.0474
chr2L	9715149	9715334	chr2L:9715150-9715334	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0353	0.0587	0.0283	0.0167	0.0435	0.0451	0.0822	0.0773	0.0435	0.0368	0.0309	0.0368	0.0194	0.0084	0.0123	0.0084	0.0167
chr2L	9715454	9715632	chr2L:9715455-9715632	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0331	0.0675	0.0194	0.0095	0.0604	0.0466	0.1003	0.0866	0.0604	0.0211	0.0212	0.0211	0.0186	0.0107	0.0084	0.0107	0.0063
chr2L	9721190	9721341	chr2L:9721191-9721341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0187	0.0242	0.0125	0.0106	0.0184	0.0272	0.0193	0.0106	0.0199	0.018	0.0199	0.0542	0.0115	0.0123	0.0115	0.0224
chr2L	9721646	9721797	chr2L:9721647-9721797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0123	0.0136	0.0128	0.0103	0.0074	0.0117	0.0229	0.012	0.0074	0.0066	0.0119	0.0066	0.0294	0.01	0.0071	0.01	0.0146
chr2L	9723036	9723201	chr2L:9723037-9723201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0276	0.038	0.0279	0.0155	0.017	0.0422	0.0441	0.0573	0.017	0.0441	0.0283	0.0441	0.031	0.0222	0.0181	0.0222	0.0172
chr2L	9727260	9727483	chr2L:9727261-9727483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0264	0.0442	0.024	0.0091	0.0382	0.0417	0.0554	0.0553	0.0382	0.0447	0.0219	0.0447	0.0178	0.0077	0.0103	0.0077	0.0115
chr2L	9728833	9728984	chr2L:9728834-9728984	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0155	0.0174	0.0163	0.0095	0.0107	0.0229	0.022	0.0095	0.0103	0.0289	0.0103	0.0132	0.0038	0.0548	0.0038	0.0083
chr2L	9731316	9731580	chr2L:9731317-9731580	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1343	0.1604	0.1	0.1135	0.1442	0.1497	0.1712	0.1135	0.2192	0.21	0.2192	0.1317	0.1011	0.1825	0.1011	0.1251
chr2L	9732065	9732260	chr2L:9732066-9732260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0141	0.0287	0.0175	0.0085	0.0136	0.0199	0.0167	0.0085	0.0163	0.0521	0.0163	0.0163	0.0031	0.0529	0.0031	0.012
chr2L	9735977	9736142	chr2L:9735978-9736142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0079	0.014	0.027	0.0011	0.0073	0.0147	0.0053	0.0011	0.0103	0.0183	0.0103	0.0201	0.0054	0.0509	0.0054	0.0448
chr2L	9740261	9740412	chr2L:9740262-9740412	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0111	0.0079	0.0155	0.0085	0.0087	0.0186	0.0107	0.0085	0.0072	0.0096	0.0072	0.0077	0.0092	0.0155	0.0092	0.0073
chr2L	9743975	9744126	chr2L:9743976-9744126	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.007	0.0074	0.0181	0.0042	0.0049	0.0134	0.0053	0.0042	0.0091	0.0055	0.0091	0.0054	0.0046	0.0052	0.0046	0.0052
chr2L	9744766	9744917	chr2L:9744767-9744917	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0056	0.0051	0.0141	0	0.0039	0.0143	0.002	0	0.0036	0.0026	0.0036	0.0124	0.0023	0.0019	0.0023	0.0094
chr2L	9745945	9746096	chr2L:9745946-9746096	FBgn0028704	Nckx30C	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0079	0.006	0.0149	0.0032	0.0068	0.0147	0.0073	0.0032	0.0103	0.0045	0.0103	0.0039	0.0046	0.0084	0.0046	0.0073
chr2L	9746425	9746576	chr2L:9746426-9746576	FBgn0028704	Nckx30C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0108	0.0072	0.0153	0.0032	0.0102	0.0182	0.0093	0.0032	0.0115	0.0048	0.0115	0.0062	0	0.0026	0	0.0036
chr2L	9746815	9747006	chr2L:9746816-9747006	FBgn0028704	Nckx30C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.022	0.0142	0.0217	0.0309	0.0042	0.0131	0.0229	0.016	0.0042	0.0308	0.0177	0.0308	0.0302	0.0138	0.02	0.0138	0.0323
chr2L	9757960	9758139	chr2L:9757961-9758139	FBgn0022720	zf30C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1434	0.1244	0.1703	0.1351	0.1092	0.1456	0.1341	0.1492	0.1092	0.2162	0.1797	0.2162	0.1681	0.1386	0.1522	0.1386	0.1626
chr2L	9758242	9758433	chr2L:9758243-9758433	FBgn0022720	zf30C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2177	0.1899	0.2617	0.2005	0.1474	0.2272	0.2098	0.2378	0.1474	0.3291	0.2688	0.3291	0.2618	0.2098	0.2153	0.2098	0.2288
chr2L	9758561	9758903	chr2L:9758562-9758903	FBgn0022720	zf30C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1958	0.1763	0.2376	0.1718	0.1273	0.2107	0.199	0.2145	0.1273	0.2905	0.2701	0.2905	0.206	0.1539	0.1838	0.1539	0.2194
chr2L	9758948	9759152	chr2L:9758949-9759152	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2099	0.1807	0.2596	0.1879	0.1283	0.216	0.1985	0.2258	0.1283	0.3194	0.2849	0.3194	0.244	0.1822	0.1883	0.1822	0.222
chr2L	9762928	9763121	chr2L:9762929-9763121	FBgn0011291,FBgn0025117	Taf11,und	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0662	0.0499	0.0864	0.0622	0.0318	0.0621	0.0502	0.066	0.0318	0.1202	0.099	0.1202	0.0697	0.0636	0.0496	0.0636	0.075
chr2L	9763162	9763337	chr2L:9763163-9763337	FBgn0011291,FBgn0025117	Taf11,und	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1121	0.0849	0.1398	0.112	0.053	0.1029	0.0947	0.1099	0.053	0.1824	0.1537	0.1824	0.1239	0.1279	0.0864	0.1279	0.1423
chr2L	9763434	9763620	chr2L:9763435-9763620	FBgn0011291,FBgn0025117	Taf11,und	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1236	0.0973	0.1523	0.1216	0.0647	0.1204	0.1016	0.1239	0.0647	0.1987	0.1601	0.1987	0.151	0.1271	0.1057	0.1271	0.1605
chr2L	9763658	9763809	chr2L:9763659-9763809	FBgn0011291,FBgn0025117	Taf11,und	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.059	0.0494	0.0763	0.0508	0.0318	0.0539	0.0593	0.0586	0.0318	0.0936	0.0765	0.0936	0.0821	0.0436	0.0445	0.0436	0.075
chr2L	9776089	9776240	chr2L:9776090-9776240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0266	0.0305	0.0297	0.0189	0.018	0.0403	0.0394	0.0306	0.018	0.0405	0.0325	0.0405	0.0372	0.036	0.0206	0.036	0.0229
chr2L	9776824	9776975	chr2L:9776825-9776975	distal	distal	none	none	VT4953.1	VT4953.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0178	0.0213	0.0202	0.0114	0.0053	0.0306	0.0247	0.026	0.0053	0.029	0.0177	0.029	0.0333	0.0245	0.0116	0.0245	0.0125
chr2L	9777231	9777382	chr2L:9777232-9777382	distal	distal	none	none	VT4953.1	VT4953.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0184	0.0249	0.0201	0.0092	0.0095	0.0403	0.0316	0.02	0.0095	0.0236	0.0219	0.0236	0.0279	0.0115	0.0097	0.0115	0.013
chr2L	9782226	9782452	chr2L:9782227-9782452	FBgn0032147	IP3K1	stage11,stage14	none	VT4956.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1273	0.0492	0.1689	0.1688	0.0212	0.0937	0.0363	0.0526	0.0212	0.1522	0.2219	0.1522	0.2417	0.2251	0.2444	0.2251	0.2465
chr2L	9790181	9790350	chr2L:9790182-9790350	FBgn0032149,FBgn0042174	CG4036,CR18854	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0519	0.0319	0.0698	0.0546	0.0106	0.0432	0.0394	0.0373	0.0106	0.0749	0.0807	0.0749	0.0883	0.0674	0.0632	0.0674	0.0683
chr2L	9790613	9790936	chr2L:9790614-9790936	FBgn0032149,FBgn0042174	CG4036,CR18854	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1862	0.1601	0.2231	0.1748	0.1177	0.1966	0.1635	0.2112	0.1177	0.2814	0.245	0.2814	0.2324	0.1861	0.187	0.1861	0.2157
chr2L	9792820	9792971	chr2L:9792821-9792971	FBgn0032150	CG13123	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0445	0.066	0.044	0.0159	0.0524	0.0567	0.0553	0.0159	0.0821	0.0759	0.0821	0.0666	0.0444	0.0477	0.0444	0.0594
chr2L	9793060	9793235	chr2L:9793061-9793235	FBgn0032150	CG13123	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.084	0.0748	0.0982	0.0788	0.0488	0.0917	0.0826	0.0959	0.0488	0.125	0.1084	0.125	0.093	0.0789	0.0767	0.0789	0.1037
chr2L	9812184	9812335	chr2L:9812185-9812335	distal	distal	none	none	VT4972.1	VT4972.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0104	0.008	0.0136	0.0096	0.0021	0.0078	0.0134	0.008	0.0021	0.0054	0.0264	0.0054	0.0077	0.0023	0.0303	0.0023	0.0047
chr2L	9852308	9852459	chr2L:9852309-9852459	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0056	0.0067	0.0091	0.0053	0.0034	0.0121	0.0033	0.0053	0.0066	0.0061	0.0066	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0052
chr2L	9853193	9853344	chr2L:9853194-9853344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0065	0.0053	0.0093	0.0064	0.0063	0.0104	0.0047	0.0064	0.006	0.0055	0.006	0.0062	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chr2L	9863589	9863740	chr2L:9863590-9863740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0098	0.0128	0.0174	0.0042	0.0068	0.016	0.0133	0.0042	0.0175	0.0109	0.0175	0.0023	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chr2L	9865574	9865725	chr2L:9865575-9865725	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0078	0.0065	0.0067	0.0104	0.0042	0.0049	0.0134	0.004	0.0042	0.0054	0.0064	0.0054	0.0039	8e-04	0.0026	8e-04	0.0042
chr2L	9868209	9868360	chr2L:9868210-9868360	distal	distal	none	none	VT5002.1,VT5003.1	VT5002.1,VT5003.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0091	0.0074	0.0085	0.0118	0.0042	0.0058	0.0117	0.01	0.0042	0.0091	0.0084	0.0091	0.0132	0.036	0.0039	0.036	0.0052
chr2L	9879465	9879813	chr2L:9879466-9879813	distal	distal	stage14	stage14	VT5009.1	VT5009.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.043	0.0481	0.0499	0.0297	0.0308	0.0544	0.0662	0.0513	0.0308	0.0616	0.063	0.0616	0.0372	0.0145	0.0135	0.0145	0.0198
chr2L	9879943	9880094	chr2L:9879944-9880094	distal	distal	stage14	stage14	VT5009.1	VT5009.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0197	0.0062	0.016	0.0106	0.0209	0.0277	0.0213	0.0106	0.0085	0.0064	0.0085	0.007	0.0054	0.0026	0.0054	0.0083
chr2L	9882207	9882358	chr2L:9882208-9882358	distal	distal	stage14	stage14	VT5011.1	VT5011.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0074	0.0023	0.0123	0.0011	0.0073	0.0117	0.008	0.0011	0.0024	0.001	0.0024	0.0023	8e-04	0.0019	8e-04	0.0057
chr2L	9882667	9882818	chr2L:9882668-9882818	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT5011.1	VT5011.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.0131	0.0056	0.0223	0.0021	0.0141	0.0208	0.014	0.0021	0.0097	0.0039	0.0097	8e-04	0.0023	6e-04	0.0023	0.0068
chr2L	9884325	9884480	chr2L:9884326-9884480	distal	distal	stage5	stage5	VT5011.1	VT5011.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.016	0.0395	0.0141	0.0074	0.0199	0.0251	0.0113	0.0074	0.0574	0.0392	0.0574	0.0465	0.01	0.0052	0.01	0.0073
chr2L	9886224	9886375	chr2L:9886225-9886375	FBgn0032151	nAcRalpha-30D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.01	0.0118	0.0156	0.0032	0.0083	0.0199	0.0067	0.0032	0.0133	0.0103	0.0133	0.0077	0.0046	0.0019	0.0046	0.0042
chr2L	9887931	9888136	chr2L:9887932-9888136	FBgn0029174	FKBP59	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1509	0.1262	0.1824	0.1439	0.0785	0.165	0.1324	0.1606	0.0785	0.2313	0.191	0.2313	0.182	0.1363	0.1431	0.1363	0.1866
chr2L	9890735	9890908	chr2L:9890736-9890908	FBgn0032153,FBgn0085212	CG34183,CG4537	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.11	0.1006	0.1345	0.0936	0.0477	0.1209	0.1194	0.1339	0.0477	0.1655	0.1466	0.1655	0.1526	0.1072	0.0909	0.1072	0.1219
chr2L	9890950	9891127	chr2L:9890951-9891127	FBgn0032153,FBgn0085212	CG34183,CG4537	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0786	0.0743	0.1001	0.0599	0.0255	0.0913	0.0878	0.0986	0.0255	0.1196	0.108	0.1196	0.1131	0.0789	0.0561	0.0789	0.074
chr2L	9893330	9893517	chr2L:9893331-9893517	FBgn0032154	CG5924	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.105	0.0894	0.1371	0.0875	0.0626	0.1204	0.0865	0.1139	0.0626	0.1896	0.1363	0.1896	0.1619	0.1202	0.0858	0.1202	0.1146
chr2L	9894295	9894447	chr2L:9894296-9894447	FBgn0025881,FBgn0063389,FBgn0063391,FBgn0063392	snoRNA:Me18S-A1576,snoRNA:Me18S-G1620,snoRNA:U14:30Ea,snoRNA:U14:30Eb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0807	0.079	0.0951	0.067	0.0477	0.0922	0.0817	0.1219	0.0477	0.1504	0.0936	0.1504	0.1015	0.0781	0.0677	0.0781	0.0938
chr2L	9894516	9894759	chr2L:9894517-9894759	FBgn0025881,FBgn0063389,FBgn0063391,FBgn0063392,FBgn0063449	Uhg2,snoRNA:Me18S-A1576,snoRNA:Me18S-G1620,snoRNA:U14:30Ea,snoRNA:U14:30Eb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1372	0.1347	0.1648	0.1096	0.0986	0.1728	0.1367	0.1719	0.0986	0.2421	0.1678	0.2421	0.165	0.1332	0.118	0.1332	0.1438
chr2L	9894870	9895099	chr2L:9894871-9895099	FBgn0010520,FBgn0025881,FBgn0063389,FBgn0063449	Bka,Uhg2,snoRNA:Me18S-A1576,snoRNA:Me18S-G1620	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2125	0.1987	0.2572	0.1789	0.1389	0.25	0.2072	0.2605	0.1389	0.3231	0.2688	0.3231	0.275	0.2129	0.1908	0.2129	0.2199
chr2L	9895204	9895418	chr2L:9895205-9895418	FBgn0010520,FBgn0025881,FBgn0063449	Bka,Uhg2,snoRNA:Me18S-A1576	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1379	0.121	0.1703	0.1212	0.088	0.1568	0.1176	0.1606	0.088	0.2271	0.1814	0.2271	0.1766	0.1348	0.1335	0.1348	0.1605
chr2L	9895461	9895856	chr2L:9895462-9895856	FBgn0010520,FBgn0063449	Bka,Uhg2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1383	0.1257	0.1846	0.1015	0.0795	0.1573	0.1341	0.1606	0.0795	0.2687	0.1833	0.2687	0.2184	0.1202	0.1057	0.1202	0.1464
chr2L	9895887	9896095	chr2L:9895888-9896095	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.085	0.0852	0.1131	0.054	0.0562	0.1121	0.0921	0.1039	0.0562	0.1649	0.1113	0.1649	0.1472	0.0727	0.0471	0.0727	0.0803
chr2L	9896176	9896515	chr2L:9896177-9896515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0944	0.0973	0.1211	0.062	0.0689	0.1189	0.1064	0.1166	0.0689	0.1636	0.1206	0.1636	0.1727	0.0835	0.0548	0.0835	0.0917
chr2L	9897238	9897389	chr2L:9897239-9897389	FBgn0004867	RpS2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1024	0.1014	0.1263	0.0773	0.0636	0.1316	0.1168	0.1199	0.0636	0.1661	0.1302	0.1661	0.1294	0.0758	0.0787	0.0758	0.1001
chr2L	9897438	9897623	chr2L:9897439-9897623	FBgn0004867	RpS2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1502	0.1408	0.1829	0.1249	0.0901	0.1733	0.1622	0.1706	0.0901	0.2264	0.1949	0.2264	0.189	0.1317	0.127	0.1317	0.1579
chr2L	9897971	9898222	chr2L:9897972-9898222	FBgn0004867	RpS2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0542	0.0592	0.0657	0.0361	0.0371	0.0772	0.0606	0.0759	0.0371	0.0676	0.0695	0.0676	0.0496	0.0283	0.0348	0.0283	0.0261
chr2L	9906926	9907225	chr2L:9906927-9907225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0493	0.0528	0.0442	0.0511	0.0339	0.0617	0.0662	0.0586	0.0339	0.0501	0.0431	0.0501	0.0689	0.098	0.0387	0.098	0.0693
chr2L	9907427	9907638	chr2L:9907428-9907638	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1005	0.1046	0.0817	0.1164	0.0827	0.1223	0.1068	0.1372	0.0827	0.128	0.073	0.128	0.093	0.2106	0.0928	0.2106	0.1819
chr2L	9907775	9907926	chr2L:9907776-9907926	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.048	0.046	0.0362	0.0631	0.0318	0.0476	0.0584	0.0586	0.0318	0.0622	0.0302	0.0622	0.0426	0.1156	0.0413	0.1156	0.1058
chr2L	9908564	9908733	chr2L:9908565-9908733	FBgn0032156	CG13124	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0486	0.0346	0.0313	0.083	0.0191	0.0413	0.0446	0.0366	0.0191	0.0374	0.027	0.0374	0.0496	0.1753	0.0413	0.1753	0.1355
chr2L	9911938	9912134	chr2L:9911939-9912134	FBgn0032157	Etl1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0597	0.05	0.0722	0.057	0.0255	0.0578	0.0753	0.046	0.0255	0.0785	0.0723	0.0785	0.079	0.0482	0.0503	0.0482	0.0813
chr2L	9912531	9912700	chr2L:9912532-9912700	FBgn0024285,FBgn0032157	Etl1,Srp54	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1571	0.152	0.1761	0.1418	0.0986	0.1786	0.1773	0.1845	0.0986	0.218	0.1961	0.218	0.1642	0.1616	0.1348	0.1616	0.1798
chr2L	9912819	9912997	chr2L:9912820-9912997	FBgn0024285,FBgn0032157	Etl1,Srp54	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1497	0.1346	0.1808	0.1323	0.0827	0.1485	0.1687	0.1639	0.0827	0.2307	0.1949	0.2307	0.1751	0.1394	0.1309	0.1394	0.1621
chr2L	9913163	9913314	chr2L:9913164-9913314	FBgn0024285	Srp54	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.0474	0.0596	0.0366	0.0223	0.0456	0.0657	0.06	0.0223	0.0743	0.0666	0.0743	0.0558	0.0322	0.0335	0.0322	0.0511
chr2L	9915130	9915288	chr2L:9915131-9915288	FBgn0040064	yip2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0401	0.0246	0.0297	0.0689	0.0095	0.0311	0.0329	0.0273	0.0095	0.0187	0.0344	0.0187	0.0534	0.0383	0.0632	0.0383	0.1423
chr2L	9917847	9917998	chr2L:9917848-9917998	FBgn0025700	CG5885	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0697	0.0578	0.0816	0.07	0.0244	0.0757	0.0627	0.0759	0.0244	0.0996	0.0904	0.0996	0.0906	0.0735	0.0864	0.0735	0.1016
chr2L	9918109	9918281	chr2L:9918110-9918281	FBgn0025700,FBgn0032160	CG4598,CG5885	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.158	0.1315	0.1918	0.1505	0.0732	0.1743	0.1362	0.1699	0.0732	0.2277	0.2215	0.2277	0.1936	0.1554	0.1663	0.1554	0.2053
chr2L	9918525	9918716	chr2L:9918526-9918716	FBgn0025700,FBgn0032160	CG4598,CG5885	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.0794	0.1181	0.0936	0.0414	0.0942	0.0835	0.1179	0.0414	0.1486	0.1379	0.1486	0.1201	0.1018	0.1199	0.1018	0.1256
chr2L	9918835	9918986	chr2L:9918836-9918986	FBgn0032160	CG4598	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0429	0.0594	0.043	0.0201	0.0447	0.0515	0.0606	0.0201	0.0761	0.0685	0.0761	0.0565	0.0345	0.0574	0.0345	0.0631
chr2L	9921538	9921720	chr2L:9921539-9921720	FBgn0032162	CG4592	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.052	0.0561	0.0487	0.0297	0.0583	0.0567	0.0746	0.0297	0.0495	0.0781	0.0495	0.0744	0.0551	0.0683	0.0551	0.0766
chr2L	9921754	9921905	chr2L:9921755-9921905	FBgn0032162	CG4592	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0313	0.0357	0.0306	0.0159	0.0335	0.0359	0.046	0.0159	0.0399	0.046	0.0399	0.0418	0.0452	0.04	0.0452	0.0438
chr2L	9929206	9929376	chr2L:9929207-9929376	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0356	0.0344	0.0136	0.0127	0.0427	0.048	0.0393	0.0127	0.0465	0.0386	0.0465	0.0325	0.0184	0.011	0.0184	0.0177
chr2L	9937839	9938003	chr2L:9937840-9938003	FBgn0051712	CG31712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0597	0.0577	0.0718	0.0487	0.0392	0.0587	0.0766	0.07	0.0392	0.0906	0.0698	0.0906	0.0759	0.049	0.0535	0.049	0.0594
chr2L	9938089	9938281	chr2L:9938090-9938281	FBgn0051712	CG31712	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1389	0.1398	0.1603	0.1143	0.1039	0.1592	0.1704	0.1732	0.1039	0.2053	0.1691	0.2053	0.1704	0.1156	0.118	0.1156	0.1402
chr2L	9938368	9938598	chr2L:9938369-9938598	FBgn0032166,FBgn0051712,FBgn0051713	Apf,CG31712,CG4619	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1018	0.1057	0.1192	0.0784	0.0764	0.1097	0.1293	0.1399	0.0764	0.1486	0.1341	0.1486	0.1216	0.0781	0.0709	0.0781	0.1058
chr2L	9938702	9938903	chr2L:9938703-9938903	FBgn0032166,FBgn0051713	Apf,CG4619	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1558	0.1454	0.1832	0.1372	0.106	0.1762	0.1613	0.1759	0.106	0.2337	0.2003	0.2337	0.1751	0.1577	0.1328	0.1577	0.1657
chr2L	9946073	9946339	chr2L:9946074-9946339	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0645	0.0489	0.0919	0.0519	0.0117	0.0636	0.0554	0.072	0.0117	0.0362	0.1743	0.0362	0.038	0.0237	0.1451	0.0237	0.0464
chr2L	9947203	9947679	chr2L:9947204-9947679	FBgn0032167	CG5853	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0896	0.0557	0.0984	0.118	0.0212	0.067	0.0709	0.0653	0.0212	0.0568	0.1402	0.0568	0.1247	0.0544	0.1979	0.0544	0.2121
chr2L	9948142	9948346	chr2L:9948143-9948346	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0461	0.0509	0.0444	0.0329	0.0393	0.0653	0.0606	0.0329	0.035	0.0662	0.035	0.0837	0.0322	0.0767	0.0322	0.0688
chr2L	9949140	9949410	chr2L:9949141-9949410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0358	0.0264	0.0386	0.0433	0.0106	0.0301	0.0381	0.0286	0.0106	0.0266	0.0389	0.0266	0.0705	0.0191	0.0239	0.0191	0.111
chr2L	9949723	9949874	chr2L:9949724-9949874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0241	0.0183	0.0247	0.0299	0.0064	0.0218	0.0272	0.0147	0.0064	0.0187	0.0248	0.0187	0.0542	0.0115	0.0206	0.0115	0.0782
chr2L	9950789	9950940	chr2L:9950790-9950940	FBgn0262428	mir-87	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0165	0.0147	0.0159	0.0192	0.0042	0.0141	0.0208	0.022	0.0042	0.0139	0.0151	0.0139	0.0201	0.0054	0.0135	0.0054	0.0271
chr2L	9953888	9954039	chr2L:9953889-9954039	FBgn0032168,FBgn0032169	CG13126,CG4709	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0548	0.0414	0.072	0.0511	0.0159	0.0553	0.0437	0.054	0.0159	0.0924	0.0785	0.0924	0.0713	0.059	0.0471	0.059	0.0683
chr2L	9954076	9954283	chr2L:9954077-9954283	FBgn0032168,FBgn0032169	CG13126,CG4709	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1235	0.1016	0.1508	0.1181	0.07	0.1301	0.0969	0.1359	0.07	0.1848	0.1749	0.1848	0.1448	0.144	0.1161	0.144	0.1459
chr2L	9954333	9954522	chr2L:9954334-9954522	FBgn0032168,FBgn0032169	CG13126,CG4709	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.0591	0.0942	0.073	0.0339	0.0728	0.0584	0.0866	0.0339	0.1178	0.1058	0.1178	0.0984	0.0842	0.0709	0.0842	0.0891
chr2L	9956940	9957125	chr2L:9956941-9957125	FBgn0032170,FBgn0032171	CG4658,CG5846	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.0927	0.1338	0.1061	0.0509	0.1199	0.0878	0.1332	0.0509	0.1751	0.1415	0.1751	0.1541	0.1156	0.1025	0.1156	0.1402
chr2L	9957187	9957357	chr2L:9957188-9957357	FBgn0032170,FBgn0032171	CG4658,CG5846	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1363	0.1243	0.1598	0.1241	0.0753	0.1553	0.1267	0.1699	0.0753	0.1932	0.1768	0.1932	0.1727	0.1386	0.1244	0.1386	0.1532
chr2L	9957409	9957628	chr2L:9957410-9957628	FBgn0032170,FBgn0032171	CG4658,CG5846	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0656	0.0827	0.0631	0.0467	0.0772	0.0696	0.0859	0.0467	0.0876	0.0916	0.0876	0.0914	0.0651	0.0638	0.0651	0.0672
chr2L	9960604	9960821	chr2L:9960605-9960821	FBgn0263766	CR43683	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0389	0.0358	0.0409	0.0404	0.0138	0.0437	0.0467	0.042	0.0138	0.0429	0.0331	0.0429	0.0852	0.0214	0.0181	0.0214	0.1068
chr2L	9960981	9961132	chr2L:9960982-9961132	FBgn0263766	CR43683	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0202	0.0242	0.0279	0.0085	0.0267	0.0277	0.0193	0.0085	0.0223	0.0196	0.0223	0.0496	0.013	0.0129	0.013	0.0766
chr2L	9963642	9963829	chr2L:9963643-9963829	FBgn0032172	CG5850	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0981	0.0846	0.1188	0.0905	0.0509	0.1005	0.0952	0.1086	0.0509	0.119	0.1415	0.119	0.1394	0.0949	0.0896	0.0949	0.1381
chr2L	9966899	9967088	chr2L:9966900-9967088	FBgn0011272,FBgn0015664	Dref,RpL13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1491	0.1412	0.1735	0.131	0.0732	0.1612	0.1665	0.1885	0.0732	0.2144	0.1749	0.2144	0.196	0.1355	0.136	0.1355	0.1709
chr2L	9967195	9967377	chr2L:9967196-9967377	FBgn0011272,FBgn0015664	Dref,RpL13	stage11,stage14,stage5	none	Dref_3del240	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1955	0.1767	0.2433	0.164	0.0997	0.2136	0.2089	0.2225	0.0997	0.3062	0.2559	0.3062	0.2471	0.1723	0.158	0.1723	0.2137
chr2L	9967463	9967694	chr2L:9967464-9967694	FBgn0011272,FBgn0015664	Dref,RpL13	stage11,stage14,stage5	none	Dref_3del240	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0889	0.078	0.1137	0.0738	0.0477	0.1044	0.0817	0.0926	0.0477	0.1473	0.1215	0.1473	0.1069	0.0743	0.0799	0.0743	0.0943
chr2L	9968219	9968379	chr2L:9968220-9968379	distal	distal	none	none	Dref_3del240,VT5057.1	VT5057.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0483	0.0472	0.0608	0.0356	0.0297	0.0549	0.0554	0.06	0.0297	0.093	0.0646	0.093	0.0527	0.0459	0.0387	0.0459	0.0422
chr2L	9968454	9968625	chr2L:9968455-9968625	distal	distal	none	none	Dref_3del240,VT5057.1	VT5057.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0674	0.0695	0.0754	0.0561	0.0382	0.0883	0.08	0.0879	0.0382	0.0906	0.083	0.0906	0.0806	0.0681	0.0529	0.0681	0.0709
chr2L	9969186	9969343	chr2L:9969187-9969343	distal	distal	none	none	VT5057.1	VT5057.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0501	0.0462	0.0306	0.0308	0.0558	0.0606	0.0673	0.0308	0.0592	0.0457	0.0592	0.0426	0.0352	0.0264	0.0352	0.0318
chr2L	9969445	9969658	chr2L:9969446-9969658	distal	distal	stage5	stage5	VT5057.1	VT5057.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0547	0.0656	0.0586	0.0382	0.0392	0.0704	0.0792	0.0886	0.0392	0.0628	0.0482	0.0628	0.055	0.0253	0.0284	0.0253	0.0433
chr2L	9969733	9969947	chr2L:9969734-9969947	distal	distal	none	none	VT5057.1,VT5058.1	VT5057.1,VT5058.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0466	0.0537	0.0516	0.033	0.0265	0.0631	0.0636	0.07	0.0265	0.0393	0.0399	0.0393	0.0364	0.0145	0.0148	0.0145	0.0261
chr2L	9970484	9970641	chr2L:9970485-9970641	distal	distal	stage5	stage5	VT5058.1	VT5058.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0512	0.0325	0.0166	0.0573	0.0393	0.0813	0.048	0.0573	0.0483	0.0318	0.0483	0.0178	0.0145	0.0071	0.0145	0.0135
chr2L	9972639	9972908	chr2L:9972640-9972908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0383	0.0329	0.0467	0.0351	0.0085	0.0417	0.0463	0.0346	0.0085	0.0393	0.0334	0.0393	0.0186	0.0138	0.0129	0.0138	0.0193
chr2L	9984000	9984264	chr2L:9984001-9984264	FBgn0000180,FBgn0040965	CG13130,bib	stage11,stage14,stage5	none	bib_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1556	0.1891	0.1841	0.087	0.1559	0.1883	0.2184	0.2518	0.1559	0.2524	0.2161	0.2524	0.1433	0.0995	0.0761	0.0995	0.0896
chr2L	9984514	9984763	chr2L:9984515-9984763	FBgn0000180,FBgn0040965	CG13130,bib	stage11,stage14,stage5	none	bib_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.284	0.3205	0.3282	0.1947	0.2778	0.3592	0.3651	0.3871	0.2778	0.407	0.3852	0.407	0.2858	0.1708	0.1986	0.1708	0.2335
chr2L	9986392	9986543	chr2L:9986393-9986543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0276	0.0366	0.0256	0.0195	0.0297	0.0291	0.0502	0.05	0.0297	0.038	0.0344	0.038	0.0194	0.0214	0.0148	0.0214	0.038
chr2L	9986779	9986930	chr2L:9986780-9986930	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.053	0.068	0.0631	0.0252	0.0414	0.0563	0.0952	0.0953	0.0414	0.1045	0.0688	0.1045	0.0542	0.0345	0.02	0.0345	0.0386
chr2L	9987036	9987246	chr2L:9987037-9987246	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0733	0.0779	0.0996	0.0393	0.0551	0.0786	0.096	0.1013	0.0551	0.1806	0.1006	0.1806	0.0999	0.0536	0.0316	0.0536	0.0688
chr2L	9987396	9987556	chr2L:9987397-9987556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0617	0.0829	0.0742	0.0244	0.0764	0.0791	0.1047	0.1066	0.0764	0.1353	0.0788	0.1353	0.0705	0.0306	0.02	0.0306	0.0412
chr2L	9988247	9988985	chr2L:9988248-9988985	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	bib_5924	bib_5924	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2818	0.4698	0.3091	0.0418	0.4486	0.451	0.5683	0.5803	0.4486	0.5145	0.4132	0.5145	0.0728	0.0467	0.0729	0.0467	0.0234
chr2L	9989422	9989708	chr2L:9989423-9989708	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1218	0.1726	0.1599	0.0231	0.1389	0.1995	0.2119	0.1885	0.1389	0.3013	0.1929	0.3013	0.0697	0.0207	0.0361	0.0207	0.0214
chr2L	9989727	9990020	chr2L:9989728-9990020	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	bib_116	bib_116	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1515	0.2326	0.1836	0.0256	0.2078	0.2039	0.2989	0.3031	0.2078	0.2114	0.2932	0.2114	0.072	0.0199	0.0413	0.0199	0.0182
chr2L	9990568	9990719	chr2L:9990569-9990719	distal	distal	none	none	bib_116	bib_116	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0501	0.0793	0.0582	0.0085	0.0668	0.0563	0.106	0.1146	0.0668	0.0694	0.0833	0.0694	0.017	0.0092	0.0058	0.0092	0.0073
chr2L	9991983	9992134	chr2L:9991984-9992134	distal	distal	none	none	bib_116	bib_116	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0405	0.0742	0.0312	0.0131	0.0509	0.0442	0.1159	0.0999	0.0509	0.0236	0.0383	0.0236	0.017	0.0092	0.0084	0.0092	0.0099
chr2L	9992593	9992754	chr2L:9992594-9992754	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0703	0.1487	0.0471	0.0082	0.1304	0.0854	0.215	0.2245	0.1304	0.0386	0.0768	0.0386	0.0232	0.0061	0.0155	0.0061	0.0057
chr2L	9993194	9993345	chr2L:9993195-9993345	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.052	0.1119	0.031	0.0081	0.0859	0.0898	0.1721	0.1252	0.0859	0.0405	0.0434	0.0405	0.0155	0.0061	0.009	0.0061	0.0052
chr2L	9995273	9995424	chr2L:9995274-9995424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0401	0.0733	0.0316	0.0124	0.0848	0.0456	0.1189	0.0759	0.0848	0.0429	0.0415	0.0429	0.0163	0.013	0.0123	0.013	0.0135
chr2L	9995435	9995586	chr2L:9995436-9995586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0688	0.0308	0.012	0.0615	0.0451	0.0995	0.0986	0.0615	0.0368	0.0395	0.0368	0.0186	0.0092	0.0116	0.0092	0.0167
chr2L	9995986	9996158	chr2L:9995987-9996158	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0896	0.0556	0.0124	0.0774	0.0752	0.1163	0.1252	0.0774	0.0737	0.0691	0.0737	0.0325	0.0107	0.0064	0.0107	0.0162
chr2L	9996166	9996406	chr2L:9996167-9996406	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0706	0.1077	0.0803	0.0184	0.0976	0.0917	0.1371	0.1532	0.0976	0.1081	0.0974	0.1081	0.0457	0.0123	0.0103	0.0123	0.0229
chr2L	9996474	9996650	chr2L:9996475-9996650	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0839	0.1203	0.0933	0.0329	0.1007	0.1291	0.1306	0.1706	0.1007	0.1298	0.0977	0.1298	0.0751	0.0237	0.0206	0.0237	0.0386
chr2L	9996882	9997248	chr2L:9996883-9997248	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.116	0.1434	0.1363	0.0631	0.088	0.1646	0.1406	0.2258	0.088	0.1419	0.1447	0.1419	0.0953	0.0467	0.0451	0.0467	0.0558
chr2L	10003125	10003276	chr2L:10003126-10003276	FBgn0051755	SoYb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0458	0.0366	0.0558	0.0451	0.0201	0.0379	0.0489	0.0433	0.0201	0.0725	0.0556	0.0725	0.0488	0.0429	0.0387	0.0429	0.0464
chr2L	10003720	10003894	chr2L:10003721-10003894	FBgn0043456	CG4747	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1789	0.1579	0.2287	0.1479	0.1124	0.1864	0.1825	0.1879	0.1124	0.2886	0.2415	0.2886	0.2401	0.1593	0.1483	0.1593	0.174
chr2L	10003995	10004447	chr2L:10003996-10004447	FBgn0043456	CG4747	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1854	0.1629	0.2357	0.1554	0.1018	0.199	0.1907	0.1985	0.1018	0.3031	0.2473	0.3031	0.2525	0.1815	0.1605	0.1815	0.1923
chr2L	10004508	10004811	chr2L:10004509-10004811	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2112	0.1667	0.2779	0.1877	0.0923	0.2403	0.1678	0.1979	0.0923	0.3792	0.2791	0.3792	0.3222	0.245	0.1773	0.245	0.2887
chr2L	10009283	10009481	chr2L:10009284-10009481	FBgn0011584	Trp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.126	0.1062	0.1563	0.1147	0.0636	0.132	0.1176	0.1372	0.0636	0.2023	0.1682	0.2023	0.1634	0.121	0.1115	0.121	0.1558
chr2L	10009553	10009704	chr2L:10009554-10009704	FBgn0011584	Trp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0803	0.0624	0.1	0.0787	0.0318	0.0796	0.0679	0.0839	0.0318	0.125	0.1074	0.125	0.127	0.0858	0.0954	0.0858	0.1001
chr2L	10009774	10009925	chr2L:10009775-10009925	FBgn0011584	Trp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0688	0.0383	0.0865	0.0834	0.0106	0.0612	0.0428	0.044	0.0106	0.1069	0.0977	0.1069	0.1061	0.1217	0.1032	0.1217	0.1105
chr2L	10009947	10010135	chr2L:10009948-10010135	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1183	0.0707	0.1388	0.1491	0.0286	0.0956	0.0848	0.0779	0.0286	0.154	0.1605	0.154	0.1929	0.1386	0.2166	0.1386	0.2262
chr2L	10032596	10032747	chr2L:10032597-10032747	FBgn0027600	obst-B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0224	0.0101	0.0189	0.04	0.0042	0.0087	0.0212	0.0047	0.0042	0.0187	0.0254	0.0187	0.0217	0.01	0.127	0.01	0.0266
chr2L	10034434	10034585	chr2L:10034435-10034585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0176	0.0107	0.0161	0.0269	0.0064	0.0136	0.0182	0.0067	0.0064	0.0115	0.0273	0.0115	0.0093	0.013	0.0851	0.013	0.0094
chr2L	10039366	10039517	chr2L:10039367-10039517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0164	0.016	0.0266	0.0057	0.0095	0.0131	0.0281	0.0147	0.0095	0.0453	0.0283	0.0453	0.0201	0.0046	0.011	0.0046	0.0036
chr2L	10052853	10053004	chr2L:10052854-10053004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.011	0.0098	0.011	0.0124	0.0011	0.0141	0.0147	0.008	0.0011	0.0242	0.01	0.0242	0.0062	0.0268	0.0148	0.0268	0.0057
chr2L	10053935	10054086	chr2L:10053936-10054086	FBgn0053302	Cpr31A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.0118	0.0142	0.0131	0.0042	0.0092	0.0225	0.0107	0.0042	0.0091	0.0225	0.0091	0.0108	0.0077	0.0309	0.0077	0.0063
chr2L	10056565	10056746	chr2L:10056566-10056746	FBgn0011823	Pen	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0988	0.099	0.1124	0.0837	0.0689	0.1034	0.1146	0.1332	0.0689	0.1516	0.1161	0.1516	0.11	0.1049	0.0967	0.1049	0.1094
chr2L	10056827	10057055	chr2L:10056828-10057055	FBgn0011823	Pen	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1944	0.2115	0.2343	0.1315	0.176	0.215	0.2496	0.2692	0.176	0.3116	0.2592	0.3116	0.2177	0.1769	0.1631	0.1769	0.1641
chr2L	10057151	10057572	chr2L:10057152-10057572	FBgn0011823	Pen	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.128	0.1457	0.1651	0.0674	0.1177	0.1495	0.1825	0.1692	0.1177	0.221	0.1839	0.221	0.1565	0.0888	0.0832	0.0888	0.0792
chr2L	10057673	10057875	chr2L:10057674-10057875	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0638	0.088	0.0749	0.0245	0.0764	0.0806	0.1159	0.1066	0.0764	0.119	0.0778	0.119	0.0689	0.0329	0.0297	0.0329	0.0245
chr2L	10058557	10058813	chr2L:10058558-10058813	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.122	0.0428	0.0097	0.1039	0.0578	0.1942	0.1659	0.1039	0.0423	0.0566	0.0423	0.0294	0.0077	0.0148	0.0077	0.0115
chr2L	10058888	10059101	chr2L:10058889-10059101	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0689	0.1504	0.0419	0.0074	0.1622	0.0704	0.2336	0.2025	0.1622	0.0435	0.0547	0.0435	0.0318	0.0023	0.011	0.0023	0.0094
chr2L	10059410	10059561	chr2L:10059411-10059561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.0631	0.0383	0.0173	0.0403	0.0471	0.096	0.0799	0.0403	0.0495	0.0431	0.0495	0.0302	0.023	0.0161	0.023	0.0214
chr2L	10059824	10059975	chr2L:10059825-10059975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.05	0.0376	0.0152	0.0276	0.0388	0.077	0.068	0.0276	0.0513	0.046	0.0513	0.0271	0.023	0.0103	0.023	0.0234
chr2L	10143320	10143491	chr2L:10143321-10143491	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0762	0.0565	0.0849	0.0886	0.0424	0.065	0.0696	0.064	0.0424	0.1051	0.091	0.1051	0.117	0.111	0.1038	0.111	0.1329
chr2L	10143582	10143775	chr2L:10143583-10143775	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0592	0.0398	0.0618	0.0781	0.0286	0.0456	0.0489	0.0486	0.0286	0.0725	0.0688	0.0725	0.0782	0.0896	0.1012	0.0896	0.1152
chr2L	10147117	10147268	chr2L:10147118-10147268	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0124	0.0137	0.01	0.0135	0.0085	0.0092	0.0221	0.016	0.0085	0.0097	0.0103	0.0097	0.0194	0.01	0.0045	0.01	0.0349
chr2L	10147692	10147843	chr2L:10147693-10147843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0091	0.0086	0.0077	0.011	0	0.0053	0.0199	0.006	0	0.006	0.0068	0.006	0.017	0.0015	0.0084	0.0015	0.0297
chr2L	10165985	10166157	chr2L:10165986-10166157	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0481	0.0212	0.0206	0.0276	0.0442	0.064	0.0673	0.0276	0.026	0.0251	0.026	0.0163	0.0191	0.0277	0.0191	0.0307
chr2L	10166267	10166463	chr2L:10166268-10166463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0583	0.0293	0.0265	0.0329	0.0568	0.0731	0.0793	0.0329	0.0374	0.0334	0.0374	0.0194	0.0337	0.0309	0.0337	0.0344
chr2L	10180273	10180502	chr2L:10180274-10180502	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0645	0.098	0.057	0.0355	0.0838	0.0927	0.112	0.1292	0.0838	0.0984	0.0556	0.0984	0.0101	0.0038	0.0077	0.0038	0.0068
chr2L	10200296	10200447	chr2L:10200297-10200447	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0446	0.0419	0.0242	0.0297	0.032	0.0692	0.0506	0.0297	0.0586	0.045	0.0586	0.0341	0.0283	0.02	0.0283	0.0323
chr2L	10200613	10200824	chr2L:10200614-10200824	FBgn0005593,FBgn0032189	Ripalpha,RpL7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0666	0.0807	0.0528	0.0467	0.0762	0.0861	0.068	0.0467	0.1039	0.0875	0.1039	0.0813	0.0613	0.0503	0.0613	0.0688
chr2L	10200952	10201155	chr2L:10200953-10201155	FBgn0005593,FBgn0032189	Ripalpha,RpL7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.205	0.1917	0.2485	0.1721	0.14	0.2252	0.2115	0.2412	0.14	0.314	0.2717	0.314	0.2347	0.1899	0.1721	0.1899	0.2048
chr2L	10201268	10201514	chr2L:10201269-10201514	FBgn0005593,FBgn0032189	Ripalpha,RpL7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0826	0.0749	0.1036	0.0681	0.0435	0.0937	0.0835	0.0913	0.0435	0.1232	0.1113	0.1232	0.1123	0.0727	0.0638	0.0727	0.0933
chr2L	10202935	10203086	chr2L:10202936-10203086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0417	0.0569	0.0291	0.017	0.0524	0.0506	0.0493	0.017	0.0791	0.055	0.0791	0.0713	0.0444	0.0232	0.0444	0.0412
chr2L	10203996	10204182	chr2L:10203997-10204182	FBgn0085188	CG34159	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.1243	0.1176	0.1464	0.1075	0.0912	0.1286	0.1328	0.1632	0.0912	0.1757	0.1566	0.1757	0.158	0.1126	0.107	0.1126	0.1402
chr2L	10204195	10204381	chr2L:10204196-10204381	FBgn0085188	CG34159	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1439	0.1372	0.1662	0.1267	0.106	0.1553	0.1561	0.1765	0.106	0.2089	0.1765	0.2089	0.1743	0.1294	0.1264	0.1294	0.1647
chr2L	10206670	10206827	chr2L:10206671-10206827	FBgn0032191	CG5734	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0606	0.0789	0.0561	0.0414	0.0641	0.0839	0.062	0.0414	0.0894	0.0923	0.0894	0.0759	0.0544	0.0522	0.0544	0.0636
chr2L	10206841	10207097	chr2L:10206842-10207097	FBgn0032191	CG5734	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.1114	0.1283	0.0914	0.0753	0.1165	0.1397	0.1446	0.0753	0.1431	0.1402	0.1431	0.1387	0.0988	0.0883	0.0988	0.1188
chr2L	10208953	10209168	chr2L:10208954-10209168	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0999	0.1185	0.1132	0.0646	0.0944	0.1	0.1484	0.1706	0.0944	0.0894	0.1675	0.0894	0.0891	0.0299	0.1457	0.0299	0.0589
chr2L	10209351	10209509	chr2L:10209352-10209509	FBgn0032192	CG5731	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0506	0.0502	0.0589	0.0421	0.0339	0.0471	0.0644	0.0666	0.0339	0.0453	0.083	0.0453	0.0589	0.0245	0.0838	0.0245	0.0349
chr2L	10209705	10209856	chr2L:10209706-10209856	FBgn0032192	CG5731	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0319	0.0248	0.0392	0.0319	0.017	0.0243	0.0337	0.0293	0.017	0.0326	0.0556	0.0326	0.031	0.0161	0.069	0.0161	0.0271
chr2L	10210190	10210577	chr2L:10210191-10210577	FBgn0032192,FBgn0032193	CG5727,CG5731	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0779	0.0719	0.0895	0.072	0.0329	0.0854	0.0947	0.0773	0.0329	0.0948	0.1084	0.0948	0.0844	0.0704	0.0954	0.0704	0.0808
chr2L	10210610	10210779	chr2L:10210611-10210779	FBgn0032193,FBgn0032194	CG4901,CG5727	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.083	0.0689	0.0984	0.082	0.0392	0.0816	0.0895	0.0733	0.0392	0.1111	0.1119	0.1111	0.1061	0.0904	0.0754	0.0904	0.1131
chr2L	10211078	10211258	chr2L:10211079-10211258	FBgn0032193,FBgn0032194	CG4901,CG5727	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0818	0.0688	0.0902	0.087	0.0392	0.0825	0.0856	0.0819	0.0392	0.1057	0.1064	0.1057	0.0968	0.0934	0.0909	0.0934	0.1219
chr2L	10211336	10211487	chr2L:10211337-10211487	FBgn0032194	CG4901	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.043	0.049	0.0437	0.0191	0.0519	0.0562	0.0493	0.0191	0.0562	0.055	0.0562	0.062	0.0429	0.0574	0.0429	0.0558
chr2L	10214695	10214846	chr2L:10214696-10214846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0351	0.0291	0.0124	0.017	0.0335	0.0584	0.034	0.017	0.0356	0.0302	0.0356	0.0372	0.0161	0.0129	0.0161	0.0146
chr2L	10217462	10217613	chr2L:10217463-10217613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0271	0.0513	0.0207	0.0071	0.0371	0.0257	0.0978	0.052	0.0371	0.0272	0.0232	0.0272	0.024	0.0107	0.0077	0.0107	0.0089
chr2L	10220143	10220446	chr2L:10220144-10220446	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.1158	0.1221	0.0827	0.0891	0.1306	0.138	0.1252	0.0891	0.1437	0.1338	0.1437	0.1387	0.098	0.0819	0.098	0.1152
chr2L	10220593	10220744	chr2L:10220594-10220744	FBgn0024320	Npc1a	stage11,stage14,stage5	none	npc1_RSE	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.112	0.1118	0.1288	0.0939	0.087	0.1243	0.1293	0.1379	0.087	0.1329	0.1547	0.1329	0.1402	0.1034	0.0909	0.1034	0.1334
chr2L	10220815	10221036	chr2L:10220816-10221036	FBgn0024320,FBgn0250843	Npc1a,Pros35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1974	0.2014	0.2176	0.1709	0.1644	0.2311	0.2305	0.2418	0.1644	0.2415	0.2495	0.2415	0.2386	0.2021	0.1593	0.2021	0.2387
chr2L	10221262	10221470	chr2L:10221263-10221470	FBgn0024320,FBgn0250843	Npc1a,Pros35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1925	0.1913	0.2293	0.1533	0.1538	0.2218	0.2228	0.2225	0.1538	0.2862	0.2521	0.2862	0.2029	0.1723	0.1599	0.1723	0.1923
chr2L	10221634	10221802	chr2L:10221635-10221802	FBgn0250843	Pros35	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0715	0.0847	0.0838	0.0433	0.0498	0.0917	0.1233	0.0859	0.0498	0.119	0.0859	0.119	0.072	0.0444	0.0471	0.0444	0.0578
chr2L	10226260	10226491	chr2L:10226261-10226491	FBgn0032196	CG5708	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.16	0.1631	0.181	0.1335	0.1262	0.1811	0.1972	0.1985	0.1262	0.215	0.1894	0.215	0.1991	0.1194	0.1244	0.1194	0.1782
chr2L	10226730	10226913	chr2L:10226731-10226913	FBgn0032196	CG5708	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1923	0.1912	0.2192	0.1642	0.14	0.216	0.2318	0.2252	0.14	0.256	0.2428	0.256	0.2192	0.1593	0.1657	0.1593	0.2038
chr2L	10227187	10227404	chr2L:10227188-10227404	FBgn0032196	CG5708	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1238	0.1254	0.1458	0.0978	0.0732	0.1422	0.1613	0.1392	0.0732	0.1667	0.1601	0.1667	0.1549	0.0781	0.1296	0.0781	0.1287
chr2L	10230567	10230751	chr2L:10230568-10230751	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0934	0.1087	0.1051	0.0636	0.0764	0.1262	0.1224	0.1419	0.0764	0.125	0.109	0.125	0.0891	0.0651	0.0458	0.0651	0.0547
chr2L	10230792	10230943	chr2L:10230793-10230943	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.072	0.0723	0.0841	0.0583	0.0541	0.0835	0.0804	0.0986	0.0541	0.1008	0.0932	0.1008	0.0798	0.0628	0.0458	0.0628	0.0636
chr2L	10230996	10231184	chr2L:10230997-10231184	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.0987	0.1268	0.0863	0.0604	0.1311	0.1008	0.1319	0.0604	0.1564	0.1412	0.1564	0.1146	0.085	0.0832	0.085	0.099
chr2L	10231269	10231463	chr2L:10231270-10231463	FBgn0032197	CG5694	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1053	0.0972	0.1305	0.0866	0.0657	0.1243	0.1034	0.1219	0.0657	0.1546	0.1463	0.1546	0.1084	0.0835	0.0858	0.0835	0.11
chr2L	10231603	10231795	chr2L:10231604-10231795	FBgn0032197	CG5694	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1359	0.1233	0.1702	0.1124	0.0891	0.1515	0.1401	0.1452	0.0891	0.2138	0.1875	0.2138	0.1611	0.1149	0.118	0.1149	0.1433
chr2L	10232073	10232279	chr2L:10232074-10232279	FBgn0032197,FBgn0032198	CG5694,eEF1delta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1214	0.1144	0.1566	0.0905	0.0785	0.1379	0.138	0.1246	0.0785	0.1938	0.1633	0.1938	0.1487	0.1034	0.1032	0.1034	0.1021
chr2L	10232380	10232591	chr2L:10232381-10232591	FBgn0032198	eEF1delta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1766	0.174	0.2141	0.1383	0.1039	0.2257	0.2007	0.1999	0.1039	0.2554	0.2367	0.2554	0.2076	0.1616	0.1386	0.1616	0.1678
chr2L	10232692	10232843	chr2L:10232693-10232843	FBgn0032198	eEF1delta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0841	0.0826	0.0987	0.0696	0.0382	0.1019	0.0978	0.1086	0.0382	0.1165	0.1096	0.1165	0.1053	0.0926	0.06	0.0926	0.0912
chr2L	10232869	10233061	chr2L:10232870-10233061	FBgn0032198	eEF1delta	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.0874	0.0976	0.0611	0.0509	0.1	0.1047	0.1226	0.0509	0.1111	0.1113	0.1111	0.0991	0.0697	0.0593	0.0697	0.0766
chr2L	10238029	10238422	chr2L:10238030-10238422	FBgn0051720	CG31720	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1092	0.0991	0.1197	0.1092	0.0456	0.1272	0.1198	0.1093	0.0456	0.1335	0.1186	0.1335	0.196	0.16	0.0922	0.16	0.1371
chr2L	10238817	10238993	chr2L:10238818-10238993	FBgn0004419	me31B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.0925	0.1212	0.0929	0.0573	0.1102	0.1202	0.0993	0.0573	0.1443	0.1309	0.1443	0.1379	0.1141	0.0883	0.1141	0.1146
chr2L	10239226	10239448	chr2L:10239227-10239448	FBgn0004419	me31B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1603	0.1532	0.1882	0.1376	0.1166	0.182	0.1756	0.1692	0.1166	0.2482	0.1981	0.2482	0.1875	0.1562	0.1438	0.1562	0.1579
chr2L	10239777	10240059	chr2L:10239778-10240059	FBgn0004419	me31B	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0896	0.111	0.0937	0.0611	0.0795	0.1112	0.1432	0.1439	0.0795	0.1244	0.0974	0.1244	0.0914	0.0681	0.0567	0.0681	0.0787
chr2L	10246731	10246920	chr2L:10246732-10246920	FBgn0024248	chico	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1306	0.122	0.1472	0.1218	0.0901	0.1379	0.1453	0.1439	0.0901	0.1612	0.163	0.1612	0.1534	0.1103	0.1322	0.1103	0.1516
chr2L	10246995	10247163	chr2L:10246996-10247163	FBgn0024248	chico	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1709	0.1559	0.1985	0.1574	0.1029	0.1772	0.1791	0.1965	0.1029	0.2216	0.2199	0.2216	0.2068	0.1524	0.1638	0.1524	0.1892
chr2L	10249363	10249635	chr2L:10249364-10249635	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0865	0.091	0.0961	0.071	0.0382	0.1218	0.0978	0.1179	0.0382	0.087	0.1026	0.087	0.1053	0.0314	0.0625	0.0314	0.0651
chr2L	10249766	10250186	chr2L:10249767-10250186	FBgn0000229	bsk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2318	0.237	0.2515	0.2044	0.1856	0.2874	0.2392	0.3098	0.1856	0.2554	0.2814	0.2554	0.2796	0.157	0.2199	0.157	0.2548
chr2L	10250395	10250574	chr2L:10250396-10250574	FBgn0000229,FBgn0051717	CG31717,bsk	stage11,stage14,stage5	none	bsk_p5-1000bskwt-Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1702	0.154	0.1964	0.1594	0.1029	0.184	0.1596	0.2092	0.1029	0.2391	0.2132	0.2391	0.1875	0.1593	0.1721	0.1593	0.1912
chr2L	10250671	10250836	chr2L:10250672-10250836	FBgn0000229,FBgn0051717	CG31717,bsk	stage11,stage14,stage5	none	bsk_p5-1000bskwt-Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1532	0.1314	0.1868	0.1408	0.0827	0.1534	0.1397	0.1772	0.0827	0.2228	0.2048	0.2228	0.1828	0.147	0.1322	0.147	0.1699
chr2L	10251747	10251898	chr2L:10251748-10251898	FBgn0010407	Ror	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0608	0.0486	0.0811	0.0521	0.0223	0.0607	0.0567	0.062	0.0223	0.1033	0.082	0.1033	0.0449	0.0329	0.0303	0.0329	0.0354
chr2L	10255483	10255750	chr2L:10255484-10255750	FBgn0032200	CG5676	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.097	0.1003	0.1209	0.0671	0.07	0.1083	0.1285	0.1193	0.07	0.151	0.1286	0.151	0.1162	0.0636	0.058	0.0636	0.0787
chr2L	10255822	10256010	chr2L:10255823-10256010	FBgn0032200	CG5676	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1412	0.1548	0.1655	0.0993	0.1113	0.1704	0.1933	0.1779	0.1113	0.1896	0.1862	0.1896	0.1487	0.1041	0.0935	0.1041	0.1183
chr2L	10260089	10260314	chr2L:10260090-10260314	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1466	0.1803	0.1673	0.0862	0.1347	0.1908	0.2206	0.2212	0.1347	0.1957	0.201	0.1957	0.1309	0.1064	0.0928	0.1064	0.0823
chr2L	10260687	10260924	chr2L:10260688-10260924	FBgn0026379	Pten	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1499	0.1393	0.1747	0.1344	0.087	0.1641	0.17	0.1659	0.087	0.2114	0.1878	0.2114	0.1766	0.1462	0.1406	0.1462	0.1636
chr2L	10260972	10261150	chr2L:10260973-10261150	FBgn0026379	Pten	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2049	0.181	0.2395	0.1938	0.1018	0.2233	0.2024	0.2318	0.1018	0.2965	0.2624	0.2965	0.2339	0.2021	0.1928	0.2021	0.2355
chr2L	10261368	10261584	chr2L:10261369-10261584	FBgn0026379	Pten	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.1092	0.1364	0.1141	0.0668	0.1388	0.1125	0.1426	0.0668	0.1624	0.1502	0.1624	0.1356	0.1164	0.1231	0.1164	0.1329
chr2L	10263227	10263378	chr2L:10263228-10263378	FBgn0011305	Rsf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.066	0.0642	0.0883	0.0436	0.0286	0.0752	0.0787	0.0799	0.0286	0.1117	0.0987	0.1117	0.0751	0.0498	0.0477	0.0498	0.0485
chr2L	10263484	10263681	chr2L:10263485-10263681	FBgn0011305,FBgn0032202	CG18619,Rsf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.145	0.1408	0.1835	0.1075	0.0859	0.1587	0.173	0.1672	0.0859	0.2367	0.201	0.2367	0.1642	0.1156	0.087	0.1156	0.1235
chr2L	10264041	10264470	chr2L:10264042-10264470	FBgn0011305,FBgn0032202	CG18619,Rsf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.175	0.1573	0.2051	0.162	0.1156	0.1893	0.1843	0.1759	0.1156	0.2506	0.2177	0.2506	0.2122	0.1539	0.1612	0.1539	0.209
chr2L	10265244	10265419	chr2L:10265245-10265419	FBgn0259482	Mob3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.1248	0.1303	0.1033	0.087	0.1335	0.1583	0.1472	0.087	0.1594	0.1386	0.1594	0.1247	0.0988	0.0948	0.0988	0.1292
chr2L	10268763	10268937	chr2L:10268764-10268937	FBgn0032205	CG4957	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0894	0.084	0.1034	0.0801	0.0615	0.0942	0.1038	0.0933	0.0615	0.1359	0.1113	0.1359	0.1007	0.0674	0.0845	0.0674	0.1001
chr2L	10269920	10270091	chr2L:10269921-10270091	FBgn0260750	Mulk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1517	0.1454	0.1838	0.1235	0.1188	0.1631	0.1791	0.1606	0.1188	0.2319	0.2023	0.2319	0.1727	0.1263	0.1399	0.1263	0.1391
chr2L	10270187	10270406	chr2L:10270188-10270406	FBgn0260750	Mulk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.072	0.0675	0.0887	0.0586	0.052	0.0694	0.0861	0.0819	0.052	0.1051	0.1019	0.1051	0.0922	0.0643	0.0625	0.0643	0.0688
chr2L	10276673	10276863	chr2L:10276674-10276863	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0873	0.0785	0.0989	0.0845	0.0562	0.0917	0.0947	0.0886	0.0562	0.1244	0.1084	0.1244	0.103	0.0972	0.0961	0.0972	0.1225
chr2L	10277079	10277252	chr2L:10277080-10277252	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1268	0.1103	0.1515	0.1181	0.0785	0.1403	0.1259	0.1239	0.0785	0.186	0.1617	0.186	0.1619	0.1432	0.1302	0.1432	0.1428
chr2L	10277492	10277682	chr2L:10277493-10277682	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1595	0.1477	0.1849	0.1448	0.1135	0.1641	0.1778	0.1712	0.1135	0.2228	0.2048	0.2228	0.1851	0.1493	0.1689	0.1493	0.1631
chr2L	10277847	10278236	chr2L:10277848-10278236	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1161	0.1198	0.1377	0.0883	0.0732	0.1228	0.1596	0.1486	0.0732	0.1793	0.1479	0.1793	0.1317	0.0988	0.1096	0.0988	0.0912
chr2L	10278255	10278617	chr2L:10278256-10278617	FBgn0260749	Utx	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.101	0.1093	0.1154	0.0759	0.0636	0.1228	0.1371	0.1339	0.0636	0.1558	0.1267	0.1558	0.1038	0.0758	0.0903	0.0758	0.086
chr2L	10278749	10278930	chr2L:10278750-10278930	FBgn0260749	Utx	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0851	0.0864	0.0989	0.0687	0.0689	0.0922	0.1038	0.1039	0.0689	0.1274	0.1158	0.1274	0.0914	0.0735	0.0774	0.0735	0.0813
chr2L	10291375	10291564	chr2L:10291376-10291564	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0709	0.0508	0.0316	0.0329	0.0845	0.0835	0.0926	0.0329	0.0435	0.0624	0.0435	0.0511	0.023	0.0284	0.023	0.0433
chr2L	10291603	10291825	chr2L:10291604-10291825	FBgn0032208	CG5604	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0879	0.0992	0.0962	0.0661	0.0488	0.1214	0.1228	0.1099	0.0488	0.1123	0.1055	0.1123	0.0991	0.0613	0.0619	0.0613	0.0896
chr2L	10291973	10292189	chr2L:10291974-10292189	FBgn0032208	CG5604	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.1168	0.1288	0.1067	0.087	0.1248	0.1462	0.1326	0.087	0.1552	0.1428	0.1552	0.1418	0.1118	0.1167	0.1118	0.135
chr2L	10292284	10292458	chr2L:10292285-10292458	FBgn0032208	CG5604	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1269	0.1386	0.1189	0.1018	0.1345	0.1488	0.1559	0.1018	0.1636	0.1502	0.1636	0.1557	0.1309	0.1289	0.1309	0.1428
chr2L	10295398	10295587	chr2L:10295399-10295587	FBgn0032209	Hand	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.1277	0.1099	0.0624	0.1209	0.1252	0.17	0.1286	0.1209	0.1679	0.1109	0.1679	0.0519	0.0873	0.0438	0.0873	0.0339
chr2L	10298291	10298623	chr2L:10298292-10298623	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1419	0.1403	0.1561	0.1281	0.0954	0.1655	0.1821	0.1479	0.0954	0.221	0.1672	0.221	0.1495	0.2029	0.1335	0.2029	0.1245
chr2L	10299349	10299520	chr2L:10299350-10299520	FBgn0032210	CYLD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1026	0.1046	0.1156	0.0862	0.0742	0.1233	0.1181	0.1266	0.0742	0.1226	0.1383	0.1226	0.1193	0.0628	0.1032	0.0628	0.1115
chr2L	10299707	10299943	chr2L:10299708-10299943	FBgn0032210	CYLD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1064	0.1008	0.1223	0.0953	0.0647	0.1155	0.1077	0.1352	0.0647	0.1383	0.1418	0.1383	0.1247	0.1049	0.0941	0.1049	0.1167
chr2L	10303841	10304013	chr2L:10303842-10304013	FBgn0005322	nmd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0957	0.0638	0.1199	0.1047	0.035	0.0801	0.0709	0.0799	0.035	0.1479	0.1325	0.1479	0.1464	0.124	0.1032	0.124	0.1402
chr2L	10304191	10304342	chr2L:10304192-10304342	FBgn0005322	nmd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0232	0.0428	0.0379	0.0117	0.0301	0.0234	0.0306	0.0117	0.0574	0.045	0.0574	0.0465	0.0436	0.0393	0.0436	0.0485
chr2L	10306211	10306362	chr2L:10306212-10306362	FBgn0032213	CG5390	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0253	0.0255	0.0227	0.028	0.0064	0.0267	0.0337	0.0353	0.0064	0.0223	0.0277	0.0223	0.0302	0.0207	0.0258	0.0207	0.0495
chr2L	10306532	10306687	chr2L:10306533-10306687	FBgn0032213,FBgn0032214	CG4968,CG5390	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0431	0.0283	0.0424	0.0606	0.0159	0.0267	0.0407	0.036	0.0159	0.0405	0.0479	0.0405	0.0612	0.0345	0.0799	0.0345	0.1027
chr2L	10306815	10307003	chr2L:10306816-10307003	FBgn0032213,FBgn0032214	CG4968,CG5390	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0982	0.0845	0.1069	0.1039	0.0445	0.1	0.0978	0.1026	0.0445	0.1316	0.126	0.1316	0.1084	0.0942	0.1212	0.0942	0.1428
chr2L	10310765	10310916	chr2L:10310766-10310916	FBgn0027491	Cdk5alpha	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0466	0.0371	0.0428	0.0614	0.0201	0.0442	0.0528	0.0366	0.0201	0.0483	0.0441	0.0483	0.0372	0.0306	0.0219	0.0306	0.0344
chr2L	10311132	10311305	chr2L:10311133-10311305	FBgn0027491	Cdk5alpha	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0927	0.0801	0.1141	0.0831	0.0339	0.0971	0.0986	0.1013	0.0339	0.1159	0.1293	0.1159	0.0937	0.0567	0.0535	0.0567	0.0672
chr2L	10311382	10311728	chr2L:10311383-10311728	FBgn0027491,FBgn0032215	CG5385,Cdk5alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1011	0.093	0.1254	0.0836	0.0467	0.1223	0.1042	0.1159	0.0467	0.1322	0.1386	0.1322	0.1069	0.0536	0.0761	0.0536	0.0933
chr2L	10311781	10311961	chr2L:10311782-10311961	FBgn0032215	CG5385	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1063	0.1028	0.1269	0.0875	0.071	0.1282	0.122	0.1079	0.071	0.1449	0.136	0.1449	0.1263	0.0766	0.0974	0.0766	0.1053
chr2L	10312040	10312212	chr2L:10312041-10312212	FBgn0032215	CG5385	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1589	0.1616	0.1826	0.1299	0.1273	0.1883	0.1847	0.1932	0.1273	0.2168	0.1977	0.2168	0.1875	0.121	0.1412	0.121	0.1584
chr2L	10314313	10314492	chr2L:10314314-10314492	FBgn0032216,FBgn0032217	CG4972,CG5384	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1283	0.1165	0.161	0.1056	0.0795	0.1267	0.1453	0.1392	0.0795	0.1981	0.1711	0.1981	0.1634	0.1164	0.0916	0.1164	0.1287
chr2L	10314692	10314876	chr2L:10314693-10314876	FBgn0032216,FBgn0032217	CG4972,CG5384	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1237	0.1133	0.1458	0.111	0.0817	0.1233	0.1393	0.1392	0.0817	0.1697	0.1662	0.1697	0.1255	0.1217	0.0986	0.1217	0.1292
chr2L	10314913	10315114	chr2L:10314914-10315114	FBgn0032217	CG4972	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0722	0.0852	0.0614	0.0424	0.0699	0.1016	0.0826	0.0424	0.0972	0.0981	0.0972	0.0844	0.072	0.058	0.072	0.0776
chr2L	10318702	10318966	chr2L:10318703-10318966	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0388	0.0333	0.0481	0.0348	0.0064	0.0393	0.0497	0.036	0.0064	0.0308	0.0437	0.0308	0.1208	0.0222	0.0277	0.0222	0.0693
chr2L	10319799	10319950	chr2L:10319800-10319950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0191	0.0216	0.0181	0.0174	0.0074	0.0184	0.0277	0.0313	0.0074	0.0236	0.018	0.0236	0.0248	0.0421	0.0174	0.0421	0.0141
chr2L	10321046	10321517	chr2L:10321047-10321517	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0563	0.0455	0.0602	0.0642	0.0201	0.0442	0.067	0.0526	0.0201	0.0471	0.0624	0.0471	0.1123	0.1194	0.0838	0.1194	0.0683
chr2L	10321595	10321892	chr2L:10321596-10321892	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0558	0.0424	0.0442	0.0834	0.0212	0.0383	0.0606	0.0526	0.0212	0.0302	0.0441	0.0302	0.0875	0.1432	0.0954	0.1432	0.1053
chr2L	10327500	10327731	chr2L:10327501-10327731	FBgn0011703	RnrL	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0419	0.0452	0.0484	0.0312	0.0212	0.0471	0.0588	0.06	0.0212	0.0374	0.0547	0.0374	0.0643	0.0383	0.0297	0.0383	0.0479
chr2L	10327871	10328052	chr2L:10327872-10328052	FBgn0011703	RnrL	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0773	0.08	0.0871	0.0636	0.0382	0.0951	0.0926	0.1059	0.0382	0.0876	0.1016	0.0876	0.1108	0.0888	0.0554	0.0888	0.0995
chr2L	10331061	10331212	chr2L:10331062-10331212	FBgn0032221,FBgn0032222	CG5037,CG5375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0446	0.0511	0.035	0.0479	0.0308	0.0568	0.0679	0.0586	0.0308	0.0423	0.035	0.0423	0.0356	0.0329	0.0284	0.0329	0.0281
chr2L	10331397	10331593	chr2L:10331398-10331593	FBgn0032221,FBgn0032222	CG5037,CG5375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0861	0.0871	0.0924	0.078	0.0445	0.1039	0.1159	0.0919	0.0445	0.1069	0.1058	0.1069	0.0806	0.0704	0.0671	0.0704	0.0954
chr2L	10332786	10332949	chr2L:10332787-10332949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0574	0.0833	0.0528	0.0334	0.0647	0.0655	0.1215	0.1019	0.0647	0.0803	0.0505	0.0803	0.0496	0.0383	0.0387	0.0383	0.0323
chr2L	10333172	10333404	chr2L:10333173-10333404	FBgn0032223	GATAd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1144	0.1388	0.1199	0.0809	0.1113	0.1354	0.1765	0.1785	0.1113	0.1588	0.1183	0.1588	0.1317	0.0942	0.0748	0.0942	0.0985
chr2L	10333576	10333960	chr2L:10333577-10333960	FBgn0032223	GATAd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2217	0.2068	0.2524	0.2048	0.1559	0.2311	0.2474	0.2452	0.1559	0.3303	0.2691	0.3303	0.2572	0.2489	0.1954	0.2489	0.2522
chr2L	10334046	10334275	chr2L:10334047-10334275	FBgn0032223	GATAd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.103	0.0932	0.1222	0.0927	0.0467	0.1126	0.1172	0.1099	0.0467	0.1522	0.1251	0.1522	0.1418	0.0965	0.0967	0.0965	0.1251
chr2L	10334285	10334481	chr2L:10334286-10334481	distal	distal	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0747	0.0673	0.0918	0.0643	0.035	0.0767	0.0826	0.0853	0.035	0.1008	0.0952	0.1008	0.11	0.0628	0.0683	0.0628	0.0886
chr2L	10334621	10334772	chr2L:10334622-10334772	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0867	0.0779	0.1046	0.077	0.0467	0.0835	0.0978	0.0926	0.0467	0.1135	0.1106	0.1135	0.1418	0.0712	0.0935	0.0712	0.1032
chr2L	10334827	10335242	chr2L:10334828-10335242	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.2658	0.2415	0.3128	0.2413	0.1835	0.2772	0.2868	0.2698	0.1835	0.3599	0.3502	0.3599	0.3362	0.291	0.2637	0.291	0.2689
chr2L	10339364	10339594	chr2L:10339365-10339594	FBgn0019932	SamDC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1565	0.1685	0.1805	0.1167	0.1188	0.1898	0.1881	0.2145	0.1188	0.2391	0.1997	0.2391	0.182	0.1294	0.1103	0.1294	0.1626
chr2L	10341522	10341699	chr2L:10341523-10341699	FBgn0051715	CG31715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.1044	0.1128	0.1145	0.0838	0.1018	0.1	0.1514	0.1312	0.1018	0.1087	0.1232	0.1087	0.1177	0.1018	0.0812	0.1018	0.087
chr2L	10341780	10342429	chr2L:10341781-10342429	FBgn0032224,FBgn0051715	CG31715,Sps2	stage14,stage5	none	Sps2_pGL3B	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.15	0.1544	0.173	0.1198	0.1166	0.15	0.199	0.1952	0.1166	0.183	0.1955	0.183	0.1665	0.1424	0.1186	0.1424	0.1271
chr2L	10342595	10342793	chr2L:10342596-10342793	FBgn0032224	Sps2	stage11,stage5	none	Sps2_pGL3B	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.124	0.1506	0.1053	0.0891	0.1354	0.1566	0.1486	0.0891	0.1812	0.1598	0.1812	0.151	0.108	0.1193	0.108	0.1199
chr2L	10342850	10343099	chr2L:10342851-10343099	FBgn0032224	Sps2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.0861	0.1084	0.0639	0.0477	0.0985	0.1094	0.0973	0.0477	0.1401	0.1068	0.1401	0.1139	0.0819	0.0593	0.0819	0.086
chr2L	10344334	10344535	chr2L:10344335-10344535	FBgn0032225	CG5022	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0616	0.0808	0.0555	0.0471	0.0668	0.0883	0.099	0.0926	0.0668	0.0634	0.045	0.0634	0.0287	0.0168	0.0193	0.0168	0.0234
chr2L	10344618	10344798	chr2L:10344619-10344798	FBgn0032225	CG5022	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0558	0.0461	0.0319	0.0371	0.065	0.0644	0.0693	0.0371	0.0471	0.0479	0.0471	0.0279	0.0138	0.0174	0.0138	0.0146
chr2L	10350321	10350472	chr2L:10350322-10350472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0106	0.0181	0.0174	0.0064	0.0092	0.0156	0.0127	0.0064	0.0181	0.0151	0.0181	0.0101	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2L	10351092	10351305	chr2L:10351093-10351305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0419	0.0364	0.0499	0.0393	0.017	0.0451	0.0411	0.0506	0.017	0.0519	0.0437	0.0519	0.024	0.0191	0.0155	0.0191	0.0229
chr2L	10351417	10351588	chr2L:10351418-10351588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0388	0.0327	0.0478	0.0356	0.0127	0.0383	0.0402	0.0473	0.0127	0.0556	0.0437	0.0556	0.0225	0.0153	0.0123	0.0153	0.0261
chr2L	10351608	10351769	chr2L:10351609-10351769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.031	0.0273	0.0398	0.0255	0.0117	0.0311	0.0333	0.04	0.0117	0.0501	0.0421	0.0501	0.0209	0.0176	0.0129	0.0176	0.0224
chr2L	10353734	10353885	chr2L:10353735-10353885	FBgn0085396	CG34367	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.038	0.037	0.0456	0.0309	0.0138	0.0408	0.0381	0.064	0.0138	0.0604	0.0431	0.0604	0.0108	0.0061	0.0084	0.0061	0.0073
chr2L	10353967	10354164	chr2L:10353968-10354164	FBgn0085396	CG34367	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0818	0.0844	0.0992	0.0599	0.0318	0.1214	0.0657	0.1319	0.0318	0.1286	0.0842	0.1286	0.0256	0.0061	0.0181	0.0061	0.0099
chr2L	10356294	10356476	chr2L:10356295-10356476	FBgn0032228,FBgn0032229	CG5045,CG5367	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0523	0.059	0.0389	0.0297	0.0534	0.0662	0.07	0.0297	0.0791	0.0576	0.0791	0.072	0.0513	0.0348	0.0513	0.0464
chr2L	10356662	10356866	chr2L:10356663-10356866	FBgn0032228,FBgn0032229	CG5045,CG5367	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1637	0.1806	0.1797	0.1271	0.1633	0.1816	0.2037	0.2512	0.1633	0.2428	0.1932	0.2428	0.1658	0.1386	0.1302	0.1386	0.1548
chr2L	10357254	10357405	chr2L:10357255-10357405	FBgn0032229	CG5045	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0426	0.0447	0.0263	0.0382	0.0398	0.0575	0.048	0.0382	0.0507	0.0508	0.0507	0.0457	0.0245	0.0264	0.0245	0.0328
chr2L	10362613	10362797	chr2L:10362614-10362797	FBgn0003087,FBgn0027568	Cand1,pim	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.121	0.1481	0.1078	0.0795	0.135	0.1423	0.1572	0.0795	0.1793	0.1598	0.1793	0.141	0.1141	0.1161	0.1141	0.1303
chr2L	10362889	10363079	chr2L:10362890-10363079	FBgn0003087,FBgn0027568	Cand1,pim	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.1233	0.1471	0.0969	0.071	0.135	0.1566	0.1546	0.071	0.1606	0.1695	0.1606	0.1278	0.1103	0.1128	0.1103	0.1152
chr2L	10363181	10363383	chr2L:10363182-10363383	FBgn0003087,FBgn0027568	Cand1,pim	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.089	0.0929	0.0517	0.0615	0.0927	0.1202	0.1033	0.0615	0.0996	0.109	0.0996	0.0767	0.0513	0.069	0.0513	0.0563
chr2L	10364375	10364549	chr2L:10364376-10364549	FBgn0032230	lft	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1197	0.1614	0.1299	0.0618	0.1251	0.1665	0.1821	0.2232	0.1251	0.0882	0.2055	0.0882	0.0728	0.0276	0.1567	0.0276	0.0448
chr2L	10364720	10364908	chr2L:10364721-10364908	FBgn0032230	lft	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0993	0.1259	0.1187	0.0485	0.0954	0.1311	0.144	0.1765	0.0954	0.0972	0.1627	0.0972	0.0782	0.0291	0.1064	0.0291	0.0307
chr2L	10366597	10366787	chr2L:10366598-10366787	FBgn0032231	CG5056	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1559	0.1753	0.1223	0.1145	0.1621	0.199	0.1872	0.1145	0.2077	0.1958	0.2077	0.1712	0.1172	0.1367	0.1172	0.1475
chr2L	10366831	10367027	chr2L:10366832-10367027	FBgn0032231	CG5056	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.0963	0.1121	0.0815	0.0647	0.0942	0.1285	0.1146	0.0647	0.1214	0.126	0.1214	0.1162	0.0789	0.0864	0.0789	0.099
chr2L	10367081	10367232	chr2L:10367082-10367232	FBgn0032231	CG5056	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0476	0.0618	0.0487	0.0305	0.0339	0.0495	0.0965	0.0733	0.0339	0.0556	0.0566	0.0556	0.0318	0.0276	0.0258	0.0276	0.0344
chr2L	10367289	10367440	chr2L:10367290-10367440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0328	0.0406	0.0316	0.0253	0.0148	0.0311	0.067	0.0486	0.0148	0.0338	0.0334	0.0338	0.0271	0.0199	0.0239	0.0199	0.0208
chr2L	10373673	10373824	chr2L:10373674-10373824	FBgn0041723	rho-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0212	0.0204	0.0202	0.0233	0.0074	0.0223	0.026	0.0273	0.0074	0.0254	0.0206	0.0254	0.0194	0.0092	0.0097	0.0092	0.0224
chr2L	10373934	10374085	chr2L:10373935-10374085	FBgn0041723	rho-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.026	0.0213	0.0309	0.0106	0.0282	0.0389	0.0293	0.0106	0.0211	0.0203	0.0211	0.024	0.0107	0.0142	0.0107	0.0219
chr2L	10375675	10375861	chr2L:10375676-10375861	FBgn0032233,FBgn0053303	CG33303,dpr19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.141	0.1321	0.1596	0.1305	0.0901	0.1485	0.1561	0.1592	0.0901	0.1926	0.1711	0.1926	0.1735	0.1363	0.1167	0.1363	0.1694
chr2L	10376078	10376751	chr2L:10376079-10376751	FBgn0032233,FBgn0053303	CG33303,dpr19	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1975	0.1692	0.2198	0.2047	0.0997	0.2121	0.1825	0.2145	0.0997	0.3068	0.2135	0.3068	0.2192	0.2657	0.1431	0.2657	0.1881
chr2L	10376855	10377065	chr2L:10376856-10377065	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0876	0.1017	0.0994	0.0589	0.0636	0.1267	0.1163	0.1159	0.0636	0.1697	0.099	0.1697	0.079	0.1172	0.0484	0.1172	0.0391
chr2L	10377077	10377267	chr2L:10377078-10377267	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1049	0.123	0.1166	0.0717	0.088	0.1515	0.1484	0.1346	0.088	0.2204	0.11	0.2204	0.096	0.1554	0.0548	0.1554	0.0495
chr2L	10377378	10377529	chr2L:10377379-10377529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.046	0.0555	0.0515	0.0295	0.0392	0.0631	0.0731	0.0533	0.0392	0.0936	0.0508	0.0936	0.0418	0.0567	0.0251	0.0567	0.0302
chr2L	10379691	10379908	chr2L:10379692-10379908	FBgn0032234	gny	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.081	0.0932	0.0893	0.0581	0.0583	0.0869	0.1289	0.1133	0.0583	0.1051	0.099	0.1051	0.0937	0.0881	0.0464	0.0881	0.0672
chr2L	10379986	10380156	chr2L:10379987-10380156	FBgn0032234	gny	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1348	0.1391	0.1505	0.1129	0.088	0.1563	0.1635	0.1845	0.088	0.1745	0.1711	0.1745	0.1549	0.1447	0.1173	0.1447	0.1402
chr2L	10380245	10380418	chr2L:10380246-10380418	FBgn0032234	gny	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0747	0.07	0.091	0.062	0.0414	0.0883	0.08	0.0859	0.0414	0.1196	0.1016	0.1196	0.086	0.0658	0.0703	0.0658	0.087
chr2L	10385737	10385922	chr2L:10385738-10385922	FBgn0004106	cdc2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1003	0.1004	0.1173	0.0816	0.071	0.1107	0.1207	0.1193	0.071	0.1443	0.1241	0.1443	0.1208	0.0873	0.0935	0.0873	0.1027
chr2L	10385953	10386116	chr2L:10385954-10386116	FBgn0004106	cdc2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1039	0.1076	0.1269	0.0746	0.0732	0.1146	0.1362	0.1299	0.0732	0.1558	0.1453	0.1558	0.1154	0.0743	0.0787	0.0743	0.1027
chr2L	10386180	10386349	chr2L:10386181-10386349	FBgn0004106,FBgn0032236	cdc2,mRpS7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1739	0.1775	0.2011	0.1401	0.1294	0.1985	0.2119	0.2119	0.1294	0.2464	0.2186	0.2464	0.1998	0.1401	0.147	0.1401	0.1798
chr2L	10386560	10386738	chr2L:10386561-10386738	FBgn0004106,FBgn0032236	cdc2,mRpS7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.169	0.1689	0.1909	0.1451	0.1113	0.1825	0.2106	0.1992	0.1113	0.2234	0.2141	0.2234	0.1936	0.1508	0.1425	0.1508	0.1871
chr2L	10387144	10387405	chr2L:10387145-10387405	FBgn0032236	mRpS7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.08	0.0945	0.0539	0.0467	0.0806	0.1163	0.0919	0.0467	0.1087	0.1006	0.1087	0.1061	0.0528	0.0542	0.0528	0.0698
chr2L	10387984	10388167	chr2L:10387985-10388167	FBgn0000413	da	stage11,stage14,stage5	none	VT5287.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1947	0.198	0.2301	0.1522	0.1527	0.2272	0.2388	0.2285	0.1527	0.2796	0.2486	0.2796	0.2308	0.1662	0.1444	0.1662	0.1855
chr2L	10388294	10388866	chr2L:10388295-10388866	FBgn0000413	da	stage11,stage14,stage5	none	VT5287.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2388	0.2571	0.256	0.1994	0.2047	0.2743	0.3257	0.2931	0.2047	0.3019	0.2859	0.3019	0.244	0.2152	0.2095	0.2152	0.2267
chr2L	10388888	10389039	chr2L:10388889-10389039	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT5287.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0633	0.0728	0.0654	0.0506	0.0477	0.0718	0.1003	0.0846	0.0477	0.0809	0.0775	0.0809	0.0542	0.0613	0.0509	0.0613	0.0631
chr2L	10393569	10393741	chr2L:10393570-10393741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0803	0.09	0.0999	0.0479	0.0636	0.0942	0.1133	0.1093	0.0636	0.1141	0.1196	0.1141	0.0968	0.0559	0.0516	0.0559	0.0693
chr2L	10395733	10395899	chr2L:10395734-10395899	FBgn0262782	Mdh1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0477	0.0391	0.0538	0.0507	0.0138	0.0398	0.0458	0.0593	0.0138	0.0489	0.0566	0.0489	0.0782	0.0467	0.0432	0.0467	0.0818
chr2L	10396198	10396410	chr2L:10396199-10396410	FBgn0051716,FBgn0262782	Cnot4,Mdh1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1313	0.1081	0.1581	0.1277	0.0636	0.1257	0.1302	0.1346	0.0636	0.1902	0.173	0.1902	0.1727	0.1417	0.1289	0.1417	0.1673
chr2L	10396628	10396822	chr2L:10396629-10396822	FBgn0051716,FBgn0262782	Cnot4,Mdh1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1505	0.141	0.1763	0.133	0.1029	0.1583	0.1765	0.1599	0.1029	0.2246	0.1942	0.2246	0.1673	0.1217	0.1399	0.1217	0.1553
chr2L	10396866	10397084	chr2L:10396867-10397084	FBgn0051716	Cnot4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1488	0.1543	0.1645	0.1256	0.1177	0.1704	0.1886	0.1792	0.1177	0.1987	0.1855	0.1987	0.1596	0.1041	0.1457	0.1041	0.148
chr2L	10397118	10397307	chr2L:10397119-10397307	FBgn0051716	Cnot4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.1117	0.1095	0.0877	0.0827	0.1102	0.1587	0.1146	0.0827	0.1383	0.1209	0.1383	0.1084	0.1026	0.1038	0.1026	0.1068
chr2L	10397382	10397616	chr2L:10397383-10397616	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.085	0.1243	0.0775	0.0494	0.1198	0.1005	0.1869	0.1319	0.1198	0.0845	0.0997	0.0845	0.0705	0.075	0.058	0.075	0.049
chr2L	10397763	10397914	chr2L:10397764-10397914	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0607	0.0266	0.0146	0.0498	0.0417	0.1003	0.06	0.0498	0.0302	0.0347	0.0302	0.0248	0.0222	0.0213	0.0222	0.0109
chr2L	10398136	10398311	chr2L:10398137-10398311	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0531	0.1132	0.0282	0.0134	0.105	0.0519	0.2102	0.1193	0.105	0.0217	0.0379	0.0217	0.0294	0.0123	0.0135	0.0123	0.0162
chr2L	10403357	10403641	chr2L:10403358-10403641	distal	distal	none	none	VT5295.1	VT5295.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0801	0.0794	0.0539	0.0604	0.0752	0.1068	0.0933	0.0604	0.0839	0.0932	0.0839	0.0837	0.0597	0.0471	0.0597	0.0662
chr2L	10403703	10403878	chr2L:10403704-10403878	distal	distal	stage11	stage11	VT5295.1	VT5295.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0691	0.0714	0.0788	0.056	0.0615	0.0689	0.0926	0.0826	0.0615	0.0815	0.0929	0.0815	0.079	0.0597	0.0567	0.0597	0.0766
chr2L	10403940	10404129	chr2L:10403941-10404129	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT5295.1	VT5295.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.11	0.1145	0.1278	0.0854	0.0944	0.1092	0.1484	0.1386	0.0944	0.1522	0.1379	0.1522	0.1371	0.0942	0.0761	0.0942	0.1063
chr2L	10404207	10404411	chr2L:10404208-10404411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0687	0.0779	0.0782	0.0482	0.0541	0.0786	0.0982	0.0973	0.0541	0.1002	0.0887	0.1002	0.0759	0.0436	0.0413	0.0436	0.0599
chr2L	10404911	10405264	chr2L:10404912-10405264	FBgn0032240,FBgn0067622	CG17768,LSm-4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0908	0.0938	0.0981	0.0792	0.0573	0.1078	0.1138	0.1106	0.0573	0.1117	0.1045	0.1117	0.1177	0.0773	0.078	0.0773	0.1084
chr2L	10408218	10408423	chr2L:10408219-10408423	FBgn0003942,FBgn0025366	Ip259,RpS27A	stage11,stage14,stage5	none	VT5300.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1652	0.159	0.1963	0.138	0.1209	0.1801	0.199	0.1739	0.1209	0.2548	0.2058	0.2548	0.1905	0.1355	0.1335	0.1355	0.1839
chr2L	10408589	10408773	chr2L:10408590-10408773	FBgn0003942,FBgn0025366	Ip259,RpS27A	stage11,stage14,stage5	none	VT5300.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0702	0.0715	0.0815	0.0564	0.0435	0.0752	0.0973	0.0786	0.0435	0.1039	0.0823	0.1039	0.0914	0.0735	0.0522	0.0735	0.0818
chr2L	10410065	10410216	chr2L:10410066-10410216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0566	0.0584	0.029	0.0339	0.0495	0.0882	0.06	0.0339	0.0833	0.0582	0.0833	0.0682	0.0475	0.0181	0.0475	0.0427
chr2L	10410573	10410724	chr2L:10410574-10410724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0529	0.0631	0.0618	0.0319	0.0615	0.0626	0.0804	0.0713	0.0615	0.0918	0.063	0.0918	0.0775	0.0429	0.0277	0.0429	0.0516
chr2L	10410769	10410929	chr2L:10410770-10410929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0596	0.0722	0.0343	0.0498	0.0704	0.0705	0.0626	0.0498	0.1014	0.0723	0.1014	0.0945	0.0482	0.0258	0.0482	0.0526
chr2L	10411132	10411283	chr2L:10411133-10411283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0465	0.0627	0.0301	0.0308	0.0529	0.0623	0.052	0.0308	0.0839	0.0627	0.0839	0.0968	0.049	0.0284	0.049	0.0422
chr2L	10413338	10413594	chr2L:10413339-10413594	FBgn0032242,FBgn0032243	CG5355,Klp31E	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1183	0.1282	0.1192	0.1064	0.1071	0.118	0.1674	0.1572	0.1071	0.1304	0.1277	0.1304	0.1325	0.1172	0.1096	0.1172	0.1183
chr2L	10413851	10414026	chr2L:10413852-10414026	FBgn0032242,FBgn0032243	CG5355,Klp31E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1952	0.1975	0.2151	0.1709	0.1548	0.2252	0.2314	0.2305	0.1548	0.2506	0.2412	0.2506	0.1952	0.183	0.1779	0.183	0.1876
chr2L	10414166	10414345	chr2L:10414167-10414345	FBgn0032243	Klp31E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.0703	0.0793	0.0588	0.0498	0.0665	0.0939	0.0833	0.0498	0.0924	0.092	0.0924	0.0705	0.0666	0.0645	0.0666	0.0698
chr2L	10419064	10419251	chr2L:10419065-10419251	FBgn0032244	RfC3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.1175	0.1041	0.0792	0.0838	0.1248	0.1462	0.1392	0.0838	0.1304	0.108	0.1304	0.1077	0.098	0.0716	0.098	0.0907
chr2L	10419289	10419540	chr2L:10419290-10419540	FBgn0032244	RfC3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0688	0.079	0.0732	0.0526	0.0467	0.0854	0.1016	0.0966	0.0467	0.096	0.073	0.096	0.0682	0.0513	0.0426	0.0513	0.0672
chr2L	10422018	10422169	chr2L:10422019-10422169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0342	0.0364	0.0367	0.0291	0.0191	0.0481	0.0428	0.0393	0.0191	0.0501	0.0363	0.0501	0.0457	0.0658	0.0277	0.0658	0.0276
chr2L	10423949	10424100	chr2L:10423950-10424100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0453	0.0366	0.0548	0.0444	0.0148	0.0466	0.0476	0.0426	0.0148	0.0628	0.0521	0.0628	0.0813	0.0268	0.0413	0.0268	0.0896
chr2L	10426501	10426678	chr2L:10426502-10426678	FBgn0022268,FBgn0262601	KdelR,SmB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1395	0.1272	0.1631	0.1274	0.088	0.1515	0.1397	0.1599	0.088	0.1999	0.1794	0.1999	0.1658	0.1447	0.1354	0.1447	0.1475
chr2L	10426784	10426988	chr2L:10426785-10426988	FBgn0022268,FBgn0262601	KdelR,SmB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1406	0.1211	0.1657	0.1347	0.0626	0.1583	0.1337	0.1486	0.0626	0.1963	0.183	0.1963	0.1828	0.144	0.1412	0.144	0.1688
chr2L	10427008	10427188	chr2L:10427009-10427188	FBgn0022268,FBgn0262601	KdelR,SmB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0841	0.0698	0.1015	0.0809	0.0244	0.0927	0.0804	0.0873	0.0244	0.1184	0.1125	0.1184	0.0991	0.0697	0.0812	0.0697	0.1021
chr2L	10428705	10428880	chr2L:10428706-10428880	FBgn0032247	CG5188	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1048	0.0988	0.1269	0.0873	0.0636	0.1282	0.1021	0.1292	0.0636	0.1528	0.1428	0.1528	0.1387	0.085	0.0909	0.085	0.1365
chr2L	10430583	10430761	chr2L:10430584-10430761	FBgn0032248	CG5343	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0798	0.0871	0.0551	0.0392	0.0913	0.106	0.0879	0.0392	0.1075	0.0942	0.1075	0.0875	0.0528	0.0522	0.0528	0.0693
chr2L	10430842	10431023	chr2L:10430843-10431023	FBgn0004915,FBgn0032248	CG5343,TfIIB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1448	0.1391	0.1648	0.1292	0.0933	0.1534	0.1657	0.1779	0.0933	0.212	0.1833	0.212	0.1425	0.1455	0.1219	0.1455	0.1615
chr2L	10431265	10431432	chr2L:10431266-10431432	FBgn0004915,FBgn0032248	CG5343,TfIIB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1163	0.1007	0.1373	0.1106	0.0679	0.1238	0.1125	0.1246	0.0679	0.1697	0.1537	0.1697	0.1402	0.1172	0.1032	0.1172	0.148
chr2L	10431541	10431692	chr2L:10431542-10431692	FBgn0004915	TfIIB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.06	0.0495	0.0763	0.054	0.0223	0.0631	0.0593	0.0593	0.0223	0.0954	0.0794	0.0954	0.0906	0.0528	0.0606	0.0528	0.0672
chr2L	10435586	10435737	chr2L:10435587-10435737	FBgn0032249,FBgn0032250	CG5337,holn1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0357	0.029	0.0369	0.0418	0.0074	0.0311	0.0376	0.0393	0.0074	0.0417	0.0405	0.0417	0.0356	0.0444	0.0264	0.0444	0.0292
chr2L	10435916	10436087	chr2L:10435917-10436087	FBgn0032249,FBgn0032250	CG5337,holn1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0662	0.0646	0.0746	0.0588	0.0308	0.0665	0.0796	0.0893	0.0308	0.0972	0.0791	0.0972	0.0736	0.0551	0.0561	0.0551	0.0657
chr2L	10436173	10436395	chr2L:10436174-10436395	FBgn0032250	holn1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0567	0.0612	0.0414	0.0201	0.0583	0.0774	0.0759	0.0201	0.0676	0.0678	0.0676	0.0612	0.036	0.0458	0.036	0.0485
chr2L	10437401	10437627	chr2L:10437402-10437627	FBgn0027052	CHIP	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0616	0.0513	0.0439	0.0923	0.0329	0.0505	0.0748	0.0566	0.0329	0.035	0.0453	0.035	0.079	0.0942	0.0967	0.0942	0.1188
chr2L	10438999	10439150	chr2L:10439000-10439150	FBgn0032251	CG13142	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.035	0.0336	0.0281	0.0201	0.0335	0.0493	0.0406	0.0201	0.0368	0.0386	0.0368	0.0395	0.023	0.0316	0.023	0.0349
chr2L	10439290	10439495	chr2L:10439291-10439495	FBgn0032251	CG13142	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0914	0.0955	0.097	0.0808	0.0764	0.0937	0.1233	0.1173	0.0764	0.1165	0.1064	0.1165	0.0976	0.0697	0.0954	0.0697	0.1037
chr2L	10439647	10439841	chr2L:10439648-10439841	FBgn0032251	CG13142	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0446	0.0475	0.0345	0.0255	0.0379	0.0657	0.0533	0.0255	0.0543	0.0547	0.0543	0.0496	0.0375	0.0374	0.0375	0.0448
chr2L	10440163	10440314	chr2L:10440164-10440314	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0373	0.0204	0.0146	0.018	0.0262	0.0588	0.0486	0.018	0.0175	0.0273	0.0175	0.0163	0.0207	0.0142	0.0207	0.0156
chr2L	10441983	10442147	chr2L:10441984-10442147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0341	0.0229	0.0245	0.0572	0.0053	0.0262	0.0346	0.026	0.0053	0.0254	0.0254	0.0254	0.0418	0.0766	0.0406	0.0766	0.1089
chr2L	10442461	10442634	chr2L:10442462-10442634	FBgn0032252	CG6232	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0392	0.0161	0.0283	0.077	0.0021	0.0267	0.0182	0.016	0.0021	0.0302	0.027	0.0302	0.0527	0.1072	0.0658	0.1072	0.147
chr2L	10443748	10443899	chr2L:10443749-10443899	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0198	0.0264	0.0194	0.0127	0.0138	0.0383	0.0346	0.0167	0.0138	0.0254	0.0219	0.0254	0.0248	0.0145	0.0148	0.0145	0.0135
chr2L	10443931	10444082	chr2L:10443932-10444082	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0245	0.027	0.027	0.0188	0.0148	0.0291	0.0398	0.0266	0.0148	0.0326	0.0286	0.0326	0.0411	0.0222	0.0181	0.0222	0.0271
chr2L	10455916	10456153	chr2L:10455917-10456153	distal	distal	stage11	stage11	VT5331.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0344	0.0358	0.0398	0.027	0.0127	0.0476	0.042	0.044	0.0127	0.0483	0.037	0.0483	0.0767	0.0153	0.0206	0.0153	0.0672
chr2L	10457490	10457818	chr2L:10457491-10457818	FBgn0027611,FBgn0032253	CG5322,CG6206	stage11,stage14,stage5	none	VT5331.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.2044	0.1775	0.0771	0.1972	0.2267	0.2072	0.2685	0.1972	0.2397	0.2113	0.2397	0.1967	0.0452	0.1289	0.0452	0.1251
chr2L	10457904	10458055	chr2L:10457905-10458055	FBgn0027611	CG6206	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0668	0.0968	0.0747	0.0244	0.0679	0.0995	0.1029	0.1406	0.0679	0.093	0.1006	0.093	0.0643	0.0168	0.0419	0.0168	0.0354
chr2L	10466728	10466879	chr2L:10466729-10466879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0191	0.017	0.0252	0.0064	0.0252	0.0264	0.0173	0.0064	0.026	0.018	0.026	0.0186	0.0819	0.0161	0.0819	0.0167
chr2L	10467137	10467460	chr2L:10467138-10467460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0401	0.0236	0.0371	0.0618	0.0064	0.0282	0.0311	0.026	0.0064	0.0537	0.0344	0.0537	0.0542	0.1975	0.0361	0.1975	0.0464
chr2L	10474263	10474451	chr2L:10474264-10474451	FBgn0051719	RluA-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0884	0.0601	0.0958	0.112	0.0435	0.0714	0.0662	0.0779	0.0435	0.1045	0.1235	0.1045	0.1022	0.1616	0.1309	0.1616	0.1235
chr2L	10474528	10474694	chr2L:10474529-10474694	FBgn0051719	RluA-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0757	0.0553	0.0825	0.0911	0.0382	0.0626	0.067	0.0693	0.0382	0.0978	0.0981	0.0978	0.0883	0.1271	0.1083	0.1271	0.1063
chr2L	10474924	10475105	chr2L:10474925-10475105	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.082	0.071	0.0952	0.0798	0.0445	0.0898	0.0766	0.0873	0.0445	0.1196	0.1125	0.1196	0.0883	0.1164	0.0909	0.1164	0.0902
chr2L	10476986	10477175	chr2L:10476987-10477175	FBgn0032256	RluA-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0751	0.0689	0.0893	0.0664	0.0424	0.0694	0.0735	0.1066	0.0424	0.1002	0.0987	0.1002	0.1092	0.0781	0.0619	0.0781	0.0875
chr2L	10477235	10477634	chr2L:10477236-10477634	FBgn0032256	RluA-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0727	0.0667	0.0883	0.0624	0.0445	0.0699	0.0753	0.0926	0.0445	0.0924	0.0952	0.0924	0.1278	0.072	0.0638	0.072	0.0865
chr2L	10479904	10480089	chr2L:10479905-10480089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0918	0.0911	0.1072	0.0758	0.0679	0.0981	0.112	0.1066	0.0679	0.1238	0.117	0.1238	0.1309	0.0865	0.0787	0.0865	0.098
chr2L	10480163	10480320	chr2L:10480164-10480320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0503	0.0602	0.0373	0.0371	0.0539	0.0662	0.0533	0.0371	0.0761	0.0662	0.0761	0.0697	0.0436	0.0322	0.0436	0.0542
chr2L	10483183	10483367	chr2L:10483184-10483367	FBgn0026431	Grip75	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.117	0.1361	0.1269	0.0847	0.1145	0.1364	0.1704	0.1652	0.1145	0.154	0.1418	0.154	0.1146	0.085	0.0761	0.085	0.1084
chr2L	10483472	10483623	chr2L:10483473-10483623	FBgn0026431	Grip75	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0808	0.0645	0.0402	0.0721	0.0699	0.1228	0.0806	0.0721	0.0785	0.0695	0.0785	0.0635	0.0528	0.0426	0.0528	0.0422
chr2L	10488318	10488495	chr2L:10488319-10488495	FBgn0032258,FBgn0032259	CG6144,CG7456	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.046	0.0645	0.0423	0.0244	0.0476	0.0631	0.0533	0.0244	0.0622	0.074	0.0622	0.0744	0.0429	0.0477	0.0429	0.0552
chr2L	10488528	10488717	chr2L:10488529-10488717	FBgn0032258,FBgn0032259	CG6144,CG7456	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0908	0.0845	0.1091	0.0777	0.0435	0.0956	0.1042	0.1033	0.0435	0.1196	0.1257	0.1196	0.1146	0.0789	0.0896	0.0789	0.0948
chr2L	10488780	10489348	chr2L:10488781-10489348	FBgn0032258,FBgn0032259	CG6144,CG7456	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0875	0.0847	0.1041	0.0723	0.0477	0.0937	0.1086	0.1026	0.0477	0.1274	0.1177	0.1274	0.1046	0.0773	0.0845	0.0773	0.0849
chr2L	10496476	10496627	chr2L:10496477-10496627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0179	0.0157	0.0198	0.0184	0.0053	0.0126	0.0303	0.014	0.0053	0.0181	0.0193	0.0181	0.0349	0.0253	0.0193	0.0253	0.0224
chr2L	10499257	10499457	chr2L:10499258-10499457	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0197	0.0142	0.0146	0.0315	0.0064	0.016	0.0216	0.0133	0.0064	0.0121	0.0151	0.0121	0.0232	0.0613	0.0406	0.0613	0.0266
chr2L	10499690	10499890	chr2L:10499691-10499890	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0259	0.0183	0.027	0.0333	0.0064	0.0223	0.0268	0.0187	0.0064	0.0368	0.0248	0.0368	0.038	0.0521	0.0239	0.0521	0.0401
chr2L	10500346	10500497	chr2L:10500347-10500497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0136	0.0103	0.0138	0.0169	0.0074	0.0083	0.0164	0.0113	0.0074	0.0085	0.017	0.0085	0.0256	0.0084	0.0161	0.0084	0.0354
chr2L	10503033	10503184	chr2L:10503034-10503184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0132	0.0199	0.0297	0.0053	0.0121	0.0212	0.0133	0.0053	0.0133	0.0186	0.0133	0.0473	0.0199	0.0219	0.0199	0.0677
chr2L	10503413	10503564	chr2L:10503414-10503564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0278	0.0132	0.0282	0.0436	0.0042	0.016	0.0182	0.0147	0.0042	0.0236	0.0344	0.0236	0.0457	0.0482	0.049	0.0482	0.0766
chr2L	10503692	10503861	chr2L:10503693-10503861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0165	0.0326	0.0464	0.0074	0.0218	0.0203	0.0173	0.0074	0.0236	0.0447	0.0236	0.0496	0.0605	0.0851	0.0605	0.0505
chr2L	10504995	10505146	chr2L:10504996-10505146	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.032	0.0186	0.0484	0.0291	0.0021	0.035	0.0182	0.014	0.0021	0.0199	0.0505	0.0199	0.1348	0.0176	0.0503	0.0176	0.0448
chr2L	10505532	10505759	chr2L:10505533-10505759	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0472	0.0232	0.0722	0.0467	0.0085	0.0316	0.0294	0.0227	0.0085	0.0302	0.1119	0.0302	0.0906	0.0184	0.0935	0.0184	0.0604
chr2L	10506048	10506505	chr2L:10506049-10506505	FBgn0086347	Myo31DF	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1067	0.0925	0.1461	0.0794	0.0498	0.1165	0.1051	0.1119	0.0498	0.0755	0.2367	0.0755	0.1177	0.108	0.1451	0.108	0.0688
chr2L	10506703	10506887	chr2L:10506704-10506887	FBgn0032261,FBgn0086347	CG6094,Myo31DF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.222	0.1852	0.2669	0.2139	0.1527	0.2262	0.1825	0.2432	0.1527	0.2971	0.3013	0.2971	0.2789	0.2427	0.2424	0.2427	0.2408
chr2L	10507009	10507185	chr2L:10507010-10507185	FBgn0032261,FBgn0086347	CG6094,Myo31DF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1459	0.1215	0.1782	0.1376	0.0933	0.165	0.1241	0.1386	0.0933	0.2216	0.1916	0.2216	0.1983	0.1485	0.1431	0.1485	0.1647
chr2L	10515892	10516044	chr2L:10515893-10516044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0145	0.0293	0.0376	0.0064	0.0136	0.0221	0.0167	0.0064	0.0163	0.0373	0.0163	0.0527	0.0153	0.0729	0.0153	0.0646
chr2L	10516582	10516826	chr2L:10516583-10516826	FBgn0021953	Fatp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1204	0.0775	0.1456	0.1408	0.0339	0.0961	0.0921	0.1033	0.0339	0.1721	0.1537	0.1721	0.1805	0.16	0.1831	0.16	0.2215
chr2L	10516911	10517116	chr2L:10516912-10517116	FBgn0010398,FBgn0021953	Fatp,Lrr47	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0675	0.0479	0.0885	0.0664	0.0201	0.0563	0.0597	0.056	0.0201	0.0996	0.0961	0.0996	0.1022	0.0681	0.0722	0.0681	0.0823
chr2L	10517218	10517404	chr2L:10517219-10517404	FBgn0010398,FBgn0021953	Fatp,Lrr47	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1224	0.0936	0.1552	0.1186	0.0403	0.1155	0.1112	0.1179	0.0403	0.1908	0.1666	0.1908	0.1696	0.1371	0.1289	0.1371	0.1376
chr2L	10517497	10517665	chr2L:10517498-10517665	FBgn0010398,FBgn0021953	Fatp,Lrr47	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0421	0.0589	0.0401	0.017	0.0408	0.0623	0.0506	0.017	0.0707	0.0637	0.0707	0.0674	0.0498	0.0393	0.0498	0.0396
chr2L	10520502	10520653	chr2L:10520503-10520653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0082	0.0093	0.0142	0.0011	0.0058	0.0143	0.008	0.0011	0.0042	0.0103	0.0042	0.0132	0.0015	0.0058	0.0015	0.0057
chr2L	10521275	10521426	chr2L:10521276-10521426	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0132	0.0069	0.0108	0.023	0.0021	0.0029	0.0156	0.0073	0.0021	0.0079	0.01	0.0079	0.0101	0.0054	0.0071	0.0054	0.0104
chr2L	10524092	10524243	chr2L:10524093-10524243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0141	0.0116	0.0227	0.0074	0.0053	0.015	0.0147	0.012	0.0053	0.0417	0.0186	0.0417	0.0163	0.0054	0.0032	0.0054	0.0047
chr2L	10524532	10524722	chr2L:10524533-10524722	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0327	0.0223	0.0543	0.0206	0.0053	0.0388	0.0182	0.028	0.0053	0.0984	0.0412	0.0984	0.0651	0.023	0.0084	0.023	0.0375
chr2L	10525126	10525311	chr2L:10525127-10525311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0197	0.0325	0.0143	0.0042	0.017	0.0346	0.0227	0.0042	0.0483	0.0251	0.0483	0.0225	0.01	0.0084	0.01	0.0193
chr2L	10526020	10526215	chr2L:10526021-10526215	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0229	0.0218	0.0185	0.0138	0.0204	0.0337	0.0247	0.0138	0.0217	0.0199	0.0217	0.0108	0.0038	0.0084	0.0038	0.0057
chr2L	10529081	10529408	chr2L:10529082-10529408	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Lip4_1.3kb_promoter	Lip4_1.3kb_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0396	0.0223	0.0484	0.0494	0.0074	0.0272	0.0311	0.0227	0.0074	0.0374	0.0383	0.0374	0.1325	0.0145	0.0387	0.0145	0.1209
chr2L	10543283	10543491	chr2L:10543284-10543491	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0304	0.0171	0.0456	0.0287	0.0032	0.0248	0.0195	0.0193	0.0032	0.0193	0.0312	0.0193	0.1619	0.0138	0.0303	0.0138	0.0563
chr2L	10543706	10544107	chr2L:10543707-10544107	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0548	0.0325	0.0835	0.0482	0.0085	0.0417	0.0458	0.0366	0.0085	0.0447	0.0675	0.0447	0.2432	0.0145	0.049	0.0145	0.0995
chr2L	10544245	10544396	chr2L:10544246-10544396	FBgn0051721	Trim9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0242	0.0365	0.0277	0.0127	0.0209	0.0363	0.028	0.0127	0.0332	0.0392	0.0332	0.0627	0.0222	0.0245	0.0222	0.0459
chr2L	10544509	10544693	chr2L:10544510-10544693	FBgn0051721	Trim9	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0949	0.0804	0.1142	0.09	0.0477	0.0917	0.0952	0.1019	0.0477	0.1214	0.1241	0.1214	0.134	0.1087	0.0845	0.1087	0.1084
chr2L	10544788	10544965	chr2L:10544789-10544965	FBgn0051721	Trim9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1467	0.1906	0.1429	0.0986	0.1447	0.189	0.1905	0.0986	0.1944	0.2141	0.1944	0.2091	0.1585	0.1296	0.1585	0.1803
chr2L	10545188	10545478	chr2L:10545189-10545478	FBgn0051721	Trim9	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0545	0.0693	0.0615	0.0304	0.0573	0.049	0.0978	0.0893	0.0573	0.055	0.0643	0.055	0.0674	0.0222	0.0213	0.0222	0.0391
chr2L	10547426	10547655	chr2L:10547427-10547655	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0379	0.0798	0.0221	0.0086	0.0785	0.0252	0.1138	0.1392	0.0785	0.0181	0.0215	0.0181	0.0201	0.0038	0.0064	0.0038	0.0078
chr2L	10548051	10548202	chr2L:10548052-10548202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0265	0.0408	0.0266	0.0104	0.0244	0.0238	0.051	0.0793	0.0244	0.0151	0.0277	0.0151	0.0333	0.0038	0.0064	0.0038	0.0141
chr2L	10548219	10548370	chr2L:10548220-10548370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0294	0.0416	0.0334	0.0114	0.018	0.0257	0.0506	0.0786	0.018	0.0187	0.0315	0.0187	0.0411	0.0038	0.009	0.0038	0.0151
chr2L	10548835	10549114	chr2L:10548836-10549114	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0942	0.1864	0.058	0.0308	0.1856	0.083	0.2643	0.3031	0.1856	0.0338	0.0524	0.0338	0.0356	0.0115	0.0103	0.0115	0.0099
chr2L	10549138	10549311	chr2L:10549139-10549311	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0635	0.092	0.058	0.0379	0.0827	0.0476	0.1181	0.1619	0.0827	0.0272	0.0453	0.0272	0.0248	0.0038	0.0077	0.0038	0.012
chr2L	10550444	10550595	chr2L:10550445-10550595	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0235	0.0238	0.0217	0.0252	0.0095	0.0131	0.0415	0.0313	0.0095	0.0133	0.0193	0.0133	0.0341	0.0084	0.0155	0.0084	0.0224
chr2L	10551806	10551957	chr2L:10551807-10551957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0171	0.0182	0.0169	0.0162	0.0138	0.0112	0.029	0.0213	0.0138	0.0175	0.0132	0.0175	0.0318	0.0069	0.0103	0.0069	0.0349
chr2L	10552912	10553108	chr2L:10552913-10553108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0239	0.0339	0.0199	0.0127	0.0262	0.0342	0.0266	0.0127	0.0211	0.0228	0.0211	0.0984	0.0077	0.0161	0.0077	0.0386
chr2L	10553841	10554130	chr2L:10553842-10554130	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0558	0.0323	0.0896	0.0448	0.017	0.0481	0.0385	0.032	0.017	0.1781	0.073	0.1781	0.0868	0.0911	0.0316	0.0911	0.0391
chr2L	10554620	10554987	chr2L:10554621-10554987	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0537	0.0289	0.0849	0.0471	0.0117	0.033	0.0415	0.0286	0.0117	0.0851	0.0788	0.0851	0.1518	0.0314	0.0374	0.0314	0.0959
chr2L	10558676	10558827	chr2L:10558677-10558827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.012	0.0118	0.0111	0.0053	0.0117	0.019	0.0127	0.0053	0.0115	0.0084	0.0115	0.0147	0.0023	0.0039	0.0023	0.0115
chr2L	10558850	10559001	chr2L:10558851-10559001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0118	0.011	0.0121	0.0074	0.0117	0.0164	0.014	0.0074	0.0109	0.0068	0.0109	0.0186	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chr2L	10565998	10566203	chr2L:10565999-10566203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0206	0.0286	0.0153	0.0191	0.0175	0.0281	0.0273	0.0191	0.0519	0.0177	0.0519	0.0279	0.0038	0.0026	0.0038	0.0109
chr2L	10566593	10566744	chr2L:10566594-10566744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0167	0.0161	0.0174	0.0166	0.0085	0.0121	0.0229	0.0213	0.0085	0.0163	0.0161	0.0163	0.0225	0.0092	0.0129	0.0092	0.012
chr2L	10570710	10570861	chr2L:10570711-10570861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0176	0.0206	0.0189	0.0138	0.0146	0.0255	0.022	0.0138	0.0127	0.0129	0.0127	0.0186	0.0054	0.0045	0.0054	0.0089
chr2L	10570972	10571185	chr2L:10570973-10571185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0127	0.0231	0.0277	0.0106	0.0126	0.0143	0.0193	0.0106	0.0085	0.0125	0.0085	0.0155	0.0054	0.0084	0.0054	0.013
chr2L	10572273	10572424	chr2L:10572274-10572424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0154	0.0174	0.0142	0.0143	0.0064	0.0131	0.0264	0.0233	0.0064	0.0121	0.009	0.0121	0.0201	0.0031	0.0019	0.0031	0.0099
chr2L	10573421	10573643	chr2L:10573422-10573643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0275	0.0184	0.0245	0.0409	0.0106	0.018	0.0247	0.024	0.0106	0.0314	0.0167	0.0314	0.0364	0.0949	0.0206	0.0949	0.0453
chr2L	10573867	10574018	chr2L:10573868-10574018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.016	0.013	0.0148	0.0207	0.0095	0.0083	0.0203	0.0167	0.0095	0.0163	0.0109	0.0163	0.0271	0.0406	0.0116	0.0406	0.0224
chr2L	10579423	10579574	chr2L:10579424-10579574	FBgn0250826	CG34160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0132	0.0176	0.0131	0.0064	0.0068	0.0225	0.016	0.0064	0.0085	0.0164	0.0085	0.024	0.0038	0.0064	0.0038	0.0125
chr2L	10583902	10584053	chr2L:10583903-10584053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0132	0.0156	0.0155	0.0064	0.0087	0.0203	0.0167	0.0064	0.0169	0.0109	0.0169	0.0194	0.0092	0.0097	0.0092	0.0115
chr2L	10589372	10589548	chr2L:10589373-10589548	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0177	0.016	0.0197	0.0174	0.0085	0.015	0.0208	0.0207	0.0085	0.0157	0.0164	0.0157	0.0364	0.013	0.0116	0.013	0.0297
chr2L	10589617	10589812	chr2L:10589618-10589812	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0199	0.0223	0.0267	0.0106	0.017	0.0272	0.0273	0.0106	0.0217	0.0196	0.0217	0.0333	0.0352	0.0142	0.0352	0.0412
chr2L	10589826	10589986	chr2L:10589827-10589986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0132	0.0184	0.018	0.0053	0.0078	0.0173	0.0247	0.0053	0.0193	0.0158	0.0193	0.0294	0.0268	0.0103	0.0268	0.0287
chr2L	10590223	10590614	chr2L:10590224-10590614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0262	0.0348	0.0563	0.0148	0.0223	0.032	0.042	0.0148	0.0308	0.0241	0.0308	0.062	0.0704	0.0245	0.0704	0.0855
chr2L	10590701	10590877	chr2L:10590702-10590877	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0267	0.0243	0.0232	0.0331	0.0148	0.0204	0.0316	0.0346	0.0148	0.0242	0.0161	0.0242	0.0325	0.0314	0.0193	0.0314	0.0599
chr2L	10601245	10601396	chr2L:10601246-10601396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.017	0.0143	0.0178	0.0191	0.0085	0.0112	0.0173	0.0233	0.0085	0.0085	0.0248	0.0085	0.0155	0.0138	0.02	0.0138	0.0125
chr2L	10601681	10601832	chr2L:10601682-10601832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.014	0.0162	0.0124	0.0064	0.0112	0.0212	0.0173	0.0064	0.0151	0.0145	0.0151	0.024	0.0069	0.0084	0.0069	0.0083
chr2L	10605632	10605783	chr2L:10605633-10605783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0157	0.0131	0.0148	0.0196	0.0042	0.015	0.0121	0.0247	0.0042	0.0199	0.009	0.0199	0.024	0.0115	0.0142	0.0115	0.0391
chr2L	10606423	10606574	chr2L:10606424-10606574	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0199	0.0229	0.0207	0.0157	0.0117	0.0218	0.0298	0.0306	0.0117	0.0205	0.0174	0.0205	0.0263	0.0069	0.0064	0.0069	0.0125
chr2L	10607856	10608246	chr2L:10607857-10608246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0508	0.0369	0.0656	0.0501	0.0117	0.0519	0.0363	0.0373	0.0117	0.0894	0.0605	0.0894	0.072	0.0819	0.0335	0.0819	0.0615
chr2L	10608713	10609207	chr2L:10608714-10609207	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.1363	0.1956	0.092	0.0774	0.2058	0.1185	0.1732	0.0774	0.3188	0.1833	0.3188	0.0674	0.1057	0.0438	0.1057	0.0651
chr2L	10609599	10609766	chr2L:10609600-10609766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.037	0.0396	0.016	0.0201	0.0422	0.0428	0.046	0.0201	0.0453	0.0367	0.0453	0.0302	0.01	0.0097	0.01	0.0125
chr2L	10609795	10609948	chr2L:10609796-10609948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0277	0.0369	0.032	0.0128	0.0191	0.0417	0.0359	0.058	0.0191	0.0362	0.028	0.0362	0.0186	0.0077	0.0071	0.0077	0.0104
chr2L	10611576	10611740	chr2L:10611577-10611740	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0358	0.072	0.0214	0.011	0.0308	0.1146	0.0567	0.1006	0.0308	0.0308	0.0141	0.0308	0.0294	0.013	0.0045	0.013	0.0115
chr2L	10613273	10613424	chr2L:10613274-10613424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0293	0.0253	0.0392	0.023	0.0074	0.0291	0.0199	0.0513	0.0074	0.0308	0.045	0.0308	0.017	0.013	0.0251	0.013	0.0151
chr2L	10614523	10614674	chr2L:10614524-10614674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0207	0.0178	0.0199	0.0249	0.0106	0.0126	0.0225	0.0273	0.0106	0.0193	0.0125	0.0193	0.0271	0.0084	0.0097	0.0084	0.012
chr2L	10615051	10615315	chr2L:10615052-10615315	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0469	0.0359	0.0585	0.0464	0.0191	0.0495	0.035	0.0426	0.0191	0.0954	0.046	0.0954	0.062	0.0689	0.0213	0.0689	0.0318
chr2L	10616386	10616607	chr2L:10616387-10616607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.032	0.0313	0.0219	0.0138	0.0282	0.0407	0.0486	0.0138	0.0405	0.0379	0.0405	0.0256	0.0161	0.0316	0.0161	0.0234
chr2L	10616729	10616939	chr2L:10616730-10616939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0402	0.0399	0.0447	0.0356	0.0148	0.0471	0.045	0.054	0.0148	0.0652	0.045	0.0652	0.0488	0.0597	0.0329	0.0597	0.0349
chr2L	10616957	10617178	chr2L:10616958-10617178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0434	0.0429	0.0458	0.0414	0.0191	0.0476	0.0454	0.0633	0.0191	0.061	0.0418	0.061	0.0635	0.0567	0.0335	0.0567	0.0453
chr2L	10618128	10618299	chr2L:10618129-10618299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.01	0.0129	0.0216	0.0042	0.0092	0.0117	0.0167	0.0042	0.0072	0.0071	0.0072	0.0101	0.0031	0.0058	0.0031	0.0089
chr2L	10620990	10621141	chr2L:10620991-10621141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0148	0.013	0.0151	0.0164	0.0053	0.0112	0.0143	0.026	0.0053	0.026	0.0106	0.026	0.0186	0.0429	0.0077	0.0429	0.012
chr2L	10647658	10648110	chr2L:10647659-10648110	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0503	0.1003	0.0334	0.013	0.0488	0.1039	0.1107	0.1539	0.0488	0.029	0.0341	0.029	0.0426	0.0084	0.0142	0.0084	0.0188
chr2L	10648292	10648455	chr2L:10648293-10648455	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0185	0.032	0.0166	0.0056	0.0201	0.032	0.035	0.05	0.0201	0.0169	0.0225	0.0169	0.0139	0.0031	0.0064	0.0031	0.0068
chr2L	10654633	10654819	chr2L:10654634-10654819	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0506	0.0563	0.0593	0.0348	0.0286	0.0539	0.067	0.0893	0.0286	0.0888	0.0633	0.0888	0.0558	0.0352	0.0393	0.0352	0.0526
chr2L	10661470	10661625	chr2L:10661471-10661625	FBgn0051871	CG31871	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0112	0.025	0.034	0.0032	0.0126	0.0151	0.0147	0.0032	0.0121	0.0424	0.0121	0.0248	0.0023	0.1277	0.0023	0.0109
chr2L	10661951	10662183	chr2L:10661952-10662183	FBgn0051871	CG31871	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.03	0.0393	0.0401	0.0148	0.0286	0.0311	0.05	0.0148	0.0151	0.0759	0.0151	0.0248	0.0023	0.1496	0.0023	0.0156
chr2L	10663095	10663246	chr2L:10663096-10663246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0128	0.0157	0.0153	0.0021	0.0102	0.0229	0.0133	0.0021	0.0091	0.0228	0.0091	0.0163	0.0077	0.0445	0.0077	0.012
chr2L	10664081	10664232	chr2L:10664082-10664232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0203	0.0088	0.0063	0.0095	0.0107	0.0394	0.0213	0.0095	0.0091	0.0106	0.0091	0.0093	0.0031	0.0116	0.0031	0.0052
chr2L	10665258	10665409	chr2L:10665259-10665409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.0095	0.0136	0.0175	0.0053	0.0053	0.0151	0.014	0.0053	0.0097	0.0248	0.0097	0.0054	0.0038	0.06	0.0038	0.0089
chr2L	10671658	10671813	chr2L:10671659-10671813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0203	0.0319	0.0274	0.0117	0.0209	0.0234	0.0286	0.0117	0.0362	0.0379	0.0362	0.0349	0.0214	0.0406	0.0214	0.0464
chr2L	10677300	10677451	chr2L:10677301-10677451	FBgn0040496	CG17104	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.008	0.0088	0.0123	0.0053	0.0078	0.0121	0.008	0.0053	0.0066	0.0113	0.0066	0.0077	0.0077	0.0303	0.0077	0.0073
chr2L	10682184	10682335	chr2L:10682185-10682335	FBgn0032281	CG17107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0113	0.0065	0.0098	0.0185	0.0011	0.0049	0.0138	0.0053	0.0011	0.0133	0.0116	0.0133	0.0116	0.0077	0.0522	0.0077	0.0141
chr2L	10682354	10682505	chr2L:10682355-10682505	FBgn0032281	CG17107	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0065	0.0093	0.0182	0.0042	0.0049	0.0108	0.0073	0.0042	0.0103	0.0119	0.0103	0.0116	0.0069	0.0438	0.0069	0.0234
chr2L	10687140	10687293	chr2L:10687141-10687293	FBgn0032283	CG7296	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0194	0.048	0.0398	0.0032	0.0233	0.0268	0.024	0.0032	0.0223	0.0955	0.0223	0.0178	0.0061	0.1489	0.0061	0.0146
chr2L	10689210	10689368	chr2L:10689211-10689368	FBgn0032284	CG7294	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0172	0.0263	0.0249	0.0148	0.0117	0.026	0.018	0.0148	0.0091	0.0537	0.0091	0.0116	0.01	0.0896	0.01	0.0068
chr2L	10689774	10689967	chr2L:10689775-10689967	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0219	0.0118	0.0289	0.0255	0.0032	0.0102	0.019	0.0147	0.0032	0.0211	0.0511	0.0211	0.017	0.0191	0.0838	0.0191	0.0099
chr2L	10703237	10703414	chr2L:10703238-10703414	FBgn0032287	CG6415	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0223	0.0187	0.0176	0.0315	0.0095	0.0286	0.0255	0.0093	0.0095	0.0284	0.009	0.0284	0.0426	0.0322	0.0103	0.0322	0.0782
chr2L	10703560	10703739	chr2L:10703561-10703739	FBgn0032287	CG6415	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0203	0.0146	0.0193	0.0279	0.0032	0.016	0.0242	0.0113	0.0032	0.0211	0.0145	0.0211	0.048	0.0168	0.0103	0.0168	0.0803
chr2L	10710970	10711121	chr2L:10710971-10711121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0089	0.0071	0.0091	0.0107	0.0021	0.0083	0.0091	0.01	0.0021	0.0109	0.0119	0.0109	0.0093	0.0084	0.0264	0.0084	0.0078
chr2L	10711331	10711482	chr2L:10711332-10711482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.0125	0.0131	0.0196	0.0074	0.0126	0.016	0.018	0.0074	0.0109	0.0158	0.0109	0.0209	0.0123	0.0387	0.0123	0.0266
chr2L	10728579	10728765	chr2L:10728580-10728765	FBgn0032290	CG6443	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0604	0.0621	0.0675	0.0507	0.0498	0.0549	0.0813	0.0746	0.0498	0.0827	0.0746	0.0827	0.0697	0.0544	0.0613	0.0544	0.0672
chr2L	10728870	10729037	chr2L:10728871-10729037	FBgn0032290	CG6443	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.119	0.1191	0.1288	0.1079	0.0986	0.1141	0.1471	0.1499	0.0986	0.1709	0.1383	0.1709	0.1278	0.1217	0.1103	0.1217	0.1318
chr2L	10732086	10732237	chr2L:10732087-10732237	FBgn0032292	CG6750	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.0522	0.0654	0.0467	0.0201	0.0583	0.0714	0.0653	0.0201	0.0737	0.0704	0.0737	0.0658	0.059	0.0529	0.059	0.0479
chr2L	10732336	10732529	chr2L:10732337-10732529	FBgn0032292,FBgn0032293	CG6750,Dpy-30L1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1207	0.1079	0.1435	0.11	0.0583	0.1335	0.125	0.1359	0.0583	0.1866	0.1537	0.1866	0.1433	0.1141	0.1225	0.1141	0.1271
chr2L	10732568	10732767	chr2L:10732569-10732767	FBgn0032292,FBgn0032293	CG6750,Dpy-30L1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1247	0.1174	0.1456	0.1099	0.07	0.1427	0.1302	0.1552	0.07	0.1975	0.1559	0.1975	0.1479	0.1149	0.1154	0.1149	0.1308
chr2L	10735976	10736159	chr2L:10735977-10736159	FBgn0027868	Nup107	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0789	0.0804	0.0912	0.0638	0.0615	0.0971	0.0835	0.1039	0.0615	0.1196	0.0952	0.1196	0.1015	0.0689	0.0696	0.0689	0.0829
chr2L	10736767	10736939	chr2L:10736768-10736939	FBgn0032295	CG12299	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0415	0.0359	0.052	0.0362	0.0138	0.0432	0.0433	0.0453	0.0138	0.055	0.0637	0.055	0.0542	0.0268	0.04	0.0268	0.0563
chr2L	10736948	10737099	chr2L:10736949-10737099	FBgn0032294,FBgn0032295	CG12299,Vha16-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0463	0.0419	0.0541	0.0428	0.0297	0.0553	0.0415	0.0553	0.0297	0.0628	0.0637	0.0628	0.0604	0.0368	0.0522	0.0368	0.0532
chr2L	10737244	10737425	chr2L:10737245-10737425	FBgn0032294,FBgn0032295	CG12299,Vha16-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1279	0.1078	0.1558	0.1196	0.0764	0.1364	0.1021	0.1446	0.0764	0.1854	0.1759	0.1854	0.165	0.1263	0.1238	0.1263	0.1506
chr2L	10737472	10737725	chr2L:10737473-10737725	FBgn0032294,FBgn0032295	CG12299,Vha16-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0753	0.0715	0.0925	0.0607	0.0467	0.0922	0.0714	0.0886	0.0467	0.1123	0.0965	0.1123	0.0976	0.0674	0.0548	0.0674	0.0808
chr2L	10743105	10743256	chr2L:10743106-10743256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0187	0.0218	0.0203	0.0135	0.0117	0.016	0.0402	0.018	0.0117	0.0211	0.0222	0.0211	0.0248	0.01	0.0103	0.01	0.0198
chr2L	10743457	10743753	chr2L:10743458-10743753	FBgn0032296	CG6729	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0641	0.0672	0.0746	0.049	0.0392	0.0723	0.0943	0.0666	0.0392	0.0791	0.0894	0.0791	0.0736	0.0551	0.0522	0.0551	0.0547
chr2L	10743857	10744029	chr2L:10743858-10744029	FBgn0032296	CG6729	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.1012	0.1237	0.1014	0.07	0.1087	0.1272	0.1199	0.07	0.1437	0.1383	0.1437	0.1394	0.1011	0.1141	0.1011	0.123
chr2L	10744129	10744420	chr2L:10744130-10744420	FBgn0032296	CG6729	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0675	0.0853	0.0653	0.0424	0.0689	0.0917	0.0799	0.0424	0.0984	0.0913	0.0984	0.1053	0.0613	0.0729	0.0613	0.0834
chr2L	10747271	10747541	chr2L:10747272-10747541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.03	0.0234	0.0393	0.0272	0.0064	0.0388	0.0277	0.0173	0.0064	0.0773	0.026	0.0773	0.048	0.0268	0.0342	0.0268	0.0323
chr2L	10749617	10749768	chr2L:10749618-10749768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0097	0.0126	0.0185	0.0042	0.0087	0.019	0.006	0.0042	0.0175	0.0145	0.0175	0.0132	0.01	0.0413	0.01	0.0188
chr2L	10749837	10749988	chr2L:10749838-10749988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0076	0.0102	0.018	0.0011	0.0078	0.0151	0.0053	0.0011	0.0127	0.01	0.0127	0.0139	0.0054	0.0374	0.0054	0.0229
chr2L	10751903	10752160	chr2L:10751904-10752160	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0694	0.0232	0.0849	0.1039	0.0032	0.049	0.0221	0.0147	0.0032	0.1842	0.0293	0.1842	0.1665	0.1447	0.049	0.1447	0.1615
chr2L	10752181	10752354	chr2L:10752182-10752354	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0493	0.0163	0.0543	0.0806	0.0021	0.0335	0.0173	0.0093	0.0021	0.1117	0.0219	0.1117	0.1131	0.1064	0.0342	0.1064	0.1569
chr2L	10752688	10752862	chr2L:10752689-10752862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.016	0.0379	0.079	0.0064	0.0218	0.0221	0.0127	0.0064	0.0803	0.0203	0.0803	0.062	0.1064	0.029	0.1064	0.1694
chr2L	10756219	10756424	chr2L:10756220-10756424	FBgn0032297	CG17124	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.089	0.0388	0.0824	0.1523	0.017	0.0495	0.0441	0.0506	0.017	0.1057	0.0746	0.1057	0.1418	0.1348	0.2025	0.1348	0.1939
chr2L	10757149	10757350	chr2L:10757150-10757350	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0211	0.0357	0.0849	0.0117	0.0209	0.0324	0.018	0.0117	0.0296	0.0457	0.0296	0.0325	0.0513	0.1476	0.0513	0.0532
chr2L	10760518	10760669	chr2L:10760519-10760669	FBgn0027550	CG6495	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0112	0.0075	0.0298	0.0042	0.0102	0.0195	0.0113	0.0042	0.0072	0.0058	0.0072	0.0054	0.0069	0.0039	0.0069	0.0167
chr2L	10760931	10761082	chr2L:10760932-10761082	FBgn0027550	CG6495	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.01	0.0107	0.0482	0.0042	0.0097	0.0173	0.006	0.0042	0.0127	0.0051	0.0127	0.0116	0.0069	0.0116	0.0069	0.0234
chr2L	10761289	10761440	chr2L:10761290-10761440	FBgn0027550	CG6495	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0072	0.0094	0.0256	0.0021	0.0044	0.0151	0.006	0.0021	0.0127	0.008	0.0127	0.0046	0.0084	0.0103	0.0084	0.0099
chr2L	10767633	10767784	chr2L:10767634-10767784	FBgn0015320	UbcD2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0707	0.0662	0.0838	0.0613	0.052	0.0801	0.0688	0.0833	0.052	0.099	0.0887	0.099	0.072	0.0658	0.0554	0.0658	0.0677
chr2L	10767903	10768079	chr2L:10767904-10768079	FBgn0015320	UbcD2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.145	0.1356	0.1741	0.1235	0.1018	0.15	0.1574	0.1659	0.1018	0.2403	0.1865	0.2403	0.1619	0.1417	0.1161	0.1417	0.1527
chr2L	10768226	10768591	chr2L:10768227-10768591	FBgn0015320	UbcD2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0742	0.0763	0.0901	0.0546	0.0488	0.0743	0.1016	0.0953	0.0488	0.1304	0.0974	0.1304	0.0868	0.0681	0.0542	0.0681	0.0709
chr2L	10769452	10769603	chr2L:10769453-10769603	FBgn0032298	CG6724	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0302	0.0407	0.0242	0.0138	0.0369	0.0402	0.0293	0.0138	0.0519	0.0434	0.0519	0.0527	0.0276	0.0232	0.0276	0.0297
chr2L	10769649	10769800	chr2L:10769650-10769800	FBgn0032298	CG6724	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0522	0.0487	0.0635	0.0436	0.0286	0.0626	0.0476	0.0673	0.0286	0.0882	0.0685	0.0882	0.0697	0.0636	0.0361	0.0636	0.0552
chr2L	10769889	10770074	chr2L:10769890-10770074	FBgn0032298	CG6724	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0974	0.088	0.1165	0.0869	0.0551	0.1039	0.0882	0.1292	0.0551	0.1576	0.1289	0.1576	0.1301	0.1011	0.0812	0.1011	0.1157
chr2L	10774162	10774332	chr2L:10774163-10774332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.015	0.0062	0.0112	0.029	0.0021	0.0068	0.0117	0.004	0.0021	0.0072	0.0093	0.0072	0.0294	0.0276	0.038	0.0276	0.0354
chr2L	10781210	10781361	chr2L:10781211-10781361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.0072	0.0061	0.0123	0.0011	0.0049	0.0143	0.008	0.0011	0.0048	0.008	0.0048	0.0039	0.0038	0.04	0.0038	0.0063
chr2L	10781479	10781630	chr2L:10781480-10781630	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0075	0.0099	0.012	0	0.0058	0.0151	0.0073	0	0.0079	0.0151	0.0079	0.007	8e-04	0.0406	8e-04	0.0047
chr2L	10792730	10792881	chr2L:10792731-10792881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0121	0.0116	0.0122	0.0127	0.0106	0.0087	0.016	0.0133	0.0106	0.0242	0.0106	0.0242	0.0132	0.0352	0.0058	0.0352	0.0099
chr2L	10801141	10801330	chr2L:10801142-10801330	FBgn0051869	CG31869	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0276	0.0087	0.0189	0.0583	0.0011	0.0107	0.0134	0.008	0.0011	0.0072	0.0251	0.0072	0.0364	0.0054	0.1567	0.0054	0.0703
chr2L	10801618	10801786	chr2L:10801619-10801786	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0254	0.0076	0.0164	0.0551	0.0032	0.0083	0.0112	0.0067	0.0032	0.0066	0.0238	0.0066	0.0279	0.0084	0.1296	0.0084	0.0719
chr2L	10802021	10802172	chr2L:10802022-10802172	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0113	0.0173	0.0309	0.0053	0.0121	0.016	0.014	0.0053	0.0157	0.0254	0.0157	0.0178	0.0031	0.1032	0.0031	0.0146
chr2L	10837515	10837666	chr2L:10837516-10837666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0338	0.0214	0.0277	0.0318	0.0214	0.0541	0.0333	0.0318	0.0217	0.0244	0.0217	0.0155	0.0115	0.009	0.0115	0.0104
chr2L	10839978	10840129	chr2L:10839979-10840129	FBgn0263560	mir-4987	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0352	0.0548	0.0341	0.0145	0.0467	0.034	0.0934	0.0553	0.0467	0.0429	0.0389	0.0429	0.0333	0.0184	0.0116	0.0184	0.0203
chr2L	10840925	10841076	chr2L:10840926-10841076	FBgn0263560	mir-4987	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0334	0.0576	0.0269	0.0135	0.0382	0.0354	0.1051	0.054	0.0382	0.0302	0.0286	0.0302	0.0318	0.013	0.0168	0.013	0.0188
chr2L	10841115	10841266	chr2L:10841116-10841266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.0525	0.0303	0.0148	0.0403	0.032	0.0978	0.0466	0.0403	0.038	0.0325	0.038	0.0271	0.01	0.0187	0.01	0.0198
chr2L	10841705	10841856	chr2L:10841706-10841856	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0578	0.0259	0.0159	0.0498	0.0388	0.1021	0.0553	0.0498	0.0266	0.0296	0.0266	0.0248	0.0168	0.0181	0.0168	0.0208
chr2L	10841887	10842184	chr2L:10841888-10842184	FBgn0032305	CG6700	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0855	0.1287	0.0739	0.05	0.0838	0.0932	0.224	0.1252	0.0838	0.09	0.0852	0.09	0.0705	0.0536	0.0613	0.0536	0.0625
chr2L	10842220	10842436	chr2L:10842221-10842436	FBgn0032305	CG6700	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1636	0.1508	0.1135	0.1357	0.1456	0.2353	0.1726	0.1357	0.1842	0.1627	0.1842	0.1541	0.111	0.1283	0.111	0.1407
chr2L	10842538	10842714	chr2L:10842539-10842714	FBgn0032305	CG6700	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1867	0.1836	0.2118	0.1627	0.1463	0.1942	0.2405	0.1999	0.1463	0.2591	0.2331	0.2591	0.2068	0.1815	0.1709	0.1815	0.1933
chr2L	10843024	10843212	chr2L:10843025-10843212	FBgn0032305	CG6700	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0364	0.0496	0.0311	0.0159	0.033	0.0471	0.0493	0.0159	0.0489	0.0527	0.0489	0.0573	0.0352	0.0342	0.0352	0.036
chr2L	10850298	10850606	chr2L:10850299-10850606	FBgn0004363,FBgn0262599	CG43129,porin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.1047	0.1255	0.1142	0.0721	0.1189	0.1233	0.1199	0.0721	0.131	0.1344	0.131	0.1433	0.124	0.0967	0.124	0.1402
chr2L	10850751	10850949	chr2L:10850752-10850949	FBgn0004363	porin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1681	0.1653	0.1868	0.1508	0.1124	0.183	0.202	0.1965	0.1124	0.2095	0.2068	0.2095	0.2006	0.1654	0.1464	0.1654	0.1793
chr2L	10856292	10856488	chr2L:10856293-10856488	FBgn0027453	Dnz1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0595	0.0422	0.0764	0.0603	0.0233	0.0583	0.0402	0.056	0.0233	0.087	0.0794	0.087	0.0991	0.0743	0.0548	0.0743	0.0776
chr2L	10856541	10856715	chr2L:10856542-10856715	FBgn0027453	Dnz1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0836	0.0672	0.1013	0.0824	0.0435	0.0782	0.0804	0.0799	0.0435	0.1196	0.1064	0.1196	0.1216	0.0949	0.0774	0.0949	0.1089
chr2L	10857569	10857859	chr2L:10857570-10857859	FBgn0024227	ial	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0547	0.06	0.0414	0.0265	0.0573	0.0761	0.064	0.0265	0.0707	0.0701	0.0707	0.0589	0.0368	0.0432	0.0368	0.0495
chr2L	10857974	10858181	chr2L:10857975-10858181	FBgn0024227,FBgn0027363	Stam,ial	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.0856	0.118	0.0852	0.0583	0.0859	0.1051	0.1086	0.0583	0.151	0.127	0.151	0.1177	0.0842	0.0748	0.0842	0.1126
chr2L	10858412	10858589	chr2L:10858413-10858589	FBgn0024227,FBgn0027363	Stam,ial	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1246	0.1118	0.1453	0.1161	0.0817	0.1311	0.1263	0.1432	0.0817	0.186	0.155	0.186	0.1387	0.1095	0.1096	0.1095	0.1579
chr2L	10858705	10859190	chr2L:10858706-10859190	FBgn0027363	Stam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1386	0.1281	0.1631	0.1234	0.0594	0.1665	0.1384	0.1679	0.0594	0.1993	0.1669	0.1993	0.1611	0.1072	0.1103	0.1072	0.1782
chr2L	10866191	10866342	chr2L:10866192-10866342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0239	0.0263	0.0283	0.0074	0.0233	0.0346	0.0286	0.0074	0.0229	0.0305	0.0229	0.0287	0.0322	0.0219	0.0322	0.0375
chr2L	10866444	10866595	chr2L:10866445-10866595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.029	0.0307	0.0361	0.0127	0.0354	0.0381	0.0286	0.0127	0.0266	0.0354	0.0266	0.0387	0.0413	0.0348	0.0413	0.0505
chr2L	10866807	10866958	chr2L:10866808-10866958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.017	0.0153	0.0156	0.0203	0.0053	0.0131	0.029	0.0107	0.0053	0.0181	0.0141	0.0181	0.0194	0.0153	0.0187	0.0153	0.0349
chr2L	10964205	10964449	chr2L:10964206-10964449	FBgn0261871	dpr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0739	0.0673	0.0898	0.0638	0.0223	0.0869	0.0675	0.1013	0.0223	0.1081	0.1042	0.1081	0.0728	0.0544	0.0477	0.0544	0.0459
chr2L	10964550	10964786	chr2L:10964551-10964786	FBgn0261871	dpr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1533	0.1348	0.185	0.1391	0.0806	0.1714	0.1375	0.1839	0.0806	0.2222	0.209	0.2222	0.1766	0.1332	0.1431	0.1332	0.1553
chr2L	10967363	10967605	chr2L:10967364-10967605	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.117	0.0861	0.1202	0.148	0.0329	0.117	0.0757	0.1286	0.0329	0.1087	0.1148	0.1087	0.1905	0.1394	0.1438	0.1394	0.1704
chr2L	10967610	10967965	chr2L:10967611-10967965	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.188	0.1331	0.2275	0.2061	0.0764	0.1762	0.1349	0.1672	0.0764	0.2585	0.2331	0.2585	0.2781	0.2121	0.2282	0.2121	0.2507
chr2L	10968084	10968259	chr2L:10968085-10968259	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1263	0.0983	0.1536	0.1277	0.0583	0.1199	0.1021	0.1326	0.0583	0.1854	0.1608	0.1854	0.1634	0.1348	0.1322	0.1348	0.1558
chr2L	10969927	10970078	chr2L:10969928-10970078	FBgn0032321,FBgn0053129	CG33129,YL-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0531	0.0452	0.065	0.0489	0.0233	0.0563	0.051	0.0566	0.0233	0.0646	0.0756	0.0646	0.0705	0.049	0.0503	0.049	0.0615
chr2L	10970132	10970305	chr2L:10970133-10970305	FBgn0032321,FBgn0053129	CG33129,YL-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.1028	0.1362	0.1085	0.0626	0.118	0.1125	0.1439	0.0626	0.1606	0.1553	0.1606	0.1379	0.1279	0.1122	0.1279	0.1386
chr2L	10970347	10970525	chr2L:10970348-10970525	FBgn0032321,FBgn0053129	CG33129,YL-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1292	0.1118	0.1541	0.1214	0.0689	0.1311	0.1215	0.1526	0.0689	0.1806	0.1682	0.1806	0.1603	0.1363	0.1251	0.1363	0.1433
chr2L	10974980	10975155	chr2L:10974981-10975155	FBgn0000018	abo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0478	0.0486	0.0561	0.0379	0.0148	0.0636	0.0644	0.0486	0.0148	0.0676	0.0646	0.0676	0.0558	0.0459	0.0361	0.0459	0.0578
chr2L	10975173	10975364	chr2L:10975174-10975364	FBgn0000018	abo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0532	0.0512	0.0618	0.0458	0.0276	0.067	0.0619	0.054	0.0276	0.0713	0.0743	0.0713	0.0573	0.0544	0.0471	0.0544	0.0677
chr2L	10975898	10976226	chr2L:10975899-10976226	FBgn0010612	l(2)06225	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1025	0.074	0.1385	0.095	0.0297	0.1034	0.0865	0.0826	0.0297	0.1751	0.1489	0.1751	0.1518	0.1156	0.1051	0.1156	0.1219
chr2L	10976294	10976466	chr2L:10976295-10976466	FBgn0010612,FBgn0041781	SCAR,l(2)06225	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1248	0.0909	0.1553	0.1292	0.0467	0.1184	0.1047	0.1053	0.0467	0.2132	0.1662	0.2132	0.1526	0.16	0.1367	0.16	0.1553
chr2L	10976688	10976877	chr2L:10976689-10976877	FBgn0010612,FBgn0041781	SCAR,l(2)06225	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.141	0.1099	0.1702	0.1436	0.0594	0.1505	0.1163	0.1292	0.0594	0.2216	0.1842	0.2216	0.1642	0.1623	0.1547	0.1623	0.1793
chr2L	10976922	10977308	chr2L:10976923-10977308	FBgn0041781	SCAR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.148	0.0995	0.1874	0.1589	0.035	0.1403	0.1008	0.1279	0.035	0.2482	0.1936	0.2482	0.2037	0.1998	0.1593	0.1998	0.2064
chr2L	10983245	10983396	chr2L:10983246-10983396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0224	0.0221	0.0279	0.0167	0.0064	0.0223	0.0346	0.0227	0.0064	0.029	0.0318	0.029	0.0263	0.0176	0.0174	0.0176	0.0281
chr2L	10986179	10986357	chr2L:10986180-10986357	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0631	0.069	0.0665	0.0528	0.0445	0.0728	0.0813	0.0926	0.0445	0.0948	0.0704	0.0948	0.0697	0.0766	0.0606	0.0766	0.073
chr2L	10987340	10987517	chr2L:10987341-10987517	FBgn0004872,FBgn0026148	CG12253,piwi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.043	0.0253	0.0437	0.062	0.0095	0.0272	0.0394	0.0266	0.0095	0.0368	0.0495	0.0368	0.0674	0.0681	0.0761	0.0681	0.0985
chr2L	10987707	10987892	chr2L:10987708-10987892	FBgn0004872,FBgn0026148	CG12253,piwi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0942	0.0739	0.1103	0.0992	0.0445	0.0898	0.0718	0.1046	0.0445	0.1238	0.1325	0.1238	0.1077	0.1103	0.1044	0.1103	0.1303
chr2L	10987987	10988267	chr2L:10987988-10988267	FBgn0026148	CG12253	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0664	0.1043	0.0815	0.0403	0.0791	0.0649	0.0986	0.0403	0.1159	0.1244	0.1159	0.0999	0.0865	0.0883	0.0865	0.099
chr2L	10988898	10989109	chr2L:10988899-10989109	FBgn0026147	CG16833	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0548	0.0698	0.0421	0.0318	0.0617	0.0666	0.0706	0.0318	0.0954	0.0711	0.0954	0.0806	0.0444	0.0516	0.0444	0.0485
chr2L	10989286	10989457	chr2L:10989287-10989457	FBgn0026147	CG16833	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1592	0.1482	0.1951	0.1323	0.0912	0.184	0.1574	0.1892	0.0912	0.2566	0.2148	0.2566	0.1929	0.1554	0.1631	0.1554	0.1558
chr2L	10989603	10989761	chr2L:10989604-10989761	FBgn0026147	CG16833	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0623	0.0699	0.0426	0.0456	0.0733	0.0731	0.0733	0.0456	0.0894	0.0781	0.0894	0.072	0.0559	0.0471	0.0559	0.0469
chr2L	11000755	11000906	chr2L:11000756-11000906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0376	0.0345	0.0505	0.027	0.0117	0.051	0.0372	0.036	0.0117	0.0634	0.0537	0.0634	0.0341	0.0322	0.0264	0.0322	0.0261
chr2L	11001069	11001513	chr2L:11001070-11001513	FBgn0000146	aub	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0903	0.0899	0.1062	0.0732	0.0361	0.1189	0.0926	0.1206	0.0361	0.1196	0.1096	0.1196	0.1425	0.1386	0.0535	0.1386	0.0829
chr2L	11003816	11003981	chr2L:11003817-11003981	FBgn0015756	RpL9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0774	0.0804	0.0874	0.0629	0.0562	0.0859	0.1021	0.0959	0.0562	0.1184	0.0894	0.1184	0.0821	0.0842	0.0548	0.0842	0.073
chr2L	11004087	11004256	chr2L:11004088-11004256	FBgn0015756	RpL9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.135	0.118	0.1626	0.1238	0.0806	0.1408	0.1285	0.1579	0.0806	0.2174	0.1682	0.2174	0.1611	0.1478	0.1135	0.1478	0.1454
chr2L	11004743	11004953	chr2L:11004744-11004953	FBgn0021761	Nup154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1276	0.1267	0.1552	0.0982	0.071	0.1646	0.1224	0.1752	0.071	0.1975	0.1698	0.1975	0.1518	0.1141	0.1025	0.1141	0.1282
chr2L	11010537	11010688	chr2L:11010538-11010688	FBgn0032329	Art8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0379	0.0471	0.018	0.0265	0.0413	0.0411	0.0473	0.0265	0.0664	0.055	0.0664	0.0395	0.023	0.0155	0.023	0.0219
chr2L	11010974	11011156	chr2L:11010975-11011156	FBgn0032329,FBgn0250837	Art8,dUTPase	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1291	0.1275	0.1539	0.1037	0.0817	0.1539	0.144	0.1599	0.0817	0.2011	0.1717	0.2011	0.1441	0.1187	0.118	0.1187	0.1172
chr2L	11011247	11011423	chr2L:11011248-11011423	FBgn0032329,FBgn0250837	Art8,dUTPase	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.109	0.1459	0.095	0.0732	0.1447	0.109	0.1419	0.0732	0.18	0.1595	0.18	0.1425	0.1034	0.0993	0.1034	0.1157
chr2L	11011499	11011680	chr2L:11011500-11011680	FBgn0032329,FBgn0250837	Art8,dUTPase	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0562	0.053	0.0742	0.04	0.0223	0.0791	0.0476	0.074	0.0223	0.0984	0.0772	0.0984	0.0744	0.0452	0.038	0.0452	0.0573
chr2L	11012576	11012727	chr2L:11012577-11012727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0279	0.0373	0.0298	0.0152	0.017	0.0485	0.0433	0.042	0.017	0.0296	0.035	0.0296	0.0356	0.0092	0.0161	0.0092	0.0276
chr2L	11014171	11014542	chr2L:11014172-11014542	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0636	0.0756	0.0793	0.0329	0.052	0.0777	0.0839	0.1019	0.052	0.1159	0.0868	0.1159	0.0666	0.0337	0.0522	0.0337	0.0391
chr2L	11021310	11021461	chr2L:11021311-11021461	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0087	0.0128	0.0121	0	0.0102	0.016	0.0073	0	0.0163	0.0161	0.0163	0.0101	8e-04	0.0368	8e-04	0.0089
chr2L	11025618	11025769	chr2L:11025619-11025769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0127	0.0096	0.0135	0.0155	0.0032	0.0087	0.0186	0.008	0.0032	0.0145	0.0141	0.0145	0.0232	0.0069	0.0187	0.0069	0.0349
chr2L	11027418	11027827	chr2L:11027419-11027827	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0315	0.0529	0.0411	0.0117	0.0282	0.0437	0.0453	0.0117	0.0308	0.091	0.0308	0.0473	0.0153	0.1251	0.0153	0.0287
chr2L	11028044	11028204	chr2L:11028045-11028204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0308	0.0299	0.0405	0.0212	0.0117	0.0296	0.0303	0.0513	0.0117	0.026	0.0688	0.026	0.0341	0.0084	0.058	0.0084	0.0162
chr2L	11032549	11032700	chr2L:11032550-11032700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0101	0.0185	0.0196	0.0021	0.0087	0.0177	0.01	0.0021	0.0193	0.0241	0.0193	0.0209	0.0452	0.0277	0.0452	0.0104
chr2L	11034117	11034268	chr2L:11034118-11034268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0156	0.0175	0.0212	0.017	0.0107	0.0255	0.0153	0.017	0.0211	0.0225	0.0211	0.0186	0.0077	0.0509	0.0077	0.0219
chr2L	11037508	11037659	chr2L:11037509-11037659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0121	0.0273	0.0324	0.0053	0.0117	0.0203	0.0107	0.0053	0.0157	0.026	0.0157	0.0728	0.01	0.0651	0.01	0.0526
chr2L	11038049	11038245	chr2L:11038050-11038245	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0404	0.0181	0.053	0.0514	0.0042	0.0286	0.0234	0.0107	0.0042	0.0386	0.0514	0.0386	0.1356	0.0161	0.0883	0.0161	0.0938
chr2L	11038271	11038562	chr2L:11038272-11038562	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0609	0.0343	0.0761	0.0739	0.0106	0.0515	0.0446	0.03	0.0106	0.0447	0.0749	0.0447	0.2115	0.026	0.1296	0.026	0.1308
chr2L	11038885	11039313	chr2L:11038886-11039313	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0639	0.0354	0.0731	0.0856	0.0117	0.0631	0.0424	0.0266	0.0117	0.0374	0.0666	0.0374	0.2153	0.0191	0.0986	0.0191	0.2064
chr2L	11039735	11039946	chr2L:11039736-11039946	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0502	0.0283	0.0584	0.0659	0.0074	0.0471	0.0372	0.0153	0.0074	0.0399	0.0441	0.0399	0.1828	0.0168	0.0729	0.0168	0.1579
chr2L	11040924	11041075	chr2L:11040925-11041075	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0244	0.0374	0.0209	0.0136	0.0276	0.0282	0.0649	0.0313	0.0276	0.0254	0.0196	0.0254	0.0403	0.01	0.0181	0.01	0.0219
chr2L	11045158	11045392	chr2L:11045159-11045392	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0655	0.031	0.0711	0.0979	0.0042	0.0379	0.051	0.024	0.0042	0.0743	0.0415	0.0743	0.2153	0.1493	0.0658	0.1493	0.1939
chr2L	11045402	11045733	chr2L:11045403-11045733	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0558	0.0346	0.0591	0.0758	0.0095	0.0335	0.0644	0.0247	0.0095	0.0543	0.0315	0.0543	0.1921	0.0934	0.0458	0.0934	0.1641
chr2L	11049191	11049390	chr2L:11049192-11049390	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0135	0.0258	0.0302	0.0064	0.0141	0.0255	0.008	0.0064	0.0151	0.0405	0.0151	0.0294	0.0084	0.0883	0.0084	0.0271
chr2L	11049674	11049825	chr2L:11049675-11049825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0135	0.0123	0.0146	0.0136	0.0074	0.0146	0.0203	0.0067	0.0074	0.0127	0.0215	0.0127	0.0139	0.0054	0.0374	0.0054	0.012
chr2L	11051985	11052136	chr2L:11051986-11052136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0161	0.0216	0.0136	0.0074	0.015	0.0264	0.0173	0.0074	0.0199	0.0228	0.0199	0.0418	0.0107	0.0103	0.0107	0.0297
chr2L	11055347	11055535	chr2L:11055348-11055535	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0196	0.0353	0.0393	0.0074	0.0214	0.029	0.0213	0.0074	0.0205	0.0444	0.0205	0.0573	0.0207	0.0509	0.0207	0.075
chr2L	11057067	11057251	chr2L:11057068-11057251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.026	0.0118	0.0199	0.0485	0.0032	0.0107	0.0221	0.0093	0.0032	0.0242	0.019	0.0242	0.0318	0.075	0.0426	0.075	0.0818
chr2L	11057362	11057535	chr2L:11057363-11057535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0336	0.0101	0.0258	0.0684	0.0074	0.0107	0.0186	0.0053	0.0074	0.0151	0.0273	0.0151	0.0643	0.1041	0.0645	0.1041	0.1188
chr2L	11057760	11057934	chr2L:11057761-11057934	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0583	0.0141	0.0532	0.1134	0.0064	0.0238	0.0173	0.0087	0.0064	0.0393	0.0521	0.0393	0.134	0.1424	0.1309	0.1424	0.1959
chr2L	11058128	11058324	chr2L:11058129-11058324	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.063	0.0228	0.067	0.1035	0.0117	0.0403	0.029	0.0073	0.0117	0.0314	0.0775	0.0314	0.1596	0.059	0.1528	0.059	0.2064
chr2L	11059114	11059265	chr2L:11059115-11059265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.015	0.0141	0.0119	0.0195	0.0053	0.0155	0.0225	0.0093	0.0053	0.0266	0.008	0.0266	0.0139	0.0536	0.0181	0.0536	0.0146
chr2L	11059485	11059636	chr2L:11059486-11059636	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0136	0.0239	0.0082	0.0081	0.0148	0.0102	0.0471	0.02	0.0148	0.0103	0.009	0.0103	0.0132	0.0145	0.0084	0.0145	0.0109
chr2L	11059854	11060005	chr2L:11059855-11060005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0176	0.0236	0.0155	0.0132	0.0095	0.0199	0.0454	0.016	0.0095	0.0151	0.017	0.0151	0.0256	0.0191	0.0142	0.0191	0.0167
chr2L	11061117	11061487	chr2L:11061118-11061487	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.0976	0.0881	0.1065	0.0901	0.0738	0.1557	0.0926	0.0901	0.1793	0.0653	0.1793	0.1278	0.2205	0.0974	0.2205	0.1412
chr2L	11064299	11064450	chr2L:11064300-11064450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0199	0.0217	0.0171	0.021	0.0159	0.0175	0.0359	0.0187	0.0159	0.0217	0.0203	0.0217	0.0201	0.049	0.0193	0.049	0.0214
chr2L	11065724	11065888	chr2L:11065725-11065888	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0591	0.0126	0.0114	0.0498	0.0233	0.1025	0.0766	0.0498	0.0127	0.0148	0.0127	0.017	0.0138	0.0129	0.0138	0.0182
chr2L	11065915	11066066	chr2L:11065916-11066066	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0333	0.0098	0.012	0.0286	0.015	0.0593	0.034	0.0286	0.0115	0.0113	0.0115	0.0155	0.0176	0.0103	0.0176	0.0162
chr2L	11066351	11066502	chr2L:11066352-11066502	FBgn0032330	Samuel	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0219	0.0225	0.034	0.017	0.0141	0.0376	0.0233	0.017	0.0236	0.0222	0.0236	0.0418	0.0268	0.0413	0.0268	0.0641
chr2L	11066611	11066837	chr2L:11066612-11066837	FBgn0032330	Samuel	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0493	0.0252	0.0414	0.0848	0.0201	0.0243	0.0372	0.0266	0.0201	0.0326	0.0482	0.0326	0.0806	0.0574	0.0922	0.0574	0.1808
chr2L	11066960	11067186	chr2L:11066961-11067186	FBgn0032330	Samuel	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.0479	0.0825	0.133	0.0339	0.0481	0.067	0.056	0.0339	0.0604	0.1096	0.0604	0.1402	0.1378	0.1921	0.1378	0.2209
chr2L	11067843	11068008	chr2L:11067844-11068008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0135	0.0225	0.048	0.0127	0.0136	0.0199	0.0113	0.0127	0.0169	0.0302	0.0169	0.0364	0.0207	0.0735	0.0207	0.0954
chr2L	11069323	11069474	chr2L:11069324-11069474	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0178	0.0222	0.0113	0.0202	0.0138	0.0073	0.0528	0.0133	0.0138	0.0097	0.0161	0.0097	0.0108	0.0092	0.0522	0.0092	0.0188
chr2L	11070995	11071353	chr2L:11070996-11071353	FBgn0032335	CG14915	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.068	0.1717	0.0187	0.0063	0.2683	0.0369	0.3534	0.0893	0.2683	0.0115	0.0334	0.0115	0.007	0.0038	0.0071	0.0038	0.0083
chr2L	11071617	11071842	chr2L:11071618-11071842	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0363	0.0885	0.0115	0.0052	0.122	0.0199	0.2054	0.0293	0.122	0.0109	0.0167	0.0109	0.0101	0.0038	0.0077	0.0038	0.0078
chr2L	11075154	11075643	chr2L:11075155-11075643	FBgn0263971	CG43725	stage5	none	Unspecified_HC_09	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0754	0.1965	0.0157	0.0054	0.3001	0.0311	0.452	0.0706	0.3001	0.0169	0.0177	0.0169	0.0225	0.0077	0.0045	0.0077	0.0057
chr2L	11076737	11076918	chr2L:11076738-11076918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0219	0.0492	0.009	0.0056	0.0689	0.0097	0.1146	0.0227	0.0689	0.0133	0.008	0.0133	0.0147	0.0046	0.0045	0.0046	0.0083
chr2L	11078478	11078629	chr2L:11078479-11078629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0226	0.0542	0.0084	0.0028	0.0445	0.0117	0.1375	0.0213	0.0445	0.0121	0.009	0.0121	0.0085	0.0023	0.0045	0.0023	0.0016
chr2L	11082099	11082311	chr2L:11082100-11082311	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0525	0.022	0.0245	0.0509	0.0252	0.0986	0.0473	0.0509	0.0181	0.0232	0.0181	0.038	0.0107	0.0251	0.0107	0.0453
chr2L	11086595	11086746	chr2L:11086596-11086746	FBgn0032338	CG16854	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0116	0.017	0.032	0.0021	0.0126	0.0216	0.0087	0.0021	0.0223	0.0116	0.0223	0.0046	0.0046	0.0103	0.0046	0.0089
chr2L	11090713	11090864	chr2L:11090714-11090864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0273	0.0239	0.0206	0.0138	0.0233	0.0389	0.0306	0.0138	0.029	0.0293	0.029	0.0225	0.0176	0.0226	0.0176	0.0287
chr2L	11091117	11091296	chr2L:11091118-11091296	FBgn0032339	CG4705	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0861	0.0809	0.0968	0.0801	0.0689	0.0854	0.0926	0.1093	0.0689	0.1105	0.1135	0.1105	0.0968	0.0896	0.089	0.0896	0.0928
chr2L	11091352	11091535	chr2L:11091353-11091535	FBgn0032339	CG4705	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0936	0.0861	0.1126	0.081	0.0615	0.0966	0.0934	0.1166	0.0615	0.1443	0.126	0.1443	0.11	0.0926	0.0748	0.0926	0.1037
chr2L	11091588	11091959	chr2L:11091589-11091959	FBgn0032339	CG4705	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.073	0.0708	0.0881	0.059	0.0392	0.0714	0.0878	0.0979	0.0392	0.1159	0.0929	0.1159	0.0813	0.059	0.0451	0.059	0.0797
chr2L	11100340	11100719	chr2L:11100341-11100719	FBgn0032340	Ge-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0688	0.0815	0.0564	0.0297	0.0782	0.0835	0.0933	0.0297	0.1063	0.0778	0.1063	0.0844	0.0674	0.0516	0.0674	0.0631
chr2L	11100802	11100987	chr2L:11100803-11100987	FBgn0032340	Ge-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1006	0.0918	0.1214	0.0875	0.0604	0.1083	0.0986	0.1266	0.0604	0.154	0.1286	0.154	0.1216	0.1149	0.0909	0.1149	0.1021
chr2L	11101057	11101220	chr2L:11101058-11101220	FBgn0032340	Ge-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0461	0.0454	0.0528	0.0397	0.0329	0.0456	0.0528	0.0606	0.0329	0.0592	0.0598	0.0592	0.0581	0.0559	0.038	0.0559	0.0417
chr2L	11101284	11101437	chr2L:11101285-11101437	FBgn0032340	Ge-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0319	0.0341	0.026	0.0212	0.0286	0.0433	0.044	0.0212	0.0356	0.0389	0.0356	0.0434	0.0329	0.0329	0.0329	0.0287
chr2L	11106308	11106459	chr2L:11106309-11106459	FBgn0032341,FBgn0261983	Reps,l(2)gd1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0332	0.0528	0.0436	0.018	0.0364	0.0359	0.0513	0.018	0.0749	0.0563	0.0749	0.0488	0.0544	0.0316	0.0544	0.0568
chr2L	11106581	11106764	chr2L:11106582-11106764	FBgn0032341,FBgn0261983	Reps,l(2)gd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1523	0.1093	0.1967	0.1515	0.0689	0.1223	0.1211	0.1472	0.0689	0.2428	0.2158	0.2428	0.2029	0.1669	0.1476	0.1669	0.1813
chr2L	11106830	11107006	chr2L:11106831-11107006	FBgn0032341,FBgn0261983	Reps,l(2)gd1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1196	0.0783	0.1617	0.1195	0.0509	0.0908	0.0792	0.1093	0.0509	0.2144	0.1717	0.2144	0.1588	0.1332	0.1167	0.1332	0.1496
chr2L	11113019	11113170	chr2L:11113020-11113170	FBgn0032343	CG6201	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0204	0.0146	0.0192	0.0281	0.0095	0.0141	0.0208	0.0167	0.0095	0.0133	0.019	0.0133	0.0325	0.0107	0.0219	0.0107	0.0281
chr2L	11113519	11113677	chr2L:11113520-11113677	FBgn0032343	CG6201	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0182	0.0277	0.0446	0.0042	0.0214	0.0229	0.0247	0.0042	0.0169	0.0248	0.0169	0.0248	0.0123	0.011	0.0123	0.0245
chr2L	11114365	11114516	chr2L:11114366-11114516	FBgn0041246	Gr32a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0165	0.0229	0.0174	0.0085	0.0148	0.0136	0.0415	0.022	0.0148	0.0181	0.0174	0.0181	0.0209	0.0069	0.0077	0.0069	0.0104
chr2L	11114840	11114991	chr2L:11114841-11114991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0216	0.0137	0.012	0.0138	0.0121	0.0355	0.0273	0.0138	0.0109	0.0167	0.0109	0.0163	0.01	0.0097	0.01	0.0146
chr2L	11119977	11120178	chr2L:11119978-11120178	FBgn0027582	CG6230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0616	0.0632	0.0692	0.0515	0.0361	0.0626	0.1016	0.0566	0.0361	0.0761	0.074	0.0761	0.0813	0.0536	0.0535	0.0536	0.0641
chr2L	11120247	11120426	chr2L:11120248-11120426	FBgn0027582	CG6230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.0885	0.1034	0.0767	0.0604	0.0956	0.1107	0.1053	0.0604	0.1171	0.1138	0.1171	0.1123	0.0796	0.0896	0.0796	0.0886
chr2L	11120631	11120828	chr2L:11120632-11120828	FBgn0027582	CG6230	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0319	0.042	0.027	0.0106	0.0408	0.0376	0.0373	0.0106	0.0435	0.055	0.0435	0.0341	0.0207	0.0258	0.0207	0.0365
chr2L	11123245	11123413	chr2L:11123246-11123413	FBgn0032346,FBgn0262647	Csl4,Nup160	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0414	0.0555	0.0404	0.0276	0.0485	0.0471	0.0546	0.0276	0.0682	0.0614	0.0682	0.0635	0.0413	0.0445	0.0413	0.0521
chr2L	11123468	11123661	chr2L:11123469-11123661	FBgn0032346,FBgn0262647	Csl4,Nup160	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1052	0.099	0.1239	0.0916	0.0573	0.117	0.1129	0.1252	0.0573	0.1594	0.1338	0.1594	0.1263	0.098	0.0909	0.098	0.1204
chr2L	11123701	11123875	chr2L:11123702-11123875	FBgn0032346,FBgn0262647	Csl4,Nup160	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1206	0.1115	0.1458	0.103	0.0636	0.1306	0.1233	0.1499	0.0636	0.1836	0.1611	0.1836	0.1534	0.1041	0.1057	0.1041	0.1292
chr2L	11129991	11130220	chr2L:11129992-11130220	FBgn0028700	RfC38	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0594	0.0641	0.0465	0.0467	0.068	0.0666	0.074	0.0467	0.0652	0.0714	0.0652	0.0829	0.0597	0.0438	0.0597	0.0604
chr2L	11130221	11130486	chr2L:11130222-11130486	FBgn0028700,FBgn0032348	CG4751,RfC38	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1021	0.0948	0.1137	0.0976	0.0806	0.1083	0.0995	0.1312	0.0806	0.1153	0.1344	0.1153	0.1356	0.1072	0.1019	0.1072	0.1214
chr2L	11130620	11130806	chr2L:11130621-11130806	FBgn0028700,FBgn0032348	CG4751,RfC38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1806	0.171	0.2067	0.1628	0.14	0.1903	0.2037	0.2005	0.14	0.2415	0.2232	0.2415	0.2246	0.157	0.176	0.157	0.1949
chr2L	11130880	11131094	chr2L:11130881-11131094	FBgn0028700,FBgn0032348	CG4751,RfC38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0945	0.0828	0.1121	0.0883	0.0498	0.0985	0.0952	0.1093	0.0498	0.1359	0.1129	0.1359	0.1208	0.0926	0.0799	0.0926	0.1068
chr2L	11131182	11131333	chr2L:11131183-11131333	FBgn0032348	CG4751	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0355	0.0327	0.016	0.0148	0.0354	0.0502	0.0386	0.0148	0.0374	0.0322	0.0374	0.0395	0.0168	0.0116	0.0168	0.0182
chr2L	11136180	11136436	chr2L:11136181-11136436	FBgn0040211	hgo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0288	0.04	0.0268	0.0185	0.0233	0.0291	0.0644	0.05	0.0233	0.0223	0.0322	0.0223	0.0294	0.0107	0.0393	0.0107	0.0193
chr2L	11167311	11167462	chr2L:11167312-11167462	distal	distal	none	none	VT5711.1	VT5711.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0189	0.0166	0.0142	0.0266	0.0064	0.0102	0.032	0.0173	0.0064	0.0139	0.0138	0.0139	0.0124	0.0299	0.0148	0.0299	0.0125
chr2L	11167558	11167709	chr2L:11167559-11167709	distal	distal	none	none	VT5711.1	VT5711.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.014	0.0095	0.0091	0.0245	0.0021	0.0039	0.0199	0.0127	0.0021	0.0121	0.0071	0.0121	0.0085	0.0398	0.0058	0.0398	0.0073
chr2L	11167941	11168181	chr2L:11167942-11168181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT5711.1	VT5711.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0399	0.016	0.026	0.0819	0.0032	0.0155	0.0272	0.0153	0.0032	0.0592	0.0161	0.0592	0.0232	0.1991	0.0174	0.1991	0.0386
chr2L	11168807	11168982	chr2L:11168808-11168982	distal	distal	stage14	stage14	VT5711.1	VT5711.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.01	0.0161	0.0599	0.0042	0.0092	0.0156	0.0113	0.0042	0.0308	0.0096	0.0308	0.0116	0.1202	0.0174	0.1202	0.0334
chr2L	11172083	11172256	chr2L:11172084-11172256	FBgn0014076	Vm32E	stage11,stage5	none	Vm32E_-425/-39_NR	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0811	0.0994	0.0753	0.0467	0.0811	0.1081	0.1013	0.0467	0.1021	0.1212	0.1021	0.1077	0.0865	0.0825	0.0865	0.0829
chr2L	11173169	11173398	chr2L:11173170-11173398	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0184	0.0249	0.0184	0.0053	0.0209	0.0285	0.0187	0.0053	0.0266	0.0367	0.0266	0.0186	0.0222	0.038	0.0222	0.0135
chr2L	11175536	11175737	chr2L:11175537-11175737	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0422	0.0484	0.0579	0.0181	0.0223	0.0529	0.0454	0.0833	0.0223	0.0694	0.0749	0.0694	0.0581	0.0138	0.0329	0.0138	0.0167
chr2L	11178648	11178822	chr2L:11178649-11178822	FBgn0032354	CG4788	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0388	0.0402	0.0306	0.0223	0.034	0.0567	0.0466	0.0223	0.0471	0.0486	0.0471	0.0418	0.0391	0.0271	0.0391	0.038
chr2L	11178922	11179108	chr2L:11178923-11179108	FBgn0032354	CG4788	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1051	0.0916	0.127	0.0962	0.0541	0.0985	0.1155	0.1206	0.0541	0.1359	0.1595	0.1359	0.1154	0.1087	0.0928	0.1087	0.1126
chr2L	11179178	11179419	chr2L:11179179-11179419	FBgn0032354	CG4788	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0503	0.0838	0.0699	0.0286	0.0534	0.061	0.0686	0.0286	0.0845	0.099	0.0845	0.0875	0.075	0.0638	0.075	0.0761
chr2L	11184615	11184766	chr2L:11184616-11184766	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0236	0.0304	0.0288	0.0103	0.018	0.0223	0.035	0.054	0.018	0.0157	0.0502	0.0157	0.0147	0.0138	0.0187	0.0138	0.0063
chr2L	11185139	11185290	chr2L:11185140-11185290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0177	0.0233	0.0213	0.0074	0.0148	0.0155	0.0285	0.044	0.0148	0.0163	0.0354	0.0163	0.0093	0.0123	0.0097	0.0123	0.0047
chr2L	11185809	11186210	chr2L:11185810-11186210	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0391	0.0594	0.0383	0.0173	0.0371	0.034	0.0766	0.1059	0.0371	0.0187	0.0756	0.0187	0.0101	0.0115	0.0451	0.0115	0.0068
chr2L	11186418	11186569	chr2L:11186419-11186569	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.027	0.0187	0.0353	0.0272	0.0053	0.017	0.0251	0.0273	0.0053	0.0175	0.0698	0.0175	0.0108	0.0138	0.0851	0.0138	0.0141
chr2L	11187381	11187604	chr2L:11187382-11187604	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0533	0.0214	0.083	0.0563	0.0106	0.0296	0.0234	0.026	0.0106	0.0368	0.1711	0.0368	0.0256	0.0865	0.1412	0.0865	0.0188
chr2L	11187730	11187964	chr2L:11187731-11187964	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0581	0.0223	0.0883	0.0649	0.0085	0.0257	0.026	0.0286	0.0085	0.0417	0.1733	0.0417	0.0395	0.1685	0.1115	0.1685	0.0146
chr2L	11188729	11188978	chr2L:11188730-11188978	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0807	0.0505	0.1147	0.077	0.0212	0.0617	0.0493	0.0859	0.0212	0.0483	0.2338	0.0483	0.0387	0.1799	0.136	0.1799	0.0281
chr2L	11189071	11189273	chr2L:11189072-11189273	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.073	0.0609	0.1043	0.0522	0.0255	0.0524	0.074	0.1093	0.0255	0.0344	0.217	0.0344	0.0411	0.0666	0.1341	0.0666	0.0224
chr2L	11189467	11189619	chr2L:11189468-11189619	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0452	0.0277	0.0765	0.0305	0.0127	0.0325	0.0324	0.04	0.0127	0.0242	0.1614	0.0242	0.0294	0.0176	0.1025	0.0176	0.0141
chr2L	11190842	11191023	chr2L:11190843-11191023	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0382	0.0405	0.0513	0.0212	0.017	0.0568	0.0355	0.0613	0.017	0.0229	0.0762	0.0229	0.0713	0.0107	0.038	0.0107	0.0234
chr2L	11191646	11191884	chr2L:11191647-11191884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.042	0.0183	0.0728	0.0345	0.0053	0.0238	0.0186	0.0293	0.0053	0.0761	0.1215	0.0761	0.0356	0.0467	0.0883	0.0467	0.0146
chr2L	11193950	11194160	chr2L:11193951-11194160	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0239	0.0384	0.025	0.0065	0.0159	0.0422	0.0446	0.0553	0.0159	0.0151	0.0405	0.0151	0.0116	0.0084	0.0097	0.0084	0.0047
chr2L	11194569	11194818	chr2L:11194570-11194818	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.039	0.0404	0.0596	0.0149	0.0159	0.0403	0.0333	0.0893	0.0159	0.0193	0.1241	0.0193	0.0178	0.0107	0.0303	0.0107	0.0109
chr2L	11196544	11196695	chr2L:11196545-11196695	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0181	0.039	0.0099	0.0074	0.0155	0.026	0.028	0.0074	0.0157	0.0749	0.0157	0.0186	0.0084	0.0239	0.0084	0.0083
chr2L	11196966	11197117	chr2L:11196967-11197117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0152	0.0218	0.0085	0.0011	0.0146	0.0225	0.0213	0.0011	0.0091	0.0431	0.0091	0.0062	0.0038	0.0277	0.0038	0.0036
chr2L	11203880	11204031	chr2L:11203881-11204031	FBgn0259822	Ca-beta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0085	0.0122	0.0334	0.0021	0.0068	0.0151	0.0093	0.0021	0.0085	0.0138	0.0085	0.0062	0.0092	0.0168	0.0092	0.0156
chr2L	11206604	11206846	chr2L:11206605-11206846	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0665	0.055	0.0898	0.0538	0.0414	0.0519	0.0735	0.0666	0.0414	0.0296	0.1701	0.0296	0.0713	0.0375	0.1502	0.0375	0.0339
chr2L	11206950	11207177	chr2L:11206951-11207177	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1012	0.0965	0.1402	0.0638	0.07	0.0932	0.1116	0.1386	0.07	0.0562	0.2547	0.0562	0.1255	0.0666	0.156	0.0666	0.0469
chr2L	11207717	11207868	chr2L:11207718-11207868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0198	0.0071	0.0235	0.0301	0.0021	0.0097	0.0104	0.0067	0.0021	0.0151	0.0373	0.0151	0.0217	0.0521	0.0535	0.0521	0.0255
chr2L	11208711	11208862	chr2L:11208712-11208862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0206	0.0095	0.0178	0.0361	0.0021	0.0092	0.0147	0.0107	0.0021	0.0181	0.0203	0.0181	0.0225	0.1248	0.0239	0.1248	0.0198
chr2L	11209278	11209429	chr2L:11209279-11209429	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0277	0.0132	0.0246	0.0473	0.0042	0.0194	0.0186	0.0093	0.0042	0.0266	0.035	0.0266	0.0201	0.1501	0.0458	0.1501	0.0214
chr2L	11210452	11210717	chr2L:11210453-11210717	FBgn0264442	ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1495	0.1074	0.1996	0.1415	0.0657	0.1296	0.1051	0.1626	0.0657	0.1673	0.3125	0.1673	0.1704	0.1991	0.2018	0.1991	0.1245
chr2L	11211283	11211453	chr2L:11211284-11211453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0298	0.0369	0.0311	0.0203	0.0212	0.0291	0.0489	0.056	0.0212	0.0187	0.0547	0.0187	0.0178	0.0222	0.0284	0.0222	0.0125
chr2L	11211582	11211802	chr2L:11211583-11211802	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0453	0.0636	0.05	0.0198	0.0392	0.049	0.0852	0.0973	0.0392	0.0399	0.0846	0.0399	0.0333	0.026	0.0348	0.026	0.0094
chr2L	11212644	11212795	chr2L:11212645-11212795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0241	0.0201	0.035	0.0167	0.0064	0.0233	0.0268	0.0273	0.0064	0.0187	0.0662	0.0187	0.0108	0.023	0.0406	0.023	0.0063
chr2L	11214299	11214554	chr2L:11214300-11214554	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.033	0.0374	0.0398	0.0205	0.0148	0.0238	0.0506	0.0653	0.0148	0.0211	0.0801	0.0211	0.0101	0.026	0.0464	0.026	0.0057
chr2L	11214563	11214877	chr2L:11214564-11214877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0358	0.0507	0.0404	0.0142	0.0361	0.0286	0.0696	0.0839	0.0361	0.0193	0.0807	0.0193	0.0108	0.0184	0.0309	0.0184	0.0068
chr2L	11219021	11219219	chr2L:11219022-11219219	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0457	0.0323	0.0566	0.0489	0.0138	0.0335	0.0471	0.036	0.0138	0.0459	0.0913	0.0459	0.0449	0.0544	0.0645	0.0544	0.073
chr2L	11219360	11219511	chr2L:11219361-11219511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0238	0.0216	0.0302	0.0194	0.0127	0.0141	0.0363	0.0253	0.0127	0.0211	0.0534	0.0211	0.017	0.0299	0.0297	0.0299	0.0214
chr2L	11219581	11219733	chr2L:11219582-11219733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0141	0.0288	0.0227	0.0042	0.015	0.0186	0.018	0.0042	0.0193	0.0473	0.0193	0.0209	0.0268	0.0368	0.0268	0.0287
chr2L	11220138	11220289	chr2L:11220139-11220289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0154	0.0096	0.0222	0.0145	0	0.0083	0.0169	0.0127	0	0.0103	0.0415	0.0103	0.0093	0.0107	0.0206	0.0107	0.0063
chr2L	11220331	11220482	chr2L:11220332-11220482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0131	0.0082	0.0159	0.0156	0.0021	0.0092	0.0104	0.012	0.0021	0.006	0.0299	0.006	0.0054	0.0176	0.0155	0.0176	0.0083
chr2L	11221390	11221646	chr2L:11221391-11221646	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.0634	0.1365	0.1358	0.0265	0.0791	0.0679	0.0899	0.0265	0.1612	0.1656	0.1612	0.1603	0.1677	0.1683	0.1677	0.173
chr2L	11224541	11224852	chr2L:11224542-11224852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0589	0.0889	0.0617	0.0223	0.0795	0.0456	0.1367	0.1219	0.0795	0.0199	0.1318	0.0199	0.0108	0.0299	0.0542	0.0299	0.0057
chr2L	11224935	11225132	chr2L:11224936-11225132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0376	0.0517	0.0431	0.0156	0.0498	0.0248	0.0913	0.0546	0.0498	0.0085	0.091	0.0085	0.0077	0.0207	0.0316	0.0207	0.0042
chr2L	11225364	11225594	chr2L:11225365-11225594	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0543	0.0485	0.0904	0.0213	0.0191	0.0374	0.0675	0.0759	0.0191	0.0163	0.2003	0.0163	0.0147	0.0222	0.0567	0.0222	0.0068
chr2L	11226599	11226897	chr2L:11226600-11226897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.039	0.0169	0.0391	0.0636	0.0053	0.0204	0.0208	0.022	0.0053	0.0229	0.0711	0.0229	0.0147	0.1577	0.0529	0.1577	0.0427
chr2L	11227844	11228017	chr2L:11227845-11228017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0313	0.015	0.0383	0.0418	0.0053	0.015	0.0229	0.0193	0.0053	0.0453	0.0614	0.0453	0.0132	0.1394	0.038	0.1394	0.0167
chr2L	11228154	11228615	chr2L:11228155-11228615	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.073	0.0486	0.0944	0.0767	0.0276	0.0515	0.061	0.0613	0.0276	0.0882	0.1666	0.0882	0.0294	0.2021	0.1148	0.2021	0.0297
chr2L	11228994	11229221	chr2L:11228995-11229221	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0571	0.0335	0.0797	0.0588	0.0095	0.0364	0.0372	0.0553	0.0095	0.0411	0.1569	0.0411	0.0287	0.0926	0.1283	0.0926	0.0302
chr2L	11229353	11229504	chr2L:11229354-11229504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0453	0.0253	0.0643	0.0467	0.0074	0.0282	0.0316	0.0346	0.0074	0.0272	0.1338	0.0272	0.0163	0.0467	0.1212	0.0467	0.0245
chr2L	11229549	11229736	chr2L:11229550-11229736	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0433	0.0227	0.0626	0.0453	0.0095	0.0243	0.0294	0.03	0.0095	0.0236	0.1331	0.0236	0.0085	0.0368	0.1328	0.0368	0.0214
chr2L	11232685	11232836	chr2L:11232686-11232836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0183	0.0126	0.0236	0.0188	0.0021	0.0121	0.0195	0.0147	0.0021	0.0103	0.0466	0.0103	0.0054	0.0268	0.0264	0.0268	0.0047
chr2L	11234227	11234460	chr2L:11234228-11234460	FBgn0086035	snoRNA:Me18S-G642	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0202	0.047	0.0244	0.0117	0.0184	0.0255	0.0326	0.0117	0.0199	0.0984	0.0199	0.0116	0.0291	0.0625	0.0291	0.0094
chr2L	11234509	11234660	chr2L:11234510-11234660	FBgn0086035	snoRNA:Me18S-G642	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0136	0.039	0.0185	0.0053	0.016	0.0199	0.0153	0.0053	0.0193	0.081	0.0193	0.0077	0.0191	0.0484	0.0191	0.0089
chr2L	11234926	11235077	chr2L:11234927-11235077	FBgn0086035	snoRNA:Me18S-G642	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0209	0.0121	0.0341	0.0163	0.0032	0.0117	0.0169	0.0173	0.0032	0.0139	0.0723	0.0139	0.0062	0.026	0.0329	0.026	0.0083
chr2L	11241595	11241896	chr2L:11241596-11241896	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.035	0.0312	0.0397	0.0341	0.017	0.0248	0.0523	0.034	0.017	0.0205	0.0714	0.0205	0.0201	0.0322	0.0561	0.0322	0.0099
chr2L	11242585	11242963	chr2L:11242586-11242963	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0518	0.0368	0.0671	0.0518	0.0244	0.0359	0.051	0.0446	0.0244	0.0284	0.1212	0.0284	0.0225	0.0406	0.0864	0.0406	0.0156
chr2L	11243783	11243952	chr2L:11243784-11243952	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0301	0.0374	0.028	0.0242	0.0276	0.033	0.0575	0.0393	0.0276	0.0139	0.0502	0.0139	0.0054	0.0168	0.0219	0.0168	0.0031
chr2L	11244338	11244579	chr2L:11244339-11244579	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.0172	0.0365	0.0365	0.0064	0.0199	0.0242	0.018	0.0064	0.0151	0.0576	0.0151	0.0039	0.0184	0.0342	0.0184	0.0052
chr2L	11247125	11247276	chr2L:11247126-11247276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0221	0.0105	0.0241	0.0329	0.0032	0.0112	0.0138	0.0133	0.0032	0.0066	0.0434	0.0066	0.0031	0.0176	0.0277	0.0176	0.0078
chr2L	11247373	11247524	chr2L:11247374-11247524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0221	0.0103	0.0202	0.0373	0.0064	0.0126	0.0134	0.0107	0.0064	0.0103	0.035	0.0103	0.0039	0.0199	0.029	0.0199	0.012
chr2L	11247673	11247824	chr2L:11247674-11247824	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0242	0.013	0.0253	0.0356	0.0032	0.0155	0.0177	0.0167	0.0032	0.0103	0.0444	0.0103	0.007	0.0077	0.0277	0.0077	0.0068
chr2L	11247922	11248272	chr2L:11247923-11248272	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0519	0.0429	0.0546	0.0592	0.0276	0.0461	0.0515	0.0526	0.0276	0.0248	0.0865	0.0248	0.0248	0.036	0.0419	0.036	0.0156
chr2L	11249361	11249512	chr2L:11249362-11249512	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0207	0.0072	0.024	0.0322	0	0.0097	0.0108	0.0073	0	0.0091	0.0469	0.0091	0.0031	0.0176	0.0322	0.0176	0.0068
chr2L	11249648	11249799	chr2L:11249649-11249799	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0157	0.0061	0.0161	0.026	0.0021	0.0068	0.0082	0.0073	0.0021	0.0091	0.0293	0.0091	0.0015	0.0138	0.0187	0.0138	0.0052
chr2L	11250073	11250224	chr2L:11250074-11250224	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0227	0.0107	0.025	0.0336	0.0064	0.0092	0.0151	0.0127	0.0064	0.0085	0.0479	0.0085	0.0077	0.0207	0.0335	0.0207	0.0083
chr2L	11250271	11250422	chr2L:11250272-11250422	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0232	0.0123	0.0294	0.0285	0.0042	0.0136	0.0199	0.0113	0.0042	0.0115	0.0556	0.0115	0.0101	0.0214	0.0297	0.0214	0.0052
chr2L	11259305	11259456	chr2L:11259306-11259456	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0249	0.0226	0.036	0.0152	0.0106	0.0209	0.0342	0.02	0.0106	0.0272	0.0646	0.0272	0.0116	0.023	0.0335	0.023	0.0042
chr2L	11259709	11259860	chr2L:11259710-11259860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0243	0.0272	0.0269	0.0184	0.0148	0.0233	0.0368	0.0426	0.0148	0.0217	0.0479	0.0217	0.0093	0.0237	0.0368	0.0237	0.0099
chr2L	11259900	11260160	chr2L:11259901-11260160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0413	0.0426	0.0518	0.0283	0.0191	0.0442	0.0567	0.0586	0.0191	0.0308	0.0945	0.0308	0.024	0.0406	0.0593	0.0406	0.013
chr2L	11260190	11260485	chr2L:11260191-11260485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0443	0.0482	0.0534	0.0299	0.0318	0.05	0.0627	0.0613	0.0318	0.0368	0.0958	0.0368	0.0209	0.0467	0.0587	0.0467	0.0167
chr2L	11260556	11260707	chr2L:11260557-11260707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0255	0.027	0.0316	0.017	0.0255	0.0267	0.0329	0.0313	0.0255	0.0187	0.0582	0.0187	0.0108	0.0314	0.0368	0.0314	0.0052
chr2L	11261586	11261762	chr2L:11261587-11261762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0257	0.0216	0.034	0.0212	0.0106	0.0184	0.0303	0.0286	0.0106	0.0169	0.0685	0.0169	0.0077	0.0291	0.049	0.0291	0.0057
chr2L	11261857	11262094	chr2L:11261858-11262094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0284	0.0233	0.0364	0.0253	0.0117	0.0248	0.0337	0.0266	0.0117	0.0127	0.0759	0.0127	0.0108	0.036	0.0606	0.036	0.0073
chr2L	11268972	11269156	chr2L:11268973-11269156	FBgn0040232	cmet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1772	0.167	0.2079	0.1549	0.1241	0.1801	0.1899	0.2132	0.1241	0.2603	0.2254	0.2603	0.1991	0.17	0.176	0.17	0.1584
chr2L	11269418	11269629	chr2L:11269419-11269629	FBgn0040232,FBgn0040233,FBgn0052831	CG33695,cana,cmet	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.115	0.0948	0.143	0.1068	0.0541	0.1034	0.1008	0.1406	0.0541	0.1636	0.1637	0.1636	0.1448	0.1202	0.1044	0.1202	0.1282
chr2L	11269637	11269838	chr2L:11269638-11269838	FBgn0040233,FBgn0052831	CG33695,cana	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0922	0.0646	0.1162	0.0968	0.0265	0.0791	0.0727	0.0826	0.0265	0.1377	0.135	0.1377	0.1115	0.1126	0.0922	0.1126	0.1298
chr2L	11271710	11271898	chr2L:11271711-11271898	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0278	0.0495	0.0724	0.0159	0.0301	0.0407	0.0253	0.0159	0.0393	0.0659	0.0393	0.0728	0.1654	0.1251	0.1654	0.037
chr2L	11272108	11272259	chr2L:11272109-11272259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0182	0.0256	0.0334	0.0064	0.0175	0.0272	0.0247	0.0064	0.0217	0.0312	0.0217	0.0356	0.0704	0.0554	0.0704	0.0229
chr2L	11272466	11272617	chr2L:11272467-11272617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0242	0.0147	0.0195	0.0398	0.0053	0.0165	0.0229	0.0133	0.0053	0.0308	0.0196	0.0308	0.0194	0.1455	0.0271	0.1455	0.0135
chr2L	11277905	11278115	chr2L:11277906-11278115	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1283	0.1277	0.143	0.1128	0.0732	0.1476	0.1553	0.1539	0.0732	0.1655	0.1547	0.1655	0.1565	0.147	0.1077	0.147	0.1245
chr2L	11278181	11278355	chr2L:11278182-11278355	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0612	0.0742	0.0625	0.0392	0.0723	0.0753	0.072	0.0392	0.0821	0.0814	0.0821	0.0829	0.0789	0.0619	0.0789	0.0724
chr2L	11279681	11279869	chr2L:11279682-11279869	FBgn0032358	Ppt2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0495	0.0513	0.0265	0.0308	0.0495	0.0644	0.0633	0.0308	0.0562	0.0611	0.0562	0.0527	0.0306	0.0226	0.0306	0.0328
chr2L	11279873	11280024	chr2L:11279874-11280024	FBgn0032358	Ppt2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0419	0.0477	0.027	0.0223	0.0374	0.0558	0.058	0.0223	0.0519	0.0556	0.0519	0.0503	0.0375	0.0226	0.0375	0.0302
chr2L	11280195	11280382	chr2L:11280196-11280382	FBgn0032358	Ppt2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.112	0.1414	0.1029	0.0785	0.1209	0.1233	0.1466	0.0785	0.1751	0.1576	0.1751	0.1286	0.1018	0.1103	0.1018	0.1183
chr2L	11280488	11280883	chr2L:11280489-11280883	FBgn0032358	Ppt2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0999	0.1002	0.1188	0.079	0.0636	0.116	0.1155	0.1233	0.0636	0.1413	0.1415	0.1413	0.0991	0.0896	0.0825	0.0896	0.0974
chr2L	11281991	11282182	chr2L:11281992-11282182	FBgn0020270	mre11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.0866	0.1015	0.0572	0.0594	0.0922	0.1103	0.0986	0.0594	0.1178	0.1164	0.1178	0.086	0.0597	0.0593	0.0597	0.0667
chr2L	11288421	11288572	chr2L:11288422-11288572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0082	0.0117	0.0163	0.0032	0.0058	0.0147	0.008	0.0032	0.0115	0.01	0.0115	0.0101	0.0031	0.0052	0.0031	0.0052
chr2L	11290114	11290265	chr2L:11290115-11290265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0085	0.0087	0.0072	0.0097	0.0021	0.0092	0.0134	0.01	0.0021	0.0054	0.0061	0.0054	0.0062	0.0023	0.0019	0.0023	0.0021
chr2L	11294093	11294244	chr2L:11294094-11294244	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0131	0.0308	0.0145	0.0032	0.0165	0.0203	0.012	0.0032	0.0278	0.0199	0.0278	0.0147	0.0145	0.0097	0.0145	0.0109
chr2L	11295957	11296108	chr2L:11295958-11296108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0106	0.0189	0.0159	0	0.0117	0.0169	0.0107	0	0.0254	0.0186	0.0254	0.0077	0.0069	0.0077	0.0069	0.0047
chr2L	11296474	11296658	chr2L:11296475-11296658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0115	0.0263	0.0272	0	0.0136	0.016	0.014	0	0.0248	0.0177	0.0248	0.007	0.0054	0.0084	0.0054	0.0031
chr2L	11296698	11296883	chr2L:11296699-11296883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0132	0.0301	0.0276	0.0011	0.016	0.0186	0.012	0.0011	0.0356	0.0174	0.0356	0.007	0.0046	0.0058	0.0046	0.0073
chr2L	11297502	11297653	chr2L:11297503-11297653	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0123	0.0151	0.0195	0.0042	0.016	0.0151	0.0127	0.0042	0.0187	0.01	0.0187	0.0062	0.0069	0.0019	0.0069	0.0057
chr2L	11298471	11298622	chr2L:11298472-11298622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0066	0.0102	0.0148	0.0032	0.0063	0.0091	0.0067	0.0032	0.0085	0.0084	0.0085	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0042
chr2L	11300796	11300957	chr2L:11300797-11300957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0135	0.0269	0.0212	0.0085	0.0155	0.0151	0.0193	0.0085	0.0181	0.0174	0.0181	0.0124	0.0046	0.0103	0.0046	0.0073
chr2L	11303645	11303796	chr2L:11303646-11303796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.009	0.0103	0.0116	0.0042	0.0073	0.0117	0.0147	0.0042	0.0085	0.0113	0.0085	0.0046	8e-04	0.0026	8e-04	0.0057
chr2L	11304252	11304403	chr2L:11304253-11304403	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0057	0.0076	0.0097	0.0021	0.0039	0.0108	0.006	0.0021	0.0048	0.0106	0.0048	0.0023	0.0038	0.0039	0.0038	0.0026
chr2L	11306676	11306827	chr2L:11306677-11306827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.0083	0.0133	0.0104	0.0021	0.0083	0.0147	0.0073	0.0021	0.0205	0.0154	0.0205	0.0108	0.0291	0.0084	0.0291	0.0078
chr2L	11310795	11310946	chr2L:11310796-11310946	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0223	0.0424	0.0089	0.0053	0.0243	0.0333	0.024	0.0053	0.029	0.0801	0.029	0.0077	0.01	0.0174	0.01	0.0052
chr2L	11318038	11318189	chr2L:11318039-11318189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0125	0.0204	0.0206	0.0032	0.0121	0.0212	0.0127	0.0032	0.0115	0.0305	0.0115	0.0178	0.0077	0.0651	0.0077	0.0073
chr2L	11318675	11318946	chr2L:11318676-11318946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.015	0.0199	0.0173	0.0064	0.016	0.0268	0.0107	0.0064	0.0205	0.0241	0.0205	0.0194	0.0352	0.0303	0.0352	0.0052
chr2L	11322819	11323026	chr2L:11322820-11323026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0091	0.028	0.0173	0.0032	0.0097	0.0147	0.0087	0.0032	0.0242	0.0482	0.0242	0.0132	0.01	0.058	0.01	0.0047
chr2L	11324731	11324923	chr2L:11324732-11324923	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0156	0.0405	0.0163	0.0138	0.017	0.0229	0.0127	0.0138	0.0417	0.0659	0.0417	0.0186	0.01	0.049	0.01	0.0057
chr2L	11324955	11325154	chr2L:11324956-11325154	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.0168	0.0486	0.023	0.0042	0.018	0.026	0.0193	0.0042	0.038	0.0842	0.038	0.0209	0.0092	0.0741	0.0092	0.0073
chr2L	11326311	11326465	chr2L:11326312-11326465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0101	0.0288	0.0118	0.0021	0.0087	0.0186	0.0093	0.0021	0.0103	0.0608	0.0103	0.0093	0.0038	0.0355	0.0038	0.0026
chr2L	11327698	11327849	chr2L:11327699-11327849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0096	0.0282	0.0121	0.0042	0.0121	0.0134	0.0107	0.0042	0.0193	0.0402	0.0193	0.0248	0.0084	0.0232	0.0084	0.0115
chr2L	11334880	11335031	chr2L:11334881-11335031	distal	distal	none	none	VT5802.1	VT5802.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0069	0.0135	0.0103	0.0042	0.0049	0.0121	0.006	0.0042	0.0121	0.0183	0.0121	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0026
chr2L	11336959	11337110	chr2L:11336960-11337110	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0057	0.0123	0.0135	0.0021	0.0063	0.0082	0.0067	0.0021	0.0121	0.0177	0.0121	0.0046	0.0031	0.0084	0.0031	0.0073
chr2L	11338027	11338318	chr2L:11338028-11338318	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0457	0.0388	0.083	0.0127	0.0117	0.0422	0.0372	0.0713	0.0117	0.0163	0.1563	0.0163	0.0217	0.0046	0.0181	0.0046	0.0042
chr2L	11338548	11338759	chr2L:11338549-11338759	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0368	0.0348	0.0598	0.0138	0.017	0.0379	0.0264	0.0706	0.017	0.0217	0.1055	0.0217	0.0077	0.0069	0.0077	0.0069	0.0026
chr2L	11339021	11339172	chr2L:11339022-11339172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0141	0.0246	0.0099	0.0011	0.018	0.0151	0.022	0.0011	0.0072	0.0344	0.0072	0.0093	0.0069	0.0045	0.0069	0.0031
chr2L	11339466	11339688	chr2L:11339467-11339688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0281	0.0234	0.0428	0.0171	0.0053	0.0257	0.0307	0.034	0.0053	0.0296	0.0531	0.0296	0.0147	0.0092	0.0097	0.0092	0.012
chr2L	11341424	11341575	chr2L:11341425-11341575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0194	0.0126	0.0303	0.0152	0.0021	0.0121	0.0212	0.0133	0.0021	0.0302	0.0457	0.0302	0.0116	0.0253	0.0219	0.0253	0.0089
chr2L	11341763	11341914	chr2L:11341764-11341914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0198	0.0113	0.0265	0.0219	0.0032	0.015	0.0173	0.0093	0.0032	0.0344	0.0296	0.0344	0.0139	0.0628	0.0174	0.0628	0.0125
chr2L	11342094	11342245	chr2L:11342095-11342245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0158	0.0118	0.022	0.0134	0.0042	0.0184	0.0143	0.0107	0.0042	0.0187	0.0203	0.0187	0.0101	0.0245	0.0058	0.0245	0.013
chr2L	11343923	11344210	chr2L:11343924-11344210	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0624	0.1083	0.0619	0.0116	0.0848	0.0655	0.1605	0.1439	0.0848	0.0513	0.109	0.0513	0.0209	0.0145	0.0193	0.0145	0.0057
chr2L	11344814	11345248	chr2L:11344815-11345248	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0591	0.0229	0.0855	0.0706	0.0053	0.034	0.0247	0.03	0.0053	0.1196	0.1238	0.1196	0.024	0.2152	0.0761	0.2152	0.0344
chr2L	11345712	11345863	chr2L:11345713-11345863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0141	0.0236	0.0132	0.0053	0.0189	0.0177	0.014	0.0053	0.0254	0.0196	0.0254	0.0085	0.0054	0.0064	0.0054	0.0099
chr2L	11345882	11346033	chr2L:11345883-11346033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0168	0.0316	0.0195	0.0053	0.018	0.0221	0.0233	0.0053	0.0399	0.0264	0.0399	0.0163	0.0153	0.0084	0.0153	0.0146
chr2L	11346403	11346597	chr2L:11346404-11346597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0248	0.0378	0.0149	0.0042	0.0296	0.0281	0.0373	0.0042	0.0423	0.0315	0.0423	0.0085	0.0107	0.0064	0.0107	0.0078
chr2L	11347118	11347460	chr2L:11347119-11347460	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0568	0.0366	0.0859	0.0473	0.0106	0.0694	0.0298	0.0393	0.0106	0.218	0.0656	0.218	0.0271	0.1462	0.0309	0.1462	0.0203
chr2L	11349534	11349685	chr2L:11349535-11349685	distal	distal	none	none	salm_AZA	salm_AZA	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0169	0.0355	0.0088	0.0085	0.0243	0.0169	0.024	0.0085	0.0362	0.0469	0.0362	0.0093	0.0138	0.0097	0.0138	0.0068
chr2L	11349782	11350025	chr2L:11349783-11350025	distal	distal	stage11	stage11	salm_AZA	salm_AZA	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0272	0.0516	0.0109	0.0106	0.0272	0.0329	0.0433	0.0106	0.035	0.0814	0.035	0.0163	0.0123	0.0123	0.0123	0.0109
chr2L	11351023	11351174	chr2L:11351024-11351174	distal	distal	none	none	salm_AZA	salm_AZA	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0177	0.0283	0.0079	0.0032	0.0131	0.0298	0.022	0.0032	0.0157	0.0514	0.0157	0.0116	0.0038	0.0161	0.0038	0.0036
chr2L	11351983	11352134	chr2L:11351984-11352134	distal	distal	none	none	salm_AZA	salm_AZA	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0081	0.0142	0.0297	0.0021	0.0078	0.0121	0.01	0.0021	0.0103	0.0145	0.0103	0.0039	0.0038	0.0077	0.0038	0.0151
chr2L	11356786	11356937	chr2L:11356787-11356937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0251	0.0214	0.0357	0.0177	0.0106	0.0223	0.029	0.026	0.0106	0.0169	0.0666	0.0169	0.0147	0.0054	0.0561	0.0054	0.0094
chr2L	11357056	11357209	chr2L:11357057-11357209	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.04	0.03	0.0607	0.0284	0.0095	0.0311	0.0471	0.03	0.0095	0.0314	0.1084	0.0314	0.0217	0.0107	0.0825	0.0107	0.013
chr2L	11357412	11357616	chr2L:11357413-11357616	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0356	0.0294	0.0563	0.0198	0.0127	0.0238	0.0441	0.04	0.0127	0.0423	0.0675	0.0423	0.0217	0.0153	0.0264	0.0153	0.012
chr2L	11358269	11358513	chr2L:11358270-11358513	FBgn0000287	salr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0546	0.0643	0.0673	0.0299	0.035	0.0704	0.0727	0.0926	0.035	0.0833	0.0859	0.0833	0.0473	0.0314	0.0316	0.0314	0.0229
chr2L	11358600	11358808	chr2L:11358601-11358808	FBgn0000287	salr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1426	0.1028	0.1886	0.1366	0.0573	0.1257	0.1051	0.1419	0.0573	0.2053	0.2238	0.2053	0.1921	0.1271	0.1418	0.1271	0.1511
chr2L	11358868	11359019	chr2L:11358869-11359019	FBgn0000287	salr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.068	0.0485	0.0957	0.0595	0.0244	0.0568	0.0567	0.0606	0.0244	0.1178	0.1167	0.1178	0.079	0.0467	0.0567	0.0467	0.0422
chr2L	11359199	11359461	chr2L:11359200-11359461	FBgn0000287	salr	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0409	0.032	0.0572	0.0329	0.0223	0.0393	0.0368	0.0366	0.0223	0.0694	0.0704	0.0694	0.0473	0.0306	0.0316	0.0306	0.0234
chr2L	11362993	11363213	chr2L:11362994-11363213	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	salm_EME	salm_EME	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0406	0.0336	0.0604	0.0266	0.0095	0.0417	0.0285	0.0613	0.0095	0.038	0.1051	0.038	0.0217	0.0184	0.06	0.0184	0.0109
chr2L	11363445	11363596	chr2L:11363446-11363596	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0158	0.0261	0.0173	0.0064	0.0209	0.0169	0.022	0.0064	0.0199	0.0437	0.0199	0.0101	0.0168	0.0329	0.0168	0.0089
chr2L	11371023	11371174	chr2L:11371024-11371174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0138	0.0122	0.0166	0.0124	0.0011	0.0126	0.0199	0.0127	0.0011	0.0272	0.0186	0.0272	0.0116	0.0314	0.0077	0.0314	0.0109
chr2L	11376759	11377029	chr2L:11376760-11377029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0253	0.0169	0.0251	0.0348	0.0074	0.015	0.0281	0.016	0.0074	0.0441	0.0248	0.0441	0.0147	0.1233	0.02	0.1233	0.0089
chr2L	11377286	11377437	chr2L:11377287-11377437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0114	0.0115	0.0104	0.0125	0.0032	0.0083	0.0238	0.0073	0.0032	0.0072	0.0109	0.0072	0.007	0.0153	0.0045	0.0153	0.0047
chr2L	11390181	11390395	chr2L:11390182-11390395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0111	0.0118	0.0113	0.0074	0.0092	0.0186	0.0093	0.0074	0.0103	0.0106	0.0103	0.0101	0.0054	0.0039	0.0054	0.0068
chr2L	11400783	11400952	chr2L:11400784-11400952	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.022	0.041	0.0168	0.0064	0.0392	0.0243	0.0567	0.0573	0.0392	0.0139	0.0273	0.0139	0.0155	0.0084	0.0084	0.0084	0.0057
chr2L	11403432	11403583	chr2L:11403433-11403583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0084	0.0077	0.0071	0.0104	0.0064	0.0083	0.0117	0.0053	0.0064	0.0091	0.008	0.0091	0.0077	0.0291	0.0077	0.0291	0.0052
chr2L	11411750	11411901	chr2L:11411751-11411901	distal	distal	none	none	salm_BAT	salm_BAT	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0157	0.0141	0.0096	0.0064	0.0136	0.0281	0.012	0.0064	0.0157	0.0141	0.0157	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0052
chr2L	11413973	11414124	chr2L:11413974-11414124	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0107	0.0133	0.017	0	0.0107	0.0173	0.014	0	0.0097	0.009	0.0097	0.0023	0.0038	0.0039	0.0038	0.0047
chr2L	11414215	11414384	chr2L:11414216-11414384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0174	0.0216	0.0195	0.0085	0.0141	0.0272	0.0193	0.0085	0.0181	0.0177	0.0181	0.0039	0.0054	0.0077	0.0054	0.0068
chr2L	11415161	11415312	chr2L:11415162-11415312	distal	distal	none	none	salm	salm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0167	0.0135	0.0217	0.0148	0.0042	0.0165	0.0212	0.0107	0.0042	0.0495	0.018	0.0495	0.0085	0.0345	0.009	0.0345	0.0109
chr2L	11415429	11415629	chr2L:11415430-11415629	distal	distal	none	none	salm	salm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0185	0.0121	0.0207	0.0231	0.0011	0.015	0.0221	0.0067	0.0011	0.0495	0.0161	0.0495	0.0116	0.0467	0.0148	0.0467	0.025
chr2L	11417763	11417914	chr2L:11417764-11417914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0209	0.0211	0.0289	0.012	0.0117	0.0175	0.0303	0.0273	0.0117	0.0223	0.0447	0.0223	0.0225	0.0046	0.0161	0.0046	0.0141
chr2L	11418715	11419167	chr2L:11418716-11419167	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0661	0.0961	0.0801	0.0173	0.0668	0.0874	0.1332	0.1133	0.0668	0.0417	0.1489	0.0417	0.0225	0.0153	0.029	0.0153	0.0094
chr2L	11419307	11419458	chr2L:11419308-11419458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0239	0.0292	0.031	0.0102	0.018	0.0262	0.0398	0.0393	0.018	0.0151	0.0566	0.0151	0.0132	0.0046	0.0206	0.0046	0.0057
chr2L	11420012	11420163	chr2L:11420013-11420163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0165	0.0164	0.0177	0.0095	0.0121	0.0272	0.0193	0.0095	0.0097	0.018	0.0097	0.0101	0.0031	0.0077	0.0031	0.0063
chr2L	11420225	11420376	chr2L:11420226-11420376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0116	0.0137	0.017	0.0053	0.0112	0.0182	0.012	0.0053	0.0079	0.0132	0.0079	0.0039	0.0031	0.0077	0.0031	0.0052
chr2L	11420429	11420580	chr2L:11420430-11420580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0108	0.0132	0.0164	0.0042	0.0107	0.0173	0.0113	0.0042	0.0091	0.0125	0.0091	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chr2L	11421246	11421397	chr2L:11421247-11421397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0136	0.0137	0.0155	0.0021	0.0136	0.0212	0.014	0.0021	0.0169	0.0113	0.0169	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	11431023	11431174	chr2L:11431024-11431174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.017	0.0155	0.0217	0.0136	0.0095	0.0175	0.0238	0.0113	0.0095	0.0254	0.0244	0.0254	0.0124	0.01	0.011	0.01	0.0078
chr2L	11433025	11433237	chr2L:11433026-11433237	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0396	0.0396	0.0102	0.0382	0.0335	0.0506	0.0453	0.0382	0.0513	0.0495	0.0513	0.0132	0.0084	0.0135	0.0084	0.0057
chr2L	11433637	11433888	chr2L:11433638-11433888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0308	0.0353	0.0404	0.0155	0.0255	0.0301	0.0415	0.0546	0.0255	0.026	0.0669	0.026	0.0201	0.0092	0.0419	0.0092	0.0078
chr2L	11434063	11434214	chr2L:11434064-11434214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0217	0.0251	0.0163	0.0159	0.0199	0.0311	0.0253	0.0159	0.0181	0.0405	0.0181	0.0108	0.0115	0.0419	0.0115	0.0109
chr2L	11434512	11434663	chr2L:11434513-11434663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0249	0.0303	0.0293	0.0139	0.0265	0.0209	0.0454	0.0366	0.0265	0.0223	0.0428	0.0223	0.0124	0.0145	0.0239	0.0145	0.0115
chr2L	11445598	11446001	chr2L:11445599-11446001	FBgn0261648	salm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.3549	0.3733	0.4018	0.2828	0.3043	0.3772	0.4438	0.461	0.3043	0.4505	0.4736	0.4505	0.3292	0.3017	0.3598	0.3017	0.2454
chr2L	11446130	11446364	chr2L:11446131-11446364	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1989	0.1756	0.2503	0.1686	0.1124	0.216	0.1825	0.2338	0.1124	0.25	0.3068	0.25	0.2486	0.173	0.2173	0.173	0.1678
chr2L	11447467	11447684	chr2L:11447468-11447684	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1001	0.113	0.1001	0.0855	0.1039	0.0937	0.1367	0.1612	0.1039	0.09	0.1183	0.09	0.0875	0.0613	0.069	0.0613	0.0631
chr2L	11450582	11450796	chr2L:11450583-11450796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0545	0.081	0.0702	0.0077	0.0403	0.0631	0.1133	0.1173	0.0403	0.0314	0.1318	0.0314	0.0465	0.0061	0.0174	0.0061	0.0042
chr2L	11452688	11453017	chr2L:11452689-11453017	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1162	0.2115	0.1006	0.0267	0.2821	0.132	0.3465	0.1679	0.2821	0.1141	0.128	0.1141	0.0868	0.0498	0.0368	0.0498	0.0162
chr2L	11453182	11453490	chr2L:11453183-11453490	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0766	0.1152	0.0841	0.0253	0.1485	0.0743	0.1877	0.0946	0.1485	0.1129	0.1026	0.1129	0.0612	0.0505	0.0264	0.0505	0.0261
chr2L	11453806	11453957	chr2L:11453807-11453957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.019	0.0189	0.0253	0.0121	0.0148	0.0189	0.0303	0.0133	0.0148	0.0332	0.036	0.0332	0.0147	0.0314	0.0135	0.0314	0.0073
chr2L	11455391	11455680	chr2L:11455392-11455680	distal	distal	stage5	stage5	salm_wingpouch_Guss	salm_wingpouch_Guss	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0624	0.1572	0.0181	0.005	0.1304	0.0612	0.2548	0.2212	0.1304	0.0097	0.0244	0.0097	0.0062	0.0023	0.0064	0.0023	0.0016
chr2L	11455855	11456034	chr2L:11455856-11456034	distal	distal	stage5	stage5	salm_salBE421	salm_salBE421	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0376	0.0932	0.0121	0.0033	0.0732	0.051	0.1609	0.1026	0.0732	0.0127	0.0096	0.0127	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0
chr2L	11456915	11457071	chr2L:11456916-11457071	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0222	0.0373	0.0379	0.0095	0.0257	0.0294	0.0247	0.0095	0.0236	0.0215	0.0236	0.0155	0.0046	0.0084	0.0046	0.0162
chr2L	11457559	11457722	chr2L:11457560-11457722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.03	0.0234	0.0439	0.022	0.0159	0.0286	0.0303	0.0207	0.0159	0.1033	0.026	0.1033	0.0209	0.0222	0.0077	0.0222	0.0078
chr2L	11458258	11458409	chr2L:11458259-11458409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.022	0.0127	0.0316	0.022	0.0042	0.0194	0.0151	0.0107	0.0042	0.0773	0.019	0.0773	0.0201	0.0651	0.0116	0.0651	0.0167
chr2L	11458544	11458754	chr2L:11458545-11458754	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0427	0.0284	0.065	0.0343	0.0085	0.0534	0.0277	0.0247	0.0085	0.16	0.0344	0.16	0.0364	0.1049	0.0174	0.1049	0.0172
chr2L	11458829	11458980	chr2L:11458830-11458980	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0263	0.0258	0.0377	0.0145	0.0127	0.0369	0.0316	0.0233	0.0127	0.1093	0.0219	0.1093	0.0186	0.0398	0.0077	0.0398	0.0073
chr2L	11459518	11459696	chr2L:11459519-11459696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0184	0.0235	0.0148	0.0053	0.015	0.0307	0.0207	0.0053	0.0266	0.0196	0.0266	0.0062	0.0084	0.0064	0.0084	0.0042
chr2L	11460567	11460731	chr2L:11460568-11460731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0147	0.0236	0.0153	0.0064	0.0121	0.0229	0.0193	0.0064	0.0211	0.0363	0.0211	0.0116	0.0191	0.0303	0.0191	0.0104
chr2L	11464312	11464505	chr2L:11464313-11464505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0184	0.0141	0.0294	0.011	0.0053	0.018	0.0177	0.016	0.0053	0.0513	0.0357	0.0513	0.0155	0.0069	0.0103	0.0069	0.0094
chr2L	11470224	11470395	chr2L:11470225-11470395	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0223	0.0359	0.023	0.0064	0.0276	0.0248	0.0497	0.0506	0.0276	0.0254	0.0254	0.0254	0.024	0.0054	0.011	0.0054	0.0042
chr2L	11472304	11472472	chr2L:11472305-11472472	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0226	0.0208	0.0284	0.0181	0.0106	0.0194	0.0285	0.0266	0.0106	0.029	0.0434	0.029	0.0163	0.0077	0.0303	0.0077	0.0146
chr2L	11473234	11473385	chr2L:11473235-11473385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0183	0.0212	0.0179	0.0156	0.0085	0.018	0.0316	0.0273	0.0085	0.0193	0.0183	0.0193	0.007	0.0031	0.0071	0.0031	0.0021
chr2L	11473954	11474177	chr2L:11473955-11474177	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0438	0.0375	0.0575	0.0359	0.0255	0.0369	0.0454	0.05	0.0255	0.0682	0.0659	0.0682	0.0442	0.0299	0.0303	0.0299	0.0334
chr2L	11474454	11474635	chr2L:11474455-11474635	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.032	0.0246	0.0359	0.0361	0.0117	0.0218	0.0337	0.0333	0.0117	0.0296	0.0347	0.0296	0.0232	0.0138	0.0193	0.0138	0.0177
chr2L	11474816	11474987	chr2L:11474817-11474987	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.043	0.046	0.0475	0.0347	0.0276	0.0398	0.0575	0.0686	0.0276	0.0483	0.0553	0.0483	0.038	0.0268	0.0297	0.0268	0.0302
chr2L	11475087	11475277	chr2L:11475088-11475277	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0724	0.069	0.048	0.0541	0.0684	0.083	0.1066	0.0541	0.0845	0.0865	0.0845	0.0635	0.0658	0.0516	0.0658	0.0631
chr2L	11475597	11475748	chr2L:11475598-11475748	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0178	0.0275	0.0136	0.0114	0.0106	0.0248	0.026	0.0573	0.0106	0.0121	0.0167	0.0121	0.0085	0.0061	0.0039	0.0061	0.0057
chr2L	11482505	11482656	chr2L:11482506-11482656	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.019	0.0308	0.0174	0.0077	0.017	0.0214	0.042	0.0506	0.017	0.0157	0.0244	0.0157	0.0108	0.0077	0.0045	0.0077	0.0026
chr2L	11485598	11485807	chr2L:11485599-11485807	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0586	0.0393	0.0127	0.0467	0.0427	0.0809	0.0819	0.0467	0.0066	0.0855	0.0066	0.0116	0.0038	0.0335	0.0038	0.0052
chr2L	11486011	11486217	chr2L:11486012-11486217	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.091	0.1559	0.0849	0.0251	0.1516	0.1053	0.2141	0.2092	0.1516	0.0145	0.1913	0.0145	0.0155	0.0069	0.089	0.0069	0.0063
chr2L	11486391	11486542	chr2L:11486392-11486542	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0463	0.084	0.0395	0.0117	0.0891	0.0578	0.1324	0.0839	0.0891	0.0121	0.081	0.0121	0.0139	0.0054	0.0361	0.0054	0.0042
chr2L	11486572	11486726	chr2L:11486573-11486726	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.043	0.0765	0.039	0.01	0.0785	0.0563	0.1142	0.0793	0.0785	0.0103	0.0801	0.0103	0.0163	0.0031	0.0251	0.0031	0.0089
chr2L	11487016	11487358	chr2L:11487017-11487358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.0618	0.034	0.0095	0.0657	0.0369	0.1029	0.0653	0.0657	0.0054	0.0704	0.0054	0.0186	0.0046	0.0213	0.0046	0.0047
chr2L	11487426	11487593	chr2L:11487427-11487593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0263	0.047	0.0226	0.0072	0.0498	0.0218	0.0817	0.054	0.0498	0.0036	0.0489	0.0036	0.0054	0.0038	0.0077	0.0038	0.0021
chr2L	11488814	11488971	chr2L:11488815-11488971	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0143	0.0211	0.0521	0.0032	0.016	0.0225	0.0127	0.0032	0.0199	0.0164	0.0199	0.0132	0.0038	0.009	0.0038	0.0224
chr2L	11491278	11491620	chr2L:11491279-11491620	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0725	0.1011	0.0864	0.0253	0.0435	0.0961	0.0947	0.1925	0.0435	0.0694	0.1508	0.0694	0.0279	0.0161	0.0264	0.0161	0.0089
chr2L	11494389	11494540	chr2L:11494390-11494540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0108	0.0109	0.0118	0.0042	0.0131	0.0156	0.01	0.0042	0.0072	0.0138	0.0072	0.0023	0.0038	6e-04	0.0038	0.0016
chr2L	11498628	11498816	chr2L:11498629-11498816	FBgn0032361	CG6488	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0312	0.0494	0.0319	0.0095	0.033	0.0441	0.04	0.0095	0.0513	0.0585	0.0513	0.0542	0.0329	0.0309	0.0329	0.0365
chr2L	11498856	11499043	chr2L:11498857-11499043	FBgn0032361	CG6488	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0896	0.073	0.1102	0.0855	0.0414	0.0772	0.0887	0.0979	0.0414	0.128	0.1225	0.128	0.1154	0.0942	0.0954	0.0942	0.099
chr2L	11499066	11499268	chr2L:11499067-11499268	FBgn0032361	CG6488	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0766	0.0617	0.0935	0.0748	0.0392	0.066	0.067	0.0853	0.0392	0.1129	0.1055	0.1129	0.0868	0.0835	0.0864	0.0835	0.0823
chr2L	11499372	11499523	chr2L:11499373-11499523	FBgn0032361	CG6488	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0271	0.028	0.0292	0.0238	0.0201	0.0277	0.0424	0.0253	0.0201	0.0338	0.0334	0.0338	0.0302	0.0329	0.0264	0.0329	0.0245
chr2L	11500704	11500855	chr2L:11500705-11500855	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0129	0.0113	0.0121	0.0156	0.0042	0.0131	0.0182	0.008	0.0042	0.0097	0.0193	0.0097	0.0093	0.013	0.0406	0.013	0.0104
chr2L	11501634	11501785	chr2L:11501635-11501785	FBgn0032362	spz4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0126	0.0195	0.0242	0.0053	0.0146	0.0177	0.014	0.0053	0.0097	0.0344	0.0097	0.0147	0.0077	0.0812	0.0077	0.0104
chr2L	11502806	11502957	chr2L:11502807-11502957	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0167	0.0147	0.0162	0.0106	0.0087	0.029	0.0213	0.0106	0.0109	0.0222	0.0109	0.0116	0.0038	0.0496	0.0038	0.0068
chr2L	11505001	11505152	chr2L:11505002-11505152	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0122	0.0112	0.0133	0.012	0.0032	0.0117	0.0208	0.0093	0.0032	0.0085	0.0215	0.0085	0.0108	0.0031	0.0335	0.0031	0.0063
chr2L	11505207	11505358	chr2L:11505208-11505358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0117	0.0137	0.0131	0.0042	0.0121	0.019	0.0113	0.0042	0.0097	0.0219	0.0097	0.0101	0.0038	0.0329	0.0038	0.0109
chr2L	11516422	11516627	chr2L:11516423-11516627	FBgn0032363	CG6509	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0969	0.0581	0.127	0.1072	0.0297	0.0786	0.0584	0.0753	0.0297	0.1479	0.1576	0.1479	0.1286	0.1194	0.1406	0.1194	0.1256
chr2L	11516709	11516895	chr2L:11516710-11516895	FBgn0032363	CG6509	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2129	0.1603	0.2641	0.2156	0.1177	0.2068	0.1622	0.1945	0.1177	0.3273	0.3068	0.3273	0.2517	0.2374	0.2547	0.2374	0.2397
chr2L	11517044	11517319	chr2L:11517045-11517319	FBgn0032363,FBgn0032364	CG4970,CG6509	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2542	0.2313	0.297	0.233	0.1983	0.2806	0.2561	0.2578	0.1983	0.3671	0.3264	0.3671	0.2866	0.2688	0.2579	0.2688	0.2579
chr2L	11517513	11517782	chr2L:11517514-11517782	FBgn0032363,FBgn0032364	CG4970,CG6509	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0626	0.0761	0.0642	0.0424	0.0529	0.0939	0.0746	0.0424	0.0821	0.0891	0.0821	0.0728	0.0743	0.0664	0.0743	0.0761
chr2L	11576798	11576967	chr2L:11576799-11576967	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0141	0.0289	0.0077	0.0045	0.0265	0.0267	0.0454	0.024	0.0265	0.0109	0.0077	0.0109	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0026
chr2L	11581199	11581440	chr2L:11581200-11581440	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0525	0.042	0.0555	0.0609	0.0276	0.0466	0.0463	0.052	0.0276	0.1002	0.0405	0.1002	0.0612	0.1095	0.0232	0.1095	0.0365
chr2L	11581833	11582046	chr2L:11581834-11582046	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1063	0.1007	0.1221	0.0951	0.0795	0.1131	0.1198	0.1146	0.0795	0.2597	0.0939	0.2597	0.0968	0.1907	0.038	0.1907	0.062
chr2L	11582157	11582308	chr2L:11582158-11582308	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0402	0.0349	0.0525	0.0324	0.0308	0.0456	0.0402	0.0366	0.0308	0.1184	0.036	0.1184	0.0558	0.0666	0.0181	0.0666	0.0219
chr2L	11588940	11589102	chr2L:11588941-11589102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0166	0.0087	0.0122	0.0302	0.0053	0.0068	0.019	0.004	0.0053	0.0121	0.0055	0.0121	0.0077	0.0015	0.0058	0.0015	0.0052
chr2L	11589506	11589657	chr2L:11589507-11589657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0104	0.0087	0.0061	0.0171	0.0095	0.0049	0.0169	0.0047	0.0095	0.0066	0.0048	0.0066	0.0046	0.013	0.0058	0.013	0.0057
chr2L	11593723	11593874	chr2L:11593724-11593874	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0056	0.0065	0.0095	0.0042	0.0063	0.0095	0.002	0.0042	0.0121	0.0055	0.0121	0.0054	0.0038	0.0013	0.0038	0.0052
chr2L	11595441	11595592	chr2L:11595442-11595592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0074	0.0096	0.0052	0.0074	0.0053	0.0068	0.0203	0.0067	0.0053	0.0079	0.0048	0.0079	0.0031	0.0038	0	0.0038	0.0031
chr2L	11607265	11607416	chr2L:11607266-11607416	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0125	0.0036	0.0088	0.0265	0.0042	0.0044	0.0056	0.0013	0.0042	0.0157	0.0074	0.0157	0.0124	0.0858	0.0123	0.0858	0.0203
chr2L	11607923	11608074	chr2L:11607924-11608074	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0128	0.0067	0.0077	0.0251	0.0021	0.0073	0.0112	0.0053	0.0021	0.0163	0.0055	0.0163	0.007	0.0643	0.0155	0.0643	0.0229
chr2L	11648714	11648865	chr2L:11648715-11648865	FBgn0032369	CG6614	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.0097	0.0213	0.0074	0.0042	0.0087	0.013	0.016	0.0042	0.0097	0.0428	0.0097	0.0062	0.0054	0.0174	0.0054	0.0042
chr2L	11722641	11722792	chr2L:11722642-11722792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0114	0.0191	0.0086	0.006	0.0127	0.0097	0.0441	0.0073	0.0127	0.0157	0.008	0.0157	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chr2L	11756126	11756428	chr2L:11756127-11756428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0213	0.0297	0.0235	0.0095	0.0117	0.034	0.045	0.026	0.0117	0.0525	0.0209	0.0525	0.0093	0.0046	0.0084	0.0046	0.0083
chr2L	11756736	11756889	chr2L:11756737-11756889	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0189	0.0353	0.0137	0.0063	0.035	0.017	0.0714	0.026	0.035	0.0254	0.0113	0.0254	0.0031	0.0054	0.0026	0.0054	0.0068
chr2L	11764853	11765004	chr2L:11764854-11765004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0096	0.0083	0.0077	0.0131	0.0021	0.0063	0.0173	0.006	0.0021	0.0103	0.0051	0.0103	0.0085	0.0077	0.0019	0.0077	0.0031
chr2L	11794011	11794286	chr2L:11794012-11794286	FBgn0032377	CG14937	stage11,stage5	none	VT6030.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1352	0.2436	0.118	0.0329	0.2322	0.199	0.3222	0.3018	0.2322	0.0864	0.1492	0.0864	0.0434	0.0352	0.0355	0.0352	0.0203
chr2L	11794461	11794612	chr2L:11794462-11794612	FBgn0032377	CG14937	stage5	stage5	VT6030.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.034	0.0482	0.0339	0.0184	0.0329	0.0573	0.0588	0.0533	0.0329	0.0314	0.0373	0.0314	0.0232	0.023	0.0174	0.023	0.0208
chr2L	11794652	11795036	chr2L:11794653-11795036	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0778	0.1087	0.078	0.043	0.0764	0.1155	0.1401	0.1266	0.0764	0.0731	0.0923	0.0731	0.0542	0.0528	0.0445	0.0528	0.0427
chr2L	11795871	11796022	chr2L:11795872-11796022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0308	0.0425	0.0223	0.0201	0.0286	0.0441	0.0346	0.0201	0.0465	0.0508	0.0465	0.0287	0.0184	0.0245	0.0184	0.0255
chr2L	11796260	11796411	chr2L:11796261-11796411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0285	0.0313	0.0192	0.018	0.032	0.0411	0.0273	0.018	0.0362	0.0344	0.0362	0.0263	0.0191	0.0206	0.0191	0.0271
chr2L	11797055	11797221	chr2L:11797056-11797221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0291	0.0254	0.0374	0.024	0.0053	0.0316	0.0342	0.028	0.0053	0.0574	0.0389	0.0574	0.0279	0.0245	0.0206	0.0245	0.0365
chr2L	11804827	11804978	chr2L:11804828-11804978	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.04	0.0193	0.0478	0.0544	0.0074	0.0272	0.0208	0.022	0.0074	0.0574	0.0463	0.0574	0.0341	0.0375	0.0303	0.0375	0.024
chr2L	11805984	11806135	chr2L:11805985-11806135	distal	distal	none	none	VT6035.1	VT6035.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0408	0.0231	0.0459	0.0551	0.0085	0.0262	0.0285	0.0286	0.0085	0.0556	0.0373	0.0556	0.0294	0.0674	0.0239	0.0674	0.0182
chr2L	11806307	11806566	chr2L:11806308-11806566	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT6035.1	VT6035.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0971	0.078	0.0995	0.1157	0.0329	0.0995	0.0696	0.1272	0.0329	0.1256	0.092	0.1256	0.093	0.1256	0.089	0.1256	0.086
chr2L	11806827	11807220	chr2L:11806828-11807220	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT6035.1	VT6035.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.237	0.1507	0.2769	0.2897	0.0806	0.2165	0.1311	0.2059	0.0806	0.3182	0.2714	0.3182	0.3036	0.3338	0.2927	0.3338	0.3179
chr2L	11807618	11807808	chr2L:11807619-11807808	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6035.1,VT6036.1	VT6035.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1429	0.0674	0.1656	0.2023	0.0212	0.1053	0.0653	0.0806	0.0212	0.1528	0.1659	0.1528	0.2076	0.2021	0.205	0.2021	0.247
chr2L	11808006	11808226	chr2L:11808007-11808226	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6035.1,VT6036.1	VT6035.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1941	0.0882	0.2251	0.2782	0.0286	0.1485	0.0744	0.1039	0.0286	0.2307	0.2186	0.2307	0.2889	0.281	0.2927	0.281	0.308
chr2L	11808773	11808993	chr2L:11808774-11808993	FBgn0020309	crol	stage11,stage14,stage5	none	VT6036.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2373	0.1644	0.3013	0.2487	0.0891	0.2379	0.1315	0.2365	0.0891	0.3732	0.3257	0.3732	0.2874	0.281	0.2547	0.281	0.2798
chr2L	11809028	11809277	chr2L:11809029-11809277	FBgn0020309	crol	stage11,stage14,stage5	none	VT6036.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.16	0.1292	0.2055	0.1445	0.0721	0.1718	0.1142	0.1905	0.0721	0.2464	0.2296	0.2464	0.1704	0.1401	0.1534	0.1401	0.1574
chr2L	11809345	11809533	chr2L:11809346-11809533	FBgn0020309	crol	stage11,stage5	none	VT6036.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1784	0.1479	0.2179	0.1691	0.0848	0.1927	0.1423	0.2072	0.0848	0.2699	0.2334	0.2699	0.2014	0.1792	0.1818	0.1792	0.1819
chr2L	11813275	11813426	chr2L:11813276-11813426	FBgn0032378	CycY	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0618	0.0374	0.0827	0.0661	0.0148	0.0388	0.0458	0.056	0.0148	0.096	0.0916	0.096	0.0891	0.0735	0.0754	0.0735	0.0813
chr2L	11813450	11813634	chr2L:11813451-11813634	FBgn0032378	CycY	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1162	0.0773	0.1561	0.116	0.0318	0.0995	0.0843	0.1026	0.0318	0.1938	0.1717	0.1938	0.1479	0.1072	0.1309	0.1072	0.1412
chr2L	11813700	11813886	chr2L:11813701-11813886	FBgn0032378	CycY	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1805	0.1496	0.2236	0.1678	0.106	0.1694	0.1704	0.1845	0.106	0.282	0.2531	0.282	0.1952	0.1639	0.1799	0.1639	0.2011
chr2L	11813934	11814180	chr2L:11813935-11814180	FBgn0032378	CycY	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1135	0.0997	0.1335	0.1069	0.07	0.1087	0.1181	0.1252	0.07	0.1552	0.1518	0.1552	0.1255	0.1179	0.1173	0.1179	0.1251
chr2L	11814220	11814371	chr2L:11814221-11814371	FBgn0032378	CycY	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0403	0.0482	0.0354	0.0339	0.0388	0.0536	0.0433	0.0339	0.0531	0.054	0.0531	0.038	0.0398	0.0438	0.0398	0.0375
chr2L	11816465	11816654	chr2L:11816466-11816654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0585	0.0566	0.0694	0.0486	0.0244	0.0578	0.0779	0.07	0.0244	0.0942	0.0765	0.0942	0.0682	0.075	0.0426	0.075	0.0443
chr2L	11823402	11823553	chr2L:11823403-11823553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0122	0.0131	0.0098	0.0139	0.0032	0.0121	0.026	0.01	0.0032	0.0109	0.009	0.0109	0.0077	0.0061	0.0019	0.0061	0.0052
chr2L	11823776	11823927	chr2L:11823777-11823927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0115	0.0103	0.0125	0.0032	0.0107	0.0182	0.0147	0.0032	0.0127	0.0122	0.0127	0.0093	0.0031	0.0013	0.0031	0.0063
chr2L	11828834	11829033	chr2L:11828835-11829033	FBgn0000588	esc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0335	0.039	0.0207	0.0201	0.0408	0.042	0.0413	0.0201	0.0537	0.0395	0.0537	0.0418	0.023	0.02	0.023	0.0255
chr2L	11829075	11829235	chr2L:11829076-11829235	FBgn0000588	esc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0477	0.0613	0.0302	0.0361	0.0553	0.0532	0.0586	0.0361	0.0707	0.0736	0.0707	0.0573	0.0245	0.0348	0.0245	0.0375
chr2L	11829343	11829522	chr2L:11829344-11829522	FBgn0000588	esc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.1418	0.2008	0.1214	0.1082	0.1578	0.1687	0.1706	0.1082	0.2434	0.2293	0.2434	0.189	0.1355	0.1438	0.1355	0.1511
chr2L	11829658	11829809	chr2L:11829659-11829809	FBgn0000588	esc	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0419	0.0506	0.0281	0.0286	0.0403	0.058	0.0466	0.0286	0.0604	0.0585	0.0604	0.0442	0.0368	0.0316	0.0368	0.0302
chr2L	11842222	11842373	chr2L:11842223-11842373	FBgn0040968	CG14933	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0105	0.0059	0.01	0.0162	0.0011	0.0049	0.013	0.0033	0.0011	0.0085	0.0103	0.0085	0.0209	0.0084	0.0052	0.0084	0.0396
chr2L	11842501	11842652	chr2L:11842502-11842652	FBgn0040968,FBgn0259989	CG14933,CG42486	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0107	0.007	0.0091	0.0167	0.0011	0.0078	0.013	0.0047	0.0011	0.006	0.0093	0.006	0.0209	0.0138	0.0058	0.0138	0.0396
chr2L	11849940	11850091	chr2L:11849941-11850091	FBgn0032382	Mal-B2	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0078	0.0059	0.0074	0.0103	0.0021	0.0039	0.0121	0.004	0.0021	0.0121	0.0071	0.0121	0.0054	0.0276	0.0077	0.0276	0.0104
chr2L	11874615	11874766	chr2L:11874616-11874766	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0042	0.0075	0.0228	0.0011	0.0049	0.0078	0.0027	0.0011	0.0054	0.0087	0.0054	0.0062	0.0123	0.0213	0.0123	0.0094
chr2L	11874990	11875141	chr2L:11874991-11875141	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0047	0.0055	0.0201	0.0021	0.0029	0.0099	0.004	0.0021	0.0054	0.0042	0.0054	0.0093	0.0145	0.0181	0.0145	0.0146
chr2L	11878980	11879153	chr2L:11878981-11879153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0067	0.0082	0.0304	0.0053	0.0049	0.0125	0.0047	0.0053	0.0054	0.0077	0.0054	0.0178	0.0153	0.0284	0.0153	0.05
chr2L	11903547	11903698	chr2L:11903548-11903698	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0081	0.0058	0.0153	0.0064	0.0039	0.0134	0.0093	0.0064	0.006	0.0045	0.006	0.0054	0.0069	0.0019	0.0069	0.0083
chr2L	11904239	11904390	chr2L:11904240-11904390	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.011	0.0077	0.0063	0.0198	0.0064	0.0029	0.016	0.0053	0.0064	0.0127	0.0048	0.0127	0.0039	0.01	0.0058	0.01	0.0146
chr2L	11918271	11918422	chr2L:11918272-11918422	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0051	0.0057	0.0085	0.0042	0.0024	0.0117	0.0027	0.0042	0.0079	0.0051	0.0079	0.0054	0.0023	0.0052	0.0023	0.0047
chr2L	11928561	11928755	chr2L:11928562-11928755	FBgn0259225	Pde1c	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0302	0.0137	0.0216	0.0581	0.0042	0.018	0.0182	0.0153	0.0042	0.0236	0.019	0.0236	0.0411	0.0812	0.0496	0.0812	0.0688
chr2L	11931400	11931572	chr2L:11931401-11931572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0137	0.0064	0.0094	0.0266	0.0032	0.0053	0.013	0.0027	0.0032	0.0115	0.0064	0.0115	0.0209	0.036	0.009	0.036	0.0599
chr2L	11931902	11932055	chr2L:11931903-11932055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0071	0.0118	0.0291	0.0032	0.0058	0.0121	0.0073	0.0032	0.0187	0.008	0.0187	0.0225	0.0444	0.0071	0.0444	0.0552
chr2L	11942422	11942573	chr2L:11942423-11942573	distal	distal	none	none	Cry_EyeEnhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0162	0.0074	0.0115	0.0312	0.0074	0.0029	0.0151	0.006	0.0074	0.0066	0.0129	0.0066	0.0287	0.0291	0.0303	0.0291	0.0625
chr2L	11942751	11942902	chr2L:11942752-11942902	distal	distal	none	none	Cry_EyeEnhancer	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0077	0.0062	0.006	0.0113	0.0042	0.0034	0.0143	0.004	0.0042	0.006	0.008	0.006	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0261
chr2L	11948321	11948472	chr2L:11948322-11948472	FBgn0032385	CG16964	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0221	0.0319	0.0227	0.0095	0.0243	0.0277	0.0306	0.0095	0.0266	0.0437	0.0266	0.038	0.0191	0.0329	0.0191	0.0281
chr2L	11948595	11948764	chr2L:11948596-11948764	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0588	0.0486	0.0764	0.051	0.0255	0.0578	0.0584	0.0626	0.0255	0.0731	0.0955	0.0731	0.086	0.0459	0.0741	0.0459	0.061
chr2L	11948846	11949242	chr2L:11948847-11949242	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0615	0.0616	0.0772	0.0443	0.0371	0.0752	0.0714	0.07	0.0371	0.0737	0.1032	0.0737	0.0759	0.049	0.0638	0.049	0.05
chr2L	11952860	11953011	chr2L:11952861-11953011	FBgn0263107	bft	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0113	0.0232	0.0148	0.0042	0.0092	0.0169	0.016	0.0042	0.0115	0.0415	0.0115	0.017	0.0046	0.0438	0.0046	0.0094
chr2L	11955642	11955793	chr2L:11955643-11955793	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0181	0.0242	0.0146	0.0095	0.0117	0.0281	0.0293	0.0095	0.0054	0.0469	0.0054	0.0186	0.0046	0.0529	0.0046	0.0042
chr2L	11955934	11956109	chr2L:11955935-11956109	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0261	0.0374	0.026	0.0135	0.0159	0.032	0.0489	0.062	0.0159	0.0103	0.0508	0.0103	0.0124	0.0046	0.0419	0.0046	0.0052
chr2L	11957460	11957638	chr2L:11957461-11957638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0264	0.0226	0.0383	0.0175	0.0064	0.0214	0.0268	0.0393	0.0064	0.0085	0.0801	0.0085	0.0178	0.0015	0.0613	0.0015	0.0057
chr2L	11959938	11960089	chr2L:11959939-11960089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0101	0.0241	0.0214	0.0053	0.0126	0.0143	0.0107	0.0053	0.0121	0.0424	0.0121	0.0225	0.0054	0.0606	0.0054	0.0214
chr2L	11960673	11961084	chr2L:11960674-11961084	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0441	0.045	0.0508	0.0359	0.0191	0.0369	0.067	0.0606	0.0191	0.0163	0.0772	0.0163	0.0782	0.0046	0.0935	0.0046	0.0318
chr2L	11961471	11961762	chr2L:11961472-11961762	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0465	0.0329	0.0607	0.0461	0.0106	0.0388	0.0389	0.044	0.0106	0.0181	0.0916	0.0181	0.1108	0.0084	0.1103	0.0084	0.0558
chr2L	11963058	11963373	chr2L:11963059-11963373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0369	0.041	0.0452	0.0233	0.0191	0.0291	0.0619	0.0553	0.0191	0.0163	0.0788	0.0163	0.0457	0.0077	0.0729	0.0077	0.0141
chr2L	11965527	11965718	chr2L:11965528-11965718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0389	0.0624	0.0397	0.0118	0.0244	0.049	0.0614	0.1339	0.0244	0.0139	0.0717	0.0139	0.0163	0.0038	0.0348	0.0038	0.0057
chr2L	11965891	11966042	chr2L:11965892-11966042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0368	0.0403	0.0506	0.0178	0.0138	0.0369	0.0411	0.0759	0.0138	0.0115	0.1074	0.0115	0.0155	0.0046	0.058	0.0046	0.0068
chr2L	11968936	11969136	chr2L:11968937-11969136	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1061	0.1426	0.134	0.0348	0.088	0.1286	0.1739	0.2232	0.088	0.0501	0.2386	0.0501	0.0922	0.01	0.0787	0.01	0.0302
chr2L	11970355	11970542	chr2L:11970356-11970542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0791	0.1068	0.0916	0.0344	0.0859	0.0621	0.1393	0.1765	0.0859	0.0175	0.1846	0.0175	0.0565	0.0061	0.1077	0.0061	0.025
chr2L	11971026	11971294	chr2L:11971027-11971294	FBgn0263019	CR43314	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2159	0.2823	0.242	0.1132	0.3075	0.1655	0.3564	0.4317	0.3075	0.0562	0.4421	0.0562	0.2618	0.0459	0.3069	0.0459	0.0974
chr2L	11973328	11973544	chr2L:11973329-11973544	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0778	0.0981	0.0967	0.0344	0.0668	0.0752	0.1501	0.1179	0.0668	0.032	0.1788	0.032	0.0744	0.0245	0.0748	0.0245	0.0281
chr2L	11975866	11976017	chr2L:11975867-11976017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0193	0.0208	0.0225	0.0141	0.0138	0.0165	0.0329	0.022	0.0138	0.0157	0.0289	0.0157	0.0333	0.0061	0.0187	0.0061	0.0261
chr2L	11976648	11976880	chr2L:11976649-11976880	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0241	0.0376	0.0149	0.0106	0.0243	0.0394	0.0227	0.0106	0.0181	0.0704	0.0181	0.0194	0.0061	0.0445	0.0061	0.0099
chr2L	11980831	11980982	chr2L:11980832-11980982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0201	0.0183	0.0266	0.015	0.0074	0.0165	0.0316	0.0167	0.0074	0.0229	0.0383	0.0229	0.0178	0.0168	0.0219	0.0168	0.0188
chr2L	11981111	11981262	chr2L:11981112-11981262	FBgn0032387	CG16965	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0192	0.0201	0.0217	0.0156	0.0085	0.018	0.0337	0.02	0.0085	0.0163	0.0289	0.0163	0.0232	0.0138	0.0142	0.0138	0.0261
chr2L	11981308	11981459	chr2L:11981309-11981459	FBgn0032387	CG16965	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0176	0.0187	0.0152	0.0064	0.0165	0.0294	0.0173	0.0064	0.0151	0.0235	0.0151	0.0248	0.0138	0.0129	0.0138	0.0255
chr2L	11987714	11987901	chr2L:11987715-11987901	FBgn0032388,FBgn0085192	CG34163,CG6686	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0628	0.0619	0.0774	0.0478	0.0403	0.0646	0.0731	0.0819	0.0403	0.0918	0.0849	0.0918	0.0697	0.0521	0.0548	0.0521	0.0521
chr2L	11987944	11988137	chr2L:11987945-11988137	FBgn0032388,FBgn0085192	CG34163,CG6686	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1265	0.1736	0.1181	0.0742	0.1447	0.1466	0.1626	0.0742	0.2041	0.1955	0.2041	0.1642	0.1271	0.1309	0.1271	0.1329
chr2L	11988184	11988381	chr2L:11988185-11988381	FBgn0032388,FBgn0085192	CG34163,CG6686	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1385	0.1208	0.1746	0.1186	0.0721	0.1481	0.1341	0.1512	0.0721	0.2204	0.1961	0.2204	0.165	0.121	0.1264	0.121	0.1417
chr2L	11988410	11988640	chr2L:11988411-11988640	FBgn0032388,FBgn0085192	CG34163,CG6686	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0928	0.086	0.1151	0.076	0.0445	0.1073	0.0973	0.1046	0.0445	0.1389	0.1305	0.1389	0.1108	0.0681	0.0812	0.0681	0.1027
chr2L	11989130	11989281	chr2L:11989131-11989281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0372	0.0322	0.0467	0.0323	0.0148	0.0403	0.0385	0.04	0.0148	0.0556	0.0524	0.0556	0.0527	0.0291	0.0387	0.0291	0.0485
chr2L	11989468	11989746	chr2L:11989469-11989746	FBgn0032390,FBgn0261266	dgt2,zuc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0952	0.0828	0.1278	0.0734	0.0509	0.1058	0.083	0.1079	0.0509	0.1679	0.1383	0.1679	0.1332	0.0934	0.0793	0.0934	0.1079
chr2L	11989839	11990014	chr2L:11989840-11990014	FBgn0032390,FBgn0261266	dgt2,zuc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1292	0.122	0.1594	0.104	0.0689	0.1505	0.1215	0.1732	0.0689	0.2035	0.1765	0.2035	0.151	0.1325	0.1012	0.1325	0.1355
chr2L	11990103	11990444	chr2L:11990104-11990444	FBgn0032390,FBgn0032391,FBgn0261266	dgt2,escl,zuc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0836	0.0854	0.1005	0.0629	0.0456	0.0903	0.1034	0.1179	0.0456	0.1322	0.1061	0.1322	0.0945	0.075	0.0613	0.075	0.0829
chr2L	11990767	11990987	chr2L:11990768-11990987	FBgn0032391	escl	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0749	0.0795	0.073	0.0719	0.0604	0.0752	0.096	0.1033	0.0604	0.0821	0.0814	0.0821	0.0891	0.0766	0.0645	0.0766	0.1001
chr2L	12002181	12002357	chr2L:12002182-12002357	FBgn0032394	CG6746	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1294	0.1204	0.1537	0.1128	0.0774	0.1354	0.1406	0.1446	0.0774	0.18	0.1749	0.18	0.1627	0.1149	0.1167	0.1149	0.1595
chr2L	12003067	12003319	chr2L:12003068-12003319	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.228	0.1594	0.2921	0.2344	0.0997	0.2117	0.1462	0.2179	0.0997	0.337	0.326	0.337	0.306	0.2198	0.2437	0.2198	0.2944
chr2L	12003656	12003877	chr2L:12003657-12003877	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2732	0.2136	0.3404	0.2661	0.1336	0.3073	0.1946	0.2618	0.1336	0.4155	0.3608	0.4155	0.3501	0.2688	0.2663	0.2688	0.3314
chr2L	12004019	12004243	chr2L:12004020-12004243	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.226	0.1663	0.2824	0.2309	0.0976	0.2379	0.1449	0.2252	0.0976	0.3557	0.31	0.3557	0.2974	0.2205	0.2547	0.2205	0.3043
chr2L	12004333	12004525	chr2L:12004334-12004525	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1555	0.075	0.197	0.1998	0.0329	0.116	0.0627	0.1006	0.0329	0.2518	0.1955	0.2518	0.3036	0.1662	0.2424	0.1662	0.2949
chr2L	12004770	12004921	chr2L:12004771-12004921	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0746	0.0196	0.0863	0.1234	0.0053	0.0311	0.0164	0.024	0.0053	0.087	0.0939	0.087	0.1534	0.0942	0.176	0.0942	0.1756
chr2L	12005500	12005651	chr2L:12005501-12005651	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0646	0.0184	0.0633	0.1175	0.0074	0.0291	0.0169	0.0213	0.0074	0.0537	0.0797	0.0537	0.0999	0.0727	0.2083	0.0727	0.1657
chr2L	12005832	12005995	chr2L:12005833-12005995	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0797	0.0228	0.0819	0.1408	0.0053	0.0408	0.0221	0.024	0.0053	0.0658	0.0974	0.0658	0.1379	0.1034	0.2089	0.1034	0.2095
chr2L	12006474	12006633	chr2L:12006475-12006633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1713	0.0962	0.2199	0.2018	0.0382	0.1408	0.0705	0.1492	0.0382	0.2693	0.2476	0.2693	0.2533	0.232	0.2437	0.232	0.2423
chr2L	12006952	12007332	chr2L:12006953-12007332	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.364	0.286	0.4414	0.3662	0.2025	0.4073	0.2271	0.3944	0.2025	0.532	0.4929	0.532	0.426	0.4081	0.392	0.4081	0.432
chr2L	12007367	12007582	chr2L:12007368-12007582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3219	0.2687	0.3991	0.2968	0.2142	0.3646	0.2318	0.3544	0.2142	0.503	0.4283	0.503	0.3734	0.3231	0.3217	0.3231	0.3434
chr2L	12010174	12010325	chr2L:12010175-12010325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.233	0.1891	0.2811	0.2292	0.1156	0.2699	0.1371	0.2851	0.1156	0.3587	0.3055	0.3587	0.2758	0.2634	0.2386	0.2634	0.2595
chr2L	12010327	12010524	chr2L:12010328-12010524	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3009	0.2377	0.3675	0.2984	0.1612	0.3563	0.1661	0.3418	0.1612	0.4716	0.4019	0.4716	0.3493	0.3415	0.2966	0.3415	0.3481
chr2L	12010579	12010799	chr2L:12010580-12010799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2969	0.2506	0.3577	0.2817	0.1909	0.3544	0.189	0.3544	0.1909	0.4607	0.3932	0.4607	0.3346	0.2925	0.2946	0.2925	0.3366
chr2L	12011019	12011210	chr2L:12011020-12011210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2601	0.207	0.3027	0.2727	0.1262	0.2942	0.1648	0.2898	0.1262	0.3877	0.3193	0.3877	0.2951	0.3032	0.2631	0.3032	0.3215
chr2L	12011387	12012080	chr2L:12011388-12012080	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.4816	0.3814	0.5723	0.4941	0.2884	0.5136	0.3088	0.5177	0.2884	0.6679	0.5904	0.6679	0.5988	0.5513	0.4894	0.5513	0.5623
chr2L	12012089	12012378	chr2L:12012090-12012378	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3259	0.2463	0.4094	0.3234	0.1304	0.3733	0.1825	0.3491	0.1304	0.5109	0.4376	0.5109	0.4043	0.3599	0.3353	0.3599	0.3689
chr2L	12020618	12020807	chr2L:12020619-12020807	FBgn0032395	CG6734	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0405	0.0396	0.0504	0.0308	0.0191	0.0374	0.0523	0.0533	0.0191	0.0592	0.0563	0.0592	0.0519	0.0299	0.0239	0.0299	0.0516
chr2L	12020885	12021076	chr2L:12020886-12021076	FBgn0032395	CG6734	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0805	0.0775	0.0958	0.067	0.0509	0.083	0.0865	0.1073	0.0509	0.1196	0.109	0.1196	0.086	0.0666	0.0606	0.0666	0.0959
chr2L	12021337	12021488	chr2L:12021338-12021488	FBgn0032395	CG6734	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0251	0.0243	0.0291	0.0216	0.0095	0.0272	0.0337	0.0273	0.0095	0.0447	0.0334	0.0447	0.0209	0.0191	0.0213	0.0191	0.0302
chr2L	12025631	12025793	chr2L:12025632-12025793	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0191	0.0263	0.0359	0.0053	0.0175	0.0307	0.0207	0.0053	0.0248	0.0318	0.0248	0.0356	0.0314	0.0658	0.0314	0.0495
chr2L	12026271	12026432	chr2L:12026272-12026432	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0269	0.0231	0.0241	0.0344	0.0159	0.0189	0.0372	0.0227	0.0159	0.0199	0.0338	0.0199	0.0256	0.0107	0.1038	0.0107	0.0255
chr2L	12026476	12026747	chr2L:12026477-12026747	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0376	0.0389	0.0345	0.0395	0.035	0.0286	0.0631	0.0373	0.035	0.0242	0.0457	0.0242	0.0488	0.0138	0.0928	0.0138	0.049
chr2L	12027187	12027591	chr2L:12027188-12027591	FBgn0010497	dmGlut	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0672	0.0852	0.0773	0.035	0.0825	0.0934	0.0586	0.035	0.1135	0.0775	0.1135	0.1371	0.0559	0.1096	0.0559	0.1381
chr2L	12027792	12027943	chr2L:12027793-12027943	FBgn0010497	dmGlut	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0213	0.0284	0.017	0.0032	0.0214	0.0333	0.0273	0.0032	0.0332	0.0331	0.0332	0.0287	0.01	0.0277	0.01	0.0266
chr2L	12028352	12028503	chr2L:12028353-12028503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0257	0.0201	0.0182	0.0095	0.0218	0.0437	0.0253	0.0095	0.0217	0.0228	0.0217	0.024	0.0115	0.0271	0.0115	0.0313
chr2L	12028874	12029025	chr2L:12028875-12029025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0196	0.0199	0.0231	0.0085	0.018	0.0333	0.0153	0.0085	0.0296	0.0174	0.0296	0.0302	0.01	0.0193	0.01	0.0537
chr2L	12038167	12038380	chr2L:12038168-12038380	FBgn0032397	Tom70	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0683	0.0548	0.0787	0.072	0.0329	0.0733	0.0601	0.0573	0.0329	0.0954	0.0791	0.0954	0.11	0.0873	0.0477	0.0873	0.1084
chr2L	12038422	12038601	chr2L:12038423-12038601	FBgn0032397	Tom70	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1158	0.1155	0.1246	0.1064	0.0933	0.1228	0.1302	0.1466	0.0933	0.1564	0.1318	0.1564	0.1425	0.1417	0.0845	0.1417	0.1365
chr2L	12038719	12039050	chr2L:12038720-12039050	FBgn0032397	Tom70	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.069	0.0793	0.0747	0.0514	0.0604	0.0796	0.1008	0.0959	0.0604	0.0857	0.0817	0.0857	0.0937	0.0681	0.0542	0.0681	0.0625
chr2L	12040295	12040526	chr2L:12040296-12040526	FBgn0032398	CG6766	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0696	0.0697	0.0806	0.0574	0.0424	0.082	0.0848	0.0846	0.0424	0.0948	0.0945	0.0948	0.0713	0.075	0.0593	0.075	0.074
chr2L	12040632	12040811	chr2L:12040633-12040811	FBgn0032398	CG6766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1168	0.1155	0.1334	0.1	0.0838	0.1364	0.1337	0.1392	0.0838	0.1709	0.1486	0.1709	0.1294	0.1118	0.1154	0.1118	0.124
chr2L	12043737	12043917	chr2L:12043738-12043917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0557	0.0357	0.0312	0.0467	0.0558	0.0696	0.0706	0.0467	0.0332	0.0447	0.0332	0.0418	0.0291	0.0458	0.0291	0.0406
chr2L	12044007	12044342	chr2L:12044008-12044342	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0743	0.0872	0.0652	0.0699	0.0753	0.0835	0.1094	0.1059	0.0753	0.0556	0.0788	0.0556	0.0883	0.0482	0.1103	0.0482	0.0881
chr2L	12044417	12044568	chr2L:12044418-12044568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0326	0.0309	0.0289	0.0384	0.0212	0.0398	0.0337	0.034	0.0212	0.0175	0.037	0.0175	0.0473	0.036	0.0625	0.036	0.0459
chr2L	12044697	12044894	chr2L:12044698-12044894	FBgn0032399	CG6785	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0732	0.053	0.0687	0.1007	0.035	0.0587	0.0631	0.0653	0.035	0.0525	0.0884	0.0525	0.103	0.1371	0.1193	0.1371	0.1397
chr2L	12045062	12045391	chr2L:12045063-12045391	FBgn0032399	CG6785	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0518	0.0324	0.0401	0.0863	0.017	0.0364	0.0441	0.0366	0.017	0.0302	0.0492	0.0302	0.0682	0.1432	0.1044	0.1432	0.0948
chr2L	12045514	12045665	chr2L:12045515-12045665	FBgn0032399,FBgn0032400	CG6770,CG6785	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0153	0.0214	0.0414	0.0085	0.018	0.0212	0.016	0.0085	0.0181	0.0299	0.0181	0.0294	0.0613	0.0619	0.0613	0.0386
chr2L	12045701	12045941	chr2L:12045702-12045941	FBgn0032400	CG6770	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0497	0.0268	0.0396	0.0863	0.0117	0.032	0.0342	0.0313	0.0117	0.0211	0.0534	0.0211	0.0581	0.0789	0.1244	0.0789	0.1006
chr2L	12046033	12046243	chr2L:12046034-12046243	FBgn0032400	CG6770	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0508	0.0133	0.0278	0.1178	0.0042	0.0165	0.019	0.01	0.0042	0.0193	0.0293	0.0193	0.0534	0.1179	0.1406	0.1179	0.1657
chr2L	12046365	12046516	chr2L:12046366-12046516	FBgn0032400	CG6770	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0115	0.0141	0.0468	0.0064	0.016	0.0121	0.012	0.0064	0.0109	0.0151	0.0109	0.0256	0.0482	0.0458	0.0482	0.0683
chr2L	12046932	12047083	chr2L:12046933-12047083	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0293	0.0228	0.0337	0.0265	0.032	0.0355	0.034	0.0265	0.0302	0.0215	0.0302	0.0279	0.036	0.0309	0.036	0.0578
chr2L	12048542	12048798	chr2L:12048543-12048798	FBgn0032401	CG6792	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0582	0.0557	0.0722	0.0457	0.0339	0.0607	0.0666	0.0759	0.0339	0.0888	0.0759	0.0888	0.0883	0.0459	0.0503	0.0459	0.061
chr2L	12048847	12049028	chr2L:12048848-12049028	FBgn0032401,FBgn0032402	CG14945,CG6792	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0742	0.0883	0.0703	0.0562	0.0786	0.09	0.0959	0.0562	0.1147	0.0977	0.1147	0.0883	0.0712	0.0787	0.0712	0.0839
chr2L	12055521	12055729	chr2L:12055522-12055729	FBgn0028425	JhI-21	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0683	0.0604	0.0811	0.0631	0.0276	0.0806	0.0584	0.0846	0.0276	0.1335	0.0727	0.1335	0.0829	0.0949	0.0438	0.0949	0.0651
chr2L	12055891	12056077	chr2L:12055892-12056077	FBgn0028425,FBgn0032404	JhI-21,RpL7-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2032	0.1962	0.24	0.1707	0.1463	0.2403	0.2093	0.2445	0.1463	0.3279	0.2489	0.3279	0.2231	0.2159	0.1657	0.2159	0.173
chr2L	12056224	12056397	chr2L:12056225-12056397	FBgn0028425,FBgn0032404	JhI-21,RpL7-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1759	0.1702	0.2027	0.1528	0.1273	0.2019	0.1886	0.2105	0.1273	0.2572	0.2174	0.2572	0.2029	0.1753	0.1631	0.1753	0.1678
chr2L	12062869	12063020	chr2L:12062870-12063020	FBgn0027505	rab3-GAP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0565	0.0662	0.0479	0.035	0.0612	0.0701	0.0726	0.035	0.0773	0.0698	0.0773	0.0767	0.0505	0.0413	0.0505	0.0667
chr2L	12063119	12063296	chr2L:12063120-12063296	FBgn0027505	rab3-GAP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1193	0.1262	0.1317	0.0978	0.0806	0.1364	0.1531	0.1552	0.0806	0.1606	0.1399	0.1606	0.1371	0.1018	0.0993	0.1018	0.1303
chr2L	12063407	12063781	chr2L:12063408-12063781	FBgn0027505	rab3-GAP	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0667	0.0704	0.077	0.0511	0.0414	0.0714	0.096	0.0853	0.0414	0.0942	0.0852	0.0942	0.0868	0.0459	0.0419	0.0459	0.0776
chr2L	12064871	12065022	chr2L:12064872-12065022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0183	0.0277	0.018	0.0085	0.0199	0.0268	0.0193	0.0085	0.0181	0.0338	0.0181	0.0465	0.01	0.0168	0.01	0.0386
chr2L	12065228	12065391	chr2L:12065229-12065391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.029	0.0287	0.0303	0.028	0.017	0.0383	0.0311	0.0306	0.017	0.0205	0.0309	0.0205	0.0666	0.0145	0.0193	0.0145	0.0667
chr2L	12065617	12065768	chr2L:12065618-12065768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.028	0.0193	0.0429	0.0214	0.0138	0.0233	0.0199	0.0266	0.0138	0.0211	0.0752	0.0211	0.0372	0.0176	0.0348	0.0176	0.0339
chr2L	12065977	12066185	chr2L:12065978-12066185	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0461	0.0375	0.0679	0.0319	0.0255	0.0388	0.0402	0.0566	0.0255	0.0211	0.1312	0.0211	0.038	0.0138	0.0735	0.0138	0.0417
chr2L	12066691	12066871	chr2L:12066692-12066871	FBgn0032405	CG14946	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0302	0.0216	0.0418	0.0273	0.0074	0.0369	0.0216	0.0207	0.0074	0.0127	0.0682	0.0127	0.0558	0.0077	0.0342	0.0077	0.061
chr2L	12076035	12076221	chr2L:12076036-12076221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0386	0.0565	0.0381	0.0192	0.0456	0.0515	0.0792	0.066	0.0456	0.038	0.0556	0.038	0.0256	0.0092	0.0271	0.0092	0.0287
chr2L	12076351	12076502	chr2L:12076352-12076502	FBgn0032406	CG14947	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0213	0.0305	0.0227	0.0093	0.0212	0.0248	0.0441	0.0346	0.0212	0.0211	0.035	0.0211	0.0194	0.0123	0.0084	0.0123	0.0109
chr2L	12080145	12080364	chr2L:12080146-12080364	distal	distal	stage5	stage5	VT6164.1	VT6164.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.1463	0.0247	0.0088	0.1188	0.1374	0.1293	0.2485	0.1188	0.0266	0.0328	0.0266	0.0132	0.0115	0.009	0.0115	0.0063
chr2L	12081042	12081408	chr2L:12081043-12081408	distal	distal	stage5	stage5	VT6164.1,VT6165.1,prd_O-E	VT6164.1,VT6165.1,prd_O-E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0936	0.2222	0.0358	0.0132	0.2407	0.1136	0.3767	0.2232	0.2407	0.0429	0.0447	0.0429	0.0147	0.0046	0.0129	0.0046	0.0047
chr2L	12082505	12082656	chr2L:12082506-12082656	distal	distal	none	none	VT6165.1	VT6165.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.037	0.0749	0.0258	0.007	0.0604	0.0597	0.0822	0.1246	0.0604	0.0248	0.0395	0.0248	0.0155	0.0077	0.0116	0.0077	0.0047
chr2L	12082782	12082938	chr2L:12082783-12082938	distal	distal	none	none	VT6165.1	VT6165.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0869	0.0227	0.0081	0.0732	0.0898	0.0766	0.1399	0.0732	0.0308	0.0299	0.0308	0.0178	0.01	0.009	0.01	0.0115
chr2L	12085096	12085336	chr2L:12085097-12085336	FBgn0003145	prd	stage5	none	VT6166.1,prd_zebra	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0578	0.1223	0.0352	0.0106	0.1474	0.0825	0.1505	0.1599	0.1474	0.0284	0.0585	0.0284	0.0194	0.0115	0.0193	0.0115	0.0109
chr2L	12085761	12086045	chr2L:12085762-12086045	FBgn0003145	prd	stage11,stage5	none	VT6166.1,prd_zebra	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1759	0.266	0.184	0.0663	0.28	0.2417	0.3119	0.3338	0.28	0.1383	0.3071	0.1383	0.1154	0.0827	0.1328	0.0827	0.0526
chr2L	12086825	12086976	chr2L:12086826-12086976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0258	0.0264	0.0089	0.0074	0.0238	0.0389	0.0306	0.0074	0.0187	0.0486	0.0187	0.0139	0.0061	0.0226	0.0061	0.0078
chr2L	12087550	12087781	chr2L:12087551-12087781	distal	distal	stage5	stage5	prd_P1	prd_P1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0541	0.1294	0.0214	0.006	0.1824	0.0592	0.2163	0.1159	0.1824	0.0193	0.0322	0.0193	0.0147	0.0077	0.0084	0.0077	0.0042
chr2L	12089147	12089298	chr2L:12089148-12089298	distal	distal	none	none	VT6169.1,prd_Pstripe	VT6169.1,prd_Pstripe	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0208	0.0491	0.0085	0.0028	0.0456	0.0214	0.1012	0.0366	0.0456	0.0085	0.0129	0.0085	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0031
chr2L	12089433	12089584	chr2L:12089434-12089584	distal	distal	none	none	VT6169.1,prd_Pstripe	VT6169.1,prd_Pstripe	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0254	0.0594	0.0094	0.005	0.0626	0.0291	0.1163	0.0406	0.0626	0.0066	0.0135	0.0066	0.0062	0.0061	0.0064	0.0061	0.0052
chr2L	12091936	12092094	chr2L:12091937-12092094	distal	distal	none	none	prd_stripe2P	prd_stripe2P	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0346	0.0813	0.0155	0.0035	0.1241	0.0398	0.1384	0.062	0.1241	0.0133	0.0225	0.0133	0.0062	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr2L	12092851	12093135	chr2L:12092852-12093135	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0876	0.0334	0.0162	0.052	0.0966	0.0787	0.1432	0.052	0.0441	0.0383	0.0441	0.0287	0.0199	0.0142	0.0199	0.0219
chr2L	12093676	12093880	chr2L:12093677-12093880	FBgn0032407	Pex19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1216	0.1246	0.1355	0.1028	0.0923	0.1345	0.1535	0.1446	0.0923	0.1793	0.1592	0.1793	0.1402	0.1172	0.1006	0.1172	0.1266
chr2L	12096420	12096599	chr2L:12096421-12096599	FBgn0028707,FBgn0032408	CG6712,Mt2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0859	0.0789	0.0915	0.0876	0.0498	0.0966	0.0848	0.1013	0.0498	0.1208	0.0952	0.1208	0.1077	0.1026	0.0877	0.1026	0.1084
chr2L	12096631	12096906	chr2L:12096632-12096906	FBgn0028707,FBgn0032408	CG6712,Mt2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0658	0.0552	0.0808	0.061	0.0276	0.0646	0.0709	0.0606	0.0276	0.1081	0.0801	0.1081	0.0937	0.0651	0.0645	0.0651	0.0776
chr2L	12097444	12097595	chr2L:12097445-12097595	FBgn0032409	Ced-12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0462	0.0512	0.0558	0.0299	0.0297	0.0534	0.064	0.0706	0.0297	0.0743	0.0585	0.0743	0.0635	0.0322	0.0342	0.0322	0.0401
chr2L	12097739	12097913	chr2L:12097740-12097913	FBgn0032409	Ced-12	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1197	0.1167	0.1418	0.099	0.0509	0.1335	0.1371	0.1586	0.0509	0.1775	0.155	0.1775	0.1526	0.1103	0.0993	0.1103	0.1271
chr2L	12098123	12098397	chr2L:12098124-12098397	FBgn0032409	Ced-12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0695	0.0754	0.0769	0.0547	0.0371	0.0738	0.0999	0.1006	0.0371	0.093	0.081	0.093	0.0883	0.0574	0.0516	0.0574	0.0771
chr2L	12103267	12103510	chr2L:12103268-12103510	FBgn0027081,FBgn0029137	Aats-thr,Patsas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1068	0.0945	0.127	0.0985	0.0488	0.1252	0.0904	0.1319	0.0488	0.1467	0.1505	0.1467	0.1232	0.0766	0.1051	0.0766	0.1136
chr2L	12103596	12103794	chr2L:12103597-12103794	FBgn0027081,FBgn0029137	Aats-thr,Patsas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1477	0.1419	0.1706	0.129	0.0912	0.1845	0.1337	0.1939	0.0912	0.1944	0.2006	0.1944	0.1642	0.1126	0.1489	0.1126	0.1615
chr2L	12103893	12104223	chr2L:12103894-12104223	FBgn0027081	Aats-thr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1211	0.1079	0.1452	0.1093	0.0562	0.1403	0.1163	0.1359	0.0562	0.1618	0.1595	0.1618	0.1712	0.108	0.1173	0.108	0.1475
chr2L	12104274	12104425	chr2L:12104275-12104425	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0432	0.0477	0.0491	0.0316	0.0286	0.0456	0.0554	0.0766	0.0286	0.0604	0.0511	0.0604	0.0612	0.0214	0.0322	0.0214	0.0495
chr2L	12108778	12108972	chr2L:12108779-12108972	FBgn0015797,FBgn0263234	Phae1,Rab6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0994	0.0725	0.1293	0.0965	0.0435	0.0888	0.0792	0.0919	0.0435	0.1486	0.1434	0.1486	0.1472	0.1041	0.1115	0.1041	0.1188
chr2L	12108994	12109209	chr2L:12108995-12109209	FBgn0015797,FBgn0263234	Phae1,Rab6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1277	0.1115	0.156	0.1146	0.0817	0.1291	0.1207	0.1412	0.0817	0.1854	0.1688	0.1854	0.172	0.1141	0.1315	0.1141	0.1371
chr2L	12114245	12114396	chr2L:12114246-12114396	FBgn0032414	CG17211	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0072	0.0165	0.0337	0.0064	0.0078	0.0117	0.004	0.0064	0.0042	0.0338	0.0042	0.0085	0.0046	0.1206	0.0046	0.0151
chr2L	12115712	12115863	chr2L:12115713-12115863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0122	0.009	0.0133	0.0145	0.0011	0.0107	0.016	0.006	0.0011	0.0066	0.0257	0.0066	0.0046	0.0031	0.0496	0.0031	0.0073
chr2L	12116365	12116516	chr2L:12116366-12116516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0132	0.0154	0.015	0.0042	0.0126	0.0186	0.0153	0.0042	0.0066	0.027	0.0066	0.0116	0.0038	0.0496	0.0038	0.0083
chr2L	12117860	12118030	chr2L:12117861-12118030	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0113	0.022	0.0202	0.0021	0.0112	0.0199	0.012	0.0021	0.0115	0.0408	0.0115	0.0124	0.0031	0.0683	0.0031	0.0078
chr2L	12119867	12120018	chr2L:12119868-12120018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0116	0.0194	0.0188	0.0011	0.0126	0.0151	0.0153	0.0011	0.0127	0.0328	0.0127	0.0147	0.0107	0.0593	0.0107	0.0104
chr2L	12124961	12125112	chr2L:12124962-12125112	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.011	0.0123	0.0216	0.0032	0.0083	0.0195	0.0087	0.0032	0.0091	0.0206	0.0091	0.0101	0.0123	0.0658	0.0123	0.0099
chr2L	12133421	12133605	chr2L:12133422-12133605	FBgn0032415	rho-6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0487	0.0431	0.0576	0.0453	0.0191	0.0447	0.0562	0.054	0.0191	0.0707	0.0714	0.0707	0.0565	0.0505	0.0645	0.0505	0.0688
chr2L	12133685	12133881	chr2L:12133686-12133881	FBgn0032415	rho-6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0478	0.0456	0.0555	0.0419	0.0308	0.0471	0.0558	0.058	0.0308	0.0543	0.0756	0.0543	0.0527	0.0521	0.0535	0.0521	0.0558
chr2L	12134045	12134224	chr2L:12134046-12134224	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0297	0.0126	0.0185	0.061	0.0138	0.0146	0.0169	0.0093	0.0138	0.0115	0.0183	0.0115	0.0434	0.0681	0.0645	0.0681	0.0943
chr2L	12142609	12142760	chr2L:12142610-12142760	FBgn0051760	CG31760	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0052	0.008	0.018	0.0021	0.0019	0.0104	0.006	0.0021	0.0091	0.0055	0.0091	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chr2L	12156561	12156712	chr2L:12156562-12156712	distal	distal	none	none	VT6203.1	VT6203.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0092	0.0103	0.0066	0.0107	0.0053	0.0049	0.0221	0.0087	0.0053	0.0048	0.0077	0.0048	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0052
chr2L	12159705	12159867	chr2L:12159706-12159867	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0275	0.0067	0.0086	0.0244	0.016	0.0506	0.0213	0.0244	0.006	0.0068	0.006	0.0023	0.0023	6e-04	0.0023	0.0068
chr2L	12172075	12172445	chr2L:12172076-12172445	FBgn0032420	CG6583	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0641	0.0596	0.0789	0.0529	0.0297	0.0592	0.0869	0.0613	0.0297	0.0906	0.0965	0.0906	0.0689	0.0436	0.0619	0.0436	0.0719
chr2L	12172482	12172667	chr2L:12172483-12172667	FBgn0032420,FBgn0032421	CG6583,crok	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0749	0.0621	0.091	0.0716	0.0382	0.0636	0.0835	0.068	0.0382	0.1087	0.1061	0.1087	0.0775	0.0643	0.0793	0.0643	0.0891
chr2L	12172891	12173086	chr2L:12172892-12173086	FBgn0032420,FBgn0032421	CG6583,crok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1166	0.1016	0.1379	0.11	0.0721	0.1102	0.1328	0.1033	0.0721	0.1624	0.1588	0.1624	0.1201	0.1225	0.1096	0.1225	0.1303
chr2L	12173161	12173487	chr2L:12173162-12173487	FBgn0032421	crok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0719	0.0563	0.0948	0.0641	0.0244	0.0684	0.0766	0.054	0.0244	0.1099	0.1061	0.1099	0.1022	0.0636	0.069	0.0636	0.073
chr2L	12174607	12174758	chr2L:12174608-12174758	FBgn0000114,FBgn0263088	CR43356,aret	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.04	0.0274	0.0206	0.0329	0.0316	0.0675	0.0353	0.0329	0.0332	0.0334	0.0332	0.0194	0.0222	0.0219	0.0222	0.024
chr2L	12174875	12175035	chr2L:12174876-12175035	FBgn0000114,FBgn0263088	CR43356,aret	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0565	0.0312	0.0279	0.0562	0.0413	0.0999	0.0393	0.0562	0.0405	0.0363	0.0405	0.0232	0.0406	0.0271	0.0406	0.0302
chr2L	12175164	12175315	chr2L:12175165-12175315	FBgn0000114	aret	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0339	0.0138	0.0085	0.0286	0.0194	0.0679	0.0213	0.0286	0.0127	0.0148	0.0127	0.0132	0.0084	0.009	0.0084	0.0109
chr2L	12177480	12177631	chr2L:12177481-12177631	FBgn0032422	atilla	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.008	0.0085	0.013	0.0021	0.0068	0.016	0.0047	0.0021	0.0097	0.0113	0.0097	0.0062	0.0061	0.0361	0.0061	0.0104
chr2L	12177744	12177895	chr2L:12177745-12177895	FBgn0032422	atilla	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0093	0.0104	0.0167	0.0064	0.0073	0.0156	0.008	0.0064	0.0048	0.0158	0.0048	0.0108	0.0107	0.0464	0.0107	0.0115
chr2L	12199886	12200037	chr2L:12199887-12200037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.015	0.0145	0.0189	0.0113	0.0074	0.0155	0.0229	0.0113	0.0074	0.0133	0.0305	0.0133	0.0124	0.0069	0.0097	0.0069	0.0068
chr2L	12201121	12201272	chr2L:12201122-12201272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0158	0.0121	0.0206	0.0064	0.0155	0.0173	0.0253	0.0064	0.0109	0.0103	0.0109	0.0263	0.0092	0.009	0.0092	0.0532
chr2L	12207662	12207831	chr2L:12207663-12207831	FBgn0051759	CG31759	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0283	0.0117	0.0166	0.0597	0.0095	0.0107	0.019	0.0093	0.0095	0.0115	0.0174	0.0115	0.0356	0.0628	0.0554	0.0628	0.0917
chr2L	12236461	12236612	chr2L:12236462-12236612	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0059	0.006	0.0146	0.0085	0.0024	0.0138	0.0013	0.0085	0.006	0.0061	0.006	0.0046	0.0031	0.0032	0.0031	0.0063
chr2L	12252289	12252440	chr2L:12252290-12252440	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0116	0.0103	0.0224	0.0053	0.0126	0.019	0.0107	0.0053	0.0145	0.0084	0.0145	0.0085	0.01	0.0019	0.01	0.012
chr2L	12252723	12252874	chr2L:12252724-12252874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.012	0.0135	0.0107	0.0118	0.0106	0.0146	0.0251	0.0033	0.0106	0.0169	0.0074	0.0169	0.0101	0.0046	0.0039	0.0046	0.0063
chr2L	12267048	12267199	chr2L:12267049-12267199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.0081	0.0066	0.0103	0.0053	0.0034	0.0186	0.004	0.0053	0.0091	0.0058	0.0091	0.007	0.0015	0.0013	0.0015	0.0083
chr2L	12275503	12275654	chr2L:12275504-12275654	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0052	0.0049	0.0097	0.0042	0.0044	0.0078	0.0047	0.0042	0.0091	0.0042	0.0091	0.0054	8e-04	0.0026	8e-04	0.0068
chr2L	12288652	12288815	chr2L:12288653-12288815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0353	0.0235	0.0198	0.0339	0.0422	0.0398	0.0373	0.0339	0.0236	0.0264	0.0236	0.031	0.0199	0.0155	0.0199	0.024
chr2L	12292843	12292994	chr2L:12292844-12292994	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0224	0.008	0.0138	0.0159	0.0218	0.0333	0.0213	0.0159	0.0054	0.008	0.0054	0.0085	0.0038	0.0026	0.0038	0.0083
chr2L	12293014	12293177	chr2L:12293015-12293177	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0325	0.0085	0.0128	0.0308	0.0301	0.0489	0.024	0.0308	0.0091	0.008	0.0091	0.0046	0.0046	0.0019	0.0046	0.0042
chr2L	12294861	12295157	chr2L:12294862-12295157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0087	0.0082	0.0128	0.0053	0.0068	0.0164	0.006	0.0053	0.0115	0.0048	0.0115	0.0101	0.0031	0.0032	0.0031	0.0063
chr2L	12337094	12337245	chr2L:12337095-12337245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0106	0.0136	0.0121	0.0053	0.0136	0.0169	0.0067	0.0053	0.0066	0.0093	0.0066	0.0449	0.0038	0.0077	0.0038	0.025
chr2L	12337449	12337600	chr2L:12337450-12337600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0141	0.0107	0.0152	0.0166	0.0053	0.0184	0.0156	0.004	0.0053	0.006	0.009	0.006	0.0527	0.0092	0.0168	0.0092	0.0266
chr2L	12341805	12341961	chr2L:12341806-12341961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0135	0.0284	0.0258	0.0053	0.0184	0.0151	0.016	0.0053	0.0272	0.0302	0.0272	0.0542	0.026	0.0277	0.026	0.0495
chr2L	12345286	12345555	chr2L:12345287-12345555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0156	0.0138	0.012	0.0106	0.0189	0.0221	0.0093	0.0106	0.0163	0.0129	0.0163	0.0201	0.0046	0.0052	0.0046	0.0099
chr2L	12346281	12346456	chr2L:12346282-12346456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0242	0.0173	0.0335	0.0216	0.0074	0.0262	0.0221	0.012	0.0074	0.0205	0.0212	0.0205	0.1154	0.0123	0.0123	0.0123	0.0495
chr2L	12347817	12348170	chr2L:12347818-12348170	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0467	0.035	0.0665	0.0379	0.017	0.0597	0.0411	0.0207	0.017	0.0229	0.0322	0.0229	0.2688	0.013	0.0155	0.013	0.1053
chr2L	12348715	12349001	chr2L:12348716-12349001	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0373	0.0263	0.056	0.029	0.0148	0.0398	0.0333	0.016	0.0148	0.0296	0.0293	0.0296	0.206	0.01	0.0084	0.01	0.0745
chr2L	12349334	12349582	chr2L:12349335-12349582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0144	0.0069	0.0213	0.0153	0.0011	0.0117	0.0104	0.004	0.0011	0.0151	0.0096	0.0151	0.0837	0.0061	0.0039	0.0061	0.0339
chr2L	12351158	12351309	chr2L:12351159-12351309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0218	0.0229	0.026	0.0159	0.0095	0.0383	0.026	0.016	0.0095	0.0223	0.019	0.0223	0.0728	0.0092	0.009	0.0092	0.0354
chr2L	12354314	12354465	chr2L:12354315-12354465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0091	0.0081	0.0098	0.0095	0.0011	0.0078	0.0143	0.006	0.0011	0.0085	0.0084	0.0085	0.0201	0.0054	0.0019	0.0054	0.0073
chr2L	12355255	12355440	chr2L:12355256-12355440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0223	0.031	0.0267	0.018	0.0194	0.0381	0.018	0.018	0.0326	0.0305	0.0326	0.055	0.023	0.029	0.023	0.0479
chr2L	12359737	12360027	chr2L:12359738-12360027	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0305	0.0413	0.0264	0.0231	0.0255	0.0427	0.0653	0.03	0.0255	0.0332	0.019	0.0332	0.0519	0.0115	0.0148	0.0115	0.0302
chr2L	12360931	12361082	chr2L:12360932-12361082	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0163	0.0231	0.0161	0.0091	0.0148	0.0379	0.0272	0.0113	0.0148	0.0193	0.0145	0.0193	0.0287	0.0061	0.0077	0.0061	0.0125
chr2L	12362900	12363051	chr2L:12362901-12363051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.015	0.0127	0.0156	0.0169	0.0032	0.0126	0.0247	0.008	0.0032	0.0121	0.0145	0.0121	0.0248	0.0031	0.0039	0.0031	0.0125
chr2L	12363304	12363455	chr2L:12363305-12363455	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0229	0.0214	0.0156	0.0095	0.0209	0.0398	0.0193	0.0095	0.0284	0.0193	0.0284	0.0217	0.0092	0.0058	0.0092	0.0146
chr2L	12365257	12365531	chr2L:12365258-12365531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.024	0.0152	0.0278	0.0298	0.0095	0.0146	0.0242	0.0127	0.0095	0.0332	0.0277	0.0332	0.0496	0.026	0.0419	0.026	0.0438
chr2L	12366011	12366413	chr2L:12366012-12366413	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1381	0.0823	0.1813	0.153	0.052	0.1034	0.109	0.0673	0.052	0.2077	0.199	0.2077	0.2912	0.1975	0.2431	0.1975	0.1949
chr2L	12368581	12368732	chr2L:12368582-12368732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0163	0.0128	0.0198	0.0164	0.0053	0.017	0.0212	0.0093	0.0053	0.0169	0.0225	0.0169	0.0387	0.0115	0.0387	0.0115	0.0151
chr2L	12372667	12372818	chr2L:12372668-12372818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0158	0.0122	0.0213	0.0136	0.0064	0.0121	0.0199	0.0113	0.0064	0.0181	0.0203	0.0181	0.0488	0.0077	0.0142	0.0077	0.0208
chr2L	12392168	12392319	chr2L:12392169-12392319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0094	0.0091	0.0119	0.0068	0.0064	0.0092	0.0173	0.004	0.0064	0.0079	0.009	0.0079	0.031	0.0038	0.0077	0.0038	0.0115
chr2L	12404473	12404679	chr2L:12404474-12404679	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0228	0.014	0.0204	0.0354	0.0127	0.016	0.0186	0.0127	0.0127	0.0236	0.0177	0.0236	0.0434	0.0115	0.0516	0.0115	0.0693
chr2L	12414538	12414689	chr2L:12414539-12414689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0133	0.0098	0.0203	0.0095	0.0011	0.0189	0.0134	0.0047	0.0011	0.0501	0.0138	0.0501	0.0178	0.0061	0.0071	0.0061	0.0167
chr2L	12414965	12415116	chr2L:12414966-12415116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0165	0.011	0.0275	0.0107	0.0053	0.0165	0.0147	0.0087	0.0053	0.0791	0.0154	0.0791	0.0201	0.0115	0.009	0.0115	0.0182
chr2L	12415344	12415495	chr2L:12415345-12415495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0131	0.0096	0.0221	0.0072	0.0011	0.0204	0.0099	0.0053	0.0011	0.058	0.0138	0.058	0.0163	0.01	0.0058	0.01	0.0094
chr2L	12415628	12415779	chr2L:12415629-12415779	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0226	0.0172	0.0335	0.0167	0.0064	0.0282	0.0195	0.014	0.0064	0.0791	0.0273	0.0791	0.0248	0.026	0.0193	0.026	0.0177
chr2L	12416082	12416233	chr2L:12416083-12416233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0202	0.0167	0.0278	0.0159	0.0095	0.0262	0.019	0.01	0.0095	0.061	0.026	0.061	0.0209	0.0184	0.0239	0.0184	0.0188
chr2L	12421496	12421647	chr2L:12421497-12421647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0204	0.0202	0.0211	0.0198	0.0074	0.0189	0.032	0.0207	0.0074	0.0296	0.0225	0.0296	0.0256	0.0161	0.0213	0.0161	0.0328
chr2L	12421866	12422056	chr2L:12421867-12422056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0592	0.0472	0.0614	0.07	0.0233	0.0636	0.0519	0.054	0.0233	0.0725	0.0691	0.0725	0.0883	0.0544	0.0812	0.0544	0.1324
chr2L	12423352	12423503	chr2L:12423353-12423503	FBgn0043841	vir-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0193	0.013	0.0245	0.0206	0.0064	0.0146	0.0186	0.0133	0.0064	0.0284	0.0341	0.0284	0.0225	0.0222	0.0451	0.0222	0.0182
chr2L	12423862	12424013	chr2L:12423863-12424013	FBgn0043841	vir-1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0145	0.0345	0.0157	0.0074	0.0141	0.0195	0.0193	0.0074	0.0296	0.0547	0.0296	0.024	0.0115	0.0348	0.0115	0.013
chr2L	12424017	12424168	chr2L:12424018-12424168	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.0186	0.0372	0.0205	0.0095	0.018	0.0247	0.0253	0.0095	0.0368	0.0553	0.0368	0.0287	0.0115	0.0503	0.0115	0.0188
chr2L	12424190	12424341	chr2L:12424191-12424341	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.025	0.0199	0.0319	0.023	0.0106	0.0209	0.026	0.0253	0.0106	0.0362	0.0441	0.0362	0.0287	0.0145	0.0509	0.0145	0.025
chr2L	12424691	12424885	chr2L:12424692-12424885	FBgn0032428	CG6405	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1142	0.1093	0.1298	0.1025	0.0774	0.1291	0.1246	0.1292	0.0774	0.1908	0.1434	0.1908	0.1154	0.1317	0.118	0.1317	0.1287
chr2L	12427390	12427541	chr2L:12427391-12427541	FBgn0032429,FBgn0032430	CG5446,CG6388	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0571	0.0501	0.0693	0.0517	0.0382	0.0612	0.0532	0.0646	0.0382	0.0882	0.0704	0.0882	0.0899	0.0398	0.049	0.0398	0.0803
chr2L	12427552	12427773	chr2L:12427553-12427773	FBgn0032429,FBgn0032430	CG5446,CG6388	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1111	0.0993	0.1294	0.104	0.0657	0.1262	0.0978	0.1339	0.0657	0.1594	0.1383	0.1594	0.1557	0.0858	0.0935	0.0858	0.1647
chr2L	12427951	12428145	chr2L:12427952-12428145	FBgn0032429,FBgn0032430	CG5446,CG6388	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0701	0.0565	0.082	0.0723	0.0201	0.0752	0.0593	0.0733	0.0201	0.1057	0.091	0.1057	0.0984	0.0919	0.0651	0.0919	0.1021
chr2L	12433657	12433879	chr2L:12433658-12433879	FBgn0263469	snoRNA:SC35-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1218	0.1162	0.144	0.1037	0.0827	0.1311	0.1406	0.1392	0.0827	0.1787	0.1621	0.1787	0.1325	0.1149	0.1012	0.1149	0.135
chr2L	12433941	12434118	chr2L:12433942-12434118	FBgn0020443	Elf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1622	0.1543	0.185	0.1459	0.122	0.168	0.186	0.1805	0.122	0.2168	0.209	0.2168	0.1805	0.1539	0.1444	0.1539	0.1813
chr2L	12434376	12434643	chr2L:12434377-12434643	FBgn0020443,FBgn0040286	Elf,SC35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1844	0.1796	0.2075	0.1646	0.1463	0.1893	0.1972	0.2445	0.1463	0.2415	0.2428	0.2415	0.196	0.1639	0.2005	0.1639	0.1918
chr2L	12434713	12434913	chr2L:12434714-12434913	FBgn0020443,FBgn0040286	Elf,SC35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1908	0.1644	0.2254	0.1823	0.1209	0.1976	0.17	0.2192	0.1209	0.279	0.2537	0.279	0.2099	0.1998	0.2192	0.1998	0.2157
chr2L	12435096	12435273	chr2L:12435097-12435273	FBgn0040286	SC35	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0711	0.0538	0.0931	0.0661	0.0255	0.0583	0.0662	0.0726	0.0255	0.1081	0.1129	0.1081	0.096	0.0766	0.0858	0.0766	0.075
chr2L	12435351	12435502	chr2L:12435352-12435502	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0922	0.0836	0.1164	0.0752	0.0583	0.0888	0.0943	0.1146	0.0583	0.1214	0.1514	0.1214	0.1232	0.0926	0.1006	0.0926	0.0865
chr2L	12435504	12435985	chr2L:12435505-12435985	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.214	0.221	0.2511	0.1656	0.1739	0.2345	0.2599	0.2652	0.1739	0.2554	0.3206	0.2554	0.2703	0.1562	0.2218	0.1562	0.2105
chr2L	12436027	12436178	chr2L:12436028-12436178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0775	0.0814	0.0919	0.0574	0.052	0.0956	0.0956	0.0973	0.052	0.1135	0.1061	0.1135	0.093	0.0582	0.0748	0.0582	0.0683
chr2L	12436314	12436554	chr2L:12436315-12436554	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1663	0.1405	0.2048	0.1529	0.088	0.1709	0.154	0.1679	0.088	0.2361	0.2486	0.2361	0.1836	0.1371	0.2179	0.1371	0.1657
chr2L	12444760	12444911	chr2L:12444761-12444911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0181	0.0218	0.0198	0.0121	0.0085	0.0199	0.0355	0.024	0.0085	0.0127	0.0193	0.0127	0.0457	0.0054	0.0148	0.0054	0.0234
chr2L	12445121	12445342	chr2L:12445122-12445342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0258	0.0239	0.0294	0.0238	0.0095	0.0238	0.0394	0.0247	0.0095	0.0199	0.0328	0.0199	0.062	0.0176	0.0206	0.0176	0.0469
chr2L	12445886	12446078	chr2L:12445887-12446078	FBgn0032433	Oatp33Ea	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.0184	0.0235	0.0262	0.0042	0.0223	0.0234	0.0227	0.0042	0.0115	0.0248	0.0115	0.0473	0.0138	0.0174	0.0138	0.0631
chr2L	12446142	12446420	chr2L:12446143-12446420	FBgn0032433	Oatp33Ea	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0349	0.0401	0.0354	0.0284	0.017	0.0388	0.0571	0.052	0.017	0.0266	0.0441	0.0266	0.0534	0.0092	0.0206	0.0092	0.0688
chr2L	12448258	12448537	chr2L:12448259-12448537	FBgn0032434,FBgn0032435	CG5421,Oatp33Eb	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0378	0.0395	0.0352	0.0387	0.0117	0.0359	0.0571	0.0553	0.0117	0.032	0.0338	0.032	0.0736	0.0199	0.0322	0.0199	0.0886
chr2L	12455163	12455363	chr2L:12455164-12455363	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0829	0.0813	0.065	0.0562	0.0825	0.1012	0.1033	0.0562	0.096	0.0955	0.096	0.0968	0.0842	0.078	0.0842	0.0948
chr2L	12457306	12457565	chr2L:12457307-12457565	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.236	0.2453	0.2714	0.1866	0.193	0.2621	0.2798	0.3005	0.193	0.3418	0.3122	0.3418	0.2541	0.2198	0.2263	0.2198	0.2189
chr2L	12458606	12458757	chr2L:12458607-12458757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0546	0.073	0.0571	0.0313	0.0498	0.0602	0.1086	0.0866	0.0498	0.0459	0.0846	0.0459	0.0558	0.0352	0.0477	0.0352	0.025
chr2L	12458865	12459016	chr2L:12458866-12459016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0511	0.0633	0.0524	0.0359	0.0424	0.0578	0.0878	0.0779	0.0424	0.0688	0.0659	0.0688	0.0488	0.0613	0.0426	0.0613	0.0245
chr2L	12459944	12460158	chr2L:12459945-12460158	FBgn0262203	mir-967	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1557	0.2035	0.1877	0.0673	0.1633	0.1854	0.2318	0.3051	0.1633	0.195	0.2624	0.195	0.1689	0.1095	0.0935	0.1095	0.0281
chr2L	12460502	12460653	chr2L:12460503-12460653	FBgn0262203	mir-967	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.07	0.0808	0.0819	0.0448	0.0562	0.0738	0.0956	0.1173	0.0562	0.0864	0.1035	0.0864	0.0728	0.0459	0.0406	0.0459	0.0281
chr2L	12460890	12461041	chr2L:12460891-12461041	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0549	0.0594	0.0553	0.0493	0.052	0.0495	0.0804	0.0713	0.052	0.0465	0.0614	0.0465	0.0689	0.0505	0.0406	0.0505	0.037
chr2L	12461189	12461408	chr2L:12461190-12461408	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.176	0.1939	0.2098	0.1188	0.1495	0.2155	0.215	0.2512	0.1495	0.247	0.2315	0.247	0.2138	0.1302	0.109	0.1302	0.1021
chr2L	12464950	12465101	chr2L:12464951-12465101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0193	0.0249	0.0207	0.0042	0.0252	0.0229	0.0253	0.0042	0.0272	0.0215	0.0272	0.0534	0.0199	0.0168	0.0199	0.037
chr2L	12465394	12465548	chr2L:12465395-12465548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.031	0.0296	0.0234	0.0148	0.033	0.0424	0.0326	0.0148	0.0229	0.0235	0.0229	0.0767	0.013	0.0123	0.013	0.0526
chr2L	12465637	12465812	chr2L:12465638-12465812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0293	0.034	0.0283	0.0251	0.0201	0.0359	0.0497	0.03	0.0201	0.0187	0.0241	0.0187	0.0751	0.0184	0.0226	0.0184	0.0459
chr2L	12466684	12466868	chr2L:12466685-12466868	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.076	0.1583	0.047	0.016	0.1495	0.0684	0.2772	0.1785	0.1495	0.0217	0.082	0.0217	0.0403	0.0123	0.0239	0.0123	0.0182
chr2L	12467422	12467573	chr2L:12467423-12467573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0226	0.0198	0.0189	0.0138	0.0155	0.0337	0.0266	0.0138	0.0157	0.0293	0.0157	0.0194	0.0123	0.0361	0.0123	0.0219
chr2L	12467614	12467765	chr2L:12467615-12467765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0236	0.0211	0.0198	0.0106	0.0204	0.0311	0.0306	0.0106	0.0127	0.0344	0.0127	0.024	0.0191	0.0329	0.0191	0.0203
chr2L	12467816	12467967	chr2L:12467817-12467967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0216	0.026	0.0213	0.017	0.017	0.0204	0.0411	0.028	0.017	0.0133	0.0318	0.0133	0.0194	0.0207	0.0213	0.0207	0.0167
chr2L	12468893	12469044	chr2L:12468894-12469044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0189	0.0211	0.0159	0.0199	0.0159	0.017	0.0346	0.0173	0.0159	0.0175	0.018	0.0175	0.017	0.0329	0.0226	0.0329	0.0219
chr2L	12469274	12469443	chr2L:12469275-12469443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0314	0.0573	0.0188	0.0162	0.0583	0.0301	0.1003	0.056	0.0583	0.0175	0.0248	0.0175	0.017	0.0291	0.0181	0.0291	0.0151
chr2L	12472258	12472599	chr2L:12472259-12472599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0444	0.0503	0.0373	0.0223	0.0432	0.0601	0.0546	0.0223	0.0368	0.0711	0.0368	0.0612	0.0314	0.0464	0.0314	0.0417
chr2L	12472794	12473027	chr2L:12472795-12473027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0419	0.0652	0.0359	0.0226	0.0361	0.0568	0.0978	0.0766	0.0361	0.029	0.0537	0.029	0.038	0.0161	0.0361	0.0161	0.025
chr2L	12473096	12473358	chr2L:12473097-12473358	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.1147	0.0749	0.0409	0.0583	0.1155	0.1276	0.1785	0.0583	0.0507	0.1129	0.0507	0.0852	0.0268	0.0548	0.0268	0.0662
chr2L	12473465	12473670	chr2L:12473466-12473670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.051	0.0738	0.0492	0.0276	0.0329	0.0888	0.0748	0.1166	0.0329	0.0368	0.0788	0.0368	0.0426	0.0115	0.04	0.0115	0.0412
chr2L	12473709	12473970	chr2L:12473710-12473970	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0618	0.047	0.037	0.0308	0.0816	0.0588	0.0906	0.0308	0.0284	0.0682	0.0284	0.0643	0.0161	0.0587	0.0161	0.0573
chr2L	12474382	12474588	chr2L:12474383-12474588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0337	0.0386	0.031	0.0313	0.0095	0.0485	0.0398	0.0546	0.0095	0.0193	0.0283	0.0193	0.0813	0.0207	0.02	0.0207	0.0683
chr2L	12475400	12475551	chr2L:12475401-12475551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.0108	0.0174	0.0199	0.0032	0.0146	0.0121	0.014	0.0032	0.0085	0.0225	0.0085	0.0356	0.01	0.0155	0.01	0.0422
chr2L	12476441	12476592	chr2L:12476442-12476592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0217	0.0258	0.0171	0.0106	0.0243	0.0303	0.022	0.0106	0.038	0.0273	0.038	0.0294	0.0184	0.0193	0.0184	0.0271
chr2L	12478510	12478783	chr2L:12478511-12478783	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0458	0.0891	0.0291	0.0157	0.0901	0.0689	0.1302	0.0893	0.0901	0.026	0.0322	0.026	0.0356	0.0092	0.0168	0.0092	0.0141
chr2L	12480198	12480349	chr2L:12480199-12480349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0224	0.0393	0.0179	0.0084	0.0318	0.0277	0.0679	0.0346	0.0318	0.0236	0.0186	0.0236	0.017	0.0107	0.0097	0.0107	0.0089
chr2L	12482507	12482717	chr2L:12482508-12482717	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.094	0.0599	0.039	0.088	0.0704	0.1406	0.1026	0.088	0.0833	0.0678	0.0833	0.0534	0.0505	0.0361	0.0505	0.0323
chr2L	12482800	12483014	chr2L:12482801-12483014	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0897	0.0997	0.0852	0.0647	0.0869	0.1125	0.1093	0.0647	0.1274	0.1103	0.1274	0.1084	0.1041	0.0883	0.1041	0.0823
chr2L	12483051	12483267	chr2L:12483052-12483267	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1355	0.1022	0.1524	0.1543	0.0626	0.115	0.1068	0.1406	0.0626	0.183	0.1698	0.183	0.1774	0.1577	0.1593	0.1577	0.1829
chr2L	12483560	12483764	chr2L:12483561-12483764	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.1062	0.0398	0.0893	0.1989	0.0148	0.0529	0.0398	0.0566	0.0148	0.0743	0.0913	0.0743	0.1588	0.1792	0.205	0.1792	0.2241
chr2L	12484254	12484473	chr2L:12484255-12484473	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1073	0.0432	0.0956	0.1916	0.0159	0.067	0.0441	0.05	0.0159	0.0845	0.0974	0.0845	0.1805	0.2098	0.2076	0.2098	0.2293
chr2L	12487386	12487537	chr2L:12487387-12487537	distal	distal	none	none	VT6382.1	VT6382.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0269	0.0233	0.0341	0.023	0.0064	0.0311	0.0281	0.0266	0.0064	0.038	0.0267	0.038	0.0775	0.049	0.0187	0.049	0.0224
chr2L	12489547	12489698	chr2L:12489548-12489698	distal	distal	stage5	stage5	VT6383.1	VT6383.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0293	0.0231	0.0177	0.0212	0.034	0.0346	0.032	0.0212	0.0139	0.0312	0.0139	0.0356	0.0123	0.0232	0.0123	0.0245
chr2L	12493143	12493665	chr2L:12493144-12493665	distal	distal	stage14	stage14	VT6386.1	VT6386.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0535	0.0381	0.0528	0.0713	0.0117	0.0495	0.0437	0.0493	0.0117	0.0694	0.0473	0.0694	0.0937	0.1508	0.0645	0.1508	0.0865
chr2L	12493701	12493983	chr2L:12493702-12493983	distal	distal	stage14	stage14	VT6386.1	VT6386.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0322	0.0198	0.0331	0.0451	0.0095	0.0286	0.0221	0.02	0.0095	0.0314	0.026	0.0314	0.0806	0.075	0.0219	0.075	0.0881
chr2L	12497684	12497870	chr2L:12497685-12497870	FBgn0051858	t-cup	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.016	0.0268	0.0258	0.0095	0.0189	0.0173	0.0227	0.0095	0.0181	0.0177	0.0181	0.0883	0.013	0.0142	0.013	0.0667
chr2L	12500338	12500489	chr2L:12500339-12500489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0145	0.019	0.018	0.0032	0.0141	0.0199	0.022	0.0032	0.0205	0.0235	0.0205	0.0248	0.0168	0.029	0.0168	0.0182
chr2L	12500564	12500715	chr2L:12500565-12500715	distal	distal	none	none	VT6390.1	VT6390.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0193	0.0176	0.0213	0.0189	0.0064	0.0199	0.0234	0.0207	0.0064	0.0211	0.0241	0.0211	0.0287	0.0153	0.0322	0.0153	0.0167
chr2L	12504508	12504659	chr2L:12504509-12504659	distal	distal	none	none	VT6392.1	VT6392.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0249	0.016	0.0175	0.0429	0.0064	0.0218	0.019	0.0153	0.0064	0.0157	0.0161	0.0157	0.0325	0.0528	0.0368	0.0528	0.0401
chr2L	12504850	12505024	chr2L:12504851-12505024	distal	distal	stage14	stage14	VT6392.1	VT6392.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.0258	0.0277	0.0706	0.018	0.0272	0.0242	0.0393	0.018	0.026	0.0289	0.026	0.038	0.1072	0.0522	0.1072	0.0438
chr2L	12505025	12505288	chr2L:12505026-12505288	distal	distal	stage14	stage14	VT6392.1	VT6392.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0569	0.0355	0.0365	0.103	0.0212	0.0417	0.0359	0.0493	0.0212	0.0326	0.0376	0.0326	0.0527	0.173	0.0677	0.173	0.0651
chr2L	12506883	12507161	chr2L:12506884-12507161	FBgn0261812	CG42754	stage14	none	VT6393.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0333	0.0212	0.0319	0.0483	0.0085	0.0238	0.0264	0.0286	0.0085	0.0248	0.0293	0.0248	0.072	0.0207	0.0909	0.0207	0.0766
chr2L	12507758	12508264	chr2L:12507759-12508264	FBgn0261812,FBgn0262353,FBgn0263458	CG42754,CG43051,snoRNA:CG43051-a	stage11,stage14,stage5	none	VT6393.1,VT6394.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1524	0.165	0.1567	0.1337	0.1283	0.1782	0.1531	0.2492	0.1283	0.1014	0.2196	0.1014	0.2184	0.1149	0.2199	0.1149	0.172
chr2L	12508470	12508634	chr2L:12508471-12508634	FBgn0263458	snoRNA:CG43051-a	none	none	VT6394.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0275	0.027	0.0291	0.0095	0.0277	0.0329	0.0373	0.0095	0.0199	0.0386	0.0199	0.031	0.0107	0.0529	0.0107	0.037
chr2L	12512684	12512835	chr2L:12512685-12512835	distal	distal	none	none	VT6396.1	VT6396.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0208	0.0245	0.0187	0.0064	0.0238	0.0272	0.0233	0.0064	0.0308	0.0222	0.0308	0.0248	0.0161	0.0181	0.0161	0.0214
chr2L	12514130	12514284	chr2L:12514131-12514284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0188	0.0127	0.0155	0.0291	0.0053	0.0117	0.0143	0.02	0.0053	0.0254	0.0164	0.0254	0.0147	0.0704	0.0232	0.0704	0.0302
chr2L	12520392	12520627	chr2L:12520393-12520627	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2357	0.2309	0.2596	0.2146	0.1813	0.2646	0.2703	0.2598	0.1813	0.308	0.292	0.308	0.2533	0.2044	0.216	0.2044	0.2574
chr2L	12521071	12521309	chr2L:12521072-12521309	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1397	0.1602	0.1298	0.0944	0.166	0.1354	0.1959	0.0944	0.157	0.1923	0.157	0.2161	0.1294	0.1651	0.1294	0.209
chr2L	12521613	12521764	chr2L:12521614-12521764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0327	0.0319	0.0348	0.0315	0.0159	0.0354	0.0376	0.0393	0.0159	0.035	0.0363	0.035	0.0503	0.0406	0.0213	0.0406	0.0516
chr2L	12521968	12522176	chr2L:12521969-12522176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0329	0.025	0.0398	0.0341	0.0148	0.0282	0.029	0.0326	0.0148	0.0326	0.0386	0.0326	0.0813	0.0199	0.0213	0.0199	0.0776
chr2L	12528355	12528506	chr2L:12528356-12528506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0269	0.0252	0.0335	0.0216	0.0148	0.0301	0.0281	0.0306	0.0148	0.0453	0.0334	0.0453	0.0473	0.0329	0.0284	0.0329	0.024
chr2L	12529632	12529923	chr2L:12529633-12529923	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT6406.1	VT6406.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2097	0.1898	0.2444	0.1938	0.1294	0.2466	0.2042	0.2105	0.1294	0.3273	0.2334	0.3273	0.2967	0.2825	0.1954	0.2825	0.2991
chr2L	12530496	12530647	chr2L:12530497-12530647	distal	distal	none	none	VT6406.1	VT6406.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0154	0.0145	0.0118	0.0205	0.017	0.0102	0.0177	0.0207	0.017	0.0133	0.0106	0.0133	0.0178	0.0123	0.0193	0.0123	0.0365
chr2L	12533785	12533949	chr2L:12533786-12533949	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0355	0.0236	0.0505	0.0324	0.0042	0.0286	0.0272	0.038	0.0042	0.0308	0.0839	0.0308	0.0434	0.0528	0.0567	0.0528	0.0208
chr2L	12534383	12534534	chr2L:12534384-12534534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0182	0.0112	0.0169	0.0276	0.0032	0.018	0.0138	0.012	0.0032	0.0356	0.0125	0.0356	0.0217	0.0881	0.0142	0.0881	0.0229
chr2L	12535752	12536073	chr2L:12535753-12536073	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.048	0.0338	0.0561	0.0549	0.0138	0.0471	0.0385	0.036	0.0138	0.0368	0.0408	0.0368	0.1696	0.0345	0.0671	0.0345	0.1037
chr2L	12536360	12536585	chr2L:12536361-12536585	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.027	0.0273	0.0292	0.0244	0.0117	0.0248	0.0446	0.03	0.0117	0.029	0.0312	0.029	0.0473	0.0237	0.0226	0.0237	0.0438
chr2L	12536822	12536973	chr2L:12536823-12536973	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0213	0.0231	0.0216	0.0189	0.0138	0.0214	0.0359	0.0253	0.0138	0.0236	0.0248	0.0236	0.0263	0.0153	0.0142	0.0153	0.0386
chr2L	12539890	12540108	chr2L:12539891-12540108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0613	0.0259	0.0127	0.0562	0.0301	0.1099	0.0613	0.0562	0.0332	0.0241	0.0332	0.0318	0.0161	0.0116	0.0161	0.0162
chr2L	12540342	12540567	chr2L:12540343-12540567	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.069	0.1004	0.0623	0.0412	0.0806	0.0908	0.1259	0.1312	0.0806	0.0682	0.0727	0.0682	0.0511	0.0444	0.0484	0.0444	0.0516
chr2L	12543115	12543451	chr2L:12543116-12543451	FBgn0261709	CR42746	stage11,stage14,stage5	none	VT6413.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0659	0.0749	0.0609	0.0614	0.0488	0.0733	0.077	0.1219	0.0488	0.0725	0.0595	0.0725	0.0782	0.0904	0.049	0.0904	0.0782
chr2L	12543941	12544186	chr2L:12543942-12544186	distal	distal	stage5	stage5	VT6413.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0689	0.112	0.0541	0.0369	0.0848	0.0971	0.1306	0.1692	0.0848	0.0501	0.0685	0.0501	0.0519	0.0391	0.0329	0.0391	0.0558
chr2L	12545357	12545529	chr2L:12545358-12545529	distal	distal	stage5	stage5	VT6414.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0763	0.1068	0.0768	0.0418	0.07	0.1019	0.1241	0.1632	0.07	0.0924	0.0939	0.0924	0.055	0.0413	0.0567	0.0413	0.0422
chr2L	12545721	12545913	chr2L:12545722-12545913	distal	distal	none	none	VT6414.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1448	0.1469	0.1708	0.1139	0.0838	0.1767	0.1661	0.1919	0.0838	0.2035	0.1881	0.2035	0.158	0.1194	0.1135	0.1194	0.1261
chr2L	12546016	12546195	chr2L:12546017-12546195	FBgn0259176	bun	stage11,stage14,stage5	none	VT6414.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1718	0.1598	0.2113	0.1419	0.1018	0.1976	0.17	0.2019	0.1018	0.2585	0.2302	0.2585	0.1882	0.1478	0.1502	0.1478	0.161
chr2L	12546281	12546458	chr2L:12546282-12546458	FBgn0259176	bun	stage11,stage14,stage5	none	VT6414.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2431	0.2149	0.2961	0.2165	0.1548	0.2447	0.2349	0.2698	0.1548	0.3678	0.317	0.3678	0.2812	0.2182	0.2199	0.2182	0.2428
chr2L	12546588	12546791	chr2L:12546589-12546791	FBgn0259176	bun	stage11,stage14,stage5	none	VT6414.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.232	0.2186	0.2683	0.2072	0.1633	0.2481	0.2556	0.2598	0.1633	0.3225	0.2887	0.3225	0.2711	0.196	0.2037	0.196	0.2345
chr2L	12547080	12547268	chr2L:12547081-12547268	FBgn0259176	bun	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0685	0.091	0.0778	0.0403	0.0825	0.0817	0.0833	0.0403	0.1129	0.1006	0.1129	0.0906	0.0873	0.0825	0.0873	0.0792
chr2L	12552528	12552679	chr2L:12552529-12552679	distal	distal	none	none	VT6418.1	VT6418.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.0161	0.0105	0.0135	0.0074	0.0146	0.0298	0.0133	0.0074	0.0139	0.0119	0.0139	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0036
chr2L	12553806	12553979	chr2L:12553807-12553979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.011	0.0154	0.0256	0.0021	0.0121	0.0177	0.0113	0.0021	0.0085	0.0093	0.0085	0.0046	0.0031	0.0097	0.0031	0.0083
chr2L	12555661	12555812	chr2L:12555662-12555812	distal	distal	none	none	VT6420.1	VT6420.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0165	0.0113	0.0118	0.0064	0.0204	0.0225	0.016	0.0064	0.0097	0.009	0.0097	0.0132	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chr2L	12557875	12558026	chr2L:12557876-12558026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0115	0.0123	0.0115	0.0106	0.0042	0.0223	0.0138	0.0087	0.0042	0.0199	0.0087	0.0199	0.0108	0.0031	0.0077	0.0031	0.0047
chr2L	12558127	12558304	chr2L:12558128-12558304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0126	0.0146	0.0114	0.0118	0.0011	0.0325	0.0108	0.01	0.0011	0.0157	0.0096	0.0157	0.0062	0.0077	0.0071	0.0077	0.0031
chr2L	12566847	12567001	chr2L:12566848-12567001	distal	distal	stage14	stage14	VT6423.1	VT6423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0231	0.0197	0.0255	0.0127	0.0238	0.0346	0.0233	0.0127	0.0133	0.0141	0.0133	0.007	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr2L	12567121	12567272	chr2L:12567122-12567272	distal	distal	stage14	stage14	VT6423.1	VT6423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0169	0.0124	0.0188	0.0053	0.016	0.0303	0.0147	0.0053	0.0079	0.0116	0.0079	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0068
chr2L	12567873	12568024	chr2L:12567874-12568024	distal	distal	none	none	VT6423.1	VT6423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0136	0.0071	0.016	0.0095	0.0126	0.0229	0.0107	0.0095	0.0091	0.0042	0.0091	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0026
chr2L	12568991	12569142	chr2L:12568992-12569142	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT6423.1,VT6424.1	VT6423.1,VT6424.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0152	0.0114	0.0191	0.0095	0.0102	0.0216	0.0193	0.0095	0.0127	0.0096	0.0127	0.0108	0.0054	0.0077	0.0054	0.0073
chr2L	12569686	12569837	chr2L:12569687-12569837	distal	distal	none	none	VT6424.1	VT6424.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0097	0.0117	0.0182	0.0074	0.0063	0.0147	0.0107	0.0074	0.0072	0.009	0.0072	0.0085	0.0023	0.0058	0.0023	0.0089
chr2L	12570979	12571134	chr2L:12570980-12571134	distal	distal	none	none	VT6425.1	VT6425.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0105	0.0132	0.0145	0.0021	0.0112	0.0151	0.012	0.0021	0.0121	0.0096	0.0121	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr2L	12573120	12573271	chr2L:12573121-12573271	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0225	0.0359	0.0159	0.0148	0.0244	0.0272	0.0623	0.0306	0.0244	0.0139	0.0164	0.0139	0.0248	0.0161	0.0148	0.0161	0.0162
chr2L	12574971	12575122	chr2L:12574972-12575122	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0194	0.0211	0.0133	0.0241	0.0085	0.0136	0.0411	0.0187	0.0085	0.0109	0.0119	0.0109	0.0163	0.0054	0.0045	0.0054	0.0099
chr2L	12575148	12575426	chr2L:12575149-12575426	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0367	0.0558	0.0236	0.0298	0.0445	0.0311	0.0874	0.0693	0.0445	0.0266	0.0225	0.0266	0.0186	0.0069	0.0135	0.0069	0.0167
chr2L	12579189	12579379	chr2L:12579190-12579379	distal	distal	none	none	VT6430.1	VT6430.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0184	0.0217	0.0276	0.0085	0.0141	0.032	0.018	0.0085	0.0181	0.019	0.0181	0.0186	0.0107	0.009	0.0107	0.0151
chr2L	12580119	12580270	chr2L:12580120-12580270	distal	distal	none	none	VT6430.1	VT6430.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0133	0.0101	0.0154	0.0148	0.0021	0.0102	0.0203	0.006	0.0021	0.0079	0.0232	0.0079	0.0124	0.0038	0.0419	0.0038	0.0068
chr2L	12586996	12587214	chr2L:12586997-12587214	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0804	0.0282	0.0789	0.1404	0.0117	0.0437	0.0311	0.0306	0.0117	0.0821	0.0836	0.0821	0.1503	0.2221	0.1831	0.2221	0.1985
chr2L	12587358	12587509	chr2L:12587359-12587509	FBgn0085424	nub	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0365	0.0282	0.0388	0.0433	0.018	0.0257	0.0381	0.034	0.018	0.0386	0.0412	0.0386	0.0728	0.0827	0.0509	0.0827	0.0505
chr2L	12588782	12588933	chr2L:12588783-12588933	distal	distal	stage11	stage11	VT6435.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0208	0.0165	0.0297	0.016	0.0053	0.0243	0.0225	0.014	0.0053	0.0157	0.0158	0.0157	0.1077	0.0061	0.0129	0.0061	0.0391
chr2L	12589057	12589226	chr2L:12589058-12589226	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6435.1,VT6436.1	VT6436.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0267	0.0222	0.0364	0.0212	0.0085	0.0383	0.0251	0.0133	0.0085	0.0217	0.0267	0.0217	0.1201	0.01	0.0129	0.01	0.0521
chr2L	12589422	12589649	chr2L:12589423-12589649	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6435.1,VT6436.1	VT6436.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0282	0.041	0.0308	0.0117	0.0417	0.0385	0.0233	0.0117	0.0278	0.0334	0.0278	0.1146	0.0107	0.029	0.0107	0.0698
chr2L	12593790	12593975	chr2L:12593791-12593975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT6438.1	VT6438.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0421	0.0663	0.0374	0.0201	0.0488	0.0646	0.0666	0.1039	0.0488	0.0417	0.0473	0.0417	0.0271	0.0161	0.0142	0.0161	0.0156
chr2L	12594103	12594294	chr2L:12594104-12594294	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT6438.1	VT6438.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0522	0.0737	0.0547	0.0255	0.0403	0.0748	0.0856	0.1019	0.0403	0.067	0.0675	0.067	0.0271	0.0184	0.0239	0.0184	0.0125
chr2L	12594409	12594615	chr2L:12594410-12594615	distal	distal	stage5	stage5	VT6439.1	VT6439.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0312	0.0403	0.0339	0.0182	0.0212	0.034	0.0593	0.0526	0.0212	0.0362	0.0405	0.0362	0.0318	0.023	0.0174	0.023	0.0182
chr2L	12596402	12596553	chr2L:12596403-12596553	distal	distal	none	none	VT6439.1,VT6440.1	VT6439.1,VT6440.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0087	0.0064	0.0113	0.0085	0.0053	0.0073	0.0095	0.006	0.0053	0.0048	0.0199	0.0048	0.0077	0.0084	0.02	0.0084	0.0047
chr2L	12597668	12597819	chr2L:12597669-12597819	distal	distal	stage14	stage14	VT6440.1	VT6440.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0133	0.0124	0.01	0.0042	0.0112	0.0203	0.02	0.0042	0.0054	0.0186	0.0054	0.0108	0.0046	0.0322	0.0046	0.0042
chr2L	12600536	12600687	chr2L:12600537-12600687	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.014	0.0282	0.0082	0.0045	0.0223	0.0165	0.0458	0.0333	0.0223	0.0085	0.0096	0.0085	0.0062	0.0031	0.0084	0.0031	0.0042
chr2L	12602896	12603090	chr2L:12602897-12603090	distal	distal	none	none	VT6443.1	VT6443.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0339	0.0522	0.0369	0.0102	0.0297	0.0432	0.0644	0.0846	0.0297	0.0314	0.0518	0.0314	0.0085	0.0084	0.0187	0.0084	0.0073
chr2L	12603252	12603403	chr2L:12603253-12603403	distal	distal	none	none	VT6443.1,VT6444.1	VT6443.1,VT6444.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0239	0.0385	0.024	0.0074	0.017	0.0398	0.0458	0.056	0.017	0.0223	0.0315	0.0223	0.0093	0.0168	0.0084	0.0168	0.0036
chr2L	12603440	12603649	chr2L:12603441-12603649	distal	distal	stage5	stage5	VT6443.1,VT6444.1	VT6443.1,VT6444.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.048	0.0824	0.0495	0.0079	0.0647	0.0748	0.099	0.1193	0.0647	0.0531	0.0531	0.0531	0.0139	0.0084	0.0077	0.0084	0.0057
chr2L	12607380	12607622	chr2L:12607381-12607622	distal	distal	stage5	stage5	VT6446.1	VT6446.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0382	0.0872	0.0184	0.0052	0.0848	0.0359	0.1246	0.1386	0.0848	0.0157	0.0264	0.0157	0.0077	0.0046	0.0071	0.0046	0.0047
chr2L	12608668	12608916	chr2L:12608669-12608916	distal	distal	stage11	stage11	VT6446.1,VT6447.1	VT6446.1,VT6447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0374	0.0426	0.0127	0.018	0.0354	0.0515	0.0466	0.018	0.0507	0.0354	0.0507	0.0108	0.0092	0.011	0.0092	0.0026
chr2L	12608923	12609074	chr2L:12608924-12609074	distal	distal	stage11	stage11	VT6447.1	VT6447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0191	0.0222	0.0093	0.0085	0.0194	0.0264	0.024	0.0085	0.0145	0.0158	0.0145	0.0085	0.0061	0.0039	0.0061	0.0036
chr2L	12611939	12612174	chr2L:12611940-12612174	distal	distal	stage5	stage5	VT6448.1	VT6448.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0548	0.0349	0.0089	0.035	0.0388	0.0489	0.1206	0.035	0.029	0.0489	0.029	0.017	0.0153	0.0058	0.0153	0.0089
chr2L	12612804	12612955	chr2L:12612805-12612955	distal	distal	none	none	VT6448.1	VT6448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0196	0.0273	0.0168	0.0142	0.0117	0.0519	0.0229	0.024	0.0117	0.026	0.0164	0.026	0.0093	0.0184	0.0103	0.0184	0.0099
chr2L	12612999	12613368	chr2L:12613000-12613368	distal	distal	stage14	stage14	VT6448.1	VT6448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.044	0.0332	0.0458	0.054	0.0085	0.0553	0.0372	0.03	0.0085	0.0598	0.0357	0.0598	0.0442	0.0398	0.0213	0.0398	0.0396
chr2L	12614845	12615061	chr2L:12614846-12615061	distal	distal	stage5	stage5	VT6449.1	VT6449.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0572	0.1071	0.0457	0.0141	0.088	0.0937	0.1293	0.1559	0.088	0.0453	0.055	0.0453	0.0163	0.0054	0.0019	0.0054	0.0083
chr2L	12616053	12616238	chr2L:12616054-12616238	distal	distal	stage5	stage5	VT6449.1,VT6450.1,nub_CE8011	VT6449.1,VT6450.1,nub_CE8011	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0556	0.0927	0.0584	0.011	0.0795	0.0825	0.128	0.1073	0.0795	0.0465	0.0833	0.0465	0.0442	0.0123	0.011	0.0123	0.0115
chr2L	12616538	12616689	chr2L:12616539-12616689	distal	distal	stage5	stage5	VT6450.1,nub_CE8011	VT6450.1,nub_CE8011	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.035	0.0642	0.0326	0.0049	0.0806	0.0364	0.0939	0.0686	0.0806	0.0199	0.0553	0.0199	0.017	0.0015	0.0052	0.0015	0.0036
chr2L	12616711	12616922	chr2L:12616712-12616922	distal	distal	stage5	stage5	VT6450.1,nub_CE8011	VT6450.1,nub_CE8011	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0455	0.0909	0.0352	0.0061	0.1156	0.0466	0.1414	0.0953	0.1156	0.0193	0.0598	0.0193	0.0232	0.0038	0.0116	0.0038	0.0036
chr2L	12618040	12618295	chr2L:12618041-12618295	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1861	0.0967	0.2388	0.228	0.0583	0.1403	0.0731	0.1406	0.0583	0.2868	0.2756	0.2868	0.2231	0.2864	0.2695	0.2864	0.2725
chr2L	12618471	12618777	chr2L:12618472-12618777	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT6452.1	VT6452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1847	0.1887	0.2363	0.1235	0.1516	0.2194	0.1652	0.2865	0.1516	0.2621	0.282	0.2621	0.1309	0.0697	0.1032	0.0697	0.099
chr2L	12620131	12620282	chr2L:12620132-12620282	distal	distal	none	none	VT6452.1	VT6452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0297	0.031	0.0175	0.017	0.0311	0.0359	0.04	0.017	0.0181	0.0376	0.0181	0.0488	0.0107	0.0123	0.0107	0.0313
chr2L	12621677	12621842	chr2L:12621678-12621842	distal	distal	none	none	VT6453.1,VT6454.1	VT6453.1,VT6454.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0452	0.0481	0.0503	0.0365	0.035	0.0592	0.048	0.0626	0.035	0.0543	0.0415	0.0543	0.0232	0.0184	0.0135	0.0184	0.0219
chr2L	12622016	12622259	chr2L:12622017-12622259	distal	distal	stage11	stage11	VT6453.1,VT6454.1	VT6453.1,VT6454.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0557	0.0663	0.0744	0.0234	0.0445	0.0937	0.0644	0.0759	0.0445	0.0996	0.083	0.0996	0.0302	0.0199	0.0148	0.0199	0.0146
chr2L	12622775	12622926	chr2L:12622776-12622926	distal	distal	none	none	VT6454.1	VT6454.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0382	0.0476	0.0461	0.0191	0.0414	0.0553	0.0541	0.0533	0.0414	0.0429	0.0588	0.0429	0.0248	0.0107	0.0206	0.0107	0.0156
chr2L	12623177	12623383	chr2L:12623178-12623383	distal	distal	stage11	stage11	VT6454.1	VT6454.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0713	0.0719	0.1034	0.0352	0.0509	0.0966	0.0718	0.0833	0.0509	0.1184	0.1158	0.1184	0.0333	0.0222	0.0297	0.0222	0.0302
chr2L	12628966	12629170	chr2L:12628967-12629170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0264	0.025	0.0248	0.0159	0.0243	0.0381	0.03	0.0159	0.0139	0.028	0.0139	0.0271	0.0191	0.0135	0.0191	0.0318
chr2L	12632757	12632995	chr2L:12632758-12632995	distal	distal	stage5	stage5	VT6458.1	VT6458.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0795	0.0492	0.0099	0.0594	0.0485	0.0804	0.1606	0.0594	0.0314	0.0646	0.0314	0.0279	0.0092	0.0097	0.0092	0.0125
chr2L	12633092	12633550	chr2L:12633093-12633550	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT6458.1,VT6459.1	VT6458.1,VT6459.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0636	0.0699	0.099	0.0177	0.0414	0.0607	0.0792	0.1173	0.0414	0.067	0.1386	0.067	0.0589	0.0184	0.0148	0.0184	0.025
chr2L	12639001	12639152	chr2L:12639002-12639152	distal	distal	none	none	VT6462.1	VT6462.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0197	0.0184	0.0275	0.0124	0.0053	0.0238	0.0242	0.0207	0.0053	0.0139	0.0241	0.0139	0.0542	0.0084	0.0135	0.0084	0.0104
chr2L	12639479	12639720	chr2L:12639480-12639720	distal	distal	none	none	VT6462.1	VT6462.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0161	0.0283	0.0191	0.0053	0.0155	0.026	0.0167	0.0053	0.0121	0.0219	0.0121	0.0333	0.0054	0.0123	0.0054	0.0104
chr2L	12641772	12641924	chr2L:12641773-12641924	distal	distal	stage11	stage11	VT6463.1,VT6464.1	VT6463.1,VT6464.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0218	0.0196	0.0291	0.0164	0.0117	0.0291	0.0221	0.0173	0.0117	0.0103	0.0164	0.0103	0.1077	0.0069	0.0077	0.0069	0.0443
chr2L	12644065	12644327	chr2L:12644066-12644327	distal	distal	none	none	VT6465.1	VT6465.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0221	0.0265	0.0273	0.0138	0.0257	0.0298	0.0227	0.0138	0.0308	0.0196	0.0308	0.0651	0.0322	0.0181	0.0322	0.0521
chr2L	12654035	12654186	chr2L:12654036-12654186	distal	distal	none	none	VT6471.1	VT6471.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0255	0.0138	0.0071	0.017	0.0165	0.0441	0.0266	0.017	0.0157	0.0148	0.0157	0.0116	0.0077	0.0058	0.0077	0.0083
chr2L	12655825	12656019	chr2L:12655826-12656019	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6471.1	VT6471.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0823	0.0229	0.0709	0.1613	0.0085	0.035	0.0285	0.0187	0.0085	0.0688	0.073	0.0688	0.1317	0.1983	0.1921	0.1983	0.185
chr2L	12657349	12657684	chr2L:12657350-12657684	FBgn0004394	pdm2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.037	0.0142	0.0315	0.0684	0.0011	0.0199	0.0195	0.0153	0.0011	0.0266	0.0302	0.0266	0.0643	0.1417	0.0509	0.1417	0.0672
chr2L	12659147	12659298	chr2L:12659148-12659298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0142	0.0151	0.0157	0.0116	0.0053	0.015	0.0251	0.016	0.0053	0.0085	0.0158	0.0085	0.0364	0.0038	0.0155	0.0038	0.0193
chr2L	12659433	12659584	chr2L:12659434-12659584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0122	0.0118	0.0141	0.0106	0.0053	0.0073	0.019	0.0167	0.0053	0.006	0.0125	0.006	0.038	0.0054	0.0097	0.0054	0.0198
chr2L	12660499	12660652	chr2L:12660500-12660652	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0289	0.0147	0.0093	0.0244	0.0146	0.0415	0.0486	0.0244	0.0109	0.0215	0.0109	0.0085	0.013	0.0135	0.013	0.0073
chr2L	12661611	12661772	chr2L:12661612-12661772	distal	distal	none	none	VT6474.1	VT6474.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0173	0.016	0.0182	0.0042	0.0146	0.0242	0.0247	0.0042	0.0121	0.0161	0.0121	0.0093	0.01	0.0077	0.01	0.0036
chr2L	12662694	12663077	chr2L:12662695-12663077	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT6474.1,VT6475.1	VT6474.1,VT6475.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0559	0.1031	0.0472	0.0127	0.1092	0.0476	0.1691	0.1219	0.1092	0.0211	0.0849	0.0211	0.031	0.01	0.0264	0.01	0.0109
chr2L	12663173	12663324	chr2L:12663174-12663324	distal	distal	stage11	stage11	VT6475.1	VT6475.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0289	0.0417	0.0345	0.0085	0.0297	0.0238	0.0735	0.0486	0.0297	0.0151	0.0678	0.0151	0.0108	0.0061	0.0206	0.0061	0.0042
chr2L	12666201	12666435	chr2L:12666202-12666435	distal	distal	stage5	stage5	VT6477.1	VT6477.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0573	0.1372	0.0227	0.006	0.1156	0.0752	0.1393	0.2805	0.1156	0.0145	0.0383	0.0145	0.0085	0.0069	0.0064	0.0069	0.0031
chr2L	12670455	12670654	chr2L:12670456-12670654	distal	distal	stage5	stage5	VT6478.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0358	0.0674	0.0293	0.0075	0.0382	0.0398	0.1021	0.1026	0.0382	0.0145	0.0479	0.0145	0.0101	0.0038	0.0116	0.0038	0.0063
chr2L	12671303	12671454	chr2L:12671304-12671454	distal	distal	none	none	VT6478.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0308	0.0159	0.0118	0.0191	0.0189	0.0506	0.04	0.0191	0.0109	0.0193	0.0109	0.0139	0.0077	0.0116	0.0077	0.0063
chr2L	12672412	12672582	chr2L:12672413-12672582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0167	0.027	0.0206	0.0064	0.0136	0.029	0.018	0.0064	0.0187	0.0209	0.0187	0.0248	0.0046	0.009	0.0046	0.0162
chr2L	12674372	12674523	chr2L:12674373-12674523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0102	0.0104	0.021	0.0042	0.0044	0.0182	0.014	0.0042	0.0072	0.0084	0.0072	0.0031	0.0038	0.0103	0.0038	0.0089
chr2L	12676515	12676666	chr2L:12676516-12676666	distal	distal	none	none	VT6481.1	VT6481.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0183	0.0194	0.0145	0.0095	0.0155	0.0208	0.032	0.0095	0.029	0.017	0.029	0.0077	0.0038	0.0052	0.0038	0.0089
chr2L	12678338	12678594	chr2L:12678339-12678594	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT6482.1	VT6482.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2583	0.2947	0.3016	0.17	0.2471	0.3422	0.2833	0.3977	0.2471	0.3889	0.3032	0.3889	0.2765	0.2044	0.1747	0.2044	0.1537
chr2L	12679310	12679562	chr2L:12679311-12679562	distal	distal	stage5	stage5	VT6483.1,pdm2_+1_construct	VT6483.1,pdm2_+1_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0754	0.1477	0.0575	0.0142	0.1135	0.1335	0.1341	0.2672	0.1135	0.0429	0.0775	0.0429	0.0395	0.0069	0.0123	0.0069	0.0094
chr2L	12680782	12680933	chr2L:12680783-12680933	distal	distal	none	none	VT6483.1,VT6484.1,pdm2_+3_construct	VT6483.1,VT6484.1,pdm2_+3_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0363	0.0596	0.0345	0.0124	0.0445	0.0481	0.0714	0.0919	0.0445	0.0254	0.0305	0.0254	0.0225	0.0069	0.0077	0.0069	0.0099
chr2L	12681006	12681203	chr2L:12681007-12681203	distal	distal	none	none	VT6483.1,VT6484.1,pdm2_+3_construct	VT6483.1,VT6484.1,pdm2_+3_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0477	0.072	0.052	0.0159	0.0403	0.0655	0.0934	0.1086	0.0403	0.0344	0.0421	0.0344	0.0333	0.0061	0.0084	0.0061	0.0104
chr2L	12681518	12681723	chr2L:12681519-12681723	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6484.1,pdm2_+3_construct	VT6484.1,pdm2_+3_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.044	0.0401	0.0537	0.0377	0.0212	0.033	0.0446	0.0766	0.0212	0.0284	0.0293	0.0284	0.0294	0.0084	0.0123	0.0084	0.0182
chr2L	12681769	12681920	chr2L:12681770-12681920	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6484.1,pdm2_+3_construct	VT6484.1,pdm2_+3_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0413	0.0408	0.0486	0.034	0.0212	0.0369	0.0489	0.066	0.0212	0.0272	0.0305	0.0272	0.0248	0.0069	0.0148	0.0069	0.0172
chr2L	12682101	12682252	chr2L:12682102-12682252	distal	distal	stage14	stage14	VT6484.1,pdm2_+3_construct	VT6484.1,pdm2_+3_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0384	0.0394	0.0476	0.0273	0.0201	0.0383	0.042	0.0686	0.0201	0.032	0.0424	0.032	0.0318	0.0084	0.0116	0.0084	0.0083
chr2L	12682819	12683040	chr2L:12682820-12683040	distal	distal	stage11	stage11	VT6485.1,pdm2_CRM6	VT6485.1,pdm2_CRM6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0611	0.0771	0.084	0.0181	0.0276	0.0966	0.0567	0.1466	0.0276	0.1014	0.0682	0.1014	0.0356	0.013	0.0116	0.013	0.0109
chr2L	12683276	12683427	chr2L:12683277-12683427	distal	distal	none	none	VT6485.1,pdm2_CRM6	VT6485.1,pdm2_CRM6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0273	0.031	0.0349	0.0149	0.018	0.0267	0.0311	0.058	0.018	0.0236	0.0225	0.0236	0.0139	0.0054	0.0045	0.0054	0.0083
chr2L	12686816	12687188	chr2L:12686817-12687188	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT6486.1	VT6486.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0507	0.0442	0.0638	0.0434	0.018	0.0398	0.0484	0.0806	0.018	0.0465	0.0505	0.0465	0.0604	0.0184	0.0187	0.0184	0.0188
chr2L	12689466	12689617	chr2L:12689467-12689617	distal	distal	none	none	VT6487.1	VT6487.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0126	0.0119	0.0157	0.0095	0.0117	0.019	0.0127	0.0095	0.0127	0.009	0.0127	0.0101	0.0084	0.0058	0.0084	0.0099
chr2L	12692435	12692630	chr2L:12692436-12692630	FBgn0032444,FBgn0032445	CG5525,CG6153	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0913	0.085	0.1098	0.0781	0.0424	0.0971	0.1081	0.1019	0.0424	0.1226	0.1215	0.1226	0.1022	0.0766	0.0787	0.0766	0.0948
chr2L	12692866	12693038	chr2L:12692867-12693038	FBgn0032444,FBgn0032445	CG5525,CG6153	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1653	0.1517	0.2015	0.1408	0.1092	0.1709	0.189	0.1646	0.1092	0.2464	0.2122	0.2464	0.2091	0.1355	0.1425	0.1355	0.1751
chr2L	12693143	12693371	chr2L:12693144-12693371	FBgn0032444,FBgn0032445	CG5525,CG6153	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0722	0.0636	0.0952	0.0565	0.0403	0.0738	0.0839	0.0673	0.0403	0.1123	0.0997	0.1123	0.1146	0.0521	0.0522	0.0521	0.0761
chr2L	12694877	12695084	chr2L:12694878-12695084	FBgn0032446,FBgn0032447	CG5780,PICK1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1055	0.0879	0.1246	0.1043	0.0657	0.0869	0.1077	0.1133	0.0657	0.1262	0.1431	0.1262	0.1216	0.1118	0.1122	0.1118	0.1068
chr2L	12695213	12695364	chr2L:12695214-12695364	FBgn0032446,FBgn0032447	CG5780,PICK1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0402	0.031	0.047	0.0432	0.0106	0.0325	0.0458	0.0386	0.0106	0.0459	0.0569	0.0459	0.0465	0.0329	0.0361	0.0329	0.0495
chr2L	12700015	12700166	chr2L:12700016-12700166	FBgn0032449	CG17036	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.019	0.0282	0.0159	0.0121	0.0085	0.0238	0.0502	0.0326	0.0085	0.0145	0.0193	0.0145	0.0186	0.0107	0.0148	0.0107	0.0146
chr2L	12700251	12700402	chr2L:12700252-12700402	FBgn0032449	CG17036	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0245	0.0323	0.0253	0.015	0.0064	0.0296	0.0562	0.0346	0.0064	0.0229	0.0318	0.0229	0.0279	0.013	0.0232	0.013	0.0193
chr2L	12704135	12704287	chr2L:12704136-12704287	FBgn0032450,FBgn0032451	CG5776,spict	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.058	0.0481	0.0761	0.0493	0.0138	0.0636	0.0493	0.0626	0.0138	0.1045	0.0752	0.1045	0.0821	0.0528	0.0355	0.0528	0.073
chr2L	12704369	12704546	chr2L:12704370-12704546	FBgn0032450,FBgn0032451	CG5776,spict	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1321	0.1112	0.1676	0.1164	0.0689	0.149	0.1029	0.1452	0.0689	0.2083	0.1865	0.2083	0.165	0.1302	0.1122	0.1302	0.1485
chr2L	12704628	12704809	chr2L:12704629-12704809	FBgn0032450,FBgn0032451	CG5776,spict	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1605	0.1332	0.1996	0.1479	0.0838	0.1738	0.1246	0.1759	0.0838	0.2512	0.2164	0.2512	0.2285	0.1462	0.1496	0.1462	0.1996
chr2L	12704951	12705161	chr2L:12704952-12705161	FBgn0032450,FBgn0032451	CG5776,spict	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.073	0.0668	0.0788	0.0737	0.0308	0.0728	0.0735	0.0966	0.0308	0.0948	0.0785	0.0948	0.1123	0.0636	0.0671	0.0636	0.1251
chr2L	12705507	12705658	chr2L:12705508-12705658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0376	0.0354	0.0345	0.0433	0.018	0.0427	0.0458	0.0366	0.018	0.0417	0.0322	0.0417	0.062	0.0283	0.0251	0.0283	0.1047
chr2L	12707361	12707526	chr2L:12707362-12707526	FBgn0032452,FBgn0032453	CG15484,CG6180	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0532	0.0556	0.0351	0.0308	0.0636	0.0649	0.06	0.0308	0.058	0.064	0.058	0.0635	0.0528	0.0335	0.0528	0.0479
chr2L	12707568	12707758	chr2L:12707569-12707758	FBgn0032452,FBgn0032453	CG15484,CG6180	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0816	0.0753	0.0942	0.0748	0.0371	0.0893	0.0882	0.1006	0.0371	0.1051	0.1045	0.1051	0.1247	0.0988	0.0709	0.0988	0.1016
chr2L	12707779	12707976	chr2L:12707780-12707976	FBgn0032452,FBgn0032453	CG15484,CG6180	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0676	0.0506	0.0836	0.0689	0.0265	0.0641	0.0562	0.0653	0.0265	0.0888	0.0929	0.0888	0.1069	0.0712	0.0664	0.0712	0.1016
chr2L	12712388	12712576	chr2L:12712389-12712576	FBgn0032454	CG5787	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.1054	0.1225	0.0972	0.0806	0.1189	0.1163	0.1292	0.0806	0.1389	0.1325	0.1389	0.1317	0.1003	0.0928	0.1003	0.1256
chr2L	12712681	12712902	chr2L:12712682-12712902	FBgn0032454	CG5787	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.046	0.0562	0.0454	0.0297	0.0456	0.0614	0.0546	0.0297	0.061	0.0621	0.061	0.0627	0.0452	0.04	0.0452	0.0615
chr2L	12719153	12719378	chr2L:12719154-12719378	FBgn0032456	MRP	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0583	0.0422	0.0674	0.0661	0.0159	0.0505	0.0554	0.0473	0.0159	0.0459	0.0762	0.0459	0.1325	0.0727	0.0542	0.0727	0.1199
chr2L	12719809	12719978	chr2L:12719810-12719978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0394	0.0264	0.049	0.0433	0.0085	0.035	0.0307	0.03	0.0085	0.0399	0.0415	0.0399	0.1201	0.026	0.0264	0.026	0.1079
chr2L	12720032	12720183	chr2L:12720033-12720183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0373	0.027	0.0473	0.0376	0.0127	0.0291	0.0337	0.0353	0.0127	0.0344	0.0453	0.0344	0.1162	0.0299	0.0277	0.0299	0.0855
chr2L	12720412	12720563	chr2L:12720413-12720563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0248	0.0249	0.0266	0.0227	0.0106	0.0291	0.0329	0.0273	0.0106	0.0254	0.0299	0.0254	0.0411	0.0161	0.0368	0.0161	0.0297
chr2L	12720669	12720820	chr2L:12720670-12720820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0358	0.0346	0.0357	0.0373	0.0148	0.0427	0.048	0.0326	0.0148	0.0248	0.0363	0.0248	0.0744	0.0107	0.0309	0.0107	0.0902
chr2L	12721219	12721509	chr2L:12721220-12721509	FBgn0032455	CG5792	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0884	0.0758	0.1053	0.0838	0.0392	0.0898	0.1068	0.0733	0.0392	0.0906	0.0965	0.0906	0.2161	0.0475	0.0613	0.0475	0.1793
chr2L	12721792	12721974	chr2L:12721793-12721974	FBgn0032455	CG5792	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1722	0.1557	0.2034	0.1565	0.0859	0.1893	0.1769	0.1865	0.0859	0.2554	0.208	0.2554	0.2301	0.1715	0.1631	0.1715	0.1871
chr2L	12722169	12722367	chr2L:12722170-12722367	FBgn0032455	CG5792	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1715	0.1677	0.1996	0.1447	0.1198	0.1981	0.1912	0.1945	0.1198	0.256	0.2058	0.256	0.1936	0.1631	0.156	0.1631	0.1605
chr2L	12724031	12724182	chr2L:12724032-12724182	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0391	0.0164	0.0088	0.0308	0.0257	0.0619	0.048	0.0308	0.0169	0.0206	0.0169	0.0147	0.0092	0.0071	0.0092	0.012
chr2L	12724327	12724478	chr2L:12724328-12724478	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.033	0.0129	0.0072	0.0233	0.0175	0.0549	0.0406	0.0233	0.0139	0.0154	0.0139	0.0077	0.0077	0.0077	0.0077	0.0094
chr2L	12728082	12728233	chr2L:12728083-12728233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0189	0.0315	0.0159	0.0081	0.018	0.0282	0.0536	0.024	0.018	0.0157	0.0193	0.0157	0.0139	0.0115	0.0058	0.0115	0.0109
chr2L	12729625	12729776	chr2L:12729626-12729776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0167	0.0263	0.0159	0.0068	0.0148	0.0189	0.0433	0.0326	0.0148	0.0211	0.0161	0.0211	0.0155	0.0069	0.0084	0.0069	0.0073
chr2L	12729969	12730182	chr2L:12729970-12730182	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.041	0.022	0.0128	0.0159	0.0388	0.0675	0.04	0.0159	0.0308	0.0228	0.0308	0.0256	0.0107	0.0097	0.0107	0.0188
chr2L	12730742	12730960	chr2L:12730743-12730960	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0523	0.016	0.0092	0.0414	0.0252	0.0947	0.0533	0.0414	0.0127	0.0228	0.0127	0.0147	0.0084	0.0155	0.0084	0.0089
chr2L	12754559	12754710	chr2L:12754560-12754710	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.013	0.0203	0.0131	0.0046	0.0148	0.0194	0.0281	0.018	0.0148	0.0181	0.0141	0.0181	0.0116	0.0015	0.0064	0.0015	0.0026
chr2L	12759099	12759250	chr2L:12759100-12759250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0091	0.0067	0.0096	0.0032	0.0078	0.0169	0.008	0.0032	0.0072	0.0055	0.0072	0.007	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr2L	12811036	12811187	chr2L:12811037-12811187	distal	distal	none	none	VT6540.1	VT6540.1	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0097	0.0197	0.0056	0.0032	0.0095	0.0068	0.0467	0.0093	0.0095	0.0079	0.0051	0.0079	0.007	0.0031	6e-04	0.0031	0.0026
chr2L	12822177	12822328	chr2L:12822178-12822328	FBgn0015399	kek1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0127	0.0117	0.0108	0.016	0.0032	0.0097	0.0221	0.0093	0.0032	0.0205	0.0064	0.0205	0.0132	0.0092	0.0071	0.0092	0.0109
chr2L	12822743	12823058	chr2L:12822744-12823058	FBgn0015399	kek1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0904	0.0725	0.0844	0.1168	0.0498	0.0709	0.1081	0.0686	0.0498	0.1141	0.0791	0.1141	0.1139	0.0368	0.1373	0.0368	0.1303
chr2L	12823961	12824112	chr2L:12823962-12824112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0119	0.0087	0.0119	0.0153	0.0021	0.0078	0.0182	0.0047	0.0021	0.0109	0.0174	0.0109	0.0116	0.0107	0.0284	0.0107	0.0188
chr2L	12824449	12824620	chr2L:12824450-12824620	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.011	0.0185	0.0223	0.0042	0.0092	0.0195	0.01	0.0042	0.0085	0.0341	0.0085	0.0108	0.0038	0.0716	0.0038	0.0115
chr2L	12824892	12825043	chr2L:12824893-12825043	distal	distal	none	none	VT6547.1	VT6547.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0113	0.0062	0.0109	0.0174	0.0011	0.0058	0.0125	0.004	0.0011	0.0121	0.0148	0.0121	0.0093	0.0023	0.0471	0.0023	0.0115
chr2L	12830747	12830898	chr2L:12830748-12830898	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0117	0.0135	0.0256	0.0095	0.0092	0.0177	0.0127	0.0095	0.0169	0.0113	0.0169	0.0116	0.0077	0.0039	0.0077	0.012
chr2L	12830992	12831143	chr2L:12830993-12831143	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0174	0.0108	0.0142	0.0283	0.0074	0.0097	0.0173	0.0093	0.0074	0.0139	0.01	0.0139	0.0279	0.0069	0.0077	0.0069	0.0188
chr2L	12831395	12831546	chr2L:12831396-12831546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0092	0.0093	0.013	0.0021	0.0073	0.0164	0.01	0.0021	0.0085	0.0077	0.0085	0.0139	0.0038	0.0052	0.0038	0.0135
chr2L	12835034	12835185	chr2L:12835035-12835185	distal	distal	stage14	stage14	VT6552.1	VT6552.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0106	0.0133	0.0153	0.0021	0.0112	0.0182	0.0087	0.0021	0.0145	0.0125	0.0145	0.0093	0.0084	0.0084	0.0084	0.0094
chr2L	12837058	12837213	chr2L:12837059-12837213	distal	distal	none	none	VT6554.1	VT6554.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.0128	0.0202	0.0124	0.0074	0.0117	0.0208	0.0127	0.0074	0.0302	0.0135	0.0302	0.0201	0.0077	0.0052	0.0077	0.0104
chr2L	12843579	12843730	chr2L:12843580-12843730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0146	0.0171	0.0184	0.0077	0.0085	0.0184	0.0255	0.0167	0.0085	0.0501	0.0141	0.0501	0.0085	0.013	0.0032	0.013	0.0057
chr2L	12854606	12854857	chr2L:12854607-12854857	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0678	0.0636	0.0708	0.0692	0.0403	0.0641	0.0761	0.0826	0.0403	0.1093	0.0765	0.1093	0.0449	0.0727	0.0516	0.0727	0.0349
chr2L	12860441	12860592	chr2L:12860442-12860592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0111	0.0084	0.0093	0.0042	0.0073	0.0195	0.0147	0.0042	0.0091	0.0074	0.0091	0.0062	8e-04	0.0026	8e-04	0.0042
chr2L	12860672	12860823	chr2L:12860673-12860823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.008	0.009	0.0128	0.0032	0.0073	0.013	0.01	0.0032	0.0097	0.0074	0.0097	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0047
chr2L	12861116	12861267	chr2L:12861117-12861267	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.007	0.007	0.0146	0.0042	0.0063	0.0134	0.0047	0.0042	0.0097	0.0048	0.0097	0.007	8e-04	0.0039	8e-04	0.0042
chr2L	12861277	12861428	chr2L:12861278-12861428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0097	0.0093	0.0167	0.0053	0.0087	0.0186	0.0047	0.0053	0.0127	0.0071	0.0127	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0063
chr2L	12863200	12863351	chr2L:12863201-12863351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0074	0.0104	0.0277	0.0032	0.0058	0.0108	0.0067	0.0032	0.0085	0.0055	0.0085	0.0077	0.0061	0.0032	0.0061	0.0068
chr2L	12867425	12867576	chr2L:12867426-12867576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.015	0.0088	0.0131	0.0241	0.0053	0.0044	0.0164	0.008	0.0053	0.026	0.0074	0.026	0.0062	0.0054	0.0039	0.0054	0.0057
chr2L	12867992	12868158	chr2L:12867993-12868158	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0112	0.0123	0.0407	0.0042	0.0092	0.0203	0.0093	0.0042	0.0133	0.0077	0.0133	0.0023	0.0069	0.0058	0.0069	0.0104
chr2L	12876295	12876446	chr2L:12876296-12876446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.0101	0.0052	0.0096	0.0042	0.0053	0.0221	0.006	0.0042	0.0066	0.0042	0.0066	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0.0068
chr2L	12876644	12876795	chr2L:12876645-12876795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0108	0.0082	0.0117	0.0074	0.0068	0.0199	0.0087	0.0074	0.0115	0.0074	0.0115	0.0093	0.0015	0.0019	0.0015	0.0036
chr2L	12877003	12877154	chr2L:12877004-12877154	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0178	0.0108	0.0091	0.0095	0.018	0.0212	0.028	0.0095	0.0163	0.0093	0.0163	0.0077	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr2L	12878295	12878446	chr2L:12878296-12878446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0116	0.0133	0.0145	0.0064	0.0085	0.0112	0.0203	0.0113	0.0085	0.0163	0.0196	0.0163	0.0147	0.0046	0.0032	0.0046	0.0016
chr2L	12896036	12896187	chr2L:12896037-12896187	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0112	0.0058	0.0084	0.0064	0.0107	0.0177	0.012	0.0064	0.0133	0.0051	0.0133	0.0031	0	6e-04	0	0.0052
chr2L	12898535	12898701	chr2L:12898536-12898701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0278	0.0076	0.0042	0.0286	0.0097	0.0588	0.02	0.0286	0.0133	0.0061	0.0133	0.0054	0.0046	0.0013	0.0046	0.0026
chr2L	12899533	12899728	chr2L:12899534-12899728	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0204	0.0403	0.0121	0.0074	0.0318	0.0291	0.0714	0.034	0.0318	0.0211	0.009	0.0211	0.0085	0.0038	0.0052	0.0038	0.0073
chr2L	12900504	12900722	chr2L:12900505-12900722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0151	0.0338	0.0058	0.0043	0.0308	0.0155	0.067	0.0233	0.0308	0.0133	0.0048	0.0133	0.0039	0.0054	0.0052	0.0054	0.0036
chr2L	12900757	12900908	chr2L:12900758-12900908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0133	0.0233	0.0098	0.006	0.018	0.0136	0.0458	0.018	0.018	0.0217	0.008	0.0217	0.0093	0.0038	0.0071	0.0038	0.0109
chr2L	12974192	12974404	chr2L:12974193-12974404	FBgn0263598	Vha68-2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0579	0.0148	0.0406	0.1249	0.0042	0.0257	0.0195	0.0087	0.0042	0.0187	0.035	0.0187	0.1193	0.1309	0.1567	0.1309	0.2256
chr2L	12974767	12975143	chr2L:12974768-12975143	FBgn0263598	Vha68-2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0954	0.0452	0.102	0.1443	0.0233	0.0626	0.0454	0.052	0.0233	0.0676	0.1058	0.0676	0.2254	0.121	0.1986	0.121	0.2621
chr2L	12975359	12975510	chr2L:12975360-12975510	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0225	0.015	0.0217	0.0318	0.0053	0.0155	0.0208	0.012	0.0053	0.0133	0.0215	0.0133	0.0573	0.0245	0.0277	0.0245	0.0693
chr2L	12984050	12984201	chr2L:12984051-12984201	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.011	0.0133	0.0108	0.0088	0.0095	0.0078	0.0255	0.0133	0.0095	0.0109	0.0106	0.0109	0.0093	8e-04	0.0019	8e-04	0.0036
chr2L	12984961	12985112	chr2L:12984962-12985112	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0064	0.0048	0.0089	0.0042	0.0063	0.0082	0.0073	0.0042	0.0079	0.0029	0.0079	0.0031	0.0015	0.0039	0.0015	0.0047
chr2L	12986928	12987450	chr2L:12986929-12987450	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0815	0.0865	0.0876	0.0693	0.0647	0.0976	0.1064	0.0933	0.0647	0.1371	0.0807	0.1371	0.0991	0.0712	0.0484	0.0712	0.1339
chr2L	12994702	12994853	chr2L:12994703-12994853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0221	0.0137	0.013	0.0106	0.0262	0.0277	0.0247	0.0106	0.0151	0.0158	0.0151	0.0108	0.0069	0.0084	0.0069	0.0063
chr2L	12996007	12996158	chr2L:12996008-12996158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0069	0.0076	0.0153	0.0053	0.0044	0.0125	0.0053	0.0053	0.006	0.0071	0.006	0.0054	0.0046	0.0084	0.0046	0.0068
chr2L	12996289	12996440	chr2L:12996290-12996440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0074	0.0076	0.0141	0.0032	0.0049	0.0104	0.0087	0.0032	0.0054	0.0074	0.0054	0.0023	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chr2L	13000228	13000464	chr2L:13000229-13000464	FBgn0032465	CG12404	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0675	0.0643	0.0801	0.0574	0.0403	0.066	0.0826	0.0793	0.0403	0.0888	0.0932	0.0888	0.0875	0.0636	0.0554	0.0636	0.0688
chr2L	13000573	13000756	chr2L:13000574-13000756	FBgn0032465	CG12404	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1146	0.1033	0.1306	0.1096	0.0626	0.1073	0.1315	0.1272	0.0626	0.1461	0.1489	0.1461	0.1495	0.1394	0.1077	0.1394	0.1251
chr2L	13000899	13001102	chr2L:13000900-13001102	FBgn0032465	CG12404	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0701	0.0717	0.0737	0.0643	0.0371	0.0728	0.0973	0.0833	0.0371	0.0851	0.0846	0.0851	0.0744	0.0827	0.0587	0.0827	0.0714
chr2L	13003655	13003935	chr2L:13003656-13003935	FBgn0020368	Vha68-1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.0735	0.1176	0.1245	0.0509	0.084	0.0874	0.0839	0.0509	0.1262	0.1347	0.1262	0.1232	0.1355	0.1206	0.1355	0.1397
chr2L	13004049	13004217	chr2L:13004050-13004217	FBgn0020368	Vha68-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.0992	0.1648	0.1462	0.071	0.1252	0.1012	0.1199	0.071	0.1987	0.1817	0.1987	0.172	0.1662	0.1496	0.1662	0.1673
chr2L	13004382	13004565	chr2L:13004383-13004565	FBgn0020368,FBgn0021796	Tor,Vha68-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0891	0.0693	0.1162	0.0816	0.0467	0.0816	0.083	0.0773	0.0467	0.1479	0.1277	0.1479	0.1239	0.0934	0.0877	0.0934	0.0995
chr2L	13004636	13004804	chr2L:13004637-13004804	FBgn0020368,FBgn0021796	Tor,Vha68-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.0398	0.0679	0.0492	0.018	0.0417	0.0532	0.0453	0.018	0.0857	0.0775	0.0857	0.0643	0.0613	0.0496	0.0613	0.0594
chr2L	13006793	13006944	chr2L:13006794-13006944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0156	0.0228	0.0156	0.0075	0.0127	0.0141	0.0428	0.022	0.0127	0.0163	0.0203	0.0163	0.0139	0.0084	0.0045	0.0084	0.0115
chr2L	13014372	13014523	chr2L:13014373-13014523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0221	0.0225	0.0177	0.0032	0.0209	0.0311	0.0306	0.0032	0.0254	0.0254	0.0254	0.0279	0.01	0.0142	0.01	0.0391
chr2L	13018480	13018775	chr2L:13018481-13018775	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0628	0.0632	0.073	0.0512	0.0424	0.0684	0.0852	0.0666	0.0424	0.0978	0.0711	0.0978	0.079	0.0689	0.0496	0.0689	0.0594
chr2L	13018776	13018997	chr2L:13018777-13018997	FBgn0032467	CG9934	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0899	0.1027	0.0777	0.0689	0.0874	0.1237	0.0939	0.0689	0.1178	0.1167	0.1178	0.1139	0.0865	0.0793	0.0865	0.0969
chr2L	13019077	13019247	chr2L:13019078-13019247	FBgn0032467	CG9934	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1472	0.1481	0.1716	0.1195	0.1177	0.1549	0.1756	0.1765	0.1177	0.1987	0.1929	0.1987	0.1851	0.1256	0.1238	0.1256	0.1516
chr2L	13019359	13019510	chr2L:13019360-13019510	FBgn0032467	CG9934	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0452	0.0523	0.0489	0.0331	0.0361	0.0495	0.0766	0.0533	0.0361	0.0713	0.0498	0.0713	0.0519	0.0459	0.0271	0.0459	0.0459
chr2L	13021251	13021426	chr2L:13021252-13021426	FBgn0028965	A16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1587	0.1423	0.1859	0.1471	0.105	0.1602	0.1683	0.1732	0.105	0.2355	0.2032	0.2355	0.1774	0.1616	0.138	0.1616	0.1918
chr2L	13021505	13021698	chr2L:13021506-13021698	FBgn0028965	A16	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.121	0.1109	0.1433	0.1078	0.0806	0.1204	0.1298	0.1346	0.0806	0.1763	0.1646	0.1763	0.1224	0.1103	0.1077	0.1103	0.1496
chr2L	13033330	13033481	chr2L:13033331-13033481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0219	0.034	0.0199	0.0106	0.0201	0.0301	0.0588	0.0266	0.0201	0.0242	0.0238	0.0242	0.017	0.0069	0.0052	0.0069	0.0208
chr2L	13035974	13036125	chr2L:13035975-13036125	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0155	0.0127	0.0207	0.0064	0.0146	0.0234	0.0187	0.0064	0.0169	0.0125	0.0169	0.0108	0.0107	0.0064	0.0107	0.0193
chr2L	13042698	13042849	chr2L:13042699-13042849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0122	0.0086	0.0088	0.0201	0.0011	0.0063	0.0169	0.0047	0.0011	0.0079	0.008	0.0079	0.0132	0.0222	0.0077	0.0222	0.0469
chr2L	13044201	13044352	chr2L:13044202-13044352	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0088	0.015	0.0226	0.0032	0.0102	0.013	0.01	0.0032	0.0145	0.0215	0.0145	0.0155	0.0168	0.0554	0.0168	0.0214
chr2L	13057440	13057591	chr2L:13057441-13057591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0085	0.0094	0.0191	0.0074	0.0097	0.0143	0.0033	0.0074	0.0066	0.0074	0.0066	0.0263	0.0123	0.0052	0.0123	0.0537
chr2L	13060169	13060454	chr2L:13060170-13060454	FBgn0262160	CG9932	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1367	0.0264	0.1484	0.2472	0.0032	0.0476	0.0316	0.016	0.0032	0.1818	0.1572	0.1818	0.2409	0.3185	0.2772	0.3185	0.3304
chr2L	13066026	13066293	chr2L:13066027-13066293	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.0106	0.0109	0.015	0.0032	0.0102	0.0203	0.0087	0.0032	0.0121	0.0116	0.0121	0.0085	0.01	0.0058	0.01	0.0073
chr2L	13066956	13067107	chr2L:13066957-13067107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.014	0.0115	0.0136	0.0173	0.0074	0.0131	0.0182	0.008	0.0074	0.0211	0.0129	0.0211	0.0178	0.036	0.0097	0.036	0.0261
chr2L	13068466	13068642	chr2L:13068467-13068642	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0097	0.017	0.0487	0.0064	0.0121	0.0112	0.0087	0.0064	0.0242	0.0129	0.0242	0.0318	0.0674	0.0232	0.0674	0.1037
chr2L	13068924	13069250	chr2L:13068925-13069250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0312	0.015	0.0234	0.0579	0.0053	0.017	0.0225	0.0147	0.0053	0.029	0.0193	0.029	0.0503	0.0904	0.0374	0.0904	0.1084
chr2L	13073747	13073915	chr2L:13073748-13073915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0215	0.009	0.018	0.0394	0.0032	0.0092	0.0134	0.0093	0.0032	0.0223	0.0145	0.0223	0.0318	0.0314	0.0348	0.0314	0.0855
chr2L	13074139	13074341	chr2L:13074140-13074341	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.0132	0.0227	0.0567	0.0064	0.0175	0.0203	0.008	0.0064	0.026	0.0161	0.026	0.0565	0.0329	0.0342	0.0329	0.1443
chr2L	13074865	13075017	chr2L:13074866-13075017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0196	0.0082	0.0165	0.0356	0.0053	0.0087	0.013	0.0073	0.0053	0.0217	0.0074	0.0217	0.0442	0.0145	0.0213	0.0145	0.0985
chr2L	13075322	13075473	chr2L:13075323-13075473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0108	0.0069	0.0058	0.0207	0.0032	0.0058	0.0121	0.006	0.0032	0.006	0.0045	0.006	0.0139	0.0084	0.0064	0.0084	0.0594
chr2L	13079524	13079675	chr2L:13079525-13079675	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0094	0.0046	0.0053	0.0191	0.0074	0.0024	0.0074	0.0047	0.0074	0.0042	0.0071	0.0042	0.0077	0.0084	0.0181	0.0084	0.037
chr2L	13082824	13082975	chr2L:13082825-13082975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0088	0.0085	0.0062	0.012	0.0053	0.0087	0.0143	0.008	0.0053	0.0066	0.0077	0.0066	0.0077	0.0038	0.0026	0.0038	0.036
chr2L	13090917	13091068	chr2L:13090918-13091068	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.008	0.0051	0.0041	0.0155	0.0042	0.0019	0.0134	7e-04	0.0042	0.003	0.0045	0.003	0.0054	0.0054	0.0019	0.0054	0.0485
chr2L	13098303	13098585	chr2L:13098304-13098585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0196	0.0101	0.0104	0.0404	0.0085	0.0078	0.0199	0.0053	0.0085	0.0091	0.0109	0.0091	0.0186	0.0153	0.0355	0.0153	0.1021
chr2L	13104000	13104151	chr2L:13104001-13104151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0094	0.0064	0.0077	0.0145	0.0042	0.0044	0.0117	0.0053	0.0042	0.0079	0.0061	0.0079	0.0139	0.0123	0.0045	0.0123	0.036
chr2L	13104335	13104486	chr2L:13104336-13104486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.007	0.008	0.0157	0.0064	0.0068	0.0112	0.006	0.0064	0.0048	0.008	0.0048	0.0178	0.0138	0.0077	0.0138	0.0401
chr2L	13113164	13113315	chr2L:13113165-13113315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0166	0.0151	0.0191	0.0053	0.0155	0.026	0.0167	0.0053	0.0205	0.0151	0.0205	0.0163	0.0176	0.0168	0.0176	0.0156
chr2L	13113695	13113846	chr2L:13113696-13113846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.011	0.0147	0.0274	0.0053	0.0136	0.013	0.0107	0.0053	0.0181	0.0132	0.0181	0.0209	0.0222	0.0251	0.0222	0.0375
chr2L	13114799	13114950	chr2L:13114800-13114950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0087	0.0067	0.0077	0.012	0.0064	0.0019	0.0147	0.006	0.0064	0.0121	0.0068	0.0121	0.0093	0.0069	0.0019	0.0069	0.0078
chr2L	13121784	13121975	chr2L:13121785-13121975	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0179	0.0216	0.0279	0.0117	0.018	0.0238	0.0213	0.0117	0.0139	0.0341	0.0139	0.0232	0.0314	0.0587	0.0314	0.0234
chr2L	13126965	13127116	chr2L:13126966-13127116	distal	distal	stage14	stage14	VT6705.1	VT6705.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0075	0.008	0.0269	0.0053	0.0053	0.0151	0.004	0.0053	0.0097	0.0061	0.0097	0.0163	0.0046	0.0135	0.0046	0.0776
chr2L	13140876	13141027	chr2L:13140877-13141027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0147	0.0077	0.0053	0.0327	0.0085	0.0053	0.0134	0.004	0.0085	0.0036	0.0042	0.0036	0.0124	0.0061	0.0129	0.0061	0.0907
chr2L	13154408	13154577	chr2L:13154409-13154577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0166	0.0261	0.027	0.0064	0.0194	0.0208	0.0193	0.0064	0.0272	0.0312	0.0272	0.0372	0.0375	0.0361	0.0375	0.0365
chr2L	13156199	13156350	chr2L:13156200-13156350	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0142	0.0212	0.0133	0.0074	0.0064	0.0131	0.026	0.0433	0.0064	0.0115	0.0215	0.0115	0.0093	0.0046	0.0135	0.0046	0.0094
chr2L	13157980	13158165	chr2L:13157981-13158165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0376	0.0471	0.0367	0.028	0.0286	0.0437	0.058	0.0706	0.0286	0.0296	0.0505	0.0296	0.0333	0.0199	0.0329	0.0199	0.0511
chr2L	13164974	13165158	chr2L:13164975-13165158	FBgn0024291	Sir2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1229	0.0951	0.1407	0.1345	0.0764	0.1107	0.109	0.1113	0.0764	0.1673	0.1563	0.1673	0.1526	0.1248	0.1651	0.1248	0.1569
chr2L	13165444	13165612	chr2L:13165445-13165612	FBgn0024291,FBgn0032474	DnaJ-H,Sir2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2506	0.225	0.2901	0.2359	0.1919	0.266	0.2439	0.2598	0.1919	0.34	0.3141	0.34	0.2912	0.2588	0.2392	0.2588	0.2694
chr2L	13165800	13165989	chr2L:13165801-13165989	FBgn0024291,FBgn0032474	DnaJ-H,Sir2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2226	0.2035	0.2586	0.2043	0.1569	0.2393	0.2184	0.2505	0.1569	0.3412	0.2833	0.3412	0.2409	0.2305	0.2031	0.2305	0.2381
chr2L	13166089	13166248	chr2L:13166090-13166248	FBgn0032474	DnaJ-H	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0733	0.0633	0.0867	0.0696	0.0286	0.0699	0.0804	0.0799	0.0286	0.1051	0.092	0.1051	0.1007	0.0735	0.0812	0.0735	0.0959
chr2L	13169665	13169816	chr2L:13169666-13169816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0582	0.0475	0.0212	0.0498	0.0553	0.0683	0.0759	0.0498	0.0513	0.0556	0.0513	0.0488	0.0184	0.0219	0.0184	0.0313
chr2L	13176252	13176634	chr2L:13176253-13176634	FBgn0032475,FBgn0264546	CG43925,Sfmbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1194	0.1276	0.1293	0.0993	0.0891	0.1359	0.1605	0.1579	0.0891	0.1528	0.1437	0.1528	0.1201	0.1194	0.0787	0.1194	0.0902
chr2L	13176752	13176924	chr2L:13176753-13176924	FBgn0032475,FBgn0032476,FBgn0264546	CG43925,CG5439,Sfmbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.221	0.2081	0.2551	0.198	0.1591	0.2379	0.2353	0.2538	0.1591	0.3019	0.2791	0.3019	0.2494	0.2113	0.2083	0.2113	0.2131
chr2L	13177060	13177230	chr2L:13177061-13177230	FBgn0032475,FBgn0032476	CG5439,Sfmbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1756	0.1634	0.2049	0.1569	0.1082	0.183	0.1912	0.2019	0.1082	0.2434	0.2289	0.2434	0.1929	0.1616	0.1689	0.1616	0.1641
chr2L	13177328	13177496	chr2L:13177329-13177496	FBgn0032476	CG5439	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0588	0.0722	0.0467	0.0361	0.0709	0.0688	0.0713	0.0361	0.087	0.0836	0.087	0.079	0.0413	0.0522	0.0413	0.0563
chr2L	13179141	13179320	chr2L:13179142-13179320	FBgn0032477	CG5287	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0955	0.0914	0.1079	0.0865	0.0594	0.082	0.125	0.1173	0.0594	0.1377	0.1203	0.1377	0.1038	0.0865	0.0845	0.0865	0.1219
chr2L	13179412	13179563	chr2L:13179413-13179563	FBgn0032477	CG5287	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0504	0.0507	0.0582	0.0414	0.0318	0.0447	0.074	0.0633	0.0318	0.0821	0.0672	0.0821	0.0488	0.0375	0.0426	0.0375	0.0584
chr2L	13182260	13182429	chr2L:13182261-13182429	FBgn0051849	CG31849	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0505	0.056	0.0281	0.0414	0.0456	0.0718	0.056	0.0414	0.0646	0.063	0.0646	0.0589	0.036	0.0251	0.036	0.0255
chr2L	13182523	13182698	chr2L:13182524-13182698	FBgn0051849	CG31849	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0987	0.1098	0.1249	0.0575	0.0817	0.115	0.1215	0.1472	0.0817	0.1498	0.1473	0.1498	0.1061	0.0697	0.0509	0.0697	0.05
chr2L	13190657	13190816	chr2L:13190658-13190816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0295	0.0353	0.0283	0.0127	0.032	0.0394	0.034	0.0127	0.0332	0.036	0.0332	0.0635	0.0153	0.02	0.0153	0.0657
chr2L	13191254	13191447	chr2L:13191255-13191447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1141	0.1246	0.1261	0.0891	0.0859	0.1218	0.1561	0.1606	0.0859	0.151	0.1441	0.151	0.1286	0.1003	0.1193	0.1003	0.1016
chr2L	13191480	13191675	chr2L:13191481-13191675	FBgn0032479	CG16974	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1364	0.1361	0.1542	0.1171	0.1145	0.1442	0.1696	0.1479	0.1145	0.1884	0.1817	0.1884	0.1356	0.1271	0.1418	0.1271	0.1381
chr2L	13191875	13192063	chr2L:13191876-13192063	FBgn0032479,FBgn0032480	CG16974,Edem2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1601	0.1454	0.1843	0.1498	0.1198	0.1665	0.1631	0.1772	0.1198	0.2494	0.2013	0.2494	0.1696	0.1478	0.1618	0.1478	0.1949
chr2L	13192105	13192348	chr2L:13192106-13192348	FBgn0032479,FBgn0032480	CG16974,Edem2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1181	0.1042	0.1383	0.1114	0.0753	0.1209	0.1207	0.1233	0.0753	0.1824	0.1466	0.1824	0.1495	0.1225	0.1148	0.1225	0.1485
chr2L	13192402	13192554	chr2L:13192403-13192554	FBgn0032479,FBgn0032480	CG16974,Edem2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0632	0.057	0.0735	0.0588	0.0339	0.0655	0.0766	0.0593	0.0339	0.0984	0.0743	0.0984	0.0767	0.0873	0.0613	0.0873	0.0672
chr2L	13198414	13198565	chr2L:13198415-13198565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0224	0.0324	0.0223	0.0111	0.0138	0.0311	0.0567	0.0266	0.0138	0.0229	0.0283	0.0229	0.024	0.01	0.0155	0.01	0.0135
chr2L	13203208	13203396	chr2L:13203209-13203396	FBgn0032481,FBgn0032482	CG16972,Pect	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1429	0.119	0.1598	0.151	0.0827	0.1354	0.1341	0.1392	0.0827	0.1975	0.1666	0.1975	0.1673	0.1562	0.1541	0.1562	0.1954
chr2L	13203664	13204061	chr2L:13203665-13204061	FBgn0032481,FBgn0032482	CG16972,Pect	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2686	0.2188	0.308	0.2809	0.141	0.2718	0.2392	0.2538	0.141	0.3623	0.3103	0.3623	0.3873	0.2649	0.2592	0.2649	0.4007
chr2L	13205027	13205178	chr2L:13205028-13205178	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0533	0.0355	0.0668	0.0585	0.0117	0.0617	0.0329	0.04	0.0117	0.0779	0.0701	0.0779	0.0852	0.0498	0.0735	0.0498	0.0698
chr2L	13205281	13205528	chr2L:13205282-13205528	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0951	0.0742	0.1041	0.1086	0.0233	0.1291	0.0636	0.0833	0.0233	0.1117	0.0916	0.1117	0.1572	0.1057	0.0832	0.1057	0.123
chr2L	13206205	13206462	chr2L:13206206-13206462	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0577	0.0344	0.0569	0.0847	0.0148	0.0515	0.042	0.028	0.0148	0.0598	0.0514	0.0598	0.1139	0.0781	0.0322	0.0781	0.2038
chr2L	13211700	13211994	chr2L:13211701-13211994	FBgn0004191,FBgn0032483	CG15482,snRNA:U2:34ABa	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1325	0.2263	0.1147	0.0471	0.2312	0.1966	0.2872	0.2625	0.2312	0.1226	0.1296	0.1226	0.1193	0.0452	0.0451	0.0452	0.0651
chr2L	13212015	13212246	chr2L:13212016-13212246	FBgn0004191,FBgn0032483	CG15482,snRNA:U2:34ABa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1155	0.1761	0.1132	0.0503	0.1888	0.1583	0.2206	0.1985	0.1888	0.1298	0.1235	0.1298	0.1115	0.0536	0.038	0.0536	0.074
chr2L	13214311	13214462	chr2L:13214312-13214462	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0743	0.0247	0.0107	0.0615	0.0325	0.1362	0.0799	0.0615	0.0254	0.0299	0.0254	0.0256	0.0115	0.0135	0.0115	0.0125
chr2L	13215153	13215304	chr2L:13215154-13215304	FBgn0032484	kek4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0539	0.0485	0.0549	0.0588	0.0127	0.0495	0.0584	0.0753	0.0127	0.055	0.0682	0.055	0.0449	0.0459	0.0677	0.0459	0.0521
chr2L	13215720	13215929	chr2L:13215721-13215929	FBgn0004192	snRNA:U2:34ABb	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2219	0.2403	0.247	0.1739	0.2057	0.268	0.2781	0.2725	0.2057	0.3062	0.2672	0.3062	0.2409	0.2083	0.1792	0.2083	0.1834
chr2L	13216035	13216215	chr2L:13216036-13216215	FBgn0004192	snRNA:U2:34ABb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1501	0.2142	0.134	0.0959	0.1983	0.2107	0.2625	0.2418	0.1983	0.1745	0.1392	0.1745	0.1402	0.1164	0.0883	0.1164	0.1157
chr2L	13219381	13219559	chr2L:13219382-13219559	FBgn0032485,FBgn0032486	CG5705,CG9426	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.082	0.0975	0.0926	0.0531	0.053	0.1068	0.1086	0.1419	0.053	0.0797	0.1254	0.0797	0.0775	0.0628	0.0542	0.0628	0.0646
chr2L	13219593	13219798	chr2L:13219594-13219798	FBgn0032485,FBgn0032486	CG5705,CG9426	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1235	0.1133	0.147	0.1092	0.0679	0.1451	0.1237	0.1399	0.0679	0.1643	0.173	0.1643	0.1441	0.1317	0.1103	0.1317	0.1454
chr2L	13219851	13220025	chr2L:13219852-13220025	FBgn0032485,FBgn0032486	CG5705,CG9426	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1591	0.1436	0.1895	0.143	0.0806	0.1806	0.1557	0.1785	0.0806	0.2313	0.2145	0.2313	0.1735	0.1715	0.1412	0.1715	0.1678
chr2L	13220174	13220325	chr2L:13220175-13220325	FBgn0032485,FBgn0032486	CG5705,CG9426	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0582	0.0777	0.0494	0.0329	0.0602	0.0817	0.0666	0.0329	0.0936	0.0862	0.0936	0.079	0.0605	0.0464	0.0605	0.0594
chr2L	13221982	13222170	chr2L:13221983-13222170	FBgn0032487,FBgn0032488	CG16812,Ski6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.063	0.0723	0.0687	0.0465	0.052	0.0738	0.0973	0.0773	0.052	0.0839	0.0762	0.0839	0.0689	0.0613	0.0484	0.0613	0.0542
chr2L	13222229	13222392	chr2L:13222230-13222392	FBgn0032487,FBgn0032488	CG16812,Ski6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1099	0.1122	0.1217	0.0944	0.0742	0.1277	0.1358	0.1326	0.0742	0.1552	0.1341	0.1552	0.127	0.1041	0.0941	0.1041	0.124
chr2L	13222473	13222646	chr2L:13222474-13222646	FBgn0032487,FBgn0032488	CG16812,Ski6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1382	0.1448	0.1514	0.1164	0.0944	0.15	0.1869	0.1726	0.0944	0.1975	0.1678	0.1975	0.1441	0.1294	0.1238	0.1294	0.1428
chr2L	13222776	13222927	chr2L:13222777-13222927	FBgn0032487,FBgn0032488	CG16812,Ski6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0647	0.0771	0.0758	0.0386	0.053	0.0723	0.1138	0.0799	0.053	0.0948	0.0929	0.0948	0.0519	0.0467	0.0451	0.0467	0.0438
chr2L	13225202	13225519	chr2L:13225203-13225519	FBgn0032489	CG15480	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1731	0.341	0.1421	0.0194	0.3659	0.1888	0.4749	0.4504	0.3659	0.0586	0.2897	0.0586	0.0341	0.0176	0.0271	0.0176	0.0125
chr2L	13225531	13225812	chr2L:13225532-13225812	FBgn0032489	CG15480	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1537	0.2886	0.1369	0.0214	0.3192	0.1684	0.4109	0.3524	0.3192	0.0447	0.2878	0.0447	0.0341	0.0176	0.0368	0.0176	0.0151
chr2L	13227033	13227643	chr2L:13227034-13227643	FBgn0032490	CG16813	stage11,stage5	none	Unspecified_HC_05	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1883	0.3578	0.1654	0.0241	0.3584	0.1811	0.5095	0.5137	0.3584	0.0574	0.3418	0.0574	0.031	0.0191	0.0567	0.0191	0.0146
chr2L	13229364	13229667	chr2L:13229365-13229667	FBgn0032491	CG16815	stage5	none	Unspecified_HC_04	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0825	0.1964	0.0367	0.0054	0.1697	0.1097	0.3322	0.2105	0.1697	0.0272	0.0624	0.0272	0.0101	0.0061	0.0058	0.0061	0.0047
chr2L	13234052	13234284	chr2L:13234053-13234284	FBgn0032493	CG15479	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0394	0.0889	0.0213	0.004	0.0477	0.084	0.08	0.1686	0.0477	0.0169	0.037	0.0169	0.0062	0.0054	0.0052	0.0054	0.0042
chr2L	13234481	13234632	chr2L:13234482-13234632	FBgn0032493	CG15479	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0248	0.0492	0.018	0.005	0.0244	0.0476	0.0644	0.0633	0.0244	0.0175	0.026	0.0175	0.0101	0.0061	0.0045	0.0061	0.0036
chr2L	13234832	13235204	chr2L:13234833-13235204	FBgn0032493	CG15479	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0915	0.1827	0.0681	0.0153	0.1188	0.1801	0.189	0.2945	0.1188	0.0465	0.1039	0.0465	0.0333	0.0153	0.0168	0.0153	0.0172
chr2L	13241793	13241980	chr2L:13241794-13241980	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.0937	0.0373	0.017	0.0838	0.0757	0.1246	0.1286	0.0838	0.0399	0.0405	0.0399	0.0519	0.0237	0.0174	0.0237	0.0234
chr2L	13244547	13245057	chr2L:13244548-13245057	FBgn0003935,FBgn0041720	snRNA:U2:34ABc,snRNA:U5:34A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2873	0.391	0.3188	0.137	0.4008	0.3961	0.436	0.459	0.4008	0.4094	0.3412	0.4094	0.3129	0.2136	0.1483	0.2136	0.1709
chr2L	13245423	13245663	chr2L:13245424-13245663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0423	0.0594	0.0431	0.0221	0.0456	0.0529	0.0731	0.0813	0.0456	0.0429	0.0576	0.0429	0.0318	0.0207	0.0516	0.0207	0.0162
chr2L	13246009	13246160	chr2L:13246010-13246160	FBgn0032495	CG16820	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0108	0.0105	0.0105	0.0116	0.0053	0.0112	0.016	0.0113	0.0053	0.006	0.0177	0.006	0.0077	0.0015	0.0406	0.0015	0.0057
chr2L	13250249	13250414	chr2L:13250250-13250414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0419	0.0522	0.0433	0.0288	0.0382	0.051	0.0679	0.062	0.0382	0.0435	0.0592	0.0435	0.0418	0.0345	0.0458	0.0345	0.038
chr2L	13252289	13252440	chr2L:13252290-13252440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0148	0.0247	0.014	0.0047	0.0138	0.017	0.0333	0.0346	0.0138	0.0109	0.0219	0.0109	0.007	0.0031	0.0103	0.0031	0.0042
chr2L	13260772	13260923	chr2L:13260773-13260923	FBgn0032497	CG6043	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0164	0.014	0.0151	0.0206	0.0042	0.0126	0.0234	0.0153	0.0042	0.0248	0.0145	0.0248	0.0147	0.0651	0.0129	0.0651	0.0125
chr2L	13261058	13261209	chr2L:13261059-13261209	FBgn0032497	CG6043	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0122	0.0145	0.0089	0.0134	0.0021	0.0126	0.026	0.0153	0.0021	0.0163	0.0058	0.0163	0.0101	0.0505	0.0058	0.0505	0.0047
chr2L	13264998	13265149	chr2L:13264999-13265149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0142	0.0169	0.0183	0.0067	0.0011	0.0277	0.0212	0.0107	0.0011	0.0399	0.0174	0.0399	0.0093	0.0115	0.0064	0.0115	0.0068
chr2L	13266753	13266947	chr2L:13266754-13266947	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0587	0.0599	0.0622	0.0535	0.035	0.0738	0.0606	0.0766	0.035	0.061	0.0907	0.061	0.0627	0.0467	0.1109	0.0467	0.0688
chr2L	13267068	13267227	chr2L:13267069-13267227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0283	0.0239	0.0308	0.0305	0.0085	0.0257	0.0316	0.0266	0.0085	0.0338	0.0424	0.0338	0.0333	0.0314	0.0606	0.0314	0.0375
chr2L	13267739	13267977	chr2L:13267740-13267977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0204	0.0181	0.0237	0.0194	0.0064	0.0184	0.026	0.0167	0.0064	0.0217	0.0177	0.0217	0.0581	0.0184	0.0187	0.0184	0.037
chr2L	13268048	13268232	chr2L:13268049-13268232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.014	0.0222	0.0246	0.0074	0.0165	0.016	0.0147	0.0074	0.0211	0.0151	0.0211	0.0573	0.0406	0.0213	0.0406	0.0406
chr2L	13272448	13272599	chr2L:13272449-13272599	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0146	0.0142	0.0115	0.0184	0.0074	0.0107	0.0247	0.0147	0.0074	0.0121	0.0138	0.0121	0.017	0.0245	0.0458	0.0245	0.012
chr2L	13272740	13272891	chr2L:13272741-13272891	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0141	0.011	0.0201	0.0095	0.0092	0.0268	0.012	0.0095	0.0121	0.0141	0.0121	0.0116	0.0306	0.0335	0.0306	0.0208
chr2L	13285958	13286109	chr2L:13285959-13286109	FBgn0028406	Drep-4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0319	0.0268	0.0364	0.0326	0.0138	0.0311	0.0355	0.0293	0.0138	0.0386	0.0434	0.0386	0.0263	0.013	0.0148	0.013	0.013
chr2L	13286211	13286362	chr2L:13286212-13286362	FBgn0028406,FBgn0032499	Drep-4,Uvrag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0518	0.0399	0.076	0.0384	0.0233	0.0466	0.0458	0.054	0.0233	0.096	0.0862	0.096	0.0689	0.0452	0.0309	0.0452	0.0266
chr2L	13286405	13286613	chr2L:13286406-13286613	FBgn0028406,FBgn0032499	Drep-4,Uvrag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0989	0.0669	0.1461	0.0827	0.0488	0.0845	0.0657	0.0879	0.0488	0.1721	0.1669	0.1721	0.1363	0.1041	0.0774	0.1041	0.0735
chr2L	13286697	13286885	chr2L:13286698-13286885	FBgn0028406,FBgn0032499	Drep-4,Uvrag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.091	0.0662	0.1239	0.0826	0.0498	0.083	0.0696	0.0806	0.0498	0.1552	0.1367	0.1552	0.1077	0.0957	0.0851	0.0957	0.1001
chr2L	13286956	13287177	chr2L:13286957-13287177	FBgn0032499	Uvrag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0479	0.0731	0.0504	0.0403	0.0553	0.0554	0.0553	0.0403	0.0876	0.0849	0.0876	0.0682	0.0551	0.0522	0.0551	0.0641
chr2L	13289678	13289829	chr2L:13289679-13289829	FBgn0051729	CG31729	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0253	0.0402	0.0432	0.0064	0.034	0.0242	0.0366	0.0064	0.0386	0.0469	0.0386	0.0511	0.0551	0.0368	0.0551	0.0651
chr2L	13289899	13290075	chr2L:13289900-13290075	FBgn0051729	CG31729	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0634	0.0411	0.0714	0.0795	0.0159	0.0597	0.0441	0.046	0.0159	0.0761	0.0836	0.0761	0.0899	0.0835	0.0754	0.0835	0.111
chr2L	13290162	13290487	chr2L:13290163-13290487	FBgn0051729	CG31729	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0574	0.0361	0.0602	0.078	0.0138	0.0519	0.042	0.0366	0.0138	0.0568	0.0672	0.0568	0.0937	0.0613	0.0799	0.0613	0.1271
chr2L	13290727	13290947	chr2L:13290728-13290947	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0474	0.0202	0.0264	0.1008	0.0106	0.0218	0.0311	0.016	0.0106	0.0193	0.0283	0.0193	0.0558	0.0674	0.1354	0.0674	0.1939
chr2L	13292634	13292785	chr2L:13292635-13292785	FBgn0040973	CG16824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0129	0.0093	0.0115	0.0182	0.0032	0.0117	0.013	0.0093	0.0032	0.0091	0.0161	0.0091	0.0163	0.01	0.0554	0.01	0.0089
chr2L	13295933	13296084	chr2L:13295934-13296084	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0383	0.0304	0.0476	0.0369	0.0138	0.0286	0.0385	0.0433	0.0138	0.0471	0.0608	0.0471	0.0457	0.0291	0.0683	0.0291	0.0396
chr2L	13296225	13296415	chr2L:13296226-13296415	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1493	0.1265	0.1758	0.1457	0.088	0.1456	0.138	0.1626	0.088	0.2071	0.1945	0.2071	0.1805	0.134	0.1721	0.134	0.1866
chr2L	13296549	13296982	chr2L:13296550-13296982	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.141	0.1336	0.1539	0.1352	0.1018	0.1427	0.1566	0.1632	0.1018	0.1636	0.1682	0.1636	0.1844	0.1072	0.1412	0.1072	0.197
chr2L	13328248	13328538	chr2L:13328249-13328538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.024	0.0414	0.0148	0.0148	0.0265	0.035	0.0597	0.0466	0.0265	0.0302	0.0135	0.0302	0.007	0.0299	0.0097	0.0299	0.0156
chr2L	13331170	13331321	chr2L:13331171-13331321	FBgn0264308	CG43778	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0077	0.0074	0.0244	0.0032	0.0092	0.0134	0.0053	0.0032	0.0072	0.0071	0.0072	0.0046	0.0038	0.0071	0.0038	0.0073
chr2L	13332072	13332223	chr2L:13332073-13332223	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.005	0.0069	0.0245	0.0042	0.0034	0.0082	0.0053	0.0042	0.0091	0.0032	0.0091	0.0031	0.0054	0.0064	0.0054	0.0078
chr2L	13332892	13333045	chr2L:13332893-13333045	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0168	0.006	0.0084	0.0382	0.0032	0.0058	0.0082	0.0067	0.0032	0.0091	0.0058	0.0091	0.0163	0.0329	0.0303	0.0329	0.0459
chr2L	13341243	13341413	chr2L:13341244-13341413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0317	0.0223	0.0155	0.0106	0.0398	0.032	0.0433	0.0106	0.0217	0.0232	0.0217	0.0163	0.0107	0.0168	0.0107	0.0109
chr2L	13349395	13349742	chr2L:13349396-13349742	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0266	0.0186	0.016	0.0471	0.0074	0.018	0.0294	0.0173	0.0074	0.0217	0.0135	0.0217	0.0178	0.0368	0.0232	0.0368	0.0521
chr2L	13354621	13354772	chr2L:13354622-13354772	FBgn0032506	CG9395	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0091	0.0055	0.0152	0.0021	0.0087	0.0125	0.0147	0.0021	0.0054	0.0048	0.0054	0.0062	0.0023	0.0013	0.0023	0.0036
chr2L	13355056	13355207	chr2L:13355057-13355207	FBgn0032506	CG9395	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0098	0.0048	0.0171	0.0085	0.0044	0.016	0.0167	0.0085	0.0054	0.0055	0.0054	8e-04	0.0031	6e-04	0.0031	0.0047
chr2L	13363075	13363267	chr2L:13363076-13363267	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0649	0.0604	0.0765	0.0572	0.0371	0.0869	0.0523	0.0819	0.0371	0.0719	0.082	0.0719	0.0875	0.0291	0.0799	0.0291	0.0813
chr2L	13366062	13366244	chr2L:13366063-13366244	FBgn0022069,FBgn0032509	CG6523,Nnp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.136	0.1248	0.1656	0.116	0.0785	0.1481	0.141	0.1519	0.0785	0.2216	0.1852	0.2216	0.1565	0.1485	0.107	0.1485	0.1485
chr2L	13366349	13366565	chr2L:13366350-13366565	FBgn0022069,FBgn0032509	CG6523,Nnp-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.117	0.1053	0.14	0.105	0.0636	0.1248	0.1276	0.1126	0.0636	0.1836	0.1489	0.1836	0.1332	0.1194	0.1128	0.1194	0.1271
chr2L	13366598	13366951	chr2L:13366599-13366951	FBgn0022069,FBgn0032509	CG6523,Nnp-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1029	0.096	0.1274	0.0838	0.0594	0.0937	0.1306	0.1079	0.0594	0.154	0.128	0.154	0.1371	0.0942	0.0909	0.0942	0.1027
chr2L	13367242	13367393	chr2L:13367243-13367393	FBgn0051852	Tap42	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.054	0.0626	0.0472	0.0255	0.0587	0.0688	0.0686	0.0255	0.067	0.072	0.067	0.0612	0.0467	0.0554	0.0467	0.0604
chr2L	13367477	13367693	chr2L:13367478-13367693	FBgn0051852	Tap42	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0942	0.1138	0.1032	0.0615	0.1034	0.1077	0.1213	0.0615	0.1335	0.1302	0.1335	0.11	0.1041	0.1064	0.1041	0.1334
chr2L	13367746	13367897	chr2L:13367747-13367897	FBgn0051852	Tap42	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0608	0.0568	0.0688	0.0564	0.0361	0.0587	0.0714	0.0726	0.0361	0.0894	0.0707	0.0894	0.0705	0.062	0.069	0.062	0.0573
chr2L	13367906	13368057	chr2L:13367907-13368057	FBgn0051852	Tap42	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0376	0.0523	0.0387	0.0233	0.0359	0.0536	0.042	0.0233	0.067	0.0547	0.067	0.055	0.0368	0.0406	0.0368	0.0453
chr2L	13369087	13369259	chr2L:13369088-13369259	FBgn0051855	CG31855	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.111	0.0961	0.1343	0.1022	0.0541	0.1165	0.1047	0.1266	0.0541	0.1588	0.1469	0.1588	0.1402	0.1034	0.1083	0.1034	0.1209
chr2L	13369350	13369507	chr2L:13369351-13369507	FBgn0051855	CG31855	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0703	0.0845	0.0648	0.0361	0.0874	0.0757	0.0919	0.0361	0.0942	0.0955	0.0942	0.0806	0.0681	0.0613	0.0681	0.0792
chr2L	13369740	13369891	chr2L:13369741-13369891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0532	0.047	0.0623	0.0501	0.0286	0.0544	0.0502	0.0606	0.0286	0.07	0.0701	0.07	0.0527	0.0299	0.0355	0.0299	0.0485
chr2L	13370933	13371108	chr2L:13370934-13371108	FBgn0032511	CG9306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0902	0.0723	0.1055	0.0934	0.0467	0.0913	0.0757	0.0933	0.0467	0.1208	0.1199	0.1208	0.1224	0.1034	0.0883	0.1034	0.1256
chr2L	13373549	13373700	chr2L:13373550-13373700	FBgn0032512,FBgn0032513	CG6565,CG9305	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0509	0.0334	0.0693	0.0501	0.0106	0.051	0.032	0.036	0.0106	0.0948	0.0688	0.0948	0.0744	0.0758	0.0438	0.0758	0.061
chr2L	13373743	13373912	chr2L:13373744-13373912	FBgn0032512,FBgn0032513	CG6565,CG9305	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1391	0.119	0.1772	0.1199	0.0721	0.1655	0.1077	0.1499	0.0721	0.2373	0.192	0.2373	0.182	0.1394	0.1141	0.1394	0.1574
chr2L	13374056	13374252	chr2L:13374057-13374252	FBgn0032512,FBgn0032513	CG6565,CG9305	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1665	0.1463	0.2155	0.1352	0.0795	0.1942	0.1471	0.1839	0.0795	0.2796	0.2354	0.2796	0.213	0.147	0.1386	0.147	0.1912
chr2L	13374347	13374511	chr2L:13374348-13374511	FBgn0032512,FBgn0032513	CG6565,CG9305	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0695	0.0527	0.0947	0.0606	0.0201	0.0694	0.0536	0.07	0.0201	0.1244	0.1019	0.1244	0.0999	0.0712	0.0613	0.0712	0.0844
chr2L	13378483	13378657	chr2L:13378484-13378657	FBgn0025724,FBgn0032514	CG9302,beta'Cop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1644	0.1368	0.1984	0.1581	0.0859	0.1655	0.1406	0.1865	0.0859	0.2488	0.2302	0.2488	0.1952	0.1524	0.1754	0.1524	0.2017
chr2L	13378799	13378980	chr2L:13378800-13378980	FBgn0025724,FBgn0032514	CG9302,beta'Cop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1591	0.1259	0.2034	0.1475	0.0795	0.1568	0.1267	0.1692	0.0795	0.2391	0.2405	0.2391	0.2014	0.1539	0.1502	0.1539	0.1886
chr2L	13382076	13382285	chr2L:13382077-13382285	FBgn0032515	loqs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0617	0.0594	0.0727	0.0522	0.0424	0.0655	0.0727	0.07	0.0424	0.0749	0.0849	0.0749	0.0976	0.0521	0.0587	0.0521	0.0803
chr2L	13382296	13382493	chr2L:13382297-13382493	FBgn0032515	loqs	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0796	0.0704	0.0914	0.077	0.053	0.0748	0.0783	0.0913	0.053	0.1081	0.1071	0.1081	0.0976	0.0735	0.0896	0.0735	0.1006
chr2L	13382545	13382755	chr2L:13382546-13382755	FBgn0032515	loqs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0822	0.0695	0.0949	0.0823	0.0456	0.0816	0.0766	0.0859	0.0456	0.1141	0.109	0.1141	0.1015	0.0858	0.089	0.0858	0.0954
chr2L	13385489	13385640	chr2L:13385490-13385640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0378	0.0221	0.0141	0.0223	0.0369	0.0532	0.0406	0.0223	0.0229	0.0248	0.0229	0.0232	0.013	0.0168	0.013	0.0156
chr2L	13385893	13386093	chr2L:13385894-13386093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.0523	0.0327	0.021	0.0308	0.0485	0.0718	0.0633	0.0308	0.029	0.0408	0.029	0.0294	0.0176	0.0239	0.0176	0.0203
chr2L	13387195	13387394	chr2L:13387196-13387394	FBgn0032516,FBgn0032517	CG7099,CG9293	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1312	0.1726	0.1224	0.1018	0.1549	0.1319	0.1679	0.1018	0.2083	0.2016	0.2083	0.1689	0.121	0.1264	0.121	0.1574
chr2L	13387448	13387630	chr2L:13387449-13387630	FBgn0032516,FBgn0032517	CG7099,CG9293	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.091	0.0745	0.1137	0.0845	0.0488	0.0947	0.0744	0.0913	0.0488	0.1359	0.1318	0.1359	0.117	0.0896	0.0696	0.0896	0.1183
chr2L	13394243	13394394	chr2L:13394244-13394394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0298	0.0237	0.041	0.0242	0.0127	0.035	0.0212	0.032	0.0127	0.0652	0.0392	0.0652	0.0442	0.0245	0.0226	0.0245	0.0313
chr2L	13394577	13394728	chr2L:13394578-13394728	FBgn0032518	RpL24	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0446	0.0338	0.0608	0.0389	0.0191	0.0447	0.0381	0.0386	0.0191	0.0827	0.0601	0.0827	0.0635	0.0398	0.0406	0.0398	0.0547
chr2L	13395055	13395237	chr2L:13395056-13395237	FBgn0032518	RpL24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.15	0.1277	0.1836	0.138	0.0785	0.1573	0.1414	0.1532	0.0785	0.2258	0.1984	0.2258	0.2014	0.1608	0.1464	0.1608	0.1657
chr2L	13395529	13395680	chr2L:13395530-13395680	FBgn0032518	RpL24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0308	0.0518	0.0361	0.0085	0.034	0.0342	0.044	0.0085	0.0628	0.0598	0.0628	0.0542	0.0436	0.0387	0.0436	0.0396
chr2L	13398865	13399043	chr2L:13398866-13399043	FBgn0032520,FBgn0032521	CG10859,CG7110	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1073	0.0938	0.1377	0.0891	0.053	0.1165	0.096	0.1259	0.053	0.1691	0.1495	0.1691	0.1448	0.0819	0.0935	0.0819	0.1126
chr2L	13399213	13399444	chr2L:13399214-13399444	FBgn0032521	CG7110	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.038	0.0503	0.0284	0.017	0.0442	0.0433	0.0493	0.017	0.061	0.054	0.061	0.0511	0.0283	0.0258	0.0283	0.0302
chr2L	13415140	13415291	chr2L:13415141-13415291	FBgn0263354,FBgn0264432	CG42784,CG43850	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0135	0.0082	0.022	0.0042	0.0112	0.0229	0.0147	0.0042	0.0066	0.0096	0.0066	0.0031	0.0069	0.0058	0.0069	0.0047
chr2L	13419103	13419254	chr2L:13419104-13419254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0101	0.0055	0.015	0.0042	0.0107	0.0182	0.0053	0.0042	0.003	0.008	0.003	0.0031	0.0038	0.0026	0.0038	0.0016
chr2L	13445101	13445334	chr2L:13445102-13445334	FBgn0032524	CG9267	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0259	0.0391	0.0297	0.0106	0.0252	0.0342	0.0366	0.0106	0.0429	0.0418	0.0429	0.0473	0.0337	0.029	0.0337	0.0401
chr2L	13445584	13445758	chr2L:13445585-13445758	FBgn0032524	CG9267	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1348	0.1185	0.1591	0.1262	0.0795	0.1447	0.1384	0.1372	0.0795	0.2005	0.1695	0.2005	0.1665	0.1363	0.1128	0.1363	0.1579
chr2L	13457150	13457301	chr2L:13457151-13457301	FBgn0261991	CG42809	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.013	0.0114	0.012	0.0032	0.0102	0.0234	0.014	0.0032	0.0181	0.0109	0.0181	0.0085	0.0092	0.009	0.0092	0.0057
chr2L	13459096	13459247	chr2L:13459097-13459247	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0059	0.0085	0.017	0.0042	0.0039	0.0104	0.0047	0.0042	0.0072	0.0096	0.0072	0.0132	0.0069	0.009	0.0069	0.0162
chr2L	13461278	13461429	chr2L:13461279-13461429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0092	0.0058	0.0125	0.0074	0.0073	0.019	0.0047	0.0074	0.0042	0.0071	0.0042	0.0054	0.0015	0.0032	0.0015	0.0057
chr2L	13500241	13500395	chr2L:13500242-13500395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0314	0.0282	0.0324	0.0338	0.0095	0.0296	0.0398	0.0313	0.0095	0.0501	0.0357	0.0501	0.0186	0.0314	0.0432	0.0314	0.0401
chr2L	13500503	13500686	chr2L:13500504-13500686	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.0744	0.0864	0.0877	0.0498	0.0874	0.0869	0.0826	0.0498	0.1117	0.0949	0.1117	0.0759	0.0881	0.1051	0.0881	0.1027
chr2L	13500728	13500986	chr2L:13500729-13500986	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0575	0.0518	0.0642	0.0565	0.0329	0.0718	0.0649	0.0466	0.0329	0.0749	0.0698	0.0749	0.0643	0.0528	0.0677	0.0528	0.0745
chr2L	13500996	13501201	chr2L:13500997-13501201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0299	0.0426	0.0457	0.0138	0.0364	0.0407	0.0286	0.0138	0.0477	0.0492	0.0477	0.0449	0.026	0.0613	0.026	0.0714
chr2L	13501687	13501838	chr2L:13501688-13501838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0166	0.0187	0.0259	0.0085	0.0214	0.0212	0.016	0.0085	0.0175	0.0167	0.0175	0.0302	0.0161	0.0148	0.0161	0.0615
chr2L	13502084	13502235	chr2L:13502085-13502235	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0205	0.0216	0.0213	0.0185	0.0095	0.0243	0.0298	0.0213	0.0095	0.0272	0.0203	0.0272	0.0302	0.0084	0.0206	0.0084	0.0386
chr2L	13502259	13502410	chr2L:13502260-13502410	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0248	0.0264	0.0205	0.0106	0.0282	0.0324	0.0286	0.0106	0.0326	0.0289	0.0326	0.0294	0.0092	0.0226	0.0092	0.0365
chr2L	13506321	13506472	chr2L:13506322-13506472	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0176	0.0278	0.0168	0.0072	0.0085	0.0184	0.0567	0.022	0.0085	0.0145	0.0235	0.0145	0.0116	0.0023	0.0142	0.0023	0.0047
chr2L	13511118	13511269	chr2L:13511119-13511269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0217	0.0306	0.0256	0.0074	0.0243	0.0346	0.0173	0.0074	0.032	0.0196	0.032	0.0658	0.0184	0.0123	0.0184	0.0516
chr2L	13511560	13511719	chr2L:13511561-13511719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0425	0.0469	0.0418	0.0384	0.0233	0.0417	0.0783	0.0466	0.0233	0.0362	0.0315	0.0362	0.0411	0.0222	0.0174	0.0222	0.0349
chr2L	13512764	13513039	chr2L:13512765-13513039	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1313	0.0799	0.1565	0.1611	0.0509	0.1	0.0995	0.072	0.0509	0.1793	0.1434	0.1793	0.189	0.1417	0.1689	0.1417	0.2277
chr2L	13513354	13513567	chr2L:13513355-13513567	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1979	0.1788	0.2396	0.1735	0.1421	0.218	0.2093	0.1812	0.1421	0.3068	0.235	0.3068	0.2758	0.1991	0.1986	0.1991	0.2381
chr2L	13514251	13514634	chr2L:13514252-13514634	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0782	0.0571	0.0807	0.0992	0.0361	0.0689	0.0753	0.0506	0.0361	0.0912	0.0688	0.0912	0.1371	0.0842	0.0877	0.0842	0.1772
chr2L	13515287	13515438	chr2L:13515288-13515438	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0331	0.0404	0.0254	0.0334	0.0212	0.0573	0.0571	0.0266	0.0212	0.0441	0.019	0.0441	0.0302	0.0551	0.0251	0.0551	0.0526
chr2L	13515471	13515628	chr2L:13515472-13515628	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0343	0.0477	0.0266	0.0276	0.0308	0.0704	0.0601	0.0286	0.0308	0.055	0.0206	0.055	0.0232	0.0452	0.0206	0.0452	0.0375
chr2L	13527898	13528106	chr2L:13527899-13528106	FBgn0053640	CG33640	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.024	0.0455	0.0157	0.0092	0.0467	0.034	0.0722	0.0406	0.0467	0.0157	0.0209	0.0157	0.0147	0.0031	0.02	0.0031	0.0099
chr2L	13539422	13539573	chr2L:13539423-13539573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.0101	0.0162	0.0223	0.0032	0.0092	0.0186	0.0087	0.0032	0.0187	0.019	0.0187	0.017	0.0191	0.0174	0.0191	0.0167
chr2L	13545757	13545908	chr2L:13545758-13545908	distal	distal	none	none	VT6903.1	VT6903.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0132	0.0176	0.0331	0.0011	0.0146	0.0225	0.0113	0.0011	0.0157	0.028	0.0157	0.007	0.0084	0.1148	0.0084	0.0094
chr2L	13547864	13548193	chr2L:13547865-13548193	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1282	0.1745	0.1168	0.089	0.1283	0.1558	0.2491	0.1939	0.1283	0.1655	0.1167	0.1655	0.0534	0.0505	0.0729	0.0505	0.0438
chr2L	13548465	13548653	chr2L:13548466-13548653	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.1002	0.0689	0.1406	0.0909	0.0212	0.0956	0.0675	0.0993	0.0212	0.2132	0.1566	0.2132	0.1069	0.062	0.1657	0.062	0.0849
chr2L	13548757	13548980	chr2L:13548758-13548980	FBgn0023407	B4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0975	0.0667	0.1201	0.1072	0.0361	0.083	0.0701	0.0873	0.0361	0.1383	0.1524	0.1383	0.1108	0.0674	0.1947	0.0674	0.0928
chr2L	13549202	13549383	chr2L:13549203-13549383	FBgn0023407	B4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2443	0.2267	0.2811	0.2235	0.2163	0.2631	0.2305	0.2692	0.2163	0.3545	0.3103	0.3545	0.2781	0.2328	0.2637	0.2328	0.2449
chr2L	13549549	13549719	chr2L:13549550-13549719	FBgn0023407,FBgn0259984	B4,kuz	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1673	0.1422	0.1892	0.1711	0.1135	0.1578	0.1445	0.1912	0.1135	0.2216	0.2186	0.2216	0.1789	0.1861	0.1883	0.1861	0.1991
chr2L	13550066	13550278	chr2L:13550067-13550278	FBgn0259984	kuz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2474	0.2435	0.2697	0.2274	0.1994	0.2791	0.2651	0.2985	0.1994	0.3412	0.2878	0.3412	0.2463	0.2404	0.2418	0.2404	0.2595
chr2L	13550423	13550598	chr2L:13550424-13550598	FBgn0259984	kuz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1712	0.172	0.1987	0.14	0.1315	0.1898	0.1925	0.2278	0.1315	0.253	0.2203	0.253	0.1665	0.1378	0.1418	0.1378	0.16
chr2L	13550733	13550917	chr2L:13550734-13550917	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1381	0.1397	0.1524	0.1207	0.106	0.1515	0.1661	0.1686	0.106	0.186	0.1881	0.186	0.1084	0.1417	0.1038	0.1417	0.1303
chr2L	13552821	13552974	chr2L:13552822-13552974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0426	0.0436	0.0513	0.032	0.0127	0.05	0.035	0.0906	0.0127	0.0242	0.1016	0.0242	0.0194	0.0168	0.0896	0.0168	0.024
chr2L	13554788	13555029	chr2L:13554789-13555029	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0478	0.0592	0.0415	0.0419	0.0308	0.0607	0.0644	0.0939	0.0308	0.055	0.0428	0.055	0.0442	0.0391	0.0329	0.0391	0.0386
chr2L	13555546	13555697	chr2L:13555547-13555697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.012	0.0156	0.0265	0.0074	0.0141	0.0156	0.0127	0.0074	0.0175	0.0125	0.0175	0.0108	0.0237	0.0142	0.0237	0.0078
chr2L	13555701	13555852	chr2L:13555702-13555852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0157	0.0168	0.0233	0.0095	0.0184	0.0203	0.0153	0.0095	0.0175	0.0154	0.0175	0.0124	0.0176	0.0135	0.0176	0.0104
chr2L	13566413	13566564	chr2L:13566414-13566564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0163	0.0156	0.0118	0.0074	0.0155	0.0216	0.022	0.0074	0.0097	0.0193	0.0097	0.0147	0.0077	0.0097	0.0077	0.0063
chr2L	13570006	13570465	chr2L:13570007-13570465	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0551	0.0644	0.0636	0.0352	0.0223	0.1015	0.0666	0.0646	0.0223	0.0725	0.0907	0.0725	0.0403	0.0352	0.0432	0.0352	0.0495
chr2L	13570839	13571025	chr2L:13570840-13571025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0263	0.0238	0.0266	0.0287	0.0095	0.0277	0.0324	0.024	0.0095	0.0236	0.0399	0.0236	0.0178	0.0513	0.0419	0.0513	0.0245
chr2L	13571266	13571417	chr2L:13571267-13571417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0191	0.0174	0.0244	0.0085	0.0214	0.0247	0.0207	0.0085	0.0199	0.0199	0.0199	0.0194	0.0352	0.0258	0.0352	0.0302
chr2L	13572587	13572738	chr2L:13572588-13572738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0184	0.0169	0.0178	0.0206	0.0064	0.018	0.0216	0.0247	0.0064	0.0248	0.017	0.0248	0.0217	0.013	0.0103	0.013	0.0406
chr2L	13573724	13573875	chr2L:13573725-13573875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0196	0.0273	0.019	0.0116	0.0117	0.0388	0.0311	0.0313	0.0117	0.0272	0.0222	0.0272	0.0155	0.0115	0.011	0.0115	0.0135
chr2L	13576424	13576700	chr2L:13576425-13576700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0342	0.0312	0.039	0.0324	0.0148	0.033	0.0428	0.0366	0.0148	0.0417	0.0334	0.0417	0.0666	0.0268	0.0148	0.0268	0.0683
chr2L	13576942	13577093	chr2L:13576943-13577093	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0198	0.0226	0.0187	0.0085	0.0228	0.0212	0.03	0.0085	0.0266	0.0219	0.0266	0.0256	0.0107	0.0123	0.0107	0.0276
chr2L	13577114	13577283	chr2L:13577115-13577283	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.027	0.0236	0.0313	0.0262	0.0117	0.0214	0.0303	0.0326	0.0117	0.0374	0.027	0.0374	0.0349	0.0191	0.0129	0.0191	0.0307
chr2L	13582180	13582331	chr2L:13582181-13582331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0221	0.0197	0.0164	0.0159	0.0248	0.026	0.0266	0.0159	0.0236	0.0238	0.0236	0.0186	0.0084	0.0148	0.0084	0.0271
chr2L	13582651	13582878	chr2L:13582652-13582878	distal	distal	none	none	VT6923.1	VT6923.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0287	0.0298	0.0311	0.0249	0.0148	0.0345	0.0329	0.0406	0.0148	0.0344	0.0322	0.0344	0.0333	0.0145	0.011	0.0145	0.0245
chr2L	13583332	13583540	chr2L:13583333-13583540	distal	distal	none	none	VT6923.1	VT6923.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0329	0.022	0.0149	0.0223	0.0296	0.0519	0.03	0.0223	0.0242	0.026	0.0242	0.0201	0.0092	0.0103	0.0092	0.0104
chr2L	13591356	13591713	chr2L:13591357-13591713	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.0556	0.064	0.0178	0.017	0.084	0.0381	0.0899	0.017	0.0592	0.0489	0.0592	0.024	0.0138	0.0084	0.0138	0.012
chr2L	13595646	13595911	chr2L:13595647-13595911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0284	0.0277	0.0359	0.021	0.0095	0.0374	0.0329	0.0326	0.0095	0.0513	0.0338	0.0513	0.0387	0.0184	0.0155	0.0184	0.0245
chr2L	13596002	13596158	chr2L:13596003-13596158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0275	0.0288	0.0153	0.0127	0.0422	0.0255	0.0286	0.0127	0.0356	0.0299	0.0356	0.0263	0.0161	0.0142	0.0161	0.0219
chr2L	13596762	13596913	chr2L:13596763-13596913	FBgn0028513	CG9254	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0308	0.0249	0.0123	0.0095	0.05	0.0272	0.0353	0.0095	0.0362	0.0244	0.0362	0.0232	0.0153	0.011	0.0153	0.0115
chr2L	13597367	13597766	chr2L:13597368-13597766	FBgn0028513	CG9254	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.059	0.0986	0.0485	0.0262	0.0594	0.1733	0.0631	0.1166	0.0594	0.0719	0.0543	0.0719	0.0372	0.0199	0.0245	0.0199	0.0261
chr2L	13597893	13598044	chr2L:13597894-13598044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0229	0.0154	0.0139	0.0138	0.0354	0.0164	0.026	0.0138	0.0169	0.0177	0.0169	0.017	0.0184	0.0174	0.0184	0.0125
chr2L	13602798	13602949	chr2L:13602799-13602949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.02	0.0243	0.019	0.0162	0.0106	0.032	0.0242	0.0366	0.0106	0.0242	0.0203	0.0242	0.0163	0.0038	0.0103	0.0038	0.0162
chr2L	13615050	13615286	chr2L:13615051-13615286	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0252	0.0424	0.0472	0.0074	0.0364	0.0272	0.0293	0.0074	0.0423	0.0254	0.0423	0.1015	0.0222	0.0193	0.0222	0.1152
chr2L	13615611	13615816	chr2L:13615612-13615816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0173	0.0258	0.028	0.0032	0.0228	0.0195	0.02	0.0032	0.0187	0.018	0.0187	0.0682	0.0123	0.0123	0.0123	0.0683
chr2L	13617076	13617331	chr2L:13617077-13617331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0218	0.0259	0.0249	0.0074	0.0277	0.0238	0.028	0.0074	0.029	0.0206	0.029	0.031	0.01	0.0174	0.01	0.0208
chr2L	13622772	13622971	chr2L:13622773-13622971	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0366	0.0325	0.0195	0.018	0.05	0.0394	0.0406	0.018	0.0284	0.0466	0.0284	0.0248	0.0123	0.0374	0.0123	0.0125
chr2L	13622978	13623129	chr2L:13622979-13623129	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.024	0.0274	0.0277	0.0162	0.0106	0.0427	0.029	0.0273	0.0106	0.0344	0.0309	0.0344	0.0217	0.0069	0.0251	0.0069	0.012
chr2L	13626125	13626276	chr2L:13626126-13626276	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0106	0.0113	0.0156	0.0064	0.0121	0.0108	0.0147	0.0064	0.0157	0.0106	0.0157	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0104
chr2L	13640116	13640267	chr2L:13640117-13640267	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0324	0.0341	0.0406	0.0216	0.0233	0.0408	0.0329	0.0466	0.0233	0.0652	0.0418	0.0652	0.0294	0.0283	0.0213	0.0283	0.0255
chr2L	13640274	13640425	chr2L:13640275-13640425	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0364	0.0363	0.0458	0.0262	0.0223	0.0408	0.0372	0.0506	0.0223	0.0688	0.0498	0.0688	0.0372	0.0283	0.0271	0.0283	0.0307
chr2L	13640535	13640734	chr2L:13640536-13640734	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0995	0.0824	0.1181	0.098	0.0562	0.0995	0.0748	0.1126	0.0562	0.1594	0.1379	0.1594	0.1123	0.1179	0.0967	0.1179	0.1146
chr2L	13641091	13641295	chr2L:13641092-13641295	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1207	0.1094	0.1378	0.1146	0.0721	0.1432	0.093	0.1639	0.0721	0.1757	0.1688	0.1757	0.1239	0.1279	0.1438	0.1279	0.136
chr2L	13641373	13641560	chr2L:13641374-13641560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0961	0.079	0.1105	0.0993	0.0583	0.0995	0.0705	0.1173	0.0583	0.1359	0.1305	0.1359	0.1077	0.1003	0.1257	0.1003	0.1172
chr2L	13641612	13641802	chr2L:13641613-13641802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0481	0.0711	0.0738	0.0392	0.0583	0.0433	0.0686	0.0392	0.087	0.0849	0.087	0.062	0.0789	0.089	0.0789	0.0803
chr2L	13641965	13642162	chr2L:13641966-13642162	FBgn0028546	ics	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0588	0.077	0.0758	0.0244	0.0777	0.0562	0.0779	0.0244	0.093	0.0926	0.093	0.0736	0.0995	0.0935	0.0995	0.0844
chr2L	13642263	13642490	chr2L:13642264-13642490	FBgn0028546	ics	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0582	0.041	0.0676	0.067	0.0127	0.0563	0.0433	0.0506	0.0127	0.0864	0.0794	0.0864	0.0651	0.1164	0.1012	0.1164	0.0532
chr2L	13665442	13665603	chr2L:13665443-13665603	FBgn0028527	CG18507	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0111	0.0367	0.0494	0.0032	0.0136	0.0138	0.0127	0.0032	0.0066	0.0746	0.0066	0.0232	0.0046	0.1805	0.0046	0.0219
chr2L	13666009	13666266	chr2L:13666010-13666266	FBgn0028527	CG18507	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1267	0.1199	0.1623	0.0954	0.1071	0.0869	0.1497	0.1692	0.1071	0.0477	0.3016	0.0477	0.1387	0.0299	0.283	0.0299	0.0584
chr2L	13666676	13666830	chr2L:13666677-13666830	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0374	0.0148	0.0557	0.0426	0.0085	0.017	0.0229	0.0107	0.0085	0.0157	0.1096	0.0157	0.0387	0.01	0.1412	0.01	0.0182
chr2L	13706652	13706803	chr2L:13706653-13706803	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0047	0.0052	0.0134	0.0021	0.0015	0.0121	0.0027	0.0021	0.0054	0.0032	0.0054	0.0023	0.0015	6e-04	0.0015	0.0057
chr2L	13717242	13717393	chr2L:13717243-13717393	FBgn0051814	CG31814	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0081	0.0067	0.0124	0.0053	0.0063	0.0138	0.0093	0.0053	0.003	0.0096	0.003	0.0031	0.0046	0.0026	0.0046	0.0073
chr2L	13732319	13732482	chr2L:13732320-13732482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.021	0.0156	0.0179	0.0304	0.0117	0.016	0.0255	0.0087	0.0117	0.0193	0.017	0.0193	0.0356	0.0268	0.04	0.0268	0.0521
chr2L	13770992	13771172	chr2L:13770993-13771172	FBgn0028541	TM9SF4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0993	0.096	0.1165	0.0841	0.088	0.1015	0.1176	0.1086	0.088	0.1431	0.1309	0.1431	0.1154	0.0911	0.0896	0.0911	0.1068
chr2L	13772784	13772935	chr2L:13772785-13772935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0181	0.0274	0.0168	0.0091	0.0106	0.0184	0.0536	0.0233	0.0106	0.0151	0.0186	0.0151	0.0139	0.0046	0.0116	0.0046	0.0115
chr2L	13773262	13773413	chr2L:13773263-13773413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0197	0.0287	0.0197	0.0097	0.017	0.0165	0.051	0.0286	0.017	0.0205	0.0238	0.0205	0.0194	0.0084	0.0161	0.0084	0.0115
chr2L	13779035	13779186	chr2L:13779036-13779186	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0214	0.0261	0.0316	0.0085	0.0184	0.0333	0.02	0.0085	0.0362	0.0267	0.0362	0.0302	0.0184	0.0413	0.0184	0.0578
chr2L	13780081	13780276	chr2L:13780082-13780276	FBgn0024846,FBgn0028540	CG9008,p38b	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0607	0.0219	0.0401	0.1266	0.0106	0.0257	0.0242	0.0273	0.0106	0.0314	0.0412	0.0314	0.0759	0.0819	0.1696	0.0819	0.2022
chr2L	13780551	13780773	chr2L:13780552-13780773	FBgn0024846,FBgn0028540	CG9008,p38b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1243	0.0905	0.1433	0.1412	0.0467	0.1097	0.0926	0.1173	0.0467	0.1673	0.1643	0.1673	0.1727	0.1738	0.1754	0.1738	0.1808
chr2L	13782157	13782308	chr2L:13782158-13782308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0271	0.0295	0.0311	0.0201	0.0201	0.0286	0.0402	0.0353	0.0201	0.058	0.0251	0.058	0.0271	0.049	0.0129	0.049	0.0188
chr2L	13783384	13783573	chr2L:13783385-13783573	FBgn0028932	CG16890	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0897	0.0811	0.1089	0.0781	0.0573	0.0995	0.0978	0.0859	0.0573	0.1401	0.1174	0.1401	0.1216	0.0773	0.0722	0.0773	0.1006
chr2L	13783612	13783792	chr2L:13783613-13783792	FBgn0028539,FBgn0028932	CG16890,CG31731	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0735	0.0593	0.0901	0.0712	0.0318	0.0752	0.0666	0.0693	0.0318	0.1105	0.0926	0.1105	0.0984	0.0743	0.0683	0.0743	0.0938
chr2L	13783988	13784168	chr2L:13783989-13784168	FBgn0028539	CG31731	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1088	0.0958	0.1298	0.1001	0.0657	0.1049	0.1025	0.1266	0.0657	0.1492	0.1441	0.1492	0.1503	0.1118	0.1057	0.1118	0.1355
chr2L	13784221	13784402	chr2L:13784222-13784402	FBgn0028539	CG31731	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0791	0.0697	0.0959	0.0712	0.0414	0.0796	0.083	0.0919	0.0414	0.0936	0.1055	0.0936	0.1325	0.0582	0.0761	0.0582	0.1162
chr2L	13790612	13790810	chr2L:13790613-13790810	FBgn0028931	CG16863	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0825	0.077	0.092	0.0781	0.0477	0.0806	0.0952	0.1046	0.0477	0.1033	0.108	0.1033	0.0798	0.0934	0.0825	0.0934	0.0954
chr2L	13790845	13791049	chr2L:13790846-13791049	FBgn0028931	CG16863	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.0821	0.1095	0.077	0.0477	0.085	0.1029	0.1126	0.0477	0.122	0.1251	0.122	0.1154	0.0865	0.0793	0.0865	0.0954
chr2L	13791164	13791315	chr2L:13791165-13791315	FBgn0028931	CG16863	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.036	0.0471	0.028	0.0159	0.0374	0.0484	0.0466	0.0159	0.055	0.0534	0.055	0.0565	0.0245	0.0322	0.0245	0.0318
chr2L	13793423	13793609	chr2L:13793424-13793609	FBgn0028538	sec71	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1159	0.1135	0.1317	0.1012	0.0785	0.1189	0.1388	0.1372	0.0785	0.1612	0.1588	0.1612	0.1216	0.1049	0.1051	0.1049	0.1371
chr2L	13793688	13793839	chr2L:13793689-13793839	FBgn0028538	sec71	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0633	0.058	0.0761	0.0551	0.0297	0.0646	0.0748	0.0673	0.0297	0.0918	0.092	0.0918	0.0713	0.0551	0.0587	0.0551	0.0771
chr2L	13802348	13802499	chr2L:13802349-13802499	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.0117	0.0141	0.0234	0.0032	0.0126	0.019	0.0107	0.0032	0.0121	0.017	0.0121	0.0186	0.013	0.0245	0.013	0.0464
chr2L	13803428	13803606	chr2L:13803429-13803606	FBgn0027844	CAH1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0206	0.0116	0.0193	0.0322	0.0011	0.0165	0.0156	0.01	0.0011	0.0133	0.0225	0.0133	0.0372	0.0123	0.0645	0.0123	0.0464
chr2L	13803913	13804064	chr2L:13803914-13804064	FBgn0027844	CAH1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0107	0.0141	0.0184	0.0042	0.0097	0.019	0.0107	0.0042	0.0133	0.0183	0.0133	0.0186	0.0054	0.0445	0.0054	0.0203
chr2L	13804831	13804982	chr2L:13804832-13804982	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0123	0.0124	0.0199	0.0085	0.0112	0.0221	0.0107	0.0085	0.0127	0.0151	0.0127	0.0124	0.0046	0.0509	0.0046	0.0219
chr2L	13811115	13811335	chr2L:13811116-13811335	FBgn0028658,FBgn0028919	CG16865,adat	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0569	0.0503	0.0703	0.0496	0.0233	0.0612	0.0657	0.0573	0.0233	0.0821	0.0778	0.0821	0.0705	0.0674	0.0503	0.0674	0.0558
chr2L	13811435	13811604	chr2L:13811436-13811604	FBgn0028658,FBgn0028919	CG16865,adat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1019	0.0923	0.1241	0.0881	0.052	0.1019	0.1103	0.1226	0.052	0.157	0.1331	0.157	0.1232	0.1049	0.0948	0.1049	0.1058
chr2L	13811707	13811982	chr2L:13811708-13811982	FBgn0028658,FBgn0028919	CG16865,adat	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0628	0.0852	0.0512	0.0255	0.0621	0.0792	0.0886	0.0255	0.0984	0.0958	0.0984	0.0821	0.0605	0.0496	0.0605	0.0651
chr2L	13813161	13813362	chr2L:13813162-13813362	FBgn0001965,FBgn0032533	CG16888,Sos	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0771	0.0749	0.0945	0.0603	0.0435	0.0903	0.096	0.0833	0.0435	0.1171	0.1087	0.1171	0.0844	0.0605	0.0548	0.0605	0.086
chr2L	13813444	13813617	chr2L:13813445-13813617	FBgn0001965,FBgn0032533	CG16888,Sos	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0784	0.1039	0.0685	0.0488	0.0898	0.0969	0.0893	0.0488	0.1347	0.1084	0.1347	0.0906	0.0743	0.0664	0.0743	0.0818
chr2L	13813722	13813910	chr2L:13813723-13813910	FBgn0001965,FBgn0032533	CG16888,Sos	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1683	0.1539	0.1973	0.1526	0.1389	0.1607	0.1834	0.1792	0.1389	0.2373	0.2109	0.2373	0.1944	0.1738	0.1522	0.1738	0.1751
chr2L	13819838	13820128	chr2L:13819839-13820128	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0512	0.0303	0.016	0.0371	0.035	0.077	0.058	0.0371	0.0223	0.0383	0.0223	0.0341	0.0184	0.0219	0.0184	0.0203
chr2L	13820519	13820670	chr2L:13820520-13820670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0226	0.0228	0.0149	0.0117	0.016	0.035	0.0266	0.0117	0.0302	0.027	0.0302	0.0217	0.036	0.0129	0.036	0.012
chr2L	13827683	13827868	chr2L:13827684-13827868	FBgn0004406	tam	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0688	0.0571	0.0935	0.0549	0.0276	0.0728	0.0575	0.0766	0.0276	0.1153	0.1045	0.1153	0.0976	0.0421	0.0671	0.0421	0.0891
chr2L	13827949	13828124	chr2L:13827950-13828124	FBgn0004406	tam	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0397	0.0277	0.0565	0.0347	0.0159	0.0369	0.0255	0.0366	0.0159	0.0652	0.0633	0.0652	0.0627	0.0329	0.0413	0.0329	0.0532
chr2L	13829402	13829556	chr2L:13829403-13829556	FBgn0001961,FBgn0015271	Orc5,Sop2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0657	0.0606	0.0779	0.0579	0.0382	0.0563	0.0843	0.064	0.0382	0.1057	0.0778	0.1057	0.0837	0.0842	0.0484	0.0842	0.073
chr2L	13829690	13829877	chr2L:13829691-13829877	FBgn0001961,FBgn0015271	Orc5,Sop2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1619	0.1631	0.1869	0.1331	0.0997	0.1917	0.192	0.1879	0.0997	0.2319	0.2087	0.2319	0.1875	0.1409	0.1431	0.1409	0.1579
chr2L	13829974	13830125	chr2L:13829975-13830125	FBgn0001961,FBgn0015271	Orc5,Sop2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0546	0.0556	0.0689	0.0379	0.0233	0.0612	0.0787	0.058	0.0233	0.087	0.0756	0.087	0.0689	0.036	0.0393	0.036	0.0495
chr2L	13833028	13833221	chr2L:13833029-13833221	FBgn0004407,FBgn0026373,FBgn0064115	CG33649,DNApol-gamma35,RpII33	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0951	0.0829	0.1222	0.079	0.0435	0.1053	0.0839	0.1086	0.0435	0.1528	0.1341	0.1528	0.1286	0.0842	0.0845	0.0842	0.099
chr2L	13833235	13833415	chr2L:13833236-13833415	FBgn0004407,FBgn0026373,FBgn0064115	CG33649,DNApol-gamma35,RpII33	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.117	0.1083	0.1434	0.0978	0.0679	0.1325	0.112	0.1399	0.0679	0.1818	0.154	0.1818	0.1464	0.111	0.0967	0.111	0.1235
chr2L	13834770	13834921	chr2L:13834771-13834921	FBgn0260407	mRpS23	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0701	0.0577	0.0925	0.0593	0.0276	0.066	0.0601	0.0846	0.0276	0.122	0.0987	0.122	0.1069	0.0658	0.0606	0.0658	0.0709
chr2L	13834996	13835172	chr2L:13834997-13835172	FBgn0028509,FBgn0260407	cenG1A,mRpS23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1525	0.1254	0.1891	0.1426	0.0604	0.1529	0.1285	0.1726	0.0604	0.2283	0.2158	0.2283	0.1998	0.1485	0.1496	0.1485	0.1579
chr2L	13835254	13835415	chr2L:13835255-13835415	FBgn0028509,FBgn0260407	cenG1A,mRpS23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.213	0.1676	0.2656	0.2058	0.1135	0.2209	0.1522	0.2185	0.1135	0.3406	0.2904	0.3406	0.2657	0.2121	0.2186	0.2121	0.2408
chr2L	13835468	13835655	chr2L:13835469-13835655	FBgn0028509,FBgn0260407	cenG1A,mRpS23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1673	0.1223	0.2162	0.1639	0.0817	0.1762	0.1021	0.1619	0.0817	0.2639	0.2421	0.2639	0.2223	0.1685	0.1805	0.1685	0.2027
chr2L	13837556	13837887	chr2L:13837557-13837887	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1005	0.0972	0.1335	0.068	0.0329	0.1369	0.0714	0.1699	0.0329	0.0845	0.2305	0.0845	0.0612	0.0375	0.1767	0.0375	0.0328
chr2L	13841764	13841915	chr2L:13841765-13841915	FBgn0053307	CG33307	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0322	0.033	0.0272	0.0117	0.0359	0.0437	0.0406	0.0117	0.0326	0.0383	0.0326	0.0341	0.0191	0.0361	0.0191	0.0396
chr2L	13841941	13842102	chr2L:13841942-13842102	FBgn0053307	CG33307	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0409	0.0444	0.0416	0.0363	0.0223	0.0539	0.0523	0.0533	0.0223	0.0429	0.0511	0.0429	0.0418	0.0352	0.0554	0.0352	0.0495
chr2L	13842204	13842434	chr2L:13842205-13842434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0947	0.0817	0.0674	0.0689	0.1136	0.1051	0.1133	0.0689	0.0954	0.0949	0.0954	0.0775	0.0819	0.0812	0.0819	0.0938
chr2L	13850690	13850936	chr2L:13850691-13850936	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0317	0.0581	0.023	0.0117	0.0148	0.0699	0.0359	0.1233	0.0148	0.0139	0.0318	0.0139	0.007	0.0069	0.0058	0.0069	0.0073
chr2L	13851164	13851372	chr2L:13851165-13851372	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.038	0.0825	0.0212	0.0068	0.035	0.0883	0.0489	0.1819	0.035	0.0163	0.0283	0.0163	0.0039	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2L	13851382	13851647	chr2L:13851383-13851647	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0768	0.0269	0.0097	0.0244	0.101	0.0433	0.1506	0.0244	0.0181	0.0354	0.0181	0.0093	0.0061	0.0097	0.0061	0.0078
chr2L	13863559	13863854	chr2L:13863560-13863854	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0384	0.0719	0.0312	0.0088	0.035	0.0699	0.0709	0.1266	0.035	0.0405	0.035	0.0405	0.0085	0.0038	0.011	0.0038	0.0052
chr2L	13863975	13864126	chr2L:13863976-13864126	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0343	0.0166	0.007	0.0159	0.0345	0.0398	0.0513	0.0159	0.0169	0.0206	0.0169	0.0046	0.0046	0.0071	0.0046	0.0052
chr2L	13865776	13865992	chr2L:13865777-13865992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0284	0.0499	0.027	0.006	0.0159	0.0534	0.0515	0.0859	0.0159	0.0296	0.0315	0.0296	0.0093	0.0046	0.0045	0.0046	0.0036
chr2L	13867671	13868116	chr2L:13867672-13868116	distal	distal	stage5	stage5	VT7068.1	VT7068.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.065	0.1523	0.0268	0.0095	0.1304	0.0704	0.2258	0.2239	0.1304	0.026	0.0338	0.026	0.0116	0.0038	0.0097	0.0038	0.0099
chr2L	13868557	13868729	chr2L:13868558-13868729	distal	distal	stage11	stage11	VT7068.1	VT7068.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.027	0.0315	0.0306	0.0181	0.0223	0.0238	0.048	0.0353	0.0223	0.0163	0.0254	0.0163	0.0147	0.0054	0.0148	0.0054	0.013
chr2L	13868843	13868994	chr2L:13868844-13868994	distal	distal	stage11	stage11	VT7068.1	VT7068.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0267	0.032	0.015	0.0138	0.0218	0.0424	0.0333	0.0138	0.0145	0.0248	0.0145	0.0101	0.0038	0.0161	0.0038	0.012
chr2L	13869448	13869672	chr2L:13869449-13869672	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT7068.1,VT7069.1	VT7068.1,VT7069.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0457	0.0771	0.0373	0.0199	0.0583	0.0738	0.0869	0.1026	0.0583	0.0217	0.0293	0.0217	0.0147	0.0069	0.0123	0.0069	0.0068
chr2L	13870549	13870724	chr2L:13870550-13870724	distal	distal	stage14	stage14	VT7069.1,VT7070.1	VT7069.1,VT7070.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.027	0.0253	0.0205	0.0201	0.0262	0.035	0.03	0.0201	0.0181	0.0228	0.0181	0.0163	0.0084	0.0084	0.0084	0.0125
chr2L	13873234	13873385	chr2L:13873235-13873385	distal	distal	none	none	VT7071.1	VT7071.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0199	0.0203	0.0199	0.0195	0.0042	0.0243	0.0311	0.0173	0.0042	0.0272	0.0193	0.0272	0.0147	0.0368	0.0135	0.0368	0.0141
chr2L	13875641	13875792	chr2L:13875642-13875792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0152	0.0168	0.0258	0.0064	0.0141	0.0238	0.016	0.0064	0.006	0.0132	0.006	0.0108	0.0031	0.011	0.0031	0.0089
chr2L	13876144	13876295	chr2L:13876145-13876295	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0113	0.0165	0.0329	0.0032	0.0126	0.0186	0.0113	0.0032	0.0127	0.0116	0.0127	0.0085	0.0054	0.0187	0.0054	0.0099
chr2L	13876412	13876591	chr2L:13876413-13876591	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0168	0.0232	0.0433	0.0064	0.0233	0.0225	0.0147	0.0064	0.0139	0.0158	0.0139	0.0116	0.01	0.0142	0.01	0.0151
chr2L	13877018	13877283	chr2L:13877019-13877283	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0358	0.0237	0.0345	0.0507	0.0117	0.0194	0.0346	0.0273	0.0117	0.0248	0.0302	0.0248	0.0256	0.0138	0.0148	0.0138	0.0266
chr2L	13878121	13878315	chr2L:13878122-13878315	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1243	0.1046	0.1538	0.1141	0.0562	0.1267	0.1112	0.1392	0.0562	0.1836	0.1717	0.1836	0.1325	0.1248	0.1251	0.1248	0.0928
chr2L	13878394	13878562	chr2L:13878395-13878562	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0505	0.0735	0.0525	0.0308	0.0602	0.051	0.0706	0.0308	0.0912	0.081	0.0912	0.0612	0.0674	0.0561	0.0674	0.0438
chr2L	13878854	13879029	chr2L:13878855-13879029	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1827	0.1792	0.2154	0.1508	0.1421	0.1927	0.1985	0.2332	0.1421	0.2301	0.2334	0.2301	0.2138	0.1776	0.1683	0.1776	0.1266
chr2L	13881538	13881702	chr2L:13881539-13881702	distal	distal	none	none	VT7076.1	VT7076.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0132	0.0234	0.0181	0.0042	0.0165	0.0199	0.012	0.0042	0.0169	0.0186	0.0169	0.0596	0.0084	0.0097	0.0084	0.0433
chr2L	13883787	13883966	chr2L:13883788-13883966	distal	distal	none	none	VT7077.1	VT7077.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0272	0.0188	0.0331	0.0302	0.0095	0.0214	0.0238	0.0187	0.0095	0.0229	0.0469	0.0229	0.0271	0.0061	0.0496	0.0061	0.025
chr2L	13884034	13884234	chr2L:13884035-13884234	distal	distal	none	none	VT7077.1	VT7077.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0277	0.0212	0.0294	0.033	0.0106	0.0214	0.0281	0.024	0.0106	0.0193	0.0383	0.0193	0.031	0.0069	0.0593	0.0069	0.0354
chr2L	13884390	13884541	chr2L:13884391-13884541	distal	distal	none	none	VT7077.1	VT7077.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.022	0.0224	0.024	0.0195	0.0074	0.0214	0.0329	0.0293	0.0074	0.0145	0.0322	0.0145	0.0294	0.0092	0.0451	0.0092	0.0104
chr2L	13885261	13885501	chr2L:13885262-13885501	distal	distal	stage5	stage5	VT7078.1	VT7078.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0431	0.0831	0.0321	0.0106	0.0806	0.0505	0.0917	0.1399	0.0806	0.0199	0.0521	0.0199	0.0209	0.0061	0.0168	0.0061	0.0073
chr2L	13885922	13886139	chr2L:13885923-13886139	distal	distal	stage5	stage5	VT7078.1	VT7078.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0328	0.0517	0.0324	0.0123	0.0382	0.0471	0.0519	0.0839	0.0382	0.026	0.0412	0.026	0.0217	0.0054	0.0187	0.0054	0.012
chr2L	13886799	13886950	chr2L:13886800-13886950	distal	distal	none	none	VT7078.1,VT7079.1	VT7078.1,VT7079.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0147	0.0156	0.0166	0.0117	0.0106	0.0121	0.0281	0.014	0.0106	0.0091	0.0161	0.0091	0.0403	0.0031	0.0129	0.0031	0.024
chr2L	13887071	13887272	chr2L:13887072-13887272	distal	distal	stage5	stage5	VT7079.1	VT7079.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0616	0.0253	0.0124	0.0435	0.0374	0.0969	0.0786	0.0435	0.0199	0.0338	0.0199	0.0248	0.0092	0.0161	0.0092	0.0151
chr2L	13887990	13888256	chr2L:13887991-13888256	distal	distal	stage5	stage5	VT7079.1,VT7080.1	VT7079.1,VT7080.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0328	0.0568	0.0282	0.0111	0.0297	0.0422	0.0644	0.1093	0.0297	0.0181	0.0415	0.0181	0.0209	0.0092	0.0206	0.0092	0.0078
chr2L	13888987	13889138	chr2L:13888988-13889138	distal	distal	none	none	VT7080.1	VT7080.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0207	0.0282	0.023	0.0099	0.0138	0.0291	0.0489	0.0207	0.0138	0.0145	0.0363	0.0145	0.017	0.0023	0.0148	0.0023	0.0083
chr2L	13889384	13889535	chr2L:13889385-13889535	distal	distal	none	none	VT7080.1	VT7080.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0224	0.0218	0.0288	0.0162	0.0074	0.0282	0.0277	0.0266	0.0074	0.0193	0.0392	0.0193	0.0333	0.0069	0.0316	0.0069	0.0135
chr2L	13889688	13889839	chr2L:13889689-13889839	distal	distal	none	none	VT7080.1	VT7080.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0174	0.023	0.0138	0.0042	0.0165	0.0216	0.0286	0.0042	0.0175	0.0286	0.0175	0.0279	0.0054	0.0303	0.0054	0.0099
chr2L	13892559	13892774	chr2L:13892560-13892774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0415	0.0576	0.0452	0.0196	0.0308	0.0626	0.0735	0.0713	0.0308	0.0453	0.0457	0.0453	0.0356	0.01	0.0097	0.01	0.0141
chr2L	13892831	13893039	chr2L:13892832-13893039	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.063	0.0768	0.075	0.0345	0.0498	0.0903	0.0856	0.0966	0.0498	0.0864	0.0801	0.0864	0.0658	0.0184	0.0239	0.0184	0.0287
chr2L	13893259	13893615	chr2L:13893260-13893615	distal	distal	stage14	stage14	VT7083.1	VT7083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0599	0.0454	0.0576	0.0787	0.0223	0.0481	0.0588	0.0513	0.0223	0.058	0.0492	0.058	0.0519	0.0268	0.0329	0.0268	0.0485
chr2L	13893844	13894002	chr2L:13893845-13894002	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7083.1	VT7083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0338	0.0232	0.0313	0.0485	0.0117	0.0301	0.0324	0.022	0.0117	0.0344	0.0206	0.0344	0.0194	0.0092	0.0174	0.0092	0.0188
chr2L	13894087	13894242	chr2L:13894088-13894242	distal	distal	stage14	stage14	VT7083.1	VT7083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0229	0.0226	0.0462	0.0095	0.0189	0.0398	0.0247	0.0095	0.0175	0.017	0.0175	0.0077	0.0077	0.0084	0.0077	0.012
chr2L	13894462	13894613	chr2L:13894463-13894613	distal	distal	none	none	VT7083.1	VT7083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0156	0.0129	0.0216	0.0053	0.0175	0.0199	0.02	0.0053	0.0103	0.0132	0.0103	0.0062	0.0023	0.0097	0.0023	0.0083
chr2L	13894764	13894915	chr2L:13894765-13894915	distal	distal	none	none	VT7083.1	VT7083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0158	0.0155	0.022	0.0117	0.017	0.0216	0.0133	0.0117	0.0133	0.0141	0.0133	0.0139	0.0038	0.0097	0.0038	0.0078
chr2L	13903915	13904626	chr2L:13903916-13904626	FBgn0019890	Smg5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.237	0.3133	0.2225	0.1677	0.3213	0.2427	0.4468	0.3344	0.3213	0.2675	0.2283	0.2675	0.2393	0.1654	0.1393	0.1654	0.2079
chr2L	13904632	13904823	chr2L:13904633-13904823	FBgn0019890	Smg5	stage11,stage14,stage5	none	Ance_race_533	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1417	0.164	0.1572	0.0997	0.1506	0.1573	0.2132	0.1825	0.1506	0.2035	0.1695	0.2035	0.1572	0.1011	0.0986	0.1011	0.1298
chr2L	13905017	13905360	chr2L:13905018-13905360	FBgn0012037,FBgn0019890	Ance,Smg5	stage11	none	Ance_race_533	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0975	0.1262	0.0994	0.0634	0.0912	0.1262	0.1877	0.1146	0.0912	0.0622	0.1148	0.0622	0.2053	0.0352	0.1032	0.0352	0.0943
chr2L	13905565	13905748	chr2L:13905566-13905748	FBgn0012037	Ance	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0833	0.0654	0.05	0.0604	0.0825	0.1198	0.0873	0.0604	0.0296	0.0842	0.0296	0.1255	0.0214	0.0812	0.0214	0.0839
chr2L	13905925	13906078	chr2L:13905926-13906078	FBgn0012037	Ance	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0427	0.0358	0.0265	0.0244	0.05	0.0597	0.0393	0.0244	0.0193	0.0354	0.0193	0.0883	0.0069	0.0335	0.0069	0.0563
chr2L	13906120	13906271	chr2L:13906121-13906271	FBgn0012037	Ance	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.026	0.0294	0.0278	0.0202	0.0148	0.034	0.0398	0.028	0.0148	0.0139	0.0238	0.0139	0.0798	0.0092	0.0258	0.0092	0.0422
chr2L	13911473	13911624	chr2L:13911474-13911624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0239	0.027	0.0259	0.0181	0.0191	0.0267	0.0424	0.022	0.0191	0.0326	0.026	0.0326	0.0349	0.0168	0.0168	0.0168	0.0354
chr2L	13911846	13912051	chr2L:13911847-13912051	FBgn0025115	Acyp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0447	0.0513	0.0525	0.0288	0.0297	0.0587	0.0649	0.0526	0.0297	0.0634	0.0563	0.0634	0.0658	0.0345	0.0303	0.0345	0.0474
chr2L	13912157	13912308	chr2L:13912158-13912308	FBgn0025115	Acyp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0388	0.0312	0.0127	0.018	0.0364	0.0532	0.046	0.018	0.0296	0.035	0.0296	0.0426	0.0123	0.0116	0.0123	0.0172
chr2L	13913066	13913217	chr2L:13913067-13913217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.016	0.028	0.0135	0.0053	0.0223	0.0141	0.0554	0.0207	0.0223	0.0066	0.0212	0.0066	0.0124	0.0061	0.0084	0.0061	0.0052
chr2L	13923485	13923774	chr2L:13923486-13923774	FBgn0028938	CG16886	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0611	0.0228	0.0097	0.0615	0.032	0.1038	0.054	0.0615	0.0211	0.0309	0.0211	0.0186	0.0061	0.0161	0.0061	0.0094
chr2L	13931950	13932101	chr2L:13931951-13932101	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.0078	0.004	0.0048	0.0153	0.0021	0.0029	0.0065	0.004	0.0021	0.0018	0.008	0.0018	0.007	0.0031	0.0226	0.0031	0.0349
chr2L	13934738	13934889	chr2L:13934739-13934889	FBgn0032538	CG16885	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0078	0.0067	0.0061	0.0107	0.0011	0.0063	0.0143	0.0033	0.0011	0.0036	0.0093	0.0036	0.0031	0.0077	0.0297	0.0077	0.0068
chr2L	13947593	13947744	chr2L:13947594-13947744	FBgn0028544	CG16884	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0117	0.0071	0.0103	0.0182	0.0011	0.0049	0.016	0.0047	0.0011	0.006	0.0164	0.006	0.0093	0.0023	0.038	0.0023	0.0188
chr2L	13949875	13950026	chr2L:13949876-13950026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0098	0.0076	0.008	0.0143	0.0032	0.0058	0.0125	0.0093	0.0032	0.0048	0.0103	0.0048	0.0077	0.0023	0.038	0.0023	0.0115
chr2L	13956056	13956208	chr2L:13956057-13956208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0083	0.0143	0.0175	0.0021	0.0068	0.0164	0.006	0.0021	0.0115	0.0109	0.0115	0.0364	0.0084	0.0142	0.0084	0.0396
chr2L	13960231	13960382	chr2L:13960232-13960382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.015	0.011	0.015	0.0196	0.0064	0.0083	0.0169	0.0133	0.0064	0.0145	0.0154	0.0145	0.0279	0.0123	0.0206	0.0123	0.0406
chr2L	13960510	13960685	chr2L:13960511-13960685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0257	0.0196	0.0273	0.0308	0.017	0.017	0.0268	0.0227	0.017	0.0278	0.0302	0.0278	0.0426	0.0276	0.0458	0.0276	0.0495
chr2L	13963482	13963633	chr2L:13963483-13963633	FBgn0027929	nimB1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0149	0.0118	0.0103	0.0235	0.0085	0.0102	0.0199	0.0113	0.0085	0.0103	0.0103	0.0103	0.0163	0.0061	0.0071	0.0061	0.0709
chr2L	13967888	13968071	chr2L:13967889-13968071	FBgn0054003	nimB3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0212	0.0123	0.0178	0.0348	0.0032	0.0155	0.0199	0.01	0.0032	0.0242	0.0122	0.0242	0.038	0.0123	0.0097	0.0123	0.1079
chr2L	13968105	13968256	chr2L:13968106-13968256	FBgn0054003	nimB3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0103	0.0124	0.0311	0.0021	0.0117	0.0182	0.0067	0.0021	0.0139	0.0109	0.0139	0.0232	0.0092	0.0168	0.0092	0.0907
chr2L	13969931	13970082	chr2L:13969932-13970082	FBgn0028542,FBgn0028936	nimB4,nimB5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.0088	0.0108	0.0237	0.0032	0.0083	0.0169	0.0053	0.0032	0.0097	0.01	0.0097	0.0256	0.0069	0.0039	0.0069	0.0756
chr2L	13976290	13976441	chr2L:13976291-13976441	FBgn0259896	nimC1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0117	0.0107	0.0107	0.0138	0.0053	0.0092	0.0147	0.0147	0.0053	0.0103	0.0119	0.0103	0.0163	0.0061	0.0129	0.0061	0.0292
chr2L	13976464	13976723	chr2L:13976465-13976723	FBgn0259896	nimC1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0237	0.0238	0.0222	0.0251	0.0148	0.0277	0.0307	0.0227	0.0148	0.0181	0.028	0.0181	0.0372	0.0092	0.0419	0.0092	0.0406
chr2L	13977190	13977378	chr2L:13977191-13977378	FBgn0028940,FBgn0259896	Cyp28a5,nimC1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0333	0.0274	0.0367	0.0361	0.0244	0.0267	0.0415	0.024	0.0244	0.0236	0.0383	0.0236	0.0837	0.0168	0.0522	0.0168	0.0662
chr2L	13978145	13978296	chr2L:13978146-13978296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.01	0.0085	0.0089	0.0131	0.0021	0.0078	0.0169	0.0053	0.0021	0.0048	0.0132	0.0048	0.0116	0.0046	0.0355	0.0046	0.013
chr2L	14010542	14010703	chr2L:14010543-14010703	FBgn0028909	tRNA:Q:34E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0243	0.0195	0.0379	0.017	0.0248	0.0303	0.028	0.017	0.0157	0.0174	0.0157	0.0473	0.0475	0.0368	0.0475	0.0641
chr2L	14011353	14011506	chr2L:14011354-14011506	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0208	0.0083	0.0157	0.0404	0.0032	0.0092	0.0138	0.0047	0.0032	0.0139	0.0132	0.0139	0.0356	0.0406	0.0393	0.0406	0.0542
chr2L	14011654	14011816	chr2L:14011655-14011816	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.043	0.0117	0.0266	0.0958	0.0032	0.018	0.0156	0.0073	0.0032	0.0151	0.0203	0.0151	0.0736	0.0972	0.0935	0.0972	0.1318
chr2L	14011925	14012131	chr2L:14011926-14012131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0122	0.0152	0.0412	0.0042	0.0146	0.0186	0.0073	0.0042	0.0157	0.0113	0.0157	0.0356	0.0299	0.0316	0.0299	0.0693
chr2L	14012195	14012361	chr2L:14012196-14012361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0237	0.0151	0.0211	0.0363	0.0074	0.0194	0.0203	0.0107	0.0074	0.0175	0.0164	0.0175	0.0503	0.0245	0.0219	0.0245	0.074
chr2L	14012602	14012753	chr2L:14012603-14012753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0179	0.0115	0.0154	0.0279	0.0074	0.0165	0.0156	0.0073	0.0074	0.0139	0.0138	0.0139	0.0256	0.0123	0.0103	0.0123	0.0365
chr2L	14013577	14013862	chr2L:14013578-14013862	FBgn0027348	bgm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0652	0.0584	0.0681	0.0696	0.0339	0.0796	0.0727	0.0466	0.0339	0.07	0.0605	0.07	0.1565	0.0773	0.0593	0.0773	0.1433
chr2L	14014153	14014333	chr2L:14014154-14014333	FBgn0027348	bgm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0261	0.0243	0.0193	0.0356	0.0117	0.0301	0.0337	0.0213	0.0117	0.0175	0.0186	0.0175	0.0434	0.0574	0.04	0.0574	0.0532
chr2L	14020725	14020926	chr2L:14020726-14020926	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.1019	0.1268	0.1212	0.0657	0.1553	0.0865	0.1139	0.0657	0.1244	0.1527	0.1244	0.1867	0.1256	0.1483	0.1256	0.1824
chr2L	14021066	14021217	chr2L:14021067-14021217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.049	0.0309	0.0508	0.0673	0.0148	0.0529	0.026	0.03	0.0148	0.0405	0.064	0.0405	0.0798	0.0544	0.118	0.0544	0.0823
chr2L	14021597	14022095	chr2L:14021598-14022095	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1613	0.0917	0.1572	0.2436	0.0414	0.168	0.0843	0.07	0.0414	0.0972	0.1486	0.0972	0.3687	0.1432	0.3017	0.1432	0.3861
chr2L	14022434	14022608	chr2L:14022435-14022608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0665	0.0384	0.0642	0.1004	0.0191	0.0772	0.0381	0.0153	0.0191	0.0525	0.055	0.0525	0.1658	0.0735	0.0967	0.0735	0.1866
chr2L	14023151	14023316	chr2L:14023152-14023316	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.059	0.0299	0.0714	0.0778	0.0106	0.0553	0.0277	0.0273	0.0106	0.0586	0.0605	0.0586	0.1789	0.0429	0.06	0.0429	0.1819
chr2L	14023862	14024633	chr2L:14023863-14024633	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2181	0.1603	0.2162	0.2846	0.0827	0.3194	0.1432	0.0839	0.0827	0.1981	0.1605	0.1981	0.5585	0.2779	0.2263	0.2779	0.5487
chr2L	14025089	14025272	chr2L:14025090-14025272	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0529	0.0285	0.0444	0.0894	0.0106	0.0587	0.0294	0.0087	0.0106	0.0254	0.027	0.0254	0.1464	0.0574	0.0625	0.0574	0.1975
chr2L	14025434	14025585	chr2L:14025435-14025585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0442	0.0273	0.0398	0.068	0.0117	0.0578	0.0234	0.014	0.0117	0.0157	0.0186	0.0157	0.1526	0.0329	0.049	0.0329	0.149
chr2L	14025671	14026041	chr2L:14025672-14026041	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0799	0.0805	0.0594	0.1017	0.0477	0.1573	0.0822	0.036	0.0477	0.0356	0.0402	0.0356	0.1789	0.0398	0.078	0.0398	0.2209
chr2L	14026158	14026309	chr2L:14026159-14026309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0396	0.0474	0.0303	0.0412	0.0265	0.0772	0.058	0.0273	0.0265	0.0272	0.0215	0.0272	0.0767	0.0145	0.0187	0.0145	0.11
chr2L	14026592	14026758	chr2L:14026593-14026758	FBgn0028519	CG4500	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0327	0.0517	0.0184	0.027	0.0371	0.0767	0.0718	0.0247	0.0371	0.0199	0.019	0.0199	0.0341	0.0077	0.0155	0.0077	0.0735
chr2L	14026882	14027180	chr2L:14026883-14027180	FBgn0028519	CG4500	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.044	0.0712	0.0254	0.034	0.0636	0.1117	0.0852	0.026	0.0636	0.0284	0.0193	0.0284	0.0589	0.0092	0.0071	0.0092	0.1058
chr2L	14038922	14039073	chr2L:14038923-14039073	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0128	0.0108	0.0209	0.0085	0.0126	0.0151	0.0153	0.0085	0.0127	0.0113	0.0127	0.0124	0.0046	0.0071	0.0046	0.0141
chr2L	14039804	14039955	chr2L:14039805-14039955	FBgn0028875	nAcRalpha-34E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.0123	0.0143	0.022	0.0032	0.017	0.0147	0.0133	0.0032	0.0163	0.0158	0.0163	0.0085	0.0031	0.0045	0.0031	0.0089
chr2L	14040260	14040641	chr2L:14040261-14040641	FBgn0028875	nAcRalpha-34E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0717	0.109	0.0614	0.0412	0.0541	0.1393	0.0861	0.1852	0.0541	0.087	0.0756	0.087	0.0364	0.0161	0.0174	0.0161	0.0276
chr2L	14040970	14041121	chr2L:14040971-14041121	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0231	0.0395	0.0218	0.0063	0.0244	0.033	0.045	0.0653	0.0244	0.0229	0.0299	0.0229	0.0163	0.0023	0.0032	0.0023	0.0047
chr2L	14043693	14043907	chr2L:14043694-14043907	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0301	0.0379	0.0307	0.0209	0.0201	0.0437	0.0497	0.0433	0.0201	0.0477	0.0296	0.0477	0.0132	0.0031	0.0077	0.0031	0.0094
chr2L	14045807	14046347	chr2L:14045808-14046347	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.1233	0.1355	0.165	0.0641	0.052	0.2078	0.1055	0.1992	0.052	0.1793	0.228	0.1793	0.158	0.0444	0.0567	0.0444	0.1141
chr2L	14046725	14047290	chr2L:14046726-14047290	FBgn0260011	nimC4	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.1115	0.1286	0.1329	0.0689	0.0795	0.1379	0.1215	0.2105	0.0795	0.0598	0.2196	0.0598	0.1301	0.0314	0.0503	0.0314	0.1777
chr2L	14047459	14047664	chr2L:14047460-14047664	FBgn0260011	nimC4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.1028	0.1157	0.1223	0.0668	0.071	0.1252	0.1073	0.1839	0.071	0.061	0.192	0.061	0.127	0.0138	0.0438	0.0138	0.1892
chr2L	14047883	14048168	chr2L:14047884-14048168	FBgn0260011	nimC4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0379	0.0353	0.0475	0.0305	0.0117	0.0388	0.0407	0.0506	0.0117	0.0308	0.0698	0.0308	0.0527	0.0084	0.0258	0.0084	0.074
chr2L	14049940	14050203	chr2L:14049941-14050203	distal	distal	stage14	stage14	VT7165.1	VT7165.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0338	0.0221	0.0329	0.0479	0.0074	0.0296	0.026	0.0247	0.0074	0.0163	0.0347	0.0163	0.0635	0.0153	0.0168	0.0153	0.0672
chr2L	14054309	14054549	chr2L:14054310-14054549	distal	distal	stage14	stage14	VT7168.1	VT7168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.034	0.0132	0.028	0.0639	0.0042	0.015	0.0177	0.0167	0.0042	0.0236	0.0293	0.0236	0.0418	0.0697	0.0574	0.0697	0.049
chr2L	14054826	14054977	chr2L:14054827-14054977	distal	distal	stage14	stage14	VT7168.1	VT7168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0065	0.011	0.0223	0.0032	0.0083	0.0091	0.0047	0.0032	0.0079	0.0125	0.0079	0.0101	0.0123	0.0084	0.0123	0.0073
chr2L	14055072	14055223	chr2L:14055073-14055223	distal	distal	stage14	stage14	VT7168.1	VT7168.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.006	0.0061	0.0173	0.0021	0.0068	0.0087	0.006	0.0021	0.0036	0.0058	0.0036	0.0054	0.0054	0.0026	0.0054	0.0063
chr2L	14062733	14062884	chr2L:14062734-14062884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0124	0.0153	0.0148	0.0065	0.0042	0.0243	0.0195	0.012	0.0042	0.0399	0.0096	0.0399	0.0116	0.0069	0.0045	0.0069	0.0094
chr2L	14077430	14077581	chr2L:14077431-14077581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0127	0.0091	0.01	0.0053	0.0063	0.0268	0.012	0.0053	0.0103	0.0077	0.0103	0.0116	0.0038	0.0064	0.0038	0.0042
chr2L	14090844	14091017	chr2L:14090845-14091017	distal	distal	none	none	VT7187.1	VT7187.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0211	0.0217	0.0173	0.018	0.0199	0.0307	0.02	0.018	0.0193	0.0196	0.0193	0.0434	0.0061	0.0155	0.0061	0.0396
chr2L	14094725	14094900	chr2L:14094726-14094900	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1536	0.1391	0.1788	0.1422	0.0901	0.1485	0.1726	0.1712	0.0901	0.2132	0.1871	0.2132	0.1758	0.1462	0.1302	0.1462	0.1626
chr2L	14095116	14095386	chr2L:14095117-14095386	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0466	0.0484	0.0466	0.0446	0.0223	0.0432	0.0727	0.0566	0.0223	0.0314	0.0405	0.0314	0.0411	0.0276	0.0181	0.0276	0.0313
chr2L	14095544	14096030	chr2L:14095545-14096030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0507	0.0521	0.0514	0.0483	0.0361	0.0432	0.0813	0.0506	0.0361	0.0429	0.035	0.0429	0.0411	0.0237	0.0206	0.0237	0.0354
chr2L	14103673	14103852	chr2L:14103674-14103852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0155	0.0207	0.0182	0.0064	0.0141	0.026	0.014	0.0064	0.0139	0.0235	0.0139	0.0108	0.0069	0.009	0.0069	0.0135
chr2L	14106128	14106279	chr2L:14106129-14106279	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	none	0.0106	0.0062	0.0195	0.0056	0.0042	0.0053	0.0104	0.006	0.0042	0.0133	0.0273	0.0133	0.0023	8e-04	0.0064	8e-04	0.0036
chr2L	14107324	14107475	chr2L:14107325-14107475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0201	0.0236	0.0237	0.0121	0.017	0.0189	0.0329	0.03	0.017	0.0211	0.0222	0.0211	0.0163	0.01	0.011	0.01	0.0208
chr2L	14113285	14113436	chr2L:14113286-14113436	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0047	0.0057	0.0097	0.0042	0.0034	0.0091	0.0033	0.0042	0.006	0.0058	0.006	0.0046	0.0015	0.0058	0.0015	0.0031
chr2L	14113485	14113636	chr2L:14113486-14113636	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0071	0.0055	0.0114	0.0074	0.0034	0.016	0.0033	0.0074	0.0048	0.0051	0.0048	0.0031	0.0046	0.0052	0.0046	0.001
chr2L	14116205	14116356	chr2L:14116206-14116356	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0166	0.0178	0.014	0.0182	0.0106	0.0107	0.0281	0.02	0.0106	0.0236	0.0103	0.0236	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0021
chr2L	14120780	14120931	chr2L:14120781-14120931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0098	0.0108	0.0194	0.0064	0.0063	0.0182	0.008	0.0064	0.0079	0.0106	0.0079	0.0039	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chr2L	14121895	14122046	chr2L:14121896-14122046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0067	0.0075	0.0253	0.0021	0.0029	0.0138	0.0073	0.0021	0.006	0.0064	0.006	0.0062	0.0061	0.0032	0.0061	0.0052
chr2L	14122739	14122890	chr2L:14122740-14122890	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0054	0.008	0.0258	0.0053	0.0063	0.0082	0.0027	0.0053	0.0109	0.0051	0.0109	0.007	0.0046	0.0019	0.0046	0.0089
chr2L	14123136	14123295	chr2L:14123137-14123295	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0071	0.0119	0.0386	0.0032	0.0068	0.0112	0.0053	0.0032	0.0157	0.0087	0.0157	0.007	0.0046	0.0039	0.0046	0.0063
chr2L	14123411	14123569	chr2L:14123412-14123569	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0072	0.0129	0.034	0.0011	0.0063	0.0138	0.0053	0.0011	0.0139	0.01	0.0139	0.0085	0.0084	0.0039	0.0084	0.0073
chr2L	14124119	14124270	chr2L:14124120-14124270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0064	0.01	0.0287	0.0032	0.0039	0.0117	0.0067	0.0032	0.0097	0.0071	0.0097	0.0116	0.0054	0.0071	0.0054	0.0099
chr2L	14125612	14125763	chr2L:14125613-14125763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0064	0.0061	0.023	0.0032	0.0044	0.0138	0.0047	0.0032	0.0085	0.0061	0.0085	0.0023	0.0038	0.0019	0.0038	0.0036
chr2L	14126388	14126539	chr2L:14126389-14126539	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0089	0.0067	0.0046	0.016	0.0042	0.0034	0.0151	0.0033	0.0042	0.0024	0.0042	0.0024	0.0015	0	0	0	5e-04
chr2L	14126619	14126770	chr2L:14126620-14126770	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0061	0.0057	0.0143	0.0064	0.0044	0.0108	0.0027	0.0064	0.0066	0.0032	0.0066	0.0054	0.0015	0	0.0015	0.0016
chr2L	14133271	14133422	chr2L:14133272-14133422	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0027	0.0044	0.0287	0.0011	0.0019	0.0061	7e-04	0.0011	0.0036	0.0016	0.0036	0.0015	8e-04	0.0032	8e-04	0.0083
chr2L	14133642	14133793	chr2L:14133643-14133793	distal	distal	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0027	0.0053	0.0304	0	0.001	0.0078	7e-04	0	0.0042	0.0032	0.0042	8e-04	0.0015	0.0013	0.0015	0.0094
chr2L	14133855	14134154	chr2L:14133856-14134154	FBgn0028906	CG17341	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0082	0.0137	0.0578	0.0021	0.0068	0.0156	0.0087	0.0021	0.0139	0.0071	0.0139	0.0116	0.0046	0.0045	0.0046	0.037
chr2L	14134318	14134469	chr2L:14134319-14134469	FBgn0028906	CG17341	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0054	0.0058	0.0352	0.0011	0.0049	0.0104	0.0047	0.0011	0.0066	0.0055	0.0066	0.0015	8e-04	0.0058	8e-04	0.0078
chr2L	14136483	14136672	chr2L:14136484-14136672	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0086	0.0105	0.0451	0.0106	0.0063	0.0156	0.0047	0.0106	0.0048	0.0045	0.0048	0.0116	0.0046	0.0032	0.0046	0.0094
chr2L	14138935	14139090	chr2L:14138936-14139090	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0077	0.0096	0.0272	0.0053	0.0044	0.016	0.004	0.0053	0.0085	0.0064	0.0085	0.0046	0.0061	0.0045	0.0061	0.0052
chr2L	14139203	14139354	chr2L:14139204-14139354	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0082	0.0084	0.0245	0.0042	0.0063	0.0156	0.0047	0.0042	0.0097	0.0058	0.0097	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr2L	14141179	14141330	chr2L:14141180-14141330	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0055	0.0079	0.0252	0.0042	0.0053	0.0087	0.0033	0.0042	0.0054	0.0055	0.0054	0.0039	0.0023	0.0013	0.0023	0.0047
chr2L	14141721	14141872	chr2L:14141722-14141872	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0055	0.0066	0.0221	0.0032	0.0034	0.0087	0.0073	0.0032	0.0054	0.0051	0.0054	0.0031	0.0023	0.0026	0.0023	0.0057
chr2L	14142138	14142289	chr2L:14142139-14142289	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0042	0.0039	0.0221	0.0011	0.0034	0.0078	0.004	0.0011	0.0018	0.0035	0.0018	0.0023	0	6e-04	0	0.0042
chr2L	14146668	14146819	chr2L:14146669-14146819	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0056	0.0042	0.0203	0.0021	0.0058	0.0112	0.002	0.0021	0.0036	0.0039	0.0036	0.0023	0.0054	6e-04	0.0054	0.0057
chr2L	14147211	14147427	chr2L:14147212-14147427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0069	0.0096	0.0178	0.0042	0.0034	0.0147	0.0053	0.0042	0.0157	0.0074	0.0157	0.007	0.0069	0.0052	0.0069	0.0031
chr2L	14160656	14160845	chr2L:14160657-14160845	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0659	0.0772	0.0543	0.0456	0.0694	0.0709	0.0906	0.0456	0.0707	0.0981	0.0707	0.0728	0.0459	0.0638	0.0459	0.0542
chr2L	14160925	14161106	chr2L:14160926-14161106	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.1103	0.1241	0.0966	0.0848	0.1277	0.1202	0.1366	0.0848	0.1473	0.1421	0.1473	0.1239	0.1018	0.1096	0.1018	0.0969
chr2L	14161207	14161409	chr2L:14161208-14161409	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0502	0.0449	0.0612	0.0441	0.0329	0.0558	0.0506	0.044	0.0329	0.0779	0.0685	0.0779	0.0581	0.0429	0.0471	0.0429	0.0401
chr2L	14169619	14169770	chr2L:14169620-14169770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0102	0.0143	0.0187	0.0053	0.0102	0.0138	0.0107	0.0053	0.0115	0.0215	0.0115	0.0116	0.0046	0.0638	0.0046	0.0109
chr2L	14177401	14177552	chr2L:14177402-14177552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0106	0.0101	0.0109	0.0107	0.0032	0.0087	0.016	0.0127	0.0032	0.0115	0.0151	0.0115	0.0101	0.0038	0.0297	0.0038	0.0094
chr2L	14180747	14180934	chr2L:14180748-14180934	FBgn0263038	CG43333	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0214	0.0223	0.0187	0.0117	0.0189	0.0203	0.036	0.0117	0.0048	0.0424	0.0048	0.0155	0.013	0.0464	0.013	0.0141
chr2L	14183043	14183481	chr2L:14183044-14183481	distal	distal	stage14	stage14	VT7239.1	VT7239.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0419	0.0219	0.0404	0.066	0.0074	0.0243	0.0307	0.0233	0.0074	0.032	0.0572	0.032	0.048	0.0199	0.1876	0.0199	0.0599
chr2L	14183732	14183883	chr2L:14183733-14183883	distal	distal	none	none	VT7239.1	VT7239.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0167	0.0137	0.0166	0.0202	0.0053	0.0184	0.0143	0.014	0.0053	0.0236	0.0183	0.0236	0.0155	0.0168	0.0206	0.0168	0.0386
chr2L	14184349	14184501	chr2L:14184350-14184501	distal	distal	none	none	VT7239.1	VT7239.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0317	0.0335	0.0395	0.0212	0.0359	0.035	0.0413	0.0212	0.0393	0.0415	0.0393	0.0364	0.0475	0.0542	0.0475	0.061
chr2L	14184753	14184959	chr2L:14184754-14184959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0256	0.0244	0.0245	0.0283	0.0106	0.0243	0.0294	0.03	0.0106	0.029	0.0238	0.029	0.0325	0.0299	0.0232	0.0299	0.0552
chr2L	14185219	14185502	chr2L:14185220-14185502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0318	0.0317	0.032	0.0319	0.0212	0.0296	0.0398	0.0433	0.0212	0.0447	0.0328	0.0447	0.0294	0.0283	0.0316	0.0283	0.0573
chr2L	14194942	14195119	chr2L:14194943-14195119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0238	0.0216	0.0234	0.0269	0.0095	0.0175	0.0294	0.03	0.0095	0.0205	0.0228	0.0205	0.0325	0.026	0.0348	0.026	0.0459
chr2L	14195218	14195369	chr2L:14195219-14195369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0146	0.0131	0.0137	0.0174	0.0074	0.0112	0.0177	0.0147	0.0074	0.0145	0.0145	0.0145	0.0163	0.0115	0.0142	0.0115	0.0386
chr2L	14196955	14197106	chr2L:14196956-14197106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.0168	0.0188	0.0195	0.0106	0.0184	0.0234	0.02	0.0106	0.0157	0.0174	0.0157	0.038	0.0199	0.02	0.0199	0.036
chr2L	14197290	14197458	chr2L:14197291-14197458	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0309	0.0327	0.0469	0.017	0.034	0.0376	0.0393	0.017	0.0362	0.036	0.0362	0.0372	0.0444	0.0741	0.0444	0.0724
chr2L	14197627	14197778	chr2L:14197628-14197778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0176	0.0192	0.022	0.0095	0.0155	0.0208	0.0247	0.0095	0.0248	0.0209	0.0248	0.0271	0.0115	0.0316	0.0115	0.037
chr2L	14198243	14198439	chr2L:14198244-14198439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0167	0.0324	0.0362	0.0085	0.0194	0.0212	0.0173	0.0085	0.029	0.0486	0.029	0.0263	0.0153	0.069	0.0153	0.0417
chr2L	14204093	14204244	chr2L:14204094-14204244	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0121	0.0176	0.0389	0.0021	0.016	0.0143	0.0153	0.0021	0.0193	0.0148	0.0193	0.0341	0.023	0.0303	0.023	0.0834
chr2L	14204274	14204425	chr2L:14204275-14204425	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0198	0.0108	0.0155	0.0344	0.0042	0.0117	0.0125	0.0147	0.0042	0.0181	0.0151	0.0181	0.0225	0.0214	0.0374	0.0214	0.0641
chr2L	14207236	14207387	chr2L:14207237-14207387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.0113	0.0156	0.0209	0.0053	0.0112	0.0169	0.0127	0.0053	0.0163	0.0183	0.0163	0.0217	0.0123	0.0529	0.0123	0.0188
chr2L	14207609	14207760	chr2L:14207610-14207760	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0118	0.0148	0.0206	0.0095	0.0126	0.016	0.012	0.0095	0.0157	0.0164	0.0157	0.0194	0.0107	0.0477	0.0107	0.0261
chr2L	14208728	14209011	chr2L:14208729-14209011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0186	0.0289	0.032	0.0095	0.0165	0.0281	0.0167	0.0095	0.0393	0.0338	0.0393	0.0256	0.0153	0.0625	0.0153	0.0453
chr2L	14210208	14210359	chr2L:14210209-14210359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0189	0.0137	0.018	0.0256	0.0085	0.0141	0.0177	0.012	0.0085	0.0193	0.0215	0.0193	0.017	0.0161	0.0471	0.0161	0.0313
chr2L	14210497	14210648	chr2L:14210498-14210648	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0171	0.0242	0.0322	0.0095	0.0136	0.0238	0.0207	0.0095	0.0338	0.0244	0.0338	0.0248	0.0245	0.0503	0.0245	0.0427
chr2L	14210942	14211093	chr2L:14210943-14211093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0153	0.0179	0.0178	0.0095	0.0155	0.0199	0.0173	0.0095	0.0272	0.0167	0.0272	0.0217	0.0268	0.0181	0.0268	0.0224
chr2L	14211189	14211439	chr2L:14211190-14211439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.025	0.0378	0.0389	0.0127	0.0233	0.0385	0.028	0.0127	0.0519	0.0408	0.0519	0.0387	0.0528	0.06	0.0528	0.0474
chr2L	14211466	14211672	chr2L:14211467-14211672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0317	0.0418	0.034	0.0233	0.0311	0.0458	0.03	0.0233	0.0477	0.0508	0.0477	0.0449	0.0345	0.0438	0.0345	0.0474
chr2L	14212359	14212553	chr2L:14212360-14212553	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0252	0.0127	0.0249	0.0394	0.0106	0.016	0.0156	0.0093	0.0106	0.0332	0.0235	0.0332	0.0302	0.0452	0.04	0.0452	0.0589
chr2L	14212643	14212830	chr2L:14212644-14212830	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0306	0.0151	0.0316	0.0469	0.0117	0.0214	0.0164	0.0147	0.0117	0.0405	0.0293	0.0405	0.0418	0.0368	0.0587	0.0368	0.0683
chr2L	14213001	14213152	chr2L:14213002-14213152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0174	0.0227	0.0295	0.0074	0.016	0.026	0.0193	0.0074	0.035	0.0232	0.035	0.0248	0.0207	0.0413	0.0207	0.0474
chr2L	14213177	14213328	chr2L:14213178-14213328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0238	0.0174	0.0249	0.0297	0.0138	0.0184	0.0225	0.0193	0.0138	0.0344	0.0267	0.0344	0.0263	0.0276	0.0322	0.0276	0.0448
chr2L	14214013	14214309	chr2L:14214014-14214309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.027	0.0244	0.0301	0.0266	0.0148	0.0233	0.035	0.0247	0.0148	0.0501	0.0254	0.0501	0.0356	0.026	0.0309	0.026	0.0433
chr2L	14216533	14216684	chr2L:14216534-14216684	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0138	0.0181	0.0274	0.0095	0.0141	0.0221	0.0113	0.0095	0.0175	0.0167	0.0175	0.0356	0.0184	0.0103	0.0184	0.0698
chr2L	14218050	14218201	chr2L:14218051-14218201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0127	0.0093	0.0113	0.0181	0.0053	0.0083	0.0143	0.0107	0.0053	0.0121	0.0068	0.0121	0.0163	0.0092	0.009	0.0092	0.0281
chr2L	14218807	14218958	chr2L:14218808-14218958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0145	0.0185	0.0266	0.0074	0.016	0.0212	0.012	0.0074	0.0266	0.017	0.0266	0.024	0.0191	0.0406	0.0191	0.0422
chr2L	14219506	14219657	chr2L:14219507-14219657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0207	0.0235	0.0253	0.0117	0.0214	0.0268	0.026	0.0117	0.0248	0.0203	0.0248	0.0442	0.0123	0.0258	0.0123	0.05
chr2L	14219724	14219964	chr2L:14219725-14219964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0351	0.0289	0.0345	0.0426	0.0117	0.0335	0.0389	0.0306	0.0117	0.0326	0.0296	0.0326	0.0635	0.0245	0.0438	0.0245	0.0881
chr2L	14221329	14221480	chr2L:14221330-14221480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0223	0.0269	0.0213	0.0106	0.0291	0.0281	0.0247	0.0106	0.032	0.0196	0.032	0.0589	0.0092	0.0181	0.0092	0.0495
chr2L	14222335	14222486	chr2L:14222336-14222486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0169	0.0201	0.0253	0.0085	0.017	0.0242	0.0193	0.0085	0.0157	0.0161	0.0157	0.0434	0.0199	0.0116	0.0199	0.0625
chr2L	14225920	14226077	chr2L:14225921-14226077	distal	distal	none	none	VT7262.1	VT7262.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0274	0.0192	0.0317	0.0318	0.0148	0.018	0.0212	0.0247	0.0148	0.0302	0.0424	0.0302	0.0318	0.0191	0.0729	0.0191	0.0328
chr2L	14226461	14226632	chr2L:14226462-14226632	distal	distal	stage11	stage11	VT7262.1	VT7262.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.0265	0.0486	0.0315	0.0201	0.0311	0.0268	0.032	0.0201	0.0272	0.0916	0.0272	0.0263	0.013	0.0825	0.013	0.0297
chr2L	14230500	14230877	chr2L:14230501-14230877	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0568	0.046	0.0749	0.049	0.017	0.0772	0.0476	0.0393	0.017	0.1135	0.0453	0.1135	0.1627	0.0383	0.0496	0.0383	0.099
chr2L	14233452	14233659	chr2L:14233453-14233659	FBgn0016930	smi35A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1292	0.1594	0.136	0.0879	0.1633	0.1403	0.1795	0.2099	0.1633	0.1691	0.1486	0.1691	0.0658	0.0842	0.0561	0.0842	0.0761
chr2L	14234018	14234205	chr2L:14234019-14234205	FBgn0016930	smi35A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2319	0.1817	0.2926	0.2214	0.1357	0.2311	0.1475	0.2612	0.1357	0.3762	0.3084	0.3762	0.2843	0.2335	0.2456	0.2335	0.2538
chr2L	14234621	14234828	chr2L:14234622-14234828	FBgn0016930	smi35A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1969	0.1636	0.2322	0.1952	0.1092	0.215	0.1652	0.1972	0.1092	0.3092	0.2383	0.3092	0.2448	0.2175	0.1902	0.2175	0.2381
chr2L	14234939	14235127	chr2L:14234940-14235127	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0673	0.0416	0.0868	0.0745	0.018	0.0684	0.0446	0.0346	0.018	0.1461	0.074	0.1461	0.1139	0.072	0.0774	0.072	0.1371
chr2L	14237830	14237990	chr2L:14237831-14237990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0321	0.0127	0.031	0.0549	0.0032	0.0155	0.0164	0.0133	0.0032	0.0296	0.0293	0.0296	0.0643	0.0322	0.0535	0.0322	0.1251
chr2L	14238113	14238295	chr2L:14238114-14238295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.037	0.0152	0.0383	0.0599	0.0042	0.0165	0.0182	0.022	0.0042	0.0405	0.0444	0.0405	0.062	0.0322	0.0735	0.0322	0.1313
chr2L	14244380	14244626	chr2L:14244381-14244626	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0279	0.0166	0.0307	0.0376	0.0021	0.0218	0.0225	0.016	0.0021	0.038	0.0341	0.038	0.0364	0.0207	0.0419	0.0207	0.038
chr2L	14245235	14245431	chr2L:14245236-14245431	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0286	0.0123	0.0359	0.0387	0.0053	0.016	0.0173	0.0093	0.0053	0.0749	0.0228	0.0749	0.055	0.0467	0.0226	0.0467	0.086
chr2L	14245539	14245690	chr2L:14245540-14245690	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0216	0.0086	0.0263	0.0311	0.0064	0.0136	0.0121	0.0033	0.0064	0.0471	0.0132	0.0471	0.0612	0.026	0.0174	0.026	0.0766
chr2L	14245742	14246049	chr2L:14245743-14246049	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0416	0.0181	0.0467	0.0622	0.0095	0.0301	0.0221	0.0127	0.0095	0.087	0.0273	0.087	0.0891	0.0689	0.0451	0.0689	0.1329
chr2L	14247034	14247185	chr2L:14247035-14247185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0149	0.0096	0.0147	0.0212	0.0011	0.0117	0.0164	0.008	0.0011	0.0386	0.0084	0.0386	0.0163	0.0773	0.0129	0.0773	0.0104
chr2L	14249283	14249434	chr2L:14249284-14249434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0112	0.0142	0.0184	0.0053	0.0121	0.0156	0.0147	0.0053	0.0127	0.0225	0.0127	0.0124	0.0084	0.0535	0.0084	0.013
chr2L	14251870	14252070	chr2L:14251871-14252070	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0634	0.0527	0.0773	0.06	0.0286	0.0646	0.0649	0.0533	0.0286	0.1014	0.0958	0.1014	0.0798	0.072	0.0716	0.072	0.098
chr2L	14252354	14252528	chr2L:14252355-14252528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0944	0.0788	0.1128	0.0918	0.0509	0.0883	0.0861	0.1053	0.0509	0.1606	0.1209	0.1606	0.1162	0.1095	0.1161	0.1095	0.1464
chr2L	14252684	14252884	chr2L:14252685-14252884	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.085	0.0847	0.1013	0.0674	0.0488	0.0927	0.0978	0.1146	0.0488	0.1371	0.1174	0.1371	0.103	0.0904	0.0825	0.0904	0.0964
chr2L	14252936	14253333	chr2L:14252937-14253333	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0548	0.0765	0.0585	0.0265	0.0297	0.0728	0.0939	0.1226	0.0297	0.0731	0.0746	0.0731	0.0503	0.0314	0.0348	0.0314	0.0344
chr2L	14254074	14254225	chr2L:14254075-14254225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0358	0.0181	0.0093	0.0233	0.0311	0.0437	0.0513	0.0233	0.0229	0.0235	0.0229	0.0155	0.0115	0.0129	0.0115	0.0109
chr2L	14257502	14257653	chr2L:14257503-14257653	distal	distal	none	none	VT7280.1	VT7280.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.009	0.0184	0.015	0.0011	0.0121	0.013	0.0093	0.0011	0.0278	0.0264	0.0278	0.0108	0.0306	0.0148	0.0306	0.0188
chr2L	14257693	14258066	chr2L:14257694-14258066	distal	distal	none	none	VT7280.1	VT7280.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0336	0.0189	0.041	0.0419	0.0042	0.0218	0.029	0.0193	0.0042	0.0368	0.0659	0.0368	0.0302	0.0375	0.0593	0.0375	0.0677
chr2L	14258499	14258782	chr2L:14258500-14258782	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0375	0.028	0.0624	0.0206	0.0074	0.0364	0.0324	0.0353	0.0074	0.0417	0.117	0.0417	0.0248	0.0069	0.0554	0.0069	0.0208
chr2L	14258830	14259018	chr2L:14258831-14259018	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0196	0.044	0.0156	0.0042	0.0214	0.0229	0.0273	0.0042	0.035	0.081	0.035	0.0139	0.0077	0.0419	0.0077	0.0135
chr2L	14261096	14261400	chr2L:14261097-14261400	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0729	0.1042	0.0901	0.0192	0.0456	0.1112	0.1211	0.1612	0.0456	0.1256	0.1334	0.1256	0.0232	0.0153	0.0206	0.0153	0.0099
chr2L	14262048	14262421	chr2L:14262049-14262421	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1209	0.2299	0.0999	0.0223	0.1644	0.185	0.2794	0.3511	0.1644	0.0543	0.1711	0.0543	0.0844	0.0222	0.0393	0.0222	0.0193
chr2L	14262645	14262851	chr2L:14262646-14262851	FBgn0261563	wb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0624	0.0844	0.0702	0.0294	0.0636	0.0772	0.1068	0.1126	0.0636	0.0755	0.0977	0.0755	0.0713	0.0398	0.0438	0.0398	0.036
chr2L	14262959	14263147	chr2L:14262960-14263147	FBgn0261563	wb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.157	0.1601	0.2003	0.1061	0.1124	0.1665	0.1799	0.2245	0.1124	0.2687	0.2466	0.2687	0.2184	0.16	0.1373	0.16	0.1485
chr2L	14265059	14265253	chr2L:14265060-14265253	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0891	0.113	0.1291	0.0185	0.0308	0.2034	0.0536	0.1759	0.0308	0.212	0.1733	0.212	0.0372	0.0191	0.0348	0.0191	0.013
chr2L	14266285	14266594	chr2L:14266286-14266594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0445	0.0369	0.0532	0.0434	0.0233	0.0544	0.032	0.0433	0.0233	0.0296	0.0585	0.0296	0.1247	0.0345	0.0677	0.0345	0.0688
chr2L	14266730	14266881	chr2L:14266731-14266881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0182	0.0225	0.0174	0.0117	0.0194	0.0208	0.0227	0.0117	0.0139	0.0312	0.0139	0.0341	0.0069	0.0406	0.0069	0.0224
chr2L	14267507	14267658	chr2L:14267508-14267658	distal	distal	none	none	Unspecified_6028	Unspecified_6028	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0167	0.0335	0.028	0.0053	0.0223	0.0195	0.0193	0.0053	0.0229	0.0431	0.0229	0.0573	0.0276	0.0471	0.0276	0.0349
chr2L	14267839	14268097	chr2L:14267840-14268097	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0561	0.0314	0.0698	0.0688	0.0106	0.0427	0.0355	0.0373	0.0106	0.0465	0.0785	0.0465	0.1565	0.0398	0.1038	0.0398	0.1271
chr2L	14268729	14268992	chr2L:14268730-14268992	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0447	0.0375	0.0609	0.0348	0.0117	0.0451	0.045	0.048	0.0117	0.032	0.0688	0.032	0.1464	0.0214	0.0477	0.0214	0.0651
chr2L	14273506	14273657	chr2L:14273507-14273657	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0206	0.0166	0.0311	0.0135	0.0053	0.0233	0.0182	0.0213	0.0053	0.0229	0.0354	0.0229	0.0643	0.0084	0.0271	0.0084	0.012
chr2L	14273680	14273837	chr2L:14273681-14273837	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0238	0.0162	0.0379	0.0167	0.0064	0.0238	0.0143	0.0247	0.0064	0.0266	0.0457	0.0266	0.0767	0.0061	0.0413	0.0061	0.0167
chr2L	14273901	14274136	chr2L:14273902-14274136	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0269	0.0221	0.0368	0.0213	0.0053	0.0248	0.032	0.0253	0.0053	0.0254	0.0537	0.0254	0.0503	0.0123	0.0548	0.0123	0.0177
chr2L	14274185	14274344	chr2L:14274186-14274344	FBgn0052971	CG32971	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0184	0.0294	0.0141	0.0074	0.0223	0.0255	0.0207	0.0074	0.0223	0.0412	0.0223	0.0403	0.0092	0.0361	0.0092	0.0099
chr2L	14280462	14280667	chr2L:14280463-14280667	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0336	0.0223	0.0393	0.0398	0.0095	0.0296	0.0229	0.0293	0.0095	0.0501	0.0431	0.0501	0.0534	0.0949	0.0438	0.0949	0.0334
chr2L	14280743	14280985	chr2L:14280744-14280985	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0288	0.04	0.038	0.017	0.0316	0.0355	0.034	0.017	0.0423	0.0531	0.0423	0.0395	0.0643	0.0522	0.0643	0.0344
chr2L	14282904	14283282	chr2L:14282905-14283282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0409	0.0375	0.0566	0.0276	0.0085	0.051	0.0385	0.0513	0.0085	0.0417	0.0656	0.0417	0.1154	0.0191	0.06	0.0191	0.0276
chr2L	14284760	14284970	chr2L:14284761-14284970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0323	0.0444	0.0188	0.0148	0.0466	0.0363	0.028	0.0148	0.0302	0.0363	0.0302	0.1348	0.0123	0.0142	0.0123	0.0406
chr2L	14285138	14285289	chr2L:14285139-14285289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0345	0.026	0.0141	0.017	0.0282	0.0545	0.036	0.017	0.0175	0.0264	0.0175	0.0635	0.0077	0.0181	0.0077	0.0245
chr2L	14285415	14285566	chr2L:14285416-14285566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0188	0.0283	0.018	0.0089	0.0138	0.0223	0.0454	0.0333	0.0138	0.0103	0.0203	0.0103	0.0333	0.0054	0.0123	0.0054	0.0109
chr2L	14287531	14287865	chr2L:14287532-14287865	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0457	0.0646	0.0379	0.0223	0.051	0.058	0.05	0.0223	0.0803	0.0704	0.0803	0.0705	0.0391	0.0464	0.0391	0.0485
chr2L	14287972	14288148	chr2L:14287973-14288148	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.11	0.098	0.1405	0.0901	0.0742	0.116	0.1068	0.1159	0.0742	0.16	0.163	0.16	0.1456	0.0888	0.1135	0.0888	0.1157
chr2L	14288256	14288487	chr2L:14288257-14288487	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0505	0.0462	0.0641	0.0404	0.0308	0.0495	0.0562	0.0533	0.0308	0.0731	0.0736	0.0731	0.0658	0.0459	0.0438	0.0459	0.0511
chr2L	14292885	14293048	chr2L:14292886-14293048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0092	0.0253	0.0235	0.0032	0.0131	0.0108	0.0073	0.0032	0.0362	0.0309	0.0362	0.0201	0.0329	0.0226	0.0329	0.0427
chr2L	14294036	14294262	chr2L:14294037-14294262	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0426	0.0547	0.0255	0.0138	0.0578	0.0394	0.0646	0.0138	0.0731	0.0627	0.0731	0.0534	0.023	0.0335	0.023	0.0307
chr2L	14294361	14294622	chr2L:14294362-14294622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0309	0.027	0.0485	0.016	0.0127	0.0364	0.0255	0.038	0.0127	0.0731	0.0637	0.0731	0.0225	0.0153	0.0348	0.0153	0.0135
chr2L	14298862	14299013	chr2L:14298863-14299013	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0185	0.0138	0.0193	0.0228	0.0032	0.0121	0.0225	0.014	0.0032	0.0223	0.0248	0.0223	0.017	0.0536	0.0206	0.0536	0.0219
chr2L	14300646	14300797	chr2L:14300647-14300797	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0284	0.0416	0.0386	0.0138	0.0345	0.0355	0.0286	0.0138	0.0435	0.0534	0.0435	0.0534	0.0436	0.0613	0.0436	0.0505
chr2L	14300861	14301048	chr2L:14300862-14301048	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0219	0.0515	0.0771	0.0138	0.0267	0.0251	0.026	0.0138	0.0417	0.0688	0.0417	0.0744	0.0842	0.1431	0.0842	0.098
chr2L	14302576	14302727	chr2L:14302577-14302727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0141	0.0113	0.0171	0.0138	0.0042	0.0165	0.013	0.0127	0.0042	0.0133	0.0215	0.0133	0.0287	0.01	0.0316	0.01	0.0141
chr2L	14303634	14303917	chr2L:14303635-14303917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0354	0.0297	0.0157	0.0106	0.0413	0.0394	0.0446	0.0106	0.0284	0.0434	0.0284	0.0279	0.0115	0.0322	0.0115	0.0151
chr2L	14306546	14306697	chr2L:14306547-14306697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0157	0.015	0.017	0.0042	0.015	0.0242	0.0153	0.0042	0.0169	0.0174	0.0169	0.0178	0.0153	0.0419	0.0153	0.0115
chr2L	14306726	14306877	chr2L:14306727-14306877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0127	0.0113	0.0128	0.0141	0.0042	0.0097	0.0186	0.0093	0.0042	0.0121	0.0164	0.0121	0.017	0.0092	0.0406	0.0092	0.0094
chr2L	14308271	14308482	chr2L:14308272-14308482	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0568	0.0496	0.0654	0.0556	0.0318	0.0539	0.0597	0.0553	0.0318	0.0725	0.0823	0.0725	0.0829	0.0773	0.0767	0.0773	0.0698
chr2L	14308727	14308939	chr2L:14308728-14308939	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0498	0.053	0.0546	0.0411	0.0329	0.0461	0.0727	0.064	0.0329	0.058	0.0672	0.058	0.0713	0.0567	0.0574	0.0567	0.0495
chr2L	14334043	14334236	chr2L:14334044-14334236	FBgn0028916	CG33090	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.071	0.0198	0.0984	0.0982	0.0095	0.0306	0.0182	0.0253	0.0095	0.1135	0.1219	0.1135	0.1255	0.1462	0.1173	0.1462	0.1292
chr2L	14334395	14334623	chr2L:14334396-14334623	FBgn0028916	CG33090	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0405	0.0204	0.052	0.0501	0.0095	0.0262	0.0272	0.0193	0.0095	0.0676	0.0592	0.0676	0.0728	0.0812	0.058	0.0812	0.062
chr2L	14334978	14335160	chr2L:14334979-14335160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.023	0.0221	0.0305	0.0157	0.0106	0.0238	0.029	0.026	0.0106	0.0411	0.0363	0.0411	0.0279	0.0329	0.0129	0.0329	0.0078
chr2L	14336500	14336651	chr2L:14336501-14336651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0128	0.0121	0.0141	0.0121	0.0032	0.0141	0.0186	0.0113	0.0032	0.0145	0.018	0.0145	0.0194	0.0054	0.0071	0.0054	0.0261
chr2L	14337294	14337536	chr2L:14337295-14337536	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.0165	0.0256	0.0201	0.0042	0.0194	0.026	0.0133	0.0042	0.0513	0.0244	0.0513	0.0178	0.0513	0.0135	0.0513	0.0156
chr2L	14341035	14341233	chr2L:14341036-14341233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0199	0.0115	0.0189	0.0305	0.0011	0.0131	0.0169	0.0087	0.0011	0.0205	0.0183	0.0205	0.0302	0.0398	0.0316	0.0398	0.0386
chr2L	14342610	14342761	chr2L:14342611-14342761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0156	0.0162	0.0192	0.0111	0.0053	0.0184	0.0225	0.018	0.0053	0.0145	0.0203	0.0145	0.0356	0.0138	0.0064	0.0138	0.0172
chr2L	14348307	14348641	chr2L:14348308-14348641	FBgn0028530	mTTF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0713	0.0902	0.0643	0.0509	0.0791	0.0895	0.0793	0.0509	0.1081	0.101	0.1081	0.0844	0.0758	0.0677	0.0758	0.0761
chr2L	14348727	14348915	chr2L:14348728-14348915	FBgn0028530	mTTF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1018	0.0916	0.1256	0.0869	0.052	0.1049	0.1094	0.1126	0.052	0.154	0.146	0.154	0.1131	0.0896	0.0883	0.0896	0.1183
chr2L	14348982	14349166	chr2L:14348983-14349166	FBgn0028530	mTTF	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0299	0.0464	0.029	0.0095	0.0364	0.042	0.0306	0.0095	0.0628	0.0479	0.0628	0.048	0.0268	0.0297	0.0268	0.0417
chr2L	14349264	14349415	chr2L:14349265-14349415	FBgn0028530	mTTF	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0222	0.0303	0.0132	0.0127	0.0223	0.032	0.0253	0.0127	0.0362	0.0354	0.0362	0.0248	0.013	0.0148	0.013	0.0146
chr2L	14350845	14350996	chr2L:14350846-14350996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0178	0.0152	0.0212	0.017	0.0032	0.0175	0.0186	0.0167	0.0032	0.0193	0.0302	0.0193	0.0201	0.0092	0.0458	0.0092	0.0151
chr2L	14355046	14355249	chr2L:14355047-14355249	FBgn0015791,FBgn0261535	Rab14,l(2)34Fd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1934	0.1758	0.2324	0.1702	0.1389	0.1903	0.2059	0.2139	0.1389	0.2748	0.2521	0.2748	0.2386	0.1753	0.1876	0.1753	0.197
chr2L	14355303	14355501	chr2L:14355304-14355501	FBgn0015791,FBgn0261535	Rab14,l(2)34Fd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1587	0.1327	0.1949	0.1479	0.0933	0.1704	0.1293	0.1659	0.0933	0.2428	0.2093	0.2428	0.2006	0.1715	0.156	0.1715	0.172
chr2L	14355513	14355690	chr2L:14355514-14355690	FBgn0015791,FBgn0261535	Rab14,l(2)34Fd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1159	0.0891	0.1418	0.1175	0.0435	0.1175	0.0917	0.1106	0.0435	0.1643	0.1463	0.1643	0.1387	0.1026	0.0941	0.1026	0.1464
chr2L	14356426	14356577	chr2L:14356427-14356577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0296	0.0249	0.035	0.029	0.0117	0.0335	0.0272	0.032	0.0117	0.035	0.0338	0.035	0.0573	0.0214	0.02	0.0214	0.0589
chr2L	14356924	14357135	chr2L:14356925-14357135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0392	0.0285	0.05	0.0394	0.0064	0.0388	0.0324	0.0366	0.0064	0.0405	0.0428	0.0405	0.1208	0.0214	0.0284	0.0214	0.0839
chr2L	14358928	14359089	chr2L:14358929-14359089	FBgn0001970	Pgant35A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0712	0.0648	0.0815	0.067	0.0382	0.0786	0.0753	0.0773	0.0382	0.0978	0.0916	0.0978	0.0775	0.0796	0.0748	0.0796	0.0672
chr2L	14359180	14359356	chr2L:14359181-14359356	FBgn0001970	Pgant35A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0954	0.0837	0.1161	0.0858	0.053	0.0917	0.1055	0.0973	0.053	0.1322	0.135	0.1322	0.1139	0.1011	0.098	0.1011	0.0933
chr2L	14361974	14362143	chr2L:14361975-14362143	FBgn0015546	spel1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0804	0.0951	0.0816	0.0627	0.0647	0.0961	0.1138	0.1179	0.0647	0.0936	0.0884	0.0936	0.0674	0.072	0.0638	0.072	0.0776
chr2L	14362246	14362397	chr2L:14362247-14362397	FBgn0015546	spel1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0376	0.0429	0.0398	0.0294	0.0233	0.0374	0.0558	0.056	0.0233	0.0465	0.0408	0.0465	0.0403	0.0268	0.0329	0.0268	0.0396
chr2L	14367138	14367289	chr2L:14367139-14367289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0241	0.027	0.0146	0.0074	0.0277	0.0303	0.0293	0.0074	0.0211	0.0421	0.0211	0.0186	0.0115	0.0316	0.0115	0.0104
chr2L	14368746	14368897	chr2L:14368747-14368897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0203	0.0208	0.0275	0.0117	0.0064	0.0209	0.0303	0.0253	0.0064	0.026	0.0305	0.026	0.0418	0.0031	0.0161	0.0031	0.0177
chr2L	14376530	14376755	chr2L:14376531-14376755	distal	distal	none	none	VT7342.1	VT7342.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0262	0.0219	0.0341	0.0221	0.0064	0.018	0.0342	0.0293	0.0064	0.032	0.0469	0.032	0.0294	0.0375	0.0245	0.0375	0.0198
chr2L	14377209	14377360	chr2L:14377210-14377360	distal	distal	none	none	VT7342.1	VT7342.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0166	0.0146	0.0189	0.0164	0.0064	0.0131	0.0225	0.018	0.0064	0.0193	0.0244	0.0193	0.0132	0.0299	0.0168	0.0299	0.0208
chr2L	14377363	14377514	chr2L:14377364-14377514	distal	distal	none	none	VT7342.1	VT7342.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0223	0.0188	0.0251	0.023	0.0085	0.0238	0.0285	0.016	0.0085	0.0248	0.035	0.0248	0.0209	0.0398	0.0245	0.0398	0.0245
chr2L	14379032	14379183	chr2L:14379033-14379183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.016	0.0206	0.0194	0.0072	0.0127	0.0218	0.0212	0.032	0.0127	0.0229	0.0293	0.0229	0.007	0.0061	0.0116	0.0061	0.0047
chr2L	14381897	14382048	chr2L:14381898-14382048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0175	0.0283	0.016	0.0071	0.0127	0.0218	0.0316	0.0533	0.0127	0.0157	0.0206	0.0157	0.0062	0.0092	0.0077	0.0092	0.0063
chr2L	14383737	14383888	chr2L:14383738-14383888	distal	distal	stage5	stage5	VT7346.1	VT7346.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0502	0.0208	0.0086	0.053	0.0262	0.0705	0.0746	0.053	0.0151	0.0215	0.0151	0.0139	0.0038	0.0052	0.0038	0.0068
chr2L	14383928	14384111	chr2L:14383929-14384111	distal	distal	stage5	stage5	VT7346.1	VT7346.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0943	0.0226	0.0113	0.0944	0.0364	0.1324	0.1552	0.0944	0.0151	0.0296	0.0151	0.0108	0.013	0.0097	0.013	0.0078
chr2L	14387972	14388123	chr2L:14387973-14388123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0135	0.0188	0.0143	0.0085	0.0131	0.0173	0.0173	0.0085	0.0254	0.0209	0.0254	0.0186	0.0352	0.0142	0.0352	0.0078
chr2L	14388319	14388470	chr2L:14388320-14388470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0132	0.0156	0.0234	0.0127	0.0146	0.0151	0.016	0.0127	0.0236	0.0158	0.0236	0.0139	0.0666	0.0239	0.0666	0.013
chr2L	14390130	14390281	chr2L:14390131-14390281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0173	0.0137	0.0189	0.0196	0.0053	0.0141	0.0234	0.0127	0.0053	0.0151	0.026	0.0151	0.0209	0.0092	0.0387	0.0092	0.0151
chr2L	14394339	14394610	chr2L:14394340-14394610	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT7351.1	VT7351.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0552	0.0738	0.049	0.0414	0.0498	0.0665	0.1016	0.0893	0.0498	0.0429	0.0518	0.0429	0.0511	0.026	0.0374	0.026	0.0667
chr2L	14396293	14396698	chr2L:14396294-14396698	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0278	0.0177	0.0272	0.0397	0.0095	0.0175	0.0272	0.0173	0.0095	0.0248	0.037	0.0248	0.0263	0.0536	0.0484	0.0536	0.0422
chr2L	14397962	14398113	chr2L:14397963-14398113	distal	distal	none	none	VT7354.1	VT7354.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0136	0.0284	0.0177	0.0021	0.0165	0.0173	0.0193	0.0021	0.0362	0.0322	0.0362	0.0271	0.0222	0.0187	0.0222	0.0151
chr2L	14398167	14398417	chr2L:14398168-14398417	distal	distal	stage11	stage11	VT7354.1	VT7354.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0307	0.0221	0.0409	0.0292	0.0106	0.0228	0.0324	0.0247	0.0106	0.0519	0.0463	0.0519	0.0395	0.0421	0.0355	0.0421	0.025
chr2L	14402778	14402929	chr2L:14402779-14402929	distal	distal	stage5	stage5	VT7356.1,VT7357.1	VT7356.1,VT7357.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0186	0.0223	0.0213	0.0127	0.0155	0.0199	0.03	0.0127	0.0193	0.0248	0.0193	0.031	0.0322	0.0161	0.0322	0.0344
chr2L	14403639	14403866	chr2L:14403640-14403866	distal	distal	stage14	stage14	VT7357.1,elB_ae12	VT7357.1,elB_ae12	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0262	0.0116	0.0256	0.0432	0.0053	0.0146	0.0164	0.012	0.0053	0.0109	0.0267	0.0109	0.0658	0.0115	0.0445	0.0115	0.1063
chr2L	14404105	14404275	chr2L:14404106-14404275	distal	distal	stage14	stage14	VT7357.1,VT7358.1,elB_ae12	VT7357.1,VT7358.1,elB_ae12	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0118	0.0204	0.0276	0.0064	0.0126	0.0177	0.012	0.0064	0.0139	0.0241	0.0139	0.0349	0.0161	0.0335	0.0161	0.0526
chr2L	14408512	14408663	chr2L:14408513-14408663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0239	0.0166	0.0244	0.0316	0.0085	0.018	0.0234	0.0187	0.0085	0.0145	0.0331	0.0145	0.0287	0.0161	0.0303	0.0161	0.025
chr2L	14409027	14409178	chr2L:14409028-14409178	FBgn0004858	elB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0259	0.0146	0.0283	0.0359	0.0095	0.0155	0.0216	0.0133	0.0095	0.0175	0.0421	0.0175	0.0248	0.0368	0.0496	0.0368	0.0349
chr2L	14409527	14409781	chr2L:14409528-14409781	FBgn0004858	elB	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1171	0.0269	0.1334	0.2001	0.0053	0.0539	0.0195	0.0293	0.0053	0.0749	0.1859	0.0749	0.189	0.2366	0.2237	0.2366	0.21
chr2L	14410360	14410631	chr2L:14410361-14410631	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0758	0.0228	0.0821	0.1281	0.0085	0.0369	0.0264	0.0207	0.0085	0.1159	0.091	0.1159	0.0914	0.2144	0.1547	0.2144	0.1271
chr2L	14411724	14411875	chr2L:14411725-14411875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0092	0.0089	0.0167	0.0053	0.0087	0.0147	0.0107	0.0053	0.0115	0.008	0.0115	0.0077	0.0038	0.0116	0.0038	0.0063
chr2L	14417887	14418038	chr2L:14417888-14418038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0199	0.0162	0.015	0.0053	0.0175	0.0311	0.0227	0.0053	0.0181	0.0154	0.0181	0.0101	0.0069	0.0084	0.0069	0.0094
chr2L	14419098	14419249	chr2L:14419099-14419249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.019	0.0174	0.0282	0.0106	0.0053	0.0189	0.0221	0.0247	0.0053	0.0254	0.0463	0.0254	0.0116	0.0107	0.0155	0.0107	0.0047
chr2L	14420463	14420614	chr2L:14420464-14420614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0193	0.0193	0.026	0.0118	0.0042	0.0257	0.0212	0.0247	0.0042	0.0236	0.0315	0.0236	0.0178	0.0046	0.0251	0.0046	0.0125
chr2L	14420663	14420898	chr2L:14420664-14420898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0217	0.0179	0.0317	0.015	0.0053	0.0233	0.0182	0.026	0.0053	0.0248	0.0434	0.0248	0.024	0.0031	0.0361	0.0031	0.012
chr2L	14421322	14421520	chr2L:14421323-14421520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0319	0.0237	0.0171	0.0106	0.0417	0.0272	0.0533	0.0106	0.0193	0.035	0.0193	0.0085	0.0061	0.0342	0.0061	0.0073
chr2L	14422360	14422527	chr2L:14422361-14422527	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0192	0.0444	0.0412	0.0042	0.0214	0.0277	0.0207	0.0042	0.0199	0.0865	0.0199	0.0124	0.0123	0.1251	0.0123	0.0203
chr2L	14423435	14423844	chr2L:14423436-14423844	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0569	0.0484	0.0841	0.0366	0.0276	0.0646	0.0623	0.0446	0.0276	0.1075	0.0826	0.1075	0.0418	0.0329	0.0245	0.0329	0.0167
chr2L	14428679	14428830	chr2L:14428680-14428830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0238	0.0369	0.011	0.0095	0.0306	0.0277	0.028	0.0095	0.0531	0.0473	0.0531	0.0163	0.0092	0.0174	0.0092	0.0115
chr2L	14428914	14429125	chr2L:14428915-14429125	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0345	0.0308	0.0534	0.0178	0.0117	0.0451	0.0303	0.0386	0.0117	0.0827	0.0711	0.0827	0.0201	0.013	0.0316	0.013	0.0151
chr2L	14429180	14429345	chr2L:14429181-14429345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0206	0.0402	0.0174	0.0074	0.0233	0.0234	0.0293	0.0074	0.0423	0.0656	0.0423	0.0139	0.0084	0.0458	0.0084	0.0141
chr2L	14429817	14430027	chr2L:14429818-14430027	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0563	0.0796	0.0647	0.021	0.0361	0.0772	0.08	0.1519	0.0361	0.0531	0.0926	0.0531	0.0217	0.0092	0.0335	0.0092	0.0099
chr2L	14430056	14430207	chr2L:14430057-14430207	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0596	0.0506	0.017	0.0212	0.0684	0.0558	0.1079	0.0212	0.035	0.0682	0.035	0.0232	0.0092	0.0232	0.0092	0.0057
chr2L	14430219	14430727	chr2L:14430220-14430727	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0972	0.1461	0.1075	0.0312	0.0827	0.1777	0.1337	0.2245	0.0827	0.0809	0.1341	0.0809	0.0558	0.013	0.0361	0.013	0.012
chr2L	14431567	14431797	chr2L:14431568-14431797	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0954	0.1452	0.1173	0.0157	0.0742	0.1748	0.1332	0.2245	0.0742	0.1178	0.1563	0.1178	0.0225	0.0031	0.0213	0.0031	0.0052
chr2L	14432505	14432664	chr2L:14432506-14432664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0338	0.0356	0.0457	0.0188	0.0159	0.0422	0.035	0.062	0.0159	0.0423	0.0617	0.0423	0.048	0.0222	0.0361	0.0222	0.0094
chr2L	14432882	14433077	chr2L:14432883-14433077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0385	0.044	0.0508	0.0188	0.0127	0.0495	0.0528	0.064	0.0127	0.0459	0.063	0.0459	0.0527	0.0184	0.0335	0.0184	0.0104
chr2L	14434269	14434463	chr2L:14434270-14434463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0506	0.0644	0.066	0.0182	0.0297	0.0937	0.0597	0.0859	0.0297	0.0888	0.0601	0.0888	0.0604	0.0107	0.0135	0.0107	0.0109
chr2L	14434530	14434769	chr2L:14434531-14434769	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0791	0.0973	0.1072	0.028	0.0445	0.1743	0.0792	0.0979	0.0445	0.1703	0.0907	0.1703	0.0883	0.023	0.0213	0.023	0.0219
chr2L	14435848	14436060	chr2L:14435849-14436060	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Cpr35B_6285	Cpr35B_6285	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1332	0.1955	0.1674	0.0262	0.1591	0.215	0.1696	0.3005	0.1591	0.2301	0.2399	0.2301	0.0387	0.0153	0.0335	0.0153	0.0115
chr2L	14436076	14436381	chr2L:14436077-14436381	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Cpr35B_6285	Cpr35B_6285	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1441	0.2496	0.1456	0.0246	0.246	0.2388	0.2474	0.3611	0.246	0.1667	0.2145	0.1667	0.0294	0.0153	0.0303	0.0153	0.0073
chr2L	14438803	14438954	chr2L:14438804-14438954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0133	0.0367	0.0199	0.0053	0.0141	0.0195	0.016	0.0053	0.0483	0.0437	0.0483	0.0318	0.0214	0.0271	0.0214	0.0208
chr2L	14438973	14439151	chr2L:14438974-14439151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0238	0.048	0.0312	0.0127	0.0252	0.0311	0.0273	0.0127	0.0556	0.0524	0.0556	0.0565	0.0268	0.0322	0.0268	0.0448
chr2L	14439879	14440058	chr2L:14439880-14440058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0455	0.0795	0.0406	0.013	0.0689	0.0636	0.1021	0.1059	0.0689	0.0393	0.0556	0.0393	0.0163	0.01	0.0135	0.01	0.0094
chr2L	14442030	14442181	chr2L:14442031-14442181	distal	distal	none	none	VT7378.1	VT7378.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0429	0.0619	0.017	0.0308	0.0461	0.0489	0.0533	0.0308	0.055	0.0814	0.055	0.0364	0.013	0.0161	0.013	0.0229
chr2L	14442278	14442823	chr2L:14442279-14442823	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7378.1	VT7378.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1219	0.1281	0.1614	0.0714	0.106	0.1388	0.1587	0.1359	0.106	0.1431	0.2035	0.1431	0.1162	0.0781	0.0683	0.0781	0.0677
chr2L	14442904	14443055	chr2L:14442905-14443055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0379	0.041	0.0306	0.035	0.0325	0.0558	0.0353	0.035	0.0411	0.0531	0.0411	0.0294	0.0436	0.0245	0.0436	0.0349
chr2L	14443848	14444175	chr2L:14443849-14444175	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1473	0.2344	0.1565	0.04	0.1803	0.2714	0.2336	0.3145	0.1803	0.25	0.1605	0.25	0.0364	0.0406	0.0393	0.0406	0.0193
chr2L	14444884	14445134	chr2L:14444885-14445134	distal	distal	stage14	stage14	Unspecified_6051	Unspecified_6051	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0743	0.0643	0.0944	0.0634	0.0286	0.0898	0.0636	0.0859	0.0286	0.1842	0.1019	0.1842	0.0349	0.1815	0.0374	0.1815	0.0354
chr2L	14445620	14445847	chr2L:14445621-14445847	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1066	0.2086	0.0819	0.0196	0.1866	0.1864	0.2409	0.2898	0.1866	0.0821	0.1286	0.0821	0.0178	0.0168	0.0123	0.0168	0.0063
chr2L	14445870	14446320	chr2L:14445871-14446320	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_6053	Unspecified_6053	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1524	0.2555	0.1431	0.0475	0.1898	0.285	0.2202	0.4144	0.1898	0.2126	0.1743	0.2126	0.0263	0.023	0.0161	0.023	0.0063
chr2L	14446570	14446810	chr2L:14446571-14446810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0704	0.089	0.0836	0.0351	0.035	0.1442	0.061	0.1279	0.035	0.1141	0.091	0.1141	0.0349	0.0123	0.0213	0.0123	0.0135
chr2L	14447607	14447865	chr2L:14447608-14447865	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0626	0.0966	0.0591	0.0285	0.0159	0.1549	0.0575	0.1692	0.0159	0.0894	0.0579	0.0894	0.0101	0.0084	0.0129	0.0084	0.0063
chr2L	14447914	14448065	chr2L:14447915-14448065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0367	0.056	0.0363	0.0157	0.017	0.0728	0.0515	0.0846	0.017	0.0393	0.0363	0.0393	0.0116	0.0061	0.0071	0.0061	0.0063
chr2L	14448897	14449089	chr2L:14448898-14449089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0404	0.04	0.0572	0.0223	0.017	0.0636	0.0333	0.0546	0.017	0.0652	0.0907	0.0652	0.0201	0.0375	0.0471	0.0375	0.0125
chr2L	14450030	14450246	chr2L:14450031-14450246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0507	0.0336	0.0807	0.0369	0.0095	0.0393	0.0359	0.0533	0.0095	0.07	0.135	0.07	0.0372	0.0551	0.0761	0.0551	0.0172
chr2L	14450264	14450520	chr2L:14450265-14450520	FBgn0028844	CG15283	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0666	0.0492	0.108	0.0405	0.0159	0.0587	0.051	0.0773	0.0159	0.0918	0.1746	0.0918	0.0674	0.0536	0.0677	0.0536	0.0292
chr2L	14451169	14451320	chr2L:14451170-14451320	FBgn0028844	CG15283	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0276	0.0252	0.0409	0.0159	0.0095	0.0437	0.0225	0.0286	0.0095	0.0707	0.0505	0.0707	0.017	0.0123	0.0335	0.0123	0.0125
chr2L	14453100	14453724	chr2L:14453101-14453724	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1208	0.0943	0.1754	0.0905	0.0414	0.1209	0.0978	0.1239	0.0414	0.2065	0.2711	0.2065	0.0511	0.1677	0.1883	0.1677	0.0276
chr2L	14454208	14454605	chr2L:14454209-14454605	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0916	0.0661	0.1178	0.0915	0.0297	0.0757	0.0796	0.0859	0.0297	0.0839	0.0926	0.0839	0.0442	0.0299	0.0496	0.0299	0.0406
chr2L	14455154	14455431	chr2L:14455155-14455431	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0594	0.0536	0.069	0.0554	0.0255	0.0612	0.0532	0.0853	0.0255	0.0525	0.0547	0.0525	0.0395	0.0069	0.0206	0.0069	0.0234
chr2L	14455490	14455914	chr2L:14455491-14455914	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0652	0.0834	0.068	0.0419	0.0541	0.0791	0.0718	0.1539	0.0541	0.0537	0.0521	0.0537	0.0333	0.013	0.0232	0.013	0.0172
chr2L	14456485	14456692	chr2L:14456486-14456692	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0534	0.0449	0.0723	0.0422	0.0223	0.0422	0.0692	0.044	0.0223	0.0839	0.1023	0.0839	0.0349	0.0398	0.0696	0.0398	0.0448
chr2L	14456847	14457075	chr2L:14456848-14457075	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0522	0.0338	0.0645	0.0595	0.0106	0.0437	0.0454	0.0326	0.0106	0.0676	0.09	0.0676	0.0442	0.0697	0.0787	0.0697	0.0651
chr2L	14458015	14458207	chr2L:14458016-14458207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0351	0.0262	0.0464	0.0326	0.0053	0.0398	0.0247	0.038	0.0053	0.0894	0.0376	0.0894	0.0232	0.0429	0.0309	0.0429	0.0172
chr2L	14459409	14459846	chr2L:14459410-14459846	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0979	0.1196	0.1223	0.0469	0.0594	0.1743	0.1003	0.1599	0.0594	0.0996	0.146	0.0996	0.0713	0.0184	0.0329	0.0184	0.0302
chr2L	14460727	14460878	chr2L:14460728-14460878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0166	0.0355	0.0181	0.0032	0.0223	0.0182	0.0213	0.0032	0.0308	0.0592	0.0308	0.0178	0.0084	0.0426	0.0084	0.0099
chr2L	14460997	14461184	chr2L:14460998-14461184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0408	0.0294	0.0673	0.0246	0.0117	0.0476	0.026	0.0333	0.0117	0.0713	0.083	0.0713	0.0829	0.0222	0.0542	0.0222	0.0109
chr2L	14461381	14461654	chr2L:14461382-14461654	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0545	0.0563	0.0854	0.0185	0.0244	0.085	0.0316	0.1006	0.0244	0.0936	0.108	0.0936	0.103	0.0069	0.0477	0.0069	0.0115
chr2L	14461680	14461996	chr2L:14461681-14461996	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0573	0.0879	0.0647	0.015	0.0626	0.0971	0.064	0.1659	0.0626	0.0694	0.091	0.0694	0.0488	0.0092	0.0329	0.0092	0.0068
chr2L	14462565	14462726	chr2L:14462566-14462726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0365	0.0206	0.0618	0.0265	0.0085	0.0272	0.0225	0.0273	0.0085	0.035	0.1167	0.035	0.0248	0.0107	0.0632	0.0107	0.0224
chr2L	14463009	14463205	chr2L:14463010-14463205	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0565	0.0273	0.0966	0.0453	0.0095	0.035	0.0277	0.0433	0.0095	0.0634	0.1756	0.0634	0.0325	0.0222	0.1206	0.0222	0.0255
chr2L	14464022	14464173	chr2L:14464023-14464173	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0312	0.0259	0.0416	0.0256	0.0064	0.0296	0.0251	0.046	0.0064	0.0423	0.045	0.0423	0.0108	0.0046	0.0135	0.0046	0.0109
chr2L	14464203	14464397	chr2L:14464204-14464397	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0447	0.0405	0.0577	0.0352	0.0095	0.0481	0.0381	0.0746	0.0095	0.0507	0.0585	0.0507	0.0155	0.0107	0.0174	0.0107	0.0115
chr2L	14464428	14464665	chr2L:14464429-14464665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0528	0.0552	0.0681	0.0331	0.0212	0.0704	0.045	0.0913	0.0212	0.0628	0.0817	0.0628	0.0194	0.013	0.0226	0.013	0.0146
chr2L	14464822	14465256	chr2L:14464823-14465256	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.1361	0.085	0.0255	0.0986	0.1228	0.1099	0.2698	0.0986	0.0501	0.1347	0.0501	0.0387	0.0184	0.0355	0.0184	0.0141
chr2L	14470159	14470310	chr2L:14470160-14470310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0238	0.0288	0.0302	0.0111	0.0233	0.0306	0.0316	0.036	0.0233	0.0248	0.036	0.0248	0.0225	0.0115	0.0103	0.0115	0.0104
chr2L	14470424	14470575	chr2L:14470425-14470575	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0231	0.0258	0.0113	0.0053	0.0277	0.029	0.024	0.0053	0.029	0.0238	0.029	0.0201	0.0115	0.009	0.0115	0.0078
chr2L	14470945	14471156	chr2L:14470946-14471156	distal	distal	none	none	VT7394.1	VT7394.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0202	0.034	0.0199	0.0085	0.0204	0.0281	0.0266	0.0085	0.0386	0.0428	0.0386	0.0147	0.0391	0.0168	0.0391	0.0099
chr2L	14472463	14472755	chr2L:14472464-14472755	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7394.1,VT7395.1	VT7394.1,VT7395.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0332	0.0806	0.0351	0.0127	0.0403	0.0389	0.0446	0.0127	0.1238	0.0913	0.1238	0.0256	0.0467	0.0206	0.0467	0.0135
chr2L	14473446	14473597	chr2L:14473447-14473597	distal	distal	none	none	VT7395.1	VT7395.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.0224	0.0364	0.0134	0.0042	0.033	0.0229	0.0293	0.0042	0.035	0.0498	0.035	0.0232	0.0199	0.0161	0.0199	0.0104
chr2L	14474716	14474867	chr2L:14474717-14474867	distal	distal	stage14	stage14	VT7395.1,VT7396.1	VT7395.1,VT7396.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0147	0.0207	0.0152	0.0053	0.0204	0.0195	0.014	0.0053	0.0163	0.0277	0.0163	0.0147	0.0038	0.0355	0.0038	0.0078
chr2L	14475370	14475522	chr2L:14475371-14475522	distal	distal	none	none	VT7396.1	VT7396.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0295	0.026	0.0345	0.0279	0.0085	0.0286	0.0229	0.0513	0.0085	0.0254	0.0514	0.0254	0.0209	0.0084	0.0703	0.0084	0.0151
chr2L	14476784	14476967	chr2L:14476785-14476967	distal	distal	stage14	stage14	VT7397.1	VT7397.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0268	0.0192	0.0317	0.0298	0.0064	0.0233	0.0268	0.0213	0.0064	0.035	0.035	0.035	0.0209	0.0329	0.0245	0.0329	0.0401
chr2L	14477353	14477534	chr2L:14477354-14477534	distal	distal	stage11	stage11	VT7397.1	VT7397.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0337	0.0386	0.0343	0.0277	0.0212	0.0325	0.0631	0.0406	0.0212	0.0314	0.0469	0.0314	0.0194	0.0176	0.0419	0.0176	0.036
chr2L	14477622	14477842	chr2L:14477623-14477842	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7397.1	VT7397.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0401	0.0365	0.0491	0.0341	0.018	0.0383	0.0597	0.0306	0.018	0.0465	0.0633	0.0465	0.0356	0.0276	0.0509	0.0276	0.0391
chr2L	14477899	14478085	chr2L:14477900-14478085	distal	distal	stage14	stage14	VT7397.1,VT7398.1	VT7397.1,VT7398.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0399	0.0447	0.0505	0.023	0.0201	0.0495	0.0631	0.0473	0.0201	0.0501	0.0559	0.0501	0.0325	0.0153	0.0226	0.0153	0.0177
chr2L	14478946	14479124	chr2L:14478947-14479124	distal	distal	none	none	VT7398.1	VT7398.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0451	0.0409	0.0635	0.0298	0.0244	0.0447	0.0549	0.0466	0.0244	0.0386	0.0939	0.0386	0.0256	0.0123	0.0748	0.0123	0.0167
chr2L	14479377	14479528	chr2L:14479378-14479528	distal	distal	none	none	VT7398.1	VT7398.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0388	0.0378	0.0121	0.0286	0.0427	0.0506	0.0413	0.0286	0.035	0.0482	0.035	0.0139	0.0038	0.0161	0.0038	0.0057
chr2L	14479925	14480182	chr2L:14479926-14480182	distal	distal	none	none	VT7398.1,VT7399.1	VT7398.1,VT7399.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0664	0.0679	0.1003	0.0274	0.0223	0.0621	0.0683	0.1292	0.0223	0.0888	0.1579	0.0888	0.0349	0.0207	0.0613	0.0207	0.013
chr2L	14481071	14481288	chr2L:14481072-14481288	distal	distal	none	none	VT7399.1	VT7399.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0236	0.0327	0.0231	0.0021	0.0345	0.0294	0.0193	0.0021	0.0272	0.0257	0.0272	0.0116	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2L	14482067	14482258	chr2L:14482068-14482258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0373	0.027	0.0532	0.0312	0.0021	0.0427	0.0307	0.0273	0.0021	0.0688	0.046	0.0688	0.0333	0.013	0.0251	0.013	0.0182
chr2L	14482807	14483176	chr2L:14482808-14483176	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0885	0.0617	0.1589	0.0411	0.0148	0.1044	0.051	0.074	0.0148	0.3641	0.1691	0.3641	0.0333	0.0551	0.0658	0.0551	0.0261
chr2L	14483425	14483767	chr2L:14483426-14483767	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1124	0.1054	0.1796	0.0465	0.0392	0.1316	0.1107	0.1559	0.0392	0.2071	0.2727	0.2071	0.0573	0.0421	0.0909	0.0421	0.0292
chr2L	14484070	14484261	chr2L:14484071-14484261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0476	0.0425	0.0731	0.0253	0.0138	0.0597	0.0454	0.046	0.0138	0.1159	0.0949	0.1159	0.0209	0.0268	0.0303	0.0268	0.0125
chr2L	14485026	14485351	chr2L:14485027-14485351	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT7402.1	VT7402.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0996	0.1416	0.1171	0.0334	0.1188	0.1699	0.1579	0.1539	0.1188	0.1262	0.1698	0.1262	0.0519	0.0161	0.0677	0.0161	0.0109
chr2L	14486155	14486378	chr2L:14486156-14486378	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT7402.1	VT7402.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1016	0.1853	0.0832	0.0281	0.193	0.1408	0.2388	0.2298	0.193	0.0604	0.0859	0.0604	0.0201	0.0054	0.0155	0.0054	0.0057
chr2L	14486432	14486631	chr2L:14486433-14486631	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT7402.1	VT7402.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0854	0.1542	0.0698	0.0258	0.1516	0.135	0.1808	0.1999	0.1516	0.0471	0.065	0.0471	0.0201	0.0115	0.009	0.0115	0.0094
chr2L	14487354	14487505	chr2L:14487355-14487505	distal	distal	none	none	VT7403.1	VT7403.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0496	0.0562	0.0684	0.0216	0.0138	0.0689	0.0484	0.1026	0.0138	0.0489	0.072	0.0489	0.0217	0.0092	0.0071	0.0092	0.0094
chr2L	14489180	14489371	chr2L:14489181-14489371	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_34	Unspecified_HC_34	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0751	0.1616	0.0414	0.0155	0.1856	0.0772	0.2699	0.1659	0.1856	0.0344	0.0556	0.0344	0.0271	0.0092	0.0271	0.0092	0.0109
chr2L	14490398	14490841	chr2L:14490399-14490841	FBgn0005771	noc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.4357	0.3837	0.5217	0.3995	0.299	0.4578	0.4135	0.451	0.299	0.6486	0.5518	0.6486	0.4965	0.4686	0.4204	0.4686	0.4382
chr2L	14491071	14491285	chr2L:14491072-14491285	FBgn0005771	noc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1287	0.1314	0.1588	0.0927	0.0944	0.1621	0.1406	0.1546	0.0944	0.1806	0.1859	0.1806	0.1448	0.1194	0.1044	0.1194	0.0922
chr2L	14492145	14492296	chr2L:14492146-14492296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0608	0.0658	0.0754	0.0391	0.0212	0.0825	0.061	0.1079	0.0212	0.1099	0.0904	0.1099	0.0558	0.0827	0.0413	0.0827	0.0313
chr2L	14492397	14492586	chr2L:14492398-14492586	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0637	0.0771	0.0775	0.0334	0.0329	0.1019	0.0653	0.1186	0.0329	0.1153	0.0887	0.1153	0.0527	0.0658	0.0284	0.0658	0.0318
chr2L	14492612	14492763	chr2L:14492613-14492763	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0606	0.0704	0.0739	0.0351	0.0191	0.0961	0.0662	0.0986	0.0191	0.1069	0.0788	0.1069	0.0573	0.0697	0.0348	0.0697	0.0287
chr2L	14492806	14492957	chr2L:14492807-14492957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0584	0.0693	0.0722	0.0312	0.0212	0.0932	0.0657	0.1006	0.0212	0.0984	0.0804	0.0984	0.055	0.0498	0.0342	0.0498	0.0297
chr2L	14495117	14495268	chr2L:14495118-14495268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0489	0.035	0.0617	0.0506	0.0117	0.0515	0.0355	0.0446	0.0117	0.0809	0.063	0.0809	0.0775	0.0582	0.0451	0.0582	0.0844
chr2L	14495776	14495979	chr2L:14495777-14495979	FBgn0028882	tRNA:P:35Bd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.13	0.1184	0.1566	0.1138	0.0764	0.1471	0.1211	0.1439	0.0764	0.2162	0.173	0.2162	0.1642	0.1807	0.1219	0.1807	0.1694
chr2L	14497847	14498063	chr2L:14497848-14498063	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0984	0.0918	0.1226	0.0791	0.017	0.1641	0.0437	0.1526	0.017	0.2965	0.1177	0.2965	0.0465	0.2098	0.078	0.2098	0.0547
chr2L	14499643	14499850	chr2L:14499644-14499850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0494	0.0385	0.0637	0.0458	0.0106	0.05	0.042	0.056	0.0106	0.0628	0.0958	0.0628	0.0403	0.0559	0.0799	0.0559	0.0328
chr2L	14500022	14500173	chr2L:14500023-14500173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0332	0.0308	0.0402	0.0281	0.0064	0.0364	0.0402	0.0366	0.0064	0.0459	0.0588	0.0459	0.0209	0.0222	0.0696	0.0222	0.0198
chr2L	14500266	14500417	chr2L:14500267-14500417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0187	0.0321	0.0305	0.0032	0.0243	0.0272	0.0153	0.0032	0.035	0.0502	0.035	0.0163	0.0245	0.0799	0.0245	0.0198
chr2L	14501215	14501366	chr2L:14501216-14501366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0185	0.0188	0.0185	0.0182	0.0021	0.034	0.019	0.0167	0.0021	0.0254	0.0232	0.0254	0.0178	0.0168	0.0174	0.0168	0.0349
chr2L	14501420	14501571	chr2L:14501421-14501571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0223	0.0197	0.0242	0.0231	0.0032	0.0272	0.0264	0.018	0.0032	0.0326	0.0289	0.0326	0.024	0.023	0.0251	0.023	0.0438
chr2L	14502592	14502743	chr2L:14502593-14502743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0147	0.0161	0.0171	0.0064	0.0155	0.0173	0.0207	0.0064	0.0181	0.0183	0.0181	0.0139	0.0061	0.0509	0.0061	0.0094
chr2L	14502884	14503035	chr2L:14502885-14503035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0106	0.0239	0.0306	0.0042	0.0112	0.0143	0.0133	0.0042	0.0296	0.0347	0.0296	0.0124	0.0107	0.089	0.0107	0.0182
chr2L	14505172	14505345	chr2L:14505173-14505345	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0512	0.0578	0.0698	0.0233	0.0265	0.0748	0.0675	0.066	0.0265	0.061	0.0704	0.061	0.1301	0.0161	0.0264	0.0161	0.0318
chr2L	14505494	14505712	chr2L:14505495-14505712	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.045	0.0414	0.0671	0.0246	0.0127	0.0549	0.0476	0.05	0.0127	0.0634	0.0572	0.0634	0.1255	0.0176	0.0297	0.0176	0.0386
chr2L	14506331	14506482	chr2L:14506332-14506482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0203	0.0208	0.026	0.0135	0.0106	0.0291	0.0251	0.0213	0.0106	0.0236	0.0244	0.0236	0.0519	0.0092	0.0103	0.0092	0.024
chr2L	14506817	14507033	chr2L:14506818-14507033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.046	0.0556	0.0549	0.0256	0.0361	0.0573	0.0727	0.064	0.0361	0.0972	0.054	0.0972	0.0465	0.0436	0.0239	0.0436	0.0261
chr2L	14507892	14508043	chr2L:14507893-14508043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0242	0.0169	0.0163	0.0074	0.0243	0.0255	0.0366	0.0074	0.0187	0.0196	0.0187	0.0124	0.0061	0.0135	0.0061	0.0078
chr2L	14508321	14508472	chr2L:14508322-14508472	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0345	0.0414	0.035	0.0263	0.0159	0.0519	0.0437	0.0573	0.0159	0.029	0.0338	0.029	0.031	0.0145	0.0123	0.0145	0.0141
chr2L	14508766	14509116	chr2L:14508767-14509116	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1345	0.1876	0.1439	0.0648	0.1177	0.2024	0.1933	0.2798	0.1177	0.1389	0.1579	0.1389	0.0689	0.0176	0.0529	0.0176	0.0219
chr2L	14512086	14512237	chr2L:14512087-14512237	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0391	0.0479	0.0492	0.0181	0.0276	0.0524	0.0506	0.0693	0.0276	0.0652	0.0588	0.0652	0.0387	0.0184	0.0181	0.0184	0.0125
chr2L	14512672	14512924	chr2L:14512673-14512924	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.083	0.0758	0.1303	0.039	0.0424	0.083	0.0692	0.1266	0.0424	0.1153	0.2125	0.1153	0.0821	0.0345	0.0767	0.0345	0.0396
chr2L	14513061	14513234	chr2L:14513062-14513234	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0713	0.0567	0.1152	0.0393	0.0318	0.068	0.0532	0.0859	0.0318	0.1353	0.183	0.1353	0.0473	0.0559	0.0735	0.0559	0.0334
chr2L	14513268	14513488	chr2L:14513269-14513488	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0733	0.0363	0.1264	0.0564	0.0095	0.0602	0.0307	0.0453	0.0095	0.189	0.1804	0.189	0.0434	0.098	0.0851	0.098	0.0516
chr2L	14513976	14514151	chr2L:14513977-14514151	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0446	0.0338	0.073	0.0255	0.0095	0.0597	0.0281	0.04	0.0095	0.1184	0.0797	0.1184	0.0604	0.0475	0.0251	0.0475	0.0198
chr2L	14515343	14515571	chr2L:14515344-14515571	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0613	0.0249	0.0957	0.0642	0.0053	0.0369	0.0294	0.0266	0.0053	0.1848	0.1096	0.1848	0.0558	0.1164	0.0845	0.1164	0.075
chr2L	14517398	14517836	chr2L:14517399-14517836	FBgn0011862	tRNA:G3:35Ba	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0928	0.1003	0.1265	0.0475	0.0308	0.1694	0.0843	0.1239	0.0308	0.2349	0.1055	0.2349	0.096	0.0651	0.0413	0.0651	0.049
chr2L	14518029	14518223	chr2L:14518030-14518223	FBgn0011862,FBgn0011863,FBgn0011864	tRNA:G3:35Ba,tRNA:G3:35Bb,tRNA:G3:35Bc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0802	0.1147	0.0812	0.0405	0.123	0.117	0.128	0.1492	0.123	0.1135	0.0736	0.1135	0.0991	0.0597	0.0284	0.0597	0.0657
chr2L	14518284	14518501	chr2L:14518285-14518501	FBgn0011862,FBgn0011863,FBgn0011864	tRNA:G3:35Ba,tRNA:G3:35Bb,tRNA:G3:35Bc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0906	0.1477	0.075	0.044	0.1485	0.1325	0.1786	0.1772	0.1485	0.0839	0.0746	0.0839	0.0906	0.0681	0.0245	0.0681	0.0703
chr2L	14518555	14518734	chr2L:14518556-14518734	FBgn0011862,FBgn0011863,FBgn0011864	tRNA:G3:35Ba,tRNA:G3:35Bb,tRNA:G3:35Bc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.1053	0.0608	0.0383	0.1071	0.0883	0.1337	0.1153	0.1071	0.0622	0.0556	0.0622	0.0844	0.0674	0.0213	0.0674	0.0573
chr2L	14519036	14519240	chr2L:14519037-14519240	FBgn0011864	tRNA:G3:35Bc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0478	0.0416	0.0709	0.0292	0.0212	0.0485	0.0454	0.056	0.0212	0.0888	0.0675	0.0888	0.0473	0.0222	0.0226	0.0222	0.0182
chr2L	14519533	14519737	chr2L:14519534-14519737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0365	0.0313	0.0518	0.0255	0.0095	0.0442	0.0311	0.0413	0.0095	0.0519	0.0601	0.0519	0.0294	0.0245	0.02	0.0245	0.0193
chr2L	14520607	14520791	chr2L:14520608-14520791	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0434	0.031	0.0605	0.0386	0.0074	0.05	0.0329	0.0333	0.0074	0.0791	0.0579	0.0791	0.0473	0.0574	0.038	0.0574	0.0287
chr2L	14522000	14522151	chr2L:14522001-14522151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.016	0.0279	0.0263	0.0064	0.0209	0.0229	0.0127	0.0064	0.0338	0.0289	0.0338	0.0263	0.0375	0.0077	0.0375	0.0323
chr2L	14524197	14524348	chr2L:14524198-14524348	distal	distal	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.0171	0.0217	0.0274	0.0053	0.0209	0.0281	0.0107	0.0053	0.0272	0.0203	0.0272	0.0294	0.0207	0.0213	0.0207	0.0255
chr2L	14524490	14524641	chr2L:14524491-14524641	FBgn0053648	CG33648	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0198	0.0142	0.022	0.0237	0.0021	0.017	0.0212	0.012	0.0021	0.0266	0.0241	0.0266	0.0294	0.013	0.0116	0.013	0.0448
chr2L	14527520	14527728	chr2L:14527521-14527728	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0614	0.0282	0.0864	0.0712	0.0085	0.0471	0.0298	0.0247	0.0085	0.1268	0.1177	0.1268	0.0496	0.1309	0.098	0.1309	0.0792
chr2L	14528432	14528583	chr2L:14528433-14528583	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0253	0.0378	0.021	0.0095	0.0316	0.035	0.024	0.0095	0.0483	0.0363	0.0483	0.0395	0.0222	0.0226	0.0222	0.0307
chr2L	14529055	14529336	chr2L:14529056-14529336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0472	0.0259	0.0602	0.0567	0.0074	0.034	0.0402	0.0227	0.0074	0.0622	0.0698	0.0622	0.0899	0.0299	0.1219	0.0299	0.0641
chr2L	14529508	14530006	chr2L:14529509-14530006	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0632	0.0486	0.077	0.0643	0.0159	0.0524	0.0692	0.058	0.0159	0.0948	0.0871	0.0948	0.0922	0.0865	0.1199	0.0865	0.0495
chr2L	14530027	14530275	chr2L:14530028-14530275	FBgn0011865	tRNA:G3:35Bd	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0444	0.0489	0.0329	0.0201	0.0437	0.0644	0.0466	0.0201	0.0604	0.0592	0.0604	0.0449	0.0421	0.0509	0.0421	0.0334
chr2L	14530518	14530693	chr2L:14530519-14530693	FBgn0011865,FBgn0011866	tRNA:G3:35Bd,tRNA:G3:35Be	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0515	0.1027	0.0307	0.0173	0.0986	0.0883	0.1228	0.1352	0.0986	0.0217	0.0283	0.0217	0.0542	0.0168	0.0161	0.0168	0.0297
chr2L	14530803	14530980	chr2L:14530804-14530980	FBgn0011865,FBgn0011866	tRNA:G3:35Bd,tRNA:G3:35Be	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0438	0.0806	0.0329	0.0146	0.07	0.0689	0.0917	0.1106	0.07	0.0314	0.0325	0.0314	0.0457	0.0168	0.0103	0.0168	0.0266
chr2L	14531268	14531419	chr2L:14531269-14531419	FBgn0011866	tRNA:G3:35Be	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0265	0.0229	0.0341	0.022	0.0074	0.0252	0.0277	0.0353	0.0074	0.0266	0.0492	0.0266	0.0279	0.0291	0.0374	0.0291	0.0162
chr2L	14533195	14533346	chr2L:14533196-14533346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0147	0.0244	0.0212	0.0032	0.0155	0.0247	0.0127	0.0032	0.0314	0.0283	0.0314	0.0201	0.0207	0.0168	0.0207	0.0255
chr2L	14533892	14534104	chr2L:14533893-14534104	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0343	0.0237	0.0372	0.043	0.0064	0.0461	0.0221	0.0167	0.0064	0.0435	0.0434	0.0435	0.0449	0.0406	0.0619	0.0406	0.0657
chr2L	14534206	14534357	chr2L:14534207-14534357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0205	0.0133	0.0217	0.0273	0.0011	0.0218	0.0156	0.012	0.0011	0.0284	0.0228	0.0284	0.0186	0.0345	0.0374	0.0345	0.036
chr2L	14534453	14534604	chr2L:14534454-14534604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0153	0.0127	0.0161	0.0174	0.0053	0.0146	0.0156	0.0153	0.0053	0.0199	0.0148	0.0199	0.0139	0.0184	0.0123	0.0184	0.0266
chr2L	14536858	14537011	chr2L:14536859-14537011	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0382	0.0165	0.0591	0.0397	0.0053	0.0296	0.0177	0.012	0.0053	0.128	0.0605	0.128	0.0232	0.1194	0.0303	0.1194	0.0219
chr2L	14537128	14537386	chr2L:14537129-14537386	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0672	0.0203	0.1006	0.0829	0.0042	0.0354	0.0212	0.0167	0.0042	0.2307	0.082	0.2307	0.0627	0.2083	0.0741	0.2083	0.0672
chr2L	14537921	14538118	chr2L:14537922-14538118	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0394	0.0162	0.0468	0.0572	0.0095	0.0228	0.0199	0.0133	0.0095	0.0767	0.0576	0.0767	0.0318	0.1447	0.0819	0.1447	0.0276
chr2L	14539294	14539445	chr2L:14539295-14539445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0138	0.0327	0.0276	0.0032	0.0102	0.0212	0.018	0.0032	0.0362	0.0408	0.0362	0.017	0.0176	0.0374	0.0176	0.0234
chr2L	14539449	14539600	chr2L:14539450-14539600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.015	0.0359	0.0355	0.0042	0.0184	0.0195	0.0153	0.0042	0.0374	0.0469	0.0374	0.0209	0.0253	0.0477	0.0253	0.0349
chr2L	14539685	14539975	chr2L:14539686-14539975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0612	0.0379	0.0883	0.0574	0.0085	0.0704	0.0303	0.0453	0.0085	0.0888	0.1206	0.0888	0.0565	0.0429	0.0767	0.0429	0.0662
chr2L	14540154	14540434	chr2L:14540155-14540434	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1017	0.0931	0.1397	0.0695	0.0191	0.1515	0.0549	0.1599	0.0191	0.1208	0.2158	0.1208	0.1139	0.0291	0.109	0.0291	0.1152
chr2L	14540563	14540980	chr2L:14540564-14540980	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0841	0.0541	0.1105	0.0886	0.0138	0.0859	0.0471	0.07	0.0138	0.0688	0.1315	0.0688	0.1944	0.0329	0.0922	0.0329	0.1813
chr2L	14545353	14545628	chr2L:14545354-14545628	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.058	0.0434	0.0852	0.0446	0.0148	0.0757	0.0428	0.04	0.0148	0.0894	0.0714	0.0894	0.1967	0.0773	0.0361	0.0773	0.0636
chr2L	14545959	14546110	chr2L:14545960-14546110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0196	0.0354	0.0224	0.0074	0.0238	0.0221	0.0266	0.0074	0.0507	0.0354	0.0507	0.048	0.0444	0.0316	0.0444	0.0177
chr2L	14546114	14546339	chr2L:14546115-14546339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0375	0.0265	0.0468	0.0395	0.0085	0.0335	0.0316	0.0306	0.0085	0.0761	0.0447	0.0761	0.0612	0.0957	0.0471	0.0957	0.0281
chr2L	14546770	14546985	chr2L:14546771-14546985	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0695	0.0262	0.0865	0.0992	0.0127	0.0481	0.0247	0.0207	0.0127	0.2095	0.0659	0.2095	0.0651	0.2825	0.0845	0.2825	0.0782
chr2L	14547195	14547473	chr2L:14547196-14547473	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0869	0.0323	0.1176	0.1143	0.0127	0.0646	0.0316	0.0187	0.0127	0.3013	0.0897	0.3013	0.0674	0.294	0.107	0.294	0.1016
chr2L	14551326	14551477	chr2L:14551327-14551477	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0295	0.0384	0.0332	0.0153	0.0244	0.0335	0.0649	0.0326	0.0244	0.0435	0.0434	0.0435	0.0186	0.0283	0.0187	0.0283	0.012
chr2L	14552448	14552691	chr2L:14552449-14552691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0558	0.0495	0.078	0.0384	0.0223	0.0592	0.0636	0.0513	0.0223	0.157	0.0659	0.157	0.0736	0.0789	0.0406	0.0789	0.0245
chr2L	14552808	14553014	chr2L:14552809-14553014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0294	0.0219	0.0383	0.028	0.0053	0.034	0.0221	0.0233	0.0053	0.0809	0.028	0.0809	0.0356	0.0574	0.0142	0.0574	0.0156
chr2L	14553057	14553208	chr2L:14553058-14553208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0122	0.0255	0.0185	0.0085	0.0136	0.0156	0.012	0.0085	0.0471	0.0177	0.0471	0.0217	0.0299	0.0058	0.0299	0.0089
chr2L	14553785	14553997	chr2L:14553786-14553997	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0463	0.0383	0.0685	0.0308	0.0148	0.0694	0.0355	0.0353	0.0148	0.0827	0.0585	0.0827	0.134	0.0283	0.038	0.0283	0.0417
chr2L	14554144	14555019	chr2L:14554145-14555019	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1585	0.1438	0.2261	0.1008	0.0764	0.2549	0.1198	0.1392	0.0764	0.2947	0.2058	0.2947	0.3122	0.1172	0.1064	0.1172	0.1386
chr2L	14555848	14555999	chr2L:14555849-14555999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0263	0.0191	0.0428	0.0163	0.0074	0.032	0.0199	0.0167	0.0074	0.096	0.026	0.096	0.0503	0.0276	0.0148	0.0276	0.0167
chr2L	14557034	14557235	chr2L:14557035-14557235	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0394	0.0358	0.0569	0.0242	0.0159	0.049	0.0394	0.0413	0.0159	0.0483	0.0424	0.0483	0.1472	0.0153	0.0187	0.0153	0.0485
chr2L	14557650	14557888	chr2L:14557651-14557888	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0791	0.0383	0.015	0.053	0.0578	0.083	0.1512	0.053	0.0405	0.0418	0.0405	0.0349	0.013	0.0161	0.013	0.0141
chr2L	14558019	14558210	chr2L:14558020-14558210	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0368	0.0653	0.0316	0.0106	0.052	0.0432	0.08	0.1099	0.052	0.035	0.0331	0.035	0.0232	0.0115	0.009	0.0115	0.0094
chr2L	14560168	14560375	chr2L:14560169-14560375	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0421	0.0282	0.0661	0.0315	0.0085	0.033	0.032	0.042	0.0085	0.1304	0.0633	0.1304	0.0287	0.0613	0.0413	0.0613	0.0188
chr2L	14560463	14560803	chr2L:14560464-14560803	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0615	0.0425	0.0882	0.0535	0.0212	0.065	0.0433	0.0446	0.0212	0.1969	0.0614	0.1969	0.0503	0.1064	0.0529	0.1064	0.0401
chr2L	14560816	14561026	chr2L:14560817-14561026	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0335	0.0707	0.0497	0.0159	0.0427	0.0333	0.046	0.0159	0.128	0.0534	0.128	0.0519	0.0819	0.0368	0.0819	0.0396
chr2L	14561631	14561819	chr2L:14561632-14561819	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0279	0.0197	0.0428	0.0206	0.0095	0.0238	0.0272	0.018	0.0095	0.038	0.0566	0.038	0.0511	0.0145	0.0432	0.0145	0.0208
chr2L	14561855	14562069	chr2L:14561856-14562069	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0333	0.0207	0.0541	0.0245	0.0064	0.0257	0.0272	0.0213	0.0064	0.0447	0.072	0.0447	0.072	0.0176	0.0471	0.0176	0.0297
chr2L	14562080	14562273	chr2L:14562081-14562273	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0299	0.0204	0.0456	0.0234	0.0095	0.0238	0.0281	0.0213	0.0095	0.0411	0.0531	0.0411	0.0775	0.0199	0.0393	0.0199	0.0261
chr2L	14562496	14562795	chr2L:14562497-14562795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0501	0.0312	0.0755	0.0433	0.0053	0.0437	0.0285	0.052	0.0053	0.087	0.09	0.087	0.0806	0.0337	0.0767	0.0337	0.0433
chr2L	14566459	14566610	chr2L:14566460-14566610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0148	0.0273	0.0173	0.0032	0.0165	0.0182	0.02	0.0032	0.0242	0.0441	0.0242	0.0147	0.0145	0.0303	0.0145	0.0172
chr2L	14566723	14567092	chr2L:14566724-14567092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0274	0.044	0.0249	0.0042	0.0354	0.0329	0.0346	0.0042	0.0477	0.0498	0.0477	0.0248	0.0153	0.0213	0.0153	0.0307
chr2L	14568831	14569020	chr2L:14568832-14569020	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0229	0.0148	0.0341	0.0196	0.0064	0.017	0.0216	0.012	0.0064	0.0471	0.0277	0.0471	0.0442	0.0329	0.0232	0.0329	0.0156
chr2L	14570191	14570432	chr2L:14570192-14570432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0208	0.0157	0.0279	0.0187	0.0053	0.0238	0.0147	0.0193	0.0053	0.0284	0.0241	0.0284	0.0271	0.0153	0.0116	0.0153	0.0146
chr2L	14570975	14571332	chr2L:14570976-14571332	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.043	0.0226	0.0647	0.0419	0.0085	0.033	0.026	0.0266	0.0085	0.0604	0.0598	0.0604	0.0651	0.0559	0.0477	0.0559	0.0334
chr2L	14571449	14571600	chr2L:14571450-14571600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0179	0.0115	0.0201	0.0228	0.0042	0.0146	0.0156	0.012	0.0042	0.0242	0.0177	0.0242	0.0209	0.0482	0.0181	0.0482	0.0203
chr2L	14571839	14572021	chr2L:14571840-14572021	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0452	0.0435	0.058	0.033	0.0117	0.0558	0.048	0.0606	0.0117	0.0779	0.045	0.0779	0.0503	0.0704	0.0219	0.0704	0.0281
chr2L	14572731	14572997	chr2L:14572732-14572997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0228	0.0297	0.0244	0.0074	0.0272	0.0372	0.016	0.0074	0.0284	0.0238	0.0284	0.0209	0.023	0.0161	0.023	0.0167
chr2L	14573064	14573215	chr2L:14573065-14573215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0241	0.0266	0.0237	0.0106	0.0311	0.0311	0.0227	0.0106	0.0248	0.0277	0.0248	0.0178	0.0222	0.0161	0.0222	0.0271
chr2L	14577377	14577646	chr2L:14577378-14577646	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0775	0.0725	0.0347	0.017	0.1267	0.0398	0.1339	0.017	0.1093	0.0923	0.1093	0.0395	0.0674	0.0529	0.0674	0.0167
chr2L	14577659	14577961	chr2L:14577660-14577961	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0584	0.0793	0.0375	0.0106	0.1024	0.0359	0.0866	0.0106	0.1057	0.1084	0.1057	0.0318	0.0636	0.0632	0.0636	0.0214
chr2L	14577992	14578387	chr2L:14577993-14578387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0481	0.0361	0.0723	0.035	0.0106	0.0573	0.0342	0.038	0.0106	0.0918	0.1019	0.0918	0.0349	0.0582	0.0677	0.0582	0.0208
chr2L	14579056	14579222	chr2L:14579057-14579222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0265	0.0307	0.026	0.0106	0.0393	0.0251	0.032	0.0106	0.0344	0.0286	0.0344	0.0147	0.0168	0.0181	0.0168	0.012
chr2L	14579406	14579740	chr2L:14579407-14579740	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0552	0.0612	0.0722	0.0298	0.018	0.0908	0.0402	0.1033	0.018	0.1159	0.0823	0.1159	0.0341	0.0253	0.0316	0.0253	0.0135
chr2L	14580668	14580819	chr2L:14580669-14580819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0171	0.0334	0.0238	0.0021	0.0252	0.0229	0.0147	0.0021	0.0236	0.0514	0.0236	0.0263	0.0337	0.0464	0.0337	0.0115
chr2L	14580964	14581173	chr2L:14580965-14581173	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0707	0.0562	0.0958	0.0592	0.0201	0.0655	0.0653	0.0793	0.0201	0.0827	0.1405	0.0827	0.0682	0.0674	0.1038	0.0674	0.0625
chr2L	14584031	14584182	chr2L:14584032-14584182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0193	0.0163	0.0259	0.0153	0.0032	0.0218	0.0182	0.0193	0.0032	0.0495	0.0244	0.0495	0.0209	0.0383	0.0148	0.0383	0.0104
chr2L	14585236	14585473	chr2L:14585237-14585473	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0367	0.0571	0.0322	0.0188	0.0095	0.1073	0.029	0.0813	0.0095	0.0477	0.0408	0.0477	0.0108	0.0168	0.0135	0.0168	0.013
chr2L	14585902	14586053	chr2L:14585903-14586053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0183	0.0192	0.0216	0.0138	0.0021	0.0296	0.0169	0.0266	0.0021	0.0205	0.0273	0.0205	0.0186	0.0161	0.0123	0.0161	0.0083
chr2L	14586599	14586798	chr2L:14586600-14586798	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.021	0.0146	0.0339	0.0141	0.0042	0.0257	0.0125	0.018	0.0042	0.0876	0.0293	0.0876	0.0093	0.0383	0.0064	0.0383	0.0052
chr2L	14587149	14587300	chr2L:14587150-14587300	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0128	0.025	0.0146	0.0064	0.017	0.0147	0.0127	0.0064	0.0423	0.0232	0.0423	0.0139	0.0245	0.0071	0.0245	0.0057
chr2L	14589011	14589210	chr2L:14589012-14589210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1372	0.1436	0.1506	0.1154	0.1018	0.1655	0.1626	0.1746	0.1018	0.1957	0.1614	0.1957	0.1379	0.1332	0.1296	0.1332	0.1172
chr2L	14589404	14589555	chr2L:14589405-14589555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0313	0.028	0.0174	0.0233	0.0282	0.0389	0.0406	0.0233	0.0308	0.0325	0.0308	0.0232	0.0245	0.0174	0.0245	0.0172
chr2L	14589842	14590000	chr2L:14589843-14590000	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0263	0.0441	0.0221	0.0111	0.0297	0.0403	0.0549	0.0593	0.0297	0.0254	0.0273	0.0254	0.0155	0.0191	0.0103	0.0191	0.0094
chr2L	14593327	14593478	chr2L:14593328-14593478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0183	0.0295	0.0148	0.0095	0.0148	0.0379	0.0428	0.02	0.0148	0.0151	0.0225	0.0151	0.0101	0.0115	0.0129	0.0115	0.0115
chr2L	14598743	14599010	chr2L:14598744-14599010	FBgn0028911,FBgn0028912	tRNA:P:35Ba,tRNA:P:35Bb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1219	0.1229	0.1076	0.1363	0.0901	0.118	0.1605	0.1486	0.0901	0.1304	0.1116	0.1304	0.1495	0.1738	0.1231	0.1738	0.2048
chr2L	14599137	14599288	chr2L:14599138-14599288	FBgn0028910,FBgn0028911,FBgn0028912	tRNA:P:35Ba,tRNA:P:35Bb,tRNA:P:35Bc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0796	0.058	0.066	0.0657	0.0811	0.0995	0.0939	0.0657	0.0773	0.054	0.0773	0.0875	0.0904	0.0509	0.0904	0.1214
chr2L	14599346	14599762	chr2L:14599347-14599762	FBgn0028910,FBgn0028911,FBgn0028912	tRNA:P:35Ba,tRNA:P:35Bb,tRNA:P:35Bc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2065	0.2106	0.2128	0.1951	0.1877	0.2296	0.2388	0.2485	0.1877	0.2687	0.2174	0.2687	0.2812	0.2443	0.2308	0.2443	0.2731
chr2L	14600019	14600453	chr2L:14600020-14600453	FBgn0028910	tRNA:P:35Bc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.0517	0.068	0.0668	0.0318	0.0568	0.0666	0.0586	0.0318	0.0791	0.0791	0.0791	0.0604	0.072	0.0683	0.072	0.0834
chr2L	14611520	14611671	chr2L:14611521-14611671	distal	distal	none	none	Adh_ALE_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0105	0.0141	0.0177	0.0032	0.0112	0.0143	0.0133	0.0032	0.0115	0.0145	0.0115	0.031	0.0092	0.0103	0.0092	0.0453
chr2L	14613218	14613507	chr2L:14613219-14613507	FBgn0263330	CR43411	stage11,stage14	none	Adh_ALE_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0417	0.0163	0.043	0.0687	0.0032	0.0194	0.0216	0.0193	0.0032	0.0429	0.036	0.0429	0.1092	0.059	0.0671	0.059	0.1412
chr2L	14613843	14614018	chr2L:14613844-14614018	distal	distal	stage14	stage14	Adh_ALE_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0117	0.0274	0.0401	0.0021	0.0141	0.0151	0.0147	0.0021	0.0242	0.0248	0.0242	0.0713	0.0176	0.0277	0.0176	0.1042
chr2L	14614952	14615103	chr2L:14614953-14615103	FBgn0000055,FBgn0000056	Adh,Adhr	none	none	Adh_AAE_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0103	0.0135	0.0213	0.0064	0.0102	0.0134	0.014	0.0064	0.0151	0.0129	0.0151	0.0232	0.0184	0.0168	0.0184	0.0469
chr2L	14616032	14616243	chr2L:14616033-14616243	FBgn0000055,FBgn0000056	Adh,Adhr	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.012	0.0164	0.0323	0.0085	0.0112	0.019	0.0133	0.0085	0.0205	0.0138	0.0205	0.0287	0.062	0.0239	0.062	0.0453
chr2L	14617980	14618131	chr2L:14617981-14618131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0157	0.0145	0.0187	0.0139	0.0011	0.0126	0.0229	0.0173	0.0011	0.0157	0.0174	0.0157	0.0449	0.013	0.0116	0.013	0.0266
chr2L	14622009	14622160	chr2L:14622010-14622160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.017	0.0163	0.0193	0.0152	0.0074	0.017	0.0242	0.02	0.0074	0.029	0.019	0.029	0.0132	0.036	0.0161	0.036	0.0109
chr2L	14622453	14622648	chr2L:14622454-14622648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0217	0.0153	0.0303	0.0192	0.0074	0.0199	0.0203	0.0167	0.0074	0.0543	0.0299	0.0543	0.017	0.0413	0.0226	0.0413	0.0146
chr2L	14623717	14624035	chr2L:14623718-14624035	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.048	0.039	0.0362	0.0244	0.0495	0.0619	0.0566	0.0244	0.0429	0.0482	0.0429	0.0426	0.0528	0.0374	0.0528	0.0474
chr2L	14624873	14625024	chr2L:14624874-14625024	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0198	0.0279	0.0216	0.0089	0.0095	0.0218	0.0424	0.04	0.0095	0.0193	0.0354	0.0193	0.0124	0.0107	0.0148	0.0107	0.0089
chr2L	14627496	14627681	chr2L:14627497-14627681	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0265	0.0423	0.0224	0.0127	0.032	0.0238	0.0386	0.0127	0.0386	0.0717	0.0386	0.0209	0.0191	0.06	0.0191	0.0141
chr2L	14627877	14628028	chr2L:14627878-14628028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0101	0.0193	0.0123	0.0021	0.0092	0.016	0.0087	0.0021	0.0193	0.0296	0.0193	0.0101	0.0077	0.0329	0.0077	0.0063
chr2L	14642294	14642486	chr2L:14642295-14642486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0282	0.0111	0.0307	0.0444	0.0053	0.0194	0.0108	0.0087	0.0053	0.0447	0.036	0.0447	0.0341	0.0766	0.049	0.0766	0.0651
chr2L	14651987	14652468	chr2L:14651988-14652468	distal	distal	stage14	stage14	VT7487.1	VT7487.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0675	0.0496	0.0614	0.0943	0.0159	0.0675	0.0562	0.0553	0.0159	0.0767	0.0871	0.0767	0.0465	0.1953	0.1348	0.1953	0.0875
chr2L	14653116	14653267	chr2L:14653117-14653267	distal	distal	stage14	stage14	VT7487.1	VT7487.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.023	0.0166	0.0228	0.0305	0.0064	0.0214	0.0212	0.0167	0.0064	0.0405	0.0232	0.0405	0.0178	0.0881	0.0316	0.0881	0.0172
chr2L	14653352	14653554	chr2L:14653353-14653554	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7487.1	VT7487.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0318	0.028	0.0292	0.039	0.0191	0.0345	0.0342	0.0266	0.0191	0.0634	0.026	0.0634	0.0271	0.1332	0.029	0.1332	0.0193
chr2L	14653904	14654055	chr2L:14653905-14654055	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0197	0.0346	0.0138	0.0093	0.0223	0.0257	0.0523	0.0413	0.0223	0.0272	0.0154	0.0272	0.0054	0.0276	0.0077	0.0276	0.0042
chr2L	14656402	14656553	chr2L:14656403-14656553	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.0138	0.0143	0.018	0.0042	0.0141	0.0216	0.0153	0.0042	0.0133	0.0167	0.0133	0.0248	0.0222	0.0187	0.0222	0.0323
chr2L	14662853	14663044	chr2L:14662854-14663044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0348	0.0471	0.0321	0.0241	0.0403	0.0408	0.0861	0.0227	0.0403	0.0562	0.0309	0.0562	0.0341	0.0796	0.0155	0.0796	0.0151
chr2L	14663151	14663302	chr2L:14663152-14663302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.02	0.0295	0.0156	0.0141	0.0286	0.015	0.0627	0.0127	0.0286	0.0266	0.0164	0.0266	0.0108	0.0452	0.0077	0.0452	0.0094
chr2L	14665322	14665473	chr2L:14665323-14665473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0131	0.0126	0.0132	0.0135	0.0042	0.0097	0.0203	0.0153	0.0042	0.0163	0.0193	0.0163	0.0085	0.0084	0.0316	0.0084	0.0156
chr2L	14668194	14668345	chr2L:14668195-14668345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0108	0.007	0.0112	0.0146	0	0.0083	0.0134	0.0047	0	0.0091	0.0186	0.0091	0.007	0.0061	0.049	0.0061	0.0073
chr2L	14668953	14669129	chr2L:14668954-14669129	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0308	0.0207	0.0448	0.0269	0.0127	0.0209	0.029	0.02	0.0127	0.026	0.0759	0.026	0.0418	0.0138	0.0754	0.0138	0.0234
chr2L	14669715	14669866	chr2L:14669716-14669866	distal	distal	none	none	VT7497.1	VT7497.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0182	0.0197	0.011	0.0011	0.0155	0.026	0.0247	0.0011	0.0211	0.0257	0.0211	0.0225	0.0161	0.0161	0.0161	0.0109
chr2L	14673319	14673927	chr2L:14673320-14673927	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1049	0.0562	0.1419	0.1186	0.0201	0.0714	0.0705	0.0686	0.0201	0.0815	0.2248	0.0815	0.1875	0.0934	0.1954	0.0934	0.1871
chr2L	14674490	14674722	chr2L:14674491-14674722	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0762	0.0613	0.0843	0.0838	0.0371	0.0699	0.0649	0.0859	0.0371	0.0996	0.1122	0.0996	0.0821	0.1156	0.089	0.1156	0.1371
chr2L	14674980	14675145	chr2L:14674981-14675145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0206	0.0613	0.0735	0.0074	0.0228	0.0285	0.0233	0.0074	0.0882	0.0781	0.0882	0.0596	0.1225	0.0838	0.1225	0.1073
chr2L	14676255	14676433	chr2L:14676256-14676433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0324	0.0282	0.0341	0.0354	0.0159	0.0291	0.045	0.0207	0.0159	0.0453	0.0357	0.0453	0.0527	0.0314	0.0387	0.0314	0.0641
chr2L	14677457	14677608	chr2L:14677458-14677608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0148	0.0246	0.0099	0.0093	0.0191	0.0136	0.0441	0.0233	0.0191	0.0115	0.0135	0.0115	0.0101	0.0115	0.0129	0.0115	0.0115
chr2L	14679763	14679914	chr2L:14679764-14679914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0189	0.0142	0.0203	0.0226	0.0053	0.0102	0.0234	0.018	0.0053	0.0169	0.0344	0.0169	0.0139	0.0153	0.0677	0.0153	0.0115
chr2L	14682274	14682425	chr2L:14682275-14682425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0123	0.0232	0.0216	0.0032	0.0146	0.0164	0.014	0.0032	0.0326	0.0241	0.0326	0.0349	0.0168	0.0322	0.0168	0.0365
chr2L	14682946	14683155	chr2L:14682947-14683155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.026	0.0315	0.022	0.0064	0.0306	0.0268	0.04	0.0064	0.0441	0.036	0.0441	0.0403	0.0299	0.0187	0.0299	0.0328
chr2L	14683721	14683945	chr2L:14683722-14683945	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0565	0.0714	0.0688	0.0263	0.0085	0.0879	0.0433	0.1579	0.0085	0.1159	0.0916	0.1159	0.0232	0.0505	0.0322	0.0505	0.0208
chr2L	14684843	14684998	chr2L:14684844-14684998	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0349	0.0492	0.0352	0.0185	0.0148	0.0417	0.0307	0.1219	0.0148	0.0833	0.0318	0.0833	0.017	0.0582	0.0142	0.0582	0.013
chr2L	14685217	14685371	chr2L:14685218-14685371	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0501	0.0252	0.072	0.0539	0.0042	0.0383	0.0203	0.0393	0.0042	0.2367	0.037	0.2367	0.0271	0.209	0.0271	0.209	0.0266
chr2L	14685800	14686090	chr2L:14685801-14686090	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0595	0.0356	0.0907	0.0519	0.0053	0.0515	0.0363	0.044	0.0053	0.2035	0.0781	0.2035	0.0751	0.1064	0.0613	0.1064	0.05
chr2L	14687285	14687463	chr2L:14687286-14687463	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0367	0.0224	0.0528	0.0351	0.0042	0.0233	0.0311	0.0306	0.0042	0.0471	0.0916	0.0471	0.0294	0.0276	0.1025	0.0276	0.0193
chr2L	14688116	14688267	chr2L:14688117-14688267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0302	0.0233	0.0308	0.0373	0.0117	0.0252	0.029	0.0266	0.0117	0.055	0.0338	0.055	0.0209	0.1095	0.0342	0.1095	0.024
chr2L	14688435	14688586	chr2L:14688436-14688586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0321	0.025	0.0357	0.0362	0.0074	0.0248	0.0359	0.032	0.0074	0.058	0.0373	0.058	0.0333	0.0865	0.0309	0.0865	0.0349
chr2L	14689257	14689461	chr2L:14689258-14689461	FBgn0003016	osp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1679	0.1458	0.1885	0.17	0.1092	0.168	0.1613	0.1805	0.1092	0.2409	0.2232	0.2409	0.1936	0.2067	0.1973	0.2067	0.2006
chr2L	14689581	14689757	chr2L:14689582-14689757	FBgn0003016	osp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1159	0.1061	0.1242	0.1177	0.0647	0.1272	0.1211	0.1259	0.0647	0.1649	0.1405	0.1649	0.1294	0.1348	0.1219	0.1348	0.1475
chr2L	14690252	14690428	chr2L:14690253-14690428	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.1091	0.0911	0.1226	0.1143	0.0583	0.1024	0.1047	0.1086	0.0583	0.1455	0.1521	0.1455	0.1232	0.1455	0.1244	0.1455	0.1324
chr2L	14690513	14690712	chr2L:14690514-14690712	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0807	0.0657	0.0961	0.0806	0.0403	0.068	0.0817	0.0793	0.0403	0.1117	0.1148	0.1117	0.1177	0.0904	0.1148	0.0904	0.0875
chr2L	14690774	14690925	chr2L:14690775-14690925	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0436	0.0317	0.0614	0.0375	0.0095	0.0408	0.0372	0.0386	0.0095	0.0562	0.0849	0.0562	0.0682	0.026	0.0787	0.026	0.0412
chr2L	14691102	14691253	chr2L:14691103-14691253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.008	0.0372	0.0174	0	0.0131	0.0117	0.0053	0	0.0332	0.0543	0.0332	0.0395	0.0191	0.0387	0.0191	0.0115
chr2L	14698894	14699045	chr2L:14698895-14699045	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0092	0.0118	0.0143	0.0053	0.0078	0.0138	0.01	0.0053	0.0109	0.0167	0.0109	0.0085	0.01	0.0348	0.01	0.0125
chr2L	14699671	14699853	chr2L:14699672-14699853	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0098	0.019	0.0249	0.0064	0.0136	0.0112	0.0113	0.0064	0.0205	0.0248	0.0205	0.0155	0.0436	0.0477	0.0436	0.0146
chr2L	14705977	14706128	chr2L:14705978-14706128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0254	0.0451	0.0331	0.0106	0.0301	0.0298	0.0306	0.0106	0.0574	0.0537	0.0574	0.0442	0.0337	0.0477	0.0337	0.038
chr2L	14706313	14706502	chr2L:14706314-14706502	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1528	0.1195	0.1933	0.1457	0.0657	0.1549	0.125	0.1479	0.0657	0.247	0.2119	0.247	0.1867	0.1478	0.1696	0.1478	0.1641
chr2L	14706584	14706735	chr2L:14706585-14706735	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0416	0.0662	0.0377	0.0339	0.0476	0.0463	0.0466	0.0339	0.0894	0.0695	0.0894	0.0658	0.036	0.0451	0.036	0.049
chr2L	14711885	14712036	chr2L:14711886-14712036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0086	0.0117	0.0163	0.0032	0.0102	0.0147	0.0047	0.0032	0.0103	0.0161	0.0103	0.0132	0.0077	0.0451	0.0077	0.0078
chr2L	14712192	14712343	chr2L:14712193-14712343	FBgn0028855	CG15282	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0111	0.009	0.01	0.0146	0.0042	0.0068	0.0151	0.0093	0.0042	0.0072	0.0161	0.0072	0.007	0.0054	0.0496	0.0054	0.0047
chr2L	14712501	14712652	chr2L:14712502-14712652	FBgn0028855	CG15282	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0088	0.0161	0.0251	0.0042	0.0078	0.0164	0.0067	0.0042	0.0091	0.0302	0.0091	0.0039	0.0054	0.0909	0.0054	0.0073
chr2L	14713580	14713746	chr2L:14713581-14713746	FBgn0085194	CG34165	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0206	0.0286	0.0246	0.0138	0.0175	0.0264	0.0293	0.0138	0.0169	0.0511	0.0169	0.0132	0.0031	0.087	0.0031	0.0109
chr2L	14797732	14797883	chr2L:14797733-14797883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.008	0.007	0.0142	0.0032	0.0068	0.0117	0.0093	0.0032	0.0091	0.0074	0.0091	0.0062	0.0084	0.0097	0.0084	0.0052
chr2L	14817130	14817281	chr2L:14817131-14817281	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0055	0.0067	0.0084	0.0032	0.0039	0.0104	0.002	0.0032	0.0079	0.0048	0.0079	0.0077	8e-04	0.0032	8e-04	0.0036
chr2L	14847707	14847858	chr2L:14847708-14847858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0122	0.0102	0.0159	0.0104	0.0053	0.0049	0.019	0.0113	0.0053	0.0157	0.0122	0.0157	0.0356	0.0054	0.0064	0.0054	0.0224
chr2L	14851764	14851957	chr2L:14851765-14851957	FBgn0028886	CG15279	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0319	0.0222	0.0312	0.0434	0.018	0.0194	0.0376	0.0173	0.018	0.026	0.035	0.026	0.0511	0.0337	0.0716	0.0337	0.061
chr2L	14852182	14852333	chr2L:14852183-14852333	FBgn0028886	CG15279	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0134	0.0112	0.0121	0.0174	0.0064	0.0102	0.0195	0.0067	0.0064	0.0072	0.0113	0.0072	0.0248	0.0092	0.0181	0.0092	0.036
chr2L	14862163	14862314	chr2L:14862164-14862314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0116	0.0207	0.0086	0.0047	0.0148	0.0063	0.0454	0.0127	0.0148	0.0127	0.0093	0.0127	0.0085	0.0054	0.0039	0.0054	0.0057
chr2L	14887446	14887597	chr2L:14887447-14887597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0077	0.0103	0.0053	0.0074	0.0064	0.0073	0.0238	0.0033	0.0064	0.006	0.0039	0.006	0.0077	0.0031	0.0026	0.0031	0.0016
chr2L	14899120	14899271	chr2L:14899121-14899271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.0097	0.0066	0.0104	0.0042	0.0073	0.0151	0.012	0.0042	0.0048	0.0061	0.0048	0.0077	0.0084	0.0032	0.0084	0.0057
chr2L	14899802	14899953	chr2L:14899803-14899953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0095	0.006	0.0099	0.0064	0.0107	0.016	0.0067	0.0064	0.0066	0.0068	0.0066	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chr2L	14901736	14901887	chr2L:14901737-14901887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0156	0.0058	0.0091	0.0064	0.015	0.0221	0.0187	0.0064	0.0072	0.0055	0.0072	0.0046	0.0054	0.0071	0.0054	0.0036
chr2L	14948694	14948845	chr2L:14948695-14948845	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0047	0.0052	0.0136	0.0011	0.0015	0.0091	0.0067	0.0011	0.0042	0.0045	0.0042	0.0054	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr2L	14949560	14949711	chr2L:14949561-14949711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0088	0.0071	0.0114	0.0042	0.0058	0.0173	0.0067	0.0042	0.0079	0.0055	0.0079	0.007	0.0046	0.0039	0.0046	0.0026
chr2L	14972245	14972396	chr2L:14972246-14972396	FBgn0259213	CG42313	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0097	0.0065	0.0075	0.0156	0.0042	0.0024	0.016	0.0033	0.0042	0.0079	0.0064	0.0079	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0083
chr2L	14972936	14973114	chr2L:14972937-14973114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0687	0.0834	0.0862	0.0361	0.0621	0.0835	0.0986	0.0361	0.0833	0.1013	0.0833	0.0875	0.0934	0.0787	0.0934	0.099
chr2L	14973204	14973415	chr2L:14973205-14973415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0382	0.0344	0.0402	0.0402	0.0138	0.0277	0.045	0.05	0.0138	0.0368	0.0524	0.0368	0.038	0.0368	0.0368	0.0368	0.0417
chr2L	14973600	14973751	chr2L:14973601-14973751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0175	0.0145	0.0155	0.0231	0.0042	0.0058	0.0281	0.018	0.0042	0.0175	0.0132	0.0175	0.0232	0.0176	0.0155	0.0176	0.0125
chr2L	14973957	14974108	chr2L:14973958-14974108	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0039	0.0061	0.0149	0.0042	0.0019	0.0069	0.002	0.0042	0.0048	0.0045	0.0048	0.0054	0.0054	0.0045	0.0054	0.0063
chr2L	14979666	14979817	chr2L:14979667-14979817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0112	0.0093	0.0096	0.015	0.0074	0.0083	0.0156	0.008	0.0074	0.0054	0.017	0.0054	0.0062	0.0084	0.0335	0.0084	0.0141
chr2L	14994973	14995124	chr2L:14994974-14995124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.009	0.0122	0.0343	0.0042	0.0092	0.0169	0.0047	0.0042	0.0072	0.0113	0.0072	0.0318	0.0268	0.0264	0.0268	0.0646
chr2L	14995580	14995947	chr2L:14995581-14995947	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0941	0.0344	0.0734	0.1835	0.0117	0.0456	0.0467	0.0326	0.0117	0.0513	0.0929	0.0513	0.1247	0.196	0.1966	0.196	0.2637
chr2L	14996133	14996284	chr2L:14996134-14996284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0164	0.0081	0.0145	0.0279	0.0032	0.0097	0.0121	0.0067	0.0032	0.0091	0.0186	0.0091	0.024	0.0191	0.0503	0.0191	0.0438
chr2L	14997480	14997638	chr2L:14997481-14997638	FBgn0086711	mol	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0263	0.006	0.0148	0.0614	0.0011	0.0068	0.0099	0.0053	0.0011	0.0066	0.0174	0.0066	0.0318	0.0314	0.0909	0.0314	0.1204
chr2L	15005378	15005544	chr2L:15005379-15005544	FBgn0040228	dyn-p25	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0547	0.0681	0.0465	0.0424	0.0563	0.0761	0.052	0.0424	0.0845	0.0717	0.0845	0.0759	0.0536	0.0509	0.0536	0.0511
chr2L	15005616	15005797	chr2L:15005617-15005797	FBgn0040228	dyn-p25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1186	0.1205	0.1397	0.0932	0.1018	0.1257	0.1531	0.1319	0.1018	0.1643	0.1537	0.1643	0.1526	0.1026	0.1025	0.1026	0.1089
chr2L	15005880	15006078	chr2L:15005881-15006078	FBgn0040228	dyn-p25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0683	0.0773	0.072	0.0542	0.0615	0.0772	0.1042	0.0779	0.0615	0.0803	0.0807	0.0803	0.0767	0.0681	0.0554	0.0681	0.0646
chr2L	15007113	15007299	chr2L:15007114-15007299	FBgn0261881	l(2)35Be	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0519	0.0548	0.0589	0.0408	0.0329	0.0451	0.0895	0.0553	0.0329	0.0731	0.0691	0.0731	0.0434	0.0421	0.0451	0.0421	0.0511
chr2L	15007344	15007527	chr2L:15007345-15007527	FBgn0028926,FBgn0261881	NC2beta,l(2)35Be	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.0811	0.0865	0.0801	0.052	0.0723	0.1125	0.0973	0.052	0.1075	0.0949	0.1075	0.086	0.0789	0.0948	0.0789	0.0933
chr2L	15007759	15008164	chr2L:15007760-15008164	FBgn0028926,FBgn0261881	NC2beta,l(2)35Be	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1134	0.116	0.1279	0.0946	0.1082	0.1015	0.1514	0.1352	0.1082	0.1649	0.1338	0.1649	0.1216	0.1041	0.1012	0.1041	0.1141
chr2L	15008741	15008892	chr2L:15008742-15008892	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0609	0.0292	0.0132	0.0764	0.0398	0.0882	0.0613	0.0764	0.0344	0.0376	0.0344	0.024	0.013	0.0174	0.013	0.013
chr2L	15008980	15009188	chr2L:15008981-15009188	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.088	0.0464	0.0248	0.0944	0.0684	0.1276	0.0813	0.0944	0.0592	0.0534	0.0592	0.0426	0.0268	0.0277	0.0268	0.0229
chr2L	15009331	15009532	chr2L:15009332-15009532	FBgn0001974,FBgn0261882	l(2)35Bc,l(2)35Bd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0628	0.0693	0.0671	0.0507	0.052	0.0612	0.0999	0.0726	0.052	0.0882	0.072	0.0882	0.0643	0.0559	0.0522	0.0559	0.0537
chr2L	15009650	15009826	chr2L:15009651-15009826	FBgn0001974,FBgn0261882	l(2)35Bc,l(2)35Bd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.1099	0.1311	0.1074	0.0806	0.1175	0.1285	0.1379	0.0806	0.1679	0.1473	0.1679	0.117	0.1156	0.1128	0.1156	0.1167
chr2L	15009881	15010107	chr2L:15009882-15010107	FBgn0001974,FBgn0261882	l(2)35Bc,l(2)35Bd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.1252	0.1345	0.1033	0.087	0.134	0.1488	0.1552	0.087	0.1727	0.1469	0.1727	0.1394	0.1179	0.1096	0.1179	0.1167
chr2L	15011911	15012062	chr2L:15011912-15012062	FBgn0264438	CR43856	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0204	0.0159	0.0305	0.0148	0.0126	0.0355	0.024	0.0148	0.0163	0.0167	0.0163	0.0132	0.0115	0.0064	0.0115	0.0104
chr2L	15012712	15012878	chr2L:15012713-15012878	FBgn0264438	CR43856	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0417	0.0933	0.0157	0.0125	0.0891	0.0282	0.1881	0.0759	0.0891	0.0217	0.0174	0.0217	0.0116	0.0084	0.0129	0.0084	0.0094
chr2L	15013436	15013918	chr2L:15013437-15013918	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1048	0.2129	0.0584	0.035	0.1792	0.1301	0.3473	0.2332	0.1792	0.0773	0.0633	0.0773	0.0341	0.0268	0.0258	0.0268	0.0245
chr2L	15016235	15016386	chr2L:15016236-15016386	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0059	0.0051	0.0252	0.0011	0.0029	0.0125	0.0053	0.0011	0.0042	0.0026	0.0042	0.0039	0.0046	0.0045	0.0046	0.0073
chr2L	15017297	15017472	chr2L:15017298-15017472	FBgn0260446	GABA-B-R1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0278	0.0551	0.0145	0.0118	0.0308	0.0451	0.0753	0.0686	0.0308	0.0145	0.0177	0.0145	0.017	0.0038	0.0103	0.0038	0.0115
chr2L	15035330	15035520	chr2L:15035331-15035520	FBgn0041713	yellow-c	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0143	0.0216	0.0469	0.0074	0.0146	0.0229	0.0107	0.0074	0.0199	0.0238	0.0199	0.0364	0.01	0.0851	0.01	0.0709
chr2L	15038522	15038707	chr2L:15038523-15038707	FBgn0001977	l(2)35Bg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0542	0.0518	0.0629	0.0472	0.0297	0.0558	0.0675	0.0633	0.0297	0.067	0.0672	0.067	0.0767	0.049	0.0503	0.049	0.0714
chr2L	15038791	15038977	chr2L:15038792-15038977	FBgn0001977	l(2)35Bg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1295	0.1213	0.1619	0.1032	0.0657	0.1228	0.1613	0.1466	0.0657	0.1751	0.1913	0.1751	0.1766	0.1126	0.1167	0.1126	0.147
chr2L	15039083	15039273	chr2L:15039084-15039273	FBgn0001977,FBgn0004837	Su(H),l(2)35Bg	stage11,stage5	none	Su(H)_-403Su(H)	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0875	0.1265	0.0653	0.0679	0.1005	0.1038	0.1006	0.0679	0.1407	0.1418	0.1407	0.1356	0.0475	0.0825	0.0475	0.0855
chr2L	15039341	15039788	chr2L:15039342-15039788	FBgn0001977,FBgn0004837	Su(H),l(2)35Bg	stage11,stage14,stage5	none	Su(H)_-403Su(H)	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2338	0.245	0.2716	0.1798	0.2131	0.2646	0.3019	0.2665	0.2131	0.3327	0.2923	0.3327	0.2626	0.1738	0.1792	0.1738	0.2043
chr2L	15040036	15040232	chr2L:15040037-15040232	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0426	0.0724	0.0381	0.0143	0.0657	0.0544	0.1129	0.0746	0.0657	0.0574	0.0373	0.0574	0.0225	0.013	0.0129	0.013	0.0094
chr2L	15042319	15042555	chr2L:15042320-15042555	distal	distal	stage5	stage5	VT7689.1	VT7689.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.1289	0.0197	0.0088	0.1803	0.0413	0.2535	0.0819	0.1803	0.026	0.0212	0.026	0.0108	0.0054	0.0103	0.0054	0.0115
chr2L	15043852	15044023	chr2L:15043853-15044023	distal	distal	none	none	Su(H)_ASE5,VT7690.1	Su(H)_ASE5,VT7690.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0531	0.0462	0.0234	0.0361	0.0427	0.0744	0.068	0.0361	0.0374	0.063	0.0374	0.0287	0.0115	0.0393	0.0115	0.0198
chr2L	15054750	15054901	chr2L:15054751-15054901	distal	distal	none	none	Su(H)_+10/+16	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0334	0.0307	0.0398	0.0294	0.0138	0.032	0.0394	0.0393	0.0138	0.035	0.0469	0.035	0.0612	0.0176	0.0438	0.0176	0.0469
chr2L	15056572	15056723	chr2L:15056573-15056723	distal	distal	none	none	Su(H)_+10/+16	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0373	0.0449	0.0319	0.0347	0.0297	0.0369	0.0519	0.0726	0.0297	0.0139	0.046	0.0139	0.0465	0.013	0.0903	0.013	0.0245
chr2L	15057068	15057262	chr2L:15057069-15057262	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	Su(H)_+10/+16	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1747	0.156	0.232	0.1327	0.1007	0.1568	0.1631	0.2372	0.1007	0.2144	0.3196	0.2144	0.2293	0.0681	0.2579	0.0681	0.1339
chr2L	15057467	15057691	chr2L:15057468-15057691	FBgn0000317	ck	stage11,stage14,stage5	none	Su(H)_+10/+16	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1153	0.1109	0.1528	0.0791	0.0626	0.117	0.1189	0.1599	0.0626	0.1389	0.2148	0.1389	0.1348	0.0444	0.1528	0.0444	0.0943
chr2L	15057831	15058059	chr2L:15057832-15058059	FBgn0000317,FBgn0053679	CG33679,ck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1844	0.1807	0.2265	0.1423	0.1177	0.1976	0.2128	0.2312	0.1177	0.25	0.2752	0.25	0.2277	0.1225	0.2102	0.1225	0.1975
chr2L	15060662	15060883	chr2L:15060663-15060883	FBgn0010422	TfIIS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2247	0.2115	0.261	0.1996	0.1538	0.2374	0.253	0.2438	0.1538	0.3273	0.2833	0.3273	0.2603	0.2182	0.196	0.2182	0.222
chr2L	15061047	15061258	chr2L:15061048-15061258	FBgn0010422,FBgn0262526	TfIIS,vas	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1258	0.1138	0.1508	0.112	0.0785	0.1442	0.1254	0.1319	0.0785	0.2035	0.1608	0.2035	0.1325	0.1294	0.1244	0.1294	0.1178
chr2L	15061523	15061737	chr2L:15061524-15061737	FBgn0262526	vas	stage11,stage5	none	vas_minimalEnhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.119	0.1134	0.1414	0.1007	0.0679	0.1248	0.1345	0.1372	0.0679	0.1842	0.1524	0.1842	0.1387	0.1248	0.1115	0.1248	0.1073
chr2L	15065714	15065954	chr2L:15065715-15065954	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0655	0.039	0.0676	0.0926	0.0127	0.0617	0.0411	0.0406	0.0127	0.1425	0.0495	0.1425	0.0782	0.2404	0.0368	0.2404	0.1089
chr2L	15066612	15066763	chr2L:15066613-15066763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0385	0.0411	0.0416	0.0322	0.0276	0.0573	0.045	0.0446	0.0276	0.0743	0.0338	0.0743	0.0503	0.075	0.0181	0.075	0.038
chr2L	15067474	15067635	chr2L:15067475-15067635	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0667	0.0563	0.083	0.0603	0.035	0.0782	0.0567	0.066	0.035	0.1165	0.0887	0.1165	0.0875	0.1026	0.0671	0.1026	0.0672
chr2L	15067679	15067853	chr2L:15067680-15067853	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0853	0.0738	0.1076	0.0738	0.0445	0.0874	0.0839	0.0886	0.0445	0.1522	0.1122	0.1522	0.0991	0.0827	0.0825	0.0827	0.0844
chr2L	15067971	15068145	chr2L:15067972-15068145	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1942	0.1645	0.2365	0.1808	0.1092	0.2087	0.1639	0.2185	0.1092	0.3237	0.2408	0.3237	0.2401	0.1983	0.1921	0.1983	0.2178
chr2L	15074632	15074824	chr2L:15074633-15074824	FBgn0028879	CG15270	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.0193	0.0218	0.0627	0.0106	0.0243	0.0277	0.014	0.0106	0.0223	0.0145	0.0223	0.0263	0.0429	0.0148	0.0429	0.0323
chr2L	15075090	15075261	chr2L:15075091-15075261	FBgn0028879	CG15270	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0111	0.0168	0.0383	0.0042	0.0102	0.0199	0.01	0.0042	0.0181	0.0129	0.0181	0.0116	0.0138	0.0039	0.0138	0.0135
chr2L	15096675	15096826	chr2L:15096676-15096826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0255	0.0251	0.0124	0.0159	0.0248	0.0355	0.032	0.0159	0.0368	0.0318	0.0368	0.0201	0.0199	0.0103	0.0199	0.0141
chr2L	15096850	15097051	chr2L:15096851-15097051	distal	distal	none	none	VT7720.1	VT7720.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0432	0.0441	0.0553	0.029	0.0308	0.0403	0.0549	0.0586	0.0308	0.0707	0.0707	0.0707	0.0426	0.0421	0.0309	0.0421	0.0339
chr2L	15105847	15105998	chr2L:15105848-15105998	distal	distal	none	none	VT7724.1,VT7725.1	VT7724.1,VT7725.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0146	0.0115	0.0178	0.0146	0.0011	0.0102	0.0195	0.0153	0.0011	0.0314	0.0206	0.0314	0.0062	0.0383	0.0232	0.0383	0.0047
chr2L	15106272	15106423	chr2L:15106273-15106423	distal	distal	none	none	VT7725.1	VT7725.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0111	0.0106	0.0107	0.0121	0.0032	0.0112	0.0147	0.0133	0.0032	0.0175	0.0122	0.0175	0.0054	0.0322	0.0129	0.0322	0.0073
chr2L	15107214	15107447	chr2L:15107215-15107447	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7725.1,VT7726.1	VT7725.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0257	0.0152	0.0339	0.0284	0	0.0214	0.0203	0.0173	0	0.0507	0.0463	0.0507	0.0194	0.0796	0.0329	0.0796	0.0141
chr2L	15108770	15108921	chr2L:15108771-15108921	FBgn0028878	CG15269	none	none	VT7726.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0334	0.0301	0.0123	0.0201	0.0374	0.0389	0.0433	0.0201	0.0169	0.0566	0.0169	0.0124	0.0084	0.0264	0.0084	0.0068
chr2L	15109261	15109438	chr2L:15109262-15109438	FBgn0028878	CG15269	stage11,stage5	none	VT7726.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0569	0.0452	0.0872	0.0368	0.0244	0.0369	0.0441	0.0913	0.0244	0.0229	0.19	0.0229	0.0201	0.0061	0.136	0.0061	0.0109
chr2L	15111326	15111636	chr2L:15111327-15111636	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0856	0.0783	0.1178	0.0583	0.0233	0.1	0.0644	0.1332	0.0233	0.093	0.2093	0.093	0.0527	0.0398	0.1792	0.0398	0.0323
chr2L	15112821	15112972	chr2L:15112822-15112972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0287	0.0362	0.0216	0.0201	0.0243	0.0385	0.038	0.0201	0.0374	0.0444	0.0374	0.024	0.0237	0.0187	0.0237	0.025
chr2L	15113314	15113507	chr2L:15113315-15113507	FBgn0001978	stc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1838	0.1736	0.2076	0.1689	0.1082	0.2019	0.1959	0.2139	0.1082	0.2603	0.2334	0.2603	0.1975	0.1822	0.1805	0.1822	0.1855
chr2L	15113648	15113806	chr2L:15113649-15113806	FBgn0001978	stc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0611	0.0507	0.0739	0.0588	0.0244	0.0626	0.0584	0.0586	0.0244	0.0876	0.081	0.0876	0.0875	0.062	0.0625	0.062	0.0714
chr2L	15118437	15118588	chr2L:15118438-15118588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0155	0.0161	0.0159	0.0042	0.016	0.0173	0.0227	0.0042	0.0229	0.0164	0.0229	0.0186	0.013	0.0148	0.013	0.0167
chr2L	15151367	15151518	chr2L:15151368-15151518	distal	distal	none	none	VT7749.1	VT7749.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0079	0.0088	0.0047	0.0103	0.0032	0.0068	0.0186	0.006	0.0032	0.0066	0.0032	0.0066	0.0054	0.0061	0.0013	0.0061	0.0016
chr2L	15181343	15181494	chr2L:15181344-15181494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0091	0.0088	0.009	0.0096	0.0053	0.0058	0.0169	0.0053	0.0053	0.0187	0.0071	0.0187	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chr2L	15182887	15183038	chr2L:15182888-15183038	distal	distal	none	none	VT7764.1	VT7764.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0096	0.008	0.0114	0.0074	0.0068	0.0186	0.006	0.0074	0.0091	0.0068	0.0091	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0073
chr2L	15200517	15200668	chr2L:15200518-15200668	FBgn0028888	CG4168	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.017	0.0085	0.01	0.0343	0.0011	0.0063	0.0195	0.0053	0.0011	0.0091	0.009	0.0091	0.0101	0.01	0.0097	0.01	0.0162
chr2L	15219812	15219963	chr2L:15219813-15219963	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0132	0.0292	0.0055	0.0038	0.017	0.0078	0.0588	0.0333	0.017	0.0042	0.0084	0.0042	0.0023	0.0023	0.0058	0.0023	0.0016
chr2L	15227565	15227716	chr2L:15227566-15227716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0088	0.007	0.0077	0.0118	0.0064	0.0078	0.0108	0.0033	0.0064	0.0066	0.0048	0.0066	0.0178	0.0046	0.0026	0.0046	0.0057
chr2L	15228690	15228862	chr2L:15228691-15228862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.015	0.0117	0.0162	0.0173	0.0053	0.0121	0.0164	0.012	0.0053	0.0157	0.0116	0.0157	0.0418	0.0061	0.0045	0.0061	0.0453
chr2L	15245343	15245494	chr2L:15245344-15245494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0086	0.0067	0.0079	0.0116	0.0021	0.0029	0.0156	0.004	0.0021	0.0054	0.0064	0.0054	0.0054	0.0061	0.0032	0.0061	0.0094
chr2L	15248366	15248550	chr2L:15248367-15248550	FBgn0028862	dao	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0613	0.044	0.0603	0.0816	0.0297	0.0461	0.0476	0.058	0.0297	0.0525	0.0637	0.0525	0.1015	0.1026	0.0735	0.1026	0.1126
chr2L	15248780	15248959	chr2L:15248781-15248959	FBgn0028862	dao	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0601	0.0486	0.0544	0.0791	0.0361	0.0539	0.0502	0.0573	0.0361	0.0495	0.0614	0.0495	0.0767	0.0712	0.0716	0.0712	0.0948
chr2L	15254172	15254323	chr2L:15254173-15254323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0219	0.015	0.0177	0.0138	0.0243	0.0303	0.0227	0.0138	0.0097	0.0161	0.0097	0.0287	0.0077	0.0174	0.0077	0.0386
chr2L	15254533	15254723	chr2L:15254534-15254723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0366	0.0197	0.0322	0.0329	0.0398	0.051	0.032	0.0329	0.0151	0.0129	0.0151	0.0589	0.0299	0.029	0.0299	0.061
chr2L	15255991	15256142	chr2L:15255992-15256142	FBgn0027559,FBgn0259982	Pol32,l(2)35Cc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0313	0.04	0.0266	0.0106	0.0398	0.0307	0.0406	0.0106	0.0513	0.045	0.0513	0.0434	0.0299	0.0219	0.0299	0.036
chr2L	15256224	15256422	chr2L:15256225-15256422	FBgn0027559,FBgn0259982	Pol32,l(2)35Cc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0788	0.0719	0.0892	0.0751	0.0498	0.0883	0.0688	0.0973	0.0498	0.1087	0.1048	0.1087	0.093	0.0926	0.0793	0.0926	0.0813
chr2L	15256460	15256678	chr2L:15256461-15256678	FBgn0027559,FBgn0259982	Pol32,l(2)35Cc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.0709	0.0896	0.0834	0.052	0.0859	0.0692	0.0939	0.052	0.1057	0.1048	0.1057	0.0945	0.0972	0.0935	0.0972	0.0922
chr2L	15256729	15256880	chr2L:15256730-15256880	FBgn0027559,FBgn0259982	Pol32,l(2)35Cc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0368	0.0444	0.0295	0.0201	0.0354	0.0437	0.0506	0.0201	0.0495	0.0482	0.0495	0.0503	0.0345	0.0264	0.0345	0.0354
chr2L	15256948	15257099	chr2L:15256949-15257099	FBgn0259982	l(2)35Cc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0257	0.0244	0.0127	0.0117	0.0238	0.0372	0.0273	0.0117	0.0314	0.0235	0.0314	0.031	0.0138	0.0084	0.0138	0.0156
chr2L	15264211	15264362	chr2L:15264212-15264362	FBgn0045842	yuri	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0344	0.0227	0.0478	0.0326	0.0095	0.0272	0.0333	0.0207	0.0095	0.0586	0.0518	0.0586	0.0751	0.0337	0.0477	0.0337	0.0469
chr2L	15264604	15264855	chr2L:15264605-15264855	FBgn0045842	yuri	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1585	0.0771	0.2298	0.171	0.0382	0.135	0.0701	0.0686	0.0382	0.3279	0.2341	0.3279	0.316	0.2274	0.2108	0.2274	0.2621
chr2L	15271254	15271457	chr2L:15271255-15271457	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.0675	0.0584	0.0394	0.0562	0.0646	0.0947	0.0646	0.0562	0.0622	0.0633	0.0622	0.0573	0.0329	0.0406	0.0329	0.0485
chr2L	15271481	15271632	chr2L:15271482-15271632	FBgn0261268	Cul-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0738	0.0728	0.0533	0.0594	0.0752	0.0926	0.0826	0.0594	0.0755	0.0842	0.0755	0.0736	0.0528	0.06	0.0528	0.0631
chr2L	15271653	15271863	chr2L:15271654-15271863	FBgn0261268	Cul-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1617	0.1518	0.1892	0.1426	0.1029	0.1714	0.1769	0.1819	0.1029	0.2234	0.2061	0.2234	0.2091	0.1531	0.1709	0.1531	0.1605
chr2L	15271940	15272122	chr2L:15271941-15272122	FBgn0261268	Cul-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1682	0.1489	0.1973	0.1578	0.105	0.1728	0.1613	0.1805	0.105	0.2325	0.2183	0.2325	0.2177	0.1715	0.1844	0.1715	0.1652
chr2L	15272406	15272614	chr2L:15272407-15272614	FBgn0261268	Cul-3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1082	0.0901	0.1239	0.1113	0.0424	0.0922	0.1155	0.1146	0.0424	0.1455	0.1347	0.1455	0.1371	0.1072	0.1199	0.1072	0.1318
chr2L	15272745	15272896	chr2L:15272746-15272896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0385	0.0452	0.037	0.018	0.0427	0.0493	0.0433	0.018	0.0562	0.0521	0.0562	0.0488	0.0299	0.0432	0.0299	0.049
chr2L	15273826	15274006	chr2L:15273827-15274006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0673	0.0713	0.0783	0.0508	0.0392	0.0786	0.0917	0.0806	0.0392	0.1087	0.0817	0.1087	0.0806	0.0712	0.0496	0.0712	0.0756
chr2L	15274021	15274209	chr2L:15274022-15274209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0621	0.0718	0.0702	0.0423	0.0414	0.0757	0.0882	0.0866	0.0414	0.09	0.0772	0.09	0.0744	0.0536	0.04	0.0536	0.0672
chr2L	15288705	15288856	chr2L:15288706-15288856	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0087	0.0099	0.0169	0.0021	0.0097	0.0173	0.004	0.0021	0.0127	0.0132	0.0127	0.0077	0.0107	0.0522	0.0107	0.0052
chr2L	15300826	15300977	chr2L:15300827-15300977	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0184	0.0223	0.0235	0.0085	0.0106	0.0214	0.032	0.0266	0.0106	0.0193	0.035	0.0193	0.0194	0.0092	0.0155	0.0092	0.0057
chr2L	15306921	15307118	chr2L:15306922-15307118	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0428	0.0542	0.0575	0.0139	0.0297	0.0451	0.0696	0.0833	0.0297	0.0743	0.0765	0.0743	0.0271	0.0237	0.0155	0.0237	0.0078
chr2L	15307220	15307383	chr2L:15307221-15307383	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0236	0.0286	0.0153	0.0106	0.0238	0.0285	0.0353	0.0106	0.0489	0.0315	0.0489	0.0147	0.0498	0.0123	0.0498	0.0047
chr2L	15309849	15310000	chr2L:15309850-15310000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.008	0.0133	0.0143	0.0011	0.0092	0.0095	0.0093	0.0011	0.0066	0.0244	0.0066	0.0085	0.0077	0.0458	0.0077	0.0068
chr2L	15310291	15310442	chr2L:15310292-15310442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0123	0.0199	0.0092	0.0042	0.0083	0.0186	0.0213	0.0042	0.0115	0.0383	0.0115	0.0085	0.0046	0.0251	0.0046	0.0052
chr2L	15310559	15310710	chr2L:15310560-15310710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0197	0.0206	0.0077	0.0042	0.0194	0.026	0.0286	0.0042	0.0121	0.0405	0.0121	0.0085	0.0031	0.0226	0.0031	0.0036
chr2L	15311026	15311408	chr2L:15311027-15311408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0427	0.0852	0.0315	0.0075	0.0604	0.0364	0.0908	0.1939	0.0604	0.0187	0.0588	0.0187	0.0085	0.0054	0.0206	0.0054	0.0042
chr2L	15313627	15313954	chr2L:15313628-15313954	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0502	0.1084	0.0319	0.0052	0.0689	0.0447	0.1328	0.2312	0.0689	0.0193	0.0611	0.0193	0.0046	0.0046	0.011	0.0046	0.0031
chr2L	15314651	15314891	chr2L:15314652-15314891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0297	0.0348	0.0429	0.0096	0.0223	0.0233	0.0549	0.042	0.0223	0.0423	0.0765	0.0423	0.0085	0.0138	0.0206	0.0138	0.0068
chr2L	15315198	15315349	chr2L:15315199-15315349	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0246	0.0364	0.0096	0.0064	0.0223	0.0359	0.0366	0.0064	0.0338	0.0601	0.0338	0.017	0.0084	0.0174	0.0084	0.0083
chr2L	15315410	15315561	chr2L:15315411-15315561	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0239	0.0254	0.0353	0.0097	0.0042	0.0272	0.0381	0.0313	0.0042	0.038	0.0511	0.038	0.0248	0.0061	0.0181	0.0061	0.0073
chr2L	15315898	15316049	chr2L:15315899-15316049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0165	0.0172	0.0237	0.0078	0.0053	0.0155	0.0251	0.0233	0.0053	0.0236	0.027	0.0236	0.0418	0.0054	0.0077	0.0054	0.013
chr2L	15316195	15316346	chr2L:15316196-15316346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0194	0.0269	0.0235	0.0065	0.0127	0.0223	0.0337	0.0413	0.0127	0.0181	0.0286	0.0181	0.0395	0.0046	0.011	0.0046	0.0083
chr2L	15317309	15317460	chr2L:15317310-15317460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0163	0.0131	0.0279	0.0071	0.0042	0.0117	0.0208	0.0127	0.0042	0.0205	0.0412	0.0205	0.0263	0.0015	0.0123	0.0015	0.0094
chr2L	15317497	15317696	chr2L:15317498-15317696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0184	0.0372	0.0092	0.0053	0.018	0.026	0.024	0.0053	0.0374	0.0489	0.0374	0.0372	0.0038	0.0148	0.0038	0.012
chr2L	15319168	15319319	chr2L:15319169-15319319	FBgn0041103	nht	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0285	0.0244	0.011	0.0159	0.0272	0.0342	0.0413	0.0159	0.0145	0.0315	0.0145	0.0225	0.0077	0.0148	0.0077	0.0089
chr2L	15319747	15320207	chr2L:15319748-15320207	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0937	0.1737	0.0793	0.0202	0.1845	0.0777	0.2907	0.1972	0.1845	0.0296	0.145	0.0296	0.0395	0.0138	0.0393	0.0138	0.0099
chr2L	15323257	15323499	chr2L:15323258-15323499	distal	distal	stage5	stage5	VT7841.1	VT7841.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0485	0.1003	0.0339	0.0067	0.0583	0.0515	0.0757	0.2605	0.0583	0.0121	0.0653	0.0121	0.0217	0.0023	0.0174	0.0023	0.0036
chr2L	15324096	15324328	chr2L:15324097-15324328	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT7841.1,VT7842.1	VT7841.1,VT7842.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0508	0.0747	0.0659	0.0077	0.0403	0.0772	0.0839	0.1066	0.0403	0.0284	0.0875	0.0284	0.1348	0.0084	0.011	0.0084	0.0089
chr2L	15324416	15324707	chr2L:15324417-15324707	distal	distal	stage5	stage5	VT7842.1	VT7842.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0747	0.1469	0.0614	0.0086	0.1092	0.1044	0.1432	0.2871	0.1092	0.0326	0.0891	0.0326	0.0906	0.01	0.0129	0.01	0.0083
chr2L	15325017	15325356	chr2L:15325018-15325356	distal	distal	stage5	stage5	VT7842.1,VT7843.1	VT7842.1,VT7843.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0484	0.098	0.036	0.0067	0.0626	0.0529	0.1025	0.2085	0.0626	0.0272	0.0601	0.0272	0.0225	0.0054	0.0116	0.0054	0.0063
chr2L	15325986	15326192	chr2L:15325987-15326192	distal	distal	stage5	stage5	VT7843.1	VT7843.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0549	0.1138	0.036	0.0097	0.0933	0.0466	0.1968	0.1299	0.0933	0.0193	0.0666	0.0193	0.0194	0.0077	0.0187	0.0077	0.0021
chr2L	15327034	15327353	chr2L:15327035-15327353	distal	distal	stage11	stage11	VT7843.1	VT7843.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.047	0.046	0.0854	0.0058	0.0148	0.0714	0.0415	0.0606	0.0148	0.25	0.0621	0.25	0.0201	0.0061	0.0077	0.0061	0.0021
chr2L	15330813	15330964	chr2L:15330814-15330964	distal	distal	stage5	stage5	VT7846.1	VT7846.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0285	0.0575	0.0193	0.0061	0.0233	0.049	0.0584	0.1059	0.0233	0.0133	0.026	0.0133	0.0263	0.0031	0.011	0.0031	0.0047
chr2L	15331779	15331935	chr2L:15331780-15331935	distal	distal	none	none	VT7846.1,VT7847.1	VT7846.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0648	0.0468	0.0081	0.0201	0.0898	0.058	0.0959	0.0201	0.0713	0.0408	0.0713	0.0759	0.0069	0.0097	0.0069	0.013
chr2L	15332658	15332870	chr2L:15332659-15332870	distal	distal	none	none	VT7847.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.1037	0.1277	0.0769	0.071	0.1117	0.1194	0.1346	0.071	0.1486	0.154	0.1486	0.1263	0.0904	0.098	0.0904	0.0761
chr2L	15333625	15333896	chr2L:15333626-15333896	FBgn0001981	esg	stage11,stage14,stage5	none	VT7847.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2941	0.321	0.3275	0.2273	0.2927	0.2903	0.4027	0.3871	0.2927	0.349	0.4029	0.349	0.2943	0.2603	0.3082	0.2603	0.1636
chr2L	15339633	15339893	chr2L:15339634-15339893	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7850.1	VT7850.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.073	0.0442	0.0797	0.0979	0.018	0.0563	0.0588	0.0426	0.018	0.0996	0.0817	0.0996	0.1201	0.1493	0.0961	0.1493	0.136
chr2L	15341397	15341583	chr2L:15341398-15341583	distal	distal	stage11	stage11	VT7850.1,VT7851.1	VT7850.1,VT7851.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0286	0.0196	0.0572	0.0074	0.0095	0.0248	0.0186	0.0286	0.0095	0.0918	0.0826	0.0918	0.0155	0.0069	0.0155	0.0069	0.0042
chr2L	15341819	15341970	chr2L:15341820-15341970	distal	distal	stage11	stage11	VT7851.1	VT7851.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.02	0.0181	0.0305	0.0107	0.0106	0.0243	0.0208	0.0167	0.0106	0.0634	0.0347	0.0634	0.0132	0.0191	0.0181	0.0191	0.0078
chr2L	15343344	15343495	chr2L:15343345-15343495	distal	distal	none	none	VT7851.1	VT7851.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.012	0.0174	0.0153	0.0042	0.0136	0.0143	0.016	0.0042	0.0242	0.0228	0.0242	0.0101	0.01	0.038	0.01	0.0109
chr2L	15343838	15343989	chr2L:15343839-15343989	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0106	0.0082	0.0109	0.0128	0	0.0087	0.0108	0.0133	0	0.0085	0.0167	0.0085	0.0077	0.0054	0.04	0.0054	0.0047
chr2L	15344073	15344224	chr2L:15344074-15344224	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0099	0.0077	0.0104	0.0117	0.0032	0.0073	0.0125	0.0087	0.0032	0.0097	0.0138	0.0097	0.0101	0.0061	0.0348	0.0061	0.0068
chr2L	15352605	15352756	chr2L:15352606-15352756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.01	0.0087	0.011	0.0103	0.0032	0.0087	0.016	0.0073	0.0032	0.0072	0.0196	0.0072	0.0046	0.0031	0.0309	0.0031	0.0073
chr2L	15354479	15354630	chr2L:15354480-15354630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.0111	0.018	0.011	0.0053	0.0136	0.0156	0.012	0.0053	0.0121	0.0312	0.0121	0.0054	0.0031	0.0316	0.0031	0.0057
chr2L	15361846	15361997	chr2L:15361847-15361997	FBgn0032563	CG15258	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0129	0.0128	0.0174	0.0079	0.0074	0.0117	0.0203	0.014	0.0074	0.0115	0.028	0.0115	0.0147	0.0046	0.0232	0.0046	0.0036
chr2L	15362381	15362545	chr2L:15362382-15362545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0292	0.0155	0.0075	0.0127	0.0209	0.0337	0.054	0.0127	0.0133	0.0257	0.0133	0.0054	0.0031	0.0181	0.0031	0.0073
chr2L	15364518	15364669	chr2L:15364519-15364669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0127	0.0157	0.0091	0.0032	0.0102	0.0186	0.0207	0.0032	0.0109	0.026	0.0109	0.0108	0.0038	0.0297	0.0038	0.0036
chr2L	15369880	15370031	chr2L:15369881-15370031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0142	0.0241	0.0135	0.0021	0.0136	0.0173	0.0233	0.0021	0.0121	0.0141	0.0121	0.007	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr2L	15370351	15370611	chr2L:15370352-15370611	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0594	0.0501	0.0685	0.0599	0.0265	0.0558	0.0718	0.046	0.0265	0.0501	0.0399	0.0501	0.0155	0.0191	0.0135	0.0191	0.0125
chr2L	15370634	15370894	chr2L:15370635-15370894	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0527	0.054	0.0513	0.0528	0.0286	0.0597	0.0796	0.0453	0.0286	0.0374	0.028	0.0374	0.017	0.01	0.0116	0.01	0.0104
chr2L	15371299	15371482	chr2L:15371300-15371482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0307	0.0192	0.0233	0.0148	0.0238	0.0502	0.036	0.0148	0.0139	0.017	0.0139	0.0046	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2L	15371507	15371658	chr2L:15371508-15371658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0201	0.0178	0.0185	0.0085	0.016	0.0298	0.028	0.0085	0.0127	0.0135	0.0127	0.0031	0.0038	0.0026	0.0038	0.0052
chr2L	15372106	15372257	chr2L:15372107-15372257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0115	0.0084	0.0192	0.0074	0.0112	0.0138	0.0147	0.0074	0.0048	0.0071	0.0048	8e-04	0.0046	0.0026	0.0046	0.0057
chr2L	15379701	15379950	chr2L:15379702-15379950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0359	0.0119	0.0045	0.0244	0.0277	0.0536	0.0393	0.0244	0.0085	0.0141	0.0085	0.0108	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr2L	15379959	15380110	chr2L:15379960-15380110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0183	0.033	0.0141	0.0065	0.0244	0.0209	0.0549	0.0286	0.0244	0.0103	0.0203	0.0103	0.0093	0.0023	0.0097	0.0023	0.0057
chr2L	15385202	15385423	chr2L:15385203-15385423	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.048	0.0447	0.0702	0.0273	0.0286	0.0233	0.0588	0.0786	0.0286	0.0121	0.1569	0.0121	0.0194	0.0092	0.0909	0.0092	0.0083
chr2L	15385982	15386142	chr2L:15385983-15386142	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0384	0.0212	0.0569	0.0375	0.0138	0.0252	0.0195	0.032	0.0138	0.0163	0.1209	0.0163	0.0163	0.0168	0.1244	0.0168	0.0089
chr2L	15386408	15386575	chr2L:15386409-15386575	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0168	0.0435	0.0238	0.0085	0.0175	0.0264	0.0167	0.0085	0.0139	0.0875	0.0139	0.0155	0.0138	0.0741	0.0138	0.013
chr2L	15387012	15387245	chr2L:15387013-15387245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.0282	0.0313	0.0159	0.018	0.017	0.0489	0.028	0.018	0.0181	0.0601	0.0181	0.0077	0.0046	0.0484	0.0046	0.0089
chr2L	15400463	15400614	chr2L:15400464-15400614	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.006	0.0126	0.0166	0.0021	0.0073	0.0082	0.0047	0.0021	0.0036	0.026	0.0036	0.0023	0.0077	0.0542	0.0077	0.0057
chr2L	15406934	15407225	chr2L:15406935-15407225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0197	0.0222	0.0131	0.0085	0.015	0.0333	0.0193	0.0085	0.0042	0.0479	0.0042	0.0046	0.0015	0.0496	0.0015	0.0042
chr2L	15408032	15408398	chr2L:15408033-15408398	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.0181	0.0372	0.0174	0.0148	0.015	0.0255	0.02	0.0148	0.0121	0.0717	0.0121	0.0263	0.0046	0.058	0.0046	0.0094
chr2L	15408571	15408722	chr2L:15408572-15408722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0084	0.0087	0.0089	0.0077	0.0074	0.0058	0.013	0.0087	0.0074	0.0048	0.0164	0.0048	0.0039	0.0023	0.0271	0.0023	0.0031
chr2L	15408859	15409010	chr2L:15408860-15409010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0078	0.007	0.0077	0.0089	0.0064	0.0068	0.0099	0.0067	0.0064	0.0048	0.0129	0.0048	0.0054	0.0015	0.0316	0.0015	0.0021
chr2L	15409087	15409238	chr2L:15409088-15409238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0088	0.0079	0.0076	0.011	0.0053	0.0058	0.0117	0.0093	0.0053	0.0054	0.0135	0.0054	0.0023	0.0023	0.0393	0.0023	0.0036
chr2L	15409460	15409611	chr2L:15409461-15409611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.009	0.0137	0.0139	0.0138	0.0044	0.0169	0.0053	0.0138	0.0079	0.0244	0.0079	0.0054	0.0015	0.0496	0.0015	0.0068
chr2L	15412295	15412446	chr2L:15412296-15412446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0093	0.0107	0.0132	0.0064	0.0112	0.0147	0.006	0.0064	0.0072	0.0145	0.0072	0.007	0.0038	0.0181	0.0038	0.0047
chr2L	15414047	15414198	chr2L:15414048-15414198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0117	0.0138	0.0179	0.0026	0.0042	0.017	0.0156	0.0193	0.0042	0.0169	0.0277	0.0169	0.0077	0.0031	0.0045	0.0031	0.001
chr2L	15414353	15414504	chr2L:15414354-15414504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0178	0.0177	0.0294	0.0053	0.0074	0.0209	0.0208	0.0207	0.0074	0.0217	0.0502	0.0217	0.0201	0.0038	0.011	0.0038	0.0031
chr2L	15416066	15416321	chr2L:15416067-15416321	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.0374	0.0605	0.0244	0.018	0.0442	0.0346	0.0613	0.018	0.0314	0.1109	0.0314	0.0294	0.0054	0.0767	0.0054	0.0099
chr2L	15416592	15416765	chr2L:15416593-15416765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0122	0.0251	0.0169	0.0042	0.0141	0.0156	0.0147	0.0042	0.0097	0.0476	0.0097	0.017	0.0054	0.0484	0.0054	0.0089
chr2L	15416979	15417130	chr2L:15416980-15417130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0128	0.0181	0.0114	0.0042	0.0107	0.0221	0.0147	0.0042	0.0109	0.0305	0.0109	0.0101	0.0023	0.0277	0.0023	0.0094
chr2L	15422483	15422634	chr2L:15422484-15422634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.019	0.0178	0.0247	0.0141	0.0085	0.015	0.0285	0.022	0.0085	0.0127	0.0283	0.0127	0.0108	0.0054	0.0335	0.0054	0.0052
chr2L	15425618	15426115	chr2L:15425619-15426115	FBgn0001983	wor	stage11,stage14	none	wor_CRM3	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0924	0.0376	0.1157	0.1281	0.0127	0.0578	0.0415	0.0386	0.0127	0.0942	0.101	0.0942	0.0689	0.2221	0.2141	0.2221	0.099
chr2L	15426671	15426822	chr2L:15426672-15426822	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0173	0.042	0.0134	0.0042	0.0199	0.0199	0.026	0.0042	0.0284	0.0309	0.0284	0.0147	0.0092	0.011	0.0092	0.0073
chr2L	15426864	15427107	chr2L:15426865-15427107	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0393	0.0305	0.0617	0.0245	0.0053	0.033	0.0372	0.0493	0.0053	0.0302	0.0473	0.0302	0.017	0.01	0.0103	0.01	0.0047
chr2L	15427991	15428142	chr2L:15427992-15428142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0159	0.0174	0.0201	0.0097	0.0095	0.0117	0.0234	0.032	0.0095	0.0133	0.0219	0.0133	0.0093	0.0054	0.0161	0.0054	0.0078
chr2L	15428375	15428526	chr2L:15428376-15428526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0157	0.0113	0.0171	0.0191	0.0053	0.0097	0.0156	0.0147	0.0053	0.0145	0.0209	0.0145	0.0139	0.0084	0.0458	0.0084	0.0135
chr2L	15429717	15429886	chr2L:15429718-15429886	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0147	0.0435	0.0473	0.0042	0.0194	0.0164	0.014	0.0042	0.0211	0.0251	0.0211	0.0155	0.01	0.0097	0.01	0.0099
chr2L	15430523	15430674	chr2L:15430524-15430674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0137	0.0087	0.0117	0.0216	0.0053	0.0092	0.0121	0.0093	0.0053	0.0139	0.0129	0.0139	0.007	0.0735	0.0129	0.0735	0.0047
chr2L	15434979	15435130	chr2L:15434980-15435130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0175	0.0153	0.017	0.0203	0.0074	0.0087	0.0324	0.01	0.0074	0.0097	0.0145	0.0097	0.0046	0.0023	0.0064	0.0023	0.0047
chr2L	15435943	15436170	chr2L:15435944-15436170	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7902.1	VT7902.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0448	0.0181	0.0542	0.0645	0.0095	0.0233	0.0272	0.0107	0.0095	0.0236	0.0196	0.0236	0.0178	0.0054	0.0123	0.0054	0.013
chr2L	15438615	15439042	chr2L:15438616-15439042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0577	0.0896	0.0534	0.0269	0.0509	0.0636	0.122	0.1326	0.0509	0.0284	0.0814	0.0284	0.0333	0.0176	0.0322	0.0176	0.0182
chr2L	15439081	15439298	chr2L:15439082-15439298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0429	0.0639	0.0429	0.0194	0.0371	0.0539	0.0852	0.0853	0.0371	0.0272	0.065	0.0272	0.0263	0.0123	0.02	0.0123	0.0151
chr2L	15442075	15442275	chr2L:15442076-15442275	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT7905.1,VT7906.1	VT7905.1,VT7906.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0415	0.0228	0.0407	0.0631	0.0138	0.0267	0.0285	0.0253	0.0138	0.0157	0.0248	0.0157	0.0201	0.0092	0.0187	0.0092	0.0261
chr2L	15442521	15442782	chr2L:15442522-15442782	distal	distal	stage11	stage11	VT7905.1,VT7906.1	VT7905.1,VT7906.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0391	0.0279	0.0453	0.0447	0.0074	0.0306	0.0394	0.0273	0.0074	0.0223	0.0267	0.0223	0.0139	0.0069	0.0129	0.0069	0.0172
chr2L	15454037	15454244	chr2L:15454038-15454244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0253	0.0142	0.0283	0.0343	0.0042	0.0262	0.0164	0.008	0.0042	0.0574	0.0225	0.0574	0.0163	0.0965	0.0161	0.0965	0.0219
chr2L	15454251	15454402	chr2L:15454252-15454402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0182	0.0116	0.0208	0.0226	0.0021	0.0184	0.0156	0.008	0.0021	0.0405	0.0151	0.0405	0.0163	0.0436	0.0084	0.0436	0.0188
chr2L	15454947	15455115	chr2L:15454948-15455115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0191	0.0147	0.0234	0.0195	0.0021	0.0189	0.0229	0.0113	0.0021	0.0296	0.0193	0.0296	0.0201	0.0145	0.0077	0.0145	0.0281
chr2L	15457781	15458051	chr2L:15457782-15458051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.057	0.0543	0.0976	0.0155	0.0106	0.0757	0.0389	0.1013	0.0106	0.215	0.1042	0.215	0.0108	0.0161	0.0123	0.0161	0.0073
chr2L	15458436	15458609	chr2L:15458437-15458609	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0445	0.0496	0.0716	0.0092	0.0201	0.0718	0.0394	0.0713	0.0201	0.1473	0.0791	0.1473	0.0093	0.0069	0.0077	0.0069	0.0031
chr2L	15465074	15465225	chr2L:15465075-15465225	distal	distal	none	none	VT7914.1	VT7914.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0136	0.0213	0.0196	0.0074	0.0141	0.0203	0.0147	0.0074	0.0109	0.0331	0.0109	0.0178	0.013	0.0451	0.013	0.0224
chr2L	15465433	15465584	chr2L:15465434-15465584	distal	distal	none	none	VT7914.1	VT7914.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0164	0.0162	0.0184	0.0145	0.0032	0.018	0.026	0.0153	0.0032	0.0193	0.0251	0.0193	0.0132	0.0092	0.0316	0.0092	0.0182
chr2L	15466542	15466693	chr2L:15466543-15466693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.013	0.0196	0.0137	0.005	0.0085	0.0282	0.0242	0.0167	0.0085	0.0121	0.0154	0.0121	0.0201	0.0069	0.0077	0.0069	0.0047
chr2L	15469241	15469392	chr2L:15469242-15469392	distal	distal	none	none	sna	sna	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.015	0.0169	0.016	0.0085	0.0141	0.0212	0.0173	0.0085	0.0097	0.0228	0.0097	0.0062	0.0061	0.0071	0.0061	0.0042
chr2L	15470698	15471099	chr2L:15470699-15471099	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT7918.1	VT7918.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.093	0.1285	0.1199	0.0237	0.0954	0.101	0.1726	0.1792	0.0954	0.0598	0.1997	0.0598	0.0178	0.0107	0.0213	0.0107	0.0078
chr2L	15471579	15471769	chr2L:15471580-15471769	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT7918.1	VT7918.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0549	0.0865	0.0608	0.0132	0.0647	0.0655	0.1151	0.1272	0.0647	0.0229	0.1219	0.0229	0.0225	0.0123	0.0239	0.0123	0.0141
chr2L	15475191	15475342	chr2L:15475192-15475342	distal	distal	none	none	VT7920.1,sna_dl_mel	VT7920.1,sna_dl_mel	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0305	0.0641	0.0192	0.0053	0.0509	0.0311	0.0783	0.1193	0.0509	0.0121	0.0286	0.0121	0.0124	0.0038	0.0052	0.0038	0.0052
chr2L	15477001	15477210	chr2L:15477002-15477210	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0392	0.0703	0.0322	0.0121	0.0901	0.0738	0.0986	0.0446	0.0901	0.0272	0.0418	0.0272	0.0124	0.0031	0.0142	0.0031	0.0104
chr2L	15477376	15477583	chr2L:15477377-15477583	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0357	0.0649	0.0289	0.0104	0.0891	0.0699	0.0835	0.038	0.0891	0.0272	0.0363	0.0272	0.0155	0.0038	0.0116	0.0038	0.0099
chr2L	15477727	15477879	chr2L:15477728-15477879	FBgn0003448	sna	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0401	0.0713	0.0346	0.0113	0.0795	0.0869	0.0904	0.046	0.0795	0.0338	0.0408	0.0338	0.024	0.0046	0.0097	0.0046	0.0068
chr2L	15478173	15478460	chr2L:15478174-15478460	FBgn0003448	sna	stage11,stage14,stage5	none	sna_A1.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.235	0.2955	0.2813	0.1166	0.2397	0.3053	0.3663	0.3324	0.2397	0.2977	0.3312	0.2977	0.1782	0.1187	0.1367	0.1187	0.0537
chr2L	15478690	15478841	chr2L:15478691-15478841	FBgn0003448	sna	stage11,stage14	none	sna_A1.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0585	0.0648	0.0819	0.0258	0.0371	0.083	0.0748	0.072	0.0371	0.1473	0.0659	0.1473	0.0349	0.0567	0.0155	0.0567	0.013
chr2L	15479896	15480073	chr2L:15479897-15480073	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0541	0.129	0.023	0.0046	0.1569	0.0515	0.2669	0.0733	0.1569	0.0169	0.0277	0.0169	0.0178	0.0015	0.0064	0.0015	0.0036
chr2L	15480685	15480836	chr2L:15480686-15480836	distal	distal	stage11	stage11	VT7922.1	VT7922.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0378	0.0608	0.0421	0.0072	0.0382	0.0461	0.0662	0.1146	0.0382	0.0169	0.0733	0.0169	0.0085	0.0054	0.0135	0.0054	0.0036
chr2L	15480887	15481038	chr2L:15480888-15481038	distal	distal	stage11	stage11	VT7922.1	VT7922.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0407	0.0522	0.0582	0.0086	0.0308	0.0413	0.0571	0.1026	0.0308	0.032	0.0916	0.032	0.017	0.0092	0.0181	0.0092	0.0021
chr2L	15481354	15481505	chr2L:15481355-15481505	distal	distal	none	none	VT7922.1	VT7922.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.024	0.0234	0.0406	0.0064	0.0106	0.0252	0.0272	0.03	0.0106	0.0284	0.0601	0.0284	0.0139	0.0054	0.0097	0.0054	0.0042
chr2L	15482122	15482388	chr2L:15482123-15482388	distal	distal	stage5	stage5	VT7922.1,sna_2	VT7922.1,sna_2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0578	0.1115	0.0467	0.01	0.0795	0.0995	0.1354	0.1559	0.0795	0.0374	0.0553	0.0374	0.0108	0.0031	0.0052	0.0031	0.0078
chr2L	15482845	15482996	chr2L:15482846-15482996	distal	distal	none	none	VT7922.1	VT7922.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0319	0.0556	0.0316	0.0057	0.0244	0.0398	0.0675	0.0999	0.0244	0.0223	0.0489	0.0223	0.0062	0.0054	0.0058	0.0054	0.0047
chr2L	15483822	15484005	chr2L:15483823-15484005	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.028	0.0353	0.0348	0.0124	0.0223	0.0393	0.0467	0.0373	0.0223	0.0223	0.0482	0.0223	0.0387	0.0069	0.0168	0.0069	0.0141
chr2L	15484107	15484347	chr2L:15484108-15484347	FBgn0020371	Tim17b2	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.026	0.0241	0.0307	0.0231	0.0148	0.0296	0.0281	0.0253	0.0148	0.0163	0.0431	0.0163	0.0403	0.0069	0.0438	0.0069	0.0297
chr2L	15485708	15485957	chr2L:15485709-15485957	distal	distal	stage5	stage5	sna_ShadowEnhancer	sna_ShadowEnhancer	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0669	0.1604	0.0253	0.0081	0.1569	0.083	0.2496	0.2072	0.1569	0.0097	0.0476	0.0097	0.0132	0.0015	0.0155	0.0015	0.0052
chr2L	15486020	15486171	chr2L:15486021-15486171	distal	distal	stage5	stage5	sna_ShadowEnhancer	sna_ShadowEnhancer	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0398	0.0978	0.0124	0.0049	0.1145	0.0854	0.1479	0.0726	0.1145	0.0091	0.0177	0.0091	0.007	0.0038	0.0084	0.0038	0.0031
chr2L	15486337	15486597	chr2L:15486338-15486597	distal	distal	stage5	stage5	sna_ShadowEnhancer	sna_ShadowEnhancer	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.052	0.1066	0.036	0.0086	0.1039	0.1602	0.1094	0.0733	0.1039	0.0326	0.0431	0.0326	0.0465	0.0038	0.0116	0.0038	0.0089
chr2L	15486790	15486941	chr2L:15486791-15486941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0369	0.0724	0.0265	0.0086	0.0488	0.1252	0.0562	0.07	0.0488	0.0187	0.035	0.0187	0.0302	0.0038	0.0097	0.0038	0.0099
chr2L	15490272	15490437	chr2L:15490273-15490437	distal	distal	none	none	VT7926.1,sna_shadow	VT7926.1,sna_shadow	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0203	0.0225	0.0244	0.0138	0.0243	0.0268	0.022	0.0138	0.0163	0.0177	0.0163	0.0519	0.0077	0.0058	0.0077	0.0599
chr2L	15491258	15491727	chr2L:15491259-15491727	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.107	0.1569	0.0891	0.0707	0.1665	0.1456	0.186	0.1792	0.1665	0.1021	0.0685	0.1021	0.0209	0.0084	0.0148	0.0084	0.0162
chr2L	15491883	15492274	chr2L:15491884-15492274	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1792	0.2565	0.1742	0.0983	0.245	0.2825	0.2708	0.3178	0.245	0.2548	0.1559	0.2548	0.0271	0.0161	0.0232	0.0161	0.0193
chr2L	15498581	15498732	chr2L:15498582-15498732	FBgn0002524	lace	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0376	0.0496	0.0464	0.0148	0.0403	0.0493	0.0473	0.0148	0.0519	0.0492	0.0519	0.0635	0.0559	0.049	0.0559	0.0521
chr2L	15498948	15499172	chr2L:15498949-15499172	FBgn0002524	lace	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2255	0.1943	0.2731	0.208	0.1103	0.2364	0.2301	0.2258	0.1103	0.3231	0.29	0.3231	0.275	0.2113	0.2353	0.2113	0.2324
chr2L	15499257	15499408	chr2L:15499258-15499408	FBgn0002524	lace	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1003	0.0753	0.1294	0.0964	0.0318	0.0951	0.083	0.1006	0.0318	0.1461	0.1389	0.1461	0.1208	0.1057	0.1064	0.1057	0.1042
chr2L	15499499	15499711	chr2L:15499500-15499711	FBgn0002524	lace	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1601	0.1421	0.1986	0.1381	0.0732	0.1898	0.1375	0.1852	0.0732	0.2307	0.201	0.2307	0.1991	0.134	0.1412	0.134	0.1553
chr2L	15499733	15499884	chr2L:15499734-15499884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.101	0.1027	0.1277	0.0699	0.053	0.1359	0.1003	0.1366	0.053	0.1335	0.1257	0.1335	0.1441	0.0628	0.0593	0.0628	0.0792
chr2L	15500063	15500341	chr2L:15500064-15500341	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1028	0.075	0.1319	0.1021	0.0371	0.1073	0.0792	0.0779	0.0371	0.1256	0.1077	0.1256	0.2688	0.0704	0.0593	0.0704	0.21
chr2L	15501140	15501296	chr2L:15501141-15501296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0317	0.0211	0.0391	0.0354	0.0127	0.0257	0.032	0.0133	0.0127	0.029	0.0273	0.029	0.1092	0.0207	0.0116	0.0207	0.0954
chr2L	15501557	15501708	chr2L:15501558-15501708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0321	0.0277	0.0386	0.0299	0.0074	0.0335	0.0372	0.0326	0.0074	0.0386	0.0283	0.0386	0.0852	0.0145	0.0187	0.0145	0.0714
chr2L	15504644	15504824	chr2L:15504645-15504824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0541	0.0467	0.0566	0.0597	0.0265	0.0505	0.0593	0.0546	0.0265	0.0507	0.0695	0.0507	0.0682	0.0636	0.0567	0.0636	0.0839
chr2L	15536338	15536489	chr2L:15536339-15536489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0124	0.0254	0.0067	0.004	0.0064	0.0121	0.0588	0.0153	0.0064	0.006	0.0096	0.006	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	15537923	15538074	chr2L:15537924-15538074	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0122	0.0244	0.0074	0.0038	0.0244	0.0092	0.0428	0.03	0.0244	0.0079	0.008	0.0079	0.0077	0.0061	0.0026	0.0061	0.0031
chr2L	15552587	15552738	chr2L:15552588-15552738	FBgn0028370	kek3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.015	0.0183	0.0099	0.0169	0.0159	0.0102	0.0346	0.0133	0.0159	0.0187	0.0074	0.0187	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0031
chr2L	15557066	15557217	chr2L:15557067-15557217	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.005	0.0041	0.0095	0.0011	0.0053	0.0087	0.0033	0.0011	0.0048	0.0035	0.0048	0.0039	0.0069	0.0013	0.0069	0.0042
chr2L	15625660	15625811	chr2L:15625661-15625811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0087	0.0069	0.0118	0.0032	0.0068	0.0164	0.008	0.0032	0.006	0.0071	0.006	0.0015	8e-04	0.0039	8e-04	0.0047
chr2L	15629869	15630080	chr2L:15629870-15630080	FBgn0028518	CG18480	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0098	0.0272	0.0231	0.0064	0.0078	0.0169	0.008	0.0064	0.0211	0.0151	0.0211	0.0991	0.0069	0.009	0.0069	0.0667
chr2L	15643897	15644065	chr2L:15643898-15644065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0287	0.0106	0.0211	0.0572	0.0074	0.0102	0.0182	0.0053	0.0074	0.0115	0.0177	0.0115	0.0519	0.072	0.0522	0.072	0.062
chr2L	15728111	15728407	chr2L:15728112-15728407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0551	0.1082	0.0371	0.0157	0.1145	0.0956	0.1514	0.1039	0.1145	0.0248	0.0543	0.0248	0.0248	0.013	0.0168	0.013	0.0125
chr2L	15728910	15729061	chr2L:15728911-15729061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0358	0.0789	0.0198	0.0052	0.0901	0.0602	0.1228	0.0686	0.0901	0.0139	0.0293	0.0139	0.007	0.0061	0.0039	0.0061	0.0063
chr2L	15729198	15729383	chr2L:15729199-15729383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0915	0.0286	0.0078	0.1029	0.0684	0.1445	0.0813	0.1029	0.032	0.0344	0.032	0.0155	0.0092	0.009	0.0092	0.0068
chr2L	15729472	15729643	chr2L:15729473-15729643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0427	0.0882	0.0282	0.0078	0.0944	0.0626	0.1345	0.0906	0.0944	0.0296	0.0347	0.0296	0.0132	0.0084	0.0071	0.0084	0.0063
chr2L	15729668	15729819	chr2L:15729669-15729819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0381	0.0806	0.0232	0.0068	0.0859	0.0631	0.1168	0.0819	0.0859	0.0223	0.0277	0.0223	0.0139	0.0038	0.0084	0.0038	0.0052
chr2L	15729964	15730266	chr2L:15729965-15730266	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0562	0.1204	0.0349	0.0079	0.1283	0.0883	0.1933	0.1106	0.1283	0.0296	0.0434	0.0296	0.0225	0.0077	0.0052	0.0077	0.0078
chr2L	15730470	15730621	chr2L:15730471-15730621	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0388	0.0825	0.0244	0.0058	0.0848	0.068	0.1298	0.072	0.0848	0.0211	0.0315	0.0211	0.0101	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chr2L	15731118	15731307	chr2L:15731119-15731307	distal	distal	none	none	CycE_1.2lacZ	CycE_1.2lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.1008	0.0477	0.0081	0.088	0.0869	0.141	0.1073	0.088	0.0483	0.0627	0.0483	0.0163	0.0069	0.0097	0.0069	0.0078
chr2L	15731741	15732168	chr2L:15731742-15732168	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CycE_1.2lacZ	CycE_1.2lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2195	0.4059	0.1996	0.0331	0.3987	0.3694	0.4926	0.481	0.3987	0.212	0.2421	0.212	0.0759	0.0191	0.0445	0.0191	0.012
chr2L	15733242	15733435	chr2L:15733243-15733435	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0526	0.1004	0.0423	0.0106	0.0721	0.1073	0.1142	0.1386	0.0721	0.0254	0.0646	0.0254	0.0147	0.0077	0.0064	0.0077	0.0078
chr2L	15734024	15734177	chr2L:15734025-15734177	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0537	0.0937	0.0549	0.0075	0.0456	0.082	0.1142	0.1466	0.0456	0.0344	0.0913	0.0344	0.0163	0.0038	0.0103	0.0038	0.0042
chr2L	15735962	15736116	chr2L:15735963-15736116	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CycE_2.77-Pdel	CycE_2.77-Pdel	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.053	0.034	0.0099	0.0265	0.0665	0.0532	0.0746	0.0265	0.029	0.0389	0.029	0.0132	0.0054	0.0032	0.0054	0.0047
chr2L	15736648	15736859	chr2L:15736649-15736859	distal	distal	none	none	CycE_2.77-Pdel	CycE_2.77-Pdel	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0388	0.0698	0.0374	0.0057	0.0265	0.0927	0.0735	0.0919	0.0265	0.0411	0.0482	0.0411	0.0147	0.0054	0.0071	0.0054	0.0031
chr2L	15739005	15739156	chr2L:15739006-15739156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0318	0.0515	0.0331	0.0082	0.0414	0.0456	0.0675	0.0633	0.0414	0.0151	0.055	0.0151	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0073
chr2L	15741063	15741214	chr2L:15741064-15741214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0344	0.0695	0.0255	0.0047	0.0297	0.1112	0.067	0.068	0.0297	0.0278	0.0376	0.0278	0.0101	0.0054	0.0071	0.0054	0.0026
chr2L	15741676	15741827	chr2L:15741677-15741827	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0374	0.0558	0.0459	0.0075	0.0308	0.0553	0.0783	0.0673	0.0308	0.029	0.0849	0.029	0.0132	0.0054	0.009	0.0054	0.0036
chr2L	15742916	15743086	chr2L:15742917-15743086	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0843	0.1903	0.0456	0.0082	0.2153	0.1058	0.3036	0.1952	0.2153	0.0465	0.0675	0.0465	0.0194	0.0084	0.009	0.0084	0.0047
chr2L	15743163	15743431	chr2L:15743164-15743431	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1208	0.2713	0.0679	0.0107	0.245	0.2286	0.3391	0.3424	0.245	0.0827	0.0981	0.0827	0.0217	0.0069	0.0142	0.0069	0.0068
chr2L	15743853	15744075	chr2L:15743854-15744075	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1013	0.1729	0.1046	0.0178	0.1273	0.201	0.1765	0.2298	0.1273	0.1359	0.1547	0.1359	0.0395	0.0145	0.0355	0.0145	0.0115
chr2L	15745187	15745371	chr2L:15745188-15745371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0602	0.0552	0.0766	0.0478	0.0286	0.0573	0.0748	0.0613	0.0286	0.0646	0.1158	0.0646	0.0744	0.0452	0.0825	0.0452	0.0615
chr2L	15745603	15745811	chr2L:15745604-15745811	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1584	0.1497	0.1744	0.1507	0.1124	0.1689	0.16	0.1912	0.1124	0.1896	0.2077	0.1896	0.2029	0.1784	0.1786	0.1784	0.2251
chr2L	15746125	15746450	chr2L:15746126-15746450	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1212	0.164	0.1258	0.0684	0.1018	0.1854	0.1726	0.2239	0.1018	0.1618	0.1408	0.1618	0.1077	0.0704	0.0729	0.0704	0.1027
chr2L	15746629	15746780	chr2L:15746630-15746780	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0649	0.043	0.0758	0.0774	0.018	0.0534	0.0446	0.0613	0.018	0.0906	0.0839	0.0906	0.0968	0.0965	0.0896	0.0965	0.1042
chr2L	15746822	15747010	chr2L:15746823-15747010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1068	0.0698	0.127	0.1259	0.0339	0.082	0.0796	0.0873	0.0339	0.1528	0.1469	0.1528	0.1379	0.1447	0.1515	0.1447	0.1636
chr2L	15747238	15747398	chr2L:15747239-15747398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.1019	0.1492	0.1242	0.07	0.1141	0.1185	0.1213	0.07	0.1842	0.1646	0.1842	0.158	0.1271	0.1393	0.1271	0.1527
chr2L	15747556	15747722	chr2L:15747557-15747722	FBgn0010382	CycE	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1599	0.1417	0.1968	0.1398	0.0965	0.1612	0.1609	0.1772	0.0965	0.2252	0.2338	0.2252	0.2029	0.1394	0.1618	0.1394	0.1839
chr2L	15747748	15748018	chr2L:15747749-15748018	FBgn0010382	CycE	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.139	0.1381	0.1671	0.1092	0.0859	0.149	0.1579	0.1799	0.0859	0.18	0.201	0.18	0.1727	0.1225	0.1412	0.1225	0.1397
chr2L	15748087	15748267	chr2L:15748088-15748267	FBgn0010382	CycE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1646	0.1538	0.2041	0.1334	0.0933	0.1704	0.1691	0.2105	0.0933	0.2331	0.2428	0.2331	0.1882	0.1631	0.1547	0.1631	0.198
chr2L	15750746	15750897	chr2L:15750747-15750897	FBgn0001989	l(2)35Di	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0572	0.0744	0.0535	0.0297	0.0646	0.0727	0.066	0.0297	0.0936	0.0846	0.0936	0.0682	0.0544	0.0509	0.0544	0.0651
chr2L	15751032	15751215	chr2L:15751033-15751215	FBgn0001989,FBgn0003936	l(2)35Di,snRNA:U5:35D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1531	0.1655	0.1685	0.1223	0.1209	0.1893	0.1938	0.1812	0.1209	0.1987	0.1916	0.1987	0.1696	0.1317	0.1367	0.1317	0.1428
chr2L	15751521	15751699	chr2L:15751522-15751699	FBgn0001989,FBgn0003936	l(2)35Di,snRNA:U5:35D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0976	0.0518	0.024	0.0827	0.0947	0.1224	0.1146	0.0827	0.0652	0.0531	0.0652	0.0511	0.026	0.0277	0.026	0.0297
chr2L	15752165	15752361	chr2L:15752166-15752361	FBgn0001986,FBgn0003936	l(2)35Df,snRNA:U5:35D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0966	0.098	0.1124	0.0778	0.0636	0.099	0.1202	0.1179	0.0636	0.1486	0.1193	0.1486	0.1154	0.0796	0.0812	0.0796	0.1001
chr2L	15760712	15760881	chr2L:15760713-15760881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0527	0.0464	0.0703	0.0404	0.0212	0.049	0.0567	0.0633	0.0212	0.0254	0.1318	0.0254	0.0465	0.0214	0.1231	0.0214	0.0234
chr2L	15761496	15761775	chr2L:15761497-15761775	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0775	0.1009	0.0824	0.0458	0.0689	0.0801	0.1324	0.1359	0.0689	0.0344	0.1444	0.0344	0.0503	0.0322	0.0922	0.0322	0.0318
chr2L	15761846	15762009	chr2L:15761847-15762009	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0777	0.0918	0.0949	0.043	0.0795	0.0665	0.1133	0.1286	0.0795	0.0314	0.174	0.0314	0.0689	0.0253	0.1025	0.0253	0.0292
chr2L	15762471	15762816	chr2L:15762472-15762816	FBgn0001987	Gli	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2156	0.2205	0.2363	0.1873	0.1835	0.1641	0.2747	0.3351	0.1835	0.099	0.4061	0.099	0.2029	0.1746	0.3359	0.1746	0.1725
chr2L	15764124	15764296	chr2L:15764125-15764296	FBgn0028507	CG3793	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1058	0.1044	0.1195	0.0923	0.0795	0.1083	0.1263	0.1332	0.0795	0.1377	0.1476	0.1377	0.11	0.0988	0.1025	0.0988	0.1167
chr2L	15766211	15766362	chr2L:15766212-15766362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0257	0.03	0.0188	0.0284	0.0117	0.0316	0.0441	0.0313	0.0117	0.0344	0.0177	0.0344	0.0147	0.0949	0.0103	0.0949	0.0172
chr2L	15768248	15768427	chr2L:15768249-15768427	FBgn0001990	wek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0992	0.1	0.1096	0.087	0.0732	0.1063	0.128	0.1173	0.0732	0.1395	0.1215	0.1395	0.1115	0.0727	0.0922	0.0727	0.1193
chr2L	15768528	15768706	chr2L:15768529-15768706	FBgn0001990	wek	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0538	0.0459	0.0336	0.0297	0.0524	0.0701	0.0673	0.0297	0.0586	0.0547	0.0586	0.0418	0.0322	0.0374	0.0322	0.0474
chr2L	15770813	15770985	chr2L:15770814-15770985	FBgn0041627	Ku80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0498	0.0578	0.0591	0.0306	0.0339	0.0587	0.074	0.0666	0.0339	0.0767	0.0659	0.0767	0.0573	0.0184	0.0335	0.0184	0.0448
chr2L	15771074	15771248	chr2L:15771075-15771248	FBgn0041627	Ku80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0908	0.1076	0.0982	0.0639	0.0732	0.1068	0.1272	0.1426	0.0732	0.1377	0.1119	0.1377	0.086	0.0345	0.0709	0.0345	0.0865
chr2L	15771369	15771536	chr2L:15771370-15771536	FBgn0041627	Ku80	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0386	0.0545	0.0372	0.0226	0.0392	0.05	0.0722	0.0686	0.0392	0.0495	0.0421	0.0495	0.0194	0.0145	0.0155	0.0145	0.0177
chr2L	15775113	15775264	chr2L:15775114-15775264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0163	0.0119	0.0152	0.0053	0.018	0.0208	0.0207	0.0053	0.0097	0.0119	0.0097	0.0108	0.0077	0.0013	0.0077	0.0057
chr2L	15776190	15776341	chr2L:15776191-15776341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0086	0.0071	0.0089	0.0099	0.0042	0.0053	0.0134	0.0047	0.0042	0.0115	0.01	0.0115	0.0046	0.026	0.0052	0.026	0.0047
chr2L	15778131	15778354	chr2L:15778132-15778354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0481	0.0301	0.0178	0.0201	0.034	0.0809	0.05	0.0201	0.0429	0.0293	0.0429	0.0232	0.0253	0.009	0.0253	0.0125
chr2L	15796348	15796499	chr2L:15796349-15796499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0082	0.0047	0.0095	0.0064	0.0034	0.0151	0.008	0.0064	0.0079	0.0032	0.0079	0.0046	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chr2L	15796561	15796712	chr2L:15796562-15796712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0088	0.0048	0.0082	0.0064	0.0087	0.013	0.0073	0.0064	0.0072	0.0035	0.0072	0.0039	0.0031	6e-04	0.0031	0.0031
chr2L	15837904	15838055	chr2L:15837905-15838055	FBgn0051822	CR31822	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.01	0.0107	0.0077	0.0117	0.0032	0.0087	0.0203	0.01	0.0032	0.0097	0.0074	0.0097	0.0116	0.0015	0.0064	0.0015	0.0068
chr2L	15846736	15846887	chr2L:15846737-15846887	FBgn0264263	CR43763	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0186	0.0113	0.018	0.0064	0.0218	0.0281	0.0153	0.0064	0.0115	0.0132	0.0115	0.0186	0.0138	0.0348	0.0138	0.0214
chr2L	15847406	15847557	chr2L:15847407-15847557	FBgn0264263	CR43763	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0183	0.0265	0.0112	0.017	0.0138	0.0388	0.0255	0.0346	0.0138	0.0121	0.0161	0.0121	0.0046	0.01	0.0329	0.01	0.0078
chr2L	15847559	15847825	chr2L:15847560-15847825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0447	0.0141	0.0191	0.0223	0.0583	0.0407	0.0653	0.0223	0.0145	0.0174	0.0145	0.007	0.0138	0.0239	0.0138	0.0094
chr2L	15847862	15848013	chr2L:15847863-15848013	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0162	0.034	0.0066	0.0068	0.0244	0.034	0.035	0.052	0.0244	0.0066	0.009	0.0066	0.0023	0.0084	0.0064	0.0084	0.0057
chr2L	15848141	15848300	chr2L:15848142-15848300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0177	0.0365	0.01	0.0052	0.0318	0.0272	0.048	0.0546	0.0318	0.0127	0.0106	0.0127	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0042
chr2L	15878969	15879120	chr2L:15878970-15879120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade1	0.0101	0.0208	0.0057	0.0029	0.0148	0.0233	0.0221	0.0233	0.0148	0.0103	0.0061	0.0103	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0031
chr2L	15900442	15900593	chr2L:15900443-15900593	FBgn0051823	CG31823	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.0165	0.0127	0.0104	0.0074	0.017	0.0255	0.012	0.0074	0.0193	0.0122	0.0193	0.0132	0.023	0.0103	0.023	0.0099
chr2L	15900785	15900936	chr2L:15900786-15900936	FBgn0051823	CG31823	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.0142	0.016	0.0124	0.0074	0.0136	0.0203	0.0127	0.0074	0.0229	0.019	0.0229	0.0132	0.0322	0.0077	0.0322	0.0063
chr2L	15908894	15909272	chr2L:15908895-15909272	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0927	0.0241	0.0906	0.1716	0.0064	0.0437	0.0277	0.0153	0.0064	0.0556	0.1148	0.0556	0.1797	0.1998	0.2502	0.1998	0.2621
chr2L	15909974	15910170	chr2L:15909975-15910170	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0416	0.0179	0.043	0.0664	0.0064	0.0204	0.0216	0.0247	0.0064	0.0266	0.0714	0.0266	0.0403	0.0352	0.1509	0.0352	0.0844
chr2L	15910981	15911226	chr2L:15910982-15911226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0794	0.0227	0.0872	0.1342	0.0095	0.0364	0.0212	0.0227	0.0095	0.0743	0.1039	0.0743	0.1518	0.1348	0.1799	0.1348	0.2225
chr2L	15911338	15911489	chr2L:15911339-15911489	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0911	0.0304	0.1103	0.1379	0.0201	0.0461	0.0316	0.0313	0.0201	0.1196	0.1293	0.1196	0.1665	0.1838	0.1709	0.1838	0.2048
chr2L	15911531	15911731	chr2L:15911532-15911731	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.137	0.0388	0.1746	0.2054	0.0191	0.0675	0.0381	0.0346	0.0191	0.1999	0.1952	0.1999	0.2765	0.2795	0.276	0.2795	0.2976
chr2L	15911782	15912006	chr2L:15911783-15912006	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1644	0.0617	0.2175	0.2209	0.0297	0.0951	0.0614	0.062	0.0297	0.2609	0.2428	0.2609	0.2951	0.3009	0.2882	0.3009	0.3002
chr2L	15912265	15912450	chr2L:15912266-15912450	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.071	0.0179	0.0533	0.1497	0.0074	0.0316	0.0199	0.0147	0.0074	0.0501	0.0527	0.0501	0.1046	0.1776	0.196	0.1776	0.2387
chr2L	15912540	15912732	chr2L:15912541-15912732	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.076	0.0146	0.0539	0.1688	0.0032	0.0277	0.0173	0.0087	0.0032	0.0429	0.0547	0.0429	0.117	0.1983	0.2205	0.1983	0.283
chr2L	15913511	15913723	chr2L:15913512-15913723	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0639	0.0157	0.0458	0.1376	0.0064	0.0306	0.0164	0.0093	0.0064	0.0229	0.0376	0.0229	0.1348	0.134	0.1567	0.134	0.2626
chr2L	15937205	15937356	chr2L:15937206-15937356	distal	distal	none	none	VT8145.1	VT8145.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0065	0.0058	0.0095	0.0053	0.0034	0.0125	0.006	0.0053	0.0085	0.0051	0.0085	0.0085	0.0038	0.0019	0.0038	0.0078
chr2L	15962387	15962538	chr2L:15962388-15962538	FBgn0028645	beat-Ib	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.013	0.009	0.0114	0.0064	0.0097	0.0247	0.0093	0.0064	0.0085	0.0096	0.0085	0.0062	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chr2L	15973824	15973975	chr2L:15973825-15973975	distal	distal	none	none	Unspecified_HC_57	Unspecified_HC_57	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0105	0.0201	0.0069	0.0039	0.0127	0.0087	0.0493	0.008	0.0127	0.0072	0.008	0.0072	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr2L	15979126	15979277	chr2L:15979127-15979277	FBgn0028858	CG10839	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0087	0.0095	0.0116	0.0064	0.0049	0.0173	0.006	0.0064	0.0115	0.0096	0.0115	0.007	0.0069	0.0019	0.0069	0.0036
chr2L	16000267	16000418	chr2L:16000268-16000418	FBgn0028644	beat-Ic	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0171	0.0174	0.0104	0.0241	0.0117	0.0126	0.0264	0.0167	0.0117	0.0139	0.0122	0.0139	0.0023	0.0031	0.0103	0.0031	0.0068
chr2L	16017445	16017596	chr2L:16017446-16017596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0115	0.0098	0.0153	0.0095	0.0092	0.019	0.0087	0.0095	0.0091	0.0087	0.0091	0.0194	0.0161	0.0129	0.0161	0.0271
chr2L	16041888	16042039	chr2L:16041889-16042039	FBgn0000182	BicC	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0056	0.0085	0.0272	0.0053	0.0053	0.0112	0.0013	0.0053	0.0048	0.0074	0.0048	0.0155	0.0046	0.0064	0.0046	0.0234
chr2L	16042528	16042679	chr2L:16042529-16042679	FBgn0000182	BicC	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0166	0.0178	0.0137	0.0185	0.0064	0.0204	0.0216	0.0213	0.0064	0.0066	0.0119	0.0066	0.024	0.0054	0.0135	0.0054	0.0162
chr2L	16049691	16049982	chr2L:16049692-16049982	FBgn0013433	beat-Ia	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1318	0.1634	0.1335	0.0946	0.1209	0.1665	0.2119	0.1712	0.1209	0.1866	0.1235	0.1866	0.1146	0.0697	0.0819	0.0697	0.0625
chr2L	16050162	16050362	chr2L:16050163-16050362	FBgn0013433	beat-Ia	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0431	0.0702	0.035	0.0217	0.0509	0.0743	0.0761	0.0913	0.0509	0.0441	0.0322	0.0441	0.0279	0.0084	0.0168	0.0084	0.0109
chr2L	16068314	16068514	chr2L:16068315-16068514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0101	0.0161	0.0207	0.0032	0.0097	0.0156	0.012	0.0032	0.0091	0.0077	0.0091	0.0054	0.0069	0.0052	0.0069	0.0052
chr2L	16069109	16069260	chr2L:16069110-16069260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0097	0.0096	0.016	0.0042	0.0078	0.0143	0.0107	0.0042	0.0121	0.0048	0.0121	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr2L	16069482	16069854	chr2L:16069483-16069854	distal	distal	stage14	stage14	VT8217.1	VT8217.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0178	0.0204	0.0269	0.0085	0.0194	0.029	0.0127	0.0085	0.0193	0.0138	0.0193	0.0062	0.0038	0.0045	0.0038	0.0104
chr2L	16071605	16071756	chr2L:16071606-16071756	distal	distal	stage14	stage14	VT8217.1,VT8218.1	VT8217.1,VT8218.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0105	0.0104	0.0231	0.0042	0.0117	0.0173	0.0073	0.0042	0.0097	0.0061	0.0097	0.0023	0.0038	0.0026	0.0038	0.0052
chr2L	16071761	16072023	chr2L:16071762-16072023	distal	distal	stage14	stage14	VT8218.1	VT8218.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0117	0.0173	0.0299	0.0064	0.0146	0.016	0.0113	0.0064	0.0157	0.008	0.0157	0.0039	0.0038	0.0039	0.0038	0.0057
chr2L	16080559	16080710	chr2L:16080560-16080710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0123	0.0188	0.0136	0.0038	0.0095	0.0189	0.0173	0.0333	0.0095	0.0139	0.0164	0.0139	0.007	0.0038	6e-04	0.0038	0.0016
chr2L	16083978	16084129	chr2L:16083979-16084129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0075	0.0075	0.0081	0.0053	0.0078	0.013	0.0047	0.0053	0.0085	0.0074	0.0085	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chr2L	16085638	16085789	chr2L:16085639-16085789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0065	0.0071	0.0125	0.0011	0.0058	0.013	0.0047	0.0011	0.0072	0.0055	0.0072	0.007	0.0054	6e-04	0.0054	0.0026
chr2L	16098633	16098784	chr2L:16098634-16098784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0067	0.009	0.0107	0.0053	0.0063	0.0117	0.0033	0.0053	0.0103	0.0061	0.0103	0.0085	0.0046	0.0045	0.0046	0.0036
chr2L	16111204	16111439	chr2L:16111205-16111439	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0083	0.0114	0.0423	0.0064	0.0053	0.016	0.0047	0.0064	0.0066	0.0045	0.0066	0.0031	0.0069	0.0071	0.0069	0.0047
chr2L	16111541	16111692	chr2L:16111542-16111692	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0056	0.0076	0.026	0.0053	0.0049	0.0112	0.0013	0.0053	0.0066	0.0026	0.0066	0.0031	0.0061	0.0032	0.0061	0.0031
chr2L	16120452	16120603	chr2L:16120453-16120603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0075	0.0044	0.0082	0.0032	0.0068	0.0143	0.0067	0.0032	0.0054	0.0035	0.0054	0.0031	0.0046	0.0032	0.0046	0.0026
chr2L	16124426	16124577	chr2L:16124427-16124577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0106	0.0069	0.0078	0.0106	0.0097	0.0151	0.0093	0.0106	0.0079	0.0051	0.0079	0.0046	0.0031	0.0058	0.0031	0.001
chr2L	16130770	16130921	chr2L:16130771-16130921	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.006	0.0063	0.0107	0.0053	0.0053	0.0099	0.0047	0.0053	0.0072	0.0058	0.0072	0.0023	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chr2L	16131264	16131415	chr2L:16131265-16131415	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.006	0.0071	0.015	0.0064	0.0039	0.0104	0.004	0.0064	0.0048	0.0071	0.0048	0.0077	0.0038	0.0058	0.0038	0.0063
chr2L	16131733	16131953	chr2L:16131734-16131953	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0092	0.0156	0.0351	0.0074	0.0063	0.0151	0.008	0.0074	0.0199	0.0093	0.0199	0.0062	0.0038	0.0077	0.0038	0.0083
chr2L	16135772	16135923	chr2L:16135773-16135923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0075	0.0075	0.0051	0.0103	0.0042	0.0053	0.016	0.004	0.0042	0.0042	0.0061	0.0042	0.0031	0.0015	0.0071	0.0015	0.0026
chr2L	16148567	16148813	chr2L:16148568-16148813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0235	0.0376	0.0188	0.0128	0.0201	0.0277	0.0584	0.0466	0.0201	0.032	0.017	0.032	0.0139	0.0069	0.0032	0.0069	0.0068
chr2L	16150438	16150589	chr2L:16150439-16150589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0122	0.0214	0.0082	0.0061	0.0159	0.0092	0.0484	0.014	0.0159	0.0127	0.0064	0.0127	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0031
chr2L	16165787	16165953	chr2L:16165788-16165953	FBgn0001991	Ca-alpha1D	none	none	VT8263.1,VT8264.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0234	0.0249	0.018	0.0276	0.0297	0.017	0.0346	0.0247	0.0297	0.0495	0.0109	0.0495	0.0124	0.1179	0.0103	0.1179	0.0057
chr2L	16166067	16166218	chr2L:16166068-16166218	FBgn0001991	Ca-alpha1D	none	none	VT8264.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0149	0.0168	0.01	0.018	0.0138	0.0121	0.0264	0.0153	0.0138	0.0205	0.0068	0.0205	0.0093	0.0697	0.0084	0.0697	0.0073
chr2L	16166727	16166878	chr2L:16166728-16166878	distal	distal	none	none	VT8264.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0192	0.0172	0.0161	0.0248	0.0085	0.0214	0.0277	0.0113	0.0085	0.038	0.0135	0.038	0.0093	0.0926	0.0129	0.0926	0.0104
chr2L	16167593	16167788	chr2L:16167594-16167788	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0348	0.0221	0.025	0.0597	0.017	0.0248	0.0281	0.0173	0.017	0.0477	0.0145	0.0477	0.0279	0.1279	0.0161	0.1279	0.0453
chr2L	16168237	16168388	chr2L:16168238-16168388	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0178	0.009	0.0102	0.0362	0.0064	0.0058	0.0186	0.0047	0.0064	0.0103	0.0058	0.0103	0.0108	0.0237	0.0077	0.0237	0.0266
chr2L	16168553	16168704	chr2L:16168554-16168704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0113	0.0121	0.0309	0.0095	0.0112	0.0169	0.0107	0.0095	0.0091	0.0093	0.0091	0.0147	0.0176	0.0116	0.0176	0.0162
chr2L	16169035	16169186	chr2L:16169036-16169186	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.015	0.0077	0.0115	0.0269	0.0042	0.0049	0.0138	0.0067	0.0042	0.0115	0.0084	0.0115	0.0209	0.0145	0.009	0.0145	0.0182
chr2L	16198341	16198492	chr2L:16198342-16198492	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0152	0.0085	0.016	0.0217	0.0032	0.0078	0.013	0.0087	0.0032	0.029	0.0125	0.029	0.0194	0.0184	0.009	0.0184	0.0089
chr2L	16222589	16222740	chr2L:16222590-16222740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0138	0.0126	0.0121	0.0053	0.0136	0.0182	0.0187	0.0053	0.0115	0.0158	0.0115	0.007	0.0061	0.0013	0.0061	0.0104
chr2L	16223840	16224029	chr2L:16223841-16224029	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0359	0.0284	0.0244	0.057	0.0201	0.032	0.0316	0.034	0.0201	0.0151	0.027	0.0151	0.0318	0.0636	0.0335	0.0636	0.0469
chr2L	16224131	16224282	chr2L:16224132-16224282	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0288	0.0285	0.0211	0.0377	0.0201	0.0291	0.0324	0.0373	0.0201	0.0205	0.0225	0.0205	0.0256	0.0429	0.0219	0.0429	0.0318
chr2L	16224383	16224534	chr2L:16224384-16224534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0207	0.0259	0.0156	0.0203	0.0159	0.0262	0.0294	0.0353	0.0159	0.0193	0.0148	0.0193	0.0209	0.0222	0.0142	0.0222	0.0151
chr2L	16224561	16224716	chr2L:16224562-16224716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.0379	0.0231	0.0281	0.0106	0.0359	0.0385	0.0633	0.0106	0.029	0.0244	0.029	0.0232	0.0268	0.0232	0.0268	0.0219
chr2L	16224856	16225035	chr2L:16224857-16225035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.027	0.0416	0.0239	0.0142	0.0138	0.0417	0.0324	0.0793	0.0138	0.0296	0.026	0.0296	0.0209	0.013	0.0142	0.013	0.0099
chr2L	16225488	16225639	chr2L:16225489-16225639	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0142	0.0241	0.0119	0.0056	0.0117	0.0155	0.0251	0.054	0.0117	0.0091	0.0161	0.0091	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chr2L	16225862	16226116	chr2L:16225863-16226116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.022	0.0419	0.0136	0.0089	0.0244	0.0199	0.0385	0.1066	0.0244	0.0181	0.017	0.0181	0.0062	0.0038	0.0045	0.0038	0.0099
chr2L	16226581	16226732	chr2L:16226582-16226732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0145	0.0228	0.0148	0.0047	0.0106	0.018	0.0229	0.0466	0.0106	0.0145	0.0225	0.0145	0.0031	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chr2L	16231328	16231632	chr2L:16231329-16231632	FBgn0261999	CG42817	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1092	0.1167	0.1178	0.0916	0.0785	0.1689	0.0843	0.1699	0.0785	0.2977	0.0807	0.2977	0.0775	0.2534	0.0206	0.2534	0.0313
chr2L	16234141	16234311	chr2L:16234142-16234311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0173	0.0161	0.0299	0.0127	0.0175	0.0268	0.016	0.0127	0.0199	0.017	0.0199	0.0163	0.049	0.0084	0.049	0.012
chr2L	16234892	16235156	chr2L:16234893-16235156	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0595	0.0712	0.0557	0.0507	0.0498	0.0583	0.0913	0.0939	0.0498	0.1027	0.0527	0.1027	0.0457	0.0934	0.02	0.0934	0.0151
chr2L	16251154	16251331	chr2L:16251155-16251331	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0381	0.0459	0.0402	0.0272	0.0456	0.0432	0.0588	0.054	0.0456	0.0501	0.037	0.0501	0.0589	0.0314	0.0277	0.0314	0.0391
chr2L	16251340	16251491	chr2L:16251341-16251491	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0367	0.0391	0.0442	0.0258	0.0329	0.0413	0.0497	0.0373	0.0329	0.055	0.0408	0.055	0.0674	0.0306	0.0271	0.0306	0.0391
chr2L	16251642	16251893	chr2L:16251643-16251893	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.1234	0.1462	0.1173	0.07	0.1723	0.1375	0.1239	0.07	0.2319	0.1235	0.2319	0.2138	0.144	0.0696	0.144	0.211
chr2L	16254512	16254676	chr2L:16254513-16254676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0284	0.0438	0.0319	0.017	0.0364	0.0359	0.0253	0.017	0.0278	0.0318	0.0278	0.0511	0.0184	0.0071	0.0184	0.0266
chr2L	16255520	16255849	chr2L:16255521-16255849	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0791	0.044	0.1293	0.0632	0.0233	0.066	0.0446	0.046	0.0233	0.0574	0.1939	0.0574	0.189	0.0291	0.0767	0.0291	0.1016
chr2L	16257090	16257283	chr2L:16257091-16257283	FBgn0024734,FBgn0028515	EndoGI,PRL-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1012	0.0713	0.1349	0.0976	0.0329	0.0976	0.074	0.0833	0.0329	0.163	0.1486	0.163	0.134	0.1041	0.1096	0.1041	0.1167
chr2L	16257492	16257692	chr2L:16257493-16257692	FBgn0024734,FBgn0028515	EndoGI,PRL-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1405	0.1059	0.1815	0.1341	0.0456	0.1388	0.1025	0.1412	0.0456	0.2264	0.1994	0.2264	0.1813	0.1478	0.1496	0.1478	0.1579
chr2L	16257891	16258110	chr2L:16257892-16258110	FBgn0024734,FBgn0028515	EndoGI,PRL-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0723	0.0638	0.0827	0.0702	0.0361	0.0728	0.0722	0.0813	0.0361	0.0857	0.0916	0.0857	0.1154	0.0636	0.0819	0.0636	0.1141
chr2L	16258161	16258394	chr2L:16258162-16258394	FBgn0028515	EndoGI	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0513	0.0605	0.0415	0.0297	0.051	0.0683	0.064	0.0297	0.0646	0.0707	0.0646	0.0759	0.0391	0.0561	0.0391	0.0568
chr2L	16261689	16261857	chr2L:16261690-16261857	FBgn0002673,FBgn0028897	CG4935,twe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0672	0.0516	0.0844	0.0657	0.0255	0.0597	0.058	0.0653	0.0255	0.1033	0.0994	0.1033	0.0868	0.0712	0.0683	0.0712	0.0829
chr2L	16262064	16262254	chr2L:16262065-16262254	FBgn0002673,FBgn0028897	CG4935,twe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0776	0.0622	0.0978	0.0727	0.0308	0.0733	0.0705	0.0773	0.0308	0.1292	0.1084	0.1292	0.1046	0.0781	0.0696	0.0781	0.1068
chr2L	16262308	16262584	chr2L:16262309-16262584	FBgn0002673,FBgn0028897	CG4935,twe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0725	0.0694	0.0898	0.057	0.0424	0.082	0.0774	0.0866	0.0424	0.125	0.1048	0.125	0.0744	0.0536	0.0516	0.0536	0.0896
chr2L	16262890	16263041	chr2L:16262891-16263041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0332	0.0401	0.0388	0.0194	0.0286	0.0534	0.0484	0.036	0.0286	0.0477	0.0431	0.0477	0.0349	0.0145	0.0206	0.0145	0.0214
chr2L	16263788	16264033	chr2L:16263789-16264033	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0499	0.0611	0.064	0.0219	0.0403	0.0694	0.0675	0.0826	0.0403	0.099	0.0675	0.099	0.038	0.0184	0.0277	0.0184	0.0162
chr2L	16268072	16268315	chr2L:16268073-16268315	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1716	0.1266	0.2099	0.1798	0.0689	0.183	0.1163	0.1486	0.0689	0.3291	0.2154	0.3291	0.1805	0.2067	0.2108	0.2067	0.2147
chr2L	16268446	16268618	chr2L:16268447-16268618	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0921	0.0725	0.1084	0.0961	0.0445	0.0981	0.0692	0.0919	0.0445	0.1667	0.1023	0.1667	0.1162	0.1217	0.087	0.1217	0.1391
chr2L	16268972	16269167	chr2L:16268973-16269167	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1483	0.1201	0.1817	0.1432	0.0689	0.1573	0.1159	0.1526	0.0689	0.2107	0.2042	0.2107	0.1673	0.1692	0.1367	0.1692	0.148
chr2L	16269272	16269775	chr2L:16269273-16269775	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3411	0.2449	0.3949	0.3895	0.1294	0.3471	0.2098	0.3125	0.1294	0.4662	0.4138	0.4662	0.3981	0.4028	0.3572	0.4028	0.4502
chr2L	16270172	16270356	chr2L:16270173-16270356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0694	0.0479	0.0749	0.0875	0.0191	0.068	0.0463	0.058	0.0191	0.0707	0.0598	0.0707	0.1154	0.0796	0.0542	0.0796	0.1178
chr2L	16270381	16270532	chr2L:16270382-16270532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0538	0.0469	0.0608	0.0538	0.018	0.0689	0.0424	0.0586	0.018	0.0447	0.0534	0.0447	0.127	0.0528	0.0387	0.0528	0.0735
chr2L	16270721	16270872	chr2L:16270722-16270872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0426	0.0447	0.0492	0.033	0.0212	0.0568	0.0415	0.064	0.0212	0.0405	0.0453	0.0405	0.1084	0.0299	0.0277	0.0299	0.0537
chr2L	16271512	16271716	chr2L:16271513-16271716	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1219	0.0709	0.1334	0.1664	0.035	0.1107	0.0718	0.0666	0.035	0.2101	0.1235	0.2101	0.1805	0.2473	0.1296	0.2473	0.2168
chr2L	16274413	16274564	chr2L:16274414-16274564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0492	0.023	0.0128	0.0329	0.0335	0.0796	0.0586	0.0329	0.0272	0.0241	0.0272	0.017	0.01	0.0064	0.01	0.0115
chr2L	16275226	16275402	chr2L:16275227-16275402	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0417	0.0322	0.035	0.0597	0.0212	0.0364	0.0407	0.0326	0.0212	0.0338	0.0264	0.0338	0.0248	0.0207	0.0148	0.0207	0.0433
chr2L	16276040	16276191	chr2L:16276041-16276191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0312	0.037	0.0264	0.0299	0.0201	0.0364	0.0523	0.0433	0.0201	0.0181	0.0293	0.0181	0.0232	0.0138	0.0174	0.0138	0.0203
chr2L	16276926	16277198	chr2L:16276927-16277198	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0991	0.0779	0.0436	0.0806	0.1058	0.1008	0.1386	0.0806	0.0864	0.0932	0.0864	0.0775	0.0222	0.06	0.0222	0.0479
chr2L	16278930	16279156	chr2L:16278931-16279156	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0599	0.0516	0.0846	0.0421	0.0318	0.0636	0.0502	0.0706	0.0318	0.0954	0.1164	0.0954	0.0565	0.0268	0.0709	0.0268	0.0459
chr2L	16279581	16279782	chr2L:16279582-16279782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1013	0.1074	0.1198	0.0742	0.0753	0.134	0.1103	0.1326	0.0753	0.1425	0.1669	0.1425	0.0829	0.1034	0.109	0.1034	0.0891
chr2L	16279999	16280210	chr2L:16280000-16280210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2091	0.2347	0.2477	0.138	0.1951	0.2903	0.2236	0.2898	0.1951	0.3031	0.3254	0.3031	0.1898	0.1585	0.2063	0.1585	0.1798
chr2L	16284297	16284513	chr2L:16284298-16284513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0918	0.1145	0.0722	0.0879	0.0657	0.1155	0.1202	0.1759	0.0657	0.055	0.0775	0.055	0.0744	0.0597	0.0716	0.0597	0.0964
chr2L	16284682	16284880	chr2L:16284683-16284880	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1208	0.0764	0.1115	0.1806	0.0339	0.0942	0.0761	0.1099	0.0339	0.0851	0.1241	0.0851	0.1627	0.1853	0.1928	0.1853	0.2157
chr2L	16284934	16285085	chr2L:16284935-16285085	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0912	0.089	0.0849	0.1007	0.035	0.1019	0.0913	0.1366	0.035	0.0658	0.0849	0.0658	0.1015	0.0881	0.0967	0.0881	0.1178
chr2L	16286105	16286292	chr2L:16286106-16286292	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2119	0.2279	0.2492	0.153	0.1919	0.2505	0.2483	0.2838	0.1919	0.2941	0.2727	0.2941	0.244	0.1769	0.1747	0.1769	0.2116
chr2L	16286638	16286919	chr2L:16286639-16286919	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3127	0.2906	0.3745	0.2695	0.2216	0.3563	0.2842	0.3684	0.2216	0.4589	0.4077	0.4589	0.3517	0.2749	0.2682	0.2749	0.309
chr2L	16287128	16287282	chr2L:16287129-16287282	FBgn0001994	crp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1327	0.1311	0.1565	0.1083	0.0944	0.1592	0.1393	0.1632	0.0944	0.2101	0.1627	0.2101	0.141	0.1248	0.1161	0.1248	0.1126
chr2L	16287335	16287510	chr2L:16287336-16287510	FBgn0001994	crp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2372	0.213	0.2816	0.2154	0.1718	0.266	0.2119	0.2558	0.1718	0.3388	0.2926	0.3388	0.2796	0.2121	0.2037	0.2121	0.2434
chr2L	16287654	16287852	chr2L:16287655-16287852	FBgn0001994,FBgn0040079	crp,pkaap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2998	0.2732	0.3513	0.2729	0.2015	0.3248	0.279	0.3378	0.2015	0.4384	0.3733	0.4384	0.3207	0.2887	0.2811	0.2887	0.3022
chr2L	16288096	16288299	chr2L:16288097-16288299	FBgn0001994,FBgn0040079	crp,pkaap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2468	0.2274	0.2871	0.2243	0.1601	0.2835	0.2431	0.2738	0.1601	0.3502	0.3203	0.3502	0.2572	0.2366	0.2405	0.2366	0.2574
chr2L	16288479	16288630	chr2L:16288480-16288630	FBgn0040079	pkaap	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.0663	0.1076	0.0862	0.035	0.0927	0.064	0.0806	0.035	0.1341	0.1177	0.1341	0.1069	0.0972	0.0967	0.0972	0.099
chr2L	16297699	16297850	chr2L:16297700-16297850	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0325	0.0429	0.0371	0.016	0.0265	0.0481	0.0502	0.0553	0.0265	0.0519	0.0357	0.0519	0.024	0.0107	0.0135	0.0107	0.0167
chr2L	16299536	16299733	chr2L:16299537-16299733	FBgn0028375	heix	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.113	0.0897	0.1457	0.1032	0.0498	0.1126	0.0878	0.1213	0.0498	0.1763	0.1672	0.1763	0.1572	0.1294	0.1115	0.1294	0.1042
chr2L	16299749	16299933	chr2L:16299750-16299933	FBgn0028375,FBgn0028895	CG17328,heix	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1762	0.1633	0.2081	0.1555	0.1029	0.1922	0.1743	0.2012	0.1029	0.2603	0.2183	0.2603	0.2448	0.1838	0.1767	0.1838	0.172
chr2L	16300124	16300296	chr2L:16300125-16300296	FBgn0028375,FBgn0028895	CG17328,heix	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.1026	0.1299	0.093	0.07	0.1131	0.1151	0.1332	0.07	0.1612	0.1441	0.1612	0.1294	0.0919	0.1019	0.0919	0.1141
chr2L	16302056	16302207	chr2L:16302057-16302207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0486	0.0396	0.0196	0.0286	0.0466	0.074	0.0506	0.0286	0.0471	0.0447	0.0471	0.0372	0.0199	0.0174	0.0199	0.0292
chr2L	16302393	16302544	chr2L:16302394-16302544	FBgn0028894	CG5869	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.0659	0.0529	0.0387	0.0445	0.0675	0.0839	0.0766	0.0445	0.0622	0.0553	0.0622	0.0589	0.0299	0.049	0.0299	0.0469
chr2L	16302824	16303020	chr2L:16302825-16303020	FBgn0028525,FBgn0028894	CG5869,c(2)M	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1333	0.1372	0.1492	0.1115	0.1082	0.15	0.1548	0.1646	0.1082	0.1655	0.1582	0.1655	0.165	0.1003	0.118	0.1003	0.1522
chr2L	16303151	16303302	chr2L:16303152-16303302	FBgn0028525,FBgn0028894	CG5869,c(2)M	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0715	0.0733	0.0808	0.0593	0.0668	0.0728	0.0779	0.0939	0.0668	0.0731	0.092	0.0731	0.0906	0.0429	0.0619	0.0429	0.0834
chr2L	16307025	16307209	chr2L:16307026-16307209	FBgn0011708,FBgn0015338	CG5861,Syx5	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.0917	0.135	0.1047	0.07	0.1083	0.1016	0.1093	0.07	0.1594	0.1444	0.1594	0.1356	0.1141	0.1096	0.1141	0.1365
chr2L	16307254	16307431	chr2L:16307255-16307431	FBgn0011708,FBgn0015338	CG5861,Syx5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.1076	0.1544	0.1075	0.0859	0.1218	0.1146	0.1406	0.0859	0.1745	0.1669	0.1745	0.1541	0.1263	0.1199	0.1263	0.1287
chr2L	16309917	16310535	chr2L:16309918-16310535	FBgn0000339,FBgn0001086	cni,fzy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.146	0.1629	0.1607	0.111	0.1198	0.1612	0.2072	0.1879	0.1198	0.1649	0.1585	0.1649	0.1572	0.1095	0.1051	0.1095	0.1271
chr2L	16310640	16310831	chr2L:16310641-16310831	FBgn0000339,FBgn0001086	cni,fzy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1536	0.1362	0.1874	0.1361	0.0859	0.1442	0.1691	0.1719	0.0859	0.2325	0.2029	0.2325	0.1712	0.1524	0.1399	0.1524	0.1501
chr2L	16310872	16311062	chr2L:16310873-16311062	FBgn0000339,FBgn0001086	cni,fzy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1144	0.1457	0.106	0.0764	0.1272	0.1328	0.1366	0.0764	0.1878	0.1656	0.1878	0.127	0.1172	0.1173	0.1172	0.124
chr2L	16311104	16311255	chr2L:16311105-16311255	FBgn0000339,FBgn0001086	cni,fzy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0638	0.0788	0.0496	0.0318	0.067	0.0835	0.0786	0.0318	0.1027	0.0894	0.1027	0.0705	0.059	0.0613	0.059	0.0547
chr2L	16313043	16313444	chr2L:16313044-16313444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0619	0.0996	0.0567	0.0256	0.0647	0.0893	0.1302	0.1306	0.0647	0.0574	0.072	0.0574	0.0442	0.0237	0.0245	0.0237	0.0406
chr2L	16313771	16313949	chr2L:16313772-16313949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0882	0.044	0.0276	0.07	0.0811	0.1272	0.0919	0.07	0.0501	0.054	0.0501	0.0364	0.026	0.0297	0.026	0.038
chr2L	16315098	16315249	chr2L:16315099-16315249	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.033	0.0214	0.0302	0.0223	0.0354	0.0441	0.0293	0.0223	0.0157	0.0257	0.0157	0.0349	0.0253	0.0348	0.0253	0.0464
chr2L	16319763	16320029	chr2L:16319764-16320029	distal	distal	stage5	stage5	VT8346.1,cact_1,cact_Lac-Z	VT8346.1,cact_1,cact_Lac-Z	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0533	0.0785	0.0514	0.0273	0.0573	0.1068	0.0887	0.0726	0.0573	0.0471	0.0486	0.0471	0.103	0.0153	0.0284	0.0153	0.0526
chr2L	16320079	16320230	chr2L:16320080-16320230	distal	distal	stage5	stage5	cact_1,cact_Lac-Z	cact_1,cact_Lac-Z	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0374	0.0621	0.0331	0.0146	0.0361	0.0966	0.0653	0.0513	0.0361	0.0399	0.0299	0.0399	0.0558	0.01	0.0123	0.01	0.0261
chr2L	16321395	16321552	chr2L:16321396-16321552	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0366	0.0384	0.0306	0.0412	0.018	0.0379	0.0571	0.044	0.018	0.0302	0.0421	0.0302	0.0248	0.0812	0.0613	0.0812	0.0287
chr2L	16323585	16323832	chr2L:16323586-16323832	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	cact_2	cact_2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1316	0.2031	0.1392	0.0432	0.1877	0.1272	0.2842	0.2745	0.1877	0.0827	0.2492	0.0827	0.0945	0.0291	0.1077	0.0291	0.0292
chr2L	16324869	16325020	chr2L:16324870-16325020	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1051	0.0831	0.142	0.0891	0.0456	0.1112	0.0796	0.1086	0.0456	0.1655	0.1704	0.1655	0.1418	0.1057	0.1451	0.1057	0.0875
chr2L	16325039	16325237	chr2L:16325040-16325237	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.169	0.1218	0.2155	0.1709	0.071	0.167	0.1103	0.1632	0.071	0.2633	0.2505	0.2633	0.2208	0.1838	0.2257	0.1838	0.2074
chr2L	16325528	16325707	chr2L:16325529-16325707	FBgn0000250	cact	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2433	0.2196	0.2901	0.2184	0.1559	0.251	0.2379	0.2751	0.1559	0.3581	0.3206	0.3581	0.2928	0.2504	0.2405	0.2504	0.2783
chr2L	16325844	16326072	chr2L:16325845-16326072	FBgn0000250	cact	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2864	0.2815	0.3291	0.2451	0.2248	0.3495	0.2699	0.3471	0.2248	0.401	0.3727	0.401	0.3323	0.3162	0.2824	0.3162	0.2986
chr2L	16329078	16329247	chr2L:16329079-16329247	FBgn0001995	mRpL4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1452	0.1527	0.1675	0.1125	0.1135	0.1568	0.1873	0.1932	0.1135	0.1878	0.2	0.1878	0.1572	0.1286	0.1154	0.1286	0.1339
chr2L	16329771	16330282	chr2L:16329772-16330282	FBgn0040984	CG4440	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1686	0.3265	0.1245	0.0404	0.3839	0.1432	0.5035	0.3971	0.3839	0.0839	0.2129	0.0839	0.0643	0.0436	0.0503	0.0436	0.038
chr2L	16330703	16330877	chr2L:16330704-16330877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0749	0.1543	0.0528	0.0103	0.1888	0.0675	0.2331	0.1799	0.1888	0.0332	0.0939	0.0332	0.0256	0.0084	0.009	0.0084	0.012
chr2L	16330975	16331126	chr2L:16330976-16331126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0553	0.1098	0.0428	0.0082	0.1113	0.0578	0.1782	0.1252	0.1113	0.0278	0.0733	0.0278	0.0287	0.0061	0.0084	0.0061	0.0104
chr2L	16333688	16333867	chr2L:16333689-16333867	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0534	0.0734	0.047	0.038	0.0573	0.0573	0.122	0.064	0.0573	0.0308	0.0521	0.0308	0.079	0.026	0.0284	0.026	0.0427
chr2L	16334018	16334203	chr2L:16334019-16334203	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.054	0.0795	0.0439	0.0365	0.0647	0.0597	0.1185	0.0853	0.0647	0.0332	0.0502	0.0332	0.0674	0.0299	0.0219	0.0299	0.0417
chr2L	16341218	16341369	chr2L:16341219-16341369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0188	0.0248	0.0212	0.0093	0.0117	0.0214	0.0346	0.0346	0.0117	0.0187	0.0309	0.0187	0.0124	0.01	0.009	0.01	0.0115
chr2L	16343026	16343177	chr2L:16343027-16343177	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0249	0.0251	0.0099	0.0138	0.0223	0.0381	0.028	0.0138	0.0248	0.0325	0.0248	0.0201	0.0123	0.009	0.0123	0.0109
chr2L	16350233	16350416	chr2L:16350234-16350416	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8357.1	VT8357.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.189	0.1878	0.2169	0.1597	0.1421	0.2252	0.2098	0.2099	0.1421	0.2723	0.2293	0.2723	0.2045	0.1547	0.1721	0.1547	0.1944
chr2L	16350696	16350888	chr2L:16350697-16350888	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8357.1	VT8357.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1757	0.1808	0.1968	0.1469	0.1453	0.2087	0.2037	0.2125	0.1453	0.2246	0.2193	0.2246	0.1828	0.1424	0.1489	0.1424	0.1678
chr2L	16350905	16351140	chr2L:16350906-16351140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8357.1	VT8357.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2133	0.2038	0.248	0.1859	0.141	0.2345	0.2228	0.2605	0.141	0.2699	0.2849	0.2699	0.2479	0.196	0.2025	0.196	0.2147
chr2L	16351287	16351632	chr2L:16351288-16351632	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT8357.1	VT8357.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1984	0.1864	0.218	0.1901	0.1251	0.2316	0.1938	0.2378	0.1251	0.256	0.2518	0.256	0.227	0.1876	0.2244	0.1876	0.2038
chr2L	16351805	16351986	chr2L:16351806-16351986	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1118	0.1095	0.133	0.0912	0.0774	0.1257	0.1337	0.1252	0.0774	0.1534	0.1521	0.1534	0.1185	0.0919	0.1064	0.0919	0.1016
chr2L	16352067	16352274	chr2L:16352068-16352274	FBgn0000307,FBgn0087041	CG42231,chif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1776	0.1663	0.2159	0.1483	0.1421	0.1917	0.1925	0.1819	0.1421	0.2566	0.2383	0.2566	0.2076	0.1371	0.1651	0.1371	0.1777
chr2L	16352531	16352718	chr2L:16352532-16352718	FBgn0000307,FBgn0028506,FBgn0087041	CG42231,CG4455,chif	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1937	0.1729	0.2338	0.173	0.1113	0.2189	0.1894	0.2045	0.1113	0.2826	0.265	0.2826	0.2146	0.1631	0.1786	0.1631	0.2147
chr2L	16352871	16353077	chr2L:16352872-16353077	FBgn0000307,FBgn0028506,FBgn0087041	CG42231,CG4455,chif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.189	0.1918	0.215	0.1575	0.1421	0.2005	0.2323	0.2338	0.1421	0.2458	0.2563	0.2458	0.2091	0.1325	0.1734	0.1325	0.211
chr2L	16353220	16353503	chr2L:16353221-16353503	FBgn0028506	CG4455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1289	0.1442	0.1475	0.0914	0.0817	0.1549	0.1843	0.1752	0.0817	0.1528	0.1932	0.1528	0.1332	0.0689	0.1199	0.0689	0.1287
chr2L	16353835	16354046	chr2L:16353836-16354046	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1106	0.1722	0.1171	0.0345	0.1336	0.1175	0.2292	0.2518	0.1336	0.0658	0.2164	0.0658	0.055	0.0253	0.0651	0.0253	0.0328
chr2L	16356612	16356812	chr2L:16356613-16356812	FBgn0025678	CaBP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1569	0.1549	0.1735	0.1409	0.1135	0.1612	0.176	0.2059	0.1135	0.1836	0.2035	0.1836	0.2006	0.1432	0.1522	0.1432	0.1855
chr2L	16356871	16357050	chr2L:16356872-16357050	FBgn0025678	CaBP1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1233	0.1163	0.1397	0.1131	0.0859	0.133	0.1272	0.1439	0.0859	0.1594	0.1633	0.1594	0.1394	0.1202	0.1257	0.1202	0.1339
chr2L	16358187	16358338	chr2L:16358188-16358338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0232	0.0212	0.0205	0.0095	0.0209	0.035	0.026	0.0095	0.0242	0.0186	0.0242	0.0232	0.013	0.0123	0.013	0.0198
chr2L	16358959	16359110	chr2L:16358960-16359110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0181	0.0179	0.0176	0.0188	0.0085	0.0199	0.0255	0.018	0.0085	0.0181	0.0164	0.0181	0.0225	0.01	0.0019	0.01	0.0208
chr2L	16364592	16364743	chr2L:16364593-16364743	distal	distal	none	none	jhamt_cooc102	jhamt_cooc102	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0156	0.017	0.0195	0.0032	0.0136	0.0268	0.0153	0.0032	0.0296	0.0158	0.0296	0.0116	0.0613	0.0064	0.0613	0.0063
chr2L	16364895	16365046	chr2L:16364896-16365046	distal	distal	none	none	jhamt_cooc102	jhamt_cooc102	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0128	0.0184	0.0269	0.0064	0.015	0.019	0.012	0.0064	0.0368	0.0132	0.0368	0.0194	0.0949	0.009	0.0949	0.0182
chr2L	16365759	16365910	chr2L:16365760-16365910	FBgn0028841	jhamt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0116	0.0081	0.0093	0.018	0.0011	0.0073	0.016	0.006	0.0011	0.0145	0.008	0.0145	0.0101	0.0712	0.0052	0.0712	0.0068
chr2L	16374394	16374545	chr2L:16374395-16374545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0364	0.0287	0.0245	0.018	0.0291	0.058	0.042	0.018	0.0386	0.0305	0.0386	0.0201	0.023	0.0213	0.023	0.0281
chr2L	16374631	16374808	chr2L:16374632-16374808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0261	0.0246	0.0235	0.0308	0.0106	0.0228	0.0359	0.0273	0.0106	0.0284	0.0203	0.0284	0.0186	0.0168	0.0116	0.0168	0.0208
chr2L	16375130	16375281	chr2L:16375131-16375281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0166	0.0161	0.0131	0.021	0.0085	0.0141	0.0268	0.0167	0.0085	0.0145	0.0148	0.0145	0.0077	0.0084	0.0097	0.0084	0.0109
chr2L	16378365	16378516	chr2L:16378366-16378516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0076	0.0086	0.0096	0.0021	0.0039	0.0147	0.008	0.0021	0.0066	0.0055	0.0066	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chr2L	16380307	16380458	chr2L:16380308-16380458	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0054	0.0044	0.0111	0.0053	0.0049	0.0087	0.004	0.0053	0.0048	0.0023	0.0048	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chr2L	16381054	16381205	chr2L:16381055-16381205	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0054	0.0046	0.0155	0.0042	0.0024	0.0125	0.0027	0.0042	0.003	0.0029	0.003	0.0039	0.0031	0.0013	0.0031	0.0068
chr2L	16389430	16389581	chr2L:16389431-16389581	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0092	0.0079	0.028	0.0032	0.0102	0.0147	0.0073	0.0032	0.0036	0.0051	0.0036	0.0077	8e-04	0.0045	8e-04	0.0042
chr2L	16403993	16404144	chr2L:16403994-16404144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0254	0.0363	0.0197	0.0196	0.0255	0.0199	0.0731	0.0273	0.0255	0.0157	0.0183	0.0157	0.0279	0.0069	0.0097	0.0069	0.0245
chr2L	16404162	16404313	chr2L:16404163-16404313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0217	0.0303	0.0168	0.0177	0.0212	0.0155	0.064	0.0207	0.0212	0.0103	0.0177	0.0103	0.0263	0.0092	0.0084	0.0092	0.0271
chr2L	16405101	16405252	chr2L:16405102-16405252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0206	0.0425	0.0124	0.005	0.0255	0.0146	0.0921	0.038	0.0255	0.0163	0.0148	0.0163	0.0093	0.0069	0.0032	0.0069	0.0068
chr2L	16405837	16406206	chr2L:16405838-16406206	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0784	0.1973	0.023	0.0065	0.2397	0.0665	0.378	0.1632	0.2397	0.026	0.0312	0.026	0.0147	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chr2L	16406465	16406616	chr2L:16406466-16406616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0234	0.0531	0.0107	0.0043	0.0414	0.0218	0.1047	0.042	0.0414	0.0091	0.0145	0.0091	0.0108	0.0046	0.0032	0.0046	0.0057
chr2L	16406808	16406959	chr2L:16406809-16406959	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0227	0.0501	0.0117	0.0042	0.052	0.0267	0.0895	0.0453	0.052	0.0121	0.0148	0.0121	0.0108	0.0046	0.0032	0.0046	0.0052
chr2L	16413887	16414063	chr2L:16413888-16414063	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0361	0.0545	0.0345	0.0174	0.0382	0.0495	0.0627	0.0839	0.0382	0.0332	0.0428	0.0332	0.0372	0.0153	0.0181	0.0153	0.0234
chr2L	16415621	16416044	chr2L:16415622-16416044	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0619	0.0775	0.0786	0.0262	0.0424	0.0927	0.0878	0.0919	0.0424	0.1383	0.0894	0.1383	0.0558	0.0207	0.0193	0.0207	0.0292
chr2L	16416050	16416201	chr2L:16416051-16416201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0283	0.031	0.0142	0.0138	0.0311	0.0407	0.0306	0.0138	0.0356	0.0383	0.0356	0.0263	0.0069	0.0129	0.0069	0.0182
chr2L	16421337	16421488	chr2L:16421338-16421488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0184	0.0325	0.016	0.0052	0.0127	0.0291	0.0424	0.0513	0.0127	0.0229	0.0196	0.0229	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0078
chr2L	16422712	16423008	chr2L:16422713-16423008	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2302	0.2075	0.2924	0.1873	0.141	0.249	0.2167	0.2665	0.141	0.3738	0.3232	0.3738	0.2587	0.2335	0.1799	0.2335	0.2168
chr2L	16423115	16423298	chr2L:16423116-16423298	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1038	0.131	0.1254	0.0497	0.0954	0.1369	0.1492	0.1785	0.0954	0.1606	0.1341	0.1606	0.0759	0.0658	0.04	0.0658	0.0453
chr2L	16424641	16424792	chr2L:16424642-16424792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0304	0.0401	0.0368	0.0124	0.0095	0.0524	0.0402	0.0553	0.0095	0.0562	0.0379	0.0562	0.0186	0.0123	0.0097	0.0123	0.0109
chr2L	16426573	16426767	chr2L:16426574-16426767	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0248	0.0411	0.0216	0.01	0.018	0.049	0.042	0.0593	0.018	0.0296	0.0154	0.0296	0.0132	0.0031	0.0071	0.0031	0.0047
chr2L	16428223	16428374	chr2L:16428224-16428374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.011	0.0151	0.0099	0.0032	0.0097	0.0177	0.0133	0.0032	0.0133	0.0151	0.0133	0.0108	0.0061	0.0058	0.0061	0.0078
chr2L	16429143	16429294	chr2L:16429144-16429294	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0066	0.0138	0.0182	0.0011	0.0068	0.0104	0.0073	0.0011	0.026	0.0071	0.026	0.0155	0.0077	0.0019	0.0077	0.0141
chr2L	16435273	16435424	chr2L:16435274-16435424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0155	0.0264	0.0138	0.0053	0.015	0.0216	0.02	0.0053	0.0139	0.0145	0.0139	0.0093	0.0084	0.0045	0.0084	0.0172
chr2L	16439285	16439515	chr2L:16439286-16439515	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0385	0.023	0.0089	0.0233	0.0476	0.0277	0.062	0.0233	0.0338	0.0289	0.0338	0.0093	0.0069	0.0052	0.0069	0.0083
chr2L	16444343	16444614	chr2L:16444344-16444614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0283	0.0246	0.0482	0.0107	0.0117	0.0277	0.0247	0.038	0.0117	0.0326	0.0666	0.0326	0.0124	0.0054	0.0129	0.0054	0.0078
chr2L	16447301	16447452	chr2L:16447302-16447452	FBgn0020415	Idgf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.0115	0.0136	0.0214	0.0042	0.0078	0.019	0.0147	0.0042	0.0151	0.0116	0.0151	0.0248	0.0069	0.0219	0.0069	0.0511
chr2L	16448065	16448283	chr2L:16448066-16448283	FBgn0028523	CG5888	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.0127	0.0292	0.0543	0.0042	0.016	0.0177	0.0127	0.0042	0.0181	0.0299	0.0181	0.072	0.0207	0.0484	0.0207	0.135
chr2L	16448379	16448555	chr2L:16448380-16448555	FBgn0028523	CG5888	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0354	0.0141	0.0377	0.0568	0.0042	0.0146	0.0195	0.016	0.0042	0.0296	0.0466	0.0296	0.0589	0.0283	0.06	0.0283	0.1298
chr2L	16448810	16449072	chr2L:16448811-16449072	FBgn0028523	CG5888	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0394	0.0187	0.039	0.0629	0.0074	0.0248	0.0199	0.024	0.0074	0.0326	0.0505	0.0326	0.0449	0.0299	0.0658	0.0299	0.147
chr2L	16456516	16456667	chr2L:16456517-16456667	distal	distal	none	none	VT8414.1,dac_R9B05	VT8414.1,dac_R9B05	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0169	0.0133	0.0207	0.0166	0.0095	0.0121	0.0221	0.0113	0.0095	0.0374	0.0206	0.0374	0.0178	0.0245	0.0116	0.0245	0.0313
chr2L	16459519	16459670	chr2L:16459520-16459670	distal	distal	none	none	VT8416.1,dac_R9B07	VT8416.1,dac_R9B07	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.02	0.0179	0.0326	0.0085	0.0053	0.0214	0.0203	0.026	0.0053	0.0211	0.0598	0.0211	0.0093	0.0038	0.0155	0.0038	0.0078
chr2L	16461931	16462144	chr2L:16461932-16462144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0244	0.0369	0.0106	0.0064	0.0359	0.0225	0.0326	0.0064	0.0399	0.0489	0.0399	0.0271	0.013	0.0116	0.013	0.0115
chr2L	16474347	16474498	chr2L:16474348-16474498	distal	distal	none	none	VT8424.1	VT8424.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0203	0.0192	0.0181	0.0042	0.0189	0.0281	0.03	0.0042	0.0151	0.028	0.0151	0.0178	0.0168	0.0322	0.0168	0.0151
chr2L	16475155	16475306	chr2L:16475156-16475306	distal	distal	stage5	stage5	VT8424.1,VT8425.1	VT8424.1,VT8425.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0224	0.0375	0.0171	0.0114	0.0244	0.0306	0.0636	0.0353	0.0244	0.0133	0.019	0.0133	0.0186	0.0084	0.0103	0.0084	0.0162
chr2L	16476497	16476789	chr2L:16476498-16476789	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT8425.1	VT8425.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.033	0.0451	0.036	0.016	0.0223	0.0383	0.0757	0.0406	0.0223	0.0272	0.0437	0.0272	0.0612	0.0176	0.0174	0.0176	0.0203
chr2L	16477682	16477839	chr2L:16477683-16477839	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0241	0.0609	0.0205	0.0085	0.0223	0.032	0.034	0.0085	0.0175	0.1238	0.0175	0.0256	0.0054	0.0651	0.0054	0.012
chr2L	16485707	16486019	chr2L:16485708-16486019	FBgn0005677	dac	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2054	0.245	0.2072	0.159	0.2407	0.216	0.3028	0.2911	0.2407	0.2403	0.228	0.2403	0.1805	0.1753	0.1206	0.1753	0.1245
chr2L	16486053	16486355	chr2L:16486054-16486355	FBgn0005677	dac	stage11,stage14,stage5	none	dac	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.2542	0.2732	0.2769	0.2082	0.2556	0.2655	0.3149	0.3245	0.2556	0.2941	0.3058	0.2941	0.2355	0.2052	0.1721	0.2052	0.186
chr2L	16486380	16486584	chr2L:16486381-16486584	FBgn0005677	dac	stage11,stage14,stage5	none	dac	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2279	0.2116	0.2662	0.2039	0.1697	0.2228	0.2418	0.2638	0.1697	0.3152	0.2968	0.3152	0.244	0.2167	0.2083	0.2167	0.2022
chr2L	16486736	16486938	chr2L:16486737-16486938	distal	distal	none	none	dac	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1074	0.1079	0.1102	0.1037	0.0742	0.0951	0.1419	0.1332	0.0742	0.1171	0.127	0.1171	0.1022	0.0965	0.1135	0.0965	0.1079
chr2L	16491217	16491392	chr2L:16491218-16491392	FBgn0032586	Tpr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1509	0.1216	0.1963	0.1337	0.0827	0.15	0.1263	0.1619	0.0827	0.2409	0.2093	0.2409	0.1921	0.1447	0.1425	0.1447	0.1542
chr2L	16491464	16491636	chr2L:16491465-16491636	FBgn0032586	Tpr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1783	0.1439	0.2247	0.1656	0.0923	0.1709	0.1453	0.2085	0.0923	0.2687	0.2479	0.2687	0.206	0.1746	0.1644	0.1746	0.1965
chr2L	16491702	16491886	chr2L:16491703-16491886	FBgn0032586	Tpr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1514	0.1181	0.1992	0.1359	0.0679	0.1456	0.1207	0.1599	0.0679	0.2295	0.2219	0.2295	0.1905	0.1256	0.1302	0.1256	0.1496
chr2L	16492001	16492199	chr2L:16492002-16492199	FBgn0032586	Tpr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1314	0.1159	0.1774	0.0982	0.0817	0.1447	0.1129	0.1519	0.0817	0.1842	0.2064	0.1842	0.1735	0.0697	0.0961	0.0697	0.1021
chr2L	16492370	16492661	chr2L:16492371-16492661	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1276	0.1855	0.1037	0.0806	0.1558	0.1181	0.1925	0.0806	0.1123	0.226	0.1123	0.2347	0.0475	0.1451	0.0475	0.1105
chr2L	16492846	16493038	chr2L:16492847-16493038	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.093	0.0793	0.1331	0.0645	0.0361	0.1112	0.0567	0.1392	0.0361	0.0797	0.2035	0.0797	0.1224	0.0199	0.1412	0.0199	0.0542
chr2L	16496659	16496826	chr2L:16496660-16496826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0296	0.0381	0.0321	0.0174	0.0318	0.0243	0.0649	0.036	0.0318	0.0386	0.0357	0.0386	0.0341	0.0191	0.0155	0.0191	0.0297
chr2L	16499624	16499820	chr2L:16499625-16499820	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.035	0.0249	0.0448	0.0355	0.0117	0.0398	0.0281	0.02	0.0117	0.0749	0.0457	0.0749	0.0364	0.062	0.0309	0.062	0.038
chr2L	16500348	16500583	chr2L:16500349-16500583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.052	0.0398	0.057	0.0602	0.017	0.0519	0.0381	0.0586	0.017	0.0719	0.0621	0.0719	0.0751	0.0812	0.0574	0.0812	0.0803
chr2L	16500647	16500881	chr2L:16500648-16500881	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0429	0.05	0.0528	0.0255	0.0432	0.0523	0.0553	0.0255	0.0634	0.0569	0.0634	0.0627	0.0697	0.0548	0.0697	0.0703
chr2L	16501299	16501491	chr2L:16501300-16501491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.03	0.0202	0.0306	0.0404	0.0095	0.0218	0.0234	0.0293	0.0095	0.029	0.0305	0.029	0.0511	0.0704	0.0406	0.0704	0.0521
chr2L	16505565	16505716	chr2L:16505566-16505716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0222	0.0346	0.0178	0.0074	0.0218	0.0298	0.03	0.0074	0.038	0.0434	0.038	0.031	0.0145	0.0232	0.0145	0.0261
chr2L	16506060	16506211	chr2L:16506061-16506211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0218	0.0321	0.0145	0.0053	0.0277	0.0268	0.0273	0.0053	0.038	0.036	0.038	0.0364	0.0138	0.0155	0.0138	0.0172
chr2L	16506982	16507133	chr2L:16506983-16507133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0227	0.0237	0.0291	0.0148	0.0074	0.0316	0.0264	0.0286	0.0074	0.0284	0.0415	0.0284	0.0294	0.0153	0.0123	0.0153	0.0203
chr2L	16507304	16507653	chr2L:16507305-16507653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0621	0.0727	0.0507	0.0308	0.0748	0.0761	0.0653	0.0308	0.0888	0.0846	0.0888	0.0798	0.0574	0.0484	0.0574	0.0709
chr2L	16507725	16507918	chr2L:16507726-16507918	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0841	0.0785	0.101	0.0717	0.0467	0.0927	0.0887	0.0913	0.0467	0.1202	0.117	0.1202	0.1007	0.0789	0.0735	0.0789	0.0933
chr2L	16511394	16511570	chr2L:16511395-16511570	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0345	0.0188	0.0364	0.05	0.0095	0.0282	0.0221	0.018	0.0095	0.0223	0.0251	0.0223	0.1177	0.0145	0.0226	0.0145	0.1496
chr2L	16519880	16520031	chr2L:16519881-16520031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0116	0.0244	0.0352	0.0085	0.0141	0.0121	0.014	0.0085	0.0248	0.0209	0.0248	0.0511	0.0383	0.0393	0.0383	0.0615
chr2L	16520200	16520385	chr2L:16520201-16520385	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0685	0.0268	0.0721	0.1113	0.0074	0.0403	0.0316	0.0266	0.0074	0.0658	0.0762	0.0658	0.1379	0.1401	0.1257	0.1401	0.1694
chr2L	16520652	16521044	chr2L:16520653-16521044	distal	distal	stage14	stage14	VT8444.1	VT8444.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1061	0.0489	0.1069	0.1693	0.0233	0.065	0.0614	0.0466	0.0233	0.1039	0.1167	0.1039	0.1882	0.206	0.216	0.206	0.2673
chr2L	16521322	16521557	chr2L:16521323-16521557	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8444.1	VT8444.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1499	0.097	0.1726	0.1841	0.0668	0.1427	0.0865	0.1099	0.0668	0.212	0.1672	0.212	0.292	0.2527	0.1934	0.2527	0.2757
chr2L	16521679	16521830	chr2L:16521680-16521830	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8444.1	VT8444.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0519	0.0239	0.0619	0.072	0.0127	0.0422	0.0216	0.0207	0.0127	0.0682	0.0444	0.0682	0.1464	0.0888	0.0625	0.0888	0.1141
chr2L	16523159	16523491	chr2L:16523160-16523491	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0458	0.0457	0.0459	0.0458	0.0223	0.0617	0.0597	0.036	0.0223	0.0604	0.0363	0.0604	0.0666	0.0475	0.0413	0.0475	0.0693
chr2L	16526064	16526215	chr2L:16526065-16526215	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT8447.1	VT8447.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0681	0.0226	0.0835	0.1022	0.0085	0.0383	0.0238	0.0193	0.0085	0.1341	0.0688	0.1341	0.1294	0.1577	0.1257	0.1577	0.1256
chr2L	16526223	16526472	chr2L:16526224-16526472	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT8447.1	VT8447.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1099	0.0333	0.143	0.1592	0.0095	0.0587	0.0342	0.0286	0.0095	0.2126	0.1363	0.2126	0.2146	0.2228	0.1954	0.2228	0.2251
chr2L	16526635	16526786	chr2L:16526636-16526786	distal	distal	none	none	VT8447.1	VT8447.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0275	0.0162	0.0355	0.0312	0.0064	0.0228	0.0208	0.014	0.0064	0.055	0.0302	0.055	0.0612	0.0444	0.0348	0.0444	0.0427
chr2L	16532900	16533124	chr2L:16532901-16533124	FBgn0032587	CG5953	stage11,stage14,stage5	none	VT8450.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1772	0.1209	0.1909	0.2252	0.0848	0.1675	0.1151	0.1359	0.0848	0.2186	0.172	0.2186	0.2936	0.232	0.2431	0.232	0.2684
chr2L	16533301	16533506	chr2L:16533302-16533506	FBgn0032587	CG5953	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1172	0.0471	0.1321	0.1792	0.0138	0.0917	0.0324	0.056	0.0138	0.1467	0.1222	0.1467	0.2122	0.173	0.2121	0.173	0.2355
chr2L	16534271	16534505	chr2L:16534272-16534505	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1115	0.0546	0.1213	0.1642	0.017	0.0913	0.0458	0.0646	0.017	0.1534	0.1032	0.1534	0.2262	0.1822	0.1547	0.1822	0.223
chr2L	16535015	16535212	chr2L:16535016-16535212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0498	0.0361	0.0419	0.0738	0.018	0.0408	0.032	0.0606	0.018	0.0411	0.0338	0.0411	0.0728	0.085	0.0329	0.085	0.0709
chr2L	16535726	16535919	chr2L:16535727-16535919	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0823	0.0557	0.1018	0.0905	0.018	0.0859	0.0415	0.0859	0.018	0.1322	0.0916	0.1322	0.1479	0.0827	0.0484	0.0827	0.0964
chr2L	16536073	16536288	chr2L:16536074-16536288	distal	distal	stage11	stage11	VT8453.1	VT8453.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0591	0.091	0.0809	0.0191	0.1	0.0385	0.0879	0.0191	0.1274	0.0801	0.1274	0.1201	0.1041	0.0335	0.1041	0.0787
chr2L	16536529	16536680	chr2L:16536530-16536680	distal	distal	none	none	VT8453.1	VT8453.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0337	0.0359	0.0369	0.0277	0.0159	0.0451	0.0311	0.0533	0.0159	0.0574	0.0302	0.0574	0.0534	0.0413	0.0155	0.0413	0.0302
chr2L	16540957	16541134	chr2L:16540958-16541134	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0044	0.0109	0.0343	0.0011	0.0058	0.0074	0.0027	0.0011	0.0091	0.008	0.0091	0.0194	0.0184	0.0084	0.0184	0.0307
chr2L	16543336	16543530	chr2L:16543337-16543530	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0357	0.0166	0.027	0.0667	0.0074	0.015	0.0229	0.0207	0.0074	0.0163	0.0238	0.0163	0.0674	0.0413	0.0535	0.0413	0.0855
chr2L	16543969	16544129	chr2L:16543970-16544129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0201	0.0108	0.0137	0.0373	0.0042	0.0102	0.0173	0.0113	0.0042	0.0115	0.0138	0.0115	0.024	0.0153	0.0458	0.0153	0.0349
chr2L	16545681	16545951	chr2L:16545682-16545951	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0395	0.039	0.0321	0.0482	0.0297	0.0291	0.0584	0.048	0.0297	0.0242	0.0289	0.0242	0.0666	0.0176	0.0484	0.0176	0.0459
chr2L	16548091	16548399	chr2L:16548092-16548399	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.065	0.042	0.0624	0.0936	0.0244	0.05	0.045	0.0546	0.0244	0.0658	0.0685	0.0658	0.0883	0.1026	0.1141	0.1026	0.0756
chr2L	16587928	16588138	chr2L:16587929-16588138	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8482.1,VT8483.1	VT8482.1,VT8483.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1851	0.1624	0.2354	0.1554	0.0965	0.215	0.1406	0.2325	0.0965	0.2953	0.291	0.2953	0.2161	0.193	0.2218	0.193	0.1996
chr2L	16588221	16588372	chr2L:16588222-16588372	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8482.1,VT8483.1	VT8482.1,VT8483.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1097	0.0778	0.149	0.1024	0.0233	0.1078	0.0675	0.1226	0.0233	0.1709	0.1958	0.1709	0.1472	0.1248	0.1631	0.1248	0.1298
chr2L	16588634	16588887	chr2L:16588635-16588887	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8483.1	VT8483.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0869	0.1489	0.1072	0.0308	0.1121	0.0636	0.1599	0.0308	0.2083	0.1907	0.2083	0.1387	0.1608	0.1593	0.1608	0.1344
chr2L	16588938	16589169	chr2L:16588939-16589169	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT8483.1	VT8483.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0701	0.0406	0.0834	0.0884	0.0095	0.0592	0.0342	0.062	0.0095	0.0942	0.1068	0.0942	0.1007	0.1263	0.127	0.1263	0.1204
chr2L	16594847	16594998	chr2L:16594848-16594998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0147	0.0258	0.0104	0.0074	0.0136	0.0251	0.0147	0.0074	0.0163	0.0418	0.0163	0.0209	0.0031	0.0264	0.0031	0.0099
chr2L	16595790	16595941	chr2L:16595791-16595941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0165	0.012	0.0173	0.0206	0.0032	0.0121	0.0186	0.0147	0.0032	0.0163	0.0186	0.0163	0.0248	0.0145	0.0155	0.0145	0.0443
chr2L	16596334	16596495	chr2L:16596335-16596495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0299	0.0211	0.0381	0.0308	0.0053	0.0218	0.026	0.034	0.0053	0.0393	0.0553	0.0393	0.0209	0.0329	0.0458	0.0329	0.0406
chr2L	16597657	16597808	chr2L:16597658-16597808	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0383	0.0184	0.0109	0.0148	0.034	0.0441	0.0633	0.0148	0.0121	0.0299	0.0121	0.0085	0.0123	0.0251	0.0123	0.0057
chr2L	16598039	16598190	chr2L:16598040-16598190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0216	0.0191	0.0207	0.0253	0.0159	0.017	0.0143	0.0406	0.0159	0.0121	0.037	0.0121	0.007	0.0153	0.0774	0.0153	0.013
chr2L	16600281	16600471	chr2L:16600282-16600471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0254	0.0533	0.0391	0.0085	0.0306	0.0359	0.0273	0.0085	0.0423	0.083	0.0423	0.0465	0.0268	0.0832	0.0268	0.0412
chr2L	16601590	16601993	chr2L:16601591-16601993	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2837	0.2317	0.3584	0.2599	0.1368	0.3485	0.173	0.3111	0.1368	0.4396	0.4318	0.4396	0.3602	0.2458	0.3327	0.2458	0.3476
chr2L	16602439	16602664	chr2L:16602440-16602664	distal	distal	stage5	stage5	VT8491.1	VT8491.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1056	0.0854	0.1481	0.0816	0.0445	0.1388	0.058	0.1193	0.0445	0.2132	0.1788	0.2132	0.134	0.1149	0.0999	0.1149	0.1084
chr2L	16605170	16605321	chr2L:16605171-16605321	distal	distal	none	none	VT8492.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0142	0.0263	0.0216	0.0032	0.0146	0.0195	0.018	0.0032	0.0139	0.0473	0.0139	0.0225	0.0107	0.0554	0.0107	0.0151
chr2L	16610948	16611110	chr2L:16610949-16611110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0148	0.0288	0.0262	0.0011	0.0184	0.0216	0.016	0.0011	0.0248	0.0286	0.0248	0.0565	0.0168	0.0187	0.0168	0.0542
chr2L	16611895	16612153	chr2L:16611896-16612153	distal	distal	none	none	VT8494.1	VT8494.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0168	0.0232	0.0312	0.0064	0.0209	0.0242	0.016	0.0064	0.0236	0.0186	0.0236	0.0488	0.0092	0.0161	0.0092	0.0688
chr2L	16612891	16613042	chr2L:16612892-16613042	distal	distal	none	none	VT8494.1	VT8494.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0138	0.0082	0.0143	0.0194	0.0032	0.0117	0.0104	0.008	0.0032	0.0139	0.0161	0.0139	0.0225	0.0092	0.009	0.0092	0.0354
chr2L	16613201	16613352	chr2L:16613202-16613352	distal	distal	none	none	VT8494.1	VT8494.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0087	0.0146	0.0156	0.0032	0.0117	0.0091	0.0093	0.0032	0.0127	0.0183	0.0127	0.0147	0.01	0.0116	0.01	0.0141
chr2L	16615804	16615975	chr2L:16615805-16615975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0179	0.0236	0.0274	0.0127	0.0218	0.0255	0.014	0.0127	0.0223	0.0232	0.0223	0.0387	0.0253	0.0148	0.0253	0.0636
chr2L	16616466	16616640	chr2L:16616467-16616640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0233	0.0186	0.0307	0.0206	0.0042	0.0272	0.0238	0.0147	0.0042	0.0187	0.0248	0.0187	0.0674	0.0123	0.0148	0.0123	0.0453
chr2L	16619281	16619461	chr2L:16619282-16619461	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0269	0.0183	0.0382	0.0242	0.0106	0.018	0.0234	0.0207	0.0106	0.0163	0.0611	0.0163	0.0511	0.0084	0.0529	0.0084	0.0281
chr2L	16619535	16619686	chr2L:16619536-16619686	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0074	0.0203	0.0152	0.0032	0.0068	0.0091	0.0107	0.0032	0.0085	0.036	0.0085	0.0186	0.0054	0.0361	0.0054	0.0151
chr2L	16620270	16620465	chr2L:16620271-16620465	distal	distal	none	none	VT8499.1	VT8499.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0301	0.0169	0.0349	0.0394	0.0042	0.0199	0.0169	0.0233	0.0042	0.0163	0.0444	0.0163	0.0534	0.0153	0.0832	0.0153	0.0422
chr2L	16620661	16621017	chr2L:16620662-16621017	distal	distal	none	none	VT8499.1	VT8499.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0203	0.0464	0.073	0.0042	0.0272	0.0272	0.0153	0.0042	0.0217	0.0473	0.0217	0.0829	0.0237	0.0825	0.0237	0.1016
chr2L	16621034	16621185	chr2L:16621035-16621185	distal	distal	none	none	VT8499.1	VT8499.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0145	0.0269	0.0298	0.0053	0.017	0.0221	0.0113	0.0053	0.0157	0.0251	0.0157	0.038	0.0038	0.0168	0.0038	0.0526
chr2L	16621597	16621765	chr2L:16621598-16621765	distal	distal	none	none	VT8499.1	VT8499.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0157	0.0324	0.0375	0.0085	0.0189	0.0208	0.014	0.0085	0.0254	0.0254	0.0254	0.0767	0.0061	0.0148	0.0061	0.1131
chr2L	16621925	16622076	chr2L:16621926-16622076	distal	distal	none	none	VT8499.1	VT8499.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0189	0.0251	0.0279	0.0127	0.0199	0.0229	0.0233	0.0127	0.0211	0.0212	0.0211	0.0503	0.0077	0.0193	0.0077	0.0693
chr2L	16623745	16623896	chr2L:16623746-16623896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.022	0.0255	0.018	0.0226	0.0286	0.0238	0.0316	0.0233	0.0286	0.0181	0.0199	0.0181	0.0248	0.0138	0.0226	0.0138	0.0469
chr2L	16625503	16625728	chr2L:16625504-16625728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0151	0.026	0.0391	0.0064	0.0175	0.0195	0.0147	0.0064	0.0139	0.0238	0.0139	0.0612	0.0207	0.0206	0.0207	0.1001
chr2L	16626008	16626159	chr2L:16626009-16626159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.0163	0.0269	0.0237	0.0042	0.0204	0.0212	0.016	0.0042	0.0266	0.0225	0.0266	0.0488	0.013	0.0135	0.013	0.0464
chr2L	16626179	16626376	chr2L:16626180-16626376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0272	0.0173	0.0325	0.0323	0.0042	0.0204	0.0238	0.018	0.0042	0.0296	0.0341	0.0296	0.0411	0.013	0.0187	0.013	0.0657
chr2L	16626707	16626994	chr2L:16626708-16626994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0218	0.0217	0.0241	0.0195	0.0106	0.0184	0.029	0.03	0.0106	0.0229	0.0248	0.0229	0.0279	0.0092	0.02	0.0092	0.0188
chr2L	16631669	16631820	chr2L:16631670-16631820	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0046	0.006	0.0131	0.0021	0.0044	0.0069	0.006	0.0021	0.0042	0.0074	0.0042	0.0085	0.0069	0.0097	0.0069	0.013
chr2L	16631975	16632126	chr2L:16631976-16632126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.007	0.011	0.0194	0.0011	0.0053	0.0134	0.0067	0.0011	0.0121	0.0141	0.0121	0.0062	0.0069	0.0116	0.0069	0.0182
chr2L	16637378	16637566	chr2L:16637379-16637566	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0243	0.008	0.0292	0.0372	0.0064	0.0141	0.0069	0.0073	0.0064	0.0284	0.0225	0.0284	0.0728	0.0268	0.0232	0.0268	0.0891
chr2L	16638122	16638273	chr2L:16638123-16638273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0147	0.0112	0.0151	0.0181	0.0074	0.0112	0.016	0.012	0.0074	0.0157	0.019	0.0157	0.017	0.01	0.0297	0.01	0.0297
chr2L	16638367	16638518	chr2L:16638368-16638518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0104	0.0075	0.0115	0.0125	0.0032	0.0107	0.0108	0.006	0.0032	0.0097	0.0164	0.0097	0.0147	0.0038	0.0258	0.0038	0.0182
chr2L	16638890	16639041	chr2L:16638891-16639041	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0166	0.0092	0.0198	0.0213	0.0032	0.0063	0.0151	0.0107	0.0032	0.0091	0.0277	0.0091	0.0271	0.0084	0.0458	0.0084	0.0287
chr2L	16639424	16639700	chr2L:16639425-16639700	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0179	0.0291	0.0304	0.0085	0.0209	0.0281	0.01	0.0085	0.0374	0.0302	0.0374	0.048	0.0161	0.0277	0.0161	0.0735
chr2L	16639710	16639861	chr2L:16639711-16639861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.017	0.0103	0.0178	0.0237	0.0032	0.0102	0.0177	0.0067	0.0032	0.0217	0.018	0.0217	0.0333	0.01	0.0239	0.01	0.0558
chr2L	16643381	16643794	chr2L:16643382-16643794	distal	distal	stage5	stage5	VT8512.1	VT8512.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0419	0.0491	0.0448	0.0308	0.0223	0.0316	0.09	0.0493	0.0223	0.0429	0.0595	0.0429	0.0496	0.0253	0.0432	0.0253	0.0386
chr2L	16650231	16650382	chr2L:16650232-16650382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0145	0.0111	0.0142	0.0185	0.0032	0.0092	0.0182	0.012	0.0032	0.0097	0.0203	0.0097	0.0201	0.0107	0.0316	0.0107	0.0266
chr2L	16650432	16650583	chr2L:16650433-16650583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0113	0.0138	0.0146	0.0032	0.0136	0.0169	0.0113	0.0032	0.0127	0.0174	0.0127	0.0155	0.01	0.0277	0.01	0.0198
chr2L	16651742	16651893	chr2L:16651743-16651893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0126	0.0066	0.0137	0.0182	0.0011	0.0044	0.0117	0.008	0.0011	0.0097	0.0186	0.0097	0.0209	0.0161	0.029	0.0161	0.0234
chr2L	16656703	16656894	chr2L:16656704-16656894	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8519.1	VT8519.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1481	0.1267	0.1732	0.1445	0.0901	0.1364	0.1497	0.1552	0.0901	0.1926	0.1897	0.1926	0.1913	0.1677	0.156	0.1677	0.1579
chr2L	16656985	16657175	chr2L:16656986-16657175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8519.1	VT8519.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1551	0.1411	0.1808	0.1426	0.106	0.1544	0.1557	0.1652	0.106	0.2252	0.1871	0.2252	0.1859	0.17	0.1367	0.17	0.1657
chr2L	16671052	16671203	chr2L:16671053-16671203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0109	0.0116	0.0082	0.0131	0.0042	0.0107	0.0251	0.0053	0.0042	0.0097	0.0109	0.0097	0.0054	0.0031	0.0045	0.0031	0.0089
chr2L	16676808	16676959	chr2L:16676809-16676959	FBgn0001185,FBgn0032593	her,trpgamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0337	0.0353	0.0395	0.0258	0.0244	0.0364	0.042	0.046	0.0244	0.0525	0.0412	0.0525	0.0302	0.0153	0.02	0.0153	0.0229
chr2L	16677060	16677234	chr2L:16677061-16677234	FBgn0001185,FBgn0032593	her,trpgamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1166	0.1039	0.1392	0.1058	0.0647	0.1388	0.0986	0.1312	0.0647	0.1655	0.1527	0.1655	0.1495	0.1018	0.1064	0.1018	0.1324
chr2L	16679945	16680127	chr2L:16679946-16680127	FBgn0002652,FBgn0261278	grp,squ	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1634	0.155	0.1958	0.1373	0.0976	0.1816	0.1652	0.1992	0.0976	0.2379	0.2177	0.2379	0.1952	0.1447	0.1573	0.1447	0.1751
chr2L	16680385	16680571	chr2L:16680386-16680571	FBgn0002652,FBgn0261278	grp,squ	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1846	0.1857	0.2119	0.1533	0.1421	0.2199	0.1955	0.2285	0.1421	0.2452	0.2473	0.2452	0.1905	0.1876	0.1779	0.1876	0.1798
chr2L	16683651	16684084	chr2L:16683652-16684084	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8531.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0699	0.0774	0.0599	0.0726	0.0424	0.0898	0.0787	0.1019	0.0424	0.0628	0.0633	0.0628	0.0271	0.0574	0.0239	0.0574	0.0339
chr2L	16684444	16684595	chr2L:16684445-16684595	distal	distal	none	none	VT8531.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0329	0.0253	0.0317	0.0426	0.0159	0.0262	0.029	0.03	0.0159	0.0266	0.0405	0.0266	0.0186	0.0337	0.0213	0.0337	0.0219
chr2L	16684752	16684903	chr2L:16684753-16684903	distal	distal	none	none	VT8531.1,VT8532.1	VT8532.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0355	0.0239	0.0335	0.0507	0.0106	0.0248	0.0238	0.0386	0.0106	0.0314	0.0421	0.0314	0.0186	0.0291	0.0329	0.0291	0.0198
chr2L	16685199	16685371	chr2L:16685200-16685371	distal	distal	stage14	stage14	VT8531.1,VT8532.1	VT8532.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0434	0.0345	0.0339	0.0636	0.0159	0.0379	0.0389	0.0466	0.0159	0.0278	0.0363	0.0278	0.0217	0.023	0.0393	0.023	0.0307
chr2L	16685522	16685791	chr2L:16685523-16685791	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8532.1	VT8532.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0671	0.0851	0.0627	0.0519	0.0424	0.0917	0.0774	0.1439	0.0424	0.0682	0.0859	0.0682	0.0147	0.0107	0.0226	0.0107	0.013
chr2L	16686582	16686988	chr2L:16686583-16686988	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT8532.1	VT8532.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0657	0.0766	0.0824	0.0351	0.0392	0.0874	0.0835	0.1053	0.0392	0.0537	0.1286	0.0537	0.0759	0.0314	0.0503	0.0314	0.0182
chr2L	16689727	16690035	chr2L:16689728-16690035	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT8534.1	VT8534.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0566	0.0562	0.0447	0.0702	0.0244	0.0587	0.0636	0.0813	0.0244	0.0411	0.0453	0.0411	0.0387	0.0743	0.0342	0.0743	0.0281
chr2L	16690464	16690750	chr2L:16690465-16690750	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0712	0.0611	0.0589	0.0961	0.0435	0.0612	0.0748	0.0759	0.0435	0.0326	0.055	0.0326	0.0449	0.0651	0.0554	0.0651	0.0412
chr2L	16691578	16691783	chr2L:16691579-16691783	distal	distal	stage5	stage5	VT8536.1	VT8536.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0267	0.0324	0.0231	0.0242	0.0148	0.0393	0.0363	0.0386	0.0148	0.0223	0.0199	0.0223	0.0225	0.0077	0.0064	0.0077	0.0141
chr2L	16693365	16693516	chr2L:16693366-16693516	distal	distal	none	none	VT8536.1	VT8536.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0189	0.0208	0.0088	0.0064	0.0194	0.0285	0.018	0.0064	0.0139	0.0141	0.0139	0.0124	0.0061	0.0039	0.0061	0.0104
chr2L	16696130	16696343	chr2L:16696131-16696343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0386	0.0152	0.0079	0.0361	0.0248	0.0554	0.052	0.0361	0.0139	0.017	0.0139	0.0217	0.0061	0.0097	0.0061	0.0036
chr2L	16696383	16696534	chr2L:16696384-16696534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0283	0.0089	0.0045	0.0255	0.015	0.0424	0.0393	0.0255	0.0115	0.0103	0.0115	0.0054	0.0069	0.0045	0.0069	0
chr2L	16696538	16696785	chr2L:16696539-16696785	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0427	0.0136	0.0081	0.0382	0.0248	0.0571	0.0626	0.0382	0.0139	0.0145	0.0139	0.0124	0.0115	0.0071	0.0115	0.0047
chr2L	16700742	16700893	chr2L:16700743-16700893	FBgn0263744	CR43669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0254	0.0417	0.0197	0.0135	0.0244	0.034	0.0653	0.0466	0.0244	0.0151	0.0203	0.0151	0.0225	0.0107	0.0116	0.0107	0.0162
chr2L	16701244	16701395	chr2L:16701245-16701395	FBgn0263744	CR43669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0222	0.0328	0.019	0.0139	0.0212	0.0243	0.0584	0.0306	0.0212	0.0151	0.0196	0.0151	0.0256	0.0084	0.0129	0.0084	0.0203
chr2L	16703172	16703356	chr2L:16703173-16703356	FBgn0263745	CR43670	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0906	0.089	0.0916	0.0914	0.0657	0.1039	0.096	0.1079	0.0657	0.1087	0.1068	0.1087	0.0891	0.0896	0.0832	0.0896	0.1313
chr2L	16703441	16703660	chr2L:16703442-16703660	FBgn0263745	CR43670	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0616	0.0618	0.0609	0.0621	0.0392	0.0607	0.0856	0.0633	0.0392	0.0634	0.073	0.0634	0.0713	0.0459	0.0625	0.0459	0.1042
chr2L	16703708	16703888	chr2L:16703709-16703888	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0719	0.0609	0.0754	0.0802	0.0276	0.0665	0.0843	0.0566	0.0276	0.0809	0.083	0.0809	0.1007	0.0781	0.0754	0.0781	0.123
chr2L	16703928	16704120	chr2L:16703929-16704120	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0977	0.0948	0.1013	0.0969	0.0562	0.101	0.1267	0.0979	0.0562	0.1087	0.1122	0.1087	0.1294	0.0949	0.0986	0.0949	0.135
chr2L	16704244	16704470	chr2L:16704245-16704470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.06	0.0745	0.0542	0.05	0.0467	0.067	0.1202	0.0606	0.0467	0.0471	0.0595	0.0471	0.0736	0.0429	0.0554	0.0429	0.0756
chr2L	16706669	16706820	chr2L:16706670-16706820	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.0096	0.0174	0.0428	0.0042	0.0107	0.016	0.0067	0.0042	0.0127	0.0196	0.0127	0.0318	0.0245	0.0406	0.0245	0.0917
chr2L	16706923	16707100	chr2L:16706924-16707100	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.0102	0.016	0.0536	0.0021	0.0117	0.0156	0.01	0.0021	0.0072	0.0196	0.0072	0.0287	0.0597	0.0587	0.0597	0.0933
chr2L	16707512	16707690	chr2L:16707513-16707690	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0266	0.0122	0.0189	0.0512	0.0021	0.0117	0.0195	0.0127	0.0021	0.0133	0.0225	0.0133	0.0356	0.0643	0.0774	0.0643	0.0693
chr2L	16709533	16709684	chr2L:16709534-16709684	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.014	0.017	0.0384	0.0032	0.0155	0.0234	0.0113	0.0032	0.0163	0.017	0.0163	0.0333	0.0115	0.0226	0.0115	0.1079
chr2L	16710262	16710413	chr2L:16710263-16710413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.011	0.0216	0.032	0.0064	0.0092	0.0182	0.012	0.0064	0.0151	0.0289	0.0151	0.0356	0.0191	0.0535	0.0191	0.0526
chr2L	16710781	16710966	chr2L:16710782-16710966	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0148	0.0293	0.0348	0.0042	0.0218	0.0212	0.008	0.0042	0.0157	0.0399	0.0157	0.0465	0.0207	0.0619	0.0207	0.0563
chr2L	16714132	16714355	chr2L:16714133-16714355	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0435	0.0192	0.0433	0.071	0.0053	0.0272	0.0311	0.0107	0.0053	0.0284	0.0235	0.0284	0.1503	0.0368	0.0419	0.0368	0.1798
chr2L	16715716	16715867	chr2L:16715717-16715867	FBgn0062978,FBgn0086907	CG31808,Cyt-c-d	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0362	0.0212	0.0343	0.055	0.0095	0.0282	0.0238	0.0233	0.0095	0.0417	0.0379	0.0417	0.0473	0.0505	0.0554	0.0505	0.0766
chr2L	16716053	16716228	chr2L:16716054-16716228	FBgn0062978,FBgn0086907	CG31808,Cyt-c-d	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.098	0.0223	0.1039	0.1762	0.0064	0.0442	0.019	0.0213	0.0064	0.1129	0.118	0.1129	0.1712	0.2358	0.2102	0.2358	0.2543
chr2L	16716457	16716692	chr2L:16716458-16716692	FBgn0062978	CG31808	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.086	0.0214	0.0878	0.1561	0.0064	0.0379	0.0216	0.0207	0.0064	0.0743	0.1039	0.0743	0.1603	0.1975	0.1754	0.1975	0.2319
chr2L	16717984	16718135	chr2L:16717985-16718135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0228	0.0209	0.0261	0.0213	0.0085	0.0175	0.0294	0.026	0.0085	0.0284	0.0212	0.0284	0.0279	0.0283	0.0135	0.0283	0.013
chr2L	16718483	16718644	chr2L:16718484-16718644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0221	0.0311	0.0311	0.0106	0.0252	0.026	0.0293	0.0106	0.0211	0.0273	0.0211	0.0302	0.0306	0.0168	0.0306	0.0224
chr2L	16718773	16718927	chr2L:16718774-16718927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0409	0.0396	0.0405	0.0428	0.0223	0.0403	0.0484	0.05	0.0223	0.0362	0.0441	0.0362	0.0364	0.0352	0.0309	0.0352	0.0412
chr2L	16719599	16719790	chr2L:16719600-16719790	FBgn0000409	Cyt-c-p	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0992	0.0694	0.1255	0.1035	0.0371	0.0883	0.0744	0.0879	0.0371	0.1165	0.1431	0.1165	0.1448	0.1103	0.1122	0.1103	0.1183
chr2L	16719848	16720025	chr2L:16719849-16720025	FBgn0000409	Cyt-c-p	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1351	0.0973	0.1669	0.1423	0.0541	0.1262	0.1038	0.1213	0.0541	0.1498	0.1936	0.1498	0.1859	0.1432	0.1425	0.1432	0.173
chr2L	16720111	16720361	chr2L:16720112-16720361	FBgn0000409	Cyt-c-p	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0967	0.0725	0.1104	0.1086	0.0467	0.0874	0.074	0.0933	0.0467	0.0912	0.1277	0.0912	0.1038	0.1279	0.0974	0.1279	0.1115
chr2L	16720362	16720513	chr2L:16720363-16720513	FBgn0000409	Cyt-c-p	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0335	0.0434	0.0588	0.018	0.0388	0.0368	0.0426	0.018	0.0326	0.054	0.0326	0.0403	0.0727	0.0606	0.0727	0.0568
chr2L	16720558	16720777	chr2L:16720559-16720777	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0876	0.0867	0.082	0.0948	0.0541	0.0791	0.096	0.1346	0.0541	0.0592	0.0994	0.0592	0.079	0.1286	0.0832	0.1286	0.0928
chr2L	16720914	16721116	chr2L:16720915-16721116	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0441	0.0407	0.0572	0.0255	0.0383	0.0571	0.0626	0.0255	0.0199	0.0495	0.0199	0.0496	0.062	0.049	0.062	0.0709
chr2L	16721180	16721380	chr2L:16721181-16721380	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0515	0.033	0.0405	0.0844	0.0148	0.0354	0.0458	0.036	0.0148	0.0211	0.0389	0.0211	0.0744	0.0582	0.0709	0.0582	0.1355
chr2L	16727569	16727720	chr2L:16727570-16727720	FBgn0027779	VhaSFD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0606	0.0949	0.0739	0.0297	0.0806	0.0653	0.0706	0.0297	0.1129	0.1048	0.1129	0.1007	0.0697	0.0787	0.0697	0.0902
chr2L	16727740	16727919	chr2L:16727741-16727919	FBgn0027779	VhaSFD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.1105	0.1539	0.1395	0.0657	0.1471	0.1086	0.1366	0.0657	0.1836	0.1714	0.1836	0.1704	0.144	0.1489	0.144	0.1787
chr2L	16728095	16728290	chr2L:16728096-16728290	FBgn0027779	VhaSFD	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0528	0.038	0.058	0.0636	0.0138	0.0524	0.0394	0.048	0.0138	0.0815	0.0627	0.0815	0.0627	0.0613	0.0671	0.0613	0.0849
chr2L	16729628	16729838	chr2L:16729629-16729838	FBgn0051812,FBgn0263746	CG31812,CR43671	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0751	0.0732	0.0609	0.0927	0.0604	0.084	0.077	0.0893	0.0604	0.0682	0.0672	0.0682	0.0837	0.0957	0.0909	0.0957	0.1235
chr2L	16729903	16730054	chr2L:16729904-16730054	FBgn0051812,FBgn0263746	CG31812,CR43671	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0425	0.0386	0.0376	0.0521	0.0276	0.0471	0.0428	0.0466	0.0276	0.0453	0.0386	0.0453	0.0527	0.0505	0.0561	0.0505	0.0615
chr2L	16730689	16730843	chr2L:16730690-16730843	FBgn0032595	CG17996	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0456	0.0599	0.0409	0.0223	0.0524	0.0554	0.0513	0.0223	0.0791	0.0682	0.0791	0.0635	0.0521	0.0393	0.0521	0.0625
chr2L	16730861	16731109	chr2L:16730862-16731109	FBgn0032595	CG17996	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0623	0.0721	0.0638	0.035	0.067	0.077	0.0759	0.035	0.093	0.0846	0.093	0.0744	0.0796	0.0683	0.0796	0.087
chr2L	16731648	16731799	chr2L:16731649-16731799	FBgn0032596	CG17331	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0411	0.0489	0.0358	0.0255	0.049	0.0506	0.0453	0.0255	0.0694	0.0543	0.0694	0.0395	0.0352	0.0445	0.0352	0.0479
chr2L	16731836	16731988	chr2L:16731837-16731988	FBgn0032596	CG17331	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.068	0.0631	0.0791	0.0614	0.0414	0.066	0.0727	0.0793	0.0414	0.1039	0.0836	0.1039	0.086	0.0658	0.0658	0.0658	0.0797
chr2L	16732023	16732209	chr2L:16732024-16732209	FBgn0032596,FBgn0032597	CG17331,CG17904	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0913	0.0866	0.1005	0.0865	0.0583	0.1015	0.0904	0.1099	0.0583	0.1244	0.1119	0.1244	0.1015	0.0919	0.0838	0.0919	0.1225
chr2L	16732543	16732699	chr2L:16732544-16732699	FBgn0032596,FBgn0032597	CG17331,CG17904	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.0513	0.0607	0.0461	0.0424	0.0597	0.0575	0.06	0.0424	0.0773	0.0666	0.0773	0.0596	0.0551	0.0509	0.0551	0.0646
chr2L	16738068	16738254	chr2L:16738069-16738254	FBgn0015391	glu	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.054	0.0714	0.0373	0.0244	0.0641	0.0614	0.0733	0.0244	0.0864	0.0775	0.0864	0.0674	0.036	0.0355	0.036	0.0526
chr2L	16738306	16738494	chr2L:16738307-16738494	FBgn0015391,FBgn0032598	ChLD3,glu	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1143	0.1081	0.142	0.0909	0.0594	0.135	0.1176	0.1319	0.0594	0.1673	0.1595	0.1673	0.1348	0.0911	0.1019	0.0911	0.1199
chr2L	16738621	16738772	chr2L:16738622-16738772	FBgn0015391,FBgn0032598	ChLD3,glu	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0349	0.0445	0.0263	0.0201	0.0442	0.0407	0.038	0.0201	0.0513	0.0473	0.0513	0.0527	0.026	0.0322	0.026	0.0334
chr2L	16742777	16742939	chr2L:16742778-16742939	FBgn0032600,FBgn0261068	CG17912,LSm7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.052	0.0749	0.0473	0.0329	0.0602	0.067	0.0553	0.0329	0.0954	0.072	0.0954	0.0736	0.0559	0.0503	0.0559	0.0516
chr2L	16743052	16743228	chr2L:16743053-16743228	FBgn0032600,FBgn0261068	CG17912,LSm7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1762	0.1523	0.2135	0.162	0.1018	0.1816	0.1812	0.1686	0.1018	0.2736	0.2273	0.2736	0.1875	0.1861	0.1747	0.1861	0.174
chr2L	16743300	16743490	chr2L:16743301-16743490	FBgn0032600,FBgn0261068	CG17912,LSm7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1864	0.1639	0.2211	0.1735	0.1103	0.1942	0.1873	0.1912	0.1103	0.2772	0.235	0.2772	0.2022	0.193	0.1741	0.193	0.1939
chr2L	16743583	16743758	chr2L:16743584-16743758	FBgn0032600,FBgn0261068	CG17912,LSm7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1453	0.1914	0.1436	0.1166	0.1689	0.1657	0.1686	0.1166	0.2452	0.2023	0.2452	0.1603	0.1524	0.1399	0.1524	0.1683
chr2L	16744006	16744157	chr2L:16744007-16744157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0525	0.0501	0.0259	0.0318	0.0602	0.0666	0.0573	0.0318	0.0586	0.0518	0.0586	0.0473	0.023	0.0232	0.023	0.0307
chr2L	16746241	16746483	chr2L:16746242-16746483	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.1148	0.0362	0.0209	0.0668	0.0801	0.1786	0.1379	0.0668	0.0393	0.0437	0.0393	0.0403	0.0276	0.0251	0.0276	0.0255
chr2L	16751235	16751533	chr2L:16751236-16751533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0503	0.0358	0.0192	0.0223	0.0451	0.0718	0.0626	0.0223	0.0435	0.0421	0.0435	0.0318	0.026	0.0181	0.026	0.0276
chr2L	16751536	16751687	chr2L:16751537-16751687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0309	0.0223	0.0156	0.0117	0.0267	0.0463	0.038	0.0117	0.029	0.0277	0.029	0.0178	0.0237	0.0129	0.0237	0.0208
chr2L	16754242	16754409	chr2L:16754243-16754409	FBgn0032601	yellow-b	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0189	0.0364	0.0343	0.0053	0.0214	0.0234	0.024	0.0053	0.0453	0.0518	0.0453	0.0178	0.0184	0.1032	0.0184	0.0162
chr2L	16754916	16755067	chr2L:16754917-16755067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0192	0.0189	0.0193	0.0195	0.0074	0.0165	0.0333	0.0153	0.0074	0.0254	0.0267	0.0254	0.0085	0.0245	0.0419	0.0245	0.0146
chr2L	16761022	16761173	chr2L:16761023-16761173	distal	distal	stage14	stage14	Mhc_F2-479	Mhc_F2-479	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0221	0.0137	0.015	0.0394	0.0042	0.0102	0.0277	0.0073	0.0042	0.0211	0.0158	0.0211	0.017	0.1631	0.0148	0.1631	0.0151
chr2L	16761427	16761578	chr2L:16761428-16761578	distal	distal	stage14	stage14	Mhc_F2-479	Mhc_F2-479	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0239	0.0163	0.0143	0.0428	0.0064	0.0194	0.0251	0.0113	0.0064	0.0199	0.0132	0.0199	0.0201	0.173	0.0135	0.173	0.0162
chr2L	16766303	16766454	chr2L:16766304-16766454	FBgn0264695	Mhc	stage14	none	Mhc	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0106	0.0074	0.0063	0.0188	0.0011	0.0078	0.0112	0.0093	0.0011	0.0091	0.0061	0.0091	0.007	0.0727	0.0097	0.0727	0.0073
chr2L	16766626	16766777	chr2L:16766627-16766777	FBgn0264695	Mhc	stage14	none	Mhc	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0151	0.0097	0.0085	0.0284	0.0021	0.0092	0.0195	0.0067	0.0021	0.0091	0.01	0.0091	0.0116	0.098	0.0271	0.098	0.0109
chr2L	16767555	16767706	chr2L:16767556-16767706	distal	distal	stage14	stage14	Mhc	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0168	0.013	0.0103	0.0283	0.0042	0.0097	0.0247	0.0113	0.0042	0.0145	0.0103	0.0145	0.0139	0.1194	0.011	0.1194	0.0063
chr2L	16768125	16768276	chr2L:16768126-16768276	distal	distal	stage14	stage14	Mhc	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0153	0.013	0.0086	0.0252	0.0021	0.0092	0.026	0.0113	0.0021	0.0115	0.009	0.0115	0.0101	0.1141	0.009	0.1141	0.0073
chr2L	16783920	16784135	chr2L:16783921-16784135	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.028	0.027	0.0382	0.018	0.0106	0.0316	0.035	0.034	0.0106	0.0278	0.0566	0.0278	0.0411	0.0322	0.0251	0.0322	0.0203
chr2L	16787626	16787855	chr2L:16787627-16787855	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0585	0.0723	0.0713	0.0291	0.0509	0.0752	0.1081	0.062	0.0509	0.1244	0.0785	0.1244	0.048	0.0421	0.0245	0.0421	0.0328
chr2L	16789130	16789281	chr2L:16789131-16789281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0095	0.0075	0.0105	0.0107	0.0032	0.0068	0.0138	0.0067	0.0032	0.0109	0.0113	0.0109	0.0178	0.0299	0.0064	0.0299	0.0125
chr2L	16789456	16789607	chr2L:16789457-16789607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0129	0.0105	0.0141	0.0143	0.0085	0.0083	0.016	0.0093	0.0085	0.0163	0.0154	0.0163	0.0201	0.0345	0.0103	0.0345	0.0162
chr2L	16790936	16791114	chr2L:16790937-16791114	FBgn0000406,FBgn0032603	CG17928,Cyt-b5-r	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0163	0.0187	0.0368	0.0085	0.015	0.0242	0.0193	0.0085	0.0217	0.0093	0.0217	0.0527	0.0191	0.0174	0.0191	0.1021
chr2L	16791377	16791614	chr2L:16791378-16791614	FBgn0032603	CG17928	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.032	0.0141	0.0212	0.0639	0.0074	0.0126	0.0268	0.0087	0.0074	0.0217	0.0193	0.0217	0.0418	0.0444	0.0554	0.0444	0.147
chr2L	16794093	16794269	chr2L:16794094-16794269	FBgn0040262	Ugt36Ba	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0244	0.0135	0.0246	0.0363	0.0095	0.018	0.019	0.0073	0.0095	0.0139	0.0302	0.0139	0.0534	0.0145	0.0858	0.0145	0.0453
chr2L	16798865	16799072	chr2L:16798866-16799072	FBgn0040260	Ugt36Bc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0356	0.0178	0.0387	0.0521	0.0042	0.0248	0.0285	0.008	0.0042	0.0876	0.0347	0.0876	0.0302	0.1309	0.0587	0.1309	0.0464
chr2L	16799700	16799851	chr2L:16799701-16799851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0133	0.022	0.0253	0.0095	0.0146	0.0212	0.0087	0.0095	0.0236	0.0122	0.0236	0.0666	0.023	0.009	0.023	0.0625
chr2L	16801592	16802023	chr2L:16801593-16802023	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0855	0.0666	0.0986	0.0922	0.0297	0.0825	0.0813	0.0733	0.0297	0.1081	0.1048	0.1081	0.1433	0.1225	0.1103	0.1225	0.1324
chr2L	16816060	16816238	chr2L:16816061-16816238	FBgn0004797	mdy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1435	0.1317	0.1702	0.1273	0.0901	0.1408	0.1579	0.1626	0.0901	0.2065	0.2039	0.2065	0.1774	0.1753	0.1696	0.1753	0.1746
chr2L	16816328	16816505	chr2L:16816329-16816505	FBgn0004797	mdy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1517	0.1412	0.1723	0.1406	0.1092	0.1544	0.1579	0.1712	0.1092	0.2095	0.1987	0.2095	0.1921	0.1922	0.1825	0.1922	0.2032
chr2L	16816555	16816773	chr2L:16816556-16816773	FBgn0004797	mdy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1349	0.1174	0.1391	0.15	0.087	0.1354	0.1259	0.1372	0.087	0.1419	0.1579	0.1419	0.2146	0.2029	0.196	0.2029	0.2225
chr2L	16816855	16817020	chr2L:16816856-16817020	FBgn0004797	mdy	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0535	0.0356	0.0599	0.0663	0.0117	0.0417	0.0415	0.048	0.0117	0.055	0.063	0.055	0.103	0.0957	0.0864	0.0957	0.0928
chr2L	16817483	16817708	chr2L:16817484-16817708	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.089	0.0725	0.0671	0.0509	0.0966	0.0926	0.1366	0.0509	0.0284	0.1032	0.0284	0.1007	0.0498	0.0922	0.0498	0.1183
chr2L	16817913	16818201	chr2L:16817914-16818201	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0613	0.0427	0.0544	0.0897	0.0212	0.0505	0.0562	0.0466	0.0212	0.0393	0.0492	0.0393	0.1263	0.1011	0.0825	0.1011	0.1761
chr2L	16818285	16818470	chr2L:16818286-16818470	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0565	0.0303	0.0459	0.0973	0.018	0.0403	0.0389	0.026	0.018	0.0483	0.0357	0.0483	0.1061	0.1631	0.0941	0.1631	0.1553
chr2L	16818637	16818820	chr2L:16818638-16818820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0425	0.0244	0.0373	0.0682	0.0127	0.0243	0.0342	0.026	0.0127	0.0429	0.0309	0.0429	0.0728	0.1018	0.06	0.1018	0.1199
chr2L	16824882	16825065	chr2L:16824883-16825065	FBgn0022213	Cas	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1199	0.1585	0.0826	0.0901	0.149	0.112	0.1586	0.0901	0.1884	0.1707	0.1884	0.1596	0.0842	0.0832	0.0842	0.087
chr2L	16825112	16825360	chr2L:16825113-16825360	FBgn0022213	Cas	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1302	0.1468	0.1619	0.0769	0.122	0.1684	0.1445	0.1905	0.122	0.1963	0.1759	0.1963	0.1518	0.0582	0.078	0.0582	0.075
chr2L	16825447	16825612	chr2L:16825448-16825612	FBgn0022213	Cas	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0476	0.0527	0.06	0.0284	0.035	0.0583	0.0554	0.0686	0.035	0.067	0.0656	0.067	0.0643	0.0176	0.0264	0.0176	0.0276
chr2L	16826569	16826720	chr2L:16826570-16826720	FBgn0051739	CG31739	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0295	0.0451	0.0322	0.0159	0.0325	0.0433	0.0286	0.0159	0.0483	0.0482	0.0483	0.048	0.0406	0.0277	0.0406	0.0334
chr2L	16827005	16827175	chr2L:16827006-16827175	FBgn0051739	CG31739	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1231	0.1056	0.1489	0.1145	0.0594	0.1228	0.1259	0.1213	0.0594	0.1806	0.1669	0.1806	0.1441	0.1263	0.1083	0.1263	0.1391
chr2L	16827255	16827428	chr2L:16827256-16827428	FBgn0051739	CG31739	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1427	0.1173	0.1769	0.1335	0.0583	0.1413	0.138	0.1466	0.0583	0.2144	0.1897	0.2144	0.1774	0.1417	0.1348	0.1417	0.1746
chr2L	16827531	16827685	chr2L:16827532-16827685	FBgn0051739	CG31739	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0521	0.0427	0.064	0.0494	0.0233	0.0466	0.0545	0.054	0.0233	0.0779	0.063	0.0779	0.0775	0.0513	0.0471	0.0513	0.0641
chr2L	16841466	16841617	chr2L:16841467-16841617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.0132	0.0146	0.0146	0.0053	0.0155	0.019	0.0113	0.0053	0.0205	0.0161	0.0205	0.0178	0.0291	0.0148	0.0291	0.0162
chr2L	16841675	16841843	chr2L:16841676-16841843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0249	0.0253	0.032	0.0138	0.0214	0.0359	0.03	0.0138	0.035	0.0273	0.035	0.0318	0.0528	0.0297	0.0528	0.0479
chr2L	16841963	16842115	chr2L:16841964-16842115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0252	0.0283	0.0404	0.0138	0.0248	0.0311	0.034	0.0138	0.0344	0.0318	0.0344	0.0372	0.0704	0.0361	0.0704	0.062
chr2L	16847017	16847244	chr2L:16847018-16847244	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0373	0.0166	0.0327	0.0656	0.0042	0.0199	0.0234	0.0153	0.0042	0.0193	0.0264	0.0193	0.0968	0.0276	0.0664	0.0276	0.1584
chr2L	16848659	16849036	chr2L:16848660-16849036	FBgn0032614	CG13284	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.057	0.0343	0.0487	0.0914	0.0308	0.0364	0.0394	0.0386	0.0308	0.0471	0.0495	0.0471	0.0837	0.134	0.0864	0.134	0.1282
chr2L	16852312	16852492	chr2L:16852313-16852492	FBgn0051810	CG31810	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0196	0.0217	0.0382	0.0074	0.0165	0.0311	0.0233	0.0074	0.0175	0.0215	0.0175	0.0473	0.0421	0.0368	0.0421	0.0651
chr2L	16852667	16852867	chr2L:16852668-16852867	FBgn0051810	CG31810	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0373	0.032	0.0362	0.0444	0.0201	0.0252	0.0493	0.0353	0.0201	0.0386	0.0379	0.0386	0.0542	0.0536	0.0419	0.0536	0.0672
chr2L	16857852	16858182	chr2L:16857853-16858182	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0531	0.068	0.0838	0.035	0.0534	0.0679	0.0606	0.035	0.0888	0.063	0.0888	0.1239	0.1156	0.0967	0.1156	0.1292
chr2L	16859257	16859485	chr2L:16859258-16859485	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.1024	0.1246	0.071	0.0827	0.1296	0.1138	0.0966	0.0827	0.2325	0.0974	0.2325	0.1696	0.1172	0.0716	0.1172	0.0928
chr2L	16859728	16859911	chr2L:16859729-16859911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.048	0.0735	0.0493	0.0403	0.0558	0.0532	0.0526	0.0403	0.1135	0.073	0.1135	0.0891	0.059	0.0438	0.059	0.0803
chr2L	16860090	16860241	chr2L:16860091-16860241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0197	0.0226	0.0209	0.015	0.0106	0.0175	0.0437	0.014	0.0106	0.0314	0.017	0.0314	0.0302	0.0222	0.0123	0.0222	0.0234
chr2L	16862578	16862799	chr2L:16862579-16862799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0359	0.0202	0.0318	0.0223	0.0306	0.048	0.046	0.0223	0.0187	0.0251	0.0187	0.0263	0.0391	0.0445	0.0391	0.0464
chr2L	16868886	16869039	chr2L:16868887-16869039	FBgn0051781	CR31781	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0196	0.0092	0.0143	0.037	0.0064	0.0131	0.0138	0.0047	0.0064	0.0308	0.0093	0.0308	0.0209	0.1049	0.0232	0.1049	0.0365
chr2L	16869344	16869495	chr2L:16869345-16869495	FBgn0051781	CR31781	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0121	0.0087	0.0066	0.0219	0.0032	0.0092	0.0151	0.0067	0.0032	0.0091	0.0061	0.0091	0.0101	0.0727	0.0181	0.0727	0.012
chr2L	16875070	16875255	chr2L:16875071-16875255	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0214	0.0093	0.0104	0.0469	0.0011	0.0112	0.0164	0.006	0.0011	0.0169	0.0068	0.0169	0.0217	0.1516	0.0206	0.1516	0.0422
chr2L	16879054	16879263	chr2L:16879055-16879263	FBgn0032618,FBgn0052832,FBgn0085342	CG31743,CG32832,CG34313	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0409	0.0626	0.0455	0.0233	0.0485	0.0484	0.048	0.0233	0.0682	0.0704	0.0682	0.072	0.0452	0.0451	0.0452	0.0584
chr2L	16879350	16879539	chr2L:16879351-16879539	FBgn0032618,FBgn0052832,FBgn0085342	CG31743,CG32832,CG34313	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0971	0.0773	0.1162	0.0983	0.0403	0.0966	0.0779	0.1053	0.0403	0.1292	0.1293	0.1292	0.1309	0.1057	0.0993	0.1057	0.1339
chr2L	16879772	16879997	chr2L:16879773-16879997	FBgn0032618,FBgn0052832,FBgn0085342	CG31743,CG32832,CG34313	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0315	0.0499	0.0358	0.0159	0.033	0.0381	0.038	0.0159	0.0537	0.0547	0.0537	0.0527	0.036	0.0309	0.036	0.0464
chr2L	16881096	16881269	chr2L:16881097-16881269	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0151	0.0277	0.0454	0.0085	0.0126	0.0225	0.0187	0.0085	0.0217	0.026	0.0217	0.0682	0.023	0.0658	0.023	0.0938
chr2L	16882052	16882203	chr2L:16882053-16882203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0141	0.0178	0.0237	0.0074	0.0131	0.0212	0.0147	0.0074	0.0193	0.0215	0.0193	0.0225	0.0191	0.0368	0.0191	0.0334
chr2L	16882945	16883096	chr2L:16882946-16883096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.014	0.0197	0.0263	0.0053	0.0146	0.0203	0.0147	0.0053	0.0145	0.019	0.0145	0.0511	0.0115	0.0123	0.0115	0.0677
chr2L	16887674	16887832	chr2L:16887675-16887832	FBgn0040985	CG6115	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0689	0.0343	0.0783	0.0972	0.0138	0.0485	0.0376	0.038	0.0138	0.0797	0.0785	0.0797	0.11	0.108	0.087	0.108	0.1126
chr2L	16887921	16888107	chr2L:16887922-16888107	FBgn0040985,FBgn0261671	CG6115,tweek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1725	0.1107	0.2112	0.1993	0.0742	0.1534	0.099	0.1352	0.0742	0.253	0.2177	0.253	0.2363	0.2067	0.2128	0.2067	0.2423
chr2L	16888366	16888541	chr2L:16888367-16888541	FBgn0040985,FBgn0261671	CG6115,tweek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1808	0.133	0.2161	0.1954	0.0923	0.1646	0.1388	0.1606	0.0923	0.2723	0.2299	0.2723	0.2246	0.2205	0.1992	0.2205	0.234
chr2L	16888659	16888831	chr2L:16888660-16888831	FBgn0261671	tweek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0969	0.0697	0.1178	0.1046	0.0414	0.0869	0.0735	0.0859	0.0414	0.1455	0.1309	0.1455	0.1162	0.1087	0.1122	0.1087	0.1459
chr2L	16888879	16889375	chr2L:16888880-16889375	FBgn0261671	tweek	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0949	0.0682	0.1075	0.111	0.0286	0.0859	0.0839	0.0753	0.0286	0.1093	0.1042	0.1093	0.1751	0.0888	0.0825	0.0888	0.2137
chr2L	16901607	16901758	chr2L:16901608-16901758	FBgn0032620	CG12288	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0237	0.0192	0.0127	0.0117	0.0296	0.0324	0.0233	0.0117	0.0242	0.0219	0.0242	0.0201	0.0168	0.011	0.0168	0.0182
chr2L	16901855	16902006	chr2L:16901856-16902006	FBgn0032620	CG12288	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0375	0.0426	0.0262	0.0244	0.0398	0.0471	0.0453	0.0244	0.0562	0.045	0.0562	0.0496	0.0345	0.0316	0.0345	0.0281
chr2L	16902134	16902305	chr2L:16902135-16902305	FBgn0032620	CG12288	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0719	0.0784	0.0769	0.059	0.0594	0.082	0.0969	0.0853	0.0594	0.099	0.0855	0.099	0.0806	0.0704	0.06	0.0704	0.073
chr2L	16909820	16909971	chr2L:16909821-16909971	FBgn0026150	ApepP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.0106	0.0088	0.0109	0.0085	0.0102	0.0169	0.0087	0.0085	0.0085	0.0084	0.0085	0.0178	0.0054	0.0058	0.0054	0.024
chr2L	16910102	16910253	chr2L:16910103-16910253	FBgn0026150	ApepP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0116	0.0118	0.0167	0.0095	0.0097	0.0169	0.012	0.0095	0.0048	0.0113	0.0048	0.0302	0.0153	0.009	0.0153	0.0318
chr2L	16910364	16910515	chr2L:16910365-16910515	FBgn0026150	ApepP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0097	0.014	0.0269	0.0042	0.0092	0.0164	0.0073	0.0042	0.0097	0.0125	0.0097	0.0333	0.0306	0.0213	0.0306	0.0438
chr2L	16919029	16919180	chr2L:16919030-16919180	distal	distal	stage14	stage14	VT8644.1	VT8644.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0085	0.0058	0.0111	0.0064	0.0049	0.0156	0.0093	0.0064	0.0066	0.0051	0.0066	0.0039	0.0023	0.0032	0.0023	0.0063
chr2L	16972720	16972986	chr2L:16972721-16972986	FBgn0053179	beat-IIIb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0408	0.0369	0.0382	0.0479	0.0223	0.0369	0.042	0.0546	0.0223	0.0254	0.0614	0.0254	0.0256	0.0253	0.0522	0.0253	0.0172
chr2L	16983320	16983509	chr2L:16983321-16983509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0106	0.0145	0.0194	0.0064	0.0131	0.0156	0.0067	0.0064	0.0471	0.0045	0.0471	0.0108	0.0804	0.0045	0.0804	0.0063
chr2L	17040045	17040196	chr2L:17040046-17040196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0124	0.0214	0.0085	0.0065	0.0212	0.0136	0.0389	0.0173	0.0212	0.0103	0.0096	0.0103	0.0085	0.013	0.0045	0.013	0.0026
chr2L	17041122	17041273	chr2L:17041123-17041273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0219	0.0248	0.0278	0.0121	0.0095	0.0286	0.0272	0.0353	0.0095	0.0284	0.0402	0.0284	0.0194	0.0092	0.011	0.0092	0.012
chr2L	17041798	17041949	chr2L:17041799-17041949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0182	0.0175	0.0136	0.0127	0.0184	0.029	0.0153	0.0127	0.0199	0.0222	0.0199	0.017	0.0138	0.0135	0.0138	0.0089
chr2L	17081513	17081664	chr2L:17081514-17081664	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0059	0.0051	0.0072	0.0021	0.0063	0.0078	0.006	0.0021	0.0054	0.0061	0.0054	0.0015	8e-04	0.0013	8e-04	0.0047
chr2L	17102464	17102615	chr2L:17102465-17102615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	none	0.0082	0.0064	0.0058	0.013	0.0021	0.0024	0.0138	0.006	0.0021	0.0024	0.0058	0.0024	0.0077	0.0015	0.0187	0.0015	0.0063
chr2L	17130915	17131066	chr2L:17130916-17131066	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0112	0.0107	0.0276	0.0064	0.0078	0.019	0.0093	0.0064	0.0127	0.009	0.0127	0.0046	0.0054	0.0071	0.0054	0.0068
chr2L	17167274	17167425	chr2L:17167275-17167425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0118	0.0072	0.01	0.0074	0.0073	0.0221	0.01	0.0074	0.006	0.0064	0.006	0.007	0.0031	0.0045	0.0031	0.0026
chr2L	17176835	17177100	chr2L:17176836-17177100	FBgn0045487	Gr36a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0179	0.0353	0.0115	0.0056	0.0191	0.0218	0.0562	0.0373	0.0191	0.0205	0.0113	0.0205	0.0085	0.0038	0.0039	0.0038	0.0078
chr2L	17191915	17192066	chr2L:17191916-17192066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0076	0.0064	0.0057	0.0111	0.0021	0.0029	0.0143	0.004	0.0021	0.0091	0.0048	0.0091	0.0031	0.0046	0.0026	0.0046	0.013
chr2L	17207409	17207560	chr2L:17207410-17207560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.0102	0.0126	0.0169	0.0053	0.0102	0.016	0.0087	0.0053	0.0145	0.0109	0.0145	0.0217	0.0084	0.0064	0.0084	0.037
chr2L	17213635	17213786	chr2L:17213636-17213786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0185	0.0289	0.0171	0.0085	0.0074	0.0214	0.0606	0.02	0.0074	0.032	0.0158	0.032	0.0147	0.0031	0.0077	0.0031	0.0151
chr2L	17213847	17213998	chr2L:17213848-17213998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0245	0.0369	0.0235	0.0118	0.017	0.0354	0.0627	0.0306	0.017	0.038	0.0225	0.038	0.0178	0.0061	0.0103	0.0061	0.0203
chr2L	17217146	17217324	chr2L:17217147-17217324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0187	0.0166	0.0211	0.0185	0.0074	0.0214	0.0238	0.0147	0.0074	0.035	0.0148	0.035	0.0256	0.0153	0.0103	0.0153	0.0354
chr2L	17217612	17217895	chr2L:17217613-17217895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0246	0.0193	0.0265	0.0283	0.0053	0.0267	0.0285	0.016	0.0053	0.0477	0.0193	0.0477	0.0279	0.0207	0.0135	0.0207	0.0677
chr2L	17218549	17218700	chr2L:17218550-17218700	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0209	0.0206	0.0206	0.0216	0.0138	0.0184	0.0333	0.0187	0.0138	0.0302	0.0215	0.0302	0.0147	0.0268	0.0058	0.0268	0.0375
chr2L	17220515	17220740	chr2L:17220516-17220740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0189	0.0298	0.0274	0.0074	0.0214	0.0264	0.018	0.0074	0.0169	0.0193	0.0169	0.0155	0.0069	0.0071	0.0069	0.0156
chr2L	17221125	17221374	chr2L:17221126-17221374	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.032	0.0233	0.0386	0.0344	0.0117	0.0277	0.0333	0.0193	0.0117	0.029	0.0373	0.029	0.0217	0.0107	0.0193	0.0107	0.0203
chr2L	17221489	17221724	chr2L:17221490-17221724	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0499	0.0597	0.0548	0.0336	0.0286	0.067	0.0796	0.06	0.0286	0.0326	0.0588	0.0326	0.0194	0.0115	0.0168	0.0115	0.0245
chr2L	17222189	17222391	chr2L:17222190-17222391	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_6225	Unspecified_6225	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0725	0.129	0.0689	0.0132	0.087	0.0966	0.192	0.1499	0.087	0.029	0.1299	0.029	0.0217	0.013	0.0193	0.013	0.0099
chr2L	17222576	17222734	chr2L:17222577-17222734	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0395	0.0643	0.0365	0.015	0.0573	0.0529	0.0913	0.0713	0.0573	0.0393	0.0505	0.0393	0.0186	0.0061	0.0116	0.0061	0.0151
chr2L	17227130	17227454	chr2L:17227131-17227454	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT8808.1	VT8808.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0697	0.0364	0.0893	0.0852	0.0053	0.0816	0.0316	0.024	0.0053	0.2603	0.046	0.2603	0.0442	0.2152	0.0464	0.2152	0.0902
chr2L	17227717	17227968	chr2L:17227718-17227968	distal	distal	stage14	stage14	VT8808.1	VT8808.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.033	0.0138	0.0316	0.056	0.0042	0.0199	0.0186	0.012	0.0042	0.0598	0.0312	0.0598	0.0178	0.1386	0.0729	0.1386	0.0328
chr2L	17229180	17229373	chr2L:17229181-17229373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0231	0.011	0.0306	0.0284	0.0053	0.016	0.0143	0.008	0.0053	0.0652	0.0293	0.0652	0.0201	0.0452	0.0535	0.0452	0.0182
chr2L	17231296	17231447	chr2L:17231297-17231447	distal	distal	none	none	VT8810.1	VT8810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0129	0.0103	0.0136	0.015	0.0064	0.0097	0.0203	0.004	0.0064	0.0133	0.0129	0.0133	0.017	0.0168	0.0077	0.0168	0.0162
chr2L	17232530	17232681	chr2L:17232531-17232681	distal	distal	none	none	VT8810.1	VT8810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0127	0.0086	0.0121	0.018	0.0011	0.0058	0.0182	0.0067	0.0011	0.0115	0.0113	0.0115	0.0108	0.0077	0.0097	0.0077	0.0208
chr2L	17238594	17238745	chr2L:17238595-17238745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0105	0.0086	0.0111	0.0042	0.0083	0.0169	0.0113	0.0042	0.0054	0.0093	0.0054	0.0085	0.0054	0.0064	0.0054	0.0099
chr2L	17242449	17242803	chr2L:17242450-17242803	distal	distal	stage14	stage14	VT8816.1	VT8816.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0337	0.0202	0.0289	0.054	0.0095	0.0209	0.0342	0.0133	0.0095	0.026	0.0338	0.026	0.0442	0.0597	0.0858	0.0597	0.0719
chr2L	17243140	17243421	chr2L:17243141-17243421	distal	distal	stage14	stage14	VT8816.1	VT8816.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0142	0.0371	0.0891	0.0053	0.0199	0.0208	0.008	0.0053	0.032	0.0479	0.032	0.055	0.0421	0.1605	0.0421	0.1485
chr2L	17243634	17243794	chr2L:17243635-17243794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0116	0.0261	0.0447	0.0011	0.0117	0.0195	0.014	0.0011	0.0254	0.0328	0.0254	0.0372	0.0176	0.0787	0.0176	0.0771
chr2L	17244465	17244821	chr2L:17244466-17244821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0381	0.0383	0.0383	0.0377	0.0085	0.0544	0.0329	0.0606	0.0085	0.0338	0.0476	0.0338	0.0364	0.0314	0.0393	0.0314	0.0636
chr2L	17248374	17248544	chr2L:17248375-17248544	distal	distal	none	none	VT8820.1	VT8820.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0132	0.0152	0.0164	0.0064	0.0087	0.0221	0.0113	0.0064	0.0139	0.0125	0.0139	0.0101	0.01	0.0039	0.01	0.0172
chr2L	17248715	17248943	chr2L:17248716-17248943	distal	distal	none	none	VT8820.1	VT8820.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0184	0.012	0.0164	0.0277	0.0042	0.0092	0.0212	0.0093	0.0042	0.0211	0.0113	0.0211	0.0147	0.0115	0.011	0.0115	0.0417
chr2L	17249490	17249696	chr2L:17249491-17249696	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT8820.1	VT8820.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0196	0.0111	0.0225	0.026	0.0032	0.0121	0.0169	0.0107	0.0032	0.0217	0.0267	0.0217	0.0287	0.0291	0.0239	0.0291	0.0412
chr2L	17249804	17249955	chr2L:17249805-17249955	distal	distal	none	none	VT8820.1	VT8820.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0133	0.0074	0.0157	0.0171	0.0021	0.0102	0.0117	0.0033	0.0021	0.0217	0.0148	0.0217	0.0225	0.0168	0.0193	0.0168	0.0266
chr2L	17250282	17250433	chr2L:17250283-17250433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0113	0.0083	0.0107	0.0153	0.0011	0.0092	0.013	0.0087	0.0011	0.0103	0.0103	0.0103	0.0209	0.0123	0.0071	0.0123	0.0396
chr2L	17252087	17252238	chr2L:17252088-17252238	distal	distal	none	none	VT8822.1	VT8822.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0115	0.0176	0.0189	0.0042	0.0083	0.0186	0.0133	0.0042	0.0139	0.0264	0.0139	0.0178	0.0046	0.0464	0.0046	0.0188
chr2L	17258436	17258640	chr2L:17258437-17258640	distal	distal	none	none	VT8825.1	VT8825.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0286	0.0304	0.0321	0.0227	0.0095	0.0286	0.0441	0.0386	0.0095	0.0749	0.0241	0.0749	0.0186	0.0482	0.0187	0.0482	0.0188
chr2L	17258913	17259064	chr2L:17258914-17259064	distal	distal	none	none	VT8825.1	VT8825.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0174	0.0126	0.019	0.021	0.0053	0.0126	0.0173	0.0173	0.0053	0.0344	0.018	0.0344	0.0147	0.0368	0.0232	0.0368	0.0255
chr2L	17260697	17260885	chr2L:17260698-17260885	FBgn0032629	beat-IIIc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2015	0.2314	0.21	0.1586	0.1972	0.2311	0.2907	0.2532	0.1972	0.3086	0.2193	0.3086	0.2091	0.2006	0.1721	0.2006	0.1912
chr2L	17261765	17261916	chr2L:17261766-17261916	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0355	0.0743	0.0226	0.0063	0.0551	0.0505	0.1272	0.0726	0.0551	0.0217	0.0338	0.0217	0.0147	0.0061	0.0071	0.0061	0.0042
chr2L	17262378	17262652	chr2L:17262379-17262652	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	beat-IIIc_6490	beat-IIIc_6490	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0915	0.1341	0.1109	0.0226	0.0912	0.1117	0.1938	0.1712	0.0912	0.0876	0.1881	0.0876	0.0643	0.013	0.0496	0.013	0.0141
chr2L	17262831	17262993	chr2L:17262832-17262993	distal	distal	stage11	stage11	beat-IIIc_6490	beat-IIIc_6490	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0515	0.0717	0.0692	0.0095	0.0403	0.1029	0.0727	0.0859	0.0403	0.1208	0.0878	0.1208	0.0387	0.0061	0.0174	0.0061	0.0099
chr2L	17263392	17263628	chr2L:17263393-17263628	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0939	0.1583	0.0997	0.0155	0.1166	0.1044	0.1769	0.2798	0.1166	0.0574	0.1997	0.0574	0.0139	0.0077	0.0329	0.0077	0.0099
chr2L	17264243	17264492	chr2L:17264244-17264492	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0338	0.0746	0.0188	0.0106	0.0534	0.0303	0.0413	0.0106	0.0833	0.0881	0.0833	0.0922	0.023	0.0206	0.023	0.0224
chr2L	17266599	17266813	chr2L:17266600-17266813	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.059	0.1163	0.0322	0.0244	0.1209	0.0825	0.1678	0.1246	0.1209	0.0193	0.0457	0.0193	0.0217	0.0092	0.0193	0.0092	0.0109
chr2L	17266879	17267089	chr2L:17266880-17267089	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0552	0.1076	0.0291	0.0253	0.1039	0.0723	0.1817	0.0859	0.1039	0.0193	0.0373	0.0193	0.017	0.0069	0.0168	0.0069	0.0151
chr2L	17267432	17267584	chr2L:17267433-17267584	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0346	0.0442	0.0343	0.0242	0.0223	0.05	0.0489	0.0606	0.0223	0.0356	0.0315	0.0356	0.0349	0.0145	0.0168	0.0145	0.0198
chr2L	17268188	17268360	chr2L:17268189-17268360	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.0169	0.0395	0.0298	0.0064	0.0184	0.0203	0.024	0.0064	0.0175	0.0743	0.0175	0.0186	0.0077	0.0948	0.0077	0.0094
chr2L	17269885	17270088	chr2L:17269886-17270088	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0467	0.0289	0.0619	0.05	0.0064	0.0359	0.0402	0.0293	0.0064	0.0568	0.0723	0.0568	0.0844	0.0153	0.0587	0.0153	0.1053
chr2L	17270661	17270829	chr2L:17270662-17270829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0143	0.0266	0.0368	0.0064	0.0141	0.0238	0.0133	0.0064	0.026	0.0354	0.026	0.0232	0.0191	0.0593	0.0191	0.0526
chr2L	17280338	17280489	chr2L:17280339-17280489	distal	distal	none	none	VT8835.1	VT8835.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.01	0.0197	0.0086	0.0032	0.0112	0.0134	0.012	0.0032	0.0121	0.0196	0.0121	0.0062	0.0054	6e-04	0.0054	0.0083
chr2L	17288019	17288170	chr2L:17288020-17288170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0135	0.0201	0.0151	0.0043	0.0074	0.0316	0.0255	0.0167	0.0074	0.0163	0.0138	0.0163	0.017	0.0038	0.0026	0.0038	0.001
chr2L	17299464	17299615	chr2L:17299465-17299615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0091	0.0082	0.0174	0.0032	0.0073	0.0169	0.0073	0.0032	0.006	0.0074	0.006	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0063
chr2L	17327970	17328162	chr2L:17327971-17328162	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0471	0.056	0.0566	0.0267	0.0371	0.0558	0.061	0.0759	0.0371	0.0978	0.0524	0.0978	0.0209	0.0123	0.0116	0.0123	0.0125
chr2L	17368626	17368812	chr2L:17368627-17368812	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0892	0.0859	0.0978	0.0836	0.0732	0.099	0.0986	0.0926	0.0732	0.1226	0.1042	0.1226	0.103	0.1026	0.0845	0.1026	0.1032
chr2L	17368891	17369154	chr2L:17368892-17369154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0565	0.0562	0.0443	0.0498	0.0587	0.0722	0.0573	0.0498	0.0525	0.0662	0.0525	0.0573	0.0421	0.0496	0.0421	0.061
chr2L	17376155	17376306	chr2L:17376156-17376306	distal	distal	stage5	stage5	VT8885.1	VT8885.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0223	0.0322	0.0226	0.0109	0.0148	0.0272	0.0411	0.0446	0.0148	0.0229	0.027	0.0229	0.0225	0.0061	0.0148	0.0061	0.012
chr2L	17378445	17378628	chr2L:17378446-17378628	distal	distal	stage11	stage11	VT8886.1,VT8887.1	VT8886.1,VT8887.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0438	0.0378	0.0509	0.0428	0.0212	0.0519	0.0489	0.0326	0.0212	0.0604	0.0408	0.0604	0.11	0.049	0.0297	0.049	0.0735
chr2L	17378669	17378820	chr2L:17378670-17378820	distal	distal	stage11	stage11	VT8887.1	VT8887.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0376	0.0327	0.0513	0.0283	0.0138	0.0485	0.0368	0.0326	0.0138	0.0513	0.0367	0.0513	0.1309	0.0329	0.0226	0.0329	0.0495
chr2L	17378929	17379080	chr2L:17378930-17379080	distal	distal	none	none	VT8887.1	VT8887.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0486	0.0409	0.0643	0.0398	0.0255	0.0563	0.0407	0.046	0.0255	0.0755	0.0559	0.0755	0.1255	0.0306	0.0284	0.0306	0.0865
chr2L	17379198	17379349	chr2L:17379199-17379349	distal	distal	none	none	CG6860_NRE,VT8887.1	CG6860_NRE,VT8887.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0449	0.0389	0.0562	0.0391	0.0286	0.0485	0.0428	0.042	0.0286	0.0676	0.0524	0.0676	0.0922	0.026	0.0329	0.026	0.0839
chr2L	17379881	17380100	chr2L:17379882-17380100	distal	distal	none	none	CG6860_NRE,VT8887.1,VT8888.1	CG6860_NRE,VT8887.1,VT8888.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0645	0.0446	0.0914	0.0571	0.0191	0.0587	0.0528	0.0486	0.0191	0.0743	0.0971	0.0743	0.1735	0.0459	0.0619	0.0459	0.0969
chr2L	17381108	17381259	chr2L:17381109-17381259	distal	distal	none	none	VT8888.1	VT8888.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0211	0.0317	0.0305	0.0085	0.0228	0.0229	0.0313	0.0085	0.0187	0.0354	0.0187	0.0163	0.0084	0.0187	0.0084	0.0115
chr2L	17382211	17382362	chr2L:17382212-17382362	distal	distal	none	none	VT8889.1	VT8889.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.041	0.0396	0.041	0.0426	0.0276	0.0422	0.0458	0.0493	0.0276	0.0761	0.0338	0.0761	0.0279	0.0827	0.0213	0.0827	0.0287
chr2L	17382567	17382770	chr2L:17382568-17382770	distal	distal	stage5	stage5	VT8889.1	VT8889.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1	0.1331	0.0906	0.0732	0.0954	0.1553	0.1337	0.1692	0.0954	0.1461	0.0688	0.1461	0.0434	0.0827	0.0284	0.0827	0.0406
chr2L	17382826	17383027	chr2L:17382827-17383027	distal	distal	stage5	stage5	VT8889.1	VT8889.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0923	0.1467	0.0725	0.0532	0.122	0.1296	0.1708	0.2005	0.122	0.0839	0.0601	0.0839	0.0287	0.0314	0.0232	0.0314	0.0177
chr2L	17383417	17383616	chr2L:17383418-17383616	distal	distal	stage11,stage5	none	VT8889.1	VT8889.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0994	0.128	0.109	0.0568	0.0806	0.1243	0.1397	0.1905	0.0806	0.131	0.1309	0.131	0.0736	0.0322	0.0484	0.0322	0.0537
chr2L	17383711	17383920	chr2L:17383712-17383920	FBgn0032633	Lrch	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1711	0.175	0.2037	0.131	0.1326	0.2092	0.1765	0.2185	0.1326	0.2681	0.2145	0.2681	0.2045	0.1141	0.1238	0.1141	0.1579
chr2L	17384019	17384206	chr2L:17384020-17384206	FBgn0020503,FBgn0032633	CLIP-190,Lrch	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2615	0.2418	0.3128	0.2273	0.2238	0.2762	0.2604	0.2878	0.2238	0.3992	0.327	0.3992	0.3191	0.2274	0.2379	0.2274	0.2647
chr2L	17384592	17384763	chr2L:17384593-17384763	FBgn0020503,FBgn0032633	CLIP-190,Lrch	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1996	0.1729	0.232	0.194	0.1188	0.2034	0.1907	0.2092	0.1188	0.2736	0.2537	0.2736	0.2239	0.1991	0.2012	0.1991	0.2241
chr2L	17384815	17385035	chr2L:17384816-17385035	FBgn0020503	CLIP-190	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.143	0.131	0.1661	0.1312	0.0901	0.149	0.1548	0.1452	0.0901	0.2023	0.1711	0.2023	0.1557	0.1325	0.118	0.1325	0.1553
chr2L	17385245	17385434	chr2L:17385246-17385434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0969	0.0768	0.115	0.0997	0.0445	0.0985	0.0878	0.0879	0.0445	0.1377	0.1264	0.1377	0.0999	0.0957	0.1019	0.0957	0.1251
chr2L	17395075	17395226	chr2L:17395076-17395226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.017	0.0165	0.0199	0.0143	0.0064	0.0199	0.0208	0.018	0.0064	0.0103	0.0228	0.0103	0.0418	0.013	0.0245	0.013	0.0182
chr2L	17410007	17410245	chr2L:17410008-17410245	FBgn0032634,FBgn0032635	CG15141,Rpb11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0581	0.0636	0.0665	0.0428	0.035	0.0748	0.077	0.07	0.035	0.0773	0.072	0.0773	0.0643	0.0391	0.0458	0.0391	0.0401
chr2L	17410303	17410496	chr2L:17410304-17410496	FBgn0032634,FBgn0032635	CG15141,Rpb11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1167	0.1118	0.1388	0.0978	0.0583	0.134	0.1215	0.1359	0.0583	0.1655	0.1463	0.1655	0.1371	0.111	0.0909	0.111	0.1042
chr2L	17410556	17410754	chr2L:17410557-17410754	FBgn0032634,FBgn0032635	CG15141,Rpb11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1199	0.1098	0.1463	0.1022	0.0615	0.1345	0.1189	0.1312	0.0615	0.1775	0.1563	0.1775	0.127	0.1072	0.0858	0.1072	0.1136
chr2L	17410846	17410997	chr2L:17410847-17410997	FBgn0032634,FBgn0032635	CG15141,Rpb11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0399	0.0486	0.027	0.0212	0.0442	0.0532	0.0433	0.0212	0.0616	0.0518	0.0616	0.0341	0.0207	0.0232	0.0207	0.0302
chr2L	17421917	17422068	chr2L:17421918-17422068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0079	0.0053	0.0117	0.0042	0.0097	0.0134	0.0047	0.0042	0.0048	0.0035	0.0048	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0068
chr2L	17422405	17422556	chr2L:17422406-17422556	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0106	0.0075	0.0145	0.0095	0.0083	0.0147	0.0127	0.0095	0.0072	0.0074	0.0072	0.0031	0.0054	0.0032	0.0054	0.0063
chr2L	17425506	17425657	chr2L:17425507-17425657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0097	0.0091	0.0072	0.0132	0.0053	0.0049	0.0203	0.0053	0.0053	0.006	0.0087	0.006	0.0116	0.0069	0.0052	0.0069	0.0339
chr2L	17428094	17428254	chr2L:17428095-17428254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0227	0.011	0.0112	0.0485	0.0095	0.0121	0.0151	0.0087	0.0095	0.0054	0.0116	0.0054	0.0209	0.0207	0.0619	0.0207	0.11
chr2L	17429896	17430071	chr2L:17429897-17430071	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0264	0.0072	0.0198	0.055	0.0074	0.0087	0.0104	0.0033	0.0074	0.0127	0.0257	0.0127	0.031	0.0214	0.1173	0.0214	0.0698
chr2L	17430370	17430529	chr2L:17430371-17430529	distal	distal	none	none	VT8915.1	VT8915.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0088	0.0143	0.0373	0.0011	0.0141	0.0134	0.0047	0.0011	0.0048	0.0219	0.0048	0.0232	0.0123	0.0903	0.0123	0.0459
chr2L	17430948	17431231	chr2L:17430949-17431231	distal	distal	stage14	stage14	VT8915.1	VT8915.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0189	0.0135	0.0146	0.0297	0.0032	0.015	0.0221	0.01	0.0032	0.0145	0.0203	0.0145	0.0124	0.0306	0.0471	0.0306	0.038
chr2L	17433269	17433420	chr2L:17433270-17433420	FBgn0032636	CG5043	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0156	0.0036	0.0084	0.037	0.0011	0.0044	0.0035	0.0047	0.0011	0.006	0.0061	0.006	0.0186	0.0283	0.029	0.0283	0.0469
chr2L	17449650	17449915	chr2L:17449651-17449915	FBgn0260632	dl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0366	0.0152	0.031	0.0666	0.0064	0.017	0.0251	0.0107	0.0064	0.0175	0.0331	0.0175	0.0705	0.0697	0.0986	0.0697	0.1037
chr2L	17450301	17450491	chr2L:17450302-17450491	FBgn0260632	dl	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.007	0.0154	0.0538	0.0021	0.0102	0.0112	0.0047	0.0021	0.0079	0.019	0.0079	0.0333	0.0107	0.0967	0.0107	0.1037
chr2L	17452019	17452170	chr2L:17452020-17452170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0079	0.0072	0.0113	0.0021	0.0087	0.0134	0.006	0.0021	0.0054	0.0074	0.0054	0.0077	0.0038	0.009	0.0038	0.0078
chr2L	17465129	17465280	chr2L:17465130-17465280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0106	0.0093	0.0093	0.0074	0.0102	0.0169	0.0093	0.0074	0.0079	0.0093	0.0079	0.0062	0.0092	0.0058	0.0092	0.0063
chr2L	17466210	17466372	chr2L:17466211-17466372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0231	0.0141	0.0239	0.0324	0	0.0141	0.0268	0.0087	0	0.0513	0.018	0.0513	0.0116	0.0781	0.0161	0.0781	0.0193
chr2L	17466577	17466745	chr2L:17466578-17466745	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0254	0.0145	0.026	0.0369	0.0064	0.0175	0.0238	0.0067	0.0064	0.0731	0.0158	0.0731	0.0108	0.1317	0.0148	0.1317	0.0135
chr2L	17471858	17472009	chr2L:17471859-17472009	FBgn0032640	Sgt	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0251	0.0236	0.025	0.0269	0.0095	0.0194	0.035	0.0266	0.0095	0.0157	0.0347	0.0157	0.0279	0.0138	0.0619	0.0138	0.0255
chr2L	17472554	17473043	chr2L:17472555-17473043	FBgn0000183	BicD	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1099	0.086	0.1118	0.1347	0.053	0.0854	0.1168	0.0999	0.053	0.1153	0.1296	0.1153	0.1526	0.1792	0.1838	0.1792	0.1428
chr2L	17473137	17473326	chr2L:17473138-17473326	FBgn0000183	BicD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1165	0.1614	0.1551	0.07	0.1311	0.1384	0.1446	0.07	0.1793	0.1881	0.1793	0.1782	0.2037	0.1567	0.2037	0.1918
chr2L	17473388	17473597	chr2L:17473389-17473597	FBgn0000183	BicD	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1005	0.0899	0.1171	0.094	0.0583	0.0995	0.106	0.1099	0.0583	0.1347	0.1386	0.1347	0.1208	0.1256	0.0922	0.1256	0.1178
chr2L	17474507	17474658	chr2L:17474508-17474658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0533	0.0424	0.021	0.0265	0.0461	0.0869	0.056	0.0265	0.0531	0.0431	0.0531	0.038	0.0283	0.02	0.0283	0.0214
chr2L	17477307	17477458	chr2L:17477308-17477458	FBgn0027885	Aac11	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0657	0.0523	0.0284	0.0361	0.0617	0.0947	0.0786	0.0361	0.0694	0.0543	0.0694	0.0581	0.0283	0.0335	0.0283	0.0375
chr2L	17477552	17477726	chr2L:17477553-17477726	FBgn0027885	Aac11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0934	0.1145	0.1014	0.0609	0.0838	0.1155	0.151	0.1292	0.0838	0.1274	0.1093	0.1274	0.1038	0.0582	0.0638	0.0582	0.073
chr2L	17477804	17477976	chr2L:17477805-17477976	FBgn0027885	Aac11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1635	0.1929	0.1695	0.1241	0.1654	0.1947	0.2362	0.2232	0.1654	0.2144	0.1804	0.2144	0.1673	0.1095	0.1315	0.1095	0.1423
chr2L	17478249	17478584	chr2L:17478250-17478584	FBgn0027885	Aac11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.1058	0.072	0.0508	0.0785	0.101	0.1458	0.1153	0.0785	0.0827	0.0842	0.0827	0.0767	0.0536	0.0587	0.0536	0.0636
chr2L	17480924	17481115	chr2L:17480925-17481115	FBgn0024689,FBgn0032642	CG5110,fws	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0466	0.0544	0.0478	0.0286	0.0544	0.0532	0.06	0.0286	0.0707	0.063	0.0707	0.0496	0.0513	0.0516	0.0513	0.0657
chr2L	17481121	17481550	chr2L:17481122-17481550	FBgn0024689,FBgn0032642	CG5110,fws	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.088	0.087	0.0989	0.0773	0.053	0.0883	0.1086	0.1126	0.053	0.1214	0.1029	0.1214	0.1146	0.0789	0.0812	0.0789	0.111
chr2L	17483950	17484120	chr2L:17483951-17484120	FBgn0032643,FBgn0032644	CG5131,CG6453	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0507	0.0525	0.0596	0.039	0.0318	0.0631	0.064	0.0553	0.0318	0.087	0.0611	0.087	0.0627	0.0322	0.0413	0.0322	0.0568
chr2L	17484194	17484386	chr2L:17484195-17484386	FBgn0032643,FBgn0032644	CG5131,CG6453	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.115	0.1078	0.1355	0.1004	0.0657	0.1117	0.1337	0.1326	0.0657	0.1721	0.1469	0.1721	0.1379	0.0957	0.107	0.0957	0.1292
chr2L	17484413	17484626	chr2L:17484414-17484626	FBgn0032643,FBgn0032644	CG5131,CG6453	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1097	0.1006	0.1288	0.0989	0.0615	0.0981	0.1272	0.1259	0.0615	0.16	0.135	0.16	0.1363	0.1018	0.098	0.1018	0.1271
chr2L	17490414	17490565	chr2L:17490415-17490565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.0137	0.0176	0.0152	0.0032	0.0097	0.0251	0.0167	0.0032	0.0211	0.018	0.0211	0.0139	0.013	0.0348	0.013	0.0094
chr2L	17492244	17492395	chr2L:17492245-17492395	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0145	0.0113	0.0129	0.0198	0.0021	0.0078	0.0199	0.0127	0.0021	0.0127	0.0174	0.0127	0.0093	0.0038	0.0574	0.0038	0.0109
chr2L	17495857	17496171	chr2L:17495858-17496171	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0333	0.0222	0.0303	0.049	0.0095	0.0218	0.0363	0.0193	0.0095	0.0205	0.0489	0.0205	0.0232	0.0207	0.1547	0.0207	0.0266
chr2L	17497196	17497444	chr2L:17497197-17497444	FBgn0003187	qua	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0505	0.0713	0.0471	0.0309	0.0562	0.0655	0.0982	0.0766	0.0562	0.0393	0.0588	0.0393	0.0596	0.0168	0.058	0.0168	0.0386
chr2L	17497612	17497763	chr2L:17497613-17497763	FBgn0003187	qua	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.032	0.0269	0.0173	0.0255	0.0306	0.0458	0.0313	0.0255	0.0199	0.036	0.0199	0.0279	0.0145	0.0232	0.0145	0.0203
chr2L	17497814	17497968	chr2L:17497815-17497968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0277	0.0292	0.0325	0.0209	0.0117	0.0286	0.0407	0.0346	0.0117	0.0223	0.0434	0.0223	0.0387	0.0115	0.0387	0.0115	0.0224
chr2L	17500770	17500953	chr2L:17500771-17500953	FBgn0032646	CG6412	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.0565	0.0571	0.0443	0.0467	0.05	0.0731	0.0646	0.0467	0.0737	0.0598	0.0737	0.0527	0.0452	0.04	0.0452	0.0584
chr2L	17501061	17501232	chr2L:17501062-17501232	FBgn0013810,FBgn0032646	CG6412,Dhc36C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.136	0.1289	0.1577	0.12	0.088	0.1345	0.1587	0.1439	0.088	0.2017	0.1598	0.2017	0.1634	0.1294	0.109	0.1294	0.1412
chr2L	17501428	17501579	chr2L:17501429-17501579	FBgn0013810,FBgn0032646	CG6412,Dhc36C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0315	0.0322	0.0344	0.0277	0.017	0.0345	0.0463	0.0293	0.017	0.0525	0.0325	0.0525	0.0271	0.0168	0.0232	0.0168	0.0328
chr2L	17514045	17514203	chr2L:17514046-17514203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0105	0.0364	0.0412	0.0064	0.0155	0.0138	0.0073	0.0064	0.0236	0.019	0.0236	0.0046	0.0023	0.0071	0.0023	0.0068
chr2L	17514367	17514571	chr2L:17514368-17514571	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.014	0.0411	0.0465	0.0042	0.0189	0.0169	0.016	0.0042	0.0205	0.0254	0.0205	0.0077	0.0054	0.0064	0.0054	0.0104
chr2L	17514660	17514811	chr2L:17514661-17514811	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.014	0.0296	0.0362	0.0053	0.0155	0.0182	0.0167	0.0053	0.0211	0.018	0.0211	0.007	0.0061	0.0077	0.0061	0.0099
chr2L	17533991	17534202	chr2L:17533992-17534202	distal	distal	none	none	VT8967.1	VT8967.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0074	0.0131	0.024	0.0042	0.0063	0.0117	0.006	0.0042	0.0085	0.0064	0.0085	0.0116	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chr2L	17535919	17536070	chr2L:17535920-17536070	distal	distal	none	none	VT8967.1	VT8967.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0082	0.0098	0.0181	0.0064	0.0068	0.0108	0.0113	0.0064	0.0121	0.0061	0.0121	0.0077	0.0069	0.0039	0.0069	0.0026
chr2L	17536848	17536999	chr2L:17536849-17536999	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.007	0.0077	0.0203	0.0053	0.0087	0.0121	0.0027	0.0053	0.0072	0.0058	0.0072	0.0023	8e-04	0.0019	8e-04	0.0036
chr2L	17541055	17541220	chr2L:17541056-17541220	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0086	0.0218	0.037	0.0042	0.0073	0.0151	0.008	0.0042	0.0066	0.0096	0.0066	0.0054	0.0061	0.0071	0.0061	0.0104
chr2L	17541380	17541577	chr2L:17541381-17541577	FBgn0262996	CR43304	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.013	0.0226	0.0359	0.0064	0.0117	0.0225	0.0093	0.0064	0.0145	0.0093	0.0145	0.007	0.0069	0.0116	0.0069	0.0141
chr2L	17542773	17542959	chr2L:17542774-17542959	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.03	0.0125	0.0294	0.0501	0.0074	0.0131	0.0186	0.0093	0.0074	0.0169	0.0125	0.0169	0.007	0.0046	0.009	0.0046	0.012
chr2L	17542995	17543146	chr2L:17542996-17543146	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0173	0.0251	0.0425	0.0138	0.0146	0.0255	0.018	0.0138	0.0163	0.0109	0.0163	0.0077	0.0061	0.0064	0.0061	0.0073
chr2L	17549219	17549370	chr2L:17549220-17549370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0102	0.0066	0.0107	0.0053	0.0078	0.019	0.0073	0.0053	0.0066	0.0048	0.0066	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0036
chr2L	17558536	17558729	chr2L:17558537-17558729	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0424	0.0156	0.044	0.0706	0.0074	0.0214	0.0203	0.0093	0.0074	0.0181	0.018	0.0181	0.007	0.0168	0.0142	0.0168	0.0172
chr2L	17559277	17559428	chr2L:17559278-17559428	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0289	0.012	0.0305	0.0462	0.0064	0.0189	0.0147	0.0093	0.0064	0.0097	0.0129	0.0097	0.0077	0.0077	0.0135	0.0077	0.013
chr2L	17559551	17559720	chr2L:17559552-17559720	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.009	0.0313	0.0557	0.0042	0.0136	0.0121	0.0047	0.0042	0.0085	0.0103	0.0085	0.007	0.0077	0.0084	0.0077	0.012
chr2L	17560399	17560550	chr2L:17560400-17560550	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0428	0.0157	0.0423	0.0738	0.0085	0.0194	0.0195	0.0133	0.0085	0.0133	0.0145	0.0133	0.0077	0.01	0.0077	0.01	0.0109
chr2L	17560646	17560812	chr2L:17560647-17560812	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0459	0.0161	0.0511	0.0734	0.0053	0.0209	0.0255	0.01	0.0053	0.0145	0.0158	0.0145	0.0116	0.0069	0.0064	0.0069	0.012
chr2L	17564687	17565005	chr2L:17564688-17565005	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0608	0.0551	0.0858	0.0397	0.018	0.066	0.0402	0.1099	0.018	0.0362	0.0598	0.0362	0.0132	0.0069	0.0123	0.0069	0.0078
chr2L	17565904	17566105	chr2L:17565905-17566105	FBgn0262398	mir-124	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0979	0.131	0.1209	0.0358	0.0848	0.1306	0.1077	0.2252	0.0848	0.0851	0.1264	0.0851	0.0124	0.0046	0.0239	0.0046	0.0052
chr2L	17574568	17574719	chr2L:17574569-17574719	FBgn0262400	mir-287	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.014	0.0202	0.0246	0.0042	0.0117	0.0229	0.0153	0.0042	0.0133	0.0122	0.0133	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0047
chr2L	17574725	17574876	chr2L:17574726-17574876	FBgn0262400	mir-287	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0145	0.0194	0.0308	0.0053	0.016	0.0195	0.0167	0.0053	0.0121	0.0109	0.0121	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0073
chr2L	17575433	17575584	chr2L:17575434-17575584	distal	distal	stage14	stage14	VT8990.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0118	0.0099	0.0175	0.0032	0.0102	0.0216	0.01	0.0032	0.0054	0.0055	0.0054	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.001
chr2L	17579347	17579508	chr2L:17579348-17579508	distal	distal	none	none	VT8992.1	VT8992.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0069	0.018	0.0164	0.0042	0.0053	0.0121	0.0047	0.0042	0.0103	0.008	0.0103	0.0031	0.0015	0.0013	0.0015	0.0042
chr2L	17583292	17583480	chr2L:17583293-17583480	distal	distal	none	none	VT8994.1	VT8994.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0177	0.0398	0.0377	0.0074	0.0199	0.0251	0.0167	0.0074	0.0181	0.017	0.0181	0.0124	0.0031	0.0064	0.0031	0.0094
chr2L	17583938	17584223	chr2L:17583939-17584223	distal	distal	stage11	stage11	VT8994.1	VT8994.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0461	0.0319	0.0585	0.0483	0.0244	0.035	0.0424	0.0313	0.0244	0.0157	0.0235	0.0157	0.0108	0.0084	0.0077	0.0084	0.0125
chr2L	17585170	17585340	chr2L:17585171-17585340	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0431	0.0174	0.0509	0.0634	0.0042	0.0218	0.0203	0.022	0.0042	0.0157	0.0183	0.0157	0.0062	0.0069	0.009	0.0069	0.0109
chr2L	17587418	17587569	chr2L:17587419-17587569	distal	distal	stage11	stage11	VT8996.1	VT8996.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0184	0.0473	0.0213	0.0095	0.0218	0.0229	0.02	0.0095	0.0248	0.0209	0.0248	0.0108	0.0046	0.0032	0.0046	0.0083
chr2L	17588349	17588594	chr2L:17588350-17588594	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0645	0.0416	0.0773	0.0759	0.0233	0.051	0.0428	0.0513	0.0233	0.0326	0.0354	0.0326	0.0093	0.0107	0.0142	0.0107	0.0115
chr2L	17589127	17589452	chr2L:17589128-17589452	FBgn0032651	Oli	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0721	0.0414	0.0815	0.0962	0.0255	0.0485	0.0523	0.0393	0.0255	0.0368	0.0428	0.0368	0.0263	0.0199	0.0251	0.0199	0.0323
chr2L	17589747	17589940	chr2L:17589748-17589940	FBgn0032651	Oli	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0409	0.0179	0.0355	0.0726	0.0138	0.0189	0.0216	0.0213	0.0138	0.0199	0.0199	0.0199	0.031	0.0444	0.0309	0.0444	0.0578
chr2L	17589983	17590186	chr2L:17589984-17590186	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0514	0.0252	0.0511	0.0809	0.0148	0.0243	0.0337	0.0293	0.0148	0.0278	0.0289	0.0278	0.0519	0.0582	0.0335	0.0582	0.0657
chr2L	17599228	17599379	chr2L:17599229-17599379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0134	0.0152	0.0159	0.0086	0.0074	0.0092	0.0298	0.0127	0.0074	0.0091	0.0132	0.0091	0.007	0.0031	0.0026	0.0031	0.0016
chr2L	17603301	17603560	chr2L:17603302-17603560	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0998	0.111	0.1088	0.0773	0.0764	0.115	0.1263	0.1399	0.0764	0.1395	0.1148	0.1395	0.0573	0.0666	0.058	0.0666	0.0495
chr2L	17615404	17615555	chr2L:17615405-17615555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0085	0.0081	0.0192	0.0064	0.0078	0.0147	0.004	0.0064	0.006	0.0074	0.006	0.0046	0.0031	0.0013	0.0031	0.0031
chr2L	17621275	17621495	chr2L:17621276-17621495	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0534	0.0577	0.0491	0.0533	0.0276	0.0767	0.0446	0.0886	0.0276	0.0429	0.0675	0.0429	0.0364	0.049	0.0767	0.049	0.0443
chr2L	17625210	17625489	chr2L:17625211-17625489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0129	0.0248	0.0088	0.004	0.0064	0.0476	0.0234	0.0207	0.0064	0.0121	0.008	0.0121	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0021
chr2L	17626911	17627062	chr2L:17626912-17627062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade1	0.0097	0.0176	0.0049	0.006	0.0064	0.0189	0.0216	0.0187	0.0064	0.0066	0.0032	0.0066	0.0023	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chr2L	17647741	17647892	chr2L:17647742-17647892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.013	0.0188	0.0108	0.0091	0.0074	0.0374	0.0238	0.0053	0.0074	0.0157	0.0087	0.0157	0.0085	0.0092	0.0077	0.0092	0.0068
chr2L	17684043	17684194	chr2L:17684044-17684194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.012	0.016	0.0095	0.0102	0.0053	0.0325	0.0121	0.008	0.0053	0.0151	0.0077	0.0151	0.0046	0.0153	0.0064	0.0153	0.0026
chr2L	17684643	17684794	chr2L:17684644-17684794	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.013	0.0118	0.006	0.022	0.0053	0.0243	0.0099	0.0047	0.0053	0.0109	0.0035	0.0109	0.0031	0.0107	0.0077	0.0107	0.0036
chr2L	17686964	17687115	chr2L:17686965-17687115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0099	0.0151	0.0066	0.0078	0.0085	0.033	0.0138	0.0053	0.0085	0.0097	0.0061	0.0097	0.0054	0.0084	0.011	0.0084	0.0052
chr2L	17693205	17693356	chr2L:17693206-17693356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade2	0.0078	0.0138	0.0052	0.0039	0.0085	0.0306	0.0087	0.006	0.0085	0.0091	0.0039	0.0091	0.0046	0.0061	0.0013	0.0061	0.0026
chr2L	17693496	17693647	chr2L:17693497-17693647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.011	0.0172	0.0081	0.0074	0.0053	0.0335	0.0169	0.01	0.0053	0.0066	0.0058	0.0066	0.0085	0.0084	0.0052	0.0084	0.0042
chr2L	17693802	17693953	chr2L:17693803-17693953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade2	0.009	0.014	0.006	0.0067	0.0064	0.0311	0.0117	0.0047	0.0064	0.0079	0.0048	0.0079	0.0039	0.0061	0.0045	0.0061	0.0036
chr2L	17694272	17694423	chr2L:17694273-17694423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.011	0.0176	0.0089	0.006	0.0095	0.0364	0.016	0.0087	0.0095	0.0145	0.0077	0.0145	0.0039	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chr2L	17702231	17702488	chr2L:17702232-17702488	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0506	0.0334	0.0365	0.0852	0.0138	0.068	0.0255	0.0253	0.0138	0.0368	0.0322	0.0368	0.0325	0.0766	0.06	0.0766	0.0589
chr2L	17702670	17702844	chr2L:17702671-17702844	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.0263	0.032	0.0668	0.0106	0.0505	0.0203	0.0213	0.0106	0.0417	0.0286	0.0417	0.0232	0.075	0.0477	0.075	0.0568
chr2L	17715507	17715826	chr2L:17715508-17715826	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0829	0.0845	0.0728	0.0922	0.0583	0.1097	0.0921	0.0859	0.0583	0.0882	0.0669	0.0882	0.0658	0.075	0.0645	0.075	0.0896
chr2L	17715933	17716109	chr2L:17715934-17716109	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1213	0.1291	0.1218	0.112	0.1039	0.1549	0.1414	0.1372	0.1039	0.1546	0.126	0.1546	0.0914	0.1057	0.0948	0.1057	0.1219
chr2L	17721793	17721944	chr2L:17721794-17721944	distal	distal	none	none	VT9067.1	VT9067.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0287	0.0102	0.0164	0.0201	0.0335	0.0346	0.0253	0.0201	0.0109	0.0068	0.0109	0.0093	0.0161	0.0071	0.0161	0.0078
chr2L	17721961	17722173	chr2L:17721962-17722173	distal	distal	stage5	stage5	VT9067.1	VT9067.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0546	0.014	0.015	0.0318	0.0563	0.0783	0.0506	0.0318	0.0157	0.0103	0.0157	0.0085	0.0161	0.0097	0.0161	0.0042
chr2L	17722280	17722431	chr2L:17722281-17722431	distal	distal	none	none	VT9067.1	VT9067.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0322	0.01	0.0096	0.0286	0.0369	0.0424	0.0247	0.0286	0.0115	0.009	0.0115	0.0046	0.013	0.0045	0.013	0.0052
chr2L	17722450	17722601	chr2L:17722451-17722601	distal	distal	none	none	VT9067.1	VT9067.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0405	0.0132	0.0113	0.0255	0.0476	0.0554	0.0293	0.0255	0.0175	0.0122	0.0175	0.0031	0.0115	0.0064	0.0115	0.0089
chr2L	17723257	17723493	chr2L:17723258-17723493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0271	0.0277	0.0227	0.0313	0.0148	0.0466	0.0298	0.0173	0.0148	0.038	0.0113	0.038	0.0101	0.0176	0.011	0.0176	0.0078
chr2L	17724113	17724266	chr2L:17724114-17724266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0213	0.017	0.0207	0.0095	0.0422	0.0195	0.0093	0.0095	0.0296	0.0122	0.0296	0.0046	0.0115	0.0084	0.0115	0.0057
chr2L	17724731	17724882	chr2L:17724732-17724882	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0152	0.0202	0.0103	0.015	0.0095	0.0383	0.0216	0.0113	0.0095	0.0151	0.008	0.0151	0.0031	0.0115	0.009	0.0115	0.0063
chr2L	17724932	17725083	chr2L:17724933-17725083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.014	0.0187	0.0109	0.0121	0.0127	0.034	0.0199	0.01	0.0127	0.0157	0.0084	0.0157	0.0062	0.0123	0.0052	0.0123	0.0063
chr2L	17725173	17725324	chr2L:17725174-17725324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0155	0.0221	0.0115	0.0125	0.0074	0.0427	0.0229	0.0113	0.0074	0.0193	0.0096	0.0193	0.0046	0.0115	0.011	0.0115	0.0042
chr2L	17729296	17729447	chr2L:17729297-17729447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0256	0.0317	0.0225	0.0221	0.0191	0.049	0.032	0.03	0.0191	0.0368	0.0203	0.0368	0.0194	0.0352	0.0135	0.0352	0.0224
chr2L	17732517	17732668	chr2L:17732518-17732668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0124	0.0147	0.0082	0.0145	0.0074	0.0311	0.0138	0.0053	0.0074	0.0163	0.0061	0.0163	0.0039	0.0084	0.0032	0.0084	0.0042
chr2L	17734724	17734912	chr2L:17734725-17734912	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0836	0.0765	0.1127	0.0595	0.0361	0.1228	0.0623	0.0906	0.0361	0.1969	0.1186	0.1969	0.0635	0.0888	0.0632	0.0888	0.075
chr2L	17735594	17735898	chr2L:17735595-17735898	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1263	0.1319	0.157	0.0863	0.0636	0.2117	0.0913	0.1785	0.0636	0.3291	0.119	0.3291	0.0403	0.0681	0.0393	0.0681	0.0287
chr2L	17739501	17739652	chr2L:17739502-17739652	distal	distal	none	none	VT9076.1	VT9076.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0279	0.0551	0.0199	0.0063	0.0286	0.0607	0.0878	0.046	0.0286	0.0169	0.018	0.0169	0.0116	0.0069	0.0058	0.0069	0.0021
chr2L	17739690	17739841	chr2L:17739691-17739841	distal	distal	none	none	VT9076.1	VT9076.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0293	0.0543	0.0228	0.0084	0.035	0.0573	0.0913	0.0366	0.035	0.0145	0.0206	0.0145	0.0155	0.0069	0.0084	0.0069	0.0063
chr2L	17740404	17740845	chr2L:17740405-17740845	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT9076.1	VT9076.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0992	0.1803	0.0832	0.0262	0.1686	0.2029	0.2375	0.1426	0.1686	0.0531	0.0682	0.0531	0.0201	0.0145	0.0206	0.0145	0.0115
chr2L	17741810	17741961	chr2L:17741811-17741961	distal	distal	none	none	VT9076.1	VT9076.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0198	0.0265	0.0145	0.018	0.0159	0.0398	0.0277	0.02	0.0159	0.0121	0.017	0.0121	0.0046	0.0199	0.04	0.0199	0.0073
chr2L	17742155	17742306	chr2L:17742156-17742306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0197	0.0248	0.0157	0.0184	0.0159	0.0335	0.0316	0.0167	0.0159	0.0163	0.0186	0.0163	0.0031	0.0084	0.0509	0.0084	0.0073
chr2L	17743060	17743264	chr2L:17743061-17743264	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0747	0.1248	0.0725	0.0212	0.1029	0.1058	0.1566	0.1639	0.1029	0.032	0.0801	0.032	0.0124	0.0092	0.0206	0.0092	0.0057
chr2L	17743850	17744037	chr2L:17743851-17744037	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0684	0.1432	0.042	0.0138	0.1432	0.1092	0.2046	0.1599	0.1432	0.0338	0.063	0.0338	0.0155	0.0046	0.0322	0.0046	0.0057
chr2L	17746826	17746977	chr2L:17746827-17746977	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0412	0.038	0.0481	0.0373	0.0191	0.067	0.0394	0.0293	0.0191	0.0435	0.0502	0.0435	0.0085	0.0168	0.0174	0.0168	0.0167
chr2L	17746991	17747199	chr2L:17746992-17747199	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0505	0.0465	0.0542	0.051	0.0265	0.0772	0.0441	0.04	0.0265	0.0483	0.036	0.0483	0.0108	0.0161	0.0148	0.0161	0.0167
chr2L	17747457	17747650	chr2L:17747458-17747650	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0651	0.0587	0.073	0.0635	0.0318	0.0927	0.0593	0.0533	0.0318	0.087	0.0405	0.087	0.0147	0.0268	0.0135	0.0268	0.0188
chr2L	17748787	17749067	chr2L:17748788-17749067	distal	distal	stage5	stage5	VT9081.1	VT9081.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0785	0.1655	0.0418	0.0216	0.141	0.2199	0.2007	0.1173	0.141	0.0864	0.0277	0.0864	0.0132	0.023	0.0187	0.023	0.0141
chr2L	17749909	17750060	chr2L:17749910-17750060	distal	distal	none	none	VT9081.1	VT9081.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.019	0.0274	0.0159	0.0131	0.0117	0.0505	0.0268	0.0167	0.0117	0.0242	0.0196	0.0242	0.0039	0.0092	0.0316	0.0092	0.0052
chr2L	17751167	17751355	chr2L:17751168-17751355	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0563	0.0672	0.0467	0.0546	0.0435	0.0947	0.0593	0.0793	0.0435	0.0562	0.0257	0.0562	0.0163	0.0207	0.0116	0.0207	0.0177
chr2L	17751523	17751674	chr2L:17751524-17751674	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.048	0.0431	0.052	0.0492	0.018	0.0811	0.0342	0.042	0.018	0.09	0.0402	0.09	0.0194	0.0299	0.0251	0.0299	0.024
chr2L	17752424	17752729	chr2L:17752425-17752729	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CadN_6512	CadN_6512	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1803	0.2187	0.1929	0.1235	0.193	0.2942	0.1925	0.2472	0.193	0.3303	0.1691	0.3303	0.0318	0.0904	0.0703	0.0904	0.049
chr2L	17754166	17754411	chr2L:17754167-17754411	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT9084.1	VT9084.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0937	0.1307	0.1102	0.0343	0.0976	0.1782	0.1107	0.1572	0.0976	0.2301	0.0736	0.2301	0.0271	0.0214	0.0168	0.0214	0.0146
chr2L	17755696	17755883	chr2L:17755697-17755883	distal	distal	none	none	VT9084.1	VT9084.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0454	0.0562	0.0596	0.0178	0.0212	0.134	0.042	0.024	0.0212	0.1165	0.0605	0.1165	0.0124	0.0184	0.0232	0.0184	0.0214
chr2L	17755919	17756070	chr2L:17755920-17756070	distal	distal	none	none	VT9084.1	VT9084.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0313	0.0348	0.0414	0.0163	0.0159	0.0811	0.0251	0.0187	0.0159	0.0743	0.0424	0.0743	0.0155	0.0153	0.0161	0.0153	0.0255
chr2L	17756162	17756313	chr2L:17756163-17756313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0263	0.0283	0.0359	0.0134	0.0053	0.0646	0.0229	0.0153	0.0053	0.0785	0.0318	0.0785	0.0101	0.0184	0.0097	0.0184	0.0198
chr2L	17757198	17757373	chr2L:17757199-17757373	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0301	0.0543	0.0251	0.0086	0.0148	0.1121	0.0298	0.0626	0.0148	0.0489	0.0244	0.0489	0.007	0.0046	0.0064	0.0046	0.0026
chr2L	17759818	17759969	chr2L:17759819-17759969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.014	0.0133	0.0181	0.0103	0.0021	0.0184	0.0164	0.0133	0.0021	0.0217	0.0151	0.0217	0.0108	0.0138	0.0071	0.0138	0.013
chr2L	17763251	17763452	chr2L:17763252-17763452	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0257	0.0388	0.0231	0.0139	0.0201	0.0442	0.0398	0.0553	0.0201	0.0181	0.0299	0.0181	0.0108	0.0061	0.0161	0.0061	0.013
chr2L	17763703	17763854	chr2L:17763704-17763854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0193	0.0298	0.0176	0.0095	0.0138	0.0262	0.0337	0.0486	0.0138	0.0133	0.027	0.0133	0.0093	0.0092	0.0097	0.0092	0.0078
chr2L	17765476	17765732	chr2L:17765477-17765732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0176	0.0117	0.0157	0.0262	0.0053	0.0131	0.0195	0.0067	0.0053	0.0254	0.0145	0.0254	0.0116	0.0459	0.0084	0.0459	0.0287
chr2L	17768503	17768766	chr2L:17768504-17768766	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0294	0.0132	0.0407	0.035	0.0053	0.016	0.0169	0.0133	0.0053	0.0211	0.0804	0.0211	0.0093	0.0115	0.1173	0.0115	0.0156
chr2L	17768960	17769111	chr2L:17768961-17769111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0095	0.0181	0.018	0	0.0117	0.0108	0.0113	0	0.0085	0.035	0.0085	0.007	0.0092	0.058	0.0092	0.0057
chr2L	17777539	17777728	chr2L:17777540-17777728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0331	0.0157	0.0387	0.0464	0.0042	0.0282	0.0151	0.012	0.0042	0.1135	0.0222	0.1135	0.0225	0.1547	0.0232	0.1547	0.0313
chr2L	17778327	17778526	chr2L:17778328-17778526	FBgn0015609	CadN	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0735	0.0183	0.0919	0.115	0.0042	0.0306	0.0208	0.016	0.0042	0.1413	0.1277	0.1413	0.0403	0.2243	0.1676	0.2243	0.1105
chr2L	17779353	17779504	chr2L:17779354-17779504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0181	0.0121	0.0214	0.021	0.0085	0.016	0.0147	0.0127	0.0085	0.0266	0.0309	0.0266	0.0116	0.013	0.0554	0.013	0.0151
chr2L	17780416	17780567	chr2L:17780417-17780567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0101	0.011	0.0202	0.0032	0.0126	0.0151	0.0067	0.0032	0.0103	0.0151	0.0103	0.0101	0.0199	0.0522	0.0199	0.0099
chr2L	17781804	17781955	chr2L:17781805-17781955	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0146	0.008	0.0129	0.0238	0.0021	0.0078	0.0164	0.004	0.0021	0.0109	0.0186	0.0109	0.0093	0.0184	0.0645	0.0184	0.0089
chr2L	17784729	17784921	chr2L:17784730-17784921	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.11	0.0983	0.1199	0.1121	0.0615	0.1136	0.1151	0.1099	0.0615	0.163	0.1264	0.163	0.1061	0.1179	0.1231	0.1179	0.1219
chr2L	17843730	17843964	chr2L:17843731-17843964	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0283	0.0391	0.0217	0.0234	0.0212	0.0325	0.0493	0.0553	0.0212	0.029	0.0228	0.029	0.0039	0.0046	0.0077	0.0046	0.0047
chr2L	17844094	17844245	chr2L:17844095-17844245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0227	0.0128	0.0156	0.0138	0.0175	0.0311	0.032	0.0138	0.0151	0.0141	0.0151	0.0031	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chr2L	17855162	17855420	chr2L:17855163-17855420	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0156	0.0279	0.0127	0.0049	0.0297	0.0121	0.0528	0.0227	0.0297	0.0151	0.0132	0.0151	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0047
chr2L	17861451	17861602	chr2L:17861452-17861602	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0081	0.0062	0.0192	0.0053	0.0058	0.016	0.0053	0.0053	0.0079	0.0058	0.0079	0.0031	0.0015	0.0052	0.0015	0.0036
chr2L	17903047	17903198	chr2L:17903048-17903198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0071	0.0055	0.0155	0.0064	0.0039	0.0143	0.0047	0.0064	0.0048	0.0058	0.0048	0.0062	0.0107	0.0039	0.0107	0.0031
chr2L	17921350	17921501	chr2L:17921351-17921501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0131	0.0103	0.0117	0.0178	0.0064	0.0078	0.0195	0.0073	0.0064	0.0181	0.0106	0.0181	0.0139	0.0092	0.0064	0.0092	0.0334
chr2L	17944112	17944263	chr2L:17944113-17944263	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0107	0.0063	0.0152	0.0064	0.0078	0.0195	0.0093	0.0064	0.0054	0.0051	0.0054	0.0046	0.0038	0.0097	0.0038	0.0083
chr2L	17962906	17963074	chr2L:17962907-17963074	FBgn0032656	CG5674	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0344	0.0471	0.0327	0.017	0.0398	0.048	0.0313	0.017	0.067	0.0518	0.067	0.0488	0.0306	0.0348	0.0306	0.037
chr2L	17963218	17963414	chr2L:17963219-17963414	FBgn0032656	CG5674	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1569	0.1256	0.1962	0.1486	0.0657	0.1563	0.1375	0.1599	0.0657	0.2385	0.2148	0.2385	0.2068	0.1577	0.1734	0.1577	0.1621
chr2L	17963526	17963717	chr2L:17963527-17963717	FBgn0032656	CG5674	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0747	0.0508	0.0973	0.0766	0.0127	0.065	0.0567	0.072	0.0127	0.1081	0.1186	0.1081	0.096	0.085	0.0909	0.085	0.075
chr2L	17963810	17963961	chr2L:17963811-17963961	FBgn0032656	CG5674	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0305	0.0329	0.0226	0.0138	0.0257	0.0428	0.042	0.0138	0.0374	0.0408	0.0374	0.0318	0.0268	0.0219	0.0268	0.0229
chr2L	17989341	17989492	chr2L:17989342-17989492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0153	0.0229	0.0152	0.0068	0.0148	0.0141	0.0441	0.0173	0.0148	0.0133	0.0206	0.0133	0.0139	0.0038	0.0052	0.0038	0.0068
chr2L	17989674	17989825	chr2L:17989675-17989825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0144	0.0222	0.0132	0.007	0.0191	0.0141	0.042	0.0133	0.0191	0.0181	0.0138	0.0181	0.0132	0.0077	0.0058	0.0077	0.0047
chr2L	18009814	18009965	chr2L:18009815-18009965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0156	0.0133	0.0128	0.0212	0.0064	0.0073	0.026	0.0133	0.0064	0.0217	0.0103	0.0217	0.0132	0.013	0.0052	0.013	0.0052
chr2L	18012238	18012420	chr2L:18012239-18012420	FBgn0243486	rdo	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0136	0.019	0.0493	0.0064	0.0117	0.0238	0.0133	0.0064	0.0145	0.0228	0.0145	0.0263	0.0245	0.0703	0.0245	0.0433
chr2L	18030824	18030975	chr2L:18030825-18030975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0065	0.0082	0.0166	0.0053	0.0049	0.0117	0.004	0.0053	0.0054	0.0055	0.0054	0.007	0.0046	0.0084	0.0046	0.0047
chr2L	18075451	18075602	chr2L:18075452-18075602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0115	0.0216	0.007	0.0053	0.0117	0.0083	0.0502	0.0127	0.0117	0.0066	0.0074	0.0066	0.0077	0.0054	0.0064	0.0054	0.0031
chr2L	18106019	18106170	chr2L:18106020-18106170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0116	0.0085	0.0091	0.0178	0.0042	0.0058	0.0169	0.006	0.0042	0.0066	0.009	0.0066	0.0209	0.0153	0.0181	0.0153	0.0396
chr2L	18106281	18106432	chr2L:18106282-18106432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0145	0.0065	0.0117	0.0266	0.0032	0.0073	0.0112	0.0047	0.0032	0.0079	0.0125	0.0079	0.0256	0.0145	0.02	0.0145	0.0662
chr2L	18111148	18111299	chr2L:18111149-18111299	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0095	0.0226	0.0037	0.0014	0.018	0.0068	0.0493	0.014	0.018	0.0054	0.0035	0.0054	0.0039	0.0023	6e-04	0.0023	0.0026
chr2L	18111433	18111584	chr2L:18111434-18111584	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0118	0.0255	0.0055	0.0035	0.0117	0.0078	0.0575	0.022	0.0117	0.0085	0.0055	0.0085	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr2L	18114495	18114678	chr2L:18114496-18114678	FBgn0032665	CG15152	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0175	0.013	0.0227	0.0169	0.0021	0.0194	0.0203	0.0087	0.0021	0.0085	0.0215	0.0085	0.0666	0.0084	0.0174	0.0084	0.037
chr2L	18119619	18119802	chr2L:18119620-18119802	FBgn0032666	CG5758	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0101	0.0093	0.0398	0.0042	0.0131	0.0134	0.01	0.0042	0.0066	0.01	0.0066	0.0132	0.0061	0.0509	0.0061	0.0631
chr2L	18119894	18120050	chr2L:18119895-18120050	FBgn0032666	CG5758	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0156	0.0065	0.0096	0.0322	0.0021	0.0068	0.0117	0.0053	0.0021	0.006	0.0096	0.006	0.017	0.0046	0.0348	0.0046	0.05
chr2L	18121401	18121628	chr2L:18121402-18121628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0239	0.0238	0.0179	0.0305	0.0117	0.0199	0.0385	0.0247	0.0117	0.026	0.0186	0.026	0.017	0.0521	0.0348	0.0521	0.0344
chr2L	18129687	18129838	chr2L:18129688-18129838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0314	0.0184	0.0091	0.0286	0.0223	0.0476	0.0313	0.0286	0.0205	0.0225	0.0205	0.0155	0.0107	0.011	0.0107	0.012
chr2L	18129928	18130120	chr2L:18129929-18130120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0271	0.0449	0.0239	0.0107	0.035	0.0364	0.0718	0.0413	0.035	0.026	0.0302	0.026	0.0217	0.0107	0.0123	0.0107	0.0125
chr2L	18130181	18130355	chr2L:18130182-18130355	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.044	0.0244	0.0107	0.0371	0.0369	0.0666	0.0433	0.0371	0.0272	0.0299	0.0272	0.0232	0.0092	0.0148	0.0092	0.012
chr2L	18135738	18135889	chr2L:18135739-18135889	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0303	0.0531	0.0231	0.0128	0.0212	0.0641	0.0554	0.074	0.0212	0.0326	0.0244	0.0326	0.0178	0.0245	0.0103	0.0245	0.0115
chr2L	18137244	18137431	chr2L:18137245-18137431	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.063	0.1155	0.0497	0.0188	0.1029	0.0626	0.2067	0.1053	0.1029	0.0507	0.0627	0.0507	0.0318	0.0161	0.029	0.0161	0.0198
chr2L	18137765	18137916	chr2L:18137766-18137916	FBgn0001301	kel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0971	0.1137	0.1042	0.0709	0.0785	0.1092	0.1505	0.1306	0.0785	0.1304	0.1174	0.1304	0.0976	0.0681	0.0858	0.0681	0.0969
chr2L	18137936	18138138	chr2L:18137937-18138138	FBgn0001301	kel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1721	0.1937	0.1893	0.1291	0.1463	0.2	0.2401	0.2192	0.1463	0.2337	0.2074	0.2337	0.1743	0.1417	0.1457	0.1417	0.1636
chr2L	18138913	18139064	chr2L:18138914-18139064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0379	0.0542	0.0383	0.0194	0.0679	0.0476	0.0714	0.056	0.0679	0.055	0.0415	0.055	0.0341	0.0306	0.0129	0.0306	0.0245
chr2L	18141731	18141944	chr2L:18141732-18141944	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.091	0.0939	0.0737	0.0795	0.0869	0.1267	0.0893	0.0795	0.163	0.0723	0.163	0.0643	0.1095	0.0503	0.1095	0.0563
chr2L	18143122	18143455	chr2L:18143123-18143455	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	socs36E_SM-VM	socs36E_SM-VM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0762	0.0786	0.0926	0.0554	0.0764	0.0738	0.1055	0.0753	0.0764	0.224	0.073	0.224	0.0635	0.1409	0.0251	0.1409	0.0683
chr2L	18144423	18144667	chr2L:18144424-18144667	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	socs36E_SM-VM	socs36E_SM-VM	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0822	0.1081	0.0949	0.0394	0.1039	0.1083	0.1527	0.0853	0.1039	0.0972	0.0965	0.0972	0.1022	0.0452	0.029	0.0452	0.0459
chr2L	18144897	18145048	chr2L:18144898-18145048	distal	distal	stage11	stage11	socs36E_SM-VM	socs36E_SM-VM	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.07	0.0673	0.0256	0.0435	0.0811	0.0878	0.074	0.0435	0.0785	0.0765	0.0785	0.0666	0.0291	0.038	0.0291	0.0302
chr2L	18145229	18145484	chr2L:18145230-18145484	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1271	0.1676	0.1595	0.0461	0.1527	0.1782	0.1639	0.2325	0.1527	0.1745	0.1961	0.1745	0.1782	0.036	0.0703	0.036	0.0646
chr2L	18145518	18145720	chr2L:18145519-18145720	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1317	0.1842	0.1605	0.0415	0.158	0.2019	0.1769	0.2572	0.158	0.1594	0.2158	0.1594	0.134	0.0459	0.0671	0.0459	0.0391
chr2L	18150034	18150214	chr2L:18150035-18150214	distal	distal	stage5	stage5	socs36E_Ecto	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1063	0.1638	0.1061	0.0423	0.1463	0.1345	0.2007	0.2212	0.1463	0.0827	0.1453	0.0827	0.0542	0.0413	0.0767	0.0413	0.0307
chr2L	18150495	18150776	chr2L:18150496-18150776	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	socs36E_Ecto	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1938	0.2641	0.2053	0.1025	0.2853	0.1859	0.3309	0.3531	0.2853	0.1141	0.3585	0.1141	0.0736	0.0789	0.2463	0.0789	0.0516
chr2L	18151489	18151720	chr2L:18151490-18151720	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	socs36E_Ecto	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2728	0.3021	0.3069	0.2026	0.2641	0.3204	0.3482	0.3444	0.2641	0.3907	0.3576	0.3907	0.2393	0.2305	0.2547	0.2305	0.2131
chr2L	18152284	18152556	chr2L:18152285-18152556	FBgn0041184	Socs36E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.301	0.3003	0.3558	0.2415	0.2439	0.3398	0.327	0.3631	0.2439	0.4287	0.3887	0.4287	0.3184	0.2741	0.2547	0.2741	0.2527
chr2L	18158327	18158535	chr2L:18158328-18158535	FBgn0032671	CG7200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0553	0.069	0.0423	0.0339	0.0549	0.0718	0.0686	0.0339	0.0936	0.0778	0.0936	0.055	0.0528	0.0445	0.0528	0.0547
chr2L	18158607	18158779	chr2L:18158608-18158779	FBgn0032671	CG7200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1343	0.1282	0.1544	0.1191	0.0838	0.1466	0.1514	0.1479	0.0838	0.1993	0.1736	0.1993	0.1418	0.1271	0.1173	0.1271	0.1412
chr2L	18158871	18159039	chr2L:18158872-18159039	FBgn0032671	CG7200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.0836	0.115	0.0968	0.0477	0.0995	0.0943	0.1006	0.0477	0.1437	0.1318	0.1437	0.1084	0.0965	0.098	0.0965	0.1146
chr2L	18159103	18159254	chr2L:18159104-18159254	FBgn0032671	CG7200	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0297	0.0344	0.034	0.0159	0.0325	0.0402	0.03	0.0159	0.0386	0.0412	0.0386	0.0341	0.0436	0.0277	0.0436	0.037
chr2L	18160148	18160300	chr2L:18160149-18160300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0349	0.0234	0.015	0.0286	0.0252	0.0545	0.04	0.0286	0.032	0.0241	0.032	0.0232	0.0161	0.0168	0.0161	0.0156
chr2L	18184648	18184823	chr2L:18184649-18184823	FBgn0032673	CG7180	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0091	0.0194	0.0698	0.0032	0.0097	0.0164	0.006	0.0032	0.0242	0.0154	0.0242	0.0279	0.2029	0.0187	0.2029	0.0172
chr2L	18185192	18185361	chr2L:18185193-18185361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.009	0.0119	0.0482	0.0042	0.0073	0.0164	0.006	0.0042	0.0217	0.0074	0.0217	0.0108	0.124	0.0064	0.124	0.013
chr2L	18250913	18251064	chr2L:18250914-18251064	FBgn0263325	CG43406	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0079	0.0093	0.0134	0.0021	0.0058	0.0151	0.006	0.0021	0.0145	0.0074	0.0145	0.0077	0.0061	0.0045	0.0061	0.0073
chr2L	18275781	18275932	chr2L:18275782-18275932	FBgn0261804	CG42750	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0046	0.0037	0.0153	0.0032	0.0029	0.0095	0.002	0.0032	0.0036	0.0032	0.0036	0.0031	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chr2L	18285296	18285447	chr2L:18285297-18285447	FBgn0051787	CG31787	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0095	0.0083	0.0104	0.0099	0.0053	0.0078	0.0147	0.0053	0.0053	0.0109	0.0161	0.0109	0.0093	0.0031	0.0277	0.0031	0.0052
chr2L	18286012	18286163	chr2L:18286013-18286163	FBgn0051787	CG31787	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0096	0.0075	0.0096	0.0118	0.0021	0.0058	0.0156	0.0033	0.0021	0.0066	0.0071	0.0066	0.0116	0.0046	0.0058	0.0046	0.0036
chr2L	18294276	18294427	chr2L:18294277-18294427	FBgn0032677,FBgn0263090	CG5790,CR43358	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0202	0.0289	0.022	0.0085	0.0148	0.0257	0.0281	0.0466	0.0148	0.0229	0.0325	0.0229	0.0093	0.0092	0.011	0.0092	0.0057
chr2L	18294533	18294699	chr2L:18294534-18294699	FBgn0032677	CG5790	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0254	0.0334	0.0301	0.0114	0.0223	0.0345	0.0329	0.0446	0.0223	0.0308	0.0437	0.0308	0.0186	0.0115	0.011	0.0115	0.0125
chr2L	18298122	18298306	chr2L:18298123-18298306	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.048	0.0415	0.0561	0.0465	0.0138	0.05	0.0471	0.046	0.0138	0.0525	0.0788	0.0525	0.0488	0.0452	0.0838	0.0452	0.0584
chr2L	18298424	18298591	chr2L:18298425-18298591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0216	0.0373	0.0276	0.0085	0.0257	0.0242	0.028	0.0085	0.032	0.0566	0.032	0.0271	0.0245	0.0632	0.0245	0.0208
chr2L	18298802	18298953	chr2L:18298803-18298953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0141	0.0288	0.0181	0.0053	0.0141	0.0186	0.0207	0.0053	0.0229	0.0463	0.0229	0.0225	0.0115	0.0393	0.0115	0.0135
chr2L	18302075	18302226	chr2L:18302076-18302226	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0193	0.026	0.0251	0.0054	0.0085	0.0184	0.0247	0.056	0.0085	0.0175	0.0457	0.0175	0.0062	8e-04	0.0129	8e-04	0.0016
chr2L	18302924	18303126	chr2L:18302925-18303126	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0536	0.0545	0.0811	0.0226	0.0265	0.0485	0.0727	0.0753	0.0265	0.0326	0.1595	0.0326	0.031	0.0107	0.058	0.0107	0.0073
chr2L	18304850	18305099	chr2L:18304851-18305099	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0619	0.0386	0.0984	0.048	0.0138	0.0451	0.0359	0.0686	0.0138	0.0151	0.2045	0.0151	0.0604	0.0031	0.1767	0.0031	0.0141
chr2L	18305387	18305606	chr2L:18305388-18305606	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0938	0.0784	0.1491	0.0503	0.0297	0.0898	0.0631	0.1446	0.0297	0.0308	0.3026	0.0308	0.1015	0.0023	0.187	0.0023	0.0115
chr2L	18305733	18305884	chr2L:18305734-18305884	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0571	0.0474	0.0944	0.0272	0.0212	0.0495	0.0398	0.0886	0.0212	0.0236	0.1971	0.0236	0.0511	0.0054	0.0825	0.0054	0.0104
chr2L	18307336	18307578	chr2L:18307337-18307578	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0565	0.0429	0.0897	0.0354	0.0148	0.0374	0.0454	0.0799	0.0148	0.0211	0.1916	0.0211	0.0163	0.0092	0.1038	0.0092	0.0094
chr2L	18307779	18307930	chr2L:18307780-18307930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0181	0.0126	0.0244	0.0173	0.0032	0.0121	0.0169	0.0153	0.0032	0.0091	0.046	0.0091	0.0062	0.0031	0.0239	0.0031	0.0042
chr2L	18308313	18308464	chr2L:18308314-18308464	FBgn0263085	CG43353	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0133	0.0206	0.0259	0.0032	0.0136	0.0229	0.012	0.0032	0.0097	0.0312	0.0097	0.0101	0.0038	0.0161	0.0038	0.0068
chr2L	18310804	18310993	chr2L:18310805-18310993	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0319	0.0527	0.0242	0.0095	0.0403	0.0324	0.046	0.0095	0.0127	0.1135	0.0127	0.0163	0.0054	0.0664	0.0054	0.0109
chr2L	18311016	18311233	chr2L:18311017-18311233	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0398	0.035	0.0528	0.0309	0.0117	0.0364	0.0394	0.0586	0.0117	0.0151	0.11	0.0151	0.0178	0.0069	0.0916	0.0069	0.0125
chr2L	18311651	18311825	chr2L:18311652-18311825	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0527	0.0389	0.0621	0.0578	0.018	0.0485	0.0467	0.0453	0.018	0.0344	0.099	0.0344	0.0627	0.0368	0.1135	0.0368	0.0578
chr2L	18312030	18312225	chr2L:18312031-18312225	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0566	0.0211	0.0824	0.068	0.0021	0.0277	0.0247	0.0293	0.0021	0.0254	0.1605	0.0254	0.0589	0.0145	0.2153	0.0145	0.0438
chr2L	18312680	18312924	chr2L:18312681-18312924	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0179	0.0476	0.0369	0.0042	0.0218	0.026	0.0173	0.0042	0.0217	0.0952	0.0217	0.024	0.0115	0.1206	0.0115	0.0188
chr2L	18313857	18314008	chr2L:18313858-18314008	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0179	0.0382	0.0476	0.0042	0.0199	0.026	0.0207	0.0042	0.0151	0.0695	0.0151	0.0287	0.0123	0.1451	0.0123	0.0349
chr2L	18314155	18314421	chr2L:18314156-18314421	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0914	0.0557	0.1236	0.0959	0.0329	0.0665	0.0644	0.0653	0.0329	0.0785	0.2016	0.0785	0.096	0.0567	0.2166	0.0567	0.0995
chr2L	18314475	18314663	chr2L:18314476-18314663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0775	0.0613	0.0997	0.0713	0.035	0.0714	0.074	0.0686	0.035	0.0755	0.1437	0.0755	0.0991	0.0666	0.1122	0.0666	0.0891
chr2L	18319937	18320190	chr2L:18319938-18320190	FBgn0000636	Fas3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2016	0.166	0.2516	0.1863	0.1103	0.2049	0.17	0.2072	0.1103	0.2421	0.3116	0.2421	0.2579	0.157	0.236	0.157	0.2423
chr2L	18320529	18320680	chr2L:18320530-18320680	FBgn0000636	Fas3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0303	0.0236	0.0401	0.0272	0.0117	0.0218	0.0381	0.022	0.0117	0.0374	0.0511	0.0374	0.0349	0.023	0.0458	0.023	0.0307
chr2L	18320764	18320945	chr2L:18320765-18320945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0367	0.0319	0.0449	0.033	0.0191	0.0277	0.0541	0.0286	0.0191	0.0393	0.0643	0.0393	0.0372	0.0237	0.0761	0.0237	0.0229
chr2L	18321039	18321242	chr2L:18321040-18321242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0449	0.0441	0.0541	0.0358	0.018	0.0447	0.0753	0.0293	0.018	0.0489	0.0759	0.0489	0.0372	0.0268	0.069	0.0268	0.0224
chr2L	18325086	18325259	chr2L:18325087-18325259	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0308	0.015	0.0434	0.0345	0.0032	0.0233	0.0195	0.0133	0.0032	0.0236	0.0418	0.0236	0.1139	0.0107	0.0432	0.0107	0.0677
chr2L	18325384	18325552	chr2L:18325385-18325552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0172	0.0437	0.0327	0.0074	0.0243	0.0225	0.016	0.0074	0.0205	0.0428	0.0205	0.1162	0.0107	0.0393	0.0107	0.0672
chr2L	18327218	18327400	chr2L:18327219-18327400	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0406	0.0221	0.0519	0.0489	0.0042	0.0291	0.019	0.036	0.0042	0.029	0.0916	0.029	0.0341	0.0115	0.1483	0.0115	0.0386
chr2L	18327508	18327659	chr2L:18327509-18327659	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0166	0.032	0.0324	0.0053	0.0243	0.0156	0.0227	0.0053	0.0145	0.0524	0.0145	0.0333	0.0069	0.0916	0.0069	0.0297
chr2L	18327880	18328031	chr2L:18327881-18328031	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0188	0.0069	0.0259	0.0245	0	0.0092	0.0099	0.0073	0	0.0151	0.0392	0.0151	0.0318	0.0084	0.0709	0.0084	0.0167
chr2L	18328621	18328804	chr2L:18328622-18328804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0251	0.0169	0.0357	0.0227	0.0011	0.017	0.0281	0.0167	0.0011	0.0272	0.0383	0.0272	0.0248	0.0092	0.0387	0.0092	0.0188
chr2L	18332607	18332758	chr2L:18332608-18332758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0169	0.0127	0.0236	0.0143	0.0042	0.0175	0.0143	0.0147	0.0042	0.0242	0.0251	0.0242	0.0039	0.0138	0.0193	0.0138	0.0078
chr2L	18333503	18333738	chr2L:18333504-18333738	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0378	0.0661	0.0313	0.0201	0.0437	0.0398	0.0493	0.0201	0.0906	0.074	0.0906	0.079	0.0605	0.0522	0.0605	0.0208
chr2L	18333775	18334010	chr2L:18333776-18334010	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0668	0.0778	0.081	0.039	0.0647	0.084	0.074	0.1053	0.0647	0.1256	0.0958	0.1256	0.0658	0.0658	0.0658	0.0658	0.0234
chr2L	18335647	18335963	chr2L:18335648-18335963	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0454	0.0247	0.0473	0.0663	0.0095	0.0442	0.0238	0.0207	0.0095	0.0749	0.0489	0.0749	0.0488	0.1248	0.0825	0.1248	0.075
chr2L	18336410	18336849	chr2L:18336411-18336849	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0689	0.0652	0.0836	0.057	0.0159	0.1204	0.0497	0.0686	0.0159	0.151	0.0862	0.151	0.0581	0.0835	0.0761	0.0835	0.0672
chr2L	18336929	18337080	chr2L:18336930-18337080	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0225	0.0155	0.0327	0.0192	0.0042	0.0252	0.0108	0.0207	0.0042	0.0622	0.0293	0.0622	0.024	0.0329	0.0297	0.0329	0.0177
chr2L	18339679	18339830	chr2L:18339680-18339830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0142	0.0077	0.0171	0.0181	0.0032	0.0068	0.0143	0.0053	0.0032	0.0175	0.0209	0.0175	0.0163	0.023	0.02	0.023	0.0261
chr2L	18340365	18340530	chr2L:18340366-18340530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.013	0.0294	0.0217	0.0064	0.0146	0.0221	0.0087	0.0064	0.0332	0.0383	0.0332	0.0155	0.0237	0.0329	0.0237	0.0261
chr2L	18342566	18342717	chr2L:18342567-18342717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0105	0.0165	0.0131	0.0085	0.0126	0.0143	0.01	0.0085	0.0145	0.026	0.0145	0.0062	0.0069	0.0355	0.0069	0.0057
chr2L	18345547	18345818	chr2L:18345548-18345818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0245	0.0153	0.0306	0.028	0.0053	0.0209	0.0186	0.016	0.0053	0.0248	0.0492	0.0248	0.0225	0.0191	0.0529	0.0191	0.024
chr2L	18348525	18348676	chr2L:18348526-18348676	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.013	0.0232	0.0196	0.0064	0.0131	0.0216	0.0113	0.0064	0.0175	0.0373	0.0175	0.0147	0.01	0.0593	0.01	0.0094
chr2L	18351710	18351895	chr2L:18351711-18351895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0132	0.0269	0.0245	0.0021	0.0209	0.0182	0.0067	0.0021	0.0254	0.0441	0.0254	0.0108	0.0115	0.0748	0.0115	0.012
chr2L	18352003	18352154	chr2L:18352004-18352154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0125	0.025	0.0203	0.0032	0.0175	0.0147	0.016	0.0032	0.0211	0.0418	0.0211	0.0108	0.0092	0.0613	0.0092	0.0104
chr2L	18352248	18352399	chr2L:18352249-18352399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0083	0.0183	0.0202	0.0021	0.0121	0.0099	0.0087	0.0021	0.0157	0.0286	0.0157	0.007	0.0107	0.0561	0.0107	0.0104
chr2L	18355664	18355847	chr2L:18355665-18355847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0299	0.0238	0.0388	0.0269	0.0117	0.0311	0.0294	0.0266	0.0117	0.0211	0.0315	0.0211	0.0077	0.0084	0.0193	0.0084	0.0068
chr2L	18357333	18357523	chr2L:18357334-18357523	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0381	0.0613	0.0335	0.0171	0.0339	0.0646	0.0644	0.0913	0.0339	0.0254	0.0463	0.0254	0.017	0.0115	0.0322	0.0115	0.0089
chr2L	18357580	18357819	chr2L:18357581-18357819	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0349	0.0552	0.0313	0.016	0.0265	0.0573	0.0597	0.0846	0.0265	0.026	0.0428	0.026	0.0155	0.0061	0.0464	0.0061	0.0078
chr2L	18357844	18357995	chr2L:18357845-18357995	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.0371	0.0206	0.015	0.0095	0.0388	0.0415	0.0553	0.0095	0.0199	0.0296	0.0199	0.0054	0.0061	0.0355	0.0061	0.0115
chr2L	18358177	18358343	chr2L:18358178-18358343	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0425	0.0322	0.0152	0.0191	0.0437	0.0471	0.062	0.0191	0.0266	0.0489	0.0266	0.0132	0.0054	0.038	0.0054	0.012
chr2L	18360538	18360739	chr2L:18360539-18360739	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0415	0.0517	0.0491	0.0219	0.018	0.0646	0.0389	0.0886	0.018	0.0423	0.0518	0.0423	0.0279	0.0153	0.0419	0.0153	0.013
chr2L	18361153	18361471	chr2L:18361154-18361471	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0649	0.0692	0.0798	0.0439	0.0106	0.1286	0.0376	0.0979	0.0106	0.1069	0.0855	0.1069	0.0318	0.0452	0.0729	0.0452	0.0229
chr2L	18364420	18364643	chr2L:18364421-18364643	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0546	0.0628	0.0598	0.0397	0.0382	0.0617	0.0571	0.1086	0.0382	0.0399	0.0518	0.0399	0.0271	0.0069	0.0284	0.0069	0.0135
chr2L	18364801	18364952	chr2L:18364802-18364952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0203	0.0319	0.0318	0.0074	0.0233	0.0234	0.0253	0.0074	0.0127	0.0264	0.0127	0.0108	0.0046	0.0322	0.0046	0.0073
chr2L	18367726	18367943	chr2L:18367727-18367943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0257	0.0184	0.033	0.0258	0.0106	0.015	0.0298	0.02	0.0106	0.0157	0.0296	0.0157	0.0093	0.0046	0.0232	0.0046	0.0052
chr2L	18369065	18369388	chr2L:18369066-18369388	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0456	0.0444	0.058	0.0334	0.0244	0.0461	0.0515	0.054	0.0244	0.0278	0.0534	0.0278	0.0186	0.0077	0.0387	0.0077	0.013
chr2L	18369482	18369888	chr2L:18369483-18369888	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0791	0.1134	0.0811	0.0384	0.087	0.0811	0.1514	0.1546	0.087	0.038	0.0762	0.038	0.017	0.013	0.0645	0.013	0.0203
chr2L	18370841	18371068	chr2L:18370842-18371068	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0538	0.0571	0.0688	0.0338	0.0223	0.0495	0.0662	0.0986	0.0223	0.0393	0.0646	0.0393	0.0194	0.0138	0.04	0.0138	0.0203
chr2L	18372404	18372555	chr2L:18372405-18372555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0198	0.015	0.0289	0.0153	0.0106	0.0189	0.0186	0.0153	0.0106	0.0145	0.0344	0.0145	0.0085	0.0084	0.0303	0.0084	0.0078
chr2L	18374986	18375137	chr2L:18374987-18375137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0086	0.0173	0.018	0.0032	0.0121	0.0121	0.006	0.0032	0.0157	0.0273	0.0157	0.0093	0.0069	0.0561	0.0069	0.0083
chr2L	18377084	18377235	chr2L:18377085-18377235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0131	0.023	0.0188	0.0042	0.0131	0.0186	0.0127	0.0042	0.0145	0.0338	0.0145	0.0116	0.01	0.0368	0.01	0.0068
chr2L	18377460	18377611	chr2L:18377461-18377611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0115	0.0228	0.0174	0.0021	0.0097	0.0182	0.0133	0.0021	0.0187	0.0347	0.0187	0.0124	0.0115	0.0419	0.0115	0.0073
chr2L	18379270	18379421	chr2L:18379271-18379421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0123	0.0223	0.0142	0.0064	0.0131	0.0203	0.0113	0.0064	0.0163	0.0347	0.0163	0.0155	0.0092	0.0329	0.0092	0.0104
chr2L	18383985	18384136	chr2L:18383986-18384136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0103	0.0225	0.0134	0.0053	0.0117	0.0143	0.0113	0.0053	0.0217	0.0325	0.0217	0.0155	0.0084	0.0368	0.0084	0.0031
chr2L	18387841	18388022	chr2L:18387842-18388022	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0292	0.0166	0.0335	0.0386	0.0117	0.0184	0.0247	0.0113	0.0117	0.0314	0.0453	0.0314	0.031	0.0329	0.089	0.0329	0.0287
chr2L	18390079	18390230	chr2L:18390080-18390230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0173	0.0118	0.0223	0.0178	0.0085	0.0117	0.0138	0.014	0.0085	0.0223	0.0302	0.0223	0.0178	0.0084	0.0477	0.0084	0.0089
chr2L	18394651	18394802	chr2L:18394652-18394802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0081	0.0181	0.0141	0.0042	0.0107	0.0125	0.0047	0.0042	0.0175	0.0238	0.0175	0.0139	0.0084	0.0387	0.0084	0.0083
chr2L	18394864	18395015	chr2L:18394865-18395015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0189	0.0121	0.0221	0.023	0.0085	0.015	0.0173	0.01	0.0085	0.0229	0.0283	0.0229	0.0178	0.0176	0.0503	0.0176	0.0203
chr2L	18395313	18395464	chr2L:18395314-18395464	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0072	0.01	0.0212	0.0032	0.0083	0.0117	0.006	0.0032	0.0103	0.0125	0.0103	0.0062	0.0084	0.0219	0.0084	0.0094
chr2L	18441342	18441538	chr2L:18441343-18441538	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0804	0.0659	0.1044	0.0703	0.0392	0.084	0.0675	0.0853	0.0392	0.1413	0.108	0.1413	0.1255	0.0819	0.0664	0.0819	0.0948
chr2L	18441578	18441758	chr2L:18441579-18441758	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0572	0.0447	0.0769	0.0496	0.0297	0.0568	0.0476	0.0533	0.0297	0.1129	0.0794	0.1129	0.0852	0.0528	0.0529	0.0528	0.0735
chr2L	18442245	18442480	chr2L:18442246-18442480	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0431	0.0742	0.0482	0.0127	0.0573	0.0471	0.0526	0.0127	0.1039	0.0756	0.1039	0.0999	0.0666	0.0413	0.0666	0.0745
chr2L	18442639	18442817	chr2L:18442640-18442817	FBgn0261597	RpS26	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0489	0.036	0.0687	0.0418	0.0127	0.0505	0.0411	0.0386	0.0127	0.1051	0.0695	0.1051	0.0736	0.0643	0.0232	0.0643	0.0563
chr2L	18442905	18443056	chr2L:18442906-18443056	FBgn0261597	RpS26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0742	0.0543	0.1032	0.0648	0.0191	0.0718	0.0549	0.0726	0.0191	0.1498	0.108	0.1498	0.1061	0.0689	0.0683	0.0689	0.0834
chr2L	18443163	18443336	chr2L:18443164-18443336	FBgn0261597	RpS26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1791	0.1432	0.2277	0.166	0.0954	0.1922	0.1414	0.1692	0.0954	0.2935	0.2547	0.2935	0.2161	0.1899	0.1754	0.1899	0.1996
chr2L	18443429	18443607	chr2L:18443430-18443607	FBgn0261597	RpS26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1504	0.1285	0.1817	0.1404	0.088	0.1592	0.1384	0.1452	0.088	0.2289	0.2003	0.2289	0.1774	0.1531	0.1644	0.1531	0.1569
chr2L	18444959	18445117	chr2L:18444960-18445117	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0349	0.0348	0.0391	0.0276	0.034	0.0489	0.0346	0.0276	0.0344	0.0441	0.0344	0.0341	0.0505	0.0638	0.0505	0.0479
chr2L	18448598	18448794	chr2L:18448599-18448794	FBgn0086707	ncm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0602	0.0575	0.0761	0.0458	0.0339	0.0655	0.067	0.07	0.0339	0.0779	0.0904	0.0779	0.0829	0.0482	0.0535	0.0482	0.0521
chr2L	18448879	18449055	chr2L:18448880-18449055	FBgn0086707	ncm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.114	0.1079	0.1452	0.0865	0.0689	0.1184	0.1337	0.1252	0.0689	0.1763	0.163	0.1763	0.1418	0.1087	0.0896	0.1087	0.0995
chr2L	18449170	18449366	chr2L:18449171-18449366	FBgn0086707	ncm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.074	0.0823	0.0918	0.0453	0.0573	0.082	0.1008	0.1026	0.0573	0.1262	0.0987	0.1262	0.0798	0.0613	0.0374	0.0613	0.0516
chr2L	18454265	18454420	chr2L:18454266-18454420	FBgn0032679,FBgn0032680	Ntf-2r,bsf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.062	0.0439	0.0821	0.0603	0.0148	0.0631	0.0415	0.056	0.0148	0.1075	0.0842	0.1075	0.1077	0.0651	0.0554	0.0651	0.0917
chr2L	18454526	18454700	chr2L:18454527-18454700	FBgn0032679,FBgn0032680	Ntf-2r,bsf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1172	0.0982	0.1424	0.1108	0.0551	0.132	0.0904	0.1226	0.0551	0.1673	0.1611	0.1673	0.1611	0.134	0.1051	0.134	0.1454
chr2L	18457067	18457218	chr2L:18457068-18457218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0177	0.0178	0.0155	0.0201	0.0138	0.0184	0.0255	0.0187	0.0138	0.0145	0.0161	0.0145	0.0263	0.0582	0.0135	0.0582	0.0188
chr2L	18459936	18460203	chr2L:18459937-18460203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0248	0.0152	0.0157	0.0455	0.0042	0.016	0.0264	0.0113	0.0042	0.0211	0.0148	0.0211	0.0232	0.1302	0.0413	0.1302	0.0365
chr2L	18465860	18466170	chr2L:18465861-18466170	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.034	0.0165	0.0253	0.0632	0.0042	0.0194	0.026	0.0153	0.0042	0.0175	0.0193	0.0175	0.0581	0.1133	0.0309	0.1133	0.0865
chr2L	18468479	18468630	chr2L:18468480-18468630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0091	0.0098	0.0143	0.0021	0.0063	0.0173	0.0093	0.0021	0.0109	0.0109	0.0109	0.0093	0.0322	0.0187	0.0322	0.0099
chr2L	18475607	18475758	chr2L:18475608-18475758	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0228	0.0177	0.023	0.0284	0.0138	0.0126	0.0294	0.0153	0.0138	0.0435	0.0257	0.0435	0.017	0.0528	0.0245	0.0528	0.0433
chr2L	18475876	18476109	chr2L:18475877-18476109	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0348	0.0267	0.0352	0.0434	0.0191	0.0257	0.0402	0.0227	0.0191	0.0604	0.0379	0.0604	0.0294	0.075	0.0348	0.075	0.0688
chr2L	18477260	18477527	chr2L:18477261-18477527	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0564	0.0247	0.078	0.0682	0.0148	0.0267	0.0337	0.0253	0.0148	0.0537	0.127	0.0537	0.072	0.0727	0.098	0.0727	0.1063
chr2L	18477704	18477874	chr2L:18477705-18477874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0196	0.052	0.0554	0.0074	0.0228	0.026	0.0227	0.0074	0.0368	0.0788	0.0368	0.0643	0.0628	0.0703	0.0628	0.0943
chr2L	18478184	18478388	chr2L:18478185-18478388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0204	0.0272	0.0259	0.0095	0.0189	0.0285	0.0286	0.0095	0.0181	0.0344	0.0181	0.0442	0.0145	0.0187	0.0145	0.062
chr2L	18480686	18480886	chr2L:18480687-18480886	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0847	0.0609	0.1108	0.0826	0.0361	0.0714	0.0619	0.0799	0.0361	0.099	0.1865	0.099	0.0565	0.1585	0.1876	0.1585	0.0302
chr2L	18482656	18482920	chr2L:18482657-18482920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0444	0.0268	0.0476	0.0604	0.0117	0.0306	0.0363	0.0247	0.0117	0.0513	0.0653	0.0513	0.0511	0.0888	0.0664	0.0888	0.0907
chr2L	18483102	18483253	chr2L:18483103-18483253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0147	0.0237	0.0372	0.0074	0.0126	0.0212	0.0173	0.0074	0.0193	0.0325	0.0193	0.0302	0.0482	0.0342	0.0482	0.0594
chr2L	18483898	18484121	chr2L:18483899-18484121	FBgn0032681	CG10283	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.1251	0.1588	0.0603	0.1103	0.1233	0.1401	0.1659	0.1103	0.1854	0.2106	0.1854	0.0573	0.0582	0.0787	0.0582	0.0485
chr2L	18484347	18484573	chr2L:18484348-18484573	FBgn0032681	CG10283	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2416	0.2262	0.2832	0.2132	0.2121	0.2447	0.2202	0.3145	0.2121	0.3146	0.3305	0.3146	0.2579	0.232	0.2669	0.232	0.2126
chr2L	18484713	18484895	chr2L:18484714-18484895	FBgn0032681	CG10283	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1276	0.1073	0.1523	0.1231	0.0615	0.1252	0.1185	0.1426	0.0615	0.1685	0.1801	0.1685	0.1394	0.1233	0.1676	0.1233	0.1318
chr2L	18485210	18485475	chr2L:18485211-18485475	FBgn0032682	CG10176	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1387	0.1557	0.1783	0.0765	0.1538	0.1228	0.1544	0.2525	0.1538	0.1033	0.3	0.1033	0.1069	0.0383	0.1986	0.0383	0.0542
chr2L	18485615	18485782	chr2L:18485616-18485782	FBgn0032682	CG10176	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0617	0.0661	0.082	0.0347	0.0498	0.0476	0.067	0.1199	0.0498	0.0296	0.1614	0.0296	0.0287	0.0145	0.107	0.0145	0.0177
chr2L	18486843	18487049	chr2L:18486844-18487049	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.164	0.035	0.0121	0.1729	0.0626	0.2353	0.2398	0.1729	0.0356	0.0473	0.0356	0.0271	0.0199	0.0181	0.0199	0.0094
chr2L	18489759	18489910	chr2L:18489760-18489910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0203	0.0289	0.0213	0.0095	0.0159	0.0243	0.0402	0.036	0.0159	0.0205	0.0232	0.0205	0.0178	0.0123	0.0135	0.0123	0.0099
chr2L	18497180	18497377	chr2L:18497181-18497377	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0204	0.0283	0.026	0.0053	0.0267	0.0277	0.018	0.0053	0.0374	0.0222	0.0374	0.0558	0.0161	0.029	0.0161	0.0573
chr2L	18497789	18498038	chr2L:18497790-18498038	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0238	0.0169	0.0239	0.0313	0.0053	0.0194	0.0225	0.016	0.0053	0.0411	0.0228	0.0411	0.024	0.0597	0.0316	0.0597	0.037
chr2L	18498810	18498961	chr2L:18498811-18498961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0179	0.0141	0.0237	0.0157	0.0074	0.0189	0.0173	0.0147	0.0074	0.0501	0.0164	0.0501	0.0271	0.0199	0.0103	0.0199	0.0313
chr2L	18499648	18499884	chr2L:18499649-18499884	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0535	0.0333	0.0754	0.0522	0.0053	0.0519	0.0381	0.0273	0.0053	0.2095	0.0505	0.2095	0.0434	0.1371	0.0419	0.1371	0.0459
chr2L	18501012	18501228	chr2L:18501013-18501228	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0309	0.0198	0.043	0.0299	0.0074	0.0262	0.0285	0.0187	0.0074	0.1208	0.0277	0.1208	0.0186	0.0972	0.0213	0.0972	0.0182
chr2L	18502228	18502379	chr2L:18502229-18502379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0272	0.0179	0.0363	0.0277	0.0042	0.0257	0.0195	0.022	0.0042	0.1002	0.0215	0.1002	0.0248	0.0789	0.0181	0.0789	0.0214
chr2L	18502468	18502619	chr2L:18502469-18502619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0245	0.0165	0.0317	0.0256	0.0021	0.0204	0.0212	0.0153	0.0021	0.0749	0.0206	0.0749	0.0263	0.0636	0.0309	0.0636	0.0156
chr2L	18503913	18504175	chr2L:18503914-18504175	FBgn0032683	kon	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1011	0.0466	0.1532	0.1047	0.0148	0.0879	0.048	0.03	0.0148	0.3762	0.0916	0.3762	0.1603	0.2473	0.0858	0.2473	0.1094
chr2L	18504649	18504859	chr2L:18504650-18504859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0382	0.0246	0.061	0.0283	0.0106	0.0519	0.0229	0.0127	0.0106	0.1745	0.0328	0.1745	0.0496	0.0789	0.02	0.0789	0.0214
chr2L	18505212	18505407	chr2L:18505213-18505407	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0364	0.0313	0.0617	0.0143	0.0064	0.0709	0.0238	0.0187	0.0064	0.18	0.0302	0.18	0.0449	0.0314	0.0103	0.0314	0.0146
chr2L	18505809	18505989	chr2L:18505810-18505989	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0486	0.029	0.0822	0.0337	0.0085	0.0583	0.0298	0.014	0.0085	0.2138	0.0402	0.2138	0.0736	0.0467	0.0213	0.0467	0.0516
chr2L	18506077	18506228	chr2L:18506078-18506228	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0362	0.0265	0.0552	0.026	0.0117	0.0447	0.0277	0.0187	0.0117	0.1377	0.0293	0.1377	0.0488	0.0444	0.0168	0.0444	0.0391
chr2L	18506555	18506714	chr2L:18506556-18506714	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0325	0.0358	0.0463	0.0138	0.0212	0.0563	0.0398	0.0326	0.0212	0.122	0.0222	0.122	0.0333	0.023	0.0097	0.023	0.0104
chr2L	18507097	18507248	chr2L:18507098-18507248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0205	0.0171	0.0284	0.0156	0.0053	0.0257	0.0182	0.0187	0.0053	0.0471	0.0186	0.0471	0.0178	0.0191	0.011	0.0191	0.0208
chr2L	18512906	18513115	chr2L:18512907-18513115	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.025	0.0204	0.033	0.0214	0.0074	0.0257	0.0307	0.016	0.0074	0.0682	0.0264	0.0682	0.0294	0.0413	0.0245	0.0413	0.0224
chr2L	18513171	18513385	chr2L:18513172-18513385	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0314	0.0241	0.0415	0.0287	0.0106	0.0301	0.0298	0.0253	0.0106	0.0743	0.0405	0.0743	0.0302	0.0505	0.0393	0.0505	0.0313
chr2L	18513522	18513705	chr2L:18513523-18513705	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0328	0.0504	0.0401	0.0127	0.0481	0.0285	0.0406	0.0127	0.0676	0.0547	0.0676	0.0534	0.0528	0.058	0.0528	0.0558
chr2L	18515200	18515351	chr2L:18515201-18515351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0118	0.0091	0.0112	0.0156	0.0021	0.0078	0.0182	0.006	0.0021	0.0054	0.0154	0.0054	0.0155	0.0046	0.0516	0.0046	0.0104
chr2L	18516755	18516906	chr2L:18516756-18516906	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0173	0.0152	0.0175	0.0195	0.0085	0.0141	0.0238	0.0147	0.0085	0.0121	0.0267	0.0121	0.0139	0.0054	0.0677	0.0054	0.0078
chr2L	18517336	18517540	chr2L:18517337-18517540	FBgn0032685	CG10211	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0113	0.0189	0.0436	0.0053	0.0121	0.0195	0.008	0.0053	0.0109	0.0328	0.0109	0.0108	0.0031	0.1689	0.0031	0.0156
chr2L	18523366	18523616	chr2L:18523367-18523616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0217	0.04	0.0151	0.0084	0.018	0.0505	0.0446	0.0506	0.018	0.0127	0.0174	0.0127	0.007	8e-04	0.02	8e-04	0.0031
chr2L	18533154	18533370	chr2L:18533155-18533370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0268	0.0226	0.0301	0.028	0.0106	0.0286	0.0307	0.022	0.0106	0.0308	0.0315	0.0308	0.0519	0.0168	0.0406	0.0168	0.0526
chr2L	18533508	18533659	chr2L:18533509-18533659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0122	0.0106	0.0132	0.013	0.0085	0.0102	0.0143	0.0127	0.0085	0.0109	0.0145	0.0109	0.0217	0.0061	0.0116	0.0061	0.0281
chr2L	18540792	18540943	chr2L:18540793-18540943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0124	0.0125	0.015	0.0095	0.0053	0.0184	0.0156	0.0093	0.0053	0.0091	0.0106	0.0091	0.0488	0.0092	0.0064	0.0092	0.0203
chr2L	18552180	18552385	chr2L:18552181-18552385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0154	0.0096	0.0141	0.0233	0.0032	0.0102	0.0134	0.0087	0.0032	0.0151	0.0096	0.0151	0.0395	0.0145	0.009	0.0145	0.0584
chr2L	18556277	18556428	chr2L:18556278-18556428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0121	0.0128	0.015	0.0081	0.0053	0.0184	0.0177	0.01	0.0053	0.0163	0.0103	0.0163	0.0356	0.0054	0.0142	0.0054	0.0104
chr2L	18556588	18556739	chr2L:18556589-18556739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0123	0.0122	0.0151	0.0093	0.0021	0.0131	0.0177	0.012	0.0021	0.0139	0.0106	0.0139	0.0442	0.0077	0.0123	0.0077	0.0146
chr2L	18561772	18561959	chr2L:18561773-18561959	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0302	0.0163	0.0297	0.0464	0.0095	0.0214	0.0195	0.0187	0.0095	0.0163	0.0248	0.0163	0.0891	0.0559	0.0625	0.0559	0.0709
chr2L	18562490	18562697	chr2L:18562491-18562697	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.068	0.046	0.0666	0.094	0.0297	0.0602	0.058	0.0333	0.0297	0.0664	0.0534	0.0664	0.1572	0.1355	0.109	0.1355	0.1459
chr2L	18562802	18563012	chr2L:18562803-18563012	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.0818	0.1056	0.1199	0.053	0.1	0.109	0.066	0.053	0.1298	0.0939	0.1298	0.2014	0.1953	0.1541	0.1953	0.1516
chr2L	18563147	18563339	chr2L:18563148-18563339	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1589	0.1221	0.1774	0.1796	0.0848	0.1563	0.1367	0.1226	0.0848	0.2126	0.1772	0.2126	0.2928	0.2236	0.2089	0.2236	0.2611
chr2L	18564065	18564284	chr2L:18564066-18564284	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0251	0.0121	0.0194	0.046	0.0042	0.0131	0.0177	0.01	0.0042	0.0151	0.0235	0.0151	0.0325	0.0237	0.0806	0.0237	0.0552
chr2L	18566338	18566508	chr2L:18566339-18566508	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0349	0.0213	0.0437	0.0405	0.0032	0.0408	0.0238	0.012	0.0032	0.0229	0.0206	0.0229	0.1782	0.0138	0.0135	0.0138	0.1183
chr2L	18568687	18568845	chr2L:18568688-18568845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0177	0.027	0.027	0.0074	0.0199	0.0303	0.01	0.0074	0.0139	0.0219	0.0139	0.0821	0.0199	0.0161	0.0199	0.062
chr2L	18571529	18571680	chr2L:18571530-18571680	FBgn0085370	Pde11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0188	0.0138	0.0143	0.0294	0.0085	0.0136	0.0221	0.0107	0.0085	0.0181	0.0148	0.0181	0.0209	0.0697	0.0258	0.0697	0.0302
chr2L	18572201	18572373	chr2L:18572202-18572373	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0859	0.0219	0.0987	0.1434	0.0032	0.035	0.0272	0.0153	0.0032	0.1365	0.0878	0.1365	0.1789	0.2328	0.1515	0.2328	0.2267
chr2L	18572718	18572887	chr2L:18572719-18572887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0177	0.0101	0.0173	0.0266	0.0021	0.0126	0.0169	0.008	0.0021	0.0242	0.0158	0.0242	0.0271	0.0559	0.0309	0.0559	0.0297
chr2L	18576332	18576514	chr2L:18576333-18576514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0293	0.0152	0.0201	0.0553	0.0021	0.016	0.0255	0.0107	0.0021	0.0115	0.0206	0.0115	0.0449	0.0521	0.0606	0.0521	0.0917
chr2L	18590293	18590541	chr2L:18590294-18590541	FBgn0032688	CG15160	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1237	0.1568	0.1313	0.0783	0.1326	0.1816	0.1574	0.1992	0.1326	0.1926	0.1293	0.1926	0.093	0.0712	0.058	0.0712	0.0573
chr2L	18590787	18590969	chr2L:18590788-18590969	FBgn0032688	CG15160	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1392	0.1261	0.1727	0.1171	0.088	0.1515	0.1401	0.1459	0.088	0.2089	0.1871	0.2089	0.1619	0.1325	0.1264	0.1325	0.1183
chr2L	18591134	18591413	chr2L:18591135-18591413	FBgn0032688	CG15160	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0594	0.0723	0.0416	0.0276	0.0631	0.0835	0.0653	0.0276	0.0785	0.083	0.0785	0.0728	0.0459	0.0368	0.0459	0.0505
chr2L	18596954	18597150	chr2L:18596955-18597150	FBgn0003270	amos	stage11,stage14,stage5	none	amosC	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0896	0.1911	0.0595	0.0092	0.1315	0.1267	0.2984	0.2325	0.1315	0.0296	0.1158	0.0296	0.0232	0.0069	0.011	0.0069	0.0094
chr2L	18598043	18598194	chr2L:18598044-18598194	distal	distal	stage5	stage5	amosB	amosB	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0392	0.0836	0.0223	0.0082	0.0774	0.034	0.1479	0.0879	0.0774	0.0181	0.0347	0.0181	0.017	0.0138	0.011	0.0138	0.0078
chr2L	18598251	18598469	chr2L:18598252-18598469	distal	distal	stage5	stage5	amosB	amosB	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.1578	0.0263	0.0099	0.1442	0.0636	0.2686	0.1879	0.1442	0.0242	0.036	0.0242	0.0256	0.0107	0.0135	0.0107	0.013
chr2L	18604551	18604735	chr2L:18604552-18604735	FBgn0032689	CG10413	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0497	0.0329	0.0599	0.0572	0.0148	0.0432	0.035	0.0426	0.0148	0.067	0.065	0.067	0.0852	0.0398	0.06	0.0398	0.1006
chr2L	18604885	18605095	chr2L:18604886-18605095	FBgn0032689	CG10413	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.151	0.1225	0.178	0.1532	0.0689	0.1568	0.1414	0.1286	0.0689	0.2029	0.2032	0.2029	0.2029	0.1669	0.1541	0.1669	0.223
chr2L	18605190	18605363	chr2L:18605191-18605363	FBgn0032689	CG10413	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.1196	0.1495	0.1316	0.0732	0.1461	0.1466	0.1233	0.0732	0.1769	0.1685	0.1769	0.1518	0.1455	0.1393	0.1455	0.1652
chr2L	18605714	18605868	chr2L:18605715-18605868	FBgn0051789	CG31789	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0375	0.0407	0.0368	0.0233	0.0451	0.045	0.0406	0.0233	0.0399	0.0511	0.0399	0.0449	0.0398	0.0368	0.0398	0.0516
chr2L	18605970	18606319	chr2L:18605971-18606319	FBgn0051789	CG31789	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0848	0.087	0.0976	0.0682	0.0573	0.0893	0.1172	0.0933	0.0573	0.1087	0.1145	0.1087	0.1007	0.0697	0.0722	0.0697	0.0813
chr2L	18606718	18606907	chr2L:18606719-18606907	FBgn0032690	CG10333	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0934	0.1017	0.0984	0.0785	0.071	0.1092	0.1341	0.1079	0.071	0.1286	0.1051	0.1286	0.0906	0.0858	0.0793	0.0858	0.112
chr2L	18607038	18607189	chr2L:18607039-18607189	FBgn0032690	CG10333	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.052	0.053	0.0379	0.0403	0.0524	0.0709	0.0526	0.0403	0.0682	0.0611	0.0682	0.0465	0.0368	0.04	0.0368	0.0505
chr2L	18611917	18612134	chr2L:18611918-18612134	FBgn0032691	Atac2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.063	0.0597	0.0736	0.055	0.0445	0.0578	0.0792	0.0666	0.0445	0.0882	0.0817	0.0882	0.0806	0.0613	0.0548	0.0613	0.0677
chr2L	18612171	18612345	chr2L:18612172-18612345	FBgn0032691	Atac2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0784	0.0814	0.0855	0.0671	0.0657	0.0791	0.1008	0.0986	0.0657	0.1081	0.0929	0.1081	0.0937	0.0819	0.0664	0.0819	0.0803
chr2L	18615997	18616206	chr2L:18615998-18616206	FBgn0032692	CG15161	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0491	0.1155	0.0184	0.0086	0.1315	0.0578	0.1324	0.1899	0.1315	0.0145	0.0277	0.0145	0.0124	0.0069	0.0077	0.0069	0.0073
chr2L	18616247	18616398	chr2L:18616248-18616398	FBgn0032692	CG15161	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0412	0.0931	0.0181	0.0086	0.0795	0.0524	0.1133	0.1559	0.0795	0.0133	0.0283	0.0133	0.0085	0.0069	0.0103	0.0069	0.0104
chr2L	18617149	18617338	chr2L:18617150-18617338	FBgn0032694	MESR3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.117	0.1395	0.1141	0.095	0.1262	0.1364	0.16	0.1739	0.1262	0.1165	0.1289	0.1165	0.1758	0.085	0.0986	0.085	0.1584
chr2L	18617571	18617722	chr2L:18617572-18617722	FBgn0032694	MESR3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0467	0.0312	0.0209	0.0255	0.0398	0.0666	0.06	0.0255	0.0296	0.0334	0.0296	0.048	0.0138	0.02	0.0138	0.038
chr2L	18618978	18619129	chr2L:18618979-18619129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.039	0.026	0.0145	0.017	0.0485	0.0441	0.046	0.017	0.0151	0.0328	0.0151	0.0418	0.0092	0.0219	0.0092	0.0177
chr2L	18619271	18619551	chr2L:18619272-18619551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.0465	0.0324	0.022	0.017	0.0553	0.0476	0.0686	0.017	0.0151	0.0357	0.0151	0.0813	0.0161	0.0226	0.0161	0.0365
chr2L	18620307	18620458	chr2L:18620308-18620458	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0192	0.0169	0.0173	0.024	0.0074	0.0214	0.0208	0.0173	0.0074	0.0109	0.0193	0.0109	0.0349	0.0245	0.0413	0.0245	0.0287
chr2L	18621540	18621747	chr2L:18621541-18621747	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0304	0.0246	0.0289	0.0384	0.0148	0.0272	0.0311	0.0213	0.0148	0.0157	0.0167	0.0157	0.1053	0.01	0.0348	0.01	0.0933
chr2L	18622030	18622183	chr2L:18622031-18622183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0242	0.0197	0.0228	0.0308	0.0074	0.0325	0.0212	0.0147	0.0074	0.0097	0.0196	0.0097	0.0744	0.0092	0.0464	0.0092	0.0625
chr2L	18624370	18624521	chr2L:18624371-18624521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0197	0.0163	0.0178	0.0256	0.0074	0.018	0.0225	0.014	0.0074	0.0091	0.026	0.0091	0.0263	0.0061	0.0703	0.0061	0.0224
chr2L	18624556	18624707	chr2L:18624557-18624707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0183	0.0163	0.0183	0.0205	0.0074	0.0238	0.0225	0.0107	0.0074	0.0127	0.0251	0.0127	0.0263	0.0054	0.0548	0.0054	0.0214
chr2L	18625596	18625828	chr2L:18625597-18625828	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0372	0.0408	0.0501	0.0191	0.0127	0.0786	0.0303	0.038	0.0127	0.0302	0.0415	0.0302	0.151	0.0084	0.0335	0.0084	0.0307
chr2L	18626064	18626215	chr2L:18626065-18626215	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0223	0.0197	0.0273	0.0196	0.0085	0.0316	0.019	0.0213	0.0085	0.0175	0.0219	0.0175	0.0852	0.0107	0.0355	0.0107	0.0281
chr2L	18626961	18627169	chr2L:18626962-18627169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0216	0.0246	0.0355	0.0085	0.035	0.0225	0.0187	0.0085	0.0139	0.0174	0.0139	0.0821	0.0107	0.0271	0.0107	0.0902
chr2L	18628956	18629107	chr2L:18628957-18629107	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0224	0.0312	0.0218	0.0134	0.0148	0.0417	0.0381	0.0306	0.0148	0.0272	0.0177	0.0272	0.0418	0.0038	0.0148	0.0038	0.0271
chr2L	18629193	18629426	chr2L:18629194-18629426	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0434	0.0551	0.0405	0.0336	0.0233	0.067	0.0666	0.054	0.0233	0.0501	0.0347	0.0501	0.0728	0.0161	0.0316	0.0161	0.0636
chr2L	18630893	18631079	chr2L:18630894-18631079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0174	0.0162	0.0174	0.0187	0.0117	0.018	0.0212	0.0173	0.0117	0.0109	0.0135	0.0109	0.0496	0.0084	0.0097	0.0084	0.0427
chr2L	18644247	18644426	chr2L:18644248-18644426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0208	0.0244	0.0233	0.0042	0.0257	0.0316	0.0193	0.0042	0.0211	0.0225	0.0211	0.0411	0.0161	0.0174	0.0161	0.0479
chr2L	18644966	18645117	chr2L:18644967-18645117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0102	0.0112	0.016	0.0021	0.0146	0.0117	0.0113	0.0021	0.0054	0.0103	0.0054	0.031	0.0123	0.0071	0.0123	0.0391
chr2L	18647304	18647455	chr2L:18647305-18647455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0138	0.0111	0.0082	0.0228	0	0.016	0.013	0.0127	0	0.0091	0.01	0.0091	0.0116	0.0375	0.0174	0.0375	0.0328
chr2L	18647465	18647616	chr2L:18647466-18647616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0141	0.0096	0.0094	0.0242	0.0042	0.0107	0.0104	0.0127	0.0042	0.0097	0.0071	0.0097	0.0186	0.0375	0.0161	0.0375	0.0412
chr2L	18648083	18648374	chr2L:18648084-18648374	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0406	0.0509	0.0602	0.0191	0.0631	0.0363	0.0453	0.0191	0.0888	0.037	0.0888	0.0697	0.1233	0.0368	0.1233	0.0938
chr2L	18648638	18648811	chr2L:18648639-18648811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0206	0.0187	0.0202	0.0127	0.0272	0.0229	0.0187	0.0127	0.0163	0.0164	0.0163	0.0411	0.0123	0.0155	0.0123	0.0464
chr2L	18650828	18650979	chr2L:18650829-18650979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.017	0.0267	0.0113	0.0125	0.0085	0.0262	0.0441	0.0187	0.0085	0.0109	0.0096	0.0109	0.0232	0.0084	0.0064	0.0084	0.0255
chr2L	18652120	18652388	chr2L:18652121-18652388	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0341	0.067	0.0193	0.0135	0.0615	0.067	0.0999	0.0453	0.0615	0.0272	0.0212	0.0272	0.0256	0.01	0.009	0.01	0.024
chr2L	18652817	18653136	chr2L:18652818-18653136	FBgn0032693	Cyp310a1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0568	0.0896	0.0412	0.0373	0.0742	0.1383	0.099	0.0526	0.0742	0.0592	0.0402	0.0592	0.0573	0.0268	0.0335	0.0268	0.0818
chr2L	18653203	18653428	chr2L:18653204-18653428	FBgn0032693	Cyp310a1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0405	0.0421	0.0336	0.0464	0.0255	0.0587	0.0484	0.0326	0.0255	0.0405	0.0328	0.0405	0.0612	0.0184	0.0451	0.0184	0.1094
chr2L	18653577	18653745	chr2L:18653578-18653745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.0254	0.022	0.0302	0.0138	0.0282	0.035	0.026	0.0138	0.0254	0.0225	0.0254	0.0387	0.0138	0.0264	0.0138	0.0776
chr2L	18656644	18656813	chr2L:18656645-18656813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0258	0.0232	0.0199	0.0117	0.0272	0.0355	0.026	0.0117	0.0157	0.0376	0.0157	0.0163	0.0069	0.049	0.0069	0.0198
chr2L	18664945	18665171	chr2L:18664946-18665171	FBgn0086200	CG42490	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.022	0.0272	0.0187	0.0198	0.0074	0.0485	0.0268	0.0247	0.0074	0.0199	0.0196	0.0199	0.0294	0.0268	0.0142	0.0268	0.0349
chr2L	18665358	18665571	chr2L:18665359-18665571	FBgn0086200	CG42490	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0268	0.0184	0.0265	0.0365	0	0.0272	0.0208	0.0253	0	0.0332	0.027	0.0332	0.0403	0.0459	0.0277	0.0459	0.0693
chr2L	18665804	18665955	chr2L:18665805-18665955	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0336	0.0363	0.0287	0.018	0.0393	0.0441	0.032	0.018	0.0471	0.0412	0.0471	0.038	0.0291	0.0368	0.0291	0.0386
chr2L	18666054	18666235	chr2L:18666055-18666235	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1162	0.114	0.1349	0.098	0.0806	0.1325	0.1228	0.1392	0.0806	0.1624	0.1556	0.1624	0.1487	0.1064	0.0986	0.1064	0.1381
chr2L	18666362	18666590	chr2L:18666363-18666590	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0652	0.0708	0.0755	0.0475	0.0456	0.0777	0.0861	0.0773	0.0456	0.087	0.0852	0.087	0.0829	0.0482	0.0438	0.0482	0.0683
chr2L	18677097	18677268	chr2L:18677098-18677268	FBgn0086681,FBgn0086909	CG31751,Mst36Fa	stage11,stage14,stage5	none	Mst36Fa_lacZ3	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0995	0.072	0.1212	0.1065	0.0286	0.1083	0.0597	0.0979	0.0286	0.1413	0.1376	0.1413	0.1503	0.124	0.118	0.124	0.1308
chr2L	18677445	18677704	chr2L:18677446-18677704	FBgn0086681,FBgn0086909	CG31751,Mst36Fa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0812	0.0532	0.0975	0.0947	0.0265	0.0709	0.0575	0.0606	0.0265	0.1051	0.1032	0.1051	0.1472	0.1225	0.1244	0.1225	0.1053
chr2L	18681757	18681957	chr2L:18681758-18681957	FBgn0015553	tos	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0677	0.0677	0.0829	0.051	0.0276	0.0772	0.0779	0.0879	0.0276	0.1002	0.0804	0.1002	0.0852	0.0505	0.0464	0.0505	0.0589
chr2L	18681995	18682173	chr2L:18681996-18682173	FBgn0015553	tos	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1204	0.1119	0.1463	0.1015	0.0573	0.1422	0.1112	0.1479	0.0573	0.1866	0.1518	0.1866	0.1255	0.1087	0.0974	0.1087	0.1214
chr2L	18682243	18682493	chr2L:18682244-18682493	FBgn0015553	tos	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0813	0.0781	0.1029	0.0611	0.0414	0.0917	0.0887	0.0919	0.0414	0.1329	0.1116	0.1329	0.0868	0.0697	0.0587	0.0697	0.0703
chr2L	18688439	18688633	chr2L:18688440-18688633	FBgn0005617	msl-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0824	0.0836	0.1	0.0617	0.0477	0.1	0.1025	0.0953	0.0477	0.1075	0.1064	0.1075	0.1123	0.0658	0.0671	0.0658	0.0776
chr2L	18688768	18688940	chr2L:18688769-18688940	FBgn0005617	msl-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2021	0.1821	0.2522	0.1696	0.1241	0.2131	0.2059	0.2172	0.1241	0.3122	0.2601	0.3122	0.2572	0.1738	0.1818	0.1738	0.197
chr2L	18689469	18689795	chr2L:18689470-18689795	FBgn0032698	CG10336	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1341	0.2009	0.1458	0.0817	0.1738	0.1419	0.1479	0.0817	0.2258	0.2248	0.2258	0.2029	0.1478	0.1573	0.1478	0.174
chr2L	18694054	18694241	chr2L:18694055-18694241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0646	0.041	0.0799	0.0742	0.0159	0.0471	0.0493	0.056	0.0159	0.0839	0.0965	0.0839	0.1061	0.0689	0.0922	0.0689	0.1167
chr2L	18695056	18695294	chr2L:18695057-18695294	FBgn0032699,FBgn0032700	CG10338,CG10383	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0947	0.094	0.1061	0.083	0.0721	0.0908	0.1129	0.1139	0.0721	0.1171	0.1122	0.1171	0.1309	0.0812	0.0916	0.0812	0.087
chr2L	18695346	18695552	chr2L:18695347-18695552	FBgn0032699,FBgn0032700	CG10338,CG10383	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2121	0.1984	0.244	0.1925	0.1729	0.2034	0.2349	0.2325	0.1729	0.2941	0.254	0.2941	0.2672	0.1975	0.205	0.1975	0.2168
chr2L	18695613	18695815	chr2L:18695614-18695815	FBgn0032699,FBgn0032700	CG10338,CG10383	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1766	0.1513	0.2081	0.1703	0.1135	0.1714	0.176	0.1785	0.1135	0.2597	0.2241	0.2597	0.2285	0.1792	0.1773	0.1792	0.2048
chr2L	18695903	18696092	chr2L:18695904-18696092	FBgn0032699,FBgn0032700	CG10338,CG10383	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.056	0.0915	0.0728	0.0297	0.0655	0.0675	0.064	0.0297	0.1171	0.0994	0.1171	0.0968	0.0796	0.0677	0.0796	0.0985
chr2L	18698624	18698807	chr2L:18698625-18698807	FBgn0032701	CG10341	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1174	0.1023	0.1391	0.1104	0.0891	0.1189	0.1138	0.1099	0.0891	0.192	0.1508	0.192	0.1371	0.1302	0.1264	0.1302	0.1443
chr2L	18698850	18699030	chr2L:18698851-18699030	FBgn0032701	CG10341	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0552	0.077	0.0579	0.0339	0.0631	0.0657	0.0613	0.0339	0.099	0.0817	0.099	0.093	0.0643	0.0645	0.0643	0.0776
chr2L	18703013	18703208	chr2L:18703014-18703208	FBgn0032702,FBgn0032703	CG10343,CG10376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1725	0.1564	0.2063	0.1535	0.123	0.1811	0.1773	0.1652	0.123	0.2536	0.2244	0.2536	0.2006	0.1654	0.1464	0.1654	0.1959
chr2L	18703324	18703495	chr2L:18703325-18703495	FBgn0032702,FBgn0032703	CG10343,CG10376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1616	0.1386	0.1995	0.1457	0.106	0.1636	0.154	0.1546	0.106	0.2397	0.2244	0.2397	0.1774	0.1554	0.156	0.1554	0.1699
chr2L	18705619	18705788	chr2L:18705620-18705788	FBgn0032704	Jwa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0891	0.0669	0.115	0.0856	0.0297	0.0854	0.0666	0.0959	0.0297	0.1304	0.1328	0.1304	0.1309	0.0995	0.0935	0.0995	0.1021
chr2L	18705794	18706021	chr2L:18705795-18706021	FBgn0032704	Jwa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1027	0.0879	0.1265	0.093	0.0445	0.0971	0.0982	0.1139	0.0445	0.1558	0.1444	0.1558	0.1239	0.1072	0.0961	0.1072	0.1126
chr2L	18708005	18708202	chr2L:18708006-18708202	FBgn0025608	Faf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.1027	0.1367	0.1138	0.0657	0.1252	0.1176	0.1119	0.0657	0.1661	0.1666	0.1661	0.1239	0.1363	0.1277	0.1363	0.1407
chr2L	18708236	18708436	chr2L:18708237-18708436	FBgn0025608,FBgn0032705	Faf,Grip71	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1719	0.1358	0.2131	0.167	0.087	0.1757	0.1414	0.1626	0.087	0.25	0.245	0.25	0.2355	0.1784	0.1908	0.1784	0.2215
chr2L	18708456	18708675	chr2L:18708457-18708675	FBgn0025608,FBgn0032705	Faf,Grip71	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.1385	0.2156	0.1653	0.0891	0.1743	0.1488	0.1626	0.0891	0.2699	0.2469	0.2699	0.2223	0.193	0.1734	0.193	0.2074
chr2L	18708746	18708946	chr2L:18708747-18708946	FBgn0025608,FBgn0032705	Faf,Grip71	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1393	0.1068	0.1642	0.1482	0.0742	0.1291	0.1129	0.1366	0.0742	0.1999	0.1859	0.1999	0.1905	0.1516	0.1618	0.1516	0.1918
chr2L	18709036	18709195	chr2L:18709037-18709195	FBgn0025608,FBgn0032705	Faf,Grip71	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.0581	0.0797	0.0572	0.0286	0.066	0.0666	0.0733	0.0286	0.0894	0.0952	0.0894	0.0914	0.059	0.0606	0.059	0.074
chr2L	18713726	18713885	chr2L:18713727-18713885	FBgn0032706	Irk3	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0318	0.0308	0.0224	0.0223	0.0354	0.0402	0.0326	0.0223	0.0284	0.0373	0.0284	0.0395	0.0253	0.0277	0.0253	0.0344
chr2L	18713899	18714148	chr2L:18713900-18714148	FBgn0032706	Irk3	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0715	0.0678	0.0467	0.0551	0.0694	0.0882	0.0799	0.0551	0.0719	0.0814	0.0719	0.0736	0.0574	0.0535	0.0574	0.0604
chr2L	18714221	18714397	chr2L:18714222-18714397	FBgn0032706	Irk3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.091	0.0955	0.1051	0.0706	0.0573	0.1039	0.1211	0.1033	0.0573	0.1286	0.1183	0.1286	0.0984	0.0804	0.0832	0.0804	0.0839
chr2L	18714473	18714774	chr2L:18714474-18714774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.061	0.0652	0.0739	0.0423	0.0414	0.068	0.0874	0.0666	0.0414	0.0942	0.0778	0.0942	0.0728	0.0513	0.0451	0.0513	0.0495
chr2L	18724188	18724339	chr2L:18724189-18724339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0143	0.0152	0.0096	0.0053	0.0126	0.0251	0.012	0.0053	0.0139	0.0212	0.0139	0.0101	0.0061	0.0226	0.0061	0.0052
chr2L	18732371	18732522	chr2L:18732372-18732522	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0593	0.0401	0.0654	0.0739	0.0138	0.0456	0.0446	0.0546	0.0138	0.0773	0.0727	0.0773	0.0922	0.059	0.1186	0.059	0.1225
chr2L	18732656	18733220	chr2L:18732657-18733220	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2128	0.1312	0.2595	0.2528	0.0626	0.1791	0.138	0.1486	0.0626	0.3037	0.3141	0.3037	0.3098	0.2741	0.3856	0.2741	0.3913
chr2L	18734186	18734337	chr2L:18734187-18734337	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.027	0.0354	0.0298	0.0146	0.0233	0.0316	0.0415	0.0486	0.0233	0.035	0.0424	0.035	0.017	0.0191	0.0239	0.0191	0.013
chr2L	18734397	18734612	chr2L:18734398-18734612	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.043	0.0492	0.0586	0.0189	0.0223	0.0553	0.0471	0.0793	0.0223	0.0682	0.0852	0.0682	0.0287	0.0299	0.0258	0.0299	0.0125
chr2L	18735612	18736001	chr2L:18735613-18736001	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1044	0.0855	0.1367	0.0902	0.0594	0.082	0.0887	0.1306	0.0594	0.1087	0.2096	0.1087	0.1433	0.0704	0.1715	0.0704	0.1219
chr2L	18737321	18737637	chr2L:18737322-18737637	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1676	0.192	0.2023	0.1024	0.1601	0.2267	0.1687	0.2592	0.1601	0.2905	0.2338	0.2905	0.1534	0.2374	0.0825	0.2374	0.074
chr2L	18738534	18738685	chr2L:18738535-18738685	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0123	0.0188	0.0178	0.0011	0.0155	0.0151	0.0167	0.0011	0.0248	0.0228	0.0248	0.0132	0.026	0.0393	0.026	0.0125
chr2L	18750195	18750346	chr2L:18750196-18750346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0121	0.0088	0.014	0.0138	0.0032	0.0102	0.0138	0.008	0.0032	0.0145	0.0183	0.0145	0.0124	0.0138	0.0342	0.0138	0.0104
chr2L	18753426	18753577	chr2L:18753427-18753577	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0214	0.0169	0.0237	0.024	0.0085	0.015	0.0264	0.018	0.0085	0.0248	0.0232	0.0248	0.0341	0.0123	0.0445	0.0123	0.0198
chr2L	18766895	18767081	chr2L:18766896-18767081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0167	0.0113	0.016	0.0234	0.0053	0.0136	0.0151	0.01	0.0053	0.0115	0.0241	0.0115	0.0077	0.0306	0.058	0.0306	0.0115
chr2L	18767384	18767644	chr2L:18767385-18767644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0166	0.0152	0.0195	0.0095	0.0175	0.0242	0.0153	0.0095	0.0181	0.0174	0.0181	0.0108	0.0352	0.0322	0.0352	0.0135
chr2L	18768050	18768201	chr2L:18768051-18768201	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0083	0.0128	0.0173	0.0064	0.0087	0.0134	0.0067	0.0064	0.0109	0.0154	0.0109	0.0155	0.0138	0.0445	0.0138	0.0115
chr2L	18768720	18768871	chr2L:18768721-18768871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.008	0.0082	0.0113	0.0021	0.0083	0.0125	0.008	0.0021	0.0085	0.0096	0.0085	0.0077	0.0031	0.0355	0.0031	0.0063
chr2L	18771729	18771926	chr2L:18771730-18771926	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0258	0.0381	0.0225	0.0156	0.0223	0.0447	0.0428	0.046	0.0223	0.0217	0.0235	0.0217	0.0155	0.0061	0.0213	0.0061	0.0115
chr2L	18771931	18772082	chr2L:18771932-18772082	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0259	0.0226	0.0194	0.0159	0.0345	0.0281	0.0306	0.0159	0.0181	0.0244	0.0181	0.0139	0.0061	0.0206	0.0061	0.0146
chr2L	18772490	18772654	chr2L:18772491-18772654	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0219	0.0313	0.0256	0.0138	0.0248	0.0242	0.0286	0.0138	0.0169	0.019	0.0169	0.0124	0.0054	0.0168	0.0054	0.0198
chr2L	18774152	18774303	chr2L:18774153-18774303	FBgn0264348	CR43804	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0148	0.0234	0.0173	0.0042	0.0204	0.0186	0.016	0.0042	0.0193	0.0309	0.0193	0.0178	0.0161	0.0309	0.0161	0.0162
chr2L	18775344	18775835	chr2L:18775345-18775835	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0595	0.0537	0.0882	0.0344	0.0201	0.0723	0.0657	0.0553	0.0201	0.0725	0.0621	0.0725	0.0403	0.0237	0.0226	0.0237	0.0276
chr2L	18776431	18776589	chr2L:18776432-18776589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.042	0.0436	0.0519	0.0294	0.018	0.0461	0.0567	0.054	0.018	0.0507	0.055	0.0507	0.0372	0.0283	0.0232	0.0283	0.0318
chr2L	18776685	18776869	chr2L:18776686-18776869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0856	0.0759	0.1028	0.0774	0.0297	0.0888	0.0939	0.0939	0.0297	0.1153	0.1132	0.1153	0.0899	0.0812	0.0761	0.0812	0.0943
chr2L	18776985	18777189	chr2L:18776986-18777189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0406	0.0381	0.0458	0.0376	0.0201	0.0447	0.0471	0.0453	0.0201	0.0489	0.0489	0.0489	0.0511	0.0352	0.0342	0.0352	0.0573
chr2L	18777523	18777718	chr2L:18777524-18777718	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0481	0.0553	0.0376	0.0223	0.0583	0.0554	0.06	0.0223	0.0713	0.0466	0.0713	0.0488	0.0383	0.029	0.0383	0.0433
chr2L	18778537	18778688	chr2L:18778538-18778688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0292	0.0528	0.0251	0.0071	0.0297	0.0461	0.067	0.074	0.0297	0.0242	0.0248	0.0242	0.017	0.0031	0.0045	0.0031	0.013
chr2L	18778746	18779002	chr2L:18778747-18779002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0418	0.077	0.0367	0.0079	0.0562	0.0524	0.1038	0.1133	0.0562	0.0272	0.0367	0.0272	0.0194	0.0046	0.0052	0.0046	0.0094
chr2L	18779055	18779206	chr2L:18779056-18779206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0238	0.0389	0.0249	0.0058	0.0265	0.032	0.058	0.0426	0.0265	0.0133	0.0209	0.0133	0.0178	0.0038	0.0019	0.0038	0.0078
chr2L	18781131	18781377	chr2L:18781132-18781377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0651	0.0334	0.0188	0.0308	0.083	0.058	0.0979	0.0308	0.0344	0.0302	0.0344	0.055	0.0107	0.0077	0.0107	0.036
chr2L	18782539	18782773	chr2L:18782540-18782773	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1142	0.1306	0.1372	0.0707	0.0764	0.1621	0.099	0.2039	0.0764	0.1884	0.1305	0.1884	0.0767	0.0582	0.02	0.0582	0.0709
chr2L	18782862	18783118	chr2L:18782863-18783118	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2211	0.2564	0.2654	0.1331	0.1813	0.3087	0.2202	0.3791	0.1813	0.4046	0.2669	0.4046	0.0968	0.1172	0.0683	0.1172	0.0959
chr2L	18783137	18783619	chr2L:18783138-18783619	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2243	0.2602	0.2546	0.151	0.1782	0.335	0.2176	0.3638	0.1782	0.4016	0.2576	0.4016	0.0806	0.2175	0.0799	0.2175	0.0849
chr2L	18783828	18783979	chr2L:18783829-18783979	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0412	0.0398	0.0431	0.0405	0.0297	0.033	0.0506	0.0566	0.0297	0.0411	0.0559	0.0411	0.0248	0.036	0.0206	0.036	0.0271
chr2L	18785119	18785270	chr2L:18785120-18785270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0331	0.0244	0.0516	0.0223	0.0117	0.0354	0.0277	0.02	0.0117	0.0568	0.0386	0.0568	0.0356	0.0084	0.009	0.0084	0.025
chr2L	18787595	18787768	chr2L:18787596-18787768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0285	0.0181	0.0291	0.0394	0.0053	0.0316	0.0169	0.0187	0.0053	0.032	0.0222	0.032	0.0635	0.0406	0.0058	0.0406	0.0985
chr2L	18788401	18788636	chr2L:18788402-18788636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0312	0.0208	0.0349	0.0387	0.0095	0.0257	0.029	0.016	0.0095	0.0242	0.0302	0.0242	0.0751	0.0092	0.0174	0.0092	0.099
chr2L	18788838	18789013	chr2L:18788839-18789013	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0155	0.0234	0.0272	0.0074	0.0184	0.0212	0.0153	0.0074	0.0211	0.0141	0.0211	0.0534	0.0092	0.0135	0.0092	0.0677
chr2L	18789167	18789318	chr2L:18789168-18789318	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0125	0.0169	0.024	0.0074	0.015	0.0182	0.0113	0.0074	0.0157	0.0122	0.0157	0.0411	0.0199	0.0097	0.0199	0.0563
chr2L	18789861	18790121	chr2L:18789862-18790121	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0204	0.0367	0.0267	0.0074	0.0243	0.0255	0.022	0.0074	0.0314	0.0312	0.0314	0.0767	0.0199	0.0161	0.0199	0.0589
chr2L	18794021	18794172	chr2L:18794022-18794172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0064	0.009	0.0246	0.0011	0.0078	0.0082	0.008	0.0011	0.0103	0.0087	0.0103	0.0077	0.0077	0.0045	0.0077	0.0182
chr2L	18794390	18794541	chr2L:18794391-18794541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.009	0.0221	0.0267	0	0.0083	0.0151	0.0087	0	0.0332	0.0222	0.0332	0.0279	0.0352	0.0135	0.0352	0.0433
chr2L	18795984	18796294	chr2L:18795985-18796294	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1076	0.0309	0.0906	0.2119	0.0074	0.0578	0.0277	0.0326	0.0074	0.0972	0.0723	0.0972	0.1534	0.2144	0.1528	0.2144	0.2955
chr2L	18796485	18796732	chr2L:18796486-18796732	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0501	0.0212	0.041	0.0925	0.0064	0.0306	0.0251	0.0233	0.0064	0.0405	0.0395	0.0405	0.0682	0.108	0.0754	0.108	0.1329
chr2L	18799762	18800007	chr2L:18799763-18800007	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0393	0.0368	0.0461	0.0347	0.0159	0.0655	0.0298	0.0353	0.0159	0.0942	0.026	0.0942	0.072	0.0459	0.0148	0.0459	0.0709
chr2L	18800021	18800172	chr2L:18800022-18800172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0233	0.0171	0.0313	0.0216	0.0085	0.0272	0.019	0.0127	0.0085	0.0562	0.018	0.0562	0.0589	0.0291	0.0116	0.0291	0.0422
chr2L	18801168	18801319	chr2L:18801169-18801319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.0181	0.0203	0.0143	0.0085	0.0262	0.0182	0.02	0.0085	0.0368	0.0193	0.0368	0.0062	0.0069	0.0045	0.0069	0.0036
chr2L	18801451	18801602	chr2L:18801452-18801602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0221	0.0289	0.0253	0.0111	0.0106	0.049	0.0242	0.034	0.0106	0.0531	0.0193	0.0531	0.0124	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chr2L	18801776	18802016	chr2L:18801777-18802016	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0628	0.0887	0.0688	0.0273	0.0255	0.1451	0.0727	0.1059	0.0255	0.1171	0.0527	0.1171	0.0519	0.0199	0.02	0.0199	0.0307
chr2L	18802650	18802959	chr2L:18802651-18802959	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0563	0.0703	0.0549	0.0422	0.0297	0.0908	0.0817	0.0779	0.0297	0.0785	0.0437	0.0785	0.0821	0.0207	0.02	0.0207	0.0933
chr2L	18803318	18803518	chr2L:18803319-18803518	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0421	0.035	0.064	0.0262	0.0106	0.0718	0.0277	0.026	0.0106	0.163	0.0495	0.163	0.0325	0.0253	0.0264	0.0253	0.0386
chr2L	18803631	18803782	chr2L:18803632-18803782	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0288	0.0201	0.0473	0.0182	0.0021	0.0335	0.0264	0.0133	0.0021	0.096	0.0514	0.096	0.0232	0.0115	0.0258	0.0115	0.0245
chr2L	18804231	18804382	chr2L:18804232-18804382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0173	0.0293	0.0142	0.0021	0.0243	0.026	0.012	0.0021	0.0441	0.0312	0.0441	0.0232	0.0138	0.0148	0.0138	0.0099
chr2L	18804533	18804684	chr2L:18804534-18804684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0196	0.0188	0.0293	0.0097	0.0064	0.0214	0.0229	0.0187	0.0064	0.0441	0.0379	0.0441	0.0101	0.0084	0.0103	0.0084	0.0083
chr2L	18805942	18806093	chr2L:18805943-18806093	FBgn0264365	CR43817	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0193	0.0176	0.0155	0.0042	0.0223	0.0234	0.024	0.0042	0.0187	0.0122	0.0187	0.0147	0.0077	0.0058	0.0077	0.0167
chr2L	18806141	18806292	chr2L:18806142-18806292	FBgn0264365	CR43817	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.015	0.015	0.0245	0.0064	0.0189	0.019	0.0167	0.0064	0.0121	0.0093	0.0121	0.0155	0.0061	0.009	0.0061	0.0167
chr2L	18808310	18808461	chr2L:18808311-18808461	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0203	0.0253	0.0202	0.0149	0.0085	0.0451	0.0208	0.0273	0.0085	0.0248	0.0183	0.0248	0.0178	0.0115	0.0039	0.0115	0.0229
chr2L	18808515	18808666	chr2L:18808516-18808666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.029	0.0197	0.0157	0.0085	0.0432	0.0247	0.04	0.0085	0.0217	0.0129	0.0217	0.0279	0.0084	0.0058	0.0084	0.0255
chr2L	18808816	18809067	chr2L:18808817-18809067	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.046	0.0839	0.0287	0.0226	0.0223	0.1102	0.0446	0.1706	0.0223	0.0453	0.0215	0.0453	0.0217	0.0038	0.0064	0.0038	0.0203
chr2L	18809440	18809754	chr2L:18809441-18809754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0367	0.0378	0.0335	0.039	0.0085	0.0451	0.0329	0.062	0.0085	0.0248	0.0273	0.0248	0.0139	0.0069	0.0045	0.0069	0.0125
chr2L	18815115	18815310	chr2L:18815116-18815310	distal	distal	none	none	VT9629.1	VT9629.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0116	0.0253	0.0315	0.0053	0.0155	0.0134	0.0133	0.0053	0.0272	0.0125	0.0272	0.0093	0.0031	0.0019	0.0031	0.0099
chr2L	18815510	18815694	chr2L:18815511-18815694	distal	distal	stage14	stage14	VT9629.1	VT9629.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0149	0.0126	0.0157	0.0166	0.0032	0.0204	0.0121	0.0147	0.0032	0.0085	0.0116	0.0085	0.0062	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2L	18816376	18816544	chr2L:18816377-18816544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0135	0.0161	0.0164	0.0064	0.0131	0.0203	0.0127	0.0064	0.0115	0.0132	0.0115	0.0085	0.0107	0.0071	0.0107	0.0068
chr2L	18817324	18817475	chr2L:18817325-18817475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0097	0.0089	0.0117	0.0032	0.0092	0.0169	0.0087	0.0032	0.0072	0.0035	0.0072	0.007	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chr2L	18817987	18818204	chr2L:18817988-18818204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0278	0.0272	0.0205	0.0233	0.0252	0.0385	0.0266	0.0233	0.0211	0.0235	0.0211	0.0163	0.0145	0.011	0.0145	0.0198
chr2L	18818276	18818438	chr2L:18818277-18818438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0298	0.0289	0.036	0.0241	0.0159	0.0325	0.0355	0.034	0.0159	0.0447	0.0334	0.0447	0.0372	0.0253	0.0251	0.0253	0.0328
chr2L	18818522	18818692	chr2L:18818523-18818692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0403	0.0442	0.0359	0.0286	0.0442	0.0458	0.0473	0.0286	0.0568	0.0453	0.0568	0.0488	0.0482	0.0432	0.0482	0.05
chr2L	18820942	18821210	chr2L:18820943-18821210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.016	0.0256	0.0285	0.0064	0.0189	0.0229	0.0153	0.0064	0.0266	0.0206	0.0266	0.0558	0.01	0.0258	0.01	0.0703
chr2L	18821339	18821490	chr2L:18821340-18821490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0087	0.0131	0.0162	0.0042	0.0126	0.0112	0.0053	0.0042	0.0121	0.0113	0.0121	0.0325	0.0038	0.0103	0.0038	0.0412
chr2L	18822378	18822572	chr2L:18822379-18822572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0132	0.0164	0.0309	0.0032	0.0155	0.0199	0.012	0.0032	0.0145	0.0154	0.0145	0.0356	0.0145	0.0374	0.0145	0.0625
chr2L	18822646	18822797	chr2L:18822647-18822797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0131	0.0131	0.0304	0.0053	0.018	0.0199	0.0053	0.0053	0.0151	0.0125	0.0151	0.0263	0.0214	0.0342	0.0214	0.0604
chr2L	18822953	18823148	chr2L:18822954-18823148	FBgn0032713	CG17323	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0321	0.0201	0.0315	0.0462	0.0095	0.0306	0.0247	0.0127	0.0095	0.026	0.0277	0.026	0.0767	0.0299	0.0419	0.0299	0.1027
chr2L	18823460	18823707	chr2L:18823461-18823707	FBgn0032713	CG17323	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0477	0.034	0.0365	0.0752	0.0265	0.0388	0.0428	0.0353	0.0265	0.0278	0.0379	0.0278	0.0798	0.0559	0.1025	0.0559	0.1271
chr2L	18830576	18830783	chr2L:18830577-18830783	FBgn0015808,FBgn0032715	CG17597,ScpX	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.145	0.1282	0.173	0.1331	0.0912	0.1451	0.1445	0.1566	0.0912	0.1999	0.1942	0.1999	0.196	0.1409	0.1418	0.1409	0.1772
chr2L	18830815	18831010	chr2L:18830816-18831010	FBgn0015808,FBgn0032715	CG17597,ScpX	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1764	0.1458	0.2142	0.1691	0.1029	0.167	0.157	0.1832	0.1029	0.2657	0.2415	0.2657	0.2153	0.1907	0.1689	0.1907	0.2183
chr2L	18831091	18831278	chr2L:18831092-18831278	FBgn0015808,FBgn0032715	CG17597,ScpX	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1837	0.1507	0.2206	0.1801	0.1082	0.1835	0.1505	0.1985	0.1082	0.2687	0.2495	0.2687	0.2169	0.1861	0.1838	0.1861	0.2371
chr2L	18838991	18839236	chr2L:18838992-18839236	FBgn0032717	CG10600	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1113	0.1735	0.0918	0.0634	0.1909	0.1354	0.2106	0.2152	0.1909	0.1027	0.0974	0.1027	0.1092	0.0842	0.0671	0.0842	0.0881
chr2L	18839313	18839511	chr2L:18839314-18839511	FBgn0032717	CG10600	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1592	0.1517	0.1871	0.1372	0.1103	0.1825	0.1574	0.1892	0.1103	0.2204	0.1932	0.2204	0.213	0.1539	0.1515	0.1539	0.174
chr2L	18839613	18839819	chr2L:18839614-18839819	FBgn0032717	CG10600	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2207	0.1907	0.2692	0.2011	0.1421	0.2466	0.1916	0.2232	0.1421	0.3213	0.2932	0.3213	0.2657	0.2037	0.2173	0.2037	0.2397
chr2L	18843756	18844033	chr2L:18843757-18844033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.025	0.0315	0.0224	0.0042	0.0248	0.035	0.0326	0.0042	0.0187	0.0296	0.0187	0.0728	0.0084	0.0135	0.0084	0.0563
chr2L	18844472	18844623	chr2L:18844473-18844623	FBgn0053120	CG33120	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.0163	0.018	0.0196	0.0085	0.017	0.0199	0.0193	0.0085	0.0127	0.018	0.0127	0.0349	0.0138	0.0084	0.0138	0.0433
chr2L	18845044	18845274	chr2L:18845045-18845274	FBgn0032719,FBgn0053120	CG17321,CG33120	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0424	0.0226	0.0447	0.062	0.0095	0.0286	0.0285	0.024	0.0095	0.0362	0.0463	0.0362	0.0744	0.0375	0.0335	0.0375	0.0495
chr2L	18845681	18845832	chr2L:18845682-18845832	FBgn0032719	CG17321	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0137	0.0094	0.0182	0.0064	0.0126	0.0199	0.016	0.0064	0.0079	0.009	0.0079	0.0124	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chr2L	18845972	18846126	chr2L:18845973-18846126	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.032	0.0228	0.0237	0.0201	0.0233	0.0471	0.0393	0.0201	0.029	0.0209	0.029	0.0225	0.0084	0.0052	0.0084	0.012
chr2L	18846215	18846390	chr2L:18846216-18846390	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0322	0.0363	0.0251	0.0355	0.0265	0.0272	0.0554	0.0413	0.0265	0.038	0.018	0.038	0.0201	0.0038	0.0077	0.0038	0.0109
chr2L	18846563	18846714	chr2L:18846564-18846714	distal	distal	none	none	VT9650.1	VT9650.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0153	0.0121	0.0182	0.0095	0.0092	0.0251	0.0187	0.0095	0.0127	0.0109	0.0127	0.0155	0.0061	0.0064	0.0061	0.0057
chr2L	18846891	18847074	chr2L:18846892-18847074	distal	distal	stage14	stage14	VT9650.1	VT9650.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0145	0.0142	0.0404	0.0021	0.0165	0.0216	0.018	0.0021	0.0133	0.0119	0.0133	0.0085	0.01	0.0064	0.01	0.0109
chr2L	18857419	18857570	chr2L:18857420-18857570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0241	0.0218	0.0228	0.028	0.0148	0.0165	0.0307	0.0286	0.0148	0.0254	0.0248	0.0254	0.0333	0.0237	0.0245	0.0237	0.0495
chr2L	18857598	18857971	chr2L:18857599-18857971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0534	0.0459	0.0458	0.07	0.0318	0.0461	0.048	0.0673	0.0318	0.0513	0.0447	0.0513	0.0674	0.0881	0.0554	0.0881	0.1047
chr2L	18858158	18858309	chr2L:18858159-18858309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0218	0.0254	0.0253	0.0117	0.0175	0.0342	0.022	0.0117	0.0302	0.0241	0.0302	0.0287	0.0337	0.0277	0.0337	0.0297
chr2L	18858811	18859085	chr2L:18858812-18859085	FBgn0032720,FBgn0032721	CG10602,mRpL13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0887	0.0829	0.1008	0.0819	0.0509	0.0898	0.1025	0.0959	0.0509	0.1111	0.1106	0.1111	0.1123	0.0896	0.0858	0.0896	0.1053
chr2L	18859211	18859412	chr2L:18859212-18859412	FBgn0032720,FBgn0032721	CG10602,mRpL13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1802	0.1719	0.2011	0.1666	0.1294	0.1816	0.2067	0.2005	0.1294	0.2373	0.2141	0.2373	0.2006	0.1723	0.1838	0.1723	0.1959
chr2L	18865154	18865525	chr2L:18865155-18865525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0381	0.0374	0.0524	0.0233	0.018	0.0364	0.0433	0.058	0.018	0.0501	0.0756	0.0501	0.0372	0.0207	0.0419	0.0207	0.0162
chr2L	18866590	18866892	chr2L:18866591-18866892	FBgn0263568	mir-4946	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0394	0.0335	0.0497	0.0347	0.017	0.0422	0.032	0.05	0.017	0.0743	0.0457	0.0743	0.038	0.0881	0.0271	0.0881	0.0162
chr2L	18867517	18867774	chr2L:18867518-18867774	FBgn0263568	mir-4946	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0431	0.0422	0.0549	0.0312	0.0148	0.0481	0.035	0.0779	0.0148	0.0713	0.0704	0.0713	0.0271	0.0245	0.0303	0.0245	0.0229
chr2L	18867890	18868070	chr2L:18867891-18868070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.034	0.0373	0.0437	0.0148	0.0364	0.0324	0.0553	0.0148	0.0374	0.045	0.0374	0.0194	0.0276	0.0181	0.0276	0.0109
chr2L	18869170	18869321	chr2L:18869171-18869321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0282	0.0284	0.0414	0.0135	0.0106	0.0311	0.0342	0.0353	0.0106	0.0441	0.0608	0.0441	0.0263	0.0138	0.0174	0.0138	0.0141
chr2L	18870067	18870420	chr2L:18870068-18870420	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0682	0.0887	0.0916	0.0196	0.0573	0.0684	0.1034	0.1466	0.0573	0.0441	0.1846	0.0441	0.0248	0.013	0.0438	0.013	0.0099
chr2L	18871319	18871510	chr2L:18871320-18871510	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0414	0.0355	0.058	0.0298	0.018	0.05	0.0363	0.042	0.018	0.0507	0.0984	0.0507	0.0232	0.0176	0.0812	0.0176	0.0167
chr2L	18871559	18871771	chr2L:18871560-18871771	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0546	0.0452	0.0826	0.0344	0.018	0.0612	0.0428	0.0626	0.018	0.0737	0.1473	0.0737	0.0194	0.0207	0.0974	0.0207	0.0177
chr2L	18872131	18872286	chr2L:18872132-18872286	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0381	0.026	0.0651	0.022	0.0085	0.0398	0.0169	0.0453	0.0085	0.0405	0.1241	0.0405	0.0217	0.0092	0.0709	0.0092	0.0104
chr2L	18875067	18875584	chr2L:18875068-18875584	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT9666.1,tup	VT9666.1,tup	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1455	0.2348	0.144	0.0472	0.1813	0.2155	0.2729	0.3171	0.1813	0.1467	0.2469	0.1467	0.0387	0.0299	0.1309	0.0299	0.0193
chr2L	18876053	18876246	chr2L:18876054-18876246	distal	distal	none	none	VT9666.1,VT9667.1	VT9666.1,VT9667.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0349	0.035	0.0504	0.0177	0.017	0.0359	0.0337	0.058	0.017	0.0628	0.0714	0.0628	0.0279	0.0107	0.0387	0.0107	0.0078
chr2L	18877243	18877394	chr2L:18877244-18877394	distal	distal	none	none	VT9667.1	VT9667.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0551	0.0305	0.0113	0.0339	0.0364	0.0766	0.0799	0.0339	0.0248	0.0389	0.0248	0.0248	0.0077	0.0116	0.0077	0.0109
chr2L	18880630	18880781	chr2L:18880631-18880781	FBgn0003896	tup	stage5	none	VT9669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.05	0.0662	0.0622	0.0185	0.0562	0.0529	0.0761	0.1106	0.0562	0.0676	0.0804	0.0676	0.0387	0.0138	0.0187	0.0138	0.0172
chr2L	18881220	18881481	chr2L:18881221-18881481	FBgn0003896	tup	stage11,stage14,stage5	none	VT9669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3	0.2803	0.3732	0.2416	0.2333	0.3583	0.2548	0.3518	0.2333	0.4444	0.4344	0.4444	0.3029	0.2534	0.3063	0.2534	0.2105
chr2L	18881557	18881708	chr2L:18881558-18881708	FBgn0003896	tup	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1627	0.1073	0.2258	0.1553	0.0509	0.1544	0.0744	0.1632	0.0509	0.2814	0.263	0.2814	0.1983	0.1891	0.176	0.1891	0.123
chr2L	18881895	18882046	chr2L:18881896-18882046	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.016	0.0421	0.0277	0.0074	0.0218	0.0182	0.018	0.0074	0.0562	0.0447	0.0562	0.0333	0.0383	0.0277	0.0383	0.0162
chr2L	18882842	18883006	chr2L:18882843-18883006	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0512	0.0417	0.0619	0.05	0.0201	0.0451	0.0467	0.058	0.0201	0.0694	0.0576	0.0694	0.0426	0.0214	0.0264	0.0214	0.0261
chr2L	18887054	18887238	chr2L:18887055-18887238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0318	0.0212	0.0306	0.0159	0.0257	0.0463	0.042	0.0159	0.0223	0.0193	0.0223	0.0186	0.0176	0.0181	0.0176	0.0089
chr2L	18887252	18887403	chr2L:18887253-18887403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.026	0.016	0.0136	0.0148	0.0204	0.0424	0.026	0.0148	0.0133	0.019	0.0133	0.0116	0.0054	0.0064	0.0054	0.0078
chr2L	18887875	18888026	chr2L:18887876-18888026	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0204	0.0223	0.0209	0.0178	0.0106	0.0209	0.0311	0.0286	0.0106	0.0121	0.0334	0.0121	0.0124	0.0084	0.0123	0.0084	0.0089
chr2L	18889034	18889190	chr2L:18889035-18889190	distal	distal	none	none	VT9674.1	VT9674.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0182	0.0293	0.0196	0.0064	0.0204	0.0234	0.0207	0.0064	0.0314	0.0193	0.0314	0.0178	0.0153	0.0135	0.0153	0.0073
chr2L	18890087	18890238	chr2L:18890088-18890238	distal	distal	stage11	stage11	VT9674.1,VT9675.1	VT9674.1,VT9675.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0262	0.0368	0.0149	0.0148	0.0262	0.0303	0.0373	0.0148	0.0266	0.0611	0.0266	0.0248	0.013	0.0271	0.013	0.0146
chr2L	18890346	18890546	chr2L:18890347-18890546	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT9674.1,VT9675.1	VT9674.1,VT9675.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.058	0.0571	0.0815	0.0333	0.0308	0.0563	0.0562	0.0906	0.0308	0.0568	0.1331	0.0568	0.0589	0.0237	0.0793	0.0237	0.0266
chr2L	18890602	18891075	chr2L:18890603-18891075	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT9675.1	VT9675.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0677	0.0479	0.1024	0.0518	0.0191	0.0597	0.0463	0.0646	0.0191	0.0839	0.1627	0.0839	0.0705	0.0368	0.0967	0.0368	0.062
chr2L	18891106	18891257	chr2L:18891107-18891257	distal	distal	stage11	stage11	VT9675.1	VT9675.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0233	0.016	0.0326	0.0212	0.0074	0.0223	0.0151	0.0213	0.0074	0.029	0.0495	0.029	0.0217	0.0214	0.0271	0.0214	0.0224
chr2L	18891731	18891913	chr2L:18891732-18891913	distal	distal	stage14	stage14	VT9675.1,VT9676.1	VT9675.1,VT9676.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0378	0.0211	0.0491	0.0441	0.0085	0.0286	0.0268	0.0193	0.0085	0.0302	0.0289	0.0302	0.017	0.0107	0.0155	0.0107	0.0125
chr2L	18891945	18892096	chr2L:18891946-18892096	distal	distal	stage14	stage14	VT9675.1,VT9676.1	VT9675.1,VT9676.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0275	0.0156	0.035	0.0326	0.0074	0.0214	0.0212	0.01	0.0074	0.029	0.0174	0.029	0.0147	0.0084	0.009	0.0084	0.0104
chr2L	18892725	18892876	chr2L:18892726-18892876	distal	distal	none	none	VT9676.1	VT9676.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.026	0.0283	0.0392	0.0091	0.0117	0.0471	0.0242	0.0313	0.0117	0.0827	0.0341	0.0827	0.0124	0.0145	0.0052	0.0145	0.0052
chr2L	18893038	18893189	chr2L:18893039-18893189	distal	distal	none	none	VT9676.1	VT9676.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0226	0.0459	0.0162	0.0095	0.0364	0.0199	0.0266	0.0095	0.1081	0.028	0.1081	0.0287	0.0222	0.0142	0.0222	0.0146
chr2L	18894779	18895126	chr2L:18894780-18895126	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT9677.1	VT9677.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0652	0.1009	0.0678	0.0223	0.0933	0.0665	0.1285	0.1386	0.0933	0.0525	0.091	0.0525	0.0643	0.0153	0.0368	0.0153	0.0276
chr2L	18895336	18895681	chr2L:18895337-18895681	distal	distal	stage5	stage5	VT9677.1	VT9677.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.198	0.0736	0.0201	0.193	0.1087	0.2842	0.2525	0.193	0.055	0.1135	0.055	0.0225	0.0184	0.0258	0.0184	0.0193
chr2L	18896410	18896561	chr2L:18896411-18896561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0122	0.0085	0.0139	0.0011	0.0136	0.0125	0.02	0.0011	0.0079	0.0071	0.0079	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0047
chr2L	18896596	18896747	chr2L:18896597-18896747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0082	0.0066	0.0159	0.0032	0.0117	0.0104	0.0087	0.0032	0.0054	0.0061	0.0054	0.0039	8e-04	0.0058	8e-04	0.0052
chr2L	18897227	18897415	chr2L:18897228-18897415	distal	distal	stage14	stage14	VT9679.1	VT9679.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0347	0.0246	0.039	0.0414	0.0117	0.0262	0.0311	0.0293	0.0117	0.0519	0.0386	0.0519	0.0225	0.0214	0.0142	0.0214	0.0162
chr2L	18897780	18898358	chr2L:18897781-18898358	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT9679.1	VT9679.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0878	0.0877	0.11	0.0636	0.0604	0.0723	0.1129	0.1252	0.0604	0.0791	0.1833	0.0791	0.0651	0.0544	0.1057	0.0544	0.0563
chr2L	18898748	18898927	chr2L:18898749-18898927	distal	distal	none	none	VT9679.1,VT9680.1	VT9679.1,VT9680.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0211	0.0456	0.023	0.0021	0.0248	0.0277	0.0273	0.0021	0.0368	0.0736	0.0368	0.0248	0.0268	0.0503	0.0268	0.0172
chr2L	18898978	18899419	chr2L:18898979-18899419	distal	distal	none	none	VT9679.1,VT9680.1	VT9679.1,VT9680.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0487	0.026	0.0698	0.0508	0.0074	0.032	0.029	0.038	0.0074	0.1159	0.0849	0.1159	0.0418	0.1325	0.0606	0.1325	0.0292
chr2L	18899637	18899903	chr2L:18899638-18899903	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT9680.1	VT9680.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0608	0.0282	0.0766	0.0798	0.0085	0.0413	0.0346	0.0286	0.0085	0.2089	0.0592	0.2089	0.0333	0.2749	0.0548	0.2749	0.0453
chr2L	18900123	18900274	chr2L:18900124-18900274	distal	distal	none	none	VT9680.1	VT9680.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0245	0.0201	0.0317	0.0216	0.0064	0.0267	0.026	0.022	0.0064	0.0773	0.0244	0.0773	0.0194	0.0658	0.0148	0.0658	0.0151
chr2L	18906496	18906733	chr2L:18906497-18906733	distal	distal	none	none	VT9684.1	VT9684.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0241	0.0143	0.0286	0.0302	0	0.0228	0.0221	0.008	0	0.0857	0.0145	0.0857	0.0209	0.0628	0.0213	0.0628	0.038
chr2L	18906902	18907075	chr2L:18906903-18907075	distal	distal	none	none	VT9684.1	VT9684.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0207	0.0135	0.0274	0.0216	0.0021	0.0218	0.0134	0.0147	0.0021	0.0743	0.0212	0.0743	0.0085	0.0505	0.0181	0.0505	0.0245
chr2L	18907337	18907510	chr2L:18907338-18907510	distal	distal	none	none	VT9684.1	VT9684.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0153	0.0103	0.0217	0.0139	0.0042	0.0102	0.0156	0.0127	0.0042	0.0459	0.0193	0.0459	0.0124	0.0329	0.0123	0.0329	0.0094
chr2L	18912130	18912298	chr2L:18912131-18912298	distal	distal	none	none	VT9687.1	VT9687.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0148	0.0317	0.0174	0.0032	0.015	0.0234	0.0147	0.0032	0.0296	0.0228	0.0296	0.0829	0.0107	0.0161	0.0107	0.0354
chr2L	18912926	18913104	chr2L:18912927-18913104	distal	distal	none	none	VT9687.1,VT9688.1	VT9687.1,VT9688.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0253	0.0152	0.0353	0.0256	0.0095	0.0214	0.0177	0.0147	0.0095	0.032	0.035	0.032	0.0697	0.0245	0.0297	0.0245	0.036
chr2L	18913589	18913740	chr2L:18913590-18913740	distal	distal	stage14	stage14	VT9688.1	VT9688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0156	0.0164	0.0103	0.0074	0.0121	0.019	0.0253	0.0074	0.0109	0.0161	0.0109	0.0163	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr2L	18913787	18913938	chr2L:18913788-18913938	distal	distal	none	none	VT9688.1	VT9688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0177	0.016	0.0132	0.0064	0.0184	0.0208	0.0227	0.0064	0.0145	0.0138	0.0145	0.0155	0.0023	0.0123	0.0023	0.0057
chr2L	18914668	18914857	chr2L:18914669-18914857	distal	distal	none	none	VT9688.1,VT9689.1	VT9688.1,VT9689.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0176	0.0256	0.0167	0.0074	0.0214	0.0177	0.0253	0.0074	0.0302	0.0251	0.0302	0.0163	0.0107	0.0116	0.0107	0.0156
chr2L	18914942	18915093	chr2L:18914943-18915093	distal	distal	none	none	VT9688.1,VT9689.1	VT9688.1,VT9689.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0143	0.0212	0.0113	0.0053	0.0146	0.0164	0.0213	0.0053	0.0296	0.0193	0.0296	0.0178	0.0084	0.0058	0.0084	0.0073
chr2L	18915829	18915980	chr2L:18915830-18915980	distal	distal	none	none	VT9689.1	VT9689.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0138	0.0147	0.0193	0.0067	0.0064	0.0146	0.0182	0.022	0.0064	0.0236	0.0254	0.0236	0.0031	0.0031	0.0064	0.0031	0.0031
chr2L	18917354	18917505	chr2L:18917355-18917505	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0186	0.0312	0.0165	0.0068	0.0064	0.0291	0.0255	0.062	0.0064	0.0151	0.0186	0.0151	0.0124	0.01	0.0058	0.01	0.0031
chr2L	18917528	18917679	chr2L:18917529-18917679	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0188	0.0343	0.014	0.0067	0.0085	0.0427	0.0264	0.0593	0.0085	0.0127	0.0148	0.0127	0.0186	0.0061	0.0045	0.0061	0.0042
chr2L	18917781	18917993	chr2L:18917782-18917993	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0274	0.0487	0.0198	0.012	0.018	0.0646	0.0407	0.0779	0.018	0.0175	0.0206	0.0175	0.0155	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr2L	18919830	18919981	chr2L:18919831-18919981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0157	0.0161	0.0221	0.0084	0.0053	0.0131	0.0186	0.0313	0.0053	0.0163	0.0354	0.0163	0.0178	0.0069	0.0129	0.0069	0.0083
chr2L	18920271	18920433	chr2L:18920272-18920433	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0227	0.0289	0.0301	0.0077	0.0064	0.0335	0.0251	0.0573	0.0064	0.0187	0.0486	0.0187	0.0178	0.0077	0.0077	0.0077	0.0047
chr2L	18920776	18920927	chr2L:18920777-18920927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0284	0.0315	0.0107	0.0106	0.034	0.0285	0.0413	0.0106	0.0284	0.0395	0.0284	0.0147	0.0084	0.0084	0.0084	0.0073
chr2L	18920998	18921381	chr2L:18920999-18921381	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0477	0.0496	0.0173	0.0148	0.0451	0.061	0.0713	0.0148	0.0417	0.0424	0.0417	0.0217	0.0084	0.0103	0.0084	0.0109
chr2L	18921506	18921657	chr2L:18921507-18921657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0238	0.0244	0.0114	0.017	0.0228	0.0247	0.0366	0.017	0.0199	0.0186	0.0199	0.0093	0.0023	0.0052	0.0023	0.0063
chr2L	18921816	18921967	chr2L:18921817-18921967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0162	0.0185	0.015	0.0138	0.0165	0.0173	0.0207	0.0138	0.0175	0.0129	0.0175	0.0062	0.0038	0.0052	0.0038	0.0026
chr2L	18922188	18922339	chr2L:18922189-18922339	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.016	0.0154	0.0205	0.0032	0.0184	0.0195	0.018	0.0032	0.0151	0.0113	0.0151	0.007	0.0084	0.0071	0.0084	0.0047
chr2L	18922444	18922595	chr2L:18922445-18922595	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0169	0.0137	0.0155	0.0053	0.0209	0.0234	0.0147	0.0053	0.0139	0.0113	0.0139	0.0062	0.0061	0.0032	0.0061	0.0026
chr2L	18924440	18924608	chr2L:18924441-18924608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0403	0.0521	0.0509	0.0156	0.0244	0.0655	0.0601	0.062	0.0244	0.0592	0.0466	0.0592	0.0225	0.0123	0.0161	0.0123	0.0099
chr2L	18924775	18925016	chr2L:18924776-18925016	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0707	0.0687	0.1081	0.0318	0.0233	0.1053	0.0536	0.0959	0.0233	0.1268	0.0842	0.1268	0.0364	0.0176	0.0148	0.0176	0.0115
chr2L	18925423	18925580	chr2L:18925424-18925580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0236	0.0313	0.024	0.0074	0.0311	0.026	0.032	0.0074	0.0242	0.027	0.0242	0.0163	0.0092	0.0181	0.0092	0.0162
chr2L	18926048	18926244	chr2L:18926049-18926244	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.051	0.0879	0.0462	0.0152	0.0297	0.117	0.0454	0.1732	0.0297	0.0362	0.054	0.0362	0.0139	0.0077	0.0077	0.0077	0.0052
chr2L	18928081	18928247	chr2L:18928082-18928247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0155	0.025	0.0181	0.0095	0.016	0.0251	0.0113	0.0095	0.0157	0.0151	0.0157	0.0085	0.0038	0.0129	0.0038	0.0063
chr2L	18928254	18928405	chr2L:18928255-18928405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0183	0.0158	0.022	0.017	0.0074	0.0184	0.0216	0.0167	0.0074	0.0248	0.0148	0.0248	0.0054	0.0084	0.009	0.0084	0.0083
chr2L	18928756	18928952	chr2L:18928757-18928952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0221	0.0191	0.0296	0.0173	0.0095	0.0199	0.0251	0.024	0.0095	0.0586	0.0235	0.0586	0.0209	0.0444	0.0135	0.0444	0.0099
chr2L	18929088	18929239	chr2L:18929089-18929239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0129	0.0103	0.018	0.01	0.0011	0.0136	0.0125	0.0133	0.0011	0.0399	0.0161	0.0399	0.0116	0.0207	0.0103	0.0207	0.0036
chr2L	18930529	18930767	chr2L:18930530-18930767	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0573	0.0484	0.0759	0.0469	0.0191	0.0864	0.0437	0.0466	0.0191	0.0634	0.0524	0.0634	0.0434	0.0161	0.0213	0.0161	0.0203
chr2L	18932026	18932223	chr2L:18932027-18932223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0273	0.0272	0.0402	0.0134	0.0064	0.0451	0.0251	0.0286	0.0064	0.0441	0.035	0.0441	0.0279	0.0123	0.0116	0.0123	0.0094
chr2L	18933746	18933910	chr2L:18933747-18933910	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0209	0.015	0.0242	0.024	0.0042	0.0218	0.0186	0.0147	0.0042	0.0133	0.0193	0.0133	0.0062	0.0084	0.0077	0.0084	0.0078
chr2L	18936203	18936389	chr2L:18936204-18936389	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1655	0.1267	0.2197	0.1494	0.0721	0.1558	0.1194	0.1812	0.0721	0.2832	0.2395	0.2832	0.2115	0.1531	0.1528	0.1531	0.1636
chr2L	18936961	18937173	chr2L:18936962-18937173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0215	0.0166	0.0298	0.018	0.0074	0.0204	0.0216	0.018	0.0074	0.0217	0.0379	0.0217	0.0341	0.0123	0.0316	0.0123	0.0172
chr2L	18943487	18943692	chr2L:18943488-18943692	FBgn0032723	ssp3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0743	0.0537	0.0803	0.0908	0.035	0.0709	0.0627	0.048	0.035	0.0851	0.0897	0.0851	0.093	0.0957	0.0993	0.0957	0.0943
chr2L	18943872	18944071	chr2L:18943873-18944071	FBgn0032723	ssp3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1701	0.1366	0.1999	0.1749	0.0933	0.1762	0.1384	0.1719	0.0933	0.2428	0.2186	0.2428	0.2099	0.1945	0.1721	0.1945	0.2116
chr2L	18944273	18944468	chr2L:18944274-18944468	FBgn0032723	ssp3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.217	0.1398	0.2803	0.2338	0.0583	0.2189	0.1146	0.1839	0.0583	0.3563	0.317	0.3563	0.2758	0.2443	0.2398	0.2443	0.2882
chr2L	18944618	18944944	chr2L:18944619-18944944	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.248	0.1547	0.3288	0.2636	0.0604	0.2592	0.1181	0.1919	0.0604	0.4287	0.3672	0.4287	0.3509	0.2779	0.2779	0.2779	0.3267
chr2L	18947547	18947753	chr2L:18947548-18947753	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2314	0.1421	0.3228	0.2307	0.0477	0.2398	0.0947	0.1939	0.0477	0.4324	0.3682	0.4324	0.316	0.3346	0.2444	0.3346	0.247
chr2L	18947882	18948033	chr2L:18947883-18948033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.0784	0.2124	0.1471	0.018	0.135	0.0597	0.0979	0.018	0.2808	0.2563	0.2808	0.2014	0.2565	0.1773	0.2565	0.1277
chr2L	18948408	18948559	chr2L:18948409-18948559	FBgn0032724	CG10428	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0756	0.0479	0.0895	0.0915	0.0255	0.067	0.0471	0.0586	0.0255	0.1401	0.101	0.1401	0.0705	0.1807	0.087	0.1807	0.0719
chr2L	18948770	18948937	chr2L:18948771-18948937	FBgn0032724	CG10428	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1224	0.0982	0.1519	0.1171	0.0498	0.1238	0.1042	0.1199	0.0498	0.1963	0.1743	0.1963	0.1549	0.1616	0.1315	0.1616	0.1308
chr2L	18951631	18951947	chr2L:18951632-18951947	FBgn0032725	Nedd8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1438	0.1388	0.1641	0.1271	0.1039	0.1515	0.1613	0.1732	0.1039	0.212	0.1691	0.212	0.1704	0.1386	0.1212	0.1386	0.1641
chr2L	18953667	18953818	chr2L:18953668-18953818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0211	0.0156	0.0226	0.0256	0.0095	0.0204	0.0199	0.012	0.0095	0.0163	0.0209	0.0163	0.0449	0.0161	0.0123	0.0161	0.0641
chr2L	18954387	18954656	chr2L:18954388-18954656	FBgn0032726	CG10621	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0425	0.026	0.0376	0.0664	0.0148	0.0325	0.0324	0.0273	0.0148	0.0296	0.0299	0.0296	0.0891	0.0199	0.0187	0.0199	0.1991
chr2L	18957142	18957741	chr2L:18957143-18957741	FBgn0032727	CG10623	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0634	0.0796	0.0549	0.0544	0.0647	0.0757	0.1047	0.0846	0.0647	0.058	0.0498	0.058	0.1092	0.0559	0.0413	0.0559	0.1053
chr2L	18968102	18968300	chr2L:18968103-18968300	FBgn0015772	Nak	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0601	0.0591	0.0746	0.0454	0.0286	0.0602	0.0792	0.0713	0.0286	0.0773	0.0785	0.0773	0.1022	0.0413	0.0355	0.0413	0.0709
chr2L	18968417	18968595	chr2L:18968418-18968595	FBgn0015772,FBgn0032728	Nak,Tango6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1063	0.0973	0.1341	0.0859	0.07	0.0995	0.1233	0.1193	0.07	0.1679	0.1466	0.1679	0.1193	0.085	0.0838	0.085	0.1084
chr2L	18968648	18968830	chr2L:18968649-18968830	FBgn0015772,FBgn0032728	Nak,Tango6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2005	0.1846	0.2453	0.1692	0.1495	0.1966	0.2137	0.2278	0.1495	0.2929	0.2723	0.2929	0.2486	0.1876	0.1786	0.1876	0.1975
chr2L	18968909	18969134	chr2L:18968910-18969134	FBgn0015772,FBgn0032728	Nak,Tango6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1614	0.1578	0.1912	0.1327	0.1209	0.167	0.1873	0.1965	0.1209	0.2301	0.2093	0.2301	0.1975	0.147	0.1399	0.147	0.1574
chr2L	18973975	18974194	chr2L:18973976-18974194	FBgn0032729	CG10639	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.075	0.0728	0.0775	0.0746	0.052	0.0786	0.0939	0.0726	0.052	0.0779	0.0749	0.0779	0.1146	0.0942	0.0438	0.0942	0.1334
chr2L	18974220	18974447	chr2L:18974221-18974447	FBgn0032729,FBgn0032730	CG10431,CG10639	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1273	0.1256	0.1296	0.1267	0.1092	0.1301	0.1514	0.1279	0.1092	0.1316	0.126	0.1316	0.1782	0.134	0.0948	0.134	0.1871
chr2L	18974569	18974744	chr2L:18974570-18974744	FBgn0032729,FBgn0032730	CG10431,CG10639	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1244	0.1267	0.1313	0.1141	0.0997	0.1369	0.1518	0.1399	0.0997	0.1479	0.1415	0.1479	0.1371	0.1164	0.0961	0.1164	0.1417
chr2L	18976901	18977104	chr2L:18976902-18977104	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0488	0.0717	0.0467	0.0256	0.0138	0.1189	0.0541	0.1019	0.0138	0.1171	0.0338	0.1171	0.0271	0.049	0.0193	0.049	0.0281
chr2L	18980689	18980902	chr2L:18980690-18980902	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0344	0.0289	0.0346	0.0401	0.0148	0.035	0.0333	0.034	0.0148	0.0731	0.0244	0.0731	0.0263	0.0858	0.0239	0.0858	0.0307
chr2L	18981433	18981788	chr2L:18981434-18981788	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG10641_intronicCRM	CG10641_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0632	0.0545	0.0782	0.0564	0.0233	0.0641	0.0718	0.06	0.0233	0.1184	0.0907	0.1184	0.0682	0.1095	0.0542	0.1095	0.0625
chr2L	18981841	18982302	chr2L:18981842-18982302	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG10641_intronicCRM	CG10641_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0935	0.0598	0.1129	0.1099	0.0212	0.0932	0.0649	0.0626	0.0212	0.2476	0.0695	0.2476	0.1394	0.2259	0.0387	0.2259	0.1767
chr2L	18982466	18982617	chr2L:18982467-18982617	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0259	0.0391	0.0355	0.0074	0.0403	0.0225	0.0313	0.0074	0.0707	0.0241	0.0707	0.0488	0.0482	0.011	0.0482	0.0636
chr2L	18983173	18983349	chr2L:18983174-18983349	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0311	0.0184	0.0297	0.0467	0.0021	0.0204	0.029	0.0167	0.0021	0.0399	0.019	0.0399	0.031	0.0276	0.0142	0.0276	0.0594
chr2L	18983646	18983856	chr2L:18983647-18983856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0269	0.0396	0.0382	0.0095	0.0301	0.0385	0.024	0.0095	0.0525	0.026	0.0525	0.0473	0.0199	0.011	0.0199	0.0505
chr2L	18986936	18987117	chr2L:18986937-18987117	FBgn0032731	CG10641	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0595	0.0596	0.0681	0.0499	0.0255	0.0689	0.0627	0.0806	0.0255	0.1069	0.0653	0.1069	0.0558	0.0544	0.0413	0.0544	0.0438
chr2L	18987212	18987375	chr2L:18987213-18987375	FBgn0032731,FBgn0032732	CG10641,CG15168	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1598	0.1367	0.1915	0.1507	0.1156	0.1621	0.1423	0.1612	0.1156	0.2536	0.2077	0.2536	0.2029	0.1799	0.1534	0.1799	0.1756
chr2L	18987601	18987793	chr2L:18987602-18987793	FBgn0032731,FBgn0032732	CG10641,CG15168	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0938	0.0606	0.1168	0.1057	0.0382	0.0816	0.0554	0.074	0.0382	0.1486	0.1193	0.1486	0.1464	0.1317	0.1077	0.1317	0.1292
chr2L	18987835	18988027	chr2L:18987836-18988027	FBgn0032732	CG15168	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.0461	0.0796	0.0606	0.0233	0.0568	0.0502	0.0566	0.0233	0.1039	0.0833	0.1039	0.0953	0.0727	0.058	0.0727	0.0813
chr2L	18989977	18990260	chr2L:18989978-18990260	FBgn0032733	CG15170	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0518	0.0212	0.0102	0.0477	0.0272	0.0891	0.0513	0.0477	0.0272	0.0235	0.0272	0.0194	0.0145	0.0084	0.0145	0.0104
chr2L	18995498	18995649	chr2L:18995499-18995649	FBgn0046302	CG10650	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.021	0.0184	0.0241	0.0203	0.0085	0.0175	0.0268	0.02	0.0085	0.0163	0.0248	0.0163	0.0527	0.0115	0.0174	0.0115	0.0406
chr2L	18995771	18995990	chr2L:18995772-18995990	FBgn0046302	CG10650	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0248	0.0201	0.0274	0.0273	0.0106	0.018	0.0337	0.0173	0.0106	0.0205	0.0283	0.0205	0.0604	0.0184	0.0226	0.0184	0.0604
chr2L	18997732	18997883	chr2L:18997733-18997883	FBgn0051792	CG31792	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0188	0.0364	0.0127	0.006	0.0148	0.0262	0.0675	0.0333	0.0148	0.0097	0.0174	0.0097	0.0147	0.0046	0.0084	0.0046	0.0083
chr2L	18998078	18998238	chr2L:18998079-18998238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0245	0.0479	0.0169	0.0068	0.0308	0.0296	0.0843	0.0426	0.0308	0.0217	0.0215	0.0217	0.0139	0.0084	0.0058	0.0084	0.0068
chr2L	19003189	19003392	chr2L:19003190-19003392	FBgn0051793	CG31793	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.055	0.0689	0.0447	0.0507	0.0509	0.0578	0.0952	0.0833	0.0509	0.035	0.0389	0.035	0.0751	0.0337	0.0284	0.0337	0.0505
chr2L	19003690	19003872	chr2L:19003691-19003872	FBgn0051793	CG31793	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0332	0.0421	0.0329	0.0235	0.0244	0.0379	0.0627	0.0473	0.0244	0.0459	0.0322	0.0459	0.0395	0.0214	0.0116	0.0214	0.0261
chr2L	19007725	19007967	chr2L:19007726-19007967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0592	0.0477	0.0805	0.0486	0.0191	0.0743	0.0467	0.052	0.0191	0.1196	0.072	0.1196	0.1139	0.0658	0.0471	0.0658	0.0787
chr2L	19008443	19008631	chr2L:19008444-19008631	FBgn0086039	snoRNA:Me28S-A2113	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0511	0.0439	0.0662	0.0426	0.0244	0.0626	0.0489	0.046	0.0244	0.1033	0.0633	0.1033	0.0775	0.0505	0.04	0.0505	0.0636
chr2L	19009212	19009404	chr2L:19009213-19009404	FBgn0086710	RpL30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2325	0.208	0.2746	0.2136	0.1474	0.2451	0.2297	0.2405	0.1474	0.34	0.2955	0.34	0.2672	0.2297	0.205	0.2297	0.2595
chr2L	19009606	19009757	chr2L:19009607-19009757	FBgn0086710	RpL30	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0571	0.0536	0.0636	0.0539	0.0382	0.0524	0.0675	0.0606	0.0382	0.0803	0.0698	0.0803	0.0604	0.0544	0.049	0.0544	0.0552
chr2L	19010026	19010177	chr2L:19010027-19010177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0265	0.0189	0.0291	0.032	0.0117	0.0223	0.0268	0.016	0.0117	0.0368	0.0257	0.0368	0.0325	0.0107	0.0142	0.0107	0.0162
chr2L	19011932	19012197	chr2L:19011933-19012197	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0353	0.0212	0.0251	0.0621	0.0138	0.0199	0.0316	0.0227	0.0138	0.0211	0.0196	0.0211	0.0124	0.0084	0.0148	0.0084	0.0109
chr2L	19012682	19012850	chr2L:19012683-19012850	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0103	0.0185	0.0525	0.0021	0.0131	0.0199	0.004	0.0021	0.0242	0.0125	0.0242	0.0062	0.0069	0.009	0.0069	0.0073
chr2L	19013017	19013168	chr2L:19013018-19013168	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.02	0.008	0.0115	0.0428	0.0021	0.0083	0.0169	0.0027	0.0021	0.0072	0.0068	0.0072	0.007	0.0046	0.0077	0.0046	0.0104
chr2L	19015574	19015725	chr2L:19015575-19015725	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.006	0.0074	0.0361	0.0021	0.0039	0.0117	0.0053	0.0021	0.0097	0.0039	0.0097	0.0023	0.0031	0.0032	0.0031	0.0089
chr2L	19015805	19015956	chr2L:19015806-19015956	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0066	0.0094	0.0387	0.0042	0.0063	0.0104	0.004	0.0042	0.0048	0.0064	0.0048	0.0085	0.0123	0.0064	0.0123	0.0125
chr2L	19018962	19019113	chr2L:19018963-19019113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0193	0.016	0.0306	0.0106	0.0218	0.0238	0.0193	0.0106	0.0139	0.0164	0.0139	0.0155	0.0077	0.0135	0.0077	0.0188
chr2L	19019632	19019819	chr2L:19019633-19019819	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0192	0.0095	0.0122	0.0379	0.0053	0.0039	0.0186	0.01	0.0053	0.0103	0.0084	0.0103	0.007	0.0046	0.0058	0.0046	0.0125
chr2L	19019936	19020087	chr2L:19019937-19020087	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0055	0.009	0.0294	0.0021	0.0058	0.0108	0.0013	0.0021	0.0085	0.0068	0.0085	0.007	0.0038	0.0077	0.0038	0.0068
chr2L	19021418	19021569	chr2L:19021419-19021569	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0081	0.0094	0.0201	0.0011	0.0083	0.0138	0.0053	0.0011	0.0079	0.009	0.0079	0.0116	0.0038	0.0052	0.0038	0.0068
chr2L	19021673	19021911	chr2L:19021674-19021911	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0237	0.0128	0.0181	0.0418	0.0032	0.0117	0.0225	0.012	0.0032	0.0193	0.0161	0.0193	0.0294	0.0444	0.02	0.0444	0.0198
chr2L	19022067	19022236	chr2L:19022068-19022236	FBgn0032740	CG15172	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0301	0.0148	0.0245	0.0535	0.0053	0.0184	0.0203	0.016	0.0053	0.0229	0.026	0.0229	0.0341	0.0613	0.0445	0.0613	0.0396
chr2L	19022256	19022466	chr2L:19022257-19022466	FBgn0032740	CG15172	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0209	0.0232	0.0333	0.0074	0.0209	0.035	0.0187	0.0074	0.0193	0.0299	0.0193	0.0302	0.0276	0.0374	0.0276	0.0354
chr2L	19024068	19024219	chr2L:19024069-19024219	FBgn0263838	CR43700	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.009	0.0096	0.0277	0.0021	0.0073	0.0177	0.0073	0.0021	0.0097	0.0096	0.0097	0.0062	0.0023	6e-04	0.0023	0.0057
chr2L	19024835	19024986	chr2L:19024836-19024986	FBgn0263838	CR43700	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0064	0.0066	0.0248	0.0021	0.0053	0.0117	0.0053	0.0021	0.0066	0.0048	0.0066	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0.0078
chr2L	19026649	19026800	chr2L:19026650-19026800	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0095	0.0082	0.0301	0.0042	0.0078	0.0177	0.0067	0.0042	0.0085	0.0077	0.0085	0.0023	0.0061	0.0058	0.0061	0.0052
chr2L	19027159	19027383	chr2L:19027160-19027383	FBgn0032741	Side	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0158	0.0136	0.043	0.0064	0.0146	0.0281	0.0147	0.0064	0.0127	0.0093	0.0127	0.0116	0.0038	0.0064	0.0038	0.0089
chr2L	19027633	19027784	chr2L:19027634-19027784	FBgn0032741	Side	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.012	0.0084	0.0365	0.0095	0.0087	0.0208	0.0087	0.0095	0.0042	0.0061	0.0042	0.0039	0.0054	0.0058	0.0054	0.0078
chr2L	19033142	19033350	chr2L:19033143-19033350	FBgn0001202	hk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0732	0.0745	0.0887	0.0547	0.053	0.0796	0.1012	0.0746	0.053	0.1051	0.0981	0.1051	0.0906	0.0613	0.0535	0.0613	0.0651
chr2L	19033387	19033577	chr2L:19033388-19033577	FBgn0001202	hk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0946	0.0938	0.11	0.0784	0.0679	0.099	0.122	0.0966	0.0679	0.1365	0.1215	0.1365	0.1108	0.0942	0.0767	0.0942	0.1021
chr2L	19033823	19034000	chr2L:19033824-19034000	FBgn0001202,FBgn0051800,FBgn0086442	CG31800,hk,mib2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0494	0.0424	0.0615	0.044	0.0212	0.0481	0.0549	0.0413	0.0212	0.0761	0.0682	0.0761	0.0612	0.0574	0.0438	0.0574	0.0563
chr2L	19034058	19034408	chr2L:19034059-19034408	FBgn0051800,FBgn0086442	CG31800,mib2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0919	0.0894	0.1128	0.0717	0.0551	0.1024	0.1163	0.0939	0.0551	0.1431	0.1228	0.1431	0.127	0.0704	0.0671	0.0704	0.0964
chr2L	19034540	19034722	chr2L:19034541-19034722	FBgn0051800,FBgn0086442	CG31800,mib2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1554	0.1498	0.1665	0.1494	0.122	0.1641	0.1907	0.1432	0.122	0.2138	0.1765	0.2138	0.1782	0.1662	0.138	0.1662	0.1714
chr2L	19034804	19035012	chr2L:19034805-19035012	FBgn0051800,FBgn0086442	CG31800,mib2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0867	0.0703	0.091	0.1004	0.0467	0.0738	0.0999	0.0626	0.0467	0.1171	0.0891	0.1171	0.1061	0.0957	0.0716	0.0957	0.1157
chr2L	19035020	19035254	chr2L:19035021-19035254	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0917	0.0855	0.0914	0.0992	0.0562	0.0956	0.1133	0.0766	0.0562	0.1051	0.0839	0.1051	0.1325	0.0727	0.0799	0.0727	0.1631
chr2L	19036410	19036743	chr2L:19036411-19036743	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0854	0.0914	0.0989	0.0639	0.0477	0.1117	0.1306	0.0753	0.0477	0.221	0.0588	0.221	0.0937	0.1654	0.0329	0.1654	0.0563
chr2L	19037172	19037323	chr2L:19037173-19037323	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	mib2,mib2_FCenhancer	mib2,mib2_FCenhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0511	0.0253	0.0725	0.0564	0.0127	0.0408	0.0268	0.0213	0.0127	0.212	0.0373	0.212	0.0488	0.1891	0.0142	0.1891	0.0469
chr2L	19037364	19037515	chr2L:19037365-19037515	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	mib2,mib2_FCenhancer	mib2,mib2_FCenhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0476	0.0203	0.0582	0.0664	0.0095	0.0311	0.0234	0.018	0.0095	0.1721	0.028	0.1721	0.0403	0.2343	0.0174	0.2343	0.0563
chr2L	19041780	19041996	chr2L:19041781-19041996	FBgn0002022	Catsup	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0757	0.0702	0.0844	0.0724	0.0414	0.0733	0.0917	0.0793	0.0414	0.0918	0.1019	0.0918	0.0922	0.0735	0.0645	0.0735	0.1193
chr2L	19042303	19042454	chr2L:19042304-19042454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0358	0.0288	0.0372	0.0422	0.018	0.0316	0.0437	0.0213	0.018	0.0411	0.0412	0.0411	0.0534	0.0245	0.0174	0.0245	0.11
chr2L	19043740	19043891	chr2L:19043741-19043891	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0279	0.037	0.0274	0.0182	0.0424	0.0301	0.0541	0.034	0.0424	0.029	0.0331	0.029	0.0287	0.0123	0.0239	0.0123	0.0287
chr2L	19043912	19044063	chr2L:19043913-19044063	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0343	0.0512	0.0305	0.0195	0.0424	0.0388	0.0921	0.0333	0.0424	0.0272	0.0412	0.0272	0.0302	0.013	0.0251	0.013	0.0292
chr2L	19044394	19044545	chr2L:19044395-19044545	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0333	0.0308	0.0434	0.0251	0.017	0.0316	0.0407	0.0353	0.017	0.0465	0.0566	0.0465	0.0411	0.023	0.0271	0.023	0.0386
chr2L	19044690	19044874	chr2L:19044691-19044874	FBgn0032744,FBgn0263198	Acn,Ttc19	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0581	0.0522	0.0741	0.0472	0.0297	0.0481	0.0636	0.0673	0.0297	0.0719	0.091	0.0719	0.0837	0.0498	0.0413	0.0498	0.0776
chr2L	19044942	19045219	chr2L:19044943-19045219	FBgn0032744,FBgn0263198	Acn,Ttc19	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1114	0.1066	0.1357	0.0901	0.0509	0.1165	0.1319	0.1266	0.0509	0.1407	0.1595	0.1407	0.1363	0.0988	0.0877	0.0988	0.1313
chr2L	19045269	19045468	chr2L:19045270-19045468	FBgn0032744,FBgn0263198	Acn,Ttc19	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1278	0.1228	0.153	0.1058	0.0721	0.1451	0.1471	0.1372	0.0721	0.1733	0.1717	0.1733	0.1642	0.1248	0.1012	0.1248	0.1266
chr2L	19045532	19045688	chr2L:19045533-19045688	FBgn0032744,FBgn0263198	Acn,Ttc19	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0568	0.0694	0.0493	0.0361	0.0665	0.0692	0.062	0.0361	0.0894	0.0736	0.0894	0.0682	0.0498	0.0471	0.0498	0.0625
chr2L	19049017	19049198	chr2L:19049018-19049198	FBgn0032746	CG10470	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1066	0.1034	0.1234	0.0918	0.0774	0.117	0.1198	0.1166	0.0774	0.1347	0.1418	0.1347	0.1247	0.0988	0.0903	0.0988	0.1188
chr2L	19051469	19051631	chr2L:19051470-19051631	FBgn0002021,FBgn0261396	Rpn3,l(2)37Bb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.08	0.0719	0.0964	0.0709	0.0382	0.0869	0.083	0.0833	0.0382	0.1214	0.1023	0.1214	0.0984	0.0735	0.0619	0.0735	0.0964
chr2L	19051815	19051994	chr2L:19051816-19051994	FBgn0002021,FBgn0261396	Rpn3,l(2)37Bb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1382	0.1319	0.16	0.1214	0.0753	0.1573	0.1497	0.1592	0.0753	0.1938	0.1717	0.1938	0.1572	0.1256	0.1148	0.1256	0.1574
chr2L	19052071	19052222	chr2L:19052072-19052222	FBgn0002021,FBgn0261396	Rpn3,l(2)37Bb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0585	0.0551	0.0721	0.0475	0.0244	0.0592	0.0744	0.0633	0.0244	0.0791	0.0778	0.0791	0.0666	0.0544	0.06	0.0544	0.0573
chr2L	19053748	19053949	chr2L:19053749-19053949	FBgn0032748	CG10492	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1325	0.1289	0.1511	0.1161	0.0954	0.1417	0.1579	0.1466	0.0954	0.1866	0.1653	0.1866	0.1503	0.1309	0.1283	0.1309	0.1381
chr2L	19054014	19054204	chr2L:19054015-19054204	FBgn0032748	CG10492	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1734	0.1585	0.2055	0.155	0.1124	0.1845	0.183	0.1825	0.1124	0.2542	0.2248	0.2542	0.1944	0.1753	0.1638	0.1753	0.1876
chr2L	19054252	19054445	chr2L:19054253-19054445	FBgn0032748	CG10492	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.0656	0.1255	0.0986	0.035	0.0879	0.0679	0.0806	0.035	0.1534	0.1299	0.1534	0.1363	0.1187	0.1044	0.1187	0.1193
chr2L	19054630	19054807	chr2L:19054631-19054807	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.067	0.0657	0.0793	0.055	0.0361	0.0665	0.0926	0.0726	0.0361	0.1117	0.0768	0.1117	0.0798	0.0743	0.0606	0.0743	0.0677
chr2L	19057956	19058107	chr2L:19057957-19058107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0382	0.0393	0.0415	0.0336	0.0233	0.0359	0.0631	0.0353	0.0233	0.0386	0.046	0.0386	0.0635	0.0352	0.0355	0.0352	0.0604
chr2L	19062942	19063123	chr2L:19062943-19063123	FBgn0032750	CG10495	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0561	0.0531	0.0661	0.0483	0.0329	0.0534	0.0675	0.0566	0.0329	0.0779	0.0714	0.0779	0.0744	0.0467	0.0503	0.0467	0.0651
chr2L	19063188	19063360	chr2L:19063189-19063360	FBgn0032750	CG10495	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1144	0.1428	0.1021	0.0933	0.1335	0.1319	0.1166	0.0933	0.1721	0.1521	0.1721	0.1611	0.1133	0.1115	0.1133	0.1287
chr2L	19063485	19063674	chr2L:19063486-19063674	FBgn0032750	CG10495	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0587	0.0745	0.0457	0.0329	0.0655	0.0761	0.0633	0.0329	0.0984	0.073	0.0984	0.0798	0.0551	0.0458	0.0551	0.0615
chr2L	19064369	19064724	chr2L:19064370-19064724	FBgn0032751	CG17343	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0664	0.0637	0.0808	0.0535	0.0403	0.0709	0.0774	0.068	0.0403	0.1087	0.0807	0.1087	0.0868	0.0544	0.0477	0.0544	0.0631
chr2L	19064836	19065004	chr2L:19064837-19065004	FBgn0032751	CG17343	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1214	0.1175	0.1425	0.1026	0.0785	0.1403	0.1198	0.1486	0.0785	0.1884	0.1405	0.1884	0.1418	0.1126	0.098	0.1126	0.1094
chr2L	19065554	19065705	chr2L:19065555-19065705	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0201	0.0297	0.0201	0.0095	0.0064	0.0437	0.0324	0.0366	0.0064	0.0302	0.0167	0.0302	0.0217	0.0161	0.0084	0.0161	0.0099
chr2L	19068450	19068867	chr2L:19068451-19068867	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.049	0.0477	0.0537	0.0454	0.0233	0.0471	0.0709	0.05	0.0233	0.0761	0.0527	0.0761	0.0542	0.085	0.0322	0.085	0.0422
chr2L	19068958	19069109	chr2L:19068959-19069109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0199	0.0188	0.0184	0.0085	0.0146	0.0337	0.0207	0.0085	0.0368	0.0154	0.0368	0.0132	0.036	0.0161	0.036	0.0224
chr2L	19069861	19070012	chr2L:19069862-19070012	FBgn0032752	CG10702	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0156	0.0154	0.0157	0.0085	0.0165	0.0238	0.014	0.0085	0.0133	0.018	0.0133	0.0201	0.0268	0.0129	0.0268	0.0203
chr2L	19077045	19077244	chr2L:19077046-19077244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0096	0.0108	0.0411	0.0011	0.0073	0.0164	0.0093	0.0011	0.0109	0.009	0.0109	0.0163	0.0329	0.0297	0.0329	0.0584
chr2L	19077447	19077598	chr2L:19077448-19077598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0126	0.0118	0.0153	0.0032	0.0121	0.019	0.0113	0.0032	0.0115	0.0109	0.0115	0.0101	0.0107	0.0071	0.0107	0.0182
chr2L	19077930	19078081	chr2L:19077931-19078081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0111	0.0095	0.0088	0.0155	0.0032	0.0063	0.019	0.0093	0.0032	0.0091	0.01	0.0091	0.0046	0.0069	0.0052	0.0069	0.013
chr2L	19078111	19078262	chr2L:19078112-19078262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0085	0.01	0.0125	0.0032	0.0083	0.0138	0.0087	0.0032	0.0127	0.009	0.0127	0.0093	0.0061	0.0032	0.0061	0.012
chr2L	19079884	19080096	chr2L:19079885-19080096	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0613	0.0496	0.0584	0.0777	0.0477	0.0417	0.0705	0.046	0.0477	0.0749	0.0598	0.0749	0.0806	0.0965	0.0574	0.0965	0.1188
chr2L	19083302	19083522	chr2L:19083303-19083522	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0574	0.0452	0.0522	0.0767	0.018	0.051	0.0636	0.0406	0.018	0.029	0.0305	0.029	0.0333	0.0107	0.0193	0.0107	0.036
chr2L	19083666	19083817	chr2L:19083667-19083817	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0385	0.0214	0.0315	0.0653	0.0085	0.0214	0.0303	0.0247	0.0085	0.0242	0.0174	0.0242	0.0186	0.0115	0.011	0.0115	0.0234
chr2L	19087080	19087231	chr2L:19087081-19087231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0119	0.0082	0.01	0.018	0.0021	0.0078	0.0151	0.008	0.0021	0.0079	0.0084	0.0079	0.0178	0.0061	0.0116	0.0061	0.0318
chr2L	19089265	19089416	chr2L:19089266-19089416	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0067	0.0114	0.0227	0.0032	0.0073	0.0125	0.002	0.0032	0.0097	0.0055	0.0097	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0099
chr2L	19089514	19089690	chr2L:19089515-19089690	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0072	0.016	0.0395	0.0021	0.0073	0.0147	0.0027	0.0021	0.0121	0.0084	0.0121	0.007	0.0015	0.0032	0.0015	0.0068
chr2L	19090047	19090231	chr2L:19090048-19090231	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0264	0.0168	0.0258	0.0377	0.0053	0.0175	0.0234	0.018	0.0053	0.0181	0.0141	0.0181	0.0139	0.0092	0.0052	0.0092	0.0073
chr2L	19090988	19091146	chr2L:19090989-19091146	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0101	0.0256	0.024	0.0053	0.0136	0.016	0.0047	0.0053	0.0308	0.0186	0.0308	0.0116	0.0046	0.0084	0.0046	0.0063
chr2L	19093867	19094018	chr2L:19093868-19094018	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0123	0.0142	0.0267	0.0021	0.0131	0.0203	0.01	0.0021	0.0103	0.0141	0.0103	0.0163	0.0069	0.0039	0.0069	0.0156
chr2L	19095778	19095997	chr2L:19095779-19095997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0182	0.0214	0.0352	0.0085	0.0194	0.0298	0.0147	0.0085	0.0121	0.0103	0.0121	0.0201	0.0092	0.0084	0.0092	0.0208
chr2L	19096401	19096781	chr2L:19096402-19096781	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0417	0.0288	0.0509	0.046	0.0064	0.0408	0.035	0.0293	0.0064	0.0242	0.035	0.0242	0.1665	0.0138	0.0284	0.0138	0.1047
chr2L	19097223	19097499	chr2L:19097224-19097499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0178	0.0269	0.0245	0.0053	0.0189	0.0264	0.018	0.0053	0.0115	0.0199	0.0115	0.0852	0.0054	0.0174	0.0054	0.0578
chr2L	19098184	19098438	chr2L:19098185-19098438	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0322	0.0341	0.0345	0.0276	0.0233	0.0388	0.0467	0.0326	0.0233	0.0187	0.0254	0.0187	0.0666	0.0184	0.0097	0.0184	0.0219
chr2L	19098489	19098914	chr2L:19098490-19098914	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0565	0.0651	0.0659	0.0366	0.052	0.0709	0.0792	0.0633	0.052	0.0362	0.054	0.0362	0.1774	0.0521	0.0258	0.0521	0.0438
chr2L	19098931	19099082	chr2L:19098932-19099082	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0203	0.0355	0.0173	0.0042	0.0252	0.0264	0.018	0.0042	0.0229	0.0238	0.0229	0.1022	0.026	0.009	0.026	0.0261
chr2L	19103130	19103281	chr2L:19103131-19103281	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0197	0.0145	0.0223	0.0227	0.0021	0.0252	0.0151	0.0133	0.0021	0.0169	0.0145	0.0169	0.0387	0.0054	0.0058	0.0054	0.0125
chr2L	19103308	19103580	chr2L:19103309-19103580	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0303	0.0232	0.0327	0.0355	0.0042	0.0461	0.0177	0.02	0.0042	0.026	0.0141	0.026	0.0612	0.0038	0.0071	0.0038	0.0162
chr2L	19103636	19103893	chr2L:19103637-19103893	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0269	0.0201	0.0316	0.0292	0.0032	0.0388	0.0182	0.02	0.0032	0.0175	0.0141	0.0175	0.0767	0.0061	0.0045	0.0061	0.0146
chr2L	19104290	19104441	chr2L:19104291-19104441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0101	0.008	0.0098	0.0128	0.0011	0.016	0.0078	0.0053	0.0011	0.0205	0.0058	0.0205	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chr2L	19106263	19106414	chr2L:19106264-19106414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0136	0.01	0.0159	0.0153	0.0042	0.0131	0.0134	0.008	0.0042	0.0115	0.0135	0.0115	0.0426	0.0046	0.0129	0.0046	0.0313
chr2L	19108620	19108865	chr2L:19108621-19108865	FBgn0002023	Lim3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0505	0.0152	0.0395	0.1021	0.0064	0.0262	0.0169	0.014	0.0064	0.026	0.0158	0.026	0.1317	0.1447	0.0316	0.1447	0.1251
chr2L	19109063	19109214	chr2L:19109064-19109214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0161	0.012	0.0142	0.0228	0.0032	0.0112	0.0216	0.012	0.0032	0.0163	0.0125	0.0163	0.0232	0.0191	0.0123	0.0191	0.0328
chr2L	19111115	19111270	chr2L:19111116-19111270	distal	distal	none	none	VT9788.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0251	0.0209	0.0315	0.0227	0.0095	0.0243	0.0251	0.0253	0.0095	0.0199	0.054	0.0199	0.0287	0.0168	0.0542	0.0168	0.0188
chr2L	19111335	19111527	chr2L:19111336-19111527	distal	distal	none	none	VT9788.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.0273	0.0289	0.0194	0.0095	0.0311	0.032	0.0346	0.0095	0.0193	0.0463	0.0193	0.0294	0.0145	0.0419	0.0145	0.0146
chr2L	19111734	19111938	chr2L:19111735-19111938	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT9788.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0336	0.0361	0.0391	0.0246	0.0201	0.0471	0.0359	0.0473	0.0201	0.0217	0.055	0.0217	0.0527	0.0138	0.0619	0.0138	0.0172
chr2L	19111990	19112141	chr2L:19111991-19112141	distal	distal	stage14	stage14	VT9788.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0172	0.0239	0.013	0.0085	0.0214	0.0212	0.0173	0.0085	0.0145	0.0322	0.0145	0.0364	0.0092	0.0264	0.0092	0.0109
chr2L	19112337	19112488	chr2L:19112338-19112488	distal	distal	none	none	VT9789.1	VT9789.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0152	0.0192	0.017	0.0042	0.017	0.0203	0.0213	0.0042	0.0145	0.0277	0.0145	0.0163	0.0077	0.0458	0.0077	0.0083
chr2L	19113957	19114150	chr2L:19113958-19114150	FBgn0002036	CG10561	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0381	0.0421	0.0302	0.0286	0.0379	0.0484	0.0433	0.0286	0.0543	0.0437	0.0543	0.0542	0.0352	0.0335	0.0352	0.0427
chr2L	19114275	19114439	chr2L:19114276-19114439	FBgn0002036	CG10561	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1202	0.1125	0.1374	0.1099	0.0774	0.1286	0.1315	0.1226	0.0774	0.1757	0.1511	0.1757	0.1541	0.1286	0.1199	0.1286	0.136
chr2L	19120276	19120427	chr2L:19120277-19120427	FBgn0000422	Ddc	none	none	Ddc_5primedel-126,Ddc_RH,Ddc_deltaInB	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0101	0.0136	0.0166	0.0032	0.0107	0.0151	0.0093	0.0032	0.0151	0.0193	0.0151	0.0085	0.013	0.0361	0.013	0.0141
chr2L	19120848	19120999	chr2L:19120849-19120999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0197	0.013	0.0228	0.0238	0.0053	0.0189	0.0164	0.0113	0.0053	0.0211	0.0283	0.0211	0.0263	0.013	0.0477	0.013	0.0193
chr2L	19121560	19121711	chr2L:19121561-19121711	distal	distal	none	none	Ddc_distal	Ddc_distal	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0143	0.0175	0.0192	0.0042	0.017	0.0203	0.014	0.0042	0.0187	0.0151	0.0187	0.0271	0.0145	0.0071	0.0145	0.0208
chr2L	19123537	19123716	chr2L:19123538-19123716	FBgn0002031	l(2)37Cc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0508	0.0646	0.0519	0.017	0.0689	0.0536	0.062	0.017	0.087	0.0711	0.087	0.0689	0.0528	0.0503	0.0528	0.0719
chr2L	19123793	19123978	chr2L:19123794-19123978	FBgn0002031	l(2)37Cc	stage11,stage14,stage5	none	VT9795.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1004	0.0967	0.1085	0.0955	0.0477	0.1345	0.1008	0.1093	0.0477	0.1467	0.1164	0.1467	0.1139	0.1103	0.0928	0.1103	0.1204
chr2L	19124052	19124367	chr2L:19124053-19124367	FBgn0002031	l(2)37Cc	none	none	VT9795.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.0639	0.0797	0.0524	0.0308	0.0801	0.074	0.0713	0.0308	0.0936	0.0904	0.0936	0.0798	0.059	0.0535	0.059	0.0657
chr2L	19126869	19127063	chr2L:19126870-19127063	FBgn0086444,FBgn0086445	l(2)37Cb,l(2)37Cd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.108	0.0937	0.1332	0.0962	0.0657	0.1058	0.1081	0.1033	0.0657	0.157	0.1444	0.157	0.1394	0.1049	0.1032	0.1049	0.1214
chr2L	19127161	19127341	chr2L:19127162-19127341	FBgn0086444,FBgn0086445	l(2)37Cb,l(2)37Cd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.0839	0.1425	0.0994	0.0498	0.1107	0.0869	0.0906	0.0498	0.1727	0.1582	0.1727	0.1448	0.1049	0.0986	0.1049	0.1282
chr2L	19131647	19131798	chr2L:19131648-19131798	FBgn0086443	Aats-asn	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0766	0.0643	0.0971	0.0678	0.0445	0.0806	0.0597	0.0853	0.0445	0.119	0.1019	0.119	0.1146	0.072	0.0632	0.072	0.0948
chr2L	19131874	19132032	chr2L:19131875-19132032	FBgn0086443,FBgn0086446	Aats-asn,l(2)37Ce	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1163	0.09	0.1514	0.1072	0.0509	0.1209	0.0861	0.1193	0.0509	0.1751	0.1717	0.1751	0.1642	0.1363	0.1141	0.1363	0.1287
chr2L	19132263	19132424	chr2L:19132264-19132424	FBgn0086443,FBgn0086446	Aats-asn,l(2)37Ce	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.0828	0.1335	0.0965	0.0456	0.1029	0.0878	0.1033	0.0456	0.1673	0.1495	0.1673	0.134	0.108	0.1115	0.108	0.1152
chr2L	19133428	19133603	chr2L:19133429-19133603	FBgn0010300	brat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1915	0.1711	0.2343	0.1672	0.106	0.2252	0.1639	0.2045	0.106	0.2748	0.2582	0.2748	0.2455	0.1776	0.1908	0.1776	0.1949
chr2L	19133718	19133896	chr2L:19133719-19133896	FBgn0010300	brat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1966	0.1544	0.2566	0.178	0.0976	0.2155	0.1354	0.1945	0.0976	0.3031	0.2826	0.3031	0.2595	0.1784	0.2025	0.1784	0.2105
chr2L	19133967	19134166	chr2L:19133968-19134166	FBgn0010300	brat	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1115	0.0881	0.1448	0.101	0.0445	0.1204	0.0727	0.1359	0.0445	0.1679	0.1643	0.1679	0.1441	0.1095	0.1167	0.1095	0.1245
chr2L	19134982	19135499	chr2L:19134983-19135499	FBgn0086447	l(2)37Cg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.3835	0.372	0.4632	0.3089	0.2895	0.4539	0.3603	0.465	0.2895	0.5779	0.4807	0.5779	0.4036	0.3178	0.283	0.3178	0.2861
chr2L	19135592	19135765	chr2L:19135593-19135765	FBgn0086447	l(2)37Cg	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1414	0.1807	0.1571	0.0802	0.1835	0.1995	0.1743	0.2325	0.1835	0.186	0.1637	0.186	0.1201	0.0727	0.0812	0.0727	0.0625
chr2L	19136501	19136664	chr2L:19136502-19136664	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1297	0.1206	0.2071	0.0547	0.0403	0.1932	0.0627	0.2065	0.0403	0.3025	0.2723	0.3025	0.0813	0.0521	0.0754	0.0521	0.0266
chr2L	19136970	19137172	chr2L:19136971-19137172	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1703	0.1925	0.2329	0.0767	0.1665	0.2316	0.1812	0.2412	0.1665	0.3376	0.2788	0.3376	0.1015	0.0926	0.1122	0.0926	0.0521
chr2L	19137683	19137857	chr2L:19137684-19137857	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0875	0.0798	0.1129	0.0684	0.0414	0.1078	0.0735	0.1099	0.0414	0.1437	0.0961	0.1437	0.0403	0.0237	0.029	0.0237	0.0135
chr2L	19137968	19138205	chr2L:19137969-19138205	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0687	0.0477	0.0791	0.0806	0.0223	0.0592	0.0502	0.06	0.0223	0.0622	0.0563	0.0622	0.0232	0.0145	0.0374	0.0145	0.0167
chr2L	19138699	19138850	chr2L:19138700-19138850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0568	0.0297	0.0618	0.0816	0.0159	0.0408	0.032	0.0346	0.0159	0.0592	0.0428	0.0592	0.0442	0.0467	0.0355	0.0467	0.0459
chr2L	19138879	19139030	chr2L:19138880-19139030	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0496	0.0278	0.0602	0.0624	0.0085	0.0364	0.026	0.04	0.0085	0.0501	0.0421	0.0501	0.0442	0.0329	0.0219	0.0329	0.0365
chr2L	19139733	19140014	chr2L:19139734-19140014	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0828	0.1289	0.0668	0.0489	0.1707	0.085	0.1665	0.1472	0.1707	0.0471	0.0598	0.0471	0.0318	0.0138	0.0264	0.0138	0.0214
chr2L	19140689	19140961	chr2L:19140690-19140961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0538	0.0485	0.0605	0.0524	0.0223	0.0602	0.0631	0.048	0.0223	0.0658	0.0608	0.0658	0.0775	0.0475	0.0587	0.0475	0.0745
chr2L	19141509	19141660	chr2L:19141510-19141660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0268	0.0163	0.0311	0.0337	0.0053	0.0243	0.0186	0.0167	0.0053	0.0254	0.0412	0.0254	0.0325	0.0115	0.0703	0.0115	0.0339
chr2L	19142189	19142583	chr2L:19142190-19142583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0571	0.0373	0.0633	0.0723	0.0212	0.0393	0.0528	0.0406	0.0212	0.0435	0.0897	0.0435	0.0519	0.0191	0.1902	0.0191	0.0563
chr2L	19142753	19143031	chr2L:19142754-19143031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0336	0.0255	0.0388	0.0369	0.0159	0.0325	0.0324	0.0253	0.0159	0.0326	0.0457	0.0326	0.0387	0.0222	0.0548	0.0222	0.0469
chr2L	19145221	19145372	chr2L:19145222-19145372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0107	0.0129	0.0212	0.0042	0.0141	0.016	0.008	0.0042	0.0127	0.0122	0.0127	0.0132	0.0168	0.0123	0.0168	0.0214
chr2L	19145932	19146325	chr2L:19145933-19146325	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0671	0.044	0.1055	0.051	0.0191	0.0636	0.0493	0.0406	0.0191	0.151	0.1096	0.151	0.1015	0.0597	0.0645	0.0597	0.0474
chr2L	19146447	19146637	chr2L:19146448-19146637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0307	0.0309	0.0425	0.0174	0.017	0.0408	0.042	0.024	0.017	0.0556	0.0486	0.0556	0.0364	0.023	0.0219	0.023	0.012
chr2L	19146697	19146850	chr2L:19146698-19146850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0242	0.0288	0.026	0.017	0.0159	0.0257	0.0458	0.0293	0.0159	0.029	0.0309	0.029	0.0194	0.0084	0.0297	0.0084	0.013
chr2L	19154862	19155295	chr2L:19154863-19155295	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.221	0.2606	0.2921	0.0986	0.2269	0.2835	0.3304	0.2558	0.2269	0.3345	0.3309	0.3345	0.1929	0.0827	0.1618	0.0827	0.0959
chr2L	19156219	19156468	chr2L:19156220-19156468	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1213	0.1903	0.1302	0.0344	0.175	0.167	0.2375	0.2332	0.175	0.1926	0.1563	0.1926	0.0666	0.0368	0.0496	0.0368	0.0245
chr2L	19156938	19157179	chr2L:19156939-19157179	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1399	0.1375	0.1869	0.0909	0.0976	0.1563	0.1497	0.1825	0.0976	0.2047	0.255	0.2047	0.1503	0.1057	0.1921	0.1057	0.0573
chr2L	19158207	19158640	chr2L:19158208-19158640	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.4443	0.4504	0.5057	0.37	0.3934	0.5228	0.4853	0.497	0.3934	0.6039	0.5508	0.6039	0.4771	0.425	0.3901	0.425	0.4325
chr2L	19158865	19159082	chr2L:19158866-19159082	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2383	0.2441	0.2825	0.1833	0.211	0.2704	0.2764	0.2751	0.211	0.3563	0.3174	0.3563	0.2448	0.2251	0.1986	0.2251	0.2335
chr2L	19159547	19159724	chr2L:19159548-19159724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0924	0.0854	0.122	0.068	0.0604	0.1073	0.0913	0.0999	0.0604	0.1274	0.1161	0.1274	0.1952	0.0459	0.0587	0.0459	0.1261
chr2L	19160806	19160957	chr2L:19160807-19160957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1009	0.1244	0.1253	0.048	0.0785	0.1451	0.1228	0.1752	0.0785	0.1316	0.1418	0.1316	0.1425	0.0322	0.0432	0.0322	0.0792
chr2L	19161339	19161711	chr2L:19161340-19161711	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2622	0.3295	0.3299	0.1125	0.2694	0.366	0.3443	0.4077	0.2694	0.439	0.4174	0.439	0.2184	0.134	0.1509	0.134	0.0865
chr2L	19162541	19162736	chr2L:19162542-19162736	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1385	0.2205	0.1468	0.0377	0.211	0.1752	0.2785	0.2678	0.211	0.1196	0.228	0.1196	0.0736	0.0413	0.0458	0.0413	0.0302
chr2L	19163630	19163791	chr2L:19163631-19163791	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0667	0.091	0.0841	0.0308	0.0864	0.0601	0.0866	0.0308	0.1117	0.1106	0.1117	0.0635	0.1409	0.0754	0.1409	0.1146
chr2L	19164797	19165065	chr2L:19164798-19165065	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.1937	0.1104	0.1214	0.1909	0.1888	0.215	0.2425	0.1909	0.1002	0.1344	0.1002	0.0674	0.1845	0.1128	0.1845	0.0823
chr2L	19165232	19165421	chr2L:19165233-19165421	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1015	0.1145	0.0887	0.1011	0.07	0.1184	0.1181	0.1686	0.07	0.0803	0.0984	0.0803	0.0612	0.124	0.0864	0.124	0.0615
chr2L	19165428	19165638	chr2L:19165429-19165638	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1044	0.1274	0.0885	0.0962	0.0753	0.1272	0.1358	0.1932	0.0753	0.0767	0.0865	0.0767	0.0503	0.0842	0.0574	0.0842	0.0537
chr2L	19165642	19165793	chr2L:19165643-19165793	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0736	0.0986	0.0673	0.0528	0.0636	0.1044	0.0956	0.1512	0.0636	0.0725	0.0701	0.0725	0.0418	0.0375	0.0387	0.0375	0.0339
chr2L	19166053	19166270	chr2L:19166054-19166270	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1799	0.2132	0.1954	0.1257	0.1612	0.2233	0.2483	0.2718	0.1612	0.2373	0.2183	0.2373	0.1898	0.1447	0.1219	0.1447	0.1579
chr2L	19166899	19167075	chr2L:19166900-19167075	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0654	0.0552	0.0718	0.0698	0.0276	0.0578	0.0662	0.0713	0.0276	0.0543	0.0569	0.0543	0.055	0.023	0.0316	0.023	0.0297
chr2L	19167225	19167383	chr2L:19167226-19167383	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0597	0.0545	0.064	0.061	0.0308	0.0568	0.0653	0.0733	0.0308	0.0429	0.0563	0.0429	0.038	0.0092	0.0219	0.0092	0.0224
chr2L	19171199	19171456	chr2L:19171200-19171456	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.05	0.0573	0.0693	0.0206	0.0403	0.0505	0.0757	0.074	0.0403	0.0743	0.0772	0.0743	0.072	0.0138	0.0193	0.0138	0.0208
chr2L	19171670	19171821	chr2L:19171671-19171821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.035	0.0381	0.047	0.0185	0.0297	0.0427	0.0454	0.0466	0.0297	0.0411	0.0428	0.0411	0.0875	0.01	0.0155	0.01	0.0224
chr2L	19172870	19173115	chr2L:19172871-19173115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0447	0.0654	0.0481	0.0177	0.0424	0.0631	0.0783	0.0913	0.0424	0.0537	0.055	0.0537	0.0341	0.0145	0.0097	0.0145	0.0151
chr2L	19174087	19174238	chr2L:19174088-19174238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0297	0.0425	0.0308	0.0142	0.0255	0.0398	0.0554	0.0546	0.0255	0.0374	0.0373	0.0374	0.0155	0.0084	0.0129	0.0084	0.0125
chr2L	19175069	19175398	chr2L:19175070-19175398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0604	0.0751	0.073	0.0301	0.0392	0.0825	0.0878	0.0959	0.0392	0.0845	0.0862	0.0845	0.0465	0.0329	0.0264	0.0329	0.0261
chr2L	19180428	19180596	chr2L:19180429-19180596	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.0277	0.0374	0.0182	0.0085	0.032	0.0355	0.0326	0.0085	0.0411	0.0312	0.0411	0.0271	0.0077	0.0135	0.0077	0.012
chr2L	19180732	19180883	chr2L:19180733-19180883	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0249	0.0315	0.0191	0.0127	0.0306	0.0298	0.0253	0.0127	0.0302	0.0289	0.0302	0.024	0.0107	0.0123	0.0107	0.0156
chr2L	19181297	19181584	chr2L:19181298-19181584	FBgn0032763	CG17568	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0966	0.0998	0.1193	0.068	0.0445	0.132	0.1034	0.1206	0.0445	0.1552	0.1232	0.1552	0.1084	0.0613	0.0509	0.0613	0.0771
chr2L	19181648	19181823	chr2L:19181649-19181823	FBgn0032763	CG17568	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1343	0.1331	0.1643	0.1026	0.0923	0.1583	0.1475	0.1559	0.0923	0.2144	0.1768	0.2144	0.1534	0.1133	0.0832	0.1133	0.1235
chr2L	19181915	19182156	chr2L:19181916-19182156	FBgn0032763	CG17568	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0598	0.0824	0.0441	0.0435	0.0684	0.0683	0.0759	0.0435	0.1063	0.0916	0.1063	0.0627	0.049	0.0451	0.049	0.0448
chr2L	19185950	19186128	chr2L:19185951-19186128	FBgn0010097,FBgn0010309	gammaTub37C,pigeon	none	none	drl_drlS	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.086	0.0738	0.1108	0.0726	0.0445	0.0951	0.0766	0.0839	0.0445	0.1329	0.119	0.1329	0.1139	0.0773	0.0645	0.0773	0.0948
chr2L	19190201	19190394	chr2L:19190202-19190394	FBgn0015380	drl	stage11,stage14,stage5	none	VT9829.1,drl_drlU	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.24	0.2301	0.2852	0.2015	0.1835	0.2709	0.2396	0.2791	0.1835	0.3418	0.3064	0.3418	0.2703	0.2052	0.216	0.2052	0.222
chr2L	19190659	19190810	chr2L:19190660-19190810	FBgn0015380	drl	none	none	VT9829.1,drl_drlU	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0545	0.0684	0.0362	0.0265	0.0665	0.0619	0.064	0.0265	0.0682	0.0791	0.0682	0.0705	0.0314	0.0426	0.0314	0.038
chr2L	19191816	19192215	chr2L:19191817-19192215	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT9829.1,drl_drlU	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0805	0.0633	0.1128	0.0642	0.0265	0.0903	0.0701	0.0653	0.0265	0.1093	0.1032	0.1093	0.2378	0.0666	0.0445	0.0666	0.1115
chr2L	19195339	19195490	chr2L:19195340-19195490	distal	distal	none	none	VT9831.1,drl_drlT	VT9831.1,drl_drlT	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0251	0.0148	0.0355	0.0251	0.0021	0.0155	0.0156	0.0247	0.0021	0.0223	0.0421	0.0223	0.0442	0.0138	0.0155	0.0138	0.0453
chr2L	19196473	19196640	chr2L:19196474-19196640	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	drl_drlT	drl_drlT	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0479	0.0208	0.0656	0.0588	0.0021	0.0325	0.0203	0.022	0.0021	0.0242	0.0434	0.0242	0.0271	0.0161	0.0303	0.0161	0.0172
chr2L	19196924	19197217	chr2L:19196925-19197217	distal	distal	none	none	VT9833.1,drl_drlT	VT9833.1,drl_drlT	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.051	0.0297	0.0662	0.0582	0.0117	0.0427	0.0298	0.0326	0.0117	0.0435	0.0489	0.0435	0.0403	0.0299	0.0303	0.0299	0.0433
chr2L	19197381	19197728	chr2L:19197382-19197728	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT9833.1	VT9833.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.055	0.0354	0.0652	0.0657	0.0127	0.0466	0.0342	0.042	0.0127	0.067	0.0662	0.067	0.0744	0.0528	0.0464	0.0528	0.1079
chr2L	19198643	19198794	chr2L:19198644-19198794	distal	distal	none	none	VT9833.1,VT9834.1	VT9833.1,VT9834.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0298	0.0219	0.0388	0.0288	0.0095	0.0296	0.0216	0.0247	0.0095	0.0356	0.046	0.0356	0.0124	0.0145	0.0387	0.0145	0.0281
chr2L	19199063	19199214	chr2L:19199064-19199214	distal	distal	none	none	VT9833.1,VT9834.1,drl_drlR	VT9833.1,VT9834.1,drl_drlR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0224	0.0188	0.0273	0.0212	0.0074	0.0136	0.0212	0.0326	0.0074	0.0296	0.0322	0.0296	0.0209	0.0153	0.038	0.0153	0.0135
chr2L	19199579	19199986	chr2L:19199580-19199986	distal	distal	stage5	stage5	VT9834.1,drl_drlR	VT9834.1,drl_drlR	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0568	0.0754	0.0315	0.0159	0.0748	0.0368	0.1079	0.0159	0.0984	0.0916	0.0984	0.0488	0.0391	0.038	0.0391	0.0219
chr2L	19202882	19203033	chr2L:19202883-19203033	distal	distal	none	none	drl_drlZ	drl_drlZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0229	0.0296	0.0233	0.0095	0.0306	0.019	0.0386	0.0095	0.0248	0.036	0.0248	0.0155	0.0145	0.0168	0.0145	0.0099
chr2L	19203067	19203218	chr2L:19203068-19203218	distal	distal	none	none	drl_drlZ	drl_drlZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0177	0.0266	0.0192	0.0074	0.0214	0.0164	0.0266	0.0074	0.0163	0.0289	0.0163	0.0186	0.01	0.0161	0.01	0.0063
chr2L	19203454	19203605	chr2L:19203455-19203605	distal	distal	none	none	drl_drlZ	drl_drlZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0207	0.0256	0.017	0.0106	0.0233	0.0234	0.0273	0.0106	0.0229	0.0318	0.0229	0.0139	0.0054	0.0148	0.0054	0.0078
chr2L	19204156	19204412	chr2L:19204157-19204412	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT9837.1,drl_drlZ	VT9837.1,drl_drlZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0486	0.0292	0.0761	0.04	0.0127	0.0369	0.0255	0.042	0.0127	0.0918	0.0913	0.0918	0.0604	0.0375	0.0406	0.0375	0.0375
chr2L	19204415	19204566	chr2L:19204416-19204566	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT9837.1,drl_drlZ	VT9837.1,drl_drlZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0328	0.0173	0.0516	0.0295	0.0085	0.0272	0.0138	0.0193	0.0085	0.0755	0.0614	0.0755	0.0387	0.0429	0.0284	0.0429	0.0302
chr2L	19204571	19204970	chr2L:19204572-19204970	distal	distal	stage11	stage11	VT9837.1,drl_drlZ	VT9837.1,drl_drlZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0642	0.039	0.0991	0.0542	0.0117	0.0529	0.035	0.0633	0.0117	0.1153	0.1463	0.1153	0.0434	0.1049	0.0613	0.1049	0.0396
chr2L	19205252	19205403	chr2L:19205253-19205403	distal	distal	none	none	VT9837.1,drl_drlZ	VT9837.1,drl_drlZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0242	0.0263	0.0321	0.0131	0.0042	0.0277	0.0203	0.0553	0.0042	0.0284	0.0457	0.0284	0.0116	0.0084	0.0174	0.0084	0.0083
chr2L	19208613	19209004	chr2L:19208614-19209004	distal	distal	none	none	VT9839.1	VT9839.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0523	0.0753	0.057	0.0214	0.0456	0.068	0.0761	0.1286	0.0456	0.0574	0.083	0.0574	0.0302	0.0115	0.0271	0.0115	0.0214
chr2L	19209108	19209308	chr2L:19209109-19209308	distal	distal	stage5	stage5	VT9839.1	VT9839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0436	0.0781	0.0376	0.0116	0.0498	0.0495	0.0817	0.1552	0.0498	0.0193	0.0643	0.0193	0.0155	0.0077	0.0103	0.0077	0.0083
chr2L	19210456	19210607	chr2L:19210457-19210607	distal	distal	none	none	VT9839.1,VT9840.1	VT9839.1,VT9840.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0152	0.01	0.0208	0.0148	0	0.0121	0.0095	0.02	0	0.0187	0.0305	0.0187	0.0116	0.0077	0.0181	0.0077	0.0068
chr2L	19212209	19212418	chr2L:19212210-19212418	distal	distal	stage5	stage5	VT9840.1,VT9841.1	VT9840.1,VT9841.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0407	0.0449	0.0485	0.0276	0.0159	0.0563	0.042	0.0733	0.0159	0.0797	0.0518	0.0797	0.0271	0.0207	0.0219	0.0207	0.0208
chr2L	19215296	19215447	chr2L:19215297-19215447	distal	distal	none	none	VT9842.1	VT9842.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.03	0.0349	0.0078	0.0148	0.0257	0.0471	0.0353	0.0148	0.0242	0.063	0.0242	0.0124	0.0061	0.0161	0.0061	0.0042
chr2L	19216958	19217109	chr2L:19216959-19217109	distal	distal	none	none	VT9843.1	VT9843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0366	0.037	0.056	0.015	0.0191	0.0417	0.0385	0.0566	0.0191	0.0483	0.0727	0.0483	0.0139	0.0061	0.02	0.0061	0.0052
chr2L	19217191	19217422	chr2L:19217192-19217422	distal	distal	none	none	VT9843.1	VT9843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0452	0.041	0.0701	0.0227	0.0191	0.0524	0.0272	0.0786	0.0191	0.0694	0.0945	0.0694	0.0232	0.0084	0.0239	0.0084	0.0141
chr2L	19218323	19218651	chr2L:19218324-19218651	distal	distal	none	none	drl	drl	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0536	0.0662	0.0674	0.0245	0.017	0.0767	0.0601	0.1099	0.017	0.0912	0.0576	0.0912	0.0248	0.0115	0.0148	0.0115	0.0104
chr2L	19219254	19219531	chr2L:19219255-19219531	distal	distal	stage11	stage11	drl	drl	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0955	0.0907	0.1626	0.0273	0.0212	0.1578	0.0497	0.1399	0.0212	0.3086	0.1585	0.3086	0.0674	0.0276	0.0219	0.0276	0.0334
chr2L	19219750	19220304	chr2L:19219751-19220304	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1831	0.2621	0.2405	0.0319	0.1739	0.3369	0.1821	0.4144	0.1739	0.4197	0.2791	0.4197	0.0666	0.0207	0.0297	0.0207	0.0271
chr2L	19221211	19221646	chr2L:19221212-19221646	distal	distal	stage14	stage14	VT9846.1	VT9846.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0538	0.0417	0.0655	0.0543	0.0095	0.0704	0.035	0.0526	0.0095	0.0978	0.0559	0.0978	0.0542	0.0168	0.0251	0.0168	0.0792
chr2L	19221690	19221841	chr2L:19221691-19221841	distal	distal	stage14	stage14	VT9846.1	VT9846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0256	0.0293	0.0246	0.0224	0.0085	0.0466	0.026	0.04	0.0085	0.029	0.0209	0.029	0.0163	0.01	0.0039	0.01	0.012
chr2L	19222444	19222621	chr2L:19222445-19222621	distal	distal	stage14	stage14	VT9846.1,VT9847.1	VT9846.1,VT9847.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0351	0.0319	0.0279	0.0138	0.0466	0.0247	0.0553	0.0138	0.0278	0.0222	0.0278	0.0139	0.0069	0.0052	0.0069	0.0057
chr2L	19223096	19223320	chr2L:19223097-19223320	distal	distal	stage14	stage14	VT9847.1	VT9847.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0404	0.0436	0.0485	0.028	0.0127	0.0583	0.0415	0.0633	0.0127	0.0688	0.0418	0.0688	0.0139	0.0084	0.0039	0.0084	0.012
chr2L	19225788	19225939	chr2L:19225789-19225939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0237	0.0182	0.0289	0.024	0.0064	0.0248	0.0208	0.0193	0.0064	0.0543	0.028	0.0543	0.0232	0.0712	0.0187	0.0712	0.0182
chr2L	19226056	19226207	chr2L:19226057-19226207	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.036	0.0285	0.0402	0.0398	0.017	0.0257	0.0333	0.0393	0.017	0.0622	0.0463	0.0622	0.0248	0.1348	0.0161	0.1348	0.0287
chr2L	19226247	19226463	chr2L:19226248-19226463	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0431	0.0282	0.0511	0.0511	0.0095	0.0325	0.0298	0.0406	0.0095	0.0936	0.0453	0.0936	0.0271	0.1577	0.0187	0.1577	0.0459
chr2L	19226613	19226766	chr2L:19226614-19226766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0272	0.0182	0.0303	0.034	0.0042	0.0252	0.0169	0.0273	0.0042	0.058	0.0299	0.058	0.0194	0.0988	0.0123	0.0988	0.0323
chr2L	19227919	19228070	chr2L:19227920-19228070	distal	distal	none	none	VT9850.1	VT9850.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.015	0.0137	0.0103	0.0085	0.0107	0.0199	0.022	0.0085	0.0145	0.0154	0.0145	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0042
chr2L	19228950	19229169	chr2L:19228951-19229169	distal	distal	none	none	VT9850.1	VT9850.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0273	0.0275	0.0124	0.0064	0.0243	0.0247	0.058	0.0064	0.0211	0.0328	0.0211	0.0132	0.0077	0.0077	0.0077	0.0031
chr2L	19229479	19229673	chr2L:19229480-19229673	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT9850.1,VT9851.1	VT9850.1,VT9851.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0417	0.0548	0.0159	0.0117	0.0456	0.029	0.0879	0.0117	0.0568	0.0598	0.0568	0.0108	0.01	0.0123	0.01	0.0047
chr2L	19229837	19230034	chr2L:19229838-19230034	distal	distal	stage11	stage11	VT9850.1,VT9851.1	VT9850.1,VT9851.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0308	0.0364	0.0113	0.0106	0.033	0.0272	0.054	0.0106	0.0393	0.036	0.0393	0.0077	0.0077	0.0039	0.0077	0.0036
chr2L	19231310	19231461	chr2L:19231311-19231461	distal	distal	none	none	VT9851.1	VT9851.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0141	0.0379	0.0145	0.0021	0.0112	0.0177	0.024	0.0021	0.0199	0.0547	0.0199	0.0217	0.0054	0.0193	0.0054	0.0099
chr2L	19233284	19233435	chr2L:19233285-19233435	distal	distal	none	none	VT9853.1	VT9853.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0172	0.0112	0.0307	0.0089	0.0032	0.0097	0.0138	0.0173	0.0032	0.0193	0.0563	0.0193	0.0085	0.0038	0.0123	0.0038	0.0057
chr2L	19233628	19233779	chr2L:19233629-19233779	distal	distal	none	none	VT9853.1	VT9853.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0222	0.0131	0.0385	0.0145	0.0011	0.017	0.0108	0.0213	0.0011	0.0211	0.0762	0.0211	0.0093	0.0138	0.0258	0.0138	0.0089
chr2L	19234009	19234227	chr2L:19234010-19234227	distal	distal	stage11	stage11	VT9853.1	VT9853.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0323	0.0183	0.0566	0.0213	0.0042	0.0204	0.0221	0.0266	0.0042	0.0272	0.1154	0.0272	0.0062	0.0138	0.0458	0.0138	0.0115
chr2L	19235788	19235970	chr2L:19235789-19235970	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0265	0.0201	0.0286	0.0315	0.0074	0.0248	0.026	0.024	0.0074	0.0211	0.0209	0.0211	0.0186	0.0077	0.0071	0.0077	0.0073
chr2L	19236131	19236355	chr2L:19236132-19236355	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0283	0.0201	0.0315	0.0341	0.0095	0.0218	0.0221	0.03	0.0095	0.0181	0.0219	0.0181	0.0263	0.01	0.0077	0.01	0.0083
chr2L	19237030	19237181	chr2L:19237031-19237181	distal	distal	none	none	VT9855.1	VT9855.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.009	0.0129	0.0245	0.0011	0.0073	0.0151	0.0093	0.0011	0.0115	0.0077	0.0115	0.007	0.0061	0.0032	0.0061	0.0031
chr2L	19237273	19237424	chr2L:19237274-19237424	distal	distal	none	none	VT9855.1	VT9855.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0067	0.0112	0.0217	0.0053	0.0044	0.0117	0.0067	0.0053	0.0054	0.0048	0.0054	0.0015	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr2L	19237434	19237585	chr2L:19237435-19237585	distal	distal	none	none	VT9855.1	VT9855.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0086	0.0138	0.0285	0.0064	0.0053	0.0143	0.0093	0.0064	0.0079	0.009	0.0079	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0089
chr2L	19247231	19247387	chr2L:19247232-19247387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0206	0.0086	0.0176	0.0373	0.0042	0.0131	0.0121	0.0053	0.0042	0.0344	0.0164	0.0344	0.0139	0.0896	0.0181	0.0896	0.05
chr2L	19247653	19247847	chr2L:19247654-19247847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0159	0.008	0.014	0.0269	0.0011	0.0073	0.0134	0.008	0.0011	0.0272	0.0109	0.0272	0.0147	0.0704	0.0097	0.0704	0.0349
chr2L	19252726	19252877	chr2L:19252727-19252877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0091	0.0099	0.0157	0.0032	0.0083	0.0147	0.0087	0.0032	0.0079	0.0132	0.0079	0.0077	0.0069	0.0361	0.0069	0.0068
chr2L	19255750	19255901	chr2L:19255751-19255901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0123	0.012	0.0166	0.0079	0.0032	0.017	0.0143	0.0113	0.0032	0.0405	0.0125	0.0405	0.0077	0.0092	0.0071	0.0092	0.0052
chr2L	19260447	19260643	chr2L:19260448-19260643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0272	0.0317	0.042	0.0058	0.0212	0.0291	0.0342	0.05	0.0212	0.0266	0.0791	0.0266	0.0132	0.0061	0.0077	0.0061	0.0031
chr2L	19260969	19261120	chr2L:19260970-19261120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0171	0.0179	0.0282	0.004	0.0095	0.0184	0.0216	0.0253	0.0095	0.0121	0.0537	0.0121	0.0108	0.0023	0.0084	0.0023	0.0026
chr2L	19262661	19262812	chr2L:19262662-19262812	FBgn0051797	CG31797	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0107	0.0138	0.0124	0.0042	0.0117	0.0125	0.014	0.0042	0.0085	0.0203	0.0085	0.0077	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr2L	19266748	19266899	chr2L:19266749-19266899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.0077	0.0115	0.0124	0.0021	0.0058	0.0151	0.0067	0.0021	0.0115	0.0164	0.0115	0.0077	0.0077	0.0284	0.0077	0.0125
chr2L	19273715	19273869	chr2L:19273716-19273869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0257	0.0163	0.0319	0.0295	0.0032	0.0311	0.0212	0.006	0.0032	0.0543	0.0405	0.0543	0.0163	0.0697	0.0438	0.0697	0.0172
chr2L	19273886	19274037	chr2L:19273887-19274037	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0212	0.0105	0.0264	0.0274	0.0011	0.018	0.0143	0.004	0.0011	0.0537	0.0305	0.0537	0.0085	0.0697	0.04	0.0697	0.0104
chr2L	19274044	19274349	chr2L:19274045-19274349	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0353	0.0212	0.0449	0.0405	0.0053	0.035	0.0281	0.0133	0.0053	0.1027	0.0421	0.1027	0.0217	0.1049	0.0542	0.1049	0.0182
chr2L	19287361	19287512	chr2L:19287362-19287512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0174	0.0161	0.0227	0.0131	0.0074	0.0204	0.0216	0.0133	0.0074	0.0519	0.0212	0.0519	0.0054	0.0161	0.0142	0.0161	0.0078
chr2L	19287676	19287827	chr2L:19287677-19287827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0135	0.0154	0.0091	0.0074	0.0136	0.0229	0.01	0.0074	0.0242	0.0132	0.0242	0.0054	0.0061	0.0039	0.0061	0.0047
chr2L	19296808	19297012	chr2L:19296809-19297012	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0123	0.0269	0.0263	0.0064	0.0146	0.019	0.0093	0.0064	0.0091	0.0489	0.0091	0.0163	0.0046	0.078	0.0046	0.0125
chr2L	19297105	19297256	chr2L:19297106-19297256	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0166	0.0092	0.0204	0.0206	0.0064	0.0097	0.0117	0.0093	0.0064	0.0103	0.0383	0.0103	0.007	0.0184	0.0535	0.0184	0.0099
chr2L	19304926	19305176	chr2L:19304927-19305176	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0261	0.0243	0.0341	0.0194	0.0085	0.0194	0.0272	0.0466	0.0085	0.0217	0.0395	0.0217	0.0139	0.0054	0.0097	0.0054	0.0078
chr2L	19305215	19305486	chr2L:19305216-19305486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0266	0.0221	0.0397	0.0174	0.0085	0.0223	0.0281	0.0313	0.0085	0.0193	0.0598	0.0193	0.0217	0.0092	0.0129	0.0092	0.0068
chr2L	19306058	19306335	chr2L:19306059-19306335	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0217	0.0246	0.0195	0.0085	0.0257	0.0277	0.0247	0.0085	0.0229	0.0254	0.0229	0.0124	0.0138	0.0077	0.0138	0.0172
chr2L	19309580	19309731	chr2L:19309581-19309731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0188	0.0289	0.0198	0.0063	0.0212	0.0296	0.0337	0.0386	0.0212	0.0236	0.0283	0.0236	0.0093	0.0023	0.0052	0.0023	0.0047
chr2L	19311434	19311585	chr2L:19311435-19311585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0184	0.0191	0.0247	0.0107	0.0095	0.0277	0.0173	0.0233	0.0095	0.0405	0.0286	0.0405	0.0163	0.0161	0.0097	0.0161	0.012
chr2L	19312475	19312763	chr2L:19312476-19312763	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0176	0.0414	0.0586	0.0064	0.0223	0.0242	0.0147	0.0064	0.0507	0.0469	0.0507	0.0534	0.1095	0.0451	0.1095	0.0823
chr2L	19313458	19313735	chr2L:19313459-19313735	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0753	0.0386	0.1274	0.0592	0.017	0.066	0.0363	0.0373	0.017	0.1878	0.1331	0.1878	0.1766	0.0942	0.0658	0.0942	0.0849
chr2L	19314433	19314627	chr2L:19314434-19314627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0332	0.0216	0.0113	0.0159	0.0354	0.045	0.0386	0.0159	0.0217	0.0296	0.0217	0.017	0.0115	0.0116	0.0115	0.0115
chr2L	19316643	19316829	chr2L:19316644-19316829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0258	0.014	0.0369	0.0269	0.0064	0.0175	0.0203	0.012	0.0064	0.0821	0.035	0.0821	0.017	0.0689	0.0322	0.0689	0.0146
chr2L	19319129	19319283	chr2L:19319130-19319283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0346	0.047	0.0411	0.0135	0.018	0.0636	0.0575	0.042	0.018	0.09	0.0389	0.09	0.0201	0.0214	0.0193	0.0214	0.0104
chr2L	19319394	19319545	chr2L:19319395-19319545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0334	0.052	0.033	0.0132	0.0339	0.0481	0.0757	0.054	0.0339	0.0519	0.0402	0.0519	0.0124	0.0161	0.0135	0.0161	0.0125
chr2L	19319826	19319977	chr2L:19319827-19319977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0253	0.026	0.0226	0.0085	0.0233	0.0372	0.0306	0.0085	0.032	0.0328	0.032	0.0225	0.0429	0.02	0.0429	0.0261
chr2L	19320228	19320379	chr2L:19320229-19320379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.028	0.0246	0.0334	0.0259	0.0106	0.0204	0.0359	0.0326	0.0106	0.0223	0.0486	0.0223	0.0356	0.0214	0.0432	0.0214	0.038
chr2L	19320790	19321290	chr2L:19320791-19321290	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0601	0.0239	0.0779	0.0809	0.0064	0.0311	0.0324	0.0207	0.0064	0.0537	0.1357	0.0537	0.0565	0.0536	0.1954	0.0536	0.0787
chr2L	19322187	19322338	chr2L:19322188-19322338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0189	0.039	0.024	0.0106	0.0223	0.0247	0.0213	0.0106	0.0393	0.0588	0.0393	0.0271	0.0168	0.0632	0.0168	0.0167
chr2L	19322611	19323113	chr2L:19322612-19323113	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1387	0.1983	0.1577	0.0512	0.1442	0.2612	0.2275	0.1905	0.1442	0.2554	0.1875	0.2554	0.093	0.0452	0.1193	0.0452	0.0386
chr2L	19323341	19323492	chr2L:19323342-19323492	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0712	0.072	0.1052	0.033	0.0392	0.0806	0.0817	0.0933	0.0392	0.0537	0.1833	0.0537	0.079	0.0107	0.0993	0.0107	0.0188
chr2L	19323553	19323831	chr2L:19323554-19323831	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.155	0.1963	0.1967	0.0632	0.1273	0.1888	0.2362	0.2572	0.1273	0.0809	0.3318	0.0809	0.196	0.0222	0.1792	0.0222	0.0495
chr2L	19323840	19323991	chr2L:19323841-19323991	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1006	0.1341	0.1256	0.0356	0.0785	0.1223	0.1734	0.1706	0.0785	0.0525	0.2026	0.0525	0.1526	0.0153	0.0761	0.0153	0.0401
chr2L	19324812	19325085	chr2L:19324813-19325085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0728	0.1003	0.0891	0.0242	0.0764	0.0845	0.1358	0.1219	0.0764	0.0459	0.1318	0.0459	0.1139	0.0138	0.0464	0.0138	0.0271
chr2L	19326927	19327218	chr2L:19326928-19327218	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1199	0.2296	0.0994	0.0199	0.1972	0.1699	0.2902	0.3171	0.1972	0.0368	0.1875	0.0368	0.0503	0.0145	0.0503	0.0145	0.013
chr2L	19327720	19327871	chr2L:19327721-19327871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0264	0.047	0.0237	0.0064	0.018	0.0427	0.0424	0.0986	0.018	0.0205	0.0386	0.0205	0.0101	0.0061	0.0129	0.0061	0.0057
chr2L	19329251	19329402	chr2L:19329252-19329402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0144	0.0122	0.0165	0.0145	0.0053	0.0102	0.0147	0.0207	0.0053	0.0157	0.026	0.0157	0.0108	0.0299	0.0239	0.0299	0.0083
chr2L	19333156	19333463	chr2L:19333157-19333463	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0593	0.0622	0.0872	0.0255	0.0308	0.0748	0.0679	0.0839	0.0308	0.0386	0.1408	0.0386	0.0844	0.0115	0.0593	0.0115	0.0208
chr2L	19333723	19333943	chr2L:19333724-19333943	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0913	0.1539	0.0902	0.0226	0.1092	0.1733	0.1302	0.2412	0.1092	0.0604	0.1196	0.0604	0.0643	0.0115	0.0264	0.0115	0.0172
chr2L	19334076	19334340	chr2L:19334077-19334340	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1142	0.2156	0.0975	0.0192	0.1506	0.2456	0.1756	0.3464	0.1506	0.0833	0.1055	0.0833	0.048	0.0092	0.0161	0.0092	0.0078
chr2L	19334798	19334949	chr2L:19334799-19334949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0227	0.0317	0.0242	0.0111	0.0159	0.0383	0.035	0.0406	0.0159	0.0193	0.0296	0.0193	0.0225	0.0107	0.0032	0.0107	0.0073
chr2L	19336391	19336557	chr2L:19336392-19336557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0241	0.0221	0.0222	0.0284	0.0117	0.0194	0.0307	0.0273	0.0117	0.0175	0.0286	0.0175	0.0209	0.0712	0.0226	0.0712	0.0307
chr2L	19336925	19337076	chr2L:19336926-19337076	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0295	0.0255	0.0264	0.0375	0.017	0.0243	0.0333	0.0286	0.017	0.0242	0.0386	0.0242	0.0271	0.1263	0.02	0.1263	0.0229
chr2L	19337900	19338051	chr2L:19337901-19338051	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0658	0.1512	0.0305	0.0093	0.1516	0.0976	0.2167	0.1679	0.1516	0.0284	0.0492	0.0284	0.0132	0.0115	0.0148	0.0115	0.0042
chr2L	19338142	19338353	chr2L:19338143-19338353	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1108	0.2372	0.0694	0.015	0.2577	0.1917	0.3218	0.2332	0.2577	0.0761	0.1071	0.0761	0.0225	0.0199	0.0155	0.0199	0.0057
chr2L	19338405	19338633	chr2L:19338406-19338633	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.118	0.2438	0.0831	0.0156	0.2821	0.1621	0.3529	0.2512	0.2821	0.0809	0.1389	0.0809	0.0279	0.0138	0.0206	0.0138	0.0063
chr2L	19339109	19339304	chr2L:19339110-19339304	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0867	0.1582	0.0808	0.0132	0.1718	0.0893	0.2029	0.2278	0.1718	0.0272	0.1588	0.0272	0.0318	0.0153	0.02	0.0153	0.0115
chr2L	19341046	19341561	chr2L:19341047-19341561	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.153	0.211	0.1774	0.0614	0.1718	0.182	0.269	0.2598	0.1718	0.1594	0.254	0.1594	0.1905	0.1141	0.098	0.1141	0.0464
chr2L	19341906	19342162	chr2L:19341907-19342162	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0664	0.0864	0.0709	0.0391	0.0594	0.0757	0.1246	0.0959	0.0594	0.0676	0.0949	0.0676	0.0759	0.0704	0.0413	0.0704	0.0438
chr2L	19342242	19342451	chr2L:19342243-19342451	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0523	0.0572	0.0607	0.0377	0.0329	0.0612	0.0675	0.0733	0.0329	0.07	0.0852	0.07	0.0418	0.0819	0.0342	0.0819	0.0344
chr2L	19342553	19342731	chr2L:19342554-19342731	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0472	0.0587	0.0532	0.0279	0.0435	0.0549	0.0744	0.0706	0.0435	0.0405	0.0855	0.0405	0.0318	0.0551	0.038	0.0551	0.0146
chr2L	19344051	19344202	chr2L:19344052-19344202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0225	0.0343	0.0184	0.0139	0.0286	0.032	0.0411	0.046	0.0286	0.0133	0.0225	0.0133	0.0194	0.0077	0.011	0.0077	0.0083
chr2L	19344284	19344435	chr2L:19344285-19344435	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0294	0.0185	0.0166	0.0233	0.0218	0.0394	0.0393	0.0233	0.0133	0.0222	0.0133	0.017	0.0092	0.011	0.0092	0.0104
chr2L	19344461	19344833	chr2L:19344462-19344833	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0415	0.0685	0.0289	0.0251	0.0541	0.0481	0.0891	0.1033	0.0541	0.0199	0.037	0.0199	0.017	0.0123	0.0148	0.0123	0.0135
chr2L	19357779	19358142	chr2L:19357780-19358142	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.056	0.0894	0.0494	0.0259	0.0636	0.0956	0.1021	0.1113	0.0636	0.0531	0.0524	0.0531	0.0488	0.0207	0.02	0.0207	0.038
chr2L	19358151	19358352	chr2L:19358152-19358352	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0422	0.0632	0.0378	0.0235	0.053	0.0655	0.0748	0.0713	0.053	0.0368	0.037	0.0368	0.0682	0.0245	0.0174	0.0245	0.0438
chr2L	19358361	19358513	chr2L:19358362-19358513	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0382	0.0467	0.0398	0.027	0.0371	0.0456	0.058	0.056	0.0371	0.0374	0.0399	0.0374	0.0775	0.0214	0.02	0.0214	0.0589
chr2L	19358851	19359074	chr2L:19358852-19359074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.047	0.0556	0.0518	0.0323	0.0414	0.0476	0.0718	0.068	0.0414	0.0284	0.0865	0.0284	0.0473	0.0299	0.0625	0.0299	0.0412
chr2L	19359981	19360194	chr2L:19359982-19360194	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.05	0.0774	0.0437	0.0265	0.0679	0.0471	0.1003	0.1073	0.0679	0.0242	0.0736	0.0242	0.0302	0.0168	0.0735	0.0168	0.0125
chr2L	19360355	19360506	chr2L:19360356-19360506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0328	0.0502	0.0275	0.0191	0.0371	0.033	0.0657	0.072	0.0371	0.0193	0.0447	0.0193	0.0163	0.0184	0.0432	0.0184	0.0125
chr2L	19361873	19362142	chr2L:19361874-19362142	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1081	0.1022	0.1129	0.1095	0.0774	0.1068	0.1151	0.1179	0.0774	0.1498	0.1344	0.1498	0.093	0.1891	0.1103	0.1891	0.1068
chr2L	19362265	19362485	chr2L:19362266-19362485	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.075	0.0818	0.0722	0.0706	0.0467	0.0869	0.1047	0.0853	0.0467	0.0797	0.0878	0.0797	0.0744	0.1294	0.0748	0.1294	0.0552
chr2L	19362596	19362757	chr2L:19362597-19362757	FBgn0024245	dnt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0694	0.0778	0.0706	0.0588	0.0467	0.0762	0.1042	0.0873	0.0467	0.087	0.0788	0.087	0.0635	0.0781	0.0606	0.0781	0.0573
chr2L	19362850	19363031	chr2L:19362851-19363031	FBgn0024245	dnt	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1347	0.1681	0.1234	0.0848	0.1602	0.1427	0.1659	0.0848	0.1812	0.1913	0.1812	0.1696	0.1187	0.1348	0.1187	0.148
chr2L	19363145	19363337	chr2L:19363146-19363337	FBgn0024245	dnt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1857	0.1825	0.2105	0.1622	0.1336	0.199	0.2128	0.2125	0.1336	0.2597	0.2309	0.2597	0.2084	0.173	0.1896	0.173	0.1845
chr2L	19363684	19363868	chr2L:19363685-19363868	FBgn0024245	dnt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1628	0.1583	0.1854	0.1432	0.1198	0.1791	0.1717	0.1905	0.1198	0.2107	0.2161	0.2107	0.1782	0.1462	0.1425	0.1462	0.1615
chr2L	19374171	19374322	chr2L:19374172-19374322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0097	0.0146	0.0308	0.0021	0.0117	0.0177	0.0047	0.0021	0.0097	0.0087	0.0097	0.0085	0.0015	0.0026	0.0015	0.0146
chr2L	19375946	19376097	chr2L:19375947-19376097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0179	0.0207	0.0103	0.0085	0.0218	0.0242	0.022	0.0085	0.0115	0.0193	0.0115	0.0163	0.0069	0.0026	0.0069	0.0031
chr2L	19376345	19376496	chr2L:19376346-19376496	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0247	0.0254	0.033	0.0148	0.0085	0.0267	0.0238	0.0473	0.0085	0.0133	0.0315	0.0133	0.0139	0.0046	0.0084	0.0046	0.0078
chr2L	19376664	19376834	chr2L:19376665-19376834	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0196	0.0339	0.0283	0.0095	0.0233	0.0182	0.0286	0.0095	0.0169	0.0203	0.0169	0.0139	0.0023	0.0052	0.0023	0.0156
chr2L	19377426	19377592	chr2L:19377427-19377592	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0275	0.033	0.0175	0.0106	0.0286	0.0307	0.0406	0.0106	0.0217	0.0228	0.0217	0.0155	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr2L	19377701	19377872	chr2L:19377702-19377872	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0188	0.0296	0.0248	0.0085	0.0262	0.0156	0.028	0.0085	0.0151	0.0199	0.0151	0.0108	0.0031	0.0071	0.0031	0.0073
chr2L	19378028	19378207	chr2L:19378029-19378207	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0261	0.0178	0.0288	0.0323	0.0053	0.0252	0.0216	0.0187	0.0053	0.0115	0.0141	0.0115	0.0124	0.0077	0.009	0.0077	0.0115
chr2L	19378689	19378908	chr2L:19378690-19378908	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0658	0.0684	0.0745	0.0535	0.0403	0.0752	0.0636	0.0959	0.0403	0.064	0.0923	0.064	0.0782	0.0482	0.0606	0.0482	0.0912
chr2L	19380298	19380449	chr2L:19380299-19380449	FBgn0032772	CG17350	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0174	0.0116	0.0204	0.0205	0.0032	0.0102	0.0173	0.0147	0.0032	0.0103	0.0277	0.0103	0.0201	0.0092	0.0239	0.0092	0.037
chr2L	19388845	19388996	chr2L:19388846-19388996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0154	0.014	0.0184	0.0136	0.0095	0.0117	0.0234	0.01	0.0095	0.0151	0.0196	0.0151	0.0124	0.0092	0.0206	0.0092	0.0057
chr2L	19389137	19389288	chr2L:19389138-19389288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0135	0.0213	0.0164	0.0085	0.0165	0.0169	0.0113	0.0085	0.0121	0.0334	0.0121	0.017	0.0092	0.0413	0.0092	0.0094
chr2L	19389565	19389716	chr2L:19389566-19389716	FBgn0032774	CG17549	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0188	0.0222	0.0174	0.0127	0.0223	0.026	0.0153	0.0127	0.0181	0.0331	0.0181	0.0147	0.013	0.0406	0.013	0.0151
chr2L	19389953	19390129	chr2L:19389954-19390129	FBgn0032774	CG17549	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0273	0.0367	0.0274	0.0223	0.0228	0.0398	0.0253	0.0223	0.0248	0.0633	0.0248	0.0232	0.0153	0.0935	0.0153	0.0099
chr2L	19393817	19394039	chr2L:19393818-19394039	FBgn0051798	CG31798	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1235	0.1178	0.1428	0.1086	0.0732	0.1262	0.1293	0.1486	0.0732	0.1492	0.1807	0.1492	0.1332	0.1172	0.1251	0.1172	0.1308
chr2L	19398037	19398284	chr2L:19398038-19398284	FBgn0032775	CG17544	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0815	0.0312	0.125	0.09	0.0074	0.0413	0.0355	0.038	0.0074	0.1256	0.1987	0.1256	0.0643	0.0819	0.1425	0.0819	0.0662
chr2L	19398388	19398602	chr2L:19398389-19398602	FBgn0032775	CG17544	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0984	0.03	0.1477	0.1206	0.0117	0.05	0.0264	0.0353	0.0117	0.1902	0.1945	0.1902	0.0984	0.1126	0.1702	0.1126	0.1167
chr2L	19398941	19399163	chr2L:19398942-19399163	FBgn0032775	CG17544	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.0675	0.1572	0.1537	0.0435	0.0835	0.0727	0.0799	0.0435	0.2101	0.1868	0.2101	0.1309	0.1455	0.1915	0.1455	0.1845
chr2L	19399394	19399616	chr2L:19399395-19399616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0349	0.0628	0.0639	0.017	0.0437	0.0324	0.0473	0.017	0.0761	0.0762	0.0761	0.0705	0.0704	0.0806	0.0704	0.099
chr2L	19404895	19405046	chr2L:19404896-19405046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0158	0.0184	0.0132	0.0157	0.0074	0.0165	0.0333	0.0153	0.0074	0.0211	0.0122	0.0211	0.0108	0.0467	0.0071	0.0467	0.0146
chr2L	19405953	19406104	chr2L:19405954-19406104	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0106	0.0132	0.0207	0.0053	0.0097	0.0186	0.0087	0.0053	0.0242	0.0113	0.0242	0.0108	0.049	0.0142	0.049	0.0141
chr2L	19410952	19411171	chr2L:19410953-19411171	distal	distal	stage14	stage14	VT9945.1,VT9946.1	VT9945.1,VT9946.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0292	0.0267	0.0319	0.029	0.0148	0.0277	0.0372	0.0253	0.0148	0.0284	0.0318	0.0284	0.0596	0.0222	0.0322	0.0222	0.0474
chr2L	19413197	19413397	chr2L:19413198-19413397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.026	0.0193	0.028	0.0313	0.0085	0.0282	0.0242	0.0147	0.0085	0.0519	0.0206	0.0519	0.0302	0.0605	0.0187	0.0605	0.0505
chr2L	19414038	19414224	chr2L:19414039-19414224	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0294	0.0393	0.0266	0.0213	0.0318	0.0248	0.0692	0.0373	0.0318	0.0278	0.0196	0.0278	0.0194	0.0145	0.0155	0.0145	0.0349
chr2L	19414491	19414642	chr2L:19414492-19414642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0188	0.0162	0.0151	0.0259	0.0117	0.0126	0.0247	0.0133	0.0117	0.0181	0.018	0.0181	0.0147	0.0337	0.0232	0.0337	0.0438
chr2L	19415276	19415465	chr2L:19415277-19415465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0555	0.0858	0.046	0.0329	0.0665	0.0683	0.0546	0.0329	0.1051	0.1084	0.1051	0.0697	0.0651	0.0587	0.0651	0.0526
chr2L	19415520	19415700	chr2L:19415521-19415700	distal	distal	none	none	VT9949.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0314	0.0607	0.0235	0.017	0.0383	0.0307	0.0393	0.017	0.0737	0.074	0.0737	0.0534	0.0314	0.0355	0.0314	0.0198
chr2L	19415789	19415940	chr2L:19415790-19415940	distal	distal	none	none	VT9949.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0265	0.0332	0.0195	0.0106	0.0296	0.0346	0.032	0.0106	0.038	0.0412	0.038	0.031	0.0222	0.0297	0.0222	0.0214
chr2L	19416473	19416655	chr2L:19416474-19416655	distal	distal	none	none	VT9949.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0398	0.0325	0.0551	0.0312	0.0148	0.0432	0.0372	0.0366	0.0148	0.0936	0.0579	0.0936	0.0465	0.0651	0.0316	0.0651	0.0339
chr2L	19416812	19417184	chr2L:19416813-19417184	FBgn0016675	Lectin-galC1	stage11,stage14,stage5	none	VT9949.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1104	0.0911	0.1497	0.0888	0.0414	0.1155	0.1003	0.1093	0.0414	0.2313	0.1675	0.2313	0.1433	0.1424	0.0941	0.1424	0.1287
chr2L	19417560	19417711	chr2L:19417561-19417711	FBgn0016675	Lectin-galC1	none	none	VT9949.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0227	0.0212	0.0121	0.0138	0.0184	0.0381	0.022	0.0138	0.029	0.0235	0.029	0.0186	0.013	0.0135	0.013	0.0172
chr2L	19423491	19423729	chr2L:19423492-19423729	FBgn0032779	CG16771	stage14	none	pax_rev	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0707	0.0201	0.0687	0.1295	0.0042	0.0335	0.0221	0.0167	0.0042	0.1033	0.0637	0.1033	0.11	0.2228	0.1393	0.2228	0.1756
chr2L	19423955	19424136	chr2L:19423956-19424136	FBgn0032779	CG16771	none	none	pax_rev	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.052	0.0117	0.0302	0.1209	0.0021	0.0199	0.0143	0.01	0.0021	0.029	0.0312	0.029	0.055	0.1784	0.1225	0.1784	0.1793
chr2L	19424524	19424680	chr2L:19424525-19424680	FBgn0032779	CG16771	none	none	pax_rev	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0335	0.0161	0.0308	0.056	0.0064	0.0214	0.0229	0.014	0.0064	0.0393	0.0325	0.0393	0.0457	0.0567	0.0716	0.0567	0.0974
chr2L	19425010	19425161	chr2L:19425011-19425161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0236	0.0357	0.0479	0.0159	0.0272	0.0268	0.0273	0.0159	0.0362	0.0376	0.0362	0.0612	0.0544	0.0471	0.0544	0.0928
chr2L	19425244	19425395	chr2L:19425245-19425395	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0413	0.0322	0.0396	0.0535	0.0127	0.0354	0.0446	0.0346	0.0127	0.0368	0.0408	0.0368	0.0767	0.0368	0.0484	0.0368	0.1183
chr2L	19425529	19425731	chr2L:19425530-19425731	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0639	0.0621	0.0697	0.0596	0.0424	0.0801	0.0835	0.05	0.0424	0.0761	0.0823	0.0761	0.0953	0.0444	0.0567	0.0444	0.123
chr2L	19425959	19426157	chr2L:19425960-19426157	FBgn0032780,FBgn0041789	CG13085,Pax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0946	0.0824	0.1138	0.087	0.0382	0.1078	0.0969	0.0879	0.0382	0.1419	0.1318	0.1419	0.1053	0.0988	0.0954	0.0988	0.1157
chr2L	19426176	19426378	chr2L:19426177-19426378	FBgn0032780,FBgn0041789	CG13085,Pax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1097	0.0867	0.1355	0.1069	0.0339	0.1175	0.093	0.1033	0.0339	0.1775	0.1518	0.1775	0.1317	0.1371	0.1038	0.1371	0.1318
chr2L	19426536	19426806	chr2L:19426537-19426806	FBgn0032780,FBgn0041789	CG13085,Pax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1886	0.1547	0.2178	0.1944	0.0933	0.2107	0.1535	0.1832	0.0933	0.2591	0.2428	0.2591	0.2363	0.1975	0.2199	0.1975	0.2329
chr2L	19430319	19430481	chr2L:19430320-19430481	FBgn0032781	CG9987	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0919	0.075	0.1131	0.0875	0.0445	0.0879	0.0809	0.0946	0.0445	0.1316	0.1267	0.1316	0.1216	0.0972	0.0851	0.0972	0.1079
chr2L	19430528	19430700	chr2L:19430529-19430700	FBgn0032781	CG9987	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.115	0.0889	0.1453	0.1108	0.0583	0.1044	0.0939	0.1113	0.0583	0.1673	0.1624	0.1673	0.1534	0.1263	0.109	0.1263	0.1355
chr2L	19430776	19430928	chr2L:19430777-19430928	FBgn0032781	CG9987	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0396	0.0668	0.0478	0.0265	0.0466	0.042	0.0513	0.0265	0.0864	0.0717	0.0864	0.0635	0.0582	0.0413	0.0582	0.0594
chr2L	19432453	19432638	chr2L:19432454-19432638	FBgn0032782	Rab9	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1033	0.0966	0.1199	0.0926	0.0583	0.1063	0.1038	0.1306	0.0583	0.1335	0.1418	0.1335	0.1309	0.0704	0.1083	0.0704	0.1282
chr2L	19432731	19433103	chr2L:19432732-19433103	FBgn0032782	Rab9	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0712	0.0608	0.0883	0.0639	0.0244	0.0718	0.067	0.0793	0.0244	0.0803	0.1087	0.0803	0.1092	0.0452	0.0716	0.0452	0.0844
chr2L	19433276	19433427	chr2L:19433277-19433427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.031	0.0186	0.0452	0.0292	0.0042	0.0243	0.0203	0.022	0.0042	0.0405	0.046	0.0405	0.0844	0.0207	0.0251	0.0207	0.0469
chr2L	19433518	19433890	chr2L:19433519-19433890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0585	0.0414	0.0811	0.0529	0.0159	0.0471	0.0562	0.0406	0.0159	0.0833	0.0868	0.0833	0.1247	0.0498	0.0419	0.0498	0.0776
chr2L	19434000	19434266	chr2L:19434001-19434266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0551	0.0495	0.0722	0.0426	0.0276	0.0549	0.0644	0.048	0.0276	0.0737	0.0662	0.0737	0.0968	0.0398	0.029	0.0398	0.0433
chr2L	19434357	19434508	chr2L:19434358-19434508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0298	0.0242	0.0429	0.0217	0.0159	0.0267	0.0272	0.0253	0.0159	0.0423	0.0395	0.0423	0.079	0.0207	0.0161	0.0207	0.0292
chr2L	19438854	19439027	chr2L:19438855-19439027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0197	0.0275	0.0436	0.0106	0.0165	0.0311	0.02	0.0106	0.0169	0.0469	0.0169	0.0201	0.0077	0.1644	0.0077	0.0135
chr2L	19439404	19439608	chr2L:19439405-19439608	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.0232	0.0335	0.0525	0.0085	0.0286	0.0303	0.0247	0.0085	0.0205	0.0556	0.0205	0.0271	0.023	0.1792	0.023	0.0208
chr2L	19439826	19439977	chr2L:19439827-19439977	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0248	0.0282	0.0258	0.0074	0.0291	0.035	0.0233	0.0074	0.0163	0.0437	0.0163	0.0217	0.0123	0.0774	0.0123	0.0162
chr2L	19444694	19444869	chr2L:19444695-19444869	FBgn0024230	Hs2st	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1442	0.1482	0.1523	0.1309	0.0976	0.1549	0.1743	0.1845	0.0976	0.1944	0.1646	0.1944	0.1387	0.1401	0.1309	0.1401	0.16
chr2L	19444933	19445141	chr2L:19444934-19445141	FBgn0024230	Hs2st	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.1598	0.1644	0.1783	0.1345	0.123	0.1646	0.1981	0.2012	0.123	0.2264	0.191	0.2264	0.1565	0.1631	0.1251	0.1631	0.1496
chr2L	19445238	19445397	chr2L:19445239-19445397	FBgn0024230	Hs2st	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0665	0.0795	0.0692	0.0492	0.0456	0.0791	0.1034	0.0919	0.0456	0.0761	0.0759	0.0761	0.062	0.0536	0.0496	0.0536	0.0594
chr2L	19446986	19447209	chr2L:19446987-19447209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0624	0.1128	0.0539	0.0155	0.1082	0.0956	0.1453	0.1346	0.1082	0.0646	0.0457	0.0646	0.0434	0.0123	0.0161	0.0123	0.0188
chr2L	19447270	19447527	chr2L:19447271-19447527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0558	0.1083	0.04	0.0143	0.123	0.0874	0.1319	0.1312	0.123	0.038	0.0373	0.038	0.031	0.013	0.0135	0.013	0.0167
chr2L	19447601	19447752	chr2L:19447602-19447752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0679	0.0288	0.0084	0.053	0.0592	0.0852	0.0833	0.053	0.032	0.0302	0.032	0.0225	0.0061	0.0077	0.0061	0.0135
chr2L	19452796	19453025	chr2L:19452797-19453025	FBgn0003732	Top2	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1335	0.1498	0.1511	0.0958	0.1103	0.1359	0.2007	0.1759	0.1103	0.2005	0.1534	0.2005	0.1456	0.0896	0.0954	0.0896	0.1282
chr2L	19453120	19453648	chr2L:19453121-19453648	FBgn0003732	Top2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.223	0.2655	0.2407	0.1561	0.2004	0.2529	0.3512	0.2931	0.2004	0.2935	0.2553	0.2935	0.2223	0.1516	0.1767	0.1516	0.1912
chr2L	19454212	19454363	chr2L:19454213-19454363	FBgn0032785	CG10026	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0382	0.0393	0.0383	0.0369	0.0276	0.0345	0.0493	0.0513	0.0276	0.0296	0.0444	0.0296	0.0349	0.0168	0.0645	0.0168	0.0453
chr2L	19454756	19454934	chr2L:19454757-19454934	FBgn0032785	CG10026	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0242	0.0259	0.0473	0.0106	0.0286	0.0316	0.0247	0.0106	0.0199	0.0318	0.0199	0.0263	0.0184	0.0819	0.0184	0.0844
chr2L	19455335	19455486	chr2L:19455336-19455486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0146	0.0232	0.0251	0.0042	0.015	0.0195	0.0173	0.0042	0.032	0.0193	0.032	0.0364	0.01	0.0148	0.01	0.0703
chr2L	19455929	19456080	chr2L:19455930-19456080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0193	0.0179	0.0181	0.0221	0.0085	0.0204	0.0242	0.0187	0.0085	0.0205	0.0161	0.0205	0.0287	0.0145	0.011	0.0145	0.0521
chr2L	19457979	19458179	chr2L:19457980-19458179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0502	0.0826	0.0437	0.021	0.0647	0.0587	0.1259	0.0846	0.0647	0.0519	0.0402	0.0519	0.0178	0.0069	0.009	0.0069	0.0151
chr2L	19458550	19458701	chr2L:19458551-19458701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0138	0.017	0.022	0.0085	0.0141	0.0199	0.0153	0.0085	0.0103	0.0161	0.0103	0.0147	0.0084	0.0097	0.0084	0.0287
chr2L	19458767	19458918	chr2L:19458768-19458918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0149	0.0126	0.0143	0.018	0.0127	0.0131	0.0177	0.012	0.0127	0.0121	0.0116	0.0121	0.0186	0.0054	0.0103	0.0054	0.0313
chr2L	19459479	19459739	chr2L:19459480-19459739	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0434	0.0547	0.0343	0.0095	0.0466	0.0588	0.0546	0.0095	0.0302	0.0318	0.0302	0.0356	0.013	0.0161	0.013	0.0193
chr2L	19461754	19461905	chr2L:19461755-19461905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0115	0.0063	0.0166	0.0021	0.0092	0.0216	0.0087	0.0021	0.003	0.0058	0.003	0.0039	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr2L	19462967	19463199	chr2L:19462968-19463199	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0357	0.0197	0.031	0.0588	0.0106	0.0223	0.0281	0.0187	0.0106	0.0423	0.0254	0.0423	0.0302	0.0429	0.0271	0.0429	0.0495
chr2L	19463882	19464304	chr2L:19463883-19464304	FBgn0000964	tj	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0479	0.0254	0.0307	0.0919	0.0085	0.0218	0.0407	0.03	0.0085	0.026	0.0193	0.026	0.0411	0.0368	0.0387	0.0368	0.0818
chr2L	19469617	19469768	chr2L:19469618-19469768	distal	distal	none	none	VT9978.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0142	0.0188	0.0164	0.0042	0.015	0.0225	0.012	0.0042	0.0308	0.0148	0.0308	0.0139	0.0092	0.0097	0.0092	0.0104
chr2L	19470149	19470307	chr2L:19470150-19470307	distal	distal	none	none	VT9978.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0161	0.0112	0.0199	0.0174	0.0011	0.0126	0.0195	0.0093	0.0011	0.0368	0.0186	0.0368	0.0116	0.01	0.0084	0.01	0.0089
chr2L	19471144	19471295	chr2L:19471145-19471295	FBgn0264391	CR43839	none	none	VT9978.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0126	0.0104	0.0169	0.0032	0.0087	0.0216	0.0153	0.0032	0.0103	0.0087	0.0103	0.0046	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr2L	19474333	19474484	chr2L:19474334-19474484	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.008	0.0095	0.0114	0.0021	0.0078	0.0134	0.0067	0.0021	0.0054	0.0058	0.0054	0.0077	0.0038	6e-04	0.0038	0.0073
chr2L	19475265	19475416	chr2L:19475266-19475416	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0182	0.0161	0.0079	0.0106	0.0131	0.0255	0.0247	0.0106	0.0127	0.0164	0.0127	0.0093	0.0046	0.0039	0.0046	0.0047
chr2L	19475478	19475651	chr2L:19475479-19475651	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.0339	0.0185	0.0145	0.0223	0.0257	0.0463	0.042	0.0223	0.0133	0.019	0.0133	0.0124	0.0084	0.0064	0.0084	0.0068
chr2L	19475656	19475807	chr2L:19475657-19475807	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0259	0.0161	0.0128	0.0159	0.0243	0.0346	0.0273	0.0159	0.0091	0.0177	0.0091	0.0101	0.01	0.0039	0.01	0.0063
chr2L	19476681	19476832	chr2L:19476682-19476832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.014	0.0096	0.0159	0.0021	0.0121	0.0247	0.012	0.0021	0.0054	0.0074	0.0054	0.0054	0.0031	0.0045	0.0031	0.0057
chr2L	19479700	19479978	chr2L:19479701-19479978	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0415	0.0521	0.04	0.0313	0.0233	0.0534	0.0692	0.0626	0.0233	0.0737	0.0347	0.0737	0.0163	0.0107	0.0206	0.0107	0.0156
chr2L	19480784	19480969	chr2L:19480785-19480969	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0216	0.0292	0.0391	0.018	0.0228	0.032	0.0147	0.018	0.0187	0.0158	0.0187	0.0093	0.0077	0.0045	0.0077	0.0141
chr2L	19481356	19481520	chr2L:19481357-19481520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0176	0.0179	0.0199	0.0138	0.0141	0.0294	0.0127	0.0138	0.0115	0.0109	0.0115	0.0077	0.0069	0.0039	0.0069	0.0115
chr2L	19482407	19482629	chr2L:19482408-19482629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0161	0.0164	0.0255	0.0074	0.0141	0.0264	0.014	0.0074	0.0097	0.0084	0.0097	0.0147	0.0054	0.0097	0.0054	0.013
chr2L	19484376	19484553	chr2L:19484377-19484553	FBgn0032787,FBgn0032788	CG10195,CG13084	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0413	0.0372	0.0273	0.018	0.0403	0.0575	0.046	0.018	0.0362	0.0444	0.0362	0.0403	0.0337	0.0264	0.0337	0.0344
chr2L	19484618	19484822	chr2L:19484619-19484822	FBgn0032787,FBgn0032788	CG10195,CG13084	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0568	0.0613	0.0623	0.0457	0.0233	0.0665	0.0735	0.0799	0.0233	0.0592	0.0756	0.0592	0.072	0.0567	0.0535	0.0567	0.0636
chr2L	19490037	19490206	chr2L:19490038-19490206	FBgn0032790,FBgn0032791	CG10194,CG18094	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.0861	0.0973	0.0859	0.0604	0.0767	0.1016	0.1173	0.0604	0.0912	0.1228	0.0912	0.1146	0.0896	0.109	0.0896	0.1021
chr2L	19490309	19490508	chr2L:19490310-19490508	FBgn0032790,FBgn0032791	CG10194,CG18094	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0509	0.049	0.0528	0.051	0.0286	0.0393	0.0679	0.0593	0.0286	0.0393	0.0695	0.0393	0.0697	0.0413	0.078	0.0413	0.0667
chr2L	19492659	19492830	chr2L:19492660-19492830	FBgn0002044,FBgn0032793	CG10189,swm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0584	0.0523	0.068	0.0546	0.017	0.0728	0.0614	0.0606	0.017	0.0857	0.0756	0.0857	0.0689	0.0513	0.0632	0.0513	0.0714
chr2L	19492878	19493053	chr2L:19492879-19493053	FBgn0002044,FBgn0032793	CG10189,swm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1117	0.0918	0.1334	0.11	0.0445	0.1155	0.0982	0.1113	0.0445	0.1691	0.1489	0.1691	0.1294	0.1172	0.1148	0.1172	0.1459
chr2L	19493146	19493308	chr2L:19493147-19493308	FBgn0002044,FBgn0032793	CG10189,swm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.196	0.1676	0.2324	0.1877	0.1304	0.1869	0.186	0.1999	0.1304	0.2965	0.2434	0.2965	0.2308	0.1991	0.1934	0.1991	0.222
chr2L	19493425	19493593	chr2L:19493426-19493593	FBgn0002044,FBgn0032793	CG10189,swm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1737	0.1492	0.1953	0.1774	0.1145	0.1728	0.1622	0.1772	0.1145	0.2325	0.2084	0.2325	0.2184	0.1975	0.1812	0.1975	0.2069
chr2L	19493721	19493875	chr2L:19493722-19493875	FBgn0002044,FBgn0032793	CG10189,swm	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0478	0.0263	0.0499	0.0696	0.0127	0.0403	0.0281	0.0286	0.0127	0.0707	0.0457	0.0707	0.0682	0.1194	0.0509	0.1194	0.0829
chr2L	19498032	19498218	chr2L:19498033-19498218	FBgn0040268	Top3alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1126	0.0946	0.1349	0.1083	0.0509	0.1097	0.1042	0.1186	0.0509	0.1691	0.1486	0.1691	0.1448	0.1501	0.0928	0.1501	0.1251
chr2L	19498310	19498468	chr2L:19498311-19498468	FBgn0040268	Top3alpha	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0566	0.0532	0.0664	0.0497	0.0265	0.0646	0.0588	0.0653	0.0265	0.0839	0.0723	0.0839	0.0713	0.0704	0.0406	0.0704	0.0563
chr2L	19508275	19508634	chr2L:19508276-19508634	FBgn0032796	CG10188	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1989	0.2063	0.2109	0.1776	0.1919	0.2005	0.2413	0.2325	0.1919	0.279	0.2225	0.279	0.1975	0.1822	0.1883	0.1822	0.2001
chr2L	19508706	19508889	chr2L:19508707-19508889	FBgn0032796	CG10188	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1996	0.1917	0.227	0.1782	0.1485	0.2233	0.2102	0.2172	0.1485	0.2784	0.2495	0.2784	0.2177	0.1738	0.1863	0.1738	0.2043
chr2L	19509021	19509174	chr2L:19509022-19509174	FBgn0032796	CG10188	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0478	0.0469	0.0549	0.0411	0.0201	0.0539	0.0601	0.0486	0.0201	0.0658	0.0621	0.0658	0.0581	0.0383	0.0393	0.0383	0.0584
chr2L	19516061	19516281	chr2L:19516062-19516281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0131	0.0175	0.0362	0.0053	0.0117	0.0225	0.012	0.0053	0.0151	0.0158	0.0151	0.0093	0.0145	0.011	0.0145	0.0073
chr2L	19517135	19517289	chr2L:19517136-19517289	FBgn0032797	CG10186	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0228	0.0152	0.0173	0.0375	0.0042	0.017	0.0238	0.0133	0.0042	0.0151	0.0177	0.0151	0.0349	0.0513	0.0458	0.0513	0.0427
chr2L	19517517	19517705	chr2L:19517518-19517705	FBgn0032797	CG10186	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0483	0.0348	0.0316	0.0819	0.0255	0.0374	0.0433	0.0313	0.0255	0.0236	0.0296	0.0236	0.0635	0.0835	0.0703	0.0835	0.099
chr2L	19517845	19517996	chr2L:19517846-19517996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0213	0.0189	0.0194	0.026	0.0106	0.0204	0.0272	0.0133	0.0106	0.0169	0.0193	0.0169	0.0302	0.0329	0.0206	0.0329	0.0307
chr2L	19518727	19518927	chr2L:19518728-19518927	FBgn0032798,FBgn0263095	CG10132,CR43363	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.016	0.0187	0.0618	0.0064	0.0165	0.0229	0.0187	0.0064	0.0199	0.0141	0.0199	0.0356	0.1256	0.0142	0.1256	0.0568
chr2L	19519354	19519505	chr2L:19519355-19519505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0132	0.0083	0.009	0.0233	0	0.0102	0.0125	0.01	0	0.0127	0.0084	0.0127	0.0116	0.0475	0.0064	0.0475	0.0135
chr2L	19519641	19519875	chr2L:19519642-19519875	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0152	0.0161	0.0582	0.0032	0.016	0.0238	0.0173	0.0032	0.0127	0.0125	0.0127	0.017	0.0536	0.0129	0.0536	0.0334
chr2L	19525989	19526196	chr2L:19525990-19526196	FBgn0032799,FBgn0032800	CG10137,CG10166	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0507	0.0676	0.0597	0.0244	0.0583	0.061	0.064	0.0244	0.0731	0.0788	0.0731	0.0736	0.062	0.0638	0.062	0.0782
chr2L	19526303	19526476	chr2L:19526304-19526476	FBgn0032799,FBgn0032800	CG10137,CG10166	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1149	0.0977	0.1302	0.1173	0.0679	0.1136	0.1016	0.1286	0.0679	0.1473	0.1492	0.1473	0.1387	0.1325	0.1354	0.1325	0.1438
chr2L	19526558	19526735	chr2L:19526559-19526735	FBgn0032799,FBgn0032800	CG10137,CG10166	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1178	0.1031	0.1325	0.1181	0.071	0.1194	0.1055	0.1326	0.071	0.1534	0.1547	0.1534	0.1371	0.1294	0.1186	0.1294	0.1376
chr2L	19526935	19527100	chr2L:19526936-19527100	FBgn0032800	CG10137	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0374	0.0369	0.0435	0.0312	0.0223	0.0451	0.0376	0.048	0.0223	0.0507	0.0514	0.0507	0.0387	0.0207	0.02	0.0207	0.0339
chr2L	19530216	19530387	chr2L:19530217-19530387	FBgn0032801	CG10165	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0809	0.085	0.0967	0.0589	0.0509	0.0893	0.1016	0.0999	0.0509	0.1008	0.1138	0.1008	0.11	0.0322	0.0729	0.0322	0.1073
chr2L	19533073	19533274	chr2L:19533074-19533274	FBgn0053116	CG33116	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0793	0.0781	0.0959	0.0622	0.0562	0.0869	0.0792	0.1006	0.0562	0.1371	0.0945	0.1371	0.1092	0.0949	0.049	0.0949	0.0834
chr2L	19533374	19533561	chr2L:19533375-19533561	FBgn0053116	CG33116	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1481	0.1418	0.1836	0.1161	0.0997	0.1772	0.1406	0.1732	0.0997	0.2258	0.1949	0.2258	0.2029	0.1378	0.1077	0.1378	0.1459
chr2L	19533622	19533818	chr2L:19533623-19533818	FBgn0053116	CG33116	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0814	0.0784	0.1046	0.0595	0.0414	0.0927	0.083	0.1019	0.0414	0.1286	0.1135	0.1286	0.1084	0.0674	0.0548	0.0674	0.0709
chr2L	19535465	19535676	chr2L:19535466-19535676	FBgn0051697	CG31697	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0328	0.0344	0.0368	0.0267	0.0233	0.0345	0.0415	0.0466	0.0233	0.0399	0.0309	0.0399	0.0349	0.0161	0.0206	0.0161	0.0208
chr2L	19537247	19537464	chr2L:19537248-19537464	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0309	0.0349	0.0331	0.024	0.0223	0.0374	0.0441	0.0413	0.0223	0.0248	0.0286	0.0248	0.0744	0.0123	0.0361	0.0123	0.0406
chr2L	19537955	19538106	chr2L:19537956-19538106	FBgn0032803	CG13082	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0275	0.0199	0.0282	0.0351	0.0074	0.0223	0.0234	0.0286	0.0074	0.0175	0.0373	0.0175	0.038	0.0069	0.1044	0.0069	0.0261
chr2L	19538331	19538482	chr2L:19538332-19538482	FBgn0032803	CG13082	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0273	0.015	0.0289	0.0393	0.0053	0.0184	0.0177	0.0213	0.0053	0.0157	0.0383	0.0157	0.0434	0.0123	0.1225	0.0123	0.0266
chr2L	19541973	19542181	chr2L:19541974-19542181	FBgn0003231	ref(2)P	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0784	0.0805	0.0907	0.0624	0.0509	0.0854	0.0904	0.1039	0.0509	0.1171	0.0945	0.1171	0.096	0.0804	0.0658	0.0804	0.0589
chr2L	19542312	19542522	chr2L:19542313-19542522	FBgn0003231	ref(2)P	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1712	0.1749	0.1846	0.1522	0.1251	0.2068	0.1864	0.2025	0.1251	0.2228	0.1936	0.2228	0.2076	0.1455	0.167	0.1455	0.1897
chr2L	19542557	19542708	chr2L:19542558-19542708	FBgn0003231	ref(2)P	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.1148	0.1216	0.1018	0.0795	0.1296	0.1224	0.1399	0.0795	0.1389	0.1354	0.1389	0.1278	0.1095	0.1186	0.1095	0.1225
chr2L	19542806	19542973	chr2L:19542807-19542973	FBgn0003231	ref(2)P	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.0719	0.0713	0.0506	0.0424	0.082	0.0869	0.0866	0.0424	0.0827	0.0794	0.0827	0.0728	0.0528	0.0574	0.0528	0.0662
chr2L	19543021	19543231	chr2L:19543022-19543231	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0734	0.0622	0.0454	0.0509	0.0816	0.0882	0.0879	0.0509	0.067	0.0711	0.067	0.0689	0.0475	0.0458	0.0475	0.0578
chr2L	19547422	19547586	chr2L:19547423-19547586	FBgn0032805	CG10337	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0363	0.0322	0.0407	0.0359	0.0117	0.051	0.0342	0.0313	0.0117	0.0314	0.027	0.0314	0.1255	0.026	0.0213	0.026	0.086
chr2L	19547720	19547871	chr2L:19547721-19547871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.034	0.0303	0.0368	0.0352	0.0138	0.0413	0.0311	0.0373	0.0138	0.0314	0.0296	0.0314	0.0914	0.0237	0.0251	0.0237	0.0766
chr2L	19548271	19548532	chr2L:19548272-19548532	FBgn0041180	TepIV	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0914	0.1129	0.0782	0.082	0.1007	0.1194	0.1254	0.1286	0.1007	0.0682	0.0785	0.0682	0.141	0.0781	0.0806	0.0781	0.123
chr2L	19549547	19549783	chr2L:19549548-19549783	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0785	0.0312	0.1022	0.1056	0.0085	0.0529	0.032	0.0273	0.0085	0.0483	0.1199	0.0483	0.2285	0.0253	0.1709	0.0253	0.2048
chr2L	19561087	19561240	chr2L:19561088-19561240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0131	0.0298	0.0107	0.0042	0.017	0.0143	0.0173	0.0042	0.0109	0.0595	0.0109	0.0147	0.0046	0.0342	0.0046	0.0047
chr2L	19561645	19561796	chr2L:19561646-19561796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0121	0.0128	0.0141	0.0053	0.0102	0.0199	0.0113	0.0053	0.0066	0.019	0.0066	0.0124	0.0069	0.0387	0.0069	0.0073
chr2L	19565315	19565487	chr2L:19565316-19565487	FBgn0032810	CG13077	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0368	0.043	0.0382	0.0283	0.0297	0.0437	0.0454	0.0586	0.0297	0.0175	0.0563	0.0175	0.0496	0.0054	0.0471	0.0054	0.0511
chr2L	19565589	19565789	chr2L:19565590-19565789	FBgn0032810	CG13077	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0494	0.0622	0.0515	0.0327	0.0435	0.067	0.0744	0.072	0.0435	0.0465	0.0621	0.0465	0.0604	0.0306	0.0342	0.0306	0.0453
chr2L	19565928	19566079	chr2L:19565929-19566079	FBgn0032810	CG13077	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0327	0.0383	0.0369	0.022	0.0212	0.0422	0.0454	0.05	0.0212	0.0338	0.0437	0.0338	0.0418	0.0191	0.0226	0.0191	0.0344
chr2L	19566085	19566263	chr2L:19566086-19566263	FBgn0032810	CG13077	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0386	0.0417	0.0475	0.0252	0.0212	0.049	0.0458	0.0526	0.0212	0.0501	0.0588	0.0501	0.0418	0.0184	0.0187	0.0184	0.0438
chr2L	19566509	19566660	chr2L:19566510-19566660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.0349	0.0504	0.0202	0.0095	0.0505	0.0381	0.04	0.0095	0.0447	0.0688	0.0447	0.0395	0.0168	0.0213	0.0168	0.0276
chr2L	19567013	19567165	chr2L:19567014-19567165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0474	0.0598	0.0581	0.0219	0.0276	0.0626	0.064	0.0879	0.0276	0.055	0.0756	0.055	0.0318	0.0214	0.029	0.0214	0.0177
chr2L	19567224	19567375	chr2L:19567225-19567375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0601	0.0478	0.0187	0.0392	0.0573	0.0662	0.0926	0.0392	0.0531	0.0579	0.0531	0.0356	0.01	0.0226	0.01	0.0224
chr2L	19571622	19571835	chr2L:19571623-19571835	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.184	0.1908	0.2034	0.155	0.1612	0.2029	0.2033	0.2445	0.1612	0.2174	0.263	0.2174	0.1913	0.173	0.2302	0.173	0.1527
chr2L	19571971	19572201	chr2L:19571972-19572201	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.273	0.28	0.3088	0.226	0.2333	0.3058	0.3149	0.3291	0.2333	0.3659	0.3556	0.3659	0.2626	0.2466	0.274	0.2466	0.1991
chr2L	19572554	19572768	chr2L:19572555-19572768	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2432	0.2382	0.2995	0.187	0.176	0.2898	0.2297	0.3151	0.176	0.3593	0.3444	0.3593	0.2688	0.1922	0.2353	0.1922	0.2371
chr2L	19575200	19575719	chr2L:19575201-19575719	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.3971	0.3031	0.5056	0.383	0.1866	0.3995	0.2958	0.3604	0.1866	0.6292	0.5466	0.6292	0.5128	0.4119	0.4262	0.4119	0.4638
chr2L	19577599	19577750	chr2L:19577600-19577750	FBgn0005672,FBgn0027949	msb1l,spi	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1466	0.1454	0.1702	0.1221	0.1198	0.1714	0.1644	0.1486	0.1198	0.2089	0.1871	0.2089	0.1526	0.121	0.1335	0.121	0.1433
chr2L	19580341	19580516	chr2L:19580342-19580516	FBgn0032811	CG10268	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1555	0.1462	0.1897	0.1284	0.1103	0.1714	0.1605	0.1765	0.1103	0.2367	0.2096	0.2367	0.1805	0.1409	0.1522	0.1409	0.1501
chr2L	19582155	19582334	chr2L:19582156-19582334	FBgn0032812	Hakai	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0895	0.072	0.1119	0.0845	0.0445	0.0762	0.093	0.0773	0.0445	0.1443	0.1161	0.1443	0.1201	0.0988	0.0883	0.0988	0.1068
chr2L	19582411	19582574	chr2L:19582412-19582574	FBgn0032812	Hakai	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1478	0.1311	0.1756	0.1359	0.1071	0.1417	0.1609	0.1386	0.1071	0.2277	0.1871	0.2277	0.1681	0.1478	0.1406	0.1478	0.1683
chr2L	19583922	19584114	chr2L:19583923-19584114	FBgn0032813,FBgn0032814	CG10262,CG10366	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.114	0.175	0.1088	0.0679	0.1296	0.1311	0.1412	0.0679	0.2144	0.1916	0.2144	0.1836	0.1172	0.1161	0.1172	0.1329
chr2L	19584153	19584339	chr2L:19584154-19584339	FBgn0032813,FBgn0032814	CG10262,CG10366	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1475	0.1269	0.1956	0.1178	0.0933	0.1553	0.1371	0.1366	0.0933	0.2421	0.2138	0.2421	0.189	0.144	0.109	0.144	0.1454
chr2L	19586512	19586663	chr2L:19586513-19586663	FBgn0000464	Lar	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.0304	0.0406	0.0525	0.0127	0.0335	0.0394	0.0326	0.0127	0.0513	0.0373	0.0513	0.0341	0.0375	0.0193	0.0375	0.0292
chr2L	19587112	19587296	chr2L:19587113-19587296	FBgn0000464	Lar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1709	0.1449	0.2081	0.159	0.0923	0.1743	0.1622	0.1746	0.0923	0.2742	0.2241	0.2742	0.206	0.1769	0.1593	0.1769	0.186
chr2L	19587386	19587560	chr2L:19587387-19587560	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.0931	0.1419	0.1145	0.0541	0.1155	0.0969	0.1146	0.0541	0.1769	0.1572	0.1769	0.1418	0.1248	0.1264	0.1248	0.1371
chr2L	19587625	19587845	chr2L:19587626-19587845	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0592	0.0513	0.0695	0.0567	0.0159	0.0607	0.0575	0.0673	0.0159	0.0888	0.0814	0.0888	0.0589	0.0536	0.087	0.0536	0.0604
chr2L	19589092	19589243	chr2L:19589093-19589243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0187	0.0227	0.0181	0.0053	0.0155	0.0294	0.02	0.0053	0.0109	0.0167	0.0109	0.0163	0.0107	0.0123	0.0107	0.0083
chr2L	19590394	19590604	chr2L:19590395-19590604	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.045	0.0341	0.0334	0.0699	0.0255	0.0354	0.0381	0.044	0.0255	0.0242	0.0299	0.0242	0.0418	0.0421	0.0574	0.0421	0.0771
chr2L	19590660	19590885	chr2L:19590661-19590885	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0628	0.0682	0.0548	0.0656	0.0445	0.0757	0.0644	0.1019	0.0445	0.0562	0.0408	0.0562	0.0364	0.0322	0.0355	0.0322	0.0516
chr2L	19596865	19597016	chr2L:19596866-19597016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0158	0.0259	0.014	0.0065	0.0106	0.0204	0.0277	0.0486	0.0106	0.0169	0.0177	0.0169	0.0085	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2L	19597073	19597224	chr2L:19597074-19597224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0135	0.0233	0.0105	0.0058	0.0074	0.0136	0.0285	0.0453	0.0074	0.0103	0.0148	0.0103	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr2L	19599572	19599723	chr2L:19599573-19599723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0095	0.0089	0.013	0.0032	0.0073	0.0125	0.0147	0.0032	0.0091	0.0103	0.0091	0.0062	0.0038	0.0064	0.0038	0.0052
chr2L	19602087	19602586	chr2L:19602088-19602586	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0518	0.0643	0.0442	0.0462	0.0371	0.0631	0.0774	0.0833	0.0371	0.0543	0.0395	0.0543	0.0178	0.0176	0.0129	0.0176	0.0089
chr2L	19602816	19602967	chr2L:19602817-19602967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0237	0.0335	0.0269	0.0093	0.0265	0.0272	0.0398	0.0466	0.0265	0.0393	0.0273	0.0393	0.0124	0.0061	0.0026	0.0061	0.0021
chr2L	19605544	19605695	chr2L:19605545-19605695	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0214	0.0138	0.035	0.0085	0.0243	0.0229	0.0313	0.0085	0.0145	0.0119	0.0145	0.0085	0.0077	0.0071	0.0077	0.0099
chr2L	19605751	19605959	chr2L:19605752-19605959	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.046	0.0661	0.0344	0.0363	0.0424	0.0791	0.0441	0.1206	0.0424	0.0399	0.0341	0.0399	0.0147	0.0123	0.0103	0.0123	0.0125
chr2L	19606291	19606570	chr2L:19606292-19606570	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0768	0.1244	0.05	0.0532	0.1029	0.1233	0.1125	0.1872	0.1029	0.0616	0.0508	0.0616	0.0108	0.0107	0.0161	0.0107	0.0104
chr2L	19606753	19606904	chr2L:19606754-19606904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.021	0.0333	0.0162	0.0125	0.0138	0.0252	0.0489	0.0433	0.0138	0.0151	0.0212	0.0151	0.0077	0.0077	0.0064	0.0077	0.0057
chr2L	19617343	19617590	chr2L:19617344-19617590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0188	0.0121	0.015	0.0085	0.0184	0.026	0.0213	0.0085	0.0145	0.0113	0.0145	0.0108	0.0092	0.009	0.0092	0.0052
chr2L	19619712	19619863	chr2L:19619713-19619863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0096	0.0075	0.0095	0.0074	0.0063	0.0177	0.006	0.0074	0.0042	0.0077	0.0042	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0052
chr2L	19627962	19628113	chr2L:19627963-19628113	distal	distal	none	none	VT10062.1,VT10063.1	VT10062.1,VT10063.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0155	0.009	0.0092	0.0095	0.0136	0.0225	0.0167	0.0095	0.0079	0.0084	0.0079	0.0101	0.0031	0.0026	0.0031	0.0036
chr2L	19629015	19629166	chr2L:19629016-19629166	distal	distal	none	none	VT10063.1	VT10063.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0145	0.0074	0.0093	0.0095	0.0155	0.0173	0.018	0.0095	0.0097	0.0071	0.0097	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr2L	19629941	19630092	chr2L:19629942-19630092	distal	distal	none	none	VT10063.1,VT10064.1	VT10063.1,VT10064.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0147	0.0082	0.0107	0.0032	0.0165	0.0173	0.0207	0.0032	0.0091	0.0074	0.0091	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0073
chr2L	19632647	19632798	chr2L:19632648-19632798	distal	distal	none	none	VT10065.1	VT10065.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0163	0.0288	0.0108	0.0085	0.0148	0.0519	0.0255	0.026	0.0148	0.0085	0.0093	0.0085	0.0194	0.01	0.0058	0.01	0.0052
chr2L	19639070	19639263	chr2L:19639071-19639263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0205	0.0312	0.0189	0.0103	0.0244	0.0199	0.0471	0.0373	0.0244	0.0223	0.0232	0.0223	0.0101	0.0084	0.0064	0.0084	0.0089
chr2L	19643651	19643936	chr2L:19643652-19643936	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0325	0.0462	0.0325	0.0173	0.0201	0.068	0.0446	0.0506	0.0201	0.0284	0.0203	0.0284	0.0116	0.0107	0.0045	0.0107	0.0047
chr2L	19650074	19650225	chr2L:19650075-19650225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0259	0.0171	0.0081	0.018	0.0209	0.0394	0.0293	0.018	0.0248	0.019	0.0248	0.0155	0.0069	0.009	0.0069	0.0083
chr2L	19651888	19652039	chr2L:19651889-19652039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0132	0.0114	0.0109	0.0074	0.0155	0.019	0.0127	0.0074	0.0175	0.0084	0.0175	0.0132	0.0031	0.0052	0.0031	0.0063
chr2L	19675090	19675249	chr2L:19675091-19675249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0277	0.0413	0.0226	0.0181	0.0201	0.0408	0.0545	0.0526	0.0201	0.0429	0.0199	0.0429	0.0147	0.0214	0.0187	0.0214	0.0229
chr2L	19687475	19687626	chr2L:19687476-19687626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.013	0.0203	0.0098	0.0082	0.0085	0.0335	0.0212	0.0167	0.0085	0.0115	0.0122	0.0115	0.0054	0.0061	0.0103	0.0061	0.0068
chr2L	19699668	19699819	chr2L:19699669-19699819	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0189	0.0361	0.0122	0.0071	0.0212	0.0243	0.0614	0.0386	0.0212	0.0157	0.0129	0.0157	0.0124	0.01	0.0045	0.01	0.0063
chr2L	19699835	19699986	chr2L:19699836-19699986	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0183	0.037	0.0098	0.0068	0.0212	0.0189	0.0584	0.0526	0.0212	0.0139	0.0113	0.0139	0.0093	0.0084	0.0071	0.0084	0.0063
chr2L	19700235	19700386	chr2L:19700236-19700386	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0181	0.0361	0.0103	0.0065	0.0233	0.0194	0.0727	0.028	0.0233	0.0109	0.0109	0.0109	0.0085	0.0046	0.0071	0.0046	0.0031
chr2L	19700460	19700611	chr2L:19700461-19700611	FBgn0005590	scw	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0186	0.041	0.0085	0.0047	0.0191	0.0199	0.0869	0.0353	0.0191	0.0079	0.0109	0.0079	0.0077	0.0038	0.0045	0.0038	0.0031
chr2L	19700872	19701098	chr2L:19700873-19701098	FBgn0005590	scw	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0346	0.0841	0.0099	0.0064	0.071	0.0282	0.1778	0.0626	0.071	0.0133	0.01	0.0133	0.0077	0.0069	0.0039	0.0069	0.0073
chr2L	19701235	19701448	chr2L:19701236-19701448	FBgn0005590	scw	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0259	0.0575	0.011	0.0068	0.0308	0.0248	0.1151	0.0533	0.0308	0.0127	0.0125	0.0127	0.0101	0.0084	0.0058	0.0084	0.0078
chr2L	19701923	19702074	chr2L:19701924-19702074	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0159	0.0282	0.0115	0.0068	0.0159	0.0209	0.0428	0.036	0.0159	0.0127	0.0122	0.0127	0.0101	0.0054	0.0077	0.0054	0.0042
chr2L	19702197	19702371	chr2L:19702198-19702371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.052	0.0128	0.0071	0.0435	0.0335	0.0822	0.0566	0.0435	0.0133	0.0141	0.0133	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0026
chr2L	19703189	19703397	chr2L:19703190-19703397	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.041	0.0937	0.0155	0.0102	0.071	0.0563	0.1951	0.0506	0.071	0.0229	0.0186	0.0229	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0099
chr2L	19713173	19713421	chr2L:19713174-19713421	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0252	0.0425	0.0169	0.015	0.0233	0.0408	0.0619	0.04	0.0233	0.0248	0.0145	0.0248	0.0155	0.0138	0.0077	0.0138	0.0089
chr2L	19714717	19714947	chr2L:19714718-19714947	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0616	0.0178	0.0082	0.0424	0.0451	0.0683	0.0959	0.0424	0.0217	0.019	0.0217	0.0163	0.0038	0.009	0.0038	0.0104
chr2L	19714982	19715133	chr2L:19714983-19715133	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0345	0.0113	0.0065	0.0201	0.0233	0.0489	0.0453	0.0201	0.0121	0.0141	0.0121	0.0101	0.0069	0.009	0.0069	0.0057
chr2L	19717142	19717448	chr2L:19717143-19717448	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0375	0.0537	0.0405	0.016	0.0255	0.0495	0.0908	0.0426	0.0255	0.0725	0.0357	0.0725	0.0341	0.0153	0.0148	0.0153	0.013
chr2L	19717619	19717837	chr2L:19717620-19717837	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.082	0.0349	0.0121	0.0944	0.0519	0.1375	0.0633	0.0944	0.0495	0.0395	0.0495	0.0263	0.0115	0.0155	0.0115	0.0089
chr2L	19718193	19718380	chr2L:19718194-19718380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0251	0.0431	0.0194	0.0111	0.0339	0.0238	0.0804	0.0326	0.0339	0.026	0.0251	0.026	0.0124	0.0191	0.009	0.0191	0.013
chr2L	19718454	19718624	chr2L:19718455-19718624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0339	0.015	0.0085	0.0286	0.0189	0.0644	0.02	0.0286	0.0211	0.0177	0.0211	0.0116	0.0161	0.0071	0.0161	0.0109
chr2L	19735455	19735608	chr2L:19735456-19735608	FBgn0032815,FBgn0032816	CG10462,Nf-YB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0648	0.0648	0.0493	0.0509	0.0573	0.0926	0.0653	0.0509	0.0809	0.0678	0.0809	0.0759	0.0735	0.0477	0.0735	0.0662
chr2L	19735652	19735822	chr2L:19735653-19735822	FBgn0032815,FBgn0032816	CG10462,Nf-YB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1289	0.1107	0.1547	0.121	0.0838	0.1223	0.1324	0.1252	0.0838	0.2005	0.163	0.2005	0.1681	0.1577	0.1464	0.1577	0.1673
chr2L	19735891	19736080	chr2L:19735892-19736080	FBgn0032815,FBgn0032816	CG10462,Nf-YB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2017	0.1793	0.2468	0.1771	0.1389	0.1981	0.1977	0.2192	0.1389	0.3116	0.2637	0.3116	0.2502	0.209	0.2044	0.209	0.2163
chr2L	19736198	19736485	chr2L:19736199-19736485	FBgn0032815,FBgn0032816	CG10462,Nf-YB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0845	0.0875	0.1053	0.0583	0.052	0.084	0.1228	0.0946	0.052	0.1347	0.1096	0.1347	0.0991	0.0513	0.0567	0.0513	0.0657
chr2L	19740875	19741026	chr2L:19740876-19741026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0249	0.0209	0.0362	0.0169	0.0138	0.0272	0.029	0.0193	0.0138	0.0586	0.0312	0.0586	0.0418	0.0222	0.0193	0.0222	0.0234
chr2L	19742086	19742237	chr2L:19742087-19742237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0214	0.0273	0.0208	0.0156	0.0064	0.0291	0.0316	0.0353	0.0064	0.0242	0.0251	0.0242	0.0139	0.0214	0.0213	0.0214	0.0141
chr2L	19742423	19742648	chr2L:19742424-19742648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0557	0.0749	0.0522	0.038	0.0445	0.0888	0.0761	0.0959	0.0445	0.0634	0.0614	0.0634	0.0488	0.0605	0.0438	0.0605	0.0453
chr2L	19742787	19743059	chr2L:19742788-19743059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0501	0.0319	0.0188	0.0244	0.0529	0.0657	0.0553	0.0244	0.0405	0.0344	0.0405	0.0349	0.0191	0.02	0.0191	0.0219
chr2L	19754485	19754636	chr2L:19754486-19754636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0241	0.0254	0.0287	0.0177	0.0106	0.0335	0.0316	0.026	0.0106	0.0187	0.0222	0.0187	0.0821	0.0138	0.0077	0.0138	0.0433
chr2L	19754772	19755323	chr2L:19754773-19755323	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.071	0.083	0.0699	0.0586	0.0361	0.1034	0.0969	0.0873	0.0361	0.0682	0.0547	0.0682	0.1541	0.0574	0.0522	0.0574	0.0881
chr2L	19756278	19756429	chr2L:19756279-19756429	FBgn0032817	CG10631	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0094	0.0051	0.008	0.0157	0	0.0068	0.0078	0.0047	0	0.0103	0.0051	0.0103	0.017	0.0276	0.011	0.0276	0.0141
chr2L	19756838	19757008	chr2L:19756839-19757008	FBgn0032817	CG10631	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0128	0.0261	0.0717	0.0021	0.0184	0.0143	0.014	0.0021	0.0169	0.0232	0.0169	0.0589	0.0597	0.0664	0.0597	0.1001
chr2L	19758511	19758714	chr2L:19758512-19758714	FBgn0032818,FBgn0032819	CG10463,CG10628	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0967	0.0859	0.1117	0.0925	0.0414	0.1131	0.0882	0.1059	0.0414	0.1401	0.1199	0.1401	0.1332	0.1118	0.0896	0.1118	0.1115
chr2L	19758762	19758955	chr2L:19758763-19758955	FBgn0032818,FBgn0032819	CG10463,CG10628	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1132	0.0996	0.1311	0.1088	0.0541	0.1359	0.0973	0.1126	0.0541	0.1594	0.1441	0.1594	0.1541	0.1248	0.1148	0.1248	0.1417
chr2L	19763598	19763749	chr2L:19763599-19763749	FBgn0032820	fbp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0126	0.0202	0.0416	0.0053	0.018	0.0186	0.0067	0.0053	0.0223	0.0215	0.0223	0.0341	0.0413	0.0471	0.0413	0.0761
chr2L	19764054	19764247	chr2L:19764055-19764247	FBgn0032820	fbp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0771	0.0231	0.0623	0.1539	0.0053	0.0413	0.0242	0.016	0.0053	0.0658	0.0611	0.0658	0.1216	0.219	0.1728	0.219	0.2454
chr2L	19764585	19764785	chr2L:19764586-19764785	FBgn0032820	fbp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0705	0.0207	0.0643	0.1329	0.0053	0.0335	0.0216	0.0193	0.0053	0.0707	0.0579	0.0707	0.1286	0.1669	0.1534	0.1669	0.2209
chr2L	19764889	19765040	chr2L:19764890-19765040	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.036	0.0168	0.0332	0.0604	0.0053	0.0238	0.0199	0.0167	0.0053	0.0242	0.0296	0.0242	0.0782	0.0452	0.0471	0.0452	0.1329
chr2L	19765531	19765694	chr2L:19765532-19765694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0126	0.0212	0.0347	0.0021	0.0136	0.0212	0.0113	0.0021	0.0103	0.0141	0.0103	0.0147	0.0123	0.0129	0.0123	0.0261
chr2L	19769192	19769366	chr2L:19769193-19769366	FBgn0000529	bsh	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.025	0.0316	0.0146	0.0074	0.033	0.0285	0.032	0.0074	0.0278	0.0238	0.0278	0.0155	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chr2L	19769808	19769979	chr2L:19769809-19769979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0217	0.0392	0.0359	0.0042	0.0359	0.013	0.0306	0.0042	0.0368	0.0309	0.0368	0.0155	0.0077	0.0103	0.0077	0.0057
chr2L	19772527	19772740	chr2L:19772528-19772740	distal	distal	stage11	stage11	VT10116.1,VT10117.1	VT10116.1,VT10117.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0238	0.0166	0.0312	0.0238	0.0032	0.0233	0.0212	0.0167	0.0032	0.0242	0.0251	0.0242	0.0108	0.0069	0.0135	0.0069	0.0146
chr2L	19773581	19773812	chr2L:19773582-19773812	distal	distal	stage5	stage5	VT10117.1	VT10117.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0241	0.0226	0.0256	0.0241	0.0042	0.0277	0.0255	0.0273	0.0042	0.0217	0.0219	0.0217	0.0093	0.0107	0.011	0.0107	0.0125
chr2L	19783834	19783985	chr2L:19783835-19783985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.013	0.0221	0.0269	0.0053	0.0141	0.0169	0.014	0.0053	0.0163	0.0341	0.0163	0.0178	0.0092	0.0935	0.0092	0.0089
chr2L	19784154	19784305	chr2L:19784155-19784305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.0193	0.0222	0.0245	0.0032	0.0194	0.0268	0.0247	0.0032	0.0236	0.0293	0.0236	0.0186	0.0092	0.0774	0.0092	0.0167
chr2L	19784805	19784956	chr2L:19784806-19784956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0233	0.0236	0.0234	0.023	0.0074	0.0233	0.0342	0.0266	0.0074	0.0211	0.0325	0.0211	0.0147	0.013	0.0496	0.013	0.0193
chr2L	19791043	19791343	chr2L:19791044-19791343	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2211	0.2066	0.2863	0.1656	0.1368	0.2578	0.2115	0.2492	0.1368	0.3653	0.299	0.3653	0.1975	0.1646	0.1161	0.1646	0.1313
chr2L	19791580	19791963	chr2L:19791581-19791963	FBgn0032821	CdGAPr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.283	0.2531	0.3299	0.2647	0.1835	0.3024	0.2764	0.2798	0.1835	0.3895	0.3637	0.3895	0.3029	0.2856	0.274	0.2856	0.2981
chr2L	19792057	19792240	chr2L:19792058-19792240	FBgn0032821	CdGAPr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1677	0.1603	0.1956	0.1454	0.106	0.184	0.1886	0.1732	0.106	0.2494	0.2087	0.2494	0.1766	0.16	0.1483	0.16	0.1761
chr2L	19792296	19792513	chr2L:19792297-19792513	FBgn0032821	CdGAPr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0872	0.093	0.1029	0.0635	0.0583	0.0932	0.1168	0.1079	0.0583	0.1226	0.1103	0.1226	0.0953	0.0781	0.069	0.0781	0.0756
chr2L	19795508	19795690	chr2L:19795509-19795690	FBgn0004811	fs(2)ltoPP43	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0715	0.0652	0.0862	0.0625	0.0339	0.065	0.0774	0.0899	0.0339	0.0978	0.0968	0.0978	0.0891	0.0735	0.0613	0.0735	0.0677
chr2L	19795739	19795918	chr2L:19795740-19795918	FBgn0004811,FBgn0263873	fs(2)ltoPP43,sick	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1365	0.1358	0.1621	0.1093	0.0976	0.1442	0.1497	0.1812	0.0976	0.1938	0.1833	0.1938	0.1402	0.1141	0.1006	0.1141	0.1136
chr2L	19796227	19796400	chr2L:19796228-19796400	FBgn0004811,FBgn0263873	fs(2)ltoPP43,sick	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0583	0.0492	0.0632	0.0632	0.0297	0.0524	0.0506	0.068	0.0297	0.0507	0.0653	0.0507	0.0496	0.0383	0.029	0.0383	0.0344
chr2L	19799635	19799810	chr2L:19799636-19799810	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0258	0.0155	0.0264	0.0366	0.0053	0.017	0.0225	0.0133	0.0053	0.0133	0.0151	0.0133	0.0054	0.0069	0.0052	0.0069	0.0063
chr2L	19800230	19800381	chr2L:19800231-19800381	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0116	0.014	0.0237	0.0032	0.0146	0.0156	0.0113	0.0032	0.0157	0.0125	0.0157	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chr2L	19802096	19802247	chr2L:19802097-19802247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0135	0.0142	0.0184	0.0042	0.0189	0.0195	0.0107	0.0042	0.0139	0.0119	0.0139	0.0101	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr2L	19807067	19807218	chr2L:19807068-19807218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.014	0.0107	0.0174	0.0032	0.0141	0.019	0.016	0.0032	0.0097	0.0135	0.0097	0.0046	0.0084	0.0058	0.0084	0.0078
chr2L	19807419	19807570	chr2L:19807420-19807570	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0156	0.0109	0.0135	0.0064	0.018	0.0242	0.014	0.0064	0.0127	0.008	0.0127	0.0132	0.0054	0.0019	0.0054	0.0047
chr2L	19809701	19809938	chr2L:19809702-19809938	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0366	0.0301	0.0377	0.017	0.0383	0.045	0.0446	0.017	0.026	0.0277	0.026	0.0163	0.0046	0.0058	0.0046	0.0099
chr2L	19810651	19810864	chr2L:19810652-19810864	FBgn0003931	snRNA:U4:38AB	stage11,stage14,stage5	none	VT10135.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1656	0.2886	0.1619	0.0322	0.2757	0.2772	0.3343	0.3471	0.2757	0.1479	0.1768	0.1479	0.1387	0.0291	0.0213	0.0291	0.0365
chr2L	19811733	19811951	chr2L:19811734-19811951	FBgn0043022	snRNA:U5:38ABa	none	none	VT10135.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0584	0.1179	0.0348	0.0178	0.0954	0.0927	0.1657	0.1432	0.0954	0.0314	0.0328	0.0314	0.0364	0.0168	0.0103	0.0168	0.0177
chr2L	19811953	19812163	chr2L:19811954-19812163	FBgn0003923,FBgn0043022	snRNA:U2:38ABb,snRNA:U5:38ABa	none	none	VT10135.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0723	0.1366	0.0533	0.0214	0.1273	0.1214	0.1786	0.1459	0.1273	0.0616	0.0505	0.0616	0.0542	0.026	0.0148	0.026	0.025
chr2L	19812482	19812669	chr2L:19812483-19812669	FBgn0003923,FBgn0043022	snRNA:U2:38ABb,snRNA:U5:38ABa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0983	0.163	0.0968	0.0277	0.1516	0.1519	0.1894	0.2052	0.1516	0.1262	0.1019	0.1262	0.0759	0.0444	0.0206	0.0444	0.024
chr2L	19815770	19815954	chr2L:19815771-19815954	FBgn0003922,FBgn0043021	snRNA:U2:38ABa,snRNA:U5:38ABb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1035	0.1962	0.0878	0.0173	0.1824	0.1777	0.2422	0.2285	0.1824	0.119	0.0929	0.119	0.0558	0.0123	0.0116	0.0123	0.0109
chr2L	19816276	19816525	chr2L:19816277-19816525	FBgn0003922,FBgn0043021	snRNA:U2:38ABa,snRNA:U5:38ABb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1092	0.207	0.0898	0.0213	0.193	0.1932	0.2595	0.2278	0.193	0.087	0.1084	0.087	0.0604	0.0161	0.0174	0.0161	0.0167
chr2L	19816661	19816862	chr2L:19816662-19816862	FBgn0043021	snRNA:U5:38ABb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0794	0.1441	0.0676	0.0201	0.1304	0.1209	0.1951	0.1519	0.1304	0.0652	0.0881	0.0652	0.0496	0.0115	0.02	0.0115	0.0203
chr2L	19817238	19817489	chr2L:19817239-19817489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.159	0.1725	0.1775	0.1235	0.1156	0.1893	0.2145	0.1919	0.1156	0.2023	0.199	0.2023	0.1557	0.1386	0.1257	0.1386	0.1271
chr2L	19819918	19820231	chr2L:19819919-19820231	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1182	0.1461	0.1341	0.0696	0.071	0.1529	0.1553	0.2165	0.071	0.1769	0.1174	0.1769	0.024	0.0046	0.0206	0.0046	0.0109
chr2L	19820684	19820884	chr2L:19820685-19820884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0415	0.0661	0.0387	0.0173	0.035	0.0738	0.0744	0.0893	0.035	0.0525	0.0376	0.0525	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0042
chr2L	19829475	19829662	chr2L:19829476-19829662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0142	0.0185	0.034	0.0032	0.015	0.0195	0.0187	0.0032	0.0205	0.0116	0.0205	0.0054	0.0123	0.0058	0.0123	0.0068
chr2L	19830304	19830459	chr2L:19830305-19830459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0117	0.0128	0.018	0.0064	0.0117	0.0151	0.0127	0.0064	0.0066	0.0122	0.0066	0.0031	0.0054	0.0052	0.0054	0.0031
chr2L	19830958	19831109	chr2L:19830959-19831109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0071	0.0121	0.0177	0.0011	0.0063	0.0121	0.0067	0.0011	0.0085	0.0093	0.0085	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chr2L	19831325	19831518	chr2L:19831326-19831518	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0115	0.0209	0.035	0	0.015	0.0182	0.0087	0	0.0072	0.0087	0.0072	0.0054	0.0031	0.0064	0.0031	0.0052
chr2L	19835626	19835819	chr2L:19835627-19835819	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0167	0.0225	0.0327	0.0106	0.0214	0.0199	0.0173	0.0106	0.0079	0.0119	0.0079	0.0085	0.0031	0.0052	0.0031	0.0057
chr2L	19836043	19836218	chr2L:19836044-19836218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0118	0.015	0.0287	0.0064	0.0117	0.0203	0.0087	0.0064	0.0079	0.0122	0.0079	0.0077	0.0061	0.0052	0.0061	0.0094
chr2L	19836600	19836751	chr2L:19836601-19836751	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0086	0.0152	0.0377	0.0042	0.0083	0.0121	0.0087	0.0042	0.0072	0.0109	0.0072	0.0046	0.0038	0.0071	0.0038	0.0104
chr2L	19836813	19836968	chr2L:19836814-19836968	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0213	0.0113	0.0173	0.0368	0.0064	0.0078	0.0212	0.0087	0.0064	0.0091	0.0074	0.0091	0.0093	0.0054	0.0058	0.0054	0.0099
chr2L	19837351	19837502	chr2L:19837352-19837502	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0077	0.0124	0.0262	0.0021	0.0068	0.0156	0.0053	0.0021	0.006	0.0077	0.006	0.0062	0.0031	0.0058	0.0031	0.0073
chr2L	19841642	19841891	chr2L:19841643-19841891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0198	0.0179	0.0214	0.0095	0.0223	0.0303	0.0153	0.0095	0.0127	0.0219	0.0127	0.0116	0.013	0.0077	0.013	0.0125
chr2L	19842800	19842951	chr2L:19842801-19842951	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.006	0.0077	0.0104	0.0021	0.0058	0.0099	0.0053	0.0021	0.0127	0.0074	0.0127	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	19843151	19843302	chr2L:19843152-19843302	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0079	0.0052	0.007	0.012	0.0021	0.0049	0.0099	0.0033	0.0021	0.0097	0.0039	0.0097	0.0046	0.0123	0.0045	0.0123	0.0068
chr2L	19846449	19846600	chr2L:19846450-19846600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0218	0.0189	0.023	0.0237	0.0064	0.0184	0.032	0.0167	0.0064	0.0284	0.0273	0.0284	0.0163	0.0521	0.0193	0.0521	0.0125
chr2L	19847244	19847395	chr2L:19847245-19847395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.014	0.01	0.0114	0.0214	0.0053	0.0078	0.0177	0.008	0.0053	0.0242	0.0103	0.0242	0.0085	0.0827	0.0077	0.0827	0.0042
chr2L	19847712	19847901	chr2L:19847713-19847901	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0252	0.0116	0.0315	0.0334	0.0053	0.0165	0.0134	0.0093	0.0053	0.0827	0.0232	0.0827	0.0178	0.1233	0.011	0.1233	0.0104
chr2L	19849901	19850081	chr2L:19849902-19850081	distal	distal	stage14	stage14	Unspecified_6419	Unspecified_6419	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0232	0.0083	0.0147	0.049	0.0011	0.0102	0.0134	0.006	0.0011	0.0302	0.0109	0.0302	0.0178	0.1593	0.0335	0.1593	0.0292
chr2L	19854751	19854902	chr2L:19854752-19854902	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.006	0.0091	0.0159	0.0032	0.0063	0.0108	0.004	0.0032	0.0079	0.0093	0.0079	0.0039	0.0054	0.0064	0.0054	0.0115
chr2L	19856736	19856887	chr2L:19856737-19856887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0117	0.0131	0.0135	0.0053	0.0102	0.0164	0.0147	0.0053	0.0157	0.0141	0.0157	0.0077	0.0077	0.0071	0.0077	0.0104
chr2L	19859921	19860137	chr2L:19859922-19860137	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0259	0.0452	0.0245	0.0058	0.017	0.034	0.0562	0.0733	0.017	0.0229	0.035	0.0229	0.0062	0.0061	0.0039	0.0061	0.0021
chr2L	19864239	19864393	chr2L:19864240-19864393	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0206	0.0133	0.0192	0.0302	0.0074	0.0136	0.0195	0.018	0.0074	0.0477	0.0167	0.0477	0.0062	0.1141	0.0181	0.1141	0.012
chr2L	19865387	19865579	chr2L:19865388-19865579	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1164	0.1179	0.1376	0.0916	0.0689	0.1257	0.1263	0.1646	0.0689	0.1268	0.1952	0.1268	0.103	0.1309	0.1328	0.1309	0.0787
chr2L	19865668	19865982	chr2L:19865669-19865982	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2073	0.2512	0.2253	0.1384	0.211	0.2529	0.276	0.3245	0.211	0.1377	0.355	0.1377	0.1774	0.1248	0.2579	0.1248	0.1417
chr2L	19866450	19866601	chr2L:19866451-19866601	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0467	0.0506	0.0624	0.0251	0.0244	0.0437	0.0549	0.0833	0.0244	0.0242	0.127	0.0242	0.0163	0.0069	0.0683	0.0069	0.013
chr2L	19866765	19867031	chr2L:19866766-19867031	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1345	0.1882	0.1574	0.0494	0.1379	0.1325	0.2184	0.3051	0.1379	0.0586	0.3222	0.0586	0.0302	0.0199	0.1367	0.0199	0.0172
chr2L	19867257	19867469	chr2L:19867258-19867469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0491	0.0553	0.0618	0.0281	0.0265	0.0374	0.0757	0.0866	0.0265	0.0242	0.1228	0.0242	0.0217	0.0084	0.0767	0.0084	0.0125
chr2L	19869523	19869690	chr2L:19869524-19869690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0374	0.0375	0.0499	0.0235	0.0138	0.0311	0.0363	0.0746	0.0138	0.0151	0.1029	0.0151	0.017	0.0054	0.0645	0.0054	0.0083
chr2L	19872247	19872398	chr2L:19872248-19872398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0224	0.0185	0.0093	0.0064	0.015	0.0294	0.036	0.0064	0.0151	0.0267	0.0151	0.0124	0.01	0.0148	0.01	0.0026
chr2L	19872442	19872593	chr2L:19872443-19872593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0183	0.0254	0.018	0.0107	0.0074	0.018	0.0355	0.036	0.0074	0.0115	0.0293	0.0115	0.0116	0.0054	0.0219	0.0054	0.0052
chr2L	19875035	19875296	chr2L:19875036-19875296	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0273	0.0187	0.0109	0.0138	0.0126	0.035	0.0486	0.0138	0.0193	0.0267	0.0193	0.0116	0.0084	0.0168	0.0084	0.0083
chr2L	19877248	19877399	chr2L:19877249-19877399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.014	0.0143	0.019	0.0082	0.0064	0.0155	0.0182	0.0173	0.0064	0.0097	0.0296	0.0097	0.0209	0.0054	0.0129	0.0054	0.0052
chr2L	19877627	19877778	chr2L:19877628-19877778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0151	0.0236	0.0113	0.0021	0.018	0.0229	0.014	0.0021	0.0127	0.0431	0.0127	0.0108	0.0084	0.0206	0.0084	0.0057
chr2L	19884416	19884567	chr2L:19884417-19884567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0158	0.0195	0.0192	0.0085	0.0165	0.0251	0.0133	0.0085	0.0187	0.019	0.0187	0.0411	0.0123	0.0155	0.0123	0.0375
chr2L	19884748	19884911	chr2L:19884749-19884911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0234	0.0161	0.0249	0.0299	0.0053	0.0199	0.0247	0.0113	0.0053	0.0211	0.0215	0.0211	0.0581	0.026	0.0264	0.026	0.0584
chr2L	19886966	19887127	chr2L:19886967-19887127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0168	0.0279	0.0216	0.0053	0.0214	0.0203	0.0173	0.0053	0.0296	0.036	0.0296	0.0186	0.0184	0.0303	0.0184	0.0188
chr2L	19887527	19887728	chr2L:19887528-19887728	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1664	0.1452	0.2027	0.1504	0.1039	0.1549	0.1644	0.1785	0.1039	0.2488	0.2186	0.2488	0.2022	0.1493	0.1554	0.1493	0.1829
chr2L	19887880	19888086	chr2L:19887881-19888086	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.047	0.0353	0.052	0.0546	0.0244	0.0379	0.0454	0.0386	0.0244	0.0628	0.055	0.0628	0.055	0.0452	0.0464	0.0452	0.0615
chr2L	19888419	19888570	chr2L:19888420-19888570	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0065	0.0135	0.0252	0.0011	0.0083	0.0078	0.008	0.0011	0.0145	0.0148	0.0145	0.0108	0.0077	0.0077	0.0077	0.0125
chr2L	19889140	19889291	chr2L:19889141-19889291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0103	0.0128	0.0188	0.0032	0.0087	0.0169	0.012	0.0032	0.0157	0.0119	0.0157	0.0139	0.0107	0.0084	0.0107	0.0052
chr2L	19889454	19889605	chr2L:19889455-19889605	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0112	0.0159	0.0265	0.0021	0.0117	0.0173	0.012	0.0021	0.0151	0.0141	0.0151	0.0101	0.0069	0.0071	0.0069	0.0083
chr2L	19894990	19895143	chr2L:19894991-19895143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0265	0.0174	0.0273	0.0358	0.0074	0.016	0.0229	0.0233	0.0074	0.0338	0.0309	0.0338	0.0302	0.0551	0.0432	0.0551	0.0401
chr2L	19895373	19895570	chr2L:19895374-19895570	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0601	0.0305	0.0678	0.0847	0.0095	0.0403	0.032	0.0353	0.0095	0.1014	0.0714	0.1014	0.0682	0.1646	0.0858	0.1646	0.1027
chr2L	19895938	19896153	chr2L:19895939-19896153	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.128	0.09	0.1565	0.1394	0.0636	0.1126	0.0796	0.1259	0.0636	0.192	0.1698	0.192	0.1402	0.1937	0.1341	0.1937	0.1574
chr2L	19897036	19897263	chr2L:19897037-19897263	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0218	0.0631	0.0376	0.0085	0.0291	0.0208	0.0306	0.0085	0.0278	0.1125	0.0278	0.0294	0.0176	0.0883	0.0176	0.0193
chr2L	19897551	19897702	chr2L:19897552-19897702	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0301	0.0179	0.044	0.0284	0.0042	0.0218	0.0203	0.0213	0.0042	0.029	0.0688	0.029	0.0263	0.0283	0.0426	0.0283	0.024
chr2L	19898952	19899103	chr2L:19898953-19899103	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0228	0.0083	0.0181	0.0441	0.0011	0.0102	0.0134	0.0067	0.0011	0.0326	0.0148	0.0326	0.0201	0.1478	0.0226	0.1478	0.0135
chr2L	19900892	19901043	chr2L:19900893-19901043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.008	0.0141	0.024	0.0032	0.0068	0.0143	0.0067	0.0032	0.0109	0.0113	0.0109	0.0085	0.0084	0.009	0.0084	0.0099
chr2L	19901346	19901534	chr2L:19901347-19901534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0137	0.0244	0.0279	0.0042	0.0131	0.019	0.0153	0.0042	0.0163	0.0164	0.0163	0.0132	0.0123	0.0103	0.0123	0.0135
chr2L	19902317	19902468	chr2L:19902318-19902468	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0164	0.0101	0.0187	0.021	0.0011	0.016	0.0134	0.0087	0.0011	0.0266	0.0158	0.0266	0.0147	0.0475	0.0116	0.0475	0.0141
chr2L	19902707	19902920	chr2L:19902708-19902920	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0486	0.029	0.0687	0.0483	0.0095	0.0578	0.0277	0.0187	0.0095	0.093	0.0498	0.093	0.0496	0.0574	0.0303	0.0574	0.0344
chr2L	19902961	19903199	chr2L:19902962-19903199	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0666	0.0491	0.094	0.0561	0.0159	0.0859	0.0415	0.052	0.0159	0.1244	0.0646	0.1244	0.0519	0.0436	0.0297	0.0436	0.0354
chr2L	19903804	19903955	chr2L:19903805-19903955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.0107	0.0235	0.0196	0.0021	0.0131	0.016	0.0107	0.0021	0.032	0.0267	0.032	0.0139	0.0398	0.0181	0.0398	0.0099
chr2L	19907899	19908138	chr2L:19907900-19908138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0138	0.031	0.0305	0.0053	0.0107	0.0242	0.0133	0.0053	0.0236	0.0228	0.0236	0.031	0.0176	0.0181	0.0176	0.0214
chr2L	19914794	19914945	chr2L:19914795-19914945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.026	0.0363	0.0224	0.0106	0.0272	0.035	0.0293	0.0106	0.0362	0.046	0.0362	0.0248	0.0299	0.02	0.0299	0.0193
chr2L	19914996	19915147	chr2L:19914997-19915147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0336	0.032	0.0392	0.0292	0.0212	0.033	0.0398	0.034	0.0212	0.0459	0.0482	0.0459	0.0325	0.0207	0.0297	0.0207	0.0271
chr2L	19915306	19915495	chr2L:19915307-19915495	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1097	0.1059	0.127	0.0948	0.0753	0.1194	0.1263	0.1166	0.0753	0.1624	0.1383	0.1624	0.1115	0.0995	0.089	0.0995	0.1032
chr2L	19915744	19915895	chr2L:19915745-19915895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0302	0.0293	0.0241	0.0201	0.0257	0.045	0.032	0.0201	0.0356	0.0328	0.0356	0.0194	0.0207	0.0245	0.0207	0.0266
chr2L	19917123	19917324	chr2L:19917124-19917324	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0341	0.0177	0.0322	0.0544	0.0053	0.0218	0.0234	0.0193	0.0053	0.0169	0.0389	0.0169	0.0232	0.0176	0.0645	0.0176	0.0208
chr2L	19917979	19918190	chr2L:19917980-19918190	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.05	0.0197	0.0688	0.0634	0.0053	0.0267	0.0247	0.0207	0.0053	0.0737	0.0775	0.0737	0.072	0.0536	0.0683	0.0536	0.0589
chr2L	19918710	19918861	chr2L:19918711-19918861	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0163	0.0126	0.0201	0.0164	0.0042	0.018	0.0164	0.0087	0.0042	0.0199	0.0174	0.0199	0.0395	0.0153	0.0168	0.0153	0.0193
chr2L	19918956	19919107	chr2L:19918957-19919107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0144	0.0127	0.0188	0.0116	0.0042	0.0102	0.0203	0.014	0.0042	0.0133	0.0193	0.0133	0.0341	0.0123	0.0071	0.0123	0.0156
chr2L	19923876	19924073	chr2L:19923877-19924073	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0236	0.0108	0.0222	0.0394	0.0021	0.0083	0.0208	0.0113	0.0021	0.0242	0.0167	0.0242	0.0139	0.0138	0.0129	0.0138	0.0203
chr2L	19932477	19932742	chr2L:19932478-19932742	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0319	0.0113	0.0275	0.0597	0.0053	0.0184	0.0125	0.008	0.0053	0.0199	0.0196	0.0199	0.0736	0.0138	0.0335	0.0138	0.1511
chr2L	19934836	19934987	chr2L:19934837-19934987	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0472	0.0353	0.0761	0.0288	0.0201	0.0461	0.0437	0.0266	0.0201	0.1425	0.0598	0.1425	0.0294	0.023	0.0187	0.023	0.0229
chr2L	19935179	19935374	chr2L:19935180-19935374	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1698	0.1463	0.2226	0.1381	0.1166	0.1913	0.1631	0.1426	0.1166	0.349	0.2064	0.349	0.2215	0.17	0.158	0.17	0.2053
chr2L	19936777	19936972	chr2L:19936778-19936972	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0422	0.0991	0.0255	0.0265	0.0529	0.0623	0.0227	0.0265	0.1449	0.0768	0.1449	0.0294	0.0322	0.0245	0.0322	0.0261
chr2L	19937914	19938067	chr2L:19937915-19938067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0484	0.0636	0.0543	0.0251	0.0403	0.0549	0.1142	0.042	0.0403	0.0489	0.0794	0.0489	0.0442	0.0107	0.049	0.0107	0.0307
chr2L	19938103	19938306	chr2L:19938104-19938306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0548	0.0779	0.0558	0.0277	0.0636	0.0587	0.1401	0.05	0.0636	0.0344	0.0907	0.0344	0.0387	0.0107	0.0619	0.0107	0.0302
chr2L	19938765	19938953	chr2L:19938766-19938953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0378	0.0502	0.0443	0.0167	0.0297	0.0325	0.0826	0.0553	0.0297	0.0501	0.0601	0.0501	0.0232	0.0138	0.0193	0.0138	0.024
chr2L	19939141	19939322	chr2L:19939142-19939322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0466	0.0343	0.0726	0.0319	0.0074	0.0447	0.0489	0.0286	0.0074	0.1171	0.0916	0.1171	0.0294	0.0245	0.0464	0.0245	0.049
chr2L	19939754	19939954	chr2L:19939755-19939954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0232	0.0506	0.0363	0.0074	0.0267	0.0376	0.018	0.0074	0.0634	0.0672	0.0634	0.0287	0.0222	0.0825	0.0222	0.037
chr2L	19940099	19940361	chr2L:19940100-19940361	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0525	0.0363	0.069	0.0524	0.0106	0.0529	0.0497	0.0253	0.0106	0.1123	0.0762	0.1123	0.0496	0.0574	0.0799	0.0574	0.0667
chr2L	19942619	19942770	chr2L:19942620-19942770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0311	0.0218	0.0376	0.0345	0.0106	0.0301	0.0281	0.016	0.0106	0.0368	0.0447	0.0368	0.0411	0.0153	0.0232	0.0153	0.0724
chr2L	19943256	19943441	chr2L:19943257-19943441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0607	0.074	0.0384	0.0318	0.0694	0.0813	0.06	0.0318	0.0857	0.0916	0.0857	0.0558	0.0268	0.0522	0.0268	0.0448
chr2L	19943922	19944073	chr2L:19943923-19944073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0204	0.0357	0.0298	0.0011	0.0306	0.0298	0.0113	0.0011	0.0664	0.0318	0.0664	0.0256	0.0245	0.0297	0.0245	0.0537
chr2L	19944353	19944563	chr2L:19944354-19944563	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0587	0.0356	0.0845	0.0561	0.0074	0.0757	0.032	0.0213	0.0074	0.2162	0.0611	0.2162	0.0434	0.0888	0.0522	0.0888	0.0787
chr2L	19944953	19945244	chr2L:19944954-19945244	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0401	0.0189	0.048	0.0551	0.0042	0.0282	0.0251	0.0147	0.0042	0.0592	0.0666	0.0592	0.0387	0.0345	0.0916	0.0345	0.0875
chr2L	19949325	19949521	chr2L:19949326-19949521	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0601	0.0223	0.109	0.0487	0.0021	0.0369	0.0216	0.0247	0.0021	0.0411	0.217	0.0411	0.048	0.01	0.156	0.01	0.0234
chr2L	19949630	19949913	chr2L:19949631-19949913	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.069	0.0318	0.1107	0.065	0.0085	0.0558	0.0307	0.0253	0.0085	0.0731	0.2064	0.0731	0.0395	0.0214	0.1586	0.0214	0.0745
chr2L	19951671	19951993	chr2L:19951672-19951993	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0742	0.0657	0.0968	0.0589	0.0148	0.1505	0.0476	0.0366	0.0148	0.2289	0.072	0.2289	0.0821	0.0482	0.0426	0.0482	0.1225
chr2L	19952216	19952496	chr2L:19952217-19952496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0416	0.034	0.0506	0.0402	0.0138	0.0549	0.0398	0.0213	0.0138	0.0942	0.0479	0.0942	0.0403	0.0383	0.0387	0.0383	0.0709
chr2L	19957831	19957982	chr2L:19957832-19957982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0281	0.0259	0.0324	0.0258	0.0223	0.0243	0.0385	0.0213	0.0223	0.0326	0.0357	0.0326	0.0263	0.0291	0.0284	0.0291	0.0375
chr2L	19958028	19958247	chr2L:19958029-19958247	FBgn0032833	CoIV	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0399	0.0364	0.0466	0.0365	0.0297	0.0379	0.0467	0.0366	0.0297	0.0537	0.0495	0.0537	0.0341	0.0413	0.038	0.0413	0.0459
chr2L	19958664	19958815	chr2L:19958665-19958815	FBgn0032833	CoIV	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0211	0.0222	0.0263	0.0201	0.0209	0.0234	0.0266	0.0201	0.0308	0.0209	0.0308	0.0294	0.036	0.0232	0.036	0.0292
chr2L	19958988	19959252	chr2L:19958989-19959252	FBgn0032833	CoIV	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0601	0.0583	0.0668	0.0549	0.0403	0.066	0.0722	0.0626	0.0403	0.0767	0.0695	0.0767	0.0899	0.0628	0.0496	0.0628	0.0714
chr2L	19959306	19959459	chr2L:19959307-19959459	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0253	0.036	0.0245	0.0148	0.0257	0.0363	0.024	0.0148	0.0399	0.0395	0.0399	0.0426	0.0268	0.029	0.0268	0.0281
chr2L	19960550	19960742	chr2L:19960551-19960742	FBgn0054051	CG34051	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0248	0.0273	0.028	0.0185	0.018	0.0257	0.0398	0.0253	0.018	0.032	0.0318	0.032	0.0333	0.0214	0.0123	0.0214	0.0302
chr2L	19960836	19960987	chr2L:19960837-19960987	FBgn0054051	CG34051	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0231	0.0259	0.0259	0.0169	0.0117	0.0257	0.0376	0.024	0.0117	0.0302	0.0293	0.0302	0.0341	0.0268	0.011	0.0268	0.0219
chr2L	19961318	19961558	chr2L:19961319-19961558	FBgn0054051,FBgn0262140	CG34051,CG42866	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0348	0.0362	0.0234	0.0212	0.0306	0.0528	0.032	0.0212	0.0417	0.0428	0.0417	0.0395	0.0283	0.0226	0.0283	0.0344
chr2L	19967547	19967730	chr2L:19967548-19967730	FBgn0014000	Hf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0137	0.0245	0.0221	0.0032	0.015	0.0251	0.0093	0.0032	0.0254	0.0183	0.0254	0.0635	0.0153	0.0123	0.0153	0.0552
chr2L	19974433	19974584	chr2L:19974434-19974584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0139	0.0223	0.0142	0.0043	0.0095	0.0131	0.0441	0.022	0.0095	0.0085	0.0209	0.0085	0.0108	0.0015	0.0084	0.0015	0.0031
chr2L	19985895	19986191	chr2L:19985896-19986191	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0184	0.017	0.0148	0.0042	0.0117	0.0294	0.026	0.0042	0.0217	0.0196	0.0217	0.007	0.0031	0.0084	0.0031	0.0057
chr2L	19987610	19987761	chr2L:19987611-19987761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.009	0.0088	0.0098	0.0084	0.0053	0.0058	0.0156	0.0073	0.0053	0.0066	0.0174	0.0066	0.0054	0.0077	0.0219	0.0077	0.0026
chr2L	19988543	19988694	chr2L:19988544-19988694	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0094	0.0054	0.0103	0.013	0.0011	0.0039	0.0108	0.0027	0.0011	0.0109	0.0116	0.0109	0.0132	0.01	0.0309	0.01	0.0078
chr2L	19988954	19989105	chr2L:19988955-19989105	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0099	0.0074	0.0108	0.0118	0.0053	0.0053	0.0138	0.004	0.0053	0.006	0.0154	0.006	0.0101	0.0084	0.0271	0.0084	0.0078
chr2L	20000312	20000463	chr2L:20000313-20000463	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0061	0.0088	0.0128	0.0032	0.0049	0.0108	0.004	0.0032	0.0072	0.0116	0.0072	0.0101	0.0054	0.0393	0.0054	0.0052
chr2L	20001191	20001342	chr2L:20001192-20001342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0085	0.0082	0.0141	0.0064	0.0039	0.0147	0.01	0.0064	0.0072	0.0116	0.0072	0.0093	0.0061	0.0387	0.0061	0.0083
chr2L	20004400	20004551	chr2L:20004401-20004551	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0116	0.0092	0.0105	0.0153	0.0042	0.0073	0.0147	0.0107	0.0042	0.0048	0.0125	0.0048	0.0201	0.0054	0.0264	0.0054	0.0198
chr2L	20005000	20005310	chr2L:20005001-20005310	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0245	0.0132	0.0245	0.0372	0.0032	0.0117	0.0251	0.0113	0.0032	0.0229	0.0344	0.0229	0.0271	0.0153	0.0909	0.0153	0.0354
chr2L	20016822	20016973	chr2L:20016823-20016973	FBgn0264443	CG43861	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0149	0.0088	0.0142	0.0226	0.0021	0.0058	0.0182	0.008	0.0021	0.0054	0.0209	0.0054	0.0225	0.0084	0.0683	0.0084	0.0135
chr2L	20017227	20017418	chr2L:20017228-20017418	FBgn0264443	CG43861	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0341	0.0196	0.0291	0.0558	0.0117	0.0155	0.0285	0.024	0.0117	0.0217	0.0373	0.0217	0.0418	0.0314	0.1212	0.0314	0.0448
chr2L	20017728	20017883	chr2L:20017729-20017883	FBgn0264443	CG43861	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.029	0.0244	0.0306	0.0323	0.017	0.0214	0.0281	0.0346	0.017	0.0338	0.0331	0.0338	0.0411	0.0314	0.0574	0.0314	0.0281
chr2L	20017919	20018109	chr2L:20017920-20018109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0336	0.0405	0.0355	0.0212	0.0291	0.0411	0.046	0.0212	0.0405	0.0511	0.0405	0.0457	0.0444	0.06	0.0444	0.0276
chr2L	20024378	20024593	chr2L:20024379-20024593	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0373	0.026	0.0362	0.0512	0.0138	0.0277	0.0311	0.0313	0.0138	0.0314	0.0386	0.0314	0.0534	0.0459	0.0516	0.0459	0.0672
chr2L	20027306	20027457	chr2L:20027307-20027457	FBgn0032840	sNPF	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0131	0.0121	0.0113	0.0163	0.0053	0.0068	0.0242	0.01	0.0053	0.0115	0.0122	0.0115	0.0132	0.0084	0.0116	0.0084	0.0135
chr2L	20027714	20027865	chr2L:20027715-20027865	FBgn0032840	sNPF	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0207	0.0153	0.0188	0.0288	0.0042	0.0107	0.0316	0.0113	0.0042	0.0187	0.0209	0.0187	0.0256	0.0145	0.0187	0.0145	0.0214
chr2L	20060907	20061072	chr2L:20060908-20061072	FBgn0014127,FBgn0019686	barr,lok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1851	0.1701	0.2223	0.1608	0.1198	0.1908	0.1877	0.2065	0.1198	0.2899	0.237	0.2899	0.2153	0.1753	0.185	0.1753	0.1855
chr2L	20061127	20061309	chr2L:20061128-20061309	FBgn0014127,FBgn0019686	barr,lok	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1746	0.1452	0.215	0.1632	0.1145	0.1684	0.1497	0.1785	0.1145	0.2681	0.2383	0.2681	0.1913	0.1891	0.1857	0.1891	0.186
chr2L	20061395	20061576	chr2L:20061396-20061576	FBgn0014127,FBgn0019686	barr,lok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2026	0.1781	0.2428	0.1859	0.123	0.2117	0.1856	0.2152	0.123	0.288	0.2778	0.288	0.2262	0.2029	0.2057	0.2029	0.2225
chr2L	20061628	20061779	chr2L:20061629-20061779	FBgn0019686	lok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0933	0.0851	0.1184	0.0748	0.0551	0.0942	0.0947	0.1066	0.0551	0.1256	0.1447	0.1256	0.1123	0.0888	0.087	0.0888	0.0954
chr2L	20062645	20062850	chr2L:20062646-20062850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.1343	0.0363	0.011	0.1548	0.0515	0.2288	0.1399	0.1548	0.038	0.0405	0.038	0.0426	0.013	0.0116	0.013	0.0099
chr2L	20065413	20065797	chr2L:20065414-20065797	FBgn0003978	vls	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1321	0.1441	0.1466	0.1029	0.1092	0.1437	0.1817	0.1639	0.1092	0.1902	0.1569	0.1902	0.1479	0.1371	0.1057	0.1371	0.1162
chr2L	20065974	20066125	chr2L:20065975-20066125	FBgn0003978,FBgn0045064	bwa,vls	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0551	0.0547	0.0676	0.0416	0.035	0.0592	0.0709	0.054	0.035	0.0791	0.0746	0.0791	0.0666	0.0406	0.0432	0.0406	0.0453
chr2L	20066254	20066451	chr2L:20066255-20066451	FBgn0045064	bwa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1562	0.151	0.1727	0.1439	0.1368	0.1617	0.1665	0.1839	0.1368	0.221	0.1836	0.221	0.1797	0.1263	0.1528	0.1263	0.1965
chr2L	20066584	20066765	chr2L:20066585-20066765	FBgn0045064	bwa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0649	0.0515	0.0751	0.0687	0.0223	0.0544	0.0623	0.066	0.0223	0.0894	0.0788	0.0894	0.0883	0.0674	0.0651	0.0674	0.0938
chr2L	20066908	20067085	chr2L:20066909-20067085	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0453	0.0426	0.0494	0.0439	0.0148	0.0505	0.0467	0.0546	0.0148	0.0562	0.0441	0.0562	0.0496	0.0268	0.0348	0.0268	0.0599
chr2L	20067952	20068161	chr2L:20067953-20068161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0461	0.0341	0.048	0.0575	0.0138	0.0403	0.0493	0.0333	0.0138	0.0471	0.0424	0.0471	0.0875	0.0191	0.0368	0.0191	0.1527
chr2L	20069351	20069682	chr2L:20069352-20069682	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0706	0.0656	0.0862	0.0592	0.0191	0.0714	0.0921	0.072	0.0191	0.0441	0.0791	0.0441	0.206	0.0184	0.0696	0.0184	0.1287
chr2L	20069705	20069935	chr2L:20069706-20069935	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0561	0.0482	0.0731	0.0461	0.0191	0.0583	0.0601	0.0546	0.0191	0.038	0.0666	0.038	0.1774	0.0176	0.0458	0.0176	0.1058
chr2L	20072495	20072646	chr2L:20072496-20072646	FBgn0032843	CG10730	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0247	0.0389	0.0214	0.0125	0.0255	0.0141	0.0822	0.026	0.0255	0.0169	0.0219	0.0169	0.038	0.0092	0.0116	0.0092	0.0271
chr2L	20073903	20074054	chr2L:20073904-20074054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0288	0.028	0.0289	0.0294	0.0085	0.0252	0.0446	0.0266	0.0085	0.0248	0.0312	0.0248	0.0488	0.0138	0.0135	0.0138	0.075
chr2L	20074880	20075031	chr2L:20074881-20075031	FBgn0003141	pr	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0386	0.0395	0.0425	0.0333	0.0286	0.0393	0.0545	0.0426	0.0286	0.0459	0.0495	0.0459	0.0449	0.0214	0.0342	0.0214	0.0573
chr2L	20075145	20075340	chr2L:20075146-20075340	FBgn0003141,FBgn0004374	neb,pr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1237	0.1184	0.1393	0.1124	0.0806	0.1267	0.1367	0.1479	0.0806	0.1787	0.1498	0.1787	0.1301	0.0995	0.1193	0.0995	0.1589
chr2L	20075369	20075556	chr2L:20075370-20075556	FBgn0003141,FBgn0004374	neb,pr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1812	0.1682	0.2131	0.1606	0.123	0.1728	0.2067	0.1952	0.123	0.2657	0.2289	0.2657	0.2146	0.1516	0.1838	0.1516	0.1933
chr2L	20075607	20075785	chr2L:20075608-20075785	FBgn0003141,FBgn0004374	neb,pr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1695	0.1623	0.197	0.1473	0.1071	0.1762	0.192	0.1899	0.1071	0.244	0.2074	0.244	0.1913	0.144	0.1618	0.144	0.1746
chr2L	20082317	20082468	chr2L:20082318-20082468	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0334	0.0217	0.013	0.0255	0.0335	0.0415	0.044	0.0255	0.0169	0.0241	0.0169	0.0341	0.0046	0.0129	0.0046	0.0219
chr2L	20082497	20082833	chr2L:20082498-20082833	distal	distal	stage5	stage5	VT10279.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0482	0.0648	0.0449	0.0333	0.0467	0.0607	0.096	0.066	0.0467	0.0489	0.0511	0.0489	0.0503	0.0161	0.0264	0.0161	0.0433
chr2L	20083000	20083287	chr2L:20083001-20083287	distal	distal	stage5	stage5	VT10279.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0583	0.0515	0.0657	0.0578	0.0233	0.0709	0.061	0.054	0.0233	0.0725	0.0762	0.0725	0.0767	0.0513	0.0664	0.0513	0.0813
chr2L	20083411	20083562	chr2L:20083412-20083562	distal	distal	none	none	VT10279.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0273	0.0224	0.028	0.032	0.017	0.0238	0.0303	0.02	0.017	0.0326	0.0257	0.0326	0.048	0.026	0.0335	0.026	0.0584
chr2L	20084643	20084899	chr2L:20084644-20084899	FBgn0263773	fok	none	none	VT10279.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0572	0.0565	0.0599	0.055	0.0361	0.0587	0.0657	0.072	0.0361	0.0531	0.0624	0.0531	0.0953	0.0613	0.0632	0.0613	0.0693
chr2L	20085007	20085224	chr2L:20085008-20085224	FBgn0263773	fok	stage11,stage14,stage5	none	VT10279.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1186	0.0891	0.131	0.1381	0.0657	0.1053	0.1021	0.0893	0.0657	0.1383	0.1299	0.1383	0.2022	0.16	0.1741	0.16	0.1933
chr2L	20086291	20086512	chr2L:20086292-20086512	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT10281.1	VT10281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0481	0.0404	0.0511	0.0535	0.0159	0.0485	0.0562	0.04	0.0159	0.0356	0.0441	0.0356	0.1348	0.0322	0.0606	0.0322	0.1105
chr2L	20086786	20086940	chr2L:20086787-20086940	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT10281.1	VT10281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0312	0.0279	0.0341	0.0316	0.0106	0.033	0.0368	0.0306	0.0106	0.0181	0.0254	0.0181	0.1061	0.0092	0.0155	0.0092	0.0865
chr2L	20091157	20091335	chr2L:20091158-20091335	FBgn0032845,FBgn0032846	CG10721,CG10747	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1584	0.1248	0.2044	0.1454	0.087	0.1592	0.1129	0.1539	0.087	0.2627	0.2312	0.2627	0.2161	0.1616	0.1567	0.1616	0.1902
chr2L	20091469	20091690	chr2L:20091470-20091690	FBgn0032845,FBgn0032846	CG10721,CG10747	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.123	0.1068	0.1494	0.1122	0.0764	0.1374	0.0995	0.1319	0.0764	0.1872	0.1749	0.1872	0.1611	0.1141	0.1154	0.1141	0.1641
chr2L	20093503	20093654	chr2L:20093504-20093654	FBgn0032847,FBgn0032848	Taf13,nesd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0588	0.0613	0.0707	0.0429	0.0392	0.0631	0.0688	0.0793	0.0392	0.0815	0.0794	0.0815	0.079	0.0391	0.0432	0.0391	0.0584
chr2L	20093761	20093958	chr2L:20093762-20093958	FBgn0032847,FBgn0032848	Taf13,nesd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1515	0.1402	0.1852	0.1273	0.0976	0.149	0.1687	0.1632	0.0976	0.2313	0.208	0.2313	0.1921	0.1271	0.1251	0.1271	0.1668
chr2L	20094024	20094231	chr2L:20094025-20094231	FBgn0032847,FBgn0032848	Taf13,nesd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.153	0.1463	0.1859	0.1245	0.106	0.1563	0.1808	0.1659	0.106	0.2355	0.2084	0.2355	0.1789	0.1455	0.1264	0.1455	0.1511
chr2L	20094288	20094484	chr2L:20094289-20094484	FBgn0032847,FBgn0032848	Taf13,nesd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0831	0.0927	0.0994	0.0546	0.0732	0.0864	0.1298	0.0946	0.0732	0.128	0.1113	0.128	0.103	0.075	0.058	0.075	0.0604
chr2L	20096855	20097085	chr2L:20096856-20097085	FBgn0032849,FBgn0032850	Kua,mRpS18B	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0666	0.0739	0.0758	0.0483	0.052	0.0786	0.09	0.0906	0.052	0.0966	0.0794	0.0966	0.0875	0.0544	0.0509	0.0544	0.0688
chr2L	20097151	20097344	chr2L:20097152-20097344	FBgn0032849,FBgn0032850	Kua,mRpS18B	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0687	0.0825	0.0695	0.0509	0.0777	0.0744	0.0859	0.0509	0.1045	0.0926	0.1045	0.0899	0.0789	0.0741	0.0789	0.0891
chr2L	20097398	20097571	chr2L:20097399-20097571	FBgn0032849,FBgn0032850	Kua,mRpS18B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0516	0.066	0.0531	0.0276	0.0553	0.0631	0.0633	0.0276	0.0888	0.0695	0.0888	0.0744	0.0559	0.0658	0.0559	0.062
chr2L	20097774	20098010	chr2L:20097775-20098010	FBgn0032850	Kua	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1098	0.08	0.132	0.1188	0.0308	0.1068	0.0869	0.0873	0.0308	0.1932	0.136	0.1932	0.1588	0.1669	0.1225	0.1669	0.1558
chr2L	20098267	20098504	chr2L:20098268-20098504	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0738	0.0877	0.0749	0.057	0.0509	0.0816	0.1246	0.0913	0.0509	0.1039	0.0852	0.1039	0.0697	0.0636	0.0619	0.0636	0.0703
chr2L	20104305	20104474	chr2L:20104306-20104474	FBgn0032851	CG13970	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0346	0.0491	0.0316	0.0217	0.0361	0.0379	0.0835	0.0453	0.0361	0.0302	0.0344	0.0302	0.0418	0.0222	0.0174	0.0222	0.0297
chr2L	20104626	20104820	chr2L:20104627-20104820	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.1469	0.0991	0.0745	0.1379	0.1184	0.2193	0.1372	0.1379	0.1274	0.1045	0.1274	0.0945	0.0819	0.0619	0.0819	0.0933
chr2L	20110623	20110774	chr2L:20110624-20110774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0116	0.0197	0.0104	0.0039	0.0095	0.0126	0.0368	0.0187	0.0095	0.0133	0.0119	0.0133	0.0085	0.0023	0.0052	0.0023	0.0047
chr2L	20115908	20116134	chr2L:20115909-20116134	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0804	0.0812	0.015	0.0541	0.0646	0.1298	0.0713	0.0541	0.1111	0.0987	0.1111	0.0604	0.0207	0.0193	0.0207	0.0162
chr2L	20120462	20120656	chr2L:20120463-20120656	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.0907	0.1112	0.0588	0.0668	0.0927	0.1125	0.1073	0.0668	0.1353	0.126	0.1353	0.1108	0.0528	0.0729	0.0528	0.0558
chr2L	20121003	20121275	chr2L:20121004-20121275	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2393	0.1948	0.2977	0.2249	0.14	0.2364	0.2115	0.2105	0.14	0.3744	0.3302	0.3744	0.268	0.2328	0.2295	0.2328	0.2527
chr2L	20125280	20125431	chr2L:20125281-20125431	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.021	0.0274	0.0273	0.007	0.0117	0.0248	0.0376	0.0373	0.0117	0.0682	0.0206	0.0682	0.0124	0.0092	0.0039	0.0092	0.0083
chr2L	20128479	20128630	chr2L:20128480-20128630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0216	0.0313	0.0097	0.0117	0.0184	0.035	0.0187	0.0117	0.0411	0.0354	0.0411	0.0287	0.01	0.0123	0.01	0.0063
chr2L	20129170	20129353	chr2L:20129171-20129353	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0138	0.0208	0.0182	0.0042	0.0136	0.0216	0.012	0.0042	0.0205	0.0212	0.0205	0.0093	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	20132672	20132823	chr2L:20132673-20132823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0121	0.0066	0.0117	0.0042	0.0063	0.0229	0.0133	0.0042	0.003	0.0058	0.003	0.0046	0.0038	0.0013	0.0038	0.0026
chr2L	20148171	20148322	chr2L:20148172-20148322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0329	0.0383	0.0312	0.0201	0.0359	0.0484	0.0273	0.0201	0.0531	0.0376	0.0531	0.0442	0.0322	0.0277	0.0322	0.036
chr2L	20148490	20148664	chr2L:20148491-20148664	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1874	0.1782	0.2104	0.1725	0.1347	0.1913	0.2128	0.1979	0.1347	0.2911	0.218	0.2911	0.2231	0.1937	0.1754	0.1937	0.2032
chr2L	20148832	20149033	chr2L:20148833-20149033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0425	0.0496	0.0368	0.0407	0.0308	0.0495	0.0662	0.0533	0.0308	0.0477	0.0421	0.0477	0.0318	0.0536	0.0471	0.0536	0.0427
chr2L	20164673	20164877	chr2L:20164674-20164877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0265	0.0436	0.0259	0.0079	0.0233	0.0413	0.0619	0.0453	0.0233	0.0272	0.0347	0.0272	0.0217	0.0077	0.011	0.0077	0.0094
chr2L	20164976	20165264	chr2L:20164977-20165264	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0359	0.0512	0.0409	0.0134	0.0361	0.049	0.0692	0.0526	0.0361	0.0411	0.0582	0.0411	0.0325	0.0161	0.0123	0.0161	0.0193
chr2L	20165546	20165760	chr2L:20165547-20165760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0382	0.0489	0.0424	0.0216	0.0456	0.0451	0.0644	0.0426	0.0456	0.0326	0.0592	0.0326	0.048	0.0161	0.0232	0.0161	0.0375
chr2L	20165806	20166105	chr2L:20165807-20166105	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0545	0.0759	0.0593	0.0255	0.0901	0.0641	0.0952	0.0713	0.0901	0.0441	0.0871	0.0441	0.0627	0.0199	0.0277	0.0199	0.0422
chr2L	20170048	20170245	chr2L:20170049-20170245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0388	0.0525	0.0406	0.0216	0.0329	0.049	0.0683	0.0613	0.0329	0.0356	0.0524	0.0356	0.0434	0.0168	0.0206	0.0168	0.0302
chr2L	20172300	20172451	chr2L:20172301-20172451	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0238	0.0297	0.0269	0.0139	0.0212	0.0238	0.0515	0.0213	0.0212	0.0368	0.0318	0.0368	0.0232	0.0214	0.0142	0.0214	0.0182
chr2L	20175069	20175253	chr2L:20175070-20175253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0265	0.022	0.0313	0.018	0.0218	0.0424	0.0227	0.018	0.0266	0.0219	0.0266	0.0248	0.0513	0.0174	0.0513	0.0547
chr2L	20201128	20201374	chr2L:20201129-20201374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0454	0.0747	0.0404	0.0182	0.0583	0.0752	0.0939	0.0819	0.0583	0.0344	0.0524	0.0344	0.0542	0.0199	0.0213	0.0199	0.0292
chr2L	20204888	20205111	chr2L:20204889-20205111	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0517	0.0798	0.0402	0.0329	0.0541	0.0966	0.0852	0.0833	0.0541	0.0483	0.0457	0.0483	0.0418	0.0536	0.0361	0.0536	0.0406
chr2L	20205163	20205382	chr2L:20205164-20205382	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0632	0.1159	0.0411	0.0287	0.0944	0.1325	0.1086	0.1526	0.0944	0.0495	0.0408	0.0495	0.0411	0.0436	0.0342	0.0436	0.0323
chr2L	20213092	20213243	chr2L:20213093-20213243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.031	0.0232	0.0316	0.0223	0.0311	0.0402	0.0326	0.0223	0.0242	0.0257	0.0242	0.0287	0.0299	0.0335	0.0299	0.0318
chr2L	20213431	20213618	chr2L:20213432-20213618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0376	0.0384	0.0312	0.0437	0.0223	0.0364	0.0584	0.0373	0.0223	0.0308	0.0331	0.0308	0.0442	0.0421	0.0426	0.0421	0.0505
chr2L	20213705	20213857	chr2L:20213706-20213857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0269	0.0226	0.0222	0.0369	0.0053	0.0228	0.0368	0.0187	0.0053	0.0211	0.0222	0.0211	0.0333	0.0291	0.0387	0.0291	0.0386
chr2L	20222859	20223169	chr2L:20222860-20223169	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.0388	0.0482	0.0536	0.0276	0.0374	0.0575	0.0313	0.0276	0.0562	0.0527	0.0562	0.0542	0.0436	0.0503	0.0436	0.0677
chr2L	20223365	20223516	chr2L:20223366-20223516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0126	0.0103	0.0082	0.0198	0.0053	0.0141	0.0156	0.0053	0.0053	0.0079	0.0061	0.0079	0.0186	0.0084	0.0123	0.0084	0.0203
chr2L	20225960	20226111	chr2L:20225961-20226111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0093	0.0097	0.0076	0.0106	0.0064	0.0058	0.019	0.008	0.0064	0.0139	0.0058	0.0139	0.0031	0.0038	6e-04	0.0038	0.0042
chr2L	20227423	20227574	chr2L:20227424-20227574	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0206	0.0318	0.0152	0.0141	0.017	0.0214	0.0575	0.028	0.017	0.0169	0.0122	0.0169	0.0155	0.01	0.0077	0.01	0.0146
chr2L	20229924	20230213	chr2L:20229925-20230213	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0327	0.013	0.0168	0.0721	0.0042	0.016	0.0208	0.0067	0.0042	0.0072	0.0141	0.0072	0.0271	0.0145	0.0554	0.0145	0.0792
chr2L	20231535	20231686	chr2L:20231536-20231686	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.006	0.0042	0.0106	0.0021	0.0049	0.0099	0.004	0.0021	0.006	0.0023	0.006	0.0039	0.0015	0.0019	0.0015	0.001
chr2L	20237000	20237151	chr2L:20237001-20237151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0129	0.0115	0.0098	0.0178	0.0021	0.0078	0.0234	0.0073	0.0021	0.0121	0.0058	0.0121	0.0077	8e-04	0.0052	8e-04	0.0052
chr2L	20238646	20238814	chr2L:20238647-20238814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.014	0.0195	0.0173	0.0042	0.0146	0.0177	0.0167	0.0042	0.0199	0.0135	0.0199	0.0201	0.013	0.0097	0.013	0.0177
chr2L	20242859	20243010	chr2L:20242860-20243010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0136	0.0098	0.029	0.0053	0.0131	0.0173	0.0187	0.0053	0.0091	0.0071	0.0091	0.007	0.0214	0.0045	0.0214	0.0083
chr2L	20248266	20248417	chr2L:20248267-20248417	FBgn0259996	CG40341	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0072	0.0056	0.0142	0.0064	0.0049	0.013	0.004	0.0064	0.0054	0.0045	0.0054	0.0085	0.0015	0.0045	0.0015	0.0052
chr2L	20248545	20248696	chr2L:20248546-20248696	FBgn0259996	CG40341	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0067	0.0067	0.0085	0.0064	0.0049	0.0125	0.002	0.0064	0.0109	0.0042	0.0109	0.0077	8e-04	0.0032	8e-04	0.0057
chr2L	20250183	20250334	chr2L:20250184-20250334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0106	0.0071	0.0156	0.0053	0.0112	0.016	0.008	0.0053	0.0079	0.0084	0.0079	0.007	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr2L	20251726	20251877	chr2L:20251727-20251877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0077	0.0052	0.0121	0.0053	0.0073	0.0125	0.0073	0.0053	0.006	0.0042	0.006	0.007	8e-04	0.0039	8e-04	0.0057
chr2L	20261776	20261927	chr2L:20261777-20261927	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0059	0.0047	0.0089	0.0021	0.0044	0.0112	0.0047	0.0021	0.0036	0.0026	0.0036	0.0062	8e-04	0.0032	8e-04	0.0026
chr2L	20262056	20262207	chr2L:20262057-20262207	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0041	0.0032	0.0028	0.0065	0.0021	0.0024	0.0061	0.0033	0.0021	0.0024	0.0019	0.0024	0.0031	0.0023	6e-04	0.0023	0.0021
chr2L	20264916	20265067	chr2L:20264917-20265067	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0082	0.0098	0.0203	0.0042	0.0087	0.0134	0.0073	0.0042	0.006	0.0087	0.006	0.0263	0.0046	0.0052	0.0046	0.0573
chr2L	20265250	20265401	chr2L:20265251-20265401	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.009	0.0088	0.0263	0.0042	0.0107	0.0147	0.0053	0.0042	0.0066	0.0068	0.0066	0.0232	0.0092	0.0064	0.0092	0.0756
chr2L	20287387	20287628	chr2L:20287388-20287628	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0606	0.0648	0.0683	0.0476	0.0392	0.0709	0.0865	0.0653	0.0392	0.0719	0.0814	0.0719	0.0844	0.049	0.0574	0.049	0.0703
chr2L	20290663	20290845	chr2L:20290664-20290845	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0243	0.0211	0.0306	0.0191	0.0209	0.0342	0.0233	0.0191	0.0266	0.0206	0.0266	0.0372	0.0299	0.0232	0.0299	0.0683
chr2L	20290875	20291055	chr2L:20290876-20291055	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0431	0.0451	0.034	0.051	0.0339	0.0432	0.0575	0.0473	0.0339	0.0411	0.0347	0.0411	0.055	0.0375	0.0542	0.0375	0.11
chr2L	20292381	20292532	chr2L:20292382-20292532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0146	0.0119	0.0106	0.0011	0.0131	0.0264	0.014	0.0011	0.0163	0.0119	0.0163	0.0101	0.0069	0.0084	0.0069	0.0073
chr2L	20292561	20292712	chr2L:20292562-20292712	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0151	0.0114	0.01	0.0042	0.0131	0.0264	0.0133	0.0042	0.0163	0.0103	0.0163	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.0073
chr2L	20293461	20293686	chr2L:20293462-20293686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0118	0.0131	0.0279	0.0053	0.0073	0.0216	0.0107	0.0053	0.0133	0.0141	0.0133	0.0163	0.0138	0.0155	0.0138	0.0396
chr2L	20294037	20294228	chr2L:20294038-20294228	FBgn0040996	CG12617	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.079	0.0992	0.0925	0.0424	0.0908	0.1016	0.0833	0.0424	0.1159	0.1113	0.1159	0.0937	0.0942	0.0974	0.0942	0.1204
chr2L	20294325	20294476	chr2L:20294326-20294476	FBgn0040996	CG12617	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0327	0.0383	0.028	0.017	0.0335	0.0493	0.0293	0.017	0.0405	0.0482	0.0405	0.0434	0.0368	0.0258	0.0368	0.0365
chr2L	20299848	20299999	chr2L:20299849-20299999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0122	0.0164	0.0088	0.0074	0.0092	0.019	0.0113	0.0074	0.0072	0.0315	0.0072	0.0062	0.0061	0.0264	0.0061	0.0042
chr2L	20300093	20300244	chr2L:20300094-20300244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.0125	0.0119	0.0099	0.0053	0.0092	0.019	0.0147	0.0053	0.0066	0.0199	0.0066	0.0093	0.0077	0.029	0.0077	0.0042
chr2L	20300491	20300642	chr2L:20300492-20300642	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0269	0.0104	0.0095	0.0085	0.015	0.051	0.0253	0.0085	0.0109	0.0141	0.0109	0.0093	0.01	0.0161	0.01	0.0104
chr2L	20310731	20310930	chr2L:20310732-20310930	FBgn0003475	spir	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1371	0.1502	0.1513	0.1069	0.1113	0.168	0.1613	0.1765	0.1113	0.2114	0.1656	0.2114	0.1294	0.1133	0.1167	0.1133	0.1292
chr2L	20311092	20311265	chr2L:20311093-20311265	FBgn0003475	spir	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.159	0.1589	0.1763	0.1401	0.1198	0.183	0.1713	0.1732	0.1198	0.212	0.1955	0.212	0.189	0.1577	0.1567	0.1577	0.1772
chr2L	20311510	20311668	chr2L:20311511-20311668	FBgn0003475	spir	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.033	0.0381	0.0331	0.027	0.0233	0.0325	0.0554	0.0366	0.0233	0.0338	0.0399	0.0338	0.0325	0.0268	0.0316	0.0268	0.0339
chr2L	20312978	20313129	chr2L:20312979-20313129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0135	0.0254	0.0252	0.0053	0.0107	0.0216	0.0127	0.0053	0.0139	0.0418	0.0139	0.0217	0.0077	0.0651	0.0077	0.0224
chr2L	20313175	20313326	chr2L:20313176-20313326	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0115	0.0255	0.0319	0.0064	0.0141	0.016	0.0113	0.0064	0.0139	0.0444	0.0139	0.0163	0.0069	0.0948	0.0069	0.0271
chr2L	20313328	20313479	chr2L:20313329-20313479	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0093	0.0274	0.0305	0.0021	0.0107	0.0164	0.0073	0.0021	0.0199	0.0434	0.0199	0.0256	0.0084	0.0851	0.0084	0.0292
chr2L	20313622	20313773	chr2L:20313623-20313773	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0118	0.0297	0.0221	0.0032	0.017	0.0169	0.0067	0.0032	0.0169	0.0537	0.0169	0.0225	0.0054	0.0658	0.0054	0.0177
chr2L	20314689	20314840	chr2L:20314690-20314840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0064	0.0113	0.0159	0.0011	0.0078	0.0095	0.008	0.0011	0.0103	0.0132	0.0103	0.0124	0.0061	0.0168	0.0061	0.0109
chr2L	20315012	20315163	chr2L:20315013-20315163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.008	0.0138	0.0191	0.0021	0.0078	0.013	0.008	0.0021	0.0127	0.0167	0.0127	0.0201	0.0123	0.0142	0.0123	0.0094
chr2L	20316384	20316535	chr2L:20316385-20316535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0101	0.0176	0.0169	0.0053	0.0097	0.0169	0.008	0.0053	0.0133	0.0196	0.0133	0.0356	0.01	0.0213	0.01	0.0287
chr2L	20316739	20316890	chr2L:20316740-20316890	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.0122	0.0235	0.0181	0.0053	0.0155	0.0182	0.0067	0.0053	0.0115	0.0154	0.0115	0.0813	0.0092	0.0135	0.0092	0.0396
chr2L	20316913	20317064	chr2L:20316914-20317064	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0216	0.0143	0.0291	0.0216	0.0053	0.0184	0.0212	0.0087	0.0053	0.0151	0.0248	0.0151	0.093	0.0115	0.0123	0.0115	0.0511
chr2L	20322039	20322305	chr2L:20322040-20322305	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0285	0.0516	0.0351	0.0148	0.0354	0.0381	0.024	0.0148	0.0223	0.0743	0.0223	0.0844	0.0138	0.0587	0.0138	0.0657
chr2L	20322349	20322500	chr2L:20322350-20322500	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0233	0.0305	0.0207	0.0117	0.0228	0.0342	0.026	0.0117	0.0181	0.0431	0.0181	0.0496	0.0069	0.0329	0.0069	0.0386
chr2L	20322586	20323001	chr2L:20322587-20323001	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0409	0.0562	0.0391	0.0258	0.0382	0.0515	0.0835	0.0546	0.0382	0.0405	0.0534	0.0405	0.0403	0.0191	0.0438	0.0191	0.0339
chr2L	20323010	20323181	chr2L:20323011-20323181	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0269	0.0348	0.0282	0.0166	0.0223	0.032	0.0532	0.0313	0.0223	0.032	0.0376	0.032	0.0248	0.0168	0.0284	0.0168	0.0182
chr2L	20325993	20326254	chr2L:20325994-20326254	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0282	0.0304	0.0344	0.0191	0.018	0.0175	0.0584	0.026	0.018	0.0193	0.0588	0.0193	0.0294	0.01	0.0509	0.01	0.012
chr2L	20326265	20326416	chr2L:20326266-20326416	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0189	0.0308	0.0177	0.0085	0.0175	0.0307	0.0153	0.0085	0.0193	0.054	0.0193	0.0194	0.0084	0.0458	0.0084	0.0135
chr2L	20326585	20326801	chr2L:20326586-20326801	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0305	0.0201	0.0402	0.0315	0.0053	0.0257	0.0277	0.0173	0.0053	0.0441	0.0601	0.0441	0.0279	0.0398	0.0671	0.0398	0.0224
chr2L	20329291	20329442	chr2L:20329292-20329442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0126	0.0107	0.0118	0.0064	0.0126	0.0221	0.0087	0.0064	0.0103	0.0154	0.0103	0.007	0.0038	0.0342	0.0038	0.0115
chr2L	20330801	20330952	chr2L:20330802-20330952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0085	0.0065	0.0088	0.0106	0.0021	0.0083	0.0108	0.0047	0.0021	0.0097	0.0113	0.0097	0.0116	0.0054	0.029	0.0054	0.0083
chr2L	20333049	20333200	chr2L:20333050-20333200	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0196	0.0304	0.016	0.0114	0.0159	0.0252	0.0415	0.0426	0.0159	0.0272	0.0148	0.0272	0.0139	0.0138	0.0161	0.0138	0.013
chr2L	20339126	20339281	chr2L:20339127-20339281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.013	0.01	0.0165	0.0124	0.0021	0.0131	0.0138	0.0087	0.0021	0.0079	0.0135	0.0079	0.0558	0.0031	0.0155	0.0031	0.0276
chr2L	20341038	20341189	chr2L:20341039-20341189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0201	0.0231	0.0213	0.0074	0.0248	0.026	0.0167	0.0074	0.0314	0.0254	0.0314	0.0232	0.0145	0.0329	0.0145	0.0271
chr2L	20341309	20341507	chr2L:20341310-20341507	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0605	0.0603	0.0683	0.0521	0.0424	0.0748	0.0675	0.064	0.0424	0.0857	0.082	0.0857	0.0651	0.0383	0.0709	0.0383	0.073
chr2L	20341564	20341861	chr2L:20341565-20341861	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0706	0.0508	0.0754	0.0873	0.0297	0.0602	0.0614	0.0513	0.0297	0.0845	0.0797	0.0845	0.0651	0.0276	0.069	0.0276	0.062
chr2L	20341998	20342149	chr2L:20341999-20342149	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0162	0.0225	0.0394	0.0021	0.0204	0.0225	0.0147	0.0021	0.0254	0.0164	0.0254	0.0132	0.0061	0.0193	0.0061	0.0193
chr2L	20349947	20350143	chr2L:20349948-20350143	FBgn0011638,FBgn0015803	La,rtGEF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1784	0.1731	0.2121	0.1473	0.1262	0.2146	0.1726	0.2012	0.1262	0.2729	0.2344	0.2729	0.2177	0.1769	0.1483	0.1769	0.185
chr2L	20350348	20350521	chr2L:20350349-20350521	FBgn0011638,FBgn0015803	La,rtGEF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1676	0.155	0.1997	0.1465	0.1188	0.1922	0.1587	0.1839	0.1188	0.2687	0.2164	0.2687	0.1983	0.1738	0.1541	0.1738	0.1709
chr2L	20350660	20351048	chr2L:20350661-20351048	FBgn0011638,FBgn0015803	La,rtGEF	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0861	0.1096	0.0739	0.0477	0.1015	0.0969	0.0993	0.0477	0.1413	0.1177	0.1413	0.1139	0.0819	0.0864	0.0819	0.0844
chr2L	20352305	20352533	chr2L:20352306-20352533	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0513	0.0364	0.057	0.0618	0.0117	0.0665	0.0333	0.03	0.0117	0.151	0.0415	0.151	0.0279	0.1953	0.0458	0.1953	0.0401
chr2L	20359229	20359380	chr2L:20359230-20359380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0121	0.0199	0.0104	0.0052	0.0074	0.0121	0.0342	0.024	0.0074	0.0169	0.0116	0.0169	0.007	0.0107	0.0039	0.0107	0.0036
chr2L	20367523	20367674	chr2L:20367524-20367674	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0122	0.0111	0.0129	0.0125	0.0053	0.0087	0.0229	0.006	0.0053	0.0163	0.0148	0.0163	0.0132	0.0061	0.0297	0.0061	0.0135
chr2L	20368917	20369068	chr2L:20368918-20369068	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0069	0.0057	0.0152	0.0032	0.0063	0.0117	0.0067	0.0032	0.0048	0.0077	0.0048	0.0062	0.0077	0.0438	0.0077	0.0104
chr2L	20375111	20375262	chr2L:20375112-20375262	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0077	0.008	0.0058	0.0093	0.0011	0.0078	0.016	0.0047	0.0011	0.0054	0.01	0.0054	0.0031	0.0038	0.029	0.0038	0.0063
chr2L	20379618	20379769	chr2L:20379619-20379769	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0082	0.0084	0.0109	0.0074	0.0058	0.0143	0.008	0.0074	0.0066	0.0125	0.0066	0.007	0.0023	0.0387	0.0023	0.0036
chr2L	20382245	20382417	chr2L:20382246-20382417	FBgn0032856	CG16798	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0121	0.0117	0.0368	0.0085	0.0126	0.0208	0.0073	0.0085	0.003	0.0193	0.003	0.0116	0.0031	0.1006	0.0031	0.0224
chr2L	20385450	20385608	chr2L:20385451-20385608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0283	0.0282	0.0242	0.0329	0.017	0.0257	0.0476	0.02	0.017	0.0302	0.0225	0.0302	0.0411	0.0352	0.0451	0.0352	0.0532
chr2L	20399330	20399536	chr2L:20399331-20399536	FBgn0032857	CG10947	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0228	0.0313	0.0536	0.0064	0.0306	0.0372	0.0133	0.0064	0.0296	0.027	0.0296	0.0666	0.0521	0.0374	0.0521	0.0974
chr2L	20414973	20415179	chr2L:20414974-20415179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.069	0.0664	0.0849	0.0544	0.0435	0.0728	0.0826	0.068	0.0435	0.1069	0.0894	0.1069	0.0953	0.0567	0.0567	0.0567	0.0776
chr2L	20416682	20416869	chr2L:20416683-20416869	FBgn0032858,FBgn0032859	Arc-p34,CG10949	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1438	0.1254	0.1651	0.1411	0.0795	0.1524	0.1384	0.1486	0.0795	0.2101	0.1862	0.2101	0.1696	0.1547	0.1534	0.1547	0.1657
chr2L	20417014	20417186	chr2L:20417015-20417186	FBgn0032858,FBgn0032859	Arc-p34,CG10949	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1922	0.1604	0.2251	0.1915	0.0944	0.1913	0.1778	0.1892	0.0944	0.2838	0.2537	0.2838	0.2122	0.2029	0.2095	0.2029	0.2288
chr2L	20417239	20417483	chr2L:20417240-20417483	FBgn0032858,FBgn0032859	Arc-p34,CG10949	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1726	0.1118	0.2135	0.1957	0.0583	0.1461	0.1129	0.1406	0.0583	0.2705	0.2373	0.2705	0.2301	0.2259	0.2366	0.2259	0.2496
chr2L	20417666	20417907	chr2L:20417667-20417907	FBgn0083038	snoRNA:Psi18S-525a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0823	0.045	0.0951	0.1102	0.0212	0.0675	0.0463	0.0486	0.0212	0.1105	0.0855	0.1105	0.1751	0.0911	0.1044	0.0911	0.1949
chr2L	20423198	20423414	chr2L:20423199-20423414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0327	0.0355	0.0364	0.0255	0.0127	0.0432	0.042	0.0406	0.0127	0.0441	0.0392	0.0441	0.0473	0.023	0.0219	0.023	0.0505
chr2L	20426058	20426209	chr2L:20426059-20426209	FBgn0263355	CG31688	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0275	0.0191	0.0239	0.0408	0.0085	0.0204	0.0285	0.018	0.0085	0.0248	0.0238	0.0248	0.0256	0.036	0.011	0.036	0.0234
chr2L	20426394	20426545	chr2L:20426395-20426545	FBgn0263355	CG31688	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0226	0.0251	0.0274	0.0095	0.0252	0.032	0.0213	0.0095	0.035	0.0264	0.035	0.0248	0.0222	0.0103	0.0222	0.0224
chr2L	20428464	20428615	chr2L:20428465-20428615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0407	0.0325	0.0386	0.0522	0.0212	0.0335	0.0402	0.034	0.0212	0.0405	0.0415	0.0405	0.0496	0.0505	0.0535	0.0505	0.0756
chr2L	20428856	20429037	chr2L:20428857-20429037	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2052	0.1735	0.2279	0.2156	0.1177	0.2107	0.1894	0.1912	0.1177	0.2772	0.2415	0.2772	0.2634	0.2404	0.2321	0.2404	0.2678
chr2L	20429234	20429389	chr2L:20429235-20429389	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0488	0.0346	0.041	0.0732	0.0159	0.0451	0.0428	0.032	0.0159	0.0465	0.0392	0.0465	0.0689	0.0896	0.0864	0.0896	0.1073
chr2L	20437012	20437163	chr2L:20437013-20437163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0097	0.008	0.0084	0.0021	0.0083	0.0147	0.0127	0.0021	0.0085	0.0084	0.0085	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chr2L	20463048	20463199	chr2L:20463049-20463199	FBgn0032864	CG2493	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0166	0.0166	0.0178	0.0153	0.0042	0.0214	0.0225	0.0133	0.0042	0.0229	0.0183	0.0229	0.0217	0.0153	0.0168	0.0153	0.0266
chr2L	20463321	20463524	chr2L:20463322-20463524	FBgn0032864	CG2493	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0335	0.0318	0.0327	0.0363	0.0106	0.0383	0.0394	0.0353	0.0106	0.0344	0.0338	0.0344	0.0511	0.0253	0.0361	0.0253	0.075
chr2L	20463704	20463874	chr2L:20463705-20463874	FBgn0032864	CG2493	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0276	0.0217	0.0211	0.0412	0.0106	0.0272	0.026	0.0207	0.0106	0.0223	0.0219	0.0223	0.0256	0.0429	0.0516	0.0429	0.0703
chr2L	20464484	20464668	chr2L:20464485-20464668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0821	0.0745	0.0925	0.0792	0.0541	0.0976	0.0783	0.074	0.0541	0.1401	0.0949	0.1401	0.0782	0.1103	0.0812	0.1103	0.0891
chr2L	20464740	20464931	chr2L:20464741-20464931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.051	0.0503	0.0571	0.045	0.0276	0.0714	0.0584	0.042	0.0276	0.0906	0.0611	0.0906	0.0449	0.0689	0.0413	0.0689	0.05
chr2L	20465155	20465306	chr2L:20465156-20465306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0198	0.0227	0.0184	0.018	0.0095	0.0291	0.0277	0.0247	0.0095	0.0314	0.0164	0.0314	0.0132	0.0306	0.0123	0.0306	0.0146
chr2L	20465496	20465647	chr2L:20465497-20465647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0189	0.0206	0.0165	0.0196	0.0095	0.0296	0.0238	0.0193	0.0095	0.0459	0.0103	0.0459	0.0062	0.0651	0.0116	0.0651	0.0089
chr2L	20469036	20469187	chr2L:20469037-20469187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0169	0.0161	0.0194	0.0152	0.0064	0.0238	0.0186	0.016	0.0064	0.0483	0.0141	0.0483	0.0108	0.0482	0.0116	0.0482	0.0057
chr2L	20470423	20470581	chr2L:20470424-20470581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0126	0.0086	0.0156	0.0138	0.0042	0.015	0.0082	0.0067	0.0042	0.0441	0.0087	0.0441	0.0116	0.0436	0.0064	0.0436	0.0042
chr2L	20471140	20471291	chr2L:20471141-20471291	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.008	0.0056	0.0062	0.0125	0.0011	0.0083	0.0087	0.0033	0.0011	0.0145	0.0051	0.0145	0.0023	0.0337	0.0019	0.0337	0.001
chr2L	20476729	20477328	chr2L:20476730-20477328	FBgn0262879	CG43234	stage11,stage14,stage5	none	mir-1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1154	0.1069	0.1322	0.1065	0.0488	0.2456	0.0731	0.054	0.0488	0.5024	0.0334	0.5024	0.0395	0.4387	0.0329	0.4387	0.0396
chr2L	20478570	20478824	chr2L:20478571-20478824	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0447	0.0273	0.0418	0.0673	0.0117	0.0607	0.026	0.0067	0.0117	0.1425	0.0138	0.1425	0.0194	0.2489	0.0245	0.2489	0.0344
chr2L	20481202	20481500	chr2L:20481203-20481500	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	miR-1(Biemar),miR-1_miR-1	miR-1(Biemar),miR-1_miR-1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.061	0.081	0.066	0.0333	0.0371	0.1995	0.0545	0.0227	0.0371	0.2361	0.0267	0.2361	0.0116	0.1172	0.0129	0.1172	0.0177
chr2L	20482706	20482857	chr2L:20482707-20482857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0344	0.0436	0.031	0.0279	0.0244	0.0772	0.0519	0.016	0.0244	0.1002	0.0119	0.1002	0.0178	0.1126	0.0084	0.1126	0.0057
chr2L	20483998	20484149	chr2L:20483999-20484149	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0336	0.026	0.025	0.0514	0.0117	0.0495	0.0272	0.014	0.0117	0.0797	0.0109	0.0797	0.0124	0.2374	0.009	0.2374	0.0078
chr2L	20484472	20484623	chr2L:20484473-20484623	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0345	0.0258	0.0329	0.046	0.0148	0.05	0.0264	0.012	0.0148	0.1021	0.0129	0.1021	0.0217	0.2052	0.009	0.2052	0.0078
chr2L	20484721	20484894	chr2L:20484722-20484894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0402	0.0351	0.0471	0.0382	0.017	0.0748	0.0346	0.0133	0.017	0.1715	0.0138	0.1715	0.0101	0.1631	0.0097	0.1631	0.0099
chr2L	20486338	20486627	chr2L:20486339-20486627	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0952	0.1378	0.0984	0.0441	0.106	0.2801	0.1181	0.0473	0.106	0.3804	0.0264	0.3804	0.0209	0.183	0.0142	0.183	0.0151
chr2L	20486993	20487157	chr2L:20486994-20487157	FBgn0262455	mir-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0403	0.0596	0.0362	0.0234	0.052	0.1233	0.0541	0.0133	0.052	0.1335	0.0093	0.1335	0.0116	0.0995	0.0071	0.0995	0.0073
chr2L	20487218	20487505	chr2L:20487219-20487505	FBgn0262455	mir-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0653	0.0928	0.0603	0.0401	0.0657	0.2063	0.0783	0.02	0.0657	0.2162	0.0206	0.2162	0.0163	0.1639	0.0123	0.1639	0.0146
chr2L	20487888	20488438	chr2L:20487889-20488438	FBgn0262455	mir-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1144	0.1489	0.1133	0.077	0.106	0.3049	0.1285	0.0566	0.106	0.3557	0.045	0.3557	0.0542	0.2887	0.0342	0.2887	0.025
chr2L	20488458	20488775	chr2L:20488459-20488775	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0877	0.1199	0.0869	0.0525	0.0838	0.2194	0.1012	0.0873	0.0838	0.2476	0.0392	0.2476	0.0434	0.1968	0.0142	0.1968	0.0172
chr2L	20489368	20489526	chr2L:20489369-20489526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0367	0.0369	0.041	0.0318	0.0212	0.0816	0.0281	0.0167	0.0212	0.1389	0.0167	0.1389	0.0124	0.1248	0.0116	0.1248	0.0078
chr2L	20494426	20494701	chr2L:20494427-20494701	FBgn0054007	CG34007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1553	0.1514	0.1378	0.1787	0.088	0.2272	0.1341	0.1626	0.088	0.1993	0.1363	0.1993	0.1263	0.2021	0.207	0.2021	0.2168
chr2L	20494915	20495141	chr2L:20494916-20495141	FBgn0054007	CG34007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0742	0.0482	0.0603	0.1185	0.0276	0.0684	0.0519	0.0446	0.0276	0.0598	0.0579	0.0598	0.0728	0.1194	0.1425	0.1194	0.1673
chr2L	20495239	20495459	chr2L:20495240-20495459	FBgn0054007	CG34007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.047	0.0557	0.0404	0.0447	0.0424	0.0602	0.08	0.0426	0.0424	0.0326	0.0338	0.0326	0.0271	0.0391	0.0355	0.0391	0.0401
chr2L	20496537	20496811	chr2L:20496538-20496811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.03	0.0175	0.0276	0.0318	0.0223	0.0571	0.01	0.0318	0.0229	0.0125	0.0229	0.0209	0.0237	0.0174	0.0237	0.0261
chr2L	20500193	20500344	chr2L:20500194-20500344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0098	0.0191	0.0052	0.0045	0.0212	0.0112	0.0385	0.0073	0.0212	0.0079	0.0064	0.0079	0.0023	0.0023	0.0039	0.0023	0.0057
chr2L	20504020	20504171	chr2L:20504021-20504171	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0061	0.0055	0.01	0.0042	0.0063	0.0091	0.0047	0.0042	0.0048	0.0045	0.0048	0.0031	0.0031	0.0013	0.0031	0.0036
chr2L	20526968	20527119	chr2L:20526969-20527119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0079	0.0104	0.017	0.0053	0.0078	0.0134	0.0047	0.0053	0.0133	0.0074	0.0133	0.0062	0.0084	0.0026	0.0084	0.0052
chr2L	20527323	20527474	chr2L:20527324-20527474	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0061	0.0058	0.0167	0.0095	0.0039	0.0108	0.004	0.0095	0.0054	0.0029	0.0054	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0021
chr2L	20529891	20530042	chr2L:20529892-20530042	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.0147	0.0138	0.0174	0.0074	0.0117	0.026	0.0113	0.0074	0.0151	0.0125	0.0151	0.0147	0.013	0.0123	0.013	0.0109
chr2L	20531587	20531738	chr2L:20531588-20531738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0085	0.0083	0.0055	0.012	0.0021	0.0058	0.0177	0.0047	0.0021	0.0036	0.0051	0.0036	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0047
chr2L	20532143	20532294	chr2L:20532144-20532294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0074	0.0047	0.016	0.0074	0.0053	0.0117	0.0053	0.0074	0.0066	0.0039	0.0066	0.0031	0.0069	0.0032	0.0069	0.0016
chr2L	20532632	20532783	chr2L:20532633-20532783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.008	0.0048	0.0074	0.0021	0.0097	0.013	0.0053	0.0021	0.0066	0.0045	0.0066	0.0031	0.0023	6e-04	0.0023	0.001
chr2L	20538962	20539113	chr2L:20538963-20539113	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0069	0.0047	0.018	0.0064	0.0073	0.0108	0.006	0.0064	0.0036	0.0045	0.0036	0.0046	0.0084	0.0039	0.0084	0.0068
chr2L	20539546	20539734	chr2L:20539547-20539734	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0106	0.0107	0.0259	0.0053	0.0107	0.0177	0.008	0.0053	0.006	0.0084	0.006	0.0093	0.0107	0.0052	0.0107	0.0094
chr2L	20548310	20548461	chr2L:20548311-20548461	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0054	0.0045	0.0038	0.0082	0.0021	0.0029	0.0091	0.0027	0.0021	0.0048	0.0035	0.0048	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0036
chr2L	20561377	20561684	chr2L:20561378-20561684	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0421	0.0409	0.031	0.0556	0.0233	0.0422	0.0562	0.0393	0.0233	0.0598	0.0199	0.0598	0.0132	0.0123	0.0084	0.0123	0.0073
chr2L	20561910	20562061	chr2L:20561911-20562061	FBgn0263533	mir-4973	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.0309	0.0184	0.0238	0.0255	0.0311	0.0446	0.0233	0.0255	0.0326	0.0132	0.0326	0.0108	0.0184	0.0045	0.0184	0.0089
chr2L	20562072	20562223	chr2L:20562073-20562223	FBgn0263533	mir-4973	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.021	0.0194	0.0174	0.0266	0.017	0.017	0.0303	0.0173	0.017	0.0302	0.0141	0.0302	0.0147	0.0138	0.0058	0.0138	0.0094
chr2L	20585820	20585971	chr2L:20585821-20585971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.01	0.0113	0.0157	0.0106	0.0083	0.0177	0.0047	0.0106	0.0175	0.0096	0.0175	0.0116	0.0061	0.0045	0.0061	0.0141
chr2L	20587413	20587564	chr2L:20587414-20587564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0152	0.0115	0.0134	0.0095	0.0141	0.026	0.0127	0.0095	0.0145	0.0119	0.0145	0.0054	0.0061	0.0052	0.0061	0.0057
chr2L	20587685	20587836	chr2L:20587686-20587836	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.013	0.0146	0.0159	0	0.0155	0.0212	0.0107	0	0.0139	0.0135	0.0139	0.0155	0.0092	0.009	0.0092	0.0125
chr2L	20601418	20601569	chr2L:20601419-20601569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0085	0.0072	0.0109	0.0021	0.0117	0.0108	0.0087	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0085	0.0069	0.0019	0.0069	0.0057
chr2L	20615844	20615995	chr2L:20615845-20615995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0121	0.0058	0.0124	0.0085	0.0078	0.0221	0.0107	0.0085	0.0079	0.0048	0.0079	0.0054	0.01	0.0039	0.01	0.0052
chr2L	20619478	20619629	chr2L:20619479-20619629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0077	0.0076	0.0121	0.0042	0.0049	0.0156	0.006	0.0042	0.0054	0.0074	0.0054	0.0062	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chr2L	20620949	20621100	chr2L:20620950-20621100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0073	0.0083	0.0049	0.0086	0.0042	0.0044	0.0164	0.0073	0.0042	0.0085	0.0045	0.0085	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.0016
chr2L	20621290	20621441	chr2L:20621291-20621441	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0055	0.0043	0.0081	0.0021	0.0039	0.0108	0.0033	0.0021	0.0036	0.0061	0.0036	0.0015	0.0038	0.0013	0.0038	0.0031
chr2L	20636657	20636808	chr2L:20636658-20636808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0161	0.0166	0.0164	0.0153	0.0064	0.0155	0.0255	0.0167	0.0064	0.0199	0.0193	0.0199	0.0147	0.013	0.0329	0.013	0.0135
chr2L	20638101	20638335	chr2L:20638102-20638335	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0364	0.0519	0.0379	0.0127	0.0427	0.0437	0.0453	0.0127	0.0628	0.0682	0.0628	0.0418	0.0452	0.0625	0.0452	0.0354
chr2L	20638507	20638723	chr2L:20638508-20638723	FBgn0262688	CR43158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1478	0.1252	0.1754	0.1427	0.0668	0.1422	0.1406	0.1712	0.0668	0.192	0.226	0.192	0.172	0.1654	0.2095	0.1654	0.1595
chr2L	20638889	20639040	chr2L:20638890-20639040	FBgn0262688	CR43158	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0264	0.0294	0.0272	0.0117	0.0267	0.035	0.03	0.0117	0.038	0.0331	0.038	0.0294	0.0291	0.0322	0.0291	0.036
chr2L	20639112	20639263	chr2L:20639113-20639263	FBgn0262688	CR43158	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0206	0.0192	0.0255	0.0169	0.0042	0.0184	0.0298	0.0187	0.0042	0.0332	0.0257	0.0332	0.0403	0.013	0.0219	0.013	0.0224
chr2L	20645373	20645569	chr2L:20645374-20645569	FBgn0016054,FBgn0032870	CG2608,phr6-4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0995	0.0814	0.1198	0.0976	0.0467	0.1102	0.0718	0.1086	0.0467	0.1655	0.1206	0.1655	0.1379	0.1187	0.0941	0.1187	0.1209
chr2L	20645702	20645868	chr2L:20645703-20645868	FBgn0016054,FBgn0032870	CG2608,phr6-4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1332	0.1137	0.1593	0.1264	0.071	0.1471	0.1103	0.1452	0.071	0.2089	0.1723	0.2089	0.1627	0.1623	0.1167	0.1623	0.1542
chr2L	20646022	20646173	chr2L:20646023-20646173	FBgn0016054,FBgn0032870	CG2608,phr6-4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0532	0.0615	0.0394	0.0223	0.0636	0.0631	0.0653	0.0223	0.0851	0.0672	0.0851	0.0581	0.0567	0.0258	0.0567	0.0542
chr2L	20647163	20647314	chr2L:20647164-20647314	FBgn0259936	Uhg3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0679	0.0601	0.0853	0.0577	0.035	0.0723	0.0644	0.0686	0.035	0.1135	0.09	0.1135	0.0945	0.0674	0.0542	0.0674	0.0808
chr2L	20647377	20647581	chr2L:20647378-20647581	FBgn0082937,FBgn0082938,FBgn0259936	Uhg3,snoRNA:Me28S-C2645a,snoRNA:Me28S-C2645b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1476	0.1282	0.1841	0.1292	0.0626	0.1684	0.1241	0.1599	0.0626	0.2289	0.1945	0.2289	0.2045	0.1516	0.1135	0.1516	0.1793
chr2L	20647599	20647750	chr2L:20647600-20647750	FBgn0082937,FBgn0082938,FBgn0259936	Uhg3,snoRNA:Me28S-C2645a,snoRNA:Me28S-C2645b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.071	0.1048	0.0684	0.0244	0.0981	0.0696	0.0859	0.0244	0.1329	0.1093	0.1329	0.117	0.0873	0.0658	0.0873	0.0922
chr2L	20648130	20648281	chr2L:20648131-20648281	FBgn0082936,FBgn0082937,FBgn0082938	snoRNA:Me28S-C2645a,snoRNA:Me28S-C2645b,snoRNA:Me28S-C2645c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.0506	0.0445	0.0253	0.0233	0.0573	0.0705	0.05	0.0233	0.0616	0.045	0.0616	0.0534	0.0314	0.0187	0.0314	0.0328
chr2L	20649224	20649929	chr2L:20649225-20649929	FBgn0032871,FBgn0042133	CG18810,CG2611	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1133	0.1657	0.0973	0.0668	0.1466	0.1172	0.1233	0.0668	0.2271	0.1749	0.2271	0.2068	0.1539	0.0896	0.1539	0.1365
chr2L	20650064	20650252	chr2L:20650065-20650252	FBgn0032871	CG2611	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.1184	0.141	0.0987	0.0742	0.1485	0.1159	0.1466	0.0742	0.1745	0.1588	0.1745	0.1673	0.1164	0.0858	0.1164	0.147
chr2L	20650393	20650668	chr2L:20650394-20650668	FBgn0032871	CG2611	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0622	0.0637	0.0716	0.0504	0.0286	0.0767	0.0727	0.0753	0.0286	0.0876	0.0804	0.0876	0.0837	0.0559	0.04	0.0559	0.075
chr2L	20655814	20656020	chr2L:20655815-20656020	FBgn0032873,FBgn0261787	CG2614,bru	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.0444	0.0868	0.0629	0.0159	0.0646	0.042	0.0566	0.0159	0.1027	0.0968	0.1027	0.0875	0.0712	0.0658	0.0712	0.0797
chr2L	20656103	20656281	chr2L:20656104-20656281	FBgn0032873,FBgn0261787	CG2614,bru	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1444	0.1113	0.189	0.1326	0.0626	0.1539	0.1021	0.1452	0.0626	0.2234	0.2084	0.2234	0.1983	0.1531	0.1386	0.1531	0.1574
chr2L	20656338	20656506	chr2L:20656339-20656506	FBgn0032873,FBgn0261787	CG2614,bru	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1459	0.1072	0.1906	0.1401	0.0509	0.1602	0.0861	0.1519	0.0509	0.2349	0.2048	0.2349	0.1952	0.1616	0.1444	0.1616	0.1641
chr2L	20656575	20656740	chr2L:20656576-20656740	FBgn0032873,FBgn0261787	CG2614,bru	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0747	0.057	0.0989	0.0681	0.0191	0.082	0.0502	0.0753	0.0191	0.1244	0.108	0.1244	0.0999	0.0781	0.0651	0.0781	0.0803
chr2L	20659613	20659777	chr2L:20659614-20659777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0252	0.0358	0.0234	0.0153	0.0138	0.0248	0.0662	0.0366	0.0138	0.0248	0.0186	0.0248	0.0279	0.0077	0.011	0.0077	0.013
chr2L	20664501	20664681	chr2L:20664502-20664681	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0212	0.0249	0.0202	0.0181	0.0085	0.0228	0.0433	0.0233	0.0085	0.0236	0.0225	0.0236	0.0225	0.013	0.0129	0.013	0.038
chr2L	20666610	20666761	chr2L:20666611-20666761	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0195	0.0278	0.0169	0.0132	0.0138	0.0252	0.0463	0.0233	0.0138	0.0193	0.019	0.0193	0.017	0.0077	0.0271	0.0077	0.0141
chr2L	20673983	20674359	chr2L:20673984-20674359	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.062	0.0523	0.0723	0.0614	0.0233	0.0733	0.0649	0.0466	0.0233	0.0797	0.0473	0.0797	0.1727	0.0559	0.0329	0.0559	0.1459
chr2L	20675572	20675824	chr2L:20675573-20675824	FBgn0051678,FBgn0086657	CG31678,ik2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.045	0.0642	0.0469	0.0297	0.0524	0.051	0.054	0.0297	0.0815	0.073	0.0815	0.0527	0.0452	0.0458	0.0452	0.062
chr2L	20675914	20676096	chr2L:20675915-20676096	FBgn0051678,FBgn0086657	CG31678,ik2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0913	0.0783	0.1098	0.0855	0.0583	0.0898	0.0817	0.0919	0.0583	0.1304	0.1248	0.1304	0.1224	0.0934	0.0819	0.0934	0.11
chr2L	20676112	20676322	chr2L:20676113-20676322	FBgn0051678,FBgn0086657	CG31678,ik2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0815	0.0754	0.0975	0.0707	0.0541	0.0859	0.0869	0.0859	0.0541	0.122	0.1029	0.122	0.1115	0.0704	0.0683	0.0704	0.0943
chr2L	20676360	20676516	chr2L:20676361-20676516	FBgn0051678,FBgn0086657	CG31678,ik2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.0466	0.0574	0.0347	0.0233	0.0534	0.0562	0.0573	0.0233	0.0743	0.0585	0.0743	0.0596	0.0375	0.0419	0.0375	0.0406
chr2L	20681637	20681788	chr2L:20681638-20681788	FBgn0032876	Cen	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0484	0.0274	0.0585	0.0607	0.0127	0.032	0.032	0.03	0.0127	0.0471	0.0601	0.0471	0.0767	0.0375	0.0561	0.0375	0.073
chr2L	20681794	20682110	chr2L:20681795-20682110	FBgn0032876,FBgn0032877	CG2617,Cen	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0833	0.0639	0.1033	0.083	0.0488	0.0675	0.0826	0.0653	0.0488	0.1008	0.1135	0.1008	0.1247	0.0689	0.0812	0.0689	0.1141
chr2L	20682273	20682464	chr2L:20682274-20682464	FBgn0032876,FBgn0032877	CG2617,Cen	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0834	0.0851	0.1019	0.0611	0.0668	0.0864	0.109	0.0979	0.0668	0.1238	0.1068	0.1238	0.11	0.0643	0.0561	0.0643	0.0745
chr2L	20682920	20683181	chr2L:20682921-20683181	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.071	0.0334	0.0216	0.0509	0.0539	0.1289	0.0546	0.0509	0.0399	0.0367	0.0399	0.0356	0.0184	0.0232	0.0184	0.0245
chr2L	20684600	20684751	chr2L:20684601-20684751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0167	0.0284	0.014	0.0065	0.0191	0.017	0.0571	0.0187	0.0191	0.0169	0.0145	0.0169	0.0147	0.0038	0.0116	0.0038	0.0057
chr2L	20689628	20689779	chr2L:20689629-20689779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0087	0.0088	0.0089	0.0021	0.0049	0.0156	0.0107	0.0021	0.0054	0.009	0.0054	0.007	8e-04	0.0058	8e-04	0.0036
chr2L	20691797	20691948	chr2L:20691798-20691948	distal	distal	none	none	VT10555.1	VT10555.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0136	0.0085	0.0113	0.0127	0.0102	0.0229	0.0113	0.0127	0.0054	0.0129	0.0054	0.0085	0.0115	0.0303	0.0115	0.0042
chr2L	20695055	20695206	chr2L:20695056-20695206	distal	distal	none	none	VT10557.1	VT10557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0157	0.0213	0.0124	0.0131	0.0095	0.0136	0.0385	0.0233	0.0095	0.0066	0.0209	0.0066	0.0077	0.0115	0.0316	0.0115	0.012
chr2L	20698044	20698195	chr2L:20698045-20698195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0087	0.0087	0.0081	0.0093	0.0042	0.0083	0.0164	0.004	0.0042	0.0024	0.0132	0.0024	0.0054	0.0031	0.0297	0.0031	0.0052
chr2L	20700521	20700672	chr2L:20700522-20700672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.008	0.0085	0.0156	0.0011	0.0068	0.0156	0.006	0.0011	0.0042	0.0135	0.0042	0.0077	0.0031	0.0426	0.0031	0.0089
chr2L	20700931	20701082	chr2L:20700932-20701082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0112	0.0119	0.0173	0.0074	0.0073	0.0195	0.01	0.0074	0.0091	0.0164	0.0091	0.0139	0.0038	0.0496	0.0038	0.0167
chr2L	20704636	20704787	chr2L:20704637-20704787	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0078	0.0071	0.0071	0.0095	0.0021	0.0029	0.016	0.0053	0.0021	0.0018	0.0093	0.0018	0.0116	0.0046	0.0277	0.0046	0.0052
chr2L	20706073	20706260	chr2L:20706074-20706260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0118	0.0146	0.0493	0	0.0155	0.0203	0.0067	0	0.0236	0.0087	0.0236	0.0124	0.0697	0.0181	0.0697	0.0224
chr2L	20713896	20714047	chr2L:20713897-20714047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0114	0.0098	0.0084	0.0164	0.0085	0.0063	0.0195	0.0073	0.0085	0.0103	0.0068	0.0103	0.0108	0.0092	0.0097	0.0092	0.0115
chr2L	20714609	20714847	chr2L:20714610-20714847	FBgn0014859	Hr38	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0618	0.0196	0.0471	0.1251	0.0064	0.0311	0.0281	0.0107	0.0064	0.0386	0.0479	0.0386	0.0899	0.1455	0.1515	0.1455	0.1277
chr2L	20716117	20716331	chr2L:20716118-20716331	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0278	0.0721	0.0953	0.0191	0.0306	0.0394	0.0247	0.0191	0.1286	0.0711	0.1286	0.0875	0.0689	0.187	0.0689	0.1355
chr2L	20720040	20720191	chr2L:20720041-20720191	distal	distal	none	none	VT10572.1	VT10572.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0111	0.0117	0.028	0.0021	0.0126	0.0186	0.008	0.0021	0.0085	0.0103	0.0085	0.017	0.0069	0.0103	0.0069	0.0104
chr2L	20720304	20720455	chr2L:20720305-20720455	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT10572.1	VT10572.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.009	0.0119	0.0227	0	0.0087	0.0143	0.012	0	0.0115	0.0096	0.0115	0.007	0.0054	0.0052	0.0054	0.0047
chr2L	20733730	20734132	chr2L:20733731-20734132	FBgn0032880	CG9318	stage11,stage14,stage5	none	Fs(2)Ket_-974/+406	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1253	0.1178	0.1419	0.1156	0.0912	0.133	0.1397	0.1259	0.0912	0.1655	0.1434	0.1655	0.1882	0.108	0.1141	0.108	0.1709
chr2L	20734208	20734396	chr2L:20734209-20734396	FBgn0032880,FBgn0262743	CG9318,Fs(2)Ket	stage11,stage5	none	Fs(2)Ket_-974/+406	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1522	0.1481	0.1778	0.1287	0.122	0.1655	0.1713	0.1659	0.122	0.2126	0.1942	0.2126	0.1898	0.1049	0.1322	0.1049	0.1756
chr2L	20734536	20734709	chr2L:20734537-20734709	FBgn0032880,FBgn0262743	CG9318,Fs(2)Ket	stage11,stage5	none	Fs(2)Ket_-974/+406	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0974	0.1004	0.1137	0.0762	0.0615	0.116	0.1138	0.1099	0.0615	0.1329	0.1264	0.1329	0.1278	0.0528	0.0703	0.0528	0.1204
chr2L	20734816	20735021	chr2L:20734817-20735021	FBgn0262743	Fs(2)Ket	stage11,stage14,stage5	none	Fs(2)Ket_-974/+406	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1501	0.1494	0.1688	0.1303	0.0901	0.1786	0.1717	0.1652	0.0901	0.2011	0.1791	0.2011	0.1905	0.1302	0.1412	0.1302	0.1657
chr2L	20735023	20735655	chr2L:20735024-20735655	FBgn0262743	Fs(2)Ket	stage11,stage14,stage5	none	Fs(2)Ket_-974/+406	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2087	0.1947	0.2515	0.1774	0.1124	0.2393	0.2232	0.2112	0.1124	0.343	0.2482	0.343	0.2727	0.2297	0.1992	0.2297	0.2194
chr2L	20739754	20739976	chr2L:20739755-20739976	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0339	0.0414	0.0364	0.0227	0.0255	0.0481	0.0484	0.0493	0.0255	0.0562	0.0328	0.0562	0.0356	0.0391	0.0206	0.0391	0.0271
chr2L	20748658	20748926	chr2L:20748659-20748926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0309	0.0449	0.0308	0.0153	0.0286	0.0466	0.0601	0.042	0.0286	0.0332	0.036	0.0332	0.0341	0.0107	0.0148	0.0107	0.0245
chr2L	20749439	20749595	chr2L:20749440-20749595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0348	0.023	0.0139	0.0244	0.0359	0.0471	0.0333	0.0244	0.0223	0.0264	0.0223	0.031	0.0168	0.0123	0.0168	0.0172
chr2L	20749665	20749928	chr2L:20749666-20749928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0308	0.0437	0.0312	0.0157	0.0329	0.0451	0.0545	0.046	0.0329	0.0356	0.0367	0.0356	0.0271	0.0138	0.0193	0.0138	0.0162
chr2L	20750088	20750288	chr2L:20750089-20750288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0457	0.0274	0.0184	0.0265	0.051	0.0606	0.044	0.0265	0.0302	0.0328	0.0302	0.0271	0.0222	0.0116	0.0222	0.0287
chr2L	20750364	20750728	chr2L:20750365-20750728	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0546	0.079	0.0499	0.0324	0.0498	0.0786	0.1047	0.0873	0.0498	0.0616	0.0543	0.0616	0.0434	0.036	0.0232	0.036	0.0495
chr2L	20750849	20751074	chr2L:20750850-20751074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0334	0.045	0.0344	0.0195	0.018	0.0451	0.0536	0.0593	0.018	0.0465	0.0344	0.0465	0.0395	0.0184	0.0181	0.0184	0.0334
chr2L	20751976	20752358	chr2L:20751977-20752358	FBgn0032881,FBgn0032882	CG9319,ns4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0746	0.0667	0.0888	0.0677	0.0286	0.0762	0.0809	0.0806	0.0286	0.0851	0.0997	0.0851	0.11	0.0651	0.0613	0.0651	0.099
chr2L	20752376	20752618	chr2L:20752377-20752618	FBgn0032881,FBgn0032882	CG9319,ns4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.073	0.07	0.0841	0.0642	0.0435	0.0786	0.0748	0.0959	0.0435	0.0815	0.0955	0.0815	0.096	0.0544	0.0529	0.0544	0.0959
chr2L	20757786	20757974	chr2L:20757787-20757974	FBgn0011202,FBgn0032883	CG9323,dia	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1301	0.1157	0.1586	0.115	0.0827	0.1359	0.1371	0.1233	0.0827	0.2089	0.1765	0.2089	0.1565	0.1386	0.1283	0.1386	0.135
chr2L	20758054	20758284	chr2L:20758055-20758284	FBgn0011202,FBgn0032883	CG9323,dia	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1954	0.1943	0.2273	0.1615	0.158	0.2228	0.218	0.2145	0.158	0.2729	0.2537	0.2729	0.2479	0.1822	0.1908	0.1822	0.1954
chr2L	20758294	20758603	chr2L:20758295-20758603	FBgn0011202,FBgn0032883	CG9323,dia	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1826	0.1861	0.2105	0.148	0.1559	0.2	0.2137	0.2112	0.1559	0.221	0.2405	0.221	0.2572	0.1738	0.1921	0.1738	0.1787
chr2L	20758698	20758900	chr2L:20758699-20758900	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1542	0.149	0.1056	0.1304	0.1646	0.199	0.1526	0.1304	0.1836	0.1617	0.1836	0.1565	0.1432	0.1341	0.1432	0.1313
chr2L	20758941	20759182	chr2L:20758942-20759182	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0808	0.0728	0.0592	0.052	0.0772	0.1081	0.0933	0.052	0.0876	0.0765	0.0876	0.0751	0.0896	0.0774	0.0896	0.0646
chr2L	20760151	20760396	chr2L:20760152-20760396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.047	0.0333	0.0539	0.0547	0.017	0.0393	0.0476	0.0286	0.017	0.0628	0.0424	0.0628	0.1123	0.0727	0.0264	0.0727	0.0766
chr2L	20761083	20761255	chr2L:20761084-20761255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0393	0.0712	0.0255	0.0188	0.0467	0.0442	0.1259	0.0746	0.0467	0.0308	0.0219	0.0308	0.0403	0.0138	0.0123	0.0138	0.0292
chr2L	20761610	20761806	chr2L:20761611-20761806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0389	0.0404	0.0358	0.0407	0.0255	0.0422	0.0593	0.0406	0.0255	0.0344	0.0302	0.0344	0.0744	0.023	0.0123	0.023	0.1105
chr2L	20768484	20768692	chr2L:20768485-20768692	distal	distal	stage5	stage5	VT10589.1	VT10589.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.1645	0.024	0.0107	0.2057	0.0704	0.3045	0.1133	0.2057	0.0187	0.0334	0.0187	0.0209	0.0107	0.0129	0.0107	0.0156
chr2L	20768712	20769013	chr2L:20768713-20769013	distal	distal	stage5	stage5	VT10589.1	VT10589.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0794	0.1974	0.0217	0.0107	0.2513	0.0782	0.3685	0.1306	0.2513	0.0187	0.028	0.0187	0.0209	0.0077	0.0135	0.0077	0.0162
chr2L	20769154	20769305	chr2L:20769155-20769305	distal	distal	stage5	stage5	cad(-1795_+165)-Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.039	0.0899	0.0147	0.0089	0.1124	0.0325	0.1769	0.05	0.1124	0.0145	0.017	0.0145	0.0124	0.0054	0.0129	0.0054	0.013
chr2L	20770471	20770688	chr2L:20770472-20770688	FBgn0000251	cad	stage11,stage14,stage5	none	cad(-1795_+165)-Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2354	0.2637	0.2703	0.1656	0.2206	0.2782	0.3292	0.2678	0.2206	0.3255	0.2994	0.3255	0.2672	0.1118	0.1966	0.1118	0.1902
chr2L	20772447	20772598	chr2L:20772448-20772598	distal	distal	none	none	VT10592.1	VT10592.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0276	0.0359	0.0293	0.0166	0.0127	0.0252	0.0731	0.0233	0.0127	0.0229	0.0232	0.0229	0.079	0.0168	0.0135	0.0168	0.0281
chr2L	20773632	20773783	chr2L:20773633-20773783	distal	distal	stage14	stage14	VT10592.1,VT10593.1	VT10592.1,VT10593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0172	0.0206	0.0152	0.0155	0.0159	0.0165	0.0376	0.0113	0.0159	0.0079	0.0106	0.0079	0.0434	0.0061	0.0064	0.0061	0.0365
chr2L	20774578	20774755	chr2L:20774579-20774755	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT10593.1	VT10593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0516	0.0449	0.0214	0.0371	0.0553	0.0787	0.0433	0.0371	0.0308	0.0248	0.0308	0.151	0.01	0.0116	0.01	0.0547
chr2L	20776959	20777231	chr2L:20776960-20777231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0604	0.0818	0.0707	0.0252	0.0509	0.0631	0.1367	0.0846	0.0509	0.087	0.0932	0.087	0.0558	0.0214	0.0509	0.0214	0.0203
chr2L	20778065	20778216	chr2L:20778066-20778216	distal	distal	none	none	VT10596.1	VT10596.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.027	0.0132	0.0159	0.0095	0.0209	0.0471	0.0273	0.0095	0.0097	0.0125	0.0097	0.0217	0.0046	0.0077	0.0046	0.0078
chr2L	20778469	20778790	chr2L:20778470-20778790	distal	distal	stage5	stage5	VT10596.1	VT10596.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0538	0.093	0.0368	0.0288	0.0276	0.1097	0.1055	0.1213	0.0276	0.032	0.027	0.032	0.0325	0.0138	0.0129	0.0138	0.0224
chr2L	20779076	20779227	chr2L:20779077-20779227	distal	distal	none	none	VT10596.1	VT10596.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0294	0.0398	0.0305	0.0167	0.0148	0.0335	0.0679	0.0353	0.0148	0.0314	0.0286	0.0314	0.0612	0.01	0.0103	0.01	0.0354
chr2L	20780493	20780644	chr2L:20780494-20780644	distal	distal	none	none	VT10597.1	VT10597.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0275	0.0305	0.0116	0.0095	0.0306	0.0441	0.0193	0.0095	0.0181	0.0277	0.0181	0.0798	0.01	0.0097	0.01	0.0203
chr2L	20780852	20781003	chr2L:20780853-20781003	distal	distal	none	none	VT10597.1	VT10597.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0243	0.0323	0.0321	0.007	0.0085	0.0471	0.042	0.0253	0.0085	0.0175	0.0248	0.0175	0.0976	0.0038	0.0052	0.0038	0.0109
chr2L	20783190	20783365	chr2L:20783191-20783365	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.136	0.1689	0.0973	0.0848	0.1471	0.1553	0.1739	0.0848	0.1649	0.2106	0.1649	0.1921	0.0636	0.127	0.0636	0.1376
chr2L	20787178	20787329	chr2L:20787179-20787329	FBgn0032884	Pomp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.048	0.0504	0.0306	0.0308	0.051	0.0593	0.0506	0.0308	0.0592	0.0611	0.0592	0.0503	0.0268	0.0387	0.0268	0.0386
chr2L	20787505	20787711	chr2L:20787506-20787711	FBgn0032884	Pomp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1732	0.165	0.2049	0.1475	0.1262	0.166	0.2059	0.1765	0.1262	0.2361	0.2322	0.2361	0.1983	0.144	0.167	0.144	0.1767
chr2L	20787825	20788022	chr2L:20787826-20788022	FBgn0032884	Pomp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0768	0.069	0.0937	0.067	0.0371	0.068	0.0978	0.0786	0.0371	0.0942	0.1186	0.0942	0.0829	0.0636	0.1019	0.0636	0.0677
chr2L	20788508	20788687	chr2L:20788509-20788687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0327	0.0415	0.0297	0.0263	0.0159	0.032	0.0701	0.044	0.0159	0.0229	0.0441	0.0229	0.0271	0.0161	0.0683	0.0161	0.0193
chr2L	20793587	20793765	chr2L:20793588-20793765	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0416	0.0183	0.051	0.0574	0.0074	0.0189	0.0229	0.0247	0.0074	0.0211	0.0923	0.0211	0.0364	0.0123	0.1657	0.0123	0.0459
chr2L	20793987	20794288	chr2L:20793988-20794288	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1015	0.0611	0.1096	0.1376	0.035	0.0689	0.0666	0.0839	0.035	0.0254	0.2048	0.0254	0.0829	0.0268	0.3204	0.0268	0.1193
chr2L	20794638	20794847	chr2L:20794639-20794847	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0453	0.0239	0.0537	0.06	0.0095	0.0291	0.0268	0.0293	0.0095	0.0217	0.0981	0.0217	0.0387	0.0092	0.1818	0.0092	0.036
chr2L	20796987	20797186	chr2L:20796988-20797186	FBgn0250785	vari	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0678	0.0441	0.057	0.1063	0.0255	0.0495	0.0571	0.044	0.0255	0.0423	0.0723	0.0423	0.0728	0.0666	0.1709	0.0666	0.1068
chr2L	20797278	20797467	chr2L:20797279-20797467	FBgn0032886,FBgn0250785	CG9328,vari	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1392	0.1244	0.1533	0.1404	0.0933	0.1413	0.1375	0.1432	0.0933	0.1582	0.182	0.1582	0.151	0.1271	0.1663	0.1271	0.1631
chr2L	20797613	20797791	chr2L:20797614-20797791	FBgn0032886	CG9328	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2055	0.2004	0.2359	0.1778	0.1686	0.2233	0.2102	0.2465	0.1686	0.2754	0.264	0.2754	0.2215	0.1547	0.205	0.1547	0.2178
chr2L	20797999	20798275	chr2L:20798000-20798275	FBgn0032886	CG9328	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0826	0.1089	0.086	0.0494	0.0774	0.1068	0.1341	0.1359	0.0774	0.0827	0.1051	0.0827	0.0627	0.0383	0.0503	0.0383	0.0469
chr2L	20798385	20798602	chr2L:20798386-20798602	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0992	0.1503	0.097	0.0447	0.1166	0.118	0.1946	0.2052	0.1166	0.0821	0.1257	0.0821	0.0666	0.0345	0.0471	0.0345	0.0188
chr2L	20799058	20799296	chr2L:20799059-20799296	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0686	0.1062	0.069	0.0262	0.07	0.0704	0.1414	0.1586	0.07	0.0386	0.1087	0.0386	0.038	0.0115	0.0471	0.0115	0.0208
chr2L	20800268	20800503	chr2L:20800269-20800503	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.1276	0.1046	0.0802	0.0901	0.1204	0.1462	0.1752	0.0901	0.0888	0.1257	0.0888	0.1162	0.0291	0.107	0.0291	0.0834
chr2L	20800584	20800777	chr2L:20800585-20800777	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1222	0.0953	0.1617	0.109	0.0551	0.1223	0.0995	0.1173	0.0551	0.1322	0.2154	0.1322	0.2014	0.0398	0.1792	0.0398	0.1485
chr2L	20802724	20802895	chr2L:20802725-20802895	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0414	0.0353	0.0565	0.0316	0.0117	0.0335	0.0428	0.054	0.0117	0.0302	0.1019	0.0302	0.0271	0.0115	0.069	0.0115	0.0339
chr2L	20803810	20804063	chr2L:20803811-20804063	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0609	0.0359	0.0642	0.0854	0.0095	0.0549	0.0407	0.038	0.0095	0.0676	0.0569	0.0676	0.1077	0.0789	0.0348	0.0789	0.0959
chr2L	20805839	20806057	chr2L:20805840-20806057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0449	0.0263	0.0448	0.0657	0.0148	0.033	0.0355	0.0233	0.0148	0.0592	0.0328	0.0592	0.0875	0.0727	0.0297	0.0727	0.1485
chr2L	20806190	20806348	chr2L:20806191-20806348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0361	0.0169	0.0378	0.0557	0.0053	0.0272	0.019	0.0153	0.0053	0.0634	0.0232	0.0634	0.072	0.075	0.0271	0.075	0.111
chr2L	20807930	20808081	chr2L:20807931-20808081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0187	0.0101	0.0141	0.0333	0.0053	0.0083	0.0104	0.014	0.0053	0.0103	0.0161	0.0103	0.0139	0.0138	0.0181	0.0138	0.0229
chr2L	20808559	20808710	chr2L:20808560-20808710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0147	0.0155	0.028	0.0053	0.0146	0.0177	0.0187	0.0053	0.0187	0.0158	0.0187	0.0101	0.0046	0.0058	0.0046	0.0109
chr2L	20810446	20810597	chr2L:20810447-20810597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0198	0.0168	0.0216	0.0213	0.0117	0.017	0.0208	0.0187	0.0117	0.0272	0.0264	0.0272	0.0225	0.0084	0.0451	0.0084	0.024
chr2L	20810768	20810919	chr2L:20810769-20810919	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0199	0.0181	0.0212	0.0206	0.0085	0.0214	0.0199	0.0233	0.0085	0.0163	0.0296	0.0163	0.0194	0.0115	0.0426	0.0115	0.0208
chr2L	20811034	20811316	chr2L:20811035-20811316	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0328	0.0262	0.0388	0.0337	0.0095	0.0325	0.0303	0.0286	0.0095	0.0386	0.0463	0.0386	0.0473	0.0191	0.058	0.0191	0.0438
chr2L	20812513	20812664	chr2L:20812514-20812664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0131	0.014	0.0162	0.0053	0.0131	0.016	0.0187	0.0053	0.0145	0.0174	0.0145	0.0194	0.0061	0.038	0.0061	0.0141
chr2L	20814917	20815068	chr2L:20814918-20815068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0184	0.0211	0.0217	0.0117	0.0064	0.0175	0.0307	0.024	0.0064	0.0236	0.0235	0.0236	0.0271	0.01	0.0168	0.01	0.0167
chr2L	20821735	20821960	chr2L:20821736-20821960	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1573	0.0556	0.223	0.1989	0.017	0.0922	0.0588	0.0513	0.017	0.3617	0.2277	0.3617	0.2734	0.2726	0.2456	0.2726	0.2725
chr2L	20821989	20822293	chr2L:20821990-20822293	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1339	0.0561	0.1764	0.1741	0.0191	0.0816	0.0675	0.0526	0.0191	0.2711	0.1768	0.2711	0.2409	0.219	0.2083	0.219	0.2215
chr2L	20822385	20822592	chr2L:20822386-20822592	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.0584	0.1463	0.1244	0.0255	0.0791	0.0636	0.0646	0.0255	0.2077	0.1556	0.2077	0.2076	0.1394	0.1599	0.1394	0.1897
chr2L	20822738	20823064	chr2L:20822739-20823064	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2182	0.1053	0.2938	0.2614	0.0477	0.1466	0.0969	0.1279	0.0477	0.3702	0.3534	0.3702	0.3424	0.294	0.3063	0.294	0.345
chr2L	20823577	20824046	chr2L:20823578-20824046	FBgn0032889	CG9331	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2107	0.082	0.2737	0.2855	0.0233	0.1398	0.0826	0.07	0.0233	0.2977	0.2977	0.2977	0.4438	0.3262	0.3443	0.3262	0.3887
chr2L	20825292	20825486	chr2L:20825293-20825486	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0535	0.0477	0.0642	0.0482	0.0424	0.0432	0.0696	0.042	0.0424	0.0465	0.1074	0.0465	0.0558	0.0168	0.1373	0.0168	0.0443
chr2L	20829519	20829670	chr2L:20829520-20829670	FBgn0051673	CG31673	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0067	0.0093	0.0252	0	0.0078	0.0112	0.0053	0	0.0079	0.0093	0.0079	0.0201	0.0107	0.0206	0.0107	0.0542
chr2L	20830030	20830195	chr2L:20830031-20830195	FBgn0051673	CG31673	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0102	0.0155	0.0483	0.0074	0.0121	0.013	0.0067	0.0074	0.0139	0.0151	0.0139	0.0302	0.0306	0.0593	0.0306	0.0829
chr2L	20830353	20830504	chr2L:20830354-20830504	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0202	0.0199	0.0175	0.0235	0.0074	0.0214	0.0285	0.02	0.0074	0.0157	0.0186	0.0157	0.0263	0.0153	0.0297	0.0153	0.0365
chr2L	20830575	20830726	chr2L:20830576-20830726	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0258	0.0152	0.0167	0.0021	0.0218	0.0303	0.04	0.0021	0.0187	0.0158	0.0187	0.0217	0.0084	0.0277	0.0084	0.0229
chr2L	20831198	20831361	chr2L:20831199-20831361	FBgn0051674	CG31674	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.019	0.0093	0.0137	0.0356	0.0021	0.0087	0.0173	0.0067	0.0021	0.0109	0.0154	0.0109	0.0263	0.0207	0.038	0.0207	0.0808
chr2L	20835371	20835526	chr2L:20835372-20835526	FBgn0032891	Oseg5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0429	0.0566	0.0419	0.0255	0.0461	0.0528	0.0473	0.0255	0.0616	0.0695	0.0616	0.062	0.062	0.0529	0.062	0.0521
chr2L	20835628	20835820	chr2L:20835629-20835820	FBgn0032891	Oseg5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0952	0.0906	0.1099	0.0841	0.0435	0.0981	0.1081	0.1059	0.0435	0.122	0.1347	0.122	0.1216	0.1103	0.1115	0.1103	0.1131
chr2L	20840503	20840767	chr2L:20840504-20840767	FBgn0051676	CG31676	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0174	0.0416	0.0577	0.0053	0.0223	0.0268	0.0113	0.0053	0.0815	0.0289	0.0815	0.0542	0.0804	0.0374	0.0804	0.1047
chr2L	20841656	20841807	chr2L:20841657-20841807	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0084	0.0052	0.0086	0.0118	0.0011	0.0068	0.0069	0.0053	0.0011	0.0151	0.0093	0.0151	0.0085	0.0413	0.0084	0.0413	0.0057
chr2L	20851698	20851880	chr2L:20851699-20851880	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0364	0.0473	0.0536	0.0244	0.0403	0.0484	0.0386	0.0244	0.058	0.0537	0.058	0.0573	0.0459	0.0632	0.0459	0.0719
chr2L	20851997	20852148	chr2L:20851998-20852148	FBgn0032895	CG9335	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0192	0.0176	0.029	0.0085	0.017	0.0268	0.0247	0.0085	0.0217	0.0203	0.0217	0.0209	0.0253	0.029	0.0253	0.0334
chr2L	20852495	20852646	chr2L:20852496-20852646	FBgn0032895	CG9335	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.015	0.0095	0.0151	0.021	0.0032	0.0117	0.0156	0.0073	0.0032	0.0151	0.0158	0.0151	0.0155	0.0237	0.0168	0.0237	0.0188
chr2L	20854096	20854247	chr2L:20854097-20854247	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0062	0.007	0.0171	0.0032	0.0053	0.0125	0.0033	0.0032	0.0109	0.0039	0.0109	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0057
chr2L	20854378	20854529	chr2L:20854379-20854529	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0072	0.007	0.0152	0.0042	0.0063	0.0151	0.004	0.0042	0.0091	0.0035	0.0091	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0052
chr2L	20858269	20858433	chr2L:20858270-20858433	FBgn0032896,FBgn0032897	CG14400,CG9336	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0272	0.0361	0.0294	0.0149	0.017	0.0335	0.0411	0.0506	0.017	0.0278	0.0412	0.0278	0.0186	0.0084	0.0271	0.0084	0.0188
chr2L	20858529	20858747	chr2L:20858530-20858747	FBgn0032897	CG9336	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0712	0.0598	0.0766	0.078	0.0286	0.0723	0.0601	0.0799	0.0286	0.0604	0.1093	0.0604	0.079	0.0858	0.1225	0.0858	0.1027
chr2L	20858997	20859198	chr2L:20858998-20859198	FBgn0032897	CG9336	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0585	0.0233	0.0671	0.0884	0.0074	0.0296	0.0229	0.0353	0.0074	0.0314	0.1148	0.0314	0.0565	0.075	0.1709	0.075	0.1042
chr2L	20864710	20864877	chr2L:20864711-20864877	FBgn0032899	CG9338	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0326	0.0132	0.0195	0.0685	0.0053	0.0121	0.0255	0.0067	0.0053	0.0091	0.0228	0.0091	0.0395	0.072	0.1019	0.072	0.1037
chr2L	20865020	20865214	chr2L:20865021-20865214	FBgn0032899	CG9338	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0478	0.0178	0.0317	0.099	0.0127	0.0184	0.029	0.0113	0.0127	0.0248	0.0367	0.0248	0.0604	0.0911	0.1451	0.0911	0.161
chr2L	20866085	20866236	chr2L:20866086-20866236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0125	0.0143	0.0234	0.0085	0.0112	0.0186	0.01	0.0085	0.0127	0.0132	0.0127	0.0333	0.0145	0.0129	0.0145	0.0604
chr2L	20867406	20867741	chr2L:20867407-20867741	FBgn0051675	CG31675	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0299	0.0162	0.0195	0.0567	0.0095	0.0165	0.0238	0.0153	0.0095	0.0157	0.0244	0.0157	0.0287	0.1087	0.04	0.1087	0.0703
chr2L	20868032	20868183	chr2L:20868033-20868183	FBgn0051675	CG31675	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0111	0.0145	0.0267	0.0011	0.0121	0.0182	0.01	0.0011	0.0199	0.0151	0.0199	0.0186	0.0482	0.02	0.0482	0.037
chr2L	20868989	20869409	chr2L:20868990-20869409	FBgn0032900	CG14401	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0499	0.0409	0.0453	0.0649	0.0201	0.0364	0.0588	0.0386	0.0201	0.0447	0.0537	0.0447	0.0689	0.072	0.0722	0.072	0.1141
chr2L	20872101	20872252	chr2L:20872102-20872252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0219	0.0203	0.0134	0.0201	0.0214	0.0307	0.018	0.0201	0.0236	0.0225	0.0236	0.0294	0.01	0.0174	0.01	0.0214
chr2L	20874643	20874840	chr2L:20874644-20874840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0481	0.0403	0.0561	0.048	0.0159	0.0413	0.0593	0.0366	0.0159	0.0519	0.072	0.0519	0.0705	0.0322	0.0542	0.0322	0.0803
chr2L	20875571	20875722	chr2L:20875572-20875722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0179	0.0171	0.0188	0.018	0.0032	0.0194	0.0251	0.0213	0.0032	0.0157	0.0228	0.0157	0.0256	0.0153	0.0116	0.0153	0.037
chr2L	20878616	20878767	chr2L:20878617-20878767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0217	0.0184	0.0279	0.0074	0.0252	0.0294	0.0253	0.0074	0.0169	0.018	0.0169	0.0356	0.0107	0.0064	0.0107	0.0829
chr2L	20881628	20881779	chr2L:20881629-20881779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.0216	0.0302	0.0142	0.0095	0.0209	0.0342	0.016	0.0095	0.0205	0.0309	0.0205	0.0728	0.0138	0.0135	0.0138	0.0234
chr2L	20881824	20882065	chr2L:20881825-20882065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.035	0.0353	0.0485	0.0198	0.0117	0.0553	0.0398	0.0253	0.0117	0.0266	0.035	0.0266	0.1572	0.0214	0.0161	0.0214	0.0339
chr2L	20882247	20882511	chr2L:20882248-20882511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0276	0.0262	0.0378	0.018	0.0095	0.0388	0.0303	0.0213	0.0095	0.0362	0.0322	0.0362	0.0906	0.0276	0.0155	0.0276	0.0266
chr2L	20882956	20883107	chr2L:20882957-20883107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0223	0.0286	0.0169	0.0106	0.0257	0.0294	0.022	0.0106	0.0284	0.0248	0.0284	0.0627	0.0176	0.0142	0.0176	0.0281
chr2L	20885970	20886273	chr2L:20885971-20886273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0401	0.0191	0.0266	0.0784	0.0053	0.0214	0.0268	0.02	0.0053	0.0272	0.0273	0.0272	0.0473	0.1363	0.0941	0.1363	0.1021
chr2L	20889193	20889344	chr2L:20889194-20889344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0139	0.0146	0.014	0.0132	0.0053	0.016	0.0156	0.0173	0.0053	0.0157	0.0174	0.0157	0.0147	0.0115	0.0271	0.0115	0.0141
chr2L	20890297	20890502	chr2L:20890298-20890502	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0695	0.0303	0.0706	0.1122	0.0085	0.0408	0.0346	0.0326	0.0085	0.0435	0.0675	0.0435	0.1766	0.1141	0.1515	0.1141	0.1876
chr2L	20890789	20891078	chr2L:20890790-20891078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0362	0.0246	0.0395	0.0455	0.0106	0.0199	0.0394	0.0247	0.0106	0.0374	0.0463	0.0374	0.0612	0.0551	0.0574	0.0551	0.073
chr2L	20891215	20891394	chr2L:20891216-20891394	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0602	0.0389	0.0694	0.0738	0.0233	0.0451	0.0415	0.0446	0.0233	0.0737	0.0817	0.0737	0.1007	0.0949	0.0961	0.0949	0.1146
chr2L	20896689	20896980	chr2L:20896690-20896980	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0166	0.0206	0.0348	0.0042	0.0223	0.019	0.0213	0.0042	0.0181	0.0206	0.0181	0.0411	0.0413	0.0193	0.0413	0.0803
chr2L	20897031	20897229	chr2L:20897032-20897229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.026	0.0218	0.025	0.0318	0.0053	0.0243	0.0303	0.0273	0.0053	0.0211	0.0235	0.0211	0.0573	0.0375	0.0232	0.0375	0.0657
chr2L	20897269	20897634	chr2L:20897270-20897634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0268	0.0239	0.0288	0.0279	0.0095	0.0238	0.0324	0.032	0.0095	0.0296	0.0296	0.0296	0.0565	0.0421	0.0213	0.0421	0.0464
chr2L	20904560	20904765	chr2L:20904561-20904765	distal	distal	none	none	VT10664.1	VT10664.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0271	0.0241	0.0326	0.0245	0.0053	0.0282	0.0337	0.0273	0.0053	0.0248	0.0437	0.0248	0.0457	0.0153	0.0503	0.0153	0.0287
chr2L	20905171	20905358	chr2L:20905172-20905358	distal	distal	none	none	VT10664.1	VT10664.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0297	0.0239	0.015	0.017	0.0354	0.0402	0.028	0.017	0.0229	0.0328	0.0229	0.0147	0.0145	0.0174	0.0145	0.0224
chr2L	20907338	20907489	chr2L:20907339-20907489	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0166	0.0155	0.0159	0.0188	0.0053	0.0146	0.0255	0.0147	0.0053	0.0157	0.0177	0.0157	0.0132	0.01	0.0084	0.01	0.0094
chr2L	20913372	20913523	chr2L:20913373-20913523	distal	distal	none	none	VT10669.1	VT10669.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0216	0.0274	0.0304	0.0042	0.0223	0.0355	0.022	0.0042	0.0211	0.0286	0.0211	0.0511	0.0107	0.0161	0.0107	0.0797
chr2L	20913534	20913685	chr2L:20913535-20913685	distal	distal	none	none	VT10669.1	VT10669.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0248	0.0291	0.0255	0.0064	0.0204	0.0407	0.0313	0.0064	0.0223	0.0293	0.0223	0.0581	0.0161	0.0135	0.0161	0.061
chr2L	20914063	20914214	chr2L:20914064-20914214	distal	distal	none	none	VT10669.1	VT10669.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0182	0.0239	0.0302	0.0117	0.0175	0.0234	0.022	0.0117	0.0223	0.0257	0.0223	0.0426	0.0352	0.0123	0.0352	0.0683
chr2L	20915147	20915298	chr2L:20915148-20915298	distal	distal	none	none	VT10669.1,VT10670.1	VT10669.1,VT10670.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0342	0.0401	0.0332	0.0285	0.0233	0.0403	0.0575	0.0453	0.0233	0.0242	0.0408	0.0242	0.0333	0.0138	0.0193	0.0138	0.0375
chr2L	20915771	20915922	chr2L:20915772-20915922	distal	distal	none	none	VT10670.1	VT10670.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0321	0.0491	0.0275	0.0181	0.0255	0.0408	0.0813	0.0526	0.0255	0.0272	0.0289	0.0272	0.0364	0.0092	0.0181	0.0092	0.0214
chr2L	20916911	20917232	chr2L:20916912-20917232	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT10670.1	VT10670.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1317	0.1641	0.1657	0.0582	0.1103	0.1461	0.189	0.2458	0.1103	0.099	0.2659	0.099	0.1797	0.0505	0.0819	0.0505	0.073
chr2L	20917401	20917590	chr2L:20917402-20917590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0836	0.0805	0.0948	0.0749	0.053	0.0883	0.0783	0.1166	0.053	0.1051	0.1177	0.1051	0.1061	0.0628	0.0619	0.0628	0.1141
chr2L	20917767	20917918	chr2L:20917768-20917918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0487	0.0678	0.0558	0.0233	0.0587	0.0446	0.0773	0.0233	0.0894	0.0801	0.0894	0.0705	0.0482	0.049	0.0482	0.0776
chr2L	20918008	20918176	chr2L:20918009-20918176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0937	0.0808	0.1033	0.0975	0.0403	0.0951	0.083	0.1099	0.0403	0.122	0.1199	0.122	0.1154	0.1018	0.098	0.1018	0.1391
chr2L	20918347	20918550	chr2L:20918348-20918550	FBgn0032901,FBgn0263996	CG43739,sky	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1476	0.1361	0.1735	0.1322	0.0891	0.1699	0.1388	0.1526	0.0891	0.215	0.1965	0.215	0.1797	0.1616	0.1418	0.1616	0.1709
chr2L	20918560	20918768	chr2L:20918561-20918768	FBgn0032901,FBgn0263996	CG43739,sky	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1253	0.1066	0.1513	0.1178	0.0488	0.1466	0.1077	0.1252	0.0488	0.1751	0.1656	0.1751	0.1743	0.1156	0.1289	0.1156	0.1516
chr2L	20918838	20919011	chr2L:20918839-20919011	FBgn0032901,FBgn0263996	CG43739,sky	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1735	0.1573	0.2096	0.1521	0.087	0.1995	0.16	0.2012	0.087	0.2319	0.2354	0.2319	0.2417	0.1539	0.1593	0.1539	0.1918
chr2L	20922136	20922726	chr2L:20922137-20922726	FBgn0032904	Mtp	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1628	0.1312	0.1848	0.1741	0.0679	0.1675	0.1315	0.1666	0.0679	0.1806	0.2042	0.1806	0.2696	0.1417	0.1889	0.1417	0.2772
chr2L	20922831	20923020	chr2L:20922832-20923020	FBgn0032904	Mtp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.164	0.1341	0.1891	0.1698	0.0976	0.1602	0.1375	0.1532	0.0976	0.2107	0.2196	0.2107	0.2084	0.1585	0.187	0.1585	0.2428
chr2L	20923292	20923453	chr2L:20923293-20923453	FBgn0032904	Mtp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0721	0.081	0.0631	0.0721	0.0573	0.0903	0.0952	0.0899	0.0573	0.0797	0.0669	0.0797	0.0736	0.0613	0.0767	0.0613	0.0844
chr2L	20925800	20925986	chr2L:20925801-20925986	FBgn0032906	RPA2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0601	0.0603	0.0763	0.0422	0.0223	0.0752	0.064	0.0833	0.0223	0.0876	0.0781	0.0876	0.0922	0.0398	0.0451	0.0398	0.0662
chr2L	20926056	20926248	chr2L:20926057-20926248	FBgn0032906	RPA2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1093	0.1149	0.1242	0.0868	0.0668	0.1456	0.1172	0.1392	0.0668	0.1443	0.1363	0.1443	0.1387	0.0911	0.1122	0.0911	0.112
chr2L	20926363	20926523	chr2L:20926364-20926523	FBgn0032906	RPA2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0576	0.0716	0.0414	0.0318	0.0718	0.0571	0.0766	0.0318	0.0839	0.0846	0.0839	0.0728	0.0421	0.0522	0.0421	0.0485
chr2L	20927505	20927730	chr2L:20927506-20927730	FBgn0032907	CG9272	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.07	0.0793	0.0939	0.0334	0.0498	0.0888	0.0926	0.0986	0.0498	0.1274	0.11	0.1274	0.0627	0.0421	0.0322	0.0421	0.036
chr2L	20927764	20927950	chr2L:20927765-20927950	FBgn0032907	CG9272	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.1061	0.1284	0.0656	0.0626	0.1218	0.1202	0.1372	0.0626	0.1612	0.1514	0.1612	0.1108	0.0735	0.0748	0.0735	0.0855
chr2L	20934859	20935010	chr2L:20934860-20935010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0242	0.028	0.0092	0.0064	0.033	0.0285	0.022	0.0064	0.0163	0.0212	0.0163	0.0875	0.0061	0.0064	0.0061	0.0188
chr2L	20935506	20935741	chr2L:20935507-20935741	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0548	0.054	0.0718	0.037	0.0308	0.082	0.0497	0.0473	0.0308	0.0513	0.0566	0.0513	0.2022	0.0222	0.0206	0.0222	0.0803
chr2L	20936087	20936314	chr2L:20936088-20936314	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0585	0.0249	0.0798	0.0727	0.0032	0.0447	0.029	0.0167	0.0032	0.0731	0.0424	0.0731	0.2618	0.0375	0.0251	0.0375	0.2043
chr2L	20936332	20936483	chr2L:20936333-20936483	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0403	0.0201	0.0514	0.0507	0	0.0296	0.0255	0.0193	0	0.0604	0.0354	0.0604	0.1286	0.0567	0.0271	0.0567	0.1167
chr2L	20936761	20936997	chr2L:20936762-20936997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0365	0.0275	0.0472	0.0347	0.0106	0.035	0.0346	0.03	0.0106	0.0489	0.0428	0.0489	0.0868	0.0306	0.0193	0.0306	0.0558
chr2L	20939440	20939652	chr2L:20939441-20939652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.039	0.0228	0.0116	0.0297	0.0398	0.0458	0.0506	0.0297	0.0133	0.0238	0.0133	0.038	0.0107	0.0148	0.0107	0.0135
chr2L	20939900	20940095	chr2L:20939901-20940095	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0324	0.0586	0.0221	0.0145	0.0382	0.051	0.0748	0.07	0.0382	0.0127	0.0289	0.0127	0.0372	0.013	0.0232	0.013	0.0156
chr2L	20940380	20940556	chr2L:20940381-20940556	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0558	0.0948	0.0411	0.0283	0.0817	0.0816	0.1311	0.0933	0.0817	0.029	0.0514	0.029	0.0627	0.0283	0.0451	0.0283	0.0354
chr2L	20941244	20941395	chr2L:20941245-20941395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0218	0.0252	0.0176	0.0226	0.0138	0.0223	0.0428	0.0213	0.0138	0.0145	0.0212	0.0145	0.0263	0.0123	0.0393	0.0123	0.0281
chr2L	20942866	20943017	chr2L:20942867-20943017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0115	0.0095	0.0089	0.0167	0.0042	0.0141	0.0099	0.008	0.0042	0.0133	0.0087	0.0133	0.0085	0.0329	0.0077	0.0329	0.0229
chr2L	20944369	20944520	chr2L:20944370-20944520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0192	0.0133	0.0199	0.0251	0.0074	0.018	0.0182	0.0107	0.0074	0.0217	0.0203	0.0217	0.0302	0.0214	0.02	0.0214	0.038
chr2L	20944726	20944953	chr2L:20944727-20944953	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0484	0.0272	0.0505	0.0699	0.0074	0.0413	0.0329	0.024	0.0074	0.0803	0.0502	0.0803	0.0519	0.0835	0.0799	0.0835	0.0787
chr2L	20945018	20945296	chr2L:20945019-20945296	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0603	0.0318	0.0624	0.0898	0.0138	0.0456	0.0381	0.028	0.0138	0.0996	0.0727	0.0996	0.0503	0.108	0.1277	0.108	0.0881
chr2L	20945504	20945665	chr2L:20945505-20945665	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0107	0.0213	0.0372	0.0053	0.0117	0.0164	0.008	0.0053	0.029	0.0251	0.029	0.024	0.0168	0.058	0.0168	0.0521
chr2L	20945785	20945936	chr2L:20945786-20945936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0071	0.0044	0.0055	0.0118	0.0021	0.0053	0.0065	0.002	0.0021	0.0024	0.0074	0.0024	0.0077	0.0023	0.0309	0.0023	0.0141
chr2L	20947121	20947420	chr2L:20947122-20947420	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0371	0.0217	0.0395	0.0518	0.0042	0.0306	0.0272	0.0173	0.0042	0.0574	0.0347	0.0574	0.0596	0.059	0.0535	0.059	0.087
chr2L	20950528	20950679	chr2L:20950529-20950679	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0075	0.0137	0.0263	0.0011	0.0102	0.0095	0.006	0.0011	0.0133	0.01	0.0133	0.0232	0.0084	0.0084	0.0084	0.0188
chr2L	20951087	20951238	chr2L:20951088-20951238	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0118	0.019	0.0337	0.0042	0.015	0.0169	0.012	0.0042	0.0187	0.0164	0.0187	0.024	0.0145	0.0097	0.0145	0.0156
chr2L	20951546	20951697	chr2L:20951547-20951697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0095	0.0133	0.0258	0.0032	0.0112	0.0134	0.0107	0.0032	0.0133	0.0148	0.0133	0.0101	0.0061	0.0032	0.0061	0.0057
chr2L	20952152	20952303	chr2L:20952153-20952303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0105	0.0152	0.0255	0.0042	0.0131	0.0173	0.004	0.0042	0.0097	0.0161	0.0097	0.0155	0.0123	0.0045	0.0123	0.0104
chr2L	20952350	20952501	chr2L:20952351-20952501	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0199	0.0157	0.019	0.0256	0.0042	0.0243	0.0225	0.0067	0.0042	0.0157	0.0193	0.0157	0.0201	0.0214	0.0064	0.0214	0.0188
chr2L	20956487	20956762	chr2L:20956488-20956762	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0488	0.0708	0.0579	0.0142	0.0297	0.0995	0.0554	0.1019	0.0297	0.0646	0.0891	0.0646	0.0194	0.0069	0.0193	0.0069	0.0099
chr2L	20957120	20957567	chr2L:20957121-20957567	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0516	0.0652	0.059	0.0283	0.018	0.0733	0.0792	0.0826	0.018	0.0586	0.0939	0.0586	0.0302	0.0191	0.049	0.0191	0.0287
chr2L	20957718	20957869	chr2L:20957719-20957869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0254	0.0317	0.0269	0.0167	0.018	0.0296	0.0446	0.0346	0.018	0.0266	0.0376	0.0266	0.0201	0.0123	0.029	0.0123	0.0177
chr2L	20958443	20958594	chr2L:20958444-20958594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0227	0.0196	0.032	0.0159	0.0042	0.0257	0.0238	0.022	0.0042	0.0314	0.0363	0.0314	0.0496	0.01	0.0271	0.01	0.0162
chr2L	20958639	20958868	chr2L:20958640-20958868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0221	0.0442	0.021	0.0053	0.0296	0.0242	0.0266	0.0053	0.0393	0.0547	0.0393	0.0643	0.0153	0.0316	0.0153	0.0245
chr2L	20960360	20960754	chr2L:20960361-20960754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0497	0.0389	0.0627	0.0476	0.0117	0.0519	0.0523	0.0346	0.0117	0.0948	0.0659	0.0948	0.0565	0.059	0.0703	0.059	0.0386
chr2L	20961583	20961754	chr2L:20961584-20961754	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0325	0.0324	0.0482	0.0153	0.0064	0.0568	0.026	0.042	0.0064	0.0767	0.0595	0.0767	0.0349	0.0123	0.0245	0.0123	0.0193
chr2L	20965120	20965380	chr2L:20965121-20965380	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.061	0.0633	0.0802	0.0373	0.0276	0.0752	0.0653	0.0859	0.0276	0.0447	0.1373	0.0447	0.0713	0.013	0.0974	0.013	0.0307
chr2L	20968059	20968210	chr2L:20968060-20968210	distal	distal	none	none	VT10695.1	VT10695.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0287	0.0364	0.0341	0.0141	0.0223	0.05	0.0424	0.0346	0.0223	0.035	0.0399	0.035	0.0356	0.0107	0.0174	0.0107	0.0146
chr2L	20968842	20969203	chr2L:20968843-20969203	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT10695.1,VT10696.1	VT10695.1,VT10696.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.1045	0.1241	0.1345	0.0496	0.0403	0.2131	0.0995	0.1386	0.0403	0.151	0.1405	0.151	0.206	0.0337	0.0529	0.0337	0.0526
chr2L	20969270	20969637	chr2L:20969271-20969637	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT10695.1,VT10696.1	VT10695.1,VT10696.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0927	0.1173	0.1199	0.0354	0.0657	0.184	0.1042	0.1219	0.0657	0.1262	0.1531	0.1262	0.1402	0.026	0.0567	0.026	0.0344
chr2L	20969721	20970308	chr2L:20969722-20970308	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT10696.1	VT10696.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0932	0.0747	0.1288	0.0749	0.0308	0.1257	0.0649	0.0753	0.0308	0.1014	0.165	0.1014	0.1836	0.0521	0.1534	0.0521	0.0787
chr2L	20970959	20971110	chr2L:20970960-20971110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0232	0.0151	0.0277	0.0274	0.0011	0.0233	0.0173	0.0167	0.0011	0.0193	0.0331	0.0193	0.0511	0.0253	0.0348	0.0253	0.0443
chr2L	20971734	20971885	chr2L:20971735-20971885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0279	0.0197	0.0345	0.0299	0.0085	0.0296	0.0182	0.02	0.0085	0.0368	0.037	0.0368	0.0581	0.0391	0.0535	0.0391	0.0281
chr2L	20971968	20972230	chr2L:20971969-20972230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0493	0.0304	0.0646	0.0535	0.0053	0.0529	0.0285	0.0273	0.0053	0.061	0.0672	0.061	0.1208	0.0804	0.0825	0.0804	0.0558
chr2L	20972484	20972679	chr2L:20972485-20972679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0385	0.0297	0.0495	0.0363	0.0074	0.0447	0.0316	0.0306	0.0074	0.0429	0.072	0.0429	0.0534	0.0214	0.0877	0.0214	0.025
chr2L	20974152	20974311	chr2L:20974153-20974311	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0311	0.0221	0.0376	0.0341	0.0011	0.0369	0.0221	0.0193	0.0011	0.0386	0.0492	0.0386	0.0418	0.0107	0.0993	0.0107	0.0266
chr2L	20974517	20974687	chr2L:20974518-20974687	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0242	0.0383	0.0279	0.0095	0.0354	0.0272	0.022	0.0095	0.035	0.0537	0.035	0.0387	0.0077	0.0851	0.0077	0.0167
chr2L	20974733	20974884	chr2L:20974734-20974884	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.0184	0.033	0.0217	0.0064	0.0233	0.0221	0.0207	0.0064	0.0314	0.0495	0.0314	0.0256	0.0077	0.0632	0.0077	0.0156
chr2L	20975648	20975864	chr2L:20975649-20975864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0243	0.0421	0.0331	0.0042	0.0388	0.0221	0.026	0.0042	0.0483	0.0495	0.0483	0.0519	0.0406	0.0477	0.0406	0.038
chr2L	20975878	20976209	chr2L:20975879-20976209	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.046	0.0339	0.0646	0.0391	0.0127	0.0466	0.0333	0.0353	0.0127	0.061	0.0759	0.061	0.0945	0.0368	0.0471	0.0368	0.062
chr2L	20976295	20976535	chr2L:20976296-20976535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0263	0.0224	0.0365	0.0195	0.0106	0.0257	0.0238	0.026	0.0106	0.0278	0.0469	0.0278	0.0488	0.013	0.0245	0.013	0.0344
chr2L	20981643	20981830	chr2L:20981644-20981830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0234	0.0305	0.0242	0.0074	0.0277	0.0307	0.026	0.0074	0.0254	0.0334	0.0254	0.0434	0.0168	0.0187	0.0168	0.0459
chr2L	20982139	20982426	chr2L:20982140-20982426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0354	0.0304	0.0404	0.0356	0.0053	0.0422	0.0398	0.032	0.0053	0.038	0.0479	0.038	0.0581	0.0207	0.0503	0.0207	0.0563
chr2L	20982586	20982922	chr2L:20982587-20982922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0459	0.0378	0.0541	0.0461	0.0064	0.0539	0.0463	0.04	0.0064	0.0531	0.0614	0.0531	0.0596	0.0368	0.0638	0.0368	0.0646
chr2L	20983371	20983522	chr2L:20983372-20983522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0172	0.0272	0.0194	0.0042	0.0267	0.0156	0.0173	0.0042	0.0248	0.0347	0.0248	0.0294	0.013	0.0329	0.013	0.013
chr2L	20983653	20983969	chr2L:20983654-20983969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0307	0.043	0.0308	0.0117	0.0442	0.0359	0.0253	0.0117	0.0405	0.0572	0.0405	0.0395	0.0168	0.0471	0.0168	0.0245
chr2L	20983977	20984128	chr2L:20983978-20984128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0212	0.0354	0.017	0.0021	0.0228	0.0285	0.028	0.0021	0.0356	0.0431	0.0356	0.0387	0.0092	0.0206	0.0092	0.0162
chr2L	20986262	20986413	chr2L:20986263-20986413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0237	0.0248	0.0312	0.0143	0.0106	0.0359	0.029	0.024	0.0106	0.0429	0.0328	0.0429	0.0333	0.0145	0.0161	0.0145	0.0156
chr2L	20987185	20987568	chr2L:20987186-20987568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0421	0.0415	0.0456	0.039	0.0085	0.0665	0.0484	0.0326	0.0085	0.038	0.0486	0.038	0.0666	0.0092	0.0245	0.0092	0.0532
chr2L	20987724	20988042	chr2L:20987725-20988042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0292	0.0379	0.0454	0.0074	0.0408	0.0342	0.0266	0.0074	0.035	0.0389	0.035	0.0473	0.0191	0.0245	0.0191	0.0594
chr2L	20988736	20988920	chr2L:20988737-20988920	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.054	0.078	0.0603	0.0202	0.0445	0.1049	0.0804	0.0873	0.0445	0.087	0.0685	0.087	0.0465	0.0107	0.02	0.0107	0.0214
chr2L	20991238	20991389	chr2L:20991239-20991389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0275	0.0282	0.0272	0.0272	0.0074	0.0403	0.0272	0.0313	0.0074	0.0302	0.0289	0.0302	0.0256	0.0115	0.0116	0.0115	0.0188
chr2L	20991874	20992025	chr2L:20991875-20992025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0205	0.0201	0.0242	0.0169	0.0074	0.0233	0.0247	0.0273	0.0074	0.0217	0.0315	0.0217	0.017	0.0084	0.0135	0.0084	0.0099
chr2L	20993704	20993855	chr2L:20993705-20993855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.033	0.0356	0.0452	0.0166	0.0106	0.065	0.0294	0.0366	0.0106	0.0664	0.0502	0.0664	0.0372	0.0237	0.0187	0.0237	0.0078
chr2L	20994166	20994317	chr2L:20994167-20994317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0366	0.0295	0.0511	0.0287	0.0053	0.0442	0.0255	0.0393	0.0053	0.0525	0.0736	0.0525	0.0418	0.0505	0.0419	0.0505	0.0141
chr2L	20994853	20995082	chr2L:20994854-20995082	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1267	0.11	0.1904	0.0756	0.0615	0.166	0.0891	0.1326	0.0615	0.2518	0.2441	0.2518	0.1611	0.1309	0.1135	0.1309	0.0521
chr2L	20995153	20995538	chr2L:20995154-20995538	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1108	0.2138	0.0838	0.0488	0.1728	0.0839	0.1452	0.0488	0.2814	0.2907	0.2814	0.1224	0.1432	0.1444	0.1432	0.0485
chr2L	20995829	20996537	chr2L:20995830-20996537	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1856	0.1442	0.3013	0.1049	0.0562	0.1971	0.1332	0.1932	0.0562	0.3466	0.4328	0.3466	0.1836	0.1478	0.1838	0.1478	0.0568
chr2L	20998864	20999069	chr2L:20998865-20999069	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0489	0.0602	0.0581	0.0263	0.0201	0.0806	0.0653	0.0766	0.0201	0.0676	0.0752	0.0676	0.0457	0.0253	0.0329	0.0253	0.0287
chr2L	21000440	21000639	chr2L:21000441-21000639	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0528	0.04	0.0819	0.0354	0.0074	0.0791	0.0329	0.0333	0.0074	0.1238	0.1048	0.1238	0.0465	0.0253	0.0606	0.0253	0.0438
chr2L	21001393	21001733	chr2L:21001394-21001733	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0569	0.0479	0.0849	0.0363	0.0244	0.0704	0.0528	0.0453	0.0244	0.1486	0.0894	0.1486	0.0666	0.0406	0.0509	0.0406	0.0391
chr2L	21001765	21001976	chr2L:21001766-21001976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0371	0.0312	0.0484	0.0315	0.0095	0.0447	0.0316	0.0346	0.0095	0.0713	0.055	0.0713	0.0449	0.0337	0.0503	0.0337	0.0307
chr2L	21002072	21002397	chr2L:21002073-21002397	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0693	0.0485	0.0874	0.0726	0.0201	0.066	0.058	0.0486	0.0201	0.1486	0.0971	0.1486	0.0627	0.1799	0.0812	0.1799	0.0443
chr2L	21002462	21002766	chr2L:21002463-21002766	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0345	0.0648	0.0472	0.0148	0.0437	0.0428	0.036	0.0148	0.0797	0.0839	0.0797	0.0511	0.0643	0.078	0.0643	0.0464
chr2L	21004797	21004967	chr2L:21004798-21004967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0355	0.0507	0.0364	0.0174	0.0255	0.0573	0.0631	0.058	0.0255	0.0447	0.0447	0.0447	0.0333	0.013	0.0213	0.013	0.0151
chr2L	21006984	21007135	chr2L:21006985-21007135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0231	0.0218	0.031	0.016	0.0127	0.0306	0.0195	0.0247	0.0127	0.0199	0.0402	0.0199	0.0426	0.0092	0.0277	0.0092	0.0182
chr2L	21008278	21008429	chr2L:21008279-21008429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0232	0.0157	0.0278	0.0266	0.0085	0.0194	0.0195	0.0153	0.0085	0.0314	0.0347	0.0314	0.031	0.0191	0.0535	0.0191	0.0203
chr2L	21008546	21008710	chr2L:21008547-21008710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0221	0.0388	0.0326	0.0148	0.035	0.019	0.0253	0.0148	0.038	0.0585	0.038	0.0287	0.0161	0.0696	0.0161	0.0219
chr2L	21009080	21009231	chr2L:21009081-21009231	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0422	0.0329	0.0608	0.0323	0.0106	0.0359	0.035	0.0486	0.0106	0.0435	0.1029	0.0435	0.0364	0.0138	0.0896	0.0138	0.0182
chr2L	21009236	21009557	chr2L:21009237-21009557	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0722	0.0587	0.1051	0.0512	0.017	0.0689	0.0545	0.0973	0.017	0.0598	0.1945	0.0598	0.055	0.0291	0.1457	0.0291	0.0297
chr2L	21009620	21009852	chr2L:21009621-21009852	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0748	0.0513	0.1094	0.0629	0.0148	0.0675	0.0454	0.0786	0.0148	0.0845	0.1958	0.0845	0.0442	0.0636	0.1805	0.0636	0.0229
chr2L	21011717	21011868	chr2L:21011718-21011868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0302	0.042	0.0148	0.0106	0.0388	0.0316	0.0433	0.0106	0.0592	0.0489	0.0592	0.024	0.0138	0.0174	0.0138	0.013
chr2L	21012757	21012908	chr2L:21012758-21012908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0323	0.0332	0.017	0.0138	0.0379	0.0467	0.0227	0.0138	0.0374	0.0428	0.0374	0.0256	0.013	0.0245	0.013	0.0151
chr2L	21013191	21013342	chr2L:21013192-21013342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0357	0.0376	0.0386	0.0305	0.017	0.0393	0.0541	0.0346	0.017	0.0399	0.045	0.0399	0.0418	0.023	0.0322	0.023	0.0208
chr2L	21014650	21014838	chr2L:21014651-21014838	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0399	0.0293	0.0499	0.0408	0.0106	0.0364	0.0363	0.0333	0.0106	0.0411	0.0553	0.0411	0.0287	0.0084	0.0329	0.0084	0.0151
chr2L	21015178	21015477	chr2L:21015179-21015477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0328	0.0294	0.0386	0.0302	0.0085	0.0427	0.0294	0.0373	0.0085	0.0338	0.0473	0.0338	0.0279	0.0084	0.0348	0.0084	0.0224
chr2L	21016724	21016941	chr2L:21016725-21016941	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0217	0.0393	0.0356	0.0053	0.0282	0.0272	0.0227	0.0053	0.0501	0.0498	0.0501	0.0294	0.0628	0.0561	0.0628	0.0214
chr2L	21017829	21018071	chr2L:21017830-21018071	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0519	0.0487	0.0683	0.0376	0.0308	0.068	0.0484	0.0493	0.0308	0.0797	0.1029	0.0797	0.0356	0.0222	0.1057	0.0222	0.0224
chr2L	21018209	21018442	chr2L:21018210-21018442	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0414	0.035	0.0605	0.0274	0.0148	0.0529	0.0311	0.0413	0.0148	0.0942	0.0801	0.0942	0.0302	0.0306	0.0554	0.0306	0.0203
chr2L	21018565	21018716	chr2L:21018566-21018716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0279	0.026	0.0376	0.0194	0.0106	0.0413	0.0242	0.0306	0.0106	0.0531	0.0473	0.0531	0.0248	0.0168	0.0335	0.0168	0.0188
chr2L	21019726	21020061	chr2L:21019727-21020061	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0823	0.0495	0.1341	0.0622	0.0138	0.0723	0.0433	0.0706	0.0138	0.1051	0.2428	0.1051	0.0534	0.0406	0.1721	0.0406	0.0339
chr2L	21024189	21024465	chr2L:21024190-21024465	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0921	0.0799	0.1539	0.0377	0.0212	0.1024	0.0735	0.1246	0.0212	0.1135	0.2936	0.1135	0.0333	0.0115	0.1077	0.0115	0.0182
chr2L	21024490	21024729	chr2L:21024491-21024729	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0755	0.0612	0.1232	0.0391	0.0201	0.0845	0.061	0.0766	0.0201	0.0918	0.2289	0.0918	0.0302	0.0145	0.1012	0.0145	0.0266
chr2L	21024748	21024899	chr2L:21024749-21024899	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0399	0.0538	0.0224	0.017	0.0447	0.0471	0.0486	0.017	0.0405	0.0932	0.0405	0.0225	0.01	0.0567	0.01	0.0156
chr2L	21024980	21025131	chr2L:21024981-21025131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0381	0.0397	0.017	0.0127	0.0447	0.0506	0.038	0.0127	0.0314	0.0595	0.0314	0.0287	0.01	0.0322	0.01	0.0177
chr2L	21025227	21025378	chr2L:21025228-21025378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0226	0.0328	0.0223	0.0116	0.0148	0.0354	0.0411	0.0333	0.0148	0.0169	0.0341	0.0169	0.0201	0.0123	0.0168	0.0123	0.0094
chr2L	21025696	21025849	chr2L:21025697-21025849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0437	0.033	0.0111	0.0318	0.0369	0.0679	0.0353	0.0318	0.029	0.045	0.029	0.0356	0.0092	0.0187	0.0092	0.0083
chr2L	21026397	21026666	chr2L:21026398-21026666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.0492	0.0541	0.0273	0.0201	0.0456	0.0748	0.048	0.0201	0.0344	0.0862	0.0344	0.0395	0.01	0.06	0.01	0.0177
chr2L	21026843	21027279	chr2L:21026844-21027279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0641	0.0626	0.0679	0.0617	0.0297	0.0772	0.0856	0.052	0.0297	0.0592	0.0913	0.0592	0.0589	0.0605	0.1038	0.0605	0.0485
chr2L	21028225	21028409	chr2L:21028226-21028409	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0382	0.0538	0.0365	0.0224	0.0212	0.0888	0.0484	0.058	0.0212	0.0489	0.0376	0.0489	0.0426	0.0145	0.0135	0.0145	0.024
chr2L	21029014	21029165	chr2L:21029015-21029165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0543	0.0346	0.0163	0.0339	0.0544	0.074	0.056	0.0339	0.0399	0.0434	0.0399	0.0356	0.0054	0.0271	0.0054	0.0229
chr2L	21029280	21029459	chr2L:21029281-21029459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0328	0.0332	0.0371	0.0277	0.0117	0.035	0.0471	0.0353	0.0117	0.0308	0.0441	0.0308	0.0542	0.0084	0.0464	0.0084	0.0412
chr2L	21030092	21030309	chr2L:21030093-21030309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0445	0.0495	0.0503	0.0326	0.0244	0.0718	0.051	0.054	0.0244	0.0616	0.065	0.0616	0.0411	0.0222	0.0632	0.0222	0.0349
chr2L	21030669	21030820	chr2L:21030670-21030820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0245	0.0267	0.0313	0.0146	0.0148	0.0345	0.0268	0.0333	0.0148	0.0211	0.0514	0.0211	0.017	0.0054	0.0245	0.0054	0.0188
chr2L	21033268	21033721	chr2L:21033269-21033721	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1143	0.1449	0.1218	0.0717	0.0732	0.1825	0.1393	0.1959	0.0732	0.1431	0.1158	0.1431	0.0751	0.0413	0.0438	0.0413	0.0334
chr2L	21034262	21034492	chr2L:21034263-21034492	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0708	0.1206	0.0643	0.0223	0.0636	0.1854	0.0882	0.1606	0.0636	0.0664	0.0601	0.0664	0.0225	0.0138	0.0193	0.0138	0.0151
chr2L	21034561	21034791	chr2L:21034562-21034791	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0767	0.1299	0.066	0.0291	0.07	0.2068	0.08	0.1772	0.07	0.0773	0.0588	0.0773	0.0318	0.0107	0.0174	0.0107	0.0146
chr2L	21035017	21035328	chr2L:21035018-21035328	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0544	0.0761	0.0539	0.0305	0.0276	0.1214	0.0662	0.0873	0.0276	0.0562	0.0595	0.0562	0.0356	0.0161	0.0148	0.0161	0.0219
chr2L	21035597	21035748	chr2L:21035598-21035748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0361	0.0466	0.033	0.0277	0.0212	0.0767	0.0385	0.0473	0.0212	0.0495	0.0338	0.0495	0.0217	0.0153	0.0161	0.0153	0.0094
chr2L	21035987	21036251	chr2L:21035988-21036251	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.084	0.1362	0.0789	0.0311	0.0753	0.1942	0.0943	0.1992	0.0753	0.1546	0.082	0.1546	0.024	0.0115	0.0239	0.0115	0.0141
chr2L	21037874	21038042	chr2L:21037875-21038042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0369	0.0414	0.051	0.0163	0.017	0.0621	0.0394	0.0446	0.017	0.0876	0.0482	0.0876	0.0589	0.0276	0.0193	0.0276	0.0151
chr2L	21038603	21038768	chr2L:21038604-21038768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0293	0.0322	0.0259	0.0127	0.0398	0.0316	0.0333	0.0127	0.0368	0.0367	0.0368	0.0387	0.0115	0.0413	0.0115	0.0375
chr2L	21039004	21039155	chr2L:21039005-21039155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0278	0.0259	0.0368	0.0199	0.0117	0.0383	0.0216	0.0313	0.0117	0.0435	0.0421	0.0435	0.0434	0.0092	0.0245	0.0092	0.0375
chr2L	21039802	21040024	chr2L:21039803-21040024	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1161	0.1378	0.1524	0.0519	0.0689	0.2184	0.0995	0.1805	0.0689	0.1528	0.164	0.1528	0.268	0.0245	0.0342	0.0245	0.1105
chr2L	21040693	21041033	chr2L:21040694-21041033	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.08	0.0927	0.1058	0.0373	0.053	0.116	0.1198	0.0833	0.053	0.0688	0.1691	0.0688	0.093	0.0214	0.0986	0.0214	0.0208
chr2L	21051121	21051355	chr2L:21051122-21051355	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0871	0.1138	0.091	0.0529	0.0891	0.1044	0.1328	0.1466	0.0891	0.1002	0.0987	0.1002	0.0852	0.0398	0.0484	0.0398	0.0563
chr2L	21051445	21051653	chr2L:21051446-21051653	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1049	0.1285	0.1082	0.0749	0.0997	0.1243	0.1375	0.1706	0.0997	0.1353	0.1254	0.1353	0.0837	0.0888	0.0696	0.0888	0.0839
chr2L	21051931	21052202	chr2L:21051932-21052202	FBgn0250867	CG42238	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3005	0.2972	0.3336	0.2677	0.2566	0.3427	0.3144	0.3458	0.2566	0.3931	0.3637	0.3931	0.3176	0.2818	0.2611	0.2818	0.3132
chr2L	21052450	21052640	chr2L:21052451-21052640	FBgn0010395,FBgn0250867	CG42238,betaInt-nu	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1446	0.1135	0.1817	0.1387	0.0689	0.1505	0.1172	0.1239	0.0689	0.2192	0.1977	0.2192	0.1998	0.134	0.1483	0.134	0.1782
chr2L	21052941	21053114	chr2L:21052942-21053114	FBgn0010395	betaInt-nu	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0502	0.05	0.0593	0.0405	0.0255	0.0636	0.0649	0.044	0.0255	0.0423	0.0563	0.0423	0.1255	0.013	0.0368	0.013	0.087
chr2L	21053205	21053437	chr2L:21053206-21053437	FBgn0010395	betaInt-nu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0685	0.0952	0.0694	0.0377	0.0668	0.0835	0.1254	0.1133	0.0668	0.0604	0.0804	0.0604	0.1007	0.0314	0.0426	0.0314	0.0641
chr2L	21053675	21053880	chr2L:21053676-21053880	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0452	0.0344	0.0518	0.0501	0.0095	0.0388	0.048	0.0373	0.0095	0.0423	0.0428	0.0423	0.1255	0.0176	0.0303	0.0176	0.1282
chr2L	21058186	21058337	chr2L:21058187-21058337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0131	0.0155	0.0134	0.0011	0.015	0.0216	0.0113	0.0011	0.0163	0.0129	0.0163	0.017	0.0046	0.0032	0.0046	0.0104
chr2L	21058424	21058575	chr2L:21058425-21058575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0137	0.0136	0.0123	0	0.0165	0.0203	0.0153	0	0.0151	0.01	0.0151	0.0194	0.0061	0.0045	0.0061	0.0057
chr2L	21066968	21067119	chr2L:21066969-21067119	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0233	0.0141	0.006	0.0106	0.0194	0.0311	0.0293	0.0106	0.0115	0.0164	0.0115	0.0108	8e-04	0.0129	8e-04	0.0052
chr2L	21069959	21070110	chr2L:21069960-21070110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0118	0.0103	0.0126	0.0125	0.0021	0.0078	0.0212	0.0067	0.0021	0.0133	0.0145	0.0133	0.0163	0.0031	0.0284	0.0031	0.0141
chr2L	21070861	21071050	chr2L:21070862-21071050	FBgn0032910	CG9265	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0309	0.0244	0.0398	0.0284	0.0095	0.0209	0.0389	0.0233	0.0095	0.0151	0.0727	0.0151	0.0201	0.0038	0.0496	0.0038	0.012
chr2L	21071485	21071691	chr2L:21071486-21071691	FBgn0032910	CG9265	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0326	0.0288	0.0322	0.0373	0.0138	0.0228	0.0441	0.0293	0.0138	0.0145	0.0421	0.0145	0.0209	0.0084	0.0155	0.0084	0.0083
chr2L	21073947	21074098	chr2L:21073948-21074098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0107	0.0184	0.0166	0.0021	0.0112	0.0147	0.014	0.0021	0.0097	0.0318	0.0097	0.0116	0.0061	0.0406	0.0061	0.0089
chr2L	21075269	21075420	chr2L:21075270-21075420	FBgn0032911	tadr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0079	0.009	0.0265	0.0021	0.0049	0.0143	0.0087	0.0021	0.0085	0.008	0.0085	0.0085	0.0115	0.0097	0.0115	0.012
chr2L	21077995	21078163	chr2L:21077996-21078163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0285	0.0363	0.0359	0.0095	0.0291	0.0433	0.0273	0.0095	0.0386	0.0434	0.0386	0.048	0.0467	0.0451	0.0467	0.0511
chr2L	21082778	21082929	chr2L:21082779-21082929	FBgn0053511	CG33511	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0143	0.0136	0.0183	0.0109	0.0042	0.0126	0.0229	0.0127	0.0042	0.0157	0.0151	0.0157	0.0449	0.01	0.0097	0.01	0.0182
chr2L	21085746	21085897	chr2L:21085747-21085897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.0169	0.0179	0.0262	0.0074	0.016	0.0264	0.0153	0.0074	0.0127	0.0235	0.0127	0.0302	0.0191	0.038	0.0191	0.0464
chr2L	21091089	21091240	chr2L:21091090-21091240	FBgn0032914	CG14397	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0116	0.0098	0.0117	0.0042	0.0121	0.0151	0.0153	0.0042	0.0091	0.0138	0.0091	0.0093	0.0077	0.0303	0.0077	0.0078
chr2L	21092734	21092933	chr2L:21092735-21092933	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0283	0.0384	0.0282	0.0171	0.0148	0.0403	0.0588	0.0353	0.0148	0.0326	0.0309	0.0326	0.0341	0.0176	0.0181	0.0176	0.0255
chr2L	21096726	21096986	chr2L:21096727-21096986	FBgn0083972	CG34136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0961	0.0966	0.0707	0.1235	0.0785	0.0772	0.1535	0.0906	0.0785	0.0876	0.0566	0.0876	0.1348	0.0406	0.1257	0.0406	0.2058
chr2L	21099176	21099335	chr2L:21099177-21099335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0567	0.0232	0.0117	0.0551	0.0325	0.1038	0.042	0.0551	0.0302	0.0267	0.0302	0.031	0.0115	0.0071	0.0115	0.0177
chr2L	21102063	21102274	chr2L:21102064-21102274	FBgn0032915,FBgn0032916	CG12050,CG9257	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0829	0.0885	0.099	0.0589	0.053	0.0947	0.1185	0.0959	0.053	0.1202	0.1084	0.1202	0.1084	0.0651	0.0625	0.0651	0.0703
chr2L	21102362	21102539	chr2L:21102363-21102539	FBgn0032915,FBgn0032916	CG12050,CG9257	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1856	0.1791	0.2217	0.1533	0.1124	0.2049	0.2067	0.2052	0.1124	0.2802	0.2334	0.2802	0.2432	0.1669	0.1676	0.1669	0.1787
chr2L	21102614	21102784	chr2L:21102615-21102784	FBgn0032915,FBgn0032916	CG12050,CG9257	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1679	0.1619	0.201	0.1383	0.106	0.182	0.186	0.1832	0.106	0.2609	0.209	0.2609	0.2107	0.16	0.1489	0.16	0.1621
chr2L	21104431	21104639	chr2L:21104432-21104639	FBgn0040297,FBgn0264353	CR43809,Nhe2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1267	0.161	0.149	0.0638	0.1262	0.1791	0.1639	0.2059	0.1262	0.2204	0.1466	0.2204	0.093	0.0498	0.0335	0.0498	0.0459
chr2L	21104764	21105059	chr2L:21104765-21105059	FBgn0040297,FBgn0264353	CR43809,Nhe2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.08	0.1044	0.0868	0.0451	0.0636	0.1146	0.1198	0.1279	0.0636	0.1262	0.0836	0.1262	0.0519	0.0329	0.0258	0.0329	0.0318
chr2L	21105209	21105422	chr2L:21105210-21105422	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1141	0.182	0.1028	0.0507	0.1527	0.1782	0.2223	0.2025	0.1527	0.2047	0.0714	0.2047	0.0511	0.0436	0.0258	0.0436	0.0396
chr2L	21107658	21107859	chr2L:21107659-21107859	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.128	0.1588	0.132	0.0891	0.1273	0.165	0.1881	0.1746	0.1273	0.1824	0.1273	0.1824	0.1735	0.1409	0.0774	0.1409	0.1313
chr2L	21108037	21108245	chr2L:21108038-21108245	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0908	0.1163	0.0911	0.0618	0.088	0.115	0.1388	0.1326	0.088	0.1105	0.0961	0.1105	0.1115	0.0873	0.0567	0.0873	0.0933
chr2L	21108527	21108938	chr2L:21108528-21108938	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1338	0.151	0.15	0.0968	0.0848	0.1995	0.1747	0.1519	0.0848	0.2579	0.1379	0.2579	0.1673	0.1585	0.0825	0.1585	0.1569
chr2L	21109141	21109306	chr2L:21109142-21109306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0841	0.0751	0.0532	0.0573	0.1083	0.0999	0.0759	0.0573	0.1322	0.0646	0.1322	0.093	0.0727	0.0374	0.0727	0.1032
chr2L	21109944	21110124	chr2L:21109945-21110124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.042	0.0801	0.0296	0.0131	0.0764	0.0466	0.1492	0.0566	0.0764	0.0272	0.0302	0.0272	0.0496	0.0069	0.0161	0.0069	0.0203
chr2L	21111868	21112019	chr2L:21111869-21112019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0261	0.0267	0.0363	0.0143	0.0148	0.0408	0.0311	0.0187	0.0148	0.0411	0.0273	0.0411	0.0782	0.0161	0.0103	0.0161	0.0266
chr2L	21115506	21115756	chr2L:21115507-21115756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0255	0.0269	0.0296	0.0194	0.0148	0.0277	0.0368	0.0266	0.0148	0.0242	0.0177	0.0242	0.0844	0.0245	0.011	0.0245	0.0375
chr2L	21124079	21124230	chr2L:21124080-21124230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0158	0.0267	0.0143	0.0052	0.0148	0.0194	0.0411	0.0253	0.0148	0.0175	0.0167	0.0175	0.0116	0.0115	0.0045	0.0115	0.0063
chr2L	21125462	21125613	chr2L:21125463-21125613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0161	0.0234	0.0162	0.0078	0.0127	0.0214	0.0342	0.0247	0.0127	0.0163	0.0215	0.0163	0.0093	0.0123	0.0077	0.0123	0.0099
chr2L	21130285	21130436	chr2L:21130286-21130436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0284	0.018	0.0127	0.0223	0.0257	0.0433	0.0266	0.0223	0.0211	0.0193	0.0211	0.0263	0.0084	0.0213	0.0084	0.0135
chr2L	21133810	21133969	chr2L:21133811-21133969	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0497	0.0225	0.0166	0.0286	0.0354	0.0796	0.0486	0.0286	0.0236	0.0241	0.0236	0.0263	0.0191	0.0161	0.0191	0.0198
chr2L	21134839	21134991	chr2L:21134840-21134991	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0281	0.0464	0.022	0.0145	0.035	0.0345	0.0627	0.0553	0.035	0.0199	0.0225	0.0199	0.0271	0.0168	0.0129	0.0168	0.0193
chr2L	21135050	21135225	chr2L:21135051-21135225	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0604	0.0199	0.015	0.0647	0.0359	0.0865	0.064	0.0647	0.0139	0.0251	0.0139	0.0232	0.0176	0.0129	0.0176	0.0188
chr2L	21135422	21135619	chr2L:21135423-21135619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0589	0.0265	0.0163	0.0573	0.0393	0.083	0.0593	0.0573	0.0229	0.0322	0.0229	0.0356	0.0222	0.011	0.0222	0.0198
chr2L	21135808	21136056	chr2L:21135809-21136056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0376	0.057	0.0296	0.0249	0.0488	0.0432	0.0861	0.054	0.0488	0.0284	0.0328	0.0284	0.0318	0.0268	0.0174	0.0268	0.0386
chr2L	21136109	21136342	chr2L:21136110-21136342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0393	0.0561	0.0335	0.027	0.0467	0.0398	0.0848	0.062	0.0467	0.0284	0.0376	0.0284	0.0411	0.0214	0.0232	0.0214	0.0459
chr2L	21137518	21137669	chr2L:21137519-21137669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0203	0.0246	0.0173	0.0188	0.018	0.0184	0.035	0.024	0.018	0.0169	0.0177	0.0169	0.0294	0.0092	0.0129	0.0092	0.0412
chr2L	21137757	21137908	chr2L:21137758-21137908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0198	0.0238	0.0171	0.0184	0.018	0.017	0.0359	0.0247	0.018	0.0151	0.0141	0.0151	0.0256	0.0145	0.011	0.0145	0.0406
chr2L	21141539	21141690	chr2L:21141540-21141690	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0365	0.035	0.039	0.0355	0.0148	0.032	0.0523	0.0333	0.0148	0.0417	0.0395	0.0417	0.0449	0.0222	0.0213	0.0222	0.0599
chr2L	21141821	21142024	chr2L:21141822-21142024	FBgn0023388	Dap160	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1106	0.1042	0.1202	0.1072	0.0732	0.1175	0.1159	0.1199	0.0732	0.1739	0.1222	0.1739	0.11	0.098	0.1025	0.098	0.1032
chr2L	21142271	21142441	chr2L:21142272-21142441	FBgn0023388	Dap160	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.148	0.1527	0.1668	0.1223	0.1336	0.1709	0.173	0.1706	0.1336	0.2083	0.1961	0.2083	0.1487	0.1302	0.1354	0.1302	0.1563
chr2L	21142675	21142921	chr2L:21142676-21142921	FBgn0023388,FBgn0032919	CG9253,Dap160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.0846	0.0739	0.0489	0.0551	0.0816	0.1103	0.1013	0.0551	0.0888	0.0775	0.0888	0.079	0.0475	0.0561	0.0475	0.061
chr2L	21143076	21143266	chr2L:21143077-21143266	FBgn0032919	CG9253	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1673	0.1702	0.1896	0.1394	0.1124	0.1917	0.2046	0.1892	0.1124	0.2609	0.201	0.2609	0.1851	0.1577	0.1335	0.1577	0.1662
chr2L	21148845	21148996	chr2L:21148846-21148996	FBgn0086251	del	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0346	0.0325	0.0379	0.0333	0.0159	0.0388	0.0407	0.0306	0.0159	0.0441	0.0392	0.0441	0.0589	0.0337	0.0335	0.0337	0.0412
chr2L	21149123	21149296	chr2L:21149124-21149296	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0846	0.0769	0.0885	0.0888	0.0435	0.0922	0.0887	0.0793	0.0435	0.1075	0.0926	0.1075	0.1146	0.1049	0.1051	0.1049	0.0954
chr2L	21153624	21153861	chr2L:21153625-21153861	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0697	0.0717	0.0792	0.0571	0.0424	0.0699	0.0856	0.0906	0.0424	0.0894	0.0923	0.0894	0.0837	0.0628	0.0606	0.0628	0.0657
chr2L	21153965	21154182	chr2L:21153966-21154182	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1478	0.1486	0.1636	0.1298	0.1092	0.167	0.1579	0.1752	0.1092	0.1957	0.1797	0.1957	0.1782	0.1302	0.1489	0.1302	0.1626
chr2L	21154283	21154542	chr2L:21154284-21154542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0919	0.1004	0.1033	0.0699	0.0827	0.0985	0.1133	0.1199	0.0827	0.1274	0.1116	0.1274	0.1216	0.0781	0.0799	0.0781	0.0907
chr2L	21155893	21156093	chr2L:21155894-21156093	FBgn0024371	E2f2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0716	0.0723	0.0883	0.0525	0.0392	0.0748	0.0848	0.0913	0.0392	0.0984	0.0971	0.0984	0.0945	0.0467	0.0529	0.0467	0.0771
chr2L	21156176	21156376	chr2L:21156177-21156376	FBgn0024371,FBgn0032921	E2f2,Mpp6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1165	0.1742	0.1266	0.0604	0.1316	0.1302	0.1472	0.0604	0.2095	0.1878	0.2095	0.1975	0.1332	0.1438	0.1332	0.1464
chr2L	21156528	21156679	chr2L:21156529-21156679	FBgn0024371,FBgn0032921	E2f2,Mpp6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0618	0.0525	0.0822	0.0497	0.035	0.0631	0.0571	0.062	0.035	0.1002	0.0907	0.1002	0.0914	0.0551	0.0561	0.0551	0.061
chr2L	21156741	21156921	chr2L:21156742-21156921	FBgn0032921	Mpp6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1071	0.0804	0.1404	0.1004	0.0382	0.1053	0.0701	0.1106	0.0382	0.1818	0.1531	0.1818	0.165	0.1126	0.1032	0.1126	0.1303
chr2L	21156987	21157152	chr2L:21156988-21157152	FBgn0032921	Mpp6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0572	0.0447	0.0778	0.0486	0.017	0.0471	0.0497	0.0713	0.017	0.0972	0.0881	0.0972	0.0844	0.0567	0.049	0.0567	0.0651
chr2L	21161674	21161825	chr2L:21161675-21161825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0314	0.054	0.0258	0.0125	0.0276	0.0233	0.1189	0.0373	0.0276	0.0356	0.0305	0.0356	0.0248	0.0176	0.0129	0.0176	0.0135
chr2L	21162973	21163170	chr2L:21162974-21163170	FBgn0032924,FBgn0032925	CG9246,Nbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.081	0.0745	0.0984	0.0691	0.0318	0.0786	0.0869	0.0986	0.0318	0.128	0.1071	0.128	0.1201	0.0727	0.078	0.0727	0.0959
chr2L	21163535	21163698	chr2L:21163536-21163698	FBgn0032924,FBgn0032925	CG9246,Nbr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1009	0.0985	0.1174	0.0856	0.0795	0.1097	0.1073	0.1206	0.0795	0.1467	0.1325	0.1467	0.1433	0.0911	0.0922	0.0911	0.1298
chr2L	21164688	21164839	chr2L:21164689-21164839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0401	0.0617	0.0367	0.0196	0.0286	0.0451	0.106	0.062	0.0286	0.0489	0.0424	0.0489	0.0457	0.026	0.0148	0.026	0.0271
chr2L	21165166	21165317	chr2L:21165167-21165317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0361	0.05	0.0398	0.0164	0.018	0.0379	0.093	0.0393	0.018	0.0519	0.0453	0.0519	0.055	0.0237	0.0123	0.0237	0.0234
chr2L	21166525	21166736	chr2L:21166526-21166736	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0959	0.0786	0.1178	0.0912	0.0467	0.0869	0.0943	0.0873	0.0467	0.1624	0.1312	0.1624	0.1379	0.1217	0.0877	0.1217	0.1266
chr2L	21166876	21167034	chr2L:21166877-21167034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0436	0.0602	0.0383	0.0233	0.0587	0.0454	0.05	0.0233	0.0791	0.0662	0.0791	0.0658	0.0421	0.0342	0.0421	0.0542
chr2L	21167851	21168002	chr2L:21167852-21168002	FBgn0263050,FBgn0263051	CG43345,CG43346	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0417	0.0325	0.0435	0.0499	0.0085	0.0437	0.0359	0.0406	0.0085	0.0435	0.0424	0.0435	0.0503	0.0329	0.0355	0.0329	0.0401
chr2L	21168246	21168429	chr2L:21168247-21168429	FBgn0010100,FBgn0263050,FBgn0263051	Acon,CG43345,CG43346	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1649	0.1393	0.1944	0.161	0.0891	0.1786	0.1319	0.1659	0.0891	0.2645	0.2064	0.2645	0.1991	0.1822	0.1651	0.1822	0.1798
chr2L	21168540	21168713	chr2L:21168541-21168713	FBgn0010100,FBgn0263050,FBgn0263051	Acon,CG43345,CG43346	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1775	0.1439	0.2117	0.1774	0.087	0.1816	0.1332	0.1812	0.087	0.2856	0.2154	0.2856	0.2479	0.2106	0.1734	0.2106	0.2194
chr2L	21168775	21168926	chr2L:21168776-21168926	FBgn0010100,FBgn0263050,FBgn0263051	Acon,CG43345,CG43346	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.09	0.0735	0.1055	0.0914	0.0339	0.0971	0.0796	0.0913	0.0339	0.1292	0.11	0.1292	0.1185	0.1141	0.0812	0.1141	0.1204
chr2L	21168946	21169379	chr2L:21168947-21169379	FBgn0010100	Acon	stage11,stage14,stage5	stage14	Acon	Acon	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1044	0.1021	0.1151	0.0954	0.0594	0.1126	0.1263	0.1153	0.0594	0.1214	0.1158	0.1214	0.1565	0.1049	0.0677	0.1049	0.1371
chr2L	21178603	21179162	chr2L:21178604-21179162	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1209	0.1572	0.1228	0.0783	0.0976	0.1563	0.1886	0.2059	0.0976	0.1492	0.1225	0.1492	0.1743	0.0643	0.0825	0.0643	0.1318
chr2L	21179356	21179539	chr2L:21179357-21179539	FBgn0000239,FBgn0032929	Mcm10,bur	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0731	0.0823	0.0805	0.0549	0.0573	0.0874	0.0969	0.0966	0.0573	0.09	0.0884	0.09	0.0891	0.0467	0.0561	0.0467	0.0782
chr2L	21179568	21179769	chr2L:21179569-21179769	FBgn0000239,FBgn0032929	Mcm10,bur	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1218	0.127	0.1367	0.0997	0.0795	0.1417	0.1393	0.1646	0.0795	0.1612	0.1543	0.1612	0.1425	0.1011	0.1025	0.1011	0.1313
chr2L	21179833	21180014	chr2L:21179834-21180014	FBgn0000239,FBgn0032929	Mcm10,bur	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1022	0.1	0.1173	0.0883	0.0541	0.1194	0.1094	0.1219	0.0541	0.1449	0.1312	0.1449	0.1146	0.0835	0.0858	0.0835	0.1219
chr2L	21180060	21180410	chr2L:21180061-21180410	FBgn0000239,FBgn0032929	Mcm10,bur	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0606	0.0637	0.0751	0.0412	0.0244	0.0752	0.0705	0.0839	0.0244	0.0803	0.0807	0.0803	0.0937	0.0345	0.038	0.0345	0.0615
chr2L	21188846	21189112	chr2L:21188847-21189112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0185	0.0187	0.018	0.0188	0.0095	0.0136	0.0359	0.0127	0.0095	0.0151	0.0141	0.0151	0.0139	0.0092	0.0071	0.0092	0.0172
chr2L	21189349	21189510	chr2L:21189350-21189510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0151	0.0131	0.0159	0.0164	0.0042	0.0131	0.0229	0.0073	0.0042	0.0133	0.0151	0.0133	0.0256	0.0069	0.0039	0.0069	0.0276
chr2L	21189549	21189786	chr2L:21189550-21189786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0204	0.0181	0.0226	0.0206	0.0053	0.015	0.0316	0.0147	0.0053	0.0193	0.0196	0.0193	0.0434	0.0115	0.0084	0.0115	0.0328
chr2L	21190158	21190309	chr2L:21190159-21190309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0145	0.0162	0.0159	0.0111	0.0074	0.0121	0.0242	0.016	0.0074	0.0133	0.0145	0.0133	0.0132	0.0092	0.0064	0.0092	0.0141
chr2L	21190967	21191169	chr2L:21190968-21191169	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0352	0.054	0.036	0.0134	0.0403	0.0296	0.096	0.0546	0.0403	0.0121	0.0637	0.0121	0.0302	0.0023	0.0213	0.0023	0.0141
chr2L	21196283	21196482	chr2L:21196284-21196482	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0614	0.0487	0.0156	0.017	0.0709	0.0394	0.1292	0.017	0.0248	0.0624	0.0248	0.079	0.0123	0.0181	0.0123	0.0188
chr2L	21196784	21196935	chr2L:21196785-21196935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0156	0.0201	0.0171	0.0089	0.0074	0.0184	0.0203	0.0346	0.0074	0.0139	0.0196	0.0139	0.0294	0.0077	0.0148	0.0077	0.0109
chr2L	21198766	21198961	chr2L:21198767-21198961	FBgn0011829	Ret	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0312	0.0288	0.0303	0.0348	0.0148	0.0286	0.0428	0.028	0.0148	0.0386	0.0302	0.0386	0.0318	0.0145	0.0251	0.0145	0.0365
chr2L	21198989	21199140	chr2L:21198990-21199140	FBgn0011829	Ret	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0216	0.0221	0.0197	0.0233	0.0095	0.0189	0.0372	0.0227	0.0095	0.0248	0.0222	0.0248	0.017	0.0153	0.0193	0.0153	0.0224
chr2L	21202269	21202420	chr2L:21202270-21202420	FBgn0051988	CG31988	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0174	0.0263	0.0136	0.0117	0.0159	0.0175	0.0458	0.0227	0.0159	0.0133	0.0158	0.0133	0.0077	0.0054	0.0019	0.0054	0.0094
chr2L	21202470	21202621	chr2L:21202471-21202621	FBgn0051988	CG31988	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0182	0.0132	0.012	0.0074	0.0175	0.0277	0.016	0.0074	0.0115	0.0154	0.0115	0.0108	0.0069	0.0058	0.0069	0.0063
chr2L	21205474	21205625	chr2L:21205475-21205625	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0314	0.0175	0.0072	0.0201	0.0306	0.0467	0.026	0.0201	0.0157	0.0206	0.0157	0.0232	0.0069	0.0097	0.0069	0.0083
chr2L	21206324	21206528	chr2L:21206325-21206528	FBgn0026255	clumsy	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0345	0.0346	0.0393	0.029	0.0106	0.0432	0.0433	0.034	0.0106	0.058	0.0453	0.058	0.0356	0.0819	0.0258	0.0819	0.0182
chr2L	21215074	21215305	chr2L:21215075-21215305	FBgn0003930	snRNA:U4:39B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1933	0.2494	0.1802	0.1451	0.2269	0.265	0.2794	0.2825	0.2269	0.2246	0.1402	0.2246	0.2595	0.1868	0.0664	0.1868	0.1886
chr2L	21215459	21215610	chr2L:21215460-21215610	FBgn0003930	snRNA:U4:39B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.049	0.0578	0.0514	0.0366	0.0244	0.065	0.0744	0.066	0.0244	0.0562	0.0457	0.0562	0.0689	0.0337	0.0258	0.0337	0.0427
chr2L	21218477	21218665	chr2L:21218478-21218665	FBgn0032934	CG8679	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1036	0.1717	0.099	0.0392	0.1539	0.0973	0.1233	0.0392	0.2144	0.1836	0.2144	0.1929	0.1202	0.0986	0.1202	0.1271
chr2L	21218748	21218957	chr2L:21218749-21218957	FBgn0032934	CG8679	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0681	0.0548	0.0921	0.0567	0.0148	0.0786	0.0536	0.0666	0.0148	0.1039	0.101	0.1039	0.117	0.0559	0.058	0.0559	0.0875
chr2L	21219788	21219939	chr2L:21219789-21219939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0477	0.0351	0.0596	0.0486	0.0117	0.0515	0.0324	0.042	0.0117	0.061	0.0617	0.061	0.0798	0.0391	0.0413	0.0391	0.075
chr2L	21220027	21220196	chr2L:21220028-21220196	FBgn0032935	CG8678	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0733	0.0495	0.0947	0.0763	0.017	0.0767	0.0415	0.066	0.017	0.1063	0.1026	0.1063	0.1053	0.0881	0.0645	0.0881	0.0948
chr2L	21220289	21220440	chr2L:21220290-21220440	FBgn0032935	CG8678	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0474	0.0821	0.0675	0.0286	0.0636	0.0441	0.0573	0.0286	0.0996	0.0897	0.0996	0.0829	0.0743	0.0696	0.0743	0.0839
chr2L	21220503	21220685	chr2L:21220504-21220685	FBgn0032935	CG8678	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1168	0.1542	0.1266	0.0806	0.1447	0.1185	0.1346	0.0806	0.1818	0.1775	0.1818	0.151	0.1286	0.1277	0.1286	0.1511
chr2L	21220846	21221079	chr2L:21220847-21221079	FBgn0026577,FBgn0032935	CG8677,CG8678	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0923	0.097	0.0999	0.0787	0.0594	0.1136	0.1086	0.1019	0.0594	0.119	0.11	0.119	0.0953	0.075	0.0948	0.075	0.0896
chr2L	21221183	21221372	chr2L:21221184-21221372	FBgn0026577	CG8677	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2037	0.1995	0.2411	0.1674	0.1294	0.232	0.2223	0.2232	0.1294	0.305	0.263	0.305	0.2378	0.1815	0.1786	0.1815	0.1918
chr2L	21221433	21221835	chr2L:21221434-21221835	FBgn0026577	CG8677	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.177	0.1782	0.1972	0.1535	0.1177	0.2058	0.2063	0.1905	0.1177	0.25	0.2026	0.25	0.1867	0.1623	0.1309	0.1623	0.1595
chr2L	21221873	21222100	chr2L:21221874-21222100	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0953	0.0972	0.0863	0.1029	0.0753	0.1068	0.1068	0.1193	0.0753	0.1081	0.0868	0.1081	0.0914	0.1133	0.0799	0.1133	0.1438
chr2L	21236729	21236955	chr2L:21236730-21236955	FBgn0051626,FBgn0261239	CG31626,Hr39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1423	0.133	0.1539	0.1398	0.0742	0.1481	0.1648	0.1512	0.0742	0.1818	0.1704	0.1818	0.158	0.1447	0.1496	0.1447	0.1793
chr2L	21237121	21237308	chr2L:21237122-21237308	FBgn0051626,FBgn0261239	CG31626,Hr39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2539	0.2327	0.2971	0.2303	0.1697	0.2718	0.2608	0.2618	0.1697	0.3593	0.328	0.3593	0.2827	0.2458	0.2463	0.2458	0.2793
chr2L	21237397	21237566	chr2L:21237398-21237566	FBgn0261239	Hr39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1856	0.1461	0.236	0.1745	0.087	0.1845	0.1484	0.1892	0.087	0.3007	0.2653	0.3007	0.2022	0.1899	0.1799	0.1899	0.1996
chr2L	21237698	21237992	chr2L:21237699-21237992	FBgn0261239	Hr39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2532	0.2197	0.2977	0.2416	0.1516	0.2699	0.199	0.2965	0.1516	0.3726	0.3482	0.3726	0.2912	0.2856	0.2566	0.2856	0.2402
chr2L	21243996	21244416	chr2L:21243997-21244416	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0999	0.0471	0.1316	0.1242	0.017	0.0631	0.0519	0.056	0.017	0.0556	0.2032	0.0556	0.1727	0.0536	0.2882	0.0536	0.1001
chr2L	21245167	21245318	chr2L:21245168-21245318	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0273	0.0326	0.0265	0.0127	0.0277	0.0363	0.0353	0.0127	0.0217	0.0447	0.0217	0.0349	0.01	0.0716	0.01	0.0208
chr2L	21245377	21245561	chr2L:21245378-21245561	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0344	0.0221	0.0411	0.0409	0.0085	0.0277	0.026	0.0266	0.0085	0.0296	0.0611	0.0296	0.0465	0.0153	0.1244	0.0153	0.0198
chr2L	21247296	21247447	chr2L:21247297-21247447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0185	0.0274	0.0183	0.0086	0.0127	0.0184	0.035	0.0506	0.0127	0.0223	0.0193	0.0223	0.0178	0.0069	0.0077	0.0069	0.0078
chr2L	21247499	21247650	chr2L:21247500-21247650	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0283	0.0194	0.0104	0.018	0.0209	0.0381	0.04	0.018	0.0157	0.0244	0.0157	0.0163	0.0038	0.0116	0.0038	0.0078
chr2L	21248044	21248195	chr2L:21248045-21248195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0122	0.0169	0.0327	0.0042	0.0131	0.0203	0.0093	0.0042	0.0127	0.017	0.0127	0.0186	0.0123	0.0148	0.0123	0.0167
chr2L	21250795	21251001	chr2L:21250796-21251001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1628	0.0781	0.2086	0.2072	0.0308	0.118	0.0679	0.0966	0.0308	0.2814	0.2302	0.2814	0.2634	0.255	0.1889	0.255	0.2632
chr2L	21251038	21251221	chr2L:21251039-21251221	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.103	0.0617	0.1236	0.1264	0.0265	0.0796	0.0649	0.0733	0.0265	0.1649	0.1373	0.1649	0.1371	0.1547	0.1128	0.1547	0.1647
chr2L	21251425	21251576	chr2L:21251426-21251576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0403	0.0307	0.0388	0.0526	0.0138	0.0301	0.0446	0.03	0.0138	0.0405	0.0463	0.0405	0.0527	0.0528	0.0509	0.0528	0.0829
chr2L	21251836	21252086	chr2L:21251837-21252086	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0942	0.0687	0.102	0.1142	0.035	0.1015	0.0761	0.0653	0.035	0.0954	0.1045	0.0954	0.1851	0.0904	0.1012	0.0904	0.1756
chr2L	21252763	21252914	chr2L:21252764-21252914	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0226	0.0292	0.0253	0.0123	0.0159	0.032	0.0311	0.0413	0.0159	0.0151	0.045	0.0151	0.0139	0.0069	0.0174	0.0069	0.0115
chr2L	21254343	21254494	chr2L:21254344-21254494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0187	0.0093	0.0217	0.0258	0.0032	0.0092	0.0151	0.0093	0.0032	0.0344	0.0244	0.0344	0.0194	0.0743	0.0206	0.0743	0.0141
chr2L	21261042	21261246	chr2L:21261043-21261246	FBgn0021856	l(2)k14505	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1452	0.1692	0.1442	0.1193	0.1251	0.1782	0.1981	0.1925	0.1251	0.1836	0.1572	0.1836	0.1425	0.1271	0.1199	0.1271	0.1271
chr2L	21261410	21261710	chr2L:21261411-21261710	FBgn0021856	l(2)k14505	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.0905	0.0839	0.0579	0.0573	0.0874	0.1198	0.1046	0.0573	0.1057	0.0974	0.1057	0.0674	0.059	0.0535	0.059	0.0667
chr2L	21261812	21262015	chr2L:21261813-21262015	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0586	0.0546	0.0258	0.0329	0.0553	0.0809	0.0686	0.0329	0.0628	0.0662	0.0628	0.0465	0.026	0.0277	0.026	0.0266
chr2L	21262025	21262764	chr2L:21262026-21262764	FBgn0032938	CG8671	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1551	0.1813	0.1678	0.112	0.123	0.1806	0.2323	0.1999	0.123	0.2023	0.1887	0.2023	0.1704	0.1179	0.1148	0.1179	0.1308
chr2L	21262878	21263042	chr2L:21262879-21263042	FBgn0032938	CG8671	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.175	0.1898	0.1868	0.1454	0.1495	0.2029	0.2279	0.2045	0.1495	0.2367	0.2042	0.2367	0.1805	0.1608	0.1489	0.1608	0.1709
chr2L	21263160	21263929	chr2L:21263161-21263929	FBgn0032938,FBgn0263536	CG8671,mir-4974	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2223	0.2613	0.2244	0.1763	0.2375	0.2646	0.3205	0.2785	0.2375	0.2663	0.2373	0.2663	0.2308	0.1968	0.1786	0.1968	0.1923
chr2L	21268179	21268363	chr2L:21268180-21268363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0221	0.0234	0.0228	0.0117	0.0257	0.0272	0.0247	0.0117	0.0205	0.0199	0.0205	0.048	0.0153	0.0142	0.0153	0.0563
chr2L	21269196	21269347	chr2L:21269197-21269347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0182	0.0313	0.0154	0.0065	0.0265	0.0248	0.0497	0.0286	0.0265	0.0127	0.0199	0.0127	0.0124	0.0077	0.0052	0.0077	0.0078
chr2L	21275266	21275460	chr2L:21275267-21275460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0364	0.0183	0.0109	0.0255	0.0262	0.0631	0.03	0.0255	0.0175	0.0232	0.0175	0.0155	0.01	0.0064	0.01	0.0162
chr2L	21275581	21275732	chr2L:21275582-21275732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.0278	0.018	0.0099	0.017	0.0165	0.048	0.028	0.017	0.0175	0.019	0.0175	0.0186	0.0092	0.0077	0.0092	0.0083
chr2L	21283198	21283461	chr2L:21283199-21283461	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0537	0.0253	0.0173	0.053	0.0306	0.0839	0.0613	0.053	0.0248	0.0299	0.0248	0.0256	0.0184	0.0187	0.0184	0.0214
chr2L	21283907	21284363	chr2L:21283908-21284363	FBgn0041336	Cyp6t2Psi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0483	0.0516	0.043	0.0506	0.0265	0.0466	0.0653	0.0646	0.0265	0.0411	0.0437	0.0411	0.0674	0.0375	0.0271	0.0375	0.1188
chr2L	21288933	21289084	chr2L:21288934-21289084	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0193	0.0185	0.0177	0.0138	0.0126	0.0333	0.0167	0.0138	0.0133	0.0283	0.0133	0.017	0.0054	0.0438	0.0054	0.0156
chr2L	21293375	21293665	chr2L:21293376-21293665	distal	distal	stage5	stage5	VT10859.1	VT10859.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0411	0.0724	0.0303	0.018	0.0806	0.0427	0.1125	0.074	0.0806	0.0254	0.046	0.0254	0.0263	0.0176	0.0329	0.0176	0.0177
chr2L	21296283	21296479	chr2L:21296284-21296479	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0513	0.0265	0.0249	0.0339	0.0592	0.0644	0.0533	0.0339	0.0284	0.0338	0.0284	0.0294	0.0444	0.02	0.0444	0.0354
chr2L	21296541	21296809	chr2L:21296542-21296809	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0561	0.0992	0.0401	0.0253	0.0764	0.0888	0.1311	0.1126	0.0764	0.0459	0.0531	0.0459	0.0356	0.0444	0.0258	0.0444	0.0297
chr2L	21299607	21299758	chr2L:21299608-21299758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0227	0.0269	0.0247	0.0157	0.0159	0.0277	0.0424	0.0233	0.0159	0.0386	0.0244	0.0386	0.0248	0.036	0.0071	0.036	0.0229
chr2L	21303893	21304175	chr2L:21303894-21304175	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0349	0.0305	0.0331	0.0418	0.0191	0.0291	0.0463	0.028	0.0191	0.026	0.0309	0.026	0.0666	0.0237	0.02	0.0237	0.1105
chr2L	21304192	21304343	chr2L:21304193-21304343	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0222	0.0212	0.0288	0.0095	0.0223	0.0333	0.0207	0.0095	0.0109	0.0196	0.0109	0.0488	0.01	0.0116	0.01	0.0797
chr2L	21309463	21309706	chr2L:21309464-21309706	FBgn0032940	Mio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2179	0.2191	0.244	0.1879	0.176	0.2684	0.202	0.2612	0.176	0.3188	0.2582	0.3188	0.2479	0.2397	0.1805	0.2397	0.2402
chr2L	21309942	21310139	chr2L:21309943-21310139	FBgn0032940	Mio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2246	0.202	0.2612	0.2096	0.1368	0.2451	0.2024	0.2298	0.1368	0.3152	0.2778	0.3152	0.2781	0.2129	0.2083	0.2129	0.2606
chr2L	21310401	21310596	chr2L:21310402-21310596	FBgn0000370,FBgn0032940	Mio,crc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1505	0.1557	0.1627	0.1313	0.1092	0.1738	0.1717	0.1879	0.1092	0.2041	0.1762	0.2041	0.1534	0.1432	0.1457	0.1432	0.1574
chr2L	21310761	21310944	chr2L:21310762-21310944	FBgn0000370	crc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1784	0.1821	0.1997	0.151	0.1315	0.1956	0.2076	0.2172	0.1315	0.2597	0.21	0.2597	0.2084	0.1623	0.1605	0.1623	0.1845
chr2L	21311006	21311215	chr2L:21311007-21311215	FBgn0000370	crc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1218	0.1495	0.1057	0.0689	0.1413	0.1341	0.1539	0.0689	0.1842	0.1614	0.1842	0.1627	0.1149	0.1044	0.1149	0.1376
chr2L	21313007	21313158	chr2L:21313008-21313158	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0228	0.0364	0.0409	0.0127	0.0252	0.0272	0.024	0.0127	0.0217	0.0576	0.0217	0.031	0.0115	0.1341	0.0115	0.0193
chr2L	21316812	21316963	chr2L:21316813-21316963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0216	0.0191	0.0218	0.0241	0.0095	0.0175	0.0298	0.0213	0.0095	0.0193	0.0302	0.0193	0.0248	0.0123	0.0716	0.0123	0.0135
chr2L	21318267	21318501	chr2L:21318268-21318501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0327	0.0388	0.0392	0.0187	0.0201	0.0291	0.0593	0.0406	0.0201	0.0465	0.0408	0.0465	0.0333	0.0168	0.0174	0.0168	0.0214
chr2L	21319999	21320150	chr2L:21320000-21320150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0241	0.0321	0.0246	0.0095	0.0291	0.0268	0.0293	0.0095	0.0477	0.0338	0.0477	0.0294	0.0283	0.0239	0.0283	0.0266
chr2L	21320176	21320435	chr2L:21320177-21320435	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0421	0.0388	0.0514	0.0358	0.0138	0.0505	0.0411	0.0466	0.0138	0.0785	0.0537	0.0785	0.0503	0.0421	0.0342	0.0421	0.0401
chr2L	21320471	21320622	chr2L:21320472-21320622	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0253	0.0275	0.0185	0.0053	0.032	0.0294	0.0286	0.0053	0.0399	0.0286	0.0399	0.0279	0.0176	0.0168	0.0176	0.0203
chr2L	21321606	21321757	chr2L:21321607-21321757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0197	0.0161	0.0239	0.0191	0.0032	0.0194	0.0229	0.014	0.0032	0.0362	0.0251	0.0362	0.0279	0.036	0.0193	0.036	0.0229
chr2L	21324436	21324922	chr2L:21324437-21324922	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0822	0.0621	0.0933	0.0926	0.0233	0.0825	0.0779	0.062	0.0233	0.1147	0.0717	0.1147	0.1239	0.0498	0.0419	0.0498	0.1412
chr2L	21329499	21329752	chr2L:21329500-21329752	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0328	0.0277	0.0307	0.0409	0.0148	0.0286	0.0407	0.026	0.0148	0.0193	0.0267	0.0193	0.0697	0.0138	0.0245	0.0138	0.0516
chr2L	21330945	21331147	chr2L:21330946-21331147	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0405	0.0394	0.0396	0.0429	0.0117	0.0704	0.0363	0.0346	0.0117	0.0562	0.0267	0.0562	0.0341	0.0145	0.0148	0.0145	0.0271
chr2L	21331599	21331764	chr2L:21331600-21331764	FBgn0023091	dimm	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0132	0.0129	0.0237	0.0064	0.0121	0.0234	0.0113	0.0064	0.0157	0.0093	0.0157	0.0201	0.0069	0.0058	0.0069	0.0255
chr2L	21332260	21332431	chr2L:21332261-21332431	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0321	0.0461	0.0322	0.0164	0.0265	0.049	0.0567	0.054	0.0265	0.032	0.0395	0.032	0.0349	0.0092	0.0168	0.0092	0.0302
chr2L	21339161	21339373	chr2L:21339162-21339373	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.025	0.0552	0.0118	0.0058	0.0573	0.0286	0.0861	0.0633	0.0573	0.0103	0.0158	0.0103	0.0116	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chr2L	21341775	21341926	chr2L:21341776-21341926	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.0313	0.0156	0.0206	0.0191	0.0277	0.0467	0.034	0.0191	0.0085	0.0138	0.0085	0.0163	0.0077	0.0064	0.0077	0.012
chr2L	21343719	21344110	chr2L:21343720-21344110	FBgn0032943	Tsp39D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.1013	0.124	0.1088	0.0677	0.0838	0.1243	0.1622	0.1299	0.0838	0.1008	0.1457	0.1008	0.0906	0.0735	0.087	0.0735	0.0625
chr2L	21344208	21344380	chr2L:21344209-21344380	FBgn0032943	Tsp39D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1958	0.2008	0.2176	0.1663	0.1379	0.2214	0.2392	0.2272	0.1379	0.2446	0.2585	0.2446	0.1991	0.1662	0.1773	0.1662	0.1866
chr2L	21344506	21344703	chr2L:21344507-21344703	FBgn0032943	Tsp39D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2124	0.2096	0.2433	0.1816	0.1707	0.2296	0.2413	0.2325	0.1707	0.2742	0.2981	0.2742	0.22	0.1838	0.2057	0.1838	0.1876
chr2L	21344788	21344941	chr2L:21344789-21344941	FBgn0032943	Tsp39D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1089	0.1104	0.1319	0.0822	0.0774	0.1029	0.1319	0.1426	0.0774	0.1377	0.1778	0.1377	0.0937	0.0773	0.1128	0.0773	0.0672
chr2L	21345199	21345371	chr2L:21345200-21345371	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0512	0.0606	0.0627	0.0281	0.0467	0.0524	0.0835	0.0666	0.0467	0.0459	0.0994	0.0459	0.0349	0.0283	0.0438	0.0283	0.0224
chr2L	21345760	21345939	chr2L:21345761-21345939	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0507	0.0598	0.0645	0.0255	0.0456	0.0549	0.0817	0.068	0.0456	0.035	0.1203	0.035	0.0364	0.0161	0.0567	0.0161	0.0172
chr2L	21345986	21346158	chr2L:21345987-21346158	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0437	0.0552	0.0529	0.0206	0.0255	0.0485	0.0744	0.0706	0.0255	0.0435	0.09	0.0435	0.0256	0.0161	0.0445	0.0161	0.013
chr2L	21356288	21356511	chr2L:21356289-21356511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0268	0.0263	0.0188	0.0127	0.0233	0.0433	0.022	0.0127	0.0205	0.0405	0.0205	0.0248	0.0184	0.0413	0.0184	0.0135
chr2L	21359978	21360129	chr2L:21359979-21360129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0134	0.0165	0.0188	0.004	0.0053	0.0141	0.026	0.02	0.0053	0.0133	0.0286	0.0133	0.0209	0.0054	0.0032	0.0054	0.0021
chr2L	21367440	21367624	chr2L:21367441-21367624	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0426	0.028	0.0671	0.032	0.0085	0.0388	0.0303	0.0386	0.0085	0.0199	0.1264	0.0199	0.0565	0.0038	0.0922	0.0038	0.0266
chr2L	21368942	21369184	chr2L:21368943-21369184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0359	0.036	0.0153	0.0106	0.0534	0.0389	0.038	0.0106	0.0302	0.0531	0.0302	0.0271	0.0115	0.0297	0.0115	0.0109
chr2L	21370736	21370887	chr2L:21370737-21370887	FBgn0032945	CG8665	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0182	0.0221	0.0197	0.0121	0.0138	0.0126	0.0407	0.0213	0.0138	0.0223	0.0273	0.0223	0.0163	0.0054	0.0142	0.0054	0.0224
chr2L	21370907	21371058	chr2L:21370908-21371058	FBgn0032945	CG8665	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0198	0.0237	0.0204	0.0148	0.0095	0.015	0.0471	0.0193	0.0095	0.0205	0.0267	0.0205	0.0232	0.01	0.0129	0.01	0.0292
chr2L	21371187	21371338	chr2L:21371188-21371338	FBgn0032945	CG8665	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0157	0.0184	0.0155	0.0128	0.0064	0.0131	0.0333	0.018	0.0064	0.0272	0.0148	0.0272	0.0155	0.0054	0.0135	0.0054	0.024
chr2L	21378134	21378285	chr2L:21378135-21378285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0079	0.0088	0.0295	0.0011	0.0058	0.0143	0.0093	0.0011	0.0054	0.0071	0.0054	0.0147	0.0176	0.0097	0.0176	0.0156
chr2L	21380014	21380204	chr2L:21380015-21380204	FBgn0032946	nrv3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.0202	0.0207	0.0617	0.0053	0.0209	0.0324	0.0147	0.0053	0.0133	0.0145	0.0133	0.0325	0.0145	0.011	0.0145	0.0552
chr2L	21381074	21381225	chr2L:21381075-21381225	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0095	0.0089	0.0238	0.0074	0.0087	0.016	0.0053	0.0074	0.0054	0.009	0.0054	0.0077	0.0046	0.0052	0.0046	0.0078
chr2L	21381432	21381583	chr2L:21381433-21381583	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.01	0.0104	0.0252	0.0042	0.0087	0.0182	0.0067	0.0042	0.0066	0.009	0.0066	0.0124	0.0038	0.0019	0.0038	0.0068
chr2L	21394301	21394452	chr2L:21394302-21394452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0254	0.0386	0.0228	0.0134	0.0212	0.0277	0.0688	0.0373	0.0212	0.0217	0.0293	0.0217	0.0225	0.01	0.0135	0.01	0.0146
chr2L	21394588	21394739	chr2L:21394589-21394739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0196	0.0287	0.016	0.0134	0.0085	0.0257	0.0493	0.03	0.0085	0.0169	0.0186	0.0169	0.0194	0.0237	0.0116	0.0237	0.012
chr2L	21397321	21397535	chr2L:21397322-21397535	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1156	0.0674	0.1129	0.1724	0.0308	0.0937	0.061	0.0793	0.0308	0.099	0.1096	0.099	0.2045	0.1677	0.1928	0.1677	0.2256
chr2L	21398171	21398322	chr2L:21398172-21398322	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0187	0.0297	0.0162	0.0091	0.0138	0.0243	0.0446	0.0313	0.0138	0.0187	0.0177	0.0187	0.0139	0.0046	0.0103	0.0046	0.0063
chr2L	21401545	21401750	chr2L:21401546-21401750	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0304	0.031	0.0319	0.0159	0.0345	0.0372	0.0313	0.0159	0.0326	0.0286	0.0326	0.0604	0.0222	0.0213	0.0222	0.0672
chr2L	21407382	21407533	chr2L:21407383-21407533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade5	0.0124	0.0284	0.0061	0.0014	0.0308	0.0204	0.0424	0.0293	0.0308	0.003	0.0061	0.003	0.0077	0.0015	0.0013	0.0015	0.0021
chr2L	21413805	21414009	chr2L:21413806-21414009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0203	0.029	0.0244	0.006	0.0095	0.0379	0.0316	0.0386	0.0095	0.0217	0.035	0.0217	0.0248	0.0069	0.009	0.0069	0.0047
chr2L	21545134	21545285	chr2L:21545135-21545285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0184	0.0314	0.0166	0.0057	0.017	0.0228	0.0493	0.0366	0.017	0.0139	0.0203	0.0139	0.0139	0.0031	0.0097	0.0031	0.0057
chr2L	21545341	21545533	chr2L:21545342-21545533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0205	0.0406	0.014	0.0052	0.018	0.033	0.067	0.0386	0.018	0.0079	0.018	0.0079	0.0093	0.0031	0.0064	0.0031	0.0052
chr2L	21545713	21545864	chr2L:21545714-21545864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0221	0.0109	0.0042	0.0106	0.0146	0.0359	0.0247	0.0106	0.0097	0.0129	0.0097	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chr2L	21550398	21550549	chr2L:21550399-21550549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0273	0.0385	0.0294	0.0124	0.0265	0.0311	0.0528	0.0506	0.0265	0.0278	0.0305	0.0278	0.0449	0.0199	0.0084	0.0199	0.0151
chr2L	21550576	21550790	chr2L:21550577-21550790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0387	0.0599	0.034	0.0202	0.0414	0.0481	0.0839	0.0759	0.0414	0.0344	0.0376	0.0344	0.0442	0.0322	0.0174	0.0322	0.0276
chr2L	21553465	21553633	chr2L:21553466-21553633	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1032	0.1483	0.0995	0.0568	0.1336	0.1417	0.1881	0.1486	0.1336	0.1208	0.1058	0.1208	0.11	0.0735	0.0587	0.0735	0.0849
chr2L	21553733	21554014	chr2L:21553734-21554014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.066	0.1076	0.0572	0.0291	0.1029	0.1015	0.1406	0.1013	0.1029	0.0761	0.0598	0.0761	0.0635	0.0413	0.0264	0.0413	0.0464
chr2L	21556787	21557294	chr2L:21556788-21557294	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0897	0.0286	0.016	0.0827	0.0612	0.1479	0.0773	0.0827	0.026	0.035	0.026	0.031	0.0123	0.0135	0.0123	0.0224
chr2L	21557323	21557474	chr2L:21557324-21557474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0426	0.0161	0.0075	0.0297	0.0291	0.0688	0.038	0.0297	0.0169	0.0193	0.0169	0.0163	0.0061	0.0116	0.0061	0.0089
chr2L	21557803	21557954	chr2L:21557804-21557954	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0229	0.0361	0.0226	0.0084	0.0276	0.0252	0.0523	0.0346	0.0276	0.0211	0.0277	0.0211	0.0248	0.01	0.0084	0.01	0.0099
chr2L	21558287	21558492	chr2L:21558288-21558492	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0779	0.1082	0.0798	0.0419	0.0901	0.0811	0.154	0.1219	0.0901	0.0713	0.1035	0.0713	0.0775	0.0452	0.0477	0.0452	0.0532
chr2L	21558515	21558709	chr2L:21558516-21558709	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.1049	0.0751	0.0379	0.0848	0.0908	0.1332	0.1179	0.0848	0.0719	0.092	0.0719	0.0806	0.0283	0.0445	0.0283	0.0474
chr2L	21558874	21559087	chr2L:21558875-21559087	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0472	0.0377	0.0198	0.035	0.0447	0.0606	0.0493	0.035	0.0332	0.0492	0.0332	0.0395	0.0107	0.0245	0.0107	0.0219
chr2L	21559512	21559706	chr2L:21559513-21559706	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0588	0.0672	0.0659	0.0418	0.0456	0.0558	0.0947	0.0726	0.0456	0.0749	0.0791	0.0749	0.0705	0.0498	0.0419	0.0498	0.0474
chr2L	21559763	21559945	chr2L:21559764-21559945	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.079	0.0741	0.0508	0.07	0.0689	0.1047	0.0866	0.07	0.0839	0.0907	0.0839	0.0806	0.0597	0.0529	0.0597	0.0615
chr2L	21571395	21571546	chr2L:21571396-21571546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0299	0.0315	0.0248	0.0053	0.0262	0.0471	0.0333	0.0053	0.0429	0.0331	0.0429	0.0356	0.023	0.0245	0.023	0.0365
chr2L	21572521	21572717	chr2L:21572522-21572717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0602	0.0466	0.0673	0.0675	0.0265	0.0529	0.0532	0.0533	0.0265	0.0888	0.0669	0.0888	0.0844	0.0781	0.0613	0.0781	0.1084
chr2L	21572795	21572987	chr2L:21572796-21572987	FBgn0032949	Lamp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1199	0.1092	0.1373	0.1129	0.0901	0.1204	0.1112	0.1312	0.0901	0.1739	0.1421	0.1739	0.1402	0.1325	0.1038	0.1325	0.1584
chr2L	21573287	21573485	chr2L:21573288-21573485	FBgn0032949	Lamp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1845	0.1807	0.2061	0.165	0.1379	0.2029	0.2016	0.2039	0.1379	0.2452	0.2367	0.2452	0.1913	0.1983	0.1799	0.1983	0.1996
chr2L	21573562	21573787	chr2L:21573563-21573787	FBgn0032949	Lamp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1449	0.14	0.1651	0.1283	0.1092	0.168	0.1561	0.1466	0.1092	0.1878	0.1955	0.1878	0.1619	0.1401	0.138	0.1401	0.1699
chr2L	21574034	21574301	chr2L:21574035-21574301	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0657	0.0611	0.0766	0.0588	0.0265	0.0709	0.0731	0.0706	0.0265	0.0749	0.0749	0.0749	0.1317	0.0536	0.0496	0.0536	0.1073
chr2L	21579159	21579310	chr2L:21579160-21579310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0279	0.0164	0.0113	0.0117	0.016	0.0467	0.0313	0.0117	0.0175	0.018	0.0175	0.0194	0.0115	0.0161	0.0115	0.0125
chr2L	21589333	21589507	chr2L:21589334-21589507	FBgn0016919	nompB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0291	0.0283	0.036	0.0224	0.0106	0.0316	0.0368	0.034	0.0106	0.0229	0.0495	0.0229	0.0209	0.0123	0.029	0.0123	0.0151
chr2L	21593260	21593411	chr2L:21593261-21593411	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0237	0.0272	0.0177	0.0042	0.0228	0.0368	0.0253	0.0042	0.0326	0.0293	0.0326	0.0349	0.0276	0.0258	0.0276	0.0188
chr2L	21608971	21609241	chr2L:21608972-21609241	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0304	0.0385	0.0355	0.0157	0.0191	0.0291	0.0588	0.0453	0.0191	0.0338	0.0453	0.0338	0.024	0.0176	0.0155	0.0176	0.0219
chr2L	21610486	21610801	chr2L:21610487-21610801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0319	0.0264	0.0368	0.0327	0.0106	0.0277	0.0376	0.028	0.0106	0.0236	0.0466	0.0236	0.0682	0.0123	0.0232	0.0123	0.0839
chr2L	21611020	21611171	chr2L:21611021-21611171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0181	0.0188	0.0198	0.0155	0.0074	0.0194	0.0264	0.0213	0.0074	0.0187	0.0232	0.0187	0.0287	0.0084	0.0142	0.0084	0.0297
chr2L	21611833	21612069	chr2L:21611834-21612069	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0377	0.0451	0.0467	0.0195	0.0148	0.0442	0.0701	0.0446	0.0148	0.0743	0.0502	0.0743	0.0457	0.0153	0.0251	0.0153	0.0292
chr2L	21616359	21616510	chr2L:21616360-21616510	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0373	0.0401	0.0475	0.0228	0.0265	0.0306	0.0558	0.046	0.0265	0.0266	0.0814	0.0266	0.0387	0.0161	0.0496	0.0161	0.024
chr2L	21617715	21617866	chr2L:21617716-21617866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0504	0.0639	0.0584	0.0266	0.0488	0.0626	0.0804	0.0759	0.0488	0.0423	0.083	0.0423	0.0689	0.0391	0.0271	0.0391	0.0276
chr2L	21617983	21618232	chr2L:21617984-21618232	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1129	0.1383	0.1253	0.071	0.1103	0.1267	0.173	0.1646	0.1103	0.1232	0.1569	0.1232	0.1201	0.1057	0.0625	0.1057	0.0521
chr2L	21618354	21618569	chr2L:21618355-21618569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0736	0.09	0.0786	0.0499	0.0647	0.0733	0.1194	0.1039	0.0647	0.0707	0.1093	0.0707	0.062	0.0735	0.0554	0.0735	0.0479
chr2L	21618707	21618984	chr2L:21618708-21618984	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2392	0.3097	0.2605	0.137	0.281	0.283	0.3728	0.3678	0.281	0.2277	0.3588	0.2277	0.2517	0.1539	0.1941	0.1539	0.1172
chr2L	21619044	21619195	chr2L:21619045-21619195	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1387	0.1853	0.1481	0.0763	0.1718	0.1626	0.2279	0.2219	0.1718	0.0924	0.2199	0.0924	0.1805	0.0528	0.1135	0.0528	0.099
chr2L	21619414	21619565	chr2L:21619415-21619565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0563	0.0628	0.033	0.0286	0.0636	0.0722	0.0586	0.0286	0.0302	0.0939	0.0302	0.0914	0.0145	0.049	0.0145	0.0552
chr2L	21621365	21621544	chr2L:21621366-21621544	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0586	0.0813	0.0694	0.0214	0.0414	0.0617	0.1163	0.1053	0.0414	0.0217	0.1338	0.0217	0.038	0.01	0.0529	0.01	0.0188
chr2L	21623577	21623743	chr2L:21623578-21623743	FBgn0032955	CG2201	stage14	none	VT11039.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0466	0.0355	0.0415	0.0645	0.017	0.0398	0.0502	0.034	0.017	0.0405	0.0444	0.0405	0.0666	0.0383	0.0974	0.0383	0.0969
chr2L	21624065	21624244	chr2L:21624066-21624244	FBgn0032955,FBgn0262631	CG2201,CR43148	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1112	0.099	0.1197	0.1156	0.0615	0.1204	0.1125	0.1033	0.0615	0.1226	0.1476	0.1226	0.1301	0.1194	0.127	0.1194	0.1548
chr2L	21624524	21624692	chr2L:21624525-21624692	FBgn0262631	CR43148	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1177	0.117	0.1288	0.1063	0.0732	0.1262	0.1414	0.1306	0.0732	0.1443	0.1566	0.1443	0.1278	0.1064	0.1289	0.1064	0.1235
chr2L	21627983	21628202	chr2L:21627984-21628202	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT11042.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0904	0.1324	0.0972	0.0361	0.0838	0.1034	0.1778	0.1785	0.0838	0.0851	0.1521	0.0851	0.0534	0.0406	0.0471	0.0406	0.0406
chr2L	21628706	21628927	chr2L:21628707-21628927	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT11042.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1583	0.1776	0.1725	0.1212	0.1262	0.1845	0.1907	0.2312	0.1262	0.1842	0.2119	0.1842	0.1263	0.0796	0.1754	0.0796	0.1037
chr2L	21629266	21629486	chr2L:21629267-21629486	FBgn0022893	Df31	stage11,stage14,stage5	none	VT11042.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2888	0.2797	0.3218	0.2628	0.2025	0.3092	0.3266	0.3045	0.2025	0.4016	0.3469	0.4016	0.2943	0.2818	0.2527	0.2818	0.2757
chr2L	21629774	21630024	chr2L:21629775-21630024	FBgn0022893	Df31	stage11,stage14,stage5	none	VT11042.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2652	0.2787	0.2967	0.2157	0.2397	0.2961	0.3244	0.2945	0.2397	0.3376	0.327	0.3376	0.2851	0.2121	0.2379	0.2121	0.2454
chr2L	21630156	21630377	chr2L:21630157-21630377	FBgn0022893	Df31	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1142	0.1584	0.1133	0.0659	0.14	0.1369	0.2249	0.1492	0.14	0.1063	0.145	0.1063	0.1092	0.0727	0.0812	0.0727	0.073
chr2L	21630502	21630688	chr2L:21630503-21630688	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1355	0.1918	0.1382	0.0698	0.1707	0.1617	0.2677	0.1999	0.1707	0.122	0.1823	0.122	0.1131	0.0704	0.0903	0.0704	0.073
chr2L	21632212	21632363	chr2L:21632213-21632363	FBgn0023416	Ac3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0672	0.0808	0.0779	0.0404	0.0562	0.0806	0.0952	0.1046	0.0562	0.0459	0.1023	0.0459	0.0658	0.0161	0.0432	0.0161	0.0433
chr2L	21632442	21632593	chr2L:21632443-21632593	FBgn0023416	Ac3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0473	0.0487	0.0477	0.0451	0.035	0.05	0.0631	0.0506	0.035	0.0332	0.0608	0.0332	0.0511	0.01	0.0245	0.01	0.0281
chr2L	21632891	21633139	chr2L:21632892-21633139	FBgn0023416	Ac3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.1154	0.1669	0.1241	0.0485	0.1135	0.1689	0.2102	0.1912	0.1135	0.1256	0.1688	0.1256	0.0899	0.0199	0.0419	0.0199	0.0313
chr2L	21633274	21633437	chr2L:21633275-21633437	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0828	0.1436	0.0737	0.0248	0.1145	0.1184	0.1968	0.1559	0.1145	0.0755	0.0942	0.0755	0.0573	0.0214	0.0245	0.0214	0.0125
chr2L	21649067	21649218	chr2L:21649068-21649218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0152	0.0147	0.0139	0.0053	0.015	0.0272	0.0113	0.0053	0.0121	0.018	0.0121	0.0163	0.0054	0.0316	0.0054	0.013
chr2L	21650652	21650999	chr2L:21650653-21650999	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0424	0.0508	0.0421	0.0331	0.035	0.0345	0.0748	0.0646	0.035	0.0326	0.0502	0.0326	0.0434	0.0268	0.0277	0.0268	0.0328
chr2L	21651074	21651246	chr2L:21651075-21651246	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0308	0.0306	0.0198	0.0159	0.0252	0.0454	0.0353	0.0159	0.0217	0.0334	0.0217	0.0256	0.013	0.0148	0.013	0.0135
chr2L	21652920	21653071	chr2L:21652921-21653071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0308	0.0307	0.011	0.0148	0.0388	0.0433	0.026	0.0148	0.0386	0.0367	0.0386	0.0294	0.0084	0.0142	0.0084	0.0167
chr2L	21653126	21653312	chr2L:21653127-21653312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.039	0.05	0.0478	0.0171	0.0424	0.0515	0.0623	0.0446	0.0424	0.0779	0.0518	0.0779	0.0395	0.0222	0.0181	0.0222	0.0224
chr2L	21656687	21656928	chr2L:21656688-21656928	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0904	0.0671	0.0361	0.0806	0.0951	0.1181	0.0799	0.0806	0.0851	0.0752	0.0851	0.0798	0.0406	0.0432	0.0406	0.0505
chr2L	21657273	21657461	chr2L:21657274-21657461	FBgn0262620	CG43144	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0504	0.0515	0.0499	0.0497	0.035	0.0583	0.0597	0.052	0.035	0.0483	0.0559	0.0483	0.062	0.0505	0.058	0.0505	0.0683
chr2L	21657537	21657716	chr2L:21657538-21657716	FBgn0262620	CG43144	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1183	0.1061	0.1269	0.1225	0.071	0.1121	0.1315	0.1046	0.071	0.1329	0.146	0.1329	0.1503	0.1348	0.1354	0.1348	0.1595
chr2L	21657778	21658004	chr2L:21657779-21658004	FBgn0262620	CG43144	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0805	0.072	0.0942	0.0749	0.0477	0.0738	0.0839	0.0839	0.0477	0.0978	0.109	0.0978	0.1084	0.0766	0.0799	0.0766	0.0995
chr2L	21658035	21658186	chr2L:21658036-21658186	FBgn0262620	CG43144	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0322	0.0445	0.0343	0.0201	0.0262	0.0437	0.04	0.0201	0.0465	0.0524	0.0465	0.0488	0.0368	0.0426	0.0368	0.0448
chr2L	21658314	21658546	chr2L:21658315-21658546	FBgn0032956	Cul-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0818	0.0823	0.0968	0.0648	0.0456	0.0864	0.1016	0.0893	0.0456	0.1039	0.117	0.1039	0.0999	0.075	0.0651	0.075	0.0829
chr2L	21658615	21658809	chr2L:21658616-21658809	FBgn0032956	Cul-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1313	0.1269	0.1599	0.1047	0.0721	0.1437	0.138	0.1519	0.0721	0.192	0.1749	0.192	0.1712	0.1103	0.1109	0.1103	0.1303
chr2L	21658901	21659275	chr2L:21658902-21659275	FBgn0032956	Cul-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1257	0.122	0.1459	0.1076	0.07	0.1282	0.1505	0.1412	0.07	0.1775	0.1518	0.1775	0.1549	0.1072	0.0928	0.1072	0.1339
chr2L	21669608	21669792	chr2L:21669609-21669792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0155	0.0226	0.0246	0.0064	0.0146	0.0251	0.0127	0.0064	0.0139	0.0315	0.0139	0.0263	0.0544	0.038	0.0544	0.0146
chr2L	21669966	21670117	chr2L:21669967-21670117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.012	0.0127	0.0119	0.0113	0.0053	0.0155	0.0147	0.0093	0.0053	0.0121	0.0119	0.0121	0.017	0.0214	0.0135	0.0214	0.0104
chr2L	21676708	21676960	chr2L:21676709-21676960	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0882	0.0697	0.085	0.1122	0.0414	0.0893	0.077	0.0766	0.0414	0.0876	0.1058	0.0876	0.0868	0.1455	0.1406	0.1455	0.0933
chr2L	21677048	21677200	chr2L:21677049-21677200	FBgn0032957	CG2225	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0427	0.0555	0.082	0.0233	0.051	0.0562	0.0393	0.0233	0.0525	0.0678	0.0525	0.0651	0.0965	0.0967	0.0965	0.0792
chr2L	21677246	21677408	chr2L:21677247-21677408	FBgn0032957	CG2225	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0799	0.0567	0.0758	0.1104	0.035	0.0641	0.0657	0.0653	0.035	0.0888	0.081	0.0888	0.103	0.1662	0.1077	0.1662	0.1131
chr2L	21677459	21677703	chr2L:21677460-21677703	FBgn0032957	CG2225	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.108	0.0917	0.1128	0.121	0.0668	0.0976	0.106	0.1046	0.0668	0.128	0.1273	0.128	0.1503	0.1616	0.1231	0.1616	0.1522
chr2L	21677742	21677960	chr2L:21677743-21677960	FBgn0032957	CG2225	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.1274	0.1509	0.1241	0.0965	0.1534	0.1358	0.1319	0.0965	0.1854	0.1633	0.1854	0.1936	0.17	0.1238	0.17	0.1548
chr2L	21678136	21678498	chr2L:21678137-21678498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0974	0.0963	0.1181	0.0759	0.0626	0.1	0.1215	0.0946	0.0626	0.1534	0.1293	0.1534	0.1441	0.108	0.0748	0.108	0.1006
chr2L	21678553	21678704	chr2L:21678554-21678704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0532	0.0527	0.0684	0.0372	0.0308	0.0587	0.064	0.054	0.0308	0.0827	0.0788	0.0827	0.0759	0.059	0.038	0.059	0.0479
chr2L	21681569	21681764	chr2L:21681570-21681764	FBgn0000559	Ef2b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.1255	0.1395	0.0953	0.0838	0.1408	0.1358	0.1492	0.0838	0.1733	0.1502	0.1733	0.1472	0.1156	0.1096	0.1156	0.1219
chr2L	21682005	21682191	chr2L:21682006-21682191	FBgn0000559	Ef2b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1736	0.1651	0.2046	0.149	0.1241	0.1859	0.1752	0.1925	0.1241	0.2597	0.226	0.2597	0.1991	0.1646	0.1573	0.1646	0.185
chr2L	21683255	21683459	chr2L:21683256-21683459	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1325	0.1022	0.1452	0.1523	0.0732	0.1214	0.1064	0.1199	0.0732	0.1455	0.1633	0.1455	0.1704	0.1631	0.1767	0.1631	0.1907
chr2L	21683790	21684055	chr2L:21683791-21684055	FBgn0051619	CG31619	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1971	0.1524	0.2254	0.216	0.1029	0.1908	0.1639	0.1646	0.1029	0.2579	0.2415	0.2579	0.2401	0.2328	0.2237	0.2328	0.2475
chr2L	21689898	21690169	chr2L:21689899-21690169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0264	0.0454	0.0197	0.0125	0.0233	0.0359	0.0627	0.0526	0.0233	0.0199	0.0238	0.0199	0.017	0.0107	0.009	0.0107	0.0167
chr2L	21690394	21690561	chr2L:21690395-21690561	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0664	0.0228	0.0191	0.0615	0.0461	0.0904	0.0733	0.0615	0.0205	0.0325	0.0205	0.0248	0.0184	0.0258	0.0184	0.0203
chr2L	21690685	21690836	chr2L:21690686-21690836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0346	0.0105	0.0091	0.0255	0.0238	0.0515	0.042	0.0255	0.0103	0.0119	0.0103	0.0147	0.0038	0.0148	0.0038	0.0078
chr2L	21690860	21691027	chr2L:21690861-21691027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0191	0.0323	0.0141	0.0097	0.0191	0.0214	0.0446	0.0446	0.0191	0.0133	0.0174	0.0133	0.0132	0.0107	0.0142	0.0107	0.0073
chr2L	21691099	21691272	chr2L:21691100-21691272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0353	0.0148	0.0078	0.0233	0.032	0.0471	0.0366	0.0233	0.0157	0.0206	0.0157	0.0108	0.0046	0.009	0.0046	0.0109
chr2L	21691306	21691457	chr2L:21691307-21691457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0225	0.0312	0.0225	0.013	0.0138	0.034	0.0376	0.0353	0.0138	0.026	0.027	0.026	0.0225	0.0107	0.0245	0.0107	0.0109
chr2L	21699457	21699648	chr2L:21699458-21699648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0369	0.0178	0.0134	0.0276	0.0218	0.0567	0.0473	0.0276	0.0163	0.0219	0.0163	0.0132	0.0069	0.0116	0.0069	0.0089
chr2L	21699981	21700132	chr2L:21699982-21700132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0207	0.0197	0.0169	0.0064	0.0155	0.0355	0.026	0.0064	0.0133	0.0289	0.0133	0.0085	0.0046	0.0142	0.0046	0.0083
chr2L	21708238	21708431	chr2L:21708239-21708431	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0395	0.0922	0.0151	0.0074	0.1039	0.0539	0.1419	0.0826	0.1039	0.0097	0.0174	0.0097	0.0256	0.0054	0.0077	0.0054	0.0094
chr2L	21708568	21708742	chr2L:21708569-21708742	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.028	0.0617	0.0138	0.006	0.052	0.0301	0.0978	0.068	0.052	0.0115	0.0151	0.0115	0.0163	0.0023	0.0071	0.0023	0.0063
chr2L	21708771	21708975	chr2L:21708772-21708975	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0456	0.0146	0.0096	0.0308	0.0272	0.0748	0.048	0.0308	0.0133	0.0158	0.0133	0.0201	0.0038	0.0103	0.0038	0.0109
chr2L	21725784	21725935	chr2L:21725785-21725935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0224	0.0183	0.0132	0.0106	0.0194	0.035	0.0207	0.0106	0.0193	0.0164	0.0193	0.0124	0.0092	0.0084	0.0092	0.0078
chr2L	21728144	21728295	chr2L:21728145-21728295	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0152	0.0265	0.0128	0.005	0.0191	0.018	0.0489	0.0187	0.0191	0.0236	0.0116	0.0236	0.0116	0.0023	0.0045	0.0023	0.0063
chr2L	21733223	21733374	chr2L:21733224-21733374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0148	0.0147	0.0143	0.0155	0.0053	0.016	0.0199	0.0153	0.0053	0.0151	0.0164	0.0151	0.0147	0.0115	0.011	0.0115	0.0344
chr2L	21736662	21736831	chr2L:21736663-21736831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0315	0.0188	0.022	0.0329	0.0311	0.0376	0.0346	0.0329	0.0199	0.0203	0.0199	0.0263	0.0207	0.0239	0.0207	0.0302
chr2L	21738346	21738497	chr2L:21738347-21738497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0188	0.0206	0.0266	0.0084	0.0095	0.0175	0.0251	0.028	0.0095	0.0254	0.037	0.0254	0.0201	0.0054	0.0077	0.0054	0.012
chr2L	21738815	21738966	chr2L:21738816-21738966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0186	0.0208	0.0266	0.0074	0.0117	0.016	0.0281	0.0266	0.0117	0.0254	0.0347	0.0254	0.0263	0.0092	0.0077	0.0092	0.0073
chr2L	21739717	21739938	chr2L:21739718-21739938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0288	0.0477	0.022	0.0152	0.0361	0.0417	0.0606	0.0566	0.0361	0.0163	0.0296	0.0163	0.0248	0.013	0.0174	0.013	0.0214
chr2L	21741525	21741845	chr2L:21741526-21741845	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0852	0.0385	0.0182	0.071	0.051	0.1453	0.0813	0.071	0.0423	0.0508	0.0423	0.0302	0.0184	0.0245	0.0184	0.0229
chr2L	21742031	21742182	chr2L:21742032-21742182	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0462	0.022	0.007	0.0308	0.0228	0.0809	0.046	0.0308	0.0223	0.0322	0.0223	0.0124	0.0038	0.0097	0.0038	0.0089
chr2L	21747749	21747900	chr2L:21747750-21747900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0353	0.0195	0.0099	0.0223	0.0354	0.0493	0.0406	0.0223	0.0254	0.0215	0.0254	0.0132	0.0038	0.0148	0.0038	0.0135
chr2L	21748628	21748825	chr2L:21748629-21748825	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0641	0.069	0.0897	0.0305	0.0286	0.0874	0.0575	0.1159	0.0286	0.0652	0.154	0.0652	0.0279	0.0176	0.0683	0.0176	0.0188
chr2L	21748959	21749192	chr2L:21748960-21749192	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0655	0.0876	0.0835	0.0212	0.0371	0.1471	0.0692	0.1019	0.0371	0.1099	0.1167	0.1099	0.0356	0.0191	0.0368	0.0191	0.0167
chr2L	21750593	21750744	chr2L:21750594-21750744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0231	0.0223	0.0245	0.0226	0.0085	0.0296	0.0272	0.0213	0.0085	0.0175	0.0347	0.0175	0.0287	0.0092	0.0187	0.0092	0.0448
chr2L	21750762	21750913	chr2L:21750763-21750913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0246	0.026	0.0269	0.0159	0.0262	0.0333	0.0247	0.0159	0.0266	0.0341	0.0266	0.0256	0.0145	0.0251	0.0145	0.0401
chr2L	21753007	21753158	chr2L:21753008-21753158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0438	0.0499	0.0467	0.0338	0.0244	0.0665	0.0554	0.0566	0.0244	0.0568	0.0473	0.0568	0.0604	0.0383	0.02	0.0383	0.0662
chr2L	21753624	21753815	chr2L:21753625-21753815	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.163	0.1911	0.169	0.1251	0.1686	0.2	0.2228	0.2105	0.1686	0.218	0.1849	0.218	0.1611	0.1508	0.1444	0.1508	0.1772
chr2L	21754907	21755058	chr2L:21754908-21755058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0362	0.0725	0.0234	0.0097	0.0573	0.0451	0.1324	0.0573	0.0573	0.0187	0.0322	0.0187	0.0201	0.0061	0.0181	0.0061	0.0104
chr2L	21756691	21757295	chr2L:21756692-21757295	FBgn0086779	step	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2193	0.2246	0.2445	0.1856	0.1241	0.2471	0.2764	0.2425	0.1241	0.2748	0.2807	0.2748	0.2424	0.2167	0.2031	0.2167	0.2095
chr2L	21757343	21757546	chr2L:21757344-21757546	FBgn0032961,FBgn0086779	CG1416,step	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1999	0.183	0.2383	0.1766	0.1273	0.2073	0.2206	0.1965	0.1273	0.2947	0.2672	0.2947	0.2324	0.193	0.1889	0.193	0.2006
chr2L	21757672	21757857	chr2L:21757673-21757857	FBgn0032961,FBgn0086779	CG1416,step	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0923	0.0851	0.123	0.0667	0.052	0.1092	0.0913	0.0946	0.052	0.1449	0.1428	0.1449	0.117	0.0605	0.0877	0.0605	0.075
chr2L	21757934	21758102	chr2L:21757935-21758102	FBgn0032961,FBgn0086779	CG1416,step	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1571	0.1436	0.186	0.1405	0.0944	0.1689	0.16	0.1572	0.0944	0.2355	0.1968	0.2355	0.1875	0.144	0.1489	0.144	0.1704
chr2L	21765121	21765364	chr2L:21765122-21765364	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0351	0.0575	0.0364	0.0086	0.0371	0.0388	0.0861	0.0806	0.0371	0.0278	0.0627	0.0278	0.0201	0.0145	0.0077	0.0145	0.0078
chr2L	21766052	21766203	chr2L:21766053-21766203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0131	0.0246	0.0094	0.0043	0.018	0.0136	0.0493	0.014	0.018	0.006	0.0122	0.006	0.007	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chr2L	21768744	21768895	chr2L:21768745-21768895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0249	0.0147	0.0121	0.0074	0.0218	0.0424	0.024	0.0074	0.0169	0.0145	0.0169	0.0101	0.01	0.0064	0.01	0.0078
chr2L	21769274	21769425	chr2L:21769275-21769425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0159	0.0302	0.0103	0.006	0.0223	0.0165	0.0476	0.038	0.0223	0.0121	0.0096	0.0121	0.0147	0.0077	0.0019	0.0077	0.0052
chr2L	21770276	21770450	chr2L:21770277-21770450	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0239	0.0353	0.0247	0.0103	0.0127	0.032	0.042	0.046	0.0127	0.0266	0.0338	0.0266	0.0155	0.0138	0.0039	0.0138	0.0063
chr2L	21770715	21770869	chr2L:21770716-21770869	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.017	0.0183	0.0251	0.0065	0.0074	0.0233	0.0238	0.018	0.0074	0.035	0.0341	0.035	0.0132	0.0115	0.0058	0.0115	0.0047
chr2L	21775016	21775167	chr2L:21775017-21775167	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.016	0.0199	0.0237	0.0032	0.0042	0.0218	0.0247	0.0293	0.0042	0.0411	0.0257	0.0411	0.0147	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chr2L	21776191	21776378	chr2L:21776192-21776378	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0366	0.0474	0.0414	0.0195	0.0138	0.0636	0.0662	0.0426	0.0138	0.0773	0.0302	0.0773	0.0209	0.0176	0.0064	0.0176	0.0094
chr2L	21776538	21776701	chr2L:21776539-21776701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0273	0.0355	0.0199	0.0042	0.0398	0.0329	0.0233	0.0042	0.0459	0.019	0.0459	0.0426	0.0084	0.0097	0.0084	0.0115
chr2L	21777123	21777274	chr2L:21777124-21777274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0167	0.0211	0.0169	0.0116	0.0127	0.0223	0.0272	0.0213	0.0127	0.0266	0.0145	0.0266	0.0147	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chr2L	21777450	21777629	chr2L:21777451-21777629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0272	0.0254	0.0348	0.021	0.0085	0.0345	0.0342	0.0207	0.0085	0.0338	0.0469	0.0338	0.0302	0.0115	0.0277	0.0115	0.012
chr2L	21778190	21778377	chr2L:21778191-21778377	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0299	0.0551	0.0256	0.0064	0.0361	0.0257	0.1112	0.0446	0.0361	0.0163	0.0408	0.0163	0.0155	0.0092	0.0064	0.0092	0.0052
chr2L	21782204	21782455	chr2L:21782205-21782455	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0496	0.0709	0.0627	0.0116	0.0392	0.0583	0.0986	0.0933	0.0392	0.0362	0.1138	0.0362	0.0217	0.0092	0.0168	0.0092	0.0068
chr2L	21785129	21785310	chr2L:21785130-21785310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.0221	0.0368	0.0343	0.0085	0.0199	0.0264	0.0313	0.0085	0.0302	0.0386	0.0302	0.0209	0.0115	0.0135	0.0115	0.0177
chr2L	21786873	21787024	chr2L:21786874-21787024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0197	0.0169	0.021	0.0085	0.0189	0.0298	0.0233	0.0085	0.0157	0.0122	0.0157	0.0116	0.0092	0.0077	0.0092	0.0063
chr2L	21787304	21787458	chr2L:21787305-21787458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0194	0.0209	0.0226	0.0074	0.0214	0.0285	0.0187	0.0074	0.0133	0.0145	0.0133	0.0124	0.0031	0.0045	0.0031	0.0078
chr2L	21789308	21789459	chr2L:21789309-21789459	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0539	0.0542	0.0788	0.0263	0.0095	0.0995	0.032	0.0673	0.0095	0.1407	0.0556	0.1407	0.0883	0.0237	0.0123	0.0237	0.0135
chr2L	21789531	21789736	chr2L:21789532-21789736	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.096	0.089	0.1466	0.0483	0.0223	0.1393	0.0601	0.1346	0.0223	0.2403	0.1328	0.2403	0.1232	0.0406	0.029	0.0406	0.0229
chr2L	21789955	21790106	chr2L:21789956-21790106	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.035	0.0283	0.0153	0.0138	0.0354	0.0333	0.058	0.0138	0.032	0.0222	0.032	0.0132	0.0054	0.0032	0.0054	0.0042
chr2L	21792063	21792247	chr2L:21792064-21792247	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.0179	0.0317	0.0536	0.0053	0.018	0.0229	0.024	0.0053	0.0199	0.0167	0.0199	0.0248	0.0138	0.009	0.0138	0.0146
chr2L	21792470	21792654	chr2L:21792471-21792654	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0317	0.0307	0.033	0.0138	0.0306	0.0359	0.0426	0.0138	0.0242	0.0225	0.0242	0.0209	0.0115	0.0097	0.0115	0.0125
chr2L	21792953	21793104	chr2L:21792954-21793104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0485	0.0508	0.0534	0.0405	0.0308	0.0578	0.0575	0.056	0.0308	0.0471	0.0678	0.0471	0.0457	0.0283	0.0368	0.0283	0.0276
chr2L	21794712	21794886	chr2L:21794713-21794886	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1426	0.1299	0.1756	0.1207	0.088	0.1553	0.1367	0.1519	0.088	0.2258	0.2023	0.2258	0.1627	0.1217	0.1354	0.1217	0.1454
chr2L	21794937	21795184	chr2L:21794938-21795184	FBgn0051612	CG31612	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1272	0.1113	0.1552	0.1142	0.0742	0.133	0.1185	0.1306	0.0742	0.1848	0.1749	0.1848	0.1565	0.1164	0.1225	0.1164	0.1397
chr2L	21795357	21795543	chr2L:21795358-21795543	FBgn0051612	CG31612	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1427	0.1267	0.1754	0.1248	0.0827	0.149	0.1298	0.1552	0.0827	0.2126	0.1997	0.2126	0.1774	0.1432	0.1335	0.1432	0.1532
chr2L	21795721	21795898	chr2L:21795722-21795898	FBgn0051612	CG31612	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0431	0.045	0.0536	0.0295	0.0233	0.05	0.0541	0.0526	0.0233	0.0731	0.064	0.0731	0.0364	0.0574	0.0348	0.0574	0.025
chr2L	21796553	21796729	chr2L:21796554-21796729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0415	0.0452	0.015	0.0106	0.0476	0.0506	0.0513	0.0106	0.0604	0.0592	0.0604	0.024	0.0191	0.0187	0.0191	0.0146
chr2L	21804479	21804630	chr2L:21804480-21804630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0192	0.0277	0.0194	0.0042	0.0228	0.0272	0.016	0.0042	0.0411	0.0286	0.0411	0.024	0.0245	0.0174	0.0245	0.0099
chr2L	21806409	21806616	chr2L:21806410-21806616	distal	distal	none	none	VT11125.1	VT11125.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0389	0.03	0.0547	0.0313	0.0042	0.0456	0.0277	0.0413	0.0042	0.0501	0.0505	0.0501	0.0225	0.0115	0.0097	0.0115	0.0109
chr2L	21806842	21807078	chr2L:21806843-21807078	distal	distal	none	none	VT11125.1,VT11126.1	VT11125.1,VT11126.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0304	0.0211	0.0372	0.0334	0.0074	0.0243	0.0229	0.032	0.0074	0.0386	0.0289	0.0386	0.0271	0.0207	0.0084	0.0207	0.0188
chr2L	21808373	21808524	chr2L:21808374-21808524	distal	distal	none	none	VT11126.1	VT11126.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0116	0.0147	0.0159	0.0021	0.0136	0.0169	0.0093	0.0021	0.0169	0.0161	0.0169	0.0155	0.0107	0.0097	0.0107	0.0104
chr2L	21810112	21810432	chr2L:21810113-21810432	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0371	0.0652	0.0313	0.012	0.0148	0.0971	0.0446	0.0979	0.0148	0.0362	0.0318	0.0362	0.0209	0.0123	0.0135	0.0123	0.0094
chr2L	21814534	21814770	chr2L:21814535-21814770	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0288	0.047	0.0294	0.0078	0.0255	0.0456	0.0714	0.0393	0.0255	0.0229	0.0257	0.0229	0.0132	0.01	0.0058	0.01	0.0052
chr2L	21818502	21818653	chr2L:21818503-21818653	distal	distal	none	none	VT11132.1	VT11132.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0139	0.009	0.0197	0.013	0.0042	0.0121	0.0125	0.0073	0.0042	0.0157	0.0228	0.0157	0.0364	0.0191	0.0155	0.0191	0.012
chr2L	21819528	21819679	chr2L:21819529-21819679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.022	0.0137	0.0306	0.022	0.0021	0.0165	0.0177	0.0167	0.0021	0.055	0.0273	0.055	0.0287	0.0536	0.0187	0.0536	0.0193
chr2L	21819712	21819863	chr2L:21819713-21819863	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0186	0.014	0.0227	0.0192	0.0021	0.0136	0.0221	0.0167	0.0021	0.0447	0.019	0.0447	0.0194	0.0528	0.0103	0.0528	0.0177
chr2L	21822728	21822879	chr2L:21822729-21822879	distal	distal	stage11	stage11	VT11134.1	VT11134.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0143	0.0211	0.0169	0.0032	0.0165	0.0242	0.0107	0.0032	0.0145	0.036	0.0145	0.0132	0.0138	0.0445	0.0138	0.012
chr2L	21822979	21823269	chr2L:21822980-21823269	distal	distal	stage11	stage11	VT11134.1	VT11134.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0222	0.0407	0.0262	0.0064	0.0243	0.0333	0.0213	0.0064	0.0326	0.072	0.0326	0.0163	0.0138	0.069	0.0138	0.0198
chr2L	21828374	21828628	chr2L:21828375-21828628	FBgn0003866	tsh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2335	0.2038	0.2683	0.2287	0.1357	0.2519	0.1977	0.2432	0.1357	0.3478	0.2733	0.3478	0.2355	0.245	0.2328	0.245	0.2366
chr2L	21828875	21829155	chr2L:21828876-21829155	FBgn0003866	tsh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1908	0.1605	0.2505	0.1592	0.087	0.2209	0.1311	0.2079	0.087	0.337	0.2981	0.337	0.1216	0.124	0.1747	0.124	0.1454
chr2L	21830912	21831092	chr2L:21830913-21831092	distal	distal	stage5	stage5	VT11139.1	VT11139.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.0745	0.077	0.0391	0.0308	0.0922	0.0631	0.1046	0.0308	0.1123	0.0865	0.1123	0.0302	0.0605	0.0516	0.0605	0.0198
chr2L	21835328	21835479	chr2L:21835329-21835479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0282	0.0387	0.016	0.0053	0.0316	0.026	0.0433	0.0053	0.0604	0.0431	0.0604	0.0124	0.0115	0.0264	0.0115	0.0125
chr2L	21836249	21836579	chr2L:21836250-21836579	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0573	0.0715	0.067	0.0308	0.0318	0.0845	0.0575	0.1219	0.0318	0.0809	0.0727	0.0809	0.0217	0.023	0.0438	0.023	0.0167
chr2L	21837816	21838020	chr2L:21837817-21838020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0403	0.0508	0.021	0.0106	0.0553	0.0268	0.0613	0.0106	0.067	0.065	0.067	0.0209	0.0153	0.0309	0.0153	0.0177
chr2L	21838119	21838270	chr2L:21838120-21838270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0318	0.0314	0.0431	0.0198	0.0064	0.0408	0.0195	0.0486	0.0064	0.055	0.0566	0.055	0.0108	0.0199	0.0232	0.0199	0.0115
chr2L	21843361	21843550	chr2L:21843362-21843550	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT11144.1,VT11145.1	VT11144.1,VT11145.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0677	0.0938	0.0808	0.024	0.0382	0.1291	0.0506	0.1639	0.0382	0.183	0.0791	0.183	0.0163	0.0628	0.0206	0.0628	0.0094
chr2L	21843650	21844100	chr2L:21843651-21844100	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT11144.1,VT11145.1	VT11144.1,VT11145.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1519	0.1629	0.2006	0.0862	0.0657	0.2568	0.0939	0.2305	0.0657	0.4336	0.2077	0.4336	0.0604	0.173	0.0864	0.173	0.0719
chr2L	21844302	21844524	chr2L:21844303-21844524	distal	distal	none	none	VT11145.1	VT11145.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.054	0.055	0.069	0.0365	0.0265	0.0699	0.0575	0.064	0.0265	0.1256	0.0759	0.1256	0.0302	0.0605	0.0258	0.0605	0.05
chr2L	21846278	21846552	chr2L:21846279-21846552	distal	distal	none	none	VT11146.1	VT11146.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0646	0.0782	0.0412	0.0276	0.0723	0.0727	0.0933	0.0276	0.1093	0.0974	0.1093	0.0434	0.0528	0.0348	0.0528	0.0532
chr2L	21846808	21847185	chr2L:21846809-21847185	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT11146.1	VT11146.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1174	0.1076	0.127	0.118	0.0573	0.1121	0.1185	0.1446	0.0573	0.1643	0.1341	0.1643	0.0682	0.1034	0.0722	0.1034	0.1391
chr2L	21847320	21847471	chr2L:21847321-21847471	distal	distal	stage5	stage5	VT11146.1	VT11146.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0517	0.0722	0.0518	0.0288	0.0445	0.0864	0.074	0.0866	0.0445	0.0749	0.0617	0.0749	0.0194	0.0207	0.0206	0.0207	0.0224
chr2L	21847619	21847966	chr2L:21847620-21847966	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.2102	0.1132	0.0345	0.175	0.2053	0.2106	0.2838	0.175	0.1679	0.1463	0.1679	0.0403	0.036	0.0387	0.036	0.0354
chr2L	21848757	21848908	chr2L:21848758-21848908	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0447	0.0434	0.075	0.0131	0.0117	0.0597	0.0385	0.0626	0.0117	0.0767	0.1277	0.0767	0.0124	0.0168	0.0161	0.0168	0.0073
chr2L	21849867	21850057	chr2L:21849868-21850057	distal	distal	none	none	VT11148.1	VT11148.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0507	0.0521	0.0621	0.0366	0.0191	0.0461	0.0692	0.0646	0.0191	0.0537	0.054	0.0537	0.024	0.0107	0.0168	0.0107	0.0146
chr2L	21851494	21851796	chr2L:21851495-21851796	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.15	0.1676	0.1923	0.0838	0.0965	0.2068	0.1397	0.2478	0.0965	0.2639	0.2228	0.2639	0.0395	0.0291	0.0522	0.0291	0.0292
chr2L	21852979	21853202	chr2L:21852980-21853202	distal	distal	stage5	stage5	tsh_del-1-2,tsh_del-1-4,tsh_del-1-5_NR,tsh_del-2-5	tsh_del-1-2,tsh_del-1-4,tsh_del-1-5_NR,tsh_del-2-5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0494	0.0545	0.0642	0.0274	0.0318	0.0714	0.0497	0.064	0.0318	0.1159	0.0749	0.1159	0.0178	0.0551	0.0342	0.0551	0.0276
chr2L	21853330	21854004	chr2L:21853331-21854004	distal	distal	stage5	stage5	tsh_del-1-4,tsh_del-1-5_NR,tsh_del-2-5	tsh_del-1-4,tsh_del-1-5_NR,tsh_del-2-5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1382	0.1778	0.1631	0.0667	0.1241	0.2238	0.1406	0.2458	0.1241	0.2566	0.1736	0.2566	0.0759	0.0965	0.0671	0.0965	0.0761
chr2L	21854030	21854258	chr2L:21854031-21854258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0371	0.0618	0.0344	0.0191	0.0485	0.0355	0.044	0.0191	0.0767	0.073	0.0767	0.0333	0.0597	0.0471	0.0597	0.0266
chr2L	21855145	21855458	chr2L:21855146-21855458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0692	0.0866	0.085	0.0323	0.0456	0.115	0.0956	0.0859	0.0456	0.0731	0.0932	0.0731	0.0434	0.0161	0.0155	0.0161	0.0255
chr2L	21855767	21856370	chr2L:21855768-21856370	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT11152.1	VT11152.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1453	0.1988	0.1888	0.0377	0.1251	0.2121	0.2184	0.2405	0.1251	0.2077	0.2495	0.2077	0.0852	0.0253	0.0329	0.0253	0.0214
chr2L	21857831	21858032	chr2L:21857832-21858032	distal	distal	none	none	VT11152.1	VT11152.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0538	0.0601	0.0718	0.0272	0.0276	0.0612	0.0627	0.0886	0.0276	0.0839	0.1016	0.0839	0.0302	0.0482	0.0348	0.0482	0.0208
chr2L	21860677	21860892	chr2L:21860678-21860892	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0667	0.1077	0.0718	0.0153	0.0742	0.0772	0.1155	0.1852	0.0742	0.0646	0.1183	0.0646	0.0263	0.0145	0.0271	0.0145	0.012
chr2L	21861044	21861195	chr2L:21861045-21861195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0454	0.0293	0.0093	0.0148	0.034	0.061	0.0693	0.0148	0.0344	0.0399	0.0344	0.0178	0.0069	0.0168	0.0069	0.0099
chr2L	21861367	21861518	chr2L:21861368-21861518	distal	distal	none	none	VT11155.1	VT11155.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0214	0.0184	0.0334	0.0117	0.0021	0.0218	0.0242	0.0213	0.0021	0.0586	0.0389	0.0586	0.0178	0.0161	0.0129	0.0161	0.013
chr2L	21863645	21863918	chr2L:21863646-21863918	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0658	0.0728	0.0855	0.0365	0.0382	0.0728	0.0822	0.1046	0.0382	0.0302	0.1473	0.0302	0.0403	0.013	0.1077	0.013	0.0115
chr2L	21866501	21866702	chr2L:21866502-21866702	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT11157.1	VT11157.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0911	0.1093	0.1136	0.0462	0.0806	0.082	0.1644	0.1233	0.0806	0.0574	0.2055	0.0574	0.055	0.0107	0.1451	0.0107	0.0302
chr2L	21867149	21867467	chr2L:21867150-21867467	distal	distal	stage14	stage14	VT11158.1	VT11158.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0501	0.0389	0.0621	0.0496	0.0276	0.0325	0.0519	0.0466	0.0276	0.0386	0.1048	0.0386	0.0372	0.0199	0.1309	0.0199	0.0505
chr2L	21867538	21867703	chr2L:21867539-21867703	distal	distal	stage14	stage14	VT11158.1	VT11158.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.0244	0.0438	0.0398	0.0138	0.0218	0.032	0.03	0.0138	0.0272	0.0749	0.0272	0.024	0.0207	0.1128	0.0207	0.0318
chr2L	21867889	21868040	chr2L:21867890-21868040	distal	distal	stage14	stage14	VT11158.1	VT11158.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0313	0.027	0.0386	0.028	0.0106	0.0257	0.0381	0.0273	0.0106	0.0254	0.0714	0.0254	0.017	0.0138	0.0806	0.0138	0.0141
chr2L	21868793	21869048	chr2L:21868794-21869048	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT11158.1	VT11158.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.162	0.194	0.197	0.0879	0.1347	0.201	0.202	0.2692	0.1347	0.1806	0.2817	0.1806	0.0821	0.0957	0.1244	0.0957	0.0396
chr2L	21869052	21869231	chr2L:21869053-21869231	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1147	0.1353	0.1406	0.0631	0.0795	0.1466	0.1302	0.2025	0.0795	0.1165	0.2138	0.1165	0.0596	0.0773	0.0928	0.0773	0.0208
chr2L	21869294	21869485	chr2L:21869295-21869485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0667	0.0759	0.0852	0.0362	0.0456	0.0922	0.074	0.1039	0.0456	0.0713	0.1251	0.0713	0.0372	0.0276	0.0438	0.0276	0.013
chr2L	21870148	21870306	chr2L:21870149-21870306	distal	distal	none	none	VT11160.1	VT11160.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0258	0.0264	0.0308	0.0117	0.0286	0.0324	0.032	0.0117	0.0169	0.0235	0.0169	0.0178	0.0138	0.0129	0.0138	0.013
chr2L	21871749	21871900	chr2L:21871750-21871900	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT11160.1	VT11160.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0285	0.0235	0.0219	0.0201	0.0223	0.0333	0.04	0.0201	0.0248	0.0283	0.0248	0.0147	0.0077	0.0052	0.0077	0.0083
chr2L	21872085	21872236	chr2L:21872086-21872236	distal	distal	none	none	VT11160.1	VT11160.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0247	0.026	0.0198	0.0138	0.0238	0.0333	0.0266	0.0138	0.0368	0.028	0.0368	0.0186	0.01	0.0123	0.01	0.012
chr2L	21873560	21873711	chr2L:21873561-21873711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0111	0.0195	0.017	0.0042	0.0073	0.0138	0.02	0.0042	0.0139	0.0135	0.0139	0.0093	0.0046	0.0071	0.0046	0.0083
chr2L	21873756	21874086	chr2L:21873757-21874086	distal	distal	stage14	stage14	VT11162.1	VT11162.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0487	0.0472	0.0555	0.043	0.0276	0.0393	0.0549	0.0793	0.0276	0.0495	0.0585	0.0495	0.0232	0.0207	0.0348	0.0207	0.0224
chr2L	21876122	21876273	chr2L:21876123-21876273	distal	distal	none	none	VT11163.1	VT11163.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0339	0.0157	0.0173	0.0212	0.016	0.0593	0.036	0.0212	0.0139	0.0177	0.0139	0.0101	0.0054	0.0026	0.0054	0.0031
chr2L	21877012	21877274	chr2L:21877013-21877274	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_17,VT11163.1	Unspecified_HC_17,VT11163.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0904	0.2263	0.0279	0.0071	0.2407	0.1257	0.3348	0.2392	0.2407	0.0236	0.0322	0.0236	0.0155	0.0077	0.0032	0.0077	0.0089
chr2L	21878961	21879196	chr2L:21878962-21879196	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0386	0.0677	0.032	0.0135	0.0541	0.0617	0.0861	0.0806	0.0541	0.0368	0.046	0.0368	0.0178	0.0191	0.0219	0.0191	0.0078
chr2L	21879370	21879521	chr2L:21879371-21879521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0214	0.0264	0.0259	0.0107	0.018	0.0282	0.0303	0.03	0.018	0.0429	0.0305	0.0429	0.0132	0.0191	0.0123	0.0191	0.0052
chr2L	21881417	21881568	chr2L:21881418-21881568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0249	0.0283	0.0102	0.0148	0.0238	0.0311	0.0366	0.0148	0.0193	0.0505	0.0193	0.0124	0.0054	0.0271	0.0054	0.0073
chr2L	21885272	21885423	chr2L:21885273-21885423	distal	distal	stage14	stage14	VT11168.1	VT11168.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0189	0.0216	0.0168	0.0182	0.0127	0.0165	0.0298	0.026	0.0127	0.0199	0.0174	0.0199	0.0209	0.0222	0.0284	0.0222	0.0188
chr2L	21885659	21885846	chr2L:21885660-21885846	distal	distal	stage14	stage14	VT11168.1	VT11168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0244	0.0229	0.023	0.0276	0.0117	0.0243	0.0277	0.026	0.0117	0.0229	0.0334	0.0229	0.0209	0.0306	0.0567	0.0306	0.0224
chr2L	21886375	21886633	chr2L:21886376-21886633	distal	distal	none	none	VT11168.1,VT11169.1	VT11168.1,VT11169.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0243	0.0273	0.0453	0.0042	0.0272	0.0298	0.032	0.0042	0.0393	0.0248	0.0393	0.0279	0.0949	0.02	0.0949	0.036
chr2L	21887524	21887675	chr2L:21887525-21887675	distal	distal	stage14	stage14	VT11169.1	VT11169.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0157	0.0186	0.0162	0.0118	0.0053	0.0228	0.0238	0.02	0.0053	0.0175	0.019	0.0175	0.0147	0.0276	0.0103	0.0276	0.0073
chr2L	21887724	21887903	chr2L:21887725-21887903	distal	distal	stage14	stage14	VT11169.1	VT11169.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0188	0.0172	0.0225	0.0167	0.0074	0.0189	0.0229	0.018	0.0074	0.0374	0.0244	0.0374	0.017	0.0421	0.0142	0.0421	0.0094
chr2L	21890065	21890240	chr2L:21890066-21890240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.043	0.0261	0.018	0.0106	0.0777	0.0346	0.0413	0.0106	0.0326	0.0273	0.0326	0.0054	0.0054	0.0058	0.0054	0.0063
chr2L	21890363	21890609	chr2L:21890364-21890609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0531	0.0321	0.021	0.0297	0.0597	0.0631	0.0613	0.0297	0.0326	0.0277	0.0326	0.0139	0.0107	0.0097	0.0107	0.0094
chr2L	21890724	21890875	chr2L:21890725-21890875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0231	0.0148	0.0074	0.0106	0.0218	0.0281	0.034	0.0106	0.0175	0.0151	0.0175	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0073
chr2L	21893062	21893236	chr2L:21893063-21893236	distal	distal	none	none	VT11172.1,VT11173.1	VT11172.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0206	0.0156	0.0279	0.0181	0.0053	0.0141	0.0268	0.0133	0.0053	0.055	0.026	0.055	0.0178	0.0383	0.0264	0.0383	0.0094
chr2L	21895085	21895236	chr2L:21895086-21895236	distal	distal	none	none	VT11173.1,VT11174.1	VT11174.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0165	0.0191	0.0232	0.0061	0.0021	0.0257	0.0182	0.0233	0.0021	0.0628	0.0164	0.0628	0.0039	0.0069	0.0045	0.0069	0.0042
chr2L	21896307	21896458	chr2L:21896308-21896458	distal	distal	none	none	VT11174.1	VT11174.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0101	0.0185	0.0241	0.0053	0.0146	0.0134	0.008	0.0053	0.0386	0.0161	0.0386	0.0155	0.0735	0.0148	0.0735	0.0203
chr2L	21898894	21899049	chr2L:21898895-21899049	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0471	0.0593	0.0429	0.0308	0.0675	0.045	0.0513	0.0308	0.0749	0.0678	0.0749	0.0442	0.049	0.0561	0.049	0.0433
chr2L	21899287	21899564	chr2L:21899288-21899564	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2464	0.1846	0.3152	0.2401	0.0806	0.2772	0.1501	0.2285	0.0806	0.3865	0.3418	0.3865	0.3129	0.2588	0.2502	0.2588	0.2934
chr2L	21901745	21901896	chr2L:21901746-21901896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0185	0.0295	0.0179	0.007	0.0191	0.0199	0.0519	0.0286	0.0191	0.0145	0.0244	0.0145	0.0194	0.0084	0.0084	0.0084	0.0089
chr2L	21909096	21909407	chr2L:21909097-21909407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.034	0.0446	0.0345	0.0214	0.0255	0.05	0.0558	0.0453	0.0255	0.0568	0.0293	0.0568	0.0442	0.0345	0.0161	0.0345	0.0266
chr2L	21909790	21909941	chr2L:21909791-21909941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.019	0.0221	0.0237	0.0103	0.0159	0.0214	0.032	0.022	0.0159	0.0181	0.0235	0.0181	0.0449	0.0054	0.0097	0.0054	0.0224
chr2L	21912549	21912756	chr2L:21912550-21912756	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0352	0.0743	0.019	0.0092	0.071	0.051	0.0973	0.0899	0.071	0.0236	0.0215	0.0236	0.0155	0.0023	0.009	0.0023	0.0083
chr2L	21913026	21913242	chr2L:21913027-21913242	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0487	0.0278	0.0082	0.0255	0.0413	0.0606	0.0666	0.0255	0.0374	0.0344	0.0374	0.0147	0.0031	0.0123	0.0031	0.0078
chr2L	21917777	21918002	chr2L:21917778-21918002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0174	0.0146	0.0154	0.0228	0.0032	0.0121	0.0285	0.008	0.0032	0.0145	0.0164	0.0145	0.0178	0.0459	0.0161	0.0459	0.0302
chr2L	21924515	21924666	chr2L:21924516-21924666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0107	0.0126	0.0122	0.0068	0.0053	0.0078	0.0234	0.0093	0.0053	0.0109	0.0103	0.0109	0.007	0.0061	0.0039	0.0061	0.0057
chr2L	21933303	21933454	chr2L:21933304-21933454	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0069	0.0102	0.0246	0.0011	0.0068	0.0138	0.004	0.0011	0.0085	0.0064	0.0085	0.0124	0.0069	0.0071	0.0069	0.0099
chr2L	21934051	21934202	chr2L:21934052-21934202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0112	0.0099	0.0166	0	0.0087	0.0199	0.01	0	0.0097	0.0122	0.0097	0.0062	0.0061	0.0045	0.0061	0.0068
chr2L	21947554	21947757	chr2L:21947555-21947757	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0195	0.0358	0.0146	0.0067	0.0286	0.016	0.0541	0.046	0.0286	0.0066	0.0238	0.0066	0.0062	0.0038	0.0071	0.0038	0.0063
chr2L	21947807	21947958	chr2L:21947808-21947958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0159	0.026	0.0147	0.0057	0.018	0.0175	0.0346	0.0333	0.018	0.0115	0.0232	0.0115	0.0062	0.0046	0.0026	0.0046	0.0026
chr2L	21950135	21950286	chr2L:21950136-21950286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0183	0.0151	0.023	0.0167	0.0053	0.0184	0.0203	0.012	0.0053	0.0441	0.0196	0.0441	0.0209	0.0498	0.011	0.0498	0.012
chr2L	21950323	21950474	chr2L:21950324-21950474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0178	0.0148	0.0204	0.0184	0.0032	0.0165	0.0242	0.01	0.0032	0.0344	0.0196	0.0344	0.017	0.0452	0.0161	0.0452	0.0141
chr2L	21951031	21951182	chr2L:21951032-21951182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0141	0.0117	0.016	0.0148	0.0042	0.0083	0.0173	0.014	0.0042	0.0296	0.0141	0.0296	0.0132	0.0444	0.0052	0.0444	0.0141
chr2L	21951647	21951817	chr2L:21951648-21951817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0179	0.0111	0.0195	0.0238	0.0042	0.0092	0.0169	0.0113	0.0042	0.0556	0.008	0.0556	0.0132	0.0819	0.0142	0.0819	0.012
chr2L	21952166	21952317	chr2L:21952167-21952317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0138	0.0103	0.0142	0.0173	0.0021	0.0117	0.0173	0.0067	0.0021	0.026	0.0141	0.026	0.0132	0.0505	0.0161	0.0505	0.0089
chr2L	21954844	21954995	chr2L:21954845-21954995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0159	0.0148	0.0185	0.0142	0.0074	0.016	0.0251	0.0093	0.0074	0.035	0.0141	0.035	0.0186	0.0191	0.0155	0.0191	0.0099
chr2L	21960849	21961000	chr2L:21960850-21961000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.01	0.0104	0.0085	0.0011	0.0102	0.0173	0.0093	0.0011	0.0121	0.0077	0.0121	0.0116	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chr2L	21961155	21961306	chr2L:21961156-21961306	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.014	0.0175	0.0135	0.0074	0.0165	0.0164	0.018	0.0074	0.0229	0.0164	0.0229	0.0101	0.0092	0.0064	0.0092	0.0036
chr2L	21961452	21961603	chr2L:21961453-21961603	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0113	0.0112	0.0182	0.0053	0.0078	0.0208	0.0107	0.0053	0.006	0.0096	0.006	0.0054	0.0061	0.0077	0.0061	0.0042
chr2L	21961703	21961854	chr2L:21961704-21961854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0082	0.0117	0.0149	0.0032	0.0068	0.0134	0.0073	0.0032	0.0079	0.0077	0.0079	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0052
chr2L	21965888	21966039	chr2L:21965889-21966039	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0136	0.0155	0.0138	0.0085	0.0107	0.0203	0.016	0.0085	0.0163	0.0167	0.0163	0.0108	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr2L	21970785	21970945	chr2L:21970786-21970945	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0207	0.018	0.0359	0.0042	0.0272	0.0199	0.0313	0.0042	0.0139	0.0164	0.0139	0.0077	0.0069	0.0058	0.0069	0.0052
chr2L	21973318	21973739	chr2L:21973319-21973739	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0302	0.0556	0.0226	0.0103	0.0117	0.0772	0.0601	0.0653	0.0117	0.0284	0.0228	0.0284	0.0139	0.0077	0.0103	0.0077	0.0057
chr2L	21974972	21975123	chr2L:21974973-21975123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.022	0.0229	0.0269	0.0155	0.0074	0.033	0.0307	0.018	0.0074	0.038	0.0331	0.038	0.017	0.0168	0.0193	0.0168	0.0063
chr2L	21978000	21978462	chr2L:21978001-21978462	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0529	0.0723	0.0555	0.0285	0.0594	0.0699	0.1125	0.0546	0.0594	0.0918	0.063	0.0918	0.0356	0.0345	0.04	0.0345	0.0396
chr2L	21993213	21993411	chr2L:21993214-21993411	FBgn0032969	CG2528	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0209	0.0191	0.0279	0.0153	0.0095	0.0243	0.0264	0.0147	0.0095	0.0217	0.0434	0.0217	0.0201	0.0268	0.0226	0.0268	0.0125
chr2L	21997867	21998316	chr2L:21997868-21998316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0335	0.0386	0.0353	0.0259	0.0244	0.0282	0.0688	0.0293	0.0244	0.0368	0.0524	0.0368	0.0225	0.059	0.0303	0.059	0.0198
chr2L	22013552	22013703	chr2L:22013553-22013703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0136	0.0288	0.0079	0.0029	0.0223	0.0141	0.0562	0.0187	0.0223	0.0042	0.0141	0.0042	0.0054	0.0015	0.0045	0.0015	0.0021
chr2L	22013788	22013939	chr2L:22013789-22013939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0144	0.0249	0.0124	0.0047	0.0212	0.0155	0.0467	0.0173	0.0212	0.0079	0.0206	0.0079	0.0062	0.0077	0.0052	0.0077	0.0047
chr2L	22018977	22019185	chr2L:22018978-22019185	FBgn0053987	CR33987	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1769	0.1396	0.2141	0.1777	0.0901	0.1296	0.1531	0.1905	0.0901	0.1171	0.3129	0.1171	0.2448	0.193	0.2411	0.193	0.1391
chr2L	22019567	22019834	chr2L:22019568-22019834	FBgn0028979,FBgn0053987	CR33987,tio	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0545	0.0334	0.0713	0.0595	0.0127	0.0417	0.0394	0.0406	0.0127	0.0399	0.0823	0.0399	0.0627	0.075	0.0477	0.075	0.0396
chr2L	22024496	22024711	chr2L:22024497-22024711	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2545	0.237	0.2961	0.2282	0.1877	0.2956	0.2206	0.2871	0.1877	0.3068	0.3315	0.3068	0.3308	0.2511	0.2257	0.2511	0.2725
chr2L	22024985	22025136	chr2L:22024986-22025136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0495	0.0443	0.0285	0.0255	0.0587	0.0549	0.06	0.0255	0.0429	0.0495	0.0429	0.0434	0.0299	0.029	0.0299	0.0313
chr2L	22028394	22028545	chr2L:22028395-22028545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0095	0.0127	0.0142	0.0021	0.0092	0.0138	0.01	0.0021	0.0103	0.0103	0.0103	0.0093	8e-04	0.0032	8e-04	0.0031
chr2L	22028854	22029005	chr2L:22028855-22029005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.007	0.0082	0.0194	0.0021	0.0078	0.0095	0.0053	0.0021	0.0072	0.0068	0.0072	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0057
chr2L	22030104	22030302	chr2L:22030105-22030302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0218	0.0234	0.0149	0.0117	0.0228	0.0251	0.0306	0.0117	0.0272	0.0193	0.0272	0.0108	0.0084	0.0058	0.0084	0.0094
chr2L	22033199	22033350	chr2L:22033200-22033350	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0282	0.0117	0.004	0.0117	0.0194	0.0402	0.0373	0.0117	0.0121	0.0084	0.0121	0.0093	0.0046	0.0039	0.0046	0.0031
chr2L	22035267	22035418	chr2L:22035268-22035418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0108	0.0127	0.0124	0.007	0.0042	0.017	0.0164	0.012	0.0042	0.0103	0.0077	0.0103	0.0085	0.0054	0.0026	0.0054	0.0031
chr2L	22035530	22035681	chr2L:22035531-22035681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0103	0.0113	0.0131	0.006	0.0032	0.0092	0.0208	0.01	0.0032	0.0109	0.009	0.0109	0.0077	0.0061	0.0026	0.0061	0.0042
chr2L	22037008	22037159	chr2L:22037009-22037159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0187	0.0198	0.0081	0.0032	0.033	0.0169	0.0173	0.0032	0.0181	0.0264	0.0181	0.0232	0.0061	0.0071	0.0061	0.0094
chr2L	22041412	22041563	chr2L:22041413-22041563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0133	0.0193	0.0124	0.0077	0.0191	0.0092	0.0324	0.0213	0.0191	0.0145	0.0151	0.0145	0.0108	0.0092	0.0142	0.0092	0.0063
chr2L	22043871	22044022	chr2L:22043872-22044022	FBgn0051601	CG31601	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0277	0.0113	0.0074	0.0265	0.016	0.0484	0.0173	0.0265	0.0121	0.0125	0.0121	0.0139	0.01	0.0071	0.01	0.0099
chr2L	22046149	22046367	chr2L:22046150-22046367	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0251	0.0507	0.0157	0.0067	0.0403	0.018	0.0947	0.0513	0.0403	0.0139	0.0206	0.0139	0.0163	0.0069	0.0071	0.0069	0.0042
chr2L	22051146	22051300	chr2L:22051147-22051300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.015	0.0197	0.0128	0.0042	0.017	0.0268	0.0073	0.0042	0.0272	0.017	0.0272	0.0093	0.0054	0.011	0.0054	0.0052
chr2L	22056232	22056403	chr2L:22056233-22056403	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0157	0.0339	0.017	0.0042	0.0209	0.0208	0.014	0.0042	0.0393	0.0177	0.0393	0.017	0.0138	0.0064	0.0138	0.0135
chr2L	22056878	22057029	chr2L:22056879-22057029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0171	0.0164	0.0103	0.0064	0.0243	0.0242	0.008	0.0064	0.0199	0.0135	0.0199	0.0062	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr2L	22057219	22057382	chr2L:22057220-22057382	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0168	0.0195	0.0103	0.0021	0.0204	0.0268	0.0107	0.0021	0.0187	0.0177	0.0187	0.0085	0.0031	0.0039	0.0031	0.0031
chr2L	22060698	22060849	chr2L:22060699-22060849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0123	0.0093	0.0204	0.0067	0.0021	0.0073	0.0151	0.0093	0.0021	0.0199	0.0193	0.0199	0.0046	0.0046	0.0026	0.0046	0.0031
chr2L	22069165	22069562	chr2L:22069166-22069562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0202	0.0202	0.0149	0.0042	0.015	0.0329	0.0266	0.0042	0.0139	0.0148	0.0139	0.0101	0.0038	0.0116	0.0038	0.0057
chr2L	22069645	22069796	chr2L:22069646-22069796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0108	0.0133	0.01	0	0.0083	0.0177	0.012	0	0.0115	0.0132	0.0115	0.0054	0.0038	0.0071	0.0038	0.001
chr2L	22075489	22075640	chr2L:22075490-22075640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0095	0.0076	0.013	0.0021	0.0107	0.016	0.0073	0.0021	0.0085	0.0087	0.0085	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0073
chr2L	22078630	22078781	chr2L:22078631-22078781	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0165	0.0252	0.0142	0.0093	0.0106	0.0209	0.0463	0.0213	0.0106	0.0151	0.0164	0.0151	0.0124	0.0153	0.0077	0.0153	0.0036
chr2L	22081606	22081757	chr2L:22081607-22081757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.013	0.0154	0.0095	0.0053	0.0112	0.0225	0.0127	0.0053	0.0127	0.0154	0.0127	0.0093	0.0023	0.0077	0.0023	0.0042
chr2L	22083681	22083832	chr2L:22083682-22083832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.012	0.0214	0.0082	0.0056	0.0191	0.0078	0.0428	0.0133	0.0191	0.0109	0.0093	0.0109	0.0046	0.01	0.0019	0.01	0.0063
chr2L	22084541	22084692	chr2L:22084542-22084692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0199	0.018	0.0089	0.0074	0.0238	0.0294	0.014	0.0074	0.0133	0.0145	0.0133	0.0085	0.0054	0.0045	0.0054	0.0068
chr2L	22085043	22085194	chr2L:22085044-22085194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0222	0.0223	0.0103	0.0138	0.0233	0.0298	0.0233	0.0138	0.0151	0.0215	0.0151	0.0116	0.0031	0.0045	0.0031	0.0083
chr2L	22096406	22096557	chr2L:22096407-22096557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0093	0.007	0.0188	0.0032	0.0073	0.0147	0.012	0.0032	0.0042	0.0071	0.0042	0.0077	0.0046	0.0084	0.0046	0.0052
chr2L	22104928	22105079	chr2L:22104929-22105079	FBgn0040519	CG15219	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.016	0.0187	0.0131	0.0163	0.0074	0.0189	0.0285	0.018	0.0074	0.0097	0.0167	0.0097	0.017	0.0145	0.0064	0.0145	0.0334
chr2L	22106973	22107124	chr2L:22106974-22107124	FBgn0032972	CG10834	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0319	0.0151	0.0082	0.0276	0.0233	0.0545	0.0207	0.0276	0.0145	0.017	0.0145	0.0194	0.0061	0.0084	0.0061	0.0089
chr2L	22107207	22107358	chr2L:22107208-22107358	FBgn0032972	CG10834	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0315	0.0108	0.0074	0.0318	0.0214	0.058	0.0167	0.0318	0.0115	0.0132	0.0115	0.0077	0.0107	0.0064	0.0107	0.0068
chr2L	22113005	22113209	chr2L:22113006-22113209	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0447	0.0886	0.0251	0.017	0.0753	0.0845	0.1077	0.0946	0.0753	0.0332	0.0312	0.0332	0.024	0.0314	0.0226	0.0314	0.0094
chr2L	22114723	22114998	chr2L:22114724-22114998	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0309	0.0503	0.0234	0.0174	0.0308	0.0481	0.0619	0.062	0.0308	0.0254	0.0296	0.0254	0.0256	0.0283	0.0161	0.0283	0.0234
chr2L	22117779	22118018	chr2L:22117780-22118018	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0329	0.0388	0.0404	0.0127	0.0359	0.0424	0.0373	0.0127	0.0483	0.0399	0.0483	0.0473	0.0337	0.04	0.0337	0.0558
chr2L	22118320	22118471	chr2L:22118321-22118471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0337	0.0338	0.0378	0.0292	0.0223	0.0364	0.0411	0.0313	0.0223	0.0399	0.0457	0.0399	0.0411	0.0253	0.0239	0.0253	0.0433
chr2L	22120837	22121014	chr2L:22120838-22121014	FBgn0032974	CG3651	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0721	0.0722	0.0915	0.0508	0.0488	0.0772	0.0843	0.0826	0.0488	0.1123	0.1087	0.1123	0.0821	0.0689	0.0593	0.0689	0.0459
chr2L	22121052	22121249	chr2L:22121053-22121249	FBgn0032974	CG3651	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1327	0.1517	0.1534	0.0888	0.1209	0.1568	0.1804	0.1632	0.1209	0.1878	0.1855	0.1878	0.1356	0.1003	0.0993	0.1003	0.0922
chr2L	22121737	22121911	chr2L:22121738-22121911	FBgn0032974	CG3651	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.151	0.1345	0.1808	0.1367	0.0944	0.1515	0.1484	0.1552	0.0944	0.215	0.1968	0.215	0.1828	0.1516	0.1457	0.1516	0.1767
chr2L	22121992	22122174	chr2L:22121993-22122174	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0978	0.0753	0.118	0.1007	0.0371	0.082	0.0895	0.0959	0.0371	0.1389	0.1254	0.1389	0.1479	0.1202	0.1038	0.1202	0.1282
chr2L	22124750	22124901	chr2L:22124751-22124901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.035	0.0594	0.0293	0.0141	0.0392	0.0451	0.0947	0.0606	0.0392	0.0296	0.0334	0.0296	0.0217	0.0084	0.0148	0.0084	0.0208
chr2L	22129458	22129609	chr2L:22129459-22129609	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0497	0.0655	0.0391	0.0223	0.0602	0.0575	0.0546	0.0223	0.0815	0.0701	0.0815	0.0697	0.0413	0.0393	0.0413	0.0485
chr2L	22129790	22129991	chr2L:22129791-22129991	FBgn0025674	CycK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1562	0.1491	0.1835	0.1344	0.0997	0.1748	0.1678	0.1626	0.0997	0.2192	0.2132	0.2192	0.165	0.144	0.1393	0.144	0.173
chr2L	22130025	22130230	chr2L:22130026-22130230	FBgn0025674	CycK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.138	0.1175	0.1826	0.1118	0.0764	0.1481	0.1276	0.1279	0.0764	0.2385	0.1997	0.2385	0.1673	0.1271	0.1186	0.1271	0.1365
chr2L	22130559	22131114	chr2L:22130560-22131114	FBgn0025674,FBgn0261802,FBgn0262885,FBgn0262886	CG42748,CR43240,CR43241,CycK	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1251	0.1195	0.1532	0.1004	0.0689	0.1417	0.1375	0.1292	0.0689	0.1987	0.1598	0.1987	0.1557	0.1095	0.109	0.1095	0.1214
chr2L	22131282	22131473	chr2L:22131283-22131473	FBgn0261802,FBgn0262885,FBgn0262886	CG42748,CR43240,CR43241	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1543	0.1496	0.1878	0.1228	0.1347	0.167	0.1592	0.1746	0.1347	0.2222	0.21	0.2222	0.1851	0.1378	0.1489	0.1378	0.1407
chr2L	22131571	22131756	chr2L:22131572-22131756	FBgn0261802,FBgn0262885,FBgn0262886	CG42748,CR43240,CR43241	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1099	0.1255	0.1185	0.0831	0.1039	0.1262	0.1522	0.1499	0.1039	0.1322	0.1399	0.1322	0.1038	0.1049	0.1083	0.1049	0.0818
chr2L	22133071	22133243	chr2L:22133072-22133243	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0619	0.0818	0.067	0.034	0.0583	0.0777	0.1099	0.0859	0.0583	0.0652	0.0887	0.0652	0.0635	0.0291	0.058	0.0291	0.0401
chr2L	22134225	22134498	chr2L:22134226-22134498	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1382	0.1517	0.1651	0.0937	0.1071	0.1417	0.1648	0.2205	0.1071	0.1014	0.2904	0.1014	0.0705	0.0505	0.245	0.0505	0.0542
chr2L	22134710	22134861	chr2L:22134711-22134861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.047	0.0477	0.0552	0.0373	0.0223	0.0481	0.0588	0.06	0.0223	0.0429	0.0871	0.0429	0.0325	0.0306	0.078	0.0306	0.0307
chr2L	22138367	22138518	chr2L:22138368-22138518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0326	0.0476	0.0313	0.0173	0.0308	0.0422	0.0779	0.036	0.0308	0.0356	0.027	0.0356	0.0488	0.0245	0.0148	0.0245	0.0214
chr2L	22139019	22139170	chr2L:22139020-22139170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0555	0.0286	0.0162	0.0435	0.0505	0.0792	0.0526	0.0435	0.0242	0.0357	0.0242	0.0395	0.0161	0.0245	0.0161	0.0193
chr2L	22139485	22139670	chr2L:22139486-22139670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0504	0.0819	0.0437	0.0226	0.0594	0.0748	0.1116	0.0853	0.0594	0.0272	0.0518	0.0272	0.072	0.0291	0.029	0.0291	0.0297
chr2L	22140073	22140462	chr2L:22140074-22140462	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0735	0.1112	0.065	0.0408	0.087	0.1019	0.1561	0.1099	0.087	0.0483	0.0723	0.0483	0.1185	0.0391	0.0438	0.0391	0.062
chr2L	22142741	22142929	chr2L:22142742-22142929	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0321	0.0192	0.0275	0.0514	0.0127	0.0175	0.0324	0.0127	0.0127	0.061	0.0186	0.061	0.0279	0.1983	0.02	0.1983	0.0224
chr2L	22143868	22144019	chr2L:22143869-22144019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0316	0.0283	0.0286	0.0386	0.0117	0.0257	0.0493	0.0253	0.0117	0.0399	0.0309	0.0399	0.0341	0.0911	0.0368	0.0911	0.0401
chr2L	22144159	22144452	chr2L:22144160-22144452	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1008	0.1081	0.0853	0.1099	0.0838	0.1	0.1553	0.0919	0.0838	0.1353	0.0765	0.1353	0.1162	0.2251	0.0741	0.2251	0.1631
chr2L	22145690	22145870	chr2L:22145691-22145870	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0423	0.0381	0.0312	0.059	0.0255	0.0277	0.0636	0.0313	0.0255	0.0308	0.0354	0.0308	0.0581	0.0559	0.0638	0.0559	0.1105
chr2L	22145930	22146081	chr2L:22145931-22146081	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0439	0.0255	0.035	0.035	0.0267	0.0839	0.028	0.035	0.0217	0.0322	0.0217	0.0318	0.0375	0.0329	0.0375	0.0505
chr2L	22146252	22146605	chr2L:22146253-22146605	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0847	0.1144	0.0491	0.0907	0.0838	0.068	0.208	0.0899	0.0838	0.0429	0.0543	0.0429	0.0442	0.0582	0.0393	0.0582	0.0646
chr2L	22146763	22146923	chr2L:22146764-22146923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0431	0.0644	0.0282	0.0356	0.0392	0.0413	0.1207	0.0466	0.0392	0.0266	0.0315	0.0266	0.0302	0.0268	0.0329	0.0268	0.0406
chr2L	22148052	22148203	chr2L:22148053-22148203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0305	0.0381	0.0254	0.0274	0.0244	0.0243	0.0705	0.0333	0.0244	0.0266	0.026	0.0266	0.024	0.0253	0.0206	0.0253	0.0281
chr2L	22148687	22149023	chr2L:22148688-22149023	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0937	0.1026	0.0697	0.1102	0.0795	0.0903	0.1683	0.0806	0.0795	0.1075	0.0547	0.1075	0.1139	0.1937	0.0716	0.1937	0.1678
chr2L	22149269	22149420	chr2L:22149270-22149420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0457	0.0274	0.0273	0.0286	0.034	0.08	0.0393	0.0286	0.0362	0.0257	0.0362	0.0387	0.0383	0.0219	0.0383	0.0412
chr2L	22151659	22152271	chr2L:22151660-22152271	FBgn0083973	CG34137	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1294	0.2911	0.0528	0.0327	0.4051	0.0854	0.5792	0.1572	0.4051	0.0483	0.0746	0.0483	0.0356	0.0391	0.0471	0.0391	0.0287
chr2L	22152348	22152535	chr2L:22152349-22152535	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0568	0.1248	0.0256	0.0152	0.1326	0.0403	0.2708	0.0613	0.1326	0.0217	0.0383	0.0217	0.0155	0.0176	0.0226	0.0176	0.0141
chr2L	22152666	22152880	chr2L:22152667-22152880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.1113	0.0218	0.0178	0.1166	0.0354	0.253	0.0473	0.1166	0.0205	0.0289	0.0205	0.0209	0.0191	0.0245	0.0191	0.0203
chr2L	22153091	22153242	chr2L:22153092-22153242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0633	0.0151	0.0107	0.0615	0.0248	0.1362	0.0333	0.0615	0.0163	0.017	0.0163	0.0139	0.0115	0.0129	0.0115	0.0099
chr2L	22153306	22153457	chr2L:22153307-22153457	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0313	0.0546	0.0208	0.0169	0.0414	0.0277	0.1181	0.0273	0.0414	0.0211	0.0251	0.0211	0.0186	0.0107	0.0123	0.0107	0.0115
chr2L	22153464	22153615	chr2L:22153465-22153615	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0246	0.0365	0.0175	0.0191	0.0276	0.0189	0.0817	0.012	0.0276	0.0205	0.0199	0.0205	0.0163	0.0107	0.0116	0.0107	0.012
chr2L	22155198	22155349	chr2L:22155199-22155349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0178	0.0156	0.0173	0.0074	0.0117	0.0337	0.0127	0.0074	0.0151	0.0193	0.0151	0.0209	0.0184	0.0239	0.0184	0.0193
chr2L	22156933	22157084	chr2L:22156934-22157084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0232	0.0214	0.0167	0.0127	0.0141	0.0407	0.0253	0.0127	0.0145	0.0309	0.0145	0.024	0.0176	0.0251	0.0176	0.0188
chr2L	22160200	22160351	chr2L:22160201-22160351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.021	0.0287	0.0217	0.0117	0.0148	0.018	0.0536	0.0213	0.0148	0.0169	0.0318	0.0169	0.017	0.0168	0.0135	0.0168	0.0109
chr2L	22166509	22166660	chr2L:22166510-22166660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0421	0.0491	0.0486	0.0272	0.035	0.0456	0.0571	0.0593	0.035	0.0513	0.0659	0.0513	0.0325	0.0345	0.0361	0.0345	0.0307
chr2L	22168230	22168441	chr2L:22168231-22168441	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0952	0.1082	0.1015	0.0738	0.0891	0.0985	0.1319	0.1199	0.0891	0.1202	0.1174	0.1202	0.093	0.0681	0.0838	0.0681	0.0928
chr2L	22168590	22168772	chr2L:22168591-22168772	FBgn0032979	CG1832	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2008	0.1924	0.227	0.1815	0.1644	0.2053	0.2193	0.2105	0.1644	0.2923	0.2457	0.2923	0.2177	0.1792	0.1928	0.1792	0.2011
chr2L	22169066	22169250	chr2L:22169067-22169250	FBgn0032979	CG1832	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2066	0.2011	0.2311	0.1858	0.1697	0.2199	0.2331	0.2245	0.1697	0.2862	0.246	0.2862	0.2208	0.2029	0.1863	0.2029	0.2157
chr2L	22172918	22173132	chr2L:22172919-22173132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.0447	0.0406	0.0457	0.0286	0.0592	0.0502	0.044	0.0286	0.0658	0.0331	0.0658	0.055	0.0873	0.0445	0.0873	0.0594
chr2L	22174535	22174723	chr2L:22174536-22174723	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0425	0.017	0.0134	0.0255	0.0209	0.0705	0.052	0.0255	0.0242	0.0215	0.0242	0.0101	0.0176	0.0123	0.0176	0.0125
chr2L	22175099	22175318	chr2L:22175100-22175318	FBgn0032981	CG3635	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0307	0.0345	0.0254	0.0322	0.0148	0.0296	0.0541	0.0373	0.0148	0.0199	0.0254	0.0199	0.0488	0.0237	0.0206	0.0237	0.0735
chr2L	22176413	22176564	chr2L:22176414-22176564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0173	0.0167	0.0174	0.018	0.0053	0.015	0.019	0.026	0.0053	0.0097	0.0273	0.0097	0.0186	0.0054	0.0542	0.0054	0.0135
chr2L	22178501	22178652	chr2L:22178502-22178652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0184	0.0319	0.0132	0.0089	0.0244	0.0189	0.0463	0.0333	0.0244	0.0115	0.018	0.0115	0.0124	0.0107	0.011	0.0107	0.0109
chr2L	22178993	22179172	chr2L:22178994-22179172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.054	0.0171	0.0113	0.0477	0.0311	0.0761	0.0626	0.0477	0.0127	0.018	0.0127	0.0232	0.0145	0.0052	0.0145	0.0182
chr2L	22179427	22179619	chr2L:22179428-22179619	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0462	0.0791	0.0353	0.0213	0.0753	0.0519	0.1112	0.0899	0.0753	0.0326	0.0424	0.0326	0.0356	0.0237	0.0181	0.0237	0.025
chr2L	22179688	22179933	chr2L:22179689-22179933	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0721	0.1066	0.0661	0.0401	0.0795	0.1	0.1367	0.1272	0.0795	0.0791	0.082	0.0791	0.0457	0.0605	0.0329	0.0605	0.0448
chr2L	22180044	22180195	chr2L:22180045-22180195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0167	0.0169	0.0141	0.0194	0.0095	0.0194	0.0212	0.0167	0.0095	0.0157	0.0177	0.0157	0.0139	0.0345	0.0129	0.0345	0.025
chr2L	22180563	22181035	chr2L:22180564-22181035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0376	0.0434	0.0393	0.0291	0.018	0.0534	0.0588	0.0406	0.018	0.0664	0.0354	0.0664	0.0364	0.0681	0.0174	0.0681	0.0281
chr2L	22182286	22182437	chr2L:22182287-22182437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0115	0.0131	0.0086	0.013	0.0053	0.0126	0.0238	0.0073	0.0053	0.0072	0.008	0.0072	0.0186	0.01	0.0058	0.01	0.0349
chr2L	22215202	22215428	chr2L:22215203-22215428	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0571	0.028	0.0198	0.0467	0.0408	0.0826	0.0626	0.0467	0.0236	0.035	0.0236	0.0279	0.0191	0.0226	0.0191	0.0203
chr2L	22238826	22238977	chr2L:22238827-22238977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0275	0.0293	0.0214	0.0106	0.0277	0.0281	0.0433	0.0106	0.0326	0.0331	0.0326	0.0279	0.023	0.0219	0.023	0.0188
chr2L	22239216	22239417	chr2L:22239217-22239417	FBgn0032986,FBgn0264265	CG3262,CR43765	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0639	0.073	0.0549	0.0318	0.0757	0.0649	0.0753	0.0318	0.0845	0.0897	0.0845	0.0612	0.0551	0.0664	0.0551	0.0667
chr2L	22239638	22239995	chr2L:22239639-22239995	FBgn0032986,FBgn0264265	CG3262,CR43765	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1724	0.1578	0.2098	0.1476	0.1273	0.183	0.16	0.1852	0.1273	0.2391	0.2469	0.2391	0.2045	0.1424	0.1631	0.1424	0.1829
chr2L	22240187	22240736	chr2L:22240188-22240736	FBgn0032986,FBgn0264265	CG3262,CR43765	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1268	0.1279	0.1505	0.0996	0.0859	0.1422	0.1362	0.1552	0.0859	0.1576	0.1804	0.1576	0.1588	0.0926	0.1038	0.0926	0.1417
chr2L	22245948	22246142	chr2L:22245949-22246142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0596	0.0552	0.0786	0.0437	0.0276	0.0684	0.0614	0.0586	0.0276	0.0954	0.0891	0.0954	0.0906	0.0658	0.0471	0.0658	0.0505
chr2L	22246687	22246920	chr2L:22246688-22246920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0835	0.0844	0.1065	0.0574	0.0435	0.1029	0.0835	0.0993	0.0435	0.1214	0.1141	0.1214	0.1394	0.0628	0.0651	0.0628	0.0776
chr2L	22247260	22247411	chr2L:22247261-22247411	FBgn0032987	RpL21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0712	0.0841	0.0462	0.0361	0.0908	0.08	0.0753	0.0361	0.1069	0.0926	0.1069	0.0937	0.0536	0.0413	0.0536	0.0584
chr2L	22247458	22247700	chr2L:22247459-22247700	FBgn0032987	RpL21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1409	0.1391	0.1675	0.1138	0.0986	0.1568	0.1561	0.1606	0.0986	0.1914	0.1868	0.1914	0.1642	0.1179	0.1302	0.1179	0.1391
chr2L	22247763	22247946	chr2L:22247764-22247946	FBgn0032987	RpL21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1649	0.1572	0.1891	0.1471	0.1188	0.1621	0.1786	0.1865	0.1188	0.2228	0.2103	0.2228	0.196	0.1501	0.1612	0.1501	0.1793
chr2L	22248169	22248320	chr2L:22248170-22248320	FBgn0032987	RpL21	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0582	0.067	0.0661	0.0397	0.0435	0.0743	0.0878	0.07	0.0435	0.0864	0.0704	0.0864	0.0658	0.0521	0.04	0.0521	0.0511
chr2L	22248354	22248505	chr2L:22248355-22248505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0633	0.0586	0.0334	0.0477	0.0621	0.0874	0.066	0.0477	0.0628	0.0691	0.0628	0.0627	0.0322	0.038	0.0322	0.0433
chr2L	22249434	22249651	chr2L:22249435-22249651	FBgn0032988	Tif-IA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.112	0.1243	0.1308	0.0777	0.0901	0.1345	0.1445	0.1352	0.0901	0.1673	0.1463	0.1673	0.1239	0.0865	0.0735	0.0865	0.0954
chr2L	22249790	22249967	chr2L:22249791-22249967	FBgn0032988	Tif-IA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1323	0.123	0.1604	0.1118	0.0732	0.1524	0.1341	0.1426	0.0732	0.2047	0.1688	0.2047	0.1704	0.1256	0.1167	0.1256	0.1397
chr2L	22250091	22250329	chr2L:22250092-22250329	FBgn0032988	Tif-IA	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.081	0.0724	0.1025	0.0671	0.0276	0.1	0.0757	0.0839	0.0276	0.1395	0.1109	0.1395	0.1077	0.0735	0.0754	0.0735	0.0881
chr2L	22256715	22257071	chr2L:22256716-22257071	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0627	0.0397	0.0202	0.0456	0.0495	0.1021	0.056	0.0456	0.0465	0.0412	0.0465	0.0527	0.026	0.0155	0.026	0.0287
chr2L	22257409	22258072	chr2L:22257410-22258072	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0574	0.0735	0.0622	0.0343	0.0445	0.0709	0.1008	0.072	0.0445	0.0592	0.0704	0.0592	0.0883	0.0398	0.0284	0.0398	0.0532
chr2L	22258411	22258562	chr2L:22258412-22258562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0221	0.0251	0.0162	0.0106	0.0243	0.0285	0.0253	0.0106	0.0278	0.0244	0.0278	0.0356	0.0222	0.0181	0.0222	0.0208
chr2L	22261093	22261289	chr2L:22261094-22261289	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.034	0.0518	0.0344	0.0138	0.0233	0.0398	0.0917	0.0513	0.0233	0.0501	0.0283	0.0501	0.0511	0.0207	0.0123	0.0207	0.0219
chr2L	22280742	22280893	chr2L:22280743-22280893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0144	0.0242	0.009	0.0093	0.0117	0.0117	0.0497	0.02	0.0117	0.0072	0.0113	0.0072	0.0116	0.0061	0.0084	0.0061	0.0083
chr2L	22281308	22281597	chr2L:22281309-22281597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0163	0.027	0.0127	0.0084	0.0095	0.0184	0.0554	0.012	0.0095	0.0145	0.0151	0.0145	0.0124	0.0107	0.0084	0.0107	0.0073
chr2L	22281741	22281892	chr2L:22281742-22281892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0149	0.028	0.0099	0.0057	0.0159	0.0146	0.0597	0.0193	0.0159	0.0139	0.0106	0.0139	0.0046	0.0061	0.0084	0.0061	0.0042
chr2L	22282067	22282218	chr2L:22282068-22282218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0162	0.0302	0.0099	0.0077	0.018	0.0146	0.0666	0.0227	0.018	0.0091	0.0125	0.0091	0.0077	0.0038	0.0052	0.0038	0.0104
chr2L	22282567	22282718	chr2L:22282568-22282718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0151	0.0253	0.0098	0.0095	0.0117	0.0141	0.0497	0.0227	0.0117	0.0109	0.0113	0.0109	0.0132	0.0054	0.0084	0.0054	0.0177
chr2L	22292901	22293053	chr2L:22292902-22293053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0287	0.0383	0.0273	0.0195	0.0276	0.0388	0.0337	0.0553	0.0276	0.0193	0.0402	0.0193	0.0271	0.0207	0.029	0.0207	0.0219
chr2L	22293917	22294104	chr2L:22293918-22294104	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0447	0.0193	0.0164	0.0382	0.0374	0.0528	0.0466	0.0382	0.0151	0.0244	0.0151	0.0178	0.0046	0.0251	0.0046	0.0198
chr2L	22361208	22361359	chr2L:22361209-22361359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0193	0.0183	0.0238	0.0095	0.0189	0.0281	0.02	0.0095	0.0175	0.0222	0.0175	0.0085	0.0123	0.0309	0.0123	0.013
chr2L	22361653	22361823	chr2L:22361654-22361823	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.019	0.0148	0.0216	0.0207	0.0064	0.0146	0.0234	0.0113	0.0064	0.0097	0.0363	0.0097	0.0147	0.0061	0.0522	0.0061	0.0099
chr2L	22390650	22390801	chr2L:22390651-22390801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0108	0.0166	0.0113	0.0038	0.0085	0.0058	0.0372	0.0087	0.0085	0.0175	0.0093	0.0175	0.0132	0.0038	0.0045	0.0038	0.0031
chr2L	22426425	22426576	chr2L:22426426-22426576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0401	0.0354	0.0458	0.0391	0.0127	0.0442	0.0394	0.0473	0.0127	0.0586	0.0444	0.0586	0.072	0.0521	0.029	0.0521	0.0667
chr2L	22426740	22426891	chr2L:22426741-22426891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.038	0.056	0.0393	0.0159	0.0481	0.0454	0.0433	0.0159	0.0749	0.0543	0.0749	0.0813	0.0559	0.0393	0.0559	0.0604
chr2L	22426990	22427141	chr2L:22426991-22427141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0446	0.0384	0.0609	0.0336	0.0244	0.0505	0.0458	0.0346	0.0244	0.0743	0.0605	0.0743	0.0906	0.0429	0.0348	0.0429	0.0532
chr2L	22428588	22428739	chr2L:22428589-22428739	FBgn0082980	snoRNA:Psi28S-2996	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0465	0.0683	0.0366	0.0212	0.0534	0.0541	0.056	0.0212	0.0924	0.0759	0.0924	0.0674	0.0475	0.038	0.0475	0.0511
chr2L	22428853	22429062	chr2L:22428854-22429062	FBgn0064225	RpL5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0781	0.0771	0.0961	0.0596	0.0509	0.0874	0.0934	0.0806	0.0509	0.1395	0.0961	0.1395	0.0991	0.0704	0.0535	0.0704	0.0829
chr2L	22429374	22429704	chr2L:22429375-22429704	FBgn0064225	RpL5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2517	0.2469	0.2797	0.2264	0.2131	0.2748	0.2686	0.2698	0.2131	0.3454	0.3087	0.3454	0.299	0.2504	0.2495	0.2504	0.2715
chr2L	22429942	22430151	chr2L:22429943-22430151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0854	0.0859	0.0997	0.0691	0.0604	0.083	0.0995	0.1019	0.0604	0.1051	0.117	0.1051	0.096	0.0597	0.0761	0.0597	0.0855
chr2L	22430857	22431069	chr2L:22430858-22431069	FBgn0040009	CG17490	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1283	0.1094	0.1551	0.1199	0.0679	0.1432	0.1016	0.1346	0.0679	0.186	0.1794	0.186	0.158	0.1279	0.1212	0.1279	0.1501
chr2L	22431182	22431379	chr2L:22431183-22431379	FBgn0040009	CG17490	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.085	0.0688	0.1046	0.0816	0.0371	0.0942	0.0619	0.0866	0.0371	0.1226	0.1186	0.1226	0.11	0.0796	0.0961	0.0796	0.1006
chr2L	22431500	22431652	chr2L:22431501-22431652	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0569	0.0496	0.072	0.0486	0.018	0.0573	0.0463	0.0726	0.018	0.0857	0.0817	0.0857	0.0806	0.0459	0.0542	0.0459	0.0677
chr2L	22441181	22441412	chr2L:22441182-22441412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.041	0.0458	0.0362	0.0233	0.0442	0.051	0.0446	0.0233	0.0471	0.055	0.0471	0.0473	0.0459	0.0309	0.0459	0.0401
chr2L	22441441	22441651	chr2L:22441442-22441651	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0545	0.0601	0.0595	0.0429	0.0445	0.0641	0.0792	0.0546	0.0445	0.0767	0.0669	0.0767	0.0565	0.0597	0.038	0.0597	0.0453
chr2L	22442906	22443106	chr2L:22442907-22443106	FBgn0040010	CG17493	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1388	0.133	0.1668	0.1146	0.0954	0.1534	0.144	0.1552	0.0954	0.2047	0.1775	0.2047	0.1634	0.1263	0.098	0.1263	0.1308
chr2L	22443309	22443785	chr2L:22443310-22443785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1022	0.1018	0.1225	0.0805	0.07	0.1015	0.122	0.1252	0.07	0.1486	0.1363	0.1486	0.1022	0.0697	0.0767	0.0697	0.0797
chr2L	22444540	22444730	chr2L:22444541-22444730	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0485	0.0641	0.0401	0.0402	0.0488	0.0568	0.08	0.068	0.0488	0.0429	0.0367	0.0429	0.0581	0.0559	0.0245	0.0559	0.0526
chr2L	22446211	22446362	chr2L:22446212-22446362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0164	0.0255	0.0164	0.0063	0.0138	0.0223	0.0411	0.024	0.0138	0.0205	0.0177	0.0205	0.0132	0.0084	0.0058	0.0084	0.0052
chr2L	22460307	22460458	chr2L:22460308-22460458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0146	0.0376	0.0138	0.0106	0.018	0.0156	0.0153	0.0106	0.0393	0.0489	0.0393	0.0356	0.0145	0.02	0.0145	0.0188
chr2L	22462391	22462542	chr2L:22462392-22462542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0199	0.0386	0.011	0.0106	0.0189	0.0216	0.03	0.0106	0.029	0.0514	0.029	0.0449	0.013	0.0135	0.013	0.0083
chr2L	22462789	22462940	chr2L:22462790-22462940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0209	0.0163	0.0352	0.0103	0.0042	0.018	0.0173	0.022	0.0042	0.0374	0.0441	0.0374	0.0341	0.0092	0.011	0.0092	0.0135
chr2L	22467120	22467317	chr2L:22467121-22467317	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.056	0.0396	0.0315	0.0318	0.0578	0.0735	0.0613	0.0318	0.0374	0.0534	0.0374	0.0426	0.0398	0.0438	0.0398	0.0344
chr2L	22470452	22470611	chr2L:22470453-22470611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.048	0.0523	0.0472	0.0439	0.0212	0.0549	0.0675	0.058	0.0212	0.0423	0.0569	0.0423	0.0604	0.0406	0.0561	0.0406	0.0584
chr2L	22470678	22470879	chr2L:22470679-22470879	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0888	0.1006	0.0867	0.078	0.0689	0.1058	0.1146	0.1219	0.0689	0.0906	0.1039	0.0906	0.103	0.0781	0.0922	0.0781	0.1001
chr2L	22471014	22471430	chr2L:22471015-22471430	FBgn0040011	CG17494	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1255	0.1412	0.1387	0.0936	0.1113	0.1345	0.1752	0.1612	0.1113	0.1691	0.1547	0.1691	0.1448	0.1011	0.1032	0.1011	0.1219
chr2L	22471737	22471931	chr2L:22471738-22471931	FBgn0040011	CG17494	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1667	0.1656	0.1858	0.1471	0.1442	0.1782	0.1808	0.1772	0.1442	0.2548	0.1994	0.2548	0.158	0.1761	0.1489	0.1761	0.1855
chr2L	22472223	22472407	chr2L:22472224-22472407	FBgn0040011	CG17494	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1034	0.1061	0.1123	0.0905	0.0732	0.1155	0.1254	0.1159	0.0732	0.1341	0.1251	0.1341	0.1139	0.1003	0.0974	0.1003	0.1084
chr2L	22472488	22472690	chr2L:22472489-22472690	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.059	0.0602	0.0654	0.0508	0.0361	0.0573	0.0757	0.0753	0.0361	0.0719	0.0749	0.0719	0.0666	0.0398	0.06	0.0398	0.0677
chr2L	22477138	22477289	chr2L:22477139-22477289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0187	0.0219	0.0216	0.012	0.0148	0.0199	0.029	0.0227	0.0148	0.0157	0.0331	0.0157	0.017	0.0161	0.0174	0.0161	0.0094
chr2L	22477358	22477509	chr2L:22477359-22477509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0175	0.0228	0.019	0.0099	0.0159	0.018	0.0298	0.0253	0.0159	0.0157	0.0257	0.0157	0.0201	0.0107	0.0123	0.0107	0.0099
chr2L	22492569	22492720	chr2L:22492570-22492720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0096	0.0197	0.0052	0.0032	0.0074	0.0112	0.0467	0.0073	0.0074	0.0054	0.0071	0.0054	0.0039	0.0031	0.0013	0.0031	0.0052
chr2L	22492975	22493126	chr2L:22492976-22493126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0123	0.0267	0.0055	0.0038	0.017	0.0184	0.0558	0.0147	0.017	0.0048	0.0055	0.0048	0.0108	0.0023	0.0045	0.0023	0.0063
chr2L	22524638	22524789	chr2L:22524639-22524789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0134	0.0274	0.0069	0.0049	0.0201	0.0131	0.0567	0.0167	0.0201	0.0054	0.0064	0.0054	0.0147	0.0046	0.0064	0.0046	0.0057
chr2L	22528195	22528346	chr2L:22528196-22528346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0166	0.037	0.0063	0.0052	0.0191	0.0083	0.0965	0.0153	0.0191	0.0042	0.0064	0.0042	0.0085	8e-04	0.0077	8e-04	0.0078
chr2L	22528578	22528729	chr2L:22528579-22528729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0146	0.0334	0.0043	0.0047	0.0265	0.0044	0.0861	0.014	0.0265	0.0048	0.0035	0.0048	0.0093	0.0023	0.0058	0.0023	0.0083
chr2L	22529087	22529238	chr2L:22529088-22529238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	2to4_Clade3	0.0149	0.0307	0.006	0.0072	0.0148	0.0092	0.0744	0.018	0.0148	0.0048	0.0058	0.0048	0.0085	0.0031	0.011	0.0031	0.0099
chr2L	22534072	22534223	chr2L:22534073-22534223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0186	0.0332	0.0108	0.0109	0.0201	0.0194	0.067	0.0213	0.0201	0.0097	0.0122	0.0097	0.0178	0.0123	0.0103	0.0123	0.0146
chr2L	22534891	22535042	chr2L:22534892-22535042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0317	0.0136	0.0111	0.0212	0.0272	0.0545	0.018	0.0212	0.0103	0.0161	0.0103	0.0209	0.0077	0.0142	0.0077	0.0172
chr2L	22536372	22536523	chr2L:22536373-22536523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0172	0.0277	0.0115	0.0118	0.0117	0.018	0.0532	0.0227	0.0117	0.0097	0.0093	0.0097	0.0294	0.0061	0.0161	0.0061	0.0146
chr2L	22538275	22538426	chr2L:22538276-22538426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.016	0.0259	0.0114	0.01	0.0159	0.0204	0.0476	0.018	0.0159	0.0109	0.0138	0.0109	0.0163	0.0115	0.0129	0.0115	0.0146
chr2L	22539085	22539236	chr2L:22539086-22539236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0108	0.0204	0.0069	0.0043	0.0085	0.0092	0.0458	0.0153	0.0085	0.0072	0.0064	0.0072	0.0077	8e-04	0.0039	8e-04	0.0057
chr2L	22539387	22539538	chr2L:22539388-22539538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0122	0.0206	0.009	0.0064	0.0085	0.0131	0.0463	0.01	0.0085	0.0127	0.0077	0.0127	0.0116	0.0038	0.0071	0.0038	0.0099
chr2L	22539851	22540002	chr2L:22539852-22540002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.013	0.0228	0.0084	0.0071	0.0053	0.0126	0.0476	0.0213	0.0053	0.0085	0.0071	0.0085	0.0132	0.0046	0.009	0.0046	0.0115
chr2L	22554193	22554344	chr2L:22554194-22554344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0095	0.0156	0.0071	0.0054	0.0085	0.0092	0.035	0.0053	0.0085	0.0091	0.0064	0.0091	0.0101	0.0031	0.0052	0.0031	0.0083
chr2L	22558366	22558517	chr2L:22558367-22558517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.01	0.0182	0.006	0.0054	0.0074	0.0112	0.0411	0.01	0.0074	0.006	0.0068	0.006	0.007	0.0031	0.0071	0.0031	0.0073
chr2L	22565660	22565852	chr2L:22565661-22565852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.023	0.0486	0.0095	0.0092	0.0339	0.0214	0.099	0.0353	0.0339	0.0109	0.009	0.0109	0.0147	0.0069	0.0174	0.0069	0.0083
chr2L	22568106	22568389	chr2L:22568107-22568389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0345	0.0594	0.0175	0.0253	0.0467	0.0374	0.1029	0.0446	0.0467	0.0133	0.0203	0.0133	0.0294	0.0283	0.0239	0.0283	0.037
chr2L	22577922	22578073	chr2L:22577923-22578073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0131	0.0227	0.008	0.0081	0.0127	0.0165	0.0428	0.02	0.0127	0.0115	0.008	0.0115	0.0093	0.0054	0.0116	0.0054	0.0104
chr2L	22590117	22590268	chr2L:22590118-22590268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0199	0.046	0.0065	0.0056	0.0339	0.0189	0.0969	0.0266	0.0339	0.0072	0.0074	0.0072	0.0085	0.0031	0.0064	0.0031	0.0078
chr2L	22592519	22592670	chr2L:22592520-22592670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0198	0.0396	0.011	0.0071	0.0361	0.0194	0.0813	0.0213	0.0361	0.0115	0.0084	0.0115	0.0232	0.0038	0.0071	0.0038	0.0083
chr2L	22593108	22593316	chr2L:22593109-22593316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0276	0.0646	0.0093	0.0063	0.0764	0.0204	0.1397	0.0293	0.0764	0.0091	0.0096	0.0091	0.0155	0.0031	0.0052	0.0031	0.0104
chr2L	22593319	22593523	chr2L:22593320-22593523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0296	0.0699	0.0094	0.0068	0.087	0.017	0.1561	0.028	0.087	0.0066	0.0096	0.0066	0.0139	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chr2L	22598045	22598250	chr2L:22598046-22598250	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0865	0.0117	0.0079	0.0901	0.0505	0.1367	0.0846	0.0901	0.0127	0.0125	0.0127	0.0155	0.0046	0.0084	0.0046	0.0104
chr2L	22598438	22598608	chr2L:22598439-22598608	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.1074	0.0107	0.0074	0.1082	0.0563	0.1721	0.1119	0.1082	0.0115	0.0103	0.0115	0.0147	0.0054	0.0064	0.0054	0.0109
chr2L	22598695	22598941	chr2L:22598696-22598941	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0889	0.0146	0.0093	0.0838	0.0549	0.1466	0.0793	0.0838	0.0157	0.0145	0.0157	0.0217	0.0077	0.0084	0.0077	0.0135
chr2L	22599009	22599277	chr2L:22599010-22599277	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0305	0.0654	0.0137	0.0097	0.0594	0.0383	0.1099	0.054	0.0594	0.0109	0.0129	0.0109	0.024	0.0092	0.0116	0.0092	0.0135
chr2L	22599484	22599635	chr2L:22599485-22599635	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0175	0.0369	0.0088	0.0053	0.0265	0.0223	0.061	0.0326	0.0265	0.0066	0.0074	0.0066	0.0225	0.0023	0.0045	0.0023	0.0083
chr2L	22629889	22630049	chr2L:22629890-22630049	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0146	0.0295	0.0076	0.0056	0.0244	0.015	0.0541	0.0247	0.0244	0.0072	0.009	0.0072	0.0108	0.0061	0.0058	0.0061	0.0057
chr2L	22639365	22639769	chr2L:22639366-22639769	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0739	0.0234	0.0107	0.0679	0.0417	0.122	0.0706	0.0679	0.0217	0.0273	0.0217	0.0302	0.0168	0.0123	0.0168	0.0109
chr2L	22642481	22642667	chr2L:22642482-22642667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0359	0.0222	0.0127	0.0255	0.0359	0.045	0.04	0.0255	0.0199	0.0296	0.0199	0.0271	0.0123	0.0155	0.0123	0.0162
chr2L	22643823	22643974	chr2L:22643824-22643974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0194	0.0222	0.0223	0.0106	0.0199	0.026	0.022	0.0106	0.0139	0.0338	0.0139	0.0209	0.0153	0.0509	0.0153	0.0224
chr2L	22644086	22644276	chr2L:22644087-22644276	FBgn0264548	CR43927	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0328	0.0345	0.0334	0.0304	0.018	0.035	0.0467	0.038	0.018	0.0205	0.0476	0.0205	0.0356	0.0214	0.0709	0.0214	0.0266
chr2L	22644489	22644640	chr2L:22644490-22644640	FBgn0264548	CR43927	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0232	0.0209	0.0236	0.0253	0.0064	0.0233	0.0234	0.0266	0.0064	0.0157	0.0338	0.0157	0.0271	0.0107	0.0606	0.0107	0.0318
chr2L	22648524	22648675	chr2L:22648525-22648675	FBgn0058006	CG40006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0222	0.0211	0.0202	0.0138	0.016	0.0363	0.0233	0.0138	0.0145	0.0277	0.0145	0.0279	0.0138	0.0303	0.0138	0.0328
chr2L	22648682	22648848	chr2L:22648683-22648848	FBgn0058006	CG40006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0315	0.0363	0.031	0.0269	0.0233	0.0277	0.058	0.0373	0.0233	0.0248	0.0373	0.0248	0.0449	0.0207	0.0432	0.0207	0.0386
chr2L	22649059	22649304	chr2L:22649060-22649304	FBgn0058006	CG40006	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0621	0.0523	0.0529	0.0831	0.035	0.0476	0.0727	0.052	0.035	0.0332	0.0678	0.0332	0.0899	0.0498	0.1283	0.0498	0.1527
chr2L	22649505	22649656	chr2L:22649506-22649656	FBgn0058006	CG40006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0295	0.0273	0.0297	0.0201	0.0335	0.0303	0.038	0.0201	0.0193	0.035	0.0193	0.0372	0.0184	0.0464	0.0184	0.0516
chr2L	22651058	22651238	chr2L:22651059-22651238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0207	0.0341	0.0201	0.0065	0.0159	0.0354	0.0355	0.0486	0.0159	0.0181	0.0264	0.0181	0.0186	0.0092	0.0064	0.0092	0.0068
chr2L	22656682	22656833	chr2L:22656683-22656833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0091	0.0161	0.0075	0.0032	0.0053	0.0117	0.0268	0.0113	0.0053	0.0079	0.0061	0.0079	0.0116	0.0015	0.0026	0.0015	0.0052
chr2L	22689559	22689740	chr2L:22689560-22689740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0262	0.0452	0.029	0.0095	0.0282	0.0277	0.0386	0.0095	0.0483	0.0527	0.0483	0.0589	0.0283	0.0342	0.0283	0.0323
chr2L	22689912	22690293	chr2L:22689913-22690293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0542	0.0396	0.0662	0.0572	0.0117	0.05	0.0437	0.046	0.0117	0.067	0.0746	0.067	0.0899	0.0505	0.0741	0.0505	0.0646
chr2L	22690473	22690857	chr2L:22690474-22690857	FBgn0058439	CG40439	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1019	0.073	0.1279	0.1057	0.0308	0.1029	0.061	0.0933	0.0308	0.1534	0.1431	0.1534	0.1379	0.121	0.1206	0.121	0.1308
chr2L	22690940	22691131	chr2L:22690941-22691131	FBgn0058439	CG40439	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1284	0.0885	0.1693	0.1283	0.0392	0.1286	0.061	0.1206	0.0392	0.1926	0.1849	0.1926	0.1936	0.1332	0.138	0.1332	0.1772
chr2L	22691220	22691434	chr2L:22691221-22691434	FBgn0058439	CG40439	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0744	0.056	0.0929	0.0748	0.0255	0.0709	0.0523	0.074	0.0255	0.1014	0.108	0.1014	0.0976	0.0819	0.0793	0.0819	0.0954
chr2L	22691438	22691625	chr2L:22691439-22691625	FBgn0058439	CG40439	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0471	0.067	0.0551	0.0201	0.0607	0.0446	0.062	0.0201	0.0682	0.0785	0.0682	0.0759	0.0636	0.0509	0.0636	0.074
chr2L	22691642	22691793	chr2L:22691643-22691793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0366	0.0312	0.0439	0.0348	0.0127	0.035	0.0324	0.0426	0.0127	0.0447	0.0543	0.0447	0.0426	0.0352	0.0322	0.0352	0.0401
chr2L	22691944	22692133	chr2L:22691945-22692133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0318	0.0398	0.0299	0.0095	0.0335	0.0402	0.0413	0.0095	0.0483	0.0469	0.0483	0.0325	0.036	0.0329	0.036	0.0401
chr2L	22692187	22692429	chr2L:22692188-22692429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0412	0.0403	0.044	0.0393	0.0148	0.0427	0.0506	0.042	0.0148	0.0477	0.054	0.0477	0.0387	0.0482	0.0406	0.0482	0.049
chr2L	22697705	22697944	chr2L:22697706-22697944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0293	0.038	0.0298	0.0189	0.0159	0.0422	0.0407	0.044	0.0159	0.0302	0.0389	0.0302	0.0263	0.0184	0.0239	0.0184	0.0245
chr2L	22698060	22698221	chr2L:22698061-22698221	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0314	0.0441	0.0301	0.0187	0.0244	0.0558	0.042	0.0506	0.0244	0.0284	0.0431	0.0284	0.0225	0.0207	0.02	0.0207	0.0177
chr2L	22713134	22713285	chr2L:22713135-22713285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0138	0.032	0.0052	0.0028	0.0233	0.0141	0.0696	0.0173	0.0233	0.0072	0.0051	0.0072	0.0062	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chr2L	22734126	22734277	chr2L:22734127-22734277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.036	0.0173	0.0181	0.0212	0.0218	0.0619	0.038	0.0212	0.0169	0.0177	0.0169	0.0201	0.0145	0.0161	0.0145	0.0193
chr2L	22735933	22736173	chr2L:22735934-22736173	FBgn0262947	CG43266	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1028	0.0835	0.136	0.088	0.0488	0.0961	0.0978	0.1039	0.0488	0.1546	0.1576	0.1546	0.1317	0.0819	0.1012	0.0819	0.1016
chr2L	22736228	22736412	chr2L:22736229-22736412	FBgn0262947	CG43266	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.0975	0.1467	0.1104	0.053	0.1146	0.1073	0.1193	0.053	0.1691	0.1714	0.1691	0.1387	0.1011	0.1186	0.1011	0.1381
chr2L	22736539	22736741	chr2L:22736540-22736741	FBgn0041004,FBgn0262947	CG17715,CG43266	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0861	0.0723	0.1107	0.0745	0.0498	0.0864	0.0796	0.0799	0.0498	0.1383	0.1209	0.1383	0.1084	0.072	0.0832	0.072	0.0943
chr2L	22736846	22737028	chr2L:22736847-22737028	FBgn0041004	CG17715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1253	0.1132	0.1467	0.1154	0.0742	0.1369	0.1107	0.1426	0.0742	0.1842	0.1643	0.1842	0.1487	0.1279	0.1225	0.1279	0.1386
chr2L	22737043	22737269	chr2L:22737044-22737269	FBgn0041004	CG17715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1172	0.1077	0.1443	0.098	0.0647	0.1369	0.1116	0.1213	0.0647	0.1709	0.1621	0.1709	0.1503	0.1164	0.1044	0.1164	0.1058
chr2L	22737307	22737535	chr2L:22737308-22737535	FBgn0041004	CG17715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0985	0.0933	0.1222	0.0783	0.0467	0.1078	0.0986	0.1213	0.0467	0.1419	0.1463	0.1419	0.1154	0.0888	0.0883	0.0888	0.0896
chr2L	22738577	22738754	chr2L:22738578-22738754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0589	0.0571	0.0368	0.0297	0.0578	0.0809	0.066	0.0297	0.0574	0.0723	0.0574	0.0558	0.0306	0.0509	0.0306	0.0448
chr2L	22738817	22738968	chr2L:22738818-22738968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0503	0.0518	0.0586	0.0394	0.0265	0.0515	0.0666	0.0613	0.0265	0.0604	0.0727	0.0604	0.0573	0.0398	0.0484	0.0398	0.0558
chr2L	22744123	22744290	chr2L:22744124-22744290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0405	0.0263	0.0127	0.0339	0.033	0.0597	0.0353	0.0339	0.0296	0.0315	0.0296	0.0302	0.0176	0.0181	0.0176	0.013
chr2L	22811413	22811658	chr2L:22811414-22811658	FBgn0002566	lt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0373	0.0425	0.0377	0.0311	0.0276	0.0519	0.0385	0.0546	0.0276	0.0471	0.0466	0.0471	0.0333	0.0291	0.0368	0.0291	0.0469
chr2L	22811800	22812217	chr2L:22811801-22812217	FBgn0002566	lt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0469	0.0533	0.0523	0.0337	0.0286	0.083	0.0446	0.0626	0.0286	0.0707	0.0489	0.0707	0.0813	0.0352	0.029	0.0352	0.0537
chr2L	22816558	22817094	chr2L:22816559-22817094	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0767	0.0769	0.0886	0.0635	0.0467	0.0835	0.0787	0.0999	0.0467	0.1123	0.1029	0.1123	0.0852	0.0666	0.0806	0.0666	0.0604
chr2L	22817109	22817346	chr2L:22817110-22817346	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0632	0.0528	0.0728	0.0643	0.0318	0.0626	0.0502	0.066	0.0318	0.0845	0.0868	0.0845	0.0697	0.0651	0.0748	0.0651	0.0771
chr2L	22817419	22817627	chr2L:22817420-22817627	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.0847	0.1237	0.1046	0.0424	0.1063	0.0744	0.1119	0.0424	0.151	0.1418	0.151	0.1007	0.1072	0.127	0.1072	0.1178
chr2L	22817641	22817867	chr2L:22817642-22817867	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0673	0.1076	0.0766	0.035	0.0845	0.0623	0.0886	0.035	0.1268	0.1289	0.1268	0.0821	0.0804	0.0741	0.0804	0.0917
chr2L	22817916	22818084	chr2L:22817917-22818084	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0531	0.0434	0.0641	0.0518	0.0233	0.049	0.0446	0.0566	0.0233	0.0845	0.0717	0.0845	0.0612	0.0475	0.0567	0.0475	0.0646
chr2L	22818325	22818476	chr2L:22818326-22818476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0266	0.0227	0.0313	0.0259	0.0106	0.0286	0.0229	0.026	0.0106	0.0338	0.0331	0.0338	0.0496	0.0184	0.0316	0.0184	0.037
chr2L	22820722	22820873	chr2L:22820723-22820873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0204	0.0325	0.0192	0.0081	0.0265	0.0238	0.0471	0.034	0.0265	0.0223	0.0225	0.0223	0.0178	0.0061	0.0071	0.0061	0.0094
chr2L	22821117	22821371	chr2L:22821118-22821371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0259	0.0426	0.0222	0.0111	0.0318	0.0325	0.0567	0.054	0.0318	0.0223	0.0302	0.0223	0.0139	0.0138	0.0116	0.0138	0.0109
chr2L	22822297	22822448	chr2L:22822298-22822448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0327	0.0179	0.0097	0.0286	0.0248	0.0506	0.022	0.0286	0.0187	0.0199	0.0187	0.0232	0.0138	0.0135	0.0138	0.0089
chr2L	22868191	22868342	chr2L:22868192-22868342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0117	0.0214	0.0086	0.0042	0.0159	0.0141	0.0398	0.016	0.0159	0.0097	0.009	0.0097	0.0108	0.0023	0.0077	0.0023	0.0042
chr2L	22872611	22872803	chr2L:22872612-22872803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0369	0.0368	0.0404	0.0331	0.0244	0.0354	0.048	0.0426	0.0244	0.038	0.0482	0.038	0.0465	0.0322	0.0309	0.0322	0.0412
chr2L	22872884	22873035	chr2L:22872885-22873035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0279	0.0259	0.0291	0.0288	0.0095	0.0286	0.0298	0.0306	0.0095	0.0223	0.036	0.0223	0.0341	0.0245	0.0264	0.0245	0.0339
chr2L	22873686	22873870	chr2L:22873687-22873870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0462	0.0527	0.0372	0.0276	0.0529	0.0519	0.0506	0.0276	0.058	0.0569	0.058	0.0674	0.0368	0.0458	0.0368	0.0401
chr2L	22874845	22875205	chr2L:22874846-22875205	FBgn0000384	cta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1618	0.1297	0.1972	0.1589	0.0668	0.1665	0.1172	0.1772	0.0668	0.2409	0.2135	0.2409	0.1983	0.1593	0.1928	0.1593	0.1954
chr2L	22875523	22875768	chr2L:22875524-22875768	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0578	0.0685	0.0519	0.0382	0.0626	0.0722	0.0633	0.0382	0.0791	0.0833	0.0791	0.0643	0.0436	0.06	0.0436	0.062
chr2L	22879443	22879653	chr2L:22879444-22879653	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0434	0.0251	0.0136	0.0339	0.0296	0.0575	0.06	0.0339	0.0217	0.0315	0.0217	0.0294	0.0168	0.0097	0.0168	0.0156
chr2L	22886364	22886610	chr2L:22886365-22886610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0497	0.0432	0.0538	0.0524	0.0308	0.0495	0.0575	0.036	0.0308	0.0519	0.0498	0.0519	0.0984	0.0368	0.0355	0.0368	0.0985
chr2L	22886742	22886893	chr2L:22886743-22886893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0152	0.0187	0.0266	0.0064	0.017	0.0195	0.018	0.0064	0.0205	0.017	0.0205	0.0302	0.0237	0.0187	0.0237	0.0505
chr2L	22888187	22888338	chr2L:22888188-22888338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0258	0.0241	0.0292	0.024	0.0117	0.0189	0.0329	0.0293	0.0117	0.0217	0.0367	0.0217	0.0356	0.0253	0.0277	0.0253	0.0339
chr2L	22888382	22888533	chr2L:22888383-22888533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0243	0.0227	0.0286	0.0216	0.0138	0.0223	0.0307	0.02	0.0138	0.0272	0.0363	0.0272	0.0302	0.0199	0.0232	0.0199	0.0334
chr2L	22888731	22889050	chr2L:22888732-22889050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0434	0.0484	0.0461	0.0351	0.0286	0.0388	0.0679	0.0546	0.0286	0.0399	0.0537	0.0399	0.0465	0.0391	0.0451	0.0391	0.0412
chr2L	22889123	22889336	chr2L:22889124-22889336	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0429	0.0412	0.034	0.0329	0.0364	0.0597	0.0446	0.0329	0.0441	0.0482	0.0441	0.0511	0.0429	0.0529	0.0429	0.0313
chr2L	22889887	22890038	chr2L:22889888-22890038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0265	0.0221	0.0195	0.0106	0.0204	0.0407	0.0313	0.0106	0.0199	0.0302	0.0199	0.0186	0.0176	0.0303	0.0176	0.0281
chr2L	22903638	22903789	chr2L:22903639-22903789	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.02	0.0293	0.0183	0.0114	0.0191	0.0296	0.0316	0.0326	0.0191	0.0133	0.0267	0.0133	0.017	0.0123	0.0174	0.0123	0.0109
chr2L	22916707	22916858	chr2L:22916708-22916858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0216	0.0237	0.0192	0.0219	0.0127	0.0223	0.0303	0.026	0.0127	0.0151	0.0254	0.0151	0.0271	0.0168	0.04	0.0168	0.0219
chr2L	22918198	22918349	chr2L:22918199-22918349	FBgn0250907	Cht3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0176	0.0204	0.0298	0.0106	0.0175	0.0229	0.0193	0.0106	0.0072	0.0357	0.0072	0.0186	0.01	0.0935	0.01	0.0172
chr2L	22918516	22918746	chr2L:22918517-22918746	FBgn0250907	Cht3	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0364	0.0427	0.0311	0.0351	0.0212	0.0485	0.0458	0.0526	0.0212	0.0229	0.0441	0.0229	0.0325	0.0413	0.0761	0.0413	0.0318
chr2L	22919004	22919155	chr2L:22919005-22919155	FBgn0250907	Cht3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0207	0.0308	0.016	0.0148	0.0223	0.032	0.0324	0.0333	0.0223	0.0115	0.0219	0.0115	0.0201	0.0184	0.0245	0.0184	0.0146
chr2L	22926878	22927029	chr2L:22926879-22927029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0145	0.0244	0.0104	0.0078	0.0212	0.0165	0.0441	0.0213	0.0212	0.0109	0.0116	0.0109	0.0108	0.0107	0.0103	0.0107	0.0057
chr2L	22927218	22927404	chr2L:22927219-22927404	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0464	0.0131	0.0104	0.035	0.0252	0.0753	0.05	0.035	0.0115	0.0154	0.0115	0.0178	0.0115	0.0129	0.0115	0.0083
chr2L	22941560	22941711	chr2L:22941561-22941711	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0133	0.0302	0.0051	0.0036	0.0201	0.0058	0.0731	0.0167	0.0201	0.0072	0.0048	0.0072	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr2L	22957788	22958191	chr2L:22957789-22958191	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0665	0.081	0.0646	0.0525	0.0626	0.082	0.0895	0.1013	0.0626	0.061	0.0772	0.061	0.0837	0.0528	0.069	0.0528	0.0688
chr2L	22958350	22958501	chr2L:22958351-22958501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.033	0.0378	0.0349	0.0256	0.0255	0.0345	0.0446	0.0433	0.0255	0.0308	0.0434	0.0308	0.0411	0.0199	0.0342	0.0199	0.0375
chr2L	22959895	22960082	chr2L:22959896-22960082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0394	0.0449	0.0421	0.0302	0.0329	0.0369	0.0584	0.0553	0.0329	0.0453	0.0495	0.0453	0.0496	0.0268	0.0309	0.0268	0.0396
chr2L	22960412	22960563	chr2L:22960413-22960563	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0369	0.0339	0.0439	0.0326	0.0138	0.0388	0.0385	0.0453	0.0138	0.0471	0.0479	0.0471	0.0442	0.0352	0.0322	0.0352	0.0479
chr2L	22960757	22961016	chr2L:22960758-22961016	FBgn0086683	Spf45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.0764	0.1103	0.0907	0.0435	0.0903	0.0731	0.1026	0.0435	0.125	0.1238	0.125	0.1123	0.0934	0.0967	0.0934	0.1193
chr2L	22961057	22961237	chr2L:22961058-22961237	FBgn0086683	Spf45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1409	0.1114	0.1706	0.1413	0.0562	0.151	0.0947	0.1426	0.0562	0.1824	0.2019	0.1824	0.1751	0.1462	0.1406	0.1462	0.1798
chr2L	22961364	22961544	chr2L:22961365-22961544	FBgn0086683,FBgn0262887	CR43242,Spf45	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.0722	0.1062	0.0923	0.0382	0.0816	0.0679	0.1039	0.0382	0.1147	0.1232	0.1147	0.1007	0.0965	0.0922	0.0965	0.111
chr2L	22961584	22961759	chr2L:22961585-22961759	FBgn0086683,FBgn0262887	CR43242,Spf45	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1138	0.1022	0.1343	0.1044	0.0583	0.1238	0.099	0.1213	0.0583	0.1425	0.154	0.1425	0.1495	0.0995	0.1135	0.0995	0.1355
chr2L	22961815	22962035	chr2L:22961816-22962035	FBgn0262887	CR43242	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0806	0.0748	0.093	0.0735	0.0392	0.0961	0.0779	0.0779	0.0392	0.0906	0.118	0.0906	0.093	0.0666	0.0864	0.0666	0.0995
chr2L	22962052	22962203	chr2L:22962053-22962203	FBgn0262887	CR43242	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0489	0.0506	0.0428	0.0244	0.0646	0.0567	0.0473	0.0244	0.0423	0.0633	0.0423	0.0596	0.0406	0.0477	0.0406	0.0505
chr2L	22962966	22963117	chr2L:22962967-22963117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0162	0.0231	0.0164	0.0082	0.0064	0.0136	0.0458	0.0227	0.0064	0.0205	0.0164	0.0205	0.017	0.0092	0.0077	0.0092	0.0094
chr2L	22967991	22968194	chr2L:22967992-22968194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0391	0.0477	0.0414	0.0201	0.0495	0.0359	0.0486	0.0201	0.0429	0.0621	0.0429	0.0581	0.0398	0.0503	0.0398	0.0505
chr2L	22968236	22968416	chr2L:22968237-22968416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0552	0.0464	0.0619	0.0577	0.0191	0.0553	0.0489	0.058	0.0191	0.0507	0.0826	0.0507	0.0751	0.049	0.0677	0.049	0.0797
chr2L	22968557	22968708	chr2L:22968558-22968708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0237	0.0255	0.0238	0.0148	0.0252	0.0277	0.0266	0.0148	0.0181	0.0331	0.0181	0.038	0.0245	0.0309	0.0245	0.0302
chr2LHet	21183	21570	chr2LHet:21184-21570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0376	0.0542	0.033	0.0242	0.0403	0.0398	0.0761	0.066	0.0403	0.0326	0.0441	0.0326	0.024	0.0161	0.0181	0.0161	0.0229
chr2LHet	22790	22956	chr2LHet:22791-22956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0375	0.0254	0.0146	0.0223	0.0388	0.0471	0.042	0.0223	0.026	0.0302	0.026	0.0302	0.0115	0.02	0.0115	0.0188
chr2LHet	23022	23216	chr2LHet:23023-23216	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0335	0.0489	0.0319	0.0181	0.0276	0.0447	0.0627	0.0593	0.0276	0.032	0.0373	0.032	0.0349	0.0245	0.0168	0.0245	0.0188
chr2LHet	23228	23392	chr2LHet:23229-23392	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0261	0.0457	0.0201	0.0107	0.0276	0.035	0.0644	0.052	0.0276	0.0193	0.0235	0.0193	0.0178	0.0161	0.0077	0.0161	0.0109
chr2LHet	23775	23941	chr2LHet:23776-23941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0237	0.0363	0.0214	0.0123	0.0223	0.0374	0.0394	0.0453	0.0223	0.0205	0.026	0.0205	0.0232	0.0214	0.0129	0.0214	0.0104
chr2LHet	31513	31707	chr2LHet:31514-31707	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0658	0.0536	0.0742	0.07	0.0297	0.0583	0.0597	0.074	0.0297	0.0888	0.0826	0.0888	0.0666	0.0796	0.0767	0.0796	0.099
chr2LHet	31827	32179	chr2LHet:31828-32179	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0743	0.0923	0.088	0.0435	0.0806	0.0757	0.1079	0.0435	0.1027	0.1071	0.1027	0.0914	0.1041	0.0986	0.1041	0.1115
chr2LHet	32297	32742	chr2LHet:32298-32742	FBgn0039958	CG12567	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1563	0.1448	0.1774	0.1461	0.0965	0.1631	0.1492	0.1832	0.0965	0.1944	0.2093	0.1944	0.1774	0.157	0.1586	0.157	0.1761
chr2LHet	32819	33000	chr2LHet:32820-33000	FBgn0039958	CG12567	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1249	0.165	0.1429	0.0923	0.1587	0.1116	0.1599	0.0923	0.1775	0.191	0.1775	0.1619	0.1554	0.1567	0.1554	0.1761
chr2LHet	33156	33353	chr2LHet:33157-33353	FBgn0039958	CG12567	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.0776	0.1081	0.0936	0.0562	0.0942	0.0735	0.0973	0.0562	0.1075	0.1344	0.1075	0.1084	0.0827	0.1109	0.0827	0.1214
chr2LHet	34216	34503	chr2LHet:34217-34503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0663	0.0718	0.0782	0.0471	0.0414	0.0864	0.0722	0.0879	0.0414	0.09	0.0942	0.09	0.0658	0.0544	0.0567	0.0544	0.0495
chr2LHet	34630	34830	chr2LHet:34631-34830	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1392	0.1356	0.1595	0.121	0.0891	0.1718	0.1107	0.1839	0.0891	0.1902	0.183	0.1902	0.1541	0.1325	0.1393	0.1325	0.1376
chr2LHet	34922	35111	chr2LHet:34923-35111	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0811	0.077	0.0978	0.0674	0.0414	0.1005	0.0653	0.1046	0.0414	0.1093	0.1135	0.1093	0.103	0.072	0.0741	0.072	0.0657
chr2LHet	47196	47347	chr2LHet:47197-47347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.01	0.0206	0.0052	0.0035	0.0159	0.0126	0.0433	0.0113	0.0159	0.0042	0.0042	0.0042	0.0116	0.0015	0.0019	0.0015	0.0068
chr2LHet	167420	167871	chr2LHet:167421-167871	FBgn0063368	Gpb5	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0627	0.0638	0.0735	0.0496	0.0329	0.0617	0.0779	0.0839	0.0329	0.0773	0.0852	0.0773	0.0899	0.0513	0.049	0.0513	0.0578
chr2LHet	168023	168193	chr2LHet:168024-168193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0366	0.0368	0.0453	0.0267	0.017	0.0374	0.0398	0.05	0.017	0.0525	0.0518	0.0525	0.0473	0.0237	0.0251	0.0237	0.038
chr2LHet	168279	168433	chr2LHet:168280-168433	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0431	0.0482	0.0384	0.0212	0.0413	0.0562	0.054	0.0212	0.055	0.0531	0.055	0.0534	0.0368	0.0348	0.0368	0.0511
chr2LHet	168552	168912	chr2LHet:168553-168912	FBgn0058042	CG40042	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0947	0.0871	0.1072	0.0893	0.0562	0.0898	0.1138	0.0906	0.0562	0.1316	0.1125	0.1316	0.1084	0.0957	0.1025	0.0957	0.1063
chr2LHet	169030	169230	chr2LHet:169031-169230	FBgn0058042	CG40042	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.1092	0.1378	0.1125	0.0721	0.1243	0.1254	0.1166	0.0721	0.1649	0.1479	0.1649	0.1394	0.1355	0.1206	0.1355	0.1428
chr2LHet	169355	169552	chr2LHet:169356-169552	FBgn0058042	CG40042	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0659	0.0694	0.0626	0.0656	0.0414	0.0782	0.0861	0.07	0.0414	0.0682	0.0691	0.0682	0.0713	0.0651	0.0787	0.0651	0.0745
chr2LHet	169616	170030	chr2LHet:169617-170030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0828	0.0765	0.0685	0.0541	0.084	0.1029	0.1006	0.0541	0.0688	0.0939	0.0688	0.0751	0.0559	0.078	0.0559	0.0823
chr2LHet	170128	170533	chr2LHet:170129-170533	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.081	0.0925	0.0779	0.0714	0.0689	0.1005	0.1133	0.0999	0.0689	0.0604	0.0984	0.0604	0.079	0.0521	0.0864	0.0521	0.0792
chr2LHet	170627	170818	chr2LHet:170628-170818	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1066	0.1147	0.103	0.1014	0.0891	0.1233	0.1397	0.1279	0.0891	0.0906	0.128	0.0906	0.1077	0.0888	0.1154	0.0888	0.1136
chr2LHet	170905	171056	chr2LHet:170906-171056	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0563	0.0596	0.0565	0.0525	0.0297	0.0709	0.0748	0.0686	0.0297	0.0471	0.0695	0.0471	0.0519	0.0436	0.0484	0.0436	0.0505
chr2LHet	188539	188717	chr2LHet:188540-188717	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0669	0.0162	0.0092	0.0551	0.0413	0.1146	0.06	0.0551	0.0193	0.0199	0.0193	0.0163	0.0069	0.0097	0.0069	0.0135
chr2LHet	204917	205068	chr2LHet:204918-205068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.009	0.0203	0.0046	0.0013	0.0148	0.0068	0.0467	0.0113	0.0148	0.0048	0.0051	0.0048	8e-04	0	0.0026	0	0.001
chr2LHet	246745	246896	chr2LHet:246746-246896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0097	0.0229	0.0038	0.0015	0.0138	0.0063	0.0571	0.0093	0.0138	0.0054	0.0048	0.0054	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chr2LHet	250414	250599	chr2LHet:250415-250599	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0125	0.0305	0.0034	0.0024	0.0318	0.0097	0.0675	0.0167	0.0318	0.0024	0.0048	0.0024	0.0039	0	0.0052	0	0.001
chr2LHet	250610	250851	chr2LHet:250611-250851	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0146	0.0355	0.0043	0.0026	0.035	0.015	0.0714	0.0227	0.035	0.0024	0.0064	0.0024	0.0039	0.0023	0.0064	0.0023	0.0016
chr2LHet	255755	255906	chr2LHet:255756-255906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0142	0.0199	0.0095	0.0128	0.0159	0.016	0.0221	0.024	0.0159	0.0127	0.0093	0.0127	0.0124	0.0153	0.0219	0.0153	0.0125
chr2LHet	277353	277504	chr2LHet:277354-277504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.02	0.0323	0.0143	0.0124	0.0159	0.0364	0.0329	0.044	0.0159	0.0163	0.0151	0.0163	0.0178	0.0092	0.0206	0.0092	0.0151
chr2LHet	289030	289181	chr2LHet:289031-289181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0104	0.0252	0.003	0.0018	0.0255	0.0107	0.0584	0.008	0.0255	0.0024	0.0042	0.0024	0.0031	8e-04	0.0032	8e-04	0.001
chr2LHet	338554	338705	chr2LHet:338555-338705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0085	0.0181	0.0042	0.0025	0.0074	0.0087	0.0437	0.0087	0.0074	0.003	0.0061	0.003	0.0031	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr2R	10450	10650	chr2R:10451-10650	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0467	0.0476	0.034	0.0244	0.0466	0.0471	0.064	0.0244	0.0459	0.0617	0.0459	0.0465	0.0505	0.0535	0.0505	0.0234
chr2R	10750	11859	chr2R:10751-11859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.1245	0.1238	0.1371	0.1117	0.0742	0.1359	0.1189	0.1772	0.0742	0.1147	0.182	0.1147	0.1278	0.1462	0.1289	0.1462	0.1079
chr2R	11862	12123	chr2R:11863-12123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0698	0.0719	0.0747	0.062	0.0414	0.0869	0.0688	0.0913	0.0414	0.0616	0.0997	0.0616	0.0751	0.0528	0.0716	0.0528	0.0651
chr2R	12137	12342	chr2R:12138-12342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0538	0.0582	0.0582	0.0441	0.0286	0.0631	0.0562	0.0853	0.0286	0.0489	0.0781	0.0489	0.0643	0.0391	0.0645	0.0391	0.0474
chr2R	17890	18226	chr2R:17891-18226	FBgn0262115	CG17683	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0926	0.1037	0.1042	0.0675	0.0636	0.1107	0.1311	0.1093	0.0636	0.1298	0.1103	0.1298	0.1061	0.0674	0.0722	0.0674	0.0834
chr2R	18327	18521	chr2R:18328-18521	FBgn0262115	CG17683	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1547	0.2005	0.1409	0.1071	0.1786	0.1674	0.1832	0.1071	0.2482	0.2084	0.2482	0.2091	0.1478	0.1547	0.1478	0.1668
chr2R	18591	18781	chr2R:18592-18781	FBgn0262115	CG17683	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.112	0.0971	0.1402	0.0976	0.0647	0.1058	0.1077	0.1139	0.0647	0.1787	0.1482	0.1787	0.1356	0.098	0.1006	0.098	0.1266
chr2R	18845	19214	chr2R:18846-19214	FBgn0262115	CG17683	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0922	0.0833	0.1185	0.0734	0.053	0.0927	0.0908	0.1059	0.053	0.1353	0.1412	0.1353	0.1007	0.075	0.0774	0.075	0.0902
chr2R	20441	20592	chr2R:20442-20592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0353	0.0434	0.0359	0.0258	0.0297	0.0432	0.0536	0.0473	0.0297	0.0314	0.0415	0.0314	0.0527	0.0245	0.0271	0.0245	0.036
chr2R	20681	20903	chr2R:20682-20903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0545	0.0598	0.0628	0.0395	0.0339	0.0675	0.0727	0.064	0.0339	0.0634	0.0733	0.0634	0.0759	0.0368	0.0464	0.0368	0.0537
chr2R	21563	21714	chr2R:21564-21714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0406	0.0308	0.0194	0.0265	0.035	0.0471	0.0626	0.0265	0.0242	0.0379	0.0242	0.0356	0.0184	0.0213	0.0184	0.0255
chr2R	40482	40642	chr2R:40483-40642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0156	0.0351	0.0061	0.0042	0.0244	0.0107	0.0826	0.018	0.0244	0.0103	0.0058	0.0103	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr2R	40840	40991	chr2R:40841-40991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0122	0.0293	0.0038	0.0022	0.0117	0.0087	0.0727	0.0153	0.0117	0.0036	0.0055	0.0036	0.0031	0.0031	0.0013	0.0031	0.0031
chr2R	47497	47648	chr2R:47498-47648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0107	0.0203	0.0067	0.0043	0.0064	0.0058	0.048	0.0187	0.0064	0.006	0.0058	0.006	0.0085	0.0061	0.0019	0.0061	0.0063
chr2R	51053	51204	chr2R:51054-51204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0138	0.0239	0.0085	0.0082	0.0223	0.0107	0.0484	0.0167	0.0223	0.006	0.0109	0.006	0.0101	0.0092	0.0084	0.0092	0.0099
chr2R	59260	59411	chr2R:59261-59411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0148	0.0238	0.0127	0.0071	0.017	0.015	0.0437	0.022	0.017	0.0139	0.0129	0.0139	0.0155	0.0077	0.0071	0.0077	0.0109
chr2R	59715	59866	chr2R:59716-59866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0173	0.026	0.0156	0.0095	0.0085	0.0209	0.0428	0.026	0.0085	0.0103	0.0222	0.0103	0.0178	0.0145	0.0077	0.0145	0.0083
chr2R	60022	60320	chr2R:60023-60320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0497	0.0241	0.0155	0.0318	0.0316	0.0861	0.0446	0.0318	0.0181	0.0302	0.0181	0.0256	0.01	0.0148	0.01	0.0229
chr2R	60451	60684	chr2R:60452-60684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0315	0.053	0.0249	0.0148	0.0361	0.0369	0.0757	0.0613	0.0361	0.0127	0.0341	0.0127	0.0302	0.0092	0.0193	0.0092	0.0182
chr2R	73781	73989	chr2R:73782-73989	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.0636	0.0505	0.0461	0.0424	0.0558	0.0952	0.0573	0.0424	0.0676	0.0505	0.0676	0.0651	0.0559	0.0445	0.0559	0.0677
chr2R	74054	74232	chr2R:74055-74232	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0413	0.0415	0.0256	0.0244	0.0408	0.0554	0.0473	0.0244	0.0525	0.0412	0.0525	0.055	0.0214	0.0335	0.0214	0.0375
chr2R	75138	75389	chr2R:75139-75389	FBgn0262116	CG40127	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0936	0.0815	0.1046	0.095	0.052	0.0922	0.1008	0.0846	0.052	0.1316	0.1158	0.1316	0.0991	0.0972	0.1044	0.0972	0.1199
chr2R	75566	75762	chr2R:75567-75762	FBgn0262116	CG40127	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.163	0.1306	0.2044	0.1536	0.0859	0.1578	0.1315	0.1626	0.0859	0.2391	0.226	0.2391	0.2153	0.1639	0.1689	0.1639	0.1839
chr2R	76528	76679	chr2R:76529-76679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0303	0.0387	0.0266	0.0127	0.0379	0.035	0.03	0.0127	0.0356	0.0502	0.0356	0.0426	0.0337	0.0258	0.0337	0.0339
chr2R	79920	80088	chr2R:79921-80088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0341	0.034	0.0292	0.0201	0.0233	0.0541	0.0386	0.0201	0.0386	0.0386	0.0386	0.0426	0.0299	0.0251	0.0299	0.0349
chr2R	108664	109006	chr2R:108665-109006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0385	0.0444	0.0291	0.0212	0.0529	0.0363	0.0466	0.0212	0.0393	0.0585	0.0393	0.0519	0.0291	0.0438	0.0291	0.0297
chr2R	109570	109721	chr2R:109571-109721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0184	0.0182	0.0225	0.0142	0.0053	0.0175	0.0199	0.0247	0.0053	0.0272	0.028	0.0272	0.0201	0.0245	0.0148	0.0245	0.013
chr2R	111391	111739	chr2R:111392-111739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0567	0.0768	0.0671	0.0318	0.0718	0.0614	0.0573	0.0318	0.1002	0.0865	0.1002	0.079	0.0957	0.0677	0.0957	0.0917
chr2R	112587	112760	chr2R:112588-112760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0339	0.0286	0.0231	0.0201	0.035	0.0346	0.0493	0.0201	0.0296	0.0334	0.0296	0.0387	0.0306	0.0303	0.0306	0.0307
chr2R	129661	129918	chr2R:129662-129918	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0631	0.0532	0.0783	0.0574	0.0255	0.0563	0.0601	0.074	0.0255	0.0755	0.0955	0.0755	0.0813	0.0597	0.0458	0.0597	0.0771
chr2R	129933	130188	chr2R:129934-130188	FBgn0262117	IntS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0826	0.0692	0.101	0.0773	0.0233	0.0883	0.074	0.0899	0.0233	0.1111	0.1138	0.1111	0.103	0.0812	0.0651	0.0812	0.1068
chr2R	130194	130345	chr2R:130195-130345	FBgn0262117	IntS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.0547	0.0953	0.0681	0.0233	0.0699	0.0506	0.0713	0.0233	0.1087	0.1058	0.1087	0.1046	0.0766	0.0632	0.0766	0.0912
chr2R	130384	130582	chr2R:130385-130582	FBgn0262117	IntS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1453	0.117	0.1782	0.1408	0.0573	0.1544	0.1038	0.1592	0.0573	0.1969	0.1987	0.1969	0.1944	0.1485	0.1522	0.1485	0.1845
chr2R	130613	130829	chr2R:130614-130829	FBgn0262117	IntS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1299	0.1099	0.165	0.1138	0.0583	0.1398	0.099	0.1532	0.0583	0.1775	0.1833	0.1775	0.1867	0.098	0.1328	0.098	0.1433
chr2R	130869	131091	chr2R:130870-131091	FBgn0262117	IntS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0833	0.0705	0.1071	0.0714	0.0488	0.0893	0.0593	0.1006	0.0488	0.1039	0.1219	0.1039	0.1247	0.0574	0.089	0.0574	0.0922
chr2R	135260	135517	chr2R:135261-135517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.0419	0.0447	0.04	0.0191	0.0432	0.0528	0.0526	0.0191	0.0495	0.0482	0.0495	0.0573	0.0559	0.0426	0.0559	0.0578
chr2R	135817	136010	chr2R:135818-136010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0433	0.0394	0.0457	0.045	0.0233	0.0476	0.0454	0.044	0.0233	0.0489	0.0489	0.0489	0.0689	0.0574	0.0535	0.0574	0.0625
chr2R	136158	136414	chr2R:136159-136414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0682	0.0746	0.0595	0.0392	0.0806	0.0792	0.0799	0.0392	0.0773	0.0881	0.0773	0.0922	0.0827	0.0671	0.0827	0.0808
chr2R	148296	148788	chr2R:148297-148788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0524	0.0642	0.0349	0.0583	0.0286	0.0544	0.1086	0.0613	0.0286	0.0272	0.0412	0.0272	0.0403	0.0804	0.0477	0.0804	0.0542
chr2R	148960	149299	chr2R:148961-149299	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0752	0.0932	0.0504	0.0823	0.0636	0.0748	0.1449	0.0939	0.0636	0.0411	0.0498	0.0411	0.0519	0.062	0.0529	0.062	0.0735
chr2R	156439	156622	chr2R:156440-156622	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0365	0.0531	0.0332	0.0214	0.0414	0.049	0.0683	0.052	0.0414	0.029	0.0399	0.029	0.0426	0.0207	0.02	0.0207	0.0255
chr2R	158196	158496	chr2R:158197-158496	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.045	0.0307	0.0471	0.017	0.0393	0.0683	0.048	0.017	0.0187	0.0341	0.0187	0.0534	0.0168	0.0548	0.0168	0.0829
chr2R	158547	158698	chr2R:158548-158698	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0239	0.0252	0.0189	0.0279	0.0148	0.0223	0.0385	0.0193	0.0148	0.0133	0.0235	0.0133	0.0279	0.0191	0.029	0.0191	0.0479
chr2R	158807	158958	chr2R:158808-158958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0293	0.0341	0.0255	0.028	0.0138	0.0301	0.0497	0.036	0.0138	0.0223	0.0312	0.0223	0.0333	0.0237	0.0251	0.0237	0.0453
chr2R	159001	159220	chr2R:159002-159220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0342	0.0361	0.0313	0.0351	0.0233	0.032	0.0532	0.0353	0.0233	0.0217	0.0354	0.0217	0.0527	0.0184	0.038	0.0184	0.061
chr2R	159321	159573	chr2R:159322-159573	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0532	0.0499	0.0473	0.0635	0.0201	0.0476	0.0744	0.048	0.0201	0.0393	0.0559	0.0393	0.0604	0.0513	0.0767	0.0513	0.0954
chr2R	159768	159919	chr2R:159769-159919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0606	0.0682	0.0577	0.0553	0.0403	0.0709	0.0908	0.0626	0.0403	0.0525	0.0656	0.0525	0.0767	0.0429	0.0535	0.0429	0.0886
chr2R	159999	160205	chr2R:160000-160205	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.1191	0.1543	0.1041	0.0962	0.1166	0.1476	0.215	0.1352	0.1166	0.1008	0.1093	0.1008	0.1472	0.0766	0.0948	0.0766	0.1376
chr2R	172649	172843	chr2R:172650-172843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0366	0.0171	0.0152	0.017	0.0398	0.0554	0.0266	0.017	0.0133	0.0228	0.0133	0.0194	0.01	0.0148	0.01	0.0156
chr2R	181312	181463	chr2R:181313-181463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0243	0.0076	0.0054	0.0138	0.0083	0.0497	0.0207	0.0138	0.006	0.0087	0.006	0.0085	0.0031	0.0071	0.0031	0.0063
chr2R	196444	196596	chr2R:196445-196596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0176	0.0358	0.009	0.0067	0.0244	0.0301	0.0554	0.038	0.0244	0.0085	0.0074	0.0085	0.0132	0.0077	0.0052	0.0077	0.0078
chr2R	196813	197002	chr2R:196814-197002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.035	0.0718	0.018	0.0127	0.0562	0.0578	0.096	0.0799	0.0562	0.0145	0.0177	0.0145	0.0178	0.0069	0.0084	0.0069	0.0156
chr2R	197237	197420	chr2R:197238-197420	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0811	0.0166	0.0089	0.0742	0.0578	0.1142	0.0826	0.0742	0.0127	0.0203	0.0127	0.0201	0.0069	0.011	0.0069	0.012
chr2R	200795	200946	chr2R:200796-200946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0158	0.0284	0.0102	0.0079	0.0159	0.0155	0.0528	0.028	0.0159	0.0109	0.0106	0.0109	0.0116	0.0145	0.0052	0.0145	0.0057
chr2R	265040	265191	chr2R:265041-265191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0143	0.0255	0.0098	0.0067	0.017	0.0112	0.0528	0.018	0.017	0.0097	0.0113	0.0097	0.007	0.01	0.0045	0.01	0.0089
chr2R	266147	266344	chr2R:266148-266344	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0461	0.0187	0.0078	0.0361	0.034	0.058	0.0626	0.0361	0.0229	0.0212	0.0229	0.0209	0.0115	0.0039	0.0115	0.0068
chr2R	276754	276905	chr2R:276755-276905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0161	0.0246	0.0117	0.0114	0.0148	0.0204	0.0333	0.0253	0.0148	0.0079	0.0158	0.0079	0.0116	0.0115	0.0103	0.0115	0.0135
chr2R	277053	277253	chr2R:277054-277253	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0391	0.0141	0.0091	0.0276	0.0277	0.0463	0.0566	0.0276	0.0091	0.0193	0.0091	0.017	0.0123	0.0052	0.0123	0.0099
chr2R	277347	277498	chr2R:277348-277498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0163	0.0285	0.011	0.0085	0.0127	0.0209	0.0411	0.0366	0.0127	0.0127	0.0138	0.0127	0.0124	0.013	0.0097	0.013	0.0063
chr2R	283305	283456	chr2R:283306-283456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0167	0.0328	0.0091	0.007	0.017	0.0102	0.0735	0.0227	0.017	0.0109	0.0093	0.0109	0.0132	0.0061	0.0097	0.0061	0.0068
chr2R	284181	284332	chr2R:284182-284332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0119	0.0182	0.0091	0.0078	0.0064	0.0087	0.0424	0.0107	0.0064	0.0079	0.0103	0.0079	0.0124	0.0069	0.0116	0.0069	0.0068
chr2R	284547	284698	chr2R:284548-284698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0142	0.0234	0.0094	0.0092	0.0095	0.0083	0.0536	0.018	0.0095	0.0072	0.0109	0.0072	0.0147	0.0092	0.0084	0.0092	0.0099
chr2R	288571	288722	chr2R:288572-288722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0141	0.0255	0.0096	0.0061	0.0106	0.0078	0.0619	0.0153	0.0106	0.0054	0.0125	0.0054	0.0062	0.0084	0.0019	0.0084	0.0083
chr2R	289032	289183	chr2R:289033-289183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0137	0.0244	0.0093	0.0065	0.0095	0.0068	0.0584	0.0147	0.0095	0.0048	0.0122	0.0048	0.0093	0.0061	0.0052	0.0061	0.0094
chr2R	289640	289791	chr2R:289641-289791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0145	0.0263	0.0088	0.0077	0.0085	0.0126	0.0653	0.01	0.0085	0.0018	0.0125	0.0018	0.007	0.0069	0.0039	0.0069	0.0135
chr2R	299323	299474	chr2R:299324-299474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0133	0.0248	0.0095	0.0047	0.0127	0.0155	0.042	0.0213	0.0127	0.0127	0.009	0.0127	0.0108	0.0046	0.0019	0.0046	0.0052
chr2R	299567	299751	chr2R:299568-299751	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0282	0.0481	0.0187	0.0166	0.035	0.0301	0.0865	0.0433	0.035	0.0217	0.0196	0.0217	0.0217	0.0153	0.0148	0.0153	0.0151
chr2R	300943	301187	chr2R:300944-301187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0388	0.0156	0.0148	0.0308	0.0238	0.067	0.0286	0.0308	0.0139	0.0206	0.0139	0.0101	0.0199	0.011	0.0199	0.0151
chr2R	313704	313855	chr2R:313705-313855	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0183	0.0323	0.0147	0.0067	0.0308	0.0218	0.0506	0.0273	0.0308	0.0151	0.0161	0.0151	0.0155	0.0069	0.0084	0.0069	0.0068
chr2R	313936	314179	chr2R:313937-314179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0588	0.0236	0.0096	0.0604	0.0442	0.0874	0.0566	0.0604	0.0236	0.0273	0.0236	0.0271	0.0107	0.0097	0.0107	0.0115
chr2R	314315	314497	chr2R:314316-314497	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0508	0.0268	0.0118	0.0467	0.0427	0.077	0.0466	0.0467	0.0308	0.0283	0.0308	0.031	0.0107	0.0135	0.0107	0.0141
chr2R	316269	316420	chr2R:316270-316420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0294	0.0169	0.01	0.0276	0.015	0.0528	0.0247	0.0276	0.0169	0.0209	0.0169	0.0163	0.0153	0.0064	0.0153	0.0099
chr2R	335609	335768	chr2R:335610-335768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0415	0.025	0.0145	0.0361	0.0374	0.0554	0.044	0.0361	0.0278	0.027	0.0278	0.0279	0.0123	0.0219	0.0123	0.0172
chr2R	358215	358420	chr2R:358216-358420	FBgn0260798	Gprk1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.0955	0.1225	0.105	0.0647	0.1097	0.0969	0.1139	0.0647	0.1365	0.1386	0.1365	0.1239	0.0942	0.1154	0.0942	0.1303
chr2R	358511	358686	chr2R:358512-358686	FBgn0260798	Gprk1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2035	0.1888	0.2303	0.1904	0.1538	0.2092	0.2072	0.2145	0.1538	0.276	0.2605	0.276	0.2262	0.2014	0.2057	0.2014	0.2142
chr2R	358990	359202	chr2R:358991-359202	FBgn0260798	Gprk1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.169	0.1699	0.1923	0.1426	0.1474	0.1728	0.1877	0.1992	0.1474	0.2144	0.2164	0.2144	0.2045	0.147	0.1483	0.147	0.1584
chr2R	359375	359584	chr2R:359376-359584	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0601	0.0715	0.0648	0.0421	0.0477	0.0689	0.09	0.0833	0.0477	0.064	0.0695	0.064	0.0844	0.0406	0.0451	0.0406	0.0511
chr2R	360073	360224	chr2R:360074-360224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0271	0.0398	0.0246	0.0156	0.0297	0.0296	0.0575	0.0453	0.0297	0.0236	0.0286	0.0236	0.0263	0.0084	0.0193	0.0084	0.0162
chr2R	402709	402923	chr2R:402710-402923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0752	0.0621	0.0905	0.0731	0.0329	0.0801	0.0662	0.07	0.0329	0.1081	0.0958	0.1081	0.1263	0.0858	0.0677	0.0858	0.1079
chr2R	402965	403480	chr2R:402966-403480	FBgn0040007	RpL38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1553	0.133	0.1873	0.145	0.0859	0.1587	0.1414	0.1586	0.0859	0.2271	0.2096	0.2271	0.2115	0.147	0.1457	0.147	0.1996
chr2R	403582	403791	chr2R:403583-403791	FBgn0040007	RpL38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.0768	0.1212	0.0926	0.0562	0.0888	0.0809	0.0953	0.0562	0.151	0.1338	0.151	0.1239	0.108	0.089	0.108	0.1167
chr2R	403964	404156	chr2R:403965-404156	FBgn0040007	RpL38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2014	0.1864	0.2345	0.1817	0.1188	0.2146	0.1985	0.2265	0.1188	0.2917	0.2543	0.2917	0.2192	0.1868	0.1921	0.1868	0.2225
chr2R	404366	404784	chr2R:404367-404784	FBgn0040007	RpL38	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1658	0.1691	0.1912	0.1341	0.1198	0.1874	0.1864	0.1885	0.1198	0.2107	0.2119	0.2107	0.2037	0.1539	0.1412	0.1539	0.1584
chr2R	404824	405025	chr2R:404825-405025	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1222	0.12	0.1458	0.0987	0.1018	0.1325	0.1233	0.1426	0.1018	0.1739	0.1553	0.1739	0.1603	0.1072	0.1006	0.1072	0.1303
chr2R	405363	405614	chr2R:405364-405614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0661	0.0651	0.0774	0.055	0.0371	0.0752	0.0761	0.0759	0.0371	0.0918	0.0842	0.0918	0.0991	0.0605	0.0716	0.0605	0.0662
chr2R	406426	406577	chr2R:406427-406577	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0449	0.0222	0.0153	0.0265	0.033	0.0718	0.0473	0.0265	0.0211	0.0293	0.0211	0.0225	0.013	0.02	0.013	0.0146
chr2R	425327	425478	chr2R:425328-425478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0106	0.0227	0.0046	0.0038	0.0127	0.0141	0.0381	0.024	0.0127	0.0066	0.0055	0.0066	0.0031	0.0061	0.0032	0.0061	0.0026
chr2R	426206	426357	chr2R:426207-426357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0109	0.0227	0.0057	0.0035	0.0159	0.0107	0.0476	0.0107	0.0159	0.0042	0.0064	0.0042	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chr2R	427652	427803	chr2R:427653-427803	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0154	0.0323	0.008	0.0047	0.017	0.0209	0.0588	0.0293	0.017	0.0097	0.0064	0.0097	0.0101	0.0061	0.0052	0.0061	0.0047
chr2R	427937	428088	chr2R:427938-428088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0131	0.0257	0.0071	0.0057	0.0159	0.0175	0.0433	0.0247	0.0159	0.0048	0.008	0.0048	0.0085	0.0061	0.009	0.0061	0.0042
chr2R	431753	432070	chr2R:431754-432070	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0637	0.0803	0.0471	0.0308	0.0675	0.0653	0.0899	0.0308	0.0755	0.0961	0.0755	0.0984	0.0452	0.0542	0.0452	0.0625
chr2R	432153	432426	chr2R:432154-432426	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0986	0.1114	0.115	0.0664	0.0689	0.1209	0.1112	0.1459	0.0689	0.1111	0.1453	0.1111	0.1224	0.0773	0.0819	0.0773	0.0756
chr2R	432465	432616	chr2R:432466-432616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0618	0.058	0.0336	0.0403	0.0752	0.0567	0.0773	0.0403	0.055	0.0714	0.055	0.0643	0.0413	0.038	0.0413	0.0302
chr2R	432805	433225	chr2R:432806-433225	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0685	0.0847	0.0741	0.0443	0.052	0.0845	0.0817	0.1346	0.052	0.0737	0.0961	0.0737	0.0744	0.0513	0.0406	0.0513	0.0433
chr2R	433275	433548	chr2R:433276-433548	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0546	0.0647	0.0614	0.0359	0.0445	0.066	0.0567	0.1039	0.0445	0.0556	0.0852	0.0556	0.0581	0.0329	0.0374	0.0329	0.0406
chr2R	434058	434245	chr2R:434059-434245	FBgn0046692	Stlk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.0713	0.1251	0.1093	0.035	0.084	0.0644	0.1053	0.035	0.1377	0.1524	0.1377	0.1309	0.1164	0.1122	0.1164	0.135
chr2R	434351	434697	chr2R:434352-434697	FBgn0046692	Stlk	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.067	0.1193	0.1037	0.0255	0.0786	0.0649	0.0966	0.0255	0.122	0.1434	0.122	0.1348	0.1103	0.1115	0.1103	0.1344
chr2R	434798	435003	chr2R:434799-435003	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0707	0.0596	0.0886	0.0634	0.0424	0.0646	0.0627	0.072	0.0424	0.1033	0.1023	0.1033	0.0837	0.0766	0.0677	0.0766	0.0714
chr2R	435218	435369	chr2R:435219-435369	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0315	0.0453	0.0291	0.0223	0.0354	0.0285	0.0446	0.0223	0.0592	0.0508	0.0592	0.0449	0.0322	0.029	0.0322	0.0307
chr2R	437235	437465	chr2R:437236-437465	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.047	0.0882	0.0321	0.0173	0.0562	0.0995	0.1051	0.0926	0.0562	0.0537	0.0299	0.0537	0.0217	0.0168	0.0103	0.0168	0.0162
chr2R	437899	438060	chr2R:437900-438060	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0353	0.0684	0.0255	0.0091	0.0509	0.0738	0.0891	0.068	0.0509	0.032	0.0235	0.032	0.0341	0.0046	0.0064	0.0046	0.0099
chr2R	438530	438720	chr2R:438531-438720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0403	0.0236	0.0106	0.0392	0.0471	0.0463	0.04	0.0392	0.0308	0.0219	0.0308	0.031	0.0077	0.0097	0.0077	0.0146
chr2R	438820	439022	chr2R:438821-439022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0556	0.0306	0.0131	0.035	0.0553	0.0722	0.0626	0.035	0.0417	0.0299	0.0417	0.0325	0.0168	0.0116	0.0168	0.0177
chr2R	445901	446052	chr2R:445902-446052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0135	0.0223	0.0104	0.007	0.0074	0.0165	0.0407	0.0213	0.0074	0.0054	0.0129	0.0054	0.0155	0.0061	0.0064	0.0061	0.0094
chr2R	481178	481669	chr2R:481179-481669	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.1018	0.1072	0.1132	0.0833	0.0774	0.1121	0.1185	0.1352	0.0774	0.1389	0.1293	0.1389	0.1022	0.1041	0.0832	0.1041	0.0855
chr2R	481858	482035	chr2R:481859-482035	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0948	0.0952	0.1062	0.0819	0.0657	0.1068	0.0952	0.1299	0.0657	0.151	0.1119	0.151	0.1015	0.1087	0.0832	0.1087	0.0813
chr2R	482197	482348	chr2R:482198-482348	FBgn0260799	p120ctn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.029	0.0238	0.0331	0.0304	0.0095	0.0252	0.0329	0.0273	0.0095	0.0495	0.0315	0.0495	0.031	0.0436	0.0277	0.0436	0.0339
chr2R	482448	482599	chr2R:482449-482599	FBgn0260799	p120ctn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0541	0.0741	0.0468	0.0223	0.065	0.0657	0.066	0.0223	0.1002	0.081	0.1002	0.0596	0.059	0.0509	0.059	0.05
chr2R	482676	482868	chr2R:482677-482868	FBgn0260799	p120ctn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1448	0.1395	0.1706	0.1225	0.088	0.1495	0.1592	0.1632	0.088	0.2083	0.1913	0.2083	0.1665	0.147	0.1231	0.147	0.1355
chr2R	483162	483409	chr2R:483163-483409	FBgn0260799	p120ctn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.078	0.0634	0.0938	0.077	0.0498	0.068	0.0688	0.0766	0.0498	0.1027	0.108	0.1027	0.0868	0.0758	0.0864	0.0758	0.0844
chr2R	483494	483728	chr2R:483495-483728	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.049	0.0679	0.0563	0.0297	0.0568	0.0467	0.068	0.0297	0.0713	0.0788	0.0713	0.0666	0.0636	0.0548	0.0636	0.0526
chr2R	486952	487103	chr2R:486953-487103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0321	0.041	0.0327	0.0216	0.0244	0.0398	0.0493	0.0486	0.0244	0.0296	0.0383	0.0296	0.0318	0.0176	0.0245	0.0176	0.0276
chr2R	492553	492704	chr2R:492554-492704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0258	0.0244	0.0134	0.0138	0.0218	0.035	0.0333	0.0138	0.026	0.0334	0.026	0.0186	0.0107	0.0155	0.0107	0.013
chr2R	497390	498027	chr2R:497391-498027	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0792	0.1028	0.0802	0.0518	0.0689	0.0874	0.1341	0.1113	0.0689	0.0707	0.1068	0.0707	0.0813	0.0536	0.0613	0.0536	0.0604
chr2R	499684	499835	chr2R:499685-499835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0274	0.0268	0.0138	0.0138	0.0189	0.0428	0.0333	0.0138	0.0248	0.0357	0.0248	0.0263	0.0084	0.0148	0.0084	0.0214
chr2R	502696	502847	chr2R:502697-502847	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0495	0.0629	0.051	0.0327	0.0435	0.0558	0.0865	0.0653	0.0435	0.0556	0.0563	0.0556	0.0534	0.0383	0.0387	0.0383	0.0391
chr2R	502941	503092	chr2R:502942-503092	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0491	0.0622	0.0541	0.0291	0.0414	0.0539	0.0843	0.066	0.0414	0.0634	0.0566	0.0634	0.0542	0.0352	0.0316	0.0352	0.0334
chr2R	504020	504171	chr2R:504021-504171	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0486	0.0373	0.024	0.0339	0.0345	0.0727	0.0546	0.0339	0.032	0.0479	0.032	0.0325	0.0214	0.0309	0.0214	0.0302
chr2R	505730	506101	chr2R:505731-506101	FBgn0032997	CG17486	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.1421	0.1332	0.0884	0.105	0.1476	0.1717	0.1639	0.105	0.1455	0.1582	0.1455	0.1247	0.0911	0.1019	0.0911	0.1027
chr2R	506372	506564	chr2R:506373-506564	FBgn0032997	CG17486	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1901	0.1892	0.2188	0.1597	0.1347	0.2073	0.2215	0.2132	0.1347	0.2729	0.2399	0.2729	0.2014	0.1799	0.1567	0.1799	0.2043
chr2R	506675	506887	chr2R:506676-506887	FBgn0032997	CG17486	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1229	0.1186	0.1443	0.104	0.0785	0.133	0.1354	0.1379	0.0785	0.1715	0.1614	0.1715	0.134	0.121	0.0986	0.121	0.1313
chr2R	507039	507252	chr2R:507040-507252	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0619	0.0582	0.0697	0.0574	0.0297	0.065	0.0688	0.0766	0.0297	0.0761	0.0752	0.0761	0.0658	0.0567	0.0574	0.0567	0.0787
chr2R	507284	507601	chr2R:507285-507601	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0649	0.0698	0.0687	0.0554	0.0265	0.0709	0.0895	0.0879	0.0265	0.0743	0.0711	0.0743	0.0806	0.0536	0.0625	0.0536	0.073
chr2R	507731	507913	chr2R:507732-507913	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0512	0.0508	0.0565	0.0457	0.0265	0.0578	0.0588	0.062	0.0265	0.0592	0.0576	0.0592	0.079	0.026	0.0432	0.026	0.0896
chr2R	508092	508243	chr2R:508093-508243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0266	0.0283	0.0244	0.027	0.0053	0.032	0.032	0.0366	0.0053	0.0236	0.0267	0.0236	0.0318	0.0123	0.0258	0.0123	0.0552
chr2R	508348	508499	chr2R:508349-508499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0284	0.0252	0.0319	0.0283	0.0159	0.0257	0.0298	0.0306	0.0159	0.0308	0.0376	0.0308	0.0411	0.0176	0.0309	0.0176	0.0542
chr2R	514354	514505	chr2R:514355-514505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0167	0.0249	0.0154	0.0091	0.0053	0.017	0.0437	0.0266	0.0053	0.0163	0.0177	0.0163	0.0163	0.0069	0.0084	0.0069	0.013
chr2R	515316	515467	chr2R:515317-515467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0305	0.0217	0.0134	0.0106	0.0257	0.0484	0.034	0.0106	0.0211	0.0257	0.0211	0.0263	0.0123	0.0123	0.0123	0.0172
chr2R	515624	515794	chr2R:515625-515794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.041	0.0266	0.0167	0.0191	0.0388	0.061	0.0393	0.0191	0.0308	0.0289	0.0308	0.031	0.0153	0.0187	0.0153	0.0245
chr2R	515930	516081	chr2R:515931-516081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0302	0.0232	0.0162	0.0191	0.0272	0.0471	0.0233	0.0191	0.029	0.0238	0.029	0.0263	0.0168	0.0187	0.0168	0.0203
chr2R	521197	521366	chr2R:521198-521366	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0464	0.0183	0.0104	0.0297	0.0311	0.0779	0.0473	0.0297	0.0187	0.0225	0.0187	0.0194	0.0069	0.0116	0.0069	0.0141
chr2R	558243	558622	chr2R:558244-558622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.0804	0.1112	0.0652	0.0297	0.0956	0.0792	0.1219	0.0297	0.1244	0.1312	0.1244	0.1108	0.0697	0.06	0.0697	0.0698
chr2R	558812	559113	chr2R:558813-559113	FBgn0040005	CG17883	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1052	0.1112	0.1228	0.0791	0.0732	0.1252	0.1189	0.1379	0.0732	0.1437	0.1437	0.1437	0.1162	0.098	0.0606	0.098	0.0974
chr2R	559181	559377	chr2R:559182-559377	FBgn0040005	CG17883	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1442	0.1405	0.1695	0.1205	0.0891	0.1612	0.1427	0.1779	0.0891	0.2198	0.1814	0.2198	0.165	0.1462	0.1141	0.1462	0.1464
chr2R	559526	559759	chr2R:559527-559759	FBgn0040005	CG17883	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0971	0.1199	0.0816	0.0615	0.1024	0.0921	0.1432	0.0615	0.1467	0.1338	0.1467	0.1232	0.085	0.0838	0.085	0.1037
chr2R	559917	560601	chr2R:559918-560601	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.1021	0.1189	0.0765	0.0551	0.1243	0.0978	0.1346	0.0551	0.1401	0.1305	0.1401	0.1239	0.0888	0.0799	0.0888	0.0995
chr2R	564188	564339	chr2R:564189-564339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0269	0.0188	0.0082	0.0159	0.015	0.0463	0.0253	0.0159	0.0229	0.0212	0.0229	0.0209	0.0084	0.0103	0.0084	0.0078
chr2R	588810	589027	chr2R:588811-589027	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0379	0.0626	0.0371	0.0113	0.0509	0.0451	0.0904	0.066	0.0509	0.0483	0.0331	0.0483	0.0527	0.0069	0.0116	0.0069	0.0115
chr2R	589053	589393	chr2R:589054-589393	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0705	0.0377	0.0164	0.0604	0.0568	0.0965	0.0713	0.0604	0.0483	0.0386	0.0483	0.0411	0.0115	0.0187	0.0115	0.0135
chr2R	595134	595463	chr2R:595135-595463	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0384	0.0692	0.0284	0.0149	0.052	0.0626	0.093	0.0706	0.052	0.032	0.0331	0.032	0.0248	0.0145	0.0123	0.0145	0.0188
chr2R	595939	596240	chr2R:595940-596240	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0353	0.069	0.024	0.0102	0.0382	0.0689	0.096	0.0693	0.0382	0.0266	0.0289	0.0266	0.0217	0.0153	0.0084	0.0153	0.0115
chr2R	596499	596662	chr2R:596500-596662	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0538	0.0228	0.0111	0.0297	0.0505	0.083	0.0513	0.0297	0.026	0.0257	0.026	0.0209	0.0123	0.0116	0.0123	0.0115
chr2R	602402	602553	chr2R:602403-602553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0289	0.0234	0.0156	0.0212	0.0233	0.0454	0.032	0.0212	0.0217	0.0257	0.0217	0.0256	0.0145	0.0226	0.0145	0.0172
chr2R	602735	602907	chr2R:602736-602907	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.048	0.0226	0.0146	0.0308	0.0432	0.0735	0.042	0.0308	0.0199	0.0257	0.0199	0.0279	0.0123	0.0148	0.0123	0.0151
chr2R	608037	608251	chr2R:608038-608251	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0466	0.0247	0.0099	0.0424	0.0408	0.0584	0.0533	0.0424	0.0211	0.0325	0.0211	0.0256	0.0115	0.009	0.0115	0.013
chr2R	608407	608646	chr2R:608408-608646	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0535	0.0234	0.0097	0.0392	0.0471	0.0709	0.06	0.0392	0.0229	0.0289	0.0229	0.0201	0.0084	0.0129	0.0084	0.012
chr2R	612109	612260	chr2R:612110-612260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0393	0.0211	0.012	0.0223	0.0252	0.0657	0.042	0.0223	0.0193	0.0273	0.0193	0.0201	0.0123	0.0129	0.0123	0.0115
chr2R	615515	615666	chr2R:615516-615666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0309	0.0334	0.039	0.0192	0.0095	0.0325	0.0407	0.0406	0.0095	0.0423	0.0469	0.0423	0.0341	0.0222	0.029	0.0222	0.0203
chr2R	615870	616114	chr2R:615871-616114	FBgn0026401	Nipped-B	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.058	0.0614	0.0493	0.035	0.0544	0.0679	0.0786	0.035	0.067	0.0672	0.067	0.0658	0.0544	0.0587	0.0544	0.0594
chr2R	616450	616625	chr2R:616451-616625	FBgn0026401	Nipped-B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1539	0.1558	0.1751	0.1285	0.1209	0.1786	0.1691	0.1679	0.1209	0.218	0.1842	0.218	0.1813	0.1394	0.1341	0.1394	0.1527
chr2R	616712	616897	chr2R:616713-616897	FBgn0026401	Nipped-B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0859	0.1013	0.0985	0.0547	0.0721	0.1087	0.1194	0.1153	0.0721	0.1208	0.1055	0.1208	0.0991	0.0551	0.0496	0.0551	0.0667
chr2R	616992	617742	chr2R:616993-617742	FBgn0026401	Nipped-B	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.1282	0.1614	0.1387	0.0797	0.1007	0.1563	0.2059	0.1845	0.1007	0.1492	0.1495	0.1492	0.1634	0.0888	0.0735	0.0888	0.1006
chr2R	617745	618010	chr2R:617746-618010	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0619	0.093	0.0553	0.0343	0.0647	0.0835	0.1211	0.1026	0.0647	0.0598	0.0576	0.0598	0.0775	0.0352	0.0329	0.0352	0.049
chr2R	631763	631964	chr2R:631764-631964	FBgn0039994	CG17082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.124	0.088	0.1491	0.1366	0.052	0.133	0.061	0.1113	0.052	0.1727	0.1695	0.1727	0.1743	0.1539	0.1483	0.1539	0.1704
chr2R	632054	632250	chr2R:632055-632250	FBgn0039994	CG17082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0594	0.1119	0.1093	0.0361	0.0782	0.0502	0.0786	0.0361	0.1286	0.1305	0.1286	0.1232	0.1217	0.1244	0.1217	0.1334
chr2R	632293	632444	chr2R:632294-632444	FBgn0039994	CG17082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0329	0.0618	0.0621	0.0201	0.0466	0.0242	0.046	0.0201	0.0682	0.074	0.0682	0.0782	0.0636	0.0754	0.0636	0.0782
chr2R	632676	632924	chr2R:632677-632924	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0474	0.0356	0.0547	0.0525	0.018	0.0481	0.0355	0.0373	0.018	0.0598	0.0627	0.0598	0.0612	0.049	0.0593	0.049	0.0735
chr2R	632925	633080	chr2R:632926-633080	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0259	0.0358	0.0259	0.0148	0.0262	0.0294	0.036	0.0148	0.0368	0.0408	0.0368	0.0403	0.0299	0.0271	0.0299	0.0307
chr2R	647087	647238	chr2R:647088-647238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0148	0.019	0.0174	0.0042	0.015	0.0216	0.0153	0.0042	0.0139	0.0238	0.0139	0.0279	0.0123	0.0277	0.0123	0.0234
chr2R	647282	647477	chr2R:647283-647477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0198	0.0293	0.027	0.0074	0.0184	0.0294	0.0193	0.0074	0.0211	0.0395	0.0211	0.0356	0.0276	0.0348	0.0276	0.0344
chr2R	647553	647704	chr2R:647554-647704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0168	0.0256	0.0192	0.0074	0.017	0.026	0.0153	0.0074	0.0278	0.0312	0.0278	0.0263	0.0176	0.0251	0.0176	0.0271
chr2R	670320	670516	chr2R:670321-670516	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0552	0.0553	0.0731	0.0355	0.0403	0.0602	0.061	0.064	0.0403	0.0839	0.0743	0.0839	0.1007	0.0413	0.0348	0.0413	0.0422
chr2R	670558	671034	chr2R:670559-671034	FBgn0262970	CR43281	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0743	0.0784	0.0978	0.044	0.0488	0.082	0.0999	0.0826	0.0488	0.1105	0.1061	0.1105	0.1216	0.0467	0.0413	0.0467	0.0464
chr2R	675556	675990	chr2R:675557-675990	FBgn0250830	CG12547	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1349	0.1306	0.1621	0.11	0.0901	0.1447	0.1423	0.1559	0.0901	0.1975	0.1772	0.1975	0.1619	0.1172	0.1083	0.1172	0.1386
chr2R	676113	676322	chr2R:676114-676322	FBgn0250830	CG12547	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1707	0.1631	0.1985	0.1487	0.1357	0.1859	0.1579	0.1912	0.1357	0.2566	0.2132	0.2566	0.1952	0.17	0.136	0.17	0.1772
chr2R	676425	676631	chr2R:676426-676631	FBgn0250830	CG12547	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1432	0.1367	0.1747	0.1159	0.1071	0.1578	0.1406	0.1492	0.1071	0.2391	0.1804	0.2391	0.1797	0.1485	0.1057	0.1485	0.1261
chr2R	676696	676847	chr2R:676697-676847	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0573	0.0888	0.0543	0.035	0.0699	0.0571	0.0633	0.035	0.1123	0.0984	0.1123	0.079	0.0666	0.0522	0.0666	0.0573
chr2R	677079	677230	chr2R:677080-677230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0437	0.0395	0.0558	0.0351	0.0223	0.0505	0.0398	0.0486	0.0223	0.067	0.0675	0.067	0.048	0.0268	0.038	0.0268	0.0412
chr2R	682419	682570	chr2R:682420-682570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0117	0.0212	0.008	0.0052	0.0074	0.0107	0.0441	0.018	0.0074	0.0072	0.0096	0.0072	0.0093	0.0092	0.0052	0.0092	0.0036
chr2R	682729	682880	chr2R:682730-682880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0131	0.0228	0.0109	0.0047	0.0053	0.0155	0.0437	0.022	0.0053	0.0103	0.0125	0.0103	0.0147	0.0069	0.0064	0.0069	0.0036
chr2R	683074	683225	chr2R:683075-683225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0139	0.0249	0.0107	0.0052	0.0095	0.0136	0.0532	0.0153	0.0095	0.0072	0.0148	0.0072	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0031
chr2R	687685	687836	chr2R:687686-687836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0184	0.0272	0.0173	0.0099	0.0053	0.0194	0.0562	0.022	0.0053	0.0151	0.0209	0.0151	0.0178	0.0092	0.0129	0.0092	0.0146
chr2R	687920	688071	chr2R:687921-688071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0148	0.0211	0.0131	0.0097	0.0064	0.0126	0.0415	0.0213	0.0064	0.0085	0.018	0.0085	0.0139	0.0115	0.0129	0.0115	0.0078
chr2R	688089	688240	chr2R:688090-688240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.016	0.0223	0.0146	0.0106	0.0064	0.0141	0.0389	0.0286	0.0064	0.0079	0.0215	0.0079	0.0132	0.0115	0.0135	0.0115	0.0083
chr2R	688792	688943	chr2R:688793-688943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0255	0.0244	0.0241	0.0159	0.0306	0.0294	0.03	0.0159	0.0272	0.0283	0.0272	0.0294	0.0291	0.0303	0.0291	0.0276
chr2R	702826	703003	chr2R:702827-703003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0295	0.0283	0.0306	0.0295	0.0148	0.0243	0.0346	0.038	0.0148	0.0266	0.0405	0.0266	0.0333	0.0283	0.0219	0.0283	0.0448
chr2R	703053	703483	chr2R:703054-703483	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0552	0.0547	0.0623	0.048	0.0276	0.0529	0.0644	0.0706	0.0276	0.0525	0.0762	0.0525	0.086	0.0322	0.0522	0.0322	0.0813
chr2R	703505	704228	chr2R:703506-704228	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0702	0.0819	0.0742	0.0528	0.0509	0.0816	0.1073	0.0866	0.0509	0.07	0.0958	0.07	0.079	0.0421	0.0709	0.0421	0.0782
chr2R	710569	710932	chr2R:710570-710932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0845	0.0774	0.0966	0.0791	0.0435	0.0801	0.0952	0.0899	0.0435	0.1051	0.1042	0.1051	0.1022	0.0789	0.0928	0.0789	0.0823
chr2R	710989	711625	chr2R:710990-711625	FBgn0261387	CG17528	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.1508	0.2025	0.1657	0.0933	0.1733	0.1592	0.1952	0.0933	0.2397	0.2196	0.2397	0.1936	0.1508	0.1825	0.1508	0.209
chr2R	711747	711936	chr2R:711748-711936	FBgn0261387	CG17528	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1501	0.128	0.1793	0.1426	0.0923	0.1529	0.1276	0.1519	0.0923	0.2283	0.1974	0.2283	0.1634	0.1409	0.1425	0.1409	0.1912
chr2R	712075	712226	chr2R:712076-712226	FBgn0261387	CG17528	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0618	0.0561	0.0766	0.0518	0.0318	0.0694	0.0558	0.058	0.0318	0.093	0.0884	0.093	0.0751	0.0574	0.0503	0.0574	0.0735
chr2R	714663	714814	chr2R:714664-714814	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.053	0.075	0.0563	0.0308	0.0636	0.0506	0.0646	0.0308	0.0731	0.0945	0.0731	0.0852	0.0544	0.0683	0.0544	0.0735
chr2R	714853	715055	chr2R:714854-715055	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.1001	0.1308	0.101	0.0604	0.1257	0.0943	0.1199	0.0604	0.1244	0.1605	0.1244	0.151	0.111	0.1238	0.111	0.1193
chr2R	716195	716484	chr2R:716196-716484	FBgn0033000	CG14464	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0879	0.0754	0.1173	0.0696	0.0551	0.0762	0.0908	0.0879	0.0551	0.1425	0.137	0.1425	0.11	0.0735	0.06	0.0735	0.0813
chr2R	716633	716811	chr2R:716634-716811	FBgn0033000	CG14464	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1768	0.1473	0.2255	0.1562	0.0976	0.183	0.1384	0.1805	0.0976	0.276	0.2479	0.276	0.2401	0.1899	0.1496	0.1899	0.174
chr2R	716918	717124	chr2R:716919-717124	FBgn0033000	CG14464	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1141	0.0909	0.1461	0.1051	0.0445	0.1194	0.0861	0.1133	0.0445	0.1787	0.1624	0.1787	0.1534	0.1417	0.1019	0.1417	0.1172
chr2R	717517	717824	chr2R:717518-717824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.078	0.0723	0.0999	0.0603	0.0467	0.0772	0.083	0.0866	0.0467	0.1045	0.1074	0.1045	0.1356	0.0628	0.0587	0.0628	0.0761
chr2R	724441	724592	chr2R:724442-724592	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0155	0.0305	0.0084	0.0064	0.0255	0.0175	0.0597	0.018	0.0255	0.0085	0.0106	0.0085	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0089
chr2R	724904	725055	chr2R:724905-725055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0129	0.0228	0.009	0.0061	0.0159	0.0165	0.0441	0.0147	0.0159	0.0079	0.0106	0.0079	0.0116	0.0084	0.0045	0.0084	0.0083
chr2R	725247	725398	chr2R:725248-725398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0126	0.0221	0.0088	0.0061	0.0276	0.0146	0.0398	0.0107	0.0276	0.0085	0.01	0.0085	0.0101	0.0092	0.0071	0.0092	0.0057
chr2R	725477	725628	chr2R:725478-725628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0161	0.033	0.0091	0.0047	0.0339	0.0131	0.0688	0.0167	0.0339	0.0085	0.0116	0.0085	0.0108	0.0061	0.0032	0.0061	0.0063
chr2R	725802	725953	chr2R:725803-725953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0107	0.0167	0.0102	0.0045	0.0085	0.0107	0.032	0.0093	0.0085	0.0103	0.0119	0.0103	0.0108	0.0046	0.0039	0.0046	0.0042
chr2R	757657	757808	chr2R:757658-757808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0092	0.0193	0.0047	0.0029	0.0117	0.0058	0.0489	0.006	0.0117	0.0036	0.0045	0.0036	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0026
chr2R	757909	758060	chr2R:757910-758060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0094	0.0207	0.0038	0.0028	0.0138	0.0063	0.0502	0.0067	0.0138	0.0036	0.0045	0.0036	0.0046	0.0038	0.0039	0.0038	5e-04
chr2R	763356	763562	chr2R:763357-763562	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0176	0.0446	0.0043	0.0021	0.0424	0.0102	0.1042	0.0247	0.0424	0.0054	0.0029	0.0054	0.0062	0.0031	0.0013	0.0031	0.0026
chr2R	793258	793409	chr2R:793259-793409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.015	0.0208	0.0128	0.0109	0.0095	0.0189	0.0307	0.0193	0.0095	0.0127	0.0151	0.0127	0.0155	0.0092	0.0135	0.0092	0.0115
chr2R	828043	828220	chr2R:828044-828220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0484	0.014	0.0091	0.0392	0.0267	0.0792	0.0553	0.0392	0.0145	0.017	0.0145	0.0201	0.0054	0.0129	0.0054	0.012
chr2R	833581	833732	chr2R:833582-833732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	2to4_Clade3	0.0124	0.0233	0.0058	0.0074	0.0085	0.0141	0.0454	0.0213	0.0085	0.0079	0.0064	0.0079	0.0054	0.0092	0.0071	0.0092	0.0078
chr2R	884197	884348	chr2R:884198-884348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0093	0.0182	0.0061	0.0028	0.0106	0.0049	0.0458	0.008	0.0106	0.0048	0.0074	0.0048	0.0077	0.0038	0	0.0038	0.0042
chr2R	924244	924395	chr2R:924245-924395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade1	0.0136	0.0272	0.006	0.007	0.0148	0.0277	0.0346	0.026	0.0148	0.006	0.0061	0.006	0.007	0.0046	0.0103	0.0046	0.0078
chr2R	949354	949505	chr2R:949355-949505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0149	0.036	0.0046	0.0026	0.0233	0.017	0.0796	0.0193	0.0233	0.0036	0.0042	0.0036	0.007	0.0038	0.0013	0.0038	0.0016
chr2R	957582	957733	chr2R:957583-957733	FBgn0013348	TpnC41C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.0131	0.011	0.0159	0.0053	0.0121	0.0203	0.012	0.0053	0.0127	0.0119	0.0127	0.0139	0.0368	0.0161	0.0368	0.013
chr2R	962526	962677	chr2R:962527-962677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0139	0.0242	0.0096	0.0072	0.0127	0.0165	0.0415	0.02	0.0127	0.0079	0.0109	0.0079	0.0108	0.0084	0.0071	0.0084	0.0078
chr2R	973418	973625	chr2R:973419-973625	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.045	0.01	0.0072	0.0392	0.0214	0.0908	0.026	0.0392	0.0085	0.0122	0.0085	0.0101	0.0061	0.0077	0.0061	0.0099
chr2R	975801	976024	chr2R:975802-976024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.059	0.0661	0.06	0.0499	0.0371	0.066	0.0848	0.0759	0.0371	0.0489	0.0695	0.0489	0.0953	0.0391	0.06	0.0391	0.0683
chr2R	976218	976389	chr2R:976219-976389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0475	0.0345	0.0522	0.0568	0.0159	0.0379	0.0337	0.0526	0.0159	0.0501	0.0569	0.0501	0.0782	0.0559	0.0683	0.0559	0.075
chr2R	977687	977888	chr2R:977688-977888	FBgn0033005	CG3107	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0987	0.0894	0.1151	0.0912	0.0573	0.1034	0.0995	0.0999	0.0573	0.1316	0.1318	0.1316	0.1154	0.1026	0.0941	0.1026	0.111
chr2R	977960	978158	chr2R:977961-978158	FBgn0033005	CG3107	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1678	0.1504	0.1967	0.1554	0.087	0.1694	0.1644	0.1752	0.087	0.2379	0.2296	0.2379	0.1828	0.1692	0.1593	0.1692	0.1886
chr2R	978185	978387	chr2R:978186-978387	FBgn0033005	CG3107	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1274	0.116	0.1451	0.1209	0.0647	0.1359	0.1233	0.1372	0.0647	0.1739	0.1621	0.1739	0.1472	0.1371	0.1231	0.1371	0.147
chr2R	978485	978851	chr2R:978486-978851	FBgn0033005	CG3107	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1105	0.1476	0.1111	0.0551	0.1413	0.112	0.1319	0.0551	0.1685	0.1601	0.1685	0.1534	0.1263	0.1219	0.1263	0.124
chr2R	978901	979110	chr2R:978902-979110	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0731	0.0623	0.0953	0.0607	0.0233	0.0811	0.0606	0.0906	0.0233	0.1111	0.1006	0.1111	0.0922	0.0613	0.0683	0.0613	0.0719
chr2R	979884	980145	chr2R:979885-980145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0397	0.0587	0.0371	0.0213	0.0382	0.0515	0.0779	0.066	0.0382	0.0459	0.0412	0.0459	0.0434	0.0237	0.0161	0.0237	0.0302
chr2R	983118	983269	chr2R:983119-983269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0259	0.0358	0.0259	0.0064	0.032	0.0329	0.0286	0.0064	0.0278	0.0421	0.0278	0.0418	0.0329	0.0245	0.0329	0.0307
chr2R	1001535	1001707	chr2R:1001536-1001707	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0335	0.0383	0.0405	0.0205	0.0138	0.0442	0.042	0.0453	0.0138	0.032	0.0453	0.032	0.0612	0.0191	0.0239	0.0191	0.0193
chr2R	1001973	1002329	chr2R:1001974-1002329	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.075	0.0952	0.0542	0.0265	0.0913	0.0865	0.0966	0.0265	0.0761	0.119	0.0761	0.1177	0.0551	0.069	0.0551	0.0641
chr2R	1002364	1002586	chr2R:1002365-1002586	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0536	0.0703	0.0411	0.0212	0.0626	0.0571	0.0693	0.0212	0.0725	0.0887	0.0725	0.0736	0.0467	0.0426	0.0467	0.0495
chr2R	1003631	1003782	chr2R:1003632-1003782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0381	0.0365	0.0223	0.017	0.0383	0.0394	0.0546	0.017	0.0368	0.0441	0.0368	0.0395	0.0222	0.0168	0.0222	0.0334
chr2R	1003919	1004186	chr2R:1003920-1004186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0608	0.0756	0.0408	0.0276	0.0743	0.0623	0.0746	0.0276	0.0803	0.0936	0.0803	0.0728	0.0406	0.0477	0.0406	0.0542
chr2R	1004230	1004381	chr2R:1004231-1004381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0405	0.0472	0.0468	0.0259	0.0233	0.0476	0.0545	0.06	0.0233	0.0453	0.0569	0.0453	0.0534	0.023	0.0303	0.023	0.0344
chr2R	1006754	1006905	chr2R:1006755-1006905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0357	0.0507	0.0381	0.0163	0.0382	0.0466	0.0666	0.052	0.0382	0.0314	0.0502	0.0314	0.0395	0.0115	0.0142	0.0115	0.0261
chr2R	1009181	1009391	chr2R:1009182-1009391	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1249	0.124	0.1312	0.1191	0.0891	0.1379	0.141	0.1446	0.0891	0.1649	0.1415	0.1649	0.1239	0.1271	0.1393	0.1271	0.1417
chr2R	1009398	1009549	chr2R:1009399-1009549	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0941	0.0884	0.1102	0.0829	0.0541	0.1049	0.0982	0.1006	0.0541	0.1401	0.1225	0.1401	0.0968	0.0904	0.0851	0.0904	0.1047
chr2R	1009666	1009841	chr2R:1009667-1009841	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1563	0.1363	0.189	0.1429	0.0954	0.1621	0.1449	0.1519	0.0954	0.2289	0.2106	0.2289	0.172	0.1516	0.1406	0.1516	0.1699
chr2R	1010101	1010252	chr2R:1010102-1010252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0539	0.049	0.072	0.0395	0.0276	0.0636	0.0489	0.06	0.0276	0.0713	0.0868	0.0713	0.062	0.0314	0.0471	0.0314	0.0453
chr2R	1010372	1010588	chr2R:1010373-1010588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0741	0.086	0.0794	0.0549	0.0594	0.0913	0.0926	0.1053	0.0594	0.0918	0.0916	0.0918	0.0736	0.0544	0.058	0.0544	0.0714
chr2R	1014072	1014249	chr2R:1014073-1014249	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0689	0.0765	0.0746	0.054	0.0424	0.101	0.0636	0.1039	0.0424	0.0978	0.0814	0.0978	0.0674	0.0528	0.0593	0.0528	0.0542
chr2R	1014747	1015177	chr2R:1014748-1015177	FBgn0262901	CR43256	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0806	0.0939	0.0819	0.0445	0.0908	0.0895	0.1053	0.0445	0.1184	0.1071	0.1184	0.0883	0.0911	0.0799	0.0911	0.1058
chr2R	1015302	1015622	chr2R:1015303-1015622	FBgn0026238	gus	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1063	0.0879	0.1214	0.1104	0.071	0.1044	0.0839	0.1106	0.071	0.1522	0.127	0.1522	0.1224	0.1225	0.1161	0.1225	0.1485
chr2R	1015755	1015943	chr2R:1015756-1015943	FBgn0026238	gus	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1073	0.1758	0.1372	0.0647	0.1427	0.1016	0.1292	0.0647	0.2101	0.191	0.2101	0.1611	0.1524	0.1418	0.1524	0.1714
chr2R	1016498	1016670	chr2R:1016499-1016670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0495	0.0508	0.0333	0.0297	0.0529	0.0597	0.06	0.0297	0.0519	0.0579	0.0519	0.0503	0.0276	0.0342	0.0276	0.036
chr2R	1016949	1017310	chr2R:1016950-1017310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0661	0.0763	0.05	0.0339	0.0738	0.0727	0.0893	0.0339	0.0761	0.0871	0.0761	0.0806	0.049	0.0593	0.049	0.0459
chr2R	1017322	1017473	chr2R:1017323-1017473	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0413	0.0424	0.0212	0.0148	0.0471	0.0515	0.0506	0.0148	0.0417	0.0495	0.0417	0.0519	0.0214	0.0239	0.0214	0.0214
chr2R	1026335	1026486	chr2R:1026336-1026486	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0363	0.0159	0.0082	0.0286	0.0262	0.0627	0.0326	0.0286	0.0079	0.0193	0.0079	0.0225	0.0069	0.0103	0.0069	0.0078
chr2R	1028846	1029011	chr2R:1028847-1029011	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0309	0.0269	0.0305	0.0358	0.0085	0.0262	0.035	0.0366	0.0085	0.0139	0.0402	0.0139	0.0511	0.0191	0.0329	0.0191	0.0464
chr2R	1031152	1031303	chr2R:1031153-1031303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0385	0.0415	0.0389	0.0159	0.0456	0.0446	0.0506	0.0159	0.0393	0.0479	0.0393	0.0465	0.0421	0.0451	0.0421	0.0417
chr2R	1031313	1031514	chr2R:1031314-1031514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0571	0.0679	0.0614	0.0318	0.0675	0.0571	0.0746	0.0318	0.0574	0.0855	0.0574	0.0744	0.0582	0.0754	0.0582	0.0724
chr2R	1031652	1031879	chr2R:1031653-1031879	FBgn0033010	Atf6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0528	0.0603	0.0398	0.0318	0.0655	0.0497	0.0686	0.0318	0.0676	0.0727	0.0676	0.0496	0.0436	0.0522	0.0436	0.0365
chr2R	1032053	1032513	chr2R:1032054-1032513	FBgn0033010	Atf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1466	0.1231	0.1703	0.1469	0.0891	0.1568	0.1016	0.1606	0.0891	0.189	0.1987	0.189	0.1743	0.1616	0.1651	0.1616	0.1839
chr2R	1032743	1032954	chr2R:1032744-1032954	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0441	0.0491	0.0441	0.0233	0.0544	0.0441	0.0553	0.0233	0.0411	0.0601	0.0411	0.0596	0.0452	0.0451	0.0452	0.0558
chr2R	1036795	1036955	chr2R:1036796-1036955	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0467	0.0266	0.0173	0.035	0.0437	0.0571	0.058	0.035	0.0302	0.0312	0.0302	0.0263	0.0199	0.0226	0.0199	0.0234
chr2R	1037320	1037753	chr2R:1037321-1037753	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0465	0.0677	0.0459	0.0235	0.052	0.0592	0.0861	0.0853	0.052	0.055	0.0547	0.055	0.0434	0.0276	0.0264	0.0276	0.0297
chr2R	1037815	1038025	chr2R:1037816-1038025	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0644	0.0449	0.0163	0.0424	0.0641	0.0714	0.0853	0.0424	0.0562	0.0534	0.0562	0.038	0.0207	0.0168	0.0207	0.0208
chr2R	1038078	1038229	chr2R:1038079-1038229	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0323	0.028	0.011	0.0233	0.0291	0.0394	0.0393	0.0233	0.026	0.0328	0.026	0.031	0.0123	0.0097	0.0123	0.0162
chr2R	1042601	1042752	chr2R:1042602-1042752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0149	0.0145	0.0147	0.0156	0.0074	0.015	0.0195	0.0113	0.0074	0.0097	0.0196	0.0097	0.0178	0.0123	0.0206	0.0123	0.025
chr2R	1048223	1048436	chr2R:1048224-1048436	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0378	0.0159	0.01	0.0212	0.0248	0.0644	0.0326	0.0212	0.0121	0.0209	0.0121	0.0186	0.0107	0.0071	0.0107	0.0151
chr2R	1060041	1060192	chr2R:1060042-1060192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0163	0.0264	0.0127	0.0089	0.0159	0.0199	0.0467	0.0207	0.0159	0.0127	0.0148	0.0127	0.0108	0.0038	0.0129	0.0038	0.0115
chr2R	1071109	1071339	chr2R:1071110-1071339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.054	0.083	0.031	0.0468	0.0626	0.0898	0.1003	0.0819	0.0626	0.038	0.0325	0.038	0.0294	0.0674	0.0426	0.0674	0.0438
chr2R	1071385	1071816	chr2R:1071386-1071816	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0919	0.125	0.0555	0.0948	0.0764	0.1485	0.1471	0.1206	0.0764	0.0785	0.0453	0.0785	0.0573	0.1355	0.0574	0.1355	0.0829
chr2R	1071896	1072047	chr2R:1071897-1072047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0395	0.0446	0.0277	0.0468	0.0286	0.0563	0.0484	0.0433	0.0286	0.0465	0.0222	0.0465	0.0294	0.0942	0.0239	0.0942	0.038
chr2R	1072288	1072571	chr2R:1072289-1072571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.039	0.0507	0.0317	0.0338	0.035	0.0563	0.0506	0.0613	0.035	0.0399	0.0322	0.0399	0.0318	0.0567	0.0251	0.0567	0.0281
chr2R	1080029	1080180	chr2R:1080030-1080180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.018	0.0322	0.0138	0.0067	0.017	0.0257	0.0493	0.0326	0.017	0.0121	0.017	0.0121	0.0178	0.0069	0.0052	0.0069	0.0089
chr2R	1086704	1086855	chr2R:1086705-1086855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0349	0.0166	0.0084	0.0297	0.0267	0.0567	0.0333	0.0297	0.0211	0.0196	0.0211	0.017	0.0077	0.0077	0.0077	0.0099
chr2R	1087906	1088057	chr2R:1087907-1088057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0297	0.0209	0.0143	0.0201	0.016	0.0549	0.026	0.0201	0.0199	0.0228	0.0199	0.0163	0.0123	0.0142	0.0123	0.0115
chr2R	1092972	1093123	chr2R:1092973-1093123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0152	0.0253	0.0117	0.0078	0.0138	0.017	0.0407	0.0286	0.0138	0.0115	0.0145	0.0115	0.0124	0.0054	0.0064	0.0054	0.0109
chr2R	1110969	1111161	chr2R:1110970-1111161	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0599	0.0188	0.0086	0.0403	0.0267	0.1211	0.042	0.0403	0.0187	0.0206	0.0187	0.0209	0.0107	0.009	0.0107	0.0068
chr2R	1111463	1111614	chr2R:1111464-1111614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0211	0.0409	0.0155	0.0052	0.0286	0.0243	0.0679	0.0433	0.0286	0.0133	0.0219	0.0133	0.0147	0.0031	0.0052	0.0031	0.0089
chr2R	1127447	1127868	chr2R:1127448-1127868	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0624	0.121	0.0419	0.0194	0.1188	0.1083	0.1635	0.1173	0.1188	0.038	0.0482	0.038	0.0488	0.0161	0.0135	0.0161	0.0307
chr2R	1128889	1129308	chr2R:1128890-1129308	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0715	0.1257	0.0552	0.0287	0.1156	0.099	0.176	0.1246	0.1156	0.0513	0.0566	0.0513	0.0767	0.0245	0.0322	0.0245	0.0339
chr2R	1137561	1137712	chr2R:1137562-1137712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0279	0.0253	0.0383	0.0195	0.0127	0.0272	0.0255	0.034	0.0127	0.0453	0.0424	0.0453	0.0333	0.0168	0.0322	0.0168	0.0208
chr2R	1137953	1138104	chr2R:1137954-1138104	FBgn0053554	Nipped-A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0384	0.0348	0.0456	0.0345	0.018	0.0383	0.0363	0.0486	0.018	0.0441	0.0611	0.0441	0.0418	0.036	0.0393	0.036	0.0464
chr2R	1138134	1138285	chr2R:1138135-1138285	FBgn0053554	Nipped-A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0495	0.0716	0.0526	0.0318	0.0617	0.045	0.0693	0.0318	0.0803	0.0823	0.0803	0.072	0.0459	0.058	0.0459	0.0724
chr2R	1138438	1138679	chr2R:1138439-1138679	FBgn0053554	Nipped-A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1595	0.1336	0.2011	0.1427	0.0848	0.185	0.1094	0.1639	0.0848	0.2542	0.2212	0.2542	0.1998	0.1524	0.1522	0.1524	0.1714
chr2R	1138817	1139001	chr2R:1138818-1139001	FBgn0053554	Nipped-A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0753	0.0588	0.0944	0.0727	0.0255	0.0772	0.0484	0.0786	0.0255	0.1292	0.0981	0.1292	0.1007	0.0789	0.0812	0.0789	0.0823
chr2R	1139356	1139719	chr2R:1139357-1139719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0474	0.0518	0.0476	0.0212	0.0563	0.0497	0.0573	0.0212	0.0598	0.0605	0.0598	0.0519	0.049	0.0503	0.049	0.0589
chr2R	1146427	1146771	chr2R:1146428-1146771	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0614	0.0475	0.069	0.0685	0.0308	0.0466	0.0571	0.0546	0.0308	0.0773	0.0862	0.0773	0.0635	0.0942	0.078	0.0942	0.075
chr2R	1146915	1147233	chr2R:1146916-1147233	FBgn0033015	d4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0843	0.0555	0.0915	0.1085	0.0265	0.0728	0.0528	0.0666	0.0265	0.0948	0.1103	0.0948	0.1069	0.1378	0.1283	0.1378	0.112
chr2R	1147319	1147519	chr2R:1147320-1147519	FBgn0033015	d4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0706	0.0467	0.0768	0.0904	0.0286	0.0612	0.0398	0.0593	0.0286	0.0827	0.0891	0.0827	0.0899	0.1011	0.1219	0.1011	0.0902
chr2R	1147620	1147880	chr2R:1147621-1147880	FBgn0033015	d4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0405	0.0626	0.0702	0.0286	0.0515	0.0372	0.052	0.0286	0.0622	0.074	0.0622	0.072	0.0758	0.089	0.0758	0.0855
chr2R	1148123	1148295	chr2R:1148124-1148295	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1047	0.0978	0.1213	0.094	0.0679	0.116	0.0995	0.1306	0.0679	0.1371	0.1418	0.1371	0.11	0.0995	0.1044	0.0995	0.1068
chr2R	1148435	1148678	chr2R:1148436-1148678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0621	0.0626	0.0433	0.0371	0.0689	0.0662	0.0853	0.0371	0.0652	0.0762	0.0652	0.0542	0.0475	0.0535	0.0475	0.0412
chr2R	1152514	1152699	chr2R:1152515-1152699	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0203	0.0391	0.0102	0.0104	0.0276	0.0199	0.0848	0.026	0.0276	0.0072	0.0129	0.0072	0.0124	0.0077	0.0142	0.0077	0.0094
chr2R	1152840	1152991	chr2R:1152841-1152991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0159	0.0283	0.0123	0.006	0.017	0.0141	0.0623	0.0153	0.017	0.0127	0.0138	0.0127	0.0155	0.0023	0.0077	0.0023	0.0073
chr2R	1153653	1153804	chr2R:1153654-1153804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0119	0.0226	0.0069	0.0054	0.0095	0.0102	0.0532	0.0133	0.0095	0.006	0.0093	0.006	0.0054	0.0023	0.009	0.0023	0.0068
chr2R	1153932	1154083	chr2R:1153933-1154083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0165	0.034	0.0076	0.0067	0.0191	0.0136	0.0783	0.0233	0.0191	0.0091	0.008	0.0091	0.0085	0.0077	0.0077	0.0077	0.0083
chr2R	1169868	1170019	chr2R:1169869-1170019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0125	0.0223	0.008	0.0064	0.0191	0.0102	0.0428	0.0173	0.0191	0.0103	0.0087	0.0103	0.007	0.0061	0.0039	0.0061	0.0109
chr2R	1170124	1170275	chr2R:1170125-1170275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.022	0.0445	0.0081	0.012	0.0371	0.0354	0.0761	0.0313	0.0371	0.0121	0.0087	0.0121	0.0085	0.0077	0.009	0.0077	0.0167
chr2R	1180264	1180415	chr2R:1180265-1180415	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0308	0.046	0.0278	0.0171	0.0276	0.0442	0.0541	0.0533	0.0276	0.0248	0.0367	0.0248	0.0256	0.013	0.0245	0.013	0.0214
chr2R	1180725	1180897	chr2R:1180726-1180897	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0499	0.0551	0.0397	0.035	0.0558	0.0528	0.0646	0.035	0.067	0.0662	0.067	0.0434	0.0406	0.0368	0.0406	0.0485
chr2R	1180898	1181076	chr2R:1180899-1181076	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0628	0.0608	0.074	0.0528	0.0329	0.0675	0.0748	0.0693	0.0329	0.0888	0.0839	0.0888	0.0674	0.0597	0.0548	0.0597	0.0547
chr2R	1181155	1181351	chr2R:1181156-1181351	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.1165	0.1596	0.1267	0.0795	0.1311	0.1302	0.1386	0.0795	0.1902	0.1717	0.1902	0.1658	0.124	0.1438	0.124	0.1485
chr2R	1181430	1181634	chr2R:1181431-1181634	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1737	0.1582	0.2022	0.1599	0.1198	0.1791	0.17	0.1799	0.1198	0.2645	0.2116	0.2645	0.1967	0.1677	0.1786	0.1677	0.1871
chr2R	1181778	1182324	chr2R:1181779-1182324	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1364	0.1533	0.1495	0.103	0.0976	0.1471	0.1968	0.1712	0.0976	0.1926	0.163	0.1926	0.127	0.0995	0.1193	0.0995	0.1225
chr2R	1182340	1182648	chr2R:1182341-1182648	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0736	0.1083	0.0717	0.037	0.0912	0.0913	0.1488	0.1159	0.0912	0.0773	0.0836	0.0773	0.0558	0.036	0.0387	0.036	0.05
chr2R	1182697	1182901	chr2R:1182698-1182901	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0739	0.0471	0.0226	0.0498	0.0714	0.106	0.0799	0.0498	0.0447	0.0585	0.0447	0.0442	0.026	0.0206	0.026	0.0297
chr2R	1183077	1183228	chr2R:1183078-1183228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0345	0.0452	0.0373	0.0194	0.0265	0.0393	0.0644	0.0506	0.0265	0.0368	0.0457	0.0368	0.0349	0.0153	0.0168	0.0153	0.0307
chr2R	1185876	1186027	chr2R:1185877-1186027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0346	0.0491	0.0294	0.024	0.0223	0.035	0.074	0.058	0.0223	0.0296	0.0344	0.0296	0.0333	0.026	0.0277	0.026	0.0182
chr2R	1186138	1186310	chr2R:1186139-1186310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0337	0.0511	0.0284	0.0202	0.052	0.0306	0.0753	0.058	0.052	0.0272	0.0357	0.0272	0.031	0.0222	0.0316	0.0222	0.012
chr2R	1188722	1188873	chr2R:1188723-1188873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0345	0.0194	0.0185	0.018	0.0311	0.0463	0.042	0.018	0.0193	0.0267	0.0193	0.0101	0.0184	0.0264	0.0184	0.0172
chr2R	1189097	1189248	chr2R:1189098-1189248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0283	0.0185	0.0199	0.0138	0.0257	0.0372	0.038	0.0138	0.0127	0.027	0.0127	0.0217	0.0253	0.0277	0.0253	0.0219
chr2R	1191738	1191889	chr2R:1191739-1191889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0467	0.0501	0.0467	0.043	0.0276	0.0592	0.0519	0.064	0.0276	0.0423	0.0601	0.0423	0.0457	0.0597	0.0426	0.0597	0.0443
chr2R	1193114	1193265	chr2R:1193115-1193265	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0373	0.0431	0.0437	0.0238	0.0159	0.0393	0.0545	0.0593	0.0159	0.0477	0.0495	0.0477	0.0465	0.0299	0.0245	0.0299	0.0287
chr2R	1194189	1194401	chr2R:1194190-1194401	FBgn0261403	sxc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0723	0.0683	0.0853	0.0625	0.0414	0.0811	0.067	0.0866	0.0414	0.0773	0.1087	0.0773	0.093	0.0697	0.0651	0.0697	0.0714
chr2R	1194634	1194819	chr2R:1194635-1194819	FBgn0261403	sxc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1507	0.131	0.1746	0.1466	0.1071	0.1587	0.1129	0.1646	0.1071	0.2083	0.1923	0.2083	0.172	0.1493	0.1631	0.1493	0.1662
chr2R	1194939	1195210	chr2R:1194940-1195210	FBgn0261403	sxc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1471	0.12	0.1746	0.1472	0.0901	0.1461	0.1047	0.1559	0.0901	0.2065	0.1923	0.2065	0.1758	0.1524	0.1425	0.1524	0.1829
chr2R	1195222	1195408	chr2R:1195223-1195408	FBgn0261403	sxc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.073	0.1029	0.0845	0.0541	0.0864	0.0666	0.0933	0.0541	0.1153	0.119	0.1153	0.1061	0.0949	0.0735	0.0949	0.1053
chr2R	1195534	1195685	chr2R:1195535-1195685	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0491	0.0441	0.0539	0.0493	0.0265	0.0505	0.0428	0.0586	0.0265	0.067	0.0646	0.067	0.0426	0.0551	0.0477	0.0551	0.0578
chr2R	1196263	1196454	chr2R:1196264-1196454	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0758	0.0509	0.0259	0.0689	0.0626	0.1047	0.0766	0.0689	0.058	0.0579	0.058	0.0449	0.0329	0.0226	0.0329	0.0302
chr2R	1207832	1207983	chr2R:1207833-1207983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0237	0.0192	0.0091	0.0074	0.0189	0.0363	0.0273	0.0074	0.0187	0.026	0.0187	0.0163	0.0107	0.0116	0.0107	0.0089
chr2R	1208083	1208263	chr2R:1208084-1208263	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0475	0.0181	0.0093	0.0361	0.0306	0.074	0.0473	0.0361	0.0199	0.0186	0.0199	0.0201	0.0107	0.009	0.0107	0.012
chr2R	1214955	1215110	chr2R:1214956-1215110	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0424	0.0195	0.0093	0.0286	0.0311	0.0679	0.0406	0.0286	0.0187	0.0238	0.0187	0.0186	0.0153	0.0084	0.0153	0.0115
chr2R	1216516	1216667	chr2R:1216517-1216667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0401	0.018	0.011	0.035	0.0286	0.0593	0.044	0.035	0.0181	0.0199	0.0181	0.0232	0.0077	0.0123	0.0077	0.013
chr2R	1217091	1217286	chr2R:1217092-1217286	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0502	0.0289	0.0181	0.0371	0.0383	0.0731	0.058	0.0371	0.0326	0.0334	0.0326	0.0248	0.0176	0.0181	0.0176	0.0234
chr2R	1217377	1217607	chr2R:1217378-1217607	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0714	0.0329	0.0219	0.0583	0.0563	0.1125	0.066	0.0583	0.0356	0.035	0.0356	0.0395	0.0268	0.0193	0.0268	0.0318
chr2R	1217804	1218030	chr2R:1217805-1218030	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0418	0.0668	0.0327	0.0238	0.052	0.0558	0.0947	0.0633	0.052	0.0374	0.0373	0.0374	0.0411	0.0276	0.0251	0.0276	0.0344
chr2R	1218079	1218325	chr2R:1218080-1218325	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.045	0.0654	0.0368	0.0312	0.0435	0.0519	0.1077	0.056	0.0435	0.0374	0.0415	0.0374	0.0527	0.0436	0.0329	0.0436	0.0386
chr2R	1226756	1226949	chr2R:1226757-1226949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0494	0.0609	0.0482	0.0379	0.0371	0.0573	0.0774	0.0759	0.0371	0.061	0.0508	0.061	0.062	0.0536	0.0316	0.0536	0.0552
chr2R	1226971	1227164	chr2R:1226972-1227164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0418	0.0479	0.0423	0.0347	0.0233	0.0456	0.0619	0.0613	0.0233	0.0483	0.0479	0.0483	0.0511	0.0383	0.0297	0.0383	0.0526
chr2R	1227365	1227516	chr2R:1227366-1227516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0339	0.0344	0.0358	0.0312	0.0255	0.0369	0.0402	0.0413	0.0255	0.0386	0.0444	0.0386	0.0457	0.0299	0.0226	0.0299	0.0511
chr2R	1227767	1228260	chr2R:1227768-1228260	FBgn0033017	CG10465	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1251	0.1134	0.1468	0.1142	0.0604	0.1238	0.1285	0.1319	0.0604	0.1667	0.1627	0.1667	0.1596	0.1248	0.1064	0.1248	0.1516
chr2R	1228415	1228599	chr2R:1228416-1228599	FBgn0033017	CG10465	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1539	0.1492	0.1736	0.1376	0.1071	0.184	0.1466	0.1759	0.1071	0.2089	0.1916	0.2089	0.182	0.1524	0.1489	0.1524	0.1694
chr2R	1228760	1229035	chr2R:1228761-1229035	FBgn0033017	CG10465	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0752	0.0715	0.086	0.0673	0.0467	0.0791	0.0744	0.0886	0.0467	0.1111	0.0965	0.1111	0.086	0.0743	0.0825	0.0743	0.0724
chr2R	1229276	1229427	chr2R:1229277-1229427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0327	0.0248	0.044	0.0292	0.0138	0.0364	0.0208	0.032	0.0138	0.0507	0.0569	0.0507	0.0457	0.0337	0.0342	0.0337	0.0391
chr2R	1229933	1230158	chr2R:1229934-1230158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0435	0.0371	0.0621	0.0302	0.0148	0.0403	0.0454	0.0433	0.0148	0.0616	0.0743	0.0616	0.0612	0.0291	0.0303	0.0291	0.0401
chr2R	1231991	1232214	chr2R:1231992-1232214	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0523	0.0254	0.0162	0.0318	0.0359	0.0619	0.0786	0.0318	0.0211	0.0325	0.0211	0.0217	0.0245	0.02	0.0245	0.0156
chr2R	1237643	1237827	chr2R:1237644-1237827	FBgn0033019	CG10395	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0884	0.0788	0.1053	0.0805	0.0562	0.0888	0.0792	0.0906	0.0562	0.1274	0.1215	0.1274	0.1069	0.0773	0.0767	0.0773	0.1063
chr2R	1237869	1238046	chr2R:1237870-1238046	FBgn0033019	CG10395	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1356	0.1183	0.1596	0.1287	0.0774	0.1437	0.1176	0.1399	0.0774	0.189	0.1842	0.189	0.1619	0.1493	0.1406	0.1493	0.1412
chr2R	1238120	1238291	chr2R:1238121-1238291	FBgn0033019	CG10395	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.144	0.1137	0.1797	0.1387	0.0742	0.134	0.1181	0.1359	0.0742	0.2283	0.1981	0.2283	0.1673	0.1585	0.1496	0.1585	0.1595
chr2R	1238347	1238741	chr2R:1238348-1238741	FBgn0033019	CG10395	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.1036	0.1516	0.1064	0.07	0.1087	0.1094	0.1392	0.07	0.1848	0.1714	0.1848	0.1433	0.111	0.1212	0.111	0.1188
chr2R	1241700	1241884	chr2R:1241701-1241884	FBgn0033020	CG10396	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0711	0.0819	0.0822	0.0468	0.0647	0.0913	0.0969	0.0773	0.0647	0.1039	0.0875	0.1039	0.0899	0.062	0.0458	0.062	0.0657
chr2R	1241929	1242119	chr2R:1241930-1242119	FBgn0033020	CG10396	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0917	0.1099	0.1113	0.0497	0.087	0.1199	0.1254	0.1199	0.087	0.1413	0.1141	0.1413	0.1286	0.0582	0.0419	0.0582	0.0724
chr2R	1243634	1243785	chr2R:1243635-1243785	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.026	0.0333	0.028	0.0157	0.0191	0.033	0.0376	0.044	0.0191	0.0181	0.0264	0.0181	0.0349	0.0161	0.0097	0.0161	0.0203
chr2R	1245744	1245928	chr2R:1245745-1245928	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0523	0.0653	0.0565	0.0331	0.0467	0.0549	0.0921	0.0793	0.0467	0.0471	0.0781	0.0471	0.0511	0.0283	0.0361	0.0283	0.0406
chr2R	1247187	1247338	chr2R:1247188-1247338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0485	0.0685	0.0426	0.0326	0.0488	0.0699	0.0792	0.0806	0.0488	0.0423	0.0559	0.0423	0.0418	0.0398	0.0374	0.0398	0.0396
chr2R	1247544	1247775	chr2R:1247545-1247775	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0685	0.0791	0.0711	0.0538	0.0647	0.082	0.0921	0.0959	0.0647	0.0785	0.0961	0.0785	0.0565	0.0459	0.0716	0.0459	0.0787
chr2R	1248075	1248366	chr2R:1248076-1248366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0635	0.0739	0.0674	0.0476	0.0467	0.0752	0.0956	0.0759	0.0467	0.0773	0.081	0.0773	0.072	0.036	0.0683	0.036	0.0714
chr2R	1248584	1248735	chr2R:1248585-1248735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.0604	0.0481	0.0288	0.0424	0.0529	0.0917	0.0606	0.0424	0.0525	0.0576	0.0525	0.0488	0.0276	0.0374	0.0276	0.0391
chr2R	1248757	1248909	chr2R:1248758-1248909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0627	0.0489	0.0279	0.0339	0.0568	0.093	0.0653	0.0339	0.0543	0.0585	0.0543	0.0565	0.0237	0.0335	0.0237	0.0391
chr2R	1249959	1250423	chr2R:1249960-1250423	FBgn0033021,FBgn0261429	CG10417,CR42646	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.104	0.1152	0.118	0.0762	0.087	0.115	0.1475	0.1326	0.087	0.1498	0.1283	0.1498	0.1022	0.0743	0.0754	0.0743	0.0907
chr2R	1250564	1250748	chr2R:1250565-1250748	FBgn0033021,FBgn0261429	CG10417,CR42646	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1344	0.1266	0.1603	0.1146	0.0944	0.1374	0.144	0.1406	0.0944	0.2035	0.1675	0.2035	0.1665	0.124	0.1077	0.124	0.1459
chr2R	1250876	1251062	chr2R:1250877-1251062	FBgn0033021,FBgn0261429	CG10417,CR42646	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1113	0.1167	0.1289	0.0861	0.0764	0.1277	0.1354	0.1386	0.0764	0.151	0.1424	0.151	0.127	0.0988	0.0903	0.0988	0.099
chr2R	1286402	1286578	chr2R:1286403-1286578	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0292	0.0405	0.025	0.0212	0.0223	0.0437	0.0463	0.0506	0.0223	0.0199	0.0354	0.0199	0.0248	0.0153	0.0264	0.0153	0.0328
chr2R	1301070	1301221	chr2R:1301071-1301221	FBgn0259247	laccase2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0152	0.0203	0.0277	0.0085	0.0146	0.0195	0.0167	0.0085	0.0175	0.0254	0.0175	0.0279	0.0176	0.0664	0.0176	0.0219
chr2R	1301658	1301809	chr2R:1301659-1301809	FBgn0259247	laccase2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.025	0.0425	0.0277	0.0095	0.0301	0.0307	0.026	0.0095	0.0471	0.0524	0.0471	0.0442	0.0276	0.0335	0.0276	0.0323
chr2R	1303423	1303574	chr2R:1303424-1303574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0239	0.0355	0.0291	0.0074	0.0301	0.0277	0.03	0.0074	0.0429	0.0434	0.0429	0.0302	0.0276	0.0419	0.0276	0.0354
chr2R	1303675	1303939	chr2R:1303676-1303939	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0694	0.0551	0.0911	0.0614	0.035	0.0675	0.051	0.07	0.035	0.1147	0.1087	0.1147	0.086	0.062	0.0877	0.062	0.0761
chr2R	1304030	1304220	chr2R:1304031-1304220	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.0927	0.1666	0.0919	0.0647	0.1189	0.0753	0.1153	0.0647	0.2029	0.2003	0.2029	0.1557	0.0789	0.1219	0.0789	0.1365
chr2R	1304331	1304504	chr2R:1304332-1304504	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1437	0.1225	0.1878	0.1189	0.0838	0.1607	0.0995	0.1579	0.0838	0.2246	0.2154	0.2246	0.1805	0.1126	0.1444	0.1126	0.1668
chr2R	1304613	1304764	chr2R:1304614-1304764	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0637	0.0496	0.0898	0.0508	0.0276	0.0612	0.0454	0.064	0.0276	0.1033	0.1058	0.1033	0.0945	0.0498	0.0632	0.0498	0.0714
chr2R	1305120	1305317	chr2R:1305121-1305317	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0493	0.0319	0.0651	0.0512	0.0191	0.0388	0.0363	0.0326	0.0191	0.0707	0.0839	0.0707	0.0596	0.0322	0.0928	0.0322	0.0657
chr2R	1353290	1353441	chr2R:1353291-1353441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0084	0.0105	0.0057	0.0089	0.0021	0.0078	0.0225	0.0047	0.0021	0.0054	0.0071	0.0054	0.0054	8e-04	0.0232	8e-04	0.0094
chr2R	1382312	1382515	chr2R:1382313-1382515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.021	0.015	0.0188	0.0301	0.0117	0.0121	0.0221	0.0107	0.0117	0.0151	0.0215	0.0151	0.0294	0.013	0.0651	0.013	0.037
chr2R	1382855	1383182	chr2R:1382856-1383182	FBgn0050440	CG30440	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0368	0.0242	0.0386	0.0489	0.0127	0.0267	0.035	0.0167	0.0127	0.0296	0.055	0.0296	0.0403	0.0161	0.1373	0.0161	0.0396
chr2R	1383306	1383488	chr2R:1383307-1383488	FBgn0050440	CG30440	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0504	0.0354	0.0475	0.0703	0.0191	0.0398	0.0415	0.036	0.0191	0.0326	0.0633	0.0326	0.0658	0.0283	0.1522	0.0283	0.0886
chr2R	1384023	1384195	chr2R:1384024-1384195	FBgn0050438	CG30438	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0465	0.0228	0.0518	0.0671	0.0032	0.0282	0.0311	0.0233	0.0032	0.0302	0.0717	0.0302	0.0837	0.0322	0.1464	0.0322	0.0803
chr2R	1384443	1384594	chr2R:1384444-1384594	FBgn0050438	CG30438	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0235	0.0178	0.0236	0.0298	0.0117	0.0165	0.0298	0.0153	0.0117	0.0139	0.035	0.0139	0.0294	0.0199	0.0645	0.0199	0.0281
chr2R	1406532	1406683	chr2R:1406533-1406683	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0125	0.0136	0.0235	0.0064	0.0078	0.0221	0.014	0.0064	0.0127	0.017	0.0127	0.0155	0.0168	0.0458	0.0168	0.025
chr2R	1424918	1425156	chr2R:1424919-1425156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0376	0.0214	0.0114	0.0297	0.0233	0.0679	0.0286	0.0297	0.0193	0.0273	0.0193	0.0186	0.0145	0.0097	0.0145	0.0146
chr2R	1490448	1490599	chr2R:1490449-1490599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0193	0.0245	0.0203	0.0085	0.0218	0.0221	0.0247	0.0085	0.0211	0.0334	0.0211	0.0294	0.0176	0.0239	0.0176	0.0281
chr2R	1491719	1492204	chr2R:1491720-1492204	FBgn0039969	Fis1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0638	0.1004	0.094	0.0318	0.0816	0.0631	0.0773	0.0318	0.1141	0.1164	0.1141	0.1077	0.0988	0.1083	0.0988	0.1146
chr2R	1492296	1492481	chr2R:1492297-1492481	FBgn0039969	Fis1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.093	0.1383	0.1269	0.0424	0.1209	0.0817	0.1299	0.0424	0.1624	0.1563	0.1624	0.1603	0.1455	0.1509	0.1455	0.1574
chr2R	1492629	1492972	chr2R:1492630-1492972	FBgn0039969	Fis1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0587	0.0858	0.076	0.0286	0.0718	0.0554	0.0793	0.0286	0.0864	0.1035	0.0864	0.1007	0.0812	0.0941	0.0812	0.0985
chr2R	1494007	1494158	chr2R:1494008-1494158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.0199	0.0147	0.0188	0.0064	0.0223	0.0268	0.02	0.0064	0.0103	0.0154	0.0103	0.0225	0.0138	0.0168	0.0138	0.0141
chr2R	1495749	1495900	chr2R:1495750-1495900	FBgn0039970	CG17508	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0242	0.0289	0.0391	0.0074	0.0228	0.0346	0.0293	0.0074	0.0211	0.0389	0.0211	0.0325	0.023	0.0535	0.023	0.0568
chr2R	1496045	1496255	chr2R:1496046-1496255	FBgn0039970	CG17508	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.057	0.044	0.0494	0.0799	0.0233	0.0534	0.0463	0.05	0.0233	0.0356	0.0559	0.0356	0.0798	0.0551	0.0845	0.0551	0.1261
chr2R	1496286	1496685	chr2R:1496287-1496685	FBgn0039970	CG17508	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0685	0.0469	0.0631	0.0986	0.0276	0.0621	0.0484	0.0506	0.0276	0.0356	0.0749	0.0356	0.1077	0.0842	0.1064	0.0842	0.1579
chr2R	1496704	1496855	chr2R:1496705-1496855	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.026	0.0147	0.0284	0.0361	0.0127	0.015	0.0164	0.0167	0.0127	0.0187	0.0322	0.0187	0.0488	0.0459	0.0322	0.0459	0.061
chr2R	1497667	1497818	chr2R:1497668-1497818	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0217	0.0192	0.021	0.0106	0.0199	0.0285	0.0293	0.0106	0.0181	0.0228	0.0181	0.0186	0.0283	0.02	0.0283	0.0323
chr2R	1527845	1527996	chr2R:1527846-1527996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0221	0.0283	0.0217	0.0156	0.0138	0.0306	0.0311	0.032	0.0138	0.0181	0.0267	0.0181	0.0256	0.013	0.0219	0.013	0.0188
chr2R	1531020	1531171	chr2R:1531021-1531171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0264	0.0161	0.0091	0.0127	0.0209	0.0467	0.02	0.0127	0.0175	0.0151	0.0175	0.0209	0.0107	0.0103	0.0107	0.0104
chr2R	1539347	1539699	chr2R:1539348-1539699	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0972	0.1063	0.1041	0.0797	0.0541	0.1248	0.1198	0.1279	0.0541	0.1208	0.1135	0.1208	0.1092	0.0812	0.0883	0.0812	0.1021
chr2R	1541452	1541677	chr2R:1541453-1541677	FBgn0027507	CG1344	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1139	0.1267	0.1209	0.0918	0.0976	0.1383	0.1505	0.1372	0.0976	0.1558	0.1277	0.1558	0.1348	0.1179	0.0883	0.1179	0.1146
chr2R	1541743	1541986	chr2R:1541744-1541986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0873	0.0938	0.0997	0.0663	0.0615	0.1063	0.1055	0.1046	0.0615	0.1256	0.1035	0.1256	0.1232	0.0789	0.0729	0.0789	0.0896
chr2R	1542187	1542338	chr2R:1542188-1542338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0487	0.057	0.0599	0.0272	0.0361	0.0617	0.0731	0.058	0.0361	0.0815	0.0595	0.0815	0.0759	0.036	0.0348	0.036	0.0276
chr2R	1549319	1549470	chr2R:1549320-1549470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0502	0.0311	0.0136	0.0286	0.0383	0.0843	0.042	0.0286	0.035	0.036	0.035	0.0318	0.013	0.0161	0.013	0.0193
chr2R	1550147	1550298	chr2R:1550148-1550298	FBgn0033029	l(2)NC136	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0644	0.0808	0.0695	0.0404	0.0541	0.0835	0.1055	0.0793	0.0541	0.0785	0.0756	0.0785	0.0666	0.0436	0.0458	0.0436	0.0412
chr2R	1550330	1550569	chr2R:1550331-1550569	FBgn0033029	l(2)NC136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.1256	0.1344	0.0852	0.0944	0.1252	0.1574	0.1339	0.0944	0.1594	0.1473	0.1594	0.1301	0.0942	0.0928	0.0942	0.0954
chr2R	1550643	1550827	chr2R:1550644-1550827	FBgn0033029	l(2)NC136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.15	0.1604	0.1608	0.1266	0.1294	0.1738	0.1843	0.1712	0.1294	0.1999	0.1759	0.1999	0.1418	0.1233	0.1431	0.1233	0.148
chr2R	1551297	1551492	chr2R:1551298-1551492	FBgn0264332	CR43791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.136	0.1325	0.1466	0.1283	0.0944	0.165	0.1419	0.1466	0.0944	0.1679	0.1678	0.1679	0.1464	0.1409	0.1386	0.1409	0.1516
chr2R	1551707	1552067	chr2R:1551708-1552067	FBgn0264331,FBgn0264332	CR43790,CR43791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1466	0.1471	0.1569	0.1349	0.1018	0.1568	0.1743	0.1692	0.1018	0.1793	0.1733	0.1793	0.1634	0.16	0.1528	0.16	0.1751
chr2R	1552280	1552431	chr2R:1552281-1552431	FBgn0264331	CR43790	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.055	0.0628	0.057	0.044	0.0403	0.0626	0.0761	0.0779	0.0403	0.0525	0.0643	0.0525	0.0759	0.0475	0.0567	0.0475	0.0516
chr2R	1555796	1555947	chr2R:1555797-1555947	FBgn0033031	CG8245	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0271	0.0217	0.024	0.0366	0.0085	0.0248	0.0272	0.0213	0.0085	0.026	0.0238	0.026	0.024	0.0145	0.0232	0.0145	0.0193
chr2R	1556368	1556519	chr2R:1556369-1556519	FBgn0033031	CG8245	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0292	0.028	0.0253	0.018	0.0325	0.0381	0.03	0.018	0.029	0.0315	0.029	0.0209	0.0168	0.0135	0.0168	0.0146
chr2R	1558004	1558320	chr2R:1558005-1558320	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0819	0.1026	0.0813	0.0593	0.0785	0.0937	0.1358	0.1173	0.0785	0.0882	0.1042	0.0882	0.0759	0.0666	0.0774	0.0666	0.075
chr2R	1558342	1558552	chr2R:1558343-1558552	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0864	0.0708	0.0519	0.0668	0.0879	0.1163	0.0813	0.0668	0.09	0.0788	0.09	0.072	0.0521	0.0651	0.0521	0.0683
chr2R	1558675	1558940	chr2R:1558676-1558940	FBgn0033032	kune	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1272	0.1368	0.1355	0.1074	0.1124	0.1383	0.1665	0.1432	0.1124	0.1467	0.1633	0.1467	0.1224	0.111	0.1141	0.111	0.1282
chr2R	1559149	1559343	chr2R:1559150-1559343	FBgn0033032	kune	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1746	0.1675	0.2011	0.1535	0.1177	0.1791	0.1903	0.1972	0.1177	0.2379	0.217	0.2379	0.2122	0.1547	0.1625	0.1547	0.186
chr2R	1559441	1559833	chr2R:1559442-1559833	FBgn0033032	kune	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1226	0.1297	0.1407	0.0947	0.0848	0.1257	0.1535	0.1666	0.0848	0.1612	0.1559	0.1612	0.1464	0.1026	0.1083	0.1026	0.1162
chr2R	1559844	1559995	chr2R:1559845-1559995	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0477	0.0511	0.0562	0.0347	0.0244	0.0529	0.0636	0.0653	0.0244	0.064	0.0605	0.064	0.0736	0.0436	0.0406	0.0436	0.0349
chr2R	1560876	1561056	chr2R:1560877-1561056	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0399	0.0672	0.0324	0.0175	0.0583	0.0743	0.0913	0.0506	0.0583	0.0211	0.0389	0.0211	0.0473	0.0184	0.0206	0.0184	0.0229
chr2R	1564526	1564722	chr2R:1564527-1564722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0792	0.0548	0.0963	0.0877	0.0255	0.0689	0.067	0.054	0.0255	0.1226	0.1061	0.1226	0.1162	0.1049	0.107	0.1049	0.1172
chr2R	1565261	1565527	chr2R:1565262-1565527	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0513	0.0702	0.0484	0.0334	0.0233	0.0782	0.0774	0.1006	0.0233	0.0519	0.0559	0.0519	0.0488	0.0452	0.0348	0.0452	0.0391
chr2R	1569502	1569653	chr2R:1569503-1569653	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0221	0.0189	0.0188	0.0292	0.0042	0.0199	0.0316	0.0147	0.0042	0.0121	0.0264	0.0121	0.0217	0.0123	0.0709	0.0123	0.0302
chr2R	1569660	1569811	chr2R:1569661-1569811	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0213	0.0161	0.0189	0.0297	0.0042	0.016	0.0268	0.0147	0.0042	0.0169	0.026	0.0169	0.0194	0.0077	0.0845	0.0077	0.0234
chr2R	1570165	1570331	chr2R:1570166-1570331	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0326	0.0277	0.0349	0.0356	0.0117	0.0228	0.0394	0.032	0.0117	0.0217	0.0556	0.0217	0.0302	0.0069	0.1044	0.0069	0.0203
chr2R	1571049	1571249	chr2R:1571050-1571249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0295	0.0253	0.0303	0.0331	0.0085	0.0408	0.0238	0.0273	0.0085	0.0374	0.0347	0.0374	0.0349	0.0421	0.0471	0.0421	0.0464
chr2R	1571577	1571783	chr2R:1571578-1571783	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0401	0.0435	0.0472	0.0285	0.0127	0.0539	0.051	0.0553	0.0127	0.0719	0.0508	0.0719	0.0511	0.0352	0.0451	0.0352	0.0334
chr2R	1571858	1572009	chr2R:1571859-1572009	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0288	0.0308	0.0203	0.0042	0.0296	0.0407	0.032	0.0042	0.0399	0.0334	0.0399	0.0318	0.0253	0.0303	0.0253	0.0261
chr2R	1572043	1572194	chr2R:1572044-1572194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0216	0.0258	0.0216	0.0064	0.0243	0.0303	0.0247	0.0064	0.0284	0.0299	0.0284	0.0294	0.0191	0.0322	0.0191	0.0323
chr2R	1572239	1572390	chr2R:1572240-1572390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0217	0.0235	0.0182	0.0117	0.0243	0.029	0.024	0.0117	0.0242	0.0283	0.0242	0.0201	0.013	0.0226	0.013	0.0245
chr2R	1579262	1579515	chr2R:1579263-1579515	FBgn0033033	scaf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0239	0.0486	0.0805	0.0085	0.0262	0.0359	0.0207	0.0085	0.0531	0.0563	0.0531	0.0612	0.0306	0.1547	0.0306	0.1292
chr2R	1580741	1580954	chr2R:1580742-1580954	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.178	0.17	0.2027	0.1599	0.122	0.2107	0.1401	0.2285	0.122	0.2355	0.2376	0.2355	0.1991	0.1975	0.1799	0.1975	0.1923
chr2R	1581113	1581314	chr2R:1581114-1581314	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.1174	0.1312	0.0875	0.0774	0.1466	0.1116	0.1492	0.0774	0.1486	0.1588	0.1486	0.1348	0.0896	0.0948	0.0896	0.112
chr2R	1585250	1585496	chr2R:1585251-1585496	FBgn0259979	CG17337	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1864	0.1959	0.2099	0.1501	0.1633	0.2146	0.2037	0.2332	0.1633	0.2717	0.2325	0.2717	0.2254	0.1738	0.1567	0.1738	0.21
chr2R	1585898	1586098	chr2R:1585899-1586098	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0615	0.0652	0.0636	0.0551	0.0392	0.0728	0.0757	0.0746	0.0392	0.0676	0.0653	0.0676	0.0868	0.0528	0.0445	0.0528	0.1032
chr2R	1586306	1586457	chr2R:1586307-1586457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.037	0.0363	0.0381	0.0365	0.0286	0.0422	0.042	0.0393	0.0286	0.0435	0.0392	0.0435	0.0589	0.023	0.0309	0.023	0.0714
chr2R	1586879	1587030	chr2R:1586880-1587030	distal	distal	none	none	VT12225.1	VT12225.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0375	0.0501	0.0386	0.0221	0.0414	0.0408	0.0774	0.0426	0.0414	0.0435	0.0447	0.0435	0.0387	0.0184	0.0174	0.0184	0.0396
chr2R	1587240	1587391	chr2R:1587241-1587391	distal	distal	none	none	VT12225.1	VT12225.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0541	0.044	0.0245	0.0403	0.0495	0.0761	0.0546	0.0403	0.0513	0.0521	0.0513	0.048	0.0283	0.0174	0.0283	0.037
chr2R	1589470	1589664	chr2R:1589471-1589664	FBgn0259978	vlc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1846	0.1667	0.2185	0.1674	0.1124	0.1922	0.176	0.1985	0.1124	0.2856	0.235	0.2856	0.2146	0.1991	0.1709	0.1991	0.1949
chr2R	1595497	1595692	chr2R:1595498-1595692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0314	0.0307	0.0466	0.0155	0.0074	0.0316	0.035	0.0506	0.0074	0.0574	0.0672	0.0574	0.0178	0.0145	0.0226	0.0145	0.0089
chr2R	1597376	1597621	chr2R:1597377-1597621	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12230.1,ap_ApME680,ap_apME680	VT12230.1,ap_ApME680,ap_apME680	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0841	0.0769	0.1095	0.0642	0.0456	0.1058	0.0926	0.0673	0.0456	0.317	0.0592	0.317	0.0473	0.1256	0.0419	0.1256	0.0558
chr2R	1597682	1597884	chr2R:1597683-1597884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12230.1,ap_ApME680,ap_apME680	VT12230.1,ap_ApME680,ap_apME680	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0713	0.0603	0.0966	0.056	0.0286	0.0869	0.0666	0.06	0.0286	0.2736	0.0614	0.2736	0.0449	0.0926	0.049	0.0926	0.0709
chr2R	1598585	1599116	chr2R:1598586-1599116	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12230.1,ap_brain	VT12230.1,ap_brain	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1095	0.1264	0.1195	0.0795	0.0361	0.2053	0.0848	0.1692	0.0361	0.1757	0.1174	0.1757	0.079	0.0613	0.0709	0.0613	0.1079
chr2R	1600725	1600876	chr2R:1600726-1600876	distal	distal	none	none	VT12232.1	VT12232.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0235	0.0244	0.0296	0.0157	0.0127	0.018	0.0381	0.0247	0.0127	0.0326	0.0347	0.0326	0.0225	0.0115	0.0335	0.0115	0.0146
chr2R	1601013	1601223	chr2R:1601014-1601223	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT12232.1	VT12232.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0499	0.0584	0.0646	0.0244	0.0286	0.0481	0.0973	0.0566	0.0286	0.0948	0.0785	0.0948	0.0449	0.0207	0.0477	0.0207	0.0208
chr2R	1602937	1603220	chr2R:1602938-1603220	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0541	0.0275	0.0846	0.0504	0.0074	0.0364	0.0316	0.0326	0.0074	0.1818	0.0653	0.1818	0.0751	0.085	0.0426	0.085	0.0714
chr2R	1604811	1605014	chr2R:1604812-1605014	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0329	0.0365	0.0462	0.0143	0.0106	0.0359	0.0502	0.0433	0.0106	0.058	0.0576	0.058	0.0372	0.0145	0.0219	0.0145	0.0125
chr2R	1613151	1613302	chr2R:1613152-1613302	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0342	0.0279	0.0421	0.0324	0.0085	0.0383	0.0307	0.0306	0.0085	0.0658	0.0373	0.0658	0.055	0.0199	0.02	0.0199	0.0714
chr2R	1613344	1613558	chr2R:1613345-1613558	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0517	0.0543	0.0694	0.0294	0.0117	0.0888	0.0489	0.0613	0.0117	0.1196	0.0727	0.1196	0.062	0.0268	0.0135	0.0268	0.0558
chr2R	1613651	1613893	chr2R:1613652-1613893	FBgn0000099	ap	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0575	0.0558	0.0817	0.0329	0.0276	0.0607	0.0714	0.068	0.0276	0.1147	0.099	0.1147	0.0643	0.0283	0.0258	0.0283	0.0521
chr2R	1613956	1614206	chr2R:1613957-1614206	FBgn0000099	ap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0969	0.0791	0.1426	0.0664	0.0403	0.0951	0.0843	0.1033	0.0403	0.1975	0.1608	0.1975	0.1255	0.0536	0.0503	0.0536	0.1084
chr2R	1614381	1614579	chr2R:1614382-1614579	FBgn0000099	ap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2367	0.163	0.3245	0.2228	0.0732	0.25	0.1475	0.1832	0.0732	0.4342	0.3531	0.4342	0.2758	0.2443	0.2469	0.2443	0.2329
chr2R	1614749	1614900	chr2R:1614750-1614900	FBgn0000099	ap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.071	0.056	0.1095	0.0454	0.0201	0.0762	0.0601	0.066	0.0201	0.1522	0.1222	0.1522	0.0868	0.0597	0.0484	0.0597	0.0417
chr2R	1615005	1615182	chr2R:1615006-1615182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0463	0.0445	0.0671	0.0255	0.0223	0.0432	0.0571	0.05	0.0223	0.0894	0.0768	0.0894	0.0596	0.0352	0.0213	0.0352	0.0276
chr2R	1619541	1619692	chr2R:1619542-1619692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0258	0.0233	0.0297	0.0242	0.0095	0.0291	0.0303	0.0227	0.0095	0.035	0.0296	0.035	0.0217	0.0168	0.0129	0.0168	0.0177
chr2R	1619919	1620106	chr2R:1619920-1620106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0308	0.0238	0.0382	0.0306	0.0159	0.0291	0.0298	0.022	0.0159	0.0634	0.0338	0.0634	0.0201	0.0153	0.0193	0.0153	0.0135
chr2R	1622017	1622168	chr2R:1622018-1622168	distal	distal	none	none	ap_apC	ap_apC	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0213	0.0198	0.0321	0.0111	0.0064	0.0126	0.0355	0.0213	0.0064	0.026	0.046	0.026	0.0271	0.01	0.0155	0.01	0.012
chr2R	1622536	1622687	chr2R:1622537-1622687	distal	distal	none	none	VT12244.1,ap_apC	VT12244.1,ap_apC	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.0163	0.0274	0.0091	0.0053	0.0146	0.0238	0.0167	0.0053	0.0278	0.0437	0.0278	0.007	0.0031	0.0161	0.0031	0.0068
chr2R	1622696	1622847	chr2R:1622697-1622847	distal	distal	none	none	VT12244.1,ap_apC	VT12244.1,ap_apC	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0197	0.026	0.0089	0.0053	0.0189	0.0298	0.0187	0.0053	0.0296	0.0383	0.0296	0.0077	0.0038	0.0174	0.0038	0.0078
chr2R	1623117	1623424	chr2R:1623118-1623424	distal	distal	none	none	VT12244.1,ap_apC	VT12244.1,ap_apC	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0431	0.0353	0.0553	0.0386	0.017	0.0383	0.042	0.0493	0.017	0.0399	0.0752	0.0399	0.0442	0.0084	0.0658	0.0084	0.0485
chr2R	1623514	1623777	chr2R:1623515-1623777	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12244.1,ap_apC	VT12244.1,ap_apC	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0369	0.0536	0.0448	0.0191	0.0413	0.0428	0.048	0.0191	0.0604	0.0531	0.0604	0.0411	0.0145	0.0251	0.0145	0.0511
chr2R	1623858	1624105	chr2R:1623859-1624105	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12244.1,ap_apC	VT12244.1,ap_apC	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0645	0.0521	0.084	0.0568	0.0201	0.065	0.0489	0.0766	0.0201	0.0857	0.0637	0.0857	0.0434	0.0069	0.0226	0.0069	0.024
chr2R	1624197	1624364	chr2R:1624198-1624364	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12244.1,ap_apC	VT12244.1,ap_apC	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0493	0.0307	0.0604	0.0578	0.0074	0.0427	0.0381	0.03	0.0074	0.0405	0.0341	0.0405	0.0271	0.0077	0.0161	0.0077	0.0307
chr2R	1629049	1629200	chr2R:1629050-1629200	distal	distal	stage14	stage14	VT12246.1,ap_apB	VT12246.1,ap_apB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0146	0.0228	0.0333	0	0.0199	0.0203	0.0167	0	0.0205	0.0158	0.0205	0.0124	0.01	0.0084	0.01	0.0135
chr2R	1629272	1629458	chr2R:1629273-1629458	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12246.1,ap_apB	VT12246.1,ap_apB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0269	0.0187	0.0232	0.0402	0.0032	0.0272	0.0221	0.018	0.0032	0.0181	0.0138	0.0181	0.0232	0.0069	0.0058	0.0069	0.0229
chr2R	1629479	1629630	chr2R:1629480-1629630	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12246.1,ap_apB	VT12246.1,ap_apB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0272	0.0203	0.0259	0.0365	0.0032	0.0306	0.0242	0.0207	0.0032	0.0211	0.0158	0.0211	0.024	0.0046	0.011	0.0046	0.0203
chr2R	1629828	1630050	chr2R:1629829-1630050	distal	distal	stage14	stage14	VT12246.1,ap_apB	VT12246.1,ap_apB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.034	0.0302	0.0404	0.0312	0.0106	0.0432	0.0346	0.0306	0.0106	0.0598	0.0277	0.0598	0.0294	0.013	0.0103	0.013	0.0177
chr2R	1630092	1630243	chr2R:1630093-1630243	distal	distal	none	none	VT12246.1,ap_apB	VT12246.1,ap_apB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0243	0.0221	0.0327	0.0177	0.0074	0.0272	0.029	0.0213	0.0074	0.0501	0.0289	0.0501	0.0279	0.0123	0.0097	0.0123	0.0125
chr2R	1632692	1632983	chr2R:1632693-1632983	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.055	0.0304	0.0708	0.0652	0.0042	0.0432	0.0355	0.0333	0.0042	0.1153	0.0537	0.1153	0.0426	0.0337	0.0135	0.0337	0.0271
chr2R	1633330	1633481	chr2R:1633331-1633481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0182	0.0138	0.0213	0.0198	0.0053	0.0131	0.0212	0.014	0.0053	0.0314	0.0158	0.0314	0.0178	0.0107	0.0058	0.0107	0.0089
chr2R	1636928	1637130	chr2R:1636929-1637130	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0135	0.0302	0.0267	0.0064	0.0136	0.0182	0.0187	0.0064	0.0332	0.0254	0.0332	0.0178	0.013	0.0026	0.013	0.0104
chr2R	1638475	1638626	chr2R:1638476-1638626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.026	0.0236	0.042	0.0113	0.0159	0.017	0.0268	0.04	0.0159	0.038	0.0579	0.038	0.0395	0.013	0.0142	0.013	0.0094
chr2R	1638789	1638940	chr2R:1638790-1638940	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0239	0.0202	0.0415	0.0088	0.0053	0.0126	0.0281	0.0306	0.0053	0.0302	0.0701	0.0302	0.0225	0.0092	0.0148	0.0092	0.0078
chr2R	1638978	1639129	chr2R:1638979-1639129	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0263	0.0278	0.0371	0.013	0.0127	0.0209	0.0385	0.036	0.0127	0.0296	0.0569	0.0296	0.0263	0.0123	0.0226	0.0123	0.0109
chr2R	1640792	1641070	chr2R:1640793-1641070	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1276	0.1112	0.1475	0.1242	0.0636	0.1218	0.1259	0.1279	0.0636	0.192	0.1611	0.192	0.1441	0.1317	0.1225	0.1317	0.1459
chr2R	1641491	1641775	chr2R:1641492-1641775	FBgn0022288	l(2)09851	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0685	0.0822	0.0688	0.0435	0.0816	0.0878	0.072	0.0435	0.1081	0.0868	0.1081	0.0891	0.0697	0.0651	0.0697	0.0891
chr2R	1641929	1642123	chr2R:1641930-1642123	FBgn0022288	l(2)09851	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1207	0.1042	0.1415	0.1163	0.0721	0.1252	0.1189	0.1133	0.0721	0.1806	0.1486	0.1806	0.165	0.1424	0.1199	0.1424	0.1428
chr2R	1645038	1645210	chr2R:1645039-1645210	FBgn0085229	CG34200	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0867	0.0515	0.1033	0.1079	0.0212	0.065	0.0562	0.054	0.0212	0.0857	0.1106	0.0857	0.1503	0.1256	0.1077	0.1256	0.1381
chr2R	1645290	1645465	chr2R:1645291-1645465	FBgn0085229	CG34200	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0589	0.0403	0.0607	0.0777	0.0191	0.0398	0.0554	0.044	0.0191	0.0604	0.0611	0.0604	0.0968	0.0949	0.0729	0.0949	0.0995
chr2R	1647601	1647752	chr2R:1647602-1647752	FBgn0033038	CG7791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0543	0.0766	0.0489	0.0255	0.0665	0.0593	0.0626	0.0255	0.0942	0.0833	0.0942	0.0744	0.0498	0.0484	0.0498	0.0657
chr2R	1647846	1648023	chr2R:1647847-1648023	FBgn0033038,FBgn0033039	CG7791,gp210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1452	0.1229	0.1753	0.1373	0.0859	0.1539	0.1224	0.1352	0.0859	0.2174	0.1923	0.2174	0.1743	0.1531	0.1393	0.1531	0.1626
chr2R	1648260	1648467	chr2R:1648261-1648467	FBgn0033038,FBgn0033039	CG7791,gp210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1512	0.1417	0.1728	0.138	0.1029	0.1583	0.1583	0.1579	0.1029	0.2162	0.1817	0.2162	0.1797	0.1539	0.1289	0.1539	0.1688
chr2R	1648550	1648780	chr2R:1648551-1648780	FBgn0033039	gp210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0835	0.1008	0.0716	0.0551	0.0961	0.1073	0.0879	0.0551	0.1226	0.1039	0.1226	0.1139	0.0796	0.0671	0.0796	0.0954
chr2R	1655192	1655343	chr2R:1655193-1655343	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0182	0.0279	0.0168	0.0091	0.0191	0.0184	0.0381	0.032	0.0191	0.0157	0.0196	0.0157	0.0201	0.0092	0.011	0.0092	0.0151
chr2R	1659030	1659181	chr2R:1659031-1659181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.014	0.0158	0.0135	0.0125	0.0064	0.0131	0.0255	0.0193	0.0064	0.0133	0.0125	0.0133	0.0263	0.0054	0.009	0.0054	0.0297
chr2R	1660612	1660800	chr2R:1660613-1660800	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0396	0.0449	0.0332	0.0407	0.0339	0.0481	0.0554	0.042	0.0339	0.029	0.028	0.029	0.0798	0.0513	0.0206	0.0513	0.0818
chr2R	1660991	1661142	chr2R:1660992-1661142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0203	0.0238	0.0185	0.0182	0.0138	0.0214	0.0368	0.0213	0.0138	0.0211	0.0174	0.0211	0.0279	0.0176	0.0116	0.0176	0.0349
chr2R	1665448	1665599	chr2R:1665449-1665599	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0298	0.0175	0.0072	0.0148	0.0267	0.0463	0.032	0.0148	0.0199	0.0196	0.0199	0.017	0.01	0.0045	0.01	0.0094
chr2R	1669791	1669982	chr2R:1669792-1669982	FBgn0025693	CG11163	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1369	0.084	0.1984	0.1285	0.035	0.1291	0.077	0.0859	0.035	0.2874	0.2167	0.2874	0.2401	0.196	0.1244	0.196	0.2147
chr2R	1670081	1670413	chr2R:1670082-1670413	FBgn0025693	CG11163	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1663	0.077	0.261	0.162	0.0255	0.1451	0.064	0.06	0.0255	0.3883	0.2785	0.3883	0.3377	0.2481	0.136	0.2481	0.2861
chr2R	1670982	1671169	chr2R:1670983-1671169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0284	0.0208	0.0393	0.0248	0.0095	0.0345	0.0234	0.0127	0.0095	0.0296	0.0264	0.0296	0.1201	0.0161	0.0123	0.0161	0.0625
chr2R	1686871	1687022	chr2R:1686872-1687022	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0092	0.0077	0.0106	0.0011	0.0063	0.0195	0.006	0.0011	0.0097	0.008	0.0097	0.0085	0.0046	0.0039	0.0046	0.0057
chr2R	1692109	1692260	chr2R:1692110-1692260	FBgn0085414	dpr12	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0065	0.0071	0.0214	0	0.0068	0.0125	0.004	0	0.003	0.0055	0.003	0.0054	0.0015	0.0013	0.0015	0.0063
chr2R	1696143	1696294	chr2R:1696144-1696294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0083	0.0069	0.0088	0.0053	0.0049	0.0151	0.0107	0.0053	0.0042	0.0064	0.0042	0.0085	0.0015	0.0052	0.0015	0.0057
chr2R	1700923	1701191	chr2R:1700924-1701191	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0176	0.0172	0.0212	0.0142	0.0053	0.0189	0.0251	0.018	0.0053	0.0199	0.0248	0.0199	0.0155	0.0069	0.0064	0.0069	0.0047
chr2R	1702401	1702552	chr2R:1702402-1702552	distal	distal	none	none	VT12284.1	VT12284.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.01	0.0093	0.0134	0.0011	0.0078	0.019	0.0087	0.0011	0.0127	0.008	0.0127	0.0031	0.0046	0.0032	0.0046	0.0026
chr2R	1702633	1702784	chr2R:1702634-1702784	distal	distal	none	none	VT12284.1	VT12284.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0051	0.0053	0.0095	0.0011	0.0019	0.0104	0.004	0.0011	0.0066	0.0048	0.0066	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.001
chr2R	1702998	1703149	chr2R:1702999-1703149	distal	distal	none	none	VT12284.1,VT12285.1	VT12284.1,VT12285.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0069	0.0069	0.0149	0.0011	0.0058	0.0134	0.0053	0.0011	0.0048	0.01	0.0048	0.0031	0.0046	0.0019	0.0046	0.0073
chr2R	1710307	1710458	chr2R:1710308-1710458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0096	0.0075	0.0099	0.0011	0.0087	0.0173	0.0093	0.0011	0.0115	0.0077	0.0115	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0099
chr2R	1737503	1737702	chr2R:1737504-1737702	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0199	0.0161	0.0183	0.0259	0.0064	0.0102	0.0281	0.0187	0.0064	0.0193	0.017	0.0193	0.0271	0.0176	0.0142	0.0176	0.0323
chr2R	1739191	1739342	chr2R:1739192-1739342	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0073	0.0051	0.0071	0.0099	0.0011	0.0053	0.0091	0.0033	0.0011	0.006	0.0058	0.006	0.0077	0.0046	0.0064	0.0046	0.0036
chr2R	1746835	1746986	chr2R:1746836-1746986	distal	distal	none	none	VT12310.1	VT12310.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.012	0.0124	0.0096	0.0085	0.0083	0.0173	0.0107	0.0085	0.006	0.0113	0.006	0.0132	0.0023	0.0039	0.0023	0.0073
chr2R	1747047	1747198	chr2R:1747048-1747198	distal	distal	none	none	VT12310.1	VT12310.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.014	0.0165	0.0096	0.0095	0.0126	0.0203	0.0133	0.0095	0.0103	0.0164	0.0103	0.0186	0.0015	0.0071	0.0015	0.0083
chr2R	1747537	1747688	chr2R:1747538-1747688	distal	distal	none	none	VT12310.1	VT12310.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0146	0.0127	0.0188	0.0123	0.0032	0.0131	0.0199	0.0087	0.0032	0.0091	0.0183	0.0091	0.048	0.0046	0.011	0.0046	0.0177
chr2R	1765288	1765439	chr2R:1765289-1765439	distal	distal	none	none	VT12318.1	VT12318.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0123	0.0114	0.0117	0.0053	0.0112	0.0221	0.008	0.0053	0.0127	0.0109	0.0127	0.0155	0.0038	0.0077	0.0038	0.0078
chr2R	1768877	1769028	chr2R:1768878-1769028	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0061	0.0113	0.013	0.0032	0.0044	0.0117	0.0033	0.0032	0.0097	0.0132	0.0097	0.0163	0.0084	0.0258	0.0084	0.0146
chr2R	1772526	1772701	chr2R:1772527-1772701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0429	0.0302	0.0188	0.0329	0.0291	0.0657	0.0433	0.0329	0.0278	0.0405	0.0278	0.0302	0.026	0.0284	0.026	0.0182
chr2R	1773091	1773242	chr2R:1773092-1773242	distal	distal	none	none	VT12323.1	VT12323.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.0112	0.0135	0.0174	0.0053	0.0068	0.0212	0.0107	0.0053	0.0115	0.018	0.0115	0.0116	0.0337	0.0148	0.0337	0.0177
chr2R	1773385	1773536	chr2R:1773386-1773536	distal	distal	none	none	VT12323.1	VT12323.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0155	0.0097	0.0141	0.0235	0.0042	0.0063	0.0182	0.0093	0.0042	0.0151	0.0199	0.0151	0.0116	0.0505	0.0245	0.0505	0.0162
chr2R	1777728	1777879	chr2R:1777729-1777879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0125	0.0173	0.0213	0.0064	0.0155	0.019	0.0053	0.0064	0.0229	0.0209	0.0229	0.0163	0.0299	0.0368	0.0299	0.0203
chr2R	1777981	1778132	chr2R:1777982-1778132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0137	0.0106	0.0138	0.017	0.0042	0.0087	0.019	0.0087	0.0042	0.0211	0.0135	0.0211	0.0163	0.0176	0.0445	0.0176	0.0073
chr2R	1781143	1781357	chr2R:1781144-1781357	FBgn0263109	CG43366	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0138	0.0293	0.0489	0.0117	0.0136	0.0212	0.0107	0.0117	0.0115	0.054	0.0115	0.0201	0.0046	0.1818	0.0046	0.0146
chr2R	1787357	1787508	chr2R:1787358-1787508	distal	distal	stage14	stage14	VT12330.1	VT12330.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0076	0.0127	0.0256	0.0042	0.0039	0.0156	0.0067	0.0042	0.0048	0.0232	0.0048	0.0085	0.0069	0.0916	0.0069	0.0094
chr2R	1788096	1788247	chr2R:1788097-1788247	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0098	0.0065	0.0079	0.0156	0.0032	0.0053	0.0104	0.0073	0.0032	0.0042	0.0129	0.0042	0.0077	0.0031	0.0529	0.0031	0.0042
chr2R	1788535	1788686	chr2R:1788536-1788686	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0115	0.008	0.0093	0.0178	0.0011	0.0053	0.0164	0.0067	0.0011	0.0072	0.0132	0.0072	0.0101	0.0069	0.0593	0.0069	0.0078
chr2R	1807348	1807499	chr2R:1807349-1807499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0077	0.0085	0.0061	0.0085	0	0.0073	0.0186	0.0027	0	0.0097	0.0058	0.0097	0.0031	0.0015	0.0052	0.0015	0.001
chr2R	1819197	1819348	chr2R:1819198-1819348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0112	0.0206	0.0071	0.0053	0.0106	0.0112	0.0454	0.0113	0.0106	0.0036	0.01	0.0036	0.0077	0.0038	0.0084	0.0038	0.0063
chr2R	1822698	1822944	chr2R:1822699-1822944	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0518	0.0102	0.0077	0.0509	0.0379	0.09	0.0326	0.0509	0.0109	0.0106	0.0109	0.0108	0.0092	0.009	0.0092	0.0026
chr2R	1824880	1825420	chr2R:1824881-1825420	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.065	0.138	0.0343	0.0173	0.1251	0.0801	0.2413	0.1213	0.1251	0.0284	0.0325	0.0284	0.0294	0.013	0.0148	0.013	0.0099
chr2R	1825552	1825726	chr2R:1825553-1825726	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0303	0.0608	0.0168	0.0111	0.0445	0.0228	0.1315	0.0366	0.0445	0.0079	0.0138	0.0079	0.0093	0.0061	0.0064	0.0061	0.0042
chr2R	1825872	1826047	chr2R:1825873-1826047	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0477	0.1001	0.024	0.0152	0.1092	0.0612	0.1587	0.0859	0.1092	0.0121	0.0267	0.0121	0.0178	0.0199	0.0168	0.0199	0.0047
chr2R	1826093	1826311	chr2R:1826094-1826311	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0584	0.1317	0.0251	0.013	0.1442	0.0893	0.1925	0.1266	0.1442	0.0193	0.0302	0.0193	0.0209	0.0184	0.0168	0.0184	0.0052
chr2R	1832860	1833011	chr2R:1832861-1833011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0143	0.0236	0.0109	0.0077	0.0159	0.015	0.0446	0.0167	0.0159	0.0103	0.0129	0.0103	0.0124	0.0092	0.0064	0.0092	0.0078
chr2R	1834227	1834382	chr2R:1834228-1834382	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0199	0.0345	0.0173	0.0065	0.0191	0.0403	0.0489	0.026	0.0191	0.0211	0.0161	0.0211	0.0186	0.0046	0.0039	0.0046	0.0063
chr2R	1837603	1837754	chr2R:1837604-1837754	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0282	0.0126	0.0089	0.0106	0.0243	0.0446	0.028	0.0106	0.0121	0.0148	0.0121	0.0101	0.0123	0.0064	0.0123	0.0073
chr2R	1838882	1839056	chr2R:1838883-1839056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0236	0.0435	0.0187	0.0067	0.0265	0.0495	0.0506	0.0473	0.0265	0.0242	0.0206	0.0242	0.0147	0.0107	0.0064	0.0107	0.0063
chr2R	1839152	1839325	chr2R:1839153-1839325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.028	0.051	0.0221	0.0089	0.0297	0.0524	0.0614	0.058	0.0297	0.0296	0.026	0.0296	0.0147	0.0092	0.0135	0.0092	0.0083
chr2R	1841152	1841303	chr2R:1841153-1841303	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0202	0.0265	0.023	0.0102	0.0212	0.0243	0.035	0.0293	0.0212	0.0278	0.0209	0.0278	0.0194	0.0061	0.0142	0.0061	0.0073
chr2R	1842462	1842678	chr2R:1842463-1842678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0219	0.0249	0.0123	0.0074	0.0209	0.0359	0.02	0.0074	0.0272	0.0225	0.0272	0.0155	0.01	0.0052	0.01	0.0068
chr2R	1854329	1854889	chr2R:1854330-1854889	FBgn0033048	CG7881	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0789	0.098	0.0787	0.0579	0.0657	0.1063	0.1285	0.0973	0.0657	0.0984	0.0862	0.0984	0.079	0.0513	0.0638	0.0513	0.0735
chr2R	1854938	1855123	chr2R:1854939-1855123	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0625	0.0793	0.0706	0.035	0.0435	0.1029	0.0826	0.0906	0.0435	0.0972	0.074	0.0972	0.0604	0.0237	0.0368	0.0237	0.0391
chr2R	1855232	1855422	chr2R:1855233-1855422	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1321	0.1472	0.1506	0.0948	0.1135	0.1573	0.1566	0.1832	0.1135	0.2047	0.1688	0.2047	0.1332	0.0926	0.0974	0.0926	0.1152
chr2R	1861220	1861406	chr2R:1861221-1861406	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.0449	0.0457	0.0242	0.0244	0.0374	0.0588	0.0613	0.0244	0.0604	0.0505	0.0604	0.0473	0.0283	0.029	0.0283	0.0266
chr2R	1861589	1861740	chr2R:1861590-1861740	FBgn0263855	BubR1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0722	0.0883	0.0416	0.0297	0.0796	0.0887	0.0946	0.0297	0.1027	0.1019	0.1027	0.0844	0.0459	0.0471	0.0459	0.05
chr2R	1861841	1862055	chr2R:1861842-1862055	FBgn0263855	BubR1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1463	0.1509	0.1659	0.1196	0.1241	0.1665	0.1665	0.1726	0.1241	0.2047	0.1894	0.2047	0.1572	0.1194	0.1348	0.1194	0.1569
chr2R	1862200	1862601	chr2R:1862201-1862601	FBgn0263855	BubR1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0809	0.0985	0.0844	0.0575	0.0764	0.0985	0.125	0.1039	0.0764	0.0888	0.1013	0.0888	0.0837	0.0636	0.0587	0.0636	0.0745
chr2R	1867901	1868107	chr2R:1867902-1868107	FBgn0002774	mle	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0873	0.0968	0.0961	0.067	0.0626	0.0961	0.128	0.1086	0.0626	0.1202	0.1064	0.1202	0.086	0.0689	0.0671	0.0689	0.0771
chr2R	1868209	1868400	chr2R:1868210-1868400	FBgn0002774,FBgn0004603	Src42A,mle	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.118	0.1162	0.1358	0.1004	0.1007	0.1257	0.1315	0.1366	0.1007	0.1715	0.1482	0.1715	0.1286	0.1156	0.0935	0.1156	0.1292
chr2R	1868664	1868890	chr2R:1868665-1868890	FBgn0002774,FBgn0004603	Src42A,mle	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.1289	0.1402	0.0982	0.106	0.1379	0.1414	0.1466	0.106	0.1655	0.163	0.1655	0.1363	0.1141	0.1025	0.1141	0.1152
chr2R	1868908	1869149	chr2R:1868909-1869149	FBgn0004603	Src42A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1115	0.1144	0.1273	0.0908	0.0912	0.1374	0.1151	0.1306	0.0912	0.1486	0.1444	0.1486	0.1232	0.1011	0.0922	0.1011	0.1047
chr2R	1869261	1869442	chr2R:1869262-1869442	FBgn0004603	Src42A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1833	0.1817	0.2061	0.16	0.1379	0.2029	0.2037	0.2079	0.1379	0.2452	0.2428	0.2452	0.1704	0.1799	0.156	0.1799	0.2064
chr2R	1869521	1869726	chr2R:1869522-1869726	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1494	0.1375	0.1704	0.1398	0.0785	0.1573	0.1531	0.1672	0.0785	0.1866	0.1968	0.1866	0.1797	0.1325	0.1373	0.1325	0.1996
chr2R	1874402	1874571	chr2R:1874403-1874571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0381	0.0334	0.0428	0.0382	0.0191	0.0354	0.0407	0.0373	0.0191	0.0459	0.045	0.0459	0.0643	0.0337	0.0477	0.0337	0.0683
chr2R	1874838	1874989	chr2R:1874839-1874989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0235	0.0242	0.0259	0.0201	0.0138	0.0204	0.0433	0.02	0.0138	0.0272	0.027	0.0272	0.048	0.0084	0.0361	0.0084	0.0339
chr2R	1875995	1876146	chr2R:1875996-1876146	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0143	0.0194	0.0244	0.0074	0.0141	0.0177	0.018	0.0074	0.0145	0.0305	0.0145	0.0186	0.0115	0.0619	0.0115	0.0198
chr2R	1877688	1877839	chr2R:1877689-1877839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0184	0.0286	0.0227	0.0042	0.0194	0.0242	0.0247	0.0042	0.0175	0.0421	0.0175	0.0256	0.01	0.0658	0.01	0.0151
chr2R	1878920	1879071	chr2R:1878921-1879071	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0282	0.0319	0.0282	0.0241	0.0265	0.0291	0.0407	0.034	0.0265	0.0338	0.0344	0.0338	0.0279	0.0291	0.0426	0.0291	0.0214
chr2R	1879572	1879793	chr2R:1879573-1879793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0271	0.0363	0.0283	0.0156	0.017	0.035	0.0528	0.04	0.017	0.0362	0.0334	0.0362	0.024	0.0145	0.0264	0.0145	0.0156
chr2R	1879962	1880113	chr2R:1879963-1880113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0335	0.0249	0.0187	0.0159	0.0427	0.0381	0.0366	0.0159	0.026	0.0325	0.026	0.0248	0.0153	0.0329	0.0153	0.0208
chr2R	1880206	1880528	chr2R:1880207-1880528	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0702	0.0638	0.0734	0.0738	0.0435	0.0757	0.0653	0.0759	0.0435	0.0386	0.1277	0.0386	0.0612	0.0245	0.2276	0.0245	0.049
chr2R	1880708	1880863	chr2R:1880709-1880863	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0313	0.0274	0.032	0.0348	0.0148	0.0325	0.0277	0.0393	0.0148	0.0229	0.0489	0.0229	0.0302	0.0138	0.1012	0.0138	0.0224
chr2R	1881522	1881673	chr2R:1881523-1881673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0215	0.0214	0.0214	0.0216	0.0148	0.0204	0.0307	0.02	0.0148	0.0223	0.0273	0.0223	0.0201	0.0123	0.0574	0.0123	0.0156
chr2R	1885429	1885605	chr2R:1885430-1885605	FBgn0033049	CG14471	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0218	0.0267	0.0258	0.012	0.0074	0.0228	0.0424	0.0306	0.0074	0.0423	0.0235	0.0423	0.0217	0.0069	0.0181	0.0069	0.0146
chr2R	1885707	1885858	chr2R:1885708-1885858	FBgn0033049	CG14471	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0192	0.0223	0.0246	0.0097	0.0148	0.0199	0.0311	0.0253	0.0148	0.0405	0.0251	0.0405	0.0201	0.0115	0.0148	0.0115	0.0089
chr2R	1886529	1886680	chr2R:1886530-1886680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0203	0.0202	0.0225	0.018	0.0138	0.0175	0.0272	0.0247	0.0138	0.0175	0.0302	0.0175	0.024	0.0138	0.0451	0.0138	0.013
chr2R	1887005	1887181	chr2R:1887006-1887181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0165	0.0268	0.0285	0.0085	0.016	0.0234	0.0187	0.0085	0.0157	0.046	0.0157	0.0186	0.0092	0.0961	0.0092	0.0125
chr2R	1889654	1889805	chr2R:1889655-1889805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0293	0.0307	0.0195	0.0117	0.0267	0.0394	0.038	0.0117	0.0356	0.0341	0.0356	0.0341	0.0191	0.0271	0.0191	0.0229
chr2R	1892095	1892256	chr2R:1892096-1892256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0266	0.0259	0.0359	0.0171	0.0095	0.0379	0.0264	0.0293	0.0095	0.0694	0.0318	0.0694	0.0349	0.013	0.0342	0.013	0.0182
chr2R	1894780	1895240	chr2R:1894781-1895240	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.058	0.0621	0.0451	0.0677	0.0276	0.0694	0.0843	0.0633	0.0276	0.0622	0.0521	0.0622	0.0411	0.1914	0.0619	0.1914	0.0453
chr2R	1895934	1896113	chr2R:1895935-1896113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0294	0.0341	0.0272	0.0266	0.0127	0.0359	0.0519	0.0326	0.0127	0.0187	0.0305	0.0187	0.0496	0.0145	0.0387	0.0145	0.0453
chr2R	1896761	1896912	chr2R:1896762-1896912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0345	0.0221	0.0145	0.0201	0.0262	0.0549	0.0346	0.0201	0.0199	0.026	0.0199	0.0287	0.0138	0.0187	0.0138	0.0177
chr2R	1901017	1901308	chr2R:1901018-1901308	FBgn0033050	Pngl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.079	0.0575	0.0967	0.0836	0.0148	0.0762	0.058	0.0799	0.0148	0.0719	0.1077	0.0719	0.1596	0.0475	0.0761	0.0475	0.1595
chr2R	1902753	1902934	chr2R:1902754-1902934	FBgn0000043	Act42A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0682	0.0584	0.0872	0.0582	0.0244	0.068	0.0606	0.0833	0.0244	0.1027	0.0942	0.1027	0.0922	0.0459	0.0587	0.0459	0.0896
chr2R	1903100	1903284	chr2R:1903101-1903284	FBgn0000043	Act42A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.203	0.1906	0.2369	0.1796	0.1326	0.2364	0.1912	0.2245	0.1326	0.3013	0.2572	0.3013	0.2184	0.1708	0.2012	0.1708	0.2069
chr2R	1903425	1903605	chr2R:1903426-1903605	FBgn0000043	Act42A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1843	0.155	0.2175	0.1805	0.088	0.1985	0.1514	0.1859	0.088	0.2645	0.2379	0.2645	0.2184	0.1753	0.1941	0.1753	0.211
chr2R	1903826	1903998	chr2R:1903827-1903998	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0914	0.09	0.1003	0.0834	0.0594	0.1165	0.0848	0.1146	0.0594	0.1425	0.1071	0.1425	0.0945	0.1118	0.0909	0.1118	0.1011
chr2R	1904485	1904681	chr2R:1904486-1904681	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.135	0.1147	0.158	0.1326	0.0753	0.1393	0.1116	0.1499	0.0753	0.2126	0.1756	0.2126	0.1464	0.1616	0.1302	0.1616	0.1668
chr2R	1905135	1905343	chr2R:1905136-1905343	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.1004	0.1713	0.1305	0.0467	0.1413	0.0882	0.1299	0.0467	0.2071	0.1984	0.2071	0.1898	0.1409	0.136	0.1409	0.1668
chr2R	1908009	1908160	chr2R:1908010-1908160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0586	0.0213	0.0139	0.0604	0.0456	0.0653	0.0813	0.0604	0.0169	0.028	0.0169	0.0256	0.0138	0.0116	0.0138	0.0219
chr2R	1908221	1908372	chr2R:1908222-1908372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0347	0.0637	0.0246	0.0135	0.0435	0.0583	0.0817	0.0713	0.0435	0.0211	0.0315	0.0211	0.0271	0.0092	0.0103	0.0092	0.0245
chr2R	1910285	1910436	chr2R:1910286-1910436	FBgn0033051	dream	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.019	0.0125	0.0213	0.0238	0.0064	0.0141	0.0173	0.0113	0.0064	0.0139	0.0164	0.0139	0.0496	0.0138	0.0271	0.0138	0.049
chr2R	1910538	1910915	chr2R:1910539-1910915	FBgn0033051	dream	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0496	0.0315	0.0447	0.0753	0.0148	0.0374	0.0424	0.0306	0.0148	0.0296	0.0376	0.0296	0.1278	0.0276	0.0658	0.0276	0.1866
chr2R	1920744	1920895	chr2R:1920745-1920895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.039	0.0472	0.0345	0.0348	0.0212	0.0451	0.0644	0.052	0.0212	0.0314	0.0392	0.0314	0.0519	0.0314	0.0213	0.0314	0.0677
chr2R	1922919	1923140	chr2R:1922920-1923140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1009	0.0781	0.1198	0.1056	0.0435	0.0947	0.0952	0.0826	0.0435	0.1606	0.1408	0.1606	0.1046	0.1554	0.127	0.1554	0.0933
chr2R	1923244	1923424	chr2R:1923245-1923424	FBgn0033052	SCAP	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0539	0.0436	0.0646	0.0538	0.017	0.0481	0.0588	0.044	0.017	0.0833	0.072	0.0833	0.0682	0.0505	0.0677	0.0505	0.0578
chr2R	1923469	1923745	chr2R:1923470-1923745	FBgn0033052	SCAP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0982	0.0963	0.1072	0.0902	0.0562	0.0942	0.1146	0.1186	0.0562	0.1202	0.1183	0.1202	0.1348	0.0934	0.0967	0.0934	0.1131
chr2R	1923828	1924024	chr2R:1923829-1924024	FBgn0033052	SCAP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1803	0.1705	0.2122	0.1564	0.1092	0.1893	0.1946	0.2059	0.1092	0.2579	0.2296	0.2579	0.2517	0.1784	0.1689	0.1784	0.1923
chr2R	1924029	1924235	chr2R:1924030-1924235	FBgn0033052	SCAP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1584	0.1608	0.1855	0.126	0.1251	0.1757	0.1912	0.1779	0.1251	0.2307	0.2061	0.2307	0.1921	0.1194	0.1386	0.1194	0.1652
chr2R	1925145	1925429	chr2R:1925146-1925429	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1056	0.1408	0.1148	0.056	0.0954	0.1597	0.1337	0.1979	0.0954	0.1196	0.1585	0.1196	0.072	0.0528	0.0735	0.0528	0.0438
chr2R	1927809	1927960	chr2R:1927810-1927960	FBgn0033054	CG14591	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0176	0.0204	0.04	0.0148	0.0155	0.0247	0.0147	0.0148	0.0175	0.0203	0.0175	0.0132	0.0153	0.0084	0.0153	0.0193
chr2R	1929375	1929820	chr2R:1929376-1929820	FBgn0033055	tbce	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.0781	0.1069	0.1108	0.0329	0.0908	0.08	0.1079	0.0329	0.0882	0.1305	0.0882	0.1309	0.1156	0.1238	0.1156	0.1318
chr2R	1930042	1930223	chr2R:1930043-1930223	FBgn0033055	tbce	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1289	0.1666	0.138	0.0774	0.1519	0.1337	0.1592	0.0774	0.1999	0.1891	0.1999	0.1712	0.1516	0.1541	0.1516	0.1704
chr2R	1930280	1930431	chr2R:1930281-1930431	FBgn0033055	tbce	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0777	0.0661	0.0931	0.0738	0.0339	0.0743	0.0727	0.0919	0.0339	0.1063	0.1064	0.1063	0.0991	0.0773	0.089	0.0773	0.0933
chr2R	1938298	1938449	chr2R:1938299-1938449	FBgn0033058	CCHa2r	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.009	0.0114	0.029	0.0032	0.0092	0.0138	0.0087	0.0032	0.0133	0.009	0.0133	0.0132	0.0054	0.0071	0.0054	0.0083
chr2R	1944248	1944399	chr2R:1944249-1944399	distal	distal	none	none	VT12403.1	VT12403.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0117	0.011	0.0108	0.0135	0.0032	0.0121	0.0173	0.0113	0.0032	0.0151	0.0084	0.0151	0.0155	0.0145	0.0148	0.0145	0.0234
chr2R	1949527	1949678	chr2R:1949528-1949678	distal	distal	none	none	VT12405.1	VT12405.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0106	0.0093	0.0085	0.0142	0.0021	0.0087	0.0134	0.0107	0.0021	0.0115	0.0084	0.0115	0.0093	0.0069	0.0064	0.0069	0.0328
chr2R	1949873	1950024	chr2R:1949874-1950024	distal	distal	stage14	stage14	VT12405.1	VT12405.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0127	0.012	0.0113	0.0152	0.0042	0.0112	0.0203	0.01	0.0042	0.0121	0.01	0.0121	0.0186	0.0161	0.0064	0.0161	0.0297
chr2R	1953633	1953784	chr2R:1953634-1953784	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0181	0.0265	0.0171	0.0096	0.0074	0.0456	0.0247	0.0273	0.0074	0.0187	0.0199	0.0187	0.0163	0.0153	0.0103	0.0153	0.0109
chr2R	1957750	1958179	chr2R:1957751-1958179	distal	distal	stage5	stage5	VT12410.1	VT12410.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0422	0.0745	0.031	0.0185	0.0435	0.0791	0.09	0.0826	0.0435	0.0362	0.0315	0.0362	0.0395	0.0207	0.0129	0.0207	0.0109
chr2R	1963815	1963997	chr2R:1963816-1963997	FBgn0033059,FBgn0033060	CG7845,CG7849	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1736	0.1695	0.2009	0.1483	0.1315	0.1913	0.1903	0.1726	0.1315	0.2403	0.217	0.2403	0.2084	0.1577	0.1599	0.1577	0.1834
chr2R	1964003	1964166	chr2R:1964004-1964166	FBgn0033059,FBgn0033060	CG7845,CG7849	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1308	0.1209	0.1523	0.1182	0.0965	0.1461	0.1311	0.1272	0.0965	0.1932	0.1624	0.1932	0.1588	0.1217	0.1302	0.1217	0.1475
chr2R	1964317	1964502	chr2R:1964318-1964502	FBgn0033059,FBgn0033060	CG7845,CG7849	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.146	0.1241	0.1671	0.1472	0.0795	0.1408	0.1419	0.1346	0.0795	0.2271	0.1717	0.2271	0.165	0.1708	0.1605	0.1708	0.172
chr2R	1964654	1964996	chr2R:1964655-1964996	FBgn0033060	CG7849	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.069	0.0644	0.0871	0.0543	0.0382	0.0694	0.0813	0.072	0.0382	0.1135	0.0907	0.1135	0.0953	0.0727	0.0613	0.0727	0.0646
chr2R	1972576	1972727	chr2R:1972577-1972727	FBgn0033062	Ars2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.052	0.0517	0.0618	0.0416	0.0286	0.0568	0.064	0.054	0.0286	0.0773	0.0682	0.0773	0.055	0.0398	0.0348	0.0398	0.0615
chr2R	1972809	1973058	chr2R:1972810-1973058	FBgn0033062	Ars2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1187	0.1254	0.141	0.0869	0.0817	0.1306	0.1531	0.1386	0.0817	0.1618	0.1643	0.1618	0.1239	0.0873	0.0974	0.0873	0.1001
chr2R	1973082	1973287	chr2R:1973083-1973287	FBgn0033062	Ars2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1797	0.1826	0.2081	0.1454	0.1357	0.1888	0.2085	0.2298	0.1357	0.2542	0.2331	0.2542	0.2014	0.17	0.1593	0.17	0.1699
chr2R	1973587	1973749	chr2R:1973588-1973749	FBgn0033062	Ars2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0611	0.0567	0.0817	0.0434	0.0329	0.0675	0.0593	0.068	0.0329	0.0912	0.0997	0.0912	0.0751	0.0597	0.058	0.0597	0.0516
chr2R	1976575	1976786	chr2R:1976576-1976786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0342	0.0192	0.0332	0.0519	0.0085	0.0204	0.0229	0.0247	0.0085	0.0284	0.0395	0.0284	0.0473	0.013	0.107	0.013	0.0745
chr2R	1976845	1977110	chr2R:1976846-1977110	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0441	0.0366	0.0501	0.0457	0.018	0.0485	0.0385	0.042	0.018	0.0429	0.0643	0.0429	0.062	0.0191	0.0883	0.0191	0.0589
chr2R	1989544	1989838	chr2R:1989545-1989838	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0479	0.0295	0.0549	0.0606	0.0127	0.0359	0.0368	0.0306	0.0127	0.0537	0.0595	0.0537	0.0852	0.0613	0.1115	0.0613	0.0724
chr2R	1989979	1990258	chr2R:1989980-1990258	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0963	0.0376	0.1102	0.1468	0.0106	0.0602	0.0342	0.046	0.0106	0.122	0.1106	0.122	0.1828	0.2144	0.1986	0.2144	0.1959
chr2R	1990378	1990634	chr2R:1990379-1990634	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0425	0.0294	0.0466	0.0525	0.0159	0.0383	0.0272	0.04	0.0159	0.0417	0.0492	0.0417	0.0713	0.0689	0.089	0.0689	0.0599
chr2R	1991334	1991513	chr2R:1991335-1991513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0142	0.0291	0.0202	0.0095	0.0131	0.0151	0.022	0.0095	0.0368	0.0289	0.0368	0.0341	0.0153	0.0193	0.0153	0.0162
chr2R	1991588	1991927	chr2R:1991589-1991927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0381	0.0265	0.0468	0.0415	0.0117	0.0296	0.0281	0.0386	0.0117	0.0586	0.0441	0.0586	0.0596	0.0429	0.0387	0.0429	0.0349
chr2R	1992600	1992870	chr2R:1992601-1992870	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0454	0.0477	0.0563	0.0308	0.0127	0.0922	0.0428	0.0393	0.0127	0.1063	0.054	0.1063	0.0511	0.0658	0.0477	0.0658	0.0172
chr2R	1993085	1993236	chr2R:1993086-1993236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0206	0.0226	0.0249	0.0138	0.0064	0.0325	0.026	0.0207	0.0064	0.035	0.0257	0.035	0.024	0.023	0.0148	0.023	0.0162
chr2R	1996185	1996336	chr2R:1996186-1996336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0224	0.0222	0.0297	0.0148	0.0085	0.0252	0.0234	0.034	0.0085	0.038	0.0341	0.038	0.0287	0.01	0.0361	0.01	0.0125
chr2R	1996344	1996495	chr2R:1996345-1996495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0172	0.0232	0.0149	0.0064	0.0228	0.0134	0.0293	0.0064	0.0254	0.0267	0.0254	0.0248	0.01	0.0387	0.01	0.0104
chr2R	1997972	1998123	chr2R:1997973-1998123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0239	0.0232	0.0109	0.0095	0.0335	0.0255	0.0266	0.0095	0.026	0.0283	0.026	0.0271	0.01	0.0161	0.01	0.0094
chr2R	1998318	1998469	chr2R:1998319-1998469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0195	0.025	0.0214	0.0113	0.0117	0.0354	0.0294	0.0233	0.0117	0.029	0.0232	0.029	0.0294	0.0084	0.0174	0.0084	0.0146
chr2R	2002640	2002791	chr2R:2002641-2002791	distal	distal	stage5	stage5	VT12431.1	VT12431.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0237	0.0299	0.0254	0.015	0.0138	0.0252	0.0376	0.0413	0.0138	0.0205	0.0199	0.0205	0.0697	0.01	0.0129	0.01	0.0318
chr2R	2002797	2002948	chr2R:2002798-2002948	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12431.1	VT12431.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0328	0.0269	0.0437	0.0274	0.0127	0.035	0.0298	0.0273	0.0127	0.0332	0.0312	0.0332	0.134	0.0168	0.0161	0.0168	0.0698
chr2R	2002989	2003152	chr2R:2002990-2003152	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12431.1	VT12431.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0477	0.0263	0.0647	0.0529	0.0085	0.0408	0.0277	0.026	0.0085	0.0592	0.0402	0.0592	0.1936	0.0329	0.038	0.0329	0.1245
chr2R	2004153	2004372	chr2R:2004154-2004372	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0889	0.0785	0.1049	0.083	0.0371	0.0913	0.0865	0.0946	0.0371	0.1165	0.1293	0.1165	0.1216	0.0582	0.1244	0.0582	0.1235
chr2R	2004807	2004958	chr2R:2004808-2004958	distal	distal	stage14	stage14	VT12433.1	VT12433.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0368	0.0289	0.0423	0.0397	0.0064	0.0325	0.0346	0.036	0.0064	0.055	0.0424	0.055	0.0496	0.0368	0.0451	0.0368	0.0657
chr2R	2005071	2005286	chr2R:2005072-2005286	distal	distal	stage14	stage14	VT12433.1	VT12433.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0315	0.0172	0.0277	0.0518	0.0042	0.0199	0.0203	0.02	0.0042	0.035	0.028	0.035	0.0372	0.059	0.0368	0.059	0.1032
chr2R	2006668	2006831	chr2R:2006669-2006831	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12433.1	VT12433.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0552	0.0315	0.0701	0.0655	0.0117	0.0364	0.0355	0.0453	0.0117	0.0477	0.1119	0.0477	0.0596	0.0306	0.1825	0.0306	0.0505
chr2R	2008009	2008279	chr2R:2008010-2008279	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1447	0.1762	0.136	0.1189	0.1495	0.1913	0.2154	0.1752	0.1495	0.1914	0.0894	0.1914	0.2324	0.1516	0.0974	0.1516	0.2142
chr2R	2008433	2008615	chr2R:2008434-2008615	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0522	0.0688	0.0548	0.0308	0.035	0.0752	0.0779	0.0819	0.035	0.0785	0.0428	0.0785	0.0534	0.0345	0.0316	0.0345	0.0401
chr2R	2009722	2010000	chr2R:2009723-2010000	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1929	0.2277	0.2484	0.0933	0.1676	0.2801	0.218	0.2638	0.1676	0.4342	0.2473	0.4342	0.1541	0.1662	0.0903	0.1662	0.1324
chr2R	2012465	2012824	chr2R:2012466-2012824	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0793	0.0748	0.0942	0.0681	0.0445	0.0684	0.0848	0.1099	0.0445	0.0537	0.1614	0.0537	0.0767	0.0184	0.2147	0.0184	0.0412
chr2R	2012923	2013074	chr2R:2012924-2013074	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0557	0.0465	0.0747	0.0451	0.0212	0.0597	0.0402	0.0693	0.0212	0.0652	0.1212	0.0652	0.0519	0.0199	0.136	0.0199	0.024
chr2R	2013088	2013329	chr2R:2013089-2013329	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0764	0.0774	0.0863	0.0645	0.0488	0.1015	0.0727	0.1079	0.0488	0.1069	0.1158	0.1069	0.0736	0.0827	0.1296	0.0827	0.0563
chr2R	2014176	2014327	chr2R:2014177-2014327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0442	0.0296	0.0128	0.0159	0.0602	0.0407	0.052	0.0159	0.0399	0.0395	0.0399	0.0139	0.0115	0.0219	0.0115	0.0141
chr2R	2018821	2018972	chr2R:2018822-2018972	distal	distal	none	none	VT12440.1	VT12440.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.0679	0.0938	0.0418	0.0233	0.1078	0.0562	0.0813	0.0233	0.1202	0.0916	0.1202	0.1255	0.0452	0.0587	0.0452	0.0532
chr2R	2019435	2019676	chr2R:2019436-2019676	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12440.1,VT12441.1	VT12440.1,VT12441.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.321	0.3012	0.3819	0.2763	0.2375	0.3607	0.2937	0.3698	0.2375	0.4819	0.4151	0.4819	0.3617	0.3017	0.2959	0.3017	0.3387
chr2R	2020272	2020477	chr2R:2020273-2020477	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12441.1	VT12441.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1535	0.1316	0.1982	0.1288	0.0753	0.1762	0.1081	0.1799	0.0753	0.2687	0.208	0.2687	0.2146	0.1891	0.1289	0.1891	0.1433
chr2R	2020572	2020884	chr2R:2020573-2020884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12441.1	VT12441.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.234	0.1269	0.307	0.2736	0.0477	0.1942	0.0978	0.1712	0.0477	0.3979	0.3106	0.3979	0.3625	0.317	0.2747	0.317	0.3048
chr2R	2021018	2021246	chr2R:2021019-2021246	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12441.1,VT12442.1	VT12441.1,VT12442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2026	0.0914	0.291	0.2301	0.0233	0.1539	0.0631	0.1226	0.0233	0.378	0.3232	0.378	0.33	0.268	0.2437	0.268	0.2652
chr2R	2021663	2021856	chr2R:2021664-2021856	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT12442.1	VT12442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.132	0.1579	0.1582	0.0742	0.1092	0.199	0.1337	0.2172	0.1092	0.2572	0.1707	0.2572	0.1084	0.0965	0.0787	0.0965	0.074
chr2R	2021902	2022053	chr2R:2021903-2022053	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT12442.1	VT12442.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0945	0.1211	0.1093	0.0485	0.0764	0.1583	0.0917	0.1692	0.0764	0.1787	0.1148	0.1787	0.0751	0.0636	0.0548	0.0636	0.0443
chr2R	2028735	2029302	chr2R:2028736-2029302	FBgn0011958	tRNA:R2:42Ad	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0987	0.1074	0.1114	0.0751	0.0562	0.1078	0.1298	0.1266	0.0562	0.0942	0.1154	0.0942	0.1998	0.0597	0.0832	0.0597	0.1079
chr2R	2029585	2029788	chr2R:2029586-2029788	FBgn0011891,FBgn0011958	tRNA:K2:42Ae,tRNA:R2:42Ad	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1624	0.1854	0.1819	0.1153	0.1516	0.1762	0.2163	0.2005	0.1516	0.2252	0.1942	0.2252	0.227	0.16	0.1135	0.16	0.1542
chr2R	2029840	2030024	chr2R:2029841-2030024	FBgn0011891,FBgn0011958	tRNA:K2:42Ae,tRNA:R2:42Ad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1929	0.2061	0.219	0.1493	0.1739	0.2141	0.2405	0.2232	0.1739	0.2935	0.2215	0.2935	0.2517	0.2205	0.1399	0.2205	0.2074
chr2R	2030197	2030376	chr2R:2030198-2030376	FBgn0011891	tRNA:K2:42Ae	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.0518	0.0769	0.0706	0.0276	0.0636	0.0593	0.054	0.0276	0.1002	0.0704	0.1002	0.1061	0.0995	0.0542	0.0995	0.1157
chr2R	2032185	2032403	chr2R:2032186-2032403	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12447.1	VT12447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0554	0.0314	0.0655	0.071	0.0064	0.0529	0.032	0.0253	0.0064	0.1256	0.0405	0.1256	0.0937	0.1417	0.0548	0.1417	0.0849
chr2R	2033174	2033345	chr2R:2033175-2033345	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0422	0.0594	0.0431	0.022	0.0329	0.0772	0.0774	0.0466	0.0329	0.0749	0.0283	0.0749	0.0612	0.0245	0.0168	0.0245	0.0406
chr2R	2035548	2035729	chr2R:2035549-2035729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0589	0.0355	0.0141	0.0244	0.0738	0.0744	0.052	0.0244	0.0513	0.0341	0.0513	0.0318	0.0153	0.02	0.0153	0.0146
chr2R	2038680	2038979	chr2R:2038681-2038979	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12451.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2481	0.2018	0.3058	0.2365	0.1198	0.2379	0.2258	0.2358	0.1198	0.3829	0.336	0.3829	0.2897	0.2473	0.254	0.2473	0.2564
chr2R	2040093	2040273	chr2R:2040094-2040273	FBgn0011937,FBgn0011938	tRNA:N5:42Ag,tRNA:N5:42Ah	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1448	0.1562	0.1577	0.1178	0.1294	0.1597	0.186	0.1632	0.1294	0.1975	0.1633	0.1975	0.1782	0.1432	0.1057	0.1432	0.1673
chr2R	2040575	2040750	chr2R:2040576-2040750	FBgn0011936,FBgn0011937,FBgn0011938	tRNA:N5:42Af,tRNA:N5:42Ag,tRNA:N5:42Ah	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1132	0.1363	0.115	0.0855	0.1103	0.1252	0.1704	0.1552	0.1103	0.1401	0.1219	0.1401	0.1278	0.098	0.0922	0.098	0.1266
chr2R	2043849	2044029	chr2R:2043850-2044029	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0828	0.0497	0.0891	0.1129	0.0201	0.0481	0.0606	0.0706	0.0201	0.0664	0.117	0.0664	0.1263	0.1348	0.1244	0.1348	0.1412
chr2R	2044120	2044313	chr2R:2044121-2044313	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0894	0.0356	0.0947	0.1437	0.0117	0.0461	0.0389	0.0446	0.0117	0.0725	0.1148	0.0725	0.1425	0.1554	0.1528	0.1554	0.1803
chr2R	2044553	2044761	chr2R:2044554-2044761	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0797	0.0375	0.0697	0.138	0.0138	0.0451	0.0476	0.0366	0.0138	0.061	0.0772	0.061	0.1053	0.0904	0.167	0.0904	0.185
chr2R	2045567	2045718	chr2R:2045568-2045718	FBgn0264505	CR43904	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0329	0.0182	0.0362	0.0458	0.0053	0.018	0.0303	0.0187	0.0053	0.0121	0.0595	0.0121	0.0349	0.013	0.1251	0.013	0.0417
chr2R	2046474	2046741	chr2R:2046475-2046741	FBgn0264505	CR43904	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0315	0.0556	0.1299	0.0127	0.033	0.0385	0.0413	0.0127	0.0453	0.0498	0.0453	0.0914	0.1562	0.1219	0.1562	0.2001
chr2R	2047309	2047460	chr2R:2047310-2047460	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0435	0.0432	0.0362	0.0518	0.0212	0.0374	0.0631	0.0473	0.0212	0.0411	0.0405	0.0411	0.0341	0.1156	0.0374	0.1156	0.0469
chr2R	2048978	2049162	chr2R:2048979-2049162	FBgn0011933,FBgn0011957	tRNA:N5:42Ac,tRNA:R2:42Ac	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0935	0.164	0.0797	0.0299	0.1686	0.1316	0.2197	0.1692	0.1686	0.1008	0.0904	0.1008	0.0798	0.0513	0.0264	0.0513	0.036
chr2R	2049600	2049821	chr2R:2049601-2049821	FBgn0011889,FBgn0011931,FBgn0011932,FBgn0011933	tRNA:K2:42Ac,tRNA:N5:42Aa,tRNA:N5:42Ab,tRNA:N5:42Ac	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.1324	0.0905	0.0692	0.1209	0.1296	0.1626	0.1379	0.1209	0.1244	0.0884	0.1244	0.1139	0.1256	0.0355	0.1256	0.1084
chr2R	2049929	2050129	chr2R:2049930-2050129	FBgn0011889,FBgn0011931,FBgn0011932,FBgn0011933	tRNA:K2:42Ac,tRNA:N5:42Aa,tRNA:N5:42Ab,tRNA:N5:42Ac	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1335	0.1724	0.1331	0.0905	0.1622	0.1728	0.2063	0.1779	0.1622	0.1793	0.1363	0.1793	0.1418	0.1554	0.0587	0.1554	0.136
chr2R	2052349	2052510	chr2R:2052350-2052510	FBgn0011888	tRNA:K2:42Ab	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0707	0.1118	0.0582	0.0386	0.1135	0.0898	0.1393	0.1326	0.1135	0.0622	0.0601	0.0622	0.0875	0.0505	0.0251	0.0505	0.0677
chr2R	2053453	2053690	chr2R:2053454-2053690	FBgn0011880,FBgn0011887	tRNA:I:42A,tRNA:K2:42Aa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1304	0.168	0.1223	0.0972	0.1686	0.1539	0.2128	0.1526	0.1686	0.1516	0.1232	0.1516	0.1634	0.1485	0.0761	0.1485	0.1652
chr2R	2054313	2054669	chr2R:2054314-2054669	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0948	0.1448	0.0862	0.0483	0.1018	0.1422	0.1522	0.2012	0.1018	0.0857	0.0952	0.0857	0.0984	0.0697	0.0432	0.0697	0.0589
chr2R	2055840	2056138	chr2R:2055841-2056138	FBgn0000546	EcR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1047	0.1669	0.1585	0.0668	0.118	0.1168	0.1279	0.0668	0.1377	0.2424	0.1377	0.1929	0.2175	0.2211	0.2175	0.2121
chr2R	2056478	2056667	chr2R:2056479-2056667	FBgn0000546,FBgn0011956	EcR,tRNA:R2:42Ab	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.092	0.0492	0.0971	0.1341	0.0201	0.0612	0.0619	0.0473	0.0201	0.0737	0.126	0.0737	0.1402	0.1815	0.1683	0.1815	0.197
chr2R	2057002	2057204	chr2R:2057003-2057204	FBgn0000546,FBgn0011956	EcR,tRNA:R2:42Ab	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1745	0.1797	0.1935	0.1479	0.1421	0.185	0.2115	0.2032	0.1421	0.2355	0.2138	0.2355	0.196	0.1822	0.1554	0.1822	0.2027
chr2R	2058985	2059213	chr2R:2058986-2059213	FBgn0011890,FBgn0050316	tRNA:CR30316,tRNA:K2:42Ad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2023	0.1884	0.2132	0.2058	0.1665	0.1971	0.218	0.1945	0.1665	0.2548	0.2299	0.2548	0.2463	0.242	0.2121	0.242	0.2548
chr2R	2065794	2065966	chr2R:2065795-2065966	FBgn0011955	tRNA:R2:42Aa	none	none	EcR_CE	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0471	0.0261	0.0227	0.0509	0.0359	0.0683	0.0446	0.0509	0.0338	0.0251	0.0338	0.0364	0.0383	0.0251	0.0383	0.0307
chr2R	2066051	2066235	chr2R:2066052-2066235	FBgn0011955	tRNA:R2:42Aa	stage5	none	EcR_CE	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.1124	0.0666	0.0624	0.1039	0.0883	0.1583	0.1179	0.1039	0.0773	0.0762	0.0773	0.0829	0.124	0.0593	0.124	0.0797
chr2R	2066584	2066735	chr2R:2066585-2066735	FBgn0011955,FBgn0040502	CG8343,tRNA:R2:42Aa	stage5	none	EcR_AB	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0219	0.0287	0.0209	0.0153	0.0201	0.0194	0.045	0.03	0.0201	0.0199	0.0257	0.0199	0.024	0.0375	0.0064	0.0375	0.0151
chr2R	2068563	2068890	chr2R:2068564-2068890	FBgn0033067	CG11211	none	none	EcR_AB	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0441	0.084	0.0307	0.0143	0.0944	0.0233	0.1691	0.0626	0.0944	0.0223	0.0476	0.0223	0.0279	0.0214	0.0155	0.0214	0.0162
chr2R	2069002	2069153	chr2R:2069003-2069153	FBgn0033067	CG11211	none	none	EcR_AB	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0269	0.0546	0.0161	0.0079	0.0753	0.018	0.1042	0.036	0.0753	0.0109	0.026	0.0109	0.0124	0.0069	0.0071	0.0069	0.012
chr2R	2070086	2070300	chr2R:2070087-2070300	distal	distal	none	none	EcR_AB	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0709	0.0165	0.0072	0.0954	0.0248	0.141	0.038	0.0954	0.0157	0.0209	0.0157	0.0178	0.0084	0.0077	0.0084	0.0099
chr2R	2070799	2070950	chr2R:2070800-2070950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0258	0.0583	0.0121	0.0046	0.0721	0.017	0.1228	0.0326	0.0721	0.0121	0.0164	0.0121	0.0077	0.0061	0.0052	0.0061	0.0047
chr2R	2074069	2074220	chr2R:2074070-2074220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0282	0.0588	0.0174	0.006	0.0562	0.0495	0.0947	0.0433	0.0562	0.0223	0.0212	0.0223	0.0163	0.0077	0.0052	0.0077	0.0052
chr2R	2077307	2077524	chr2R:2077308-2077524	FBgn0011934,FBgn0011935	tRNA:N5:42Ad,tRNA:N5:42Ae	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0864	0.1099	0.0905	0.0557	0.1145	0.1015	0.1492	0.0906	0.1145	0.1298	0.0974	0.1298	0.0821	0.0704	0.0529	0.0704	0.0834
chr2R	2077755	2077958	chr2R:2077756-2077958	FBgn0011934,FBgn0011935	tRNA:N5:42Ad,tRNA:N5:42Ae	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2163	0.2334	0.2392	0.172	0.1909	0.2578	0.2699	0.2605	0.1909	0.3194	0.2588	0.3194	0.237	0.2136	0.1644	0.2136	0.2303
chr2R	2080539	2080690	chr2R:2080540-2080690	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.049	0.084	0.0308	0.0298	0.0827	0.035	0.1618	0.064	0.0827	0.0187	0.0534	0.0187	0.0201	0.0107	0.0838	0.0107	0.0162
chr2R	2081363	2081613	chr2R:2081364-2081613	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.108	0.2074	0.0808	0.0269	0.1707	0.1617	0.2729	0.2652	0.1707	0.0646	0.1376	0.0646	0.0511	0.0329	0.0484	0.0329	0.0214
chr2R	2081749	2081967	chr2R:2081750-2081967	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1027	0.2006	0.0806	0.0175	0.175	0.1092	0.2842	0.2751	0.175	0.0266	0.1682	0.0266	0.0287	0.0092	0.0458	0.0092	0.0099
chr2R	2083002	2083289	chr2R:2083003-2083289	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.096	0.1454	0.1009	0.0355	0.1357	0.0777	0.2167	0.1839	0.1357	0.0435	0.1701	0.0435	0.0697	0.0214	0.0554	0.0214	0.0229
chr2R	2083413	2083612	chr2R:2083414-2083612	FBgn0262867	Ptr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1498	0.2053	0.168	0.0677	0.2365	0.1272	0.2729	0.2425	0.2365	0.0598	0.2997	0.0598	0.1572	0.0322	0.1754	0.0322	0.0594
chr2R	2083707	2083966	chr2R:2083708-2083966	FBgn0262867	Ptr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2046	0.2962	0.2115	0.0946	0.3171	0.1777	0.4109	0.3551	0.3171	0.0707	0.3836	0.0707	0.1898	0.0681	0.2424	0.0681	0.0641
chr2R	2085012	2085266	chr2R:2085013-2085266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0609	0.0879	0.0497	0.043	0.0764	0.0529	0.157	0.0766	0.0764	0.0568	0.065	0.0568	0.0418	0.0934	0.0329	0.0934	0.0474
chr2R	2087307	2087488	chr2R:2087308-2087488	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0533	0.1215	0.0225	0.0109	0.1389	0.0408	0.2236	0.1039	0.1389	0.0193	0.0325	0.0193	0.0232	0.0107	0.0161	0.0107	0.0125
chr2R	2088506	2088657	chr2R:2088507-2088657	FBgn0033069	CG8335	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0313	0.0669	0.0173	0.007	0.0594	0.0301	0.1306	0.0513	0.0594	0.0133	0.0254	0.0133	0.017	0.0107	0.0064	0.0107	0.0073
chr2R	2089789	2089940	chr2R:2089790-2089940	FBgn0050431	CG30431	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0197	0.0238	0.0165	0.0185	0.0064	0.0165	0.0411	0.0273	0.0064	0.0169	0.017	0.0169	0.0256	0.01	0.0058	0.01	0.0542
chr2R	2090079	2090343	chr2R:2090080-2090343	FBgn0050431	CG30431	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0417	0.0275	0.0267	0.0191	0.0296	0.064	0.0586	0.0191	0.0254	0.0277	0.0254	0.055	0.0084	0.02	0.0084	0.0719
chr2R	2093473	2093673	chr2R:2093474-2093673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0243	0.0284	0.025	0.0191	0.0148	0.0165	0.0562	0.0247	0.0148	0.0205	0.026	0.0205	0.0418	0.013	0.0142	0.013	0.0433
chr2R	2093780	2093931	chr2R:2093781-2093931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0205	0.0268	0.0183	0.0159	0.0223	0.0175	0.0489	0.0213	0.0223	0.0163	0.0225	0.0163	0.0248	0.0184	0.0097	0.0184	0.0292
chr2R	2094086	2094237	chr2R:2094087-2094237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0214	0.0268	0.0183	0.0188	0.0191	0.0194	0.0458	0.0233	0.0191	0.0169	0.0196	0.0169	0.0287	0.0123	0.0116	0.0123	0.0412
chr2R	2094364	2094515	chr2R:2094365-2094515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0192	0.0222	0.0208	0.0141	0.0148	0.016	0.0355	0.0213	0.0148	0.0199	0.0235	0.0199	0.0349	0.01	0.0123	0.01	0.0261
chr2R	2101625	2101795	chr2R:2101626-2101795	FBgn0021847,FBgn0263144	bin3,l(2)k14710	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2454	0.2565	0.2659	0.2107	0.2174	0.2767	0.2971	0.2725	0.2174	0.3243	0.292	0.3243	0.2533	0.2175	0.2282	0.2175	0.2538
chr2R	2101965	2102150	chr2R:2101966-2102150	FBgn0021847,FBgn0263144	bin3,l(2)k14710	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.194	0.1806	0.2206	0.1798	0.1463	0.2209	0.1778	0.2045	0.1463	0.285	0.2402	0.285	0.2115	0.1861	0.1883	0.1861	0.223
chr2R	2102278	2102468	chr2R:2102279-2102468	FBgn0263144	bin3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0942	0.0927	0.1112	0.0773	0.0668	0.1078	0.0995	0.1093	0.0668	0.1473	0.1158	0.1473	0.1239	0.0812	0.0851	0.0812	0.0891
chr2R	2102966	2103117	chr2R:2102967-2103117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0259	0.0221	0.0282	0.0279	0.017	0.0233	0.0281	0.0213	0.017	0.0435	0.0277	0.0435	0.0294	0.0666	0.0193	0.0666	0.0229
chr2R	2107328	2107516	chr2R:2107329-2107516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0635	0.0548	0.0695	0.0667	0.0456	0.068	0.0614	0.0593	0.0456	0.1014	0.0669	0.1014	0.0775	0.0842	0.0838	0.0842	0.0829
chr2R	2107904	2108083	chr2R:2107905-2108083	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2082	0.1833	0.2516	0.1883	0.1463	0.218	0.1843	0.2219	0.1463	0.3158	0.2659	0.3158	0.2525	0.2236	0.2063	0.2236	0.2209
chr2R	2108475	2108655	chr2R:2108476-2108655	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2162	0.2099	0.2499	0.1862	0.1792	0.234	0.2232	0.2545	0.1792	0.3116	0.2685	0.3116	0.244	0.2075	0.1889	0.2075	0.2371
chr2R	2108785	2109221	chr2R:2108786-2109221	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2164	0.2537	0.2302	0.1594	0.2344	0.2689	0.2807	0.2885	0.2344	0.3116	0.2145	0.3116	0.2262	0.1593	0.1309	0.1593	0.174
chr2R	2111446	2111597	chr2R:2111447-2111597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.0667	0.0652	0.0408	0.0382	0.0738	0.0921	0.0666	0.0382	0.087	0.073	0.087	0.0434	0.0482	0.0303	0.0482	0.0568
chr2R	2115053	2115213	chr2R:2115054-2115213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0272	0.0274	0.0217	0.0329	0.017	0.0291	0.0333	0.024	0.017	0.0205	0.0286	0.0205	0.0225	0.0444	0.0309	0.0444	0.0537
chr2R	2121620	2121771	chr2R:2121621-2121771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0218	0.0212	0.022	0.0223	0.0148	0.0199	0.0272	0.026	0.0148	0.0308	0.018	0.0308	0.0302	0.0544	0.0161	0.0544	0.0182
chr2R	2123095	2123449	chr2R:2123096-2123449	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1758	0.0734	0.2181	0.2437	0.0308	0.1175	0.083	0.0613	0.0308	0.3726	0.1849	0.3726	0.2951	0.3338	0.245	0.3338	0.2673
chr2R	2123487	2123733	chr2R:2123488-2123733	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.159	0.1003	0.1843	0.1969	0.0562	0.1282	0.1241	0.0986	0.0562	0.2729	0.1662	0.2729	0.244	0.2289	0.2005	0.2289	0.222
chr2R	2128443	2128779	chr2R:2128444-2128779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0423	0.0606	0.0298	0.0355	0.053	0.0456	0.0882	0.064	0.053	0.0266	0.0331	0.0266	0.0503	0.0329	0.0484	0.0329	0.0532
chr2R	2128794	2129005	chr2R:2128795-2129005	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0381	0.0482	0.0297	0.0359	0.0403	0.0359	0.0662	0.058	0.0403	0.0248	0.0341	0.0248	0.0465	0.0368	0.0432	0.0368	0.0568
chr2R	2129088	2129261	chr2R:2129089-2129261	FBgn0033075	Pld	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0348	0.039	0.0273	0.0383	0.0265	0.0403	0.0506	0.0406	0.0265	0.0236	0.0315	0.0236	0.0395	0.0268	0.0535	0.0268	0.0625
chr2R	2129375	2129532	chr2R:2129376-2129532	FBgn0033075	Pld	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0465	0.0254	0.0289	0.0894	0.0117	0.0291	0.0333	0.0233	0.0117	0.0175	0.0305	0.0175	0.0604	0.0689	0.1277	0.0689	0.1621
chr2R	2129680	2129849	chr2R:2129681-2129849	FBgn0033075	Pld	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0496	0.0217	0.0335	0.0985	0.0074	0.0233	0.0285	0.024	0.0074	0.0229	0.0383	0.0229	0.0612	0.1064	0.1199	0.1064	0.174
chr2R	2132452	2132673	chr2R:2132453-2132673	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0156	0.019	0.0284	0.0085	0.0155	0.0251	0.012	0.0085	0.0145	0.0186	0.0145	0.0418	0.0176	0.0303	0.0176	0.0547
chr2R	2132914	2133065	chr2R:2132915-2133065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0163	0.0098	0.0121	0.0283	0.0032	0.0083	0.0134	0.0133	0.0032	0.0066	0.0129	0.0066	0.0271	0.0046	0.0632	0.0046	0.0401
chr2R	2135453	2135604	chr2R:2135454-2135604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0124	0.011	0.0105	0.016	0.0032	0.0102	0.0195	0.0107	0.0032	0.0079	0.0096	0.0079	0.0248	0.0069	0.0135	0.0069	0.0375
chr2R	2135968	2136119	chr2R:2135969-2136119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0167	0.0241	0.0138	0.0116	0.0064	0.0175	0.042	0.026	0.0064	0.0169	0.0145	0.0169	0.0186	0.0077	0.0123	0.0077	0.0151
chr2R	2138780	2138931	chr2R:2138781-2138931	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.014	0.0239	0.0094	0.0081	0.0148	0.016	0.0476	0.0153	0.0148	0.0091	0.0116	0.0091	0.0085	0.01	0.0084	0.01	0.013
chr2R	2143768	2143919	chr2R:2143769-2143919	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.016	0.0305	0.0082	0.0082	0.0212	0.018	0.0523	0.03	0.0212	0.0091	0.0109	0.0091	0.0062	0.0084	0.0103	0.0084	0.0083
chr2R	2145497	2145648	chr2R:2145498-2145648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0143	0.0244	0.0117	0.006	0.0085	0.015	0.0545	0.0133	0.0085	0.0115	0.0151	0.0115	0.007	0.0046	0.0071	0.0046	0.0078
chr2R	2146255	2146406	chr2R:2146256-2146406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0154	0.0246	0.0141	0.0065	0.0138	0.017	0.0411	0.0286	0.0138	0.0127	0.0193	0.0127	0.0132	0.0038	0.011	0.0038	0.0057
chr2R	2146515	2146666	chr2R:2146516-2146666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0234	0.0322	0.0239	0.0131	0.018	0.0243	0.0484	0.036	0.018	0.0229	0.0354	0.0229	0.0155	0.01	0.0193	0.01	0.0109
chr2R	2148505	2148664	chr2R:2148506-2148664	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0171	0.0318	0.0135	0.0047	0.0265	0.016	0.0597	0.032	0.0265	0.0072	0.0177	0.0072	0.0155	0.0031	0.0077	0.0031	0.0036
chr2R	2154285	2154436	chr2R:2154286-2154436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0234	0.0137	0.0184	0.0085	0.0262	0.0398	0.0153	0.0085	0.0109	0.0129	0.0109	0.0209	0.0138	0.02	0.0138	0.0307
chr2R	2154809	2155018	chr2R:2154810-2155018	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0836	0.1388	0.0392	0.0707	0.1283	0.1175	0.2202	0.1026	0.1283	0.029	0.0376	0.029	0.0689	0.072	0.0709	0.072	0.1199
chr2R	2157336	2157487	chr2R:2157337-2157487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0234	0.0085	0.0206	0.0127	0.0243	0.0359	0.022	0.0127	0.0079	0.0096	0.0079	0.007	0.023	0.0097	0.023	0.0167
chr2R	2158170	2158321	chr2R:2158171-2158321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0258	0.0093	0.0251	0.0148	0.0218	0.0441	0.02	0.0148	0.0091	0.0129	0.0091	0.0085	0.0222	0.0271	0.0222	0.0255
chr2R	2158930	2159082	chr2R:2158931-2159082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0378	0.0422	0.0288	0.0426	0.0233	0.0534	0.048	0.0446	0.0233	0.038	0.026	0.038	0.0387	0.0429	0.0484	0.0429	0.0719
chr2R	2159235	2159455	chr2R:2159236-2159455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1044	0.1059	0.1016	0.1056	0.0594	0.1364	0.1112	0.1272	0.0594	0.1371	0.1132	0.1371	0.11	0.1233	0.1315	0.1233	0.1553
chr2R	2159614	2159813	chr2R:2159615-2159813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0672	0.0673	0.0663	0.035	0.0908	0.0696	0.0746	0.035	0.0749	0.0797	0.0749	0.0767	0.0988	0.0716	0.0988	0.0823
chr2R	2160020	2160354	chr2R:2160021-2160354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0994	0.1335	0.1004	0.0602	0.07	0.1519	0.157	0.1566	0.07	0.1153	0.108	0.1153	0.1255	0.0858	0.0567	0.0858	0.0829
chr2R	2214214	2214390	chr2R:2214215-2214390	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.052	0.0147	0.0152	0.0488	0.0374	0.0869	0.0353	0.0488	0.0133	0.0145	0.0133	0.0163	0.0115	0.0097	0.0115	0.0141
chr2R	2214527	2214678	chr2R:2214528-2214678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0174	0.0278	0.0117	0.0121	0.0201	0.0184	0.0497	0.0227	0.0201	0.0109	0.0132	0.0109	0.0124	0.0077	0.009	0.0077	0.0146
chr2R	2304591	2304742	chr2R:2304592-2304742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0292	0.0075	0.0031	0.0212	0.018	0.0502	0.0266	0.0212	0.006	0.0084	0.006	0.0108	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr2R	2306447	2306598	chr2R:2306448-2306598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0124	0.0267	0.007	0.0025	0.0148	0.0117	0.0588	0.0193	0.0148	0.0091	0.008	0.0091	0.0062	0.0015	0.0026	0.0015	0.0036
chr2R	2307317	2307468	chr2R:2307318-2307468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0319	0.0072	0.0047	0.0223	0.0126	0.0709	0.0193	0.0223	0.0066	0.0096	0.0066	0.0101	0.0031	0.0103	0.0031	0.0036
chr2R	2307533	2307684	chr2R:2307534-2307684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0135	0.0258	0.0082	0.0056	0.0148	0.0131	0.0545	0.0193	0.0148	0.0085	0.0087	0.0085	0.0116	0.0031	0.0077	0.0031	0.0057
chr2R	2323759	2323910	chr2R:2323760-2323910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.0264	0.0103	0.0039	0.0255	0.0136	0.0536	0.0173	0.0255	0.0097	0.0113	0.0097	0.0093	0.0015	0.0064	0.0015	0.0057
chr2R	2324092	2324261	chr2R:2324093-2324261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.023	0.0513	0.0118	0.0038	0.0477	0.0248	0.099	0.0333	0.0477	0.0091	0.0167	0.0091	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chr2R	2338261	2338462	chr2R:2338262-2338462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0217	0.0355	0.017	0.0113	0.0329	0.0199	0.0649	0.0293	0.0329	0.0127	0.0251	0.0127	0.0155	0.0092	0.0193	0.0092	0.013
chr2R	2347356	2347809	chr2R:2347357-2347809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0582	0.0966	0.0477	0.0269	0.0827	0.0563	0.186	0.064	0.0827	0.0519	0.0566	0.0519	0.0511	0.0207	0.0477	0.0207	0.0354
chr2R	2347971	2348122	chr2R:2347972-2348122	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0216	0.0366	0.0156	0.0113	0.0212	0.0282	0.0653	0.028	0.0212	0.0187	0.0167	0.0187	0.0163	0.0115	0.0168	0.0115	0.0125
chr2R	2370030	2370290	chr2R:2370031-2370290	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0211	0.0415	0.0124	0.0078	0.0308	0.015	0.0969	0.0233	0.0308	0.0157	0.0154	0.0157	0.0093	0.0084	0.0097	0.0084	0.0078
chr2R	2370541	2370700	chr2R:2370542-2370700	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0232	0.0543	0.0096	0.0032	0.0477	0.0126	0.1237	0.0386	0.0477	0.0115	0.0132	0.0115	0.0046	0.0031	0.0032	0.0031	0.0026
chr2R	2370846	2371014	chr2R:2370847-2371014	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0243	0.0571	0.0102	0.0032	0.0488	0.0175	0.1289	0.0326	0.0488	0.0097	0.0141	0.0097	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.0026
chr2R	2371169	2371320	chr2R:2371170-2371320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0126	0.028	0.0058	0.0029	0.0159	0.0097	0.064	0.018	0.0159	0.0042	0.0096	0.0042	0.0031	0.0023	0.0039	0.0023	0.0047
chr2R	2381870	2382046	chr2R:2381871-2382046	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.092	0.0889	0.1174	0.0675	0.0541	0.0738	0.1215	0.1153	0.0541	0.1045	0.1582	0.1045	0.117	0.0704	0.087	0.0704	0.0855
chr2R	2387742	2387990	chr2R:2387743-2387990	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0695	0.0622	0.0721	0.0749	0.0424	0.0544	0.0744	0.0839	0.0424	0.032	0.108	0.032	0.0868	0.0559	0.1231	0.0559	0.0969
chr2R	2388188	2388339	chr2R:2388189-2388339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0243	0.0153	0.0259	0.0324	0.0064	0.0155	0.019	0.02	0.0064	0.0121	0.0392	0.0121	0.0302	0.013	0.058	0.013	0.0516
chr2R	2388477	2388693	chr2R:2388478-2388693	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0514	0.0391	0.064	0.0512	0.0201	0.0432	0.048	0.05	0.0201	0.0284	0.0981	0.0284	0.0612	0.0413	0.0974	0.0413	0.0604
chr2R	2388894	2389109	chr2R:2388895-2389109	FBgn0086655	jing	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0804	0.0406	0.1042	0.0989	0.017	0.0519	0.0433	0.054	0.017	0.0471	0.1762	0.0471	0.1015	0.1011	0.2076	0.1011	0.1042
chr2R	2389185	2389491	chr2R:2389186-2389491	FBgn0086655	jing	stage11,stage14,stage5	none	1.28_DRE	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.0732	0.1978	0.217	0.0223	0.0927	0.0662	0.1093	0.0223	0.125	0.2852	0.125	0.2804	0.2665	0.2876	0.2665	0.3252
chr2R	2391951	2392209	chr2R:2391952-2392209	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0621	0.0516	0.0518	0.0276	0.067	0.064	0.0833	0.0276	0.0495	0.0592	0.0495	0.0565	0.0651	0.0458	0.0651	0.0855
chr2R	2392212	2392363	chr2R:2392213-2392363	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0322	0.0284	0.033	0.0356	0.0085	0.0296	0.035	0.036	0.0085	0.0314	0.0328	0.0314	0.048	0.0391	0.0284	0.0391	0.0677
chr2R	2392424	2392575	chr2R:2392425-2392575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.0186	0.0317	0.0373	0.0042	0.0223	0.0251	0.0187	0.0042	0.0223	0.0302	0.0223	0.0666	0.0306	0.0277	0.0306	0.0808
chr2R	2393296	2393447	chr2R:2393297-2393447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.026	0.016	0.0123	0.0064	0.0184	0.0281	0.05	0.0064	0.0205	0.0125	0.0205	0.0201	0.0084	0.0155	0.0084	0.0208
chr2R	2394284	2394554	chr2R:2394285-2394554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0422	0.0419	0.0189	0.0191	0.0456	0.045	0.06	0.0191	0.0471	0.0534	0.0471	0.0356	0.0268	0.0174	0.0268	0.0214
chr2R	2394770	2395011	chr2R:2394771-2395011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.036	0.0393	0.0463	0.0209	0.0138	0.0374	0.042	0.0713	0.0138	0.0465	0.0531	0.0465	0.0341	0.0191	0.0361	0.0191	0.0203
chr2R	2395095	2395246	chr2R:2395096-2395246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0231	0.032	0.0239	0.0124	0.017	0.0301	0.0329	0.0513	0.017	0.0205	0.0186	0.0205	0.0139	0.0176	0.0135	0.0176	0.0104
chr2R	2399020	2399272	chr2R:2399021-2399272	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0786	0.1333	0.0614	0.0362	0.1039	0.1223	0.1263	0.2025	0.1039	0.0586	0.0868	0.0586	0.0488	0.0237	0.0671	0.0237	0.0313
chr2R	2399983	2400246	chr2R:2399984-2400246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0484	0.047	0.0586	0.0389	0.017	0.0646	0.0506	0.0546	0.017	0.0411	0.0469	0.0411	0.1603	0.0184	0.0232	0.0184	0.0943
chr2R	2401358	2401509	chr2R:2401359-2401509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0228	0.0284	0.0273	0.0116	0.0095	0.0286	0.0363	0.0386	0.0095	0.0151	0.0383	0.0151	0.0201	0.0092	0.009	0.0092	0.0078
chr2R	2402082	2402261	chr2R:2402083-2402261	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0993	0.2071	0.0647	0.0167	0.2036	0.1379	0.2595	0.2732	0.2036	0.0229	0.1254	0.0229	0.0325	0.0184	0.0329	0.0184	0.0141
chr2R	2402648	2402905	chr2R:2402649-2402905	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0643	0.1076	0.0567	0.0244	0.106	0.0728	0.1397	0.1479	0.106	0.035	0.0971	0.035	0.0364	0.0214	0.0438	0.0214	0.0234
chr2R	2403228	2403536	chr2R:2403229-2403536	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0911	0.1653	0.0779	0.0226	0.1771	0.0811	0.2197	0.2432	0.1771	0.0393	0.1444	0.0393	0.0325	0.0276	0.0406	0.0276	0.013
chr2R	2403912	2404384	chr2R:2403913-2404384	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1352	0.1944	0.1421	0.0613	0.1326	0.1578	0.2249	0.3038	0.1326	0.1129	0.2299	0.1129	0.0891	0.0574	0.1025	0.0574	0.0552
chr2R	2405257	2405408	chr2R:2405258-2405408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0278	0.031	0.0278	0.0242	0.0255	0.032	0.0372	0.0413	0.0255	0.0314	0.0309	0.0314	0.0263	0.0513	0.0142	0.0513	0.0245
chr2R	2406146	2406319	chr2R:2406147-2406319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0482	0.0443	0.0246	0.0371	0.0262	0.0735	0.064	0.0371	0.0211	0.0727	0.0211	0.0473	0.0214	0.0496	0.0214	0.0255
chr2R	2409096	2409247	chr2R:2409097-2409247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0194	0.0194	0.017	0.0074	0.0146	0.0272	0.028	0.0074	0.0175	0.0186	0.0175	0.0201	0.0184	0.0084	0.0184	0.012
chr2R	2411246	2411811	chr2R:2411247-2411811	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1553	0.1276	0.2151	0.1207	0.0774	0.1451	0.1151	0.1879	0.0774	0.2651	0.2807	0.2651	0.2037	0.2764	0.1696	0.2764	0.0604
chr2R	2411814	2412206	chr2R:2411815-2412206	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0935	0.0451	0.1303	0.1072	0.0117	0.0694	0.0441	0.0526	0.0117	0.1715	0.1392	0.1715	0.1782	0.2198	0.1547	0.2198	0.0688
chr2R	2412217	2412430	chr2R:2412218-2412430	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0753	0.0385	0.1088	0.0797	0.0148	0.0617	0.035	0.0413	0.0148	0.1377	0.1023	0.1377	0.1867	0.1417	0.0825	0.1417	0.0834
chr2R	2414083	2414324	chr2R:2414084-2414324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0803	0.032	0.0139	0.0583	0.0248	0.1159	0.1312	0.0583	0.0326	0.0434	0.0326	0.0248	0.0145	0.0181	0.0145	0.0167
chr2R	2415397	2415585	chr2R:2415398-2415585	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0517	0.1076	0.0306	0.0124	0.1007	0.0291	0.1704	0.1512	0.1007	0.0254	0.0473	0.0254	0.0178	0.0123	0.0181	0.0123	0.0146
chr2R	2415642	2415915	chr2R:2415643-2415915	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.1225	0.0468	0.0202	0.105	0.0495	0.1747	0.1759	0.105	0.0471	0.0605	0.0471	0.0333	0.0268	0.0193	0.0268	0.0214
chr2R	2416340	2416491	chr2R:2416341-2416491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0163	0.0289	0.0202	0.0095	0.0141	0.0229	0.022	0.0095	0.026	0.0254	0.026	0.0294	0.0168	0.0181	0.0168	0.0208
chr2R	2416762	2417215	chr2R:2416763-2417215	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.074	0.0287	0.1058	0.0898	0.0148	0.0437	0.035	0.0193	0.0148	0.16	0.1116	0.16	0.1015	0.1485	0.1057	0.1485	0.11
chr2R	2417349	2417693	chr2R:2417350-2417693	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12557.1	VT12557.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0968	0.0314	0.1406	0.1217	0.0095	0.049	0.0381	0.0253	0.0095	0.186	0.155	0.186	0.189	0.1907	0.1825	0.1907	0.1501
chr2R	2417826	2417977	chr2R:2417827-2417977	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12557.1	VT12557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0357	0.0128	0.0503	0.0453	0.0021	0.0204	0.0151	0.0127	0.0021	0.0568	0.0711	0.0568	0.0473	0.0544	0.1038	0.0544	0.036
chr2R	2418496	2418700	chr2R:2418497-2418700	distal	distal	stage11	stage11	VT12557.1	VT12557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.04	0.0211	0.0584	0.0411	0.0095	0.0209	0.0268	0.0273	0.0095	0.0399	0.0952	0.0399	0.0426	0.0345	0.1077	0.0345	0.0307
chr2R	2419404	2419555	chr2R:2419405-2419555	distal	distal	stage5	stage5	VT12557.1	VT12557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0248	0.0305	0.0187	0.0138	0.0175	0.0307	0.0366	0.0138	0.0145	0.0524	0.0145	0.0263	0.0176	0.0374	0.0176	0.0198
chr2R	2420201	2420356	chr2R:2420202-2420356	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0143	0.0332	0.0434	0.0032	0.0209	0.0199	0.01	0.0032	0.0248	0.0264	0.0248	0.0945	0.0368	0.02	0.0368	0.098
chr2R	2420449	2420600	chr2R:2420450-2420600	FBgn0264506	CR43905	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0156	0.0287	0.0279	0.0042	0.0184	0.0212	0.016	0.0042	0.026	0.0232	0.026	0.0689	0.0207	0.0193	0.0207	0.0474
chr2R	2420785	2421086	chr2R:2420786-2421086	FBgn0264506	CR43905	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0328	0.0284	0.0308	0.0398	0.0074	0.035	0.0368	0.032	0.0074	0.032	0.0296	0.032	0.0403	0.0207	0.0226	0.0207	0.0323
chr2R	2421174	2421325	chr2R:2421175-2421325	FBgn0264506	CR43905	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0242	0.0185	0.0149	0.0095	0.0199	0.0307	0.0413	0.0095	0.0181	0.019	0.0181	0.0232	0.0123	0.0064	0.0123	0.0125
chr2R	2423671	2423822	chr2R:2423672-2423822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0141	0.0187	0.0195	0.0053	0.018	0.0195	0.0107	0.0053	0.0308	0.0161	0.0308	0.0178	0.0536	0.0142	0.0536	0.0172
chr2R	2424979	2425183	chr2R:2424980-2425183	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0237	0.0182	0.0287	0.0244	0.0042	0.0189	0.0229	0.0253	0.0042	0.0199	0.0183	0.0199	0.0503	0.0145	0.0148	0.0145	0.0313
chr2R	2425486	2425637	chr2R:2425487-2425637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0113	0.0124	0.0153	0	0.0136	0.0186	0.0107	0	0.0127	0.0113	0.0127	0.0124	0.0077	0.0045	0.0077	0.0151
chr2R	2426061	2426225	chr2R:2426062-2426225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0115	0.0195	0.0329	0.0011	0.0165	0.0173	0.008	0.0011	0.0175	0.0148	0.0175	0.0256	0.0291	0.0135	0.0291	0.0167
chr2R	2427053	2427204	chr2R:2427054-2427204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0135	0.0108	0.0148	0.0149	0.0064	0.0073	0.0177	0.0127	0.0064	0.0109	0.0193	0.0109	0.0209	0.0107	0.0155	0.0107	0.0271
chr2R	2431279	2431657	chr2R:2431280-2431657	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0353	0.0145	0.0246	0.0702	0.0011	0.0199	0.0212	0.01	0.0011	0.0157	0.0158	0.0157	0.0279	0.0291	0.0193	0.0291	0.0396
chr2R	2431785	2432024	chr2R:2431786-2432024	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0364	0.0323	0.0289	0.0493	0.0148	0.0296	0.0428	0.0366	0.0148	0.0236	0.0277	0.0236	0.0194	0.0107	0.0168	0.0107	0.0208
chr2R	2432458	2432801	chr2R:2432459-2432801	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.045	0.0272	0.0284	0.0361	0.0316	0.0696	0.0466	0.0361	0.0236	0.0296	0.0236	0.0186	0.0115	0.0148	0.0115	0.0198
chr2R	2433931	2434120	chr2R:2433932-2434120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0226	0.0288	0.0198	0.0095	0.0257	0.0346	0.018	0.0095	0.0199	0.0215	0.0199	0.0728	0.0084	0.0161	0.0084	0.037
chr2R	2434424	2434676	chr2R:2434425-2434676	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.027	0.0203	0.0335	0.0273	0.0064	0.0199	0.0285	0.024	0.0064	0.0199	0.0424	0.0199	0.062	0.0107	0.0297	0.0107	0.0547
chr2R	2434745	2434941	chr2R:2434746-2434941	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0194	0.0127	0.0263	0.0195	0.0032	0.015	0.0195	0.01	0.0032	0.0133	0.0392	0.0133	0.031	0.01	0.0329	0.01	0.0292
chr2R	2435145	2435376	chr2R:2435146-2435376	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0329	0.0188	0.0504	0.0295	0.0021	0.0262	0.0221	0.024	0.0021	0.0393	0.063	0.0393	0.0503	0.0322	0.0496	0.0322	0.0302
chr2R	2435778	2435999	chr2R:2435779-2435999	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0238	0.0145	0.0291	0.0285	0.0021	0.0175	0.0208	0.016	0.0021	0.0272	0.0312	0.0272	0.038	0.0283	0.0445	0.0283	0.037
chr2R	2436052	2436230	chr2R:2436053-2436230	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0171	0.0103	0.0189	0.0226	0	0.0121	0.0138	0.0127	0	0.0163	0.0196	0.0163	0.0302	0.0168	0.0355	0.0168	0.0349
chr2R	2440569	2440852	chr2R:2440570-2440852	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0354	0.0769	0.0636	0.0138	0.032	0.0441	0.0533	0.0138	0.058	0.1006	0.058	0.0565	0.0452	0.0806	0.0452	0.0521
chr2R	2442200	2442351	chr2R:2442201-2442351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0136	0.0102	0.0209	0.0092	0.0021	0.0097	0.016	0.0127	0.0021	0.0103	0.0309	0.0103	0.0147	0.0046	0.0148	0.0046	0.0099
chr2R	2442744	2443003	chr2R:2442745-2443003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0246	0.0203	0.0385	0.0142	0.0064	0.0248	0.0251	0.0266	0.0064	0.0187	0.0463	0.0187	0.0186	0.0115	0.0142	0.0115	0.0177
chr2R	2445313	2445535	chr2R:2445314-2445535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0349	0.0292	0.0166	0.0138	0.0204	0.0506	0.0486	0.0138	0.0193	0.0296	0.0193	0.0116	0.0092	0.0084	0.0092	0.0151
chr2R	2445693	2446083	chr2R:2445694-2446083	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0394	0.0287	0.0489	0.0411	0.0127	0.0243	0.0407	0.036	0.0127	0.0223	0.0418	0.0223	0.0186	0.0123	0.0123	0.0123	0.0177
chr2R	2446120	2446271	chr2R:2446121-2446271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0126	0.0237	0.0216	0.0032	0.0078	0.0199	0.0167	0.0032	0.0127	0.018	0.0127	0.0108	0.0061	0.0064	0.0061	0.0078
chr2R	2447722	2447873	chr2R:2447723-2447873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0146	0.0179	0.0263	0.0085	0.0146	0.0195	0.016	0.0085	0.0115	0.0154	0.0115	0.0147	0.0107	0.009	0.0107	0.0109
chr2R	2450223	2450429	chr2R:2450224-2450429	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0142	0.0388	0.0163	0.0064	0.0126	0.0221	0.0147	0.0064	0.0151	0.0791	0.0151	0.0163	0.0123	0.0329	0.0123	0.0068
chr2R	2452263	2452414	chr2R:2452264-2452414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0118	0.0119	0.0128	0.0053	0.0141	0.0199	0.0073	0.0053	0.0097	0.0125	0.0097	0.0108	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chr2R	2458831	2458994	chr2R:2458832-2458994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0395	0.045	0.0387	0.0343	0.0201	0.0398	0.0696	0.0473	0.0201	0.0272	0.0293	0.0272	0.0217	0.01	0.0103	0.01	0.0099
chr2R	2460725	2460958	chr2R:2460726-2460958	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	jing_91	jing_91	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1625	0.259	0.1912	0.0231	0.2354	0.1995	0.3313	0.3318	0.2354	0.2071	0.2727	0.2071	0.1472	0.0222	0.04	0.0222	0.0224
chr2R	2460977	2461189	chr2R:2460978-2461189	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	jing_91	jing_91	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1799	0.2809	0.2133	0.0304	0.2259	0.2354	0.3482	0.3644	0.2259	0.2886	0.2804	0.2886	0.1534	0.0291	0.0522	0.0291	0.024
chr2R	2461372	2461546	chr2R:2461373-2461546	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0953	0.1782	0.0812	0.0182	0.1315	0.1262	0.2349	0.2405	0.1315	0.1117	0.1039	0.1117	0.048	0.0237	0.0213	0.0237	0.0146
chr2R	2462293	2462444	chr2R:2462294-2462444	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1022	0.0624	0.1324	0.1136	0.0286	0.0927	0.0575	0.07	0.0286	0.2264	0.1186	0.2264	0.1356	0.2083	0.0793	0.2083	0.1058
chr2R	2462544	2462866	chr2R:2462545-2462866	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.255	0.2055	0.3312	0.2267	0.1177	0.2937	0.1799	0.2572	0.1177	0.4807	0.3161	0.4807	0.3013	0.2657	0.1754	0.2657	0.2011
chr2R	2463618	2463769	chr2R:2463619-2463769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0612	0.0359	0.0145	0.0414	0.0369	0.1064	0.0546	0.0414	0.0507	0.0312	0.0507	0.0232	0.0168	0.0129	0.0168	0.013
chr2R	2464365	2464516	chr2R:2464366-2464516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0443	0.053	0.0619	0.0153	0.0223	0.0447	0.08	0.0653	0.0223	0.087	0.0701	0.087	0.017	0.0184	0.0123	0.0184	0.0089
chr2R	2465196	2465347	chr2R:2465197-2465347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.026	0.0424	0.0316	0.017	0.0233	0.042	0.0227	0.017	0.0477	0.0373	0.0477	0.0294	0.0306	0.0103	0.0306	0.0208
chr2R	2465528	2465719	chr2R:2465529-2465719	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0453	0.0447	0.0537	0.0368	0.0148	0.0456	0.0545	0.062	0.0148	0.0314	0.0408	0.0314	0.0178	0.0123	0.0123	0.0123	0.0167
chr2R	2465813	2465964	chr2R:2465814-2465964	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0457	0.0528	0.0572	0.0252	0.0233	0.0282	0.0783	0.0833	0.0233	0.0248	0.0762	0.0248	0.0209	0.0123	0.0213	0.0123	0.0083
chr2R	2466518	2466695	chr2R:2466519-2466695	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.056	0.0532	0.0623	0.0521	0.0265	0.0476	0.0817	0.0586	0.0265	0.038	0.0466	0.038	0.0318	0.0184	0.0206	0.0184	0.0323
chr2R	2472581	2472840	chr2R:2472582-2472840	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0527	0.0278	0.0576	0.0751	0.0032	0.035	0.035	0.0286	0.0032	0.0429	0.0492	0.0429	0.0302	0.0176	0.0135	0.0176	0.0323
chr2R	2473495	2473745	chr2R:2473496-2473745	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1108	0.1734	0.1013	0.0512	0.1188	0.1752	0.1799	0.2318	0.1188	0.0972	0.1325	0.0972	0.0194	0.0191	0.02	0.0191	0.0172
chr2R	2474531	2474773	chr2R:2474532-2474773	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0368	0.0364	0.0359	0.0383	0.0106	0.0408	0.0523	0.0393	0.0106	0.0254	0.0367	0.0254	0.024	0.0069	0.0142	0.0069	0.0146
chr2R	2477812	2478017	chr2R:2477813-2478017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0237	0.0344	0.0382	0.0117	0.0243	0.0355	0.018	0.0117	0.0326	0.037	0.0326	0.0287	0.0436	0.0277	0.0436	0.0349
chr2R	2478608	2478798	chr2R:2478609-2478798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0495	0.0401	0.0647	0.0433	0.0106	0.0505	0.0363	0.0686	0.0106	0.0386	0.0514	0.0386	0.0248	0.0291	0.0174	0.0291	0.0224
chr2R	2480064	2480217	chr2R:2480065-2480217	distal	distal	none	none	VT12590.1	VT12590.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0194	0.041	0.0354	0.0064	0.0209	0.0285	0.0233	0.0064	0.0302	0.0244	0.0302	0.0163	0.01	0.0077	0.01	0.013
chr2R	2480612	2480767	chr2R:2480613-2480767	distal	distal	none	none	VT12590.1,VT12591.1	VT12590.1,VT12591.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0313	0.0233	0.0404	0.0304	0.0095	0.0248	0.0346	0.024	0.0095	0.0236	0.0222	0.0236	0.0108	0.0054	0.0103	0.0054	0.0099
chr2R	2481220	2481371	chr2R:2481221-2481371	distal	distal	none	none	VT12591.1	VT12591.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0285	0.0354	0.0319	0.017	0.0223	0.0282	0.0523	0.0413	0.0223	0.032	0.027	0.032	0.0256	0.0115	0.0084	0.0115	0.0099
chr2R	2481538	2481773	chr2R:2481539-2481773	distal	distal	stage5	stage5	VT12591.1	VT12591.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.058	0.0679	0.0641	0.0404	0.0562	0.0767	0.0779	0.072	0.0562	0.0845	0.0502	0.0845	0.0318	0.0214	0.0284	0.0214	0.0245
chr2R	2481827	2482035	chr2R:2481828-2482035	distal	distal	stage5	stage5	VT12591.1	VT12591.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0841	0.0977	0.1051	0.0458	0.0689	0.116	0.1099	0.1073	0.0689	0.1419	0.0868	0.1419	0.0542	0.0299	0.0232	0.0299	0.0266
chr2R	2482121	2482272	chr2R:2482122-2482272	distal	distal	stage5	stage5	VT12591.1	VT12591.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0515	0.0537	0.0735	0.0251	0.0276	0.0631	0.0683	0.0606	0.0276	0.0978	0.0701	0.0978	0.0449	0.0222	0.0193	0.0222	0.0198
chr2R	2482484	2482728	chr2R:2482485-2482728	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT12591.1	VT12591.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1499	0.1285	0.2225	0.0943	0.0551	0.1879	0.1133	0.1646	0.0551	0.2778	0.265	0.2778	0.1813	0.0873	0.0851	0.0873	0.0948
chr2R	2482923	2483109	chr2R:2482924-2483109	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0759	0.048	0.131	0.0468	0.0148	0.0772	0.0411	0.0586	0.0148	0.157	0.1756	0.157	0.0651	0.023	0.0484	0.023	0.0365
chr2R	2483146	2483297	chr2R:2483147-2483297	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0489	0.0263	0.0698	0.0512	0.0053	0.0393	0.0277	0.03	0.0053	0.0646	0.0939	0.0646	0.0387	0.026	0.0426	0.026	0.0526
chr2R	2483299	2483463	chr2R:2483300-2483463	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.055	0.0255	0.0712	0.07	0.0053	0.034	0.0303	0.0306	0.0053	0.0598	0.0826	0.0598	0.0519	0.0406	0.0438	0.0406	0.074
chr2R	2484531	2484682	chr2R:2484532-2484682	distal	distal	none	none	VT12593.1	VT12593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0167	0.0232	0.0276	0.0053	0.0199	0.0234	0.0133	0.0053	0.0181	0.0219	0.0181	0.0232	0.0107	0.0142	0.0107	0.0172
chr2R	2485546	2485697	chr2R:2485547-2485697	distal	distal	none	none	VT12593.1	VT12593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0447	0.0492	0.059	0.0241	0.017	0.0646	0.0541	0.066	0.017	0.0368	0.0839	0.0368	0.0426	0.0191	0.0193	0.0191	0.0188
chr2R	2486579	2486730	chr2R:2486580-2486730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0375	0.0162	0.0665	0.0295	0.0064	0.0199	0.0212	0.0193	0.0064	0.0465	0.0913	0.0465	0.0248	0.0283	0.0309	0.0283	0.0214
chr2R	2487158	2487692	chr2R:2487159-2487692	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12595.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1467	0.092	0.2176	0.1299	0.0456	0.1102	0.0999	0.1306	0.0456	0.2083	0.3563	0.2083	0.0829	0.2427	0.1792	0.2427	0.0558
chr2R	2487974	2488149	chr2R:2487975-2488149	FBgn0033076	CG15233	stage5	none	VT12595.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0603	0.1107	0.048	0.0174	0.1082	0.0345	0.2067	0.1139	0.1082	0.035	0.0759	0.035	0.024	0.0276	0.0142	0.0276	0.013
chr2R	2488249	2488441	chr2R:2488250-2488441	FBgn0033076	CG15233	stage5	none	VT12595.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0546	0.0987	0.0439	0.017	0.0817	0.0379	0.1951	0.0893	0.0817	0.0332	0.0691	0.0332	0.0209	0.0153	0.0232	0.0153	0.0156
chr2R	2488796	2488965	chr2R:2488797-2488965	FBgn0033076	CG15233	none	none	VT12595.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0439	0.0687	0.0458	0.0142	0.0604	0.0379	0.1172	0.0746	0.0604	0.0423	0.0659	0.0423	0.0287	0.0199	0.0213	0.0199	0.0151
chr2R	2489715	2490134	chr2R:2489716-2490134	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1246	0.0566	0.2269	0.0884	0.0159	0.0762	0.0489	0.0926	0.0159	0.2947	0.3148	0.2947	0.0713	0.1233	0.1148	0.1233	0.0912
chr2R	2490662	2490840	chr2R:2490663-2490840	distal	distal	stage5	stage5	VT12597.1	VT12597.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0607	0.0818	0.0739	0.0227	0.0445	0.0665	0.0939	0.1379	0.0445	0.061	0.1151	0.061	0.0558	0.0253	0.04	0.0253	0.0198
chr2R	2491512	2491663	chr2R:2491513-2491663	distal	distal	none	none	VT12597.1	VT12597.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0384	0.0308	0.0636	0.0192	0.0074	0.0291	0.0277	0.064	0.0074	0.0447	0.1145	0.0447	0.0194	0.0176	0.0438	0.0176	0.0156
chr2R	2493300	2493687	chr2R:2493301-2493687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.2079	0.1843	0.2506	0.1873	0.1442	0.2097	0.2366	0.1686	0.1442	0.2832	0.2621	0.2832	0.34	0.2198	0.1928	0.2198	0.2564
chr2R	2494717	2494868	chr2R:2494718-2494868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0603	0.056	0.0931	0.029	0.0244	0.0796	0.0515	0.07	0.0244	0.0972	0.1148	0.0972	0.0519	0.023	0.029	0.023	0.0203
chr2R	2494976	2495234	chr2R:2494977-2495234	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0959	0.0906	0.1415	0.0517	0.0308	0.1427	0.0705	0.1219	0.0308	0.1775	0.1421	0.1775	0.1046	0.0475	0.04	0.0475	0.037
chr2R	2497883	2498134	chr2R:2497884-2498134	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2692	0.2743	0.3071	0.2218	0.2492	0.3083	0.2915	0.3165	0.2492	0.369	0.3354	0.369	0.2982	0.242	0.2553	0.242	0.2319
chr2R	2498222	2498668	chr2R:2498223-2498668	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12601.1	VT12601.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.273	0.3116	0.2975	0.2032	0.2715	0.3126	0.3694	0.3538	0.2715	0.3376	0.3244	0.3376	0.2982	0.1968	0.2444	0.1968	0.2371
chr2R	2498679	2498873	chr2R:2498680-2498873	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12601.1	VT12601.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1259	0.1084	0.1556	0.1128	0.0573	0.1398	0.1172	0.1272	0.0573	0.1987	0.1633	0.1987	0.1565	0.1424	0.1141	0.1424	0.1063
chr2R	2499779	2499964	chr2R:2499780-2499964	distal	distal	none	none	VT12601.1,VT12602.1	VT12601.1,VT12602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0895	0.1099	0.0995	0.0557	0.088	0.1214	0.1289	0.1159	0.088	0.1081	0.1035	0.1081	0.1286	0.0398	0.0619	0.0398	0.087
chr2R	2500368	2500779	chr2R:2500369-2500779	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12601.1,VT12602.1	VT12601.1,VT12602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.2719	0.296	0.3159	0.1968	0.228	0.3325	0.3227	0.3384	0.228	0.3901	0.3605	0.3901	0.3145	0.2006	0.2547	0.2006	0.2236
chr2R	2501126	2501305	chr2R:2501127-2501305	distal	distal	none	none	VT12602.1	VT12602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1581	0.156	0.1805	0.1359	0.1007	0.1859	0.1752	0.1785	0.1007	0.224	0.1871	0.224	0.1975	0.1156	0.1515	0.1156	0.1907
chr2R	2501465	2501616	chr2R:2501466-2501616	distal	distal	none	none	VT12602.1	VT12602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0651	0.0646	0.0765	0.0532	0.0371	0.0757	0.0753	0.0813	0.0371	0.0857	0.0749	0.0857	0.1053	0.0383	0.049	0.0383	0.0928
chr2R	2506351	2506630	chr2R:2506352-2506630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0592	0.0816	0.0661	0.0266	0.053	0.049	0.1553	0.0633	0.053	0.0857	0.0765	0.0857	0.0565	0.0383	0.029	0.0383	0.0281
chr2R	2507978	2508145	chr2R:2507979-2508145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0465	0.0481	0.0608	0.029	0.0339	0.0437	0.0601	0.0666	0.0339	0.0707	0.0797	0.0707	0.0426	0.0452	0.0303	0.0452	0.0318
chr2R	2508158	2508417	chr2R:2508159-2508417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0621	0.0662	0.0802	0.0377	0.0509	0.0524	0.0913	0.0759	0.0509	0.0888	0.0984	0.0888	0.0658	0.0666	0.0348	0.0666	0.0365
chr2R	2508551	2508934	chr2R:2508552-2508934	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0914	0.1016	0.1114	0.0582	0.0721	0.0757	0.1432	0.1153	0.0721	0.1171	0.1248	0.1171	0.1077	0.075	0.0542	0.075	0.0542
chr2R	2509718	2509869	chr2R:2509719-2509869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.029	0.0216	0.0443	0.0205	0.0074	0.0286	0.0182	0.0333	0.0074	0.0737	0.0415	0.0737	0.0356	0.0245	0.0245	0.0245	0.0224
chr2R	2510065	2510216	chr2R:2510066-2510216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0322	0.0267	0.0472	0.022	0.0127	0.0301	0.0281	0.032	0.0127	0.0743	0.0418	0.0743	0.048	0.0222	0.0264	0.0222	0.0245
chr2R	2514755	2514933	chr2R:2514756-2514933	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0597	0.1105	0.0444	0.0196	0.0923	0.0519	0.1808	0.1386	0.0923	0.0284	0.0669	0.0284	0.0558	0.01	0.0187	0.01	0.0334
chr2R	2515811	2516216	chr2R:2515812-2516216	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.119	0.0626	0.1603	0.1369	0.0127	0.0845	0.0709	0.0786	0.0127	0.0803	0.1907	0.0803	0.3184	0.0413	0.2282	0.0413	0.222
chr2R	2517496	2517726	chr2R:2517497-2517726	distal	distal	stage11	stage11	VT12608.1	VT12608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.096	0.0859	0.1245	0.076	0.0318	0.1257	0.0965	0.0886	0.0318	0.1316	0.1145	0.1316	0.22	0.0314	0.0625	0.0314	0.1371
chr2R	2517728	2518177	chr2R:2517729-2518177	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12608.1	VT12608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1617	0.1471	0.2065	0.1288	0.0732	0.2087	0.1479	0.1732	0.0732	0.2518	0.2135	0.2518	0.2773	0.0521	0.1457	0.0521	0.2095
chr2R	2518474	2518625	chr2R:2518475-2518625	distal	distal	stage14	stage14	VT12608.1	VT12608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0555	0.0414	0.0701	0.0553	0.0159	0.0534	0.0523	0.042	0.0159	0.0525	0.0701	0.0525	0.1503	0.0222	0.0632	0.0222	0.1047
chr2R	2518969	2519154	chr2R:2518970-2519154	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1472	0.125	0.1504	0.1684	0.1092	0.1393	0.1423	0.1406	0.1092	0.1304	0.1672	0.1304	0.2037	0.1103	0.2153	0.1103	0.1975
chr2R	2519315	2519621	chr2R:2519316-2519621	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1562	0.1453	0.1651	0.1586	0.1082	0.1699	0.1471	0.1845	0.1082	0.2029	0.1701	0.2029	0.1797	0.1394	0.1728	0.1394	0.1767
chr2R	2519880	2520128	chr2R:2519881-2520128	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2808	0.2465	0.3264	0.2692	0.1707	0.3083	0.2461	0.2971	0.1707	0.4088	0.3537	0.4088	0.3207	0.2764	0.294	0.2764	0.32
chr2R	2520253	2520404	chr2R:2520254-2520404	FBgn0262736	Vha16-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1293	0.0829	0.1693	0.1374	0.0382	0.1024	0.0887	0.1019	0.0382	0.2192	0.1974	0.2192	0.1603	0.1294	0.1709	0.1294	0.1652
chr2R	2520513	2520707	chr2R:2520514-2520707	FBgn0262736	Vha16-1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1637	0.1026	0.2048	0.1867	0.0509	0.1422	0.0995	0.1246	0.0509	0.244	0.2309	0.244	0.2355	0.183	0.2128	0.183	0.2355
chr2R	2523481	2523657	chr2R:2523482-2523657	FBgn0026761,FBgn0042085	Bap170,Trap1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1673	0.1537	0.2048	0.1415	0.088	0.1908	0.1579	0.1919	0.088	0.2717	0.2225	0.2717	0.2138	0.1562	0.1399	0.1562	0.1897
chr2R	2523707	2523899	chr2R:2523708-2523899	FBgn0026761,FBgn0042085	Bap170,Trap1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1709	0.1478	0.218	0.1451	0.0848	0.182	0.1626	0.1752	0.0848	0.2729	0.2395	0.2729	0.2115	0.17	0.1451	0.17	0.1798
chr2R	2523948	2524124	chr2R:2523949-2524124	FBgn0026761,FBgn0042085	Bap170,Trap1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1613	0.1375	0.2016	0.1436	0.0764	0.1684	0.1414	0.1726	0.0764	0.244	0.2222	0.244	0.1875	0.1516	0.1612	0.1516	0.174
chr2R	2524177	2524356	chr2R:2524178-2524356	FBgn0026761,FBgn0042085	Bap170,Trap1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.08	0.0685	0.1015	0.0691	0.0265	0.0976	0.0701	0.0799	0.0265	0.1335	0.1113	0.1335	0.0976	0.0658	0.0838	0.0658	0.0912
chr2R	2532637	2532853	chr2R:2532638-2532853	FBgn0033079	Fmo-2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0689	0.033	0.0796	0.0973	0.0085	0.0485	0.0359	0.032	0.0085	0.064	0.0489	0.064	0.2324	0.0559	0.0413	0.0559	0.2538
chr2R	2533121	2533528	chr2R:2533122-2533528	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0702	0.0446	0.0692	0.1	0.0159	0.066	0.0497	0.046	0.0159	0.0749	0.0508	0.0749	0.1611	0.0881	0.0335	0.0881	0.2402
chr2R	2533612	2533763	chr2R:2533613-2533763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0288	0.0381	0.0359	0.0106	0.0311	0.0437	0.03	0.0106	0.0501	0.0305	0.0501	0.072	0.049	0.0187	0.049	0.0646
chr2R	2535464	2535672	chr2R:2535465-2535672	FBgn0029131	debcl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0457	0.0414	0.0433	0.0531	0.0276	0.0413	0.058	0.04	0.0276	0.0417	0.0486	0.0417	0.0612	0.036	0.0877	0.036	0.0756
chr2R	2536012	2536257	chr2R:2536013-2536257	FBgn0029131	debcl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0887	0.0747	0.084	0.1096	0.0435	0.0825	0.0887	0.0786	0.0435	0.0936	0.0923	0.0936	0.1294	0.0835	0.1509	0.0835	0.1985
chr2R	2536368	2536519	chr2R:2536369-2536519	FBgn0029131	debcl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0366	0.0167	0.033	0.0627	0.0032	0.0199	0.0216	0.02	0.0032	0.0278	0.037	0.0278	0.0627	0.0314	0.107	0.0314	0.1126
chr2R	2540340	2540536	chr2R:2540341-2540536	FBgn0050443	Opbp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1417	0.1153	0.1683	0.142	0.0615	0.1471	0.1181	0.1332	0.0615	0.2029	0.19	0.2029	0.182	0.1524	0.1547	0.1524	0.1886
chr2R	2540596	2540817	chr2R:2540597-2540817	FBgn0050443	Opbp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1437	0.1224	0.1732	0.1351	0.0721	0.151	0.1224	0.1472	0.0721	0.224	0.1926	0.224	0.1689	0.1539	0.136	0.1539	0.1735
chr2R	2542245	2542396	chr2R:2542246-2542396	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0567	0.0609	0.0274	0.0318	0.0655	0.0714	0.0633	0.0318	0.0646	0.0698	0.0646	0.072	0.0276	0.0251	0.0276	0.0412
chr2R	2542518	2542716	chr2R:2542519-2542716	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.08	0.1061	0.0904	0.0395	0.07	0.1243	0.1077	0.1292	0.07	0.1081	0.0958	0.1081	0.1038	0.0337	0.0438	0.0337	0.0563
chr2R	2542772	2542923	chr2R:2542773-2542923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0522	0.0682	0.0605	0.0252	0.0371	0.0767	0.0701	0.0866	0.0371	0.0767	0.0656	0.0767	0.0581	0.0207	0.0226	0.0207	0.0365
chr2R	2543007	2543194	chr2R:2543008-2543194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.0713	0.0657	0.0291	0.0286	0.0864	0.0796	0.0846	0.0286	0.0839	0.0727	0.0839	0.0651	0.0314	0.0335	0.0314	0.0307
chr2R	2543611	2543762	chr2R:2543612-2543762	FBgn0033081	geminin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0833	0.0865	0.1061	0.0546	0.0435	0.1102	0.0817	0.1226	0.0435	0.1341	0.1132	0.1341	0.1015	0.0697	0.0535	0.0697	0.061
chr2R	2543776	2543984	chr2R:2543777-2543984	FBgn0033081	geminin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1559	0.1377	0.2004	0.1274	0.0912	0.166	0.1397	0.1759	0.0912	0.2482	0.2138	0.2482	0.1913	0.1455	0.1212	0.1455	0.1417
chr2R	2544078	2544271	chr2R:2544079-2544271	FBgn0033081	geminin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0848	0.0644	0.1118	0.0778	0.0329	0.0806	0.0649	0.0819	0.0329	0.1371	0.1302	0.1371	0.0922	0.0858	0.0761	0.0858	0.0844
chr2R	2544317	2544497	chr2R:2544318-2544497	FBgn0013732,FBgn0033081	geminin,sced	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1131	0.0918	0.1424	0.1047	0.053	0.1155	0.0861	0.1219	0.053	0.1721	0.1598	0.1721	0.1208	0.1149	0.1044	0.1149	0.1021
chr2R	2544725	2544937	chr2R:2544726-2544937	FBgn0013732	sced	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1306	0.1128	0.1835	0.0926	0.0615	0.15	0.1138	0.1379	0.0615	0.25	0.1987	0.25	0.1495	0.0858	0.0916	0.0858	0.0688
chr2R	2549398	2549564	chr2R:2549399-2549564	FBgn0000054,FBgn0033083	Adf1,Dpit47	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2321	0.2147	0.2746	0.2047	0.1453	0.2641	0.2349	0.2418	0.1453	0.3484	0.291	0.3484	0.2548	0.2198	0.2173	0.2198	0.2465
chr2R	2549695	2549863	chr2R:2549696-2549863	FBgn0000054,FBgn0033083	Adf1,Dpit47	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2405	0.2267	0.2796	0.2132	0.1676	0.2689	0.2409	0.2625	0.1676	0.3339	0.3058	0.3339	0.2587	0.2351	0.2205	0.2351	0.2496
chr2R	2550142	2550507	chr2R:2550143-2550507	FBgn0000054	Adf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2649	0.1913	0.3329	0.2727	0.122	0.2636	0.1964	0.2092	0.122	0.4088	0.3399	0.4088	0.3571	0.2879	0.2818	0.2879	0.32
chr2R	2550679	2550847	chr2R:2550680-2550847	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2487	0.2196	0.294	0.2314	0.1601	0.2617	0.234	0.2565	0.1601	0.3659	0.3064	0.3659	0.2781	0.2527	0.254	0.2527	0.2533
chr2R	2550992	2551195	chr2R:2550993-2551195	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1724	0.1443	0.2052	0.1679	0.1092	0.1704	0.1657	0.1519	0.1092	0.2397	0.2199	0.2397	0.1983	0.1608	0.196	0.1608	0.1928
chr2R	2551207	2551469	chr2R:2551208-2551469	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1504	0.1114	0.1956	0.1443	0.0732	0.1403	0.1181	0.1352	0.0732	0.2482	0.2032	0.2482	0.1642	0.1562	0.1599	0.1562	0.1402
chr2R	2555547	2555736	chr2R:2555548-2555736	FBgn0033085	CG15908	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1334	0.1481	0.1492	0.0997	0.1241	0.1738	0.1747	0.1459	0.1241	0.1793	0.1666	0.1793	0.151	0.1172	0.1012	0.1172	0.1256
chr2R	2555750	2556185	chr2R:2555751-2556185	FBgn0033085,FBgn0033086	CG15908,CG9410	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1789	0.1948	0.2077	0.1294	0.1559	0.2092	0.2228	0.2239	0.1559	0.2446	0.2415	0.2446	0.2006	0.1447	0.1348	0.1447	0.1595
chr2R	2556204	2556678	chr2R:2556205-2556678	FBgn0033086	CG9410	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2139	0.2173	0.2456	0.1755	0.1633	0.2427	0.247	0.2385	0.1633	0.2965	0.2762	0.2965	0.2548	0.2014	0.1767	0.2014	0.2288
chr2R	2560758	2560969	chr2R:2560759-2560969	FBgn0033087,FBgn0033088	CG3271,Hsepi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.1306	0.1547	0.115	0.1007	0.1427	0.144	0.1639	0.1007	0.1944	0.1624	0.1944	0.1642	0.1187	0.1257	0.1187	0.1438
chr2R	2561010	2561228	chr2R:2561011-2561228	FBgn0033087,FBgn0033088	CG3271,Hsepi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1065	0.1042	0.1214	0.0926	0.0689	0.1102	0.1185	0.1359	0.0689	0.1504	0.1257	0.1504	0.1278	0.0942	0.0986	0.0942	0.1188
chr2R	2561903	2562054	chr2R:2561904-2562054	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0617	0.0345	0.016	0.0414	0.0505	0.0965	0.0606	0.0414	0.0393	0.0415	0.0393	0.0333	0.0153	0.0116	0.0153	0.0208
chr2R	2562947	2563212	chr2R:2562948-2563212	FBgn0033089,FBgn0033092	CG17266,CG9422	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0801	0.0904	0.0592	0.0626	0.0917	0.0956	0.0813	0.0626	0.1171	0.0987	0.1171	0.0875	0.0658	0.049	0.0658	0.0782
chr2R	2563246	2563413	chr2R:2563247-2563413	FBgn0033089,FBgn0033092	CG17266,CG9422	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1372	0.1285	0.1612	0.1207	0.087	0.1379	0.1566	0.1439	0.087	0.2126	0.1756	0.2126	0.1479	0.1348	0.1083	0.1348	0.1589
chr2R	2563633	2563831	chr2R:2563634-2563831	FBgn0033089,FBgn0033092	CG17266,CG9422	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.1157	0.1027	0.1392	0.1043	0.0785	0.1107	0.1159	0.1213	0.0785	0.1763	0.1566	0.1763	0.1394	0.1286	0.1154	0.1286	0.1183
chr2R	2567858	2568057	chr2R:2567859-2568057	FBgn0259977	Tdc1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0587	0.022	0.0118	0.0647	0.0359	0.0978	0.0493	0.0647	0.0217	0.0267	0.0217	0.031	0.0092	0.0206	0.0092	0.0146
chr2R	2569460	2569707	chr2R:2569461-2569707	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0266	0.0229	0.0259	0.0316	0.0085	0.0189	0.0411	0.0207	0.0085	0.0284	0.0296	0.0284	0.0294	0.0444	0.0438	0.0444	0.0313
chr2R	2571292	2571443	chr2R:2571293-2571443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0144	0.0247	0.0124	0.005	0.0117	0.0165	0.0454	0.0247	0.0117	0.0175	0.0132	0.0175	0.0139	0.0077	0.0032	0.0077	0.0052
chr2R	2571875	2572026	chr2R:2571876-2572026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0232	0.0175	0.0095	0.0095	0.0175	0.0415	0.018	0.0095	0.0236	0.0154	0.0236	0.0263	0.0123	0.009	0.0123	0.0115
chr2R	2582502	2582653	chr2R:2582503-2582653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0399	0.0311	0.0174	0.0265	0.0388	0.051	0.0493	0.0265	0.038	0.0334	0.038	0.0325	0.0207	0.0123	0.0207	0.0261
chr2R	2583384	2583535	chr2R:2583385-2583535	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0374	0.0346	0.0174	0.0212	0.0374	0.0558	0.0366	0.0212	0.0441	0.0392	0.0441	0.0364	0.023	0.0097	0.023	0.0261
chr2R	2583596	2583747	chr2R:2583597-2583747	FBgn0014009,FBgn0259483	Mob4,Rab2	stage11,stage5	none	VT12642.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0389	0.0477	0.0431	0.0244	0.0233	0.0437	0.0701	0.0513	0.0233	0.0501	0.0463	0.0501	0.0418	0.0207	0.02	0.0207	0.0386
chr2R	2583870	2584021	chr2R:2583871-2584021	FBgn0014009,FBgn0259483	Mob4,Rab2	stage11,stage14,stage5	none	VT12642.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0796	0.0873	0.0582	0.0615	0.0762	0.1012	0.0919	0.0615	0.1021	0.0942	0.1021	0.0906	0.0658	0.0561	0.0658	0.0782
chr2R	2584115	2584301	chr2R:2584116-2584301	FBgn0014009,FBgn0259483	Mob4,Rab2	stage11,stage14,stage5	none	VT12642.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2033	0.1978	0.2302	0.1801	0.1559	0.2209	0.2279	0.2232	0.1559	0.282	0.2463	0.282	0.237	0.1899	0.1812	0.1899	0.2183
chr2R	2584407	2584558	chr2R:2584408-2584558	FBgn0014009,FBgn0259483	Mob4,Rab2	stage11,stage14,stage5	none	VT12642.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.0931	0.1208	0.088	0.0604	0.1015	0.106	0.1199	0.0604	0.1461	0.1305	0.1461	0.1201	0.0926	0.0806	0.0926	0.099
chr2R	2584672	2584860	chr2R:2584673-2584860	FBgn0014009	Rab2	stage11,stage14,stage5	stage5	VT12642.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0703	0.0516	0.0808	0.0795	0.0286	0.0592	0.0515	0.0706	0.0286	0.093	0.0804	0.093	0.0968	0.0544	0.0554	0.0544	0.0808
chr2R	2588803	2588964	chr2R:2588804-2588964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0234	0.0325	0.0227	0.0138	0.0257	0.0285	0.026	0.0138	0.0236	0.0328	0.0236	0.0643	0.013	0.0135	0.013	0.0537
chr2R	2589739	2589898	chr2R:2589740-2589898	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.0186	0.032	0.0415	0.0117	0.0238	0.0247	0.016	0.0117	0.0242	0.0251	0.0242	0.0844	0.0199	0.0142	0.0199	0.1167
chr2R	2592508	2592771	chr2R:2592509-2592771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0301	0.0272	0.0317	0.0318	0.0085	0.0252	0.0471	0.0227	0.0085	0.0531	0.0277	0.0531	0.0318	0.0819	0.0123	0.0819	0.0391
chr2R	2592927	2593145	chr2R:2592928-2593145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0294	0.0298	0.0316	0.0265	0.0148	0.0282	0.0467	0.0213	0.0148	0.055	0.0283	0.055	0.0271	0.059	0.0135	0.059	0.0318
chr2R	2593481	2593632	chr2R:2593482-2593632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0217	0.022	0.0347	0.0106	0.0184	0.0342	0.024	0.0106	0.0302	0.0219	0.0302	0.0256	0.085	0.0168	0.085	0.0479
chr2R	2594814	2594966	chr2R:2594815-2594966	FBgn0263518,FBgn0263586	CR43611,mir-4975	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.014	0.026	0.0273	0.0032	0.0184	0.0186	0.0153	0.0032	0.0151	0.0254	0.0151	0.0612	0.0115	0.0168	0.0115	0.0709
chr2R	2595175	2595553	chr2R:2595176-2595553	FBgn0263518,FBgn0263586	CR43611,mir-4975	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.076	0.0411	0.0852	0.105	0.0117	0.065	0.0467	0.032	0.0117	0.055	0.0794	0.055	0.2192	0.0505	0.0716	0.0505	0.2652
chr2R	2595569	2595720	chr2R:2595570-2595720	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0442	0.0288	0.0482	0.057	0.0095	0.0432	0.0311	0.028	0.0095	0.0344	0.036	0.0344	0.141	0.0375	0.0297	0.0375	0.1449
chr2R	2599414	2599565	chr2R:2599415-2599565	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0547	0.0465	0.0793	0.0368	0.0255	0.0578	0.0433	0.066	0.0255	0.1153	0.0891	0.1153	0.0635	0.0521	0.0374	0.0521	0.0453
chr2R	2599773	2599991	chr2R:2599774-2599991	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1284	0.1261	0.1753	0.0795	0.0753	0.1631	0.1064	0.1852	0.0753	0.2603	0.2106	0.2603	0.0968	0.1332	0.0767	0.1332	0.0641
chr2R	2600924	2601181	chr2R:2600925-2601181	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.066	0.0695	0.0832	0.0432	0.035	0.084	0.0735	0.0946	0.035	0.0519	0.1357	0.0519	0.0503	0.0283	0.0838	0.0283	0.0453
chr2R	2602420	2602571	chr2R:2602421-2602571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0295	0.0238	0.0312	0.0338	0.0074	0.0282	0.032	0.0253	0.0074	0.0236	0.0331	0.0236	0.0527	0.0406	0.0297	0.0406	0.049
chr2R	2602765	2602939	chr2R:2602766-2602939	FBgn0033095	CG3409	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0559	0.0364	0.0511	0.0829	0.018	0.0456	0.0428	0.0413	0.018	0.0393	0.0556	0.0393	0.0844	0.1026	0.0767	0.1026	0.111
chr2R	2602995	2603200	chr2R:2602996-2603200	FBgn0033095	CG3409	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0856	0.0491	0.0838	0.1284	0.0265	0.067	0.0545	0.0513	0.0265	0.07	0.082	0.07	0.1503	0.1248	0.1141	0.1248	0.1798
chr2R	2603289	2603481	chr2R:2603290-2603481	FBgn0033095	CG3409	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1687	0.1352	0.1758	0.1983	0.088	0.1602	0.1423	0.1646	0.088	0.1679	0.192	0.1679	0.2301	0.2052	0.196	0.2052	0.2496
chr2R	2603533	2603725	chr2R:2603534-2603725	FBgn0033095	CG3409	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1481	0.1352	0.1588	0.1507	0.087	0.1558	0.144	0.1592	0.087	0.1546	0.1833	0.1546	0.1921	0.1516	0.1593	0.1516	0.1782
chr2R	2617914	2618065	chr2R:2617915-2618065	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0132	0.0161	0.019	0.0035	0.0095	0.0121	0.026	0.02	0.0095	0.0163	0.0328	0.0163	0.0062	0.0046	0.0039	0.0046	5e-04
chr2R	2623943	2624094	chr2R:2623944-2624094	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.022	0.0217	0.0109	0.0344	0.0085	0.0262	0.0307	0.0133	0.0085	0.0181	0.0106	0.0181	0.0093	0.1424	0.0129	0.1424	0.0099
chr2R	2624276	2624427	chr2R:2624277-2624427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0105	0.0043	0.0191	0.0021	0.0112	0.0182	0.01	0.0021	0.0085	0.0039	0.0085	0.0039	0.0735	0.0084	0.0735	0.0078
chr2R	2628189	2628340	chr2R:2628190-2628340	FBgn0010482	l(2)01289	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0148	0.0123	0.0112	0.0216	0.0074	0.0126	0.0169	0.0147	0.0074	0.0109	0.0109	0.0109	0.017	0.0743	0.0142	0.0743	0.012
chr2R	2628905	2629056	chr2R:2628906-2629056	FBgn0028579	phtf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0253	0.0289	0.0196	0.0074	0.0291	0.0346	0.024	0.0074	0.0266	0.0286	0.0266	0.0341	0.0352	0.0148	0.0352	0.0193
chr2R	2629289	2629469	chr2R:2629290-2629469	FBgn0028579	phtf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1404	0.1178	0.1633	0.1406	0.0626	0.1456	0.1328	0.1292	0.0626	0.218	0.1743	0.218	0.1572	0.1639	0.1406	0.1639	0.1688
chr2R	2629695	2629950	chr2R:2629696-2629950	FBgn0028579	phtf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1032	0.0805	0.1204	0.1096	0.0498	0.0947	0.093	0.0859	0.0498	0.1214	0.1412	0.1214	0.1472	0.1149	0.1148	0.1149	0.1355
chr2R	2633770	2633957	chr2R:2633771-2633957	FBgn0042083	CG3267	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0911	0.0918	0.1082	0.0713	0.0594	0.1024	0.1021	0.1079	0.0594	0.1256	0.1232	0.1256	0.134	0.0819	0.0851	0.0819	0.1152
chr2R	2636662	2636872	chr2R:2636663-2636872	FBgn0027066	Eb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2005	0.1943	0.2368	0.1677	0.1474	0.2165	0.2176	0.2219	0.1474	0.3062	0.2498	0.3062	0.2339	0.1868	0.1889	0.1868	0.2017
chr2R	2637140	2637496	chr2R:2637141-2637496	FBgn0027066	Eb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1765	0.1821	0.2145	0.1287	0.158	0.2141	0.1821	0.2145	0.158	0.3454	0.2254	0.3454	0.1611	0.1845	0.1573	0.1845	0.1261
chr2R	2637698	2637849	chr2R:2637699-2637849	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.039	0.0439	0.049	0.018	0.0544	0.0372	0.046	0.018	0.055	0.0498	0.055	0.048	0.059	0.0851	0.059	0.0485
chr2R	2638899	2639159	chr2R:2638900-2639159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.059	0.0497	0.0608	0.0675	0.0318	0.0563	0.0631	0.048	0.0318	0.0664	0.0601	0.0664	0.0968	0.1133	0.0651	0.1133	0.0954
chr2R	2643719	2643870	chr2R:2643720-2643870	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0461	0.0568	0.0463	0.034	0.0477	0.0612	0.0714	0.0586	0.0477	0.0586	0.0521	0.0586	0.0519	0.0681	0.0335	0.0681	0.0354
chr2R	2643871	2644177	chr2R:2643872-2644177	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0937	0.0965	0.1041	0.0791	0.0647	0.0971	0.1163	0.1213	0.0647	0.1359	0.1119	0.1359	0.1255	0.1271	0.0819	0.1271	0.0891
chr2R	2644193	2644370	chr2R:2644194-2644370	FBgn0033100	CG3420	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0667	0.0668	0.078	0.0542	0.0403	0.067	0.0766	0.0899	0.0403	0.1002	0.0894	0.1002	0.0868	0.0758	0.0593	0.0758	0.0636
chr2R	2644419	2644628	chr2R:2644420-2644628	FBgn0033100	CG3420	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1043	0.1031	0.1155	0.0933	0.0721	0.1107	0.1198	0.1226	0.0721	0.1383	0.1318	0.1383	0.1356	0.1271	0.0832	0.1271	0.1225
chr2R	2644679	2644861	chr2R:2644680-2644861	FBgn0033100	CG3420	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1349	0.1341	0.1454	0.1244	0.0891	0.1534	0.1436	0.1632	0.0891	0.1751	0.1582	0.1751	0.1875	0.1593	0.1206	0.1593	0.1662
chr2R	2646369	2646567	chr2R:2646370-2646567	FBgn0033101	CG9436	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0621	0.0481	0.0411	0.1007	0.0223	0.0515	0.0558	0.0606	0.0223	0.032	0.0495	0.032	0.072	0.1401	0.1593	0.1401	0.1204
chr2R	2646668	2646840	chr2R:2646669-2646840	FBgn0033101	CG9436	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0452	0.0376	0.0549	0.0201	0.0529	0.0497	0.058	0.0201	0.038	0.0469	0.038	0.0465	0.0881	0.087	0.0881	0.0558
chr2R	2646901	2647052	chr2R:2646902-2647052	FBgn0033101	CG9436	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0451	0.0465	0.0338	0.056	0.0223	0.0461	0.058	0.0633	0.0223	0.0374	0.0469	0.0374	0.0325	0.0804	0.0928	0.0804	0.0578
chr2R	2647381	2647532	chr2R:2647382-2647532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0352	0.0447	0.0331	0.0267	0.0297	0.0388	0.0636	0.0513	0.0297	0.038	0.0367	0.038	0.0349	0.0291	0.0335	0.0291	0.0344
chr2R	2647586	2647737	chr2R:2647587-2647737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0389	0.0518	0.0359	0.0277	0.0244	0.0466	0.0735	0.056	0.0244	0.0411	0.0395	0.0411	0.0488	0.0352	0.0387	0.0352	0.0281
chr2R	2647873	2648053	chr2R:2647874-2648053	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0752	0.0963	0.0749	0.0518	0.052	0.1024	0.1207	0.1066	0.052	0.0942	0.082	0.0942	0.0906	0.0613	0.0729	0.0613	0.0573
chr2R	2648121	2648309	chr2R:2648122-2648309	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0725	0.0631	0.0478	0.0424	0.0811	0.0856	0.0786	0.0424	0.0761	0.0707	0.0761	0.0689	0.0597	0.0664	0.0597	0.0568
chr2R	2653579	2653814	chr2R:2653580-2653814	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0174	0.032	0.0129	0.006	0.0095	0.0481	0.0255	0.0373	0.0095	0.0187	0.0148	0.0187	0.0108	0.0084	0.0039	0.0084	0.0073
chr2R	2671270	2671506	chr2R:2671271-2671506	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.021	0.0135	0.0296	0.0201	0.0074	0.015	0.0255	0.0053	0.0074	0.0713	0.0228	0.0713	0.0201	0.0299	0.029	0.0299	0.0182
chr2R	2674985	2675136	chr2R:2674986-2675136	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0159	0.0117	0.0155	0.021	0.0053	0.0121	0.0195	0.008	0.0053	0.0211	0.0145	0.0211	0.0194	0.0643	0.0142	0.0643	0.0151
chr2R	2675793	2675987	chr2R:2675794-2675987	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0268	0.0237	0.0398	0.0159	0.0074	0.0369	0.0272	0.0193	0.0074	0.0453	0.0215	0.0453	0.1139	0.0306	0.0142	0.0306	0.0146
chr2R	2676049	2676200	chr2R:2676050-2676200	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.024	0.0182	0.0348	0.0188	0.0064	0.0316	0.0203	0.0113	0.0064	0.0676	0.0193	0.0676	0.0689	0.0482	0.0193	0.0482	0.012
chr2R	2676478	2676703	chr2R:2676479-2676703	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0674	0.0401	0.0914	0.0716	0.0127	0.0922	0.0268	0.026	0.0127	0.1715	0.0685	0.1715	0.1418	0.1616	0.1122	0.1616	0.0511
chr2R	2677052	2677203	chr2R:2677053-2677203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0149	0.0112	0.017	0.0169	0.0053	0.0165	0.0134	0.0087	0.0053	0.0344	0.0161	0.0344	0.0155	0.0245	0.0322	0.0245	0.0146
chr2R	2677327	2677478	chr2R:2677328-2677478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0116	0.0132	0.0174	0.0064	0.0117	0.0182	0.0127	0.0064	0.0181	0.0125	0.0181	0.0217	0.0214	0.0406	0.0214	0.0115
chr2R	2677963	2678260	chr2R:2677964-2678260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0233	0.0156	0.0244	0.0306	0.0032	0.0155	0.0303	0.0093	0.0032	0.0386	0.0264	0.0386	0.0248	0.0544	0.0509	0.0544	0.0167
chr2R	2686428	2686579	chr2R:2686429-2686579	FBgn0085421	Epac	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0103	0.0076	0.0202	0.0074	0.0092	0.0173	0.0087	0.0074	0.0072	0.0051	0.0072	0.0132	0.0115	0.0039	0.0115	0.0063
chr2R	2687360	2687511	chr2R:2687361-2687511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0105	0.0102	0.0228	0.0032	0.0092	0.016	0.012	0.0032	0.0097	0.0116	0.0097	0.0085	0.01	0.0116	0.01	0.0141
chr2R	2693095	2693246	chr2R:2693096-2693246	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0123	0.011	0.016	0.0032	0.0121	0.0186	0.0153	0.0032	0.0181	0.0087	0.0181	0.0085	0.0191	0.0064	0.0191	0.0125
chr2R	2694662	2694813	chr2R:2694663-2694813	FBgn0014028	SdhB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0482	0.025	0.0173	0.0392	0.0252	0.0943	0.036	0.0392	0.0254	0.0283	0.0254	0.0279	0.0199	0.02	0.0199	0.0146
chr2R	2695029	2695192	chr2R:2695030-2695192	FBgn0014028	SdhB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0923	0.083	0.1098	0.0836	0.0541	0.0879	0.1038	0.0899	0.0541	0.128	0.1238	0.128	0.1201	0.1064	0.0787	0.1064	0.1047
chr2R	2696937	2697132	chr2R:2696938-2697132	FBgn0033104	CG15237	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0641	0.0612	0.078	0.0519	0.0308	0.0704	0.0787	0.0673	0.0308	0.0894	0.0887	0.0894	0.072	0.0459	0.0522	0.0459	0.0719
chr2R	2697203	2697373	chr2R:2697204-2697373	FBgn0033104	CG15237	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1156	0.1069	0.1368	0.1019	0.0785	0.1223	0.1224	0.1226	0.0785	0.1691	0.1486	0.1691	0.1425	0.1064	0.1025	0.1064	0.1292
chr2R	2697527	2697678	chr2R:2697528-2697678	FBgn0022224,FBgn0033104	CG15237,ubl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0477	0.0596	0.0447	0.0297	0.0563	0.0575	0.052	0.0297	0.0731	0.0691	0.0731	0.0527	0.0452	0.049	0.0452	0.0537
chr2R	2697683	2697880	chr2R:2697684-2697880	FBgn0022224,FBgn0033104	CG15237,ubl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.0957	0.1217	0.0845	0.0647	0.1117	0.1163	0.1053	0.0647	0.1522	0.1395	0.1522	0.1077	0.0911	0.0935	0.0911	0.0985
chr2R	2697943	2698119	chr2R:2697944-2698119	FBgn0022224,FBgn0028954	CG3287,ubl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1525	0.1377	0.1746	0.1448	0.105	0.1505	0.167	0.1572	0.105	0.2083	0.1971	0.2083	0.1696	0.1554	0.1541	0.1554	0.1631
chr2R	2698428	2698632	chr2R:2698429-2698632	FBgn0022224,FBgn0028954	CG3287,ubl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2083	0.1938	0.241	0.1886	0.1485	0.2	0.2413	0.2219	0.1485	0.317	0.2579	0.317	0.2424	0.2152	0.1973	0.2152	0.2204
chr2R	2698716	2698959	chr2R:2698717-2698959	FBgn0028954	CG3287	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1543	0.1363	0.1783	0.148	0.0954	0.1413	0.1869	0.1386	0.0954	0.2089	0.2006	0.2089	0.1998	0.1409	0.1876	0.1409	0.1808
chr2R	2699180	2699456	chr2R:2699181-2699456	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0842	0.074	0.0849	0.0947	0.0477	0.0709	0.1151	0.0686	0.0477	0.1141	0.0823	0.1141	0.117	0.1639	0.0858	0.1639	0.1219
chr2R	2701518	2701757	chr2R:2701519-2701757	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0776	0.1847	0.0258	0.0148	0.2195	0.0806	0.3356	0.1346	0.2195	0.029	0.0293	0.029	0.0279	0.0214	0.0129	0.0214	0.0177
chr2R	2715682	2715923	chr2R:2715683-2715923	FBgn0033108	CG15236	stage14,stage5	none	VT12716.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0624	0.0298	0.0338	0.053	0.0544	0.0891	0.058	0.053	0.058	0.0209	0.058	0.0201	0.0161	0.0174	0.0161	0.0146
chr2R	2721603	2721754	chr2R:2721604-2721754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0078	0.0064	0.0062	0.011	0.0042	0.0073	0.0091	0.0047	0.0042	0.0048	0.0061	0.0048	0.0108	0.0084	0.0064	0.0084	0.0245
chr2R	2741324	2741475	chr2R:2741325-2741475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0089	0.0081	0.007	0.012	0.0011	0.0063	0.0134	0.0073	0.0011	0.0115	0.0042	0.0115	0.0023	0.0038	0.0019	0.0038	0.0036
chr2R	2753339	2753490	chr2R:2753340-2753490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0147	0.0116	0.0119	0.0212	0.0042	0.0107	0.0169	0.016	0.0042	0.0187	0.0119	0.0187	0.0124	0.0766	0.0129	0.0766	0.0078
chr2R	2757471	2757706	chr2R:2757472-2757706	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0697	0.0435	0.0623	0.1071	0.0201	0.0597	0.0567	0.0293	0.0201	0.0634	0.0534	0.0634	0.1325	0.1861	0.0413	0.1861	0.2084
chr2R	2757825	2757976	chr2R:2757826-2757976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0424	0.0242	0.0293	0.077	0.0106	0.0277	0.0355	0.0213	0.0106	0.038	0.017	0.038	0.0674	0.1685	0.0303	0.1685	0.1271
chr2R	2758809	2759194	chr2R:2758810-2759194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.1172	0.1073	0.1241	0.1206	0.0764	0.1155	0.1228	0.1186	0.0764	0.1751	0.1264	0.1751	0.1526	0.2159	0.1277	0.2159	0.1277
chr2R	2759253	2759474	chr2R:2759254-2759474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1151	0.0829	0.1353	0.1288	0.0541	0.1107	0.0757	0.1073	0.0541	0.151	0.1299	0.151	0.1859	0.134	0.1412	0.134	0.1402
chr2R	2759603	2759783	chr2R:2759604-2759783	FBgn0033109	coro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2137	0.1646	0.2503	0.2285	0.1166	0.2049	0.1639	0.2012	0.1166	0.317	0.254	0.317	0.3122	0.2542	0.234	0.2542	0.2606
chr2R	2759855	2760075	chr2R:2759856-2760075	FBgn0033109	coro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1022	0.1516	0.1246	0.0615	0.1286	0.1064	0.1206	0.0615	0.1957	0.1576	0.1957	0.1673	0.1141	0.1341	0.1141	0.1542
chr2R	2760171	2760365	chr2R:2760172-2760365	FBgn0033109	coro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2395	0.1994	0.2831	0.2366	0.1569	0.2447	0.2016	0.2285	0.1569	0.3702	0.299	0.3702	0.2843	0.2573	0.2669	0.2573	0.2991
chr2R	2760478	2760651	chr2R:2760479-2760651	FBgn0033109	coro	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1574	0.1347	0.1895	0.1476	0.0923	0.1587	0.1579	0.1426	0.0923	0.2373	0.2013	0.2373	0.1913	0.1585	0.1625	0.1585	0.1918
chr2R	2760821	2760972	chr2R:2760822-2760972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0531	0.05	0.0288	0.035	0.051	0.0688	0.0646	0.035	0.0562	0.0582	0.0562	0.0488	0.0306	0.0297	0.0306	0.0391
chr2R	2766086	2766282	chr2R:2766087-2766282	FBgn0028985	Spn4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0609	0.0194	0.0582	0.11	0.0021	0.032	0.0238	0.014	0.0021	0.0302	0.0958	0.0302	0.0635	0.1149	0.1979	0.1149	0.1459
chr2R	2768425	2768626	chr2R:2768426-2768626	FBgn0033112,FBgn0033113	Spn42Db,Spn42Dc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0208	0.0242	0.0287	0.0127	0.0262	0.0272	0.02	0.0127	0.0242	0.0164	0.0242	0.0635	0.0161	0.0258	0.0161	0.0703
chr2R	2770664	2770815	chr2R:2770665-2770815	FBgn0028988	Spn1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0211	0.0227	0.0212	0.0194	0.0117	0.0199	0.0337	0.0233	0.0117	0.0193	0.0244	0.0193	0.0333	0.0077	0.0342	0.0077	0.0292
chr2R	2773202	2773395	chr2R:2773203-2773395	FBgn0033115	Spn42De	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0253	0.047	0.0703	0.0117	0.0286	0.035	0.0253	0.0117	0.0368	0.0627	0.0368	0.0682	0.0735	0.1154	0.0735	0.0902
chr2R	2773728	2773879	chr2R:2773729-2773879	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0123	0.0174	0.0258	0.0085	0.0141	0.0186	0.01	0.0085	0.0109	0.028	0.0109	0.0139	0.0138	0.0748	0.0138	0.0156
chr2R	2779133	2779284	chr2R:2779134-2779284	FBgn0050158	CG30158	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0094	0.0082	0.0063	0.0141	0.0021	0.0073	0.0164	0.0033	0.0021	0.006	0.0061	0.006	0.0039	0.0023	0.0064	0.0023	0.0042
chr2R	2784231	2784382	chr2R:2784232-2784382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0081	0.0049	0.0107	0.0053	0.0058	0.0169	0.0053	0.0053	0.0054	0.0042	0.0054	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr2R	2810754	2810935	chr2R:2810755-2810935	FBgn0033117	CG3358	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1059	0.0829	0.1387	0.0955	0.0456	0.1029	0.0874	0.1013	0.0456	0.1818	0.1463	0.1818	0.1479	0.1118	0.0954	0.1118	0.1271
chr2R	2811240	2811616	chr2R:2811241-2811616	FBgn0033117	CG3358	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0427	0.059	0.039	0.0159	0.0485	0.0532	0.0546	0.0159	0.0707	0.0592	0.0707	0.0658	0.0383	0.0387	0.0383	0.049
chr2R	2813419	2813666	chr2R:2813420-2813666	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0314	0.0479	0.0256	0.0192	0.0329	0.0403	0.0614	0.0533	0.0329	0.0296	0.0283	0.0296	0.024	0.0176	0.0206	0.0176	0.0287
chr2R	2814085	2814236	chr2R:2814086-2814236	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0185	0.0252	0.0197	0.0099	0.0095	0.0199	0.0394	0.024	0.0095	0.0193	0.0254	0.0193	0.017	0.0077	0.0129	0.0077	0.0162
chr2R	2814244	2814395	chr2R:2814245-2814395	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0173	0.0259	0.0146	0.0107	0.0106	0.0184	0.0407	0.028	0.0106	0.0157	0.0186	0.0157	0.0108	0.0115	0.0129	0.0115	0.0146
chr2R	2824208	2824359	chr2R:2824209-2824359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.014	0.0101	0.0175	0.0145	0.0042	0.0073	0.0164	0.0127	0.0042	0.0193	0.0186	0.0193	0.0124	0.0115	0.0084	0.0115	0.0198
chr2R	2824555	2824706	chr2R:2824556-2824706	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0105	0.0154	0.0177	0.0021	0.0053	0.0208	0.0087	0.0021	0.0199	0.0135	0.0199	0.0101	0.01	0.0103	0.01	0.0146
chr2R	2825694	2825912	chr2R:2825695-2825912	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0165	0.0287	0.0429	0.0117	0.015	0.0242	0.018	0.0117	0.0248	0.0347	0.0248	0.0387	0.0567	0.0683	0.0567	0.0479
chr2R	2829321	2829472	chr2R:2829322-2829472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0165	0.0153	0.0171	0.0173	0.0042	0.015	0.0234	0.0167	0.0042	0.0151	0.0228	0.0151	0.0116	0.0184	0.0348	0.0184	0.0156
chr2R	2834042	2834193	chr2R:2834043-2834193	FBgn0011892	tRNA:K2:42Ea	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.03	0.0282	0.0264	0.0361	0.0148	0.0277	0.0415	0.022	0.0148	0.0314	0.0241	0.0314	0.0434	0.0957	0.0213	0.0957	0.0339
chr2R	2834271	2834475	chr2R:2834272-2834475	FBgn0011892	tRNA:K2:42Ea	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0562	0.0692	0.0412	0.0582	0.07	0.0529	0.0956	0.066	0.07	0.0435	0.0383	0.0435	0.0775	0.1087	0.0464	0.1087	0.0829
chr2R	2834987	2835138	chr2R:2834988-2835138	FBgn0011893	tRNA:K2:42Eb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0237	0.0304	0.0222	0.0177	0.0223	0.0296	0.0407	0.0346	0.0223	0.0344	0.0206	0.0344	0.0263	0.036	0.0142	0.036	0.0208
chr2R	2835222	2835420	chr2R:2835223-2835420	FBgn0011893,FBgn0011894	tRNA:K2:42Eb,tRNA:K2:42Ec	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.0617	0.0382	0.0382	0.0615	0.0466	0.0774	0.0746	0.0615	0.0537	0.0357	0.0537	0.0581	0.0773	0.0309	0.0773	0.0516
chr2R	2835774	2835972	chr2R:2835775-2835972	FBgn0011893,FBgn0011894	tRNA:K2:42Eb,tRNA:K2:42Ec	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0483	0.0693	0.0426	0.0311	0.0626	0.0568	0.093	0.074	0.0626	0.0513	0.0505	0.0513	0.0527	0.0643	0.0258	0.0643	0.0396
chr2R	2836162	2836517	chr2R:2836163-2836517	FBgn0011894,FBgn0011895,FBgn0053348	CheB42a,tRNA:K2:42Ec,tRNA:K2:42Ed	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0421	0.057	0.0414	0.0265	0.0445	0.0495	0.0757	0.0593	0.0445	0.0513	0.0457	0.0513	0.0403	0.0345	0.0219	0.0345	0.0396
chr2R	2836616	2836767	chr2R:2836617-2836767	FBgn0011895,FBgn0053348	CheB42a,tRNA:K2:42Ed	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0281	0.0403	0.027	0.0157	0.0265	0.0282	0.0593	0.046	0.0265	0.029	0.0325	0.029	0.0279	0.0214	0.0129	0.0214	0.0261
chr2R	2848659	2848879	chr2R:2848660-2848879	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12786.1	VT12786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0454	0.0568	0.044	0.0343	0.0329	0.0427	0.0761	0.0833	0.0329	0.0694	0.0479	0.0694	0.0318	0.0865	0.029	0.0865	0.0323
chr2R	2848915	2849151	chr2R:2848916-2849151	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT12786.1	VT12786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0606	0.0484	0.0749	0.0585	0.0191	0.0558	0.0584	0.0633	0.0191	0.1479	0.0701	0.1479	0.0519	0.1631	0.0419	0.1631	0.0516
chr2R	2850771	2850922	chr2R:2850772-2850922	distal	distal	stage14	stage14	VT12788.1	VT12788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0254	0.013	0.0253	0.0395	0.0021	0.0141	0.0216	0.0127	0.0021	0.0302	0.0219	0.0302	0.0434	0.0383	0.0368	0.0383	0.0792
chr2R	2851393	2851606	chr2R:2851394-2851606	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12788.1	VT12788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.04	0.0216	0.0398	0.0607	0.0117	0.0252	0.0311	0.0167	0.0117	0.0332	0.0379	0.0332	0.0782	0.0413	0.0651	0.0413	0.1303
chr2R	2852038	2852219	chr2R:2852039-2852219	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT12788.1	VT12788.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.046	0.0285	0.0458	0.0659	0.0064	0.033	0.0346	0.0426	0.0064	0.0338	0.0547	0.0338	0.0775	0.0329	0.1122	0.0329	0.1157
chr2R	2852714	2852870	chr2R:2852715-2852870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0243	0.0127	0.0296	0.0313	0.0032	0.0175	0.0151	0.014	0.0032	0.0254	0.0257	0.0254	0.0503	0.0199	0.0226	0.0199	0.0714
chr2R	2853378	2853662	chr2R:2853379-2853662	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0506	0.0272	0.0594	0.067	0.0074	0.0354	0.0363	0.0273	0.0074	0.0918	0.0566	0.0918	0.0589	0.1011	0.0658	0.1011	0.1001
chr2R	2853820	2853971	chr2R:2853821-2853971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0151	0.0227	0.0369	0.0064	0.0175	0.019	0.0167	0.0064	0.0272	0.0219	0.0272	0.0333	0.0513	0.0496	0.0513	0.0537
chr2R	2854169	2854320	chr2R:2854170-2854320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0131	0.0265	0.0397	0.0042	0.0175	0.0156	0.014	0.0042	0.0266	0.035	0.0266	0.0263	0.0421	0.0767	0.0421	0.0438
chr2R	2854401	2854584	chr2R:2854402-2854584	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0238	0.01	0.0216	0.0418	0.0032	0.015	0.0108	0.01	0.0032	0.0199	0.0273	0.0199	0.0248	0.0613	0.078	0.0613	0.0375
chr2R	2857719	2857870	chr2R:2857720-2857870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0222	0.0258	0.029	0.0074	0.0252	0.0272	0.028	0.0074	0.0229	0.0225	0.0229	0.0302	0.0115	0.0129	0.0115	0.0203
chr2R	2858194	2858345	chr2R:2858195-2858345	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0339	0.0282	0.0371	0.0368	0.0064	0.0301	0.035	0.042	0.0064	0.032	0.0315	0.032	0.024	0.0184	0.0187	0.0184	0.0219
chr2R	2858640	2858863	chr2R:2858641-2858863	FBgn0053558,FBgn0066292	CheB42c,mim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1268	0.125	0.1429	0.1111	0.07	0.1553	0.1185	0.1719	0.07	0.122	0.1479	0.122	0.1162	0.0789	0.0903	0.0789	0.0756
chr2R	2859063	2859245	chr2R:2859064-2859245	FBgn0053558,FBgn0066292	CheB42c,mim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1981	0.1785	0.2264	0.1888	0.1007	0.2024	0.2011	0.2199	0.1007	0.2482	0.237	0.2482	0.22	0.1891	0.1883	0.1891	0.2048
chr2R	2862457	2862839	chr2R:2862458-2862839	FBgn0033121,FBgn0050157	CG30157,Cyp6u1	none	none	VT12795.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0965	0.1254	0.088	0.0498	0.117	0.1029	0.1206	0.0498	0.1419	0.145	0.1419	0.134	0.0934	0.1032	0.0934	0.111
chr2R	2863943	2864094	chr2R:2863944-2864094	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0386	0.0212	0.012	0.0148	0.0388	0.0502	0.0513	0.0148	0.0278	0.0241	0.0278	0.0139	0.0145	0.0116	0.0145	0.0099
chr2R	2867361	2867512	chr2R:2867362-2867512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0373	0.0386	0.0174	0.018	0.0325	0.0476	0.052	0.018	0.0574	0.0495	0.0574	0.0178	0.0222	0.0123	0.0222	0.0151
chr2R	2867857	2868075	chr2R:2867858-2868075	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0417	0.0588	0.0466	0.0171	0.0435	0.0374	0.0852	0.0813	0.0435	0.0501	0.0701	0.0501	0.0271	0.0322	0.0161	0.0322	0.0104
chr2R	2871242	2871393	chr2R:2871243-2871393	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0289	0.0186	0.031	0.0382	0.0032	0.0233	0.0234	0.0213	0.0032	0.0489	0.0267	0.0489	0.0201	0.013	0.011	0.013	0.0109
chr2R	2871671	2871973	chr2R:2871672-2871973	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0699	0.0415	0.0992	0.0695	0.0074	0.0612	0.042	0.0513	0.0074	0.1963	0.0775	0.1963	0.0899	0.0697	0.0368	0.0697	0.0391
chr2R	2872210	2872520	chr2R:2872211-2872520	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0752	0.0516	0.1047	0.0693	0.0095	0.0714	0.0407	0.0839	0.0095	0.1697	0.0929	0.1697	0.0798	0.0888	0.0393	0.0888	0.0412
chr2R	2872575	2872726	chr2R:2872576-2872726	FBgn0022960	vimar	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0359	0.0218	0.0481	0.0383	0.0053	0.0272	0.0238	0.0273	0.0053	0.0791	0.0421	0.0791	0.0465	0.0498	0.0174	0.0498	0.0297
chr2R	2873147	2873329	chr2R:2873148-2873329	FBgn0022960,FBgn0033122	CG17002,vimar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2103	0.1999	0.2449	0.184	0.1442	0.2413	0.2271	0.2125	0.1442	0.3122	0.2563	0.3122	0.2479	0.2129	0.185	0.2129	0.21
chr2R	2873465	2873643	chr2R:2873466-2873643	FBgn0022960,FBgn0033122	CG17002,vimar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1316	0.1761	0.1232	0.0774	0.1495	0.1613	0.1446	0.0774	0.2192	0.1875	0.2192	0.1782	0.1378	0.1431	0.1378	0.1428
chr2R	2879331	2879502	chr2R:2879332-2879502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0176	0.0362	0.0416	0.0074	0.0155	0.0311	0.0153	0.0074	0.0199	0.0614	0.0199	0.0279	0.01	0.1128	0.01	0.0354
chr2R	2880183	2880445	chr2R:2880184-2880445	FBgn0029508,FBgn0050159	CG30159,Tsp42Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1895	0.1481	0.2369	0.1838	0.1039	0.1801	0.1419	0.1885	0.1039	0.2597	0.291	0.2597	0.2517	0.2014	0.2695	0.2014	0.2428
chr2R	2880583	2880762	chr2R:2880584-2880762	FBgn0029508,FBgn0050159	CG30159,Tsp42Ea	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0385	0.0555	0.0359	0.0159	0.0456	0.0437	0.0406	0.0159	0.0592	0.0688	0.0592	0.0519	0.0475	0.0458	0.0475	0.0479
chr2R	2882042	2882206	chr2R:2882043-2882206	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0158	0.0345	0.0359	0.0085	0.0175	0.0186	0.018	0.0085	0.0193	0.0595	0.0193	0.0279	0.0145	0.1057	0.0145	0.0261
chr2R	2882411	2882641	chr2R:2882412-2882641	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.044	0.0214	0.0561	0.0558	0.0064	0.0233	0.0294	0.024	0.0064	0.0217	0.1006	0.0217	0.0473	0.0237	0.1644	0.0237	0.0406
chr2R	2895606	2895757	chr2R:2895607-2895757	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0317	0.0197	0.0159	0.0106	0.0282	0.0502	0.0333	0.0106	0.0199	0.0244	0.0199	0.0225	0.0191	0.0232	0.0191	0.0172
chr2R	2895901	2896060	chr2R:2895902-2896060	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.037	0.0491	0.0353	0.0255	0.0223	0.0388	0.0666	0.064	0.0223	0.0374	0.0402	0.0374	0.0372	0.0329	0.0271	0.0329	0.0354
chr2R	2896143	2896382	chr2R:2896144-2896382	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0831	0.1053	0.0817	0.0599	0.0933	0.1078	0.1155	0.1352	0.0933	0.0948	0.0942	0.0948	0.0968	0.0628	0.0748	0.0628	0.087
chr2R	2898720	2898871	chr2R:2898721-2898871	FBgn0029507	Tsp42Ed	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0388	0.0364	0.0428	0.0372	0.0138	0.0379	0.0437	0.0466	0.0138	0.0471	0.0428	0.0471	0.0581	0.0276	0.0329	0.0276	0.0745
chr2R	2899070	2899263	chr2R:2899071-2899263	FBgn0029506,FBgn0029507	Tsp42Ed,Tsp42Ee	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0644	0.0576	0.0645	0.072	0.0403	0.0617	0.0653	0.0706	0.0403	0.0531	0.0704	0.0531	0.096	0.072	0.0574	0.072	0.1251
chr2R	2899266	2899458	chr2R:2899267-2899458	FBgn0029506,FBgn0029507	Tsp42Ed,Tsp42Ee	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0602	0.0619	0.0575	0.0613	0.0488	0.0626	0.0761	0.0653	0.0488	0.0411	0.0691	0.0411	0.0821	0.0521	0.0567	0.0521	0.1021
chr2R	2899609	2899815	chr2R:2899610-2899815	FBgn0029506,FBgn0029507	Tsp42Ed,Tsp42Ee	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1998	0.1828	0.1945	0.2245	0.1315	0.1966	0.2253	0.1959	0.1315	0.1413	0.227	0.1413	0.2316	0.219	0.236	0.219	0.2725
chr2R	2899936	2900315	chr2R:2899937-2900315	FBgn0029506	Tsp42Ee	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1591	0.1072	0.1638	0.2118	0.0626	0.1306	0.1332	0.1106	0.0626	0.1099	0.2135	0.1099	0.1518	0.1753	0.2631	0.1753	0.2564
chr2R	2900589	2900745	chr2R:2900590-2900745	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0491	0.0339	0.0553	0.0593	0.0191	0.0437	0.0402	0.0366	0.0191	0.0278	0.081	0.0278	0.0496	0.0268	0.1199	0.0268	0.0709
chr2R	2903340	2903491	chr2R:2903341-2903491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0163	0.0112	0.0143	0.0242	0.0011	0.0102	0.0208	0.0093	0.0011	0.0103	0.0193	0.0103	0.0155	0.0145	0.0258	0.0145	0.0188
chr2R	2912441	2912654	chr2R:2912442-2912654	FBgn0033127	Tsp42Ef	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0336	0.0184	0.0218	0.0635	0.0021	0.0248	0.0272	0.0153	0.0021	0.0133	0.0264	0.0133	0.0411	0.049	0.1238	0.049	0.0782
chr2R	2914239	2914390	chr2R:2914240-2914390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0086	0.0065	0.0085	0.0111	0.0032	0.0073	0.0095	0.006	0.0032	0.0097	0.0074	0.0097	0.0155	0.0077	0.0058	0.0077	0.0271
chr2R	2915700	2915851	chr2R:2915701-2915851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.009	0.0098	0.0058	0.0114	0.0021	0.0083	0.0182	0.0067	0.0021	0.0054	0.0061	0.0054	0.0085	0.0291	0.0116	0.0291	0.0078
chr2R	2915867	2916018	chr2R:2915868-2916018	FBgn0033128	Tsp42Eg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0104	0.0087	0.0072	0.0156	0.0053	0.0087	0.0134	0.0087	0.0053	0.0072	0.0061	0.0072	0.0085	0.0368	0.0116	0.0368	0.0177
chr2R	2916132	2916283	chr2R:2916133-2916283	FBgn0033128	Tsp42Eg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0093	0.0076	0.0066	0.0141	0.0032	0.0073	0.0147	0.0047	0.0032	0.0072	0.0048	0.0072	0.0093	0.0329	0.0123	0.0329	0.013
chr2R	2920697	2920848	chr2R:2920698-2920848	FBgn0033129	Tsp42Eh	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.006	0.009	0.0142	0.0021	0.0049	0.0108	0.0053	0.0021	0.0085	0.0129	0.0085	0.0077	0.013	0.0406	0.013	0.0078
chr2R	2922493	2922644	chr2R:2922494-2922644	FBgn0033130	Tsp42Ei	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0104	0.0083	0.009	0.0142	0.0042	0.0039	0.0169	0.008	0.0042	0.0072	0.0129	0.0072	0.0077	0.0283	0.0245	0.0283	0.0078
chr2R	2922649	2922800	chr2R:2922650-2922800	FBgn0033130	Tsp42Ei	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0129	0.0102	0.0117	0.0171	0.0064	0.0078	0.0182	0.01	0.0064	0.0079	0.017	0.0079	0.0132	0.0299	0.0368	0.0299	0.0047
chr2R	2927474	2927670	chr2R:2927475-2927670	FBgn0033132	Tsp42Ej	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0331	0.0108	0.0228	0.0693	0.0064	0.0107	0.019	0.008	0.0064	0.0163	0.0277	0.0163	0.0364	0.0605	0.0864	0.0605	0.0803
chr2R	2932535	2932688	chr2R:2932536-2932688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.011	0.0193	0.0434	0.0032	0.0146	0.0169	0.0067	0.0032	0.0121	0.0206	0.0121	0.0418	0.0245	0.0638	0.0245	0.0834
chr2R	2932834	2933003	chr2R:2932835-2933003	FBgn0033134	Tsp42El	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0397	0.0179	0.0282	0.0766	0.0106	0.0248	0.0247	0.0147	0.0106	0.0139	0.0267	0.0139	0.072	0.059	0.1012	0.059	0.1386
chr2R	2933180	2933376	chr2R:2933181-2933376	FBgn0033134	Tsp42El	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0499	0.0179	0.0368	0.1	0.0138	0.0214	0.0281	0.0087	0.0138	0.0242	0.037	0.0242	0.0837	0.0796	0.1367	0.0796	0.1777
chr2R	2933628	2933779	chr2R:2933629-2933779	FBgn0033134	Tsp42El	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0183	0.0107	0.018	0.0272	0.0074	0.0107	0.0173	0.0067	0.0074	0.0103	0.0244	0.0103	0.017	0.0199	0.0458	0.0199	0.0323
chr2R	2936522	2936799	chr2R:2936523-2936799	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0136	0.0364	0.0648	0.0042	0.0136	0.019	0.014	0.0042	0.0151	0.0357	0.0151	0.0689	0.0352	0.0767	0.0352	0.0849
chr2R	2937094	2937330	chr2R:2937095-2937330	FBgn0016032	lbm	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0749	0.0213	0.066	0.1445	0.0042	0.0374	0.0238	0.0153	0.0042	0.0537	0.0572	0.0537	0.1185	0.1286	0.1425	0.1286	0.1939
chr2R	2937610	2937761	chr2R:2937611-2937761	FBgn0016032	lbm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.009	0.0152	0.0343	0.0042	0.0078	0.0147	0.0073	0.0042	0.0163	0.0119	0.0163	0.0248	0.0375	0.0368	0.0375	0.0344
chr2R	2938067	2938235	chr2R:2938068-2938235	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0074	0.0226	0.0331	0.0053	0.0053	0.0134	0.006	0.0053	0.0115	0.0119	0.0115	0.0101	0.01	0.0097	0.01	0.0162
chr2R	2944378	2944584	chr2R:2944379-2944584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0152	0.0249	0.0224	0.0064	0.016	0.0216	0.0173	0.0064	0.0193	0.0241	0.0193	0.0496	0.0138	0.0135	0.0138	0.0542
chr2R	2948734	2949106	chr2R:2948735-2949106	FBgn0027558	pgant3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0747	0.0513	0.0959	0.0774	0.0212	0.0636	0.0649	0.0606	0.0212	0.1117	0.117	0.1117	0.0953	0.0781	0.1064	0.0781	0.0985
chr2R	2949177	2949347	chr2R:2949178-2949347	FBgn0027558	pgant3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1322	0.1038	0.1665	0.1263	0.0657	0.1316	0.1081	0.1213	0.0657	0.2053	0.2	0.2053	0.1603	0.1279	0.1393	0.1279	0.1626
chr2R	2949412	2949601	chr2R:2949413-2949601	FBgn0027558	pgant3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1145	0.094	0.1401	0.1093	0.0657	0.1107	0.1021	0.1079	0.0657	0.1733	0.1608	0.1733	0.1534	0.1087	0.1154	0.1087	0.1344
chr2R	2950554	2950733	chr2R:2950555-2950733	FBgn0033138	Tsp42Eq	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0311	0.0313	0.0296	0.0327	0.0095	0.0306	0.0441	0.0353	0.0095	0.026	0.0354	0.026	0.0418	0.0368	0.0393	0.0368	0.0542
chr2R	2951069	2951249	chr2R:2951070-2951249	FBgn0033138	Tsp42Eq	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0196	0.0217	0.0354	0.0085	0.0214	0.0285	0.0213	0.0085	0.0211	0.0177	0.0211	0.048	0.0153	0.0168	0.0153	0.0928
chr2R	2951472	2951623	chr2R:2951473-2951623	FBgn0033138,FBgn0033139	Tsp42Eq,Tsp42Er	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.0135	0.0133	0.0214	0.0064	0.0112	0.0186	0.0173	0.0064	0.0079	0.0145	0.0079	0.0263	0.0054	0.011	0.0054	0.0578
chr2R	2957360	2957660	chr2R:2957361-2957660	FBgn0050298	tRNA:CR30298	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.041	0.0404	0.0264	0.0577	0.0403	0.035	0.051	0.0433	0.0403	0.0121	0.0309	0.0121	0.055	0.0498	0.0593	0.0498	0.0922
chr2R	2957710	2957883	chr2R:2957711-2957883	FBgn0050298,FBgn0050299	tRNA:CR30298,tRNA:CR30299	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0178	0.0162	0.0603	0.0148	0.0189	0.0255	0.014	0.0148	0.0054	0.0158	0.0054	0.0395	0.0268	0.0729	0.0268	0.0922
chr2R	2958000	2958151	chr2R:2958001-2958151	FBgn0050298,FBgn0050299	tRNA:CR30298,tRNA:CR30299	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0092	0.0119	0.0606	0.0053	0.0107	0.0156	0.0053	0.0053	0.0085	0.0093	0.0085	0.0302	0.0383	0.0522	0.0383	0.1016
chr2R	2958253	2958597	chr2R:2958254-2958597	FBgn0050299	tRNA:CR30299	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0719	0.0277	0.0397	0.1565	0.0106	0.0325	0.0433	0.02	0.0106	0.0248	0.0328	0.0248	0.103	0.2037	0.1573	0.2037	0.2251
chr2R	2965516	2965667	chr2R:2965517-2965667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.007	0.0082	0.0058	0.007	0.0042	0.0044	0.0177	0.0047	0.0042	0.0066	0.0051	0.0066	0.0015	0.0015	0.0019	0.0015	0.0031
chr2R	2966182	2966333	chr2R:2966183-2966333	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0052	0.0057	0.0085	0.0011	0.0044	0.0095	0.0047	0.0011	0.0042	0.0061	0.0042	0.0062	0.0038	6e-04	0.0038	0.0036
chr2R	2983970	2984121	chr2R:2983971-2984121	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0027	0.0052	0.0131	0	0.001	0.0061	0.0033	0	0.003	0.0042	0.003	8e-04	8e-04	0.0019	8e-04	0.0021
chr2R	2984794	2984945	chr2R:2984795-2984945	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0079	0.0086	0.0329	0.0021	0.0053	0.0134	0.0093	0.0021	0.0079	0.0064	0.0079	0.0039	0.0038	0.0052	0.0038	0.0047
chr2R	2985807	2986110	chr2R:2985808-2986110	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0577	0.0425	0.053	0.0799	0.0212	0.0432	0.051	0.0606	0.0212	0.0423	0.0569	0.0423	0.0457	0.0314	0.0297	0.0314	0.0479
chr2R	2986352	2986503	chr2R:2986353-2986503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0168	0.0236	0.0123	0.0141	0.0127	0.0155	0.0433	0.0207	0.0127	0.006	0.0138	0.006	0.0046	0.0031	0.0058	0.0031	0.0089
chr2R	2986566	2986717	chr2R:2986567-2986717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0156	0.0148	0.016	0.0162	0.0106	0.0063	0.029	0.0133	0.0106	0.0072	0.0186	0.0072	0.0077	0.0077	0.0052	0.0077	0.0083
chr2R	2992075	2992226	chr2R:2992076-2992226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.0116	0.0162	0.0155	0.0064	0.0083	0.0195	0.0127	0.0064	0.0121	0.0225	0.0121	0.0116	0.0077	0.0064	0.0077	0.0094
chr2R	2993681	2993832	chr2R:2993682-2993832	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.0475	0.0582	0.0246	0.0329	0.0277	0.0631	0.0753	0.0329	0.0103	0.1305	0.0103	0.0077	0.0077	0.0735	0.0077	0.0109
chr2R	2993966	2994168	chr2R:2993967-2994168	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1112	0.1352	0.1344	0.0588	0.087	0.0757	0.1869	0.2072	0.087	0.0193	0.301	0.0193	0.0248	0.0138	0.2102	0.0138	0.0162
chr2R	2995489	2995640	chr2R:2995490-2995640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0166	0.0156	0.019	0.015	0.0074	0.0092	0.0238	0.0253	0.0074	0.0054	0.0367	0.0054	0.0108	0.0038	0.04	0.0038	0.0036
chr2R	2995718	2995869	chr2R:2995719-2995869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0163	0.0165	0.0197	0.0125	0.0064	0.0097	0.0307	0.0167	0.0064	0.0103	0.035	0.0103	0.0093	0.0038	0.0329	0.0038	0.0057
chr2R	3000746	3000911	chr2R:3000747-3000911	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0217	0.0174	0.0334	0.0138	0.0021	0.0155	0.019	0.0326	0.0021	0.0187	0.0662	0.0187	0.0062	0.0069	0.0329	0.0069	0.0078
chr2R	3002797	3002948	chr2R:3002798-3002948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0092	0.0151	0.017	0.0021	0.0092	0.0147	0.0087	0.0021	0.0097	0.0257	0.0097	0.007	0.0023	0.0516	0.0023	0.0057
chr2R	3006452	3006603	chr2R:3006453-3006603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.0087	0.015	0.0156	0.0021	0.0068	0.0138	0.0127	0.0021	0.0091	0.0251	0.0091	0.0093	0.0084	0.0484	0.0084	0.0047
chr2R	3006620	3006771	chr2R:3006621-3006771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0082	0.0132	0.0141	0.0053	0.0063	0.0138	0.0087	0.0053	0.0097	0.0215	0.0097	0.0085	0.0069	0.0445	0.0069	0.0057
chr2R	3009710	3009861	chr2R:3009711-3009861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0088	0.0109	0.0156	0.0053	0.0073	0.016	0.0067	0.0053	0.0109	0.0096	0.0109	0.0093	0.0046	0.0058	0.0046	0.0031
chr2R	3010290	3010441	chr2R:3010291-3010441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0103	0.0128	0.0121	0.0074	0.0126	0.016	0.004	0.0074	0.0103	0.0167	0.0103	0.0124	0.0077	0.0058	0.0077	0.0073
chr2R	3010730	3010881	chr2R:3010731-3010881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.01	0.0099	0.0134	0.0085	0.0063	0.0156	0.012	0.0085	0.0079	0.0106	0.0079	0.0101	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr2R	3010974	3011125	chr2R:3010975-3011125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0152	0.0155	0.0138	0.0074	0.0141	0.0208	0.018	0.0074	0.0139	0.0174	0.0139	0.0163	0.0084	0.0039	0.0084	0.0073
chr2R	3020338	3020489	chr2R:3020339-3020489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0125	0.0102	0.0123	0.0152	0.0064	0.0068	0.0203	0.008	0.0064	0.0109	0.018	0.0109	0.0077	0.01	0.0316	0.01	0.0109
chr2R	3025198	3025349	chr2R:3025199-3025349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0082	0.0091	0.0085	0.0085	0.0073	0.0143	0.004	0.0085	0.0139	0.009	0.0139	0.0077	0.0046	0.0026	0.0046	0.0031
chr2R	3025401	3025552	chr2R:3025402-3025552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0082	0.0107	0.0114	0.0053	0.0102	0.0108	0.0073	0.0053	0.0157	0.0087	0.0157	0.0116	0.0023	0.0058	0.0023	0.0083
chr2R	3025657	3025852	chr2R:3025658-3025852	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0471	0.0533	0.0591	0.0269	0.0308	0.0544	0.0636	0.068	0.0308	0.0876	0.0707	0.0876	0.0364	0.0214	0.0335	0.0214	0.0313
chr2R	3026515	3026666	chr2R:3026516-3026666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0101	0.0152	0.0202	0.0053	0.0097	0.0151	0.012	0.0053	0.0199	0.0129	0.0199	0.0108	0.0031	0.0032	0.0031	0.0073
chr2R	3027115	3027393	chr2R:3027116-3027393	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0585	0.0278	0.0815	0.0675	0.0138	0.0471	0.0238	0.0266	0.0138	0.1171	0.0904	0.1171	0.0945	0.0681	0.0638	0.0681	0.1001
chr2R	3029011	3029204	chr2R:3029012-3029204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0184	0.0377	0.0231	0.0095	0.0248	0.0234	0.016	0.0095	0.0501	0.0399	0.0501	0.0488	0.0222	0.0322	0.0222	0.0255
chr2R	3029538	3029709	chr2R:3029539-3029709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.04	0.0659	0.0432	0.0159	0.0461	0.0545	0.0386	0.0159	0.0882	0.0797	0.0882	0.0565	0.0636	0.0606	0.0636	0.0505
chr2R	3034453	3034717	chr2R:3034454-3034717	FBgn0024294	Spn43Aa	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.0492	0.1442	0.0973	0.0244	0.0602	0.0523	0.0633	0.0244	0.1969	0.1981	0.1969	0.1131	0.1708	0.158	0.1708	0.0964
chr2R	3035097	3035248	chr2R:3035098-3035248	FBgn0024294	Spn43Aa	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0202	0.0093	0.0343	0.017	0.0032	0.0087	0.0164	0.0073	0.0032	0.0169	0.0669	0.0169	0.0116	0.0145	0.0419	0.0145	0.0099
chr2R	3038050	3038275	chr2R:3038051-3038275	FBgn0003090	pk	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1279	0.0341	0.1942	0.16	0.0106	0.0655	0.0307	0.03	0.0106	0.2379	0.2566	0.2379	0.2115	0.2366	0.2328	0.2366	0.2064
chr2R	3042954	3043105	chr2R:3042955-3043105	FBgn0044011	Spn43Ad	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0143	0.0082	0.0136	0.0219	0.0042	0.0034	0.0169	0.0073	0.0042	0.0127	0.019	0.0127	0.0132	0.0084	0.0471	0.0084	0.0313
chr2R	3045720	3045912	chr2R:3045721-3045912	FBgn0002930	nec	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0259	0.0145	0.0278	0.0368	0.0053	0.017	0.0212	0.0133	0.0053	0.0163	0.0444	0.0163	0.0318	0.0145	0.0851	0.0145	0.0495
chr2R	3046022	3046290	chr2R:3046023-3046290	FBgn0002930	nec	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0145	0.0297	0.0432	0.0032	0.0189	0.0225	0.01	0.0032	0.0308	0.0392	0.0308	0.031	0.0306	0.0767	0.0306	0.0646
chr2R	3046394	3046636	chr2R:3046395-3046636	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0368	0.0138	0.0368	0.0624	0.0085	0.018	0.0221	0.0087	0.0085	0.032	0.0299	0.032	0.096	0.059	0.0561	0.059	0.1292
chr2R	3050638	3050789	chr2R:3050639-3050789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0128	0.0156	0.0148	0.0042	0.0136	0.0199	0.012	0.0042	0.0145	0.0251	0.0145	0.0077	0.0069	0.0432	0.0069	0.0115
chr2R	3052080	3052231	chr2R:3052081-3052231	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0131	0.0111	0.0121	0.0164	0.0085	0.0092	0.0195	0.0087	0.0085	0.0103	0.0138	0.0103	0.0163	0.0069	0.0387	0.0069	0.0104
chr2R	3052296	3052447	chr2R:3052297-3052447	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.016	0.0116	0.0181	0.0185	0.0095	0.0073	0.0216	0.0107	0.0095	0.0181	0.0251	0.0181	0.0132	0.0123	0.0393	0.0123	0.013
chr2R	3052592	3052743	chr2R:3052593-3052743	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0148	0.0106	0.0151	0.0191	0.0032	0.0058	0.0221	0.0093	0.0032	0.0127	0.0219	0.0127	0.0108	0.0176	0.0368	0.0176	0.0141
chr2R	3055483	3055634	chr2R:3055484-3055634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0167	0.0115	0.0174	0.0219	0.0011	0.0141	0.0203	0.0067	0.0011	0.0199	0.0161	0.0199	0.0178	0.0322	0.009	0.0322	0.0198
chr2R	3056721	3056872	chr2R:3056722-3056872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0082	0.0161	0.0389	0.0042	0.0063	0.0138	0.0073	0.0042	0.0115	0.0141	0.0115	0.0054	0.0077	0.0097	0.0077	0.0172
chr2R	3057300	3057451	chr2R:3057301-3057451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0243	0.0256	0.0405	0.018	0.0209	0.0324	0.0273	0.018	0.0163	0.0164	0.0163	0.0132	0.0069	0.0064	0.0069	0.0099
chr2R	3057472	3057627	chr2R:3057473-3057627	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0197	0.0225	0.0482	0.0148	0.0218	0.0251	0.0173	0.0148	0.0121	0.0096	0.0121	0.0093	0.0077	0.0058	0.0077	0.0094
chr2R	3058328	3058778	chr2R:3058329-3058778	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0937	0.0652	0.1	0.1186	0.0371	0.0655	0.0757	0.0773	0.0371	0.064	0.0576	0.064	0.0271	0.0199	0.0426	0.0199	0.0365
chr2R	3059414	3059603	chr2R:3059415-3059603	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0603	0.035	0.0652	0.083	0.0106	0.0345	0.0407	0.054	0.0106	0.026	0.035	0.026	0.017	0.0161	0.0187	0.0161	0.0219
chr2R	3059884	3060050	chr2R:3059885-3060050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0308	0.0193	0.0349	0.039	0.0138	0.0126	0.0272	0.0247	0.0138	0.0254	0.0228	0.0254	0.0178	0.0253	0.0116	0.0253	0.012
chr2R	3074062	3074263	chr2R:3074063-3074263	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0944	0.0875	0.1179	0.0765	0.0647	0.0966	0.0978	0.1006	0.0647	0.1383	0.1447	0.1383	0.1115	0.1034	0.0922	0.1034	0.111
chr2R	3074352	3074517	chr2R:3074353-3074517	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1626	0.1558	0.1971	0.1323	0.1188	0.1782	0.167	0.1765	0.1188	0.2361	0.2334	0.2361	0.1975	0.1899	0.1657	0.1899	0.186
chr2R	3074632	3074826	chr2R:3074633-3074826	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1608	0.1577	0.1935	0.1283	0.1315	0.1626	0.1747	0.2019	0.1315	0.2089	0.2498	0.2089	0.196	0.1769	0.2134	0.1769	0.1454
chr2R	3076464	3076615	chr2R:3076465-3076615	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0123	0.0127	0.0212	0.0042	0.0107	0.0225	0.0087	0.0042	0.0079	0.0183	0.0079	0.0132	0.0061	0.0716	0.0061	0.0083
chr2R	3076863	3077014	chr2R:3076864-3077014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0121	0.0067	0.0108	0.0196	0.0021	0.0058	0.0108	0.0073	0.0021	0.0054	0.0154	0.0054	0.0093	0.0046	0.0645	0.0046	0.0089
chr2R	3077238	3077389	chr2R:3077239-3077389	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0091	0.0157	0.0235	0.0021	0.0083	0.016	0.0087	0.0021	0.0115	0.0241	0.0115	0.0085	0.0038	0.0825	0.0038	0.0083
chr2R	3077560	3077711	chr2R:3077561-3077711	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0071	0.0121	0.0242	0.0032	0.0049	0.0134	0.0053	0.0032	0.0115	0.0158	0.0115	0.0108	0.0069	0.078	0.0069	0.0115
chr2R	3082476	3082627	chr2R:3082477-3082627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0101	0.0128	0.0123	0.0042	0.0083	0.0177	0.0107	0.0042	0.0109	0.017	0.0109	0.0147	0.0061	0.029	0.0061	0.0073
chr2R	3089737	3089888	chr2R:3089738-3089888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0077	0.0084	0.0113	0.0064	0.0039	0.0138	0.008	0.0064	0.003	0.0116	0.003	0.0101	0.0061	0.0329	0.0061	0.0047
chr2R	3091095	3091246	chr2R:3091096-3091246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0102	0.0086	0.0124	0.0032	0.0073	0.0182	0.0113	0.0032	0.0042	0.0122	0.0042	0.0062	0.0038	0.0348	0.0038	0.0052
chr2R	3091331	3091482	chr2R:3091332-3091482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.0103	0.0112	0.0145	0.0074	0.0083	0.0147	0.0107	0.0074	0.0072	0.0164	0.0072	0.0093	0.0046	0.0374	0.0046	0.0063
chr2R	3091925	3092076	chr2R:3091926-3092076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0082	0.0147	0.0295	0.0042	0.0078	0.016	0.004	0.0042	0.0066	0.0254	0.0066	0.0101	0.01	0.0993	0.01	0.0099
chr2R	3094088	3094239	chr2R:3094089-3094239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0112	0.0161	0.0187	0.0042	0.0141	0.0182	0.006	0.0042	0.0115	0.0219	0.0115	0.0147	0.0061	0.0548	0.0061	0.0099
chr2R	3112108	3112259	chr2R:3112109-3112259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0082	0.0065	0.0077	0.0106	0.0042	0.0068	0.0104	0.004	0.0042	0.0072	0.0077	0.0072	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0021
chr2R	3112454	3112605	chr2R:3112455-3112605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0069	0.0071	0.0114	0.0021	0.0092	0.0112	0.004	0.0021	0.0079	0.0061	0.0079	0.007	0.0031	0.009	0.0031	0.0036
chr2R	3113778	3113929	chr2R:3113779-3113929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.007	0.0062	0.0089	0.0032	0.0044	0.0125	0.0073	0.0032	0.003	0.0064	0.003	0.0046	0.0031	0.0052	0.0031	0.0057
chr2R	3136554	3136710	chr2R:3136555-3136710	FBgn0033153	Gadd45	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0055	0.015	0.0604	0.0011	0.0049	0.0108	0.004	0.0011	0.0072	0.0212	0.0072	0.0232	0.0681	0.087	0.0681	0.0844
chr2R	3138304	3138455	chr2R:3138305-3138455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0087	0.0145	0.0276	0.0021	0.0102	0.0151	0.006	0.0021	0.0121	0.0132	0.0121	0.0349	0.0092	0.0264	0.0092	0.0688
chr2R	3141547	3141724	chr2R:3141548-3141724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0186	0.0358	0.032	0.0117	0.0238	0.0264	0.012	0.0117	0.0211	0.0299	0.0211	0.103	0.0214	0.0406	0.0214	0.061
chr2R	3141983	3142207	chr2R:3141984-3142207	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0229	0.0131	0.0254	0.0311	0.0106	0.0126	0.0186	0.014	0.0106	0.0223	0.0196	0.0223	0.0658	0.0199	0.0426	0.0199	0.0584
chr2R	3143858	3144052	chr2R:3143859-3144052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0181	0.0209	0.0207	0.0053	0.0243	0.0255	0.0153	0.0053	0.0181	0.0151	0.0181	0.0558	0.01	0.0155	0.01	0.0412
chr2R	3145059	3145210	chr2R:3145060-3145210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.008	0.0096	0.0202	0.0032	0.0068	0.0156	0.006	0.0032	0.006	0.008	0.006	0.0093	0.01	0.0045	0.01	0.0193
chr2R	3146241	3146392	chr2R:3146242-3146392	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0052	0.0074	0.0149	0.0021	0.0068	0.0082	0.0033	0.0021	0.006	0.0064	0.006	0.0062	0.0038	0.0052	0.0038	0.0094
chr2R	3158576	3158727	chr2R:3158577-3158727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0126	0.0147	0.0135	0.0032	0.0121	0.0173	0.0173	0.0032	0.0133	0.0193	0.0133	0.0163	0.0046	0.0361	0.0046	0.012
chr2R	3165492	3165728	chr2R:3165493-3165728	FBgn0033155,FBgn0260991	Br140,Incenp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1257	0.1727	0.1122	0.0827	0.1519	0.1475	0.1352	0.0827	0.1963	0.1952	0.1963	0.1603	0.1126	0.1212	0.1126	0.135
chr2R	3165759	3165956	chr2R:3165760-3165956	FBgn0033155,FBgn0260991	Br140,Incenp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1544	0.1305	0.1931	0.1386	0.0838	0.1549	0.1362	0.1692	0.0838	0.2252	0.2174	0.2252	0.1743	0.1325	0.136	0.1325	0.1767
chr2R	3166007	3166238	chr2R:3166008-3166238	FBgn0033155,FBgn0260991	Br140,Incenp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1942	0.1886	0.2425	0.1476	0.1495	0.2194	0.1929	0.2365	0.1495	0.2796	0.2714	0.2796	0.2308	0.1371	0.1522	0.1371	0.1808
chr2R	3166275	3166435	chr2R:3166276-3166435	FBgn0260991	Incenp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.076	0.0909	0.0961	0.0375	0.0795	0.0971	0.0952	0.1219	0.0795	0.1129	0.1071	0.1129	0.0806	0.0421	0.0438	0.0421	0.038
chr2R	3170029	3170233	chr2R:3170030-3170233	FBgn0003174	pwn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0701	0.0825	0.0709	0.0554	0.0604	0.0602	0.1064	0.1133	0.0604	0.0326	0.1244	0.0326	0.0558	0.0092	0.1928	0.0092	0.0234
chr2R	3171943	3172151	chr2R:3171944-3172151	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0456	0.0268	0.0205	0.018	0.0413	0.0528	0.072	0.018	0.0127	0.0492	0.0127	0.0147	0.0061	0.0625	0.0061	0.0094
chr2R	3173337	3173488	chr2R:3173338-3173488	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0173	0.0174	0.015	0.0196	0.0053	0.0165	0.0255	0.0193	0.0053	0.0097	0.0235	0.0097	0.0108	0.0054	0.0658	0.0054	0.0099
chr2R	3175893	3176099	chr2R:3175894-3176099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0155	0.0143	0.0148	0.0174	0.0042	0.0126	0.0251	0.0147	0.0042	0.0109	0.0257	0.0109	0.0077	0.0038	0.0632	0.0038	0.0068
chr2R	3176840	3176991	chr2R:3176841-3176991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0136	0.0143	0.0149	0.0074	0.0131	0.019	0.0187	0.0074	0.0079	0.0215	0.0079	0.0108	0.0038	0.0548	0.0038	0.0057
chr2R	3177376	3177527	chr2R:3177377-3177527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0108	0.0146	0.0212	0.0032	0.0063	0.0182	0.0147	0.0032	0.006	0.027	0.006	0.0054	0.0061	0.0774	0.0061	0.0063
chr2R	3177980	3178144	chr2R:3177981-3178144	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0222	0.0142	0.0221	0.0312	0.0095	0.0117	0.0199	0.0173	0.0095	0.0054	0.0405	0.0054	0.0124	0.0046	0.1141	0.0046	0.0104
chr2R	3181672	3181823	chr2R:3181673-3181823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0119	0.0112	0.0094	0.0155	0.0021	0.0087	0.0208	0.0087	0.0021	0.0048	0.0154	0.0048	0.0085	0.0069	0.0503	0.0069	0.0057
chr2R	3182510	3182661	chr2R:3182511-3182661	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0137	0.0162	0.0156	0.0042	0.0087	0.0268	0.0113	0.0042	0.0115	0.0267	0.0115	0.0108	0.0092	0.0471	0.0092	0.0073
chr2R	3182788	3182939	chr2R:3182789-3182939	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.01	0.015	0.0167	0.0021	0.0073	0.0177	0.012	0.0021	0.0103	0.0267	0.0103	0.0054	0.0069	0.0574	0.0069	0.0068
chr2R	3188270	3188452	chr2R:3188271-3188452	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1048	0.0849	0.1241	0.1058	0.0657	0.1005	0.0779	0.1033	0.0657	0.1431	0.1376	0.1431	0.1472	0.1026	0.1418	0.1026	0.1365
chr2R	3188596	3188747	chr2R:3188597-3188747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0224	0.0223	0.0201	0.0251	0.0127	0.018	0.029	0.0293	0.0127	0.0223	0.0228	0.0223	0.0225	0.0207	0.0445	0.0207	0.0266
chr2R	3204973	3205124	chr2R:3204974-3205124	distal	distal	none	none	VT12975.1	VT12975.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0314	0.0221	0.0155	0.0233	0.0282	0.0342	0.0453	0.0233	0.0272	0.0273	0.0272	0.0194	0.0245	0.0174	0.0245	0.0188
chr2R	3205177	3205370	chr2R:3205178-3205370	distal	distal	none	none	VT12975.1	VT12975.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0715	0.0629	0.0467	0.0498	0.0646	0.077	0.1033	0.0498	0.067	0.0797	0.067	0.0682	0.0628	0.0613	0.0628	0.0636
chr2R	3205460	3205740	chr2R:3205461-3205740	distal	distal	none	none	VT12975.1	VT12975.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0426	0.0546	0.0419	0.0301	0.0339	0.0539	0.0623	0.0733	0.0339	0.0411	0.0521	0.0411	0.0434	0.0352	0.0451	0.0352	0.0401
chr2R	3207975	3208126	chr2R:3207976-3208126	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0186	0.0322	0.0143	0.0081	0.0201	0.0214	0.042	0.0426	0.0201	0.0163	0.0167	0.0163	0.0093	0.0084	0.0077	0.0084	0.0089
chr2R	3212842	3213050	chr2R:3212843-3213050	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0592	0.068	0.0674	0.0404	0.0573	0.0675	0.0865	0.07	0.0573	0.0839	0.0778	0.0839	0.055	0.0528	0.0548	0.0528	0.0459
chr2R	3213118	3213300	chr2R:3213119-3213300	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.079	0.0945	0.0858	0.0543	0.0657	0.0985	0.1194	0.0973	0.0657	0.1069	0.0971	0.1069	0.0627	0.0758	0.06	0.0758	0.0625
chr2R	3213494	3214107	chr2R:3213495-3214107	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0843	0.0978	0.0923	0.0603	0.0657	0.0995	0.1202	0.1019	0.0657	0.0978	0.0929	0.0978	0.0782	0.0735	0.0638	0.0735	0.0688
chr2R	3214255	3214513	chr2R:3214256-3214513	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0521	0.0658	0.0478	0.0415	0.0551	0.0539	0.0913	0.0746	0.0551	0.0386	0.0415	0.0386	0.0411	0.0413	0.0406	0.0413	0.0396
chr2R	3220728	3220879	chr2R:3220729-3220879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0379	0.0202	0.011	0.0223	0.0248	0.061	0.04	0.0223	0.0217	0.0254	0.0217	0.017	0.0092	0.0181	0.0092	0.0125
chr2R	3226958	3227139	chr2R:3226959-3227139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0388	0.0207	0.0106	0.0276	0.0243	0.0549	0.056	0.0276	0.0254	0.0241	0.0254	0.0147	0.0107	0.0148	0.0107	0.0141
chr2R	3229465	3229616	chr2R:3229466-3229616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0184	0.0304	0.0174	0.0061	0.0223	0.0228	0.0446	0.0353	0.0223	0.0133	0.0138	0.0133	0.038	0.0077	0.009	0.0077	0.0068
chr2R	3239905	3240143	chr2R:3239906-3240143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.171	0.1007	0.2098	0.2069	0.0488	0.1413	0.0969	0.1206	0.0488	0.2403	0.2379	0.2403	0.2533	0.2129	0.2095	0.2129	0.2293
chr2R	3247322	3247549	chr2R:3247323-3247549	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0272	0.0517	0.0209	0.0068	0.0509	0.0238	0.0917	0.048	0.0509	0.0157	0.0283	0.0157	0.0186	0.0054	0.0077	0.0054	0.0094
chr2R	3250225	3250466	chr2R:3250226-3250466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0394	0.0341	0.0198	0.0201	0.0306	0.0631	0.0413	0.0201	0.0284	0.0479	0.0284	0.0271	0.0191	0.04	0.0191	0.0172
chr2R	3253495	3253646	chr2R:3253496-3253646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.0341	0.0117	0.0071	0.0265	0.017	0.0623	0.0313	0.0265	0.0127	0.0141	0.0127	0.0108	0.0054	0.0071	0.0054	0.0094
chr2R	3253745	3253896	chr2R:3253746-3253896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0208	0.044	0.0113	0.0053	0.035	0.0248	0.0822	0.0386	0.035	0.0097	0.0141	0.0097	0.0101	0.0046	0.0052	0.0046	0.0073
chr2R	3254063	3254293	chr2R:3254064-3254293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0656	0.0217	0.0081	0.0594	0.0466	0.1125	0.0506	0.0594	0.0284	0.0241	0.0284	0.0124	0.0084	0.009	0.0084	0.0073
chr2R	3254326	3254639	chr2R:3254327-3254639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0738	0.0231	0.0117	0.088	0.0456	0.1112	0.0653	0.088	0.0199	0.0309	0.0199	0.0201	0.0107	0.0135	0.0107	0.0109
chr2R	3254762	3254913	chr2R:3254763-3254913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0345	0.0165	0.0093	0.0276	0.0214	0.051	0.0426	0.0276	0.0157	0.0203	0.0157	0.0139	0.0092	0.0142	0.0092	0.0063
chr2R	3258781	3259058	chr2R:3258782-3259058	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Dscam_1703bp_CRM	Dscam_1703bp_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0518	0.0516	0.0676	0.0345	0.0297	0.0447	0.0688	0.0693	0.0297	0.026	0.1293	0.026	0.024	0.0084	0.1012	0.0084	0.0188
chr2R	3260061	3260264	chr2R:3260062-3260264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0486	0.0441	0.0552	0.0464	0.0265	0.0379	0.0567	0.062	0.0265	0.064	0.065	0.064	0.0209	0.0299	0.0419	0.0299	0.036
chr2R	3260542	3260701	chr2R:3260543-3260701	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0319	0.0369	0.0311	0.0255	0.0282	0.0411	0.036	0.0255	0.0314	0.054	0.0314	0.0178	0.036	0.058	0.036	0.0214
chr2R	3260792	3261012	chr2R:3260793-3261012	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0432	0.0363	0.0444	0.0497	0.0265	0.0345	0.0558	0.032	0.0265	0.0441	0.0627	0.0441	0.0364	0.0904	0.0748	0.0904	0.0339
chr2R	3261390	3261720	chr2R:3261391-3261720	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0874	0.0742	0.0798	0.1104	0.0392	0.0922	0.0986	0.066	0.0392	0.087	0.0537	0.087	0.0767	0.1026	0.049	0.1026	0.0594
chr2R	3261891	3262042	chr2R:3261892-3262042	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0263	0.0219	0.0195	0.0384	0.0191	0.0184	0.0333	0.018	0.0191	0.0199	0.0138	0.0199	0.0209	0.0597	0.0181	0.0597	0.0162
chr2R	3262423	3262597	chr2R:3262424-3262597	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0311	0.0228	0.0255	0.0464	0.0117	0.0184	0.035	0.026	0.0117	0.038	0.0299	0.038	0.024	0.1309	0.04	0.1309	0.0354
chr2R	3262627	3262778	chr2R:3262628-3262778	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0259	0.0254	0.0207	0.0322	0.0191	0.0214	0.0385	0.0253	0.0191	0.0284	0.0222	0.0284	0.024	0.0743	0.0264	0.0743	0.0396
chr2R	3262786	3262937	chr2R:3262787-3262937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0318	0.0173	0.0262	0.0255	0.0214	0.0476	0.0393	0.0255	0.0248	0.0164	0.0248	0.0178	0.0413	0.0181	0.0413	0.0386
chr2R	3264210	3264441	chr2R:3264211-3264441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0577	0.0565	0.0542	0.0631	0.0477	0.0549	0.0731	0.058	0.0477	0.0386	0.0537	0.0386	0.1115	0.0689	0.0348	0.0689	0.1136
chr2R	3266898	3267124	chr2R:3266899-3267124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.051	0.0765	0.0445	0.0295	0.0562	0.0869	0.0999	0.0653	0.0562	0.0477	0.0367	0.0477	0.0225	0.036	0.0193	0.036	0.024
chr2R	3267181	3267332	chr2R:3267182-3267332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0392	0.0558	0.0368	0.0231	0.035	0.0694	0.0675	0.0573	0.035	0.0386	0.0379	0.0386	0.0178	0.0176	0.0193	0.0176	0.0172
chr2R	3268108	3268494	chr2R:3268109-3268494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1803	0.3271	0.1282	0.0735	0.3256	0.2825	0.3966	0.3937	0.3256	0.183	0.1273	0.183	0.0349	0.023	0.0361	0.023	0.0208
chr2R	3268565	3268770	chr2R:3268566-3268770	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0713	0.1155	0.0566	0.038	0.0806	0.1068	0.1388	0.1526	0.0806	0.0773	0.0521	0.0773	0.0209	0.0138	0.0264	0.0138	0.0214
chr2R	3268810	3269186	chr2R:3268811-3269186	FBgn0033159	Dscam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1553	0.2084	0.1467	0.1054	0.1644	0.1801	0.2526	0.2771	0.1644	0.1709	0.1495	0.1709	0.1077	0.0613	0.0825	0.0613	0.0823
chr2R	3269309	3269509	chr2R:3269310-3269509	FBgn0033159	Dscam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2783	0.2871	0.3154	0.2278	0.2439	0.2981	0.3274	0.3331	0.2439	0.3768	0.3521	0.3768	0.2897	0.2374	0.2353	0.2374	0.2626
chr2R	3269719	3269870	chr2R:3269720-3269870	FBgn0033159	Dscam	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0556	0.0695	0.0569	0.0386	0.0445	0.0573	0.09	0.0866	0.0445	0.0513	0.0736	0.0513	0.0519	0.0391	0.0413	0.0391	0.0417
chr2R	3274536	3274734	chr2R:3274537-3274734	FBgn0000352,FBgn0033160	CG11107,cos	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1706	0.1619	0.1992	0.1489	0.1124	0.1777	0.183	0.1939	0.1124	0.2566	0.2125	0.2566	0.1851	0.1501	0.1502	0.1501	0.1829
chr2R	3274813	3274992	chr2R:3274814-3274992	FBgn0000352,FBgn0033160	CG11107,cos	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1877	0.1762	0.2223	0.1625	0.1273	0.1966	0.1998	0.2052	0.1273	0.2862	0.2367	0.2862	0.2184	0.1861	0.1528	0.1861	0.2001
chr2R	3275215	3275366	chr2R:3275216-3275366	FBgn0033160	CG11107	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0308	0.042	0.023	0.0106	0.0359	0.0394	0.0326	0.0106	0.0604	0.0418	0.0604	0.0387	0.0245	0.0264	0.0245	0.0307
chr2R	3282837	3283044	chr2R:3282838-3283044	FBgn0033162	CG1707	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0523	0.0463	0.0224	0.0191	0.0607	0.0562	0.0759	0.0191	0.0513	0.0521	0.0513	0.0581	0.0245	0.0258	0.0245	0.0281
chr2R	3283102	3283253	chr2R:3283103-3283253	FBgn0033162	CG1707	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0407	0.0456	0.0519	0.023	0.0223	0.0447	0.0528	0.0693	0.0223	0.0453	0.0617	0.0453	0.0751	0.0268	0.0258	0.0268	0.0266
chr2R	3283344	3283544	chr2R:3283345-3283544	FBgn0033162	CG1707	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.086	0.1043	0.0914	0.0596	0.0764	0.0927	0.1254	0.1392	0.0764	0.0845	0.101	0.0845	0.1294	0.0452	0.0613	0.0452	0.0829
chr2R	3288493	3288644	chr2R:3288494-3288644	FBgn0033164	CG11112	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0173	0.0317	0.0126	0.0064	0.0223	0.0282	0.042	0.0373	0.0223	0.0115	0.0183	0.0115	0.0085	0.0084	0.0064	0.0084	0.0047
chr2R	3289414	3289565	chr2R:3289415-3289565	FBgn0033165	CG11113	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0304	0.0226	0.0095	0.0148	0.0228	0.0493	0.0326	0.0148	0.0229	0.0318	0.0229	0.0186	0.0077	0.0129	0.0077	0.0078
chr2R	3292555	3292706	chr2R:3292556-3292706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0199	0.0169	0.0239	0.0188	0.0074	0.0136	0.0281	0.02	0.0074	0.0248	0.0305	0.0248	0.0271	0.0107	0.0413	0.0107	0.0177
chr2R	3294296	3294459	chr2R:3294297-3294459	FBgn0263529	mir-4977	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0382	0.0329	0.0395	0.0426	0.0255	0.0345	0.0437	0.0373	0.0255	0.035	0.0328	0.035	0.0488	0.0214	0.0232	0.0214	0.0261
chr2R	3294554	3294786	chr2R:3294555-3294786	FBgn0263529	mir-4977	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0838	0.08	0.0924	0.0787	0.0615	0.0762	0.1021	0.0959	0.0615	0.1135	0.0968	0.1135	0.0999	0.0949	0.0767	0.0949	0.0657
chr2R	3294789	3295438	chr2R:3294790-3295438	FBgn0033166,FBgn0263529	Eaf,mir-4977	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2269	0.2031	0.2704	0.2057	0.158	0.2311	0.2219	0.2432	0.158	0.3273	0.3048	0.3273	0.2765	0.2305	0.2521	0.2305	0.2262
chr2R	3296614	3296765	chr2R:3296615-3296765	FBgn0033167	CG1701	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.048	0.0391	0.018	0.0265	0.0485	0.0679	0.054	0.0265	0.0556	0.0434	0.0556	0.0356	0.026	0.0181	0.026	0.0219
chr2R	3297341	3297492	chr2R:3297342-3297492	FBgn0033167	CG1701	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0356	0.0232	0.0088	0.0244	0.0267	0.0463	0.054	0.0244	0.0302	0.0315	0.0302	0.0147	0.0138	0.011	0.0138	0.0089
chr2R	3297560	3297711	chr2R:3297561-3297711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0274	0.0169	0.0071	0.0191	0.0175	0.0337	0.046	0.0191	0.0181	0.0248	0.0181	0.0101	0.0115	0.0071	0.0115	0.0089
chr2R	3298929	3299080	chr2R:3298930-3299080	distal	distal	none	none	VT13027.1	VT13027.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.0155	0.0173	0.013	0.0021	0.0141	0.0221	0.026	0.0021	0.0199	0.0228	0.0199	0.0093	0.0368	0.0071	0.0368	0.0109
chr2R	3304540	3304759	chr2R:3304541-3304759	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT13030.1	VT13030.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0697	0.0368	0.1226	0.0483	0.0042	0.0524	0.0368	0.0506	0.0042	0.0924	0.2286	0.0924	0.0349	0.072	0.1212	0.072	0.0208
chr2R	3306093	3306309	chr2R:3306094-3306309	FBgn0003460	so	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2134	0.2054	0.2457	0.187	0.1782	0.2005	0.2426	0.2545	0.1782	0.2874	0.3048	0.2874	0.2161	0.2489	0.2244	0.2489	0.1584
chr2R	3306677	3306856	chr2R:3306678-3306856	FBgn0003460	so	stage11,stage14,stage5	none	so_so5	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2441	0.2306	0.2857	0.2138	0.2025	0.2626	0.2465	0.2632	0.2025	0.3829	0.3113	0.3829	0.2665	0.2749	0.2553	0.2749	0.2189
chr2R	3310044	3310204	chr2R:3310045-3310204	distal	distal	none	none	Unspecified_143,VT13033.1	Unspecified_143,VT13033.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0392	0.0257	0.0555	0.0365	0.0064	0.0354	0.0277	0.0333	0.0064	0.1147	0.0633	0.1147	0.0217	0.0812	0.0671	0.0812	0.013
chr2R	3310455	3310620	chr2R:3310456-3310620	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_143	Unspecified_143	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0509	0.0274	0.0683	0.0579	0.0053	0.0466	0.0251	0.034	0.0053	0.1534	0.074	0.1534	0.0256	0.1662	0.0761	0.1662	0.0229
chr2R	3310924	3311111	chr2R:3310925-3311111	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0499	0.0241	0.0685	0.0585	0.0095	0.0316	0.0311	0.022	0.0095	0.1963	0.0482	0.1963	0.0263	0.1937	0.0516	0.1937	0.0255
chr2R	3314401	3314552	chr2R:3314402-3314552	distal	distal	stage5	stage5	VT13036.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.024	0.0315	0.031	0.0078	0.0095	0.0655	0.0281	0.022	0.0095	0.0586	0.0302	0.0586	0.007	0.0138	0.009	0.0138	0.0026
chr2R	3314916	3315199	chr2R:3314917-3315199	distal	distal	none	none	VT13036.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0568	0.0427	0.09	0.0362	0.0117	0.0714	0.042	0.0466	0.0117	0.1866	0.0826	0.1866	0.0658	0.0513	0.0632	0.0513	0.024
chr2R	3316720	3317248	chr2R:3316721-3317248	distal	distal	stage11,stage14	stage11	VT13037.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1234	0.0446	0.184	0.145	0.0053	0.0917	0.0355	0.042	0.0053	0.2313	0.1942	0.2313	0.1394	0.1761	0.196	0.1761	0.1251
chr2R	3318053	3318294	chr2R:3318054-3318294	distal	distal	stage11	stage11	VT13037.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0651	0.0293	0.1169	0.0483	0.0085	0.0417	0.0316	0.0306	0.0085	0.0942	0.2096	0.0942	0.0503	0.0498	0.1315	0.0498	0.0208
chr2R	3318832	3319029	chr2R:3318833-3319029	distal	distal	none	none	so_so7_NR	so_so7_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.035	0.0222	0.0586	0.0234	0.0064	0.0316	0.0212	0.032	0.0064	0.0604	0.0913	0.0604	0.0271	0.0237	0.0548	0.0237	0.0125
chr2R	3319345	3319511	chr2R:3319346-3319511	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT13039.1,so_so7_NR	VT13039.1,so_so7_NR	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0152	0.0433	0.0253	0.0011	0.0218	0.0199	0.0153	0.0011	0.064	0.0444	0.064	0.0589	0.0375	0.0342	0.0375	0.025
chr2R	3320600	3320885	chr2R:3320601-3320885	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13039.1	VT13039.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0569	0.0521	0.0832	0.0334	0.0148	0.099	0.0433	0.0513	0.0148	0.2186	0.0627	0.2186	0.024	0.0513	0.0271	0.0513	0.0188
chr2R	3326867	3327069	chr2R:3326868-3327069	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0414	0.0769	0.0284	0.0159	0.088	0.0282	0.1311	0.0826	0.088	0.0386	0.0283	0.0386	0.0194	0.0145	0.0097	0.0145	0.0031
chr2R	3327170	3327417	chr2R:3327171-3327417	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0466	0.0456	0.0464	0.0479	0.0329	0.0325	0.0675	0.0513	0.0329	0.055	0.0412	0.055	0.031	0.0283	0.0155	0.0283	0.0104
chr2R	3327477	3327947	chr2R:3327478-3327947	FBgn0033169	CG11123	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0816	0.1008	0.0862	0.055	0.0732	0.1	0.1146	0.1266	0.0732	0.1274	0.0913	0.1274	0.0759	0.062	0.0542	0.062	0.05
chr2R	3328067	3328255	chr2R:3328068-3328255	FBgn0033169	CG11123	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1229	0.1196	0.1395	0.1082	0.0795	0.1306	0.1289	0.1512	0.0795	0.1775	0.1559	0.1775	0.1394	0.121	0.1238	0.121	0.135
chr2R	3328320	3328509	chr2R:3328321-3328509	FBgn0033169	CG11123	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0632	0.0582	0.0761	0.0544	0.035	0.0718	0.0623	0.0746	0.035	0.0924	0.0852	0.0924	0.0806	0.059	0.0548	0.059	0.0761
chr2R	3332981	3333143	chr2R:3332982-3333143	FBgn0040513,FBgn0050503	CG30503,kappaB-Ras	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0386	0.06	0.0421	0.0223	0.0427	0.0458	0.046	0.0223	0.0743	0.0688	0.0743	0.062	0.0528	0.0458	0.0528	0.0563
chr2R	3333185	3333368	chr2R:3333186-3333368	FBgn0040513,FBgn0050503	CG30503,kappaB-Ras	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0618	0.0893	0.0635	0.0445	0.0728	0.067	0.074	0.0445	0.1171	0.0981	0.1171	0.0968	0.0743	0.069	0.0743	0.0891
chr2R	3333856	3334040	chr2R:3333857-3334040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0405	0.0456	0.0453	0.0295	0.0286	0.0476	0.0489	0.0606	0.0286	0.0483	0.0592	0.0483	0.0395	0.0383	0.0303	0.0383	0.0328
chr2R	3334914	3335098	chr2R:3334915-3335098	FBgn0033174	CG11125	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1003	0.1174	0.1166	0.0632	0.106	0.1117	0.1406	0.1432	0.106	0.1624	0.1367	0.1624	0.1061	0.0766	0.0651	0.0766	0.0761
chr2R	3338551	3338780	chr2R:3338552-3338780	FBgn0050502	fa2h	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0269	0.0353	0.0348	0.0117	0.033	0.0381	0.022	0.0117	0.0278	0.0267	0.0278	0.0976	0.0291	0.0181	0.0291	0.0849
chr2R	3339025	3339200	chr2R:3339026-3339200	FBgn0050502	fa2h	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0384	0.0288	0.0457	0.0411	0.0117	0.0383	0.0359	0.0286	0.0117	0.0483	0.035	0.0483	0.1038	0.0306	0.0213	0.0306	0.099
chr2R	3341292	3341443	chr2R:3341293-3341443	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0364	0.0448	0.037	0.0233	0.0461	0.0376	0.0406	0.0233	0.0598	0.0569	0.0598	0.0364	0.0651	0.0593	0.0651	0.0354
chr2R	3341532	3341763	chr2R:3341533-3341763	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1239	0.1308	0.1049	0.0944	0.1451	0.1198	0.1592	0.0944	0.186	0.1588	0.186	0.1115	0.1547	0.1522	0.1547	0.1365
chr2R	3341907	3342099	chr2R:3341908-3342099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0607	0.0594	0.0617	0.0611	0.0371	0.0757	0.0567	0.0779	0.0371	0.0797	0.0762	0.0797	0.0651	0.0681	0.0806	0.0681	0.0964
chr2R	3344453	3344659	chr2R:3344454-3344659	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0688	0.0362	0.0167	0.0583	0.0466	0.1016	0.0773	0.0583	0.0254	0.0447	0.0254	0.0488	0.0191	0.0193	0.0191	0.0229
chr2R	3344736	3344960	chr2R:3344737-3344960	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0498	0.0795	0.042	0.0252	0.0562	0.066	0.1163	0.0893	0.0562	0.0302	0.0489	0.0302	0.0651	0.0368	0.0264	0.0368	0.0297
chr2R	3345004	3345230	chr2R:3345005-3345230	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0599	0.0806	0.0527	0.0446	0.0604	0.0801	0.0965	0.0946	0.0604	0.0495	0.0502	0.0495	0.1077	0.0628	0.0342	0.0628	0.0542
chr2R	3345260	3345483	chr2R:3345261-3345483	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0532	0.0496	0.0529	0.0575	0.0244	0.0646	0.0562	0.0566	0.0244	0.0562	0.0376	0.0562	0.1301	0.0819	0.029	0.0819	0.0625
chr2R	3346347	3346533	chr2R:3346348-3346533	FBgn0025885	Inos	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0318	0.0368	0.0278	0.0305	0.0233	0.0301	0.0619	0.028	0.0233	0.0399	0.0235	0.0399	0.0395	0.0735	0.0219	0.0735	0.0313
chr2R	3350554	3350740	chr2R:3350555-3350740	FBgn0033177,FBgn0033178	CG11127,CG11141	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0989	0.0789	0.1268	0.0905	0.0424	0.101	0.0748	0.1053	0.0424	0.16	0.1457	0.16	0.1472	0.1179	0.0858	0.1179	0.1251
chr2R	3350907	3351107	chr2R:3350908-3351107	FBgn0033177,FBgn0033178	CG11127,CG11141	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0859	0.0675	0.1132	0.0766	0.0403	0.0854	0.0619	0.0899	0.0403	0.1528	0.1318	0.1528	0.1208	0.0919	0.0896	0.0919	0.1058
chr2R	3353513	3353664	chr2R:3353514-3353664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0221	0.0227	0.0218	0.0219	0.0064	0.0199	0.032	0.0266	0.0064	0.029	0.0219	0.029	0.0201	0.0176	0.0142	0.0176	0.0151
chr2R	3354195	3354371	chr2R:3354196-3354371	FBgn0033179	p47	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1484	0.1317	0.1723	0.1408	0.0838	0.149	0.1458	0.1746	0.0838	0.2023	0.1814	0.2023	0.1797	0.1325	0.1502	0.1325	0.1793
chr2R	3354550	3354701	chr2R:3354551-3354701	FBgn0033179	p47	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0521	0.0535	0.0569	0.0453	0.0276	0.0665	0.0528	0.0746	0.0276	0.0586	0.0643	0.0586	0.0651	0.0391	0.0393	0.0391	0.0724
chr2R	3354714	3355120	chr2R:3354715-3355120	FBgn0033179	p47	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0692	0.0835	0.072	0.0503	0.0201	0.1024	0.077	0.1446	0.0201	0.0845	0.0839	0.0845	0.0744	0.0352	0.0542	0.0352	0.0787
chr2R	3358441	3358592	chr2R:3358442-3358592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0143	0.0171	0.0195	0.0032	0.0131	0.026	0.0133	0.0032	0.0127	0.026	0.0127	0.0178	0.0084	0.0464	0.0084	0.0229
chr2R	3359518	3359669	chr2R:3359519-3359669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0261	0.0262	0.0249	0.0273	0.0074	0.0262	0.0355	0.0326	0.0074	0.0272	0.0286	0.0272	0.0302	0.013	0.0155	0.013	0.0698
chr2R	3359912	3360063	chr2R:3359913-3360063	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0218	0.0225	0.0405	0.0032	0.0233	0.0329	0.0207	0.0032	0.0169	0.0251	0.0169	0.0434	0.0138	0.0181	0.0138	0.1152
chr2R	3360836	3360988	chr2R:3360837-3360988	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0639	0.0354	0.0273	0.0286	0.066	0.0826	0.0799	0.0286	0.0284	0.0498	0.0284	0.031	0.0191	0.0348	0.0191	0.0401
chr2R	3361190	3361496	chr2R:3361191-3361496	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1396	0.1601	0.1444	0.1114	0.0933	0.1738	0.1838	0.2072	0.0933	0.0851	0.1955	0.0851	0.1534	0.0911	0.1418	0.0911	0.1516
chr2R	3361526	3361721	chr2R:3361527-3361721	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1361	0.111	0.1529	0.1457	0.0541	0.1291	0.1298	0.1412	0.0541	0.1401	0.1887	0.1401	0.1797	0.144	0.1631	0.144	0.2022
chr2R	3361777	3361982	chr2R:3361778-3361982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1231	0.1051	0.1358	0.1294	0.0721	0.117	0.1272	0.1233	0.0721	0.1286	0.1595	0.1286	0.1673	0.121	0.138	0.121	0.1839
chr2R	3362112	3362300	chr2R:3362113-3362300	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0576	0.0485	0.0538	0.072	0.0255	0.05	0.0649	0.0533	0.0255	0.0399	0.0566	0.0399	0.0883	0.0383	0.0445	0.0383	0.1709
chr2R	3364395	3364546	chr2R:3364396-3364546	FBgn0010548	Aldh-III	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0221	0.0303	0.0249	0.018	0.0165	0.032	0.0266	0.018	0.0175	0.0537	0.0175	0.0139	0.0061	0.0696	0.0061	0.0141
chr2R	3364563	3364714	chr2R:3364564-3364714	FBgn0010548	Aldh-III	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0258	0.033	0.0256	0.0106	0.0228	0.0381	0.0326	0.0106	0.0151	0.0605	0.0151	0.0225	0.0077	0.0658	0.0077	0.0177
chr2R	3365143	3365340	chr2R:3365144-3365340	FBgn0010548	Aldh-III	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0713	0.0821	0.0819	0.0476	0.0382	0.0898	0.1016	0.1039	0.0382	0.0338	0.1502	0.0338	0.0434	0.0199	0.1206	0.0199	0.0391
chr2R	3365726	3366118	chr2R:3365727-3366118	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1242	0.1696	0.1184	0.0799	0.1813	0.1252	0.2249	0.2079	0.1813	0.1069	0.1595	0.1069	0.1139	0.0605	0.1135	0.0605	0.1115
chr2R	3366155	3366400	chr2R:3366156-3366400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.145	0.1625	0.1599	0.1092	0.1898	0.134	0.2007	0.1905	0.1898	0.1824	0.1939	0.1824	0.158	0.1447	0.1496	0.1447	0.149
chr2R	3366453	3366911	chr2R:3366454-3366911	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1564	0.2293	0.1339	0.0997	0.2609	0.1704	0.3084	0.2458	0.2609	0.1697	0.1431	0.1697	0.1348	0.1723	0.098	0.1723	0.1266
chr2R	3366930	3367239	chr2R:3366931-3367239	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1095	0.1945	0.0712	0.0564	0.2238	0.1388	0.279	0.1879	0.2238	0.0882	0.0714	0.0882	0.0844	0.0873	0.0496	0.0873	0.0693
chr2R	3367307	3367549	chr2R:3367308-3367549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0801	0.1547	0.0423	0.0384	0.1686	0.1073	0.2215	0.1619	0.1686	0.0465	0.0444	0.0465	0.0511	0.0628	0.0368	0.0628	0.0433
chr2R	3371017	3371172	chr2R:3371018-3371172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.1467	0.0299	0.0143	0.1919	0.0738	0.2366	0.1412	0.1919	0.038	0.0312	0.038	0.0279	0.0092	0.0168	0.0092	0.0167
chr2R	3371338	3371603	chr2R:3371339-3371603	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0913	0.21	0.0385	0.0166	0.2725	0.1073	0.343	0.1952	0.2725	0.038	0.0453	0.038	0.024	0.0123	0.0142	0.0123	0.0151
chr2R	3371632	3371783	chr2R:3371633-3371783	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0632	0.1514	0.0234	0.0084	0.1972	0.0806	0.2409	0.1312	0.1972	0.0145	0.0277	0.0145	0.0155	0.0092	0.0052	0.0092	0.0063
chr2R	3371932	3372089	chr2R:3371933-3372089	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0697	0.1628	0.0279	0.0114	0.2057	0.0811	0.2582	0.1546	0.2057	0.0205	0.0318	0.0205	0.0217	0.0046	0.0052	0.0046	0.0089
chr2R	3372357	3372588	chr2R:3372358-3372588	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0869	0.1984	0.0363	0.018	0.2619	0.1049	0.3123	0.1792	0.2619	0.0338	0.0463	0.0338	0.0217	0.013	0.009	0.013	0.0219
chr2R	3372697	3372848	chr2R:3372698-3372848	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0656	0.1504	0.0279	0.0123	0.1951	0.0748	0.2383	0.1386	0.1951	0.0338	0.0357	0.0338	0.017	0.01	0.0103	0.01	0.013
chr2R	3372970	3373223	chr2R:3372971-3373223	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0901	0.1979	0.0451	0.0192	0.2566	0.0995	0.324	0.1759	0.2566	0.0435	0.0559	0.0435	0.031	0.0191	0.0142	0.0191	0.0172
chr2R	3373477	3373628	chr2R:3373478-3373628	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0846	0.1852	0.0466	0.0138	0.2312	0.1078	0.2915	0.1686	0.2312	0.0477	0.0559	0.0477	0.0318	0.0107	0.0097	0.0107	0.0094
chr2R	3373845	3374065	chr2R:3373846-3374065	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1736	0.3244	0.15	0.0309	0.3043	0.2782	0.4096	0.3857	0.3043	0.1655	0.2257	0.1655	0.038	0.0161	0.0368	0.0161	0.013
chr2R	3374329	3374556	chr2R:3374330-3374556	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1213	0.1532	0.1184	0.089	0.0954	0.1519	0.1946	0.1859	0.0954	0.0972	0.1521	0.0972	0.0643	0.0184	0.0535	0.0184	0.0375
chr2R	3375536	3375725	chr2R:3375537-3375725	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1761	0.2618	0.1637	0.0939	0.2206	0.2762	0.301	0.3085	0.2206	0.2156	0.1678	0.2156	0.062	0.0421	0.0529	0.0421	0.025
chr2R	3375858	3376045	chr2R:3375859-3376045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1143	0.1291	0.1395	0.0702	0.0838	0.1461	0.1484	0.1492	0.0838	0.1534	0.1653	0.1534	0.0968	0.0835	0.0587	0.0835	0.0406
chr2R	3376218	3376531	chr2R:3376219-3376531	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2762	0.243	0.3477	0.2349	0.1442	0.3165	0.2539	0.2878	0.1442	0.4372	0.3765	0.4372	0.3315	0.2772	0.2134	0.2772	0.2392
chr2R	3376797	3377154	chr2R:3376798-3377154	FBgn0259745	wech	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1714	0.1527	0.2137	0.1458	0.0859	0.1796	0.1739	0.1845	0.0859	0.256	0.2318	0.256	0.1944	0.1332	0.1354	0.1332	0.1735
chr2R	3377303	3377515	chr2R:3377304-3377515	FBgn0259745	wech	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1987	0.1666	0.256	0.1716	0.1082	0.2058	0.1639	0.2185	0.1082	0.3243	0.2807	0.3243	0.2316	0.1799	0.1741	0.1799	0.1871
chr2R	3377974	3378281	chr2R:3377975-3378281	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.2401	0.2932	0.2444	0.1759	0.2386	0.2316	0.3789	0.3884	0.2386	0.2029	0.3071	0.2029	0.2463	0.1891	0.1734	0.1891	0.1621
chr2R	3379781	3380029	chr2R:3379782-3380029	FBgn0263240,FBgn0263967	CR43723,Coop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1225	0.1363	0.1532	0.0734	0.0944	0.116	0.1406	0.2278	0.0944	0.0713	0.2682	0.0713	0.1139	0.0291	0.1838	0.0291	0.0558
chr2R	3380492	3380661	chr2R:3380493-3380661	FBgn0263240	Coop	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0813	0.08	0.0904	0.0727	0.0456	0.066	0.0956	0.1279	0.0456	0.0537	0.1428	0.0537	0.0844	0.0475	0.1618	0.0475	0.0693
chr2R	3380852	3381053	chr2R:3380853-3381053	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0835	0.1145	0.0853	0.0468	0.0795	0.0845	0.1419	0.1752	0.0795	0.0568	0.1428	0.0568	0.0496	0.0253	0.1109	0.0253	0.0427
chr2R	3383695	3383896	chr2R:3383696-3383896	FBgn0033183	CG1620	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1242	0.1363	0.134	0.0998	0.1209	0.1437	0.1497	0.1639	0.1209	0.1745	0.1373	0.1745	0.1448	0.124	0.0948	0.124	0.1329
chr2R	3387133	3387284	chr2R:3387134-3387284	FBgn0015929,FBgn0261397	didum,dpa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0665	0.0751	0.0824	0.0394	0.0445	0.099	0.0627	0.1079	0.0445	0.087	0.0904	0.087	0.0976	0.0444	0.0393	0.0444	0.0589
chr2R	3387299	3387496	chr2R:3387300-3387496	FBgn0015929,FBgn0261397	didum,dpa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1429	0.157	0.166	0.1018	0.1166	0.1869	0.1458	0.2199	0.1166	0.1721	0.1942	0.1721	0.189	0.0995	0.1199	0.0995	0.1292
chr2R	3387550	3387728	chr2R:3387551-3387728	FBgn0015929,FBgn0261397	didum,dpa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1098	0.1203	0.1214	0.0852	0.0764	0.1359	0.1172	0.1746	0.0764	0.1014	0.1566	0.1014	0.1495	0.0712	0.1309	0.0712	0.098
chr2R	3387839	3388186	chr2R:3387840-3388186	FBgn0015929,FBgn0261397	didum,dpa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0665	0.0788	0.074	0.0444	0.0308	0.0888	0.0817	0.1246	0.0308	0.0598	0.0932	0.0598	0.0821	0.0299	0.0696	0.0299	0.0495
chr2R	3395207	3395358	chr2R:3395208-3395358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.018	0.0318	0.0138	0.0071	0.0223	0.0204	0.0558	0.0313	0.0223	0.0193	0.0138	0.0193	0.0178	0.0069	0.0064	0.0069	0.0094
chr2R	3397597	3397792	chr2R:3397598-3397792	FBgn0033184	CG12736	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0586	0.0831	0.06	0.035	0.0748	0.0597	0.0666	0.035	0.0972	0.0939	0.0972	0.0984	0.0904	0.0496	0.0904	0.0787
chr2R	3399959	3400110	chr2R:3399960-3400110	FBgn0025185	az2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0364	0.0456	0.0262	0.0148	0.0369	0.0497	0.0426	0.0148	0.0568	0.0505	0.0568	0.0418	0.0283	0.0181	0.0283	0.0334
chr2R	3400177	3400353	chr2R:3400178-3400353	FBgn0025185	az2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0775	0.0753	0.0892	0.0673	0.052	0.0796	0.0926	0.0913	0.052	0.1063	0.0984	0.1063	0.1007	0.085	0.0632	0.085	0.0782
chr2R	3400485	3400728	chr2R:3400486-3400728	FBgn0025185	az2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0666	0.0649	0.0777	0.0563	0.0498	0.0689	0.0783	0.0733	0.0498	0.0942	0.0871	0.0942	0.079	0.0865	0.06	0.0865	0.0552
chr2R	3400786	3400937	chr2R:3400787-3400937	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0389	0.0376	0.0382	0.0412	0.0159	0.0451	0.0471	0.044	0.0159	0.0519	0.0392	0.0519	0.0411	0.0781	0.04	0.0781	0.038
chr2R	3403464	3403755	chr2R:3403465-3403755	FBgn0033185	CG1603	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0641	0.0614	0.0783	0.0514	0.0276	0.0752	0.0783	0.062	0.0276	0.1002	0.083	0.1002	0.0705	0.0674	0.049	0.0674	0.0568
chr2R	3403799	3403972	chr2R:3403800-3403972	FBgn0033185	CG1603	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0676	0.0649	0.0778	0.0595	0.0382	0.0714	0.0761	0.07	0.0382	0.1063	0.0823	0.1063	0.0744	0.0735	0.0554	0.0735	0.0688
chr2R	3406103	3406264	chr2R:3406104-3406264	FBgn0033186	CG1602	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0236	0.0416	0.0352	0.0106	0.0282	0.0294	0.026	0.0106	0.0489	0.0508	0.0489	0.0411	0.0391	0.0406	0.0391	0.0443
chr2R	3406344	3406556	chr2R:3406345-3406556	FBgn0033186,FBgn0033187	CG1602,CG2144	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0498	0.0293	0.0584	0.0634	0.0159	0.0408	0.0311	0.0326	0.0159	0.0628	0.0666	0.0628	0.0674	0.0873	0.0645	0.0873	0.0808
chr2R	3406682	3406862	chr2R:3406683-3406862	FBgn0033186,FBgn0033187	CG1602,CG2144	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0946	0.0733	0.1138	0.0973	0.0498	0.0879	0.0792	0.0846	0.0498	0.125	0.1235	0.125	0.1278	0.111	0.1012	0.111	0.1303
chr2R	3406925	3407132	chr2R:3406926-3407132	FBgn0033186,FBgn0033187	CG1602,CG2144	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0607	0.0477	0.073	0.0617	0.0233	0.0578	0.0523	0.06	0.0233	0.0682	0.0788	0.0682	0.1015	0.0582	0.0625	0.0582	0.0959
chr2R	3413159	3413331	chr2R:3413160-3413331	FBgn0022772	Orc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1381	0.1321	0.1641	0.1161	0.0679	0.1665	0.1345	0.1752	0.0679	0.1836	0.1852	0.1836	0.1882	0.1103	0.1225	0.1103	0.1662
chr2R	3416729	3416920	chr2R:3416730-3416920	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1589	0.1544	0.1897	0.1301	0.1007	0.199	0.1479	0.1859	0.1007	0.2953	0.1849	0.2953	0.1782	0.173	0.118	0.173	0.172
chr2R	3417169	3417350	chr2R:3417170-3417350	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.154	0.1433	0.1868	0.1301	0.0923	0.1903	0.1371	0.1699	0.0923	0.305	0.1698	0.305	0.1975	0.1937	0.118	0.1937	0.1813
chr2R	3417482	3417685	chr2R:3417483-3417685	distal	distal	none	none	Unspecified_160	Unspecified_160	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0953	0.0798	0.1181	0.0876	0.0424	0.1058	0.0792	0.0946	0.0424	0.1957	0.0955	0.1957	0.1572	0.1348	0.0754	0.1348	0.1298
chr2R	3417751	3417902	chr2R:3417752-3417902	distal	distal	none	none	Unspecified_160	Unspecified_160	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0666	0.0538	0.0811	0.065	0.0201	0.0806	0.051	0.0633	0.0201	0.1286	0.0711	0.1286	0.0953	0.1225	0.0548	0.1225	0.0646
chr2R	3418268	3418585	chr2R:3418269-3418585	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2806	0.2704	0.3228	0.2455	0.1951	0.3675	0.2543	0.3125	0.1951	0.4463	0.3148	0.4463	0.3253	0.3109	0.2095	0.3109	0.2684
chr2R	3420174	3420325	chr2R:3420175-3420325	FBgn0033188	CG1600	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0412	0.0335	0.0475	0.043	0.0159	0.0456	0.0398	0.0346	0.0159	0.0676	0.0421	0.0676	0.0604	0.0528	0.0368	0.0528	0.0328
chr2R	3420412	3420563	chr2R:3420413-3420563	FBgn0033188,FBgn0264294	CG1600,Cyt-b5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0757	0.0572	0.0925	0.078	0.0255	0.0801	0.0623	0.0646	0.0255	0.1365	0.0891	0.1365	0.093	0.0704	0.0561	0.0704	0.0735
chr2R	3420649	3420827	chr2R:3420650-3420827	FBgn0033188,FBgn0264294	CG1600,Cyt-b5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1658	0.1301	0.2114	0.1555	0.0785	0.1932	0.1207	0.1526	0.0785	0.2748	0.2254	0.2748	0.2184	0.1547	0.1522	0.1547	0.1985
chr2R	3420921	3421111	chr2R:3420922-3421111	FBgn0033188,FBgn0264294	CG1600,Cyt-b5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2341	0.195	0.2838	0.2234	0.1273	0.2578	0.1916	0.2338	0.1273	0.3521	0.3003	0.3521	0.299	0.2374	0.2237	0.2374	0.2866
chr2R	3426107	3426351	chr2R:3426108-3426351	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0775	0.0317	0.0185	0.0308	0.1019	0.0532	0.1332	0.0308	0.0344	0.0383	0.0344	0.0411	0.0207	0.0251	0.0207	0.0224
chr2R	3426399	3426590	chr2R:3426400-3426590	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0637	0.0311	0.0228	0.0159	0.0864	0.0402	0.1153	0.0159	0.0326	0.0395	0.0326	0.0302	0.0199	0.0284	0.0199	0.0318
chr2R	3426829	3427048	chr2R:3426830-3427048	FBgn0033191	CG1598	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0594	0.0812	0.0602	0.0329	0.0767	0.058	0.0779	0.0329	0.0936	0.0942	0.0936	0.096	0.0628	0.0671	0.0628	0.0808
chr2R	3427120	3427299	chr2R:3427121-3427299	FBgn0033191	CG1598	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1015	0.0759	0.1263	0.1029	0.0509	0.1	0.0735	0.0953	0.0509	0.1486	0.1437	0.1486	0.1503	0.1103	0.1044	0.1103	0.1339
chr2R	3427407	3427627	chr2R:3427408-3427627	FBgn0033191	CG1598	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0537	0.0366	0.0668	0.0585	0.0138	0.0427	0.0467	0.0406	0.0138	0.0761	0.0723	0.0761	0.0875	0.062	0.0522	0.062	0.0886
chr2R	3427729	3427880	chr2R:3427730-3427880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0206	0.0244	0.0259	0.0064	0.0243	0.0238	0.028	0.0064	0.0326	0.0254	0.0326	0.0287	0.0337	0.0168	0.0337	0.0417
chr2R	3431641	3431957	chr2R:3431642-3431957	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.033	0.0415	0.0242	0.0331	0.018	0.0262	0.0506	0.0746	0.018	0.0187	0.0267	0.0187	0.0147	0.0161	0.0148	0.0161	0.0177
chr2R	3432550	3432820	chr2R:3432551-3432820	FBgn0033192	Corin	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0336	0.0456	0.0214	0.0336	0.0212	0.0388	0.0558	0.0686	0.0212	0.0314	0.0199	0.0314	0.0093	0.0084	0.02	0.0084	0.0073
chr2R	3432835	3432986	chr2R:3432836-3432986	FBgn0033192	Corin	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0212	0.0279	0.0145	0.0212	0.0148	0.0228	0.0407	0.0373	0.0148	0.0151	0.0186	0.0151	0.0085	0.0061	0.011	0.0061	0.0073
chr2R	3434486	3434637	chr2R:3434487-3434637	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0246	0.0162	0.015	0.0117	0.0233	0.0363	0.03	0.0117	0.0229	0.0167	0.0229	0.0093	0.01	0.0123	0.01	0.0052
chr2R	3450433	3450584	chr2R:3450434-3450584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0143	0.0133	0.0181	0.0042	0.0194	0.0169	0.0167	0.0042	0.0211	0.0141	0.0211	0.0139	0.059	0.0058	0.059	0.0162
chr2R	3450771	3450922	chr2R:3450772-3450922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0176	0.0167	0.0178	0.0184	0.0032	0.0184	0.0285	0.0133	0.0032	0.0296	0.0158	0.0296	0.0194	0.0498	0.0129	0.0498	0.0151
chr2R	3452641	3452792	chr2R:3452642-3452792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0293	0.0255	0.0367	0.0253	0.0233	0.0248	0.032	0.026	0.0233	0.0441	0.0402	0.0441	0.0387	0.0253	0.0297	0.0253	0.0391
chr2R	3452996	3453198	chr2R:3452997-3453198	FBgn0050499	CG30499	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0658	0.0351	0.0873	0.0763	0.0191	0.05	0.0311	0.0386	0.0191	0.1087	0.0984	0.1087	0.1108	0.0827	0.0812	0.0827	0.1068
chr2R	3453235	3453422	chr2R:3453236-3453422	FBgn0050499	CG30499	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0474	0.0799	0.0606	0.0244	0.0655	0.0424	0.06	0.0244	0.0978	0.0942	0.0978	0.0798	0.0704	0.0561	0.0704	0.0813
chr2R	3454210	3454395	chr2R:3454211-3454395	FBgn0004132,FBgn0033194	Vps13,boca	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1979	0.1573	0.2481	0.1881	0.1007	0.2252	0.1224	0.2025	0.1007	0.3182	0.2614	0.3182	0.2773	0.1891	0.1986	0.1891	0.2501
chr2R	3454566	3454847	chr2R:3454567-3454847	FBgn0004132,FBgn0033194	Vps13,boca	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0836	0.067	0.1016	0.0823	0.0339	0.0947	0.0653	0.0793	0.0339	0.1238	0.1119	0.1238	0.1154	0.085	0.0909	0.085	0.1172
chr2R	3455100	3455265	chr2R:3455101-3455265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0418	0.0299	0.0524	0.0434	0.0106	0.0374	0.0346	0.036	0.0106	0.0622	0.0518	0.0622	0.0713	0.0429	0.0335	0.0429	0.0803
chr2R	3471596	3471747	chr2R:3471597-3471747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0265	0.0189	0.0338	0.0269	0.0064	0.0252	0.0247	0.0153	0.0064	0.087	0.0222	0.087	0.0248	0.0613	0.0258	0.0613	0.0245
chr2R	3471807	3471958	chr2R:3471808-3471958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0222	0.016	0.0265	0.0245	0.0053	0.0194	0.0242	0.0133	0.0053	0.0586	0.0206	0.0586	0.0178	0.0727	0.0193	0.0727	0.0156
chr2R	3472992	3473158	chr2R:3472993-3473158	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	blow	blow	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0581	0.0346	0.077	0.0635	0.0085	0.0587	0.0324	0.038	0.0085	0.2403	0.0415	0.2403	0.0333	0.232	0.0355	0.232	0.0354
chr2R	3474497	3474663	chr2R:3474498-3474663	FBgn0004133	blow	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0486	0.0199	0.041	0.0891	0.0021	0.0291	0.0203	0.026	0.0021	0.0682	0.035	0.0682	0.0604	0.075	0.1264	0.075	0.1548
chr2R	3477276	3477444	chr2R:3477277-3477444	FBgn0033195,FBgn0261385	CG1360,scra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1157	0.1009	0.1415	0.1037	0.0647	0.1146	0.1142	0.1272	0.0647	0.1824	0.1559	0.1824	0.1418	0.1034	0.1148	0.1034	0.1391
chr2R	3477570	3477770	chr2R:3477571-3477770	FBgn0033195,FBgn0261385	CG1360,scra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2385	0.2484	0.2773	0.1848	0.2047	0.2607	0.2898	0.2945	0.2047	0.3587	0.2936	0.3587	0.2603	0.1845	0.2173	0.1845	0.2168
chr2R	3477856	3478034	chr2R:3477857-3478034	FBgn0033195,FBgn0261385	CG1360,scra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1036	0.1482	0.1077	0.0492	0.1389	0.1223	0.1951	0.1712	0.1389	0.1335	0.1164	0.1335	0.0976	0.0513	0.0729	0.0513	0.05
chr2R	3480201	3480435	chr2R:3480202-3480435	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0598	0.1228	0.0426	0.0082	0.087	0.0869	0.1254	0.2258	0.087	0.0332	0.0608	0.0332	0.0232	0.0084	0.0064	0.0084	0.0115
chr2R	3482929	3483254	chr2R:3482930-3483254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0509	0.0806	0.0534	0.0148	0.0657	0.0762	0.1163	0.0766	0.0657	0.0537	0.0608	0.0537	0.0449	0.0237	0.0116	0.0237	0.0162
chr2R	3483374	3483746	chr2R:3483375-3483746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0536	0.0793	0.0608	0.017	0.053	0.0864	0.099	0.0893	0.053	0.0622	0.0762	0.0622	0.0473	0.0153	0.0193	0.0153	0.0198
chr2R	3485274	3485487	chr2R:3485275-3485487	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0499	0.0697	0.0424	0.0359	0.0477	0.065	0.096	0.068	0.0477	0.0453	0.0489	0.0453	0.0519	0.0651	0.0264	0.0651	0.05
chr2R	3487101	3487325	chr2R:3487102-3487325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0295	0.0678	0.0126	0.0054	0.0753	0.0359	0.1315	0.036	0.0753	0.0145	0.0141	0.0145	0.0093	0.0077	0.0077	0.0077	0.0042
chr2R	3492444	3492656	chr2R:3492445-3492656	distal	distal	stage5	stage5	VT13123.1	VT13123.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0362	0.0722	0.0221	0.0116	0.0604	0.0524	0.1306	0.0473	0.0604	0.0278	0.0254	0.0278	0.0256	0.0184	0.0116	0.0184	0.0135
chr2R	3495211	3495365	chr2R:3495212-3495365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0123	0.0097	0.0122	0.0153	0	0.017	0.0138	0.0067	0	0.0048	0.0064	0.0048	0.0449	0.0054	0.0058	0.0054	0.0464
chr2R	3507281	3507432	chr2R:3507282-3507432	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0097	0.0099	0.0244	0.0032	0.0107	0.0164	0.0087	0.0032	0.0103	0.0068	0.0103	0.0147	0.0153	0.0084	0.0153	0.0089
chr2R	3508159	3508310	chr2R:3508160-3508310	FBgn0033196	CG1358	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0163	0.0192	0.0305	0.0074	0.0131	0.026	0.0193	0.0074	0.0229	0.0183	0.0229	0.0256	0.0184	0.0097	0.0184	0.0208
chr2R	3508405	3508591	chr2R:3508406-3508591	FBgn0033196	CG1358	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0427	0.0346	0.0421	0.0524	0.018	0.0301	0.0549	0.0306	0.018	0.0477	0.0412	0.0477	0.0658	0.0528	0.0509	0.0528	0.0703
chr2R	3509712	3509863	chr2R:3509713-3509863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0151	0.0203	0.0123	0.0124	0.0117	0.0121	0.0476	0.006	0.0117	0.0133	0.0148	0.0133	0.0116	0.0145	0.0232	0.0145	0.0104
chr2R	3510607	3510792	chr2R:3510608-3510792	FBgn0263077	CG43340	stage14	none	CG30492_601bp_CRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0321	0.0214	0.0278	0.0486	0.018	0.016	0.0376	0.02	0.018	0.0133	0.0357	0.0133	0.038	0.0138	0.1051	0.0138	0.0599
chr2R	3510996	3511156	chr2R:3510997-3511156	FBgn0263077	CG43340	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0192	0.0122	0.0199	0.0263	0.0053	0.0102	0.0182	0.0147	0.0053	0.0145	0.0254	0.0145	0.0356	0.0276	0.0387	0.0276	0.0334
chr2R	3513919	3514138	chr2R:3513920-3514138	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0321	0.016	0.0261	0.0567	0.0042	0.0209	0.0225	0.014	0.0042	0.0266	0.018	0.0266	0.0682	0.1325	0.0232	0.1325	0.0891
chr2R	3514302	3514453	chr2R:3514303-3514453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.013	0.0111	0.0131	0.0152	0.0053	0.0112	0.0177	0.0093	0.0053	0.0079	0.0113	0.0079	0.0333	0.0391	0.0071	0.0391	0.0188
chr2R	3519075	3519226	chr2R:3519076-3519226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0187	0.0191	0.0161	0.0212	0.0117	0.0189	0.0294	0.0173	0.0117	0.0133	0.0199	0.0133	0.0232	0.0268	0.0445	0.0268	0.0208
chr2R	3519445	3519596	chr2R:3519446-3519596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0126	0.0146	0.0201	0.0032	0.0083	0.0238	0.0147	0.0032	0.0151	0.0193	0.0151	0.0147	0.0199	0.0522	0.0199	0.013
chr2R	3520147	3520298	chr2R:3520148-3520298	FBgn0263046	CG43341	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0091	0.0202	0.0352	0.0064	0.0087	0.0156	0.0073	0.0064	0.0157	0.0325	0.0157	0.0201	0.0253	0.1083	0.0253	0.0208
chr2R	3522763	3522944	chr2R:3522764-3522944	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0722	0.0607	0.0778	0.079	0.0297	0.0563	0.0809	0.0713	0.0297	0.0767	0.0842	0.0767	0.1139	0.0804	0.0935	0.0804	0.1131
chr2R	3523027	3523202	chr2R:3523028-3523202	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0626	0.0507	0.0641	0.0742	0.0265	0.0476	0.0722	0.0546	0.0265	0.0676	0.0656	0.0676	0.1038	0.0658	0.0909	0.0658	0.112
chr2R	3541166	3541317	chr2R:3541167-3541317	FBgn0028687	Rpt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0323	0.0563	0.0467	0.0233	0.033	0.0394	0.038	0.0233	0.0628	0.0666	0.0628	0.0511	0.049	0.0542	0.049	0.0552
chr2R	3541380	3541576	chr2R:3541381-3541576	FBgn0028687	Rpt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.0882	0.1308	0.1136	0.0541	0.1083	0.0973	0.0999	0.0541	0.1467	0.1521	0.1467	0.1387	0.1256	0.1212	0.1256	0.1412
chr2R	3541808	3541959	chr2R:3541809-3541959	FBgn0028687	Rpt1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0194	0.0303	0.0312	0.0159	0.0243	0.0199	0.0213	0.0159	0.0314	0.0341	0.0314	0.0349	0.0314	0.0355	0.0314	0.0344
chr2R	3542743	3542947	chr2R:3542744-3542947	FBgn0033199,FBgn0050491	CG17985,CG30491	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1009	0.0702	0.1135	0.1214	0.0403	0.0864	0.067	0.0993	0.0403	0.1147	0.1344	0.1147	0.1379	0.124	0.1367	0.124	0.1668
chr2R	3542994	3543209	chr2R:3542995-3543209	FBgn0033199,FBgn0050491	CG17985,CG30491	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.051	0.0727	0.07	0.0255	0.0641	0.0515	0.064	0.0255	0.0827	0.0814	0.0827	0.0875	0.0842	0.0703	0.0842	0.0912
chr2R	3551194	3551424	chr2R:3551195-3551424	FBgn0033204	CG2065	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.026	0.0137	0.0235	0.0426	0.0032	0.0175	0.0203	0.014	0.0032	0.0175	0.0203	0.0175	0.0496	0.0536	0.0316	0.0536	0.0818
chr2R	3553172	3553421	chr2R:3553173-3553421	FBgn0033205	CG2064	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0866	0.0593	0.0962	0.1065	0.0318	0.0762	0.0705	0.0533	0.0318	0.1093	0.0785	0.1093	0.2091	0.1332	0.0812	0.1332	0.2064
chr2R	3556246	3556416	chr2R:3556247-3556416	FBgn0033206	CG12042	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.03	0.0416	0.0301	0.0159	0.0359	0.0359	0.0353	0.0159	0.0393	0.0492	0.0393	0.0519	0.0329	0.0277	0.0329	0.0386
chr2R	3556482	3556661	chr2R:3556483-3556661	FBgn0033206	CG12042	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0865	0.0785	0.1009	0.0797	0.0456	0.0864	0.0869	0.0986	0.0456	0.1238	0.1138	0.1238	0.1131	0.0942	0.0716	0.0942	0.1094
chr2R	3561574	3561765	chr2R:3561575-3561765	FBgn0033208,FBgn0033209	CG12107,mRpL52	stage11,stage14,stage5	none	GJ219	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.073	0.0623	0.091	0.0652	0.0308	0.0782	0.067	0.074	0.0308	0.1111	0.1058	0.1111	0.0821	0.0758	0.0619	0.0758	0.0917
chr2R	3561820	3562000	chr2R:3561821-3562000	FBgn0033208,FBgn0033209	CG12107,mRpL52	stage11,stage14,stage5	none	GJ219	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1433	0.1185	0.1764	0.1347	0.0679	0.1461	0.1159	0.1552	0.0679	0.2065	0.201	0.2065	0.1743	0.1669	0.1315	0.1669	0.1678
chr2R	3562214	3562506	chr2R:3562215-3562506	FBgn0033208,FBgn0033209	CG12107,mRpL52	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0643	0.0567	0.0778	0.0581	0.0318	0.0646	0.064	0.0746	0.0318	0.1075	0.0823	0.1075	0.0759	0.0934	0.0406	0.0934	0.0651
chr2R	3563546	3563713	chr2R:3563547-3563713	FBgn0033210	U2A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0579	0.0538	0.0699	0.0492	0.0297	0.0587	0.0657	0.06	0.0297	0.0948	0.073	0.0948	0.0697	0.059	0.04	0.059	0.0719
chr2R	3563841	3564034	chr2R:3563842-3564034	FBgn0033210	U2A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1526	0.1421	0.1731	0.1418	0.0901	0.1675	0.1618	0.1599	0.0901	0.2222	0.192	0.2222	0.1704	0.1524	0.1476	0.1524	0.1813
chr2R	3564110	3564337	chr2R:3564111-3564337	FBgn0033210	U2A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0713	0.0647	0.0802	0.0689	0.0414	0.0704	0.0792	0.0733	0.0414	0.1033	0.0852	0.1033	0.0813	0.0896	0.0696	0.0896	0.086
chr2R	3568060	3568218	chr2R:3568061-3568218	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0252	0.027	0.0299	0.0159	0.0257	0.0389	0.02	0.0159	0.0362	0.0228	0.0362	0.0372	0.0574	0.0148	0.0574	0.049
chr2R	3568691	3568861	chr2R:3568692-3568861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0143	0.0162	0.0258	0.0064	0.0146	0.0251	0.0113	0.0064	0.0115	0.0129	0.0115	0.038	0.013	0.0077	0.013	0.0646
chr2R	3569288	3569477	chr2R:3569289-3569477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0203	0.0249	0.0246	0.0064	0.0218	0.0298	0.02	0.0064	0.0211	0.0183	0.0211	0.0658	0.0184	0.009	0.0184	0.0589
chr2R	3576432	3576583	chr2R:3576433-3576583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.011	0.0166	0.0248	0.0053	0.016	0.013	0.008	0.0053	0.0193	0.0141	0.0193	0.0256	0.0184	0.0155	0.0184	0.0542
chr2R	3577545	3577756	chr2R:3577546-3577756	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0299	0.0179	0.0369	0.0356	0.0053	0.0257	0.0221	0.018	0.0053	0.0217	0.0302	0.0217	0.1092	0.0176	0.0361	0.0176	0.0709
chr2R	3579012	3579368	chr2R:3579013-3579368	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0509	0.0553	0.0622	0.0337	0.0361	0.0602	0.0549	0.0713	0.0361	0.0628	0.0621	0.0628	0.1154	0.0406	0.0374	0.0406	0.0448
chr2R	3580267	3580418	chr2R:3580268-3580418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0319	0.0213	0.0106	0.0233	0.0262	0.042	0.044	0.0233	0.0181	0.028	0.0181	0.0232	0.0084	0.0187	0.0084	0.0089
chr2R	3580483	3580692	chr2R:3580484-3580692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0322	0.042	0.0312	0.0224	0.0191	0.0311	0.0593	0.06	0.0191	0.0302	0.0399	0.0302	0.031	0.0191	0.038	0.0191	0.0172
chr2R	3581751	3581917	chr2R:3581752-3581917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0167	0.0284	0.0284	0.0032	0.0204	0.0225	0.02	0.0032	0.0193	0.019	0.0193	0.0798	0.0245	0.0206	0.0245	0.0532
chr2R	3585320	3585524	chr2R:3585321-3585524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0283	0.0117	0.0231	0.0526	0.0011	0.0141	0.0134	0.016	0.0011	0.0254	0.0183	0.0254	0.024	0.0291	0.0148	0.0291	0.0563
chr2R	3585696	3585961	chr2R:3585697-3585961	FBgn0033212	CG1399	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0442	0.0373	0.0552	0.04	0.0127	0.049	0.0394	0.046	0.0127	0.0574	0.064	0.0574	0.031	0.0253	0.0239	0.0253	0.0261
chr2R	3585970	3586167	chr2R:3585971-3586167	FBgn0033212	CG1399	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0565	0.0472	0.0655	0.057	0.0265	0.0607	0.0476	0.0566	0.0265	0.0737	0.0701	0.0737	0.0473	0.0398	0.0322	0.0398	0.0479
chr2R	3586357	3586536	chr2R:3586358-3586536	FBgn0033212,FBgn0050493,FBgn0050496	CG1399,CG30493,CG30496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2019	0.1766	0.2424	0.1856	0.1262	0.2189	0.1618	0.2412	0.1262	0.2808	0.2669	0.2808	0.2386	0.196	0.1883	0.196	0.2189
chr2R	3586644	3586815	chr2R:3586645-3586815	FBgn0033212,FBgn0050493,FBgn0050496	CG1399,CG30493,CG30496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2214	0.1884	0.2687	0.2064	0.1463	0.2325	0.167	0.2518	0.1463	0.3333	0.2952	0.3333	0.2556	0.2243	0.2237	0.2243	0.2376
chr2R	3586901	3587086	chr2R:3586902-3587086	FBgn0033212,FBgn0050493,FBgn0050496	CG1399,CG30493,CG30496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1631	0.1307	0.198	0.1611	0.0657	0.1621	0.1302	0.1626	0.0657	0.2361	0.2206	0.2361	0.1936	0.1554	0.1663	0.1554	0.2074
chr2R	3587214	3587365	chr2R:3587215-3587365	FBgn0050493,FBgn0050496	CG30493,CG30496	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0392	0.0287	0.0467	0.0429	0.0074	0.0354	0.0342	0.0286	0.0074	0.0525	0.0511	0.0525	0.0581	0.0383	0.038	0.0383	0.0631
chr2R	3596978	3597163	chr2R:3596979-3597163	FBgn0003733,FBgn0033214	CG1941,tor	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0291	0.0178	0.0261	0.0448	0.0032	0.0204	0.0255	0.022	0.0032	0.0242	0.0257	0.0242	0.0503	0.0513	0.0496	0.0513	0.075
chr2R	3597262	3597425	chr2R:3597263-3597425	FBgn0003733,FBgn0033214	CG1941,tor	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0166	0.0212	0.0316	0.0064	0.0175	0.0255	0.012	0.0064	0.0236	0.0167	0.0236	0.0503	0.026	0.0239	0.026	0.0677
chr2R	3597730	3597881	chr2R:3597731-3597881	FBgn0033214	CG1941	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0167	0.0194	0.0194	0.0085	0.0204	0.0221	0.014	0.0085	0.0193	0.0141	0.0193	0.0457	0.0077	0.0161	0.0077	0.0433
chr2R	3597903	3598054	chr2R:3597904-3598054	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.0177	0.0207	0.0145	0.0074	0.018	0.0281	0.014	0.0074	0.0157	0.0177	0.0157	0.0519	0.0061	0.0123	0.0061	0.0318
chr2R	3599253	3599404	chr2R:3599254-3599404	FBgn0263566	mir-4909	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0232	0.0238	0.0194	0.0266	0.0064	0.0228	0.0346	0.0266	0.0064	0.0133	0.0232	0.0133	0.0341	0.0207	0.0451	0.0207	0.0422
chr2R	3599503	3599669	chr2R:3599504-3599669	FBgn0033215	CG1942	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0355	0.039	0.0458	0.0159	0.0383	0.0458	0.04	0.0159	0.0326	0.0441	0.0326	0.0651	0.049	0.0554	0.049	0.0818
chr2R	3600047	3600281	chr2R:3600048-3600281	FBgn0033215	CG1942	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0219	0.0305	0.0272	0.0085	0.0209	0.0372	0.016	0.0085	0.0266	0.0222	0.0266	0.0751	0.013	0.0213	0.013	0.0657
chr2R	3601911	3602084	chr2R:3601912-3602084	FBgn0033216	CG1946	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0189	0.0237	0.0244	0.0053	0.0248	0.026	0.014	0.0053	0.0139	0.0193	0.0139	0.0658	0.013	0.0148	0.013	0.0667
chr2R	3602256	3602417	chr2R:3602257-3602417	FBgn0033216	CG1946	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0197	0.0242	0.0231	0.0053	0.0218	0.0285	0.02	0.0053	0.0236	0.0193	0.0236	0.0612	0.0061	0.009	0.0061	0.0672
chr2R	3606445	3606596	chr2R:3606446-3606596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0212	0.0193	0.0223	0.0085	0.0218	0.0342	0.0187	0.0085	0.0199	0.017	0.0199	0.038	0.0153	0.0129	0.0153	0.0505
chr2R	3609617	3609768	chr2R:3609618-3609768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.013	0.0117	0.0207	0.0032	0.0112	0.0221	0.0133	0.0032	0.0145	0.0103	0.0145	0.0147	0.0214	0.0129	0.0214	0.0224
chr2R	3610157	3610317	chr2R:3610158-3610317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0493	0.0128	0.0316	0.1095	0.0095	0.0146	0.0186	0.01	0.0095	0.0284	0.0334	0.0284	0.0496	0.1424	0.1096	0.1424	0.1292
chr2R	3610540	3610718	chr2R:3610541-3610718	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0423	0.0189	0.0228	0.0897	0.0074	0.0238	0.0247	0.0193	0.0074	0.0199	0.0257	0.0199	0.0318	0.1286	0.0761	0.1286	0.0922
chr2R	3610818	3610988	chr2R:3610819-3610988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0202	0.0153	0.0126	0.034	0.0032	0.016	0.0255	0.0133	0.0032	0.0145	0.0096	0.0145	0.0232	0.0475	0.0206	0.0475	0.0307
chr2R	3611545	3611728	chr2R:3611546-3611728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0305	0.0247	0.0283	0.0395	0.0064	0.0301	0.0337	0.0273	0.0064	0.0229	0.0428	0.0229	0.0225	0.0368	0.0606	0.0368	0.0568
chr2R	3614642	3614840	chr2R:3614643-3614840	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0655	0.0601	0.0687	0.0682	0.0382	0.0646	0.0735	0.072	0.0382	0.0598	0.0765	0.0598	0.1185	0.0735	0.087	0.0735	0.1079
chr2R	3615040	3615262	chr2R:3615041-3615262	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0429	0.0339	0.05	0.0453	0.0095	0.0417	0.0463	0.032	0.0095	0.0278	0.0469	0.0278	0.1332	0.0268	0.0393	0.0268	0.1047
chr2R	3616939	3617183	chr2R:3616940-3617183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0223	0.0183	0.0244	0.0244	0.0042	0.018	0.0277	0.0207	0.0042	0.0181	0.0232	0.0181	0.0581	0.0153	0.0374	0.0153	0.0375
chr2R	3622621	3622795	chr2R:3622622-3622795	FBgn0042135	CG18812	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0443	0.0221	0.0253	0.0901	0.0064	0.0248	0.0346	0.0167	0.0064	0.0163	0.0238	0.0163	0.0589	0.0268	0.1231	0.0268	0.161
chr2R	3623007	3623177	chr2R:3623008-3623177	FBgn0042135	CG18812	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0443	0.0101	0.0198	0.1093	0.0032	0.0141	0.016	0.0047	0.0032	0.0066	0.0203	0.0066	0.0519	0.0222	0.1406	0.0222	0.2183
chr2R	3623475	3623646	chr2R:3623476-3623646	FBgn0042135	CG18812	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0086	0.0143	0.0695	0.0032	0.0131	0.013	0.0033	0.0032	0.0072	0.0145	0.0072	0.0349	0.0299	0.0787	0.0299	0.1464
chr2R	3623817	3623968	chr2R:3623818-3623968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.01	0.0126	0.0249	0.0053	0.0117	0.0164	0.0053	0.0053	0.0115	0.0116	0.0115	0.0248	0.013	0.0264	0.013	0.0505
chr2R	3630463	3630637	chr2R:3630464-3630637	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0431	0.0303	0.0464	0.0536	0.0106	0.0534	0.0272	0.0253	0.0106	0.0405	0.0293	0.0405	0.1332	0.0322	0.0322	0.0322	0.1402
chr2R	3632826	3633238	chr2R:3632827-3633238	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1182	0.0586	0.0953	0.21	0.0308	0.0772	0.0705	0.0526	0.0308	0.0719	0.099	0.0719	0.2146	0.2496	0.2237	0.2496	0.3314
chr2R	3633372	3633550	chr2R:3633373-3633550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0399	0.0339	0.0372	0.0497	0.018	0.0471	0.0428	0.026	0.018	0.0362	0.028	0.0362	0.0999	0.0375	0.0387	0.0375	0.1167
chr2R	3634429	3634613	chr2R:3634430-3634613	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0091	0.0313	0.0212	0.0042	0.0126	0.013	0.008	0.0042	0.0187	0.0492	0.0187	0.0349	0.01	0.0529	0.01	0.0214
chr2R	3634973	3635148	chr2R:3634974-3635148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0165	0.0378	0.0267	0.0085	0.0243	0.0186	0.0167	0.0085	0.0187	0.0617	0.0187	0.0426	0.0123	0.0645	0.0123	0.0255
chr2R	3639251	3639402	chr2R:3639252-3639402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.015	0.0127	0.0145	0.0182	0.0127	0.0131	0.0203	0.0087	0.0127	0.0139	0.0203	0.0139	0.0139	0.036	0.0251	0.036	0.0146
chr2R	3641166	3641317	chr2R:3641167-3641317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.0125	0.0143	0.0149	0.0053	0.0141	0.0199	0.0093	0.0053	0.0205	0.0116	0.0205	0.0279	0.0314	0.0142	0.0314	0.0151
chr2R	3641406	3641606	chr2R:3641407-3641606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0221	0.0168	0.0246	0.0252	0.0053	0.0218	0.026	0.0107	0.0053	0.0284	0.0209	0.0284	0.0534	0.059	0.0245	0.059	0.0229
chr2R	3641657	3641808	chr2R:3641658-3641808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.024	0.0242	0.0265	0.021	0.0106	0.0262	0.0398	0.0167	0.0106	0.0248	0.026	0.0248	0.0558	0.0299	0.0303	0.0299	0.0219
chr2R	3642034	3642324	chr2R:3642035-3642324	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0348	0.0275	0.0393	0.038	0.0244	0.0252	0.0446	0.0173	0.0244	0.0356	0.0428	0.0356	0.0713	0.0161	0.0729	0.0161	0.0573
chr2R	3643316	3643594	chr2R:3643317-3643594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0189	0.0316	0.0324	0.0074	0.0248	0.0307	0.008	0.0074	0.0308	0.0492	0.0308	0.0201	0.0061	0.1044	0.0061	0.0182
chr2R	3644312	3644463	chr2R:3644313-3644463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0147	0.0193	0.0202	0.0095	0.017	0.0221	0.01	0.0095	0.0229	0.0228	0.0229	0.0287	0.0115	0.0529	0.0115	0.0115
chr2R	3646345	3646521	chr2R:3646346-3646521	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0096	0.0142	0.0586	0.0042	0.015	0.0147	0.0027	0.0042	0.0133	0.0161	0.0133	0.0201	0.0375	0.0845	0.0375	0.0891
chr2R	3646620	3646811	chr2R:3646621-3646811	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0067	0.0135	0.0447	0.0032	0.0107	0.0095	0.0033	0.0032	0.0139	0.0122	0.0139	0.024	0.0398	0.0529	0.0398	0.074
chr2R	3647140	3647291	chr2R:3647141-3647291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0095	0.0072	0.0076	0.0141	0.0042	0.0044	0.013	0.008	0.0042	0.0121	0.0077	0.0121	0.0101	0.0123	0.0084	0.0123	0.0323
chr2R	3654064	3654215	chr2R:3654065-3654215	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.0087	0.0112	0.022	0.0011	0.0102	0.0143	0.0087	0.0011	0.0115	0.0109	0.0115	0.0147	0.0084	0.0077	0.0084	0.0156
chr2R	3660527	3660678	chr2R:3660528-3660678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.021	0.0161	0.0203	0.0273	0.0064	0.0218	0.0221	0.0113	0.0064	0.0169	0.0129	0.0169	0.0573	0.0115	0.0155	0.0115	0.0745
chr2R	3660826	3660977	chr2R:3660827-3660977	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0296	0.0218	0.0345	0.0329	0.0042	0.0369	0.0242	0.0193	0.0042	0.0248	0.0222	0.0248	0.1123	0.0138	0.02	0.0138	0.0886
chr2R	3661093	3661335	chr2R:3661094-3661335	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0453	0.0282	0.0576	0.0508	0.0085	0.0563	0.0298	0.0127	0.0085	0.0368	0.0312	0.0368	0.2146	0.0207	0.0239	0.0207	0.1433
chr2R	3661372	3661645	chr2R:3661373-3661645	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0538	0.0283	0.0642	0.071	0.0085	0.0558	0.0264	0.018	0.0085	0.0465	0.0402	0.0465	0.22	0.0421	0.0426	0.0421	0.1866
chr2R	3661686	3661837	chr2R:3661687-3661837	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.0161	0.0284	0.0336	0.0095	0.0209	0.0186	0.0147	0.0095	0.0332	0.0196	0.0332	0.0751	0.0184	0.0245	0.0184	0.0849
chr2R	3662273	3662445	chr2R:3662274-3662445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0411	0.0325	0.0447	0.0467	0.0212	0.0398	0.0394	0.03	0.0212	0.0537	0.0441	0.0537	0.0813	0.0536	0.0567	0.0536	0.0829
chr2R	3664137	3664327	chr2R:3664138-3664327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.029	0.0163	0.0258	0.0467	0.0053	0.0165	0.0281	0.012	0.0053	0.0266	0.0196	0.0266	0.0674	0.0643	0.0522	0.0643	0.0761
chr2R	3666584	3666855	chr2R:3666585-3666855	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.038	0.026	0.0302	0.06	0.0159	0.0354	0.0303	0.026	0.0159	0.038	0.0318	0.038	0.0442	0.0888	0.0593	0.0888	0.0928
chr2R	3666997	3667222	chr2R:3666998-3667222	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.038	0.0207	0.0211	0.0759	0.0085	0.0248	0.0294	0.018	0.0085	0.0115	0.0206	0.0115	0.0519	0.0812	0.058	0.0812	0.1579
chr2R	3667351	3667506	chr2R:3667352-3667506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0218	0.0253	0.0355	0.0085	0.0238	0.0285	0.024	0.0085	0.0223	0.0177	0.0223	0.062	0.0322	0.0193	0.0322	0.0834
chr2R	3667749	3667900	chr2R:3667750-3667900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0184	0.0222	0.0156	0.0173	0.0095	0.0243	0.029	0.0253	0.0095	0.0163	0.0116	0.0163	0.0333	0.0184	0.0077	0.0184	0.0401
chr2R	3669071	3669222	chr2R:3669072-3669222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0275	0.0174	0.0102	0.0159	0.0238	0.0441	0.0266	0.0159	0.0211	0.0183	0.0211	0.0256	0.0107	0.0135	0.0107	0.0146
chr2R	3673414	3673594	chr2R:3673415-3673594	FBgn0015614,FBgn0263558	CanB2,mir-4980	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0374	0.016	0.0226	0.0777	0.0106	0.016	0.0234	0.0133	0.0106	0.0193	0.0167	0.0193	0.0542	0.0689	0.0754	0.0689	0.1261
chr2R	3673681	3673874	chr2R:3673682-3673874	FBgn0015614,FBgn0263558	CanB2,mir-4980	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0269	0.0182	0.0179	0.0467	0.0064	0.0282	0.0221	0.0133	0.0064	0.0145	0.0164	0.0145	0.0364	0.0475	0.0374	0.0475	0.0688
chr2R	3678829	3679043	chr2R:3678830-3679043	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0832	0.0638	0.0841	0.1037	0.0361	0.0893	0.0601	0.0693	0.0361	0.0966	0.0897	0.0966	0.1239	0.1631	0.0935	0.1631	0.1287
chr2R	3679126	3679371	chr2R:3679127-3679371	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0779	0.0506	0.0765	0.1099	0.0117	0.0835	0.0471	0.0486	0.0117	0.1002	0.0669	0.1002	0.1332	0.2106	0.0812	0.2106	0.1397
chr2R	3679503	3679679	chr2R:3679504-3679679	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0307	0.0221	0.0296	0.0415	0.0106	0.0282	0.0294	0.0167	0.0106	0.0386	0.0232	0.0386	0.0519	0.0858	0.0264	0.0858	0.0537
chr2R	3679864	3680015	chr2R:3679865-3680015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0134	0.01	0.0114	0.0194	0	0.0117	0.016	0.0073	0	0.0109	0.0116	0.0109	0.0201	0.0482	0.0097	0.0482	0.0224
chr2R	3680122	3680273	chr2R:3680123-3680273	FBgn0002891	mus205	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0119	0.007	0.0135	0.0157	0	0.0087	0.0117	0.006	0	0.0163	0.0154	0.0163	0.0163	0.0436	0.0084	0.0436	0.0125
chr2R	3680481	3680632	chr2R:3680482-3680632	FBgn0001091,FBgn0002891	Gapdh1,mus205	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0157	0.0111	0.0161	0.0205	0.0053	0.0155	0.0147	0.0073	0.0053	0.0211	0.0161	0.0211	0.0201	0.0475	0.0116	0.0475	0.0146
chr2R	3680671	3680822	chr2R:3680672-3680822	FBgn0001091,FBgn0002891	Gapdh1,mus205	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0107	0.0142	0.0273	0.0042	0.0141	0.0108	0.0167	0.0042	0.0127	0.0164	0.0127	0.017	0.0421	0.0123	0.0421	0.0219
chr2R	3680827	3680989	chr2R:3680828-3680989	FBgn0001091,FBgn0002891	Gapdh1,mus205	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.032	0.0306	0.0301	0.0159	0.0354	0.0359	0.0426	0.0159	0.0302	0.0379	0.0302	0.0372	0.0413	0.0239	0.0413	0.0417
chr2R	3681036	3681230	chr2R:3681037-3681230	FBgn0001091,FBgn0002891	Gapdh1,mus205	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0567	0.0562	0.0622	0.0514	0.0244	0.0646	0.0623	0.0759	0.0244	0.07	0.0714	0.07	0.0798	0.062	0.0451	0.062	0.0735
chr2R	3681283	3681434	chr2R:3681284-3681434	FBgn0001091	Gapdh1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0324	0.0442	0.0301	0.0117	0.035	0.0398	0.0433	0.0117	0.0507	0.0524	0.0507	0.0503	0.036	0.0284	0.036	0.0433
chr2R	3688015	3688166	chr2R:3688016-3688166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0224	0.0219	0.0287	0.016	0.0053	0.0248	0.029	0.0286	0.0053	0.0338	0.0235	0.0338	0.0558	0.0214	0.009	0.0214	0.0307
chr2R	3692337	3692499	chr2R:3692338-3692499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0366	0.0349	0.0546	0.0187	0.0127	0.0636	0.0316	0.034	0.0127	0.0725	0.0444	0.0725	0.1115	0.0161	0.0097	0.0161	0.036
chr2R	3693066	3693312	chr2R:3693067-3693312	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0613	0.0346	0.0765	0.0744	0.017	0.0563	0.0281	0.0393	0.017	0.0851	0.0675	0.0851	0.1418	0.0812	0.0503	0.0812	0.136
chr2R	3693411	3693691	chr2R:3693412-3693691	FBgn0003317,FBgn0033224	Nop17l,sax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1037	0.0776	0.1302	0.1036	0.0435	0.1267	0.0619	0.0873	0.0435	0.1437	0.1511	0.1437	0.1387	0.0743	0.1528	0.0743	0.1308
chr2R	3693851	3694035	chr2R:3693852-3694035	FBgn0003317,FBgn0033224	Nop17l,sax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2029	0.1833	0.2383	0.1858	0.122	0.2403	0.1834	0.2192	0.122	0.3007	0.2553	0.3007	0.2502	0.1784	0.207	0.1784	0.2256
chr2R	3694195	3694346	chr2R:3694196-3694346	FBgn0003317,FBgn0033224	Nop17l,sax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1046	0.0953	0.1253	0.0923	0.0679	0.1233	0.1008	0.1119	0.0679	0.1667	0.1283	0.1667	0.1286	0.108	0.0967	0.108	0.1157
chr2R	3694366	3694550	chr2R:3694367-3694550	FBgn0003317,FBgn0033224	Nop17l,sax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1547	0.1231	0.1876	0.154	0.0668	0.1801	0.1142	0.1506	0.0668	0.244	0.2026	0.244	0.2014	0.1792	0.1631	0.1792	0.1939
chr2R	3699482	3699779	chr2R:3699483-3699779	FBgn0033225,FBgn0033226	CG1550,CG1882	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1156	0.1033	0.1445	0.0976	0.0657	0.1146	0.1185	0.1326	0.0657	0.1878	0.1563	0.1878	0.1387	0.1256	0.0903	0.1256	0.1303
chr2R	3699886	3700093	chr2R:3699887-3700093	FBgn0033225,FBgn0033226	CG1550,CG1882	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1951	0.1709	0.2359	0.1776	0.1007	0.2053	0.1743	0.2219	0.1007	0.2832	0.2553	0.2832	0.261	0.1953	0.1857	0.1953	0.2423
chr2R	3702297	3702536	chr2R:3702298-3702536	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0447	0.0315	0.0411	0.0635	0.0106	0.0374	0.045	0.032	0.0106	0.0374	0.0392	0.0374	0.079	0.0276	0.04	0.0276	0.1694
chr2R	3702976	3703127	chr2R:3702977-3703127	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0181	0.018	0.0299	0.0064	0.0218	0.0251	0.0173	0.0064	0.0115	0.0199	0.0115	0.0372	0.0153	0.0142	0.0153	0.0808
chr2R	3710760	3710940	chr2R:3710761-3710940	FBgn0029093	cathD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0455	0.0475	0.0499	0.0384	0.0265	0.051	0.0584	0.0613	0.0265	0.0477	0.0553	0.0477	0.0666	0.0452	0.0335	0.0452	0.0573
chr2R	3710944	3711156	chr2R:3710945-3711156	FBgn0029093	cathD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0814	0.0847	0.0871	0.0716	0.0573	0.083	0.1047	0.1086	0.0573	0.0882	0.0984	0.0882	0.11	0.0727	0.0709	0.0727	0.1126
chr2R	3711238	3711418	chr2R:3711239-3711418	FBgn0029093	cathD	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0361	0.0508	0.0415	0.0223	0.0379	0.0463	0.042	0.0223	0.0543	0.0601	0.0543	0.0511	0.0337	0.0503	0.0337	0.0573
chr2R	3711689	3711840	chr2R:3711690-3711840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0267	0.0228	0.032	0.0253	0.0117	0.0238	0.0333	0.0227	0.0117	0.0332	0.0357	0.0332	0.0341	0.0207	0.0213	0.0207	0.0401
chr2R	3712187	3712338	chr2R:3712188-3712338	FBgn0050383	CG30383	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0333	0.0416	0.0249	0.0233	0.0359	0.0411	0.036	0.0233	0.0489	0.0495	0.0489	0.038	0.026	0.0258	0.026	0.0349
chr2R	3712373	3712555	chr2R:3712374-3712555	FBgn0003082,FBgn0050383	CG30383,phr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0615	0.0538	0.0834	0.046	0.0339	0.0631	0.0593	0.062	0.0339	0.1208	0.0904	0.1208	0.0736	0.0467	0.049	0.0467	0.061
chr2R	3712648	3712828	chr2R:3712649-3712828	FBgn0003082,FBgn0050383	CG30383,phr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.126	0.1108	0.1542	0.112	0.0689	0.1316	0.1146	0.1446	0.0689	0.2114	0.1656	0.2114	0.1534	0.1263	0.1115	0.1263	0.147
chr2R	3712897	3713077	chr2R:3712898-3713077	FBgn0003082,FBgn0050383	CG30383,phr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.13	0.1102	0.1569	0.1227	0.0668	0.1393	0.1064	0.1499	0.0668	0.2144	0.1662	0.2144	0.1603	0.1394	0.1251	0.1394	0.1605
chr2R	3713150	3713595	chr2R:3713151-3713595	FBgn0003082	phr	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.082	0.0943	0.0871	0.0628	0.0445	0.1019	0.1168	0.1119	0.0445	0.1002	0.0987	0.1002	0.086	0.0697	0.0645	0.0697	0.073
chr2R	3713669	3713983	chr2R:3713670-3713983	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0463	0.0649	0.0388	0.0336	0.0361	0.0689	0.0891	0.0673	0.0361	0.0471	0.0405	0.0471	0.0434	0.0391	0.0329	0.0391	0.0365
chr2R	3714002	3714198	chr2R:3714003-3714198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0456	0.0313	0.0227	0.0191	0.0432	0.0644	0.0566	0.0191	0.035	0.0357	0.035	0.031	0.026	0.0206	0.026	0.025
chr2R	3722793	3722944	chr2R:3722794-3722944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0223	0.014	0.0089	0.0117	0.0214	0.032	0.0247	0.0117	0.0163	0.0145	0.0163	0.017	0.0077	0.0084	0.0077	0.0057
chr2R	3739949	3740100	chr2R:3739950-3740100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0269	0.0216	0.0142	0.0201	0.016	0.0454	0.028	0.0201	0.0242	0.0228	0.0242	0.0209	0.0092	0.0097	0.0092	0.013
chr2R	3765369	3765520	chr2R:3765370-3765520	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0085	0.008	0.0062	0.0117	0.0064	0.0049	0.0169	0.006	0.0064	0.0066	0.0058	0.0066	0.0085	0.0375	0.0097	0.0375	0.0052
chr2R	3767998	3768149	chr2R:3767999-3768149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0088	0.0069	0.0082	0.0095	0.0078	0.0169	0.004	0.0095	0.0085	0.0096	0.0085	0.0039	0.0054	0.0032	0.0054	0.001
chr2R	3773149	3773300	chr2R:3773150-3773300	FBgn0085390	Dgk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0193	0.0105	0.0181	0.0304	0.0053	0.0097	0.0203	0.0053	0.0053	0.0169	0.0141	0.0169	0.0434	0.0368	0.0277	0.0368	0.0401
chr2R	3773453	3773720	chr2R:3773454-3773720	FBgn0085390	Dgk	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0841	0.0273	0.0769	0.1554	0.0106	0.0393	0.0372	0.0167	0.0106	0.0471	0.0585	0.0471	0.2316	0.1723	0.1522	0.1723	0.2293
chr2R	3775716	3775867	chr2R:3775717-3775867	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0086	0.0086	0.0305	0.0011	0.0092	0.0143	0.008	0.0011	0.0091	0.008	0.0091	0.0046	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr2R	3776930	3777093	chr2R:3776931-3777093	FBgn0050377	CG30377	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0233	0.0138	0.019	0.0384	0.0095	0.0131	0.0195	0.0153	0.0095	0.0157	0.0196	0.0157	0.0372	0.0375	0.0574	0.0375	0.0568
chr2R	3777394	3777581	chr2R:3777395-3777581	FBgn0050377	CG30377	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0391	0.0264	0.0327	0.0602	0.0064	0.0262	0.0402	0.028	0.0064	0.0284	0.0373	0.0284	0.0573	0.0582	0.0967	0.0582	0.0954
chr2R	3783451	3783614	chr2R:3783452-3783614	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0128	0.0079	0.0099	0.0214	0.0011	0.0058	0.0151	0.006	0.0011	0.0109	0.0129	0.0109	0.0093	0.0383	0.0419	0.0383	0.012
chr2R	3784039	3784190	chr2R:3784040-3784190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0125	0.0125	0.0115	0.0136	0.0053	0.0073	0.0255	0.01	0.0053	0.0139	0.0161	0.0139	0.0093	0.0145	0.0297	0.0145	0.0089
chr2R	3798772	3798923	chr2R:3798773-3798923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.011	0.0137	0.0244	0.0021	0.0117	0.016	0.0133	0.0021	0.0109	0.0119	0.0109	0.0263	0.0123	0.0135	0.0123	0.0631
chr2R	3800056	3800207	chr2R:3800057-3800207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0141	0.0136	0.0237	0.0085	0.0102	0.0234	0.0107	0.0085	0.0133	0.0103	0.0133	0.0302	0.0199	0.009	0.0199	0.062
chr2R	3803926	3804109	chr2R:3803927-3804109	FBgn0015509,FBgn0033232	CG12159,lin19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.165	0.1406	0.2024	0.1512	0.087	0.1573	0.1501	0.1865	0.087	0.2585	0.2228	0.2585	0.1766	0.1723	0.1547	0.1723	0.1829
chr2R	3804267	3804508	chr2R:3804268-3804508	FBgn0015509,FBgn0033232	CG12159,lin19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2215	0.182	0.2765	0.2053	0.1103	0.2243	0.1856	0.2239	0.1103	0.3527	0.3055	0.3527	0.2548	0.2167	0.2334	0.2167	0.248
chr2R	3804625	3805029	chr2R:3804626-3805029	FBgn0015509	lin19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1576	0.1144	0.2084	0.1501	0.0689	0.1485	0.1129	0.1519	0.0689	0.2621	0.2395	0.2621	0.2084	0.1654	0.185	0.1654	0.1871
chr2R	3808212	3808363	chr2R:3808213-3808363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0506	0.0401	0.0196	0.0286	0.0481	0.0761	0.0506	0.0286	0.038	0.0482	0.038	0.0372	0.0237	0.0187	0.0237	0.025
chr2R	3808465	3808616	chr2R:3808466-3808616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0593	0.0442	0.0187	0.0223	0.0379	0.0947	0.0773	0.0223	0.0441	0.054	0.0441	0.0434	0.0207	0.0187	0.0207	0.0224
chr2R	3809461	3809629	chr2R:3809462-3809629	FBgn0026393	Or43b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0437	0.0439	0.0258	0.0265	0.0398	0.0541	0.0626	0.0265	0.0489	0.0518	0.0489	0.0449	0.0291	0.0264	0.0291	0.0281
chr2R	3810792	3810943	chr2R:3810793-3810943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0406	0.0324	0.018	0.0255	0.0316	0.0675	0.0373	0.0255	0.0374	0.0376	0.0374	0.0333	0.0168	0.0148	0.0168	0.0234
chr2R	3812302	3812540	chr2R:3812303-3812540	FBgn0033233	Kdm4A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0548	0.0581	0.0628	0.0425	0.0276	0.065	0.0619	0.0713	0.0276	0.0761	0.0691	0.0761	0.0643	0.049	0.0393	0.049	0.0584
chr2R	3814009	3814160	chr2R:3814010-3814160	FBgn0033234	CG8791	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0263	0.0293	0.0289	0.0199	0.0138	0.0301	0.042	0.0313	0.0138	0.0296	0.0296	0.0296	0.0457	0.023	0.0187	0.023	0.0307
chr2R	3817814	3818171	chr2R:3817815-3818171	FBgn0050381	CG30381	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0442	0.0404	0.0475	0.0448	0.0212	0.0451	0.0523	0.0466	0.0212	0.0477	0.0482	0.0477	0.0713	0.0291	0.0297	0.0291	0.0907
chr2R	3818229	3818418	chr2R:3818230-3818418	FBgn0050381	CG30381	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.0457	0.0558	0.0412	0.0159	0.0544	0.0523	0.064	0.0159	0.0676	0.064	0.0676	0.0534	0.0528	0.0361	0.0528	0.0542
chr2R	3818484	3818675	chr2R:3818485-3818675	FBgn0050381	CG30381	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.0675	0.0897	0.0684	0.0318	0.0762	0.0783	0.0866	0.0318	0.1141	0.092	0.1141	0.0976	0.0842	0.0593	0.0842	0.0912
chr2R	3819173	3819452	chr2R:3819174-3819452	FBgn0023171,FBgn0026722	drosha,rnh1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0506	0.0507	0.0588	0.0415	0.0371	0.0563	0.0623	0.0546	0.0371	0.0791	0.063	0.0791	0.0666	0.0337	0.0335	0.0337	0.075
chr2R	3819793	3819973	chr2R:3819794-3819973	FBgn0023171,FBgn0026722	drosha,rnh1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1287	0.1194	0.1562	0.1088	0.0827	0.1383	0.1263	0.1532	0.0827	0.2023	0.1614	0.2023	0.1743	0.1064	0.1115	0.1064	0.147
chr2R	3826304	3826480	chr2R:3826305-3826480	FBgn0033235	CG8728	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0516	0.0417	0.06	0.0535	0.0201	0.0442	0.0536	0.0506	0.0201	0.0725	0.065	0.0725	0.0759	0.0597	0.0671	0.0597	0.0599
chr2R	3826549	3826717	chr2R:3826550-3826717	FBgn0033235,FBgn0050380	CG30380,CG8728	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0975	0.0815	0.1156	0.0954	0.0573	0.0951	0.0792	0.1106	0.0573	0.1528	0.1277	0.1528	0.1232	0.0972	0.1038	0.0972	0.1266
chr2R	3826800	3827465	chr2R:3826801-3827465	FBgn0033235,FBgn0050379,FBgn0050380	CG30379,CG30380,CG8728	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.1446	0.1146	0.0861	0.0848	0.1558	0.167	0.1865	0.0848	0.1208	0.1315	0.1208	0.1123	0.0796	0.0832	0.0796	0.112
chr2R	3827627	3827795	chr2R:3827628-3827795	FBgn0050379,FBgn0050380	CG30379,CG30380	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.053	0.0631	0.0544	0.0402	0.0297	0.082	0.0657	0.0813	0.0297	0.055	0.0627	0.055	0.0534	0.0391	0.0496	0.0391	0.0417
chr2R	3828054	3828253	chr2R:3828055-3828253	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.137	0.1439	0.1553	0.109	0.1251	0.1612	0.1587	0.1666	0.1251	0.1854	0.1836	0.1854	0.1371	0.1194	0.1077	0.1194	0.1391
chr2R	3834002	3834153	chr2R:3834003-3834153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0188	0.0305	0.0159	0.0089	0.0201	0.015	0.0454	0.0426	0.0201	0.0205	0.0228	0.0205	0.0077	0.0138	0.0097	0.0138	0.0104
chr2R	3835361	3835568	chr2R:3835362-3835568	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0244	0.0526	0.014	0.0045	0.0414	0.0335	0.0813	0.0533	0.0414	0.0157	0.018	0.0157	0.0116	0.0046	0.0084	0.0046	0.0036
chr2R	3836235	3836485	chr2R:3836236-3836485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0274	0.0378	0.0245	0.0191	0.0095	0.051	0.0446	0.0433	0.0095	0.0199	0.0267	0.0199	0.0442	0.0107	0.0355	0.0107	0.0162
chr2R	3837025	3837251	chr2R:3837026-3837251	FBgn0033238	CG11165	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0404	0.0221	0.0117	0.0308	0.0364	0.048	0.0526	0.0308	0.0217	0.0238	0.0217	0.0225	0.0107	0.0103	0.0107	0.012
chr2R	3842869	3843064	chr2R:3842870-3843064	FBgn0033236	CG14764	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0538	0.038	0.0463	0.0795	0.0138	0.0437	0.0532	0.0373	0.0138	0.0507	0.0466	0.0507	0.0565	0.0674	0.0754	0.0674	0.1172
chr2R	3843289	3843473	chr2R:3843290-3843473	FBgn0033236,FBgn0033240	CG14764,CG2906	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1073	0.0826	0.117	0.1244	0.0551	0.0883	0.0973	0.0999	0.0551	0.1407	0.1318	0.1407	0.1325	0.1233	0.1277	0.1233	0.1636
chr2R	3843551	3843731	chr2R:3843552-3843731	FBgn0033236,FBgn0033240	CG14764,CG2906	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.13	0.1205	0.1424	0.1269	0.088	0.1325	0.1458	0.1306	0.088	0.1806	0.1585	0.1806	0.1627	0.1371	0.1457	0.1371	0.1438
chr2R	3843797	3844029	chr2R:3843798-3844029	FBgn0033236,FBgn0033240	CG14764,CG2906	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0838	0.0865	0.0959	0.0675	0.07	0.0854	0.1086	0.0939	0.07	0.1159	0.1122	0.1159	0.1061	0.0735	0.0709	0.0735	0.0834
chr2R	3847177	3847393	chr2R:3847178-3847393	FBgn0033241	CG2915	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1515	0.203	0.1299	0.1177	0.2524	0.1568	0.2881	0.1765	0.2524	0.1461	0.1412	0.1461	0.1565	0.1501	0.1348	0.1501	0.1402
chr2R	3847426	3847618	chr2R:3847427-3847618	FBgn0033241	CG2915	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.123	0.1416	0.1176	0.1081	0.1739	0.1248	0.189	0.1233	0.1739	0.1425	0.1254	0.1425	0.127	0.1286	0.1167	0.1286	0.1313
chr2R	3848495	3848646	chr2R:3848496-3848646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0744	0.0359	0.0196	0.0732	0.0398	0.1285	0.0686	0.0732	0.0374	0.0457	0.0374	0.0271	0.023	0.0258	0.023	0.025
chr2R	3849196	3849505	chr2R:3849197-3849505	FBgn0026361,FBgn0027548	Sep5,nito	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.164	0.2339	0.1459	0.1056	0.2291	0.1723	0.3339	0.2478	0.2291	0.1576	0.182	0.1576	0.1286	0.1087	0.1122	0.1087	0.1282
chr2R	3849545	3849755	chr2R:3849546-3849755	FBgn0026361,FBgn0027548	Sep5,nito	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.135	0.1525	0.1461	0.1032	0.1113	0.1476	0.1851	0.1879	0.1113	0.154	0.174	0.154	0.1448	0.0911	0.109	0.0911	0.1282
chr2R	3849870	3850051	chr2R:3849871-3850051	FBgn0026361,FBgn0027548	Sep5,nito	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.151	0.1623	0.1694	0.1181	0.1262	0.1675	0.1985	0.1885	0.1262	0.1944	0.1862	0.1944	0.1805	0.1309	0.1148	0.1309	0.1438
chr2R	3850116	3850352	chr2R:3850117-3850352	FBgn0027548	nito	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0937	0.1119	0.0995	0.067	0.0827	0.1068	0.1518	0.1279	0.0827	0.1208	0.1138	0.1208	0.0899	0.0796	0.0671	0.0796	0.0797
chr2R	3854366	3854517	chr2R:3854367-3854517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0359	0.056	0.0343	0.0153	0.0382	0.0364	0.0982	0.05	0.0382	0.035	0.0399	0.035	0.0372	0.0145	0.0142	0.0145	0.0182
chr2R	3858967	3859411	chr2R:3858968-3859411	FBgn0027054,FBgn0033244	CG8726,CSN4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1211	0.1095	0.1379	0.1156	0.0604	0.1272	0.1246	0.1439	0.0604	0.16	0.1566	0.16	0.151	0.1217	0.118	0.1217	0.1251
chr2R	3859413	3859626	chr2R:3859414-3859626	FBgn0027054,FBgn0033244	CG8726,CSN4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1213	0.1623	0.1395	0.0657	0.1437	0.1298	0.1592	0.0657	0.1957	0.1791	0.1957	0.1743	0.1424	0.1554	0.1424	0.1605
chr2R	3859695	3859875	chr2R:3859696-3859875	FBgn0027054,FBgn0033244	CG8726,CSN4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0763	0.069	0.0867	0.073	0.0467	0.0743	0.0856	0.0779	0.0467	0.1063	0.0939	0.1063	0.1015	0.0689	0.0812	0.0689	0.0912
chr2R	3859944	3860139	chr2R:3859945-3860139	FBgn0027054,FBgn0033244	CG8726,CSN4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1341	0.1139	0.1572	0.1313	0.0901	0.1335	0.1302	0.1233	0.0901	0.1926	0.1736	0.1926	0.165	0.1371	0.1425	0.1371	0.1631
chr2R	3869731	3869882	chr2R:3869732-3869882	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0183	0.0217	0.019	0.0136	0.0042	0.0141	0.0415	0.0247	0.0042	0.0211	0.0209	0.0211	0.0232	0.01	0.02	0.01	0.0172
chr2R	3871542	3871830	chr2R:3871543-3871830	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0362	0.0183	0.0269	0.0664	0.0053	0.018	0.0294	0.0193	0.0053	0.0085	0.0402	0.0085	0.0387	0.0299	0.1805	0.0299	0.0479
chr2R	3874814	3874965	chr2R:3874815-3874965	FBgn0033246	ACC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0245	0.0199	0.0245	0.0297	0.0085	0.0189	0.0333	0.018	0.0085	0.0193	0.0277	0.0193	0.0442	0.0184	0.0509	0.0184	0.038
chr2R	3875512	3875771	chr2R:3875513-3875771	FBgn0033247	Nup44A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0552	0.0477	0.0584	0.0602	0.017	0.0563	0.0714	0.0413	0.017	0.0489	0.0572	0.0489	0.1015	0.0352	0.0703	0.0352	0.1131
chr2R	3876045	3876196	chr2R:3876046-3876196	FBgn0033247	Nup44A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.035	0.0254	0.0377	0.0426	0.0117	0.032	0.0355	0.0193	0.0117	0.0417	0.0338	0.0417	0.0573	0.0322	0.0342	0.0322	0.0917
chr2R	3876262	3876417	chr2R:3876263-3876417	FBgn0033247	Nup44A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0526	0.0464	0.0632	0.048	0.0244	0.0568	0.0545	0.052	0.0244	0.0646	0.0646	0.0646	0.0899	0.0421	0.0316	0.0421	0.087
chr2R	3876608	3876789	chr2R:3876609-3876789	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1844	0.1863	0.226	0.1366	0.1357	0.2039	0.2063	0.2352	0.1357	0.2778	0.2463	0.2778	0.1998	0.1715	0.1399	0.1715	0.1485
chr2R	3876913	3877103	chr2R:3876914-3877103	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1207	0.1064	0.1478	0.1068	0.052	0.1277	0.1272	0.1319	0.052	0.186	0.1498	0.186	0.141	0.1225	0.1148	0.1225	0.1126
chr2R	3877238	3877419	chr2R:3877239-3877419	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1691	0.15	0.2037	0.1525	0.0912	0.1782	0.1739	0.1739	0.0912	0.2452	0.218	0.2452	0.1875	0.1662	0.1702	0.1662	0.1621
chr2R	3877516	3877681	chr2R:3877517-3877681	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0505	0.0627	0.05	0.0339	0.05	0.0679	0.0553	0.0339	0.0809	0.0627	0.0809	0.0558	0.0467	0.0451	0.0467	0.0568
chr2R	3879493	3879644	chr2R:3879494-3879644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0293	0.0208	0.0293	0.0387	0.0127	0.0218	0.0298	0.0187	0.0127	0.035	0.0203	0.035	0.0333	0.059	0.0148	0.059	0.0469
chr2R	3880132	3880304	chr2R:3880133-3880304	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0418	0.0211	0.0445	0.062	0.0138	0.018	0.0324	0.0233	0.0138	0.0187	0.0219	0.0187	0.024	0.0153	0.0226	0.0153	0.0229
chr2R	3884047	3884211	chr2R:3884048-3884211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0125	0.0341	0.0327	0.0021	0.0131	0.0212	0.012	0.0021	0.026	0.017	0.026	0.0163	0.0069	0.0148	0.0069	0.0099
chr2R	3885732	3885944	chr2R:3885733-3885944	FBgn0027788	Hey	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0454	0.0275	0.0563	0.0532	0.0085	0.0248	0.0476	0.0273	0.0085	0.0405	0.0264	0.0405	0.0147	0.0176	0.0181	0.0176	0.0203
chr2R	3887846	3888023	chr2R:3887847-3888023	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.013	0.0376	0.0506	0.0042	0.0141	0.0208	0.0127	0.0042	0.0223	0.0228	0.0223	0.0232	0.0115	0.0193	0.0115	0.0219
chr2R	3891751	3891962	chr2R:3891752-3891962	FBgn0013307	Odc1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0189	0.0331	0.0185	0.0085	0.0175	0.0294	0.0213	0.0085	0.0145	0.0222	0.0145	0.0101	0.0069	0.0077	0.0069	0.012
chr2R	3900662	3900813	chr2R:3900663-3900813	FBgn0033250	CG14762	stage14	none	VT13330.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0133	0.0137	0.0174	0.0011	0.015	0.0203	0.014	0.0011	0.0109	0.0138	0.0109	0.0163	0.0084	0.0084	0.0084	0.0156
chr2R	3901255	3901427	chr2R:3901256-3901427	FBgn0033250	CG14762	stage14	none	VT13330.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.0227	0.0283	0.0507	0.0117	0.0311	0.0268	0.0193	0.0117	0.0278	0.0283	0.0278	0.0325	0.0268	0.0297	0.0268	0.0646
chr2R	3901765	3902122	chr2R:3901766-3902122	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1822	0.1623	0.2212	0.1615	0.1018	0.1883	0.1834	0.1972	0.1018	0.2554	0.2518	0.2554	0.2099	0.1554	0.1702	0.1554	0.1834
chr2R	3902359	3902599	chr2R:3902360-3902599	FBgn0263572	mir-4981	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0401	0.0477	0.0418	0.0297	0.0276	0.0451	0.0575	0.072	0.0276	0.0362	0.0486	0.0362	0.0442	0.0245	0.0316	0.0245	0.0234
chr2R	3902811	3902962	chr2R:3902812-3902962	FBgn0263572	mir-4981	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0265	0.031	0.0196	0.0085	0.0311	0.0333	0.032	0.0085	0.0393	0.0318	0.0393	0.0194	0.0161	0.0116	0.0161	0.0125
chr2R	3906403	3906608	chr2R:3906404-3906608	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2367	0.2001	0.2972	0.2111	0.1633	0.2291	0.1916	0.2811	0.1633	0.3816	0.3553	0.3816	0.2665	0.2703	0.2405	0.2703	0.2209
chr2R	3909142	3909331	chr2R:3909143-3909331	distal	distal	none	none	VT13334.1	VT13334.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0252	0.0343	0.0256	0.0095	0.0262	0.0307	0.0366	0.0095	0.0205	0.0206	0.0205	0.0155	0.01	0.0084	0.01	0.0104
chr2R	3909482	3909647	chr2R:3909483-3909647	distal	distal	stage5	stage5	VT13334.1	VT13334.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0398	0.0523	0.047	0.018	0.0308	0.0393	0.0411	0.1146	0.0308	0.0338	0.0486	0.0338	0.0279	0.01	0.0161	0.01	0.0104
chr2R	3909747	3909898	chr2R:3909748-3909898	distal	distal	none	none	VT13334.1	VT13334.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0285	0.029	0.0396	0.0156	0.0085	0.033	0.0268	0.0546	0.0085	0.0405	0.0415	0.0405	0.017	0.0176	0.0161	0.0176	0.0135
chr2R	3911548	3911699	chr2R:3911549-3911699	distal	distal	none	none	VT13335.1	VT13335.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0214	0.0172	0.0339	0.0124	0.0042	0.0218	0.0195	0.0233	0.0042	0.0284	0.0495	0.0284	0.0194	0.0107	0.0187	0.0107	0.0146
chr2R	3911961	3912175	chr2R:3911962-3912175	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT13335.1,VT13336.1	VT13335.1,VT13336.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0709	0.0307	0.0895	0.0955	0.0074	0.0587	0.0281	0.028	0.0074	0.1159	0.0932	0.1159	0.096	0.1332	0.0845	0.1332	0.1563
chr2R	3916705	3916922	chr2R:3916706-3916922	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT13338.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.066	0.0738	0.0825	0.0393	0.0477	0.0854	0.0787	0.0939	0.0477	0.1165	0.0974	0.1165	0.0534	0.049	0.0535	0.049	0.0281
chr2R	3916926	3917163	chr2R:3916927-3917163	FBgn0263970	CR43724	stage11,stage14,stage5	none	VT13338.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0797	0.0699	0.0986	0.07	0.0329	0.0922	0.0709	0.0826	0.0329	0.1105	0.1074	0.1105	0.0782	0.0758	0.0838	0.0758	0.0568
chr2R	3918392	3918689	chr2R:3918393-3918689	FBgn0025360	Optix	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2903	0.2667	0.3599	0.2402	0.2121	0.334	0.2379	0.3524	0.2121	0.4275	0.3987	0.4275	0.3338	0.2657	0.2863	0.2657	0.2262
chr2R	3920583	3920734	chr2R:3920584-3920734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0214	0.0291	0.0256	0.0064	0.0282	0.0238	0.0293	0.0064	0.0242	0.0296	0.0242	0.0271	0.0184	0.0116	0.0184	0.0141
chr2R	3925333	3925559	chr2R:3925334-3925559	distal	distal	stage11	stage11	Optix_Optix2-3,VT13343.1,VT13344.1	Optix_Optix2-3,VT13343.1,VT13344.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0184	0.0368	0.0224	0.0064	0.0252	0.0234	0.02	0.0064	0.035	0.0543	0.035	0.0294	0.0176	0.0419	0.0176	0.0203
chr2R	3925771	3926093	chr2R:3925772-3926093	distal	distal	stage11	stage11	Optix_Optix2-3,VT13343.1,VT13344.1	Optix_Optix2-3,VT13343.1,VT13344.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0365	0.0312	0.0505	0.027	0.0106	0.034	0.042	0.0386	0.0106	0.0525	0.0717	0.0525	0.0232	0.0153	0.0413	0.0153	0.024
chr2R	3926403	3926756	chr2R:3926404-3926756	distal	distal	stage11	stage11	Optix_Optix2-3,VT13344.1,VT13345.1	Optix_Optix2-3,VT13344.1,VT13345.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0457	0.0351	0.0797	0.0202	0.0106	0.0437	0.0428	0.0446	0.0106	0.0876	0.1273	0.0876	0.0217	0.0069	0.0426	0.0069	0.0141
chr2R	3927467	3927618	chr2R:3927468-3927618	distal	distal	none	none	VT13345.1	VT13345.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0151	0.0209	0.0116	0.0095	0.0136	0.0221	0.0167	0.0095	0.0193	0.0309	0.0193	0.0124	0.0061	0.029	0.0061	0.0094
chr2R	3930677	3930985	chr2R:3930678-3930985	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0389	0.0558	0.0284	0.0159	0.0476	0.0415	0.0553	0.0159	0.0688	0.0727	0.0688	0.0248	0.0406	0.0413	0.0406	0.0193
chr2R	3931449	3931657	chr2R:3931450-3931657	distal	distal	none	none	VT13347.1	VT13347.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0183	0.0239	0.016	0.0042	0.0291	0.0203	0.0193	0.0042	0.0266	0.0347	0.0266	0.0139	0.0253	0.0181	0.0253	0.0099
chr2R	3932370	3932562	chr2R:3932371-3932562	distal	distal	none	none	VT13347.1	VT13347.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.022	0.0163	0.023	0.0273	0.0053	0.0121	0.0195	0.0313	0.0053	0.0211	0.0215	0.0211	0.0186	0.0161	0.0129	0.0161	0.0214
chr2R	3932868	3933019	chr2R:3932869-3933019	distal	distal	none	none	VT13347.1	VT13347.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0074	0.011	0.0174	0.0011	0.0073	0.0121	0.0093	0.0011	0.0115	0.0116	0.0115	0.0093	0.0084	0.0071	0.0084	0.0125
chr2R	3933125	3933276	chr2R:3933126-3933276	distal	distal	none	none	VT13347.1,VT13348.1	VT13347.1,VT13348.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.008	0.0112	0.0163	0.0011	0.0107	0.0099	0.01	0.0011	0.0097	0.0119	0.0097	0.0062	0.0092	0.0071	0.0092	0.0073
chr2R	3934116	3934392	chr2R:3934117-3934392	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13348.1	VT13348.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0474	0.0379	0.0153	0.0191	0.0427	0.0471	0.0853	0.0191	0.0374	0.0505	0.0374	0.024	0.0107	0.02	0.0107	0.0135
chr2R	3937447	3937598	chr2R:3937448-3937598	distal	distal	stage5	stage5	VT13350.1	VT13350.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0273	0.037	0.0332	0.01	0.0276	0.0282	0.0454	0.06	0.0276	0.0272	0.0453	0.0272	0.0155	0.0153	0.0129	0.0153	0.0073
chr2R	3937612	3937763	chr2R:3937613-3937763	distal	distal	stage5	stage5	VT13350.1	VT13350.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0424	0.032	0.0099	0.0265	0.032	0.061	0.0546	0.0265	0.0302	0.0441	0.0302	0.0101	0.0092	0.0142	0.0092	0.0078
chr2R	3938803	3939007	chr2R:3938804-3939007	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1783	0.1687	0.2089	0.1553	0.1421	0.201	0.1553	0.2105	0.1421	0.2621	0.227	0.2621	0.158	0.193	0.127	0.193	0.1256
chr2R	3939385	3939560	chr2R:3939386-3939560	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1296	0.1267	0.1435	0.1174	0.0848	0.1447	0.1406	0.1479	0.0848	0.1775	0.1566	0.1775	0.1286	0.1041	0.1309	0.1041	0.1251
chr2R	3939871	3940081	chr2R:3939872-3940081	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0693	0.0857	0.0693	0.0508	0.0657	0.0927	0.1029	0.1026	0.0657	0.0912	0.0685	0.0912	0.0581	0.0322	0.0438	0.0322	0.0526
chr2R	3940171	3940393	chr2R:3940172-3940393	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0837	0.099	0.0895	0.0604	0.0753	0.116	0.1094	0.1086	0.0753	0.125	0.0807	0.125	0.0806	0.0597	0.0419	0.0597	0.0657
chr2R	3940928	3941079	chr2R:3940929-3941079	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0566	0.0279	0.0148	0.0456	0.0505	0.0796	0.056	0.0456	0.0344	0.0312	0.0344	0.017	0.0115	0.0168	0.0115	0.0193
chr2R	3941327	3941517	chr2R:3941328-3941517	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0597	0.0416	0.0199	0.035	0.0495	0.0787	0.0819	0.035	0.0429	0.0505	0.0429	0.0263	0.0207	0.0258	0.0207	0.0135
chr2R	3942831	3942982	chr2R:3942832-3942982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0163	0.0239	0.0214	0.0074	0.017	0.0247	0.0133	0.0074	0.0181	0.0386	0.0181	0.017	0.013	0.0696	0.013	0.0099
chr2R	3946164	3946315	chr2R:3946165-3946315	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0184	0.0195	0.0237	0.0064	0.0184	0.026	0.022	0.0064	0.0175	0.0296	0.0175	0.017	0.0107	0.0671	0.0107	0.0188
chr2R	3946685	3946837	chr2R:3946686-3946837	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0301	0.0133	0.0244	0.055	0.0053	0.0165	0.0182	0.0133	0.0053	0.0175	0.0299	0.0175	0.0302	0.0337	0.107	0.0337	0.0667
chr2R	3947488	3947639	chr2R:3947489-3947639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0191	0.0197	0.0251	0.0042	0.0199	0.029	0.018	0.0042	0.0072	0.0309	0.0072	0.0163	0.0069	0.0587	0.0069	0.0198
chr2R	3947949	3948183	chr2R:3947950-3948183	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0531	0.054	0.0425	0.0636	0.0276	0.0427	0.0536	0.1066	0.0276	0.0302	0.0601	0.0302	0.0372	0.0528	0.0845	0.0528	0.0558
chr2R	3948285	3948482	chr2R:3948286-3948482	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0683	0.0506	0.0941	0.0329	0.0626	0.0696	0.1206	0.0329	0.0362	0.065	0.0362	0.072	0.1149	0.0787	0.1149	0.0896
chr2R	3948610	3948806	chr2R:3948611-3948806	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0836	0.0992	0.0528	0.1	0.0615	0.0791	0.1189	0.1612	0.0615	0.0568	0.0514	0.0568	0.0736	0.1516	0.0445	0.1516	0.1178
chr2R	3948922	3949143	chr2R:3948923-3949143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0784	0.0679	0.0712	0.098	0.0276	0.0675	0.0696	0.1153	0.0276	0.087	0.0781	0.087	0.1015	0.1378	0.0587	0.1378	0.1391
chr2R	3950088	3950251	chr2R:3950089-3950251	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0506	0.0413	0.0563	0.0547	0.0191	0.0379	0.0411	0.0766	0.0191	0.0459	0.0842	0.0459	0.0503	0.0528	0.1032	0.0528	0.0511
chr2R	3950553	3950704	chr2R:3950554-3950704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0205	0.0113	0.0168	0.0348	0.0042	0.0141	0.0143	0.0107	0.0042	0.0163	0.0161	0.0163	0.0116	0.023	0.0226	0.023	0.0313
chr2R	3951561	3951712	chr2R:3951562-3951712	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0283	0.0379	0.0301	0.0095	0.0252	0.0385	0.0453	0.0095	0.0217	0.0707	0.0217	0.0201	0.0084	0.0948	0.0084	0.0146
chr2R	3952482	3952662	chr2R:3952483-3952662	FBgn0033252	CG12769	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1023	0.0937	0.1321	0.0791	0.052	0.1	0.0869	0.1552	0.052	0.1292	0.2006	0.1292	0.0922	0.1072	0.1348	0.1072	0.0662
chr2R	3953007	3953241	chr2R:3953008-3953241	FBgn0033252	CG12769	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1133	0.0837	0.1547	0.1008	0.0286	0.085	0.0943	0.1379	0.0286	0.0857	0.2794	0.0857	0.0922	0.098	0.1908	0.098	0.0771
chr2R	3953257	3953408	chr2R:3953258-3953408	FBgn0033252	CG12769	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.067	0.0753	0.0834	0.0398	0.0339	0.0694	0.0921	0.1153	0.0339	0.0411	0.1563	0.0411	0.0356	0.0329	0.0916	0.0329	0.0261
chr2R	3955125	3955295	chr2R:3955126-3955295	FBgn0020279,FBgn0040778	CG17977,lig	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1495	0.1358	0.1808	0.1303	0.105	0.1573	0.1548	0.1512	0.105	0.2198	0.2029	0.2198	0.1758	0.1317	0.1496	0.1317	0.1443
chr2R	3955393	3955590	chr2R:3955394-3955590	FBgn0020279,FBgn0040778	CG17977,lig	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2225	0.2105	0.2622	0.1925	0.1888	0.2364	0.2305	0.2332	0.1888	0.3243	0.2913	0.3243	0.2502	0.1998	0.2147	0.1998	0.2147
chr2R	3955623	3955835	chr2R:3955624-3955835	FBgn0020279,FBgn0040778	CG17977,lig	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.227	0.1994	0.2763	0.2037	0.1527	0.2476	0.1946	0.2412	0.1527	0.3508	0.3019	0.3508	0.2556	0.219	0.2089	0.219	0.2444
chr2R	3955909	3956312	chr2R:3955910-3956312	FBgn0020279	lig	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.28	0.2778	0.323	0.2352	0.2089	0.3073	0.3114	0.3391	0.2089	0.3822	0.3585	0.3822	0.316	0.2343	0.2643	0.2343	0.26
chr2R	3956422	3956909	chr2R:3956423-3956909	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.163	0.1862	0.1657	0.1342	0.1262	0.1888	0.2115	0.2552	0.1262	0.1341	0.1887	0.1341	0.1704	0.0743	0.1721	0.0743	0.1146
chr2R	3967233	3967384	chr2R:3967234-3967384	FBgn0021814	Vps28	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0804	0.0774	0.0996	0.0627	0.0392	0.0908	0.0895	0.0986	0.0392	0.1196	0.1106	0.1196	0.0999	0.0873	0.06	0.0873	0.0771
chr2R	3967470	3967644	chr2R:3967471-3967644	FBgn0021814	Vps28	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1481	0.1413	0.1824	0.1181	0.0827	0.1714	0.157	0.1752	0.0827	0.2198	0.2125	0.2198	0.1844	0.1363	0.127	0.1363	0.148
chr2R	3967741	3967892	chr2R:3967742-3967892	FBgn0021814	Vps28	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0684	0.0597	0.0929	0.0512	0.0361	0.0689	0.0631	0.0806	0.0361	0.1081	0.109	0.1081	0.0991	0.0544	0.06	0.0544	0.0667
chr2R	3968288	3968439	chr2R:3968289-3968439	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0373	0.0507	0.0405	0.0189	0.0244	0.0563	0.0597	0.0626	0.0244	0.0332	0.0424	0.0332	0.0767	0.0123	0.0187	0.0123	0.0344
chr2R	3968461	3968623	chr2R:3968462-3968623	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0415	0.0567	0.0435	0.0224	0.0297	0.0621	0.0657	0.0766	0.0297	0.0314	0.0508	0.0314	0.0775	0.0145	0.0264	0.0145	0.0339
chr2R	3968726	3968949	chr2R:3968727-3968949	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0583	0.0836	0.0565	0.032	0.0541	0.0714	0.1068	0.1159	0.0541	0.0435	0.0704	0.0435	0.0837	0.0199	0.0406	0.0199	0.049
chr2R	3969354	3969505	chr2R:3969355-3969505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0678	0.0567	0.0819	0.0649	0.0297	0.0675	0.0571	0.0759	0.0297	0.0797	0.0965	0.0797	0.0976	0.0674	0.0696	0.0674	0.0964
chr2R	3969606	3969782	chr2R:3969607-3969782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.13	0.0996	0.1516	0.1404	0.052	0.1282	0.0943	0.1306	0.052	0.1558	0.1804	0.1558	0.1689	0.1455	0.1631	0.1455	0.1886
chr2R	3969843	3970029	chr2R:3969844-3970029	FBgn0028563	sut1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0926	0.0679	0.1107	0.1004	0.0339	0.0791	0.0701	0.0999	0.0339	0.1135	0.1312	0.1135	0.1193	0.1057	0.1064	0.1057	0.1402
chr2R	3970098	3970257	chr2R:3970099-3970257	FBgn0025469,FBgn0028563	slv,sut1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0578	0.0414	0.0643	0.0691	0.0255	0.0442	0.0467	0.0533	0.0255	0.0568	0.0804	0.0568	0.0782	0.0643	0.0748	0.0643	0.1084
chr2R	3970400	3970787	chr2R:3970401-3970787	FBgn0025469,FBgn0028563	slv,sut1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1547	0.154	0.1701	0.1387	0.123	0.1437	0.1657	0.2172	0.123	0.1292	0.2341	0.1292	0.1603	0.1133	0.1928	0.1133	0.2105
chr2R	3970796	3971039	chr2R:3970797-3971039	FBgn0025469,FBgn0028563	slv,sut1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1361	0.1849	0.1383	0.0792	0.1739	0.1515	0.2076	0.2738	0.1739	0.0954	0.1936	0.0954	0.1038	0.098	0.1348	0.098	0.0776
chr2R	3971115	3971266	chr2R:3971116-3971266	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0689	0.0579	0.0439	0.0414	0.0738	0.0675	0.1053	0.0414	0.0507	0.0749	0.0507	0.0488	0.0789	0.0593	0.0789	0.0412
chr2R	3976844	3977063	chr2R:3976845-3977063	FBgn0028561	sut3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0494	0.053	0.0341	0.0255	0.0515	0.0614	0.0606	0.0255	0.0652	0.0646	0.0652	0.0558	0.0452	0.0432	0.0452	0.0542
chr2R	3977068	3977219	chr2R:3977069-3977219	FBgn0028561	sut3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0279	0.0285	0.0324	0.0223	0.0159	0.0277	0.0389	0.03	0.0159	0.0393	0.0373	0.0393	0.0395	0.0237	0.0303	0.0237	0.0349
chr2R	3979114	3979304	chr2R:3979115-3979304	FBgn0033257	CG8713	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0325	0.0218	0.0283	0.0492	0.0074	0.0218	0.0368	0.018	0.0074	0.0513	0.0257	0.0513	0.0333	0.1792	0.0206	0.1792	0.0302
chr2R	3981848	3981999	chr2R:3981849-3981999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.016	0.0178	0.0135	0.0167	0.0095	0.0097	0.0324	0.0173	0.0095	0.0133	0.0148	0.0133	0.0194	0.049	0.0174	0.049	0.0073
chr2R	3985639	3985824	chr2R:3985640-3985824	FBgn0033258,FBgn0033259	CG11210,CG8712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0512	0.0684	0.0504	0.0308	0.0549	0.0588	0.0706	0.0308	0.0894	0.0743	0.0894	0.0627	0.0467	0.0522	0.0467	0.0641
chr2R	3985853	3986062	chr2R:3985854-3986062	FBgn0033258,FBgn0033259	CG11210,CG8712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1009	0.0935	0.1208	0.0873	0.0721	0.1058	0.1064	0.1039	0.0721	0.1552	0.1315	0.1552	0.1108	0.0827	0.0877	0.0827	0.1063
chr2R	3986124	3986291	chr2R:3986125-3986291	FBgn0033258,FBgn0033259	CG11210,CG8712	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1194	0.1068	0.1419	0.1088	0.0742	0.1257	0.1163	0.1233	0.0742	0.1624	0.1637	0.1624	0.1332	0.1041	0.1148	0.1041	0.135
chr2R	3986500	3986842	chr2R:3986501-3986842	FBgn0033259	CG11210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0991	0.0766	0.1133	0.1086	0.0403	0.101	0.0865	0.0853	0.0403	0.1214	0.117	0.1214	0.1495	0.0819	0.0928	0.0819	0.1881
chr2R	3990816	3990967	chr2R:3990817-3990967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0292	0.0336	0.0293	0.024	0.0201	0.0296	0.0541	0.0333	0.0201	0.0217	0.0312	0.0217	0.0457	0.0145	0.0148	0.0145	0.0479
chr2R	3993071	3993300	chr2R:3993072-3993300	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0318	0.0387	0.0219	0.018	0.0306	0.045	0.0346	0.018	0.0435	0.046	0.0435	0.0411	0.0191	0.0232	0.0191	0.0339
chr2R	3993450	3993601	chr2R:3993451-3993601	FBgn0033260,FBgn0033261	CG18316,Cul-4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0447	0.0421	0.0267	0.0276	0.0461	0.0597	0.0493	0.0276	0.0471	0.045	0.0471	0.0426	0.023	0.029	0.023	0.0334
chr2R	3993789	3993960	chr2R:3993790-3993960	FBgn0033260,FBgn0033261	CG18316,Cul-4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1546	0.1565	0.1827	0.1216	0.1007	0.1786	0.1799	0.1845	0.1007	0.2065	0.2103	0.2065	0.1735	0.1194	0.1393	0.1194	0.1402
chr2R	3994032	3994205	chr2R:3994033-3994205	FBgn0033260,FBgn0033261	CG18316,Cul-4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0811	0.0774	0.1013	0.0632	0.0414	0.0864	0.0891	0.0999	0.0414	0.1196	0.1125	0.1196	0.0968	0.0536	0.0683	0.0536	0.0646
chr2R	4001295	4001501	chr2R:4001296-4001501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0592	0.0758	0.0619	0.0377	0.0562	0.0738	0.1012	0.0839	0.0562	0.0797	0.063	0.0797	0.0627	0.0574	0.0374	0.0574	0.0433
chr2R	4001567	4001883	chr2R:4001568-4001883	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0796	0.1097	0.0751	0.0508	0.0944	0.1019	0.1484	0.1199	0.0944	0.0966	0.0778	0.0966	0.0759	0.0704	0.0458	0.0704	0.061
chr2R	4001915	4002241	chr2R:4001916-4002241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0697	0.0433	0.0306	0.0573	0.0539	0.1003	0.0819	0.0573	0.0423	0.0498	0.0423	0.0418	0.0345	0.0329	0.0345	0.037
chr2R	4002400	4002552	chr2R:4002401-4002552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.033	0.0208	0.0135	0.0255	0.0277	0.048	0.0366	0.0255	0.0163	0.0254	0.0163	0.0209	0.0115	0.0116	0.0115	0.0156
chr2R	4002592	4002743	chr2R:4002593-4002743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0335	0.0241	0.0156	0.0265	0.0282	0.0463	0.0393	0.0265	0.0248	0.026	0.0248	0.0232	0.0138	0.0129	0.0138	0.0214
chr2R	4002770	4002921	chr2R:4002771-4002921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0307	0.0212	0.0104	0.0201	0.0311	0.0428	0.0286	0.0201	0.0187	0.0286	0.0187	0.0194	0.0115	0.0052	0.0115	0.0162
chr2R	4002982	4003237	chr2R:4002983-4003237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0436	0.0241	0.0107	0.0244	0.0316	0.0657	0.0566	0.0244	0.0199	0.0302	0.0199	0.024	0.0107	0.0084	0.0107	0.0135
chr2R	4008814	4008994	chr2R:4008815-4008994	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0384	0.0334	0.0388	0.0436	0.0085	0.0306	0.0463	0.0466	0.0085	0.0362	0.0312	0.0362	0.0922	0.0521	0.0213	0.0521	0.0881
chr2R	4009008	4009159	chr2R:4009009-4009159	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0355	0.0328	0.0353	0.0389	0.0148	0.0228	0.0523	0.0393	0.0148	0.0411	0.0305	0.0411	0.0674	0.059	0.0213	0.059	0.0662
chr2R	4009581	4009769	chr2R:4009582-4009769	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0712	0.1256	0.0591	0.0235	0.1166	0.0767	0.2145	0.1233	0.1166	0.0707	0.0727	0.0707	0.0387	0.0199	0.0161	0.0199	0.0297
chr2R	4009898	4010097	chr2R:4009899-4010097	FBgn0033264,FBgn0050372	Asap1,Nup50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1549	0.1963	0.1734	0.0883	0.14	0.2	0.2362	0.2398	0.14	0.2415	0.1823	0.2415	0.1332	0.0835	0.0664	0.0835	0.0886
chr2R	4010314	4010578	chr2R:4010315-4010578	FBgn0033264,FBgn0050372	Asap1,Nup50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1916	0.2066	0.2173	0.1468	0.1676	0.2257	0.2314	0.2438	0.1676	0.2856	0.2315	0.2856	0.2184	0.1524	0.1547	0.1524	0.1839
chr2R	4010678	4010829	chr2R:4010679-4010829	FBgn0033264,FBgn0050372	Asap1,Nup50	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.0729	0.09	0.0572	0.0509	0.0782	0.0913	0.0826	0.0509	0.1105	0.0977	0.1105	0.103	0.0636	0.0625	0.0636	0.0761
chr2R	4014970	4015151	chr2R:4014971-4015151	FBgn0033265,FBgn0033266	Socs44A,coil	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0979	0.0943	0.1019	0.0976	0.0626	0.0971	0.1116	0.1259	0.0626	0.0966	0.1158	0.0966	0.1371	0.1011	0.078	0.1011	0.1496
chr2R	4016613	4016764	chr2R:4016614-4016764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0395	0.0677	0.0324	0.016	0.0467	0.0403	0.109	0.0839	0.0467	0.0308	0.0389	0.0308	0.0403	0.0184	0.0161	0.0184	0.0208
chr2R	4017046	4017343	chr2R:4017047-4017343	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0972	0.2124	0.0477	0.0228	0.2227	0.0709	0.3655	0.2385	0.2227	0.0411	0.0633	0.0411	0.0488	0.0191	0.0219	0.0191	0.0401
chr2R	4018499	4018717	chr2R:4018500-4018717	FBgn0005648,FBgn0260390,FBgn0260398	CG42516,Pabp2,Pbp49	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0984	0.1199	0.1081	0.0638	0.0944	0.1107	0.1492	0.1466	0.0944	0.1274	0.1186	0.1274	0.1139	0.085	0.049	0.085	0.0714
chr2R	4018787	4018992	chr2R:4018788-4018992	FBgn0005648,FBgn0260390,FBgn0260398	CG42516,Pabp2,Pbp49	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1798	0.1834	0.2049	0.148	0.14	0.1927	0.2158	0.2219	0.14	0.2615	0.2199	0.2615	0.1882	0.1524	0.1438	0.1524	0.1939
chr2R	4019086	4019268	chr2R:4019087-4019268	FBgn0005648,FBgn0260390,FBgn0260398	CG42516,Pabp2,Pbp49	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.139	0.1221	0.1622	0.1323	0.0795	0.1461	0.1406	0.1426	0.0795	0.1866	0.1775	0.1866	0.1658	0.1126	0.1386	0.1126	0.1787
chr2R	4019322	4019519	chr2R:4019323-4019519	FBgn0005648,FBgn0260390,FBgn0260398	CG42516,Pabp2,Pbp49	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1128	0.0758	0.1187	0.1476	0.0371	0.101	0.0878	0.0839	0.0371	0.1147	0.1293	0.1147	0.1441	0.1003	0.1547	0.1003	0.2048
chr2R	4019613	4019815	chr2R:4019614-4019815	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0336	0.0467	0.0781	0.018	0.0393	0.0407	0.0386	0.018	0.0429	0.0502	0.0429	0.0565	0.0475	0.0928	0.0475	0.0948
chr2R	4025192	4025366	chr2R:4025193-4025366	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0646	0.0988	0.0467	0.046	0.0774	0.0961	0.1241	0.1119	0.0774	0.055	0.0547	0.055	0.0503	0.0482	0.0516	0.0482	0.0823
chr2R	4025517	4025713	chr2R:4025518-4025713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0346	0.05	0.0286	0.024	0.0265	0.0466	0.0722	0.052	0.0265	0.0338	0.0315	0.0338	0.0287	0.0245	0.0187	0.0245	0.0448
chr2R	4030806	4030966	chr2R:4030807-4030966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0365	0.0396	0.044	0.0246	0.017	0.0485	0.0424	0.0546	0.017	0.0386	0.0669	0.0386	0.0279	0.0314	0.0342	0.0314	0.0219
chr2R	4032507	4032812	chr2R:4032508-4032812	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0405	0.0887	0.0784	0.0212	0.05	0.045	0.0506	0.0212	0.0471	0.1132	0.0471	0.1634	0.0413	0.1231	0.0413	0.1266
chr2R	4033050	4033260	chr2R:4033051-4033260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0536	0.0467	0.0605	0.0536	0.0392	0.0451	0.0554	0.0626	0.0392	0.0284	0.0942	0.0284	0.0782	0.0391	0.1051	0.0391	0.0667
chr2R	4033357	4033610	chr2R:4033358-4033610	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1176	0.0901	0.1383	0.1256	0.0647	0.0743	0.1025	0.1459	0.0647	0.0501	0.2492	0.0501	0.1317	0.121	0.2495	0.121	0.1443
chr2R	4033859	4034010	chr2R:4033860-4034010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.034	0.0308	0.0388	0.0322	0.0064	0.0354	0.0355	0.0446	0.0064	0.0169	0.0617	0.0169	0.0527	0.0237	0.0619	0.0237	0.0412
chr2R	4036166	4036317	chr2R:4036167-4036317	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0233	0.0284	0.0249	0.0117	0.032	0.0264	0.0227	0.0117	0.0223	0.0193	0.0223	0.0798	0.0084	0.0148	0.0084	0.0646
chr2R	4036557	4036711	chr2R:4036558-4036711	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0385	0.0257	0.0477	0.0426	0.0032	0.049	0.0247	0.0207	0.0032	0.0272	0.0302	0.0272	0.1627	0.0161	0.0239	0.0161	0.1172
chr2R	4037224	4037547	chr2R:4037225-4037547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0487	0.0355	0.0482	0.0639	0.0159	0.0529	0.0424	0.0286	0.0159	0.0537	0.0466	0.0537	0.086	0.0689	0.0909	0.0689	0.0995
chr2R	4038101	4038423	chr2R:4038102-4038423	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.046	0.0426	0.0523	0.0428	0.0117	0.0762	0.0411	0.0373	0.0117	0.0513	0.0418	0.0513	0.1255	0.062	0.0322	0.062	0.0662
chr2R	4039621	4039828	chr2R:4039622-4039828	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0336	0.0173	0.024	0.0624	0.0064	0.0252	0.0229	0.0113	0.0064	0.0236	0.0228	0.0236	0.048	0.0666	0.0903	0.0666	0.0834
chr2R	4040767	4040931	chr2R:4040768-4040931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0293	0.0197	0.0387	0.0298	0.0053	0.0272	0.0238	0.0207	0.0053	0.0876	0.0296	0.0876	0.0333	0.0651	0.0322	0.0651	0.0229
chr2R	4042615	4042801	chr2R:4042616-4042801	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0528	0.046	0.0468	0.0668	0.017	0.0675	0.0515	0.0493	0.017	0.0483	0.0354	0.0483	0.0519	0.0237	0.0322	0.0237	0.0422
chr2R	4043018	4043388	chr2R:4043019-4043388	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0781	0.0837	0.0862	0.0631	0.0467	0.1049	0.099	0.0999	0.0467	0.0936	0.0894	0.0936	0.0689	0.0513	0.0625	0.0513	0.0459
chr2R	4043472	4043681	chr2R:4043473-4043681	FBgn0010504,FBgn0263593	Lpin,kermit	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0815	0.083	0.1001	0.0595	0.0424	0.0927	0.1012	0.1053	0.0424	0.1051	0.1138	0.1051	0.1053	0.0505	0.0922	0.0505	0.0667
chr2R	4043747	4043959	chr2R:4043748-4043959	FBgn0010504,FBgn0263593	Lpin,kermit	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1118	0.0982	0.1431	0.0925	0.0488	0.1214	0.0913	0.1459	0.0488	0.1298	0.1965	0.1298	0.1208	0.0674	0.1573	0.0674	0.0985
chr2R	4044033	4044240	chr2R:4044034-4044240	FBgn0010504,FBgn0263593	Lpin,kermit	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1372	0.1987	0.1444	0.0891	0.1748	0.1319	0.1779	0.0891	0.2458	0.2244	0.2458	0.2161	0.1508	0.1773	0.1508	0.1704
chr2R	4045888	4046124	chr2R:4045889-4046124	FBgn0050297,FBgn0050374	CR30374,tRNA:CR30297	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0669	0.0687	0.0675	0.0642	0.0382	0.0791	0.0757	0.0926	0.0382	0.0719	0.0669	0.0719	0.1139	0.0781	0.0477	0.0781	0.1193
chr2R	4050921	4051115	chr2R:4050922-4051115	FBgn0033272	RagC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1572	0.1493	0.1881	0.132	0.0944	0.1752	0.1613	0.1925	0.0944	0.2295	0.2055	0.2295	0.2161	0.1332	0.1483	0.1332	0.1662
chr2R	4051148	4051299	chr2R:4051149-4051299	FBgn0033272	RagC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0489	0.0547	0.056	0.0348	0.035	0.0592	0.0614	0.0686	0.035	0.0767	0.0598	0.0767	0.0542	0.0352	0.0393	0.0352	0.0448
chr2R	4051853	4052023	chr2R:4051854-4052023	FBgn0021995,FBgn0050373	CG30373,Rs1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0464	0.067	0.0355	0.0308	0.0495	0.0571	0.0546	0.0308	0.0803	0.0772	0.0803	0.0674	0.0444	0.0393	0.0444	0.0396
chr2R	4052067	4052262	chr2R:4052068-4052262	FBgn0021995,FBgn0050373	CG30373,Rs1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0956	0.0861	0.1227	0.0766	0.0636	0.0995	0.0865	0.1153	0.0636	0.1612	0.1357	0.1612	0.1232	0.0796	0.0838	0.0796	0.099
chr2R	4052301	4052493	chr2R:4052302-4052493	FBgn0021995,FBgn0050373	CG30373,Rs1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1075	0.0973	0.131	0.0932	0.0657	0.1214	0.0982	0.1233	0.0657	0.1745	0.1402	0.1745	0.141	0.0988	0.109	0.0988	0.1157
chr2R	4055336	4055511	chr2R:4055337-4055511	FBgn0033273	CG2183	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0378	0.0307	0.0346	0.0492	0.017	0.033	0.0407	0.0353	0.017	0.0344	0.035	0.0344	0.0527	0.049	0.0406	0.049	0.0667
chr2R	4057409	4057560	chr2R:4057410-4057560	FBgn0011659	Mlh1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0596	0.0595	0.0432	0.0244	0.0655	0.0766	0.0766	0.0244	0.0761	0.0666	0.0761	0.0519	0.0559	0.04	0.0559	0.0563
chr2R	4057644	4057830	chr2R:4057645-4057830	FBgn0011659	Mlh1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0893	0.0887	0.1029	0.0749	0.0562	0.0976	0.0995	0.1186	0.0562	0.1171	0.1167	0.1171	0.1115	0.0827	0.0735	0.0827	0.1058
chr2R	4061090	4061376	chr2R:4061091-4061376	FBgn0033274,FBgn0053087	CG14757,LRP1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.106	0.0983	0.1156	0.104	0.0594	0.1136	0.1112	0.1266	0.0594	0.1419	0.1277	0.1419	0.1247	0.1217	0.1051	0.1217	0.1386
chr2R	4061520	4061728	chr2R:4061521-4061728	FBgn0033274,FBgn0053087	CG14757,LRP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2545	0.2532	0.2928	0.214	0.1941	0.2932	0.279	0.2971	0.1941	0.3659	0.3241	0.3659	0.2595	0.2374	0.2405	0.2374	0.2402
chr2R	4061975	4062162	chr2R:4061976-4062162	FBgn0053087	LRP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2068	0.2321	0.2473	0.1342	0.1835	0.2476	0.2565	0.2825	0.1835	0.3382	0.2807	0.3382	0.1789	0.1708	0.1683	0.1708	0.1136
chr2R	4062336	4062501	chr2R:4062337-4062501	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0762	0.0774	0.0948	0.0546	0.0445	0.0932	0.0865	0.0966	0.0445	0.1757	0.0878	0.1757	0.0658	0.1371	0.0445	0.1371	0.0292
chr2R	4065109	4065260	chr2R:4065110-4065260	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.0336	0.0348	0.0258	0.0255	0.0257	0.0458	0.0413	0.0255	0.0163	0.0569	0.0163	0.0287	0.0054	0.0709	0.0054	0.0224
chr2R	4065684	4065835	chr2R:4065685-4065835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0209	0.0316	0.0262	0.0053	0.0175	0.0316	0.0273	0.0053	0.0199	0.0498	0.0199	0.0201	0.0191	0.0613	0.0191	0.0214
chr2R	4065979	4066130	chr2R:4065980-4066130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.026	0.0298	0.0242	0.0095	0.0243	0.0281	0.0453	0.0095	0.0181	0.0476	0.0181	0.017	0.0061	0.0658	0.0061	0.0177
chr2R	4067268	4067440	chr2R:4067269-4067440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.021	0.0318	0.0192	0.0109	0.0276	0.0248	0.0463	0.03	0.0276	0.0175	0.0183	0.0175	0.0201	0.0061	0.0123	0.0061	0.013
chr2R	4069098	4069249	chr2R:4069099-4069249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0181	0.0145	0.0185	0.0217	0.0074	0.0112	0.0238	0.0147	0.0074	0.0193	0.0158	0.0193	0.0279	0.0184	0.0148	0.0184	0.0417
chr2R	4070665	4070816	chr2R:4070666-4070816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0185	0.0156	0.0237	0.0162	0.0042	0.0146	0.0303	0.0107	0.0042	0.0139	0.0235	0.0139	0.0178	0.0145	0.0155	0.0145	0.0151
chr2R	4070966	4071144	chr2R:4070967-4071144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0157	0.0253	0.0187	0.0032	0.0146	0.0234	0.02	0.0032	0.0133	0.0203	0.0133	0.0209	0.0092	0.0116	0.0092	0.0146
chr2R	4071284	4071443	chr2R:4071285-4071443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0142	0.0213	0.0184	0.0064	0.0141	0.0186	0.018	0.0064	0.0133	0.0122	0.0133	0.0155	0.0069	0.0077	0.0069	0.0141
chr2R	4076273	4076424	chr2R:4076274-4076424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0119	0.0102	0.009	0.017	0.0042	0.0102	0.0125	0.0153	0.0042	0.0109	0.01	0.0109	0.007	0.0237	0.0142	0.0237	0.0099
chr2R	4077869	4078020	chr2R:4077870-4078020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0178	0.0132	0.0132	0.0117	0.0131	0.0255	0.0253	0.0117	0.0121	0.0129	0.0121	0.0147	0.0038	0.0148	0.0038	0.0115
chr2R	4078394	4078545	chr2R:4078395-4078545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0151	0.0105	0.0149	0.0095	0.0112	0.0247	0.0167	0.0095	0.0097	0.0106	0.0097	0.0132	0.0038	0.0142	0.0038	0.0057
chr2R	4080892	4081043	chr2R:4080893-4081043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0161	0.012	0.0147	0.0221	0.0042	0.0083	0.0203	0.0153	0.0042	0.0109	0.0215	0.0109	0.0132	0.0077	0.0729	0.0077	0.0104
chr2R	4082353	4082504	chr2R:4082354-4082504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.017	0.0167	0.0175	0.0169	0.0117	0.0131	0.019	0.024	0.0117	0.0205	0.0183	0.0205	0.024	0.0375	0.0187	0.0375	0.0125
chr2R	4084212	4084363	chr2R:4084213-4084363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.012	0.0138	0.0195	0.0053	0.0107	0.013	0.018	0.0053	0.0133	0.017	0.0133	0.0147	0.0268	0.0245	0.0268	0.0276
chr2R	4084477	4084628	chr2R:4084478-4084628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0168	0.0133	0.0159	0.0217	0.0053	0.0117	0.0164	0.0193	0.0053	0.0163	0.0206	0.0163	0.0147	0.0253	0.0258	0.0253	0.0339
chr2R	4090983	4091194	chr2R:4090984-4091194	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0257	0.0511	0.0157	0.0084	0.0371	0.0345	0.0757	0.0673	0.0371	0.0193	0.017	0.0193	0.0085	0.0061	0.0071	0.0061	0.0068
chr2R	4091851	4092002	chr2R:4091852-4092002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0348	0.0201	0.0081	0.0201	0.0209	0.0575	0.0426	0.0201	0.0217	0.0225	0.0217	0.0178	0.0092	0.0103	0.0092	0.0083
chr2R	4096304	4096471	chr2R:4096305-4096471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0207	0.0253	0.0155	0.0138	0.0194	0.0303	0.0207	0.0138	0.0157	0.0206	0.0157	0.0093	0.0077	0.0097	0.0077	0.0078
chr2R	4102385	4102556	chr2R:4102386-4102556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0244	0.0164	0.011	0.0106	0.0209	0.0376	0.0253	0.0106	0.0193	0.018	0.0193	0.0116	0.0153	0.0097	0.0153	0.0135
chr2R	4114094	4114345	chr2R:4114095-4114345	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.1406	0.058	0.0152	0.1166	0.0903	0.1812	0.2159	0.1166	0.0809	0.0836	0.0809	0.0225	0.0191	0.0142	0.0191	0.0162
chr2R	4114499	4114835	chr2R:4114500-4114835	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.0933	0.1071	0.0156	0.0382	0.1034	0.083	0.1679	0.0382	0.1769	0.1434	0.1769	0.0294	0.0184	0.0161	0.0184	0.0162
chr2R	4118670	4118821	chr2R:4118671-4118821	distal	distal	stage5	stage5	VT13448.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0367	0.0646	0.0372	0.0052	0.0403	0.0505	0.0705	0.1146	0.0403	0.0254	0.0633	0.0254	0.0155	0.0046	0.0077	0.0046	0.0036
chr2R	4119031	4119182	chr2R:4119032-4119182	distal	distal	none	none	VT13448.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0444	0.0622	0.0584	0.0092	0.0562	0.0524	0.0813	0.0773	0.0562	0.0501	0.0932	0.0501	0.0263	0.0092	0.0097	0.0092	0.0083
chr2R	4119371	4119522	chr2R:4119372-4119522	FBgn0010109	dpn	none	none	VT13448.1,dpn_dC	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0508	0.0783	0.0557	0.0148	0.0679	0.0631	0.1159	0.0793	0.0679	0.0495	0.0765	0.0495	0.0364	0.0115	0.0219	0.0115	0.0094
chr2R	4119737	4120094	chr2R:4119738-4120094	FBgn0010109	dpn	stage11,stage14,stage5	none	VT13448.1,dpn_dC	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2592	0.3536	0.3133	0.0943	0.3128	0.333	0.4511	0.3897	0.3128	0.3557	0.3775	0.3557	0.2122	0.0988	0.1509	0.0988	0.0672
chr2R	4120810	4121164	chr2R:4120811-4121164	distal	distal	none	none	dpn_dC	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0666	0.121	0.0492	0.0248	0.07	0.0553	0.2781	0.0553	0.07	0.032	0.0334	0.032	0.0186	0.0138	0.0135	0.0138	0.0057
chr2R	4122167	4122318	chr2R:4122168-4122318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0292	0.0224	0.0438	0.0209	0.0074	0.0282	0.0376	0.012	0.0074	0.0918	0.0334	0.0918	0.0256	0.0421	0.0135	0.0421	0.024
chr2R	4124209	4124516	chr2R:4124210-4124516	FBgn0013726	pnut	stage11,stage14	none	dpn_dF	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0908	0.0666	0.1214	0.0843	0.0297	0.0995	0.0696	0.0773	0.0297	0.1516	0.0952	0.1516	0.096	0.0498	0.0916	0.0498	0.0813
chr2R	4124641	4124827	chr2R:4124642-4124827	FBgn0013726	pnut	stage11,stage14	none	dpn_dF	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1135	0.084	0.1349	0.1228	0.053	0.1204	0.0826	0.0906	0.053	0.1854	0.1331	0.1854	0.1239	0.062	0.1251	0.062	0.1532
chr2R	4125203	4125392	chr2R:4125204-4125392	FBgn0013726	pnut	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2813	0.2606	0.332	0.2487	0.1866	0.3175	0.2881	0.2971	0.1866	0.4251	0.3367	0.4251	0.3385	0.2427	0.2515	0.2427	0.3054
chr2R	4128098	4128249	chr2R:4128099-4128249	distal	distal	none	none	VT13452.1	VT13452.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0725	0.0626	0.046	0.052	0.0893	0.0887	0.0666	0.052	0.0773	0.0646	0.0773	0.0705	0.0467	0.0419	0.0467	0.0641
chr2R	4128746	4128966	chr2R:4128747-4128966	distal	distal	stage14	stage14	VT13452.1	VT13452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0738	0.0439	0.0769	0.1039	0.0276	0.0636	0.0493	0.044	0.0276	0.0815	0.0521	0.0815	0.1596	0.0804	0.0671	0.0804	0.1709
chr2R	4129183	4129425	chr2R:4129184-4129425	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13452.1	VT13452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1193	0.095	0.1426	0.1207	0.0488	0.166	0.077	0.0979	0.0488	0.1679	0.1141	0.1679	0.2525	0.1049	0.0974	0.1049	0.211
chr2R	4129467	4129674	chr2R:4129468-4129674	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13452.1	VT13452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1403	0.1523	0.158	0.1075	0.106	0.2189	0.1453	0.1599	0.106	0.1981	0.1431	0.1981	0.2517	0.0819	0.1109	0.0819	0.2064
chr2R	4130083	4130256	chr2R:4130084-4130256	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0554	0.0403	0.0763	0.0494	0.018	0.0675	0.0433	0.0326	0.018	0.067	0.0608	0.067	0.1975	0.0237	0.029	0.0237	0.1298
chr2R	4132131	4132415	chr2R:4132132-4132415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0519	0.0385	0.0792	0.037	0.0159	0.0461	0.0458	0.0493	0.0159	0.1105	0.0955	0.1105	0.0473	0.049	0.0342	0.049	0.0573
chr2R	4132645	4132826	chr2R:4132646-4132826	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.044	0.045	0.0736	0.0103	0.0106	0.0592	0.0385	0.0746	0.0106	0.1141	0.0801	0.1141	0.0209	0.0046	0.0077	0.0046	0.013
chr2R	4133443	4133743	chr2R:4133444-4133743	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1039	0.2005	0.0747	0.028	0.1941	0.1675	0.2331	0.2678	0.1941	0.0827	0.0839	0.0827	0.0349	0.0115	0.0206	0.0115	0.0177
chr2R	4133820	4133971	chr2R:4133821-4133971	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0577	0.125	0.0297	0.0134	0.1347	0.065	0.1972	0.1312	0.1347	0.0223	0.0328	0.0223	0.0178	0.0054	0.0123	0.0054	0.0094
chr2R	4134022	4134173	chr2R:4134023-4134173	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0381	0.0796	0.0204	0.011	0.0944	0.0364	0.138	0.068	0.0944	0.0121	0.0238	0.0121	0.0132	0.0038	0.0084	0.0038	0.0073
chr2R	4134388	4134553	chr2R:4134389-4134553	distal	distal	stage14	stage14	VT13456.1	VT13456.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0368	0.0364	0.0345	0.0276	0.0325	0.0502	0.042	0.0276	0.0205	0.028	0.0205	0.0225	0.0077	0.0135	0.0077	0.0115
chr2R	4134690	4134841	chr2R:4134691-4134841	distal	distal	stage14	stage14	VT13456.1	VT13456.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0323	0.0363	0.0207	0.0201	0.0316	0.0433	0.036	0.0201	0.0344	0.0331	0.0344	0.0194	0.0084	0.0116	0.0084	0.0099
chr2R	4135602	4135950	chr2R:4135603-4135950	distal	distal	stage5	stage5	VT13456.1	VT13456.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.076	0.171	0.034	0.016	0.2322	0.0791	0.2837	0.1446	0.2322	0.0266	0.037	0.0266	0.0256	0.0092	0.0071	0.0092	0.0104
chr2R	4136704	4136933	chr2R:4136705-4136933	distal	distal	stage5	stage5	VT13457.1	VT13457.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0545	0.0857	0.057	0.0169	0.0488	0.0675	0.096	0.1552	0.0488	0.0483	0.0826	0.0483	0.0287	0.0038	0.0219	0.0038	0.0104
chr2R	4137713	4137875	chr2R:4137714-4137875	distal	distal	none	none	VT13457.1,VT13458.1	VT13457.1,VT13458.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0377	0.0586	0.0443	0.0071	0.0201	0.0505	0.0614	0.1106	0.0201	0.0429	0.0653	0.0429	0.0194	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr2R	4137982	4138207	chr2R:4137983-4138207	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13457.1,VT13458.1	VT13457.1,VT13458.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0699	0.0495	0.0072	0.0191	0.0811	0.0731	0.1139	0.0191	0.0761	0.0669	0.0761	0.0124	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr2R	4138286	4138437	chr2R:4138287-4138437	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13458.1	VT13458.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0308	0.0513	0.0327	0.0057	0.0138	0.0485	0.0536	0.0973	0.0138	0.0453	0.0428	0.0453	0.0147	0.0046	0.0026	0.0046	0.0068
chr2R	4138604	4138755	chr2R:4138605-4138755	distal	distal	none	none	VT13458.1	VT13458.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.051	0.0458	0.0199	0.0255	0.0485	0.0631	0.072	0.0255	0.0562	0.0547	0.0562	0.0356	0.0176	0.0206	0.0176	0.0224
chr2R	4138777	4138965	chr2R:4138778-4138965	distal	distal	none	none	VT13458.1	VT13458.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.0551	0.0602	0.0407	0.0244	0.0617	0.0701	0.066	0.0244	0.0713	0.0701	0.0713	0.0542	0.0413	0.0426	0.0413	0.0521
chr2R	4139112	4139290	chr2R:4139113-4139290	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13458.1	VT13458.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1469	0.1439	0.1665	0.1287	0.0944	0.1612	0.1765	0.1646	0.0944	0.2035	0.1797	0.2035	0.1572	0.1409	0.1476	0.1409	0.1397
chr2R	4141392	4141578	chr2R:4141393-4141578	FBgn0033277	CG14760	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0137	0.032	0.0196	0.0064	0.0141	0.019	0.018	0.0064	0.0175	0.0611	0.0175	0.0132	0.0084	0.0619	0.0084	0.012
chr2R	4149961	4150112	chr2R:4149962-4150112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0126	0.0242	0.0085	0.0042	0.017	0.015	0.0446	0.0233	0.017	0.0097	0.01	0.0097	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0031
chr2R	4158281	4158432	chr2R:4158282-4158432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0156	0.0098	0.0171	0.0205	0.0011	0.0092	0.0173	0.0107	0.0011	0.0217	0.0154	0.0217	0.0279	0.0276	0.0116	0.0276	0.0162
chr2R	4160223	4160455	chr2R:4160224-4160455	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.095	0.0219	0.1166	0.153	0.0021	0.0447	0.0229	0.016	0.0021	0.1697	0.1077	0.1697	0.1619	0.1838	0.187	0.1838	0.1798
chr2R	4175531	4175682	chr2R:4175532-4175682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0072	0.0042	0.0079	0.0042	0.0044	0.0125	0.0087	0.0042	0.0042	0.0039	0.0042	0	8e-04	6e-04	8e-04	0.0021
chr2R	4176368	4176545	chr2R:4176369-4176545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0103	0.0162	0.0196	0.0053	0.0087	0.019	0.008	0.0053	0.0145	0.0132	0.0145	0.0101	0.01	0.009	0.01	0.0099
chr2R	4176599	4176750	chr2R:4176600-4176750	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0075	0.0119	0.0134	0.0042	0.0058	0.0143	0.006	0.0042	0.0133	0.0113	0.0133	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0078
chr2R	4181199	4181377	chr2R:4181200-4181377	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0125	0.0057	0.0184	0.0135	0.0021	0.0039	0.0099	0.0053	0.0021	0.0103	0.0331	0.0103	0.0062	0.0038	0.0335	0.0038	0.0047
chr2R	4186699	4186850	chr2R:4186700-4186850	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0116	0.008	0.0151	0.0118	0.0011	0.0053	0.016	0.0053	0.0011	0.0163	0.0241	0.0163	0.007	0.0123	0.0239	0.0123	0.0052
chr2R	4188812	4188963	chr2R:4188813-4188963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0066	0.0071	0.0086	0.0042	0.0049	0.0112	0.008	0.0042	0.0079	0.009	0.0079	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0021
chr2R	4192492	4192664	chr2R:4192493-4192664	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0245	0.0501	0.016	0.0053	0.0244	0.0403	0.0662	0.072	0.0244	0.0248	0.0199	0.0248	0.007	0.0061	0.0026	0.0061	0.0031
chr2R	4198335	4198842	chr2R:4198336-4198842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0446	0.0779	0.0396	0.0128	0.0583	0.0534	0.1207	0.0899	0.0583	0.0749	0.0325	0.0749	0.0271	0.0184	0.0103	0.0184	0.0073
chr2R	4201231	4201393	chr2R:4201232-4201393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0181	0.0358	0.0117	0.0054	0.0244	0.0306	0.0545	0.0333	0.0244	0.0157	0.0103	0.0157	0.0116	0.0023	0.0052	0.0023	0.0031
chr2R	4203201	4203352	chr2R:4203202-4203352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0147	0.009	0.0113	0.0064	0.0155	0.0221	0.0153	0.0064	0.0103	0.0068	0.0103	0.0031	0.0046	0.0019	0.0046	0.0021
chr2R	4214416	4214581	chr2R:4214417-4214581	FBgn0261588	pdm3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1111	0.0601	0.1315	0.1457	0.0392	0.0767	0.0683	0.058	0.0392	0.1389	0.1318	0.1389	0.206	0.1164	0.1644	0.1164	0.173
chr2R	4214638	4214910	chr2R:4214639-4214910	FBgn0261588	pdm3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1899	0.1104	0.2495	0.2133	0.0615	0.1524	0.1151	0.1133	0.0615	0.3545	0.2415	0.3545	0.3021	0.1462	0.2553	0.1462	0.2652
chr2R	4221317	4221468	chr2R:4221318-4221468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0198	0.0111	0.0159	0.0337	0.0021	0.0141	0.0177	0.0073	0.0021	0.0217	0.0135	0.0217	0.0178	0.023	0.0161	0.023	0.025
chr2R	4222060	4222211	chr2R:4222061-4222211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0096	0.0098	0.015	0.0011	0.0083	0.0186	0.0067	0.0011	0.0072	0.0096	0.0072	0.0124	0.0092	0.0064	0.0092	0.0073
chr2R	4222505	4222656	chr2R:4222506-4222656	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0141	0.0142	0.0228	0.0053	0.0117	0.0242	0.0147	0.0053	0.0175	0.0151	0.0175	0.0054	0.0115	0.0045	0.0115	0.0099
chr2R	4222860	4223011	chr2R:4222861-4223011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0077	0.0086	0.0194	0.0011	0.0063	0.0151	0.006	0.0011	0.0079	0.008	0.0079	0.0085	0.0123	0.0032	0.0123	0.0125
chr2R	4223559	4223945	chr2R:4223560-4223945	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0118	0.0207	0.1088	0.0053	0.016	0.0156	0.01	0.0053	0.0127	0.0193	0.0127	0.0372	0.1531	0.1051	0.1531	0.0735
chr2R	4223966	4224117	chr2R:4223967-4224117	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0098	0.0117	0.0386	0.0064	0.0121	0.0138	0.0093	0.0064	0.0109	0.0122	0.0109	0.0116	0.0544	0.0309	0.0544	0.0266
chr2R	4225017	4225193	chr2R:4225018-4225193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0169	0.0138	0.0129	0.0245	0.0085	0.0107	0.0277	0.0087	0.0085	0.0151	0.0138	0.0151	0.0116	0.0406	0.0168	0.0406	0.0396
chr2R	4228155	4228306	chr2R:4228156-4228306	distal	distal	none	none	VT13509.1	VT13509.1	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.011	0.0198	0.0057	0.0068	0.0127	0.0107	0.0428	0.0093	0.0127	0.0048	0.0068	0.0048	0.0031	0.0069	0.0026	0.0069	0.0073
chr2R	4228855	4229008	chr2R:4228856-4229008	distal	distal	none	none	VT13509.1	VT13509.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0158	0.0183	0.0132	0.0157	0.0095	0.0141	0.0355	0.0127	0.0095	0.0085	0.0074	0.0085	0.0085	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2R	4229265	4229558	chr2R:4229266-4229558	distal	distal	none	none	VT13509.1	VT13509.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0187	0.0204	0.0157	0.0074	0.0194	0.0311	0.0167	0.0074	0.0121	0.0122	0.0121	0.0077	0.0069	0.0058	0.0069	0.0083
chr2R	4229741	4230002	chr2R:4229742-4230002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0228	0.031	0.0225	0.0141	0.017	0.0277	0.0549	0.0253	0.017	0.0199	0.0174	0.0199	0.0194	0.01	0.0071	0.01	0.0115
chr2R	4230185	4230354	chr2R:4230186-4230354	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0302	0.0216	0.0198	0.0212	0.0252	0.0476	0.03	0.0212	0.0145	0.0141	0.0145	0.0124	0.0046	0.0026	0.0046	0.0083
chr2R	4231040	4231191	chr2R:4231041-4231191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0091	0.0099	0.013	0.0053	0.0073	0.0164	0.006	0.0053	0.0072	0.0071	0.0072	0.0077	8e-04	0.0026	8e-04	0.0063
chr2R	4233167	4233328	chr2R:4233168-4233328	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0205	0.0371	0.016	0.0068	0.0212	0.0364	0.0402	0.0586	0.0212	0.0193	0.0154	0.0193	0.0062	0.0023	0.0064	0.0023	0.0068
chr2R	4248900	4249051	chr2R:4248901-4249051	FBgn0050365	spaw	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.012	0.0246	0.0067	0.0036	0.0064	0.0417	0.0225	0.0253	0.0064	0.0079	0.0093	0.0079	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0057
chr2R	4261845	4261996	chr2R:4261846-4261996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0071	0.0076	0.0057	0.0079	0.0042	0.0053	0.0164	0.004	0.0042	0.0097	0.0039	0.0097	0.0039	0.0023	0.0013	0.0023	0.0026
chr2R	4267900	4268051	chr2R:4267901-4268051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.018	0.0319	0.0093	0.012	0.0212	0.0277	0.0588	0.0266	0.0212	0.0115	0.0113	0.0115	0.0093	0.0222	0.0116	0.0222	0.0099
chr2R	4270785	4270936	chr2R:4270786-4270936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0074	0.0069	0.0337	0.0032	0.0058	0.0125	0.008	0.0032	0.0054	0.0048	0.0054	0.0046	0.0046	0.0032	0.0046	0.0063
chr2R	4272130	4272281	chr2R:4272131-4272281	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0076	0.0087	0.0048	0.0093	0.0053	0.0097	0.0156	0.0047	0.0053	0.0072	0.0045	0.0072	0.0031	0.0337	0.0019	0.0337	0.0047
chr2R	4281967	4282216	chr2R:4281968-4282216	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1	0.0877	0.1136	0.0987	0.0477	0.1	0.1029	0.1079	0.0477	0.1298	0.135	0.1298	0.1294	0.1348	0.1077	0.1348	0.1172
chr2R	4282515	4282666	chr2R:4282516-4282666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0231	0.025	0.0156	0.017	0.0238	0.0316	0.024	0.017	0.0338	0.0254	0.0338	0.0271	0.0222	0.0148	0.0222	0.0167
chr2R	4284154	4284494	chr2R:4284155-4284494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0996	0.0451	0.0997	0.1603	0.0255	0.0544	0.0471	0.0553	0.0255	0.0845	0.1068	0.0845	0.1712	0.1692	0.185	0.1692	0.1954
chr2R	4295354	4295515	chr2R:4295355-4295515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0324	0.0293	0.0313	0.037	0.017	0.0306	0.0359	0.034	0.017	0.0211	0.0392	0.0211	0.0473	0.0283	0.0522	0.0283	0.0474
chr2R	4298651	4298802	chr2R:4298652-4298802	FBgn0033289	CG2121	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0079	0.0091	0.0061	0.0085	0.0021	0.0058	0.0199	0.0067	0.0021	0.0066	0.0093	0.0066	0.0023	0.0038	0.0271	0.0038	0.0068
chr2R	4300749	4300925	chr2R:4300750-4300925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0265	0.0206	0.0222	0.0379	0.0148	0.016	0.0307	0.0247	0.0148	0.0169	0.0244	0.0169	0.0341	0.0283	0.0484	0.0283	0.0406
chr2R	4308173	4308353	chr2R:4308174-4308353	FBgn0028836	CSN7	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1273	0.0968	0.1593	0.1263	0.07	0.115	0.109	0.1093	0.07	0.1733	0.1823	0.1733	0.1658	0.1386	0.1367	0.1386	0.1407
chr2R	4308395	4308604	chr2R:4308396-4308604	FBgn0028836	CSN7	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.0879	0.1357	0.1092	0.0615	0.0961	0.1094	0.0939	0.0615	0.1467	0.1627	0.1467	0.1402	0.1187	0.1135	0.1187	0.1298
chr2R	4308692	4308979	chr2R:4308693-4308979	FBgn0028836	CSN7	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0409	0.0618	0.0468	0.0223	0.0369	0.0597	0.0506	0.0223	0.0688	0.0688	0.0688	0.0736	0.0505	0.0503	0.0505	0.0511
chr2R	4317940	4318091	chr2R:4317941-4318091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0156	0.0283	0.0114	0.0061	0.0159	0.0214	0.0506	0.0233	0.0159	0.0097	0.0135	0.0097	0.0139	0.0069	0.0071	0.0069	0.0063
chr2R	4331744	4331930	chr2R:4331745-4331930	FBgn0014469	Cyp4e2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0188	0.0155	0.015	0.0267	0.0117	0.016	0.0251	0.0093	0.0117	0.0085	0.0183	0.0085	0.0271	0.01	0.0374	0.01	0.0537
chr2R	4332119	4332279	chr2R:4332120-4332279	FBgn0014469,FBgn0262316	Cyp4e2,mir-986	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0116	0.0151	0.0415	0.0074	0.0146	0.0182	0.0067	0.0074	0.0133	0.0148	0.0133	0.0325	0.0176	0.04	0.0176	0.1016
chr2R	4334873	4335064	chr2R:4334874-4335064	FBgn0015034	Cyp4e1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0147	0.0225	0.0382	0.0053	0.0136	0.0272	0.012	0.0053	0.0151	0.0331	0.0151	0.0209	0.0398	0.0858	0.0398	0.0365
chr2R	4349850	4350030	chr2R:4349851-4350030	FBgn0050359	Mal-A5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0305	0.0191	0.0264	0.0479	0.0074	0.0194	0.0337	0.0107	0.0074	0.0519	0.017	0.0519	0.0364	0.1516	0.0148	0.1516	0.0547
chr2R	4350171	4350343	chr2R:4350172-4350343	FBgn0050359	Mal-A5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0265	0.0156	0.0221	0.0436	0.0074	0.018	0.0238	0.0127	0.0074	0.0405	0.0177	0.0405	0.0256	0.1501	0.0103	0.1501	0.0412
chr2R	4351371	4351522	chr2R:4351372-4351522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0113	0.0113	0.0103	0.0124	0.0064	0.0117	0.019	0.0067	0.0064	0.0151	0.008	0.0151	0.017	0.013	0.0058	0.013	0.0292
chr2R	4404107	4404258	chr2R:4404108-4404258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0072	0.0082	0.0139	0.0053	0.0049	0.0134	0.0053	0.0053	0.0072	0.0084	0.0072	0.0077	0.0015	0.0032	0.0015	0.0016
chr2R	4406481	4406632	chr2R:4406482-4406632	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.0108	0.0135	0.0301	0.0117	0.0121	0.0173	0.006	0.0117	0.0127	0.0113	0.0127	0.0186	0.0268	0.0187	0.0268	0.0198
chr2R	4456441	4456592	chr2R:4456442-4456592	FBgn0033303	Cyp6a15Psi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0094	0.0076	0.0066	0.0143	0.0042	0.0068	0.0117	0.0073	0.0042	0.0072	0.0061	0.0072	0.0085	0.0115	0.0071	0.0115	0.0313
chr2R	4459558	4459709	chr2R:4459559-4459709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0111	0.0071	0.0102	0.0166	0.0053	0.0058	0.0125	0.0053	0.0053	0.0115	0.01	0.0115	0.0178	0.0123	0.0174	0.0123	0.0229
chr2R	4459850	4460001	chr2R:4459851-4460001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0103	0.016	0.0267	0.0042	0.0092	0.0177	0.0067	0.0042	0.0175	0.0167	0.0175	0.0225	0.0199	0.0303	0.0199	0.0339
chr2R	4460181	4460383	chr2R:4460182-4460383	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.06	0.0374	0.0588	0.0865	0.0233	0.0335	0.0528	0.0406	0.0233	0.0495	0.0695	0.0495	0.0821	0.0819	0.1051	0.0819	0.1105
chr2R	4472263	4472475	chr2R:4472264-4472475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0208	0.0153	0.0259	0.0213	0.0106	0.0136	0.0251	0.0133	0.0106	0.0531	0.019	0.0531	0.0256	0.0398	0.0142	0.0398	0.0365
chr2R	4472700	4472851	chr2R:4472701-4472851	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0117	0.0065	0.0133	0.0159	0.0032	0.0058	0.0125	0.0033	0.0032	0.0308	0.009	0.0308	0.0155	0.0245	0.0155	0.0245	0.024
chr2R	4477729	4477991	chr2R:4477730-4477991	FBgn0033307	CG14752	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.0394	0.0414	0.0258	0.0244	0.0364	0.0567	0.044	0.0244	0.0266	0.0678	0.0266	0.0294	0.0214	0.0613	0.0214	0.0162
chr2R	4486984	4487236	chr2R:4486985-4487236	FBgn0033309	CG8735	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0663	0.0538	0.0755	0.07	0.0233	0.0694	0.0657	0.0573	0.0233	0.0912	0.0794	0.0912	0.0806	0.0804	0.0754	0.0804	0.0886
chr2R	4487396	4487595	chr2R:4487397-4487595	FBgn0033309,FBgn0033310	CG8735,rgr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1734	0.156	0.2161	0.1461	0.105	0.2	0.1635	0.1899	0.105	0.2693	0.2383	0.2693	0.1936	0.1662	0.1567	0.1662	0.174
chr2R	4487808	4488021	chr2R:4487809-4488021	FBgn0033309,FBgn0033310	CG8735,rgr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1266	0.1165	0.1421	0.1209	0.0764	0.1646	0.1185	0.1213	0.0764	0.2011	0.1408	0.2011	0.1487	0.17	0.0986	0.17	0.1668
chr2R	4488399	4488634	chr2R:4488400-4488634	FBgn0033310	rgr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0433	0.0277	0.05	0.0535	0.0074	0.0388	0.0342	0.026	0.0074	0.096	0.0309	0.096	0.0519	0.1386	0.0251	0.1386	0.0479
chr2R	4489155	4489306	chr2R:4489156-4489306	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0179	0.0211	0.0361	0.0106	0.0228	0.0225	0.014	0.0106	0.0272	0.0174	0.0272	0.0225	0.0544	0.0148	0.0544	0.0354
chr2R	4489509	4489660	chr2R:4489510-4489660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0238	0.0193	0.0202	0.0327	0.0074	0.0233	0.0268	0.02	0.0074	0.0374	0.0145	0.0374	0.0256	0.0911	0.0129	0.0911	0.0307
chr2R	4490427	4490578	chr2R:4490428-4490578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0218	0.0143	0.0244	0.0273	0.0064	0.0136	0.0238	0.0147	0.0064	0.0314	0.0174	0.0314	0.0558	0.0398	0.0129	0.0398	0.0511
chr2R	4490986	4491254	chr2R:4490987-4491254	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0441	0.0274	0.0607	0.0446	0.0095	0.0393	0.0337	0.026	0.0095	0.0477	0.046	0.0477	0.1309	0.0406	0.0232	0.0406	0.0698
chr2R	4491287	4491438	chr2R:4491288-4491438	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0244	0.0137	0.035	0.0248	0.0042	0.0248	0.0182	0.0073	0.0042	0.0278	0.027	0.0278	0.0837	0.0191	0.0142	0.0191	0.0485
chr2R	4491768	4491919	chr2R:4491769-4491919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0147	0.0248	0.0105	0.0081	0.0148	0.018	0.0515	0.012	0.0148	0.0079	0.01	0.0079	0.0178	0.0107	0.0052	0.0107	0.0099
chr2R	4492989	4493140	chr2R:4492990-4493140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0193	0.0487	0.0283	0.0074	0.0286	0.0238	0.0153	0.0074	0.1002	0.0383	0.1002	0.0542	0.0467	0.0239	0.0467	0.0433
chr2R	4495005	4495385	chr2R:4495006-4495385	distal	distal	stage5	stage5	rgr_rgrNRE	rgr_rgrNRE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0515	0.0717	0.0486	0.032	0.0467	0.0893	0.096	0.0573	0.0467	0.0604	0.0341	0.0604	0.0852	0.0291	0.0155	0.0291	0.0698
chr2R	4495480	4495696	chr2R:4495481-4495696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	rgr_rgrNRE	rgr_rgrNRE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.048	0.0515	0.0445	0.048	0.0382	0.0951	0.0471	0.0326	0.0382	0.0525	0.0238	0.0525	0.1123	0.0291	0.0129	0.0291	0.1339
chr2R	4502092	4502280	chr2R:4502093-4502280	FBgn0033312,FBgn0033313	CG8642,Cirl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1701	0.1403	0.2166	0.1522	0.0647	0.1966	0.1298	0.1865	0.0647	0.2524	0.2453	0.2524	0.2208	0.1868	0.158	0.1868	0.1918
chr2R	4502495	4502824	chr2R:4502496-4502824	FBgn0033313	Cirl	stage11,stage14,stage5	none	VT13653.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1654	0.1193	0.2225	0.1543	0.0403	0.2107	0.0696	0.1732	0.0403	0.2838	0.2576	0.2838	0.2339	0.1937	0.1979	0.1937	0.1975
chr2R	4511499	4511650	chr2R:4511500-4511650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0401	0.0356	0.0501	0.0341	0.018	0.0456	0.0368	0.0473	0.018	0.0592	0.0601	0.0592	0.0488	0.036	0.0419	0.036	0.0453
chr2R	4511781	4511975	chr2R:4511782-4511975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.059	0.046	0.0731	0.0582	0.0191	0.0621	0.0476	0.0573	0.0191	0.0845	0.0804	0.0845	0.0945	0.0628	0.069	0.0628	0.0792
chr2R	4512005	4512758	chr2R:4512006-4512758	FBgn0022027	Vps25	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1325	0.2033	0.1505	0.0636	0.1748	0.1362	0.1672	0.0636	0.2246	0.2302	0.2246	0.2254	0.1761	0.1593	0.1761	0.1996
chr2R	4512864	4513048	chr2R:4512865-4513048	FBgn0022027	Vps25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.11	0.1033	0.1352	0.09	0.053	0.1223	0.1125	0.1279	0.053	0.1576	0.1502	0.1576	0.1363	0.098	0.0922	0.098	0.1225
chr2R	4514976	4515212	chr2R:4514977-4515212	FBgn0033315,FBgn0033316	CG14749,beta3GalTII	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0885	0.0907	0.1103	0.062	0.071	0.0976	0.0986	0.1199	0.071	0.1413	0.1167	0.1413	0.093	0.0452	0.0554	0.0452	0.075
chr2R	4515304	4515498	chr2R:4515305-4515498	FBgn0033315,FBgn0033316	CG14749,beta3GalTII	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0977	0.0904	0.1324	0.0678	0.0498	0.1063	0.0982	0.1199	0.0498	0.1775	0.1408	0.1775	0.1162	0.0597	0.0632	0.0597	0.087
chr2R	4519217	4519417	chr2R:4519218-4519417	FBgn0033317	CG8635	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1246	0.1089	0.1553	0.1083	0.0689	0.1345	0.1155	0.1346	0.0689	0.1938	0.1768	0.1938	0.1603	0.1271	0.1283	0.1271	0.1391
chr2R	4519419	4519655	chr2R:4519420-4519655	FBgn0033317	CG8635	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1319	0.1834	0.1255	0.088	0.165	0.1475	0.1472	0.088	0.224	0.2129	0.224	0.1805	0.1378	0.1496	0.1378	0.1537
chr2R	4519705	4520256	chr2R:4519706-4520256	FBgn0033317	CG8635	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1559	0.1317	0.1994	0.1351	0.0626	0.1748	0.1414	0.1486	0.0626	0.2675	0.2344	0.2675	0.1875	0.2159	0.1773	0.2159	0.1449
chr2R	4523639	4523913	chr2R:4523640-4523913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0676	0.0516	0.0888	0.0621	0.0201	0.0903	0.0437	0.0533	0.0201	0.1039	0.1174	0.1039	0.0868	0.0773	0.0883	0.0773	0.0803
chr2R	4524089	4524240	chr2R:4524090-4524240	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.043	0.0641	0.0387	0.0242	0.0276	0.1126	0.0446	0.0773	0.0276	0.0447	0.0588	0.0447	0.0217	0.0345	0.038	0.0345	0.0245
chr2R	4524679	4524866	chr2R:4524680-4524866	distal	distal	stage5	stage5	VT13662.1	VT13662.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0555	0.0996	0.0478	0.0148	0.0657	0.1277	0.0999	0.1186	0.0657	0.0658	0.0637	0.0658	0.031	0.013	0.029	0.013	0.0135
chr2R	4525734	4525885	chr2R:4525735-4525885	distal	distal	stage11	stage11	VT13662.1	VT13662.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.035	0.0346	0.0475	0.0217	0.0265	0.0388	0.0381	0.0486	0.0265	0.0344	0.0814	0.0344	0.0132	0.0406	0.0316	0.0406	0.013
chr2R	4525976	4526240	chr2R:4525977-4526240	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13662.1	VT13662.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0582	0.0747	0.0723	0.0244	0.0435	0.0791	0.0843	0.1059	0.0435	0.0592	0.1228	0.0592	0.0256	0.0291	0.0438	0.0291	0.0208
chr2R	4527231	4527675	chr2R:4527232-4527675	distal	distal	stage11	stage11	VT13663.1	VT13663.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1103	0.1129	0.1567	0.0565	0.0615	0.1913	0.0969	0.1119	0.0615	0.1546	0.2569	0.1546	0.072	0.0459	0.1335	0.0459	0.049
chr2R	4528387	4528550	chr2R:4528388-4528550	distal	distal	stage5	stage5	VT13663.1,VT13664.1	VT13663.1,VT13664.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0499	0.0834	0.0486	0.0139	0.07	0.0553	0.106	0.1239	0.07	0.0302	0.0916	0.0302	0.0139	0.0107	0.0329	0.0107	0.0125
chr2R	4528793	4529108	chr2R:4528794-4529108	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13664.1	VT13664.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0901	0.1228	0.109	0.033	0.106	0.0859	0.1163	0.2338	0.106	0.0785	0.2019	0.0785	0.0372	0.0253	0.0896	0.0253	0.0224
chr2R	4529553	4530108	chr2R:4529554-4530108	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13664.1,VT13665.1	VT13664.1,VT13665.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1214	0.1162	0.1496	0.0964	0.0604	0.1223	0.1129	0.1879	0.0604	0.1437	0.2293	0.1437	0.1185	0.0528	0.2012	0.0528	0.1391
chr2R	4530597	4531195	chr2R:4530598-4531195	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13665.1	VT13665.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1393	0.172	0.1579	0.0824	0.0795	0.1684	0.1721	0.2885	0.0795	0.0906	0.2723	0.0906	0.1185	0.0314	0.1999	0.0314	0.098
chr2R	4532629	4532788	chr2R:4532630-4532788	distal	distal	none	none	VT13666.1	VT13666.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0201	0.0334	0.0391	0.0085	0.0272	0.0264	0.0213	0.0085	0.0248	0.0299	0.0248	0.0813	0.0199	0.0297	0.0199	0.1021
chr2R	4535012	4535249	chr2R:4535013-4535249	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0302	0.0778	0.1269	0.0085	0.0442	0.0355	0.034	0.0085	0.0888	0.0952	0.0888	0.0976	0.144	0.1941	0.144	0.1615
chr2R	4535374	4535585	chr2R:4535375-4535585	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0895	0.0417	0.1088	0.1218	0.0191	0.0617	0.0437	0.044	0.0191	0.1178	0.1489	0.1178	0.0906	0.1485	0.1638	0.1485	0.149
chr2R	4536268	4536456	chr2R:4536269-4536456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0576	0.0411	0.0574	0.0763	0.017	0.0515	0.0493	0.0493	0.017	0.0713	0.0566	0.0713	0.062	0.1279	0.0625	0.1279	0.0943
chr2R	4536962	4537240	chr2R:4536963-4537240	FBgn0003892	ptc	stage11,stage14,stage5	none	VT13669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3196	0.3314	0.3622	0.2597	0.2768	0.3583	0.3767	0.3777	0.2768	0.474	0.401	0.474	0.3075	0.3063	0.283	0.3063	0.3257
chr2R	4537479	4537696	chr2R:4537480-4537696	FBgn0003892	ptc	stage5	none	VT13669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.1428	0.1426	0.0904	0.1198	0.1481	0.1869	0.1412	0.1198	0.1818	0.1704	0.1818	0.1294	0.1003	0.1103	0.1003	0.1308
chr2R	4537807	4537993	chr2R:4537808-4537993	distal	distal	stage5	none	VT13669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0827	0.1018	0.0872	0.0564	0.0848	0.0888	0.1458	0.1066	0.0848	0.131	0.1023	0.131	0.0674	0.0934	0.0574	0.0934	0.0672
chr2R	4540118	4540322	chr2R:4540119-4540322	distal	distal	stage14	stage14	VT13670.1	VT13670.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0596	0.0655	0.0773	0.0541	0.0515	0.077	0.0726	0.0541	0.0984	0.0836	0.0984	0.0519	0.147	0.1103	0.147	0.0813
chr2R	4541403	4541554	chr2R:4541404-4541554	distal	distal	none	none	VT13671.1	VT13671.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.06	0.0881	0.0678	0.0201	0.0509	0.0951	0.1016	0.1186	0.0509	0.0906	0.0765	0.0906	0.0798	0.0199	0.0322	0.0199	0.0193
chr2R	4541856	4542007	chr2R:4541857-4542007	distal	distal	stage11	stage11	VT13671.1	VT13671.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.069	0.0836	0.0921	0.0273	0.0764	0.083	0.0978	0.1019	0.0764	0.1184	0.1074	0.1184	0.1123	0.0245	0.038	0.0245	0.0401
chr2R	4542181	4542503	chr2R:4542182-4542503	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13671.1,VT13672.1	VT13671.1,VT13672.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1645	0.236	0.199	0.0468	0.2269	0.1976	0.2872	0.3058	0.2269	0.3237	0.2527	0.3237	0.096	0.0559	0.0909	0.0559	0.0391
chr2R	4542830	4542981	chr2R:4542831-4542981	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT13672.1	VT13672.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1004	0.1097	0.1261	0.0618	0.1007	0.0976	0.1354	0.1399	0.1007	0.1733	0.1897	0.1733	0.0534	0.1087	0.1328	0.1087	0.0334
chr2R	4543205	4543461	chr2R:4543206-4543461	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13672.1	VT13672.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.2115	0.2673	0.2581	0.098	0.2736	0.2398	0.3326	0.3111	0.2736	0.2899	0.3826	0.2899	0.1689	0.085	0.2463	0.085	0.0714
chr2R	4543504	4543656	chr2R:4543505-4543656	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13672.1	VT13672.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1401	0.2065	0.1515	0.0533	0.2206	0.1476	0.3002	0.2112	0.2206	0.1335	0.237	0.1335	0.1224	0.0444	0.1296	0.0444	0.0448
chr2R	4544463	4544614	chr2R:4544464-4544614	distal	distal	stage14	stage14	VT13673.1	VT13673.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0601	0.0867	0.0539	0.0372	0.0657	0.0709	0.1311	0.0846	0.0657	0.0839	0.0691	0.0839	0.0248	0.085	0.0509	0.085	0.0224
chr2R	4544864	4545015	chr2R:4544865-4545015	distal	distal	none	none	VT13673.1	VT13673.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0675	0.0444	0.0312	0.053	0.0568	0.0856	0.0939	0.053	0.0652	0.0576	0.0652	0.0256	0.0781	0.0419	0.0781	0.0177
chr2R	4545362	4545605	chr2R:4545363-4545605	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13673.1	VT13673.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1452	0.2454	0.136	0.0434	0.2312	0.1718	0.3287	0.3091	0.2312	0.1437	0.2357	0.1437	0.0287	0.0551	0.1012	0.0551	0.0229
chr2R	4545797	4546069	chr2R:4545798-4546069	distal	distal	none	none	VT13673.1	VT13673.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0821	0.1441	0.0694	0.0267	0.1273	0.1	0.2024	0.1819	0.1273	0.0797	0.1045	0.0797	0.0364	0.0291	0.06	0.0291	0.0135
chr2R	4546404	4546555	chr2R:4546405-4546555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0492	0.0563	0.0484	0.0421	0.0467	0.0422	0.0826	0.0633	0.0467	0.0537	0.0746	0.0537	0.0302	0.0429	0.1199	0.0429	0.0162
chr2R	4546750	4546901	chr2R:4546751-4546901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0439	0.0487	0.0491	0.0329	0.052	0.032	0.0683	0.0586	0.052	0.0634	0.0762	0.0634	0.0201	0.0276	0.1006	0.0276	0.0125
chr2R	4546979	4547130	chr2R:4546980-4547130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0466	0.0473	0.0326	0.0488	0.0335	0.0619	0.054	0.0488	0.0851	0.064	0.0851	0.0147	0.0413	0.0948	0.0413	0.0099
chr2R	4552874	4553044	chr2R:4552875-4553044	FBgn0263120	Acsl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1452	0.1343	0.1607	0.1405	0.0976	0.1641	0.144	0.1546	0.0976	0.1781	0.1846	0.1781	0.1689	0.1593	0.1663	0.1593	0.1584
chr2R	4553211	4553404	chr2R:4553212-4553404	FBgn0263120	Acsl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1877	0.1653	0.217	0.1805	0.1113	0.1961	0.176	0.1999	0.1113	0.2512	0.2444	0.2512	0.2262	0.1922	0.2076	0.1922	0.1939
chr2R	4553484	4553675	chr2R:4553485-4553675	FBgn0263120	Acsl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2065	0.163	0.2478	0.2099	0.0954	0.2073	0.1605	0.2119	0.0954	0.3086	0.2707	0.3086	0.2548	0.2106	0.2205	0.2106	0.2392
chr2R	4553742	4553921	chr2R:4553743-4553921	FBgn0263120	Acsl	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1251	0.0941	0.1654	0.1154	0.0541	0.1199	0.0973	0.1179	0.0541	0.2089	0.1859	0.2089	0.1526	0.124	0.1193	0.124	0.1402
chr2R	4554036	4554195	chr2R:4554037-4554195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0809	0.0677	0.1034	0.071	0.0382	0.082	0.0709	0.0773	0.0382	0.1111	0.1186	0.1111	0.1053	0.0743	0.0793	0.0743	0.0855
chr2R	4555136	4555373	chr2R:4555137-4555373	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1914	0.1729	0.2222	0.1782	0.141	0.1903	0.1972	0.2099	0.141	0.2657	0.2704	0.2657	0.1967	0.2113	0.2141	0.2113	0.1563
chr2R	4556339	4556582	chr2R:4556340-4556582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2182	0.175	0.2447	0.2373	0.1347	0.2102	0.1903	0.1972	0.1347	0.2663	0.2605	0.2663	0.2634	0.2688	0.2199	0.2688	0.2486
chr2R	4556956	4557145	chr2R:4556957-4557145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0739	0.0375	0.074	0.1145	0.017	0.0544	0.0441	0.0373	0.017	0.0803	0.0537	0.0803	0.0844	0.173	0.078	0.173	0.1089
chr2R	4557638	4557831	chr2R:4557639-4557831	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0981	0.094	0.1231	0.0753	0.0573	0.1175	0.1112	0.0999	0.0573	0.119	0.1527	0.119	0.158	0.0674	0.1547	0.0674	0.0803
chr2R	4557886	4558130	chr2R:4557887-4558130	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1961	0.2292	0.1966	0.1585	0.1951	0.2612	0.2664	0.2352	0.1951	0.2832	0.2058	0.2832	0.2262	0.2358	0.1838	0.2358	0.2152
chr2R	4558899	4559102	chr2R:4558900-4559102	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0672	0.0274	0.0184	0.0657	0.0408	0.112	0.0686	0.0657	0.0314	0.0286	0.0314	0.0356	0.0191	0.0239	0.0191	0.0208
chr2R	4563548	4563699	chr2R:4563549-4563699	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0181	0.014	0.0183	0.0226	0.0064	0.0117	0.0255	0.0087	0.0064	0.0151	0.0219	0.0151	0.0287	0.0145	0.0277	0.0145	0.0365
chr2R	4570610	4570840	chr2R:4570611-4570840	FBgn0011906	tRNA:L2:44EF	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0509	0.0335	0.0442	0.0778	0.0276	0.0272	0.0497	0.0346	0.0276	0.0284	0.0424	0.0284	0.1092	0.1018	0.0928	0.1018	0.1256
chr2R	4570911	4571062	chr2R:4570912-4571062	FBgn0011906	tRNA:L2:44EF	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0251	0.0202	0.0245	0.0313	0.0117	0.018	0.032	0.0207	0.0117	0.0211	0.0244	0.0211	0.0442	0.0398	0.0374	0.0398	0.0479
chr2R	4574044	4574195	chr2R:4574045-4574195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0076	0.0065	0.0213	0.0021	0.0063	0.0143	0.006	0.0021	0.0048	0.008	0.0048	0.0077	0.0115	0.0071	0.0115	0.0151
chr2R	4582751	4582902	chr2R:4582752-4582902	FBgn0033320	CG8586	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0122	0.014	0.0118	0.0106	0.0085	0.0117	0.0195	0.0153	0.0085	0.0133	0.0154	0.0133	0.0124	0.0054	0.0084	0.0054	0.0255
chr2R	4583160	4583311	chr2R:4583161-4583311	FBgn0033320	CG8586	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0155	0.0168	0.0129	0.0167	0.0074	0.0155	0.0285	0.012	0.0074	0.0133	0.0158	0.0133	0.0132	0.01	0.0206	0.01	0.0307
chr2R	4583794	4584020	chr2R:4583795-4584020	FBgn0033320,FBgn0033321	CG8586,CG8738	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0184	0.016	0.0246	0.0127	0.0107	0.0333	0.0167	0.0127	0.0229	0.0158	0.0229	0.0186	0.0337	0.0316	0.0337	0.0391
chr2R	4603276	4603427	chr2R:4603277-4603427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0113	0.0102	0.0167	0.0074	0.0068	0.016	0.0167	0.0074	0.0121	0.0096	0.0121	0.0116	0.0107	0.0103	0.0107	0.0104
chr2R	4605537	4605688	chr2R:4605538-4605688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0262	0.0195	0.0124	0.0201	0.0199	0.0407	0.026	0.0201	0.0193	0.0222	0.0193	0.0209	0.0153	0.0142	0.0153	0.0146
chr2R	4606020	4606171	chr2R:4606021-4606171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0257	0.0202	0.0092	0.017	0.0189	0.0415	0.02	0.017	0.0248	0.0248	0.0248	0.024	0.0107	0.0077	0.0107	0.0104
chr2R	4610602	4610863	chr2R:4610603-4610863	FBgn0040777	CG14767	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0579	0.0729	0.0581	0.0409	0.0467	0.0631	0.0999	0.0979	0.0467	0.0682	0.0582	0.0682	0.0573	0.0391	0.0348	0.0391	0.0339
chr2R	4611009	4611208	chr2R:4611010-4611208	FBgn0040777	CG14767	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1407	0.1626	0.1262	0.0976	0.1563	0.1635	0.1686	0.0976	0.1999	0.1653	0.1999	0.1797	0.1348	0.1154	0.1348	0.1501
chr2R	4611256	4611436	chr2R:4611257-4611436	FBgn0005695,FBgn0040777	CG14767,gcl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.196	0.1803	0.2209	0.1862	0.1421	0.2005	0.2016	0.2092	0.1421	0.2899	0.227	0.2899	0.2285	0.1998	0.1915	0.1998	0.2199
chr2R	4611660	4611838	chr2R:4611661-4611838	FBgn0005695,FBgn0040777	CG14767,gcl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.196	0.1681	0.2298	0.1899	0.1124	0.201	0.1856	0.2032	0.1124	0.2911	0.2405	0.2911	0.227	0.2198	0.1883	0.2198	0.2058
chr2R	4611910	4612175	chr2R:4611911-4612175	FBgn0005695,FBgn0263463	gcl,snoRNA:gcl-a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1842	0.1405	0.2254	0.1879	0.0668	0.1898	0.1375	0.1799	0.0668	0.3116	0.2183	0.3116	0.2246	0.2335	0.1831	0.2335	0.186
chr2R	4612314	4612517	chr2R:4612315-4612517	FBgn0263463	snoRNA:gcl-a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1364	0.1259	0.1702	0.111	0.0933	0.1524	0.1302	0.1546	0.0933	0.2506	0.1836	0.2506	0.1936	0.1424	0.1399	0.1424	0.1485
chr2R	4612966	4613214	chr2R:4612967-4613214	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0771	0.039	0.1107	0.083	0.0127	0.0558	0.0424	0.0453	0.0127	0.0713	0.1675	0.0713	0.1193	0.0398	0.1651	0.0398	0.0771
chr2R	4613222	4613373	chr2R:4613223-4613373	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0515	0.0283	0.0706	0.0565	0.0095	0.0374	0.0346	0.0326	0.0095	0.0525	0.1006	0.0525	0.0883	0.0413	0.1057	0.0413	0.0563
chr2R	4613383	4613534	chr2R:4613384-4613534	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0479	0.027	0.0617	0.0561	0.0095	0.0364	0.0333	0.0306	0.0095	0.0622	0.083	0.0622	0.0651	0.0842	0.0877	0.0842	0.05
chr2R	4620384	4620535	chr2R:4620385-4620535	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0292	0.0224	0.0364	0.0288	0.0127	0.0252	0.0264	0.0293	0.0127	0.038	0.037	0.038	0.0511	0.0237	0.0245	0.0237	0.0474
chr2R	4620871	4621072	chr2R:4620872-4621072	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1242	0.1001	0.1404	0.1335	0.0742	0.118	0.1099	0.1219	0.0742	0.1636	0.1531	0.1636	0.1704	0.1149	0.1367	0.1149	0.1782
chr2R	4621426	4621577	chr2R:4621427-4621577	FBgn0086784	stmA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0212	0.0105	0.0171	0.0377	0.0021	0.0097	0.016	0.012	0.0021	0.0139	0.0161	0.0139	0.0232	0.0176	0.038	0.0176	0.0203
chr2R	4621821	4621972	chr2R:4621822-4621972	FBgn0086784	stmA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0079	0.0088	0.0253	0	0.0083	0.0147	0.006	0	0.0072	0.009	0.0072	0.0116	0.0069	0.0239	0.0069	0.013
chr2R	4623198	4623349	chr2R:4623199-4623349	FBgn0027585	CG8740	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0116	0.0069	0.01	0.0185	0.0053	0.0053	0.0117	0.0073	0.0053	0.003	0.0164	0.003	0.0085	0.0038	0.0638	0.0038	0.0068
chr2R	4627165	4627316	chr2R:4627166-4627316	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0095	0.0064	0.0093	0.0132	0.0032	0.0044	0.0121	0.0033	0.0032	0.0054	0.0158	0.0054	0.007	0.0069	0.0426	0.0069	0.0042
chr2R	4627615	4627766	chr2R:4627616-4627766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0079	0.0123	0.0163	0.0032	0.0058	0.0151	0.0073	0.0032	0.0085	0.0186	0.0085	0.0139	0.0123	0.0426	0.0123	0.013
chr2R	4632619	4632770	chr2R:4632620-4632770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0113	0.011	0.0103	0.0127	0.0042	0.0107	0.0177	0.012	0.0042	0.0181	0.0109	0.0181	0.0077	0.0352	0.0135	0.0352	0.0089
chr2R	4636807	4636958	chr2R:4636808-4636958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0089	0.0083	0.0082	0.0102	0.0042	0.0063	0.0173	0.0067	0.0042	0.0079	0.0116	0.0079	0.0077	0.0054	0.0342	0.0054	0.0031
chr2R	4639212	4639363	chr2R:4639213-4639363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.01	0.008	0.0126	0.0095	0.0032	0.0073	0.0143	0.006	0.0032	0.0079	0.0212	0.0079	0.0101	0.0107	0.0251	0.0107	0.0021
chr2R	4639424	4639575	chr2R:4639425-4639575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0094	0.0085	0.0094	0.0104	0.0011	0.0083	0.0156	0.008	0.0011	0.0097	0.0145	0.0097	0.007	0.0092	0.0271	0.0092	0.0057
chr2R	4643215	4643366	chr2R:4643216-4643366	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0182	0.0116	0.0132	0.0312	0.0085	0.0102	0.0151	0.014	0.0085	0.0248	0.0125	0.0248	0.0139	0.1011	0.038	0.1011	0.0094
chr2R	4643702	4643853	chr2R:4643703-4643853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0102	0.0093	0.0091	0.0123	0.0042	0.0078	0.016	0.008	0.0042	0.0103	0.0116	0.0103	0.0062	0.0314	0.0103	0.0314	0.0104
chr2R	4646877	4647028	chr2R:4646878-4647028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0216	0.0196	0.0278	0.017	0.0117	0.0194	0.0281	0.018	0.0117	0.0459	0.0305	0.0459	0.0256	0.0199	0.0206	0.0199	0.0214
chr2R	4647204	4647382	chr2R:4647205-4647382	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0666	0.0589	0.0811	0.0593	0.0361	0.0612	0.0731	0.0666	0.0361	0.1081	0.0913	0.1081	0.0751	0.0727	0.0729	0.0727	0.0651
chr2R	4657574	4657733	chr2R:4657575-4657733	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0136	0.0069	0.0118	0.0233	0.0053	0.0049	0.0147	0.0033	0.0053	0.0175	0.0093	0.0175	0.017	0.0643	0.0084	0.0643	0.0104
chr2R	4658358	4658509	chr2R:4658359-4658509	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.007	0.0035	0.0061	0.012	0.0011	0.0034	0.0069	0.0027	0.0011	0.0066	0.0035	0.0066	0.0163	0.0406	0.0039	0.0406	0.0109
chr2R	4684736	4684921	chr2R:4684737-4684921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0596	0.0513	0.0793	0.0473	0.0297	0.067	0.0549	0.0693	0.0297	0.119	0.0814	0.119	0.079	0.0482	0.0464	0.0482	0.0485
chr2R	4685061	4685281	chr2R:4685062-4685281	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	sns	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2203	0.1878	0.2698	0.2023	0.1273	0.2791	0.1332	0.2532	0.1273	0.3484	0.2916	0.3484	0.2486	0.2236	0.2134	0.2236	0.2246
chr2R	4685577	4685998	chr2R:4685578-4685998	FBgn0024189	sns	stage11,stage14,stage5	none	sns	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2974	0.2073	0.3877	0.2991	0.0944	0.3442	0.1254	0.2885	0.0944	0.5465	0.4193	0.5465	0.3571	0.3798	0.3166	0.3798	0.3361
chr2R	4687803	4687960	chr2R:4687804-4687960	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0544	0.0627	0.0708	0.027	0.0159	0.1417	0.042	0.0493	0.0159	0.2077	0.0392	0.2077	0.0263	0.0605	0.0142	0.0605	0.0104
chr2R	4689470	4689710	chr2R:4689471-4689710	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0747	0.0683	0.0944	0.0603	0.0117	0.1485	0.0363	0.0773	0.0117	0.2874	0.0608	0.2874	0.024	0.2443	0.0251	0.2443	0.0083
chr2R	4692523	4692722	chr2R:4692524-4692722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0287	0.0279	0.0343	0.0235	0.0095	0.0408	0.0342	0.0247	0.0095	0.0809	0.0151	0.0809	0.0116	0.0498	0.0077	0.0498	0.0094
chr2R	4693469	4693822	chr2R:4693470-4693822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0363	0.0531	0.0313	0.0231	0.0297	0.0675	0.0619	0.0633	0.0297	0.087	0.0203	0.087	0.0116	0.0727	0.0155	0.0727	0.0063
chr2R	4694894	4695045	chr2R:4694895-4695045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.0234	0.0212	0.0171	0.0085	0.0248	0.0355	0.0253	0.0085	0.0489	0.017	0.0489	0.0132	0.0444	0.0219	0.0444	0.0047
chr2R	4696033	4696254	chr2R:4696034-4696254	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0359	0.0515	0.0362	0.0181	0.0308	0.049	0.0623	0.0693	0.0308	0.0737	0.0334	0.0737	0.0232	0.0452	0.0071	0.0452	0.0083
chr2R	4701906	4702079	chr2R:4701907-4702079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0216	0.0206	0.0235	0.0207	0.0148	0.0233	0.0247	0.02	0.0148	0.0622	0.0167	0.0622	0.0062	0.0559	0.0071	0.0559	0.0057
chr2R	4708630	4708781	chr2R:4708631-4708781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0128	0.0105	0.0128	0.0153	0.0053	0.0126	0.0143	0.0107	0.0053	0.0344	0.008	0.0344	0.0077	0.0391	0.0013	0.0391	0.0036
chr2R	4709492	4709643	chr2R:4709493-4709643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0155	0.011	0.0145	0.0217	0.0053	0.017	0.0143	0.008	0.0053	0.0374	0.0087	0.0374	0.007	0.049	0.0077	0.049	0.0073
chr2R	4712935	4713124	chr2R:4712936-4713124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0163	0.0171	0.0155	0.0163	0.0032	0.0184	0.0268	0.0173	0.0032	0.0411	0.008	0.0411	0.0077	0.062	0.0045	0.062	0.0042
chr2R	4720242	4720393	chr2R:4720243-4720393	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0233	0.0406	0.0152	0.0127	0.0255	0.0175	0.0848	0.026	0.0255	0.0405	0.0084	0.0405	0.007	0.0398	0.0077	0.0398	0.0052
chr2R	4726236	4726387	chr2R:4726237-4726387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0107	0.0083	0.0112	0.0127	0.0011	0.0078	0.0151	0.008	0.0011	0.0374	0.0064	0.0374	0.0031	0.0467	0.0045	0.0467	0.0057
chr2R	4735326	4735477	chr2R:4735327-4735477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0154	0.0122	0.015	0.0194	0.0085	0.0131	0.0186	0.0093	0.0085	0.0447	0.0084	0.0447	0.0077	0.0712	0.0077	0.0712	0.0052
chr2R	4739999	4740150	chr2R:4740000-4740150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0131	0.0115	0.0145	0.0134	0.0042	0.0131	0.0177	0.0127	0.0042	0.0441	0.0093	0.0441	0.0039	0.0513	0.0077	0.0513	0.0021
chr2R	4747118	4747322	chr2R:4747119-4747322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0611	0.0408	0.0678	0.0765	0.0201	0.05	0.0489	0.038	0.0201	0.1449	0.0524	0.1449	0.0658	0.1616	0.0735	0.1616	0.0662
chr2R	4747743	4747961	chr2R:4747744-4747961	FBgn0011286	Rya-r44F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0884	0.0492	0.1076	0.111	0.0255	0.0636	0.0619	0.0486	0.0255	0.2409	0.0688	0.2409	0.1286	0.2312	0.0909	0.2312	0.1334
chr2R	4748152	4748367	chr2R:4748153-4748367	FBgn0011286	Rya-r44F	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0602	0.0323	0.0772	0.0727	0.0106	0.0539	0.0389	0.0253	0.0106	0.2349	0.0341	0.2349	0.0612	0.219	0.0393	0.219	0.0625
chr2R	4750010	4750245	chr2R:4750011-4750245	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1194	0.1241	0.1146	0.1193	0.0721	0.1597	0.1427	0.1272	0.0721	0.2518	0.0627	0.2518	0.134	0.2182	0.0851	0.2182	0.1157
chr2R	4751267	4751418	chr2R:4751268-4751418	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.016	0.0125	0.0178	0.0181	0.0085	0.0121	0.0177	0.012	0.0085	0.0447	0.0113	0.0447	0.0139	0.049	0.0039	0.049	0.0078
chr2R	4753628	4753779	chr2R:4753629-4753779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0195	0.0255	0.0207	0.0114	0.0159	0.0218	0.0402	0.0286	0.0159	0.0417	0.0199	0.0417	0.0147	0.0214	0.009	0.0214	0.0125
chr2R	4753870	4754056	chr2R:4753871-4754056	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0354	0.0496	0.039	0.0157	0.0371	0.0422	0.0774	0.048	0.0371	0.0658	0.045	0.0658	0.0186	0.0276	0.0148	0.0276	0.0182
chr2R	4776382	4776533	chr2R:4776383-4776533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0213	0.0201	0.0178	0.0265	0.0053	0.0233	0.0298	0.0207	0.0053	0.032	0.0132	0.032	0.0201	0.0704	0.0116	0.0704	0.0287
chr2R	4778830	4779024	chr2R:4778831-4779024	FBgn0021825,FBgn0033337	CG8272,Dmn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1592	0.1431	0.1779	0.1568	0.1113	0.1592	0.1514	0.1799	0.1113	0.2264	0.1887	0.2264	0.1913	0.183	0.1528	0.183	0.1996
chr2R	4779191	4779390	chr2R:4779192-4779390	FBgn0021825,FBgn0033337	CG8272,Dmn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1111	0.0941	0.1329	0.1061	0.0573	0.1131	0.1012	0.1193	0.0573	0.163	0.1386	0.163	0.1534	0.1103	0.1103	0.1103	0.1329
chr2R	4780703	4780854	chr2R:4780704-4780854	FBgn0033339	sec31	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0444	0.0406	0.0548	0.037	0.0265	0.0374	0.0515	0.054	0.0265	0.0773	0.0572	0.0773	0.0558	0.0475	0.0316	0.0475	0.0464
chr2R	4781009	4781188	chr2R:4781010-4781188	FBgn0033339	sec31	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1547	0.1493	0.1787	0.1344	0.0965	0.167	0.1799	0.1732	0.0965	0.2089	0.2096	0.2089	0.1588	0.1263	0.1541	0.1263	0.1678
chr2R	4781237	4781427	chr2R:4781238-4781427	FBgn0033339	sec31	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0846	0.087	0.1028	0.0618	0.0456	0.0917	0.109	0.1019	0.0456	0.1051	0.1257	0.1051	0.0914	0.0513	0.0645	0.0513	0.0855
chr2R	4783154	4783305	chr2R:4783155-4783305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0227	0.0305	0.0338	0.0021	0.0257	0.0346	0.0247	0.0021	0.0229	0.0325	0.0229	0.0581	0.0168	0.0116	0.0168	0.0943
chr2R	4787658	4787825	chr2R:4787659-4787825	FBgn0027513,FBgn0033340	CG13751,ana2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1305	0.1061	0.1739	0.1102	0.0647	0.1184	0.1129	0.1499	0.0647	0.2283	0.1894	0.2283	0.1673	0.1355	0.0993	0.1355	0.1313
chr2R	4787988	4788142	chr2R:4787989-4788142	FBgn0027513,FBgn0033340	CG13751,ana2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0474	0.0354	0.0643	0.0422	0.0223	0.0398	0.0372	0.0506	0.0223	0.0749	0.0691	0.0749	0.0767	0.0368	0.0484	0.0368	0.0568
chr2R	4788814	4789008	chr2R:4788815-4789008	FBgn0004921,FBgn0033341	Ggamma1,MrgBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1719	0.1474	0.2142	0.1528	0.0912	0.1704	0.1574	0.2025	0.0912	0.2548	0.2302	0.2548	0.2215	0.1501	0.1612	0.1501	0.2001
chr2R	4789297	4789495	chr2R:4789298-4789495	FBgn0004921,FBgn0033341	Ggamma1,MrgBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.0642	0.0855	0.0614	0.0382	0.0767	0.0709	0.0773	0.0382	0.1051	0.0923	0.1051	0.0922	0.0681	0.058	0.0681	0.0818
chr2R	4794108	4794316	chr2R:4794109-4794316	FBgn0033342	CG8258	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.0586	0.0901	0.0602	0.0371	0.0743	0.0623	0.064	0.0371	0.119	0.0965	0.119	0.0937	0.0628	0.0619	0.0628	0.0823
chr2R	4794423	4794603	chr2R:4794424-4794603	FBgn0033342,FBgn0050349	CG30349,CG8258	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1393	0.122	0.1697	0.1252	0.0774	0.1587	0.1254	0.1432	0.0774	0.2301	0.1817	0.2301	0.1751	0.1317	0.1341	0.1317	0.1725
chr2R	4794938	4795134	chr2R:4794939-4795134	FBgn0033342,FBgn0050349	CG30349,CG8258	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1499	0.1221	0.1876	0.1397	0.0657	0.1602	0.1112	0.1606	0.0657	0.2476	0.1955	0.2476	0.2037	0.1685	0.1393	0.1685	0.185
chr2R	4800762	4800913	chr2R:4800763-4800913	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0317	0.0338	0.032	0.0138	0.0301	0.0428	0.046	0.0138	0.0411	0.0386	0.0411	0.0294	0.0337	0.0297	0.0337	0.0328
chr2R	4801272	4801698	chr2R:4801273-4801698	FBgn0002552,FBgn0003074	Pgi,lin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1947	0.2139	0.2124	0.1539	0.1633	0.2102	0.2522	0.2685	0.1633	0.2458	0.2466	0.2458	0.1882	0.1876	0.156	0.1876	0.1657
chr2R	4801945	4802116	chr2R:4801946-4802116	FBgn0002552,FBgn0003074	Pgi,lin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1919	0.1823	0.2209	0.1707	0.1389	0.2044	0.2067	0.2192	0.1389	0.2579	0.2489	0.2579	0.2084	0.1662	0.1676	0.1662	0.2282
chr2R	4802440	4802591	chr2R:4802441-4802591	FBgn0002552	lin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0551	0.0607	0.0629	0.0404	0.0403	0.0563	0.0861	0.0606	0.0403	0.0803	0.0752	0.0803	0.0612	0.0253	0.0535	0.0253	0.0563
chr2R	4803172	4803328	chr2R:4803173-4803328	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0327	0.0603	0.025	0.0102	0.0456	0.0316	0.1129	0.0533	0.0456	0.0423	0.0248	0.0423	0.0263	0.0161	0.0103	0.0161	0.013
chr2R	4807603	4807754	chr2R:4807604-4807754	FBgn0033347	CG8248	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0254	0.029	0.0261	0.0205	0.017	0.0383	0.0385	0.0253	0.017	0.0459	0.0199	0.0459	0.024	0.0161	0.0129	0.0161	0.0177
chr2R	4807847	4807998	chr2R:4807848-4807998	FBgn0033347	CG8248	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0312	0.0247	0.0182	0.018	0.0262	0.0489	0.0313	0.018	0.038	0.0222	0.038	0.024	0.0138	0.011	0.0138	0.0162
chr2R	4810191	4810376	chr2R:4810192-4810376	FBgn0033348,FBgn0033349	CG8243,CG8247	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1443	0.1302	0.1808	0.1199	0.087	0.1573	0.1349	0.1646	0.087	0.2216	0.1923	0.2216	0.1828	0.1302	0.1219	0.1302	0.1537
chr2R	4810475	4810709	chr2R:4810476-4810709	FBgn0033348,FBgn0033349	CG8243,CG8247	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0783	0.0673	0.1009	0.0659	0.035	0.0956	0.0675	0.0746	0.035	0.1304	0.1061	0.1304	0.1185	0.0697	0.0671	0.0697	0.099
chr2R	4812782	4812979	chr2R:4812783-4812979	FBgn0033350	CG8237	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0654	0.0784	0.0535	0.0435	0.068	0.0787	0.0806	0.0435	0.087	0.0887	0.087	0.0891	0.0597	0.0464	0.0597	0.0735
chr2R	4813069	4813244	chr2R:4813070-4813244	FBgn0033350	CG8237	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1317	0.1206	0.1596	0.1135	0.0732	0.1417	0.1345	0.1506	0.0732	0.1824	0.1842	0.1824	0.1681	0.1302	0.1135	0.1302	0.1527
chr2R	4815566	4815739	chr2R:4815567-4815739	FBgn0033351,FBgn0033352	CG8232,CG8235	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1546	0.1305	0.1859	0.1472	0.0806	0.1495	0.1501	0.1546	0.0806	0.2434	0.1974	0.2434	0.1844	0.157	0.1399	0.157	0.2001
chr2R	4815833	4815993	chr2R:4815834-4815993	FBgn0033351,FBgn0033352	CG8232,CG8235	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0718	0.0457	0.0858	0.0855	0.0191	0.0597	0.0515	0.054	0.0191	0.0936	0.0961	0.0936	0.1131	0.0926	0.0954	0.0926	0.1141
chr2R	4827004	4827243	chr2R:4827005-4827243	FBgn0033354	FANCI	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0591	0.0613	0.0702	0.0444	0.035	0.0733	0.0692	0.0759	0.035	0.0839	0.0781	0.0839	0.0751	0.0482	0.0413	0.0482	0.0651
chr2R	4827285	4827462	chr2R:4827286-4827462	FBgn0033354,FBgn0033355	CG13748,FANCI	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0828	0.084	0.0948	0.0682	0.0551	0.0903	0.0952	0.1046	0.0551	0.1027	0.1096	0.1027	0.11	0.0789	0.0696	0.0789	0.0985
chr2R	4827773	4827924	chr2R:4827774-4827924	FBgn0033354,FBgn0033355	CG13748,FANCI	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0221	0.0231	0.0195	0.0085	0.0228	0.032	0.0227	0.0085	0.0266	0.0299	0.0266	0.0217	0.0222	0.0245	0.0222	0.0261
chr2R	4830613	4830764	chr2R:4830614-4830764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0283	0.037	0.0242	0.0231	0.0095	0.0383	0.0463	0.0493	0.0095	0.0205	0.0241	0.0205	0.031	0.01	0.0116	0.01	0.0167
chr2R	4834793	4834964	chr2R:4834794-4834964	FBgn0027607	CG8230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1384	0.1108	0.1747	0.1292	0.0626	0.1291	0.1207	0.1419	0.0626	0.2023	0.1887	0.2023	0.2099	0.1401	0.1309	0.1401	0.1694
chr2R	4836687	4836887	chr2R:4836688-4836887	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0385	0.0289	0.041	0.0464	0.0085	0.034	0.0441	0.0293	0.0085	0.0356	0.0341	0.0356	0.0899	0.023	0.0123	0.023	0.1339
chr2R	4838273	4838424	chr2R:4838274-4838424	FBgn0033356,FBgn0053199	CG33199,CG8229	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0757	0.0641	0.0902	0.0728	0.0361	0.0772	0.0753	0.074	0.0361	0.0972	0.1026	0.0972	0.11	0.0689	0.0729	0.0689	0.0985
chr2R	4838505	4838692	chr2R:4838506-4838692	FBgn0033356,FBgn0053199	CG33199,CG8229	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1874	0.1686	0.2291	0.1625	0.1018	0.201	0.1968	0.1932	0.1018	0.2893	0.2502	0.2893	0.2161	0.1685	0.1593	0.1685	0.2053
chr2R	4838941	4839571	chr2R:4838942-4839571	FBgn0011300,FBgn0033356,FBgn0033357,FBgn0053199	CG33199,CG8229,Tom7,babo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2611	0.2469	0.3009	0.2333	0.1824	0.2752	0.2725	0.3058	0.1824	0.3472	0.3421	0.3472	0.2851	0.2297	0.2386	0.2297	0.2835
chr2R	4839730	4839898	chr2R:4839731-4839898	FBgn0011300	babo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1677	0.1558	0.1984	0.1473	0.1166	0.1835	0.1739	0.1859	0.1166	0.2579	0.2129	0.2579	0.2122	0.1432	0.1496	0.1432	0.1824
chr2R	4844734	4844901	chr2R:4844735-4844901	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0221	0.0369	0.0162	0.012	0.0318	0.0243	0.0593	0.0366	0.0318	0.0181	0.019	0.0181	0.0116	0.0084	0.0142	0.0084	0.0094
chr2R	4864813	4864971	chr2R:4864814-4864971	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0263	0.0349	0.0272	0.0201	0.0189	0.0398	0.03	0.0201	0.0296	0.0556	0.0296	0.0294	0.013	0.0748	0.013	0.0255
chr2R	4866092	4866243	chr2R:4866093-4866243	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0095	0.0085	0.009	0.0113	0.0011	0.0092	0.0121	0.0073	0.0011	0.006	0.0148	0.006	0.007	0.0038	0.0348	0.0038	0.0078
chr2R	4867044	4867195	chr2R:4867045-4867195	distal	distal	none	none	VT13835.1	VT13835.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0112	0.0113	0.0109	0.0113	0.0064	0.0068	0.0212	0.0113	0.0064	0.0054	0.0193	0.0054	0.007	0.0069	0.0329	0.0069	0.0057
chr2R	4872567	4872808	chr2R:4872568-4872808	FBgn0033359	CG8213	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0474	0.071	0.0497	0.0185	0.0361	0.0558	0.0727	0.1252	0.0361	0.0133	0.1003	0.0133	0.0163	0.0046	0.0683	0.0046	0.0052
chr2R	4873034	4873185	chr2R:4873035-4873185	FBgn0033359	CG8213	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.071	0.0705	0.092	0.0486	0.0488	0.0636	0.0774	0.1019	0.0488	0.026	0.191	0.026	0.0325	0.0107	0.1799	0.0107	0.0135
chr2R	4873258	4873485	chr2R:4873259-4873485	FBgn0033359	CG8213	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.117	0.131	0.1494	0.066	0.1092	0.1175	0.1393	0.1912	0.1092	0.0845	0.2878	0.0845	0.0519	0.0184	0.2386	0.0184	0.0255
chr2R	4879856	4880067	chr2R:4879857-4880067	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0699	0.0719	0.0693	0.0682	0.0488	0.0757	0.0934	0.0799	0.0488	0.0839	0.0842	0.0839	0.0643	0.0674	0.098	0.0674	0.0808
chr2R	4880136	4880287	chr2R:4880137-4880287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.0224	0.0236	0.0234	0.0201	0.0276	0.0194	0.0329	0.0227	0.0276	0.0272	0.0305	0.0272	0.0201	0.0168	0.0355	0.0168	0.0208
chr2R	4880290	4880441	chr2R:4880291-4880441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0232	0.0207	0.0251	0.024	0.0138	0.0175	0.0333	0.02	0.0138	0.032	0.0289	0.032	0.0279	0.0176	0.0387	0.0176	0.0261
chr2R	4882970	4883128	chr2R:4882971-4883128	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0182	0.0286	0.016	0.0064	0.017	0.0242	0.024	0.0064	0.0223	0.0492	0.0223	0.0155	0.0092	0.0484	0.0092	0.0068
chr2R	4885681	4885832	chr2R:4885682-4885832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0109	0.0108	0.0107	0.0111	0.0042	0.0087	0.0182	0.0113	0.0042	0.0127	0.0135	0.0127	0.007	0.0038	0.0361	0.0038	0.0047
chr2R	4886851	4887002	chr2R:4886852-4887002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0098	0.0142	0.0128	0.0021	0.0097	0.0134	0.0113	0.0021	0.0072	0.0238	0.0072	0.0116	0.0023	0.0458	0.0023	0.0068
chr2R	4887384	4887535	chr2R:4887385-4887535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.011	0.0093	0.0115	0.0123	0.0021	0.0083	0.0208	0.0047	0.0021	0.0036	0.019	0.0036	0.0139	0.0077	0.0387	0.0077	0.0047
chr2R	4892826	4892977	chr2R:4892827-4892977	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0283	0.0131	0.0343	0.0387	0.0064	0.0112	0.0212	0.0127	0.0064	0.0121	0.0662	0.0121	0.0217	0.0046	0.1515	0.0046	0.0078
chr2R	4893015	4893166	chr2R:4893016-4893166	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0108	0.024	0.039	0.0074	0.0087	0.0195	0.0073	0.0074	0.0079	0.0466	0.0079	0.0155	0.0046	0.1489	0.0046	0.0104
chr2R	4894035	4894381	chr2R:4894036-4894381	FBgn0085379	CG34350	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0758	0.05	0.1024	0.0755	0.0297	0.0646	0.0593	0.0546	0.0297	0.0604	0.1662	0.0604	0.0953	0.0352	0.2392	0.0352	0.0391
chr2R	4894435	4894693	chr2R:4894436-4894693	FBgn0085379	CG34350	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0937	0.0967	0.1107	0.0719	0.0764	0.115	0.1042	0.1219	0.0764	0.1093	0.1495	0.1093	0.103	0.0704	0.1322	0.0704	0.0818
chr2R	4894748	4894931	chr2R:4894749-4894931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.034	0.0351	0.0404	0.0259	0.0159	0.0374	0.0489	0.0406	0.0159	0.0453	0.0534	0.0453	0.0356	0.0245	0.0419	0.0245	0.0307
chr2R	4899561	4899763	chr2R:4899562-4899763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0297	0.027	0.0251	0.0376	0.0159	0.0243	0.0363	0.032	0.0159	0.0115	0.0453	0.0115	0.0178	0.0046	0.1425	0.0046	0.013
chr2R	4901050	4901201	chr2R:4901051-4901201	FBgn0033362	CG8172	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0111	0.0131	0.0181	0.0106	0.0078	0.0186	0.0093	0.0106	0.0103	0.0199	0.0103	0.0108	0.0038	0.0664	0.0038	0.0057
chr2R	4904702	4904853	chr2R:4904703-4904853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.0103	0.0108	0.0135	0.0095	0.0092	0.0134	0.0127	0.0095	0.0072	0.019	0.0072	0.0039	0.0069	0.0387	0.0069	0.0104
chr2R	4914922	4915073	chr2R:4914923-4915073	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0123	0.0136	0.0136	0.0021	0.0087	0.0212	0.0173	0.0021	0.0072	0.0244	0.0072	0.007	0.0031	0.0458	0.0031	0.0083
chr2R	4915942	4916157	chr2R:4915943-4916157	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0133	0.0249	0.0402	0.0064	0.0092	0.0234	0.014	0.0064	0.0085	0.0531	0.0085	0.0085	0.0023	0.1612	0.0023	0.0099
chr2R	4916177	4916328	chr2R:4916178-4916328	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.016	0.0226	0.0302	0.0085	0.0097	0.0268	0.0213	0.0085	0.0115	0.0424	0.0115	0.0116	0.0061	0.1083	0.0061	0.0104
chr2R	4918471	4918622	chr2R:4918472-4918622	FBgn0033365	CG8170	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.01	0.008	0.0246	0.0042	0.0107	0.0164	0.0093	0.0042	0.0024	0.0129	0.0024	0.0085	0.0061	0.0722	0.0061	0.0208
chr2R	4924137	4924296	chr2R:4924138-4924296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0121	0.0231	0.0237	0.0042	0.0141	0.0173	0.0127	0.0042	0.0139	0.0418	0.0139	0.0101	0.0061	0.0909	0.0061	0.0052
chr2R	4927015	4927210	chr2R:4927016-4927210	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0591	0.0975	0.0668	0.0445	0.0617	0.0709	0.0746	0.0445	0.0888	0.1267	0.0888	0.1154	0.0651	0.0851	0.0651	0.0928
chr2R	4927417	4927568	chr2R:4927418-4927568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.022	0.0196	0.0283	0.0178	0.0085	0.0136	0.0303	0.0213	0.0085	0.0229	0.0347	0.0229	0.038	0.01	0.0264	0.01	0.0266
chr2R	4933101	4933252	chr2R:4933102-4933252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.016	0.0204	0.011	0.0085	0.0136	0.0221	0.0233	0.0085	0.0278	0.0193	0.0278	0.0263	0.0115	0.0148	0.0115	0.0156
chr2R	4938026	4938177	chr2R:4938027-4938177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0226	0.0074	0.0052	0.017	0.0131	0.0463	0.0147	0.017	0.0066	0.0084	0.0066	0.0124	0.0046	0.0077	0.0046	0.0073
chr2R	4943636	4943793	chr2R:4943637-4943793	distal	distal	none	none	VT13877.1	VT13877.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0214	0.0301	0.0263	0.0085	0.0267	0.0272	0.024	0.0085	0.0284	0.0312	0.0284	0.0581	0.0222	0.0277	0.0222	0.0495
chr2R	4943857	4944008	chr2R:4943858-4944008	distal	distal	none	none	VT13877.1	VT13877.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0217	0.0244	0.0173	0.0053	0.0223	0.0385	0.0167	0.0053	0.0272	0.0264	0.0272	0.0356	0.013	0.0206	0.013	0.0255
chr2R	4947582	4947797	chr2R:4947583-4947797	FBgn0033368	CG13743	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0265	0.0115	0.0142	0.0568	0.0042	0.0121	0.0195	0.0073	0.0042	0.0121	0.0141	0.0121	0.0256	0.0161	0.0529	0.0161	0.0761
chr2R	4949410	4949581	chr2R:4949411-4949581	FBgn0033369	CG8197	none	none	ana_spot	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0327	0.049	0.0274	0.0127	0.034	0.0359	0.0513	0.0127	0.07	0.0489	0.07	0.0604	0.0368	0.038	0.0368	0.038
chr2R	4954925	4955076	chr2R:4954926-4955076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0138	0.0118	0.0141	0.0156	0.0042	0.0107	0.0216	0.0087	0.0042	0.0139	0.0113	0.0139	0.0302	0.01	0.009	0.01	0.036
chr2R	4955967	4956154	chr2R:4955968-4956154	FBgn0011746	ana	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0616	0.0239	0.0904	0.0723	0.0117	0.0345	0.0255	0.026	0.0117	0.0707	0.1151	0.0707	0.158	0.0444	0.0806	0.0444	0.1569
chr2R	4956470	4956688	chr2R:4956471-4956688	FBgn0011746	ana	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0173	0.0292	0.0244	0.0095	0.0184	0.0208	0.024	0.0095	0.0211	0.0354	0.0211	0.0558	0.0115	0.0245	0.0115	0.0521
chr2R	4958344	4958501	chr2R:4958345-4958501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0193	0.0308	0.0256	0.0095	0.018	0.0199	0.0326	0.0095	0.0248	0.0437	0.0248	0.0387	0.0314	0.0426	0.0314	0.0323
chr2R	4959587	4959867	chr2R:4959588-4959867	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0527	0.0449	0.0695	0.043	0.0191	0.0456	0.0415	0.0746	0.0191	0.026	0.1386	0.026	0.0333	0.0345	0.1264	0.0345	0.0229
chr2R	4959922	4960074	chr2R:4959923-4960074	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.0323	0.0463	0.0234	0.0159	0.0345	0.0281	0.0573	0.0159	0.0121	0.0929	0.0121	0.0256	0.0191	0.0658	0.0191	0.012
chr2R	4960120	4960309	chr2R:4960121-4960309	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.0302	0.0395	0.0245	0.0117	0.0301	0.0316	0.0466	0.0117	0.0109	0.0794	0.0109	0.0232	0.0153	0.0632	0.0153	0.0214
chr2R	4963176	4963358	chr2R:4963177-4963358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0267	0.041	0.0224	0.018	0.0272	0.0298	0.0353	0.018	0.0471	0.0527	0.0471	0.0434	0.023	0.0329	0.023	0.0365
chr2R	4963471	4963658	chr2R:4963472-4963658	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0505	0.0363	0.0765	0.0379	0.0255	0.0388	0.0415	0.044	0.0255	0.0864	0.0945	0.0864	0.0813	0.0406	0.0503	0.0406	0.0651
chr2R	4965231	4965405	chr2R:4965232-4965405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0204	0.0265	0.0209	0.0131	0.0095	0.0296	0.0303	0.042	0.0095	0.0145	0.0215	0.0145	0.0403	0.0061	0.0193	0.0061	0.0245
chr2R	4966215	4966412	chr2R:4966216-4966412	FBgn0025709	CG8083	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0248	0.0294	0.0258	0.0138	0.0233	0.032	0.036	0.0138	0.0145	0.0492	0.0145	0.0325	0.0092	0.0825	0.0092	0.0156
chr2R	4974598	4974749	chr2R:4974599-4974749	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0349	0.0395	0.0169	0.0201	0.0393	0.0441	0.0406	0.0201	0.0525	0.0444	0.0525	0.0356	0.0176	0.0181	0.0176	0.0214
chr2R	4974839	4975196	chr2R:4974840-4975196	FBgn0010220,FBgn0033372	CG13742,Dbp45A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.094	0.0886	0.1228	0.0685	0.0657	0.1019	0.09	0.1193	0.0657	0.154	0.1273	0.154	0.1387	0.0789	0.0703	0.0789	0.0875
chr2R	4975254	4975425	chr2R:4975255-4975425	FBgn0010220,FBgn0033372	CG13742,Dbp45A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1026	0.0917	0.1278	0.0872	0.0668	0.1053	0.0934	0.1272	0.0668	0.1715	0.1363	0.1715	0.1325	0.1041	0.0928	0.1041	0.11
chr2R	4975501	4975667	chr2R:4975502-4975667	FBgn0010220,FBgn0033372	CG13742,Dbp45A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0522	0.0723	0.0465	0.0233	0.0626	0.061	0.0653	0.0233	0.0827	0.0839	0.0827	0.0852	0.0498	0.0522	0.0498	0.0625
chr2R	4979791	4979942	chr2R:4979792-4979942	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0414	0.0345	0.0472	0.0426	0.0127	0.0515	0.0359	0.0393	0.0127	0.0399	0.0441	0.0399	0.1038	0.0398	0.029	0.0398	0.0839
chr2R	4980159	4980643	chr2R:4980160-4980643	FBgn0033373	CG8080	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1478	0.1287	0.1515	0.1649	0.0573	0.1825	0.1267	0.1446	0.0573	0.157	0.1273	0.157	0.3091	0.1508	0.1206	0.1508	0.3038
chr2R	4982121	4982272	chr2R:4982122-4982272	FBgn0033374	CG13741	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0571	0.0508	0.0632	0.0575	0.017	0.0646	0.0575	0.0633	0.017	0.0634	0.0714	0.0634	0.0883	0.049	0.0825	0.049	0.0776
chr2R	4982653	4982844	chr2R:4982654-4982844	FBgn0033374,FBgn0082981,FBgn0083124,FBgn0086672	CG13741,Uhg4,snoRNA:Or-aca5,snoRNA:Psi28S-2949	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.175	0.153	0.2151	0.1557	0.0965	0.1879	0.1505	0.2145	0.0965	0.2868	0.2232	0.2868	0.2246	0.1845	0.1831	0.1845	0.1871
chr2R	4983277	4983494	chr2R:4983278-4983494	FBgn0082928,FBgn0082943,FBgn0082981,FBgn0083124,FBgn0086672	Uhg4,snoRNA:Me28S-A982a,snoRNA:Me28S-G3255a,snoRNA:Or-aca5,snoRNA:Psi28S-2949	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0908	0.0993	0.1081	0.0624	0.0509	0.1267	0.1034	0.1266	0.0509	0.1649	0.1103	0.1649	0.1077	0.0873	0.0567	0.0873	0.074
chr2R	4984546	4984747	chr2R:4984547-4984747	FBgn0082927,FBgn0086603	snoRNA:Me28S-G3255b,snoRNA:Or-CD2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0735	0.081	0.0475	0.0403	0.1053	0.0692	0.0839	0.0403	0.1232	0.0842	0.1232	0.0937	0.0697	0.0471	0.0697	0.0714
chr2R	4984909	4985469	chr2R:4984910-4985469	FBgn0086603	snoRNA:Or-CD2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1662	0.1524	0.2237	0.1185	0.0732	0.2393	0.1306	0.1819	0.0732	0.3116	0.2312	0.3116	0.3137	0.1953	0.0948	0.1953	0.1829
chr2R	4985594	4985810	chr2R:4985595-4985810	FBgn0033375,FBgn0033376	CG8078,CG8777	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0938	0.0756	0.1308	0.0735	0.035	0.116	0.0644	0.0926	0.035	0.1751	0.1415	0.1751	0.1603	0.0972	0.0748	0.0972	0.1021
chr2R	4985916	4986101	chr2R:4985917-4986101	FBgn0033375,FBgn0033376	CG8078,CG8777	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1098	0.0904	0.1546	0.0824	0.053	0.1272	0.0835	0.1106	0.053	0.2132	0.1704	0.2132	0.1565	0.1049	0.0916	0.1049	0.1079
chr2R	4986194	4986349	chr2R:4986195-4986349	FBgn0033375,FBgn0033376	CG8078,CG8777	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0595	0.0496	0.0838	0.044	0.0233	0.0612	0.051	0.0633	0.0233	0.1184	0.092	0.1184	0.0821	0.0597	0.0496	0.0597	0.0516
chr2R	4990373	4990575	chr2R:4990374-4990575	FBgn0015838	Vang	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.074	0.0728	0.0877	0.0604	0.0403	0.0801	0.0874	0.0926	0.0403	0.1159	0.0887	0.1159	0.0999	0.0804	0.0709	0.0804	0.073
chr2R	4990633	4990811	chr2R:4990634-4990811	FBgn0015838	Vang	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1331	0.1241	0.1558	0.1181	0.088	0.1471	0.141	0.1479	0.088	0.192	0.1672	0.192	0.1681	0.1531	0.1096	0.1531	0.1438
chr2R	4990855	4991054	chr2R:4990856-4991054	FBgn0015838	Vang	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0756	0.0664	0.0923	0.0677	0.0414	0.0825	0.0718	0.0826	0.0414	0.1039	0.1023	0.1039	0.1115	0.0789	0.0735	0.0789	0.0844
chr2R	4993279	4993430	chr2R:4993280-4993430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0284	0.0289	0.027	0.0294	0.0138	0.0291	0.0363	0.0413	0.0138	0.0284	0.0293	0.0284	0.0341	0.0237	0.0135	0.0237	0.0724
chr2R	4996637	4996788	chr2R:4996638-4996788	FBgn0033377	Pmm45A	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0364	0.0319	0.0425	0.0348	0.018	0.0398	0.0376	0.0353	0.018	0.0411	0.0412	0.0411	0.0612	0.0283	0.0213	0.0283	0.0677
chr2R	4997053	4997276	chr2R:4997054-4997276	FBgn0033377	Pmm45A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1064	0.098	0.127	0.0932	0.0509	0.135	0.1034	0.1113	0.0509	0.1461	0.1296	0.1461	0.1487	0.0781	0.0767	0.0781	0.147
chr2R	4998207	4998400	chr2R:4998208-4998400	FBgn0033378	tsu	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1521	0.1462	0.1839	0.1238	0.1082	0.1782	0.1466	0.1852	0.1082	0.2271	0.2013	0.2271	0.1875	0.1302	0.1115	0.1302	0.1595
chr2R	4998445	4998628	chr2R:4998446-4998628	FBgn0033378	tsu	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1123	0.0975	0.1443	0.0937	0.07	0.1243	0.0965	0.1173	0.07	0.1914	0.1521	0.1914	0.1518	0.1103	0.0819	0.1103	0.1225
chr2R	5001363	5001546	chr2R:5001364-5001546	FBgn0033379,FBgn0033380	Mys45A,Phax	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1193	0.1154	0.1398	0.1011	0.0732	0.1301	0.1349	0.1346	0.0732	0.1884	0.1434	0.1884	0.141	0.1141	0.1083	0.1141	0.1282
chr2R	5001713	5001886	chr2R:5001714-5001886	FBgn0033379,FBgn0033380	Mys45A,Phax	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1173	0.1148	0.1392	0.0962	0.0721	0.1388	0.1285	0.1386	0.0721	0.1848	0.1444	0.1848	0.1534	0.1034	0.1006	0.1034	0.1277
chr2R	5001918	5002178	chr2R:5001919-5002178	FBgn0033379,FBgn0033380	Mys45A,Phax	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0795	0.0748	0.1008	0.0616	0.0392	0.0898	0.0861	0.0866	0.0392	0.1371	0.1048	0.1371	0.1108	0.0697	0.06	0.0697	0.0792
chr2R	5003528	5003719	chr2R:5003529-5003719	FBgn0003612	Su(var)2-10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.181	0.1675	0.2265	0.1462	0.1177	0.2044	0.1717	0.2119	0.1177	0.3013	0.2299	0.3013	0.2308	0.1508	0.1573	0.1508	0.1808
chr2R	5003781	5003932	chr2R:5003782-5003932	FBgn0003612	Su(var)2-10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.1124	0.1513	0.1019	0.0806	0.1417	0.1129	0.1319	0.0806	0.2029	0.1524	0.2029	0.1464	0.1064	0.1096	0.1064	0.1308
chr2R	5003979	5004166	chr2R:5003980-5004166	FBgn0003612	Su(var)2-10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1964	0.1785	0.2406	0.1678	0.1135	0.2296	0.1648	0.2492	0.1135	0.311	0.2553	0.311	0.2277	0.1807	0.1754	0.1807	0.2022
chr2R	5004286	5004456	chr2R:5004287-5004456	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0768	0.0819	0.0451	0.0318	0.0956	0.0783	0.1033	0.0318	0.099	0.0916	0.099	0.0674	0.0482	0.0509	0.0482	0.0563
chr2R	5009252	5009458	chr2R:5009253-5009458	FBgn0033381	CG11784	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0623	0.0677	0.074	0.0436	0.0308	0.0743	0.0757	0.0879	0.0308	0.0966	0.083	0.0966	0.0736	0.0482	0.0432	0.0482	0.0516
chr2R	5009491	5009684	chr2R:5009492-5009684	FBgn0033381	CG11784	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1097	0.1047	0.1391	0.083	0.0573	0.1272	0.1168	0.1266	0.0573	0.1751	0.1569	0.1751	0.1464	0.0827	0.098	0.0827	0.1063
chr2R	5009740	5009923	chr2R:5009741-5009923	FBgn0033381	CG11784	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0679	0.0631	0.0888	0.0503	0.0329	0.0733	0.074	0.0753	0.0329	0.0978	0.1064	0.0978	0.0875	0.059	0.0683	0.059	0.0631
chr2R	5010470	5010675	chr2R:5010471-5010675	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0332	0.0356	0.0396	0.0235	0.0233	0.0398	0.0428	0.0433	0.0233	0.0447	0.0363	0.0447	0.0527	0.0176	0.0245	0.0176	0.037
chr2R	5017267	5017418	chr2R:5017268-5017418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0161	0.0209	0.0394	0.0095	0.016	0.0225	0.0167	0.0095	0.0187	0.0209	0.0187	0.0349	0.0145	0.0187	0.0145	0.1126
chr2R	5017669	5017820	chr2R:5017670-5017820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0191	0.0239	0.033	0.0106	0.0189	0.0229	0.026	0.0106	0.0199	0.0235	0.0199	0.0473	0.01	0.02	0.01	0.0922
chr2R	5018073	5018226	chr2R:5018074-5018226	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0302	0.04	0.0415	0.0201	0.0359	0.0333	0.0406	0.0201	0.0266	0.0502	0.0266	0.0565	0.0191	0.0651	0.0191	0.0766
chr2R	5018823	5019226	chr2R:5018824-5019226	FBgn0027561	CG18659	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0973	0.0783	0.1039	0.1114	0.0329	0.0845	0.0973	0.0933	0.0329	0.1178	0.1019	0.1178	0.1232	0.0819	0.0838	0.0819	0.211
chr2R	5019303	5019492	chr2R:5019304-5019492	FBgn0027561	CG18659	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1425	0.1201	0.1635	0.1444	0.1018	0.1272	0.1263	0.1519	0.1018	0.2005	0.1756	0.2005	0.1751	0.1539	0.1373	0.1539	0.1876
chr2R	5019861	5020062	chr2R:5019862-5020062	FBgn0027561,FBgn0033382	CG18659,Hydr1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1894	0.1654	0.2349	0.1663	0.1007	0.1981	0.1743	0.2112	0.1007	0.2965	0.2511	0.2965	0.2262	0.1769	0.1902	0.1769	0.1923
chr2R	5020132	5020353	chr2R:5020133-5020353	FBgn0033382	Hydr1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0909	0.1138	0.0753	0.0509	0.0932	0.1081	0.1179	0.0509	0.1395	0.1264	0.1395	0.11	0.0796	0.0787	0.0796	0.0969
chr2R	5024238	5024389	chr2R:5024239-5024389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0467	0.0353	0.0538	0.0518	0.0138	0.0466	0.0333	0.0506	0.0138	0.0483	0.0531	0.0483	0.11	0.0276	0.0329	0.0276	0.1141
chr2R	5024896	5025047	chr2R:5024897-5025047	FBgn0260972	alc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0341	0.0156	0.036	0.0526	0.0095	0.0272	0.0151	0.012	0.0095	0.038	0.0363	0.038	0.0496	0.0482	0.0348	0.0482	0.11
chr2R	5025366	5025545	chr2R:5025367-5025545	FBgn0028955,FBgn0260972	CG8788,alc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1882	0.1648	0.2232	0.1759	0.1071	0.2131	0.1683	0.1979	0.1071	0.2844	0.2437	0.2844	0.2285	0.1669	0.1921	0.1669	0.234
chr2R	5025683	5026336	chr2R:5025684-5026336	FBgn0028955,FBgn0260972	CG8788,alc	stage11,stage14,stage5	none	CG8788	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2319	0.2493	0.2687	0.1721	0.1421	0.35	0.2262	0.3111	0.1421	0.404	0.2932	0.404	0.2533	0.1838	0.2282	0.1838	0.2418
chr2R	5026411	5026635	chr2R:5026412-5026635	FBgn0028955	CG8788	stage11,stage14,stage5	none	CG8788	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1384	0.1332	0.1774	0.1015	0.0647	0.2131	0.0973	0.1746	0.0647	0.3001	0.1804	0.3001	0.1844	0.1554	0.1328	0.1554	0.1365
chr2R	5026859	5027053	chr2R:5026860-5027053	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0684	0.0562	0.0898	0.0585	0.0223	0.0971	0.045	0.0653	0.0223	0.1244	0.0929	0.1244	0.1162	0.0681	0.0561	0.0681	0.1068
chr2R	5028304	5028455	chr2R:5028305-5028455	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0405	0.0298	0.0549	0.0368	0.0106	0.0432	0.0316	0.032	0.0106	0.0314	0.0685	0.0314	0.11	0.0115	0.0593	0.0115	0.0677
chr2R	5028478	5028629	chr2R:5028479-5028629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0396	0.0295	0.053	0.0361	0.0074	0.0393	0.0368	0.0326	0.0074	0.0393	0.0743	0.0393	0.072	0.0092	0.0896	0.0092	0.0427
chr2R	5030957	5031241	chr2R:5030958-5031241	FBgn0050342,FBgn0086656	Prp38,shrb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.0755	0.1048	0.0616	0.0392	0.083	0.1003	0.0873	0.0392	0.1341	0.1109	0.1341	0.1177	0.0597	0.0716	0.0597	0.0808
chr2R	5031356	5031524	chr2R:5031357-5031524	FBgn0050342,FBgn0086656	Prp38,shrb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1345	0.1246	0.1635	0.1139	0.0838	0.1476	0.1397	0.1499	0.0838	0.212	0.1791	0.212	0.1658	0.121	0.1128	0.121	0.1412
chr2R	5031605	5031756	chr2R:5031606-5031756	FBgn0050342,FBgn0086656	Prp38,shrb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.054	0.0707	0.0464	0.035	0.0641	0.0627	0.0573	0.035	0.0924	0.0788	0.0924	0.0674	0.0544	0.0445	0.0544	0.0599
chr2R	5032403	5032579	chr2R:5032404-5032579	FBgn0050344	CG30344	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0752	0.0698	0.0934	0.0611	0.0456	0.0932	0.0753	0.0713	0.0456	0.1262	0.1039	0.1262	0.0937	0.0681	0.0709	0.0681	0.0928
chr2R	5032671	5032871	chr2R:5032672-5032871	FBgn0050344	CG30344	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1346	0.1153	0.1618	0.1264	0.0679	0.1398	0.125	0.1412	0.0679	0.2023	0.1752	0.2023	0.1875	0.1141	0.1302	0.1141	0.1902
chr2R	5032960	5033144	chr2R:5032961-5033144	FBgn0050344	CG30344	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0845	0.0661	0.0978	0.0904	0.0233	0.0757	0.0792	0.0846	0.0233	0.0984	0.1045	0.0984	0.1448	0.0651	0.0793	0.0651	0.1714
chr2R	5038204	5038355	chr2R:5038205-5038355	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0158	0.0221	0.0157	0.0089	0.0042	0.0359	0.0264	0.0187	0.0042	0.0187	0.0177	0.0187	0.0132	0.0069	0.0084	0.0069	0.0125
chr2R	5052457	5052651	chr2R:5052458-5052651	FBgn0033388	CG8046	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0406	0.0363	0.0402	0.0458	0.0159	0.0432	0.0502	0.0366	0.0159	0.0405	0.0405	0.0405	0.0697	0.0467	0.0277	0.0467	0.0974
chr2R	5052747	5053000	chr2R:5052748-5053000	FBgn0033388,FBgn0033389	CG8046,Rad51C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0536	0.0505	0.0561	0.0544	0.0255	0.0587	0.0597	0.0646	0.0255	0.0507	0.0656	0.0507	0.0728	0.0567	0.0471	0.0567	0.1016
chr2R	5053102	5053279	chr2R:5053103-5053279	FBgn0033389	Rad51C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0942	0.0882	0.1103	0.0831	0.0636	0.0971	0.1021	0.1013	0.0636	0.125	0.1238	0.125	0.1162	0.0904	0.0819	0.0904	0.1157
chr2R	5053348	5053617	chr2R:5053349-5053617	FBgn0033389	Rad51C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0749	0.0799	0.0893	0.0533	0.0498	0.0883	0.0934	0.0893	0.0498	0.0984	0.1074	0.0984	0.079	0.0459	0.0554	0.0459	0.0724
chr2R	5054942	5055120	chr2R:5054943-5055120	FBgn0259728	CG42382	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0936	0.0916	0.1084	0.0795	0.0679	0.1005	0.1055	0.1059	0.0679	0.1232	0.1164	0.1232	0.1278	0.0949	0.0767	0.0949	0.1084
chr2R	5059997	5060148	chr2R:5059998-5060148	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0222	0.0365	0.0199	0.0086	0.0223	0.0189	0.0714	0.0366	0.0223	0.0169	0.0209	0.0169	0.0256	0.0077	0.0071	0.0077	0.0115
chr2R	5064267	5064582	chr2R:5064268-5064582	FBgn0015477	Rme-8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0801	0.0692	0.0867	0.0849	0.0339	0.0786	0.0887	0.0766	0.0339	0.1002	0.0994	0.1002	0.1007	0.0743	0.0741	0.0743	0.148
chr2R	5064713	5064899	chr2R:5064714-5064899	FBgn0015477	Rme-8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.161	0.1456	0.1843	0.1528	0.1071	0.1617	0.17	0.1706	0.1071	0.221	0.2058	0.221	0.1875	0.147	0.1425	0.147	0.2126
chr2R	5065055	5065228	chr2R:5065056-5065228	FBgn0015477	Rme-8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1096	0.1004	0.1202	0.1083	0.0689	0.1204	0.1129	0.1153	0.0689	0.1347	0.1341	0.1347	0.1263	0.1302	0.0993	0.1302	0.1417
chr2R	5065458	5065617	chr2R:5065459-5065617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0346	0.0379	0.0316	0.0138	0.0398	0.045	0.0413	0.0138	0.0423	0.0408	0.0423	0.0519	0.0345	0.0239	0.0345	0.0448
chr2R	5067921	5068094	chr2R:5067922-5068094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0193	0.0079	0.0179	0.0337	0.0011	0.0097	0.0112	0.0073	0.0011	0.0115	0.0132	0.0115	0.0511	0.0459	0.009	0.0459	0.0787
chr2R	5070439	5070590	chr2R:5070440-5070590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0385	0.0333	0.0486	0.0333	0.018	0.0335	0.0407	0.042	0.018	0.0531	0.0537	0.0531	0.0581	0.0429	0.0329	0.0429	0.0485
chr2R	5070657	5070834	chr2R:5070658-5070834	distal	distal	none	none	VT13947.1,unpg_U1	VT13947.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0838	0.0727	0.1008	0.0776	0.0551	0.085	0.0822	0.0786	0.0551	0.1171	0.1135	0.1171	0.1239	0.0888	0.0787	0.0888	0.1271
chr2R	5071003	5071290	chr2R:5071004-5071290	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT13947.1,unpg_U1	VT13947.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0815	0.0641	0.0931	0.0881	0.0361	0.082	0.0753	0.0666	0.0361	0.1014	0.0904	0.1014	0.1588	0.0613	0.0625	0.0613	0.2074
chr2R	5071296	5071452	chr2R:5071297-5071452	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT13947.1,unpg_U1	VT13947.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0534	0.0343	0.0596	0.0678	0.0159	0.0466	0.0342	0.0386	0.0159	0.0513	0.0463	0.0513	0.1479	0.036	0.0303	0.036	0.186
chr2R	5071636	5071847	chr2R:5071637-5071847	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT13947.1,unpg_U1	VT13947.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0431	0.0335	0.0416	0.0556	0.0117	0.0422	0.0428	0.0346	0.0117	0.0308	0.0322	0.0308	0.0999	0.0329	0.0264	0.0329	0.1386
chr2R	5073726	5073920	chr2R:5073727-5073920	FBgn0002567	ltd	stage14	none	unpg_U1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0362	0.0278	0.0327	0.0493	0.018	0.0306	0.0394	0.0227	0.018	0.0187	0.0318	0.0187	0.0697	0.0199	0.0477	0.0199	0.0844
chr2R	5078868	5079315	chr2R:5078869-5079315	FBgn0033391	CG8026	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1126	0.0981	0.1194	0.1213	0.0509	0.1131	0.1267	0.1066	0.0509	0.1353	0.1164	0.1353	0.1634	0.1409	0.1122	0.1409	0.1688
chr2R	5079519	5079711	chr2R:5079520-5079711	FBgn0033391	CG8026	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1488	0.1239	0.1627	0.1615	0.0753	0.1408	0.1505	0.1412	0.0753	0.1745	0.1688	0.1745	0.2068	0.1792	0.1683	0.1792	0.2074
chr2R	5082485	5082689	chr2R:5082486-5082689	FBgn0015561	unpg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.152	0.088	0.2288	0.1393	0.0329	0.1364	0.0679	0.1266	0.0329	0.2675	0.2624	0.2675	0.1805	0.1455	0.1605	0.1455	0.1162
chr2R	5084806	5084957	chr2R:5084807-5084957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0098	0.0217	0.0153	0.0021	0.0107	0.0134	0.0127	0.0021	0.0242	0.0193	0.0242	0.0163	0.0046	0.0052	0.0046	0.0068
chr2R	5087600	5088194	chr2R:5087601-5088194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	unpg_U6	unpg_U6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0675	0.0523	0.0964	0.0528	0.0233	0.0626	0.0428	0.0886	0.0233	0.0634	0.0633	0.0634	0.0341	0.0161	0.0187	0.0161	0.0167
chr2R	5088208	5088359	chr2R:5088209-5088359	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	unpg_U6	unpg_U6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0197	0.0439	0.0242	0.0042	0.0262	0.0199	0.0273	0.0042	0.0211	0.0273	0.0211	0.0093	0.0092	0.0058	0.0092	0.0089
chr2R	5094283	5094441	chr2R:5094284-5094441	FBgn0033392	CG8027	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.044	0.0593	0.0394	0.0201	0.0573	0.0506	0.0493	0.0201	0.0628	0.0704	0.0628	0.0651	0.0306	0.0432	0.0306	0.0521
chr2R	5094533	5094714	chr2R:5094534-5094714	FBgn0033392,FBgn0262515	CG8027,VhaAC45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1291	0.1214	0.1509	0.1138	0.0806	0.1471	0.1276	0.1512	0.0806	0.1854	0.1704	0.1854	0.1689	0.1187	0.1212	0.1187	0.1459
chr2R	5094779	5095127	chr2R:5094780-5095127	FBgn0033392,FBgn0262515	CG8027,VhaAC45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2413	0.223	0.3018	0.1955	0.1612	0.2646	0.2383	0.2738	0.1612	0.3647	0.3248	0.3647	0.3122	0.206	0.2083	0.206	0.2387
chr2R	5095221	5095372	chr2R:5095222-5095372	FBgn0262515	VhaAC45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0665	0.0484	0.0867	0.0648	0.0286	0.0641	0.0493	0.0566	0.0286	0.0954	0.0926	0.0954	0.1022	0.0804	0.0574	0.0804	0.0902
chr2R	5116214	5116626	chr2R:5116215-5116626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.027	0.0359	0.0275	0.0166	0.0191	0.0238	0.0662	0.0366	0.0191	0.0205	0.046	0.0205	0.0186	0.0107	0.0406	0.0107	0.012
chr2R	5118363	5118559	chr2R:5118364-5118559	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13974.1	VT13974.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0346	0.0447	0.0376	0.0201	0.0297	0.0432	0.0515	0.062	0.0297	0.0326	0.0559	0.0326	0.0349	0.013	0.0297	0.013	0.0234
chr2R	5118572	5118723	chr2R:5118573-5118723	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT13974.1	VT13974.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.035	0.0497	0.0346	0.0188	0.0276	0.034	0.0619	0.0779	0.0276	0.0338	0.0521	0.0338	0.024	0.0161	0.0245	0.0161	0.0271
chr2R	5118856	5119226	chr2R:5118857-5119226	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT13974.1	VT13974.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1236	0.1854	0.1388	0.0377	0.14	0.1617	0.2098	0.2791	0.14	0.1274	0.2132	0.1274	0.0945	0.0375	0.06	0.0375	0.038
chr2R	5120988	5121139	chr2R:5120989-5121139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0064	0.0088	0.0096	0.0042	0.0029	0.0121	0.0073	0.0042	0.006	0.0113	0.006	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0036
chr2R	5124947	5125114	chr2R:5124948-5125114	FBgn0033395	Cyp4p2	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0159	0.0142	0.0022	0.0327	0.0064	0.018	0.0177	0.01	0.0064	0.0036	0.0023	0.0036	0.0023	0.0314	0.0309	0.0314	0.0636
chr2R	5125238	5125389	chr2R:5125239-5125389	FBgn0033395	Cyp4p2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0236	0.0104	0.0249	0.0159	0.0286	0.0272	0.0193	0.0159	0.0091	0.0119	0.0091	0.0139	0.0291	0.0258	0.0291	0.038
chr2R	5129268	5129419	chr2R:5129269-5129419	FBgn0033397	Cyp4p3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0299	0.0143	0.0085	0.018	0.0218	0.0346	0.0486	0.018	0.0121	0.0164	0.0121	0.0178	0.0061	0.0077	0.0061	0.0151
chr2R	5133117	5133268	chr2R:5133118-5133268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0112	0.0091	0.0169	0.0064	0.0102	0.019	0.0107	0.0064	0.003	0.0093	0.003	0.0062	0.0031	0.0026	0.0031	0.0083
chr2R	5134008	5134159	chr2R:5134009-5134159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0126	0.0094	0.0109	0.0021	0.0083	0.0221	0.016	0.0021	0.0115	0.0068	0.0115	0.0023	0.0031	0.0032	0.0031	0.0042
chr2R	5134722	5134932	chr2R:5134723-5134932	FBgn0010114	hig	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.051	0.0779	0.0217	0.0532	0.0668	0.0519	0.128	0.0773	0.0668	0.0229	0.0151	0.0229	0.0085	0.0054	0.0135	0.0054	0.0109
chr2R	5138948	5139099	chr2R:5138949-5139099	FBgn0050343	CG30343	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0265	0.0206	0.0317	0.0274	0.0032	0.0238	0.0285	0.022	0.0032	0.0326	0.0331	0.0326	0.0511	0.0276	0.0245	0.0276	0.0339
chr2R	5139114	5139352	chr2R:5139115-5139352	FBgn0050343	CG30343	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0309	0.0508	0.0422	0.0148	0.033	0.0394	0.034	0.0148	0.064	0.0537	0.064	0.0604	0.0429	0.0451	0.0429	0.0511
chr2R	5139418	5139602	chr2R:5139419-5139602	FBgn0050343	CG30343	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1267	0.1063	0.1454	0.1291	0.0668	0.1277	0.1038	0.1432	0.0668	0.1751	0.1627	0.1751	0.172	0.1417	0.1315	0.1417	0.1657
chr2R	5139625	5139813	chr2R:5139626-5139813	FBgn0050343	CG30343	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1078	0.0894	0.1265	0.1078	0.0594	0.1112	0.0822	0.1272	0.0594	0.1504	0.1444	0.1504	0.1301	0.1141	0.1103	0.1141	0.1386
chr2R	5143979	5144130	chr2R:5143980-5144130	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0164	0.0174	0.0159	0.0159	0.0085	0.0189	0.0208	0.02	0.0085	0.0181	0.0212	0.0181	0.0163	0.0268	0.0219	0.0268	0.0151
chr2R	5153669	5153820	chr2R:5153670-5153820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0142	0.0133	0.019	0.0097	0.0032	0.0155	0.0203	0.0133	0.0032	0.0229	0.0174	0.0229	0.0364	0.0161	0.0135	0.0161	0.012
chr2R	5153915	5154310	chr2R:5153916-5154310	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0425	0.032	0.0608	0.0341	0.0127	0.035	0.0446	0.0393	0.0127	0.0664	0.0505	0.0664	0.1433	0.0398	0.0335	0.0398	0.0625
chr2R	5156066	5156217	chr2R:5156067-5156217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0186	0.0204	0.0195	0.0155	0.0127	0.0097	0.0376	0.0233	0.0127	0.0181	0.0222	0.0181	0.0287	0.0077	0.0277	0.0077	0.0193
chr2R	5156274	5156531	chr2R:5156275-5156531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0236	0.0278	0.033	0.0138	0.0175	0.0398	0.0233	0.0138	0.0205	0.0283	0.0205	0.0643	0.0161	0.0419	0.0161	0.0646
chr2R	5157005	5157156	chr2R:5157006-5157156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.021	0.0239	0.0206	0.0181	0.0117	0.0282	0.0333	0.0207	0.0117	0.0278	0.0167	0.0278	0.0364	0.0145	0.0219	0.0145	0.0318
chr2R	5157751	5157989	chr2R:5157752-5157989	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0641	0.0254	0.0291	0.07	0.0466	0.083	0.0786	0.07	0.0211	0.0315	0.0211	0.0356	0.0207	0.0413	0.0207	0.0396
chr2R	5158185	5158336	chr2R:5158186-5158336	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0147	0.0234	0.0109	0.0091	0.0276	0.0136	0.0307	0.0313	0.0276	0.0121	0.0132	0.0121	0.0124	0.0084	0.0142	0.0084	0.0094
chr2R	5160417	5160568	chr2R:5160418-5160568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0167	0.0157	0.0141	0.0207	0.0064	0.016	0.0234	0.016	0.0064	0.0163	0.0167	0.0163	0.0201	0.0092	0.0219	0.0092	0.0474
chr2R	5161147	5161324	chr2R:5161148-5161324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.0424	0.0159	0.0143	0.0392	0.0282	0.064	0.0486	0.0392	0.0139	0.0196	0.0139	0.0186	0.0138	0.0271	0.0138	0.0182
chr2R	5162452	5162646	chr2R:5162453-5162646	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0365	0.0367	0.0936	0.017	0.0277	0.058	0.0413	0.017	0.029	0.0463	0.029	0.0604	0.023	0.1786	0.023	0.1522
chr2R	5163000	5163179	chr2R:5163001-5163179	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0409	0.0327	0.0296	0.0625	0.0159	0.0345	0.0398	0.0393	0.0159	0.0229	0.0421	0.0229	0.0349	0.023	0.1399	0.023	0.0902
chr2R	5163180	5163331	chr2R:5163181-5163331	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0323	0.0265	0.0269	0.0447	0.0085	0.0262	0.0428	0.0233	0.0085	0.0199	0.0383	0.0199	0.031	0.0176	0.1044	0.0176	0.0589
chr2R	5164135	5164286	chr2R:5164136-5164286	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0274	0.0233	0.0254	0.0341	0.0127	0.0218	0.0368	0.024	0.0127	0.0163	0.0383	0.0163	0.0256	0.0168	0.0812	0.0168	0.0339
chr2R	5165267	5165418	chr2R:5165268-5165418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0345	0.0232	0.0263	0.0191	0.0335	0.045	0.0453	0.0191	0.0157	0.0379	0.0157	0.0163	0.0161	0.0671	0.0161	0.0188
chr2R	5166229	5166380	chr2R:5166230-5166380	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0515	0.0632	0.0519	0.038	0.0424	0.0568	0.0662	0.0986	0.0424	0.0562	0.0711	0.0562	0.0411	0.0245	0.058	0.0245	0.0479
chr2R	5166439	5166654	chr2R:5166440-5166654	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1116	0.1426	0.1235	0.0639	0.1092	0.1354	0.1501	0.2199	0.1092	0.1401	0.1695	0.1401	0.0837	0.0352	0.1025	0.0352	0.0615
chr2R	5166762	5166953	chr2R:5166763-5166953	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0862	0.1022	0.0995	0.0536	0.0742	0.0995	0.1237	0.1332	0.0742	0.1117	0.1334	0.1117	0.0759	0.0383	0.0651	0.0383	0.0625
chr2R	5171259	5171451	chr2R:5171260-5171451	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0604	0.0457	0.0674	0.0692	0.0276	0.0456	0.0575	0.058	0.0276	0.0604	0.0884	0.0604	0.086	0.0605	0.1128	0.0605	0.0902
chr2R	5171666	5171871	chr2R:5171667-5171871	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1439	0.1174	0.1753	0.1393	0.0721	0.1291	0.1198	0.1686	0.0721	0.1866	0.2421	0.1866	0.1487	0.1761	0.2076	0.1761	0.1438
chr2R	5171985	5172172	chr2R:5171986-5172172	FBgn0020621	Pkn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0999	0.085	0.1183	0.0964	0.0467	0.0985	0.099	0.1066	0.0467	0.1636	0.1428	0.1636	0.0945	0.1401	0.1167	0.1401	0.1016
chr2R	5172237	5172419	chr2R:5172238-5172419	FBgn0020621	Pkn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1983	0.1859	0.2263	0.1813	0.1485	0.2204	0.205	0.2005	0.1485	0.2947	0.2621	0.2947	0.1975	0.206	0.1999	0.206	0.2163
chr2R	5172510	5172686	chr2R:5172511-5172686	FBgn0020621	Pkn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2058	0.2035	0.2313	0.1802	0.175	0.2403	0.2236	0.2232	0.175	0.2941	0.2617	0.2941	0.213	0.1861	0.1934	0.1861	0.2225
chr2R	5173815	5174015	chr2R:5173816-5174015	FBgn0033400,FBgn0033401	CG1968,CG2063	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0482	0.0707	0.0467	0.0212	0.0563	0.0567	0.068	0.0212	0.0833	0.0862	0.0833	0.0635	0.0498	0.0516	0.0498	0.0599
chr2R	5174044	5174203	chr2R:5174045-5174203	FBgn0033400,FBgn0033401	CG1968,CG2063	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0758	0.0641	0.0961	0.0667	0.0308	0.0752	0.0701	0.0846	0.0308	0.1111	0.1164	0.1111	0.0914	0.0712	0.0683	0.0712	0.0865
chr2R	5174243	5174435	chr2R:5174244-5174435	FBgn0033400,FBgn0033401	CG1968,CG2063	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0938	0.082	0.1188	0.0795	0.0424	0.0951	0.0874	0.1106	0.0424	0.1558	0.1325	0.1558	0.127	0.0919	0.0896	0.0919	0.0948
chr2R	5178984	5179174	chr2R:5178985-5179174	FBgn0026326,FBgn0028408	Drep-2,Mad1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1531	0.1538	0.1688	0.1352	0.1251	0.1689	0.1821	0.1706	0.1251	0.215	0.1817	0.215	0.172	0.1409	0.138	0.1409	0.1579
chr2R	5179243	5179408	chr2R:5179244-5179408	FBgn0026326,FBgn0028408	Drep-2,Mad1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.187	0.1816	0.2041	0.1743	0.1315	0.2068	0.2007	0.2258	0.1315	0.2639	0.2209	0.2639	0.1944	0.1922	0.1767	0.1922	0.1985
chr2R	5179662	5179862	chr2R:5179663-5179862	FBgn0028408	Drep-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.1362	0.1302	0.1206	0.1007	0.151	0.1315	0.1925	0.1007	0.1655	0.1309	0.1655	0.127	0.1034	0.1135	0.1034	0.1548
chr2R	5180019	5180289	chr2R:5180020-5180289	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.177	0.2461	0.1435	0.1363	0.2259	0.2612	0.2582	0.3085	0.2259	0.192	0.1495	0.192	0.1371	0.1363	0.127	0.1363	0.1735
chr2R	5183801	5183952	chr2R:5183802-5183952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0168	0.0236	0.0319	0.0064	0.0228	0.0216	0.0167	0.0064	0.0284	0.0206	0.0284	0.0349	0.0413	0.0155	0.0413	0.0625
chr2R	5187597	5187914	chr2R:5187598-5187914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0238	0.0256	0.0285	0.0138	0.0248	0.0333	0.0253	0.0138	0.0302	0.0174	0.0302	0.0604	0.026	0.0213	0.026	0.0578
chr2R	5190418	5190629	chr2R:5190419-5190629	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0354	0.0253	0.0365	0.0454	0.0127	0.0301	0.0311	0.0273	0.0127	0.0272	0.0299	0.0272	0.096	0.0505	0.0348	0.0505	0.0849
chr2R	5190708	5190952	chr2R:5190709-5190952	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0368	0.0248	0.0386	0.0483	0.0021	0.0369	0.0329	0.022	0.0021	0.0332	0.0293	0.0332	0.1069	0.0421	0.0361	0.0421	0.1094
chr2R	5195119	5195365	chr2R:5195120-5195365	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0366	0.013	0.0298	0.0703	0.0021	0.015	0.0208	0.0133	0.0021	0.0139	0.0177	0.0139	0.1084	0.0544	0.0445	0.0544	0.174
chr2R	5195820	5196030	chr2R:5195821-5196030	FBgn0033402	Myd88	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0631	0.012	0.0385	0.1472	0.0042	0.0257	0.0087	0.0107	0.0042	0.0211	0.0399	0.0211	0.103	0.2198	0.185	0.2198	0.2215
chr2R	5196174	5196361	chr2R:5196175-5196361	FBgn0033402	Myd88	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0629	0.0156	0.0376	0.1437	0.0053	0.0223	0.0208	0.012	0.0053	0.0139	0.0367	0.0139	0.1053	0.1815	0.167	0.1815	0.2168
chr2R	5196532	5196683	chr2R:5196533-5196683	FBgn0033402	Myd88	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0238	0.013	0.0202	0.0398	0.0032	0.0141	0.0203	0.0107	0.0032	0.0127	0.0177	0.0127	0.055	0.0337	0.049	0.0337	0.0547
chr2R	5196726	5196877	chr2R:5196727-5196877	FBgn0033402	Myd88	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0178	0.011	0.0185	0.0246	0.0032	0.0112	0.016	0.012	0.0032	0.0109	0.0132	0.0109	0.0581	0.026	0.0264	0.026	0.0349
chr2R	5203798	5203949	chr2R:5203799-5203949	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0108	0.0118	0.0143	0.0064	0.0131	0.016	0.0093	0.0064	0.0145	0.0122	0.0145	0.0116	0.01	0.0077	0.01	0.0042
chr2R	5204078	5204229	chr2R:5204079-5204229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0069	0.0075	0.0092	0.0032	0.0063	0.0121	0.006	0.0032	0.0085	0.0084	0.0085	0.0062	0.0061	0.0032	0.0061	0.0021
chr2R	5239271	5239422	chr2R:5239272-5239422	FBgn0033403	CG13739	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.015	0.0094	0.0167	0.0138	0.0087	0.026	0.014	0.0138	0.0151	0.008	0.0151	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0016
chr2R	5256952	5257103	chr2R:5256953-5257103	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0077	0.0057	0.0228	0.0085	0.0039	0.0156	0.0053	0.0085	0.0024	0.0048	0.0024	0.0054	0.0038	0.0019	0.0038	0.0099
chr2R	5264215	5264394	chr2R:5264216-5264394	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.0307	0.0143	0.0203	0.0201	0.0228	0.0424	0.0393	0.0201	0.0175	0.0177	0.0175	0.0093	0.0061	0.0045	0.0061	0.0089
chr2R	5275732	5275980	chr2R:5275733-5275980	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0731	0.0656	0.0783	0.0759	0.0456	0.0655	0.0887	0.064	0.0456	0.0658	0.1058	0.0658	0.0775	0.062	0.0864	0.062	0.0474
chr2R	5277415	5277666	chr2R:5277416-5277666	FBgn0010549,FBgn0033405	CG13954,l(2)03659	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0352	0.0218	0.0397	0.0453	0.0148	0.0252	0.0285	0.0213	0.0148	0.0266	0.0527	0.0266	0.0666	0.0268	0.078	0.0268	0.0745
chr2R	5286157	5286362	chr2R:5286158-5286362	FBgn0016970,FBgn0028473	CG8801,l(2)k10201	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1855	0.1717	0.2204	0.1627	0.1283	0.2058	0.1843	0.2099	0.1283	0.2736	0.2505	0.2736	0.2208	0.1792	0.1631	0.1792	0.2022
chr2R	5286465	5286649	chr2R:5286466-5286649	FBgn0016970,FBgn0028473	CG8801,l(2)k10201	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1091	0.0947	0.1352	0.0966	0.071	0.1039	0.1073	0.1166	0.071	0.1649	0.1505	0.1649	0.1379	0.1049	0.1109	0.1049	0.1183
chr2R	5287277	5287428	chr2R:5287278-5287428	FBgn0053774	CG33774	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0592	0.0548	0.039	0.0318	0.0568	0.083	0.0686	0.0318	0.064	0.064	0.064	0.0589	0.0429	0.0451	0.0429	0.0495
chr2R	5287437	5287665	chr2R:5287438-5287665	FBgn0053774	CG33774	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0918	0.1009	0.1015	0.0709	0.0668	0.1034	0.1311	0.1233	0.0668	0.1232	0.1183	0.1232	0.1046	0.0743	0.0754	0.0743	0.0964
chr2R	5287732	5287916	chr2R:5287733-5287916	FBgn0053774	CG33774	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1037	0.1125	0.1108	0.0862	0.0785	0.117	0.1332	0.1486	0.0785	0.1371	0.1215	0.1371	0.1216	0.0904	0.0928	0.0904	0.1188
chr2R	5289181	5289347	chr2R:5289182-5289347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0742	0.0614	0.1003	0.0597	0.0329	0.065	0.0735	0.0813	0.0329	0.0948	0.1267	0.0948	0.134	0.0789	0.0722	0.0789	0.0917
chr2R	5290019	5290170	chr2R:5290020-5290170	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0367	0.034	0.0556	0.0191	0.0148	0.0291	0.0372	0.062	0.0148	0.0272	0.1068	0.0272	0.0287	0.0161	0.04	0.0161	0.0167
chr2R	5291991	5292221	chr2R:5291992-5292221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0609	0.0309	0.09	0.0625	0.0085	0.0471	0.0311	0.0366	0.0085	0.0815	0.0945	0.0815	0.1851	0.0613	0.0477	0.0613	0.1344
chr2R	5292746	5293025	chr2R:5292747-5293025	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0659	0.0728	0.0944	0.027	0.0276	0.0612	0.0636	0.1572	0.0276	0.0809	0.1537	0.0809	0.0511	0.0322	0.0451	0.0322	0.0318
chr2R	5293640	5293791	chr2R:5293641-5293791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0351	0.0415	0.042	0.0203	0.0201	0.0359	0.0619	0.0486	0.0201	0.0302	0.0691	0.0302	0.0279	0.0199	0.0342	0.0199	0.0219
chr2R	5294082	5294779	chr2R:5294083-5294779	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1657	0.2094	0.1901	0.0901	0.1633	0.1714	0.2686	0.2878	0.1633	0.1498	0.3029	0.1498	0.1565	0.1041	0.1747	0.1041	0.0891
chr2R	5295522	5295673	chr2R:5295523-5295673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0226	0.0361	0.0171	0.0134	0.0244	0.0218	0.0627	0.0393	0.0244	0.0097	0.0241	0.0097	0.0201	0.0092	0.0251	0.0092	0.0125
chr2R	5296436	5296624	chr2R:5296437-5296624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0519	0.0398	0.0391	0.0795	0.0191	0.0354	0.0519	0.0573	0.0191	0.0338	0.0469	0.0338	0.0581	0.0636	0.0761	0.0636	0.1094
chr2R	5296713	5297114	chr2R:5296714-5297114	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0888	0.0825	0.0626	0.1246	0.0583	0.065	0.0956	0.1359	0.0583	0.0399	0.0865	0.0399	0.0713	0.0911	0.1399	0.0911	0.1464
chr2R	5300880	5301057	chr2R:5300881-5301057	FBgn0016078	wun	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0843	0.0828	0.0843	0.0859	0.0467	0.1044	0.0766	0.1226	0.0467	0.0616	0.1058	0.0616	0.1193	0.0835	0.098	0.0835	0.1324
chr2R	5301760	5301934	chr2R:5301761-5301934	FBgn0041087	wun2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1762	0.1847	0.1953	0.1457	0.1601	0.2068	0.1786	0.2598	0.1601	0.1733	0.2495	0.1733	0.2107	0.1769	0.1915	0.1769	0.2069
chr2R	5302108	5302300	chr2R:5302109-5302300	FBgn0041087	wun2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.1089	0.0971	0.0487	0.0806	0.1165	0.1267	0.1332	0.0806	0.067	0.1196	0.067	0.141	0.0436	0.0825	0.0436	0.0714
chr2R	5302599	5302750	chr2R:5302600-5302750	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.034	0.0329	0.0475	0.0205	0.0138	0.0408	0.0329	0.05	0.0138	0.0211	0.0707	0.0211	0.0643	0.0145	0.0387	0.0145	0.0271
chr2R	5303485	5303636	chr2R:5303486-5303636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0317	0.0249	0.0393	0.0309	0.0117	0.0277	0.0272	0.0366	0.0117	0.0278	0.0547	0.0278	0.0442	0.0322	0.0309	0.0322	0.0589
chr2R	5303663	5303814	chr2R:5303664-5303814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0294	0.0238	0.0371	0.0272	0.0127	0.0238	0.0221	0.0446	0.0127	0.0284	0.0524	0.0284	0.0333	0.0337	0.0277	0.0337	0.0459
chr2R	5306498	5306649	chr2R:5306499-5306649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0175	0.0197	0.022	0.01	0.0032	0.0199	0.0195	0.042	0.0032	0.0169	0.0209	0.0169	0.0093	0.0084	0.0116	0.0084	0.0156
chr2R	5307155	5307516	chr2R:5307156-5307516	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.054	0.0917	0.0475	0.0189	0.0392	0.0908	0.0766	0.1819	0.0392	0.032	0.0582	0.032	0.0263	0.01	0.0277	0.01	0.0219
chr2R	5307660	5307811	chr2R:5307661-5307811	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0212	0.0277	0.0232	0.0117	0.0053	0.0267	0.0316	0.05	0.0053	0.0181	0.0232	0.0181	0.0186	0.0046	0.0187	0.0046	0.013
chr2R	5307894	5308190	chr2R:5307895-5308190	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.041	0.0526	0.0437	0.0251	0.0117	0.051	0.0428	0.1126	0.0117	0.0405	0.0463	0.0405	0.0403	0.0153	0.0471	0.0153	0.025
chr2R	5311511	5311701	chr2R:5311512-5311701	FBgn0033412,FBgn0033413	CG13955,prel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.0953	0.1214	0.1042	0.0657	0.115	0.1008	0.1146	0.0657	0.1341	0.1405	0.1341	0.1371	0.1225	0.1019	0.1225	0.1428
chr2R	5311838	5312013	chr2R:5311839-5312013	FBgn0033413	prel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0436	0.0354	0.0524	0.043	0.0127	0.0417	0.0398	0.0426	0.0127	0.0864	0.0518	0.0864	0.0589	0.0743	0.0348	0.0743	0.0594
chr2R	5313857	5314052	chr2R:5313858-5314052	FBgn0017558	Pdk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1061	0.0733	0.0994	0.1503	0.035	0.0854	0.0882	0.0799	0.035	0.1002	0.1154	0.1002	0.1294	0.1861	0.1399	0.1861	0.1839
chr2R	5314374	5314586	chr2R:5314375-5314586	FBgn0017558	Pdk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.059	0.0659	0.0414	0.0706	0.0382	0.0733	0.0727	0.0886	0.0382	0.0411	0.0476	0.0411	0.0534	0.0758	0.0774	0.0758	0.0631
chr2R	5317231	5317382	chr2R:5317232-5317382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0173	0.0123	0.0156	0.0246	0.0032	0.0165	0.0151	0.012	0.0032	0.0151	0.0158	0.0151	0.0178	0.0406	0.0148	0.0406	0.0391
chr2R	5318265	5318460	chr2R:5318266-5318460	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0122	0.0338	0.0572	0.0021	0.016	0.0156	0.014	0.0021	0.0242	0.0251	0.0242	0.1061	0.0322	0.0368	0.0322	0.1449
chr2R	5318794	5318961	chr2R:5318795-5318961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0341	0.0198	0.0397	0.0439	0.0032	0.0301	0.0208	0.0207	0.0032	0.0217	0.0225	0.0217	0.1487	0.0168	0.0181	0.0168	0.1292
chr2R	5319109	5319304	chr2R:5319110-5319304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0376	0.0239	0.0372	0.0535	0.0148	0.0209	0.0311	0.0293	0.0148	0.0205	0.0296	0.0205	0.1162	0.023	0.0213	0.023	0.1558
chr2R	5326752	5326927	chr2R:5326753-5326927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.041	0.0268	0.042	0.0557	0.0085	0.0311	0.0303	0.0333	0.0085	0.0326	0.0363	0.0326	0.096	0.0153	0.0277	0.0153	0.1532
chr2R	5328224	5328443	chr2R:5328225-5328443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0408	0.0675	0.0856	0.0233	0.0432	0.0411	0.062	0.0233	0.0556	0.0897	0.0556	0.0937	0.0436	0.1206	0.0436	0.1746
chr2R	5328513	5328701	chr2R:5328514-5328701	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0758	0.0897	0.0774	0.0585	0.0689	0.0738	0.0986	0.1412	0.0689	0.0664	0.1058	0.0664	0.0798	0.026	0.0825	0.026	0.1136
chr2R	5328914	5329238	chr2R:5328915-5329238	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.24	0.2279	0.3228	0.1627	0.1813	0.2519	0.2184	0.3358	0.1813	0.3454	0.4135	0.3454	0.323	0.0613	0.2843	0.0613	0.2788
chr2R	5329549	5329796	chr2R:5329550-5329796	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1294	0.098	0.1935	0.0943	0.0541	0.1024	0.0813	0.1845	0.0541	0.2017	0.2768	0.2017	0.1789	0.0337	0.1921	0.0337	0.1428
chr2R	5330182	5330358	chr2R:5330183-5330358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0576	0.0404	0.0808	0.0512	0.0127	0.0417	0.0324	0.0813	0.0127	0.0399	0.1408	0.0399	0.0565	0.01	0.136	0.01	0.0573
chr2R	5330633	5330784	chr2R:5330634-5330784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0363	0.0237	0.0405	0.0458	0.0074	0.0228	0.0281	0.034	0.0074	0.0211	0.0666	0.0211	0.0395	0.0168	0.0986	0.0168	0.0657
chr2R	5332203	5332354	chr2R:5332204-5332354	FBgn0029092	ced-6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0656	0.041	0.078	0.0794	0.0159	0.0602	0.0394	0.0486	0.0159	0.0634	0.0717	0.0634	0.1774	0.0368	0.0509	0.0368	0.211
chr2R	5332377	5332706	chr2R:5332378-5332706	FBgn0029092	ced-6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1004	0.0727	0.1075	0.1237	0.035	0.0947	0.0852	0.0773	0.035	0.0948	0.0955	0.0948	0.2192	0.0735	0.1019	0.0735	0.2923
chr2R	5332989	5333159	chr2R:5332990-5333159	FBgn0259234	Camta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0819	0.0759	0.0918	0.0778	0.0551	0.0816	0.09	0.0953	0.0551	0.1014	0.1006	0.1014	0.1046	0.0681	0.0787	0.0681	0.1219
chr2R	5333241	5333411	chr2R:5333242-5333411	FBgn0259234	Camta	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1615	0.152	0.1867	0.1444	0.1113	0.1626	0.1674	0.2019	0.1113	0.2095	0.2158	0.2095	0.182	0.1417	0.1554	0.1417	0.1923
chr2R	5333429	5333626	chr2R:5333430-5333626	FBgn0259234	Camta	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1601	0.1412	0.1954	0.1425	0.0912	0.1612	0.1557	0.1832	0.0912	0.221	0.226	0.221	0.1998	0.1447	0.156	0.1447	0.1699
chr2R	5333710	5333887	chr2R:5333711-5333887	FBgn0259234	Camta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1209	0.1067	0.1452	0.1102	0.0615	0.1248	0.112	0.1426	0.0615	0.1558	0.1637	0.1558	0.1766	0.1248	0.1206	0.1248	0.1235
chr2R	5333970	5334121	chr2R:5333971-5334121	FBgn0259234	Camta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0522	0.0441	0.0582	0.0547	0.0223	0.0553	0.0523	0.0486	0.0223	0.0586	0.064	0.0586	0.0844	0.0559	0.0606	0.0559	0.0782
chr2R	5334256	5334504	chr2R:5334257-5334504	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0935	0.1125	0.101	0.0639	0.0721	0.117	0.1427	0.1292	0.0721	0.1153	0.1167	0.1153	0.1208	0.0636	0.0625	0.0636	0.0881
chr2R	5344106	5344257	chr2R:5344107-5344257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0115	0.0096	0.0118	0.0053	0.0092	0.0208	0.0107	0.0053	0.006	0.0122	0.006	0.007	0.0069	0.0039	0.0069	0.0052
chr2R	5351505	5351715	chr2R:5351506-5351715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0236	0.035	0.0226	0.0053	0.0238	0.0355	0.026	0.0053	0.0181	0.0232	0.0181	0.1239	0.01	0.0116	0.01	0.0547
chr2R	5378414	5378771	chr2R:5378415-5378771	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT14105.1	VT14105.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0748	0.1028	0.0986	0.0174	0.052	0.0748	0.1003	0.2099	0.052	0.035	0.208	0.035	0.0302	0.0184	0.0335	0.0184	0.0089
chr2R	5378914	5379065	chr2R:5378915-5379065	distal	distal	none	none	VT14105.1	VT14105.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0279	0.0373	0.0319	0.0131	0.0159	0.0282	0.0515	0.0606	0.0159	0.0151	0.0633	0.0151	0.0124	0.013	0.0297	0.013	0.0068
chr2R	5380958	5381149	chr2R:5380959-5381149	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1018	0.1048	0.139	0.0578	0.0626	0.0917	0.1388	0.1379	0.0626	0.1286	0.199	0.1286	0.0976	0.0505	0.1051	0.0505	0.049
chr2R	5381555	5381785	chr2R:5381556-5381785	FBgn0004360	Wnt2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1277	0.1393	0.1642	0.0746	0.1029	0.1471	0.1514	0.1892	0.1029	0.1443	0.2514	0.1443	0.1131	0.0459	0.1625	0.0459	0.0657
chr2R	5386732	5386883	chr2R:5386733-5386883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.0136	0.0146	0.0088	0.0064	0.0136	0.0225	0.012	0.0064	0.0103	0.0228	0.0103	0.0124	0.0061	0.0271	0.0061	0.0042
chr2R	5386943	5387094	chr2R:5386944-5387094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0118	0.0147	0.0119	0.0085	0.0042	0.0102	0.0234	0.0213	0.0042	0.0091	0.0186	0.0091	0.0101	0.0038	0.0232	0.0038	0.0068
chr2R	5390217	5390470	chr2R:5390218-5390470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0414	0.0283	0.0185	0.0148	0.0383	0.0606	0.0466	0.0148	0.0211	0.0447	0.0211	0.0186	0.0138	0.0496	0.0138	0.0094
chr2R	5391185	5391425	chr2R:5391186-5391425	FBgn0259246	brp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0492	0.0517	0.0293	0.0681	0.0414	0.0359	0.0696	0.0653	0.0414	0.0181	0.0248	0.0181	0.0124	0.0199	0.0226	0.0199	0.0271
chr2R	5392035	5392203	chr2R:5392036-5392203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0098	0.0096	0.0256	0.0042	0.0073	0.0125	0.0153	0.0042	0.0091	0.009	0.0091	0.0062	0.01	0.0084	0.01	0.0229
chr2R	5393737	5394000	chr2R:5393738-5394000	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0207	0.0148	0.0115	0.0373	0.0095	0.0121	0.0264	0.0133	0.0095	0.0085	0.0074	0.0085	0.0209	0.0444	0.0135	0.0444	0.0135
chr2R	5402442	5402593	chr2R:5402443-5402593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0081	0.0069	0.0097	0.0064	0.0039	0.0164	0.0067	0.0064	0.0079	0.0071	0.0079	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0047
chr2R	5403252	5403403	chr2R:5403253-5403403	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.009	0.0056	0.0182	0.0021	0.0053	0.0186	0.006	0.0021	0.0042	0.0039	0.0042	0.0085	0.0023	0.0013	0.0023	0.0109
chr2R	5403821	5403972	chr2R:5403822-5403972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0097	0.0055	0.0132	0.0053	0.0049	0.0216	0.0073	0.0053	0.0048	0.0071	0.0048	0.0031	0.0031	0.0032	0.0031	0.0089
chr2R	5406608	5406759	chr2R:5406609-5406759	distal	distal	none	none	VT14121.1	VT14121.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.013	0.0081	0.0163	0.0064	0.0087	0.0229	0.0133	0.0064	0.0097	0.008	0.0097	0.0062	0.0084	0.0052	0.0084	0.0036
chr2R	5406972	5407213	chr2R:5406973-5407213	distal	distal	stage14	stage14	VT14121.1	VT14121.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0216	0.0199	0.0142	0.0315	0.0148	0.0121	0.032	0.024	0.0148	0.0163	0.0132	0.0163	0.0194	0.0299	0.0155	0.0299	0.0297
chr2R	5408872	5409091	chr2R:5408873-5409091	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0297	0.0379	0.0226	0.0284	0.0244	0.032	0.0593	0.038	0.0244	0.0248	0.0244	0.0248	0.0287	0.0245	0.02	0.0245	0.0453
chr2R	5409484	5409635	chr2R:5409485-5409635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0143	0.0128	0.0177	0.0095	0.0141	0.019	0.0147	0.0095	0.0169	0.01	0.0169	0.0178	0.01	0.0135	0.01	0.0219
chr2R	5413678	5413829	chr2R:5413679-5413829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0109	0.011	0.008	0.0141	0.0064	0.0112	0.0173	0.0093	0.0064	0.0072	0.0071	0.0072	0.0163	0.0046	0.0123	0.0046	0.0328
chr2R	5416935	5417086	chr2R:5416936-5417086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0141	0.0109	0.015	0.0042	0.0092	0.0285	0.0093	0.0042	0.0091	0.0103	0.0091	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0151
chr2R	5417961	5418112	chr2R:5417962-5418112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0163	0.0112	0.0205	0.0064	0.0136	0.0255	0.0187	0.0064	0.0103	0.0106	0.0103	0.0062	0.0038	0.0052	0.0038	0.0125
chr2R	5418804	5418955	chr2R:5418805-5418955	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0147	0.0095	0.0109	0.0064	0.0131	0.0247	0.014	0.0064	0.0121	0.0103	0.0121	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0063
chr2R	5427176	5427327	chr2R:5427177-5427327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0254	0.0368	0.0223	0.0162	0.0223	0.032	0.0536	0.0413	0.0223	0.0187	0.0251	0.0187	0.0294	0.0138	0.0161	0.0138	0.0276
chr2R	5427411	5427641	chr2R:5427412-5427641	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0347	0.0558	0.0232	0.0237	0.0382	0.0451	0.0865	0.0586	0.0382	0.0229	0.0248	0.0229	0.0302	0.0176	0.0148	0.0176	0.0453
chr2R	5427694	5427851	chr2R:5427695-5427851	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0223	0.0435	0.009	0.0131	0.0392	0.032	0.0701	0.0366	0.0392	0.0079	0.0096	0.0079	0.0147	0.0107	0.0071	0.0107	0.0261
chr2R	5428001	5428152	chr2R:5428002-5428152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0377	0.038	0.0344	0.0409	0.0286	0.0398	0.0484	0.042	0.0286	0.0266	0.0367	0.0266	0.055	0.0291	0.0426	0.0291	0.0839
chr2R	5428886	5429066	chr2R:5428887-5429066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0521	0.0588	0.0546	0.0418	0.0276	0.0597	0.0735	0.0673	0.0276	0.0682	0.0633	0.0682	0.055	0.0444	0.0387	0.0444	0.0573
chr2R	5429196	5429385	chr2R:5429197-5429385	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1494	0.1454	0.1671	0.1344	0.0986	0.1621	0.1587	0.1845	0.0986	0.2071	0.1772	0.2071	0.1782	0.1478	0.1328	0.1478	0.1793
chr2R	5430048	5430199	chr2R:5430049-5430199	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0221	0.0292	0.0473	0.0106	0.0296	0.026	0.0213	0.0106	0.038	0.028	0.038	0.0341	0.0168	0.0303	0.0168	0.0615
chr2R	5430516	5430667	chr2R:5430517-5430667	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0304	0.0181	0.0213	0.054	0.0095	0.017	0.0221	0.0273	0.0095	0.0199	0.019	0.0199	0.0271	0.0145	0.0226	0.0145	0.0636
chr2R	5430894	5431045	chr2R:5430895-5431045	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0405	0.0208	0.0371	0.0664	0.0074	0.0306	0.0203	0.024	0.0074	0.0368	0.0434	0.0368	0.0534	0.0375	0.0806	0.0375	0.1157
chr2R	5431249	5431519	chr2R:5431250-5431519	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0832	0.033	0.0763	0.1469	0.0117	0.0519	0.0342	0.0326	0.0117	0.0773	0.0797	0.0773	0.1317	0.1386	0.1715	0.1386	0.2105
chr2R	5431572	5431861	chr2R:5431573-5431861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0891	0.039	0.078	0.1574	0.0106	0.0646	0.0385	0.0333	0.0106	0.0876	0.0733	0.0876	0.1402	0.1616	0.1605	0.1616	0.2298
chr2R	5434035	5434249	chr2R:5434036-5434249	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1734	0.1777	0.211	0.1274	0.14	0.217	0.1687	0.2378	0.14	0.2603	0.226	0.2603	0.2014	0.0896	0.1444	0.0896	0.1798
chr2R	5434438	5434636	chr2R:5434439-5434636	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2207	0.2144	0.2778	0.165	0.1538	0.2908	0.1877	0.2871	0.1538	0.3436	0.3	0.3436	0.2742	0.1432	0.1831	0.1432	0.2116
chr2R	5434690	5434938	chr2R:5434691-5434938	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1461	0.1203	0.1978	0.1182	0.0626	0.1825	0.1055	0.1486	0.0626	0.2228	0.2125	0.2228	0.2393	0.1164	0.1528	0.1164	0.1569
chr2R	5435125	5435292	chr2R:5435126-5435292	FBgn0033421	CG1888	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0914	0.0669	0.1181	0.0895	0.0265	0.1228	0.0519	0.0626	0.0265	0.154	0.1344	0.154	0.1185	0.1064	0.1309	0.1064	0.1073
chr2R	5435642	5435876	chr2R:5435643-5435876	FBgn0033421	CG1888	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.1128	0.251	0.1549	0.0435	0.2	0.0679	0.1546	0.0435	0.3436	0.3096	0.3436	0.213	0.196	0.2205	0.196	0.1881
chr2R	5436027	5436178	chr2R:5436028-5436178	FBgn0033421	CG1888	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0905	0.0666	0.1383	0.0649	0.0148	0.0947	0.0415	0.1319	0.0148	0.1673	0.1971	0.1673	0.0837	0.0704	0.0948	0.0704	0.0646
chr2R	5437051	5437202	chr2R:5437052-5437202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0577	0.0481	0.0575	0.0687	0.0297	0.0534	0.0528	0.0686	0.0297	0.0423	0.0611	0.0423	0.0511	0.0329	0.0516	0.0329	0.0521
chr2R	5437382	5437611	chr2R:5437383-5437611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0391	0.0158	0.0338	0.0709	0.0042	0.0165	0.0238	0.0153	0.0042	0.0223	0.0386	0.0223	0.0349	0.0475	0.0445	0.0475	0.0766
chr2R	5439718	5440024	chr2R:5439719-5440024	FBgn0263660	CR43651	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1219	0.0867	0.1105	0.1738	0.0583	0.1175	0.0861	0.1059	0.0583	0.0936	0.1177	0.0936	0.151	0.1685	0.1773	0.1685	0.1928
chr2R	5440153	5440468	chr2R:5440154-5440468	FBgn0263660	CR43651	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2482	0.117	0.2835	0.3561	0.0689	0.199	0.0973	0.1233	0.0689	0.2742	0.3051	0.2742	0.3571	0.3752	0.3714	0.3752	0.4049
chr2R	5440720	5441121	chr2R:5440721-5441121	FBgn0262447,FBgn0263660	CR43651,mir-14	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1416	0.0501	0.1387	0.247	0.0244	0.082	0.0506	0.0473	0.0244	0.0942	0.1428	0.0942	0.2169	0.2864	0.2083	0.2864	0.2783
chr2R	5441460	5441807	chr2R:5441461-5441807	FBgn0262447	mir-14	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1367	0.0507	0.139	0.2302	0.0286	0.082	0.0463	0.054	0.0286	0.0682	0.1675	0.0682	0.2022	0.2772	0.2295	0.2772	0.2517
chr2R	5442660	5442811	chr2R:5442661-5442811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0389	0.0179	0.0355	0.0661	0.0106	0.0238	0.0208	0.02	0.0106	0.0229	0.037	0.0229	0.0496	0.0413	0.0554	0.0413	0.1225
chr2R	5445899	5446051	chr2R:5445900-5446051	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0113	0.0181	0.0423	0	0.0126	0.0151	0.0153	0	0.0103	0.0109	0.0103	0.0116	0.0069	0.0097	0.0069	0.0203
chr2R	5452662	5452927	chr2R:5452663-5452927	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.102	0.0288	0.0681	0.2209	0.0064	0.0481	0.0303	0.0266	0.0064	0.0411	0.0704	0.0411	0.1216	0.2098	0.2495	0.2098	0.2751
chr2R	5453225	5453631	chr2R:5453226-5453631	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0716	0.0312	0.0577	0.1322	0.0127	0.049	0.0281	0.0406	0.0127	0.0459	0.0547	0.0459	0.1022	0.0819	0.1373	0.0819	0.2027
chr2R	5454079	5454230	chr2R:5454080-5454230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0334	0.0212	0.028	0.0212	0.0282	0.0454	0.046	0.0212	0.0229	0.0209	0.0229	0.0232	0.0329	0.0309	0.0329	0.0354
chr2R	5454278	5454491	chr2R:5454279-5454491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.0563	0.0268	0.0308	0.0361	0.0573	0.0766	0.0626	0.0361	0.0296	0.0299	0.0296	0.0232	0.036	0.0329	0.036	0.0427
chr2R	5454727	5454913	chr2R:5454728-5454913	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0501	0.09	0.0322	0.0252	0.0647	0.0786	0.1233	0.0993	0.0647	0.0332	0.0347	0.0332	0.0325	0.0329	0.0297	0.0329	0.0281
chr2R	5455073	5455395	chr2R:5455074-5455395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.069	0.0357	0.0258	0.052	0.0684	0.0874	0.0813	0.052	0.0344	0.036	0.0344	0.0473	0.0245	0.0226	0.0245	0.0349
chr2R	5464937	5465227	chr2R:5464938-5465227	FBgn0033426	CG1814	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1349	0.0896	0.1765	0.14	0.0329	0.1311	0.0865	0.1119	0.0329	0.2216	0.1868	0.2216	0.1936	0.1302	0.1444	0.1302	0.1527
chr2R	5465440	5465641	chr2R:5465441-5465641	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1708	0.165	0.2041	0.1408	0.0965	0.2049	0.1704	0.2119	0.0965	0.2271	0.2199	0.2271	0.189	0.144	0.1541	0.144	0.1183
chr2R	5465727	5465950	chr2R:5465728-5465950	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1189	0.092	0.1458	0.1193	0.0382	0.132	0.0835	0.1199	0.0382	0.1769	0.1624	0.1769	0.1387	0.1424	0.1277	0.1424	0.1423
chr2R	5466145	5466355	chr2R:5466146-5466355	FBgn0085436	Not1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1588	0.1296	0.198	0.1486	0.0838	0.1626	0.1306	0.1679	0.0838	0.2458	0.2193	0.2458	0.1936	0.1685	0.1567	0.1685	0.1902
chr2R	5466454	5466635	chr2R:5466455-5466635	FBgn0085436	Not1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1689	0.1294	0.2095	0.1685	0.071	0.1665	0.1362	0.1646	0.071	0.2554	0.2312	0.2554	0.22	0.1822	0.1773	0.1822	0.198
chr2R	5466895	5467057	chr2R:5466896-5467057	FBgn0085436	Not1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0789	0.0203	0.0915	0.1306	0.0095	0.0354	0.0208	0.0173	0.0095	0.1075	0.1026	0.1075	0.1325	0.1577	0.127	0.1577	0.1834
chr2R	5467342	5467493	chr2R:5467343-5467493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0302	0.016	0.0324	0.0437	0.0011	0.0194	0.0212	0.02	0.0011	0.0447	0.0334	0.0447	0.0349	0.0919	0.0309	0.0919	0.0505
chr2R	5471748	5471921	chr2R:5471749-5471921	FBgn0033427,FBgn0033428	CG1868,Updo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.061	0.0661	0.0614	0.0549	0.0392	0.0728	0.0848	0.0746	0.0392	0.0634	0.0627	0.0634	0.0891	0.0697	0.0509	0.0697	0.0776
chr2R	5472051	5472223	chr2R:5472052-5472223	FBgn0033427,FBgn0033428	CG1868,Updo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1122	0.117	0.1236	0.0941	0.0604	0.1262	0.1453	0.1406	0.0604	0.151	0.1305	0.151	0.1418	0.1141	0.0903	0.1141	0.1251
chr2R	5472308	5472462	chr2R:5472309-5472462	FBgn0033427,FBgn0033428	CG1868,Updo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0547	0.0697	0.0528	0.04	0.035	0.0709	0.0817	0.0959	0.035	0.061	0.0601	0.061	0.0589	0.0513	0.0387	0.0513	0.0547
chr2R	5474113	5474293	chr2R:5474114-5474293	FBgn0025286,FBgn0033429	CG12929,RpL31	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0848	0.0652	0.102	0.0877	0.0361	0.082	0.0675	0.0819	0.0361	0.1202	0.1186	0.1202	0.1108	0.0919	0.0967	0.0919	0.1219
chr2R	5474581	5474767	chr2R:5474582-5474767	FBgn0025286,FBgn0033429	CG12929,RpL31	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1846	0.1722	0.2124	0.1678	0.1463	0.1791	0.202	0.2085	0.1463	0.2657	0.2305	0.2657	0.1967	0.1669	0.1921	0.1669	0.1975
chr2R	5474926	5475082	chr2R:5474927-5475082	FBgn0025286	RpL31	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0723	0.0724	0.0869	0.0561	0.052	0.0704	0.0917	0.0893	0.052	0.1147	0.0942	0.1147	0.0837	0.0551	0.0542	0.0551	0.0792
chr2R	5476209	5476387	chr2R:5476210-5476387	FBgn0033431	CG1827	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0629	0.0576	0.0759	0.0544	0.0255	0.065	0.0709	0.0713	0.0255	0.0984	0.0746	0.0984	0.1007	0.0559	0.0496	0.0559	0.0959
chr2R	5476468	5476818	chr2R:5476469-5476818	FBgn0033431	CG1827	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0926	0.0884	0.1124	0.0756	0.0403	0.1049	0.1068	0.1106	0.0403	0.1401	0.1116	0.1401	0.1534	0.0865	0.0625	0.0865	0.1365
chr2R	5477845	5478103	chr2R:5477846-5478103	FBgn0010342	Map60	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0766	0.0795	0.1023	0.0453	0.053	0.0927	0.0843	0.1033	0.053	0.1419	0.1045	0.1419	0.0922	0.0521	0.04	0.0521	0.0516
chr2R	5478252	5478441	chr2R:5478253-5478441	FBgn0010342	Map60	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1129	0.1249	0.1391	0.0709	0.0923	0.151	0.1224	0.1606	0.0923	0.1751	0.1469	0.1751	0.1224	0.0766	0.0542	0.0766	0.0823
chr2R	5480848	5481103	chr2R:5480849-5481103	FBgn0033434,FBgn0050338	CG1902,CG30338	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0624	0.0667	0.0829	0.0352	0.0371	0.0709	0.0718	0.0999	0.0371	0.0918	0.0965	0.0918	0.0635	0.0352	0.0426	0.0352	0.0459
chr2R	5481146	5481328	chr2R:5481147-5481328	FBgn0033434,FBgn0050338	CG1902,CG30338	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0628	0.0684	0.0382	0.0477	0.0684	0.0718	0.0793	0.0477	0.0779	0.0746	0.0779	0.072	0.0421	0.0438	0.0421	0.049
chr2R	5481467	5481840	chr2R:5481468-5481840	FBgn0033434,FBgn0050338	CG1902,CG30338	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1894	0.178	0.2287	0.1592	0.1241	0.2	0.2016	0.2232	0.1241	0.2784	0.2572	0.2784	0.2285	0.1585	0.2025	0.1585	0.1855
chr2R	5489408	5489569	chr2R:5489409-5489569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0145	0.0208	0.0203	0.0064	0.0165	0.0229	0.0107	0.0064	0.0157	0.0212	0.0157	0.0465	0.013	0.0129	0.013	0.0469
chr2R	5490537	5490688	chr2R:5490538-5490688	FBgn0050339	CG30339	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0136	0.0142	0.0209	0.0021	0.016	0.0195	0.0173	0.0021	0.0133	0.0125	0.0133	0.031	0.0115	0.0084	0.0115	0.0547
chr2R	5491099	5491250	chr2R:5491100-5491250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0166	0.0166	0.0168	0.0164	0.0042	0.0189	0.0251	0.0187	0.0042	0.0091	0.0151	0.0091	0.0426	0.0123	0.009	0.0123	0.0375
chr2R	5492650	5492871	chr2R:5492651-5492871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0284	0.0234	0.0265	0.0095	0.0277	0.0394	0.034	0.0095	0.0229	0.0174	0.0229	0.0604	0.0145	0.0097	0.0145	0.0703
chr2R	5493170	5493321	chr2R:5493171-5493321	FBgn0050000	CG30000	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0241	0.0183	0.0188	0.0363	0.0117	0.0199	0.0281	0.0147	0.0117	0.0127	0.0141	0.0127	0.0581	0.0245	0.0232	0.0245	0.0792
chr2R	5493359	5493544	chr2R:5493360-5493544	FBgn0050000	CG30000	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0312	0.0155	0.0231	0.0577	0.0074	0.0204	0.0221	0.01	0.0074	0.0169	0.0186	0.0169	0.0604	0.0375	0.0496	0.0375	0.1183
chr2R	5494661	5494839	chr2R:5494662-5494839	FBgn0050005	CG30005	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0256	0.0132	0.022	0.0436	0.0011	0.0136	0.0225	0.0127	0.0011	0.0145	0.0254	0.0145	0.0418	0.0314	0.0574	0.0314	0.0792
chr2R	5497493	5497644	chr2R:5497494-5497644	FBgn0033437	CG12926	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0237	0.0178	0.0329	0.0202	0.0095	0.0214	0.0238	0.0147	0.0095	0.0266	0.0296	0.0266	0.0759	0.01	0.0142	0.01	0.0453
chr2R	5497921	5498097	chr2R:5497922-5498097	FBgn0033437	CG12926	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.0255	0.0393	0.0288	0.0085	0.0335	0.0329	0.024	0.0085	0.0266	0.0299	0.0266	0.1208	0.0153	0.0181	0.0153	0.0698
chr2R	5498244	5498523	chr2R:5498245-5498523	FBgn0033437	CG12926	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0354	0.0339	0.0433	0.0284	0.0159	0.0417	0.0424	0.0386	0.0159	0.0362	0.0412	0.0362	0.0976	0.0138	0.0206	0.0138	0.0646
chr2R	5498980	5499189	chr2R:5498981-5499189	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0515	0.053	0.0231	0.0201	0.0549	0.0675	0.064	0.0201	0.0501	0.0653	0.0501	0.0666	0.0237	0.0193	0.0237	0.0344
chr2R	5520371	5520522	chr2R:5520372-5520522	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0176	0.0197	0.0165	0.0164	0.0095	0.0141	0.0342	0.0207	0.0095	0.0266	0.0135	0.0266	0.0132	0.013	0.0071	0.013	0.0156
chr2R	5520567	5520718	chr2R:5520568-5520718	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.016	0.01	0.0142	0.0021	0.0112	0.0277	0.016	0.0021	0.0145	0.0084	0.0145	0.0093	0.0123	0.0077	0.0123	0.0146
chr2R	5528879	5529030	chr2R:5528880-5529030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0075	0.0081	0.0127	0.0011	0.0058	0.013	0.0073	0.0011	0.0085	0.0071	0.0085	0.0101	0.0054	0.0071	0.0054	0.0109
chr2R	5533782	5533933	chr2R:5533783-5533933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0107	0.0119	0.0205	0.0042	0.0073	0.019	0.0147	0.0042	0.0121	0.0109	0.0121	0.0101	0.0061	0.0045	0.0061	0.0151
chr2R	5537274	5537425	chr2R:5537275-5537425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0097	0.0094	0.0132	0.0053	0.0073	0.016	0.0093	0.0053	0.0127	0.0077	0.0127	0.0116	0.0077	0.0026	0.0077	0.0172
chr2R	5541173	5541324	chr2R:5541174-5541324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0196	0.0273	0.0195	0.011	0.0106	0.0485	0.026	0.026	0.0106	0.0338	0.0186	0.0338	0.0132	0.0145	0.0045	0.0145	0.0151
chr2R	5542706	5543025	chr2R:5542707-5543025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0269	0.0308	0.0245	0.0252	0.0148	0.0408	0.0307	0.038	0.0148	0.0229	0.026	0.0229	0.0163	0.013	0.0135	0.013	0.0219
chr2R	5544692	5544843	chr2R:5544693-5544843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0115	0.0088	0.016	0.0096	0.0064	0.0112	0.0121	0.0067	0.0064	0.0175	0.0135	0.0175	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0182
chr2R	5545670	5545839	chr2R:5545671-5545839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0088	0.0129	0.0467	0.0042	0.0083	0.0156	0.0087	0.0042	0.0127	0.009	0.0127	0.0077	0.0107	0.0135	0.0107	0.0297
chr2R	5547451	5547699	chr2R:5547452-5547699	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0582	0.085	0.0657	0.0199	0.0382	0.118	0.0705	0.1252	0.0382	0.0676	0.0891	0.0676	0.0372	0.0115	0.0103	0.0115	0.0167
chr2R	5547844	5548291	chr2R:5547845-5548291	FBgn0011921	tRNA:M3:46A	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0541	0.0769	0.0604	0.0216	0.0233	0.1078	0.0709	0.1073	0.0233	0.0755	0.0797	0.0755	0.0225	0.013	0.0123	0.013	0.0255
chr2R	5548632	5548831	chr2R:5548633-5548831	FBgn0011921	tRNA:M3:46A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0443	0.0705	0.0353	0.0248	0.0456	0.0801	0.0761	0.0853	0.0456	0.0501	0.0334	0.0501	0.0372	0.0268	0.0258	0.0268	0.0391
chr2R	5553746	5553933	chr2R:5553747-5553933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0155	0.0222	0.0404	0.0053	0.017	0.0238	0.0153	0.0053	0.0193	0.0199	0.0193	0.0418	0.0467	0.0393	0.0467	0.0714
chr2R	5562944	5563095	chr2R:5562945-5563095	distal	distal	stage14	stage14	VT14207.1	VT14207.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0066	0.0128	0.0253	0.0011	0.0053	0.0099	0.01	0.0011	0.0151	0.0122	0.0151	0.0225	0.0161	0.0123	0.0161	0.0693
chr2R	5563150	5563301	chr2R:5563151-5563301	distal	distal	stage14	stage14	VT14207.1,VT14208.1	VT14207.1,VT14208.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.009	0.0122	0.032	0.0042	0.0097	0.0164	0.004	0.0042	0.0151	0.0096	0.0151	0.024	0.0222	0.0161	0.0222	0.0818
chr2R	5567546	5567749	chr2R:5567547-5567749	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0368	0.0178	0.0381	0.0565	0.0095	0.0248	0.0225	0.0133	0.0095	0.0912	0.0209	0.0912	0.0434	0.0651	0.0155	0.0651	0.1199
chr2R	5568097	5568357	chr2R:5568098-5568357	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0721	0.0408	0.0968	0.0799	0.0138	0.0748	0.0424	0.028	0.0138	0.2566	0.0534	0.2566	0.079	0.1332	0.0387	0.1332	0.147
chr2R	5568836	5568987	chr2R:5568837-5568987	distal	distal	none	none	VT14211.1	VT14211.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0223	0.013	0.034	0.0198	0.0042	0.0165	0.0143	0.016	0.0042	0.1039	0.0206	0.1039	0.0139	0.0329	0.0116	0.0329	0.0281
chr2R	5569204	5569374	chr2R:5569205-5569374	distal	distal	stage11	stage11	VT14211.1	VT14211.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0557	0.0188	0.0718	0.0791	0.0032	0.035	0.0199	0.0147	0.0032	0.2005	0.036	0.2005	0.0658	0.1302	0.0535	0.1302	0.1475
chr2R	5569628	5569785	chr2R:5569629-5569785	distal	distal	stage11	stage11	VT14211.1	VT14211.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0353	0.0112	0.0445	0.0521	0.0011	0.0214	0.0112	0.0087	0.0011	0.1383	0.019	0.1383	0.0318	0.0873	0.0258	0.0873	0.1006
chr2R	5570314	5570527	chr2R:5570315-5570527	distal	distal	none	none	VT14211.1	VT14211.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.05	0.0299	0.0619	0.0595	0.0064	0.0495	0.0311	0.028	0.0064	0.1389	0.0405	0.1389	0.048	0.0812	0.0458	0.0812	0.0578
chr2R	5570609	5570919	chr2R:5570610-5570919	FBgn0033438	Mmp2	stage11,stage14	none	VT14211.1	VT14211.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1096	0.0388	0.1287	0.1678	0.0117	0.0602	0.0433	0.036	0.0117	0.2258	0.1023	0.2258	0.1356	0.2443	0.1483	0.2443	0.1454
chr2R	5571073	5571229	chr2R:5571074-5571229	FBgn0033438	Mmp2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0506	0.0319	0.0558	0.0659	0.0148	0.0364	0.0454	0.0273	0.0148	0.0839	0.0521	0.0839	0.062	0.0804	0.0664	0.0804	0.0688
chr2R	5571291	5571488	chr2R:5571292-5571488	FBgn0033438	Mmp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0902	0.0462	0.0964	0.1326	0.0223	0.0583	0.0601	0.0453	0.0223	0.1407	0.0929	0.1407	0.1379	0.1991	0.1573	0.1991	0.1751
chr2R	5573272	5573475	chr2R:5573273-5573475	distal	distal	none	none	VT14213.1	VT14213.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0335	0.0314	0.0362	0.0329	0.0117	0.0306	0.0476	0.0346	0.0117	0.0302	0.0331	0.0302	0.0751	0.0168	0.0129	0.0168	0.0813
chr2R	5579437	5579652	chr2R:5579438-5579652	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1484	0.1312	0.1902	0.1217	0.0827	0.1583	0.1453	0.1592	0.0827	0.2409	0.2154	0.2409	0.1627	0.1202	0.138	0.1202	0.1438
chr2R	5579683	5579890	chr2R:5579684-5579890	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1378	0.1171	0.172	0.1232	0.0742	0.149	0.1159	0.1579	0.0742	0.2132	0.1974	0.2132	0.1534	0.1141	0.1464	0.1141	0.1459
chr2R	5580154	5580357	chr2R:5580155-5580357	FBgn0023143	Uba1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2716	0.2322	0.333	0.2484	0.1877	0.3005	0.2193	0.2785	0.1877	0.4191	0.3608	0.4191	0.3191	0.2718	0.2734	0.2718	0.2876
chr2R	5580498	5580702	chr2R:5580499-5580702	FBgn0023143	Uba1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.187	0.1649	0.2319	0.1624	0.1103	0.1937	0.1739	0.2119	0.1103	0.2905	0.2495	0.2905	0.1998	0.1685	0.1754	0.1685	0.1819
chr2R	5580758	5580940	chr2R:5580759-5580940	FBgn0023143	Uba1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2267	0.208	0.2618	0.2092	0.1357	0.2403	0.2275	0.2665	0.1357	0.3351	0.2723	0.3351	0.2401	0.2159	0.2134	0.2159	0.2381
chr2R	5581103	5581288	chr2R:5581104-5581288	FBgn0023143	Uba1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.199	0.1777	0.2419	0.1756	0.1113	0.2131	0.2016	0.2152	0.1113	0.3001	0.2598	0.3001	0.2208	0.1769	0.1767	0.1769	0.1996
chr2R	5582150	5582376	chr2R:5582151-5582376	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0703	0.11	0.0844	0.0104	0.0318	0.1563	0.083	0.1819	0.0318	0.1606	0.0701	0.1606	0.0271	0.0107	0.009	0.0107	0.0057
chr2R	5586447	5586636	chr2R:5586448-5586636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0361	0.0386	0.01	0.0244	0.0413	0.0389	0.0513	0.0244	0.0531	0.045	0.0531	0.0116	0.0077	0.0052	0.0077	0.0125
chr2R	5586646	5586797	chr2R:5586647-5586797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0322	0.0287	0.0085	0.0201	0.0335	0.0337	0.0473	0.0201	0.0314	0.0354	0.0314	0.0116	0.0061	0.0032	0.0061	0.0094
chr2R	5587595	5587843	chr2R:5587596-5587843	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0479	0.0288	0.0093	0.0148	0.0539	0.0281	0.1033	0.0148	0.032	0.0315	0.032	0.0132	0.0023	0.0045	0.0023	0.0078
chr2R	5589602	5589878	chr2R:5589603-5589878	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.032	0.0494	0.0334	0.0111	0.0308	0.0354	0.0571	0.0799	0.0308	0.0187	0.0312	0.0187	0.017	0.0046	0.0064	0.0046	0.0089
chr2R	5590360	5590511	chr2R:5590361-5590511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0215	0.0196	0.0299	0.0145	0.0064	0.0252	0.0195	0.0247	0.0064	0.0205	0.0325	0.0205	0.0349	0.0107	0.02	0.0107	0.0182
chr2R	5596050	5596201	chr2R:5596051-5596201	distal	distal	stage11	stage11	dap_dap-4prime2prime_NR	dap_dap-4prime2prime_NR	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0553	0.0191	0.1174	0.0276	0.0032	0.0379	0.0138	0.0187	0.0032	0.0658	0.2103	0.0658	0.0899	0.0375	0.0625	0.0375	0.0177
chr2R	5596225	5596376	chr2R:5596226-5596376	distal	distal	stage11	stage11	dap_dap-4prime2prime_NR	dap_dap-4prime2prime_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0694	0.0273	0.1464	0.0319	0.0053	0.0539	0.0212	0.0266	0.0053	0.1008	0.255	0.1008	0.117	0.0337	0.0812	0.0337	0.0193
chr2R	5596480	5596707	chr2R:5596481-5596707	distal	distal	stage11	stage11	dap_dap-4prime2prime_NR	dap_dap-4prime2prime_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0937	0.0515	0.1765	0.05	0.0085	0.1034	0.032	0.06	0.0085	0.1606	0.2701	0.1606	0.158	0.0574	0.098	0.0574	0.0433
chr2R	5596744	5596919	chr2R:5596745-5596919	distal	distal	stage11	stage11	dap_dap-4prime2prime_NR	dap_dap-4prime2prime_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0706	0.0469	0.1327	0.029	0.0117	0.0845	0.0307	0.0613	0.0117	0.1014	0.209	0.1014	0.1325	0.0176	0.0613	0.0176	0.0297
chr2R	5597692	5597854	chr2R:5597693-5597854	distal	distal	none	none	dap_dap-4prime2prime_NR	dap_dap-4prime2prime_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0638	0.042	0.1055	0.0423	0.0148	0.0772	0.0376	0.04	0.0148	0.1141	0.1177	0.1141	0.1472	0.0207	0.0316	0.0207	0.0954
chr2R	5598371	5598555	chr2R:5598372-5598555	distal	distal	stage11	stage11	dap_dap-5-2R	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.0454	0.1386	0.0347	0.0074	0.0743	0.035	0.0666	0.0074	0.1793	0.1881	0.1793	0.0651	0.026	0.04	0.026	0.0443
chr2R	5598995	5599262	chr2R:5598996-5599262	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	dap_dap-5-2R	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1679	0.0865	0.2481	0.1709	0.0424	0.1665	0.0614	0.0813	0.0424	0.3551	0.2572	0.3551	0.2393	0.2113	0.1831	0.2113	0.2204
chr2R	5599679	5599887	chr2R:5599680-5599887	FBgn0010316	dap	stage11,stage14,stage5	none	dap_dap-5-2R	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2252	0.1591	0.3024	0.2143	0.087	0.2364	0.1423	0.1859	0.087	0.3865	0.318	0.3865	0.2959	0.2374	0.2289	0.2374	0.2569
chr2R	5600149	5600332	chr2R:5600150-5600332	FBgn0010316	dap	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1053	0.0434	0.1485	0.1271	0.0212	0.082	0.0285	0.0466	0.0212	0.2011	0.1531	0.2011	0.1619	0.1654	0.1483	0.1654	0.1751
chr2R	5601661	5601902	chr2R:5601662-5601902	distal	distal	stage11	stage11	dap_dap-B	dap_dap-B	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0896	0.0469	0.1452	0.0765	0.0106	0.0791	0.0467	0.0466	0.0106	0.1661	0.1312	0.1661	0.1146	0.0651	0.0374	0.0651	0.1485
chr2R	5602052	5602375	chr2R:5602053-5602375	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	dap_dap-B	dap_dap-B	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0972	0.109	0.1275	0.0507	0.0583	0.1252	0.1081	0.1546	0.0583	0.0882	0.1183	0.0882	0.0976	0.0345	0.0264	0.0345	0.0797
chr2R	5604013	5604164	chr2R:5604014-5604164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.031	0.0138	0.0609	0.0173	0.0032	0.0209	0.0134	0.0167	0.0032	0.0441	0.0859	0.0441	0.0589	0.0123	0.0148	0.0123	0.0323
chr2R	5632877	5633028	chr2R:5632878-5633028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0069	0.0061	0.0138	0	0.0053	0.0143	0.006	0	0.0072	0.0042	0.0072	0.0077	0.0482	0.0058	0.0482	0.0078
chr2R	5635696	5635847	chr2R:5635697-5635847	FBgn0259678,FBgn0262594	CheA46a,sqa	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0069	0.0082	0.0312	0.0053	0.0083	0.0074	0.008	0.0053	0.0151	0.0051	0.0151	0.0132	0.1348	0.0071	0.1348	0.0063
chr2R	5637547	5637698	chr2R:5637548-5637698	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0157	0.0121	0.0102	0.0258	0.0053	0.0117	0.0208	0.0087	0.0053	0.0163	0.0109	0.0163	0.0093	0.108	0.0045	0.108	0.0083
chr2R	5660590	5660741	chr2R:5660591-5660741	distal	distal	none	none	VT14256.1	VT14256.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0078	0.0079	0.0065	0.0093	0.0053	0.0044	0.016	0.006	0.0053	0.0079	0.0074	0.0079	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0021
chr2R	5682584	5682735	chr2R:5682585-5682735	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0099	0.01	0.009	0.0107	0.0085	0.0073	0.0151	0.0133	0.0085	0.0072	0.0132	0.0072	0.0062	0.0054	0.0335	0.0054	0.0052
chr2R	5697953	5698111	chr2R:5697954-5698111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0246	0.034	0.0259	0.017	0.0306	0.0303	0.0253	0.017	0.0411	0.0399	0.0411	0.0271	0.0276	0.0297	0.0276	0.0307
chr2R	5698258	5698430	chr2R:5698259-5698430	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.0872	0.1338	0.1051	0.0551	0.1005	0.0995	0.1013	0.0551	0.1618	0.1466	0.1618	0.1309	0.1172	0.1161	0.1172	0.1282
chr2R	5698528	5698686	chr2R:5698529-5698686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.051	0.0439	0.0589	0.0504	0.0308	0.049	0.051	0.044	0.0308	0.0676	0.0643	0.0676	0.0573	0.0613	0.0619	0.0613	0.0578
chr2R	5701720	5701904	chr2R:5701721-5701904	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0194	0.0311	0.0524	0.0074	0.0165	0.029	0.0253	0.0074	0.0199	0.054	0.0199	0.0163	0.0237	0.1451	0.0237	0.0287
chr2R	5701996	5702147	chr2R:5701997-5702147	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0152	0.0236	0.0309	0.0032	0.0155	0.0251	0.016	0.0032	0.0145	0.036	0.0145	0.0186	0.0214	0.0645	0.0214	0.0234
chr2R	5706733	5706884	chr2R:5706734-5706884	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0348	0.026	0.032	0.0476	0.0106	0.032	0.035	0.026	0.0106	0.0483	0.0334	0.0483	0.0279	0.1294	0.0413	0.1294	0.0365
chr2R	5707166	5707360	chr2R:5707167-5707360	FBgn0033446	CG1648	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0573	0.0365	0.061	0.0763	0.0201	0.0388	0.0519	0.0326	0.0201	0.1002	0.0592	0.1002	0.0682	0.1554	0.0967	0.1554	0.0677
chr2R	5707523	5707799	chr2R:5707524-5707799	FBgn0033446,FBgn0054033	CG1648,CG34033	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2102	0.1695	0.2451	0.2175	0.1007	0.2141	0.1752	0.2065	0.1007	0.3339	0.2666	0.3339	0.2347	0.2634	0.2424	0.2634	0.2689
chr2R	5707950	5708136	chr2R:5707951-5708136	FBgn0033446,FBgn0054033	CG1648,CG34033	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0657	0.0578	0.0786	0.0603	0.0339	0.0684	0.0653	0.0686	0.0339	0.0978	0.0826	0.0978	0.0937	0.0636	0.0619	0.0636	0.0844
chr2R	5710384	5710564	chr2R:5710385-5710564	FBgn0050001	CG30001	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0828	0.0786	0.097	0.0719	0.0424	0.0976	0.0809	0.1059	0.0424	0.1202	0.1103	0.1202	0.1131	0.0873	0.0767	0.0873	0.0969
chr2R	5710654	5710805	chr2R:5710655-5710805	FBgn0050001	CG30001	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0338	0.0443	0.0285	0.017	0.0413	0.0441	0.0306	0.017	0.058	0.0502	0.058	0.048	0.0276	0.0251	0.0276	0.0427
chr2R	5714704	5714855	chr2R:5714705-5714855	FBgn0033447	dila	stage11	none	CG1625_801bp_CRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0165	0.0184	0.017	0.0136	0.0042	0.0155	0.0359	0.01	0.0042	0.0121	0.018	0.0121	0.0232	0.0069	0.0168	0.0069	0.0177
chr2R	5715239	5715429	chr2R:5715240-5715429	FBgn0033447	dila	stage11,stage14	none	CG1625_801bp_CRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0247	0.0163	0.033	0.0251	0.0042	0.0184	0.0234	0.0173	0.0042	0.0236	0.0257	0.0236	0.0945	0.0138	0.0193	0.0138	0.0537
chr2R	5721181	5721332	chr2R:5721182-5721332	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0151	0.0185	0.0153	0.0053	0.0107	0.0247	0.0213	0.0053	0.0157	0.0186	0.0157	0.0395	0.0084	0.0187	0.0084	0.0255
chr2R	5722605	5722848	chr2R:5722606-5722848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.029	0.0141	0.0292	0.0455	0.0042	0.0141	0.0199	0.02	0.0042	0.0236	0.0383	0.0236	0.0395	0.013	0.1199	0.013	0.0287
chr2R	5724046	5724251	chr2R:5724047-5724251	FBgn0033448,FBgn0033449	CG1663,hebe	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0579	0.0361	0.0732	0.0653	0.0148	0.0379	0.0458	0.048	0.0148	0.0839	0.0897	0.0839	0.0775	0.0482	0.1141	0.0482	0.0735
chr2R	5724340	5724532	chr2R:5724341-5724532	FBgn0033448,FBgn0033449	CG1663,hebe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0902	0.0674	0.1179	0.0852	0.0297	0.0806	0.0718	0.0946	0.0297	0.1419	0.1347	0.1419	0.1332	0.0789	0.1096	0.0789	0.1058
chr2R	5724650	5724801	chr2R:5724651-5724801	FBgn0033449	CG1663	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0397	0.0332	0.0561	0.029	0.0117	0.0481	0.0333	0.0413	0.0117	0.0664	0.0682	0.0664	0.0627	0.0314	0.029	0.0314	0.0318
chr2R	5726964	5727145	chr2R:5726965-5727145	FBgn0033450,FBgn0033451	CG1665,Lsm11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.047	0.0701	0.0432	0.0095	0.0602	0.051	0.066	0.0095	0.0815	0.0794	0.0815	0.0852	0.0383	0.0477	0.0383	0.0599
chr2R	5729356	5729831	chr2R:5729357-5729831	FBgn0033452,FBgn0033453	CG1599,CG1667	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1125	0.1231	0.1213	0.0909	0.0668	0.1233	0.1704	0.1412	0.0668	0.1413	0.1241	0.1413	0.158	0.0735	0.0916	0.0735	0.1542
chr2R	5729963	5730177	chr2R:5729964-5730177	FBgn0033452,FBgn0033453	CG1599,CG1667	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1496	0.1468	0.1744	0.1255	0.0954	0.1583	0.1903	0.1666	0.0954	0.2077	0.1916	0.2077	0.1944	0.1156	0.1373	0.1156	0.172
chr2R	5730779	5730930	chr2R:5730780-5730930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0274	0.0345	0.037	0.0138	0.0272	0.0372	0.0306	0.0138	0.0374	0.0376	0.0374	0.0449	0.0184	0.0548	0.0184	0.0547
chr2R	5733945	5734118	chr2R:5733946-5734118	FBgn0023180	Orc6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.1441	0.1557	0.0989	0.1071	0.1631	0.1522	0.1892	0.1071	0.1932	0.1746	0.1932	0.1503	0.1103	0.1006	0.1103	0.1287
chr2R	5734239	5734428	chr2R:5734240-5734428	FBgn0023180	Orc6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0837	0.0902	0.0439	0.052	0.0893	0.0995	0.1119	0.052	0.1123	0.1068	0.1123	0.0728	0.0536	0.0438	0.0536	0.0485
chr2R	5734472	5734715	chr2R:5734473-5734715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0508	0.0647	0.0575	0.0279	0.0339	0.0704	0.0809	0.0873	0.0339	0.0773	0.064	0.0773	0.0527	0.0314	0.0277	0.0314	0.0297
chr2R	5735000	5735169	chr2R:5735001-5735169	FBgn0023175,FBgn0033454	CG1671,Prosalpha7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0701	0.0687	0.092	0.0478	0.0329	0.0854	0.0817	0.0833	0.0329	0.1178	0.0971	0.1178	0.0906	0.0459	0.0496	0.0459	0.0672
chr2R	5735250	5735430	chr2R:5735251-5735430	FBgn0023175,FBgn0033454	CG1671,Prosalpha7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.155	0.1434	0.1931	0.126	0.0954	0.1694	0.1631	0.1759	0.0954	0.2609	0.2077	0.2609	0.182	0.1554	0.1302	0.1554	0.1496
chr2R	5735473	5735655	chr2R:5735474-5735655	FBgn0023175,FBgn0033454	CG1671,Prosalpha7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1349	0.1225	0.1661	0.1146	0.0795	0.1568	0.1371	0.1372	0.0795	0.2246	0.1768	0.2246	0.1766	0.1539	0.1103	0.1539	0.1371
chr2R	5744919	5745120	chr2R:5744920-5745120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.0202	0.0329	0.0387	0.0042	0.0228	0.0311	0.018	0.0042	0.0362	0.0254	0.0362	0.0736	0.0207	0.0322	0.0207	0.0818
chr2R	5745362	5745513	chr2R:5745363-5745513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0201	0.0125	0.0288	0.0191	0.0021	0.0199	0.0147	0.01	0.0021	0.0332	0.0174	0.0332	0.0821	0.0092	0.0181	0.0092	0.0422
chr2R	5747237	5747388	chr2R:5747238-5747388	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.023	0.0126	0.0242	0.0331	0.0032	0.0175	0.016	0.0147	0.0032	0.0344	0.0215	0.0344	0.0395	0.0368	0.0277	0.0368	0.0563
chr2R	5747520	5747726	chr2R:5747521-5747726	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0487	0.0241	0.0557	0.0687	0.0032	0.0388	0.0298	0.022	0.0032	0.1063	0.0441	0.1063	0.0689	0.1256	0.0484	0.1256	0.0855
chr2R	5747923	5748074	chr2R:5747924-5748074	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0193	0.0322	0.0522	0.0032	0.0248	0.0281	0.0187	0.0032	0.055	0.0244	0.055	0.0473	0.0605	0.0535	0.0605	0.0526
chr2R	5748201	5748404	chr2R:5748202-5748404	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0696	0.0253	0.0448	0.1462	0.0127	0.0345	0.0294	0.0233	0.0127	0.0513	0.0457	0.0513	0.0527	0.1776	0.1348	0.1776	0.135
chr2R	5748722	5748894	chr2R:5748723-5748894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0474	0.016	0.0303	0.1012	0.0032	0.0228	0.0229	0.0127	0.0032	0.0266	0.0283	0.0266	0.0457	0.1332	0.0986	0.1332	0.086
chr2R	5749340	5749671	chr2R:5749341-5749671	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.071	0.0426	0.0654	0.1089	0.017	0.0636	0.0532	0.0333	0.017	0.0821	0.0633	0.0821	0.1201	0.1746	0.1109	0.1746	0.1615
chr2R	5750081	5750291	chr2R:5750082-5750291	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.04	0.0319	0.0381	0.0511	0.018	0.0354	0.045	0.0293	0.018	0.0399	0.0302	0.0399	0.0899	0.0314	0.0322	0.0314	0.1235
chr2R	5753049	5753224	chr2R:5753050-5753224	FBgn0033457	Ntmt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1102	0.1019	0.135	0.0923	0.0626	0.1267	0.1086	0.1259	0.0626	0.1812	0.1466	0.1812	0.1356	0.108	0.0974	0.108	0.1027
chr2R	5755454	5755714	chr2R:5755455-5755714	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0708	0.0775	0.0918	0.0402	0.0138	0.1563	0.0623	0.0673	0.0138	0.2144	0.0482	0.2144	0.1201	0.0398	0.0239	0.0398	0.0881
chr2R	5755811	5755962	chr2R:5755812-5755962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0413	0.0531	0.0472	0.0217	0.0286	0.0762	0.064	0.048	0.0286	0.1002	0.0354	0.1002	0.0442	0.0237	0.0187	0.0237	0.0344
chr2R	5756106	5756257	chr2R:5756107-5756257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0494	0.0669	0.0495	0.0298	0.0371	0.0888	0.0783	0.064	0.0371	0.0978	0.0408	0.0978	0.0403	0.0237	0.0335	0.0237	0.0334
chr2R	5757352	5757503	chr2R:5757353-5757503	FBgn0027580	CG1516	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0334	0.0508	0.0325	0.0148	0.0255	0.0689	0.0735	0.036	0.0255	0.0682	0.0286	0.0682	0.0271	0.0138	0.0148	0.0138	0.0182
chr2R	5757923	5758154	chr2R:5757924-5758154	FBgn0027580	CG1516	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0782	0.0982	0.0867	0.0467	0.0456	0.1641	0.1112	0.0626	0.0456	0.2053	0.0531	0.2053	0.1022	0.0375	0.0181	0.0375	0.112
chr2R	5759052	5759247	chr2R:5759053-5759247	FBgn0033458	CG18446	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0664	0.0881	0.0683	0.0401	0.0689	0.1214	0.0973	0.0873	0.0689	0.1649	0.0489	0.1649	0.0666	0.0636	0.0335	0.0636	0.0693
chr2R	5760527	5760678	chr2R:5760528-5760678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0451	0.047	0.06	0.0267	0.0159	0.083	0.0424	0.0406	0.0159	0.1401	0.0492	0.1401	0.0496	0.0345	0.0329	0.0345	0.0391
chr2R	5761150	5761301	chr2R:5761151-5761301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0397	0.0557	0.0443	0.0167	0.0148	0.1068	0.0454	0.0533	0.0148	0.1081	0.0309	0.1081	0.038	0.0245	0.0129	0.0245	0.0261
chr2R	5762262	5762413	chr2R:5762263-5762413	FBgn0011241,FBgn0033459	CG12744,cbx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0742	0.0846	0.0819	0.0542	0.0732	0.1024	0.0904	0.0999	0.0732	0.1274	0.0897	0.1274	0.0705	0.0735	0.058	0.0735	0.0766
chr2R	5762604	5762795	chr2R:5762605-5762795	FBgn0011241,FBgn0033459	CG12744,cbx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1999	0.2086	0.227	0.1603	0.1612	0.2602	0.1933	0.2705	0.1612	0.3092	0.2556	0.3092	0.2053	0.2167	0.1838	0.2167	0.21
chr2R	5763019	5763251	chr2R:5763020-5763251	FBgn0011241,FBgn0033459	CG12744,cbx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.0784	0.1053	0.0659	0.0392	0.1039	0.0822	0.0926	0.0392	0.1238	0.118	0.1238	0.1146	0.0789	0.0787	0.0789	0.0896
chr2R	5763391	5763542	chr2R:5763392-5763542	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0351	0.0463	0.0248	0.017	0.0432	0.0407	0.0433	0.017	0.0568	0.0537	0.0568	0.0418	0.0329	0.0239	0.0329	0.0334
chr2R	5769056	5769207	chr2R:5769057-5769207	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0273	0.0248	0.0339	0.0228	0.0106	0.0311	0.0303	0.024	0.0106	0.0308	0.0347	0.0308	0.055	0.0199	0.0181	0.0199	0.0417
chr2R	5769355	5769710	chr2R:5769356-5769710	FBgn0033460	sec24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1	0.0914	0.1223	0.0852	0.0371	0.1107	0.1077	0.1133	0.0371	0.1419	0.128	0.1419	0.1418	0.0926	0.0767	0.0926	0.1157
chr2R	5769793	5769958	chr2R:5769794-5769958	FBgn0033460	sec24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1182	0.1162	0.1372	0.0997	0.0615	0.1374	0.1406	0.1372	0.0615	0.1733	0.136	0.1733	0.1673	0.0995	0.1032	0.0995	0.1298
chr2R	5770039	5770190	chr2R:5770040-5770190	FBgn0033460	sec24	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0519	0.0528	0.0614	0.0404	0.0414	0.0553	0.0696	0.054	0.0414	0.0743	0.064	0.0743	0.0813	0.0429	0.0393	0.0429	0.0563
chr2R	5770264	5770617	chr2R:5770265-5770617	FBgn0033460	sec24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0568	0.0614	0.0621	0.0458	0.0382	0.0578	0.0822	0.0746	0.0382	0.0628	0.063	0.0628	0.0821	0.049	0.0393	0.049	0.0693
chr2R	5770847	5770998	chr2R:5770848-5770998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.033	0.0235	0.017	0.0265	0.0345	0.0441	0.0313	0.0265	0.0242	0.028	0.0242	0.0256	0.0199	0.0174	0.0199	0.0245
chr2R	5774172	5774323	chr2R:5774173-5774323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0161	0.0157	0.0143	0.0185	0.0064	0.0165	0.0212	0.0193	0.0064	0.0145	0.0138	0.0145	0.0186	0.0161	0.0064	0.0161	0.0094
chr2R	5778530	5778894	chr2R:5778531-5778894	FBgn0033463	CG1513	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0724	0.067	0.0929	0.056	0.0371	0.0801	0.0861	0.066	0.0371	0.1008	0.081	0.1008	0.1743	0.0605	0.049	0.0605	0.0912
chr2R	5779076	5779259	chr2R:5779077-5779259	FBgn0033463,FBgn0050007	CG1513,CG30007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1338	0.1194	0.1692	0.111	0.0785	0.1422	0.1358	0.1379	0.0785	0.2083	0.1746	0.2083	0.1828	0.1141	0.1128	0.1141	0.1376
chr2R	5779387	5779578	chr2R:5779388-5779578	FBgn0033463,FBgn0050007	CG1513,CG30007	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0895	0.0828	0.1086	0.0762	0.052	0.083	0.1094	0.0959	0.052	0.1546	0.1103	0.1546	0.1015	0.0697	0.0754	0.0697	0.1011
chr2R	5779621	5779834	chr2R:5779622-5779834	FBgn0033463,FBgn0050007	CG1513,CG30007	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0611	0.0819	0.0429	0.0265	0.0592	0.0843	0.0726	0.0265	0.1117	0.0907	0.1117	0.0674	0.0505	0.0432	0.0505	0.0505
chr2R	5779863	5780014	chr2R:5779864-5780014	FBgn0050007	CG30007	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0348	0.0386	0.0411	0.0235	0.0223	0.0374	0.0536	0.048	0.0223	0.067	0.0379	0.067	0.0341	0.0299	0.0181	0.0299	0.0302
chr2R	5790775	5790926	chr2R:5790776-5790926	FBgn0033464	CG1441	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0117	0.0118	0.0114	0.0118	0.0032	0.0146	0.0169	0.0127	0.0032	0.0133	0.0129	0.0133	0.0194	0.0061	0.0316	0.0061	0.0094
chr2R	5793599	5793750	chr2R:5793600-5793750	FBgn0000715	Fmrf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0199	0.0341	0.0176	0.0064	0.017	0.0301	0.0372	0.06	0.017	0.0326	0.0199	0.0326	0.007	0.0054	0.0071	0.0054	0.0026
chr2R	5798272	5798454	chr2R:5798273-5798454	FBgn0033465	CG12140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1497	0.1353	0.1832	0.1288	0.0753	0.1947	0.1285	0.1686	0.0753	0.2572	0.1968	0.2572	0.182	0.1715	0.1431	0.1715	0.1735
chr2R	5798567	5798783	chr2R:5798568-5798783	FBgn0033465	CG12140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1362	0.1315	0.1608	0.1146	0.0774	0.1922	0.1159	0.1586	0.0774	0.2355	0.1743	0.2355	0.1673	0.1501	0.1354	0.1501	0.1699
chr2R	5801517	5801705	chr2R:5801518-5801705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0306	0.03	0.0374	0.0238	0.0053	0.0558	0.0346	0.0173	0.0053	0.1087	0.0212	0.1087	0.024	0.0605	0.0193	0.0605	0.024
chr2R	5802354	5802541	chr2R:5802355-5802541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0328	0.0284	0.0426	0.027	0.0085	0.0621	0.026	0.0113	0.0085	0.122	0.0199	0.122	0.0349	0.072	0.0174	0.072	0.0292
chr2R	5810728	5810879	chr2R:5810729-5810879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.02	0.0201	0.0263	0.0131	0.0021	0.0485	0.0173	0.0087	0.0021	0.0864	0.0106	0.0864	0.0093	0.0191	0.0032	0.0191	0.0057
chr2R	5811728	5811932	chr2R:5811729-5811932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0302	0.0376	0.036	0.0156	0.0074	0.0913	0.0281	0.0187	0.0074	0.1178	0.0125	0.1178	0.0201	0.0444	0.0058	0.0444	0.0125
chr2R	5815637	5815836	chr2R:5815638-5815836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0356	0.0335	0.0429	0.0299	0.0021	0.0738	0.0307	0.0207	0.0021	0.0984	0.0154	0.0984	0.0844	0.049	0.0052	0.049	0.0641
chr2R	5817118	5817358	chr2R:5817119-5817358	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1669	0.1301	0.1924	0.1802	0.053	0.2694	0.0939	0.0959	0.053	0.4475	0.0926	0.4475	0.2789	0.3201	0.0729	0.3201	0.2189
chr2R	5819285	5819512	chr2R:5819286-5819512	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Mef2_I-D[L]_NR,Mef2_I-E,Mef2_IEd5,Mef2_ecdysoneRE-small,VT14335.1,VT14336.1	Mef2_I-D[L]_NR,Mef2_I-E,Mef2_IEd5,Mef2_ecdysoneRE-small,VT14335.1,VT14336.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0676	0.0718	0.0948	0.033	0.0127	0.1951	0.0389	0.0253	0.0127	0.3533	0.0267	0.3533	0.0364	0.1133	0.0135	0.1133	0.0172
chr2R	5821312	5821609	chr2R:5821313-5821609	distal	distal	stage5	stage5	Mef2_II-A,Mef2_II-B[L]_NR,VT14336.1,VT14337.1	Mef2_II-A,Mef2_II-B[L]_NR,VT14336.1,VT14337.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0686	0.0789	0.0817	0.0426	0.0286	0.1617	0.0606	0.0573	0.0286	0.2754	0.0309	0.2754	0.0294	0.121	0.0168	0.121	0.0219
chr2R	5822850	5823121	chr2R:5822851-5823121	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Mef2_II-B[L]_NR,Mef2_construct_7,VT14337.1,VT14338.1	Mef2_II-B[L]_NR,Mef2_construct_7,VT14337.1,VT14338.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0726	0.0717	0.0987	0.045	0.017	0.199	0.0437	0.018	0.017	0.3786	0.0267	0.3786	0.0248	0.1669	0.0161	0.1669	0.0245
chr2R	5823299	5823450	chr2R:5823300-5823450	distal	distal	stage11	stage11	VT14337.1,VT14338.1	VT14337.1,VT14338.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0519	0.0496	0.0702	0.0344	0.0064	0.1262	0.0355	0.0167	0.0064	0.2639	0.0196	0.2639	0.0194	0.1233	0.0148	0.1233	0.0198
chr2R	5823570	5823743	chr2R:5823571-5823743	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Mef2_GE491,VT14338.1	Mef2_GE491,VT14338.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0596	0.0457	0.0863	0.046	0.0127	0.1189	0.0285	0.016	0.0127	0.3237	0.0254	0.3237	0.0263	0.1868	0.0129	0.1868	0.024
chr2R	5825161	5825431	chr2R:5825162-5825431	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Mef2_-9117/-8079	Mef2_-9117/-8079	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0716	0.0545	0.083	0.0781	0.017	0.1117	0.0575	0.026	0.017	0.2826	0.0228	0.2826	0.055	0.3025	0.0271	0.3025	0.0427
chr2R	5825828	5825990	chr2R:5825829-5825990	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Mef2_-9117/-8079	Mef2_-9117/-8079	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0499	0.0393	0.0637	0.0468	0.0053	0.0985	0.0294	0.014	0.0053	0.2331	0.0177	0.2331	0.0194	0.1884	0.0148	0.1884	0.0104
chr2R	5826935	5827086	chr2R:5826936-5827086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0225	0.016	0.0203	0.0323	0.0064	0.0238	0.0229	0.0073	0.0064	0.0562	0.0106	0.0562	0.0139	0.1026	0.0058	0.1026	0.0135
chr2R	5827228	5827450	chr2R:5827229-5827450	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0446	0.0346	0.0451	0.0553	0.0117	0.0553	0.042	0.0207	0.0117	0.1304	0.0222	0.1304	0.0372	0.1746	0.0226	0.1746	0.0302
chr2R	5828686	5828882	chr2R:5828687-5828882	distal	distal	stage14	stage14	VT14341.1	VT14341.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0401	0.0224	0.0415	0.0582	0.0085	0.0442	0.0182	0.0147	0.0085	0.1232	0.017	0.1232	0.0302	0.2129	0.0239	0.2129	0.024
chr2R	5830115	5830313	chr2R:5830116-5830313	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT14341.1	VT14341.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0575	0.0641	0.0623	0.0448	0.035	0.0966	0.0718	0.0566	0.035	0.1141	0.0502	0.1141	0.0744	0.085	0.0458	0.085	0.0532
chr2R	5830410	5830582	chr2R:5830411-5830582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT14341.1	VT14341.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.132	0.1208	0.1643	0.1092	0.071	0.167	0.1341	0.1239	0.071	0.253	0.1621	0.253	0.1797	0.1746	0.1219	0.1746	0.1522
chr2R	5830705	5830888	chr2R:5830706-5830888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0519	0.0477	0.0591	0.0486	0.0223	0.0539	0.064	0.0453	0.0223	0.0924	0.0543	0.0924	0.0736	0.1133	0.0361	0.1133	0.0547
chr2R	5832238	5832389	chr2R:5832239-5832389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0202	0.014	0.0166	0.0312	0.0053	0.0189	0.0212	0.0093	0.0053	0.0314	0.0129	0.0314	0.0217	0.1271	0.0116	0.1271	0.012
chr2R	5835810	5836022	chr2R:5835811-5836022	distal	distal	none	none	VT14345.1	VT14345.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0209	0.0168	0.0368	0.0053	0.0282	0.032	0.014	0.0053	0.0199	0.0129	0.0199	0.0232	0.0237	0.0239	0.0237	0.0516
chr2R	5836943	5837094	chr2R:5836944-5837094	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14345.1	VT14345.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0291	0.0161	0.0258	0.0472	0.0042	0.0228	0.0268	0.0067	0.0042	0.0236	0.0177	0.0236	0.0759	0.0237	0.0471	0.0237	0.112
chr2R	5837176	5837401	chr2R:5837177-5837401	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14345.1	VT14345.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.05	0.0272	0.0491	0.0766	0.0095	0.0398	0.0385	0.0193	0.0095	0.0405	0.0412	0.0405	0.1224	0.0375	0.0864	0.0375	0.1777
chr2R	5837567	5837808	chr2R:5837568-5837808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0271	0.0183	0.0268	0.0373	0.0085	0.0218	0.0264	0.0153	0.0085	0.0229	0.028	0.0229	0.0519	0.0299	0.0464	0.0299	0.0709
chr2R	5842663	5842958	chr2R:5842664-5842958	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1765	0.1043	0.2155	0.2145	0.0509	0.1519	0.1047	0.1166	0.0509	0.2723	0.2203	0.2723	0.2727	0.2129	0.216	0.2129	0.2736
chr2R	5843116	5843267	chr2R:5843117-5843267	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0461	0.0562	0.0429	0.0276	0.0539	0.0545	0.058	0.0276	0.0713	0.0566	0.0713	0.0728	0.0429	0.0535	0.0429	0.0469
chr2R	5843424	5843575	chr2R:5843425-5843575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0424	0.0521	0.0462	0.0273	0.0286	0.0519	0.0631	0.0779	0.0286	0.0501	0.0563	0.0501	0.0581	0.026	0.0432	0.026	0.0339
chr2R	5845584	5845774	chr2R:5845585-5845774	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.037	0.0166	0.0388	0.0577	0.0032	0.0286	0.0199	0.0147	0.0032	0.0332	0.0399	0.0332	0.0844	0.0666	0.0709	0.0666	0.0651
chr2R	5846015	5846229	chr2R:5846016-5846229	FBgn0011656	Mef2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0747	0.0543	0.0852	0.0861	0.0286	0.0733	0.0606	0.06	0.0286	0.0924	0.0842	0.0924	0.1208	0.0904	0.0922	0.0904	0.1058
chr2R	5846281	5846457	chr2R:5846282-5846457	FBgn0011656	Mef2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1446	0.118	0.175	0.1409	0.087	0.1427	0.1354	0.1306	0.087	0.2035	0.1904	0.2035	0.2146	0.1516	0.1631	0.1516	0.1813
chr2R	5846571	5846865	chr2R:5846572-5846865	FBgn0011656,FBgn0033466,FBgn0033467	CG15863,Mef2,Pal1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.097	0.1184	0.077	0.0636	0.1112	0.1185	0.1026	0.0636	0.1522	0.1264	0.1522	0.1309	0.0789	0.0935	0.0789	0.0985
chr2R	5846919	5847083	chr2R:5846920-5847083	FBgn0033466,FBgn0033467	CG15863,Pal1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0688	0.0893	0.0616	0.0403	0.0869	0.08	0.0766	0.0403	0.1232	0.0961	0.1232	0.103	0.075	0.0554	0.075	0.074
chr2R	5847197	5847374	chr2R:5847198-5847374	FBgn0033466,FBgn0033467	CG15863,Pal1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1804	0.17	0.2174	0.1515	0.1315	0.1903	0.1929	0.1992	0.1315	0.2893	0.2373	0.2893	0.244	0.1662	0.1696	0.1662	0.1829
chr2R	5847437	5847650	chr2R:5847438-5847650	FBgn0033466,FBgn0033467	CG15863,Pal1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1945	0.2116	0.2164	0.1512	0.1729	0.2495	0.2431	0.2312	0.1729	0.2838	0.2408	0.2838	0.2355	0.1623	0.1599	0.1623	0.1912
chr2R	5847706	5847949	chr2R:5847707-5847949	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1223	0.1775	0.1175	0.066	0.122	0.2252	0.2184	0.1626	0.122	0.1534	0.1331	0.1534	0.1247	0.0804	0.069	0.0804	0.0776
chr2R	5852283	5852434	chr2R:5852284-5852434	FBgn0033468	CG1418	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0621	0.0648	0.0744	0.0457	0.0445	0.0641	0.083	0.074	0.0445	0.1051	0.0839	0.1051	0.079	0.0559	0.0484	0.0559	0.0594
chr2R	5852477	5852651	chr2R:5852478-5852651	FBgn0033468	CG1418	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.094	0.0923	0.1121	0.0762	0.0668	0.0995	0.1094	0.1146	0.0668	0.1425	0.1235	0.1425	0.1317	0.0965	0.0858	0.0965	0.0954
chr2R	5856479	5856651	chr2R:5856480-5856651	FBgn0027619	Adam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1472	0.1453	0.1703	0.1238	0.1113	0.1636	0.1613	0.1825	0.1113	0.2162	0.1913	0.2162	0.1921	0.1394	0.1212	0.1394	0.1662
chr2R	5856719	5856916	chr2R:5856720-5856916	FBgn0027619	Adam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.0957	0.115	0.0855	0.0689	0.1141	0.1077	0.1119	0.0689	0.1504	0.1251	0.1504	0.1379	0.1064	0.0819	0.1064	0.1079
chr2R	5858543	5858912	chr2R:5858544-5858912	FBgn0033471	CG12134	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1659	0.15	0.207	0.1386	0.1082	0.1893	0.1432	0.1879	0.1082	0.2681	0.2277	0.2681	0.2192	0.1876	0.1425	0.1876	0.1678
chr2R	5858993	5859144	chr2R:5858994-5859144	FBgn0033471	CG12134	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.0571	0.0727	0.0373	0.0329	0.067	0.0644	0.0706	0.0329	0.0996	0.0842	0.0996	0.0604	0.0391	0.04	0.0391	0.0401
chr2R	5860299	5860495	chr2R:5860300-5860495	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1626	0.1545	0.1971	0.1338	0.1188	0.1786	0.1869	0.1639	0.1188	0.2361	0.217	0.2361	0.1836	0.1332	0.1425	0.1332	0.1532
chr2R	5860701	5860918	chr2R:5860702-5860918	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.054	0.0733	0.0582	0.0277	0.0509	0.066	0.0839	0.1133	0.0509	0.0761	0.0598	0.0761	0.0341	0.0184	0.0174	0.0184	0.0219
chr2R	5861397	5861682	chr2R:5861398-5861682	distal	distal	stage5	stage5	VT14361.1,eve_200-hsp70lacZ,eve_32Bsu,eve_mas	VT14361.1,eve_200-hsp70lacZ,eve_32Bsu,eve_mas	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0669	0.1418	0.0419	0.0106	0.1029	0.1393	0.109	0.2532	0.1029	0.0471	0.0489	0.0471	0.0232	0.01	0.0071	0.01	0.0125
chr2R	5863059	5863210	chr2R:5863060-5863210	distal	distal	none	none	VT14361.1,VT14362.1,eve_stripe_3+7	VT14361.1,VT14362.1,eve_stripe_3+7	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0343	0.073	0.0193	0.0074	0.0785	0.034	0.1401	0.048	0.0785	0.0278	0.0206	0.0278	0.0101	0.01	0.0026	0.01	0.0078
chr2R	5863789	5863967	chr2R:5863790-5863967	distal	distal	none	none	VT14362.1	VT14362.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0377	0.041	0.0453	0.0256	0.0286	0.0432	0.0519	0.0493	0.0286	0.0525	0.0402	0.0525	0.0232	0.0145	0.0071	0.0145	0.0162
chr2R	5864745	5865170	chr2R:5864746-5865170	distal	distal	stage5	stage5	VT14362.1,eve_1.7-lacZ	VT14362.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1057	0.2529	0.0392	0.0141	0.3033	0.0976	0.4373	0.2292	0.3033	0.0386	0.0447	0.0386	0.0248	0.0115	0.0181	0.0115	0.0109
chr2R	5865625	5865776	chr2R:5865626-5865776	distal	distal	none	none	eve_1.7-lacZ,eve_stripe2	eve_stripe2	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0776	0.0152	0.0088	0.0668	0.0286	0.1583	0.0626	0.0668	0.0175	0.018	0.0175	0.0085	0.01	0.0077	0.01	0.0078
chr2R	5866377	5866560	chr2R:5866378-5866560	FBgn0000606	eve	stage11,stage5	none	eve_1.7-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1066	0.1022	0.1407	0.0741	0.0668	0.1112	0.1306	0.1193	0.0668	0.1558	0.1566	0.1558	0.1255	0.0881	0.0587	0.0881	0.0631
chr2R	5866669	5866961	chr2R:5866670-5866961	FBgn0000606,FBgn0264599	CR43948,eve	stage11,stage5	none	eve_1.7-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2269	0.2741	0.2681	0.129	0.281	0.2432	0.3612	0.2858	0.281	0.3261	0.3032	0.3261	0.2053	0.1462	0.1393	0.1462	0.1058
chr2R	5867319	5867470	chr2R:5867320-5867470	FBgn0000606,FBgn0264599	CR43948,eve	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0756	0.0244	0.0085	0.0954	0.0359	0.122	0.0686	0.0954	0.0314	0.028	0.0314	0.0186	0.0084	0.0103	0.0084	0.0057
chr2R	5867543	5867694	chr2R:5867544-5867694	FBgn0264599	CR43948	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0262	0.0568	0.0128	0.0065	0.0817	0.0209	0.0891	0.0606	0.0817	0.0169	0.0141	0.0169	0.0116	0.0031	0.0077	0.0031	0.0052
chr2R	5868382	5868665	chr2R:5868383-5868665	distal	distal	stage5	stage5	eve_ftz-like	eve_ftz-like	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0597	0.132	0.0278	0.0141	0.1251	0.0786	0.1912	0.1739	0.1251	0.032	0.0296	0.032	0.0201	0.0123	0.0084	0.0123	0.0104
chr2R	5869118	5869284	chr2R:5869119-5869284	distal	distal	stage14	stage14	eve_EL,eve_ftz-like	eve_EL,eve_ftz-like	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0413	0.0357	0.0262	0.0318	0.0461	0.0415	0.058	0.0318	0.0338	0.0312	0.0338	0.0124	0.0077	0.0084	0.0077	0.0099
chr2R	5870845	5870996	chr2R:5870846-5870996	distal	distal	none	none	VT14366.1,eve_CQ/late_APR	VT14366.1,eve_CQ/late_APR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0303	0.0204	0.0194	0.0191	0.0248	0.0454	0.0313	0.0191	0.0157	0.0206	0.0157	0.0093	0.0077	0.0103	0.0077	0.0073
chr2R	5871116	5871381	chr2R:5871117-5871381	distal	distal	none	none	VT14366.1,VT14367.1,eve_CQ/late_APR	VT14366.1,VT14367.1,eve_CQ/late_APR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0443	0.0789	0.028	0.0235	0.0986	0.0379	0.1401	0.0606	0.0986	0.0296	0.0267	0.0296	0.0155	0.0092	0.0058	0.0092	0.0073
chr2R	5872493	5872644	chr2R:5872494-5872644	distal	distal	none	none	VT14367.1	VT14367.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.031	0.067	0.0168	0.0064	0.0774	0.0345	0.1215	0.058	0.0774	0.0278	0.0161	0.0278	0.0062	0.0123	0.0045	0.0123	0.0042
chr2R	5872724	5872875	chr2R:5872725-5872875	distal	distal	none	none	VT14367.1,VT14368.1,eve_MHE_NR	VT14367.1,VT14368.1,eve_MHE_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0326	0.0408	0.0296	0.0269	0.035	0.0388	0.0657	0.0286	0.035	0.0664	0.0225	0.0664	0.0139	0.0904	0.0135	0.0904	0.0172
chr2R	5872952	5873127	chr2R:5872953-5873127	distal	distal	none	none	VT14367.1,VT14368.1,eve_MHE_NR	VT14367.1,VT14368.1,eve_MHE_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0362	0.0527	0.0374	0.0163	0.0392	0.0655	0.0761	0.032	0.0392	0.09	0.0312	0.09	0.0155	0.0398	0.0142	0.0398	0.0146
chr2R	5873685	5873973	chr2R:5873686-5873973	distal	distal	stage5	stage5	VT14368.1,eve_stripe1_NR	VT14368.1,eve_stripe1_NR	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0428	0.0966	0.0211	0.0065	0.088	0.0422	0.1881	0.0799	0.088	0.0205	0.0289	0.0205	0.0132	0.0069	0.0097	0.0069	0.0078
chr2R	5875893	5876120	chr2R:5875894-5876120	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1256	0.0532	0.1895	0.1363	0.018	0.0801	0.0476	0.0686	0.018	0.1812	0.2563	0.1812	0.1882	0.1286	0.1541	0.1286	0.1225
chr2R	5876382	5876729	chr2R:5876383-5876729	FBgn0261014	TER94	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2615	0.2332	0.3246	0.2238	0.1591	0.2723	0.2699	0.2598	0.1591	0.3762	0.3714	0.3762	0.3005	0.2251	0.2411	0.2251	0.2668
chr2R	5876943	5877180	chr2R:5876944-5877180	FBgn0261014	TER94	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0875	0.1062	0.0959	0.0575	0.0764	0.1078	0.1263	0.1372	0.0764	0.1081	0.0987	0.1081	0.11	0.0605	0.058	0.0605	0.0719
chr2R	5890603	5890754	chr2R:5890604-5890754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.008	0.0056	0.0124	0.0042	0.0073	0.0138	0.0053	0.0042	0.0066	0.0048	0.0066	0.0077	0.0069	0.0045	0.0069	0.0063
chr2R	5900666	5900817	chr2R:5900667-5900817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0153	0.0152	0.0188	0.0074	0.0141	0.0247	0.0147	0.0074	0.0187	0.0125	0.0187	0.0132	0.01	0.0052	0.01	0.0146
chr2R	5900917	5901141	chr2R:5900918-5901141	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0228	0.0155	0.0203	0.0337	0.0064	0.0146	0.0251	0.014	0.0064	0.0151	0.0199	0.0151	0.017	0.0123	0.0174	0.0123	0.0276
chr2R	5906412	5906563	chr2R:5906413-5906563	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0134	0.0086	0.0146	0.0175	0.0053	0.0092	0.0125	0.008	0.0053	0.0145	0.0125	0.0145	0.0287	0.0145	0.0303	0.0145	0.0208
chr2R	5907379	5907530	chr2R:5907380-5907530	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0158	0.01	0.0129	0.0253	0.0032	0.0092	0.0138	0.0127	0.0032	0.0103	0.0113	0.0103	0.0287	0.0145	0.0181	0.0145	0.0625
chr2R	5909837	5909988	chr2R:5909838-5909988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0116	0.0097	0.0086	0.017	0.0021	0.0078	0.0212	0.0053	0.0021	0.0091	0.0093	0.0091	0.007	0.0061	0.0045	0.0061	0.0094
chr2R	5912866	5913190	chr2R:5912867-5913190	FBgn0022382	Pka-R2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0677	0.0226	0.0702	0.1156	0.0095	0.033	0.0294	0.0193	0.0095	0.0755	0.0794	0.0755	0.1139	0.1646	0.1522	0.1646	0.1287
chr2R	5913509	5913714	chr2R:5913510-5913714	FBgn0022382	Pka-R2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0872	0.0351	0.0796	0.1536	0.0095	0.0519	0.0389	0.0393	0.0095	0.0737	0.0875	0.0737	0.1216	0.1822	0.1612	0.1822	0.1949
chr2R	5913962	5914168	chr2R:5913963-5914168	FBgn0022382,FBgn0033473	CG12128,Pka-R2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1104	0.0831	0.1305	0.1188	0.0498	0.1102	0.0722	0.1146	0.0498	0.1594	0.1489	0.1594	0.1309	0.1141	0.1322	0.1141	0.1595
chr2R	5914232	5914414	chr2R:5914233-5914414	FBgn0033473	CG12128	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1501	0.1327	0.1772	0.1397	0.087	0.1723	0.1202	0.1759	0.087	0.2228	0.1936	0.2228	0.189	0.1409	0.1412	0.1409	0.1855
chr2R	5914494	5914767	chr2R:5914495-5914767	FBgn0033473	CG12128	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.078	0.0708	0.0996	0.0624	0.0318	0.0888	0.0783	0.0819	0.0318	0.119	0.1084	0.119	0.1061	0.0636	0.0593	0.0636	0.0803
chr2R	5914786	5914946	chr2R:5914787-5914946	FBgn0033473	CG12128	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0414	0.0395	0.0516	0.0322	0.0148	0.0519	0.0441	0.044	0.0148	0.0676	0.0527	0.0676	0.0573	0.0199	0.0245	0.0199	0.0485
chr2R	5920005	5920253	chr2R:5920006-5920253	FBgn0033474	CG1407	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0611	0.0452	0.0808	0.0571	0.0212	0.0607	0.0502	0.054	0.0212	0.1039	0.0817	0.1039	0.0976	0.0613	0.0651	0.0613	0.0829
chr2R	5920335	5920504	chr2R:5920336-5920504	FBgn0033474,FBgn0033475	CG12129,CG1407	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0991	0.076	0.1288	0.0923	0.0403	0.1029	0.0735	0.1033	0.0403	0.1836	0.1357	0.1836	0.1263	0.1011	0.0896	0.1011	0.1318
chr2R	5920644	5920848	chr2R:5920645-5920848	FBgn0033474,FBgn0033475	CG12129,CG1407	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0698	0.0597	0.0846	0.0648	0.0371	0.0786	0.0597	0.0753	0.0371	0.1051	0.0981	0.1051	0.0736	0.0827	0.0542	0.0827	0.0839
chr2R	5920917	5921101	chr2R:5920918-5921101	FBgn0033475	CG12129	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0446	0.0461	0.0491	0.038	0.0276	0.0442	0.0558	0.0593	0.0276	0.0568	0.0585	0.0568	0.0511	0.0406	0.0355	0.0406	0.0521
chr2R	5923050	5923201	chr2R:5923051-5923201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0406	0.0183	0.013	0.0456	0.0257	0.0623	0.0413	0.0456	0.0242	0.0206	0.0242	0.0178	0.013	0.0155	0.013	0.012
chr2R	5925769	5925920	chr2R:5925770-5925920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0432	0.0138	0.0088	0.0467	0.0223	0.0722	0.0413	0.0467	0.0133	0.0174	0.0133	0.0163	0.0061	0.0116	0.0061	0.0141
chr2R	5926081	5926232	chr2R:5926082-5926232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0376	0.0164	0.0082	0.0339	0.0238	0.0562	0.0406	0.0339	0.0211	0.0186	0.0211	0.0201	0.0092	0.0097	0.0092	0.0104
chr2R	5927141	5927292	chr2R:5927142-5927292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0417	0.015	0.0092	0.0382	0.0267	0.0675	0.0473	0.0382	0.0211	0.0161	0.0211	0.017	0.0084	0.0123	0.0084	0.0089
chr2R	5927968	5928119	chr2R:5927969-5928119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0145	0.0191	0.0129	0.011	0.0148	0.0117	0.0272	0.0233	0.0148	0.0091	0.0158	0.0091	0.0201	0.0046	0.0058	0.0046	0.0281
chr2R	5928691	5928842	chr2R:5928692-5928842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0401	0.0274	0.015	0.0318	0.0345	0.0558	0.05	0.0318	0.0302	0.0312	0.0302	0.0302	0.0115	0.0174	0.0115	0.0172
chr2R	5931413	5931564	chr2R:5931414-5931564	FBgn0085249	CG34220	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0325	0.0355	0.0357	0.0258	0.0233	0.0296	0.0519	0.04	0.0233	0.0236	0.0482	0.0236	0.0465	0.0084	0.0335	0.0084	0.0443
chr2R	5931642	5931817	chr2R:5931643-5931817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0368	0.0421	0.0442	0.0227	0.0318	0.0311	0.0549	0.0593	0.0318	0.0217	0.0768	0.0217	0.0349	0.0069	0.0574	0.0069	0.0156
chr2R	5933351	5933526	chr2R:5933352-5933526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0456	0.0601	0.0379	0.0377	0.0562	0.0461	0.0913	0.06	0.0562	0.026	0.0289	0.026	0.0674	0.0283	0.0322	0.0283	0.0568
chr2R	5934011	5934162	chr2R:5934012-5934162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0592	0.025	0.0201	0.0636	0.035	0.0973	0.0593	0.0636	0.0302	0.0267	0.0302	0.0287	0.0268	0.0174	0.0268	0.0245
chr2R	5935540	5935953	chr2R:5935541-5935953	FBgn0033476	oys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.1895	0.2368	0.1848	0.1419	0.2248	0.2165	0.3006	0.2805	0.2248	0.2023	0.1977	0.2023	0.2161	0.1531	0.1238	0.1531	0.1912
chr2R	5936063	5936246	chr2R:5936064-5936246	FBgn0033476	oys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1943	0.1852	0.2209	0.1753	0.1357	0.2102	0.2076	0.2278	0.1357	0.2705	0.2395	0.2705	0.2355	0.1876	0.1799	0.1876	0.21
chr2R	5936626	5936805	chr2R:5936627-5936805	FBgn0040773	CoVIIc	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0904	0.0768	0.1099	0.0841	0.0594	0.0893	0.0878	0.0906	0.0594	0.128	0.1219	0.128	0.1239	0.0773	0.0916	0.0773	0.1204
chr2R	5936895	5937063	chr2R:5936896-5937063	FBgn0040773	CoVIIc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1069	0.1602	0.1309	0.0647	0.1214	0.1267	0.1326	0.0647	0.1908	0.1714	0.1908	0.1797	0.1417	0.136	0.1417	0.1673
chr2R	5937165	5937447	chr2R:5937166-5937447	FBgn0040773	CoVIIc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.104	0.0813	0.1254	0.1058	0.0424	0.1	0.0956	0.0979	0.0424	0.1655	0.1273	0.1655	0.1379	0.1194	0.1186	0.1194	0.1266
chr2R	5939555	5939763	chr2R:5939556-5939763	FBgn0262169,FBgn0263260	magu,sel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1171	0.1093	0.1372	0.1037	0.0657	0.1209	0.1181	0.1479	0.0657	0.1304	0.1756	0.1304	0.1541	0.1164	0.1173	0.1164	0.1506
chr2R	5939862	5940013	chr2R:5939863-5940013	FBgn0262169,FBgn0263260	magu,sel	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0649	0.0587	0.0722	0.0639	0.0414	0.0689	0.0666	0.0693	0.0414	0.0719	0.0929	0.0719	0.079	0.0597	0.0522	0.0597	0.112
chr2R	5942848	5943208	chr2R:5942849-5943208	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1366	0.1068	0.2	0.1003	0.0371	0.149	0.0792	0.1892	0.0371	0.2222	0.2675	0.2222	0.2223	0.1355	0.1799	0.1355	0.1011
chr2R	5943394	5943587	chr2R:5943395-5943587	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1058	0.0457	0.1741	0.0979	0.0085	0.0835	0.029	0.0673	0.0085	0.2174	0.2463	0.2174	0.1487	0.1202	0.1954	0.1202	0.099
chr2R	5943763	5943976	chr2R:5943764-5943976	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0627	0.1373	0.078	0.0159	0.115	0.029	0.0959	0.0159	0.2005	0.1981	0.2005	0.0736	0.1156	0.1483	0.1156	0.0776
chr2R	5944089	5944399	chr2R:5944090-5944399	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.0837	0.1811	0.1142	0.0244	0.1218	0.0606	0.1359	0.0244	0.2228	0.2669	0.2228	0.1301	0.1708	0.2128	0.1708	0.1094
chr2R	5945292	5945455	chr2R:5945293-5945455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0455	0.0395	0.0717	0.0234	0.0085	0.0413	0.0363	0.0733	0.0085	0.0519	0.1296	0.0519	0.0372	0.0191	0.0638	0.0191	0.0141
chr2R	5946477	5946709	chr2R:5946478-5946709	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0462	0.0466	0.0609	0.0297	0.017	0.0636	0.0558	0.0546	0.017	0.0393	0.0685	0.0393	0.1356	0.0191	0.04	0.0191	0.0485
chr2R	5953953	5954158	chr2R:5953954-5954158	FBgn0033479,FBgn0033480	CG2292,mRpL42	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1472	0.1372	0.1777	0.1248	0.0817	0.1602	0.1622	0.1566	0.0817	0.2373	0.1852	0.2373	0.1913	0.1715	0.1283	0.1715	0.1511
chr2R	5954200	5954393	chr2R:5954201-5954393	FBgn0033479,FBgn0033480	CG2292,mRpL42	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1473	0.1418	0.1732	0.1251	0.106	0.1714	0.1613	0.1579	0.106	0.2331	0.1801	0.2331	0.1867	0.1646	0.1302	0.1646	0.1475
chr2R	5954585	5954736	chr2R:5954586-5954736	FBgn0033480	mRpL42	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0466	0.0555	0.0336	0.0212	0.0524	0.0588	0.0553	0.0212	0.0707	0.0566	0.0707	0.0542	0.0413	0.0387	0.0413	0.0406
chr2R	5955814	5956049	chr2R:5955815-5956049	FBgn0013435	cdc2rk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0571	0.0769	0.0581	0.0201	0.0704	0.0718	0.0626	0.0201	0.0876	0.0881	0.0876	0.0899	0.0651	0.0593	0.0651	0.0797
chr2R	5956156	5956328	chr2R:5956157-5956328	FBgn0013435,FBgn0033481	CG12920,cdc2rk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0944	0.0756	0.1099	0.0985	0.035	0.0932	0.0822	0.0966	0.035	0.1268	0.1209	0.1268	0.1255	0.111	0.1154	0.111	0.1172
chr2R	5956396	5956553	chr2R:5956397-5956553	FBgn0013435,FBgn0033481	CG12920,cdc2rk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0471	0.0319	0.0608	0.049	0.0127	0.0398	0.0385	0.0386	0.0127	0.0634	0.0646	0.0634	0.0829	0.0528	0.0496	0.0528	0.0552
chr2R	5962823	5963002	chr2R:5962824-5963002	FBgn0033482	CG1371	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0588	0.0772	0.056	0.0308	0.0621	0.0848	0.064	0.0308	0.0791	0.0881	0.0791	0.093	0.0658	0.0464	0.0658	0.0782
chr2R	5963079	5963259	chr2R:5963080-5963259	FBgn0033482	CG1371	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1204	0.1209	0.1348	0.1042	0.0806	0.1291	0.1553	0.1372	0.0806	0.1546	0.1556	0.1546	0.127	0.1172	0.087	0.1172	0.1402
chr2R	5963720	5963924	chr2R:5963721-5963924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0494	0.0491	0.0579	0.0404	0.0223	0.0515	0.0744	0.0493	0.0223	0.064	0.0469	0.064	0.086	0.049	0.0335	0.049	0.0735
chr2R	5964654	5964878	chr2R:5964655-5964878	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0692	0.1183	0.0558	0.029	0.1145	0.0694	0.2145	0.0919	0.1145	0.0441	0.0466	0.0441	0.0395	0.0191	0.0322	0.0191	0.0427
chr2R	5964952	5965304	chr2R:5964953-5965304	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.102	0.1446	0.0989	0.0578	0.1336	0.1417	0.1955	0.1339	0.1336	0.0773	0.0717	0.0773	0.0627	0.0398	0.04	0.0398	0.0573
chr2R	5965664	5965929	chr2R:5965665-5965929	FBgn0033483	egr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.1968	0.2308	0.21	0.1443	0.2216	0.2403	0.2946	0.2332	0.2216	0.2729	0.2039	0.2729	0.1704	0.2052	0.1489	0.2052	0.1579
chr2R	5966240	5966402	chr2R:5966241-5966402	FBgn0033483	egr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0508	0.0546	0.0543	0.0428	0.0361	0.0515	0.0822	0.054	0.0361	0.0646	0.0524	0.0646	0.0612	0.0391	0.0426	0.0391	0.0761
chr2R	5968462	5968851	chr2R:5968463-5968851	FBgn0263201	scaRNA:46E3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0522	0.0503	0.0425	0.065	0.0318	0.0345	0.0891	0.0426	0.0318	0.0356	0.0389	0.0356	0.086	0.0268	0.1051	0.0268	0.1225
chr2R	5969083	5969234	chr2R:5969084-5969234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.038	0.0299	0.0221	0.0212	0.0413	0.0588	0.028	0.0212	0.026	0.0193	0.026	0.0728	0.013	0.0239	0.013	0.0433
chr2R	5971154	5971305	chr2R:5971155-5971305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0177	0.033	0.0104	0.0085	0.0339	0.0131	0.0623	0.0326	0.0339	0.0085	0.009	0.0085	0.0116	0.0061	0.0071	0.0061	0.0177
chr2R	5972569	5972720	chr2R:5972570-5972720	FBgn0033484	CG2269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0265	0.0081	0.0125	0.0297	0.015	0.0467	0.0247	0.0297	0.0085	0.0074	0.0085	0.0054	0.0077	0.0071	0.0077	0.0083
chr2R	5973230	5973525	chr2R:5973231-5973525	FBgn0033484	CG2269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0209	0.0399	0.0115	0.01	0.0414	0.016	0.0722	0.0366	0.0414	0.0103	0.0093	0.0103	0.0147	0.0115	0.0116	0.0115	0.013
chr2R	5973558	5973709	chr2R:5973559-5973709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.0269	0.0086	0.0052	0.0265	0.0107	0.0532	0.0227	0.0265	0.0115	0.0084	0.0115	0.0085	0.0031	0.0058	0.0031	0.0094
chr2R	5974992	5975221	chr2R:5974993-5975221	FBgn0028560	sut4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0133	0.0178	0.0091	0.0128	0.0127	0.0097	0.0337	0.0153	0.0127	0.0054	0.0055	0.0054	0.0155	0.0115	0.0064	0.0115	0.0083
chr2R	5984307	5984506	chr2R:5984308-5984506	FBgn0001291	Jra	stage11,stage14,stage5	none	Jra_XCNh	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1358	0.1292	0.1552	0.1218	0.07	0.1437	0.1644	0.1466	0.07	0.1612	0.174	0.1612	0.1665	0.121	0.1315	0.121	0.1569
chr2R	5984547	5984759	chr2R:5984548-5984759	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1011	0.0922	0.1142	0.0966	0.0435	0.1	0.1159	0.1179	0.0435	0.1099	0.1206	0.1099	0.1479	0.0819	0.1096	0.0819	0.1324
chr2R	5987051	5987231	chr2R:5987052-5987231	FBgn0004907,FBgn0033485	14-3-3zeta,RpLP0-like	stage11,stage14,stage5	none	VT14427.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2317	0.2151	0.2745	0.2033	0.1612	0.2573	0.2439	0.2505	0.1612	0.3412	0.3016	0.3412	0.2789	0.2282	0.2192	0.2282	0.2298
chr2R	5987334	5987712	chr2R:5987335-5987712	FBgn0004907,FBgn0033485	14-3-3zeta,RpLP0-like	stage11,stage14,stage5	none	VT14427.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2128	0.1918	0.2544	0.1905	0.1463	0.2335	0.2042	0.2285	0.1463	0.3043	0.2765	0.3043	0.2742	0.1983	0.2063	0.1983	0.2194
chr2R	5988371	5988582	chr2R:5988372-5988582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	14-3-3zeta_upstream,VT14427.1,VT14429.1	14-3-3zeta_upstream,VT14429.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2522	0.1999	0.307	0.2507	0.1368	0.2665	0.1713	0.2785	0.1368	0.4076	0.3428	0.4076	0.3315	0.281	0.283	0.281	0.2856
chr2R	5988842	5988993	chr2R:5988843-5988993	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	14-3-3zeta_upstream,VT14429.1	14-3-3zeta_upstream,VT14429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1096	0.0798	0.143	0.1063	0.0435	0.1107	0.0619	0.1159	0.0435	0.2047	0.1614	0.2047	0.1534	0.147	0.1238	0.147	0.1235
chr2R	5989025	5989287	chr2R:5989026-5989287	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	14-3-3zeta_upstream,VT14429.1	14-3-3zeta_upstream,VT14429.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1707	0.096	0.2176	0.2028	0.0308	0.1587	0.074	0.1246	0.0308	0.3092	0.2286	0.3092	0.2773	0.2466	0.2476	0.2466	0.2642
chr2R	5990743	5990894	chr2R:5990744-5990894	distal	distal	none	none	14-3-3zeta_intronic,VT14430.1	14-3-3zeta_intronic,VT14430.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0498	0.0327	0.0547	0.0635	0.0095	0.0534	0.0324	0.032	0.0095	0.0942	0.0479	0.0942	0.0658	0.1462	0.0484	0.1462	0.0662
chr2R	5991490	5991641	chr2R:5991491-5991641	distal	distal	none	none	VT14430.1	VT14430.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0474	0.0698	0.041	0.0295	0.0498	0.0524	0.0986	0.0839	0.0498	0.0441	0.0495	0.0441	0.0442	0.0536	0.029	0.0536	0.025
chr2R	5992466	5992617	chr2R:5992467-5992617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0231	0.0335	0.0468	0.0117	0.0272	0.0303	0.026	0.0117	0.0405	0.0347	0.0405	0.0395	0.0842	0.0232	0.0842	0.0281
chr2R	5992713	5992864	chr2R:5992714-5992864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0294	0.0206	0.031	0.0376	0.0053	0.0233	0.0294	0.02	0.0053	0.0447	0.0305	0.0447	0.0325	0.098	0.0161	0.098	0.0203
chr2R	5995008	5995159	chr2R:5995009-5995159	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0323	0.0391	0.0376	0.0189	0.018	0.0539	0.0424	0.046	0.018	0.0525	0.0379	0.0525	0.0473	0.0291	0.0103	0.0291	0.0245
chr2R	5995377	5995641	chr2R:5995378-5995641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0421	0.0457	0.0487	0.0306	0.0201	0.0558	0.058	0.0533	0.0201	0.064	0.0572	0.064	0.0488	0.0666	0.0193	0.0666	0.0313
chr2R	5995995	5996193	chr2R:5995996-5996193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0516	0.055	0.0558	0.0432	0.0329	0.0597	0.0692	0.0593	0.0329	0.0737	0.0582	0.0737	0.0736	0.0781	0.0309	0.0781	0.0516
chr2R	5996319	5996475	chr2R:5996320-5996475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0425	0.0385	0.0505	0.0382	0.0233	0.0413	0.0484	0.0473	0.0233	0.0682	0.0566	0.0682	0.0596	0.0628	0.0264	0.0628	0.0479
chr2R	5997814	5997981	chr2R:5997815-5997981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.0238	0.0353	0.0415	0.0117	0.0286	0.0294	0.028	0.0117	0.0495	0.0347	0.0495	0.0442	0.0498	0.0355	0.0498	0.0558
chr2R	5998278	5998450	chr2R:5998279-5998450	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0698	0.0255	0.0442	0.1473	0.0085	0.0374	0.0316	0.024	0.0085	0.0284	0.0447	0.0284	0.0914	0.1608	0.147	0.1608	0.1949
chr2R	5998551	5998725	chr2R:5998552-5998725	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0558	0.0233	0.0391	0.1106	0.0085	0.0325	0.0277	0.0253	0.0085	0.0308	0.0428	0.0308	0.0682	0.1317	0.1032	0.1317	0.1454
chr2R	6004640	6004935	chr2R:6004641-6004935	FBgn0033486	CG11866	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0748	0.0848	0.0631	0.0435	0.0786	0.0887	0.1013	0.0435	0.096	0.0939	0.096	0.0991	0.072	0.0819	0.072	0.0698
chr2R	6005069	6005267	chr2R:6005070-6005267	FBgn0033486	CG11866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1625	0.1534	0.1891	0.1434	0.0901	0.1743	0.1765	0.1992	0.0901	0.2301	0.2093	0.2301	0.2029	0.1715	0.1509	0.1715	0.1678
chr2R	6005343	6005494	chr2R:6005344-6005494	FBgn0033486	CG11866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0737	0.0728	0.0844	0.0631	0.0318	0.0883	0.0839	0.0913	0.0318	0.1147	0.0926	0.1147	0.0868	0.0789	0.0613	0.0789	0.0803
chr2R	6005577	6005787	chr2R:6005578-6005787	FBgn0033486	CG11866	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0495	0.0524	0.0337	0.0297	0.0583	0.0575	0.0593	0.0297	0.0592	0.0579	0.0592	0.0565	0.0345	0.0297	0.0345	0.0438
chr2R	6006111	6006274	chr2R:6006112-6006274	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.0636	0.0372	0.0221	0.0509	0.0515	0.0939	0.0759	0.0509	0.0477	0.0376	0.0477	0.0473	0.0268	0.0245	0.0268	0.0261
chr2R	6006652	6006810	chr2R:6006653-6006810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0392	0.0658	0.0286	0.0212	0.0414	0.0568	0.1025	0.0706	0.0414	0.032	0.0283	0.032	0.0426	0.0184	0.02	0.0184	0.0354
chr2R	6006964	6007115	chr2R:6006965-6007115	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0286	0.0437	0.0255	0.015	0.017	0.0505	0.0644	0.04	0.017	0.0278	0.0277	0.0278	0.0294	0.0168	0.0168	0.0168	0.0261
chr2R	6011301	6011505	chr2R:6011302-6011505	FBgn0050011	gem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1159	0.0685	0.1516	0.1296	0.0286	0.117	0.051	0.0859	0.0286	0.2464	0.1582	0.2464	0.1611	0.1799	0.1567	0.1799	0.1839
chr2R	6011574	6011783	chr2R:6011575-6011783	FBgn0050011	gem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1821	0.1145	0.2321	0.2028	0.0445	0.1898	0.0874	0.1519	0.0445	0.34	0.2531	0.34	0.2479	0.2542	0.2405	0.2542	0.2632
chr2R	6012012	6012163	chr2R:6012013-6012163	FBgn0050011	gem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0597	0.048	0.0695	0.0621	0.0223	0.0612	0.051	0.0633	0.0223	0.1033	0.0765	0.1033	0.0596	0.075	0.0651	0.075	0.0698
chr2R	6012191	6012588	chr2R:6012192-6012588	FBgn0050011	gem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.17	0.1547	0.1912	0.1639	0.1092	0.1782	0.1635	0.2072	0.1092	0.2868	0.2051	0.2868	0.1867	0.2527	0.136	0.2527	0.2361
chr2R	6015722	6015956	chr2R:6015723-6015956	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0677	0.0532	0.085	0.0649	0.0106	0.0922	0.0497	0.0613	0.0106	0.0441	0.0605	0.0441	0.2339	0.0191	0.0348	0.0191	0.1756
chr2R	6016254	6016405	chr2R:6016255-6016405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.032	0.0299	0.016	0.0148	0.032	0.0484	0.0353	0.0148	0.0199	0.0322	0.0199	0.0666	0.0107	0.0174	0.0107	0.0266
chr2R	6017822	6018153	chr2R:6017823-6018153	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0395	0.0369	0.0358	0.0467	0.0117	0.0568	0.0415	0.034	0.0117	0.0223	0.0289	0.0223	0.1084	0.0207	0.0226	0.0207	0.1282
chr2R	6018227	6018428	chr2R:6018228-6018428	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0405	0.0557	0.0352	0.0292	0.0361	0.0626	0.0718	0.0566	0.0361	0.0242	0.0412	0.0242	0.0565	0.0268	0.0168	0.0268	0.0584
chr2R	6018610	6018788	chr2R:6018611-6018788	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.045	0.0273	0.0143	0.0371	0.0393	0.0601	0.0566	0.0371	0.0181	0.0379	0.0181	0.0294	0.0107	0.0135	0.0107	0.0234
chr2R	6022250	6022462	chr2R:6022251-6022462	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0366	0.0181	0.0409	0.0525	0.0064	0.0238	0.0229	0.0187	0.0064	0.0199	0.0704	0.0199	0.038	0.0727	0.1386	0.0727	0.0219
chr2R	6023242	6023393	chr2R:6023243-6023393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0132	0.0143	0.0185	0.0053	0.0136	0.0225	0.01	0.0053	0.0072	0.018	0.0072	0.0279	0.0084	0.0181	0.0084	0.0365
chr2R	6023530	6023768	chr2R:6023531-6023768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0158	0.0198	0.0248	0.0053	0.0214	0.0221	0.014	0.0053	0.0133	0.018	0.0133	0.0496	0.0161	0.0174	0.0161	0.0573
chr2R	6029394	6029610	chr2R:6029395-6029610	FBgn0033491,FBgn0263444	CG18011,CR43467	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0495	0.0527	0.0376	0.0276	0.0515	0.0601	0.0653	0.0276	0.0513	0.0675	0.0513	0.0511	0.0375	0.0438	0.0375	0.049
chr2R	6029762	6029971	chr2R:6029763-6029971	FBgn0033491,FBgn0263444	CG18011,CR43467	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1395	0.1302	0.166	0.1209	0.0912	0.1398	0.1535	0.1539	0.0912	0.189	0.1949	0.189	0.1696	0.1302	0.1296	0.1302	0.1626
chr2R	6030088	6030321	chr2R:6030089-6030321	FBgn0033491	CG18011	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0531	0.0461	0.0659	0.0468	0.0329	0.0505	0.0584	0.0546	0.0329	0.0737	0.0778	0.0737	0.0713	0.0513	0.0464	0.0513	0.0631
chr2R	6040134	6040285	chr2R:6040135-6040285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0201	0.0269	0.0197	0.0128	0.0223	0.0141	0.0497	0.0253	0.0223	0.0157	0.0273	0.0157	0.0225	0.0077	0.0251	0.0077	0.013
chr2R	6043635	6043798	chr2R:6043636-6043798	distal	distal	none	none	VT14459.1	VT14459.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0102	0.0209	0.0434	0.0064	0.0121	0.0164	0.008	0.0064	0.0169	0.0206	0.0169	0.0457	0.023	0.0368	0.023	0.1053
chr2R	6046058	6046264	chr2R:6046059-6046264	FBgn0033495	CG12214	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1101	0.0375	0.0963	0.2062	0.0106	0.0558	0.0458	0.0353	0.0106	0.0652	0.1305	0.0652	0.1201	0.1677	0.2689	0.1677	0.246
chr2R	6046754	6046905	chr2R:6046755-6046905	FBgn0033495	CG12214	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0242	0.0081	0.0207	0.0461	0.0042	0.0083	0.0151	0.0047	0.0042	0.0133	0.0238	0.0133	0.0341	0.0965	0.0496	0.0965	0.0339
chr2R	6047006	6047175	chr2R:6047007-6047175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0435	0.0096	0.0419	0.0833	0.0032	0.0126	0.0112	0.0127	0.0032	0.0139	0.064	0.0139	0.0581	0.0429	0.1412	0.0429	0.0813
chr2R	6047295	6047717	chr2R:6047296-6047717	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0926	0.0158	0.0594	0.2147	0.0032	0.0277	0.0173	0.01	0.0032	0.0181	0.0817	0.0181	0.0883	0.1018	0.283	0.1018	0.2934
chr2R	6074517	6074668	chr2R:6074518-6074668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0066	0.0093	0.0103	0.0011	0.0053	0.0121	0.0073	0.0011	0.0121	0.009	0.0121	0.0062	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr2R	6078124	6078275	chr2R:6078125-6078275	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0055	0.0063	0.0138	0.0032	0.0034	0.0091	0.0073	0.0032	0.0079	0.0042	0.0079	0.0077	0.0061	0.0097	0.0061	0.0094
chr2R	6079942	6080194	chr2R:6079943-6080194	FBgn0033494	KCNQ	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0277	0.0177	0.0179	0.0496	0.0127	0.0141	0.0324	0.0127	0.0127	0.0103	0.0219	0.0103	0.024	0.0345	0.0683	0.0345	0.0516
chr2R	6082757	6082908	chr2R:6082758-6082908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0146	0.0126	0.0161	0.015	0.0064	0.0155	0.0212	0.008	0.0064	0.0127	0.0164	0.0127	0.031	0.0046	0.0161	0.0046	0.0188
chr2R	6083253	6083474	chr2R:6083254-6083474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0384	0.0456	0.0341	0.0351	0.0286	0.051	0.0545	0.0493	0.0286	0.029	0.0453	0.029	0.0411	0.0168	0.0593	0.0168	0.0396
chr2R	6083621	6083776	chr2R:6083622-6083776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0198	0.0217	0.0216	0.0117	0.0228	0.0242	0.0193	0.0117	0.0187	0.0325	0.0187	0.0194	0.0191	0.0477	0.0191	0.0135
chr2R	6084002	6084174	chr2R:6084003-6084174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0266	0.0253	0.0306	0.0237	0.017	0.0272	0.0342	0.024	0.017	0.0326	0.0418	0.0326	0.0217	0.0214	0.0426	0.0214	0.0172
chr2R	6085390	6085541	chr2R:6085391-6085541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0087	0.0072	0.0124	0.0032	0.0068	0.016	0.008	0.0032	0.0042	0.0096	0.0042	0.007	0.0038	0.0064	0.0038	0.0068
chr2R	6087326	6087477	chr2R:6087327-6087477	FBgn0085250	CG34221	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0095	0.007	0.0084	0.0135	0.0021	0.0068	0.0125	0.0073	0.0021	0.0054	0.0125	0.0054	0.0093	0.0023	0.0451	0.0023	0.0052
chr2R	6087875	6088026	chr2R:6087876-6088026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0135	0.0085	0.0118	0.021	0.0011	0.0053	0.0143	0.0113	0.0011	0.0121	0.0138	0.0121	0.0155	0.0077	0.0432	0.0077	0.025
chr2R	6088897	6089048	chr2R:6088898-6089048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0098	0.008	0.0071	0.0149	0.0053	0.0053	0.0147	0.0067	0.0053	0.0036	0.0093	0.0036	0.0108	0.0061	0.0361	0.0061	0.0109
chr2R	6089918	6090069	chr2R:6089919-6090069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0097	0.0094	0.0164	0.0053	0.0063	0.0186	0.0087	0.0053	0.0066	0.009	0.0066	0.0101	0.0115	0.0129	0.0115	0.0156
chr2R	6090855	6091006	chr2R:6090856-6091006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0136	0.009	0.0108	0.022	0.0021	0.0068	0.0173	0.0073	0.0021	0.0085	0.0129	0.0085	0.0194	0.0199	0.0264	0.0199	0.0297
chr2R	6096336	6096494	chr2R:6096337-6096494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0283	0.0525	0.0501	0.0127	0.0359	0.0337	0.0313	0.0127	0.07	0.0592	0.07	0.0565	0.0704	0.0651	0.0704	0.0735
chr2R	6097900	6098236	chr2R:6097901-6098236	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.076	0.0359	0.0986	0.0961	0.0095	0.0461	0.0398	0.052	0.0095	0.1165	0.1103	0.1165	0.1332	0.0896	0.1083	0.0896	0.1683
chr2R	6098462	6098683	chr2R:6098463-6098683	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1281	0.039	0.1768	0.1743	0.0106	0.068	0.0303	0.046	0.0106	0.2458	0.2045	0.2458	0.1929	0.1822	0.2463	0.1822	0.235
chr2R	6098715	6099068	chr2R:6098716-6099068	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT14484.1	VT14484.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1765	0.071	0.2388	0.2259	0.0329	0.1126	0.058	0.0886	0.0329	0.2754	0.2868	0.2754	0.3029	0.2044	0.3114	0.2044	0.3028
chr2R	6099155	6099390	chr2R:6099156-6099390	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14484.1	VT14484.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0627	0.0234	0.0759	0.092	0.0053	0.035	0.026	0.024	0.0053	0.0773	0.081	0.0773	0.1387	0.0796	0.1302	0.0796	0.1308
chr2R	6101383	6101535	chr2R:6101384-6101535	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.039	0.0121	0.0327	0.076	0.0042	0.0146	0.0147	0.014	0.0042	0.0308	0.0367	0.0308	0.0573	0.0735	0.0961	0.0735	0.1126
chr2R	6101655	6101843	chr2R:6101656-6101843	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.048	0.0167	0.0461	0.0851	0.0032	0.0189	0.0229	0.0193	0.0032	0.0362	0.0605	0.0362	0.0658	0.0658	0.1522	0.0658	0.0818
chr2R	6104641	6104870	chr2R:6104642-6104870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14487.1	VT14487.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0399	0.0106	0.0329	0.0802	0	0.0218	0.0112	0.0073	0	0.0284	0.0251	0.0284	0.0968	0.1371	0.0554	0.1371	0.1438
chr2R	6107179	6107449	chr2R:6107180-6107449	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14488.1	VT14488.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1449	0.0343	0.1709	0.2401	0.0095	0.0733	0.0268	0.0273	0.0095	0.1975	0.1859	0.1975	0.2804	0.2603	0.2882	0.2603	0.3137
chr2R	6107662	6107873	chr2R:6107663-6107873	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14488.1	VT14488.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0591	0.0083	0.0506	0.1252	0.0011	0.0209	0.0078	0.0027	0.0011	0.0386	0.0473	0.0386	0.1286	0.1531	0.1651	0.1531	0.1683
chr2R	6112226	6112377	chr2R:6112227-6112377	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.04	0.0085	0.0206	0.0966	0.0021	0.015	0.0117	0.004	0.0021	0.0085	0.0203	0.0085	0.0449	0.1003	0.0832	0.1003	0.1308
chr2R	6112508	6112817	chr2R:6112509-6112817	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1003	0.0262	0.078	0.2076	0.0074	0.0495	0.0255	0.0193	0.0074	0.0713	0.0768	0.0713	0.1309	0.1968	0.2205	0.1968	0.2767
chr2R	6112849	6113070	chr2R:6112850-6113070	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1109	0.0255	0.094	0.2246	0.0095	0.0456	0.0264	0.0193	0.0095	0.087	0.0923	0.087	0.1766	0.2228	0.2302	0.2228	0.3069
chr2R	6113482	6113659	chr2R:6113483-6113659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0457	0.0146	0.0332	0.0943	0.0117	0.018	0.0199	0.01	0.0117	0.0272	0.0293	0.0272	0.0728	0.0873	0.0825	0.0873	0.1668
chr2R	6115501	6115757	chr2R:6115502-6115757	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14493.1	VT14493.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1264	0.0302	0.1364	0.2231	0.0127	0.0626	0.0298	0.0167	0.0127	0.1516	0.1389	0.1516	0.2517	0.2596	0.2495	0.2596	0.2934
chr2R	6118122	6118273	chr2R:6118123-6118273	distal	distal	none	none	VT14495.1	VT14495.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0198	0.0221	0.029	0.0085	0.0199	0.029	0.02	0.0085	0.0145	0.0325	0.0145	0.0155	0.0092	0.0858	0.0092	0.0146
chr2R	6118448	6118645	chr2R:6118449-6118645	distal	distal	none	none	VT14495.1	VT14495.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.032	0.032	0.0277	0.0368	0.0138	0.0248	0.0515	0.0386	0.0138	0.0199	0.0424	0.0199	0.0186	0.0115	0.1122	0.0115	0.0188
chr2R	6118698	6118849	chr2R:6118699-6118849	distal	distal	none	none	VT14495.1	VT14495.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0206	0.0198	0.0294	0.0106	0.0146	0.0355	0.0213	0.0106	0.0127	0.0293	0.0127	0.0139	0.01	0.0883	0.01	0.0146
chr2R	6121658	6121853	chr2R:6121659-6121853	FBgn0033497	CG12912	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0095	0.0122	0.0323	0.0042	0.0107	0.0177	0.006	0.0042	0.0103	0.0077	0.0103	0.007	0.0084	0.0064	0.0084	0.0083
chr2R	6122154	6122349	chr2R:6122155-6122349	FBgn0033497	CG12912	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0293	0.0131	0.0231	0.0542	0.0021	0.0146	0.0221	0.0093	0.0021	0.0115	0.0151	0.0115	0.0077	0.01	0.0174	0.01	0.0146
chr2R	6123667	6123840	chr2R:6123668-6123840	distal	distal	none	none	VT14498.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0224	0.0397	0.043	0.0106	0.0243	0.0264	0.036	0.0106	0.0181	0.0746	0.0181	0.0209	0.0061	0.1464	0.0061	0.0172
chr2R	6125066	6125217	chr2R:6125067-6125217	FBgn0000448	Hr46	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0136	0.0211	0.0306	0.0021	0.0165	0.0177	0.016	0.0021	0.0139	0.0331	0.0139	0.0217	0.0291	0.0825	0.0291	0.0188
chr2R	6125637	6126139	chr2R:6125638-6126139	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1615	0.0857	0.1904	0.2145	0.0551	0.1102	0.083	0.1099	0.0551	0.1473	0.2678	0.1473	0.251	0.2734	0.3456	0.2734	0.2647
chr2R	6126175	6126445	chr2R:6126176-6126445	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0739	0.0486	0.069	0.1074	0.0392	0.0534	0.0502	0.0613	0.0392	0.0737	0.0836	0.0737	0.0899	0.1715	0.1309	0.1715	0.1334
chr2R	6126655	6126841	chr2R:6126656-6126841	FBgn0005619	Hdc	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0549	0.0763	0.0537	0.0324	0.0509	0.1073	0.0653	0.0973	0.0509	0.0761	0.0489	0.0761	0.0248	0.0276	0.0329	0.0276	0.0266
chr2R	6127904	6128055	chr2R:6127905-6128055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0212	0.0294	0.0139	0.0095	0.0238	0.026	0.03	0.0095	0.0344	0.0235	0.0344	0.0108	0.01	0.0148	0.01	0.012
chr2R	6128516	6128757	chr2R:6128517-6128757	distal	distal	none	none	VT14501.1	VT14501.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0339	0.05	0.0274	0.0231	0.0361	0.0553	0.0735	0.0393	0.0361	0.0302	0.028	0.0302	0.0163	0.0176	0.0174	0.0176	0.0177
chr2R	6136213	6136416	chr2R:6136214-6136416	FBgn0033500	CG12913	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.0552	0.0358	0.0221	0.0382	0.0539	0.0766	0.064	0.0382	0.0338	0.0466	0.0338	0.0387	0.0214	0.0271	0.0214	0.0214
chr2R	6136546	6136809	chr2R:6136547-6136809	FBgn0033500	CG12913	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0564	0.0788	0.0406	0.0489	0.0668	0.0665	0.1081	0.0886	0.0668	0.0447	0.0444	0.0447	0.0488	0.0276	0.0264	0.0276	0.036
chr2R	6137150	6137301	chr2R:6137151-6137301	FBgn0033500	CG12913	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0266	0.0322	0.0255	0.0216	0.0127	0.0447	0.0298	0.0426	0.0127	0.0332	0.0254	0.0332	0.0225	0.01	0.0116	0.01	0.0172
chr2R	6139303	6139522	chr2R:6139304-6139522	FBgn0003660	Syb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1042	0.0677	0.1383	0.1075	0.0329	0.0966	0.0631	0.0859	0.0329	0.1552	0.1566	0.1552	0.1727	0.124	0.1154	0.124	0.1496
chr2R	6139532	6139764	chr2R:6139533-6139764	FBgn0003660	Syb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1337	0.0942	0.1707	0.1373	0.0509	0.1354	0.0965	0.1099	0.0509	0.1884	0.1788	0.1884	0.2184	0.1501	0.1386	0.1501	0.2006
chr2R	6139772	6139994	chr2R:6139773-6139994	FBgn0003660	Syb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1581	0.1358	0.1967	0.1405	0.0944	0.1777	0.1423	0.1579	0.0944	0.2271	0.2174	0.2271	0.2122	0.173	0.1522	0.173	0.1803
chr2R	6140185	6140386	chr2R:6140186-6140386	FBgn0003660	Syb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1125	0.096	0.1405	0.1001	0.0668	0.1141	0.1068	0.1139	0.0668	0.1703	0.1498	0.1703	0.1487	0.1034	0.1077	0.1034	0.1256
chr2R	6140491	6140649	chr2R:6140492-6140649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0376	0.0565	0.037	0.0191	0.0422	0.048	0.052	0.0191	0.064	0.064	0.064	0.0496	0.0436	0.0464	0.0436	0.0438
chr2R	6145110	6145261	chr2R:6145111-6145261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0151	0.0266	0.0141	0.0074	0.0155	0.0164	0.0227	0.0074	0.0193	0.0376	0.0193	0.0116	0.0107	0.0193	0.0107	0.0089
chr2R	6145822	6145973	chr2R:6145823-6145973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0145	0.0242	0.0127	0.0053	0.0097	0.0251	0.0147	0.0053	0.0211	0.0334	0.0211	0.0108	0.0077	0.02	0.0077	0.0141
chr2R	6147082	6147364	chr2R:6147083-6147364	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.038	0.0629	0.0344	0.0141	0.0424	0.051	0.0744	0.0926	0.0424	0.026	0.0395	0.026	0.0225	0.0107	0.0155	0.0107	0.0255
chr2R	6151272	6151505	chr2R:6151273-6151505	FBgn0050009	CR30009	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0926	0.0449	0.1725	0.0583	0.0074	0.0718	0.0372	0.0633	0.0074	0.1612	0.2186	0.1612	0.086	0.0283	0.0799	0.0283	0.0625
chr2R	6151596	6151747	chr2R:6151597-6151747	FBgn0050009	CR30009	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0528	0.0264	0.1009	0.0295	0.0021	0.0447	0.0173	0.0446	0.0021	0.0996	0.1203	0.0996	0.0418	0.0092	0.0316	0.0092	0.0313
chr2R	6151865	6152016	chr2R:6151866-6152016	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0368	0.0233	0.0642	0.0217	0.0074	0.0379	0.0173	0.034	0.0074	0.055	0.0756	0.055	0.0341	0.0077	0.0213	0.0077	0.0255
chr2R	6152376	6152780	chr2R:6152377-6152780	FBgn0033502	CG12910	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0938	0.1142	0.1147	0.0482	0.0604	0.1403	0.0973	0.1792	0.0604	0.0785	0.1357	0.0785	0.1851	0.0398	0.0438	0.0398	0.0896
chr2R	6153344	6153668	chr2R:6153345-6153668	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0363	0.0233	0.0409	0.0457	0.0064	0.0311	0.0294	0.028	0.0064	0.0429	0.036	0.0429	0.0651	0.0597	0.02	0.0597	0.075
chr2R	6154181	6154332	chr2R:6154182-6154332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.025	0.0176	0.0418	0.0148	0.0032	0.0262	0.0216	0.0167	0.0032	0.0447	0.0338	0.0447	0.0883	0.0184	0.0116	0.0184	0.0214
chr2R	6157770	6158003	chr2R:6157771-6158003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0466	0.0161	0.0711	0.0539	0.0053	0.0301	0.0156	0.0127	0.0053	0.1341	0.0669	0.1341	0.0682	0.0582	0.0419	0.0582	0.0933
chr2R	6158504	6158906	chr2R:6158505-6158906	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1582	0.1115	0.2018	0.1624	0.0467	0.1772	0.0809	0.1526	0.0467	0.305	0.2331	0.305	0.1875	0.1348	0.2031	0.1348	0.2871
chr2R	6159037	6159245	chr2R:6159038-6159245	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1566	0.1415	0.1873	0.14	0.0774	0.1859	0.1302	0.1912	0.0774	0.2651	0.1926	0.2651	0.2138	0.1072	0.1567	0.1072	0.2512
chr2R	6162950	6163101	chr2R:6162951-6163101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0146	0.0145	0.014	0.0153	0.0085	0.0136	0.0212	0.0153	0.0085	0.0169	0.0109	0.0169	0.0248	0.0176	0.009	0.0176	0.012
chr2R	6163860	6164088	chr2R:6163861-6164088	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0483	0.0465	0.0626	0.0348	0.017	0.0898	0.0385	0.0366	0.017	0.0845	0.0521	0.0845	0.1239	0.0582	0.0322	0.0582	0.05
chr2R	6164849	6165000	chr2R:6164850-6165000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0217	0.0163	0.0269	0.022	0.0042	0.0233	0.0203	0.018	0.0042	0.0393	0.0251	0.0393	0.0387	0.0452	0.02	0.0452	0.0261
chr2R	6165102	6165339	chr2R:6165103-6165339	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0338	0.0314	0.0331	0.0372	0.0095	0.0403	0.0433	0.032	0.0095	0.0495	0.0328	0.0495	0.0302	0.0965	0.0361	0.0965	0.0287
chr2R	6165374	6165558	chr2R:6165375-6165558	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0305	0.0348	0.0234	0.0336	0.0148	0.0451	0.0385	0.044	0.0148	0.0477	0.0196	0.0477	0.017	0.1026	0.0232	0.1026	0.0193
chr2R	6165916	6166237	chr2R:6165917-6166237	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0424	0.0516	0.0349	0.0402	0.0255	0.0621	0.0519	0.0713	0.0255	0.0592	0.0325	0.0592	0.0349	0.1248	0.0161	0.1248	0.037
chr2R	6166514	6166900	chr2R:6166515-6166900	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0404	0.0472	0.0354	0.0383	0.0297	0.0621	0.0428	0.064	0.0297	0.0586	0.0273	0.0586	0.0651	0.0942	0.0232	0.0942	0.0485
chr2R	6174583	6174734	chr2R:6174584-6174734	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0109	0.008	0.0128	0.0121	0.0032	0.0087	0.0134	0.006	0.0032	0.0272	0.0087	0.0272	0.0124	0.0352	0.0052	0.0352	0.013
chr2R	6174904	6175126	chr2R:6174905-6175126	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0178	0.0223	0.0233	0.0032	0.0218	0.0285	0.012	0.0032	0.0465	0.0174	0.0465	0.0232	0.072	0.009	0.072	0.0255
chr2R	6175234	6175385	chr2R:6175235-6175385	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0121	0.0097	0.0115	0.0155	0.0021	0.0078	0.0186	0.0087	0.0021	0.0205	0.01	0.0205	0.0124	0.0597	0.0058	0.0597	0.0057
chr2R	6177245	6177461	chr2R:6177246-6177461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0103	0.016	0.021	0.0053	0.0117	0.0151	0.0113	0.0053	0.0199	0.018	0.0199	0.0147	0.0436	0.0129	0.0436	0.0276
chr2R	6188640	6188791	chr2R:6188641-6188791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0118	0.0108	0.0131	0.0021	0.0097	0.0203	0.012	0.0021	0.0151	0.009	0.0151	0.0077	0.0054	0.0064	0.0054	0.0094
chr2R	6190340	6190639	chr2R:6190341-6190639	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0787	0.0186	0.0582	0.1682	0.0053	0.0277	0.0229	0.0153	0.0053	0.0483	0.0547	0.0483	0.1363	0.1355	0.2302	0.1355	0.3033
chr2R	6191253	6191404	chr2R:6191254-6191404	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0113	0.0076	0.0088	0.0184	0.0032	0.0078	0.0156	0.0027	0.0032	0.0085	0.0096	0.0085	0.0163	0.0153	0.0174	0.0153	0.0344
chr2R	6196922	6197121	chr2R:6196923-6197121	FBgn0028426	JhI-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0474	0.0645	0.0369	0.0329	0.0476	0.0575	0.0586	0.0329	0.0737	0.0707	0.0737	0.0651	0.0345	0.04	0.0345	0.0459
chr2R	6197199	6197388	chr2R:6197200-6197388	FBgn0028426,FBgn0033507	CG12909,JhI-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1191	0.1022	0.1501	0.1039	0.0626	0.1214	0.1172	0.1186	0.0626	0.1836	0.1608	0.1836	0.1603	0.1118	0.109	0.1118	0.1308
chr2R	6197518	6197714	chr2R:6197519-6197714	FBgn0028426,FBgn0033507	CG12909,JhI-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1382	0.1331	0.1628	0.1168	0.1039	0.1553	0.1501	0.1566	0.1039	0.2198	0.1727	0.2198	0.1673	0.1409	0.1193	0.1409	0.1334
chr2R	6197767	6198034	chr2R:6197768-6198034	FBgn0028426,FBgn0033507	CG12909,JhI-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0657	0.0697	0.0808	0.0447	0.0456	0.085	0.0869	0.068	0.0456	0.1214	0.0881	0.1214	0.0666	0.0528	0.0419	0.0528	0.0375
chr2R	6200009	6200185	chr2R:6200010-6200185	FBgn0033508	Obp46a	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0325	0.0152	0.0371	0.0468	0.0032	0.0238	0.0203	0.0107	0.0032	0.1069	0.0206	0.1069	0.0232	0.1914	0.0213	0.1914	0.0188
chr2R	6200475	6200626	chr2R:6200476-6200626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0283	0.0155	0.0306	0.0401	0.0042	0.0257	0.0203	0.01	0.0042	0.0827	0.0199	0.0827	0.0209	0.1478	0.0187	0.1478	0.0162
chr2R	6201254	6201484	chr2R:6201255-6201484	FBgn0026403	Ndg	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0438	0.0246	0.0518	0.0565	0.0117	0.0442	0.0264	0.0133	0.0117	0.1504	0.0299	0.1504	0.0349	0.1822	0.0245	0.1822	0.0521
chr2R	6202161	6202532	chr2R:6202162-6202532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0365	0.0339	0.0428	0.0326	0.0042	0.0704	0.0385	0.0167	0.0042	0.1202	0.0254	0.1202	0.031	0.1026	0.0123	0.1026	0.0214
chr2R	6203489	6203701	chr2R:6203490-6203701	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Ndg	Ndg	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0253	0.036	0.027	0.0114	0.0021	0.0913	0.026	0.0187	0.0021	0.0779	0.0161	0.0779	0.017	0.0406	0.0064	0.0406	0.0047
chr2R	6237578	6237729	chr2R:6237579-6237729	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.021	0.0184	0.0155	0.0298	0.0106	0.017	0.0277	0.018	0.0106	0.0175	0.0154	0.0175	0.0217	0.0061	0.0168	0.0061	0.013
chr2R	6242345	6242496	chr2R:6242346-6242496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.0272	0.0079	0.0058	0.0255	0.0194	0.0502	0.0147	0.0255	0.0072	0.0096	0.0072	0.007	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chr2R	6269353	6269504	chr2R:6269354-6269504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0108	0.0072	0.0069	0.0191	0.0021	0.0044	0.0173	0.0033	0.0021	0.0066	0.0077	0.0066	0.0077	0.0054	0.0129	0.0054	0.0099
chr2R	6271034	6271185	chr2R:6271035-6271185	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0054	0.0047	0.0109	0	0.0034	0.0112	0.004	0	0.0042	0.0048	0.0042	0.0031	0.0038	0.0019	0.0038	0.0036
chr2R	6283322	6283473	chr2R:6283323-6283473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0151	0.0147	0.0126	0.0182	0.0064	0.0083	0.029	0.0127	0.0064	0.0091	0.0113	0.0091	0.0194	0.0084	0.0097	0.0084	0.0063
chr2R	6304434	6304585	chr2R:6304435-6304585	FBgn0261698	CG42732	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0182	0.016	0.017	0.0221	0.0053	0.0184	0.0212	0.016	0.0053	0.0127	0.0186	0.0127	0.0232	0.013	0.0097	0.013	0.0292
chr2R	6305597	6305788	chr2R:6305598-6305788	FBgn0033518	Prx2540-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1744	0.1383	0.2475	0.1347	0.0626	0.2019	0.1081	0.1939	0.0626	0.3086	0.3006	0.3086	0.2386	0.1516	0.1838	0.1516	0.2157
chr2R	6306055	6306259	chr2R:6306056-6306259	FBgn0033518	Prx2540-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0684	0.0472	0.0824	0.0766	0.0201	0.0714	0.0493	0.052	0.0201	0.0592	0.1026	0.0592	0.1387	0.0475	0.1077	0.0475	0.1522
chr2R	6308486	6308748	chr2R:6308487-6308748	FBgn0033519	CG11825	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1639	0.1715	0.1914	0.1252	0.1124	0.1995	0.1964	0.2192	0.1124	0.1685	0.2646	0.1685	0.213	0.1271	0.2025	0.1271	0.1866
chr2R	6308942	6309136	chr2R:6308943-6309136	FBgn0033519	CG11825	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2111	0.1934	0.2671	0.1693	0.1368	0.2578	0.1765	0.2498	0.1368	0.3297	0.3148	0.3297	0.2494	0.2167	0.2211	0.2167	0.246
chr2R	6309458	6309635	chr2R:6309459-6309635	FBgn0033519,FBgn0053474	CG11825,CG33474	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1769	0.1816	0.2193	0.1252	0.1166	0.2252	0.192	0.2219	0.1166	0.2572	0.2672	0.2572	0.2091	0.134	0.176	0.134	0.186
chr2R	6309753	6309904	chr2R:6309754-6309904	FBgn0053474	CG33474	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0653	0.0714	0.0826	0.0395	0.0329	0.0888	0.0865	0.0846	0.0329	0.0894	0.1077	0.0894	0.0744	0.0314	0.0503	0.0314	0.0683
chr2R	6310764	6310960	chr2R:6310765-6310960	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.186	0.1938	0.2254	0.134	0.14	0.2393	0.2072	0.2372	0.14	0.2597	0.2727	0.2597	0.2293	0.1524	0.1844	0.1524	0.2095
chr2R	6311090	6311379	chr2R:6311091-6311379	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1692	0.1766	0.1929	0.1349	0.1124	0.2243	0.1721	0.2352	0.1124	0.2162	0.237	0.2162	0.1998	0.144	0.1876	0.144	0.211
chr2R	6311752	6311903	chr2R:6311753-6311903	FBgn0033520	Prx2540-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0616	0.0482	0.0642	0.0735	0.0223	0.0573	0.0558	0.0626	0.0223	0.0507	0.0698	0.0507	0.1232	0.0421	0.0896	0.0421	0.1542
chr2R	6315475	6315644	chr2R:6315476-6315644	FBgn0033521	CG12896	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0876	0.0582	0.1034	0.1032	0.035	0.065	0.0696	0.0706	0.035	0.0785	0.1138	0.0785	0.1998	0.0567	0.1438	0.0567	0.1991
chr2R	6315949	6316201	chr2R:6315950-6316201	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2465	0.2488	0.2954	0.1902	0.1739	0.3039	0.25	0.3238	0.1739	0.3563	0.3437	0.3563	0.2951	0.2198	0.265	0.2198	0.2678
chr2R	6316490	6316670	chr2R:6316491-6316670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1789	0.1851	0.215	0.1323	0.1474	0.232	0.1903	0.2232	0.1474	0.2579	0.2428	0.2579	0.2184	0.1478	0.1689	0.1478	0.2011
chr2R	6317107	6317292	chr2R:6317108-6317292	FBgn0262114	RanBPM	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1963	0.1843	0.2344	0.1679	0.1262	0.2204	0.2106	0.2119	0.1262	0.2935	0.2646	0.2935	0.2045	0.1792	0.1863	0.1792	0.1985
chr2R	6317403	6317568	chr2R:6317404-6317568	FBgn0262114	RanBPM	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.222	0.2006	0.2683	0.195	0.1421	0.2495	0.2098	0.2405	0.1421	0.3502	0.2997	0.3502	0.244	0.2159	0.2205	0.2159	0.2241
chr2R	6317807	6318155	chr2R:6317808-6318155	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2543	0.259	0.2887	0.2114	0.2683	0.2845	0.2543	0.3318	0.2683	0.4118	0.3347	0.4118	0.2177	0.3047	0.256	0.3047	0.246
chr2R	6319979	6320174	chr2R:6319980-6320174	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2308	0.2343	0.2638	0.1905	0.1771	0.2461	0.2729	0.2798	0.1771	0.3442	0.299	0.3442	0.2355	0.2052	0.2244	0.2052	0.1949
chr2R	6324586	6324755	chr2R:6324587-6324755	FBgn0033523	CG12895	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0735	0.072	0.0873	0.0599	0.0392	0.0767	0.0917	0.0819	0.0392	0.119	0.0932	0.119	0.0689	0.075	0.0548	0.075	0.0667
chr2R	6324790	6324996	chr2R:6324791-6324996	FBgn0001122,FBgn0033523	CG12895,G-oalpha47A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0954	0.09	0.1081	0.0876	0.0583	0.1015	0.1073	0.1013	0.0583	0.1322	0.118	0.1322	0.0984	0.1049	0.0883	0.1049	0.1042
chr2R	6325388	6325564	chr2R:6325389-6325564	FBgn0001122,FBgn0033523	CG12895,G-oalpha47A	stage11,stage14,stage5	none	VT14603.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1743	0.1427	0.2178	0.1618	0.1029	0.1791	0.1514	0.1779	0.1029	0.253	0.2395	0.253	0.2215	0.1753	0.1476	0.1753	0.1897
chr2R	6325634	6325882	chr2R:6325635-6325882	FBgn0001122	G-oalpha47A	stage11,stage14,stage5	none	VT14603.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.169	0.1385	0.1867	0.1838	0.0986	0.165	0.1535	0.1672	0.0986	0.2095	0.1923	0.2095	0.2022	0.2067	0.1515	0.2067	0.1965
chr2R	6326396	6326547	chr2R:6326397-6326547	distal	distal	none	none	VT14603.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0197	0.0335	0.0299	0.0095	0.0252	0.0247	0.02	0.0095	0.0411	0.0315	0.0411	0.0542	0.0345	0.0168	0.0345	0.0448
chr2R	6327653	6327804	chr2R:6327654-6327804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0236	0.0239	0.0254	0.0212	0.0127	0.0325	0.026	0.0313	0.0127	0.0531	0.0203	0.0531	0.0163	0.0651	0.0052	0.0651	0.0172
chr2R	6328931	6329082	chr2R:6328932-6329082	distal	distal	stage5	stage5	VT14605.1	VT14605.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0362	0.0475	0.0397	0.0198	0.0265	0.0539	0.0597	0.052	0.0265	0.0622	0.0363	0.0622	0.0279	0.0176	0.0071	0.0176	0.0125
chr2R	6331677	6331859	chr2R:6331678-6331859	distal	distal	stage14	stage14	VT14607.1	VT14607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0152	0.0181	0.0583	0.0095	0.0155	0.0277	0.0107	0.0095	0.0193	0.0132	0.0193	0.0139	0.0467	0.0129	0.0467	0.0167
chr2R	6332080	6332231	chr2R:6332081-6332231	distal	distal	none	none	VT14607.1	VT14607.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0061	0.0095	0.0221	0.0011	0.0058	0.0087	0.0107	0.0011	0.0072	0.0074	0.0072	0.0085	0.013	0.0064	0.013	0.0073
chr2R	6332451	6332602	chr2R:6332452-6332602	distal	distal	none	none	VT14607.1	VT14607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0103	0.0135	0.0304	0.0042	0.0146	0.0143	0.0093	0.0042	0.0181	0.0103	0.0181	0.0085	0.0214	0.0052	0.0214	0.0104
chr2R	6334389	6334540	chr2R:6334390-6334540	distal	distal	none	none	VT14608.1	VT14608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0128	0.0111	0.0128	0.0148	0.0053	0.0121	0.016	0.01	0.0053	0.0175	0.0129	0.0175	0.0093	0.0345	0.011	0.0345	0.0099
chr2R	6340301	6340452	chr2R:6340302-6340452	distal	distal	none	none	VT14612.1	VT14612.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0094	0.0096	0.0075	0.0114	0.0011	0.0063	0.0199	0.0093	0.0011	0.0097	0.0071	0.0097	0.0039	0.0107	0.0052	0.0107	0.0073
chr2R	6344058	6344209	chr2R:6344059-6344209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0122	0.0084	0.0135	0.0064	0.0083	0.0234	0.0107	0.0064	0.0097	0.0084	0.0097	0.0132	0.0092	0.0077	0.0092	0.0104
chr2R	6344609	6344760	chr2R:6344610-6344760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0079	0.0077	0.013	0.0042	0.0068	0.0134	0.008	0.0042	0.0054	0.0093	0.0054	0.0077	0.0107	0.0064	0.0107	0.0057
chr2R	6353290	6353501	chr2R:6353291-6353501	distal	distal	stage5	stage5	VT14617.1	VT14617.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0464	0.1001	0.0216	0.0138	0.1209	0.0447	0.1843	0.0806	0.1209	0.0181	0.0215	0.0181	0.0186	0.0123	0.0103	0.0123	0.0099
chr2R	6353657	6353842	chr2R:6353658-6353842	distal	distal	none	none	VT14617.1	VT14617.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0611	0.0164	0.0081	0.0626	0.0296	0.1077	0.0586	0.0626	0.0181	0.0183	0.0181	0.0124	0.0084	0.0052	0.0084	0.0063
chr2R	6354379	6354536	chr2R:6354380-6354536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0555	0.0155	0.0117	0.0509	0.032	0.0999	0.052	0.0509	0.0181	0.0167	0.0181	0.0132	0.01	0.0135	0.01	0.012
chr2R	6354681	6354904	chr2R:6354682-6354904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0689	0.0273	0.0142	0.0668	0.0461	0.1107	0.0666	0.0668	0.0266	0.0341	0.0266	0.0287	0.0123	0.0168	0.0123	0.0125
chr2R	6354948	6355099	chr2R:6354949-6355099	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0356	0.0603	0.0302	0.0139	0.0604	0.0432	0.096	0.064	0.0604	0.029	0.0347	0.029	0.0287	0.0115	0.0129	0.0115	0.013
chr2R	6355149	6355671	chr2R:6355150-6355671	FBgn0033526,FBgn0033527	CG11777,Caf1-105	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.1261	0.0853	0.0479	0.1103	0.0951	0.1972	0.1326	0.1103	0.1039	0.0923	0.1039	0.0798	0.0521	0.0445	0.0521	0.049
chr2R	6355739	6355917	chr2R:6355740-6355917	FBgn0033526,FBgn0033527	CG11777,Caf1-105	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0862	0.1135	0.0877	0.054	0.1039	0.0883	0.1661	0.1213	0.1039	0.122	0.0881	0.122	0.0806	0.049	0.0503	0.049	0.0662
chr2R	6355931	6356156	chr2R:6355932-6356156	FBgn0033526,FBgn0033527	CG11777,Caf1-105	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1485	0.1826	0.1537	0.1047	0.158	0.1612	0.2362	0.2199	0.158	0.1908	0.1653	0.1908	0.1456	0.1179	0.1083	0.1179	0.1344
chr2R	6356279	6356586	chr2R:6356280-6356586	FBgn0033526,FBgn0033527	CG11777,Caf1-105	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0973	0.0859	0.07	0.0626	0.0951	0.1458	0.1019	0.0626	0.096	0.091	0.096	0.103	0.0812	0.0838	0.0812	0.0896
chr2R	6356761	6356912	chr2R:6356762-6356912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0337	0.0389	0.0343	0.0272	0.0255	0.0311	0.0653	0.04	0.0255	0.0368	0.0338	0.0368	0.0519	0.0337	0.0303	0.0337	0.0344
chr2R	6362413	6362564	chr2R:6362414-6362564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.033	0.0192	0.0343	0.0471	0.0074	0.0262	0.0234	0.02	0.0074	0.032	0.0312	0.032	0.0728	0.0613	0.0329	0.0613	0.0954
chr2R	6362940	6363145	chr2R:6362941-6363145	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0739	0.031	0.0609	0.1359	0.0159	0.0447	0.0368	0.0293	0.0159	0.0556	0.0569	0.0556	0.1387	0.1769	0.1657	0.1769	0.2157
chr2R	6364113	6364273	chr2R:6364114-6364273	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0568	0.0416	0.0751	0.0536	0.0085	0.0583	0.0502	0.0466	0.0085	0.0501	0.0698	0.0501	0.189	0.0521	0.0625	0.0521	0.0954
chr2R	6364466	6364630	chr2R:6364467-6364630	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0633	0.0339	0.0873	0.0699	0.0095	0.0515	0.0402	0.0313	0.0095	0.0501	0.1077	0.0501	0.1665	0.0636	0.1225	0.0636	0.099
chr2R	6365286	6365505	chr2R:6365287-6365505	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0814	0.0327	0.0648	0.154	0.0138	0.0456	0.0376	0.038	0.0138	0.0399	0.0865	0.0399	0.0945	0.1332	0.2134	0.1332	0.1647
chr2R	6365666	6365862	chr2R:6365667-6365862	FBgn0261862	whd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0391	0.0567	0.0773	0.0159	0.0481	0.0493	0.0473	0.0159	0.0248	0.0897	0.0248	0.0674	0.036	0.1367	0.036	0.0667
chr2R	6365984	6366174	chr2R:6365985-6366174	FBgn0261862	whd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1285	0.1148	0.1547	0.1152	0.0986	0.1194	0.1332	0.1459	0.0986	0.1214	0.2251	0.1214	0.1735	0.0559	0.1857	0.0559	0.1454
chr2R	6367241	6367465	chr2R:6367242-6367465	FBgn0033528,FBgn0033529	CG17765,trsn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0803	0.0857	0.0916	0.0618	0.0477	0.0971	0.1086	0.0973	0.0477	0.1033	0.1084	0.1033	0.0844	0.0697	0.0703	0.0697	0.0657
chr2R	6367561	6367739	chr2R:6367562-6367739	FBgn0033528,FBgn0033529	CG17765,trsn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1754	0.1821	0.2063	0.1338	0.1357	0.2078	0.2163	0.2125	0.1357	0.2409	0.2341	0.2409	0.1921	0.147	0.1502	0.147	0.1443
chr2R	6367846	6367997	chr2R:6367847-6367997	FBgn0033528,FBgn0033529	CG17765,trsn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0749	0.1041	0.072	0.0424	0.083	0.0891	0.0993	0.0424	0.1262	0.1206	0.1262	0.1053	0.0758	0.0761	0.0758	0.0834
chr2R	6368527	6368678	chr2R:6368528-6368678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.058	0.0653	0.067	0.0398	0.0371	0.0684	0.0878	0.0733	0.0371	0.0888	0.0691	0.0888	0.0782	0.0842	0.0361	0.0842	0.0427
chr2R	6369165	6369316	chr2R:6369166-6369316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0601	0.1103	0.0471	0.0184	0.1251	0.0874	0.1432	0.1279	0.1251	0.0664	0.0543	0.0664	0.0434	0.0299	0.0168	0.0299	0.0224
chr2R	6369469	6369637	chr2R:6369470-6369637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.072	0.1377	0.0508	0.0217	0.1697	0.1068	0.1765	0.1619	0.1697	0.0598	0.054	0.0598	0.0643	0.0276	0.0277	0.0276	0.025
chr2R	6369698	6369849	chr2R:6369699-6369849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0608	0.1198	0.041	0.0166	0.141	0.099	0.151	0.1432	0.141	0.0556	0.046	0.0556	0.0333	0.0176	0.0181	0.0176	0.0224
chr2R	6369951	6370102	chr2R:6369952-6370102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.1219	0.0395	0.0182	0.1166	0.1024	0.1704	0.1326	0.1166	0.0519	0.0469	0.0519	0.0318	0.0222	0.0226	0.0222	0.0219
chr2R	6370553	6370704	chr2R:6370554-6370704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0997	0.0354	0.0128	0.0806	0.0752	0.154	0.1126	0.0806	0.0453	0.0424	0.0453	0.0325	0.0199	0.0155	0.0199	0.0125
chr2R	6370755	6370906	chr2R:6370756-6370906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.1054	0.033	0.0153	0.0997	0.0801	0.1626	0.1033	0.0997	0.0459	0.0383	0.0459	0.0225	0.023	0.0206	0.023	0.0156
chr2R	6372791	6373202	chr2R:6372792-6373202	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.2817	0.389	0.3118	0.1288	0.3743	0.3903	0.4606	0.4437	0.3743	0.4336	0.3399	0.4336	0.22	0.16	0.1522	0.16	0.135
chr2R	6373950	6374271	chr2R:6373951-6374271	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2223	0.3829	0.2095	0.0568	0.3531	0.3592	0.4818	0.4211	0.3531	0.3207	0.2289	0.3207	0.0945	0.0597	0.0619	0.0597	0.036
chr2R	6374286	6374465	chr2R:6374287-6374465	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1365	0.2486	0.1127	0.0375	0.2365	0.2126	0.308	0.3045	0.2365	0.2053	0.11	0.2053	0.0356	0.0375	0.0193	0.0375	0.024
chr2R	6378330	6378481	chr2R:6378331-6378481	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0273	0.03	0.0317	0.0195	0.0117	0.0277	0.0497	0.0293	0.0117	0.0405	0.0328	0.0405	0.0232	0.0184	0.02	0.0184	0.0266
chr2R	6378537	6378688	chr2R:6378538-6378688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0413	0.0312	0.0196	0.0223	0.0379	0.0606	0.0466	0.0223	0.0393	0.035	0.0393	0.0217	0.0138	0.0232	0.0138	0.0276
chr2R	6379899	6380050	chr2R:6379900-6380050	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0235	0.0302	0.0259	0.0135	0.018	0.034	0.0372	0.0333	0.018	0.0254	0.0244	0.0254	0.0232	0.0176	0.0084	0.0176	0.0146
chr2R	6383560	6383711	chr2R:6383561-6383711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0277	0.0336	0.0313	0.0171	0.0159	0.0451	0.0428	0.034	0.0159	0.0254	0.0244	0.0254	0.0713	0.0115	0.02	0.0115	0.0234
chr2R	6383760	6383990	chr2R:6383761-6383990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.036	0.0424	0.0435	0.0207	0.0106	0.0544	0.0519	0.052	0.0106	0.0477	0.0354	0.0477	0.079	0.0214	0.0193	0.0214	0.0276
chr2R	6384652	6384903	chr2R:6384653-6384903	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0329	0.0224	0.0509	0.0249	0.0095	0.0252	0.0342	0.0193	0.0095	0.1069	0.0367	0.1069	0.0387	0.0551	0.0232	0.0551	0.0229
chr2R	6386694	6387001	chr2R:6386695-6387001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0465	0.0485	0.0575	0.0323	0.0255	0.051	0.0657	0.0533	0.0255	0.067	0.0611	0.067	0.0581	0.0429	0.0322	0.0429	0.0255
chr2R	6388005	6388244	chr2R:6388006-6388244	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.038	0.0477	0.0418	0.0231	0.0329	0.0437	0.0731	0.0486	0.0329	0.0501	0.036	0.0501	0.0465	0.0291	0.0271	0.0291	0.0177
chr2R	6388761	6388912	chr2R:6388762-6388912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0203	0.0341	0.0182	0.0085	0.0257	0.0221	0.0233	0.0085	0.035	0.0405	0.035	0.0287	0.0161	0.02	0.0161	0.0219
chr2R	6389080	6389588	chr2R:6389081-6389588	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0689	0.0748	0.0827	0.0471	0.053	0.0675	0.1012	0.0959	0.053	0.0912	0.0891	0.0912	0.0697	0.0345	0.0625	0.0345	0.0537
chr2R	6389850	6390001	chr2R:6389851-6390001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0359	0.0293	0.015	0.0318	0.0214	0.0601	0.0393	0.0318	0.0254	0.035	0.0254	0.0225	0.0092	0.0168	0.0092	0.0146
chr2R	6391618	6391769	chr2R:6391619-6391769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0319	0.0345	0.0181	0.0117	0.0383	0.0446	0.032	0.0117	0.0525	0.0325	0.0525	0.0263	0.0214	0.0174	0.0214	0.0172
chr2R	6393350	6393597	chr2R:6393351-6393597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0328	0.0445	0.0198	0.0148	0.0417	0.0381	0.0406	0.0148	0.0429	0.0431	0.0429	0.0581	0.0184	0.0206	0.0184	0.0193
chr2R	6393757	6393908	chr2R:6393758-6393908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0186	0.0186	0.0223	0.0145	0.0106	0.018	0.0251	0.024	0.0106	0.0175	0.0219	0.0175	0.038	0.0123	0.0123	0.0123	0.0151
chr2R	6394269	6394585	chr2R:6394270-6394585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0386	0.0469	0.0429	0.0248	0.0244	0.0481	0.0614	0.058	0.0244	0.0405	0.0447	0.0405	0.0503	0.0214	0.02	0.0214	0.0271
chr2R	6395971	6396122	chr2R:6395972-6396122	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0246	0.0241	0.0312	0.0181	0.0042	0.0257	0.0324	0.034	0.0042	0.0362	0.0293	0.0362	0.0294	0.0207	0.0148	0.0207	0.0229
chr2R	6396126	6396328	chr2R:6396127-6396328	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0275	0.0383	0.0228	0.0106	0.0262	0.0415	0.0346	0.0106	0.0441	0.0389	0.0441	0.038	0.0253	0.0155	0.0253	0.0261
chr2R	6398350	6398501	chr2R:6398351-6398501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0266	0.0307	0.0312	0.017	0.0106	0.0204	0.0458	0.0466	0.0106	0.0393	0.0331	0.0393	0.0201	0.0161	0.0142	0.0161	0.0193
chr2R	6401199	6401374	chr2R:6401200-6401374	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0467	0.0391	0.023	0.0223	0.0437	0.0631	0.0613	0.0223	0.0489	0.0463	0.0489	0.0294	0.0253	0.0284	0.0253	0.0188
chr2R	6401431	6401648	chr2R:6401432-6401648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0755	0.0575	0.0245	0.0403	0.0801	0.09	0.1073	0.0403	0.0664	0.0707	0.0664	0.0403	0.0253	0.0239	0.0253	0.0255
chr2R	6401665	6401916	chr2R:6401666-6401916	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0555	0.0685	0.0656	0.0299	0.0339	0.0767	0.0839	0.0859	0.0339	0.0845	0.0733	0.0845	0.0403	0.0306	0.0368	0.0306	0.0334
chr2R	6402848	6402999	chr2R:6402849-6402999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0306	0.0343	0.0398	0.0163	0.0148	0.0388	0.0394	0.048	0.0148	0.0356	0.0466	0.0356	0.0263	0.0199	0.0129	0.0199	0.0141
chr2R	6403123	6403319	chr2R:6403124-6403319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0424	0.0516	0.0272	0.0201	0.0505	0.0463	0.0566	0.0201	0.0447	0.0656	0.0447	0.0434	0.0345	0.0316	0.0345	0.0266
chr2R	6405087	6405238	chr2R:6405088-6405238	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0266	0.0263	0.0289	0.0244	0.0148	0.0296	0.0307	0.0346	0.0148	0.0314	0.0254	0.0314	0.0263	0.0222	0.0387	0.0222	0.0193
chr2R	6406368	6406566	chr2R:6406369-6406566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0594	0.0607	0.0409	0.0308	0.0709	0.061	0.0779	0.0308	0.0876	0.054	0.0876	0.0434	0.0567	0.0374	0.0567	0.0422
chr2R	6406572	6406880	chr2R:6406573-6406880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0823	0.0967	0.0926	0.055	0.0604	0.0981	0.112	0.1339	0.0604	0.1214	0.0904	0.1214	0.0612	0.0651	0.0477	0.0651	0.0584
chr2R	6408147	6408324	chr2R:6408148-6408324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0487	0.0582	0.0575	0.0285	0.0318	0.0544	0.0787	0.0706	0.0318	0.0628	0.0553	0.0628	0.0387	0.0337	0.0277	0.0337	0.024
chr2R	6408405	6408588	chr2R:6408406-6408588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0518	0.0603	0.0605	0.0326	0.035	0.0602	0.0809	0.072	0.035	0.0737	0.055	0.0737	0.0442	0.036	0.0271	0.036	0.0396
chr2R	6409910	6410635	chr2R:6409911-6410635	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1802	0.2581	0.1769	0.0969	0.2577	0.2422	0.3136	0.3045	0.2577	0.2017	0.1711	0.2017	0.1294	0.0888	0.0941	0.0888	0.0928
chr2R	6411403	6411748	chr2R:6411404-6411748	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.095	0.1396	0.0967	0.0434	0.1103	0.1131	0.2007	0.1646	0.1103	0.1105	0.0797	0.1105	0.0736	0.0528	0.0355	0.0528	0.0474
chr2R	6411754	6412037	chr2R:6411755-6412037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0785	0.1213	0.0739	0.0358	0.1166	0.0942	0.1708	0.1379	0.1166	0.087	0.0633	0.087	0.0519	0.0406	0.0271	0.0406	0.0375
chr2R	6412635	6412786	chr2R:6412636-6412786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0592	0.0961	0.0523	0.0255	0.0901	0.084	0.1215	0.1199	0.0901	0.067	0.0373	0.067	0.0426	0.0237	0.0226	0.0237	0.0245
chr2R	6413142	6413293	chr2R:6413143-6413293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0926	0.0515	0.0291	0.0594	0.0743	0.1367	0.1179	0.0594	0.0652	0.0421	0.0652	0.0395	0.0245	0.029	0.0245	0.0307
chr2R	6413793	6413944	chr2R:6413794-6413944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0666	0.1037	0.0627	0.0295	0.0923	0.0947	0.1432	0.1146	0.0923	0.0749	0.0614	0.0749	0.0395	0.0299	0.0264	0.0299	0.0339
chr2R	6414019	6414407	chr2R:6414020-6414407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.1126	0.1776	0.1049	0.0483	0.1538	0.1699	0.2431	0.1819	0.1538	0.1232	0.0984	0.1232	0.0627	0.0436	0.0406	0.0436	0.0547
chr2R	6418115	6418316	chr2R:6418116-6418316	distal	distal	stage14	stage14	VT14648.1	VT14648.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0997	0.1231	0.077	0.0983	0.1082	0.1136	0.1739	0.1326	0.1082	0.0978	0.0659	0.0978	0.0759	0.1026	0.0561	0.1026	0.173
chr2R	6420772	6420923	chr2R:6420773-6420923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0754	0.1251	0.0656	0.0306	0.1029	0.1078	0.1834	0.1279	0.1029	0.0845	0.0595	0.0845	0.048	0.0306	0.0187	0.0306	0.0318
chr2R	6421787	6422008	chr2R:6421788-6422008	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2334	0.2334	0.277	0.1854	0.1941	0.2714	0.269	0.2598	0.1941	0.381	0.2958	0.381	0.2401	0.2221	0.1966	0.2221	0.2413
chr2R	6422102	6422253	chr2R:6422103-6422253	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1563	0.1443	0.19	0.1329	0.106	0.1723	0.1765	0.1512	0.106	0.2675	0.1936	0.2675	0.1782	0.1807	0.1206	0.1807	0.186
chr2R	6422436	6422806	chr2R:6422437-6422806	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.4285	0.4531	0.4807	0.3437	0.4093	0.4961	0.5112	0.507	0.4093	0.6027	0.5023	0.6027	0.4322	0.3806	0.3391	0.3806	0.3809
chr2R	6422937	6423416	chr2R:6422938-6423416	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2936	0.3547	0.3434	0.1706	0.2863	0.3762	0.4126	0.4224	0.2863	0.5066	0.3424	0.5066	0.2169	0.1815	0.1663	0.1815	0.1318
chr2R	6423581	6423882	chr2R:6423582-6423882	FBgn0263466	snoRNA:lola-a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2446	0.3406	0.2687	0.1108	0.2916	0.3461	0.4105	0.3924	0.2916	0.3967	0.2547	0.3967	0.1278	0.0681	0.0787	0.0681	0.0625
chr2R	6425205	6425383	chr2R:6425206-6425383	FBgn0263483	snoRNA:lola-d	stage11	none	lola_CRM20	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0981	0.0728	0.1646	0.0535	0.0191	0.1092	0.0593	0.1146	0.0191	0.2464	0.1553	0.2464	0.0643	0.0452	0.0651	0.0452	0.0302
chr2R	6425882	6426033	chr2R:6425883-6426033	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0677	0.0598	0.0741	0.0695	0.0318	0.0757	0.0679	0.0753	0.0318	0.1274	0.0714	0.1274	0.0449	0.134	0.0825	0.134	0.0516
chr2R	6427961	6428254	chr2R:6427962-6428254	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2549	0.2028	0.3188	0.2431	0.1442	0.2932	0.1548	0.2858	0.1442	0.4215	0.3457	0.4215	0.323	0.2734	0.2585	0.2734	0.3028
chr2R	6428428	6428723	chr2R:6428429-6428723	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1601	0.1041	0.1832	0.1972	0.0732	0.151	0.096	0.1252	0.0732	0.2633	0.1704	0.2633	0.2006	0.2351	0.2231	0.2351	0.2454
chr2R	6429097	6429310	chr2R:6429098-6429310	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2722	0.2412	0.3217	0.2525	0.1782	0.2976	0.2612	0.2738	0.1782	0.404	0.3305	0.404	0.316	0.2573	0.2431	0.2573	0.3111
chr2R	6429852	6430050	chr2R:6429853-6430050	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1349	0.1284	0.1358	0.1412	0.087	0.1466	0.1466	0.1546	0.087	0.1437	0.1132	0.1437	0.1541	0.1784	0.1257	0.1784	0.1464
chr2R	6430840	6431008	chr2R:6430841-6431008	FBgn0005630	lola	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0894	0.074	0.0953	0.1	0.0456	0.0714	0.1034	0.0853	0.0456	0.0761	0.1003	0.0761	0.127	0.1447	0.0754	0.1447	0.1193
chr2R	6432819	6433050	chr2R:6432820-6433050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0771	0.0548	0.0802	0.0986	0.0265	0.0718	0.0606	0.0693	0.0265	0.0845	0.0659	0.0845	0.0922	0.1455	0.0754	0.1455	0.1282
chr2R	6434527	6434822	chr2R:6434528-6434822	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0766	0.029	0.0952	0.1093	0.0032	0.0466	0.0285	0.0333	0.0032	0.064	0.0441	0.064	0.0426	0.0214	0.0374	0.0214	0.0334
chr2R	6435764	6436188	chr2R:6435765-6436188	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	lola_CRM40	lola_CRM40	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1443	0.1018	0.2284	0.0994	0.035	0.1612	0.0679	0.1539	0.035	0.3424	0.199	0.3424	0.1464	0.1263	0.087	0.1263	0.1073
chr2R	6436997	6437220	chr2R:6436998-6437220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0522	0.0643	0.0602	0.0299	0.0573	0.0694	0.0696	0.0793	0.0573	0.0942	0.0595	0.0942	0.0411	0.0368	0.038	0.0368	0.0182
chr2R	6439365	6439593	chr2R:6439366-6439593	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0987	0.0798	0.1185	0.098	0.035	0.0961	0.0766	0.1246	0.035	0.1528	0.0974	0.1528	0.0604	0.0972	0.0696	0.0972	0.0797
chr2R	6440504	6440678	chr2R:6440505-6440678	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.0902	0.0684	0.0338	0.0785	0.0699	0.1155	0.1252	0.0785	0.0525	0.0781	0.0525	0.0775	0.0398	0.0406	0.0398	0.038
chr2R	6441719	6441935	chr2R:6441720-6441935	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0426	0.0756	0.1412	0.0297	0.0451	0.0597	0.0393	0.0297	0.064	0.0598	0.064	0.1216	0.1822	0.0864	0.1822	0.1699
chr2R	6442755	6443068	chr2R:6442756-6443068	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1634	0.0678	0.2193	0.2087	0.0223	0.1194	0.0601	0.072	0.0223	0.3025	0.2344	0.3025	0.2618	0.2749	0.2392	0.2749	0.2944
chr2R	6444650	6444826	chr2R:6444651-6444826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.0968	0.1482	0.115	0.0477	0.118	0.1107	0.1179	0.0477	0.1842	0.1563	0.1842	0.141	0.1118	0.1341	0.1118	0.1412
chr2R	6445068	6445238	chr2R:6445069-6445238	FBgn0263102	psq	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1851	0.1649	0.2128	0.1774	0.1177	0.1947	0.1851	0.1992	0.1177	0.2657	0.2228	0.2657	0.213	0.1884	0.1754	0.1884	0.2168
chr2R	6445311	6445506	chr2R:6445312-6445506	FBgn0263102	psq	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1477	0.1401	0.1778	0.1231	0.1135	0.1612	0.1717	0.1566	0.1135	0.2198	0.1932	0.2198	0.1743	0.1057	0.1373	0.1057	0.1516
chr2R	6445556	6445772	chr2R:6445557-6445772	FBgn0263102	psq	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.1267	0.1359	0.1001	0.0848	0.1413	0.1518	0.1532	0.0848	0.1413	0.1444	0.1413	0.158	0.0881	0.1019	0.0881	0.1251
chr2R	6445848	6446005	chr2R:6445849-6446005	FBgn0263102	psq	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0813	0.0746	0.0514	0.0435	0.0772	0.1068	0.1079	0.0435	0.0779	0.0871	0.0779	0.0697	0.0551	0.0458	0.0551	0.0589
chr2R	6446399	6446582	chr2R:6446400-6446582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1851	0.1734	0.222	0.1578	0.1198	0.2068	0.1838	0.2239	0.1198	0.2862	0.236	0.2862	0.2486	0.173	0.1663	0.173	0.1985
chr2R	6447077	6447401	chr2R:6447078-6447401	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1782	0.1919	0.192	0.1476	0.1633	0.2029	0.2375	0.2132	0.1633	0.2053	0.209	0.2053	0.292	0.157	0.1554	0.157	0.2428
chr2R	6451625	6451914	chr2R:6451626-6451914	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1427	0.1059	0.1529	0.1727	0.0721	0.1228	0.1215	0.1233	0.0721	0.1528	0.1672	0.1528	0.2091	0.1792	0.1625	0.1792	0.2105
chr2R	6452346	6452548	chr2R:6452347-6452548	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0437	0.0214	0.0346	0.0784	0.0117	0.0228	0.0298	0.0227	0.0117	0.0211	0.0322	0.0211	0.0674	0.0681	0.069	0.0681	0.0855
chr2R	6454012	6454226	chr2R:6454013-6454226	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.064	0.0617	0.0581	0.0731	0.0456	0.0636	0.0792	0.0686	0.0456	0.0284	0.0514	0.0284	0.1077	0.0268	0.0335	0.0268	0.0834
chr2R	6454389	6454614	chr2R:6454390-6454614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.058	0.0532	0.0497	0.0723	0.0233	0.0573	0.0696	0.0666	0.0233	0.0405	0.0463	0.0405	0.0751	0.0214	0.0271	0.0214	0.0625
chr2R	6454628	6454779	chr2R:6454629-6454779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0328	0.0417	0.0234	0.0333	0.0191	0.0417	0.0489	0.0606	0.0191	0.0217	0.0212	0.0217	0.0287	0.0107	0.0097	0.0107	0.0297
chr2R	6456052	6456687	chr2R:6456053-6456687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1414	0.1051	0.127	0.1977	0.0594	0.133	0.1099	0.1306	0.0594	0.0713	0.1476	0.0713	0.2339	0.0819	0.2089	0.0819	0.2955
chr2R	6456934	6457085	chr2R:6456935-6457085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0332	0.0435	0.0244	0.0313	0.0318	0.0383	0.0614	0.0426	0.0318	0.0163	0.0286	0.0163	0.0349	0.0115	0.0387	0.0115	0.049
chr2R	6458479	6458630	chr2R:6458480-6458630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0211	0.0194	0.0214	0.0106	0.0175	0.0316	0.024	0.0106	0.0169	0.0203	0.0169	0.0294	0.0077	0.0193	0.0077	0.0495
chr2R	6458790	6458977	chr2R:6458791-6458977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.0222	0.0331	0.0318	0.0201	0.0228	0.032	0.0233	0.0201	0.0187	0.0328	0.0187	0.0759	0.0138	0.0181	0.0138	0.0735
chr2R	6459740	6459891	chr2R:6459741-6459891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0122	0.0212	0.0358	0.0064	0.0136	0.0182	0.008	0.0064	0.0109	0.0132	0.0109	0.0473	0.0077	0.0045	0.0077	0.074
chr2R	6460068	6460219	chr2R:6460069-6460219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0156	0.0129	0.0259	0.0085	0.0146	0.0212	0.0193	0.0085	0.0054	0.0077	0.0054	0.0163	8e-04	0.0052	8e-04	0.0245
chr2R	6461959	6462110	chr2R:6461960-6462110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.021	0.0284	0.0152	0.0191	0.0138	0.0282	0.045	0.028	0.0138	0.0169	0.0164	0.0169	0.0093	0.0061	0.0129	0.0061	0.0125
chr2R	6462292	6462443	chr2R:6462293-6462443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.042	0.0253	0.0178	0.0191	0.0408	0.0644	0.044	0.0191	0.0211	0.026	0.0211	0.0442	0.0207	0.0174	0.0207	0.0135
chr2R	6462505	6462706	chr2R:6462506-6462706	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.046	0.0487	0.0471	0.0416	0.0265	0.0519	0.0623	0.0586	0.0265	0.0278	0.0563	0.0278	0.0813	0.0482	0.0355	0.0482	0.0318
chr2R	6462719	6462986	chr2R:6462720-6462986	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0625	0.0561	0.0582	0.0742	0.0339	0.0641	0.0666	0.0626	0.0339	0.0465	0.0678	0.0465	0.0844	0.0949	0.0703	0.0949	0.0511
chr2R	6463677	6463856	chr2R:6463678-6463856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0362	0.0642	0.0319	0.0097	0.0424	0.0524	0.0861	0.0879	0.0424	0.0223	0.0434	0.0223	0.0209	0.0069	0.0077	0.0069	0.0078
chr2R	6468517	6468668	chr2R:6468518-6468668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0524	0.0591	0.0712	0.0242	0.0392	0.0723	0.0696	0.0673	0.0392	0.0356	0.1116	0.0356	0.0976	0.0245	0.0593	0.0245	0.013
chr2R	6469145	6469355	chr2R:6469146-6469355	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_404	Unspecified_404	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1397	0.2421	0.1268	0.0393	0.2238	0.2155	0.3106	0.2818	0.2238	0.0598	0.217	0.0598	0.1092	0.0207	0.0928	0.0207	0.0313
chr2R	6469366	6469578	chr2R:6469367-6469578	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_404	Unspecified_404	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1243	0.1844	0.1279	0.0531	0.1654	0.1646	0.2526	0.2045	0.1654	0.0586	0.2148	0.0586	0.1123	0.026	0.1309	0.026	0.0438
chr2R	6469913	6470219	chr2R:6469914-6470219	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1562	0.2546	0.1443	0.0593	0.2312	0.2078	0.3283	0.3251	0.2312	0.0791	0.2338	0.0791	0.117	0.0398	0.127	0.0398	0.0563
chr2R	6470394	6470954	chr2R:6470395-6470954	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.3274	0.4425	0.3652	0.1574	0.4199	0.3903	0.5549	0.527	0.4199	0.224	0.5717	0.224	0.3215	0.075	0.4023	0.075	0.1089
chr2R	6471502	6471695	chr2R:6471503-6471695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0882	0.121	0.0997	0.0389	0.0954	0.1073	0.1652	0.1392	0.0954	0.0562	0.1559	0.0562	0.0875	0.0176	0.0845	0.0176	0.0438
chr2R	6471801	6472031	chr2R:6471802-6472031	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1481	0.1818	0.1749	0.081	0.14	0.1587	0.237	0.2385	0.14	0.0761	0.29	0.0761	0.1905	0.0337	0.1941	0.0337	0.0881
chr2R	6472706	6472857	chr2R:6472707-6472857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0392	0.0416	0.044	0.0313	0.0308	0.032	0.0601	0.048	0.0308	0.026	0.0736	0.026	0.0271	0.0191	0.0529	0.0191	0.0485
chr2R	6481724	6481875	chr2R:6481725-6481875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0258	0.0324	0.0322	0.0114	0.0095	0.0277	0.0471	0.0466	0.0095	0.0242	0.0556	0.0242	0.0186	0.013	0.02	0.013	0.013
chr2R	6482386	6482567	chr2R:6482387-6482567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.025	0.0421	0.0222	0.0089	0.0477	0.0272	0.0536	0.0626	0.0477	0.0151	0.0367	0.0151	0.0163	0.0061	0.0155	0.0061	0.0099
chr2R	6482967	6483118	chr2R:6482968-6483118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0322	0.0435	0.0387	0.0125	0.0414	0.0262	0.0627	0.0553	0.0414	0.0151	0.0752	0.0151	0.0209	0.0054	0.0277	0.0054	0.0115
chr2R	6483247	6483398	chr2R:6483248-6483398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.0623	0.0509	0.0162	0.035	0.0471	0.08	0.0973	0.035	0.0211	0.0958	0.0211	0.0256	0.0084	0.04	0.0084	0.012
chr2R	6483651	6484013	chr2R:6483652-6484013	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1547	0.2038	0.1905	0.0606	0.1633	0.1403	0.2401	0.3371	0.1633	0.064	0.3685	0.064	0.1061	0.0184	0.1657	0.0184	0.0287
chr2R	6484054	6484295	chr2R:6484055-6484295	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0959	0.0915	0.1457	0.0461	0.0467	0.1005	0.0843	0.1559	0.0467	0.0652	0.2563	0.0652	0.1232	0.0123	0.1354	0.0123	0.0177
chr2R	6484347	6484706	chr2R:6484348-6484706	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1287	0.097	0.2118	0.0731	0.0445	0.1233	0.08	0.1599	0.0445	0.0924	0.3807	0.0924	0.1805	0.0176	0.2218	0.0176	0.0214
chr2R	6485416	6485817	chr2R:6485417-6485817	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0816	0.0613	0.1003	0.0838	0.0371	0.0612	0.0774	0.0833	0.0371	0.0278	0.1977	0.0278	0.0534	0.0184	0.2876	0.0184	0.0354
chr2R	6488666	6488887	chr2R:6488667-6488887	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0451	0.0704	0.0385	0.0241	0.053	0.0553	0.0861	0.0993	0.053	0.0393	0.0524	0.0393	0.0349	0.0207	0.0226	0.0207	0.0245
chr2R	6490564	6490715	chr2R:6490565-6490715	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0272	0.0329	0.0265	0.0216	0.0212	0.035	0.0355	0.044	0.0212	0.0169	0.0421	0.0169	0.0225	0.0123	0.0271	0.0123	0.0219
chr2R	6490947	6491098	chr2R:6490948-6491098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0199	0.0153	0.022	0.0228	0.0159	0.017	0.0143	0.0227	0.0159	0.0151	0.0267	0.0151	0.0325	0.0191	0.02	0.0191	0.0203
chr2R	6491192	6491390	chr2R:6491193-6491390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0386	0.0234	0.0473	0.0461	0.0127	0.033	0.0212	0.0286	0.0127	0.0248	0.0672	0.0248	0.0798	0.0413	0.0574	0.0413	0.0563
chr2R	6491635	6491838	chr2R:6491636-6491838	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0894	0.0484	0.1109	0.1117	0.0148	0.0723	0.0545	0.05	0.0148	0.0465	0.1431	0.0465	0.2053	0.1302	0.138	0.1302	0.1532
chr2R	6495926	6496077	chr2R:6495927-6496077	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0239	0.0383	0.0218	0.0102	0.0445	0.0257	0.0554	0.04	0.0445	0.0145	0.0312	0.0145	0.0186	0.0015	0.009	0.0015	0.0099
chr2R	6496829	6496980	chr2R:6496830-6496980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0156	0.0218	0.0131	0.0116	0.0159	0.0141	0.0342	0.0247	0.0159	0.0097	0.0177	0.0097	0.0116	0.0031	0.0039	0.0031	0.0073
chr2R	6497115	6497266	chr2R:6497116-6497266	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0173	0.0221	0.0155	0.0139	0.0159	0.0107	0.0363	0.0273	0.0159	0.0085	0.0222	0.0085	0.0132	0.0092	0.0026	0.0092	0.0068
chr2R	6500544	6500695	chr2R:6500545-6500695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0234	0.0323	0.0254	0.0114	0.0265	0.0189	0.0467	0.0413	0.0265	0.0163	0.0421	0.0163	0.0232	0.0107	0.0123	0.0107	0.013
chr2R	6501260	6501411	chr2R:6501261-6501411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0246	0.035	0.0274	0.0099	0.0297	0.0262	0.0471	0.0473	0.0297	0.0157	0.0466	0.0157	0.017	0.0061	0.0142	0.0061	0.013
chr2R	6501467	6501618	chr2R:6501468-6501618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0251	0.0332	0.0296	0.0113	0.0255	0.0311	0.0407	0.048	0.0255	0.0163	0.0463	0.0163	0.031	0.0061	0.0168	0.0061	0.0135
chr2R	6502157	6502308	chr2R:6502158-6502308	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0341	0.0225	0.0143	0.0212	0.0427	0.0407	0.0353	0.0212	0.0145	0.0357	0.0145	0.0225	0.0115	0.0258	0.0115	0.012
chr2R	6503744	6503895	chr2R:6503745-6503895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.041	0.0255	0.0116	0.0382	0.0345	0.0649	0.0366	0.0382	0.0157	0.0373	0.0157	0.0232	0.0084	0.0181	0.0084	0.013
chr2R	6505014	6505238	chr2R:6505015-6505238	FBgn0033538	CG11883	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0562	0.0421	0.0409	0.0888	0.0318	0.0388	0.051	0.0553	0.0318	0.0127	0.0601	0.0127	0.0573	0.0268	0.138	0.0268	0.086
chr2R	6505770	6506153	chr2R:6505771-6506153	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0682	0.0462	0.0516	0.1108	0.0329	0.0432	0.0601	0.052	0.0329	0.026	0.0701	0.026	0.0612	0.0835	0.0922	0.0835	0.1282
chr2R	6528821	6528972	chr2R:6528822-6528972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0211	0.0219	0.0222	0.0188	0.0127	0.018	0.0342	0.0213	0.0127	0.0272	0.028	0.0272	0.0186	0.0383	0.0084	0.0383	0.0219
chr2R	6532583	6532734	chr2R:6532584-6532734	FBgn0033539,FBgn0033540	Elp2,Git	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0528	0.0435	0.0577	0.0577	0.017	0.0529	0.0528	0.052	0.017	0.0797	0.0624	0.0797	0.0612	0.1263	0.0387	0.1263	0.0573
chr2R	6532848	6533039	chr2R:6532849-6533039	FBgn0033539,FBgn0033540	Elp2,Git	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1365	0.113	0.1632	0.1333	0.07	0.1442	0.1163	0.1452	0.07	0.2168	0.1797	0.2168	0.1634	0.1738	0.1328	0.1738	0.1647
chr2R	6533100	6533270	chr2R:6533101-6533270	FBgn0033539,FBgn0033540	Elp2,Git	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1893	0.156	0.2316	0.1802	0.0923	0.2015	0.157	0.1912	0.0923	0.2965	0.2486	0.2965	0.2393	0.1975	0.1831	0.1975	0.2189
chr2R	6533371	6533522	chr2R:6533372-6533522	FBgn0033539,FBgn0033540	Elp2,Git	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0605	0.0474	0.0853	0.048	0.0233	0.0612	0.0554	0.0526	0.0233	0.1027	0.09	0.1027	0.1038	0.0536	0.04	0.0536	0.061
chr2R	6533606	6533757	chr2R:6533607-6533757	FBgn0033540	Elp2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0234	0.0387	0.0196	0.0053	0.0282	0.029	0.0306	0.0053	0.0495	0.0412	0.0495	0.0387	0.0199	0.0174	0.0199	0.0281
chr2R	6560723	6561023	chr2R:6560724-6561023	FBgn0024836	stan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1802	0.1423	0.2452	0.1512	0.0817	0.1612	0.1311	0.2212	0.0817	0.1492	0.3588	0.1492	0.1317	0.0314	0.2547	0.0314	0.0698
chr2R	6562093	6562313	chr2R:6562094-6562313	distal	distal	stage11	stage11	VT14710.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0549	0.029	0.093	0.0419	0.0053	0.033	0.0346	0.0453	0.0053	0.0205	0.1945	0.0205	0.024	0.0084	0.1251	0.0084	0.0104
chr2R	6562562	6562742	chr2R:6562563-6562742	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT14710.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0639	0.042	0.1043	0.044	0.0138	0.0408	0.0355	0.0926	0.0138	0.0163	0.2161	0.0163	0.0248	0.0046	0.1354	0.0046	0.0104
chr2R	6563106	6563448	chr2R:6563107-6563448	distal	distal	stage11	stage11	VT14710.1,VT14711.1	VT14711.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0598	0.0319	0.1046	0.0418	0.0085	0.0374	0.0307	0.062	0.0085	0.0145	0.2273	0.0145	0.0163	0.0046	0.1315	0.0046	0.0167
chr2R	6563618	6563779	chr2R:6563619-6563779	distal	distal	stage14	stage14	VT14711.1	VT14711.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.014	0.0501	0.0377	0.0032	0.017	0.0169	0.0213	0.0032	0.0115	0.1061	0.0115	0.0139	0.0046	0.1296	0.0046	0.0089
chr2R	6568540	6568794	chr2R:6568541-6568794	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14713.1	VT14713.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0493	0.0203	0.0694	0.0595	0.0042	0.0282	0.0216	0.028	0.0042	0.0429	0.0633	0.0429	0.0132	0.0054	0.0303	0.0054	0.013
chr2R	6569106	6569297	chr2R:6569107-6569297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0348	0.015	0.0516	0.0384	0.0074	0.016	0.0199	0.0193	0.0074	0.0187	0.0598	0.0187	0.0108	0.0054	0.0206	0.0054	0.0115
chr2R	6569542	6569719	chr2R:6569543-6569719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0284	0.013	0.036	0.0373	0.0053	0.0209	0.0143	0.0113	0.0053	0.0145	0.0354	0.0145	0.0093	0.0077	0.0129	0.0077	0.0125
chr2R	6570346	6570667	chr2R:6570347-6570667	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0667	0.0268	0.0822	0.0943	0.0085	0.0471	0.0195	0.034	0.0085	0.0405	0.0489	0.0405	0.0147	0.0084	0.0329	0.0084	0.0193
chr2R	6570782	6570933	chr2R:6570783-6570933	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0239	0.0071	0.0311	0.0347	0	0.0141	0.0052	0.008	0	0.0115	0.0129	0.0115	0.0062	0.0038	0.009	0.0038	0.0063
chr2R	6572386	6572537	chr2R:6572387-6572537	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT14716.1	VT14716.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0228	0.011	0.0197	0.0395	0.0064	0.0102	0.016	0.0107	0.0064	0.0091	0.0177	0.0091	0.0046	0.0092	0.0116	0.0092	0.0099
chr2R	6579437	6579639	chr2R:6579438-6579639	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14720.1	VT14720.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.0184	0.0496	0.0457	0.0074	0.0189	0.0316	0.0153	0.0074	0.0193	0.0939	0.0193	0.0201	0.0115	0.1599	0.0115	0.0073
chr2R	6610627	6610778	chr2R:6610628-6610778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0158	0.0197	0.0159	0.0053	0.0131	0.0251	0.02	0.0053	0.0115	0.0267	0.0115	0.0155	0.0084	0.0148	0.0084	0.0177
chr2R	6616215	6616366	chr2R:6616216-6616366	FBgn0005586	Rab3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0166	0.0114	0.0244	0.0064	0.016	0.0272	0.014	0.0064	0.0091	0.0158	0.0091	0.0077	0.0092	0.0058	0.0092	0.0115
chr2R	6616667	6616818	chr2R:6616668-6616818	FBgn0005586	Rab3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0117	0.0155	0.0451	0.0085	0.0131	0.0195	0.008	0.0085	0.0139	0.0148	0.0139	0.0139	0.0237	0.0071	0.0237	0.024
chr2R	6618424	6618662	chr2R:6618425-6618662	FBgn0033543,FBgn0033544	CG12338,CG7220	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0701	0.048	0.09	0.0731	0.0233	0.0612	0.0528	0.06	0.0233	0.1002	0.1003	0.1002	0.1007	0.0796	0.0703	0.0796	0.11
chr2R	6618728	6618941	chr2R:6618729-6618941	FBgn0033543,FBgn0033544	CG12338,CG7220	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1287	0.1012	0.1596	0.1255	0.0721	0.115	0.1047	0.1399	0.0721	0.1963	0.1714	0.1963	0.1681	0.134	0.1167	0.134	0.1631
chr2R	6618965	6619151	chr2R:6618966-6619151	FBgn0033544	CG7220	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1756	0.1464	0.2105	0.1699	0.1029	0.1718	0.1514	0.1885	0.1029	0.2687	0.2254	0.2687	0.2239	0.1807	0.1625	0.1807	0.2095
chr2R	6619232	6619391	chr2R:6619233-6619391	FBgn0033544	CG7220	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.073	0.0667	0.0873	0.0645	0.0435	0.085	0.0727	0.0793	0.0435	0.1081	0.0968	0.1081	0.0984	0.075	0.06	0.075	0.075
chr2R	6621868	6622019	chr2R:6621869-6622019	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0158	0.0105	0.014	0.0238	0.0032	0.0146	0.0143	0.0107	0.0032	0.0097	0.0138	0.0097	0.0333	0.0521	0.0232	0.0521	0.024
chr2R	6622750	6622901	chr2R:6622751-6622901	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0181	0.0133	0.018	0.0234	0.0011	0.0141	0.0203	0.016	0.0011	0.0127	0.0116	0.0127	0.0511	0.0168	0.0129	0.0168	0.0558
chr2R	6623050	6623201	chr2R:6623051-6623201	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0137	0.0132	0.0227	0.0042	0.0136	0.0225	0.0127	0.0042	0.0103	0.0119	0.0103	0.0279	0.0207	0.0142	0.0207	0.0505
chr2R	6627026	6627177	chr2R:6627027-6627177	FBgn0024956	Mat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0481	0.0406	0.0608	0.0425	0.0244	0.0519	0.0476	0.0413	0.0244	0.064	0.0752	0.064	0.0635	0.0421	0.0393	0.0421	0.0521
chr2R	6627282	6627468	chr2R:6627283-6627468	FBgn0024956	Mat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.111	0.0985	0.127	0.1075	0.0573	0.1112	0.1155	0.1186	0.0573	0.1552	0.1469	0.1552	0.1239	0.1141	0.1083	0.1141	0.1214
chr2R	6627617	6627800	chr2R:6627618-6627800	FBgn0024956	Mat1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0278	0.0346	0.0368	0.0085	0.0233	0.0407	0.0366	0.0085	0.0435	0.0363	0.0435	0.0403	0.0444	0.0413	0.0444	0.0375
chr2R	6632985	6633136	chr2R:6632986-6633136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0083	0.0099	0.0109	0.0032	0.0068	0.013	0.01	0.0032	0.0103	0.0106	0.0103	0.0101	0.0092	0.0077	0.0092	0.0073
chr2R	6637498	6637649	chr2R:6637499-6637649	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0049	0.0089	0.0128	0.0032	0.0024	0.0108	0.0033	0.0032	0.0097	0.0106	0.0097	0.0062	0.0107	0.0077	0.0107	0.0089
chr2R	6659096	6659460	chr2R:6659097-6659460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0472	0.0243	0.0419	0.0787	0.0212	0.0204	0.0428	0.014	0.0212	0.0453	0.0559	0.0453	0.0341	0.2152	0.0961	0.2152	0.0412
chr2R	6659617	6659768	chr2R:6659618-6659768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0067	0.0141	0.0248	0.0042	0.0049	0.0134	0.0047	0.0042	0.0163	0.0203	0.0163	0.0093	0.0658	0.0251	0.0658	0.0156
chr2R	6659970	6660121	chr2R:6659971-6660121	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0097	0.0041	0.0077	0.0181	0.0021	0.0058	0.0056	0.004	0.0021	0.006	0.0103	0.006	0.0108	0.0459	0.0168	0.0459	0.0177
chr2R	6660163	6660342	chr2R:6660164-6660342	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0146	0.005	0.0108	0.0295	0.0021	0.0039	0.0099	0.0047	0.0021	0.0109	0.0122	0.0109	0.0178	0.0597	0.0322	0.0597	0.038
chr2R	6660714	6661035	chr2R:6660715-6661035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.027	0.0101	0.0197	0.054	0.0053	0.0117	0.0182	0.004	0.0053	0.0302	0.0174	0.0302	0.0287	0.1156	0.0496	0.1156	0.062
chr2R	6665759	6665910	chr2R:6665760-6665910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0122	0.0181	0.0195	0.0074	0.0126	0.0216	0.0087	0.0074	0.0109	0.0293	0.0109	0.0132	0.0145	0.0464	0.0145	0.013
chr2R	6665964	6666115	chr2R:6665965-6666115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.0125	0.0137	0.0152	0.0032	0.0117	0.0225	0.0093	0.0032	0.0103	0.0225	0.0103	0.0085	0.0123	0.038	0.0123	0.0089
chr2R	6669247	6669418	chr2R:6669248-6669418	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0602	0.0359	0.0659	0.081	0.0127	0.0636	0.0329	0.0366	0.0127	0.0936	0.0727	0.0936	0.0759	0.1003	0.087	0.1003	0.0875
chr2R	6669493	6669681	chr2R:6669494-6669681	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1103	0.0583	0.1377	0.1384	0.017	0.0951	0.0471	0.07	0.017	0.1854	0.1566	0.1854	0.158	0.17	0.1522	0.17	0.1631
chr2R	6669765	6669970	chr2R:6669766-6669970	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.041	0.1016	0.1036	0.0095	0.0617	0.042	0.046	0.0095	0.1214	0.1177	0.1214	0.1115	0.1187	0.1154	0.1187	0.1172
chr2R	6670048	6670199	chr2R:6670049-6670199	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0904	0.0551	0.1148	0.1032	0.0233	0.0748	0.0597	0.0653	0.0233	0.1371	0.1347	0.1371	0.1154	0.1363	0.109	0.1363	0.1162
chr2R	6670299	6670481	chr2R:6670300-6670481	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1666	0.1219	0.2161	0.1624	0.0742	0.1573	0.1324	0.1419	0.0742	0.2742	0.2418	0.2742	0.2208	0.1998	0.1721	0.1998	0.198
chr2R	6670576	6670727	chr2R:6670577-6670727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0359	0.0319	0.0409	0.0348	0.0233	0.0374	0.0394	0.0313	0.0233	0.0501	0.0444	0.0501	0.0442	0.049	0.0361	0.049	0.0422
chr2R	6685266	6685508	chr2R:6685267-6685508	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0405	0.0441	0.0414	0.0355	0.0265	0.0471	0.0571	0.056	0.0265	0.0501	0.0441	0.0501	0.0426	0.0306	0.0303	0.0306	0.038
chr2R	6686183	6686414	chr2R:6686184-6686414	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0844	0.1074	0.0769	0.067	0.0785	0.1141	0.128	0.1306	0.0785	0.1033	0.0859	0.1033	0.0465	0.0789	0.0251	0.0789	0.0396
chr2R	6692648	6692879	chr2R:6692649-6692879	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0873	0.123	0.0878	0.0468	0.0954	0.1228	0.1596	0.1452	0.0954	0.1147	0.0961	0.1147	0.1007	0.0559	0.0509	0.0559	0.0604
chr2R	6694080	6694297	chr2R:6694081-6694297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1169	0.1076	0.1452	0.0964	0.0721	0.1398	0.0995	0.1499	0.0721	0.1649	0.1514	0.1649	0.1534	0.1049	0.0916	0.1049	0.1032
chr2R	6694495	6694669	chr2R:6694496-6694669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1093	0.0877	0.142	0.0976	0.0477	0.1306	0.0809	0.1106	0.0477	0.1872	0.1421	0.1872	0.1278	0.1317	0.0787	0.1317	0.1037
chr2R	6694846	6695054	chr2R:6694847-6695054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1126	0.1039	0.1364	0.0961	0.0583	0.1223	0.1099	0.1439	0.0583	0.151	0.1617	0.151	0.0984	0.1355	0.0787	0.1355	0.0823
chr2R	6695372	6695557	chr2R:6695373-6695557	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1178	0.137	0.1373	0.0749	0.1071	0.1549	0.1436	0.1752	0.1071	0.157	0.1511	0.157	0.1123	0.0712	0.0574	0.0712	0.0745
chr2R	6696372	6696557	chr2R:6696373-6696557	FBgn0027499,FBgn0033547	CG12935,wde	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2039	0.1876	0.2425	0.1799	0.1527	0.2189	0.1959	0.2432	0.1527	0.3043	0.2653	0.3043	0.237	0.2182	0.1734	0.2182	0.2183
chr2R	6696828	6696996	chr2R:6696829-6696996	FBgn0027499,FBgn0033547	CG12935,wde	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1935	0.169	0.2305	0.1802	0.141	0.2	0.1756	0.2092	0.141	0.2947	0.2466	0.2947	0.2192	0.1953	0.176	0.1953	0.2225
chr2R	6697086	6697265	chr2R:6697087-6697265	FBgn0033547	CG12935	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2065	0.1928	0.2528	0.171	0.1347	0.2199	0.2223	0.2312	0.1347	0.3285	0.2711	0.3285	0.2378	0.1945	0.1651	0.1945	0.2209
chr2R	6697415	6697611	chr2R:6697416-6697611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1061	0.1077	0.1336	0.0741	0.0636	0.1379	0.1246	0.1206	0.0636	0.1987	0.1318	0.1987	0.1441	0.0819	0.06	0.0819	0.1021
chr2R	6697693	6697844	chr2R:6697694-6697844	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0818	0.0992	0.0956	0.0472	0.0626	0.1272	0.1073	0.1233	0.0626	0.1329	0.0945	0.1329	0.117	0.0605	0.0432	0.0605	0.0584
chr2R	6697888	6698039	chr2R:6697889-6698039	FBgn0033548	CG7637	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.0904	0.0937	0.0479	0.0583	0.0995	0.1138	0.1053	0.0583	0.1238	0.1019	0.1238	0.093	0.0544	0.049	0.0544	0.0667
chr2R	6698157	6698330	chr2R:6698158-6698330	FBgn0033548,FBgn0033549	CG7637,mms4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1253	0.1306	0.1495	0.0929	0.0859	0.1626	0.1501	0.1452	0.0859	0.2089	0.154	0.2089	0.1557	0.1041	0.089	0.1041	0.1141
chr2R	6698410	6698597	chr2R:6698411-6698597	FBgn0033548,FBgn0033549	CG7637,mms4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1885	0.1925	0.2181	0.1514	0.1432	0.2223	0.2349	0.2072	0.1432	0.2663	0.2376	0.2663	0.2122	0.1715	0.1605	0.1715	0.1767
chr2R	6700771	6701142	chr2R:6700772-6701142	FBgn0033550,FBgn0033551	CG12341,CG7222	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2615	0.2679	0.2981	0.214	0.2068	0.3112	0.2976	0.3151	0.2068	0.3738	0.318	0.3738	0.3021	0.2389	0.2083	0.2389	0.271
chr2R	6701226	6701404	chr2R:6701227-6701404	FBgn0033550,FBgn0033551	CG12341,CG7222	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.158	0.1578	0.1878	0.1256	0.1294	0.1767	0.1817	0.1765	0.1294	0.2271	0.21	0.2271	0.1851	0.1485	0.1399	0.1485	0.1537
chr2R	6706882	6707066	chr2R:6706883-6707066	FBgn0029134,FBgn0086898	Prosbeta5,dgo	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0701	0.075	0.0846	0.0487	0.052	0.0801	0.0817	0.1066	0.052	0.0851	0.1158	0.0851	0.0782	0.0413	0.0845	0.0413	0.0542
chr2R	6707324	6707556	chr2R:6707325-6707556	FBgn0029134,FBgn0086898	Prosbeta5,dgo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1738	0.181	0.2089	0.1273	0.122	0.1888	0.208	0.2418	0.122	0.218	0.2624	0.218	0.182	0.1072	0.1586	0.1072	0.161
chr2R	6708829	6708994	chr2R:6708830-6708994	FBgn0033554,FBgn0033555	Lsm10,RpS15Ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0796	0.0835	0.1011	0.0515	0.0498	0.1015	0.0865	0.1086	0.0498	0.1479	0.1106	0.1479	0.0906	0.0735	0.0567	0.0735	0.0672
chr2R	6709034	6709232	chr2R:6709035-6709232	FBgn0033554,FBgn0033555	Lsm10,RpS15Ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1345	0.1311	0.1654	0.1044	0.0795	0.1587	0.1259	0.1845	0.0795	0.2325	0.1814	0.2325	0.1665	0.1585	0.1096	0.1585	0.1225
chr2R	6710536	6710728	chr2R:6710537-6710728	FBgn0033556,FBgn0033557	CG12325,CG12343	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.069	0.0538	0.0944	0.0582	0.0265	0.0641	0.0631	0.0626	0.0265	0.1129	0.1119	0.1129	0.0883	0.0597	0.0632	0.0597	0.0709
chr2R	6710802	6711180	chr2R:6710803-6711180	FBgn0033556,FBgn0033557	CG12325,CG12343	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1976	0.167	0.2439	0.181	0.1166	0.2073	0.1635	0.2212	0.1166	0.3182	0.2688	0.3182	0.2556	0.1975	0.207	0.1975	0.2126
chr2R	6711263	6711434	chr2R:6711264-6711434	FBgn0033556,FBgn0033557	CG12325,CG12343	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0677	0.083	0.0469	0.0477	0.0709	0.074	0.0979	0.0477	0.1087	0.0904	0.1087	0.0906	0.049	0.0529	0.049	0.0578
chr2R	6718701	6718852	chr2R:6718702-6718852	distal	distal	none	none	VT14788.1	VT14788.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0304	0.0227	0.0106	0.0191	0.0379	0.0411	0.028	0.0191	0.0332	0.0264	0.0332	0.0147	0.0092	0.0064	0.0092	0.0115
chr2R	6720539	6720744	chr2R:6720540-6720744	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0305	0.0451	0.0143	0.0191	0.0398	0.0342	0.03	0.0191	0.0592	0.0373	0.0592	0.0325	0.0145	0.0155	0.0145	0.0099
chr2R	6725919	6726070	chr2R:6725920-6726070	FBgn0027525	CG7686	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0521	0.0459	0.0661	0.0437	0.0244	0.0466	0.0606	0.0566	0.0244	0.0839	0.0682	0.0839	0.0813	0.0544	0.0458	0.0544	0.0552
chr2R	6726183	6726348	chr2R:6726184-6726348	FBgn0027525	CG7686	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1534	0.1491	0.1805	0.1285	0.1156	0.1718	0.1687	0.1799	0.1156	0.2313	0.1955	0.2313	0.1991	0.1508	0.127	0.1508	0.1704
chr2R	6726622	6726826	chr2R:6726623-6726826	FBgn0027525	CG7686	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0933	0.0975	0.1036	0.0774	0.087	0.1053	0.1159	0.1099	0.087	0.1262	0.1212	0.1262	0.1115	0.0965	0.0883	0.0965	0.1001
chr2R	6726894	6727045	chr2R:6726895-6727045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0506	0.051	0.0338	0.0414	0.0481	0.0688	0.054	0.0414	0.0634	0.0608	0.0634	0.0488	0.0368	0.0477	0.0368	0.0443
chr2R	6731452	6731921	chr2R:6731453-6731921	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.179	0.2977	0.1699	0.0563	0.3086	0.3063	0.3348	0.3584	0.3086	0.337	0.1859	0.337	0.0806	0.1432	0.058	0.1432	0.0479
chr2R	6732136	6732375	chr2R:6732137-6732375	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0692	0.1434	0.0411	0.017	0.14	0.0869	0.2336	0.1486	0.14	0.0725	0.0482	0.0725	0.0209	0.0314	0.0168	0.0314	0.0188
chr2R	6737391	6737643	chr2R:6737392-6737643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0302	0.0323	0.0358	0.0219	0.018	0.0325	0.0489	0.0313	0.018	0.0393	0.0354	0.0393	0.0682	0.0245	0.02	0.0245	0.0422
chr2R	6741631	6741797	chr2R:6741632-6741797	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0284	0.0343	0.0288	0.0214	0.0201	0.0252	0.0571	0.0366	0.0201	0.032	0.0363	0.032	0.0333	0.0176	0.029	0.0176	0.0334
chr2R	6743721	6743872	chr2R:6743722-6743872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0158	0.0136	0.0223	0.0111	0.0053	0.017	0.0221	0.0107	0.0053	0.0429	0.0215	0.0429	0.0147	0.0138	0.009	0.0138	0.013
chr2R	6745202	6745362	chr2R:6745203-6745362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0399	0.0541	0.0305	0.017	0.0442	0.0506	0.0506	0.017	0.067	0.0659	0.067	0.0503	0.0398	0.0355	0.0398	0.0495
chr2R	6746322	6746501	chr2R:6746323-6746501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0587	0.0697	0.0439	0.0339	0.0694	0.0679	0.0706	0.0339	0.093	0.0752	0.093	0.072	0.0498	0.0593	0.0498	0.0625
chr2R	6747362	6747513	chr2R:6747363-6747513	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0206	0.027	0.0207	0.0132	0.0148	0.0194	0.029	0.0526	0.0148	0.026	0.0225	0.026	0.0163	0.0191	0.0174	0.0191	0.0146
chr2R	6748721	6748928	chr2R:6748722-6748928	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0437	0.0471	0.0557	0.0266	0.0329	0.0539	0.0523	0.0593	0.0329	0.1093	0.055	0.1093	0.0225	0.0352	0.0148	0.0352	0.0245
chr2R	6748963	6749161	chr2R:6748964-6749161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0738	0.0801	0.0824	0.0572	0.0573	0.0874	0.0861	0.1146	0.0573	0.1431	0.0875	0.1431	0.0294	0.0436	0.0251	0.0436	0.0297
chr2R	6749294	6749468	chr2R:6749295-6749468	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0393	0.0424	0.0355	0.04	0.0244	0.0354	0.0497	0.0673	0.0244	0.0489	0.0418	0.0489	0.0139	0.0153	0.0135	0.0153	0.0162
chr2R	6750527	6750678	chr2R:6750528-6750678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0222	0.0152	0.0255	0.0263	0.0053	0.0194	0.0203	0.014	0.0053	0.0441	0.0289	0.0441	0.0178	0.0681	0.0284	0.0681	0.0182
chr2R	6750913	6751064	chr2R:6750914-6751064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0159	0.011	0.019	0.0178	0.0032	0.0092	0.0177	0.01	0.0032	0.0332	0.0186	0.0332	0.0178	0.0436	0.011	0.0436	0.0193
chr2R	6751713	6752117	chr2R:6751714-6752117	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0411	0.0246	0.0444	0.0558	0.0148	0.0291	0.0342	0.0213	0.0148	0.0507	0.0608	0.0507	0.0364	0.0613	0.1373	0.0613	0.0375
chr2R	6753126	6753277	chr2R:6753127-6753277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0277	0.0161	0.0355	0.0322	0.0095	0.0175	0.019	0.0207	0.0095	0.0501	0.0508	0.0501	0.0178	0.0391	0.0799	0.0391	0.0172
chr2R	6753309	6753489	chr2R:6753310-6753489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.0193	0.0519	0.0524	0.0064	0.0228	0.0234	0.0193	0.0064	0.0803	0.0752	0.0803	0.0248	0.0613	0.1289	0.0613	0.036
chr2R	6753943	6754094	chr2R:6753944-6754094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0252	0.013	0.0332	0.0301	0.0042	0.0194	0.016	0.012	0.0042	0.0447	0.0437	0.0447	0.0248	0.0237	0.078	0.0237	0.0266
chr2R	6754830	6754981	chr2R:6754831-6754981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0236	0.0162	0.0265	0.0285	0.0053	0.0194	0.0238	0.0153	0.0053	0.0368	0.0273	0.0368	0.0387	0.0176	0.0355	0.0176	0.0584
chr2R	6756473	6756670	chr2R:6756474-6756670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0375	0.0449	0.0421	0.0242	0.0276	0.0388	0.0528	0.0686	0.0276	0.0537	0.0588	0.0537	0.0302	0.023	0.0451	0.023	0.0271
chr2R	6756774	6756925	chr2R:6756775-6756925	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.033	0.0288	0.017	0.0212	0.0267	0.0446	0.0466	0.0212	0.0399	0.0344	0.0399	0.0263	0.0161	0.0239	0.0161	0.0198
chr2R	6758146	6758297	chr2R:6758147-6758297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0381	0.0422	0.0491	0.0214	0.018	0.0383	0.0519	0.066	0.018	0.0936	0.0498	0.0936	0.0411	0.0322	0.029	0.0322	0.024
chr2R	6758510	6758717	chr2R:6758511-6758717	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0854	0.0591	0.1289	0.0671	0.0265	0.0917	0.0584	0.0626	0.0265	0.2542	0.1177	0.2542	0.1278	0.1164	0.0535	0.1164	0.1037
chr2R	6758823	6758974	chr2R:6758824-6758974	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0526	0.0526	0.0695	0.034	0.0297	0.0617	0.0532	0.0726	0.0297	0.1383	0.0717	0.1383	0.0457	0.0337	0.0413	0.0337	0.0406
chr2R	6761762	6762042	chr2R:6761763-6762042	FBgn0050015	CG30015	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1762	0.1711	0.2286	0.1244	0.1294	0.2155	0.154	0.2358	0.1294	0.2609	0.3096	0.2609	0.1898	0.1271	0.2141	0.1271	0.1417
chr2R	6762178	6762359	chr2R:6762179-6762359	FBgn0050015	CG30015	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.242	0.2303	0.2953	0.1966	0.1877	0.2786	0.2435	0.2725	0.1877	0.375	0.3183	0.375	0.2889	0.2205	0.2456	0.2205	0.2439
chr2R	6762523	6762784	chr2R:6762524-6762784	FBgn0050015,FBgn0050016,FBgn0263510	CG30015,CG30016,nclb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1268	0.1245	0.1638	0.0888	0.0817	0.1485	0.1423	0.1466	0.0817	0.2216	0.1794	0.2216	0.158	0.1149	0.1109	0.1149	0.1037
chr2R	6763159	6763333	chr2R:6763160-6763333	FBgn0050016,FBgn0263510	CG30016,nclb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1169	0.1135	0.1388	0.0966	0.0721	0.132	0.1311	0.1372	0.0721	0.1932	0.1531	0.1932	0.1356	0.111	0.109	0.111	0.1204
chr2R	6767110	6767280	chr2R:6767111-6767280	FBgn0010356,FBgn0033564,FBgn0061356	CG18003,Pex6,Taf5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1656	0.1562	0.1846	0.1553	0.1156	0.1728	0.1817	0.1805	0.1156	0.2391	0.2019	0.2391	0.151	0.1708	0.1547	0.1708	0.1855
chr2R	6767377	6767548	chr2R:6767378-6767548	FBgn0010356,FBgn0033564,FBgn0061356	CG18003,Pex6,Taf5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1342	0.1188	0.1593	0.1238	0.0891	0.134	0.1337	0.1452	0.0891	0.1981	0.1736	0.1981	0.1371	0.121	0.1309	0.121	0.1522
chr2R	6767575	6767805	chr2R:6767576-6767805	FBgn0010356,FBgn0033564,FBgn0061356	CG18003,Pex6,Taf5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0723	0.0662	0.0878	0.0621	0.0414	0.067	0.0848	0.0839	0.0414	0.0972	0.0955	0.0972	0.0914	0.0712	0.0522	0.0712	0.0829
chr2R	6772630	6772817	chr2R:6772631-6772817	FBgn0033566,FBgn0262412	CG18004,mir-1008	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0955	0.1014	0.1088	0.0742	0.0636	0.1015	0.1315	0.1233	0.0636	0.131	0.1241	0.131	0.1069	0.0919	0.0741	0.0919	0.0891
chr2R	6773675	6773826	chr2R:6773676-6773826	FBgn0050020	CG30020	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0393	0.0442	0.0424	0.0304	0.0265	0.0476	0.0575	0.05	0.0265	0.0483	0.046	0.0483	0.0411	0.0276	0.0342	0.0276	0.0417
chr2R	6774198	6774374	chr2R:6774199-6774374	FBgn0050020	CG30020	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1585	0.151	0.1893	0.1331	0.0976	0.1767	0.1782	0.1792	0.0976	0.2512	0.1974	0.2512	0.1875	0.1332	0.1309	0.1332	0.1756
chr2R	6774447	6774618	chr2R:6774448-6774618	FBgn0050020	CG30020	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.076	0.0763	0.0892	0.0611	0.0456	0.0786	0.1042	0.0853	0.0456	0.1135	0.0981	0.1135	0.0767	0.059	0.0638	0.059	0.0803
chr2R	6781178	6781439	chr2R:6781179-6781439	FBgn0017414	cag	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0766	0.0773	0.0578	0.0498	0.0835	0.0878	0.1006	0.0498	0.0785	0.0942	0.0785	0.0844	0.072	0.0703	0.072	0.0735
chr2R	6781510	6781699	chr2R:6781511-6781699	FBgn0017414,FBgn0033569	CG12942,cag	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0879	0.0882	0.0968	0.0778	0.053	0.0898	0.1073	0.1153	0.053	0.1081	0.1109	0.1081	0.1053	0.0949	0.0845	0.0949	0.1042
chr2R	6781860	6782078	chr2R:6781861-6782078	FBgn0017414,FBgn0033569	CG12942,cag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1093	0.1036	0.1277	0.0957	0.0668	0.1204	0.1228	0.1239	0.0668	0.1582	0.1437	0.1582	0.1239	0.1026	0.0974	0.1026	0.1376
chr2R	6784314	6784492	chr2R:6784315-6784492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0482	0.0352	0.016	0.0361	0.035	0.0735	0.0606	0.0361	0.0423	0.0367	0.0423	0.0434	0.0207	0.0129	0.0207	0.0255
chr2R	6785029	6785215	chr2R:6785030-6785215	FBgn0033570	CG7712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0632	0.0614	0.0793	0.0475	0.0297	0.0704	0.0748	0.0733	0.0297	0.1014	0.0865	0.1014	0.0875	0.062	0.0445	0.062	0.0657
chr2R	6785277	6785464	chr2R:6785278-6785464	FBgn0033570	CG7712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.0986	0.1136	0.0773	0.0583	0.116	0.1185	0.1113	0.0583	0.1431	0.1228	0.1431	0.1317	0.1018	0.0787	0.1018	0.1006
chr2R	6785520	6785803	chr2R:6785521-6785803	FBgn0033570	CG7712	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0746	0.0799	0.0887	0.0533	0.0424	0.0976	0.0969	0.0933	0.0424	0.119	0.0952	0.119	0.1007	0.0681	0.0574	0.0681	0.0693
chr2R	6785809	6786340	chr2R:6785810-6786340	FBgn0033570,FBgn0033571	CG7712,Rpb5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1072	0.1083	0.1336	0.0769	0.0626	0.1286	0.1349	0.1233	0.0626	0.1775	0.1392	0.1775	0.1487	0.0781	0.0967	0.0781	0.0974
chr2R	6786463	6786705	chr2R:6786464-6786705	FBgn0033571	Rpb5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1587	0.1572	0.1816	0.1352	0.1071	0.1733	0.1799	0.1932	0.1071	0.2337	0.1971	0.2337	0.1859	0.1348	0.1476	0.1348	0.1563
chr2R	6804614	6804765	chr2R:6804615-6804765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0108	0.0249	0.011	0.0064	0.0087	0.019	0.01	0.0064	0.0368	0.0283	0.0368	0.0163	0.0061	0.0045	0.0061	0.0036
chr2R	6805254	6805405	chr2R:6805255-6805405	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0134	0.0125	0.0142	0.0136	0.0053	0.0073	0.0247	0.0107	0.0053	0.0217	0.0154	0.0217	0.0039	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2R	6805815	6805966	chr2R:6805816-6805966	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0088	0.0093	0.0177	0.0053	0.0053	0.0156	0.0107	0.0053	0.0091	0.0087	0.0091	0.0054	0.0115	0.0058	0.0115	0.0141
chr2R	6860965	6861116	chr2R:6860966-6861116	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0082	0.0079	0.0097	0.0032	0.0063	0.0147	0.008	0.0032	0.0097	0.0077	0.0097	0.0077	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chr2R	6861182	6861333	chr2R:6861183-6861333	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0126	0.0127	0.0114	0.0074	0.0107	0.0238	0.0087	0.0074	0.0187	0.0132	0.0187	0.0108	0.0061	0.0123	0.0061	0.0073
chr2R	6862803	6862954	chr2R:6862804-6862954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0086	0.0077	0.0077	0.0106	0.0053	0.0044	0.016	0.0067	0.0053	0.0066	0.01	0.0066	0.0046	0.0015	0.0052	0.0015	0.0057
chr2R	6881898	6882049	chr2R:6881899-6882049	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0055	0.016	0.0127	0.0011	0.0083	0.0065	0.006	0.0011	0.0181	0.0193	0.0181	0.0085	0.0038	0.0103	0.0038	0.0057
chr2R	6882138	6882289	chr2R:6882139-6882289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0088	0.0165	0.0123	0.0011	0.0136	0.0134	0.0047	0.0011	0.0175	0.0196	0.0175	0.0101	0.0038	0.0103	0.0038	0.0057
chr2R	6883279	6883430	chr2R:6883280-6883430	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0131	0.0181	0.0097	0.0042	0.015	0.0164	0.0187	0.0042	0.0223	0.0177	0.0223	0.0085	0.0031	0.009	0.0031	0.0052
chr2R	6883731	6883882	chr2R:6883732-6883882	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.022	0.0202	0.0282	0.0173	0.0053	0.0214	0.0303	0.026	0.0053	0.0272	0.0344	0.0272	0.0271	0.0061	0.0181	0.0061	0.0177
chr2R	6884000	6884151	chr2R:6884001-6884151	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0113	0.0202	0.0255	0.0021	0.0131	0.016	0.0133	0.0021	0.0169	0.0228	0.0169	0.0163	0.0038	0.0116	0.0038	0.0135
chr2R	6884160	6884311	chr2R:6884161-6884311	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0111	0.017	0.0283	0.0032	0.0126	0.0182	0.01	0.0032	0.0145	0.0206	0.0145	0.0139	0.0061	0.0148	0.0061	0.0099
chr2R	6886934	6887085	chr2R:6886935-6887085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0183	0.0248	0.0185	0.0109	0.0053	0.018	0.0463	0.0247	0.0053	0.0103	0.027	0.0103	0.0093	0.0046	0.0142	0.0046	0.0068
chr2R	6896471	6896660	chr2R:6896472-6896660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.0173	0.0334	0.0312	0.0042	0.0204	0.0208	0.022	0.0042	0.0266	0.0495	0.0266	0.0349	0.0306	0.0516	0.0306	0.0344
chr2R	6913015	6913166	chr2R:6913016-6913166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0071	0.0124	0.0206	0.0042	0.0058	0.0112	0.0073	0.0042	0.0072	0.0145	0.0072	0.0093	0.0092	0.0077	0.0092	0.0135
chr2R	6914107	6914258	chr2R:6914108-6914258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0074	0.0136	0.0121	0.0011	0.0073	0.0138	0.0053	0.0011	0.0097	0.0174	0.0097	0.0186	0.0061	0.0064	0.0061	0.0083
chr2R	6918789	6918940	chr2R:6918790-6918940	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0147	0.007	0.0178	0.0199	0.0085	0.0068	0.0104	0.0047	0.0085	0.0181	0.0254	0.0181	0.0108	0.0314	0.0239	0.0314	0.0104
chr2R	6919015	6919308	chr2R:6919016-6919308	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0083	0.0217	0.0336	0.0053	0.0117	0.0121	0.0047	0.0053	0.026	0.0244	0.026	0.0232	0.0582	0.0322	0.0582	0.0146
chr2R	6923569	6923720	chr2R:6923570-6923720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.0086	0.0148	0.0181	0.0032	0.0131	0.0091	0.0093	0.0032	0.0115	0.018	0.0115	0.0139	0.0115	0.0135	0.0115	0.0047
chr2R	6926573	6926724	chr2R:6926574-6926724	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0097	0.019	0.0288	0.0042	0.0073	0.0156	0.0113	0.0042	0.0145	0.0219	0.0145	0.0186	0.0138	0.0264	0.0138	0.0229
chr2R	6930087	6930238	chr2R:6930088-6930238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0152	0.0115	0.0176	0.0169	0.0053	0.0126	0.0177	0.0087	0.0053	0.0121	0.0254	0.0121	0.0116	0.0391	0.0161	0.0391	0.0083
chr2R	6931196	6931347	chr2R:6931197-6931347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0154	0.0188	0.0152	0.0117	0.0106	0.018	0.0307	0.0133	0.0106	0.0223	0.0193	0.0223	0.0062	0.0069	0.0064	0.0069	0.0052
chr2R	6933192	6933394	chr2R:6933193-6933394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.018	0.0111	0.0242	0.0189	0.0042	0.016	0.0143	0.01	0.0042	0.0453	0.0244	0.0453	0.0108	0.0429	0.0174	0.0429	0.0115
chr2R	6933653	6933873	chr2R:6933654-6933873	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0123	0.0242	0.0216	0.0053	0.0117	0.0203	0.012	0.0053	0.029	0.0302	0.029	0.0209	0.0345	0.0303	0.0345	0.0208
chr2R	6938297	6938448	chr2R:6938298-6938448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0106	0.0183	0.0127	0.0042	0.0117	0.0156	0.0113	0.0042	0.0139	0.0228	0.0139	0.0132	0.0054	0.0123	0.0054	0.0078
chr2R	6939519	6939670	chr2R:6939520-6939670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0146	0.009	0.018	0.0171	0.0021	0.0097	0.0147	0.0087	0.0021	0.0103	0.027	0.0103	0.0139	0.0038	0.0155	0.0038	0.0151
chr2R	6940447	6940598	chr2R:6940448-6940598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.011	0.015	0.0155	0.0053	0.0121	0.0164	0.0107	0.0053	0.0109	0.0212	0.0109	0.0101	0.0046	0.0084	0.0046	0.0083
chr2R	6940699	6940850	chr2R:6940700-6940850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0086	0.0128	0.0162	0.0042	0.0117	0.013	0.006	0.0042	0.0085	0.017	0.0085	0.0132	0.0046	0.0077	0.0046	0.013
chr2R	6943209	6943664	chr2R:6943210-6943664	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0388	0.0284	0.0416	0.0473	0.0064	0.0383	0.042	0.022	0.0064	0.0399	0.0572	0.0399	0.0279	0.0421	0.0393	0.0421	0.0302
chr2R	6943732	6943883	chr2R:6943733-6943883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0122	0.0193	0.0182	0.0032	0.0155	0.0173	0.01	0.0032	0.0109	0.0254	0.0109	0.0116	0.0061	0.0116	0.0061	0.0089
chr2R	6944317	6944468	chr2R:6944318-6944468	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0049	0.0126	0.0194	0.0011	0.0058	0.0061	0.0047	0.0011	0.0042	0.0138	0.0042	0.0085	0.0046	0.0097	0.0046	0.0099
chr2R	6944555	6944706	chr2R:6944556-6944706	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0049	0.0151	0.0153	0.0021	0.0058	0.0052	0.0067	0.0021	0.0066	0.0167	0.0066	0.0124	0.0069	0.0123	0.0069	0.0052
chr2R	6945245	6945396	chr2R:6945246-6945396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0105	0.0164	0.0177	0.0011	0.0117	0.0147	0.0113	0.0011	0.0115	0.0228	0.0115	0.0132	0.0107	0.0135	0.0107	0.0109
chr2R	6945853	6946009	chr2R:6945854-6946009	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0294	0.0228	0.0331	0.0326	0.0117	0.0243	0.0329	0.024	0.0117	0.0386	0.0363	0.0386	0.0232	0.0253	0.0239	0.0253	0.0162
chr2R	6947684	6947835	chr2R:6947685-6947835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0193	0.016	0.0212	0.021	0.0053	0.0165	0.0247	0.0173	0.0053	0.0187	0.0305	0.0187	0.0101	0.01	0.0097	0.01	0.0109
chr2R	6948636	6948787	chr2R:6948637-6948787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0106	0.0156	0.0171	0.0042	0.0107	0.0177	0.01	0.0042	0.0127	0.0222	0.0127	0.017	0.01	0.0329	0.01	0.0188
chr2R	6949046	6949197	chr2R:6949047-6949197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0115	0.0168	0.0164	0.0053	0.0092	0.0212	0.01	0.0053	0.0115	0.027	0.0115	0.0163	0.0046	0.0432	0.0046	0.0125
chr2R	6950094	6950245	chr2R:6950095-6950245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0135	0.0189	0.0169	0.0085	0.0155	0.0156	0.018	0.0085	0.0091	0.0312	0.0091	0.0163	0.0176	0.0387	0.0176	0.0125
chr2R	6951338	6951489	chr2R:6951339-6951489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0135	0.0164	0.0145	0.0042	0.0112	0.0199	0.0173	0.0042	0.0103	0.0225	0.0103	0.0155	0.0077	0.0135	0.0077	0.0083
chr2R	6951555	6951790	chr2R:6951556-6951790	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0242	0.0317	0.0217	0.0185	0.0223	0.0257	0.0467	0.0373	0.0223	0.0169	0.0299	0.0169	0.0155	0.0176	0.0161	0.0176	0.0104
chr2R	6953041	6953286	chr2R:6953042-6953286	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0157	0.0263	0.0415	0.0095	0.0165	0.0242	0.0133	0.0095	0.0193	0.0325	0.0193	0.0349	0.0597	0.0387	0.0597	0.061
chr2R	6953294	6953506	chr2R:6953295-6953506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0212	0.0122	0.0188	0.034	0.0032	0.0175	0.016	0.012	0.0032	0.0121	0.0193	0.0121	0.038	0.0383	0.02	0.0383	0.062
chr2R	6957740	6957891	chr2R:6957741-6957891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0121	0.0194	0.0256	0.0053	0.0126	0.0164	0.0147	0.0053	0.0109	0.0248	0.0109	0.0217	0.0107	0.0142	0.0107	0.0188
chr2R	6958043	6958308	chr2R:6958044-6958308	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0365	0.0217	0.0395	0.0497	0.0085	0.0316	0.0242	0.024	0.0085	0.035	0.0447	0.035	0.0457	0.0345	0.0213	0.0345	0.0797
chr2R	6959374	6959592	chr2R:6959375-6959592	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0236	0.0298	0.0297	0.0117	0.0272	0.0307	0.0273	0.0117	0.0284	0.0322	0.0284	0.0395	0.036	0.029	0.036	0.0401
chr2R	6960465	6960634	chr2R:6960466-6960634	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0207	0.0362	0.0376	0.0064	0.0252	0.0229	0.028	0.0064	0.0145	0.0717	0.0145	0.0132	0.0153	0.107	0.0153	0.0198
chr2R	6961093	6961315	chr2R:6961094-6961315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0123	0.0168	0.023	0.0053	0.0126	0.0173	0.016	0.0053	0.0121	0.026	0.0121	0.0108	0.013	0.0522	0.013	0.0162
chr2R	6961826	6961977	chr2R:6961827-6961977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0066	0.0121	0.0157	0.0032	0.0053	0.0095	0.0107	0.0032	0.0085	0.0164	0.0085	0.0108	0.013	0.0084	0.013	0.012
chr2R	6962036	6962187	chr2R:6962037-6962187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.0132	0.0187	0.022	0.0053	0.016	0.0186	0.0147	0.0053	0.0157	0.0248	0.0157	0.0178	0.0191	0.0193	0.0191	0.0188
chr2R	6964836	6965028	chr2R:6964837-6965028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0212	0.0142	0.0283	0.0213	0.0053	0.0194	0.0156	0.018	0.0053	0.0248	0.0305	0.0248	0.0387	0.0153	0.0155	0.0153	0.0375
chr2R	6965850	6966001	chr2R:6965851-6966001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0126	0.0181	0.0188	0.0011	0.0155	0.0173	0.0147	0.0011	0.0133	0.0289	0.0133	0.0147	0.0161	0.0355	0.0161	0.013
chr2R	6970081	6970232	chr2R:6970082-6970232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0164	0.0191	0.0199	0.0095	0.0095	0.0248	0.0203	0.0227	0.0095	0.0157	0.0244	0.0157	0.0054	0.0123	0.0123	0.0123	0.0073
chr2R	6972293	6972522	chr2R:6972294-6972522	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0329	0.0366	0.0395	0.0214	0.0106	0.0393	0.0363	0.068	0.0106	0.0199	0.0656	0.0199	0.0271	0.0084	0.0484	0.0084	0.0208
chr2R	6972599	6972870	chr2R:6972600-6972870	FBgn0262817	CG43188	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.047	0.0556	0.0615	0.0213	0.0223	0.0733	0.045	0.0933	0.0223	0.0308	0.1077	0.0308	0.0225	0.0084	0.0561	0.0084	0.0109
chr2R	6972956	6973107	chr2R:6972957-6973107	FBgn0262817	CG43188	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0421	0.0629	0.047	0.0135	0.0244	0.0786	0.0359	0.1359	0.0244	0.0284	0.0781	0.0284	0.017	0.0069	0.0251	0.0069	0.0078
chr2R	6973109	6973326	chr2R:6973110-6973326	FBgn0262817	CG43188	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0593	0.0936	0.0647	0.0149	0.0371	0.1107	0.0567	0.1992	0.0371	0.0374	0.1209	0.0374	0.0101	0.0092	0.0206	0.0092	0.0094
chr2R	6973732	6973883	chr2R:6973733-6973883	FBgn0262818	CG43189	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0246	0.0287	0.0149	0.0064	0.0301	0.0195	0.0453	0.0064	0.0121	0.0447	0.0121	0.0155	0.0046	0.02	0.0046	0.0068
chr2R	6974288	6974572	chr2R:6974289-6974572	FBgn0262818	CG43189	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0304	0.0274	0.0489	0.0135	0.0064	0.0359	0.0294	0.0406	0.0064	0.0205	0.0904	0.0205	0.0163	0.0084	0.0258	0.0084	0.0089
chr2R	6975626	6975846	chr2R:6975627-6975846	distal	distal	none	none	VT14919.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0375	0.0324	0.0471	0.0327	0.0106	0.0398	0.0303	0.0553	0.0106	0.029	0.0823	0.029	0.0232	0.0597	0.0451	0.0597	0.0255
chr2R	6976566	6976717	chr2R:6976567-6976717	distal	distal	none	none	VT14919.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0287	0.0203	0.0349	0.0312	0.0032	0.0238	0.0247	0.0293	0.0032	0.0229	0.0469	0.0229	0.0496	0.0199	0.0322	0.0199	0.0631
chr2R	6976809	6977059	chr2R:6976810-6977059	distal	distal	none	none	VT14919.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0423	0.0247	0.0524	0.051	0.0053	0.0345	0.0311	0.0273	0.0053	0.0453	0.0678	0.0453	0.0705	0.0482	0.0348	0.0482	0.1105
chr2R	6977336	6977602	chr2R:6977337-6977602	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0511	0.0304	0.0635	0.0607	0.0085	0.0427	0.0298	0.042	0.0085	0.0803	0.072	0.0803	0.0519	0.0804	0.0651	0.0804	0.0787
chr2R	6977875	6978324	chr2R:6977876-6978324	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1019	0.1181	0.1169	0.0673	0.0467	0.1786	0.0887	0.1772	0.0467	0.1033	0.109	0.1033	0.11	0.0398	0.0393	0.0398	0.075
chr2R	6978484	6978794	chr2R:6978485-6978794	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0688	0.0556	0.0919	0.0582	0.0159	0.0883	0.0433	0.0786	0.0159	0.1014	0.092	0.1014	0.0395	0.0574	0.0329	0.0574	0.0354
chr2R	6979123	6979299	chr2R:6979124-6979299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0395	0.0305	0.048	0.0404	0.0095	0.0437	0.0255	0.05	0.0095	0.0519	0.0473	0.0519	0.0225	0.0406	0.0239	0.0406	0.0266
chr2R	6979364	6979568	chr2R:6979365-6979568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0326	0.0308	0.0362	0.0308	0.0085	0.0451	0.0234	0.0553	0.0085	0.0284	0.037	0.0284	0.0116	0.0153	0.0142	0.0153	0.0214
chr2R	6981025	6981218	chr2R:6981026-6981218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0238	0.0241	0.0261	0.021	0.0095	0.033	0.0277	0.028	0.0095	0.0151	0.0248	0.0151	0.0108	0.0061	0.0135	0.0061	0.0109
chr2R	6982120	6982380	chr2R:6982121-6982380	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0544	0.0348	0.0857	0.0421	0.0032	0.0534	0.0355	0.0473	0.0032	0.1027	0.0871	0.1027	0.0372	0.0283	0.0329	0.0283	0.0375
chr2R	6983880	6984081	chr2R:6983881-6984081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0284	0.0442	0.0263	0.0148	0.033	0.0355	0.0293	0.0148	0.061	0.0457	0.061	0.0558	0.036	0.0187	0.036	0.0391
chr2R	6988058	6988318	chr2R:6988059-6988318	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1525	0.1904	0.1811	0.0788	0.1569	0.1354	0.2228	0.3038	0.1569	0.0562	0.373	0.0562	0.0573	0.0176	0.2605	0.0176	0.0281
chr2R	6988951	6989155	chr2R:6988952-6989155	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0757	0.0516	0.1266	0.0467	0.0127	0.0733	0.0294	0.1039	0.0127	0.0465	0.2556	0.0465	0.0442	0.0214	0.0967	0.0214	0.0193
chr2R	6989827	6990393	chr2R:6989828-6990393	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1133	0.0455	0.1671	0.1299	0.0085	0.0767	0.0398	0.0586	0.0085	0.1274	0.2887	0.1274	0.0937	0.1164	0.2972	0.1164	0.1136
chr2R	6990650	6990949	chr2R:6990651-6990949	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0919	0.0555	0.1124	0.1102	0.0138	0.0874	0.045	0.0726	0.0138	0.1558	0.1412	0.1558	0.0953	0.2282	0.1425	0.2282	0.1006
chr2R	6991834	6992017	chr2R:6991835-6992017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0383	0.0228	0.0523	0.0402	0.0074	0.0345	0.0247	0.022	0.0074	0.1075	0.0518	0.1075	0.0287	0.1149	0.0251	0.1149	0.0292
chr2R	6993469	6993640	chr2R:6993470-6993640	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0339	0.047	0.0319	0.0216	0.0244	0.0354	0.0471	0.0973	0.0244	0.026	0.0437	0.026	0.0302	0.013	0.0258	0.013	0.0313
chr2R	6993899	6994112	chr2R:6993900-6994112	FBgn0040765	luna	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0657	0.0518	0.0865	0.0582	0.0159	0.0762	0.042	0.0786	0.0159	0.0894	0.0939	0.0894	0.134	0.0582	0.0613	0.0582	0.0907
chr2R	6994260	6994437	chr2R:6994261-6994437	FBgn0040765	luna	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1514	0.1351	0.1888	0.1284	0.0795	0.1796	0.125	0.1885	0.0795	0.1926	0.2447	0.1926	0.1681	0.1179	0.1483	0.1179	0.1673
chr2R	6995010	6995176	chr2R:6995011-6995176	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1173	0.109	0.139	0.1026	0.0679	0.1214	0.1159	0.1552	0.0679	0.1383	0.1778	0.1383	0.1309	0.1057	0.1148	0.1057	0.1318
chr2R	6995220	6995416	chr2R:6995221-6995416	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0807	0.0798	0.0951	0.0659	0.0583	0.0845	0.0874	0.1079	0.0583	0.093	0.1209	0.093	0.0976	0.0697	0.0793	0.0697	0.0818
chr2R	6998268	6998566	chr2R:6998269-6998566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0327	0.0394	0.034	0.0238	0.017	0.0442	0.0623	0.0326	0.017	0.0199	0.0534	0.0199	0.0201	0.01	0.0277	0.01	0.0151
chr2R	7002128	7002279	chr2R:7002129-7002279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0124	0.0183	0.0115	0.0068	0.0074	0.0102	0.0355	0.018	0.0074	0.0133	0.0158	0.0133	0.0046	0.0061	0.0039	0.0061	0.0063
chr2R	7003228	7003379	chr2R:7003229-7003379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0142	0.0115	0.0107	0.0042	0.0126	0.0238	0.0153	0.0042	0.0097	0.0151	0.0097	0.0077	0.0023	0.0045	0.0023	0.0031
chr2R	7003708	7003859	chr2R:7003709-7003859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0207	0.0187	0.0178	0.026	0.0053	0.0131	0.032	0.022	0.0053	0.0121	0.0251	0.0121	0.0186	0.0138	0.011	0.0138	0.0266
chr2R	7004125	7004314	chr2R:7004126-7004314	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0107	0.0119	0.0373	0.0053	0.0092	0.016	0.0133	0.0053	0.0072	0.0109	0.0072	0.0194	0.0276	0.0116	0.0276	0.0234
chr2R	7005038	7005189	chr2R:7005039-7005189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0065	0.0042	0.0097	0.0032	0.0049	0.0099	0.0093	0.0032	0.0042	0.0051	0.0042	0.0046	0.0038	0.0039	0.0038	0.0047
chr2R	7005224	7005375	chr2R:7005225-7005375	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.0049	0.0039	0.0097	0.0032	0.0039	0.0078	0.0047	0.0032	0.0048	0.0039	0.0048	0.0039	0.0031	0.0052	0.0031	0.0052
chr2R	7017910	7018123	chr2R:7017911-7018123	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0113	0.0189	0.0194	0.0011	0.0112	0.019	0.01	0.0011	0.0193	0.0167	0.0193	0.0147	0.0069	0.0097	0.0069	0.0266
chr2R	7019027	7019178	chr2R:7019028-7019178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0123	0.0082	0.0138	0.015	0.0011	0.0078	0.0147	0.0093	0.0011	0.0109	0.0167	0.0109	0.0124	0.0138	0.011	0.0138	0.0261
chr2R	7020750	7020901	chr2R:7020751-7020901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0137	0.0117	0.0152	0.0053	0.0117	0.0229	0.016	0.0053	0.0066	0.0177	0.0066	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0135
chr2R	7021467	7021621	chr2R:7021468-7021621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0365	0.0614	0.034	0.0191	0.0398	0.0471	0.0413	0.0191	0.07	0.0698	0.07	0.0627	0.0337	0.0297	0.0337	0.0422
chr2R	7021934	7022145	chr2R:7021935-7022145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1039	0.0779	0.1518	0.0805	0.0541	0.0879	0.0956	0.0859	0.0541	0.1673	0.1698	0.1673	0.165	0.0904	0.0806	0.0904	0.0964
chr2R	7022677	7022828	chr2R:7022678-7022828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0195	0.0258	0.0208	0.0111	0.0138	0.0209	0.035	0.0333	0.0138	0.0193	0.0312	0.0193	0.0201	0.0153	0.0142	0.0153	0.0115
chr2R	7032606	7032777	chr2R:7032607-7032777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0295	0.0341	0.0358	0.0106	0.0257	0.0437	0.0366	0.0106	0.0302	0.0341	0.0302	0.0325	0.0191	0.0129	0.0191	0.0438
chr2R	7037249	7037425	chr2R:7037250-7037425	FBgn0033581	CG12391	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0449	0.0746	0.0507	0.0159	0.0515	0.051	0.0653	0.0159	0.096	0.0833	0.096	0.0744	0.0544	0.0458	0.0544	0.0625
chr2R	7037502	7037677	chr2R:7037503-7037677	FBgn0033581	CG12391	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1051	0.1539	0.1167	0.0615	0.1146	0.125	0.1332	0.0615	0.1957	0.1643	0.1957	0.1603	0.1187	0.1148	0.1187	0.1277
chr2R	7037775	7037948	chr2R:7037776-7037948	FBgn0033581	CG12391	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0457	0.059	0.045	0.0212	0.05	0.0584	0.0546	0.0212	0.07	0.064	0.07	0.0674	0.0429	0.0426	0.0429	0.05
chr2R	7059759	7059953	chr2R:7059760-7059953	FBgn0033579	CG13229	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0264	0.0188	0.0247	0.0366	0.0085	0.016	0.0294	0.0233	0.0085	0.0435	0.0215	0.0435	0.0217	0.0482	0.0148	0.0482	0.0156
chr2R	7060847	7060998	chr2R:7060848-7060998	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0268	0.0169	0.0206	0.0446	0.0053	0.0204	0.0238	0.0173	0.0053	0.0139	0.0257	0.0139	0.0364	0.0398	0.058	0.0398	0.0724
chr2R	7061091	7061332	chr2R:7061092-7061332	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.053	0.0194	0.0379	0.1071	0.0042	0.0257	0.0285	0.018	0.0042	0.0217	0.0437	0.0217	0.0705	0.0934	0.1625	0.0934	0.1313
chr2R	7062962	7063201	chr2R:7062963-7063201	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0153	0.0651	0.1001	0.0011	0.0218	0.0169	0.0213	0.0011	0.0471	0.0865	0.0471	0.103	0.0904	0.1412	0.0904	0.1324
chr2R	7063271	7063491	chr2R:7063272-7063491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0436	0.0145	0.0439	0.0759	0.0021	0.0199	0.0169	0.0193	0.0021	0.0284	0.0627	0.0284	0.0573	0.0574	0.1173	0.0574	0.0849
chr2R	7064211	7064402	chr2R:7064212-7064402	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0331	0.0136	0.0354	0.0524	0.0074	0.015	0.0229	0.0093	0.0074	0.0193	0.0598	0.0193	0.024	0.0153	0.1302	0.0153	0.0198
chr2R	7065643	7066066	chr2R:7065644-7066066	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0599	0.0207	0.0424	0.1228	0.0074	0.0257	0.0272	0.0227	0.0074	0.0362	0.0428	0.0362	0.0775	0.1271	0.0986	0.1271	0.1595
chr2R	7066353	7066504	chr2R:7066354-7066504	distal	distal	none	none	VT14969.1	VT14969.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0098	0.0152	0.0344	0.0042	0.0102	0.013	0.014	0.0042	0.0115	0.0215	0.0115	0.0163	0.013	0.0516	0.013	0.0307
chr2R	7066892	7067144	chr2R:7066893-7067144	distal	distal	none	none	VT14969.1	VT14969.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0368	0.025	0.0443	0.0418	0.0074	0.0218	0.0411	0.028	0.0074	0.07	0.0408	0.07	0.0209	0.0153	0.0361	0.0153	0.0203
chr2R	7068401	7068575	chr2R:7068402-7068575	distal	distal	stage14	stage14	VT14969.1	VT14969.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0121	0.0346	0.044	0.0021	0.0155	0.0164	0.014	0.0021	0.0205	0.0675	0.0205	0.0155	0.0107	0.1515	0.0107	0.0167
chr2R	7069390	7069541	chr2R:7069391-7069541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0259	0.0323	0.0278	0.0169	0.0159	0.015	0.0606	0.0373	0.0159	0.0175	0.0463	0.0175	0.0209	0.0054	0.0477	0.0054	0.0099
chr2R	7070235	7070578	chr2R:7070236-7070578	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT14971.1	VT14971.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1372	0.1649	0.182	0.0572	0.1029	0.1024	0.2392	0.2498	0.1029	0.1099	0.354	0.1099	0.0542	0.0176	0.1779	0.0176	0.036
chr2R	7070826	7070977	chr2R:7070827-7070977	distal	distal	stage11	stage11	VT14971.1	VT14971.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0442	0.0343	0.0683	0.029	0.0095	0.033	0.0489	0.0473	0.0095	0.0537	0.1232	0.0537	0.0341	0.0276	0.058	0.0276	0.0302
chr2R	7070997	7071284	chr2R:7070998-7071284	distal	distal	stage11	stage11	VT14971.1	VT14971.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0735	0.0486	0.1155	0.0551	0.0127	0.0539	0.0476	0.0893	0.0127	0.0821	0.2132	0.0821	0.0573	0.0452	0.1231	0.0452	0.0542
chr2R	7071741	7071968	chr2R:7071742-7071968	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14971.1	VT14971.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0567	0.0246	0.0528	0.0971	0.0095	0.034	0.0281	0.0313	0.0095	0.0411	0.0743	0.0411	0.0604	0.1562	0.0645	0.1562	0.1214
chr2R	7072117	7072538	chr2R:7072118-7072538	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0678	0.0758	0.0618	0.0655	0.0414	0.05	0.106	0.1186	0.0414	0.0507	0.0987	0.0507	0.0395	0.0934	0.0593	0.0934	0.0646
chr2R	7073185	7073445	chr2R:7073186-7073445	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0381	0.0212	0.028	0.068	0.0032	0.0199	0.0398	0.0193	0.0032	0.026	0.0309	0.026	0.038	0.0597	0.0677	0.0597	0.1126
chr2R	7075958	7076109	chr2R:7075959-7076109	distal	distal	none	none	VT14974.1	VT14974.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0219	0.0217	0.0237	0.0064	0.017	0.0311	0.032	0.0064	0.0242	0.0318	0.0242	0.0209	0.0138	0.0516	0.0138	0.0276
chr2R	7076596	7076775	chr2R:7076597-7076775	distal	distal	stage5	stage5	VT14974.1,VT14975.1	VT14974.1,VT14975.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0434	0.0811	0.0208	0.0262	0.0636	0.034	0.1505	0.0839	0.0636	0.0163	0.0238	0.0163	0.0411	0.0222	0.029	0.0222	0.0511
chr2R	7076836	7076987	chr2R:7076837-7076987	distal	distal	stage5	stage5	VT14974.1,VT14975.1	VT14974.1,VT14975.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0331	0.0359	0.024	0.04	0.0244	0.0223	0.0601	0.04	0.0244	0.0211	0.0251	0.0211	0.0527	0.0153	0.0174	0.0153	0.1131
chr2R	7078392	7078736	chr2R:7078393-7078736	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT14975.1,VT14976.1	VT14975.1,VT14976.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0742	0.0906	0.0638	0.0674	0.0689	0.0568	0.1644	0.0806	0.0689	0.0537	0.0521	0.0537	0.172	0.0352	0.0316	0.0352	0.1735
chr2R	7079126	7079337	chr2R:7079127-7079337	distal	distal	stage5	stage5	VT14976.1	VT14976.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.2111	0.0239	0.0121	0.2428	0.0704	0.3849	0.2059	0.2428	0.0175	0.0322	0.0175	0.0325	0.0138	0.0181	0.0138	0.0141
chr2R	7081971	7082242	chr2R:7081972-7082242	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14977.1,VT14978.1	VT14977.1,VT14978.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1202	0.044	0.1709	0.1497	0.0095	0.0714	0.0506	0.0386	0.0095	0.1836	0.1994	0.1836	0.2858	0.1424	0.2405	0.1424	0.2267
chr2R	7082553	7082847	chr2R:7082554-7082847	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14978.1	VT14978.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1361	0.053	0.1961	0.1631	0.0159	0.0932	0.0554	0.05	0.0159	0.3261	0.1865	0.3261	0.2626	0.2374	0.2057	0.2374	0.2392
chr2R	7083500	7083737	chr2R:7083501-7083737	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14978.1,VT14979.1	VT14978.1,VT14979.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1054	0.0914	0.1287	0.0955	0.0435	0.134	0.109	0.0779	0.0435	0.1461	0.1415	0.1461	0.2099	0.0926	0.0974	0.0926	0.1782
chr2R	7084396	7084571	chr2R:7084397-7084571	distal	distal	none	none	VT14979.1	VT14979.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1544	0.1565	0.1831	0.1206	0.1209	0.1854	0.1535	0.2052	0.1209	0.2784	0.2125	0.2784	0.1805	0.1631	0.1173	0.1631	0.1892
chr2R	7084776	7084994	chr2R:7084777-7084994	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT14979.1	VT14979.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2613	0.2605	0.3063	0.2128	0.2025	0.3218	0.2738	0.3058	0.2025	0.4342	0.3669	0.4342	0.3083	0.2779	0.2308	0.2779	0.3017
chr2R	7085678	7085872	chr2R:7085679-7085872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1799	0.1755	0.2221	0.1384	0.1294	0.201	0.2154	0.1765	0.1294	0.3062	0.2756	0.3062	0.213	0.2006	0.1676	0.2006	0.2121
chr2R	7086168	7086319	chr2R:7086169-7086319	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1301	0.134	0.1626	0.0902	0.0689	0.1646	0.1497	0.1765	0.0689	0.2023	0.2174	0.2023	0.158	0.1302	0.1206	0.1302	0.1261
chr2R	7086354	7086706	chr2R:7086355-7086706	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2898	0.363	0.3305	0.1635	0.316	0.3451	0.4213	0.4783	0.316	0.3889	0.4556	0.3889	0.2967	0.2611	0.2321	0.2611	0.1954
chr2R	7086715	7086892	chr2R:7086716-7086892	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1744	0.2493	0.1886	0.0752	0.2386	0.2311	0.2829	0.3318	0.2386	0.2385	0.2685	0.2385	0.1394	0.1462	0.1096	0.1462	0.0672
chr2R	7087139	7087432	chr2R:7087140-7087432	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT14981.1	VT14981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1852	0.2479	0.2009	0.0979	0.1919	0.283	0.2599	0.3225	0.1919	0.3575	0.2293	0.3575	0.1139	0.1539	0.1006	0.1539	0.0813
chr2R	7088273	7088424	chr2R:7088274-7088424	distal	distal	none	none	VT14981.1	VT14981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0381	0.0405	0.0346	0.0393	0.0339	0.0447	0.0458	0.0453	0.0339	0.0568	0.0412	0.0568	0.0248	0.1149	0.0322	0.1149	0.0334
chr2R	7089890	7090173	chr2R:7089891-7090173	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14982.1	VT14982.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1462	0.1034	0.1494	0.1905	0.0498	0.1359	0.1302	0.1019	0.0498	0.1292	0.1791	0.1292	0.2517	0.2006	0.2469	0.2006	0.3179
chr2R	7090361	7090537	chr2R:7090362-7090537	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT14982.1	VT14982.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1106	0.0596	0.1161	0.1617	0.0255	0.082	0.0757	0.0566	0.0255	0.1522	0.1225	0.1522	0.1898	0.2098	0.2444	0.2098	0.2236
chr2R	7090763	7090942	chr2R:7090764-7090942	distal	distal	stage14	stage14	VT14982.1	VT14982.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0868	0.048	0.0937	0.1225	0.0212	0.0602	0.0619	0.0526	0.0212	0.1165	0.1003	0.1165	0.1526	0.1692	0.1657	0.1692	0.1756
chr2R	7091057	7091235	chr2R:7091058-7091235	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0408	0.0742	0.0898	0.0233	0.0456	0.0575	0.038	0.0233	0.1045	0.0723	0.1045	0.117	0.1202	0.1012	0.1202	0.1391
chr2R	7092008	7092286	chr2R:7092009-7092286	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.1092	0.0378	0.0333	0.1007	0.115	0.1306	0.1199	0.1007	0.0525	0.0395	0.0525	0.0511	0.0413	0.0297	0.0413	0.0532
chr2R	7092406	7092557	chr2R:7092407-7092557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0239	0.0406	0.0156	0.0143	0.0371	0.0374	0.0515	0.0473	0.0371	0.0187	0.0186	0.0187	0.0186	0.0123	0.0135	0.0123	0.0271
chr2R	7095844	7096226	chr2R:7095845-7096226	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT14985.1	VT14985.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0499	0.0675	0.0358	0.0458	0.0477	0.05	0.1142	0.0673	0.0477	0.0411	0.0395	0.0411	0.0503	0.0421	0.0445	0.0421	0.0896
chr2R	7097023	7097174	chr2R:7097024-7097174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0206	0.0284	0.0235	0.0088	0.0138	0.0282	0.0424	0.0286	0.0138	0.038	0.0238	0.038	0.0217	0.0084	0.011	0.0084	0.013
chr2R	7106374	7106586	chr2R:7106375-7106586	FBgn0033582,FBgn0037084	CG9084,Syx6	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0681	0.0789	0.0717	0.0521	0.053	0.0801	0.1038	0.0853	0.053	0.0803	0.0836	0.0803	0.0813	0.0398	0.0593	0.0398	0.0724
chr2R	7106658	7106840	chr2R:7106659-7106840	FBgn0033582,FBgn0037084	CG9084,Syx6	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1578	0.1591	0.1784	0.1337	0.1007	0.1772	0.1981	0.1792	0.1007	0.2204	0.2035	0.2204	0.1851	0.1286	0.147	0.1286	0.1595
chr2R	7106933	7107114	chr2R:7106934-7107114	FBgn0033582,FBgn0037084	CG9084,Syx6	stage11,stage5	none	VT14989.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1846	0.1756	0.2067	0.1704	0.1273	0.1985	0.1938	0.2159	0.1273	0.244	0.2322	0.244	0.2177	0.1654	0.1689	0.1654	0.1866
chr2R	7107197	7107448	chr2R:7107198-7107448	FBgn0033582,FBgn0037084	CG9084,Syx6	stage11,stage14,stage5	none	VT14989.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0997	0.084	0.1025	0.1141	0.0583	0.084	0.099	0.1033	0.0583	0.09	0.1138	0.09	0.1046	0.0812	0.0864	0.0812	0.0881
chr2R	7107619	7107770	chr2R:7107620-7107770	distal	distal	stage14	none	VT14989.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0171	0.0199	0.0315	0.0085	0.0199	0.0216	0.02	0.0085	0.0145	0.0193	0.0145	0.0232	0.0168	0.0155	0.0168	0.0177
chr2R	7110134	7110378	chr2R:7110135-7110378	FBgn0033584	CG7737	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0366	0.0191	0.0242	0.0698	0.0053	0.0189	0.0277	0.0253	0.0053	0.0217	0.0254	0.0217	0.0325	0.0727	0.0387	0.0727	0.0714
chr2R	7116136	7116368	chr2R:7116137-7116368	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0536	0.0618	0.0697	0.0267	0.0382	0.0655	0.067	0.0913	0.0382	0.0743	0.0929	0.0743	0.0604	0.0352	0.029	0.0352	0.038
chr2R	7117634	7117785	chr2R:7117635-7117785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.014	0.0122	0.0192	0.0127	0.0083	0.0251	0.014	0.0127	0.0097	0.0103	0.0097	0.0062	0.0031	0.0064	0.0031	0.0078
chr2R	7118617	7118830	chr2R:7118618-7118830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0179	0.022	0.027	0.0064	0.018	0.0221	0.0247	0.0064	0.0145	0.0164	0.0145	0.0163	0.0115	0.0116	0.0115	0.0057
chr2R	7119442	7119624	chr2R:7119443-7119624	FBgn0050021	metro	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.054	0.0563	0.0448	0.0616	0.0265	0.0534	0.0623	0.0899	0.0265	0.0193	0.0576	0.0193	0.0287	0.0459	0.058	0.0459	0.0323
chr2R	7119647	7119798	chr2R:7119648-7119798	FBgn0050021	metro	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0368	0.0353	0.0325	0.0433	0.0191	0.0422	0.0411	0.0433	0.0191	0.0266	0.0363	0.0266	0.0225	0.0628	0.0348	0.0628	0.0229
chr2R	7119896	7120118	chr2R:7119897-7120118	FBgn0050021	metro	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0567	0.0611	0.0447	0.065	0.0392	0.0553	0.0709	0.0939	0.0392	0.0229	0.046	0.0229	0.0387	0.059	0.0426	0.059	0.0313
chr2R	7120336	7120594	chr2R:7120337-7120594	FBgn0050021	metro	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0703	0.076	0.0541	0.0819	0.0551	0.0597	0.08	0.1332	0.0551	0.0272	0.0559	0.0272	0.0442	0.0704	0.0484	0.0704	0.0516
chr2R	7124112	7124263	chr2R:7124113-7124263	FBgn0033590	CG13217	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0219	0.0399	0.0195	0.0043	0.018	0.0286	0.0467	0.0746	0.018	0.0072	0.035	0.0072	0.0155	0.0023	0.0052	0.0023	0.0063
chr2R	7124298	7124550	chr2R:7124299-7124550	FBgn0033590	CG13217	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0347	0.0618	0.0326	0.0067	0.0361	0.0481	0.0657	0.1086	0.0361	0.0157	0.0566	0.0157	0.0325	0.0038	0.009	0.0038	0.0083
chr2R	7124715	7124866	chr2R:7124716-7124866	FBgn0085253	CG34224	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.028	0.049	0.0282	0.0045	0.0212	0.0316	0.0662	0.074	0.0212	0.0103	0.0495	0.0103	0.0318	0.0023	0.0071	0.0023	0.0052
chr2R	7125108	7125382	chr2R:7125109-7125382	FBgn0085253	CG34224	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1132	0.2122	0.1022	0.0146	0.1782	0.1325	0.2898	0.3158	0.1782	0.0229	0.1775	0.0229	0.1371	0.0054	0.0374	0.0054	0.0109
chr2R	7126713	7126911	chr2R:7126714-7126911	FBgn0033591	CG13216	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0403	0.0633	0.0343	0.0212	0.0382	0.0558	0.0727	0.0986	0.0382	0.0278	0.0511	0.0278	0.0349	0.0276	0.0251	0.0276	0.0307
chr2R	7139280	7139470	chr2R:7139281-7139470	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0369	0.0359	0.0406	0.034	0.0127	0.0335	0.0402	0.0593	0.0127	0.0411	0.055	0.0411	0.0434	0.0505	0.0561	0.0505	0.0412
chr2R	7139708	7139906	chr2R:7139709-7139906	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0478	0.0408	0.0544	0.0485	0.0159	0.0398	0.0458	0.064	0.0159	0.058	0.0788	0.058	0.0488	0.072	0.0722	0.072	0.0625
chr2R	7151484	7151687	chr2R:7151485-7151687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0426	0.0462	0.0462	0.0347	0.0223	0.0451	0.0567	0.07	0.0223	0.0507	0.0617	0.0507	0.0457	0.0375	0.0458	0.0375	0.0558
chr2R	7161857	7162008	chr2R:7161858-7162008	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0135	0.0082	0.0061	0.0274	0	0.0063	0.0151	0.008	0	0.0079	0.0048	0.0079	0.0093	0.1133	0.011	0.1133	0.0099
chr2R	7162758	7162909	chr2R:7162759-7162909	FBgn0010423	TpnC47D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0177	0.0092	0.0122	0.0331	0	0.0102	0.0164	0.0073	0	0.0169	0.0132	0.0169	0.0124	0.1363	0.0135	0.1363	0.0078
chr2R	7162973	7163124	chr2R:7162974-7163124	FBgn0010423	TpnC47D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0187	0.0103	0.0104	0.037	0.0021	0.0107	0.0169	0.0087	0.0021	0.0181	0.0077	0.0181	0.0132	0.1394	0.0135	0.1394	0.0156
chr2R	7166824	7167031	chr2R:7166825-7167031	FBgn0033605,FBgn0041174	CG9067,Vhl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0699	0.0747	0.0769	0.057	0.0626	0.0704	0.1008	0.0799	0.0626	0.0894	0.0839	0.0894	0.0837	0.0651	0.0509	0.0651	0.0756
chr2R	7167119	7167288	chr2R:7167120-7167288	FBgn0033605,FBgn0041174	CG9067,Vhl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1578	0.1547	0.1751	0.1422	0.1198	0.1738	0.1752	0.1805	0.1198	0.2168	0.1974	0.2168	0.1813	0.157	0.1476	0.157	0.1615
chr2R	7167370	7167562	chr2R:7167371-7167562	FBgn0033605,FBgn0041174	CG9067,Vhl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1068	0.1062	0.1202	0.0927	0.0668	0.118	0.1293	0.1233	0.0668	0.1335	0.1318	0.1335	0.1317	0.1034	0.0941	0.1034	0.1021
chr2R	7168141	7168292	chr2R:7168142-7168292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0351	0.0475	0.0338	0.0227	0.0255	0.0442	0.0692	0.0533	0.0255	0.0435	0.035	0.0435	0.0411	0.0245	0.0213	0.0245	0.0271
chr2R	7171413	7171587	chr2R:7171414-7171587	FBgn0033607,FBgn0033608	CG13220,CG9062	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1632	0.1525	0.1931	0.1422	0.0912	0.1879	0.157	0.2059	0.0912	0.2391	0.2138	0.2391	0.2115	0.1899	0.1335	0.1899	0.1907
chr2R	7171765	7171995	chr2R:7171766-7171995	FBgn0033607,FBgn0033608	CG13220,CG9062	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1201	0.1103	0.1454	0.1033	0.0679	0.1442	0.1176	0.1399	0.0679	0.1957	0.1537	0.1957	0.1603	0.1493	0.0967	0.1493	0.1386
chr2R	7176594	7176762	chr2R:7176595-7176762	FBgn0033609	fbl6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.0845	0.1289	0.111	0.0456	0.1117	0.0835	0.1066	0.0456	0.16	0.1273	0.16	0.1495	0.1325	0.098	0.1325	0.1219
chr2R	7176873	7177039	chr2R:7176874-7177039	FBgn0033609	fbl6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2631	0.2402	0.3025	0.2455	0.1686	0.2917	0.2599	0.2991	0.1686	0.4016	0.3061	0.4016	0.3067	0.2764	0.2547	0.2764	0.2772
chr2R	7177202	7177369	chr2R:7177203-7177369	FBgn0033609	fbl6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1978	0.1839	0.232	0.1759	0.1294	0.2039	0.2111	0.2405	0.1294	0.3037	0.2399	0.3037	0.2285	0.1945	0.1599	0.1945	0.2147
chr2R	7180627	7180784	chr2R:7180628-7180784	FBgn0015582	dare	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0756	0.0622	0.0945	0.0698	0.0477	0.0723	0.0692	0.0806	0.0477	0.1057	0.1084	0.1057	0.1216	0.085	0.0716	0.085	0.1115
chr2R	7182777	7182941	chr2R:7182778-7182941	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.0317	0.0364	0.0255	0.0127	0.0369	0.0433	0.0326	0.0127	0.0211	0.0302	0.0211	0.0984	0.0084	0.0097	0.0084	0.0693
chr2R	7183460	7183745	chr2R:7183461-7183745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0412	0.0429	0.0464	0.0336	0.0244	0.051	0.0567	0.042	0.0244	0.0405	0.0428	0.0405	0.0953	0.0214	0.0374	0.0214	0.0698
chr2R	7183870	7184064	chr2R:7183871-7184064	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0658	0.0765	0.0714	0.0475	0.0562	0.0908	0.0882	0.0866	0.0562	0.07	0.0736	0.07	0.1216	0.0322	0.0548	0.0322	0.0907
chr2R	7184285	7184887	chr2R:7184286-7184887	FBgn0259238	CG42336	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1835	0.1831	0.2138	0.1508	0.123	0.2316	0.1951	0.2172	0.123	0.2343	0.2453	0.2343	0.2432	0.134	0.1805	0.134	0.222
chr2R	7189684	7189845	chr2R:7189685-7189845	FBgn0033615	CG7741	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.035	0.0476	0.029	0.0201	0.0388	0.0428	0.044	0.0201	0.0477	0.0556	0.0477	0.0558	0.0291	0.04	0.0291	0.0365
chr2R	7190899	7191078	chr2R:7190900-7191078	FBgn0033614	Obp47b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0962	0.0997	0.1133	0.0735	0.0647	0.1126	0.1263	0.1146	0.0647	0.1413	0.1199	0.1413	0.1131	0.0766	0.0845	0.0766	0.0902
chr2R	7193630	7193843	chr2R:7193631-7193843	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.048	0.0717	0.0447	0.0252	0.0488	0.0636	0.0917	0.0986	0.0488	0.0471	0.0585	0.0471	0.0434	0.0207	0.04	0.0207	0.0276
chr2R	7194146	7194297	chr2R:7194147-7194297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0464	0.0523	0.0532	0.0324	0.0265	0.0529	0.0722	0.058	0.0265	0.0501	0.0701	0.0501	0.0442	0.0291	0.0593	0.0291	0.0292
chr2R	7194492	7194868	chr2R:7194493-7194868	FBgn0025373	Fpps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2007	0.2142	0.2259	0.1581	0.1591	0.2417	0.2271	0.2738	0.1591	0.2228	0.2955	0.2228	0.2184	0.1692	0.2592	0.1692	0.1615
chr2R	7194910	7195115	chr2R:7194911-7195115	FBgn0025373,FBgn0033616	CG7745,Fpps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.1859	0.2011	0.1671	0.1559	0.2	0.2029	0.2432	0.1559	0.2397	0.2386	0.2397	0.1851	0.1914	0.205	0.1914	0.1991
chr2R	7195262	7195448	chr2R:7195263-7195448	FBgn0025373,FBgn0033616	CG7745,Fpps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1508	0.1412	0.1709	0.1394	0.1188	0.1573	0.1553	0.1779	0.1188	0.2083	0.1887	0.2083	0.1743	0.1508	0.1631	0.1508	0.1626
chr2R	7195606	7195757	chr2R:7195607-7195757	FBgn0033616	CG7745	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0371	0.0464	0.0312	0.018	0.0432	0.0463	0.046	0.018	0.058	0.0547	0.058	0.0395	0.0421	0.0335	0.0421	0.0334
chr2R	7210037	7210188	chr2R:7210038-7210188	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0151	0.014	0.0166	0.0042	0.0131	0.0255	0.0173	0.0042	0.0109	0.0199	0.0109	0.0124	0.0084	0.0406	0.0084	0.0109
chr2R	7213043	7213205	chr2R:7213044-7213205	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.027	0.0145	0.0278	0.0402	0.0064	0.0141	0.019	0.014	0.0064	0.0121	0.0495	0.0121	0.024	0.0054	0.156	0.0054	0.0125
chr2R	7215800	7215951	chr2R:7215801-7215951	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0083	0.0127	0.0241	0.0042	0.0083	0.0138	0.0073	0.0042	0.0139	0.0225	0.0139	0.0039	0.0031	0.0922	0.0031	0.0057
chr2R	7217484	7217635	chr2R:7217485-7217635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0145	0.0221	0.0118	0.0091	0.0117	0.0112	0.0489	0.012	0.0117	0.0115	0.0167	0.0115	0.0101	0.0038	0.0251	0.0038	0.0063
chr2R	7226491	7226643	chr2R:7226492-7226643	FBgn0043471	kappaTry	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0398	0.0343	0.0509	0.0338	0.018	0.0364	0.0428	0.0473	0.018	0.0507	0.0659	0.0507	0.0689	0.0329	0.0574	0.0329	0.0516
chr2R	7230450	7230601	chr2R:7230451-7230601	FBgn0011555	thetaTry	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0177	0.0234	0.013	0.0064	0.0194	0.0277	0.02	0.0064	0.026	0.0267	0.026	0.0372	0.0069	0.0097	0.0069	0.0255
chr2R	7231322	7231546	chr2R:7231323-7231546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0353	0.033	0.0532	0.0184	0.017	0.0456	0.035	0.036	0.017	0.0332	0.0534	0.0332	0.1263	0.013	0.0213	0.013	0.0354
chr2R	7245048	7245258	chr2R:7245049-7245258	FBgn0011987	tRNA:SeC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0579	0.0768	0.0546	0.0405	0.0615	0.0796	0.1112	0.0666	0.0615	0.061	0.0588	0.061	0.0728	0.0513	0.0335	0.0513	0.0688
chr2R	7246343	7246546	chr2R:7246344-7246546	FBgn0033624	CG12384	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.102	0.0871	0.1273	0.0908	0.0339	0.1107	0.0891	0.1252	0.0339	0.1528	0.1463	0.1528	0.1487	0.1026	0.1083	0.1026	0.124
chr2R	7246599	7246776	chr2R:7246600-7246776	FBgn0033624	CG12384	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1432	0.1235	0.1721	0.1334	0.0848	0.1466	0.1302	0.1632	0.0848	0.2101	0.21	0.2101	0.1689	0.1485	0.1464	0.1485	0.1777
chr2R	7246912	7247787	chr2R:7246913-7247787	FBgn0001276,FBgn0024188,FBgn0033624	CG12384,ix,san	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2013	0.1619	0.2547	0.1867	0.1145	0.2049	0.17	0.1865	0.1145	0.3255	0.2752	0.3255	0.2665	0.2274	0.1934	0.2274	0.2215
chr2R	7247875	7248071	chr2R:7247876-7248071	FBgn0001276,FBgn0024188	ix,san	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.087	0.0723	0.1146	0.0732	0.052	0.0859	0.0809	0.0813	0.052	0.1437	0.1238	0.1437	0.1232	0.0842	0.0754	0.0842	0.0891
chr2R	7248126	7248302	chr2R:7248127-7248302	FBgn0001276,FBgn0024188	ix,san	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1274	0.1162	0.1572	0.1071	0.0817	0.1345	0.1263	0.1532	0.0817	0.2041	0.1682	0.2041	0.1658	0.1194	0.1309	0.1194	0.1152
chr2R	7248334	7248511	chr2R:7248335-7248511	FBgn0024188	san	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0708	0.0628	0.0907	0.0578	0.0371	0.0723	0.0744	0.074	0.0371	0.1111	0.0971	0.1111	0.1046	0.0674	0.0671	0.0674	0.0651
chr2R	7251732	7251883	chr2R:7251733-7251883	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0505	0.0513	0.0373	0.0641	0.0414	0.0748	0.058	0.0393	0.0414	0.0435	0.0257	0.0435	0.0736	0.1034	0.0361	0.1034	0.0657
chr2R	7252045	7252228	chr2R:7252046-7252228	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0754	0.0329	0.0509	0.1498	0.0106	0.0515	0.0363	0.03	0.0106	0.0501	0.0373	0.0501	0.1146	0.2167	0.0986	0.2167	0.1866
chr2R	7253673	7253824	chr2R:7253674-7253824	FBgn0033627	CG13204	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.058	0.037	0.0645	0.0745	0.0159	0.0597	0.0324	0.042	0.0159	0.0857	0.0585	0.0857	0.1015	0.1057	0.0587	0.1057	0.0813
chr2R	7253924	7254205	chr2R:7253925-7254205	FBgn0033627	CG13204	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1138	0.0467	0.128	0.173	0.0233	0.0791	0.0394	0.05	0.0233	0.1763	0.1074	0.1763	0.2184	0.2259	0.167	0.2259	0.1808
chr2R	7254243	7254491	chr2R:7254244-7254491	FBgn0033627	CG13204	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0801	0.0567	0.0855	0.1001	0.0339	0.0631	0.0575	0.0886	0.0339	0.1135	0.0695	0.1135	0.1418	0.1179	0.0787	0.1179	0.098
chr2R	7254669	7255225	chr2R:7254670-7255225	FBgn0033627	CG13204	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1446	0.1593	0.1156	0.16	0.1029	0.1655	0.1864	0.2112	0.1029	0.1395	0.099	0.1395	0.1627	0.1616	0.1348	0.1616	0.1902
chr2R	7255640	7255794	chr2R:7255641-7255794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.066	0.0567	0.0887	0.0514	0.0414	0.0563	0.0744	0.062	0.0414	0.1045	0.1	0.1045	0.1077	0.0383	0.0677	0.0383	0.0917
chr2R	7257887	7258038	chr2R:7257888-7258038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0227	0.041	0.0284	0.0117	0.0267	0.0251	0.0266	0.0117	0.0368	0.0527	0.0368	0.048	0.0283	0.0335	0.0283	0.0391
chr2R	7258241	7258440	chr2R:7258242-7258440	FBgn0021795	Tapdelta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0694	0.0582	0.078	0.0724	0.0265	0.0748	0.0709	0.06	0.0265	0.0791	0.0965	0.0791	0.0922	0.0658	0.089	0.0658	0.1053
chr2R	7258565	7258753	chr2R:7258566-7258753	FBgn0021795	Tapdelta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1553	0.137	0.184	0.1441	0.0827	0.1767	0.1423	0.1679	0.0827	0.2162	0.2132	0.2162	0.1929	0.1455	0.1702	0.1455	0.1912
chr2R	7263388	7263559	chr2R:7263389-7263559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.037	0.055	0.0421	0.0111	0.0339	0.0519	0.0761	0.0673	0.0339	0.0719	0.0389	0.0719	0.0411	0.0115	0.0103	0.0115	0.0188
chr2R	7267195	7267392	chr2R:7267196-7267392	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.082	0.0788	0.0984	0.0675	0.0467	0.0966	0.0947	0.0873	0.0467	0.0954	0.109	0.0954	0.1603	0.0636	0.0903	0.0636	0.1073
chr2R	7270155	7270431	chr2R:7270156-7270431	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.056	0.0724	0.0678	0.0248	0.0456	0.0869	0.0839	0.0859	0.0456	0.0537	0.0659	0.0537	0.1433	0.0199	0.0226	0.0199	0.0511
chr2R	7270455	7270691	chr2R:7270456-7270691	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0645	0.0906	0.0725	0.0265	0.0498	0.0956	0.1155	0.1166	0.0498	0.0477	0.0707	0.0477	0.1689	0.0161	0.0277	0.0161	0.0563
chr2R	7271076	7271227	chr2R:7271077-7271227	FBgn0033631	Sod3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0267	0.0351	0.0301	0.0136	0.0191	0.0282	0.0532	0.0406	0.0191	0.0236	0.0318	0.0236	0.0488	0.0123	0.0251	0.0123	0.0167
chr2R	7275693	7275978	chr2R:7275694-7275978	FBgn0050022	CG30022	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0497	0.0338	0.0638	0.0519	0.0127	0.0466	0.0398	0.0353	0.0127	0.0411	0.0743	0.0411	0.1162	0.0383	0.0496	0.0383	0.1058
chr2R	7276226	7276396	chr2R:7276227-7276396	FBgn0050022	CG30022	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0417	0.0169	0.0335	0.0783	0.0085	0.0194	0.0272	0.014	0.0085	0.0187	0.0367	0.0187	0.0604	0.0536	0.0754	0.0536	0.1376
chr2R	7281758	7281931	chr2R:7281759-7281931	FBgn0050257	tRNA:CR30257	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1603	0.1671	0.1755	0.1361	0.1453	0.1675	0.2046	0.1912	0.1453	0.2005	0.1891	0.2005	0.2084	0.1371	0.1638	0.1371	0.1688
chr2R	7282076	7282227	chr2R:7282077-7282227	FBgn0050257	tRNA:CR30257	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0712	0.085	0.0775	0.0489	0.0594	0.0796	0.1038	0.1119	0.0594	0.0851	0.0958	0.0851	0.0627	0.0398	0.0729	0.0398	0.0584
chr2R	7282274	7282425	chr2R:7282275-7282425	FBgn0050257	tRNA:CR30257	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.048	0.0537	0.0538	0.0352	0.0361	0.0655	0.0614	0.0606	0.0361	0.0525	0.0743	0.0525	0.0349	0.0283	0.069	0.0283	0.0318
chr2R	7283456	7283756	chr2R:7283457-7283756	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0664	0.0575	0.0945	0.0455	0.0223	0.0752	0.0774	0.05	0.0223	0.0827	0.146	0.0827	0.0589	0.0161	0.1231	0.0161	0.0375
chr2R	7284432	7284583	chr2R:7284433-7284583	FBgn0082585	sprt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0467	0.0617	0.0533	0.0228	0.0392	0.0655	0.0779	0.072	0.0392	0.0465	0.0621	0.0465	0.0294	0.01	0.0426	0.01	0.0261
chr2R	7284847	7285056	chr2R:7284848-7285056	FBgn0082585	sprt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2305	0.2646	0.2794	0.1386	0.2227	0.2985	0.2989	0.3091	0.2227	0.3514	0.309	0.3514	0.2471	0.075	0.2231	0.075	0.2048
chr2R	7285230	7285417	chr2R:7285231-7285417	FBgn0082585	sprt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1808	0.2031	0.2195	0.1134	0.1739	0.2296	0.2418	0.2245	0.1739	0.2705	0.2469	0.2705	0.1944	0.0812	0.1715	0.0812	0.1615
chr2R	7285505	7285774	chr2R:7285506-7285774	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1248	0.1206	0.1783	0.0709	0.087	0.1383	0.1535	0.1272	0.087	0.2264	0.2077	0.2264	0.086	0.0582	0.1115	0.0582	0.0735
chr2R	7285860	7286011	chr2R:7285861-7286011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0577	0.0536	0.0864	0.0308	0.0403	0.0583	0.0714	0.0553	0.0403	0.09	0.1158	0.09	0.0263	0.0123	0.0561	0.0123	0.025
chr2R	7286064	7286230	chr2R:7286065-7286230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0855	0.1022	0.1102	0.0398	0.0976	0.1175	0.1246	0.0973	0.0976	0.1268	0.1781	0.1268	0.0271	0.0176	0.1135	0.0176	0.0307
chr2R	7286291	7286663	chr2R:7286292-7286663	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1409	0.1839	0.1788	0.0512	0.1633	0.1971	0.2422	0.1819	0.1633	0.1775	0.3071	0.1775	0.0503	0.0199	0.1386	0.0199	0.0464
chr2R	7287270	7287461	chr2R:7287271-7287461	FBgn0050506	tRNA:CR30506	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.1061	0.0604	0.0153	0.0976	0.1189	0.1302	0.1066	0.0976	0.0876	0.0592	0.0876	0.0503	0.0107	0.0181	0.0107	0.0245
chr2R	7287934	7288094	chr2R:7287935-7288094	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.063	0.1224	0.0537	0.0068	0.1135	0.1388	0.1691	0.0979	0.1135	0.0743	0.0553	0.0743	0.0209	0.0077	0.0084	0.0077	0.0068
chr2R	7288599	7288773	chr2R:7288600-7288773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.051	0.0445	0.0731	0.0341	0.0201	0.0631	0.051	0.044	0.0201	0.0767	0.0698	0.0767	0.0248	0.026	0.0206	0.026	0.0203
chr2R	7290768	7290919	chr2R:7290769-7290919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0411	0.0396	0.0588	0.0233	0.0191	0.0534	0.0515	0.036	0.0191	0.0465	0.0492	0.0465	0.0953	0.0214	0.0187	0.0214	0.036
chr2R	7291063	7291501	chr2R:7291064-7291501	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.094	0.1178	0.1128	0.0467	0.0679	0.1204	0.1622	0.1346	0.0679	0.1027	0.0839	0.1027	0.0868	0.0283	0.0335	0.0283	0.0412
chr2R	7291770	7291949	chr2R:7291771-7291949	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0599	0.0636	0.0372	0.035	0.065	0.0813	0.066	0.035	0.09	0.0585	0.09	0.0488	0.0398	0.0329	0.0398	0.0438
chr2R	7292116	7292301	chr2R:7292117-7292301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1502	0.1463	0.1799	0.122	0.1007	0.1767	0.1726	0.1612	0.1007	0.2252	0.1833	0.2252	0.172	0.1708	0.1122	0.1708	0.1589
chr2R	7292667	7292891	chr2R:7292668-7292891	FBgn0033633	CG7759	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1176	0.1265	0.133	0.0908	0.1326	0.1374	0.1319	0.1532	0.1326	0.2041	0.1228	0.2041	0.1479	0.1738	0.0613	0.1738	0.1141
chr2R	7292954	7293105	chr2R:7292955-7293105	FBgn0033633	CG7759	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0444	0.0383	0.0481	0.0472	0.0233	0.0558	0.0411	0.0386	0.0233	0.093	0.0386	0.093	0.0465	0.1692	0.0232	0.1692	0.0245
chr2R	7293295	7293446	chr2R:7293296-7293446	FBgn0033633	CG7759	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0288	0.0282	0.0291	0.0294	0.0074	0.0345	0.0381	0.03	0.0074	0.0405	0.0289	0.0405	0.0256	0.0972	0.0161	0.0972	0.0162
chr2R	7296071	7296222	chr2R:7296072-7296222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0521	0.0475	0.0722	0.0351	0.0255	0.0592	0.058	0.054	0.0255	0.0791	0.0852	0.0791	0.0651	0.0421	0.0387	0.0421	0.0412
chr2R	7296422	7296579	chr2R:7296423-7296579	FBgn0050026	CG30026	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0392	0.0405	0.0532	0.0224	0.0244	0.0519	0.0476	0.044	0.0244	0.0574	0.0627	0.0574	0.0341	0.0268	0.0297	0.0268	0.0245
chr2R	7296589	7296784	chr2R:7296590-7296784	FBgn0050026	CG30026	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0391	0.0522	0.0467	0.0162	0.0308	0.067	0.0571	0.066	0.0308	0.0417	0.0566	0.0417	0.0302	0.0199	0.0213	0.0199	0.0177
chr2R	7297624	7297871	chr2R:7297625-7297871	FBgn0054054	CG34054	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0619	0.0734	0.0725	0.0373	0.0286	0.1	0.0917	0.0786	0.0286	0.0821	0.0875	0.0821	0.0596	0.023	0.0432	0.023	0.0631
chr2R	7297969	7298267	chr2R:7297970-7298267	FBgn0054054	CG34054	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0753	0.0723	0.0959	0.0561	0.0371	0.0869	0.0869	0.0899	0.0371	0.1063	0.1055	0.1063	0.1092	0.0536	0.0606	0.0536	0.0818
chr2R	7298357	7298582	chr2R:7298358-7298582	FBgn0054054	CG34054	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.0891	0.1256	0.081	0.0403	0.1117	0.0978	0.1139	0.0403	0.1413	0.1392	0.1413	0.1356	0.0942	0.0883	0.0942	0.0974
chr2R	7322791	7323025	chr2R:7322792-7323025	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0581	0.0838	0.0673	0.0276	0.0684	0.0627	0.0799	0.0276	0.1039	0.1003	0.1039	0.0875	0.0842	0.0696	0.0842	0.1105
chr2R	7323208	7323400	chr2R:7323209-7323400	FBgn0033635	CG7777	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0742	0.0651	0.0874	0.0699	0.035	0.0743	0.0757	0.0799	0.035	0.099	0.1042	0.099	0.0844	0.0727	0.0651	0.0727	0.1006
chr2R	7326158	7326309	chr2R:7326159-7326309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0156	0.015	0.0209	0.0106	0.0042	0.015	0.0234	0.0153	0.0042	0.0223	0.0199	0.0223	0.0411	0.0115	0.0123	0.0115	0.0172
chr2R	7329888	7330039	chr2R:7329889-7330039	FBgn0260499	qvr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0088	0.0088	0.0284	0.0053	0.0083	0.0134	0.008	0.0053	0.0091	0.0071	0.0091	0.0116	0.0168	0.0142	0.0168	0.0271
chr2R	7330173	7330324	chr2R:7330174-7330324	FBgn0260499	qvr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0131	0.0146	0.0153	0.0053	0.0131	0.0177	0.0173	0.0053	0.0139	0.0206	0.0139	0.0116	0.0077	0.0123	0.0077	0.0099
chr2R	7331473	7331775	chr2R:7331474-7331775	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0369	0.0325	0.0343	0.0447	0.0085	0.0505	0.0433	0.0233	0.0085	0.0676	0.0277	0.0676	0.0279	0.1394	0.0342	0.1394	0.0234
chr2R	7338071	7338317	chr2R:7338072-7338317	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0882	0.0778	0.108	0.0783	0.0392	0.1039	0.093	0.0799	0.0392	0.1377	0.0981	0.1377	0.1061	0.0574	0.069	0.0574	0.0933
chr2R	7338541	7338692	chr2R:7338542-7338692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0475	0.0379	0.0624	0.0418	0.0201	0.0456	0.0502	0.0346	0.0201	0.0785	0.0572	0.0785	0.0689	0.0459	0.0329	0.0459	0.0526
chr2R	7339361	7339544	chr2R:7339362-7339544	FBgn0000581	E(Pc)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1822	0.1572	0.2293	0.1585	0.0838	0.1995	0.1782	0.1885	0.0838	0.2669	0.2514	0.2669	0.2277	0.1623	0.1728	0.1623	0.1897
chr2R	7339626	7339793	chr2R:7339627-7339793	FBgn0000581	E(Pc)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1821	0.1619	0.2214	0.1615	0.1039	0.1927	0.183	0.1959	0.1039	0.2729	0.246	0.2729	0.2122	0.1646	0.1805	0.1646	0.1871
chr2R	7339906	7340086	chr2R:7339907-7340086	FBgn0000581	E(Pc)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2058	0.1808	0.2471	0.1883	0.1188	0.2184	0.208	0.2125	0.1188	0.3225	0.2592	0.3225	0.2239	0.1968	0.2108	0.1968	0.2084
chr2R	7340183	7340346	chr2R:7340184-7340346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2014	0.183	0.236	0.184	0.123	0.2175	0.2184	0.2065	0.123	0.2868	0.2576	0.2868	0.206	0.1891	0.1954	0.1891	0.2069
chr2R	7340471	7340644	chr2R:7340472-7340644	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.188	0.1954	0.2038	0.1622	0.14	0.2214	0.2349	0.2292	0.14	0.2325	0.2186	0.2325	0.1983	0.1654	0.158	0.1654	0.2058
chr2R	7340743	7340919	chr2R:7340744-7340919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0896	0.1115	0.0907	0.0639	0.088	0.099	0.1462	0.1359	0.088	0.0851	0.0981	0.0851	0.1139	0.0582	0.0703	0.0582	0.0943
chr2R	7343067	7343322	chr2R:7343068-7343322	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0833	0.1844	0.0398	0.018	0.2503	0.0772	0.3482	0.1239	0.2503	0.0501	0.046	0.0501	0.0302	0.0199	0.0193	0.0199	0.0203
chr2R	7343323	7343474	chr2R:7343324-7343474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.1361	0.0326	0.0134	0.1697	0.0573	0.2574	0.1046	0.1697	0.0435	0.0402	0.0435	0.0248	0.0184	0.0174	0.0184	0.0125
chr2R	7347608	7347759	chr2R:7347609-7347759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0344	0.0254	0.0088	0.035	0.0257	0.0575	0.0273	0.035	0.0254	0.0312	0.0254	0.0194	0.0077	0.0097	0.0077	0.0089
chr2R	7348717	7348868	chr2R:7348718-7348868	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.041	0.0212	0.0092	0.0382	0.0257	0.0675	0.042	0.0382	0.026	0.0238	0.026	0.0256	0.0084	0.0123	0.0084	0.0135
chr2R	7349010	7349161	chr2R:7349011-7349161	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0394	0.0209	0.0093	0.0371	0.0291	0.0662	0.0333	0.0371	0.0248	0.0251	0.0248	0.0178	0.0115	0.009	0.0115	0.012
chr2R	7349456	7349607	chr2R:7349457-7349607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0233	0.0356	0.0221	0.0107	0.035	0.0286	0.0549	0.0326	0.035	0.0242	0.0244	0.0242	0.0248	0.0092	0.011	0.0092	0.0109
chr2R	7350961	7351177	chr2R:7350962-7351177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0567	0.0371	0.0155	0.0392	0.0466	0.09	0.056	0.0392	0.0393	0.0466	0.0393	0.0325	0.0168	0.0161	0.0168	0.0182
chr2R	7351767	7351941	chr2R:7351768-7351941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0365	0.0298	0.0155	0.0371	0.0354	0.0471	0.038	0.0371	0.0254	0.0379	0.0254	0.0279	0.0153	0.0135	0.0153	0.024
chr2R	7357016	7357202	chr2R:7357017-7357202	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0856	0.0693	0.1015	0.0863	0.0583	0.0675	0.0965	0.0706	0.0583	0.1099	0.1019	0.1099	0.1387	0.1187	0.0851	0.1187	0.1016
chr2R	7357281	7357432	chr2R:7357282-7357432	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.046	0.0469	0.0549	0.0354	0.0233	0.0427	0.0753	0.048	0.0233	0.0543	0.0579	0.0543	0.0813	0.0421	0.0309	0.0421	0.0417
chr2R	7357803	7357954	chr2R:7357804-7357954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0171	0.0147	0.0185	0.0182	0.0042	0.0131	0.019	0.0207	0.0042	0.0163	0.0219	0.0163	0.0209	0.0115	0.0123	0.0115	0.0182
chr2R	7358555	7358761	chr2R:7358556-7358761	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0425	0.0646	0.0445	0.0157	0.0371	0.0597	0.0783	0.0913	0.0371	0.0556	0.0624	0.0556	0.0232	0.0199	0.0181	0.0199	0.0188
chr2R	7359596	7359785	chr2R:7359597-7359785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0346	0.0238	0.0396	0.0412	0.0138	0.0306	0.0307	0.024	0.0138	0.0435	0.0473	0.0435	0.0503	0.0398	0.0413	0.0398	0.0771
chr2R	7362678	7362886	chr2R:7362679-7362886	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1032	0.1319	0.118	0.055	0.105	0.1519	0.1518	0.1546	0.105	0.1268	0.1476	0.1268	0.086	0.0613	0.0651	0.0613	0.0532
chr2R	7363030	7363214	chr2R:7363031-7363214	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2365	0.2349	0.2815	0.189	0.1803	0.2636	0.2785	0.2785	0.1803	0.3176	0.3315	0.3176	0.2486	0.1891	0.2218	0.1891	0.2011
chr2R	7365149	7365515	chr2R:7365150-7365515	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.086	0.0735	0.0976	0.0873	0.0371	0.1184	0.0631	0.0833	0.0371	0.1117	0.0685	0.1117	0.0682	0.0337	0.0413	0.0337	0.0474
chr2R	7366412	7366563	chr2R:7366413-7366563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0241	0.036	0.0248	0.0148	0.0243	0.0368	0.022	0.0148	0.0284	0.0518	0.0284	0.0279	0.0168	0.0516	0.0168	0.025
chr2R	7370172	7370323	chr2R:7370173-7370323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.0118	0.0211	0.0142	0.0053	0.0107	0.0186	0.0133	0.0053	0.0163	0.0338	0.0163	0.0116	0.0069	0.0368	0.0069	0.0104
chr2R	7371535	7372033	chr2R:7371536-7372033	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0443	0.0226	0.0613	0.0499	0.0021	0.035	0.0251	0.0233	0.0021	0.0664	0.0891	0.0664	0.0434	0.0391	0.118	0.0391	0.049
chr2R	7374177	7374391	chr2R:7374178-7374391	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0361	0.0236	0.0539	0.0306	0.0064	0.034	0.0264	0.0266	0.0064	0.0622	0.0814	0.0622	0.0302	0.0283	0.0613	0.0283	0.0334
chr2R	7377143	7377311	chr2R:7377144-7377311	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0208	0.0346	0.0169	0.0138	0.0184	0.0234	0.0346	0.0138	0.0103	0.0701	0.0103	0.0147	0.0054	0.0574	0.0054	0.0063
chr2R	7379635	7379970	chr2R:7379636-7379970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0212	0.0503	0.0443	0.0032	0.0296	0.0272	0.0207	0.0032	0.0519	0.082	0.0519	0.0232	0.0842	0.0812	0.0842	0.0302
chr2R	7380121	7380322	chr2R:7380122-7380322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.0196	0.0418	0.0263	0.0074	0.0277	0.0242	0.0187	0.0074	0.0477	0.0614	0.0477	0.0217	0.0498	0.0464	0.0498	0.0167
chr2R	7381404	7381604	chr2R:7381405-7381604	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0359	0.0323	0.0466	0.0283	0.0138	0.0432	0.0294	0.0473	0.0138	0.0664	0.0617	0.0664	0.0279	0.072	0.0368	0.072	0.0141
chr2R	7382055	7382553	chr2R:7382056-7382553	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0288	0.0689	0.0507	0.0127	0.035	0.0346	0.0333	0.0127	0.0882	0.0997	0.0882	0.0364	0.1057	0.0858	0.1057	0.0328
chr2R	7384039	7384224	chr2R:7384040-7384224	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0329	0.0138	0.0349	0.0521	0.0021	0.0189	0.0203	0.0113	0.0021	0.0242	0.0325	0.0242	0.031	0.0199	0.0123	0.0199	0.0328
chr2R	7386686	7386837	chr2R:7386687-7386837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0147	0.0263	0.0116	0.0042	0.0184	0.0199	0.014	0.0042	0.0181	0.0492	0.0181	0.0062	0.01	0.0264	0.01	0.0078
chr2R	7387237	7387434	chr2R:7387238-7387434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0204	0.0293	0.0195	0.0053	0.0189	0.0359	0.022	0.0053	0.0211	0.0463	0.0211	0.0256	0.0161	0.0445	0.0161	0.0125
chr2R	7387564	7387715	chr2R:7387565-7387715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0217	0.0172	0.0272	0.0209	0.0042	0.0131	0.0268	0.024	0.0042	0.0272	0.0405	0.0272	0.0201	0.026	0.0387	0.026	0.0177
chr2R	7388192	7388343	chr2R:7388193-7388343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0162	0.0214	0.0178	0.0064	0.017	0.0242	0.0167	0.0064	0.0211	0.0347	0.0211	0.0085	0.0199	0.0406	0.0199	0.0109
chr2R	7388730	7388954	chr2R:7388731-7388954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0158	0.0301	0.0203	0.0053	0.0131	0.0281	0.0167	0.0053	0.0242	0.0502	0.0242	0.0124	0.0123	0.0516	0.0123	0.0125
chr2R	7390506	7390657	chr2R:7390507-7390657	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0152	0.0214	0.0189	0.0053	0.0165	0.0186	0.0193	0.0053	0.0133	0.0325	0.0133	0.017	0.0115	0.06	0.0115	0.0094
chr2R	7391041	7391192	chr2R:7391042-7391192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0145	0.0201	0.0148	0.0042	0.0097	0.0234	0.02	0.0042	0.0163	0.0331	0.0163	0.0116	0.0092	0.038	0.0092	0.0047
chr2R	7391704	7391861	chr2R:7391705-7391861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.013	0.023	0.0226	0.0032	0.0126	0.0186	0.0193	0.0032	0.0157	0.0318	0.0157	0.0132	0.0054	0.0148	0.0054	0.0073
chr2R	7395205	7395356	chr2R:7395206-7395356	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0092	0.0081	0.0094	0.0102	0.0032	0.0049	0.0151	0.008	0.0032	0.006	0.0151	0.006	0.0046	0.0054	0.0297	0.0054	0.0047
chr2R	7399245	7399693	chr2R:7399246-7399693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.047	0.0638	0.0518	0.023	0.0392	0.0515	0.1099	0.058	0.0392	0.0308	0.073	0.0308	0.0194	0.0153	0.0277	0.0153	0.0141
chr2R	7399711	7400203	chr2R:7399712-7400203	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0533	0.0599	0.0746	0.0226	0.0233	0.0461	0.1016	0.0673	0.0233	0.0417	0.1244	0.0417	0.0271	0.0145	0.0477	0.0145	0.0167
chr2R	7400596	7401063	chr2R:7400597-7401063	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0465	0.0344	0.0805	0.0227	0.018	0.0432	0.0428	0.036	0.018	0.1111	0.1158	0.1111	0.0279	0.0184	0.0503	0.0184	0.0193
chr2R	7401783	7402041	chr2R:7401784-7402041	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0308	0.0357	0.0142	0.0148	0.017	0.0493	0.0426	0.0148	0.0242	0.0553	0.0242	0.0194	0.0107	0.0374	0.0107	0.0094
chr2R	7402241	7402392	chr2R:7402242-7402392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0182	0.0208	0.0097	0.0106	0.0131	0.0294	0.0227	0.0106	0.0109	0.0373	0.0109	0.0108	0.0061	0.0264	0.0061	0.0073
chr2R	7403964	7404115	chr2R:7403965-7404115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0184	0.0177	0.0273	0.0093	0.0042	0.0228	0.0229	0.024	0.0042	0.0447	0.0357	0.0447	0.0139	0.0161	0.0103	0.0161	0.012
chr2R	7405576	7405727	chr2R:7405577-7405727	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0055	0.0057	0.012	0.0011	0.0053	0.0091	0.006	0.0011	0.0042	0.0048	0.0042	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0047
chr2R	7408188	7408339	chr2R:7408189-7408339	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0233	0.0326	0.0117	0.0053	0.0282	0.0294	0.0273	0.0053	0.0266	0.0498	0.0266	0.0209	0.0145	0.0226	0.0145	0.0089
chr2R	7408976	7409127	chr2R:7408977-7409127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.014	0.0123	0.0171	0.0125	0.0053	0.0184	0.0125	0.0147	0.0053	0.0242	0.019	0.0242	0.0116	0.0283	0.0103	0.0283	0.0109
chr2R	7409380	7409531	chr2R:7409381-7409531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0132	0.0176	0.0149	0.0021	0.0121	0.0199	0.0193	0.0021	0.0278	0.0219	0.0278	0.0093	0.036	0.0123	0.036	0.0125
chr2R	7412341	7412492	chr2R:7412342-7412492	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0294	0.0571	0.0208	0.0079	0.0191	0.066	0.0385	0.1193	0.0191	0.0205	0.0331	0.0205	0.007	0.0054	0.0129	0.0054	0.0078
chr2R	7413347	7413566	chr2R:7413348-7413566	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	en_intron	en_intron	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0778	0.1212	0.028	0.0064	0.1209	0.0446	0.1492	0.0064	0.1987	0.163	0.1987	0.0418	0.0306	0.0419	0.0306	0.037
chr2R	7413586	7413737	chr2R:7413587-7413737	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	en_intron	en_intron	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.0565	0.0693	0.0146	0.0095	0.0845	0.029	0.1106	0.0095	0.1033	0.1	0.1033	0.0163	0.013	0.0245	0.013	0.0156
chr2R	7415382	7415634	chr2R:7415383-7415634	FBgn0000577	en	stage11,stage14,stage5	none	en_mimimal_promoter,en_upstream_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2282	0.2684	0.2514	0.1576	0.245	0.2714	0.2885	0.3624	0.245	0.2579	0.326	0.2579	0.2068	0.1294	0.2579	0.1294	0.1527
chr2R	7415729	7415988	chr2R:7415730-7415988	FBgn0000577	en	stage11,stage14,stage5	none	en_upstream_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2056	0.1534	0.2497	0.2154	0.0785	0.2049	0.1367	0.2298	0.0785	0.2723	0.3042	0.2723	0.2347	0.2542	0.2237	0.2542	0.2142
chr2R	7417022	7417247	chr2R:7417023-7417247	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	en_upstream_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2341	0.2373	0.2835	0.1763	0.1813	0.251	0.2816	0.2885	0.1813	0.3508	0.3151	0.3508	0.237	0.2129	0.1838	0.2129	0.174
chr2R	7419941	7420153	chr2R:7419942-7420153	distal	distal	stage5	stage5	VT15159.1	VT15159.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0384	0.085	0.0214	0.0049	0.0456	0.0704	0.0649	0.1832	0.0456	0.0157	0.0354	0.0157	0.0085	0.0061	0.0071	0.0061	0.0047
chr2R	7420502	7420653	chr2R:7420503-7420653	distal	distal	stage11	stage11	VT15159.1	VT15159.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0239	0.0463	0.0156	0.0085	0.0248	0.0272	0.04	0.0085	0.0163	0.0926	0.0163	0.0132	0.0107	0.0509	0.0107	0.0016
chr2R	7420812	7420978	chr2R:7420813-7420978	distal	distal	stage11	stage11	VT15159.1	VT15159.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0417	0.0324	0.0642	0.0274	0.0085	0.0432	0.0303	0.0506	0.0085	0.0344	0.1177	0.0344	0.0387	0.0199	0.0671	0.0199	0.0224
chr2R	7422778	7423016	chr2R:7422779-7423016	distal	distal	stage11	stage11	VT15160.1,VT15161.1	VT15160.1,VT15161.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0346	0.0284	0.061	0.0124	0.0074	0.0374	0.032	0.0393	0.0074	0.0429	0.1109	0.0429	0.0201	0.0046	0.0335	0.0046	0.0068
chr2R	7423614	7423790	chr2R:7423615-7423790	distal	distal	none	none	VT15161.1	VT15161.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0207	0.0268	0.0248	0.0053	0.0233	0.0255	0.03	0.0053	0.0272	0.0347	0.0272	0.0139	0.0077	0.0206	0.0077	0.0104
chr2R	7424902	7425227	chr2R:7424903-7425227	distal	distal	stage5	stage5	VT15161.1	VT15161.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0592	0.0255	0.0086	0.0361	0.0602	0.0562	0.0999	0.0361	0.0254	0.036	0.0254	0.0132	0.01	0.0097	0.01	0.0063
chr2R	7426534	7426685	chr2R:7426535-7426685	distal	distal	none	none	VT15163.1	VT15163.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.0128	0.0204	0.0116	0.0085	0.0131	0.0199	0.0133	0.0085	0.0151	0.0318	0.0151	0.0085	0.0023	0.0348	0.0023	0.0078
chr2R	7428596	7428853	chr2R:7428597-7428853	distal	distal	none	none	VT15163.1	VT15163.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0263	0.03	0.0373	0.01	0.0106	0.0451	0.0272	0.044	0.0106	0.0175	0.0424	0.0175	0.079	0.0061	0.0181	0.0061	0.0141
chr2R	7429602	7429823	chr2R:7429603-7429823	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0526	0.03	0.0874	0.0395	0.0095	0.0374	0.035	0.0393	0.0095	0.0725	0.1537	0.0725	0.0418	0.0145	0.0974	0.0145	0.0162
chr2R	7434232	7434594	chr2R:7434233-7434594	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT15167.1	VT15167.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0661	0.1246	0.0595	0.0081	0.0732	0.115	0.0978	0.2552	0.0732	0.0314	0.1096	0.0314	0.0155	0.0069	0.0142	0.0069	0.0057
chr2R	7436145	7436541	chr2R:7436146-7436541	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT15168.1	VT15168.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0604	0.0946	0.0721	0.0093	0.0201	0.1427	0.0575	0.1792	0.0201	0.07	0.1177	0.07	0.0163	0.0069	0.0155	0.0069	0.0052
chr2R	7439547	7439782	chr2R:7439548-7439782	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0539	0.0484	0.0685	0.0441	0.0297	0.0549	0.0593	0.0613	0.0297	0.0501	0.0643	0.0501	0.0248	0.01	0.0187	0.01	0.0219
chr2R	7440338	7440489	chr2R:7440339-7440489	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0156	0.0365	0.0097	0.0074	0.0189	0.019	0.0187	0.0074	0.0217	0.0682	0.0217	0.0085	0.0038	0.0277	0.0038	0.0031
chr2R	7440687	7440877	chr2R:7440688-7440877	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0184	0.0523	0.0221	0.0085	0.0199	0.0255	0.0247	0.0085	0.0199	0.1064	0.0199	0.0132	0.0046	0.0741	0.0046	0.0052
chr2R	7443348	7443565	chr2R:7443349-7443565	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0276	0.058	0.0175	0.0047	0.0361	0.0442	0.0398	0.1352	0.0361	0.0091	0.0244	0.0091	0.007	0.0015	0.0045	0.0015	0.0026
chr2R	7445059	7445246	chr2R:7445060-7445246	distal	distal	none	none	VT15173.1	VT15173.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0237	0.011	0.0287	0.0323	0.0011	0.017	0.0143	0.0093	0.0011	0.0302	0.0402	0.0302	0.0279	0.0582	0.0509	0.0582	0.0271
chr2R	7446596	7446752	chr2R:7446597-7446752	distal	distal	none	none	VT15173.1,VT15174.1	VT15173.1,VT15174.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0182	0.0126	0.0297	0.0117	0.0032	0.017	0.0169	0.0147	0.0032	0.0157	0.0363	0.0157	0.0256	0.0069	0.0161	0.0069	0.012
chr2R	7447043	7447232	chr2R:7447044-7447232	distal	distal	stage11	stage11	VT15174.1	VT15174.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.048	0.0287	0.0759	0.0389	0.0138	0.0359	0.0272	0.0426	0.0138	0.0598	0.0881	0.0598	0.0411	0.0391	0.0284	0.0391	0.0495
chr2R	7448524	7448767	chr2R:7448525-7448767	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.044	0.0541	0.0609	0.0141	0.0212	0.0825	0.0476	0.0726	0.0212	0.0972	0.0514	0.0972	0.0139	0.0046	0.0116	0.0046	0.0063
chr2R	7449280	7449431	chr2R:7449281-7449431	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.016	0.0128	0.0282	0.0063	0.0011	0.0155	0.0164	0.0167	0.0011	0.0175	0.0498	0.0175	0.0085	0.0038	0.0135	0.0038	0.0063
chr2R	7450506	7450670	chr2R:7450507-7450670	distal	distal	none	none	VT15176.1	VT15176.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0316	0.0243	0.0484	0.0214	0.0085	0.0311	0.0251	0.0353	0.0085	0.0459	0.0617	0.0459	0.0163	0.01	0.0123	0.01	0.0141
chr2R	7452414	7452565	chr2R:7452415-7452565	distal	distal	none	none	VT15177.1	VT15177.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0101	0.0161	0.0132	0.0042	0.0102	0.0156	0.012	0.0042	0.0115	0.0177	0.0115	0.017	0.0046	0.0058	0.0046	0.0089
chr2R	7453164	7453454	chr2R:7453165-7453454	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT15177.1	VT15177.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0885	0.0622	0.1368	0.065	0.0117	0.0976	0.0467	0.0953	0.0117	0.2071	0.1389	0.2071	0.0263	0.0168	0.0335	0.0168	0.0198
chr2R	7454409	7454723	chr2R:7454410-7454723	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0371	0.0668	0.0334	0.0079	0.0382	0.0447	0.0709	0.1386	0.0382	0.0133	0.0624	0.0133	0.0108	0.0038	0.0103	0.0038	0.0052
chr2R	7459484	7459635	chr2R:7459485-7459635	distal	distal	none	none	VT15181.1	VT15181.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0158	0.0181	0.007	0.0106	0.0141	0.0177	0.0273	0.0106	0.0145	0.0167	0.0145	0.0085	0.0054	0.0052	0.0054	0.0063
chr2R	7460286	7460437	chr2R:7460287-7460437	distal	distal	none	none	VT15181.1	VT15181.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0197	0.0269	0.0116	0.0117	0.017	0.0238	0.032	0.0117	0.0236	0.0386	0.0236	0.017	0.0069	0.0264	0.0069	0.0073
chr2R	7460738	7460974	chr2R:7460739-7460974	distal	distal	none	none	VT15181.1	VT15181.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0198	0.0291	0.0156	0.0074	0.0252	0.0229	0.0266	0.0074	0.0151	0.0505	0.0151	0.0178	0.0069	0.0406	0.0069	0.0115
chr2R	7463130	7463329	chr2R:7463131-7463329	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT15183.1	VT15183.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0482	0.0263	0.0728	0.0455	0.0074	0.0364	0.0307	0.0286	0.0074	0.0483	0.1328	0.0483	0.031	0.0337	0.1173	0.0337	0.0313
chr2R	7463856	7464007	chr2R:7463857-7464007	distal	distal	none	none	VT15183.1	VT15183.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0118	0.0227	0.016	0.0074	0.0117	0.0169	0.0147	0.0074	0.0187	0.0376	0.0187	0.0062	0.0069	0.0464	0.0069	0.0073
chr2R	7465639	7465815	chr2R:7465640-7465815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.058	0.0312	0.0159	0.0509	0.0393	0.077	0.0846	0.0509	0.0278	0.0389	0.0278	0.0248	0.0123	0.02	0.0123	0.0167
chr2R	7466037	7466252	chr2R:7466038-7466252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0558	0.0307	0.0136	0.053	0.0398	0.0718	0.072	0.053	0.032	0.0376	0.032	0.0201	0.0107	0.0174	0.0107	0.013
chr2R	7469303	7469454	chr2R:7469304-7469454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0441	0.052	0.0473	0.0318	0.0392	0.0519	0.0644	0.0593	0.0392	0.0525	0.0543	0.0525	0.0426	0.0276	0.0361	0.0276	0.037
chr2R	7469617	7469823	chr2R:7469618-7469823	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1651	0.1715	0.1905	0.1302	0.1315	0.1733	0.2067	0.2145	0.1315	0.2065	0.2219	0.2065	0.1898	0.1179	0.1715	0.1179	0.1694
chr2R	7469946	7470097	chr2R:7469947-7470097	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0526	0.0451	0.0285	0.0488	0.0495	0.0644	0.0673	0.0488	0.0483	0.0518	0.0483	0.0395	0.0161	0.0419	0.0161	0.0344
chr2R	7470268	7470419	chr2R:7470269-7470419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0444	0.056	0.0481	0.0274	0.0382	0.0476	0.0727	0.0773	0.0382	0.0429	0.0643	0.0429	0.0372	0.0153	0.0445	0.0153	0.0334
chr2R	7479878	7480095	chr2R:7479879-7480095	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2024	0.2131	0.2382	0.1511	0.1707	0.2417	0.2422	0.2612	0.1707	0.305	0.2714	0.305	0.2223	0.1761	0.1522	0.1761	0.185
chr2R	7480171	7480397	chr2R:7480172-7480397	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.105	0.135	0.1099	0.066	0.1092	0.1301	0.1462	0.1985	0.1092	0.1341	0.1257	0.1341	0.0875	0.0613	0.0613	0.0613	0.0703
chr2R	7480554	7480791	chr2R:7480555-7480791	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.197	0.209	0.2166	0.162	0.1633	0.2272	0.2327	0.2692	0.1633	0.253	0.2347	0.253	0.2153	0.1708	0.1341	0.1708	0.1996
chr2R	7480902	7481088	chr2R:7480903-7481088	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1071	0.1	0.1081	0.1141	0.0689	0.1136	0.1064	0.1352	0.0689	0.1153	0.1051	0.1153	0.1131	0.1018	0.078	0.1018	0.1339
chr2R	7481412	7481731	chr2R:7481413-7481731	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0947	0.098	0.0822	0.1047	0.087	0.0806	0.1172	0.1386	0.087	0.0749	0.0765	0.0749	0.1015	0.0743	0.069	0.0743	0.1131
chr2R	7481781	7481986	chr2R:7481782-7481986	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0564	0.0521	0.0529	0.0649	0.0414	0.0495	0.0623	0.0726	0.0414	0.0242	0.0598	0.0242	0.0991	0.0383	0.0722	0.0383	0.0839
chr2R	7482629	7482862	chr2R:7482630-7482862	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.087	0.0658	0.1195	0.0749	0.0382	0.0888	0.0679	0.0793	0.0382	0.1033	0.183	0.1033	0.096	0.1087	0.1128	0.1087	0.0683
chr2R	7484209	7484371	chr2R:7484210-7484371	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0536	0.067	0.0419	0.0514	0.0541	0.0515	0.0926	0.0913	0.0541	0.0223	0.0315	0.0223	0.0163	0.0138	0.0135	0.0138	0.0109
chr2R	7484481	7484745	chr2R:7484482-7484745	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1296	0.1808	0.1221	0.0805	0.1379	0.1709	0.2158	0.2552	0.1379	0.1196	0.1334	0.1196	0.11	0.0796	0.0722	0.0796	0.0526
chr2R	7485376	7485539	chr2R:7485377-7485539	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0617	0.1218	0.0369	0.0219	0.1082	0.0626	0.1713	0.1792	0.1082	0.026	0.0434	0.026	0.0225	0.01	0.0155	0.01	0.0089
chr2R	7485556	7485744	chr2R:7485557-7485744	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0615	0.1275	0.0344	0.0175	0.1145	0.0583	0.199	0.1825	0.1145	0.0211	0.0511	0.0211	0.0155	0.0069	0.0161	0.0069	0.0094
chr2R	7486043	7486194	chr2R:7486044-7486194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.046	0.048	0.0546	0.0344	0.0382	0.0354	0.0679	0.0646	0.0382	0.0338	0.0598	0.0338	0.0488	0.0145	0.0239	0.0145	0.0344
chr2R	7487760	7487945	chr2R:7487761-7487945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0684	0.0956	0.0645	0.0403	0.0709	0.0921	0.0813	0.0403	0.0604	0.1183	0.0604	0.1456	0.0413	0.0903	0.0413	0.0891
chr2R	7488686	7489186	chr2R:7488687-7489186	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1357	0.1139	0.159	0.1344	0.07	0.134	0.1254	0.1566	0.07	0.1371	0.1881	0.1371	0.1185	0.147	0.1586	0.147	0.1683
chr2R	7489799	7489974	chr2R:7489800-7489974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0688	0.111	0.0585	0.0329	0.0774	0.0961	0.1501	0.1366	0.0774	0.0471	0.0804	0.0471	0.0434	0.0222	0.049	0.0222	0.0203
chr2R	7490938	7491149	chr2R:7490939-7491149	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2502	0.2392	0.2958	0.2124	0.1888	0.2665	0.2889	0.2705	0.1888	0.3822	0.3116	0.3822	0.282	0.2358	0.216	0.2358	0.2699
chr2R	7491985	7492157	chr2R:7491986-7492157	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1431	0.1355	0.1801	0.1111	0.07	0.166	0.1527	0.1659	0.07	0.1932	0.2582	0.1932	0.1278	0.0911	0.176	0.0911	0.0943
chr2R	7492491	7492757	chr2R:7492492-7492757	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2463	0.1655	0.3335	0.2408	0.0689	0.2641	0.1527	0.2005	0.0689	0.445	0.3778	0.445	0.3067	0.3047	0.2914	0.3047	0.2527
chr2R	7495198	7495349	chr2R:7495199-7495349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.0224	0.0268	0.0359	0.0148	0.0204	0.0316	0.024	0.0148	0.0266	0.027	0.0266	0.0124	0.0291	0.0187	0.0291	0.0083
chr2R	7496642	7497093	chr2R:7496643-7497093	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0668	0.1337	0.0396	0.0217	0.1135	0.1272	0.1687	0.1692	0.1135	0.0537	0.0424	0.0537	0.0256	0.0176	0.0206	0.0176	0.0229
chr2R	7497845	7497996	chr2R:7497846-7497996	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.027	0.0308	0.0203	0.0301	0.0127	0.0228	0.0515	0.036	0.0127	0.0157	0.018	0.0157	0.0108	0.01	0.0058	0.01	0.0115
chr2R	7500601	7500802	chr2R:7500602-7500802	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0576	0.0609	0.0508	0.0613	0.0382	0.0505	0.1016	0.0553	0.0382	0.0592	0.0437	0.0592	0.0449	0.0789	0.0387	0.0789	0.0438
chr2R	7501543	7502154	chr2R:7501544-7502154	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1728	0.1618	0.2025	0.1523	0.1039	0.1995	0.1696	0.2105	0.1039	0.2693	0.2151	0.2693	0.2022	0.1998	0.1438	0.1998	0.1371
chr2R	7502564	7502778	chr2R:7502565-7502778	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1931	0.1965	0.2273	0.1518	0.141	0.2325	0.2184	0.2405	0.141	0.3261	0.2225	0.3261	0.2378	0.1776	0.1283	0.1776	0.1589
chr2R	7503230	7503407	chr2R:7503231-7503407	FBgn0033636,FBgn0264508	CR43907,tou	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0811	0.1092	0.0766	0.0547	0.0901	0.1063	0.1341	0.1332	0.0901	0.0821	0.0801	0.0821	0.0767	0.0467	0.0322	0.0467	0.0526
chr2R	7503530	7503732	chr2R:7503531-7503732	FBgn0033636,FBgn0264508	CR43907,tou	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2255	0.237	0.2624	0.1721	0.1972	0.2626	0.2651	0.2911	0.1972	0.3261	0.2826	0.3261	0.251	0.1884	0.1728	0.1884	0.2043
chr2R	7503841	7504045	chr2R:7503842-7504045	FBgn0033636,FBgn0264508	CR43907,tou	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1084	0.1291	0.1286	0.0631	0.1029	0.0956	0.1743	0.1779	0.1029	0.1395	0.1624	0.1395	0.1193	0.0666	0.0761	0.0666	0.0709
chr2R	7506468	7506664	chr2R:7506469-7506664	FBgn0086712	Egm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1298	0.1327	0.1426	0.1124	0.1007	0.1442	0.1514	0.1706	0.1007	0.1854	0.1556	0.1854	0.1518	0.1256	0.1135	0.1256	0.1449
chr2R	7513494	7513678	chr2R:7513495-7513678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0542	0.0864	0.0685	0.0382	0.067	0.0502	0.0833	0.0382	0.0857	0.1006	0.0857	0.0945	0.0375	0.089	0.0375	0.0907
chr2R	7513984	7514210	chr2R:7513985-7514210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.1685	0.1976	0.1906	0.1135	0.2092	0.173	0.2172	0.1135	0.2295	0.2132	0.2295	0.22	0.2029	0.2102	0.2029	0.223
chr2R	7515642	7515824	chr2R:7515643-7515824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0959	0.0842	0.1235	0.0788	0.0488	0.0937	0.1003	0.1086	0.0488	0.1407	0.1402	0.1407	0.1301	0.0674	0.1244	0.0674	0.0907
chr2R	7516409	7516560	chr2R:7516410-7516560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0391	0.0249	0.0376	0.0565	0.0138	0.032	0.0307	0.024	0.0138	0.0368	0.0392	0.0368	0.0674	0.023	0.0883	0.023	0.0959
chr2R	7517200	7517402	chr2R:7517201-7517402	distal	distal	none	none	CG9005	CG9005	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.13	0.0824	0.1636	0.1465	0.0551	0.1393	0.0683	0.0866	0.0551	0.2355	0.1646	0.2355	0.2053	0.1685	0.156	0.1685	0.1694
chr2R	7517517	7517718	chr2R:7517518-7517718	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG9005	CG9005	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1301	0.0849	0.1702	0.1366	0.0435	0.1442	0.0744	0.0873	0.0435	0.2597	0.1807	0.2597	0.1797	0.1485	0.1586	0.1485	0.1813
chr2R	7518397	7518760	chr2R:7518398-7518760	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.0589	0.1608	0.1546	0.0339	0.1097	0.0446	0.0493	0.0339	0.2965	0.1357	0.2965	0.2161	0.2688	0.1483	0.2688	0.2043
chr2R	7519221	7519372	chr2R:7519222-7519372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0589	0.0897	0.0816	0.0276	0.0932	0.0528	0.0653	0.0276	0.1286	0.0788	0.1286	0.1139	0.0919	0.0658	0.0919	0.1032
chr2R	7519935	7520328	chr2R:7519936-7520328	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3005	0.2773	0.3486	0.2735	0.2206	0.383	0.2465	0.3398	0.2206	0.4173	0.3942	0.4173	0.3602	0.3139	0.3391	0.3139	0.3246
chr2R	7520640	7520886	chr2R:7520641-7520886	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1612	0.1699	0.173	0.1386	0.1135	0.2267	0.167	0.2099	0.1135	0.2307	0.1949	0.2307	0.172	0.1462	0.1406	0.1462	0.1803
chr2R	7520892	7521185	chr2R:7520893-7521185	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1536	0.1608	0.1574	0.1416	0.0901	0.217	0.1639	0.1985	0.0901	0.1781	0.1621	0.1781	0.227	0.1355	0.1251	0.1355	0.2011
chr2R	7522373	7522524	chr2R:7522374-7522524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0631	0.0879	0.0618	0.0368	0.0573	0.0859	0.1207	0.1066	0.0573	0.0465	0.0842	0.0465	0.0837	0.0176	0.0722	0.0176	0.0552
chr2R	7522800	7522967	chr2R:7522801-7522967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.1004	0.0916	0.0675	0.0657	0.1117	0.1298	0.1193	0.0657	0.0682	0.1283	0.0682	0.1108	0.0383	0.1257	0.0383	0.098
chr2R	7524696	7524873	chr2R:7524697-7524873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.069	0.0457	0.0765	0.0866	0.0191	0.0675	0.0493	0.052	0.0191	0.0676	0.0785	0.0676	0.0868	0.0904	0.089	0.0904	0.1011
chr2R	7525064	7525253	chr2R:7525065-7525253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0768	0.0401	0.0816	0.1125	0.0212	0.0515	0.0446	0.0493	0.0212	0.0664	0.0958	0.0664	0.1201	0.0965	0.1586	0.0965	0.135
chr2R	7525710	7526062	chr2R:7525711-7526062	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1071	0.0953	0.1245	0.1012	0.0498	0.1364	0.0995	0.1033	0.0498	0.1153	0.1154	0.1153	0.2486	0.0421	0.0767	0.0421	0.2381
chr2R	7527055	7527253	chr2R:7527056-7527253	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1156	0.1488	0.1211	0.0726	0.0923	0.1704	0.1566	0.2039	0.0923	0.1546	0.1347	0.1546	0.1263	0.0597	0.0658	0.0597	0.0896
chr2R	7527742	7527961	chr2R:7527743-7527961	FBgn0033638	CG9005	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0776	0.0795	0.0857	0.0667	0.0382	0.0874	0.0882	0.1153	0.0382	0.0888	0.11	0.0888	0.0759	0.0697	0.0645	0.0697	0.0834
chr2R	7528002	7528271	chr2R:7528003-7528271	FBgn0033638	CG9005	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0903	0.0965	0.0981	0.0748	0.0668	0.0961	0.1215	0.1226	0.0668	0.1117	0.1151	0.1117	0.0906	0.0995	0.0799	0.0995	0.0881
chr2R	7528368	7528557	chr2R:7528369-7528557	FBgn0033638	CG9005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1294	0.1351	0.1353	0.1166	0.07	0.1578	0.1631	0.1626	0.07	0.1649	0.154	0.1649	0.1286	0.1394	0.1206	0.1394	0.1438
chr2R	7532303	7532454	chr2R:7532304-7532454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0193	0.0323	0.0142	0.0104	0.0138	0.0184	0.0692	0.0266	0.0138	0.0181	0.0148	0.0181	0.017	0.0092	0.011	0.0092	0.0167
chr2R	7533372	7533662	chr2R:7533373-7533662	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0443	0.0247	0.0451	0.0655	0.0064	0.0277	0.0329	0.0333	0.0064	0.0483	0.0428	0.0483	0.0937	0.0528	0.0683	0.0528	0.1339
chr2R	7535989	7536151	chr2R:7535990-7536151	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0355	0.0201	0.0235	0.0659	0.0011	0.0248	0.0281	0.024	0.0011	0.0193	0.0164	0.0193	0.0534	0.0911	0.04	0.0911	0.1188
chr2R	7536690	7536841	chr2R:7536691-7536841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0254	0.0207	0.0311	0.0095	0.0238	0.0424	0.026	0.0095	0.0145	0.0183	0.0145	0.0209	0.01	0.0097	0.01	0.024
chr2R	7537202	7537353	chr2R:7537203-7537353	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0257	0.0172	0.026	0.0348	0.0042	0.0218	0.0212	0.024	0.0042	0.0193	0.0264	0.0193	0.024	0.0145	0.011	0.0145	0.025
chr2R	7538473	7538725	chr2R:7538474-7538725	FBgn0033639	CG9003	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1509	0.1584	0.1557	0.1373	0.1209	0.1718	0.167	0.2199	0.1209	0.1751	0.1666	0.1751	0.22	0.1784	0.1328	0.1784	0.1912
chr2R	7539022	7539195	chr2R:7539023-7539195	FBgn0033639,FBgn0085257	CG34228,CG9003	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1423	0.1387	0.1593	0.1278	0.105	0.151	0.1497	0.1845	0.105	0.1999	0.1723	0.1999	0.1727	0.1317	0.1302	0.1317	0.1761
chr2R	7539279	7539485	chr2R:7539280-7539485	FBgn0033639,FBgn0050254,FBgn0085257	CG34228,CG9003,tRNA:CR30254	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1322	0.136	0.1438	0.1153	0.0944	0.1437	0.1566	0.1792	0.0944	0.1697	0.1659	0.1697	0.1549	0.1187	0.1231	0.1187	0.149
chr2R	7539557	7539716	chr2R:7539558-7539716	FBgn0011915,FBgn0033639,FBgn0050254,FBgn0085257	CG34228,CG9003,tRNA:CR30254,tRNA:M2:48Ba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0921	0.0972	0.1029	0.0745	0.0647	0.115	0.1038	0.1252	0.0647	0.1208	0.1145	0.1208	0.1092	0.0704	0.0735	0.0704	0.1016
chr2R	7539822	7540018	chr2R:7539823-7540018	FBgn0011915,FBgn0050254,FBgn0085257	CG34228,tRNA:CR30254,tRNA:M2:48Ba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2197	0.2395	0.241	0.1742	0.1803	0.2563	0.2855	0.2825	0.1803	0.3007	0.2656	0.3007	0.2424	0.1975	0.1728	0.1975	0.2236
chr2R	7540024	7540243	chr2R:7540025-7540243	FBgn0011915,FBgn0050254	tRNA:CR30254,tRNA:M2:48Ba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1927	0.206	0.2185	0.1494	0.1654	0.2218	0.2461	0.2345	0.1654	0.2663	0.2408	0.2663	0.2277	0.1708	0.1547	0.1708	0.1959
chr2R	7544734	7544885	chr2R:7544735-7544885	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0236	0.0298	0.0276	0.0095	0.0277	0.0316	0.0286	0.0095	0.0332	0.0354	0.0332	0.0349	0.0375	0.0522	0.0375	0.0276
chr2R	7544937	7545088	chr2R:7544938-7545088	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0267	0.0321	0.0302	0.0095	0.0335	0.0359	0.0286	0.0095	0.0356	0.0367	0.0356	0.0356	0.0567	0.0471	0.0567	0.0255
chr2R	7545344	7545732	chr2R:7545345-7545732	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0984	0.047	0.14	0.1103	0.0064	0.0922	0.0372	0.054	0.0064	0.2204	0.1514	0.2204	0.1286	0.2052	0.1502	0.2052	0.1141
chr2R	7546512	7546779	chr2R:7546513-7546779	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0915	0.0957	0.1015	0.0758	0.0382	0.1456	0.0926	0.1099	0.0382	0.1757	0.0981	0.1757	0.0875	0.2083	0.069	0.2083	0.0646
chr2R	7548058	7548254	chr2R:7548059-7548254	FBgn0011916	tRNA:M2:48Bb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1274	0.1199	0.1553	0.1053	0.0944	0.1388	0.1371	0.1359	0.0944	0.2174	0.1582	0.2174	0.1565	0.1508	0.0883	0.1508	0.1376
chr2R	7550310	7550470	chr2R:7550311-7550470	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0274	0.0148	0.0269	0.0419	0.0064	0.0165	0.0182	0.0207	0.0064	0.0344	0.0273	0.0344	0.0349	0.1026	0.0297	0.1026	0.0245
chr2R	7553009	7553202	chr2R:7553010-7553202	FBgn0050035	Tret1-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0726	0.0236	0.0855	0.1134	0.0095	0.0379	0.0272	0.0227	0.0095	0.1262	0.0961	0.1262	0.1007	0.1953	0.1322	0.1953	0.136
chr2R	7554137	7554369	chr2R:7554138-7554369	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0664	0.0386	0.1086	0.051	0.0148	0.051	0.029	0.072	0.0148	0.1256	0.1434	0.1256	0.1061	0.0551	0.0916	0.0551	0.0604
chr2R	7566361	7566594	chr2R:7566362-7566594	FBgn0040491,FBgn0044020	Buffy,Roc2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0528	0.0598	0.0575	0.0398	0.052	0.0621	0.0709	0.0753	0.052	0.0598	0.0646	0.0598	0.0581	0.0375	0.0458	0.0375	0.0328
chr2R	7566781	7566978	chr2R:7566782-7566978	FBgn0040491,FBgn0044020	Buffy,Roc2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.1493	0.1574	0.1196	0.1113	0.1495	0.186	0.1865	0.1113	0.1866	0.1733	0.1866	0.1627	0.1263	0.1425	0.1263	0.1282
chr2R	7567127	7567311	chr2R:7567128-7567311	FBgn0040491,FBgn0044020	Buffy,Roc2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0476	0.0533	0.0394	0.0191	0.0451	0.0705	0.0553	0.0191	0.0664	0.0601	0.0664	0.0581	0.0406	0.0471	0.0406	0.0516
chr2R	7567809	7567977	chr2R:7567810-7567977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0224	0.0253	0.022	0.0198	0.0106	0.0209	0.0441	0.0227	0.0106	0.0139	0.0203	0.0139	0.0449	0.0138	0.0116	0.0138	0.0438
chr2R	7577884	7578068	chr2R:7577885-7578068	FBgn0010516	wal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0597	0.0477	0.0754	0.0558	0.0276	0.0636	0.0446	0.0666	0.0276	0.0978	0.0743	0.0978	0.0705	0.0582	0.0587	0.0582	0.0875
chr2R	7578272	7578474	chr2R:7578273-7578474	FBgn0010516,FBgn0062449	CG13197,wal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.109	0.0914	0.1283	0.1075	0.0679	0.1165	0.0852	0.1266	0.0679	0.157	0.136	0.157	0.1394	0.134	0.1141	0.134	0.1371
chr2R	7578671	7578839	chr2R:7578672-7578839	FBgn0010516,FBgn0062449	CG13197,wal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1013	0.0828	0.1231	0.0982	0.0604	0.1005	0.0826	0.1133	0.0604	0.1552	0.1354	0.1552	0.1224	0.1217	0.1051	0.1217	0.1219
chr2R	7578929	7579163	chr2R:7578930-7579163	FBgn0062449	CG13197	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0539	0.0532	0.0618	0.046	0.0297	0.0612	0.0619	0.0693	0.0297	0.0755	0.0711	0.0755	0.0604	0.0551	0.0387	0.0551	0.0631
chr2R	7586086	7586237	chr2R:7586087-7586237	distal	distal	stage14	stage14	VT15243.1	VT15243.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0108	0.0138	0.0192	0.0032	0.0087	0.0169	0.0153	0.0032	0.0133	0.0116	0.0133	0.0108	0.0054	0.0064	0.0054	0.0063
chr2R	7590594	7590747	chr2R:7590595-7590747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.013	0.0249	0.0246	0.0095	0.0126	0.0208	0.012	0.0095	0.064	0.0145	0.064	0.0232	0.0835	0.0097	0.0835	0.0188
chr2R	7591880	7592031	chr2R:7591881-7592031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0129	0.011	0.0151	0.0127	0.0042	0.0092	0.0195	0.012	0.0042	0.0217	0.018	0.0217	0.0155	0.0322	0.0129	0.0322	0.0099
chr2R	7595523	7595674	chr2R:7595524-7595674	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0206	0.0191	0.032	0.0097	0.0042	0.0238	0.0247	0.0227	0.0042	0.0266	0.0289	0.0266	0.0132	0.0092	0.0077	0.0092	0.0115
chr2R	7597027	7597178	chr2R:7597028-7597178	distal	distal	stage5	stage5	VT15249.1	VT15249.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0133	0.0253	0.0081	0.0056	0.0127	0.0165	0.0225	0.0593	0.0127	0.0133	0.0077	0.0133	0.0023	0.0046	0.0039	0.0046	0.0047
chr2R	7597786	7597970	chr2R:7597787-7597970	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT15249.1,VT15250.1	VT15249.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1429	0.1402	0.1676	0.1188	0.0774	0.1597	0.1596	0.1845	0.0774	0.1878	0.1846	0.1878	0.1704	0.1286	0.1277	0.1286	0.1324
chr2R	7598120	7598315	chr2R:7598121-7598315	distal	distal	none	none	VT15250.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0477	0.0533	0.0356	0.0212	0.0485	0.0631	0.0613	0.0212	0.0495	0.0659	0.0495	0.0465	0.0345	0.0484	0.0345	0.0438
chr2R	7599623	7599835	chr2R:7599624-7599835	FBgn0033649	pyr	stage11,stage14,stage5	none	VT15250.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1702	0.1565	0.2091	0.1429	0.1442	0.1631	0.1752	0.2052	0.1442	0.2331	0.2463	0.2331	0.1836	0.16	0.1625	0.16	0.1579
chr2R	7601336	7601547	chr2R:7601337-7601547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0372	0.0467	0.0386	0.0249	0.0382	0.0316	0.0627	0.0746	0.0382	0.0211	0.0318	0.0211	0.0248	0.0061	0.02	0.0061	0.0135
chr2R	7603144	7603329	chr2R:7603145-7603329	distal	distal	none	none	VT15253.1	VT15253.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.027	0.0217	0.0305	0.0292	0.0117	0.0184	0.0247	0.0353	0.0117	0.0163	0.027	0.0163	0.0751	0.0092	0.0148	0.0092	0.0803
chr2R	7604044	7604396	chr2R:7604045-7604396	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT15253.1	VT15253.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0598	0.0704	0.0671	0.0398	0.0329	0.0597	0.0826	0.1139	0.0329	0.0236	0.065	0.0236	0.1123	0.0184	0.0322	0.0184	0.0406
chr2R	7604776	7604961	chr2R:7604777-7604961	distal	distal	none	none	VT15253.1	VT15253.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0246	0.0167	0.0236	0.0345	0.0138	0.0126	0.0242	0.022	0.0138	0.0139	0.0241	0.0139	0.0271	0.0329	0.0213	0.0329	0.0542
chr2R	7605562	7605765	chr2R:7605563-7605765	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0357	0.029	0.052	0.0251	0.0106	0.0345	0.0372	0.036	0.0106	0.026	0.0338	0.026	0.024	0.01	0.011	0.01	0.0162
chr2R	7606194	7606385	chr2R:7606195-7606385	distal	distal	none	none	VT15255.1	VT15255.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0216	0.0334	0.0216	0.0106	0.015	0.0307	0.034	0.0106	0.0151	0.0489	0.0151	0.0271	0.0115	0.0277	0.0115	0.0266
chr2R	7606658	7606892	chr2R:7606659-7606892	distal	distal	stage11	stage11	VT15255.1	VT15255.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0289	0.0236	0.0414	0.0212	0.0138	0.0189	0.0311	0.0353	0.0138	0.032	0.065	0.032	0.0294	0.0069	0.0387	0.0069	0.025
chr2R	7608882	7609033	chr2R:7608883-7609033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0215	0.0132	0.0192	0.0333	0.0064	0.0165	0.019	0.01	0.0064	0.0121	0.0148	0.0121	0.0534	0.0253	0.02	0.0253	0.0756
chr2R	7609063	7609214	chr2R:7609064-7609214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.019	0.0131	0.0222	0.022	0.0053	0.017	0.0199	0.01	0.0053	0.0139	0.0119	0.0139	0.0759	0.0138	0.0135	0.0138	0.0485
chr2R	7610981	7611206	chr2R:7610982-7611206	distal	distal	none	none	VT15257.1	VT15257.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0204	0.0167	0.0231	0.0217	0.0042	0.018	0.0242	0.0193	0.0042	0.0133	0.0209	0.0133	0.0534	0.01	0.0155	0.01	0.05
chr2R	7618476	7618627	chr2R:7618477-7618627	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.0093	0.0141	0.0171	0.0032	0.0063	0.0156	0.0107	0.0032	0.0121	0.0219	0.0121	0.0093	0.0061	0.0561	0.0061	0.0099
chr2R	7619465	7619616	chr2R:7619466-7619616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0118	0.0135	0.0234	0.0064	0.0092	0.0216	0.0113	0.0064	0.0103	0.0215	0.0103	0.0077	0.0084	0.0709	0.0084	0.0151
chr2R	7619862	7620013	chr2R:7619863-7620013	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0161	0.0123	0.0143	0.0138	0.0117	0.0277	0.0167	0.0138	0.0097	0.019	0.0097	0.0046	0.0038	0.0471	0.0038	0.0083
chr2R	7620617	7620812	chr2R:7620618-7620812	distal	distal	stage5	stage5	pyr	pyr	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.119	0.0181	0.0071	0.1209	0.0432	0.1566	0.2079	0.1209	0.0115	0.0235	0.0115	0.0139	0.0046	0.011	0.0046	0.0057
chr2R	7623079	7623230	chr2R:7623080-7623230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0154	0.0289	0.0122	0.0038	0.0233	0.0189	0.0463	0.0346	0.0233	0.0097	0.0154	0.0097	0.0147	0.0031	0.0064	0.0031	0.0021
chr2R	7624163	7624494	chr2R:7624164-7624494	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0462	0.0291	0.0199	0.0191	0.0286	0.0506	0.0999	0.0191	0.0211	0.0312	0.0211	0.0101	0.0046	0.0116	0.0046	0.0042
chr2R	7627926	7628077	chr2R:7627927-7628077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0135	0.0174	0.0146	0.0127	0.0117	0.0203	0.0153	0.0127	0.0145	0.0277	0.0145	0.0116	0.0077	0.0419	0.0077	0.0089
chr2R	7628675	7628826	chr2R:7628676-7628826	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0228	0.0188	0.0425	0.0057	0.0064	0.0165	0.0247	0.0306	0.0064	0.0109	0.0907	0.0109	0.0124	0.0038	0.0135	0.0038	0.0021
chr2R	7629747	7629965	chr2R:7629748-7629965	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0828	0.0329	0.0093	0.0795	0.05	0.1012	0.1406	0.0795	0.0127	0.0489	0.0127	0.0155	0.0107	0.0155	0.0107	0.0063
chr2R	7630110	7630344	chr2R:7630111-7630344	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0386	0.04	0.0499	0.0248	0.0265	0.033	0.0541	0.0553	0.0265	0.0356	0.09	0.0356	0.0155	0.0352	0.06	0.0352	0.012
chr2R	7630489	7630683	chr2R:7630490-7630683	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0298	0.0206	0.0447	0.0237	0.0117	0.0184	0.0294	0.0273	0.0117	0.0423	0.0743	0.0423	0.0116	0.0337	0.0451	0.0337	0.013
chr2R	7632236	7632387	chr2R:7632237-7632387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0086	0.006	0.0085	0.0032	0.0053	0.0164	0.01	0.0032	0.0036	0.008	0.0036	0.0054	0.0061	0.0058	0.0061	0.0042
chr2R	7635078	7635229	chr2R:7635079-7635229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0131	0.0229	0.0105	0.005	0.0064	0.0204	0.0229	0.046	0.0064	0.0097	0.0145	0.0097	0.0023	0.0054	0.009	0.0054	0.0031
chr2R	7635714	7635891	chr2R:7635715-7635891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.012	0.0254	0.017	0.0021	0.0092	0.0186	0.0193	0.0021	0.006	0.0514	0.006	0.0116	0.0038	0.0587	0.0038	0.0073
chr2R	7636193	7636379	chr2R:7636194-7636379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0209	0.0442	0.0263	0.0085	0.0218	0.0251	0.032	0.0085	0.0217	0.0772	0.0217	0.0356	0.0214	0.0606	0.0214	0.0224
chr2R	7637621	7637882	chr2R:7637622-7637882	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.011	0.0433	0.0169	0.0053	0.0107	0.0143	0.016	0.0053	0.0121	0.0884	0.0121	0.0201	0.0061	0.0548	0.0061	0.0068
chr2R	7642512	7642811	chr2R:7642513-7642811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0383	0.0272	0.018	0.0212	0.0345	0.0402	0.062	0.0212	0.0139	0.046	0.0139	0.0163	0.0123	0.038	0.0123	0.013
chr2R	7643300	7643512	chr2R:7643301-7643512	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0687	0.056	0.0831	0.067	0.0371	0.0665	0.0484	0.0913	0.0371	0.0713	0.1058	0.0713	0.0674	0.0505	0.0787	0.0505	0.05
chr2R	7643832	7644049	chr2R:7643833-7644049	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0286	0.0226	0.0212	0.0434	0.0148	0.0184	0.0285	0.0326	0.0148	0.006	0.0113	0.006	0.0186	0.0061	0.0103	0.0061	0.0156
chr2R	7644582	7644733	chr2R:7644583-7644733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0095	0.0071	0.0166	0.0032	0.0063	0.0134	0.016	0.0032	0.0066	0.0045	0.0066	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.0047
chr2R	7645193	7645344	chr2R:7645194-7645344	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0172	0.0137	0.0288	0.0095	0.0155	0.0247	0.0207	0.0095	0.0121	0.0151	0.0121	0.0054	0.0038	0.0045	0.0038	0.0078
chr2R	7649951	7650102	chr2R:7649952-7650102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0116	0.0092	0.0151	0.0103	0.0032	0.0078	0.0138	0.0127	0.0032	0.0115	0.0125	0.0115	0.0426	0.0054	0.0097	0.0054	0.0214
chr2R	7650752	7650903	chr2R:7650753-7650903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0118	0.0083	0.0121	0.0153	0.0042	0.0053	0.013	0.01	0.0042	0.0145	0.0093	0.0145	0.0217	0.0306	0.011	0.0306	0.0182
chr2R	7660467	7660618	chr2R:7660468-7660618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0111	0.0095	0.011	0.0131	0.0053	0.0068	0.0156	0.008	0.0053	0.0109	0.0068	0.0109	0.0318	0.0069	0.0064	0.0069	0.0318
chr2R	7662589	7662745	chr2R:7662590-7662745	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0071	0.0174	0.0217	0.0032	0.0087	0.0074	0.0113	0.0032	0.006	0.0116	0.006	0.0604	0.0138	0.0045	0.0138	0.0584
chr2R	7663601	7663782	chr2R:7663602-7663782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0098	0.017	0.018	0	0.0112	0.0134	0.0113	0	0.0127	0.0145	0.0127	0.0442	0.0084	0.0103	0.0084	0.0401
chr2R	7667861	7668068	chr2R:7667862-7668068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0156	0.0216	0.0256	0.0074	0.0175	0.0242	0.0133	0.0074	0.0151	0.0151	0.0151	0.0589	0.0107	0.0155	0.0107	0.0636
chr2R	7669427	7669578	chr2R:7669428-7669578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0083	0.007	0.007	0.0111	0	0.0058	0.0138	0.006	0	0.0048	0.0064	0.0048	0.0023	0	0.0013	0	0.0057
chr2R	7669911	7670062	chr2R:7669912-7670062	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0046	0.0076	0.0128	0	0.0029	0.0095	0.006	0	0.0066	0.008	0.0066	0.0101	0	0.0052	0	0.0057
chr2R	7670138	7670289	chr2R:7670139-7670289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0093	0.0071	0.0088	0.0124	0.0021	0.0044	0.0143	0.008	0.0021	0.0085	0.0093	0.0085	0.0039	0.0092	0.0064	0.0092	0.0068
chr2R	7674680	7674831	chr2R:7674681-7674831	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.015	0.0158	0.0185	0.0102	0.0042	0.0131	0.0143	0.0366	0.0042	0.0066	0.0241	0.0066	0.0015	0.0023	0.0026	0.0023	0.0036
chr2R	7675206	7675375	chr2R:7675207-7675375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0199	0.0223	0.0109	0.017	0.0131	0.0255	0.0313	0.017	0.0127	0.0228	0.0127	0.0077	0.0015	0.0045	0.0015	0.0047
chr2R	7677464	7677932	chr2R:7677465-7677932	FBgn0033651	Tango3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.2084	0.1913	0.2292	0.2047	0.1294	0.2005	0.2098	0.2771	0.1294	0.2077	0.2884	0.2077	0.2277	0.1822	0.2476	0.1822	0.2152
chr2R	7679146	7679297	chr2R:7679147-7679297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0224	0.0262	0.0226	0.018	0.0159	0.0146	0.035	0.0466	0.0159	0.0145	0.0273	0.0145	0.0318	0.0054	0.0181	0.0054	0.0344
chr2R	7679411	7679562	chr2R:7679412-7679562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0211	0.0238	0.0212	0.018	0.0191	0.0184	0.0281	0.0373	0.0191	0.0109	0.0244	0.0109	0.0318	0.0061	0.02	0.0061	0.0354
chr2R	7680294	7680445	chr2R:7680295-7680445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0266	0.0324	0.0321	0.0141	0.0085	0.0325	0.0385	0.05	0.0085	0.0199	0.0286	0.0199	0.0813	0.0077	0.0142	0.0077	0.0224
chr2R	7680866	7681039	chr2R:7680867-7681039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0339	0.0409	0.047	0.0118	0.0308	0.0369	0.042	0.072	0.0308	0.055	0.0576	0.055	0.0496	0.0107	0.0193	0.0107	0.0094
chr2R	7681628	7681863	chr2R:7681629-7681863	distal	distal	stage5	stage5	ths_Neu4_early_embryonic_NR	ths_Neu4_early_embryonic_NR	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0908	0.2046	0.0482	0.0102	0.2227	0.1058	0.2772	0.3065	0.2227	0.0248	0.0781	0.0248	0.0124	0.0038	0.0155	0.0038	0.0021
chr2R	7681910	7682078	chr2R:7681911-7682078	distal	distal	stage5	stage5	ths_Neu4_early_embryonic_NR	ths_Neu4_early_embryonic_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0771	0.1783	0.0332	0.0121	0.2078	0.0752	0.2747	0.2305	0.2078	0.0133	0.0424	0.0133	0.0124	0.0046	0.0116	0.0046	0.0052
chr2R	7682145	7682617	chr2R:7682146-7682617	distal	distal	stage5	stage5	ths_Neu4_early_embryonic_NR	ths_Neu4_early_embryonic_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0867	0.1322	0.0892	0.033	0.1145	0.0699	0.2219	0.1492	0.1145	0.0483	0.1071	0.0483	0.0465	0.0375	0.0335	0.0375	0.0115
chr2R	7682716	7682867	chr2R:7682717-7682867	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0388	0.0531	0.0454	0.0156	0.0308	0.0345	0.0826	0.0686	0.0308	0.0314	0.072	0.0314	0.0256	0.0245	0.0322	0.0245	0.0068
chr2R	7683131	7683351	chr2R:7683132-7683351	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0732	0.1342	0.0608	0.0187	0.1156	0.0854	0.1929	0.1799	0.1156	0.0272	0.1167	0.0272	0.0279	0.0138	0.0477	0.0138	0.0125
chr2R	7683463	7683703	chr2R:7683464-7683703	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0861	0.1388	0.0824	0.0312	0.1209	0.0995	0.183	0.1932	0.1209	0.0217	0.174	0.0217	0.0287	0.0107	0.107	0.0107	0.0141
chr2R	7683750	7683975	chr2R:7683751-7683975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0927	0.1346	0.0975	0.0407	0.1241	0.0835	0.176	0.2132	0.1241	0.0236	0.2132	0.0236	0.0271	0.0092	0.1489	0.0092	0.0146
chr2R	7684267	7684418	chr2R:7684268-7684418	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0293	0.0252	0.04	0.0221	0.0127	0.018	0.0307	0.0466	0.0127	0.0169	0.0775	0.0169	0.0178	0.0046	0.0832	0.0046	0.0063
chr2R	7684778	7685013	chr2R:7684779-7685013	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0532	0.0439	0.082	0.0319	0.0255	0.0408	0.0441	0.072	0.0255	0.035	0.1543	0.035	0.0496	0.0161	0.1025	0.0161	0.012
chr2R	7685065	7685431	chr2R:7685066-7685431	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0729	0.0688	0.1129	0.0334	0.0477	0.0524	0.0748	0.1193	0.0477	0.0411	0.2119	0.0411	0.0488	0.0191	0.1057	0.0191	0.0156
chr2R	7687559	7687804	chr2R:7687560-7687804	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0418	0.0945	0.0203	0.0064	0.0615	0.0466	0.0921	0.2232	0.0615	0.0103	0.0357	0.0103	0.007	0.0069	0.0084	0.0069	0.0036
chr2R	7687809	7688041	chr2R:7687810-7688041	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0889	0.0217	0.0102	0.0488	0.0544	0.0709	0.2219	0.0488	0.0127	0.037	0.0127	0.0077	0.0092	0.0193	0.0092	0.0078
chr2R	7692413	7692564	chr2R:7692414-7692564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0176	0.0187	0.0141	0.0032	0.0126	0.0216	0.0326	0.0032	0.0169	0.0305	0.0169	0.0108	0.0092	0.0368	0.0092	0.0083
chr2R	7692722	7692873	chr2R:7692723-7692873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0121	0.0153	0.0114	0.0093	0.0095	0.0083	0.0177	0.0306	0.0095	0.0042	0.0219	0.0042	0.0085	0.0023	0.0355	0.0023	0.0021
chr2R	7693375	7693526	chr2R:7693376-7693526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0123	0.0172	0.0095	0.01	0.0117	0.0073	0.0247	0.0293	0.0117	0.0091	0.0129	0.0091	0.007	0.0115	0.0245	0.0115	0.0063
chr2R	7694749	7694900	chr2R:7694750-7694900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0193	0.0241	0.0166	0.0169	0.0159	0.017	0.0307	0.04	0.0159	0.0175	0.0174	0.0175	0.0217	0.0383	0.02	0.0383	0.013
chr2R	7697138	7697289	chr2R:7697139-7697289	distal	distal	none	none	VT15305.1	VT15305.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0143	0.0171	0.0185	0.0064	0.0074	0.016	0.0216	0.026	0.0074	0.0429	0.0161	0.0429	0.0077	0.0084	0.0077	0.0084	0.0063
chr2R	7697426	7697577	chr2R:7697427-7697577	distal	distal	none	none	VT15305.1	VT15305.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0172	0.0228	0.0193	0.0086	0.0064	0.0189	0.0294	0.0366	0.0064	0.0399	0.0199	0.0399	0.0093	0.0145	0.0142	0.0145	0.0042
chr2R	7697939	7698166	chr2R:7697940-7698166	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0423	0.0492	0.0462	0.0302	0.0329	0.0417	0.0549	0.0839	0.0329	0.0501	0.0678	0.0501	0.0341	0.0605	0.0355	0.0605	0.0297
chr2R	7698777	7699003	chr2R:7698778-7699003	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1068	0.1102	0.1269	0.081	0.0689	0.1184	0.1073	0.1672	0.0689	0.1582	0.1653	0.1582	0.1046	0.1355	0.0954	0.1355	0.0714
chr2R	7699712	7699968	chr2R:7699713-7699968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0425	0.0279	0.0139	0.035	0.0199	0.0653	0.056	0.035	0.0272	0.0376	0.0272	0.0263	0.0107	0.02	0.0107	0.0162
chr2R	7711162	7711313	chr2R:7711163-7711313	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0147	0.0226	0.0084	0.0095	0.0087	0.0264	0.0187	0.0095	0.0163	0.0363	0.0163	0.0132	0.0061	0.0161	0.0061	0.0073
chr2R	7711426	7711577	chr2R:7711427-7711577	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0108	0.0214	0.0071	0.0085	0.0097	0.0173	0.0093	0.0085	0.0169	0.0338	0.0169	0.0108	0.0054	0.0161	0.0054	0.0031
chr2R	7712441	7712654	chr2R:7712442-7712654	FBgn0033653	CG13192	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.052	0.0501	0.0651	0.0397	0.0265	0.0558	0.064	0.054	0.0265	0.0719	0.0817	0.0719	0.0651	0.0406	0.0516	0.0406	0.0479
chr2R	7712703	7712916	chr2R:7712704-7712916	FBgn0033653	CG13192	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1148	0.1077	0.1393	0.0958	0.0785	0.1204	0.1306	0.1252	0.0785	0.1721	0.1576	0.1721	0.1387	0.1041	0.1135	0.1041	0.1193
chr2R	7712987	7713138	chr2R:7712988-7713138	FBgn0033653	CG13192	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0509	0.0471	0.06	0.0451	0.0297	0.0524	0.0593	0.052	0.0297	0.0749	0.064	0.0749	0.0658	0.0628	0.0509	0.0628	0.05
chr2R	7713207	7713358	chr2R:7713208-7713358	FBgn0033653	CG13192	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0285	0.0283	0.0301	0.0272	0.018	0.0286	0.0368	0.0293	0.018	0.0362	0.0367	0.0362	0.0287	0.0482	0.0329	0.0482	0.025
chr2R	7713675	7713826	chr2R:7713676-7713826	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0167	0.0174	0.019	0.0132	0.0085	0.0107	0.0281	0.022	0.0085	0.0278	0.0199	0.0278	0.0178	0.0268	0.0168	0.0268	0.0104
chr2R	7725771	7725995	chr2R:7725772-7725995	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0796	0.0499	0.1126	0.0767	0.018	0.0811	0.0489	0.0493	0.018	0.2917	0.0797	0.2917	0.0798	0.1631	0.107	0.1631	0.0537
chr2R	7726309	7726460	chr2R:7726310-7726460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0256	0.0153	0.0324	0.0298	0.0085	0.0214	0.0182	0.014	0.0085	0.0876	0.0209	0.0876	0.024	0.0819	0.0284	0.0819	0.0219
chr2R	7726951	7727223	chr2R:7726952-7727223	FBgn0033654	Sobp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1118	0.0465	0.1393	0.1547	0.0138	0.0835	0.0458	0.036	0.0138	0.3388	0.1042	0.3388	0.1015	0.3193	0.1509	0.3193	0.1371
chr2R	7727524	7727710	chr2R:7727525-7727710	FBgn0033654	Sobp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0384	0.0172	0.049	0.0506	0.0042	0.0248	0.0195	0.02	0.0042	0.128	0.0283	0.128	0.0364	0.1386	0.0355	0.1386	0.0427
chr2R	7731666	7731829	chr2R:7731667-7731829	FBgn0033656,FBgn0262819	CG43190,S2P	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0343	0.0219	0.0247	0.0586	0.0117	0.0233	0.0311	0.0233	0.0117	0.0181	0.0267	0.0181	0.0465	0.0658	0.0625	0.0658	0.0813
chr2R	7732702	7732876	chr2R:7732703-7732876	FBgn0033657	Sln	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0368	0.0201	0.0174	0.0223	0.0306	0.0571	0.0406	0.0223	0.0223	0.0228	0.0223	0.0155	0.0107	0.009	0.0107	0.0104
chr2R	7733669	7733820	chr2R:7733670-7733820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0128	0.0176	0.0285	0.0032	0.0097	0.0203	0.018	0.0032	0.0181	0.0164	0.0181	0.0132	0.01	0.0071	0.01	0.0146
chr2R	7739451	7739869	chr2R:7739452-7739869	FBgn0013756	Mtor	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0811	0.0928	0.0924	0.0556	0.0615	0.1063	0.1103	0.1146	0.0615	0.1075	0.109	0.1075	0.0813	0.0544	0.0632	0.0544	0.061
chr2R	7740002	7740184	chr2R:7740003-7740184	FBgn0013756	Mtor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1244	0.1332	0.1364	0.1012	0.0986	0.1442	0.1501	0.1805	0.0986	0.1691	0.1482	0.1691	0.141	0.1026	0.1193	0.1026	0.1245
chr2R	7740241	7740478	chr2R:7740242-7740478	FBgn0013756	Mtor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0999	0.1049	0.1132	0.0797	0.0827	0.1058	0.1202	0.1426	0.0827	0.1437	0.128	0.1437	0.0968	0.072	0.0974	0.072	0.1089
chr2R	7740607	7740789	chr2R:7740608-7740789	FBgn0013756	Mtor	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0926	0.0965	0.1024	0.0776	0.0647	0.1063	0.1181	0.1179	0.0647	0.1335	0.117	0.1335	0.0922	0.0796	0.0954	0.0796	0.1089
chr2R	7740893	7741053	chr2R:7740894-7741053	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0589	0.0504	0.0301	0.0382	0.0583	0.0804	0.0706	0.0382	0.0604	0.0569	0.0604	0.0488	0.0391	0.0361	0.0391	0.0406
chr2R	7741086	7741275	chr2R:7741087-7741275	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.046	0.0362	0.018	0.0233	0.0359	0.0696	0.054	0.0233	0.0459	0.0412	0.0459	0.0333	0.0191	0.0174	0.0191	0.0219
chr2R	7748693	7748844	chr2R:7748694-7748844	FBgn0085259	CG34230	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0413	0.0197	0.0096	0.0286	0.034	0.0606	0.046	0.0286	0.0205	0.0228	0.0205	0.0209	0.0084	0.0129	0.0084	0.0135
chr2R	7748930	7749179	chr2R:7748931-7749179	FBgn0085259	CG34230	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0624	0.0326	0.0146	0.052	0.0481	0.0865	0.0753	0.052	0.035	0.035	0.035	0.0325	0.013	0.0187	0.013	0.0198
chr2R	7749194	7749483	chr2R:7749195-7749483	FBgn0085259	CG34230	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0318	0.0541	0.0273	0.0117	0.0371	0.0456	0.074	0.0633	0.0371	0.0308	0.0305	0.0308	0.0256	0.0115	0.0103	0.0115	0.0156
chr2R	7750781	7750932	chr2R:7750782-7750932	FBgn0033658	TwdlBeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0117	0.0207	0.0081	0.0042	0.0092	0.0182	0.014	0.0042	0.0139	0.0318	0.0139	0.0194	0.0069	0.0174	0.0069	0.0057
chr2R	7753037	7753188	chr2R:7753038-7753188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0275	0.0274	0.0136	0.0244	0.0262	0.0359	0.0333	0.0244	0.029	0.0357	0.029	0.0232	0.01	0.0123	0.01	0.0177
chr2R	7755742	7755893	chr2R:7755743-7755893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0187	0.0319	0.0156	0.0074	0.0223	0.0257	0.0562	0.0253	0.0223	0.0205	0.0154	0.0205	0.0225	0.0084	0.0084	0.0084	0.013
chr2R	7772688	7772935	chr2R:7772689-7772935	FBgn0033661	CG13185	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0715	0.0644	0.0895	0.0596	0.0371	0.0777	0.0744	0.0786	0.0371	0.1129	0.1023	0.1129	0.0937	0.0689	0.0645	0.0689	0.073
chr2R	7773073	7773243	chr2R:7773074-7773243	FBgn0033661,FBgn0260932	CG13185,cuff	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1747	0.1579	0.2127	0.1518	0.1135	0.1908	0.1618	0.2085	0.1135	0.2766	0.2244	0.2766	0.2363	0.1792	0.1676	0.1792	0.1855
chr2R	7773460	7773659	chr2R:7773461-7773659	FBgn0033661,FBgn0260932	CG13185,cuff	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0905	0.0882	0.1126	0.0688	0.0583	0.0985	0.1008	0.1159	0.0583	0.1329	0.1293	0.1329	0.1177	0.0681	0.0735	0.0681	0.0948
chr2R	7773675	7773826	chr2R:7773676-7773826	FBgn0260932	cuff	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0502	0.0484	0.0636	0.0375	0.0233	0.0544	0.0536	0.0653	0.0233	0.0755	0.0752	0.0755	0.0682	0.0368	0.0438	0.0368	0.0547
chr2R	7773897	7774048	chr2R:7773898-7774048	FBgn0260932	cuff	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0454	0.042	0.0605	0.0327	0.0244	0.0481	0.0536	0.05	0.0244	0.0682	0.073	0.0682	0.0643	0.0245	0.0303	0.0245	0.0563
chr2R	7774434	7774585	chr2R:7774435-7774585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0487	0.039	0.0572	0.0503	0.0223	0.049	0.0489	0.04	0.0223	0.055	0.0678	0.055	0.072	0.0368	0.0406	0.0368	0.0943
chr2R	7777131	7777282	chr2R:7777132-7777282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0402	0.0293	0.0458	0.0461	0.0138	0.0383	0.0394	0.028	0.0138	0.0368	0.0463	0.0368	0.0844	0.0084	0.0219	0.0084	0.1214
chr2R	7777869	7778020	chr2R:7777870-7778020	FBgn0033663	ERp60	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0755	0.0522	0.0964	0.0787	0.0159	0.0757	0.0441	0.0733	0.0159	0.0839	0.119	0.0839	0.1208	0.0643	0.0941	0.0643	0.1199
chr2R	7778078	7778259	chr2R:7778079-7778259	FBgn0033663	ERp60	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0884	0.0563	0.1159	0.094	0.017	0.0893	0.0484	0.0706	0.017	0.1021	0.1328	0.1021	0.172	0.0842	0.1057	0.0842	0.1303
chr2R	7778376	7778560	chr2R:7778377-7778560	FBgn0000556,FBgn0033663	ERp60,Ef1alpha48D	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.151	0.0947	0.1808	0.181	0.0392	0.1427	0.083	0.1246	0.0392	0.1824	0.2074	0.1824	0.2378	0.1922	0.1915	0.1922	0.2381
chr2R	7779518	7779713	chr2R:7779519-7779713	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT15341.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2219	0.2137	0.2494	0.2009	0.1612	0.2578	0.2215	0.2758	0.1612	0.3019	0.2675	0.3019	0.2548	0.2266	0.2089	0.2266	0.2408
chr2R	7779930	7780218	chr2R:7779931-7780218	FBgn0015543	snoRNA:Me28S-A1322	stage11,stage14,stage5	none	VT15341.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1491	0.1513	0.1732	0.1202	0.1145	0.1903	0.1514	0.1872	0.1145	0.2162	0.1846	0.2162	0.1712	0.1325	0.1289	0.1325	0.1329
chr2R	7780384	7780591	chr2R:7780385-7780591	FBgn0015543	snoRNA:Me28S-A1322	stage11,stage14,stage5	none	VT15341.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.2249	0.2324	0.2478	0.1913	0.1994	0.2738	0.2388	0.2971	0.1994	0.2832	0.2717	0.2832	0.227	0.2113	0.2083	0.2113	0.2079
chr2R	7780718	7780915	chr2R:7780719-7780915	FBgn0015543	snoRNA:Me28S-A1322	stage11,stage14,stage5	none	VT15341.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1575	0.1584	0.1784	0.1335	0.1124	0.1752	0.1665	0.2205	0.1124	0.2089	0.1875	0.2089	0.1828	0.1424	0.1399	0.1424	0.1558
chr2R	7780969	7781120	chr2R:7780970-7781120	FBgn0015543	snoRNA:Me28S-A1322	stage5	none	VT15341.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.083	0.0942	0.0507	0.0456	0.1063	0.0826	0.1106	0.0456	0.1226	0.0981	0.1226	0.1015	0.0636	0.0419	0.0636	0.0756
chr2R	7781209	7781360	chr2R:7781210-7781360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0566	0.0556	0.0714	0.0415	0.0265	0.0806	0.0584	0.0653	0.0265	0.1117	0.0704	0.1117	0.079	0.0505	0.0387	0.0505	0.0615
chr2R	7782300	7782451	chr2R:7782301-7782451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0569	0.0541	0.0788	0.0359	0.0339	0.0704	0.0463	0.0773	0.0339	0.119	0.0794	0.119	0.0953	0.0413	0.0348	0.0413	0.0578
chr2R	7786912	7787127	chr2R:7786913-7787127	FBgn0033665	CG13189	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1375	0.1274	0.1647	0.1189	0.0944	0.1466	0.1414	0.1612	0.0944	0.183	0.1794	0.183	0.2254	0.1149	0.1238	0.1149	0.1902
chr2R	7787191	7787444	chr2R:7787192-7787444	FBgn0033665	CG13189	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0854	0.0828	0.098	0.0746	0.0382	0.0961	0.0943	0.1146	0.0382	0.1069	0.1093	0.1069	0.1263	0.0727	0.0587	0.0727	0.135
chr2R	7788942	7789137	chr2R:7788943-7789137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0411	0.0422	0.042	0.0389	0.0212	0.0612	0.0484	0.042	0.0212	0.0459	0.036	0.0459	0.0945	0.0191	0.02	0.0191	0.1027
chr2R	7791114	7791271	chr2R:7791115-7791271	FBgn0260959	MCPH1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0741	0.0669	0.0934	0.061	0.0445	0.0816	0.074	0.0793	0.0445	0.1105	0.0997	0.1105	0.1022	0.0881	0.0683	0.0881	0.0896
chr2R	7791334	7791526	chr2R:7791335-7791526	FBgn0260959	MCPH1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1367	0.1447	0.1607	0.1014	0.1018	0.1684	0.167	0.1752	0.1018	0.2071	0.1807	0.2071	0.1588	0.1363	0.1231	0.1363	0.1433
chr2R	7791645	7791796	chr2R:7791646-7791796	FBgn0260959	MCPH1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.039	0.0454	0.0433	0.0273	0.0201	0.0451	0.0649	0.0593	0.0201	0.0471	0.054	0.0471	0.0418	0.0368	0.0368	0.0368	0.0313
chr2R	7800221	7800435	chr2R:7800222-7800435	FBgn0033667	CG13183	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.0143	0.023	0.0508	0.0053	0.0141	0.0216	0.0173	0.0053	0.0115	0.0408	0.0115	0.0194	0.0061	0.1915	0.0061	0.0188
chr2R	7805839	7805990	chr2R:7805840-7805990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0123	0.0098	0.0139	0.0106	0.0121	0.0177	0.01	0.0106	0.0072	0.0158	0.0072	0.0077	0.0069	0.0451	0.0069	0.0063
chr2R	7806167	7806318	chr2R:7806168-7806318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0083	0.0083	0.0074	0.0093	0.0011	0.0073	0.0121	0.012	0.0011	0.0048	0.0135	0.0048	0.0023	0.0023	0.0284	0.0023	0.0052
chr2R	7807961	7808112	chr2R:7807962-7808112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0062	0.007	0.0114	0.0011	0.0044	0.0134	0.0053	0.0011	0.006	0.01	0.006	0.007	0.0031	0.0368	0.0031	0.0078
chr2R	7809662	7809813	chr2R:7809663-7809813	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0201	0.015	0.0111	0.0074	0.0214	0.0285	0.0173	0.0074	0.0139	0.0196	0.0139	0.0147	0.0054	0.0245	0.0054	0.0104
chr2R	7817861	7818012	chr2R:7817862-7818012	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0086	0.0113	0.0212	0.0074	0.0063	0.0151	0.0087	0.0074	0.0072	0.0161	0.0072	0.0139	0.0046	0.0645	0.0046	0.0151
chr2R	7818655	7818828	chr2R:7818656-7818828	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0309	0.023	0.0163	0.0159	0.0218	0.0454	0.0406	0.0159	0.0127	0.0386	0.0127	0.0147	0.0084	0.0496	0.0084	0.0068
chr2R	7826880	7827031	chr2R:7826881-7827031	FBgn0033668	CG13188	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0083	0.0095	0.0334	0.0042	0.0053	0.0164	0.008	0.0042	0.0036	0.0174	0.0036	0.0085	0.0038	0.1309	0.0038	0.0083
chr2R	7833110	7833261	chr2R:7833111-7833261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0106	0.008	0.0127	0.0113	0.0032	0.0092	0.0108	0.008	0.0032	0.0103	0.0199	0.0103	0.0077	0.0046	0.0335	0.0046	0.0068
chr2R	7833867	7834143	chr2R:7833868-7834143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0156	0.0226	0.0152	0.0074	0.0175	0.0221	0.0133	0.0074	0.0133	0.036	0.0133	0.0178	0.0054	0.0438	0.0054	0.0109
chr2R	7835874	7836025	chr2R:7835875-7836025	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0229	0.0201	0.0093	0.0095	0.0204	0.0298	0.036	0.0095	0.0121	0.0347	0.0121	0.007	0.0054	0.0264	0.0054	0.0068
chr2R	7838085	7838250	chr2R:7838086-7838250	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0136	0.0202	0.0163	0.0053	0.0068	0.0247	0.0187	0.0053	0.0127	0.0322	0.0127	0.0147	0.0046	0.0529	0.0046	0.0089
chr2R	7838433	7838584	chr2R:7838434-7838584	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0181	0.0189	0.0187	0.0042	0.016	0.0311	0.0193	0.0042	0.0079	0.0309	0.0079	0.0139	0.0054	0.0632	0.0054	0.0063
chr2R	7840984	7841135	chr2R:7840985-7841135	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0101	0.0115	0.0231	0.0021	0.0097	0.0182	0.0087	0.0021	0.0048	0.0215	0.0048	0.007	0.0015	0.0916	0.0015	0.0052
chr2R	7846837	7846988	chr2R:7846838-7846988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0141	0.0117	0.0121	0.0064	0.0102	0.0247	0.0167	0.0064	0.006	0.019	0.006	0.0101	0.0015	0.0393	0.0015	0.0063
chr2R	7847163	7847314	chr2R:7847164-7847314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0163	0.0159	0.0103	0.0053	0.0146	0.0268	0.0173	0.0053	0.0145	0.0212	0.0145	0.0108	0.0031	0.0284	0.0031	0.0094
chr2R	7855958	7856139	chr2R:7855959-7856139	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0538	0.0537	0.064	0.0429	0.0339	0.0549	0.0744	0.0613	0.0339	0.0882	0.0707	0.0882	0.0534	0.036	0.0651	0.036	0.0479
chr2R	7856304	7856489	chr2R:7856305-7856489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1159	0.11	0.1434	0.0923	0.0679	0.1175	0.1393	0.1299	0.0679	0.1721	0.1675	0.1721	0.117	0.0727	0.109	0.0727	0.1152
chr2R	7856785	7856977	chr2R:7856786-7856977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.0821	0.1029	0.0732	0.053	0.0888	0.1016	0.0999	0.053	0.1232	0.1138	0.1232	0.0953	0.0727	0.0748	0.0727	0.0829
chr2R	7857315	7857476	chr2R:7857316-7857476	FBgn0033669	PI31	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.0538	0.0523	0.0368	0.0392	0.0612	0.0636	0.0646	0.0392	0.0628	0.0582	0.0628	0.0356	0.0375	0.0413	0.0375	0.0453
chr2R	7857573	7857943	chr2R:7857574-7857943	FBgn0026573,FBgn0033669	CG8290,PI31	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.174	0.1724	0.2082	0.1383	0.1294	0.2029	0.186	0.2225	0.1294	0.2723	0.2232	0.2723	0.1797	0.1455	0.138	0.1455	0.1626
chr2R	7858087	7858309	chr2R:7858088-7858309	FBgn0026573,FBgn0033669	CG8290,PI31	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1316	0.1422	0.1547	0.0944	0.1071	0.1748	0.1427	0.1845	0.1071	0.2029	0.1659	0.2029	0.1371	0.0972	0.0941	0.0972	0.1006
chr2R	7865510	7865661	chr2R:7865511-7865661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0257	0.0354	0.0296	0.0107	0.0212	0.0359	0.0484	0.0433	0.0212	0.0254	0.0399	0.0254	0.0217	0.0123	0.0084	0.0123	0.0057
chr2R	7866792	7866943	chr2R:7866793-7866943	FBgn0050036	CG30036	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0258	0.0371	0.0254	0.0136	0.0286	0.0291	0.0506	0.052	0.0286	0.0193	0.0296	0.0193	0.0201	0.0153	0.011	0.0153	0.0104
chr2R	7869751	7870023	chr2R:7869752-7870023	FBgn0053145	CG33145	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0848	0.1998	0.0306	0.0159	0.1707	0.1204	0.2937	0.2645	0.1707	0.026	0.0344	0.026	0.0333	0.013	0.011	0.013	0.0271
chr2R	7870194	7870555	chr2R:7870195-7870555	FBgn0053145	CG33145	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.1449	0.0959	0.0703	0.1092	0.134	0.1903	0.1779	0.1092	0.1117	0.11	0.1117	0.1022	0.0758	0.0625	0.0758	0.0938
chr2R	7872071	7872256	chr2R:7872072-7872256	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0548	0.0567	0.0612	0.0455	0.0361	0.0592	0.058	0.0926	0.0361	0.0326	0.0556	0.0326	0.1038	0.0253	0.029	0.0253	0.0693
chr2R	7872623	7873039	chr2R:7872624-7873039	FBgn0011704,FBgn0085260	CG34231,RnrS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2178	0.2373	0.2439	0.1672	0.193	0.2714	0.2561	0.3018	0.193	0.2977	0.2585	0.2977	0.2455	0.1631	0.1547	0.1631	0.2256
chr2R	7873134	7873339	chr2R:7873135-7873339	FBgn0011704,FBgn0085260	CG34231,RnrS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1395	0.119	0.1713	0.1274	0.0827	0.1519	0.1202	0.1492	0.0827	0.2095	0.1862	0.2095	0.172	0.121	0.1341	0.121	0.1621
chr2R	7873366	7873539	chr2R:7873367-7873539	FBgn0011704,FBgn0085260	CG34231,RnrS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1264	0.1088	0.15	0.12	0.0817	0.1345	0.1155	0.1379	0.0817	0.1866	0.1605	0.1866	0.1394	0.1172	0.1231	0.1172	0.1553
chr2R	7876183	7876365	chr2R:7876184-7876365	FBgn0033672,FBgn0033673	CG8298,rho-7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1702	0.1629	0.2001	0.1454	0.122	0.185	0.1907	0.1952	0.122	0.2391	0.2148	0.2391	0.2076	0.1501	0.1612	0.1501	0.173
chr2R	7876475	7876676	chr2R:7876476-7876676	FBgn0033672,FBgn0033673	CG8298,rho-7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1951	0.1816	0.2307	0.171	0.1347	0.2097	0.2089	0.2139	0.1347	0.2826	0.2569	0.2826	0.2285	0.1845	0.2005	0.1845	0.2105
chr2R	7876779	7876930	chr2R:7876780-7876930	FBgn0033673	CG8298	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0598	0.078	0.0524	0.0329	0.067	0.0683	0.0793	0.0329	0.0918	0.0849	0.0918	0.072	0.0513	0.0574	0.0513	0.0646
chr2R	7880358	7880525	chr2R:7880359-7880525	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0137	0.032	0.0528	0.0042	0.0155	0.0203	0.016	0.0042	0.0229	0.0177	0.0229	0.0163	0.013	0.0142	0.013	0.0177
chr2R	7885784	7885935	chr2R:7885785-7885935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0074	0.0084	0.0145	0.0011	0.0063	0.0108	0.0107	0.0011	0.0091	0.0058	0.0091	0.0108	0.0069	0.0077	0.0069	0.0099
chr2R	7886023	7886174	chr2R:7886024-7886174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0065	0.0096	0.0157	0.0011	0.0063	0.0108	0.008	0.0011	0.0145	0.01	0.0145	0.0077	0.013	0.0077	0.013	0.0094
chr2R	7886707	7886858	chr2R:7886708-7886858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0108	0.0102	0.0171	0.0032	0.0107	0.0177	0.0127	0.0032	0.0127	0.01	0.0127	0.0124	0.0084	0.0052	0.0084	0.0198
chr2R	7890099	7890250	chr2R:7890100-7890250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0129	0.0133	0.0185	0.0061	0.0021	0.0141	0.019	0.0173	0.0021	0.0217	0.0132	0.0217	0.031	0.0069	0.0058	0.0069	0.0063
chr2R	7894539	7894690	chr2R:7894540-7894690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0243	0.0172	0.0264	0.0299	0.0042	0.0243	0.0225	0.014	0.0042	0.035	0.0203	0.035	0.0395	0.0697	0.0309	0.0697	0.0219
chr2R	7894912	7895111	chr2R:7894913-7895111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0394	0.0238	0.0442	0.0517	0.0064	0.0354	0.0298	0.0227	0.0064	0.0592	0.0408	0.0592	0.062	0.1164	0.0542	0.1164	0.0438
chr2R	7895400	7895623	chr2R:7895401-7895623	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0655	0.0374	0.0869	0.0732	0.0106	0.0723	0.0333	0.0313	0.0106	0.1051	0.0791	0.1051	0.1572	0.1286	0.0787	0.1286	0.0719
chr2R	7896266	7896786	chr2R:7896267-7896786	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	otk_VME	otk_VME	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0773	0.0309	0.1126	0.0904	0.0064	0.0573	0.0372	0.0193	0.0064	0.1057	0.0691	0.1057	0.3269	0.0888	0.0638	0.0888	0.1829
chr2R	7897702	7897853	chr2R:7897703-7897853	distal	distal	none	none	otk_VME	otk_VME	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0079	0.0176	0.0205	0.0053	0.0121	0.0091	0.0073	0.0053	0.0151	0.0141	0.0151	0.0279	0.01	0.0045	0.01	0.0115
chr2R	7898390	7898612	chr2R:7898391-7898612	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0537	0.0199	0.0662	0.0776	0.0053	0.0359	0.0216	0.0167	0.0053	0.067	0.028	0.067	0.0403	0.0314	0.0309	0.0314	0.0203
chr2R	7898666	7898817	chr2R:7898667-7898817	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0394	0.0176	0.0505	0.0515	0.0011	0.0286	0.0177	0.0193	0.0011	0.0411	0.0251	0.0411	0.0333	0.0145	0.0161	0.0145	0.0094
chr2R	7899937	7900115	chr2R:7899938-7900115	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.037	0.0227	0.0501	0.0384	0.0021	0.0422	0.0251	0.016	0.0021	0.1383	0.0225	0.1383	0.0457	0.1095	0.0258	0.1095	0.0224
chr2R	7900469	7900620	chr2R:7900470-7900620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0215	0.013	0.028	0.0238	0.0042	0.0199	0.0143	0.0147	0.0042	0.0658	0.0215	0.0658	0.0225	0.0643	0.0174	0.0643	0.0198
chr2R	7902955	7903367	chr2R:7902956-7903367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0668	0.036	0.093	0.0723	0.0064	0.0583	0.0372	0.0446	0.0064	0.0616	0.091	0.0616	0.0821	0.0375	0.0683	0.0375	0.0844
chr2R	7903761	7903912	chr2R:7903762-7903912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0429	0.0373	0.0487	0.0428	0.0117	0.0612	0.0303	0.0513	0.0117	0.058	0.0428	0.058	0.048	0.0383	0.0342	0.0383	0.0615
chr2R	7904899	7905050	chr2R:7904900-7905050	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0546	0.047	0.0301	0.0223	0.0752	0.048	0.0753	0.0223	0.0562	0.0354	0.0562	0.024	0.0138	0.0135	0.0138	0.0141
chr2R	7905115	7905480	chr2R:7905116-7905480	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1072	0.1655	0.109	0.04	0.1092	0.2335	0.1639	0.1892	0.1092	0.1757	0.0849	0.1757	0.0596	0.0214	0.0181	0.0214	0.0193
chr2R	7905763	7906161	chr2R:7905764-7906161	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.072	0.1148	0.0699	0.0263	0.053	0.1524	0.0895	0.1845	0.053	0.1087	0.0614	0.1087	0.0542	0.0283	0.0193	0.0283	0.0276
chr2R	7906583	7906871	chr2R:7906584-7906871	FBgn0004839	otk	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0921	0.0596	0.144	0.0713	0.018	0.1126	0.042	0.0733	0.018	0.1655	0.1373	0.1655	0.2347	0.0674	0.0671	0.0674	0.1006
chr2R	7906908	7907094	chr2R:7906909-7907094	FBgn0004839	otk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0948	0.0617	0.1475	0.0739	0.0276	0.1049	0.0497	0.0753	0.0276	0.1661	0.1598	0.1661	0.1936	0.0597	0.0793	0.0597	0.1089
chr2R	7907277	7907472	chr2R:7907278-7907472	FBgn0004839	otk	stage11,stage14,stage5	none	VT15409.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2147	0.1822	0.2709	0.1894	0.1283	0.2447	0.1717	0.2332	0.1283	0.3267	0.2984	0.3267	0.2525	0.1815	0.1915	0.1815	0.21
chr2R	7908468	7908669	chr2R:7908469-7908669	distal	distal	stage14	stage14	VT15409.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0519	0.0308	0.0629	0.0635	0.0053	0.0398	0.0381	0.038	0.0053	0.0417	0.0431	0.0417	0.0503	0.0276	0.0219	0.0276	0.0391
chr2R	7908788	7908939	chr2R:7908789-7908939	distal	distal	stage14	stage14	VT15409.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0188	0.0402	0.0369	0.0032	0.0238	0.0234	0.0253	0.0032	0.0272	0.0248	0.0272	0.0302	0.0245	0.0193	0.0245	0.0229
chr2R	7909689	7909876	chr2R:7909690-7909876	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT15409.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.072	0.0479	0.0924	0.0767	0.0127	0.0752	0.0606	0.044	0.0127	0.1202	0.0849	0.1202	0.1286	0.1325	0.069	0.1325	0.0844
chr2R	7912675	7912876	chr2R:7912676-7912876	FBgn0033674	CG8964	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2475	0.2231	0.3033	0.2136	0.175	0.282	0.205	0.2991	0.175	0.3967	0.3164	0.3967	0.2974	0.2014	0.2218	0.2014	0.2345
chr2R	7914359	7914579	chr2R:7914360-7914579	distal	distal	stage5	none	Unspecified_HC_12	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.1132	0.0486	0.0182	0.1092	0.0631	0.1869	0.1213	0.1092	0.0592	0.0537	0.0592	0.0411	0.0184	0.0142	0.0184	0.0245
chr2R	7915106	7915297	chr2R:7915107-7915297	FBgn0259985,FBgn0260012	Mppe,pds5	stage11,stage14,stage5	none	Unspecified_HC_12	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1813	0.1615	0.225	0.1555	0.106	0.1995	0.1821	0.1925	0.106	0.2669	0.2428	0.2669	0.2208	0.1715	0.1631	0.1715	0.1772
chr2R	7915374	7915543	chr2R:7915375-7915543	FBgn0259985,FBgn0260012	Mppe,pds5	stage11,stage14,stage5	none	Unspecified_HC_12	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2072	0.1821	0.2491	0.1892	0.1273	0.2141	0.1955	0.2272	0.1273	0.2965	0.2682	0.2965	0.261	0.219	0.1986	0.219	0.2142
chr2R	7915805	7915978	chr2R:7915806-7915978	FBgn0260012	pds5	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0687	0.0517	0.0735	0.0823	0.0276	0.0573	0.0636	0.0633	0.0276	0.0815	0.0704	0.0815	0.0937	0.1194	0.0658	0.1194	0.1021
chr2R	7921329	7921527	chr2R:7921330-7921527	FBgn0033677	CG8321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1075	0.0899	0.1315	0.101	0.0435	0.1141	0.1047	0.1066	0.0435	0.1606	0.1505	0.1606	0.1301	0.1011	0.1064	0.1011	0.1256
chr2R	7921601	7921830	chr2R:7921602-7921830	FBgn0033677	CG8321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0903	0.0622	0.1162	0.0932	0.0223	0.0854	0.074	0.0713	0.0223	0.1473	0.1289	0.1473	0.1154	0.1141	0.0954	0.1141	0.1172
chr2R	7921954	7922187	chr2R:7921955-7922187	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.061	0.0403	0.0763	0.0674	0.0117	0.0524	0.0532	0.046	0.0117	0.1329	0.0669	0.1329	0.0697	0.1348	0.058	0.1348	0.0651
chr2R	7924688	7924864	chr2R:7924689-7924864	FBgn0010339,FBgn0262820	128up,CG43191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1157	0.0962	0.1412	0.1093	0.0636	0.1184	0.1042	0.1286	0.0636	0.1727	0.1547	0.1727	0.1464	0.1172	0.1051	0.1172	0.1464
chr2R	7925964	7926115	chr2R:7925965-7926115	FBgn0004463	RpIII128	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0313	0.0496	0.0287	0.0074	0.0374	0.0437	0.0353	0.0074	0.0568	0.0608	0.0568	0.0542	0.0368	0.0251	0.0368	0.038
chr2R	7926135	7926375	chr2R:7926136-7926375	FBgn0004463	RpIII128	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0665	0.0599	0.0848	0.0539	0.0361	0.068	0.0692	0.0733	0.0361	0.1105	0.0952	0.1105	0.0837	0.0727	0.0535	0.0727	0.0625
chr2R	7926432	7926606	chr2R:7926433-7926606	FBgn0004463	RpIII128	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1103	0.1021	0.1338	0.0939	0.0615	0.1267	0.1103	0.1279	0.0615	0.1751	0.1434	0.1751	0.134	0.1164	0.0999	0.1164	0.1193
chr2R	7926748	7926899	chr2R:7926749-7926899	FBgn0004463	RpIII128	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0429	0.0574	0.0344	0.0276	0.05	0.0554	0.048	0.0276	0.0785	0.0569	0.0785	0.055	0.0375	0.0387	0.0375	0.0433
chr2R	7932044	7932206	chr2R:7932045-7932206	FBgn0024732	Drep-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0262	0.0126	0.0193	0.0489	0.0032	0.0155	0.0164	0.0147	0.0032	0.0127	0.0196	0.0127	0.0364	0.023	0.0535	0.023	0.0578
chr2R	7932463	7932665	chr2R:7932464-7932665	FBgn0024732	Drep-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0222	0.0147	0.0147	0.0387	0.0032	0.017	0.0212	0.0147	0.0032	0.0169	0.0141	0.0169	0.0209	0.0222	0.0374	0.0222	0.0406
chr2R	7942380	7942531	chr2R:7942381-7942531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.009	0.009	0.0085	0.0096	0.0042	0.0058	0.0182	0.0053	0.0042	0.0079	0.0077	0.0079	0.0093	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chr2R	7953550	7953726	chr2R:7953551-7953726	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0554	0.0542	0.0633	0.0479	0.0392	0.0534	0.0688	0.0646	0.0392	0.0924	0.0585	0.0924	0.048	0.0253	0.0251	0.0253	0.0156
chr2R	7953888	7954039	chr2R:7953889-7954039	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0229	0.0238	0.0242	0.0203	0.0191	0.0209	0.0342	0.0266	0.0191	0.0393	0.0186	0.0393	0.017	0.0092	0.0071	0.0092	0.0151
chr2R	7958454	7958605	chr2R:7958455-7958605	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0077	0.0042	0.0047	0.0148	0.0011	0.0034	0.0078	0.004	0.0011	0.006	0.0045	0.006	0.0062	0.0582	0.0084	0.0582	0.0016
chr2R	7966960	7967111	chr2R:7966961-7967111	FBgn0033679	CG8888	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0098	0.0086	0.009	0.0121	0.0042	0.0092	0.0143	0.0053	0.0042	0.0151	0.0074	0.0151	0.0124	0.0391	0.0077	0.0391	0.0083
chr2R	7973695	7973846	chr2R:7973696-7973846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0179	0.0171	0.0189	0.0178	0.0117	0.016	0.0272	0.0153	0.0117	0.0344	0.018	0.0344	0.0186	0.0375	0.0123	0.0375	0.0229
chr2R	7986907	7987058	chr2R:7986908-7987058	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0171	0.0125	0.0124	0.0273	0.0074	0.0155	0.0169	0.0107	0.0074	0.0266	0.01	0.0266	0.0077	0.0934	0.009	0.0934	0.0125
chr2R	7988083	7988234	chr2R:7988084-7988234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0102	0.0079	0.0075	0.0157	0.0021	0.0058	0.0177	0.0033	0.0021	0.0091	0.0068	0.0091	0.0077	0.0161	0.0071	0.0161	0.0063
chr2R	7988397	7988548	chr2R:7988398-7988548	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0056	0.006	0.0114	0.0032	0.0063	0.0104	0.0033	0.0032	0.0097	0.0055	0.0097	0.0046	0.0054	0.0052	0.0054	0.0026
chr2R	7988567	7988718	chr2R:7988568-7988718	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0054	0.0056	0.0088	0.0021	0.0063	0.0091	0.0027	0.0021	0.0103	0.0039	0.0103	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.001
chr2R	7989293	7989444	chr2R:7989294-7989444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.011	0.0095	0.0072	0.0167	0.0042	0.0092	0.0147	0.0093	0.0042	0.0145	0.0061	0.0145	0.0046	0.0643	0.0052	0.0643	0.0052
chr2R	7989650	7989801	chr2R:7989651-7989801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0119	0.0092	0.0079	0.0194	0.0074	0.0063	0.0143	0.01	0.0074	0.0133	0.0071	0.0133	0.0077	0.0559	0.0077	0.0559	0.0068
chr2R	7989928	7990079	chr2R:7989929-7990079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0146	0.0127	0.0124	0.0189	0.0106	0.0073	0.0203	0.0147	0.0106	0.0181	0.0141	0.0181	0.0101	0.0521	0.0103	0.0521	0.0073
chr2R	7998752	7998953	chr2R:7998753-7998953	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0192	0.0355	0.015	0.0057	0.0148	0.0451	0.0368	0.0493	0.0148	0.0284	0.0116	0.0284	0.0054	0.0038	0.0026	0.0038	0.0031
chr2R	7999029	7999180	chr2R:7999030-7999180	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.013	0.0228	0.0113	0.004	0.0074	0.0359	0.0199	0.0253	0.0074	0.029	0.0064	0.029	0.0046	8e-04	0.0019	8e-04	0.0026
chr2R	8000971	8001122	chr2R:8000972-8001122	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0229	0.0268	0.034	0.0064	0.0053	0.0568	0.026	0.0147	0.0053	0.1244	0.0125	0.1244	0.007	0.01	0.0039	0.01	0.0042
chr2R	8001220	8001461	chr2R:8001221-8001461	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0382	0.0589	0.0428	0.01	0.0138	0.1209	0.0463	0.0493	0.0138	0.1492	0.018	0.1492	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chr2R	8001834	8002151	chr2R:8001835-8002151	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0392	0.0553	0.0447	0.0152	0.0286	0.1063	0.0458	0.04	0.0286	0.1262	0.0212	0.1262	0.017	0.0153	0.0084	0.0153	0.0083
chr2R	8006436	8006951	chr2R:8006437-8006951	FBgn0086677	jeb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.099	0.1051	0.1247	0.0641	0.0329	0.1626	0.0839	0.1519	0.0329	0.343	0.092	0.343	0.0194	0.0199	0.0309	0.0199	0.0182
chr2R	8008694	8008845	chr2R:8008695-8008845	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.011	0.0094	0.0253	0.0042	0.0097	0.019	0.0127	0.0042	0.0163	0.0064	0.0163	0.0054	0.0069	0.0039	0.0069	0.0068
chr2R	8025852	8026056	chr2R:8025853-8026056	FBgn0033683	CG18343	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0606	0.0734	0.0732	0.0324	0.0541	0.0854	0.0826	0.0899	0.0541	0.0815	0.0965	0.0815	0.0689	0.0345	0.0471	0.0345	0.0328
chr2R	8026148	8026340	chr2R:8026149-8026340	FBgn0033683	CG18343	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1236	0.1375	0.1409	0.0893	0.088	0.1544	0.1652	0.1672	0.088	0.1818	0.1666	0.1818	0.1294	0.0888	0.1115	0.0888	0.1157
chr2R	8027731	8027910	chr2R:8027732-8027910	FBgn0026176,FBgn0027495	CG8378,skpB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.109	0.0768	0.1324	0.1195	0.0435	0.0966	0.0921	0.0853	0.0435	0.1558	0.1553	0.1558	0.1363	0.134	0.1212	0.134	0.1485
chr2R	8028023	8028208	chr2R:8028024-8028208	FBgn0026176,FBgn0027495	CG8378,skpB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1265	0.0976	0.1596	0.1225	0.0615	0.1209	0.1129	0.1119	0.0615	0.1914	0.1791	0.1914	0.1673	0.1363	0.127	0.1363	0.148
chr2R	8033130	8033332	chr2R:8033131-8033332	FBgn0033686	Hen1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0904	0.1019	0.0896	0.0784	0.071	0.1087	0.1185	0.1326	0.071	0.0839	0.1109	0.0839	0.0984	0.0743	0.0767	0.0743	0.1073
chr2R	8033372	8033560	chr2R:8033373-8033560	FBgn0033686	Hen1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0693	0.0795	0.0657	0.0617	0.053	0.0714	0.1047	0.1059	0.053	0.061	0.0814	0.061	0.0798	0.0551	0.0574	0.0551	0.0855
chr2R	8037752	8037916	chr2R:8037753-8037916	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1078	0.094	0.133	0.0957	0.0509	0.1097	0.1107	0.1133	0.0509	0.1582	0.1424	0.1582	0.1448	0.0949	0.1032	0.0949	0.1287
chr2R	8037972	8038151	chr2R:8037973-8038151	FBgn0027504	CG8878	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1829	0.1608	0.2213	0.1654	0.105	0.1917	0.186	0.1865	0.105	0.2597	0.2434	0.2597	0.2161	0.1708	0.1844	0.1708	0.1897
chr2R	8038244	8038405	chr2R:8038245-8038405	FBgn0027504	CG8878	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1445	0.136	0.1741	0.1214	0.1018	0.1519	0.1583	0.1632	0.1018	0.2192	0.1897	0.2192	0.1557	0.1325	0.1154	0.1325	0.1485
chr2R	8038467	8038646	chr2R:8038468-8038646	FBgn0027504	CG8878	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2054	0.1972	0.2419	0.1746	0.1612	0.2194	0.2305	0.2298	0.1612	0.314	0.2595	0.314	0.2192	0.1853	0.1863	0.1853	0.1902
chr2R	8038718	8038938	chr2R:8038719-8038938	FBgn0027504	CG8878	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1176	0.1129	0.1487	0.0886	0.0848	0.1194	0.1397	0.1299	0.0848	0.186	0.1588	0.186	0.1402	0.1064	0.0922	0.1064	0.0948
chr2R	8038964	8039115	chr2R:8038965-8039115	FBgn0027504	CG8878	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0494	0.0486	0.0617	0.0368	0.0392	0.0505	0.0644	0.054	0.0392	0.0694	0.0685	0.0694	0.0565	0.0467	0.0406	0.0467	0.0422
chr2R	8040352	8040521	chr2R:8040353-8040521	FBgn0033687	CG8407	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0349	0.0295	0.0381	0.0375	0.0138	0.0316	0.0415	0.0346	0.0138	0.032	0.0228	0.032	0.0232	0.0107	0.011	0.0107	0.0177
chr2R	8050160	8050385	chr2R:8050161-8050385	FBgn0033688	Prp8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0848	0.0876	0.098	0.0671	0.0679	0.0879	0.1198	0.0973	0.0679	0.1165	0.1026	0.1165	0.0999	0.0796	0.0625	0.0796	0.0808
chr2R	8050468	8050653	chr2R:8050469-8050653	FBgn0033688	Prp8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1509	0.1623	0.1659	0.1217	0.1336	0.1646	0.2141	0.1765	0.1336	0.1981	0.1846	0.1981	0.1611	0.1424	0.1077	0.1424	0.1449
chr2R	8053193	8053354	chr2R:8053194-8053354	FBgn0085261	CG34232	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0419	0.0255	0.0462	0.0554	0.0095	0.0345	0.0342	0.022	0.0095	0.0543	0.0399	0.0543	0.0891	0.0283	0.0432	0.0283	0.1292
chr2R	8056115	8056313	chr2R:8056116-8056313	FBgn0023167	SmD3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2103	0.2026	0.2575	0.167	0.158	0.2291	0.2543	0.2139	0.158	0.3339	0.2592	0.3339	0.2541	0.1715	0.1631	0.1715	0.2058
chr2R	8056390	8056541	chr2R:8056391-8056541	FBgn0023167	SmD3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.1208	0.1528	0.0898	0.0912	0.134	0.1518	0.1286	0.0912	0.1848	0.1678	0.1848	0.1363	0.1003	0.0864	0.1003	0.1006
chr2R	8056558	8056758	chr2R:8056559-8056758	FBgn0023167	SmD3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.153	0.1428	0.1909	0.123	0.1039	0.1646	0.1678	0.1686	0.1039	0.2234	0.2023	0.2234	0.189	0.1141	0.1161	0.1141	0.1371
chr2R	8059696	8059960	chr2R:8059697-8059960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.105	0.141	0.1105	0.0586	0.1145	0.1403	0.1661	0.1859	0.1145	0.1492	0.1119	0.1492	0.117	0.0712	0.0542	0.0712	0.0844
chr2R	8060138	8060289	chr2R:8060139-8060289	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0907	0.0911	0.1169	0.0614	0.0392	0.1267	0.0934	0.1252	0.0392	0.1377	0.1196	0.1377	0.1766	0.0513	0.0606	0.0513	0.1063
chr2R	8060379	8060628	chr2R:8060380-8060628	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1876	0.1775	0.2365	0.1451	0.1113	0.2301	0.1799	0.2385	0.1113	0.3182	0.2531	0.3182	0.2339	0.1539	0.1605	0.1539	0.1954
chr2R	8060764	8061165	chr2R:8060765-8061165	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.214	0.1958	0.2635	0.1801	0.1124	0.234	0.2137	0.2638	0.1124	0.3351	0.2974	0.3351	0.2308	0.1884	0.2012	0.1884	0.209
chr2R	8061228	8061459	chr2R:8061229-8061459	FBgn0014184	Oda	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2044	0.1753	0.2473	0.1898	0.1007	0.2238	0.1708	0.2398	0.1007	0.308	0.2772	0.308	0.2208	0.1975	0.1992	0.1975	0.2225
chr2R	8061701	8061882	chr2R:8061702-8061882	FBgn0010621,FBgn0014184	Cct5,Oda	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2392	0.2149	0.2793	0.2224	0.1591	0.2602	0.2228	0.2758	0.1591	0.3291	0.3023	0.3291	0.2998	0.2343	0.2315	0.2343	0.2527
chr2R	8062203	8062383	chr2R:8062204-8062383	FBgn0010621,FBgn0014184	Cct5,Oda	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.157	0.1424	0.1774	0.151	0.0774	0.1748	0.1566	0.1865	0.0774	0.2162	0.1894	0.2162	0.1836	0.1799	0.1515	0.1799	0.174
chr2R	8065998	8066163	chr2R:8065999-8066163	FBgn0033690	EndoG	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.1007	0.1371	0.0968	0.0541	0.1233	0.1068	0.1239	0.0541	0.1715	0.1563	0.1715	0.1309	0.1141	0.1064	0.1141	0.1344
chr2R	8066301	8066585	chr2R:8066302-8066585	FBgn0033690	EndoG	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1201	0.1129	0.1447	0.1011	0.0742	0.1413	0.122	0.1372	0.0742	0.18	0.1669	0.18	0.1464	0.1057	0.1161	0.1057	0.1386
chr2R	8066694	8066845	chr2R:8066695-8066845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0676	0.0606	0.0812	0.0606	0.0286	0.0718	0.0753	0.0706	0.0286	0.0851	0.099	0.0851	0.0821	0.0482	0.0683	0.0482	0.0954
chr2R	8066985	8067203	chr2R:8066986-8067203	FBgn0033691	CG8860	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1144	0.095	0.1415	0.1063	0.0445	0.1248	0.099	0.1306	0.0445	0.1582	0.163	0.1582	0.1549	0.1003	0.118	0.1003	0.1532
chr2R	8067270	8067454	chr2R:8067271-8067454	FBgn0033691	CG8860	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1449	0.1252	0.1693	0.14	0.0721	0.1607	0.1263	0.1606	0.0721	0.2053	0.1884	0.2053	0.1735	0.1248	0.1464	0.1248	0.1912
chr2R	8067487	8067687	chr2R:8067488-8067687	FBgn0033691,FBgn0033692	CG8860,wash	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1251	0.113	0.1464	0.1152	0.0785	0.1417	0.1133	0.1506	0.0785	0.1757	0.1666	0.1757	0.1441	0.1026	0.1141	0.1026	0.1532
chr2R	8067777	8067972	chr2R:8067778-8067972	FBgn0033691,FBgn0033692	CG8860,wash	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0997	0.0997	0.1194	0.078	0.0435	0.1228	0.1012	0.1512	0.0435	0.1165	0.1457	0.1165	0.1263	0.059	0.0819	0.059	0.1089
chr2R	8068016	8068213	chr2R:8068017-8068213	FBgn0033692	wash	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.093	0.0948	0.0703	0.0477	0.1078	0.1081	0.1292	0.0477	0.1147	0.1113	0.1147	0.0829	0.0681	0.0761	0.0681	0.0954
chr2R	8070024	8070200	chr2R:8070025-8070200	FBgn0033693,FBgn0053964	CG13175,CG33964	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0856	0.1094	0.0748	0.0626	0.101	0.0843	0.1233	0.0626	0.1431	0.1206	0.1431	0.1123	0.0804	0.0851	0.0804	0.0943
chr2R	8071461	8071655	chr2R:8071462-8071655	FBgn0000426	SmF	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0649	0.0616	0.081	0.051	0.0318	0.0728	0.0709	0.0793	0.0318	0.0948	0.0875	0.0948	0.0906	0.0597	0.0413	0.0597	0.0719
chr2R	8071704	8071900	chr2R:8071705-8071900	FBgn0000426	SmF	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0985	0.0911	0.1189	0.0843	0.0626	0.101	0.0969	0.1286	0.0626	0.1413	0.1305	0.1413	0.1317	0.0942	0.0799	0.0942	0.1131
chr2R	8086309	8086493	chr2R:8086310-8086493	FBgn0033698,FBgn0083989	CG8858,snoRNA:Me28S-C3420b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0499	0.0416	0.0451	0.0645	0.0212	0.0466	0.058	0.0453	0.0212	0.0423	0.0441	0.0423	0.0658	0.0727	0.0477	0.0727	0.0948
chr2R	8086570	8086721	chr2R:8086571-8086721	FBgn0033698,FBgn0083989	CG8858,snoRNA:Me28S-C3420b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0346	0.0345	0.0341	0.0255	0.0374	0.0493	0.032	0.0255	0.0423	0.0338	0.0423	0.0449	0.0459	0.0297	0.0459	0.0505
chr2R	8086973	8087124	chr2R:8086974-8087124	FBgn0083988,FBgn0083989	snoRNA:Me28S-C3420a,snoRNA:Me28S-C3420b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0394	0.0521	0.0382	0.0265	0.0392	0.049	0.0835	0.0433	0.0392	0.0507	0.0405	0.0507	0.0418	0.0436	0.0193	0.0436	0.036
chr2R	8087344	8087893	chr2R:8087345-8087893	FBgn0033699,FBgn0083988	RpS11,snoRNA:Me28S-C3420a	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0914	0.1317	0.0825	0.0563	0.1092	0.0898	0.2388	0.1053	0.1092	0.1214	0.0768	0.1214	0.096	0.0758	0.0451	0.0758	0.0818
chr2R	8088241	8088430	chr2R:8088242-8088430	FBgn0033699	RpS11	stage11,stage14,stage5	none	GJ757	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2051	0.1918	0.2426	0.1787	0.1548	0.2107	0.2401	0.2145	0.1548	0.3074	0.2531	0.3074	0.2463	0.1861	0.1812	0.1861	0.2194
chr2R	8088606	8088782	chr2R:8088607-8088782	FBgn0033699	RpS11	stage11,stage14,stage5	none	GJ757	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1212	0.1153	0.1433	0.1035	0.0732	0.1248	0.1535	0.1306	0.0732	0.1745	0.155	0.1745	0.134	0.1003	0.1186	0.1003	0.123
chr2R	8089135	8089286	chr2R:8089136-8089286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0264	0.0447	0.0188	0.0142	0.0339	0.0238	0.0939	0.0306	0.0339	0.0223	0.0186	0.0223	0.0201	0.0153	0.0148	0.0153	0.013
chr2R	8089522	8089673	chr2R:8089523-8089673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0188	0.0355	0.0112	0.0084	0.018	0.0136	0.0787	0.026	0.018	0.0103	0.0145	0.0103	0.0093	0.0077	0.0058	0.0077	0.0052
chr2R	8093503	8093686	chr2R:8093504-8093686	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0451	0.074	0.0429	0.0152	0.0488	0.067	0.1029	0.0919	0.0488	0.0374	0.0592	0.0374	0.0271	0.0123	0.0116	0.0123	0.0115
chr2R	8093773	8093972	chr2R:8093774-8093972	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0363	0.0517	0.0376	0.0178	0.018	0.0437	0.0835	0.0626	0.018	0.0411	0.0511	0.0411	0.0194	0.013	0.0181	0.013	0.0099
chr2R	8094434	8094585	chr2R:8094435-8094585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0263	0.0105	0.011	0.0127	0.0175	0.0437	0.0333	0.0127	0.0139	0.0116	0.0139	0.0062	0.0038	0.0052	0.0038	0.0052
chr2R	8095915	8096098	chr2R:8095916-8096098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0264	0.0594	0.0108	0.0067	0.0573	0.0291	0.1103	0.0553	0.0573	0.0054	0.0141	0.0054	0.0108	0.0061	0.0064	0.0061	0.0073
chr2R	8096176	8096327	chr2R:8096177-8096327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0301	0.0695	0.0123	0.0056	0.0541	0.0233	0.1414	0.0646	0.0541	0.0133	0.0151	0.0133	0.0077	0.0054	0.0064	0.0054	0.0057
chr2R	8096605	8096823	chr2R:8096606-8096823	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0522	0.1289	0.016	0.0064	0.1113	0.05	0.266	0.0953	0.1113	0.0169	0.0209	0.0169	0.0077	0.0046	0.0077	0.0046	0.0042
chr2R	8097203	8097375	chr2R:8097204-8097375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0238	0.0513	0.0119	0.006	0.0445	0.0233	0.093	0.048	0.0445	0.0133	0.0145	0.0133	0.0077	0.0046	0.0071	0.0046	0.0036
chr2R	8098092	8098243	chr2R:8098093-8098243	FBgn0020377	Sr-CII	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.025	0.0511	0.015	0.0068	0.0594	0.033	0.077	0.056	0.0594	0.0181	0.0196	0.0181	0.0062	0.0092	0.0064	0.0092	0.0042
chr2R	8098392	8098582	chr2R:8098393-8098582	FBgn0020377	Sr-CII	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.056	0.118	0.0322	0.0128	0.1188	0.0757	0.1864	0.1233	0.1188	0.026	0.0328	0.026	0.0186	0.0092	0.0064	0.0092	0.0063
chr2R	8098632	8098837	chr2R:8098633-8098837	FBgn0020377	Sr-CII	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0673	0.134	0.0418	0.0207	0.1506	0.0932	0.1998	0.1406	0.1506	0.0338	0.0431	0.0338	0.017	0.01	0.0058	0.01	0.0089
chr2R	8116735	8116914	chr2R:8116736-8116914	FBgn0033702	CG8854	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0382	0.0417	0.0418	0.0305	0.0265	0.0282	0.0558	0.0673	0.0265	0.0097	0.0875	0.0097	0.0116	0.0054	0.1083	0.0054	0.013
chr2R	8117042	8117193	chr2R:8117043-8117193	FBgn0033702	CG8854	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0108	0.0113	0.0099	0.0064	0.0107	0.0164	0.012	0.0064	0.006	0.0196	0.006	0.0062	0.0031	0.029	0.0031	0.0052
chr2R	8120701	8120852	chr2R:8120702-8120852	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0105	0.0171	0.0174	0.0053	0.0078	0.0151	0.0153	0.0053	0.0223	0.0199	0.0223	0.0147	0.0322	0.0155	0.0322	0.0156
chr2R	8137134	8137285	chr2R:8137135-8137285	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0091	0.0062	0.0169	0.0074	0.0083	0.0147	0.0073	0.0074	0.0066	0.0058	0.0066	0.0077	0.0046	0.0026	0.0046	0.0068
chr2R	8139891	8140042	chr2R:8139892-8140042	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0175	0.0143	0.0102	0.029	0.0095	0.0087	0.0285	0.012	0.0095	0.0091	0.0096	0.0091	0.007	0.0084	0.0064	0.0084	0.0141
chr2R	8140127	8140514	chr2R:8140128-8140514	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0494	0.0583	0.0258	0.0653	0.0445	0.0461	0.0908	0.0646	0.0445	0.0284	0.0257	0.0284	0.0186	0.0253	0.0245	0.0253	0.0339
chr2R	8146253	8146437	chr2R:8146254-8146437	FBgn0000253,FBgn0264501	CR43900,Cam	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0562	0.0451	0.0624	0.0445	0.0519	0.08	0.0613	0.0445	0.0368	0.0376	0.0368	0.0705	0.0681	0.0458	0.0681	0.0834
chr2R	8146763	8146961	chr2R:8146764-8146961	FBgn0000253,FBgn0264501	CR43900,Cam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0597	0.069	0.1206	0.0456	0.0646	0.0865	0.0526	0.0456	0.0405	0.0434	0.0405	0.1255	0.1417	0.0909	0.1417	0.1199
chr2R	8147533	8147684	chr2R:8147534-8147684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0122	0.0228	0.0284	0.0053	0.0107	0.0208	0.012	0.0053	0.0121	0.0119	0.0121	0.0349	0.0123	0.0264	0.0123	0.0229
chr2R	8147859	8148034	chr2R:8147860-8148034	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0418	0.0269	0.0467	0.0529	0.0042	0.0291	0.0441	0.0247	0.0042	0.0175	0.0267	0.0175	0.0465	0.023	0.0277	0.023	0.0261
chr2R	8148383	8148595	chr2R:8148384-8148595	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.06	0.041	0.0716	0.0684	0.017	0.0515	0.0476	0.0493	0.017	0.0483	0.0405	0.0483	0.134	0.0528	0.0329	0.0528	0.0829
chr2R	8148823	8149049	chr2R:8148824-8149049	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1647	0.1413	0.1712	0.1837	0.0944	0.1544	0.1713	0.1619	0.0944	0.1975	0.1453	0.1975	0.2502	0.1975	0.1689	0.1975	0.2314
chr2R	8149081	8149266	chr2R:8149082-8149266	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1385	0.1179	0.1448	0.1546	0.0838	0.1272	0.1458	0.1339	0.0838	0.1836	0.1296	0.1836	0.1936	0.1692	0.1348	0.1692	0.1808
chr2R	8153548	8153699	chr2R:8153549-8153699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.007	0.0075	0.0206	0	0.0044	0.0138	0.0087	0	0.0079	0.0042	0.0079	0.007	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chr2R	8160757	8160986	chr2R:8160758-8160986	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0209	0.0352	0.0674	0.0064	0.0272	0.0298	0.0173	0.0064	0.0634	0.0232	0.0634	0.0519	0.16	0.0251	0.16	0.0933
chr2R	8161783	8162001	chr2R:8161784-8162001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.076	0.0547	0.0882	0.0863	0.0308	0.065	0.0735	0.0546	0.0308	0.1298	0.1019	0.1298	0.072	0.1149	0.0838	0.1149	0.1318
chr2R	8166435	8166586	chr2R:8166436-8166586	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0057	0.0043	0.0131	0.0021	0.0034	0.013	0.004	0.0021	0.0036	0.0045	0.0036	0.0054	0.0054	0.0045	0.0054	0.0052
chr2R	8166793	8166944	chr2R:8166794-8166944	FBgn0261611	CG42700	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0115	0.0086	0.0069	0.0198	0.0011	0.0078	0.0186	0.0053	0.0011	0.006	0.0048	0.006	0.0116	0.0138	0.0058	0.0138	0.0156
chr2R	8201512	8201672	chr2R:8201513-8201672	FBgn0050046	CG30046	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0117	0.0166	0.0302	0.0011	0.0083	0.0221	0.014	0.0011	0.0151	0.0113	0.0151	0.0442	0.0077	0.0071	0.0077	0.0969
chr2R	8202078	8202229	chr2R:8202079-8202229	FBgn0050046	CG30046	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0109	0.0085	0.0109	0.0135	0.0021	0.0053	0.0182	0.0053	0.0021	0.0127	0.0084	0.0127	0.0248	0.0038	0.0032	0.0038	0.0391
chr2R	8207023	8207252	chr2R:8207024-8207252	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0318	0.0484	0.0254	0.0205	0.0255	0.0437	0.0649	0.0613	0.0255	0.0386	0.0289	0.0386	0.0225	0.0306	0.0226	0.0306	0.0162
chr2R	8208639	8208833	chr2R:8208640-8208833	FBgn0033712	CG13163	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0986	0.0978	0.1063	0.0911	0.0647	0.1039	0.109	0.1446	0.0647	0.1147	0.1334	0.1147	0.1077	0.1011	0.0941	0.1011	0.112
chr2R	8208891	8209088	chr2R:8208892-8209088	FBgn0033712	CG13163	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.053	0.0646	0.0464	0.035	0.0553	0.0619	0.0766	0.035	0.0622	0.0826	0.0622	0.0705	0.0498	0.0484	0.0498	0.062
chr2R	8213300	8213451	chr2R:8213301-8213451	FBgn0033713	CG8841	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0518	0.0469	0.067	0.0407	0.0212	0.0519	0.0493	0.0773	0.0212	0.0894	0.0682	0.0894	0.0728	0.0429	0.0471	0.0429	0.0532
chr2R	8213484	8213696	chr2R:8213485-8213696	FBgn0033713,FBgn0264560	CG8841,garz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1493	0.1365	0.1854	0.1241	0.0986	0.1607	0.1289	0.1992	0.0986	0.2277	0.2122	0.2277	0.1797	0.1355	0.1322	0.1355	0.1527
chr2R	8213768	8213942	chr2R:8213769-8213942	FBgn0033713,FBgn0264560	CG8841,garz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.122	0.1928	0.1406	0.0848	0.1485	0.1224	0.1686	0.0848	0.2071	0.2228	0.2071	0.2022	0.1547	0.1599	0.1547	0.1662
chr2R	8221471	8221622	chr2R:8221472-8221622	FBgn0050249,FBgn0050250	tRNA:CR30249,tRNA:CR30250	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0546	0.057	0.0614	0.0446	0.0435	0.0578	0.0779	0.0606	0.0435	0.0676	0.063	0.0676	0.0899	0.0421	0.0426	0.0421	0.0776
chr2R	8221739	8221940	chr2R:8221740-8221940	FBgn0050249,FBgn0050250	tRNA:CR30249,tRNA:CR30250	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1244	0.1229	0.1419	0.1068	0.0954	0.135	0.1505	0.1439	0.0954	0.1576	0.1614	0.1576	0.1503	0.1141	0.1154	0.1141	0.1522
chr2R	8222050	8222328	chr2R:8222051-8222328	FBgn0033715,FBgn0050250,FBgn0050251	CG8490,tRNA:CR30250,tRNA:CR30251	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1094	0.0996	0.1266	0.1015	0.07	0.115	0.1142	0.1186	0.07	0.1461	0.1482	0.1461	0.1146	0.1141	0.1199	0.1141	0.1308
chr2R	8222486	8222668	chr2R:8222487-8222668	FBgn0033715,FBgn0050251	CG8490,tRNA:CR30251	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.168	0.1598	0.1967	0.1458	0.1177	0.1903	0.1786	0.1872	0.1177	0.2391	0.2212	0.2391	0.1851	0.1654	0.1734	0.1654	0.1772
chr2R	8222700	8222890	chr2R:8222701-8222890	FBgn0033715,FBgn0050251	CG8490,tRNA:CR30251	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1491	0.1422	0.1707	0.133	0.0976	0.168	0.1587	0.1726	0.0976	0.2174	0.1932	0.2174	0.1627	0.1493	0.1515	0.1493	0.1615
chr2R	8223048	8223199	chr2R:8223049-8223199	FBgn0033715,FBgn0050251	CG8490,tRNA:CR30251	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.069	0.0557	0.086	0.0652	0.0318	0.0684	0.0631	0.0686	0.0318	0.1033	0.1019	0.1033	0.086	0.0735	0.0761	0.0735	0.0797
chr2R	8223833	8224012	chr2R:8223834-8224012	FBgn0011877,FBgn0011878,FBgn0054021	CG34021,tRNA:H:48F,tRNA:HPsi	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1494	0.1664	0.1661	0.1122	0.1527	0.1704	0.1907	0.2079	0.1527	0.2319	0.1662	0.2319	0.1689	0.1554	0.107	0.1554	0.1365
chr2R	8225238	8225404	chr2R:8225239-8225404	FBgn0033716	Den1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1497	0.1502	0.1734	0.1231	0.0986	0.1782	0.1717	0.1925	0.0986	0.2186	0.1939	0.2186	0.1603	0.1493	0.1206	0.1493	0.1511
chr2R	8225463	8225653	chr2R:8225464-8225653	FBgn0033716	Den1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1431	0.1419	0.1675	0.1177	0.0944	0.1655	0.1687	0.1765	0.0944	0.2047	0.1878	0.2047	0.1619	0.1355	0.109	0.1355	0.1485
chr2R	8230485	8230636	chr2R:8230486-8230636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0239	0.026	0.0313	0.0074	0.0282	0.0363	0.022	0.0074	0.0296	0.0196	0.0296	0.0527	0.0168	0.011	0.0168	0.086
chr2R	8231124	8231275	chr2R:8231125-8231275	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0329	0.0406	0.031	0.0265	0.018	0.0451	0.0523	0.0466	0.018	0.0199	0.0392	0.0199	0.0387	0.0191	0.0206	0.0191	0.0505
chr2R	8231346	8231735	chr2R:8231347-8231735	FBgn0033717	CG8839	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1197	0.1464	0.127	0.0819	0.0923	0.151	0.1916	0.1732	0.0923	0.0912	0.1553	0.0912	0.1332	0.075	0.0838	0.075	0.1136
chr2R	8231935	8232187	chr2R:8231936-8232187	FBgn0033717,FBgn0033718	CG8839,ana3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1894	0.1701	0.2099	0.1884	0.1071	0.1971	0.2054	0.2012	0.1071	0.212	0.2315	0.212	0.2541	0.1922	0.1921	0.1922	0.2579
chr2R	8232345	8232531	chr2R:8232346-8232531	FBgn0033717,FBgn0033718	CG8839,ana3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1697	0.1611	0.2	0.1461	0.122	0.1762	0.1817	0.2105	0.122	0.2361	0.2219	0.2361	0.196	0.16	0.1573	0.16	0.172
chr2R	8232619	8232776	chr2R:8232620-8232776	FBgn0033718	ana3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0715	0.0872	0.0603	0.0498	0.0728	0.0887	0.0926	0.0498	0.1045	0.0904	0.1045	0.0945	0.0643	0.0587	0.0643	0.0792
chr2R	8236310	8236461	chr2R:8236311-8236461	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0246	0.0553	0.0113	0.0047	0.035	0.0442	0.0908	0.0533	0.035	0.0121	0.0119	0.0121	0.0124	0.0031	0.0064	0.0031	0.0057
chr2R	8239980	8240131	chr2R:8239981-8240131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0123	0.0222	0.0102	0.0035	0.0053	0.0121	0.0489	0.0173	0.0053	0.0127	0.0113	0.0127	0.0108	0.0046	0.0039	0.0046	0.0021
chr2R	8240199	8240350	chr2R:8240200-8240350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0142	0.0252	0.0108	0.0057	0.0106	0.0155	0.0549	0.0153	0.0106	0.0103	0.0119	0.0103	0.0124	0.0092	0.0045	0.0092	0.0042
chr2R	8246843	8247013	chr2R:8246844-8247013	FBgn0050043	CG30043	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0153	0.0147	0.0146	0.0064	0.0175	0.0264	0.01	0.0064	0.0121	0.0135	0.0121	0.0287	0.0031	0.0103	0.0031	0.0354
chr2R	8265479	8265645	chr2R:8265480-8265645	FBgn0050042	Cpr49Ab	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0293	0.0264	0.0287	0.0333	0.0127	0.0233	0.0376	0.036	0.0127	0.0278	0.0322	0.0278	0.0411	0.0276	0.0432	0.0276	0.061
chr2R	8271222	8271524	chr2R:8271223-8271524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.0208	0.0255	0.0494	0.0085	0.0214	0.0342	0.0193	0.0085	0.0223	0.0222	0.0223	0.0581	0.0115	0.0123	0.0115	0.1569
chr2R	8272579	8272730	chr2R:8272580-8272730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0139	0.012	0.0123	0.0178	0.0074	0.0112	0.0216	0.0093	0.0074	0.0133	0.0148	0.0133	0.0124	0.01	0.011	0.01	0.0479
chr2R	8277713	8277864	chr2R:8277714-8277864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0105	0.0103	0.0159	0.0032	0.0078	0.0203	0.01	0.0032	0.0121	0.0071	0.0121	0.0201	0.0046	0.011	0.0046	0.0412
chr2R	8278098	8278249	chr2R:8278099-8278249	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0086	0.0057	0.0056	0.015	0	0.0083	0.0078	0.0053	0	0.0054	0.0048	0.0054	0.0124	0.0061	0.0129	0.0061	0.036
chr2R	8280276	8280427	chr2R:8280277-8280427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0102	0.0102	0.0149	0.0095	0.0107	0.016	0.006	0.0095	0.0103	0.0129	0.0103	0.0101	0.0046	0.0387	0.0046	0.0167
chr2R	8288403	8288554	chr2R:8288404-8288554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0148	0.0097	0.0173	0.0178	0	0.0063	0.0169	0.0167	0	0.0121	0.0251	0.0121	0.0194	0.0084	0.0509	0.0084	0.0104
chr2R	8288624	8288775	chr2R:8288625-8288775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0138	0.0203	0.0175	0.0032	0.0136	0.0221	0.018	0.0032	0.0229	0.0286	0.0229	0.0155	0.0138	0.0464	0.0138	0.0125
chr2R	8290916	8291067	chr2R:8290917-8291067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0228	0.0226	0.0157	0.0138	0.0238	0.0311	0.0266	0.0138	0.0217	0.0289	0.0217	0.0294	0.0123	0.0277	0.0123	0.0234
chr2R	8291184	8291379	chr2R:8291185-8291379	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.046	0.0537	0.0404	0.0297	0.0568	0.0458	0.0646	0.0297	0.0568	0.0678	0.0568	0.0689	0.0345	0.0696	0.0345	0.0636
chr2R	8291776	8292214	chr2R:8291777-8292214	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0296	0.0467	0.0275	0.0128	0.0329	0.0466	0.0657	0.0473	0.0329	0.0302	0.036	0.0302	0.0248	0.0092	0.0239	0.0092	0.0141
chr2R	8297192	8297604	chr2R:8297193-8297604	FBgn0053626	CG33626	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0723	0.0795	0.0754	0.0607	0.0488	0.0811	0.0986	0.0986	0.0488	0.0707	0.1016	0.0707	0.0914	0.0689	0.0883	0.0689	0.0886
chr2R	8310497	8310648	chr2R:8310498-8310648	FBgn0033733,FBgn0033734	CG8520,CG8834	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0398	0.031	0.0224	0.0201	0.0413	0.0528	0.0466	0.0201	0.0284	0.036	0.0284	0.0372	0.0222	0.0226	0.0222	0.0313
chr2R	8310722	8310873	chr2R:8310723-8310873	FBgn0033734	CG8520	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.042	0.0388	0.0263	0.0191	0.0476	0.0549	0.048	0.0191	0.0429	0.0441	0.0429	0.0449	0.0291	0.0322	0.0291	0.0307
chr2R	8310975	8311182	chr2R:8310976-8311182	FBgn0033734	CG8520	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.1112	0.1284	0.0946	0.0753	0.1248	0.1393	0.1213	0.0753	0.1498	0.1457	0.1498	0.134	0.1049	0.0928	0.1049	0.1219
chr2R	8312130	8312520	chr2R:8312131-8312520	FBgn0033735	CG8525	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.058	0.0739	0.0621	0.0358	0.0626	0.0529	0.1241	0.0713	0.0626	0.0664	0.0791	0.0664	0.0674	0.0375	0.0451	0.0375	0.0526
chr2R	8312665	8312902	chr2R:8312666-8312902	FBgn0033735	CG8525	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0556	0.0577	0.0631	0.045	0.035	0.066	0.0753	0.066	0.035	0.067	0.0749	0.067	0.0751	0.0482	0.0561	0.0482	0.0714
chr2R	8312987	8313167	chr2R:8312988-8313167	FBgn0033735	CG8525	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0992	0.1022	0.1138	0.0797	0.0827	0.1102	0.125	0.1139	0.0827	0.1335	0.1293	0.1335	0.1278	0.098	0.0864	0.098	0.1266
chr2R	8313383	8313534	chr2R:8313384-8313534	FBgn0033735	CG8525	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0316	0.0312	0.0352	0.0283	0.0212	0.032	0.0411	0.0366	0.0212	0.0399	0.0383	0.0399	0.0473	0.0314	0.0297	0.0314	0.0464
chr2R	8317981	8318132	chr2R:8317982-8318132	FBgn0033737,FBgn0262840	CG43204,Nup54	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0197	0.0145	0.0222	0.0228	0.0042	0.018	0.0203	0.0153	0.0042	0.0205	0.0251	0.0205	0.0318	0.0123	0.0155	0.0123	0.0563
chr2R	8318274	8318452	chr2R:8318275-8318452	FBgn0033737,FBgn0262840	CG43204,Nup54	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0591	0.0485	0.0712	0.0577	0.0233	0.066	0.0489	0.0566	0.0233	0.0954	0.072	0.0954	0.0767	0.0643	0.0587	0.0643	0.0756
chr2R	8318564	8318735	chr2R:8318565-8318735	FBgn0033737,FBgn0262840	CG43204,Nup54	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.137	0.1252	0.1549	0.1305	0.0944	0.1544	0.1341	0.1499	0.0944	0.1848	0.1656	0.1848	0.1712	0.1508	0.1244	0.1508	0.1647
chr2R	8318839	8319040	chr2R:8318840-8319040	FBgn0033737	Nup54	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.0632	0.0726	0.0568	0.0403	0.0709	0.077	0.0753	0.0403	0.0767	0.0794	0.0767	0.0744	0.0681	0.0509	0.0681	0.0714
chr2R	8323033	8323197	chr2R:8323034-8323197	FBgn0050051	CG30051	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0667	0.0548	0.0882	0.0564	0.0318	0.0709	0.0558	0.0766	0.0318	0.1111	0.0939	0.1111	0.0868	0.0712	0.0613	0.0712	0.0709
chr2R	8323270	8323466	chr2R:8323271-8323466	FBgn0050051	CG30051	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1026	0.1654	0.128	0.0583	0.1262	0.109	0.1399	0.0583	0.2095	0.1749	0.2095	0.1696	0.144	0.1328	0.144	0.1595
chr2R	8323484	8323655	chr2R:8323485-8323655	FBgn0033738,FBgn0050051	CG30051,CG8830	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1612	0.1443	0.193	0.1451	0.0986	0.1699	0.1687	0.1765	0.0986	0.2331	0.2138	0.2331	0.1836	0.1593	0.1483	0.1593	0.1777
chr2R	8323821	8324087	chr2R:8323822-8324087	FBgn0033738,FBgn0050051	CG30051,CG8830	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0912	0.0942	0.1095	0.0678	0.0541	0.1102	0.1107	0.1119	0.0541	0.1365	0.118	0.1365	0.1061	0.0613	0.0671	0.0613	0.0829
chr2R	8324211	8324416	chr2R:8324212-8324416	FBgn0033738,FBgn0033739	CG8830,Dyb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.0894	0.1236	0.0781	0.0435	0.1019	0.1125	0.1086	0.0435	0.1588	0.1344	0.1588	0.117	0.075	0.0812	0.075	0.0902
chr2R	8324485	8324664	chr2R:8324486-8324664	FBgn0033738,FBgn0033739	CG8830,Dyb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1689	0.1491	0.2104	0.1457	0.087	0.1854	0.1618	0.1872	0.087	0.2536	0.2367	0.2536	0.1921	0.1677	0.1476	0.1677	0.1683
chr2R	8324758	8324928	chr2R:8324759-8324928	FBgn0033739	Dyb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2002	0.1862	0.24	0.1721	0.1241	0.2223	0.1942	0.2445	0.1241	0.2886	0.2711	0.2886	0.2308	0.1715	0.1863	0.1715	0.2095
chr2R	8324988	8325343	chr2R:8324989-8325343	FBgn0033739	Dyb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1458	0.1653	0.1647	0.1033	0.1262	0.1549	0.1869	0.2372	0.1262	0.1836	0.1977	0.1836	0.1565	0.0773	0.1296	0.0773	0.112
chr2R	8327230	8327381	chr2R:8327231-8327381	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0244	0.0156	0.0251	0.0336	0.0074	0.0214	0.0177	0.0187	0.0074	0.029	0.0296	0.029	0.0248	0.0743	0.0329	0.0743	0.0276
chr2R	8331627	8331824	chr2R:8331628-8331824	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0246	0.0502	0.0147	0.0068	0.0403	0.016	0.0952	0.0586	0.0403	0.0133	0.0219	0.0133	0.0085	0.0061	0.0077	0.0061	0.0047
chr2R	8333460	8333687	chr2R:8333461-8333687	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0467	0.0434	0.0665	0.0285	0.017	0.0437	0.0562	0.058	0.017	0.0966	0.0675	0.0966	0.0589	0.0329	0.0239	0.0329	0.0328
chr2R	8337601	8337752	chr2R:8337602-8337752	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0584	0.0124	0.0074	0.0615	0.0194	0.1237	0.044	0.0615	0.0121	0.0145	0.0121	0.0132	0.0115	0.0052	0.0115	0.0089
chr2R	8338826	8338977	chr2R:8338827-8338977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0805	0.0266	0.0128	0.0742	0.0398	0.1527	0.0753	0.0742	0.0296	0.0331	0.0296	0.0217	0.0153	0.0116	0.0153	0.0167
chr2R	8340197	8340370	chr2R:8340198-8340370	FBgn0010238	Lac	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0739	0.0722	0.0532	0.0435	0.0665	0.1051	0.0859	0.0435	0.0821	0.0859	0.0821	0.0666	0.0528	0.0619	0.0528	0.0641
chr2R	8340511	8340829	chr2R:8340512-8340829	FBgn0010238	Lac	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2877	0.3081	0.3169	0.2328	0.2757	0.2442	0.3927	0.4091	0.2757	0.2893	0.4264	0.2893	0.2696	0.1685	0.3514	0.1685	0.285
chr2R	8341130	8341281	chr2R:8341131-8341281	FBgn0010238	Lac	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0586	0.0801	0.0547	0.0389	0.071	0.0379	0.1375	0.0926	0.071	0.0211	0.0936	0.0211	0.0395	0.0138	0.0832	0.0138	0.0459
chr2R	8341585	8341816	chr2R:8341586-8341816	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1063	0.0947	0.1258	0.0979	0.0742	0.0665	0.1406	0.1226	0.0742	0.0519	0.2135	0.0519	0.1193	0.0429	0.2115	0.0429	0.1053
chr2R	8342543	8342779	chr2R:8342544-8342779	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1041	0.2083	0.0728	0.0221	0.2407	0.0709	0.3261	0.2831	0.2407	0.0272	0.1312	0.0272	0.0411	0.0077	0.049	0.0077	0.0172
chr2R	8343448	8343599	chr2R:8343449-8343599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0483	0.0698	0.0471	0.0258	0.0562	0.0354	0.1172	0.0833	0.0562	0.0181	0.0569	0.0181	0.0194	0.0077	0.02	0.0077	0.012
chr2R	8343780	8343966	chr2R:8343781-8343966	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0804	0.1054	0.0989	0.0323	0.0827	0.0714	0.1531	0.1459	0.0827	0.0326	0.1196	0.0326	0.0775	0.0084	0.0387	0.0084	0.0224
chr2R	8345688	8345898	chr2R:8345689-8345898	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0774	0.1372	0.064	0.0252	0.1209	0.1039	0.2029	0.1626	0.1209	0.0266	0.081	0.0266	0.0844	0.01	0.0251	0.01	0.0177
chr2R	8345985	8346136	chr2R:8345986-8346136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0588	0.0946	0.0499	0.0285	0.0923	0.0476	0.1535	0.1073	0.0923	0.0211	0.0662	0.0211	0.0589	0.0138	0.0277	0.0138	0.0229
chr2R	8347595	8347800	chr2R:8347596-8347800	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0684	0.1016	0.0629	0.0372	0.1029	0.0539	0.1596	0.1292	0.1029	0.0229	0.0965	0.0229	0.0217	0.0077	0.0329	0.0077	0.0135
chr2R	8347866	8348038	chr2R:8347867-8348038	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0844	0.1296	0.0987	0.0182	0.1315	0.0738	0.1691	0.2072	0.1315	0.0362	0.1839	0.0362	0.0496	0.01	0.0239	0.01	0.0146
chr2R	8348139	8348409	chr2R:8348140-8348409	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1232	0.1714	0.1595	0.0295	0.1273	0.1141	0.2011	0.3125	0.1273	0.0513	0.3093	0.0513	0.0782	0.0123	0.0522	0.0123	0.0307
chr2R	8348772	8348923	chr2R:8348773-8348923	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0542	0.0783	0.0613	0.0196	0.0732	0.0476	0.109	0.1119	0.0732	0.0501	0.1	0.0501	0.0294	0.01	0.0374	0.01	0.0219
chr2R	8348928	8349079	chr2R:8348929-8349079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.049	0.069	0.0542	0.0209	0.0753	0.0359	0.1034	0.0919	0.0753	0.0507	0.0833	0.0507	0.0209	0.013	0.0374	0.013	0.024
chr2R	8349408	8349823	chr2R:8349409-8349823	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1281	0.1671	0.1476	0.0631	0.1622	0.1073	0.2327	0.2332	0.1622	0.0743	0.2643	0.0743	0.0806	0.0245	0.1547	0.0245	0.0604
chr2R	8350174	8350325	chr2R:8350175-8350325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0471	0.0688	0.0421	0.0284	0.0753	0.0306	0.1211	0.0726	0.0753	0.0223	0.064	0.0223	0.0449	0.0176	0.0368	0.0176	0.0464
chr2R	8353377	8353533	chr2R:8353378-8353533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0616	0.0291	0.0136	0.0742	0.0228	0.1038	0.062	0.0742	0.0127	0.0444	0.0127	0.0201	0.0015	0.0187	0.0015	0.0214
chr2R	8353674	8353825	chr2R:8353675-8353825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0367	0.0624	0.0294	0.0159	0.0626	0.0199	0.1112	0.0673	0.0626	0.0199	0.0453	0.0199	0.0201	0.01	0.0206	0.01	0.0208
chr2R	8355348	8355499	chr2R:8355349-8355499	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0471	0.0546	0.0344	0.0255	0.0476	0.0631	0.0593	0.0255	0.055	0.0611	0.055	0.0612	0.0322	0.0406	0.0322	0.0391
chr2R	8355563	8355743	chr2R:8355564-8355743	FBgn0033741	CG8545	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1022	0.0921	0.1222	0.0915	0.0668	0.1068	0.1021	0.1173	0.0668	0.1492	0.1254	0.1492	0.134	0.1026	0.1012	0.1026	0.1058
chr2R	8355792	8355983	chr2R:8355793-8355983	FBgn0033741	CG8545	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.093	0.1353	0.1039	0.0626	0.1131	0.0978	0.1206	0.0626	0.1709	0.1463	0.1709	0.1286	0.1126	0.1219	0.1126	0.1219
chr2R	8356053	8356239	chr2R:8356054-8356239	FBgn0033741	CG8545	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1427	0.1923	0.1455	0.1166	0.1684	0.1505	0.1812	0.1166	0.2397	0.2119	0.2397	0.1875	0.1715	0.1702	0.1715	0.1662
chr2R	8356287	8356438	chr2R:8356288-8356438	FBgn0033741	CG8545	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0613	0.0576	0.0773	0.048	0.0541	0.0578	0.0735	0.064	0.0541	0.0942	0.0855	0.0942	0.079	0.0658	0.0561	0.0658	0.0479
chr2R	8361717	8362006	chr2R:8361718-8362006	FBgn0033744	Dh44-R2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0125	0.0155	0.0448	0	0.0131	0.0195	0.0167	0	0.0151	0.0148	0.0151	0.0256	0.0429	0.0342	0.0429	0.0558
chr2R	8371290	8371441	chr2R:8371291-8371441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0149	0.0224	0.0135	0.0079	0.0117	0.0131	0.0437	0.018	0.0117	0.0163	0.0135	0.0163	0.0178	0.0092	0.009	0.0092	0.0109
chr2R	8372676	8372827	chr2R:8372677-8372827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0161	0.0209	0.0146	0.0124	0.0074	0.0097	0.0454	0.02	0.0074	0.0151	0.0129	0.0151	0.0294	0.01	0.0071	0.01	0.025
chr2R	8373246	8373490	chr2R:8373247-8373490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0269	0.0474	0.0202	0.0114	0.0276	0.0257	0.0943	0.0413	0.0276	0.0229	0.0248	0.0229	0.0194	0.0107	0.0097	0.0107	0.0172
chr2R	8374470	8374621	chr2R:8374471-8374621	FBgn0085263	CG34234	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0227	0.0147	0.0088	0.0138	0.0107	0.0454	0.0173	0.0138	0.0127	0.018	0.0127	0.0132	0.01	0.0077	0.01	0.0125
chr2R	8382224	8382523	chr2R:8382225-8382523	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.022	0.0304	0.0151	0.0203	0.0191	0.0218	0.0584	0.0247	0.0191	0.0127	0.0161	0.0127	0.0209	0.0069	0.0168	0.0069	0.0146
chr2R	8393615	8393855	chr2R:8393616-8393855	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0423	0.0335	0.0487	0.0451	0.0148	0.0422	0.0394	0.0413	0.0148	0.0507	0.0405	0.0507	0.0991	0.0214	0.02	0.0214	0.1183
chr2R	8394158	8394467	chr2R:8394159-8394467	FBgn0045063	fdl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0937	0.0803	0.111	0.0897	0.0392	0.0951	0.1008	0.0919	0.0392	0.1455	0.1103	0.1455	0.1325	0.0651	0.0877	0.0651	0.1245
chr2R	8394531	8394711	chr2R:8394532-8394711	FBgn0045063	fdl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0808	0.0953	0.0681	0.0498	0.082	0.1086	0.0939	0.0498	0.125	0.1003	0.125	0.0922	0.0536	0.0793	0.0536	0.075
chr2R	8394805	8394981	chr2R:8394806-8394981	FBgn0045063	fdl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1579	0.1596	0.1777	0.1344	0.1166	0.1748	0.1959	0.1865	0.1166	0.2162	0.1929	0.2162	0.1797	0.1332	0.1373	0.1332	0.1621
chr2R	8395041	8395218	chr2R:8395042-8395218	FBgn0045063	fdl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.0937	0.1198	0.0875	0.0636	0.1044	0.1138	0.1086	0.0636	0.1371	0.1325	0.1371	0.1239	0.0919	0.0845	0.0919	0.112
chr2R	8395426	8395577	chr2R:8395427-8395577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0293	0.0362	0.0241	0.0223	0.0316	0.0368	0.0353	0.0223	0.0411	0.0399	0.0411	0.0372	0.0268	0.0206	0.0268	0.0318
chr2R	8401986	8402320	chr2R:8401987-8402320	FBgn0033749	achi	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0934	0.0698	0.1122	0.099	0.0276	0.0917	0.0709	0.0966	0.0276	0.154	0.1219	0.154	0.1115	0.1172	0.1115	0.1172	0.1162
chr2R	8402360	8402674	chr2R:8402361-8402674	FBgn0033749,FBgn0033750	CG13151,achi	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1364	0.0824	0.1774	0.1517	0.0339	0.1121	0.0714	0.1252	0.0339	0.2361	0.2074	0.2361	0.1619	0.1539	0.1631	0.1539	0.2017
chr2R	8402798	8402962	chr2R:8402799-8402962	FBgn0033749,FBgn0033750	CG13151,achi	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.08	0.0553	0.0963	0.0895	0.0286	0.066	0.0558	0.0779	0.0286	0.1093	0.1151	0.1093	0.0976	0.0727	0.0993	0.0727	0.1308
chr2R	8406319	8406512	chr2R:8406320-8406512	FBgn0033751,FBgn0033752	CG8569,CG8818	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.135	0.1525	0.1111	0.0986	0.1519	0.1587	0.1679	0.0986	0.1824	0.1691	0.1824	0.1487	0.1302	0.1148	0.1302	0.1438
chr2R	8406553	8406738	chr2R:8406554-8406738	FBgn0033751,FBgn0033752	CG8569,CG8818	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1327	0.129	0.1529	0.1147	0.0923	0.1437	0.1553	0.1606	0.0923	0.1969	0.1669	0.1969	0.1456	0.1256	0.1277	0.1256	0.1391
chr2R	8406801	8406952	chr2R:8406802-8406952	FBgn0033751,FBgn0033752	CG8569,CG8818	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.051	0.0669	0.0486	0.0286	0.0583	0.0597	0.0673	0.0286	0.0906	0.0717	0.0906	0.0589	0.0574	0.0484	0.0574	0.0631
chr2R	8408543	8408759	chr2R:8408544-8408759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.0494	0.0626	0.0389	0.0308	0.0578	0.0588	0.062	0.0308	0.0725	0.074	0.0725	0.0627	0.0398	0.0393	0.0398	0.0558
chr2R	8408794	8408989	chr2R:8408795-8408989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.083	0.0727	0.0994	0.0766	0.0456	0.0859	0.0882	0.0886	0.0456	0.1129	0.117	0.1129	0.103	0.0773	0.0825	0.0773	0.1042
chr2R	8416212	8416392	chr2R:8416213-8416392	FBgn0011592	fra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.137	0.1276	0.1566	0.1259	0.0753	0.1495	0.1527	0.1432	0.0753	0.1938	0.174	0.1938	0.1588	0.1302	0.1348	0.1302	0.1485
chr2R	8416477	8416660	chr2R:8416478-8416660	FBgn0011592	fra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2233	0.2155	0.2585	0.1933	0.1729	0.2267	0.2548	0.2585	0.1729	0.3291	0.2868	0.3291	0.2378	0.2236	0.196	0.2236	0.2272
chr2R	8416720	8416947	chr2R:8416721-8416947	FBgn0011592	fra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1803	0.1969	0.2049	0.1348	0.1739	0.2005	0.2401	0.2298	0.1739	0.2705	0.2177	0.2705	0.2029	0.1554	0.1264	0.1554	0.1537
chr2R	8416962	8417113	chr2R:8416963-8417113	FBgn0011592	fra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1076	0.1287	0.1256	0.0643	0.1018	0.1262	0.167	0.1512	0.1018	0.1588	0.1392	0.1588	0.1162	0.0666	0.0606	0.0666	0.0542
chr2R	8417722	8417873	chr2R:8417723-8417873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0375	0.0591	0.0319	0.0195	0.0424	0.0354	0.0999	0.0726	0.0424	0.0278	0.0389	0.0278	0.0341	0.0123	0.0148	0.0123	0.0365
chr2R	8418027	8418178	chr2R:8418028-8418178	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0952	0.0374	0.0174	0.0668	0.0456	0.1639	0.1319	0.0668	0.0217	0.0505	0.0217	0.0403	0.0107	0.0123	0.0107	0.0276
chr2R	8418286	8418533	chr2R:8418287-8418533	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1005	0.1853	0.0855	0.0223	0.1644	0.0947	0.2824	0.2665	0.1644	0.0556	0.1267	0.0556	0.0674	0.0107	0.0251	0.0107	0.0219
chr2R	8418571	8418722	chr2R:8418572-8418722	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0497	0.0771	0.0532	0.0152	0.0488	0.051	0.1194	0.1093	0.0488	0.0417	0.0704	0.0417	0.0302	0.0092	0.0097	0.0092	0.0068
chr2R	8419515	8419825	chr2R:8419516-8419825	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0885	0.1183	0.1053	0.0366	0.0668	0.1544	0.1337	0.1352	0.0668	0.2114	0.0894	0.2114	0.0565	0.0314	0.0245	0.0314	0.0365
chr2R	8421744	8421895	chr2R:8421745-8421895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0267	0.0214	0.0249	0.0345	0.0117	0.016	0.0346	0.0273	0.0117	0.0193	0.0219	0.0193	0.0565	0.0138	0.0226	0.0138	0.0803
chr2R	8422462	8422613	chr2R:8422463-8422613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0373	0.0348	0.0409	0.0363	0.018	0.035	0.0532	0.0326	0.018	0.0441	0.0412	0.0441	0.0519	0.0245	0.0245	0.0245	0.0839
chr2R	8423122	8423273	chr2R:8423123-8423273	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0359	0.0517	0.0327	0.0217	0.0286	0.065	0.067	0.0506	0.0286	0.038	0.0367	0.038	0.031	0.0123	0.0193	0.0123	0.038
chr2R	8424956	8425107	chr2R:8424957-8425107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0285	0.0244	0.0324	0.0288	0.0074	0.0262	0.0346	0.03	0.0074	0.0248	0.0367	0.0248	0.0511	0.0222	0.0387	0.0222	0.0443
chr2R	8425341	8425492	chr2R:8425342-8425492	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.031	0.0212	0.0406	0.0313	0.0085	0.0272	0.0281	0.022	0.0085	0.0229	0.0441	0.0229	0.0868	0.0314	0.0361	0.0314	0.0464
chr2R	8425561	8425918	chr2R:8425562-8425918	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0669	0.0396	0.0978	0.0635	0.0201	0.0597	0.0407	0.042	0.0201	0.0453	0.1006	0.0453	0.2363	0.0658	0.0651	0.0658	0.1073
chr2R	8425925	8426076	chr2R:8425926-8426076	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0368	0.025	0.0509	0.0345	0.0053	0.0379	0.0268	0.028	0.0053	0.0236	0.0395	0.0236	0.1549	0.0245	0.0297	0.0245	0.0677
chr2R	8426197	8426487	chr2R:8426198-8426487	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0707	0.0359	0.0796	0.0997	0.0148	0.0481	0.0454	0.0333	0.0148	0.0513	0.0627	0.0513	0.227	0.121	0.0799	0.121	0.1798
chr2R	8427837	8428216	chr2R:8427838-8428216	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0919	0.0427	0.0997	0.1383	0.0127	0.0607	0.0489	0.0473	0.0127	0.1129	0.0643	0.1129	0.0565	0.2198	0.0522	0.2198	0.0787
chr2R	8428419	8428587	chr2R:8428420-8428587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0532	0.0274	0.0566	0.0784	0.0148	0.0379	0.0329	0.0273	0.0148	0.0918	0.0428	0.0918	0.0496	0.1539	0.049	0.1539	0.0547
chr2R	8430671	8430822	chr2R:8430672-8430822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0346	0.0307	0.0478	0.0244	0.0117	0.0379	0.0346	0.0426	0.0117	0.0652	0.0492	0.0652	0.0225	0.0214	0.0103	0.0214	0.0172
chr2R	8431042	8431244	chr2R:8431043-8431244	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0788	0.0608	0.1231	0.0501	0.0212	0.0917	0.0597	0.0799	0.0212	0.2077	0.1132	0.2077	0.0395	0.0436	0.0361	0.0436	0.0495
chr2R	8431396	8431638	chr2R:8431397-8431638	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0773	0.0633	0.1127	0.054	0.0318	0.0908	0.0718	0.066	0.0318	0.1969	0.101	0.1969	0.0449	0.0582	0.0419	0.0582	0.0521
chr2R	8431880	8432031	chr2R:8431881-8432031	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0299	0.0464	0.0319	0.0159	0.0398	0.0355	0.0333	0.0159	0.0833	0.0424	0.0833	0.0248	0.0528	0.0206	0.0528	0.0229
chr2R	8432137	8432453	chr2R:8432138-8432453	distal	distal	none	none	fra	fra	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0439	0.066	0.0629	0.0212	0.0515	0.0597	0.0426	0.0212	0.0966	0.0611	0.0966	0.0473	0.1018	0.0445	0.1018	0.038
chr2R	8432562	8432732	chr2R:8432563-8432732	FBgn0053752	CG33752	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0388	0.0327	0.0501	0.0331	0.0117	0.035	0.042	0.0406	0.0117	0.0483	0.0383	0.0483	0.0263	0.0276	0.0142	0.0276	0.0203
chr2R	8434486	8434637	chr2R:8434487-8434637	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0259	0.0273	0.0242	0.0262	0.0191	0.0272	0.0329	0.036	0.0191	0.0193	0.0273	0.0193	0.031	0.0123	0.0135	0.0123	0.0208
chr2R	8435066	8435217	chr2R:8435067-8435217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.025	0.0213	0.0282	0.0256	0.0138	0.0204	0.0324	0.024	0.0138	0.0199	0.0318	0.0199	0.0511	0.0054	0.0368	0.0054	0.0433
chr2R	8435368	8435804	chr2R:8435369-8435804	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.0491	0.0759	0.0824	0.035	0.0432	0.0701	0.0593	0.035	0.0453	0.1	0.0453	0.1185	0.023	0.1399	0.023	0.136
chr2R	8436237	8436578	chr2R:8436238-8436578	distal	distal	stage11	stage11	fra_2C5	fra_2C5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0707	0.0547	0.0957	0.0613	0.0255	0.0597	0.0662	0.0726	0.0255	0.0477	0.1701	0.0477	0.0542	0.0276	0.1302	0.0276	0.0646
chr2R	8436957	8437159	chr2R:8436958-8437159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0333	0.0355	0.0409	0.0226	0.018	0.0291	0.0489	0.0506	0.018	0.029	0.0608	0.029	0.0318	0.0145	0.0277	0.0145	0.024
chr2R	8437263	8437474	chr2R:8437264-8437474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0298	0.0359	0.0306	0.022	0.0201	0.0282	0.0446	0.0606	0.0201	0.0242	0.045	0.0242	0.0147	0.0092	0.02	0.0092	0.0177
chr2R	8437943	8438094	chr2R:8437944-8438094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0116	0.0154	0.0191	0.0021	0.0117	0.019	0.01	0.0021	0.0181	0.0183	0.0181	0.0101	0.0398	0.0148	0.0398	0.0162
chr2R	8440588	8440739	chr2R:8440589-8440739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0231	0.0231	0.0227	0.0159	0.0209	0.035	0.0227	0.0159	0.0187	0.0338	0.0187	0.0194	0.0123	0.0522	0.0123	0.024
chr2R	8440758	8440909	chr2R:8440759-8440909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0193	0.0253	0.0234	0.0095	0.0175	0.029	0.024	0.0095	0.0181	0.0379	0.0181	0.0263	0.01	0.0477	0.01	0.0292
chr2R	8441693	8441844	chr2R:8441694-8441844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0204	0.0183	0.0214	0.0217	0.0074	0.0131	0.0307	0.0253	0.0074	0.0139	0.0305	0.0139	0.0139	0.0138	0.0264	0.0138	0.0391
chr2R	8441913	8442356	chr2R:8441914-8442356	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0579	0.0658	0.0641	0.0422	0.0318	0.0408	0.1055	0.0886	0.0318	0.0223	0.1	0.0223	0.0279	0.0276	0.0606	0.0276	0.05
chr2R	8442517	8442798	chr2R:8442518-8442798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0384	0.0416	0.0444	0.0283	0.0297	0.0301	0.0606	0.0566	0.0297	0.029	0.0563	0.029	0.0318	0.0138	0.0355	0.0138	0.0266
chr2R	8444302	8444522	chr2R:8444303-8444522	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0328	0.0227	0.011	0.017	0.0199	0.0528	0.0466	0.017	0.0181	0.0273	0.0181	0.031	0.0107	0.0097	0.0107	0.0151
chr2R	8447351	8447502	chr2R:8447352-8447502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0211	0.0263	0.0242	0.012	0.018	0.016	0.0463	0.0293	0.018	0.0205	0.0325	0.0205	0.0232	0.0077	0.0129	0.0077	0.0229
chr2R	8452342	8452493	chr2R:8452343-8452493	FBgn0053775	CG33775	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0351	0.0362	0.0212	0.0276	0.0345	0.0433	0.0433	0.0276	0.0332	0.0444	0.0332	0.0465	0.0191	0.0329	0.0191	0.0281
chr2R	8452571	8452741	chr2R:8452572-8452741	FBgn0053775	CG33775	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0404	0.0529	0.0313	0.0297	0.0403	0.0532	0.0466	0.0297	0.0525	0.0624	0.0525	0.0658	0.0283	0.0496	0.0283	0.0459
chr2R	8453641	8453792	chr2R:8453642-8453792	FBgn0033753	Cyp301a1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0231	0.0247	0.0333	0.0138	0.0223	0.032	0.0266	0.0138	0.0121	0.0363	0.0121	0.0279	0.0107	0.0999	0.0107	0.0245
chr2R	8456828	8457197	chr2R:8456829-8457197	FBgn0033754	Ak6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0744	0.0733	0.0846	0.0643	0.0297	0.0782	0.093	0.0933	0.0297	0.125	0.0884	0.125	0.0759	0.0926	0.0832	0.0926	0.0724
chr2R	8457299	8457503	chr2R:8457300-8457503	FBgn0003527,FBgn0033754	Ak6,stil	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1244	0.1167	0.1404	0.1156	0.0764	0.1316	0.1384	0.1392	0.0764	0.1872	0.1518	0.1872	0.1394	0.1485	0.1199	0.1485	0.1438
chr2R	8459199	8459350	chr2R:8459200-8459350	FBgn0033755	ClC-b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0407	0.0356	0.0424	0.0446	0.0201	0.0398	0.0411	0.0486	0.0201	0.035	0.0498	0.035	0.0558	0.0551	0.0464	0.0551	0.0651
chr2R	8459430	8459641	chr2R:8459431-8459641	FBgn0033755	ClC-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0932	0.0809	0.0953	0.1046	0.0541	0.0917	0.0891	0.1053	0.0541	0.0797	0.1164	0.0797	0.1309	0.1164	0.1109	0.1164	0.1454
chr2R	8460061	8460212	chr2R:8460062-8460212	FBgn0033755	ClC-b	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0365	0.0332	0.0362	0.0407	0.018	0.034	0.0424	0.0413	0.018	0.0386	0.0408	0.0386	0.0488	0.0329	0.038	0.0329	0.0693
chr2R	8461538	8461713	chr2R:8461539-8461713	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0634	0.0467	0.0224	0.0414	0.0714	0.0593	0.0973	0.0414	0.0556	0.0601	0.0556	0.0356	0.0222	0.0239	0.0222	0.0287
chr2R	8463507	8463798	chr2R:8463508-8463798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0548	0.0734	0.0537	0.0352	0.0498	0.066	0.09	0.1119	0.0498	0.058	0.0617	0.058	0.0565	0.0498	0.038	0.0498	0.0453
chr2R	8464682	8464937	chr2R:8464683-8464937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.069	0.0489	0.0308	0.0509	0.066	0.0943	0.0833	0.0509	0.0525	0.0579	0.0525	0.0426	0.0337	0.0303	0.0337	0.0365
chr2R	8464994	8465145	chr2R:8464995-8465145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0572	0.0392	0.0237	0.0414	0.051	0.0861	0.0553	0.0414	0.0411	0.0463	0.0411	0.0457	0.0245	0.0239	0.0245	0.0349
chr2R	8465451	8465619	chr2R:8465452-8465619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0463	0.07	0.0406	0.026	0.0541	0.0544	0.1012	0.0839	0.0541	0.0477	0.0457	0.0477	0.0356	0.0253	0.0297	0.0253	0.0334
chr2R	8465770	8465921	chr2R:8465771-8465921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0328	0.0461	0.0288	0.0224	0.0467	0.0306	0.0666	0.0586	0.0467	0.029	0.0331	0.029	0.0279	0.0153	0.02	0.0153	0.025
chr2R	8466575	8466726	chr2R:8466576-8466726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0604	0.0362	0.0178	0.0424	0.0495	0.0891	0.0746	0.0424	0.0429	0.0444	0.0429	0.0333	0.0176	0.0142	0.0176	0.0203
chr2R	8467896	8468047	chr2R:8467897-8468047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0296	0.039	0.0341	0.0142	0.0318	0.0354	0.0489	0.0553	0.0318	0.0447	0.0312	0.0447	0.0279	0.013	0.0123	0.013	0.0146
chr2R	8474452	8474680	chr2R:8474453-8474680	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT15722.1	VT15722.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1871	0.1311	0.2124	0.222	0.0891	0.1636	0.1302	0.1792	0.0891	0.1757	0.2395	0.1757	0.1991	0.2412	0.2701	0.2412	0.161
chr2R	8474886	8475181	chr2R:8474887-8475181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT15722.1,VT15723.1	VT15722.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1662	0.1145	0.1824	0.2061	0.0732	0.1427	0.1138	0.1632	0.0732	0.1636	0.2013	0.1636	0.2254	0.2029	0.2444	0.2029	0.222
chr2R	8475826	8476012	chr2R:8475827-8476012	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	VT15723.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2642	0.258	0.2916	0.2412	0.2174	0.3257	0.2617	0.3165	0.2174	0.3635	0.3138	0.3635	0.2649	0.2496	0.2592	0.2496	0.2746
chr2R	8476192	8476357	chr2R:8476193-8476357	FBgn0050055	CR30055	stage5	none	VT15723.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1633	0.1554	0.1878	0.1452	0.122	0.1835	0.1739	0.1852	0.122	0.2168	0.2077	0.2168	0.1851	0.1256	0.1689	0.1256	0.1704
chr2R	8476659	8476846	chr2R:8476660-8476846	FBgn0050055	CR30055	stage11,stage14,stage5	none	VT15723.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2589	0.2567	0.3	0.2161	0.2174	0.2942	0.2881	0.3031	0.2174	0.3762	0.3193	0.3762	0.282	0.2152	0.2128	0.2152	0.2564
chr2R	8477061	8477305	chr2R:8477062-8477305	FBgn0050055	CR30055	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3369	0.3212	0.3878	0.2987	0.2821	0.3883	0.3348	0.3698	0.2821	0.5085	0.4119	0.5085	0.3641	0.3124	0.314	0.3124	0.3533
chr2R	8479219	8479384	chr2R:8479220-8479384	distal	distal	stage5	stage5	VT15724.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.2013	0.1806	0.2437	0.178	0.1336	0.1937	0.202	0.2578	0.1336	0.2935	0.2859	0.2935	0.2324	0.2052	0.2211	0.2052	0.197
chr2R	8479674	8479854	chr2R:8479675-8479854	distal	distal	stage11,stage14	none	VT15724.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1815	0.1585	0.2218	0.1631	0.1113	0.1922	0.1708	0.1945	0.1113	0.2911	0.2473	0.2911	0.2115	0.193	0.1689	0.193	0.1965
chr2R	8479864	8480295	chr2R:8479865-8480295	FBgn0022764	Sin3A	stage11,stage14,stage5	none	VT15724.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2316	0.2014	0.283	0.2089	0.1485	0.2413	0.2219	0.2512	0.1485	0.3466	0.3129	0.3466	0.2889	0.2198	0.2276	0.2198	0.2439
chr2R	8480352	8480542	chr2R:8480353-8480542	FBgn0022764	Sin3A	stage11,stage5	none	VT15724.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1942	0.1709	0.2302	0.1806	0.1368	0.1961	0.1834	0.2245	0.1368	0.288	0.2605	0.288	0.2262	0.193	0.1992	0.193	0.2173
chr2R	8480994	8481190	chr2R:8480995-8481190	FBgn0027356	Amph	stage11,stage14,stage5	none	VT15726.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2022	0.1844	0.2363	0.1847	0.1389	0.2218	0.1925	0.2512	0.1389	0.285	0.2576	0.285	0.2463	0.2052	0.2153	0.2052	0.2225
chr2R	8482325	8482476	chr2R:8482326-8482476	distal	distal	stage14	none	VT15726.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.0218	0.0378	0.0492	0.0074	0.0214	0.0264	0.0326	0.0074	0.0266	0.0608	0.0266	0.0256	0.0345	0.1451	0.0345	0.0245
chr2R	8482992	8483143	chr2R:8482993-8483143	FBgn0264510	CR43909	stage14	none	VT15726.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0288	0.0132	0.0259	0.0494	0.0042	0.0155	0.0173	0.0153	0.0042	0.0417	0.0257	0.0417	0.0225	0.147	0.0574	0.147	0.0219
chr2R	8484554	8484705	chr2R:8484555-8484705	distal	distal	none	none	VT15728.1	VT15728.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0222	0.0151	0.0165	0.0365	0.0074	0.018	0.0208	0.0133	0.0074	0.0205	0.0177	0.0205	0.0232	0.0727	0.0426	0.0727	0.0406
chr2R	8487363	8487527	chr2R:8487364-8487527	distal	distal	none	none	VT15729.1	VT15729.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0138	0.0198	0.016	0.0021	0.017	0.0208	0.0153	0.0021	0.0115	0.0164	0.0115	0.0519	0.0069	0.0123	0.0069	0.0386
chr2R	8489518	8489669	chr2R:8489519-8489669	distal	distal	stage14	stage14	VT15731.1	VT15731.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0127	0.0154	0.0159	0.0011	0.0155	0.0169	0.0167	0.0011	0.0109	0.0228	0.0109	0.0139	0.0176	0.0329	0.0176	0.0125
chr2R	8490025	8490176	chr2R:8490026-8490176	distal	distal	stage14	stage14	VT15731.1	VT15731.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0137	0.015	0.0126	0.0135	0.0021	0.0189	0.0229	0.0147	0.0021	0.0091	0.0177	0.0091	0.0155	0.0069	0.038	0.0069	0.0063
chr2R	8492664	8492815	chr2R:8492665-8492815	distal	distal	none	none	VT15732.1	VT15732.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0199	0.0213	0.0206	0.0175	0.0032	0.0184	0.0346	0.0266	0.0032	0.0193	0.0289	0.0193	0.0186	0.0107	0.0438	0.0107	0.0141
chr2R	8492934	8493085	chr2R:8492935-8493085	distal	distal	none	none	VT15732.1	VT15732.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.016	0.0178	0.0152	0.0149	0.0032	0.0199	0.0281	0.0167	0.0032	0.0103	0.0225	0.0103	0.017	0.0107	0.0368	0.0107	0.0094
chr2R	8499780	8500030	chr2R:8499781-8500030	FBgn0004435	Galpha49B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2105	0.2131	0.2434	0.1714	0.1707	0.2335	0.2439	0.2578	0.1707	0.3007	0.2579	0.3007	0.2285	0.2067	0.1721	0.2067	0.1793
chr2R	8500168	8500338	chr2R:8500169-8500338	FBgn0004435	Galpha49B	stage11,stage14,stage5	none	VT15737.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1663	0.1513	0.1963	0.15	0.0986	0.1791	0.1717	0.1872	0.0986	0.2518	0.2106	0.2518	0.1844	0.1784	0.1631	0.1784	0.1595
chr2R	8500602	8500784	chr2R:8500603-8500784	FBgn0004435	Galpha49B	stage11,stage14,stage5	none	VT15737.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.099	0.0768	0.1226	0.098	0.0361	0.099	0.0939	0.0926	0.0361	0.1498	0.1421	0.1498	0.1185	0.0995	0.0993	0.0995	0.1199
chr2R	8500858	8501063	chr2R:8500859-8501063	distal	distal	stage14	none	VT15737.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.041	0.0621	0.0529	0.0191	0.051	0.0463	0.0553	0.0191	0.0707	0.0717	0.0707	0.0651	0.0521	0.06	0.0521	0.0615
chr2R	8510319	8510535	chr2R:8510320-8510535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0338	0.0372	0.0267	0.017	0.035	0.0458	0.0346	0.017	0.038	0.0415	0.038	0.0457	0.0237	0.0264	0.0237	0.0391
chr2R	8519714	8519886	chr2R:8519715-8519886	FBgn0033757,FBgn0053792	CG33792,muskelin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1342	0.1211	0.1518	0.1294	0.0944	0.1354	0.1276	0.1606	0.0944	0.1636	0.1749	0.1636	0.1851	0.1493	0.136	0.1493	0.1579
chr2R	8519939	8520120	chr2R:8519940-8520120	FBgn0033757,FBgn0053792	CG33792,muskelin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0989	0.0904	0.1077	0.0986	0.0636	0.1068	0.0952	0.1159	0.0636	0.122	0.1264	0.122	0.1224	0.1041	0.1019	0.1041	0.1277
chr2R	8521007	8521215	chr2R:8521008-8521215	FBgn0028683	spt4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1297	0.1383	0.1	0.1156	0.1461	0.1371	0.1785	0.1156	0.1697	0.1624	0.1697	0.1247	0.0995	0.1122	0.0995	0.1308
chr2R	8521243	8521395	chr2R:8521244-8521395	FBgn0028683	spt4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0816	0.0887	0.0563	0.0689	0.0859	0.0965	0.1079	0.0689	0.1063	0.1051	0.1063	0.0775	0.0536	0.0671	0.0536	0.0761
chr2R	8523257	8523489	chr2R:8523258-8523489	FBgn0061359,FBgn0061360	CG33671,CG33672	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1338	0.138	0.1515	0.1097	0.1198	0.1442	0.1497	0.1845	0.1198	0.1679	0.1788	0.1679	0.1673	0.0988	0.187	0.0988	0.1271
chr2R	8523575	8523756	chr2R:8523576-8523756	FBgn0011604,FBgn0061359,FBgn0061360	CG33671,CG33672,Iswi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1896	0.1782	0.2203	0.1686	0.1357	0.1835	0.2124	0.2225	0.1357	0.2651	0.2428	0.2651	0.2293	0.1884	0.2063	0.1884	0.1923
chr2R	8524039	8524224	chr2R:8524040-8524224	FBgn0011604,FBgn0061359,FBgn0061360	CG33671,CG33672,Iswi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1844	0.1669	0.2222	0.1627	0.1188	0.1898	0.2037	0.1865	0.1188	0.2572	0.2415	0.2572	0.2184	0.1616	0.1767	0.1616	0.2011
chr2R	8531599	8531750	chr2R:8531600-8531750	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0118	0.0152	0.0128	0.0064	0.0141	0.016	0.0113	0.0064	0.0115	0.0154	0.0115	0.0302	0.0054	0.0064	0.0054	0.0339
chr2R	8531799	8531950	chr2R:8531800-8531950	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0141	0.0143	0.0127	0.0074	0.0155	0.0208	0.016	0.0074	0.0133	0.0125	0.0133	0.0318	0.0069	0.0039	0.0069	0.0292
chr2R	8532775	8532970	chr2R:8532776-8532970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0197	0.0204	0.0171	0.0085	0.0175	0.0342	0.0193	0.0085	0.0109	0.0186	0.0109	0.0503	0.0046	0.011	0.0046	0.0427
chr2R	8533235	8533413	chr2R:8533236-8533413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0142	0.0131	0.0148	0.0148	0.0053	0.0131	0.0182	0.014	0.0053	0.0091	0.0135	0.0091	0.0372	0.0038	0.0161	0.0038	0.0334
chr2R	8536107	8536320	chr2R:8536108-8536320	FBgn0033760	CG8785	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0193	0.0214	0.0272	0.0053	0.0243	0.026	0.0233	0.0053	0.0229	0.0183	0.0229	0.0442	0.0153	0.0226	0.0153	0.0631
chr2R	8539947	8540107	chr2R:8539948-8540107	FBgn0033761,FBgn0033762	CG8632,CG8778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0395	0.0199	0.024	0.0783	0.0127	0.017	0.0337	0.018	0.0127	0.0097	0.0264	0.0097	0.0542	0.0352	0.0999	0.0352	0.1339
chr2R	8540201	8540375	chr2R:8540202-8540375	FBgn0033761,FBgn0033762	CG8632,CG8778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0396	0.0197	0.0251	0.0777	0.0085	0.0194	0.0329	0.018	0.0085	0.0085	0.0283	0.0085	0.0573	0.0314	0.0928	0.0314	0.1397
chr2R	8543345	8543496	chr2R:8543346-8543496	FBgn0033763	CG8646	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0272	0.0247	0.0312	0.0258	0.0148	0.0218	0.035	0.0306	0.0148	0.0296	0.0341	0.0296	0.0465	0.0222	0.0374	0.0222	0.0375
chr2R	8549465	8549616	chr2R:8549466-8549616	distal	distal	none	none	VT15769.1	VT15769.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0227	0.0123	0.0237	0.0331	0.0042	0.0155	0.019	0.0093	0.0042	0.0429	0.0215	0.0429	0.0279	0.0551	0.0187	0.0551	0.0641
chr2R	8549630	8549981	chr2R:8549631-8549981	distal	distal	stage14	stage14	VT15769.1	VT15769.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0155	0.0335	0.0642	0.0042	0.0189	0.0247	0.0113	0.0042	0.058	0.0299	0.058	0.0442	0.0904	0.0477	0.0904	0.1308
chr2R	8550520	8550726	chr2R:8550521-8550726	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT15769.1	VT15769.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0542	0.0208	0.0718	0.0723	0.0085	0.0316	0.0242	0.0207	0.0085	0.1123	0.0723	0.1123	0.0914	0.121	0.0967	0.121	0.0912
chr2R	8550883	8551034	chr2R:8550884-8551034	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT15769.1	VT15769.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0264	0.0135	0.0331	0.0336	0.0053	0.0155	0.0195	0.012	0.0053	0.0417	0.0463	0.0417	0.0225	0.0413	0.0748	0.0413	0.0281
chr2R	8552097	8552248	chr2R:8552098-8552248	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0295	0.0239	0.0364	0.0281	0.0127	0.0282	0.0329	0.0207	0.0127	0.0519	0.0309	0.0519	0.048	0.0283	0.0264	0.0283	0.0511
chr2R	8553321	8553575	chr2R:8553322-8553575	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1638	0.1206	0.2131	0.1579	0.0689	0.1437	0.1298	0.1619	0.0689	0.25	0.2392	0.25	0.2479	0.1998	0.2102	0.1998	0.2157
chr2R	8556908	8557059	chr2R:8556909-8557059	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0114	0.0047	0.0114	0.0188	0.0011	0.0063	0.0065	0.006	0.0011	0.0085	0.0129	0.0085	0.0186	0.0168	0.0071	0.0168	0.0479
chr2R	8557656	8557861	chr2R:8557657-8557861	FBgn0261673	nemy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1149	0.075	0.1283	0.1447	0.0509	0.1073	0.064	0.0953	0.0509	0.1576	0.1457	0.1576	0.1441	0.1815	0.1528	0.1815	0.1923
chr2R	8563793	8563997	chr2R:8563794-8563997	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0448	0.0518	0.0542	0.0267	0.0223	0.0617	0.0497	0.0846	0.0223	0.0386	0.0929	0.0386	0.0364	0.0168	0.0542	0.0168	0.0224
chr2R	8565978	8566214	chr2R:8565979-8566214	distal	distal	none	none	VT15777.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.022	0.0183	0.0228	0.0252	0.0074	0.017	0.0294	0.0187	0.0074	0.0211	0.0183	0.0211	0.0418	0.0268	0.0103	0.0268	0.0443
chr2R	8566572	8566723	chr2R:8566573-8566723	FBgn0261625	CG42708	none	none	VT15777.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0137	0.015	0.0234	0.0053	0.0136	0.0225	0.012	0.0053	0.0145	0.0135	0.0145	0.0147	0.013	0.0064	0.013	0.0162
chr2R	8567089	8567286	chr2R:8567090-8567286	FBgn0261625	CG42708	stage14	none	VT15777.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0487	0.0231	0.0418	0.0851	0.0074	0.032	0.0303	0.0207	0.0074	0.038	0.0312	0.038	0.0658	0.072	0.0316	0.072	0.0735
chr2R	8567530	8567681	chr2R:8567531-8567681	FBgn0261625	CG42708	none	none	VT15777.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0142	0.0147	0.0212	0.0042	0.0136	0.0208	0.02	0.0042	0.0151	0.0122	0.0151	0.0201	0.0214	0.0123	0.0214	0.0167
chr2R	8573375	8573536	chr2R:8573376-8573536	FBgn0033766,FBgn0033767	CG13148,CG8771	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0422	0.0496	0.0269	0.017	0.0393	0.0571	0.0586	0.017	0.0622	0.0527	0.0622	0.0426	0.0291	0.0232	0.0291	0.0266
chr2R	8573610	8573791	chr2R:8573611-8573791	FBgn0033766,FBgn0033767	CG13148,CG8771	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.0966	0.1098	0.0901	0.0679	0.0971	0.122	0.1266	0.0679	0.1329	0.1161	0.1329	0.117	0.1041	0.0741	0.1041	0.0948
chr2R	8573945	8574306	chr2R:8573946-8574306	FBgn0033766,FBgn0033767	CG13148,CG8771	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.0712	0.0652	0.0863	0.0488	0.0714	0.0978	0.0839	0.0488	0.0882	0.0717	0.0882	0.0519	0.1003	0.0567	0.1003	0.0599
chr2R	8574326	8574477	chr2R:8574327-8574477	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0319	0.0334	0.0254	0.0375	0.0244	0.0316	0.0515	0.032	0.0244	0.035	0.026	0.035	0.0186	0.0375	0.0142	0.0375	0.0219
chr2R	8574648	8574901	chr2R:8574649-8574901	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0476	0.0599	0.0364	0.0461	0.0509	0.0485	0.0969	0.052	0.0509	0.0356	0.0415	0.0356	0.0225	0.0176	0.0129	0.0176	0.0162
chr2R	8579889	8580040	chr2R:8579890-8580040	FBgn0033769	CG8768	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0359	0.0434	0.0322	0.0201	0.0354	0.0458	0.0486	0.0201	0.0441	0.0537	0.0441	0.0457	0.0314	0.0406	0.0314	0.0396
chr2R	8580113	8580302	chr2R:8580114-8580302	FBgn0033769	CG8768	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0846	0.0747	0.0984	0.0808	0.052	0.0874	0.0766	0.1046	0.052	0.096	0.1248	0.096	0.1061	0.0835	0.0845	0.0835	0.1141
chr2R	8580440	8580666	chr2R:8580441-8580666	FBgn0033769	CG8768	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0386	0.0515	0.0383	0.0244	0.051	0.045	0.0446	0.0244	0.0368	0.072	0.0368	0.0519	0.0398	0.0432	0.0398	0.0505
chr2R	8586756	8586907	chr2R:8586757-8586907	distal	distal	stage14	none	VT15786.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0097	0.0105	0.027	0.0053	0.0058	0.0147	0.0147	0.0053	0.0091	0.008	0.0091	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr2R	8587383	8587534	chr2R:8587384-8587534	FBgn0033770	wuc	none	none	VT15786.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0135	0.0138	0.0093	0.0178	0.0085	0.0117	0.0268	0.006	0.0085	0.0097	0.0068	0.0097	0.0031	0.0038	0.0052	0.0038	0.0047
chr2R	8589449	8589637	chr2R:8589450-8589637	distal	distal	stage14	stage14	VT15787.1	VT15787.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0092	0.023	0.0334	0	0.0092	0.0156	0.0093	0	0.0115	0.0113	0.0115	0.0116	0.0069	6e-04	0.0069	0.0104
chr2R	8591604	8591857	chr2R:8591605-8591857	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT15788.1,VT15789.1	VT15788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0354	0.0376	0.0392	0.0288	0.0148	0.0495	0.042	0.046	0.0148	0.064	0.0315	0.064	0.0279	0.0107	0.0161	0.0107	0.0089
chr2R	8592162	8592323	chr2R:8592163-8592323	FBgn0261545	CG42663	none	none	VT15789.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0174	0.0225	0.0279	0.0074	0.0194	0.0216	0.022	0.0074	0.0223	0.0215	0.0223	0.017	0.0191	0.0245	0.0191	0.0167
chr2R	8592557	8592747	chr2R:8592558-8592747	FBgn0261545	CG42663	stage11,stage14,stage5	none	VT15789.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1618	0.1451	0.1678	0.1741	0.123	0.1675	0.1583	0.1712	0.123	0.1848	0.181	0.1848	0.2091	0.1838	0.1915	0.1838	0.2183
chr2R	8593130	8593295	chr2R:8593131-8593295	FBgn0261545	CG42663	none	none	VT15789.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0155	0.0236	0.0443	0.0032	0.017	0.0234	0.016	0.0032	0.0151	0.0228	0.0151	0.0473	0.0207	0.0451	0.0207	0.0907
chr2R	8593658	8593895	chr2R:8593659-8593895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0247	0.0208	0.0201	0.0341	0.0117	0.0189	0.0337	0.0193	0.0117	0.0127	0.0183	0.0127	0.0434	0.0184	0.0168	0.0184	0.0834
chr2R	8594190	8594341	chr2R:8594191-8594341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0107	0.009	0.0094	0.0141	0.0032	0.0058	0.0177	0.0093	0.0032	0.0024	0.0093	0.0024	0.0194	0.0092	0.0045	0.0092	0.0302
chr2R	8604343	8604494	chr2R:8604344-8604494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0096	0.0084	0.0169	0.0064	0.0073	0.0186	0.008	0.0064	0.0072	0.009	0.0072	0.007	0.0031	0.0368	0.0031	0.0172
chr2R	8605005	8605156	chr2R:8605006-8605156	distal	distal	none	none	VT15792.1	VT15792.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0093	0.014	0.0231	0.0042	0.0092	0.0169	0.0073	0.0042	0.006	0.0106	0.006	0.0364	0.0092	0.0058	0.0092	0.061
chr2R	8607608	8607791	chr2R:8607609-8607791	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0141	0.006	0.0135	0.024	0	0.0063	0.0112	0.0027	0	0.0085	0.008	0.0085	0.0426	0.0413	0.0123	0.0413	0.0448
chr2R	8607972	8608123	chr2R:8607973-8608123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0146	0.0096	0.0122	0.0227	0.0042	0.0083	0.0177	0.0067	0.0042	0.0097	0.0125	0.0097	0.0186	0.0613	0.0232	0.0613	0.0141
chr2R	8608373	8608524	chr2R:8608374-8608524	distal	distal	stage14	stage14	VT15794.1	VT15794.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0151	0.0204	0.035	0.0095	0.016	0.0225	0.014	0.0095	0.0211	0.0232	0.0211	0.0225	0.0704	0.0484	0.0704	0.0287
chr2R	8608608	8608759	chr2R:8608609-8608759	distal	distal	stage14	stage14	VT15794.1	VT15794.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.014	0.0204	0.0311	0.0064	0.015	0.0212	0.0133	0.0064	0.0193	0.0264	0.0193	0.024	0.0459	0.0561	0.0459	0.0255
chr2R	8612132	8612387	chr2R:8612133-8612387	distal	distal	none	none	VT15796.1	VT15796.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0096	0.0145	0.0302	0.0011	0.0102	0.0182	0.0067	0.0011	0.0133	0.0174	0.0133	0.0186	0.0482	0.0264	0.0482	0.0479
chr2R	8612864	8613193	chr2R:8612865-8613193	distal	distal	none	none	VT15796.1	VT15796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0363	0.0229	0.0297	0.0585	0.0095	0.0228	0.0385	0.0207	0.0095	0.0296	0.0302	0.0296	0.0418	0.0467	0.0413	0.0467	0.0974
chr2R	8613428	8613589	chr2R:8613429-8613589	distal	distal	none	none	VT15796.1	VT15796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0173	0.0197	0.0279	0.0127	0.016	0.0238	0.02	0.0127	0.0193	0.0161	0.0193	0.0163	0.0245	0.0123	0.0245	0.0323
chr2R	8613633	8613860	chr2R:8613634-8613860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0235	0.0158	0.0192	0.0369	0.0095	0.0146	0.0242	0.0173	0.0095	0.0242	0.0154	0.0242	0.017	0.0436	0.0258	0.0436	0.0448
chr2R	8614795	8615012	chr2R:8614796-8615012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0183	0.0116	0.0185	0.0256	0.0064	0.0136	0.016	0.0107	0.0064	0.0199	0.0206	0.0199	0.0217	0.0375	0.0297	0.0375	0.0271
chr2R	8618105	8618396	chr2R:8618106-8618396	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0413	0.0406	0.0397	0.0437	0.0286	0.035	0.0614	0.0446	0.0286	0.0356	0.0363	0.0356	0.0759	0.0306	0.0432	0.0306	0.0834
chr2R	8620006	8620198	chr2R:8620007-8620198	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0248	0.0111	0.0319	0.0323	0.0011	0.0141	0.0173	0.01	0.0011	0.0175	0.0177	0.0175	0.1123	0.01	0.0142	0.01	0.0922
chr2R	8621342	8621493	chr2R:8621343-8621493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0125	0.0102	0.0124	0.0152	0.0053	0.0102	0.016	0.008	0.0053	0.0054	0.0164	0.0054	0.0163	0.0031	0.0303	0.0031	0.0198
chr2R	8629803	8629961	chr2R:8629804-8629961	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0355	0.0246	0.0425	0.0401	0.0095	0.0282	0.0316	0.0273	0.0095	0.0248	0.0273	0.0248	0.0356	0.0191	0.0155	0.0191	0.0334
chr2R	8630250	8630446	chr2R:8630251-8630446	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0442	0.0385	0.0497	0.0444	0.0244	0.0398	0.0545	0.038	0.0244	0.0417	0.0357	0.0417	0.0449	0.023	0.0181	0.023	0.0417
chr2R	8630628	8630833	chr2R:8630629-8630833	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.103	0.118	0.1136	0.0746	0.0891	0.1291	0.1337	0.1506	0.0891	0.1274	0.1029	0.1274	0.0627	0.0459	0.0368	0.0459	0.0386
chr2R	8631025	8631176	chr2R:8631026-8631176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0288	0.0292	0.0321	0.0249	0.0265	0.032	0.0281	0.0393	0.0265	0.0356	0.0267	0.0356	0.0201	0.0077	0.0084	0.0077	0.0172
chr2R	8631304	8631455	chr2R:8631305-8631455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0148	0.024	0.026	0.0095	0.0141	0.0212	0.018	0.0095	0.0181	0.018	0.0181	0.017	0.0069	0.009	0.0069	0.0151
chr2R	8631701	8631852	chr2R:8631702-8631852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0088	0.0146	0.0262	0.0021	0.0126	0.0121	0.0087	0.0021	0.0103	0.009	0.0103	0.017	0.0077	0.0097	0.0077	0.0135
chr2R	8633638	8633845	chr2R:8633639-8633845	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.034	0.0218	0.049	0.0311	0.0074	0.0325	0.0298	0.014	0.0074	0.0368	0.0444	0.0368	0.1061	0.0283	0.0239	0.0283	0.0479
chr2R	8635829	8636066	chr2R:8635830-8636066	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0279	0.0167	0.0404	0.0266	0.0042	0.0194	0.0285	0.0127	0.0042	0.0175	0.0434	0.0175	0.0945	0.013	0.0419	0.013	0.0386
chr2R	8638472	8638703	chr2R:8638473-8638703	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.029	0.0365	0.0316	0.0177	0.0233	0.0306	0.0506	0.0486	0.0233	0.0302	0.0302	0.0302	0.0488	0.0107	0.0219	0.0107	0.0266
chr2R	8639163	8639314	chr2R:8639164-8639314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0239	0.0259	0.0189	0.0159	0.0277	0.0303	0.0293	0.0159	0.0157	0.0232	0.0157	0.0651	0.0168	0.0161	0.0168	0.0323
chr2R	8642892	8643084	chr2R:8642893-8643084	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1031	0.0904	0.1188	0.1003	0.0498	0.0995	0.122	0.1099	0.0498	0.1165	0.1338	0.1165	0.1549	0.0911	0.0961	0.0911	0.1532
chr2R	8643251	8643445	chr2R:8643252-8643445	FBgn0026619,FBgn0026741	Taz,mRpL18	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1319	0.1208	0.1552	0.1186	0.0657	0.1432	0.1414	0.1619	0.0657	0.1612	0.1772	0.1612	0.1603	0.1172	0.1186	0.1172	0.1605
chr2R	8643571	8644008	chr2R:8643572-8644008	FBgn0026619,FBgn0026741	Taz,mRpL18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2031	0.1821	0.2425	0.1833	0.1156	0.2267	0.2003	0.2265	0.1156	0.285	0.2656	0.285	0.244	0.1845	0.1857	0.1845	0.2236
chr2R	8644103	8644303	chr2R:8644104-8644303	FBgn0026619,FBgn0026741	Taz,mRpL18	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.09	0.0786	0.1126	0.0778	0.0477	0.101	0.0939	0.0859	0.0477	0.1256	0.1206	0.1256	0.1348	0.0758	0.0709	0.0758	0.1079
chr2R	8644734	8644898	chr2R:8644735-8644898	FBgn0011227,FBgn0020930	Dgkepsilon,ox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0924	0.0775	0.1147	0.0845	0.0414	0.0947	0.0861	0.0993	0.0414	0.1335	0.1215	0.1335	0.1448	0.1003	0.0741	0.1003	0.1105
chr2R	8644985	8645176	chr2R:8644986-8645176	FBgn0011227,FBgn0020930	Dgkepsilon,ox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1682	0.161	0.1943	0.1476	0.1198	0.1816	0.1795	0.2025	0.1198	0.2355	0.2103	0.2355	0.2099	0.1723	0.1483	0.1723	0.1839
chr2R	8647902	8648154	chr2R:8647903-8648154	FBgn0086904	Nacalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1015	0.0938	0.1203	0.0894	0.0488	0.1214	0.0973	0.1186	0.0488	0.1685	0.1212	0.1685	0.1239	0.1355	0.0799	0.1355	0.1079
chr2R	8648267	8648445	chr2R:8648268-8648445	FBgn0086904	Nacalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.148	0.1358	0.177	0.1298	0.0986	0.1587	0.1414	0.1839	0.0986	0.2319	0.1923	0.2319	0.1751	0.1508	0.1348	0.1508	0.172
chr2R	8657441	8657592	chr2R:8657442-8657592	distal	distal	none	none	VT15822.1	VT15822.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0068	0.0076	0.0049	0.0081	0.0011	0.0063	0.0151	0.0053	0.0011	0.0066	0.0051	0.0066	0.0015	0.0023	0.0045	0.0023	0.0063
chr2R	8658264	8658485	chr2R:8658265-8658485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0226	0.0354	0.0208	0.0103	0.0148	0.0277	0.0458	0.0593	0.0148	0.0145	0.0219	0.0145	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chr2R	8663359	8663867	chr2R:8663360-8663867	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1248	0.1896	0.1558	0.0182	0.0965	0.1777	0.1782	0.3711	0.0965	0.1926	0.2257	0.1926	0.024	0.0138	0.0213	0.0138	0.0083
chr2R	8664169	8664377	chr2R:8664170-8664377	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0881	0.1442	0.0997	0.0127	0.1188	0.1141	0.1644	0.2285	0.1188	0.0707	0.181	0.0707	0.0163	0.0077	0.0219	0.0077	0.0078
chr2R	8664423	8664692	chr2R:8664424-8664692	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1449	0.2535	0.1481	0.0201	0.2312	0.1786	0.3175	0.3757	0.2312	0.0894	0.2836	0.0894	0.0287	0.0176	0.0406	0.0176	0.0094
chr2R	8667435	8667714	chr2R:8667436-8667714	FBgn0003326	sca	stage11,stage14,stage5	none	VT15828.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1217	0.2425	0.09	0.0214	0.2047	0.2228	0.2708	0.3584	0.2047	0.1045	0.118	0.1045	0.0225	0.0176	0.0168	0.0176	0.0083
chr2R	8667879	8668142	chr2R:8667880-8668142	FBgn0003326	sca	stage11,stage14,stage5	none	VT15828.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2306	0.3301	0.2514	0.0965	0.3181	0.3112	0.3992	0.4091	0.3181	0.343	0.3196	0.343	0.0744	0.0727	0.0793	0.0727	0.025
chr2R	8674361	8674512	chr2R:8674362-8674512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.017	0.0242	0.0204	0.0053	0.0117	0.0121	0.0333	0.0466	0.0117	0.0127	0.0405	0.0127	0.0039	0.0054	0.0084	0.0054	0.0026
chr2R	8675443	8675898	chr2R:8675444-8675898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0319	0.0535	0.0278	0.0123	0.0286	0.0296	0.0722	0.0986	0.0286	0.0211	0.045	0.0211	0.0163	0.0115	0.0142	0.0115	0.0089
chr2R	8676093	8676244	chr2R:8676094-8676244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0153	0.0283	0.0118	0.0047	0.0117	0.016	0.0394	0.0493	0.0117	0.006	0.0196	0.006	0.007	0.0031	0.0019	0.0031	0.0026
chr2R	8676354	8676505	chr2R:8676355-8676505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0157	0.0288	0.0124	0.0046	0.017	0.0146	0.0363	0.0546	0.017	0.0079	0.0212	0.0079	0.0085	0.0031	0.0032	0.0031	0.0026
chr2R	8685793	8685944	chr2R:8685794-8685944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0138	0.0254	0.0108	0.004	0.0117	0.0146	0.0346	0.0486	0.0117	0.0097	0.0164	0.0097	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0031
chr2R	8687061	8687212	chr2R:8687062-8687212	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0151	0.0284	0.0117	0.0039	0.0138	0.0175	0.0376	0.0526	0.0138	0.0085	0.0193	0.0085	0.0039	0.0038	0.009	0.0038	0.001
chr2R	8687416	8687742	chr2R:8687417-8687742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0233	0.0432	0.019	0.0056	0.0201	0.0214	0.0657	0.0759	0.0201	0.0109	0.0341	0.0109	0.0054	0.0015	0.009	0.0015	0.0052
chr2R	8687917	8688095	chr2R:8687918-8688095	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0191	0.0358	0.0161	0.0036	0.0191	0.0214	0.0515	0.06	0.0191	0.0157	0.0232	0.0157	0.0085	0.0031	0.0045	0.0031	0.0042
chr2R	8689048	8689199	chr2R:8689049-8689199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0157	0.0294	0.0112	0.0053	0.0159	0.0199	0.0437	0.042	0.0159	0.0151	0.0148	0.0151	0.0046	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr2R	8689636	8689801	chr2R:8689637-8689801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0187	0.0324	0.0157	0.0067	0.0095	0.0136	0.0458	0.0666	0.0095	0.0163	0.0238	0.0163	0.0062	0.0084	0.0064	0.0084	0.0089
chr2R	8731295	8731456	chr2R:8731296-8731456	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0389	0.0225	0.0085	0.0148	0.032	0.0636	0.0466	0.0148	0.0254	0.0283	0.0254	0.0178	0.0107	0.0084	0.0107	0.0078
chr2R	8731555	8731706	chr2R:8731556-8731706	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0351	0.0143	0.0093	0.0159	0.0301	0.058	0.0366	0.0159	0.0121	0.0193	0.0121	0.0147	0.0107	0.0097	0.0107	0.0099
chr2R	8734792	8734943	chr2R:8734793-8734943	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0344	0.0245	0.0099	0.0159	0.0267	0.0502	0.0486	0.0159	0.0254	0.0305	0.0254	0.0209	0.0046	0.0161	0.0046	0.0099
chr2R	8756182	8756357	chr2R:8756183-8756357	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0626	0.0474	0.0671	0.0748	0.0244	0.0505	0.0545	0.0666	0.0244	0.0694	0.0756	0.0694	0.0945	0.072	0.0664	0.072	0.1282
chr2R	8756416	8756621	chr2R:8756417-8756621	FBgn0033777	CG17574	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0789	0.0704	0.0891	0.0773	0.035	0.0752	0.0843	0.0986	0.035	0.1039	0.0977	0.1039	0.1015	0.0819	0.0851	0.0819	0.1084
chr2R	8756839	8757022	chr2R:8756840-8757022	FBgn0033777	CG17574	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1809	0.1704	0.1989	0.1731	0.1156	0.2044	0.1912	0.2099	0.1156	0.2488	0.208	0.2488	0.2084	0.1799	0.2018	0.1799	0.2006
chr2R	8757131	8757304	chr2R:8757132-8757304	FBgn0000181,FBgn0033777	CG17574,bic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1805	0.1545	0.2077	0.1795	0.1071	0.1782	0.1769	0.1899	0.1071	0.2669	0.2222	0.2669	0.1921	0.1853	0.1966	0.1853	0.2038
chr2R	8757629	8757817	chr2R:8757630-8757817	FBgn0000181	bic	stage11,stage14,stage5	none	GJ818	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1741	0.1578	0.2102	0.1528	0.1453	0.1879	0.1674	0.1892	0.1453	0.2566	0.2338	0.2566	0.1929	0.1639	0.1567	0.1639	0.1881
chr2R	8757864	8758015	chr2R:8757865-8758015	FBgn0000181	bic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0781	0.0695	0.0952	0.0688	0.0456	0.0806	0.0826	0.0799	0.0456	0.128	0.1013	0.128	0.0829	0.0896	0.0683	0.0896	0.0724
chr2R	8758681	8758832	chr2R:8758682-8758832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0613	0.0566	0.0692	0.0578	0.0424	0.0699	0.0619	0.068	0.0424	0.1111	0.0611	0.1111	0.0922	0.124	0.0387	0.124	0.0745
chr2R	8758926	8759220	chr2R:8758927-8759220	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1173	0.1	0.1282	0.1248	0.0657	0.1316	0.1077	0.1153	0.0657	0.2144	0.1148	0.2144	0.1534	0.2703	0.089	0.2703	0.148
chr2R	8759324	8759548	chr2R:8759325-8759548	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1154	0.086	0.1286	0.1338	0.0668	0.1102	0.096	0.0893	0.0668	0.1763	0.119	0.1763	0.1797	0.2259	0.1225	0.2259	0.1662
chr2R	8759632	8759806	chr2R:8759633-8759806	FBgn0263446	CR43469	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0744	0.0619	0.0864	0.0752	0.0382	0.082	0.0666	0.0726	0.0382	0.1075	0.0907	0.1075	0.1092	0.0957	0.0625	0.0957	0.1053
chr2R	8759874	8760063	chr2R:8759875-8760063	FBgn0263446	CR43469	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.12	0.1654	0.1256	0.0795	0.1461	0.1289	0.1599	0.0795	0.2089	0.1952	0.2089	0.1495	0.1478	0.1277	0.1478	0.1423
chr2R	8760132	8760306	chr2R:8760133-8760306	FBgn0263446	CR43469	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1295	0.1142	0.1581	0.1152	0.0679	0.1388	0.1311	0.1432	0.0679	0.1987	0.183	0.1987	0.1418	0.1286	0.1051	0.1286	0.1355
chr2R	8763880	8764045	chr2R:8763881-8764045	FBgn0002069,FBgn0025692	Aats-asp,CG3814	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0425	0.0356	0.0548	0.0366	0.017	0.0442	0.0458	0.042	0.017	0.0411	0.0418	0.0411	0.1503	0.0237	0.0206	0.0237	0.0865
chr2R	8764270	8764421	chr2R:8764271-8764421	FBgn0002069,FBgn0025692	Aats-asp,CG3814	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0396	0.0356	0.0476	0.0352	0.0138	0.0427	0.045	0.0393	0.0138	0.0326	0.0431	0.0326	0.1154	0.023	0.0251	0.023	0.0766
chr2R	8766326	8766477	chr2R:8766327-8766477	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0351	0.0383	0.0423	0.0238	0.0244	0.0505	0.0519	0.028	0.0244	0.0374	0.0341	0.0374	0.0984	0.0168	0.0129	0.0168	0.0495
chr2R	8766968	8767153	chr2R:8766969-8767153	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0798	0.0636	0.1018	0.0738	0.0244	0.0752	0.0757	0.0819	0.0244	0.1039	0.1183	0.1039	0.1247	0.0766	0.0729	0.0766	0.0907
chr2R	8767232	8767412	chr2R:8767233-8767412	FBgn0013305	Nmda1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1454	0.12	0.184	0.1313	0.0721	0.1485	0.1324	0.1552	0.0721	0.2186	0.2042	0.2186	0.1944	0.1164	0.1238	0.1164	0.172
chr2R	8767692	8767871	chr2R:8767693-8767871	FBgn0013305	Nmda1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1922	0.1625	0.2377	0.1755	0.1135	0.2053	0.1713	0.2012	0.1135	0.2862	0.2521	0.2862	0.2324	0.1815	0.1651	0.1815	0.2152
chr2R	8771925	8772111	chr2R:8771926-8772111	FBgn0003975	vg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2113	0.2208	0.2593	0.148	0.1792	0.2291	0.2656	0.2665	0.1792	0.3364	0.2952	0.3364	0.2006	0.1899	0.1444	0.1899	0.1371
chr2R	8772326	8772506	chr2R:8772327-8772506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0569	0.0755	0.0619	0.0306	0.0573	0.0684	0.1133	0.0766	0.0573	0.0803	0.0691	0.0803	0.0333	0.0482	0.0245	0.0482	0.0261
chr2R	8774324	8774729	chr2R:8774325-8774729	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0926	0.1093	0.1171	0.0469	0.0541	0.1267	0.1302	0.1472	0.0541	0.09	0.1379	0.09	0.0806	0.026	0.058	0.026	0.0438
chr2R	8778232	8778474	chr2R:8778233-8778474	distal	distal	none	none	vg_5341	vg_5341	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.023	0.0168	0.026	0.0267	0.0042	0.017	0.0281	0.014	0.0042	0.0489	0.0222	0.0489	0.0178	0.0574	0.0155	0.0574	0.0323
chr2R	8780801	8780952	chr2R:8780802-8780952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0142	0.0128	0.0171	0.0124	0.0032	0.0126	0.0229	0.0127	0.0032	0.0272	0.0161	0.0272	0.017	0.0268	0.0103	0.0268	0.0104
chr2R	8781596	8781765	chr2R:8781597-8781765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0338	0.0388	0.0205	0.0233	0.0422	0.0398	0.0366	0.0233	0.0477	0.0511	0.0477	0.0256	0.0283	0.0245	0.0283	0.0188
chr2R	8782611	8782762	chr2R:8782612-8782762	distal	distal	none	none	vg_vgAME	vg_vgAME	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0207	0.0279	0.0216	0.0116	0.0201	0.0243	0.0324	0.0446	0.0201	0.0254	0.0215	0.0254	0.0147	0.0107	0.0116	0.0107	0.0115
chr2R	8782873	8783289	chr2R:8782874-8783289	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	vg_vgAME	vg_vgAME	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.081	0.0948	0.1027	0.0419	0.0753	0.0985	0.1224	0.1126	0.0753	0.1256	0.1376	0.1256	0.079	0.0613	0.0503	0.0613	0.05
chr2R	8783417	8783568	chr2R:8783418-8783568	distal	distal	stage11	stage11	vg_vgAME	vg_vgAME	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0304	0.0364	0.0434	0.0093	0.0138	0.0524	0.0385	0.0473	0.0138	0.0423	0.0711	0.0423	0.0201	0.0115	0.0116	0.0115	0.0094
chr2R	8783803	8784010	chr2R:8783804-8784010	distal	distal	stage5	stage5	vg_quadrant	vg_quadrant	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0337	0.0464	0.0437	0.0086	0.0191	0.0466	0.0536	0.0819	0.0191	0.0248	0.0791	0.0248	0.0194	0.0061	0.0129	0.0061	0.0063
chr2R	8788691	8788842	chr2R:8788692-8788842	distal	distal	stage14	stage14	vg_vg-adepithelial-enhancer	vg_vg-adepithelial-enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0221	0.0126	0.0255	0.029	0.0042	0.0189	0.0147	0.012	0.0042	0.0435	0.027	0.0435	0.0209	0.0796	0.0251	0.0796	0.0198
chr2R	8789633	8789784	chr2R:8789634-8789784	distal	distal	stage11	stage11	vg_vg-adepithelial-enhancer	vg_vg-adepithelial-enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0213	0.0202	0.0344	0.0082	0.0064	0.0306	0.0242	0.022	0.0064	0.0658	0.0379	0.0658	0.0093	0.0168	0.0058	0.0168	0.0068
chr2R	8791412	8791719	chr2R:8791413-8791719	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	vg_PRE	vg_PRE	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1096	0.162	0.1098	0.0508	0.1379	0.1723	0.1877	0.2065	0.1379	0.1298	0.1244	0.1298	0.0759	0.0643	0.0542	0.0643	0.0485
chr2R	8791918	8792203	chr2R:8791919-8792203	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	vg_PRE	vg_PRE	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2116	0.2277	0.2462	0.1557	0.1845	0.2539	0.2171	0.3498	0.1845	0.1516	0.3235	0.1516	0.151	0.0636	0.2037	0.0636	0.0797
chr2R	8799587	8799738	chr2R:8799588-8799738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0157	0.0269	0.0324	0.0053	0.0199	0.0199	0.0193	0.0053	0.0254	0.0206	0.0254	0.0085	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chr2R	8799939	8800090	chr2R:8799940-8800090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0153	0.0241	0.0265	0.0085	0.0214	0.0134	0.022	0.0085	0.0223	0.0158	0.0223	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr2R	8801086	8801237	chr2R:8801087-8801237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0338	0.0308	0.0339	0.037	0.0117	0.0388	0.0285	0.0513	0.0117	0.035	0.0338	0.035	0.007	0.0077	0.0123	0.0077	0.0057
chr2R	8801298	8801449	chr2R:8801299-8801449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0285	0.0191	0.0277	0.0401	0.0053	0.0238	0.019	0.03	0.0053	0.0217	0.0232	0.0217	0.007	0.0061	0.0103	0.0061	0.0073
chr2R	8802093	8802291	chr2R:8802094-8802291	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.046	0.0622	0.0548	0.0181	0.0445	0.0597	0.0783	0.0853	0.0445	0.0658	0.064	0.0658	0.0341	0.0184	0.0103	0.0184	0.0172
chr2R	8802392	8802543	chr2R:8802393-8802543	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0364	0.0467	0.0456	0.0149	0.017	0.0427	0.0631	0.0626	0.017	0.0477	0.0588	0.0477	0.0279	0.01	0.0135	0.01	0.0141
chr2R	8802545	8802765	chr2R:8802546-8802765	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0596	0.0668	0.0782	0.0313	0.017	0.0777	0.0792	0.0926	0.017	0.0827	0.0942	0.0827	0.0511	0.0268	0.0239	0.0268	0.0328
chr2R	8803335	8803538	chr2R:8803336-8803538	FBgn0010488	NAT1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2234	0.2021	0.2721	0.1938	0.1283	0.2393	0.2331	0.2472	0.1283	0.3213	0.2965	0.3213	0.261	0.2198	0.216	0.2198	0.2157
chr2R	8803635	8803850	chr2R:8803636-8803850	FBgn0010488	NAT1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1692	0.1421	0.2027	0.1627	0.0859	0.1825	0.1522	0.1686	0.0859	0.2488	0.2174	0.2488	0.1998	0.1937	0.1709	0.1937	0.1839
chr2R	8803888	8804170	chr2R:8803889-8804170	FBgn0010488	NAT1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.201	0.1464	0.2344	0.2255	0.071	0.2146	0.1432	0.1772	0.071	0.2844	0.2373	0.2844	0.2556	0.2458	0.2147	0.2458	0.2767
chr2R	8804313	8804879	chr2R:8804314-8804879	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.193	0.1251	0.2142	0.2455	0.0753	0.1578	0.1345	0.1626	0.0753	0.1975	0.1797	0.1975	0.1774	0.1868	0.1644	0.1868	0.2314
chr2R	8809789	8809940	chr2R:8809790-8809940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0361	0.0348	0.0203	0.0265	0.0286	0.0588	0.0366	0.0265	0.0417	0.035	0.0417	0.0426	0.0222	0.0142	0.0222	0.0302
chr2R	8810051	8810202	chr2R:8810052-8810202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0337	0.0401	0.0354	0.0246	0.0382	0.032	0.0644	0.034	0.0382	0.0556	0.0318	0.0556	0.0364	0.0268	0.0219	0.0268	0.036
chr2R	8810917	8811175	chr2R:8810918-8811175	FBgn0033781	CG13319	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0635	0.0589	0.0622	0.07	0.0467	0.0631	0.0766	0.066	0.0467	0.0694	0.0653	0.0694	0.096	0.0835	0.0716	0.0835	0.098
chr2R	8811213	8811432	chr2R:8811214-8811432	FBgn0033781	CG13319	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0939	0.0703	0.0959	0.1181	0.0477	0.0752	0.0943	0.0799	0.0477	0.1002	0.0952	0.1002	0.1557	0.144	0.118	0.144	0.1558
chr2R	8811829	8812064	chr2R:8811830-8812064	FBgn0033781,FBgn0033782	CG13319,sug	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.073	0.04	0.0793	0.1029	0.0159	0.0529	0.0515	0.04	0.0159	0.1443	0.0611	0.1443	0.0984	0.2159	0.049	0.2159	0.1574
chr2R	8812087	8812439	chr2R:8812088-8812439	FBgn0033782	sug	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0809	0.05	0.0831	0.1131	0.0244	0.068	0.061	0.0493	0.0244	0.1153	0.0669	0.1153	0.1433	0.1945	0.0561	0.1945	0.2058
chr2R	8813061	8813451	chr2R:8813062-8813451	distal	distal	stage14	stage14	sug	sug	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0607	0.0298	0.0661	0.0894	0.0117	0.0437	0.0359	0.0286	0.0117	0.1039	0.0453	0.1039	0.1224	0.1508	0.0484	0.1508	0.1542
chr2R	8814832	8815055	chr2R:8814833-8815055	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0541	0.0221	0.0561	0.0876	0.0074	0.033	0.0272	0.0187	0.0074	0.0568	0.0264	0.0568	0.1789	0.0919	0.0232	0.0919	0.2126
chr2R	8815907	8816079	chr2R:8815908-8816079	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0457	0.0181	0.0494	0.0727	0.0064	0.0325	0.0182	0.0153	0.0064	0.0531	0.0225	0.0531	0.1642	0.0804	0.0232	0.0804	0.1798
chr2R	8817030	8817181	chr2R:8817031-8817181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0344	0.0259	0.0355	0.0428	0.0127	0.0301	0.0307	0.028	0.0127	0.0368	0.0309	0.0368	0.072	0.0329	0.011	0.0329	0.1157
chr2R	8821262	8821444	chr2R:8821263-8821444	FBgn0033783	CG17019	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0702	0.0633	0.0867	0.0599	0.0477	0.0757	0.0722	0.072	0.0477	0.0942	0.0926	0.0942	0.1077	0.0651	0.0471	0.0651	0.0782
chr2R	8821485	8821679	chr2R:8821486-8821679	FBgn0033783	CG17019	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1064	0.1368	0.0979	0.0774	0.1131	0.1224	0.1372	0.0774	0.1455	0.1579	0.1455	0.1557	0.1126	0.0845	0.1126	0.1381
chr2R	8823708	8823897	chr2R:8823709-8823897	FBgn0033784	CG13322	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.123	0.1127	0.1395	0.1166	0.0817	0.1393	0.1276	0.1312	0.0817	0.1751	0.1479	0.1751	0.1495	0.1332	0.1122	0.1332	0.1318
chr2R	8823992	8824168	chr2R:8823993-8824168	FBgn0033784,FBgn0033785	CG13322,Sans	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1786	0.1514	0.2126	0.1717	0.1198	0.1908	0.1639	0.1712	0.1198	0.2609	0.227	0.2609	0.22	0.1884	0.187	0.1884	0.2142
chr2R	8824278	8824492	chr2R:8824279-8824492	FBgn0033784,FBgn0033785	CG13322,Sans	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.109	0.0835	0.1311	0.1134	0.0594	0.1058	0.0973	0.0893	0.0594	0.1304	0.1595	0.1304	0.1619	0.1049	0.1741	0.1049	0.1475
chr2R	8824572	8824764	chr2R:8824573-8824764	FBgn0033785	Sans	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0727	0.0718	0.0825	0.0629	0.0562	0.0709	0.0826	0.0973	0.0562	0.0646	0.1154	0.0646	0.0945	0.0559	0.1115	0.0559	0.0693
chr2R	8833777	8833992	chr2R:8833778-8833992	FBgn0004512	Mdr49	stage11,stage5	none	Mdr49	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0864	0.1351	0.0914	0.0265	0.1135	0.149	0.1531	0.1712	0.1135	0.061	0.1588	0.061	0.0573	0.0161	0.0613	0.0161	0.0271
chr2R	8834221	8834401	chr2R:8834222-8834401	FBgn0004512	Mdr49	stage5	none	Mdr49	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0594	0.0396	0.0162	0.0329	0.0515	0.0891	0.0726	0.0329	0.0248	0.0595	0.0248	0.0403	0.0069	0.0374	0.0069	0.013
chr2R	8834670	8834821	chr2R:8834671-8834821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0404	0.0217	0.0079	0.0223	0.0354	0.0545	0.0573	0.0223	0.0175	0.0286	0.0175	0.024	0.0069	0.0097	0.0069	0.0078
chr2R	8835316	8835586	chr2R:8835317-8835586	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0697	0.1085	0.0664	0.0298	0.0976	0.0961	0.141	0.1312	0.0976	0.0296	0.1151	0.0296	0.055	0.023	0.0722	0.023	0.0146
chr2R	8838772	8838933	chr2R:8838773-8838933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0169	0.0392	0.022	0.0095	0.0218	0.0234	0.016	0.0095	0.0248	0.0273	0.0248	0.117	0.0115	0.0084	0.0115	0.0558
chr2R	8840899	8841050	chr2R:8840900-8841050	FBgn0033787	CG13321	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0285	0.0277	0.0327	0.0249	0.0148	0.034	0.0346	0.032	0.0148	0.0266	0.0318	0.0266	0.0612	0.0123	0.0148	0.0123	0.0584
chr2R	8841747	8841898	chr2R:8841748-8841898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0336	0.026	0.0529	0.0209	0.0021	0.033	0.0337	0.034	0.0021	0.0429	0.046	0.0429	0.0333	0.0107	0.0193	0.0107	0.0193
chr2R	8843414	8843622	chr2R:8843415-8843622	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1475	0.1081	0.1815	0.1544	0.0562	0.1534	0.1081	0.1352	0.0562	0.1824	0.2138	0.1824	0.1859	0.1371	0.1838	0.1371	0.1704
chr2R	8843829	8843980	chr2R:8843830-8843980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0563	0.0464	0.0737	0.0482	0.0233	0.0602	0.045	0.072	0.0233	0.055	0.1145	0.055	0.0589	0.0276	0.1012	0.0276	0.0438
chr2R	8844967	8845628	chr2R:8844968-8845628	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.3366	0.3428	0.4042	0.2554	0.2725	0.4257	0.3283	0.451	0.2725	0.4915	0.4415	0.4915	0.2796	0.1991	0.2708	0.1991	0.2319
chr2R	8845929	8846425	chr2R:8845930-8846425	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3177	0.3149	0.3867	0.245	0.2694	0.385	0.3183	0.3777	0.2694	0.4825	0.4212	0.4825	0.3207	0.2741	0.2515	0.2741	0.2517
chr2R	8846464	8846690	chr2R:8846465-8846690	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2595	0.2036	0.3352	0.2388	0.1548	0.2874	0.1778	0.2558	0.1548	0.4547	0.3408	0.4547	0.306	0.281	0.207	0.281	0.2564
chr2R	8847048	8847234	chr2R:8847049-8847234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2423	0.2489	0.2877	0.1852	0.2354	0.3102	0.2426	0.3018	0.2354	0.4082	0.2797	0.4082	0.2711	0.2511	0.1283	0.2511	0.2178
chr2R	8847339	8847566	chr2R:8847340-8847566	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2066	0.193	0.2496	0.1745	0.158	0.2393	0.1938	0.2392	0.158	0.3188	0.2531	0.3188	0.2246	0.2198	0.1219	0.2198	0.2011
chr2R	8847580	8847786	chr2R:8847581-8847786	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1877	0.1544	0.2369	0.1707	0.0806	0.2398	0.1293	0.2012	0.0806	0.305	0.2315	0.305	0.2324	0.1562	0.1122	0.1562	0.2142
chr2R	8852751	8853011	chr2R:8852752-8853011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0483	0.0748	0.0473	0.0196	0.035	0.0806	0.0688	0.1246	0.035	0.0525	0.0553	0.0525	0.0318	0.0054	0.0193	0.0054	0.0224
chr2R	8853131	8853503	chr2R:8853132-8853503	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0893	0.1423	0.0836	0.0363	0.0859	0.1553	0.1202	0.2465	0.0859	0.0489	0.1225	0.0489	0.0496	0.0153	0.0393	0.0153	0.0427
chr2R	8853751	8853902	chr2R:8853752-8853902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0323	0.0367	0.0249	0.0223	0.0369	0.0376	0.042	0.0223	0.0441	0.0357	0.0441	0.031	0.0161	0.0097	0.0161	0.0193
chr2R	8855960	8856111	chr2R:8855961-8856111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0223	0.0307	0.0184	0.0064	0.0233	0.0368	0.0187	0.0064	0.0302	0.0286	0.0302	0.0194	0.0069	0.0116	0.0069	0.012
chr2R	8857774	8857925	chr2R:8857775-8857925	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0415	0.0398	0.0624	0.0203	0.0138	0.0607	0.0376	0.0533	0.0138	0.1002	0.0611	0.1002	0.0217	0.0168	0.0239	0.0168	0.0125
chr2R	8858275	8858679	chr2R:8858276-8858679	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1794	0.1347	0.2846	0.1138	0.0498	0.2267	0.0861	0.2012	0.0498	0.4076	0.3309	0.4076	0.1518	0.1455	0.1483	0.1455	0.0594
chr2R	8859269	8859547	chr2R:8859270-8859547	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1028	0.1519	0.1041	0.0464	0.1283	0.1403	0.1609	0.2452	0.1283	0.0906	0.1598	0.0906	0.0573	0.036	0.0793	0.036	0.0255
chr2R	8859586	8859737	chr2R:8859587-8859737	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.046	0.0556	0.0445	0.037	0.0551	0.0505	0.0623	0.0853	0.0551	0.0411	0.0653	0.0411	0.0325	0.0291	0.0761	0.0291	0.0234
chr2R	8860457	8860722	chr2R:8860458-8860722	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0243	0.0494	0.0418	0.0095	0.0272	0.0337	0.0266	0.0095	0.0326	0.0746	0.0326	0.0503	0.0291	0.0761	0.0291	0.0344
chr2R	8861295	8861446	chr2R:8861296-8861446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0288	0.0432	0.0256	0.0162	0.0276	0.0267	0.0692	0.058	0.0276	0.0302	0.0296	0.0302	0.017	0.0138	0.0142	0.0138	0.0094
chr2R	8862385	8862536	chr2R:8862386-8862536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0181	0.0141	0.0187	0.0085	0.0209	0.0247	0.0207	0.0085	0.0181	0.0135	0.0181	0.0101	0.0107	0.0064	0.0107	0.0094
chr2R	8862588	8862739	chr2R:8862589-8862739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0193	0.0151	0.0212	0.0085	0.0204	0.0303	0.0193	0.0085	0.0193	0.0132	0.0193	0.0108	0.0077	0.0077	0.0077	0.0115
chr2R	8867061	8867303	chr2R:8867062-8867303	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.139	0.1761	0.1717	0.0616	0.1485	0.1825	0.2102	0.2159	0.1485	0.2585	0.181	0.2585	0.1208	0.0651	0.0716	0.0651	0.0698
chr2R	8867398	8867633	chr2R:8867399-8867633	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.143	0.1059	0.2023	0.1193	0.0583	0.1296	0.1142	0.1372	0.0583	0.2796	0.2431	0.2796	0.1727	0.1562	0.1657	0.1562	0.1292
chr2R	8867736	8867943	chr2R:8867737-8867943	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.237	0.2005	0.2982	0.2104	0.1421	0.2451	0.2184	0.2438	0.1421	0.3684	0.3531	0.3684	0.2781	0.2443	0.2469	0.2443	0.2585
chr2R	8868206	8868455	chr2R:8868207-8868455	FBgn0005624	Psc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3991	0.3973	0.4437	0.3522	0.3457	0.4524	0.4645	0.4377	0.3457	0.5272	0.472	0.5272	0.4191	0.3744	0.3688	0.3744	0.3778
chr2R	8868889	8869040	chr2R:8868890-8869040	FBgn0005624	Psc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0761	0.0754	0.0852	0.067	0.0498	0.0617	0.1077	0.0899	0.0498	0.1033	0.0907	0.1033	0.0751	0.0781	0.0355	0.0781	0.0573
chr2R	8872226	8872631	chr2R:8872227-8872631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.3423	0.2736	0.4146	0.3396	0.1771	0.3898	0.2474	0.3411	0.1771	0.5344	0.4418	0.5344	0.3656	0.4035	0.3565	0.4035	0.3695
chr2R	8872786	8872997	chr2R:8872787-8872997	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2521	0.198	0.3135	0.2451	0.1516	0.2529	0.192	0.2558	0.1516	0.3829	0.3418	0.3829	0.2773	0.2435	0.2476	0.2435	0.2663
chr2R	8873055	8873433	chr2R:8873056-8873433	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.3635	0.3506	0.4265	0.3087	0.2853	0.4228	0.3798	0.4137	0.2853	0.5079	0.483	0.5079	0.3873	0.3208	0.3314	0.3208	0.333
chr2R	8878229	8878437	chr2R:8878230-8878437	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1068	0.0584	0.143	0.1212	0.0286	0.0927	0.0493	0.074	0.0286	0.1944	0.1727	0.1944	0.1425	0.1501	0.1225	0.1501	0.1537
chr2R	8878448	8878669	chr2R:8878449-8878669	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0674	0.0263	0.0812	0.0982	0.0127	0.0456	0.0221	0.028	0.0127	0.1099	0.0833	0.1099	0.0976	0.0911	0.0793	0.0911	0.1141
chr2R	8878671	8878874	chr2R:8878672-8878874	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0548	0.0174	0.059	0.0918	0.0053	0.0301	0.0173	0.0187	0.0053	0.0779	0.0595	0.0779	0.0682	0.0666	0.0832	0.0666	0.1199
chr2R	8879266	8879488	chr2R:8879267-8879488	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2333	0.1975	0.2783	0.2238	0.1379	0.2549	0.1942	0.2498	0.1379	0.3557	0.2865	0.3557	0.261	0.2167	0.2076	0.2167	0.2783
chr2R	8883794	8884048	chr2R:8883795-8884048	FBgn0008654	Su(z)2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3302	0.2981	0.3812	0.3101	0.2418	0.3422	0.3335	0.3591	0.2418	0.468	0.4113	0.468	0.3834	0.3323	0.3237	0.3323	0.3491
chr2R	8884414	8884871	chr2R:8884415-8884871	FBgn0008654	Su(z)2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.3432	0.2854	0.3722	0.376	0.1866	0.3607	0.311	0.3464	0.1866	0.4257	0.3752	0.4257	0.4338	0.3813	0.3636	0.3813	0.4674
chr2R	8885043	8885247	chr2R:8885044-8885247	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0506	0.0302	0.0473	0.0771	0.0095	0.0388	0.0398	0.0353	0.0095	0.0326	0.0354	0.0326	0.048	0.0429	0.0387	0.0429	0.0797
chr2R	8886100	8886253	chr2R:8886101-8886253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0386	0.0148	0.0343	0.0698	0.0074	0.0146	0.0264	0.0107	0.0074	0.0242	0.0331	0.0242	0.072	0.0766	0.0509	0.0766	0.1391
chr2R	8888239	8888416	chr2R:8888240-8888416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0327	0.0336	0.0374	0.0266	0.0095	0.0335	0.0316	0.066	0.0095	0.0254	0.0293	0.0254	0.0132	0.0054	0.0071	0.0054	0.0094
chr2R	8892259	8892410	chr2R:8892260-8892410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0248	0.0462	0.0249	0.0106	0.0379	0.0298	0.0247	0.0106	0.0447	0.0669	0.0447	0.0387	0.0237	0.0426	0.0237	0.0203
chr2R	8892513	8892707	chr2R:8892514-8892707	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0699	0.054	0.0977	0.0572	0.0339	0.0782	0.0558	0.0653	0.0339	0.128	0.1186	0.128	0.0906	0.0781	0.0754	0.0781	0.0604
chr2R	8892998	8893299	chr2R:8892999-8893299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0477	0.0541	0.0551	0.0326	0.0265	0.0612	0.0597	0.0826	0.0265	0.0755	0.0643	0.0755	0.0434	0.0444	0.0406	0.0444	0.0386
chr2R	8893490	8893641	chr2R:8893491-8893641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0292	0.0235	0.016	0.0201	0.034	0.0376	0.0326	0.0201	0.0308	0.0209	0.0308	0.031	0.01	0.0206	0.01	0.0177
chr2R	8893652	8893879	chr2R:8893653-8893879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0455	0.052	0.05	0.0334	0.0318	0.067	0.067	0.0506	0.0318	0.0604	0.0492	0.0604	0.0558	0.0222	0.0322	0.0222	0.0422
chr2R	8894026	8894234	chr2R:8894027-8894234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1121	0.1205	0.132	0.0809	0.105	0.151	0.1315	0.1332	0.105	0.1679	0.1138	0.1679	0.1208	0.062	0.0509	0.062	0.0803
chr2R	8894848	8895019	chr2R:8894849-8895019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0261	0.0182	0.0324	0.0281	0.0138	0.016	0.0242	0.0213	0.0138	0.0308	0.019	0.0308	0.0093	0.0145	0.011	0.0145	0.0078
chr2R	8895411	8895562	chr2R:8895412-8895562	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0375	0.0224	0.0548	0.0354	0.0074	0.0316	0.0234	0.0286	0.0074	0.1184	0.0408	0.1184	0.0302	0.0138	0.0174	0.0138	0.0156
chr2R	8895611	8895762	chr2R:8895612-8895762	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0321	0.0188	0.0324	0.0465	0.0064	0.0248	0.0234	0.0233	0.0064	0.0586	0.0254	0.0586	0.0209	0.0123	0.0129	0.0123	0.0177
chr2R	8896034	8896185	chr2R:8896035-8896185	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0189	0.0266	0.0558	0.0064	0.017	0.0264	0.03	0.0064	0.0314	0.0244	0.0314	0.0186	0.0061	0.0097	0.0061	0.0156
chr2R	8896733	8896884	chr2R:8896734-8896884	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0057	0.0081	0.0266	0.0011	0.0039	0.0099	0.008	0.0011	0.0054	0.0077	0.0054	0.007	0.0061	0.0064	0.0061	0.0083
chr2R	8897648	8897799	chr2R:8897649-8897799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0325	0.0236	0.0123	0.0233	0.0233	0.0536	0.0406	0.0233	0.0211	0.0322	0.0211	0.0155	0.0092	0.0155	0.0092	0.0104
chr2R	8898738	8898889	chr2R:8898739-8898889	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0365	0.026	0.0614	0.0207	0.0095	0.0369	0.0277	0.0333	0.0095	0.0537	0.0884	0.0537	0.031	0.0153	0.0232	0.0153	0.0141
chr2R	8899092	8899243	chr2R:8899093-8899243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0112	0.0353	0.0138	0.0021	0.0165	0.0121	0.0147	0.0021	0.0187	0.0232	0.0187	0.0139	0.0084	0.0077	0.0084	0.0073
chr2R	8900446	8900811	chr2R:8900447-8900811	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.083	0.0475	0.1289	0.0724	0.0085	0.0908	0.0407	0.0493	0.0085	0.221	0.155	0.221	0.0759	0.1194	0.0954	0.1194	0.0844
chr2R	8902420	8902584	chr2R:8902421-8902584	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0334	0.0127	0.0254	0.0655	0.0064	0.0112	0.0182	0.018	0.0064	0.0169	0.0286	0.0169	0.0364	0.0727	0.04	0.0727	0.0974
chr2R	8903153	8903413	chr2R:8903154-8903413	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1064	0.027	0.1088	0.1926	0.0106	0.0413	0.0281	0.0333	0.0106	0.1123	0.1093	0.1123	0.1913	0.2366	0.1863	0.2366	0.2475
chr2R	8906582	8907097	chr2R:8906583-8907097	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2019	0.2419	0.2345	0.1213	0.2004	0.2641	0.2362	0.3524	0.2004	0.2162	0.3691	0.2162	0.1464	0.157	0.216	0.157	0.0808
chr2R	8909848	8910009	chr2R:8909849-8910009	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0344	0.0277	0.0458	0.0295	0.0117	0.032	0.0285	0.0453	0.0117	0.0266	0.0379	0.0266	0.0093	0.0077	0.0129	0.0077	0.0078
chr2R	8910413	8910564	chr2R:8910414-8910564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0242	0.0218	0.0344	0.0156	0.0085	0.0296	0.0229	0.03	0.0085	0.0417	0.0389	0.0417	0.0209	0.0168	0.011	0.0168	0.0115
chr2R	8914462	8914690	chr2R:8914463-8914690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.028	0.0485	0.0226	0.0064	0.0267	0.0307	0.0486	0.0064	0.0362	0.064	0.0362	0.0341	0.0077	0.0123	0.0077	0.0052
chr2R	8915545	8915696	chr2R:8915546-8915696	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0308	0.0181	0.0379	0.0372	0.0032	0.032	0.0173	0.02	0.0032	0.0519	0.0318	0.0519	0.0225	0.0329	0.0155	0.0329	0.0234
chr2R	8915892	8916451	chr2R:8915893-8916451	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1475	0.1028	0.21	0.129	0.0339	0.1592	0.0822	0.1552	0.0339	0.1902	0.2527	0.1902	0.0844	0.0383	0.0832	0.0383	0.0453
chr2R	8916660	8916811	chr2R:8916661-8916811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0344	0.0288	0.0421	0.032	0.0074	0.0306	0.0415	0.0313	0.0074	0.0296	0.0534	0.0296	0.024	0.0184	0.0142	0.0184	0.0109
chr2R	8917085	8917310	chr2R:8917086-8917310	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0308	0.0206	0.0293	0.0437	0.0064	0.0248	0.0277	0.0213	0.0064	0.0217	0.0267	0.0217	0.0101	0.0107	0.0077	0.0107	0.0099
chr2R	8917483	8917634	chr2R:8917484-8917634	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0155	0.0338	0.0299	0.0011	0.0214	0.0221	0.0127	0.0011	0.0229	0.0251	0.0229	0.0163	0.0107	0.0097	0.0107	0.0078
chr2R	8918357	8918508	chr2R:8918358-8918508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0259	0.0219	0.0396	0.0152	0.0053	0.033	0.019	0.036	0.0053	0.0332	0.0566	0.0332	0.0186	0.0138	0.011	0.0138	0.0078
chr2R	8919718	8919869	chr2R:8919719-8919869	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0101	0.0256	0.0386	0.0032	0.0117	0.0112	0.0153	0.0032	0.0169	0.0363	0.0169	0.0287	0.0184	0.0916	0.0184	0.0396
chr2R	8920438	8920666	chr2R:8920439-8920666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0416	0.0283	0.0543	0.0426	0.0042	0.0437	0.0337	0.0273	0.0042	0.0622	0.0469	0.0622	0.0953	0.0398	0.0368	0.0398	0.0797
chr2R	8922561	8922763	chr2R:8922562-8922763	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0752	0.0252	0.0655	0.1416	0.0095	0.0427	0.016	0.036	0.0095	0.0513	0.0482	0.0513	0.1294	0.121	0.1057	0.121	0.2381
chr2R	8922891	8923080	chr2R:8922892-8923080	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.071	0.0335	0.0684	0.1157	0.0191	0.0519	0.0238	0.0446	0.0191	0.061	0.0579	0.061	0.1208	0.0904	0.0864	0.0904	0.1949
chr2R	8926334	8926564	chr2R:8926335-8926564	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2039	0.1509	0.2518	0.2107	0.1082	0.1961	0.1561	0.1845	0.1082	0.2923	0.2727	0.2923	0.2541	0.2083	0.2102	0.2083	0.2449
chr2R	8927040	8927191	chr2R:8927041-8927191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.042	0.0221	0.0515	0.0539	0.0095	0.0306	0.0277	0.022	0.0095	0.0556	0.0531	0.0556	0.0806	0.075	0.0432	0.075	0.075
chr2R	8929122	8929333	chr2R:8929123-8929333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0685	0.0613	0.0963	0.0461	0.0339	0.0738	0.0662	0.0826	0.0339	0.1129	0.1116	0.1129	0.0666	0.049	0.0406	0.049	0.0334
chr2R	8929662	8929874	chr2R:8929663-8929874	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.235	0.1977	0.2819	0.2255	0.1357	0.2398	0.218	0.2438	0.1357	0.3273	0.3013	0.3273	0.2533	0.209	0.2302	0.209	0.2392
chr2R	8930016	8930167	chr2R:8930017-8930167	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0787	0.0695	0.093	0.0732	0.0371	0.084	0.0718	0.0979	0.0371	0.1105	0.0974	0.1105	0.0744	0.049	0.0793	0.049	0.0573
chr2R	8930253	8930448	chr2R:8930254-8930448	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1515	0.1361	0.1915	0.1248	0.0848	0.1854	0.1298	0.1765	0.0848	0.2663	0.1926	0.2663	0.1294	0.1026	0.0896	0.1026	0.1204
chr2R	8930738	8930959	chr2R:8930739-8930959	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1133	0.0907	0.1566	0.0911	0.0657	0.1053	0.0986	0.1139	0.0657	0.2035	0.172	0.2035	0.134	0.0926	0.0845	0.0926	0.1115
chr2R	8935839	8935990	chr2R:8935840-8935990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0093	0.007	0.0164	0.0032	0.0092	0.0147	0.0107	0.0032	0.0097	0.0064	0.0097	8e-04	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr2R	8936153	8936304	chr2R:8936154-8936304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0086	0.0079	0.0196	0.0011	0.0126	0.0108	0.0107	0.0011	0.0066	0.0071	0.0066	0.007	0.0038	0.0013	0.0038	0.0068
chr2R	8937737	8937888	chr2R:8937738-8937888	distal	distal	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0055	0.0069	0.024	0.0032	0.0078	0.0082	0.004	0.0032	0.0054	0.0042	0.0054	0.0062	0.0054	6e-04	0.0054	0.0063
chr2R	8943223	8943374	chr2R:8943224-8943374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0213	0.0212	0.0209	0.0217	0.0053	0.0316	0.0272	0.0207	0.0053	0.0266	0.0222	0.0266	0.017	0.0145	0.0155	0.0145	0.0234
chr2R	8954120	8954271	chr2R:8954121-8954271	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.006	0.0063	0.0107	0.0032	0.0073	0.0087	0.0053	0.0032	0.0072	0.0048	0.0072	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0021
chr2R	8954946	8955097	chr2R:8954947-8955097	distal	distal	none	none	VT15972.1	VT15972.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0094	0.006	0.0084	0.0142	0.0021	0.0049	0.0099	0.006	0.0021	0.0054	0.0055	0.0054	0.0046	8e-04	0.0013	8e-04	0.0031
chr2R	8955693	8955844	chr2R:8955694-8955844	distal	distal	none	none	VT15972.1	VT15972.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0066	0.0062	0.0085	0.0064	0.0049	0.0117	0.0047	0.0064	0.0091	0.0039	0.0091	0.0054	0.0031	0.0013	0.0031	0.0016
chr2R	8963207	8963358	chr2R:8963208-8963358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0107	0.0115	0.0104	0.01	0.0032	0.0078	0.0238	0.0087	0.0032	0.0103	0.0045	0.0103	0.007	0.0046	0.0039	0.0046	0.0089
chr2R	8963927	8964078	chr2R:8963928-8964078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0107	0.0171	0.0089	0.0056	0.0064	0.0073	0.0376	0.0147	0.0064	0.0048	0.0048	0.0048	0.0031	0.0031	0	0.0031	0.0036
chr2R	8967005	8967214	chr2R:8967006-8967214	FBgn0033791	Drl-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0111	0.0109	0.0518	0.0106	0.0083	0.0199	0.0087	0.0106	0.0048	0.0055	0.0048	0.0077	0.0061	0.009	0.0061	0.0068
chr2R	8969166	8969317	chr2R:8969167-8969317	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0183	0.0113	0.0178	0.0266	0.0053	0.0078	0.0229	0.0087	0.0053	0.0163	0.0129	0.0163	0.0194	0.0046	0.0071	0.0046	0.0109
chr2R	8969433	8969748	chr2R:8969434-8969748	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0169	0.0232	0.0411	0.0053	0.0126	0.0311	0.0167	0.0053	0.0193	0.0154	0.0193	0.0163	0.0077	0.0058	0.0077	0.0073
chr2R	8975316	8975467	chr2R:8975317-8975467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0083	0.0109	0.0171	0.0021	0.0078	0.0164	0.006	0.0021	0.0085	0.0113	0.0085	0.0085	0.0054	0.0064	0.0054	0.0078
chr2R	8978814	8978965	chr2R:8978815-8978965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0087	0.0084	0.0124	0.0042	0.0078	0.016	0.0067	0.0042	0.0066	0.0064	0.0066	0.0062	0.0038	0.0019	0.0038	0.0021
chr2R	8979240	8979391	chr2R:8979241-8979391	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0049	0.002	0.0039	0.0091	0.0011	5e-04	0.0035	0.0033	0.0011	0.003	0.0035	0.003	0.0039	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chr2R	8979517	8979668	chr2R:8979518-8979668	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0047	0.0034	0.0024	0.0088	0.0011	0.0034	0.0061	0.002	0.0011	0.003	0.0016	0.003	8e-04	0.0031	6e-04	0.0031	0.001
chr2R	8979860	8980011	chr2R:8979861-8980011	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0055	0.0044	0.0131	0.0021	0.0039	0.0108	0.0053	0.0021	0.0048	0.0035	0.0048	0.0054	0.0054	0.0039	0.0054	0.0026
chr2R	8993026	8993177	chr2R:8993027-8993177	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0115	0.0154	0.0157	0.0085	0.0121	0.0164	0.0107	0.0085	0.0205	0.0096	0.0205	0.017	0.0023	0.0026	0.0023	0.0083
chr2R	8993686	8993861	chr2R:8993687-8993861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0183	0.0111	0.0164	0.0284	0.0064	0.0063	0.0212	0.012	0.0064	0.0175	0.0135	0.0175	0.007	0.0031	0.0052	0.0031	0.0089
chr2R	9000995	9001146	chr2R:9000996-9001146	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0054	0.0031	0.0046	0.0088	0.0011	0.0044	0.0048	0.0013	0.0011	0.0054	0.0026	0.0054	0.0031	0.0031	6e-04	0.0031	0.0021
chr2R	9001458	9001609	chr2R:9001459-9001609	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0039	0.008	0.0097	0.0021	0.0019	0.0078	0.0033	0.0021	0.0085	0.008	0.0085	0.0062	0.0015	0	0.0015	0.0063
chr2R	9006884	9007035	chr2R:9006885-9007035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0101	0.0105	0.0099	0.0032	0.0078	0.0195	0.0093	0.0032	0.0121	0.0109	0.0121	0.0093	0.0054	0.0045	0.0054	0.0057
chr2R	9008767	9008918	chr2R:9008768-9008918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0087	0.0067	0.0082	0.0053	0.0063	0.013	0.0113	0.0053	0.006	0.0077	0.006	0.007	0.0061	0.0032	0.0061	0.0052
chr2R	9016488	9016639	chr2R:9016489-9016639	FBgn0033793	CG3955	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0221	0.0124	0.0301	0.0117	0.0228	0.0346	0.022	0.0117	0.0121	0.0109	0.0121	0.0062	0.0069	0.0058	0.0069	0.0104
chr2R	9016816	9016967	chr2R:9016817-9016967	FBgn0033793	CG3955	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0171	0.0117	0.0118	0.0085	0.0199	0.0208	0.02	0.0085	0.0115	0.0132	0.0115	0.007	0.0031	0.0064	0.0031	0.0099
chr2R	9020006	9020396	chr2R:9020007-9020396	FBgn0033794,FBgn0259876	CG13326,Cap-G	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1862	0.1761	0.227	0.1526	0.0944	0.2272	0.1838	0.2278	0.0944	0.2893	0.2418	0.2893	0.2146	0.183	0.185	0.183	0.2053
chr2R	9020520	9020705	chr2R:9020521-9020705	FBgn0259876	Cap-G	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1658	0.1676	0.1971	0.1294	0.1082	0.1937	0.1877	0.2199	0.1082	0.2464	0.2129	0.2464	0.1936	0.1715	0.1515	0.1715	0.1516
chr2R	9020872	9021164	chr2R:9020873-9021164	FBgn0259876	Cap-G	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.1041	0.0971	0.0482	0.07	0.1136	0.1354	0.1199	0.07	0.131	0.1003	0.131	0.0689	0.0605	0.0432	0.0605	0.0604
chr2R	9021192	9021406	chr2R:9021193-9021406	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0722	0.0603	0.0273	0.0403	0.0835	0.0947	0.0786	0.0403	0.0791	0.0566	0.0791	0.0488	0.0322	0.0232	0.0322	0.0396
chr2R	9022554	9022705	chr2R:9022555-9022705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0318	0.0301	0.0081	0.0117	0.0364	0.0433	0.0366	0.0117	0.0338	0.0367	0.0338	0.024	0.0123	0.0077	0.0123	0.0109
chr2R	9023092	9023243	chr2R:9023093-9023243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0299	0.0401	0.0365	0.0111	0.0265	0.0403	0.0571	0.0446	0.0265	0.0417	0.045	0.0417	0.0209	0.0214	0.0116	0.0214	0.0078
chr2R	9023267	9023447	chr2R:9023268-9023447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.032	0.0389	0.0397	0.0157	0.0233	0.0451	0.0489	0.042	0.0233	0.0568	0.0376	0.0568	0.0294	0.0276	0.0116	0.0276	0.0208
chr2R	9029238	9029389	chr2R:9029239-9029389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.025	0.0302	0.0131	0.0085	0.0306	0.0333	0.0313	0.0085	0.0374	0.0318	0.0374	0.0217	0.0168	0.0161	0.0168	0.013
chr2R	9029529	9029680	chr2R:9029530-9029680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0256	0.0294	0.0326	0.0138	0.0117	0.0393	0.0355	0.0306	0.0117	0.0356	0.0331	0.0356	0.0248	0.0191	0.0129	0.0191	0.0172
chr2R	9029736	9030266	chr2R:9029737-9030266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0713	0.0818	0.0925	0.0365	0.0477	0.0908	0.1034	0.0993	0.0477	0.1117	0.1	0.1117	0.0736	0.0398	0.0329	0.0398	0.0474
chr2R	9030424	9030826	chr2R:9030425-9030826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0516	0.0643	0.0643	0.0234	0.0308	0.0655	0.0913	0.0766	0.0308	0.0821	0.0727	0.0821	0.0449	0.023	0.0168	0.023	0.0334
chr2R	9030848	9031213	chr2R:9030849-9031213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.0444	0.0482	0.022	0.0223	0.0456	0.0606	0.0546	0.0223	0.0598	0.0547	0.0598	0.0356	0.0276	0.0168	0.0276	0.0245
chr2R	9033008	9033159	chr2R:9033009-9033159	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0277	0.0208	0.0107	0.0148	0.0267	0.0368	0.0326	0.0148	0.0229	0.0244	0.0229	0.0132	0.01	0.0084	0.01	0.0162
chr2R	9038905	9039056	chr2R:9038906-9039056	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0369	0.0217	0.0381	0.0526	0.0074	0.0257	0.029	0.0253	0.0074	0.0435	0.037	0.0435	0.0542	0.1194	0.0245	0.1194	0.0724
chr2R	9039128	9039339	chr2R:9039129-9039339	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0613	0.033	0.0646	0.0893	0.0106	0.0364	0.0471	0.0326	0.0106	0.0604	0.064	0.0604	0.0829	0.1654	0.049	0.1654	0.1084
chr2R	9039572	9039777	chr2R:9039573-9039777	FBgn0263998	PR2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0815	0.0422	0.0931	0.1127	0.0191	0.0626	0.0454	0.0426	0.0191	0.0827	0.0846	0.0827	0.1255	0.1654	0.0554	0.1654	0.1371
chr2R	9039813	9040043	chr2R:9039814-9040043	FBgn0263998	PR2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1009	0.0795	0.124	0.0994	0.0583	0.0976	0.0861	0.0979	0.0583	0.1377	0.1331	0.1377	0.1301	0.1187	0.0806	0.1187	0.1032
chr2R	9040118	9040288	chr2R:9040119-9040288	FBgn0263998	PR2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1464	0.1282	0.1768	0.1333	0.1039	0.1519	0.1306	0.1699	0.1039	0.2041	0.1961	0.2041	0.1882	0.157	0.1296	0.157	0.1553
chr2R	9040371	9040566	chr2R:9040372-9040566	FBgn0263998	PR2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0545	0.075	0.0454	0.0329	0.0631	0.0597	0.0753	0.0329	0.0821	0.0875	0.0821	0.072	0.0567	0.0464	0.0567	0.0573
chr2R	9045746	9045944	chr2R:9045747-9045944	FBgn0085468	CG34439	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1988	0.1955	0.2258	0.173	0.1676	0.2243	0.2128	0.2465	0.1676	0.2778	0.2405	0.2778	0.2231	0.1907	0.1812	0.1907	0.1923
chr2R	9046078	9046275	chr2R:9046079-9046275	FBgn0020370,FBgn0085468	CG34439,TppII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2104	0.2087	0.2349	0.1855	0.1591	0.2388	0.2297	0.2678	0.1591	0.2681	0.2579	0.2681	0.2324	0.1845	0.2012	0.1845	0.2215
chr2R	9046457	9046677	chr2R:9046458-9046677	FBgn0020370,FBgn0085468	CG34439,TppII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0972	0.1062	0.1105	0.0727	0.0594	0.1194	0.1358	0.1292	0.0594	0.122	0.1196	0.122	0.1007	0.0766	0.0806	0.0766	0.0881
chr2R	9047443	9047601	chr2R:9047444-9047601	FBgn0020391	Nrk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0418	0.0258	0.0524	0.0479	0.0085	0.0345	0.0324	0.03	0.0085	0.038	0.0293	0.038	0.0302	0.0161	0.0123	0.0161	0.0198
chr2R	9052585	9052752	chr2R:9052586-9052752	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0197	0.0409	0.0315	0.0021	0.0267	0.0234	0.028	0.0021	0.0211	0.0723	0.0211	0.0194	0.0084	0.0896	0.0084	0.0214
chr2R	9055152	9055303	chr2R:9055153-9055303	FBgn0033799	GLaz	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0557	0.0612	0.0774	0.0258	0.0286	0.0767	0.0683	0.0813	0.0286	0.1051	0.081	0.1051	0.072	0.0237	0.038	0.0237	0.0287
chr2R	9055457	9055658	chr2R:9055458-9055658	FBgn0033799,FBgn0086532	GLaz,Spt-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1675	0.1651	0.219	0.1136	0.1177	0.1981	0.1812	0.1992	0.1177	0.2693	0.2412	0.2693	0.2192	0.1478	0.1593	0.1478	0.1438
chr2R	9055875	9056121	chr2R:9055876-9056121	FBgn0033799,FBgn0086532	GLaz,Spt-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1165	0.0928	0.1527	0.1032	0.0541	0.1155	0.0947	0.1246	0.0541	0.2005	0.1643	0.2005	0.1634	0.1202	0.1044	0.1202	0.1355
chr2R	9056128	9056294	chr2R:9056129-9056294	FBgn0086532	Spt-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0759	0.0646	0.0951	0.0677	0.0286	0.0825	0.0714	0.0839	0.0286	0.1184	0.0977	0.1184	0.1038	0.0758	0.0587	0.0758	0.1042
chr2R	9058516	9058667	chr2R:9058517-9058667	FBgn0053138	CG33138	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0235	0.0207	0.0199	0.0306	0.0106	0.0243	0.0255	0.0247	0.0106	0.0133	0.0209	0.0133	0.0318	0.0207	0.0251	0.0207	0.0578
chr2R	9058798	9058980	chr2R:9058799-9058980	FBgn0053138	CG33138	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0419	0.0248	0.032	0.0719	0.0074	0.032	0.029	0.0366	0.0074	0.0229	0.0328	0.0229	0.0542	0.0773	0.0587	0.0773	0.1167
chr2R	9059086	9059283	chr2R:9059087-9059283	FBgn0053138	CG33138	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0353	0.0392	0.0471	0.0148	0.0403	0.0433	0.0453	0.0148	0.0362	0.0421	0.0362	0.0527	0.0674	0.04	0.0674	0.0683
chr2R	9059307	9059458	chr2R:9059308-9059458	FBgn0053138	CG33138	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0267	0.0274	0.028	0.0064	0.034	0.0355	0.0286	0.0064	0.032	0.0296	0.032	0.0364	0.0482	0.0181	0.0482	0.0386
chr2R	9061967	9062118	chr2R:9061968-9062118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0207	0.0188	0.0291	0.0136	0.0053	0.018	0.0316	0.018	0.0053	0.0386	0.027	0.0386	0.0225	0.0153	0.0116	0.0153	0.013
chr2R	9062804	9063127	chr2R:9062805-9063127	FBgn0053137	CG33137	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0457	0.0532	0.056	0.0259	0.0255	0.0461	0.0644	0.0906	0.0255	0.0519	0.0624	0.0519	0.0333	0.0176	0.0187	0.0176	0.025
chr2R	9063195	9063539	chr2R:9063196-9063539	FBgn0053137	CG33137	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0523	0.0593	0.0216	0.0297	0.0583	0.061	0.0713	0.0297	0.0598	0.064	0.0598	0.0341	0.0207	0.0181	0.0207	0.0193
chr2R	9071159	9071310	chr2R:9071160-9071310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0319	0.0343	0.0405	0.0198	0.0159	0.0369	0.0497	0.0386	0.0159	0.0435	0.0463	0.0435	0.0302	0.0199	0.0193	0.0199	0.0271
chr2R	9071377	9071552	chr2R:9071378-9071552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0626	0.0505	0.0768	0.0607	0.0201	0.0573	0.0683	0.0593	0.0201	0.0936	0.081	0.0936	0.0875	0.0796	0.0606	0.0796	0.075
chr2R	9075439	9075724	chr2R:9075440-9075724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1015	0.1433	0.1298	0.0238	0.071	0.1786	0.1401	0.2119	0.071	0.1854	0.1424	0.1854	0.0356	0.0222	0.0277	0.0222	0.0156
chr2R	9076767	9077048	chr2R:9076768-9077048	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1955	0.2223	0.2543	0.101	0.1294	0.2917	0.2016	0.3271	0.1294	0.3889	0.254	0.3889	0.0759	0.0306	0.0548	0.0306	0.0354
chr2R	9077529	9077793	chr2R:9077530-9077793	FBgn0028991	seq	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2106	0.2802	0.2404	0.1003	0.2524	0.3034	0.2764	0.3997	0.2524	0.3134	0.2633	0.3134	0.0565	0.0191	0.0529	0.0191	0.0229
chr2R	9079140	9079562	chr2R:9079141-9079562	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1902	0.1643	0.2685	0.1333	0.0838	0.2282	0.1492	0.2272	0.0838	0.3382	0.2826	0.3382	0.0798	0.0291	0.0941	0.0291	0.0313
chr2R	9080094	9080319	chr2R:9080095-9080319	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0828	0.0694	0.1019	0.0767	0.0297	0.0859	0.0567	0.1286	0.0297	0.1021	0.1006	0.1021	0.0209	0.013	0.038	0.013	0.0188
chr2R	9081930	9082093	chr2R:9081931-9082093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0492	0.042	0.0635	0.0415	0.0244	0.0427	0.0558	0.0506	0.0244	0.0628	0.0389	0.0628	0.0287	0.0115	0.0135	0.0115	0.0182
chr2R	9082509	9082704	chr2R:9082510-9082704	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0903	0.1685	0.0821	0.0118	0.1432	0.1714	0.1985	0.2159	0.1432	0.1141	0.0801	0.1141	0.0318	0.0054	0.0103	0.0054	0.0083
chr2R	9083722	9083893	chr2R:9083723-9083893	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0872	0.1613	0.0737	0.0191	0.1273	0.1243	0.2266	0.2119	0.1273	0.0658	0.1087	0.0658	0.0201	0.013	0.0226	0.013	0.0078
chr2R	9085472	9085697	chr2R:9085473-9085697	FBgn0053182	Kdm4B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0855	0.0967	0.0961	0.0613	0.0573	0.1029	0.1021	0.1419	0.0573	0.1123	0.0961	0.1123	0.1007	0.0567	0.0606	0.0567	0.0797
chr2R	9085758	9085965	chr2R:9085759-9085965	FBgn0027079,FBgn0053182	Aats-val,Kdm4B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1061	0.0957	0.1228	0.0994	0.0626	0.1092	0.1038	0.1292	0.0626	0.1516	0.1318	0.1516	0.1255	0.1095	0.0999	0.1095	0.1303
chr2R	9086305	9086479	chr2R:9086306-9086479	FBgn0027079,FBgn0053182	Aats-val,Kdm4B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0547	0.0405	0.0631	0.0613	0.0223	0.0573	0.0402	0.0473	0.0223	0.0682	0.0743	0.0682	0.0728	0.0704	0.0671	0.0704	0.0782
chr2R	9092779	9092960	chr2R:9092780-9092960	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0794	0.0672	0.0967	0.0739	0.0297	0.0874	0.0662	0.0953	0.0297	0.1027	0.1103	0.1027	0.0968	0.0827	0.0716	0.0827	0.0891
chr2R	9093119	9093452	chr2R:9093120-9093452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0523	0.0555	0.04	0.0276	0.0563	0.0653	0.0686	0.0276	0.0604	0.0576	0.0604	0.0612	0.0398	0.0451	0.0398	0.05
chr2R	9093496	9093759	chr2R:9093497-9093759	FBgn0005654,FBgn0033806,FBgn0085344	CG34315,FLASH,lat	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.045	0.0506	0.0322	0.0265	0.0471	0.0593	0.0573	0.0265	0.0598	0.0531	0.0598	0.0542	0.0306	0.038	0.0306	0.0375
chr2R	9093825	9094065	chr2R:9093826-9094065	FBgn0005654,FBgn0033806,FBgn0085344	CG34315,FLASH,lat	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0684	0.0687	0.0482	0.0445	0.0718	0.0895	0.0813	0.0445	0.0821	0.0759	0.0821	0.0666	0.0505	0.0503	0.0505	0.0552
chr2R	9094135	9094313	chr2R:9094136-9094313	FBgn0005654,FBgn0033806,FBgn0085344	CG34315,FLASH,lat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1182	0.1178	0.1358	0.0993	0.0647	0.1417	0.1453	0.1439	0.0647	0.163	0.1556	0.163	0.1286	0.1026	0.1103	0.1026	0.1162
chr2R	9094527	9094678	chr2R:9094528-9094678	FBgn0033806	FLASH	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0328	0.0393	0.0284	0.017	0.0282	0.0528	0.0366	0.017	0.0489	0.0421	0.0489	0.0403	0.026	0.0297	0.026	0.0417
chr2R	9102071	9102259	chr2R:9102072-9102259	FBgn0033807,FBgn0033808	AQP,CG4627	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1061	0.0897	0.1307	0.0973	0.052	0.1155	0.0874	0.1206	0.052	0.1703	0.145	0.1703	0.1472	0.1462	0.1019	0.1462	0.1068
chr2R	9102346	9102497	chr2R:9102347-9102497	FBgn0033807,FBgn0033808	AQP,CG4627	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0409	0.0534	0.0336	0.0212	0.0456	0.0506	0.048	0.0212	0.0652	0.0579	0.0652	0.0635	0.0436	0.0419	0.0436	0.0375
chr2R	9102531	9102682	chr2R:9102532-9102682	FBgn0033808	CG4627	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0314	0.0303	0.0369	0.0265	0.018	0.0262	0.0463	0.032	0.018	0.0495	0.0376	0.0495	0.0426	0.0452	0.0277	0.0452	0.0271
chr2R	9106660	9106811	chr2R:9106661-9106811	FBgn0033809	CG4630	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0395	0.0652	0.0265	0.0252	0.0509	0.0515	0.0817	0.0959	0.0509	0.026	0.0267	0.026	0.0457	0.0498	0.0155	0.0498	0.0318
chr2R	9107668	9107874	chr2R:9107669-9107874	FBgn0033810,FBgn0040754	CG17059,CG4646	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1287	0.1404	0.0989	0.0764	0.1476	0.1596	0.1486	0.0764	0.157	0.1656	0.157	0.1441	0.1141	0.1115	0.1141	0.1162
chr2R	9109798	9109984	chr2R:9109799-9109984	FBgn0011763,FBgn0043010	Dp,Fsn	stage11,stage14,stage5	none	VT16054.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2321	0.2242	0.2657	0.2041	0.1866	0.2529	0.2487	0.2805	0.1866	0.3146	0.2871	0.3146	0.2626	0.2152	0.2147	0.2152	0.2371
chr2R	9110140	9110544	chr2R:9110141-9110544	FBgn0011763,FBgn0043010	Dp,Fsn	stage11,stage5	none	VT16054.1,VT16055.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1615	0.1447	0.203	0.1347	0.0817	0.1806	0.1466	0.2072	0.0817	0.2264	0.2241	0.2264	0.2192	0.1417	0.1277	0.1417	0.1704
chr2R	9110609	9110820	chr2R:9110610-9110820	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT16054.1,VT16055.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1357	0.1203	0.1635	0.1225	0.0615	0.1573	0.112	0.1772	0.0615	0.1612	0.1801	0.1612	0.1898	0.1294	0.1283	0.1294	0.1449
chr2R	9110951	9111178	chr2R:9110952-9111178	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT16054.1,VT16055.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1973	0.17	0.2406	0.1802	0.0933	0.2112	0.1773	0.2298	0.0933	0.2705	0.2682	0.2705	0.2541	0.1975	0.2044	0.1975	0.2215
chr2R	9111251	9111428	chr2R:9111252-9111428	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT16054.1,VT16055.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.223	0.2066	0.2812	0.1773	0.1495	0.2228	0.2375	0.2712	0.1495	0.3231	0.3363	0.3231	0.2742	0.1945	0.2244	0.1945	0.2069
chr2R	9111565	9111973	chr2R:9111566-9111973	FBgn0264539	CR43918	stage11,stage14,stage5	none	VT16054.1,VT16055.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1996	0.1973	0.2636	0.132	0.1082	0.2063	0.2042	0.3205	0.1082	0.2572	0.3797	0.2572	0.2153	0.1371	0.2585	0.1371	0.1131
chr2R	9112516	9112846	chr2R:9112517-9112846	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	VT16055.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2294	0.1641	0.3388	0.1823	0.0848	0.2311	0.1492	0.2185	0.0848	0.4626	0.3714	0.4626	0.3029	0.206	0.236	0.206	0.2183
chr2R	9117391	9117573	chr2R:9117392-9117573	FBgn0033812	Pex13	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0772	0.0631	0.0954	0.073	0.0297	0.0835	0.0636	0.0819	0.0297	0.1147	0.0984	0.1147	0.1177	0.072	0.0722	0.072	0.1126
chr2R	9117667	9117846	chr2R:9117668-9117846	FBgn0033812,FBgn0033813	Pex13,fsd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1479	0.1246	0.1742	0.1451	0.0764	0.1583	0.1289	0.1612	0.0764	0.221	0.1945	0.221	0.1758	0.1539	0.1431	0.1539	0.1923
chr2R	9118020	9118198	chr2R:9118021-9118198	FBgn0033812,FBgn0033813	Pex13,fsd	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.097	0.078	0.1161	0.0973	0.0626	0.099	0.0701	0.1066	0.0626	0.1401	0.1444	0.1401	0.1146	0.0995	0.0858	0.0995	0.1402
chr2R	9122422	9122636	chr2R:9122423-9122636	FBgn0033814	CG4670	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0972	0.1012	0.1152	0.073	0.071	0.1107	0.1155	0.1299	0.071	0.1232	0.1373	0.1232	0.1356	0.0681	0.0838	0.0681	0.1011
chr2R	9123360	9123538	chr2R:9123361-9123538	FBgn0033815	CG4676	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.0918	0.1135	0.0848	0.0679	0.1097	0.0882	0.1246	0.0679	0.1395	0.127	0.1395	0.1077	0.0804	0.0948	0.0804	0.099
chr2R	9126671	9126834	chr2R:9126672-9126834	FBgn0033816,FBgn0033817	CG4679,CG4688	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0441	0.0621	0.0476	0.0191	0.0524	0.0467	0.0686	0.0191	0.0839	0.0678	0.0839	0.0643	0.0674	0.04	0.0674	0.0688
chr2R	9126907	9127110	chr2R:9126908-9127110	FBgn0033816,FBgn0033817	CG4679,CG4688	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1143	0.1167	0.128	0.0966	0.0742	0.115	0.1358	0.1679	0.0742	0.1697	0.1395	0.1697	0.1363	0.098	0.109	0.098	0.1303
chr2R	9127169	9127386	chr2R:9127170-9127386	FBgn0033816,FBgn0033817	CG4679,CG4688	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0896	0.0523	0.033	0.0785	0.0631	0.1324	0.1059	0.0785	0.0525	0.0653	0.0525	0.0565	0.0314	0.0374	0.0314	0.0479
chr2R	9127637	9128078	chr2R:9127638-9128078	FBgn0033817	CG4688	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.049	0.1029	0.0249	0.0152	0.1092	0.0437	0.2046	0.0713	0.1092	0.0193	0.0309	0.0193	0.0287	0.0245	0.0168	0.0245	0.0162
chr2R	9131681	9131832	chr2R:9131682-9131832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0115	0.0091	0.0086	0.0173	0.0021	0.0078	0.0177	0.0067	0.0021	0.0145	0.0071	0.0145	0.0116	0.0636	0.0064	0.0636	0.0083
chr2R	9132796	9132959	chr2R:9132797-9132959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0228	0.0152	0.0204	0.0338	0.0117	0.0136	0.0238	0.0167	0.0117	0.0405	0.0151	0.0405	0.0279	0.1332	0.0148	0.1332	0.0115
chr2R	9133892	9134043	chr2R:9133893-9134043	FBgn0002789	Mp20	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.009	0.0082	0.007	0.0121	0.0021	0.0063	0.0151	0.0087	0.0021	0.0097	0.0068	0.0097	0.0108	0.049	0.0026	0.049	0.0057
chr2R	9135120	9135271	chr2R:9135121-9135271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0124	0.0147	0.0103	0.0123	0.0053	0.015	0.0264	0.01	0.0053	0.0145	0.0096	0.0145	0.0124	0.0352	0.0058	0.0352	0.0073
chr2R	9137173	9137381	chr2R:9137174-9137381	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0368	0.0464	0.0335	0.0298	0.0318	0.051	0.058	0.0573	0.0318	0.0368	0.0318	0.0368	0.0542	0.0253	0.038	0.0253	0.036
chr2R	9169921	9170072	chr2R:9169922-9170072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0117	0.0113	0.018	0.0052	0.0011	0.0155	0.0177	0.008	0.0011	0.0447	0.0096	0.0447	0.0248	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr2R	9170353	9170638	chr2R:9170354-9170638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0227	0.0253	0.034	0.0075	0.0106	0.0417	0.0294	0.0173	0.0106	0.0743	0.0174	0.0743	0.0558	0.0069	0.0032	0.0069	0.0109
chr2R	9170837	9170992	chr2R:9170838-9170992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0134	0.013	0.0199	0.0067	0.0074	0.017	0.0169	0.0113	0.0074	0.0447	0.0077	0.0447	0.0395	0.0069	0.0026	0.0069	0.0083
chr2R	9172754	9172905	chr2R:9172755-9172905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0122	0.0079	0.0183	0.0104	0.0021	0.0083	0.013	0.0073	0.0021	0.0411	0.0119	0.0411	0.0201	0.0184	0.0058	0.0184	0.0172
chr2R	9183380	9183572	chr2R:9183381-9183572	FBgn0052843	Dh31-R1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0499	0.0303	0.0428	0.0798	0.0138	0.0437	0.0337	0.032	0.0138	0.0332	0.0264	0.0332	0.1332	0.0329	0.0393	0.0329	0.1767
chr2R	9183817	9183990	chr2R:9183818-9183990	FBgn0052843	Dh31-R1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0447	0.0191	0.0287	0.0911	0.0106	0.0272	0.0212	0.0187	0.0106	0.0217	0.0148	0.0217	0.0922	0.036	0.0542	0.036	0.1824
chr2R	9184160	9184311	chr2R:9184161-9184311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0146	0.0083	0.0082	0.0287	0.0053	0.0078	0.0125	0.008	0.0053	0.0036	0.0058	0.0036	0.0201	0.0054	0.0077	0.0054	0.0406
chr2R	9184660	9184811	chr2R:9184661-9184811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0121	0.0098	0.0115	0.0152	0.0021	0.0117	0.0121	0.012	0.0021	0.0079	0.0106	0.0079	0.0271	0.0077	0.0058	0.0077	0.0156
chr2R	9184949	9185100	chr2R:9184950-9185100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0075	0.0088	0.0226	0.0042	0.0102	0.0104	0.0067	0.0042	0.0091	0.0074	0.0091	0.0139	0.01	0.0032	0.01	0.0193
chr2R	9185952	9186103	chr2R:9185953-9186103	FBgn0033826	CG4734	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0103	0.0081	0.0145	0.0081	0	0.0083	0.0134	0.0093	0	0.0109	0.0103	0.0109	0.0387	0.0031	0.0052	0.0031	0.0198
chr2R	9191700	9191888	chr2R:9191701-9191888	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0563	0.049	0.0636	0.0564	0.0255	0.0485	0.0727	0.0513	0.0255	0.0827	0.0585	0.0827	0.1046	0.0597	0.0438	0.0597	0.1204
chr2R	9195568	9195731	chr2R:9195569-9195731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0339	0.0291	0.0162	0.0138	0.0359	0.0471	0.042	0.0138	0.0386	0.0289	0.0386	0.0325	0.0115	0.0129	0.0115	0.0208
chr2R	9195801	9195977	chr2R:9195802-9195977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0469	0.0478	0.0276	0.0201	0.0534	0.0636	0.054	0.0201	0.0688	0.0489	0.0688	0.0527	0.0291	0.0245	0.0291	0.0412
chr2R	9196653	9196804	chr2R:9196654-9196804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.012	0.0107	0.0155	0.0032	0.0107	0.0229	0.0087	0.0032	0.0133	0.0109	0.0133	0.0108	0.0092	0.0116	0.0092	0.0135
chr2R	9197501	9197652	chr2R:9197502-9197652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.012	0.0105	0.0106	0.0095	0.0112	0.0208	0.0093	0.0095	0.0103	0.0096	0.0103	0.017	0.0038	0.0064	0.0038	0.0094
chr2R	9204109	9204336	chr2R:9204110-9204336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0301	0.0376	0.0232	0.0294	0.0244	0.0403	0.0541	0.038	0.0244	0.0362	0.019	0.0362	0.0325	0.0291	0.0213	0.0291	0.0526
chr2R	9209174	9209325	chr2R:9209175-9209325	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0044	0.0033	0.01	0	0.0063	0.0074	0.002	0	0.003	0.0026	0.003	0.0031	0.0061	0.0026	0.0061	0.0073
chr2R	9214817	9215104	chr2R:9214818-9215104	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0332	0.0394	0.0325	0.0272	0.0095	0.0699	0.045	0.032	0.0095	0.0399	0.0219	0.0399	0.0558	0.0069	0.0103	0.0069	0.0433
chr2R	9215375	9215526	chr2R:9215376-9215526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0152	0.0141	0.0148	0.017	0.0032	0.0272	0.016	0.0087	0.0032	0.0145	0.0084	0.0145	0.0318	0.0084	0.0064	0.0084	0.0334
chr2R	9216952	9217103	chr2R:9216953-9217103	FBgn0262391	mir-184	none	none	VT16114.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.02	0.0207	0.0211	0.0181	0.0064	0.0417	0.0225	0.0093	0.0064	0.0217	0.0106	0.0217	0.0573	0.0046	0.0019	0.0046	0.0459
chr2R	9221176	9221374	chr2R:9221177-9221374	distal	distal	none	none	VT16116.1	VT16116.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0405	0.0421	0.0433	0.0358	0.0085	0.099	0.0324	0.022	0.0085	0.0405	0.0235	0.0405	0.1216	0.013	0.0097	0.013	0.0964
chr2R	9222429	9222637	chr2R:9222430-9222637	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT16117.1	VT16117.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0523	0.0231	0.0513	0.0862	0.0021	0.0568	0.0169	0.012	0.0021	0.0537	0.0264	0.0537	0.1448	0.0628	0.0348	0.0628	0.2194
chr2R	9223351	9223502	chr2R:9223352-9223502	distal	distal	none	none	VT16117.1	VT16117.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0353	0.0288	0.0363	0.0415	0.0095	0.0617	0.0255	0.02	0.0095	0.0519	0.0219	0.0519	0.0713	0.026	0.0181	0.026	0.1032
chr2R	9224157	9224573	chr2R:9224158-9224573	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1297	0.0885	0.1753	0.1259	0.0276	0.2	0.0588	0.06	0.0276	0.224	0.1476	0.224	0.3207	0.098	0.0535	0.098	0.2939
chr2R	9224803	9225013	chr2R:9224804-9225013	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2186	0.1838	0.2852	0.1844	0.0986	0.315	0.151	0.1932	0.0986	0.3865	0.2884	0.3865	0.316	0.2297	0.158	0.2297	0.2861
chr2R	9225494	9225683	chr2R:9225495-9225683	distal	distal	none	none	VT16119.1	VT16119.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0362	0.0278	0.0371	0.0447	0.0053	0.067	0.0208	0.0147	0.0053	0.0676	0.0283	0.0676	0.0372	0.075	0.0181	0.075	0.0526
chr2R	9226028	9226179	chr2R:9226029-9226179	distal	distal	none	none	VT16119.1	VT16119.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0322	0.0252	0.0378	0.034	0	0.0583	0.0164	0.022	0	0.0682	0.0286	0.0682	0.0302	0.0245	0.0103	0.0245	0.0334
chr2R	9230249	9230585	chr2R:9230250-9230585	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1083	0.0968	0.1329	0.094	0.0286	0.2194	0.0614	0.0733	0.0286	0.2681	0.0849	0.2681	0.1634	0.1202	0.029	0.1202	0.1787
chr2R	9230920	9231071	chr2R:9230921-9231071	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0263	0.0188	0.0287	0.0319	0.0011	0.0432	0.0164	0.0113	0.0011	0.0598	0.0145	0.0598	0.0333	0.01	0.0045	0.01	0.0318
chr2R	9231247	9231398	chr2R:9231248-9231398	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0237	0.0162	0.0228	0.0329	0.0032	0.0374	0.0112	0.01	0.0032	0.0368	0.0119	0.0368	0.0372	0.0184	0.0097	0.0184	0.0261
chr2R	9231789	9231988	chr2R:9231790-9231988	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0478	0.0335	0.0528	0.0582	0.017	0.0602	0.0311	0.0273	0.017	0.099	0.0357	0.099	0.0635	0.0436	0.0226	0.0436	0.0948
chr2R	9232218	9232470	chr2R:9232219-9232470	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0379	0.0191	0.0236	0.0746	0.0117	0.0238	0.0307	0.0107	0.0117	0.0284	0.017	0.0284	0.0395	0.049	0.0193	0.049	0.075
chr2R	9236917	9237068	chr2R:9236918-9237068	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0173	0.0322	0.0122	0.0063	0.0201	0.0398	0.0437	0.0313	0.0201	0.0181	0.0096	0.0181	0.0093	0.0015	0.0039	0.0015	0.0042
chr2R	9237093	9237244	chr2R:9237094-9237244	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0149	0.026	0.0123	0.0053	0.0148	0.0417	0.0303	0.0207	0.0148	0.0181	0.0103	0.0181	0.0062	8e-04	0.0013	8e-04	0.0031
chr2R	9237847	9237998	chr2R:9237848-9237998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0114	0.0156	0.0123	0.0058	0.0064	0.0189	0.0216	0.014	0.0064	0.0109	0.0096	0.0109	0.0077	0.0031	6e-04	0.0031	0.0016
chr2R	9250021	9250172	chr2R:9250022-9250172	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0161	0.0174	0.0148	0.016	0.0085	0.0112	0.0333	0.0193	0.0085	0.0223	0.0113	0.0223	0.0108	0.0038	0.0026	0.0038	0.0057
chr2R	9250469	9250620	chr2R:9250470-9250620	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0091	0.011	0.032	0.0053	0.0083	0.0164	0.0073	0.0053	0.0127	0.0087	0.0127	0.0031	0.0054	0.0052	0.0054	0.0057
chr2R	9259325	9259563	chr2R:9259326-9259563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0201	0.0214	0.0232	0.015	0.0053	0.0136	0.0424	0.018	0.0053	0.0483	0.0167	0.0483	0.0194	0.0038	0.0071	0.0038	0.0115
chr2R	9262649	9262800	chr2R:9262650-9262800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.0101	0.0122	0.0142	0.0032	0.0073	0.0173	0.012	0.0032	0.0181	0.0116	0.0181	0.0046	0.0038	0.0077	0.0038	0.0036
chr2R	9272269	9272420	chr2R:9272270-9272420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0102	0.0121	0.0095	0.0042	0.0102	0.0164	0.0093	0.0042	0.0121	0.01	0.0121	0.0186	0.0046	0.0045	0.0046	0.0099
chr2R	9291258	9291450	chr2R:9291259-9291450	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0813	0.0815	0.0973	0.0634	0.0562	0.085	0.106	0.0966	0.0562	0.1467	0.1029	0.1467	0.0953	0.0858	0.0716	0.0858	0.0985
chr2R	9302061	9302376	chr2R:9302062-9302376	FBgn0260475	CG30059	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0376	0.0322	0.0461	0.0344	0.0191	0.0354	0.0411	0.0353	0.0191	0.0471	0.0505	0.0471	0.0589	0.0322	0.0374	0.0322	0.0542
chr2R	9302890	9303089	chr2R:9302891-9303089	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0302	0.0308	0.0357	0.0237	0.0191	0.0379	0.0355	0.0366	0.0191	0.0477	0.0344	0.0477	0.0434	0.0406	0.02	0.0406	0.0271
chr2R	9303130	9303281	chr2R:9303131-9303281	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0277	0.0278	0.0177	0.0117	0.035	0.0333	0.028	0.0117	0.0344	0.027	0.0344	0.0411	0.023	0.0232	0.023	0.0224
chr2R	9304004	9304177	chr2R:9304005-9304177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0212	0.0323	0.0188	0.0114	0.0201	0.0398	0.0437	0.0286	0.0201	0.0217	0.0158	0.0217	0.0364	0.0092	0.0077	0.0092	0.0177
chr2R	9304706	9304879	chr2R:9304707-9304879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0177	0.0248	0.0189	0.0085	0.0127	0.0296	0.0346	0.0233	0.0127	0.0205	0.017	0.0205	0.0356	0.0038	0.0116	0.0038	0.013
chr2R	9311677	9311828	chr2R:9311678-9311828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0111	0.0127	0.0146	0.0053	0.0107	0.019	0.01	0.0053	0.0139	0.0129	0.0139	0.0132	0.0031	0.0032	0.0031	0.0068
chr2R	9312299	9312450	chr2R:9312300-9312450	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.011	0.0124	0.0341	0.0032	0.0146	0.0169	0.0087	0.0032	0.0085	0.0109	0.0085	0.0139	0.023	0.0103	0.023	0.0151
chr2R	9312490	9312641	chr2R:9312491-9312641	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0173	0.0164	0.0384	0.0074	0.0189	0.0238	0.02	0.0074	0.0175	0.0145	0.0175	0.0201	0.0429	0.0181	0.0429	0.0151
chr2R	9317000	9317151	chr2R:9317001-9317151	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0403	0.0398	0.0343	0.0475	0.0308	0.0495	0.0523	0.0306	0.0308	0.0393	0.0283	0.0393	0.0596	0.0436	0.0406	0.0436	0.0933
chr2R	9317364	9317515	chr2R:9317365-9317515	FBgn0011881	tRNA:I:49Fa	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0406	0.0401	0.0549	0.0212	0.0408	0.0636	0.0346	0.0212	0.0465	0.0405	0.0465	0.0534	0.0574	0.0632	0.0574	0.0735
chr2R	9317756	9317945	chr2R:9317757-9317945	FBgn0011881,FBgn0011909	tRNA:I:49Fa,tRNA:L3:49Fa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1448	0.1603	0.1437	0.1287	0.1676	0.1636	0.2011	0.1659	0.1676	0.215	0.1357	0.215	0.1572	0.16	0.1302	0.16	0.1678
chr2R	9318245	9318433	chr2R:9318246-9318433	FBgn0011881,FBgn0011882,FBgn0011883,FBgn0011909	tRNA:I:49Fa,tRNA:I:49Fb,tRNA:I:49Fc,tRNA:L3:49Fa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2331	0.2259	0.2515	0.221	0.1909	0.2558	0.2552	0.2592	0.1909	0.3128	0.264	0.3128	0.251	0.2588	0.225	0.2588	0.2699
chr2R	9318642	9318866	chr2R:9318643-9318866	FBgn0011882,FBgn0011883,FBgn0011884,FBgn0011909	tRNA:I:49Fb,tRNA:I:49Fc,tRNA:I:49Fd,tRNA:L3:49Fa	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1713	0.1691	0.1813	0.1627	0.1463	0.1869	0.2042	0.1746	0.1463	0.2337	0.1775	0.2337	0.1991	0.173	0.1657	0.173	0.1991
chr2R	9319143	9319365	chr2R:9319144-9319365	FBgn0011883,FBgn0011884,FBgn0011885	tRNA:I:49Fc,tRNA:I:49Fd,tRNA:I:49Fe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1459	0.1589	0.1484	0.1285	0.141	0.1558	0.2093	0.1752	0.141	0.1449	0.164	0.1449	0.1805	0.1585	0.1238	0.1585	0.1657
chr2R	9319476	9319670	chr2R:9319477-9319670	FBgn0011884,FBgn0011885	tRNA:I:49Fd,tRNA:I:49Fe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1741	0.1842	0.1901	0.1451	0.1591	0.199	0.2163	0.2139	0.1591	0.2415	0.209	0.2415	0.1712	0.1631	0.1322	0.1631	0.1834
chr2R	9319796	9319948	chr2R:9319797-9319948	FBgn0011885,FBgn0011910	tRNA:I:49Fe,tRNA:L3:49Fb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0728	0.0907	0.0734	0.0522	0.0689	0.0937	0.1125	0.1106	0.0689	0.1002	0.0768	0.1002	0.0736	0.0628	0.0464	0.0628	0.0657
chr2R	9320107	9320278	chr2R:9320108-9320278	FBgn0011910,FBgn0050065	CG30065,tRNA:L3:49Fb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1259	0.1665	0.1231	0.0836	0.1463	0.1767	0.2141	0.1752	0.1463	0.1806	0.1206	0.1806	0.1379	0.1126	0.0613	0.1126	0.1313
chr2R	9325257	9325470	chr2R:9325258-9325470	FBgn0050509	tRNA:CR30509	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1517	0.1444	0.1777	0.1315	0.1113	0.1607	0.1804	0.1586	0.1113	0.2246	0.183	0.2246	0.2045	0.1907	0.1251	0.1907	0.1746
chr2R	9325766	9326020	chr2R:9325767-9326020	FBgn0050509	tRNA:CR30509	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0764	0.074	0.0914	0.0627	0.0445	0.0864	0.0887	0.0866	0.0445	0.0888	0.1109	0.0888	0.1015	0.0597	0.078	0.0597	0.0865
chr2R	9326076	9326417	chr2R:9326077-9326417	FBgn0259221	CG42321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1334	0.1215	0.1632	0.1139	0.088	0.1413	0.141	0.1399	0.088	0.1679	0.1958	0.1679	0.1774	0.098	0.1483	0.098	0.1391
chr2R	9326488	9326660	chr2R:9326489-9326660	FBgn0259221	CG42321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1179	0.1114	0.1428	0.0978	0.0764	0.1248	0.1401	0.1252	0.0764	0.1691	0.1601	0.1691	0.165	0.0643	0.1173	0.0643	0.1298
chr2R	9326847	9327064	chr2R:9326848-9327064	FBgn0259221	CG42321	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0648	0.0633	0.038	0.0318	0.0767	0.0856	0.068	0.0318	0.0821	0.0633	0.0821	0.0736	0.036	0.0361	0.036	0.0516
chr2R	9335021	9335175	chr2R:9335022-9335175	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0588	0.0793	0.0607	0.0338	0.0541	0.0675	0.1129	0.0953	0.0541	0.1322	0.0412	0.1322	0.0434	0.0865	0.0155	0.0865	0.0287
chr2R	9335344	9335659	chr2R:9335345-9335659	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1304	0.2465	0.0939	0.0408	0.2545	0.1495	0.3798	0.2871	0.2545	0.1208	0.1119	0.1208	0.0689	0.0804	0.0342	0.0804	0.0281
chr2R	9336045	9336311	chr2R:9336046-9336311	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.121	0.1433	0.1442	0.0707	0.1007	0.1689	0.1717	0.1632	0.1007	0.2071	0.1193	0.2071	0.1402	0.1018	0.0458	0.1018	0.1021
chr2R	9336391	9336607	chr2R:9336392-9336607	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.1009	0.1102	0.0926	0.0689	0.1194	0.1311	0.1026	0.0689	0.1679	0.0955	0.1679	0.1108	0.1363	0.0632	0.1363	0.1256
chr2R	9336790	9337028	chr2R:9336791-9337028	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.253	0.2536	0.2668	0.2372	0.2121	0.3049	0.285	0.2771	0.2121	0.3798	0.235	0.3798	0.2579	0.2887	0.1844	0.2887	0.2866
chr2R	9337418	9337676	chr2R:9337419-9337676	FBgn0013765,FBgn0086757	cbs,cnn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1853	0.1431	0.2141	0.2008	0.0795	0.2097	0.1298	0.1752	0.0795	0.3207	0.1839	0.3207	0.2084	0.2542	0.1825	0.2542	0.2361
chr2R	9337924	9338127	chr2R:9337925-9338127	FBgn0013765,FBgn0086757	cbs,cnn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2006	0.1761	0.2343	0.1909	0.1007	0.2024	0.2089	0.2205	0.1007	0.2917	0.2566	0.2917	0.2107	0.2044	0.1941	0.2044	0.2262
chr2R	9340720	9340871	chr2R:9340721-9340871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0773	0.0898	0.0621	0.0626	0.0748	0.0939	0.0939	0.0626	0.1178	0.099	0.1178	0.0837	0.0605	0.0651	0.0605	0.0823
chr2R	9340973	9341138	chr2R:9340974-9341138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1072	0.1041	0.1261	0.09	0.0795	0.1146	0.1298	0.1146	0.0795	0.1473	0.1421	0.1473	0.1162	0.0972	0.0986	0.0972	0.1172
chr2R	9352616	9352856	chr2R:9352617-9352856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0407	0.0424	0.0515	0.027	0.0255	0.0456	0.0536	0.052	0.0255	0.0302	0.0502	0.0302	0.0225	0.0138	0.0193	0.0138	0.0104
chr2R	9356278	9356429	chr2R:9356279-9356429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0153	0.0161	0.014	0.016	0.0106	0.0112	0.0264	0.0193	0.0106	0.0085	0.0209	0.0085	0.0155	0.0092	0.0148	0.0092	0.0292
chr2R	9359704	9359998	chr2R:9359705-9359998	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.132	0.1421	0.1745	0.0742	0.0965	0.1427	0.1639	0.2065	0.0965	0.0519	0.3106	0.0519	0.1929	0.0222	0.2276	0.0222	0.0459
chr2R	9360225	9360389	chr2R:9360226-9360389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0486	0.0396	0.0754	0.0292	0.018	0.0471	0.0368	0.0653	0.018	0.0205	0.1328	0.0205	0.086	0.0046	0.0974	0.0046	0.0203
chr2R	9362073	9362358	chr2R:9362074-9362358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0397	0.0425	0.0475	0.0281	0.017	0.0476	0.0575	0.0553	0.017	0.0393	0.0675	0.0393	0.0434	0.0436	0.0426	0.0436	0.0276
chr2R	9363925	9364249	chr2R:9363926-9364249	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.092	0.0708	0.1395	0.0636	0.0223	0.0718	0.0688	0.1386	0.0223	0.038	0.299	0.038	0.0395	0.0191	0.2005	0.0191	0.0271
chr2R	9364528	9364687	chr2R:9364529-9364687	FBgn0262821	CG43192	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0442	0.037	0.0604	0.0344	0.0265	0.0417	0.0454	0.0453	0.0265	0.0326	0.1058	0.0326	0.0318	0.0283	0.0941	0.0283	0.0162
chr2R	9367549	9367700	chr2R:9367550-9367700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0137	0.0141	0.016	0.0074	0.0131	0.0212	0.014	0.0074	0.0109	0.0186	0.0109	0.0124	0.0115	0.0135	0.0115	0.0115
chr2R	9369540	9369721	chr2R:9369541-9369721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.0945	0.0687	0.0284	0.0541	0.1121	0.1038	0.1379	0.0541	0.0894	0.0691	0.0894	0.0759	0.0245	0.038	0.0245	0.036
chr2R	9370002	9370157	chr2R:9370003-9370157	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1044	0.1032	0.1225	0.0858	0.0573	0.1398	0.1047	0.1379	0.0573	0.1721	0.1032	0.1721	0.1836	0.0957	0.0651	0.0957	0.1579
chr2R	9370212	9370457	chr2R:9370213-9370457	FBgn0000119	arr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2126	0.1998	0.2582	0.1767	0.1368	0.2558	0.2154	0.2432	0.1368	0.3744	0.2643	0.3744	0.261	0.2718	0.1651	0.2718	0.223
chr2R	9370637	9370806	chr2R:9370638-9370806	FBgn0000119	arr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2276	0.2241	0.2557	0.2007	0.1803	0.2743	0.2457	0.2578	0.1803	0.3418	0.2759	0.3418	0.2448	0.2404	0.2199	0.2404	0.2303
chr2R	9372800	9373001	chr2R:9372801-9373001	FBgn0033842,FBgn0040477	cbc,cid	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.0985	0.1437	0.0791	0.0657	0.1112	0.1233	0.1126	0.0657	0.1673	0.1678	0.1673	0.1332	0.0888	0.078	0.0888	0.0995
chr2R	9373027	9373433	chr2R:9373028-9373433	FBgn0033842,FBgn0040477	cbc,cid	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1383	0.1307	0.1816	0.0992	0.0986	0.1505	0.1553	0.1452	0.0986	0.2059	0.2077	0.2059	0.1603	0.121	0.0948	0.121	0.1115
chr2R	9376294	9376445	chr2R:9376295-9376445	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0272	0.0413	0.0284	0.0102	0.0095	0.083	0.0398	0.03	0.0095	0.0344	0.0315	0.0344	0.031	0.01	0.0116	0.01	0.0104
chr2R	9382020	9382185	chr2R:9382021-9382185	FBgn0033844	bbc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1085	0.0694	0.1473	0.1096	0.0255	0.0922	0.0679	0.1046	0.0255	0.1745	0.1601	0.1745	0.1603	0.1248	0.1167	0.1248	0.1183
chr2R	9382306	9382482	chr2R:9382307-9382482	FBgn0033844	bbc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1888	0.1591	0.234	0.1724	0.1156	0.1917	0.1786	0.1932	0.1156	0.2977	0.2428	0.2977	0.2231	0.1861	0.1812	0.1861	0.2022
chr2R	9382591	9382778	chr2R:9382592-9382778	FBgn0033844	bbc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1477	0.1444	0.1692	0.1278	0.1007	0.1617	0.1821	0.1686	0.1007	0.2126	0.183	0.2126	0.1611	0.1317	0.138	0.1317	0.1641
chr2R	9387025	9387176	chr2R:9387026-9387176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0216	0.0303	0.0354	0.0148	0.0228	0.0346	0.0167	0.0148	0.0362	0.0238	0.0362	0.0496	0.0735	0.0239	0.0735	0.0495
chr2R	9387698	9387849	chr2R:9387699-9387849	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0518	0.0275	0.0688	0.0602	0.0074	0.0417	0.032	0.0266	0.0074	0.0501	0.0698	0.0501	0.1549	0.0283	0.0858	0.0283	0.1209
chr2R	9387897	9388195	chr2R:9387898-9388195	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0817	0.0734	0.0952	0.076	0.0329	0.0893	0.0865	0.0953	0.0329	0.0809	0.0807	0.0809	0.2285	0.0398	0.0903	0.0398	0.1662
chr2R	9388250	9388401	chr2R:9388251-9388401	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0462	0.0669	0.0407	0.029	0.0329	0.0607	0.0744	0.1252	0.0329	0.0393	0.0453	0.0393	0.0573	0.0184	0.0368	0.0184	0.0464
chr2R	9389470	9389652	chr2R:9389471-9389652	FBgn0033845	mars	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.1402	0.1825	0.1358	0.0965	0.1592	0.1566	0.1839	0.0965	0.218	0.1981	0.218	0.1898	0.1493	0.1438	0.1493	0.1735
chr2R	9389730	9389913	chr2R:9389731-9389913	FBgn0004638,FBgn0033845	drk,mars	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2234	0.2013	0.2674	0.2	0.1559	0.233	0.2297	0.2432	0.1559	0.3182	0.2958	0.3182	0.275	0.2389	0.2121	0.2389	0.2486
chr2R	9390002	9390216	chr2R:9390003-9390216	FBgn0004638,FBgn0033845	drk,mars	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1828	0.166	0.219	0.1618	0.1347	0.1796	0.2011	0.1932	0.1347	0.2494	0.2395	0.2494	0.2285	0.1646	0.1773	0.1646	0.197
chr2R	9390274	9390460	chr2R:9390275-9390460	FBgn0004638,FBgn0033845	drk,mars	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.208	0.2151	0.2396	0.1654	0.1506	0.2626	0.2401	0.2618	0.1506	0.2935	0.2592	0.2935	0.2378	0.1715	0.1773	0.1715	0.2017
chr2R	9393799	9393996	chr2R:9393800-9393996	FBgn0033846	mip120	stage11,stage14,stage5	none	VT16206.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1922	0.2028	0.2055	0.1657	0.1453	0.2248	0.2435	0.2445	0.1453	0.2391	0.2222	0.2391	0.2099	0.1868	0.1728	0.1868	0.1954
chr2R	9394056	9394437	chr2R:9394057-9394437	FBgn0033846	mip120	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2102	0.2011	0.2438	0.1834	0.1506	0.2262	0.2331	0.2532	0.1506	0.2995	0.2582	0.2995	0.2262	0.1998	0.1941	0.1998	0.2173
chr2R	9394519	9394686	chr2R:9394520-9394686	FBgn0024556	EfTuM	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1841	0.155	0.2228	0.1741	0.0923	0.1913	0.1752	0.1965	0.0923	0.2838	0.236	0.2838	0.2091	0.1868	0.1825	0.1868	0.2058
chr2R	9394965	9395150	chr2R:9394966-9395150	FBgn0024556	EfTuM	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1181	0.1062	0.1367	0.1111	0.0551	0.1364	0.1345	0.1106	0.0551	0.1854	0.1399	0.1854	0.1441	0.1424	0.1019	0.1424	0.1386
chr2R	9396996	9397167	chr2R:9396997-9397167	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1158	0.1095	0.1387	0.0976	0.053	0.1252	0.1293	0.1426	0.053	0.189	0.1447	0.189	0.1503	0.1217	0.1083	0.1217	0.1214
chr2R	9400842	9401095	chr2R:9400843-9401095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0477	0.0748	0.041	0.0248	0.0583	0.0718	0.1086	0.0766	0.0583	0.0525	0.0428	0.0525	0.0418	0.0391	0.02	0.0391	0.0302
chr2R	9414500	9414651	chr2R:9414501-9414651	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0076	0.0076	0.0096	0	0.0063	0.0121	0.0107	0	0.006	0.0074	0.006	0.0077	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr2R	9420494	9420708	chr2R:9420495-9420708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0251	0.0208	0.0284	0.0263	0.0053	0.0214	0.0394	0.014	0.0053	0.0465	0.0244	0.0465	0.024	0.0123	0.0045	0.0123	0.0141
chr2R	9422960	9423111	chr2R:9422961-9423111	distal	distal	none	none	VT16216.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0153	0.0154	0.0187	0.0085	0.0165	0.0234	0.0147	0.0085	0.0163	0.0141	0.0163	0.0201	0.0115	0.0045	0.0115	0.0135
chr2R	9423523	9423697	chr2R:9423524-9423697	FBgn0011896	tRNA:K2:50C	none	none	VT16216.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0823	0.0742	0.0611	0.0668	0.0913	0.096	0.0966	0.0668	0.1274	0.063	0.1274	0.0976	0.098	0.0548	0.098	0.086
chr2R	9424111	9424291	chr2R:9424112-9424291	FBgn0011896	tRNA:K2:50C	none	none	VT16216.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0344	0.0328	0.0319	0.039	0.0138	0.0316	0.0471	0.038	0.0138	0.0483	0.0254	0.0483	0.0403	0.0214	0.0258	0.0214	0.0281
chr2R	9427111	9427515	chr2R:9427112-9427515	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0668	0.0725	0.0636	0.0639	0.053	0.068	0.0982	0.0846	0.053	0.0459	0.0733	0.0459	0.0744	0.0306	0.0787	0.0306	0.0672
chr2R	9428424	9428586	chr2R:9428425-9428586	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0283	0.0508	0.0201	0.0123	0.0371	0.0262	0.1051	0.0353	0.0371	0.0157	0.0267	0.0157	0.0279	0.0069	0.0193	0.0069	0.0172
chr2R	9428989	9429155	chr2R:9428990-9429155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0368	0.0353	0.0405	0.0344	0.0106	0.0374	0.0558	0.04	0.0106	0.0205	0.0418	0.0205	0.11	0.0176	0.0239	0.0176	0.0886
chr2R	9430924	9431075	chr2R:9430925-9431075	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0263	0.0196	0.0298	0.0301	0.0053	0.0238	0.0264	0.0207	0.0053	0.0266	0.0376	0.0266	0.0473	0.0283	0.0413	0.0283	0.0443
chr2R	9432771	9432973	chr2R:9432772-9432973	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0609	0.0864	0.06	0.0334	0.0732	0.0757	0.1324	0.0819	0.0732	0.0592	0.0836	0.0592	0.0674	0.0161	0.0703	0.0161	0.0443
chr2R	9432985	9433210	chr2R:9432986-9433210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0807	0.1078	0.0838	0.0469	0.0997	0.1024	0.1566	0.0966	0.0997	0.087	0.11	0.087	0.0852	0.0329	0.0858	0.0329	0.0631
chr2R	9433451	9433664	chr2R:9433452-9433664	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0796	0.1206	0.0756	0.0382	0.0965	0.1539	0.1462	0.1073	0.0965	0.1008	0.081	0.1008	0.0837	0.0391	0.0477	0.0391	0.0521
chr2R	9433915	9434114	chr2R:9433916-9434114	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1189	0.1514	0.1371	0.0625	0.1251	0.165	0.1847	0.1666	0.1251	0.1878	0.1437	0.1878	0.1394	0.062	0.0741	0.062	0.0849
chr2R	9434193	9434378	chr2R:9434194-9434378	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1033	0.1016	0.1325	0.0731	0.0732	0.1248	0.1129	0.1233	0.0732	0.1618	0.154	0.1618	0.1379	0.0796	0.0858	0.0796	0.086
chr2R	9434434	9434614	chr2R:9434435-9434614	FBgn0033853	CG6145	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1188	0.1167	0.1513	0.0856	0.0817	0.1398	0.1367	0.1366	0.0817	0.1872	0.172	0.1872	0.1479	0.0796	0.0993	0.0796	0.0954
chr2R	9439477	9439668	chr2R:9439478-9439668	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.051	0.0404	0.0542	0.0593	0.0223	0.0476	0.0502	0.0486	0.0223	0.0477	0.0592	0.0477	0.0937	0.0666	0.0748	0.0666	0.0709
chr2R	9439884	9440076	chr2R:9439885-9440076	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0866	0.0675	0.0997	0.0934	0.0424	0.0762	0.0921	0.0706	0.0424	0.0972	0.119	0.0972	0.1294	0.108	0.1044	0.108	0.1141
chr2R	9441476	9441657	chr2R:9441477-9441657	FBgn0014877	Roe1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1531	0.1417	0.182	0.1342	0.088	0.1723	0.1592	0.1746	0.088	0.2204	0.2006	0.2204	0.1967	0.1409	0.1483	0.1409	0.1673
chr2R	9441726	9441923	chr2R:9441727-9441923	FBgn0014877	Roe1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0937	0.0786	0.1236	0.0777	0.0445	0.0869	0.0978	0.0973	0.0445	0.1389	0.1338	0.1389	0.1557	0.0812	0.0838	0.0812	0.1037
chr2R	9443283	9443547	chr2R:9443284-9443547	FBgn0033855	CG13333	stage11,stage5	none	CG13333_link_5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1646	0.2841	0.1563	0.04	0.2906	0.2083	0.3733	0.3811	0.2906	0.07	0.2958	0.07	0.093	0.0329	0.0774	0.0329	0.037
chr2R	9444276	9444427	chr2R:9444277-9444427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.0945	0.0656	0.0295	0.1007	0.0592	0.1544	0.0946	0.1007	0.0779	0.0836	0.0779	0.0674	0.0375	0.0297	0.0375	0.0401
chr2R	9444484	9444735	chr2R:9444485-9444735	FBgn0083006	snoRNA:Psi28S-1153	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1026	0.1406	0.1151	0.0464	0.1548	0.1218	0.1968	0.1479	0.1548	0.1322	0.1521	0.1322	0.1201	0.0651	0.0451	0.0651	0.0631
chr2R	9445098	9445249	chr2R:9445099-9445249	FBgn0083006,FBgn0263459,FBgn0263472	snoRNA:2R:9445205,snoRNA:2R:9445410,snoRNA:Psi28S-1153	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0809	0.1133	0.0841	0.0411	0.1198	0.0913	0.1613	0.1186	0.1198	0.0888	0.1116	0.0888	0.0837	0.0452	0.0451	0.0452	0.0526
chr2R	9445431	9445716	chr2R:9445432-9445716	FBgn0033856,FBgn0083006,FBgn0263459,FBgn0263472	CG13334,snoRNA:2R:9445205,snoRNA:2R:9445410,snoRNA:Psi28S-1153	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1925	0.2004	0.2428	0.1285	0.1644	0.2364	0.2206	0.2478	0.1644	0.3104	0.2817	0.3104	0.237	0.1417	0.1457	0.1417	0.1621
chr2R	9447438	9447622	chr2R:9447439-9447622	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1923	0.1872	0.2369	0.149	0.1326	0.2442	0.1938	0.2292	0.1326	0.34	0.283	0.34	0.2548	0.2565	0.1915	0.2565	0.1892
chr2R	9447706	9447893	chr2R:9447707-9447893	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2196	0.1847	0.2945	0.1763	0.1495	0.249	0.1834	0.2125	0.1495	0.4372	0.3572	0.4372	0.2796	0.2688	0.2495	0.2688	0.2329
chr2R	9447919	9448509	chr2R:9447920-9448509	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3677	0.3582	0.4548	0.2828	0.3139	0.435	0.359	0.4497	0.3139	0.6455	0.5611	0.6455	0.4307	0.4433	0.383	0.4433	0.371
chr2R	9448585	9449007	chr2R:9448586-9449007	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3442	0.3528	0.4159	0.2561	0.299	0.4165	0.3495	0.4717	0.299	0.6105	0.5122	0.6105	0.3625	0.4165	0.3398	0.4165	0.3325
chr2R	9449017	9449382	chr2R:9449018-9449382	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_HC_29	Unspecified_HC_29	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3024	0.3394	0.3589	0.199	0.2821	0.365	0.3698	0.451	0.2821	0.5314	0.4801	0.5314	0.2301	0.3155	0.2972	0.3155	0.235
chr2R	9449896	9450060	chr2R:9449897-9450060	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_HC_29	Unspecified_HC_29	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1923	0.1709	0.0613	0.1898	0.1709	0.2383	0.2418	0.1898	0.244	0.2463	0.244	0.0821	0.0766	0.1393	0.0766	0.0474
chr2R	9450576	9450985	chr2R:9450577-9450985	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2725	0.3058	0.3411	0.16	0.2842	0.3218	0.3335	0.4004	0.2842	0.5229	0.4453	0.5229	0.1936	0.2925	0.276	0.2925	0.1308
chr2R	9451213	9451567	chr2R:9451214-9451567	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3139	0.3716	0.3912	0.1645	0.3733	0.3592	0.4265	0.4763	0.3733	0.5356	0.5116	0.5356	0.2587	0.2504	0.3127	0.2504	0.1371
chr2R	9451786	9452366	chr2R:9451787-9452366	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.4051	0.417	0.5089	0.278	0.386	0.4932	0.4144	0.5263	0.386	0.6667	0.6023	0.6667	0.471	0.34	0.3991	0.34	0.357
chr2R	9453333	9453722	chr2R:9453334-9453722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2788	0.3194	0.3735	0.1294	0.2641	0.3869	0.3106	0.4244	0.2641	0.4994	0.4611	0.4994	0.3044	0.1669	0.2386	0.1669	0.1204
chr2R	9453955	9454617	chr2R:9453956-9454617	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.3564	0.4125	0.4596	0.1803	0.3637	0.45	0.455	0.525	0.3637	0.6274	0.574	0.6274	0.3648	0.1822	0.2701	0.1822	0.1688
chr2R	9454706	9454989	chr2R:9454707-9454989	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2079	0.2789	0.2718	0.0585	0.2386	0.2835	0.3054	0.3811	0.2386	0.401	0.3585	0.401	0.1534	0.0605	0.1006	0.0605	0.036
chr2R	9456032	9456183	chr2R:9456033-9456183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.1036	0.173	0.0139	0.0859	0.116	0.1055	0.1452	0.0859	0.2754	0.2238	0.2754	0.0736	0.0184	0.0174	0.0184	0.0073
chr2R	9456649	9457194	chr2R:9456650-9457194	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2904	0.4094	0.3688	0.0714	0.3765	0.4252	0.458	0.5203	0.3765	0.5525	0.4637	0.5525	0.1828	0.121	0.1186	0.121	0.0401
chr2R	9457254	9458030	chr2R:9457255-9458030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3899	0.5049	0.4852	0.1568	0.4666	0.5529	0.5523	0.6156	0.4666	0.6957	0.6286	0.6957	0.2355	0.3139	0.283	0.3139	0.0724
chr2R	9458199	9458519	chr2R:9458200-9458519	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2326	0.3008	0.3074	0.0744	0.2397	0.3282	0.3365	0.3924	0.2397	0.4487	0.4158	0.4487	0.1425	0.1003	0.176	0.1003	0.0386
chr2R	9463703	9464093	chr2R:9463704-9464093	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16236.1	VT16236.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1363	0.0786	0.2152	0.1141	0.0212	0.1282	0.0696	0.1053	0.0212	0.2814	0.3003	0.2814	0.134	0.1279	0.2005	0.1279	0.1068
chr2R	9464544	9464750	chr2R:9464545-9464750	distal	distal	stage14	stage14	VT16236.1	VT16236.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0787	0.0396	0.1041	0.0944	0.0148	0.0748	0.0311	0.0446	0.0148	0.128	0.1325	0.128	0.1053	0.0942	0.1425	0.0942	0.1167
chr2R	9465105	9465728	chr2R:9465106-9465728	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16236.1,VT16237.1	VT16236.1,VT16237.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.2297	0.1255	0.3024	0.2663	0.053	0.2019	0.1081	0.1526	0.053	0.401	0.3486	0.401	0.3091	0.2504	0.2966	0.2504	0.3825
chr2R	9466133	9466318	chr2R:9466134-9466318	distal	distal	stage14	stage14	VT16237.1,VT16238.1	VT16237.1,VT16238.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0577	0.0249	0.0563	0.0957	0.0053	0.0451	0.0199	0.032	0.0053	0.0368	0.0524	0.0368	0.0999	0.0567	0.0722	0.0567	0.1563
chr2R	9467222	9467764	chr2R:9467223-9467764	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16238.1	VT16238.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2389	0.1707	0.3159	0.2305	0.0594	0.2956	0.1241	0.2378	0.0594	0.3231	0.4077	0.3231	0.3865	0.16	0.2843	0.16	0.4195
chr2R	9471109	9471308	chr2R:9471110-9471308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0931	0.0536	0.1456	0.0798	0.018	0.0937	0.0428	0.0673	0.018	0.256	0.1521	0.256	0.1433	0.16	0.0709	0.16	0.1073
chr2R	9471690	9472506	chr2R:9471691-9472506	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.4132	0.2794	0.5706	0.3901	0.1357	0.4573	0.2102	0.3698	0.1357	0.7295	0.6514	0.7295	0.6065	0.5467	0.4636	0.5467	0.5472
chr2R	9472569	9472805	chr2R:9472570-9472805	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.1114	0.1916	0.1361	0.0583	0.1806	0.0878	0.1492	0.0583	0.2434	0.217	0.2434	0.2107	0.1853	0.1696	0.1853	0.186
chr2R	9474929	9475080	chr2R:9474930-9475080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0256	0.0204	0.034	0.0221	0.0095	0.0209	0.0186	0.038	0.0095	0.0175	0.0508	0.0175	0.0232	0.0061	0.0245	0.0061	0.0141
chr2R	9480027	9480444	chr2R:9480028-9480444	FBgn0027581	CG6191	stage11,stage14,stage5	stage14	VT16244.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1605	0.1798	0.1782	0.1196	0.1177	0.1811	0.2357	0.2272	0.1177	0.1987	0.2035	0.1987	0.141	0.124	0.1219	0.124	0.0974
chr2R	9480519	9480747	chr2R:9480520-9480747	FBgn0027581,FBgn0033859	CG6191,CG6197	stage11,stage14,stage5	none	VT16244.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1823	0.1749	0.2034	0.1674	0.1251	0.1942	0.205	0.2225	0.1251	0.2391	0.2154	0.2391	0.2045	0.1845	0.1638	0.1845	0.1767
chr2R	9480764	9480940	chr2R:9480765-9480940	FBgn0027581,FBgn0033859	CG6191,CG6197	stage11,stage14,stage5	none	VT16244.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.243	0.2317	0.2783	0.217	0.1771	0.2558	0.2725	0.2758	0.1771	0.3267	0.3087	0.3267	0.2843	0.2397	0.2199	0.2397	0.2428
chr2R	9481047	9481214	chr2R:9481048-9481214	FBgn0027581,FBgn0033859	CG6191,CG6197	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1856	0.1893	0.2071	0.1579	0.141	0.2117	0.2409	0.1999	0.141	0.2403	0.2238	0.2403	0.2037	0.1769	0.1638	0.1769	0.1839
chr2R	9481321	9481504	chr2R:9481322-9481504	FBgn0027581,FBgn0033859	CG6191,CG6197	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0688	0.081	0.0765	0.0467	0.0668	0.0782	0.1155	0.0873	0.0668	0.0888	0.0839	0.0888	0.0558	0.0551	0.0458	0.0551	0.0532
chr2R	9492872	9493023	chr2R:9492873-9493023	FBgn0085265	CG34236	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0113	0.012	0.014	0.0078	0.0053	0.0117	0.0221	0.0087	0.0053	0.0127	0.0109	0.0127	0.0372	0.0092	0.0045	0.0092	0.0115
chr2R	9501415	9501566	chr2R:9501416-9501566	distal	distal	none	none	VT16255.1	VT16255.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0111	0.0105	0.0175	0.0021	0.0087	0.0216	0.0093	0.0021	0.0115	0.0093	0.0115	0.0062	0.0038	0.0013	0.0038	0.0089
chr2R	9501993	9502144	chr2R:9501994-9502144	distal	distal	stage14	stage14	VT16255.1,VT16256.1	VT16255.1,VT16256.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0126	0.0096	0.0212	0.0064	0.0107	0.0208	0.0127	0.0064	0.0066	0.0084	0.0066	0.0054	0.0031	0.0039	0.0031	0.0068
chr2R	9505183	9505400	chr2R:9505184-9505400	distal	distal	none	none	VT16257.1,VT16258.1	VT16257.1,VT16258.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0452	0.0545	0.0481	0.0316	0.0329	0.0437	0.0848	0.0613	0.0329	0.0429	0.0344	0.0429	0.0124	0.0176	0.0168	0.0176	0.0135
chr2R	9505821	9505972	chr2R:9505822-9505972	distal	distal	none	none	VT16258.1	VT16258.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0319	0.0259	0.0152	0.0286	0.0218	0.0584	0.0253	0.0286	0.0109	0.0193	0.0109	0.007	0.0038	0.0071	0.0038	0.0021
chr2R	9507653	9507840	chr2R:9507654-9507840	distal	distal	stage5	stage5	VT16259.1	VT16259.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0574	0.0855	0.0558	0.0276	0.0615	0.0772	0.099	0.1286	0.0615	0.0743	0.0466	0.0743	0.0341	0.0345	0.0103	0.0345	0.0135
chr2R	9507903	9508127	chr2R:9507904-9508127	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16259.1	VT16259.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0906	0.1063	0.0985	0.0645	0.0626	0.1049	0.1233	0.1532	0.0626	0.1117	0.0752	0.1117	0.0697	0.0865	0.0239	0.0865	0.0406
chr2R	9508842	9509032	chr2R:9508843-9509032	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1424	0.2	0.1558	0.0632	0.1442	0.201	0.2548	0.2492	0.1442	0.2434	0.1232	0.2434	0.0542	0.0467	0.0342	0.0467	0.0422
chr2R	9509174	9509325	chr2R:9509175-9509325	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0596	0.0576	0.0233	0.0318	0.0646	0.0692	0.0873	0.0318	0.0882	0.0434	0.0882	0.0186	0.0291	0.0155	0.0291	0.0182
chr2R	9510427	9510624	chr2R:9510428-9510624	FBgn0000633	fas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2049	0.1832	0.2485	0.1815	0.14	0.2053	0.1985	0.2545	0.14	0.3231	0.2531	0.3231	0.1983	0.2136	0.1844	0.2136	0.1782
chr2R	9510891	9511146	chr2R:9510892-9511146	FBgn0000633	fas	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0552	0.0512	0.0635	0.0507	0.0361	0.0655	0.0588	0.0566	0.0361	0.0815	0.0563	0.0815	0.0503	0.0651	0.0445	0.0651	0.038
chr2R	9514434	9514585	chr2R:9514435-9514585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0064	0.0066	0.0246	0.0021	0.0034	0.0099	0.0093	0.0021	0.0042	0.0045	0.0042	0.0015	0.0015	0.0039	0.0015	0.0083
chr2R	9514709	9514860	chr2R:9514710-9514860	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0035	0.0063	0.0139	0.0011	0.0029	0.0061	0.0047	0.0011	0.0036	0.0016	0.0036	8e-04	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chr2R	9515867	9516018	chr2R:9515868-9516018	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0214	0.0173	0.0248	0.0148	0.0214	0.0294	0.026	0.0148	0.0199	0.0138	0.0199	0.017	0.0145	0.0052	0.0145	0.0146
chr2R	9517179	9517360	chr2R:9517180-9517360	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0289	0.0198	0.0223	0.0148	0.0238	0.0394	0.048	0.0148	0.0181	0.0212	0.0181	0.0155	0.0123	0.009	0.0123	0.0172
chr2R	9519534	9519685	chr2R:9519535-9519685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0148	0.0108	0.016	0.0178	0.0021	0.015	0.0138	0.0113	0.0021	0.0097	0.0241	0.0097	0.0093	0.01	0.0148	0.01	0.0042
chr2R	9522333	9522552	chr2R:9522334-9522552	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT16267.1	VT16267.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0273	0.0265	0.0298	0.0148	0.0291	0.0355	0.0346	0.0148	0.029	0.0283	0.029	0.0147	0.01	0.0103	0.01	0.0151
chr2R	9522938	9523089	chr2R:9522939-9523089	distal	distal	stage14	stage14	VT16267.1	VT16267.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0118	0.0062	0.0171	0.0021	0.0112	0.0199	0.0153	0.0021	0.0066	0.0045	0.0066	0.0031	0.0023	0.0026	0.0023	0.0031
chr2R	9538462	9538613	chr2R:9538463-9538613	distal	distal	none	none	VT16276.1,VT16277.1	VT16276.1,VT16277.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.008	0.0065	0.0111	0.0042	0.0058	0.0138	0.0073	0.0042	0.0042	0.0061	0.0042	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0042
chr2R	9547320	9547471	chr2R:9547321-9547471	distal	distal	stage14	stage14	VT16282.1	VT16282.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0094	0.0112	0.0084	0.0085	0.0032	0.0092	0.0225	0.0087	0.0032	0.006	0.0084	0.006	0.0031	0.0023	0.0045	0.0023	0.0021
chr2R	9549332	9549483	chr2R:9549333-9549483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0191	0.0278	0.0118	0.0095	0.0214	0.0199	0.032	0.0095	0.0314	0.0457	0.0314	0.0077	0.0069	0.029	0.0069	0.0073
chr2R	9549999	9550150	chr2R:9550000-9550150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0095	0.0286	0.0084	0.0064	0.0087	0.0104	0.0153	0.0064	0.0205	0.0531	0.0205	0.0101	0.0023	0.0181	0.0023	0.0073
chr2R	9551570	9551721	chr2R:9551571-9551721	FBgn0033862	CG6209	none	none	VT16283.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0139	0.0083	0.0244	0.0085	0.0064	0.0078	0.0125	0.0087	0.0064	0.0248	0.0354	0.0248	0.0124	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chr2R	9552044	9552195	chr2R:9552045-9552195	FBgn0033863	CG13337	none	none	VT16283.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.007	0.0099	0.0074	0.0021	0.0063	0.0138	0.006	0.0021	0.0103	0.0106	0.0103	0.007	0.0061	0.0052	0.0061	5e-04
chr2R	9555589	9555878	chr2R:9555590-9555878	FBgn0033864	CG18368	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0302	0.0415	0.039	0.0081	0.0233	0.0417	0.042	0.0753	0.0233	0.0302	0.0653	0.0302	0.0124	0.0123	0.0058	0.0123	0.0042
chr2R	9563637	9563788	chr2R:9563638-9563788	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0224	0.0419	0.0159	0.0077	0.0233	0.068	0.0363	0.0493	0.0233	0.0248	0.0125	0.0248	0.0062	0.0061	0.0026	0.0061	0.0031
chr2R	9563794	9564006	chr2R:9563795-9564006	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0399	0.0692	0.0316	0.0164	0.0329	0.1209	0.064	0.072	0.0329	0.0513	0.0244	0.0513	0.0108	0.0077	0.0045	0.0077	0.0083
chr2R	9564159	9564518	chr2R:9564160-9564518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0329	0.0475	0.0289	0.021	0.0095	0.0757	0.0532	0.0466	0.0095	0.0368	0.0196	0.0368	0.007	0.0092	0.0071	0.0092	0.0078
chr2R	9565198	9565349	chr2R:9565199-9565349	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0285	0.0138	0.0078	0.0127	0.0306	0.0359	0.042	0.0127	0.0181	0.0135	0.0181	0.007	0.0054	0.0032	0.0054	0.0089
chr2R	9568391	9568542	chr2R:9568392-9568542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0159	0.015	0.0157	0.017	0.0042	0.016	0.0199	0.0207	0.0042	0.0223	0.0164	0.0223	0.0077	0.0268	0.0193	0.0268	0.0089
chr2R	9568929	9569201	chr2R:9568930-9569201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.039	0.0496	0.0367	0.0298	0.0329	0.0437	0.0722	0.0546	0.0329	0.0386	0.026	0.0386	0.0077	0.0069	0.011	0.0069	0.0068
chr2R	9572216	9572367	chr2R:9572217-9572367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0065	0.0065	0.0132	0.0011	0.0053	0.0108	0.006	0.0011	0.0066	0.0061	0.0066	0.0023	0.0054	0.0013	0.0054	0.0042
chr2R	9574580	9574731	chr2R:9574581-9574731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0086	0.0089	0.0169	0.0064	0.0078	0.0138	0.0067	0.0064	0.0048	0.0071	0.0048	0.0054	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chr2R	9578923	9579074	chr2R:9578924-9579074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0112	0.0085	0.0191	0.0042	0.0126	0.0156	0.012	0.0042	0.0085	0.0084	0.0085	0.0062	0.0092	0.0045	0.0092	0.013
chr2R	9579230	9579381	chr2R:9579231-9579381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0082	0.0079	0.0099	0.0053	0.0087	0.0121	0.0093	0.0053	0.0079	0.0071	0.0079	0.007	0.0015	0.0026	0.0015	0.0026
chr2R	9579520	9579671	chr2R:9579521-9579671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0098	0.0121	0.0121	0.0042	0.0092	0.0151	0.0107	0.0042	0.0127	0.01	0.0127	0.0132	0.0031	0.0052	0.0031	0.0068
chr2R	9585847	9585998	chr2R:9585848-9585998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.012	0.0094	0.0079	0.0053	0.0112	0.0173	0.0167	0.0053	0.0103	0.01	0.0103	0.0031	0.0061	0.0026	0.0061	0.0016
chr2R	9586439	9586590	chr2R:9586440-9586590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.008	0.0066	0.0072	0.0053	0.0063	0.0138	0.008	0.0053	0.006	0.0068	0.006	0.0054	0.0015	0.0019	0.0015	0.0021
chr2R	9603819	9604138	chr2R:9603820-9604138	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0404	0.0165	0.0099	0.0318	0.0252	0.0562	0.0613	0.0318	0.0139	0.0158	0.0139	0.0093	0.0031	0.0045	0.0031	0.0073
chr2R	9604149	9604300	chr2R:9604150-9604300	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0142	0.0244	0.0104	0.0068	0.018	0.0136	0.0333	0.042	0.018	0.0079	0.009	0.0079	0.0046	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr2R	9606969	9607120	chr2R:9606970-9607120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.009	0.0133	0.0192	0.0064	0.0068	0.0156	0.008	0.0064	0.0072	0.0103	0.0072	0.0077	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chr2R	9609346	9609497	chr2R:9609347-9609497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0122	0.0131	0.0116	0.0042	0.0083	0.0182	0.0187	0.0042	0.0109	0.009	0.0109	0.0054	0	0.0019	0	0.0016
chr2R	9609522	9609673	chr2R:9609523-9609673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0116	0.0114	0.0146	0.0042	0.0126	0.0143	0.0153	0.0042	0.006	0.01	0.006	0.0039	8e-04	0.0019	8e-04	0.0026
chr2R	9610729	9610880	chr2R:9610730-9610880	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.011	0.0152	0.022	0.0042	0.0117	0.0182	0.01	0.0042	0.0109	0.0151	0.0109	0.0085	0.0077	0.0026	0.0077	0.0068
chr2R	9610937	9611088	chr2R:9610938-9611088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0101	0.0152	0.0235	0.0021	0.0107	0.0173	0.0093	0.0021	0.0157	0.0164	0.0157	0.0054	0.0069	0.0019	0.0069	0.0047
chr2R	9611786	9611990	chr2R:9611787-9611990	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.026	0.0228	0.026	0.0295	0.0148	0.0155	0.0441	0.0187	0.0148	0.0133	0.017	0.0133	0.0085	0.0038	0.0045	0.0038	0.0026
chr2R	9612953	9613104	chr2R:9612954-9613104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0199	0.018	0.0121	0.0032	0.0155	0.0329	0.0266	0.0032	0.0085	0.0141	0.0085	0.0054	0.0031	0.0064	0.0031	0.0016
chr2R	9625007	9625158	chr2R:9625008-9625158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0085	0.009	0.0134	0.0021	0.0083	0.016	0.0067	0.0021	0.0097	0.0087	0.0097	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0068
chr2R	9625436	9625587	chr2R:9625437-9625587	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.0062	0.0095	0.0111	0.0064	0.0039	0.0087	0.0067	0.0064	0.0115	0.0055	0.0115	0.0023	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr2R	9625913	9626064	chr2R:9625914-9626064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0072	0.0077	0.0071	0.0068	0	0.0063	0.0134	0.01	0	0.0072	0.0061	0.0072	0.0031	8e-04	6e-04	8e-04	0.001
chr2R	9626228	9626379	chr2R:9626229-9626379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.0091	0.0072	0.0106	0.0032	0.0092	0.013	0.01	0.0032	0.006	0.0061	0.006	0.0046	0.0023	0.0052	0.0023	0.0063
chr2R	9627114	9627265	chr2R:9627115-9627265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0071	0.0102	0.0106	0.0032	0.0087	0.0091	0.0073	0.0032	0.0097	0.0084	0.0097	0.0085	0.0015	0.0032	0.0015	0.0073
chr2R	9649115	9649280	chr2R:9649116-9649280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.0361	0.0533	0.0319	0.0223	0.0379	0.0476	0.038	0.0223	0.0604	0.064	0.0604	0.0534	0.0283	0.0419	0.0283	0.0479
chr2R	9669546	9669697	chr2R:9669547-9669697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0074	0.0083	0.007	0.0067	0.0064	0.0087	0.0121	0.0093	0.0064	0.006	0.009	0.006	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.001
chr2R	9681988	9682139	chr2R:9681989-9682139	FBgn0033869	Cpr50Cb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0143	0.0141	0.0153	0.0032	0.0107	0.0272	0.014	0.0032	0.0121	0.0206	0.0121	0.0116	0.0084	0.0516	0.0084	0.0042
chr2R	9693026	9693177	chr2R:9693027-9693177	FBgn0261041	stj	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.006	0.0082	0.0187	0.0032	0.0044	0.0104	0.006	0.0032	0.0072	0.0064	0.0072	0.0062	0.0107	0.0064	0.0107	0.0146
chr2R	9693395	9693662	chr2R:9693396-9693662	FBgn0261041	stj	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0155	0.0171	0.0624	0.0106	0.0117	0.0268	0.016	0.0106	0.0211	0.0129	0.0211	0.0124	0.0436	0.0116	0.0436	0.0193
chr2R	9693874	9694025	chr2R:9693875-9694025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0142	0.0138	0.0299	0.0085	0.0087	0.0247	0.0173	0.0085	0.0157	0.0132	0.0157	0.0093	0.0145	0.0058	0.0145	0.0104
chr2R	9694375	9694582	chr2R:9694376-9694582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0212	0.0126	0.0268	0.0246	0.0011	0.016	0.0195	0.012	0.0011	0.0531	0.0248	0.0531	0.017	0.0253	0.009	0.0253	0.0146
chr2R	9697613	9697764	chr2R:9697614-9697764	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.013	0.0199	0.0129	0.0054	0.0074	0.0107	0.0411	0.0167	0.0074	0.0097	0.0183	0.0097	0.007	0.0054	0.0084	0.0054	0.0036
chr2R	9705930	9706093	chr2R:9705931-9706093	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0353	0.0321	0.0149	0.0244	0.0403	0.0467	0.0366	0.0244	0.0314	0.0402	0.0314	0.0294	0.0092	0.0142	0.0092	0.0214
chr2R	9706292	9706443	chr2R:9706293-9706443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0369	0.0292	0.015	0.0265	0.0272	0.0554	0.0486	0.0265	0.0362	0.0338	0.0362	0.0279	0.0184	0.0187	0.0184	0.0125
chr2R	9709706	9709908	chr2R:9709707-9709908	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0439	0.0249	0.031	0.0792	0.0064	0.0262	0.0359	0.0326	0.0064	0.0248	0.0325	0.0248	0.055	0.0643	0.0799	0.0643	0.1021
chr2R	9709993	9710178	chr2R:9709994-9710178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0277	0.041	0.0565	0.0095	0.0316	0.0329	0.04	0.0095	0.0507	0.0431	0.0507	0.0511	0.0559	0.0638	0.0559	0.0787
chr2R	9710288	9710468	chr2R:9710289-9710468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.0616	0.1161	0.1019	0.0276	0.0922	0.0558	0.0873	0.0276	0.1492	0.1305	0.1492	0.1201	0.1018	0.1238	0.1018	0.1235
chr2R	9711230	9711451	chr2R:9711231-9711451	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0772	0.1001	0.0788	0.0499	0.0657	0.101	0.1345	0.1199	0.0657	0.1057	0.0781	0.1057	0.0728	0.0559	0.0529	0.0559	0.0677
chr2R	9711678	9711868	chr2R:9711679-9711868	FBgn0000662	fl(2)d	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.222	0.2066	0.2701	0.1865	0.1591	0.2485	0.2396	0.2338	0.1591	0.3611	0.2788	0.3611	0.2541	0.206	0.2057	0.206	0.2137
chr2R	9711990	9712163	chr2R:9711991-9712163	FBgn0000662,FBgn0033871	CG13339,fl(2)d	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2334	0.2034	0.2888	0.2062	0.1262	0.2476	0.2413	0.2318	0.1262	0.3496	0.3093	0.3496	0.282	0.2381	0.2089	0.2381	0.2361
chr2R	9712263	9712449	chr2R:9712264-9712449	FBgn0000662,FBgn0033871	CG13339,fl(2)d	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1462	0.1332	0.1758	0.1284	0.0901	0.1461	0.1687	0.1572	0.0901	0.2126	0.1939	0.2126	0.1634	0.1493	0.1348	0.1493	0.1334
chr2R	9712506	9712657	chr2R:9712507-9712657	FBgn0000662,FBgn0033871	CG13339,fl(2)d	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0681	0.0606	0.0843	0.0586	0.0329	0.068	0.0826	0.0673	0.0329	0.1014	0.0884	0.1014	0.0844	0.0582	0.0651	0.0582	0.0573
chr2R	9713715	9713952	chr2R:9713716-9713952	FBgn0033872	CG6329	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0969	0.0914	0.1072	0.0919	0.0827	0.084	0.1168	0.1086	0.0827	0.1057	0.0855	0.1057	0.0581	0.0727	0.0406	0.0727	0.0412
chr2R	9714134	9714306	chr2R:9714135-9714306	FBgn0033872	CG6329	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0721	0.0641	0.0812	0.071	0.0424	0.0597	0.093	0.0706	0.0424	0.0598	0.0717	0.0598	0.0465	0.0421	0.0284	0.0421	0.0292
chr2R	9716756	9716955	chr2R:9716757-9716955	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1143	0.1087	0.1357	0.0972	0.0604	0.1316	0.1207	0.1459	0.0604	0.1673	0.1376	0.1673	0.1239	0.1072	0.0658	0.1072	0.0829
chr2R	9723855	9724006	chr2R:9723856-9724006	FBgn0033874	CG6347	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0166	0.0169	0.0182	0.0064	0.0218	0.0255	0.0107	0.0064	0.0169	0.0244	0.0169	0.0101	0.0084	0.0484	0.0084	0.0099
chr2R	9733391	9733594	chr2R:9733392-9733594	FBgn0033876,FBgn0050484	CG30484,synaptogyrin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0427	0.0384	0.0405	0.0499	0.0159	0.0471	0.0437	0.05	0.0159	0.0477	0.046	0.0477	0.0387	0.0467	0.0271	0.0467	0.0438
chr2R	9733716	9733916	chr2R:9733717-9733916	FBgn0033876,FBgn0050484	CG30484,synaptogyrin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0973	0.098	0.1011	0.0923	0.0509	0.1218	0.099	0.1446	0.0509	0.0954	0.1232	0.0954	0.0976	0.0942	0.087	0.0942	0.1032
chr2R	9741655	9742005	chr2R:9741656-9742005	FBgn0033879	CG6543	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1416	0.1191	0.1655	0.1405	0.0647	0.1587	0.1129	0.1646	0.0647	0.1775	0.1984	0.1775	0.2208	0.1577	0.1373	0.1577	0.2288
chr2R	9742195	9742455	chr2R:9742196-9742455	FBgn0033879	CG6543	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0469	0.0429	0.0565	0.0408	0.0244	0.0553	0.0424	0.0573	0.0244	0.0592	0.0682	0.0592	0.0643	0.0322	0.0413	0.0322	0.0662
chr2R	9745846	9746055	chr2R:9745847-9746055	FBgn0086356,FBgn0263697	Uba3,tum	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0813	0.081	0.1069	0.0535	0.0445	0.0976	0.0956	0.1053	0.0445	0.1347	0.1132	0.1347	0.093	0.0513	0.0574	0.0513	0.0636
chr2R	9746109	9746284	chr2R:9746110-9746284	FBgn0086356,FBgn0263697	Uba3,tum	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1174	0.113	0.1457	0.0914	0.087	0.1325	0.1159	0.1586	0.087	0.1866	0.1598	0.1866	0.1294	0.0934	0.0941	0.0934	0.1172
chr2R	9746415	9746724	chr2R:9746416-9746724	FBgn0086356,FBgn0263697	Uba3,tum	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0972	0.0973	0.1169	0.0756	0.0753	0.1058	0.1116	0.1199	0.0753	0.1467	0.1344	0.1467	0.1069	0.0697	0.0799	0.0697	0.0959
chr2R	9749128	9749279	chr2R:9749129-9749279	FBgn0033883,FBgn0033884	CG13344,CG16935	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0627	0.0689	0.0775	0.0395	0.0403	0.0704	0.0856	0.0919	0.0403	0.0984	0.0768	0.0984	0.0837	0.0421	0.0368	0.0421	0.0495
chr2R	9749363	9749547	chr2R:9749364-9749547	FBgn0033883,FBgn0033884	CG13344,CG16935	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1364	0.1397	0.1574	0.1097	0.0933	0.1578	0.1561	0.1839	0.0933	0.1999	0.1633	0.1999	0.1611	0.1164	0.1251	0.1164	0.1256
chr2R	9749654	9749843	chr2R:9749655-9749843	FBgn0033883,FBgn0033884	CG13344,CG16935	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0684	0.0914	0.0578	0.035	0.0816	0.0792	0.0879	0.035	0.1099	0.0984	0.1099	0.0968	0.0597	0.0574	0.0597	0.0662
chr2R	9755856	9756007	chr2R:9755857-9756007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0309	0.0231	0.0116	0.0138	0.0335	0.0441	0.036	0.0138	0.0266	0.0232	0.0266	0.0232	0.0115	0.0129	0.0115	0.0188
chr2R	9756098	9756278	chr2R:9756099-9756278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0417	0.0246	0.0113	0.0201	0.0379	0.0631	0.0506	0.0201	0.0314	0.0277	0.0314	0.0217	0.0145	0.0084	0.0145	0.0182
chr2R	9756364	9756546	chr2R:9756365-9756546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0556	0.0291	0.0106	0.0255	0.0534	0.0843	0.068	0.0255	0.0326	0.0347	0.0326	0.0217	0.0138	0.009	0.0138	0.013
chr2R	9756640	9756791	chr2R:9756641-9756791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0359	0.0246	0.0117	0.0138	0.0286	0.0575	0.0466	0.0138	0.026	0.0302	0.026	0.0178	0.0107	0.0123	0.0107	0.0182
chr2R	9784115	9784266	chr2R:9784116-9784266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.017	0.014	0.0141	0.0237	0.0085	0.0131	0.016	0.02	0.0085	0.0127	0.0141	0.0127	0.0225	0.0628	0.011	0.0628	0.0271
chr2R	9784567	9784732	chr2R:9784568-9784732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.0125	0.0137	0.0284	0.0053	0.0131	0.0147	0.0187	0.0053	0.0127	0.0158	0.0127	0.0194	0.0521	0.029	0.0521	0.0375
chr2R	9785141	9785331	chr2R:9785142-9785331	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0454	0.0186	0.0213	0.1017	0.0085	0.0209	0.0229	0.024	0.0085	0.0072	0.027	0.0072	0.0372	0.1041	0.1367	0.1041	0.1475
chr2R	9787635	9787813	chr2R:9787636-9787813	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0364	0.0209	0.0128	0.0308	0.0272	0.0536	0.0426	0.0308	0.0254	0.0238	0.0254	0.0209	0.0123	0.0161	0.0123	0.0146
chr2R	9788139	9788290	chr2R:9788140-9788290	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.039	0.0141	0.0074	0.035	0.0291	0.0623	0.0426	0.035	0.0151	0.0154	0.0151	0.0163	0.0046	0.0103	0.0046	0.0115
chr2R	9788291	9788492	chr2R:9788292-9788492	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0269	0.0476	0.0203	0.0109	0.0371	0.0393	0.0779	0.046	0.0371	0.0169	0.0228	0.0169	0.024	0.0077	0.0155	0.0077	0.0177
chr2R	9795600	9795791	chr2R:9795601-9795791	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0365	0.0192	0.01	0.0255	0.0282	0.0541	0.046	0.0255	0.0157	0.0222	0.0157	0.017	0.0069	0.0129	0.0069	0.0167
chr2R	9798543	9798982	chr2R:9798544-9798982	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0885	0.1115	0.1033	0.0465	0.053	0.0995	0.1397	0.1719	0.053	0.1057	0.1437	0.1057	0.0837	0.0436	0.0999	0.0436	0.0396
chr2R	9799312	9799511	chr2R:9799313-9799511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0304	0.0284	0.0386	0.0235	0.0095	0.0272	0.0355	0.0433	0.0095	0.0278	0.0637	0.0278	0.024	0.013	0.0458	0.013	0.0302
chr2R	9805935	9806086	chr2R:9805936-9806086	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0116	0.014	0.0148	0.0011	0.0083	0.0151	0.02	0.0011	0.0085	0.0174	0.0085	0.0201	0.01	0.0084	0.01	0.0339
chr2R	9806255	9806406	chr2R:9806256-9806406	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0173	0.0148	0.0166	0.0207	0.0042	0.0107	0.0169	0.0306	0.0042	0.0097	0.0206	0.0097	0.0248	0.0069	0.0226	0.0069	0.0438
chr2R	9807046	9807197	chr2R:9807047-9807197	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0344	0.0209	0.0125	0.0127	0.0257	0.0441	0.0586	0.0127	0.0103	0.0331	0.0103	0.0201	0.0054	0.029	0.0054	0.0125
chr2R	9807330	9807486	chr2R:9807331-9807486	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0307	0.0343	0.0338	0.0233	0.0148	0.033	0.0402	0.056	0.0148	0.0211	0.0482	0.0211	0.0403	0.0138	0.0374	0.0138	0.0328
chr2R	9808191	9808342	chr2R:9808192-9808342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0213	0.0177	0.0307	0.0149	0.0095	0.0165	0.026	0.0227	0.0095	0.0187	0.0354	0.0187	0.0287	0.0077	0.0219	0.0077	0.0146
chr2R	9810763	9810914	chr2R:9810764-9810914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0213	0.0288	0.0237	0.0032	0.0184	0.035	0.0247	0.0032	0.0236	0.0273	0.0236	0.0674	0.0199	0.0174	0.0199	0.0511
chr2R	9811658	9811847	chr2R:9811659-9811847	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0658	0.0814	0.0745	0.0389	0.0551	0.066	0.1029	0.1292	0.0551	0.0157	0.1402	0.0157	0.048	0.0084	0.1122	0.0084	0.024
chr2R	9812162	9812380	chr2R:9812163-9812380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0558	0.0583	0.0637	0.0444	0.0318	0.0529	0.0549	0.1126	0.0318	0.0211	0.118	0.0211	0.0542	0.0253	0.1141	0.0253	0.0401
chr2R	9812413	9812669	chr2R:9812414-9812669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0733	0.0754	0.0876	0.0553	0.0498	0.0748	0.0705	0.1346	0.0498	0.0543	0.1415	0.0543	0.0875	0.0444	0.1167	0.0444	0.0584
chr2R	9812906	9813123	chr2R:9812907-9813123	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2208	0.2278	0.2593	0.1709	0.1983	0.2209	0.2461	0.3271	0.1983	0.2639	0.3415	0.2639	0.2905	0.2182	0.2353	0.2182	0.2345
chr2R	9813569	9813748	chr2R:9813570-9813748	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0756	0.0725	0.0678	0.0877	0.0403	0.0762	0.0623	0.1359	0.0403	0.0435	0.0977	0.0435	0.0976	0.0949	0.1406	0.0949	0.1199
chr2R	9814044	9814460	chr2R:9814045-9814460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0636	0.0568	0.0522	0.0837	0.0286	0.0602	0.058	0.0926	0.0286	0.0562	0.0695	0.0562	0.0596	0.1623	0.1322	0.1623	0.075
chr2R	9819804	9819955	chr2R:9819805-9819955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0169	0.0216	0.0163	0.0053	0.0131	0.026	0.0233	0.0053	0.0109	0.0379	0.0109	0.0194	0.013	0.0368	0.013	0.0162
chr2R	9821824	9822400	chr2R:9821825-9822400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.1702	0.1572	0.1872	0.1663	0.1145	0.168	0.1739	0.2225	0.1145	0.2138	0.1984	0.2138	0.2316	0.1325	0.187	0.1325	0.222
chr2R	9823120	9823390	chr2R:9823121-9823390	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0654	0.0505	0.0876	0.0577	0.017	0.0684	0.061	0.054	0.017	0.0543	0.0907	0.0543	0.1952	0.0214	0.0613	0.0214	0.1178
chr2R	9823937	9824145	chr2R:9823938-9824145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0493	0.0667	0.0514	0.0277	0.0371	0.0777	0.0683	0.1013	0.0371	0.0477	0.0521	0.0477	0.0883	0.0306	0.0329	0.0306	0.0427
chr2R	9825679	9825830	chr2R:9825680-9825830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0461	0.0315	0.0612	0.0458	0.0053	0.0359	0.0363	0.0486	0.0053	0.0664	0.0785	0.0664	0.0658	0.0283	0.0387	0.0283	0.1032
chr2R	9827267	9827563	chr2R:9827268-9827563	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1173	0.156	0.0935	0.1	0.1368	0.1214	0.2318	0.1912	0.1368	0.0809	0.0974	0.0809	0.0968	0.0972	0.0832	0.0972	0.0542
chr2R	9828276	9828493	chr2R:9828277-9828493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0862	0.0886	0.1157	0.0512	0.0435	0.0966	0.1038	0.1299	0.0435	0.1335	0.1556	0.1335	0.0682	0.0391	0.049	0.0391	0.0495
chr2R	9828662	9828866	chr2R:9828663-9828866	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2034	0.2137	0.2518	0.1387	0.1474	0.2466	0.2327	0.2938	0.1474	0.3309	0.2785	0.3309	0.1851	0.1432	0.1315	0.1432	0.1188
chr2R	9829018	9829169	chr2R:9829019-9829169	FBgn0013733	shot	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0807	0.0796	0.1046	0.0557	0.0551	0.0908	0.0861	0.1093	0.0551	0.1371	0.1151	0.1371	0.0829	0.0528	0.0542	0.0528	0.0485
chr2R	9829240	9829466	chr2R:9829241-9829466	FBgn0013733	shot	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.171	0.1777	0.2079	0.123	0.1315	0.1981	0.1843	0.2505	0.1315	0.2736	0.2286	0.2736	0.1998	0.1677	0.138	0.1677	0.1355
chr2R	9829605	9829791	chr2R:9829606-9829791	FBgn0013733	shot	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.234	0.2263	0.2754	0.1973	0.175	0.2631	0.2413	0.2911	0.175	0.3527	0.2955	0.3527	0.2696	0.2167	0.2012	0.2167	0.235
chr2R	9831659	9831877	chr2R:9831660-9831877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0875	0.1087	0.0896	0.0616	0.0785	0.1204	0.1319	0.1332	0.0785	0.1051	0.0994	0.1051	0.0914	0.0689	0.0658	0.0689	0.0875
chr2R	9834464	9834615	chr2R:9834465-9834615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0362	0.0449	0.0364	0.0262	0.0276	0.0447	0.064	0.0526	0.0276	0.0405	0.0395	0.0405	0.0411	0.0222	0.0193	0.0222	0.0453
chr2R	9841137	9841320	chr2R:9841138-9841320	FBgn0050481,FBgn0053155	CG33155,mRpL53	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1842	0.1745	0.2088	0.1682	0.1188	0.2296	0.1856	0.2092	0.1188	0.2748	0.2251	0.2748	0.1898	0.1853	0.1747	0.1853	0.2017
chr2R	9841510	9841711	chr2R:9841511-9841711	FBgn0050481,FBgn0053155	CG33155,mRpL53	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3053	0.2839	0.35	0.2803	0.2471	0.334	0.3123	0.3378	0.2471	0.439	0.372	0.439	0.3308	0.3017	0.2998	0.3017	0.3153
chr2R	9841867	9842039	chr2R:9841868-9842039	FBgn0050481,FBgn0053155	CG33155,mRpL53	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1233	0.1092	0.1256	0.1366	0.07	0.1282	0.1337	0.1306	0.07	0.1407	0.1196	0.1407	0.1456	0.1991	0.0948	0.1991	0.1188
chr2R	9844380	9844531	chr2R:9844381-9844531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.081	0.0575	0.0972	0.0897	0.0308	0.0782	0.0484	0.0859	0.0308	0.0996	0.1145	0.0996	0.1061	0.0881	0.0754	0.0881	0.0943
chr2R	9844792	9844943	chr2R:9844793-9844943	distal	distal	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0763	0.0804	0.0758	0.0723	0.0477	0.0922	0.0826	0.1199	0.0477	0.0749	0.0932	0.0749	0.0612	0.0513	0.0671	0.0513	0.0776
chr2R	9845050	9845209	chr2R:9845051-9845209	FBgn0262739	AGO1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0797	0.0523	0.0854	0.1039	0.0297	0.0675	0.0541	0.0666	0.0297	0.0912	0.1	0.0912	0.0914	0.0888	0.0909	0.0888	0.1235
chr2R	9845614	9845774	chr2R:9845615-9845774	FBgn0262739	AGO1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1075	0.0761	0.1183	0.1308	0.0573	0.0917	0.0792	0.1053	0.0573	0.128	0.1293	0.128	0.141	0.1256	0.1077	0.1256	0.1558
chr2R	9847734	9847959	chr2R:9847735-9847959	FBgn0013770,FBgn0033886	CG13349,Cp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1483	0.1477	0.1543	0.1425	0.1071	0.1636	0.1778	0.1739	0.1071	0.1884	0.1701	0.1884	0.1534	0.1554	0.1573	0.1554	0.1678
chr2R	9848058	9848242	chr2R:9848059-9848242	FBgn0013770,FBgn0033886	CG13349,Cp1	stage11,stage14,stage5	none	VT16423.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2167	0.211	0.239	0.1986	0.1601	0.2364	0.2435	0.2565	0.1601	0.2886	0.2614	0.2886	0.2424	0.2182	0.2257	0.2182	0.235
chr2R	9848445	9848645	chr2R:9848446-9848645	FBgn0013770	Cp1	stage11,stage5	none	VT16423.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1024	0.0824	0.1266	0.0983	0.0445	0.1063	0.0839	0.1153	0.0445	0.1226	0.1579	0.1226	0.141	0.0934	0.136	0.0934	0.1183
chr2R	9850131	9850282	chr2R:9850132-9850282	distal	distal	none	none	VT16423.1,VT16424.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0446	0.0434	0.0496	0.0404	0.0191	0.0422	0.0636	0.0506	0.0191	0.0507	0.0457	0.0507	0.0852	0.0237	0.0251	0.0237	0.0933
chr2R	9850515	9850666	chr2R:9850516-9850666	distal	distal	none	none	VT16424.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0446	0.0365	0.0513	0.0464	0.0064	0.0456	0.045	0.0513	0.0064	0.0574	0.0479	0.0574	0.0728	0.0268	0.0374	0.0268	0.1021
chr2R	9851127	9851294	chr2R:9851128-9851294	distal	distal	none	none	VT16424.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1423	0.1282	0.1664	0.1317	0.0721	0.149	0.1492	0.1739	0.0721	0.2083	0.1794	0.2083	0.1642	0.1501	0.127	0.1501	0.1746
chr2R	9851995	9852228	chr2R:9851996-9852228	FBgn0261975	CG42806	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.18	0.1214	0.2296	0.1911	0.0753	0.1636	0.1025	0.1785	0.0753	0.3243	0.1801	0.3243	0.2494	0.2772	0.109	0.2772	0.2131
chr2R	9853195	9853349	chr2R:9853196-9853349	distal	distal	none	none	VT16426.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0703	0.0702	0.0797	0.0602	0.0371	0.099	0.0688	0.0899	0.0371	0.1147	0.065	0.1147	0.1077	0.0965	0.0264	0.0965	0.086
chr2R	9853633	9853906	chr2R:9853634-9853906	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16426.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1909	0.2253	0.2211	0.1192	0.1803	0.2184	0.295	0.2732	0.1803	0.2639	0.2109	0.2639	0.282	0.1868	0.058	0.1868	0.1537
chr2R	9854168	9854319	chr2R:9854169-9854319	distal	distal	none	none	VT16426.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0453	0.0444	0.0585	0.0319	0.0361	0.0417	0.0554	0.0613	0.0361	0.0556	0.0563	0.0556	0.1015	0.0398	0.0148	0.0398	0.0542
chr2R	9855686	9855854	chr2R:9855687-9855854	FBgn0020766	Aats-phe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1611	0.1446	0.1849	0.1535	0.105	0.1583	0.1708	0.1779	0.105	0.2494	0.1907	0.2494	0.182	0.2029	0.167	0.2029	0.1683
chr2R	9865464	9865645	chr2R:9865465-9865645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0305	0.0368	0.0377	0.0155	0.0223	0.0539	0.0471	0.028	0.0223	0.0658	0.0328	0.0658	0.0387	0.0176	0.0161	0.0176	0.0219
chr2R	9865667	9865818	chr2R:9865668-9865818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0315	0.0388	0.0352	0.0194	0.0286	0.0476	0.051	0.0366	0.0286	0.0598	0.0296	0.0598	0.0387	0.0191	0.0123	0.0191	0.0318
chr2R	9865979	9866177	chr2R:9865980-9866177	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0612	0.0814	0.0599	0.0401	0.0732	0.0874	0.1142	0.0779	0.0732	0.0791	0.0511	0.0791	0.0891	0.036	0.0271	0.036	0.0792
chr2R	9866640	9866791	chr2R:9866641-9866791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0421	0.0467	0.0466	0.0322	0.0265	0.0578	0.0545	0.058	0.0265	0.0429	0.0505	0.0429	0.0534	0.0375	0.0335	0.0375	0.0495
chr2R	9866974	9867179	chr2R:9866975-9867179	FBgn0033889	CG6701	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0897	0.1164	0.0921	0.0572	0.0944	0.118	0.151	0.1399	0.0944	0.0936	0.1129	0.0936	0.0821	0.0689	0.0838	0.0689	0.074
chr2R	9867214	9867410	chr2R:9867215-9867410	FBgn0033889	CG6701	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.0975	0.1039	0.0742	0.0583	0.1155	0.1103	0.1372	0.0583	0.1159	0.1302	0.1159	0.0945	0.0995	0.107	0.0995	0.0912
chr2R	9867600	9867779	chr2R:9867601-9867779	FBgn0033889	CG6701	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0959	0.0935	0.1076	0.0859	0.0647	0.1029	0.1103	0.1213	0.0647	0.1292	0.1186	0.1292	0.1255	0.1049	0.118	0.1049	0.1136
chr2R	9870530	9870690	chr2R:9870531-9870690	FBgn0033890,FBgn0033891	CG8067,Ctf4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.048	0.0773	0.0453	0.0233	0.0675	0.0424	0.068	0.0233	0.0839	0.0875	0.0839	0.0922	0.0398	0.058	0.0398	0.0558
chr2R	9870775	9870941	chr2R:9870776-9870941	FBgn0033890,FBgn0033891	CG8067,Ctf4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1593	0.1226	0.1975	0.1585	0.0742	0.1689	0.1008	0.1832	0.0742	0.2542	0.2151	0.2542	0.2006	0.1899	0.1689	0.1899	0.1954
chr2R	9871029	9871235	chr2R:9871030-9871235	FBgn0033890,FBgn0033891	CG8067,Ctf4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1278	0.0925	0.1609	0.1309	0.0615	0.1296	0.0822	0.1306	0.0615	0.2132	0.1817	0.2132	0.1518	0.1685	0.1322	0.1685	0.1542
chr2R	9877651	9877802	chr2R:9877652-9877802	FBgn0020620	RN-tre	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0591	0.0481	0.0747	0.0542	0.0361	0.0636	0.0601	0.0386	0.0361	0.0857	0.0884	0.0857	0.0635	0.0674	0.0567	0.0674	0.0641
chr2R	9877884	9878068	chr2R:9877885-9878068	FBgn0020620	RN-tre	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1433	0.1129	0.1846	0.1319	0.0785	0.1398	0.1263	0.1332	0.0785	0.2271	0.2048	0.2271	0.1696	0.1462	0.1431	0.1462	0.1558
chr2R	9878121	9878305	chr2R:9878122-9878305	FBgn0002643,FBgn0020620	RN-tre,mam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2077	0.1783	0.2537	0.1899	0.1251	0.2058	0.2046	0.2179	0.1251	0.314	0.2797	0.314	0.2316	0.2006	0.1934	0.2006	0.2204
chr2R	9878569	9878800	chr2R:9878570-9878800	FBgn0002643,FBgn0020620	RN-tre,mam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2357	0.2146	0.2829	0.2075	0.1654	0.2549	0.2388	0.2652	0.1654	0.3478	0.317	0.3478	0.2618	0.2198	0.2192	0.2198	0.2381
chr2R	9878946	9879165	chr2R:9878947-9879165	FBgn0002643	mam	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1193	0.1342	0.1348	0.0856	0.0965	0.149	0.1661	0.1512	0.0965	0.1812	0.146	0.1812	0.1007	0.0972	0.0909	0.0972	0.0896
chr2R	9879258	9879463	chr2R:9879259-9879463	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1122	0.1641	0.1048	0.0622	0.1273	0.1413	0.1964	0.2465	0.1273	0.1274	0.1164	0.1274	0.0744	0.0727	0.0645	0.0727	0.0505
chr2R	9879651	9879802	chr2R:9879652-9879802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0598	0.0743	0.0683	0.0343	0.0488	0.065	0.0969	0.1033	0.0488	0.0616	0.0891	0.0616	0.0534	0.023	0.0522	0.023	0.0422
chr2R	9879909	9880109	chr2R:9879910-9880109	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1367	0.1859	0.1585	0.0577	0.1453	0.1835	0.218	0.2585	0.1453	0.195	0.1971	0.195	0.1115	0.0413	0.1148	0.0413	0.0584
chr2R	9880646	9880838	chr2R:9880647-9880838	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0788	0.0723	0.1155	0.0458	0.0308	0.1141	0.0636	0.0946	0.0308	0.1455	0.145	0.1455	0.1255	0.0345	0.0916	0.0345	0.0526
chr2R	9880969	9881147	chr2R:9880970-9881147	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0572	0.0492	0.0746	0.0469	0.0244	0.0534	0.0558	0.0753	0.0244	0.0646	0.1183	0.0646	0.048	0.0161	0.1148	0.0161	0.0412
chr2R	9881666	9881817	chr2R:9881667-9881817	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0587	0.0317	0.0751	0.0707	0.0117	0.0447	0.0342	0.04	0.0117	0.0743	0.0952	0.0743	0.0565	0.0306	0.1289	0.0306	0.0401
chr2R	9881877	9882059	chr2R:9881878-9882059	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0655	0.0396	0.0802	0.0784	0.0148	0.05	0.048	0.0486	0.0148	0.0737	0.0778	0.0737	0.055	0.0368	0.0774	0.0368	0.0469
chr2R	9883226	9883514	chr2R:9883227-9883514	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1552	0.1463	0.1778	0.1404	0.0944	0.1791	0.1691	0.1726	0.0944	0.3019	0.1402	0.3019	0.244	0.1317	0.0993	0.1317	0.2392
chr2R	9883675	9883826	chr2R:9883676-9883826	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0522	0.0537	0.0526	0.0308	0.0573	0.0666	0.0606	0.0308	0.0809	0.0444	0.0809	0.0658	0.0559	0.0503	0.0559	0.0563
chr2R	9885156	9885307	chr2R:9885157-9885307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0448	0.0329	0.0594	0.0422	0.0212	0.0466	0.0372	0.0326	0.0212	0.0779	0.0637	0.0779	0.0682	0.0421	0.0477	0.0421	0.0688
chr2R	9886169	9886429	chr2R:9886170-9886429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0631	0.0567	0.085	0.0462	0.0371	0.0583	0.0631	0.0846	0.0371	0.0519	0.1395	0.0519	0.0527	0.0084	0.1109	0.0084	0.0349
chr2R	9888397	9888611	chr2R:9888398-9888611	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.225	0.2335	0.2608	0.176	0.1919	0.2694	0.253	0.2885	0.1919	0.3659	0.3058	0.3659	0.1658	0.2335	0.176	0.2335	0.1527
chr2R	9889285	9889586	chr2R:9889286-9889586	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1182	0.1159	0.1525	0.083	0.0509	0.1374	0.1194	0.1812	0.0509	0.1757	0.2238	0.1757	0.0713	0.1057	0.1315	0.1057	0.0886
chr2R	9890761	9890955	chr2R:9890762-9890955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0814	0.0851	0.1109	0.045	0.0541	0.0777	0.1073	0.1239	0.0541	0.1014	0.1373	0.1014	0.0364	0.0283	0.0361	0.0283	0.025
chr2R	9892018	9892213	chr2R:9892019-9892213	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0899	0.0517	0.1299	0.0886	0.0255	0.0718	0.0597	0.0573	0.0255	0.1824	0.1601	0.1824	0.1115	0.0674	0.1438	0.0674	0.086
chr2R	9893124	9893275	chr2R:9893125-9893275	FBgn0263539	mir-4978	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0363	0.0148	0.0265	0.0712	0.0127	0.017	0.0199	0.0127	0.0127	0.0242	0.0232	0.0242	0.0349	0.0337	0.0464	0.0337	0.0558
chr2R	9893404	9893602	chr2R:9893405-9893602	FBgn0263539	mir-4978	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0201	0.0301	0.0886	0.0085	0.0262	0.0264	0.0207	0.0085	0.0217	0.0344	0.0217	0.0356	0.0314	0.1128	0.0314	0.0891
chr2R	9894240	9894664	chr2R:9894241-9894664	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2003	0.1388	0.2086	0.26	0.0954	0.1796	0.1462	0.1706	0.0954	0.2772	0.2145	0.2772	0.2556	0.2825	0.2811	0.2825	0.3121
chr2R	9895831	9896044	chr2R:9895832-9896044	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1897	0.175	0.1991	0.1958	0.1389	0.1917	0.2063	0.2172	0.1389	0.2192	0.2283	0.2192	0.2301	0.1815	0.2199	0.1815	0.21
chr2R	9896555	9896742	chr2R:9896556-9896742	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0658	0.0414	0.0612	0.098	0.018	0.0505	0.0588	0.042	0.018	0.0556	0.0598	0.0556	0.0999	0.0605	0.1096	0.0605	0.1313
chr2R	9899205	9899466	chr2R:9899206-9899466	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0616	0.0624	0.0685	0.0529	0.0308	0.066	0.067	0.0993	0.0308	0.0791	0.0897	0.0791	0.0666	0.0513	0.0561	0.0513	0.0844
chr2R	9903407	9903558	chr2R:9903408-9903558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0156	0.0196	0.014	0.0131	0.0127	0.0194	0.0277	0.024	0.0127	0.0139	0.019	0.0139	0.0077	0.0054	0.0045	0.0054	0.0042
chr2R	9904620	9904771	chr2R:9904621-9904771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0183	0.0124	0.0224	0.017	0.015	0.0238	0.022	0.017	0.0072	0.0138	0.0072	0.007	0.0069	0.0155	0.0069	0.0141
chr2R	9904975	9905126	chr2R:9904976-9905126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0204	0.0135	0.0246	0.0106	0.0175	0.0311	0.0253	0.0106	0.0103	0.0141	0.0103	0.0124	0.013	0.0161	0.013	0.0203
chr2R	9905244	9905395	chr2R:9905245-9905395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0155	0.016	0.0276	0.0064	0.0121	0.0268	0.016	0.0064	0.0103	0.0141	0.0103	0.0163	0.0107	0.0097	0.0107	0.0193
chr2R	9906644	9906809	chr2R:9906645-9906809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0236	0.0254	0.0318	0.0127	0.0316	0.0242	0.0306	0.0127	0.0229	0.0299	0.0229	0.0333	0.0345	0.0284	0.0345	0.036
chr2R	9911520	9911740	chr2R:9911521-9911740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0474	0.0354	0.0423	0.0664	0.0117	0.0422	0.0437	0.046	0.0117	0.0537	0.0412	0.0537	0.0674	0.0942	0.0587	0.0942	0.0933
chr2R	9911850	9912058	chr2R:9911851-9912058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0309	0.0201	0.0321	0.0416	0.0138	0.0204	0.026	0.0247	0.0138	0.0399	0.0325	0.0399	0.0511	0.0704	0.0393	0.0704	0.0558
chr2R	9912224	9912465	chr2R:9912225-9912465	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT16460.1	VT16460.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0929	0.0348	0.0991	0.1511	0.0148	0.0568	0.0324	0.042	0.0148	0.1449	0.0788	0.1449	0.182	0.1861	0.1367	0.1861	0.2126
chr2R	9912720	9912887	chr2R:9912721-9912887	distal	distal	none	none	VT16460.1	VT16460.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0449	0.0213	0.0445	0.0716	0.0074	0.0316	0.0195	0.03	0.0074	0.1014	0.0299	0.1014	0.0403	0.1501	0.0445	0.1501	0.0829
chr2R	9913552	9913703	chr2R:9913553-9913703	distal	distal	none	none	VT16460.1	VT16460.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0251	0.0174	0.0188	0.0407	0.0064	0.0199	0.0234	0.0173	0.0064	0.0169	0.019	0.0169	0.0302	0.0988	0.0258	0.0988	0.0386
chr2R	9913833	9913984	chr2R:9913834-9913984	distal	distal	none	none	VT16460.1	VT16460.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.0158	0.0137	0.0316	0.0138	0.0131	0.0234	0.0153	0.0138	0.0151	0.0125	0.0151	0.0178	0.0766	0.0213	0.0766	0.0292
chr2R	9914465	9914906	chr2R:9914466-9914906	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16461.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.06	0.0573	0.0654	0.0571	0.0286	0.0714	0.0649	0.0759	0.0286	0.0731	0.0662	0.0731	0.1015	0.0551	0.0729	0.0551	0.0495
chr2R	9915417	9915568	chr2R:9915418-9915568	distal	distal	none	none	VT16461.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0208	0.0157	0.0188	0.0106	0.0223	0.0255	0.0253	0.0106	0.0139	0.0167	0.0139	0.0116	0.0046	0.0064	0.0046	0.0073
chr2R	9915713	9915864	chr2R:9915714-9915864	FBgn0033893	CG18371	none	none	VT16461.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0116	0.015	0.0235	0.0053	0.0112	0.0143	0.016	0.0053	0.0127	0.0135	0.0127	0.0132	0.0084	0.009	0.0084	0.0109
chr2R	9917634	9917843	chr2R:9917635-9917843	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0953	0.0356	0.1001	0.1567	0.018	0.0573	0.0337	0.04	0.018	0.1407	0.0871	0.1407	0.1588	0.1914	0.1515	0.1914	0.1907
chr2R	9917937	9918103	chr2R:9917938-9918103	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0474	0.0176	0.0466	0.0817	0.0085	0.0214	0.0203	0.0213	0.0085	0.0531	0.0379	0.0531	0.0682	0.072	0.0696	0.072	0.0631
chr2R	9918931	9919273	chr2R:9918932-9919273	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1231	0.0876	0.086	0.2035	0.0594	0.1	0.1055	0.1079	0.0594	0.0707	0.0675	0.0707	0.1751	0.2159	0.1838	0.2159	0.2626
chr2R	9922969	9923120	chr2R:9922970-9923120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0164	0.0106	0.0162	0.0231	0.0074	0.0126	0.0112	0.0153	0.0074	0.0157	0.0228	0.0157	0.0093	0.0245	0.0413	0.0245	0.0156
chr2R	9923438	9923687	chr2R:9923439-9923687	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0451	0.0444	0.0367	0.0551	0.0308	0.0476	0.0549	0.054	0.0308	0.038	0.0399	0.038	0.0465	0.0942	0.06	0.0942	0.0521
chr2R	9924320	9924471	chr2R:9924321-9924471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0332	0.0176	0.0213	0.0159	0.0296	0.0497	0.04	0.0159	0.0229	0.0215	0.0229	0.0108	0.026	0.0251	0.026	0.0271
chr2R	9925025	9925216	chr2R:9925026-9925216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0418	0.0232	0.0409	0.0636	0.0127	0.0238	0.0285	0.0326	0.0127	0.0332	0.0431	0.0332	0.0728	0.0651	0.0683	0.0651	0.1089
chr2R	9925548	9925699	chr2R:9925549-9925699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0236	0.0299	0.0198	0.0206	0.0265	0.0257	0.0389	0.038	0.0265	0.0205	0.0206	0.0205	0.0279	0.0184	0.0251	0.0184	0.0328
chr2R	9928207	9928409	chr2R:9928208-9928409	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0328	0.0419	0.0423	0.0148	0.0374	0.0381	0.0466	0.0148	0.0459	0.0434	0.0459	0.031	0.0283	0.0213	0.0283	0.0292
chr2R	9928499	9928915	chr2R:9928500-9928915	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1516	0.117	0.2014	0.1356	0.0636	0.184	0.0895	0.1646	0.0636	0.2929	0.1923	0.2929	0.1247	0.1087	0.087	0.1087	0.0829
chr2R	9930361	9930512	chr2R:9930362-9930512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0193	0.0188	0.0246	0.0085	0.0209	0.0208	0.0333	0.0085	0.0169	0.0167	0.0169	0.0139	0.0077	0.011	0.0077	0.0104
chr2R	9931723	9931913	chr2R:9931724-9931913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0379	0.0492	0.0311	0.0326	0.0244	0.049	0.0562	0.0746	0.0244	0.035	0.0322	0.035	0.0356	0.023	0.0213	0.023	0.036
chr2R	9934635	9934786	chr2R:9934636-9934786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0074	0.0067	0.0116	0.0011	0.0102	0.0091	0.0087	0.0011	0.003	0.0093	0.003	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0063
chr2R	9940463	9940826	chr2R:9940464-9940826	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0364	0.035	0.0338	0.0408	0.0106	0.0495	0.0402	0.044	0.0106	0.0592	0.0309	0.0592	0.0194	0.013	0.0174	0.013	0.0135
chr2R	9941467	9941618	chr2R:9941468-9941618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0202	0.0194	0.0181	0.0233	0.0106	0.0228	0.019	0.03	0.0106	0.0181	0.0222	0.0181	0.0163	0.01	0.0142	0.01	0.0182
chr2R	9942142	9942293	chr2R:9942143-9942293	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0202	0.0197	0.0194	0.0217	0.0074	0.0209	0.0255	0.028	0.0074	0.0163	0.0225	0.0163	0.0178	0.013	0.0123	0.013	0.0104
chr2R	9942469	9942718	chr2R:9942470-9942718	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.029	0.0322	0.0287	0.0259	0.0064	0.0408	0.0333	0.048	0.0064	0.035	0.0312	0.035	0.0256	0.013	0.0148	0.013	0.0151
chr2R	9948198	9948349	chr2R:9948199-9948349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0217	0.0249	0.023	0.0169	0.0095	0.0228	0.0298	0.0433	0.0095	0.0248	0.0283	0.0248	0.0209	0.0161	0.0239	0.0161	0.0198
chr2R	9956807	9956958	chr2R:9956808-9956958	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0199	0.032	0.0154	0.0113	0.0127	0.0282	0.0355	0.064	0.0127	0.0157	0.0196	0.0157	0.017	0.0138	0.0181	0.0138	0.0083
chr2R	9958649	9958800	chr2R:9958650-9958800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0156	0.014	0.0156	0.0173	0.0042	0.0136	0.0177	0.02	0.0042	0.0223	0.0186	0.0223	0.0077	0.0069	0.0135	0.0069	0.0104
chr2R	9959294	9959482	chr2R:9959295-9959482	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0137	0.0232	0.0262	0.0042	0.0126	0.0203	0.016	0.0042	0.0278	0.0235	0.0278	0.0155	0.0115	0.011	0.0115	0.0094
chr2R	9959733	9959884	chr2R:9959734-9959884	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0182	0.0151	0.0198	0.0198	0.0095	0.0165	0.0169	0.0213	0.0095	0.0272	0.0232	0.0272	0.0155	0.0069	0.0103	0.0069	0.0094
chr2R	9960709	9961075	chr2R:9960710-9961075	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0617	0.0557	0.0362	0.0392	0.0694	0.074	0.0833	0.0392	0.0652	0.064	0.0652	0.0589	0.0345	0.0316	0.0345	0.05
chr2R	9961105	9961256	chr2R:9961106-9961256	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0228	0.0294	0.0191	0.0095	0.0277	0.0285	0.0286	0.0095	0.0332	0.0347	0.0332	0.0294	0.01	0.0213	0.01	0.0287
chr2R	9962266	9962417	chr2R:9962267-9962417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0178	0.0172	0.0241	0.0116	0.0053	0.0136	0.0208	0.0326	0.0053	0.0386	0.0267	0.0386	0.0201	0.0138	0.0181	0.0138	0.0073
chr2R	9964984	9965135	chr2R:9964985-9965135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.021	0.0202	0.0268	0.0155	0.0064	0.0383	0.0138	0.0247	0.0064	0.0447	0.0248	0.0447	0.0349	0.0253	0.0213	0.0253	0.0094
chr2R	9965147	9965433	chr2R:9965148-9965433	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.036	0.0297	0.0457	0.0324	0.0159	0.0481	0.0255	0.034	0.0159	0.0767	0.0418	0.0767	0.0596	0.0712	0.0329	0.0712	0.0188
chr2R	9965777	9965928	chr2R:9965778-9965928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.0136	0.0195	0.0203	0.0064	0.0189	0.016	0.0153	0.0064	0.0254	0.0203	0.0254	0.0139	0.0153	0.0123	0.0153	0.0094
chr2R	9966592	9966743	chr2R:9966593-9966743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.0126	0.0165	0.0192	0.0064	0.0083	0.0147	0.0233	0.0064	0.0223	0.019	0.0223	0.0124	0.0054	0.0135	0.0054	0.0068
chr2R	9971141	9971292	chr2R:9971142-9971292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0162	0.0127	0.0195	0.0163	0.0042	0.0146	0.0173	0.014	0.0042	0.0163	0.0203	0.0163	0.0325	0.0069	0.0123	0.0069	0.0302
chr2R	9997403	9997564	chr2R:9997404-9997564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0126	0.0088	0.0156	0.0135	0.0032	0.0117	0.0121	0.0067	0.0032	0.0072	0.0148	0.0072	0.0426	0.0077	0.0187	0.0077	0.0219
chr2R	10001451	10001602	chr2R:10001452-10001602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0147	0.0179	0.0171	0.0053	0.0136	0.0203	0.022	0.0053	0.0145	0.0273	0.0145	0.0124	0.0161	0.038	0.0161	0.0109
chr2R	10004887	10005136	chr2R:10004888-10005136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0341	0.0208	0.0457	0.0362	0.0064	0.0282	0.0199	0.032	0.0064	0.0199	0.0675	0.0199	0.0751	0.0138	0.0974	0.0138	0.0292
chr2R	10008563	10008714	chr2R:10008564-10008714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0189	0.0176	0.0203	0.0188	0.0074	0.0209	0.0264	0.016	0.0074	0.0139	0.0296	0.0139	0.0209	0.0413	0.0193	0.0413	0.0146
chr2R	10011875	10012026	chr2R:10011876-10012026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0152	0.0122	0.0211	0.0123	0.0032	0.0141	0.0177	0.016	0.0032	0.0151	0.0334	0.0151	0.0178	0.0084	0.0193	0.0084	0.0099
chr2R	10012371	10012522	chr2R:10012372-10012522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0185	0.0264	0.0159	0.0124	0.0159	0.0165	0.0333	0.0473	0.0159	0.0133	0.0241	0.0133	0.0139	0.013	0.0148	0.013	0.0068
chr2R	10013404	10013666	chr2R:10013405-10013666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0278	0.0138	0.0266	0.0446	0.0064	0.0209	0.0169	0.012	0.0064	0.0187	0.035	0.0187	0.0434	0.1225	0.0516	0.1225	0.0261
chr2R	10014040	10014191	chr2R:10014041-10014191	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0217	0.0142	0.0212	0.0308	0.0021	0.0175	0.0147	0.0253	0.0021	0.0229	0.0264	0.0229	0.0217	0.0904	0.02	0.0904	0.0234
chr2R	10014193	10014344	chr2R:10014194-10014344	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0137	0.0192	0.0295	0.0032	0.0146	0.0173	0.0213	0.0032	0.0211	0.0215	0.0211	0.0248	0.0712	0.0187	0.0712	0.0339
chr2R	10014564	10014762	chr2R:10014565-10014762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.023	0.0162	0.0183	0.0359	0.0074	0.0146	0.0208	0.0213	0.0074	0.0236	0.0212	0.0236	0.0178	0.0881	0.0303	0.0881	0.036
chr2R	10016159	10016310	chr2R:10016160-10016310	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0103	0.0132	0.0196	0.0042	0.0092	0.016	0.01	0.0042	0.0091	0.0212	0.0091	0.0124	0.0069	0.0567	0.0069	0.0094
chr2R	10017272	10017453	chr2R:10017273-10017453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0156	0.0301	0.027	0.0074	0.0146	0.019	0.0266	0.0074	0.0066	0.0646	0.0066	0.0139	0.0061	0.0948	0.0061	0.0083
chr2R	10017868	10018019	chr2R:10017869-10018019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0125	0.0178	0.0157	0.0064	0.0165	0.0151	0.0127	0.0064	0.0097	0.0267	0.0097	0.0209	0.0054	0.0471	0.0054	0.0073
chr2R	10018184	10018335	chr2R:10018185-10018335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.013	0.0208	0.0134	0.0074	0.017	0.0138	0.0147	0.0074	0.0133	0.0312	0.0133	0.0302	0.0069	0.0303	0.0069	0.0099
chr2R	10018946	10019129	chr2R:10018947-10019129	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.028	0.0378	0.026	0.0194	0.0255	0.0257	0.0506	0.06	0.0255	0.0133	0.045	0.0133	0.0186	0.0084	0.0419	0.0084	0.0078
chr2R	10019853	10020004	chr2R:10019854-10020004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0106	0.0121	0.0209	0.0042	0.0112	0.0173	0.0093	0.0042	0.0072	0.0212	0.0072	0.0085	0.0038	0.0709	0.0038	0.0063
chr2R	10024678	10024829	chr2R:10024679-10024829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.0141	0.0156	0.024	0.0053	0.0126	0.0221	0.014	0.0053	0.0139	0.0177	0.0139	0.0147	0.0222	0.0123	0.0222	0.0109
chr2R	10027063	10027214	chr2R:10027064-10027214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.0403	0.0537	0.021	0.0159	0.0437	0.045	0.064	0.0159	0.055	0.0707	0.055	0.0349	0.01	0.0232	0.01	0.0156
chr2R	10027399	10027583	chr2R:10027400-10027583	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1003	0.1194	0.1268	0.0499	0.0657	0.1534	0.1086	0.1785	0.0657	0.1739	0.1605	0.1739	0.0604	0.0268	0.0529	0.0268	0.0135
chr2R	10027807	10027997	chr2R:10027808-10027997	FBgn0040752	Prosap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1714	0.1732	0.2161	0.1203	0.0965	0.2233	0.1592	0.2638	0.0965	0.2397	0.2923	0.2397	0.1433	0.085	0.1825	0.085	0.0823
chr2R	10028109	10028283	chr2R:10028110-10028283	FBgn0040752	Prosap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1183	0.1234	0.1416	0.0872	0.0795	0.1422	0.1341	0.1692	0.0795	0.1769	0.1624	0.1769	0.1131	0.0858	0.0986	0.0858	0.0823
chr2R	10028379	10028560	chr2R:10028380-10028560	FBgn0040752	Prosap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2376	0.2218	0.2734	0.216	0.1676	0.2563	0.2392	0.2925	0.1676	0.3086	0.3161	0.3086	0.251	0.2251	0.2302	0.2251	0.2449
chr2R	10028746	10028948	chr2R:10028747-10028948	FBgn0040752	Prosap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1681	0.1429	0.1944	0.1672	0.0891	0.182	0.1557	0.1765	0.0891	0.2458	0.2158	0.2458	0.1665	0.1784	0.1721	0.1784	0.1959
chr2R	10035407	10035634	chr2R:10035408-10035634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0469	0.0473	0.0279	0.0276	0.0417	0.0631	0.062	0.0276	0.0574	0.0476	0.0574	0.0496	0.0237	0.0264	0.0237	0.0344
chr2R	10035815	10035966	chr2R:10035816-10035966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0268	0.0325	0.0319	0.0149	0.0138	0.0345	0.042	0.0373	0.0138	0.0368	0.0376	0.0368	0.0325	0.0176	0.0135	0.0176	0.0182
chr2R	10039708	10039957	chr2R:10039709-10039957	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0842	0.073	0.1011	0.078	0.0435	0.0874	0.0817	0.0959	0.0435	0.1159	0.109	0.1159	0.1263	0.0827	0.0774	0.0827	0.1084
chr2R	10040095	10040303	chr2R:10040096-10040303	FBgn0033897,FBgn0086895	Rcd1,pea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1509	0.1507	0.1683	0.132	0.1198	0.1563	0.1903	0.1839	0.1198	0.1957	0.19	0.1957	0.1673	0.1409	0.1212	0.1409	0.1641
chr2R	10040545	10040726	chr2R:10040546-10040726	FBgn0033897,FBgn0086895	Rcd1,pea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1359	0.1299	0.1671	0.1083	0.0806	0.1447	0.1497	0.1792	0.0806	0.218	0.1778	0.218	0.1549	0.1141	0.109	0.1141	0.1277
chr2R	10044676	10044827	chr2R:10044677-10044827	FBgn0033899,FBgn0040751	CG13016,CG13018	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0452	0.0534	0.0343	0.0297	0.0476	0.0558	0.06	0.0297	0.0676	0.0576	0.0676	0.0496	0.0475	0.0329	0.0475	0.0417
chr2R	10044923	10045145	chr2R:10044924-10045145	FBgn0033899,FBgn0040751	CG13016,CG13018	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0961	0.1374	0.1095	0.0806	0.1092	0.0965	0.1372	0.0806	0.1516	0.1579	0.1516	0.141	0.0995	0.1251	0.0995	0.1318
chr2R	10045155	10045364	chr2R:10045156-10045364	FBgn0033899,FBgn0040751	CG13016,CG13018	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1224	0.1016	0.1525	0.1127	0.0742	0.1282	0.1064	0.1272	0.0742	0.1842	0.1695	0.1842	0.1518	0.124	0.1122	0.124	0.1344
chr2R	10045413	10045616	chr2R:10045414-10045616	FBgn0033899,FBgn0040751	CG13016,CG13018	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0629	0.0601	0.0791	0.0485	0.0392	0.0748	0.0649	0.074	0.0392	0.0966	0.0852	0.0966	0.0728	0.0544	0.0413	0.0544	0.0584
chr2R	10045668	10045819	chr2R:10045669-10045819	FBgn0033899	CG13016	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.037	0.0368	0.0212	0.0244	0.0379	0.045	0.052	0.0244	0.0441	0.0402	0.0441	0.0349	0.023	0.0135	0.023	0.0271
chr2R	10051869	10052020	chr2R:10051870-10052020	FBgn0033902	Tango7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0732	0.0738	0.086	0.0585	0.0371	0.0854	0.0878	0.0999	0.0371	0.1196	0.0894	0.1196	0.0937	0.0712	0.0554	0.0712	0.0761
chr2R	10052036	10052225	chr2R:10052037-10052225	FBgn0033902,FBgn0033903	CG8323,Tango7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1367	0.1234	0.1652	0.1203	0.07	0.149	0.1358	0.1732	0.07	0.2156	0.1814	0.2156	0.165	0.1325	0.1212	0.1325	0.1548
chr2R	10052285	10052491	chr2R:10052286-10052491	FBgn0033902,FBgn0033903	CG8323,Tango7	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0972	0.1415	0.1039	0.0445	0.1243	0.1077	0.1279	0.0445	0.1667	0.1627	0.1667	0.1495	0.1141	0.1012	0.1141	0.1318
chr2R	10052550	10052858	chr2R:10052551-10052858	FBgn0033902,FBgn0033903	CG8323,Tango7	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0956	0.077	0.1109	0.0994	0.0424	0.101	0.0917	0.0906	0.0424	0.1389	0.1116	0.1389	0.1433	0.124	0.1077	0.124	0.1256
chr2R	10057884	10058044	chr2R:10057885-10058044	FBgn0033906	CG8331	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1145	0.0927	0.1434	0.1071	0.0573	0.1097	0.1068	0.1159	0.0573	0.186	0.1569	0.186	0.1301	0.1087	0.1044	0.1087	0.1386
chr2R	10062677	10062904	chr2R:10062678-10062904	distal	distal	none	none	VT16530.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1637	0.1548	0.1949	0.1394	0.106	0.1733	0.1799	0.2025	0.106	0.2615	0.2096	0.2615	0.1681	0.1501	0.1483	0.1501	0.1605
chr2R	10062962	10063170	chr2R:10062963-10063170	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2379	0.193	0.2915	0.2294	0.1262	0.234	0.2072	0.2558	0.1262	0.372	0.3154	0.372	0.2928	0.2504	0.2463	0.2504	0.2814
chr2R	10068059	10068305	chr2R:10068060-10068305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0496	0.0699	0.0549	0.021	0.0467	0.0617	0.093	0.1006	0.0467	0.0815	0.0572	0.0815	0.0426	0.023	0.0284	0.023	0.0198
chr2R	10068458	10068609	chr2R:10068459-10068609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0314	0.0482	0.0316	0.0124	0.0329	0.0476	0.0619	0.0673	0.0329	0.0489	0.0328	0.0489	0.0256	0.0115	0.0142	0.0115	0.0162
chr2R	10068711	10068862	chr2R:10068712-10068862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0409	0.0313	0.0142	0.0244	0.0476	0.0428	0.0593	0.0244	0.0471	0.037	0.0471	0.0209	0.013	0.0174	0.013	0.0156
chr2R	10069101	10069252	chr2R:10069102-10069252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0404	0.0325	0.0159	0.0286	0.0383	0.0523	0.05	0.0286	0.0374	0.037	0.0374	0.0287	0.0145	0.0168	0.0145	0.0177
chr2R	10070013	10070164	chr2R:10070014-10070164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0359	0.0247	0.0125	0.018	0.0447	0.0337	0.0573	0.018	0.0308	0.0286	0.0308	0.0225	0.0153	0.0116	0.0153	0.0146
chr2R	10070571	10070722	chr2R:10070572-10070722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0422	0.0302	0.0138	0.0223	0.0495	0.0502	0.0553	0.0223	0.0423	0.0347	0.0423	0.0256	0.0161	0.0123	0.0161	0.0182
chr2R	10071402	10071553	chr2R:10071403-10071553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.03	0.0302	0.0238	0.0191	0.0316	0.035	0.0406	0.0191	0.0344	0.0357	0.0344	0.0263	0.0176	0.0348	0.0176	0.0386
chr2R	10072661	10072940	chr2R:10072662-10072940	FBgn0050069	CG30069	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0196	0.0329	0.1024	0.0021	0.0262	0.026	0.0247	0.0021	0.0278	0.0415	0.0278	0.0457	0.1271	0.2089	0.1271	0.1042
chr2R	10073275	10073426	chr2R:10073276-10073426	FBgn0050069	CG30069	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0188	0.0165	0.0168	0.0235	0.0032	0.017	0.0221	0.0247	0.0032	0.0139	0.0219	0.0139	0.0201	0.0207	0.0606	0.0207	0.0167
chr2R	10073931	10074082	chr2R:10073932-10074082	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0302	0.0157	0.0303	0.0462	0.0053	0.017	0.0238	0.018	0.0053	0.0145	0.0486	0.0145	0.0271	0.01	0.1522	0.01	0.0292
chr2R	10074120	10074307	chr2R:10074121-10074307	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0425	0.0224	0.0494	0.0574	0.0064	0.0257	0.0316	0.0273	0.0064	0.0254	0.0807	0.0254	0.0473	0.0184	0.1599	0.0184	0.0469
chr2R	10074601	10074752	chr2R:10074602-10074752	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0184	0.0208	0.0277	0.0074	0.018	0.026	0.0247	0.0074	0.026	0.026	0.026	0.0186	0.0375	0.0503	0.0375	0.0229
chr2R	10083706	10083857	chr2R:10083707-10083857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0237	0.0141	0.0093	0.0117	0.0248	0.0381	0.0233	0.0117	0.0121	0.0206	0.0121	0.0155	0.0069	0.0116	0.0069	0.0073
chr2R	10085351	10085502	chr2R:10085352-10085502	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0211	0.0193	0.0255	0.0181	0.0053	0.0184	0.0203	0.0353	0.0053	0.0229	0.0341	0.0229	0.0217	0.0153	0.0264	0.0153	0.0156
chr2R	10088243	10088394	chr2R:10088244-10088394	FBgn0033911	VGAT	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0158	0.0179	0.0185	0.0064	0.0175	0.0199	0.02	0.0064	0.0133	0.0222	0.0133	0.0093	0.0069	0.011	0.0069	0.0042
chr2R	10088728	10088879	chr2R:10088729-10088879	FBgn0033911	VGAT	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0155	0.014	0.026	0.0064	0.0141	0.019	0.0247	0.0064	0.0127	0.0125	0.0127	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0078
chr2R	10095239	10095390	chr2R:10095240-10095390	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Sox15_regionF	Sox15_regionF	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0426	0.0431	0.04	0.0448	0.0233	0.035	0.0679	0.0526	0.0233	0.0169	0.0791	0.0169	0.0155	0.0207	0.1438	0.0207	0.0193
chr2R	10095522	10095692	chr2R:10095523-10095692	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Sox15_regionF	Sox15_regionF	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0834	0.1494	0.0624	0.0327	0.141	0.0806	0.2336	0.1905	0.141	0.0266	0.1238	0.0266	0.0163	0.0337	0.0922	0.0337	0.013
chr2R	10095735	10096293	chr2R:10095736-10096293	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Sox15_regionF	Sox15_regionF	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.1194	0.1126	0.0869	0.0817	0.0971	0.1721	0.1432	0.0817	0.1576	0.135	0.1576	0.0635	0.1815	0.1057	0.1815	0.0651
chr2R	10098889	10099040	chr2R:10098890-10099040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0527	0.0207	0.0135	0.0456	0.0277	0.0878	0.0653	0.0456	0.0248	0.0254	0.0248	0.0147	0.0115	0.0181	0.0115	0.0156
chr2R	10100263	10100463	chr2R:10100264-10100463	FBgn0005613	Sox15	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0506	0.0282	0.0623	0.0628	0.0095	0.0311	0.0329	0.042	0.0095	0.0417	0.11	0.0417	0.0418	0.0651	0.1721	0.0651	0.0302
chr2R	10102130	10102313	chr2R:10102131-10102313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0557	0.0751	0.0416	0.035	0.0558	0.0748	0.07	0.035	0.093	0.083	0.093	0.0837	0.0498	0.0426	0.0498	0.0568
chr2R	10102382	10102577	chr2R:10102383-10102577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1008	0.0916	0.1226	0.0872	0.0604	0.1126	0.1047	0.1146	0.0604	0.157	0.1296	0.157	0.1309	0.098	0.0845	0.098	0.1157
chr2R	10102983	10103208	chr2R:10102984-10103208	FBgn0262407	mir-308	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0698	0.0626	0.0915	0.0542	0.0329	0.0777	0.0731	0.0793	0.0329	0.1196	0.0955	0.1196	0.0991	0.0697	0.0613	0.0697	0.0631
chr2R	10103328	10103557	chr2R:10103329-10103557	FBgn0262407	mir-308	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0666	0.0636	0.0832	0.0518	0.0318	0.0767	0.0874	0.064	0.0318	0.1087	0.0852	0.1087	0.0899	0.0605	0.0535	0.0605	0.0646
chr2R	10103561	10103796	chr2R:10103562-10103796	FBgn0033912,FBgn0262407	RpS23,mir-308	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0851	0.0808	0.0996	0.0739	0.0435	0.1039	0.0934	0.0953	0.0435	0.1341	0.1013	0.1341	0.1162	0.0873	0.0767	0.0873	0.0954
chr2R	10104024	10104206	chr2R:10104025-10104206	FBgn0033912	RpS23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.159	0.1393	0.1949	0.1416	0.0912	0.1675	0.1661	0.1579	0.0912	0.2524	0.218	0.2524	0.1782	0.16	0.1489	0.16	0.1657
chr2R	10104495	10104690	chr2R:10104496-10104690	FBgn0033912	RpS23	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1377	0.1149	0.1678	0.1302	0.0859	0.1383	0.1406	0.1213	0.0859	0.2023	0.1807	0.2023	0.1782	0.1248	0.1277	0.1248	0.186
chr2R	10105285	10105455	chr2R:10105286-10105455	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0422	0.0378	0.044	0.0451	0.0223	0.0432	0.0601	0.03	0.0223	0.0356	0.0354	0.0356	0.1084	0.0329	0.0277	0.0329	0.1094
chr2R	10106644	10106883	chr2R:10106645-10106883	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0863	0.043	0.0964	0.1235	0.0117	0.0607	0.0554	0.04	0.0117	0.0839	0.0965	0.0839	0.2107	0.1616	0.1986	0.1616	0.1647
chr2R	10106972	10107161	chr2R:10106973-10107161	FBgn0033913	CG8468	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1058	0.0515	0.1159	0.1555	0.0159	0.084	0.0523	0.0546	0.0159	0.1516	0.1129	0.1516	0.2037	0.2075	0.2121	0.2075	0.2262
chr2R	10107235	10107461	chr2R:10107236-10107461	FBgn0033913	CG8468	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1833	0.1234	0.2216	0.2082	0.0806	0.1903	0.1194	0.1213	0.0806	0.337	0.2212	0.337	0.3184	0.3002	0.2495	0.3002	0.3189
chr2R	10107687	10107889	chr2R:10107688-10107889	FBgn0033913	CG8468	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0752	0.0386	0.09	0.1	0.0191	0.0612	0.045	0.0326	0.0191	0.1467	0.0759	0.1467	0.1495	0.1654	0.1051	0.1654	0.1454
chr2R	10108201	10108352	chr2R:10108202-10108352	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0348	0.0174	0.04	0.0485	0.0032	0.0214	0.0234	0.018	0.0032	0.0175	0.0691	0.0175	0.0403	0.0413	0.1206	0.0413	0.0401
chr2R	10110538	10110690	chr2R:10110539-10110690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0214	0.0416	0.0377	0.0042	0.0354	0.0234	0.018	0.0042	0.0435	0.0315	0.0435	0.1046	0.0322	0.0181	0.0322	0.0917
chr2R	10110723	10110874	chr2R:10110724-10110874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0286	0.0177	0.0338	0.0352	0.0053	0.0277	0.019	0.0173	0.0053	0.0411	0.0257	0.0411	0.0782	0.0429	0.0174	0.0429	0.0771
chr2R	10111780	10112016	chr2R:10111781-10112016	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0659	0.0503	0.0859	0.0613	0.0159	0.1126	0.0346	0.0386	0.0159	0.1316	0.0826	0.1316	0.1325	0.1317	0.038	0.1317	0.0808
chr2R	10117255	10117848	chr2R:10117256-10117848	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0703	0.0591	0.0897	0.0616	0.0265	0.0748	0.0783	0.0613	0.0265	0.0568	0.0727	0.0568	0.2301	0.0391	0.0374	0.0391	0.1506
chr2R	10118612	10118778	chr2R:10118613-10118778	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0292	0.0351	0.0346	0.0167	0.0127	0.0354	0.035	0.066	0.0127	0.0217	0.0367	0.0217	0.0744	0.0084	0.0161	0.0084	0.0354
chr2R	10119878	10120137	chr2R:10119879-10120137	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0244	0.0423	0.024	0.0106	0.032	0.0264	0.0333	0.0106	0.0242	0.0605	0.0242	0.0643	0.0092	0.0374	0.0092	0.0386
chr2R	10122661	10122812	chr2R:10122662-10122812	FBgn0261276	opa1-like	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0423	0.0431	0.0477	0.0354	0.0233	0.0432	0.0463	0.0726	0.0233	0.0477	0.0476	0.0477	0.0627	0.0345	0.0303	0.0345	0.0422
chr2R	10122863	10123041	chr2R:10122864-10123041	FBgn0261276	opa1-like	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1171	0.1044	0.1372	0.1092	0.0679	0.1252	0.1021	0.1586	0.0679	0.1624	0.1489	0.1624	0.1433	0.121	0.0961	0.121	0.1454
chr2R	10123075	10123241	chr2R:10123076-10123241	FBgn0261276	opa1-like	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0952	0.084	0.1102	0.0914	0.0604	0.1049	0.0835	0.1153	0.0604	0.1347	0.1129	0.1347	0.1263	0.1026	0.0838	0.1026	0.1199
chr2R	10126858	10127055	chr2R:10126859-10127055	FBgn0033915,FBgn0033916	CG8485,CG8494	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1159	0.1128	0.1451	0.0873	0.0732	0.1359	0.1146	0.1646	0.0732	0.2138	0.1437	0.2138	0.1348	0.0804	0.0845	0.0804	0.0896
chr2R	10127095	10127276	chr2R:10127096-10127276	FBgn0033915,FBgn0033916	CG8485,CG8494	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1536	0.136	0.1919	0.1312	0.088	0.1738	0.1419	0.1779	0.088	0.2633	0.2058	0.2633	0.1789	0.1286	0.1386	0.1286	0.1548
chr2R	10127322	10127524	chr2R:10127323-10127524	FBgn0033915,FBgn0033916	CG8485,CG8494	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1231	0.1066	0.151	0.111	0.088	0.1345	0.1189	0.1226	0.088	0.1981	0.163	0.1981	0.1464	0.1126	0.1257	0.1126	0.1443
chr2R	10127547	10127788	chr2R:10127548-10127788	FBgn0033915,FBgn0033916	CG8485,CG8494	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0856	0.0861	0.1004	0.0689	0.0562	0.1029	0.1034	0.0986	0.0562	0.1226	0.1051	0.1226	0.103	0.0773	0.0735	0.0773	0.0907
chr2R	10127826	10128044	chr2R:10127827-10128044	FBgn0033916	CG8494	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.0672	0.0576	0.032	0.0435	0.0752	0.0908	0.0706	0.0435	0.0767	0.0595	0.0767	0.0527	0.0368	0.0322	0.0368	0.0354
chr2R	10131176	10131368	chr2R:10131177-10131368	FBgn0033917	CG8503	stage11,stage14	none	CG8503	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0561	0.0427	0.0702	0.0557	0.0127	0.0748	0.045	0.0426	0.0127	0.224	0.0302	0.224	0.038	0.2098	0.0251	0.2098	0.0297
chr2R	10135331	10135482	chr2R:10135332-10135482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0174	0.0208	0.0155	0.0064	0.0194	0.0221	0.0227	0.0064	0.0205	0.0196	0.0205	0.0403	0.0138	0.0116	0.0138	0.0302
chr2R	10143243	10143413	chr2R:10143244-10143413	FBgn0001220	Hsc70-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1008	0.0759	0.1315	0.095	0.0392	0.1131	0.0623	0.1106	0.0392	0.1673	0.135	0.1673	0.1456	0.1095	0.0948	0.1095	0.1214
chr2R	10143490	10143661	chr2R:10143491-10143661	FBgn0001220,FBgn0033918	CG8531,Hsc70-5	stage11,stage14,stage5	none	CG8531_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1889	0.1437	0.2426	0.1803	0.0827	0.2049	0.1151	0.2099	0.0827	0.3146	0.263	0.3146	0.2424	0.2205	0.1767	0.2205	0.223
chr2R	10143878	10144078	chr2R:10143879-10144078	FBgn0001220,FBgn0033918	CG8531,Hsc70-5	stage11,stage14,stage5	none	CG8531_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1734	0.1432	0.2117	0.165	0.0891	0.1971	0.1311	0.1932	0.0891	0.2585	0.2315	0.2585	0.2215	0.1876	0.1805	0.1876	0.2038
chr2R	10146164	10146361	chr2R:10146165-10146361	FBgn0027538	beta4GalNAcTA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0361	0.0642	0.0453	0.0138	0.0461	0.0394	0.0466	0.0138	0.0731	0.0691	0.0731	0.0713	0.0536	0.0393	0.0536	0.0631
chr2R	10146428	10146615	chr2R:10146429-10146615	FBgn0027538	beta4GalNAcTA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0842	0.0618	0.1067	0.0845	0.035	0.0825	0.0619	0.0813	0.035	0.1184	0.1125	0.1184	0.1309	0.0957	0.0832	0.0957	0.112
chr2R	10146663	10146814	chr2R:10146664-10146814	FBgn0027538	beta4GalNAcTA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0402	0.0305	0.0516	0.0386	0.0191	0.033	0.0394	0.0346	0.0191	0.0568	0.0563	0.0568	0.0596	0.0444	0.0329	0.0444	0.0625
chr2R	10154768	10154972	chr2R:10154769-10154972	FBgn0033919	CG8547	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0483	0.0309	0.0624	0.0522	0.0074	0.0495	0.0311	0.034	0.0074	0.1129	0.0656	0.1129	0.0496	0.0827	0.0883	0.0827	0.0469
chr2R	10155174	10155479	chr2R:10155175-10155479	FBgn0033919	CG8547	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0973	0.0497	0.1209	0.1246	0.0201	0.0811	0.048	0.0513	0.0201	0.1667	0.1331	0.1667	0.1123	0.1248	0.2199	0.1248	0.1699
chr2R	10157783	10157952	chr2R:10157784-10157952	FBgn0261269,FBgn0261270	SelD,conv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2137	0.176	0.2683	0.1961	0.1156	0.2248	0.1838	0.2272	0.1156	0.3255	0.2939	0.3255	0.244	0.2067	0.2224	0.2067	0.2256
chr2R	10158098	10158268	chr2R:10158099-10158268	FBgn0261269,FBgn0261270	SelD,conv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2106	0.1847	0.2614	0.1837	0.1124	0.2345	0.1912	0.2558	0.1124	0.3031	0.2981	0.3031	0.2339	0.2029	0.2102	0.2029	0.2095
chr2R	10158387	10158658	chr2R:10158388-10158658	FBgn0261269,FBgn0261270	SelD,conv	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1019	0.0925	0.1334	0.0778	0.0573	0.1131	0.0934	0.1332	0.0573	0.1443	0.1685	0.1443	0.1154	0.062	0.1309	0.062	0.0808
chr2R	10158687	10158838	chr2R:10158688-10158838	FBgn0261269	conv	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0406	0.0541	0.0265	0.0276	0.0442	0.0411	0.0613	0.0276	0.0598	0.072	0.0598	0.0457	0.0176	0.0554	0.0176	0.024
chr2R	10162814	10163118	chr2R:10162815-10163118	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0782	0.0855	0.081	0.0671	0.0541	0.0932	0.0848	0.1372	0.0541	0.087	0.1116	0.087	0.0627	0.0452	0.0593	0.0452	0.0479
chr2R	10163363	10163514	chr2R:10163364-10163514	FBgn0263397	Ih	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0131	0.011	0.0155	0.0064	0.0175	0.0151	0.0147	0.0064	0.006	0.0148	0.006	0.0124	0.0038	0.0058	0.0038	0.0083
chr2R	10164229	10164380	chr2R:10164230-10164380	FBgn0263397	Ih	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0112	0.0082	0.0127	0.0053	0.0087	0.0186	0.0133	0.0053	0.0048	0.0103	0.0048	0.0108	8e-04	0.0084	8e-04	0.0036
chr2R	10164554	10164705	chr2R:10164555-10164705	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0182	0.0105	0.015	0.0117	0.0165	0.0277	0.0207	0.0117	0.0091	0.0132	0.0091	0.0077	0.0038	0.0058	0.0038	0.0078
chr2R	10168285	10168436	chr2R:10168286-10168436	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0166	0.0123	0.0156	0.0021	0.0141	0.0277	0.02	0.0021	0.0115	0.0122	0.0115	0.0225	0.0069	0.011	0.0069	0.0318
chr2R	10171871	10172135	chr2R:10171872-10172135	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0187	0.0245	0.0411	0.0085	0.0214	0.0285	0.0173	0.0085	0.0151	0.0238	0.0151	0.0573	0.0475	0.0297	0.0475	0.0672
chr2R	10175527	10175682	chr2R:10175528-10175682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0136	0.0192	0.023	0.0064	0.0117	0.0221	0.0153	0.0064	0.0121	0.0334	0.0121	0.0147	0.0092	0.0574	0.0092	0.0266
chr2R	10178745	10178896	chr2R:10178746-10178896	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0165	0.0333	0.01	0.005	0.0106	0.0209	0.0324	0.0846	0.0106	0.0103	0.0135	0.0103	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0042
chr2R	10189844	10190017	chr2R:10189845-10190017	FBgn0033921	tej	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0492	0.0392	0.0333	0.018	0.0466	0.0688	0.0613	0.018	0.0296	0.0505	0.0296	0.0511	0.0168	0.0509	0.0168	0.05
chr2R	10190255	10190444	chr2R:10190256-10190444	FBgn0033921	tej	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1387	0.1343	0.1525	0.1283	0.0848	0.1432	0.16	0.1779	0.0848	0.1196	0.1981	0.1196	0.1882	0.1462	0.1515	0.1462	0.1584
chr2R	10194765	10194916	chr2R:10194766-10194916	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1471	0.1644	0.1786	0.0932	0.1029	0.151	0.1804	0.2718	0.1029	0.1111	0.2817	0.1111	0.1642	0.0429	0.1908	0.0429	0.099
chr2R	10194946	10195167	chr2R:10194947-10195167	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2132	0.2485	0.2398	0.1444	0.2068	0.2383	0.2816	0.3458	0.2068	0.1993	0.3457	0.1993	0.2339	0.0773	0.2895	0.0773	0.1537
chr2R	10195527	10195799	chr2R:10195528-10195799	FBgn0085408	Shroom	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2196	0.2579	0.2604	0.1322	0.2291	0.2549	0.308	0.3311	0.2291	0.2035	0.3836	0.2035	0.2719	0.0972	0.285	0.0972	0.1475
chr2R	10196135	10196286	chr2R:10196136-10196286	FBgn0085408	Shroom	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0299	0.0409	0.0299	0.018	0.0233	0.0402	0.0426	0.018	0.0151	0.072	0.0151	0.0395	0.0145	0.0845	0.0145	0.0276
chr2R	10197248	10197399	chr2R:10197249-10197399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.0236	0.0274	0.0173	0.0212	0.0218	0.0238	0.0413	0.0212	0.0115	0.0277	0.0115	0.0782	0.0092	0.0226	0.0092	0.0323
chr2R	10197918	10198183	chr2R:10197919-10198183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0384	0.0523	0.0372	0.0241	0.0488	0.0471	0.0606	0.0759	0.0488	0.0145	0.036	0.0145	0.1061	0.0077	0.0284	0.0077	0.0511
chr2R	10198990	10199342	chr2R:10198991-10199342	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0824	0.2008	0.0293	0.0085	0.21	0.1252	0.2716	0.2798	0.21	0.0193	0.0489	0.0193	0.0155	0.0046	0.0148	0.0046	0.0094
chr2R	10200028	10200259	chr2R:10200029-10200259	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1077	0.2473	0.0506	0.0145	0.2694	0.1573	0.3374	0.3378	0.2694	0.0115	0.1	0.0115	0.031	0.0054	0.0322	0.0054	0.0141
chr2R	10201786	10201937	chr2R:10201787-10201937	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.038	0.0491	0.0459	0.017	0.017	0.0558	0.061	0.0626	0.017	0.0229	0.0711	0.0229	0.062	0.0069	0.0426	0.0069	0.0156
chr2R	10202013	10202208	chr2R:10202014-10202208	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0619	0.0791	0.0728	0.0305	0.0467	0.082	0.0965	0.1066	0.0467	0.0332	0.1132	0.0332	0.0937	0.0145	0.0812	0.0145	0.0266
chr2R	10203323	10203474	chr2R:10203324-10203474	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0192	0.0203	0.0191	0.0085	0.0194	0.0242	0.028	0.0085	0.0115	0.0383	0.0115	0.0116	0.0153	0.0516	0.0153	0.0115
chr2R	10204116	10204332	chr2R:10204117-10204332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0258	0.0214	0.0293	0.0267	0.017	0.0199	0.0268	0.0293	0.017	0.0133	0.0441	0.0133	0.0387	0.0145	0.0535	0.0145	0.0328
chr2R	10204437	10204597	chr2R:10204438-10204597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0191	0.0284	0.028	0.0085	0.017	0.0272	0.0247	0.0085	0.0133	0.0498	0.0133	0.0271	0.013	0.0606	0.013	0.0349
chr2R	10206379	10206530	chr2R:10206380-10206530	distal	distal	stage14	stage14	VT16604.1	VT16604.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0125	0.019	0.0194	0.0053	0.0112	0.0208	0.0133	0.0053	0.0103	0.0338	0.0103	0.0194	0.0084	0.0522	0.0084	0.0151
chr2R	10210099	10210250	chr2R:10210100-10210250	distal	distal	stage5	stage5	VT16606.1	VT16606.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0175	0.0184	0.0159	0.0184	0.0148	0.0102	0.0264	0.0333	0.0148	0.0115	0.0199	0.0115	0.0232	0.0061	0.0135	0.0061	0.0479
chr2R	10212082	10212233	chr2R:10212083-10212233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0172	0.0277	0.0132	0.01	0.0148	0.0184	0.0376	0.0473	0.0148	0.0091	0.0193	0.0091	0.0139	0.0054	0.0206	0.0054	0.0109
chr2R	10219622	10219926	chr2R:10219623-10219926	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1756	0.1454	0.2061	0.1757	0.0912	0.1811	0.1181	0.2438	0.0912	0.186	0.2727	0.186	0.1936	0.219	0.2315	0.219	0.1845
chr2R	10220198	10220454	chr2R:10220199-10220454	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0624	0.0687	0.0734	0.0433	0.0392	0.0675	0.0571	0.1432	0.0392	0.0368	0.1087	0.0368	0.0596	0.0322	0.0741	0.0322	0.0318
chr2R	10221406	10221635	chr2R:10221407-10221635	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.065	0.1001	0.0599	0.0315	0.0594	0.0699	0.0908	0.2239	0.0594	0.0175	0.0994	0.0175	0.0163	0.0123	0.029	0.0123	0.0141
chr2R	10221685	10221933	chr2R:10221686-10221933	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.079	0.0937	0.0896	0.051	0.0329	0.0879	0.0614	0.2372	0.0329	0.0199	0.1408	0.0199	0.0186	0.0061	0.0329	0.0061	0.0104
chr2R	10223421	10223572	chr2R:10223422-10223572	distal	distal	none	none	VT16613.1	VT16613.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0171	0.0156	0.0182	0.0106	0.0136	0.0203	0.026	0.0106	0.0048	0.0277	0.0048	0.0147	0.01	0.0458	0.01	0.0146
chr2R	10224425	10224619	chr2R:10224426-10224619	distal	distal	none	none	VT16613.1	VT16613.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0307	0.0241	0.0335	0.035	0.0127	0.0218	0.0264	0.0393	0.0127	0.0181	0.0444	0.0181	0.055	0.0505	0.0445	0.0505	0.0443
chr2R	10228844	10228995	chr2R:10228845-10228995	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0181	0.0218	0.0165	0.0156	0.0074	0.0209	0.0221	0.044	0.0074	0.0211	0.018	0.0211	0.0139	0.0429	0.0142	0.0429	0.0089
chr2R	10231365	10231516	chr2R:10231366-10231516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0128	0.0217	0.0103	0.0057	0.0117	0.0146	0.0212	0.048	0.0117	0.0103	0.0154	0.0103	0.0054	0.0054	0.0097	0.0054	0.0057
chr2R	10233924	10234077	chr2R:10233925-10234077	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0218	0.0197	0.022	0.0241	0.0074	0.0209	0.0199	0.0366	0.0074	0.0066	0.0431	0.0066	0.0132	0.0145	0.0761	0.0145	0.0115
chr2R	10234330	10234504	chr2R:10234331-10234504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0231	0.0297	0.0294	0.0095	0.0301	0.0208	0.0406	0.0095	0.0127	0.0585	0.0127	0.0147	0.0046	0.1038	0.0046	0.0104
chr2R	10234607	10234758	chr2R:10234608-10234758	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0198	0.0203	0.0221	0.0167	0.0064	0.0218	0.0199	0.0373	0.0064	0.0079	0.0415	0.0079	0.0116	0.0046	0.0561	0.0046	0.0073
chr2R	10235751	10235902	chr2R:10235752-10235902	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0179	0.0126	0.0169	0.0127	0.0136	0.0268	0.0253	0.0127	0.006	0.0209	0.006	0.0116	0.0038	0.0587	0.0038	0.0057
chr2R	10238956	10239209	chr2R:10238957-10239209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0495	0.0556	0.0558	0.0358	0.0212	0.0587	0.0649	0.0806	0.0212	0.0568	0.074	0.0568	0.0511	0.0345	0.0458	0.0345	0.0526
chr2R	10239281	10239457	chr2R:10239282-10239457	FBgn0033924	CG8613	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0766	0.0675	0.0907	0.0712	0.0361	0.0786	0.0753	0.0986	0.0361	0.1105	0.1058	0.1105	0.103	0.0881	0.0825	0.0881	0.11
chr2R	10239644	10239869	chr2R:10239645-10239869	FBgn0033924	CG8613	stage11,stage14,stage5	none	VT16623.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.1283	0.118	0.1476	0.1185	0.0732	0.1306	0.1302	0.1726	0.0732	0.1781	0.1695	0.1781	0.1557	0.1309	0.1412	0.1309	0.1699
chr2R	10239925	10240076	chr2R:10239926-10240076	FBgn0033924	CG8613	stage11,stage14,stage5	none	VT16623.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0623	0.0623	0.0721	0.0515	0.0382	0.0636	0.0714	0.0913	0.0382	0.0857	0.0849	0.0857	0.0736	0.0513	0.0645	0.0513	0.0771
chr2R	10244685	10244882	chr2R:10244686-10244882	FBgn0033925	CG8617	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1088	0.1039	0.122	0.0998	0.0594	0.1267	0.1181	0.1319	0.0594	0.1443	0.1428	0.1443	0.1332	0.1103	0.1064	0.1103	0.1277
chr2R	10245069	10245220	chr2R:10245070-10245220	FBgn0033925	CG8617	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0313	0.0268	0.0262	0.0138	0.0359	0.0368	0.04	0.0138	0.0266	0.0354	0.0266	0.0294	0.0214	0.029	0.0214	0.0349
chr2R	10249365	10249516	chr2R:10249366-10249516	FBgn0033927,FBgn0033928	Arc2,CR10102	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0169	0.0075	0.0148	0.0295	0.0032	0.0092	0.0095	0.0087	0.0032	0.0127	0.0161	0.0127	0.0263	0.0291	0.0322	0.0291	0.0323
chr2R	10249941	10250268	chr2R:10249942-10250268	FBgn0033928,FBgn0033929	Arc2,Tfb1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0551	0.067	0.0503	0.0339	0.068	0.0631	0.066	0.0339	0.0809	0.0698	0.0809	0.0775	0.0467	0.0658	0.0467	0.061
chr2R	10250416	10250626	chr2R:10250417-10250626	FBgn0033929	Tfb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1498	0.1478	0.1753	0.1239	0.1124	0.1869	0.1648	0.1719	0.1124	0.2138	0.1952	0.2138	0.1859	0.1256	0.1418	0.1256	0.1464
chr2R	10250782	10250991	chr2R:10250783-10250991	FBgn0033929	Tfb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0641	0.068	0.04	0.0403	0.0714	0.0856	0.074	0.0403	0.0857	0.0775	0.0857	0.0643	0.0482	0.0426	0.0482	0.0443
chr2R	10252836	10252994	chr2R:10252837-10252994	FBgn0085213	CG34184	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0404	0.0216	0.01	0.035	0.0301	0.0657	0.0373	0.035	0.0211	0.0273	0.0211	0.0217	0.0115	0.0103	0.0115	0.0109
chr2R	10265464	10265615	chr2R:10265465-10265615	FBgn0033932	Dh44-R1	none	none	VT16645.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0062	0.0067	0.0037	0.0085	0.0032	0.0049	0.0151	0.0033	0.0032	0.003	0.0029	0.003	0.0054	0	0.0019	0	0.0021
chr2R	10297228	10297379	chr2R:10297229-10297379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0169	0.0279	0.0155	0.006	0.0148	0.0243	0.0502	0.022	0.0148	0.0205	0.0183	0.0205	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0083
chr2R	10298719	10298939	chr2R:10298720-10298939	FBgn0033934,FBgn0033935	CG17385,Sin1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0584	0.0543	0.0721	0.048	0.0414	0.0568	0.0683	0.064	0.0414	0.099	0.0746	0.099	0.0759	0.0505	0.0451	0.0505	0.0693
chr2R	10298961	10299171	chr2R:10298962-10299171	FBgn0033934,FBgn0033935	CG17385,Sin1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0869	0.0826	0.103	0.0741	0.0573	0.0898	0.093	0.1086	0.0573	0.131	0.1119	0.131	0.1053	0.0773	0.0677	0.0773	0.099
chr2R	10299242	10299433	chr2R:10299243-10299433	FBgn0033934,FBgn0033935	CG17385,Sin1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.0957	0.1283	0.088	0.0626	0.1121	0.1029	0.1339	0.0626	0.154	0.136	0.154	0.1325	0.0835	0.0948	0.0835	0.1068
chr2R	10304289	10304440	chr2R:10304290-10304440	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.013	0.0278	0.01	0.0032	0.0175	0.0173	0.0153	0.0032	0.0284	0.0489	0.0284	0.007	0.0084	0.0258	0.0084	0.0083
chr2R	10304566	10304717	chr2R:10304567-10304717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0138	0.0226	0.0078	0.0085	0.0107	0.0221	0.0167	0.0085	0.0175	0.0392	0.0175	0.0085	0.0031	0.0213	0.0031	0.0052
chr2R	10307322	10307739	chr2R:10307323-10307739	FBgn0033936	CG17386	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0525	0.0512	0.0533	0.0529	0.0308	0.0568	0.0662	0.0626	0.0308	0.0537	0.0646	0.0537	0.0651	0.0444	0.0916	0.0444	0.0631
chr2R	10308241	10308392	chr2R:10308242-10308392	FBgn0033936	CG17386	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0151	0.0152	0.0174	0.0064	0.0141	0.0281	0.0127	0.0064	0.0097	0.0206	0.0097	0.017	0.0123	0.0477	0.0123	0.0099
chr2R	10314568	10314753	chr2R:10314569-10314753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.083	0.085	0.1011	0.061	0.0573	0.0869	0.1068	0.1173	0.0573	0.1256	0.1113	0.1256	0.0883	0.0689	0.0716	0.0689	0.0683
chr2R	10316794	10316949	chr2R:10316795-10316949	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0762	0.1249	0.0824	0.015	0.105	0.0864	0.1881	0.1512	0.105	0.0417	0.1412	0.0417	0.0217	0.0023	0.0335	0.0023	0.0104
chr2R	10317057	10317339	chr2R:10317058-10317339	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1815	0.144	0.033	0.14	0.1641	0.2491	0.2258	0.14	0.0803	0.2219	0.0803	0.0658	0.0123	0.0638	0.0123	0.0229
chr2R	10317682	10317833	chr2R:10317683-10317833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0574	0.0806	0.0633	0.0249	0.0732	0.0655	0.1198	0.0939	0.0732	0.0411	0.0682	0.0411	0.031	0.0107	0.0284	0.0107	0.0167
chr2R	10318276	10318926	chr2R:10318277-10318926	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	phyl_1126bp_CRM	phyl_1126bp_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2143	0.3921	0.185	0.0478	0.3786	0.3228	0.5099	0.4917	0.3786	0.2917	0.2019	0.2917	0.0503	0.0276	0.0529	0.0276	0.0292
chr2R	10319126	10319368	chr2R:10319127-10319368	FBgn0013725	phyl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.091	0.1259	0.0934	0.0494	0.0891	0.1039	0.1838	0.1492	0.0891	0.1304	0.0849	0.1304	0.0442	0.0138	0.0277	0.0138	0.0214
chr2R	10319696	10319986	chr2R:10319697-10319986	FBgn0013725	phyl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2097	0.2564	0.2492	0.1143	0.2174	0.2709	0.2937	0.3278	0.2174	0.3502	0.2627	0.3502	0.1077	0.0636	0.0774	0.0636	0.0542
chr2R	10320124	10320308	chr2R:10320125-10320308	FBgn0013725	phyl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.088	0.086	0.1173	0.0582	0.0424	0.1063	0.1016	0.0999	0.0424	0.1564	0.1103	0.1564	0.0527	0.0268	0.0342	0.0268	0.0313
chr2R	10320784	10321176	chr2R:10320785-10321176	distal	distal	stage11	stage11	phyl	phyl	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1163	0.1155	0.1802	0.0469	0.0392	0.1694	0.1038	0.1672	0.0392	0.195	0.2878	0.195	0.0565	0.0337	0.109	0.0337	0.0276
chr2R	10321835	10322013	chr2R:10321836-10322013	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	phyl	phyl	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1695	0.1568	0.217	0.1315	0.1039	0.1816	0.183	0.1939	0.1039	0.2723	0.2482	0.2723	0.1797	0.1508	0.1554	0.1508	0.1579
chr2R	10322125	10322290	chr2R:10322126-10322290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0685	0.0611	0.0835	0.0603	0.0435	0.0757	0.0696	0.0666	0.0435	0.1135	0.0871	0.1135	0.0713	0.0681	0.0696	0.0681	0.075
chr2R	10323107	10323346	chr2R:10323108-10323346	FBgn0261613	Oaz	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0416	0.0181	0.0496	0.059	0.0042	0.018	0.0251	0.0273	0.0042	0.0284	0.027	0.0284	0.0147	0.0092	0.0129	0.0092	0.0172
chr2R	10325142	10325293	chr2R:10325143-10325293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0095	0.0127	0.0294	0.0042	0.0107	0.0164	0.0073	0.0042	0.0163	0.01	0.0163	0.0101	0.0161	0.0129	0.0161	0.0193
chr2R	10334301	10334452	chr2R:10334302-10334452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0202	0.017	0.0201	0.0074	0.0228	0.0251	0.024	0.0074	0.0157	0.018	0.0157	0.0186	0.0184	0.0193	0.0184	0.0276
chr2R	10335378	10335529	chr2R:10335379-10335529	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0264	0.0319	0.0321	0.0141	0.0138	0.0364	0.0381	0.0406	0.0138	0.0393	0.0395	0.0393	0.017	0.0176	0.0071	0.0176	0.0099
chr2R	10336515	10336666	chr2R:10336516-10336666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0213	0.0147	0.019	0.0311	0.0042	0.016	0.0182	0.0233	0.0042	0.0266	0.019	0.0266	0.0101	0.0145	0.0071	0.0145	0.0063
chr2R	10340150	10340442	chr2R:10340151-10340442	distal	distal	none	none	VT16681.1	VT16681.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0264	0.0212	0.0402	0.017	0.0053	0.0204	0.0285	0.0306	0.0053	0.0737	0.0457	0.0737	0.0101	0.0084	0.011	0.0084	0.0141
chr2R	10341460	10341779	chr2R:10341461-10341779	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT16682.1	VT16682.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0504	0.0679	0.0664	0.0132	0.0403	0.0451	0.0947	0.1093	0.0403	0.0344	0.1248	0.0344	0.0263	0.0046	0.029	0.0046	0.012
chr2R	10342562	10342720	chr2R:10342563-10342720	distal	distal	none	none	VT16682.1	VT16682.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0227	0.0422	0.0166	0.0075	0.0244	0.0422	0.0709	0.0326	0.0244	0.0205	0.0203	0.0205	0.0077	0.0054	0.0084	0.0054	0.0052
chr2R	10343731	10343910	chr2R:10343732-10343910	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0619	0.0708	0.0694	0.0436	0.0414	0.0786	0.0688	0.1206	0.0414	0.0556	0.0859	0.0556	0.0519	0.023	0.04	0.023	0.0172
chr2R	10345584	10346042	chr2R:10345585-10346042	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2563	0.1525	0.3602	0.2583	0.071	0.2437	0.0978	0.2318	0.071	0.3943	0.4547	0.3943	0.3548	0.2971	0.334	0.2971	0.2553
chr2R	10364401	10364559	chr2R:10364402-10364559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0196	0.0254	0.013	0.0074	0.0228	0.0238	0.0227	0.0074	0.0211	0.0219	0.0211	0.0132	0.0031	0.0045	0.0031	0.0047
chr2R	10365170	10365361	chr2R:10365171-10365361	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0868	0.087	0.1122	0.0586	0.053	0.1155	0.074	0.1292	0.053	0.1655	0.1338	0.1655	0.0829	0.111	0.0864	0.111	0.0474
chr2R	10368236	10368437	chr2R:10368237-10368437	FBgn0001332	L	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1856	0.1768	0.2118	0.1667	0.1241	0.2024	0.2132	0.2085	0.1241	0.2512	0.2334	0.2512	0.2029	0.1654	0.1779	0.1654	0.1912
chr2R	10368568	10368781	chr2R:10368569-10368781	FBgn0001332	L	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.257	0.2532	0.2921	0.2225	0.1877	0.2913	0.2911	0.3038	0.1877	0.3527	0.3199	0.3527	0.2843	0.2297	0.2463	0.2297	0.2621
chr2R	10369335	10369520	chr2R:10369336-10369520	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1893	0.1715	0.2437	0.1496	0.1092	0.2252	0.1657	0.2325	0.1092	0.3092	0.2723	0.3092	0.2409	0.2182	0.1219	0.2182	0.1751
chr2R	10369721	10370020	chr2R:10369722-10370020	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2329	0.24	0.3044	0.1465	0.1686	0.3248	0.2007	0.3424	0.1686	0.3961	0.3611	0.3961	0.2773	0.2366	0.1489	0.2366	0.1735
chr2R	10372420	10372711	chr2R:10372421-10372711	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.095	0.0354	0.1079	0.1475	0.017	0.0505	0.0394	0.04	0.017	0.0574	0.1746	0.0574	0.0906	0.16	0.2682	0.16	0.1558
chr2R	10373960	10374111	chr2R:10373961-10374111	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0398	0.032	0.0391	0.0492	0.0138	0.0413	0.0441	0.0253	0.0138	0.0266	0.0434	0.0266	0.0736	0.0245	0.058	0.0245	0.0985
chr2R	10375134	10375543	chr2R:10375135-10375543	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0699	0.0702	0.0784	0.0602	0.0392	0.0728	0.099	0.0773	0.0392	0.0616	0.0666	0.0616	0.0868	0.0352	0.049	0.0352	0.0709
chr2R	10375642	10375795	chr2R:10375643-10375795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0352	0.0279	0.0447	0.0329	0.0148	0.034	0.0385	0.0286	0.0148	0.0254	0.0277	0.0254	0.0465	0.0145	0.0251	0.0145	0.0349
chr2R	10375874	10376025	chr2R:10375875-10376025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0337	0.0259	0.0421	0.033	0.0106	0.033	0.0363	0.026	0.0106	0.0326	0.0289	0.0326	0.0682	0.023	0.0329	0.023	0.05
chr2R	10376256	10376721	chr2R:10376257-10376721	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0672	0.0475	0.0819	0.0732	0.0191	0.0689	0.0593	0.044	0.0191	0.0507	0.0675	0.0507	0.2084	0.059	0.0761	0.059	0.1371
chr2R	10377241	10377404	chr2R:10377242-10377404	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0304	0.014	0.0315	0.0475	0.0042	0.0248	0.0138	0.0147	0.0042	0.0103	0.0322	0.0103	0.0883	0.0161	0.0741	0.0161	0.0933
chr2R	10377856	10378032	chr2R:10377857-10378032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0189	0.0326	0.0337	0.0074	0.0189	0.0281	0.0247	0.0074	0.0163	0.0521	0.0163	0.0294	0.0069	0.0883	0.0069	0.0328
chr2R	10378416	10378567	chr2R:10378417-10378567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0241	0.0136	0.0273	0.0323	0.0042	0.0155	0.0134	0.0233	0.0042	0.0193	0.0334	0.0193	0.0403	0.0199	0.0535	0.0199	0.0495
chr2R	10378570	10378721	chr2R:10378571-10378721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0121	0.0249	0.0259	0.0042	0.0146	0.0138	0.0173	0.0042	0.0121	0.0331	0.0121	0.0387	0.0184	0.0426	0.0184	0.0391
chr2R	10380083	10380305	chr2R:10380084-10380305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0441	0.0341	0.0191	0.0244	0.0379	0.0666	0.0553	0.0244	0.0217	0.0373	0.0217	0.0411	0.0161	0.0213	0.0161	0.0297
chr2R	10380399	10380550	chr2R:10380400-10380550	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0259	0.0202	0.0113	0.0191	0.0209	0.042	0.028	0.0191	0.0151	0.0199	0.0151	0.0256	0.0092	0.0129	0.0092	0.0156
chr2R	10380980	10381265	chr2R:10380981-10381265	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.032	0.0454	0.0296	0.0196	0.0265	0.0374	0.0662	0.0566	0.0265	0.026	0.0305	0.026	0.048	0.0161	0.0251	0.0161	0.0307
chr2R	10382312	10382483	chr2R:10382313-10382483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0249	0.033	0.017	0.0085	0.0267	0.0329	0.032	0.0085	0.0236	0.0273	0.0236	0.079	0.0153	0.009	0.0153	0.0328
chr2R	10390667	10390818	chr2R:10390668-10390818	FBgn0024698	Cpsf160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.0578	0.0779	0.059	0.0403	0.0675	0.0653	0.0766	0.0403	0.0827	0.0936	0.0827	0.0736	0.0674	0.0606	0.0674	0.074
chr2R	10390907	10391081	chr2R:10390908-10391081	FBgn0024698,FBgn0261823	Asx,Cpsf160	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1437	0.1341	0.1676	0.1283	0.0997	0.1684	0.1401	0.1686	0.0997	0.2029	0.19	0.2029	0.1603	0.134	0.1367	0.134	0.1475
chr2R	10391326	10391524	chr2R:10391327-10391524	FBgn0024698,FBgn0261823	Asx,Cpsf160	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1946	0.1701	0.241	0.171	0.1145	0.2146	0.1912	0.2099	0.1145	0.3031	0.2579	0.3031	0.2316	0.1861	0.1876	0.1861	0.1923
chr2R	10391626	10391817	chr2R:10391627-10391817	FBgn0261823	Asx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2165	0.1771	0.2698	0.2021	0.1156	0.2277	0.1847	0.2325	0.1156	0.3406	0.3035	0.3406	0.2548	0.2021	0.2186	0.2021	0.2501
chr2R	10391860	10392043	chr2R:10391861-10392043	FBgn0261823	Asx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1759	0.1447	0.2204	0.1618	0.0806	0.1927	0.1484	0.1945	0.0806	0.288	0.2524	0.288	0.1921	0.1524	0.1805	0.1524	0.2064
chr2R	10392142	10392316	chr2R:10392143-10392316	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1195	0.0986	0.1409	0.1195	0.0679	0.1218	0.1081	0.1246	0.0679	0.1848	0.1659	0.1848	0.1208	0.1156	0.1257	0.1156	0.1688
chr2R	10392640	10392791	chr2R:10392641-10392791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0261	0.0236	0.025	0.0302	0.0148	0.0282	0.0316	0.0233	0.0148	0.029	0.0283	0.029	0.0256	0.026	0.0226	0.026	0.0657
chr2R	10396651	10396802	chr2R:10396652-10396802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0411	0.0214	0.0145	0.0308	0.0272	0.0792	0.0313	0.0308	0.026	0.0235	0.026	0.0139	0.0138	0.02	0.0138	0.0182
chr2R	10398581	10398732	chr2R:10398582-10398732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0288	0.0183	0.0128	0.0159	0.0233	0.0437	0.0406	0.0159	0.0205	0.0232	0.0205	0.0178	0.0115	0.0161	0.0115	0.0172
chr2R	10398858	10399009	chr2R:10398859-10399009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0275	0.0173	0.0124	0.017	0.0194	0.042	0.038	0.017	0.0199	0.0212	0.0199	0.0163	0.0092	0.0148	0.0092	0.0151
chr2R	10400252	10400460	chr2R:10400253-10400460	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0456	0.0363	0.017	0.0265	0.0466	0.0601	0.0593	0.0265	0.0411	0.0428	0.0411	0.0294	0.013	0.0181	0.013	0.0188
chr2R	10400506	10400657	chr2R:10400507-10400657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.028	0.0241	0.0134	0.017	0.0301	0.0346	0.0366	0.017	0.0266	0.0283	0.0266	0.0256	0.0123	0.009	0.0123	0.0198
chr2R	10400720	10400871	chr2R:10400721-10400871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0275	0.0221	0.015	0.0148	0.0262	0.0368	0.038	0.0148	0.0193	0.0299	0.0193	0.0201	0.0138	0.0148	0.0138	0.0193
chr2R	10401630	10401781	chr2R:10401631-10401781	FBgn0050197	CG30197	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0118	0.0084	0.0169	0.0032	0.015	0.0147	0.0147	0.0032	0.0066	0.0071	0.0066	0.0139	0.0054	0.0103	0.0054	0.0068
chr2R	10405925	10406076	chr2R:10405926-10406076	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.029	0.0156	0.0114	0.0212	0.0262	0.0424	0.03	0.0212	0.0217	0.0158	0.0217	0.0139	0.0161	0.0123	0.0161	0.0073
chr2R	10413580	10413809	chr2R:10413581-10413809	FBgn0020245	ttv	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.098	0.0789	0.1096	0.1065	0.0509	0.0951	0.0926	0.0959	0.0509	0.131	0.1286	0.131	0.0999	0.1049	0.0993	0.1049	0.0922
chr2R	10413967	10414154	chr2R:10413968-10414154	FBgn0020245	ttv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1593	0.124	0.1947	0.16	0.0944	0.1437	0.1289	0.1639	0.0944	0.2373	0.2167	0.2373	0.1936	0.1822	0.1605	0.1822	0.185
chr2R	10414437	10414635	chr2R:10414438-10414635	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1262	0.0993	0.1579	0.1214	0.0488	0.1364	0.0973	0.1326	0.0488	0.2023	0.1826	0.2023	0.1402	0.1248	0.1296	0.1248	0.1454
chr2R	10414731	10414955	chr2R:10414732-10414955	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0379	0.052	0.0395	0.0201	0.0437	0.048	0.044	0.0201	0.0719	0.0614	0.0719	0.0318	0.0398	0.0471	0.0398	0.0412
chr2R	10420619	10420770	chr2R:10420620-10420770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0152	0.0121	0.0196	0.0053	0.018	0.0212	0.0173	0.0053	0.0199	0.0096	0.0199	0.0039	0.0069	0.0071	0.0069	0.0099
chr2R	10430921	10431191	chr2R:10430922-10431191	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0275	0.0206	0.0338	0.0284	0.0191	0.0228	0.0272	0.0193	0.0191	0.0223	0.0299	0.0223	0.0937	0.0061	0.0387	0.0061	0.0594
chr2R	10434576	10434727	chr2R:10434577-10434727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.0189	0.0188	0.0166	0.0117	0.0238	0.0255	0.0173	0.0117	0.0248	0.0228	0.0248	0.0178	0.026	0.0161	0.026	0.0172
chr2R	10453478	10453629	chr2R:10453479-10453629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0085	0.0099	0.0107	0.0064	0.0058	0.0143	0.0107	0.0064	0.0079	0.0068	0.0079	0.0046	0.0054	0	0.0054	0.0047
chr2R	10457120	10457271	chr2R:10457121-10457271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0202	0.0166	0.018	0.0267	0.0106	0.0146	0.0225	0.0227	0.0106	0.0115	0.0212	0.0115	0.0325	0.0314	0.0529	0.0314	0.0287
chr2R	10462099	10462250	chr2R:10462100-10462250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0205	0.0112	0.0145	0.0375	0.0042	0.0117	0.0138	0.0153	0.0042	0.0091	0.018	0.0091	0.0232	0.0329	0.0683	0.0329	0.0375
chr2R	10462596	10462747	chr2R:10462597-10462747	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0173	0.0092	0.0143	0.0297	0.0021	0.0097	0.0108	0.0167	0.0021	0.0115	0.0174	0.0115	0.0217	0.026	0.0671	0.026	0.0224
chr2R	10463346	10463540	chr2R:10463347-10463540	FBgn0010397	LamC	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0428	0.0145	0.0292	0.0895	0.0064	0.0238	0.0164	0.012	0.0064	0.0175	0.0376	0.0175	0.0496	0.1685	0.1483	0.1685	0.0714
chr2R	10463675	10463826	chr2R:10463676-10463826	FBgn0010397	LamC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0096	0.0141	0.045	0.0053	0.015	0.0104	0.0093	0.0053	0.0121	0.0183	0.0121	0.0201	0.0835	0.0613	0.0835	0.0438
chr2R	10464106	10464306	chr2R:10464107-10464306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0184	0.015	0.0407	0.0127	0.0165	0.0285	0.0173	0.0127	0.0133	0.0167	0.0133	0.0209	0.0521	0.04	0.0521	0.0485
chr2R	10464427	10464683	chr2R:10464428-10464683	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0232	0.0278	0.0795	0.0138	0.0311	0.029	0.0247	0.0138	0.0242	0.0315	0.0242	0.038	0.1279	0.078	0.1279	0.1063
chr2R	10479079	10479324	chr2R:10479080-10479324	FBgn0033943	CG12869	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.047	0.0327	0.0516	0.0579	0.0148	0.0393	0.0411	0.0386	0.0148	0.0537	0.0534	0.0537	0.0465	0.0498	0.0419	0.0498	0.0698
chr2R	10479670	10479822	chr2R:10479671-10479822	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0221	0.0188	0.0246	0.0231	0.0042	0.0184	0.0277	0.0253	0.0042	0.0211	0.028	0.0211	0.0163	0.0184	0.0322	0.0184	0.0271
chr2R	10488386	10488587	chr2R:10488387-10488587	FBgn0019938,FBgn0050077	RpI1,blos1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0838	0.0748	0.1074	0.0681	0.0414	0.0883	0.0874	0.1019	0.0414	0.1558	0.1113	0.1558	0.1084	0.0781	0.0709	0.0781	0.087
chr2R	10488656	10488832	chr2R:10488657-10488832	FBgn0019938,FBgn0050077	RpI1,blos1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1277	0.122	0.1566	0.1025	0.0583	0.1359	0.1453	0.1726	0.0583	0.215	0.1691	0.215	0.1596	0.1263	0.1051	0.1263	0.123
chr2R	10488937	10489299	chr2R:10488938-10489299	FBgn0019938,FBgn0050077	RpI1,blos1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0918	0.0992	0.109	0.0646	0.0477	0.1078	0.1276	0.1259	0.0477	0.131	0.128	0.131	0.1015	0.0842	0.0658	0.0842	0.0766
chr2R	10491473	10491932	chr2R:10491474-10491932	FBgn0003742	tra2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.164	0.1534	0.1962	0.1405	0.0817	0.1961	0.167	0.1945	0.0817	0.2458	0.2109	0.2458	0.1944	0.1485	0.1509	0.1485	0.1683
chr2R	10492074	10492561	chr2R:10492075-10492561	FBgn0003742,FBgn0033945	CG12868,tra2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0911	0.0688	0.0981	0.1083	0.0329	0.0922	0.0748	0.0859	0.0329	0.1087	0.109	0.1087	0.11	0.108	0.1238	0.108	0.1344
chr2R	10492803	10492993	chr2R:10492804-10492993	FBgn0033945	CG12868	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0496	0.0239	0.0404	0.0883	0.0138	0.0286	0.029	0.0273	0.0138	0.0308	0.0479	0.0308	0.0589	0.0766	0.0903	0.0766	0.1225
chr2R	10505525	10505802	chr2R:10505526-10505802	FBgn0010638,FBgn0026427	Sec61beta,Su(var)2-HP2	stage11,stage5	none	Sec61beta_Sec61beta_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1486	0.1544	0.1708	0.1177	0.1273	0.1636	0.1912	0.1839	0.1273	0.195	0.1939	0.195	0.1665	0.0896	0.1264	0.0896	0.1516
chr2R	10506176	10506395	chr2R:10506177-10506395	FBgn0010638	Sec61beta	stage11,stage14,stage5	none	Sec61beta_Sec61beta_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1774	0.159	0.2146	0.1571	0.1082	0.1786	0.1881	0.1939	0.1082	0.2524	0.2395	0.2524	0.2285	0.1623	0.1528	0.1623	0.1949
chr2R	10506451	10506972	chr2R:10506452-10506972	FBgn0010638	Sec61beta	stage11,stage14,stage5	none	Sec61beta_Sec61beta_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1579	0.1474	0.1881	0.1366	0.1029	0.1587	0.1972	0.1599	0.1029	0.186	0.227	0.186	0.2022	0.1225	0.1663	0.1225	0.1912
chr2R	10507624	10507775	chr2R:10507625-10507775	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0661	0.0574	0.0324	0.0424	0.066	0.0887	0.0833	0.0424	0.0543	0.0723	0.0543	0.0565	0.0276	0.0426	0.0276	0.0479
chr2R	10508469	10508620	chr2R:10508470-10508620	FBgn0033948,FBgn0083123	CG12863,Uhg5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0718	0.0791	0.0794	0.0553	0.0647	0.0694	0.1176	0.0819	0.0647	0.0954	0.0878	0.0954	0.0775	0.0567	0.0542	0.0567	0.0724
chr2R	10508672	10508880	chr2R:10508673-10508880	FBgn0033948,FBgn0082951,FBgn0083123	CG12863,Uhg5,snoRNA:Me18S-C1366	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0951	0.0958	0.1032	0.0854	0.071	0.1078	0.1194	0.1059	0.071	0.1341	0.1	0.1341	0.127	0.0881	0.0883	0.0881	0.1146
chr2R	10509013	10509229	chr2R:10509014-10509229	FBgn0033948,FBgn0082940,FBgn0082951,FBgn0083123	CG12863,Uhg5,snoRNA:Me18S-C1366,snoRNA:Me28S-C3227a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2113	0.2066	0.2385	0.1869	0.1654	0.2291	0.2431	0.2432	0.1654	0.3285	0.2428	0.3285	0.2293	0.2175	0.1812	0.2175	0.2256
chr2R	10509395	10509612	chr2R:10509396-10509612	FBgn0082926,FBgn0082939,FBgn0082940,FBgn0082951,FBgn0083123	Uhg5,snoRNA:Me18S-C1366,snoRNA:Me28S-C3227a,snoRNA:Me28S-C3227b,snoRNA:Me28S-U1848	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1585	0.1533	0.1808	0.1398	0.1177	0.1922	0.1704	0.1832	0.1177	0.2409	0.1916	0.2409	0.1704	0.1708	0.1367	0.1708	0.1845
chr2R	10512112	10512284	chr2R:10512113-10512284	FBgn0082919	snoRNA:Or-CD4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1499	0.1345	0.1797	0.1345	0.0997	0.1471	0.1683	0.1579	0.0997	0.2228	0.1839	0.2228	0.206	0.1623	0.1315	0.1623	0.1704
chr2R	10512364	10512593	chr2R:10512365-10512593	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0985	0.089	0.1218	0.0834	0.0626	0.1092	0.1073	0.0939	0.0626	0.1691	0.1148	0.1691	0.1642	0.1248	0.0696	0.1248	0.1162
chr2R	10516180	10516551	chr2R:10516181-10516551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0186	0.0186	0.0142	0.0235	0.0074	0.016	0.0316	0.022	0.0074	0.0175	0.018	0.0175	0.0116	0.0176	0.0097	0.0176	0.0594
chr2R	10520279	10520502	chr2R:10520280-10520502	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0135	0.0253	0.0121	0.0032	0.0194	0.0177	0.0147	0.0032	0.0145	0.0453	0.0145	0.0124	0.0046	0.029	0.0046	0.0109
chr2R	10528450	10528637	chr2R:10528451-10528637	FBgn0033950	CG12862	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0295	0.0227	0.0371	0.0288	0.0085	0.0209	0.0368	0.0227	0.0085	0.038	0.0405	0.038	0.0364	0.0191	0.0168	0.0191	0.0188
chr2R	10532277	10532451	chr2R:10532278-10532451	FBgn0033951	CG10139	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1005	0.0815	0.128	0.0914	0.0647	0.0942	0.0878	0.1039	0.0647	0.1576	0.1389	0.1576	0.1294	0.1164	0.1077	0.1164	0.1209
chr2R	10532654	10532857	chr2R:10532655-10532857	FBgn0033951	CG10139	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.0963	0.1694	0.1409	0.0604	0.118	0.0943	0.1379	0.0604	0.2053	0.183	0.2053	0.1805	0.1623	0.1554	0.1623	0.1808
chr2R	10532948	10533192	chr2R:10532949-10533192	FBgn0033951	CG10139	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0465	0.0794	0.0567	0.017	0.0568	0.0562	0.0606	0.017	0.1014	0.0859	0.1014	0.0736	0.0704	0.0613	0.0704	0.0657
chr2R	10533194	10533345	chr2R:10533195-10533345	FBgn0033951	CG10139	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0219	0.0278	0.0146	0.0042	0.0286	0.0294	0.0227	0.0042	0.038	0.0289	0.038	0.024	0.013	0.0148	0.013	0.0188
chr2R	10535294	10535509	chr2R:10535295-10535509	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0244	0.0222	0.0203	0.0255	0.0257	0.0337	0.018	0.0255	0.0229	0.0196	0.0229	0.0163	0.0107	0.009	0.0107	0.0141
chr2R	10536162	10536313	chr2R:10536163-10536313	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0147	0.0145	0.0116	0.0064	0.0165	0.0216	0.0147	0.0064	0.0145	0.0154	0.0145	0.0085	0.0023	0.0039	0.0023	0.0073
chr2R	10569431	10569582	chr2R:10569432-10569582	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0052	0.0069	0.0095	0.0021	0.0019	0.0117	0.0047	0.0021	0.0066	0.009	0.0066	0.0062	0.0046	0.0032	0.0046	0.0042
chr2R	10586145	10586296	chr2R:10586146-10586296	distal	distal	none	none	VT16796.1	VT16796.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0062	0.0076	0.0191	0.0021	0.0063	0.0117	0.004	0.0021	0.006	0.0051	0.006	0.007	0.0084	0.0052	0.0084	0.0094
chr2R	10586662	10586813	chr2R:10586663-10586813	distal	distal	none	none	VT16796.1	VT16796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0081	0.0105	0.0281	0.0032	0.0058	0.016	0.006	0.0032	0.0085	0.008	0.0085	0.0116	0.0092	0.0058	0.0092	0.0135
chr2R	10591102	10591253	chr2R:10591103-10591253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0067	0.0048	0.0162	0.0021	0.0068	0.013	0.0053	0.0021	0.0042	0.0045	0.0042	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0042
chr2R	10592587	10592738	chr2R:10592588-10592738	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0052	0.0042	0.0103	0.0032	0.0019	0.0121	0.0033	0.0032	0.003	0.0023	0.003	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0052
chr2R	10593645	10593796	chr2R:10593646-10593796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0054	0.0057	0.0127	0.0011	0.0039	0.0125	0.002	0.0011	0.0048	0.0064	0.0048	0.0054	0.0123	0.0019	0.0123	0.0021
chr2R	10597086	10597237	chr2R:10597087-10597237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0093	0.0064	0.0086	0.0134	0.0042	0.0053	0.013	0.0033	0.0042	0.0048	0.0064	0.0048	0.0031	0.0046	0.0019	0.0046	0.0026
chr2R	10600999	10601257	chr2R:10601000-10601257	FBgn0020269	mspo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0904	0.0556	0.097	0.1221	0.0361	0.067	0.0502	0.0859	0.0361	0.099	0.1042	0.099	0.1294	0.2159	0.1006	0.2159	0.0839
chr2R	10601808	10601959	chr2R:10601809-10601959	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.015	0.0189	0.0249	0.0138	0.0155	0.0203	0.0133	0.0138	0.0181	0.017	0.0181	0.0232	0.0191	0.011	0.0191	0.0219
chr2R	10602004	10602155	chr2R:10602005-10602155	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0181	0.0195	0.0228	0.0074	0.016	0.0264	0.0207	0.0074	0.0211	0.018	0.0211	0.024	0.0191	0.0116	0.0191	0.0302
chr2R	10603351	10603553	chr2R:10603352-10603553	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0626	0.0565	0.0706	0.0606	0.0329	0.0583	0.0606	0.0893	0.0329	0.0749	0.0804	0.0749	0.0775	0.0911	0.0632	0.0911	0.0375
chr2R	10608525	10608676	chr2R:10608526-10608676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.009	0.0072	0.008	0.012	0.0042	0.0058	0.0134	0.004	0.0042	0.0103	0.0084	0.0103	0.0085	0.0329	0.0058	0.0329	0.0042
chr2R	10609024	10609175	chr2R:10609025-10609175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0095	0.0076	0.0104	0.0107	0.0053	0.0078	0.0138	0.004	0.0053	0.0175	0.008	0.0175	0.0116	0.0329	0.0045	0.0329	0.0073
chr2R	10609223	10609374	chr2R:10609224-10609374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0092	0.0082	0.0093	0.0103	0.0053	0.0092	0.0143	0.0033	0.0053	0.0181	0.0074	0.0181	0.0085	0.0329	0.0052	0.0329	0.0047
chr2R	10609588	10609739	chr2R:10609589-10609739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0087	0.011	0.0157	0.0053	0.0092	0.0125	0.01	0.0053	0.0187	0.0096	0.0187	0.0139	0.0429	0.0064	0.0429	0.0135
chr2R	10609922	10610073	chr2R:10609923-10610073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0124	0.0096	0.0117	0.0163	0.0042	0.0126	0.016	0.0067	0.0042	0.0248	0.0109	0.0248	0.0085	0.0567	0.0045	0.0567	0.0089
chr2R	10610326	10610477	chr2R:10610327-10610477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0107	0.0081	0.0085	0.0162	0.0032	0.0073	0.016	0.0053	0.0032	0.0139	0.0084	0.0139	0.007	0.0551	0.0058	0.0551	0.0089
chr2R	10623470	10623621	chr2R:10623471-10623621	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0055	0.0037	0.0106	0	0.0053	0.0112	0.0033	0	0.003	0.0032	0.003	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr2R	10632104	10632255	chr2R:10632105-10632255	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0101	0.0063	0.0156	0.0011	0.0107	0.0182	0.01	0.0011	0.0036	0.0077	0.0036	0.0046	0.0046	0.0064	0.0046	0.0052
chr2R	10632874	10633025	chr2R:10632875-10633025	FBgn0010388,FBgn0033958	CG12858,Dro	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0077	0.0091	0.0216	0.0032	0.0102	0.0121	0.0053	0.0032	0.0091	0.0084	0.0091	0.0062	0.0023	0.0084	0.0023	0.0052
chr2R	10634315	10634466	chr2R:10634316-10634466	FBgn0012042	AttA	none	none	AttA_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0088	0.0063	0.0187	0.0042	0.0087	0.0143	0.0073	0.0042	0.006	0.0061	0.006	0.0031	0.0046	0.0013	0.0046	0.0042
chr2R	10639434	10639585	chr2R:10639435-10639585	FBgn0050476	ave	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0605	0.0623	0.0706	0.0475	0.0329	0.068	0.0822	0.0746	0.0329	0.0785	0.0801	0.0785	0.0674	0.0467	0.0522	0.0467	0.0537
chr2R	10639737	10639978	chr2R:10639738-10639978	FBgn0028689,FBgn0050476	Rpn6,ave	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1913	0.1928	0.203	0.1767	0.1336	0.2325	0.2292	0.2225	0.1336	0.2307	0.2305	0.2307	0.1844	0.1953	0.1818	0.1953	0.1923
chr2R	10640141	10640321	chr2R:10640142-10640321	FBgn0028689,FBgn0050476	Rpn6,ave	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.094	0.0922	0.1088	0.0798	0.0604	0.0927	0.128	0.1046	0.0604	0.1256	0.118	0.1256	0.0999	0.0865	0.0806	0.0865	0.0875
chr2R	10643209	10643406	chr2R:10643210-10643406	FBgn0033960	CG10151	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0882	0.0819	0.0898	0.0934	0.0435	0.0689	0.122	0.1033	0.0435	0.0719	0.0797	0.0719	0.0728	0.0743	0.0419	0.0743	0.0417
chr2R	10643556	10643900	chr2R:10643557-10643900	FBgn0033960,FBgn0033961	CG10151,CG12859	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1566	0.1234	0.1914	0.1554	0.0679	0.1427	0.1471	0.1546	0.0679	0.195	0.2032	0.195	0.1929	0.1662	0.1425	0.1662	0.1449
chr2R	10643941	10644175	chr2R:10643942-10644175	FBgn0033960,FBgn0033961	CG10151,CG12859	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1264	0.1671	0.1237	0.0848	0.1427	0.1497	0.1559	0.0848	0.1902	0.1814	0.1902	0.1774	0.1455	0.1251	0.1455	0.1397
chr2R	10644193	10644447	chr2R:10644194-10644447	FBgn0033960,FBgn0033961	CG10151,CG12859	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1008	0.0977	0.1194	0.0838	0.0689	0.0961	0.1246	0.1266	0.0689	0.1377	0.1215	0.1377	0.1325	0.0865	0.0832	0.0865	0.1006
chr2R	10644793	10645022	chr2R:10644794-10645022	FBgn0033962	CG10153	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0669	0.0645	0.0408	0.0435	0.066	0.0956	0.0726	0.0435	0.0767	0.0711	0.0767	0.0589	0.0421	0.0387	0.0421	0.0568
chr2R	10645252	10645438	chr2R:10645253-10645438	FBgn0033962	CG10153	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1149	0.1079	0.1326	0.1033	0.0933	0.1083	0.1345	0.1346	0.0933	0.154	0.1492	0.154	0.1348	0.1164	0.1012	0.1164	0.1324
chr2R	10645458	10645659	chr2R:10645459-10645659	FBgn0033962	CG10153	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0751	0.0641	0.0876	0.0737	0.0329	0.0655	0.0761	0.0933	0.0329	0.1135	0.0929	0.1135	0.0899	0.0865	0.0748	0.0865	0.0948
chr2R	10645719	10645870	chr2R:10645720-10645870	FBgn0033962	CG10153	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0441	0.0393	0.0539	0.0389	0.0159	0.0359	0.0541	0.0526	0.0159	0.0622	0.063	0.0622	0.0534	0.0467	0.038	0.0467	0.0516
chr2R	10650543	10650694	chr2R:10650544-10650694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.022	0.0237	0.0292	0.0123	0.0117	0.0209	0.035	0.0293	0.0117	0.0236	0.0331	0.0236	0.031	0.013	0.0123	0.013	0.0141
chr2R	10651187	10651338	chr2R:10651188-10651338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0259	0.0317	0.0106	0.0106	0.0228	0.0411	0.028	0.0106	0.0368	0.0383	0.0368	0.0256	0.0084	0.011	0.0084	0.0141
chr2R	10653065	10653286	chr2R:10653066-10653286	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0609	0.0368	0.047	0.1033	0.0159	0.0422	0.0545	0.034	0.0159	0.0537	0.0431	0.0537	0.0697	0.0773	0.0729	0.0773	0.1313
chr2R	10653357	10653522	chr2R:10653358-10653522	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0585	0.0366	0.0426	0.1003	0.0191	0.0466	0.0506	0.032	0.0191	0.0483	0.0399	0.0483	0.0581	0.0957	0.0664	0.0957	0.1146
chr2R	10655991	10656142	chr2R:10655992-10656142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.0327	0.0549	0.071	0.0244	0.0388	0.0385	0.0393	0.0244	0.0628	0.0592	0.0628	0.0612	0.0819	0.0703	0.0819	0.0703
chr2R	10656227	10656801	chr2R:10656228-10656801	FBgn0020767	Spred	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2089	0.1569	0.2495	0.2224	0.0901	0.2102	0.1652	0.1919	0.0901	0.3043	0.2611	0.3043	0.2711	0.255	0.2276	0.255	0.2527
chr2R	10656843	10657030	chr2R:10656844-10657030	FBgn0020767	Spred	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1666	0.1508	0.1947	0.1533	0.0944	0.1908	0.1674	0.1752	0.0944	0.2403	0.2045	0.2403	0.2084	0.1792	0.1573	0.1792	0.1777
chr2R	10657230	10657381	chr2R:10657231-10657381	FBgn0020767	Spred	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.0471	0.0603	0.0494	0.0308	0.05	0.0675	0.0486	0.0308	0.0664	0.0666	0.0664	0.0573	0.0505	0.0503	0.0505	0.0573
chr2R	10657442	10657593	chr2R:10657443-10657593	FBgn0015602	BEAF-32	none	none	VT16836.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0523	0.0791	0.0524	0.0223	0.0597	0.0619	0.0726	0.0223	0.0876	0.0852	0.0876	0.0767	0.0605	0.0548	0.0605	0.061
chr2R	10657669	10657826	chr2R:10657670-10657826	FBgn0015602	BEAF-32	none	none	VT16836.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0677	0.0865	0.0599	0.0445	0.0714	0.0835	0.0879	0.0445	0.093	0.0968	0.093	0.0937	0.0643	0.0613	0.0643	0.0792
chr2R	10657890	10658066	chr2R:10657891-10658066	FBgn0015602	BEAF-32	stage11,stage14,stage5	none	VT16836.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1174	0.086	0.1527	0.1139	0.0488	0.1034	0.0926	0.1173	0.0488	0.1812	0.1756	0.1812	0.1379	0.1133	0.1212	0.1133	0.1402
chr2R	10658214	10658530	chr2R:10658215-10658530	FBgn0015602,FBgn0259112	BEAF-32,CG42254	stage11,stage14,stage5	none	VT16836.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1653	0.1049	0.2213	0.1711	0.0467	0.1393	0.1086	0.1479	0.0467	0.2965	0.2248	0.2965	0.22	0.1363	0.1921	0.1363	0.2314
chr2R	10658699	10658885	chr2R:10658700-10658885	FBgn0259112	CG42254	stage11,stage14,stage5	none	VT16836.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1527	0.1408	0.1689	0.1482	0.1071	0.1762	0.1453	0.1819	0.1071	0.2192	0.1772	0.2192	0.1634	0.1508	0.1702	0.1508	0.1829
chr2R	10658905	10659113	chr2R:10658906-10659113	FBgn0259112	CG42254	stage11,stage14,stage5	none	VT16836.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1034	0.0988	0.1259	0.084	0.0679	0.1131	0.1155	0.1259	0.0679	0.1564	0.1305	0.1564	0.1418	0.0796	0.0935	0.0796	0.1016
chr2R	10659124	10659335	chr2R:10659125-10659335	FBgn0259112	CG42254	stage11,stage5	none	VT16836.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1135	0.1088	0.1341	0.0961	0.0944	0.1184	0.1254	0.1332	0.0944	0.1739	0.1415	0.1739	0.1371	0.1126	0.089	0.1126	0.1146
chr2R	10659436	10659587	chr2R:10659437-10659587	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0439	0.0471	0.0543	0.0288	0.0191	0.0563	0.0597	0.0573	0.0191	0.0694	0.0511	0.0694	0.0496	0.0253	0.0251	0.0253	0.0302
chr2R	10664350	10664501	chr2R:10664351-10664501	distal	distal	none	none	kn_CMR276	kn_CMR276	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0141	0.0126	0.0201	0.0093	0.0021	0.017	0.0121	0.0207	0.0021	0.0302	0.0129	0.0302	0.0139	0.0031	0.0045	0.0031	0.0047
chr2R	10665408	10665625	chr2R:10665409-10665625	distal	distal	stage11	stage11	kn_CMR276	kn_CMR276	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.035	0.0253	0.0665	0.0111	0.0074	0.0393	0.0225	0.0346	0.0074	0.2095	0.0325	0.2095	0.0232	0.0077	0.0071	0.0077	0.012
chr2R	10667069	10667220	chr2R:10667070-10667220	distal	distal	stage14	stage14	VT16839.1	VT16839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0179	0.012	0.0222	0.0199	0.0053	0.0199	0.0138	0.0107	0.0053	0.0308	0.0164	0.0308	0.0232	0.0069	0.0032	0.0069	0.0104
chr2R	10667328	10667479	chr2R:10667329-10667479	distal	distal	stage14	stage14	VT16839.1	VT16839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0238	0.013	0.0287	0.0306	0.0011	0.017	0.0143	0.0193	0.0011	0.0368	0.0283	0.0368	0.0356	0.0115	0.0155	0.0115	0.0198
chr2R	10667682	10667906	chr2R:10667683-10667906	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT16839.1	VT16839.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.039	0.0229	0.0609	0.0329	0.0095	0.0374	0.0203	0.03	0.0095	0.0664	0.0717	0.0664	0.0844	0.0306	0.0445	0.0306	0.0245
chr2R	10673745	10673981	chr2R:10673746-10673981	distal	distal	stage14	stage14	VT16843.1	VT16843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0323	0.0196	0.0326	0.0462	0.0042	0.0262	0.0242	0.0247	0.0042	0.0459	0.0209	0.0459	0.0318	0.0123	0.0142	0.0123	0.0245
chr2R	10674083	10674340	chr2R:10674084-10674340	distal	distal	stage14	stage14	VT16843.1	VT16843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0454	0.0198	0.044	0.0756	0.0064	0.0243	0.0242	0.0273	0.0064	0.0598	0.028	0.0598	0.0341	0.0191	0.0142	0.0191	0.0328
chr2R	10675354	10675505	chr2R:10675355-10675505	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0157	0.0161	0.0206	0.01	0.0011	0.0267	0.0164	0.0187	0.0011	0.0109	0.0135	0.0109	0.048	0.0023	0.0084	0.0023	0.0052
chr2R	10675864	10676421	chr2R:10675865-10676421	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0706	0.069	0.0902	0.0507	0.0244	0.0845	0.058	0.1239	0.0244	0.0803	0.0572	0.0803	0.031	0.013	0.0161	0.013	0.0162
chr2R	10678135	10678286	chr2R:10678136-10678286	distal	distal	none	none	VT16846.1	VT16846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0211	0.0221	0.0216	0.0194	0.0064	0.0238	0.0355	0.0233	0.0064	0.0187	0.0212	0.0187	0.0256	0.0161	0.0097	0.0161	0.0334
chr2R	10678381	10678616	chr2R:10678382-10678616	distal	distal	none	none	VT16846.1	VT16846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0328	0.0391	0.0359	0.0223	0.0212	0.0417	0.0493	0.0506	0.0212	0.0332	0.0379	0.0332	0.0263	0.0184	0.0116	0.0184	0.0386
chr2R	10679013	10679164	chr2R:10679014-10679164	distal	distal	none	none	VT16846.1	VT16846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0173	0.0231	0.0107	0.0053	0.0121	0.0242	0.03	0.0053	0.0205	0.0183	0.0205	0.0085	0.0054	0.0039	0.0054	0.0042
chr2R	10679291	10679537	chr2R:10679292-10679537	distal	distal	none	none	VT16846.1	VT16846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.029	0.0236	0.0421	0.0207	0.0117	0.0228	0.0307	0.034	0.0117	0.035	0.0376	0.035	0.0209	0.0069	0.0064	0.0069	0.0109
chr2R	10680253	10680445	chr2R:10680254-10680445	distal	distal	none	none	VT16847.1	VT16847.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0271	0.0317	0.0357	0.0127	0.0233	0.0369	0.0281	0.052	0.0233	0.035	0.0395	0.035	0.0101	0.0069	0.0039	0.0069	0.0042
chr2R	10684667	10684818	chr2R:10684668-10684818	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0108	0.0175	0.0301	0.0021	0.0117	0.013	0.0193	0.0021	0.0193	0.017	0.0193	0.0132	0.0138	0.0071	0.0138	0.0125
chr2R	10686374	10686525	chr2R:10686375-10686525	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.086	0.053	0.1435	0.0597	0.0106	0.0791	0.0415	0.0839	0.0106	0.2162	0.1701	0.2162	0.0511	0.0551	0.06	0.0551	0.036
chr2R	10686601	10686826	chr2R:10686602-10686826	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2086	0.0986	0.3245	0.2043	0.0318	0.1641	0.064	0.1532	0.0318	0.4336	0.365	0.4336	0.2432	0.2511	0.1883	0.2511	0.1714
chr2R	10687049	10687247	chr2R:10687050-10687247	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16851.1	VT16851.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1548	0.1057	0.2127	0.1461	0.0371	0.1481	0.0982	0.1546	0.0371	0.2766	0.2209	0.2766	0.1913	0.1585	0.1457	0.1585	0.1501
chr2R	10687675	10687882	chr2R:10687676-10687882	distal	distal	stage5	stage5	VT16851.1,kn_2.6_0.9	VT16851.1,kn_2.6_0.9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0485	0.0946	0.0349	0.012	0.0764	0.0592	0.1241	0.1572	0.0764	0.0278	0.0367	0.0278	0.0217	0.01	0.0116	0.01	0.0099
chr2R	10688911	10689095	chr2R:10688912-10689095	distal	distal	none	none	VT16851.1,VT16852.1,kn_2.6_0.9	VT16851.1,VT16852.1,kn_2.6_0.9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0324	0.039	0.0472	0.0089	0.017	0.0641	0.0441	0.034	0.017	0.1383	0.0277	0.1383	0.0093	0.0069	0.0045	0.0069	0.0057
chr2R	10691148	10691299	chr2R:10691149-10691299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0224	0.0363	0.0143	0.0042	0.0272	0.0199	0.0406	0.0042	0.0465	0.0315	0.0465	0.0101	0.0031	0.0084	0.0031	0.0063
chr2R	10691647	10691933	chr2R:10691648-10691933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0285	0.0429	0.0278	0.0134	0.0265	0.033	0.058	0.068	0.0265	0.0266	0.0309	0.0266	0.0147	0.01	0.0129	0.01	0.0073
chr2R	10692528	10692679	chr2R:10692529-10692679	distal	distal	stage14	stage14	VT16854.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0065	0.0171	0.0111	0.0011	0.0063	0.0112	0.006	0.0011	0.0157	0.0109	0.0157	0.007	0.0038	6e-04	0.0038	0.0068
chr2R	10692768	10693045	chr2R:10692769-10693045	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT16854.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0179	0.0214	0.021	0.0074	0.0218	0.0268	0.0133	0.0074	0.0169	0.0141	0.0169	0.0101	0.0046	0.0064	0.0046	0.0047
chr2R	10695308	10695459	chr2R:10695309-10695459	FBgn0033968	CG10200	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0126	0.0147	0.0124	0.0032	0.0155	0.0186	0.0107	0.0032	0.0085	0.026	0.0085	0.007	0.0031	0.0432	0.0031	0.0031
chr2R	10695792	10695965	chr2R:10695793-10695965	FBgn0033968	CG10200	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0165	0.0225	0.0306	0.0074	0.0204	0.0221	0.0147	0.0074	0.0211	0.0334	0.0211	0.0132	0.0046	0.118	0.0046	0.0078
chr2R	10698061	10698212	chr2R:10698062-10698212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0146	0.0261	0.0103	0.0117	0.0126	0.0208	0.018	0.0117	0.0266	0.0312	0.0266	0.0108	0.0084	0.0071	0.0084	0.0052
chr2R	10702559	10702907	chr2R:10702560-10702907	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0556	0.0405	0.0164	0.0339	0.0519	0.0692	0.0786	0.0339	0.038	0.0322	0.038	0.0194	0.0084	0.0084	0.0084	0.0099
chr2R	10703630	10703839	chr2R:10703631-10703839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0327	0.0313	0.0438	0.022	0.0106	0.0471	0.035	0.0353	0.0106	0.0507	0.0318	0.0507	0.0093	0.0077	0.0058	0.0077	0.0047
chr2R	10704572	10704824	chr2R:10704573-10704824	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.056	0.0268	0.0117	0.0339	0.0495	0.0666	0.0826	0.0339	0.0205	0.0305	0.0205	0.0232	0.0107	0.009	0.0107	0.0073
chr2R	10704851	10705002	chr2R:10704852-10705002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0277	0.0187	0.0117	0.0127	0.0325	0.0359	0.032	0.0127	0.0217	0.018	0.0217	0.0124	0.0107	0.0039	0.0107	0.0083
chr2R	10716169	10716320	chr2R:10716170-10716320	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.014	0.0235	0.01	0.0011	0.018	0.0208	0.014	0.0011	0.0109	0.0437	0.0109	0.0093	0.0054	0.0232	0.0054	0.0042
chr2R	10716786	10716937	chr2R:10716787-10716937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0088	0.0104	0.0185	0.0021	0.0092	0.016	0.008	0.0021	0.0097	0.0116	0.0097	0.007	0.0092	0.0052	0.0092	0.0042
chr2R	10717951	10718102	chr2R:10717952-10718102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0112	0.0127	0.0099	0.0021	0.0092	0.0203	0.0107	0.0021	0.0115	0.0141	0.0115	0.0101	0.0031	0.0032	0.0031	0.0063
chr2R	10724803	10724954	chr2R:10724804-10724954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0093	0.0053	0.0077	0.0032	0.0083	0.0186	0.008	0.0032	0.0042	0.0048	0.0042	0.0031	0.0046	0.0039	0.0046	0.0016
chr2R	10725038	10725189	chr2R:10725039-10725189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0101	0.0074	0.0088	0.0021	0.0097	0.0177	0.0093	0.0021	0.0103	0.0071	0.0103	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0026
chr2R	10735543	10735737	chr2R:10735544-10735737	FBgn0033971	CG10209	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0857	0.0728	0.1024	0.0819	0.0424	0.0937	0.0766	0.0986	0.0424	0.1171	0.1113	0.1171	0.1255	0.098	0.0922	0.098	0.098
chr2R	10735786	10735974	chr2R:10735787-10735974	FBgn0033971	CG10209	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.0917	0.1208	0.0911	0.0573	0.1073	0.1003	0.1306	0.0573	0.1196	0.1437	0.1196	0.1402	0.0942	0.118	0.0942	0.11
chr2R	10739765	10740005	chr2R:10739766-10740005	FBgn0027783,FBgn0028434	Ercc1,SMC2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.072	0.0836	0.0542	0.0403	0.0854	0.0848	0.0913	0.0403	0.1027	0.0961	0.1027	0.0736	0.0651	0.0554	0.0651	0.0604
chr2R	10740078	10740252	chr2R:10740079-10740252	FBgn0027783,FBgn0028434	Ercc1,SMC2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1304	0.1176	0.157	0.1154	0.0774	0.1515	0.1259	0.1519	0.0774	0.1981	0.1756	0.1981	0.1425	0.1325	0.1238	0.1325	0.1438
chr2R	10740353	10740585	chr2R:10740354-10740585	FBgn0027783,FBgn0028434	Ercc1,SMC2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0737	0.0623	0.0892	0.0693	0.035	0.0825	0.0653	0.0839	0.035	0.1099	0.1006	0.1099	0.086	0.0735	0.0761	0.0735	0.0943
chr2R	10742449	10742633	chr2R:10742450-10742633	FBgn0033972,FBgn0033973	Ciao1,HPS1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0971	0.0764	0.1122	0.1037	0.0467	0.0903	0.0826	0.1073	0.0467	0.1335	0.1225	0.1335	0.1479	0.0995	0.1012	0.0995	0.1527
chr2R	10742822	10743021	chr2R:10742823-10743021	FBgn0033972,FBgn0033973	Ciao1,HPS1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1541	0.1271	0.1784	0.1576	0.1071	0.1485	0.1367	0.1639	0.1071	0.2264	0.1984	0.2264	0.1952	0.173	0.1779	0.173	0.2053
chr2R	10743109	10743260	chr2R:10743110-10743260	FBgn0033973	HPS1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0533	0.0376	0.0678	0.0549	0.0212	0.0485	0.0476	0.036	0.0212	0.0894	0.0781	0.0894	0.0728	0.0636	0.0613	0.0636	0.073
chr2R	10745997	10746235	chr2R:10745998-10746235	FBgn0053506	CG33506	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0877	0.1024	0.0845	0.0753	0.0903	0.1086	0.1086	0.0753	0.1184	0.127	0.1184	0.0991	0.1271	0.0703	0.1271	0.1063
chr2R	10747961	10748112	chr2R:10747962-10748112	FBgn0053505	U3-55K	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0594	0.0536	0.0741	0.0499	0.035	0.0631	0.061	0.064	0.035	0.0984	0.0855	0.0984	0.0767	0.0528	0.0406	0.0528	0.0714
chr2R	10748196	10748376	chr2R:10748197-10748376	FBgn0053505	U3-55K	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.124	0.1104	0.1453	0.1157	0.0626	0.1262	0.125	0.1492	0.0626	0.1812	0.1646	0.1812	0.1588	0.1233	0.1161	0.1233	0.1475
chr2R	10748518	10749031	chr2R:10748519-10749031	FBgn0053505	U3-55K	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0972	0.1037	0.1024	0.0841	0.0742	0.0995	0.1397	0.1252	0.0742	0.1117	0.1212	0.1117	0.1115	0.0758	0.0922	0.0758	0.1141
chr2R	10756710	10756861	chr2R:10756711-10756861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0532	0.0371	0.016	0.0361	0.0456	0.0826	0.0533	0.0361	0.0429	0.0402	0.0429	0.0356	0.013	0.0155	0.013	0.0234
chr2R	10757590	10757789	chr2R:10757591-10757789	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0718	0.0537	0.0253	0.0551	0.0675	0.1047	0.074	0.0551	0.0749	0.0556	0.0749	0.0496	0.0222	0.0329	0.0222	0.025
chr2R	10758022	10758205	chr2R:10758023-10758205	FBgn0022063	Pcf11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1812	0.1781	0.2076	0.1555	0.14	0.1947	0.208	0.2219	0.14	0.2476	0.2302	0.2476	0.2053	0.1708	0.1721	0.1708	0.1746
chr2R	10758265	10758433	chr2R:10758266-10758433	FBgn0022063	Pcf11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1217	0.1018	0.1495	0.1134	0.07	0.1102	0.1241	0.1259	0.07	0.189	0.1595	0.189	0.151	0.1149	0.1289	0.1149	0.1496
chr2R	10758487	10758676	chr2R:10758488-10758676	FBgn0022063	Pcf11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.1653	0.1973	0.1553	0.1262	0.1806	0.1959	0.1979	0.1262	0.2476	0.2177	0.2476	0.1774	0.1562	0.1625	0.1562	0.1939
chr2R	10758769	10758966	chr2R:10758770-10758966	FBgn0013773,FBgn0022063	Cyp6a22,Pcf11	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1051	0.0916	0.1208	0.103	0.0573	0.1015	0.1086	0.1126	0.0573	0.1389	0.1415	0.1389	0.1123	0.098	0.1206	0.098	0.1381
chr2R	10759066	10759373	chr2R:10759067-10759373	FBgn0013773,FBgn0022063	Cyp6a22,Pcf11	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0707	0.0629	0.0755	0.0742	0.0318	0.0738	0.0822	0.0706	0.0318	0.0803	0.0926	0.0803	0.0744	0.0727	0.0671	0.0727	0.1303
chr2R	10763237	10763425	chr2R:10763238-10763425	FBgn0033978	Cyp6a23	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0177	0.0251	0.0251	0.0053	0.0218	0.026	0.0173	0.0053	0.0193	0.0228	0.0193	0.0581	0.0115	0.0219	0.0115	0.0615
chr2R	10769579	10769730	chr2R:10769580-10769730	FBgn0033980	Cyp6a20	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0198	0.0157	0.0157	0.0117	0.0189	0.0316	0.018	0.0117	0.0157	0.0161	0.0157	0.0256	0.01	0.0219	0.01	0.0302
chr2R	10772220	10772458	chr2R:10772221-10772458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0254	0.0371	0.0497	0.0095	0.032	0.0346	0.024	0.0095	0.0308	0.0502	0.0308	0.048	0.0245	0.0761	0.0245	0.0917
chr2R	10772549	10772742	chr2R:10772550-10772742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0334	0.0495	0.048	0.0159	0.0398	0.035	0.048	0.0159	0.0489	0.0662	0.0489	0.0635	0.0551	0.0619	0.0551	0.0792
chr2R	10785785	10785966	chr2R:10785786-10785966	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0386	0.0234	0.0214	0.035	0.0325	0.0515	0.0453	0.035	0.0175	0.0206	0.0175	0.0581	0.0061	0.0161	0.0061	0.0558
chr2R	10786248	10786399	chr2R:10786249-10786399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0154	0.0174	0.0132	0.0156	0.0117	0.0165	0.0307	0.0133	0.0117	0.0115	0.0151	0.0115	0.0263	0.0077	0.009	0.0077	0.0396
chr2R	10786635	10786886	chr2R:10786636-10786886	FBgn0033982	Cyp317a1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.028	0.0361	0.0199	0.0277	0.0255	0.0243	0.0644	0.036	0.0255	0.0097	0.0219	0.0097	0.0426	0.013	0.0277	0.013	0.0636
chr2R	10791282	10791468	chr2R:10791283-10791468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0386	0.0222	0.0373	0.0585	0.0117	0.0257	0.0337	0.018	0.0117	0.0217	0.0473	0.0217	0.0542	0.0459	0.0716	0.0459	0.0698
chr2R	10795715	10795866	chr2R:10795716-10795866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0192	0.025	0.0153	0.0064	0.0204	0.0281	0.0193	0.0064	0.0127	0.0235	0.0127	0.0596	0.0092	0.0103	0.0092	0.0266
chr2R	10798962	10799153	chr2R:10798963-10799153	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0384	0.0424	0.056	0.0146	0.0265	0.0286	0.0666	0.058	0.0265	0.0181	0.1167	0.0181	0.017	0.0054	0.0464	0.0054	0.0083
chr2R	10799405	10799556	chr2R:10799406-10799556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0127	0.0138	0.0164	0.0074	0.0064	0.0092	0.0221	0.018	0.0064	0.0066	0.0325	0.0066	0.0093	0.0038	0.0174	0.0038	0.0068
chr2R	10799588	10799739	chr2R:10799589-10799739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0138	0.0185	0.0093	0.0064	0.0058	0.0264	0.014	0.0064	0.0079	0.0318	0.0079	0.0217	0.0046	0.0181	0.0046	0.012
chr2R	10799997	10800148	chr2R:10799998-10800148	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0172	0.0165	0.0197	0.0153	0.0074	0.0117	0.0311	0.014	0.0074	0.0103	0.0334	0.0103	0.0163	0.0077	0.0348	0.0077	0.0151
chr2R	10800546	10800706	chr2R:10800547-10800706	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0163	0.0345	0.0175	0.0095	0.0165	0.0251	0.0167	0.0095	0.0205	0.064	0.0205	0.0178	0.0153	0.0387	0.0153	0.0214
chr2R	10802893	10803089	chr2R:10802894-10803089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0191	0.0115	0.0226	0.024	0.0053	0.015	0.0169	0.01	0.0053	0.035	0.0232	0.035	0.0256	0.072	0.0161	0.072	0.0182
chr2R	10804847	10805046	chr2R:10804848-10805046	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.047	0.0194	0.056	0.0681	0.0074	0.0286	0.0229	0.0173	0.0074	0.035	0.0621	0.035	0.1309	0.0666	0.1077	0.0666	0.1042
chr2R	10805170	10805321	chr2R:10805171-10805321	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0318	0.0184	0.0376	0.0402	0.0074	0.0252	0.0199	0.0207	0.0074	0.0223	0.046	0.0223	0.0751	0.0184	0.0941	0.0184	0.0516
chr2R	10805529	10805724	chr2R:10805530-10805724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0261	0.0214	0.0322	0.0245	0.0064	0.0228	0.0333	0.0253	0.0064	0.0302	0.0383	0.0302	0.0519	0.0191	0.0464	0.0191	0.0302
chr2R	10806252	10806510	chr2R:10806253-10806510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0292	0.0184	0.036	0.0336	0.0074	0.0267	0.0238	0.0173	0.0074	0.0272	0.0405	0.0272	0.0682	0.0222	0.0445	0.0222	0.0667
chr2R	10806999	10807217	chr2R:10807000-10807217	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0482	0.0313	0.0605	0.0535	0.0095	0.0495	0.0385	0.026	0.0095	0.0876	0.0463	0.0876	0.1247	0.0743	0.049	0.0743	0.0995
chr2R	10813879	10814030	chr2R:10813880-10814030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0189	0.0289	0.0187	0.0079	0.0212	0.0218	0.0476	0.0293	0.0212	0.0139	0.0196	0.0139	0.0093	0.0054	0.011	0.0054	0.0104
chr2R	10815225	10815382	chr2R:10815226-10815382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.046	0.0471	0.0221	0.0255	0.033	0.0649	0.074	0.0255	0.0242	0.0871	0.0242	0.0209	0.0253	0.049	0.0253	0.0167
chr2R	10815611	10815960	chr2R:10815612-10815960	FBgn0027596	CG10249	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1909	0.217	0.2227	0.127	0.2291	0.1859	0.2314	0.3384	0.2291	0.1244	0.3929	0.1244	0.0922	0.1907	0.3005	0.1907	0.062
chr2R	10816679	10816896	chr2R:10816680-10816896	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.048	0.033	0.0118	0.0297	0.0364	0.0701	0.0666	0.0297	0.0181	0.0563	0.0181	0.0132	0.0092	0.0206	0.0092	0.0099
chr2R	10820309	10820460	chr2R:10820310-10820460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0148	0.0195	0.027	0.0074	0.0146	0.0229	0.014	0.0074	0.0175	0.0174	0.0175	0.0178	0.0176	0.0071	0.0176	0.0229
chr2R	10820760	10820925	chr2R:10820761-10820925	FBgn0040747	CG12853	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0301	0.0221	0.0261	0.0434	0.0117	0.0204	0.026	0.038	0.0117	0.0169	0.0167	0.0169	0.0209	0.0153	0.0155	0.0153	0.0271
chr2R	10821410	10821572	chr2R:10821411-10821572	FBgn0040747	CG12853	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0375	0.0268	0.0387	0.0482	0.0138	0.0301	0.0294	0.042	0.0138	0.0205	0.0251	0.0205	0.024	0.0084	0.0181	0.0084	0.0167
chr2R	10822631	10822782	chr2R:10822632-10822782	FBgn0033983,FBgn0033984	CG10253,Lap1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0358	0.0307	0.0428	0.034	0.0212	0.033	0.0415	0.0353	0.0212	0.0429	0.0511	0.0429	0.0426	0.023	0.0342	0.023	0.0354
chr2R	10822862	10823067	chr2R:10822863-10823067	FBgn0033983,FBgn0033984	CG10253,Lap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.0901	0.1442	0.1008	0.0636	0.1102	0.0939	0.1233	0.0636	0.1522	0.1723	0.1522	0.1332	0.0995	0.1032	0.0995	0.1167
chr2R	10823084	10823254	chr2R:10823085-10823254	FBgn0033984	Lap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1545	0.128	0.1962	0.1384	0.0764	0.1631	0.1315	0.1706	0.0764	0.2252	0.2305	0.2252	0.1859	0.1378	0.1554	0.1378	0.1641
chr2R	10823326	10823499	chr2R:10823327-10823499	FBgn0033984	Lap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.1013	0.1577	0.1199	0.0551	0.1311	0.1055	0.1346	0.0551	0.1981	0.1814	0.1981	0.1565	0.1401	0.1373	0.1401	0.1391
chr2R	10828851	10829002	chr2R:10828852-10829002	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0152	0.0151	0.0138	0.0169	0.0085	0.0155	0.0234	0.0167	0.0085	0.0103	0.0151	0.0103	0.0209	0.0054	0.0097	0.0054	0.0245
chr2R	10829188	10829339	chr2R:10829189-10829339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0121	0.0095	0.0141	0.0032	0.0141	0.019	0.0113	0.0032	0.006	0.0116	0.006	0.0101	0.0061	0.0097	0.0061	0.0162
chr2R	10834231	10834382	chr2R:10834232-10834382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.0268	0.0175	0.0089	0.018	0.016	0.0446	0.0333	0.018	0.0211	0.0199	0.0211	0.0209	0.0084	0.0103	0.0084	0.0109
chr2R	10834459	10834610	chr2R:10834460-10834610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0168	0.0272	0.0148	0.0072	0.0148	0.0184	0.0458	0.0326	0.0148	0.0193	0.0151	0.0193	0.0163	0.0038	0.009	0.0038	0.0094
chr2R	10835095	10835246	chr2R:10835096-10835246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0138	0.0207	0.0136	0.0063	0.0117	0.016	0.0389	0.0167	0.0117	0.0151	0.0174	0.0151	0.0101	0.0084	0.0032	0.0084	0.0099
chr2R	10837248	10837423	chr2R:10837249-10837423	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0408	0.0293	0.0443	0.05	0.0127	0.0417	0.0342	0.0306	0.0127	0.038	0.0328	0.038	0.117	0.0184	0.0206	0.0184	0.1381
chr2R	10837459	10837790	chr2R:10837460-10837790	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0516	0.038	0.0584	0.0593	0.0095	0.0524	0.0515	0.0366	0.0095	0.0489	0.0395	0.0489	0.1673	0.0276	0.0297	0.0276	0.1636
chr2R	10838448	10838599	chr2R:10838449-10838599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.015	0.0173	0.0195	0.0032	0.017	0.0203	0.0173	0.0032	0.0169	0.017	0.0169	0.0325	0.0069	0.0116	0.0069	0.0511
chr2R	10841892	10842267	chr2R:10841893-10842267	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0459	0.0588	0.0369	0.0414	0.0276	0.0558	0.0757	0.0866	0.0276	0.0356	0.0392	0.0356	0.0403	0.0375	0.0193	0.0375	0.0203
chr2R	10845898	10846049	chr2R:10845899-10846049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0309	0.0233	0.0307	0.0395	0.0127	0.0248	0.0277	0.0353	0.0127	0.0278	0.0347	0.0278	0.0372	0.0299	0.0213	0.0299	0.0328
chr2R	10846494	10846702	chr2R:10846495-10846702	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0621	0.0562	0.0584	0.0727	0.0297	0.0684	0.0631	0.0786	0.0297	0.0731	0.063	0.0731	0.0457	0.0597	0.0387	0.0597	0.0344
chr2R	10849664	10849828	chr2R:10849665-10849828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1074	0.109	0.1179	0.0941	0.0774	0.1209	0.1298	0.1406	0.0774	0.1075	0.1511	0.1075	0.1309	0.1041	0.1173	0.1041	0.1047
chr2R	10849954	10850142	chr2R:10849955-10850142	FBgn0261854	aPKC	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1428	0.1463	0.1645	0.115	0.0954	0.1607	0.1566	0.2165	0.0954	0.1486	0.2244	0.1486	0.141	0.0972	0.1741	0.0972	0.1209
chr2R	10850401	10850574	chr2R:10850402-10850574	FBgn0033987,FBgn0261854	aPKC,ckn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2167	0.2092	0.2486	0.1899	0.1601	0.2447	0.2327	0.2618	0.1601	0.2971	0.2804	0.2971	0.2332	0.2021	0.2173	0.2021	0.222
chr2R	10850698	10850885	chr2R:10850699-10850885	FBgn0033987,FBgn0261854	aPKC,ckn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2228	0.2135	0.2549	0.198	0.1718	0.2417	0.2517	0.2505	0.1718	0.3068	0.2904	0.3068	0.2324	0.1975	0.2121	0.1975	0.2345
chr2R	10851505	10851875	chr2R:10851506-10851875	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.184	0.1852	0.2274	0.1349	0.1283	0.2233	0.2145	0.2285	0.1283	0.3128	0.2543	0.3128	0.1735	0.1332	0.1457	0.1332	0.1443
chr2R	10851971	10852162	chr2R:10851972-10852162	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1671	0.1099	0.208	0.1862	0.0732	0.1519	0.1237	0.1219	0.0732	0.285	0.227	0.285	0.2409	0.1975	0.2192	0.1975	0.2371
chr2R	10852227	10852427	chr2R:10852228-10852427	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1779	0.0781	0.2393	0.2218	0.0403	0.1393	0.0675	0.0833	0.0403	0.3321	0.2605	0.3321	0.292	0.2366	0.2527	0.2366	0.2908
chr2R	10852993	10853336	chr2R:10852994-10853336	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0961	0.0687	0.1217	0.0987	0.0424	0.0786	0.0848	0.0859	0.0424	0.1582	0.1389	0.1582	0.1232	0.0544	0.1547	0.0544	0.0792
chr2R	10855058	10855333	chr2R:10855059-10855333	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0639	0.0606	0.0723	0.0585	0.0329	0.0646	0.08	0.0779	0.0329	0.0483	0.127	0.0483	0.0349	0.0237	0.1554	0.0237	0.0406
chr2R	10856048	10856250	chr2R:10856049-10856250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0497	0.0378	0.0542	0.0582	0.0212	0.0422	0.0562	0.0366	0.0212	0.0459	0.0588	0.0459	0.0612	0.0176	0.0509	0.0176	0.0604
chr2R	10856760	10856911	chr2R:10856761-10856911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0266	0.027	0.0244	0.0284	0.0148	0.0286	0.0355	0.036	0.0148	0.0217	0.0296	0.0217	0.0209	0.0145	0.0206	0.0145	0.0234
chr2R	10857037	10857188	chr2R:10857038-10857188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0271	0.0257	0.0261	0.0298	0.018	0.0257	0.035	0.0306	0.018	0.0181	0.0305	0.0181	0.0263	0.0092	0.0219	0.0092	0.0214
chr2R	10857613	10857854	chr2R:10857614-10857854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0473	0.0616	0.0424	0.0368	0.0286	0.0733	0.0817	0.0706	0.0286	0.0272	0.0328	0.0272	0.0372	0.0145	0.0239	0.0145	0.0391
chr2R	10858240	10858410	chr2R:10858241-10858410	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0312	0.0242	0.0203	0.0286	0.0272	0.0489	0.028	0.0286	0.0205	0.0183	0.0205	0.0225	0.0214	0.0142	0.0214	0.0193
chr2R	10858449	10858637	chr2R:10858450-10858637	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0455	0.0401	0.0444	0.0526	0.0308	0.0393	0.0644	0.0286	0.0308	0.0622	0.0363	0.0622	0.0511	0.0965	0.0284	0.0965	0.0584
chr2R	10858903	10859068	chr2R:10858904-10859068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0309	0.0288	0.0279	0.0366	0.017	0.033	0.0415	0.028	0.017	0.035	0.0299	0.035	0.0341	0.0812	0.0245	0.0812	0.0422
chr2R	10859109	10859384	chr2R:10859110-10859384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0332	0.0441	0.0316	0.0228	0.0191	0.0728	0.0532	0.0326	0.0191	0.0507	0.0312	0.0507	0.0279	0.0391	0.0232	0.0391	0.0234
chr2R	10860314	10860465	chr2R:10860315-10860465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0277	0.0348	0.0329	0.0141	0.0212	0.0364	0.0528	0.034	0.0212	0.0254	0.0331	0.0254	0.0627	0.0115	0.0142	0.0115	0.0193
chr2R	10862077	10862240	chr2R:10862078-10862240	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0436	0.0581	0.0395	0.032	0.0361	0.0524	0.0861	0.0706	0.0361	0.0314	0.0518	0.0314	0.048	0.0145	0.0696	0.0145	0.0401
chr2R	10863022	10863269	chr2R:10863023-10863269	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0553	0.0847	0.0552	0.0226	0.0679	0.0597	0.1146	0.1292	0.0679	0.0338	0.0923	0.0338	0.0418	0.0168	0.0445	0.0168	0.0214
chr2R	10863320	10863502	chr2R:10863321-10863502	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0695	0.0955	0.0766	0.0326	0.0636	0.0723	0.1302	0.1459	0.0636	0.0362	0.1386	0.0362	0.0534	0.0191	0.0812	0.0191	0.0245
chr2R	10863529	10863680	chr2R:10863530-10863680	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0639	0.0409	0.0217	0.0477	0.0563	0.0835	0.0846	0.0477	0.0308	0.0675	0.0308	0.0271	0.0123	0.0426	0.0123	0.0219
chr2R	10864317	10864597	chr2R:10864318-10864597	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0554	0.0403	0.0596	0.0678	0.0233	0.0427	0.0567	0.042	0.0233	0.0429	0.0643	0.0429	0.1162	0.0253	0.069	0.0253	0.1558
chr2R	10868394	10868567	chr2R:10868395-10868567	FBgn0033988	pcs	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1413	0.1382	0.1574	0.1271	0.0923	0.1592	0.1657	0.1659	0.0923	0.2023	0.1781	0.2023	0.1363	0.1263	0.1393	0.1263	0.1516
chr2R	10868656	10868861	chr2R:10868657-10868861	FBgn0033988	pcs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2197	0.2291	0.2421	0.1847	0.1866	0.2583	0.2712	0.2798	0.1866	0.2941	0.2759	0.2941	0.2324	0.1968	0.1915	0.1968	0.223
chr2R	10869327	10869580	chr2R:10869328-10869580	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1297	0.1841	0.1317	0.0668	0.1516	0.1675	0.2422	0.2372	0.1516	0.1757	0.1637	0.1757	0.0844	0.0919	0.0845	0.0919	0.0526
chr2R	10869824	10870161	chr2R:10869825-10870161	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1655	0.2567	0.1553	0.0748	0.2428	0.2257	0.317	0.3531	0.2428	0.2023	0.2167	0.2023	0.0976	0.1087	0.1161	0.1087	0.0657
chr2R	10870456	10870715	chr2R:10870457-10870715	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0876	0.1093	0.089	0.0618	0.0764	0.1136	0.1254	0.1572	0.0764	0.157	0.0981	0.157	0.0573	0.1462	0.0632	0.1462	0.0537
chr2R	10871814	10871981	chr2R:10871815-10871981	FBgn0050241	tRNA:CR30241	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0959	0.1155	0.102	0.0671	0.0976	0.1097	0.1613	0.1226	0.0976	0.1534	0.1042	0.1534	0.1317	0.0743	0.049	0.0743	0.1355
chr2R	10872185	10872336	chr2R:10872186-10872336	FBgn0050241	tRNA:CR30241	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0569	0.0609	0.0591	0.05	0.0276	0.0558	0.0952	0.07	0.0276	0.0634	0.0759	0.0634	0.0705	0.049	0.0522	0.049	0.0948
chr2R	10874268	10874499	chr2R:10874269-10874499	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0899	0.0803	0.1286	0.0582	0.0488	0.0893	0.0817	0.1366	0.0488	0.0761	0.2254	0.0761	0.0806	0.036	0.1721	0.036	0.0307
chr2R	10879270	10879421	chr2R:10879271-10879421	FBgn0033989	CG7639	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0571	0.0651	0.0619	0.0429	0.0371	0.0689	0.0848	0.0779	0.0371	0.0857	0.0691	0.0857	0.0573	0.0628	0.0413	0.0628	0.0542
chr2R	10879591	10880006	chr2R:10879592-10880006	FBgn0033989	CG7639	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1987	0.206	0.2246	0.162	0.1527	0.235	0.2379	0.2558	0.1527	0.2893	0.2444	0.2893	0.2277	0.2006	0.1734	0.2006	0.1834
chr2R	10880049	10880268	chr2R:10880050-10880268	FBgn0033989	CG7639	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.089	0.0998	0.1032	0.0613	0.0636	0.1083	0.1224	0.1339	0.0636	0.1298	0.1174	0.1298	0.0852	0.0735	0.0677	0.0735	0.0667
chr2R	10881010	10881206	chr2R:10881011-10881206	FBgn0033990	CG10265	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0685	0.0694	0.085	0.0494	0.0339	0.0757	0.0904	0.0873	0.0339	0.1153	0.0945	0.1153	0.0728	0.0459	0.0516	0.0459	0.0641
chr2R	10881271	10881461	chr2R:10881272-10881461	FBgn0033990	CG10265	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1083	0.1064	0.1263	0.0905	0.071	0.1243	0.1211	0.1412	0.071	0.1582	0.1405	0.1582	0.1185	0.1011	0.0948	0.1011	0.1172
chr2R	10888428	10888665	chr2R:10888429-10888665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.038	0.0274	0.0553	0.0308	0.0085	0.0495	0.0277	0.026	0.0085	0.1184	0.0524	0.1184	0.0325	0.0842	0.0251	0.0842	0.013
chr2R	10890240	10890532	chr2R:10890241-10890532	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0417	0.0753	0.0324	0.0143	0.0615	0.0228	0.1401	0.0919	0.0615	0.0211	0.0543	0.0211	0.0217	0.0107	0.0419	0.0107	0.0052
chr2R	10896607	10896835	chr2R:10896608-10896835	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0426	0.0462	0.0518	0.0285	0.0308	0.0374	0.0731	0.0493	0.0308	0.0229	0.0894	0.0229	0.017	0.0084	0.0548	0.0084	0.0089
chr2R	10898219	10898438	chr2R:10898220-10898438	FBgn0029082	hbs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2262	0.1727	0.2841	0.2224	0.0997	0.2301	0.1626	0.2425	0.0997	0.3732	0.3061	0.3732	0.2572	0.232	0.2366	0.232	0.2402
chr2R	10898738	10898951	chr2R:10898739-10898951	FBgn0029082	hbs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1848	0.1591	0.233	0.1606	0.0859	0.2209	0.1419	0.2272	0.0859	0.3074	0.2675	0.3074	0.1975	0.1485	0.1844	0.1485	0.1959
chr2R	10899117	10899331	chr2R:10899118-10899331	FBgn0029082	hbs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0665	0.0541	0.0915	0.0531	0.0255	0.0752	0.0575	0.0646	0.0255	0.1383	0.1064	0.1383	0.072	0.0482	0.0703	0.0482	0.0657
chr2R	10899481	10899632	chr2R:10899482-10899632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0289	0.0228	0.0423	0.0212	0.0095	0.0282	0.0234	0.03	0.0095	0.0743	0.0453	0.0743	0.0263	0.0222	0.029	0.0222	0.0208
chr2R	10913237	10913421	chr2R:10913238-10913421	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0487	0.0923	0.0372	0.0125	0.052	0.101	0.1138	0.1233	0.052	0.0634	0.0424	0.0634	0.0263	0.013	0.0193	0.013	0.0125
chr2R	10913796	10913947	chr2R:10913797-10913947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.03	0.0269	0.0116	0.017	0.0272	0.0394	0.0433	0.017	0.0314	0.0367	0.0314	0.017	0.0107	0.0168	0.0107	0.0099
chr2R	10915033	10915225	chr2R:10915034-10915225	distal	distal	stage11	stage11	VT16964.1	VT16964.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0553	0.0454	0.0882	0.0304	0.0064	0.0549	0.0355	0.0959	0.0064	0.0435	0.1672	0.0435	0.0473	0.0145	0.098	0.0145	0.012
chr2R	10915984	10916135	chr2R:10915985-10916135	distal	distal	stage14	stage14	VT16964.1	VT16964.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0172	0.0336	0.0221	0.0074	0.0199	0.0208	0.0247	0.0074	0.0278	0.0572	0.0278	0.0201	0.0115	0.0677	0.0115	0.012
chr2R	10917697	10917848	chr2R:10917698-10917848	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0371	0.0353	0.0481	0.027	0.017	0.0291	0.0376	0.072	0.017	0.0248	0.0965	0.0248	0.0108	0.0077	0.0935	0.0077	0.0099
chr2R	10920124	10920370	chr2R:10920125-10920370	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0569	0.0755	0.0706	0.021	0.0329	0.0786	0.0532	0.1686	0.0329	0.038	0.1328	0.038	0.0186	0.0145	0.0503	0.0145	0.0078
chr2R	10920415	10920612	chr2R:10920416-10920612	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0654	0.0905	0.0783	0.0231	0.0371	0.0845	0.0696	0.2052	0.0371	0.0495	0.145	0.0495	0.0163	0.013	0.0554	0.013	0.0078
chr2R	10921420	10921761	chr2R:10921421-10921761	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT16968.1	VT16968.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0814	0.121	0.0876	0.0302	0.0467	0.1311	0.074	0.2778	0.0467	0.0592	0.1598	0.0592	0.0248	0.013	0.0709	0.013	0.0172
chr2R	10922704	10922967	chr2R:10922705-10922967	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT16968.1	VT16968.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0625	0.0494	0.0849	0.0525	0.0339	0.0587	0.0545	0.066	0.0339	0.0658	0.1495	0.0658	0.0364	0.0567	0.1393	0.0567	0.0224
chr2R	10925279	10925430	chr2R:10925280-10925430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.0168	0.0274	0.0102	0.0053	0.0218	0.0208	0.0233	0.0053	0.026	0.0334	0.026	0.0225	0.0061	0.0181	0.0061	0.0083
chr2R	10928196	10928347	chr2R:10928197-10928347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0184	0.0274	0.0163	0.0095	0.0184	0.0238	0.0233	0.0095	0.0393	0.0383	0.0393	0.0085	0.0153	0.0432	0.0153	0.0073
chr2R	10928646	10928797	chr2R:10928647-10928797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0213	0.0239	0.015	0.0127	0.0252	0.0242	0.0286	0.0127	0.032	0.0341	0.032	0.0108	0.0214	0.0368	0.0214	0.0089
chr2R	10931371	10931553	chr2R:10931372-10931553	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0166	0.0146	0.0232	0.0116	0.0021	0.017	0.0147	0.0253	0.0021	0.0254	0.0367	0.0254	0.007	0.0092	0.0355	0.0092	0.0021
chr2R	10932942	10933093	chr2R:10932943-10933093	distal	distal	none	none	VT16973.1	VT16973.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0174	0.0127	0.0209	0.0188	0.0042	0.015	0.0186	0.0153	0.0042	0.0483	0.0183	0.0483	0.0108	0.0345	0.0116	0.0345	0.0313
chr2R	10933099	10933250	chr2R:10933100-10933250	distal	distal	none	none	VT16973.1	VT16973.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0155	0.0093	0.0206	0.0169	0.0021	0.0126	0.0134	0.0093	0.0021	0.0447	0.018	0.0447	0.0147	0.0398	0.0097	0.0398	0.0214
chr2R	10937136	10937681	chr2R:10937137-10937681	FBgn0263613	CR43622	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1415	0.1208	0.2185	0.0802	0.0265	0.2524	0.0458	0.1699	0.0265	0.4692	0.2502	0.4692	0.0674	0.1723	0.118	0.1723	0.0433
chr2R	10939849	10940000	chr2R:10939850-10940000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0181	0.0104	0.0086	0.0032	0.0199	0.0264	0.022	0.0032	0.0157	0.0122	0.0157	0.0062	0.0023	0.0058	0.0023	0.0042
chr2R	10941559	10941755	chr2R:10941560-10941755	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.031	0.0147	0.0386	0.0408	0.0032	0.0194	0.0186	0.0193	0.0032	0.0453	0.0505	0.0453	0.0372	0.0138	0.0967	0.0138	0.0438
chr2R	10941962	10942610	chr2R:10941963-10942610	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0664	0.045	0.0864	0.0684	0.0212	0.0636	0.0549	0.038	0.0212	0.1171	0.1177	0.1171	0.0651	0.0222	0.1509	0.0222	0.0672
chr2R	10945152	10945303	chr2R:10945153-10945303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0179	0.0248	0.0184	0.0097	0.018	0.0204	0.0467	0.0167	0.018	0.0362	0.0174	0.0362	0.0178	0.0084	0.0097	0.0084	0.0104
chr2R	10958891	10959042	chr2R:10958892-10959042	distal	distal	none	none	VT16988.1	VT16988.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0093	0.011	0.0116	0.0021	0.0087	0.016	0.0093	0.0021	0.0145	0.0093	0.0145	0.0085	0.0038	0.0039	0.0038	0.0057
chr2R	10959549	10959700	chr2R:10959550-10959700	distal	distal	none	none	VT16988.1	VT16988.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.008	0.007	0.0093	0.0021	0.0078	0.013	0.0087	0.0021	0.0115	0.0074	0.0115	0.0039	0.0054	0.0026	0.0054	0.0026
chr2R	10959788	10959939	chr2R:10959789-10959939	distal	distal	none	none	VT16988.1,VT16989.1	VT16988.1,VT16989.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0076	0.0066	0.0102	0.0021	0.0063	0.0134	0.0093	0.0021	0.0109	0.0061	0.0109	0.0039	0.0038	0.0045	0.0038	0.0031
chr2R	10960437	10960588	chr2R:10960438-10960588	distal	distal	stage14	stage14	VT16989.1	VT16989.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0086	0.0123	0.017	0.0032	0.0073	0.0151	0.008	0.0032	0.0211	0.0093	0.0211	0.0093	0.0084	0.0045	0.0084	0.0047
chr2R	10960853	10961004	chr2R:10960854-10961004	distal	distal	none	none	VT16989.1	VT16989.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0069	0.008	0.0111	0.0053	0.0049	0.0104	0.0093	0.0053	0.0121	0.0071	0.0121	0.0046	0	0.0026	0	0.0026
chr2R	10972351	10972502	chr2R:10972352-10972502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0155	0.0219	0.0157	0.0081	0.0085	0.0316	0.0238	0.0273	0.0085	0.0272	0.0145	0.0272	0.0062	0.0077	0.0045	0.0077	0.0078
chr2R	10979709	10979860	chr2R:10979710-10979860	distal	distal	none	none	VT16996.1	VT16996.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0216	0.0199	0.0266	0.018	0.0064	0.0223	0.0285	0.0227	0.0064	0.0556	0.0283	0.0556	0.0101	0.0115	0.0309	0.0115	0.0203
chr2R	10980178	10980379	chr2R:10980179-10980379	distal	distal	none	none	VT16996.1	VT16996.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0313	0.031	0.0444	0.0171	0.0127	0.0427	0.0337	0.0386	0.0127	0.061	0.0585	0.061	0.0225	0.023	0.0206	0.023	0.012
chr2R	10987185	10987724	chr2R:10987186-10987724	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17000.1	VT17000.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1118	0.1974	0.1025	0.0263	0.1962	0.1155	0.2587	0.3085	0.1962	0.055	0.1981	0.055	0.0364	0.0138	0.0735	0.0138	0.0135
chr2R	10987933	10988151	chr2R:10987934-10988151	distal	distal	stage5	stage5	VT17000.1	VT17000.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.036	0.0571	0.0393	0.0088	0.0414	0.0437	0.0666	0.0979	0.0414	0.0314	0.072	0.0314	0.0132	0.0061	0.0161	0.0061	0.0078
chr2R	10988287	10988438	chr2R:10988288-10988438	distal	distal	none	none	VT17000.1	VT17000.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0182	0.0206	0.0254	0.0078	0.0106	0.0204	0.0251	0.0313	0.0106	0.0272	0.0421	0.0272	0.0054	0.0069	0.0116	0.0069	0.0068
chr2R	10989359	10989510	chr2R:10989360-10989510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0196	0.0138	0.0096	0.0085	0.0175	0.0247	0.0333	0.0085	0.0115	0.017	0.0115	0.0062	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr2R	10989975	10990126	chr2R:10989976-10990126	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0173	0.0199	0.0142	0.0177	0.0064	0.0189	0.0195	0.04	0.0064	0.0157	0.0158	0.0157	0.007	0.0046	0.0071	0.0046	0.0073
chr2R	10992450	10992601	chr2R:10992451-10992601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0125	0.0108	0.0152	0.0053	0.0112	0.0216	0.012	0.0053	0.0169	0.0106	0.0169	0.0062	0.0046	0.0129	0.0046	0.0036
chr2R	10996614	10996782	chr2R:10996615-10996782	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17005.1	VT17005.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0455	0.0373	0.0618	0.0369	0.0138	0.0485	0.0407	0.0466	0.0138	0.0996	0.0608	0.0996	0.0356	0.0398	0.0406	0.0398	0.0365
chr2R	10996988	10997225	chr2R:10996989-10997225	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT17005.1	VT17005.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2008	0.1653	0.257	0.1788	0.1018	0.2238	0.1497	0.2325	0.1018	0.3188	0.2833	0.3188	0.2502	0.1907	0.2076	0.1907	0.2027
chr2R	10998170	10998321	chr2R:10998171-10998321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.018	0.0097	0.0212	0.0237	0.0032	0.0136	0.0134	0.008	0.0032	0.0284	0.0125	0.0284	0.0093	0.0352	0.0084	0.0352	0.013
chr2R	10998725	10998876	chr2R:10998726-10998876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0168	0.009	0.0174	0.0249	0.0011	0.015	0.0108	0.008	0.0011	0.026	0.0113	0.026	0.0186	0.0551	0.0168	0.0551	0.0198
chr2R	11000408	11000559	chr2R:11000409-11000559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0234	0.0193	0.0214	0.0301	0.0053	0.0184	0.0311	0.018	0.0053	0.0223	0.0235	0.0223	0.0256	0.0712	0.0181	0.0712	0.024
chr2R	11001938	11002191	chr2R:11001939-11002191	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1342	0.123	0.1528	0.1264	0.0965	0.1519	0.1315	0.1572	0.0965	0.1721	0.1752	0.1721	0.1402	0.1447	0.1289	0.1447	0.1412
chr2R	11002312	11002532	chr2R:11002313-11002532	FBgn0015371	chn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0486	0.0432	0.0484	0.055	0.0329	0.0471	0.0515	0.0586	0.0329	0.0489	0.0524	0.0489	0.0496	0.049	0.0522	0.049	0.061
chr2R	11002615	11002766	chr2R:11002616-11002766	FBgn0015371	chn	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0361	0.0246	0.0345	0.0507	0.0064	0.0257	0.0385	0.026	0.0064	0.038	0.0357	0.038	0.0294	0.0268	0.0264	0.0268	0.0406
chr2R	11003064	11003251	chr2R:11003065-11003251	FBgn0015371	chn	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0794	0.0629	0.1014	0.0737	0.0265	0.0791	0.0727	0.0793	0.0265	0.1129	0.1068	0.1129	0.0899	0.075	0.0625	0.075	0.0756
chr2R	11003389	11003651	chr2R:11003390-11003651	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0741	0.0355	0.0873	0.1028	0.017	0.0539	0.0311	0.046	0.017	0.0755	0.0627	0.0755	0.062	0.0605	0.0477	0.0605	0.0657
chr2R	11003754	11003905	chr2R:11003755-11003905	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0346	0.0189	0.0344	0.0522	0.0085	0.0238	0.0221	0.0233	0.0085	0.0272	0.0209	0.0272	0.0271	0.0222	0.0181	0.0222	0.0328
chr2R	11004910	11005113	chr2R:11004911-11005113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0501	0.0441	0.0657	0.0395	0.0159	0.0583	0.0532	0.0526	0.0159	0.0731	0.0704	0.0731	0.0511	0.0352	0.0606	0.0352	0.0344
chr2R	11005280	11005574	chr2R:11005281-11005574	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0572	0.0475	0.0859	0.0365	0.0148	0.0621	0.0515	0.0686	0.0148	0.1087	0.1071	0.1087	0.0372	0.0329	0.0709	0.0329	0.0271
chr2R	11005615	11005766	chr2R:11005616-11005766	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0393	0.0739	0.0224	0.0085	0.0583	0.0385	0.0533	0.0085	0.0845	0.1154	0.0845	0.0248	0.0176	0.0503	0.0176	0.0162
chr2R	11005817	11006040	chr2R:11005818-11006040	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0763	0.0634	0.1258	0.0363	0.0191	0.0947	0.067	0.0833	0.0191	0.154	0.199	0.154	0.0395	0.0199	0.0916	0.0199	0.0229
chr2R	11006124	11006871	chr2R:11006125-11006871	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1076	0.1352	0.1311	0.0511	0.0721	0.1617	0.1683	0.1632	0.0721	0.1679	0.1936	0.1679	0.0449	0.0283	0.1302	0.0283	0.0313
chr2R	11015455	11015680	chr2R:11015456-11015680	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2007	0.261	0.2006	0.1334	0.2121	0.2767	0.3304	0.3071	0.2121	0.1751	0.265	0.1751	0.1867	0.0957	0.2321	0.0957	0.1423
chr2R	11015815	11015991	chr2R:11015816-11015991	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1887	0.2191	0.2072	0.1345	0.1559	0.2466	0.2409	0.2985	0.1559	0.2174	0.2572	0.2174	0.1998	0.1279	0.1966	0.1279	0.1735
chr2R	11016232	11016416	chr2R:11016233-11016416	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1977	0.2155	0.2428	0.1284	0.1538	0.2359	0.237	0.2965	0.1538	0.3164	0.3029	0.3164	0.2037	0.1485	0.1979	0.1485	0.1605
chr2R	11016772	11016950	chr2R:11016773-11016950	distal	distal	stage11	stage11	VT17013.1	VT17013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1137	0.1163	0.1689	0.0501	0.0498	0.1466	0.128	0.1679	0.0498	0.2065	0.2524	0.2065	0.1038	0.0413	0.1341	0.0413	0.025
chr2R	11017055	11017353	chr2R:11017056-11017353	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17013.1	VT17013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2237	0.2691	0.3048	0.0838	0.1813	0.3272	0.2716	0.3724	0.1813	0.3925	0.392	0.3925	0.2773	0.0881	0.1709	0.0881	0.0604
chr2R	11018149	11018558	chr2R:11018150-11018558	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17013.1	VT17013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1887	0.2728	0.2164	0.0643	0.1983	0.201	0.3984	0.3691	0.1983	0.1298	0.3492	0.1298	0.11	0.0345	0.1528	0.0345	0.0229
chr2R	11018822	11018973	chr2R:11018823-11018973	distal	distal	stage11	stage11	VT17013.1	VT17013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0536	0.054	0.0732	0.0316	0.0191	0.0515	0.0636	0.0953	0.0191	0.0634	0.1299	0.0634	0.0256	0.0199	0.0948	0.0199	0.0125
chr2R	11019362	11019513	chr2R:11019363-11019513	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0722	0.1047	0.0756	0.032	0.0795	0.101	0.1427	0.1226	0.0795	0.1045	0.1109	0.1045	0.0279	0.0276	0.0903	0.0276	0.0125
chr2R	11019924	11020305	chr2R:11019925-11020305	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	chn_SOP	chn_SOP	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.185	0.2955	0.2032	0.0415	0.2078	0.3019	0.3439	0.4164	0.2078	0.3641	0.2325	0.3641	0.0503	0.0283	0.0774	0.0283	0.0229
chr2R	11022791	11023161	chr2R:11022792-11023161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0865	0.1012	0.0845	0.0724	0.0562	0.0893	0.1488	0.1226	0.0562	0.0761	0.1093	0.0761	0.0852	0.0697	0.118	0.0697	0.0792
chr2R	11023227	11023378	chr2R:11023228-11023378	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0335	0.0439	0.0265	0.0295	0.0138	0.0398	0.0636	0.0633	0.0138	0.0314	0.028	0.0314	0.0349	0.0337	0.0271	0.0337	0.0474
chr2R	11023791	11023993	chr2R:11023792-11023993	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0401	0.0388	0.0374	0.0446	0.018	0.0442	0.0458	0.0546	0.018	0.0803	0.036	0.0803	0.024	0.0459	0.0754	0.0459	0.0625
chr2R	11024051	11024273	chr2R:11024052-11024273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0432	0.0421	0.0379	0.0501	0.0201	0.032	0.0614	0.0666	0.0201	0.0592	0.0453	0.0592	0.0287	0.0643	0.0761	0.0643	0.0672
chr2R	11024645	11024833	chr2R:11024646-11024833	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0384	0.0425	0.0334	0.0393	0.0223	0.0374	0.0623	0.0513	0.0223	0.0411	0.0537	0.0411	0.0108	0.0352	0.0961	0.0352	0.0266
chr2R	11024881	11025032	chr2R:11024882-11025032	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0351	0.0273	0.0319	0.0117	0.035	0.0476	0.0473	0.0117	0.0326	0.0412	0.0326	0.017	0.0306	0.0729	0.0306	0.0229
chr2R	11025059	11025260	chr2R:11025060-11025260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0361	0.0383	0.0292	0.0412	0.0223	0.0393	0.048	0.052	0.0223	0.0326	0.0424	0.0326	0.0209	0.0276	0.087	0.0276	0.0443
chr2R	11025678	11025829	chr2R:11025679-11025829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0449	0.0239	0.0132	0.018	0.0325	0.0688	0.0686	0.018	0.032	0.0331	0.032	0.0101	0.0092	0.0155	0.0092	0.0167
chr2R	11032573	11032788	chr2R:11032574-11032788	FBgn0262954	Rpb12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0931	0.098	0.1029	0.0769	0.0509	0.1155	0.112	0.1312	0.0509	0.1208	0.1203	0.1208	0.11	0.0881	0.087	0.0881	0.0943
chr2R	11032941	11033122	chr2R:11032942-11033122	FBgn0262954	Rpb12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1044	0.0995	0.1164	0.0966	0.0647	0.1199	0.1168	0.1226	0.0647	0.1383	0.1334	0.1383	0.1286	0.1072	0.1057	0.1072	0.1256
chr2R	11035037	11035188	chr2R:11035038-11035188	FBgn0033993,FBgn0033994	CG7544,CG8089	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0536	0.0958	0.059	0.0201	0.0689	0.0597	0.0746	0.0201	0.1081	0.1138	0.1081	0.1108	0.0559	0.0722	0.0559	0.0792
chr2R	11035261	11035433	chr2R:11035262-11035433	FBgn0033993,FBgn0033994	CG7544,CG8089	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1152	0.1648	0.1188	0.0626	0.1277	0.1406	0.1552	0.0626	0.2005	0.1929	0.2005	0.1696	0.1217	0.1296	0.1217	0.1433
chr2R	11035704	11035939	chr2R:11035705-11035939	FBgn0033993,FBgn0033994	CG7544,CG8089	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0461	0.0533	0.0359	0.0159	0.051	0.0584	0.068	0.0159	0.0628	0.0621	0.0628	0.0627	0.0306	0.0484	0.0306	0.0422
chr2R	11042107	11042258	chr2R:11042108-11042258	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.0176	0.0104	0.0152	0.0127	0.0146	0.0307	0.012	0.0127	0.0109	0.0109	0.0109	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0094
chr2R	11042865	11043016	chr2R:11042866-11043016	FBgn0013467	igl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0082	0.0067	0.0118	0.0032	0.0083	0.0121	0.0087	0.0032	0.0091	0.0055	0.0091	0.0031	0.0023	0.0039	0.0023	0.0016
chr2R	11051863	11052014	chr2R:11051864-11052014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0095	0.0075	0.0046	0.0171	0.0011	0.0034	0.0177	0.0047	0.0011	0.0018	0.0055	0.0018	0.0062	0.0107	0.0129	0.0107	0.0104
chr2R	11052217	11052370	chr2R:11052218-11052370	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0134	0.0077	0.0082	0.0253	0.0021	0.0063	0.0147	0.0067	0.0021	0.0048	0.0113	0.0048	0.0093	0.0031	0.0361	0.0031	0.012
chr2R	11086218	11086430	chr2R:11086219-11086430	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0409	0.0165	0.0116	0.0212	0.0388	0.0571	0.0506	0.0212	0.0145	0.0199	0.0145	0.0139	0.0061	0.0064	0.0061	0.0083
chr2R	11086431	11086582	chr2R:11086432-11086582	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0248	0.0113	0.012	0.0117	0.0233	0.0363	0.03	0.0117	0.0085	0.0141	0.0085	0.0116	0.0031	0.0097	0.0031	0.0083
chr2R	11088396	11088592	chr2R:11088397-11088592	FBgn0033995,FBgn0033996	CG11807,CG8090	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0578	0.0694	0.0508	0.0318	0.0665	0.077	0.0666	0.0318	0.0942	0.0781	0.0942	0.0581	0.0536	0.0471	0.0536	0.0677
chr2R	11088644	11088824	chr2R:11088645-11088824	FBgn0033995,FBgn0033996	CG11807,CG8090	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1276	0.1142	0.1445	0.1241	0.07	0.1369	0.1332	0.1406	0.07	0.1866	0.1653	0.1866	0.1294	0.1225	0.118	0.1225	0.1678
chr2R	11088921	11089115	chr2R:11088922-11089115	FBgn0033995,FBgn0033996	CG11807,CG8090	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1221	0.1051	0.144	0.117	0.07	0.1257	0.1142	0.1372	0.07	0.1812	0.1627	0.1812	0.1425	0.1049	0.1219	0.1049	0.1579
chr2R	11099210	11099361	chr2R:11099211-11099361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0513	0.0278	0.0131	0.0382	0.0379	0.0891	0.0486	0.0382	0.0344	0.0315	0.0344	0.0263	0.0123	0.0116	0.0123	0.0177
chr2R	11100789	11100974	chr2R:11100790-11100974	FBgn0033998	row	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0785	0.0738	0.0951	0.0656	0.0403	0.0816	0.1038	0.0779	0.0403	0.1123	0.0994	0.1123	0.1069	0.0628	0.069	0.0628	0.0719
chr2R	11101046	11101233	chr2R:11101047-11101233	FBgn0033998	row	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1538	0.1292	0.1864	0.1454	0.0912	0.1471	0.1544	0.1579	0.0912	0.2331	0.1981	0.2331	0.189	0.1424	0.1586	0.1424	0.1699
chr2R	11101357	11101524	chr2R:11101358-11101524	FBgn0033998	row	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.133	0.1143	0.1566	0.1281	0.0626	0.1238	0.1445	0.1399	0.0626	0.1902	0.1711	0.1902	0.1503	0.1194	0.1418	0.1194	0.1553
chr2R	11103586	11103771	chr2R:11103587-11103771	FBgn0033999,FBgn0034000	CG11808,CG8093	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.128	0.1209	0.1423	0.1202	0.0742	0.1345	0.1458	0.1579	0.0742	0.1775	0.154	0.1775	0.1425	0.1225	0.1161	0.1225	0.1574
chr2R	11104812	11105001	chr2R:11104813-11105001	FBgn0034001	mRpL41	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0784	0.0743	0.0939	0.0659	0.0541	0.0791	0.0965	0.0806	0.0541	0.1244	0.0942	0.1244	0.0984	0.0743	0.0735	0.0743	0.0782
chr2R	11105064	11105241	chr2R:11105065-11105241	FBgn0034001	mRpL41	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1281	0.1194	0.1495	0.1145	0.0689	0.1354	0.1427	0.1486	0.0689	0.1896	0.1653	0.1896	0.1518	0.1194	0.1257	0.1194	0.1355
chr2R	11105300	11105484	chr2R:11105301-11105484	FBgn0034001,FBgn0034002	CG8079,mRpL41	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.0849	0.1307	0.1182	0.0445	0.1102	0.0878	0.1126	0.0445	0.1691	0.1457	0.1691	0.141	0.1179	0.1231	0.1179	0.1511
chr2R	11105514	11105736	chr2R:11105515-11105736	FBgn0034001,FBgn0034002	CG8079,mRpL41	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0899	0.085	0.0785	0.0732	0.0956	0.1116	0.1066	0.0732	0.1063	0.0971	0.1063	0.0813	0.0827	0.0974	0.0827	0.0886
chr2R	11105755	11105962	chr2R:11105756-11105962	FBgn0034002	CG8079	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.1214	0.1425	0.1005	0.088	0.1393	0.1432	0.1519	0.088	0.1745	0.1547	0.1745	0.1394	0.0995	0.1154	0.0995	0.1178
chr2R	11109097	11109248	chr2R:11109098-11109248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0192	0.0317	0.0152	0.0096	0.0212	0.0199	0.0588	0.028	0.0212	0.0163	0.0158	0.0163	0.0178	0.0054	0.0039	0.0054	0.0214
chr2R	11111858	11112009	chr2R:11111859-11112009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0141	0.0217	0.0132	0.0067	0.0117	0.0155	0.0411	0.0187	0.0117	0.0145	0.0145	0.0145	0.0163	0.0077	0.0058	0.0077	0.0083
chr2R	11121245	11121396	chr2R:11121246-11121396	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0137	0.0162	0.0141	0.0104	0.0074	0.0131	0.0208	0.03	0.0074	0.0133	0.0206	0.0133	0.0147	0.0084	0.0258	0.0084	0.0078
chr2R	11129032	11129211	chr2R:11129033-11129211	FBgn0259878	Fs	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0258	0.039	0.0879	0.0085	0.0325	0.0346	0.0266	0.0085	0.0386	0.0524	0.0386	0.0449	0.1478	0.1386	0.1478	0.0891
chr2R	11129487	11129645	chr2R:11129488-11129645	FBgn0259878	Fs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.016	0.025	0.0558	0.0074	0.0189	0.0212	0.02	0.0074	0.0236	0.0322	0.0236	0.0364	0.1057	0.0774	0.1057	0.0547
chr2R	11132520	11132733	chr2R:11132521-11132733	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1033	0.0947	0.1222	0.0922	0.0445	0.1165	0.1176	0.1113	0.0445	0.1655	0.1222	0.1655	0.1472	0.0934	0.1044	0.0934	0.1199
chr2R	11132854	11133050	chr2R:11132855-11133050	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0593	0.051	0.0777	0.0483	0.0223	0.0631	0.0692	0.0553	0.0223	0.1069	0.09	0.1069	0.0821	0.0452	0.0619	0.0452	0.075
chr2R	11133081	11133431	chr2R:11133082-11133431	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0736	0.0588	0.1009	0.0603	0.0201	0.0893	0.0692	0.0586	0.0201	0.195	0.1035	0.195	0.0844	0.0597	0.0632	0.0597	0.1089
chr2R	11133452	11133603	chr2R:11133453-11133603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0363	0.0336	0.0475	0.0269	0.0159	0.0456	0.0441	0.028	0.0159	0.093	0.0415	0.093	0.0573	0.0306	0.0193	0.0306	0.0516
chr2R	11134281	11134668	chr2R:11134282-11134668	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0721	0.0248	0.0859	0.1097	0.0042	0.0383	0.0311	0.0207	0.0042	0.1389	0.0421	0.1389	0.1929	0.1884	0.0471	0.1884	0.2069
chr2R	11135033	11135434	chr2R:11135034-11135434	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1092	0.0508	0.1586	0.1202	0.017	0.0922	0.0549	0.0413	0.017	0.1866	0.0961	0.1866	0.3447	0.0896	0.0529	0.0896	0.283
chr2R	11135802	11136014	chr2R:11135803-11136014	FBgn0003328	scb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1467	0.1287	0.1897	0.1196	0.0848	0.1835	0.1185	0.1599	0.0848	0.314	0.1383	0.314	0.275	0.147	0.0741	0.147	0.2152
chr2R	11136155	11136361	chr2R:11136156-11136361	FBgn0003328	scb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1358	0.1275	0.1676	0.11	0.0944	0.1684	0.1276	0.1572	0.0944	0.2687	0.1248	0.2687	0.2572	0.1424	0.0767	0.1424	0.2001
chr2R	11137434	11137585	chr2R:11137435-11137585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0311	0.0275	0.0451	0.0199	0.0074	0.0519	0.0268	0.02	0.0074	0.1051	0.0264	0.1051	0.0558	0.0245	0.0187	0.0245	0.0328
chr2R	11138330	11138556	chr2R:11138331-11138556	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0554	0.0338	0.0749	0.0581	0.0095	0.0592	0.0355	0.028	0.0095	0.1371	0.0624	0.1371	0.0937	0.1508	0.0567	0.1508	0.0526
chr2R	11140054	11140244	chr2R:11140055-11140244	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0681	0.0416	0.0975	0.0655	0.018	0.0529	0.0515	0.048	0.018	0.0308	0.173	0.0308	0.1053	0.0107	0.1986	0.0107	0.0547
chr2R	11140423	11140589	chr2R:11140424-11140589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0328	0.0193	0.043	0.0366	0.0085	0.0218	0.0251	0.0247	0.0085	0.026	0.0598	0.026	0.0651	0.013	0.0928	0.013	0.0427
chr2R	11141020	11141206	chr2R:11141021-11141206	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0282	0.035	0.0259	0.0223	0.0335	0.0394	0.0207	0.0223	0.0248	0.026	0.0248	0.0976	0.0161	0.0219	0.0161	0.0547
chr2R	11146963	11147114	chr2R:11146964-11147114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0157	0.0141	0.0216	0.0111	0.0095	0.0175	0.0212	0.0113	0.0095	0.0211	0.018	0.0211	0.0465	0.0153	0.0116	0.0153	0.0135
chr2R	11147692	11147843	chr2R:11147693-11147843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.016	0.0152	0.0179	0.0148	0.0053	0.0228	0.019	0.0107	0.0053	0.0217	0.0119	0.0217	0.0418	0.0199	0.011	0.0199	0.0229
chr2R	11156034	11156185	chr2R:11156035-11156185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.009	0.0085	0.0096	0.0089	0.0032	0.0092	0.0134	0.008	0.0032	0.0133	0.0074	0.0133	0.0155	0.0283	0.0045	0.0283	0.0063
chr2R	11178243	11178529	chr2R:11178244-11178529	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0275	0.0147	0.0228	0.0469	0.0053	0.017	0.0203	0.016	0.0053	0.0223	0.0212	0.0223	0.0488	0.0237	0.0226	0.0237	0.1298
chr2R	11178730	11178894	chr2R:11178731-11178894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0102	0.0166	0.0368	0.0042	0.016	0.0112	0.01	0.0042	0.0133	0.0141	0.0133	0.0418	0.0168	0.0239	0.0168	0.0959
chr2R	11179186	11179384	chr2R:11179187-11179384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0448	0.0322	0.0464	0.0572	0.0233	0.0369	0.042	0.0313	0.0233	0.0411	0.0476	0.0411	0.0852	0.0322	0.0522	0.0322	0.1329
chr2R	11180322	11180473	chr2R:11180323-11180473	FBgn0083959	trpm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0145	0.0141	0.0128	0.0074	0.0121	0.0238	0.0167	0.0074	0.0151	0.0116	0.0151	0.0139	0.0084	0.0039	0.0084	0.0089
chr2R	11196039	11196286	chr2R:11196040-11196286	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0676	0.0475	0.0857	0.0703	0.017	0.0626	0.0528	0.0633	0.017	0.1588	0.072	0.1588	0.0782	0.1371	0.058	0.1371	0.0849
chr2R	11196473	11196694	chr2R:11196474-11196694	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1767	0.151	0.2223	0.1551	0.0838	0.2019	0.1574	0.1905	0.0838	0.2941	0.2363	0.2941	0.2262	0.232	0.1586	0.232	0.1923
chr2R	11196790	11196974	chr2R:11196791-11196974	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1475	0.1441	0.1683	0.1284	0.0976	0.1762	0.157	0.1819	0.0976	0.2234	0.1743	0.2234	0.1689	0.1685	0.1115	0.1685	0.1537
chr2R	11198312	11198465	chr2R:11198313-11198465	FBgn0034008	CG8152	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0318	0.0609	0.0384	0.0148	0.0413	0.0359	0.0413	0.0148	0.0749	0.0691	0.0749	0.0558	0.0291	0.0484	0.0291	0.0448
chr2R	11198560	11198740	chr2R:11198561-11198740	FBgn0004698,FBgn0034008	CG8152,mus210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0955	0.0766	0.1185	0.0914	0.0551	0.0932	0.0869	0.0913	0.0551	0.1401	0.1309	0.1401	0.1278	0.0873	0.0986	0.0873	0.1152
chr2R	11198939	11199103	chr2R:11198940-11199103	FBgn0004698,FBgn0034008	CG8152,mus210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.108	0.089	0.1327	0.1021	0.0573	0.1073	0.0913	0.1272	0.0573	0.1667	0.1341	0.1667	0.1526	0.1156	0.0864	0.1156	0.1209
chr2R	11209574	11209756	chr2R:11209575-11209756	FBgn0013750,FBgn0034009	Arf51F,CG8155	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1392	0.1175	0.1679	0.1319	0.071	0.1359	0.1445	0.1452	0.071	0.2095	0.1833	0.2095	0.1603	0.1493	0.1476	0.1493	0.1506
chr2R	11209912	11210109	chr2R:11209913-11210109	FBgn0013750,FBgn0034009	Arf51F,CG8155	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2014	0.1757	0.2349	0.1934	0.1188	0.2155	0.205	0.2085	0.1188	0.2868	0.2457	0.2868	0.2548	0.2167	0.1992	0.2167	0.2329
chr2R	11210175	11210394	chr2R:11210176-11210394	FBgn0013750	Arf51F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1691	0.134	0.2048	0.1692	0.0774	0.1782	0.1501	0.1572	0.0774	0.2482	0.2109	0.2482	0.2262	0.1753	0.1728	0.1753	0.2262
chr2R	11210415	11210623	chr2R:11210416-11210623	FBgn0013750	Arf51F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.102	0.0763	0.1185	0.1125	0.0498	0.0966	0.0874	0.0866	0.0498	0.1347	0.1177	0.1347	0.1642	0.1233	0.0986	0.1233	0.1803
chr2R	11210669	11210824	chr2R:11210670-11210824	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0527	0.041	0.0632	0.0543	0.0191	0.0568	0.0463	0.0466	0.0191	0.0694	0.0627	0.0694	0.0968	0.0421	0.0451	0.0421	0.1058
chr2R	11215995	11216146	chr2R:11215996-11216146	FBgn0034011	CG8160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0218	0.0204	0.0253	0.0196	0.0095	0.0218	0.026	0.03	0.0095	0.0308	0.0264	0.0308	0.0248	0.0184	0.011	0.0184	0.0349
chr2R	11216256	11216407	chr2R:11216257-11216407	FBgn0034011	CG8160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0158	0.0207	0.0169	0.0085	0.0194	0.019	0.0213	0.0085	0.0272	0.0177	0.0272	0.0256	0.013	0.0077	0.013	0.0323
chr2R	11216767	11216995	chr2R:11216768-11216995	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1116	0.1224	0.1387	0.0699	0.0806	0.1505	0.125	0.1785	0.0806	0.1975	0.1318	0.1975	0.038	0.0184	0.0303	0.0184	0.0266
chr2R	11218216	11218532	chr2R:11218217-11218532	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0638	0.0446	0.0576	0.0919	0.0244	0.0578	0.0519	0.0493	0.0244	0.064	0.0505	0.064	0.0403	0.0168	0.0393	0.0168	0.0683
chr2R	11218604	11218755	chr2R:11218605-11218755	FBgn0034012	Hr51	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0333	0.027	0.032	0.0418	0.018	0.0243	0.0363	0.0313	0.018	0.038	0.0228	0.038	0.0124	0.0054	0.0097	0.0054	0.012
chr2R	11220220	11220579	chr2R:11220221-11220579	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0369	0.043	0.041	0.0255	0.0127	0.0471	0.0627	0.0493	0.0127	0.029	0.0322	0.029	0.0124	0.0046	0.0084	0.0046	0.0125
chr2R	11222219	11222480	chr2R:11222220-11222480	distal	distal	none	none	VT17116.1	VT17116.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0251	0.0197	0.0302	0.0255	0.0053	0.0277	0.0234	0.0247	0.0053	0.0326	0.0302	0.0326	0.0124	0.0145	0.0077	0.0145	0.0115
chr2R	11224811	11224963	chr2R:11224812-11224963	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0199	0.028	0.0198	0.0109	0.0053	0.0369	0.0264	0.0453	0.0053	0.0423	0.0158	0.0423	0.0093	0.0145	0.0045	0.0145	0.0125
chr2R	11226655	11226953	chr2R:11226656-11226953	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.051	0.0491	0.058	0.0455	0.0308	0.0583	0.0567	0.0653	0.0308	0.0707	0.0662	0.0707	0.0434	0.0436	0.0451	0.0436	0.049
chr2R	11227114	11227307	chr2R:11227115-11227307	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.166	0.1584	0.1659	0.1745	0.1124	0.1971	0.1683	0.2085	0.1124	0.2271	0.1781	0.2271	0.1356	0.1914	0.1921	0.1914	0.1939
chr2R	11227530	11227707	chr2R:11227531-11227707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0389	0.0401	0.0289	0.0483	0.0191	0.0549	0.0441	0.0493	0.0191	0.0399	0.0338	0.0399	0.0217	0.0597	0.0516	0.0597	0.0558
chr2R	11227790	11228024	chr2R:11227791-11228024	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0461	0.0265	0.0602	0.0525	0.0106	0.0442	0.0251	0.026	0.0106	0.0743	0.0756	0.0743	0.0473	0.0513	0.0613	0.0513	0.0433
chr2R	11228081	11228254	chr2R:11228082-11228254	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0262	0.0143	0.0358	0.029	0.0074	0.0223	0.0156	0.0113	0.0074	0.0507	0.0424	0.0507	0.0256	0.0391	0.0335	0.0391	0.0208
chr2R	11237056	11237277	chr2R:11237057-11237277	FBgn0034013	unc-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1951	0.1287	0.2571	0.2014	0.0509	0.2141	0.1055	0.1639	0.0509	0.3726	0.2961	0.3726	0.1557	0.2634	0.2276	0.2634	0.1933
chr2R	11237561	11237775	chr2R:11237562-11237775	FBgn0034013	unc-5	stage11,stage14,stage5	none	VT17121.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.206	0.1776	0.2687	0.1691	0.1241	0.2485	0.1756	0.2125	0.1241	0.3521	0.3138	0.3521	0.1735	0.2037	0.1818	0.2037	0.1829
chr2R	11237889	11238040	chr2R:11237890-11238040	FBgn0034013	unc-5	stage11,stage14,stage5	none	VT17121.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0992	0.0972	0.1449	0.0512	0.0498	0.1597	0.0852	0.1153	0.0498	0.2494	0.1566	0.2494	0.0821	0.0727	0.0464	0.0727	0.0547
chr2R	11238094	11238693	chr2R:11238095-11238693	FBgn0034013	unc-5	stage11,stage14,stage5	none	VT17121.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2039	0.1836	0.2681	0.156	0.0806	0.3131	0.1514	0.2192	0.0806	0.4227	0.2707	0.4227	0.2703	0.2718	0.1412	0.2718	0.2011
chr2R	11239062	11239236	chr2R:11239063-11239236	distal	distal	none	none	VT17121.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0811	0.0409	0.1255	0.0773	0.0095	0.0675	0.0398	0.0493	0.0095	0.1745	0.1264	0.1745	0.1232	0.1064	0.0554	0.1064	0.1329
chr2R	11239344	11239495	chr2R:11239345-11239495	distal	distal	none	none	VT17121.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0665	0.0462	0.1018	0.0503	0.0148	0.0791	0.0441	0.0513	0.0148	0.1099	0.1186	0.1099	0.0744	0.0345	0.0413	0.0345	0.0631
chr2R	11239612	11240196	chr2R:11239613-11240196	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17121.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.2418	0.2906	0.3152	0.1068	0.2142	0.3422	0.3317	0.3431	0.2142	0.3436	0.4395	0.3436	0.1379	0.0735	0.1496	0.0735	0.1079
chr2R	11240872	11241181	chr2R:11240873-11241181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT17123.1	VT17123.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1052	0.0946	0.1452	0.0731	0.0276	0.2024	0.0653	0.0819	0.0276	0.3249	0.1408	0.3249	0.0612	0.1149	0.0451	0.1149	0.1047
chr2R	11243218	11243536	chr2R:11243219-11243536	distal	distal	stage11	stage11	VT17124.1	VT17124.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0872	0.0742	0.1462	0.0369	0.0339	0.0801	0.0878	0.1059	0.0339	0.1069	0.2556	0.1069	0.062	0.0245	0.0754	0.0245	0.0365
chr2R	11243541	11243998	chr2R:11243542-11243998	distal	distal	stage11	stage11	VT17124.1	VT17124.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1073	0.109	0.1736	0.0324	0.0636	0.1121	0.1341	0.1579	0.0636	0.1492	0.2929	0.1492	0.0635	0.0268	0.0522	0.0268	0.0318
chr2R	11244319	11244470	chr2R:11244320-11244470	distal	distal	stage5	stage5	VT17124.1	VT17124.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0386	0.046	0.0566	0.0107	0.017	0.0379	0.0549	0.0866	0.017	0.0483	0.0981	0.0483	0.024	0.013	0.0097	0.013	0.0094
chr2R	11247061	11247498	chr2R:11247062-11247498	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT17126.1	VT17126.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1101	0.0576	0.1577	0.1166	0.0148	0.1029	0.0575	0.056	0.0148	0.3986	0.1293	0.3986	0.0612	0.2986	0.0451	0.2986	0.0776
chr2R	11247766	11247917	chr2R:11247767-11247917	distal	distal	none	none	VT17126.1	VT17126.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0256	0.0161	0.0345	0.0265	0.0011	0.0257	0.019	0.0153	0.0011	0.0622	0.0357	0.0622	0.0093	0.0306	0.0071	0.0306	0.0094
chr2R	11248400	11248618	chr2R:11248401-11248618	distal	distal	stage14	stage14	VT17126.1	VT17126.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0431	0.0226	0.0593	0.0485	0.0053	0.035	0.0229	0.0286	0.0053	0.0912	0.0534	0.0912	0.0186	0.013	0.0135	0.013	0.0135
chr2R	11248926	11249077	chr2R:11248927-11249077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0111	0.0198	0.0272	0.0021	0.0131	0.0156	0.012	0.0021	0.0278	0.0199	0.0278	0.0116	0.0153	0.0064	0.0153	0.0109
chr2R	11250126	11250277	chr2R:11250127-11250277	distal	distal	stage14	stage14	VT17128.1	VT17128.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0113	0.0204	0.0274	0.0042	0.0126	0.0156	0.0127	0.0042	0.0236	0.0199	0.0236	0.0124	0.0084	0.0097	0.0084	0.0089
chr2R	11251113	11251264	chr2R:11251114-11251264	distal	distal	stage14	stage14	VT17128.1	VT17128.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.0165	0.0263	0.0231	0.0064	0.017	0.0225	0.02	0.0064	0.0302	0.0331	0.0302	0.0155	0.013	0.009	0.013	0.0057
chr2R	11251395	11251546	chr2R:11251396-11251546	distal	distal	stage14	stage14	VT17128.1	VT17128.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0161	0.0273	0.022	0.0074	0.0165	0.0225	0.018	0.0074	0.0326	0.0357	0.0326	0.0108	0.0153	0.0077	0.0153	0.0089
chr2R	11256051	11256223	chr2R:11256052-11256223	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0337	0.0419	0.0428	0.0148	0.0074	0.0573	0.0523	0.05	0.0074	0.055	0.0585	0.055	0.0232	0.013	0.0155	0.013	0.0172
chr2R	11256299	11256450	chr2R:11256300-11256450	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0323	0.0338	0.0466	0.015	0.0106	0.0354	0.0476	0.0426	0.0106	0.0568	0.0646	0.0568	0.0271	0.0161	0.0135	0.0161	0.0208
chr2R	11256648	11256799	chr2R:11256649-11256799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0251	0.0239	0.0368	0.0135	0.0095	0.0267	0.035	0.026	0.0095	0.0429	0.0508	0.0429	0.024	0.0115	0.0155	0.0115	0.0177
chr2R	11258978	11259163	chr2R:11258979-11259163	FBgn0011660	Pms2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1365	0.1567	0.1037	0.088	0.1617	0.1449	0.1865	0.088	0.1848	0.1785	0.1848	0.1495	0.1149	0.1025	0.1149	0.1219
chr2R	11259310	11259826	chr2R:11259311-11259826	FBgn0011660	Pms2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0976	0.0975	0.1123	0.0817	0.0382	0.1282	0.1064	0.1272	0.0382	0.1262	0.1212	0.1262	0.1146	0.0789	0.0735	0.0789	0.0917
chr2R	11260503	11260884	chr2R:11260504-11260884	FBgn0262965	CR43276	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0495	0.0382	0.0467	0.0244	0.0597	0.0588	0.0666	0.0244	0.0386	0.0434	0.0386	0.0426	0.0413	0.0535	0.0413	0.061
chr2R	11266236	11266455	chr2R:11266237-11266455	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1566	0.2439	0.1604	0.0549	0.1951	0.284	0.2522	0.3225	0.1951	0.1184	0.2093	0.1184	0.1177	0.0291	0.0471	0.0291	0.0464
chr2R	11268044	11268265	chr2R:11268045-11268265	FBgn0000996,FBgn0026370	SRPK,dup	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2574	0.28	0.2831	0.204	0.2428	0.3252	0.3049	0.3444	0.2428	0.3424	0.3122	0.3424	0.282	0.2037	0.2128	0.2037	0.2392
chr2R	11268419	11268602	chr2R:11268420-11268602	FBgn0000996,FBgn0026370	SRPK,dup	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2672	0.2522	0.3057	0.2417	0.1951	0.2966	0.2734	0.3191	0.1951	0.3841	0.3273	0.3841	0.2936	0.2358	0.2431	0.2358	0.2871
chr2R	11268807	11269005	chr2R:11268808-11269005	FBgn0000996	dup	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1901	0.1877	0.2119	0.1689	0.1368	0.2194	0.2167	0.2412	0.1368	0.2615	0.2289	0.2615	0.2014	0.1845	0.1676	0.1845	0.1923
chr2R	11269104	11269365	chr2R:11269105-11269365	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1143	0.1295	0.1208	0.0901	0.0838	0.1408	0.1522	0.1765	0.0838	0.1298	0.1408	0.1298	0.103	0.0911	0.0961	0.0911	0.086
chr2R	11274892	11275043	chr2R:11274893-11275043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0277	0.0184	0.0106	0.0106	0.0228	0.0407	0.036	0.0106	0.0193	0.0186	0.0193	0.0256	0.0123	0.0116	0.0123	0.012
chr2R	11296166	11296317	chr2R:11296167-11296317	FBgn0014865	Mtk	none	none	Mtk_prom	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0076	0.0052	0.0058	0.0123	0.0021	0.0053	0.0091	0.0047	0.0021	0.0048	0.0064	0.0048	0.0101	0.0038	0.0058	0.0038	0.0297
chr2R	11312044	11312195	chr2R:11312045-11312195	FBgn0050472	CG30472	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.006	0.0084	0.0305	0	0.0058	0.0134	0.0027	0	0.0066	0.0087	0.0066	0.0116	0.0176	0.0135	0.0176	0.0245
chr2R	11312627	11312778	chr2R:11312628-11312778	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0142	0.0118	0.011	0.0203	0.0074	0.0083	0.0225	0.01	0.0074	0.0145	0.0109	0.0145	0.0147	0.0306	0.0187	0.0306	0.0224
chr2R	11358796	11358960	chr2R:11358797-11358960	distal	distal	stage5	stage5	VT17183.1	VT17183.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.048	0.0156	0.0072	0.0382	0.017	0.0835	0.0666	0.0382	0.0127	0.0209	0.0127	0.0116	0.0069	0.0064	0.0069	0.0068
chr2R	11359061	11359254	chr2R:11359062-11359254	distal	distal	stage5	stage5	VT17183.1	VT17183.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0262	0.05	0.0187	0.0078	0.0361	0.0184	0.0891	0.068	0.0361	0.0127	0.0289	0.0127	0.0194	0.0084	0.0129	0.0084	0.0083
chr2R	11359313	11359471	chr2R:11359314-11359471	distal	distal	none	none	VT17183.1	VT17183.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.035	0.0212	0.0096	0.0212	0.0238	0.0532	0.0453	0.0212	0.0175	0.0273	0.0175	0.0294	0.0077	0.0142	0.0077	0.0156
chr2R	11365288	11365439	chr2R:11365289-11365439	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0157	0.0155	0.0131	0.0032	0.0165	0.0294	0.012	0.0032	0.0097	0.0238	0.0097	0.0163	0.0054	0.0361	0.0054	0.0073
chr2R	11365742	11365893	chr2R:11365743-11365893	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0166	0.018	0.0194	0.0053	0.0165	0.0294	0.012	0.0053	0.0163	0.0296	0.0163	0.0116	0.0123	0.0438	0.0123	0.0182
chr2R	11366020	11366171	chr2R:11366021-11366171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0118	0.0146	0.0188	0.0021	0.0126	0.0177	0.0133	0.0021	0.0103	0.0232	0.0103	0.0101	0.0145	0.0355	0.0145	0.0245
chr2R	11366193	11366344	chr2R:11366194-11366344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0148	0.0122	0.0151	0.0173	0.0011	0.0117	0.0221	0.012	0.0011	0.0091	0.0199	0.0091	0.0178	0.0092	0.0309	0.0092	0.0261
chr2R	11366754	11366905	chr2R:11366755-11366905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0159	0.0163	0.0132	0.0185	0.0064	0.0092	0.032	0.0147	0.0064	0.0097	0.0161	0.0097	0.0194	0.0061	0.0232	0.0061	0.037
chr2R	11369793	11369977	chr2R:11369794-11369977	FBgn0034021	CG8180	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0402	0.0507	0.0359	0.0333	0.0329	0.0369	0.0917	0.0486	0.0329	0.0495	0.0424	0.0495	0.0372	0.0176	0.0748	0.0176	0.0412
chr2R	11370252	11370416	chr2R:11370253-11370416	FBgn0034021	CG8180	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0202	0.0525	0.0635	0.0074	0.0228	0.0294	0.02	0.0074	0.0483	0.0646	0.0483	0.086	0.0176	0.1315	0.0176	0.1105
chr2R	11372282	11372433	chr2R:11372283-11372433	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0152	0.0217	0.0188	0.0085	0.0141	0.0229	0.0167	0.0085	0.0157	0.0312	0.0157	0.024	0.0084	0.0471	0.0084	0.0115
chr2R	11372627	11372778	chr2R:11372628-11372778	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0219	0.0426	0.0359	0.0159	0.0233	0.0311	0.0207	0.0159	0.029	0.0669	0.029	0.0318	0.0184	0.098	0.0184	0.0182
chr2R	11372788	11372972	chr2R:11372789-11372972	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0386	0.0277	0.051	0.037	0.0138	0.0282	0.0394	0.0273	0.0138	0.0459	0.0749	0.0459	0.0341	0.0314	0.0793	0.0314	0.0276
chr2R	11373073	11373270	chr2R:11373074-11373270	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0744	0.0578	0.1047	0.0596	0.0361	0.0612	0.0735	0.0706	0.0361	0.1051	0.1354	0.1051	0.0991	0.0582	0.0877	0.0582	0.0589
chr2R	11381241	11381392	chr2R:11381242-11381392	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0106	0.0147	0.0199	0.0042	0.0083	0.0186	0.0113	0.0042	0.0085	0.0235	0.0085	0.0116	8e-04	0.0754	8e-04	0.0068
chr2R	11384703	11384860	chr2R:11384704-11384860	FBgn0034022	CG12964	stage14	none	VT17195.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0178	0.0185	0.0139	0.0148	0.0112	0.0281	0.022	0.0148	0.0079	0.0363	0.0079	0.007	0.0046	0.0477	0.0046	0.0042
chr2R	11394671	11394822	chr2R:11394672-11394822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0104	0.0181	0.0081	0.0043	0.0032	0.0117	0.0355	0.0187	0.0032	0.0097	0.0087	0.0097	0.0132	0.0038	0.0052	0.0038	0.0052
chr2R	11398777	11398929	chr2R:11398778-11398929	FBgn0034025	GalNAc-T1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0297	0.042	0.044	0.017	0.0369	0.0285	0.044	0.017	0.0236	0.0685	0.0236	0.0442	0.023	0.0864	0.023	0.0495
chr2R	11399094	11399441	chr2R:11399095-11399441	FBgn0034025	GalNAc-T1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.0988	0.135	0.1338	0.0647	0.1218	0.0926	0.1466	0.0647	0.1401	0.173	0.1401	0.1665	0.0965	0.2224	0.0965	0.186
chr2R	11399686	11399839	chr2R:11399687-11399839	FBgn0034025	GalNAc-T1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0254	0.0208	0.0307	0.0248	0.0085	0.0238	0.0221	0.032	0.0085	0.0332	0.0389	0.0332	0.0364	0.0153	0.0471	0.0153	0.0302
chr2R	11400976	11401161	chr2R:11400977-11401161	distal	distal	stage14	stage14	VT17202.1	VT17202.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0188	0.0202	0.0377	0.0064	0.0175	0.0277	0.0266	0.0064	0.0109	0.036	0.0109	0.0116	0.0123	0.1277	0.0123	0.0135
chr2R	11416024	11416237	chr2R:11416025-11416237	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT17204.1,VT17205.1	VT17204.1,VT17205.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.052	0.1072	0.0258	0.0192	0.0859	0.0985	0.1138	0.1812	0.0859	0.0217	0.0367	0.0217	0.0186	0.0069	0.0464	0.0069	0.0104
chr2R	11416361	11416512	chr2R:11416362-11416512	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT17204.1,VT17205.1	VT17204.1,VT17205.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0344	0.0528	0.023	0.0262	0.053	0.0379	0.0666	0.0786	0.053	0.0217	0.0344	0.0217	0.0139	0.0061	0.0741	0.0061	0.0167
chr2R	11417786	11418073	chr2R:11417787-11418073	distal	distal	stage5	stage5	VT17205.1,VT17206.1	VT17205.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.1496	0.033	0.0152	0.1835	0.0888	0.2318	0.1686	0.1835	0.0362	0.0395	0.0362	0.0248	0.0161	0.0206	0.0161	0.012
chr2R	11418989	11419220	chr2R:11418990-11419220	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT17206.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0761	0.0916	0.0675	0.0681	0.0795	0.0854	0.1375	0.0893	0.0795	0.0664	0.0698	0.0664	0.0821	0.0528	0.0509	0.0528	0.098
chr2R	11419253	11419561	chr2R:11419254-11419561	FBgn0019968	Khc-73	stage11,stage14,stage5	none	VT17206.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.1276	0.1221	0.1018	0.1007	0.1155	0.1851	0.1452	0.1007	0.1389	0.1296	0.1389	0.1356	0.0942	0.1032	0.0942	0.1225
chr2R	11419696	11419896	chr2R:11419697-11419896	FBgn0019968	Khc-73	stage11,stage14,stage5	none	VT17206.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1678	0.1697	0.1796	0.1526	0.1432	0.1709	0.2089	0.2085	0.1432	0.2216	0.199	0.2216	0.1735	0.1654	0.1599	0.1654	0.1688
chr2R	11425310	11425505	chr2R:11425311-11425505	FBgn0050467	CG30467	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0753	0.0636	0.0585	0.1068	0.0339	0.0811	0.074	0.0786	0.0339	0.0495	0.072	0.0495	0.0806	0.1286	0.1173	0.1286	0.1303
chr2R	11425559	11425731	chr2R:11425560-11425731	FBgn0050467	CG30467	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0753	0.0437	0.0515	0.1366	0.017	0.0568	0.0567	0.0486	0.017	0.0332	0.0611	0.0332	0.0906	0.1631	0.1547	0.1631	0.1647
chr2R	11428554	11428712	chr2R:11428555-11428712	FBgn0022097,FBgn0034027	CG8187,Vha36-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0584	0.0582	0.0709	0.0448	0.0265	0.0636	0.077	0.0693	0.0265	0.0972	0.0752	0.0972	0.0581	0.0429	0.0464	0.0429	0.0406
chr2R	11428811	11428994	chr2R:11428812-11428994	FBgn0022097,FBgn0034027	CG8187,Vha36-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1422	0.1234	0.1727	0.1298	0.0764	0.1495	0.1414	0.1519	0.0764	0.2222	0.1875	0.2222	0.165	0.1371	0.127	0.1371	0.1511
chr2R	11429258	11429544	chr2R:11429259-11429544	FBgn0022097,FBgn0034027	CG8187,Vha36-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0601	0.0491	0.0797	0.0508	0.0201	0.0534	0.067	0.058	0.0201	0.09	0.0894	0.09	0.0829	0.0467	0.0516	0.0467	0.0703
chr2R	11429591	11429742	chr2R:11429592-11429742	FBgn0034029	eIF2B-gamma	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0516	0.0399	0.0736	0.0407	0.0159	0.0529	0.0515	0.0406	0.0159	0.0936	0.0868	0.0936	0.0612	0.0429	0.0426	0.0429	0.0511
chr2R	11429759	11429995	chr2R:11429760-11429995	FBgn0034029	eIF2B-gamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1014	0.0879	0.1308	0.0843	0.0414	0.1121	0.0956	0.1159	0.0414	0.1473	0.1588	0.1473	0.1162	0.0827	0.1012	0.0827	0.1063
chr2R	11430060	11430232	chr2R:11430061-11430232	FBgn0034029	eIF2B-gamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.147	0.1261	0.1797	0.1344	0.0732	0.1539	0.1436	0.1612	0.0732	0.2107	0.2039	0.2107	0.1743	0.1378	0.1541	0.1378	0.1777
chr2R	11430392	11430551	chr2R:11430393-11430551	FBgn0034029	eIF2B-gamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0408	0.0599	0.0404	0.017	0.0481	0.0541	0.0433	0.017	0.0616	0.0688	0.0616	0.062	0.0345	0.0529	0.0345	0.0469
chr2R	11437446	11437635	chr2R:11437447-11437635	FBgn0034030	CG8192	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0231	0.0386	0.0415	0.0085	0.0184	0.0311	0.0386	0.0085	0.0193	0.0733	0.0193	0.0147	0.0054	0.1509	0.0054	0.0125
chr2R	11437939	11438090	chr2R:11437940-11438090	FBgn0034030	CG8192	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0114	0.0118	0.0114	0.0109	0.0032	0.0068	0.0242	0.014	0.0032	0.0036	0.0209	0.0036	0.0077	0.0023	0.0368	0.0023	0.0063
chr2R	11438206	11438357	chr2R:11438207-11438357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0114	0.0101	0.0108	0.0135	0	0.0078	0.0186	0.012	0	0.006	0.0196	0.006	0.0062	0.0046	0.0419	0.0046	0.0068
chr2R	11445452	11445603	chr2R:11445453-11445603	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0161	0.0204	0.0201	0.007	0.0064	0.0228	0.0298	0.0253	0.0064	0.0109	0.0145	0.0109	0.0178	8e-04	0.0058	8e-04	0.0083
chr2R	11446762	11446976	chr2R:11446763-11446976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.031	0.0364	0.0332	0.0226	0.0191	0.035	0.0575	0.0386	0.0191	0.0211	0.0299	0.0211	0.0899	0.0123	0.0187	0.0123	0.0495
chr2R	11452832	11453123	chr2R:11452833-11453123	FBgn0034032	CG8195	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0716	0.0674	0.0784	0.0688	0.0392	0.084	0.0757	0.0859	0.0392	0.0694	0.0833	0.0694	0.1309	0.059	0.0561	0.059	0.1146
chr2R	11453220	11453401	chr2R:11453221-11453401	FBgn0034032	CG8195	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1153	0.112	0.1212	0.1125	0.0838	0.1252	0.1337	0.1426	0.0838	0.1341	0.1402	0.1341	0.1263	0.1118	0.1064	0.1118	0.1454
chr2R	11453568	11453764	chr2R:11453569-11453764	FBgn0034032	CG8195	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1272	0.1127	0.1466	0.1223	0.0721	0.1223	0.1466	0.1359	0.0721	0.1763	0.1624	0.1763	0.1425	0.124	0.1264	0.124	0.135
chr2R	11456375	11456550	chr2R:11456376-11456550	FBgn0024754	Flo-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1561	0.1195	0.1924	0.1572	0.0753	0.1583	0.122	0.1572	0.0753	0.2228	0.2113	0.2228	0.1929	0.1478	0.1586	0.1478	0.1876
chr2R	11456852	11457046	chr2R:11456853-11457046	FBgn0024754	Flo-1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1018	0.0754	0.1094	0.1231	0.0467	0.0893	0.0865	0.1013	0.0467	0.0996	0.117	0.0996	0.1224	0.1172	0.0986	0.1172	0.1402
chr2R	11458625	11458776	chr2R:11458626-11458776	FBgn0013762,FBgn0050466	CG30466,Cdk5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0561	0.0469	0.0751	0.0455	0.0361	0.0495	0.0528	0.066	0.0361	0.093	0.0781	0.093	0.0635	0.0505	0.0348	0.0505	0.0521
chr2R	11458841	11459011	chr2R:11458842-11459011	FBgn0013762,FBgn0050466	CG30466,Cdk5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.128	0.1167	0.1567	0.109	0.0689	0.1456	0.1259	0.1592	0.0689	0.195	0.1685	0.195	0.1503	0.1072	0.1135	0.1072	0.1261
chr2R	11459103	11459279	chr2R:11459104-11459279	FBgn0013762,FBgn0050466	CG30466,Cdk5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0684	0.067	0.0865	0.0501	0.0382	0.0791	0.0748	0.0939	0.0382	0.0984	0.1006	0.0984	0.0728	0.0329	0.0574	0.0329	0.0615
chr2R	11460991	11461146	chr2R:11460992-11461146	FBgn0034033	CG8204	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0594	0.0466	0.0778	0.0536	0.0233	0.0461	0.0549	0.0746	0.0233	0.1057	0.0871	0.1057	0.0674	0.0574	0.0535	0.0574	0.0719
chr2R	11461211	11461393	chr2R:11461212-11461393	FBgn0034033	CG8204	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1182	0.0933	0.1485	0.1128	0.0498	0.1073	0.1055	0.1319	0.0498	0.1673	0.1711	0.1673	0.1441	0.1256	0.1186	0.1256	0.1423
chr2R	11461438	11461616	chr2R:11461439-11461616	FBgn0034033	CG8204	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0937	0.0815	0.1207	0.0777	0.0445	0.0927	0.0926	0.1106	0.0445	0.1389	0.135	0.1389	0.1193	0.0904	0.0806	0.0904	0.0964
chr2R	11487926	11488111	chr2R:11487927-11488111	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0295	0.0227	0.0307	0.0356	0.0255	0.015	0.0316	0.0247	0.0255	0.0103	0.0457	0.0103	0.0503	0.0015	0.0999	0.0015	0.0417
chr2R	11488889	11489040	chr2R:11488890-11489040	distal	distal	stage14	stage14	VT17245.1	VT17245.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.013	0.0085	0.0114	0.0196	0.0042	0.0053	0.019	0.004	0.0042	0.0115	0.017	0.0115	0.0116	0.0061	0.0677	0.0061	0.0094
chr2R	11489417	11489696	chr2R:11489418-11489696	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT17245.1	VT17245.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0336	0.0168	0.0415	0.0436	0.0085	0.0184	0.0255	0.016	0.0085	0.0199	0.0363	0.0199	0.1325	0.0505	0.0754	0.0505	0.0542
chr2R	11497552	11497703	chr2R:11497553-11497703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0154	0.0097	0.0181	0.0188	0.0053	0.0049	0.0216	0.006	0.0053	0.0163	0.0241	0.0163	0.007	0.0069	0.0148	0.0069	0.0099
chr2R	11498382	11498807	chr2R:11498383-11498807	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0333	0.0695	0.1093	0.017	0.0311	0.0554	0.0306	0.017	0.0906	0.0637	0.0906	0.1224	0.1723	0.1464	0.1723	0.1073
chr2R	11500847	11500998	chr2R:11500848-11500998	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0076	0.0063	0.0249	0.0053	0.0073	0.0143	0.0053	0.0053	0.0036	0.0084	0.0036	0.0108	0.0253	0.0613	0.0253	0.0156
chr2R	11501212	11501424	chr2R:11501213-11501424	FBgn0260429	CG42524	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0493	0.0283	0.0279	0.0961	0.0148	0.0223	0.0554	0.0187	0.0148	0.0187	0.0347	0.0187	0.0434	0.0972	0.1702	0.0972	0.0959
chr2R	11502172	11502323	chr2R:11502173-11502323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.012	0.0101	0.0107	0.0157	0.0064	0.0063	0.0203	0.0067	0.0064	0.0066	0.0119	0.0066	0.0163	0.0031	0.0226	0.0031	0.0276
chr2R	11502430	11502581	chr2R:11502431-11502581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0148	0.0131	0.0122	0.0195	0.0064	0.0102	0.0281	0.0067	0.0064	0.0109	0.0164	0.0109	0.0077	0.0054	0.0503	0.0054	0.0125
chr2R	11539864	11540015	chr2R:11539865-11540015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0119	0.0232	0.0077	0.0039	0.0106	0.018	0.0407	0.0247	0.0106	0.0066	0.0093	0.0066	0.0085	0.0015	0.0071	0.0015	0.0031
chr2R	11542265	11542453	chr2R:11542266-11542453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0215	0.026	0.0173	0.0212	0.0064	0.0388	0.032	0.0253	0.0064	0.0205	0.0212	0.0205	0.0178	0.0145	0.0135	0.0145	0.0375
chr2R	11545286	11545710	chr2R:11545287-11545710	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1496	0.12	0.1798	0.1496	0.0488	0.1461	0.1397	0.1606	0.0488	0.2089	0.2039	0.2089	0.1921	0.1715	0.1618	0.1715	0.1579
chr2R	11546085	11546309	chr2R:11546086-11546309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0344	0.0277	0.0416	0.034	0.0085	0.033	0.0381	0.0313	0.0085	0.0447	0.0534	0.0447	0.038	0.0536	0.038	0.0536	0.0443
chr2R	11549824	11549975	chr2R:11549825-11549975	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0204	0.0308	0.0184	0.0109	0.0148	0.0214	0.0567	0.03	0.0148	0.0193	0.0238	0.0193	0.0209	0.0084	0.0129	0.0084	0.0156
chr2R	11550233	11550384	chr2R:11550234-11550384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0195	0.0234	0.0216	0.013	0.0095	0.0189	0.0424	0.024	0.0095	0.0205	0.0293	0.0205	0.0232	0.0084	0.0123	0.0084	0.0224
chr2R	11551653	11551804	chr2R:11551654-11551804	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0153	0.023	0.0287	0.0021	0.0155	0.0242	0.0173	0.0021	0.0266	0.0238	0.0266	0.0426	0.01	0.0168	0.01	0.0756
chr2R	11552464	11552790	chr2R:11552465-11552790	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0542	0.0262	0.0651	0.0737	0.0032	0.0408	0.0359	0.0213	0.0032	0.0713	0.0418	0.0713	0.1782	0.0314	0.0419	0.0314	0.2038
chr2R	11554305	11554619	chr2R:11554306-11554619	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0564	0.0315	0.0764	0.0624	0.0074	0.0476	0.0389	0.032	0.0074	0.096	0.0559	0.096	0.1681	0.023	0.038	0.023	0.1605
chr2R	11554854	11555085	chr2R:11554855-11555085	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.051	0.0413	0.0786	0.0316	0.0138	0.0655	0.051	0.036	0.0138	0.1546	0.0508	0.1546	0.1294	0.0306	0.0239	0.0306	0.0636
chr2R	11559168	11559324	chr2R:11559169-11559324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0218	0.0308	0.048	0.0053	0.0209	0.0329	0.032	0.0053	0.0229	0.0325	0.0229	0.062	0.036	0.0258	0.036	0.1214
chr2R	11562877	11563064	chr2R:11562878-11563064	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0846	0.0837	0.1079	0.06	0.0541	0.0689	0.1012	0.1379	0.0541	0.0435	0.1971	0.0435	0.0852	0.0314	0.1638	0.0314	0.0495
chr2R	11563385	11564002	chr2R:11563386-11564002	FBgn0023441	fus	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.3071	0.3684	0.3478	0.1938	0.3563	0.2752	0.4637	0.5376	0.3563	0.1002	0.5955	0.1002	0.385	0.0796	0.49	0.0796	0.1626
chr2R	11564109	11564298	chr2R:11564110-11564298	FBgn0023441	fus	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1125	0.0879	0.1598	0.088	0.0435	0.0995	0.0874	0.1459	0.0435	0.0531	0.2797	0.0531	0.1704	0.0521	0.2121	0.0521	0.0808
chr2R	11566381	11566566	chr2R:11566382-11566566	FBgn0034035	CG8207	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.152	0.1446	0.1749	0.1351	0.0976	0.1641	0.16	0.1919	0.0976	0.2047	0.1981	0.2047	0.182	0.1271	0.1354	0.1271	0.1798
chr2R	11566789	11566965	chr2R:11566790-11566965	FBgn0034035	CG8207	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.0925	0.1272	0.1134	0.0573	0.1194	0.0939	0.1259	0.0573	0.157	0.1444	0.157	0.1193	0.1164	0.1167	0.1164	0.1371
chr2R	11567049	11567200	chr2R:11567050-11567200	FBgn0262512	Vha14-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0641	0.0627	0.0777	0.0508	0.0435	0.0714	0.0779	0.0786	0.0435	0.1135	0.0794	0.1135	0.0821	0.0467	0.0484	0.0467	0.0646
chr2R	11567253	11567426	chr2R:11567254-11567426	FBgn0262512	Vha14-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0788	0.0735	0.0907	0.0714	0.0509	0.0879	0.0835	0.0926	0.0509	0.1147	0.0987	0.1147	0.0953	0.0781	0.0729	0.0781	0.086
chr2R	11567532	11567713	chr2R:11567533-11567713	FBgn0050091,FBgn0262512	CG30091,Vha14-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1744	0.1747	0.1898	0.1571	0.1262	0.2029	0.2011	0.2225	0.1262	0.2434	0.2042	0.2434	0.1913	0.1692	0.1625	0.1692	0.197
chr2R	11570185	11570336	chr2R:11570186-11570336	FBgn0053139	Ranbp11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.053	0.0573	0.0607	0.0398	0.0361	0.0607	0.061	0.0866	0.0361	0.0749	0.0637	0.0749	0.0651	0.0406	0.0374	0.0406	0.0469
chr2R	11576857	11577097	chr2R:11576858-11577097	FBgn0034037,FBgn0050090	CG30090,CG8214	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0233	0.0368	0.0213	0.0104	0.0117	0.0427	0.0433	0.0533	0.0117	0.0248	0.0267	0.0248	0.0209	0.01	0.0064	0.01	0.0182
chr2R	11581010	11581161	chr2R:11581011-11581161	FBgn0053460	CG33460	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0166	0.0319	0.0093	0.0075	0.017	0.0209	0.0662	0.0247	0.017	0.0054	0.0125	0.0054	0.0093	0.0061	0.0077	0.0061	0.012
chr2R	11585268	11585419	chr2R:11585269-11585419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0333	0.0369	0.0377	0.0245	0.0223	0.0243	0.0606	0.0433	0.0223	0.0338	0.0502	0.0338	0.0318	0.023	0.0322	0.023	0.025
chr2R	11585601	11585835	chr2R:11585602-11585835	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1034	0.1123	0.1091	0.0873	0.0785	0.1024	0.16	0.1392	0.0785	0.1159	0.1212	0.1159	0.1131	0.0919	0.1025	0.0919	0.0948
chr2R	11585941	11586120	chr2R:11585942-11586120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0668	0.0416	0.0298	0.0498	0.0481	0.0965	0.0953	0.0498	0.0368	0.0547	0.0368	0.0263	0.0276	0.0387	0.0276	0.0287
chr2R	11586390	11586550	chr2R:11586391-11586550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0347	0.0405	0.0378	0.0246	0.0223	0.0316	0.058	0.0593	0.0223	0.0217	0.0569	0.0217	0.0225	0.0138	0.0613	0.0138	0.0146
chr2R	11586689	11586914	chr2R:11586690-11586914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0461	0.0382	0.0228	0.0276	0.035	0.0722	0.0593	0.0276	0.0362	0.0489	0.0362	0.0178	0.0184	0.0329	0.0184	0.0104
chr2R	11587308	11587504	chr2R:11587309-11587504	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0834	0.1811	0.0496	0.0114	0.1559	0.1019	0.2755	0.2525	0.1559	0.0368	0.0733	0.0368	0.0108	0.0199	0.011	0.0199	0.0068
chr2R	11589226	11589468	chr2R:11589227-11589468	FBgn0050080,FBgn0261538	CG30080,CG42662	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0361	0.0339	0.0416	0.0326	0.018	0.0471	0.0476	0.026	0.018	0.1171	0.0277	0.1171	0.0201	0.1026	0.0181	0.1026	0.0198
chr2R	11589811	11589962	chr2R:11589812-11589962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0176	0.0137	0.0184	0.0085	0.016	0.0277	0.02	0.0085	0.0229	0.0109	0.0229	0.0101	0.0207	0.0148	0.0207	0.0089
chr2R	11590055	11590206	chr2R:11590056-11590206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0171	0.0122	0.0141	0.0074	0.016	0.0307	0.0153	0.0074	0.0187	0.0141	0.0187	0.0046	0.0077	0.0097	0.0077	0.0083
chr2R	11590263	11590414	chr2R:11590264-11590414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0136	0.0165	0.0108	0.0136	0.0064	0.0126	0.0346	0.0133	0.0064	0.0181	0.0093	0.0181	0.0023	0.0084	0.0032	0.0084	0.0026
chr2R	11590598	11590749	chr2R:11590599-11590749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0144	0.0161	0.011	0.0163	0.0064	0.0097	0.032	0.016	0.0064	0.0085	0.0109	0.0085	0.0085	0.0115	0.0039	0.0115	0.0089
chr2R	11604111	11604262	chr2R:11604112-11604262	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0059	0.0052	0.0143	0.0011	0.0058	0.0112	0.0053	0.0011	0.0036	0.0071	0.0036	8e-04	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chr2R	11604993	11605144	chr2R:11604994-11605144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0102	0.009	0.008	0.0141	0.0032	0.0078	0.019	0.0047	0.0032	0.006	0.008	0.006	0.0054	0.0092	0.0045	0.0092	0.0063
chr2R	11605160	11605311	chr2R:11605161-11605311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0105	0.0093	0.0156	0.0064	0.0083	0.0186	0.0093	0.0064	0.0072	0.0084	0.0072	0.0062	0.0115	0.0064	0.0115	0.0042
chr2R	11605378	11605653	chr2R:11605379-11605653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0141	0.0173	0.0267	0.0064	0.015	0.0216	0.0133	0.0064	0.0109	0.0138	0.0109	0.0116	0.0092	0.0058	0.0092	0.0099
chr2R	11607798	11607949	chr2R:11607799-11607949	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.011	0.0107	0.0079	0.0149	0.0064	0.0073	0.0221	0.0073	0.0064	0.0072	0.0058	0.0072	0.0077	0.0038	0.0013	0.0038	0.0042
chr2R	11612481	11612632	chr2R:11612482-11612632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0141	0.0113	0.0076	0.0242	0.0021	0.0078	0.0229	0.012	0.0021	0.0066	0.0071	0.0066	0.0077	0.0038	0.0026	0.0038	0.0109
chr2R	11612938	11613089	chr2R:11612939-11613089	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0088	0.0067	0.0217	0	0.0078	0.0169	0.0093	0	0.0048	0.0071	0.0048	0.0046	0.0061	0.0032	0.0061	0.0141
chr2R	11613422	11613613	chr2R:11613423-11613613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0138	0.0187	0.0362	0.0021	0.016	0.0208	0.014	0.0021	0.0181	0.0174	0.0181	0.0263	0.0168	0.0174	0.0168	0.0433
chr2R	11614778	11614929	chr2R:11614779-11614929	FBgn0050089	CG30089	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0112	0.0089	0.0306	0.0042	0.0092	0.0182	0.0127	0.0042	0.0079	0.0051	0.0079	0.0093	0.0031	0.0058	0.0031	0.0078
chr2R	11620774	11620999	chr2R:11620775-11620999	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0448	0.0204	0.0576	0.0581	0.0021	0.0398	0.0203	0.0173	0.0021	0.0972	0.028	0.0972	0.0906	0.0291	0.0161	0.0291	0.1433
chr2R	11621084	11621235	chr2R:11621085-11621235	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0203	0.0121	0.0213	0.0284	0.0032	0.0291	0.0087	0.006	0.0032	0.0314	0.0084	0.0314	0.0434	0.0161	0.0077	0.0161	0.0698
chr2R	11621671	11621822	chr2R:11621672-11621822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0283	0.0174	0.0249	0.0443	0.0064	0.0272	0.0195	0.016	0.0064	0.0308	0.0232	0.0308	0.0372	0.0283	0.0355	0.0283	0.0844
chr2R	11621932	11622166	chr2R:11621933-11622166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0438	0.0285	0.0492	0.0549	0.0117	0.0345	0.032	0.0366	0.0117	0.0543	0.0428	0.0543	0.0837	0.0482	0.0406	0.0482	0.0938
chr2R	11622818	11623056	chr2R:11622819-11623056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2846	0.282	0.3485	0.2174	0.2481	0.3529	0.2591	0.3704	0.2481	0.4595	0.4084	0.4595	0.3013	0.2703	0.294	0.2703	0.3147
chr2R	11623277	11623562	chr2R:11623278-11623562	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1405	0.1695	0.161	0.0855	0.1294	0.1966	0.1683	0.2412	0.1294	0.2041	0.1929	0.2041	0.1332	0.0781	0.0999	0.0781	0.1344
chr2R	11624703	11624887	chr2R:11624704-11624887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0661	0.1014	0.0684	0.0242	0.0817	0.1175	0.1073	0.1359	0.0817	0.1069	0.0846	0.1069	0.0186	0.0161	0.0174	0.0161	0.0188
chr2R	11626706	11626857	chr2R:11626707-11626857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0437	0.0581	0.0524	0.018	0.0509	0.0519	0.067	0.0926	0.0509	0.0151	0.1026	0.0151	0.0163	0.0069	0.0413	0.0069	0.0094
chr2R	11626900	11627167	chr2R:11626901-11627167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0898	0.1376	0.0901	0.0362	0.123	0.1189	0.154	0.2199	0.123	0.0332	0.1768	0.0332	0.0209	0.0138	0.0896	0.0138	0.0203
chr2R	11627559	11627968	chr2R:11627560-11627968	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1911	0.2618	0.2206	0.0798	0.2153	0.2393	0.2881	0.4164	0.2153	0.0767	0.3904	0.0767	0.0697	0.0237	0.1986	0.0237	0.0313
chr2R	11628474	11628663	chr2R:11628475-11628663	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0451	0.0521	0.0538	0.0277	0.035	0.0442	0.051	0.1033	0.035	0.0223	0.1032	0.0223	0.0108	0.0061	0.0767	0.0061	0.0141
chr2R	11632030	11632197	chr2R:11632031-11632197	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0306	0.0226	0.0353	0.0344	0.0095	0.0388	0.0221	0.0207	0.0095	0.0229	0.0238	0.0229	0.0527	0.0069	0.0155	0.0069	0.0328
chr2R	11632210	11632430	chr2R:11632211-11632430	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.042	0.0344	0.0475	0.0444	0.0064	0.049	0.0402	0.0413	0.0064	0.0211	0.0334	0.0211	0.0434	0.0084	0.0148	0.0084	0.037
chr2R	11632467	11632618	chr2R:11632468-11632618	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0272	0.0317	0.0363	0.0085	0.032	0.035	0.0333	0.0085	0.0139	0.0228	0.0139	0.0225	0.01	0.0103	0.01	0.0266
chr2R	11633007	11633171	chr2R:11633008-11633171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0351	0.0368	0.0341	0.0343	0.0255	0.0325	0.061	0.034	0.0255	0.0229	0.0225	0.0229	0.0279	0.0107	0.0097	0.0107	0.012
chr2R	11634272	11634642	chr2R:11634273-11634642	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0557	0.0547	0.069	0.0422	0.0212	0.0563	0.0722	0.0779	0.0212	0.0399	0.1206	0.0399	0.0434	0.0176	0.1012	0.0176	0.0276
chr2R	11635622	11635773	chr2R:11635623-11635773	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0208	0.0375	0.0137	0.01	0.017	0.0408	0.0407	0.0606	0.017	0.0175	0.0158	0.0175	0.007	0.0107	0.011	0.0107	0.0073
chr2R	11637674	11637934	chr2R:11637675-11637934	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0556	0.0355	0.0572	0.0762	0.0148	0.051	0.0398	0.0413	0.0148	0.0767	0.0621	0.0767	0.0596	0.144	0.06	0.144	0.1063
chr2R	11637938	11638221	chr2R:11637939-11638221	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.067	0.0501	0.067	0.0858	0.0212	0.0655	0.0506	0.0706	0.0212	0.1045	0.0701	0.1045	0.0612	0.1669	0.0658	0.1669	0.1162
chr2R	11638351	11638619	chr2R:11638352-11638619	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1041	0.1072	0.1124	0.0915	0.0435	0.1723	0.0895	0.1359	0.0435	0.2325	0.1068	0.2325	0.0689	0.2006	0.0651	0.2006	0.1011
chr2R	11641216	11641367	chr2R:11641217-11641367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0175	0.0214	0.0113	0.0201	0.0032	0.0204	0.0268	0.0373	0.0032	0.0091	0.0116	0.0091	0.0163	0.0168	0.0064	0.0168	0.0495
chr2R	11642580	11642731	chr2R:11642581-11642731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0332	0.0584	0.0245	0.0146	0.052	0.034	0.0891	0.0793	0.052	0.0163	0.0309	0.0163	0.0163	0.01	0.0097	0.01	0.0135
chr2R	11642855	11643604	chr2R:11642856-11643604	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1069	0.2193	0.053	0.0404	0.1866	0.1772	0.2401	0.3651	0.1866	0.0393	0.0563	0.0393	0.0263	0.0161	0.0239	0.0161	0.0219
chr2R	11644044	11644276	chr2R:11644045-11644276	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0632	0.1355	0.0334	0.0153	0.1092	0.0786	0.1791	0.2305	0.1092	0.0284	0.0363	0.0284	0.0263	0.0092	0.0174	0.0092	0.0177
chr2R	11646269	11646420	chr2R:11646270-11646420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0265	0.0178	0.0206	0.0106	0.0272	0.0342	0.0366	0.0106	0.0175	0.0174	0.0175	0.0085	0.0123	0.0084	0.0123	0.0162
chr2R	11647202	11647368	chr2R:11647203-11647368	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0331	0.0476	0.0325	0.0177	0.0201	0.0617	0.0424	0.0759	0.0201	0.0537	0.017	0.0537	0.0093	0.0046	0.0052	0.0046	0.0104
chr2R	11647556	11647853	chr2R:11647557-11647853	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0738	0.0942	0.093	0.0298	0.0541	0.1379	0.0731	0.1426	0.0541	0.2307	0.064	0.2307	0.0217	0.0283	0.02	0.0283	0.0156
chr2R	11649194	11649529	chr2R:11649195-11649529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0576	0.0799	0.0572	0.0331	0.0562	0.0922	0.0895	0.1059	0.0562	0.0773	0.0553	0.0773	0.0279	0.026	0.0187	0.026	0.0365
chr2R	11649558	11649792	chr2R:11649559-11649792	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0489	0.0606	0.0485	0.0363	0.0456	0.067	0.0692	0.0799	0.0456	0.0628	0.0473	0.0628	0.0333	0.0245	0.0264	0.0245	0.0422
chr2R	11649817	11650022	chr2R:11649818-11650022	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.089	0.0921	0.1011	0.0723	0.0509	0.1058	0.1047	0.1252	0.0509	0.1292	0.1109	0.1292	0.0976	0.0773	0.0625	0.0773	0.1079
chr2R	11657614	11657765	chr2R:11657615-11657765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.0122	0.0107	0.0135	0.0074	0.0107	0.0203	0.012	0.0074	0.0115	0.0103	0.0115	0.0139	0.0153	0.0077	0.0153	0.0094
chr2R	11657768	11657919	chr2R:11657769-11657919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0148	0.0161	0.0133	0.015	0.0064	0.0126	0.0242	0.0207	0.0064	0.0175	0.0129	0.0175	0.0155	0.0253	0.0077	0.0253	0.0094
chr2R	11660569	11660763	chr2R:11660570-11660763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0277	0.0246	0.0273	0.0316	0.0159	0.0272	0.035	0.026	0.0159	0.0556	0.0244	0.0556	0.0194	0.1087	0.0135	0.1087	0.0224
chr2R	11668736	11668905	chr2R:11668737-11668905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0451	0.064	0.0373	0.0255	0.0481	0.0584	0.0546	0.0255	0.0779	0.0752	0.0779	0.0736	0.049	0.0419	0.049	0.0578
chr2R	11672094	11672245	chr2R:11672095-11672245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0138	0.0104	0.0125	0.0095	0.0131	0.0208	0.0133	0.0095	0.0066	0.0129	0.0066	0.0101	0.0084	0.0026	0.0084	0.0083
chr2R	11678062	11678485	chr2R:11678063-11678485	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0895	0.1933	0.042	0.0255	0.1983	0.1578	0.2595	0.2398	0.1983	0.0302	0.0685	0.0302	0.0225	0.0368	0.0451	0.0368	0.013
chr2R	11678571	11678866	chr2R:11678572-11678866	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0581	0.0325	0.0226	0.0435	0.0587	0.064	0.0859	0.0435	0.0211	0.0553	0.0211	0.0163	0.0222	0.0471	0.0222	0.012
chr2R	11681440	11681691	chr2R:11681441-11681691	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0593	0.1103	0.0481	0.0146	0.1092	0.051	0.1592	0.1812	0.1092	0.0193	0.0945	0.0193	0.0178	0.0077	0.0297	0.0077	0.0162
chr2R	11682899	11683136	chr2R:11682900-11683136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0379	0.0661	0.0278	0.0174	0.0456	0.0505	0.0982	0.0906	0.0456	0.0133	0.0463	0.0133	0.017	0.01	0.0206	0.01	0.0089
chr2R	11684654	11684880	chr2R:11684655-11684880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.029	0.0363	0.0294	0.0205	0.0233	0.0291	0.0593	0.0366	0.0233	0.0175	0.0428	0.0175	0.0318	0.0138	0.0155	0.0138	0.0302
chr2R	11685009	11685215	chr2R:11685010-11685215	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0422	0.0644	0.0421	0.0175	0.0477	0.0442	0.1042	0.0799	0.0477	0.0163	0.0781	0.0163	0.0256	0.0145	0.0342	0.0145	0.0146
chr2R	11685532	11685683	chr2R:11685533-11685683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0188	0.0312	0.0165	0.0074	0.018	0.0272	0.0463	0.0426	0.018	0.0139	0.026	0.0139	0.0085	0.0038	0.0071	0.0038	0.0057
chr2R	11685741	11686020	chr2R:11685742-11686020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0265	0.0419	0.0265	0.0093	0.0223	0.0301	0.0701	0.0526	0.0223	0.0187	0.0415	0.0187	0.0194	0.0061	0.0155	0.0061	0.0063
chr2R	11689838	11689996	chr2R:11689839-11689996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0198	0.0183	0.0274	0.0127	0.0189	0.0294	0.022	0.0127	0.0109	0.0148	0.0109	0.0503	0.0115	0.011	0.0115	0.0766
chr2R	11691750	11691901	chr2R:11691751-11691901	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0135	0.0127	0.0148	0.0074	0.0131	0.0195	0.0127	0.0074	0.0121	0.0151	0.0121	0.0077	0	0.0039	0	0.0047
chr2R	11696192	11696343	chr2R:11696193-11696343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0114	0.0092	0.0088	0.0169	0.0021	0.0121	0.0125	0.0107	0.0021	0.0085	0.0096	0.0085	0.0124	0.0123	0.02	0.0123	0.0281
chr2R	11696613	11696764	chr2R:11696614-11696764	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.029	0.0102	0.0106	0.018	0.0218	0.0407	0.044	0.018	0.0091	0.0122	0.0091	0.0139	0.013	0.0103	0.013	0.0162
chr2R	11700854	11701066	chr2R:11700855-11701066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0287	0.026	0.0273	0.0333	0.017	0.0233	0.0385	0.0313	0.017	0.0145	0.0264	0.0145	0.0705	0.0191	0.0348	0.0191	0.0709
chr2R	11704459	11704673	chr2R:11704460-11704673	FBgn0083919	Zasp52	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1731	0.215	0.1886	0.1093	0.2015	0.1694	0.2591	0.3225	0.2015	0.0791	0.3161	0.0791	0.2037	0.1003	0.2224	0.1003	0.1303
chr2R	11705439	11705732	chr2R:11705440-11705732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0605	0.0601	0.0773	0.0426	0.0201	0.0544	0.0692	0.1146	0.0201	0.0314	0.1408	0.0314	0.0519	0.0145	0.1083	0.0145	0.0344
chr2R	11706088	11706260	chr2R:11706089-11706260	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.106	0.0906	0.1336	0.0927	0.0594	0.1019	0.1042	0.1266	0.0594	0.1159	0.1733	0.1159	0.1356	0.0957	0.1064	0.0957	0.1204
chr2R	11708565	11708716	chr2R:11708566-11708716	FBgn0053465	CG33465	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0387	0.0341	0.0449	0.037	0.018	0.0359	0.042	0.046	0.018	0.0399	0.0553	0.0399	0.0573	0.0276	0.0387	0.0276	0.0667
chr2R	11708940	11709138	chr2R:11708941-11709138	FBgn0053465	CG33465	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1585	0.1438	0.1915	0.1387	0.105	0.1631	0.1661	0.1832	0.105	0.2204	0.2145	0.2204	0.1952	0.1508	0.1431	0.1508	0.1772
chr2R	11711203	11711462	chr2R:11711204-11711462	distal	distal	none	none	VT17372.1,VT17373.1	VT17372.1,VT17373.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0326	0.0242	0.0467	0.0265	0.0064	0.0248	0.0337	0.0346	0.0064	0.0236	0.0794	0.0236	0.024	0.0138	0.0651	0.0138	0.0198
chr2R	11716419	11716572	chr2R:11716420-11716572	distal	distal	none	none	VT17375.1	VT17375.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0194	0.0294	0.0132	0.0085	0.0257	0.0195	0.0286	0.0085	0.0151	0.0383	0.0151	0.0442	0.0054	0.0116	0.0054	0.0219
chr2R	11717318	11717485	chr2R:11717319-11717485	distal	distal	none	none	VT17375.1,VT17376.1	VT17375.1,VT17376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0198	0.0167	0.0239	0.0189	0.0095	0.017	0.0268	0.016	0.0095	0.0242	0.0296	0.0242	0.024	0.0084	0.0316	0.0084	0.0234
chr2R	11722595	11722877	chr2R:11722596-11722877	FBgn0003130	Poxn	stage11,stage14	none	Poxn_9	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2008	0.1097	0.3193	0.1725	0.018	0.1782	0.0636	0.2039	0.018	0.2409	0.426	0.2409	0.2502	0.072	0.3217	0.072	0.0818
chr2R	11723322	11723523	chr2R:11723323-11723523	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0882	0.0396	0.1473	0.0774	0.0074	0.0646	0.0272	0.0693	0.0074	0.0876	0.1842	0.0876	0.1224	0.0299	0.0754	0.0299	0.037
chr2R	11726570	11726721	chr2R:11726571-11726721	distal	distal	none	none	Poxn_6	Poxn_6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0184	0.0426	0.0167	0.0032	0.0238	0.0182	0.0326	0.0032	0.038	0.0518	0.038	0.0147	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chr2R	11729116	11729541	chr2R:11729117-11729541	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0458	0.0285	0.0852	0.022	0.0085	0.0335	0.0363	0.04	0.0085	0.0374	0.0929	0.0374	0.0263	0.0115	0.0245	0.0115	0.012
chr2R	11730922	11731370	chr2R:11730923-11731370	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0609	0.058	0.0794	0.0437	0.035	0.0534	0.0748	0.0833	0.035	0.0374	0.1254	0.0374	0.0953	0.0283	0.1096	0.0283	0.0339
chr2R	11734380	11734567	chr2R:11734381-11734567	FBgn0034045	CG8249	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0258	0.0788	0.0674	0.0074	0.0306	0.0389	0.028	0.0074	0.0332	0.101	0.0332	0.1619	0.0214	0.0896	0.0214	0.1496
chr2R	11734757	11734992	chr2R:11734758-11734992	FBgn0034045	CG8249	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0752	0.03	0.1061	0.0916	0.0064	0.0398	0.0411	0.0293	0.0064	0.0429	0.1698	0.0429	0.1433	0.0237	0.1941	0.0237	0.1511
chr2R	11735022	11735297	chr2R:11735023-11735297	FBgn0034045	CG8249	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0398	0.0934	0.0638	0.0212	0.049	0.0528	0.042	0.0212	0.0652	0.1135	0.0652	0.1526	0.026	0.1025	0.026	0.1126
chr2R	11735538	11735718	chr2R:11735539-11735718	FBgn0034046	tun	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1148	0.0917	0.1414	0.1114	0.0498	0.1068	0.1163	0.1139	0.0498	0.163	0.1579	0.163	0.1526	0.1041	0.1251	0.1041	0.1501
chr2R	11736004	11736172	chr2R:11736005-11736172	FBgn0034046	tun	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0591	0.0228	0.0407	0.1199	0.0085	0.0282	0.029	0.0293	0.0085	0.0326	0.0441	0.0326	0.0604	0.1248	0.1444	0.1248	0.1542
chr2R	11738258	11738409	chr2R:11738259-11738409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0222	0.0217	0.0209	0.0064	0.0194	0.0381	0.0247	0.0064	0.0223	0.0222	0.0223	0.0201	0.0115	0.0071	0.0115	0.0135
chr2R	11738878	11739109	chr2R:11738879-11739109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.034	0.0348	0.0338	0.0333	0.0127	0.033	0.0541	0.0426	0.0127	0.0205	0.0421	0.0205	0.0325	0.0084	0.0193	0.0084	0.0177
chr2R	11741650	11741815	chr2R:11741651-11741815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0485	0.0256	0.0074	0.0403	0.032	0.0861	0.048	0.0403	0.0344	0.0302	0.0344	0.0186	0.0107	0.0064	0.0107	0.0083
chr2R	11741916	11742072	chr2R:11741917-11742072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0191	0.0325	0.0165	0.007	0.0318	0.018	0.0571	0.034	0.0318	0.0229	0.019	0.0229	0.0132	0.0115	0.0045	0.0115	0.0078
chr2R	11748849	11749054	chr2R:11748850-11749054	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.031	0.0278	0.0202	0.0464	0.018	0.0146	0.0493	0.0353	0.018	0.0121	0.0186	0.0121	0.0349	0.0161	0.0335	0.0161	0.0443
chr2R	11750344	11750663	chr2R:11750345-11750663	FBgn0022160	Gpo-1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0492	0.0568	0.0451	0.0451	0.0276	0.0515	0.0926	0.0573	0.0276	0.0326	0.0421	0.0326	0.1007	0.0352	0.0251	0.0352	0.1079
chr2R	11750933	11751286	chr2R:11750934-11751286	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.06	0.0723	0.0572	0.0493	0.0424	0.0617	0.1099	0.0886	0.0424	0.0417	0.0505	0.0417	0.1472	0.0268	0.0303	0.0268	0.1271
chr2R	11751288	11751439	chr2R:11751289-11751439	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0326	0.0434	0.0321	0.021	0.0276	0.0383	0.0644	0.0506	0.0276	0.0163	0.0299	0.0163	0.0852	0.0084	0.0135	0.0084	0.0537
chr2R	11753626	11753898	chr2R:11753627-11753898	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0777	0.171	0.0411	0.0136	0.14	0.0636	0.2855	0.2525	0.14	0.0175	0.0601	0.0175	0.0318	0.0161	0.0148	0.0161	0.0167
chr2R	11756302	11756491	chr2R:11756303-11756491	FBgn0050085	CG30085	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0686	0.0773	0.076	0.0507	0.0424	0.0738	0.1003	0.1006	0.0424	0.0725	0.0855	0.0725	0.0953	0.0444	0.0619	0.0444	0.0719
chr2R	11756580	11756760	chr2R:11756581-11756760	FBgn0050085	CG30085	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.138	0.1552	0.1506	0.105	0.1326	0.149	0.1821	0.2112	0.1326	0.1661	0.1778	0.1661	0.1588	0.1011	0.1128	0.1011	0.1433
chr2R	11763132	11763283	chr2R:11763133-11763283	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0474	0.0228	0.0121	0.0382	0.0282	0.0644	0.0773	0.0382	0.0139	0.0322	0.0139	0.0217	0.0168	0.0168	0.0168	0.0099
chr2R	11765724	11765875	chr2R:11765725-11765875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0349	0.0278	0.023	0.0308	0.015	0.058	0.048	0.0308	0.0266	0.0305	0.0266	0.0418	0.0237	0.0161	0.0237	0.0323
chr2R	11766145	11766298	chr2R:11766146-11766298	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0274	0.0303	0.0216	0.0306	0.0212	0.0189	0.0484	0.036	0.0212	0.0151	0.0312	0.0151	0.0225	0.0475	0.0148	0.0475	0.0485
chr2R	11770506	11770657	chr2R:11770507-11770657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0256	0.0369	0.0198	0.0195	0.0329	0.0199	0.0679	0.0353	0.0329	0.0115	0.0305	0.0115	0.0163	0.0168	0.0297	0.0168	0.0276
chr2R	11771154	11771305	chr2R:11771155-11771305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0359	0.0419	0.0369	0.0281	0.0371	0.0301	0.0623	0.054	0.0371	0.029	0.0608	0.029	0.0201	0.0115	0.0683	0.0115	0.0224
chr2R	11774152	11774421	chr2R:11774153-11774421	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	sli_1.5_BH	sli_1.5_BH	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1475	0.2198	0.1515	0.0621	0.2036	0.1286	0.3045	0.3324	0.2036	0.0525	0.3129	0.0525	0.0457	0.01	0.2031	0.01	0.0323
chr2R	11778363	11778788	chr2R:11778364-11778788	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT17405.1,sli_0.9_NC	VT17405.1,sli_0.9_NC	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.271	0.3799	0.3041	0.1131	0.3277	0.3655	0.4762	0.4724	0.3277	0.244	0.446	0.244	0.2448	0.0796	0.2334	0.0796	0.1162
chr2R	11778989	11779215	chr2R:11778990-11779215	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17405.1	VT17405.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0847	0.1085	0.1038	0.037	0.0774	0.1015	0.1449	0.1372	0.0774	0.0876	0.1457	0.0876	0.1139	0.0413	0.0432	0.0413	0.0542
chr2R	11779601	11779818	chr2R:11779602-11779818	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT17405.1	VT17405.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0739	0.1068	0.0675	0.044	0.0785	0.1015	0.1527	0.1173	0.0785	0.1081	0.0714	0.1081	0.0527	0.0712	0.0322	0.0712	0.0672
chr2R	11780031	11780182	chr2R:11780032-11780182	distal	distal	none	none	VT17405.1	VT17405.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.03	0.0323	0.027	0.0306	0.018	0.0282	0.0489	0.04	0.018	0.026	0.0331	0.026	0.0294	0.0199	0.0193	0.0199	0.0677
chr2R	11781532	11781683	chr2R:11781533-11781683	distal	distal	none	none	sli_2.2_BR	sli_2.2_BR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0306	0.0234	0.0357	0.0331	0.0117	0.0286	0.0355	0.018	0.0117	0.0423	0.0357	0.0423	0.0519	0.0184	0.0239	0.0184	0.0756
chr2R	11781816	11782004	chr2R:11781817-11782004	distal	distal	none	none	sli_2.2_BR	sli_2.2_BR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0366	0.0201	0.0407	0.0504	0.0042	0.0286	0.0281	0.0173	0.0042	0.0254	0.0328	0.0254	0.1201	0.026	0.0329	0.026	0.112
chr2R	11782996	11783147	chr2R:11782997-11783147	distal	distal	none	none	sli_2.2_BR	sli_2.2_BR	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0336	0.0181	0.0464	0.0369	0.0074	0.0184	0.0216	0.0273	0.0074	0.0876	0.0473	0.0876	0.0341	0.0452	0.0335	0.0452	0.0511
chr2R	11784453	11784701	chr2R:11784454-11784701	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0551	0.0336	0.0643	0.0688	0.0117	0.0369	0.0471	0.0406	0.0117	0.09	0.0768	0.09	0.062	0.0528	0.0916	0.0528	0.1214
chr2R	11784706	11784961	chr2R:11784707-11784961	distal	distal	stage14	none	VT17409.1	VT17409.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.0431	0.0635	0.0632	0.0159	0.0442	0.0593	0.0506	0.0159	0.0743	0.082	0.0743	0.062	0.0421	0.0974	0.0421	0.1021
chr2R	11785314	11785798	chr2R:11785315-11785798	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17409.1	VT17409.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1829	0.3094	0.1661	0.06	0.333	0.1558	0.4589	0.4211	0.333	0.0833	0.3077	0.0833	0.0775	0.0322	0.1444	0.0322	0.05
chr2R	11786611	11787065	chr2R:11786612-11787065	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17409.1,VT17410.1	VT17409.1,VT17410.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.13	0.1786	0.1556	0.0478	0.0954	0.2199	0.1756	0.2685	0.0954	0.2717	0.1894	0.2717	0.0821	0.0398	0.0587	0.0398	0.0406
chr2R	11787083	11787234	chr2R:11787084-11787234	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17410.1	VT17410.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0854	0.0622	0.0221	0.0265	0.1092	0.0852	0.1346	0.0265	0.0948	0.0807	0.0948	0.0318	0.0168	0.0245	0.0168	0.0229
chr2R	11787384	11787582	chr2R:11787385-11787582	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17410.1	VT17410.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0791	0.1158	0.0879	0.0285	0.0583	0.1039	0.1544	0.1732	0.0583	0.1069	0.1232	0.1069	0.0287	0.0153	0.0368	0.0153	0.0156
chr2R	11787641	11787888	chr2R:11787642-11787888	distal	distal	stage11	stage11	VT17410.1	VT17410.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0653	0.0704	0.0852	0.0379	0.0244	0.085	0.0817	0.0993	0.0244	0.1008	0.1289	0.1008	0.0302	0.0375	0.0632	0.0375	0.0245
chr2R	11788337	11788511	chr2R:11788338-11788511	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT17410.1	VT17410.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0659	0.0906	0.0815	0.0213	0.0488	0.0665	0.1055	0.1785	0.0488	0.0568	0.1405	0.0568	0.0434	0.0184	0.0335	0.0184	0.025
chr2R	11791333	11791588	chr2R:11791334-11791588	distal	distal	none	none	VT17412.1	VT17412.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0507	0.05	0.0223	0.0244	0.0617	0.0644	0.0566	0.0244	0.0489	0.0524	0.0489	0.0666	0.0161	0.0193	0.0161	0.0328
chr2R	11791735	11792163	chr2R:11791736-11792163	distal	distal	stage5	stage5	VT17412.1,VT17413.1	VT17412.1,VT17413.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0508	0.0739	0.0449	0.0315	0.0318	0.085	0.0869	0.1059	0.0318	0.0423	0.045	0.0423	0.0325	0.0184	0.0161	0.0184	0.0307
chr2R	11792676	11792827	chr2R:11792677-11792827	distal	distal	none	none	VT17413.1	VT17413.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0115	0.0165	0.015	0.0032	0.0107	0.0151	0.0167	0.0032	0.0115	0.0145	0.0115	0.024	0.0031	0.0052	0.0031	0.0141
chr2R	11793072	11793223	chr2R:11793073-11793223	distal	distal	none	none	VT17413.1	VT17413.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0066	0.0077	0.0146	0.0011	0.0053	0.0099	0.0107	0.0011	0.0042	0.0077	0.0042	0.0108	0.0153	0.0032	0.0153	0.0068
chr2R	11794026	11794177	chr2R:11794027-11794177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0314	0.0228	0.0121	0.0148	0.0359	0.0346	0.0473	0.0148	0.0175	0.0322	0.0175	0.0225	0.0161	0.0116	0.0161	0.0151
chr2R	11794546	11794697	chr2R:11794547-11794697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0263	0.0164	0.0086	0.0148	0.0238	0.0433	0.028	0.0148	0.0115	0.0222	0.0115	0.0139	0.0084	0.0097	0.0084	0.0094
chr2R	11795319	11795470	chr2R:11795320-11795470	distal	distal	none	none	VT17415.1	VT17415.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0202	0.0182	0.0218	0.0207	0.0085	0.0199	0.0255	0.02	0.0085	0.0296	0.0225	0.0296	0.0232	0.049	0.0161	0.049	0.0193
chr2R	11795821	11796001	chr2R:11795822-11796001	distal	distal	none	none	VT17415.1	VT17415.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0339	0.0206	0.034	0.0486	0.0064	0.0262	0.0298	0.018	0.0064	0.0598	0.0328	0.0598	0.0302	0.1769	0.02	0.1769	0.0224
chr2R	11796146	11796297	chr2R:11796147-11796297	distal	distal	none	none	VT17415.1	VT17415.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0249	0.0133	0.0227	0.0402	0.0032	0.0199	0.0151	0.0147	0.0032	0.0393	0.0228	0.0393	0.0201	0.1417	0.0206	0.1417	0.0229
chr2R	11797100	11797251	chr2R:11797101-11797251	distal	distal	none	none	VT17415.1,VT17416.1	VT17415.1,VT17416.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0293	0.0303	0.0308	0.0266	0.0138	0.0262	0.0433	0.0406	0.0138	0.029	0.0389	0.029	0.0294	0.0413	0.0271	0.0413	0.0266
chr2R	11797865	11798030	chr2R:11797866-11798030	distal	distal	stage11	stage11	VT17416.1	VT17416.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0317	0.0117	0.0445	0.0398	0.0021	0.0199	0.0112	0.0147	0.0021	0.0109	0.0476	0.0109	0.1177	0.0253	0.0348	0.0253	0.0495
chr2R	11798100	11798251	chr2R:11798101-11798251	distal	distal	none	none	VT17416.1	VT17416.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0274	0.0131	0.0308	0.0395	0.0053	0.0194	0.0151	0.014	0.0053	0.0127	0.0328	0.0127	0.0596	0.0253	0.0251	0.0253	0.0339
chr2R	11799523	11799703	chr2R:11799524-11799703	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT17417.1	VT17417.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0666	0.0755	0.0621	0.0616	0.0498	0.0675	0.1008	0.1066	0.0498	0.0399	0.0441	0.0399	0.0364	0.0123	0.0245	0.0123	0.0224
chr2R	11799804	11799955	chr2R:11799805-11799955	distal	distal	stage14	stage14	VT17417.1	VT17417.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0373	0.0351	0.0339	0.0436	0.0244	0.0345	0.0446	0.048	0.0244	0.0229	0.0286	0.0229	0.0217	0.0054	0.0213	0.0054	0.0141
chr2R	11800558	11800871	chr2R:11800559-11800871	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT17417.1	VT17417.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0674	0.05	0.0909	0.0613	0.0212	0.0684	0.0519	0.072	0.0212	0.0543	0.0595	0.0543	0.0906	0.013	0.0258	0.013	0.0323
chr2R	11801249	11801732	chr2R:11801250-11801732	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0796	0.051	0.0978	0.0915	0.0244	0.066	0.0562	0.0613	0.0244	0.038	0.0736	0.038	0.1882	0.0337	0.0748	0.0337	0.1574
chr2R	11802589	11802740	chr2R:11802590-11802740	distal	distal	stage14	stage14	VT17419.1	VT17419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0209	0.0277	0.0297	0.0117	0.0248	0.0238	0.0293	0.0117	0.0223	0.0418	0.0223	0.0155	0.013	0.0825	0.013	0.0219
chr2R	11802938	11803221	chr2R:11802939-11803221	distal	distal	stage14	stage14	VT17419.1	VT17419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0448	0.031	0.057	0.0469	0.0159	0.033	0.0381	0.0433	0.0159	0.0489	0.0797	0.0489	0.0372	0.0268	0.1103	0.0268	0.0443
chr2R	11803689	11803980	chr2R:11803690-11803980	distal	distal	stage11	stage11	VT17419.1	VT17419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0492	0.0395	0.0671	0.0402	0.0201	0.0437	0.0368	0.0753	0.0201	0.0374	0.0849	0.0374	0.0457	0.0291	0.0703	0.0291	0.0474
chr2R	11804046	11804197	chr2R:11804047-11804197	distal	distal	none	none	VT17419.1	VT17419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.027	0.0186	0.0349	0.0279	0.0021	0.0189	0.026	0.0273	0.0021	0.0199	0.0514	0.0199	0.0201	0.0161	0.0516	0.0161	0.0297
chr2R	11806607	11806884	chr2R:11806608-11806884	distal	distal	stage14	stage14	VT17421.1	VT17421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0471	0.026	0.0678	0.048	0.0106	0.032	0.0329	0.0333	0.0106	0.0676	0.0891	0.0676	0.079	0.0536	0.0574	0.0536	0.074
chr2R	11807022	11807306	chr2R:11807023-11807306	distal	distal	stage14	stage14	VT17421.1	VT17421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0645	0.0419	0.0925	0.0592	0.0148	0.065	0.045	0.05	0.0148	0.1419	0.0785	0.1419	0.1541	0.0643	0.0406	0.0643	0.1157
chr2R	11807696	11807908	chr2R:11807697-11807908	distal	distal	stage11	stage11	VT17421.1	VT17421.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0557	0.036	0.0821	0.0487	0.0127	0.0617	0.0363	0.0386	0.0127	0.163	0.0559	0.163	0.1092	0.0727	0.0355	0.0727	0.075
chr2R	11807978	11808285	chr2R:11807979-11808285	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0712	0.0459	0.0954	0.073	0.0064	0.0689	0.0506	0.0606	0.0064	0.1896	0.0717	0.1896	0.0976	0.075	0.0406	0.075	0.0938
chr2R	11808774	11808977	chr2R:11808775-11808977	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.089	0.1017	0.0872	0.0767	0.0689	0.1049	0.1176	0.1446	0.0689	0.0839	0.0797	0.0839	0.0627	0.0429	0.0387	0.0429	0.0636
chr2R	11809096	11809247	chr2R:11809097-11809247	FBgn0264089	sli	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0522	0.0507	0.0556	0.0503	0.0286	0.051	0.0701	0.0593	0.0286	0.0531	0.0592	0.0531	0.0565	0.0314	0.0393	0.0314	0.0474
chr2R	11809580	11809748	chr2R:11809581-11809748	FBgn0264089	sli	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1693	0.1317	0.2119	0.1646	0.0954	0.1519	0.1445	0.1752	0.0954	0.2518	0.2444	0.2518	0.1913	0.1585	0.1805	0.1585	0.198
chr2R	11809958	11810159	chr2R:11809959-11810159	FBgn0264089	sli	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1329	0.1148	0.1615	0.1216	0.0774	0.1262	0.1267	0.1612	0.0774	0.195	0.1859	0.195	0.1332	0.1279	0.1322	0.1279	0.1438
chr2R	11810323	11810577	chr2R:11810324-11810577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0703	0.0705	0.0904	0.0482	0.0414	0.0752	0.0852	0.0953	0.0414	0.0972	0.1039	0.0972	0.0759	0.0429	0.0593	0.0429	0.0558
chr2R	11816637	11816788	chr2R:11816638-11816788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.0373	0.0343	0.0216	0.0255	0.0369	0.0536	0.0446	0.0255	0.029	0.0386	0.029	0.0248	0.01	0.0181	0.01	0.013
chr2R	11817696	11817875	chr2R:11817697-11817875	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0755	0.0931	0.0841	0.0464	0.0657	0.0903	0.1133	0.1312	0.0657	0.1298	0.0865	0.1298	0.0527	0.0536	0.0767	0.0536	0.0464
chr2R	11818807	11819031	chr2R:11818808-11819031	FBgn0034049	bdg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1887	0.1696	0.2423	0.1511	0.1347	0.2184	0.1652	0.2172	0.1347	0.2874	0.2585	0.2874	0.2641	0.1631	0.1844	0.1631	0.2001
chr2R	11819085	11819300	chr2R:11819086-11819300	FBgn0034049	bdg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1712	0.1462	0.2207	0.145	0.1145	0.1796	0.157	0.1805	0.1145	0.276	0.2482	0.276	0.1975	0.1753	0.1857	0.1753	0.1714
chr2R	11819382	11819562	chr2R:11819383-11819562	FBgn0034049	bdg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2121	0.1868	0.2711	0.1756	0.1283	0.2354	0.1873	0.2612	0.1283	0.3382	0.3055	0.3382	0.2517	0.2098	0.2147	0.2098	0.209
chr2R	11819753	11819921	chr2R:11819754-11819921	FBgn0034049	bdg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0908	0.1036	0.1039	0.0621	0.07	0.1073	0.125	0.1406	0.07	0.1316	0.1167	0.1316	0.1061	0.0582	0.0658	0.0582	0.0969
chr2R	11822218	11822407	chr2R:11822219-11822407	FBgn0015247,FBgn0034050	CG8297,Iap2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1586	0.1535	0.1836	0.1369	0.1071	0.1816	0.1821	0.1879	0.1071	0.2204	0.1981	0.2204	0.1712	0.1493	0.1502	0.1493	0.1569
chr2R	11822492	11822651	chr2R:11822493-11822651	FBgn0015247,FBgn0034050	CG8297,Iap2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0717	0.0876	0.0635	0.0445	0.0786	0.0926	0.0853	0.0445	0.1081	0.0958	0.1081	0.0775	0.0681	0.069	0.0681	0.0703
chr2R	11824384	11824535	chr2R:11824385-11824535	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0578	0.0369	0.0231	0.0414	0.0481	0.0917	0.0626	0.0414	0.0459	0.0428	0.0459	0.0325	0.0222	0.0206	0.0222	0.0328
chr2R	11825104	11825255	chr2R:11825105-11825255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0303	0.0464	0.0274	0.0155	0.0297	0.0383	0.0792	0.0446	0.0297	0.0314	0.0318	0.0314	0.0263	0.0145	0.0155	0.0145	0.0229
chr2R	11825259	11825410	chr2R:11825260-11825410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0486	0.0231	0.0124	0.0445	0.035	0.0843	0.0453	0.0445	0.029	0.0273	0.029	0.0201	0.0107	0.0129	0.0107	0.0188
chr2R	11827046	11827238	chr2R:11827047-11827238	FBgn0034051	Mlf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.0877	0.1209	0.09	0.0562	0.1015	0.0982	0.1206	0.0562	0.1425	0.1322	0.1425	0.1394	0.1018	0.0819	0.1018	0.1162
chr2R	11827253	11827467	chr2R:11827254-11827467	FBgn0034051	Mlf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0959	0.0891	0.1103	0.0879	0.0657	0.1053	0.0973	0.1193	0.0657	0.1316	0.1248	0.1316	0.1146	0.0942	0.0825	0.0942	0.1131
chr2R	11827471	11827651	chr2R:11827472-11827651	FBgn0034051	Mlf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1191	0.1153	0.1341	0.1068	0.0859	0.1451	0.1172	0.1546	0.0859	0.1588	0.1534	0.1588	0.1255	0.1126	0.1096	0.1126	0.1298
chr2R	11839426	11839610	chr2R:11839427-11839610	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0123	0.0223	0.0244	0.0064	0.0141	0.0186	0.0127	0.0064	0.0296	0.0148	0.0296	0.0473	0.0291	0.0123	0.0291	0.0521
chr2R	11842418	11842631	chr2R:11842419-11842631	FBgn0034054	CG8366	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.117	0.1107	0.1444	0.094	0.07	0.1306	0.1306	0.1346	0.07	0.1854	0.1524	0.1854	0.1363	0.1087	0.0928	0.1087	0.1287
chr2R	11842666	11842854	chr2R:11842667-11842854	FBgn0034054	CG8366	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0889	0.0842	0.1049	0.0766	0.0573	0.1019	0.0965	0.1033	0.0573	0.1377	0.1125	0.1377	0.0968	0.0812	0.0767	0.0812	0.11
chr2R	11876356	11876507	chr2R:11876357-11876507	FBgn0034056	CG15699	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0144	0.0117	0.0112	0.0209	0.0053	0.0131	0.0186	0.01	0.0053	0.0157	0.0106	0.0157	0.0116	0.0735	0.0103	0.0735	0.0094
chr2R	11876902	11877053	chr2R:11876903-11877053	FBgn0034056	CG15699	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0336	0.0236	0.0263	0.0528	0.0042	0.0267	0.0355	0.0227	0.0042	0.0441	0.0222	0.0441	0.0325	0.2037	0.0226	0.2037	0.0234
chr2R	11877545	11877696	chr2R:11877546-11877696	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0222	0.0232	0.0195	0.0241	0.0148	0.0272	0.035	0.0187	0.0148	0.0278	0.0186	0.0278	0.0248	0.0796	0.0123	0.0796	0.0151
chr2R	11878458	11878651	chr2R:11878459-11878651	FBgn0034057	CG8314	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.069	0.0677	0.0854	0.0526	0.0403	0.0791	0.077	0.0859	0.0403	0.1081	0.0942	0.1081	0.0829	0.0697	0.0471	0.0697	0.0641
chr2R	11878751	11878922	chr2R:11878752-11878922	FBgn0034057	CG8314	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1406	0.1154	0.1754	0.1306	0.0859	0.1398	0.1176	0.1579	0.0859	0.215	0.1907	0.215	0.189	0.1669	0.127	0.1669	0.149
chr2R	11879025	11879176	chr2R:11879026-11879176	FBgn0034057	CG8314	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0751	0.0583	0.1024	0.0639	0.0297	0.0718	0.064	0.0766	0.0297	0.1341	0.1055	0.1341	0.1077	0.0842	0.0593	0.0842	0.0766
chr2R	11879459	11879709	chr2R:11879460-11879709	FBgn0034058,FBgn0034059	CG8320,Pex11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0964	0.0729	0.1277	0.0883	0.0244	0.1019	0.0766	0.0926	0.0244	0.1618	0.1392	0.1618	0.1332	0.0957	0.0877	0.0957	0.1136
chr2R	11879765	11879962	chr2R:11879766-11879962	FBgn0034058,FBgn0034059	CG8320,Pex11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1363	0.0996	0.1759	0.1338	0.0488	0.1383	0.093	0.1439	0.0488	0.2258	0.19	0.2258	0.1936	0.1424	0.1496	0.1424	0.1506
chr2R	11880021	11880230	chr2R:11880022-11880230	FBgn0034058,FBgn0034059	CG8320,Pex11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1316	0.097	0.1684	0.1298	0.0541	0.1282	0.0921	0.1399	0.0541	0.2156	0.1778	0.2156	0.1913	0.1424	0.147	0.1424	0.16
chr2R	11886933	11887108	chr2R:11886934-11887108	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0371	0.0241	0.0468	0.0409	0.0042	0.034	0.0303	0.0233	0.0042	0.0266	0.0267	0.0266	0.1627	0.0123	0.0258	0.0123	0.1105
chr2R	11887680	11887871	chr2R:11887681-11887871	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0517	0.0253	0.0514	0.0816	0.0053	0.0393	0.0311	0.0253	0.0053	0.0296	0.063	0.0296	0.1007	0.0306	0.1747	0.0306	0.1172
chr2R	11887950	11888101	chr2R:11887951-11888101	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0445	0.0297	0.0464	0.059	0.0127	0.0403	0.032	0.0373	0.0127	0.0266	0.0643	0.0266	0.0651	0.0191	0.1586	0.0191	0.0584
chr2R	11888473	11888661	chr2R:11888474-11888661	FBgn0020236,FBgn0034060	ATPCL,CG8370	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0989	0.0855	0.1272	0.0827	0.0509	0.0927	0.1025	0.1173	0.0509	0.1582	0.1357	0.1582	0.1123	0.075	0.1012	0.075	0.0881
chr2R	11888729	11888897	chr2R:11888730-11888897	FBgn0020236,FBgn0034060	ATPCL,CG8370	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1463	0.1297	0.1807	0.1271	0.0944	0.15	0.1462	0.1746	0.0944	0.2313	0.1981	0.2313	0.151	0.1325	0.1335	0.1325	0.1391
chr2R	11889127	11889314	chr2R:11889128-11889314	FBgn0020236,FBgn0034060	ATPCL,CG8370	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1236	0.1219	0.1402	0.1074	0.1007	0.1437	0.1306	0.1632	0.1007	0.1703	0.1569	0.1703	0.141	0.1133	0.1289	0.1133	0.1141
chr2R	11894839	11895030	chr2R:11894840-11895030	FBgn0034061	CG8386	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0726	0.0646	0.0857	0.0674	0.0435	0.083	0.0701	0.0766	0.0435	0.0857	0.1074	0.0857	0.1077	0.0812	0.0696	0.0812	0.0844
chr2R	11895107	11895293	chr2R:11895108-11895293	FBgn0034061	CG8386	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1464	0.1279	0.175	0.1358	0.088	0.1549	0.1362	0.1672	0.088	0.2035	0.2135	0.2035	0.1851	0.1577	0.1444	0.1577	0.1683
chr2R	11896925	11897176	chr2R:11896926-11897176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0641	0.0372	0.0162	0.0509	0.0427	0.1172	0.0593	0.0509	0.026	0.0498	0.026	0.0364	0.0115	0.0168	0.0115	0.0255
chr2R	11898625	11898776	chr2R:11898626-11898776	FBgn0034062	CG8388	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.0796	0.0641	0.038	0.0732	0.0607	0.1259	0.0773	0.0732	0.0676	0.0759	0.0676	0.0689	0.0299	0.0522	0.0299	0.0443
chr2R	11898830	11899031	chr2R:11898831-11899031	FBgn0034062	CG8388	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1397	0.1403	0.1586	0.1182	0.1039	0.1417	0.1795	0.1779	0.1039	0.189	0.1817	0.189	0.1534	0.1172	0.1335	0.1172	0.1522
chr2R	11899059	11899256	chr2R:11899060-11899256	FBgn0034062	CG8388	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1121	0.1019	0.1343	0.099	0.0647	0.1141	0.1254	0.1386	0.0647	0.1679	0.1543	0.1679	0.1201	0.1064	0.0954	0.1064	0.1292
chr2R	11902263	11902443	chr2R:11902264-11902443	FBgn0010590,FBgn0034065	Prosbeta1,Rrp42	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1702	0.1643	0.2036	0.1402	0.0965	0.2039	0.1864	0.2065	0.0965	0.2542	0.2328	0.2542	0.1952	0.1501	0.1502	0.1501	0.1761
chr2R	11904279	11904430	chr2R:11904280-11904430	FBgn0034066	CG8397	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0516	0.0445	0.0695	0.04	0.0233	0.0558	0.0497	0.0586	0.0233	0.0851	0.0817	0.0851	0.0713	0.0467	0.0432	0.0467	0.0542
chr2R	11904558	11904740	chr2R:11904559-11904740	FBgn0034066	CG8397	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1085	0.1525	0.1125	0.0615	0.1243	0.1349	0.1339	0.0615	0.1806	0.1781	0.1806	0.1557	0.1263	0.138	0.1263	0.1355
chr2R	11905124	11905327	chr2R:11905125-11905327	FBgn0034066,FBgn0034067	CG8397,CG8399	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0514	0.0268	0.0533	0.0769	0.0074	0.032	0.0355	0.034	0.0074	0.0332	0.0781	0.0332	0.0612	0.0375	0.2095	0.0375	0.062
chr2R	11915215	11915406	chr2R:11915216-11915406	FBgn0034068	casp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0576	0.0518	0.0701	0.0503	0.0361	0.0587	0.0575	0.0733	0.0361	0.0779	0.0807	0.0779	0.0705	0.049	0.0464	0.049	0.0709
chr2R	11915444	11915630	chr2R:11915445-11915630	FBgn0034068,FBgn0034069	CG8401,casp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0911	0.0803	0.1065	0.0862	0.052	0.0951	0.0848	0.1106	0.052	0.1184	0.1331	0.1184	0.1038	0.1041	0.0774	0.1041	0.1063
chr2R	11915673	11915833	chr2R:11915674-11915833	FBgn0034068,FBgn0034069	CG8401,casp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0449	0.0593	0.0583	0.0138	0.0563	0.0502	0.062	0.0138	0.0628	0.0736	0.0628	0.0581	0.0636	0.0484	0.0636	0.073
chr2R	11915895	11916075	chr2R:11915896-11916075	FBgn0034068,FBgn0034069	CG8401,casp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.028	0.0307	0.0235	0.0042	0.0359	0.0355	0.04	0.0042	0.0399	0.0357	0.0399	0.0232	0.0176	0.0181	0.0176	0.0339
chr2R	11918597	11918797	chr2R:11918598-11918797	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0365	0.0214	0.0245	0.0666	0.0106	0.0204	0.0324	0.0227	0.0106	0.0139	0.0203	0.0139	0.0294	0.023	0.0368	0.023	0.0323
chr2R	11919296	11919447	chr2R:11919297-11919447	FBgn0034070	SP2353	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0204	0.011	0.0382	0.0085	0.0218	0.0268	0.0253	0.0085	0.0079	0.0084	0.0079	0.0101	0.0084	0.011	0.0084	0.0172
chr2R	11919686	11919837	chr2R:11919687-11919837	FBgn0034070	SP2353	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0151	0.0124	0.0274	0.0074	0.0131	0.0251	0.0153	0.0074	0.0115	0.01	0.0115	0.0085	0.0054	0.0052	0.0054	0.0089
chr2R	11920215	11920366	chr2R:11920216-11920366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0113	0.008	0.0216	0.0085	0.0083	0.0208	0.0093	0.0085	0.0097	0.0074	0.0097	0.0039	0.0046	0.0039	0.0046	0.0078
chr2R	11934473	11934655	chr2R:11934474-11934655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0304	0.0386	0.0354	0.0233	0.0374	0.0381	0.0326	0.0233	0.0386	0.0447	0.0386	0.0457	0.0291	0.0348	0.0291	0.0438
chr2R	11934781	11934957	chr2R:11934782-11934957	FBgn0034071	CG8405	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1231	0.0987	0.1409	0.1309	0.0541	0.1199	0.1086	0.1352	0.0541	0.1329	0.1669	0.1329	0.1766	0.1432	0.1373	0.1432	0.1506
chr2R	11935049	11935343	chr2R:11935050-11935343	FBgn0034071	CG8405	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1263	0.1003	0.1489	0.1305	0.0583	0.1155	0.1194	0.1332	0.0583	0.1401	0.1781	0.1401	0.182	0.1455	0.1399	0.1455	0.1584
chr2R	11935360	11935518	chr2R:11935361-11935518	FBgn0034071	CG8405	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0393	0.0336	0.0448	0.0395	0.0201	0.0316	0.0532	0.0333	0.0201	0.0326	0.0511	0.0326	0.0627	0.0322	0.0361	0.0322	0.0657
chr2R	11942347	11942498	chr2R:11942348-11942498	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0088	0.0133	0.0136	0.0011	0.0083	0.0143	0.0087	0.0011	0.0127	0.0158	0.0127	0.0101	0.0054	0.0052	0.0054	0.0068
chr2R	11942717	11942868	chr2R:11942718-11942868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0102	0.0123	0.0131	0.0011	0.0083	0.0173	0.0147	0.0011	0.0103	0.0154	0.0103	0.0124	0.0023	0.0045	0.0023	0.0104
chr2R	11947043	11947194	chr2R:11947044-11947194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0097	0.0083	0.0079	0.0134	0.0032	0.0058	0.0173	0.0067	0.0032	0.0091	0.0074	0.0091	0.0108	0.0031	0.0129	0.0031	0.0115
chr2R	11957714	11957865	chr2R:11957715-11957865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.012	0.0077	0.0146	0.0032	0.0126	0.0229	0.0073	0.0032	0.0079	0.0084	0.0079	0.0077	8e-04	0.0077	8e-04	0.0099
chr2R	11958146	11958297	chr2R:11958147-11958297	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0097	0.0091	0.037	0.0032	0.0087	0.0186	0.0073	0.0032	0.0085	0.0048	0.0085	0.0077	0.0176	0.0077	0.0176	0.0193
chr2R	11958395	11958546	chr2R:11958396-11958546	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0088	0.009	0.033	0.0032	0.0053	0.0164	0.012	0.0032	0.0066	0.0074	0.0066	0.0046	0.0207	0.0103	0.0207	0.0141
chr2R	11958574	11958731	chr2R:11958575-11958731	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0125	0.01	0.0443	0.0021	0.0107	0.0242	0.012	0.0021	0.0091	0.0077	0.0091	0.007	0.0413	0.0103	0.0413	0.0188
chr2R	11967806	11967957	chr2R:11967807-11967957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0133	0.0141	0.0169	0.0053	0.0112	0.0229	0.0113	0.0053	0.0127	0.0167	0.0127	0.0132	0.0145	0.0155	0.0145	0.012
chr2R	11968242	11968398	chr2R:11968243-11968398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0236	0.0234	0.0251	0.0117	0.0189	0.0381	0.028	0.0117	0.0157	0.0235	0.0157	0.0194	0.0199	0.0155	0.0199	0.0198
chr2R	11974310	11974522	chr2R:11974311-11974522	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0689	0.0376	0.0181	0.0551	0.0578	0.0904	0.0979	0.0551	0.0483	0.0466	0.0483	0.0194	0.0153	0.0161	0.0153	0.0162
chr2R	11977184	11977335	chr2R:11977185-11977335	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0142	0.0102	0.0117	0.0214	0	0.0126	0.0147	0.0127	0	0.0097	0.0145	0.0097	0.0108	0.0153	0.0245	0.0153	0.0406
chr2R	11977969	11978237	chr2R:11977970-11978237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0179	0.0373	0.0503	0.0042	0.0316	0.0208	0.0153	0.0042	0.0441	0.0383	0.0441	0.0604	0.0444	0.0451	0.0444	0.1068
chr2R	11978239	11978430	chr2R:11978240-11978430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0285	0.0177	0.033	0.0356	0.0042	0.0257	0.0234	0.0167	0.0042	0.0417	0.0367	0.0417	0.0418	0.0406	0.0413	0.0406	0.0594
chr2R	11978675	11978865	chr2R:11978676-11978865	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0383	0.0146	0.0431	0.0595	0.0042	0.016	0.0216	0.0173	0.0042	0.0471	0.0611	0.0471	0.031	0.0873	0.0754	0.0873	0.0735
chr2R	11979096	11979286	chr2R:11979097-11979286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0194	0.0424	0.0412	0.0064	0.0199	0.0303	0.022	0.0064	0.0254	0.074	0.0254	0.0256	0.0368	0.0838	0.0368	0.0427
chr2R	11979626	11979896	chr2R:11979627-11979896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0513	0.0294	0.0661	0.0595	0.0064	0.0383	0.0389	0.038	0.0064	0.0399	0.1109	0.0399	0.0496	0.0398	0.1231	0.0398	0.073
chr2R	11980645	11980940	chr2R:11980646-11980940	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.036	0.0257	0.0391	0.0443	0.0138	0.0311	0.0342	0.0293	0.0138	0.0393	0.0486	0.0393	0.0403	0.0743	0.0509	0.0743	0.0427
chr2R	11983042	11983278	chr2R:11983043-11983278	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0705	0.0512	0.0829	0.0785	0.0117	0.083	0.0467	0.0686	0.0117	0.0719	0.1	0.0719	0.1263	0.1462	0.0916	0.1462	0.0792
chr2R	11984104	11984266	chr2R:11984105-11984266	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0695	0.0713	0.0736	0.0629	0.0308	0.0922	0.0701	0.1046	0.0308	0.0604	0.0653	0.0604	0.0503	0.0345	0.0355	0.0345	0.0323
chr2R	11984761	11984938	chr2R:11984762-11984938	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0874	0.0758	0.1047	0.0813	0.0276	0.1121	0.0627	0.1206	0.0276	0.1171	0.1196	0.1171	0.0565	0.111	0.0593	0.111	0.0558
chr2R	11985002	11985153	chr2R:11985003-11985153	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0608	0.0496	0.0789	0.0535	0.0148	0.0777	0.0402	0.0733	0.0148	0.1069	0.0878	0.1069	0.0364	0.0796	0.0509	0.0796	0.0307
chr2R	11985652	11985873	chr2R:11985653-11985873	FBgn0034072	Dg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1143	0.0803	0.1496	0.1136	0.0435	0.1044	0.0822	0.1113	0.0435	0.1775	0.1682	0.1775	0.1371	0.1455	0.1128	0.1455	0.1068
chr2R	11985999	11986169	chr2R:11986000-11986169	FBgn0034072,FBgn0083983	Dg,mRpL34	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2405	0.2168	0.2832	0.22	0.1633	0.2723	0.2327	0.2672	0.1633	0.3653	0.2949	0.3653	0.2804	0.2251	0.225	0.2251	0.2507
chr2R	11986346	11986522	chr2R:11986347-11986522	FBgn0034072,FBgn0083983	Dg,mRpL34	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2289	0.2176	0.2681	0.1986	0.1813	0.2597	0.2379	0.2745	0.1813	0.3345	0.2768	0.3345	0.2789	0.1991	0.2173	0.1991	0.2308
chr2R	11990091	11990285	chr2R:11990092-11990285	FBgn0014020,FBgn0034073	CG8414,Rho1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2571	0.2453	0.3032	0.2197	0.2004	0.2956	0.2625	0.3018	0.2004	0.3575	0.327	0.3575	0.2982	0.2274	0.2302	0.2274	0.2533
chr2R	11990479	11990643	chr2R:11990480-11990643	FBgn0014020,FBgn0034073	CG8414,Rho1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.257	0.2297	0.3028	0.2373	0.1729	0.2854	0.2318	0.3005	0.1729	0.3599	0.3267	0.3599	0.2765	0.2504	0.2534	0.2504	0.2684
chr2R	11990762	11990941	chr2R:11990763-11990941	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1959	0.176	0.2374	0.1727	0.1156	0.2155	0.1791	0.2458	0.1156	0.2868	0.2508	0.2868	0.2525	0.1807	0.1838	0.1807	0.2032
chr2R	11991474	11991627	chr2R:11991475-11991627	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0608	0.0416	0.0694	0.0728	0.0255	0.0573	0.0471	0.0453	0.0255	0.087	0.0759	0.087	0.0829	0.1447	0.058	0.1447	0.086
chr2R	11991856	11992043	chr2R:11991857-11992043	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1457	0.0892	0.1957	0.1539	0.0308	0.1447	0.074	0.1199	0.0308	0.2403	0.2318	0.2403	0.2324	0.2305	0.1954	0.2305	0.1746
chr2R	11992215	11992366	chr2R:11992216-11992366	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.035	0.0595	0.0405	0.0095	0.0471	0.0433	0.0393	0.0095	0.055	0.0582	0.055	0.1046	0.0613	0.0438	0.0613	0.0552
chr2R	11996889	11997078	chr2R:11996890-11997078	FBgn0017549	Ric	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.037	0.0253	0.0419	0.0446	0.0106	0.0345	0.0272	0.0333	0.0106	0.0417	0.0418	0.0417	0.0449	0.0306	0.0264	0.0306	0.036
chr2R	11997391	11997567	chr2R:11997392-11997567	FBgn0017549,FBgn0034075	Asph,Ric	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1063	0.0749	0.1391	0.1054	0.0424	0.0985	0.0804	0.0926	0.0424	0.1685	0.1495	0.1685	0.1177	0.1164	0.1044	0.1164	0.1063
chr2R	11997866	11998146	chr2R:11997867-11998146	FBgn0017549,FBgn0034075	Asph,Ric	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1986	0.194	0.2288	0.1706	0.1453	0.2485	0.2046	0.2298	0.1453	0.3074	0.2441	0.3074	0.2084	0.2657	0.1773	0.2657	0.1621
chr2R	11998275	11998791	chr2R:11998276-11998791	FBgn0034075	Asph	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1445	0.1643	0.1669	0.0978	0.1283	0.217	0.1734	0.1919	0.1283	0.2639	0.173	0.2639	0.1363	0.2236	0.0948	0.2236	0.0797
chr2R	12004734	12005009	chr2R:12004735-12005009	FBgn0034076	Jhedup	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0258	0.0425	0.0209	0.0125	0.0445	0.0374	0.0636	0.0406	0.0445	0.0284	0.0219	0.0284	0.0186	0.0191	0.0123	0.0191	0.012
chr2R	12011103	12011297	chr2R:12011104-12011297	FBgn0050095	CG30095	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0408	0.0434	0.0476	0.0306	0.0223	0.0447	0.0614	0.048	0.0223	0.0688	0.0502	0.0688	0.0457	0.0436	0.0258	0.0436	0.0406
chr2R	12011337	12011512	chr2R:12011338-12011512	FBgn0050095	CG30095	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0731	0.0749	0.0853	0.0577	0.0382	0.085	0.0978	0.0859	0.0382	0.1184	0.0878	0.1184	0.0837	0.0773	0.0574	0.0773	0.0792
chr2R	12011583	12011808	chr2R:12011584-12011808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0587	0.0627	0.069	0.043	0.0371	0.0675	0.0887	0.0666	0.0371	0.0972	0.0727	0.0972	0.0658	0.0544	0.0464	0.0544	0.0547
chr2R	12011829	12012153	chr2R:12011830-12012153	FBgn0086676	spin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0657	0.0734	0.0723	0.0497	0.0445	0.0985	0.0917	0.0706	0.0445	0.0936	0.0768	0.0936	0.0751	0.0605	0.0503	0.0605	0.0568
chr2R	12012398	12012575	chr2R:12012399-12012575	FBgn0086676	spin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1874	0.1667	0.2253	0.1688	0.1177	0.2121	0.1838	0.2039	0.1177	0.2886	0.2428	0.2886	0.2262	0.1838	0.1812	0.1838	0.2032
chr2R	12012702	12012861	chr2R:12012703-12012861	FBgn0086676	spin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0889	0.0889	0.1056	0.0706	0.0414	0.1092	0.096	0.1279	0.0414	0.131	0.1129	0.131	0.117	0.0743	0.0754	0.0743	0.0818
chr2R	12013823	12013974	chr2R:12013824-12013974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0346	0.0385	0.039	0.0253	0.0159	0.0451	0.0497	0.0433	0.0159	0.0272	0.0415	0.0272	0.0759	0.0199	0.0245	0.0199	0.0485
chr2R	12016619	12016770	chr2R:12016620-12016770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0419	0.0234	0.0471	0.057	0.0064	0.0233	0.0329	0.0346	0.0064	0.0368	0.0566	0.0368	0.0744	0.0352	0.1135	0.0352	0.0735
chr2R	12017429	12017846	chr2R:12017430-12017846	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1305	0.0401	0.131	0.231	0.0138	0.0714	0.0389	0.0366	0.0138	0.1008	0.1315	0.1008	0.2843	0.2519	0.2843	0.2519	0.345
chr2R	12018186	12018346	chr2R:12018187-12018346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0346	0.0442	0.0301	0.0288	0.0308	0.0364	0.077	0.0393	0.0308	0.0302	0.0376	0.0302	0.0387	0.0291	0.0419	0.0291	0.0406
chr2R	12018446	12018597	chr2R:12018447-12018597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0296	0.0356	0.0259	0.027	0.0255	0.0325	0.0606	0.03	0.0255	0.0284	0.0283	0.0284	0.0333	0.0314	0.0239	0.0314	0.0495
chr2R	12019326	12019477	chr2R:12019327-12019477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0166	0.0255	0.0397	0.0064	0.018	0.0264	0.0133	0.0064	0.0193	0.0225	0.0193	0.0573	0.0176	0.02	0.0176	0.1006
chr2R	12021739	12022020	chr2R:12021740-12022020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.0193	0.032	0.0586	0.0021	0.0238	0.0264	0.022	0.0021	0.0248	0.0228	0.0248	0.0573	0.0283	0.0174	0.0283	0.0792
chr2R	12023011	12023242	chr2R:12023012-12023242	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1197	0.058	0.143	0.1631	0.0244	0.0816	0.0675	0.066	0.0244	0.1703	0.1659	0.1703	0.1805	0.1746	0.2005	0.1746	0.2194
chr2R	12026101	12026272	chr2R:12026102-12026272	FBgn0001124	Got1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0506	0.0305	0.0372	0.0879	0.0201	0.032	0.0381	0.0386	0.0201	0.0248	0.0399	0.0248	0.0689	0.0972	0.0799	0.0972	0.1152
chr2R	12026361	12026533	chr2R:12026362-12026533	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0395	0.0211	0.0299	0.0705	0.0138	0.0316	0.0238	0.0187	0.0138	0.0193	0.0331	0.0193	0.0534	0.0835	0.06	0.0835	0.0928
chr2R	12029121	12029272	chr2R:12029122-12029272	FBgn0050094	CG30094	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0302	0.0437	0.0309	0.0085	0.035	0.0355	0.0446	0.0085	0.0435	0.0537	0.0435	0.0511	0.0352	0.0368	0.0352	0.0406
chr2R	12029359	12029514	chr2R:12029360-12029514	FBgn0050094	CG30094	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.041	0.0497	0.0423	0.0244	0.05	0.0467	0.056	0.0244	0.058	0.0576	0.058	0.0573	0.0459	0.0458	0.0459	0.0563
chr2R	12029602	12029780	chr2R:12029603-12029780	FBgn0050094	CG30094	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0795	0.0672	0.0957	0.0755	0.0467	0.082	0.0718	0.0893	0.0467	0.1165	0.1125	0.1165	0.0945	0.0796	0.0812	0.0796	0.1006
chr2R	12029875	12030065	chr2R:12029876-12030065	FBgn0050094	CG30094	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0426	0.0666	0.0454	0.0297	0.051	0.048	0.0546	0.0297	0.0749	0.0772	0.0749	0.0744	0.0452	0.0464	0.0452	0.0636
chr2R	12030090	12030241	chr2R:12030091-12030241	FBgn0027091,FBgn0050094	Aats-cys,CG30094	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0303	0.0458	0.0308	0.0127	0.0325	0.0376	0.0433	0.0127	0.055	0.0563	0.055	0.0442	0.0276	0.0406	0.0276	0.0375
chr2R	12030542	12030738	chr2R:12030543-12030738	FBgn0027091	Aats-cys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1017	0.0857	0.1179	0.1018	0.0562	0.1083	0.0934	0.1066	0.0562	0.157	0.1309	0.157	0.1232	0.098	0.1251	0.098	0.124
chr2R	12030839	12030997	chr2R:12030840-12030997	FBgn0027091	Aats-cys	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.056	0.0459	0.0693	0.0528	0.017	0.0583	0.0515	0.062	0.017	0.0797	0.081	0.0797	0.0782	0.0567	0.0619	0.0567	0.0688
chr2R	12036143	12036321	chr2R:12036144-12036321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0943	0.0776	0.1189	0.0861	0.0498	0.0869	0.0952	0.0986	0.0498	0.1383	0.1415	0.1383	0.1239	0.0858	0.0877	0.0858	0.1068
chr2R	12036367	12036609	chr2R:12036368-12036609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0533	0.0898	0.0713	0.0255	0.0568	0.067	0.0713	0.0255	0.099	0.1071	0.099	0.1015	0.0674	0.0767	0.0674	0.0922
chr2R	12037051	12037261	chr2R:12037052-12037261	FBgn0029175,FBgn0034081,FBgn0034083	CG10731,Ext2,lbk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0994	0.081	0.1235	0.0934	0.0371	0.1063	0.0852	0.1113	0.0371	0.1618	0.1428	0.1618	0.1077	0.0972	0.098	0.0972	0.1027
chr2R	12037287	12037463	chr2R:12037288-12037463	FBgn0029175,FBgn0034081,FBgn0034083	CG10731,Ext2,lbk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1038	0.0806	0.1353	0.0953	0.0371	0.1073	0.0865	0.1066	0.0371	0.1655	0.1559	0.1655	0.1154	0.0911	0.1051	0.0911	0.1152
chr2R	12037539	12037745	chr2R:12037540-12037745	FBgn0029175,FBgn0034081,FBgn0034083	CG10731,Ext2,lbk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2049	0.1739	0.2539	0.1858	0.1304	0.2262	0.1808	0.2132	0.1304	0.3176	0.2685	0.3176	0.2386	0.1998	0.1947	0.1998	0.2408
chr2R	12038028	12038220	chr2R:12038029-12038220	FBgn0034083	lbk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.191	0.1373	0.2329	0.2051	0.0944	0.2005	0.1246	0.1646	0.0944	0.314	0.2312	0.314	0.2641	0.2381	0.1838	0.2381	0.271
chr2R	12038308	12038529	chr2R:12038309-12038529	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.123	0.1012	0.1487	0.1191	0.0583	0.1466	0.1021	0.1193	0.0583	0.1902	0.1418	0.1902	0.1921	0.1623	0.1051	0.1623	0.1496
chr2R	12041703	12041934	chr2R:12041704-12041934	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1389	0.1271	0.2129	0.0707	0.0445	0.1694	0.0913	0.2445	0.0445	0.1848	0.3421	0.1848	0.141	0.0368	0.1921	0.0368	0.0558
chr2R	12042172	12042506	chr2R:12042173-12042506	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2302	0.2412	0.3107	0.1296	0.1729	0.3316	0.199	0.3464	0.1729	0.3792	0.3913	0.3792	0.2548	0.1095	0.2515	0.1095	0.1548
chr2R	12042856	12043091	chr2R:12042857-12043091	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1274	0.1613	0.1632	0.0503	0.1209	0.1995	0.1535	0.2345	0.1209	0.1522	0.2611	0.1522	0.0635	0.0421	0.1057	0.0421	0.037
chr2R	12043134	12043680	chr2R:12043135-12043680	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2095	0.214	0.2871	0.1195	0.1156	0.3024	0.1652	0.3358	0.1156	0.2929	0.4447	0.2929	0.1658	0.1348	0.2843	0.1348	0.0662
chr2R	12047448	12047627	chr2R:12047449-12047627	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0868	0.1264	0.0838	0.046	0.0785	0.1175	0.1674	0.1765	0.0785	0.0839	0.0971	0.0839	0.0596	0.0559	0.0542	0.0559	0.0438
chr2R	12047691	12047960	chr2R:12047692-12047960	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1381	0.1431	0.1642	0.1037	0.1082	0.168	0.1583	0.1839	0.1082	0.1963	0.1929	0.1963	0.1387	0.1792	0.118	0.1792	0.1089
chr2R	12048272	12048432	chr2R:12048273-12048432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0446	0.0237	0.0541	0.0577	0.0148	0.0369	0.0203	0.028	0.0148	0.0586	0.0659	0.0586	0.0612	0.1179	0.0632	0.1179	0.0584
chr2R	12049042	12049252	chr2R:12049043-12049252	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.081	0.0536	0.1029	0.0875	0.017	0.0893	0.0523	0.0566	0.017	0.1141	0.1141	0.1141	0.1603	0.1593	0.0941	0.1593	0.1193
chr2R	12050078	12050276	chr2R:12050079-12050276	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0469	0.0327	0.0619	0.0464	0.0106	0.0461	0.0398	0.034	0.0106	0.0839	0.0617	0.0839	0.096	0.0919	0.0387	0.0919	0.0667
chr2R	12050338	12050556	chr2R:12050339-12050556	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0703	0.05	0.0891	0.0726	0.0159	0.0874	0.048	0.048	0.0159	0.1697	0.0801	0.1697	0.0999	0.1738	0.0561	0.1738	0.0803
chr2R	12050650	12050908	chr2R:12050651-12050908	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0759	0.0551	0.0933	0.0802	0.0276	0.0845	0.0575	0.0573	0.0276	0.1975	0.0862	0.1975	0.0604	0.2251	0.0477	0.2251	0.0667
chr2R	12050935	12051086	chr2R:12050936-12051086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0395	0.0275	0.0476	0.0441	0.0159	0.0345	0.0363	0.0293	0.0159	0.0809	0.0531	0.0809	0.031	0.1049	0.0258	0.1049	0.0422
chr2R	12052467	12052618	chr2R:12052468-12052618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0186	0.0155	0.0255	0.0146	0.0042	0.0199	0.0182	0.02	0.0042	0.0254	0.0322	0.0254	0.0163	0.0061	0.0084	0.0061	0.0104
chr2R	12052805	12052964	chr2R:12052806-12052964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.0146	0.0263	0.0274	0.0053	0.0141	0.0186	0.0227	0.0053	0.0193	0.0289	0.0193	0.0155	0.0054	0.0084	0.0054	0.0104
chr2R	12055085	12055236	chr2R:12055086-12055236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0251	0.0317	0.0286	0.0139	0.0201	0.0296	0.0415	0.04	0.0201	0.0229	0.0415	0.0229	0.0232	0.0138	0.0187	0.0138	0.0151
chr2R	12056050	12056219	chr2R:12056051-12056219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0341	0.0443	0.0209	0.0223	0.0359	0.0389	0.054	0.0223	0.0471	0.0569	0.0471	0.0395	0.0283	0.0213	0.0283	0.0219
chr2R	12056315	12056466	chr2R:12056316-12056466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.03	0.0447	0.0188	0.0191	0.0359	0.0376	0.0353	0.0191	0.0519	0.0592	0.0519	0.031	0.0237	0.0239	0.0237	0.0156
chr2R	12057213	12057539	chr2R:12057214-12057539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0525	0.0486	0.0699	0.0376	0.0286	0.0563	0.0536	0.064	0.0286	0.067	0.1032	0.067	0.048	0.0429	0.0496	0.0429	0.0401
chr2R	12057650	12057801	chr2R:12057651-12057801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0311	0.0265	0.0442	0.0217	0.0159	0.0306	0.026	0.0393	0.0159	0.0495	0.0617	0.0495	0.0287	0.0299	0.0258	0.0299	0.0261
chr2R	12057973	12058216	chr2R:12057974-12058216	FBgn0034084	CG8435	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.069	0.0552	0.094	0.0571	0.0308	0.0733	0.0588	0.0686	0.0308	0.1141	0.1129	0.1141	0.0899	0.0643	0.06	0.0643	0.0703
chr2R	12058322	12058496	chr2R:12058323-12058496	FBgn0034084	CG8435	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0966	0.0857	0.1187	0.0845	0.0541	0.1141	0.0913	0.1073	0.0541	0.1486	0.1334	0.1486	0.1177	0.0827	0.0909	0.0827	0.1152
chr2R	12058735	12058886	chr2R:12058736-12058886	FBgn0034084	CG8435	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0257	0.0369	0.0202	0.0138	0.0267	0.0359	0.03	0.0138	0.0393	0.0418	0.0393	0.0403	0.0191	0.0232	0.0191	0.0276
chr2R	12065782	12066141	chr2R:12065783-12066141	FBgn0015754,FBgn0034085	Lis-1,Ptp52F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1035	0.0966	0.1218	0.0912	0.0562	0.1073	0.1354	0.1053	0.0562	0.1316	0.1305	0.1316	0.1619	0.0873	0.078	0.0873	0.1397
chr2R	12066219	12066422	chr2R:12066220-12066422	FBgn0015754,FBgn0034085	Lis-1,Ptp52F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1303	0.1128	0.157	0.1205	0.0689	0.1325	0.1324	0.1412	0.0689	0.186	0.173	0.186	0.1673	0.1217	0.1231	0.1217	0.1579
chr2R	12066505	12066841	chr2R:12066506-12066841	FBgn0015754	Lis-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1616	0.1352	0.2014	0.1475	0.0923	0.1549	0.1531	0.1799	0.0923	0.256	0.2186	0.256	0.189	0.1562	0.1625	0.1562	0.1605
chr2R	12066905	12067123	chr2R:12066906-12067123	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1127	0.0855	0.1407	0.1122	0.0551	0.0985	0.1012	0.1093	0.0551	0.163	0.1498	0.163	0.1371	0.121	0.1167	0.121	0.0928
chr2R	12067617	12067794	chr2R:12067618-12067794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT17558.1	VT17558.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0631	0.084	0.0551	0.0486	0.07	0.0772	0.1016	0.1233	0.07	0.0634	0.0585	0.0634	0.048	0.0735	0.0393	0.0735	0.0297
chr2R	12067905	12068173	chr2R:12067906-12068173	distal	distal	stage14	stage14	VT17558.1	VT17558.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.058	0.0381	0.056	0.0823	0.0244	0.0437	0.051	0.0426	0.0244	0.0779	0.0518	0.0779	0.062	0.1639	0.0625	0.1639	0.062
chr2R	12073475	12073652	chr2R:12073476-12073652	FBgn0034086,FBgn0034087	CG8441,clu	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1537	0.1355	0.1855	0.1393	0.1082	0.1461	0.1579	0.1752	0.1082	0.2228	0.2064	0.2228	0.1797	0.1462	0.1464	0.1462	0.173
chr2R	12073970	12074169	chr2R:12073971-12074169	FBgn0034086,FBgn0034087	CG8441,clu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2062	0.195	0.2433	0.1778	0.1538	0.2262	0.2228	0.2365	0.1538	0.305	0.2659	0.305	0.2215	0.1945	0.1818	0.1945	0.2064
chr2R	12074245	12074396	chr2R:12074246-12074396	FBgn0034086,FBgn0034087	CG8441,clu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.101	0.0867	0.1273	0.088	0.0679	0.1015	0.0999	0.1059	0.0679	0.1673	0.1373	0.1673	0.1247	0.1164	0.0864	0.1164	0.1063
chr2R	12074444	12074721	chr2R:12074445-12074721	FBgn0034086,FBgn0034087	CG8441,clu	stage5	none	CG8443_intronicCRM	CG8443_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0975	0.0945	0.1105	0.0866	0.0689	0.1136	0.0969	0.1319	0.0689	0.1479	0.1219	0.1479	0.1046	0.1118	0.087	0.1118	0.1042
chr2R	12074893	12075105	chr2R:12074894-12075105	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG8443_intronicCRM	CG8443_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1629	0.131	0.2107	0.1461	0.0615	0.1898	0.1324	0.1632	0.0615	0.3176	0.201	0.3176	0.2556	0.2083	0.1231	0.2083	0.2189
chr2R	12075188	12075591	chr2R:12075189-12075591	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG8443_intronicCRM	CG8443_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2228	0.2127	0.2631	0.1898	0.1198	0.3087	0.2037	0.2612	0.1198	0.3792	0.264	0.3792	0.3199	0.245	0.185	0.245	0.3059
chr2R	12083345	12083666	chr2R:12083346-12083666	FBgn0034089,FBgn0262166	CG8446,calypso	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0896	0.0788	0.1079	0.0816	0.035	0.0971	0.0982	0.0873	0.035	0.1298	0.1138	0.1298	0.1255	0.1018	0.0793	0.1018	0.1001
chr2R	12083762	12083947	chr2R:12083763-12083947	FBgn0034089,FBgn0262166	CG8446,calypso	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1472	0.1255	0.1734	0.1426	0.087	0.1568	0.144	0.1479	0.087	0.2162	0.1884	0.2162	0.1704	0.1501	0.1451	0.1501	0.1699
chr2R	12083982	12084366	chr2R:12083983-12084366	FBgn0034089,FBgn0262026,FBgn0262166	CG42837,CG8446,calypso	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1445	0.1066	0.181	0.1468	0.0647	0.1422	0.1155	0.1252	0.0647	0.2295	0.192	0.2295	0.1991	0.1631	0.1522	0.1631	0.1793
chr2R	12084454	12084644	chr2R:12084455-12084644	FBgn0262026	CG42837	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0908	0.0374	0.1119	0.1273	0.0117	0.0626	0.0398	0.034	0.0117	0.1401	0.1116	0.1401	0.1518	0.1485	0.1418	0.1485	0.1777
chr2R	12084893	12085044	chr2R:12084894-12085044	FBgn0262026	CG42837	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0321	0.0197	0.0388	0.0384	0.0085	0.0272	0.0247	0.0207	0.0085	0.0495	0.0402	0.0495	0.0503	0.0651	0.0477	0.0651	0.0448
chr2R	12090138	12090289	chr2R:12090139-12090289	FBgn0015295	shark	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0483	0.0436	0.0629	0.0373	0.0233	0.0461	0.0584	0.0533	0.0233	0.0851	0.0688	0.0851	0.0589	0.0605	0.0451	0.0605	0.0479
chr2R	12090318	12090494	chr2R:12090319-12090494	FBgn0015295	shark	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0728	0.0725	0.0885	0.0558	0.0403	0.0816	0.0856	0.0979	0.0403	0.1196	0.0974	0.1196	0.0945	0.0842	0.0729	0.0842	0.0724
chr2R	12094076	12094227	chr2R:12094077-12094227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0176	0.0297	0.033	0.0074	0.0218	0.0221	0.0233	0.0074	0.0314	0.0264	0.0314	0.0604	0.0329	0.0393	0.0329	0.0615
chr2R	12095087	12095289	chr2R:12095088-12095289	FBgn0050237	tRNA:CR30237	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.066	0.1076	0.0496	0.0375	0.1071	0.0913	0.1479	0.1279	0.1071	0.058	0.0463	0.058	0.031	0.0191	0.0213	0.0191	0.0224
chr2R	12097002	12097181	chr2R:12097003-12097181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0375	0.0273	0.0435	0.0422	0.0074	0.0369	0.0311	0.038	0.0074	0.0338	0.0466	0.0338	0.0844	0.01	0.0587	0.01	0.0865
chr2R	12097249	12097749	chr2R:12097250-12097749	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1035	0.0829	0.128	0.0997	0.0286	0.1107	0.0921	0.1066	0.0286	0.0894	0.1283	0.0894	0.2765	0.0911	0.1154	0.0911	0.186
chr2R	12097865	12098161	chr2R:12097866-12098161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1012	0.0971	0.1145	0.0912	0.0573	0.1165	0.0986	0.1446	0.0573	0.096	0.1244	0.096	0.1712	0.1248	0.1038	0.1248	0.1386
chr2R	12098458	12098609	chr2R:12098459-12098609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0241	0.0246	0.0221	0.0259	0.0095	0.0209	0.032	0.0373	0.0095	0.0151	0.0277	0.0151	0.0341	0.0482	0.0322	0.0482	0.0255
chr2R	12099152	12099303	chr2R:12099153-12099303	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0259	0.0107	0.0241	0.0447	0.0021	0.015	0.0151	0.008	0.0021	0.0248	0.0225	0.0248	0.048	0.1018	0.038	0.1018	0.0511
chr2R	12099354	12099691	chr2R:12099355-12099691	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0554	0.0257	0.0562	0.0876	0.0095	0.032	0.032	0.0326	0.0095	0.0489	0.0495	0.0489	0.1053	0.1325	0.0767	0.1325	0.136
chr2R	12100066	12100217	chr2R:12100067-12100217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0302	0.033	0.0285	0.0106	0.0311	0.0484	0.0326	0.0106	0.0229	0.046	0.0229	0.0318	0.0245	0.0464	0.0245	0.037
chr2R	12101689	12101854	chr2R:12101690-12101854	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0279	0.0116	0.0246	0.0496	0.0032	0.0141	0.0156	0.012	0.0032	0.0187	0.0347	0.0187	0.0333	0.0368	0.1051	0.0368	0.0615
chr2R	12105872	12106097	chr2R:12105873-12106097	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0701	0.046	0.0912	0.0738	0.0212	0.0578	0.048	0.0626	0.0212	0.0562	0.1614	0.0562	0.0511	0.026	0.2218	0.026	0.0479
chr2R	12106291	12106442	chr2R:12106292-12106442	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0403	0.0259	0.0429	0.0535	0.0127	0.0369	0.032	0.0193	0.0127	0.035	0.0611	0.035	0.0434	0.0176	0.1451	0.0176	0.0438
chr2R	12106607	12106758	chr2R:12106608-12106758	FBgn0050238,FBgn0050239	tRNA:CR30238,tRNA:CR30239	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0704	0.0697	0.0784	0.0625	0.052	0.0791	0.0835	0.0753	0.052	0.0942	0.0936	0.0942	0.0736	0.0551	0.1154	0.0551	0.0657
chr2R	12106812	12106999	chr2R:12106813-12106999	FBgn0050238,FBgn0050239	tRNA:CR30238,tRNA:CR30239	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1484	0.1412	0.1053	0.1283	0.1597	0.1821	0.1692	0.1283	0.1775	0.1543	0.1775	0.1518	0.1279	0.1219	0.1279	0.1313
chr2R	12107058	12107232	chr2R:12107059-12107232	FBgn0050238,FBgn0050239,FBgn0050240	tRNA:CR30238,tRNA:CR30239,tRNA:CR30240	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.2018	0.2032	0.1522	0.176	0.2286	0.2176	0.2545	0.176	0.2434	0.2244	0.2434	0.2107	0.1899	0.1393	0.1899	0.1902
chr2R	12107471	12107664	chr2R:12107472-12107664	FBgn0050239,FBgn0050240	tRNA:CR30239,tRNA:CR30240	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1871	0.1939	0.2071	0.1576	0.1686	0.2301	0.2163	0.2232	0.1686	0.2542	0.2267	0.2542	0.2053	0.1669	0.1593	0.1669	0.1954
chr2R	12107794	12107945	chr2R:12107795-12107945	FBgn0050240	tRNA:CR30240	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.0502	0.0617	0.0533	0.0265	0.0612	0.0597	0.0606	0.0265	0.0719	0.065	0.0719	0.0705	0.0582	0.0619	0.0582	0.0599
chr2R	12108398	12108585	chr2R:12108399-12108585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0657	0.058	0.0701	0.0696	0.0276	0.0728	0.0779	0.0566	0.0276	0.0827	0.0662	0.0827	0.0968	0.0842	0.0593	0.0842	0.0907
chr2R	12108729	12108898	chr2R:12108730-12108898	FBgn0034091,FBgn0264496	CR43898,mrj	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0877	0.0603	0.1015	0.1032	0.0233	0.0723	0.0813	0.0693	0.0233	0.093	0.0929	0.093	0.1743	0.1011	0.1012	0.1011	0.1287
chr2R	12108932	12109138	chr2R:12108933-12109138	FBgn0034091,FBgn0264496	CR43898,mrj	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0904	0.0552	0.1023	0.1166	0.0138	0.0801	0.067	0.062	0.0138	0.0978	0.0939	0.0978	0.1735	0.1317	0.1141	0.1317	0.1522
chr2R	12109235	12109425	chr2R:12109236-12109425	FBgn0034091,FBgn0264496	CR43898,mrj	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1591	0.1183	0.1826	0.1789	0.0551	0.1476	0.1401	0.1526	0.0551	0.2083	0.1849	0.2083	0.2332	0.1753	0.2031	0.1753	0.21
chr2R	12113553	12113704	chr2R:12113554-12113704	FBgn0034094	Tsf3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.0189	0.024	0.024	0.0074	0.0199	0.0264	0.0233	0.0074	0.0181	0.0193	0.0181	0.0627	0.0092	0.0206	0.0092	0.0568
chr2R	12113908	12114091	chr2R:12113909-12114091	FBgn0034094	Tsf3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0263	0.0156	0.0277	0.0368	0.0042	0.0184	0.0247	0.012	0.0042	0.0175	0.0341	0.0175	0.0511	0.0115	0.0761	0.0115	0.061
chr2R	12117136	12117287	chr2R:12117137-12117287	FBgn0034095	CG15701	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0271	0.0258	0.0293	0.0262	0.0074	0.032	0.0324	0.032	0.0074	0.038	0.0309	0.038	0.0426	0.0291	0.0342	0.0291	0.0297
chr2R	12117336	12117487	chr2R:12117337-12117487	FBgn0034095	CG15701	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0585	0.0505	0.0679	0.0572	0.0276	0.0578	0.0636	0.062	0.0276	0.0876	0.0727	0.0876	0.0821	0.0582	0.0754	0.0582	0.0719
chr2R	12117554	12117737	chr2R:12117555-12117737	FBgn0034093,FBgn0034095	CG15701,CG15706	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.097	0.1157	0.0939	0.0626	0.1141	0.1073	0.1299	0.0626	0.151	0.1293	0.151	0.1193	0.1011	0.1148	0.1011	0.1141
chr2R	12117826	12118024	chr2R:12117827-12118024	FBgn0034093,FBgn0034095	CG15701,CG15706	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0594	0.0741	0.0571	0.0392	0.0646	0.0675	0.0839	0.0392	0.0876	0.0897	0.0876	0.0744	0.0674	0.0703	0.0674	0.0709
chr2R	12118111	12118306	chr2R:12118112-12118306	FBgn0034093,FBgn0034095	CG15701,CG15706	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0826	0.0745	0.0977	0.0751	0.0541	0.0738	0.0839	0.1106	0.0541	0.119	0.1141	0.119	0.1123	0.0812	0.0903	0.0812	0.0964
chr2R	12122729	12122880	chr2R:12122730-12122880	FBgn0034096	CG7786	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.0167	0.0255	0.0116	0.0032	0.0146	0.0238	0.028	0.0032	0.0109	0.0408	0.0109	0.0318	0.0077	0.0135	0.0077	0.0115
chr2R	12128189	12128358	chr2R:12128190-12128358	FBgn0034098	krimp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0438	0.0319	0.0433	0.0578	0.0106	0.0374	0.0428	0.04	0.0106	0.0326	0.0473	0.0326	0.072	0.0804	0.0496	0.0804	0.0771
chr2R	12151825	12151993	chr2R:12151826-12151993	FBgn0015925,FBgn0025519	csul,fidipidine	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0315	0.0405	0.028	0.0138	0.0354	0.0376	0.046	0.0138	0.0374	0.0482	0.0374	0.0449	0.0306	0.029	0.0306	0.0344
chr2R	12152077	12152266	chr2R:12152078-12152266	FBgn0015925,FBgn0025519	csul,fidipidine	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0748	0.072	0.0838	0.0681	0.0435	0.0874	0.0774	0.0986	0.0435	0.0864	0.0961	0.0864	0.1022	0.075	0.0709	0.075	0.0902
chr2R	12152320	12152471	chr2R:12152321-12152471	FBgn0015925,FBgn0025519	csul,fidipidine	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0357	0.0334	0.0445	0.0284	0.0212	0.0316	0.0411	0.0526	0.0212	0.0447	0.0502	0.0447	0.0604	0.036	0.0226	0.036	0.0391
chr2R	12157931	12158184	chr2R:12157932-12158184	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0675	0.0284	0.0629	0.1161	0.0117	0.0398	0.0372	0.022	0.0117	0.0543	0.0621	0.0543	0.1255	0.1263	0.118	0.1263	0.2058
chr2R	12158284	12158507	chr2R:12158285-12158507	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0548	0.0191	0.0505	0.0996	0.0074	0.0282	0.0238	0.018	0.0074	0.0435	0.0473	0.0435	0.0976	0.0995	0.0993	0.0995	0.1579
chr2R	12158613	12158866	chr2R:12158614-12158866	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0198	0.0438	0.0582	0.0064	0.0267	0.0247	0.022	0.0064	0.0477	0.0469	0.0477	0.0612	0.0521	0.0503	0.0521	0.0948
chr2R	12159146	12159364	chr2R:12159147-12159364	FBgn0001308,FBgn0053017	CG33017,Khc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0637	0.0454	0.0763	0.0705	0.0212	0.0583	0.0506	0.062	0.0212	0.0864	0.0807	0.0864	0.086	0.0819	0.0658	0.0819	0.0907
chr2R	12159418	12159583	chr2R:12159419-12159583	FBgn0001308,FBgn0053017	CG33017,Khc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1128	0.0879	0.1331	0.1182	0.053	0.1146	0.093	0.1139	0.053	0.1552	0.1447	0.1552	0.1611	0.1309	0.1199	0.1309	0.147
chr2R	12164864	12165015	chr2R:12164865-12165015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0135	0.0178	0.0071	0.0064	0.0117	0.0195	0.02	0.0064	0.0169	0.0151	0.0169	0.0124	0.0054	0.0058	0.0054	0.0042
chr2R	12166095	12166321	chr2R:12166096-12166321	FBgn0024249	cato	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0505	0.0612	0.0689	0.0184	0.0286	0.1218	0.0493	0.056	0.0286	0.1081	0.0495	0.1081	0.0411	0.0222	0.0148	0.0222	0.0146
chr2R	12170558	12170739	chr2R:12170559-12170739	FBgn0034105,FBgn0034106	CG7755,CG9068	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0505	0.0485	0.0589	0.0436	0.0329	0.05	0.0545	0.0693	0.0329	0.067	0.0695	0.067	0.0643	0.0605	0.0496	0.0605	0.0542
chr2R	12170820	12171016	chr2R:12170821-12171016	FBgn0034105,FBgn0034106	CG7755,CG9068	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0348	0.0362	0.0337	0.0191	0.0345	0.0428	0.0486	0.0191	0.035	0.0437	0.035	0.0403	0.0375	0.0361	0.0375	0.0443
chr2R	12176722	12176908	chr2R:12176723-12176908	FBgn0028424,FBgn0050099	CG30099,JhI-26	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0237	0.0161	0.0204	0.0359	0.0064	0.0141	0.0281	0.0147	0.0064	0.0151	0.0235	0.0151	0.0356	0.0268	0.0426	0.0268	0.0719
chr2R	12178574	12178851	chr2R:12178575-12178851	FBgn0050100,FBgn0259718,FBgn0263981	CG30100,CG42372,CR43730	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0637	0.0621	0.0723	0.056	0.0371	0.0689	0.0826	0.0753	0.0371	0.0857	0.0801	0.0857	0.0945	0.0628	0.0619	0.0628	0.0703
chr2R	12178919	12179089	chr2R:12178920-12179089	FBgn0050100,FBgn0259718,FBgn0263981	CG30100,CG42372,CR43730	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1051	0.0981	0.1212	0.0953	0.0732	0.1165	0.1202	0.1146	0.0732	0.1443	0.1367	0.1443	0.1387	0.1172	0.0986	0.1172	0.1219
chr2R	12179207	12179358	chr2R:12179208-12179358	FBgn0050100,FBgn0259718,FBgn0263981	CG30100,CG42372,CR43730	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.046	0.0524	0.0384	0.035	0.0515	0.0575	0.0553	0.035	0.0556	0.0585	0.0556	0.062	0.0421	0.0464	0.0421	0.0479
chr2R	12181314	12181498	chr2R:12181315-12181498	FBgn0034109,FBgn0034110	Atg9,CG7747	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0555	0.0513	0.0727	0.0412	0.0361	0.051	0.0666	0.0633	0.0361	0.0942	0.0794	0.0942	0.0713	0.0429	0.049	0.0429	0.0511
chr2R	12181547	12181724	chr2R:12181548-12181724	FBgn0034109,FBgn0034110	Atg9,CG7747	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.128	0.1103	0.1566	0.1164	0.0732	0.1306	0.1276	0.1352	0.0732	0.2083	0.1685	0.2083	0.1472	0.1286	0.1354	0.1286	0.1329
chr2R	12181812	12181989	chr2R:12181813-12181989	FBgn0034109,FBgn0034110	Atg9,CG7747	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1719	0.1552	0.1994	0.1606	0.1368	0.1835	0.1713	0.1865	0.1368	0.2585	0.2196	0.2585	0.1797	0.1876	0.1799	0.1876	0.1886
chr2R	12182036	12182187	chr2R:12182037-12182187	FBgn0034109,FBgn0034110	Atg9,CG7747	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0781	0.0654	0.0925	0.0765	0.052	0.0699	0.0804	0.0819	0.052	0.1341	0.0929	0.1341	0.0899	0.1202	0.0722	0.1202	0.0891
chr2R	12182811	12182962	chr2R:12182812-12182962	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0228	0.0386	0.0181	0.0102	0.0276	0.0233	0.0696	0.0353	0.0276	0.0248	0.0199	0.0248	0.0186	0.0123	0.0103	0.0123	0.0109
chr2R	12183079	12183230	chr2R:12183080-12183230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0196	0.037	0.0132	0.0072	0.0212	0.0165	0.077	0.03	0.0212	0.0163	0.018	0.0163	0.0062	0.0123	0.0071	0.0123	0.0063
chr2R	12183489	12183643	chr2R:12183490-12183643	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0241	0.0522	0.0119	0.006	0.0467	0.017	0.1116	0.0406	0.0467	0.0151	0.0138	0.0151	0.0093	0.0107	0.0052	0.0107	0.0052
chr2R	12196520	12196744	chr2R:12196521-12196744	FBgn0085428	Nox	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.033	0.0535	0.0235	0.0206	0.0488	0.0335	0.0718	0.0793	0.0488	0.0223	0.0312	0.0223	0.0194	0.023	0.0451	0.023	0.0156
chr2R	12197941	12198092	chr2R:12197942-12198092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0126	0.0133	0.0206	0.0032	0.0107	0.0199	0.0153	0.0032	0.0091	0.0222	0.0091	0.0062	0.0207	0.0587	0.0207	0.0063
chr2R	12198329	12198480	chr2R:12198330-12198480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0137	0.0115	0.0145	0.0153	0.0042	0.0136	0.0186	0.008	0.0042	0.0157	0.018	0.0157	0.0108	0.0268	0.0168	0.0268	0.0162
chr2R	12207856	12208007	chr2R:12207857-12208007	FBgn0034113	CG8060	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0258	0.028	0.028	0.0209	0.0127	0.0286	0.0398	0.0353	0.0127	0.0435	0.027	0.0435	0.0232	0.023	0.0206	0.023	0.0313
chr2R	12208157	12208344	chr2R:12208158-12208344	FBgn0034113	CG8060	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0501	0.0574	0.0496	0.0339	0.0607	0.0571	0.0626	0.0339	0.0785	0.0601	0.0785	0.0604	0.0636	0.0542	0.0636	0.0683
chr2R	12209226	12209459	chr2R:12209227-12209459	FBgn0034114,FBgn0050096	CG30096,CG4282	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0657	0.076	0.0556	0.0339	0.0684	0.0908	0.0786	0.0339	0.0936	0.0855	0.0936	0.0728	0.0658	0.0574	0.0658	0.0672
chr2R	12209583	12209765	chr2R:12209584-12209765	FBgn0034114,FBgn0050096	CG30096,CG4282	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1255	0.1215	0.1407	0.1132	0.0647	0.15	0.1388	0.1552	0.0647	0.1727	0.1518	0.1727	0.1356	0.1141	0.1244	0.1141	0.1454
chr2R	12209875	12210026	chr2R:12209876-12210026	FBgn0034114,FBgn0050096	CG30096,CG4282	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0399	0.0464	0.0351	0.0223	0.0447	0.0484	0.048	0.0223	0.0622	0.0498	0.0622	0.0449	0.0352	0.0335	0.0352	0.0464
chr2R	12217720	12217871	chr2R:12217721-12217871	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0133	0.0095	0.0109	0.0021	0.0126	0.0203	0.016	0.0021	0.0133	0.0084	0.0133	0.0054	0.0069	0.0058	0.0069	0.0073
chr2R	12218706	12218872	chr2R:12218707-12218872	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.026	0.048	0.0148	0.0136	0.0414	0.0282	0.0792	0.0566	0.0414	0.0133	0.0193	0.0133	0.0155	0.0406	0.0084	0.0406	0.0083
chr2R	12219011	12219162	chr2R:12219012-12219162	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0175	0.0209	0.0115	0.0202	0.017	0.018	0.0368	0.0167	0.017	0.0181	0.0122	0.0181	0.0108	0.0628	0.0155	0.0628	0.0094
chr2R	12219425	12219576	chr2R:12219426-12219576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0198	0.0177	0.0156	0.0266	0.0042	0.016	0.0294	0.0213	0.0042	0.0254	0.0154	0.0254	0.0186	0.0827	0.0168	0.0827	0.0146
chr2R	12223077	12223325	chr2R:12223078-12223325	FBgn0010611	Hmgs	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.071	0.0687	0.0772	0.0668	0.0498	0.0684	0.093	0.0793	0.0498	0.0815	0.0801	0.0815	0.0806	0.0681	0.0477	0.0681	0.0703
chr2R	12223451	12223638	chr2R:12223452-12223638	FBgn0010611	Hmgs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1341	0.1243	0.1567	0.1203	0.0976	0.134	0.1488	0.1552	0.0976	0.1969	0.1711	0.1969	0.1526	0.1371	0.109	0.1371	0.1417
chr2R	12223759	12223953	chr2R:12223760-12223953	FBgn0010611,FBgn0262511	Hmgs,Vha44	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.092	0.0813	0.1094	0.0849	0.052	0.0903	0.0965	0.1086	0.052	0.1256	0.1203	0.1256	0.1022	0.0896	0.0877	0.0896	0.1006
chr2R	12224108	12224302	chr2R:12224109-12224302	FBgn0262511	Vha44	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1732	0.1474	0.2103	0.1613	0.088	0.1854	0.1696	0.1819	0.088	0.2403	0.2267	0.2403	0.2239	0.1631	0.1741	0.1631	0.198
chr2R	12224487	12224880	chr2R:12224488-12224880	FBgn0262511	Vha44	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.089	0.0715	0.1096	0.0858	0.0339	0.0913	0.083	0.0866	0.0339	0.1588	0.11	0.1588	0.1146	0.1126	0.0851	0.1126	0.1115
chr2R	12225927	12226078	chr2R:12225928-12226078	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0312	0.0253	0.0305	0.0387	0.0117	0.0262	0.0407	0.0233	0.0117	0.035	0.037	0.035	0.0364	0.0314	0.0851	0.0314	0.0354
chr2R	12226413	12226608	chr2R:12226414-12226608	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0491	0.0187	0.0577	0.0735	0.0042	0.0286	0.0247	0.0153	0.0042	0.0682	0.0775	0.0682	0.0511	0.0582	0.176	0.0582	0.0584
chr2R	12231006	12231157	chr2R:12231007-12231157	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0303	0.0421	0.028	0.017	0.0335	0.0372	0.046	0.017	0.0513	0.0412	0.0513	0.0658	0.0191	0.029	0.0191	0.0532
chr2R	12231324	12231520	chr2R:12231325-12231520	FBgn0034117,FBgn0034118	CG7997,Nup62	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0561	0.0727	0.0605	0.0326	0.0488	0.0777	0.0913	0.0953	0.0488	0.0652	0.0646	0.0652	0.0806	0.036	0.04	0.036	0.0433
chr2R	12231585	12231785	chr2R:12231586-12231785	FBgn0034117,FBgn0034118	CG7997,Nup62	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0743	0.067	0.0925	0.0624	0.0509	0.0806	0.0753	0.0813	0.0509	0.1002	0.1029	0.1002	0.1061	0.0674	0.0806	0.0674	0.0803
chr2R	12231900	12232083	chr2R:12231901-12232083	FBgn0034117,FBgn0034118	CG7997,Nup62	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1275	0.1074	0.1518	0.1232	0.0764	0.1291	0.112	0.1432	0.0764	0.192	0.1643	0.192	0.1627	0.1409	0.136	0.1409	0.1532
chr2R	12232193	12232344	chr2R:12232194-12232344	FBgn0034118	Nup62	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0404	0.0551	0.0402	0.0223	0.0422	0.0463	0.062	0.0223	0.0622	0.064	0.0622	0.0643	0.049	0.0445	0.049	0.0584
chr2R	12234709	12234860	chr2R:12234710-12234860	FBgn0262560	wcd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0477	0.06	0.0391	0.0308	0.0583	0.0597	0.0533	0.0308	0.0731	0.0682	0.0731	0.0705	0.0459	0.0432	0.0459	0.049
chr2R	12234918	12235106	chr2R:12234919-12235106	FBgn0262560	wcd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0827	0.0786	0.0966	0.0721	0.0498	0.0942	0.0926	0.0939	0.0498	0.1135	0.0987	0.1135	0.1301	0.0873	0.0645	0.0873	0.0974
chr2R	12236806	12236957	chr2R:12236807-12236957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0079	0.0075	0.011	0.0064	0.0058	0.0121	0.01	0.0064	0.0048	0.009	0.0048	0.007	0.0046	0.0071	0.0046	0.0042
chr2R	12244707	12244904	chr2R:12244708-12244904	FBgn0263335	CR43416	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.011	0.0119	0.0214	0.0064	0.0087	0.0199	0.01	0.0064	0.0072	0.0106	0.0072	0.0186	0.0077	0.0058	0.0077	0.0281
chr2R	12252224	12252375	chr2R:12252225-12252375	FBgn0034122	CG15711	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0079	0.0091	0.0213	0.0074	0.0068	0.0143	0.0027	0.0074	0.0072	0.0058	0.0072	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0063
chr2R	12256305	12256456	chr2R:12256306-12256456	distal	distal	none	none	VT17646.1	VT17646.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0085	0.0074	0.0163	0.0032	0.0087	0.0164	0.006	0.0032	0.0048	0.0061	0.0048	0.0054	8e-04	0.0013	8e-04	0.0063
chr2R	12256657	12256919	chr2R:12256658-12256919	distal	distal	none	none	VT17646.1	VT17646.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0072	0.0108	0.0187	0.0021	0.0063	0.0134	0.0047	0.0021	0.0079	0.0048	0.0079	0.0039	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chr2R	12257285	12257436	chr2R:12257286-12257436	distal	distal	none	none	VT17646.1,VT17647.1	VT17646.1,VT17647.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0075	0.008	0.0206	0.0032	0.0078	0.0117	0.006	0.0032	0.0085	0.0064	0.0085	0.007	0.0038	0.0058	0.0038	0.0073
chr2R	12257961	12258112	chr2R:12257962-12258112	distal	distal	stage14	stage14	VT17647.1	VT17647.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.007	0.0094	0.0279	0.0021	0.0078	0.0121	0.006	0.0021	0.0085	0.0068	0.0085	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0089
chr2R	12258849	12259000	chr2R:12258850-12259000	distal	distal	stage14	stage14	VT17647.1	VT17647.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.007	0.0075	0.0201	0.0011	0.0044	0.0151	0.006	0.0011	0.0091	0.0051	0.0091	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0042
chr2R	12259136	12259287	chr2R:12259137-12259287	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0075	0.0094	0.0171	0.0011	0.0078	0.0138	0.0067	0.0011	0.0085	0.0074	0.0085	0.0077	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chr2R	12259504	12259655	chr2R:12259505-12259655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.008	0.011	0.0181	0.0032	0.0083	0.0143	0.0053	0.0032	0.0139	0.0093	0.0139	0.0093	0.0061	0.0058	0.0061	0.0063
chr2R	12264227	12264378	chr2R:12264228-12264378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.0072	0.0077	0.0096	0.0042	0.0068	0.0134	0.0047	0.0042	0.0066	0.0061	0.0066	0.0054	0.0023	6e-04	0.0023	0.0031
chr2R	12265368	12265519	chr2R:12265369-12265519	distal	distal	none	none	VT17652.1	VT17652.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0074	0.0077	0.0103	0.0021	0.0078	0.0108	0.008	0.0021	0.006	0.0109	0.006	0.0023	0.0023	0.0064	0.0023	0.0031
chr2R	12273786	12274070	chr2R:12273787-12274070	FBgn0264273	Sema-2b	stage11,stage14,stage5	none	VT17657.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.1081	0.1105	0.1037	0.1102	0.0806	0.0854	0.1683	0.1339	0.0806	0.0193	0.1547	0.0193	0.1603	0.01	0.2276	0.01	0.0985
chr2R	12274182	12274428	chr2R:12274183-12274428	FBgn0264273	Sema-2b	stage11,stage14,stage5	none	VT17657.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0491	0.0597	0.0419	0.0451	0.0392	0.0422	0.1034	0.0686	0.0392	0.0109	0.074	0.0109	0.0395	0.0054	0.1264	0.0054	0.0229
chr2R	12280369	12280520	chr2R:12280370-12280520	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0061	0.0085	0.0169	0.0064	0.0024	0.0108	0.0053	0.0064	0.0072	0.0084	0.0072	0.0046	0.0015	0.0052	0.0015	0.0094
chr2R	12281190	12281428	chr2R:12281191-12281428	distal	distal	none	none	VT17661.1	VT17661.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0126	0.016	0.0192	0.0085	0.0141	0.0186	0.0107	0.0085	0.0169	0.0106	0.0169	0.0039	0.0061	0.0039	0.0061	0.0078
chr2R	12281813	12282005	chr2R:12281814-12282005	distal	distal	none	none	VT17661.1	VT17661.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0105	0.015	0.0284	0.0064	0.0078	0.0199	0.0093	0.0064	0.0042	0.0064	0.0042	0.0077	0.0015	0.0064	0.0015	0.0109
chr2R	12283404	12283555	chr2R:12283405-12283555	distal	distal	stage14	stage14	VT17662.1	VT17662.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0055	0.0074	0.0205	0.0011	0.0015	0.0138	0.0047	0.0011	0.0024	0.0058	0.0024	0.0062	8e-04	0.0045	8e-04	0.0068
chr2R	12286327	12286478	chr2R:12286328-12286478	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0212	0.0165	0.0121	0.0366	0.0074	0.017	0.026	0.012	0.0074	0.0066	0.01	0.0066	0.017	0.0077	0.011	0.0077	0.0083
chr2R	12291310	12291461	chr2R:12291311-12291461	distal	distal	none	none	VT17666.1	VT17666.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0046	0.007	0.0203	0.0021	0.0029	0.0078	0.0047	0.0021	0.0079	0.0048	0.0079	0.0031	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chr2R	12292985	12293152	chr2R:12292986-12293152	distal	distal	none	none	VT17667.1	VT17667.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0156	0.0183	0.0206	0.0085	0.0117	0.0277	0.0147	0.0085	0.0236	0.0167	0.0236	0.0077	0.0046	0.0064	0.0046	0.0115
chr2R	12293622	12293773	chr2R:12293623-12293773	distal	distal	stage14	stage14	VT17667.1,VT17668.1	VT17667.1,VT17668.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0081	0.0089	0.0265	0.0021	0.0078	0.0138	0.008	0.0021	0.0054	0.0061	0.0054	0.007	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chr2R	12293804	12293955	chr2R:12293805-12293955	distal	distal	stage14	stage14	VT17667.1,VT17668.1	VT17667.1,VT17668.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0083	0.0091	0.0253	0.0021	0.0083	0.0156	0.0073	0.0021	0.006	0.0061	0.006	0.0077	0.0031	0.0019	0.0031	0.0073
chr2R	12296296	12296605	chr2R:12296297-12296605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0126	0.0165	0.0258	0.0053	0.0117	0.0238	0.0087	0.0053	0.0163	0.0061	0.0163	0.0101	0.0069	0.0052	0.0069	0.0073
chr2R	12300295	12300485	chr2R:12300296-12300485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.015	0.012	0.0098	0.0242	0.0095	0.0121	0.0186	0.0087	0.0095	0.0103	0.0071	0.0103	0.0163	0.0046	0.009	0.0046	0.049
chr2R	12315184	12315378	chr2R:12315185-12315378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0233	0.0257	0.0178	0.0269	0.0127	0.0175	0.0415	0.0333	0.0127	0.0151	0.0161	0.0151	0.0108	0.0368	0.0123	0.0368	0.0094
chr2R	12315873	12316024	chr2R:12315874-12316024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0123	0.0062	0.0095	0.0042	0.0141	0.0212	0.0073	0.0042	0.0103	0.0058	0.0103	0.0015	0.0092	0.0032	0.0092	0.0042
chr2R	12317900	12318051	chr2R:12317901-12318051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0137	0.0127	0.0109	0.0178	0.0085	0.0175	0.0169	0.0093	0.0085	0.0109	0.0125	0.0109	0.0147	0.0138	0.0077	0.0138	0.0391
chr2R	12319316	12319478	chr2R:12319317-12319478	FBgn0034126	CG4398	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0346	0.0338	0.0367	0.0333	0.0201	0.0417	0.0407	0.0393	0.0201	0.0362	0.0463	0.0362	0.0411	0.01	0.0297	0.01	0.0719
chr2R	12319683	12319834	chr2R:12319684-12319834	FBgn0034126	CG4398	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0264	0.0214	0.0265	0.0319	0.0074	0.0282	0.026	0.0253	0.0074	0.0332	0.0289	0.0332	0.0271	0.0123	0.0219	0.0123	0.0677
chr2R	12319933	12320084	chr2R:12319934-12320084	FBgn0034126	CG4398	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0215	0.0201	0.0221	0.0226	0.0074	0.0316	0.0186	0.0253	0.0074	0.0266	0.027	0.0266	0.0186	0.0084	0.0181	0.0084	0.0448
chr2R	12320232	12320383	chr2R:12320233-12320383	FBgn0034126	CG4398	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0207	0.0171	0.0155	0.0106	0.0248	0.0234	0.0306	0.0106	0.0229	0.0186	0.0229	0.0163	0.0138	0.0155	0.0138	0.0193
chr2R	12320766	12320917	chr2R:12320767-12320917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0297	0.0142	0.0109	0.017	0.033	0.0298	0.0473	0.017	0.0127	0.0158	0.0127	0.0116	0.0069	0.0097	0.0069	0.0078
chr2R	12320987	12321218	chr2R:12320988-12321218	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0297	0.0484	0.0234	0.0159	0.0308	0.0519	0.0623	0.06	0.0308	0.0272	0.0235	0.0272	0.0147	0.0061	0.009	0.0061	0.0115
chr2R	12333117	12333285	chr2R:12333118-12333285	FBgn0034129	CG15925	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0074	0.0117	0.0212	0.0021	0.0049	0.0143	0.0067	0.0021	0.0115	0.0087	0.0115	0.0039	0.0031	0.0084	0.0031	0.0031
chr2R	12335962	12336113	chr2R:12335963-12336113	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0052	0.0044	0.0092	0.0021	0.0029	0.0125	0.0013	0.0021	0.0024	0.0032	0.0024	0.0046	8e-04	0.0039	8e-04	0.0036
chr2R	12336527	12336678	chr2R:12336528-12336678	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0045	0.0044	0.0169	0.0011	0.0029	0.0104	0.0033	0.0011	0.0042	0.0035	0.0042	0.0046	0.0038	0.0013	0.0038	0.0036
chr2R	12341875	12342026	chr2R:12341876-12342026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0087	0.0087	0.0065	0.0111	0.0021	0.0092	0.0156	0.008	0.0021	0.0054	0.0048	0.0054	0.0039	0.0038	0.0052	0.0038	0.0083
chr2R	12344440	12344591	chr2R:12344441-12344591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0165	0.0176	0.0193	0.0124	0.0011	0.0267	0.0238	0.0173	0.0011	0.0266	0.0161	0.0266	0.0271	0.0084	0.0135	0.0084	0.0078
chr2R	12360385	12360536	chr2R:12360386-12360536	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0169	0.0159	0.0188	0.0053	0.0175	0.0277	0.018	0.0053	0.0175	0.0141	0.0175	0.0108	0.0038	0.0045	0.0038	0.0073
chr2R	12362367	12362518	chr2R:12362368-12362518	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0122	0.009	0.0143	0.0106	0.0107	0.0177	0.0127	0.0106	0.006	0.0084	0.006	0.0132	0.0069	0.0058	0.0069	0.0115
chr2R	12367202	12367394	chr2R:12367203-12367394	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0217	0.0431	0.0146	0.0054	0.0233	0.0524	0.0329	0.0833	0.0233	0.0085	0.0196	0.0085	0.0248	0.0038	0.0045	0.0038	0.0031
chr2R	12367891	12368042	chr2R:12367892-12368042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0094	0.0096	0.0086	0.0099	0.0032	0.0078	0.0169	0.0107	0.0032	0.006	0.008	0.006	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0052
chr2R	12368449	12368600	chr2R:12368450-12368600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.01	0.0098	0.0138	0.0032	0.0049	0.0177	0.014	0.0032	0.0097	0.0096	0.0097	0.0132	0.01	0.0064	0.01	0.0109
chr2R	12368851	12369002	chr2R:12368852-12369002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0092	0.0112	0.0131	0.0021	0.0083	0.0143	0.0133	0.0021	0.0085	0.0103	0.0085	0.0186	0.0046	0.0077	0.0046	0.0083
chr2R	12380684	12380835	chr2R:12380685-12380835	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0132	0.0263	0.0084	0.0039	0.017	0.0155	0.0428	0.0366	0.017	0.0072	0.0109	0.0072	0.0054	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chr2R	12387468	12387683	chr2R:12387469-12387683	FBgn0011260	Sema-2a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.121	0.1879	0.1027	0.0664	0.1644	0.1864	0.202	0.2865	0.1644	0.1021	0.0797	0.1021	0.0217	0.0084	0.0168	0.0084	0.0094
chr2R	12387838	12388017	chr2R:12387839-12388017	FBgn0011260	Sema-2a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0622	0.1041	0.0486	0.0305	0.0795	0.1058	0.1142	0.1512	0.0795	0.0453	0.0453	0.0453	0.017	0.0061	0.0097	0.0061	0.0094
chr2R	12388063	12388250	chr2R:12388064-12388250	FBgn0011260	Sema-2a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0596	0.1069	0.0385	0.0298	0.0933	0.0985	0.1237	0.1486	0.0933	0.032	0.0402	0.032	0.0108	0.01	0.0155	0.01	0.0099
chr2R	12393413	12393622	chr2R:12393414-12393622	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0157	0.014	0.0206	0.0124	0.0011	0.0117	0.0221	0.0187	0.0011	0.0229	0.0305	0.0229	0.0062	0.0046	0.011	0.0046	0.0063
chr2R	12396370	12396521	chr2R:12396371-12396521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0174	0.026	0.0169	0.0082	0.0106	0.0267	0.0242	0.0493	0.0106	0.0211	0.0151	0.0211	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.0063
chr2R	12402142	12402327	chr2R:12402143-12402327	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0629	0.0799	0.0832	0.0216	0.052	0.0883	0.0843	0.1246	0.052	0.1262	0.0971	0.1262	0.0411	0.0237	0.0226	0.0237	0.0193
chr2R	12402468	12402657	chr2R:12402469-12402657	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.151	0.2112	0.1912	0.0395	0.158	0.2214	0.2465	0.2825	0.158	0.3013	0.217	0.3013	0.0984	0.0375	0.04	0.0375	0.0261
chr2R	12402923	12403204	chr2R:12402924-12403204	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.1287	0.0571	0.0203	0.1071	0.0903	0.1782	0.1832	0.1071	0.0779	0.0611	0.0779	0.0387	0.0184	0.0251	0.0184	0.0172
chr2R	12403543	12403741	chr2R:12403544-12403741	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1625	0.1654	0.2038	0.1141	0.1283	0.1845	0.1817	0.2199	0.1283	0.2645	0.2338	0.2645	0.1851	0.1363	0.1509	0.1363	0.1636
chr2R	12403772	12403976	chr2R:12403773-12403976	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1646	0.1648	0.0979	0.1283	0.1728	0.1856	0.2252	0.1283	0.2071	0.1929	0.2071	0.1487	0.1194	0.1335	0.1194	0.1407
chr2R	12404124	12404377	chr2R:12404125-12404377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0744	0.081	0.0876	0.0526	0.0467	0.0806	0.1029	0.1146	0.0467	0.0912	0.1116	0.0912	0.0875	0.062	0.0774	0.062	0.0698
chr2R	12404611	12404819	chr2R:12404612-12404819	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1336	0.1585	0.1593	0.0777	0.1145	0.1369	0.2132	0.2212	0.1145	0.1425	0.209	0.1425	0.172	0.1049	0.0961	0.1049	0.0902
chr2R	12406570	12406861	chr2R:12406571-12406861	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1121	0.1473	0.1363	0.0462	0.0806	0.1451	0.1856	0.2085	0.0806	0.1842	0.2026	0.1842	0.048	0.0949	0.0613	0.0949	0.025
chr2R	12407236	12407595	chr2R:12407237-12407595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0474	0.0356	0.0513	0.0563	0.0148	0.0335	0.0484	0.05	0.0148	0.0386	0.0678	0.0386	0.0519	0.0398	0.0496	0.0398	0.0698
chr2R	12410247	12410398	chr2R:12410248-12410398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0192	0.0356	0.0143	0.0061	0.0255	0.0218	0.064	0.038	0.0255	0.0151	0.0158	0.0151	0.0132	0.0054	0.0032	0.0054	0.0083
chr2R	12418841	12419195	chr2R:12418842-12419195	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0499	0.0307	0.0216	0.0223	0.0476	0.0787	0.05	0.0223	0.0368	0.0357	0.0368	0.0209	0.0291	0.0097	0.0291	0.0135
chr2R	12419259	12419507	chr2R:12419260-12419507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0336	0.0294	0.0235	0.0095	0.0359	0.048	0.042	0.0095	0.0399	0.0318	0.0399	0.0147	0.0306	0.0135	0.0306	0.013
chr2R	12426243	12426394	chr2R:12426244-12426394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0107	0.0085	0.0088	0.0032	0.0073	0.0199	0.0113	0.0032	0.0066	0.0103	0.0066	0.0062	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chr2R	12439451	12439757	chr2R:12439452-12439757	FBgn0034135	Syn2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0936	0.0283	0.0832	0.1778	0.0148	0.0393	0.0342	0.028	0.0148	0.0761	0.0881	0.0761	0.1356	0.2542	0.1457	0.2542	0.2011
chr2R	12440079	12440230	chr2R:12440080-12440230	FBgn0034135	Syn2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0142	0.0132	0.0219	0.0085	0.0126	0.0234	0.0153	0.0085	0.0193	0.0093	0.0193	0.0124	0.0214	0.0135	0.0214	0.0146
chr2R	12440247	12440398	chr2R:12440248-12440398	FBgn0034135	Syn2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0103	0.0103	0.0167	0.0064	0.0078	0.0182	0.012	0.0064	0.0157	0.0068	0.0157	0.0062	0.0107	0.0045	0.0107	0.0083
chr2R	12450563	12450714	chr2R:12450564-12450714	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0066	0.0063	0.011	0.0042	0.0078	0.0104	0.0047	0.0042	0.0066	0.0061	0.0066	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0073
chr2R	12452993	12453178	chr2R:12452994-12453178	FBgn0034136,FBgn0034137	CG4945,DAT	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0399	0.0391	0.0324	0.0489	0.018	0.0369	0.0571	0.048	0.018	0.0411	0.036	0.0411	0.0302	0.0896	0.0503	0.0896	0.0469
chr2R	12453407	12453558	chr2R:12453408-12453558	FBgn0034137	CG4945	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.0173	0.0147	0.0287	0.0085	0.018	0.0264	0.018	0.0085	0.0193	0.0158	0.0193	0.0178	0.098	0.0193	0.098	0.013
chr2R	12453893	12454044	chr2R:12453894-12454044	FBgn0034137	CG4945	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0228	0.0237	0.0231	0.0214	0.0106	0.034	0.0298	0.0227	0.0106	0.0296	0.027	0.0296	0.0279	0.0597	0.0148	0.0597	0.0151
chr2R	12455239	12455390	chr2R:12455240-12455390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0225	0.0208	0.0236	0.0231	0.0085	0.0223	0.0294	0.026	0.0085	0.0393	0.0212	0.0393	0.0263	0.0613	0.0123	0.0613	0.0234
chr2R	12456867	12457104	chr2R:12456868-12457104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0292	0.0471	0.0202	0.0201	0.032	0.0407	0.0293	0.0201	0.0731	0.0431	0.0731	0.0682	0.0329	0.0129	0.0329	0.0292
chr2R	12458170	12458357	chr2R:12458171-12458357	FBgn0034138	RpS15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.0439	0.0579	0.0368	0.0329	0.0485	0.051	0.0566	0.0329	0.0719	0.065	0.0719	0.0565	0.049	0.0374	0.049	0.0422
chr2R	12458389	12458548	chr2R:12458390-12458548	FBgn0034138	RpS15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0633	0.0642	0.0768	0.0476	0.0339	0.0718	0.0753	0.0853	0.0339	0.1069	0.0785	0.1069	0.086	0.0628	0.0567	0.0628	0.0526
chr2R	12458616	12458825	chr2R:12458617-12458825	FBgn0034138	RpS15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1314	0.131	0.1485	0.1131	0.0954	0.1481	0.1518	0.1632	0.0954	0.212	0.1527	0.212	0.1402	0.1325	0.1167	0.1325	0.136
chr2R	12459214	12459398	chr2R:12459215-12459398	FBgn0034138,FBgn0034139	CG4927,RpS15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1468	0.1317	0.1712	0.137	0.0764	0.1655	0.1362	0.1785	0.0764	0.2017	0.1913	0.2017	0.1627	0.1539	0.1618	0.1539	0.1417
chr2R	12459564	12459773	chr2R:12459565-12459773	FBgn0034139	CG4927	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.081	0.0793	0.0942	0.0687	0.0573	0.0898	0.0865	0.1026	0.0573	0.1093	0.0977	0.1093	0.1108	0.0858	0.0761	0.0858	0.0829
chr2R	12459924	12460075	chr2R:12459925-12460075	FBgn0034139	CG4927	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0248	0.0344	0.0292	0.0117	0.0243	0.0324	0.0346	0.0117	0.0368	0.0344	0.0368	0.0503	0.0237	0.0193	0.0237	0.0563
chr2R	12466233	12466402	chr2R:12466234-12466402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0661	0.0421	0.0792	0.0785	0.0095	0.0587	0.0389	0.0673	0.0095	0.0833	0.0878	0.0833	0.1131	0.1087	0.0812	0.1087	0.1131
chr2R	12466825	12467003	chr2R:12466826-12467003	FBgn0016131	Cdk4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2046	0.1899	0.2504	0.1707	0.1368	0.2549	0.1821	0.2498	0.1368	0.3231	0.2849	0.3231	0.2347	0.2205	0.2134	0.2205	0.2272
chr2R	12467151	12467321	chr2R:12467152-12467321	FBgn0016131	Cdk4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1681	0.1538	0.2109	0.137	0.0976	0.2087	0.1349	0.2245	0.0976	0.2699	0.2421	0.2699	0.2169	0.1708	0.1896	0.1708	0.1897
chr2R	12467428	12467609	chr2R:12467429-12467609	FBgn0016131	Cdk4	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0916	0.0818	0.1209	0.0703	0.0339	0.1194	0.0696	0.1266	0.0339	0.1347	0.1486	0.1347	0.1348	0.0636	0.0922	0.0636	0.1157
chr2R	12467967	12468349	chr2R:12467968-12468349	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1796	0.1904	0.2462	0.0943	0.1241	0.2214	0.208	0.2638	0.1241	0.2524	0.3305	0.2524	0.2293	0.0919	0.1663	0.0919	0.1115
chr2R	12470945	12471115	chr2R:12470946-12471115	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.178	0.1741	0.2131	0.1439	0.122	0.2238	0.1782	0.2239	0.122	0.2621	0.2457	0.2621	0.206	0.1953	0.1812	0.1953	0.1996
chr2R	12471324	12471564	chr2R:12471325-12471564	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2367	0.2139	0.2972	0.1959	0.1357	0.3053	0.1817	0.2885	0.1357	0.372	0.3386	0.372	0.306	0.2542	0.2482	0.2542	0.2798
chr2R	12473190	12473388	chr2R:12473191-12473388	FBgn0003274	RpLP2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2528	0.2339	0.301	0.2209	0.1676	0.2806	0.2478	0.3065	0.1676	0.3822	0.3257	0.3822	0.2827	0.2527	0.2418	0.2527	0.2579
chr2R	12473491	12473693	chr2R:12473492-12473693	FBgn0003274	RpLP2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2071	0.1732	0.2572	0.1899	0.0997	0.2214	0.1661	0.2492	0.0997	0.3448	0.2633	0.3448	0.251	0.2083	0.1947	0.2083	0.2293
chr2R	12474012	12474229	chr2R:12474013-12474229	FBgn0003274	RpLP2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0963	0.0742	0.1362	0.0771	0.0255	0.1233	0.0636	0.0966	0.0255	0.1987	0.135	0.1987	0.158	0.0942	0.0864	0.0942	0.0985
chr2R	12474269	12474453	chr2R:12474270-12474453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1354	0.122	0.1777	0.104	0.0615	0.1801	0.1176	0.1519	0.0615	0.2476	0.1881	0.2476	0.1789	0.1164	0.1277	0.1164	0.1261
chr2R	12476657	12476819	chr2R:12476658-12476819	FBgn0034141	CG8311	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0905	0.058	0.091	0.1264	0.0297	0.0908	0.0523	0.0733	0.0297	0.0924	0.1145	0.0924	0.11	0.1401	0.1612	0.1401	0.1688
chr2R	12479050	12479201	chr2R:12479051-12479201	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.0177	0.0461	0.0313	0.0064	0.0204	0.0212	0.0247	0.0064	0.0229	0.0817	0.0229	0.0341	0.0107	0.0903	0.0107	0.0255
chr2R	12481379	12481530	chr2R:12481380-12481530	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0479	0.0351	0.0602	0.0486	0.0127	0.0524	0.0316	0.05	0.0127	0.0435	0.0936	0.0435	0.0635	0.0237	0.1193	0.0237	0.0537
chr2R	12481807	12482078	chr2R:12481808-12482078	FBgn0034142	CG8306	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2274	0.2102	0.284	0.1845	0.1548	0.2782	0.1899	0.2991	0.1548	0.3092	0.3736	0.3092	0.2696	0.1662	0.3179	0.1662	0.26
chr2R	12482211	12482420	chr2R:12482212-12482420	FBgn0034142	CG8306	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1634	0.1514	0.2039	0.1324	0.1029	0.1932	0.1384	0.2245	0.1029	0.2452	0.2379	0.2452	0.1952	0.1409	0.1747	0.1409	0.1767
chr2R	12482661	12482911	chr2R:12482662-12482911	FBgn0034142	CG8306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0366	0.0549	0.0418	0.0159	0.0417	0.0441	0.0526	0.0159	0.058	0.0653	0.058	0.0666	0.0498	0.0522	0.0498	0.0516
chr2R	12488392	12488543	chr2R:12488393-12488543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0158	0.0232	0.0127	0.0109	0.018	0.0175	0.0415	0.0167	0.018	0.0048	0.0177	0.0048	0.0163	0.0061	0.029	0.0061	0.0068
chr2R	12488919	12489070	chr2R:12488920-12489070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0128	0.0101	0.0133	0.0152	0.0032	0.0063	0.0216	0.008	0.0032	0.0085	0.0203	0.0085	0.0093	0.0031	0.049	0.0031	0.0089
chr2R	12489224	12489375	chr2R:12489225-12489375	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0092	0.0137	0.0185	0.0042	0.0092	0.016	0.0093	0.0042	0.0103	0.0212	0.0103	0.0085	0.0054	0.0651	0.0054	0.0089
chr2R	12494995	12495209	chr2R:12494996-12495209	FBgn0034145	CG5065	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0678	0.047	0.0704	0.0881	0.0339	0.0476	0.0567	0.0613	0.0339	0.0423	0.0682	0.0423	0.0759	0.049	0.0722	0.049	0.0787
chr2R	12495270	12495573	chr2R:12495271-12495573	FBgn0034145	CG5065	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0805	0.0419	0.0834	0.1206	0.0127	0.05	0.0523	0.052	0.0127	0.0447	0.0511	0.0447	0.0542	0.0597	0.0574	0.0597	0.0792
chr2R	12495898	12496049	chr2R:12495899-12496049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0231	0.0096	0.0212	0.0402	0.0042	0.0136	0.0147	0.006	0.0042	0.0272	0.0161	0.0272	0.0194	0.0482	0.0277	0.0482	0.0464
chr2R	12496138	12496315	chr2R:12496139-12496315	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0466	0.0157	0.0406	0.0877	0.0064	0.0252	0.0186	0.012	0.0064	0.035	0.0325	0.035	0.0573	0.0613	0.078	0.0613	0.1126
chr2R	12496385	12496568	chr2R:12496386-12496568	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0362	0.0122	0.032	0.0677	0.0042	0.0165	0.0151	0.012	0.0042	0.0205	0.0277	0.0205	0.0302	0.0222	0.0342	0.0222	0.061
chr2R	12496824	12497092	chr2R:12496825-12497092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0448	0.0156	0.0437	0.0788	0.0064	0.0233	0.0169	0.0167	0.0064	0.0386	0.0399	0.0386	0.0635	0.0413	0.0774	0.0413	0.11
chr2R	12499007	12499158	chr2R:12499008-12499158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0168	0.0282	0.0525	0.0138	0.0131	0.0281	0.0147	0.0138	0.0127	0.0482	0.0127	0.0271	0.0161	0.1644	0.0161	0.0328
chr2R	12499243	12499577	chr2R:12499244-12499577	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0546	0.0209	0.0434	0.1044	0.0138	0.0252	0.032	0.0153	0.0138	0.0229	0.0614	0.0229	0.0697	0.0567	0.2811	0.0567	0.0917
chr2R	12502574	12502738	chr2R:12502575-12502738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0147	0.0178	0.0394	0.0042	0.017	0.0212	0.0147	0.0042	0.0139	0.0264	0.0139	0.0132	0.0115	0.1032	0.0115	0.0375
chr2R	12503026	12503177	chr2R:12503027-12503177	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.012	0.0197	0.0302	0.0095	0.0131	0.016	0.0107	0.0095	0.0163	0.0309	0.0163	0.0108	0.0115	0.0916	0.0115	0.0172
chr2R	12503661	12503812	chr2R:12503662-12503812	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0071	0.0108	0.0248	0.0021	0.0063	0.0121	0.008	0.0021	0.0072	0.0141	0.0072	0.0116	0.0031	0.0819	0.0031	0.0141
chr2R	12504049	12504200	chr2R:12504050-12504200	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0086	0.0046	0.0067	0.015	0.0021	0.0053	0.0078	0.004	0.0021	0.0042	0.01	0.0042	0.0046	0.0031	0.0535	0.0031	0.0036
chr2R	12505320	12505471	chr2R:12505321-12505471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0133	0.012	0.0122	0.016	0.0032	0.0087	0.0255	0.0093	0.0032	0.0115	0.0148	0.0115	0.0108	0.0061	0.0206	0.0061	0.0287
chr2R	12522573	12522761	chr2R:12522574-12522761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0323	0.0123	0.0071	0.0064	0.0388	0.0333	0.0573	0.0064	0.0085	0.0161	0.0085	0.0077	0.01	0.0071	0.01	0.0068
chr2R	12523764	12523915	chr2R:12523765-12523915	distal	distal	none	none	VT17792.1	VT17792.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0176	0.0212	0.0135	0.0182	0.0117	0.0199	0.0294	0.03	0.0117	0.0199	0.0125	0.0199	0.0085	0.0107	0.0058	0.0107	0.0052
chr2R	12524792	12524943	chr2R:12524793-12524943	distal	distal	stage14	stage14	VT17792.1	VT17792.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.028	0.0197	0.0256	0.0085	0.0248	0.0372	0.0446	0.0085	0.0314	0.0199	0.0314	0.0077	0.0038	0.0045	0.0038	0.0068
chr2R	12525475	12525626	chr2R:12525476-12525626	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0166	0.0193	0.0129	0.0175	0.0117	0.0199	0.029	0.02	0.0117	0.0151	0.0145	0.0151	0.0085	0.0069	0.0071	0.0069	0.0031
chr2R	12527480	12527932	chr2R:12527481-12527932	FBgn0040505	Alk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1229	0.1849	0.1339	0.0416	0.1029	0.2354	0.16	0.2965	0.1029	0.1993	0.1945	0.1993	0.0395	0.098	0.0374	0.098	0.0156
chr2R	12528363	12528697	chr2R:12528364-12528697	FBgn0024232	gprs	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.055	0.0636	0.0438	0.0577	0.0127	0.1034	0.0463	0.0966	0.0127	0.0719	0.0469	0.0719	0.0108	0.0138	0.011	0.0138	0.0104
chr2R	12529014	12529165	chr2R:12529015-12529165	FBgn0024232	gprs	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0244	0.0164	0.0227	0.0042	0.0272	0.0285	0.0406	0.0042	0.0205	0.017	0.0205	0.0054	0	0.0052	0	0.0021
chr2R	12531180	12531370	chr2R:12531181-12531370	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0319	0.0413	0.0367	0.0163	0.0127	0.0442	0.0381	0.0846	0.0127	0.0223	0.0534	0.0223	0.0186	0.0077	0.0135	0.0077	0.0083
chr2R	12531498	12531740	chr2R:12531499-12531740	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0443	0.0622	0.0504	0.0175	0.0233	0.0617	0.0471	0.1426	0.0233	0.026	0.0871	0.026	0.017	0.0061	0.0264	0.0061	0.0094
chr2R	12547910	12548092	chr2R:12547911-12548092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0263	0.0184	0.0265	0.035	0.0064	0.0204	0.0337	0.014	0.0064	0.029	0.0251	0.029	0.0457	0.0306	0.0329	0.0306	0.0604
chr2R	12548167	12548353	chr2R:12548168-12548353	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0506	0.0275	0.0513	0.0758	0.0095	0.035	0.0446	0.0213	0.0095	0.0429	0.0585	0.0429	0.0891	0.0689	0.0974	0.0689	0.112
chr2R	12555404	12555555	chr2R:12555405-12555555	FBgn0024315	Picot	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0146	0.0283	0.0086	0.0057	0.0127	0.0112	0.0614	0.0207	0.0127	0.0085	0.0093	0.0085	0.0124	0.0031	0.0058	0.0031	0.0078
chr2R	12555950	12556106	chr2R:12555951-12556106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.022	0.0472	0.0103	0.0068	0.0244	0.0175	0.112	0.028	0.0244	0.0079	0.0141	0.0079	0.0085	0.0061	0.0084	0.0061	0.0078
chr2R	12557282	12557433	chr2R:12557283-12557433	FBgn0085486	CG34457	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0175	0.0304	0.0118	0.0093	0.0148	0.0092	0.0727	0.0213	0.0148	0.0097	0.0129	0.0097	0.0186	0.0107	0.0077	0.0107	0.0141
chr2R	12557647	12557840	chr2R:12557648-12557840	FBgn0085486	CG34457	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0545	0.0628	0.0491	0.0511	0.0541	0.0534	0.0913	0.0746	0.0541	0.0465	0.0601	0.0465	0.0713	0.0551	0.0606	0.0551	0.0907
chr2R	12560496	12560660	chr2R:12560497-12560660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0421	0.0528	0.0485	0.0159	0.0427	0.0571	0.056	0.0159	0.0634	0.0611	0.0634	0.055	0.0482	0.0677	0.0482	0.0662
chr2R	12560802	12561043	chr2R:12560803-12561043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0318	0.0279	0.0357	0.032	0.0127	0.0228	0.0476	0.0286	0.0127	0.0344	0.0405	0.0344	0.0519	0.0299	0.0432	0.0299	0.0396
chr2R	12571982	12572133	chr2R:12571983-12572133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0136	0.011	0.0185	0.0111	0	0.0155	0.0117	0.016	0	0.0429	0.017	0.0429	0.0077	0.0084	0.0116	0.0084	0.0063
chr2R	12577007	12577195	chr2R:12577008-12577195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0333	0.0188	0.0331	0.0496	0.0085	0.0199	0.0238	0.0247	0.0085	0.0314	0.0402	0.0314	0.0488	0.0536	0.0574	0.0536	0.0902
chr2R	12578519	12578670	chr2R:12578520-12578670	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0124	0.006	0.0055	0.0272	0.0032	0.0068	0.0099	0.0047	0.0032	0.0036	0.0068	0.0036	0.0116	0.0023	0.009	0.0023	0.0875
chr2R	12579066	12579217	chr2R:12579067-12579217	FBgn0013763	CG5210	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0083	0.0109	0.0284	0.0053	0.0087	0.0125	0.0053	0.0053	0.0054	0.0132	0.0054	0.0232	0.0038	0.0135	0.0038	0.0849
chr2R	12586399	12586565	chr2R:12586400-12586565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0313	0.0302	0.0331	0.0306	0.018	0.0272	0.0402	0.044	0.018	0.0284	0.0434	0.0284	0.0473	0.0337	0.0548	0.0337	0.0401
chr2R	12589725	12589876	chr2R:12589726-12589876	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0064	0.0086	0.0106	0.0021	0.0083	0.0104	0.0047	0.0021	0.0036	0.009	0.0036	0.0132	0.0061	0.0071	0.0061	0.0063
chr2R	12590545	12590696	chr2R:12590546-12590696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0096	0.0072	0.0108	0.0109	0.0032	0.0058	0.0147	0.0033	0.0032	0.0103	0.0138	0.0103	0.0116	0.0046	0.0226	0.0046	0.0099
chr2R	12596737	12596958	chr2R:12596738-12596958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0143	0.0228	0.0188	0.0042	0.0209	0.0221	0.0093	0.0042	0.0097	0.0203	0.0097	0.0682	0.0077	0.0155	0.0077	0.0459
chr2R	12600899	12601050	chr2R:12600900-12601050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0143	0.0115	0.0169	0.0148	0.0021	0.0131	0.016	0.0153	0.0021	0.0085	0.0228	0.0085	0.0333	0.0046	0.0219	0.0046	0.0182
chr2R	12605082	12605233	chr2R:12605083-12605233	distal	distal	none	none	VT17834.1	VT17834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.01	0.015	0.0143	0.0032	0.0102	0.019	0.0067	0.0032	0.0097	0.0267	0.0097	0.0093	8e-04	0.0516	8e-04	0.0063
chr2R	12608679	12608875	chr2R:12608680-12608875	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0429	0.0201	0.0673	0.0418	0.0074	0.0184	0.0307	0.024	0.0074	0.0223	0.1129	0.0223	0.093	0.0123	0.1238	0.0123	0.0323
chr2R	12609202	12609353	chr2R:12609203-12609353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.011	0.0212	0.0128	0.0042	0.0102	0.0151	0.016	0.0042	0.0085	0.0367	0.0085	0.0232	0.0054	0.0368	0.0054	0.0073
chr2R	12612365	12612573	chr2R:12612366-12612573	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0333	0.0143	0.0486	0.0376	0.0042	0.0189	0.0182	0.014	0.0042	0.0139	0.1026	0.0139	0.0178	0.0077	0.1354	0.0077	0.0125
chr2R	12612717	12612892	chr2R:12612718-12612892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0338	0.0137	0.0549	0.0331	0.0021	0.0223	0.0164	0.0113	0.0021	0.0187	0.11	0.0187	0.0256	0.0115	0.1161	0.0115	0.0109
chr2R	12613177	12613328	chr2R:12613178-12613328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0158	0.0336	0.0177	0.0032	0.0155	0.0208	0.0227	0.0032	0.0072	0.0646	0.0072	0.0263	0.0038	0.0516	0.0038	0.012
chr2R	12614703	12614854	chr2R:12614704-12614854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0166	0.0117	0.0162	0.0226	0.0021	0.0131	0.0177	0.014	0.0021	0.0097	0.0186	0.0097	0.0356	0.0077	0.009	0.0077	0.061
chr2R	12616852	12617003	chr2R:12616853-12617003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0173	0.0102	0.0235	0.0185	0.0021	0.0126	0.0164	0.0087	0.0021	0.0145	0.0206	0.0145	0.0697	0.0031	0.0297	0.0031	0.0375
chr2R	12618142	12618371	chr2R:12618143-12618371	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.062	0.0533	0.069	0.0639	0.0392	0.0427	0.074	0.0706	0.0392	0.0356	0.091	0.0356	0.1224	0.062	0.1161	0.062	0.0651
chr2R	12618726	12619021	chr2R:12618727-12619021	FBgn0050463	CG30463	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1883	0.1454	0.2355	0.1842	0.1177	0.1612	0.151	0.2079	0.1177	0.2101	0.3164	0.2101	0.2812	0.2335	0.2276	0.2335	0.2194
chr2R	12619555	12619740	chr2R:12619556-12619740	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0639	0.0459	0.0779	0.0685	0.0276	0.0529	0.0523	0.062	0.0276	0.0604	0.1212	0.0604	0.0751	0.072	0.1083	0.072	0.0808
chr2R	12644029	12644180	chr2R:12644030-12644180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0274	0.0107	0.0058	0.0138	0.0141	0.0623	0.0187	0.0138	0.0072	0.0138	0.0072	0.0093	0.0061	0.0071	0.0061	0.0047
chr2R	12652019	12652170	chr2R:12652020-12652170	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0198	0.0202	0.0124	0.0276	0.0053	0.0184	0.0368	0.0173	0.0053	0.0133	0.0122	0.0133	0.0054	0.013	0.0045	0.013	0.0052
chr2R	12652538	12652689	chr2R:12652539-12652689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.0161	0.0122	0.0255	0.0064	0.0136	0.0285	0.016	0.0064	0.0157	0.0125	0.0157	0.0077	0.0123	0.0058	0.0123	0.0078
chr2R	12653429	12653580	chr2R:12653430-12653580	FBgn0259738	CG42392	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0101	0.0131	0.0368	0.0032	0.0117	0.016	0.01	0.0032	0.0109	0.0135	0.0109	0.0062	0.0061	0.0077	0.0061	0.0068
chr2R	12657517	12657668	chr2R:12657518-12657668	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0097	0.008	0.0182	0.0064	0.0107	0.0177	0.006	0.0064	0.0079	0.0071	0.0079	0.0101	0.0023	0.0045	0.0023	0.0073
chr2R	12659311	12659462	chr2R:12659312-12659462	distal	distal	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0229	0.0291	0.0354	0.0085	0.0248	0.0311	0.0293	0.0085	0.029	0.0257	0.029	0.017	0.0145	0.02	0.0145	0.0193
chr2R	12659468	12659619	chr2R:12659469-12659619	FBgn0034155	unc-104	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0275	0.0199	0.0287	0.0347	0.0095	0.0228	0.0242	0.0253	0.0095	0.026	0.0248	0.026	0.0201	0.0084	0.0123	0.0084	0.0188
chr2R	12660005	12660232	chr2R:12660006-12660232	FBgn0034155	unc-104	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0877	0.0722	0.0951	0.0971	0.0445	0.0816	0.0921	0.0879	0.0445	0.1081	0.0923	0.1081	0.1015	0.0827	0.0735	0.0827	0.0891
chr2R	12660573	12660844	chr2R:12660574-12660844	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0344	0.0402	0.0258	0.0138	0.0408	0.0446	0.0466	0.0138	0.055	0.0383	0.055	0.0434	0.0352	0.0277	0.0352	0.0318
chr2R	12660910	12661253	chr2R:12660911-12661253	FBgn0010213	Sod2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0543	0.0693	0.0483	0.0361	0.0544	0.0783	0.0626	0.0361	0.0924	0.0698	0.0924	0.0744	0.0521	0.0464	0.0521	0.0646
chr2R	12661341	12661538	chr2R:12661342-12661538	FBgn0010213,FBgn0011743	Arp53D,Sod2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0947	0.0839	0.1145	0.0852	0.0604	0.0966	0.0986	0.1046	0.0604	0.1389	0.1289	0.1389	0.1193	0.0934	0.0825	0.0934	0.1136
chr2R	12661572	12661761	chr2R:12661573-12661761	FBgn0010213,FBgn0011743	Arp53D,Sod2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0835	0.0727	0.1039	0.0731	0.0456	0.0883	0.0848	0.0853	0.0456	0.1238	0.1193	0.1238	0.1046	0.072	0.0825	0.072	0.098
chr2R	12665209	12665360	chr2R:12665210-12665360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0201	0.0231	0.0191	0.0085	0.0214	0.0281	0.0266	0.0085	0.0296	0.0302	0.0296	0.0163	0.0245	0.0355	0.0245	0.0146
chr2R	12665771	12666025	chr2R:12665772-12666025	FBgn0053544	Vkor	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0267	0.0395	0.024	0.0153	0.0201	0.0364	0.0532	0.06	0.0201	0.0308	0.0322	0.0308	0.0186	0.0123	0.0116	0.0123	0.0125
chr2R	12670833	12671018	chr2R:12670834-12671018	FBgn0034158	CG5522	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0682	0.0575	0.0751	0.0726	0.0191	0.0714	0.0679	0.0779	0.0191	0.1075	0.0801	0.1075	0.0651	0.072	0.0864	0.072	0.0823
chr2R	12671110	12671295	chr2R:12671111-12671295	FBgn0034158	CG5522	stage11,stage14,stage5	none	VT17873.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1726	0.1589	0.1972	0.1608	0.1198	0.1961	0.1778	0.1905	0.1198	0.2579	0.2113	0.2579	0.1905	0.1899	0.1631	0.1899	0.1949
chr2R	12671612	12671993	chr2R:12671613-12671993	FBgn0034158	CG5522	none	none	VT17873.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0887	0.0905	0.1074	0.0661	0.0445	0.1451	0.0878	0.0993	0.0445	0.1751	0.0994	0.1751	0.1193	0.059	0.058	0.059	0.0912
chr2R	12672347	12672807	chr2R:12672348-12672807	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT17873.1,VT17874.1	VT17874.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1491	0.2534	0.1377	0.0453	0.2354	0.268	0.3002	0.3038	0.2354	0.2826	0.1376	0.2826	0.0689	0.0436	0.0406	0.0436	0.0797
chr2R	12675301	12675452	chr2R:12675302-12675452	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0314	0.0287	0.026	0.0405	0.0138	0.0383	0.0407	0.0213	0.0138	0.0205	0.035	0.0205	0.0232	0.0153	0.0935	0.0153	0.038
chr2R	12679085	12679236	chr2R:12679086-12679236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0257	0.0138	0.0113	0.0095	0.0257	0.0337	0.0386	0.0095	0.0163	0.0193	0.0163	0.0062	0.0061	0.0239	0.0061	0.013
chr2R	12680061	12680212	chr2R:12680062-12680212	FBgn0040743	CG15919	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0155	0.0236	0.0156	0.0064	0.0127	0.0316	0.026	0.0313	0.0127	0.0175	0.0212	0.0175	0.0101	0.0061	0.0064	0.0061	0.0083
chr2R	12680222	12680373	chr2R:12680223-12680373	FBgn0040743	CG15919	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0178	0.0262	0.0183	0.0078	0.0106	0.0359	0.0303	0.0326	0.0106	0.0199	0.0244	0.0199	0.0132	0.0038	0.0155	0.0038	0.0099
chr2R	12683927	12684078	chr2R:12683928-12684078	FBgn0034159	CG15615	none	none	VT17880.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0115	0.0159	0.0156	0.0042	0.0097	0.0203	0.012	0.0042	0.0103	0.0209	0.0103	0.017	0.0038	0.0458	0.0038	0.0057
chr2R	12686353	12686504	chr2R:12686354-12686504	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0127	0.0169	0.0131	0.0074	0.0117	0.0212	0.01	0.0074	0.0139	0.0283	0.0139	0.0093	0.0038	0.0387	0.0038	0.0104
chr2R	12687248	12687399	chr2R:12687249-12687399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0163	0.028	0.0213	0.0074	0.0184	0.0238	0.018	0.0074	0.0302	0.037	0.0302	0.0201	0.0199	0.029	0.0199	0.0229
chr2R	12687616	12687838	chr2R:12687617-12687838	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1156	0.0798	0.1343	0.1352	0.0456	0.1034	0.0878	0.1019	0.0456	0.1516	0.1566	0.1516	0.1433	0.1554	0.1354	0.1554	0.1777
chr2R	12687989	12688223	chr2R:12687990-12688223	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0262	0.0392	0.0496	0.0138	0.0296	0.0363	0.0313	0.0138	0.0386	0.0415	0.0386	0.0511	0.0574	0.0438	0.0574	0.0662
chr2R	12690011	12690229	chr2R:12690012-12690229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0381	0.0181	0.0364	0.0624	0.0042	0.0306	0.0238	0.0093	0.0042	0.0749	0.0257	0.0749	0.0364	0.1845	0.0387	0.1845	0.0448
chr2R	12690590	12690766	chr2R:12690591-12690766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0192	0.0081	0.0159	0.0354	0.0042	0.0087	0.0112	0.0107	0.0042	0.0139	0.01	0.0139	0.0039	0.0467	0.0052	0.0467	0.012
chr2R	12693968	12694130	chr2R:12693969-12694130	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0179	0.0414	0.0327	0.0064	0.016	0.0294	0.0193	0.0064	0.0205	0.0714	0.0205	0.0442	0.0253	0.0851	0.0253	0.024
chr2R	12694248	12694583	chr2R:12694249-12694583	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0389	0.0162	0.0523	0.0494	0.0053	0.0155	0.0229	0.02	0.0053	0.0229	0.0932	0.0229	0.048	0.036	0.1547	0.036	0.0245
chr2R	12696653	12696827	chr2R:12696654-12696827	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0143	0.0397	0.0501	0.0032	0.0194	0.0216	0.01	0.0032	0.0356	0.0624	0.0356	0.0341	0.0582	0.1057	0.0582	0.0474
chr2R	12697007	12697203	chr2R:12697008-12697203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0352	0.0145	0.0418	0.0511	0.0053	0.0223	0.016	0.0133	0.0053	0.0646	0.0492	0.0646	0.0426	0.085	0.0761	0.085	0.0573
chr2R	12697707	12698068	chr2R:12697708-12698068	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1273	0.0618	0.1739	0.1494	0.0201	0.1117	0.0519	0.068	0.0201	0.3303	0.1936	0.3303	0.1046	0.2925	0.1741	0.2925	0.1813
chr2R	12698210	12698554	chr2R:12698211-12698554	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0628	0.0464	0.0824	0.0596	0.0244	0.0631	0.0454	0.06	0.0244	0.1437	0.0871	0.1437	0.0612	0.1133	0.0664	0.1133	0.0698
chr2R	12701214	12701481	chr2R:12701215-12701481	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0399	0.0173	0.0504	0.0536	0.0095	0.0262	0.0221	0.0107	0.0095	0.0525	0.0617	0.0525	0.0782	0.0413	0.0896	0.0413	0.0855
chr2R	12702399	12702619	chr2R:12702400-12702619	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0616	0.0303	0.0841	0.0717	0.0053	0.0636	0.032	0.0173	0.0053	0.0773	0.054	0.0773	0.2564	0.0636	0.0458	0.0636	0.173
chr2R	12702810	12703071	chr2R:12702811-12703071	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0579	0.041	0.0797	0.0529	0.0032	0.0835	0.042	0.0253	0.0032	0.0676	0.0595	0.0676	0.2355	0.0352	0.0361	0.0352	0.1318
chr2R	12704233	12704421	chr2R:12704234-12704421	FBgn0034160	CG5550	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0245	0.0182	0.0343	0.0207	0.0064	0.0189	0.0294	0.018	0.0064	0.0344	0.0367	0.0344	0.0612	0.0123	0.0135	0.0123	0.049
chr2R	12704467	12704683	chr2R:12704468-12704683	FBgn0034160	CG5550	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0223	0.0418	0.0274	0.0085	0.0286	0.0342	0.018	0.0085	0.0471	0.045	0.0471	0.0658	0.0222	0.0213	0.0222	0.061
chr2R	12705334	12705485	chr2R:12705335-12705485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0097	0.0188	0.029	0.0042	0.0117	0.0169	0.006	0.0042	0.026	0.0141	0.026	0.0403	0.0138	0.0142	0.0138	0.0818
chr2R	12709205	12709415	chr2R:12709206-12709415	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.033	0.0181	0.0454	0.0359	0.0053	0.0296	0.0225	0.0153	0.0053	0.0326	0.0376	0.0326	0.1286	0.026	0.0522	0.026	0.0615
chr2R	12709429	12709580	chr2R:12709430-12709580	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0223	0.0108	0.0325	0.0238	0.0042	0.0155	0.0138	0.0093	0.0042	0.0236	0.0325	0.0236	0.0782	0.0138	0.0432	0.0138	0.0365
chr2R	12711198	12711759	chr2R:12711199-12711759	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0791	0.0396	0.1079	0.0915	0.0032	0.0612	0.051	0.0373	0.0032	0.1528	0.0804	0.1528	0.1797	0.0544	0.038	0.0544	0.246
chr2R	12715685	12715836	chr2R:12715686-12715836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0233	0.0136	0.0245	0.033	0.0042	0.0131	0.0277	0.0067	0.0042	0.0211	0.0367	0.0211	0.0217	0.0283	0.0703	0.0283	0.0375
chr2R	12716336	12716551	chr2R:12716337-12716551	FBgn0263659	CR43650	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2523	0.2164	0.3063	0.2331	0.1559	0.2709	0.2496	0.2412	0.1559	0.3853	0.3402	0.3853	0.3207	0.2726	0.2734	0.2726	0.3127
chr2R	12717829	12718016	chr2R:12717830-12718016	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1585	0.1221	0.2145	0.1379	0.0912	0.1529	0.1419	0.1392	0.0912	0.276	0.2386	0.276	0.2293	0.17	0.1631	0.17	0.197
chr2R	12718061	12718261	chr2R:12718062-12718261	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2081	0.1487	0.284	0.1911	0.1039	0.1859	0.1717	0.1746	0.1039	0.3798	0.3151	0.3798	0.2851	0.2481	0.2489	0.2481	0.2746
chr2R	12718496	12718672	chr2R:12718497-12718672	FBgn0262432	mir-8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0804	0.0491	0.1053	0.088	0.0297	0.0597	0.064	0.048	0.0297	0.1522	0.1138	0.1522	0.1131	0.0896	0.1115	0.0896	0.1501
chr2R	12718916	12719077	chr2R:12718917-12719077	FBgn0262432	mir-8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0549	0.0581	0.0629	0.0425	0.0382	0.0437	0.0934	0.072	0.0382	0.0773	0.0875	0.0773	0.0519	0.0375	0.0542	0.0375	0.0745
chr2R	12719299	12719450	chr2R:12719300-12719450	FBgn0262432	mir-8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0474	0.0403	0.0596	0.0421	0.0276	0.0316	0.0614	0.048	0.0276	0.0749	0.0868	0.0749	0.0411	0.0398	0.0593	0.0398	0.0693
chr2R	12720421	12720572	chr2R:12720422-12720572	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0501	0.0332	0.0656	0.0519	0.0127	0.0437	0.0484	0.0293	0.0127	0.0658	0.0791	0.0658	0.1015	0.0413	0.0748	0.0413	0.0896
chr2R	12721665	12721816	chr2R:12721666-12721816	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0417	0.0254	0.0638	0.0356	0.0106	0.0335	0.0372	0.0213	0.0106	0.0622	0.0942	0.0622	0.0604	0.026	0.0613	0.026	0.0552
chr2R	12725744	12725905	chr2R:12725745-12725905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0362	0.0177	0.053	0.0384	0.0085	0.0204	0.0255	0.0167	0.0085	0.0411	0.0904	0.0411	0.0356	0.0214	0.0858	0.0214	0.0448
chr2R	12726737	12726890	chr2R:12726738-12726890	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0376	0.036	0.0494	0.0263	0.0191	0.0252	0.0727	0.0253	0.0191	0.0574	0.072	0.0574	0.0403	0.0199	0.0374	0.0199	0.0479
chr2R	12727356	12727516	chr2R:12727357-12727516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0397	0.015	0.0549	0.0507	0.0042	0.0252	0.0177	0.014	0.0042	0.0664	0.054	0.0664	0.1069	0.0276	0.0445	0.0276	0.124
chr2R	12728808	12728985	chr2R:12728809-12728985	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0652	0.0388	0.1226	0.0318	0.0106	0.0641	0.0411	0.0426	0.0106	0.2615	0.1383	0.2615	0.0411	0.0329	0.0651	0.0329	0.0313
chr2R	12729090	12729241	chr2R:12729091-12729241	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0442	0.0243	0.0802	0.0269	0.0053	0.0393	0.0298	0.0233	0.0053	0.1775	0.0878	0.1775	0.0302	0.0322	0.0548	0.0322	0.0234
chr2R	12729353	12729685	chr2R:12729354-12729685	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0586	0.0289	0.0964	0.0501	0.0032	0.0413	0.0372	0.032	0.0032	0.1679	0.1296	0.1679	0.0333	0.049	0.1173	0.049	0.0448
chr2R	12730137	12730311	chr2R:12730138-12730311	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0312	0.0168	0.0565	0.0195	0.0011	0.0413	0.0134	0.008	0.0011	0.1467	0.0524	0.1467	0.0155	0.0161	0.0432	0.0161	0.0193
chr2R	12732995	12733146	chr2R:12732996-12733146	FBgn0026754	Ugt37c1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.014	0.042	0.0203	0.0032	0.017	0.0199	0.0167	0.0032	0.0459	0.0682	0.0459	0.0225	0.0077	0.0496	0.0077	0.0224
chr2R	12733756	12734051	chr2R:12733757-12734051	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0425	0.031	0.0582	0.038	0.0127	0.035	0.035	0.0406	0.0127	0.0682	0.0955	0.0682	0.0271	0.0398	0.0916	0.0398	0.0297
chr2R	12734390	12734541	chr2R:12734391-12734541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0188	0.0102	0.0218	0.0251	0.0021	0.0175	0.0117	0.0093	0.0021	0.0332	0.0273	0.0332	0.0201	0.0704	0.0245	0.0704	0.0188
chr2R	12734889	12735081	chr2R:12734890-12735081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0302	0.0123	0.0294	0.051	0.0011	0.016	0.0199	0.0107	0.0011	0.0465	0.0338	0.0465	0.0225	0.1011	0.0593	0.1011	0.0537
chr2R	12735369	12735520	chr2R:12735370-12735520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0128	0.0146	0.0297	0.0032	0.0146	0.0186	0.016	0.0032	0.0181	0.0167	0.0181	0.0147	0.0214	0.0471	0.0214	0.0464
chr2R	12735667	12735818	chr2R:12735668-12735818	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0207	0.015	0.0188	0.0291	0.0011	0.0126	0.0242	0.02	0.0011	0.0163	0.0254	0.0163	0.0225	0.0145	0.0716	0.0145	0.0323
chr2R	12736256	12736407	chr2R:12736257-12736407	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0133	0.0212	0.033	0.0011	0.0136	0.0225	0.014	0.0011	0.0199	0.026	0.0199	0.0318	0.0191	0.0393	0.0191	0.0657
chr2R	12736677	12736953	chr2R:12736678-12736953	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0257	0.0319	0.0395	0.0074	0.0296	0.0368	0.0293	0.0074	0.0417	0.0363	0.0417	0.0395	0.0276	0.0729	0.0276	0.0584
chr2R	12737122	12737273	chr2R:12737123-12737273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0256	0.0199	0.0249	0.0327	0.0042	0.0209	0.0294	0.0247	0.0042	0.0302	0.0318	0.0302	0.0232	0.026	0.0716	0.026	0.0323
chr2R	12737830	12738048	chr2R:12737831-12738048	FBgn0025830	IntS8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1059	0.1052	0.1211	0.0901	0.0583	0.1087	0.1267	0.1492	0.0583	0.1558	0.1315	0.1558	0.1185	0.1003	0.1044	0.1003	0.111
chr2R	12739056	12739207	chr2R:12739057-12739207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.034	0.0296	0.0173	0.018	0.0282	0.0519	0.044	0.018	0.0374	0.0334	0.0374	0.0287	0.0161	0.02	0.0161	0.0224
chr2R	12743631	12743812	chr2R:12743632-12743812	FBgn0026533	Dek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1884	0.1599	0.2279	0.1769	0.105	0.2126	0.1501	0.2212	0.105	0.2814	0.2473	0.2814	0.2254	0.1899	0.1838	0.1899	0.2131
chr2R	12743946	12744130	chr2R:12743947-12744130	FBgn0026533	Dek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2591	0.2298	0.3043	0.2423	0.1898	0.284	0.2215	0.3125	0.1898	0.3635	0.3264	0.3635	0.3036	0.2557	0.2527	0.2557	0.2772
chr2R	12744302	12744524	chr2R:12744303-12744524	FBgn0263462	snoRNA:Dek-a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1288	0.0884	0.1617	0.1379	0.0541	0.1165	0.0856	0.1206	0.0541	0.1793	0.1765	0.1793	0.1882	0.1738	0.1605	0.1738	0.1553
chr2R	12744659	12744852	chr2R:12744660-12744852	FBgn0263462	snoRNA:Dek-a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1511	0.1201	0.1802	0.1536	0.0753	0.1544	0.1349	0.1452	0.0753	0.2035	0.2116	0.2035	0.1898	0.2044	0.1651	0.2044	0.1798
chr2R	12749517	12749668	chr2R:12749518-12749668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0361	0.0251	0.0152	0.018	0.0325	0.0506	0.0506	0.018	0.0272	0.0302	0.0272	0.0248	0.0168	0.009	0.0168	0.0193
chr2R	12754846	12755059	chr2R:12754847-12755059	FBgn0014870	Psi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0697	0.0813	0.0556	0.0414	0.0743	0.0891	0.0919	0.0414	0.1075	0.0868	0.1075	0.0837	0.0681	0.0554	0.0681	0.0641
chr2R	12755163	12755337	chr2R:12755164-12755337	FBgn0014870,FBgn0028737	Ef1beta,Psi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1431	0.1249	0.169	0.1351	0.0912	0.15	0.1484	0.1472	0.0912	0.2114	0.1765	0.2114	0.1828	0.1417	0.1386	0.1417	0.1605
chr2R	12755606	12755773	chr2R:12755607-12755773	FBgn0014870,FBgn0028737	Ef1beta,Psi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1793	0.1481	0.2181	0.1714	0.1124	0.1714	0.1696	0.1799	0.1124	0.2687	0.2412	0.2687	0.2122	0.173	0.1954	0.173	0.1959
chr2R	12756072	12756223	chr2R:12756073-12756223	FBgn0028737	Ef1beta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0437	0.0334	0.0529	0.045	0.0159	0.0374	0.0454	0.04	0.0159	0.058	0.0585	0.058	0.072	0.0421	0.0516	0.0421	0.0667
chr2R	12756413	12756564	chr2R:12756414-12756564	FBgn0034162	CG6426	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0284	0.0377	0.0384	0.0159	0.0316	0.0329	0.0393	0.0159	0.0374	0.045	0.0374	0.0457	0.0283	0.0522	0.0283	0.0599
chr2R	12756763	12756997	chr2R:12756764-12756997	FBgn0034162	CG6426	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0658	0.04	0.0631	0.0978	0.0244	0.0505	0.0502	0.0426	0.0244	0.0622	0.0727	0.0622	0.0953	0.0727	0.1605	0.0727	0.1386
chr2R	12757152	12757303	chr2R:12757153-12757303	FBgn0034162	CG6426	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0312	0.0325	0.0256	0.0191	0.033	0.0428	0.0346	0.0191	0.0338	0.0466	0.0338	0.0263	0.0291	0.0438	0.0291	0.0297
chr2R	12759482	12759702	chr2R:12759483-12759702	FBgn0025827	CG6421	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1098	0.0943	0.1421	0.0915	0.0604	0.117	0.096	0.1279	0.0604	0.1999	0.1646	0.1999	0.1263	0.1172	0.1173	0.1172	0.1298
chr2R	12773892	12774043	chr2R:12773893-12774043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0169	0.0248	0.0171	0.0077	0.0095	0.0146	0.0493	0.0266	0.0095	0.0193	0.0219	0.0193	0.0116	0.0046	0.009	0.0046	0.0026
chr2R	12774846	12774997	chr2R:12774847-12774997	distal	distal	none	none	VT17930.1	VT17930.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0126	0.0108	0.014	0.0132	0.0085	0.0097	0.016	0.01	0.0085	0.0187	0.0125	0.0187	0.0116	0.0184	0.0019	0.0184	0.0109
chr2R	12778642	12778839	chr2R:12778643-12778839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0452	0.0274	0.0091	0.0265	0.0481	0.0536	0.0633	0.0265	0.0362	0.0315	0.0362	0.0217	0.0069	0.0103	0.0069	0.0099
chr2R	12779263	12779414	chr2R:12779264-12779414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0205	0.0253	0.0259	0.0093	0.0117	0.0243	0.035	0.0366	0.0117	0.0471	0.0277	0.0471	0.0147	0.0145	0.0071	0.0145	0.0078
chr2R	12782772	12782923	chr2R:12782773-12782923	FBgn0025833,FBgn0262307	CG8910,mir-990	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0095	0.0098	0.0075	0.0113	0	0.0063	0.0199	0.0113	0	0.006	0.0084	0.006	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr2R	12783160	12783311	chr2R:12783161-12783311	FBgn0025833,FBgn0262307	CG8910,mir-990	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0127	0.0071	0.0149	0.0032	0.0107	0.0238	0.0113	0.0032	0.0042	0.0084	0.0042	0.0023	0.0023	0.0064	0.0023	0.0036
chr2R	12789075	12789226	chr2R:12789076-12789226	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0065	0.0036	0.0138	0.0021	0.0049	0.0117	0.006	0.0021	0.0036	0.0035	0.0036	0.0031	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr2R	12793774	12793925	chr2R:12793775-12793925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.0125	0.0072	0.0107	0.0095	0.0092	0.0216	0.0107	0.0095	0.0079	0.0074	0.0079	0.0054	0.0023	0.0058	0.0023	0.0031
chr2R	12794769	12794920	chr2R:12794770-12794920	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0049	0.0072	0.0086	0.0042	0.0029	0.0091	0.004	0.0042	0.0085	0.0084	0.0085	0.0031	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chr2R	12807565	12807716	chr2R:12807566-12807716	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0111	0.0056	0.0114	0.017	0.0032	0.0039	0.0108	0.0047	0.0032	0.0091	0.0096	0.0091	0.0302	0.0191	0.011	0.0191	0.036
chr2R	12807806	12807957	chr2R:12807807-12807957	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.0051	0.0118	0.0189	0.0021	0.0053	0.0095	0.0033	0.0021	0.0115	0.0074	0.0115	0.0341	0.0145	0.0071	0.0145	0.0495
chr2R	12811999	12812196	chr2R:12812000-12812196	FBgn0003091	Pkc53E	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0468	0.0487	0.0425	0.0494	0.0329	0.0374	0.0735	0.064	0.0329	0.0362	0.0605	0.0362	0.0372	0.0513	0.0883	0.0513	0.0261
chr2R	12812264	12812480	chr2R:12812265-12812480	FBgn0003091	Pkc53E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0507	0.068	0.0397	0.0434	0.0689	0.0529	0.0999	0.0786	0.0689	0.0405	0.0511	0.0405	0.0364	0.0406	0.0496	0.0406	0.0266
chr2R	12837516	12837667	chr2R:12837517-12837667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0201	0.0384	0.0146	0.0056	0.0244	0.0184	0.0783	0.0333	0.0244	0.0157	0.018	0.0157	0.0132	0.0054	0.0058	0.0054	0.0068
chr2R	12837863	12838015	chr2R:12837864-12838015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0243	0.0516	0.0136	0.0054	0.0456	0.0214	0.1064	0.042	0.0456	0.0199	0.0158	0.0199	0.0077	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chr2R	12838342	12838800	chr2R:12838343-12838800	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.1375	0.0449	0.021	0.1145	0.0602	0.2915	0.0959	0.1145	0.0459	0.0531	0.0459	0.0442	0.0191	0.0187	0.0191	0.0234
chr2R	12839017	12839182	chr2R:12839018-12839182	FBgn0085220	CG34191	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0481	0.0548	0.0415	0.0265	0.0485	0.0619	0.064	0.0265	0.0694	0.0582	0.0694	0.0496	0.0413	0.0496	0.0413	0.0485
chr2R	12839238	12839625	chr2R:12839239-12839625	FBgn0085220	CG34191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1206	0.1168	0.134	0.11	0.0838	0.1296	0.1367	0.1559	0.0838	0.1643	0.1569	0.1643	0.1309	0.1126	0.1219	0.1126	0.1475
chr2R	12839693	12839943	chr2R:12839694-12839943	FBgn0085220	CG34191	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0692	0.0654	0.0822	0.0592	0.0318	0.0748	0.083	0.0833	0.0318	0.0966	0.0955	0.0966	0.0852	0.0482	0.06	0.0482	0.086
chr2R	12842482	12842633	chr2R:12842483-12842633	FBgn0015562,FBgn0085444	mute,veg	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0401	0.036	0.053	0.0304	0.018	0.0476	0.0433	0.0433	0.018	0.0719	0.0595	0.0719	0.038	0.0329	0.0284	0.0329	0.037
chr2R	12842681	12842871	chr2R:12842682-12842871	FBgn0015562,FBgn0085444	mute,veg	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0934	0.0861	0.1102	0.0833	0.0541	0.1049	0.1003	0.1133	0.0541	0.1431	0.1267	0.1431	0.093	0.0888	0.0851	0.0888	0.0974
chr2R	12842902	12843105	chr2R:12842903-12843105	FBgn0015562,FBgn0085444	mute,veg	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.1007	0.1272	0.1032	0.0594	0.1199	0.1189	0.1326	0.0594	0.1576	0.1395	0.1576	0.127	0.1064	0.1115	0.1064	0.1313
chr2R	12844375	12844749	chr2R:12844376-12844749	FBgn0034172	CG6665	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0851	0.094	0.0916	0.0681	0.0742	0.0874	0.1328	0.1139	0.0742	0.1002	0.1026	0.1002	0.1154	0.059	0.0722	0.059	0.0954
chr2R	12844847	12845030	chr2R:12844848-12845030	FBgn0034172	CG6665	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.098	0.097	0.1089	0.0873	0.0657	0.099	0.1328	0.1153	0.0657	0.1268	0.1193	0.1268	0.127	0.0827	0.0851	0.0827	0.1188
chr2R	12845086	12845276	chr2R:12845087-12845276	FBgn0034172	CG6665	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0525	0.0621	0.0464	0.0286	0.0549	0.0779	0.054	0.0286	0.0755	0.0662	0.0755	0.0713	0.0467	0.0522	0.0467	0.0594
chr2R	12848375	12848572	chr2R:12848376-12848572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0294	0.0358	0.0305	0.021	0.0095	0.032	0.0528	0.0493	0.0095	0.0362	0.0331	0.0362	0.0263	0.0191	0.0168	0.0191	0.0104
chr2R	12889137	12889306	chr2R:12889138-12889306	FBgn0034176,FBgn0034177	CG6796,ste24a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0561	0.0607	0.0358	0.0329	0.0602	0.0722	0.068	0.0329	0.0725	0.0627	0.0725	0.0697	0.0375	0.0297	0.0375	0.0516
chr2R	12889375	12889559	chr2R:12889376-12889559	FBgn0034176,FBgn0034177	CG6796,ste24a	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1099	0.1125	0.125	0.0902	0.0764	0.1243	0.1332	0.1452	0.0764	0.1624	0.1334	0.1624	0.1286	0.0965	0.0877	0.0965	0.1183
chr2R	12889631	12889878	chr2R:12889632-12889878	FBgn0034176,FBgn0034177	CG6796,ste24a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0627	0.0735	0.0546	0.0329	0.0752	0.0705	0.0866	0.0329	0.0845	0.0852	0.0845	0.0806	0.0636	0.0522	0.0636	0.0688
chr2R	12892293	12892469	chr2R:12892294-12892469	FBgn0026402,FBgn0034179	CG6805,NiPp1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0723	0.0632	0.0905	0.0625	0.0329	0.0752	0.0766	0.0799	0.0329	0.1027	0.1045	0.1027	0.0728	0.062	0.0606	0.062	0.0688
chr2R	12892570	12892735	chr2R:12892571-12892735	FBgn0026402,FBgn0034179	CG6805,NiPp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.143	0.128	0.1714	0.1285	0.0817	0.1617	0.1371	0.1632	0.0817	0.2035	0.1916	0.2035	0.1487	0.1409	0.1373	0.1409	0.1386
chr2R	12892863	12893044	chr2R:12892864-12893044	FBgn0026402,FBgn0034179	CG6805,NiPp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1634	0.1402	0.1883	0.162	0.0721	0.1602	0.1631	0.1945	0.0721	0.2325	0.2132	0.2325	0.1774	0.1853	0.1825	0.1853	0.1834
chr2R	12893107	12893258	chr2R:12893108-12893258	FBgn0026402,FBgn0034179	CG6805,NiPp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0644	0.0542	0.074	0.0653	0.0286	0.0568	0.0627	0.0819	0.0286	0.0731	0.09	0.0731	0.0852	0.0582	0.1006	0.0582	0.0792
chr2R	12894369	12894520	chr2R:12894370-12894520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0325	0.0315	0.0291	0.0223	0.034	0.0437	0.0366	0.0223	0.0193	0.0283	0.0193	0.0744	0.01	0.0168	0.01	0.0698
chr2R	12895804	12895973	chr2R:12895805-12895973	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0345	0.0334	0.0345	0.0356	0.0117	0.0369	0.0467	0.0393	0.0117	0.0187	0.027	0.0187	0.1022	0.0153	0.0148	0.0153	0.0995
chr2R	12896129	12896416	chr2R:12896130-12896416	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0464	0.0384	0.0481	0.0533	0.0148	0.0393	0.0588	0.0426	0.0148	0.0314	0.0312	0.0314	0.1394	0.0107	0.0155	0.0107	0.161
chr2R	12902858	12903021	chr2R:12902859-12903021	FBgn0034180	Ehbp1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0649	0.0643	0.0764	0.0529	0.0414	0.0757	0.0748	0.0833	0.0414	0.1008	0.0846	0.1008	0.0736	0.0636	0.0606	0.0636	0.0646
chr2R	12903100	12903251	chr2R:12903101-12903251	FBgn0034180	Ehbp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.096	0.0897	0.1171	0.0798	0.0647	0.1024	0.1021	0.1159	0.0647	0.151	0.1225	0.151	0.1216	0.1133	0.0696	0.1133	0.0948
chr2R	12903296	12903482	chr2R:12903297-12903482	FBgn0034180	Ehbp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1854	0.183	0.2099	0.1613	0.1612	0.2	0.2106	0.2298	0.1612	0.256	0.2199	0.256	0.2215	0.1845	0.1612	0.1845	0.1944
chr2R	12903519	12903723	chr2R:12903520-12903723	FBgn0034180	Ehbp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1487	0.1616	0.1665	0.1146	0.141	0.1777	0.1916	0.2025	0.141	0.195	0.1772	0.195	0.1743	0.1279	0.1135	0.1279	0.1371
chr2R	12903869	12904038	chr2R:12903870-12904038	FBgn0034180	Ehbp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0667	0.0912	0.0624	0.0439	0.0657	0.0927	0.1185	0.1133	0.0657	0.067	0.0707	0.067	0.062	0.0498	0.0438	0.0498	0.0558
chr2R	12906478	12906868	chr2R:12906479-12906868	FBgn0034181	CG8963	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.1117	0.1126	0.0781	0.0657	0.115	0.1527	0.1359	0.0657	0.131	0.127	0.131	0.1092	0.0812	0.0935	0.0812	0.0917
chr2R	12906916	12907120	chr2R:12906917-12907120	FBgn0034181,FBgn0263864	Ark,CG8963	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1339	0.1356	0.1464	0.1181	0.0933	0.1451	0.1747	0.1646	0.0933	0.183	0.1547	0.183	0.1464	0.134	0.127	0.134	0.1423
chr2R	12907430	12907620	chr2R:12907431-12907620	FBgn0034181,FBgn0263864	Ark,CG8963	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1322	0.1295	0.1453	0.1207	0.0923	0.1505	0.154	0.1526	0.0923	0.1751	0.1611	0.1751	0.1448	0.1164	0.1251	0.1164	0.1449
chr2R	12907786	12908004	chr2R:12907787-12908004	FBgn0263864	Ark	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1146	0.1046	0.1373	0.1008	0.0509	0.1248	0.1142	0.1432	0.0509	0.1504	0.1508	0.1504	0.1782	0.098	0.1051	0.098	0.1407
chr2R	12908150	12908301	chr2R:12908151-12908301	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0486	0.0444	0.0589	0.0421	0.017	0.0539	0.0528	0.0626	0.017	0.0543	0.0608	0.0543	0.0937	0.0459	0.0432	0.0459	0.062
chr2R	12914237	12914422	chr2R:12914238-12914422	FBgn0023172	RhoGEF2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2219	0.2261	0.25	0.1865	0.1888	0.2592	0.2413	0.2931	0.1888	0.2977	0.2698	0.2977	0.2479	0.2098	0.2192	0.2098	0.2475
chr2R	12914590	12914794	chr2R:12914591-12914794	FBgn0023172	RhoGEF2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.22	0.2068	0.2636	0.187	0.1442	0.2704	0.2059	0.2798	0.1442	0.3255	0.2849	0.3255	0.2665	0.2121	0.2328	0.2121	0.2392
chr2R	12915056	12915256	chr2R:12915057-12915256	FBgn0023172	RhoGEF2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2029	0.1795	0.2543	0.1728	0.1368	0.2432	0.1856	0.2119	0.1368	0.3194	0.2814	0.3194	0.2347	0.2083	0.2037	0.2083	0.2262
chr2R	12915287	12915522	chr2R:12915288-12915522	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1584	0.1416	0.2009	0.1305	0.0838	0.1971	0.1423	0.1805	0.0838	0.2464	0.2273	0.2464	0.1704	0.1769	0.1496	0.1769	0.1584
chr2R	12915812	12916002	chr2R:12915813-12916002	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1685	0.1644	0.1867	0.153	0.1135	0.1951	0.1825	0.2159	0.1135	0.2289	0.2116	0.2289	0.1751	0.1769	0.1734	0.1769	0.1918
chr2R	12917172	12917323	chr2R:12917173-12917323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0264	0.0236	0.0269	0.0291	0.0085	0.0296	0.0303	0.0266	0.0085	0.0229	0.0289	0.0229	0.0194	0.0245	0.0174	0.0245	0.0188
chr2R	12930839	12931057	chr2R:12930840-12931057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.0236	0.0352	0.0356	0.0085	0.0228	0.0298	0.0373	0.0085	0.032	0.0376	0.032	0.0589	0.0161	0.0142	0.0161	0.0959
chr2R	12932214	12932365	chr2R:12932215-12932365	FBgn0034182	CG9640	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0183	0.0227	0.017	0.0149	0.0095	0.0248	0.032	0.0293	0.0095	0.0236	0.017	0.0236	0.0178	0.0291	0.0084	0.0291	0.0193
chr2R	12936214	12936417	chr2R:12936215-12936417	FBgn0034184	CG9646	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0581	0.0432	0.0593	0.0735	0.0201	0.0485	0.0515	0.0626	0.0201	0.035	0.073	0.035	0.079	0.0658	0.0664	0.0658	0.0875
chr2R	12936473	12936823	chr2R:12936474-12936823	FBgn0034184	CG9646	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0717	0.047	0.0769	0.0936	0.0148	0.0636	0.0502	0.0646	0.0148	0.0537	0.0685	0.0537	0.0775	0.0536	0.0432	0.0536	0.074
chr2R	12936966	12937134	chr2R:12936967-12937134	distal	distal	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0288	0.0418	0.0448	0.0064	0.0364	0.0251	0.052	0.0064	0.0278	0.0354	0.0278	0.0256	0.0138	0.0103	0.0138	0.0261
chr2R	12941410	12941587	chr2R:12941411-12941587	FBgn0026721	fat-spondin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0312	0.0198	0.0223	0.0538	0.0074	0.0228	0.0264	0.0233	0.0074	0.0199	0.0222	0.0199	0.0364	0.0115	0.0168	0.0115	0.16
chr2R	12943968	12944174	chr2R:12943969-12944174	FBgn0086350	tef	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0696	0.0577	0.0937	0.0565	0.0265	0.0714	0.0653	0.0773	0.0265	0.1196	0.0974	0.1196	0.0899	0.0582	0.06	0.0582	0.0698
chr2R	12944252	12944428	chr2R:12944253-12944428	FBgn0086350	tef	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.104	0.0902	0.1302	0.0907	0.0498	0.1155	0.0921	0.1286	0.0498	0.1582	0.1469	0.1582	0.1208	0.108	0.1006	0.108	0.1006
chr2R	12944505	12944743	chr2R:12944506-12944743	FBgn0086350	tef	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0425	0.0626	0.0408	0.018	0.0485	0.0489	0.0646	0.018	0.0658	0.0727	0.0658	0.0697	0.0421	0.0413	0.0421	0.049
chr2R	12950091	12950267	chr2R:12950092-12950267	FBgn0034186,FBgn0034187	CG6967,CG8950	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0941	0.0675	0.1225	0.0927	0.0361	0.0888	0.0727	0.0939	0.0361	0.1437	0.1386	0.1437	0.1332	0.1194	0.0974	0.1194	0.1261
chr2R	12950404	12950559	chr2R:12950405-12950559	FBgn0034186,FBgn0034187	CG6967,CG8950	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0369	0.0298	0.0458	0.0351	0.0159	0.0325	0.0385	0.0373	0.0159	0.0495	0.0537	0.0495	0.048	0.0383	0.0426	0.0383	0.0532
chr2R	12963590	12963795	chr2R:12963591-12963795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0527	0.0248	0.0363	0.1018	0.0191	0.0228	0.0402	0.022	0.0191	0.0356	0.0395	0.0356	0.0596	0.1876	0.1206	0.1876	0.1183
chr2R	12964181	12964349	chr2R:12964182-12964349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0292	0.0183	0.0282	0.0425	0.0053	0.0223	0.0234	0.0247	0.0053	0.0338	0.028	0.0338	0.0426	0.0689	0.0445	0.0689	0.0542
chr2R	12965312	12965463	chr2R:12965313-12965463	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0179	0.0092	0.0115	0.0345	0.0032	0.0068	0.0173	0.0093	0.0032	0.0115	0.0129	0.0115	0.0201	0.1156	0.0187	0.1156	0.0214
chr2R	12965772	12965948	chr2R:12965773-12965948	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0336	0.0184	0.0274	0.0572	0.0042	0.0238	0.0225	0.0213	0.0042	0.0386	0.0318	0.0386	0.0302	0.1501	0.0574	0.1501	0.049
chr2R	12970604	12970875	chr2R:12970605-12970875	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0423	0.0208	0.0542	0.0533	0.0095	0.0359	0.0229	0.0173	0.0095	0.0586	0.0643	0.0586	0.0751	0.023	0.1096	0.023	0.0797
chr2R	12971645	12971835	chr2R:12971646-12971835	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0347	0.0353	0.0435	0.0242	0.0074	0.0777	0.0242	0.03	0.0074	0.0688	0.0264	0.0688	0.0984	0.013	0.0335	0.013	0.0438
chr2R	12973555	12973706	chr2R:12973556-12973706	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0191	0.0155	0.0214	0.0205	0.0064	0.0194	0.0247	0.0113	0.0064	0.0217	0.0158	0.0217	0.0434	0.0038	0.0135	0.0038	0.0193
chr2R	12973934	12974151	chr2R:12973935-12974151	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0272	0.0456	0.0272	0.0064	0.0408	0.0355	0.018	0.0064	0.0326	0.0296	0.0326	0.1472	0.0123	0.02	0.0123	0.0532
chr2R	12974530	12974681	chr2R:12974531-12974681	FBgn0050460	CG30460	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0171	0.0311	0.0184	0.0074	0.0199	0.0255	0.0167	0.0074	0.0199	0.0257	0.0199	0.0829	0.0176	0.0193	0.0176	0.0297
chr2R	12974831	12974982	chr2R:12974832-12974982	FBgn0050460	CG30460	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0276	0.0216	0.0359	0.0252	0.0042	0.0301	0.0272	0.024	0.0042	0.0441	0.0322	0.0441	0.0682	0.0191	0.0387	0.0191	0.0354
chr2R	12975046	12975233	chr2R:12975047-12975233	FBgn0050460	CG30460	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0481	0.0243	0.0697	0.051	0.0064	0.0403	0.0294	0.0213	0.0064	0.0755	0.0685	0.0755	0.1356	0.0398	0.0741	0.0398	0.0724
chr2R	12977969	12978120	chr2R:12977970-12978120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0145	0.0173	0.0245	0.0074	0.0136	0.0216	0.016	0.0074	0.0175	0.0196	0.0175	0.0263	0.0145	0.0181	0.0145	0.0537
chr2R	12978571	12978722	chr2R:12978572-12978722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0157	0.0228	0.0262	0.0064	0.0165	0.0221	0.018	0.0064	0.029	0.0219	0.029	0.0387	0.0214	0.0193	0.0214	0.0532
chr2R	12979091	12979277	chr2R:12979092-12979277	FBgn0010591,FBgn0034191	CG6984,Sply	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0534	0.0283	0.0552	0.0794	0.0148	0.0345	0.0355	0.03	0.0148	0.0471	0.0595	0.0471	0.103	0.0452	0.0793	0.0452	0.1615
chr2R	12979327	12979534	chr2R:12979328-12979534	FBgn0010591,FBgn0034191	CG6984,Sply	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0998	0.0742	0.1105	0.1166	0.0498	0.0981	0.0727	0.0966	0.0498	0.1141	0.1299	0.1141	0.1526	0.1126	0.1212	0.1126	0.1787
chr2R	12979618	12979782	chr2R:12979619-12979782	FBgn0010591,FBgn0034191	CG6984,Sply	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0399	0.0562	0.0421	0.0212	0.0505	0.0437	0.0513	0.0212	0.0568	0.0688	0.0568	0.0682	0.0536	0.0432	0.0536	0.0578
chr2R	12979880	12980031	chr2R:12979881-12980031	FBgn0010591,FBgn0034191	CG6984,Sply	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0253	0.0294	0.0237	0.0127	0.0286	0.0337	0.0253	0.0127	0.0356	0.0341	0.0356	0.0294	0.026	0.0271	0.026	0.0313
chr2R	12984780	12985040	chr2R:12984781-12985040	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.095	0.0637	0.084	0.1422	0.0498	0.0602	0.0852	0.0779	0.0498	0.0459	0.099	0.0459	0.1813	0.1003	0.2257	0.1003	0.2262
chr2R	12985222	12985400	chr2R:12985223-12985400	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0227	0.0336	0.0528	0.0127	0.0223	0.0324	0.0253	0.0127	0.0151	0.045	0.0151	0.0596	0.0237	0.1064	0.0237	0.0766
chr2R	12985582	12985822	chr2R:12985583-12985822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0395	0.0385	0.0432	0.0201	0.0388	0.0649	0.036	0.0201	0.0429	0.046	0.0429	0.0457	0.0436	0.058	0.0436	0.0599
chr2R	12986069	12986248	chr2R:12986070-12986248	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.0938	0.099	0.1028	0.0594	0.1053	0.1215	0.1113	0.0594	0.1093	0.1158	0.1093	0.1015	0.1026	0.1128	0.1026	0.1308
chr2R	12990265	12990460	chr2R:12990266-12990460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0082	0.0159	0.0454	0.0032	0.0107	0.0138	0.0047	0.0032	0.0127	0.0077	0.0127	0.0542	0.0145	0.0064	0.0145	0.1428
chr2R	12992871	12993022	chr2R:12992872-12993022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.012	0.011	0.0223	0.0032	0.0107	0.0225	0.0087	0.0032	0.0109	0.0084	0.0109	0.0248	0.0061	0.0084	0.0061	0.0667
chr2R	12995511	12995662	chr2R:12995512-12995662	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0104	0.0061	0.009	0.0166	0.0011	0.0063	0.0117	0.0027	0.0011	0.0133	0.0042	0.0133	0.0209	0.0459	0.0052	0.0459	0.0193
chr2R	13003876	13004027	chr2R:13003877-13004027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0091	0.0095	0.0136	0.0021	0.0068	0.0169	0.0113	0.0021	0.0079	0.009	0.0079	0.0124	0.0077	0.0026	0.0077	0.0109
chr2R	13004445	13004596	chr2R:13004446-13004596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0075	0.0071	0.0061	0.0095	0.0011	0.0058	0.0151	0.0047	0.0011	0.0079	0.0042	0.0079	0.0039	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr2R	13009885	13010036	chr2R:13009886-13010036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0093	0.0102	0.0084	0.0092	0.0032	0.0049	0.0251	0.0047	0.0032	0.0121	0.0068	0.0121	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0026
chr2R	13019496	13019647	chr2R:13019497-13019647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0161	0.0091	0.0099	0.0064	0.0141	0.0251	0.02	0.0064	0.0085	0.0074	0.0085	0.0085	0.0069	0.0032	0.0069	0.0057
chr2R	13024593	13024744	chr2R:13024594-13024744	FBgn0034200	CG11395	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0156	0.015	0.016	0.0074	0.0199	0.0195	0.0167	0.0074	0.0157	0.0109	0.0157	0.0341	0.0069	0.0084	0.0069	0.0427
chr2R	13029599	13029837	chr2R:13029600-13029837	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0579	0.052	0.0716	0.0496	0.017	0.0694	0.0636	0.0606	0.017	0.1135	0.0736	0.1135	0.0565	0.0988	0.0438	0.0988	0.0479
chr2R	13030758	13030979	chr2R:13030759-13030979	FBgn0065048	snoRNA:U3:54Aa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1559	0.2111	0.1605	0.0891	0.1962	0.2481	0.205	0.2838	0.1962	0.2174	0.174	0.2174	0.1704	0.1493	0.069	0.1493	0.1282
chr2R	13031498	13031679	chr2R:13031499-13031679	FBgn0050234,FBgn0065048	snoRNA:U3:54Aa,tRNA:CR30234	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.115	0.1112	0.139	0.0929	0.0764	0.1345	0.1103	0.1559	0.0764	0.1739	0.1531	0.1739	0.1379	0.121	0.1032	0.121	0.1199
chr2R	13031841	13032055	chr2R:13031842-13032055	FBgn0050234	tRNA:CR30234	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.0661	0.0829	0.0486	0.0435	0.0801	0.0657	0.0939	0.0435	0.1045	0.0852	0.1045	0.0899	0.0574	0.0554	0.0574	0.0547
chr2R	13032196	13032496	chr2R:13032197-13032496	FBgn0050235	tRNA:CR30235	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0856	0.1049	0.0948	0.0539	0.071	0.1053	0.1241	0.1546	0.071	0.1093	0.0913	0.1093	0.0883	0.0881	0.0503	0.0881	0.0526
chr2R	13032707	13032897	chr2R:13032708-13032897	FBgn0050235,FBgn0065047	snoRNA:U3:54Ab,tRNA:CR30235	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2256	0.239	0.2563	0.177	0.2057	0.2738	0.2496	0.3065	0.2057	0.34	0.2797	0.34	0.2486	0.2626	0.1889	0.2626	0.2069
chr2R	13033317	13033528	chr2R:13033318-13033528	FBgn0065047	snoRNA:U3:54Ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1544	0.195	0.1685	0.0934	0.1707	0.2272	0.2011	0.2578	0.1707	0.2307	0.1675	0.2307	0.1967	0.1554	0.0883	0.1554	0.1282
chr2R	13033679	13033830	chr2R:13033680-13033830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0472	0.0442	0.0315	0.035	0.0485	0.0623	0.056	0.035	0.0586	0.0469	0.0586	0.0542	0.0452	0.0297	0.0452	0.0438
chr2R	13042087	13042238	chr2R:13042088-13042238	FBgn0034201	CG17290	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0116	0.011	0.0128	0.0109	0.0021	0.0131	0.0177	0.0087	0.0021	0.0097	0.0186	0.0097	0.0132	0.0069	0.029	0.0069	0.0052
chr2R	13046688	13046839	chr2R:13046689-13046839	FBgn0050458	CG30458	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.0076	0.0086	0.0159	0.0032	0.0078	0.0108	0.0107	0.0032	0.0054	0.0122	0.0054	0.0101	0.0046	0.049	0.0046	0.0078
chr2R	13051063	13051214	chr2R:13051064-13051214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0135	0.0142	0.022	0.0064	0.0117	0.0221	0.0153	0.0064	0.0109	0.0174	0.0109	0.0271	0.0253	0.0232	0.0253	0.0391
chr2R	13072745	13072896	chr2R:13072746-13072896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0096	0.007	0.0111	0.0064	0.0083	0.0177	0.008	0.0064	0.006	0.0058	0.006	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0047
chr2R	13073402	13073553	chr2R:13073403-13073553	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0067	0.0099	0.0155	0.0053	0.0039	0.0134	0.0053	0.0053	0.0066	0.0087	0.0066	0.0054	0.0046	0.0039	0.0046	0.0047
chr2R	13073558	13073709	chr2R:13073559-13073709	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.009	0.0105	0.0152	0.0032	0.0058	0.0164	0.0093	0.0032	0.0085	0.0093	0.0085	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0047
chr2R	13074860	13075011	chr2R:13074861-13075011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0081	0.008	0.0182	0.0042	0.0073	0.016	0.0053	0.0042	0.0066	0.0071	0.0066	0.007	0.0092	0.0064	0.0092	0.0094
chr2R	13080280	13080516	chr2R:13080281-13080516	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.023	0.0147	0.0227	0.0327	0.0095	0.0107	0.0268	0.012	0.0095	0.0151	0.0132	0.0151	0.0085	0.0061	0.0123	0.0061	0.0063
chr2R	13081542	13081693	chr2R:13081543-13081693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0093	0.0077	0.009	0.0114	0.0085	0.0063	0.0104	0.01	0.0085	0.0103	0.0055	0.0103	0.0062	0.0069	0.0052	0.0069	0.0052
chr2R	13082081	13082375	chr2R:13082082-13082375	FBgn0034205	CG10950	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0143	0.018	0.0171	0.0064	0.0112	0.026	0.0127	0.0064	0.0187	0.0141	0.0187	0.0101	0.0061	0.0058	0.0061	0.0083
chr2R	13085169	13085320	chr2R:13085170-13085320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0076	0.007	0.0079	0.0042	0.0073	0.0143	0.004	0.0042	0.0091	0.0064	0.0091	0.0039	0.0023	0.0013	0.0023	0.0016
chr2R	13088999	13089150	chr2R:13089000-13089150	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0051	0.0055	0.0075	0.0064	0.0024	0.0095	0.004	0.0064	0.0109	0.0039	0.0109	0.0031	0.0015	0.0045	0.0015	0.0042
chr2R	13103244	13103437	chr2R:13103245-13103437	distal	distal	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.005	0.0109	0.0393	0.0021	0.0063	0.0074	0.004	0.0021	0.0072	0.0129	0.0072	0.017	0.0368	0.0458	0.0368	0.0255
chr2R	13103651	13103836	chr2R:13103652-13103836	FBgn0261642	mbl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.0101	0.0096	0.0277	0.0053	0.0053	0.0173	0.0147	0.0053	0.0091	0.0138	0.0091	0.0039	0.0214	0.0496	0.0214	0.013
chr2R	13111952	13112103	chr2R:13111953-13112103	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.006	0.01	0.0196	0.0032	0.0049	0.0125	0.0033	0.0032	0.0127	0.0068	0.0127	0.0039	0.0046	0.0071	0.0046	0.0068
chr2R	13149287	13149500	chr2R:13149288-13149500	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.128	0.0376	0.183	0.1686	0.0042	0.0791	0.0208	0.05	0.0042	0.2391	0.2029	0.2391	0.182	0.2136	0.1863	0.2136	0.1829
chr2R	13149728	13149879	chr2R:13149729-13149879	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0359	0.0157	0.0542	0.0384	0.0042	0.0223	0.0173	0.0213	0.0042	0.0525	0.0746	0.0525	0.0341	0.0452	0.0767	0.0452	0.0302
chr2R	13149984	13150147	chr2R:13149985-13150147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0367	0.0121	0.0515	0.048	0.0053	0.017	0.0121	0.016	0.0053	0.029	0.0904	0.029	0.0248	0.0421	0.1418	0.0421	0.0224
chr2R	13150389	13150719	chr2R:13150390-13150719	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0745	0.0265	0.1029	0.0968	0.0095	0.0447	0.0281	0.0266	0.0095	0.1045	0.165	0.1045	0.0488	0.1516	0.1966	0.1516	0.0615
chr2R	13151333	13151567	chr2R:13151334-13151567	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0412	0.0162	0.0451	0.0649	0.0042	0.0257	0.0225	0.0107	0.0042	0.1002	0.0383	0.1002	0.0318	0.2305	0.049	0.2305	0.0229
chr2R	13152584	13152780	chr2R:13152585-13152780	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1369	0.0707	0.1832	0.16	0.0371	0.1058	0.0593	0.0966	0.0371	0.2379	0.199	0.2379	0.1782	0.1907	0.1638	0.1907	0.1767
chr2R	13152875	13153071	chr2R:13152876-13153071	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1803	0.095	0.2437	0.2061	0.052	0.1568	0.0722	0.1219	0.052	0.3146	0.2579	0.3146	0.2649	0.2312	0.2128	0.2312	0.2486
chr2R	13153223	13153378	chr2R:13153224-13153378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0621	0.0345	0.0898	0.0625	0.0201	0.05	0.0311	0.046	0.0201	0.119	0.0881	0.119	0.1162	0.072	0.0864	0.072	0.0657
chr2R	13153645	13153796	chr2R:13153646-13153796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0166	0.0477	0.0383	0.0074	0.0238	0.0203	0.016	0.0074	0.0628	0.0572	0.0628	0.0488	0.0536	0.087	0.0536	0.0234
chr2R	13156376	13156527	chr2R:13156377-13156527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0276	0.0111	0.0367	0.0359	0.0074	0.0189	0.0117	0.01	0.0074	0.0652	0.035	0.0652	0.0426	0.0911	0.0451	0.0911	0.0188
chr2R	13156863	13157033	chr2R:13156864-13157033	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0308	0.0122	0.0395	0.0419	0.0064	0.0184	0.0147	0.0113	0.0064	0.0767	0.0386	0.0767	0.0279	0.0789	0.0683	0.0789	0.025
chr2R	13157668	13157819	chr2R:13157669-13157819	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0083	0.017	0.0336	0.0032	0.0117	0.0112	0.0067	0.0032	0.0175	0.0122	0.0175	0.0426	0.0375	0.0193	0.0375	0.0714
chr2R	13158977	13159213	chr2R:13158978-13159213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0209	0.0148	0.0247	0.0235	0.0106	0.0146	0.019	0.0207	0.0106	0.0278	0.0232	0.0278	0.0442	0.0268	0.0187	0.0268	0.0344
chr2R	13159488	13159671	chr2R:13159489-13159671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0091	0.0266	0.0356	0.0042	0.0073	0.0164	0.0087	0.0042	0.029	0.0203	0.029	0.062	0.0245	0.0206	0.0245	0.0813
chr2R	13160254	13160405	chr2R:13160255-13160405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0077	0.0137	0.0182	0.0021	0.0078	0.0125	0.0087	0.0021	0.0145	0.0177	0.0145	0.0155	0.0115	0.0458	0.0115	0.0104
chr2R	13160840	13160991	chr2R:13160841-13160991	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0128	0.0069	0.0118	0.0206	0.0042	0.0053	0.0134	0.004	0.0042	0.0205	0.0103	0.0205	0.0108	0.0413	0.029	0.0413	0.0162
chr2R	13161600	13161780	chr2R:13161601-13161780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0178	0.0105	0.022	0.0214	0.0042	0.0165	0.0134	0.006	0.0042	0.0175	0.0113	0.0175	0.0751	0.0207	0.0097	0.0207	0.0459
chr2R	13163490	13163641	chr2R:13163491-13163641	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0117	0.0064	0.0128	0.0163	0.0021	0.0034	0.0104	0.0073	0.0021	0.0187	0.0113	0.0187	0.0077	0.023	0.0097	0.023	0.0089
chr2R	13172600	13172844	chr2R:13172601-13172844	distal	distal	none	none	mbl_M2-MesoCRM929	mbl_M2-MesoCRM929	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0253	0.0169	0.0371	0.0217	0.0042	0.0223	0.0238	0.016	0.0042	0.0543	0.0334	0.0543	0.055	0.0613	0.0155	0.0613	0.0109
chr2R	13174047	13174198	chr2R:13174048-13174198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0112	0.008	0.011	0.0149	0.0032	0.0068	0.0156	0.0047	0.0032	0.0181	0.0096	0.0181	0.0085	0.0214	0.0052	0.0214	0.0057
chr2R	13174344	13174495	chr2R:13174345-13174495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0161	0.0141	0.0166	0.0177	0.0064	0.0141	0.0272	0.008	0.0064	0.0254	0.0148	0.0254	0.0139	0.0245	0.0123	0.0245	0.0078
chr2R	13175084	13175235	chr2R:13175085-13175235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0125	0.008	0.0127	0.0174	0.0042	0.0044	0.0182	0.0053	0.0042	0.0163	0.0148	0.0163	0.0124	0.023	0.009	0.023	0.0135
chr2R	13180545	13180696	chr2R:13180546-13180696	distal	distal	none	none	VT18137.1	VT18137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0066	0.0089	0.0132	0.0042	0.0058	0.0134	0.004	0.0042	0.0127	0.008	0.0127	0.0101	0.0161	0.0084	0.0161	0.0047
chr2R	13181979	13182130	chr2R:13181980-13182130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0076	0.0099	0.0167	0.0042	0.0039	0.0143	0.0087	0.0042	0.0121	0.0077	0.0121	0.007	0.0145	0.0064	0.0145	0.0068
chr2R	13185475	13185626	chr2R:13185476-13185626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0213	0.0203	0.0214	0.0221	0.0095	0.017	0.0329	0.024	0.0095	0.0314	0.0238	0.0314	0.0225	0.0391	0.0193	0.0391	0.0234
chr2R	13190189	13190340	chr2R:13190190-13190340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0147	0.0108	0.014	0.0198	0.0064	0.0102	0.019	0.006	0.0064	0.0223	0.0119	0.0223	0.0163	0.036	0.0213	0.036	0.0177
chr2R	13191421	13191572	chr2R:13191422-13191572	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0079	0.0112	0.0177	0.0064	0.0058	0.0143	0.0067	0.0064	0.0199	0.0074	0.0199	0.0093	0.036	0.0064	0.036	0.0146
chr2R	13195178	13195329	chr2R:13195179-13195329	FBgn0263709	CR43661	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0072	0.0098	0.0244	0.0042	0.0092	0.0112	0.006	0.0042	0.0133	0.0074	0.0133	0.007	0.0207	0.0071	0.0207	0.0057
chr2R	13199561	13199712	chr2R:13199562-13199712	distal	distal	none	none	VT18146.1	VT18146.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0123	0.0067	0.0108	0.0203	0.0011	0.0049	0.0151	0.0033	0.0011	0.0169	0.0077	0.0169	0.0108	0.0207	0.009	0.0207	0.0078
chr2R	13199784	13199935	chr2R:13199785-13199935	distal	distal	none	none	VT18146.1	VT18146.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0041	0.0071	0.0174	0.0032	0.0034	0.0078	0.0027	0.0032	0.0139	0.0029	0.0139	0.0077	0.0207	0.0064	0.0207	0.0057
chr2R	13204056	13204207	chr2R:13204057-13204207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0109	0.0086	0.0095	0.0149	0.0074	0.0053	0.0151	0.0087	0.0074	0.0139	0.0071	0.0139	0.0108	0.0214	0.0032	0.0214	0.0073
chr2R	13206223	13206374	chr2R:13206224-13206374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.011	0.01	0.0238	0.0064	0.0083	0.0212	0.008	0.0064	0.0091	0.0103	0.0091	0.0085	0.0283	0.009	0.0283	0.0115
chr2R	13207708	13207859	chr2R:13207709-13207859	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0099	0.005	0.0099	0.0155	0.0042	0.0034	0.0104	0.0033	0.0042	0.0193	0.0087	0.0193	0.0054	0.013	0.0058	0.013	0.0068
chr2R	13209809	13209960	chr2R:13209810-13209960	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0076	0.0107	0.0255	0.0042	0.0078	0.0121	0.008	0.0042	0.0115	0.0103	0.0115	0.0093	0.0138	0.0058	0.0138	0.0089
chr2R	13211872	13212023	chr2R:13211873-13212023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0125	0.0088	0.0107	0.0185	0.0053	0.0078	0.0177	0.0053	0.0053	0.0133	0.0071	0.0133	0.0054	0.0176	0.0103	0.0176	0.0073
chr2R	13218325	13218476	chr2R:13218326-13218476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0246	0.0232	0.0288	0.0214	0.017	0.0218	0.0394	0.016	0.017	0.0242	0.0289	0.0242	0.0248	0.0191	0.0161	0.0191	0.0104
chr2R	13218630	13218813	chr2R:13218631-13218813	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0496	0.0394	0.0788	0.0291	0.0148	0.0534	0.0463	0.046	0.0148	0.0676	0.0862	0.0676	0.0511	0.0291	0.0148	0.0291	0.0167
chr2R	13220561	13220962	chr2R:13220562-13220962	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0359	0.0182	0.0439	0.0468	0.0085	0.0184	0.032	0.0127	0.0085	0.0393	0.0418	0.0393	0.0256	0.0291	0.0168	0.0291	0.013
chr2R	13221163	13221335	chr2R:13221164-13221335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0122	0.0294	0.0295	0.0032	0.0131	0.0203	0.012	0.0032	0.029	0.0257	0.029	0.0232	0.0237	0.0116	0.0237	0.0115
chr2R	13221389	13221540	chr2R:13221390-13221540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0112	0.0202	0.027	0.0032	0.0102	0.0208	0.0093	0.0032	0.0266	0.0177	0.0266	0.0101	0.0207	0.009	0.0207	0.0104
chr2R	13221991	13222142	chr2R:13221992-13222142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0205	0.0135	0.0228	0.0258	0.0053	0.0117	0.0216	0.0173	0.0053	0.0248	0.0209	0.0248	0.0139	0.0176	0.0135	0.0176	0.0089
chr2R	13223306	13223567	chr2R:13223307-13223567	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0526	0.0447	0.0613	0.0518	0.018	0.0471	0.0506	0.0759	0.018	0.0598	0.0601	0.0598	0.0279	0.0352	0.02	0.0352	0.0234
chr2R	13225317	13225468	chr2R:13225318-13225468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0239	0.0338	0.0187	0.0187	0.018	0.0204	0.0644	0.0366	0.018	0.0254	0.017	0.0254	0.0132	0.0153	0.0155	0.0153	0.0135
chr2R	13226189	13226369	chr2R:13226190-13226369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0244	0.0299	0.0291	0.0053	0.0286	0.0372	0.0233	0.0053	0.0435	0.0305	0.0435	0.024	0.0521	0.0135	0.0521	0.0245
chr2R	13226375	13226600	chr2R:13226376-13226600	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0342	0.0278	0.0371	0.0382	0.0159	0.0277	0.0493	0.0193	0.0159	0.0489	0.0402	0.0489	0.0318	0.0429	0.0213	0.0429	0.025
chr2R	13227336	13227487	chr2R:13227337-13227487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0296	0.0312	0.0334	0.0238	0.0127	0.032	0.0433	0.038	0.0127	0.0507	0.0344	0.0507	0.0225	0.0452	0.0148	0.0452	0.012
chr2R	13227504	13227655	chr2R:13227505-13227655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.026	0.0294	0.0277	0.0203	0.0148	0.0301	0.0394	0.0393	0.0148	0.0495	0.0293	0.0495	0.0155	0.0345	0.0142	0.0345	0.0115
chr2R	13228948	13229311	chr2R:13228949-13229311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0255	0.0352	0.0279	0.0064	0.0238	0.0355	0.0373	0.0064	0.0362	0.0402	0.0362	0.0163	0.0222	0.0129	0.0222	0.0089
chr2R	13230731	13231236	chr2R:13230732-13231236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0358	0.0378	0.0398	0.018	0.0316	0.058	0.0366	0.018	0.0604	0.035	0.0604	0.0256	0.0628	0.0251	0.0628	0.0234
chr2R	13231941	13232147	chr2R:13231942-13232147	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0314	0.0295	0.0383	0.026	0.0106	0.0296	0.0463	0.0326	0.0106	0.0791	0.0347	0.0791	0.0201	0.0505	0.0181	0.0505	0.0229
chr2R	13241558	13241709	chr2R:13241559-13241709	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0182	0.0298	0.0142	0.0095	0.0191	0.0121	0.0683	0.018	0.0191	0.0133	0.0151	0.0133	0.0132	0.013	0.0064	0.013	0.0026
chr2R	13243414	13243615	chr2R:13243415-13243615	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0213	0.0234	0.0214	0.0188	0.0138	0.0199	0.042	0.02	0.0138	0.0217	0.0164	0.0217	0.0085	0.0222	0.0135	0.0222	0.0078
chr2R	13243641	13243792	chr2R:13243642-13243792	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0217	0.0275	0.0204	0.0167	0.0095	0.0223	0.0493	0.028	0.0095	0.0254	0.0151	0.0254	0.007	0.0268	0.009	0.0268	0.0089
chr2R	13244805	13244956	chr2R:13244806-13244956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0123	0.011	0.0119	0.0141	0.0042	0.0078	0.0225	0.008	0.0042	0.0211	0.0125	0.0211	0.0062	0.0191	0.0077	0.0191	0.0094
chr2R	13246822	13247055	chr2R:13246823-13247055	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0474	0.0475	0.051	0.0433	0.0201	0.0481	0.0753	0.046	0.0201	0.1021	0.0421	0.1021	0.0372	0.0934	0.04	0.0934	0.0287
chr2R	13247500	13247651	chr2R:13247501-13247651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0143	0.0147	0.0126	0.0156	0.0074	0.0112	0.029	0.0107	0.0074	0.0163	0.0074	0.0163	0.0132	0.0268	0.0058	0.0268	0.0068
chr2R	13252189	13252340	chr2R:13252190-13252340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0171	0.0213	0.0151	0.0145	0.0106	0.0141	0.0433	0.014	0.0106	0.0236	0.0174	0.0236	0.0093	0.0237	0.009	0.0237	0.0125
chr2R	13261614	13261783	chr2R:13261615-13261783	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0208	0.0263	0.0157	0.0202	0.0117	0.0194	0.048	0.026	0.0117	0.0242	0.0145	0.0242	0.0139	0.0299	0.0226	0.0299	0.0271
chr2R	13261797	13261948	chr2R:13261798-13261948	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0164	0.0184	0.0129	0.018	0.0064	0.0175	0.0346	0.012	0.0064	0.0187	0.0109	0.0187	0.0101	0.036	0.0168	0.036	0.0151
chr2R	13264833	13264984	chr2R:13264834-13264984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0213	0.0191	0.0222	0.0227	0.0095	0.0146	0.0316	0.0213	0.0095	0.0302	0.0244	0.0302	0.0201	0.0383	0.0174	0.0383	0.024
chr2R	13265286	13265469	chr2R:13265287-13265469	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.047	0.0466	0.0421	0.0244	0.0471	0.0631	0.062	0.0244	0.0501	0.0534	0.0501	0.0527	0.0559	0.0471	0.0559	0.0474
chr2R	13265542	13265697	chr2R:13265543-13265697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0308	0.0307	0.0279	0.0127	0.0286	0.0446	0.042	0.0127	0.0374	0.0338	0.0374	0.0302	0.0337	0.0264	0.0337	0.0365
chr2R	13268100	13268251	chr2R:13268101-13268251	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0176	0.018	0.0181	0.0053	0.0243	0.0234	0.0187	0.0053	0.0248	0.018	0.0248	0.0116	0.0283	0.0123	0.0283	0.0063
chr2R	13273815	13274148	chr2R:13273816-13274148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0294	0.016	0.0173	0.0159	0.0238	0.0415	0.042	0.0159	0.0175	0.0148	0.0175	0.0039	0.0054	0.0064	0.0054	0.0089
chr2R	13279262	13279440	chr2R:13279263-13279440	FBgn0011879,FBgn0050232	tRNA:CR30232,tRNA:H:56E	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1887	0.215	0.2146	0.1308	0.1707	0.2262	0.2621	0.2678	0.1707	0.2772	0.2257	0.2772	0.1991	0.1631	0.1283	0.1631	0.1699
chr2R	13279633	13279854	chr2R:13279634-13279854	FBgn0011879,FBgn0050232	tRNA:CR30232,tRNA:H:56E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2937	0.3223	0.3321	0.2197	0.2704	0.3655	0.3702	0.3804	0.2704	0.4004	0.3678	0.4004	0.3277	0.2711	0.2495	0.2711	0.2746
chr2R	13279902	13280175	chr2R:13279903-13280175	FBgn0011879	tRNA:H:56E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2801	0.3037	0.3175	0.2128	0.2959	0.3345	0.3387	0.3691	0.2959	0.3877	0.3498	0.3877	0.3765	0.3254	0.2469	0.3254	0.2887
chr2R	13281543	13281808	chr2R:13281544-13281808	FBgn0010620	Sip1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0971	0.1211	0.1042	0.0625	0.0923	0.1155	0.1458	0.1805	0.0923	0.0851	0.1315	0.0851	0.1208	0.0658	0.0986	0.0658	0.0787
chr2R	13281924	13282166	chr2R:13281925-13282166	FBgn0010620	Sip1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1863	0.2291	0.2038	0.1192	0.2259	0.216	0.2798	0.2871	0.2259	0.1473	0.2743	0.1473	0.2293	0.0995	0.2282	0.0995	0.147
chr2R	13282180	13282331	chr2R:13282181-13282331	FBgn0010620	Sip1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1005	0.1346	0.1074	0.0547	0.1315	0.1175	0.1561	0.1885	0.1315	0.0459	0.1637	0.0459	0.1224	0.0253	0.1315	0.0253	0.0578
chr2R	13284952	13285181	chr2R:13284953-13285181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0503	0.0253	0.0761	0.05	0.0127	0.0316	0.0234	0.0386	0.0127	0.0217	0.1576	0.0217	0.0287	0.0084	0.1786	0.0084	0.0162
chr2R	13285539	13285720	chr2R:13285540-13285720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0352	0.0263	0.0471	0.0322	0.0117	0.0252	0.0376	0.0313	0.0117	0.0199	0.0942	0.0199	0.0163	0.0191	0.0948	0.0191	0.0198
chr2R	13290501	13290652	chr2R:13290502-13290652	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0227	0.0323	0.0198	0.015	0.0233	0.0291	0.0545	0.0213	0.0233	0.0199	0.0158	0.0199	0.0411	0.0069	0.0097	0.0069	0.0276
chr2R	13290731	13291117	chr2R:13290732-13291117	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0567	0.0712	0.0567	0.0407	0.0445	0.0816	0.0999	0.066	0.0445	0.0477	0.0547	0.0477	0.1077	0.0184	0.0297	0.0184	0.0938
chr2R	13294371	13294525	chr2R:13294372-13294525	FBgn0034210	CG6568	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.067	0.0558	0.0812	0.0638	0.0223	0.065	0.0662	0.0793	0.0223	0.099	0.0977	0.099	0.0813	0.075	0.0903	0.075	0.0719
chr2R	13294592	13294776	chr2R:13294593-13294776	FBgn0034210	CG6568	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1413	0.1158	0.1657	0.1432	0.07	0.1442	0.1254	0.1579	0.07	0.1908	0.1977	0.1908	0.1588	0.1547	0.1528	0.1547	0.1704
chr2R	13294838	13295033	chr2R:13294839-13295033	FBgn0034210	CG6568	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.1018	0.1595	0.1404	0.0626	0.1345	0.1016	0.1386	0.0626	0.1818	0.1878	0.1818	0.1541	0.1409	0.138	0.1409	0.1641
chr2R	13299259	13299683	chr2R:13299260-13299683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0806	0.0775	0.0982	0.0648	0.0318	0.0913	0.106	0.0913	0.0318	0.1129	0.1055	0.1129	0.1154	0.0666	0.0709	0.0666	0.0829
chr2R	13299802	13300038	chr2R:13299803-13300038	FBgn0016697	Prosalpha5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.0476	0.0723	0.0494	0.0286	0.0583	0.0619	0.046	0.0286	0.0857	0.091	0.0857	0.0651	0.0467	0.0619	0.0467	0.0547
chr2R	13300146	13300355	chr2R:13300147-13300355	FBgn0016697	Prosalpha5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1221	0.1149	0.1457	0.1042	0.0806	0.1272	0.1393	0.1499	0.0806	0.1854	0.165	0.1854	0.1371	0.1294	0.1019	0.1294	0.1141
chr2R	13300362	13300605	chr2R:13300363-13300605	FBgn0016697	Prosalpha5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0762	0.0847	0.0827	0.0596	0.0604	0.0811	0.1112	0.1166	0.0604	0.1033	0.0929	0.1033	0.072	0.0796	0.0548	0.0796	0.0735
chr2R	13300724	13300875	chr2R:13300725-13300875	FBgn0016697	Prosalpha5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0292	0.0302	0.0138	0.0138	0.0267	0.0394	0.046	0.0138	0.0344	0.0363	0.0344	0.0287	0.0184	0.0135	0.0184	0.0162
chr2R	13301727	13301878	chr2R:13301728-13301878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.028	0.0394	0.0287	0.0146	0.0212	0.0301	0.0675	0.0413	0.0212	0.0284	0.0341	0.0284	0.024	0.0191	0.0148	0.0191	0.0193
chr2R	13301992	13302143	chr2R:13301993-13302143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0252	0.0323	0.0277	0.0145	0.0212	0.018	0.0588	0.0333	0.0212	0.0344	0.0302	0.0344	0.0232	0.0161	0.0148	0.0161	0.0182
chr2R	13306972	13307192	chr2R:13306973-13307192	FBgn0021818	cnk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1588	0.1601	0.1789	0.1351	0.1357	0.165	0.1834	0.2132	0.1357	0.2156	0.2087	0.2156	0.1681	0.1547	0.1651	0.1547	0.1595
chr2R	13307291	13307575	chr2R:13307292-13307575	FBgn0021818,FBgn0022029	cnk,l(2)k01209	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1362	0.1622	0.1333	0.1029	0.1558	0.1518	0.1779	0.1029	0.2005	0.181	0.2005	0.1541	0.144	0.1496	0.144	0.1516
chr2R	13307584	13307777	chr2R:13307585-13307777	FBgn0021818,FBgn0022029	cnk,l(2)k01209	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2	0.1677	0.2464	0.1852	0.1145	0.2112	0.1747	0.2219	0.1145	0.3213	0.2723	0.3213	0.2332	0.209	0.1979	0.209	0.2251
chr2R	13307828	13308012	chr2R:13307829-13308012	FBgn0022029	l(2)k01209	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1952	0.1745	0.2317	0.1782	0.1251	0.2218	0.1786	0.2325	0.1251	0.2923	0.2572	0.2923	0.2486	0.1998	0.1915	0.1998	0.2324
chr2R	13308122	13308483	chr2R:13308123-13308483	FBgn0022029	l(2)k01209	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2646	0.2287	0.3178	0.2465	0.158	0.3112	0.2366	0.2705	0.158	0.3671	0.328	0.3671	0.3865	0.2757	0.2708	0.2757	0.3022
chr2R	13308692	13308885	chr2R:13308693-13308885	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.158	0.1194	0.2023	0.1526	0.0626	0.1699	0.1202	0.1439	0.0626	0.2343	0.2238	0.2343	0.2293	0.1485	0.1915	0.1485	0.1845
chr2R	13308944	13309171	chr2R:13308945-13309171	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0921	0.0744	0.1183	0.0831	0.0286	0.1044	0.0774	0.1006	0.0286	0.1492	0.1347	0.1492	0.1224	0.0919	0.1115	0.0919	0.0933
chr2R	13309200	13309351	chr2R:13309201-13309351	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.0616	0.0849	0.051	0.0212	0.0966	0.0536	0.0906	0.0212	0.1165	0.1035	0.1165	0.0589	0.072	0.0748	0.072	0.0516
chr2R	13309369	13309668	chr2R:13309370-13309668	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1249	0.1282	0.1475	0.0965	0.0742	0.1927	0.1159	0.1726	0.0742	0.1824	0.1785	0.1824	0.1325	0.111	0.1341	0.111	0.1172
chr2R	13309780	13309947	chr2R:13309781-13309947	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0727	0.0688	0.099	0.0483	0.0308	0.1073	0.0601	0.0919	0.0308	0.1165	0.127	0.1165	0.0837	0.059	0.0548	0.059	0.0563
chr2R	13314921	13315115	chr2R:13314922-13315115	FBgn0034214,FBgn0034215	CG4802,CG6550	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1348	0.1193	0.1555	0.1294	0.0806	0.1539	0.1345	0.1399	0.0806	0.2035	0.1627	0.2035	0.1758	0.1585	0.1283	0.1585	0.149
chr2R	13315380	13315549	chr2R:13315381-13315549	FBgn0034214,FBgn0034215	CG4802,CG6550	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0564	0.0298	0.0543	0.0886	0.0095	0.0359	0.0407	0.0346	0.0095	0.0562	0.0489	0.0562	0.1139	0.0957	0.0819	0.0957	0.1428
chr2R	13317979	13318130	chr2R:13317980-13318130	FBgn0025716,FBgn0034217	Bap55,Lhr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.043	0.0505	0.0294	0.0233	0.0427	0.0562	0.056	0.0233	0.0483	0.0576	0.0483	0.0534	0.023	0.0335	0.023	0.0386
chr2R	13318380	13318593	chr2R:13318381-13318593	FBgn0025716,FBgn0034217	Bap55,Lhr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.159	0.1606	0.1888	0.1244	0.0976	0.184	0.1994	0.1999	0.0976	0.2283	0.2096	0.2283	0.1867	0.1233	0.1283	0.1233	0.16
chr2R	13318659	13318869	chr2R:13318660-13318869	FBgn0025716,FBgn0034217	Bap55,Lhr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1076	0.0988	0.134	0.0884	0.0424	0.1223	0.1198	0.1279	0.0424	0.1691	0.1428	0.1691	0.1363	0.0865	0.0903	0.0865	0.1193
chr2R	13323929	13324189	chr2R:13323930-13324189	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.112	0.0502	0.125	0.1667	0.0201	0.0655	0.0679	0.0486	0.0201	0.1298	0.137	0.1298	0.2037	0.1149	0.2598	0.1149	0.2767
chr2R	13324222	13324383	chr2R:13324223-13324383	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0696	0.0293	0.072	0.112	0.017	0.0379	0.0385	0.028	0.017	0.07	0.0727	0.07	0.1332	0.0658	0.1689	0.0658	0.2048
chr2R	13324570	13324796	chr2R:13324571-13324796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0643	0.0363	0.0652	0.0946	0.0159	0.0447	0.045	0.04	0.0159	0.0543	0.0682	0.0543	0.1139	0.0498	0.1502	0.0498	0.1595
chr2R	13324988	13325254	chr2R:13324989-13325254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0257	0.0477	0.0655	0.0117	0.0282	0.0359	0.0293	0.0117	0.0519	0.0563	0.0519	0.0589	0.0391	0.1238	0.0391	0.0933
chr2R	13326078	13326229	chr2R:13326079-13326229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0252	0.0189	0.0277	0.0294	0.0042	0.018	0.0342	0.018	0.0042	0.0187	0.0264	0.0187	0.0387	0.0176	0.0168	0.0176	0.037
chr2R	13326390	13326695	chr2R:13326391-13326695	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0292	0.0604	0.0624	0.0106	0.0359	0.0402	0.034	0.0106	0.0495	0.0476	0.0495	0.0906	0.0429	0.0277	0.0429	0.098
chr2R	13326838	13327208	chr2R:13326839-13327208	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0611	0.0284	0.068	0.0901	0.0106	0.0379	0.0402	0.028	0.0106	0.0652	0.054	0.0652	0.1239	0.0881	0.0477	0.0881	0.1694
chr2R	13330346	13330618	chr2R:13330347-13330618	distal	distal	stage5	stage5	VT18213.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0227	0.0368	0.0379	0.0074	0.0257	0.0316	0.0266	0.0074	0.0284	0.0322	0.0284	0.0798	0.0199	0.0264	0.0199	0.0829
chr2R	13331671	13331862	chr2R:13331672-13331862	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT18213.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0518	0.044	0.0496	0.0629	0.0308	0.0534	0.0545	0.046	0.0308	0.0543	0.0508	0.0543	0.0635	0.036	0.0741	0.036	0.0625
chr2R	13331971	13332296	chr2R:13331972-13332296	FBgn0027506	EDTP	stage11,stage14,stage5	none	VT18213.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0973	0.0593	0.1039	0.1326	0.0255	0.0718	0.077	0.0626	0.0255	0.0851	0.1135	0.0851	0.1766	0.1202	0.1341	0.1202	0.1845
chr2R	13332361	13332649	chr2R:13332362-13332649	FBgn0027506	EDTP	stage11,stage14,stage5	none	VT18213.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1584	0.1158	0.1811	0.1812	0.0679	0.1359	0.1397	0.1392	0.0679	0.1944	0.2048	0.1944	0.2339	0.1662	0.1973	0.1662	0.2408
chr2R	13332809	13333002	chr2R:13332810-13333002	FBgn0027506	EDTP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0426	0.0376	0.0501	0.0398	0.0233	0.0408	0.0476	0.046	0.0233	0.0556	0.0585	0.0556	0.0565	0.0406	0.0464	0.0406	0.0594
chr2R	13339657	13339884	chr2R:13339658-13339884	FBgn0028956	mthl3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0525	0.0227	0.0136	0.0456	0.0505	0.0727	0.0553	0.0456	0.0254	0.0293	0.0254	0.0132	0.0123	0.0142	0.0123	0.0162
chr2R	13344596	13344777	chr2R:13344597-13344777	FBgn0028953	CG14478	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1002	0.0842	0.1198	0.0966	0.0562	0.0874	0.1003	0.1219	0.0562	0.1335	0.1405	0.1335	0.1185	0.0965	0.1038	0.0965	0.1146
chr2R	13344810	13345004	chr2R:13344811-13345004	FBgn0028953	CG14478	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1226	0.1759	0.1324	0.0657	0.1524	0.1414	0.1619	0.0657	0.2083	0.192	0.2083	0.1766	0.1386	0.1367	0.1386	0.1511
chr2R	13345088	13345271	chr2R:13345089-13345271	FBgn0028953	CG14478	stage11,stage14,stage5	none	VT18224.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2288	0.2085	0.2695	0.2067	0.1442	0.2456	0.2362	0.2572	0.1442	0.3231	0.2949	0.3231	0.2471	0.2205	0.2134	0.2205	0.2366
chr2R	13345845	13346119	chr2R:13345846-13346119	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT18224.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.3345	0.3384	0.3859	0.2739	0.3043	0.4005	0.3499	0.4237	0.3043	0.5	0.4161	0.5	0.3222	0.317	0.3024	0.317	0.3043
chr2R	13346120	13346332	chr2R:13346121-13346332	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT18224.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2458	0.2616	0.2959	0.1731	0.2185	0.315	0.2703	0.3344	0.2185	0.4493	0.3151	0.4493	0.2037	0.2404	0.2089	0.2404	0.1709
chr2R	13348147	13348325	chr2R:13348148-13348325	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1333	0.1315	0.1679	0.0973	0.1029	0.1383	0.1548	0.1812	0.1029	0.186	0.155	0.186	0.1123	0.0551	0.0567	0.0551	0.0896
chr2R	13348466	13348645	chr2R:13348467-13348645	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1146	0.1007	0.1369	0.1057	0.0594	0.1189	0.1172	0.1332	0.0594	0.1546	0.1347	0.1546	0.1642	0.0582	0.0561	0.0582	0.1756
chr2R	13348950	13349509	chr2R:13348951-13349509	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2299	0.3258	0.2645	0.0848	0.2916	0.3306	0.3759	0.443	0.2916	0.3545	0.3379	0.3545	0.1789	0.0452	0.1386	0.0452	0.0881
chr2R	13349577	13349895	chr2R:13349578-13349895	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2353	0.2667	0.3072	0.1213	0.1983	0.315	0.2837	0.3571	0.1983	0.3351	0.4277	0.3351	0.2517	0.0536	0.2379	0.0536	0.1532
chr2R	13356602	13356800	chr2R:13356603-13356800	FBgn0022987,FBgn0034223	Tes,qkr54B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0922	0.0865	0.1077	0.0816	0.0509	0.1087	0.0986	0.1053	0.0509	0.1274	0.1193	0.1274	0.0868	0.075	0.0748	0.075	0.098
chr2R	13357012	13357187	chr2R:13357013-13357187	FBgn0022987,FBgn0034223	Tes,qkr54B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0137	0.022	0.0483	0.0095	0.015	0.0182	0.0167	0.0095	0.0175	0.0215	0.0175	0.0248	0.0299	0.0316	0.0299	0.0474
chr2R	13357533	13357696	chr2R:13357534-13357696	FBgn0022987	qkr54B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0407	0.0378	0.0411	0.0436	0.0201	0.035	0.0554	0.0493	0.0201	0.0393	0.0341	0.0393	0.0263	0.0245	0.0155	0.0245	0.0271
chr2R	13362816	13362981	chr2R:13362817-13362981	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0349	0.026	0.0528	0.0252	0.0138	0.032	0.0285	0.0393	0.0138	0.0483	0.0302	0.0483	0.0201	0.0061	0.0123	0.0061	0.012
chr2R	13363555	13363706	chr2R:13363556-13363706	FBgn0034224	CG6520	stage11,stage14,stage5	none	CG6520_CRM7	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0958	0.0907	0.1461	0.0462	0.0329	0.1267	0.067	0.1586	0.0329	0.1926	0.1305	0.1926	0.038	0.013	0.0271	0.013	0.0177
chr2R	13363784	13363993	chr2R:13363785-13363993	FBgn0034224	CG6520	stage11,stage14,stage5	none	CG6520_CRM7	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.155	0.199	0.191	0.0663	0.1304	0.2665	0.1821	0.2765	0.1304	0.2772	0.174	0.2772	0.0473	0.0207	0.0445	0.0207	0.0167
chr2R	13364592	13364807	chr2R:13364593-13364807	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0816	0.1017	0.1055	0.033	0.0615	0.1252	0.0874	0.1632	0.0615	0.122	0.0936	0.122	0.0674	0.0161	0.0232	0.0161	0.0313
chr2R	13365488	13366060	chr2R:13365489-13366060	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0887	0.1347	0.0822	0.0443	0.1474	0.0971	0.2003	0.1499	0.1474	0.1171	0.0727	0.1171	0.0751	0.0919	0.0342	0.0919	0.0344
chr2R	13366226	13366394	chr2R:13366227-13366394	FBgn0034225	veil	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.0841	0.0272	0.0118	0.0933	0.0544	0.1315	0.0959	0.0933	0.0344	0.0315	0.0344	0.0194	0.0123	0.0174	0.0123	0.0099
chr2R	13366541	13366815	chr2R:13366542-13366815	FBgn0034225	veil	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0432	0.0876	0.0227	0.016	0.1029	0.0495	0.1462	0.0906	0.1029	0.0169	0.0312	0.0169	0.0194	0.0092	0.0413	0.0092	0.0099
chr2R	13380192	13380474	chr2R:13380193-13380474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0386	0.0491	0.0248	0.0127	0.033	0.0601	0.05	0.0127	0.0622	0.0563	0.0622	0.0511	0.0337	0.0264	0.0337	0.0328
chr2R	13380548	13380727	chr2R:13380549-13380727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0779	0.0668	0.0977	0.0685	0.0329	0.0752	0.0856	0.0893	0.0329	0.1153	0.1186	0.1153	0.1038	0.0919	0.0864	0.0919	0.0938
chr2R	13380791	13380956	chr2R:13380792-13380956	FBgn0050103	CG30103	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0876	0.0698	0.1072	0.0859	0.0445	0.0791	0.08	0.0999	0.0445	0.1232	0.1318	0.1232	0.11	0.1049	0.1012	0.1049	0.1282
chr2R	13381095	13381288	chr2R:13381096-13381288	FBgn0050103	CG30103	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.045	0.0704	0.0501	0.0255	0.0524	0.0532	0.06	0.0255	0.087	0.0875	0.087	0.0775	0.0482	0.0645	0.0482	0.0865
chr2R	13381345	13381496	chr2R:13381346-13381496	FBgn0050103	CG30103	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0244	0.0385	0.0195	0.0053	0.0248	0.0359	0.0333	0.0053	0.0489	0.0466	0.0489	0.0372	0.0199	0.0309	0.0199	0.0224
chr2R	13386442	13386662	chr2R:13386443-13386662	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0416	0.0766	0.0376	0.0068	0.0403	0.0743	0.083	0.1272	0.0403	0.0254	0.0637	0.0254	0.0139	0.0092	0.009	0.0092	0.0047
chr2R	13389086	13389307	chr2R:13389087-13389307	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0694	0.046	0.1119	0.049	0.0159	0.0592	0.0376	0.0846	0.0159	0.0302	0.2383	0.0302	0.0372	0.01	0.1792	0.01	0.0125
chr2R	13389558	13389752	chr2R:13389559-13389752	FBgn0262720	CG43164	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1031	0.1057	0.1439	0.0556	0.07	0.1015	0.0939	0.2092	0.07	0.0368	0.2913	0.0368	0.0658	0.0115	0.2025	0.0115	0.0208
chr2R	13389893	13390158	chr2R:13389894-13390158	FBgn0262720	CG43164	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0824	0.0651	0.1286	0.0512	0.0308	0.0689	0.0627	0.1199	0.0308	0.0314	0.2727	0.0314	0.038	0.0069	0.1902	0.0069	0.0177
chr2R	13390166	13390317	chr2R:13390167-13390317	FBgn0262720	CG43164	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.055	0.0323	0.0893	0.0426	0.0127	0.0354	0.0342	0.056	0.0127	0.0272	0.19	0.0272	0.0263	0.0077	0.1605	0.0077	0.0156
chr2R	13392267	13392635	chr2R:13392268-13392635	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1269	0.1474	0.175	0.0512	0.0954	0.1369	0.144	0.2771	0.0954	0.0483	0.3585	0.0483	0.0837	0.0207	0.1573	0.0207	0.0255
chr2R	13396907	13397081	chr2R:13396908-13397081	FBgn0085222	CG34193	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0374	0.0269	0.0617	0.0224	0.0064	0.035	0.029	0.0406	0.0064	0.0217	0.1296	0.0217	0.0178	0.0107	0.0716	0.0107	0.0073
chr2R	13398920	13399071	chr2R:13398921-13399071	FBgn0034229	CG4847	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0129	0.01	0.0133	0.0156	0.0085	0.0107	0.0151	0.0073	0.0085	0.0091	0.0219	0.0091	0.0124	0.0107	0.0458	0.0107	0.0104
chr2R	13401602	13401790	chr2R:13401603-13401790	FBgn0034230	CG4853	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1127	0.1004	0.1371	0.0996	0.0551	0.1083	0.1254	0.1366	0.0551	0.1649	0.1666	0.1649	0.1278	0.1217	0.1193	0.1217	0.1157
chr2R	13401842	13402037	chr2R:13401843-13402037	FBgn0034230	CG4853	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0751	0.0638	0.0937	0.0674	0.0286	0.0699	0.0813	0.0893	0.0286	0.1184	0.1084	0.1184	0.086	0.0934	0.0716	0.0934	0.0818
chr2R	13405305	13405554	chr2R:13405306-13405554	FBgn0034231,FBgn0034232	Apc10,CG4866	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0681	0.0634	0.0848	0.055	0.0361	0.0743	0.0744	0.0839	0.0361	0.1027	0.0987	0.1027	0.0837	0.0636	0.0496	0.0636	0.0604
chr2R	13405621	13405790	chr2R:13405622-13405790	FBgn0034231,FBgn0034232	Apc10,CG4866	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.106	0.0946	0.1313	0.0909	0.0626	0.118	0.109	0.1159	0.0626	0.1733	0.145	0.1733	0.1301	0.1026	0.0825	0.1026	0.1141
chr2R	13405896	13406163	chr2R:13405897-13406163	FBgn0034231,FBgn0034232	Apc10,CG4866	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0719	0.0661	0.089	0.0597	0.053	0.0748	0.0787	0.0779	0.053	0.1117	0.0945	0.1117	0.096	0.0643	0.0548	0.0643	0.0829
chr2R	13406466	13406617	chr2R:13406467-13406617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0285	0.0334	0.0327	0.0185	0.0201	0.0354	0.0407	0.05	0.0201	0.038	0.0392	0.038	0.0341	0.0283	0.0193	0.0283	0.0234
chr2R	13406706	13406857	chr2R:13406707-13406857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.035	0.0268	0.0164	0.0191	0.032	0.0567	0.036	0.0191	0.0356	0.0302	0.0356	0.0279	0.0222	0.0142	0.0222	0.0219
chr2R	13407836	13408047	chr2R:13407837-13408047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0441	0.0317	0.0153	0.0244	0.0451	0.0666	0.0513	0.0244	0.0386	0.0363	0.0386	0.0349	0.0153	0.0148	0.0153	0.0214
chr2R	13417460	13417648	chr2R:13417461-13417648	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0272	0.028	0.0339	0.0191	0.0127	0.0282	0.0476	0.0227	0.0127	0.0429	0.0296	0.0429	0.0627	0.0184	0.0251	0.0184	0.0287
chr2R	13420938	13421089	chr2R:13420939-13421089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0281	0.0227	0.0324	0.0294	0.0095	0.0252	0.0333	0.026	0.0095	0.0326	0.0428	0.0326	0.0364	0.0161	0.0683	0.0161	0.0229
chr2R	13422716	13422884	chr2R:13422717-13422884	FBgn0263197	Patronin	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0702	0.0505	0.0684	0.0941	0.0276	0.0534	0.0696	0.0593	0.0276	0.0761	0.0685	0.0761	0.0806	0.1118	0.0883	0.1118	0.1162
chr2R	13423020	13423190	chr2R:13423021-13423190	FBgn0263197	Patronin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2236	0.1863	0.2598	0.2256	0.1262	0.2325	0.2102	0.2332	0.1262	0.3007	0.2855	0.3007	0.2711	0.2458	0.2373	0.2458	0.26
chr2R	13423324	13423506	chr2R:13423325-13423506	FBgn0034237,FBgn0263197	Patronin,eIF3-S9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.189	0.1649	0.223	0.1788	0.1103	0.2029	0.1869	0.2165	0.1103	0.2723	0.2386	0.2723	0.2254	0.1784	0.185	0.1784	0.2121
chr2R	13423789	13423966	chr2R:13423790-13423966	FBgn0034237,FBgn0263197	Patronin,eIF3-S9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1615	0.1419	0.1926	0.1491	0.1039	0.1665	0.1622	0.1819	0.1039	0.2367	0.2132	0.2367	0.182	0.1738	0.1586	0.1738	0.1725
chr2R	13424063	13424214	chr2R:13424064-13424214	FBgn0034237	eIF3-S9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0751	0.0951	0.0681	0.0509	0.085	0.0952	0.0879	0.0509	0.1129	0.1087	0.1129	0.0883	0.0773	0.078	0.0773	0.0875
chr2R	13426439	13426590	chr2R:13426440-13426590	FBgn0263113	CG43370	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0401	0.0322	0.0173	0.0223	0.0311	0.0657	0.0466	0.0223	0.0308	0.036	0.0308	0.0387	0.0207	0.0161	0.0207	0.0219
chr2R	13426645	13426796	chr2R:13426646-13426796	FBgn0263113	CG43370	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0475	0.0345	0.0205	0.0382	0.0374	0.0705	0.056	0.0382	0.038	0.037	0.038	0.0434	0.0214	0.0271	0.0214	0.0255
chr2R	13431414	13431736	chr2R:13431415-13431736	FBgn0085223	CG34194	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0473	0.0313	0.0647	0.0461	0.0117	0.0422	0.0368	0.0406	0.0117	0.0453	0.0408	0.0453	0.1967	0.0268	0.0232	0.0268	0.1146
chr2R	13431805	13432009	chr2R:13431806-13432009	FBgn0085223	CG34194	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0451	0.0375	0.0579	0.0397	0.018	0.0408	0.0554	0.038	0.018	0.0477	0.0418	0.0477	0.1503	0.0283	0.0245	0.0283	0.087
chr2R	13432085	13432370	chr2R:13432086-13432370	FBgn0028382,FBgn0085223	CG34194,cyp33	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0719	0.0692	0.0896	0.0554	0.0403	0.082	0.1003	0.066	0.0403	0.0924	0.0871	0.0924	0.1565	0.0482	0.0471	0.0482	0.0969
chr2R	13432578	13432764	chr2R:13432579-13432764	FBgn0028382	cyp33	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.14	0.1314	0.1726	0.1141	0.0859	0.1568	0.1631	0.1446	0.0859	0.2053	0.1887	0.2053	0.1844	0.1332	0.1019	0.1332	0.1454
chr2R	13432794	13433016	chr2R:13432795-13433016	FBgn0028382	cyp33	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0921	0.0909	0.1135	0.0699	0.0562	0.1102	0.1038	0.1126	0.0562	0.1437	0.1141	0.1437	0.1379	0.0881	0.0671	0.0881	0.0902
chr2R	13434560	13434711	chr2R:13434561-13434711	FBgn0010409	RpL18A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.0587	0.0755	0.0583	0.0361	0.0694	0.0735	0.0673	0.0361	0.096	0.082	0.096	0.079	0.072	0.0548	0.072	0.0829
chr2R	13434864	13435057	chr2R:13434865-13435057	FBgn0010409,FBgn0034240	MESR4,RpL18A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.182	0.1696	0.2204	0.1537	0.1145	0.1932	0.1994	0.2185	0.1145	0.2609	0.2476	0.2609	0.2022	0.1669	0.156	0.1669	0.1902
chr2R	13435153	13435330	chr2R:13435154-13435330	FBgn0010409,FBgn0034240	MESR4,RpL18A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2303	0.2105	0.2749	0.2035	0.1548	0.2534	0.231	0.2712	0.1548	0.314	0.3029	0.314	0.2649	0.2282	0.2089	0.2282	0.2319
chr2R	13435713	13436064	chr2R:13435714-13436064	FBgn0034240	MESR4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2765	0.3309	0.2951	0.1952	0.3054	0.349	0.3919	0.4091	0.3054	0.3484	0.3296	0.3484	0.2851	0.2412	0.2147	0.2412	0.2303
chr2R	13436106	13436308	chr2R:13436107-13436308	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1093	0.1419	0.1094	0.0727	0.1251	0.1194	0.1946	0.1785	0.1251	0.1492	0.1225	0.1492	0.0852	0.0865	0.0999	0.0865	0.0907
chr2R	13443422	13443672	chr2R:13443423-13443672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0369	0.0644	0.0286	0.0153	0.0583	0.0481	0.0978	0.0713	0.0583	0.0338	0.0293	0.0338	0.0341	0.0191	0.0097	0.0191	0.0219
chr2R	13443677	13443828	chr2R:13443678-13443828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0252	0.0436	0.0209	0.0093	0.0414	0.0296	0.0588	0.0586	0.0414	0.0211	0.0199	0.0211	0.0263	0.0123	0.0077	0.0123	0.012
chr2R	13444144	13444446	chr2R:13444145-13444446	FBgn0263076	Klp54D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0401	0.0656	0.0327	0.0198	0.0615	0.0529	0.0952	0.074	0.0615	0.0332	0.0341	0.0332	0.0294	0.0191	0.0155	0.0191	0.0162
chr2R	13445369	13445520	chr2R:13445370-13445520	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0293	0.0227	0.0145	0.0191	0.0243	0.0497	0.028	0.0191	0.0199	0.0199	0.0199	0.0279	0.0077	0.011	0.0077	0.013
chr2R	13445629	13445780	chr2R:13445630-13445780	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0292	0.0214	0.0157	0.0148	0.0248	0.0493	0.0306	0.0148	0.0217	0.0232	0.0217	0.0248	0.0084	0.0148	0.0084	0.0141
chr2R	13450982	13451155	chr2R:13450983-13451155	FBgn0263029	CG43324	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0246	0.0111	0.0156	0.0496	0.0032	0.015	0.0164	0.0073	0.0032	0.0072	0.0193	0.0072	0.0217	0.0398	0.0335	0.0398	0.0604
chr2R	13452255	13452435	chr2R:13452256-13452435	FBgn0034242	CG14480	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0956	0.084	0.1207	0.0812	0.0647	0.1058	0.0796	0.1186	0.0647	0.1636	0.1299	0.1636	0.1263	0.0934	0.0754	0.0934	0.0964
chr2R	13452555	13452706	chr2R:13452556-13452706	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0502	0.0452	0.0692	0.035	0.0276	0.0519	0.0523	0.062	0.0276	0.1051	0.0749	0.1051	0.0565	0.0436	0.0284	0.0436	0.038
chr2R	13455630	13455823	chr2R:13455631-13455823	FBgn0034243,FBgn0040294	POSH,ns2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0979	0.0728	0.1284	0.0925	0.0297	0.1121	0.0657	0.0993	0.0297	0.1673	0.1325	0.1673	0.1224	0.1026	0.0967	0.1026	0.1094
chr2R	13455884	13456074	chr2R:13455885-13456074	FBgn0034243,FBgn0040294	POSH,ns2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2068	0.1664	0.2549	0.1993	0.1092	0.2214	0.1683	0.2139	0.1092	0.3478	0.2569	0.3478	0.2525	0.2251	0.2037	0.2251	0.2361
chr2R	13456087	13456350	chr2R:13456088-13456350	FBgn0034243,FBgn0040294	POSH,ns2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1775	0.1478	0.2171	0.1672	0.0923	0.1898	0.1484	0.2072	0.0923	0.2886	0.2267	0.2886	0.2107	0.1723	0.1683	0.1723	0.2048
chr2R	13456381	13456604	chr2R:13456382-13456604	FBgn0034243,FBgn0040294	POSH,ns2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1029	0.094	0.1332	0.0797	0.0445	0.1165	0.1003	0.1446	0.0445	0.1709	0.1553	0.1709	0.1286	0.0735	0.087	0.0735	0.0933
chr2R	13456859	13457010	chr2R:13456860-13457010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0518	0.0385	0.0174	0.0148	0.0403	0.0809	0.0759	0.0148	0.038	0.0469	0.038	0.0387	0.0199	0.0213	0.0199	0.0172
chr2R	13459979	13460136	chr2R:13459980-13460136	FBgn0034245,FBgn0250868	CG14482,CG42239	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0907	0.0725	0.117	0.082	0.0265	0.1063	0.0731	0.0926	0.0265	0.1226	0.135	0.1226	0.1356	0.0712	0.0954	0.0712	0.1105
chr2R	13460221	13460393	chr2R:13460222-13460393	FBgn0034245,FBgn0250868	CG14482,CG42239	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1754	0.1513	0.2175	0.1562	0.0859	0.1908	0.1683	0.1945	0.0859	0.2566	0.2344	0.2566	0.2347	0.1547	0.1683	0.1547	0.1985
chr2R	13460449	13460791	chr2R:13460450-13460791	FBgn0016701,FBgn0034245,FBgn0250868	CG14482,CG42239,Rab4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1689	0.1442	0.2142	0.1468	0.0753	0.1869	0.176	0.1626	0.0753	0.2699	0.2315	0.2699	0.2068	0.1485	0.1522	0.1485	0.1772
chr2R	13460884	13461092	chr2R:13460885-13461092	FBgn0016701	Rab4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1277	0.1162	0.1555	0.11	0.07	0.1374	0.1397	0.1466	0.07	0.2089	0.1627	0.2089	0.1572	0.1087	0.1064	0.1087	0.1402
chr2R	13465953	13466104	chr2R:13465954-13466104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0299	0.0297	0.0109	0.0148	0.0301	0.0433	0.0353	0.0148	0.026	0.0244	0.026	0.0651	0.013	0.0045	0.013	0.0203
chr2R	13468522	13468673	chr2R:13468523-13468673	FBgn0034246	Dcr-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0356	0.0454	0.0324	0.0085	0.0447	0.0446	0.048	0.0085	0.0604	0.0473	0.0604	0.0581	0.0444	0.0284	0.0444	0.0417
chr2R	13468689	13468877	chr2R:13468690-13468877	FBgn0034246	Dcr-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0685	0.0634	0.0852	0.0558	0.0276	0.085	0.077	0.0746	0.0276	0.1075	0.0904	0.1075	0.0984	0.0628	0.0535	0.0628	0.0693
chr2R	13468969	13469161	chr2R:13468970-13469161	FBgn0034246	Dcr-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1316	0.135	0.1504	0.1074	0.0753	0.1631	0.1544	0.1732	0.0753	0.1866	0.1633	0.1866	0.1658	0.1172	0.0909	0.1172	0.1417
chr2R	13469327	13469549	chr2R:13469328-13469549	FBgn0034246	Dcr-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0702	0.1103	0.0636	0.0326	0.071	0.1199	0.1324	0.1479	0.071	0.0713	0.073	0.0713	0.0604	0.0352	0.0309	0.0352	0.0417
chr2R	13472836	13473046	chr2R:13472837-13473046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.028	0.044	0.0323	0.0095	0.0282	0.0402	0.0386	0.0095	0.038	0.0428	0.038	0.086	0.0245	0.0271	0.0245	0.0599
chr2R	13473299	13473507	chr2R:13473300-13473507	FBgn0034248	CG14483	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0629	0.0528	0.0755	0.0602	0.0308	0.0646	0.0662	0.0633	0.0308	0.0918	0.083	0.0918	0.0976	0.0605	0.0522	0.0605	0.0912
chr2R	13473594	13473773	chr2R:13473595-13473773	FBgn0034248	CG14483	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1081	0.1017	0.1259	0.0958	0.0647	0.1228	0.1276	0.1159	0.0647	0.1685	0.1363	0.1685	0.1387	0.1133	0.0883	0.1133	0.1329
chr2R	13477861	13478031	chr2R:13477862-13478031	FBgn0029079,FBgn0034249	RhoGAP54D,icln	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0784	0.1027	0.0877	0.0412	0.0891	0.099	0.1427	0.1106	0.0891	0.1244	0.0926	0.1244	0.0829	0.0429	0.0432	0.0429	0.0396
chr2R	13478041	13478307	chr2R:13478042-13478307	FBgn0029079,FBgn0034249	RhoGAP54D,icln	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1565	0.1558	0.184	0.1271	0.1071	0.1607	0.2033	0.1885	0.1071	0.244	0.2045	0.244	0.1758	0.1447	0.1296	0.1447	0.16
chr2R	13478322	13478503	chr2R:13478323-13478503	FBgn0029079,FBgn0034249	RhoGAP54D,icln	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1688	0.1499	0.2057	0.1494	0.0986	0.1646	0.1851	0.1899	0.0986	0.2621	0.2228	0.2621	0.1836	0.1639	0.147	0.1639	0.1819
chr2R	13479505	13479656	chr2R:13479506-13479656	FBgn0050105	CG30105	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0678	0.069	0.0298	0.0403	0.0709	0.0878	0.0919	0.0403	0.0924	0.072	0.0924	0.0651	0.023	0.0355	0.023	0.0354
chr2R	13479714	13479865	chr2R:13479715-13479865	FBgn0029006,FBgn0050105	CG30105,lack	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.0815	0.0924	0.0499	0.0308	0.0825	0.1176	0.1113	0.0308	0.1262	0.0974	0.1262	0.0697	0.0429	0.0477	0.0429	0.0589
chr2R	13479936	13480106	chr2R:13479937-13480106	FBgn0029006,FBgn0050105	CG30105,lack	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1663	0.1613	0.1975	0.1376	0.0891	0.185	0.1959	0.2145	0.0891	0.2428	0.2196	0.2428	0.1828	0.1217	0.158	0.1217	0.1558
chr2R	13480200	13480447	chr2R:13480201-13480447	FBgn0029006,FBgn0050105	CG30105,lack	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2339	0.2486	0.2624	0.186	0.1972	0.2558	0.3123	0.3031	0.1972	0.3279	0.2862	0.3279	0.2363	0.1662	0.2095	0.1662	0.2194
chr2R	13480640	13480840	chr2R:13480641-13480840	FBgn0029006	lack	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2035	0.2318	0.2179	0.1561	0.1898	0.2243	0.3032	0.2811	0.1898	0.2766	0.2354	0.2766	0.2006	0.1639	0.1876	0.1639	0.1626
chr2R	13481063	13481214	chr2R:13481064-13481214	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.063	0.0889	0.0586	0.0389	0.0679	0.0626	0.1375	0.1119	0.0679	0.0598	0.0749	0.0598	0.0573	0.0582	0.0516	0.0582	0.0328
chr2R	13485738	13485992	chr2R:13485739-13485992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0387	0.0606	0.0324	0.0212	0.0382	0.0466	0.1012	0.0653	0.0382	0.0344	0.036	0.0344	0.0356	0.0253	0.0142	0.0253	0.036
chr2R	13486053	13486412	chr2R:13486054-13486412	FBgn0264541	CR43920	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0392	0.0474	0.0343	0.0355	0.0361	0.0413	0.0731	0.0473	0.0361	0.0417	0.0338	0.0417	0.0426	0.0383	0.0155	0.0383	0.075
chr2R	13491767	13491918	chr2R:13491768-13491918	FBgn0050231,FBgn0050333	tRNA:CR30231,tRNA:CR30333	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0696	0.0789	0.0744	0.0539	0.0732	0.0806	0.0904	0.0973	0.0732	0.0966	0.0736	0.0966	0.0782	0.0467	0.0554	0.0467	0.0688
chr2R	13492067	13492259	chr2R:13492068-13492259	FBgn0050231,FBgn0050333	tRNA:CR30231,tRNA:CR30333	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.255	0.2642	0.2791	0.2182	0.2587	0.3053	0.295	0.2971	0.2587	0.3478	0.2942	0.3478	0.2804	0.2129	0.2257	0.2129	0.2814
chr2R	13499836	13499987	chr2R:13499837-13499987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0117	0.0123	0.0107	0.0121	0.0032	0.0083	0.0251	0.0113	0.0032	0.0091	0.018	0.0091	0.0085	0.0084	0.038	0.0084	0.0031
chr2R	13503563	13503929	chr2R:13503564-13503929	FBgn0082922	snoRNA:Or-aca4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0589	0.0698	0.0398	0.0318	0.0714	0.0792	0.0606	0.0318	0.0737	0.09	0.0737	0.0612	0.0528	0.0632	0.0528	0.0375
chr2R	13504061	13504433	chr2R:13504062-13504433	FBgn0082922	snoRNA:Or-aca4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1286	0.137	0.1326	0.1149	0.1039	0.1534	0.1548	0.1732	0.1039	0.1812	0.1498	0.1812	0.1247	0.1654	0.1057	0.1654	0.1428
chr2R	13508991	13509142	chr2R:13508992-13509142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.009	0.0098	0.0082	0.0088	0.0021	0.0087	0.0203	0.0067	0.0021	0.0054	0.0138	0.0054	0.0046	0.0038	0.0284	0.0038	0.0036
chr2R	13510151	13510302	chr2R:13510152-13510302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0094	0.0069	0.011	0.0104	0.0011	0.0063	0.0117	0.008	0.0011	0.0024	0.0219	0.0024	0.0077	0.0015	0.0406	0.0015	0.0036
chr2R	13511244	13511395	chr2R:13511245-13511395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0121	0.0151	0.0104	0.0074	0.0092	0.0208	0.0147	0.0074	0.0121	0.0248	0.0121	0.0085	0.0038	0.0251	0.0038	0.0083
chr2R	13512443	13512594	chr2R:13512444-13512594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0102	0.0107	0.0088	0.0111	0.0021	0.0078	0.0199	0.0113	0.0021	0.0097	0.0138	0.0097	0.0046	0.0061	0.0361	0.0061	0.0047
chr2R	13521612	13521763	chr2R:13521613-13521763	FBgn0034255	CG18186	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.025	0.0335	0.0241	0.0164	0.0233	0.0248	0.0545	0.0366	0.0233	0.0242	0.0267	0.0242	0.038	0.0207	0.0213	0.0207	0.025
chr2R	13521923	13522074	chr2R:13521924-13522074	FBgn0034255	CG18186	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0249	0.0136	0.0102	0.0085	0.0184	0.0394	0.0346	0.0085	0.0127	0.0174	0.0127	0.0186	0.0123	0.0155	0.0123	0.012
chr2R	13526582	13526734	chr2R:13526583-13526734	FBgn0034253	CG10936	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.049	0.0231	0.0745	0.0501	0.0095	0.0218	0.0285	0.036	0.0095	0.0151	0.1569	0.0151	0.0248	0.0038	0.1921	0.0038	0.0162
chr2R	13527119	13527270	chr2R:13527120-13527270	FBgn0034253	CG10936	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0219	0.0092	0.0251	0.0326	0.0053	0.0107	0.0147	0.0073	0.0053	0.0121	0.0412	0.0121	0.0248	0.0084	0.0812	0.0084	0.0276
chr2R	13531692	13531843	chr2R:13531693-13531843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0119	0.0106	0.0178	0.0068	0.0011	0.0126	0.016	0.0113	0.0011	0.0175	0.019	0.0175	0.0279	0.0061	0.0071	0.0061	0.0052
chr2R	13531904	13532055	chr2R:13531905-13532055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0122	0.0107	0.0181	0.0074	0.0032	0.0117	0.0169	0.0113	0.0032	0.0187	0.0183	0.0187	0.0333	0.0054	0.0077	0.0054	0.0078
chr2R	13544548	13544699	chr2R:13544549-13544699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0153	0.0168	0.0195	0.0089	0.0064	0.018	0.026	0.0147	0.0064	0.0115	0.0164	0.0115	0.0503	0.0046	0.0097	0.0046	0.0115
chr2R	13545103	13545254	chr2R:13545104-13545254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0104	0.0111	0.0128	0.0071	0.0053	0.0121	0.0143	0.014	0.0053	0.0091	0.0087	0.0091	0.0349	0.0023	0.0084	0.0023	0.0115
chr2R	13552696	13552873	chr2R:13552697-13552873	FBgn0034258	eIF3-S8	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0736	0.0667	0.0798	0.0746	0.0361	0.0777	0.083	0.0773	0.0361	0.0942	0.0836	0.0942	0.0914	0.072	0.0548	0.072	0.0646
chr2R	13552919	13553096	chr2R:13552920-13553096	FBgn0034258	eIF3-S8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1444	0.1214	0.1775	0.1337	0.0594	0.1471	0.1475	0.1532	0.0594	0.2271	0.1929	0.2271	0.1789	0.1447	0.1431	0.1447	0.1496
chr2R	13553181	13553366	chr2R:13553182-13553366	FBgn0034258	eIF3-S8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1274	0.172	0.1315	0.0806	0.15	0.1518	0.1632	0.0806	0.2126	0.1958	0.2126	0.172	0.1401	0.1386	0.1401	0.1579
chr2R	13553388	13553575	chr2R:13553389-13553575	FBgn0034258	eIF3-S8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0933	0.0871	0.1142	0.0773	0.0414	0.1107	0.112	0.0979	0.0414	0.1455	0.1232	0.1455	0.1239	0.0865	0.087	0.0865	0.1021
chr2R	13556516	13556667	chr2R:13556517-13556667	FBgn0050108,FBgn0050109	CG30108,CG30109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0488	0.0523	0.0542	0.039	0.0424	0.0568	0.0575	0.0693	0.0424	0.058	0.0531	0.058	0.0922	0.0337	0.04	0.0337	0.0636
chr2R	13556791	13556974	chr2R:13556792-13556974	FBgn0050108,FBgn0050109	CG30108,CG30109	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0985	0.1043	0.1036	0.0865	0.0774	0.1117	0.1159	0.1432	0.0774	0.1051	0.1215	0.1051	0.1433	0.0735	0.0941	0.0735	0.1292
chr2R	13557028	13557393	chr2R:13557029-13557393	FBgn0050108,FBgn0050109	CG30108,CG30109	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1111	0.1112	0.1245	0.0964	0.071	0.1184	0.1388	0.1399	0.071	0.1371	0.1389	0.1371	0.1658	0.0919	0.1212	0.0919	0.1277
chr2R	13557483	13557663	chr2R:13557484-13557663	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0848	0.0759	0.0982	0.0801	0.0477	0.0927	0.0848	0.0966	0.0477	0.1202	0.1109	0.1202	0.117	0.0827	0.0961	0.0827	0.1037
chr2R	13557738	13557889	chr2R:13557739-13557889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0503	0.0408	0.0648	0.045	0.0223	0.0476	0.0433	0.06	0.0223	0.0827	0.0675	0.0827	0.0875	0.0475	0.0458	0.0475	0.0599
chr2R	13559767	13559971	chr2R:13559768-13559971	FBgn0034259	P32	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0762	0.0709	0.0896	0.0673	0.0435	0.0874	0.0835	0.0879	0.0435	0.1099	0.091	0.1099	0.1162	0.0835	0.0774	0.0835	0.0917
chr2R	13560048	13560241	chr2R:13560049-13560241	FBgn0034259	P32	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1476	0.1492	0.1671	0.1244	0.1251	0.1626	0.1717	0.1939	0.1251	0.2047	0.1846	0.2047	0.1851	0.1524	0.1283	0.1524	0.1641
chr2R	13560317	13560522	chr2R:13560318-13560522	FBgn0034259	P32	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0896	0.0942	0.0992	0.0739	0.0901	0.0981	0.1038	0.1279	0.0901	0.1256	0.1174	0.1256	0.0899	0.0781	0.078	0.0781	0.0969
chr2R	13566727	13566963	chr2R:13566728-13566963	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1026	0.1462	0.1199	0.035	0.1262	0.1558	0.1687	0.1885	0.1262	0.1347	0.1511	0.1347	0.1131	0.0329	0.0554	0.0329	0.037
chr2R	13567630	13568071	chr2R:13567631-13568071	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1405	0.2287	0.1278	0.0558	0.2545	0.1607	0.3525	0.2372	0.2545	0.0779	0.2068	0.0779	0.0945	0.0314	0.1244	0.0314	0.0438
chr2R	13568734	13568928	chr2R:13568735-13568928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0547	0.0555	0.06	0.048	0.0212	0.0752	0.058	0.0786	0.0212	0.0525	0.073	0.0525	0.086	0.023	0.049	0.023	0.1006
chr2R	13570588	13570804	chr2R:13570589-13570804	FBgn0016059,FBgn0034261	HPS4,Sema-1b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2301	0.2121	0.275	0.2008	0.1718	0.2432	0.2236	0.3005	0.1718	0.2784	0.3752	0.2784	0.213	0.2021	0.2811	0.2021	0.1939
chr2R	13570937	13571114	chr2R:13570938-13571114	FBgn0016059,FBgn0034261	HPS4,Sema-1b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2564	0.2354	0.2914	0.2415	0.1962	0.2772	0.269	0.2845	0.1962	0.3575	0.3238	0.3575	0.2711	0.2672	0.2695	0.2672	0.2616
chr2R	13571239	13571414	chr2R:13571240-13571414	FBgn0016059,FBgn0034261	HPS4,Sema-1b	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.141	0.1042	0.1629	0.1582	0.0626	0.1316	0.1176	0.1286	0.0626	0.1914	0.1862	0.1914	0.1487	0.1884	0.1483	0.1884	0.1787
chr2R	13579935	13580086	chr2R:13579936-13580086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0261	0.0294	0.0287	0.0195	0.0106	0.0233	0.0519	0.032	0.0106	0.0308	0.0334	0.0308	0.038	0.023	0.0226	0.023	0.0292
chr2R	13580258	13580450	chr2R:13580259-13580450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0203	0.0209	0.0198	0.0095	0.0184	0.032	0.022	0.0095	0.0211	0.0238	0.0211	0.0294	0.0322	0.0148	0.0322	0.0323
chr2R	13585113	13585451	chr2R:13585114-13585451	FBgn0027872	rdgBbeta	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0574	0.0441	0.0637	0.0653	0.0191	0.0607	0.0562	0.0473	0.0191	0.0833	0.0624	0.0833	0.0837	0.1233	0.0432	0.1233	0.0834
chr2R	13585568	13585719	chr2R:13585569-13585719	FBgn0027872	rdgBbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0759	0.0571	0.0916	0.0795	0.0339	0.0723	0.0722	0.0606	0.0339	0.1117	0.0949	0.1117	0.1084	0.1194	0.0729	0.1194	0.1037
chr2R	13585803	13585975	chr2R:13585804-13585975	FBgn0027872	rdgBbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2006	0.1654	0.2461	0.1902	0.1262	0.2083	0.1799	0.2025	0.1262	0.3043	0.2592	0.3043	0.2556	0.2136	0.2037	0.2136	0.2199
chr2R	13586070	13586256	chr2R:13586071-13586256	FBgn0027872,FBgn0045800,FBgn0063381	Uhg1,rdgBbeta,snoRNA:Me28S-G3081a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1712	0.1421	0.2052	0.1666	0.1135	0.1563	0.1622	0.1799	0.1135	0.2591	0.2232	0.2591	0.196	0.1822	0.1792	0.1822	0.1912
chr2R	13586463	13586660	chr2R:13586464-13586660	FBgn0045800,FBgn0063381	Uhg1,snoRNA:Me28S-G3081a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1784	0.1692	0.2107	0.1533	0.141	0.2019	0.1955	0.1872	0.141	0.2566	0.237	0.2566	0.1975	0.1662	0.1496	0.1662	0.1933
chr2R	13586764	13587121	chr2R:13586765-13587121	FBgn0045800,FBgn0063377,FBgn0063381,FBgn0063385	Uhg1,snoRNA:Me28S-A1666a,snoRNA:Me28S-A3407a,snoRNA:Me28S-G3081a	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.118	0.1325	0.1341	0.084	0.106	0.132	0.1739	0.1506	0.106	0.1781	0.1457	0.1781	0.1255	0.1041	0.0761	0.1041	0.1021
chr2R	13591001	13591267	chr2R:13591002-13591267	FBgn0063386	snoRNA:Me18S-A28a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0776	0.0689	0.0373	0.0689	0.0825	0.1068	0.0766	0.0689	0.0984	0.0621	0.0984	0.1139	0.0498	0.0271	0.0498	0.0714
chr2R	13591284	13591693	chr2R:13591285-13591693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0827	0.1033	0.0933	0.048	0.0954	0.1102	0.1427	0.0999	0.0954	0.1377	0.0894	0.1377	0.1379	0.0812	0.0335	0.0812	0.0776
chr2R	13591862	13592142	chr2R:13591863-13592142	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0684	0.0581	0.0333	0.052	0.0621	0.1038	0.0746	0.052	0.0851	0.0617	0.0851	0.0728	0.059	0.0239	0.059	0.0511
chr2R	13592221	13592489	chr2R:13592222-13592489	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0449	0.0527	0.0295	0.018	0.0485	0.0644	0.0526	0.018	0.0713	0.0547	0.0713	0.0759	0.0475	0.0213	0.0475	0.0464
chr2R	13603935	13604302	chr2R:13603936-13604302	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2407	0.29	0.2302	0.1972	0.2375	0.2786	0.3365	0.4244	0.2375	0.3013	0.2762	0.3013	0.2285	0.2711	0.236	0.2711	0.2496
chr2R	13604462	13604613	chr2R:13604463-13604613	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0691	0.0517	0.0813	0.0752	0.0148	0.0689	0.0593	0.066	0.0148	0.1033	0.0997	0.1033	0.0852	0.0904	0.0761	0.0904	0.0995
chr2R	13604712	13605151	chr2R:13604713-13605151	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1734	0.1093	0.2039	0.2114	0.0403	0.1476	0.112	0.1539	0.0403	0.2482	0.2498	0.2482	0.2277	0.2489	0.227	0.2489	0.2444
chr2R	13606734	13607126	chr2R:13606735-13607126	FBgn0028494	CG6424	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1218	0.0708	0.1176	0.1834	0.0392	0.0796	0.0869	0.0886	0.0392	0.1341	0.1113	0.1341	0.165	0.2718	0.1406	0.2718	0.1813
chr2R	13609025	13609176	chr2R:13609026-13609176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0085	0.0112	0.0401	0.0042	0.0092	0.0134	0.0093	0.0042	0.006	0.0064	0.006	0.0062	0.0138	0.0045	0.0138	0.0094
chr2R	13610659	13610888	chr2R:13610660-13610888	FBgn0034264	CG10933	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.09	0.1214	0.0817	0.0604	0.1039	0.1025	0.1186	0.0604	0.1286	0.1476	0.1286	0.1201	0.1003	0.1135	0.1003	0.0964
chr2R	13612710	13612861	chr2R:13612711-13612861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0369	0.0282	0.0141	0.0191	0.0335	0.0515	0.0506	0.0191	0.0211	0.0383	0.0211	0.0248	0.0077	0.0226	0.0077	0.0167
chr2R	13613930	13614218	chr2R:13613931-13614218	FBgn0034265,FBgn0034266,FBgn0034267	CG4975,CG4984,Snx16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0844	0.0778	0.0937	0.0817	0.0361	0.084	0.1012	0.0999	0.0361	0.1039	0.1	0.1039	0.0991	0.0681	0.0658	0.0681	0.0907
chr2R	13614306	13614497	chr2R:13614307-13614497	FBgn0034265,FBgn0034266,FBgn0034267	CG4975,CG4984,Snx16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1525	0.141	0.1763	0.1393	0.0827	0.1723	0.1522	0.1932	0.0827	0.2168	0.1929	0.2168	0.1782	0.1493	0.1251	0.1493	0.1584
chr2R	13614618	13614858	chr2R:13614619-13614858	FBgn0034265,FBgn0034266,FBgn0034267	CG4975,CG4984,Snx16	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0654	0.0563	0.0802	0.0593	0.0382	0.0617	0.0696	0.074	0.0382	0.0906	0.09	0.0906	0.0852	0.0735	0.0587	0.0735	0.0813
chr2R	13616130	13616281	chr2R:13616131-13616281	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0242	0.0194	0.022	0.0319	0.0085	0.0146	0.0298	0.03	0.0085	0.0344	0.0225	0.0344	0.0178	0.1118	0.0174	0.1118	0.0193
chr2R	13620253	13620404	chr2R:13620254-13620404	FBgn0085224	CG34195	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0494	0.0697	0.0419	0.0308	0.0592	0.0614	0.0553	0.0308	0.0743	0.0904	0.0743	0.0604	0.0406	0.0522	0.0406	0.0542
chr2R	13620445	13620820	chr2R:13620446-13620820	FBgn0085224	CG34195	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.1	0.1454	0.1071	0.0551	0.117	0.122	0.1286	0.0551	0.1848	0.1733	0.1848	0.1255	0.1225	0.1219	0.1225	0.1329
chr2R	13620902	13621264	chr2R:13620903-13621264	FBgn0085224	CG34195	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0523	0.0442	0.0647	0.0478	0.018	0.0539	0.0575	0.0526	0.018	0.0936	0.0688	0.0936	0.0604	0.049	0.0593	0.049	0.061
chr2R	13621527	13621678	chr2R:13621528-13621678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0249	0.0315	0.0184	0.0106	0.0286	0.0333	0.03	0.0106	0.0362	0.0379	0.0362	0.0209	0.0199	0.0193	0.0199	0.0255
chr2R	13622179	13622330	chr2R:13622180-13622330	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0379	0.036	0.021	0.017	0.0398	0.0545	0.0446	0.017	0.0326	0.046	0.0326	0.0333	0.0222	0.0213	0.0222	0.025
chr2R	13624661	13624860	chr2R:13624662-13624860	FBgn0034269	CG6406	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0712	0.1037	0.0783	0.0403	0.0864	0.0783	0.1013	0.0403	0.1298	0.1061	0.1298	0.1084	0.0727	0.0812	0.0727	0.098
chr2R	13626823	13627049	chr2R:13626824-13627049	FBgn0034270,FBgn0034271	CG4996,CG6401	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1105	0.0968	0.1358	0.0979	0.053	0.1112	0.1159	0.1339	0.053	0.1546	0.1553	0.1546	0.1448	0.0819	0.1135	0.0819	0.1371
chr2R	13627093	13627293	chr2R:13627094-13627293	FBgn0034270,FBgn0034271	CG4996,CG6401	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1489	0.1246	0.1797	0.1422	0.0827	0.1602	0.1241	0.1726	0.0827	0.2271	0.2032	0.2271	0.1751	0.1355	0.1425	0.1355	0.1954
chr2R	13627325	13627505	chr2R:13627326-13627505	FBgn0034270,FBgn0034271	CG4996,CG6401	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1419	0.1205	0.1695	0.1354	0.0615	0.1471	0.1276	0.1765	0.0615	0.2114	0.19	0.2114	0.1727	0.1371	0.1373	0.1371	0.1767
chr2R	13635050	13635344	chr2R:13635051-13635344	FBgn0003545	sub	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0626	0.0602	0.035	0.0392	0.0665	0.0826	0.074	0.0392	0.0809	0.0666	0.0809	0.0503	0.0429	0.0374	0.0429	0.036
chr2R	13635498	13635659	chr2R:13635499-13635659	FBgn0003545	sub	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1113	0.1138	0.1247	0.0937	0.0753	0.1354	0.1337	0.1432	0.0753	0.1546	0.1421	0.1546	0.1061	0.1126	0.1006	0.1126	0.1094
chr2R	13635846	13636139	chr2R:13635847-13636139	FBgn0003545,FBgn0034274	CG10931,sub	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0468	0.0511	0.05	0.0386	0.0318	0.0607	0.0666	0.0546	0.0318	0.055	0.0556	0.055	0.0558	0.0513	0.0426	0.0513	0.0391
chr2R	13637665	13637933	chr2R:13637666-13637933	FBgn0034275	CG5002	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0558	0.0649	0.0579	0.0432	0.0615	0.0558	0.0956	0.0673	0.0615	0.0574	0.074	0.0574	0.0666	0.0145	0.0928	0.0145	0.0599
chr2R	13638123	13638274	chr2R:13638124-13638274	FBgn0034275	CG5002	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0247	0.0317	0.0263	0.0152	0.0159	0.0345	0.0441	0.0366	0.0159	0.0223	0.0305	0.0223	0.0403	0.0084	0.0226	0.0084	0.0281
chr2R	13638807	13639004	chr2R:13638808-13639004	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0604	0.017	0.0088	0.0445	0.0544	0.0675	0.0973	0.0445	0.0211	0.0238	0.0211	0.0101	0.0107	0.0077	0.0107	0.0104
chr2R	13640896	13641102	chr2R:13640897-13641102	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0741	0.1341	0.0572	0.0255	0.1644	0.1267	0.1773	0.1266	0.1644	0.0562	0.0961	0.0562	0.0279	0.013	0.0658	0.013	0.024
chr2R	13643901	13644052	chr2R:13643902-13644052	FBgn0034276	CG6385	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.019	0.0192	0.0213	0.0162	0.0117	0.017	0.0303	0.0213	0.0117	0.0393	0.017	0.0393	0.0318	0.0107	0.0071	0.0107	0.0401
chr2R	13644698	13644883	chr2R:13644699-13644883	FBgn0022740	HLH54F	stage11,stage14,stage5	none	Unspecified_965	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0603	0.0521	0.0796	0.0485	0.017	0.1199	0.0368	0.0346	0.017	0.2868	0.028	0.2868	0.0279	0.1907	0.0168	0.1907	0.025
chr2R	13647112	13647263	chr2R:13647113-13647263	distal	distal	none	none	HLH54F,HLH54F_HLH54Fd-GAL4	HLH54F_HLH54Fd-GAL4	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0304	0.0414	0.0357	0.0124	0.017	0.0748	0.0407	0.0393	0.017	0.0773	0.0257	0.0773	0.0279	0.0207	0.0116	0.0207	0.0125
chr2R	13647746	13647967	chr2R:13647747-13647967	FBgn0027572	CG5009	stage11,stage5	none	HLH54F	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.066	0.0582	0.0839	0.0551	0.0382	0.0689	0.0679	0.0726	0.0382	0.1147	0.0868	0.1147	0.0883	0.0681	0.0554	0.0681	0.0745
chr2R	13648020	13648210	chr2R:13648021-13648210	FBgn0027572	CG5009	stage11,stage14,stage5	none	HLH54F	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1305	0.099	0.1619	0.1312	0.0594	0.1248	0.1034	0.1339	0.0594	0.2041	0.1768	0.2041	0.1704	0.1309	0.147	0.1309	0.1782
chr2R	13648352	13648536	chr2R:13648353-13648536	FBgn0027572	CG5009	stage11,stage14,stage5	none	HLH54F	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0888	0.0562	0.0999	0.1132	0.0276	0.0762	0.0597	0.0706	0.0276	0.1135	0.1141	0.1135	0.1278	0.1026	0.1464	0.1026	0.1626
chr2R	13648586	13648764	chr2R:13648587-13648764	FBgn0027572	CG5009	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0652	0.0445	0.0749	0.0776	0.0276	0.0592	0.051	0.0486	0.0276	0.0688	0.09	0.0688	0.0999	0.0475	0.1128	0.0475	0.1172
chr2R	13652370	13652521	chr2R:13652371-13652521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0246	0.0269	0.027	0.018	0.0272	0.029	0.0286	0.018	0.0296	0.026	0.0296	0.0426	0.0069	0.0129	0.0069	0.0771
chr2R	13654187	13654368	chr2R:13654188-13654368	FBgn0034277,FBgn0263629	CG6370,mir-3643	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0963	0.0852	0.1184	0.0843	0.0488	0.084	0.1112	0.1146	0.0488	0.1498	0.1277	0.1498	0.1294	0.0911	0.0948	0.0911	0.1136
chr2R	13654445	13654644	chr2R:13654446-13654644	FBgn0034277,FBgn0263629	CG6370,mir-3643	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1592	0.1428	0.1943	0.139	0.1029	0.1573	0.1717	0.1885	0.1029	0.2367	0.2206	0.2367	0.1998	0.1623	0.1534	0.1623	0.1673
chr2R	13654745	13654919	chr2R:13654746-13654919	FBgn0034277,FBgn0034278	CG14488,CG6370	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0608	0.0631	0.0681	0.0501	0.0445	0.0641	0.08	0.0846	0.0445	0.0731	0.082	0.0731	0.0705	0.0444	0.0593	0.0444	0.0683
chr2R	13657493	13657644	chr2R:13657494-13657644	FBgn0034279	CG18635	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0216	0.0249	0.0113	0.0148	0.0248	0.0281	0.024	0.0148	0.0181	0.027	0.0181	0.0496	0.01	0.0103	0.01	0.0198
chr2R	13660491	13660692	chr2R:13660492-13660692	FBgn0028740	CG6362	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0199	0.038	0.0135	0.0068	0.0308	0.0277	0.0446	0.066	0.0308	0.0133	0.0164	0.0133	0.0116	0.0031	0.0103	0.0031	0.0073
chr2R	13668606	13668757	chr2R:13668607-13668757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0217	0.0265	0.0259	0.0118	0.0117	0.0165	0.0523	0.0266	0.0117	0.029	0.0325	0.029	0.0256	0.0092	0.0174	0.0092	0.0141
chr2R	13669120	13669284	chr2R:13669121-13669284	FBgn0028741,FBgn0250851	CG33981,fab1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0669	0.0687	0.0768	0.054	0.0541	0.0641	0.0939	0.0859	0.0541	0.0833	0.0859	0.0833	0.0937	0.0429	0.0529	0.0429	0.0849
chr2R	13669351	13669521	chr2R:13669352-13669521	FBgn0028741,FBgn0250851	CG33981,fab1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1118	0.113	0.1315	0.0888	0.0764	0.1214	0.1423	0.1392	0.0764	0.1546	0.1489	0.1546	0.1433	0.0842	0.087	0.0842	0.1115
chr2R	13669671	13669822	chr2R:13669672-13669822	FBgn0028741,FBgn0250851	CG33981,fab1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0476	0.0458	0.0292	0.0244	0.0461	0.0657	0.062	0.0244	0.0537	0.0572	0.0537	0.0387	0.0337	0.0303	0.0337	0.0318
chr2R	13671910	13672101	chr2R:13671911-13672101	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0388	0.0309	0.0598	0.0246	0.0095	0.033	0.0458	0.0366	0.0095	0.0272	0.1071	0.0272	0.0418	0.0107	0.0651	0.0107	0.0182
chr2R	13672237	13672424	chr2R:13672238-13672424	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.0253	0.0405	0.0226	0.0074	0.0291	0.0381	0.028	0.0074	0.029	0.0669	0.029	0.0318	0.0092	0.0522	0.0092	0.0208
chr2R	13673545	13673704	chr2R:13673546-13673704	FBgn0026309	aft	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0271	0.0136	0.0235	0.0461	0.0042	0.0126	0.0212	0.0173	0.0042	0.0151	0.0238	0.0151	0.0488	0.0582	0.0535	0.0582	0.0693
chr2R	13676561	13676770	chr2R:13676562-13676770	FBgn0026316,FBgn0028744	CG5033,UbcD10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1214	0.1038	0.148	0.1118	0.0414	0.1369	0.0973	0.1706	0.0414	0.1914	0.1592	0.1914	0.1634	0.1371	0.1064	0.1371	0.1402
chr2R	13676825	13677034	chr2R:13676826-13677034	FBgn0026316,FBgn0028744	CG5033,UbcD10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1377	0.122	0.1718	0.1178	0.0817	0.1524	0.1224	0.1746	0.0817	0.1938	0.1955	0.1938	0.1875	0.134	0.1296	0.134	0.1537
chr2R	13677094	13677275	chr2R:13677095-13677275	FBgn0026316,FBgn0028744	CG5033,UbcD10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.1097	0.1572	0.0975	0.0817	0.1417	0.1142	0.1412	0.0817	0.1981	0.1817	0.1981	0.1541	0.1179	0.1025	0.1179	0.124
chr2R	13680110	13680339	chr2R:13680111-13680339	FBgn0028743	CG5036	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0387	0.0257	0.032	0.0607	0.0042	0.0325	0.0329	0.032	0.0042	0.0314	0.0344	0.0314	0.0503	0.0636	0.0303	0.0636	0.073
chr2R	13681753	13681945	chr2R:13681754-13681945	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0197	0.0159	0.0377	0.0064	0.018	0.0298	0.026	0.0064	0.0145	0.019	0.0145	0.0201	0.0391	0.0226	0.0391	0.0438
chr2R	13682536	13682710	chr2R:13682537-13682710	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.022	0.0371	0.0193	0.0081	0.0138	0.0316	0.0411	0.0733	0.0138	0.0121	0.0309	0.0121	0.0132	0.0061	0.0084	0.0061	0.0052
chr2R	13682973	13683124	chr2R:13682974-13683124	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0173	0.0287	0.0135	0.0088	0.018	0.016	0.0402	0.0506	0.018	0.0127	0.0167	0.0127	0.0132	0.01	0.0097	0.01	0.0083
chr2R	13683624	13683844	chr2R:13683625-13683844	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0428	0.0183	0.023	0.0918	0.0085	0.0136	0.0294	0.0247	0.0085	0.0121	0.0244	0.0121	0.0473	0.0781	0.0735	0.0781	0.1553
chr2R	13683957	13684152	chr2R:13683958-13684152	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0388	0.0233	0.0251	0.0712	0.0106	0.0238	0.0363	0.0266	0.0106	0.0145	0.0267	0.0145	0.0542	0.0444	0.038	0.0444	0.1694
chr2R	13688310	13688718	chr2R:13688311-13688718	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1851	0.2117	0.218	0.1193	0.1856	0.1845	0.269	0.2865	0.1856	0.1588	0.3688	0.1588	0.1108	0.1462	0.3011	0.1462	0.0516
chr2R	13689041	13689505	chr2R:13689042-13689505	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.3013	0.4247	0.3212	0.1416	0.4571	0.318	0.5471	0.5836	0.4571	0.2114	0.545	0.2114	0.1418	0.1547	0.3972	0.1547	0.0391
chr2R	13689571	13689722	chr2R:13689572-13689722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1439	0.2066	0.1524	0.0643	0.1951	0.1189	0.301	0.2991	0.1951	0.0405	0.3087	0.0405	0.0627	0.0199	0.2244	0.0199	0.0193
chr2R	13690859	13691010	chr2R:13690860-13691010	distal	distal	stage5	stage5	VT18404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0608	0.1018	0.0588	0.0173	0.0891	0.0481	0.1791	0.1206	0.0891	0.0217	0.1215	0.0217	0.0147	0.0054	0.0567	0.0054	0.0094
chr2R	13691563	13691897	chr2R:13691564-13691897	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT18404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2052	0.3003	0.216	0.0869	0.3054	0.2034	0.4217	0.4017	0.3054	0.0713	0.4347	0.0713	0.086	0.0345	0.2843	0.0345	0.0287
chr2R	13692036	13692354	chr2R:13692037-13692354	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT18404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1529	0.153	0.2047	0.0959	0.1135	0.1335	0.205	0.2132	0.1135	0.0882	0.409	0.0882	0.0728	0.0498	0.3121	0.0498	0.0297
chr2R	13692557	13692713	chr2R:13692558-13692713	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0774	0.0551	0.1199	0.0557	0.0223	0.0524	0.0718	0.0806	0.0223	0.0507	0.2463	0.0507	0.0333	0.0168	0.1999	0.0168	0.0172
chr2R	13694307	13694930	chr2R:13694308-13694930	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.135	0.1599	0.1661	0.073	0.123	0.118	0.1804	0.2931	0.123	0.0604	0.3273	0.0604	0.0821	0.0199	0.2418	0.0199	0.0287
chr2R	13695009	13695160	chr2R:13695010-13695160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0275	0.0346	0.0185	0.018	0.0248	0.0342	0.04	0.018	0.0145	0.0585	0.0145	0.038	0.0069	0.0509	0.0069	0.0083
chr2R	13701059	13701210	chr2R:13701060-13701210	distal	distal	none	none	VT18409.1	VT18409.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0186	0.0313	0.0202	0.0127	0.018	0.0234	0.024	0.0127	0.0217	0.0569	0.0217	0.0155	0.0084	0.0516	0.0084	0.0115
chr2R	13701474	13701676	chr2R:13701475-13701676	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT18409.1,VT18410.1	VT18409.1,VT18410.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1017	0.1093	0.1253	0.0674	0.0817	0.0816	0.1553	0.1479	0.0817	0.0827	0.2177	0.0827	0.0844	0.0521	0.1818	0.0521	0.038
chr2R	13702500	13702653	chr2R:13702501-13702653	distal	distal	stage14	stage14	VT18410.1	VT18410.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0288	0.0284	0.033	0.0245	0.0191	0.0218	0.0493	0.028	0.0191	0.0211	0.0592	0.0211	0.0163	0.0084	0.0748	0.0084	0.0141
chr2R	13709966	13710156	chr2R:13709967-13710156	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.2804	0.3015	0.3352	0.1969	0.2301	0.3272	0.3413	0.3917	0.2301	0.4342	0.3643	0.4342	0.3191	0.2473	0.2502	0.2473	0.2637
chr2R	13710891	13711134	chr2R:13710892-13711134	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2003	0.2357	0.2527	0.1035	0.2206	0.2267	0.2941	0.2965	0.2206	0.2681	0.3428	0.2681	0.1929	0.1194	0.2166	0.1194	0.0808
chr2R	13711374	13711587	chr2R:13711375-13711587	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1493	0.2084	0.1668	0.0642	0.1697	0.1874	0.2794	0.2705	0.1697	0.1721	0.2428	0.1721	0.0999	0.0613	0.1496	0.0613	0.0401
chr2R	13713223	13713374	chr2R:13713224-13713374	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0292	0.0361	0.0277	0.023	0.0276	0.0218	0.061	0.0373	0.0276	0.0175	0.0514	0.0175	0.0085	0.0046	0.0858	0.0046	0.0057
chr2R	13716600	13716751	chr2R:13716601-13716751	distal	distal	stage5	stage5	VT18418.1,grh_grh-15	VT18418.1,grh_grh-15	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0251	0.0324	0.0288	0.0128	0.0297	0.0233	0.0549	0.032	0.0297	0.0278	0.0392	0.0278	0.0155	0.0084	0.0271	0.0084	0.0068
chr2R	13717877	13718110	chr2R:13717878-13718110	distal	distal	stage5	stage5	grh_grh-15	grh_grh-15	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0382	0.0682	0.0355	0.0075	0.0668	0.0374	0.0939	0.1079	0.0668	0.0356	0.0505	0.0356	0.0186	0.0023	0.0123	0.0023	0.0036
chr2R	13718599	13718750	chr2R:13718600-13718750	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.032	0.0288	0.0124	0.0265	0.0218	0.0519	0.032	0.0265	0.0308	0.045	0.0308	0.0178	0.0115	0.0251	0.0115	0.0099
chr2R	13723324	13723507	chr2R:13723325-13723507	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0335	0.0393	0.012	0.0223	0.0277	0.0497	0.0393	0.0223	0.0525	0.0508	0.0525	0.0387	0.0107	0.0206	0.0107	0.013
chr2R	13728283	13728434	chr2R:13728284-13728434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0332	0.0249	0.0084	0.0286	0.0189	0.0567	0.04	0.0286	0.0211	0.0383	0.0211	0.0093	0.0023	0.0219	0.0023	0.0073
chr2R	13730443	13730594	chr2R:13730444-13730594	FBgn0041585	olf186-F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0429	0.0415	0.0299	0.0339	0.0369	0.0571	0.0566	0.0339	0.038	0.0534	0.038	0.0442	0.0391	0.0342	0.0391	0.0386
chr2R	13730672	13731002	chr2R:13730673-13731002	FBgn0041585	olf186-F	stage11,stage14,stage5	none	VT18427.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1026	0.1112	0.109	0.0859	0.087	0.0947	0.151	0.1446	0.087	0.099	0.1428	0.099	0.1139	0.144	0.136	0.144	0.0724
chr2R	13733997	13734183	chr2R:13733998-13734183	FBgn0015522	olf186-M	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0361	0.0132	0.0255	0.0732	0.0074	0.0165	0.016	0.0147	0.0074	0.0097	0.0312	0.0097	0.062	0.0283	0.0812	0.0283	0.174
chr2R	13736525	13736818	chr2R:13736526-13736818	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.047	0.0479	0.0505	0.0422	0.0233	0.0524	0.0666	0.0506	0.0233	0.0761	0.045	0.0761	0.0751	0.0237	0.029	0.0237	0.0974
chr2R	13736931	13737092	chr2R:13736932-13737092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0422	0.0573	0.0459	0.0213	0.0403	0.0646	0.0683	0.0726	0.0403	0.0634	0.0486	0.0634	0.0565	0.0184	0.02	0.0184	0.0354
chr2R	13737207	13737359	chr2R:13737208-13737359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0427	0.0702	0.0381	0.017	0.0541	0.0675	0.0939	0.0853	0.0541	0.0435	0.0466	0.0435	0.0395	0.0107	0.0226	0.0107	0.0271
chr2R	13737563	13737716	chr2R:13737564-13737716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0398	0.0542	0.0392	0.0242	0.0414	0.0568	0.0722	0.0593	0.0414	0.0284	0.0418	0.0284	0.0581	0.0153	0.0226	0.0153	0.0391
chr2R	13737756	13738091	chr2R:13737757-13738091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0713	0.0879	0.0678	0.0567	0.0626	0.0913	0.1133	0.1066	0.0626	0.0676	0.0695	0.0676	0.0837	0.0429	0.0471	0.0429	0.062
chr2R	13738271	13738465	chr2R:13738272-13738465	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1422	0.1742	0.1239	0.1029	0.168	0.1557	0.1879	0.1029	0.2198	0.2039	0.2198	0.1448	0.134	0.1547	0.134	0.1339
chr2R	13738570	13739205	chr2R:13738571-13739205	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1898	0.1702	0.2298	0.1677	0.0965	0.199	0.1968	0.2292	0.0965	0.2886	0.2897	0.2886	0.1774	0.1646	0.283	0.1646	0.1928
chr2R	13739821	13740093	chr2R:13739822-13740093	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0793	0.0421	0.022	0.0435	0.0709	0.112	0.1039	0.0435	0.0278	0.0582	0.0278	0.0411	0.0115	0.0464	0.0115	0.0188
chr2R	13742608	13742759	chr2R:13742609-13742759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0269	0.0294	0.022	0.0294	0.0201	0.0262	0.0463	0.0266	0.0201	0.0163	0.0315	0.0163	0.0263	0.0107	0.0683	0.0107	0.0287
chr2R	13744790	13744980	chr2R:13744791-13744980	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0229	0.0334	0.0358	0.0042	0.0257	0.0316	0.0306	0.0042	0.0302	0.0392	0.0302	0.0534	0.0214	0.0458	0.0214	0.0693
chr2R	13753398	13753591	chr2R:13753399-13753591	FBgn0003701	thr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1621	0.1928	0.1753	0.1135	0.1453	0.2053	0.2262	0.2532	0.1453	0.218	0.1929	0.218	0.1751	0.1194	0.1154	0.1194	0.1292
chr2R	13756414	13756594	chr2R:13756415-13756594	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1926	0.1858	0.2198	0.1704	0.1241	0.2189	0.2106	0.2338	0.1241	0.2711	0.2373	0.2711	0.2184	0.157	0.1947	0.157	0.2011
chr2R	13756746	13756935	chr2R:13756747-13756935	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2823	0.2667	0.3178	0.261	0.2057	0.3039	0.2954	0.3484	0.2057	0.3678	0.3537	0.3678	0.3052	0.2672	0.2792	0.2672	0.2996
chr2R	13757057	13757208	chr2R:13757058-13757208	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1379	0.1373	0.1538	0.1212	0.0859	0.1563	0.1605	0.1859	0.0859	0.1679	0.174	0.1679	0.1658	0.0865	0.1373	0.0865	0.1793
chr2R	13757722	13757914	chr2R:13757723-13757914	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0935	0.1061	0.09	0.0833	0.088	0.1005	0.144	0.1246	0.088	0.0972	0.0987	0.0972	0.1154	0.0681	0.0819	0.0681	0.112
chr2R	13757935	13758426	chr2R:13757936-13758426	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2335	0.2729	0.2552	0.1657	0.2534	0.2864	0.3222	0.3364	0.2534	0.3176	0.2913	0.3176	0.2556	0.1531	0.1908	0.1531	0.2236
chr2R	13758469	13758672	chr2R:13758470-13758672	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1669	0.1795	0.1992	0.1173	0.1389	0.215	0.1912	0.2425	0.1389	0.2458	0.2228	0.2458	0.1905	0.121	0.1309	0.121	0.1496
chr2R	13758767	13758918	chr2R:13758768-13758918	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0966	0.0916	0.124	0.0723	0.053	0.1165	0.1068	0.1119	0.053	0.1407	0.137	0.1407	0.1425	0.0881	0.0838	0.0881	0.0834
chr2R	13758941	13759126	chr2R:13758942-13759126	FBgn0034282	Mapmodulin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1474	0.1267	0.1896	0.1241	0.07	0.1607	0.1384	0.1699	0.07	0.2482	0.1968	0.2482	0.1867	0.121	0.127	0.121	0.1381
chr2R	13759421	13759659	chr2R:13759422-13759659	FBgn0034282	Mapmodulin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1968	0.1907	0.227	0.1704	0.14	0.2175	0.2318	0.2285	0.14	0.2723	0.2582	0.2723	0.22	0.1608	0.187	0.1608	0.1959
chr2R	13761335	13761486	chr2R:13761336-13761486	FBgn0011589	elk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.011	0.0129	0.0306	0.0042	0.0117	0.0164	0.012	0.0042	0.0139	0.0129	0.0139	0.0116	0.0115	0.011	0.0115	0.0182
chr2R	13780317	13780498	chr2R:13780318-13780498	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0464	0.0977	0.0268	0.0104	0.0976	0.0515	0.1583	0.1286	0.0976	0.0199	0.0437	0.0199	0.0132	0.0061	0.0135	0.0061	0.0083
chr2R	13780618	13780806	chr2R:13780619-13780806	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0684	0.1463	0.0401	0.0124	0.158	0.0786	0.2284	0.1919	0.158	0.0278	0.0659	0.0278	0.0209	0.0061	0.0187	0.0061	0.0089
chr2R	13781172	13781359	chr2R:13781173-13781359	FBgn0034283	CG14492	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0191	0.036	0.0148	0.0049	0.0191	0.0257	0.064	0.038	0.0191	0.0157	0.0219	0.0157	0.0077	0.0046	0.0052	0.0046	0.0047
chr2R	13784226	13784377	chr2R:13784227-13784377	distal	distal	stage5	stage5	VT18451.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.021	0.0354	0.017	0.0093	0.0159	0.0461	0.0502	0.0333	0.0159	0.026	0.0141	0.026	0.0194	0.0054	0.0052	0.0054	0.0068
chr2R	13814540	13814705	chr2R:13814541-13814705	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT18467.1	VT18467.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0249	0.012	0.017	0.048	0.0042	0.0131	0.0169	0.012	0.0042	0.0175	0.0164	0.0175	0.0271	0.0482	0.0297	0.0482	0.0563
chr2R	13814750	13814931	chr2R:13814751-13814931	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT18467.1	VT18467.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0093	0.0135	0.0542	0.0021	0.0112	0.0164	0.0053	0.0021	0.0109	0.0109	0.0109	0.0232	0.0482	0.029	0.0482	0.0552
chr2R	13885975	13886126	chr2R:13885976-13886126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0089	0.008	0.0109	0.0078	0.0053	0.0058	0.013	0.0087	0.0053	0.0254	0.0061	0.0254	0.0077	0.0015	0.0019	0.0015	0.0026
chr2R	13887685	13887836	chr2R:13887686-13887836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0067	0.0067	0.0112	0.0018	0.0042	0.0092	0.0095	0.006	0.0042	0.035	0.0048	0.035	0.007	8e-04	0.0032	8e-04	5e-04
chr2R	13893017	13893230	chr2R:13893018-13893230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0202	0.0123	0.0221	0.0269	0.0106	0.017	0.0164	0.0087	0.0106	0.0447	0.0183	0.0447	0.0225	0.0873	0.0116	0.0873	0.0151
chr2R	13895367	13895518	chr2R:13895368-13895518	FBgn0034286	dpr13	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0074	0.0096	0.0224	0.0042	0.0078	0.0117	0.0053	0.0042	0.0163	0.0084	0.0163	0.007	0.0123	0.0077	0.0123	0.0042
chr2R	13896107	13896258	chr2R:13896108-13896258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0103	0.0109	0.0159	0.0064	0.0107	0.0151	0.01	0.0064	0.0151	0.01	0.0151	0.0116	0.0038	0.0039	0.0038	0.0089
chr2R	13904366	13904517	chr2R:13904367-13904517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0132	0.0203	0.014	0.0043	0.0074	0.0233	0.0247	0.0286	0.0074	0.0314	0.0119	0.0314	0.0039	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr2R	13904592	13904743	chr2R:13904593-13904743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0132	0.0155	0.0184	0.005	0.0032	0.0199	0.0234	0.0127	0.0032	0.0429	0.0151	0.0429	0.0124	0.0046	0.0084	0.0046	0.0036
chr2R	13935406	13935585	chr2R:13935407-13935585	FBgn0034292,FBgn0054005	CG34005,CG5767	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0407	0.0508	0.044	0.0256	0.0255	0.0485	0.0627	0.0759	0.0255	0.0489	0.0479	0.0489	0.0658	0.0306	0.0258	0.0306	0.0427
chr2R	13949534	13949721	chr2R:13949535-13949721	FBgn0085415	CG34386	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0243	0.0358	0.0256	0.0127	0.0243	0.0359	0.024	0.0127	0.0405	0.0376	0.0405	0.0627	0.0237	0.0187	0.0237	0.0563
chr2R	13981637	13982051	chr2R:13981638-13982051	FBgn0034299,FBgn0034300	CG5098,CG5757	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.089	0.0857	0.049	0.0435	0.0937	0.125	0.1073	0.0435	0.0966	0.09	0.0966	0.0906	0.0567	0.0529	0.0567	0.0542
chr2R	13982097	13982307	chr2R:13982098-13982307	FBgn0034299,FBgn0034300	CG5098,CG5757	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1125	0.1094	0.1378	0.0883	0.0657	0.1218	0.1298	0.1426	0.0657	0.154	0.1518	0.154	0.1495	0.0758	0.1025	0.0758	0.1073
chr2R	13982348	13982526	chr2R:13982349-13982526	FBgn0034299,FBgn0034300	CG5098,CG5757	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1449	0.1474	0.1688	0.1159	0.0997	0.1709	0.1808	0.1706	0.0997	0.215	0.1788	0.215	0.1758	0.1141	0.118	0.1141	0.1209
chr2R	13982650	13982983	chr2R:13982651-13982983	FBgn0034299,FBgn0034300	CG5098,CG5757	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1676	0.1735	0.1912	0.1351	0.1304	0.1942	0.2137	0.2079	0.1304	0.2494	0.1926	0.2494	0.1882	0.1531	0.1135	0.1531	0.1261
chr2R	13988679	13988867	chr2R:13988680-13988867	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0341	0.0232	0.0134	0.0212	0.0316	0.0497	0.0446	0.0212	0.0302	0.0232	0.0302	0.0271	0.0145	0.0142	0.0145	0.0203
chr2R	13991146	13991339	chr2R:13991147-13991339	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.024	0.0336	0.0264	0.0107	0.0106	0.0505	0.0389	0.0326	0.0106	0.0344	0.0267	0.0344	0.0364	0.013	0.0161	0.013	0.0094
chr2R	13995973	13996186	chr2R:13995974-13996186	FBgn0034301	CG5756	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0201	0.0249	0.0231	0.0064	0.0189	0.0346	0.022	0.0064	0.0157	0.0434	0.0157	0.0124	0.0061	0.0767	0.0061	0.0099
chr2R	14003752	14003903	chr2R:14003753-14003903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0161	0.0166	0.0142	0.0177	0.0085	0.0233	0.0216	0.0153	0.0085	0.0163	0.0161	0.0163	0.0194	0.0191	0.029	0.0191	0.0234
chr2R	14004100	14004408	chr2R:14004101-14004408	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0298	0.0335	0.0383	0.017	0.0383	0.0368	0.0313	0.017	0.0477	0.0341	0.0477	0.0395	0.023	0.0593	0.023	0.0636
chr2R	14005128	14005279	chr2R:14005129-14005279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0149	0.0229	0.0128	0.0081	0.0127	0.0218	0.0355	0.0266	0.0127	0.0139	0.0129	0.0139	0.0077	0.0077	0.0116	0.0077	0.0083
chr2R	14005552	14005796	chr2R:14005553-14005796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0414	0.0226	0.012	0.0244	0.0345	0.0653	0.05	0.0244	0.0217	0.0244	0.0217	0.0248	0.0069	0.0155	0.0069	0.0146
chr2R	14011335	14011488	chr2R:14011336-14011488	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0293	0.0588	0.0181	0.0085	0.0509	0.0466	0.0921	0.0573	0.0509	0.0163	0.0161	0.0163	0.017	0.0077	0.0084	0.0077	0.0073
chr2R	14012538	14012744	chr2R:14012539-14012744	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0478	0.0764	0.0395	0.0251	0.0615	0.0655	0.1029	0.1026	0.0615	0.0405	0.0412	0.0405	0.0387	0.0299	0.0258	0.0299	0.0245
chr2R	14012778	14013110	chr2R:14012779-14013110	FBgn0003520	stau	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.098	0.1127	0.1043	0.0746	0.0785	0.1252	0.1311	0.1492	0.0785	0.1129	0.1129	0.1129	0.1015	0.075	0.0838	0.075	0.0797
chr2R	14013230	14013403	chr2R:14013231-14013403	FBgn0003520,FBgn0028983	Spn6,stau	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.176	0.1532	0.2136	0.1604	0.1018	0.183	0.1665	0.2039	0.1018	0.2663	0.2264	0.2663	0.2076	0.1669	0.1709	0.1669	0.1845
chr2R	14013483	14013652	chr2R:14013484-14013652	FBgn0003520,FBgn0028983	Spn6,stau	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1193	0.1019	0.1439	0.1118	0.0604	0.1228	0.1185	0.1332	0.0604	0.1775	0.1614	0.1775	0.1387	0.1263	0.1231	0.1263	0.1318
chr2R	14013755	14013947	chr2R:14013756-14013947	FBgn0003520,FBgn0028983	Spn6,stau	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0814	0.084	0.0852	0.0745	0.0573	0.0883	0.1107	0.1039	0.0573	0.0966	0.0904	0.0966	0.1069	0.0827	0.0696	0.0827	0.1131
chr2R	14015384	14015535	chr2R:14015385-14015535	FBgn0040465	Dip3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0373	0.0366	0.0434	0.0313	0.0127	0.0403	0.051	0.0453	0.0127	0.0465	0.0505	0.0465	0.0488	0.0352	0.0258	0.0352	0.05
chr2R	14015849	14016051	chr2R:14015850-14016051	FBgn0040465	Dip3	stage11,stage14,stage5	none	VT18573.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1511	0.141	0.1674	0.1447	0.122	0.1612	0.1492	0.1932	0.122	0.1842	0.1881	0.1842	0.1464	0.147	0.118	0.147	0.1688
chr2R	14016211	14016407	chr2R:14016212-14016407	FBgn0040465	Dip3	stage11,stage14	none	VT18573.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0739	0.0589	0.0952	0.0673	0.035	0.0757	0.0619	0.0779	0.035	0.0966	0.0916	0.0966	0.0465	0.0368	0.0374	0.0368	0.0307
chr2R	14016551	14016724	chr2R:14016552-14016724	distal	distal	none	none	VT18573.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.034	0.0544	0.0336	0.018	0.0325	0.045	0.046	0.018	0.0435	0.0559	0.0435	0.0318	0.0153	0.0148	0.0153	0.0198
chr2R	14021135	14021363	chr2R:14021136-14021363	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0937	0.0977	0.103	0.0791	0.0615	0.1039	0.1233	0.1292	0.0615	0.0936	0.1238	0.0936	0.1418	0.072	0.107	0.072	0.1146
chr2R	14021626	14021809	chr2R:14021627-14021809	FBgn0001222	Hsf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1459	0.1514	0.1603	0.1238	0.1082	0.1723	0.1734	0.1972	0.1082	0.1721	0.1875	0.1721	0.1658	0.1455	0.1573	0.1455	0.1433
chr2R	14022063	14022245	chr2R:14022064-14022245	FBgn0001222	Hsf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1843	0.1811	0.209	0.1608	0.1421	0.1971	0.2197	0.2232	0.1421	0.247	0.2293	0.247	0.2029	0.1753	0.1779	0.1753	0.1928
chr2R	14022633	14022814	chr2R:14022634-14022814	FBgn0001222,FBgn0003044	Hsf,Pcl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0937	0.0895	0.1047	0.0863	0.0626	0.0922	0.1077	0.1239	0.0626	0.1165	0.1193	0.1165	0.0968	0.0988	0.1038	0.0988	0.0896
chr2R	14022857	14023062	chr2R:14022858-14023062	FBgn0003044	Pcl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1432	0.172	0.1255	0.105	0.1447	0.1812	0.1832	0.105	0.2047	0.1939	0.2047	0.1588	0.1348	0.138	0.1348	0.149
chr2R	14023091	14023278	chr2R:14023092-14023278	FBgn0003044	Pcl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1431	0.1335	0.1661	0.1285	0.0933	0.1437	0.1613	0.1699	0.0933	0.1896	0.191	0.1896	0.1789	0.1432	0.1412	0.1432	0.1772
chr2R	14027520	14027671	chr2R:14027521-14027671	FBgn0261619	pAbp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0599	0.0718	0.068	0.0376	0.0456	0.0655	0.0986	0.0913	0.0456	0.0803	0.0727	0.0803	0.0782	0.0352	0.0451	0.0352	0.0495
chr2R	14027721	14027889	chr2R:14027722-14027889	FBgn0261619	pAbp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0815	0.0916	0.0923	0.0583	0.0636	0.0981	0.1163	0.1093	0.0636	0.1111	0.1064	0.1111	0.0891	0.0536	0.0542	0.0536	0.0902
chr2R	14028145	14028364	chr2R:14028146-14028364	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2123	0.2029	0.2456	0.1863	0.1665	0.2267	0.2262	0.2705	0.1665	0.3158	0.2617	0.3158	0.2231	0.2167	0.2005	0.2167	0.2157
chr2R	14028714	14028904	chr2R:14028715-14028904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2219	0.21	0.2613	0.1919	0.1718	0.2534	0.2401	0.2492	0.1718	0.3333	0.2814	0.3333	0.2517	0.1983	0.205	0.1983	0.235
chr2R	14028981	14029195	chr2R:14028982-14029195	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1488	0.1439	0.1799	0.12	0.1039	0.1816	0.1734	0.1586	0.1039	0.2283	0.2016	0.2283	0.1766	0.1363	0.1322	0.1363	0.1558
chr2R	14029288	14029480	chr2R:14029289-14029480	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1632	0.1291	0.2075	0.1526	0.0689	0.185	0.1406	0.1466	0.0689	0.2476	0.2296	0.2476	0.2603	0.1493	0.1973	0.1493	0.2183
chr2R	14029686	14029837	chr2R:14029687-14029837	FBgn0083054	snoRNA:Psi18S-1347a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.059	0.0643	0.0609	0.0508	0.0403	0.0898	0.0683	0.068	0.0403	0.0652	0.0643	0.0652	0.0837	0.0429	0.0645	0.0429	0.0693
chr2R	14034705	14035118	chr2R:14034706-14035118	FBgn0062440	CG17680	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1029	0.1071	0.1189	0.0806	0.0764	0.1364	0.1185	0.1319	0.0764	0.1552	0.1328	0.1552	0.1247	0.0773	0.087	0.0773	0.1152
chr2R	14035158	14035343	chr2R:14035159-14035343	FBgn0062440	CG17680	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0883	0.0758	0.1137	0.0745	0.0456	0.0981	0.0843	0.0973	0.0456	0.1407	0.126	0.1407	0.1239	0.0789	0.0774	0.0789	0.0964
chr2R	14035420	14035598	chr2R:14035421-14035598	FBgn0062440	CG17680	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1492	0.134	0.1845	0.1276	0.088	0.168	0.1518	0.1672	0.088	0.2349	0.2113	0.2349	0.1704	0.1508	0.1373	0.1508	0.1537
chr2R	14035683	14035933	chr2R:14035684-14035933	FBgn0062440	CG17680	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.09	0.1014	0.0642	0.0477	0.1039	0.109	0.1153	0.0477	0.1274	0.1061	0.1274	0.1077	0.0666	0.069	0.0666	0.0756
chr2R	14038851	14039021	chr2R:14038852-14039021	FBgn0000057,FBgn0034304	CG5742,adp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1423	0.112	0.1727	0.1429	0.0732	0.1282	0.1228	0.1626	0.0732	0.1769	0.2093	0.1769	0.189	0.1394	0.1586	0.1394	0.1813
chr2R	14039138	14039315	chr2R:14039139-14039315	FBgn0000057,FBgn0034304	CG5742,adp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.126	0.0862	0.1528	0.1409	0.035	0.1112	0.0869	0.1326	0.035	0.1117	0.2026	0.1117	0.196	0.1126	0.1721	0.1126	0.1839
chr2R	14043026	14043204	chr2R:14043027-14043204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0587	0.1006	0.048	0.0235	0.0764	0.0699	0.1522	0.1299	0.0764	0.0332	0.0752	0.0332	0.0302	0.013	0.0606	0.013	0.0151
chr2R	14043875	14044051	chr2R:14043876-14044051	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0771	0.1235	0.0646	0.039	0.0923	0.1495	0.1535	0.1319	0.0923	0.09	0.0643	0.09	0.0651	0.0459	0.0387	0.0459	0.0443
chr2R	14044259	14044503	chr2R:14044260-14044503	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1715	0.1719	0.1787	0.1633	0.1251	0.2243	0.1881	0.2059	0.1251	0.2651	0.1752	0.2651	0.1967	0.1654	0.1896	0.1654	0.2319
chr2R	14044526	14044746	chr2R:14044527-14044746	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2016	0.1992	0.2315	0.1714	0.1368	0.2388	0.2206	0.2705	0.1368	0.2717	0.2749	0.2717	0.2223	0.1394	0.245	0.1394	0.2199
chr2R	14044755	14044997	chr2R:14044756-14044997	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1753	0.1684	0.2096	0.1454	0.1103	0.2015	0.1782	0.2425	0.1103	0.2047	0.281	0.2047	0.1696	0.0988	0.2508	0.0988	0.1668
chr2R	14045166	14045344	chr2R:14045167-14045344	FBgn0022238,FBgn0034307	CG10914,lolal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1507	0.1307	0.1808	0.1398	0.087	0.1646	0.1497	0.1579	0.087	0.2228	0.2039	0.2228	0.1743	0.1417	0.1825	0.1417	0.1709
chr2R	14045368	14045574	chr2R:14045369-14045574	FBgn0022238,FBgn0034307	CG10914,lolal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1729	0.1611	0.207	0.1487	0.105	0.1976	0.1873	0.1952	0.105	0.2518	0.2354	0.2518	0.1867	0.1593	0.1631	0.1593	0.1699
chr2R	14045667	14045835	chr2R:14045668-14045835	FBgn0022238,FBgn0034307	CG10914,lolal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1544	0.1408	0.1916	0.1288	0.0944	0.167	0.1613	0.1819	0.0944	0.2198	0.2174	0.2198	0.1828	0.1417	0.1393	0.1417	0.1397
chr2R	14047837	14048011	chr2R:14047838-14048011	FBgn0034308	CG10915	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1845	0.1634	0.2258	0.1629	0.1135	0.2015	0.176	0.2179	0.1135	0.2609	0.2479	0.2609	0.2192	0.1692	0.1702	0.1692	0.1897
chr2R	14048121	14048285	chr2R:14048122-14048285	FBgn0034308	CG10915	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.176	0.1486	0.2225	0.1557	0.0891	0.1917	0.1587	0.2012	0.0891	0.2687	0.2376	0.2687	0.2184	0.16	0.1715	0.16	0.1866
chr2R	14054123	14054274	chr2R:14054124-14054274	FBgn0034310,FBgn0260392,FBgn0260401	CG42518,MED9,Nup75	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0486	0.0558	0.032	0.0212	0.049	0.0662	0.0633	0.0212	0.0628	0.0617	0.0628	0.0581	0.0329	0.0284	0.0329	0.0396
chr2R	14054311	14054499	chr2R:14054312-14054499	FBgn0034310,FBgn0260392,FBgn0260401	CG42518,MED9,Nup75	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0774	0.079	0.0953	0.0558	0.0456	0.0898	0.0986	0.0979	0.0456	0.1129	0.0984	0.1129	0.1108	0.0513	0.0638	0.0513	0.0688
chr2R	14054600	14054788	chr2R:14054601-14054788	FBgn0034310,FBgn0260392,FBgn0260401	CG42518,MED9,Nup75	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1677	0.1739	0.1897	0.1366	0.1432	0.1883	0.2098	0.2125	0.1432	0.224	0.2116	0.224	0.1929	0.1317	0.1451	0.1317	0.1662
chr2R	14054911	14055068	chr2R:14054912-14055068	FBgn0034310,FBgn0260392,FBgn0260401	CG42518,MED9,Nup75	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0664	0.082	0.055	0.0445	0.0728	0.0865	0.0753	0.0445	0.0857	0.0984	0.0857	0.0868	0.0574	0.0542	0.0574	0.0714
chr2R	14058773	14058924	chr2R:14058774-14058924	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0419	0.0364	0.0231	0.0255	0.0364	0.0636	0.048	0.0255	0.0393	0.0415	0.0393	0.0426	0.023	0.0206	0.023	0.0344
chr2R	14058966	14059194	chr2R:14058967-14059194	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0503	0.0641	0.0475	0.038	0.0477	0.0709	0.0796	0.0773	0.0477	0.0525	0.0566	0.0525	0.0565	0.0498	0.0329	0.0498	0.0573
chr2R	14059367	14059521	chr2R:14059368-14059521	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0486	0.0537	0.0489	0.0329	0.0549	0.061	0.0593	0.0329	0.061	0.0624	0.061	0.0558	0.0636	0.0387	0.0636	0.0672
chr2R	14059556	14059806	chr2R:14059557-14059806	FBgn0027836	Dgp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0985	0.0836	0.1135	0.0986	0.053	0.0981	0.0995	0.1086	0.053	0.1335	0.1254	0.1335	0.1201	0.1409	0.0819	0.1409	0.1282
chr2R	14059941	14060179	chr2R:14059942-14060179	FBgn0027836	Dgp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1125	0.084	0.139	0.1153	0.0488	0.099	0.0965	0.1086	0.0488	0.1624	0.1572	0.1624	0.1379	0.1126	0.1322	0.1126	0.1402
chr2R	14060402	14060566	chr2R:14060403-14060566	FBgn0027836	Dgp-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0349	0.0207	0.0362	0.0494	0.0085	0.0257	0.026	0.0247	0.0085	0.029	0.0441	0.029	0.0534	0.0398	0.0593	0.0398	0.0641
chr2R	14060800	14061014	chr2R:14060801-14061014	FBgn0034312	CG10916	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0538	0.0512	0.0631	0.0467	0.018	0.0602	0.0727	0.0573	0.018	0.0562	0.0759	0.0562	0.072	0.0352	0.0567	0.0352	0.0672
chr2R	14061095	14061313	chr2R:14061096-14061313	FBgn0034312	CG10916	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0661	0.0618	0.0749	0.0613	0.0318	0.0675	0.0817	0.0786	0.0318	0.0707	0.0878	0.0707	0.086	0.0482	0.0625	0.0482	0.0886
chr2R	14067340	14067538	chr2R:14067341-14067538	FBgn0034313,FBgn0034314	CG5726,nopo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.085	0.0702	0.0951	0.0907	0.0403	0.0908	0.0644	0.1039	0.0403	0.0713	0.1257	0.0713	0.1278	0.0804	0.1302	0.0804	0.1261
chr2R	14067640	14067826	chr2R:14067641-14067826	FBgn0034313,FBgn0034314	CG5726,nopo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.112	0.0734	0.1259	0.14	0.0445	0.1063	0.0588	0.1113	0.0445	0.1087	0.1543	0.1087	0.1782	0.1547	0.167	0.1547	0.1803
chr2R	14068010	14068191	chr2R:14068011-14068191	FBgn0034313,FBgn0034314	CG5726,nopo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1073	0.0894	0.1346	0.0975	0.0509	0.1194	0.0779	0.1399	0.0509	0.1383	0.1656	0.1383	0.1448	0.111	0.1044	0.111	0.1219
chr2R	14068349	14068500	chr2R:14068350-14068500	FBgn0034314	nopo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0393	0.0389	0.0528	0.0251	0.018	0.0413	0.0458	0.058	0.018	0.0598	0.0637	0.0598	0.0519	0.0245	0.0271	0.0245	0.0344
chr2R	14071564	14071729	chr2R:14071565-14071729	FBgn0034315	CG5721	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1588	0.1362	0.1962	0.143	0.0764	0.1626	0.151	0.1852	0.0764	0.2271	0.2199	0.2271	0.2169	0.1593	0.1438	0.1593	0.1793
chr2R	14071872	14072023	chr2R:14071873-14072023	FBgn0034315	CG5721	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.0475	0.0704	0.0461	0.0223	0.0578	0.0554	0.0613	0.0223	0.0713	0.0801	0.0713	0.0875	0.0475	0.0535	0.0475	0.0599
chr2R	14080742	14080931	chr2R:14080743-14080931	FBgn0053958	CG33958	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0647	0.0618	0.0462	0.0255	0.0612	0.0952	0.0839	0.0255	0.0694	0.0711	0.0694	0.0519	0.0574	0.0554	0.0574	0.036
chr2R	14081486	14081637	chr2R:14081487-14081637	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0158	0.0266	0.0217	0.0064	0.0214	0.0195	0.0167	0.0064	0.0242	0.0428	0.0242	0.0201	0.026	0.0593	0.026	0.0078
chr2R	14081732	14081986	chr2R:14081733-14081986	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.026	0.0181	0.0334	0.0269	0.0106	0.0189	0.026	0.0193	0.0106	0.0193	0.0582	0.0193	0.0232	0.0237	0.0722	0.0237	0.0151
chr2R	14082097	14082248	chr2R:14082098-14082248	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0211	0.0181	0.0256	0.0195	0.0053	0.0165	0.0272	0.0247	0.0053	0.0254	0.0379	0.0254	0.0201	0.026	0.0426	0.026	0.0104
chr2R	14084133	14084284	chr2R:14084134-14084284	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0221	0.0102	0.0218	0.0358	0.0032	0.0107	0.0164	0.0107	0.0032	0.0266	0.028	0.0266	0.0194	0.1049	0.0322	0.1049	0.0146
chr2R	14085976	14086127	chr2R:14085977-14086127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.0126	0.0168	0.0157	0.0085	0.0126	0.0195	0.012	0.0085	0.0079	0.0293	0.0079	0.0132	0.0084	0.0438	0.0084	0.0089
chr2R	14087019	14087170	chr2R:14087020-14087170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.0152	0.0305	0.0117	0.0074	0.018	0.0169	0.0213	0.0074	0.0139	0.0537	0.0139	0.0209	0.0123	0.0232	0.0123	0.0099
chr2R	14087558	14087709	chr2R:14087559-14087709	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0227	0.0259	0.0077	0.018	0.0209	0.0324	0.028	0.018	0.0151	0.0453	0.0151	0.0201	0.0046	0.0206	0.0046	0.0042
chr2R	14088539	14088702	chr2R:14088540-14088702	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0383	0.0311	0.0072	0.0244	0.0335	0.0523	0.056	0.0244	0.0211	0.0508	0.0211	0.0225	0.0077	0.0161	0.0077	0.0036
chr2R	14090229	14090455	chr2R:14090230-14090455	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0465	0.0546	0.0089	0.0201	0.0646	0.0428	0.0693	0.0201	0.0272	0.0695	0.0272	0.1015	0.0061	0.0129	0.0061	0.0036
chr2R	14096909	14097105	chr2R:14096910-14097105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0484	0.0533	0.0778	0.0107	0.017	0.0791	0.042	0.0906	0.017	0.067	0.1254	0.067	0.0627	0.0084	0.0206	0.0084	0.0115
chr2R	14098219	14098555	chr2R:14098220-14098555	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG30114_1426	CG30114_1426	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1199	0.1431	0.1778	0.0305	0.1039	0.1539	0.1375	0.2492	0.1039	0.0761	0.3174	0.0761	0.158	0.0115	0.089	0.0115	0.0177
chr2R	14098568	14098906	chr2R:14098569-14098906	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG30114_1426	CG30114_1426	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1433	0.1781	0.206	0.0355	0.1485	0.183	0.1765	0.2905	0.1485	0.0749	0.3691	0.0749	0.1983	0.0092	0.1115	0.0092	0.0188
chr2R	14100011	14100200	chr2R:14100012-14100200	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0347	0.0237	0.0648	0.0138	0.0074	0.0257	0.0251	0.0426	0.0074	0.0242	0.1363	0.0242	0.0225	0.0054	0.049	0.0054	0.0068
chr2R	14105168	14105319	chr2R:14105169-14105319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0141	0.0128	0.0197	0.0095	0.0021	0.0155	0.0164	0.02	0.0021	0.0091	0.036	0.0091	0.0124	0.0038	0.029	0.0038	0.0073
chr2R	14105713	14105864	chr2R:14105714-14105864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0107	0.0184	0.013	0.0095	0.0083	0.0169	0.0113	0.0095	0.0097	0.0315	0.0097	0.0147	0.0015	0.0496	0.0015	0.0042
chr2R	14107787	14107938	chr2R:14107788-14107938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0181	0.026	0.0075	0.0074	0.0204	0.0212	0.0286	0.0074	0.0079	0.0531	0.0079	0.0116	0.0054	0.0232	0.0054	0.0042
chr2R	14108011	14108162	chr2R:14108012-14108162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0169	0.0178	0.0244	0.0077	0.0064	0.018	0.0203	0.0333	0.0064	0.0097	0.0489	0.0097	0.0108	0.0038	0.0258	0.0038	0.0021
chr2R	14109316	14109467	chr2R:14109317-14109467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.0168	0.0148	0.0091	0.0117	0.0136	0.0229	0.0266	0.0117	0.0079	0.027	0.0079	0.007	0.0031	0.0271	0.0031	0.0068
chr2R	14109558	14109709	chr2R:14109559-14109709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0161	0.0242	0.0173	0.0057	0.0138	0.0233	0.0307	0.0373	0.0138	0.0103	0.0315	0.0103	0.0062	0.0015	0.0206	0.0015	0.0016
chr2R	14111552	14111703	chr2R:14111553-14111703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0127	0.0228	0.0118	0.0025	0.0095	0.018	0.0454	0.0167	0.0095	0.0103	0.0174	0.0103	0.0077	0.0023	0.0058	0.0023	5e-04
chr2R	14114132	14114283	chr2R:14114133-14114283	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0202	0.0183	0.0352	0.0058	0.0106	0.0121	0.0251	0.034	0.0106	0.0181	0.073	0.0181	0.0085	0.0023	0.0187	0.0023	0.0026
chr2R	14117274	14117484	chr2R:14117275-14117484	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.073	0.0836	0.0972	0.0345	0.0594	0.068	0.1099	0.1292	0.0594	0.0284	0.191	0.0284	0.0519	0.0092	0.1167	0.0092	0.0167
chr2R	14118011	14118162	chr2R:14118012-14118162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0453	0.0481	0.0721	0.0128	0.0233	0.0442	0.0523	0.0873	0.0233	0.0242	0.1482	0.0242	0.024	0.0092	0.0374	0.0092	0.0063
chr2R	14118720	14118930	chr2R:14118721-14118930	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.11	0.1049	0.1473	0.0746	0.0668	0.1165	0.1207	0.1519	0.0668	0.1117	0.2241	0.1117	0.1139	0.0965	0.1406	0.0965	0.0532
chr2R	14120186	14120373	chr2R:14120187-14120373	FBgn0000658	fj	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1738	0.1977	0.2336	0.0816	0.175	0.2121	0.2076	0.2851	0.175	0.2035	0.3293	0.2035	0.1905	0.0345	0.2179	0.0345	0.0631
chr2R	14120601	14120852	chr2R:14120602-14120852	FBgn0000658	fj	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0794	0.0882	0.1079	0.0383	0.0679	0.0927	0.0973	0.1272	0.0679	0.064	0.1476	0.064	0.134	0.0184	0.0922	0.0184	0.0307
chr2R	14124048	14124385	chr2R:14124049-14124385	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0747	0.0432	0.1022	0.0797	0.0201	0.0549	0.0415	0.0693	0.0201	0.087	0.1756	0.087	0.0558	0.1156	0.1896	0.1156	0.0443
chr2R	14124641	14124792	chr2R:14124642-14124792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0201	0.0467	0.0267	0.0074	0.0267	0.0182	0.0346	0.0074	0.0242	0.0942	0.0242	0.0194	0.0092	0.0941	0.0092	0.013
chr2R	14125891	14126042	chr2R:14125892-14126042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0373	0.0423	0.015	0.0191	0.0354	0.0471	0.0566	0.0191	0.0133	0.0839	0.0133	0.0186	0.0084	0.0451	0.0084	0.0073
chr2R	14126328	14126479	chr2R:14126329-14126479	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0219	0.0711	0.0258	0.0064	0.0262	0.0255	0.0326	0.0064	0.0169	0.1585	0.0169	0.0147	0.0107	0.0896	0.0107	0.0089
chr2R	14126534	14126726	chr2R:14126535-14126726	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0454	0.0203	0.0832	0.0318	0.0042	0.0272	0.0221	0.032	0.0042	0.0151	0.1884	0.0151	0.0132	0.0123	0.1167	0.0123	0.0057
chr2R	14126917	14127068	chr2R:14126918-14127068	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0359	0.0209	0.058	0.0284	0.0127	0.0209	0.0234	0.0333	0.0127	0.0169	0.128	0.0169	0.0062	0.0046	0.1103	0.0046	0.0063
chr2R	14127090	14127241	chr2R:14127091-14127241	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.035	0.0226	0.0548	0.027	0.0085	0.0218	0.0255	0.042	0.0085	0.0145	0.117	0.0145	0.0147	0.0046	0.1038	0.0046	0.0073
chr2R	14127808	14127999	chr2R:14127809-14127999	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0434	0.0226	0.069	0.0384	0.0042	0.0257	0.0225	0.0426	0.0042	0.0169	0.1482	0.0169	0.0217	0.01	0.1425	0.01	0.012
chr2R	14129543	14129902	chr2R:14129544-14129902	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1035	0.0804	0.1638	0.0632	0.0159	0.0942	0.0536	0.1852	0.0159	0.0254	0.3592	0.0254	0.0527	0.0069	0.2444	0.0069	0.0146
chr2R	14130999	14131150	chr2R:14131000-14131150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0079	0.0302	0.0139	0.0021	0.0107	0.0117	0.0073	0.0021	0.0103	0.0576	0.0103	0.0287	0.0054	0.0426	0.0054	0.0078
chr2R	14133908	14134100	chr2R:14133909-14134100	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.027	0.0307	0.0344	0.0148	0.0085	0.0223	0.0368	0.064	0.0085	0.0133	0.0701	0.0133	0.0108	0.0046	0.0438	0.0046	0.0094
chr2R	14142589	14142810	chr2R:14142590-14142810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0295	0.0424	0.0335	0.0109	0.0297	0.0393	0.0606	0.0513	0.0297	0.0211	0.0559	0.0211	0.0132	0.0084	0.0161	0.0084	0.0104
chr2R	14143783	14143934	chr2R:14143784-14143934	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0072	0.0165	0.0196	0.0021	0.0073	0.0121	0.0073	0.0021	0.0139	0.026	0.0139	0.0124	0.0245	0.0387	0.0245	0.0172
chr2R	14144043	14144194	chr2R:14144044-14144194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0072	0.016	0.0148	0.0032	0.0068	0.0134	0.0047	0.0032	0.0072	0.0299	0.0072	0.0085	0.0115	0.0426	0.0115	0.0089
chr2R	14145553	14145704	chr2R:14145554-14145704	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0201	0.0265	0.019	0.0139	0.0159	0.0218	0.0281	0.0493	0.0159	0.0187	0.0318	0.0187	0.0093	0.0176	0.0355	0.0176	0.0057
chr2R	14145748	14145969	chr2R:14145749-14145969	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0192	0.0256	0.0199	0.0053	0.0189	0.0285	0.0253	0.0053	0.0175	0.045	0.0175	0.0116	0.0161	0.0574	0.0161	0.0109
chr2R	14146815	14147059	chr2R:14146816-14147059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0246	0.0331	0.0177	0.0138	0.0223	0.0424	0.0207	0.0138	0.0175	0.0559	0.0175	0.0217	0.0084	0.0535	0.0084	0.0073
chr2R	14150665	14150867	chr2R:14150666-14150867	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0158	0.0306	0.0139	0.0085	0.016	0.0203	0.0213	0.0085	0.0109	0.0608	0.0109	0.0108	0.0084	0.0426	0.0084	0.0052
chr2R	14151181	14151332	chr2R:14151182-14151332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.011	0.008	0.0123	0.0128	0.0074	0.0078	0.0104	0.0093	0.0074	0.0085	0.019	0.0085	0.0101	0.0023	0.0348	0.0023	0.0068
chr2R	14154024	14154175	chr2R:14154025-14154175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0088	0.0114	0.0086	0.0011	0.0058	0.0164	0.01	0.0011	0.0079	0.0174	0.0079	0.0093	0.0054	0.0251	0.0054	0.0047
chr2R	14155131	14155309	chr2R:14155132-14155309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0228	0.0316	0.0231	0.0085	0.0286	0.0298	0.0273	0.0085	0.0314	0.0502	0.0314	0.0186	0.0276	0.0509	0.0276	0.0172
chr2R	14160742	14160930	chr2R:14160743-14160930	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0366	0.0265	0.0478	0.0354	0.0074	0.0282	0.0324	0.0446	0.0074	0.0236	0.0926	0.0236	0.0194	0.0168	0.118	0.0168	0.0109
chr2R	14161114	14161279	chr2R:14161115-14161279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0259	0.0407	0.0217	0.0127	0.032	0.0285	0.038	0.0127	0.026	0.0727	0.026	0.0256	0.0092	0.0664	0.0092	0.0104
chr2R	14164583	14164764	chr2R:14164584-14164764	FBgn0003022,FBgn0053198	Ote,pen-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1389	0.1294	0.1787	0.106	0.1029	0.1471	0.1458	0.1732	0.1029	0.215	0.1884	0.215	0.1774	0.1003	0.1186	0.1003	0.1271
chr2R	14164848	14165031	chr2R:14164849-14165031	FBgn0003022,FBgn0053198	Ote,pen-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1355	0.1249	0.1684	0.1113	0.0901	0.1481	0.1414	0.1666	0.0901	0.2011	0.1836	0.2011	0.1479	0.1057	0.1244	0.1057	0.1251
chr2R	14165119	14165619	chr2R:14165120-14165619	FBgn0003022,FBgn0053198	Ote,pen-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.1104	0.1067	0.1315	0.0915	0.0689	0.115	0.122	0.1559	0.0689	0.1498	0.1428	0.1498	0.1263	0.0965	0.1006	0.0965	0.0907
chr2R	14167120	14167271	chr2R:14167121-14167271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0273	0.0348	0.0263	0.0202	0.0212	0.032	0.0471	0.0466	0.0212	0.0236	0.0289	0.0236	0.0225	0.0383	0.0226	0.0383	0.013
chr2R	14167421	14167572	chr2R:14167422-14167572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0277	0.0312	0.0316	0.0196	0.018	0.0345	0.0424	0.0313	0.018	0.0356	0.0367	0.0356	0.0256	0.0436	0.0213	0.0436	0.0125
chr2R	14167704	14167855	chr2R:14167705-14167855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0293	0.0262	0.0317	0.0301	0.0127	0.0291	0.0324	0.0333	0.0127	0.0374	0.0389	0.0374	0.0194	0.0743	0.0251	0.0743	0.0177
chr2R	14175625	14175800	chr2R:14175626-14175800	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0514	0.0697	0.056	0.0259	0.07	0.0612	0.096	0.0806	0.07	0.0543	0.065	0.0543	0.0434	0.0253	0.0309	0.0253	0.024
chr2R	14175889	14176134	chr2R:14175890-14176134	FBgn0034321	CG14502	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.1382	0.149	0.0709	0.1294	0.1534	0.1609	0.1646	0.1294	0.18	0.1704	0.18	0.1255	0.0689	0.0916	0.0689	0.0604
chr2R	14176228	14176441	chr2R:14176229-14176441	FBgn0034321	CG14502	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2194	0.2311	0.2693	0.1517	0.175	0.2602	0.2785	0.2851	0.175	0.3333	0.2939	0.3333	0.2401	0.1669	0.1438	0.1669	0.185
chr2R	14177095	14177297	chr2R:14177096-14177297	distal	distal	none	none	VT18654.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.053	0.049	0.0647	0.0446	0.0265	0.0563	0.0562	0.066	0.0265	0.0755	0.0733	0.0755	0.0643	0.0413	0.038	0.0413	0.074
chr2R	14177389	14177626	chr2R:14177390-14177626	distal	distal	stage14	stage14	VT18654.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0415	0.0338	0.0515	0.039	0.0085	0.0364	0.0428	0.0513	0.0085	0.0525	0.0556	0.0525	0.0736	0.0214	0.0277	0.0214	0.0797
chr2R	14177766	14177917	chr2R:14177767-14177917	distal	distal	stage14	stage14	VT18654.1,cluster_at_55C_CE8016	cluster_at_55C_CE8016	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0355	0.0317	0.0434	0.0311	0.0127	0.0383	0.0389	0.0393	0.0127	0.0386	0.0418	0.0386	0.079	0.0199	0.0187	0.0199	0.0662
chr2R	14179064	14179248	chr2R:14179065-14179248	distal	distal	stage11	stage11	cluster_at_55C_CE8016	cluster_at_55C_CE8016	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.061	0.0729	0.0761	0.0311	0.0488	0.0597	0.1021	0.1026	0.0488	0.0374	0.1399	0.0374	0.0318	0.0322	0.0671	0.0322	0.0172
chr2R	14179678	14179850	chr2R:14179679-14179850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.044	0.083	0.0473	0.0233	0.0495	0.0502	0.066	0.0233	0.1033	0.1193	0.1033	0.0349	0.0873	0.0845	0.0873	0.0266
chr2R	14179942	14180160	chr2R:14179943-14180160	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0648	0.0953	0.0535	0.0286	0.0825	0.0692	0.0966	0.0286	0.1522	0.1251	0.1522	0.0325	0.1087	0.0767	0.1087	0.038
chr2R	14180554	14180822	chr2R:14180555-14180822	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1152	0.0943	0.1742	0.0738	0.0191	0.1752	0.077	0.1093	0.0191	0.3255	0.208	0.3255	0.055	0.1493	0.0812	0.1493	0.075
chr2R	14187009	14187160	chr2R:14187010-14187160	FBgn0034326	CG18540	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0277	0.051	0.0199	0.0102	0.0551	0.0223	0.0804	0.0693	0.0551	0.0223	0.0264	0.0223	0.0093	0.0069	0.0084	0.0069	0.0073
chr2R	14187420	14187688	chr2R:14187421-14187688	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0816	0.1969	0.0282	0.0114	0.2333	0.0767	0.3369	0.2278	0.2333	0.0205	0.0331	0.0205	0.0147	0.0161	0.0135	0.0161	0.0078
chr2R	14190221	14190372	chr2R:14190222-14190372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.019	0.0177	0.0193	0.0202	0.0064	0.0141	0.0277	0.026	0.0064	0.0157	0.0248	0.0157	0.0256	0.0153	0.0322	0.0153	0.0255
chr2R	14191795	14192031	chr2R:14191796-14192031	FBgn0034327	CG14505	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0736	0.1196	0.0728	0.0231	0.0806	0.1005	0.1739	0.1452	0.0806	0.1033	0.0952	0.1033	0.0217	0.0191	0.029	0.0191	0.0125
chr2R	14192340	14192573	chr2R:14192341-14192573	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0854	0.1449	0.0718	0.0337	0.1082	0.1029	0.2249	0.1832	0.1082	0.0405	0.1161	0.0405	0.0372	0.023	0.049	0.023	0.0214
chr2R	14193518	14193729	chr2R:14193519-14193729	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0613	0.1357	0.0297	0.0128	0.1357	0.0495	0.2323	0.1732	0.1357	0.0236	0.0383	0.0236	0.0124	0.0153	0.0103	0.0153	0.0083
chr2R	14193769	14193920	chr2R:14193770-14193920	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0497	0.1034	0.028	0.0135	0.0901	0.0432	0.1834	0.1219	0.0901	0.0223	0.0325	0.0223	0.0077	0.0123	0.011	0.0123	0.0083
chr2R	14194395	14194585	chr2R:14194396-14194585	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.078	0.1127	0.0805	0.0366	0.0848	0.0903	0.154	0.1626	0.0848	0.0441	0.1068	0.0441	0.0449	0.0199	0.0413	0.0199	0.0229
chr2R	14194698	14194994	chr2R:14194699-14194994	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1339	0.1879	0.1438	0.0628	0.1357	0.1408	0.2375	0.3031	0.1357	0.0471	0.219	0.0471	0.0736	0.0176	0.0787	0.0176	0.0245
chr2R	14195222	14195487	chr2R:14195223-14195487	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0836	0.0889	0.1	0.0599	0.0467	0.0762	0.0956	0.1679	0.0467	0.0465	0.1379	0.0465	0.038	0.0268	0.0696	0.0268	0.0214
chr2R	14195586	14195763	chr2R:14195587-14195763	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0504	0.0399	0.0665	0.0446	0.0159	0.0417	0.0376	0.0793	0.0159	0.0386	0.101	0.0386	0.0178	0.0184	0.0658	0.0184	0.0292
chr2R	14196706	14196858	chr2R:14196707-14196858	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0501	0.0445	0.0391	0.0308	0.051	0.0627	0.07	0.0308	0.0423	0.0595	0.0423	0.0225	0.0352	0.0561	0.0352	0.0167
chr2R	14197179	14197397	chr2R:14197180-14197397	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1112	0.0866	0.1359	0.1115	0.0414	0.0995	0.0926	0.1372	0.0414	0.1389	0.154	0.1389	0.0922	0.0735	0.0812	0.0735	0.0537
chr2R	14198495	14198765	chr2R:14198496-14198765	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0708	0.0677	0.0918	0.0514	0.0382	0.0752	0.0817	0.0933	0.0382	0.0513	0.1514	0.0513	0.0503	0.0214	0.1135	0.0214	0.0406
chr2R	14199460	14199631	chr2R:14199461-14199631	FBgn0040737	Tango8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0453	0.048	0.0528	0.034	0.0244	0.0403	0.0458	0.0993	0.0244	0.0344	0.0807	0.0344	0.0217	0.0184	0.0683	0.0184	0.0203
chr2R	14203037	14203308	chr2R:14203038-14203308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.044	0.0592	0.0411	0.0302	0.0456	0.0316	0.1008	0.074	0.0456	0.0302	0.0476	0.0302	0.024	0.0161	0.0374	0.0161	0.0271
chr2R	14203425	14203591	chr2R:14203426-14203591	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0379	0.054	0.0344	0.0237	0.0424	0.0481	0.0809	0.056	0.0424	0.0284	0.0376	0.0284	0.0194	0.0145	0.0251	0.0145	0.0219
chr2R	14203601	14203891	chr2R:14203602-14203891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0417	0.054	0.043	0.0265	0.0318	0.0597	0.0744	0.058	0.0318	0.0399	0.0412	0.0399	0.0248	0.0115	0.0193	0.0115	0.0281
chr2R	14205250	14205401	chr2R:14205251-14205401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0283	0.0247	0.0149	0.0127	0.0272	0.0424	0.0346	0.0127	0.0229	0.0296	0.0229	0.0217	0.0138	0.0193	0.0138	0.0115
chr2R	14205556	14205733	chr2R:14205557-14205733	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0501	0.0382	0.0199	0.0276	0.0413	0.0696	0.072	0.0276	0.035	0.0476	0.035	0.0287	0.0176	0.0271	0.0176	0.0151
chr2R	14206095	14206246	chr2R:14206096-14206246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0265	0.0332	0.0245	0.0095	0.0291	0.0376	0.0333	0.0095	0.029	0.0399	0.029	0.0387	0.0253	0.0245	0.0253	0.0245
chr2R	14207466	14207617	chr2R:14207467-14207617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0269	0.0179	0.0082	0.0223	0.018	0.0545	0.0173	0.0223	0.0181	0.0196	0.0181	0.0139	0.0145	0.0084	0.0145	0.0073
chr2R	14209542	14209698	chr2R:14209543-14209698	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0354	0.0172	0.0373	0.0538	0.0042	0.0272	0.0164	0.024	0.0042	0.029	0.0209	0.029	0.0201	0.0145	0.0181	0.0145	0.0135
chr2R	14210438	14210672	chr2R:14210439-14210672	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0623	0.0469	0.0671	0.0742	0.018	0.0718	0.0489	0.054	0.018	0.07	0.0508	0.07	0.0349	0.0413	0.0245	0.0413	0.0459
chr2R	14211048	14211199	chr2R:14211049-14211199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0202	0.0231	0.0221	0.0053	0.0252	0.0238	0.028	0.0053	0.0217	0.0164	0.0217	0.0139	0.0115	0.0071	0.0115	0.0094
chr2R	14211624	14211775	chr2R:14211625-14211775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0132	0.0192	0.0272	0.0032	0.0136	0.0156	0.0227	0.0032	0.0211	0.017	0.0211	0.0155	0.013	0.0148	0.013	0.0109
chr2R	14211995	14212146	chr2R:14211996-14212146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0135	0.0178	0.0301	0.0032	0.0155	0.019	0.0173	0.0032	0.0127	0.0199	0.0127	0.0093	0.0153	0.0148	0.0153	0.012
chr2R	14212226	14212377	chr2R:14212227-14212377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0135	0.0193	0.0277	0.0032	0.0121	0.0229	0.0173	0.0032	0.0223	0.0177	0.0223	0.0085	0.0123	0.0135	0.0123	0.0089
chr2R	14214290	14214449	chr2R:14214291-14214449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0246	0.0156	0.0284	0.0305	0.0032	0.0267	0.0169	0.0173	0.0032	0.0586	0.0209	0.0586	0.017	0.072	0.0135	0.072	0.0219
chr2R	14216975	14217143	chr2R:14216976-14217143	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0229	0.0102	0.0231	0.0369	0.0032	0.0131	0.0099	0.0153	0.0032	0.0175	0.0286	0.0175	0.0294	0.0237	0.0683	0.0237	0.0375
chr2R	14217487	14217717	chr2R:14217488-14217717	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.013	0.0253	0.0639	0.0053	0.017	0.0143	0.0173	0.0053	0.026	0.0286	0.026	0.0302	0.0865	0.087	0.0865	0.0719
chr2R	14221223	14221374	chr2R:14221224-14221374	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0387	0.0233	0.0397	0.0547	0.0106	0.0359	0.0255	0.0253	0.0106	0.0429	0.0505	0.0429	0.0356	0.0727	0.0625	0.0727	0.0412
chr2R	14222321	14222730	chr2R:14222322-14222730	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1354	0.0505	0.194	0.1659	0.0053	0.117	0.0251	0.05	0.0053	0.2995	0.1251	0.2995	0.1905	0.1807	0.1335	0.1807	0.1334
chr2R	14222845	14223043	chr2R:14222846-14223043	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.088	0.0299	0.1207	0.1171	0.0032	0.067	0.0186	0.026	0.0032	0.1703	0.0727	0.1703	0.1077	0.1409	0.0948	0.1409	0.0787
chr2R	14223225	14223511	chr2R:14223226-14223511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0636	0.0307	0.0857	0.0763	0.0117	0.05	0.0324	0.0286	0.0117	0.1425	0.0646	0.1425	0.0759	0.1256	0.0716	0.1256	0.0651
chr2R	14224256	14224435	chr2R:14224257-14224435	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0117	0.0449	0.0487	0.0042	0.0248	0.0099	0.0073	0.0042	0.0374	0.0373	0.0374	0.103	0.0796	0.0496	0.0796	0.0563
chr2R	14224491	14224642	chr2R:14224492-14224642	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0299	0.0102	0.0379	0.043	0.0011	0.0272	0.0026	0.01	0.0011	0.0278	0.0318	0.0278	0.093	0.0482	0.0451	0.0482	0.0547
chr2R	14224719	14224870	chr2R:14224720-14224870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.032	0.0148	0.0442	0.0379	0	0.0335	0.0108	0.014	0	0.0338	0.0441	0.0338	0.0813	0.0306	0.0451	0.0306	0.0433
chr2R	14225102	14225418	chr2R:14225103-14225418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0923	0.0486	0.1273	0.1028	0.0138	0.0908	0.0385	0.056	0.0138	0.09	0.135	0.09	0.1673	0.0643	0.1167	0.0643	0.0839
chr2R	14225714	14225917	chr2R:14225715-14225917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0943	0.0336	0.1327	0.12	0.0064	0.0587	0.0264	0.048	0.0064	0.1516	0.1199	0.1516	0.0875	0.121	0.1057	0.121	0.0615
chr2R	14226049	14226265	chr2R:14226050-14226265	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT18684.1	VT18684.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1246	0.0497	0.1976	0.1281	0.0117	0.0976	0.0225	0.072	0.0117	0.2603	0.2068	0.2603	0.1115	0.147	0.1199	0.147	0.0584
chr2R	14226517	14226694	chr2R:14226518-14226694	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT18684.1	VT18684.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0572	0.027	0.0774	0.0688	0.0085	0.0456	0.013	0.0466	0.0085	0.0737	0.0595	0.0737	0.0403	0.0459	0.0284	0.0459	0.0245
chr2R	14227489	14227897	chr2R:14227490-14227897	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT18684.1,VT18685.1	VT18684.1,VT18685.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1463	0.1548	0.2169	0.0593	0.0382	0.2675	0.0714	0.2791	0.0382	0.3394	0.2196	0.3394	0.0837	0.049	0.0484	0.049	0.0229
chr2R	14228495	14228765	chr2R:14228496-14228765	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT18685.1	VT18685.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0818	0.07	0.1061	0.0682	0.018	0.082	0.0463	0.1586	0.018	0.0688	0.074	0.0688	0.038	0.0199	0.0322	0.0199	0.0156
chr2R	14228771	14228924	chr2R:14228772-14228924	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT18685.1	VT18685.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0654	0.0535	0.0834	0.059	0.0138	0.0665	0.032	0.1213	0.0138	0.0658	0.0608	0.0658	0.0287	0.0138	0.0232	0.0138	0.0162
chr2R	14229118	14229519	chr2R:14229119-14229519	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT18685.1	VT18685.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0937	0.0658	0.1283	0.0868	0.0138	0.1155	0.0471	0.0986	0.0138	0.1751	0.1135	0.1751	0.0829	0.108	0.0619	0.108	0.0891
chr2R	14229885	14230044	chr2R:14229886-14230044	distal	distal	none	none	VT18685.1	VT18685.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0431	0.0197	0.0529	0.0585	0.0064	0.0296	0.019	0.0253	0.0064	0.0785	0.0457	0.0785	0.0682	0.0636	0.0419	0.0636	0.0943
chr2R	14230173	14230324	chr2R:14230174-14230324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0169	0.0341	0.0395	0.0074	0.0228	0.0169	0.0213	0.0074	0.0459	0.027	0.0459	0.0473	0.0475	0.0348	0.0475	0.0511
chr2R	14231499	14231665	chr2R:14231500-14231665	distal	distal	stage14	stage14	VT18687.1	VT18687.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.035	0.0231	0.0405	0.0425	0.0095	0.0272	0.0247	0.036	0.0095	0.0284	0.0302	0.0284	0.0256	0.0191	0.0239	0.0191	0.0234
chr2R	14231748	14231936	chr2R:14231749-14231936	distal	distal	stage14	stage14	VT18687.1	VT18687.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0325	0.0187	0.0345	0.0458	0.0042	0.0257	0.0208	0.026	0.0042	0.0308	0.0293	0.0308	0.0147	0.0222	0.0426	0.0222	0.0203
chr2R	14232504	14232655	chr2R:14232505-14232655	distal	distal	none	none	VT18687.1	VT18687.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0189	0.0106	0.0263	0.0202	0.0042	0.017	0.0104	0.012	0.0042	0.0278	0.0395	0.0278	0.0085	0.0115	0.0471	0.0115	0.0089
chr2R	14234139	14234290	chr2R:14234140-14234290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0213	0.0202	0.0247	0.0187	0.0085	0.0194	0.0264	0.028	0.0085	0.0163	0.0357	0.0163	0.0132	0.0123	0.0477	0.0123	0.012
chr2R	14237344	14237763	chr2R:14237345-14237763	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0624	0.0253	0.067	0.0987	0	0.0422	0.0268	0.0313	0	0.0755	0.054	0.0755	0.1371	0.2152	0.0838	0.2152	0.1027
chr2R	14239078	14239511	chr2R:14239079-14239511	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0846	0.0325	0.0807	0.1471	0.0117	0.0456	0.0389	0.038	0.0117	0.0707	0.0881	0.0707	0.1131	0.2236	0.1386	0.2236	0.2048
chr2R	14243140	14243291	chr2R:14243141-14243291	distal	distal	none	none	VT18693.1	VT18693.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0427	0.0272	0.0456	0.0568	0.0148	0.0364	0.0298	0.0326	0.0148	0.038	0.0492	0.038	0.048	0.0559	0.0471	0.0559	0.05
chr2R	14243639	14243845	chr2R:14243640-14243845	distal	distal	stage11,stage14	none	VT18693.1	VT18693.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1323	0.0593	0.1439	0.2011	0.0244	0.0961	0.051	0.0813	0.0244	0.1576	0.1588	0.1576	0.1735	0.2098	0.2115	0.2098	0.2324
chr2R	14243883	14244155	chr2R:14243884-14244155	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT18693.1	VT18693.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1523	0.1041	0.1684	0.1886	0.0573	0.1413	0.1042	0.1492	0.0573	0.1981	0.1791	0.1981	0.1851	0.1868	0.1831	0.1868	0.2116
chr2R	14244220	14244627	chr2R:14244221-14244627	FBgn0010575	sbb	stage11,stage14,stage5	none	VT18693.1	VT18693.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2075	0.1806	0.251	0.1897	0.1145	0.249	0.1609	0.2532	0.1145	0.3448	0.2711	0.3448	0.2347	0.2037	0.1966	0.2037	0.2428
chr2R	14244695	14244883	chr2R:14244696-14244883	FBgn0010575	sbb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2217	0.1897	0.2708	0.2037	0.1432	0.2563	0.1657	0.2705	0.1432	0.34	0.3068	0.34	0.2494	0.2251	0.2211	0.2251	0.2361
chr2R	14245039	14245278	chr2R:14245040-14245278	FBgn0010575	sbb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2898	0.2737	0.3359	0.2572	0.2174	0.3359	0.2885	0.3531	0.2174	0.4052	0.3624	0.4052	0.3075	0.255	0.2708	0.255	0.2887
chr2R	14245651	14245814	chr2R:14245652-14245814	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0571	0.0566	0.0782	0.0344	0.0244	0.0738	0.0709	0.068	0.0244	0.1093	0.0862	0.1093	0.055	0.0368	0.0297	0.0368	0.0229
chr2R	14260357	14260514	chr2R:14260358-14260514	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0348	0.0318	0.0428	0.0295	0.0159	0.0345	0.0458	0.0366	0.0159	0.0525	0.0395	0.0525	0.0364	0.0214	0.02	0.0214	0.0224
chr2R	14260633	14260822	chr2R:14260634-14260822	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0303	0.0257	0.0297	0.0361	0.0117	0.0267	0.0329	0.0326	0.0117	0.0362	0.0228	0.0362	0.0132	0.0138	0.009	0.0138	0.0094
chr2R	14261109	14261260	chr2R:14261110-14261260	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0285	0.0335	0.0306	0.0205	0.017	0.0369	0.0381	0.0486	0.017	0.0362	0.0222	0.0362	0.0232	0.0107	0.0071	0.0107	0.0094
chr2R	14261617	14261787	chr2R:14261618-14261787	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0414	0.0452	0.0407	0.0379	0.0308	0.0607	0.0528	0.0486	0.0308	0.032	0.0251	0.032	0.0279	0.0084	0.0071	0.0084	0.0167
chr2R	14261807	14261958	chr2R:14261808-14261958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0303	0.0341	0.035	0.017	0.0374	0.0368	0.0366	0.017	0.0308	0.0238	0.0308	0.0287	0.0077	0.011	0.0077	0.013
chr2R	14262517	14262903	chr2R:14262518-14262903	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0514	0.0214	0.0407	0.0966	0.0074	0.0267	0.0294	0.022	0.0074	0.0242	0.0219	0.0242	0.0287	0.0123	0.0187	0.0123	0.0365
chr2R	14262915	14263066	chr2R:14262916-14263066	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0331	0.0206	0.0327	0.0475	0.0064	0.032	0.0208	0.024	0.0064	0.0302	0.0225	0.0302	0.0279	0.01	0.0103	0.01	0.0177
chr2R	14264629	14264780	chr2R:14264630-14264780	FBgn0261700	CG42736	none	none	VT18697.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0253	0.0284	0.0211	0.0265	0.018	0.0476	0.0316	0.0207	0.018	0.0266	0.0241	0.0266	0.0116	0.0123	0.0142	0.0123	0.0193
chr2R	14264950	14265318	chr2R:14264951-14265318	FBgn0261700	CG42736	stage11,stage14	none	VT18697.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0539	0.0484	0.0572	0.0565	0.0148	0.0801	0.0515	0.0533	0.0148	0.0562	0.0611	0.0562	0.0194	0.013	0.0181	0.013	0.0219
chr2R	14266170	14266324	chr2R:14266171-14266324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0177	0.0288	0.0227	0.0074	0.0209	0.0238	0.0193	0.0074	0.0151	0.0386	0.0151	0.0077	0.01	0.0148	0.01	0.0078
chr2R	14270727	14270878	chr2R:14270728-14270878	FBgn0034328	IM23	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0051	0.0072	0.0132	0.0011	0.0034	0.0099	0.0053	0.0011	0.0054	0.0071	0.0054	0.0046	0.0069	0.0097	0.0069	0.0089
chr2R	14273946	14274097	chr2R:14273947-14274097	FBgn0025583	IM2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0127	0.0097	0.0128	0.0159	0.0032	0.0087	0.0186	0.0073	0.0032	0.0169	0.0119	0.0169	0.017	0.0138	0.0309	0.0138	0.0151
chr2R	14279323	14279474	chr2R:14279324-14279474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0082	0.0103	0.0169	0.0011	0.0097	0.0134	0.0093	0.0011	0.0121	0.0109	0.0121	0.0085	0.0023	0.0168	0.0023	0.0115
chr2R	14280470	14280644	chr2R:14280471-14280644	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0133	0.0206	0.0426	0.0021	0.0165	0.0216	0.0093	0.0021	0.0109	0.0154	0.0109	0.0101	0.0092	0.0077	0.0092	0.0182
chr2R	14283005	14283156	chr2R:14283006-14283156	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0057	0.0088	0.022	0	0.0053	0.0117	0.004	0	0.0066	0.0084	0.0066	0.0031	0.0023	0.0064	0.0023	0.0115
chr2R	14285416	14285601	chr2R:14285417-14285601	FBgn0034335,FBgn0063499	GstE1,GstE10	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0217	0.0086	0.0126	0.0464	0.0021	0.0146	0.0095	0.0073	0.0021	0.0079	0.0109	0.0079	0.0287	0.0214	0.0561	0.0214	0.0813
chr2R	14285780	14285997	chr2R:14285781-14285997	FBgn0034335	GstE1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0163	0.024	0.0554	0.0053	0.0199	0.0251	0.0153	0.0053	0.0187	0.0248	0.0187	0.0449	0.0314	0.0651	0.0314	0.1084
chr2R	14286892	14287043	chr2R:14286893-14287043	FBgn0063498	GstE2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0113	0.0072	0.0067	0.021	0.0011	0.0083	0.0112	0.0093	0.0011	0.0036	0.0074	0.0036	0.0132	0.0054	0.0077	0.0054	0.0604
chr2R	14288051	14288283	chr2R:14288052-14288283	FBgn0063497	GstE3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0335	0.0162	0.0251	0.0621	0.0074	0.0175	0.0255	0.0167	0.0074	0.0109	0.0293	0.0109	0.055	0.0329	0.0954	0.0329	0.1084
chr2R	14289345	14289553	chr2R:14289346-14289553	FBgn0263770,FBgn0263771	CR43687,CR43688	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0396	0.0151	0.0269	0.0809	0.0053	0.0199	0.0229	0.012	0.0053	0.0169	0.028	0.0169	0.0558	0.0689	0.0877	0.0689	0.1365
chr2R	14292029	14292180	chr2R:14292030-14292180	FBgn0063495	GstE5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0267	0.0306	0.0253	0.0064	0.0248	0.0398	0.0373	0.0064	0.0181	0.045	0.0181	0.0372	0.0214	0.0387	0.0214	0.037
chr2R	14292997	14293150	chr2R:14292998-14293150	FBgn0063494	GstE6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0191	0.0251	0.048	0.0127	0.0228	0.0294	0.014	0.0127	0.0181	0.0215	0.0181	0.0635	0.0237	0.0471	0.0237	0.1136
chr2R	14293443	14293651	chr2R:14293444-14293651	FBgn0063494	GstE6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0347	0.0208	0.0303	0.0549	0.0085	0.0257	0.0324	0.0173	0.0085	0.0175	0.0277	0.0175	0.0775	0.0245	0.0774	0.0245	0.1089
chr2R	14294335	14294507	chr2R:14294336-14294507	FBgn0063493	GstE7	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0393	0.0239	0.0412	0.0543	0.0053	0.0354	0.0247	0.032	0.0053	0.0223	0.0486	0.0223	0.0922	0.0444	0.0619	0.0444	0.1079
chr2R	14298685	14298895	chr2R:14298686-14298895	FBgn0013983	imd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0578	0.0831	0.0565	0.0265	0.0748	0.0601	0.0853	0.0265	0.1093	0.0926	0.1093	0.0829	0.0666	0.0458	0.0666	0.0709
chr2R	14298930	14299109	chr2R:14298931-14299109	FBgn0013983,FBgn0027835	Dp1,imd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1057	0.0874	0.1272	0.1025	0.0488	0.1155	0.0874	0.1252	0.0488	0.16	0.1405	0.16	0.1216	0.1095	0.0974	0.1095	0.1282
chr2R	14299417	14299604	chr2R:14299418-14299604	FBgn0013983,FBgn0027835	Dp1,imd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1966	0.1633	0.2437	0.1823	0.1145	0.2136	0.1687	0.2132	0.1145	0.2977	0.2614	0.2977	0.2324	0.1922	0.2095	0.1922	0.2152
chr2R	14299867	14300044	chr2R:14299868-14300044	FBgn0027835	Dp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1481	0.1145	0.1943	0.1349	0.0838	0.1417	0.1207	0.1519	0.0838	0.2597	0.227	0.2597	0.1782	0.1784	0.1509	0.1784	0.1782
chr2R	14300153	14300356	chr2R:14300154-14300356	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1277	0.0727	0.1777	0.1342	0.0318	0.1102	0.0644	0.1019	0.0318	0.2446	0.2084	0.2446	0.172	0.1776	0.1451	0.1776	0.1829
chr2R	14300929	14301194	chr2R:14300930-14301194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1933	0.1356	0.2433	0.203	0.0764	0.1587	0.1371	0.2105	0.0764	0.1606	0.3595	0.1606	0.2998	0.2274	0.3146	0.2274	0.2689
chr2R	14301438	14301620	chr2R:14301439-14301620	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1131	0.0502	0.1419	0.1517	0.0148	0.0694	0.0536	0.0666	0.0148	0.0972	0.1932	0.0972	0.1998	0.1769	0.2089	0.1769	0.2319
chr2R	14301628	14301809	chr2R:14301629-14301809	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0863	0.032	0.1014	0.1305	0.0074	0.0539	0.0376	0.0253	0.0074	0.0598	0.1154	0.0598	0.2192	0.1011	0.1573	0.1011	0.2507
chr2R	14302301	14302458	chr2R:14302302-14302458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0399	0.0294	0.0459	0.0448	0.0074	0.0519	0.032	0.0247	0.0074	0.0393	0.0363	0.0393	0.1146	0.0138	0.0284	0.0138	0.1209
chr2R	14307844	14307995	chr2R:14307845-14307995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0387	0.0324	0.0445	0.0394	0.0201	0.0369	0.0381	0.0433	0.0201	0.0417	0.054	0.0417	0.0674	0.0299	0.0542	0.0299	0.0641
chr2R	14308026	14308177	chr2R:14308027-14308177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0374	0.0253	0.0428	0.045	0.0148	0.0291	0.0333	0.03	0.0148	0.0356	0.0511	0.0356	0.0682	0.0406	0.0606	0.0406	0.073
chr2R	14308371	14308522	chr2R:14308372-14308522	FBgn0034345	CG5174	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0474	0.0344	0.0542	0.0546	0.0191	0.0461	0.035	0.044	0.0191	0.0543	0.0656	0.0543	0.0728	0.0559	0.0638	0.0559	0.0844
chr2R	14308594	14308758	chr2R:14308595-14308758	FBgn0034345	CG5174	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1051	0.0739	0.1259	0.1171	0.0477	0.0985	0.0817	0.0866	0.0477	0.1365	0.1453	0.1365	0.1611	0.1263	0.1328	0.1263	0.16
chr2R	14308806	14309002	chr2R:14308807-14309002	FBgn0034345	CG5174	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0836	0.0553	0.0981	0.0994	0.0233	0.0806	0.0623	0.0586	0.0233	0.1027	0.1129	0.1027	0.1294	0.1087	0.1096	0.1087	0.1433
chr2R	14309057	14309253	chr2R:14309058-14309253	FBgn0034345	CG5174	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0573	0.0312	0.0626	0.0806	0.0117	0.0413	0.0407	0.034	0.0117	0.055	0.0743	0.055	0.0937	0.062	0.0928	0.062	0.1235
chr2R	14309300	14309476	chr2R:14309301-14309476	FBgn0034345	CG5174	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0409	0.0196	0.0423	0.0634	0.0064	0.0291	0.0255	0.0167	0.0064	0.0344	0.0466	0.0344	0.0751	0.0475	0.0722	0.0475	0.1105
chr2R	14309478	14309732	chr2R:14309479-14309732	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0464	0.0192	0.0434	0.0799	0.0064	0.0267	0.0277	0.0133	0.0064	0.0374	0.0505	0.0374	0.0759	0.0513	0.1199	0.0513	0.1339
chr2R	14310373	14310600	chr2R:14310374-14310600	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0186	0.0404	0.0642	0.0085	0.0252	0.0229	0.0213	0.0085	0.0266	0.0637	0.0266	0.0395	0.0138	0.205	0.0138	0.0485
chr2R	14313570	14313734	chr2R:14313571-14313734	FBgn0034346	CG12263	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0416	0.0529	0.0436	0.0233	0.0461	0.0549	0.048	0.0233	0.0537	0.0614	0.0537	0.0658	0.0467	0.0587	0.0467	0.0542
chr2R	14313831	14314006	chr2R:14313832-14314006	FBgn0034346	CG12263	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1198	0.1046	0.1396	0.1152	0.0657	0.1262	0.1233	0.1299	0.0657	0.1492	0.1572	0.1492	0.1681	0.1194	0.1219	0.1194	0.1511
chr2R	14314088	14314353	chr2R:14314089-14314353	FBgn0034346	CG12263	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0725	0.0652	0.09	0.0614	0.0445	0.0714	0.0861	0.0753	0.0445	0.0996	0.0968	0.0996	0.1077	0.0636	0.0671	0.0636	0.0818
chr2R	14320471	14320622	chr2R:14320472-14320622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0192	0.0254	0.0263	0.0074	0.0243	0.0281	0.0187	0.0074	0.032	0.0244	0.032	0.0403	0.0191	0.02	0.0191	0.0558
chr2R	14321076	14321227	chr2R:14321077-14321227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0209	0.0194	0.0193	0.0242	0.0074	0.0243	0.0247	0.0227	0.0074	0.0217	0.0212	0.0217	0.0279	0.0222	0.0142	0.0222	0.0521
chr2R	14323766	14323917	chr2R:14323767-14323917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0353	0.0356	0.0419	0.0276	0.017	0.0471	0.0441	0.0393	0.017	0.0223	0.0473	0.0223	0.096	0.036	0.0303	0.036	0.0433
chr2R	14324778	14324929	chr2R:14324779-14324929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0301	0.0292	0.0249	0.037	0.0148	0.0267	0.0458	0.034	0.0148	0.0223	0.0302	0.0223	0.0426	0.0957	0.0213	0.0957	0.0391
chr2R	14325258	14325597	chr2R:14325259-14325597	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0717	0.1195	0.0623	0.0287	0.1166	0.067	0.1894	0.1566	0.1166	0.0296	0.1042	0.0296	0.0527	0.0467	0.0387	0.0467	0.0281
chr2R	14327420	14327655	chr2R:14327421-14327655	FBgn0050118	CG30118	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0735	0.0653	0.0887	0.066	0.0414	0.0752	0.0709	0.0906	0.0414	0.122	0.0981	0.122	0.0906	0.0858	0.0561	0.0858	0.0735
chr2R	14327890	14328085	chr2R:14327891-14328085	FBgn0050118,FBgn0261477	CG30118,slim	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1791	0.1579	0.202	0.1776	0.1379	0.1728	0.1864	0.1899	0.1379	0.2597	0.2164	0.2597	0.2192	0.2152	0.185	0.2152	0.2199
chr2R	14328372	14328550	chr2R:14328373-14328550	FBgn0050118,FBgn0261477	CG30118,slim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2184	0.2018	0.2494	0.203	0.1729	0.2175	0.2323	0.2565	0.1729	0.3261	0.2624	0.3261	0.2448	0.2312	0.2199	0.2312	0.2345
chr2R	14328624	14328803	chr2R:14328625-14328803	FBgn0261477	slim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1566	0.1468	0.1782	0.1439	0.1071	0.1617	0.1812	0.1779	0.1071	0.2222	0.1923	0.2222	0.1766	0.1409	0.1599	0.1409	0.1824
chr2R	14329794	14329960	chr2R:14329795-14329960	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0505	0.0324	0.0612	0.059	0.0127	0.0417	0.0359	0.0466	0.0127	0.0912	0.0672	0.0912	0.0589	0.1103	0.0845	0.1103	0.0537
chr2R	14330138	14330832	chr2R:14330139-14330832	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1475	0.0961	0.1609	0.1904	0.0435	0.1398	0.1125	0.1053	0.0435	0.1691	0.1727	0.1691	0.1983	0.2175	0.2792	0.2175	0.2465
chr2R	14333269	14333574	chr2R:14333270-14333574	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1274	0.1226	0.1505	0.1072	0.0551	0.1189	0.128	0.2365	0.0551	0.09	0.1826	0.09	0.11	0.0536	0.0909	0.0536	0.0922
chr2R	14333956	14334127	chr2R:14333957-14334127	FBgn0034350,FBgn0050120	CG30120,CG5189	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.116	0.1546	0.1136	0.0689	0.1403	0.122	0.1639	0.0689	0.183	0.1733	0.183	0.1317	0.1133	0.107	0.1133	0.1344
chr2R	14334218	14334442	chr2R:14334219-14334442	FBgn0034350,FBgn0050120	CG30120,CG5189	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0821	0.0926	0.0595	0.0541	0.0864	0.1003	0.1079	0.0541	0.1105	0.1003	0.1105	0.0914	0.0628	0.0503	0.0628	0.0677
chr2R	14338452	14338628	chr2R:14338453-14338628	FBgn0034351,FBgn0261119	CG5190,Prp19	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.103	0.0977	0.1198	0.0905	0.0583	0.1058	0.1215	0.1319	0.0583	0.1582	0.1277	0.1582	0.1146	0.1011	0.089	0.1011	0.1157
chr2R	14338694	14338881	chr2R:14338695-14338881	FBgn0034351,FBgn0261119	CG5190,Prp19	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0875	0.0814	0.1024	0.0781	0.0456	0.0985	0.0926	0.1139	0.0456	0.1377	0.1084	0.1377	0.1022	0.0926	0.0793	0.0926	0.1001
chr2R	14343632	14343783	chr2R:14343633-14343783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.011	0.0093	0.0111	0.0053	0.0073	0.0203	0.0107	0.0053	0.0103	0.0084	0.0103	0.0093	0.0069	0.0052	0.0069	0.0083
chr2R	14345881	14346032	chr2R:14345882-14346032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0129	0.0101	0.0143	0.0145	0.0042	0.0068	0.0186	0.0113	0.0042	0.0072	0.0225	0.0072	0.0093	0.0061	0.0342	0.0061	0.0047
chr2R	14369473	14369624	chr2R:14369474-14369624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0081	0.0067	0.0071	0.0106	0.0021	0.0049	0.0143	0.0053	0.0021	0.0054	0.0093	0.0054	0.0046	0.0038	0.0064	0.0038	0.0068
chr2R	14369727	14369878	chr2R:14369728-14369878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0077	0.0069	0.0096	0.0021	0.0073	0.0143	0.006	0.0021	0.0091	0.0055	0.0091	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0052
chr2R	14385361	14385682	chr2R:14385362-14385682	FBgn0028496	CG30116	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0191	0.0088	0.0105	0.0401	0.0053	0.0087	0.0182	0.004	0.0053	0.006	0.0103	0.006	0.0155	0.0329	0.0484	0.0329	0.0422
chr2R	14390997	14391168	chr2R:14390998-14391168	FBgn0034354	CG5224	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0085	0.0197	0.0705	0	0.0087	0.0143	0.0093	0	0.0097	0.0267	0.0097	0.038	0.023	0.1219	0.023	0.1287
chr2R	14391286	14391461	chr2R:14391287-14391461	FBgn0034354	CG5224	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0113	0.0325	0.0707	0.0032	0.0121	0.0195	0.0107	0.0032	0.0151	0.0453	0.0151	0.0581	0.0184	0.1418	0.0184	0.1152
chr2R	14391651	14391848	chr2R:14391652-14391848	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0111	0.0178	0.027	0.0064	0.0117	0.0156	0.014	0.0064	0.0085	0.0254	0.0085	0.031	0.0092	0.0632	0.0092	0.0375
chr2R	14401481	14401669	chr2R:14401482-14401669	FBgn0262476	CG43066	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0774	0.0602	0.0905	0.0823	0.0361	0.0665	0.0809	0.066	0.0361	0.1153	0.0974	0.1153	0.0976	0.0674	0.0761	0.0674	0.0891
chr2R	14401789	14402105	chr2R:14401790-14402105	FBgn0262476	CG43066	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0555	0.0341	0.0454	0.0905	0.018	0.0383	0.0493	0.034	0.018	0.0489	0.0412	0.0489	0.0426	0.0222	0.0361	0.0222	0.0459
chr2R	14402356	14402546	chr2R:14402357-14402546	FBgn0262476	CG43066	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.0265	0.0249	0.0504	0.0212	0.0243	0.045	0.0253	0.0212	0.0284	0.019	0.0284	0.0163	0.0092	0.0135	0.0092	0.0172
chr2R	14403191	14403346	chr2R:14403192-14403346	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.014	0.0169	0.039	0.0064	0.0141	0.0221	0.014	0.0064	0.0133	0.0167	0.0133	0.0147	0.0115	0.0135	0.0115	0.0151
chr2R	14405692	14405843	chr2R:14405693-14405843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0071	0.0076	0.0212	0.0011	0.0044	0.0138	0.0073	0.0011	0.0079	0.0064	0.0079	0.0116	0.01	0.0071	0.01	0.0146
chr2R	14411424	14411592	chr2R:14411425-14411592	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.016	0.0201	0.061	0.0064	0.0228	0.0225	0.0127	0.0064	0.0115	0.0206	0.0115	0.0426	0.0643	0.0522	0.0643	0.1053
chr2R	14413270	14413421	chr2R:14413271-14413421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0189	0.0133	0.0223	0.0213	0.0021	0.0146	0.0229	0.0107	0.0021	0.0266	0.0161	0.0266	0.0581	0.0413	0.0135	0.0413	0.0302
chr2R	14414765	14414989	chr2R:14414766-14414989	FBgn0034356	CG10924	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0466	0.0213	0.0505	0.0706	0.0053	0.035	0.0316	0.008	0.0053	0.0429	0.0254	0.0429	0.1782	0.0291	0.0219	0.0291	0.2095
chr2R	14415617	14415768	chr2R:14415618-14415768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0128	0.0174	0.0372	0.0053	0.0146	0.0216	0.0107	0.0053	0.0097	0.0129	0.0097	0.055	0.0191	0.0168	0.0191	0.0969
chr2R	14415859	14416058	chr2R:14415860-14416058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0191	0.0338	0.0698	0.0064	0.0194	0.0307	0.0193	0.0064	0.0242	0.0305	0.0242	0.0883	0.0536	0.0413	0.0536	0.1647
chr2R	14416186	14416548	chr2R:14416187-14416548	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0981	0.0471	0.0968	0.1565	0.0191	0.0563	0.0692	0.0433	0.0191	0.0616	0.0949	0.0616	0.2502	0.1309	0.1863	0.1309	0.2981
chr2R	14417035	14417186	chr2R:14417036-14417186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0211	0.0362	0.0326	0.0095	0.0272	0.0324	0.0153	0.0095	0.0157	0.0267	0.0157	0.1255	0.0191	0.0206	0.0191	0.0808
chr2R	14417296	14417467	chr2R:14417297-14417467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0481	0.04	0.0541	0.0506	0.0201	0.05	0.0532	0.0406	0.0201	0.0308	0.0463	0.0308	0.1603	0.0191	0.0355	0.0191	0.1308
chr2R	14417914	14418181	chr2R:14417915-14418181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0606	0.0446	0.0769	0.0607	0.0201	0.0587	0.0657	0.038	0.0201	0.0483	0.0859	0.0483	0.1696	0.0176	0.0548	0.0176	0.148
chr2R	14419056	14419207	chr2R:14419057-14419207	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.0526	0.0678	0.0411	0.0255	0.0602	0.0761	0.05	0.0255	0.0543	0.0913	0.0543	0.1084	0.023	0.0683	0.023	0.0703
chr2R	14419216	14419613	chr2R:14419217-14419613	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1494	0.1734	0.1044	0.0859	0.1626	0.2111	0.1532	0.0859	0.1208	0.2305	0.1208	0.2967	0.0436	0.2153	0.0436	0.1668
chr2R	14419615	14420018	chr2R:14419616-14420018	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.126	0.1468	0.1586	0.0668	0.105	0.1422	0.2253	0.1352	0.105	0.0924	0.2309	0.0924	0.2417	0.023	0.1857	0.023	0.0651
chr2R	14423683	14423834	chr2R:14423684-14423834	FBgn0003067	Pepck	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0293	0.0201	0.0319	0.0369	0.0074	0.018	0.0324	0.022	0.0074	0.0187	0.0395	0.0187	0.0635	0.0299	0.0593	0.0299	0.0615
chr2R	14424111	14424371	chr2R:14424112-14424371	FBgn0003067	Pepck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1276	0.1236	0.1374	0.1213	0.0997	0.1272	0.1665	0.1379	0.0997	0.0598	0.1878	0.0598	0.2711	0.075	0.2037	0.075	0.2168
chr2R	14424573	14424873	chr2R:14424574-14424873	FBgn0003067	Pepck	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0534	0.0695	0.0541	0.0345	0.0573	0.0592	0.1224	0.0513	0.0573	0.0284	0.0765	0.0284	0.093	0.0191	0.0496	0.0191	0.0636
chr2R	14425161	14425312	chr2R:14425162-14425312	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0209	0.0305	0.0202	0.0109	0.018	0.0252	0.0619	0.014	0.018	0.0115	0.0267	0.0115	0.038	0.0092	0.0161	0.0092	0.0162
chr2R	14425409	14425560	chr2R:14425410-14425560	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0199	0.0314	0.0165	0.0109	0.0138	0.0257	0.061	0.0233	0.0138	0.0103	0.0222	0.0103	0.0279	0.0069	0.0155	0.0069	0.0198
chr2R	14426138	14426289	chr2R:14426139-14426289	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0178	0.0265	0.0181	0.0078	0.0191	0.0272	0.0467	0.018	0.0191	0.0091	0.0215	0.0091	0.0387	0.0015	0.0097	0.0015	0.0198
chr2R	14426396	14426547	chr2R:14426397-14426547	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0196	0.0313	0.0192	0.007	0.0244	0.0291	0.0554	0.0187	0.0244	0.0103	0.0225	0.0103	0.0403	0.0031	0.0084	0.0031	0.0146
chr2R	14427403	14427554	chr2R:14427404-14427554	FBgn0085419	Rgk2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0216	0.0178	0.0214	0.0259	0.0127	0.018	0.0303	0.0133	0.0127	0.0097	0.0241	0.0097	0.0488	0.0054	0.0161	0.0054	0.0349
chr2R	14430070	14430227	chr2R:14430071-14430227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0213	0.0343	0.0173	0.0111	0.0106	0.0461	0.0528	0.0247	0.0106	0.0115	0.0183	0.0115	0.0403	0.0061	0.0097	0.0061	0.0167
chr2R	14434722	14434887	chr2R:14434723-14434887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0122	0.0152	0.0167	0.0053	0.0146	0.0216	0.008	0.0053	0.0115	0.0109	0.0115	0.0442	0.0084	0.0052	0.0084	0.0453
chr2R	14439325	14439476	chr2R:14439326-14439476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0096	0.0091	0.0079	0.012	0.0053	0.0083	0.0186	0.004	0.0053	0.0085	0.0074	0.0085	0.0124	0.0069	0.0026	0.0069	0.0063
chr2R	14441339	14441545	chr2R:14441340-14441545	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1077	0.0872	0.1242	0.1125	0.0562	0.1131	0.0917	0.1133	0.0562	0.1697	0.1383	0.1697	0.141	0.1271	0.1167	0.1271	0.1615
chr2R	14441617	14441806	chr2R:14441618-14441806	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0445	0.0706	0.0556	0.0297	0.0563	0.0489	0.0593	0.0297	0.0912	0.0775	0.0912	0.0844	0.0666	0.0496	0.0666	0.0875
chr2R	14441904	14442055	chr2R:14441905-14442055	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0192	0.0142	0.0274	0.0159	0.0127	0.016	0.0177	0.0173	0.0127	0.0326	0.0277	0.0326	0.0465	0.0191	0.0129	0.0191	0.0234
chr2R	14449821	14449990	chr2R:14449822-14449990	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0186	0.0282	0.0138	0.0131	0.0117	0.0398	0.0363	0.0273	0.0117	0.0163	0.0148	0.0163	0.0201	0.0145	0.0135	0.0145	0.0188
chr2R	14450051	14450215	chr2R:14450052-14450215	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.0293	0.0145	0.0082	0.0127	0.0364	0.0458	0.022	0.0127	0.0181	0.0141	0.0181	0.0263	0.0092	0.0077	0.0092	0.0156
chr2R	14451479	14451701	chr2R:14451480-14451701	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0229	0.0224	0.0255	0.0205	0.0117	0.0267	0.0346	0.0173	0.0117	0.0332	0.0257	0.0332	0.0364	0.0168	0.0258	0.0168	0.0344
chr2R	14452178	14452413	chr2R:14452179-14452413	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0598	0.0183	0.0191	0.0615	0.0709	0.0874	0.0373	0.0615	0.029	0.0132	0.029	0.0263	0.0283	0.0129	0.0283	0.0266
chr2R	14452902	14453053	chr2R:14452903-14453053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.017	0.0165	0.018	0.0166	0.0159	0.0238	0.0221	0.0067	0.0159	0.035	0.0141	0.035	0.0225	0.0498	0.0084	0.0498	0.0146
chr2R	14454673	14454919	chr2R:14454674-14454919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0206	0.028	0.0245	0.0085	0.0204	0.0359	0.0193	0.0085	0.0248	0.0283	0.0248	0.0558	0.0237	0.02	0.0237	0.0433
chr2R	14455645	14455796	chr2R:14455646-14455796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0146	0.0242	0.0108	0.0081	0.0148	0.015	0.0536	0.0113	0.0148	0.0139	0.0106	0.0139	0.0163	0.0092	0.009	0.0092	0.0135
chr2R	14455966	14456117	chr2R:14455967-14456117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0178	0.0268	0.0164	0.0092	0.018	0.0233	0.0484	0.0193	0.018	0.0193	0.017	0.0193	0.0248	0.0092	0.0129	0.0092	0.0104
chr2R	14456318	14456469	chr2R:14456319-14456469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0219	0.0324	0.0209	0.0113	0.0148	0.0417	0.0441	0.032	0.0148	0.0266	0.0196	0.0266	0.0318	0.0123	0.009	0.0123	0.0141
chr2R	14458362	14458892	chr2R:14458363-14458892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0501	0.0293	0.0503	0.0731	0.0085	0.0432	0.0433	0.02	0.0085	0.1021	0.0363	0.1021	0.0627	0.2044	0.0535	0.2044	0.062
chr2R	14459556	14459759	chr2R:14459557-14459759	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0278	0.0515	0.0204	0.0095	0.0403	0.0388	0.0926	0.042	0.0403	0.0284	0.0199	0.0284	0.0209	0.0115	0.0064	0.0115	0.0156
chr2R	14460463	14460614	chr2R:14460464-14460614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.021	0.0211	0.026	0.0155	0.0159	0.0257	0.0285	0.0187	0.0159	0.0453	0.0248	0.0453	0.0256	0.013	0.0193	0.013	0.0229
chr2R	14460965	14461170	chr2R:14460966-14461170	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0322	0.0319	0.0378	0.0265	0.0212	0.0393	0.0424	0.032	0.0212	0.0598	0.0399	0.0598	0.0403	0.0513	0.0239	0.0513	0.0318
chr2R	14461823	14462311	chr2R:14461824-14462311	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0558	0.0756	0.0555	0.034	0.053	0.0607	0.1168	0.0899	0.053	0.0719	0.0714	0.0719	0.0434	0.0306	0.0509	0.0306	0.0443
chr2R	14463065	14463326	chr2R:14463066-14463326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0303	0.0209	0.0382	0.0322	0.0095	0.0262	0.0342	0.0113	0.0095	0.0616	0.0251	0.0616	0.0759	0.0207	0.0064	0.0207	0.0844
chr2R	14469759	14469910	chr2R:14469760-14469910	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0372	0.0333	0.0438	0.0344	0.0223	0.0417	0.0424	0.0326	0.0223	0.0785	0.0354	0.0785	0.0426	0.0245	0.0206	0.0245	0.0651
chr2R	14469927	14470396	chr2R:14469928-14470396	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0907	0.083	0.1015	0.0875	0.053	0.099	0.1086	0.0846	0.053	0.1757	0.0862	0.1757	0.1201	0.062	0.0587	0.062	0.1709
chr2R	14470779	14471101	chr2R:14470780-14471101	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1779	0.1137	0.2383	0.1834	0.052	0.1903	0.109	0.1199	0.052	0.4463	0.2305	0.4463	0.1944	0.1501	0.1483	0.1501	0.2475
chr2R	14471744	14472056	chr2R:14471745-14472056	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0705	0.03	0.0959	0.0877	0.0117	0.0476	0.0385	0.0213	0.0117	0.1987	0.0537	0.1987	0.0527	0.0536	0.0309	0.0536	0.0672
chr2R	14472267	14472547	chr2R:14472268-14472547	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.054	0.0325	0.0897	0.0389	0.0074	0.0597	0.0281	0.0346	0.0074	0.2524	0.0547	0.2524	0.0403	0.0283	0.0303	0.0283	0.025
chr2R	14473916	14474067	chr2R:14473917-14474067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0195	0.0148	0.0231	0.0207	0.0074	0.0146	0.0225	0.0167	0.0074	0.0314	0.0241	0.0314	0.031	0.0084	0.0529	0.0084	0.0167
chr2R	14488595	14488773	chr2R:14488596-14488773	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.019	0.0117	0.0218	0.0241	0.0032	0.0131	0.0216	0.0067	0.0032	0.0211	0.0257	0.0211	0.0341	0.0245	0.0484	0.0245	0.0281
chr2R	14489248	14489414	chr2R:14489249-14489414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0185	0.0116	0.0218	0.0226	0.0042	0.0117	0.0208	0.0087	0.0042	0.0217	0.0225	0.0217	0.038	0.0168	0.0335	0.0168	0.0391
chr2R	14489914	14490065	chr2R:14489915-14490065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0166	0.0096	0.0151	0.0262	0.0011	0.015	0.0143	0.006	0.0011	0.0085	0.018	0.0085	0.0325	0.0115	0.0342	0.0115	0.0505
chr2R	14490882	14491038	chr2R:14490883-14491038	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0168	0.0088	0.0148	0.0277	0.0053	0.0097	0.0134	0.0067	0.0053	0.0121	0.0145	0.0121	0.0318	0.0161	0.0445	0.0161	0.049
chr2R	14491801	14492138	chr2R:14491802-14492138	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0441	0.0229	0.0537	0.0574	0.0064	0.0345	0.0281	0.0233	0.0064	0.0628	0.0637	0.0628	0.0775	0.0574	0.0883	0.0574	0.0922
chr2R	14494599	14494750	chr2R:14494600-14494750	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.03	0.0217	0.0377	0.0308	0.0053	0.0262	0.0359	0.0173	0.0053	0.0368	0.0408	0.0368	0.0736	0.0145	0.0658	0.0145	0.0448
chr2R	14495673	14495824	chr2R:14495674-14495824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0161	0.0348	0.0248	0.0085	0.0204	0.0238	0.0153	0.0085	0.0368	0.0405	0.0368	0.0558	0.013	0.0561	0.013	0.0255
chr2R	14496266	14496740	chr2R:14496267-14496740	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0849	0.0618	0.135	0.0556	0.0148	0.1136	0.0631	0.0526	0.0148	0.0978	0.1585	0.0978	0.2742	0.0207	0.0961	0.0207	0.0917
chr2R	14497181	14497350	chr2R:14497182-14497350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.043	0.0422	0.048	0.0383	0.0308	0.051	0.051	0.0533	0.0308	0.0441	0.0514	0.0441	0.0899	0.0153	0.0335	0.0153	0.0745
chr2R	14499205	14499451	chr2R:14499206-14499451	FBgn0050115	GEFmeso	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2026	0.1661	0.2602	0.1802	0.106	0.2393	0.1306	0.2465	0.106	0.381	0.3074	0.381	0.2781	0.2703	0.2205	0.2703	0.2731
chr2R	14500492	14500685	chr2R:14500493-14500685	FBgn0034360,FBgn0261587	CG10927,CG42697	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0653	0.0586	0.0832	0.0531	0.035	0.0757	0.0653	0.0733	0.035	0.1135	0.0823	0.1135	0.1123	0.0597	0.0606	0.0597	0.0672
chr2R	14502121	14502392	chr2R:14502122-14502392	FBgn0034361,FBgn0034362	CG5323,mRpS28	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0571	0.0476	0.0718	0.0514	0.0276	0.0597	0.0575	0.0546	0.0276	0.0797	0.0788	0.0797	0.0891	0.0628	0.0451	0.0628	0.0688
chr2R	14502444	14502620	chr2R:14502445-14502620	FBgn0034361,FBgn0034362	CG5323,mRpS28	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0791	0.0687	0.0981	0.0698	0.0318	0.0937	0.0688	0.0946	0.0318	0.1165	0.1071	0.1165	0.1224	0.0812	0.0664	0.0812	0.1032
chr2R	14502696	14502850	chr2R:14502697-14502850	FBgn0034361,FBgn0034362	CG5323,mRpS28	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0435	0.0529	0.0312	0.017	0.0466	0.0523	0.0653	0.017	0.064	0.0569	0.064	0.062	0.0329	0.0277	0.0329	0.0459
chr2R	14506916	14507099	chr2R:14506917-14507099	FBgn0034364	CG5493	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0347	0.0223	0.0494	0.0324	0.0095	0.0267	0.0221	0.0393	0.0095	0.0133	0.0868	0.0133	0.0372	0.0107	0.0928	0.0107	0.0208
chr2R	14508908	14509131	chr2R:14508909-14509131	FBgn0034365	CG5335	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.015	0.0232	0.0506	0.0053	0.0175	0.0247	0.0133	0.0053	0.0175	0.0209	0.0175	0.0612	0.0383	0.0368	0.0383	0.1178
chr2R	14512234	14512385	chr2R:14512235-14512385	FBgn0034366,FBgn0034367	Atg7,sec6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0337	0.025	0.0369	0.0398	0.0117	0.0301	0.0368	0.0253	0.0117	0.038	0.0389	0.038	0.0542	0.0475	0.049	0.0475	0.0511
chr2R	14512457	14512646	chr2R:14512458-14512646	FBgn0034366,FBgn0034367	Atg7,sec6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0666	0.044	0.0751	0.0824	0.0255	0.0607	0.0489	0.052	0.0255	0.0918	0.0826	0.0918	0.0976	0.0934	0.0845	0.0934	0.1178
chr2R	14512683	14512858	chr2R:14512684-14512858	FBgn0034366,FBgn0034367	Atg7,sec6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0913	0.0694	0.1019	0.1042	0.0467	0.0937	0.0714	0.0853	0.0467	0.1184	0.1183	0.1184	0.1232	0.1217	0.1019	0.1217	0.1454
chr2R	14515007	14515158	chr2R:14515008-14515158	FBgn0000566	Eip55E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0526	0.0628	0.0327	0.035	0.0563	0.0666	0.0653	0.035	0.0827	0.0662	0.0827	0.0728	0.0429	0.0329	0.0429	0.0433
chr2R	14515290	14515494	chr2R:14515291-14515494	FBgn0000566	Eip55E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.1205	0.1223	0.0936	0.0912	0.132	0.1354	0.1639	0.0912	0.1661	0.1206	0.1661	0.1696	0.1202	0.0954	0.1202	0.1391
chr2R	14519104	14519264	chr2R:14519105-14519264	FBgn0034368	CG5482	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0492	0.0655	0.0461	0.0276	0.0558	0.0666	0.056	0.0276	0.0791	0.0707	0.0791	0.0627	0.0498	0.0329	0.0498	0.062
chr2R	14519313	14519487	chr2R:14519314-14519487	FBgn0034368	CG5482	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.0785	0.101	0.0756	0.0477	0.0937	0.0978	0.0953	0.0477	0.1262	0.1071	0.1262	0.1146	0.0911	0.0632	0.0911	0.1011
chr2R	14519869	14520457	chr2R:14519870-14520457	FBgn0034368	CG5482	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.1038	0.0886	0.0508	0.0488	0.1068	0.1406	0.1439	0.0488	0.0984	0.0987	0.0984	0.0906	0.059	0.0451	0.059	0.0646
chr2R	14520521	14520832	chr2R:14520522-14520832	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0521	0.0656	0.0581	0.0305	0.052	0.0607	0.0973	0.0759	0.052	0.0664	0.0659	0.0664	0.0534	0.0413	0.029	0.0413	0.0354
chr2R	14522526	14522677	chr2R:14522527-14522677	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0392	0.053	0.0369	0.0265	0.0392	0.0408	0.0809	0.0653	0.0392	0.029	0.0482	0.029	0.0364	0.0161	0.0619	0.0161	0.0219
chr2R	14526203	14526391	chr2R:14526204-14526391	FBgn0050122	CG30122	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1525	0.1271	0.1775	0.1533	0.0944	0.1573	0.1475	0.1512	0.0944	0.1793	0.1984	0.1793	0.2122	0.1294	0.1573	0.1294	0.2308
chr2R	14526705	14526874	chr2R:14526706-14526874	FBgn0011868,FBgn0050122,FBgn0050227	CG30122,tRNA:CR30227,tRNA:G3:55E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2529	0.2335	0.2885	0.2356	0.1919	0.2733	0.2664	0.2751	0.1919	0.3581	0.3051	0.3581	0.261	0.2435	0.2424	0.2435	0.284
chr2R	14527004	14527251	chr2R:14527005-14527251	FBgn0011868,FBgn0050122,FBgn0050227,FBgn0262595	CG30122,CheA56a,tRNA:CR30227,tRNA:G3:55E	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.258	0.2665	0.2763	0.2285	0.245	0.3049	0.2993	0.3178	0.245	0.3539	0.2823	0.3539	0.2719	0.2335	0.2211	0.2335	0.2882
chr2R	14532024	14532299	chr2R:14532025-14532299	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT18830.1	VT18830.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0393	0.037	0.0557	0.024	0.0138	0.0306	0.0359	0.0839	0.0138	0.0211	0.1077	0.0211	0.0287	0.01	0.0638	0.01	0.0234
chr2R	14532453	14532693	chr2R:14532454-14532693	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.022	0.0258	0.0251	0.0142	0.0085	0.0214	0.0281	0.0566	0.0085	0.0139	0.0463	0.0139	0.0101	0.0061	0.0309	0.0061	0.0162
chr2R	14535942	14536093	chr2R:14535943-14536093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0186	0.0332	0.022	0.0085	0.0248	0.0251	0.0173	0.0085	0.0344	0.0453	0.0344	0.024	0.0513	0.0187	0.0513	0.0208
chr2R	14539429	14539707	chr2R:14539430-14539707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0549	0.038	0.0628	0.0652	0.0085	0.0553	0.0446	0.0393	0.0085	0.0797	0.063	0.0797	0.1038	0.0237	0.0722	0.0237	0.1501
chr2R	14540319	14540610	chr2R:14540320-14540610	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1568	0.0499	0.2539	0.1698	0.0042	0.116	0.0359	0.0366	0.0042	0.2723	0.3145	0.2723	0.3586	0.0735	0.2689	0.0735	0.3043
chr2R	14541607	14541802	chr2R:14541608-14541802	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0466	0.0525	0.0536	0.0324	0.0201	0.0578	0.0662	0.0813	0.0201	0.0278	0.0736	0.0278	0.0744	0.0138	0.0503	0.0138	0.0521
chr2R	14545441	14545649	chr2R:14545442-14545649	FBgn0034371	SP2637	stage11,stage14	none	VT18838.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0439	0.0351	0.0459	0.0515	0.0255	0.0359	0.0446	0.042	0.0255	0.0453	0.0492	0.0453	0.0736	0.0597	0.0529	0.0597	0.0688
chr2R	14545676	14545849	chr2R:14545677-14545849	FBgn0034371	SP2637	stage11,stage14	none	VT18838.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0547	0.0366	0.0486	0.0815	0.0265	0.0383	0.0545	0.0366	0.0265	0.035	0.0531	0.035	0.0813	0.085	0.0922	0.085	0.1037
chr2R	14547632	14547946	chr2R:14547633-14547946	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0733	0.0895	0.0596	0.0435	0.0859	0.0986	0.0793	0.0435	0.1051	0.1061	0.1051	0.0844	0.0567	0.0658	0.0567	0.0818
chr2R	14548056	14548234	chr2R:14548057-14548234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1386	0.1234	0.1689	0.1223	0.0742	0.1398	0.1436	0.1686	0.0742	0.2216	0.1859	0.2216	0.158	0.1217	0.1476	0.1217	0.1485
chr2R	14549256	14549425	chr2R:14549257-14549425	FBgn0034372,FBgn0259202	CG42306,Gint3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.033	0.0241	0.0462	0.0285	0.0053	0.0306	0.0294	0.034	0.0053	0.0447	0.055	0.0447	0.062	0.0199	0.0554	0.0199	0.038
chr2R	14549675	14549855	chr2R:14549676-14549855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0443	0.037	0.0629	0.0319	0.0191	0.0505	0.0294	0.068	0.0191	0.0296	0.101	0.0296	0.072	0.0161	0.0806	0.0161	0.025
chr2R	14550946	14551097	chr2R:14550947-14551097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0122	0.0357	0.0324	0.0042	0.018	0.0169	0.0093	0.0042	0.0477	0.0473	0.0477	0.0263	0.049	0.0503	0.049	0.0339
chr2R	14551107	14551263	chr2R:14551108-14551263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.012	0.0336	0.034	0.0032	0.0189	0.0147	0.0113	0.0032	0.0417	0.0469	0.0417	0.0217	0.0391	0.0613	0.0391	0.0354
chr2R	14551606	14552008	chr2R:14551607-14552008	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0585	0.0295	0.0793	0.068	0.0042	0.0432	0.0363	0.0273	0.0042	0.0694	0.1318	0.0694	0.048	0.111	0.1418	0.111	0.0479
chr2R	14553719	14553983	chr2R:14553720-14553983	FBgn0053136	CG33136	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0603	0.0739	0.073	0.0313	0.0329	0.1214	0.0662	0.0873	0.0329	0.1486	0.0736	0.1486	0.0426	0.0459	0.0426	0.0459	0.0412
chr2R	14554024	14554253	chr2R:14554025-14554253	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.056	0.0631	0.064	0.0394	0.0265	0.0995	0.0606	0.0753	0.0265	0.1093	0.0669	0.1093	0.0457	0.0643	0.0509	0.0643	0.0469
chr2R	14557917	14558096	chr2R:14557918-14558096	distal	distal	stage11	stage11	edl_MaeEBS2	edl_MaeEBS2	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0454	0.0437	0.0668	0.024	0.0106	0.0782	0.0333	0.0586	0.0106	0.0996	0.0691	0.0996	0.0333	0.023	0.0271	0.023	0.0214
chr2R	14558922	14559199	chr2R:14558923-14559199	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	edl_PE	edl_PE	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1019	0.0804	0.1376	0.0869	0.0244	0.1476	0.0614	0.0993	0.0244	0.2409	0.1113	0.2409	0.1712	0.1087	0.0722	0.1087	0.1668
chr2R	14559290	14559487	chr2R:14559291-14559487	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	edl_PE	edl_PE	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.068	0.0404	0.097	0.0671	0.0053	0.0718	0.0346	0.0506	0.0053	0.1661	0.0817	0.1661	0.1139	0.0781	0.04	0.0781	0.1423
chr2R	14559577	14559728	chr2R:14559578-14559728	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	edl_PE	edl_PE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0599	0.0475	0.0896	0.0412	0.0117	0.0825	0.0407	0.0606	0.0117	0.1027	0.0971	0.1027	0.079	0.0345	0.0322	0.0345	0.0662
chr2R	14559743	14559981	chr2R:14559744-14559981	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	edl_PE	edl_PE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0989	0.083	0.1519	0.0585	0.0361	0.1311	0.0662	0.1233	0.0361	0.1697	0.1817	0.1697	0.0775	0.0383	0.0509	0.0383	0.0427
chr2R	14560930	14561127	chr2R:14560931-14561127	FBgn0023214	edl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2057	0.194	0.2689	0.1494	0.1612	0.267	0.1773	0.2572	0.1612	0.3436	0.2955	0.3436	0.2463	0.1884	0.1979	0.1884	0.1996
chr2R	14562190	14562382	chr2R:14562191-14562382	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0616	0.0737	0.0949	0.0114	0.0223	0.1282	0.0688	0.0833	0.0223	0.2192	0.0878	0.2192	0.0411	0.0161	0.0174	0.0161	0.0125
chr2R	14563018	14563331	chr2R:14563019-14563331	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0772	0.0803	0.1171	0.0301	0.0276	0.1553	0.0519	0.1066	0.0276	0.2138	0.0971	0.2138	0.11	0.0758	0.0264	0.0758	0.0188
chr2R	14563347	14563541	chr2R:14563348-14563541	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0639	0.0447	0.1004	0.0453	0.0064	0.0976	0.0298	0.046	0.0064	0.2343	0.0788	0.2343	0.0596	0.1348	0.0387	0.1348	0.0271
chr2R	14563834	14563985	chr2R:14563835-14563985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0305	0.0244	0.0414	0.0252	0.0064	0.0403	0.0251	0.0253	0.0064	0.0803	0.046	0.0803	0.0186	0.0452	0.0496	0.0452	0.0141
chr2R	14564149	14564300	chr2R:14564150-14564300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0367	0.0257	0.0509	0.0336	0.0032	0.0422	0.0229	0.036	0.0032	0.0688	0.065	0.0688	0.031	0.026	0.0645	0.026	0.0396
chr2R	14564348	14564519	chr2R:14564349-14564519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.0378	0.0505	0.038	0.0127	0.0578	0.0298	0.0573	0.0127	0.0556	0.065	0.0556	0.0519	0.0299	0.0529	0.0299	0.0594
chr2R	14565076	14565333	chr2R:14565077-14565333	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	edl_MaeEBS1	edl_MaeEBS1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0977	0.1761	0.0943	0.0138	0.0986	0.2481	0.1038	0.3231	0.0986	0.1467	0.1084	0.1467	0.0225	0.0084	0.0129	0.0084	0.0052
chr2R	14565583	14565796	chr2R:14565584-14565796	distal	distal	stage5	stage5	edl_MaeEBS1	edl_MaeEBS1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0743	0.1376	0.0685	0.0099	0.0827	0.165	0.1042	0.2592	0.0827	0.0936	0.0916	0.0936	0.0155	0.0054	0.0135	0.0054	0.0083
chr2R	14569530	14569735	chr2R:14569531-14569735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0294	0.029	0.0442	0.0135	0.0042	0.0379	0.0303	0.0466	0.0042	0.0525	0.0643	0.0525	0.0186	0.0084	0.0232	0.0084	0.0115
chr2R	14574607	14574758	chr2R:14574608-14574758	FBgn0034374,FBgn0262102	CG15086,CG42855	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0233	0.0206	0.026	0.0233	0.0127	0.0238	0.0281	0.024	0.0127	0.0326	0.0331	0.0326	0.0186	0.0115	0.009	0.0115	0.0078
chr2R	14575202	14575381	chr2R:14575203-14575381	FBgn0262102,FBgn0262103	CG42855,Sik3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0776	0.0641	0.1008	0.0673	0.0488	0.0767	0.0757	0.0799	0.0488	0.1329	0.118	0.1329	0.1007	0.0704	0.0916	0.0704	0.0886
chr2R	14575542	14575723	chr2R:14575543-14575723	FBgn0262103	Sik3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1938	0.1675	0.2345	0.1784	0.1039	0.2209	0.183	0.2065	0.1039	0.2808	0.2611	0.2808	0.2649	0.1723	0.2076	0.1723	0.222
chr2R	14575821	14576031	chr2R:14575822-14576031	FBgn0262103	Sik3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1168	0.0865	0.1404	0.1249	0.0361	0.1223	0.0926	0.1059	0.0361	0.1425	0.1643	0.1425	0.1681	0.1126	0.1528	0.1126	0.1683
chr2R	14576176	14576354	chr2R:14576177-14576354	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.199	0.1518	0.2426	0.2039	0.0933	0.2131	0.1462	0.1952	0.0933	0.2893	0.2711	0.2893	0.2719	0.2251	0.2218	0.2251	0.2475
chr2R	14576457	14576658	chr2R:14576458-14576658	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1673	0.1076	0.2019	0.1959	0.0551	0.1583	0.0956	0.1466	0.0551	0.2391	0.2238	0.2391	0.2417	0.2167	0.2205	0.2167	0.2423
chr2R	14577414	14577596	chr2R:14577415-14577596	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0719	0.0191	0.0576	0.1465	0.0064	0.0325	0.0208	0.0187	0.0064	0.0417	0.0624	0.0417	0.0999	0.147	0.1573	0.147	0.198
chr2R	14578208	14578373	chr2R:14578209-14578373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0457	0.0221	0.0491	0.0682	0.0074	0.0335	0.0242	0.0266	0.0074	0.0562	0.0495	0.0562	0.0519	0.085	0.0438	0.085	0.061
chr2R	14581504	14581895	chr2R:14581505-14581895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0373	0.0475	0.0406	0.0224	0.0148	0.0631	0.0705	0.0366	0.0148	0.0374	0.0386	0.0374	0.0751	0.0191	0.0148	0.0191	0.0396
chr2R	14582615	14582854	chr2R:14582616-14582854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0347	0.0432	0.0373	0.0221	0.0276	0.0553	0.058	0.04	0.0276	0.0205	0.0447	0.0205	0.0643	0.0145	0.0284	0.0145	0.0182
chr2R	14583152	14583322	chr2R:14583153-14583322	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0238	0.0297	0.0155	0.0263	0.017	0.0291	0.0502	0.0213	0.017	0.0133	0.0113	0.0133	0.0263	0.0084	0.0097	0.0084	0.0162
chr2R	14583862	14584013	chr2R:14583863-14584013	FBgn0034377	CG15071	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0123	0.0105	0.0124	0.0042	0.0126	0.0208	0.012	0.0042	0.0042	0.0132	0.0042	0.0139	0.0069	0.0058	0.0069	0.0063
chr2R	14586146	14586297	chr2R:14586147-14586297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0169	0.0141	0.0141	0.0233	0.0042	0.0155	0.0234	0.0093	0.0042	0.0169	0.0154	0.0169	0.0155	0.0452	0.02	0.0452	0.0255
chr2R	14593355	14593539	chr2R:14593356-14593539	FBgn0034379	CG15073	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.096	0.0815	0.1183	0.0877	0.0541	0.0995	0.093	0.1019	0.0541	0.1389	0.1334	0.1389	0.134	0.1049	0.0877	0.1049	0.1131
chr2R	14593603	14593801	chr2R:14593604-14593801	FBgn0034379	CG15073	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0492	0.0449	0.0603	0.0419	0.0233	0.0495	0.0597	0.0553	0.0233	0.067	0.0701	0.067	0.0697	0.0559	0.0464	0.0559	0.0485
chr2R	14597759	14597910	chr2R:14597760-14597910	FBgn0034380	CG15087	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0234	0.0268	0.0143	0.0106	0.0233	0.0359	0.028	0.0106	0.0248	0.0334	0.0248	0.0256	0.0115	0.0181	0.0115	0.0198
chr2R	14598070	14598241	chr2R:14598071-14598241	FBgn0034380	CG15087	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0406	0.0494	0.0322	0.0255	0.0427	0.0571	0.046	0.0255	0.0586	0.0566	0.0586	0.0449	0.0352	0.0309	0.0352	0.0443
chr2R	14598298	14598485	chr2R:14598299-14598485	FBgn0034380,FBgn0062961	CG15087,pncr016:2R	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.0662	0.0793	0.066	0.0456	0.0709	0.0852	0.0833	0.0456	0.0864	0.099	0.0864	0.072	0.0735	0.0696	0.0735	0.0829
chr2R	14604914	14605102	chr2R:14604915-14605102	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0308	0.0135	0.014	0.0688	0.0106	0.0136	0.0225	0.0107	0.0106	0.0121	0.0096	0.0121	0.0155	0.1126	0.0123	0.1126	0.0323
chr2R	14605520	14605698	chr2R:14605521-14605698	FBgn0053147	Hs3st-A	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0287	0.0143	0.0136	0.0614	0.0064	0.0141	0.0272	0.0087	0.0064	0.0169	0.009	0.0169	0.0101	0.0926	0.0071	0.0926	0.0156
chr2R	14641873	14642024	chr2R:14641874-14642024	FBgn0034387	Cyp12b2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0137	0.011	0.0112	0.0195	0.0064	0.0102	0.0186	0.0093	0.0064	0.0079	0.0164	0.0079	0.0101	0.0291	0.0148	0.0291	0.0214
chr2R	14642127	14642364	chr2R:14642128-14642364	FBgn0034387	Cyp12b2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0133	0.0194	0.0461	0.0074	0.0126	0.0195	0.0167	0.0074	0.0181	0.0241	0.0181	0.0271	0.0551	0.0445	0.0551	0.0646
chr2R	14649186	14649337	chr2R:14649187-14649337	FBgn0034389	Mctp	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.0041	0.0041	0.0106	0.0021	0.001	0.0099	0.004	0.0021	0.0024	0.0023	0.0024	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0073
chr2R	14658346	14658559	chr2R:14658347-14658559	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0132	0.0069	0.0131	0.0203	0.0095	0.0058	0.0099	0.0053	0.0095	0.0109	0.0164	0.0109	0.0217	0.0077	0.0297	0.0077	0.037
chr2R	14662842	14662993	chr2R:14662843-14662993	FBgn0264679	CR43964	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0082	0.0062	0.0053	0.0136	0.0021	0.0063	0.0121	0.0033	0.0021	0.0024	0.0051	0.0024	0.0101	0.0054	0.0129	0.0054	0.0287
chr2R	14663024	14663175	chr2R:14663025-14663175	FBgn0264679	CR43964	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0091	0.0079	0.008	0.0118	0.0053	0.0073	0.013	0.006	0.0053	0.0036	0.0087	0.0036	0.0186	0.0046	0.0084	0.0046	0.0302
chr2R	14664813	14665069	chr2R:14664814-14665069	FBgn0034390	CG15093	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0153	0.0074	0.01	0.0299	0.0053	0.0063	0.0151	0.0027	0.0053	0.0115	0.0077	0.0115	0.0186	0.0145	0.0297	0.0145	0.0532
chr2R	14670708	14670859	chr2R:14670709-14670859	FBgn0034391	CG15080	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0087	0.0074	0.0188	0.0032	0.0092	0.016	0.0047	0.0032	0.0054	0.0109	0.0054	0.007	0.0054	0.0645	0.0054	0.0068
chr2R	14671411	14671562	chr2R:14671412-14671562	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0078	0.0072	0.0071	0.0093	0.0053	0.0044	0.0134	0.006	0.0053	0.0085	0.0093	0.0085	0.0046	0	0.0322	0	0.0063
chr2R	14674953	14675104	chr2R:14674954-14675104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0165	0.0173	0.0168	0.0152	0.0064	0.0117	0.0324	0.0207	0.0064	0.0066	0.0322	0.0066	0.0108	0.0046	0.0529	0.0046	0.0057
chr2R	14675150	14675322	chr2R:14675151-14675322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0189	0.0253	0.0152	0.0095	0.0155	0.0316	0.0247	0.0095	0.0079	0.0457	0.0079	0.0209	0.0023	0.0522	0.0023	0.0073
chr2R	14684065	14684252	chr2R:14684066-14684252	FBgn0034392	MFS15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1407	0.128	0.1609	0.1326	0.0986	0.149	0.1501	0.1586	0.0986	0.1963	0.1987	0.1963	0.1743	0.1608	0.1593	0.1608	0.173
chr2R	14684355	14684530	chr2R:14684356-14684530	FBgn0034392	MFS15	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.121	0.1108	0.1376	0.1143	0.0817	0.1267	0.1315	0.1386	0.0817	0.16	0.1723	0.16	0.1464	0.1309	0.1115	0.1309	0.1652
chr2R	14686868	14687115	chr2R:14686869-14687115	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1162	0.0773	0.0999	0.1776	0.0668	0.0898	0.1025	0.0673	0.0668	0.1069	0.1096	0.1069	0.1681	0.2971	0.1902	0.2971	0.2632
chr2R	14687214	14687443	chr2R:14687215-14687443	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.16	0.1018	0.1056	0.1506	0.1641	0.2266	0.1499	0.1506	0.1123	0.1334	0.1123	0.117	0.193	0.1322	0.193	0.1271
chr2R	14687950	14688134	chr2R:14687951-14688134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1203	0.1267	0.1268	0.1061	0.1007	0.168	0.1462	0.1332	0.1007	0.1461	0.1424	0.1461	0.1936	0.1424	0.1173	0.1424	0.1824
chr2R	14688565	14688876	chr2R:14688566-14688876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0869	0.0761	0.1018	0.0827	0.0403	0.1102	0.0817	0.0866	0.0403	0.1335	0.0855	0.1335	0.2091	0.108	0.0535	0.108	0.1699
chr2R	14689359	14689650	chr2R:14689360-14689650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1033	0.1002	0.1117	0.0976	0.0626	0.135	0.1107	0.1159	0.0626	0.1528	0.119	0.1528	0.1526	0.1194	0.1219	0.1194	0.1553
chr2R	14689956	14690264	chr2R:14689957-14690264	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2871	0.2859	0.3344	0.2366	0.281	0.3646	0.2885	0.3284	0.281	0.4215	0.3897	0.4215	0.378	0.3116	0.3146	0.3116	0.3554
chr2R	14693742	14693893	chr2R:14693743-14693893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.033	0.0211	0.0391	0.0395	0.0095	0.0291	0.0229	0.0253	0.0095	0.0471	0.0444	0.0471	0.0542	0.0643	0.0522	0.0643	0.0542
chr2R	14694648	14694921	chr2R:14694649-14694921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0287	0.0341	0.0494	0.0127	0.0301	0.042	0.0353	0.0127	0.0393	0.0302	0.0393	0.0728	0.0681	0.0303	0.0681	0.1058
chr2R	14695046	14695352	chr2R:14695047-14695352	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0506	0.0516	0.0533	0.0465	0.0255	0.0597	0.0614	0.0726	0.0255	0.0646	0.0598	0.0646	0.0767	0.0658	0.0432	0.0658	0.0844
chr2R	14699346	14699497	chr2R:14699347-14699497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0124	0.0074	0.0086	0.0221	0	0.0063	0.0125	0.0107	0	0.006	0.0087	0.006	0.0163	0.0038	0.0239	0.0038	0.0464
chr2R	14702718	14702945	chr2R:14702719-14702945	FBgn0034394,FBgn0263337	CG15096,CR43418	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0182	0.0228	0.0185	0.0106	0.0189	0.0303	0.0147	0.0106	0.0175	0.0209	0.0175	0.0596	0.0084	0.0148	0.0084	0.0443
chr2R	14703837	14703988	chr2R:14703838-14703988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.012	0.0145	0.0153	0.0021	0.0087	0.0199	0.016	0.0021	0.0199	0.019	0.0199	0.0116	0.0084	0.0297	0.0084	0.0172
chr2R	14706594	14706770	chr2R:14706595-14706770	FBgn0010551	l(2)03709	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0798	0.077	0.0879	0.0739	0.0435	0.0898	0.0943	0.0973	0.0435	0.1087	0.1006	0.1087	0.1007	0.0865	0.0709	0.0865	0.1011
chr2R	14706879	14707068	chr2R:14706880-14707068	FBgn0010551	l(2)03709	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1337	0.1335	0.1551	0.1106	0.0997	0.1558	0.1522	0.1759	0.0997	0.1884	0.1814	0.1884	0.1526	0.1248	0.1154	0.1248	0.1407
chr2R	14707123	14707485	chr2R:14707124-14707485	FBgn0010551	l(2)03709	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1313	0.1442	0.161	0.0841	0.106	0.168	0.1613	0.1892	0.106	0.2041	0.1826	0.2041	0.151	0.098	0.0819	0.098	0.1136
chr2R	14707658	14707809	chr2R:14707659-14707809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0335	0.0354	0.0217	0.018	0.0325	0.0471	0.0446	0.018	0.0417	0.0383	0.0417	0.0465	0.0299	0.0129	0.0299	0.0297
chr2R	14707958	14708109	chr2R:14707959-14708109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0265	0.0214	0.0121	0.0085	0.0228	0.0463	0.0273	0.0085	0.0248	0.0225	0.0248	0.0263	0.0115	0.0103	0.0115	0.0182
chr2R	14708465	14708616	chr2R:14708466-14708616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0196	0.0274	0.0187	0.012	0.0085	0.0204	0.0484	0.0353	0.0085	0.0229	0.019	0.0229	0.0302	0.0107	0.011	0.0107	0.0193
chr2R	14713246	14713397	chr2R:14713247-14713397	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0083	0.0075	0.0159	0.0032	0.0058	0.016	0.008	0.0032	0.0072	0.0084	0.0072	0.0101	0.0092	0.009	0.0092	0.0135
chr2R	14713669	14713820	chr2R:14713670-14713820	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0065	0.0079	0.0146	0.0011	0.0049	0.0125	0.0073	0.0011	0.0066	0.0084	0.0066	0.007	0.0061	0.0064	0.0061	0.0109
chr2R	14716698	14716887	chr2R:14716699-14716887	FBgn0034396	CG15097	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0154	0.0083	0.0096	0.0297	0	0.0092	0.0138	0.0093	0	0.0085	0.01	0.0085	0.0155	0.0084	0.0213	0.0084	0.0292
chr2R	14717127	14717299	chr2R:14717128-14717299	FBgn0034396	CG15097	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0066	0.0132	0.0567	0.0011	0.0083	0.0108	0.0053	0.0011	0.0048	0.0138	0.0048	0.0271	0.013	0.0516	0.013	0.1037
chr2R	14721800	14721951	chr2R:14721801-14721951	FBgn0034398	CG15098	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.019	0.0237	0.0141	0.0192	0.0117	0.0121	0.0446	0.0273	0.0117	0.0109	0.017	0.0109	0.0201	0.01	0.0297	0.01	0.0271
chr2R	14721989	14722140	chr2R:14721990-14722140	FBgn0034398	CG15098	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0185	0.0189	0.0155	0.0214	0.0106	0.0107	0.0346	0.0233	0.0106	0.0133	0.018	0.0133	0.0256	0.0168	0.0284	0.0168	0.0287
chr2R	14722206	14722386	chr2R:14722207-14722386	FBgn0034398,FBgn0034399	CG15083,CG15098	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0155	0.0208	0.0525	0.0095	0.0141	0.0268	0.014	0.0095	0.0103	0.0251	0.0103	0.0403	0.0436	0.0632	0.0436	0.0745
chr2R	14722715	14722908	chr2R:14722716-14722908	FBgn0034398,FBgn0034399	CG15083,CG15098	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0447	0.0232	0.0565	0.0557	0.0117	0.0306	0.0225	0.034	0.0117	0.0157	0.1035	0.0157	0.0511	0.0322	0.1354	0.0322	0.05
chr2R	14723011	14723231	chr2R:14723012-14723231	FBgn0034399	CG15083	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0221	0.0338	0.0369	0.0138	0.0218	0.0281	0.0326	0.0138	0.0157	0.0569	0.0157	0.0302	0.023	0.0735	0.023	0.0391
chr2R	14723565	14723716	chr2R:14723566-14723716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0145	0.016	0.0187	0.0106	0.016	0.0195	0.0167	0.0106	0.0072	0.0209	0.0072	0.0318	0.0069	0.0232	0.0069	0.038
chr2R	14731529	14731680	chr2R:14731530-14731680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0182	0.0188	0.0155	0.0203	0.0095	0.0165	0.0277	0.0253	0.0095	0.0133	0.017	0.0133	0.024	0.0138	0.0116	0.0138	0.0485
chr2R	14732028	14732179	chr2R:14732029-14732179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0182	0.0135	0.0201	0.0159	0.0189	0.0212	0.0247	0.0159	0.0127	0.0148	0.0127	0.0201	0.0084	0.0084	0.0084	0.0578
chr2R	14732988	14733139	chr2R:14732989-14733139	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0264	0.0212	0.0236	0.0354	0.0095	0.016	0.0376	0.0227	0.0095	0.0175	0.0257	0.0175	0.0434	0.0107	0.0123	0.0107	0.1021
chr2R	14733530	14733681	chr2R:14733531-14733681	FBgn0034400	CG15099	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0321	0.0246	0.0385	0.0336	0.0095	0.0286	0.0272	0.038	0.0095	0.0284	0.0476	0.0284	0.0565	0.0268	0.0432	0.0268	0.0552
chr2R	14733778	14733967	chr2R:14733779-14733967	FBgn0034400	CG15099	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1013	0.0791	0.1222	0.103	0.0456	0.1083	0.0722	0.1153	0.0456	0.1069	0.1524	0.1069	0.1503	0.0812	0.1231	0.0812	0.1433
chr2R	14734018	14734214	chr2R:14734019-14734214	FBgn0034400	CG15099	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0936	0.08	0.1071	0.0939	0.0541	0.1005	0.0813	0.1133	0.0541	0.0954	0.1286	0.0954	0.1309	0.0842	0.1057	0.0842	0.1209
chr2R	14734231	14734382	chr2R:14734232-14734382	FBgn0034400	CG15099	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0623	0.0512	0.0673	0.0693	0.0371	0.0583	0.0575	0.0693	0.0371	0.0628	0.081	0.0628	0.0844	0.0681	0.0825	0.0681	0.0922
chr2R	14737999	14738187	chr2R:14738000-14738187	FBgn0034401,FBgn0034402	CG15084,CG15100	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0694	0.045	0.0868	0.0774	0.0223	0.0558	0.0502	0.0613	0.0223	0.0833	0.1026	0.0833	0.1108	0.0881	0.0787	0.0881	0.1157
chr2R	14738255	14738445	chr2R:14738256-14738445	FBgn0034401,FBgn0034402	CG15084,CG15100	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0736	0.0558	0.091	0.0742	0.0339	0.0699	0.0614	0.072	0.0339	0.0942	0.1068	0.0942	0.1007	0.0926	0.0748	0.0926	0.1016
chr2R	14740045	14740319	chr2R:14740046-14740319	FBgn0034403	CG18190	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0533	0.0658	0.0657	0.0256	0.0371	0.0714	0.0809	0.0866	0.0371	0.058	0.09	0.058	0.0534	0.0153	0.0393	0.0153	0.0307
chr2R	14740471	14740640	chr2R:14740472-14740640	FBgn0034403	CG18190	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.092	0.1218	0.1109	0.038	0.0986	0.1398	0.1263	0.1726	0.0986	0.0809	0.1695	0.0809	0.0775	0.0214	0.0664	0.0214	0.0386
chr2R	14740749	14740929	chr2R:14740750-14740929	FBgn0034403	CG18190	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0575	0.0798	0.065	0.0245	0.0456	0.0903	0.0796	0.1252	0.0456	0.0453	0.099	0.0453	0.0503	0.0092	0.04	0.0092	0.0271
chr2R	14742217	14742368	chr2R:14742218-14742368	FBgn0010053	Jheh1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.0177	0.0255	0.0259	0.0042	0.0146	0.0294	0.0207	0.0042	0.0175	0.0219	0.0175	0.0666	0.0123	0.0148	0.0123	0.0636
chr2R	14742579	14742867	chr2R:14742580-14742867	FBgn0010053	Jheh1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0458	0.0217	0.0386	0.0808	0.0053	0.0277	0.0281	0.026	0.0053	0.0211	0.0254	0.0211	0.1332	0.0161	0.0522	0.0161	0.2246
chr2R	14743116	14743267	chr2R:14743117-14743267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0148	0.0168	0.0276	0.0064	0.0126	0.0229	0.0173	0.0064	0.0091	0.0145	0.0091	0.0457	0.0084	0.0187	0.0084	0.0735
chr2R	14745408	14745559	chr2R:14745409-14745559	FBgn0034405	Jheh2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0079	0.0115	0.0302	0	0.0121	0.0117	0.0047	0	0.0072	0.0119	0.0072	0.0248	0.0176	0.0264	0.0176	0.0714
chr2R	14749524	14749717	chr2R:14749525-14749717	FBgn0034406	Jheh3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.013	0.0147	0.0206	0.0095	0.0117	0.0208	0.012	0.0095	0.0127	0.0116	0.0127	0.0403	0.0107	0.0174	0.0107	0.0495
chr2R	14750087	14750241	chr2R:14750088-14750241	FBgn0262479	CG43069	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0152	0.0208	0.0198	0.0053	0.0175	0.0229	0.0153	0.0053	0.0169	0.0203	0.0169	0.0473	0.0092	0.0168	0.0092	0.0479
chr2R	14765408	14765581	chr2R:14765409-14765581	FBgn0034408	sano	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0458	0.0401	0.0518	0.0455	0.0191	0.0291	0.0471	0.0773	0.0191	0.0066	0.1154	0.0066	0.0124	0.0061	0.1541	0.0061	0.0125
chr2R	14765682	14765940	chr2R:14765683-14765940	FBgn0034408	sano	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0526	0.0298	0.0635	0.0663	0.0191	0.0267	0.0411	0.0386	0.0191	0.0091	0.1379	0.0091	0.0225	0.0038	0.2244	0.0038	0.0177
chr2R	14766362	14766622	chr2R:14766363-14766622	FBgn0034408	sano	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0409	0.0386	0.0353	0.0496	0.0318	0.0184	0.0809	0.024	0.0318	0.0109	0.0695	0.0109	0.0186	0.0115	0.1754	0.0115	0.0167
chr2R	14774608	14774759	chr2R:14774609-14774759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0097	0.0106	0.0086	0.01	0.0064	0.0053	0.0216	0.01	0.0064	0.0085	0.0119	0.0085	0.0085	0.0031	0.0284	0.0031	0.0073
chr2R	14774841	14774992	chr2R:14774842-14774992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0092	0.01	0.009	0.0085	0.0053	0.0058	0.0225	0.0053	0.0053	0.006	0.0129	0.006	0.0085	0.0023	0.0277	0.0023	0.0026
chr2R	14781920	14782071	chr2R:14781921-14782071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0091	0.0065	0.0066	0.0146	0.0021	0.0044	0.0138	0.0047	0.0021	0.0054	0.0084	0.0054	0.0062	0.0505	0.0097	0.0505	0.0047
chr2R	14794850	14795001	chr2R:14794851-14795001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0087	0.008	0.0081	0.0102	0.0011	0.0073	0.0164	0.0033	0.0011	0.006	0.0119	0.006	0.0085	0.0015	0.0316	0.0015	0.0042
chr2R	14795227	14795378	chr2R:14795228-14795378	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0104	0.0111	0.0102	0.01	0.0021	0.0087	0.0221	0.0087	0.0021	0.0079	0.017	0.0079	0.0039	0.0023	0.0329	0.0023	0.0042
chr2R	14801511	14801662	chr2R:14801512-14801662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0108	0.0121	0.0143	0.0074	0.0058	0.0212	0.0107	0.0074	0.006	0.0206	0.006	0.0132	0.0023	0.0522	0.0023	0.0047
chr2R	14802041	14802192	chr2R:14802042-14802192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.0076	0.0096	0.0118	0.0032	0.0049	0.016	0.006	0.0032	0.0072	0.0151	0.0072	0.0101	0.0023	0.0419	0.0023	0.0036
chr2R	14803107	14803258	chr2R:14803108-14803258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0091	0.0087	0.0082	0.0103	0.0053	0.0024	0.0203	0.0073	0.0053	0.0036	0.0138	0.0036	0.0085	0.0031	0.0309	0.0031	0.0063
chr2R	14813632	14813783	chr2R:14813633-14813783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0117	0.0127	0.0126	0.0095	0.0053	0.0058	0.0285	0.0107	0.0053	0.0103	0.0193	0.0103	0.0116	0.0054	0.0226	0.0054	0.0068
chr2R	14815995	14816146	chr2R:14815996-14816146	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0108	0.0115	0.0109	0.0032	0.0087	0.0182	0.014	0.0032	0.0127	0.0129	0.0127	0.0139	0.0077	0.0322	0.0077	0.0052
chr2R	14819245	14819396	chr2R:14819246-14819396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0062	0.011	0.01	0.0042	0.0029	0.013	0.006	0.0042	0.0079	0.0158	0.0079	0.0124	8e-04	0.0322	8e-04	0.0063
chr2R	14820179	14820330	chr2R:14820180-14820330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0102	0.0095	0.0095	0.0117	0.0011	0.0097	0.0173	0.0087	0.0011	0.0066	0.0135	0.0066	0.0093	0.0038	0.0374	0.0038	0.0052
chr2R	14825351	14825502	chr2R:14825352-14825502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0094	0.0075	0.01	0.0109	0.0042	0.0049	0.0138	0.008	0.0042	0.0079	0.0151	0.0079	0.0077	0.0023	0.0361	0.0023	0.0068
chr2R	14827747	14827898	chr2R:14827748-14827898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0277	0.0286	0.0071	0.0138	0.0277	0.0415	0.0293	0.0138	0.0066	0.0605	0.0066	0.0085	0.0015	0.0245	0.0015	0.0026
chr2R	14828019	14828170	chr2R:14828020-14828170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0197	0.022	0.0085	0.0106	0.0141	0.0324	0.0227	0.0106	0.0072	0.0453	0.0072	0.0077	0.0015	0.0277	0.0015	0.0047
chr2R	14832262	14832413	chr2R:14832263-14832413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0192	0.0226	0.0088	0.0021	0.0243	0.0285	0.0213	0.0021	0.006	0.0341	0.006	0.0418	0.0015	0.0264	0.0015	0.0068
chr2R	14833772	14833923	chr2R:14833773-14833923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0192	0.0312	0.0143	0.0148	0.0204	0.0221	0.0273	0.0148	0.0085	0.0666	0.0085	0.0108	0.0023	0.0484	0.0023	0.0063
chr2R	14834563	14834858	chr2R:14834564-14834858	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1218	0.1145	0.1552	0.0933	0.0933	0.118	0.125	0.1692	0.0933	0.0537	0.2839	0.0537	0.1177	0.0184	0.2869	0.0184	0.0677
chr2R	14834871	14835022	chr2R:14834872-14835022	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0492	0.039	0.0614	0.0471	0.0276	0.0437	0.0541	0.0393	0.0276	0.0223	0.1138	0.0223	0.0488	0.0077	0.1528	0.0077	0.0297
chr2R	14836138	14836289	chr2R:14836139-14836289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0088	0.0232	0.0245	0.0021	0.0092	0.0143	0.01	0.0021	0.006	0.0469	0.006	0.0093	0.0031	0.089	0.0031	0.0089
chr2R	14836371	14836522	chr2R:14836372-14836522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0096	0.024	0.0228	0.0032	0.0102	0.0156	0.0113	0.0032	0.0091	0.046	0.0091	0.0116	0.0023	0.0806	0.0023	0.0083
chr2R	14851050	14851201	chr2R:14851051-14851201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0067	0.0178	0.0148	0.0053	0.0078	0.0082	0.0087	0.0053	0.0145	0.0251	0.0145	0.024	0.0077	0.0496	0.0077	0.0089
chr2R	14858391	14858542	chr2R:14858392-14858542	FBgn0014269	prod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0623	0.0886	0.0533	0.0456	0.0723	0.0718	0.0786	0.0456	0.1057	0.0974	0.1057	0.0744	0.0513	0.0619	0.0513	0.0599
chr2R	14858594	14858770	chr2R:14858595-14858770	FBgn0014269	prod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1748	0.162	0.2168	0.1432	0.1156	0.1922	0.1804	0.2179	0.1156	0.2723	0.235	0.2723	0.2053	0.1608	0.1502	0.1608	0.1558
chr2R	14858884	14859081	chr2R:14858885-14859081	FBgn0014269	prod	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1154	0.1123	0.1481	0.0831	0.0764	0.1306	0.1401	0.1312	0.0764	0.1914	0.1627	0.1914	0.1301	0.0896	0.0858	0.0896	0.099
chr2R	14859160	14859443	chr2R:14859161-14859443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0738	0.0695	0.0962	0.054	0.0223	0.0782	0.0947	0.0846	0.0223	0.1226	0.1029	0.1226	0.079	0.0628	0.058	0.0628	0.0542
chr2R	14859493	14859644	chr2R:14859494-14859644	FBgn0034410,FBgn0041702	CG15107,Topors	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0396	0.0605	0.0405	0.018	0.0481	0.0467	0.0506	0.018	0.0749	0.065	0.0749	0.0596	0.0467	0.0445	0.0467	0.0427
chr2R	14859645	14859905	chr2R:14859646-14859905	FBgn0034410,FBgn0041702	CG15107,Topors	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0778	0.0623	0.1015	0.0691	0.0414	0.0772	0.0718	0.074	0.0414	0.1371	0.1071	0.1371	0.1053	0.0819	0.0664	0.0819	0.0745
chr2R	14859959	14860147	chr2R:14859960-14860147	FBgn0034410,FBgn0041702	CG15107,Topors	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1194	0.1013	0.1461	0.1103	0.0636	0.1218	0.1138	0.1332	0.0636	0.1987	0.1502	0.1987	0.1479	0.1164	0.1154	0.1164	0.1162
chr2R	14860357	14860520	chr2R:14860358-14860520	FBgn0034410,FBgn0041702	CG15107,Topors	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1226	0.0977	0.1532	0.117	0.0615	0.1204	0.1073	0.1306	0.0615	0.1884	0.1682	0.1884	0.1712	0.1263	0.1341	0.1263	0.1386
chr2R	14860584	14860810	chr2R:14860585-14860810	FBgn0034410	Topors	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1223	0.1041	0.1533	0.1088	0.0562	0.1282	0.1211	0.1326	0.0562	0.1775	0.1646	0.1775	0.1658	0.1194	0.1154	0.1194	0.1287
chr2R	14864918	14865089	chr2R:14864919-14865089	FBgn0034411	CG18605	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0685	0.0254	0.0117	0.0594	0.0534	0.1029	0.0819	0.0594	0.0308	0.0289	0.0308	0.0271	0.0191	0.0103	0.0191	0.0172
chr2R	14874754	14874905	chr2R:14874755-14874905	FBgn0034412	abba	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0082	0.0057	0.0049	0.0145	0.0011	0.0063	0.0104	0.0033	0.0011	0.0085	0.0042	0.0085	0.0046	0.062	0.0045	0.062	0.0042
chr2R	14875617	14875768	chr2R:14875618-14875768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0076	0.0056	0.0228	0.0032	0.0073	0.0151	0.0047	0.0032	0.0079	0.0032	0.0079	0.0093	0.0904	0.0064	0.0904	0.0104
chr2R	14877512	14877663	chr2R:14877513-14877663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0139	0.0064	0.0079	0.0291	0.0021	0.0068	0.0134	0.002	0.0021	0.0109	0.0048	0.0109	0.0155	0.1263	0.0084	0.1263	0.0094
chr2R	14877994	14878145	chr2R:14877995-14878145	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0134	0.0083	0.0069	0.0262	0.0021	0.0063	0.0164	0.0073	0.0021	0.0127	0.0045	0.0127	0.0101	0.1072	0.0077	0.1072	0.0115
chr2R	14881957	14882108	chr2R:14881958-14882108	FBgn0263473	snoRNA:abba-a	none	none	VT19012.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0086	0.0076	0.0057	0.013	0.0021	0.0049	0.0169	0.0033	0.0021	0.0079	0.0061	0.0079	0.0085	0.0482	0.0032	0.0482	0.0083
chr2R	14902741	14902892	chr2R:14902742-14902892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0098	0.0186	0.0066	0.0036	0.0117	0.0092	0.0389	0.0153	0.0117	0.0091	0.0074	0.0091	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0021
chr2R	14920104	14920255	chr2R:14920105-14920255	FBgn0263116	5-HT1B	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0079	0.0062	0.0113	0.0053	0.0058	0.0143	0.0073	0.0053	0.0036	0.0071	0.0036	0.0062	0.0031	0.0045	0.0031	0.0057
chr2R	14954464	14954738	chr2R:14954465-14954738	FBgn0004168	5-HT1A	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0389	0.0389	0.0349	0.0433	0.0329	0.0291	0.0571	0.046	0.0329	0.0441	0.0389	0.0441	0.0287	0.0406	0.0239	0.0406	0.0281
chr2R	14988494	14988645	chr2R:14988495-14988645	distal	distal	none	none	VT19069.1	VT19069.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0192	0.0315	0.0113	0.0117	0.018	0.029	0.0227	0.0117	0.029	0.0405	0.029	0.0279	0.0077	0.0148	0.0077	0.0125
chr2R	14988682	14988833	chr2R:14988683-14988833	distal	distal	none	none	VT19069.1	VT19069.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0185	0.0182	0.0265	0.0102	0.0117	0.016	0.0298	0.0187	0.0117	0.0151	0.0383	0.0151	0.0279	0.0054	0.0168	0.0054	0.0099
chr2R	14991430	14991581	chr2R:14991431-14991581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0143	0.0081	0.0239	0.0106	0.0032	0.0083	0.0125	0.008	0.0032	0.0483	0.0174	0.0483	0.024	0.0046	0.0058	0.0046	0.0104
chr2R	14995321	14995472	chr2R:14995322-14995472	distal	distal	stage14	stage14	VT19073.1	VT19073.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0082	0.007	0.0071	0.0107	0.0042	0.0019	0.0156	0.0073	0.0042	0.0042	0.0116	0.0042	0.0062	0.0023	0.029	0.0023	0.0036
chr2R	15004831	15004982	chr2R:15004832-15004982	distal	distal	none	none	VT19078.1	VT19078.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0175	0.0334	0.0112	0.0067	0.0286	0.0199	0.0601	0.0333	0.0286	0.0109	0.0138	0.0109	0.0093	0.0061	0.0058	0.0061	0.0042
chr2R	15009564	15009715	chr2R:15009565-15009715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0324	0.0349	0.0306	0.0318	0.018	0.0335	0.0458	0.0486	0.018	0.0248	0.0395	0.0248	0.0364	0.0314	0.0264	0.0314	0.0495
chr2R	15013363	15013544	chr2R:15013364-15013544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0179	0.019	0.0454	0.0074	0.0146	0.0294	0.0213	0.0074	0.0103	0.0186	0.0103	0.0403	0.0237	0.0445	0.0237	0.0797
chr2R	15013730	15013890	chr2R:15013731-15013890	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0105	0.0152	0.0473	0.0042	0.0097	0.0143	0.014	0.0042	0.0103	0.0148	0.0103	0.0356	0.0306	0.0458	0.0306	0.0834
chr2R	15015231	15015382	chr2R:15015232-15015382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0129	0.0082	0.01	0.0213	0.0042	0.0078	0.016	0.004	0.0042	0.0066	0.0103	0.0066	0.0139	0.0054	0.0077	0.0054	0.0641
chr2R	15015587	15015738	chr2R:15015588-15015738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0144	0.0103	0.0096	0.0242	0.0042	0.0107	0.016	0.0113	0.0042	0.0091	0.0077	0.0091	0.0194	0.0077	0.0155	0.0077	0.0636
chr2R	15016670	15016904	chr2R:15016671-15016904	FBgn0027535,FBgn0034417	CG15117,botv	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.047	0.0361	0.0476	0.0586	0.0095	0.0476	0.0402	0.054	0.0095	0.0423	0.0556	0.0423	0.0682	0.0436	0.0683	0.0436	0.0823
chr2R	15017002	15017198	chr2R:15017003-15017198	FBgn0027535,FBgn0034417	CG15117,botv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1142	0.0968	0.1358	0.1099	0.0467	0.1272	0.1021	0.1392	0.0467	0.1624	0.1457	0.1624	0.1464	0.1095	0.1148	0.1095	0.1475
chr2R	15017272	15017456	chr2R:15017273-15017456	FBgn0027535	botv	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0633	0.0545	0.0799	0.055	0.0233	0.0684	0.0619	0.0793	0.0233	0.0954	0.0817	0.0954	0.079	0.0559	0.0503	0.0559	0.0756
chr2R	15024357	15024526	chr2R:15024358-15024526	FBgn0034419	CG15111	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0701	0.0512	0.0874	0.0723	0.0318	0.0583	0.0584	0.0726	0.0318	0.09	0.0936	0.09	0.093	0.0628	0.0774	0.0628	0.0745
chr2R	15024559	15024752	chr2R:15024560-15024752	FBgn0034419	CG15111	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1566	0.1331	0.1902	0.1459	0.0859	0.1752	0.1475	0.1572	0.0859	0.2126	0.2113	0.2126	0.1929	0.1401	0.1605	0.1401	0.1735
chr2R	15024809	15024983	chr2R:15024810-15024983	FBgn0034419	CG15111	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1504	0.124	0.1806	0.1469	0.0901	0.1578	0.1358	0.1459	0.0901	0.2156	0.1936	0.2156	0.1766	0.1386	0.1625	0.1386	0.1834
chr2R	15025077	15025288	chr2R:15025078-15025288	FBgn0034419	CG15111	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0727	0.0533	0.0852	0.0806	0.0308	0.0655	0.0623	0.0673	0.0308	0.1105	0.0859	0.1105	0.1015	0.0842	0.0761	0.0842	0.1157
chr2R	15029037	15029222	chr2R:15029038-15029222	FBgn0000578	ena	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2134	0.204	0.2464	0.1876	0.1622	0.2291	0.2266	0.2765	0.1622	0.2977	0.2727	0.2977	0.2231	0.193	0.1992	0.193	0.2241
chr2R	15029422	15029609	chr2R:15029423-15029609	FBgn0000578	ena	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1488	0.1524	0.1802	0.1103	0.1092	0.1646	0.1808	0.2045	0.1092	0.2258	0.199	0.2258	0.1534	0.1118	0.1083	0.1118	0.1068
chr2R	15029698	15029879	chr2R:15029699-15029879	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1217	0.123	0.1444	0.0953	0.0785	0.1301	0.1665	0.1526	0.0785	0.1806	0.1598	0.1806	0.1278	0.1103	0.0974	0.1103	0.0943
chr2R	15029965	15030268	chr2R:15029966-15030268	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.1179	0.1195	0.0666	0.0838	0.1131	0.1527	0.1586	0.0838	0.1135	0.1434	0.1135	0.086	0.049	0.0825	0.049	0.0479
chr2R	15030481	15030707	chr2R:15030482-15030707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0664	0.0601	0.0843	0.0538	0.0392	0.0592	0.067	0.0973	0.0392	0.1051	0.1129	0.1051	0.0534	0.0521	0.069	0.0521	0.0438
chr2R	15031446	15031742	chr2R:15031447-15031742	FBgn0034418,FBgn0263290	CG15118,CR43399	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0861	0.1307	0.0727	0.051	0.1198	0.1233	0.1942	0.1266	0.1198	0.0489	0.0704	0.0489	0.1441	0.0345	0.0703	0.0345	0.0776
chr2R	15032273	15032577	chr2R:15032274-15032577	FBgn0263290	CR43399	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0735	0.074	0.0694	0.0773	0.0488	0.082	0.1012	0.0779	0.0488	0.067	0.0698	0.067	0.1294	0.0704	0.0832	0.0704	0.1334
chr2R	15035656	15035850	chr2R:15035657-15035850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0411	0.0312	0.0339	0.0602	0.0403	0.0291	0.0446	0.0273	0.0403	0.0332	0.026	0.0332	0.062	0.0766	0.0322	0.0766	0.11
chr2R	15036142	15036311	chr2R:15036143-15036311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0414	0.0268	0.0282	0.0723	0.0223	0.0257	0.0389	0.0253	0.0223	0.0175	0.0254	0.0175	0.0666	0.0835	0.0309	0.0835	0.1579
chr2R	15037951	15038118	chr2R:15037952-15038118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0479	0.0421	0.0458	0.0565	0.0339	0.0403	0.0554	0.0533	0.0339	0.0217	0.0283	0.0217	0.0209	0.0145	0.0116	0.0145	0.0224
chr2R	15041045	15041196	chr2R:15041046-15041196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0304	0.0319	0.0358	0.0227	0.0138	0.0379	0.0497	0.0286	0.0138	0.0302	0.0395	0.0302	0.0658	0.0161	0.0413	0.0161	0.0208
chr2R	15041208	15041359	chr2R:15041209-15041359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0253	0.0252	0.0292	0.021	0.017	0.0272	0.0385	0.0227	0.017	0.0229	0.0325	0.0229	0.0503	0.0092	0.0458	0.0092	0.0198
chr2R	15041495	15041646	chr2R:15041496-15041646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0191	0.022	0.0238	0.017	0.018	0.0255	0.0247	0.017	0.0115	0.0322	0.0115	0.0225	0.0054	0.0554	0.0054	0.0234
chr2R	15041834	15041985	chr2R:15041835-15041985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0199	0.0157	0.0171	0.0277	0.0148	0.0126	0.0221	0.022	0.0148	0.0109	0.0225	0.0109	0.0209	0.0054	0.0297	0.0054	0.0615
chr2R	15042428	15042870	chr2R:15042429-15042870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1093	0.1183	0.1346	0.0714	0.1103	0.1015	0.1319	0.1952	0.1103	0.0447	0.2502	0.0447	0.0852	0.0191	0.1754	0.0191	0.0803
chr2R	15043493	15043827	chr2R:15043494-15043827	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0672	0.0613	0.0745	0.0659	0.0615	0.0568	0.0826	0.0706	0.0615	0.0664	0.0621	0.0664	0.0333	0.0245	0.0348	0.0245	0.0688
chr2R	15050663	15050847	chr2R:15050664-15050847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0312	0.0427	0.0263	0.0238	0.0361	0.0388	0.0588	0.0466	0.0361	0.0254	0.0302	0.0254	0.0201	0.0199	0.0193	0.0199	0.0328
chr2R	15050897	15051124	chr2R:15050898-15051124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0391	0.0522	0.0349	0.029	0.0445	0.0471	0.0709	0.0633	0.0445	0.0332	0.0386	0.0332	0.0333	0.0199	0.0303	0.0199	0.0401
chr2R	15051248	15051399	chr2R:15051249-15051399	FBgn0034420	CG10737	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0477	0.0401	0.0283	0.0392	0.0456	0.0584	0.0666	0.0392	0.0489	0.0424	0.0489	0.0395	0.0199	0.0264	0.0199	0.0375
chr2R	15051536	15051746	chr2R:15051537-15051746	FBgn0034420	CG10737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.144	0.141	0.1529	0.1376	0.1273	0.1476	0.1609	0.1879	0.1273	0.1739	0.1791	0.1739	0.1433	0.1348	0.1593	0.1348	0.1584
chr2R	15051905	15052139	chr2R:15051906-15052139	FBgn0034420	CG10737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1005	0.085	0.111	0.1064	0.0626	0.1005	0.0973	0.1066	0.0626	0.125	0.1344	0.125	0.0914	0.1156	0.118	0.1156	0.1266
chr2R	15052243	15052394	chr2R:15052244-15052394	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0209	0.0313	0.0499	0.0127	0.0218	0.0303	0.0213	0.0127	0.0272	0.0354	0.0272	0.0372	0.0421	0.0645	0.0421	0.0657
chr2R	15053054	15053205	chr2R:15053055-15053205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0082	0.0114	0.0263	0.0042	0.0053	0.013	0.0127	0.0042	0.0097	0.0061	0.0097	0.0085	0.0061	0.0129	0.0061	0.0125
chr2R	15053673	15053841	chr2R:15053674-15053841	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0344	0.0128	0.0393	0.0531	0.0085	0.0165	0.0186	0.0093	0.0085	0.0248	0.0209	0.0248	0.0124	0.013	0.0103	0.013	0.0182
chr2R	15054154	15054306	chr2R:15054155-15054306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0066	0.017	0.0384	0.0032	0.0068	0.0099	0.008	0.0032	0.0085	0.0132	0.0085	0.0108	0.0054	0.0123	0.0054	0.0151
chr2R	15054653	15054804	chr2R:15054654-15054804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0189	0.0105	0.0159	0.0318	0.0032	0.0121	0.0173	0.0087	0.0032	0.0079	0.0206	0.0079	0.0132	0.0115	0.0625	0.0115	0.0167
chr2R	15056509	15056699	chr2R:15056510-15056699	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0446	0.0148	0.0443	0.0781	0.0042	0.0218	0.0216	0.01	0.0042	0.1159	0.0174	0.1159	0.0534	0.219	0.0387	0.219	0.0756
chr2R	15057480	15057680	chr2R:15057481-15057680	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0467	0.0182	0.0458	0.0795	0.0064	0.0228	0.0255	0.0173	0.0064	0.1027	0.0273	0.1027	0.062	0.2335	0.0438	0.2335	0.0683
chr2R	15057924	15058137	chr2R:15057925-15058137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.035	0.0168	0.0298	0.0611	0.0032	0.0209	0.0225	0.02	0.0032	0.0719	0.0196	0.0719	0.031	0.1838	0.0477	0.1838	0.0459
chr2R	15059019	15059170	chr2R:15059020-15059170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0197	0.0141	0.0176	0.0281	0.0095	0.0146	0.0203	0.0147	0.0095	0.0133	0.0235	0.0133	0.0163	0.0115	0.0883	0.0115	0.0141
chr2R	15059370	15059521	chr2R:15059371-15059521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0162	0.014	0.0142	0.0207	0.0085	0.0102	0.0242	0.0147	0.0085	0.0127	0.0167	0.0127	0.0178	0.0138	0.0567	0.0138	0.0125
chr2R	15065400	15065551	chr2R:15065401-15065551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.0322	0.0452	0.0212	0.0159	0.0359	0.0415	0.0413	0.0159	0.0525	0.0547	0.0525	0.0349	0.0322	0.0226	0.0322	0.0219
chr2R	15066134	15066324	chr2R:15066135-15066324	FBgn0263395	hppy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2049	0.182	0.2475	0.184	0.1474	0.216	0.1981	0.2325	0.1474	0.3037	0.2736	0.3037	0.2332	0.1891	0.1902	0.1891	0.2142
chr2R	15066620	15066796	chr2R:15066621-15066796	FBgn0263395	hppy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1136	0.0831	0.143	0.1153	0.0509	0.1102	0.077	0.1272	0.0509	0.157	0.1685	0.157	0.1503	0.1087	0.1186	0.1087	0.1464
chr2R	15067185	15067336	chr2R:15067186-15067336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0283	0.0214	0.0184	0.0117	0.0243	0.0484	0.032	0.0117	0.0223	0.0206	0.0223	0.0201	0.0153	0.0155	0.0153	0.0182
chr2R	15071736	15071887	chr2R:15071737-15071887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0064	0.0061	0.012	0.0064	0.0058	0.0104	0.006	0.0064	0.0079	0.0048	0.0079	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0073
chr2R	15073160	15073311	chr2R:15073161-15073311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.01	0.0103	0.0104	0.0053	0.0083	0.0156	0.0093	0.0053	0.0145	0.0109	0.0145	0.0085	0.0046	0.0045	0.0046	0.0063
chr2R	15075456	15075981	chr2R:15075457-15075981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.047	0.0552	0.049	0.0356	0.0223	0.0529	0.08	0.0726	0.0223	0.0707	0.0572	0.0707	0.0364	0.0459	0.04	0.0459	0.0464
chr2R	15076852	15077050	chr2R:15076853-15077050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0135	0.0131	0.027	0.0064	0.0131	0.0212	0.0147	0.0064	0.0133	0.0154	0.0133	0.0178	0.0276	0.0335	0.0276	0.0375
chr2R	15078831	15078996	chr2R:15078832-15078996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.017	0.0116	0.0178	0.0223	0.0042	0.0117	0.0195	0.01	0.0042	0.0145	0.0225	0.0145	0.0256	0.0138	0.0264	0.0138	0.0433
chr2R	15079214	15079549	chr2R:15079215-15079549	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0405	0.0188	0.0341	0.0719	0.0095	0.0189	0.0346	0.0127	0.0095	0.029	0.0251	0.029	0.086	0.0375	0.0329	0.0375	0.186
chr2R	15084536	15084687	chr2R:15084537-15084687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0182	0.0208	0.0199	0.0132	0.0095	0.0282	0.026	0.0227	0.0095	0.0393	0.018	0.0393	0.0132	0.0283	0.0058	0.0283	0.0146
chr2R	15084814	15084967	chr2R:15084815-15084967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0161	0.0199	0.0157	0.0032	0.0194	0.0225	0.0193	0.0032	0.0465	0.0138	0.0465	0.0163	0.0375	0.0097	0.0375	0.0146
chr2R	15114127	15114278	chr2R:15114128-15114278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0325	0.0269	0.0182	0.0212	0.0311	0.0467	0.04	0.0212	0.0284	0.0293	0.0284	0.0372	0.0214	0.0219	0.0214	0.0229
chr2R	15114469	15114651	chr2R:15114470-15114651	FBgn0034422	CG7137	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.0518	0.0585	0.0455	0.0339	0.0553	0.067	0.0626	0.0339	0.0652	0.0714	0.0652	0.0612	0.0482	0.0554	0.0482	0.0646
chr2R	15114740	15114925	chr2R:15114741-15114925	FBgn0034422	CG7137	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0984	0.0875	0.1145	0.093	0.0604	0.1029	0.09	0.1213	0.0604	0.1214	0.1389	0.1214	0.1294	0.0949	0.1057	0.0949	0.1261
chr2R	15115015	15115166	chr2R:15115016-15115166	FBgn0034422	CG7137	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0396	0.0624	0.0383	0.0265	0.0432	0.0467	0.056	0.0265	0.0646	0.0762	0.0646	0.0674	0.0398	0.0484	0.0398	0.0438
chr2R	15116422	15116614	chr2R:15116423-15116614	FBgn0010434	cora	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1608	0.0952	0.2086	0.1817	0.0477	0.1398	0.0735	0.1479	0.0477	0.2083	0.2524	0.2083	0.1921	0.1753	0.205	0.1753	0.2236
chr2R	15116782	15116950	chr2R:15116783-15116950	FBgn0010434	cora	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0641	0.0282	0.0703	0.0973	0.017	0.0417	0.0247	0.0373	0.017	0.0525	0.0785	0.0525	0.0813	0.0544	0.0967	0.0544	0.1131
chr2R	15117255	15117706	chr2R:15117256-15117706	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1552	0.0755	0.1758	0.2216	0.0456	0.0956	0.08	0.0986	0.0456	0.1159	0.2267	0.1159	0.2208	0.1516	0.2824	0.1516	0.2819
chr2R	15118581	15118802	chr2R:15118582-15118802	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.07	0.0265	0.1082	0.0766	0.0095	0.0374	0.0208	0.0466	0.0095	0.0248	0.2299	0.0248	0.0325	0.0222	0.2515	0.0222	0.0334
chr2R	15119253	15119404	chr2R:15119254-15119404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0243	0.0113	0.0211	0.0422	0.0032	0.0155	0.0138	0.0153	0.0032	0.0223	0.0267	0.0223	0.0178	0.1118	0.0503	0.1118	0.0208
chr2R	15119643	15119794	chr2R:15119644-15119794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0225	0.0122	0.0195	0.0372	0.0021	0.0165	0.0156	0.0153	0.0021	0.0254	0.0222	0.0254	0.0178	0.1087	0.0393	0.1087	0.013
chr2R	15132790	15132941	chr2R:15132791-15132941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0147	0.0249	0.0124	0.0057	0.0074	0.015	0.0489	0.0253	0.0074	0.0091	0.018	0.0091	0.0108	0.0038	0.0071	0.0038	0.0031
chr2R	15133348	15133548	chr2R:15133349-15133548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0254	0.0273	0.0295	0.0095	0.0282	0.0368	0.0313	0.0095	0.0205	0.0305	0.0205	0.0194	0.0084	0.0142	0.0084	0.0089
chr2R	15136964	15137240	chr2R:15136965-15137240	FBgn0004003	wbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0812	0.049	0.1266	0.0673	0.0095	0.0583	0.0446	0.0939	0.0095	0.032	0.2688	0.032	0.0387	0.0145	0.2263	0.0145	0.025
chr2R	15140311	15140462	chr2R:15140312-15140462	FBgn0053453	CG33453	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0154	0.0194	0.0161	0.01	0.0138	0.0141	0.0346	0.0187	0.0138	0.0175	0.0206	0.0175	0.0163	0.0054	0.0148	0.0054	0.0083
chr2R	15141032	15141183	chr2R:15141033-15141183	FBgn0053453	CG33453	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0355	0.034	0.0435	0.0284	0.0276	0.0413	0.042	0.0346	0.0276	0.0435	0.0605	0.0435	0.0411	0.0276	0.0419	0.0276	0.0396
chr2R	15141373	15141946	chr2R:15141374-15141946	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2425	0.1246	0.3051	0.3057	0.0636	0.2015	0.1202	0.1412	0.0636	0.3406	0.3508	0.3406	0.4353	0.4334	0.3946	0.4334	0.4414
chr2R	15142299	15142498	chr2R:15142300-15142498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0697	0.0309	0.0867	0.0943	0.0117	0.0549	0.0281	0.0313	0.0117	0.0773	0.072	0.0773	0.2254	0.1325	0.0716	0.1325	0.1845
chr2R	15143124	15143460	chr2R:15143125-15143460	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.095	0.0643	0.1571	0.0611	0.017	0.0626	0.0709	0.1239	0.017	0.0507	0.3293	0.0507	0.0488	0.0283	0.1883	0.0283	0.0375
chr2R	15143701	15143910	chr2R:15143702-15143910	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0711	0.0374	0.1136	0.0621	0.0053	0.0461	0.0372	0.07	0.0053	0.038	0.2363	0.038	0.0372	0.0245	0.1883	0.0245	0.0479
chr2R	15145432	15145600	chr2R:15145433-15145600	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0721	0.0547	0.134	0.0237	0.0127	0.0689	0.0415	0.1166	0.0127	0.0616	0.265	0.0616	0.0418	0.0092	0.0638	0.0092	0.0167
chr2R	15145690	15146291	chr2R:15145691-15146291	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1462	0.1725	0.2179	0.0382	0.0721	0.1772	0.1657	0.3384	0.0721	0.1014	0.4	0.1014	0.1216	0.023	0.0677	0.023	0.024
chr2R	15150206	15150380	chr2R:15150207-15150380	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0517	0.0986	0.0398	0.0124	0.0753	0.0777	0.1159	0.1719	0.0753	0.0356	0.0463	0.0356	0.0116	0.0061	0.0052	0.0061	0.0052
chr2R	15151136	15151287	chr2R:15151137-15151287	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG7229_CRM15	CG7229_CRM15	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.048	0.0244	0.0622	0.0588	0.0117	0.035	0.0238	0.0286	0.0117	0.032	0.0302	0.032	0.0256	0.0107	0.0155	0.0107	0.012
chr2R	15151391	15151545	chr2R:15151392-15151545	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG7229_CRM15	CG7229_CRM15	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0524	0.052	0.0538	0.0514	0.0339	0.0587	0.0653	0.0653	0.0339	0.0592	0.0328	0.0592	0.0403	0.0214	0.0193	0.0214	0.0334
chr2R	15152396	15152547	chr2R:15152397-15152547	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0581	0.0439	0.107	0.0205	0.0095	0.0874	0.0324	0.0506	0.0095	0.2216	0.1055	0.2216	0.0573	0.0214	0.0206	0.0214	0.0203
chr2R	15152566	15152730	chr2R:15152567-15152730	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0694	0.0683	0.1179	0.0175	0.0201	0.1209	0.0437	0.1073	0.0201	0.2512	0.1235	0.2512	0.0442	0.0222	0.0174	0.0222	0.0151
chr2R	15152863	15153136	chr2R:15152864-15153136	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1018	0.1337	0.1353	0.0292	0.053	0.2267	0.0865	0.2005	0.053	0.2325	0.1646	0.2325	0.072	0.0436	0.0355	0.0436	0.0261
chr2R	15153420	15153946	chr2R:15153421-15153946	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1731	0.122	0.2656	0.1288	0.0467	0.2422	0.0934	0.1186	0.0467	0.3943	0.2958	0.3943	0.3122	0.1968	0.1676	0.1968	0.1756
chr2R	15154549	15154820	chr2R:15154550-15154820	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0859	0.1143	0.1115	0.0262	0.0636	0.1291	0.1008	0.2105	0.0636	0.1359	0.1646	0.1359	0.072	0.026	0.0438	0.026	0.0271
chr2R	15155010	15155196	chr2R:15155011-15155196	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0782	0.0717	0.1419	0.0156	0.0138	0.1286	0.0407	0.1173	0.0138	0.1938	0.2077	0.1938	0.0426	0.0153	0.029	0.0153	0.0135
chr2R	15158399	15158686	chr2R:15158400-15158686	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_1070	Unspecified_1070	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1277	0.1061	0.1745	0.1005	0.0392	0.2354	0.0766	0.0746	0.0392	0.401	0.1096	0.401	0.1665	0.281	0.06	0.281	0.0928
chr2R	15158719	15158870	chr2R:15158720-15158870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_1070	Unspecified_1070	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.082	0.0709	0.1015	0.0731	0.0308	0.15	0.0649	0.04	0.0308	0.2101	0.0662	0.2101	0.1356	0.173	0.0522	0.173	0.0849
chr2R	15159141	15159624	chr2R:15159142-15159624	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1904	0.0852	0.2673	0.2235	0.0212	0.1947	0.0597	0.0693	0.0212	0.4052	0.2486	0.4052	0.4129	0.3645	0.2482	0.3645	0.3215
chr2R	15159933	15160084	chr2R:15159934-15160084	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0784	0.0651	0.0407	0.0456	0.101	0.0826	0.1066	0.0456	0.0894	0.0605	0.0894	0.11	0.0766	0.038	0.0766	0.0563
chr2R	15160159	15160323	chr2R:15160160-15160323	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0541	0.0904	0.0429	0.0258	0.071	0.082	0.1289	0.1099	0.071	0.0501	0.0521	0.0501	0.0511	0.0482	0.0316	0.0482	0.0261
chr2R	15160521	15160703	chr2R:15160522-15160703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0507	0.1037	0.0284	0.016	0.0647	0.0699	0.1968	0.0926	0.0647	0.038	0.0302	0.038	0.0302	0.0161	0.0148	0.0161	0.0245
chr2R	15160866	15161049	chr2R:15160867-15161049	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_11	Unspecified_HC_11	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0549	0.1067	0.0358	0.0181	0.0753	0.0801	0.1778	0.1193	0.0753	0.0435	0.0437	0.0435	0.0294	0.0184	0.0142	0.0184	0.0313
chr2R	15161573	15161743	chr2R:15161574-15161743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0496	0.0327	0.0584	0.059	0.0085	0.0476	0.0398	0.034	0.0085	0.0483	0.0531	0.0483	0.1356	0.0207	0.04	0.0207	0.1563
chr2R	15162952	15163179	chr2R:15162953-15163179	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.318	0.297	0.384	0.269	0.2322	0.3786	0.3352	0.3338	0.2322	0.4946	0.4125	0.4946	0.385	0.3216	0.3179	0.3216	0.3299
chr2R	15164122	15164301	chr2R:15164123-15164301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0773	0.0988	0.0879	0.0415	0.0541	0.1262	0.0943	0.1566	0.0541	0.0882	0.1277	0.0882	0.0767	0.0429	0.0561	0.0429	0.0578
chr2R	15164530	15164681	chr2R:15164531-15164681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0625	0.0781	0.0718	0.0348	0.0223	0.1549	0.0623	0.0806	0.0223	0.0845	0.0958	0.0845	0.0666	0.0268	0.038	0.0268	0.0521
chr2R	15164932	15165083	chr2R:15164933-15165083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0408	0.0406	0.0464	0.035	0.0106	0.0762	0.0415	0.0366	0.0106	0.0477	0.0569	0.0477	0.0418	0.0153	0.0206	0.0153	0.0281
chr2R	15168589	15168740	chr2R:15168590-15168740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0521	0.056	0.0643	0.0343	0.0308	0.0811	0.0644	0.062	0.0308	0.0676	0.0878	0.0676	0.0643	0.0299	0.0297	0.0299	0.0672
chr2R	15169013	15169360	chr2R:15169014-15169360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1061	0.1098	0.1312	0.0744	0.0573	0.1777	0.1146	0.1059	0.0573	0.1552	0.1672	0.1552	0.1518	0.0636	0.0774	0.0636	0.136
chr2R	15169424	15169615	chr2R:15169425-15169615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0597	0.0604	0.0769	0.04	0.0308	0.0942	0.067	0.0593	0.0308	0.0827	0.1068	0.0827	0.0767	0.0337	0.0458	0.0337	0.0745
chr2R	15169890	15170041	chr2R:15169891-15170041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0427	0.0404	0.0552	0.0316	0.0117	0.0704	0.0407	0.0426	0.0117	0.0525	0.0762	0.0525	0.0612	0.0283	0.038	0.0283	0.0532
chr2R	15171138	15171289	chr2R:15171139-15171289	FBgn0034425	CG11906	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0553	0.0711	0.0444	0.0318	0.067	0.0688	0.072	0.0318	0.0857	0.0804	0.0857	0.0689	0.0536	0.0355	0.0536	0.0599
chr2R	15171389	15171564	chr2R:15171390-15171564	FBgn0034425	CG11906	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1219	0.1316	0.1374	0.094	0.1071	0.1553	0.1583	0.1552	0.1071	0.1703	0.1479	0.1703	0.1332	0.1026	0.087	0.1026	0.1199
chr2R	15177473	15177662	chr2R:15177474-15177662	FBgn0013954	FK506-bp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1511	0.1402	0.1836	0.1277	0.0795	0.1675	0.1488	0.2105	0.0795	0.2361	0.1875	0.2361	0.196	0.1394	0.1186	0.1394	0.1652
chr2R	15177741	15177934	chr2R:15177742-15177934	FBgn0013954	FK506-bp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1322	0.1299	0.1603	0.1039	0.0764	0.1447	0.1583	0.1759	0.0764	0.2041	0.1669	0.2041	0.1541	0.108	0.1044	0.108	0.1162
chr2R	15178061	15178312	chr2R:15178062-15178312	FBgn0013954	FK506-bp2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0797	0.0766	0.0958	0.0653	0.0265	0.0879	0.0986	0.0999	0.0265	0.1165	0.1006	0.1165	0.0891	0.0436	0.0587	0.0436	0.0823
chr2R	15179325	15179539	chr2R:15179326-15179539	FBgn0034430,FBgn0086358	Tab2,mip40	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.072	0.0577	0.0977	0.0596	0.0265	0.0733	0.0692	0.0706	0.0265	0.128	0.1093	0.128	0.0922	0.0605	0.0683	0.0605	0.0703
chr2R	15179631	15179801	chr2R:15179632-15179801	FBgn0034430,FBgn0086358	Tab2,mip40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1535	0.1326	0.1929	0.1337	0.071	0.1728	0.1367	0.1879	0.071	0.244	0.2084	0.244	0.1851	0.1547	0.1418	0.1547	0.1516
chr2R	15179950	15180126	chr2R:15179951-15180126	FBgn0034430,FBgn0086358	Tab2,mip40	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1099	0.1447	0.1051	0.0626	0.1383	0.1194	0.1506	0.0626	0.1812	0.1508	0.1812	0.1603	0.1187	0.1212	0.1187	0.1344
chr2R	15180266	15180539	chr2R:15180267-15180539	FBgn0086358	Tab2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1191	0.1299	0.1378	0.0865	0.0912	0.1466	0.151	0.1785	0.0912	0.1715	0.1576	0.1715	0.1472	0.1018	0.1109	0.1018	0.1126
chr2R	15180684	15180870	chr2R:15180685-15180870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1542	0.1579	0.1794	0.1224	0.106	0.1767	0.1778	0.2258	0.106	0.218	0.1981	0.218	0.2215	0.1286	0.1457	0.1286	0.1501
chr2R	15185232	15185383	chr2R:15185233-15185383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0121	0.0071	0.0174	0.0032	0.0097	0.0195	0.0187	0.0032	0.0091	0.0087	0.0091	0.0046	0.0613	0.0064	0.0613	0.0135
chr2R	15185605	15185756	chr2R:15185606-15185756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.018	0.0188	0.0124	0.0233	0.0085	0.0175	0.0272	0.0247	0.0085	0.0133	0.0151	0.0133	0.0186	0.0743	0.0168	0.0743	0.0177
chr2R	15187537	15187688	chr2R:15187538-15187688	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0092	0.01	0.0246	0.0053	0.0078	0.0164	0.008	0.0053	0.0079	0.0109	0.0079	0.0155	0.0145	0.011	0.0145	0.0688
chr2R	15189782	15189933	chr2R:15189783-15189933	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0124	0.0085	0.0066	0.0233	0.0032	0.0107	0.0134	0.0053	0.0032	0.0066	0.008	0.0066	0.0085	0.0949	0.0129	0.0949	0.0063
chr2R	15191064	15191215	chr2R:15191065-15191215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0154	0.0123	0.014	0.0205	0.0032	0.0083	0.0182	0.0213	0.0032	0.0133	0.0145	0.0133	0.0209	0.0245	0.0077	0.0245	0.0485
chr2R	15192557	15192739	chr2R:15192558-15192739	FBgn0034432	CG7461	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1013	0.0899	0.1121	0.1022	0.0573	0.1112	0.0895	0.1332	0.0573	0.1612	0.127	0.1612	0.1022	0.1325	0.0993	0.1325	0.1339
chr2R	15197832	15198004	chr2R:15197833-15198004	FBgn0034433	endoB	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0364	0.0569	0.0563	0.0212	0.0413	0.0471	0.046	0.0212	0.064	0.063	0.064	0.0651	0.0651	0.0464	0.0651	0.0625
chr2R	15198103	15198287	chr2R:15198104-15198287	FBgn0034433	endoB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1118	0.0877	0.1155	0.1348	0.0509	0.0966	0.112	0.1086	0.0509	0.1244	0.1334	0.1244	0.1356	0.1631	0.1328	0.1631	0.16
chr2R	15198339	15198524	chr2R:15198340-15198524	FBgn0034433	endoB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0848	0.0533	0.0773	0.1283	0.0318	0.0621	0.0705	0.062	0.0318	0.0676	0.092	0.0676	0.1038	0.1539	0.1296	0.1539	0.1569
chr2R	15198644	15198795	chr2R:15198645-15198795	FBgn0034433	endoB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0269	0.0211	0.0266	0.0337	0.0117	0.0243	0.0342	0.0173	0.0117	0.0284	0.0283	0.0284	0.0364	0.0337	0.0258	0.0337	0.0563
chr2R	15208758	15208909	chr2R:15208759-15208909	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0127	0.0095	0.0084	0.0212	0.0021	0.0092	0.0169	0.0073	0.0021	0.0085	0.0074	0.0085	0.0124	0.0888	0.0045	0.0888	0.0078
chr2R	15209133	15209284	chr2R:15209134-15209284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0078	0.0075	0.0052	0.0111	0.0032	0.0058	0.0151	0.004	0.0032	0.0066	0.0042	0.0066	0.0062	0.0383	0.0039	0.0383	0.0047
chr2R	15212934	15213126	chr2R:15212935-15213126	FBgn0034434	Rgk1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0296	0.0156	0.0239	0.0515	0.0074	0.017	0.0281	0.0087	0.0074	0.0229	0.0151	0.0229	0.062	0.1118	0.0251	0.1118	0.0839
chr2R	15217264	15217415	chr2R:15217265-15217415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.008	0.0094	0.0106	0.0032	0.0083	0.013	0.0067	0.0032	0.0097	0.0087	0.0097	0.0155	0.0107	0.0019	0.0107	0.0078
chr2R	15219755	15219906	chr2R:15219756-15219906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.01	0.0079	0.0084	0.0141	0.0032	0.0053	0.0169	0.0053	0.0032	0.0072	0.0087	0.0072	0.0108	0.0459	0.009	0.0459	0.0078
chr2R	15220069	15220220	chr2R:15220070-15220220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0078	0.0071	0.0079	0.0084	0.0032	0.0039	0.0173	0.0033	0.0032	0.0103	0.009	0.0103	0.0093	0.0222	0.0077	0.0222	0.0057
chr2R	15232808	15232959	chr2R:15232809-15232959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0189	0.0278	0.0175	0.0104	0.017	0.0204	0.0519	0.0247	0.017	0.0211	0.0196	0.0211	0.017	0.0168	0.0097	0.0168	0.0057
chr2R	15233998	15234149	chr2R:15233999-15234149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0141	0.0128	0.0121	0.0053	0.0112	0.0264	0.014	0.0053	0.0145	0.0116	0.0145	0.0124	0.0092	0.0097	0.0092	0.0099
chr2R	15243790	15243941	chr2R:15243791-15243941	FBgn0050127	CG30127	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0164	0.0076	0.0164	0.0263	0.0042	0.0083	0.0112	0.0073	0.0042	0.0199	0.0151	0.0199	0.0178	0.0368	0.0142	0.0368	0.0198
chr2R	15243981	15244390	chr2R:15243982-15244390	FBgn0050127	CG30127	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0576	0.0246	0.0456	0.1078	0.0106	0.0359	0.0333	0.018	0.0106	0.0411	0.0392	0.0411	0.0589	0.0812	0.0516	0.0812	0.086
chr2R	15244474	15244674	chr2R:15244475-15244674	FBgn0034436,FBgn0050127	CG11961,CG30127	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.047	0.0375	0.0453	0.0593	0.0191	0.0398	0.0554	0.04	0.0191	0.0543	0.0444	0.0543	0.0457	0.0429	0.0348	0.0429	0.0542
chr2R	15244889	15245099	chr2R:15244890-15245099	FBgn0034436	CG11961	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1296	0.1199	0.1572	0.11	0.0923	0.1505	0.1185	0.1659	0.0923	0.1908	0.1656	0.1908	0.1898	0.1325	0.1341	0.1325	0.1449
chr2R	15245184	15245370	chr2R:15245185-15245370	FBgn0034436	CG11961	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0944	0.0925	0.1114	0.0778	0.0626	0.1083	0.0995	0.1352	0.0626	0.1371	0.118	0.1371	0.127	0.0804	0.1019	0.0804	0.1063
chr2R	15245604	15245862	chr2R:15245605-15245862	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0739	0.0591	0.0925	0.07	0.0212	0.0825	0.0649	0.0746	0.0212	0.0864	0.0887	0.0864	0.1882	0.059	0.06	0.059	0.1365
chr2R	15246067	15246218	chr2R:15246068-15246218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0285	0.0222	0.0338	0.0297	0.0064	0.033	0.0234	0.0273	0.0064	0.0302	0.0325	0.0302	0.0689	0.0176	0.0213	0.0176	0.0683
chr2R	15249952	15250103	chr2R:15249953-15250103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0313	0.0365	0.0308	0.0259	0.0138	0.0388	0.0528	0.0426	0.0138	0.0296	0.0379	0.0296	0.0325	0.0413	0.0264	0.0413	0.0328
chr2R	15251590	15251789	chr2R:15251591-15251789	FBgn0034437	CG10051	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0447	0.0441	0.053	0.0363	0.0265	0.0583	0.0515	0.0453	0.0265	0.0604	0.0662	0.0604	0.0596	0.0521	0.0361	0.0521	0.0578
chr2R	15258274	15258425	chr2R:15258275-15258425	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0091	0.015	0.0318	0.0032	0.0117	0.0151	0.0073	0.0032	0.0175	0.01	0.0175	0.0341	0.0207	0.0155	0.0207	0.0823
chr2R	15259750	15259987	chr2R:15259751-15259987	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0576	0.0228	0.068	0.0851	0.0117	0.0388	0.0255	0.0193	0.0117	0.1232	0.0704	0.1232	0.0666	0.1631	0.1141	0.1631	0.0943
chr2R	15260242	15260456	chr2R:15260243-15260456	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.078	0.039	0.0978	0.0998	0.0148	0.0748	0.0363	0.0333	0.0148	0.1594	0.1071	0.1594	0.1077	0.1685	0.1309	0.1685	0.1324
chr2R	15260615	15260807	chr2R:15260616-15260807	FBgn0034438	CG9416	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0936	0.0349	0.1193	0.1309	0.0159	0.0597	0.0385	0.0233	0.0159	0.1914	0.1344	0.1914	0.1224	0.2312	0.1676	0.2312	0.173
chr2R	15267794	15268052	chr2R:15267795-15268052	FBgn0034440	CG10073	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0267	0.0231	0.0246	0.033	0.0106	0.0272	0.0337	0.0227	0.0106	0.0302	0.0248	0.0302	0.038	0.0544	0.0148	0.0544	0.0589
chr2R	15277498	15277683	chr2R:15277499-15277683	FBgn0034442	CG11257	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0913	0.0814	0.1143	0.0771	0.0509	0.1024	0.0908	0.1019	0.0509	0.1316	0.1228	0.1316	0.1356	0.085	0.0741	0.085	0.1053
chr2R	15277770	15277921	chr2R:15277771-15277921	FBgn0034442	CG11257	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0426	0.0373	0.0561	0.0337	0.0297	0.0437	0.0441	0.0466	0.0297	0.0622	0.0585	0.0622	0.0689	0.0421	0.0271	0.0421	0.0511
chr2R	15282497	15282676	chr2R:15282498-15282676	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0554	0.0366	0.0714	0.0588	0.0117	0.0549	0.0415	0.046	0.0117	0.0694	0.0859	0.0694	0.0852	0.0743	0.0748	0.0743	0.0855
chr2R	15282755	15282983	chr2R:15282756-15282983	FBgn0261439	SdhA	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0732	0.0457	0.0966	0.0783	0.0212	0.0675	0.0489	0.056	0.0212	0.096	0.1215	0.096	0.0976	0.1049	0.0993	0.1049	0.1016
chr2R	15283084	15283286	chr2R:15283085-15283286	FBgn0261439	SdhA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0894	0.0667	0.1127	0.0893	0.0371	0.0874	0.0692	0.0933	0.0371	0.1232	0.1305	0.1232	0.1216	0.0965	0.0961	0.0965	0.1167
chr2R	15283375	15283553	chr2R:15283376-15283553	FBgn0261439	SdhA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.147	0.1255	0.1789	0.1361	0.0785	0.1505	0.1484	0.1626	0.0785	0.2204	0.1977	0.2204	0.189	0.1508	0.1412	0.1508	0.1756
chr2R	15283612	15283852	chr2R:15283613-15283852	FBgn0034443,FBgn0261439	SdhA,cer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1501	0.132	0.1774	0.1405	0.0774	0.1481	0.1639	0.1719	0.0774	0.2192	0.1936	0.2192	0.1828	0.1493	0.1509	0.1493	0.1746
chr2R	15283934	15284349	chr2R:15283935-15284349	FBgn0034443,FBgn0261439	SdhA,cer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1433	0.14	0.1557	0.1333	0.106	0.1495	0.1661	0.1812	0.106	0.1691	0.1762	0.1691	0.1789	0.1225	0.1406	0.1225	0.1897
chr2R	15286452	15286603	chr2R:15286453-15286603	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0446	0.0251	0.0123	0.0255	0.0272	0.0727	0.064	0.0255	0.0284	0.0283	0.0284	0.0325	0.0138	0.0148	0.0138	0.0135
chr2R	15289668	15289819	chr2R:15289669-15289819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0299	0.0286	0.015	0.0085	0.033	0.0407	0.0386	0.0085	0.0242	0.0283	0.0242	0.038	0.0168	0.0161	0.0168	0.0167
chr2R	15289943	15290094	chr2R:15289944-15290094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0303	0.0319	0.0149	0.0148	0.0306	0.0389	0.0426	0.0148	0.0399	0.0376	0.0399	0.0294	0.0199	0.0142	0.0199	0.0156
chr2R	15293285	15293468	chr2R:15293286-15293468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0295	0.0383	0.0282	0.0212	0.0223	0.0335	0.0644	0.04	0.0223	0.032	0.0293	0.032	0.0287	0.0199	0.0219	0.0199	0.0302
chr2R	15298554	15298708	chr2R:15298555-15298708	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0582	0.0422	0.0777	0.0546	0.0191	0.0544	0.0506	0.0513	0.0191	0.0658	0.0682	0.0658	0.0829	0.0475	0.0329	0.0475	0.0323
chr2R	15298852	15299137	chr2R:15298853-15299137	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1486	0.1155	0.1803	0.1508	0.0668	0.15	0.1241	0.1499	0.0668	0.2174	0.1659	0.2174	0.1967	0.2213	0.118	0.2213	0.1449
chr2R	15299214	15299365	chr2R:15299215-15299365	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0608	0.0439	0.072	0.0675	0.0148	0.0607	0.0523	0.056	0.0148	0.1014	0.064	0.1014	0.1053	0.1302	0.0632	0.1302	0.0657
chr2R	15300836	15301003	chr2R:15300837-15301003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0569	0.05	0.0774	0.0421	0.0191	0.0704	0.0497	0.0706	0.0191	0.1111	0.0579	0.1111	0.1503	0.0567	0.0419	0.0567	0.0641
chr2R	15301322	15301473	chr2R:15301323-15301473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0527	0.0491	0.0651	0.043	0.0265	0.0646	0.0554	0.0626	0.0265	0.0845	0.0537	0.0845	0.117	0.0605	0.0342	0.0605	0.0698
chr2R	15302001	15302230	chr2R:15302002-15302230	FBgn0028981,FBgn0050225,FBgn0263464	snoRNA:hts-a,tRNA:CR30225,tRNA:S4:56D	stage11,stage14,stage5	none	VT19235.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2318	0.2348	0.2679	0.1888	0.2259	0.2743	0.2539	0.2885	0.2259	0.3412	0.2714	0.3412	0.2804	0.2381	0.1779	0.2381	0.2486
chr2R	15302246	15302434	chr2R:15302247-15302434	FBgn0028981,FBgn0050225,FBgn0050326,FBgn0263464	snoRNA:hts-a,tRNA:CR30225,tRNA:CR30326,tRNA:S4:56D	stage11,stage14,stage5	none	VT19235.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.18	0.1783	0.2081	0.151	0.1506	0.2053	0.2029	0.2225	0.1506	0.2669	0.2164	0.2669	0.2138	0.2067	0.1348	0.2067	0.2157
chr2R	15302657	15302847	chr2R:15302658-15302847	FBgn0050225,FBgn0050326	tRNA:CR30225,tRNA:CR30326	none	none	VT19235.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1859	0.1939	0.2108	0.1497	0.1591	0.2073	0.237	0.2358	0.1591	0.279	0.2193	0.279	0.2068	0.1853	0.1612	0.1853	0.186
chr2R	15302963	15303120	chr2R:15302964-15303120	FBgn0050326	tRNA:CR30326	none	none	VT19235.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0681	0.0702	0.0775	0.0554	0.0445	0.0718	0.0869	0.0926	0.0445	0.0972	0.0842	0.0972	0.0682	0.0567	0.0496	0.0567	0.0615
chr2R	15303960	15304111	chr2R:15303961-15304111	distal	distal	stage14	stage14	VT19235.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0236	0.0264	0.0393	0.0159	0.0248	0.0324	0.028	0.0159	0.0326	0.0196	0.0326	0.0217	0.013	0.0161	0.013	0.0167
chr2R	15304248	15304399	chr2R:15304249-15304399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.032	0.0305	0.0316	0.0341	0.018	0.0282	0.0446	0.034	0.018	0.032	0.0293	0.032	0.0318	0.0145	0.0206	0.0145	0.0203
chr2R	15307764	15308004	chr2R:15307765-15308004	distal	distal	none	none	VT19238.1	VT19238.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.034	0.0401	0.0739	0.018	0.0417	0.0446	0.0366	0.018	0.0405	0.0518	0.0405	0.0457	0.0819	0.1186	0.0819	0.0969
chr2R	15308269	15308441	chr2R:15308270-15308441	distal	distal	stage14	stage14	VT19238.1	VT19238.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0667	0.0587	0.058	0.0851	0.035	0.0743	0.0727	0.0626	0.035	0.0634	0.0701	0.0634	0.0612	0.085	0.1399	0.085	0.1157
chr2R	15310890	15311292	chr2R:15310891-15311292	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT19240.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.1872	0.1862	0.2053	0.1684	0.1622	0.1883	0.2396	0.2219	0.1622	0.2428	0.2444	0.2428	0.1851	0.1799	0.227	0.1799	0.1787
chr2R	15311522	15311716	chr2R:15311523-15311716	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT19240.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2138	0.2009	0.2472	0.1916	0.1644	0.2277	0.2375	0.2458	0.1644	0.2941	0.2682	0.2941	0.2556	0.2198	0.207	0.2198	0.2017
chr2R	15311794	15311981	chr2R:15311795-15311981	FBgn0263391	hts	stage11,stage14,stage5	none	VT19240.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1981	0.1737	0.2409	0.1782	0.1304	0.2102	0.1916	0.2185	0.1304	0.2917	0.264	0.2917	0.2177	0.1868	0.1812	0.1868	0.1803
chr2R	15312058	15312319	chr2R:15312059-15312319	FBgn0012051,FBgn0263391	CalpA,hts	stage11,stage14,stage5	none	VT19240.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1991	0.1771	0.2373	0.1819	0.1442	0.2126	0.1938	0.2232	0.1442	0.3092	0.2543	0.3092	0.2215	0.1975	0.2012	0.1975	0.209
chr2R	15312351	15312681	chr2R:15312352-15312681	FBgn0012051,FBgn0263391	CalpA,hts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2945	0.2856	0.3391	0.2555	0.2259	0.3272	0.3356	0.3504	0.2259	0.4052	0.373	0.4052	0.3277	0.2757	0.2573	0.2757	0.2986
chr2R	15318960	15319111	chr2R:15318961-15319111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0204	0.0162	0.0131	0.0095	0.0214	0.032	0.02	0.0095	0.0151	0.0219	0.0151	0.0116	0.0031	0.0342	0.0031	0.0089
chr2R	15324102	15324271	chr2R:15324103-15324271	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0545	0.0523	0.0614	0.0493	0.0339	0.0587	0.0627	0.0646	0.0339	0.0791	0.0678	0.0791	0.0612	0.0467	0.0548	0.0467	0.0474
chr2R	15324446	15324838	chr2R:15324447-15324838	FBgn0020440,FBgn0040273	Fak56D,Spt5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.21	0.1807	0.2494	0.1996	0.1135	0.2214	0.202	0.2438	0.1135	0.3025	0.2714	0.3025	0.2533	0.2374	0.2076	0.2374	0.2157
chr2R	15324894	15325069	chr2R:15324895-15325069	FBgn0020440,FBgn0040273	Fak56D,Spt5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1197	0.1114	0.1437	0.1026	0.0657	0.1408	0.1259	0.1452	0.0657	0.1914	0.145	0.1914	0.1464	0.1118	0.1038	0.1118	0.1235
chr2R	15329709	15329880	chr2R:15329710-15329880	FBgn0013325	RpL11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2076	0.2001	0.2429	0.1773	0.141	0.2558	0.2154	0.2472	0.141	0.3031	0.2617	0.3031	0.2301	0.1914	0.1799	0.1914	0.1954
chr2R	15330079	15330269	chr2R:15330080-15330269	FBgn0013325,FBgn0082987	RpL11,snoRNA:Psi28S-2444	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.0773	0.094	0.0617	0.0424	0.0845	0.1034	0.0973	0.0424	0.1214	0.0974	0.1214	0.1015	0.0681	0.0664	0.0681	0.075
chr2R	15333262	15333577	chr2R:15333263-15333577	FBgn0023211	Elongin-C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1205	0.1431	0.136	0.0781	0.1103	0.1398	0.1903	0.1792	0.1103	0.1649	0.1492	0.1649	0.1418	0.0766	0.0799	0.0766	0.1011
chr2R	15333679	15333856	chr2R:15333680-15333856	FBgn0023211	Elongin-C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1265	0.1213	0.152	0.1043	0.087	0.1422	0.1388	0.1592	0.087	0.1926	0.1698	0.1926	0.1394	0.1018	0.1083	0.1018	0.1245
chr2R	15336908	15337059	chr2R:15336909-15337059	distal	distal	stage11,stage14	stage14	betaTub56D_AS3	betaTub56D_AS3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0681	0.0718	0.0788	0.0524	0.0477	0.0937	0.0727	0.0986	0.0477	0.1027	0.0775	0.1027	0.0542	0.0398	0.0819	0.0398	0.0469
chr2R	15337117	15337405	chr2R:15337118-15337405	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1128	0.1076	0.1363	0.093	0.0562	0.1515	0.1107	0.1372	0.0562	0.1685	0.1363	0.1685	0.1348	0.0681	0.1457	0.0681	0.0891
chr2R	15337568	15337888	chr2R:15337569-15337888	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	betaTub56D_AS1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.206	0.2254	0.2438	0.1429	0.1474	0.2854	0.2275	0.3245	0.1474	0.3364	0.2508	0.3364	0.1332	0.108	0.1393	0.108	0.1021
chr2R	15338092	15338327	chr2R:15338093-15338327	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	betaTub56D_AS1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.1819	0.1613	0.2164	0.1672	0.1135	0.2068	0.1583	0.2285	0.1135	0.2754	0.2447	0.2754	0.1766	0.1692	0.2089	0.1692	0.1855
chr2R	15338335	15338630	chr2R:15338336-15338630	FBgn0003887	betaTub56D	stage11,stage14,stage5	none	betaTub56D_AS1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.203	0.1955	0.2277	0.1842	0.1389	0.2471	0.2085	0.2525	0.1389	0.279	0.2437	0.279	0.1967	0.1654	0.2231	0.1654	0.1985
chr2R	15338701	15338923	chr2R:15338702-15338923	FBgn0003887	betaTub56D	stage11,stage14,stage5	none	betaTub56D_AS1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1798	0.2058	0.1874	0.1425	0.176	0.2379	0.2284	0.2638	0.176	0.2271	0.2	0.2271	0.1526	0.1286	0.1483	0.1286	0.148
chr2R	15338956	15339196	chr2R:15338957-15339196	FBgn0003887	betaTub56D	stage11,stage14,stage5	none	betaTub56D_AS1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2333	0.2385	0.2596	0.1984	0.2174	0.2777	0.2612	0.2991	0.2174	0.3176	0.2695	0.3176	0.2316	0.2006	0.2166	0.2006	0.2178
chr2R	15339910	15340093	chr2R:15339911-15340093	FBgn0034447	CG7744	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1424	0.1449	0.1689	0.1104	0.1166	0.167	0.1696	0.1852	0.1166	0.2023	0.1842	0.2023	0.1603	0.1103	0.1231	0.1103	0.124
chr2R	15343249	15343465	chr2R:15343250-15343465	FBgn0002716,FBgn0260934	mei-W68,par-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1952	0.1699	0.226	0.1897	0.1166	0.2029	0.1933	0.2185	0.1166	0.2844	0.2424	0.2844	0.2045	0.2029	0.1908	0.2029	0.2199
chr2R	15343564	15343739	chr2R:15343565-15343739	FBgn0002716,FBgn0260934	mei-W68,par-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2162	0.1908	0.2527	0.2047	0.1453	0.2354	0.208	0.2365	0.1453	0.3261	0.2701	0.3261	0.2239	0.2106	0.2315	0.2106	0.2189
chr2R	15343792	15343984	chr2R:15343793-15343984	FBgn0002716,FBgn0260934	mei-W68,par-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.157	0.1428	0.1925	0.1338	0.0976	0.1626	0.1592	0.2025	0.0976	0.2542	0.2026	0.2542	0.1844	0.134	0.1515	0.134	0.1412
chr2R	15344084	15344292	chr2R:15344085-15344292	FBgn0002716,FBgn0260934	mei-W68,par-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1551	0.1294	0.176	0.161	0.0785	0.1519	0.1432	0.1772	0.0785	0.2053	0.2048	0.2053	0.1766	0.1585	0.1857	0.1585	0.1933
chr2R	15344460	15344643	chr2R:15344461-15344643	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1241	0.0661	0.149	0.1615	0.0308	0.101	0.067	0.0733	0.0308	0.1679	0.1595	0.1679	0.1998	0.1761	0.1631	0.1761	0.1704
chr2R	15344804	15344955	chr2R:15344805-15344955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0331	0.0172	0.0335	0.0504	0.0021	0.0233	0.0247	0.0187	0.0021	0.038	0.0363	0.038	0.0372	0.0858	0.0368	0.0858	0.0505
chr2R	15349564	15349798	chr2R:15349565-15349798	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0322	0.0179	0.0272	0.0538	0.0064	0.0209	0.0221	0.026	0.0064	0.0193	0.0325	0.0193	0.0465	0.0191	0.1077	0.0191	0.0771
chr2R	15349851	15350098	chr2R:15349852-15350098	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0402	0.0207	0.0316	0.0716	0.0085	0.0252	0.029	0.0227	0.0085	0.0187	0.0331	0.0187	0.0728	0.0245	0.1289	0.0245	0.1146
chr2R	15350514	15350665	chr2R:15350515-15350665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.032	0.0198	0.033	0.0444	0.0085	0.0248	0.0298	0.0153	0.0085	0.0278	0.037	0.0278	0.0558	0.0505	0.0671	0.0505	0.0584
chr2R	15350931	15351258	chr2R:15350932-15351258	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.082	0.0494	0.0826	0.118	0.0233	0.0704	0.061	0.05	0.0233	0.0598	0.0749	0.0598	0.206	0.1026	0.1831	0.1026	0.1808
chr2R	15353157	15353308	chr2R:15353158-15353308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0297	0.0449	0.0247	0.0182	0.0276	0.0364	0.077	0.046	0.0276	0.0205	0.0264	0.0205	0.0294	0.0237	0.0174	0.0237	0.0234
chr2R	15353458	15353609	chr2R:15353459-15353609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0212	0.0308	0.0179	0.0141	0.0191	0.0214	0.0558	0.0273	0.0191	0.0193	0.018	0.0193	0.0232	0.0115	0.0161	0.0115	0.0182
chr2R	15354630	15354998	chr2R:15354631-15354998	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1322	0.0445	0.1443	0.217	0.0085	0.0694	0.051	0.052	0.0085	0.0936	0.1711	0.0936	0.2827	0.2067	0.294	0.2067	0.3387
chr2R	15355356	15355547	chr2R:15355357-15355547	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0684	0.0308	0.0656	0.1135	0.0106	0.0408	0.0407	0.0333	0.0106	0.0356	0.0762	0.0356	0.1278	0.0995	0.1734	0.0995	0.1641
chr2R	15355765	15355994	chr2R:15355766-15355994	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1585	0.092	0.1935	0.1945	0.0509	0.1286	0.0865	0.1259	0.0509	0.122	0.2659	0.122	0.2804	0.2496	0.2908	0.2496	0.2163
chr2R	15356416	15356663	chr2R:15356417-15356663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0519	0.0388	0.0574	0.0606	0.0159	0.0388	0.064	0.04	0.0159	0.0399	0.0711	0.0399	0.0991	0.062	0.0767	0.062	0.0891
chr2R	15359613	15359764	chr2R:15359614-15359764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.022	0.0194	0.0319	0.0139	0.0064	0.0277	0.0251	0.0213	0.0064	0.0217	0.0232	0.0217	0.093	0.0123	0.0168	0.0123	0.0188
chr2R	15364714	15364937	chr2R:15364715-15364937	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.034	0.0297	0.0439	0.028	0.0095	0.0442	0.0376	0.026	0.0095	0.0278	0.0344	0.0278	0.127	0.0176	0.0219	0.0176	0.0599
chr2R	15364977	15365128	chr2R:15364978-15365128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0276	0.0213	0.0368	0.0244	0.0064	0.0306	0.029	0.0193	0.0064	0.0302	0.0318	0.0302	0.0922	0.0161	0.0168	0.0161	0.0521
chr2R	15368720	15368871	chr2R:15368721-15368871	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0355	0.024	0.0159	0.0201	0.0364	0.0571	0.036	0.0201	0.0254	0.0212	0.0254	0.0434	0.0153	0.011	0.0153	0.0276
chr2R	15371307	15371572	chr2R:15371308-15371572	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0324	0.0381	0.035	0.0231	0.0074	0.0354	0.0385	0.0813	0.0074	0.0284	0.037	0.0284	0.0488	0.0214	0.0193	0.0214	0.0302
chr2R	15371732	15371883	chr2R:15371733-15371883	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0266	0.0298	0.0273	0.0223	0.0074	0.0335	0.0381	0.0413	0.0074	0.0248	0.026	0.0248	0.0426	0.0199	0.0168	0.0199	0.0375
chr2R	15372055	15372242	chr2R:15372056-15372242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0318	0.0369	0.0358	0.0106	0.0364	0.045	0.0373	0.0106	0.0296	0.0412	0.0296	0.0604	0.026	0.0316	0.026	0.0683
chr2R	15372267	15372478	chr2R:15372268-15372478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0359	0.0399	0.0348	0.0327	0.017	0.0379	0.0536	0.0586	0.017	0.0314	0.0344	0.0314	0.0589	0.0268	0.0355	0.0268	0.0537
chr2R	15372519	15372670	chr2R:15372520-15372670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0272	0.0284	0.0281	0.0117	0.0272	0.0411	0.032	0.0117	0.029	0.0283	0.029	0.048	0.023	0.0303	0.023	0.0453
chr2R	15373257	15373479	chr2R:15373258-15373479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0248	0.0348	0.034	0.0127	0.0233	0.0342	0.0313	0.0127	0.0344	0.0331	0.0344	0.0635	0.0345	0.0432	0.0345	0.0448
chr2R	15373762	15373913	chr2R:15373763-15373913	FBgn0034451	CG11242	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.0173	0.0272	0.0245	0.0053	0.0214	0.0208	0.0253	0.0053	0.0248	0.0257	0.0248	0.0473	0.0222	0.0239	0.0222	0.0406
chr2R	15373931	15374160	chr2R:15373932-15374160	FBgn0034451	CG11242	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.027	0.0359	0.0493	0.0053	0.0267	0.0428	0.032	0.0053	0.0266	0.0376	0.0266	0.0635	0.036	0.058	0.036	0.0667
chr2R	15374283	15374449	chr2R:15374284-15374449	FBgn0034451	CG11242	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0438	0.0265	0.0376	0.0698	0.0117	0.0218	0.0424	0.0333	0.0117	0.0205	0.0405	0.0205	0.0821	0.0582	0.0825	0.0582	0.0959
chr2R	15379245	15379452	chr2R:15379246-15379452	FBgn0026378,FBgn0034452	Oseg6,Rep	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0616	0.0685	0.0638	0.0514	0.0445	0.0544	0.0817	0.1206	0.0445	0.0344	0.0971	0.0344	0.0596	0.0498	0.0883	0.0498	0.037
chr2R	15379506	15379703	chr2R:15379507-15379703	FBgn0026378,FBgn0034452	Oseg6,Rep	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0768	0.0793	0.085	0.065	0.0445	0.0689	0.09	0.1446	0.0445	0.058	0.1158	0.058	0.0868	0.0482	0.1025	0.0482	0.0578
chr2R	15380189	15380340	chr2R:15380190-15380340	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0314	0.0315	0.0344	0.0279	0.0064	0.0388	0.0402	0.038	0.0064	0.0543	0.0305	0.0543	0.0403	0.0505	0.02	0.0505	0.024
chr2R	15380417	15380648	chr2R:15380418-15380648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0552	0.0547	0.0582	0.0525	0.0233	0.0767	0.0593	0.0706	0.0233	0.1033	0.0534	0.1033	0.0449	0.1279	0.0226	0.1279	0.0433
chr2R	15382410	15382655	chr2R:15382411-15382655	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0243	0.0346	0.0253	0.0064	0.0282	0.0333	0.0306	0.0064	0.0374	0.0267	0.0374	0.0635	0.0222	0.0219	0.0222	0.0511
chr2R	15383938	15384202	chr2R:15383939-15384202	FBgn0261456	hpo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.083	0.0682	0.1037	0.0767	0.0339	0.0728	0.0843	0.0959	0.0339	0.1316	0.1116	0.1316	0.1247	0.0896	0.0722	0.0896	0.1032
chr2R	15384318	15384486	chr2R:15384319-15384486	FBgn0261456	hpo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1733	0.1484	0.2048	0.1666	0.1007	0.1762	0.1557	0.2105	0.1007	0.2675	0.2228	0.2675	0.2029	0.1868	0.1638	0.1868	0.2032
chr2R	15384629	15384780	chr2R:15384630-15384780	FBgn0034454,FBgn0261456	CG15120,hpo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0297	0.0313	0.029	0.0138	0.0345	0.0346	0.0426	0.0138	0.0441	0.0344	0.0441	0.0325	0.0276	0.0245	0.0276	0.0401
chr2R	15389854	15390005	chr2R:15389855-15390005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0182	0.0135	0.0226	0.0188	0.0042	0.0117	0.0203	0.0193	0.0042	0.0272	0.0215	0.0272	0.0318	0.0153	0.0155	0.0153	0.0354
chr2R	15390471	15390651	chr2R:15390472-15390651	FBgn0034455	CG11007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0658	0.0497	0.0844	0.0635	0.0392	0.0626	0.0554	0.06	0.0392	0.1099	0.099	0.1099	0.0682	0.085	0.0613	0.085	0.0693
chr2R	15390659	15390918	chr2R:15390660-15390918	FBgn0034455	CG11007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0573	0.0446	0.073	0.0542	0.035	0.0495	0.0528	0.058	0.035	0.0924	0.0881	0.0924	0.0565	0.0727	0.0606	0.0727	0.0526
chr2R	15392667	15392818	chr2R:15392668-15392818	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0186	0.0185	0.0194	0.0064	0.0175	0.0255	0.028	0.0064	0.026	0.017	0.026	0.0178	0.013	0.0129	0.013	0.0229
chr2R	15393811	15394024	chr2R:15393812-15394024	FBgn0050223	tRNA:CR30223	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0464	0.0349	0.0322	0.0371	0.0442	0.0575	0.0646	0.0371	0.0314	0.0447	0.0314	0.0442	0.0444	0.0387	0.0444	0.0365
chr2R	15394031	15394182	chr2R:15394032-15394182	FBgn0050223	tRNA:CR30223	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0146	0.0142	0.0182	0.0053	0.0126	0.0212	0.0213	0.0053	0.0097	0.0206	0.0097	0.0116	0.0184	0.0226	0.0184	0.0141
chr2R	15412416	15412567	chr2R:15412417-15412567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0123	0.0176	0.0148	0.0085	0.0107	0.0182	0.0147	0.0085	0.0211	0.0161	0.0211	0.0248	0.0092	0.0129	0.0092	0.0135
chr2R	15418194	15418345	chr2R:15418195-15418345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.012	0.0156	0.0169	0.0085	0.0112	0.0182	0.0147	0.0085	0.0187	0.0145	0.0187	0.0163	0.0123	0.0155	0.0123	0.0089
chr2R	15423247	15423398	chr2R:15423248-15423398	distal	distal	none	none	VT19297.1,VT19298.1	VT19297.1,VT19298.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0153	0.0164	0.0155	0.0053	0.0141	0.0251	0.0173	0.0053	0.0169	0.0138	0.0169	0.017	0.0054	0.0116	0.0054	0.0099
chr2R	15424265	15424416	chr2R:15424266-15424416	distal	distal	none	none	VT19298.1	VT19298.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0075	0.0105	0.0226	0.0042	0.0068	0.0117	0.0087	0.0042	0.0133	0.0106	0.0133	0.0085	0.0115	0.0077	0.0115	0.0115
chr2R	15431030	15431181	chr2R:15431031-15431181	distal	distal	none	none	VT19302.1	VT19302.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0132	0.0157	0.0139	0.0032	0.0097	0.0229	0.0173	0.0032	0.0217	0.0135	0.0217	0.0132	0.0069	0.0097	0.0069	0.0104
chr2R	15432291	15432442	chr2R:15432292-15432442	distal	distal	none	none	VT19302.1,VT19303.1	VT19302.1,VT19303.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0155	0.016	0.0128	0.018	0.0085	0.0189	0.0247	0.0133	0.0085	0.0266	0.009	0.0266	0.007	0.0337	0.0129	0.0337	0.0089
chr2R	15441840	15441991	chr2R:15441841-15441991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0115	0.0184	0.0131	0.0032	0.0107	0.016	0.016	0.0032	0.0199	0.0141	0.0199	0.0263	0.0061	0.0071	0.0061	0.0052
chr2R	15450167	15450318	chr2R:15450168-15450318	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0088	0.0122	0.0201	0.0042	0.0087	0.0117	0.0113	0.0042	0.0127	0.0132	0.0127	0.0077	0.01	0.0097	0.01	0.0083
chr2R	15452104	15452295	chr2R:15452105-15452295	FBgn0053535	tRNA:CR33535	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0264	0.0371	0.0239	0.0173	0.0308	0.035	0.0484	0.046	0.0308	0.0242	0.0203	0.0242	0.0403	0.013	0.0193	0.013	0.0167
chr2R	15452334	15452628	chr2R:15452335-15452628	FBgn0053535	tRNA:CR33535	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0424	0.0628	0.0357	0.027	0.0382	0.0646	0.0852	0.0726	0.0382	0.0362	0.0341	0.0362	0.0511	0.0375	0.02	0.0375	0.0271
chr2R	15453764	15453915	chr2R:15453765-15453915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.022	0.0227	0.0246	0.0182	0.0064	0.0296	0.0294	0.0253	0.0064	0.0314	0.0215	0.0314	0.031	0.0138	0.0187	0.0138	0.0182
chr2R	15456821	15456972	chr2R:15456822-15456972	distal	distal	none	none	VT19317.1	VT19317.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.021	0.0275	0.0217	0.0128	0.0138	0.0383	0.0368	0.0266	0.0138	0.0272	0.017	0.0272	0.0209	0.0061	0.0064	0.0061	0.0073
chr2R	15457107	15457383	chr2R:15457108-15457383	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT19317.1	VT19317.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0635	0.1036	0.052	0.0315	0.0636	0.1262	0.1427	0.0993	0.0636	0.0864	0.0367	0.0864	0.062	0.0207	0.0135	0.0207	0.0198
chr2R	15457649	15457933	chr2R:15457650-15457933	distal	distal	none	none	VT19317.1	VT19317.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.038	0.0607	0.031	0.0203	0.0445	0.0451	0.1099	0.0513	0.0445	0.0326	0.0357	0.0326	0.0271	0.0069	0.02	0.0069	0.0125
chr2R	15457996	15458147	chr2R:15457997-15458147	distal	distal	none	none	VT19317.1	VT19317.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0272	0.0174	0.0131	0.0095	0.0218	0.045	0.032	0.0095	0.0169	0.0183	0.0169	0.0209	0.0023	0.0135	0.0023	0.0063
chr2R	15465278	15465444	chr2R:15465279-15465444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0091	0.0154	0.0185	0.0042	0.0112	0.0121	0.0107	0.0042	0.0121	0.0129	0.0121	0.007	0.0084	0.0064	0.0084	0.0083
chr2R	15468577	15468728	chr2R:15468578-15468728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0108	0.0121	0.0156	0.0064	0.0107	0.0156	0.0127	0.0064	0.0151	0.0122	0.0151	0.007	0.0061	0.0129	0.0061	0.0036
chr2R	15468801	15468952	chr2R:15468802-15468952	distal	distal	none	none	VT19324.1	VT19324.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0088	0.0114	0.0155	0.0053	0.0097	0.0134	0.008	0.0053	0.0151	0.0113	0.0151	0.0085	0.0123	0.0123	0.0123	0.0052
chr2R	15469086	15469237	chr2R:15469087-15469237	distal	distal	none	none	VT19324.1	VT19324.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0101	0.0138	0.0166	0.0021	0.0155	0.0134	0.0093	0.0021	0.0127	0.0132	0.0127	0.0116	0.0046	0.0103	0.0046	0.0047
chr2R	15477103	15477254	chr2R:15477104-15477254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0117	0.0102	0.012	0.0011	0.0112	0.019	0.0147	0.0011	0.0091	0.0106	0.0091	0.0108	0.0046	0.0058	0.0046	0.0042
chr2R	15490005	15490267	chr2R:15490006-15490267	distal	distal	none	none	VT19334.1	VT19334.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0296	0.0317	0.0362	0.0201	0.0138	0.034	0.0424	0.0406	0.0138	0.0562	0.0386	0.0562	0.0186	0.0337	0.0226	0.0337	0.0141
chr2R	15490274	15490425	chr2R:15490275-15490425	distal	distal	none	none	VT19334.1	VT19334.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0212	0.0249	0.0156	0.0064	0.0262	0.0264	0.0273	0.0064	0.0308	0.0264	0.0308	0.024	0.0237	0.0174	0.0237	0.012
chr2R	15491900	15492051	chr2R:15491901-15492051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.0118	0.0135	0.015	0.0032	0.0126	0.0177	0.0147	0.0032	0.0181	0.0145	0.0181	0.0108	0.0107	0.009	0.0107	0.0099
chr2R	15492464	15492615	chr2R:15492465-15492615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.02	0.0179	0.0223	0.0198	0.0053	0.0238	0.0212	0.0253	0.0053	0.0393	0.0186	0.0393	0.0217	0.0268	0.0181	0.0268	0.0167
chr2R	15492618	15492840	chr2R:15492619-15492840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.028	0.0259	0.0313	0.0267	0.0106	0.0359	0.0264	0.0353	0.0106	0.0519	0.028	0.0519	0.0349	0.0337	0.0226	0.0337	0.0276
chr2R	15493679	15493910	chr2R:15493680-15493910	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0276	0.0221	0.031	0.0302	0.0095	0.0218	0.0298	0.0306	0.0095	0.0477	0.0302	0.0477	0.0279	0.062	0.0219	0.062	0.0214
chr2R	15505177	15505363	chr2R:15505178-15505363	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0183	0.0227	0.0304	0.0064	0.0218	0.0255	0.022	0.0064	0.0236	0.0257	0.0236	0.0325	0.0352	0.0348	0.0352	0.0448
chr2R	15505500	15505651	chr2R:15505501-15505651	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0205	0.0126	0.0213	0.0284	0.0032	0.015	0.0182	0.0153	0.0032	0.0217	0.0244	0.0217	0.0279	0.0306	0.0348	0.0306	0.0443
chr2R	15506126	15506277	chr2R:15506127-15506277	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0235	0.0188	0.0278	0.0241	0.0042	0.0252	0.0234	0.024	0.0042	0.0278	0.037	0.0278	0.0263	0.0176	0.0484	0.0176	0.0162
chr2R	15506356	15506507	chr2R:15506357-15506507	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0207	0.0171	0.0231	0.0223	0.0011	0.0214	0.0242	0.0193	0.0011	0.0193	0.0305	0.0193	0.024	0.0207	0.0471	0.0207	0.0151
chr2R	15507274	15507463	chr2R:15507275-15507463	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.042	0.0405	0.0425	0.0432	0.0191	0.0393	0.0541	0.06	0.0191	0.038	0.063	0.038	0.0349	0.0421	0.1025	0.0421	0.0234
chr2R	15507719	15507900	chr2R:15507720-15507900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0259	0.0303	0.0407	0.0127	0.0306	0.0372	0.028	0.0127	0.0284	0.035	0.0284	0.0356	0.0559	0.0664	0.0559	0.0344
chr2R	15509080	15509473	chr2R:15509081-15509473	distal	distal	none	none	VT19345.1	VT19345.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0206	0.0411	0.0485	0.0053	0.0257	0.0255	0.026	0.0053	0.0393	0.0534	0.0393	0.0411	0.0268	0.0658	0.0268	0.037
chr2R	15509666	15509850	chr2R:15509667-15509850	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT19345.1	VT19345.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0312	0.0204	0.0365	0.0375	0.0064	0.0257	0.0294	0.0207	0.0064	0.0332	0.0434	0.0332	0.0395	0.0199	0.0484	0.0199	0.0287
chr2R	15509966	15510171	chr2R:15509967-15510171	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT19345.1,VT19346.1	VT19345.1,VT19346.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.035	0.0247	0.043	0.0377	0.0053	0.0286	0.0316	0.0353	0.0053	0.0664	0.0354	0.0664	0.0341	0.0283	0.0322	0.0283	0.0177
chr2R	15510568	15510719	chr2R:15510569-15510719	distal	distal	none	none	VT19346.1	VT19346.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.025	0.0192	0.0269	0.0292	0.0053	0.0272	0.0242	0.022	0.0053	0.0513	0.0209	0.0513	0.0178	0.0436	0.0258	0.0436	0.0151
chr2R	15512060	15512211	chr2R:15512061-15512211	distal	distal	none	none	VT19346.1,VT19347.1	VT19346.1,VT19347.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0151	0.0258	0.0177	0.0074	0.018	0.0203	0.0167	0.0074	0.0326	0.0158	0.0326	0.0147	0.0176	0.009	0.0176	0.0068
chr2R	15513521	15513672	chr2R:15513522-15513672	distal	distal	none	none	VT19347.1	VT19347.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0225	0.0142	0.0334	0.0198	0.0011	0.0243	0.0143	0.0153	0.0011	0.087	0.0167	0.087	0.031	0.0345	0.0064	0.0345	0.0156
chr2R	15514466	15514660	chr2R:15514467-15514660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0535	0.0381	0.0641	0.0592	0.0095	0.0505	0.0454	0.048	0.0095	0.119	0.0379	0.119	0.062	0.0574	0.0181	0.0574	0.0505
chr2R	15515292	15515444	chr2R:15515293-15515444	distal	distal	none	none	VT19349.1	VT19349.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0452	0.0183	0.0539	0.0657	0.0042	0.0311	0.0234	0.0127	0.0042	0.0568	0.0206	0.0568	0.0527	0.026	0.011	0.026	0.0495
chr2R	15517450	15517627	chr2R:15517451-15517627	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0726	0.0474	0.0826	0.09	0.0212	0.0612	0.0484	0.0706	0.0212	0.0912	0.0804	0.0912	0.0558	0.0544	0.0554	0.0544	0.0469
chr2R	15518155	15518429	chr2R:15518156-15518429	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2431	0.2332	0.2893	0.2033	0.175	0.2971	0.2323	0.3145	0.175	0.3671	0.3058	0.3671	0.2401	0.1884	0.2173	0.1884	0.1683
chr2R	15518634	15518817	chr2R:15518635-15518817	FBgn0003435	sm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1213	0.1041	0.1462	0.1134	0.053	0.1413	0.0973	0.1552	0.053	0.1685	0.1415	0.1685	0.1735	0.0873	0.0967	0.0873	0.1506
chr2R	15518943	15519131	chr2R:15518944-15519131	FBgn0003435	sm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1496	0.1124	0.1843	0.153	0.088	0.1641	0.0882	0.1592	0.088	0.2554	0.1759	0.2554	0.1875	0.1493	0.1341	0.1493	0.1949
chr2R	15519379	15519580	chr2R:15519380-15519580	FBgn0003435	sm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2179	0.1929	0.2484	0.2124	0.1633	0.2335	0.1894	0.2698	0.1633	0.311	0.2627	0.311	0.2393	0.2259	0.2012	0.2259	0.2335
chr2R	15520202	15520367	chr2R:15520203-15520367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0589	0.0474	0.0788	0.0499	0.0244	0.0612	0.0523	0.06	0.0244	0.1087	0.0897	0.1087	0.062	0.0475	0.0535	0.0475	0.0677
chr2R	15520476	15520655	chr2R:15520477-15520655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0915	0.0793	0.1214	0.0723	0.0445	0.0937	0.0874	0.1166	0.0445	0.1649	0.1354	0.1649	0.1232	0.098	0.0748	0.098	0.1089
chr2R	15528118	15528269	chr2R:15528119-15528269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0087	0.0069	0.0078	0	0.0097	0.0143	0.0107	0	0.0072	0.0061	0.0072	0.0077	0.0054	0.0013	0.0054	0.0031
chr2R	15531365	15531516	chr2R:15531366-15531516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0246	0.0076	0.0029	0.0085	0.0107	0.058	0.016	0.0085	0.0091	0.0077	0.0091	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.001
chr2R	15535065	15535216	chr2R:15535066-15535216	FBgn0034462	CG15905	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0183	0.0136	0.011	0.0095	0.015	0.032	0.02	0.0095	0.0072	0.0215	0.0072	0.0147	0.0038	0.0284	0.0038	0.0089
chr2R	15538916	15539125	chr2R:15538917-15539125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0265	0.0286	0.0242	0.0106	0.0267	0.0433	0.0273	0.0106	0.0477	0.0222	0.0477	0.0364	0.0222	0.0123	0.0222	0.0354
chr2R	15546701	15546993	chr2R:15546702-15546993	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0721	0.1902	0.0113	0.0068	0.3139	0.051	0.378	0.1246	0.3139	0.0109	0.0154	0.0109	0.0085	0.0023	0.0071	0.0023	0.0083
chr2R	15547276	15547739	chr2R:15547277-15547739	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1092	0.2863	0.0176	0.012	0.5037	0.0714	0.5454	0.1892	0.5037	0.0217	0.018	0.0217	0.0194	0.0115	0.0077	0.0115	0.013
chr2R	15548032	15548915	chr2R:15548033-15548915	FBgn0262372,FBgn0262380,FBgn0262408,FBgn0262410,FBgn0262414,FBgn0262418,FBgn0262443,FBgn0262464	mir-286,mir-3,mir-309,mir-4,mir-5,mir-6-1,mir-6-2,mir-6-3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.3456	0.0274	0.0185	0.6023	0.0942	0.6613	0.2185	0.6023	0.0326	0.0289	0.0326	0.0271	0.0199	0.0213	0.0199	0.0198
chr2R	15549072	15549444	chr2R:15549073-15549444	FBgn0034464,FBgn0262372,FBgn0262380,FBgn0262408,FBgn0262414,FBgn0262443,FBgn0262464	CG11018,mir-286,mir-3,mir-309,mir-4,mir-5,mir-6-1	stage5	none	miR-309-6_8-miR	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.1038	0.2783	0.0162	0.0049	0.4093	0.0806	0.5549	0.1832	0.4093	0.0151	0.019	0.0151	0.017	0.0046	0.0077	0.0046	0.0052
chr2R	15549544	15549695	chr2R:15549545-15549695	FBgn0034464,FBgn0262372,FBgn0262380	CG11018,mir-3,mir-309	stage5	none	miR-309-6_8-miR	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.058	0.1549	0.0089	0.0036	0.2089	0.0403	0.3313	0.0993	0.2089	0.0091	0.0106	0.0091	0.0062	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr2R	15550686	15550930	chr2R:15550687-15550930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0405	0.04	0.0249	0.0382	0.0296	0.0744	0.034	0.0382	0.0272	0.0653	0.0272	0.0248	0.0123	0.0606	0.0123	0.0203
chr2R	15554514	15554665	chr2R:15554515-15554665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0318	0.0623	0.0209	0.0096	0.0361	0.0228	0.1492	0.0293	0.0361	0.0199	0.0254	0.0199	0.0163	0.0092	0.0064	0.0092	0.013
chr2R	15555085	15555236	chr2R:15555086-15555236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0284	0.0563	0.0171	0.0095	0.0255	0.017	0.1419	0.0293	0.0255	0.0181	0.0228	0.0181	0.0116	0.0084	0.011	0.0084	0.0115
chr2R	15555532	15555683	chr2R:15555533-15555683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0397	0.0795	0.024	0.0125	0.0403	0.0374	0.1791	0.0566	0.0403	0.0272	0.0289	0.0272	0.0178	0.0138	0.0135	0.0138	0.0109
chr2R	15556373	15556524	chr2R:15556374-15556524	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0967	0.1327	0.09	0.0639	0.1198	0.0913	0.2323	0.1193	0.1198	0.1202	0.0887	0.1202	0.0937	0.072	0.06	0.072	0.0703
chr2R	15556617	15556945	chr2R:15556618-15556945	FBgn0015949	hrg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2637	0.2895	0.2694	0.2287	0.2471	0.2485	0.4217	0.3191	0.2471	0.3007	0.2977	0.3007	0.2998	0.2481	0.2547	0.2481	0.235
chr2R	15557002	15557213	chr2R:15557003-15557213	FBgn0015949	hrg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1444	0.1901	0.1517	0.0986	0.1578	0.1894	0.1726	0.0986	0.2349	0.2077	0.2349	0.1898	0.1302	0.1721	0.1302	0.174
chr2R	15557260	15557474	chr2R:15557261-15557474	FBgn0015949	hrg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1735	0.1582	0.2013	0.1603	0.0923	0.1777	0.2011	0.1945	0.0923	0.2518	0.2212	0.2518	0.1898	0.1577	0.1773	0.1577	0.1735
chr2R	15557530	15557776	chr2R:15557531-15557776	FBgn0015949,FBgn0028372	hrg,isopeptidase-T-3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1132	0.159	0.1074	0.0685	0.1273	0.1194	0.2716	0.1446	0.1273	0.1232	0.1203	0.1232	0.1046	0.062	0.0741	0.062	0.0724
chr2R	15557782	15557941	chr2R:15557783-15557941	FBgn0015949,FBgn0028372	hrg,isopeptidase-T-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0723	0.0971	0.0718	0.0453	0.0774	0.0762	0.173	0.0753	0.0774	0.0839	0.0775	0.0839	0.0759	0.0375	0.0606	0.0375	0.0427
chr2R	15558002	15558179	chr2R:15558003-15558179	FBgn0028372	isopeptidase-T-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.1162	0.1266	0.1011	0.0785	0.1238	0.154	0.1366	0.0785	0.1341	0.1408	0.1341	0.1379	0.1095	0.1083	0.1095	0.1068
chr2R	15558261	15558455	chr2R:15558262-15558455	FBgn0028372	isopeptidase-T-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0583	0.0542	0.0654	0.0551	0.0212	0.0529	0.0869	0.0586	0.0212	0.0719	0.0688	0.0719	0.0635	0.062	0.0509	0.062	0.061
chr2R	15563489	15563897	chr2R:15563490-15563897	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0407	0.0589	0.0284	0.0337	0.0329	0.0398	0.1176	0.0453	0.0329	0.0248	0.0228	0.0248	0.017	0.0054	0.0103	0.0054	0.0089
chr2R	15564289	15564440	chr2R:15564290-15564440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0196	0.0112	0.0124	0.0106	0.0146	0.0355	0.0193	0.0106	0.0133	0.0103	0.0133	0.0101	0.0031	0.0045	0.0031	0.0052
chr2R	15565199	15565350	chr2R:15565200-15565350	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0223	0.0436	0.0118	0.0099	0.0318	0.0204	0.083	0.0453	0.0318	0.0181	0.009	0.0181	0.0093	0.0046	0.0032	0.0046	0.0068
chr2R	15566140	15566291	chr2R:15566141-15566291	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0123	0.0133	0.0105	0.0131	0.0064	0.0058	0.0272	0.012	0.0064	0.0072	0.0125	0.0072	0.0085	8e-04	0.0019	8e-04	0.0057
chr2R	15566497	15566648	chr2R:15566498-15566648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0134	0.0115	0.0128	0.0162	0.0032	0.0068	0.0221	0.0127	0.0032	0.0072	0.0135	0.0072	0.007	0.0046	0.0032	0.0046	0.0089
chr2R	15570495	15570651	chr2R:15570496-15570651	FBgn0085227	CG34198	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0142	0.0133	0.0141	0.0152	0.0042	0.0131	0.0251	0.008	0.0042	0.0103	0.0106	0.0103	0.0387	0.0061	0.0045	0.0061	0.0396
chr2R	15574126	15574326	chr2R:15574127-15574326	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0341	0.0778	0.0157	0.0054	0.07	0.0306	0.1752	0.0413	0.07	0.0248	0.0158	0.0248	0.0124	0.0054	0.0052	0.0054	0.0036
chr2R	15576788	15576943	chr2R:15576789-15576943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0185	0.0335	0.0114	0.0095	0.0286	0.0306	0.0636	0.014	0.0286	0.0187	0.0084	0.0187	0.0108	0.0061	0.0052	0.0061	0.0089
chr2R	15579414	15579801	chr2R:15579415-15579801	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0554	0.0801	0.0297	0.0561	0.0679	0.0587	0.1315	0.0853	0.0679	0.0393	0.0267	0.0393	0.0248	0.0145	0.0374	0.0145	0.024
chr2R	15584633	15584784	chr2R:15584634-15584784	FBgn0034468	Obp56a	none	none	Obp56a_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0152	0.0178	0.0151	0.0125	0.0074	0.0155	0.0355	0.012	0.0074	0.0236	0.0161	0.0236	0.0108	0.0077	0.0303	0.0077	0.0057
chr2R	15584834	15585004	chr2R:15584835-15585004	FBgn0034468	Obp56a	none	none	Obp56a_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0203	0.0259	0.0164	0.0182	0.0095	0.018	0.0506	0.024	0.0095	0.0223	0.0203	0.0223	0.0093	0.0054	0.0548	0.0054	0.0083
chr2R	15585141	15585292	chr2R:15585142-15585292	FBgn0034468	Obp56a	none	none	Obp56a_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0213	0.0201	0.0179	0.0265	0.0064	0.018	0.0381	0.0147	0.0064	0.0169	0.0277	0.0169	0.0085	0.0038	0.0903	0.0038	0.012
chr2R	15586985	15587136	chr2R:15586986-15587136	FBgn0046880	Obp56b	none	none	Obp56b_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.018	0.0161	0.018	0.0202	0.0042	0.0175	0.0234	0.016	0.0042	0.0163	0.0235	0.0163	0.0271	0.0222	0.0239	0.0222	0.0365
chr2R	15587232	15587422	chr2R:15587233-15587422	FBgn0046880	Obp56b	none	none	Obp56b_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0388	0.0377	0.0447	0.0191	0.0447	0.0528	0.0433	0.0191	0.0501	0.0453	0.0501	0.0473	0.0574	0.0651	0.0574	0.0646
chr2R	15589486	15589637	chr2R:15589487-15589637	distal	distal	none	none	Obp56c_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0101	0.0119	0.0111	0.0053	0.0112	0.016	0.0087	0.0053	0.0127	0.0119	0.0127	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0057
chr2R	15597444	15597595	chr2R:15597445-15597595	distal	distal	none	none	Obp56e_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0108	0.0081	0.01	0.0085	0.0058	0.0208	0.0107	0.0085	0.0139	0.0074	0.0139	0.0039	0.0054	0.0032	0.0054	0.0042
chr2R	15602472	15602777	chr2R:15602473-15602777	FBgn0050215	tRNA:CR30215	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.032	0.0314	0.0367	0.0274	0.0233	0.0383	0.0407	0.0326	0.0233	0.0272	0.0357	0.0272	0.0868	0.049	0.0181	0.049	0.0401
chr2R	15602997	15603175	chr2R:15602998-15603175	FBgn0050215	tRNA:CR30215	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0545	0.071	0.0349	0.0575	0.0827	0.0578	0.0999	0.0759	0.0827	0.0362	0.0299	0.0362	0.0782	0.1095	0.0413	0.1095	0.0959
chr2R	15613082	15613291	chr2R:15613083-15613291	FBgn0011850,FBgn0050218,FBgn0050452	tRNA:CR30218,tRNA:CR30452,tRNA:E4:56Fc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1624	0.1925	0.1747	0.1153	0.1516	0.2141	0.2375	0.2265	0.1516	0.2168	0.1794	0.2168	0.1898	0.1386	0.1161	0.1386	0.1735
chr2R	15613332	15613554	chr2R:15613333-15613554	FBgn0011850,FBgn0050218,FBgn0050452	tRNA:CR30218,tRNA:CR30452,tRNA:E4:56Fc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1962	0.2354	0.2096	0.1377	0.2089	0.2563	0.2842	0.2751	0.2089	0.2494	0.2277	0.2494	0.2355	0.1776	0.1283	0.1776	0.2022
chr2R	15613590	15613787	chr2R:15613591-15613787	FBgn0011850,FBgn0050218,FBgn0050452	tRNA:CR30218,tRNA:CR30452,tRNA:E4:56Fc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1655	0.2106	0.169	0.1113	0.1856	0.2243	0.2625	0.2445	0.1856	0.2065	0.181	0.2065	0.2014	0.1508	0.1019	0.1508	0.172
chr2R	15613980	15614282	chr2R:15613981-15614282	FBgn0011850,FBgn0065076	snoRNA:185,tRNA:E4:56Fc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1096	0.1335	0.106	0.0868	0.1071	0.1354	0.173	0.1646	0.1071	0.1316	0.1055	0.1316	0.1294	0.1011	0.0748	0.1011	0.1313
chr2R	15614614	15614967	chr2R:15614615-15614967	FBgn0011849,FBgn0065076	snoRNA:185,tRNA:E4:56Fb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3398	0.3807	0.358	0.2742	0.3616	0.4141	0.4312	0.4537	0.3616	0.4541	0.3833	0.4541	0.3524	0.34	0.3024	0.34	0.3554
chr2R	15615582	15615783	chr2R:15615583-15615783	FBgn0011848,FBgn0050454	tRNA:CR30454,tRNA:E4:56Fa	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.189	0.2149	0.1968	0.1515	0.2216	0.2369	0.2431	0.2565	0.2216	0.2742	0.1974	0.2742	0.1875	0.1876	0.1412	0.1876	0.2017
chr2R	15616289	15616497	chr2R:15616290-15616497	FBgn0050220,FBgn0050449	tRNA:CR30220,tRNA:CR30449	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1208	0.1322	0.1222	0.1065	0.106	0.1432	0.1661	0.1519	0.106	0.1546	0.1302	0.1546	0.1433	0.1662	0.0922	0.1662	0.1433
chr2R	15616702	15616868	chr2R:15616703-15616868	FBgn0050220,FBgn0050449,FBgn0053452	5SrRNA:CR33452,tRNA:CR30220,tRNA:CR30449	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.082	0.1001	0.0741	0.0703	0.0976	0.1097	0.1163	0.1252	0.0976	0.0954	0.0685	0.0954	0.1139	0.124	0.0548	0.124	0.11
chr2R	15655335	15655521	chr2R:15655336-15655521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0232	0.0191	0.025	0.0259	0.0064	0.016	0.0342	0.018	0.0064	0.0157	0.019	0.0157	0.0139	0.0046	0.011	0.0046	0.0083
chr2R	15656091	15656307	chr2R:15656092-15656307	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0562	0.0497	0.0739	0.0441	0.0244	0.0408	0.0761	0.0666	0.0244	0.0248	0.1068	0.0248	0.0434	0.0107	0.0329	0.0107	0.0188
chr2R	15656315	15656466	chr2R:15656316-15656466	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0354	0.0294	0.0487	0.0274	0.0106	0.0257	0.042	0.0453	0.0106	0.0127	0.0695	0.0127	0.0279	0.0115	0.0181	0.0115	0.0104
chr2R	15663968	15664134	chr2R:15663969-15664134	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.033	0.043	0.0252	0.0191	0.0359	0.035	0.0513	0.0191	0.0574	0.0495	0.0574	0.0333	0.0329	0.0309	0.0329	0.0323
chr2R	15672896	15673047	chr2R:15672897-15673047	distal	distal	none	none	Obp56g_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0091	0.0076	0.0116	0.0021	0.0068	0.0186	0.0073	0.0021	0.0079	0.0087	0.0079	0.0023	0.0031	0.0058	0.0031	0.0031
chr2R	15673652	15673803	chr2R:15673653-15673803	distal	distal	none	none	Obp56g_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0083	0.0086	0.0082	0.0064	0.0102	0.0095	0.01	0.0064	0.0103	0.0084	0.0103	0.0062	0.0038	0.0019	0.0038	0.0036
chr2R	15674238	15674389	chr2R:15674239-15674389	distal	distal	none	none	Obp56g_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0098	0.0098	0.0138	0.0011	0.0112	0.0186	0.0047	0.0011	0.0085	0.0087	0.0085	0.0039	0.0015	0.0045	0.0015	0.0036
chr2R	15679970	15680230	chr2R:15679971-15680230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0158	0.0245	0.0272	0.0064	0.015	0.0251	0.0173	0.0064	0.0157	0.0174	0.0157	0.0077	0.0038	0.0077	0.0038	0.0078
chr2R	15680883	15681132	chr2R:15680884-15681132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0207	0.0145	0.026	0.022	0.0042	0.0194	0.0186	0.0153	0.0042	0.035	0.0148	0.035	0.0077	0.0077	0.0052	0.0077	0.0057
chr2R	15681288	15681439	chr2R:15681289-15681439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0207	0.0193	0.0274	0.0148	0.0074	0.0272	0.0225	0.0233	0.0074	0.0453	0.0196	0.0453	0.0132	0.0107	0.0116	0.0107	0.0052
chr2R	15681549	15681700	chr2R:15681550-15681700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.016	0.013	0.0231	0.0117	0.0032	0.0209	0.0164	0.012	0.0032	0.0471	0.0158	0.0471	0.0077	0.0077	0.0064	0.0077	0.0057
chr2R	15682145	15682296	chr2R:15682146-15682296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0213	0.0166	0.0279	0.0192	0.0064	0.0282	0.0208	0.012	0.0064	0.0368	0.0203	0.0368	0.0124	0.0046	0.0103	0.0046	0.0052
chr2R	15682485	15682636	chr2R:15682486-15682636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0205	0.0156	0.0221	0.0244	0.0032	0.0316	0.0151	0.0127	0.0032	0.0356	0.0125	0.0356	0.007	0.0115	0.0077	0.0115	0.0089
chr2R	15682727	15682917	chr2R:15682728-15682917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0229	0.0265	0.0263	0.015	0.0074	0.0563	0.0216	0.02	0.0074	0.0634	0.0158	0.0634	0.0046	0.0077	0.0052	0.0077	0.0047
chr2R	15683444	15683858	chr2R:15683445-15683858	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0588	0.075	0.0808	0.0166	0.0201	0.1752	0.051	0.054	0.0201	0.2403	0.0537	0.2403	0.0116	0.0161	0.009	0.0161	0.0104
chr2R	15685018	15685316	chr2R:15685019-15685316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0348	0.0221	0.0335	0.0506	0.0064	0.0316	0.0311	0.02	0.0064	0.0284	0.0154	0.0284	0.0062	0.0107	0.0097	0.0107	0.0208
chr2R	15685492	15685643	chr2R:15685493-15685643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0204	0.0128	0.0201	0.0291	0.0042	0.0223	0.0164	0.01	0.0042	0.0205	0.0068	0.0205	0.0054	0.0061	0.0064	0.0061	0.0109
chr2R	15685858	15686059	chr2R:15685859-15686059	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0301	0.0193	0.033	0.039	0.0074	0.0282	0.0255	0.0133	0.0074	0.0248	0.0154	0.0248	0.0085	0.0069	0.0064	0.0069	0.0089
chr2R	15686705	15687067	chr2R:15686706-15687067	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0474	0.051	0.0647	0.0244	0.0201	0.067	0.0523	0.0726	0.0201	0.058	0.0534	0.058	0.0124	0.0138	0.0161	0.0138	0.0125
chr2R	15688880	15689067	chr2R:15688881-15689067	distal	distal	none	none	VT19419.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0298	0.0442	0.0286	0.0152	0.0308	0.0398	0.0835	0.0247	0.0308	0.0278	0.0215	0.0278	0.0093	0.0077	0.0077	0.0077	0.0094
chr2R	15689359	15689566	chr2R:15689360-15689566	distal	distal	none	none	VT19419.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0374	0.033	0.0478	0.0309	0.0085	0.0447	0.0368	0.042	0.0085	0.07	0.0508	0.07	0.0325	0.0636	0.0277	0.0636	0.0276
chr2R	15689696	15689847	chr2R:15689697-15689847	FBgn0011897	tRNA:K2:56EF	stage11	none	VT19419.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0322	0.0246	0.041	0.0311	0.0106	0.0359	0.0285	0.0253	0.0106	0.0882	0.0315	0.0882	0.0318	0.0858	0.0213	0.0858	0.024
chr2R	15689980	15690169	chr2R:15689981-15690169	FBgn0011897	tRNA:K2:56EF	stage11,stage5	none	VT19419.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.125	0.1169	0.1543	0.1018	0.0764	0.1447	0.1337	0.1446	0.0764	0.253	0.1527	0.253	0.1387	0.1639	0.1038	0.1639	0.1219
chr2R	15691933	15692084	chr2R:15691934-15692084	distal	distal	none	none	VT19420.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0133	0.0203	0.0153	0.0021	0.016	0.019	0.0147	0.0021	0.0169	0.0186	0.0169	0.0101	0.0038	0.0045	0.0038	0.0052
chr2R	15693326	15693477	chr2R:15693327-15693477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0089	0.0067	0.0093	0.0109	0.0021	0.0049	0.0143	0.0053	0.0021	0.0036	0.0151	0.0036	0.0039	0.0069	0.0303	0.0069	0.0052
chr2R	15693792	15693943	chr2R:15693793-15693943	distal	distal	stage14	stage14	VT19422.1	VT19422.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0163	0.0269	0.0189	0.0074	0.0184	0.0212	0.022	0.0074	0.0211	0.0383	0.0211	0.0163	0.0115	0.0477	0.0115	0.0094
chr2R	15694476	15694627	chr2R:15694477-15694627	distal	distal	none	none	VT19422.1	VT19422.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0092	0.0197	0.0124	0.0021	0.0126	0.013	0.0087	0.0021	0.0163	0.0283	0.0163	0.0116	0.0084	0.0239	0.0084	0.0057
chr2R	15695782	15696107	chr2R:15695783-15696107	distal	distal	none	none	VT19422.1,VT19423.1	VT19422.1,VT19423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0377	0.0491	0.0429	0.0192	0.0223	0.0592	0.0649	0.0553	0.0223	0.0405	0.0363	0.0405	0.0139	0.0069	0.0142	0.0069	0.0109
chr2R	15697477	15697660	chr2R:15697478-15697660	distal	distal	stage11	stage11	VT19423.1	VT19423.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.034	0.0353	0.0519	0.013	0.0191	0.0291	0.0541	0.046	0.0191	0.0223	0.101	0.0223	0.0139	0.0046	0.0258	0.0046	0.0063
chr2R	15697730	15698333	chr2R:15697731-15698333	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT19423.1	VT19423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0684	0.0745	0.0867	0.0416	0.0308	0.0757	0.1003	0.1013	0.0308	0.0519	0.1254	0.0519	0.0581	0.0184	0.0348	0.0184	0.0287
chr2R	15698801	15698952	chr2R:15698802-15698952	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.028	0.0298	0.0372	0.0159	0.0064	0.0442	0.0363	0.028	0.0064	0.0725	0.0379	0.0725	0.0139	0.0123	0.0148	0.0123	0.0094
chr2R	15698968	15699189	chr2R:15698969-15699189	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0286	0.0264	0.0424	0.0159	0.0011	0.0442	0.0333	0.0233	0.0011	0.1051	0.0354	0.1051	0.0132	0.0092	0.0155	0.0092	0.0073
chr2R	15699197	15699377	chr2R:15699198-15699377	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0264	0.0247	0.0398	0.0136	0.0074	0.0398	0.0298	0.0213	0.0074	0.096	0.0341	0.096	0.0101	0.01	0.0116	0.01	0.0026
chr2R	15700420	15700736	chr2R:15700421-15700736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.042	0.0473	0.0244	0.0095	0.0597	0.029	0.0839	0.0095	0.0393	0.0736	0.0393	0.0178	0.0191	0.0593	0.0191	0.0083
chr2R	15700990	15701141	chr2R:15700991-15701141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0183	0.0232	0.0222	0.0085	0.0095	0.0243	0.0221	0.0446	0.0095	0.0199	0.0334	0.0199	0.007	0.0015	0.011	0.0015	0.0036
chr2R	15701243	15701394	chr2R:15701244-15701394	distal	distal	none	none	Obp56h_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0203	0.025	0.0254	0.0093	0.0011	0.0209	0.0277	0.0553	0.0011	0.0205	0.0418	0.0205	0.0062	0.0031	0.0103	0.0031	0.0063
chr2R	15701490	15701641	chr2R:15701491-15701641	distal	distal	none	none	Obp56h_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0181	0.0254	0.0201	0.0078	0.0032	0.0218	0.0272	0.0573	0.0032	0.0205	0.0264	0.0205	0.0054	0.0038	0.0097	0.0038	0.0042
chr2R	15703374	15703525	chr2R:15703375-15703525	FBgn0034475	Obp56h	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0149	0.0237	0.0159	0.0042	0.0021	0.0335	0.029	0.0293	0.0021	0.0151	0.0186	0.0151	0.0077	0.0038	0.0058	0.0038	0.001
chr2R	15704146	15704370	chr2R:15704147-15704370	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0322	0.0224	0.053	0.0203	0.0053	0.0374	0.0221	0.0253	0.0053	0.0839	0.0723	0.0839	0.0178	0.0184	0.0426	0.0184	0.0109
chr2R	15704658	15704809	chr2R:15704659-15704809	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0239	0.0143	0.0371	0.0201	0.0053	0.0228	0.0186	0.0107	0.0053	0.0441	0.0524	0.0441	0.0178	0.0168	0.0471	0.0168	0.0099
chr2R	15705328	15705832	chr2R:15705329-15705832	distal	distal	none	none	VT19428.1	VT19428.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.06	0.0435	0.0878	0.048	0.0064	0.0767	0.0441	0.0433	0.0064	0.1075	0.0743	0.1075	0.1007	0.0521	0.0406	0.0521	0.0615
chr2R	15706020	15706171	chr2R:15706021-15706171	distal	distal	none	none	VT19428.1	VT19428.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.0093	0.0201	0.0167	0.0053	0.0146	0.0117	0.008	0.0053	0.0308	0.0183	0.0308	0.0085	0.0306	0.0174	0.0306	0.0182
chr2R	15706870	15707021	chr2R:15706871-15707021	distal	distal	none	none	VT19428.1,VT19429.1	VT19428.1,VT19429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0159	0.0146	0.0206	0.0124	0.0064	0.0243	0.0169	0.0127	0.0064	0.0109	0.0164	0.0109	0.0201	0.0084	0.0052	0.0084	0.0099
chr2R	15707179	15707330	chr2R:15707180-15707330	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT19428.1,VT19429.1	VT19428.1,VT19429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0201	0.0201	0.0266	0.0128	0.0042	0.032	0.0221	0.0227	0.0042	0.0163	0.0148	0.0163	0.0062	0.0015	0.0064	0.0015	0.0078
chr2R	15707379	15707683	chr2R:15707380-15707683	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT19429.1	VT19429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0389	0.0404	0.0497	0.0252	0.0117	0.0578	0.0446	0.0546	0.0117	0.026	0.0434	0.026	0.0132	0.0054	0.0071	0.0054	0.0099
chr2R	15707883	15708034	chr2R:15707884-15708034	distal	distal	none	none	VT19429.1	VT19429.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0178	0.0294	0.0145	0.0053	0.0223	0.0242	0.022	0.0053	0.0175	0.0437	0.0175	0.0178	0.0054	0.0258	0.0054	0.0099
chr2R	15708140	15708369	chr2R:15708141-15708369	distal	distal	none	none	VT19429.1	VT19429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0188	0.0354	0.0213	0.0011	0.0252	0.0268	0.02	0.0011	0.0205	0.0588	0.0205	0.0186	0.0092	0.0535	0.0092	0.0104
chr2R	15708475	15708626	chr2R:15708476-15708626	distal	distal	none	none	VT19429.1	VT19429.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0146	0.0292	0.0175	0.0011	0.0214	0.0177	0.0167	0.0011	0.0211	0.0463	0.0211	0.0124	0.01	0.029	0.01	0.0115
chr2R	15711692	15711843	chr2R:15711693-15711843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0249	0.0147	0.0284	0.0324	0.0042	0.018	0.0225	0.0133	0.0042	0.0417	0.0235	0.0417	0.0411	0.0276	0.0168	0.0276	0.0771
chr2R	15713103	15713355	chr2R:15713104-15713355	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1133	0.0879	0.1556	0.0953	0.0276	0.1626	0.0619	0.1093	0.0276	0.2736	0.154	0.2736	0.0643	0.1547	0.0851	0.1547	0.0938
chr2R	15713949	15714125	chr2R:15713950-15714125	FBgn0034476	Toll-7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2482	0.2105	0.311	0.2213	0.1527	0.2917	0.1929	0.2751	0.1527	0.3955	0.3232	0.3955	0.2897	0.2389	0.2147	0.2389	0.2533
chr2R	15720625	15720967	chr2R:15720626-15720967	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0573	0.0398	0.0797	0.0522	0.0106	0.0699	0.0359	0.048	0.0106	0.1027	0.0923	0.1027	0.038	0.0375	0.06	0.0375	0.049
chr2R	15721456	15721693	chr2R:15721457-15721693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0177	0.0266	0.0206	0.0085	0.0223	0.0216	0.0207	0.0085	0.0254	0.0251	0.0254	0.0101	0.0138	0.0103	0.0138	0.0115
chr2R	15722839	15723262	chr2R:15722840-15723262	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0561	0.0599	0.0784	0.0274	0.0191	0.0995	0.0528	0.0779	0.0191	0.1787	0.0675	0.1787	0.024	0.0107	0.0226	0.0107	0.013
chr2R	15723405	15723638	chr2R:15723406-15723638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0292	0.0287	0.0385	0.0195	0.0053	0.0354	0.0294	0.0493	0.0053	0.0483	0.0566	0.0483	0.007	0.0046	0.0387	0.0046	0.0057
chr2R	15724569	15724748	chr2R:15724570-15724748	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0535	0.07	0.0708	0.0159	0.0329	0.117	0.0523	0.0953	0.0329	0.1963	0.0508	0.1963	0.0209	0.0207	0.0181	0.0207	0.0172
chr2R	15725424	15725575	chr2R:15725425-15725575	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0112	0.0171	0.0174	0.0053	0.0102	0.0143	0.0173	0.0053	0.0242	0.0225	0.0242	0.007	0.0092	0.0471	0.0092	0.0115
chr2R	15725773	15725924	chr2R:15725774-15725924	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0192	0.0217	0.0178	0.0042	0.0189	0.029	0.0266	0.0042	0.0296	0.0257	0.0296	0.0132	0.013	0.0368	0.013	0.0188
chr2R	15727206	15727530	chr2R:15727207-15727530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0415	0.035	0.0544	0.0344	0.0201	0.0398	0.042	0.044	0.0201	0.1087	0.0566	0.1087	0.0271	0.0544	0.0509	0.0544	0.0281
chr2R	15727767	15727918	chr2R:15727768-15727918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0227	0.0334	0.0245	0.0089	0.0255	0.032	0.0484	0.0406	0.0255	0.0338	0.0318	0.0338	0.0101	0.0176	0.0123	0.0176	0.0057
chr2R	15728248	15728679	chr2R:15728249-15728679	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0726	0.14	0.0544	0.0173	0.1485	0.0791	0.1726	0.2418	0.1485	0.0187	0.108	0.0187	0.0132	0.01	0.0361	0.01	0.0146
chr2R	15728971	15729122	chr2R:15728972-15729122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0178	0.0152	0.0222	0.016	0.0064	0.016	0.0164	0.0266	0.0064	0.0175	0.0331	0.0175	0.007	0.0054	0.0206	0.0054	0.0073
chr2R	15729373	15729524	chr2R:15729374-15729524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.013	0.0103	0.0199	0.0042	0.0131	0.0186	0.0167	0.0042	0.0091	0.0151	0.0091	0.007	0.0107	0.0097	0.0107	0.0068
chr2R	15730317	15730468	chr2R:15730318-15730468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0117	0.0141	0.0181	0.0042	0.0155	0.0164	0.0093	0.0042	0.0139	0.0206	0.0139	0.0101	0.0092	0.0129	0.0092	0.0109
chr2R	15731096	15731273	chr2R:15731097-15731273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0289	0.0173	0.0418	0.0277	0.0095	0.0228	0.0182	0.024	0.0095	0.0199	0.0862	0.0199	0.0139	0.0107	0.0922	0.0107	0.0115
chr2R	15731386	15731647	chr2R:15731387-15731647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0379	0.0236	0.057	0.033	0.0085	0.0296	0.0268	0.0373	0.0085	0.0236	0.1151	0.0236	0.0225	0.0153	0.1032	0.0153	0.0167
chr2R	15733010	15733161	chr2R:15733011-15733161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0211	0.0141	0.0269	0.0227	0.0074	0.0184	0.0164	0.0147	0.0074	0.0284	0.0334	0.0284	0.0294	0.013	0.038	0.013	0.0266
chr2R	15733317	15733469	chr2R:15733318-15733469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0218	0.0174	0.0253	0.0228	0.0042	0.0228	0.0238	0.0193	0.0042	0.0278	0.0344	0.0278	0.0186	0.0268	0.0438	0.0268	0.0182
chr2R	15734192	15734465	chr2R:15734193-15734465	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0325	0.0285	0.0363	0.0329	0.0064	0.0451	0.0355	0.0273	0.0064	0.0374	0.0344	0.0374	0.0372	0.0268	0.0181	0.0268	0.0511
chr2R	15735108	15735347	chr2R:15735109-15735347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.015	0.0362	0.0255	0.0074	0.018	0.0208	0.016	0.0074	0.0278	0.0582	0.0278	0.0217	0.0237	0.04	0.0237	0.0339
chr2R	15742938	15743197	chr2R:15742939-15743197	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0382	0.0598	0.0319	0.0212	0.017	0.0583	0.061	0.1159	0.017	0.0187	0.0566	0.0187	0.0132	0.0084	0.04	0.0084	0.013
chr2R	15743633	15743838	chr2R:15743634-15743838	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0195	0.0191	0.0222	0.017	0.0053	0.0136	0.0247	0.0353	0.0053	0.0085	0.0395	0.0085	0.017	0.0046	0.0458	0.0046	0.0094
chr2R	15744546	15745272	chr2R:15744547-15745272	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0845	0.0925	0.098	0.0607	0.0604	0.0898	0.099	0.1592	0.0604	0.0622	0.1305	0.0622	0.1239	0.026	0.0903	0.026	0.1073
chr2R	15745437	15745629	chr2R:15745438-15745629	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0724	0.1269	0.0642	0.0205	0.1166	0.0811	0.157	0.2239	0.1166	0.0217	0.118	0.0217	0.0442	0.0077	0.0426	0.0077	0.0208
chr2R	15745687	15745838	chr2R:15745688-15745838	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0413	0.0643	0.0409	0.0162	0.052	0.0359	0.0757	0.1306	0.052	0.0169	0.0746	0.0169	0.024	0.0123	0.0284	0.0123	0.0141
chr2R	15746609	15746760	chr2R:15746610-15746760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.0111	0.0161	0.0206	0.0042	0.0112	0.016	0.0147	0.0042	0.0157	0.0232	0.0157	0.0132	0.0207	0.0413	0.0207	0.0177
chr2R	15746873	15747024	chr2R:15746874-15747024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0071	0.0135	0.018	0.0064	0.0078	0.0108	0.006	0.0064	0.0127	0.0203	0.0127	0.0108	0.0123	0.049	0.0123	0.012
chr2R	15747103	15747254	chr2R:15747104-15747254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0138	0.0093	0.0152	0.0171	0.0064	0.0102	0.0104	0.0133	0.0064	0.0169	0.0206	0.0169	0.0108	0.0115	0.0471	0.0115	0.0115
chr2R	15747646	15747797	chr2R:15747647-15747797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.015	0.0127	0.016	0.0164	0.0053	0.0117	0.0177	0.0187	0.0053	0.0169	0.0232	0.0169	0.0101	0.0077	0.0484	0.0077	0.0078
chr2R	15750776	15750927	chr2R:15750777-15750927	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0156	0.0322	0.0081	0.0052	0.017	0.0184	0.0359	0.0746	0.017	0.0066	0.01	0.0066	0.007	0.0054	0.0039	0.0054	0.0026
chr2R	15752604	15752755	chr2R:15752605-15752755	FBgn0043532	Obp56i	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0121	0.0127	0.0134	0.0085	0.0097	0.0156	0.0193	0.0085	0.0121	0.0148	0.0121	0.0062	0.0054	0.0039	0.0054	0.0042
chr2R	15758308	15758550	chr2R:15758309-15758550	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0522	0.0673	0.075	0.0104	0.0308	0.0655	0.0636	0.1379	0.0308	0.0888	0.1222	0.0888	0.0147	0.0061	0.0129	0.0061	0.0089
chr2R	15758624	15758806	chr2R:15758625-15758806	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0367	0.045	0.0538	0.0086	0.0138	0.0675	0.0363	0.072	0.0138	0.1057	0.0643	0.1057	0.0101	0.0054	0.011	0.0054	0.0042
chr2R	15759502	15759659	chr2R:15759503-15759659	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0233	0.0163	0.0415	0.0111	0.0053	0.0199	0.0212	0.0213	0.0053	0.093	0.0392	0.093	0.024	0.0322	0.0071	0.0322	0.0089
chr2R	15759926	15760077	chr2R:15759927-15760077	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0192	0.0133	0.0327	0.011	0.0064	0.0199	0.0151	0.0153	0.0064	0.0658	0.0273	0.0658	0.0302	0.0207	0.0142	0.0207	0.0094
chr2R	15760091	15760242	chr2R:15760092-15760242	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0202	0.0165	0.032	0.0114	0.0064	0.0199	0.0225	0.0193	0.0064	0.0574	0.0267	0.0574	0.0372	0.0199	0.0123	0.0199	0.0135
chr2R	15762300	15762471	chr2R:15762301-15762471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0179	0.0156	0.0216	0.0166	0.0021	0.0209	0.0212	0.016	0.0021	0.0157	0.0357	0.0157	0.0085	0.0222	0.0368	0.0222	0.0083
chr2R	15762776	15762927	chr2R:15762777-15762927	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0136	0.0091	0.0133	0.0189	0.0032	0.0102	0.0125	0.01	0.0032	0.0145	0.0145	0.0145	0.0139	0.0467	0.0213	0.0467	0.0125
chr2R	15768709	15768952	chr2R:15768710-15768952	FBgn0034477	CG13872	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0288	0.0421	0.0298	0.0191	0.0359	0.0368	0.028	0.0191	0.0761	0.0328	0.0761	0.0589	0.0567	0.0213	0.0567	0.0406
chr2R	15769176	15769327	chr2R:15769177-15769327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0243	0.0156	0.0336	0.0238	0.0021	0.0209	0.0208	0.0187	0.0021	0.0483	0.0257	0.0483	0.0573	0.0505	0.0219	0.0505	0.024
chr2R	15769344	15769628	chr2R:15769345-15769628	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0454	0.0335	0.0576	0.0454	0.0085	0.0354	0.0446	0.05	0.0085	0.0864	0.0463	0.0864	0.079	0.1064	0.0374	0.1064	0.0396
chr2R	15770317	15770468	chr2R:15770318-15770468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0141	0.0087	0.0148	0.0194	0.0032	0.0053	0.019	0.008	0.0032	0.0205	0.0141	0.0205	0.0155	0.0582	0.0135	0.0582	0.0135
chr2R	15771734	15771885	chr2R:15771735-15771885	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0101	0.0069	0.0114	0.0042	0.0068	0.0203	0.01	0.0042	0.0066	0.0084	0.0066	0.0039	0.0069	0.0097	0.0069	0.0047
chr2R	15775594	15775745	chr2R:15775595-15775745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0076	0.0113	0.0192	0.0021	0.0058	0.0138	0.008	0.0021	0.0085	0.0119	0.0085	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0016
chr2R	15776945	15777096	chr2R:15776946-15777096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0086	0.0114	0.0127	0.0021	0.0083	0.0121	0.0127	0.0021	0.0127	0.0113	0.0127	0.0039	0.0046	0.0097	0.0046	0.0047
chr2R	15777447	15777767	chr2R:15777448-15777767	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0206	0.0234	0.0219	0.0064	0.0194	0.0355	0.0207	0.0064	0.0181	0.0215	0.0181	0.0147	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2R	15780800	15780951	chr2R:15780801-15780951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0206	0.0196	0.027	0.0148	0.0032	0.0175	0.0208	0.044	0.0032	0.0133	0.0257	0.0133	0.0093	0.0061	0.0148	0.0061	0.0073
chr2R	15781003	15781211	chr2R:15781004-15781211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0265	0.0262	0.0359	0.0166	0.0042	0.0223	0.0182	0.07	0.0042	0.0175	0.0373	0.0175	0.0108	0.013	0.0258	0.013	0.0104
chr2R	15781304	15781455	chr2R:15781305-15781455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.022	0.0174	0.0272	0.0214	0.0021	0.0189	0.0151	0.0366	0.0021	0.0181	0.0347	0.0181	0.0147	0.0191	0.0451	0.0191	0.012
chr2R	15781522	15781839	chr2R:15781523-15781839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0311	0.0181	0.0341	0.0423	0.0042	0.0199	0.0221	0.028	0.0042	0.0236	0.0476	0.0236	0.0194	0.0383	0.0916	0.0383	0.0313
chr2R	15782127	15782278	chr2R:15782128-15782278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0079	0.0135	0.0199	0.0032	0.0092	0.0147	0.004	0.0032	0.0091	0.0141	0.0091	0.0108	0.013	0.0213	0.013	0.0198
chr2R	15794077	15794228	chr2R:15794078-15794228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0118	0.0082	0.0147	0.0127	0.0021	0.0102	0.0121	0.01	0.0021	0.0248	0.0125	0.0248	0.0085	0.0168	0.0064	0.0168	0.0099
chr2R	15800188	15800339	chr2R:15800189-15800339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0107	0.0216	0.0106	0.0011	0.0092	0.0212	0.0093	0.0011	0.0145	0.0154	0.0145	0.0039	0.0061	0.0148	0.0061	0.0031
chr2R	15811718	15811869	chr2R:15811719-15811869	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0142	0.023	0.0118	0.0064	0.0121	0.0203	0.0187	0.0064	0.0139	0.0376	0.0139	0.0147	0.0092	0.0206	0.0092	0.0089
chr2R	15811918	15812133	chr2R:15811919-15812133	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0186	0.028	0.0194	0.0042	0.0233	0.0225	0.0233	0.0042	0.0217	0.0424	0.0217	0.0155	0.0115	0.0348	0.0115	0.0188
chr2R	15813943	15814094	chr2R:15813944-15814094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0156	0.0123	0.0214	0.0127	0.0053	0.0078	0.0195	0.02	0.0053	0.0151	0.0328	0.0151	0.0116	0.0084	0.0193	0.0084	0.013
chr2R	15814816	15814967	chr2R:15814817-15814967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0112	0.0174	0.0107	0.0011	0.0117	0.0186	0.012	0.0011	0.0121	0.0161	0.0121	0.0077	0.0077	0.0077	0.0077	0.0068
chr2R	15816120	15816271	chr2R:15816121-15816271	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0098	0.0082	0.0123	0.0021	0.0087	0.0186	0.01	0.0021	0.0085	0.0071	0.0085	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chr2R	15816435	15816586	chr2R:15816436-15816586	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.007	0.0063	0.0113	0.0032	0.0049	0.0121	0.0093	0.0032	0.0054	0.0093	0.0054	0.0031	0.0038	0.0026	0.0038	0.0042
chr2R	15816790	15816941	chr2R:15816791-15816941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0075	0.008	0.0086	0.0011	0.0068	0.0134	0.0087	0.0011	0.0054	0.0096	0.0054	0.0039	0.0023	0.0064	0.0023	0.0052
chr2R	15818024	15818386	chr2R:15818025-15818386	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0682	0.0525	0.0132	0.0339	0.0408	0.1055	0.1079	0.0339	0.0254	0.0688	0.0254	0.0194	0.01	0.0181	0.01	0.0036
chr2R	15821698	15821849	chr2R:15821699-15821849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0145	0.0106	0.019	0.0139	0.0011	0.0102	0.0143	0.016	0.0011	0.0085	0.0238	0.0085	0.0046	0.013	0.0187	0.013	0.0104
chr2R	15822762	15822947	chr2R:15822763-15822947	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0319	0.0183	0.0074	0.0276	0.0175	0.0554	0.0373	0.0276	0.0151	0.0244	0.0151	0.0085	0.0054	0.0161	0.0054	0.0047
chr2R	15824993	15825280	chr2R:15824994-15825280	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0376	0.0658	0.0367	0.007	0.0329	0.0413	0.0523	0.1739	0.0329	0.0091	0.0707	0.0091	0.0093	0.0038	0.0077	0.0038	0.0036
chr2R	15825713	15825895	chr2R:15825714-15825895	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0141	0.0195	0.0152	0.0074	0.0175	0.0147	0.02	0.0074	0.0109	0.0328	0.0109	0.0077	0.0145	0.0303	0.0145	0.0083
chr2R	15827919	15828070	chr2R:15827920-15828070	FBgn0263340	CR43421	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0165	0.0197	0.0211	0.0081	0.0032	0.0243	0.0225	0.03	0.0032	0.0139	0.019	0.0139	0.0116	0.0107	0.0084	0.0107	0.0063
chr2R	15828296	15828447	chr2R:15828297-15828447	FBgn0263340	CR43421	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0095	0.0081	0.0143	0.0058	0.0011	0.0087	0.0069	0.018	0.0011	0.0085	0.0074	0.0085	0.0023	0.0015	0.0039	0.0015	0.0047
chr2R	15828551	15828739	chr2R:15828552-15828739	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0221	0.0246	0.0293	0.0116	0.0064	0.0277	0.0255	0.044	0.0064	0.0145	0.0199	0.0145	0.0116	0.0077	0.0039	0.0077	0.0052
chr2R	15828975	15829126	chr2R:15828976-15829126	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0392	0.0444	0.0473	0.0246	0.0318	0.0417	0.0584	0.0586	0.0318	0.0435	0.0502	0.0435	0.0395	0.0207	0.0271	0.0207	0.0287
chr2R	15829179	15829365	chr2R:15829180-15829365	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0902	0.0933	0.1088	0.0664	0.0668	0.0942	0.1181	0.1286	0.0668	0.1238	0.1206	0.1238	0.1053	0.0804	0.0806	0.0804	0.0959
chr2R	15834040	15834191	chr2R:15834041-15834191	FBgn0261581	CG42691	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0206	0.0398	0.0145	0.006	0.0371	0.0175	0.0727	0.0426	0.0371	0.0103	0.019	0.0103	0.0186	0.0069	0.0084	0.0069	0.0063
chr2R	15834332	15834504	chr2R:15834333-15834504	FBgn0050447,FBgn0261581	CG30447,CG42691	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0224	0.0472	0.0119	0.0063	0.0445	0.0252	0.0856	0.05	0.0445	0.006	0.0164	0.006	0.0139	0.0046	0.0123	0.0046	0.0047
chr2R	15843463	15843614	chr2R:15843464-15843614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0125	0.0091	0.0104	0.0042	0.0121	0.0216	0.0127	0.0042	0.0097	0.0087	0.0097	0.0077	0.0046	6e-04	0.0046	0.0052
chr2R	15852205	15852366	chr2R:15852206-15852366	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0203	0.0401	0.0156	0.0032	0.0191	0.0262	0.0562	0.0693	0.0191	0.0127	0.0238	0.0127	0.0147	0.0031	0.0052	0.0031	0.0036
chr2R	15853025	15853176	chr2R:15853026-15853176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0131	0.0162	0.0188	0.0035	0.0053	0.0252	0.019	0.018	0.0053	0.0175	0.0235	0.0175	0.0248	8e-04	0.0052	8e-04	0.0031
chr2R	15853536	15853794	chr2R:15853537-15853794	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0222	0.0189	0.0349	0.012	0.0064	0.0204	0.0303	0.018	0.0064	0.0223	0.0424	0.0223	0.0713	0.0092	0.0161	0.0092	0.0146
chr2R	15864989	15865155	chr2R:15864990-15865155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0211	0.0442	0.0121	0.005	0.0371	0.0155	0.0917	0.0406	0.0371	0.0091	0.0148	0.0091	0.007	0.0031	0.0071	0.0031	0.0047
chr2R	15866128	15866279	chr2R:15866129-15866279	FBgn0034479	CG8654	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0182	0.037	0.0117	0.0043	0.0276	0.0175	0.0649	0.0486	0.0276	0.0085	0.0174	0.0085	0.0031	0.0038	0.0058	0.0038	0.0031
chr2R	15866546	15866799	chr2R:15866547-15866799	FBgn0034479	CG8654	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0587	0.1314	0.028	0.0111	0.1273	0.0549	0.2119	0.1899	0.1273	0.0157	0.0466	0.0157	0.017	0.0054	0.0161	0.0054	0.0031
chr2R	15867006	15867253	chr2R:15867007-15867253	FBgn0034479	CG8654	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0239	0.0465	0.0165	0.0067	0.0424	0.0209	0.0779	0.0633	0.0424	0.0127	0.0238	0.0127	0.0124	0.0038	0.0097	0.0038	0.0052
chr2R	15867354	15867505	chr2R:15867355-15867505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.017	0.0334	0.0103	0.0061	0.0201	0.0155	0.0575	0.0506	0.0201	0.0054	0.018	0.0054	0.0046	0	0.0077	0	0.0031
chr2R	15869473	15869624	chr2R:15869474-15869624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0127	0.0185	0.0192	0.0042	0.0126	0.0203	0.012	0.0042	0.0072	0.0331	0.0072	0.0155	0.0061	0.0625	0.0061	0.0078
chr2R	15884761	15884912	chr2R:15884762-15884912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0292	0.0359	0.0195	0.0201	0.0291	0.0359	0.0413	0.0201	0.0447	0.0447	0.0447	0.0318	0.0268	0.0309	0.0268	0.0229
chr2R	15885057	15885251	chr2R:15885058-15885251	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0797	0.0828	0.1016	0.0522	0.0403	0.0874	0.1047	0.1186	0.0403	0.1329	0.1129	0.1329	0.1007	0.0773	0.0709	0.0773	0.0631
chr2R	15887774	15887959	chr2R:15887775-15887959	FBgn0050212,FBgn0053538	tRNA:CR30212,tRNA:CR33538	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1504	0.1489	0.168	0.1326	0.1135	0.1733	0.1609	0.2012	0.1135	0.218	0.1878	0.218	0.165	0.1539	0.1425	0.1539	0.174
chr2R	15888206	15888401	chr2R:15888207-15888401	FBgn0050212,FBgn0053538	tRNA:CR30212,tRNA:CR33538	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1659	0.1575	0.19	0.1489	0.1124	0.1951	0.1609	0.2132	0.1124	0.2421	0.2125	0.2421	0.1983	0.1769	0.1528	0.1769	0.1949
chr2R	15894407	15894558	chr2R:15894408-15894558	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0181	0.0216	0.0263	0.0106	0.016	0.0294	0.0187	0.0106	0.0248	0.0225	0.0248	0.0325	0.023	0.0264	0.023	0.0438
chr2R	15894824	15895002	chr2R:15894825-15895002	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0241	0.009	0.0143	0.0518	0.0053	0.0102	0.0151	0.006	0.0053	0.0133	0.0132	0.0133	0.0263	0.0475	0.0264	0.0475	0.0745
chr2R	15899451	15899602	chr2R:15899452-15899602	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.016	0.015	0.0249	0.0075	0.0032	0.0146	0.0242	0.016	0.0032	0.0242	0.0399	0.0242	0.0116	0.01	0.0129	0.01	0.0078
chr2R	15899810	15899961	chr2R:15899811-15899961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0142	0.0203	0.0104	0.0032	0.0126	0.0221	0.0187	0.0032	0.0175	0.0338	0.0175	0.0085	0.0115	0.0213	0.0115	0.0063
chr2R	15914494	15914657	chr2R:15914495-15914657	distal	distal	stage11	stage11	VT19535.1	VT19535.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0198	0.0525	0.0233	0.0032	0.0345	0.0216	0.0207	0.0032	0.1528	0.0418	0.1528	0.0077	0.0804	0.0097	0.0804	0.0047
chr2R	15914893	15915093	chr2R:15914894-15915093	distal	distal	stage11	stage11	VT19535.1	VT19535.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0418	0.0319	0.0684	0.0238	0.0117	0.05	0.035	0.038	0.0117	0.1848	0.0572	0.1848	0.0163	0.0781	0.0168	0.0781	0.0099
chr2R	15915907	15916058	chr2R:15915908-15916058	distal	distal	none	none	VT19535.1	VT19535.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0276	0.0234	0.0416	0.0167	0.0085	0.0335	0.0182	0.0406	0.0085	0.0495	0.0653	0.0495	0.0132	0.0299	0.0271	0.0299	0.0115
chr2R	15916563	15916726	chr2R:15916564-15916726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0414	0.0593	0.0471	0.0152	0.0329	0.0665	0.0779	0.074	0.0329	0.0483	0.0695	0.0483	0.0263	0.026	0.0187	0.026	0.0109
chr2R	15916831	15916992	chr2R:15916832-15916992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0574	0.0851	0.0652	0.018	0.0573	0.0883	0.1003	0.1252	0.0573	0.0646	0.0965	0.0646	0.0387	0.0222	0.0264	0.0222	0.013
chr2R	15917425	15917576	chr2R:15917426-15917576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.015	0.0214	0.0272	0.0085	0.015	0.0182	0.024	0.0085	0.0163	0.0334	0.0163	0.0116	0.0176	0.0561	0.0176	0.0266
chr2R	15918585	15918833	chr2R:15918586-15918833	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.056	0.0835	0.069	0.011	0.0668	0.0767	0.0952	0.1359	0.0668	0.0332	0.1354	0.0332	0.0209	0.0107	0.02	0.0107	0.0073
chr2R	15919691	15920229	chr2R:15919692-15920229	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1336	0.1578	0.1976	0.0365	0.1113	0.1573	0.1181	0.3384	0.1113	0.1383	0.3566	0.1383	0.0829	0.0597	0.0761	0.0597	0.0104
chr2R	15920936	15921087	chr2R:15920937-15921087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0278	0.0385	0.0387	0.0039	0.0159	0.035	0.0363	0.0846	0.0159	0.0217	0.0749	0.0217	0.0093	0.0031	0.0084	0.0031	0.0036
chr2R	15921165	15921361	chr2R:15921166-15921361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0346	0.0435	0.0525	0.0049	0.0106	0.0379	0.0329	0.1073	0.0106	0.029	0.108	0.029	0.0077	0.0038	0.0129	0.0038	0.0021
chr2R	15922939	15923222	chr2R:15922940-15923222	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0653	0.1272	0.0532	0.0095	0.106	0.1262	0.1626	0.1612	0.106	0.0477	0.0891	0.0477	0.0271	0.013	0.0148	0.013	0.0078
chr2R	15924810	15924961	chr2R:15924811-15924961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0249	0.0378	0.028	0.007	0.0223	0.0437	0.0411	0.054	0.0223	0.0157	0.045	0.0157	0.0263	0.0031	0.009	0.0031	0.0083
chr2R	15927261	15927412	chr2R:15927262-15927412	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0251	0.0238	0.0395	0.0109	0.0138	0.0214	0.0311	0.0346	0.0138	0.0127	0.0823	0.0127	0.0116	0.0077	0.0174	0.0077	0.0078
chr2R	15928286	15928437	chr2R:15928287-15928437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.0358	0.0381	0.012	0.0191	0.0257	0.0588	0.0413	0.0191	0.0139	0.0666	0.0139	0.0349	0.0054	0.0271	0.0054	0.0125
chr2R	15928708	15929027	chr2R:15928709-15929027	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0819	0.1653	0.0596	0.0132	0.1898	0.0733	0.2638	0.2179	0.1898	0.0302	0.1125	0.0302	0.031	0.0061	0.0239	0.0061	0.012
chr2R	15930285	15930464	chr2R:15930286-15930464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0309	0.0354	0.0467	0.0086	0.0117	0.0359	0.045	0.0546	0.0117	0.0278	0.0846	0.0278	0.0178	0.0061	0.0116	0.0061	0.0036
chr2R	15930543	15930751	chr2R:15930544-15930751	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0391	0.041	0.0581	0.016	0.0159	0.0485	0.0467	0.0566	0.0159	0.0302	0.1029	0.0302	0.0356	0.0107	0.0226	0.0107	0.0156
chr2R	15930784	15931013	chr2R:15930785-15931013	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0362	0.0345	0.0539	0.0185	0.0117	0.0456	0.0411	0.046	0.0117	0.0254	0.1019	0.0254	0.0225	0.0069	0.0329	0.0069	0.0193
chr2R	15932072	15932223	chr2R:15932073-15932223	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0272	0.0242	0.0435	0.0127	0.0064	0.0248	0.0281	0.0446	0.0064	0.0133	0.0929	0.0133	0.0116	0.0038	0.0368	0.0038	0.0068
chr2R	15932302	15932477	chr2R:15932303-15932477	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0369	0.0253	0.0674	0.0164	0.0064	0.0325	0.0285	0.0366	0.0064	0.0229	0.1431	0.0229	0.0178	0.0031	0.0516	0.0031	0.0083
chr2R	15932605	15932756	chr2R:15932606-15932756	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0199	0.0496	0.0159	0.0085	0.0238	0.0264	0.0266	0.0085	0.0187	0.1045	0.0187	0.0093	0.0038	0.0509	0.0038	0.0073
chr2R	15932884	15933153	chr2R:15932885-15933153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0313	0.0489	0.0145	0.0106	0.0272	0.0471	0.0433	0.0106	0.0169	0.1035	0.0169	0.0132	0.0038	0.0451	0.0038	0.0073
chr2R	15936007	15936158	chr2R:15936008-15936158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0159	0.0157	0.0203	0.0113	0.0042	0.0262	0.0186	0.0147	0.0042	0.0417	0.0209	0.0417	0.007	0.0207	0.0116	0.0207	0.0073
chr2R	15936864	15937218	chr2R:15936865-15937218	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0662	0.1241	0.0566	0.0121	0.0774	0.1422	0.1198	0.1979	0.0774	0.0477	0.0945	0.0477	0.0132	0.0138	0.0193	0.0138	0.0063
chr2R	15937343	15937494	chr2R:15937344-15937494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0474	0.0284	0.0103	0.0265	0.0602	0.0428	0.0726	0.0265	0.0411	0.0376	0.0411	0.0139	0.0138	0.0116	0.0138	0.0083
chr2R	15937605	15937756	chr2R:15937606-15937756	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0449	0.0401	0.0095	0.0085	0.0689	0.0333	0.0766	0.0085	0.0423	0.0521	0.0423	0.0132	0.0107	0.0097	0.0107	0.0073
chr2R	15937888	15938177	chr2R:15937889-15938177	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0736	0.1332	0.0687	0.0124	0.0583	0.1772	0.0874	0.2645	0.0583	0.0815	0.0804	0.0815	0.0225	0.0168	0.0116	0.0168	0.0083
chr2R	15939306	15939715	chr2R:15939307-15939715	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0637	0.1423	0.0349	0.0074	0.1262	0.1238	0.1319	0.2652	0.1262	0.0248	0.0376	0.0248	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0068
chr2R	15941848	15942023	chr2R:15941849-15942023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0246	0.0417	0.0251	0.005	0.0064	0.032	0.032	0.1159	0.0064	0.0145	0.0453	0.0145	0.0077	0.0054	0.0071	0.0054	0.001
chr2R	15942055	15942206	chr2R:15942056-15942206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0199	0.0371	0.0178	0.0029	0.0085	0.0413	0.0251	0.0906	0.0085	0.0181	0.0286	0.0181	0.0023	0.0015	0.0045	0.0015	0.001
chr2R	15944156	15944457	chr2R:15944157-15944457	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0454	0.0915	0.0307	0.0099	0.0233	0.1199	0.0623	0.1905	0.0233	0.0344	0.0424	0.0344	0.0085	0.0191	0.0123	0.0191	0.0083
chr2R	15944507	15944658	chr2R:15944508-15944658	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0278	0.054	0.0204	0.0067	0.0095	0.0786	0.0298	0.1086	0.0095	0.026	0.0267	0.026	0.0101	0.0145	0.0084	0.0145	0.0031
chr2R	15947206	15947401	chr2R:15947207-15947401	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0258	0.053	0.0168	0.0054	0.0233	0.0451	0.0571	0.1013	0.0233	0.0121	0.0215	0.0121	0.0046	0.0046	0.0071	0.0046	0.0042
chr2R	15950181	15950583	chr2R:15950182-15950583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.051	0.0639	0.0629	0.0235	0.0329	0.1029	0.0519	0.0859	0.0329	0.0924	0.0971	0.0924	0.0178	0.0253	0.0574	0.0253	0.0135
chr2R	15952090	15952241	chr2R:15952091-15952241	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0255	0.036	0.027	0.0121	0.0127	0.0379	0.0407	0.062	0.0127	0.0151	0.0505	0.0151	0.0093	0.0168	0.0226	0.0168	0.0063
chr2R	15953138	15953350	chr2R:15953139-15953350	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0424	0.0856	0.0273	0.0106	0.035	0.0947	0.0766	0.1586	0.035	0.0338	0.0363	0.0338	0.0124	0.0191	0.0129	0.0191	0.0083
chr2R	15954146	15954371	chr2R:15954147-15954371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0699	0.1619	0.0261	0.0152	0.1888	0.1238	0.2236	0.1959	0.1888	0.035	0.0315	0.035	0.0132	0.0329	0.02	0.0329	0.0068
chr2R	15954562	15954830	chr2R:15954563-15954830	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0441	0.0561	0.0308	0.0454	0.0403	0.0617	0.0796	0.0606	0.0403	0.0556	0.0338	0.0556	0.017	0.1547	0.038	0.1547	0.0151
chr2R	15954979	15955232	chr2R:15954980-15955232	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0422	0.0277	0.0371	0.0641	0.0117	0.0422	0.029	0.0326	0.0117	0.0707	0.0489	0.0707	0.0062	0.2305	0.0638	0.2305	0.0125
chr2R	15955351	15955592	chr2R:15955352-15955592	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0303	0.0174	0.0307	0.0443	0.0064	0.0204	0.0234	0.022	0.0064	0.0393	0.0463	0.0393	0.0108	0.1256	0.0703	0.1256	0.012
chr2R	15956081	15956232	chr2R:15956082-15956232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0229	0.0358	0.0204	0.0111	0.017	0.0451	0.042	0.048	0.017	0.0205	0.0302	0.0205	0.0077	0.0199	0.0135	0.0199	0.0068
chr2R	15956294	15956445	chr2R:15956295-15956445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0248	0.0349	0.0236	0.0148	0.018	0.0379	0.0476	0.0466	0.018	0.0223	0.0357	0.0223	0.0132	0.0191	0.0206	0.0191	0.0083
chr2R	15959919	15960258	chr2R:15959920-15960258	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0837	0.201	0.033	0.0084	0.2407	0.1044	0.3456	0.1992	0.2407	0.0411	0.0482	0.0411	0.0116	0.0123	0.0123	0.0123	0.0042
chr2R	15962478	15962655	chr2R:15962479-15962655	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0398	0.0191	0.0624	0.0382	0.0064	0.0267	0.0255	0.018	0.0064	0.1063	0.0746	0.1063	0.0503	0.0253	0.0767	0.0253	0.0526
chr2R	15962746	15963216	chr2R:15962747-15963216	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0804	0.0374	0.1201	0.0849	0.0117	0.0578	0.0446	0.04	0.0117	0.2041	0.154	0.2041	0.072	0.0674	0.1586	0.0674	0.1199
chr2R	15964558	15964709	chr2R:15964559-15964709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0221	0.0301	0.0174	0.0074	0.0214	0.0298	0.034	0.0074	0.0344	0.045	0.0344	0.0217	0.0123	0.04	0.0123	0.0172
chr2R	15964774	15964925	chr2R:15964775-15964925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0214	0.0269	0.0181	0.0127	0.0223	0.0342	0.0207	0.0127	0.0338	0.0392	0.0338	0.0178	0.013	0.0426	0.013	0.0177
chr2R	15967574	15967725	chr2R:15967575-15967725	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.0142	0.0154	0.0259	0.0085	0.016	0.0199	0.0153	0.0085	0.0181	0.0209	0.0181	0.007	0.0597	0.0342	0.0597	0.0177
chr2R	15967803	15967987	chr2R:15967804-15967987	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0171	0.0178	0.0285	0.0085	0.0214	0.0221	0.02	0.0085	0.0248	0.0209	0.0248	0.0101	0.0773	0.0393	0.0773	0.0125
chr2R	15968422	15968650	chr2R:15968423-15968650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0462	0.0226	0.0139	0.0361	0.0238	0.083	0.054	0.0361	0.035	0.0283	0.035	0.0155	0.0237	0.0239	0.0237	0.0099
chr2R	15968828	15969019	chr2R:15968829-15969019	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0405	0.086	0.0211	0.0109	0.0976	0.0432	0.16	0.0779	0.0976	0.0326	0.026	0.0326	0.0116	0.0092	0.0219	0.0092	0.0083
chr2R	15970183	15970353	chr2R:15970184-15970353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0122	0.0216	0.018	0.0064	0.0117	0.0169	0.0167	0.0064	0.0127	0.0383	0.0127	0.0132	0.0107	0.0509	0.0107	0.0089
chr2R	15973109	15973329	chr2R:15973110-15973329	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0182	0.0373	0.0341	0.0064	0.0257	0.0199	0.02	0.0064	0.0229	0.0675	0.0229	0.0217	0.0436	0.0838	0.0436	0.0104
chr2R	15973764	15973915	chr2R:15973765-15973915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0123	0.0095	0.014	0.0135	0.0021	0.0097	0.013	0.0133	0.0021	0.0085	0.0235	0.0085	0.0108	0.0199	0.029	0.0199	0.0073
chr2R	15976591	15976751	chr2R:15976592-15976751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.014	0.0274	0.0174	0.0053	0.0141	0.0208	0.0173	0.0053	0.0187	0.0508	0.0187	0.0108	0.0123	0.0355	0.0123	0.0229
chr2R	15977600	15977751	chr2R:15977601-15977751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0224	0.0109	0.0038	0.0148	0.0189	0.0368	0.024	0.0148	0.0139	0.0158	0.0139	0.0031	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr2R	15978619	15978781	chr2R:15978620-15978781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0196	0.0253	0.0261	0.0061	0.0106	0.0437	0.0247	0.0273	0.0106	0.0616	0.0228	0.0616	0.0101	0.0084	0.0039	0.0084	0.0104
chr2R	15978952	15979133	chr2R:15978953-15979133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0214	0.0253	0.028	0.0097	0.0085	0.0456	0.0242	0.0253	0.0085	0.0767	0.0222	0.0767	0.007	0.013	0.0084	0.013	0.0146
chr2R	15979475	15979641	chr2R:15979476-15979641	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0277	0.0442	0.0265	0.0104	0.0159	0.0573	0.0541	0.054	0.0159	0.0441	0.0305	0.0441	0.0132	0.0176	0.011	0.0176	0.0125
chr2R	15979769	15979920	chr2R:15979770-15979920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0182	0.0297	0.0169	0.0068	0.0148	0.0277	0.0415	0.038	0.0148	0.0223	0.0225	0.0223	0.007	0.0092	0.0097	0.0092	0.0073
chr2R	15980897	15981048	chr2R:15980898-15981048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.0255	0.0189	0.0078	0.0117	0.0228	0.0424	0.028	0.0117	0.0193	0.0305	0.0193	0.0054	0.0054	0.0142	0.0054	0.0078
chr2R	15981211	15981362	chr2R:15981212-15981362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0172	0.0173	0.023	0.0107	0.0095	0.0189	0.0234	0.0213	0.0095	0.0205	0.0357	0.0205	0.0093	0.0077	0.0135	0.0077	0.0182
chr2R	15982543	15982710	chr2R:15982544-15982710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.016	0.0117	0.0178	0.0188	0.0021	0.0121	0.019	0.0133	0.0021	0.0181	0.0277	0.0181	0.0116	0.049	0.0277	0.049	0.0083
chr2R	15982854	15983005	chr2R:15982855-15983005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0157	0.0146	0.0181	0.0143	0.0011	0.0184	0.0212	0.018	0.0011	0.0193	0.0286	0.0193	0.0108	0.0245	0.0277	0.0245	0.0063
chr2R	15984838	15984989	chr2R:15984839-15984989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0146	0.0181	0.0189	0.0058	0.0042	0.0199	0.026	0.0213	0.0042	0.0193	0.0305	0.0193	0.0085	0.0069	0.0103	0.0069	0.0036
chr2R	15986225	15986510	chr2R:15986226-15986510	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0353	0.0349	0.0631	0.0052	0.0064	0.0714	0.032	0.0293	0.0064	0.2228	0.0283	0.2228	0.0108	0.0077	0.0052	0.0077	0.0042
chr2R	15987851	15988154	chr2R:15987852-15988154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0332	0.0319	0.0401	0.027	0.0148	0.0388	0.0433	0.0353	0.0148	0.0501	0.054	0.0501	0.0271	0.0191	0.0632	0.0191	0.0193
chr2R	15988372	15988683	chr2R:15988373-15988683	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.03	0.0425	0.0294	0.0053	0.0398	0.0398	0.034	0.0053	0.0483	0.064	0.0483	0.0302	0.0413	0.0625	0.0413	0.0162
chr2R	15990640	15990791	chr2R:15990641-15990791	distal	distal	stage11	stage11	18w_1625	18w_1625	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0324	0.0557	0.011	0.0159	0.0461	0.0307	0.048	0.0159	0.0924	0.0762	0.0924	0.0186	0.0123	0.0161	0.0123	0.0125
chr2R	15990849	15991171	chr2R:15990850-15991171	distal	distal	stage11	stage11	18w_1625	18w_1625	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0584	0.0654	0.0859	0.0205	0.0329	0.0757	0.0757	0.0993	0.0329	0.1081	0.1341	0.1081	0.0333	0.0138	0.0406	0.0138	0.0182
chr2R	15991591	15991742	chr2R:15991592-15991742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.043	0.0461	0.0131	0.0297	0.0383	0.0549	0.064	0.0297	0.0405	0.0752	0.0405	0.0248	0.0123	0.0329	0.0123	0.0068
chr2R	15993944	15994160	chr2R:15993945-15994160	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2337	0.2537	0.2753	0.1659	0.1877	0.282	0.2902	0.3205	0.1877	0.3466	0.3177	0.3466	0.2455	0.2305	0.2328	0.2305	0.2131
chr2R	15998088	15998279	chr2R:15998089-15998279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0892	0.1067	0.0918	0.0668	0.07	0.133	0.1181	0.1359	0.07	0.1473	0.0723	0.1473	0.0852	0.1149	0.0426	0.1149	0.0886
chr2R	15998726	15998972	chr2R:15998727-15998972	FBgn0004364	18w	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3387	0.3333	0.4123	0.2642	0.263	0.4121	0.3638	0.4157	0.263	0.5012	0.4537	0.5012	0.416	0.3461	0.3359	0.3461	0.3648
chr2R	15999463	15999614	chr2R:15999464-15999614	FBgn0004364	18w	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0543	0.0618	0.0636	0.0358	0.0382	0.0689	0.0644	0.1059	0.0382	0.0719	0.0814	0.0719	0.0589	0.0398	0.0522	0.0398	0.0474
chr2R	15999856	16000007	chr2R:15999857-16000007	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0468	0.0587	0.0562	0.0233	0.0318	0.0641	0.0571	0.1073	0.0318	0.0592	0.0723	0.0592	0.0527	0.0222	0.0406	0.0222	0.0297
chr2R	16006486	16006637	chr2R:16006487-16006637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0247	0.0471	0.0151	0.0102	0.0318	0.0286	0.0804	0.054	0.0318	0.0097	0.0196	0.0097	0.0155	0.0084	0.011	0.0084	0.0141
chr2R	16006958	16007109	chr2R:16006959-16007109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0381	0.0729	0.0222	0.0167	0.0509	0.0568	0.1194	0.0839	0.0509	0.0109	0.028	0.0109	0.0201	0.0069	0.0116	0.0069	0.0109
chr2R	16007177	16007463	chr2R:16007178-16007463	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0801	0.177	0.036	0.0202	0.1644	0.0956	0.3019	0.2085	0.1644	0.0097	0.0556	0.0097	0.0279	0.0123	0.0226	0.0123	0.0167
chr2R	16009521	16009696	chr2R:16009522-16009696	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0275	0.0218	0.0278	0.0334	0.0127	0.0228	0.0329	0.0233	0.0127	0.0211	0.0347	0.0211	0.0449	0.0107	0.0355	0.0107	0.0797
chr2R	16009705	16009931	chr2R:16009706-16009931	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0361	0.0346	0.043	0.0302	0.0223	0.033	0.0545	0.0353	0.0223	0.0362	0.0543	0.0362	0.0589	0.01	0.0342	0.01	0.0677
chr2R	16009959	16010110	chr2R:16009960-16010110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0224	0.0279	0.0173	0.0117	0.0233	0.0389	0.0173	0.0117	0.0223	0.0363	0.0223	0.0372	0.0069	0.029	0.0069	0.0307
chr2R	16010836	16010987	chr2R:16010837-16010987	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0218	0.0219	0.0288	0.0139	0.0064	0.0248	0.0337	0.0227	0.0064	0.0181	0.046	0.0181	0.031	0.0069	0.02	0.0069	0.0255
chr2R	16011216	16011367	chr2R:16011217-16011367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.0172	0.0282	0.0226	0.0053	0.0175	0.0281	0.0167	0.0053	0.0193	0.0325	0.0193	0.0573	0.0084	0.0129	0.0084	0.0641
chr2R	16013615	16013766	chr2R:16013616-16013766	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0344	0.0287	0.0464	0.0276	0.0042	0.051	0.0303	0.0273	0.0042	0.0399	0.0347	0.0399	0.1255	0.0253	0.0206	0.0253	0.0604
chr2R	16013831	16014281	chr2R:16013832-16014281	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0952	0.0734	0.1161	0.0965	0.0265	0.1175	0.0856	0.066	0.0265	0.0821	0.0781	0.0821	0.3586	0.0521	0.0503	0.0521	0.259
chr2R	16014512	16014779	chr2R:16014513-16014779	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0605	0.0427	0.0652	0.0752	0.0159	0.065	0.0519	0.0386	0.0159	0.0507	0.0408	0.0507	0.2045	0.0299	0.0361	0.0299	0.2121
chr2R	16014827	16014978	chr2R:16014828-16014978	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0337	0.0255	0.0374	0.0386	0.0159	0.0393	0.0298	0.0213	0.0159	0.0278	0.0225	0.0278	0.1216	0.0253	0.0174	0.0253	0.0974
chr2R	16017873	16018024	chr2R:16017874-16018024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.0141	0.0166	0.0157	0.0064	0.0155	0.0173	0.0193	0.0064	0.0109	0.0235	0.0109	0.0217	0.0123	0.0309	0.0123	0.0177
chr2R	16018115	16018266	chr2R:16018116-16018266	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.014	0.0195	0.0192	0.0042	0.016	0.0195	0.018	0.0042	0.0133	0.0286	0.0133	0.0217	0.0214	0.0309	0.0214	0.0245
chr2R	16018302	16018580	chr2R:16018303-16018580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0257	0.0238	0.0289	0.0244	0.0095	0.0306	0.0307	0.028	0.0095	0.026	0.0428	0.026	0.024	0.0398	0.0374	0.0398	0.0276
chr2R	16031213	16031364	chr2R:16031214-16031364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0091	0.0107	0.0139	0.0053	0.0053	0.0173	0.0093	0.0053	0.0121	0.0158	0.0121	0.0101	0.0069	0.0322	0.0069	0.0125
chr2R	16031460	16031611	chr2R:16031461-16031611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0118	0.0107	0.0136	0.0111	0.0074	0.0073	0.0216	0.0067	0.0074	0.0127	0.0199	0.0127	0.0124	0.0031	0.0251	0.0031	0.013
chr2R	16039080	16039322	chr2R:16039081-16039322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0234	0.027	0.0305	0.0116	0.0064	0.0451	0.0333	0.0227	0.0064	0.0513	0.0277	0.0513	0.0201	0.0168	0.0116	0.0168	0.0162
chr2R	16040621	16040772	chr2R:16040622-16040772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0131	0.0111	0.0138	0.0146	0.0032	0.0117	0.0173	0.0147	0.0032	0.0115	0.0206	0.0115	0.0116	0.0391	0.0193	0.0391	0.0078
chr2R	16040964	16041198	chr2R:16040965-16041198	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0256	0.0268	0.0303	0.0192	0.018	0.0257	0.0424	0.024	0.018	0.0284	0.0469	0.0284	0.0147	0.0582	0.0193	0.0582	0.0089
chr2R	16041262	16041488	chr2R:16041263-16041488	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0283	0.0375	0.0297	0.0164	0.0297	0.0286	0.0606	0.0393	0.0297	0.0302	0.0453	0.0302	0.017	0.036	0.0232	0.036	0.0109
chr2R	16042851	16043084	chr2R:16042852-16043084	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0199	0.0374	0.0274	0.0042	0.0175	0.032	0.024	0.0042	0.0169	0.0695	0.0169	0.017	0.0092	0.0864	0.0092	0.0162
chr2R	16043128	16043318	chr2R:16043129-16043318	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0177	0.0299	0.0253	0.0053	0.0184	0.0242	0.022	0.0053	0.0145	0.0569	0.0145	0.0139	0.0054	0.0877	0.0054	0.012
chr2R	16043437	16043588	chr2R:16043438-16043588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0207	0.0237	0.0202	0.0095	0.018	0.0333	0.0193	0.0095	0.0127	0.0408	0.0127	0.0186	0.0061	0.0567	0.0061	0.0172
chr2R	16044813	16045057	chr2R:16044814-16045057	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0265	0.0403	0.0258	0.012	0.0201	0.0398	0.0597	0.0493	0.0201	0.0248	0.0421	0.0248	0.0101	0.0138	0.0181	0.0138	0.0125
chr2R	16045153	16045304	chr2R:16045154-16045304	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0231	0.0353	0.0228	0.0097	0.0244	0.0301	0.0484	0.0473	0.0244	0.0296	0.0341	0.0296	0.0132	0.0138	0.0123	0.0138	0.0104
chr2R	16046187	16046338	chr2R:16046188-16046338	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.015	0.0112	0.0164	0.0177	0.0042	0.0121	0.0182	0.01	0.0042	0.0139	0.0222	0.0139	0.0225	0.0107	0.0348	0.0107	0.025
chr2R	16046381	16046557	chr2R:16046382-16046557	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.015	0.025	0.0319	0.0053	0.016	0.026	0.0127	0.0053	0.0199	0.0334	0.0199	0.0356	0.0237	0.0477	0.0237	0.0542
chr2R	16048792	16048943	chr2R:16048793-16048943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0111	0.017	0.0241	0.0032	0.0165	0.0156	0.0087	0.0032	0.0103	0.0174	0.0103	0.0434	0.0168	0.0251	0.0168	0.0521
chr2R	16048990	16049189	chr2R:16048991-16049189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0148	0.0226	0.0355	0.0074	0.0214	0.0216	0.008	0.0074	0.0127	0.0254	0.0127	0.0503	0.0153	0.0329	0.0153	0.0896
chr2R	16049627	16049778	chr2R:16049628-16049778	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0236	0.0169	0.0125	0.0053	0.0214	0.0363	0.0333	0.0053	0.0103	0.0222	0.0103	0.0232	0.0077	0.0161	0.0077	0.0229
chr2R	16049836	16050067	chr2R:16049837-16050067	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0444	0.0263	0.0174	0.0201	0.0417	0.0636	0.0586	0.0201	0.0211	0.0354	0.0211	0.0325	0.0107	0.0271	0.0107	0.024
chr2R	16052844	16052995	chr2R:16052845-16052995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0108	0.0127	0.0125	0.0053	0.0117	0.0147	0.0133	0.0053	0.0193	0.0167	0.0193	0.0085	0.0291	0.0135	0.0291	0.0104
chr2R	16053300	16053451	chr2R:16053301-16053451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0141	0.0151	0.0198	0.0064	0.018	0.0173	0.0153	0.0064	0.0199	0.018	0.0199	0.0155	0.0536	0.0142	0.0536	0.0193
chr2R	16056130	16056425	chr2R:16056131-16056425	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0781	0.1454	0.0645	0.018	0.1198	0.0854	0.2266	0.1979	0.1198	0.0393	0.1093	0.0393	0.0581	0.0115	0.0329	0.0115	0.0214
chr2R	16056638	16056852	chr2R:16056639-16056852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.029	0.0573	0.0202	0.0071	0.0424	0.0301	0.0856	0.0879	0.0424	0.0199	0.0309	0.0199	0.0147	0.0023	0.0123	0.0023	0.0104
chr2R	16057579	16057730	chr2R:16057580-16057730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0147	0.016	0.0225	0.0049	0.0053	0.0155	0.026	0.018	0.0053	0.0634	0.0174	0.0634	0.0046	0.0046	0.0077	0.0046	0.0047
chr2R	16058098	16058357	chr2R:16058099-16058357	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0405	0.0434	0.0617	0.0142	0.0159	0.0408	0.0562	0.0673	0.0159	0.0839	0.1	0.0839	0.0085	0.0054	0.0445	0.0054	0.0057
chr2R	16058845	16058996	chr2R:16058846-16058996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0147	0.0201	0.0118	0.0074	0.016	0.0199	0.0193	0.0074	0.0266	0.0267	0.0266	0.0124	0.0092	0.0316	0.0092	0.0057
chr2R	16059121	16059272	chr2R:16059122-16059272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0106	0.0091	0.0136	0.0089	0.0042	0.0083	0.0156	0.0093	0.0042	0.0127	0.0212	0.0127	0.0085	0.0069	0.0264	0.0069	0.0052
chr2R	16066459	16066632	chr2R:16066460-16066632	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0237	0.0253	0.0341	0.0106	0.0085	0.0262	0.032	0.0386	0.0085	0.0205	0.0614	0.0205	0.0116	0.0123	0.0155	0.0123	0.0094
chr2R	16067273	16067424	chr2R:16067274-16067424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0098	0.0074	0.0095	0.0128	0.0053	0.0078	0.013	0.004	0.0053	0.0072	0.0145	0.0072	0.0046	0.0046	0.0348	0.0046	0.0083
chr2R	16068628	16068779	chr2R:16068629-16068779	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0187	0.0221	0.0223	0.0109	0.0127	0.0189	0.0264	0.0406	0.0127	0.0199	0.036	0.0199	0.0155	0.0038	0.0239	0.0038	0.0099
chr2R	16071760	16072036	chr2R:16071761-16072036	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0315	0.0181	0.0376	0.0398	0.0085	0.0262	0.0225	0.018	0.0085	0.061	0.0437	0.061	0.0318	0.0214	0.0284	0.0214	0.1032
chr2R	16072236	16072387	chr2R:16072237-16072387	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0165	0.0082	0.0154	0.0272	0.0042	0.0121	0.0112	0.0053	0.0042	0.0229	0.0158	0.0229	0.0217	0.0123	0.0123	0.0123	0.0776
chr2R	16072430	16072581	chr2R:16072431-16072581	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0145	0.0081	0.0104	0.026	0.0064	0.0053	0.0147	0.0087	0.0064	0.0157	0.0084	0.0157	0.0178	0.0153	0.0103	0.0153	0.0745
chr2R	16076631	16076782	chr2R:16076632-16076782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0171	0.0207	0.0118	0.0085	0.0155	0.0285	0.0147	0.0085	0.0169	0.0347	0.0169	0.0132	0.0084	0.0232	0.0084	0.012
chr2R	16080314	16080465	chr2R:16080315-16080465	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0086	0.0127	0.0132	0.0064	0.0136	0.0095	0.0073	0.0064	0.0121	0.0167	0.0121	0.017	0.0138	0.0251	0.0138	0.0135
chr2R	16089806	16089992	chr2R:16089807-16089992	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0369	0.0182	0.0618	0.0304	0.0074	0.0277	0.0225	0.0167	0.0074	0.0592	0.0746	0.0592	0.0984	0.0092	0.0548	0.0092	0.0578
chr2R	16094473	16094630	chr2R:16094474-16094630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.0232	0.0275	0.0202	0.017	0.0248	0.0307	0.026	0.017	0.0296	0.0296	0.0296	0.0341	0.0191	0.0148	0.0191	0.038
chr2R	16097335	16097486	chr2R:16097336-16097486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0102	0.0081	0.0084	0.0146	0.0032	0.0068	0.0134	0.0093	0.0032	0.0085	0.0071	0.0085	0.017	0.0061	0.0206	0.0061	0.0287
chr2R	16102657	16102808	chr2R:16102658-16102808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0307	0.0237	0.0198	0.0201	0.0238	0.0502	0.0366	0.0201	0.032	0.0257	0.032	0.0279	0.0199	0.0239	0.0199	0.0271
chr2R	16106463	16106614	chr2R:16106464-16106614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0101	0.0111	0.0088	0.0106	0.0021	0.0078	0.0203	0.0127	0.0021	0.006	0.0151	0.006	0.0031	0.0023	0.0342	0.0023	0.0057
chr2R	16114684	16114866	chr2R:16114685-16114866	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0335	0.0338	0.0371	0.0292	0.0106	0.034	0.051	0.0446	0.0106	0.0525	0.0373	0.0525	0.0418	0.0306	0.0368	0.0306	0.0459
chr2R	16116916	16117075	chr2R:16116917-16117075	FBgn0011869	tRNA:G3:56EFa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0305	0.0365	0.0183	0.0372	0.0308	0.0316	0.0571	0.0353	0.0308	0.0229	0.0135	0.0229	0.0395	0.0812	0.0297	0.0812	0.0479
chr2R	16118351	16118541	chr2R:16118352-16118541	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0448	0.0341	0.0475	0.0538	0.0138	0.0388	0.0424	0.0493	0.0138	0.0598	0.0482	0.0598	0.072	0.0858	0.058	0.0858	0.0818
chr2R	16118638	16118797	chr2R:16118639-16118797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0265	0.0243	0.0239	0.0318	0.0074	0.0272	0.0381	0.0233	0.0074	0.0326	0.0222	0.0326	0.0403	0.0636	0.0297	0.0636	0.0391
chr2R	16119144	16119295	chr2R:16119145-16119295	FBgn0034484	CG11044	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0108	0.0145	0.0334	0.0042	0.0107	0.0164	0.012	0.0042	0.0314	0.01	0.0314	0.0155	0.1309	0.0123	0.1309	0.012
chr2R	16120203	16120393	chr2R:16120204-16120393	FBgn0011870	tRNA:G3:56EFb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0606	0.0385	0.0359	0.0541	0.0481	0.0848	0.0779	0.0541	0.0634	0.0305	0.0634	0.0573	0.0796	0.0161	0.0796	0.0547
chr2R	16125405	16125556	chr2R:16125406-16125556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0145	0.0145	0.0128	0.0042	0.017	0.0251	0.0113	0.0042	0.0109	0.0225	0.0109	0.0147	0.0054	0.0316	0.0054	0.013
chr2R	16131964	16132115	chr2R:16131965-16132115	distal	distal	stage5	stage5	VT19651.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0308	0.051	0.0255	0.0142	0.0255	0.0301	0.1047	0.0446	0.0255	0.0332	0.026	0.0332	0.0287	0.013	0.0142	0.013	0.0193
chr2R	16132543	16132705	chr2R:16132544-16132705	FBgn0034488	CG11208	stage11,stage14,stage5	none	VT19651.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0891	0.1048	0.0999	0.0596	0.0859	0.0976	0.1462	0.1246	0.0859	0.1316	0.1068	0.1316	0.0999	0.072	0.0658	0.072	0.0677
chr2R	16132787	16132995	chr2R:16132788-16132995	FBgn0034488	CG11208	stage11,stage14,stage5	none	VT19651.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1912	0.1984	0.2193	0.1522	0.1622	0.2223	0.2314	0.2532	0.1622	0.282	0.2424	0.282	0.2045	0.17	0.1547	0.17	0.1782
chr2R	16133033	16133257	chr2R:16133034-16133257	FBgn0034488	CG11208	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1541	0.1527	0.178	0.1294	0.1124	0.1718	0.1782	0.2019	0.1124	0.2198	0.2055	0.2198	0.1627	0.1355	0.1302	0.1355	0.1652
chr2R	16133381	16133540	chr2R:16133382-16133540	FBgn0034488	CG11208	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0508	0.0592	0.0589	0.0324	0.0286	0.0621	0.0792	0.0753	0.0286	0.0568	0.0775	0.0568	0.0519	0.0329	0.0335	0.0329	0.0427
chr2R	16144375	16144744	chr2R:16144376-16144744	FBgn0025720,FBgn0034491	Ate1,CG11055	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.079	0.0759	0.0919	0.0682	0.0414	0.0825	0.1081	0.0846	0.0414	0.0966	0.0958	0.0966	0.1239	0.0574	0.0658	0.0574	0.112
chr2R	16144811	16144987	chr2R:16144812-16144987	FBgn0025720,FBgn0034491	Ate1,CG11055	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.0986	0.1266	0.0985	0.07	0.1121	0.1267	0.1133	0.07	0.125	0.1434	0.125	0.1503	0.1034	0.1032	0.1034	0.1225
chr2R	16145072	16145257	chr2R:16145073-16145257	FBgn0025720,FBgn0034491	Ate1,CG11055	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.096	0.1259	0.1014	0.0764	0.1117	0.1241	0.0986	0.0764	0.1304	0.154	0.1304	0.1286	0.1011	0.1161	0.1011	0.1277
chr2R	16145508	16145665	chr2R:16145509-16145665	FBgn0034491	CG11055	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0364	0.03	0.0415	0.038	0.017	0.0296	0.0471	0.0306	0.017	0.0489	0.0473	0.0489	0.0426	0.0268	0.06	0.0268	0.0438
chr2R	16149098	16149286	chr2R:16149099-16149286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0491	0.0871	0.0374	0.0195	0.0647	0.0626	0.1462	0.0973	0.0647	0.0344	0.0424	0.0344	0.0457	0.0145	0.0174	0.0145	0.0344
chr2R	16149364	16149554	chr2R:16149365-16149554	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0577	0.1199	0.0341	0.0141	0.0806	0.082	0.2163	0.1186	0.0806	0.032	0.0395	0.032	0.0356	0.0107	0.011	0.0107	0.0229
chr2R	16150209	16150474	chr2R:16150210-16150474	FBgn0005655	mus209	stage11,stage5	none	mus209_-97DPCNACAT	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1337	0.1807	0.1279	0.0875	0.1548	0.1757	0.2457	0.2039	0.1548	0.1371	0.154	0.1371	0.1255	0.0942	0.0935	0.0942	0.1037
chr2R	16150651	16150802	chr2R:16150652-16150802	FBgn0003114,FBgn0005655	mus209,plu	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.0533	0.0664	0.0369	0.0286	0.0592	0.0714	0.0653	0.0286	0.0803	0.0711	0.0803	0.0596	0.0368	0.0348	0.0368	0.0521
chr2R	16150882	16151087	chr2R:16150883-16151087	FBgn0003114,FBgn0010411	RpS18,plu	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.073	0.0668	0.0924	0.0586	0.0329	0.0738	0.0921	0.0793	0.0329	0.1178	0.0997	0.1178	0.0829	0.0551	0.0638	0.0551	0.0714
chr2R	16151357	16151541	chr2R:16151358-16151541	FBgn0003114,FBgn0010411	RpS18,plu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1664	0.1466	0.2043	0.1471	0.0976	0.165	0.1899	0.1666	0.0976	0.2403	0.2232	0.2403	0.2099	0.1485	0.1444	0.1485	0.1704
chr2R	16151694	16151897	chr2R:16151695-16151897	FBgn0003114,FBgn0010411	RpS18,plu	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0759	0.0727	0.0926	0.0613	0.0435	0.0772	0.1034	0.0819	0.0435	0.1153	0.0971	0.1153	0.1069	0.0651	0.0548	0.0651	0.0808
chr2R	16153062	16153213	chr2R:16153063-16153213	FBgn0264360	CR43812	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0302	0.0275	0.0423	0.0201	0.0074	0.0403	0.032	0.0333	0.0074	0.0556	0.0415	0.0556	0.0589	0.0283	0.0168	0.0283	0.0323
chr2R	16159703	16159923	chr2R:16159704-16159923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.032	0.047	0.031	0.0164	0.0201	0.0451	0.0666	0.0626	0.0201	0.035	0.0373	0.035	0.0325	0.0138	0.0284	0.0138	0.0151
chr2R	16161936	16162144	chr2R:16161937-16162144	FBgn0034494,FBgn0034495	CG10444,CG11788	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1366	0.1029	0.1336	0.1774	0.07	0.1316	0.1094	0.1326	0.07	0.1039	0.1621	0.1039	0.1913	0.1891	0.1709	0.1891	0.2319
chr2R	16162284	16162483	chr2R:16162285-16162483	FBgn0034494,FBgn0034495	CG10444,CG11788	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0495	0.0403	0.0569	0.0517	0.018	0.0519	0.0446	0.0566	0.018	0.0519	0.0656	0.0519	0.0767	0.0605	0.0509	0.0605	0.0693
chr2R	16166115	16166304	chr2R:16166116-16166304	FBgn0034496	CG9143	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0422	0.0348	0.058	0.0333	0.0138	0.0515	0.0372	0.04	0.0138	0.0652	0.063	0.0652	0.0713	0.0375	0.0309	0.0375	0.0401
chr2R	16166363	16166538	chr2R:16166364-16166538	FBgn0034496	CG9143	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.093	0.074	0.1162	0.0888	0.0371	0.101	0.0839	0.0906	0.0371	0.1401	0.1322	0.1401	0.1224	0.0926	0.0896	0.0926	0.1183
chr2R	16168561	16168768	chr2R:16168562-16168768	FBgn0034497	CG9090	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0305	0.0334	0.0317	0.026	0.0201	0.0316	0.0558	0.034	0.0201	0.0435	0.0331	0.0435	0.031	0.0574	0.0168	0.0574	0.0287
chr2R	16168959	16169110	chr2R:16168960-16169110	FBgn0034497	CG9090	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0192	0.0214	0.0225	0.0131	0.0138	0.0214	0.0307	0.0253	0.0138	0.0296	0.0225	0.0296	0.0201	0.026	0.0103	0.026	0.0141
chr2R	16174222	16174437	chr2R:16174223-16174437	FBgn0034498	CG16868	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0548	0.0725	0.0487	0.0286	0.0646	0.0683	0.07	0.0286	0.0978	0.0778	0.0978	0.0682	0.0505	0.0451	0.0505	0.0615
chr2R	16174539	16174705	chr2R:16174540-16174705	FBgn0034498,FBgn0085228	CG16868,CG34199	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.1047	0.1294	0.0972	0.0647	0.115	0.1393	0.1233	0.0647	0.1691	0.1424	0.1691	0.1286	0.1179	0.0877	0.1179	0.1313
chr2R	16174857	16175008	chr2R:16174858-16175008	FBgn0034498,FBgn0085228	CG16868,CG34199	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0348	0.0368	0.0272	0.017	0.0282	0.0567	0.0413	0.017	0.0411	0.0428	0.0411	0.0387	0.0345	0.0251	0.0345	0.036
chr2R	16193501	16193699	chr2R:16193502-16193699	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0429	0.0299	0.0541	0.0451	0.018	0.0306	0.0433	0.0313	0.018	0.0447	0.0691	0.0447	0.0759	0.0337	0.0432	0.0337	0.0964
chr2R	16194015	16194168	chr2R:16194016-16194168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0278	0.0238	0.032	0.0277	0.0064	0.0282	0.0381	0.0227	0.0064	0.0205	0.0334	0.0205	0.0651	0.0092	0.0316	0.0092	0.0615
chr2R	16195034	16195185	chr2R:16195035-16195185	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0121	0.0247	0.029	0.0021	0.0165	0.0156	0.0127	0.0021	0.0145	0.0412	0.0145	0.0271	0.0069	0.0735	0.0069	0.0307
chr2R	16195493	16195644	chr2R:16195494-16195644	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.026	0.0176	0.031	0.0299	0.0053	0.0204	0.026	0.0167	0.0053	0.0127	0.0511	0.0127	0.0364	0.0084	0.0787	0.0084	0.0302
chr2R	16195801	16196007	chr2R:16195802-16196007	FBgn0034500	CG11200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0833	0.0703	0.1011	0.0784	0.0435	0.0655	0.0947	0.0999	0.0435	0.0507	0.1633	0.0507	0.0976	0.0613	0.1567	0.0613	0.0724
chr2R	16196050	16196242	chr2R:16196051-16196242	FBgn0034500	CG11200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1119	0.1105	0.1253	0.0989	0.0764	0.1024	0.1449	0.1566	0.0764	0.1153	0.1678	0.1153	0.1301	0.0972	0.1399	0.0972	0.1073
chr2R	16196306	16196483	chr2R:16196307-16196483	FBgn0034500	CG11200	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1069	0.1117	0.1118	0.0962	0.0827	0.1078	0.1466	0.1472	0.0827	0.1178	0.1395	0.1178	0.1263	0.0957	0.1103	0.0957	0.112
chr2R	16198901	16199082	chr2R:16198902-16199082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0315	0.0485	0.0319	0.0121	0.0159	0.0257	0.0952	0.0566	0.0159	0.0163	0.0521	0.0163	0.0372	0.0054	0.0142	0.0054	0.0229
chr2R	16199302	16199762	chr2R:16199303-16199762	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0913	0.1311	0.0797	0.0595	0.071	0.0864	0.2435	0.1359	0.071	0.0417	0.1064	0.0417	0.1479	0.0222	0.0271	0.0222	0.1548
chr2R	16200573	16200749	chr2R:16200574-16200749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0343	0.0429	0.027	0.0326	0.0265	0.0248	0.0792	0.0453	0.0265	0.0091	0.0418	0.0091	0.0403	0.0222	0.0484	0.0222	0.0406
chr2R	16200972	16201207	chr2R:16200973-16201207	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0595	0.055	0.0462	0.0791	0.0361	0.0471	0.0978	0.046	0.0361	0.0211	0.0678	0.0211	0.0782	0.0865	0.0825	0.0865	0.1506
chr2R	16203311	16203462	chr2R:16203312-16203462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0116	0.0118	0.0248	0.0021	0.015	0.0182	0.0093	0.0021	0.0127	0.0109	0.0127	0.0101	0.0084	0.0084	0.0084	0.0089
chr2R	16203740	16203891	chr2R:16203741-16203891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.018	0.0112	0.0168	0.0269	0.0021	0.016	0.0134	0.012	0.0021	0.0199	0.0186	0.0199	0.0124	0.0161	0.0168	0.0161	0.0156
chr2R	16206552	16206719	chr2R:16206553-16206719	FBgn0027529	CG8920	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0429	0.0278	0.0332	0.0705	0.0138	0.0277	0.0454	0.0227	0.0138	0.0236	0.035	0.0236	0.0674	0.075	0.0729	0.075	0.0959
chr2R	16207221	16207372	chr2R:16207222-16207372	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0233	0.0278	0.016	0.0262	0.0223	0.0141	0.0554	0.0213	0.0223	0.0109	0.0177	0.0109	0.0209	0.0168	0.0219	0.0168	0.0318
chr2R	16207394	16207579	chr2R:16207395-16207579	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0303	0.0364	0.0178	0.0373	0.0276	0.017	0.083	0.02	0.0276	0.0133	0.0164	0.0133	0.0287	0.0253	0.0329	0.0253	0.0406
chr2R	16207596	16207788	chr2R:16207597-16207788	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0573	0.0334	0.0327	0.111	0.017	0.0248	0.0657	0.0273	0.017	0.0205	0.0309	0.0205	0.0666	0.0666	0.1141	0.0666	0.1537
chr2R	16207924	16208136	chr2R:16207925-16208136	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0743	0.0355	0.0487	0.1457	0.0159	0.0374	0.058	0.0313	0.0159	0.0248	0.0492	0.0248	0.1131	0.0712	0.187	0.0712	0.2209
chr2R	16214254	16214426	chr2R:16214255-16214426	FBgn0034503,FBgn0034504	CG8929,MED8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1228	0.1159	0.1397	0.112	0.07	0.1238	0.151	0.1466	0.07	0.1721	0.1511	0.1721	0.1425	0.1156	0.1225	0.1156	0.1355
chr2R	16214676	16214861	chr2R:16214677-16214861	FBgn0034503,FBgn0034504	CG8929,MED8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1932	0.1795	0.226	0.1727	0.1145	0.201	0.2236	0.2192	0.1145	0.2778	0.2543	0.2778	0.1998	0.183	0.1741	0.183	0.2116
chr2R	16214911	16215133	chr2R:16214912-16215133	FBgn0034504	CG8929	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1867	0.1846	0.211	0.1625	0.1368	0.2005	0.2409	0.2085	0.1368	0.2693	0.2325	0.2693	0.1913	0.1761	0.1702	0.1761	0.2074
chr2R	16215190	16215373	chr2R:16215191-16215373	FBgn0034504	CG8929	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1193	0.1446	0.1114	0.0998	0.1283	0.1291	0.208	0.1652	0.1283	0.1292	0.1251	0.1292	0.11	0.1095	0.1161	0.1095	0.1324
chr2R	16215412	16215741	chr2R:16215413-16215741	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.2438	0.0849	0.0652	0.2842	0.1359	0.4381	0.2065	0.2842	0.0954	0.0942	0.0954	0.0914	0.0628	0.0683	0.0628	0.087
chr2R	16216014	16216165	chr2R:16216015-16216165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0704	0.0223	0.0127	0.0573	0.0286	0.1518	0.0526	0.0573	0.0314	0.0215	0.0314	0.0217	0.013	0.0116	0.013	0.0167
chr2R	16217969	16218120	chr2R:16217970-16218120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0567	0.0618	0.0543	0.0535	0.0509	0.0476	0.1012	0.062	0.0509	0.0501	0.064	0.0501	0.0635	0.059	0.0438	0.059	0.0844
chr2R	16218188	16218376	chr2R:16218189-16218376	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.1037	0.0914	0.1039	0.1171	0.0647	0.0883	0.1427	0.0899	0.0647	0.0882	0.1254	0.0882	0.1263	0.1302	0.1122	0.1302	0.1485
chr2R	16284453	16284604	chr2R:16284454-16284604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0081	0.0066	0.0069	0.0113	0.0011	0.0068	0.0134	0.0027	0.0011	0.0091	0.0071	0.0091	0.0039	0.0253	0.0052	0.0253	0.0094
chr2R	16301019	16301258	chr2R:16301020-16301258	distal	distal	none	none	VT19735.1	VT19735.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0081	0.0092	0.0058	0.0093	0.0053	0.0053	0.0208	0.0053	0.0053	0.0085	0.0048	0.0085	0.0054	0.0031	0.0039	0.0031	0.0031
chr2R	16310313	16310464	chr2R:16310314-16310464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0084	0.0085	0.008	0.0086	0.0021	0.0029	0.0203	0.0073	0.0021	0.0097	0.008	0.0097	0.0046	0.0046	0.0019	0.0046	0.0031
chr2R	16310760	16310911	chr2R:16310761-16310911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0076	0.0053	0.0143	0.0053	0.0049	0.0138	0.0087	0.0053	0.0054	0.0039	0.0054	0.0046	0.0031	0.009	0.0031	0.0052
chr2R	16311298	16311449	chr2R:16311299-16311449	FBgn0086604	CG12484	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0093	0.0071	0.0063	0.015	0.0032	0.0049	0.0156	0.0053	0.0032	0.0066	0.0048	0.0066	0.0062	0.0061	0.0026	0.0061	0.0036
chr2R	16311676	16311839	chr2R:16311677-16311839	FBgn0086604	CG12484	stage14	none	VT19741.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0182	0.0101	0.0102	0.0361	0.0021	0.0112	0.0212	0.0047	0.0021	0.0109	0.008	0.0109	0.0101	0.0245	0.0058	0.0245	0.0224
chr2R	16321734	16321885	chr2R:16321735-16321885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0064	0.0065	0.0075	0.0064	0.0019	0.0121	0.0073	0.0064	0.0091	0.0071	0.0091	0.0039	0.0023	0.0032	0.0023	0.0026
chr2R	16328905	16329056	chr2R:16328906-16329056	distal	distal	none	none	VT19750.1	VT19750.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0078	0.0087	0.0053	0.0096	0.0042	0.0063	0.0195	0.0047	0.0042	0.0066	0.0051	0.0066	0.0023	0.0023	0.0039	0.0023	0.0016
chr2R	16331156	16331307	chr2R:16331157-16331307	distal	distal	stage14	stage14	VT19751.1,VT19752.1	VT19751.1,VT19752.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0126	0.0105	0.0121	0.0157	0.0042	0.017	0.0147	0.006	0.0042	0.0242	0.0103	0.0242	0.0124	0.036	0.009	0.036	0.0089
chr2R	16352050	16352201	chr2R:16352051-16352201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0104	0.0096	0.011	0.0106	0.0053	0.0053	0.019	0.0093	0.0053	0.0121	0.0125	0.0121	0.007	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr2R	16369265	16369416	chr2R:16369266-16369416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0066	0.0074	0.0052	0.0072	0.0021	0.0029	0.016	0.0073	0.0021	0.0048	0.0051	0.0048	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr2R	16381726	16382129	chr2R:16381727-16382129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.057	0.0208	0.0109	0.0477	0.0476	0.0913	0.0573	0.0477	0.0223	0.0222	0.0223	0.0201	0.0107	0.0103	0.0107	0.012
chr2R	16382395	16382596	chr2R:16382396-16382596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0327	0.0439	0.0326	0.0205	0.0265	0.0398	0.0601	0.0593	0.0265	0.0513	0.035	0.0513	0.0225	0.0291	0.0123	0.0291	0.0146
chr2R	16412202	16412353	chr2R:16412203-16412353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0108	0.0117	0.0118	0.0032	0.0102	0.0169	0.012	0.0032	0.0066	0.01	0.0066	0.017	0.0046	0.0032	0.0046	0.0125
chr2R	16418808	16418960	chr2R:16418809-16418960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0187	0.0238	0.0195	0.012	0.0095	0.016	0.0277	0.0493	0.0095	0.0115	0.0203	0.0115	0.0178	0.0107	0.0077	0.0107	0.0146
chr2R	16419073	16419277	chr2R:16419074-16419277	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0349	0.0414	0.0363	0.026	0.0148	0.0354	0.0458	0.0806	0.0148	0.0248	0.0405	0.0248	0.0271	0.026	0.0213	0.026	0.0339
chr2R	16426175	16426351	chr2R:16426176-16426351	FBgn0034514	CG13427	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0716	0.1554	0.0445	0.0077	0.1845	0.0316	0.3101	0.1532	0.1845	0.0103	0.0949	0.0103	0.0101	0.0077	0.02	0.0077	0.0026
chr2R	16426506	16426772	chr2R:16426507-16426772	FBgn0034514	CG13427	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1083	0.218	0.0786	0.0184	0.2471	0.0578	0.404	0.2572	0.2471	0.026	0.1678	0.026	0.0217	0.0184	0.0374	0.0184	0.0109
chr2R	16426820	16427064	chr2R:16426821-16427064	FBgn0034514	CG13427	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1001	0.1916	0.084	0.0156	0.21	0.0641	0.3136	0.2605	0.21	0.0199	0.1823	0.0199	0.0178	0.0092	0.0432	0.0092	0.0047
chr2R	16427805	16427985	chr2R:16427806-16427985	FBgn0034515	CG13428	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0243	0.0315	0.0272	0.0132	0.0223	0.0126	0.0567	0.0406	0.0223	0.0127	0.0543	0.0127	0.007	0.0069	0.0322	0.0069	0.0104
chr2R	16437518	16437669	chr2R:16437519-16437669	FBgn0034517,FBgn0043536	Cpr57A,Obp57d	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0188	0.0233	0.019	0.0136	0.0106	0.018	0.0437	0.022	0.0106	0.0145	0.0248	0.0145	0.0201	0.0107	0.0168	0.0107	0.0172
chr2R	16439569	16439753	chr2R:16439570-16439753	FBgn0034518,FBgn0034519	CG13430,CG18065	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1401	0.1294	0.1662	0.1234	0.0785	0.1529	0.1557	0.1666	0.0785	0.212	0.1804	0.212	0.172	0.1531	0.1173	0.1531	0.1391
chr2R	16440027	16440178	chr2R:16440028-16440178	FBgn0034518,FBgn0034519	CG13430,CG18065	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0244	0.0183	0.0341	0.0206	0.0011	0.0204	0.026	0.0253	0.0011	0.0489	0.0367	0.0489	0.0349	0.0345	0.0226	0.0345	0.0193
chr2R	16440521	16440672	chr2R:16440522-16440672	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0172	0.0118	0.0212	0.0189	0.0032	0.0175	0.0169	0.0093	0.0032	0.0471	0.017	0.0471	0.0147	0.0574	0.0135	0.0574	0.0115
chr2R	16442377	16442528	chr2R:16442378-16442528	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0217	0.0193	0.0339	0.0111	0.0042	0.0291	0.0238	0.0193	0.0042	0.0942	0.027	0.0942	0.0101	0.026	0.009	0.026	0.0089
chr2R	16444174	16444334	chr2R:16444175-16444334	FBgn0034520	lms	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0528	0.0571	0.0678	0.0318	0.0138	0.1131	0.0541	0.046	0.0138	0.2114	0.0312	0.2114	0.0364	0.1041	0.0174	0.1041	0.0219
chr2R	16445360	16445511	chr2R:16445361-16445511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0298	0.0192	0.0096	0.0095	0.0267	0.0489	0.0333	0.0095	0.0302	0.0212	0.0302	0.0139	0.0115	0.009	0.0115	0.013
chr2R	16447827	16448086	chr2R:16447828-16448086	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0918	0.0429	0.015	0.0721	0.0728	0.1401	0.1086	0.0721	0.0483	0.0521	0.0483	0.0465	0.0168	0.0206	0.0168	0.0146
chr2R	16449353	16449692	chr2R:16449354-16449692	FBgn0034521	Mgat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0685	0.0679	0.0841	0.0521	0.035	0.0718	0.0826	0.1019	0.035	0.0888	0.1026	0.0888	0.0782	0.0475	0.0587	0.0475	0.0667
chr2R	16449751	16449941	chr2R:16449752-16449941	FBgn0034521	Mgat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1138	0.1038	0.1434	0.0926	0.0689	0.1214	0.1172	0.1406	0.0689	0.1558	0.1695	0.1558	0.1255	0.1095	0.1057	0.1095	0.1032
chr2R	16450058	16450232	chr2R:16450059-16450232	FBgn0034521,FBgn0263000	CG43308,Mgat1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0575	0.0565	0.0723	0.0425	0.0403	0.0655	0.0675	0.0706	0.0403	0.0845	0.0846	0.0845	0.0558	0.062	0.049	0.062	0.0453
chr2R	16454289	16454440	chr2R:16454290-16454440	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0222	0.0266	0.0085	0.0148	0.0189	0.0342	0.026	0.0148	0.0091	0.0521	0.0091	0.0124	0.0046	0.02	0.0046	0.0057
chr2R	16460257	16460408	chr2R:16460258-16460408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0148	0.0155	0.0131	0.0021	0.0155	0.0281	0.0127	0.0021	0.0097	0.027	0.0097	0.0062	0.0015	0.0458	0.0015	0.0073
chr2R	16460797	16460948	chr2R:16460798-16460948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0106	0.0098	0.0126	0.0092	0.0011	0.0058	0.0164	0.016	0.0011	0.0097	0.0196	0.0097	0.0085	0.0015	0.0284	0.0015	0.0042
chr2R	16469502	16469728	chr2R:16469503-16469728	FBgn0028622	qsm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1146	0.1198	0.1514	0.0685	0.0827	0.1427	0.1194	0.1865	0.0827	0.0942	0.2633	0.0942	0.086	0.0138	0.216	0.0138	0.0469
chr2R	16469896	16470101	chr2R:16469897-16470101	FBgn0028622	qsm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0738	0.0872	0.092	0.0389	0.0679	0.0917	0.109	0.1113	0.0679	0.07	0.1482	0.07	0.0658	0.0161	0.1064	0.0161	0.0281
chr2R	16470154	16470339	chr2R:16470155-16470339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.076	0.0928	0.0858	0.0465	0.0764	0.0874	0.128	0.1066	0.0764	0.0556	0.137	0.0556	0.0651	0.0207	0.1283	0.0207	0.0297
chr2R	16471066	16471217	chr2R:16471067-16471217	FBgn0262402,FBgn0262436,FBgn0262450	mir-310,mir-311,mir-312	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0543	0.0824	0.0553	0.0219	0.0541	0.0748	0.1298	0.0873	0.0541	0.0616	0.0595	0.0616	0.0565	0.0276	0.0245	0.0276	0.0172
chr2R	16474421	16474607	chr2R:16474422-16474607	FBgn0015907,FBgn0034523	Nnf1a,bl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0593	0.0698	0.0458	0.0382	0.0655	0.0817	0.0646	0.0382	0.0803	0.0781	0.0803	0.0612	0.049	0.0529	0.049	0.0542
chr2R	16474674	16474872	chr2R:16474675-16474872	FBgn0015907,FBgn0034523	Nnf1a,bl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1764	0.1755	0.2015	0.1498	0.14	0.1976	0.2202	0.1979	0.14	0.2409	0.2219	0.2409	0.1921	0.1616	0.1554	0.1616	0.1673
chr2R	16474960	16475153	chr2R:16474961-16475153	FBgn0015907,FBgn0034523	Nnf1a,bl	stage11,stage14,stage5	none	VT19835.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2269	0.2208	0.2607	0.1966	0.1972	0.2655	0.2452	0.2665	0.1972	0.3273	0.2801	0.3273	0.2401	0.209	0.2057	0.209	0.2043
chr2R	16475246	16475397	chr2R:16475247-16475397	FBgn0015907,FBgn0034523	Nnf1a,bl	stage11,stage14,stage5	none	VT19835.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1209	0.1107	0.15	0.1004	0.0806	0.1277	0.1233	0.1519	0.0806	0.1866	0.1595	0.1866	0.1503	0.1072	0.1057	0.1072	0.0964
chr2R	16475465	16475651	chr2R:16475466-16475651	FBgn0015907	bl	stage11,stage14,stage5	none	VT19835.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1758	0.18	0.2028	0.1415	0.122	0.2097	0.2054	0.2445	0.122	0.2736	0.2158	0.2736	0.1727	0.144	0.1289	0.144	0.1501
chr2R	16475817	16475996	chr2R:16475818-16475996	distal	distal	stage5	none	VT19835.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0557	0.0715	0.0567	0.0369	0.0424	0.0777	0.0826	0.1059	0.0424	0.0737	0.0579	0.0737	0.048	0.0306	0.0355	0.0306	0.0354
chr2R	16480522	16480673	chr2R:16480523-16480673	distal	distal	none	none	VT19837.1,VT19838.1	VT19837.1,VT19838.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0353	0.0244	0.0084	0.0138	0.0325	0.0484	0.046	0.0138	0.0266	0.0277	0.0266	0.0163	0.0061	0.0077	0.0061	0.0073
chr2R	16482343	16482494	chr2R:16482344-16482494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0293	0.023	0.0173	0.0138	0.0277	0.0411	0.0406	0.0138	0.026	0.027	0.026	0.0178	0.0161	0.0174	0.0161	0.0271
chr2R	16483488	16483639	chr2R:16483489-16483639	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT19840.1	VT19840.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0566	0.0643	0.0782	0.0244	0.0382	0.0869	0.0502	0.1106	0.0382	0.0978	0.1109	0.0978	0.0387	0.0222	0.0503	0.0222	0.0188
chr2R	16483679	16483898	chr2R:16483680-16483898	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT19840.1	VT19840.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1015	0.1265	0.1372	0.0343	0.0657	0.1456	0.1298	0.2032	0.0657	0.1781	0.1875	0.1781	0.0581	0.0245	0.0767	0.0245	0.0261
chr2R	16484303	16484521	chr2R:16484304-16484521	distal	distal	none	none	VT19840.1	VT19840.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0426	0.0425	0.0548	0.0294	0.0361	0.0398	0.0623	0.048	0.0361	0.0417	0.0746	0.0417	0.031	0.0145	0.0625	0.0145	0.0334
chr2R	16485535	16485808	chr2R:16485536-16485808	distal	distal	stage5	stage5	VT19840.1,VT19841.1,bl_bl/Mir7_O-E	VT19840.1,VT19841.1,bl_bl/Mir7_O-E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0706	0.1179	0.0619	0.0272	0.0806	0.0947	0.1765	0.1472	0.0806	0.0851	0.0682	0.0851	0.0294	0.0528	0.0271	0.0528	0.0177
chr2R	16488274	16488707	chr2R:16488275-16488707	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT19842.1,VT19843.1,miR-7	VT19842.1,VT19843.1,miR-7	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1818	0.2805	0.215	0.035	0.2641	0.2665	0.3296	0.4044	0.2641	0.3382	0.2723	0.3382	0.0442	0.0314	0.0503	0.0314	0.0214
chr2R	16488804	16488955	chr2R:16488805-16488955	distal	distal	none	none	VT19842.1,VT19843.1	VT19842.1,VT19843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0668	0.0978	0.0836	0.0135	0.0742	0.0951	0.1263	0.1326	0.0742	0.1492	0.1	0.1492	0.0132	0.0107	0.0135	0.0107	0.0094
chr2R	16489787	16489938	chr2R:16489788-16489938	distal	distal	none	none	VT19843.1	VT19843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0442	0.0575	0.0471	0.0262	0.0403	0.0587	0.0679	0.0786	0.0403	0.0519	0.055	0.0519	0.0248	0.0153	0.0103	0.0153	0.0099
chr2R	16490261	16490548	chr2R:16490262-16490548	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT19843.1	VT19843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2556	0.3513	0.2964	0.1039	0.3552	0.3699	0.3988	0.4457	0.3552	0.4088	0.3489	0.4088	0.0883	0.1187	0.0909	0.1187	0.0459
chr2R	16490760	16491084	chr2R:16490761-16491084	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT19843.1	VT19843.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1811	0.1977	0.1992	0.1426	0.1442	0.2209	0.2366	0.2592	0.1442	0.2391	0.2315	0.2391	0.1735	0.1876	0.1651	0.1876	0.1959
chr2R	16491127	16491343	chr2R:16491128-16491343	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1294	0.139	0.1618	0.0831	0.0912	0.1553	0.1605	0.1992	0.0912	0.192	0.2138	0.192	0.1069	0.1103	0.1077	0.1103	0.0938
chr2R	16491379	16491579	chr2R:16491380-16491579	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0988	0.137	0.1143	0.039	0.1082	0.1529	0.151	0.1845	0.1082	0.1395	0.1447	0.1395	0.0666	0.0498	0.049	0.0498	0.0406
chr2R	16491713	16491947	chr2R:16491714-16491947	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1309	0.2519	0.1091	0.0196	0.2322	0.2583	0.2785	0.3504	0.2322	0.1051	0.1505	0.1051	0.0302	0.0199	0.0219	0.0199	0.0162
chr2R	16492239	16492390	chr2R:16492240-16492390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0636	0.1274	0.0466	0.0111	0.1166	0.0966	0.1881	0.1532	0.1166	0.0471	0.0576	0.0471	0.0209	0.0161	0.009	0.0161	0.0109
chr2R	16493400	16493551	chr2R:16493401-16493551	FBgn0262370	mir-7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0902	0.0371	0.0096	0.0848	0.0583	0.1388	0.1166	0.0848	0.0399	0.0479	0.0399	0.0178	0.0092	0.0129	0.0092	0.0089
chr2R	16494753	16495135	chr2R:16494754-16495135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.2001	0.0944	0.0304	0.2206	0.1549	0.2625	0.2605	0.2206	0.0882	0.1251	0.0882	0.0488	0.0222	0.038	0.0222	0.0349
chr2R	16498833	16498984	chr2R:16498834-16498984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0359	0.0305	0.0153	0.0148	0.0311	0.0571	0.0426	0.0148	0.0332	0.0408	0.0332	0.0201	0.0161	0.0193	0.0161	0.0135
chr2R	16504860	16505039	chr2R:16504861-16505039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0455	0.0397	0.0304	0.0191	0.034	0.0709	0.064	0.0191	0.0272	0.055	0.0272	0.0194	0.0138	0.0509	0.0138	0.025
chr2R	16505296	16505467	chr2R:16505297-16505467	FBgn0050147	Hil	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0741	0.0506	0.1001	0.0717	0.018	0.067	0.0558	0.072	0.018	0.0948	0.1476	0.0948	0.0736	0.0544	0.1373	0.0544	0.0735
chr2R	16505531	16505932	chr2R:16505532-16505932	FBgn0034527,FBgn0050147	CG9945,Hil	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2088	0.1489	0.2536	0.2264	0.0859	0.184	0.1544	0.2258	0.0859	0.2699	0.3109	0.2699	0.2579	0.1776	0.3333	0.1776	0.297
chr2R	16506030	16506241	chr2R:16506031-16506241	FBgn0034527,FBgn0050147	CG9945,Hil	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1563	0.1378	0.1896	0.1404	0.0838	0.1549	0.1544	0.2019	0.0838	0.2204	0.2122	0.2204	0.1998	0.1432	0.1631	0.1432	0.1767
chr2R	16506451	16506602	chr2R:16506452-16506602	FBgn0034527	CG9945	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0393	0.0612	0.0347	0.0191	0.0524	0.0415	0.0566	0.0191	0.0749	0.0662	0.0749	0.0697	0.0398	0.0406	0.0398	0.0412
chr2R	16510588	16510739	chr2R:16510589-16510739	FBgn0034528,FBgn0034529	CG11180,CG16742	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0608	0.0731	0.0507	0.0382	0.0539	0.0891	0.0779	0.0382	0.0821	0.0852	0.0821	0.0775	0.0475	0.0548	0.0475	0.0641
chr2R	16510891	16511061	chr2R:16510892-16511061	FBgn0034528,FBgn0034529	CG11180,CG16742	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.162	0.1564	0.1895	0.1381	0.0912	0.1718	0.1864	0.2192	0.0912	0.2107	0.217	0.2107	0.189	0.1309	0.1476	0.1309	0.1688
chr2R	16511258	16511481	chr2R:16511259-16511481	FBgn0034528,FBgn0034529	CG11180,CG16742	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0516	0.0501	0.0336	0.0318	0.051	0.0748	0.058	0.0318	0.0477	0.065	0.0477	0.0496	0.0268	0.04	0.0268	0.036
chr2R	16518272	16518423	chr2R:16518273-16518423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0213	0.0198	0.0114	0.0042	0.0194	0.035	0.0286	0.0042	0.0079	0.0331	0.0079	0.0116	0.0077	0.0284	0.0077	0.0083
chr2R	16518519	16518844	chr2R:16518520-16518844	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0409	0.0609	0.0355	0.0244	0.0318	0.0612	0.077	0.0899	0.0318	0.0121	0.0672	0.0121	0.0085	0.0084	0.0748	0.0084	0.0141
chr2R	16519244	16519507	chr2R:16519245-16519507	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0327	0.0381	0.0227	0.0064	0.032	0.0528	0.0366	0.0064	0.0157	0.0704	0.0157	0.0163	0.0061	0.0703	0.0061	0.012
chr2R	16520434	16520683	chr2R:16520435-16520683	FBgn0034530	Rcd6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0295	0.0317	0.0279	0.0106	0.0291	0.048	0.0313	0.0106	0.0127	0.054	0.0127	0.0186	0.0069	0.0896	0.0069	0.0172
chr2R	16520873	16521082	chr2R:16520874-16521082	FBgn0034530	Rcd6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0259	0.0316	0.0372	0.0053	0.0296	0.0394	0.0293	0.0053	0.0109	0.0608	0.0109	0.0147	0.0061	0.1399	0.0061	0.013
chr2R	16527888	16528039	chr2R:16527889-16528039	FBgn0034534,FBgn0250850	maf-S,rig	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0214	0.0298	0.0352	0.0053	0.0199	0.0329	0.0286	0.0053	0.0326	0.035	0.0326	0.0372	0.0352	0.0406	0.0352	0.0453
chr2R	16528102	16528265	chr2R:16528103-16528265	FBgn0034534,FBgn0250850	maf-S,rig	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0473	0.0267	0.0467	0.0712	0.0127	0.0267	0.0363	0.034	0.0127	0.0368	0.055	0.0368	0.0666	0.0727	0.0767	0.0727	0.0922
chr2R	16528374	16528558	chr2R:16528375-16528558	FBgn0034534,FBgn0250850	maf-S,rig	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0594	0.093	0.0671	0.0435	0.065	0.0722	0.0799	0.0435	0.1014	0.1113	0.1014	0.0968	0.0681	0.0729	0.0681	0.0818
chr2R	16528615	16528866	chr2R:16528616-16528866	FBgn0034534,FBgn0034535,FBgn0250850	CG11110,maf-S,rig	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0689	0.0659	0.0893	0.0499	0.0424	0.0641	0.0861	0.0939	0.0424	0.099	0.1077	0.099	0.0775	0.0505	0.0542	0.0505	0.0631
chr2R	16529139	16529312	chr2R:16529140-16529312	FBgn0034535	CG11110	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1114	0.1017	0.1407	0.09	0.0551	0.1199	0.1207	0.1339	0.0551	0.1745	0.1624	0.1745	0.1348	0.098	0.0812	0.098	0.1178
chr2R	16529369	16529520	chr2R:16529370-16529520	FBgn0034535	CG11110	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0461	0.0716	0.0384	0.017	0.0558	0.058	0.0573	0.017	0.0936	0.0759	0.0936	0.0782	0.0398	0.0316	0.0398	0.0469
chr2R	16529664	16529815	chr2R:16529665-16529815	FBgn0034535	CG11110	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0354	0.0421	0.0206	0.0127	0.0417	0.0476	0.0446	0.0127	0.0598	0.0428	0.0598	0.048	0.0214	0.0226	0.0214	0.0318
chr2R	16531180	16531382	chr2R:16531181-16531382	FBgn0034537,FBgn0061361,FBgn0061362	CG33785,CG33786,DMAP1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0959	0.087	0.1159	0.084	0.07	0.0942	0.1133	0.0999	0.07	0.1401	0.1334	0.1401	0.0991	0.0904	0.087	0.0904	0.1037
chr2R	16531449	16531634	chr2R:16531450-16531634	FBgn0034537,FBgn0061361,FBgn0061362	CG33785,CG33786,DMAP1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.0803	0.1036	0.079	0.0679	0.0757	0.106	0.1019	0.0679	0.128	0.1145	0.128	0.0852	0.0888	0.0793	0.0888	0.0974
chr2R	16531694	16531863	chr2R:16531695-16531863	FBgn0034537,FBgn0061361,FBgn0061362	CG33785,CG33786,DMAP1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0471	0.0633	0.0408	0.0329	0.0515	0.0549	0.0693	0.0329	0.0737	0.0695	0.0737	0.0635	0.0452	0.0464	0.0452	0.0516
chr2R	16533688	16534000	chr2R:16533689-16534000	FBgn0034540	Lrt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1856	0.2612	0.2091	0.0753	0.246	0.2515	0.2855	0.3984	0.246	0.0845	0.3788	0.0845	0.1495	0.0138	0.2573	0.0138	0.0339
chr2R	16534062	16534414	chr2R:16534063-16534414	FBgn0034540	Lrt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1451	0.2231	0.1537	0.0485	0.1824	0.1801	0.2578	0.3811	0.1824	0.0543	0.2749	0.0543	0.1371	0.0161	0.1541	0.0161	0.0276
chr2R	16534845	16535004	chr2R:16534846-16535004	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0407	0.0385	0.0532	0.0295	0.0159	0.033	0.0493	0.0646	0.0159	0.0217	0.0977	0.0217	0.0372	0.0031	0.1051	0.0031	0.0104
chr2R	16535264	16535415	chr2R:16535265-16535415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0291	0.0293	0.0359	0.0214	0.0117	0.0257	0.0311	0.0566	0.0117	0.0211	0.0621	0.0211	0.0232	0.0038	0.0709	0.0038	0.013
chr2R	16539533	16539684	chr2R:16539534-16539684	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0166	0.0268	0.0114	0.0127	0.0146	0.0303	0.0113	0.0127	0.0127	0.0502	0.0127	0.0132	0.0038	0.0335	0.0038	0.0073
chr2R	16539714	16539865	chr2R:16539715-16539865	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0167	0.0289	0.0128	0.0064	0.017	0.026	0.0187	0.0064	0.0109	0.0559	0.0109	0.0132	0.0046	0.0348	0.0046	0.0099
chr2R	16542300	16542761	chr2R:16542301-16542761	FBgn0034538	CG16799	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0447	0.0442	0.0537	0.0354	0.0085	0.05	0.0541	0.0753	0.0085	0.0465	0.0765	0.0465	0.0527	0.0291	0.058	0.0291	0.0453
chr2R	16545354	16545526	chr2R:16545355-16545526	FBgn0050155,FBgn0050211	tRNA:CR30155,tRNA:CR30211	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0202	0.0345	0.0164	0.0085	0.035	0.0272	0.0433	0.0533	0.035	0.0181	0.018	0.0181	0.0194	0.0176	0.0064	0.0176	0.0109
chr2R	16552660	16552811	chr2R:16552661-16552811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0174	0.0265	0.0237	0.0053	0.0218	0.0247	0.0187	0.0053	0.0229	0.0277	0.0229	0.0178	0.0191	0.0084	0.0191	0.0214
chr2R	16553177	16553383	chr2R:16553178-16553383	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0825	0.0712	0.1032	0.0726	0.0339	0.101	0.0619	0.1053	0.0339	0.1057	0.0733	0.1057	0.0527	0.0222	0.0438	0.0222	0.0182
chr2R	16554127	16554320	chr2R:16554128-16554320	FBgn0034542	Fem-1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0946	0.0742	0.1284	0.0802	0.0403	0.1024	0.0701	0.1126	0.0403	0.1564	0.1341	0.1564	0.1418	0.1041	0.098	0.1041	0.0933
chr2R	16554347	16554519	chr2R:16554348-16554519	FBgn0034542	Fem-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0909	0.0713	0.1211	0.0798	0.0414	0.0874	0.0757	0.1066	0.0414	0.1492	0.1302	0.1492	0.1387	0.1126	0.1038	0.1126	0.0865
chr2R	16554663	16554868	chr2R:16554664-16554868	FBgn0034542	Fem-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1647	0.1362	0.209	0.1479	0.0965	0.1607	0.1484	0.1912	0.0965	0.2524	0.2376	0.2524	0.2215	0.183	0.1921	0.183	0.1782
chr2R	16555481	16555674	chr2R:16555482-16555674	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1357	0.1137	0.1695	0.1232	0.071	0.1335	0.1358	0.1532	0.071	0.1993	0.1846	0.1993	0.1813	0.1202	0.1335	0.1202	0.1631
chr2R	16558575	16558754	chr2R:16558576-16558754	FBgn0000615,FBgn0034543	CG30152,exu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1436	0.1163	0.1684	0.1468	0.0742	0.1291	0.144	0.1506	0.0742	0.1896	0.1794	0.1896	0.1898	0.1363	0.1489	0.1363	0.2121
chr2R	16558826	16559032	chr2R:16558827-16559032	FBgn0000615,FBgn0034543	CG30152,exu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0754	0.0511	0.0841	0.093	0.0286	0.0539	0.0683	0.064	0.0286	0.0851	0.0859	0.0851	0.1224	0.0873	0.0812	0.0873	0.1584
chr2R	16560121	16560293	chr2R:16560122-16560293	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0217	0.0297	0.0297	0.0042	0.0291	0.0342	0.0173	0.0042	0.0217	0.0222	0.0217	0.0821	0.0138	0.0142	0.0138	0.075
chr2R	16582987	16583180	chr2R:16582988-16583180	distal	distal	stage14	stage14	VT19895.1,VT19896.1	VT19895.1,VT19896.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0196	0.0093	0.0143	0.0369	0.0032	0.0117	0.0138	0.0073	0.0032	0.0163	0.0074	0.0163	0.0217	0.0092	0.0103	0.0092	0.0287
chr2R	16583411	16583607	chr2R:16583412-16583607	distal	distal	stage14	stage14	VT19896.1	VT19896.1	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0134	0.0055	0.0099	0.0262	0.0042	0.0063	0.0091	0.002	0.0042	0.0109	0.0077	0.0109	0.0163	0.0176	0.0077	0.0176	0.0401
chr2R	16583634	16583932	chr2R:16583635-16583932	distal	distal	stage14	stage14	VT19896.1	VT19896.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0186	0.0085	0.0119	0.0373	0.0042	0.0097	0.0156	0.0053	0.0042	0.0151	0.0106	0.0151	0.0116	0.0199	0.0142	0.0199	0.0422
chr2R	16585385	16585537	chr2R:16585386-16585537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0337	0.0411	0.0272	0.0326	0.0308	0.0374	0.0502	0.0613	0.0308	0.0344	0.0273	0.0344	0.0294	0.0237	0.0116	0.0237	0.0141
chr2R	16585855	16586048	chr2R:16585856-16586048	FBgn0040726	dpr	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0661	0.0826	0.0496	0.0657	0.0764	0.0786	0.1086	0.0946	0.0764	0.0731	0.0405	0.0731	0.055	0.0505	0.0303	0.0505	0.0412
chr2R	16589476	16589627	chr2R:16589477-16589627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0273	0.0124	0.0071	0.0212	0.0228	0.0433	0.03	0.0212	0.0181	0.0119	0.0181	0.0101	0.0092	0.0032	0.0092	0.0047
chr2R	16638077	16638228	chr2R:16638078-16638228	FBgn0085230	CG34201	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0116	0.0104	0.0142	0.0064	0.0121	0.019	0.01	0.0064	0.0072	0.0167	0.0072	0.007	0.0054	0.0445	0.0054	0.0073
chr2R	16658480	16658644	chr2R:16658481-16658644	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0266	0.0495	0.0217	0.0064	0.0339	0.0364	0.0822	0.0546	0.0339	0.026	0.0212	0.026	0.0271	0.0084	0.009	0.0084	0.0047
chr2R	16658788	16658946	chr2R:16658789-16658946	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0213	0.0385	0.0176	0.0061	0.0308	0.033	0.0627	0.0353	0.0308	0.0248	0.0186	0.0248	0.0163	0.0077	0.0084	0.0077	0.0057
chr2R	16663088	16663239	chr2R:16663089-16663239	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0113	0.0164	0.0299	0.0042	0.0112	0.0199	0.01	0.0042	0.0079	0.028	0.0079	0.0108	0.0077	0.1044	0.0077	0.013
chr2R	16663519	16663670	chr2R:16663520-16663670	FBgn0263848	CG43709	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.008	0.0108	0.0174	0.0064	0.0058	0.0151	0.006	0.0064	0.0097	0.0145	0.0097	0.0085	0.0061	0.0516	0.0061	0.0089
chr2R	16663844	16663995	chr2R:16663845-16663995	FBgn0263848	CG43709	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0089	0.0051	0.0088	0.0132	0.0011	0.0029	0.0108	0.006	0.0011	0.003	0.0148	0.003	0.0101	0.0038	0.0387	0.0038	0.0083
chr2R	16680959	16681110	chr2R:16680960-16681110	FBgn0034551	CG15225	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0045	0.0058	0.0113	0.0053	0.0024	0.0082	0.004	0.0053	0.0042	0.0035	0.0042	8e-04	8e-04	0.0052	8e-04	0.0021
chr2R	16681580	16681731	chr2R:16681581-16681731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0098	0.0096	0.0142	0.0064	0.0063	0.0173	0.0113	0.0064	0.0085	0.0125	0.0085	0.0039	0.0046	0.0335	0.0046	0.0078
chr2R	16696527	16696678	chr2R:16696528-16696678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0099	0.0131	0.0065	0.01	0.0085	0.0039	0.0303	0.0113	0.0085	0.0024	0.0055	0.0024	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.0021
chr2R	16707522	16707673	chr2R:16707523-16707673	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0197	0.0207	0.0096	0.0064	0.0165	0.0342	0.02	0.0064	0.0181	0.0129	0.0181	0.0147	0.0054	0.0032	0.0054	0.0052
chr2R	16707743	16707894	chr2R:16707744-16707894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0153	0.0199	0.0095	0.0032	0.0121	0.0242	0.0207	0.0032	0.0187	0.0154	0.0187	0.0101	0.0061	0.0052	0.0061	0.0042
chr2R	16708193	16708344	chr2R:16708194-16708344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0115	0.0198	0.0092	0.0042	0.0102	0.0182	0.0153	0.0042	0.0151	0.0138	0.0151	0.0178	0.0084	0.0064	0.0084	0.0078
chr2R	16718774	16718925	chr2R:16718775-16718925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0433	0.0401	0.0383	0.0524	0.0212	0.0437	0.0515	0.052	0.0212	0.0525	0.0302	0.0525	0.0449	0.1539	0.0329	0.1539	0.0422
chr2R	16719357	16719552	chr2R:16719358-16719552	FBgn0016984	sktl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1793	0.1827	0.2072	0.1447	0.1315	0.2155	0.2098	0.2432	0.1315	0.2542	0.236	0.2542	0.2339	0.1991	0.1818	0.1991	0.2058
chr2R	16719837	16720062	chr2R:16719838-16720062	FBgn0016984	sktl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1931	0.1935	0.2209	0.162	0.1432	0.218	0.2331	0.2445	0.1432	0.2651	0.2563	0.2651	0.2099	0.1838	0.1844	0.1838	0.2142
chr2R	16720480	16720631	chr2R:16720481-16720631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0509	0.0556	0.0659	0.0294	0.0276	0.0563	0.0662	0.0873	0.0276	0.0628	0.0762	0.0628	0.0449	0.0283	0.0374	0.0283	0.0334
chr2R	16723452	16723642	chr2R:16723453-16723642	FBgn0011674	insc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.1984	0.2009	0.2602	0.1277	0.1941	0.2044	0.2409	0.2585	0.1941	0.3025	0.2849	0.3025	0.2146	0.0766	0.2147	0.0766	0.1496
chr2R	16723866	16724075	chr2R:16723867-16724075	FBgn0011674	insc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.1689	0.1781	0.2165	0.1065	0.1495	0.1675	0.2236	0.2352	0.1495	0.2264	0.2466	0.2264	0.182	0.0758	0.1431	0.0758	0.1209
chr2R	16725304	16725455	chr2R:16725305-16725455	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0373	0.0325	0.0656	0.0116	0.0148	0.0432	0.0311	0.0506	0.0148	0.1655	0.0444	0.1655	0.0163	0.0207	0.0052	0.0207	0.0125
chr2R	16725762	16726115	chr2R:16725763-16726115	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.094	0.1095	0.1368	0.0295	0.053	0.1218	0.1086	0.1965	0.053	0.2947	0.0913	0.2947	0.0558	0.0352	0.0168	0.0352	0.0234
chr2R	16726353	16726652	chr2R:16726354-16726652	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0922	0.0631	0.1407	0.0716	0.0148	0.1034	0.0575	0.0819	0.0148	0.2633	0.0775	0.2633	0.0899	0.1126	0.0297	0.1126	0.0933
chr2R	16726761	16727011	chr2R:16726762-16727011	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0482	0.0325	0.0621	0.0504	0.0095	0.0408	0.0446	0.0346	0.0095	0.0882	0.0328	0.0882	0.0868	0.0383	0.0174	0.0383	0.1162
chr2R	16728279	16728430	chr2R:16728280-16728430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0292	0.031	0.0423	0.0127	0.0106	0.0393	0.0368	0.0406	0.0106	0.0682	0.0309	0.0682	0.0248	0.0123	0.0077	0.0123	0.0115
chr2R	16728467	16728618	chr2R:16728468-16728618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0325	0.035	0.0443	0.0169	0.018	0.0456	0.0407	0.0433	0.018	0.0743	0.0315	0.0743	0.0209	0.0092	0.0097	0.0092	0.012
chr2R	16730847	16731004	chr2R:16730848-16731004	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0107	0.0056	0.0145	0.0121	0.0011	0.0049	0.0099	0.006	0.0011	0.0091	0.0084	0.0091	0.0403	0.0023	0.0052	0.0023	0.0307
chr2R	16733266	16733417	chr2R:16733267-16733417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0201	0.0279	0.0184	0.0021	0.0282	0.0251	0.0233	0.0021	0.0145	0.0167	0.0145	0.0147	0.0061	0.0084	0.0061	0.0099
chr2R	16733644	16733940	chr2R:16733645-16733940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0767	0.0702	0.1013	0.057	0.035	0.1155	0.0662	0.0799	0.035	0.0694	0.0505	0.0694	0.0589	0.0153	0.0219	0.0153	0.0313
chr2R	16734333	16734573	chr2R:16734334-16734573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0294	0.0246	0.0107	0.0138	0.0223	0.0428	0.0473	0.0138	0.0151	0.0154	0.0151	0.0163	0.0092	0.0064	0.0092	0.0073
chr2R	16741150	16741521	chr2R:16741151-16741521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.034	0.0225	0.026	0.0244	0.0262	0.0541	0.04	0.0244	0.0175	0.0174	0.0175	0.0209	0.0115	0.0174	0.0115	0.0162
chr2R	16746376	16746660	chr2R:16746377-16746660	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0384	0.0876	0.0174	0.0065	0.071	0.0442	0.1479	0.1153	0.071	0.0169	0.0248	0.0169	0.0039	0.0031	0.0064	0.0031	0.0036
chr2R	16746789	16747164	chr2R:16746790-16747164	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.047	0.1041	0.024	0.0086	0.0912	0.0529	0.189	0.1126	0.0912	0.0199	0.0299	0.0199	0.0155	0.0061	0.0077	0.0061	0.0057
chr2R	16747191	16747342	chr2R:16747192-16747342	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0269	0.0547	0.0178	0.0058	0.052	0.0248	0.0986	0.0586	0.052	0.0109	0.0232	0.0109	0.0155	0.0038	0.0045	0.0038	0.0047
chr2R	16747357	16747508	chr2R:16747358-16747508	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0235	0.0425	0.0198	0.0063	0.0392	0.0194	0.0701	0.0566	0.0392	0.0127	0.028	0.0127	0.0139	0.0069	0.0064	0.0069	0.0068
chr2R	16757703	16758097	chr2R:16757704-16758097	FBgn0050295,FBgn0067905	IM14,Ipk1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0716	0.074	0.0841	0.055	0.0424	0.0913	0.0969	0.0813	0.0424	0.1008	0.0785	0.1008	0.1038	0.0559	0.0625	0.0559	0.0823
chr2R	16758185	16758360	chr2R:16758186-16758360	FBgn0050295,FBgn0067905	IM14,Ipk1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1005	0.1069	0.1126	0.0801	0.0817	0.1218	0.1254	0.1359	0.0817	0.1353	0.1222	0.1353	0.1154	0.0819	0.089	0.0819	0.1021
chr2R	16771570	16771816	chr2R:16771571-16771816	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0585	0.0572	0.0735	0.0436	0.0308	0.066	0.0696	0.074	0.0308	0.0984	0.083	0.0984	0.0534	0.0322	0.0464	0.0322	0.0563
chr2R	16772057	16772256	chr2R:16772058-16772256	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2343	0.1628	0.2888	0.2544	0.0901	0.2131	0.1674	0.2265	0.0901	0.3442	0.3048	0.3442	0.316	0.2634	0.2695	0.2634	0.2903
chr2R	16777512	16777692	chr2R:16777513-16777692	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0097	0.0187	0.0205	0.0011	0.0083	0.0151	0.0133	0.0011	0.0103	0.0122	0.0103	0.0077	0.0069	0.0052	0.0069	0.0073
chr2R	16778949	16779100	chr2R:16778950-16779100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0159	0.0088	0.019	0.0202	0.0032	0.0097	0.0108	0.014	0.0032	0.0314	0.0212	0.0314	0.0054	0.0084	0.0052	0.0084	0.0089
chr2R	16779273	16779424	chr2R:16779274-16779424	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0034	0.0058	0.0121	0.0011	0.0015	0.0061	0.0053	0.0011	0.0091	0.0068	0.0091	0.0031	0.0023	0	0.0023	0.0021
chr2R	16780801	16780952	chr2R:16780802-16780952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0146	0.0104	0.0109	0.0064	0.0175	0.0151	0.0253	0.0064	0.0115	0.0071	0.0115	0.0054	0.0038	0.0013	0.0038	0.0078
chr2R	16781036	16781187	chr2R:16781037-16781187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0108	0.009	0.0096	0.0011	0.0126	0.0151	0.0147	0.0011	0.0079	0.0103	0.0079	0.0031	0.0038	6e-04	0.0038	0.0042
chr2R	16781679	16781871	chr2R:16781680-16781871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0173	0.0222	0.0154	0.0141	0.0074	0.017	0.0195	0.056	0.0074	0.0103	0.0096	0.0103	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0036
chr2R	16783625	16783776	chr2R:16783626-16783776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0133	0.0202	0.0124	0.0067	0.0032	0.018	0.0277	0.0346	0.0032	0.0145	0.0148	0.0145	0.0054	0.0069	0.0077	0.0069	0.0052
chr2R	16783893	16784056	chr2R:16783894-16784056	FBgn0262690	CR43160	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0455	0.0265	0.0075	0.0201	0.0544	0.0471	0.0753	0.0201	0.032	0.0305	0.032	0.0093	0.0046	0.0071	0.0046	0.0057
chr2R	16785152	16785554	chr2R:16785153-16785554	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0418	0.053	0.0491	0.0213	0.0212	0.0573	0.0601	0.0826	0.0212	0.0266	0.0814	0.0266	0.0364	0.0084	0.0503	0.0084	0.0115
chr2R	16790753	16790904	chr2R:16790754-16790904	FBgn0015524	otp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.03	0.0383	0.028	0.0074	0.0432	0.0311	0.044	0.0074	0.0393	0.0367	0.0393	0.0333	0.0191	0.0181	0.0191	0.0219
chr2R	16791055	16791281	chr2R:16791056-16791281	FBgn0015524	otp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1633	0.1137	0.2129	0.1643	0.0435	0.1684	0.0934	0.1852	0.0435	0.2494	0.2315	0.2494	0.196	0.157	0.1534	0.157	0.1631
chr2R	16794110	16794317	chr2R:16794111-16794317	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1168	0.1004	0.1529	0.0955	0.07	0.1223	0.1021	0.1446	0.07	0.18	0.1675	0.18	0.1224	0.1011	0.0909	0.1011	0.1011
chr2R	16794425	16794640	chr2R:16794426-16794640	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0608	0.0764	0.0805	0.0219	0.0551	0.0893	0.0731	0.1213	0.0551	0.0809	0.0823	0.0809	0.0426	0.023	0.0155	0.023	0.0198
chr2R	16794804	16795242	chr2R:16794805-16795242	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.1158	0.2374	0.0832	0.0156	0.1824	0.2437	0.2076	0.4357	0.1824	0.0815	0.0987	0.0815	0.0201	0.0069	0.0148	0.0069	0.0078
chr2R	16795926	16796159	chr2R:16795927-16796159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0286	0.03	0.0374	0.0173	0.0148	0.0432	0.0277	0.0426	0.0148	0.0217	0.0299	0.0217	0.0155	0.0069	0.0129	0.0069	0.0094
chr2R	16796170	16796335	chr2R:16796171-16796335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.028	0.0317	0.0138	0.0064	0.0408	0.0277	0.0426	0.0064	0.0229	0.0286	0.0229	0.0124	0.0061	0.0084	0.0061	0.0068
chr2R	16798735	16798906	chr2R:16798736-16798906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0472	0.0213	0.0127	0.0117	0.0636	0.0333	0.0999	0.0117	0.0127	0.0232	0.0127	0.0116	0.0038	0.0039	0.0038	0.0083
chr2R	16801375	16801655	chr2R:16801376-16801655	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1313	0.1043	0.168	0.1212	0.0488	0.1379	0.0826	0.1919	0.0488	0.1504	0.2106	0.1504	0.0914	0.0827	0.1412	0.0827	0.0776
chr2R	16801695	16801915	chr2R:16801696-16801915	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1538	0.1069	0.2066	0.1482	0.035	0.1631	0.0688	0.2012	0.035	0.1697	0.2881	0.1697	0.1139	0.1355	0.2089	0.1355	0.0886
chr2R	16802045	16802222	chr2R:16802046-16802222	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0405	0.0693	0.0343	0.0127	0.0578	0.0342	0.066	0.0127	0.0562	0.0994	0.0562	0.0349	0.0245	0.0471	0.0245	0.0224
chr2R	16802477	16802639	chr2R:16802478-16802639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0425	0.0285	0.0694	0.0285	0.0085	0.035	0.0264	0.054	0.0085	0.064	0.101	0.064	0.0302	0.0138	0.0419	0.0138	0.0104
chr2R	16803714	16803893	chr2R:16803715-16803893	FBgn0020617	Rx	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.069	0.0705	0.094	0.0397	0.0276	0.0995	0.0636	0.1153	0.0276	0.0876	0.1286	0.0876	0.0426	0.0207	0.0522	0.0207	0.0115
chr2R	16804070	16804324	chr2R:16804071-16804324	FBgn0020617	Rx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1331	0.1103	0.1909	0.0951	0.0339	0.1447	0.0869	0.2139	0.0339	0.1558	0.2605	0.1558	0.0728	0.0253	0.1489	0.0253	0.0245
chr2R	16807571	16807744	chr2R:16807572-16807744	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.031	0.0259	0.0466	0.0195	0.0042	0.0291	0.0316	0.042	0.0042	0.0266	0.0881	0.0266	0.0178	0.0107	0.0522	0.0107	0.0099
chr2R	16807890	16808067	chr2R:16807891-16808067	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0244	0.0284	0.0317	0.012	0.0106	0.0262	0.0355	0.0486	0.0106	0.0151	0.0646	0.0151	0.0039	0.0046	0.0355	0.0046	0.0057
chr2R	16813947	16814098	chr2R:16813948-16814098	distal	distal	none	none	VT20016.1	VT20016.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0128	0.0137	0.0113	0.0042	0.0155	0.0195	0.0133	0.0042	0.0091	0.0125	0.0091	0.0085	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2R	16815418	16815570	chr2R:16815419-16815570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0145	0.0179	0.012	0.0042	0.0121	0.0229	0.0187	0.0042	0.0103	0.0132	0.0103	0.0139	0.0069	0.0064	0.0069	0.0068
chr2R	16816519	16816670	chr2R:16816520-16816670	distal	distal	none	none	VT20018.1	VT20018.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0112	0.015	0.0156	0.0042	0.0092	0.0173	0.0153	0.0042	0.0139	0.0119	0.0139	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr2R	16816712	16816908	chr2R:16816713-16816908	distal	distal	none	none	VT20018.1	VT20018.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0145	0.022	0.0259	0.0074	0.0204	0.0169	0.0167	0.0074	0.0199	0.0145	0.0199	0.0108	0.0107	0.0058	0.0107	0.0104
chr2R	16817027	16817204	chr2R:16817028-16817204	distal	distal	none	none	VT20018.1	VT20018.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.014	0.0166	0.0213	0.0085	0.018	0.0186	0.0147	0.0085	0.0091	0.0125	0.0091	0.0093	0.0092	0.0077	0.0092	0.0083
chr2R	16818663	16818901	chr2R:16818664-16818901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.016	0.026	0.0189	0.0032	0.0165	0.0208	0.0253	0.0032	0.0199	0.0209	0.0199	0.0124	0.0038	0.0071	0.0038	0.0047
chr2R	16821199	16821429	chr2R:16821200-16821429	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0098	0.0147	0.0511	0.0032	0.0102	0.0169	0.01	0.0032	0.0072	0.0087	0.0072	0.0046	0.0084	0.0032	0.0084	0.0104
chr2R	16822601	16822758	chr2R:16822602-16822758	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0249	0.0366	0.0193	0.0178	0.0244	0.0296	0.0476	0.0546	0.0244	0.0175	0.0219	0.0175	0.0116	0.0207	0.0258	0.0207	0.013
chr2R	16822830	16822981	chr2R:16822831-16822981	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0247	0.0202	0.0199	0.0106	0.0233	0.0311	0.036	0.0106	0.0223	0.0248	0.0223	0.0139	0.0299	0.0329	0.0299	0.0125
chr2R	16825613	16825784	chr2R:16825614-16825784	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1147	0.0859	0.16	0.0972	0.0647	0.1053	0.0921	0.1186	0.0647	0.2114	0.1698	0.2114	0.1534	0.1141	0.1044	0.1141	0.1131
chr2R	16825882	16826083	chr2R:16825883-16826083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1179	0.0894	0.1642	0.0989	0.0445	0.118	0.0913	0.1252	0.0445	0.2246	0.1746	0.2246	0.1565	0.1248	0.1019	0.1248	0.1068
chr2R	16826202	16826370	chr2R:16826203-16826370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.047	0.0299	0.0643	0.0471	0.0127	0.0417	0.032	0.0373	0.0127	0.1419	0.0527	0.1419	0.0465	0.1332	0.0251	0.1332	0.0391
chr2R	16826568	16826752	chr2R:16826569-16826752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0319	0.0184	0.0412	0.0366	0.0074	0.0238	0.0238	0.0213	0.0074	0.1165	0.0228	0.1165	0.0256	0.1164	0.0181	0.1164	0.0297
chr2R	16826764	16826915	chr2R:16826765-16826915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0246	0.0186	0.0299	0.0255	0.0064	0.0189	0.0281	0.0193	0.0064	0.0694	0.0212	0.0694	0.0232	0.0704	0.0135	0.0704	0.0266
chr2R	16827186	16827366	chr2R:16827187-16827366	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0425	0.0455	0.043	0.0384	0.0244	0.0544	0.0471	0.0706	0.0244	0.1117	0.0257	0.1117	0.0248	0.1164	0.02	0.1164	0.0255
chr2R	16827968	16828120	chr2R:16827969-16828120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0306	0.0155	0.0443	0.0326	0.0074	0.0267	0.0173	0.0113	0.0074	0.1377	0.026	0.1377	0.0132	0.1156	0.0181	0.1156	0.0135
chr2R	16830366	16830523	chr2R:16830367-16830523	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.037	0.0183	0.0516	0.0418	0.0011	0.034	0.0216	0.0153	0.0011	0.1775	0.0196	0.1775	0.0186	0.1769	0.0103	0.1769	0.0115
chr2R	16830623	16830860	chr2R:16830624-16830860	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0495	0.0324	0.0631	0.0538	0.0085	0.0583	0.0316	0.0333	0.0085	0.2059	0.0273	0.2059	0.0287	0.2159	0.0174	0.2159	0.024
chr2R	16831055	16831294	chr2R:16831056-16831294	FBgn0000044	Act57B	stage11,stage14,stage5	none	Act57B_-539/+2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0855	0.0679	0.1146	0.0732	0.0233	0.1131	0.067	0.0773	0.0233	0.3593	0.0608	0.3593	0.0465	0.2734	0.0239	0.2734	0.0459
chr2R	16831462	16831613	chr2R:16831463-16831613	FBgn0000044	Act57B	stage11,stage14	none	Act57B_-539/+2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0284	0.0116	0.0445	0.0295	0.0042	0.0233	0.0121	0.008	0.0042	0.1691	0.01	0.1691	0.0139	0.1217	0.009	0.1217	0.012
chr2R	16834104	16834255	chr2R:16834105-16834255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0171	0.0091	0.0189	0.0241	0.0032	0.0146	0.0091	0.0113	0.0032	0.0616	0.0061	0.0616	0.0108	0.1064	0.0077	0.1064	0.0042
chr2R	16835181	16835332	chr2R:16835182-16835332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0147	0.0213	0.0191	0.0042	0.0189	0.016	0.022	0.0042	0.0483	0.0129	0.0483	0.0132	0.0375	0.0019	0.0375	0.0104
chr2R	16835899	16836073	chr2R:16835900-16836073	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0353	0.0345	0.04	0.0312	0.0106	0.0432	0.0402	0.0493	0.0106	0.0326	0.0257	0.0326	0.0139	0.0115	0.0064	0.0115	0.0094
chr2R	16836632	16836817	chr2R:16836633-16836817	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0326	0.058	0.0278	0.0096	0.0329	0.0743	0.0714	0.0666	0.0329	0.0423	0.0244	0.0423	0.0132	0.0123	0.0071	0.0123	0.0016
chr2R	16839090	16839533	chr2R:16839091-16839533	distal	distal	stage5	stage5	VT20029.1	VT20029.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0618	0.1284	0.041	0.0102	0.0732	0.1204	0.125	0.2598	0.0732	0.0519	0.0479	0.0519	0.0132	0.0107	0.0084	0.0107	0.0073
chr2R	16839594	16839746	chr2R:16839595-16839746	distal	distal	stage5	stage5	VT20029.1	VT20029.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0266	0.0546	0.0178	0.0049	0.0308	0.0578	0.0554	0.1013	0.0308	0.0223	0.0183	0.0223	0.0046	0.0023	0.0045	0.0023	0.001
chr2R	16841374	16841585	chr2R:16841375-16841585	distal	distal	none	none	VT20030.1	VT20030.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0455	0.0376	0.011	0.017	0.0558	0.0467	0.0753	0.017	0.0362	0.0286	0.0362	0.0178	0.0061	0.0032	0.0061	0.0052
chr2R	16842419	16842570	chr2R:16842420-16842570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0293	0.027	0.0166	0.0191	0.0286	0.0381	0.0426	0.0191	0.032	0.035	0.032	0.0163	0.0352	0.0142	0.0352	0.0109
chr2R	16843048	16843249	chr2R:16843049-16843249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0183	0.0188	0.0153	0.0106	0.015	0.0298	0.0227	0.0106	0.0091	0.0116	0.0091	0.0039	0.0031	0.0045	0.0031	0.0047
chr2R	16843712	16843863	chr2R:16843713-16843863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0295	0.0259	0.0219	0.0085	0.0262	0.0415	0.0453	0.0085	0.026	0.0183	0.026	0.0155	0.013	0.0039	0.013	0.0042
chr2R	16845354	16845524	chr2R:16845355-16845524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0343	0.0363	0.0439	0.0216	0.0148	0.033	0.0528	0.0493	0.0148	0.0242	0.0354	0.0242	0.0147	0.0061	0.0071	0.0061	0.0063
chr2R	16845714	16845865	chr2R:16845715-16845865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.024	0.0244	0.0343	0.0121	0.0138	0.034	0.029	0.026	0.0138	0.0193	0.0318	0.0193	0.0108	0.0061	0.0045	0.0061	0.0047
chr2R	16846810	16846969	chr2R:16846811-16846969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0275	0.0536	0.0189	0.0077	0.0308	0.0612	0.0433	0.1033	0.0308	0.0242	0.0154	0.0242	0.0046	0.0038	0.0013	0.0038	0.0063
chr2R	16847133	16847284	chr2R:16847134-16847284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0196	0.0364	0.0142	0.0067	0.0201	0.0374	0.035	0.0693	0.0201	0.0163	0.0161	0.0163	0.0039	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr2R	16847938	16848089	chr2R:16847939-16848089	FBgn0008636	hbn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0291	0.0415	0.0355	0.0081	0.0233	0.0383	0.0571	0.062	0.0233	0.0519	0.0376	0.0519	0.0139	0.0061	0.0052	0.0061	0.0047
chr2R	16848515	16848749	chr2R:16848516-16848749	FBgn0008636	hbn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1904	0.2739	0.1958	0.0912	0.2545	0.265	0.3304	0.3571	0.2545	0.2059	0.2132	0.2059	0.0751	0.0352	0.0625	0.0352	0.0287
chr2R	16848889	16849071	chr2R:16848890-16849071	FBgn0008636	hbn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0985	0.167	0.0968	0.024	0.1251	0.1252	0.2409	0.2385	0.1251	0.0417	0.155	0.0417	0.031	0.0092	0.0226	0.0092	0.0104
chr2R	16849701	16849992	chr2R:16849702-16849992	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_14	Unspecified_HC_14	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0329	0.0725	0.0173	0.0057	0.0827	0.033	0.1328	0.0733	0.0827	0.0229	0.0167	0.0229	0.0085	0.0023	0.0013	0.0023	0.0026
chr2R	16850893	16851044	chr2R:16850894-16851044	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0113	0.0114	0.035	0.0011	0.0092	0.0221	0.0113	0.0011	0.006	0.0084	0.006	0.007	0.0061	0.0071	0.0061	0.0083
chr2R	16851286	16851437	chr2R:16851287-16851437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0189	0.0114	0.0134	0.0095	0.015	0.0272	0.03	0.0095	0.0091	0.0129	0.0091	0.0085	0.0054	0.0045	0.0054	0.0042
chr2R	16857782	16857933	chr2R:16857783-16857933	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0154	0.0284	0.0117	0.005	0.0148	0.0296	0.0294	0.0493	0.0148	0.0205	0.0074	0.0205	0.0023	0.0023	0.0032	0.0023	0.0031
chr2R	16860049	16860261	chr2R:16860050-16860261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0461	0.0369	0.0246	0.0286	0.0422	0.0636	0.06	0.0286	0.0423	0.0415	0.0423	0.0387	0.0306	0.0213	0.0306	0.0386
chr2R	16863421	16863572	chr2R:16863422-16863572	FBgn0083951	CG34115	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0121	0.0133	0.0114	0.0116	0.0032	0.0117	0.0208	0.0193	0.0032	0.006	0.0167	0.006	0.0132	0.0084	0.0271	0.0084	0.0089
chr2R	16864185	16864350	chr2R:16864186-16864350	FBgn0034564	CG9344	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0424	0.0574	0.0375	0.0276	0.0442	0.0536	0.0586	0.0276	0.0737	0.0646	0.0737	0.0449	0.0413	0.0361	0.0413	0.0469
chr2R	16864445	16864617	chr2R:16864446-16864617	FBgn0034564	CG9344	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.0966	0.1468	0.0996	0.0668	0.1136	0.1086	0.1319	0.0668	0.1854	0.1614	0.1854	0.1301	0.0972	0.1032	0.0972	0.123
chr2R	16864698	16864893	chr2R:16864699-16864893	FBgn0034564	CG9344	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.0561	0.0831	0.0529	0.0297	0.0689	0.0675	0.0713	0.0297	0.1093	0.083	0.1093	0.0751	0.0582	0.058	0.0582	0.0625
chr2R	16873921	16874072	chr2R:16873922-16874072	FBgn0034567	CG15651	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0071	0.0075	0.0169	0.0021	0.0039	0.0125	0.0093	0.0021	0.0054	0.0087	0.0054	0.0046	0.0015	0.0045	0.0015	0.0036
chr2R	16879262	16879430	chr2R:16879263-16879430	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0386	0.0766	0.0239	0.0124	0.0848	0.0583	0.1129	0.0866	0.0848	0.0229	0.0264	0.0229	0.0163	0.0023	0.009	0.0023	0.0089
chr2R	16882312	16882480	chr2R:16882313-16882480	FBgn0034569,FBgn0261394	Pros29,dgt3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.15	0.1358	0.1871	0.1251	0.0901	0.1587	0.1574	0.1819	0.0901	0.2277	0.2087	0.2277	0.1673	0.1378	0.1302	0.1378	0.1449
chr2R	16882573	16882724	chr2R:16882574-16882724	FBgn0261394	Pros29	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0705	0.0637	0.0933	0.0531	0.0255	0.0728	0.0817	0.0846	0.0255	0.1147	0.101	0.1147	0.0852	0.0605	0.0561	0.0605	0.0625
chr2R	16883347	16883514	chr2R:16883348-16883514	FBgn0034570	CG10543	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0919	0.1009	0.109	0.0629	0.071	0.1092	0.128	0.1286	0.071	0.1329	0.1145	0.1329	0.1061	0.059	0.0658	0.059	0.073
chr2R	16883606	16883782	chr2R:16883607-16883782	FBgn0034570	CG10543	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.168	0.1534	0.2047	0.144	0.0933	0.1854	0.1704	0.2119	0.0933	0.2609	0.2164	0.2609	0.2029	0.1531	0.1431	0.1531	0.1704
chr2R	16883871	16884087	chr2R:16883872-16884087	FBgn0034570	CG10543	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1328	0.1092	0.1725	0.1156	0.0551	0.1485	0.1103	0.1479	0.0551	0.2083	0.1907	0.2083	0.1782	0.1279	0.1238	0.1279	0.1355
chr2R	16884170	16884369	chr2R:16884171-16884369	FBgn0034570	CG10543	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2133	0.169	0.2722	0.1982	0.0954	0.2408	0.1648	0.2239	0.0954	0.3255	0.3048	0.3255	0.2928	0.2228	0.2218	0.2228	0.235
chr2R	16884498	16884674	chr2R:16884499-16884674	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2393	0.2046	0.2896	0.2229	0.1421	0.2646	0.2102	0.2645	0.1421	0.3653	0.3068	0.3653	0.2858	0.2243	0.2411	0.2243	0.2632
chr2R	16884854	16885352	chr2R:16884855-16885352	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1914	0.0887	0.207	0.289	0.0424	0.1286	0.0891	0.1139	0.0424	0.244	0.2132	0.244	0.2943	0.3675	0.2876	0.3675	0.3721
chr2R	16885600	16885778	chr2R:16885601-16885778	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_1195	Unspecified_1195	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1348	0.047	0.1523	0.2136	0.018	0.085	0.0415	0.0473	0.018	0.151	0.1605	0.151	0.2672	0.2825	0.2057	0.2825	0.2913
chr2R	16886199	16886360	chr2R:16886200-16886360	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0797	0.0604	0.0662	0.1159	0.0286	0.0772	0.0714	0.074	0.0286	0.0839	0.0559	0.0839	0.1115	0.2106	0.0787	0.2106	0.1647
chr2R	16886577	16886728	chr2R:16886578-16886728	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0542	0.0406	0.0492	0.0749	0.0159	0.0529	0.0428	0.0546	0.0159	0.0954	0.0363	0.0954	0.0596	0.1662	0.038	0.1662	0.1115
chr2R	16886733	16887009	chr2R:16886734-16887009	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0639	0.0417	0.0558	0.0975	0.017	0.0549	0.0541	0.0433	0.017	0.0743	0.0476	0.0743	0.0937	0.1554	0.0419	0.1554	0.1839
chr2R	16887647	16887798	chr2R:16887648-16887798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0388	0.0237	0.0303	0.0649	0.0127	0.0218	0.035	0.0293	0.0127	0.0284	0.0238	0.0284	0.0612	0.072	0.0213	0.072	0.1079
chr2R	16894483	16894634	chr2R:16894484-16894634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.0208	0.0247	0.0256	0.0021	0.0214	0.0342	0.0253	0.0021	0.0314	0.0251	0.0314	0.0318	0.0176	0.0123	0.0176	0.062
chr2R	16896675	16896912	chr2R:16896676-16896912	FBgn0050291	CG30291	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0517	0.0801	0.0402	0.0212	0.0612	0.0619	0.072	0.0212	0.0954	0.0926	0.0954	0.0674	0.0391	0.0471	0.0391	0.0505
chr2R	16896997	16897168	chr2R:16896998-16897168	FBgn0050291	CG30291	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0967	0.0886	0.1226	0.0773	0.0435	0.116	0.0917	0.1272	0.0435	0.1522	0.1363	0.1522	0.1123	0.0781	0.0812	0.0781	0.1016
chr2R	16897252	16897744	chr2R:16897253-16897744	FBgn0050291	CG30291	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0807	0.0815	0.0997	0.0589	0.0392	0.1039	0.0952	0.1079	0.0392	0.1268	0.1122	0.1268	0.0798	0.0605	0.0567	0.0605	0.0792
chr2R	16899360	16899531	chr2R:16899361-16899531	FBgn0001133,FBgn0034572	CG9346,grau	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.118	0.0902	0.1505	0.1134	0.0435	0.1286	0.0917	0.1199	0.0435	0.1872	0.1608	0.1872	0.1572	0.1172	0.1148	0.1172	0.1506
chr2R	16904608	16904779	chr2R:16904609-16904779	FBgn0034573	CG3295	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0385	0.0591	0.0428	0.0233	0.0447	0.042	0.058	0.0233	0.0658	0.0672	0.0658	0.0612	0.0436	0.0413	0.0436	0.0526
chr2R	16904850	16905044	chr2R:16904851-16905044	FBgn0034573,FBgn0050296	CG3295,RIC-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0901	0.1201	0.1051	0.0562	0.1146	0.0926	0.1252	0.0562	0.1486	0.137	0.1486	0.117	0.1018	0.1128	0.1018	0.1261
chr2R	16905180	16905358	chr2R:16905181-16905358	FBgn0034573,FBgn0050296	CG3295,RIC-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1122	0.0955	0.1288	0.1128	0.07	0.1223	0.1016	0.1179	0.07	0.1661	0.1444	0.1661	0.1092	0.111	0.1025	0.111	0.1329
chr2R	16905647	16905840	chr2R:16905648-16905840	FBgn0050296	RIC-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0304	0.0262	0.0319	0.0334	0.017	0.0291	0.0376	0.0273	0.017	0.035	0.0338	0.035	0.0302	0.0352	0.0219	0.0352	0.0245
chr2R	16912139	16912290	chr2R:16912140-16912290	FBgn0034576	CG9350	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0277	0.0332	0.0287	0.017	0.0277	0.0402	0.0306	0.017	0.0338	0.0389	0.0338	0.0341	0.0299	0.0284	0.0299	0.0349
chr2R	16912481	16912680	chr2R:16912482-16912680	FBgn0034576	CG9350	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.109	0.0995	0.1256	0.1015	0.0689	0.1097	0.1228	0.1239	0.0689	0.163	0.1344	0.163	0.1363	0.1187	0.1122	0.1187	0.1183
chr2R	16912750	16912925	chr2R:16912751-16912925	FBgn0034576	CG9350	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0541	0.0727	0.0514	0.0265	0.0636	0.0718	0.066	0.0265	0.0864	0.083	0.0864	0.0705	0.0582	0.0632	0.0582	0.0584
chr2R	16915329	16915592	chr2R:16915330-16915592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0348	0.0236	0.0468	0.0341	0.0095	0.0257	0.0346	0.0253	0.0095	0.067	0.0559	0.067	0.038	0.0368	0.0361	0.0368	0.0505
chr2R	16915673	16915824	chr2R:16915674-16915824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0273	0.0174	0.0324	0.0327	0.0074	0.0257	0.0203	0.016	0.0074	0.0495	0.0379	0.0495	0.0217	0.0345	0.0355	0.0345	0.0537
chr2R	16916098	16916385	chr2R:16916099-16916385	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0652	0.0324	0.0877	0.0771	0.0127	0.0427	0.0484	0.024	0.0127	0.157	0.091	0.157	0.0612	0.072	0.1109	0.072	0.1193
chr2R	16917480	16917661	chr2R:16917481-16917661	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0312	0.0161	0.0306	0.0489	0.0021	0.0189	0.0251	0.018	0.0021	0.0344	0.0338	0.0344	0.0403	0.0536	0.069	0.0536	0.0771
chr2R	16917680	16917831	chr2R:16917681-16917831	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.011	0.0227	0.0358	0.0042	0.0141	0.0182	0.008	0.0042	0.0254	0.0232	0.0254	0.0302	0.0306	0.0471	0.0306	0.0662
chr2R	16918149	16918300	chr2R:16918150-16918300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0154	0.009	0.0137	0.0244	0.0053	0.0092	0.016	0.0053	0.0053	0.0151	0.0125	0.0151	0.0209	0.0237	0.0187	0.0237	0.05
chr2R	16919491	16919781	chr2R:16919492-16919781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0382	0.0267	0.0485	0.0398	0.0064	0.034	0.0385	0.0286	0.0064	0.0465	0.0469	0.0465	0.0279	0.0513	0.02	0.0513	0.0401
chr2R	16920355	16920729	chr2R:16920356-16920729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0425	0.0322	0.0534	0.0421	0.0159	0.0427	0.042	0.0333	0.0159	0.0531	0.0473	0.0531	0.0589	0.0145	0.02	0.0145	0.0234
chr2R	16921345	16921496	chr2R:16921346-16921496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0232	0.0282	0.0244	0.0163	0.0138	0.0379	0.0311	0.036	0.0138	0.0284	0.0264	0.0284	0.0287	0.013	0.0116	0.013	0.0177
chr2R	16922138	16922478	chr2R:16922139-16922478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0488	0.0687	0.0409	0.0352	0.0668	0.0544	0.1254	0.046	0.0668	0.0556	0.035	0.0556	0.0488	0.0337	0.0258	0.0337	0.0391
chr2R	16924346	16924732	chr2R:16924347-16924732	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0634	0.053	0.0834	0.0532	0.0223	0.0728	0.067	0.058	0.0223	0.1039	0.099	0.1039	0.0519	0.0597	0.118	0.0597	0.0391
chr2R	16925364	16925515	chr2R:16925365-16925515	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0177	0.0127	0.0189	0.022	0.0064	0.0131	0.0199	0.014	0.0064	0.0169	0.0235	0.0169	0.0101	0.036	0.0258	0.036	0.0167
chr2R	16925564	16925715	chr2R:16925565-16925715	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0217	0.0133	0.0274	0.0248	0.0032	0.0117	0.0238	0.0153	0.0032	0.0254	0.0315	0.0254	0.0209	0.0475	0.0277	0.0475	0.0167
chr2R	16925927	16926236	chr2R:16925928-16926236	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0317	0.073	0.0436	0.0138	0.0369	0.0424	0.04	0.0138	0.0586	0.0939	0.0586	0.038	0.059	0.0716	0.059	0.0401
chr2R	16926495	16926787	chr2R:16926496-16926787	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0545	0.0557	0.0756	0.0299	0.0233	0.0515	0.0826	0.0753	0.0233	0.0374	0.0592	0.0374	0.0387	0.0184	0.0181	0.0184	0.0334
chr2R	16926992	16927143	chr2R:16926993-16927143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0251	0.0226	0.0365	0.0155	0.0159	0.0209	0.0303	0.0313	0.0159	0.0193	0.0312	0.0193	0.0232	0.013	0.011	0.013	0.0229
chr2R	16927937	16928174	chr2R:16927938-16928174	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0492	0.0466	0.0567	0.0439	0.0212	0.0534	0.0619	0.06	0.0212	0.0471	0.0399	0.0471	0.1356	0.0184	0.0316	0.0184	0.1115
chr2R	16928226	16928377	chr2R:16928227-16928377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0429	0.0327	0.0184	0.0255	0.0461	0.058	0.0546	0.0255	0.0308	0.0277	0.0308	0.0658	0.0107	0.0168	0.0107	0.0417
chr2R	16928980	16929181	chr2R:16928981-16929181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0416	0.0395	0.0135	0.0414	0.0306	0.0649	0.046	0.0414	0.0423	0.0431	0.0423	0.0449	0.0115	0.0135	0.0115	0.0193
chr2R	16929204	16929453	chr2R:16929205-16929453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.049	0.0638	0.0584	0.0223	0.0742	0.0558	0.0995	0.0533	0.0742	0.0882	0.0569	0.0882	0.0558	0.0176	0.0284	0.0176	0.0307
chr2R	16932614	16932879	chr2R:16932615-16932879	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0829	0.0552	0.132	0.06	0.0148	0.0714	0.0679	0.072	0.0148	0.1425	0.1212	0.1425	0.1774	0.0253	0.0509	0.0253	0.0855
chr2R	16932978	16933132	chr2R:16932979-16933132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0544	0.0391	0.0808	0.0425	0.0138	0.0403	0.0528	0.0573	0.0138	0.09	0.0666	0.09	0.0643	0.0161	0.0284	0.0161	0.038
chr2R	16934515	16934742	chr2R:16934516-16934742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0692	0.0766	0.1004	0.0267	0.0414	0.0898	0.1073	0.0833	0.0414	0.1661	0.1164	0.1661	0.0573	0.0199	0.049	0.0199	0.0297
chr2R	16934966	16935171	chr2R:16934967-16935171	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1201	0.1226	0.1652	0.0677	0.0827	0.132	0.1501	0.1652	0.0827	0.1818	0.2479	0.1818	0.1162	0.0658	0.1502	0.0658	0.0625
chr2R	16935298	16935850	chr2R:16935299-16935850	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.3131	0.4338	0.352	0.1356	0.4698	0.3252	0.577	0.5856	0.4698	0.2246	0.5797	0.2246	0.3207	0.0368	0.3836	0.0368	0.1152
chr2R	16936448	16936622	chr2R:16936449-16936622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0771	0.1165	0.0751	0.0354	0.0933	0.0883	0.1687	0.1546	0.0933	0.0574	0.1151	0.0574	0.0682	0.0222	0.0406	0.0222	0.0651
chr2R	16936784	16936968	chr2R:16936785-16936968	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0875	0.1193	0.0794	0.0609	0.0965	0.0883	0.1886	0.1412	0.0965	0.064	0.0942	0.064	0.1387	0.0245	0.049	0.0245	0.1527
chr2R	16937328	16937479	chr2R:16937329-16937479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0331	0.0449	0.0287	0.0248	0.0414	0.0291	0.0753	0.0493	0.0414	0.0229	0.0392	0.0229	0.0302	0.0107	0.0245	0.0107	0.0558
chr2R	16944163	16944525	chr2R:16944164-16944525	FBgn0003391	shg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2498	0.2901	0.285	0.1661	0.2831	0.2476	0.3763	0.3851	0.2831	0.2144	0.4045	0.2144	0.2448	0.1225	0.3121	0.1225	0.1558
chr2R	16944612	16944813	chr2R:16944613-16944813	FBgn0003391,FBgn0034577	cpa,shg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2334	0.2289	0.2702	0.1979	0.1866	0.2403	0.2755	0.2971	0.1866	0.2941	0.3225	0.2941	0.244	0.196	0.2469	0.196	0.2329
chr2R	16945162	16945358	chr2R:16945163-16945358	FBgn0003391,FBgn0034577	cpa,shg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.16	0.1468	0.1832	0.1491	0.1007	0.1529	0.1817	0.1932	0.1007	0.2222	0.1997	0.2222	0.1929	0.134	0.1825	0.134	0.1839
chr2R	16947963	16948141	chr2R:16947964-16948141	FBgn0034578,FBgn0034579	CG15653,mRpL54	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0987	0.0897	0.119	0.0863	0.0594	0.1087	0.0965	0.1259	0.0594	0.1383	0.1283	0.1383	0.1418	0.0904	0.089	0.0904	0.1178
chr2R	16948190	16948384	chr2R:16948191-16948384	FBgn0034578,FBgn0034579	CG15653,mRpL54	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0903	0.0793	0.1084	0.0829	0.0541	0.0966	0.0843	0.1133	0.0541	0.1274	0.118	0.1274	0.1286	0.0842	0.0806	0.0842	0.1172
chr2R	16960261	16960427	chr2R:16960262-16960427	FBgn0034583	CG10527	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0231	0.011	0.0162	0.0441	0.0032	0.015	0.0156	0.0107	0.0032	0.0103	0.0183	0.0103	0.0294	0.0329	0.069	0.0329	0.0641
chr2R	16961099	16961292	chr2R:16961100-16961292	FBgn0003748	Treh	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0217	0.0274	0.0453	0.0074	0.0228	0.0355	0.0233	0.0074	0.026	0.0325	0.026	0.0372	0.0383	0.0625	0.0383	0.0547
chr2R	16961329	16961646	chr2R:16961330-16961646	FBgn0003748	Treh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0662	0.0479	0.073	0.0794	0.0191	0.0568	0.0627	0.0626	0.0191	0.0767	0.0778	0.0767	0.1146	0.0743	0.0916	0.0743	0.1136
chr2R	16962724	16962917	chr2R:16962725-16962917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0353	0.0157	0.0341	0.0583	0.0021	0.018	0.0234	0.018	0.0021	0.0193	0.0486	0.0193	0.0511	0.0452	0.1354	0.0452	0.0563
chr2R	16962977	16963147	chr2R:16962978-16963147	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0279	0.0155	0.0261	0.0437	0.0064	0.018	0.0225	0.014	0.0064	0.0133	0.0363	0.0133	0.0418	0.0237	0.0961	0.0237	0.0532
chr2R	16963443	16963678	chr2R:16963444-16963678	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0484	0.0211	0.0429	0.0849	0.0085	0.0267	0.0255	0.024	0.0085	0.0272	0.0447	0.0272	0.0782	0.0934	0.1335	0.0934	0.112
chr2R	16965906	16966124	chr2R:16965907-16966124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0644	0.0396	0.0727	0.0829	0.0095	0.051	0.0471	0.054	0.0095	0.0894	0.0682	0.0894	0.1247	0.0911	0.0974	0.0911	0.1485
chr2R	16970126	16970277	chr2R:16970127-16970277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.016	0.0158	0.0201	0.0117	0.0064	0.0214	0.0234	0.0133	0.0064	0.0139	0.0193	0.0139	0.0511	0.0161	0.0097	0.0161	0.0188
chr2R	16971622	16971832	chr2R:16971623-16971832	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0216	0.0127	0.0192	0.0341	0.0064	0.0141	0.0203	0.0107	0.0064	0.026	0.0164	0.026	0.0364	0.1003	0.0193	0.1003	0.0386
chr2R	16972272	16972423	chr2R:16972273-16972423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0128	0.0117	0.0132	0.0136	0	0.0102	0.0216	0.014	0	0.0163	0.0158	0.0163	0.0108	0.0352	0.0135	0.0352	0.0083
chr2R	16978187	16978341	chr2R:16978188-16978341	FBgn0034585	CG4030	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0386	0.0297	0.0524	0.0336	0.0085	0.0408	0.0337	0.0413	0.0085	0.0634	0.0566	0.0634	0.0658	0.0436	0.0219	0.0436	0.0443
chr2R	16978418	16978601	chr2R:16978419-16978601	FBgn0034585	CG4030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0798	0.0724	0.0948	0.0716	0.0361	0.0942	0.0861	0.0913	0.0361	0.1057	0.1064	0.1057	0.1053	0.0972	0.0658	0.0972	0.0813
chr2R	16981443	16981594	chr2R:16981444-16981594	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0227	0.0214	0.0223	0.0244	0.0095	0.0257	0.032	0.0207	0.0095	0.026	0.026	0.026	0.0302	0.0727	0.0219	0.0727	0.0141
chr2R	16984747	16984926	chr2R:16984748-16984926	FBgn0011824	CG4038	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1062	0.0962	0.1261	0.0955	0.0604	0.1194	0.1112	0.1206	0.0604	0.157	0.1441	0.157	0.1371	0.1141	0.0909	0.1141	0.1235
chr2R	16985013	16985195	chr2R:16985014-16985195	FBgn0011824	CG4038	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0522	0.0538	0.0577	0.0443	0.0286	0.0592	0.0675	0.0746	0.0286	0.0767	0.0666	0.0767	0.0465	0.0613	0.0413	0.0613	0.0568
chr2R	16985202	16985353	chr2R:16985203-16985353	FBgn0011824	CG4038	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.033	0.0356	0.0332	0.0297	0.018	0.0417	0.0428	0.0453	0.018	0.0447	0.0299	0.0447	0.0364	0.0597	0.0193	0.0597	0.0307
chr2R	16989233	16989471	chr2R:16989234-16989471	FBgn0015721	king-tubby	stage11,stage14,stage5	none	VT20119.1,VT20120.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2049	0.2463	0.2549	0.1037	0.1983	0.2985	0.2574	0.3225	0.1983	0.3738	0.2563	0.3738	0.1201	0.1217	0.0651	0.1217	0.0443
chr2R	16989654	16989839	chr2R:16989655-16989839	FBgn0015721	king-tubby	stage11,stage5	none	VT20120.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.099	0.124	0.1275	0.0398	0.0689	0.1495	0.1354	0.1832	0.0689	0.1932	0.1151	0.1932	0.0643	0.049	0.0219	0.049	0.0162
chr2R	17003661	17003812	chr2R:17003662-17003812	distal	distal	none	none	VT20128.1,VT20129.1	VT20128.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0128	0.0129	0.0124	0.0021	0.017	0.0177	0.0153	0.0021	0.0097	0.0125	0.0097	0.0124	0.0061	0.0071	0.0061	0.0068
chr2R	17015340	17015866	chr2R:17015341-17015866	FBgn0002736,FBgn0020312	CG4050,mago	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1393	0.1266	0.1552	0.1359	0.0732	0.1485	0.1423	0.1805	0.0732	0.183	0.1611	0.183	0.1425	0.0842	0.0916	0.0842	0.1047
chr2R	17015945	17016153	chr2R:17015946-17016153	FBgn0002736,FBgn0020312	CG4050,mago	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.137	0.1382	0.16	0.1103	0.1145	0.1515	0.167	0.1739	0.1145	0.1908	0.1736	0.1908	0.1572	0.0926	0.1025	0.0926	0.1344
chr2R	17016244	17016815	chr2R:17016245-17016815	FBgn0002736,FBgn0020312	CG4050,mago	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1287	0.1584	0.1438	0.0791	0.122	0.1529	0.2193	0.1825	0.122	0.1787	0.1627	0.1787	0.1317	0.0865	0.0896	0.0865	0.0933
chr2R	17016860	17017042	chr2R:17016861-17017042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0627	0.049	0.0206	0.0456	0.0549	0.0943	0.0693	0.0456	0.0543	0.0595	0.0543	0.0403	0.0207	0.0264	0.0207	0.0229
chr2R	17017176	17017422	chr2R:17017177-17017422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0469	0.0692	0.0497	0.0189	0.0435	0.0699	0.0952	0.0826	0.0435	0.0465	0.0685	0.0465	0.0442	0.0184	0.0219	0.0184	0.0224
chr2R	17021833	17022136	chr2R:17021834-17022136	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0512	0.0499	0.0664	0.0359	0.0255	0.0796	0.0515	0.0486	0.0255	0.0405	0.0588	0.0405	0.1665	0.0597	0.0245	0.0597	0.0469
chr2R	17022403	17022802	chr2R:17022404-17022802	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0357	0.0425	0.0374	0.026	0.017	0.0524	0.0519	0.0553	0.017	0.0302	0.0453	0.0302	0.0635	0.0482	0.0361	0.0482	0.024
chr2R	17027866	17028308	chr2R:17027867-17028308	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1169	0.0744	0.197	0.0766	0.0191	0.1029	0.0692	0.1266	0.0191	0.1467	0.3064	0.1467	0.1642	0.0781	0.1638	0.0781	0.0604
chr2R	17029379	17029576	chr2R:17029380-17029576	FBgn0034590,FBgn0034592	CG9406,Magi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1893	0.1762	0.2374	0.151	0.1612	0.1932	0.2059	0.2272	0.1612	0.285	0.2916	0.285	0.2115	0.1623	0.1986	0.1623	0.1725
chr2R	17029696	17029856	chr2R:17029697-17029856	FBgn0034590,FBgn0034592	CG9406,Magi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.179	0.1699	0.2154	0.1494	0.14	0.1985	0.1907	0.2265	0.14	0.2615	0.2508	0.2615	0.196	0.1554	0.1689	0.1554	0.1793
chr2R	17029953	17030129	chr2R:17029954-17030129	FBgn0034590,FBgn0034592	CG9406,Magi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0667	0.0911	0.0547	0.035	0.0801	0.0757	0.0919	0.035	0.1165	0.1003	0.1165	0.086	0.0482	0.06	0.0482	0.0662
chr2R	17030728	17030900	chr2R:17030729-17030900	FBgn0021872	Xbp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1205	0.0982	0.1482	0.115	0.0594	0.1155	0.1185	0.1312	0.0594	0.1685	0.1762	0.1685	0.1402	0.1172	0.1161	0.1172	0.1417
chr2R	17030992	17031189	chr2R:17030993-17031189	FBgn0021872	Xbp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1474	0.1088	0.1831	0.1514	0.0541	0.1461	0.1237	0.1359	0.0541	0.1884	0.2225	0.1884	0.1844	0.1202	0.1625	0.1202	0.1912
chr2R	17031332	17031483	chr2R:17031333-17031483	FBgn0021872	Xbp1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0513	0.0348	0.0621	0.0581	0.0127	0.0476	0.0398	0.0413	0.0127	0.0489	0.0878	0.0489	0.0589	0.0345	0.0677	0.0345	0.0787
chr2R	17033105	17033378	chr2R:17033106-17033378	FBgn0026582	CG9418	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0553	0.0368	0.0664	0.0638	0.017	0.0437	0.0407	0.0566	0.017	0.0459	0.0823	0.0459	0.1015	0.0398	0.0716	0.0398	0.1068
chr2R	17033607	17033783	chr2R:17033608-17033783	FBgn0026582	CG9418	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0785	0.0588	0.0949	0.0826	0.0371	0.0772	0.0588	0.0786	0.0371	0.0888	0.1177	0.0888	0.1046	0.0858	0.078	0.0858	0.1146
chr2R	17035525	17035676	chr2R:17035526-17035676	FBgn0034595	CG15657	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0259	0.026	0.0269	0.0246	0.0201	0.0272	0.0368	0.0293	0.0201	0.0405	0.0296	0.0405	0.0256	0.0544	0.0181	0.0544	0.0208
chr2R	17036061	17036212	chr2R:17036062-17036212	FBgn0034595	CG15657	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.024	0.0227	0.0235	0.0262	0.0138	0.0257	0.0316	0.026	0.0138	0.0326	0.0264	0.0326	0.0225	0.0689	0.0187	0.0689	0.0198
chr2R	17036248	17036399	chr2R:17036249-17036399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0245	0.0246	0.0226	0.0265	0.0106	0.0291	0.0359	0.0253	0.0106	0.0314	0.0277	0.0314	0.0209	0.0666	0.0187	0.0666	0.024
chr2R	17036978	17037129	chr2R:17036979-17037129	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0174	0.0163	0.0207	0.015	0.0032	0.0117	0.0272	0.022	0.0032	0.032	0.0212	0.032	0.0132	0.0368	0.0084	0.0368	0.0135
chr2R	17044687	17044838	chr2R:17044688-17044838	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0305	0.0294	0.0341	0.0279	0.0106	0.0451	0.0311	0.0366	0.0106	0.0809	0.0199	0.0809	0.0217	0.0896	0.0168	0.0896	0.0078
chr2R	17045937	17046170	chr2R:17045938-17046170	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0443	0.0309	0.0525	0.0501	0.0085	0.0466	0.0376	0.0333	0.0085	0.1286	0.035	0.1286	0.0186	0.0467	0.0071	0.0467	0.0224
chr2R	17046819	17046970	chr2R:17046820-17046970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0578	0.0573	0.0698	0.0451	0.0297	0.068	0.0731	0.0686	0.0297	0.0978	0.0849	0.0978	0.0496	0.0873	0.0432	0.0873	0.0354
chr2R	17047211	17047362	chr2R:17047212-17047362	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0579	0.0474	0.0744	0.0515	0.0244	0.0519	0.0536	0.0733	0.0244	0.0622	0.0994	0.0622	0.0596	0.0544	0.0554	0.0544	0.0318
chr2R	17047418	17047668	chr2R:17047419-17047668	FBgn0050389	CG30389	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1367	0.1958	0.121	0.0859	0.1602	0.1423	0.2125	0.0859	0.189	0.2505	0.189	0.1557	0.1424	0.1418	0.1424	0.0829
chr2R	17047769	17047958	chr2R:17047770-17047958	FBgn0050389	CG30389	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1681	0.1499	0.21	0.1425	0.1092	0.1806	0.1661	0.1999	0.1092	0.2343	0.2441	0.2343	0.196	0.1685	0.1651	0.1685	0.149
chr2R	17048020	17048212	chr2R:17048021-17048212	FBgn0050206,FBgn0050389	CG30389,tRNA:CR30206	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1894	0.1821	0.2185	0.1657	0.1453	0.2087	0.2085	0.2312	0.1453	0.2784	0.2277	0.2784	0.22	0.1968	0.1741	0.1968	0.1991
chr2R	17048550	17048753	chr2R:17048551-17048753	FBgn0011871,FBgn0050206,FBgn0050208	tRNA:CR30206,tRNA:CR30208,tRNA:G3:57BCa	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1924	0.2316	0.2131	0.126	0.2153	0.2505	0.2708	0.2885	0.2153	0.2687	0.2267	0.2687	0.2355	0.1646	0.1438	0.1646	0.1834
chr2R	17048865	17049092	chr2R:17048866-17049092	FBgn0011871,FBgn0050206,FBgn0050208	tRNA:CR30206,tRNA:CR30208,tRNA:G3:57BCa	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2338	0.2713	0.2628	0.16	0.2609	0.2961	0.3119	0.3251	0.2609	0.3364	0.2826	0.3364	0.2804	0.2213	0.176	0.2213	0.2454
chr2R	17055723	17055950	chr2R:17055724-17055950	FBgn0034598	CG4266	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1247	0.1338	0.1355	0.1026	0.0933	0.1359	0.1799	0.1599	0.0933	0.1836	0.137	0.1836	0.1317	0.1087	0.0941	0.1087	0.1256
chr2R	17056096	17056271	chr2R:17056097-17056271	FBgn0034598,FBgn0034599	CG4266,CG9437	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1817	0.1547	0.2141	0.1763	0.1018	0.1908	0.1808	0.1885	0.1018	0.2729	0.2312	0.2729	0.1975	0.1822	0.1683	0.1822	0.2058
chr2R	17056374	17056540	chr2R:17056375-17056540	FBgn0034598,FBgn0034599	CG4266,CG9437	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1364	0.1154	0.1637	0.1299	0.0838	0.1379	0.1371	0.1412	0.0838	0.1932	0.1801	0.1932	0.1681	0.1424	0.1231	0.1424	0.1537
chr2R	17057848	17058040	chr2R:17057849-17058040	FBgn0261067,FBgn0261850	LSm1,Xpd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0879	0.0892	0.1029	0.07	0.0615	0.0942	0.1116	0.1259	0.0615	0.1335	0.1148	0.1335	0.0922	0.0651	0.078	0.0651	0.0844
chr2R	17058111	17058284	chr2R:17058112-17058284	FBgn0261067,FBgn0261850	LSm1,Xpd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1295	0.1536	0.1132	0.1018	0.1524	0.1497	0.1639	0.1018	0.1926	0.1727	0.1926	0.1363	0.1279	0.1122	0.1279	0.1318
chr2R	17058409	17058601	chr2R:17058410-17058601	FBgn0261067,FBgn0261850	LSm1,Xpd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1196	0.1164	0.1406	0.1001	0.0764	0.1282	0.1423	0.1552	0.0764	0.1667	0.1543	0.1667	0.134	0.1095	0.0928	0.1095	0.1136
chr2R	17062624	17062785	chr2R:17062625-17062785	FBgn0003162	Pu	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0138	0.014	0.0285	0.0053	0.0146	0.0238	0.0107	0.0053	0.0085	0.0145	0.0085	0.024	0.0077	0.02	0.0077	0.0568
chr2R	17066436	17066620	chr2R:17066437-17066620	FBgn0034601	CG4286	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0435	0.0229	0.0343	0.0767	0.0085	0.0291	0.029	0.0293	0.0085	0.0326	0.036	0.0326	0.0542	0.0291	0.06	0.0291	0.1402
chr2R	17068476	17068627	chr2R:17068477-17068627	FBgn0053539	tRNA:CR33539	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.043	0.031	0.0415	0.0579	0.0223	0.032	0.0398	0.0386	0.0223	0.0356	0.0424	0.0356	0.0604	0.0375	0.0464	0.0375	0.0683
chr2R	17068664	17068893	chr2R:17068665-17068893	FBgn0053539	tRNA:CR33539	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1286	0.1365	0.1289	0.1193	0.1156	0.1476	0.1631	0.1746	0.1156	0.1546	0.1399	0.1546	0.1433	0.1141	0.1154	0.1141	0.1626
chr2R	17069889	17070040	chr2R:17069890-17070040	FBgn0011872,FBgn0050209	tRNA:CR30209,tRNA:G3:57BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0507	0.0484	0.0375	0.0382	0.0524	0.0653	0.062	0.0382	0.0628	0.0588	0.0628	0.0473	0.0467	0.0342	0.0467	0.0516
chr2R	17070226	17070397	chr2R:17070227-17070397	FBgn0011872,FBgn0050209	tRNA:CR30209,tRNA:G3:57BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2029	0.204	0.2242	0.1782	0.1803	0.2126	0.2401	0.2645	0.1803	0.2784	0.2508	0.2784	0.227	0.1975	0.1902	0.1975	0.2298
chr2R	17070704	17070874	chr2R:17070705-17070874	FBgn0003891,FBgn0011872,FBgn0050209	tRNA:CR30209,tRNA:G3:57BCb,tud	stage11,stage14,stage5	none	tud_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1316	0.1063	0.1614	0.1273	0.0838	0.1165	0.1185	0.1539	0.0838	0.1848	0.181	0.1848	0.1735	0.1394	0.1341	0.1394	0.16
chr2R	17071025	17071269	chr2R:17071026-17071269	FBgn0003891	tud	stage11,stage14,stage5	none	tud_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0789	0.0637	0.0977	0.0753	0.0414	0.0728	0.077	0.0859	0.0414	0.1105	0.109	0.1105	0.1038	0.0758	0.087	0.0758	0.0933
chr2R	17080428	17080660	chr2R:17080429-17080660	FBgn0034602	Lapsyn	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0705	0.1372	0.0391	0.0305	0.122	0.0655	0.2677	0.1226	0.122	0.0386	0.0405	0.0386	0.0775	0.0375	0.0206	0.0375	0.0584
chr2R	17080914	17081103	chr2R:17080915-17081103	FBgn0034602	Lapsyn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1232	0.1325	0.1223	0.1138	0.0901	0.1393	0.1683	0.1726	0.0901	0.1425	0.1212	0.1425	0.2393	0.1371	0.0941	0.1371	0.2329
chr2R	17081269	17081582	chr2R:17081270-17081582	FBgn0034602	Lapsyn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0698	0.0764	0.0631	0.0699	0.0414	0.0806	0.1146	0.0826	0.0414	0.061	0.0511	0.061	0.1541	0.0574	0.0361	0.0574	0.1751
chr2R	17081646	17081803	chr2R:17081647-17081803	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0405	0.0378	0.0381	0.0461	0.0191	0.032	0.0683	0.038	0.0191	0.0278	0.0325	0.0278	0.0991	0.0283	0.0206	0.0283	0.1251
chr2R	17082147	17082386	chr2R:17082148-17082386	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0346	0.0247	0.0288	0.0521	0.0148	0.0272	0.0437	0.0127	0.0148	0.0139	0.0199	0.0139	0.1007	0.0429	0.0206	0.0429	0.135
chr2R	17082438	17082589	chr2R:17082439-17082589	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0234	0.0181	0.0184	0.0348	0.0053	0.015	0.0359	0.0133	0.0053	0.0115	0.0158	0.0115	0.0542	0.0559	0.0142	0.0559	0.0714
chr2R	17082801	17082952	chr2R:17082802-17082952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0209	0.0168	0.0151	0.0319	0.0021	0.015	0.0329	0.0173	0.0021	0.0091	0.0116	0.0091	0.0434	0.0735	0.0097	0.0735	0.0526
chr2R	17087071	17087257	chr2R:17087072-17087257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0756	0.0614	0.0774	0.0894	0.0329	0.0612	0.0908	0.0686	0.0329	0.0857	0.0839	0.0857	0.1154	0.1256	0.1096	0.1256	0.1188
chr2R	17087353	17087679	chr2R:17087354-17087679	FBgn0034603	Glycogenin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1089	0.0816	0.0967	0.1529	0.052	0.0791	0.1142	0.1026	0.052	0.1063	0.1013	0.1063	0.141	0.2772	0.1496	0.2772	0.1412
chr2R	17087794	17088019	chr2R:17087795-17088019	FBgn0034603	Glycogenin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0771	0.0446	0.0641	0.1278	0.0255	0.0432	0.0623	0.06	0.0255	0.0785	0.0588	0.0785	0.0968	0.2542	0.1032	0.2542	0.1141
chr2R	17088201	17088352	chr2R:17088202-17088352	FBgn0034603	Glycogenin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0133	0.0148	0.037	0.0074	0.0126	0.0186	0.0193	0.0074	0.0211	0.0119	0.0211	0.0178	0.0605	0.0187	0.0605	0.0344
chr2R	17088494	17088670	chr2R:17088495-17088670	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0181	0.0282	0.0611	0.0095	0.0204	0.0238	0.0233	0.0095	0.0338	0.0148	0.0338	0.0418	0.0949	0.0226	0.0949	0.0615
chr2R	17088673	17088934	chr2R:17088674-17088934	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0231	0.0319	0.0627	0.0064	0.0233	0.0363	0.0227	0.0064	0.0393	0.0151	0.0393	0.0589	0.0949	0.0251	0.0949	0.0803
chr2R	17088987	17089257	chr2R:17088988-17089257	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0401	0.0297	0.0372	0.0549	0.0106	0.0354	0.0411	0.032	0.0106	0.064	0.019	0.064	0.0465	0.1462	0.0219	0.1462	0.0558
chr2R	17089484	17089777	chr2R:17089485-17089777	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0496	0.0401	0.0473	0.0625	0.018	0.0515	0.0463	0.052	0.018	0.0894	0.0289	0.0894	0.0558	0.1891	0.0297	0.1891	0.0521
chr2R	17090100	17090434	chr2R:17090101-17090434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0686	0.0492	0.0647	0.0946	0.0117	0.05	0.0649	0.0779	0.0117	0.0616	0.0598	0.0616	0.0999	0.1172	0.0806	0.1172	0.1152
chr2R	17090761	17090912	chr2R:17090762-17090912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.026	0.0327	0.0222	0.0228	0.017	0.0282	0.051	0.0413	0.017	0.0308	0.0228	0.0308	0.0287	0.0452	0.0161	0.0452	0.0219
chr2R	17095866	17096017	chr2R:17095867-17096017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0193	0.0178	0.026	0.0032	0.018	0.0294	0.026	0.0032	0.0242	0.0177	0.0242	0.0225	0.0413	0.0277	0.0413	0.038
chr2R	17101268	17101419	chr2R:17101269-17101419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0124	0.0135	0.0118	0.012	0.0042	0.0092	0.0229	0.0173	0.0042	0.0139	0.0138	0.0139	0.0093	0.0322	0.0084	0.0322	0.0094
chr2R	17101423	17101574	chr2R:17101424-17101574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0128	0.0119	0.0113	0.0064	0.0083	0.0208	0.018	0.0064	0.0157	0.0161	0.0157	0.0077	0.0345	0.0077	0.0345	0.0057
chr2R	17104093	17104293	chr2R:17104094-17104293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0198	0.03	0.0185	0.0096	0.017	0.0165	0.0454	0.0493	0.017	0.0151	0.0283	0.0151	0.0139	0.0123	0.0142	0.0123	0.0089
chr2R	17109948	17110099	chr2R:17109949-17110099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0187	0.0317	0.0129	0.0104	0.0148	0.0117	0.0571	0.05	0.0148	0.0103	0.0199	0.0103	0.0101	0.0107	0.0123	0.0107	0.0052
chr2R	17117647	17117808	chr2R:17117648-17117808	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0231	0.044	0.0175	0.0058	0.035	0.0218	0.0649	0.0746	0.035	0.0163	0.028	0.0163	0.0093	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr2R	17117864	17118015	chr2R:17117865-17118015	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0186	0.036	0.0137	0.0046	0.0223	0.017	0.0497	0.07	0.0223	0.0079	0.019	0.0079	0.0124	0.0023	0.0077	0.0023	0.0016
chr2R	17118329	17118480	chr2R:17118330-17118480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0179	0.0314	0.0151	0.006	0.0244	0.0126	0.0484	0.0506	0.0244	0.0091	0.0222	0.0091	0.0132	0.0046	0.0084	0.0046	0.0047
chr2R	17122343	17122494	chr2R:17122344-17122494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0192	0.0094	0.0192	0.0095	0.0078	0.032	0.0326	0.0095	0.0048	0.0148	0.0048	0.0101	0.0054	0.011	0.0054	0.0099
chr2R	17124404	17124558	chr2R:17124405-17124558	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0248	0.0432	0.0195	0.0099	0.017	0.0199	0.0662	0.0786	0.017	0.0145	0.0315	0.0145	0.0124	0.0031	0.0135	0.0031	0.0094
chr2R	17124744	17124895	chr2R:17124745-17124895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0128	0.0223	0.0103	0.005	0.0085	0.0092	0.0329	0.048	0.0085	0.0054	0.0164	0.0054	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0026
chr2R	17125706	17125888	chr2R:17125707-17125888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0333	0.0287	0.0288	0.0233	0.016	0.0567	0.0493	0.0233	0.0211	0.0386	0.0211	0.0426	0.0337	0.0258	0.0337	0.0297
chr2R	17130735	17130886	chr2R:17130736-17130886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0147	0.0254	0.0113	0.0065	0.017	0.0107	0.048	0.03	0.017	0.0054	0.018	0.0054	0.0108	0.0015	0.0116	0.0015	0.0094
chr2R	17134472	17134631	chr2R:17134473-17134631	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0391	0.0798	0.0264	0.0075	0.0636	0.0374	0.1198	0.1352	0.0636	0.0175	0.0424	0.0175	0.0163	0.0031	0.0123	0.0031	0.0036
chr2R	17136335	17136704	chr2R:17136336-17136704	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1357	0.155	0.1609	0.0865	0.1113	0.1136	0.2115	0.2492	0.1113	0.058	0.2971	0.058	0.1193	0.026	0.2502	0.026	0.0537
chr2R	17137146	17137297	chr2R:17137147-17137297	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0406	0.0364	0.0443	0.0412	0.017	0.0228	0.0588	0.0546	0.017	0.0181	0.0846	0.0181	0.0201	0.0092	0.1464	0.0092	0.013
chr2R	17137852	17138154	chr2R:17137853-17138154	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1133	0.1598	0.1098	0.0653	0.1485	0.0927	0.2388	0.2272	0.1485	0.038	0.19	0.038	0.1131	0.0605	0.1593	0.0605	0.0469
chr2R	17138362	17138644	chr2R:17138363-17138644	FBgn0034606	ASPP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.245	0.3045	0.2758	0.1447	0.2704	0.216	0.417	0.4384	0.2704	0.128	0.4476	0.128	0.2982	0.134	0.3372	0.134	0.112
chr2R	17138853	17139317	chr2R:17138854-17139317	FBgn0034606	ASPP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.154	0.1889	0.1543	0.1145	0.1538	0.1694	0.2388	0.2698	0.1538	0.1256	0.2135	0.1256	0.1472	0.1064	0.1831	0.1064	0.1199
chr2R	17143119	17143271	chr2R:17143120-17143271	FBgn0085426	Rgk3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0168	0.01	0.0122	0.0294	0.0032	0.0126	0.016	0.0073	0.0032	0.0109	0.0116	0.0109	0.0217	0.026	0.0206	0.026	0.0344
chr2R	17169703	17169892	chr2R:17169704-17169892	FBgn0034611	MFS16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1417	0.1401	0.1683	0.1142	0.1029	0.1451	0.1951	0.1646	0.1029	0.1896	0.1974	0.1896	0.1712	0.124	0.1109	0.124	0.1563
chr2R	17169932	17170552	chr2R:17169933-17170552	FBgn0034611	MFS16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.178	0.2236	0.1676	0.1384	0.2375	0.167	0.3655	0.2105	0.2375	0.1751	0.1842	0.1751	0.1882	0.1348	0.1173	0.1348	0.1933
chr2R	17170609	17170760	chr2R:17170610-17170760	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0459	0.0778	0.0331	0.0244	0.0838	0.0364	0.1479	0.0686	0.0838	0.0272	0.0341	0.0272	0.0565	0.0191	0.0155	0.0191	0.0422
chr2R	17171020	17171171	chr2R:17171021-17171171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0349	0.0242	0.0121	0.0286	0.0204	0.0601	0.0426	0.0286	0.0248	0.0264	0.0248	0.0294	0.0084	0.009	0.0084	0.0198
chr2R	17179608	17179782	chr2R:17179609-17179782	FBgn0050392	CG30392	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0908	0.0768	0.1034	0.0927	0.0361	0.0893	0.0999	0.0993	0.0361	0.128	0.1164	0.128	0.0953	0.0988	0.0974	0.0988	0.1131
chr2R	17180876	17181077	chr2R:17180877-17181077	FBgn0016726,FBgn0050390	RpL29,Sgf29	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.1269	0.161	0.1195	0.0912	0.15	0.1462	0.1612	0.0912	0.2035	0.174	0.2035	0.1503	0.1263	0.1257	0.1263	0.1371
chr2R	17181150	17181317	chr2R:17181151-17181317	FBgn0016726,FBgn0050390	RpL29,Sgf29	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1926	0.1687	0.2391	0.1682	0.1113	0.2121	0.1899	0.2065	0.1113	0.2947	0.2559	0.2947	0.2401	0.1723	0.1638	0.1723	0.2001
chr2R	17181421	17181592	chr2R:17181422-17181592	FBgn0016726,FBgn0050390	RpL29,Sgf29	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0737	0.0508	0.098	0.0727	0.0159	0.0709	0.0571	0.0646	0.0159	0.1365	0.1035	0.1365	0.0875	0.0758	0.0761	0.0758	0.0917
chr2R	17182629	17182938	chr2R:17182630-17182938	FBgn0034614,FBgn0261554	CG42672,CG9752	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1121	0.0828	0.1445	0.1093	0.0435	0.1049	0.1021	0.1019	0.0435	0.192	0.1486	0.192	0.1727	0.1524	0.1025	0.1524	0.1454
chr2R	17183062	17183238	chr2R:17183063-17183238	FBgn0034614,FBgn0261554	CG42672,CG9752	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1808	0.1568	0.2216	0.1629	0.1039	0.1903	0.1786	0.2052	0.1039	0.2736	0.2431	0.2736	0.2223	0.1907	0.1599	0.1907	0.1985
chr2R	17183477	17183640	chr2R:17183478-17183640	FBgn0034614,FBgn0261554	CG42672,CG9752	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1674	0.1515	0.202	0.1471	0.0912	0.1893	0.1812	0.1819	0.0912	0.2657	0.2228	0.2657	0.1983	0.1646	0.1464	0.1646	0.1876
chr2R	17183786	17183937	chr2R:17183787-17183937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0616	0.0581	0.0722	0.0539	0.0297	0.0772	0.0757	0.0553	0.0297	0.0972	0.0788	0.0972	0.0837	0.072	0.0426	0.072	0.087
chr2R	17186144	17186339	chr2R:17186145-17186339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0514	0.0384	0.0692	0.0464	0.0148	0.0485	0.045	0.052	0.0148	0.0598	0.0971	0.0598	0.0852	0.0383	0.0748	0.0383	0.0698
chr2R	17188053	17188221	chr2R:17188054-17188221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0299	0.0267	0.0388	0.0237	0.0085	0.0335	0.0333	0.0333	0.0085	0.0525	0.0508	0.0525	0.0325	0.0245	0.0413	0.0245	0.025
chr2R	17188545	17188696	chr2R:17188546-17188696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0263	0.0316	0.0156	0.0095	0.0306	0.0437	0.0213	0.0095	0.0453	0.0331	0.0453	0.0387	0.0145	0.0193	0.0145	0.0245
chr2R	17188793	17188944	chr2R:17188794-17188944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0238	0.0284	0.0127	0.0233	0.0262	0.035	0.016	0.0233	0.0429	0.0289	0.0429	0.0341	0.0115	0.0142	0.0115	0.0177
chr2R	17199340	17199673	chr2R:17199341-17199673	FBgn0034617,FBgn0034618	CG9485,CG9754	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0895	0.085	0.1094	0.0726	0.0551	0.0971	0.0982	0.1193	0.0551	0.1347	0.1206	0.1347	0.1108	0.0858	0.0806	0.0858	0.0948
chr2R	17199787	17199956	chr2R:17199788-17199956	FBgn0034617,FBgn0034618	CG9485,CG9754	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1546	0.1405	0.1791	0.1437	0.0965	0.1718	0.154	0.1879	0.0965	0.2252	0.1997	0.2252	0.1844	0.1608	0.1509	0.1608	0.1855
chr2R	17200043	17200216	chr2R:17200044-17200216	FBgn0034617,FBgn0034618	CG9485,CG9754	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1471	0.1118	0.1707	0.1607	0.0615	0.1466	0.1198	0.1499	0.0615	0.2017	0.1894	0.2017	0.1991	0.1669	0.1586	0.1669	0.1991
chr2R	17200415	17200605	chr2R:17200416-17200605	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1039	0.0876	0.1326	0.0907	0.0361	0.1272	0.0804	0.1346	0.0361	0.1787	0.1389	0.1787	0.1239	0.121	0.0961	0.121	0.1047
chr2R	17200709	17201006	chr2R:17200710-17201006	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0522	0.0454	0.0694	0.0411	0.0159	0.067	0.0476	0.0593	0.0159	0.0785	0.0675	0.0785	0.0875	0.0391	0.0342	0.0391	0.0578
chr2R	17201218	17201369	chr2R:17201219-17201369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0315	0.0284	0.039	0.0267	0.0085	0.0447	0.0316	0.0346	0.0085	0.0507	0.0395	0.0507	0.0465	0.0329	0.0213	0.0329	0.0427
chr2R	17210479	17210682	chr2R:17210480-17210682	FBgn0020306,FBgn0050394	CG30394,dom	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0955	0.1039	0.1051	0.0755	0.0626	0.1218	0.1302	0.1199	0.0626	0.1226	0.1109	0.1226	0.1348	0.0842	0.0767	0.0842	0.1126
chr2R	17210770	17211006	chr2R:17210771-17211006	FBgn0020306,FBgn0050394	CG30394,dom	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2412	0.2405	0.2727	0.2074	0.175	0.2733	0.282	0.3091	0.175	0.3291	0.3	0.3291	0.2827	0.232	0.2115	0.232	0.2533
chr2R	17211107	17211289	chr2R:17211108-17211289	FBgn0020306,FBgn0050394	CG30394,dom	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1996	0.1694	0.2416	0.1872	0.1336	0.217	0.1851	0.2025	0.1336	0.2989	0.2691	0.2989	0.2223	0.1876	0.2018	0.1876	0.222
chr2R	17211469	17211699	chr2R:17211470-17211699	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1087	0.1022	0.1251	0.098	0.0604	0.1282	0.1159	0.1352	0.0604	0.1576	0.1331	0.1576	0.1185	0.0988	0.089	0.0988	0.1313
chr2R	17211990	17212141	chr2R:17211991-17212141	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0489	0.0423	0.022	0.0255	0.0515	0.0779	0.046	0.0255	0.0495	0.0463	0.0495	0.0364	0.0245	0.0161	0.0245	0.025
chr2R	17212388	17212539	chr2R:17212389-17212539	FBgn0086023	snoRNA:Me28S-A2589a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0403	0.0649	0.0381	0.0152	0.0604	0.0597	0.0947	0.068	0.0604	0.0525	0.037	0.0525	0.0364	0.0115	0.011	0.0115	0.0208
chr2R	17227392	17227543	chr2R:17227393-17227543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0246	0.0359	0.0253	0.0114	0.0191	0.0277	0.0627	0.036	0.0191	0.0242	0.0302	0.0242	0.0271	0.0138	0.0097	0.0138	0.0146
chr2R	17227963	17228332	chr2R:17227964-17228332	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0589	0.1043	0.0452	0.0233	0.0838	0.0791	0.1769	0.1026	0.0838	0.0568	0.0508	0.0568	0.0457	0.0337	0.0161	0.0337	0.0297
chr2R	17229550	17229701	chr2R:17229551-17229701	FBgn0034622	CG15666	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.022	0.0303	0.0254	0.0091	0.0255	0.0257	0.0398	0.046	0.0255	0.0423	0.0228	0.0423	0.0271	0.0084	0.0058	0.0084	0.012
chr2R	17236265	17236416	chr2R:17236266-17236416	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0137	0.0107	0.0134	0.0021	0.0087	0.0242	0.0193	0.0021	0.0115	0.0145	0.0115	0.0124	0.0031	0.0368	0.0031	0.0109
chr2R	17240231	17240416	chr2R:17240232-17240416	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0623	0.0718	0.0712	0.0419	0.035	0.0796	0.0891	0.1019	0.035	0.0857	0.0788	0.0857	0.0875	0.0421	0.0471	0.0421	0.074
chr2R	17243331	17243487	chr2R:17243332-17243487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0282	0.0308	0.021	0.018	0.0214	0.0437	0.0406	0.018	0.0266	0.0418	0.0266	0.0372	0.0176	0.0329	0.0176	0.0307
chr2R	17245384	17245535	chr2R:17245385-17245535	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.025	0.0482	0.014	0.011	0.0339	0.0126	0.1025	0.05	0.0339	0.0109	0.0212	0.0109	0.0108	0.0077	0.0219	0.0077	0.0109
chr2R	17247124	17247288	chr2R:17247125-17247288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0369	0.0849	0.0162	0.0058	0.0891	0.0277	0.1704	0.0786	0.0891	0.0151	0.0232	0.0151	0.0132	0.0084	0.0077	0.0084	0.0063
chr2R	17249525	17249676	chr2R:17249526-17249676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.034	0.0323	0.0419	0.0272	0.0127	0.0199	0.0558	0.042	0.0127	0.0254	0.0585	0.0254	0.0558	0.0199	0.0574	0.0199	0.0266
chr2R	17250305	17250533	chr2R:17250306-17250533	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0601	0.0728	0.0713	0.0337	0.0329	0.0578	0.1055	0.1073	0.0329	0.0465	0.1267	0.0465	0.048	0.0092	0.1032	0.0092	0.0281
chr2R	17251456	17251694	chr2R:17251457-17251694	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.175	0.1301	0.0554	0.1421	0.1825	0.2245	0.2232	0.1421	0.0984	0.1977	0.0984	0.1518	0.0413	0.0967	0.0413	0.0771
chr2R	17251829	17251980	chr2R:17251830-17251980	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0933	0.1119	0.1165	0.0471	0.0732	0.118	0.1423	0.1519	0.0732	0.0779	0.1839	0.0779	0.1325	0.036	0.1025	0.036	0.0516
chr2R	17252032	17252251	chr2R:17252033-17252251	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1449	0.2021	0.1585	0.066	0.1676	0.1888	0.2595	0.2771	0.1676	0.1087	0.2389	0.1087	0.2045	0.0597	0.1348	0.0597	0.0745
chr2R	17252452	17252605	chr2R:17252453-17252605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0409	0.038	0.0541	0.0298	0.0223	0.0398	0.0471	0.058	0.0223	0.0284	0.0939	0.0284	0.0558	0.0245	0.06	0.0245	0.0339
chr2R	17254145	17254296	chr2R:17254146-17254296	distal	distal	none	none	cv-2_ae6	cv-2_ae6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0353	0.0656	0.0265	0.0111	0.0498	0.0515	0.0874	0.1039	0.0498	0.0326	0.0338	0.0326	0.0225	0.0207	0.0135	0.0207	0.0057
chr2R	17254474	17254625	chr2R:17254475-17254625	distal	distal	stage5	stage5	cv-2_ae6	cv-2_ae6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0451	0.0841	0.0265	0.022	0.0753	0.0485	0.1293	0.1226	0.0753	0.0229	0.0379	0.0229	0.0256	0.075	0.0155	0.075	0.0125
chr2R	17254795	17255123	chr2R:17254796-17255123	distal	distal	stage5	stage5	cv-2_ae6	cv-2_ae6	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.125	0.2475	0.0815	0.0359	0.2789	0.1277	0.401	0.2965	0.2789	0.0459	0.1273	0.0459	0.0837	0.0429	0.0896	0.0429	0.0172
chr2R	17256269	17256420	chr2R:17256270-17256420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0313	0.0212	0.0148	0.018	0.0277	0.0484	0.038	0.018	0.0145	0.0251	0.0145	0.0356	0.0054	0.0168	0.0054	0.0307
chr2R	17257587	17257738	chr2R:17257588-17257738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.027	0.0207	0.0234	0.0223	0.0175	0.0415	0.0373	0.0223	0.0109	0.0386	0.0109	0.0077	0.0061	0.0767	0.0061	0.0094
chr2R	17260190	17260595	chr2R:17260191-17260595	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0574	0.0703	0.0685	0.0308	0.0488	0.0602	0.1034	0.0866	0.0488	0.0362	0.117	0.0362	0.0635	0.0168	0.0774	0.0168	0.025
chr2R	17260621	17260772	chr2R:17260622-17260772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0233	0.0265	0.0116	0.0074	0.018	0.0376	0.032	0.0074	0.0169	0.046	0.0169	0.0217	0.0077	0.029	0.0077	0.0068
chr2R	17262516	17262667	chr2R:17262517-17262667	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0173	0.0145	0.0294	0.0074	0.0126	0.0247	0.0293	0.0074	0.0103	0.017	0.0103	0.0186	0.0153	0.0155	0.0153	0.0115
chr2R	17266846	17267063	chr2R:17266847-17267063	FBgn0000395	cv-2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1478	0.12	0.166	0.159	0.088	0.1189	0.1531	0.1686	0.088	0.1848	0.199	0.1848	0.2455	0.206	0.1876	0.206	0.2168
chr2R	17269915	17270100	chr2R:17269916-17270100	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.0793	0.0807	0.0497	0.0626	0.0869	0.1003	0.0959	0.0626	0.0882	0.0958	0.0882	0.0899	0.0551	0.0516	0.0551	0.0615
chr2R	17270357	17270508	chr2R:17270358-17270508	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0395	0.0324	0.0205	0.018	0.0393	0.0506	0.0613	0.018	0.032	0.0421	0.032	0.0302	0.0245	0.0181	0.0245	0.0307
chr2R	17270750	17270901	chr2R:17270751-17270901	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0454	0.0331	0.0213	0.0276	0.0369	0.0688	0.0613	0.0276	0.0302	0.0383	0.0302	0.0449	0.0199	0.0251	0.0199	0.0276
chr2R	17271567	17271718	chr2R:17271568-17271718	FBgn0034626	CG10795	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0455	0.069	0.039	0.0255	0.0534	0.0575	0.0573	0.0255	0.0942	0.0727	0.0942	0.0651	0.0383	0.0458	0.0383	0.0448
chr2R	17271786	17271979	chr2R:17271787-17271979	FBgn0034626	CG10795	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.0834	0.1202	0.0854	0.035	0.1039	0.0978	0.1173	0.035	0.1564	0.137	0.1564	0.1154	0.0858	0.1006	0.0858	0.1084
chr2R	17272121	17272282	chr2R:17272122-17272282	FBgn0034626	CG10795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0425	0.0537	0.0373	0.0212	0.049	0.0554	0.0533	0.0212	0.0652	0.0666	0.0652	0.0457	0.036	0.0445	0.036	0.0479
chr2R	17273690	17273875	chr2R:17273691-17273875	FBgn0034627,FBgn0034628	Acox57D-p,EfSec	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0753	0.0712	0.0853	0.0689	0.0329	0.0942	0.0783	0.0973	0.0329	0.1014	0.0913	0.1014	0.1038	0.0819	0.0799	0.0819	0.099
chr2R	17273919	17274283	chr2R:17273920-17274283	FBgn0034627,FBgn0034628	Acox57D-p,EfSec	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0687	0.0565	0.0751	0.0752	0.0297	0.0762	0.0619	0.0746	0.0297	0.0827	0.0804	0.0827	0.1139	0.0735	0.078	0.0735	0.1402
chr2R	17282284	17282435	chr2R:17282285-17282435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0213	0.0303	0.0212	0.0114	0.0117	0.0345	0.029	0.0553	0.0117	0.0236	0.0248	0.0236	0.0248	0.01	0.0103	0.01	0.0135
chr2R	17282490	17282641	chr2R:17282491-17282641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0172	0.0239	0.018	0.0089	0.0095	0.0257	0.0225	0.0446	0.0095	0.0205	0.0232	0.0205	0.017	0.0069	0.0142	0.0069	0.0115
chr2R	17282642	17282793	chr2R:17282643-17282793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0168	0.0228	0.0187	0.0079	0.0074	0.0277	0.0247	0.036	0.0074	0.0193	0.0235	0.0193	0.0209	0.0092	0.0103	0.0092	0.0089
chr2R	17287164	17287315	chr2R:17287165-17287315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.014	0.01	0.0097	0.0053	0.0126	0.0186	0.022	0.0053	0.0097	0.0125	0.0097	0.0085	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chr2R	17295388	17295539	chr2R:17295389-17295539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0126	0.0153	0.0113	0.0109	0.0032	0.018	0.0156	0.0306	0.0032	0.0157	0.0113	0.0157	0.0108	0.0046	0.009	0.0046	0.0063
chr2R	17302658	17302823	chr2R:17302659-17302823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0265	0.0394	0.0278	0.0107	0.0212	0.0437	0.0411	0.0693	0.0212	0.0411	0.0257	0.0411	0.0225	0.0092	0.0116	0.0092	0.0104
chr2R	17304621	17304772	chr2R:17304622-17304772	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0184	0.0136	0.0138	0.0288	0.0074	0.015	0.0143	0.022	0.0074	0.0175	0.0141	0.0175	0.0093	0.0084	0.0045	0.0084	0.0078
chr2R	17305019	17305170	chr2R:17305020-17305170	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0171	0.0119	0.0297	0.0085	0.0209	0.0203	0.0227	0.0085	0.0163	0.0125	0.0163	0.0101	0.0077	0.011	0.0077	0.0109
chr2R	17313640	17313852	chr2R:17313641-17313852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0231	0.0477	0.0131	0.0067	0.035	0.0335	0.0562	0.0919	0.035	0.0115	0.018	0.0115	0.0101	0.0031	0.011	0.0031	0.0078
chr2R	17320685	17320926	chr2R:17320686-17320926	distal	distal	stage5	stage5	VT20297.1	VT20297.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0371	0.0199	0.0107	0.0265	0.0388	0.0493	0.0446	0.0265	0.0205	0.0248	0.0205	0.0209	0.0092	0.0084	0.0092	0.0094
chr2R	17324498	17324649	chr2R:17324499-17324649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0135	0.0201	0.0115	0.0082	0.0148	0.0184	0.0216	0.036	0.0148	0.0109	0.0158	0.0109	0.0085	0.0061	0.009	0.0061	0.0099
chr2R	17331495	17331646	chr2R:17331496-17331646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0174	0.0088	0.0116	0.017	0.0146	0.0281	0.0173	0.017	0.0079	0.0109	0.0079	0.0085	0.0038	0.0071	0.0038	0.0057
chr2R	17335029	17335180	chr2R:17335030-17335180	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0167	0.0253	0.0157	0.0082	0.0286	0.0267	0.0337	0.0247	0.0286	0.0139	0.0206	0.0139	0.0139	0.0145	0.0097	0.0145	0.0063
chr2R	17337936	17338119	chr2R:17337937-17338119	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0449	0.0687	0.0423	0.0212	0.052	0.0893	0.0822	0.072	0.052	0.0797	0.0415	0.0797	0.0302	0.0253	0.0213	0.0253	0.0349
chr2R	17341006	17341273	chr2R:17341007-17341273	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.0363	0.0563	0.0289	0.0221	0.0594	0.0587	0.0631	0.0746	0.0594	0.0338	0.0347	0.0338	0.0325	0.0145	0.0387	0.0145	0.0146
chr2R	17342455	17342640	chr2R:17342456-17342640	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.05	0.0201	0.0106	0.0339	0.0655	0.0441	0.074	0.0339	0.0229	0.0257	0.0229	0.0124	0.0092	0.0116	0.0092	0.0078
chr2R	17344719	17344870	chr2R:17344720-17344870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0237	0.0137	0.0091	0.0138	0.0204	0.0311	0.0333	0.0138	0.0139	0.0203	0.0139	0.007	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2R	17346173	17346324	chr2R:17346174-17346324	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0222	0.0376	0.0136	0.0145	0.0223	0.0301	0.0601	0.0473	0.0223	0.0157	0.0154	0.0157	0.0093	0.0054	0.011	0.0054	0.0063
chr2R	17346379	17346530	chr2R:17346380-17346530	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0205	0.0265	0.0151	0.0198	0.0223	0.0267	0.0394	0.028	0.0223	0.0169	0.0158	0.0169	0.0132	0.0054	0.0084	0.0054	0.0073
chr2R	17348855	17349006	chr2R:17348856-17349006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0221	0.033	0.0225	0.0095	0.0318	0.0316	0.0471	0.036	0.0318	0.0175	0.0309	0.0175	0.0279	0.0069	0.0084	0.0069	0.012
chr2R	17350756	17350907	chr2R:17350757-17350907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0386	0.0159	0.0106	0.0318	0.0306	0.0627	0.038	0.0318	0.0199	0.0199	0.0199	0.0093	0.0123	0.0135	0.0123	0.0089
chr2R	17354112	17354310	chr2R:17354113-17354310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0485	0.0165	0.0099	0.0435	0.0476	0.0696	0.0486	0.0435	0.0187	0.019	0.0187	0.0132	0.0069	0.0142	0.0069	0.0109
chr2R	17356765	17356943	chr2R:17356766-17356943	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0719	0.0319	0.0142	0.0573	0.0786	0.0904	0.0826	0.0573	0.0411	0.0367	0.0411	0.0256	0.0138	0.0161	0.0138	0.0125
chr2R	17362588	17362837	chr2R:17362589-17362837	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2398	0.2262	0.2858	0.2046	0.1665	0.2971	0.2522	0.2658	0.1665	0.3514	0.3482	0.3514	0.2851	0.2956	0.2779	0.2956	0.2199
chr2R	17362838	17363056	chr2R:17362839-17363056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1765	0.1365	0.2374	0.1543	0.0795	0.2005	0.1263	0.1825	0.0795	0.2923	0.3096	0.2923	0.2192	0.2213	0.2469	0.2213	0.1584
chr2R	17363358	17363588	chr2R:17363359-17363588	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1928	0.1658	0.2499	0.1604	0.106	0.235	0.1674	0.2119	0.106	0.3182	0.2997	0.3182	0.2657	0.2297	0.1966	0.2297	0.1954
chr2R	17363728	17363942	chr2R:17363729-17363942	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.1064	0.1275	0.0744	0.0827	0.1311	0.1233	0.1299	0.0827	0.163	0.1572	0.163	0.117	0.0949	0.087	0.0949	0.098
chr2R	17364292	17364509	chr2R:17364293-17364509	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0932	0.1287	0.1037	0.0421	0.1145	0.1146	0.1778	0.1592	0.1145	0.0845	0.1508	0.0845	0.0875	0.0352	0.0819	0.0352	0.0406
chr2R	17364900	17365081	chr2R:17364901-17365081	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0849	0.1522	0.0787	0.0166	0.1644	0.1107	0.2111	0.2099	0.1644	0.0411	0.1318	0.0411	0.0635	0.013	0.0277	0.013	0.0172
chr2R	17368009	17368194	chr2R:17368010-17368194	FBgn0010415	Sdc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.0804	0.0999	0.0791	0.0509	0.0937	0.099	0.1039	0.0509	0.1147	0.1215	0.1147	0.0976	0.0881	0.0819	0.0881	0.1016
chr2R	17368286	17368474	chr2R:17368287-17368474	FBgn0010415	Sdc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1943	0.1768	0.2312	0.1734	0.106	0.2131	0.1998	0.2418	0.106	0.2917	0.2489	0.2917	0.2293	0.1914	0.1825	0.1914	0.2027
chr2R	17368573	17368778	chr2R:17368574-17368778	FBgn0010415	Sdc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2141	0.1984	0.2499	0.1925	0.141	0.2282	0.2318	0.2578	0.141	0.314	0.263	0.314	0.2471	0.2098	0.1999	0.2098	0.2241
chr2R	17368980	17369152	chr2R:17368981-17369152	FBgn0010415,FBgn0026369	Sara,Sdc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1713	0.1533	0.1931	0.1675	0.1188	0.184	0.1721	0.1899	0.1188	0.2349	0.2058	0.2349	0.1967	0.1478	0.1786	0.1478	0.1897
chr2R	17369279	17369455	chr2R:17369280-17369455	FBgn0026369	Sara	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.1493	0.1772	0.1391	0.1198	0.1825	0.1713	0.1792	0.1198	0.2204	0.181	0.2204	0.1844	0.1447	0.1464	0.1447	0.1605
chr2R	17374852	17375239	chr2R:17374853-17375239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0498	0.049	0.0576	0.0422	0.0233	0.0563	0.0679	0.052	0.0233	0.0984	0.0531	0.0984	0.0643	0.0628	0.0342	0.0628	0.0667
chr2R	17375309	17375460	chr2R:17375310-17375460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0228	0.0211	0.0284	0.0185	0.0117	0.0243	0.0294	0.0213	0.0117	0.0356	0.0296	0.0356	0.0403	0.0214	0.0142	0.0214	0.0313
chr2R	17382300	17382526	chr2R:17382301-17382526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0483	0.0262	0.0543	0.0664	0.0085	0.0413	0.0294	0.0247	0.0085	0.0773	0.0437	0.0773	0.1038	0.0352	0.0316	0.0352	0.186
chr2R	17384079	17384233	chr2R:17384080-17384233	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0443	0.0203	0.0555	0.0588	0.0042	0.0252	0.0285	0.0227	0.0042	0.0604	0.0662	0.0604	0.0775	0.0666	0.0986	0.0666	0.0771
chr2R	17384297	17384499	chr2R:17384298-17384499	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0915	0.0389	0.1256	0.1129	0.0085	0.0743	0.0389	0.0353	0.0085	0.1636	0.1399	0.1636	0.172	0.1631	0.1425	0.1631	0.1709
chr2R	17384599	17384775	chr2R:17384600-17384775	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1543	0.0642	0.2288	0.1731	0.018	0.1282	0.0463	0.07	0.018	0.3237	0.2608	0.3237	0.2634	0.2358	0.2257	0.2358	0.2564
chr2R	17384950	17385118	chr2R:17384951-17385118	FBgn0010470	Fkbp13	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1531	0.0572	0.2348	0.1706	0.0095	0.1257	0.0316	0.0673	0.0095	0.3152	0.2778	0.3152	0.2564	0.2335	0.2231	0.2335	0.2449
chr2R	17385396	17385547	chr2R:17385397-17385547	FBgn0010470	Fkbp13	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.067	0.0378	0.0812	0.084	0.0223	0.0534	0.0402	0.0413	0.0223	0.0809	0.0936	0.0809	0.1255	0.0949	0.0651	0.0949	0.1188
chr2R	17388916	17389067	chr2R:17388917-17389067	FBgn0034631	CG10496	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0677	0.0637	0.0844	0.0538	0.0255	0.0801	0.0843	0.0793	0.0255	0.1171	0.0929	0.1171	0.0736	0.0544	0.0593	0.0544	0.0641
chr2R	17389174	17389348	chr2R:17389175-17389348	FBgn0034631,FBgn0043070	CG10496,MESK2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.165	0.1453	0.1984	0.1505	0.0997	0.1772	0.1708	0.1792	0.0997	0.2446	0.2148	0.2446	0.196	0.1669	0.1593	0.1669	0.1772
chr2R	17389525	17389742	chr2R:17389526-17389742	FBgn0034631,FBgn0043070	CG10496,MESK2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2096	0.1805	0.2558	0.1913	0.122	0.2267	0.2054	0.2272	0.122	0.3074	0.2823	0.3074	0.2494	0.219	0.2089	0.219	0.2282
chr2R	17390017	17390239	chr2R:17390018-17390239	FBgn0043070	MESK2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1662	0.1604	0.21	0.1245	0.0976	0.1995	0.1553	0.2505	0.0976	0.2295	0.2563	0.2295	0.2068	0.1248	0.1683	0.1248	0.1355
chr2R	17390557	17390767	chr2R:17390558-17390767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0493	0.0263	0.0669	0.0558	0.0095	0.0364	0.0311	0.032	0.0095	0.0694	0.0749	0.0694	0.0829	0.049	0.0516	0.049	0.0771
chr2R	17394500	17394651	chr2R:17394501-17394651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0105	0.0161	0.0277	0.0042	0.0117	0.0164	0.012	0.0042	0.0193	0.0196	0.0193	0.0217	0.0153	0.0451	0.0153	0.0464
chr2R	17394682	17394930	chr2R:17394683-17394930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0148	0.0217	0.0407	0.0085	0.018	0.0238	0.0127	0.0085	0.029	0.0215	0.029	0.0294	0.0276	0.0548	0.0276	0.074
chr2R	17394942	17395093	chr2R:17394943-17395093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0193	0.0146	0.0175	0.0265	0.0074	0.0218	0.0186	0.0113	0.0074	0.0193	0.0177	0.0193	0.031	0.0199	0.0245	0.0199	0.0532
chr2R	17395259	17395410	chr2R:17395260-17395410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0206	0.0116	0.0225	0.0285	0.0053	0.0165	0.0173	0.008	0.0053	0.0302	0.0228	0.0302	0.0333	0.0199	0.0432	0.0199	0.0427
chr2R	17396357	17396625	chr2R:17396358-17396625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0341	0.0338	0.0406	0.0273	0.0159	0.033	0.0536	0.0366	0.0159	0.0543	0.0479	0.0543	0.0387	0.0161	0.0316	0.0161	0.0422
chr2R	17397244	17397425	chr2R:17397245-17397425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0317	0.0444	0.0324	0.0117	0.0427	0.0372	0.038	0.0117	0.0441	0.0614	0.0441	0.0411	0.023	0.0613	0.023	0.037
chr2R	17398046	17398197	chr2R:17398047-17398197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0211	0.0201	0.0292	0.0132	0.0074	0.0248	0.0294	0.018	0.0074	0.0556	0.027	0.0556	0.0186	0.0107	0.0135	0.0107	0.0177
chr2R	17398335	17398637	chr2R:17398336-17398637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0314	0.0385	0.0202	0.0095	0.0374	0.0467	0.0346	0.0095	0.0507	0.0476	0.0507	0.0333	0.0222	0.0168	0.0222	0.0297
chr2R	17399828	17399979	chr2R:17399829-17399979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0164	0.0163	0.0226	0.0096	0.0053	0.0175	0.0229	0.0227	0.0053	0.0519	0.0177	0.0519	0.0186	0.013	0.0084	0.013	0.0146
chr2R	17401827	17401986	chr2R:17401828-17401986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0228	0.0138	0.0253	0.0302	0.0064	0.018	0.019	0.0147	0.0064	0.0356	0.0286	0.0356	0.0287	0.0337	0.02	0.0337	0.0625
chr2R	17406575	17406754	chr2R:17406576-17406754	FBgn0034634	CG10494	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1343	0.1299	0.1598	0.1113	0.0912	0.1515	0.1384	0.1799	0.0912	0.2089	0.1778	0.2089	0.1387	0.1263	0.1115	0.1263	0.1334
chr2R	17406823	17407027	chr2R:17406824-17407027	FBgn0034634	CG10494	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.0875	0.1202	0.0674	0.0392	0.1063	0.0969	0.1292	0.0392	0.1558	0.1389	0.1558	0.0968	0.0789	0.0716	0.0789	0.0719
chr2R	17409738	17409959	chr2R:17409739-17409959	FBgn0050289	CG30289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2373	0.2374	0.2832	0.1867	0.1877	0.267	0.2777	0.3045	0.1877	0.3514	0.3183	0.3514	0.2579	0.1845	0.2095	0.1845	0.209
chr2R	17411226	17411481	chr2R:17411227-17411481	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.139	0.2064	0.1565	0.0444	0.1516	0.1597	0.276	0.3185	0.1516	0.1069	0.2923	0.1069	0.0666	0.0268	0.1225	0.0268	0.0292
chr2R	17411978	17412133	chr2R:17411979-17412133	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0555	0.0882	0.058	0.0162	0.0573	0.0675	0.1276	0.1272	0.0573	0.0574	0.0913	0.0574	0.0325	0.0092	0.029	0.0092	0.0162
chr2R	17412690	17412997	chr2R:17412691-17412997	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0911	0.1262	0.117	0.0233	0.071	0.2112	0.1207	0.1319	0.071	0.3056	0.1113	0.3056	0.0256	0.0337	0.0361	0.0337	0.0234
chr2R	17413505	17413691	chr2R:17413506-17413691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0444	0.0212	0.0471	0.0674	0.0053	0.0379	0.0177	0.0286	0.0053	0.0833	0.0437	0.0833	0.0503	0.121	0.0393	0.121	0.0573
chr2R	17414487	17414638	chr2R:17414488-17414638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0343	0.0273	0.0425	0.033	0.0074	0.0442	0.0285	0.032	0.0074	0.0809	0.0479	0.0809	0.0263	0.0214	0.0709	0.0214	0.0396
chr2R	17416517	17416669	chr2R:17416518-17416669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0378	0.0456	0.0487	0.0171	0.0286	0.0515	0.0597	0.0553	0.0286	0.0725	0.0685	0.0725	0.0186	0.013	0.0309	0.013	0.024
chr2R	17416706	17416871	chr2R:17416707-17416871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.044	0.0404	0.0632	0.027	0.0127	0.0539	0.0502	0.0506	0.0127	0.1008	0.0846	0.1008	0.0294	0.0207	0.0471	0.0207	0.0386
chr2R	17416941	17417194	chr2R:17416942-17417194	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0544	0.0449	0.0721	0.0455	0.0127	0.0718	0.0458	0.0526	0.0127	0.1141	0.091	0.1141	0.0496	0.036	0.0838	0.036	0.0651
chr2R	17417375	17418006	chr2R:17417376-17418006	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.0987	0.1448	0.0866	0.0286	0.1568	0.0904	0.1379	0.0286	0.2126	0.1781	0.2126	0.117	0.0804	0.1354	0.0804	0.1277
chr2R	17418215	17418376	chr2R:17418216-17418376	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0357	0.0243	0.0451	0.0382	0.0064	0.0301	0.0251	0.0393	0.0064	0.0537	0.0688	0.0537	0.0232	0.0138	0.1019	0.0138	0.0365
chr2R	17419631	17419782	chr2R:17419632-17419782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0279	0.0226	0.0326	0.0288	0.0117	0.0306	0.0229	0.032	0.0117	0.0423	0.0392	0.0423	0.0372	0.0153	0.029	0.0153	0.0594
chr2R	17421984	17422504	chr2R:17421985-17422504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0859	0.0663	0.1038	0.0881	0.0255	0.0908	0.0644	0.0986	0.0255	0.1105	0.118	0.1105	0.0868	0.0482	0.1206	0.0482	0.0839
chr2R	17422557	17422826	chr2R:17422558-17422826	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0755	0.0764	0.0881	0.0607	0.0445	0.0913	0.0926	0.0966	0.0445	0.1045	0.1006	0.1045	0.0806	0.0605	0.0787	0.0605	0.0625
chr2R	17422948	17423154	chr2R:17422949-17423154	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1582	0.1544	0.181	0.1376	0.0965	0.1942	0.1691	0.1965	0.0965	0.2252	0.1949	0.2252	0.1758	0.1485	0.1528	0.1485	0.1714
chr2R	17423316	17423517	chr2R:17423317-17423517	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0678	0.0802	0.0508	0.0308	0.0806	0.0882	0.0846	0.0308	0.0978	0.0875	0.0978	0.0782	0.0574	0.06	0.0574	0.0594
chr2R	17425950	17426107	chr2R:17425951-17426107	FBgn0050287	CG30287	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.081	0.0363	0.0132	0.0636	0.0951	0.0969	0.0973	0.0636	0.0435	0.0492	0.0435	0.024	0.0123	0.0148	0.0123	0.0172
chr2R	17427864	17428015	chr2R:17427865-17428015	FBgn0260477	CG30283	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0276	0.0262	0.0331	0.0231	0.0074	0.0286	0.0385	0.032	0.0074	0.0302	0.0495	0.0302	0.0302	0.0138	0.0264	0.0138	0.0485
chr2R	17428608	17428833	chr2R:17428609-17428833	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0828	0.0551	0.1256	0.0667	0.0223	0.0718	0.061	0.0773	0.0223	0.0882	0.2219	0.0882	0.0806	0.0475	0.1741	0.0475	0.0615
chr2R	17431950	17432199	chr2R:17431951-17432199	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1129	0.1518	0.1373	0.0426	0.07	0.1922	0.1518	0.2438	0.07	0.1057	0.2547	0.1057	0.0372	0.0299	0.1154	0.0299	0.0276
chr2R	17432226	17432448	chr2R:17432227-17432448	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1187	0.1538	0.1451	0.0507	0.0891	0.1568	0.1933	0.2179	0.0891	0.0809	0.274	0.0809	0.0604	0.0283	0.1573	0.0283	0.0266
chr2R	17432812	17433206	chr2R:17432813-17433206	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2227	0.3529	0.2174	0.0831	0.3574	0.2447	0.4926	0.4777	0.3574	0.0682	0.3949	0.0682	0.1689	0.0368	0.2489	0.0368	0.0625
chr2R	17433855	17434217	chr2R:17433856-17434217	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2493	0.3458	0.2706	0.118	0.3213	0.2568	0.4888	0.4617	0.3213	0.0918	0.4585	0.0918	0.2789	0.0329	0.3204	0.0329	0.1105
chr2R	17434423	17434574	chr2R:17434424-17434574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0605	0.0808	0.0612	0.037	0.0594	0.0563	0.1263	0.1066	0.0594	0.0302	0.1035	0.0302	0.0565	0.0084	0.1077	0.0084	0.0349
chr2R	17434642	17434818	chr2R:17434643-17434818	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.08	0.1	0.0872	0.0497	0.0679	0.1068	0.1233	0.1326	0.0679	0.0374	0.1418	0.0374	0.1069	0.0138	0.1354	0.0138	0.0526
chr2R	17435445	17435743	chr2R:17435446-17435743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0741	0.0923	0.0879	0.0386	0.053	0.0995	0.1246	0.1199	0.053	0.0489	0.0965	0.0489	0.206	0.0191	0.0445	0.0191	0.086
chr2R	17435931	17436109	chr2R:17435932-17436109	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0579	0.0674	0.0707	0.0331	0.0382	0.0646	0.1016	0.0799	0.0382	0.0374	0.0833	0.0374	0.1588	0.0145	0.0393	0.0145	0.0714
chr2R	17437429	17437580	chr2R:17437430-17437580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0589	0.0719	0.0633	0.0395	0.0551	0.0549	0.1068	0.0986	0.0551	0.0393	0.1087	0.0393	0.0434	0.0054	0.1128	0.0054	0.038
chr2R	17437799	17437971	chr2R:17437800-17437971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0914	0.1021	0.1203	0.0479	0.0594	0.1209	0.1107	0.1512	0.0594	0.0857	0.2113	0.0857	0.0666	0.0084	0.1399	0.0084	0.0417
chr2R	17440065	17440353	chr2R:17440066-17440353	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1272	0.1472	0.1596	0.0692	0.1092	0.1655	0.1462	0.2325	0.1092	0.055	0.3212	0.055	0.0674	0.0107	0.2431	0.0107	0.0313
chr2R	17440908	17441170	chr2R:17440909-17441170	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0615	0.1033	0.0495	0.0279	0.0764	0.0845	0.1453	0.1446	0.0764	0.029	0.0923	0.029	0.0232	0.0054	0.0896	0.0054	0.0167
chr2R	17446296	17446447	chr2R:17446297-17446447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0277	0.0349	0.0357	0.011	0.0191	0.0282	0.0541	0.044	0.0191	0.038	0.0547	0.038	0.0232	0.0077	0.0219	0.0077	0.0109
chr2R	17446512	17446663	chr2R:17446513-17446663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0287	0.0343	0.0365	0.0139	0.0223	0.0291	0.0519	0.0386	0.0223	0.0338	0.0569	0.0338	0.0225	0.0061	0.0277	0.0061	0.0177
chr2R	17446825	17447183	chr2R:17446826-17447183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0733	0.0884	0.0896	0.0387	0.0626	0.083	0.1194	0.1106	0.0626	0.0815	0.1357	0.0815	0.0713	0.0345	0.0741	0.0345	0.0469
chr2R	17447234	17447424	chr2R:17447235-17447424	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0869	0.0896	0.1102	0.0585	0.0657	0.0854	0.1155	0.1206	0.0657	0.1147	0.1518	0.1147	0.1015	0.0521	0.0793	0.0521	0.0839
chr2R	17447520	17447728	chr2R:17447521-17447728	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1086	0.1147	0.1279	0.0808	0.0806	0.1223	0.1466	0.1426	0.0806	0.1486	0.1563	0.1486	0.1239	0.0781	0.0928	0.0781	0.1141
chr2R	17448009	17448207	chr2R:17448010-17448207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0381	0.0462	0.0463	0.0199	0.0286	0.0417	0.0679	0.0586	0.0286	0.0531	0.0605	0.0531	0.0418	0.0168	0.0316	0.0168	0.0203
chr2R	17457544	17457720	chr2R:17457545-17457720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0123	0.0231	0.0139	0.0053	0.0102	0.0225	0.012	0.0053	0.0169	0.0392	0.0169	0.0124	0.0107	0.0355	0.0107	0.0068
chr2R	17458796	17459114	chr2R:17458797-17459114	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1478	0.0775	0.2014	0.1674	0.0286	0.1165	0.0843	0.0946	0.0286	0.2421	0.2363	0.2421	0.2223	0.2251	0.2102	0.2251	0.1975
chr2R	17459593	17459809	chr2R:17459594-17459809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0539	0.0194	0.0525	0.094	0.0064	0.0277	0.0272	0.0167	0.0064	0.0386	0.0682	0.0386	0.0759	0.1547	0.1322	0.1547	0.098
chr2R	17460029	17460180	chr2R:17460030-17460180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0169	0.0093	0.0166	0.0256	0.0032	0.0078	0.0173	0.0093	0.0032	0.0072	0.018	0.0072	0.0186	0.0368	0.0277	0.0368	0.0219
chr2R	17463502	17463741	chr2R:17463503-17463741	FBgn0034636	CG10440	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0739	0.0257	0.1065	0.0919	0.0074	0.0461	0.0281	0.0233	0.0074	0.1365	0.117	0.1365	0.1309	0.1225	0.109	0.1225	0.0907
chr2R	17464408	17464559	chr2R:17464409-17464559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0153	0.0196	0.0151	0.0107	0.0074	0.015	0.0407	0.014	0.0074	0.0097	0.0199	0.0097	0.0147	0.0061	0.0187	0.0061	0.0094
chr2R	17465369	17465652	chr2R:17465370-17465652	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0301	0.0403	0.033	0.0157	0.0255	0.0364	0.0627	0.0473	0.0255	0.0248	0.0418	0.0248	0.0411	0.0092	0.0297	0.0092	0.0156
chr2R	17465661	17465812	chr2R:17465662-17465812	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.0234	0.0214	0.0116	0.0148	0.0204	0.0372	0.0273	0.0148	0.0169	0.0305	0.0169	0.0248	0.01	0.0239	0.01	0.0057
chr2R	17466471	17466816	chr2R:17466472-17466816	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0167	0.0324	0.0188	0.0032	0.015	0.0229	0.03	0.0032	0.0151	0.0605	0.0151	0.0116	0.0031	0.0516	0.0031	0.012
chr2R	17467277	17467487	chr2R:17467278-17467487	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0591	0.0575	0.0723	0.0465	0.0244	0.068	0.0567	0.1026	0.0244	0.0676	0.0891	0.0676	0.048	0.0214	0.0335	0.0214	0.0208
chr2R	17473177	17473363	chr2R:17473178-17473363	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0849	0.0877	0.0939	0.0717	0.0657	0.0879	0.1042	0.1306	0.0657	0.1105	0.1116	0.1105	0.0968	0.0904	0.0703	0.0904	0.0808
chr2R	17474438	17474589	chr2R:17474439-17474589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.014	0.0097	0.0176	0.0149	0.0042	0.0117	0.0147	0.01	0.0042	0.0187	0.0241	0.0187	0.0147	0.0069	0.0355	0.0069	0.012
chr2R	17492503	17492654	chr2R:17492504-17492654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0133	0.0202	0.0256	0.0021	0.015	0.0173	0.0207	0.0021	0.0205	0.0215	0.0205	0.0302	0.0505	0.0148	0.0505	0.0401
chr2R	17492718	17492869	chr2R:17492719-17492869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0206	0.0133	0.0222	0.0269	0.0021	0.018	0.0186	0.0153	0.0021	0.0278	0.0206	0.0278	0.0372	0.0444	0.0155	0.0444	0.0417
chr2R	17492972	17493188	chr2R:17492973-17493188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0169	0.0255	0.037	0.0042	0.0165	0.0281	0.0167	0.0042	0.0236	0.0238	0.0236	0.0558	0.0421	0.02	0.0421	0.0834
chr2R	17494450	17494601	chr2R:17494451-17494601	FBgn0034638	CG10433	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0157	0.0152	0.0114	0.021	0.0074	0.0112	0.0264	0.0193	0.0074	0.0103	0.0119	0.0103	0.0194	0.0214	0.0129	0.0214	0.0448
chr2R	17495010	17495161	chr2R:17495011-17495161	FBgn0262888	CG43243	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0157	0.0082	0.0136	0.0265	0	0.0117	0.0134	0.0067	0	0.0103	0.0119	0.0103	0.0349	0.0184	0.0213	0.0184	0.061
chr2R	17495371	17495522	chr2R:17495372-17495522	FBgn0262888	CG43243	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0182	0.0077	0.0165	0.0318	0.0011	0.0107	0.0108	0.0073	0.0011	0.0115	0.0129	0.0115	0.0488	0.0406	0.0316	0.0406	0.0547
chr2R	17495632	17495859	chr2R:17495633-17495859	FBgn0262888	CG43243	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0386	0.0121	0.0253	0.083	0.0021	0.0141	0.0203	0.0107	0.0021	0.0139	0.0183	0.0139	0.0759	0.0559	0.0793	0.0559	0.1678
chr2R	17497536	17497748	chr2R:17497537-17497748	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0157	0.0226	0.0245	0.0042	0.017	0.0255	0.0173	0.0042	0.0139	0.0183	0.0139	0.0705	0.0138	0.0142	0.0138	0.0604
chr2R	17500509	17500660	chr2R:17500510-17500660	FBgn0034639	CG15673	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0113	0.019	0.0256	0.0042	0.0107	0.016	0.014	0.0042	0.0163	0.0283	0.0163	0.0186	0.0145	0.0574	0.0145	0.0313
chr2R	17501992	17502143	chr2R:17501993-17502143	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0241	0.0173	0.0187	0.0095	0.0267	0.032	0.0326	0.0095	0.0151	0.0212	0.0151	0.0209	0.0123	0.0438	0.0123	0.0193
chr2R	17502467	17502618	chr2R:17502468-17502618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0364	0.0258	0.0143	0.0191	0.0316	0.0571	0.0426	0.0191	0.0266	0.0318	0.0266	0.0256	0.0123	0.0271	0.0123	0.0167
chr2R	17502644	17503020	chr2R:17502645-17503020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0507	0.0336	0.017	0.0297	0.0417	0.0809	0.0573	0.0297	0.0423	0.036	0.0423	0.0356	0.0153	0.0245	0.0153	0.0224
chr2R	17504090	17504266	chr2R:17504091-17504266	FBgn0042180	CG18870	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0749	0.0849	0.0574	0.0488	0.0825	0.1008	0.0893	0.0488	0.1051	0.0965	0.1051	0.0728	0.0567	0.0619	0.0567	0.074
chr2R	17504314	17504503	chr2R:17504315-17504503	FBgn0042180	CG18870	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1137	0.1343	0.0976	0.0785	0.1311	0.1466	0.1352	0.0785	0.1582	0.1585	0.1582	0.1193	0.1095	0.1012	0.1095	0.123
chr2R	17504592	17505037	chr2R:17504593-17505037	FBgn0042180	CG18870	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.0737	0.1004	0.0687	0.0424	0.0782	0.0986	0.0959	0.0424	0.1165	0.1244	0.1165	0.0914	0.0766	0.0774	0.0766	0.0891
chr2R	17506500	17506653	chr2R:17506501-17506653	FBgn0000326	clt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.034	0.0308	0.0327	0.018	0.0369	0.0424	0.0493	0.018	0.0308	0.036	0.0308	0.0387	0.0322	0.0458	0.0322	0.0479
chr2R	17511640	17511800	chr2R:17511641-17511800	FBgn0016641	PTP-ER	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0585	0.0434	0.0721	0.0604	0.0233	0.051	0.0476	0.068	0.0233	0.093	0.0778	0.093	0.0829	0.0796	0.0561	0.0796	0.075
chr2R	17511891	17512060	chr2R:17511892-17512060	FBgn0016641,FBgn0034641	PTP-ER,mahj	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1581	0.139	0.1949	0.1391	0.0859	0.1723	0.1535	0.1925	0.0859	0.2337	0.2196	0.2337	0.1952	0.1631	0.1386	0.1631	0.1725
chr2R	17512232	17512645	chr2R:17512233-17512645	FBgn0016641,FBgn0034641	PTP-ER,mahj	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1751	0.165	0.2141	0.1436	0.1113	0.201	0.1834	0.2245	0.1113	0.2705	0.228	0.2705	0.2184	0.1631	0.1296	0.1631	0.1871
chr2R	17521684	17521861	chr2R:17521685-17521861	FBgn0034643,FBgn0260720	CG10321,CR42547	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1034	0.1051	0.1303	0.0719	0.071	0.1248	0.1181	0.1426	0.071	0.1703	0.1521	0.1703	0.1092	0.1072	0.0683	0.1072	0.0688
chr2R	17522103	17522302	chr2R:17522104-17522302	FBgn0034643	CG10321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2033	0.1913	0.2398	0.1767	0.1601	0.2267	0.2128	0.2452	0.1601	0.3031	0.265	0.3031	0.2231	0.1876	0.1941	0.1876	0.2168
chr2R	17522593	17522759	chr2R:17522594-17522759	FBgn0034643	CG10321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.163	0.1589	0.1843	0.1444	0.1336	0.1801	0.1743	0.2152	0.1336	0.2228	0.2125	0.2228	0.1712	0.1348	0.1496	0.1348	0.1928
chr2R	17533163	17533361	chr2R:17533164-17533361	FBgn0034644	CG10082	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.156	0.1291	0.1888	0.1501	0.0838	0.1534	0.1471	0.1726	0.0838	0.2494	0.2209	0.2494	0.1743	0.1394	0.1515	0.1394	0.1709
chr2R	17533520	17533717	chr2R:17533521-17533717	FBgn0034644	CG10082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2933	0.2668	0.3374	0.2743	0.2131	0.3189	0.2997	0.3384	0.2131	0.4348	0.381	0.4348	0.3284	0.2925	0.3037	0.2925	0.3064
chr2R	17534052	17534280	chr2R:17534053-17534280	FBgn0034644	CG10082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2247	0.2117	0.265	0.195	0.1697	0.2704	0.2158	0.2838	0.1697	0.3472	0.291	0.3472	0.2696	0.2427	0.2128	0.2427	0.2402
chr2R	17534771	17534946	chr2R:17534772-17534946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0441	0.042	0.0528	0.0369	0.0212	0.051	0.0476	0.0593	0.0212	0.0562	0.0498	0.0562	0.1015	0.0245	0.0219	0.0245	0.0818
chr2R	17545043	17545380	chr2R:17545044-17545380	FBgn0034645,FBgn0264327	CG10320,CR43786	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0928	0.0931	0.1102	0.0735	0.0594	0.1029	0.1138	0.1206	0.0594	0.1232	0.1373	0.1232	0.0999	0.0949	0.0787	0.0949	0.0881
chr2R	17545460	17545632	chr2R:17545461-17545632	FBgn0034645	CG10320	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.115	0.1079	0.1372	0.0986	0.0742	0.1262	0.1263	0.1366	0.0742	0.1612	0.1566	0.1612	0.1379	0.1049	0.098	0.1049	0.123
chr2R	17545760	17545961	chr2R:17545761-17545961	FBgn0034645	CG10320	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0692	0.0763	0.0787	0.051	0.0498	0.0806	0.0969	0.1006	0.0498	0.087	0.0916	0.087	0.0813	0.0452	0.0477	0.0452	0.0766
chr2R	17545984	17546135	chr2R:17545985-17546135	FBgn0034645	CG10320	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0522	0.0523	0.0237	0.0414	0.0451	0.0688	0.0746	0.0414	0.0568	0.0556	0.0568	0.0565	0.0268	0.0181	0.0268	0.0354
chr2R	17546138	17546431	chr2R:17546139-17546431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0551	0.068	0.0628	0.0322	0.0615	0.0558	0.0917	0.0886	0.0615	0.0688	0.0675	0.0688	0.0713	0.0375	0.0284	0.0375	0.0443
chr2R	17546749	17546900	chr2R:17546750-17546900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0307	0.0348	0.0359	0.0205	0.0191	0.0359	0.0467	0.0446	0.0191	0.0326	0.0463	0.0326	0.038	0.0176	0.0206	0.0176	0.0323
chr2R	17547216	17547367	chr2R:17547217-17547367	FBgn0034646	Rae1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0538	0.0765	0.0473	0.0297	0.0617	0.0662	0.0713	0.0297	0.087	0.0833	0.087	0.0813	0.0505	0.0451	0.0505	0.0657
chr2R	17547440	17547612	chr2R:17547441-17547612	FBgn0034646	Rae1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1067	0.0972	0.127	0.095	0.0626	0.116	0.1151	0.1252	0.0626	0.1437	0.1421	0.1437	0.1286	0.0942	0.0954	0.0942	0.1287
chr2R	17549579	17549730	chr2R:17549580-17549730	FBgn0034647	pirk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.021	0.0127	0.018	0.0334	0.0064	0.0126	0.0186	0.0167	0.0064	0.0151	0.0186	0.0151	0.0341	0.0306	0.0187	0.0306	0.0797
chr2R	17550179	17550330	chr2R:17550180-17550330	FBgn0034647	pirk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0178	0.0131	0.0183	0.0226	0.0074	0.0141	0.0208	0.0113	0.0074	0.0175	0.0174	0.0175	0.0387	0.0145	0.0103	0.0145	0.0547
chr2R	17557318	17557512	chr2R:17557319-17557512	FBgn0034649,FBgn0034650,FBgn0259725,FBgn0259726,FBgn0259727	CG42379,CG42380,CG42381,CG9865,NC2alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1365	0.1778	0.1267	0.1113	0.1558	0.1626	0.1706	0.1113	0.2204	0.1939	0.2204	0.1673	0.1455	0.1438	0.1455	0.1511
chr2R	17557574	17557747	chr2R:17557575-17557747	FBgn0034649,FBgn0034650,FBgn0259725,FBgn0259726,FBgn0259727	CG42379,CG42380,CG42381,CG9865,NC2alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1545	0.1352	0.1864	0.1411	0.1039	0.1519	0.1592	0.1732	0.1039	0.2421	0.1981	0.2421	0.172	0.1577	0.1418	0.1577	0.1756
chr2R	17557803	17557977	chr2R:17557804-17557977	FBgn0034649,FBgn0034650,FBgn0259725,FBgn0259726,FBgn0259727	CG42379,CG42380,CG42381,CG9865,NC2alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0964	0.0808	0.1142	0.0943	0.0551	0.0903	0.0947	0.1079	0.0551	0.1479	0.1206	0.1479	0.1177	0.1003	0.0838	0.1003	0.1407
chr2R	17572323	17572494	chr2R:17572324-17572494	FBgn0034654	CG10306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.0657	0.0613	0.0384	0.0382	0.0684	0.0874	0.0879	0.0382	0.0682	0.0685	0.0682	0.0635	0.0444	0.0406	0.0444	0.0427
chr2R	17572691	17572859	chr2R:17572692-17572859	FBgn0034654	CG10306	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1521	0.1448	0.1871	0.1218	0.1113	0.1631	0.1747	0.1865	0.1113	0.2361	0.2045	0.2361	0.1898	0.1309	0.1302	0.1309	0.1569
chr2R	17572938	17573103	chr2R:17572939-17573103	FBgn0034654	CG10306	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0926	0.088	0.1156	0.0724	0.0647	0.0932	0.1142	0.1073	0.0647	0.1564	0.1254	0.1564	0.1092	0.0911	0.0767	0.0911	0.0902
chr2R	17573246	17573397	chr2R:17573247-17573397	FBgn0034654	CG10306	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0455	0.0467	0.0231	0.0318	0.0413	0.067	0.0526	0.0318	0.0562	0.0514	0.0562	0.038	0.0253	0.02	0.0253	0.0318
chr2R	17575038	17575236	chr2R:17575039-17575236	FBgn0003687	Tbp	stage5	none	Tbp_pDRE-wt	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.148	0.1326	0.1798	0.1302	0.0891	0.1524	0.1635	0.1659	0.0891	0.2271	0.1897	0.2271	0.1782	0.1256	0.1373	0.1256	0.1647
chr2R	17575318	17575481	chr2R:17575319-17575481	FBgn0003687	Tbp	none	none	Tbp_pDRE-wt	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1149	0.1114	0.1338	0.0982	0.0764	0.1311	0.141	0.1346	0.0764	0.16	0.1469	0.16	0.1216	0.0942	0.1019	0.0942	0.1261
chr2R	17575667	17575852	chr2R:17575668-17575852	FBgn0050285	CG30285	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0642	0.0677	0.0758	0.0476	0.0318	0.0927	0.0861	0.07	0.0318	0.0833	0.0794	0.0833	0.0682	0.0452	0.0406	0.0452	0.0563
chr2R	17578568	17578755	chr2R:17578569-17578755	FBgn0027360,FBgn0050290,FBgn0260222,FBgn0260223	CG42496,CG42497,Ppcdc,Tim10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1983	0.1904	0.2358	0.1659	0.1273	0.2427	0.1938	0.2632	0.1273	0.2862	0.2576	0.2862	0.2448	0.1815	0.1534	0.1815	0.2199
chr2R	17578967	17579172	chr2R:17578968-17579172	FBgn0027360,FBgn0050290,FBgn0260222,FBgn0260223	CG42496,CG42497,Ppcdc,Tim10	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1223	0.1377	0.0932	0.088	0.1432	0.1328	0.1726	0.088	0.1655	0.1495	0.1655	0.1402	0.1018	0.0954	0.1018	0.1188
chr2R	17579228	17579388	chr2R:17579229-17579388	FBgn0050290,FBgn0260222	CG42496,Ppcdc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0623	0.0589	0.0812	0.0453	0.0361	0.0728	0.0683	0.0779	0.0361	0.1141	0.082	0.1141	0.0713	0.0551	0.0361	0.0551	0.0511
chr2R	17584126	17584452	chr2R:17584127-17584452	FBgn0034656	CG17922	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0884	0.0915	0.1121	0.0589	0.0668	0.116	0.096	0.1233	0.0668	0.1377	0.1174	0.1377	0.0937	0.0459	0.04	0.0459	0.0688
chr2R	17584477	17584743	chr2R:17584478-17584743	FBgn0034656	CG17922	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0681	0.0699	0.0831	0.0494	0.0551	0.082	0.0787	0.0913	0.0551	0.0924	0.0881	0.0924	0.0705	0.0467	0.0206	0.0467	0.0532
chr2R	17588039	17588200	chr2R:17588040-17588200	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0817	0.0541	0.0978	0.0947	0.0392	0.0811	0.0515	0.0646	0.0392	0.1021	0.0643	0.1021	0.0728	0.0452	0.0322	0.0452	0.075
chr2R	17590289	17590535	chr2R:17590290-17590535	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2693	0.2542	0.3272	0.2227	0.2153	0.3301	0.2656	0.3011	0.2153	0.413	0.3508	0.413	0.2688	0.2282	0.2153	0.2282	0.2434
chr2R	17590629	17590821	chr2R:17590630-17590821	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2884	0.2595	0.3381	0.2663	0.2078	0.3354	0.2556	0.3404	0.2078	0.4106	0.3701	0.4106	0.2959	0.2757	0.2656	0.2757	0.3048
chr2R	17591026	17591177	chr2R:17591027-17591177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1034	0.0633	0.1383	0.1097	0.0477	0.0956	0.0554	0.0766	0.0477	0.1763	0.1466	0.1763	0.134	0.124	0.1032	0.124	0.1423
chr2R	17591967	17592340	chr2R:17591968-17592340	FBgn0010228	HmgZ	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.4012	0.3538	0.473	0.3754	0.3001	0.4733	0.3387	0.4484	0.3001	0.5845	0.4936	0.5845	0.4601	0.4104	0.3617	0.4104	0.4096
chr2R	17593498	17593717	chr2R:17593499-17593717	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2709	0.2494	0.3357	0.2238	0.1856	0.3184	0.2695	0.3191	0.1856	0.4287	0.3601	0.4287	0.2835	0.2688	0.2218	0.2688	0.2553
chr2R	17594083	17594234	chr2R:17594084-17594234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0967	0.0845	0.1348	0.0687	0.0445	0.1301	0.0856	0.0973	0.0445	0.2041	0.1145	0.2041	0.0829	0.0881	0.0458	0.0881	0.0573
chr2R	17594369	17594526	chr2R:17594370-17594526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1004	0.0738	0.1298	0.0979	0.018	0.1354	0.0606	0.0906	0.018	0.1926	0.0884	0.1926	0.103	0.0988	0.0542	0.0988	0.0698
chr2R	17595191	17595421	chr2R:17595192-17595421	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.145	0.2267	0.1484	0.05	0.2004	0.2942	0.1912	0.3418	0.2004	0.2742	0.1219	0.2742	0.1015	0.0819	0.0245	0.0819	0.0427
chr2R	17596997	17597148	chr2R:17596998-17597148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1118	0.1142	0.1249	0.095	0.0774	0.1529	0.1159	0.1492	0.0774	0.1727	0.1125	0.1727	0.1325	0.1217	0.0671	0.1217	0.1271
chr2R	17599822	17600126	chr2R:17599823-17600126	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1084	0.1765	0.1024	0.0389	0.1485	0.1646	0.2037	0.2791	0.1485	0.1069	0.1093	0.1069	0.0666	0.0276	0.0451	0.0276	0.0313
chr2R	17600710	17600952	chr2R:17600711-17600952	FBgn0004362	HmgD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2727	0.2916	0.3096	0.211	0.2556	0.3301	0.3304	0.3704	0.2556	0.3901	0.3199	0.3901	0.2912	0.2312	0.1992	0.2312	0.2324
chr2R	17601051	17601222	chr2R:17601052-17601222	FBgn0004362	HmgD	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1517	0.1588	0.1766	0.1163	0.1166	0.1762	0.1972	0.1965	0.1166	0.2301	0.1891	0.2301	0.1696	0.1217	0.1083	0.1217	0.1344
chr2R	17601235	17601396	chr2R:17601236-17601396	FBgn0004362	HmgD	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1343	0.1753	0.12	0.1071	0.1505	0.1618	0.1659	0.1071	0.2144	0.1942	0.2144	0.1665	0.1217	0.127	0.1217	0.1443
chr2R	17601522	17601733	chr2R:17601523-17601733	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1579	0.1461	0.1996	0.1253	0.0944	0.1762	0.1691	0.1852	0.0944	0.2826	0.2071	0.2826	0.182	0.1309	0.1206	0.1309	0.135
chr2R	17601979	17602137	chr2R:17601980-17602137	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1294	0.1395	0.1516	0.0939	0.0901	0.1718	0.1579	0.1785	0.0901	0.1932	0.1691	0.1932	0.1247	0.0896	0.0974	0.0896	0.0974
chr2R	17602226	17602420	chr2R:17602227-17602420	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.213	0.2028	0.259	0.1741	0.1612	0.2379	0.2318	0.2585	0.1612	0.3062	0.2791	0.3062	0.2556	0.1639	0.1612	0.1639	0.2131
chr2R	17603066	17603217	chr2R:17603067-17603217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0707	0.112	0.0707	0.0245	0.0806	0.1364	0.1302	0.1386	0.0806	0.1051	0.0666	0.1051	0.0395	0.0191	0.0123	0.0191	0.0302
chr2R	17607380	17607567	chr2R:17607381-17607567	FBgn0034657,FBgn0050404	LBR,Tango11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1532	0.1471	0.176	0.1351	0.1283	0.1641	0.1791	0.1779	0.1283	0.2186	0.1894	0.2186	0.1727	0.1478	0.1322	0.1478	0.1527
chr2R	17607867	17608032	chr2R:17607868-17608032	FBgn0034657,FBgn0050404	LBR,Tango11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2128	0.1939	0.2543	0.1883	0.1283	0.2199	0.2409	0.2458	0.1283	0.317	0.274	0.317	0.2316	0.2006	0.1954	0.2006	0.2173
chr2R	17608130	17608344	chr2R:17608131-17608344	FBgn0034657	LBR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1588	0.1382	0.1926	0.1447	0.0859	0.1631	0.1756	0.1692	0.0859	0.2385	0.2084	0.2385	0.1913	0.1998	0.1431	0.1998	0.1569
chr2R	17608412	17608563	chr2R:17608413-17608563	FBgn0034657	LBR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0665	0.0694	0.0736	0.0556	0.0477	0.0675	0.1016	0.0793	0.0477	0.0864	0.0762	0.0864	0.0782	0.0995	0.0438	0.0995	0.061
chr2R	17615246	17615397	chr2R:17615247-17615397	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0123	0.0249	0.008	0.0028	0.0223	0.0141	0.045	0.0247	0.0223	0.0085	0.0103	0.0085	0.0054	0.0015	0.0019	0.0015	0.0026
chr2R	17621099	17621331	chr2R:17621100-17621331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0177	0.033	0.048	0.0032	0.0218	0.0294	0.0153	0.0032	0.0374	0.0444	0.0374	0.0302	0.0574	0.0877	0.0574	0.0479
chr2R	17621484	17621663	chr2R:17621485-17621663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0369	0.0177	0.0359	0.0595	0.0042	0.0252	0.0238	0.0173	0.0042	0.0405	0.0431	0.0405	0.0449	0.0911	0.0993	0.0911	0.0532
chr2R	17624745	17624896	chr2R:17624746-17624896	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0052	0.0066	0.0107	0.0011	0.0019	0.0108	0.008	0.0011	0.0066	0.0068	0.0066	0.0054	0.0061	0.0052	0.0061	0.0083
chr2R	17643688	17643839	chr2R:17643689-17643839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0111	0.01	0.0134	0.0042	0.0131	0.0164	0.0093	0.0042	0.0121	0.0084	0.0121	0.007	0.0054	0.0052	0.0054	0.001
chr2R	17651713	17651864	chr2R:17651714-17651864	FBgn0264714,FBgn0264715	CG43982,CR43983	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0075	0.007	0.007	0.0088	0.0021	0.0063	0.0143	0.004	0.0021	0.0091	0.0064	0.0091	0.0062	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chr2R	17652001	17652152	chr2R:17652002-17652152	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0057	0.0032	0.0092	0.0042	0.0015	0.0134	0.0053	0.0042	0.003	0.0026	0.003	0.0031	0.0038	6e-04	0.0038	0.0036
chr2R	17667902	17668053	chr2R:17667903-17668053	distal	distal	none	none	VT20484.1	VT20484.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0053	0.0042	0.0038	0.0081	0.0021	0.0039	0.0095	0.0013	0.0021	0.0048	0.0042	0.0048	0.0054	0.0015	0.0058	0.0015	0.0036
chr2R	17675135	17675286	chr2R:17675136-17675286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0106	0.0162	0.0121	0.0074	0.0087	0.0182	0.0107	0.0074	0.0181	0.0129	0.0181	0.0085	0.0038	0.0032	0.0038	0.0099
chr2R	17675740	17675891	chr2R:17675741-17675891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.008	0.0084	0.0104	0.0053	0.0053	0.016	0.0067	0.0053	0.0085	0.008	0.0085	0.0062	0.0069	0.0013	0.0069	0.0036
chr2R	17676149	17676300	chr2R:17676150-17676300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0075	0.008	0.0146	0.0042	0.0068	0.0143	0.006	0.0042	0.0097	0.0058	0.0097	0.007	0.0069	0.0045	0.0069	0.0115
chr2R	17695677	17695828	chr2R:17695678-17695828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0085	0.0135	0.0184	0.0032	0.0092	0.0138	0.008	0.0032	0.0163	0.0148	0.0163	0.0062	0.0031	0.0064	0.0031	0.0052
chr2R	17729838	17730084	chr2R:17729839-17730084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0182	0.0246	0.0262	0.0095	0.0165	0.0307	0.018	0.0095	0.0338	0.0305	0.0338	0.0201	0.049	0.0413	0.049	0.0182
chr2R	17730585	17730776	chr2R:17730586-17730776	FBgn0050407	tRNA:CR30407	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0492	0.0603	0.0494	0.0366	0.0456	0.0621	0.0826	0.0706	0.0456	0.0525	0.0563	0.0525	0.0736	0.0368	0.0303	0.0368	0.0703
chr2R	17735917	17736104	chr2R:17735918-17736104	FBgn0050406	tRNA:CR30406	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0823	0.0968	0.0838	0.0645	0.0668	0.1112	0.1103	0.1386	0.0668	0.1027	0.0875	0.1027	0.1123	0.0544	0.0496	0.0544	0.1386
chr2R	17736571	17736749	chr2R:17736572-17736749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0294	0.0264	0.0388	0.0223	0.0074	0.0335	0.0298	0.038	0.0074	0.0429	0.0592	0.0429	0.0201	0.0077	0.0567	0.0077	0.0224
chr2R	17736760	17736963	chr2R:17736761-17736963	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0229	0.044	0.0272	0.0032	0.0286	0.026	0.0366	0.0032	0.0272	0.0781	0.0272	0.0271	0.0092	0.0709	0.0092	0.0234
chr2R	17736967	17737118	chr2R:17736968-17737118	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0145	0.0368	0.0266	0.0042	0.018	0.0169	0.022	0.0042	0.0205	0.0672	0.0205	0.017	0.0069	0.0735	0.0069	0.0203
chr2R	17740938	17741089	chr2R:17740939-17741089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.017	0.0067	0.017	0.0285	0.0021	0.0087	0.0091	0.0073	0.0021	0.0302	0.0145	0.0302	0.0178	0.0865	0.0226	0.0865	0.0198
chr2R	17741685	17742038	chr2R:17741686-17742038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0351	0.025	0.0449	0.0356	0.0095	0.0359	0.0316	0.026	0.0095	0.0845	0.046	0.0845	0.0341	0.0636	0.038	0.0636	0.0412
chr2R	17742213	17742364	chr2R:17742214-17742364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.014	0.0102	0.0155	0.0167	0.0021	0.0126	0.0147	0.012	0.0021	0.0302	0.0145	0.0302	0.0101	0.0368	0.0193	0.0368	0.0146
chr2R	17742515	17742666	chr2R:17742516-17742666	distal	distal	none	none	VT20515.1	VT20515.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0146	0.0088	0.0155	0.0199	0.0021	0.0155	0.0117	0.0053	0.0021	0.0296	0.017	0.0296	0.0077	0.0436	0.0264	0.0436	0.0156
chr2R	17743251	17743415	chr2R:17743252-17743415	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT20515.1	VT20515.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0365	0.0303	0.0514	0.0272	0.0159	0.0398	0.0385	0.036	0.0159	0.0725	0.0762	0.0725	0.0201	0.0207	0.0574	0.0207	0.0188
chr2R	17743431	17743618	chr2R:17743432-17743618	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT20515.1	VT20515.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0414	0.0243	0.072	0.027	0.0085	0.0291	0.0307	0.0333	0.0085	0.0978	0.1077	0.0978	0.0287	0.0268	0.0613	0.0268	0.0167
chr2R	17744789	17744940	chr2R:17744790-17744940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0113	0.0098	0.019	0.0046	0.0032	0.0126	0.0134	0.0127	0.0032	0.0036	0.035	0.0036	0.0163	0.0015	0.0097	0.0015	0.0052
chr2R	17747231	17747382	chr2R:17747232-17747382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0087	0.0141	0.0178	0.0021	0.0092	0.0156	0.0067	0.0021	0.0151	0.0206	0.0151	0.0085	0.0115	0.04	0.0115	0.0156
chr2R	17749214	17749365	chr2R:17749215-17749365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0125	0.0136	0.0185	0.0046	0.0042	0.017	0.0173	0.0193	0.0042	0.0278	0.0203	0.0278	0.0147	0.0031	0.0064	0.0031	0.0052
chr2R	17751334	17751552	chr2R:17751335-17751552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0221	0.0169	0.0277	0.0219	0.0095	0.0155	0.0298	0.014	0.0095	0.0598	0.0305	0.0598	0.0124	0.0567	0.0258	0.0567	0.0099
chr2R	17751969	17752127	chr2R:17751970-17752127	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0189	0.0414	0.0266	0.0106	0.0204	0.0255	0.022	0.0106	0.038	0.072	0.038	0.0155	0.0222	0.0722	0.0222	0.0167
chr2R	17755902	17756053	chr2R:17755903-17756053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.023	0.0112	0.0335	0.0246	0.0011	0.015	0.0182	0.0087	0.0011	0.0694	0.0341	0.0694	0.024	0.023	0.0271	0.023	0.0453
chr2R	17756880	17757034	chr2R:17756881-17757034	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0381	0.0198	0.074	0.0191	0.0074	0.0447	0.0147	0.0147	0.0074	0.2228	0.0521	0.2228	0.0194	0.0337	0.029	0.0337	0.0135
chr2R	17757342	17757562	chr2R:17757343-17757562	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0489	0.0284	0.0966	0.0195	0.0106	0.0602	0.0216	0.022	0.0106	0.3134	0.0534	0.3134	0.031	0.0322	0.0193	0.0322	0.0141
chr2R	17759308	17759512	chr2R:17759309-17759512	FBgn0085397	Fili	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2332	0.1955	0.2902	0.2128	0.1633	0.2432	0.1912	0.2658	0.1633	0.375	0.3222	0.375	0.2851	0.2343	0.2405	0.2343	0.2496
chr2R	17760574	17760725	chr2R:17760575-17760725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0116	0.0452	0.0228	0.0021	0.0194	0.0125	0.0113	0.0021	0.0393	0.0765	0.0393	0.0201	0.0245	0.0374	0.0245	0.025
chr2R	17761481	17761742	chr2R:17761482-17761742	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0626	0.0365	0.114	0.0354	0.0064	0.0689	0.0346	0.038	0.0064	0.2391	0.1125	0.2391	0.0782	0.072	0.0374	0.072	0.0302
chr2R	17762807	17763094	chr2R:17762808-17763094	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0428	0.0252	0.0687	0.0343	0.0085	0.0374	0.0324	0.0227	0.0085	0.093	0.1	0.093	0.0302	0.0153	0.089	0.0153	0.0224
chr2R	17765270	17765426	chr2R:17765271-17765426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0152	0.0335	0.0242	0.0042	0.0228	0.0125	0.0253	0.0042	0.026	0.046	0.026	0.0449	0.0199	0.0368	0.0199	0.0276
chr2R	17767507	17767658	chr2R:17767508-17767658	distal	distal	stage14	stage14	VT20527.1	VT20527.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0074	0.0154	0.032	0.0053	0.0058	0.013	0.006	0.0053	0.0151	0.0154	0.0151	0.0108	0.0077	0.0206	0.0077	0.0146
chr2R	17770362	17770513	chr2R:17770363-17770513	FBgn0025573	PpN58A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0081	0.0171	0.0164	0.0032	0.0112	0.0095	0.0113	0.0032	0.0181	0.0122	0.0181	0.0101	0.0107	0.0123	0.0107	0.0099
chr2R	17770528	17770679	chr2R:17770529-17770679	FBgn0025573	PpN58A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.012	0.0222	0.0235	0.0053	0.0155	0.0147	0.0167	0.0053	0.0326	0.0145	0.0326	0.024	0.0161	0.0123	0.0161	0.024
chr2R	17770897	17771163	chr2R:17770898-17771163	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0407	0.0323	0.0481	0.0419	0.0148	0.0442	0.0333	0.044	0.0148	0.0652	0.045	0.0652	0.0503	0.023	0.0258	0.023	0.0636
chr2R	17771555	17771785	chr2R:17771556-17771785	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.105	0.0783	0.1466	0.0893	0.0255	0.1466	0.051	0.1039	0.0255	0.2258	0.1453	0.2258	0.1805	0.0651	0.0625	0.0651	0.2043
chr2R	17771892	17772092	chr2R:17771893-17772092	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1129	0.0975	0.1613	0.077	0.0297	0.1796	0.0593	0.1419	0.0297	0.25	0.1624	0.25	0.1875	0.0727	0.069	0.0727	0.1459
chr2R	17772761	17772912	chr2R:17772762-17772912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0116	0.0313	0.0213	0.0042	0.0126	0.0208	0.0093	0.0042	0.0465	0.0328	0.0465	0.0225	0.0283	0.0206	0.0283	0.0307
chr2R	17773196	17773433	chr2R:17773197-17773433	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.049	0.0184	0.0591	0.072	0.0032	0.0311	0.0186	0.022	0.0032	0.0803	0.0756	0.0803	0.0372	0.1524	0.0974	0.1524	0.0693
chr2R	17773489	17773685	chr2R:17773490-17773685	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0491	0.0136	0.0665	0.0696	0.0021	0.0243	0.0134	0.014	0.0021	0.0906	0.0913	0.0906	0.0387	0.1524	0.1012	0.1524	0.0547
chr2R	17775261	17775412	chr2R:17775262-17775412	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0266	0.0312	0.0286	0.0194	0.0244	0.0252	0.0476	0.0366	0.0244	0.0314	0.0373	0.0314	0.0225	0.013	0.0355	0.013	0.0182
chr2R	17776279	17776482	chr2R:17776280-17776482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0118	0.0354	0.0514	0.0064	0.0141	0.0164	0.0127	0.0064	0.0374	0.0341	0.0374	0.0658	0.0168	0.0355	0.0168	0.1318
chr2R	17777306	17777457	chr2R:17777307-17777457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0079	0.0207	0.021	0.0021	0.0107	0.0099	0.0093	0.0021	0.0229	0.0299	0.0229	0.0163	0.0077	0.0496	0.0077	0.024
chr2R	17778361	17778557	chr2R:17778362-17778557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0191	0.0362	0.0167	0.0117	0.0233	0.0238	0.0213	0.0117	0.035	0.0466	0.035	0.0194	0.0077	0.0206	0.0077	0.0172
chr2R	17782754	17782905	chr2R:17782755-17782905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.009	0.0129	0.0109	0.0117	0.0073	0.0147	0.0073	0.0117	0.0157	0.0177	0.0157	0.0031	0.0061	0.0097	0.0061	0.0057
chr2R	17784016	17784167	chr2R:17784017-17784167	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0121	0.0303	0.0242	0.0053	0.0175	0.0151	0.012	0.0053	0.0302	0.0447	0.0302	0.0217	0.013	0.038	0.013	0.0323
chr2R	17784197	17784530	chr2R:17784198-17784530	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0447	0.0233	0.0553	0.0571	0.0074	0.0316	0.0346	0.0193	0.0074	0.0604	0.074	0.0604	0.0457	0.026	0.0935	0.026	0.0933
chr2R	17784979	17785130	chr2R:17784980-17785130	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0105	0.0197	0.0196	0.0042	0.0063	0.0195	0.014	0.0042	0.0169	0.0302	0.0169	0.0163	0.0023	0.0522	0.0023	0.0193
chr2R	17785873	17786036	chr2R:17785874-17786036	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0125	0.0447	0.0358	0.0064	0.0155	0.0195	0.0087	0.0064	0.0254	0.082	0.0254	0.0209	0.0077	0.1077	0.0077	0.0188
chr2R	17786623	17786840	chr2R:17786624-17786840	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0411	0.0184	0.0622	0.0433	0.0074	0.0252	0.0268	0.016	0.0074	0.0586	0.1039	0.0586	0.0364	0.0421	0.1044	0.0421	0.0323
chr2R	17787725	17787876	chr2R:17787726-17787876	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0264	0.035	0.0253	0.018	0.0191	0.0238	0.064	0.0366	0.0191	0.0296	0.0402	0.0296	0.0101	0.0123	0.0303	0.0123	0.0156
chr2R	17795596	17795747	chr2R:17795597-17795747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0133	0.008	0.014	0.0184	0.0042	0.0053	0.0173	0.004	0.0042	0.0205	0.0167	0.0205	0.0101	0.0054	0.0368	0.0054	0.0214
chr2R	17797706	17797857	chr2R:17797707-17797857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0095	0.0179	0.0167	0.0064	0.0092	0.0147	0.01	0.0064	0.0205	0.0238	0.0205	0.0093	0.0069	0.04	0.0069	0.0146
chr2R	17802294	17802445	chr2R:17802295-17802445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.016	0.0071	0.0282	0.0127	0.0032	0.0112	0.0087	0.006	0.0032	0.0574	0.0257	0.0574	0.0116	0.0107	0.0135	0.0107	0.0099
chr2R	17804785	17804936	chr2R:17804786-17804936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0178	0.0091	0.0226	0.0223	0.0021	0.0097	0.0173	0.0033	0.0021	0.032	0.0273	0.032	0.0155	0.0498	0.0219	0.0498	0.0141
chr2R	17809871	17810022	chr2R:17809872-17810022	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0111	0.0059	0.0146	0.0132	0.0021	0.0058	0.0104	0.0053	0.0021	0.0229	0.0183	0.0229	0.0093	0.026	0.0161	0.026	0.012
chr2R	17810439	17810590	chr2R:17810440-17810590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0138	0.0069	0.0136	0.0217	0	0.0087	0.0117	0.0067	0	0.0187	0.0141	0.0187	0.0101	0.0505	0.0206	0.0505	0.0125
chr2R	17810838	17810989	chr2R:17810839-17810989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0087	0.0185	0.0219	0.0032	0.0121	0.0117	0.0073	0.0032	0.0242	0.0222	0.0242	0.0116	0.0452	0.0226	0.0452	0.0104
chr2R	17812859	17813010	chr2R:17812860-17813010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0149	0.0107	0.0192	0.0148	0.0053	0.0146	0.0138	0.0113	0.0053	0.0338	0.0167	0.0338	0.0147	0.0291	0.0168	0.0291	0.0099
chr2R	17824353	17824504	chr2R:17824354-17824504	FBgn0263999	CG43742	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0139	0.0088	0.0151	0.0184	0.0032	0.0131	0.0112	0.0087	0.0032	0.0175	0.0148	0.0175	0.0201	0.0084	0.0174	0.0084	0.036
chr2R	17825217	17825368	chr2R:17825218-17825368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0082	0.0131	0.0191	0.0032	0.0102	0.0134	0.006	0.0032	0.0199	0.0116	0.0199	0.0108	0.0061	0.0187	0.0061	0.0135
chr2R	17834052	17834203	chr2R:17834053-17834203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.013	0.0128	0.0163	0.0042	0.0126	0.0229	0.0113	0.0042	0.0169	0.0119	0.0169	0.0116	0.0038	0.0097	0.0038	0.0099
chr2R	17834744	17834895	chr2R:17834745-17834895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.0074	0.0126	0.0128	0.0042	0.0058	0.013	0.006	0.0042	0.0175	0.0132	0.0175	0.0108	0.0023	0.0129	0.0023	0.0089
chr2R	17838979	17839130	chr2R:17838980-17839130	FBgn0034670	CG13488	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0136	0.0101	0.0147	0.0164	0.0053	0.0068	0.0199	0.01	0.0053	0.0211	0.0141	0.0211	0.0186	0.0069	0.0193	0.0069	0.0323
chr2R	17839678	17839829	chr2R:17839679-17839829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0104	0.0097	0.0126	0.0089	0.0042	0.0102	0.0173	0.006	0.0042	0.0181	0.0103	0.0181	0.0209	0.0031	0.0077	0.0031	0.0193
chr2R	17847239	17847390	chr2R:17847240-17847390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.0079	0.0084	0.0146	0.0021	0.0078	0.0151	0.0067	0.0021	0.0103	0.0064	0.0103	0.0093	0.0077	0.0039	0.0077	0.0099
chr2R	17854303	17854705	chr2R:17854304-17854705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0201	0.027	0.0241	0.0064	0.0233	0.0342	0.016	0.0064	0.0344	0.0183	0.0344	0.0139	0.0191	0.0123	0.0191	0.0146
chr2R	17859876	17860069	chr2R:17859877-17860069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0264	0.0315	0.0316	0.0117	0.0286	0.0363	0.0286	0.0117	0.038	0.0254	0.038	0.0217	0.0276	0.0187	0.0276	0.0234
chr2R	17860176	17860327	chr2R:17860177-17860327	FBgn0034674	CG9304	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0293	0.0264	0.0313	0.0304	0.0117	0.0267	0.0402	0.028	0.0117	0.035	0.0325	0.035	0.0294	0.0337	0.0239	0.0337	0.0302
chr2R	17860518	17860717	chr2R:17860519-17860717	FBgn0034674	CG9304	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1206	0.1066	0.1471	0.1074	0.0647	0.1262	0.1306	0.1379	0.0647	0.1908	0.1498	0.1908	0.1572	0.121	0.1141	0.121	0.1146
chr2R	17865670	17865821	chr2R:17865671-17865821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0102	0.007	0.0178	0.0064	0.0087	0.0173	0.0107	0.0064	0.0091	0.0058	0.0091	0.0046	0.0092	0.0097	0.0092	0.0104
chr2R	17878741	17878892	chr2R:17878742-17878892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.012	0.0102	0.0096	0.0167	0.0042	0.0078	0.0208	0.0067	0.0042	0.0085	0.0087	0.0085	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr2R	17879378	17879529	chr2R:17879379-17879529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0121	0.0103	0.0127	0.0074	0.0083	0.0195	0.0153	0.0074	0.0139	0.0109	0.0139	0.0101	0.0061	0.0052	0.0061	0.0089
chr2R	17879751	17879902	chr2R:17879752-17879902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0081	0.0063	0.0078	0.0021	0.0039	0.0151	0.012	0.0021	0.0091	0.0048	0.0091	0.0046	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chr2R	17904413	17904564	chr2R:17904414-17904564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0079	0.007	0.0072	0.0097	0.0011	0.0039	0.0147	0.0087	0.0011	0.0109	0.0061	0.0109	0.0054	0.0046	0.0039	0.0046	0.0073
chr2R	17926966	17927117	chr2R:17926967-17927117	FBgn0085399	CG34370	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0049	0.0056	0.0166	0.0032	0.0044	0.0091	0.0033	0.0032	0.0048	0.0032	0.0048	0.0085	0	0.0032	0	0.0162
chr2R	17940838	17940989	chr2R:17940839-17940989	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0098	0.0074	0.0153	0.0074	0.0068	0.0186	0.0087	0.0074	0.0066	0.0064	0.0066	0.0093	8e-04	0.0071	8e-04	0.0083
chr2R	17946523	17946674	chr2R:17946524-17946674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0103	0.0081	0.0138	0.0042	0.0087	0.0186	0.0107	0.0042	0.0048	0.0061	0.0048	0.0085	0.0023	0.0039	0.0023	0.0078
chr2R	17948267	17948517	chr2R:17948268-17948517	FBgn0034684,FBgn0259142	CG13501,Snp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1729	0.1783	0.1843	0.1544	0.1145	0.2121	0.2016	0.2438	0.1145	0.1902	0.2135	0.1902	0.22	0.1662	0.1534	0.1662	0.2001
chr2R	17948702	17948912	chr2R:17948703-17948912	FBgn0034684,FBgn0259142	CG13501,Snp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0858	0.0907	0.0895	0.0763	0.0626	0.0966	0.0969	0.1406	0.0626	0.093	0.1032	0.093	0.1123	0.0766	0.0722	0.0766	0.1079
chr2R	17949149	17949370	chr2R:17949150-17949370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0338	0.0324	0.0363	0.0326	0.0138	0.0354	0.0458	0.042	0.0138	0.0211	0.0428	0.0211	0.0697	0.0237	0.0419	0.0237	0.05
chr2R	17950206	17950357	chr2R:17950207-17950357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0204	0.0177	0.0183	0.0259	0.0053	0.0155	0.0272	0.0247	0.0053	0.0248	0.0177	0.0248	0.0248	0.0314	0.0155	0.0314	0.0558
chr2R	17950798	17950978	chr2R:17950799-17950978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0176	0.0208	0.048	0.0064	0.0189	0.0298	0.016	0.0064	0.0223	0.0138	0.0223	0.0488	0.0406	0.0251	0.0406	0.1167
chr2R	17954253	17954435	chr2R:17954254-17954435	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0835	0.0677	0.1034	0.0792	0.0297	0.0898	0.083	0.0833	0.0297	0.1341	0.1109	0.1341	0.1053	0.0972	0.0877	0.0972	0.0943
chr2R	17954532	17954742	chr2R:17954533-17954742	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.039	0.0323	0.0492	0.0352	0.0095	0.0451	0.0428	0.0353	0.0095	0.0652	0.0514	0.0652	0.0457	0.0375	0.0374	0.0375	0.0474
chr2R	17960703	17960969	chr2R:17960704-17960969	FBgn0034688	CG11474	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.077	0.108	0.1072	0.0488	0.0898	0.0895	0.1013	0.0488	0.131	0.117	0.131	0.127	0.1769	0.0832	0.1769	0.1318
chr2R	17961044	17961330	chr2R:17961045-17961330	FBgn0034688	CG11474	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0512	0.0786	0.0557	0.0276	0.0568	0.0644	0.0666	0.0276	0.0966	0.0875	0.0966	0.0891	0.0597	0.0548	0.0597	0.0667
chr2R	17962726	17962909	chr2R:17962727-17962909	FBgn0034689	CG2921	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0445	0.0844	0.0817	0.0339	0.0524	0.0458	0.0646	0.0339	0.0972	0.0923	0.0972	0.1007	0.0934	0.0941	0.0934	0.0902
chr2R	17963387	17963597	chr2R:17963388-17963597	FBgn0067102	GlcT-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.1089	0.1316	0.1142	0.0785	0.1398	0.1103	0.1532	0.0785	0.16	0.1379	0.16	0.1472	0.1325	0.1154	0.1325	0.1313
chr2R	17963768	17963919	chr2R:17963769-17963919	FBgn0067102	GlcT-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0344	0.0437	0.0344	0.0223	0.0408	0.0381	0.0473	0.0223	0.0531	0.046	0.0531	0.0426	0.0429	0.0284	0.0429	0.0511
chr2R	17965984	17966180	chr2R:17965985-17966180	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0447	0.0314	0.0415	0.0631	0.0148	0.0393	0.0428	0.032	0.0148	0.0344	0.0373	0.0344	0.0875	0.0268	0.0413	0.0268	0.1673
chr2R	17966620	17966771	chr2R:17966621-17966771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0232	0.0247	0.0281	0.0064	0.0311	0.0337	0.0213	0.0064	0.0211	0.0222	0.0211	0.0496	0.0222	0.0135	0.0222	0.0683
chr2R	17967528	17967724	chr2R:17967529-17967724	FBgn0034691	synj	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0901	0.0912	0.0712	0.1096	0.0626	0.0893	0.1172	0.1306	0.0626	0.0586	0.0675	0.0586	0.1146	0.1179	0.0986	0.1179	0.1266
chr2R	17967856	17968036	chr2R:17967857-17968036	FBgn0034691	synj	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0777	0.0747	0.0548	0.1063	0.0647	0.0738	0.0943	0.0986	0.0647	0.0519	0.0466	0.0519	0.0875	0.1309	0.0741	0.1309	0.1214
chr2R	17985294	17985445	chr2R:17985295-17985445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0103	0.0091	0.0104	0.0114	0.0011	0.0083	0.0177	0.0073	0.0011	0.0127	0.0113	0.0127	0.0139	0.0046	0.0309	0.0046	0.0057
chr2R	17986914	17987065	chr2R:17986915-17987065	FBgn0034693	CG11073	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0181	0.0217	0.0164	0.0159	0.0138	0.0165	0.0389	0.02	0.0138	0.0175	0.0209	0.0175	0.0132	0.0145	0.0387	0.0145	0.0125
chr2R	17990042	17990243	chr2R:17990043-17990243	FBgn0034694	CG6613	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.048	0.0482	0.0337	0.0339	0.049	0.0657	0.056	0.0339	0.055	0.0624	0.055	0.0449	0.0375	0.038	0.0375	0.0443
chr2R	17990351	17990526	chr2R:17990352-17990526	FBgn0034694	CG6613	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0947	0.0784	0.11	0.0962	0.0445	0.0966	0.0934	0.0939	0.0445	0.1226	0.1347	0.1226	0.1216	0.1141	0.1154	0.1141	0.1266
chr2R	17990589	17990765	chr2R:17990590-17990765	FBgn0034694	CG6613	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0763	0.0446	0.0984	0.0876	0.0148	0.0592	0.0558	0.0526	0.0148	0.1196	0.1186	0.1196	0.1139	0.1164	0.0974	0.1164	0.123
chr2R	17996603	17996784	chr2R:17996604-17996784	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0223	0.0286	0.0529	0.0095	0.0243	0.0346	0.0233	0.0095	0.055	0.0209	0.055	0.0186	0.0666	0.0187	0.0666	0.0182
chr2R	17996932	17997083	chr2R:17996933-17997083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0227	0.0201	0.0249	0.0231	0.0064	0.0223	0.0316	0.0187	0.0064	0.0495	0.0203	0.0495	0.0155	0.0444	0.0103	0.0444	0.0094
chr2R	17998863	17999038	chr2R:17998864-17999038	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0334	0.0187	0.0363	0.0467	0.0095	0.0214	0.0251	0.0247	0.0095	0.1002	0.0232	0.1002	0.0155	0.1692	0.0213	0.1692	0.0193
chr2R	17999396	17999578	chr2R:17999397-17999578	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0376	0.0188	0.0421	0.0535	0.0148	0.0252	0.0234	0.0167	0.0148	0.1347	0.0177	0.1347	0.017	0.2205	0.0213	0.2205	0.0146
chr2R	17999816	17999967	chr2R:17999817-17999967	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0209	0.015	0.0232	0.0249	0.0053	0.0146	0.0221	0.0193	0.0053	0.0604	0.0148	0.0604	0.0132	0.0995	0.009	0.0995	0.0083
chr2R	18003783	18003982	chr2R:18003784-18003982	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0179	0.0433	0.0581	0.0042	0.0252	0.0247	0.0173	0.0042	0.1075	0.0212	0.1075	0.0604	0.1646	0.0239	0.1646	0.073
chr2R	18007911	18008229	chr2R:18007912-18008229	distal	distal	stage11	stage11	Vrp1_intronicCRM	Vrp1_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0624	0.0391	0.0747	0.0748	0.0159	0.0471	0.0532	0.046	0.0159	0.157	0.0469	0.157	0.0581	0.2021	0.0329	0.2021	0.0323
chr2R	18008533	18008727	chr2R:18008534-18008727	distal	distal	none	none	Vrp1_intronicCRM	Vrp1_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0334	0.0241	0.0406	0.0359	0.0127	0.0252	0.0415	0.0193	0.0127	0.0574	0.0315	0.0574	0.031	0.0421	0.0148	0.0421	0.0307
chr2R	18009281	18009432	chr2R:18009282-18009432	FBgn0002715	mei-S332	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.0481	0.0508	0.0308	0.035	0.0408	0.0709	0.0626	0.035	0.0682	0.0566	0.0682	0.0434	0.0352	0.0438	0.0352	0.0323
chr2R	18009723	18009911	chr2R:18009724-18009911	FBgn0002715,FBgn0243516	Vrp1,mei-S332	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1454	0.1329	0.1714	0.1309	0.0976	0.1427	0.1644	0.1792	0.0976	0.221	0.1862	0.221	0.1805	0.134	0.156	0.134	0.1501
chr2R	18009968	18010173	chr2R:18009969-18010173	FBgn0002715,FBgn0243516	Vrp1,mei-S332	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1949	0.1745	0.2299	0.1792	0.1251	0.2019	0.2076	0.2298	0.1251	0.2977	0.2476	0.2977	0.2409	0.2044	0.1915	0.2044	0.2084
chr2R	18010300	18010480	chr2R:18010301-18010480	FBgn0243516	Vrp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1423	0.1205	0.1765	0.1292	0.0891	0.1451	0.1349	0.1592	0.0891	0.2222	0.191	0.2222	0.1689	0.1554	0.1322	0.1554	0.1537
chr2R	18014700	18014851	chr2R:18014701-18014851	FBgn0029147,FBgn0034697	GM130,NtR	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0499	0.0335	0.0626	0.0543	0.0117	0.0427	0.0454	0.0393	0.0117	0.0556	0.0711	0.0556	0.079	0.0498	0.0567	0.0498	0.0776
chr2R	18014930	18015104	chr2R:18014931-18015104	FBgn0029147,FBgn0034697	GM130,NtR	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1037	0.0725	0.122	0.1184	0.0361	0.099	0.0861	0.0873	0.0361	0.1111	0.1424	0.1111	0.1665	0.1072	0.1231	0.1072	0.1694
chr2R	18015230	18015441	chr2R:18015231-18015441	FBgn0029147,FBgn0034697	GM130,NtR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0455	0.033	0.0516	0.0528	0.0117	0.0476	0.042	0.034	0.0117	0.0417	0.0505	0.0417	0.1038	0.0337	0.0387	0.0337	0.1162
chr2R	18015790	18016001	chr2R:18015791-18016001	FBgn0029147	NtR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0199	0.0283	0.0207	0.0074	0.0277	0.0281	0.0173	0.0074	0.0236	0.0219	0.0236	0.0705	0.0138	0.0064	0.0138	0.0568
chr2R	18021465	18021659	chr2R:18021466-18021659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0248	0.0567	0.0556	0.0127	0.033	0.0307	0.0233	0.0127	0.0495	0.0669	0.0495	0.0736	0.0291	0.078	0.0291	0.0745
chr2R	18022285	18022436	chr2R:18022286-18022436	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.014	0.0209	0.027	0.0021	0.0141	0.0238	0.016	0.0021	0.0133	0.0309	0.0133	0.0294	0.0092	0.0864	0.0092	0.0162
chr2R	18022733	18022884	chr2R:18022734-18022884	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0196	0.0146	0.019	0.0258	0.0064	0.0131	0.0298	0.0093	0.0064	0.0151	0.0302	0.0151	0.0186	0.0046	0.0851	0.0046	0.0141
chr2R	18024362	18024545	chr2R:18024363-18024545	FBgn0000008	a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.0886	0.1197	0.1156	0.0838	0.0951	0.1021	0.1179	0.0838	0.125	0.1511	0.125	0.1456	0.1233	0.1547	0.1233	0.1511
chr2R	18026896	18027106	chr2R:18026897-18027106	FBgn0029084,FBgn0034700	CG11269,gom	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0165	0.0244	0.0248	0.0053	0.018	0.0272	0.016	0.0053	0.0145	0.0383	0.0145	0.0279	0.0115	0.0709	0.0115	0.0167
chr2R	18029536	18029804	chr2R:18029537-18029804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0233	0.0315	0.0299	0.0064	0.0194	0.0346	0.0373	0.0064	0.0272	0.037	0.0272	0.0519	0.0245	0.0361	0.0245	0.0573
chr2R	18030117	18030503	chr2R:18030118-18030503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0184	0.0352	0.0372	0.0064	0.0209	0.0311	0.0153	0.0064	0.0284	0.0453	0.0284	0.055	0.023	0.0574	0.023	0.0589
chr2R	18034125	18034276	chr2R:18034126-18034276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.0091	0.0112	0.0145	0.0064	0.0058	0.0164	0.0107	0.0064	0.0048	0.0203	0.0048	0.0085	0.0046	0.0509	0.0046	0.0052
chr2R	18034829	18034980	chr2R:18034830-18034980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0153	0.0217	0.0143	0.0053	0.015	0.0247	0.0147	0.0053	0.0157	0.0325	0.0157	0.0248	0.0092	0.0335	0.0092	0.0135
chr2R	18035424	18035586	chr2R:18035425-18035586	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0218	0.0325	0.0244	0.0106	0.0204	0.0329	0.0266	0.0106	0.0229	0.0518	0.0229	0.0356	0.013	0.069	0.013	0.0172
chr2R	18040437	18040588	chr2R:18040438-18040588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0106	0.0155	0.0116	0.0021	0.0126	0.0177	0.0087	0.0021	0.0091	0.027	0.0091	0.0101	0.0038	0.0393	0.0038	0.0042
chr2R	18040648	18040841	chr2R:18040649-18040841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.014	0.0206	0.0142	0.0021	0.0155	0.019	0.02	0.0021	0.0072	0.0395	0.0072	0.0093	0.0061	0.0432	0.0061	0.0078
chr2R	18042733	18042898	chr2R:18042734-18042898	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0187	0.0155	0.022	0.0187	0.0042	0.0141	0.0251	0.0193	0.0042	0.0242	0.0331	0.0242	0.0139	0.0237	0.0438	0.0237	0.0104
chr2R	18042950	18043101	chr2R:18042951-18043101	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.017	0.0168	0.0204	0.0134	0.0011	0.0126	0.0251	0.0306	0.0011	0.0217	0.0312	0.0217	0.0108	0.0092	0.0348	0.0092	0.0083
chr2R	18043160	18043446	chr2R:18043161-18043446	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0285	0.0323	0.0335	0.0188	0.0095	0.0262	0.0394	0.0646	0.0095	0.0362	0.0505	0.0362	0.024	0.0107	0.0516	0.0107	0.0115
chr2R	18045461	18045665	chr2R:18045462-18045665	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0256	0.033	0.0288	0.0139	0.018	0.0422	0.0433	0.0293	0.018	0.0139	0.0318	0.0139	0.0666	0.0145	0.0303	0.0145	0.012
chr2R	18045718	18045869	chr2R:18045719-18045869	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.022	0.0274	0.0268	0.0107	0.0117	0.0398	0.0368	0.0233	0.0117	0.0211	0.0302	0.0211	0.0503	0.0168	0.0161	0.0168	0.0104
chr2R	18047358	18047509	chr2R:18047359-18047509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0141	0.0138	0.0148	0.0136	0.0095	0.0141	0.0216	0.0127	0.0095	0.0181	0.0177	0.0181	0.017	0.0176	0.0316	0.0176	0.0057
chr2R	18047859	18048010	chr2R:18047860-18048010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.012	0.0145	0.0184	0.0042	0.0107	0.0199	0.014	0.0042	0.0091	0.0244	0.0091	0.0108	0.0153	0.0509	0.0153	0.0104
chr2R	18049828	18050038	chr2R:18049829-18050038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0181	0.0214	0.0178	0.0146	0.0053	0.0301	0.0316	0.0193	0.0053	0.0115	0.0154	0.0115	0.0473	0.0123	0.02	0.0123	0.024
chr2R	18050527	18050678	chr2R:18050528-18050678	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0158	0.0181	0.0178	0.0042	0.018	0.0203	0.0213	0.0042	0.0254	0.0199	0.0254	0.0209	0.0314	0.0232	0.0314	0.0188
chr2R	18050882	18051151	chr2R:18050883-18051151	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0298	0.0213	0.0363	0.0323	0.0085	0.0238	0.0355	0.018	0.0085	0.0543	0.0408	0.0543	0.0349	0.0582	0.0438	0.0582	0.0307
chr2R	18052449	18052600	chr2R:18052450-18052600	FBgn0085235	CG34206	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.017	0.0097	0.0145	0.028	0.0032	0.0102	0.0143	0.012	0.0032	0.0308	0.0116	0.0308	0.0163	0.0896	0.02	0.0896	0.0151
chr2R	18061758	18061990	chr2R:18061759-18061990	FBgn0034703,FBgn0034704	CG3045,CG6758	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0287	0.0503	0.0496	0.0117	0.0374	0.035	0.0366	0.0117	0.0616	0.0566	0.0616	0.0589	0.0567	0.0509	0.0567	0.0683
chr2R	18062103	18062288	chr2R:18062104-18062288	FBgn0034703,FBgn0034704	CG3045,CG6758	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1078	0.0732	0.1319	0.12	0.0467	0.0961	0.0848	0.0879	0.0467	0.1492	0.1543	0.1492	0.1433	0.1417	0.1264	0.1417	0.1402
chr2R	18062336	18062512	chr2R:18062337-18062512	FBgn0034703,FBgn0034704	CG3045,CG6758	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1228	0.1047	0.15	0.1131	0.07	0.1204	0.1202	0.1439	0.07	0.1932	0.1637	0.1932	0.1518	0.1294	0.1231	0.1294	0.1292
chr2R	18062577	18062750	chr2R:18062578-18062750	FBgn0034703,FBgn0034704	CG3045,CG6758	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0618	0.0643	0.0721	0.0478	0.0445	0.0723	0.0779	0.0846	0.0445	0.1045	0.072	0.1045	0.0705	0.0459	0.0503	0.0459	0.0547
chr2R	18066062	18066213	chr2R:18066063-18066213	FBgn0050279	CG30279	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0217	0.0332	0.0416	0.0117	0.0233	0.0294	0.0266	0.0117	0.0211	0.0582	0.0211	0.024	0.0161	0.1354	0.0161	0.0177
chr2R	18066392	18066543	chr2R:18066393-18066543	FBgn0050279	CG30279	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0194	0.0263	0.0292	0.0127	0.0218	0.0255	0.0247	0.0127	0.0236	0.0386	0.0236	0.0263	0.0168	0.0845	0.0168	0.0156
chr2R	18067095	18067362	chr2R:18067096-18067362	FBgn0034706,FBgn0050279	CG11275,CG30279	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0468	0.0591	0.0424	0.0379	0.0424	0.0529	0.0735	0.0926	0.0424	0.029	0.063	0.029	0.0457	0.0314	0.0922	0.0314	0.0307
chr2R	18067860	18068119	chr2R:18067861-18068119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0387	0.036	0.0468	0.0329	0.0191	0.0417	0.048	0.046	0.0191	0.0236	0.0605	0.0236	0.0852	0.0176	0.0645	0.0176	0.0375
chr2R	18069962	18070184	chr2R:18069963-18070184	FBgn0034705,FBgn0034707	CG11170,MED16	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.054	0.0732	0.0489	0.0318	0.0587	0.074	0.0606	0.0318	0.0827	0.0875	0.0827	0.0682	0.0444	0.0606	0.0444	0.0693
chr2R	18070286	18070463	chr2R:18070287-18070463	FBgn0034705,FBgn0034707	CG11170,MED16	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1465	0.1292	0.1805	0.1285	0.088	0.1553	0.1414	0.1752	0.088	0.224	0.1942	0.224	0.1727	0.1386	0.1386	0.1386	0.1699
chr2R	18070561	18070737	chr2R:18070562-18070737	FBgn0034705,FBgn0034707	CG11170,MED16	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1487	0.1325	0.1803	0.1322	0.0997	0.1621	0.1484	0.1719	0.0997	0.2228	0.1916	0.2228	0.1758	0.1355	0.136	0.1355	0.1735
chr2R	18073392	18073573	chr2R:18073393-18073573	FBgn0034708	Vps35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1022	0.0941	0.1214	0.0902	0.0657	0.1058	0.1073	0.1359	0.0657	0.1449	0.1344	0.1449	0.1263	0.1179	0.0793	0.1179	0.1162
chr2R	18077401	18077552	chr2R:18077402-18077552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0178	0.0216	0.019	0.0121	0.0127	0.0194	0.0316	0.028	0.0127	0.0199	0.0199	0.0199	0.0139	0.0138	0.0129	0.0138	0.0135
chr2R	18080653	18080823	chr2R:18080654-18080823	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0268	0.0197	0.0194	0.0429	0.0127	0.0136	0.0359	0.02	0.0127	0.026	0.0215	0.026	0.0209	0.1279	0.04	0.1279	0.0198
chr2R	18084747	18085055	chr2R:18084748-18085055	FBgn0086027	snoRNA:Or-CD1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1298	0.0936	0.1539	0.1439	0.0573	0.1248	0.1077	0.1126	0.0573	0.2095	0.1415	0.2095	0.2448	0.232	0.1373	0.232	0.1965
chr2R	18088475	18088626	chr2R:18088476-18088626	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0086	0.0099	0.015	0.0032	0.0102	0.013	0.01	0.0032	0.0085	0.0151	0.0085	0.0062	0.0054	0.0529	0.0054	0.0057
chr2R	18099975	18100152	chr2R:18099976-18100152	FBgn0025186	ari-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.131	0.1017	0.1613	0.1306	0.0647	0.1272	0.1194	0.1272	0.0647	0.1902	0.1839	0.1902	0.1681	0.1478	0.1328	0.1478	0.1548
chr2R	18100257	18100426	chr2R:18100258-18100426	FBgn0025186	ari-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1857	0.1491	0.2198	0.1891	0.0986	0.1947	0.1618	0.1939	0.0986	0.2778	0.2344	0.2778	0.22	0.2343	0.1799	0.2343	0.2189
chr2R	18100449	18100869	chr2R:18100450-18100869	FBgn0025186	ari-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2149	0.1462	0.2744	0.2263	0.071	0.1937	0.1475	0.2125	0.071	0.3557	0.265	0.3557	0.2401	0.2917	0.2044	0.2917	0.2126
chr2R	18100989	18101196	chr2R:18100990-18101196	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0411	0.094	0.0583	0.017	0.0519	0.0437	0.064	0.017	0.0888	0.1264	0.0888	0.0434	0.0674	0.0729	0.0674	0.0474
chr2R	18101631	18101901	chr2R:18101632-18101901	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0843	0.0622	0.1369	0.0512	0.0297	0.0646	0.0679	0.1106	0.0297	0.0827	0.2434	0.0827	0.062	0.0299	0.0974	0.0299	0.0443
chr2R	18102032	18102233	chr2R:18102033-18102233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0389	0.0722	0.0302	0.0212	0.0437	0.045	0.056	0.0212	0.0483	0.1116	0.0483	0.0302	0.0145	0.0477	0.0145	0.0177
chr2R	18104726	18104894	chr2R:18104727-18104894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0289	0.0152	0.0202	0.0539	0.0085	0.0131	0.0212	0.022	0.0085	0.0139	0.0235	0.0139	0.031	0.0138	0.0542	0.0138	0.0844
chr2R	18108377	18108528	chr2R:18108378-18108528	FBgn0050277	Oatp58Da	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0202	0.0192	0.0247	0.0163	0.0095	0.0199	0.0264	0.026	0.0095	0.0145	0.0305	0.0145	0.048	0.0168	0.0226	0.0168	0.0151
chr2R	18116919	18117103	chr2R:18116920-18117103	distal	distal	stage5	stage5	VT20711.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0447	0.0649	0.0357	0.0319	0.0477	0.065	0.0843	0.0826	0.0477	0.0338	0.0373	0.0338	0.0496	0.0191	0.0303	0.0191	0.049
chr2R	18117575	18117756	chr2R:18117576-18117756	distal	distal	stage14	stage14	VT20711.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0179	0.0198	0.0266	0.0042	0.0209	0.0281	0.018	0.0042	0.0157	0.0154	0.0157	0.0124	0.0077	0.0064	0.0077	0.0125
chr2R	18118056	18118212	chr2R:18118057-18118212	distal	distal	none	none	VT20711.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0145	0.0223	0.028	0.0021	0.016	0.0234	0.0153	0.0021	0.0205	0.0132	0.0205	0.0108	0.0092	0.0071	0.0092	0.0115
chr2R	18122591	18122784	chr2R:18122592-18122784	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0418	0.0364	0.0562	0.0319	0.017	0.0417	0.0411	0.054	0.017	0.0543	0.0662	0.0543	0.0666	0.0299	0.0297	0.0299	0.0526
chr2R	18123908	18124059	chr2R:18123909-18124059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0102	0.0145	0.012	0.0032	0.0126	0.0112	0.0153	0.0032	0.0151	0.018	0.0151	0.0101	0.0023	0.0032	0.0023	0.0099
chr2R	18124833	18125031	chr2R:18124834-18125031	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0191	0.0313	0.0174	0.0064	0.0228	0.0264	0.0213	0.0064	0.0139	0.0232	0.0139	0.1038	0.0115	0.0058	0.0115	0.0427
chr2R	18125881	18126102	chr2R:18125882-18126102	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0328	0.0567	0.028	0.0114	0.0286	0.066	0.0614	0.0879	0.0286	0.0175	0.0338	0.0175	0.0542	0.0077	0.0103	0.0077	0.0162
chr2R	18129524	18129821	chr2R:18129525-18129821	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2042	0.1522	0.2721	0.188	0.07	0.2204	0.1311	0.2378	0.07	0.3086	0.3412	0.3086	0.2355	0.2098	0.2173	0.2098	0.1839
chr2R	18130123	18130274	chr2R:18130124-18130274	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0602	0.0521	0.0636	0.0656	0.0361	0.0573	0.0657	0.0626	0.0361	0.0725	0.0688	0.0725	0.079	0.0429	0.0277	0.0429	0.0552
chr2R	18130359	18130550	chr2R:18130360-18130550	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1402	0.128	0.153	0.1397	0.0912	0.1262	0.1475	0.2019	0.0912	0.157	0.1842	0.157	0.1549	0.1294	0.1135	0.1294	0.1313
chr2R	18130601	18130795	chr2R:18130602-18130795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1899	0.1604	0.2296	0.1794	0.122	0.1825	0.1592	0.2578	0.122	0.2138	0.2945	0.2138	0.2301	0.1646	0.2231	0.1646	0.1834
chr2R	18131212	18131572	chr2R:18131213-18131572	FBgn0020307	dve	stage11,stage14,stage5	none	VT20720.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1715	0.1153	0.2277	0.1725	0.053	0.1529	0.096	0.2059	0.053	0.1896	0.2974	0.1896	0.2293	0.147	0.2289	0.147	0.1683
chr2R	18132934	18133085	chr2R:18132935-18133085	distal	distal	none	none	VT20720.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0133	0.0283	0.0287	0.0021	0.017	0.0151	0.022	0.0021	0.0139	0.0302	0.0139	0.0643	0.0176	0.0193	0.0176	0.0703
chr2R	18134254	18134405	chr2R:18134255-18134405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0153	0.0539	0.0245	0.0011	0.0228	0.0156	0.0247	0.0011	0.0217	0.101	0.0217	0.0349	0.01	0.0625	0.01	0.025
chr2R	18135154	18135305	chr2R:18135155-18135305	distal	distal	none	none	dve_57	dve_57	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0288	0.0165	0.0388	0.0318	0.0053	0.0243	0.0216	0.016	0.0053	0.0163	0.0559	0.0163	0.0713	0.0184	0.0484	0.0184	0.0594
chr2R	18135358	18135509	chr2R:18135359-18135509	distal	distal	none	none	dve_57	dve_57	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0239	0.0145	0.0283	0.0295	0.0042	0.0155	0.0186	0.0193	0.0042	0.0097	0.0389	0.0097	0.0558	0.0253	0.0342	0.0253	0.0537
chr2R	18135674	18135825	chr2R:18135675-18135825	distal	distal	none	none	dve_57	dve_57	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.0112	0.0231	0.0288	0.0011	0.0141	0.0151	0.014	0.0011	0.0193	0.0289	0.0193	0.0318	0.0704	0.0309	0.0704	0.024
chr2R	18136215	18136366	chr2R:18136216-18136366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0192	0.0292	0.0187	0.0074	0.018	0.0277	0.0247	0.0074	0.0139	0.0521	0.0139	0.0232	0.01	0.0509	0.01	0.0162
chr2R	18136443	18136594	chr2R:18136444-18136594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0169	0.0294	0.0166	0.0053	0.0141	0.0247	0.026	0.0053	0.0133	0.0511	0.0133	0.0279	0.0046	0.0438	0.0046	0.0162
chr2R	18137091	18137279	chr2R:18137092-18137279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0311	0.0209	0.047	0.0249	0.0042	0.0311	0.0264	0.0233	0.0042	0.0145	0.0518	0.0145	0.1193	0.0077	0.0284	0.0077	0.0547
chr2R	18137294	18137445	chr2R:18137295-18137445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.012	0.0289	0.0156	0.0032	0.0146	0.0134	0.018	0.0032	0.0097	0.0341	0.0097	0.0705	0.0023	0.0187	0.0023	0.0318
chr2R	18137926	18138374	chr2R:18137927-18138374	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT20724.1	VT20724.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0801	0.0798	0.1141	0.0433	0.0403	0.0801	0.077	0.1572	0.0403	0.0574	0.1859	0.0574	0.0844	0.0291	0.0787	0.0291	0.0552
chr2R	18138588	18138793	chr2R:18138589-18138793	distal	distal	none	none	VT20724.1	VT20724.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0288	0.0285	0.0415	0.0153	0.0106	0.0267	0.0333	0.0506	0.0106	0.0229	0.063	0.0229	0.0294	0.01	0.0219	0.01	0.0151
chr2R	18140160	18140311	chr2R:18140161-18140311	distal	distal	stage11	stage11	VT20724.1	VT20724.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0193	0.0327	0.013	0.0042	0.0272	0.0186	0.0313	0.0042	0.0411	0.0415	0.0411	0.0256	0.01	0.0129	0.01	0.0162
chr2R	18141550	18141701	chr2R:18141551-18141701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0198	0.0179	0.0308	0.0097	0.0032	0.017	0.0208	0.0346	0.0032	0.0169	0.0537	0.0169	0.0194	0.0138	0.0052	0.0138	0.0146
chr2R	18141792	18141960	chr2R:18141793-18141960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0237	0.0167	0.0325	0.0219	0.0042	0.0184	0.0186	0.0293	0.0042	0.0193	0.0518	0.0193	0.0232	0.0398	0.0123	0.0398	0.0339
chr2R	18142145	18142306	chr2R:18142146-18142306	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0223	0.0178	0.0272	0.0219	0.0127	0.0155	0.0225	0.0293	0.0127	0.0211	0.0379	0.0211	0.0287	0.0345	0.0245	0.0345	0.0287
chr2R	18142986	18143267	chr2R:18142987-18143267	distal	distal	stage14	stage14	VT20727.1	VT20727.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0288	0.0201	0.0316	0.0354	0.0127	0.0228	0.0255	0.024	0.0127	0.0242	0.0441	0.0242	0.0333	0.0222	0.0348	0.0222	0.074
chr2R	18143861	18144056	chr2R:18143862-18144056	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT20727.1	VT20727.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0431	0.0692	0.0471	0.0096	0.0286	0.066	0.0965	0.1033	0.0286	0.0254	0.0801	0.0254	0.0108	0.0061	0.011	0.0061	0.0089
chr2R	18146434	18146585	chr2R:18146435-18146585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0163	0.0163	0.0244	0.0074	0.0021	0.0223	0.0234	0.0173	0.0021	0.0157	0.0402	0.0157	0.0186	0.0054	0.011	0.0054	0.0099
chr2R	18147168	18147319	chr2R:18147169-18147319	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.0171	0.0251	0.0107	0.0032	0.0146	0.0272	0.026	0.0032	0.0193	0.0389	0.0193	0.017	0.0084	0.0187	0.0084	0.0125
chr2R	18151494	18151645	chr2R:18151495-18151645	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0162	0.0179	0.017	0.0135	0.0074	0.018	0.0255	0.0253	0.0074	0.0121	0.027	0.0121	0.0116	0.0046	0.0161	0.0046	0.0115
chr2R	18151769	18151920	chr2R:18151770-18151920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0186	0.0176	0.0171	0.0214	0.0138	0.015	0.0238	0.0247	0.0138	0.0109	0.0235	0.0109	0.0155	0.0046	0.0181	0.0046	0.0193
chr2R	18154023	18154195	chr2R:18154024-18154195	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0265	0.046	0.0237	0.0077	0.0223	0.0267	0.0519	0.1093	0.0223	0.0121	0.0405	0.0121	0.0147	0.0031	0.0148	0.0031	0.0063
chr2R	18156884	18157047	chr2R:18156885-18157047	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0349	0.0192	0.0364	0.0507	0.0095	0.0228	0.0195	0.0326	0.0095	0.0284	0.0421	0.0284	0.0279	0.036	0.0361	0.036	0.0292
chr2R	18158168	18158442	chr2R:18158169-18158442	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT20735.1	VT20735.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2798	0.2171	0.3595	0.2625	0.1495	0.2908	0.1721	0.3438	0.1495	0.3913	0.4064	0.3913	0.3393	0.2274	0.283	0.2274	0.3028
chr2R	18158745	18159184	chr2R:18158746-18159184	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT20735.1	VT20735.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0913	0.0834	0.1008	0.0898	0.0308	0.1146	0.0731	0.1359	0.0308	0.0996	0.1235	0.0996	0.0914	0.0383	0.1012	0.0383	0.1042
chr2R	18164911	18165165	chr2R:18164912-18165165	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0276	0.0479	0.0211	0.012	0.0244	0.0316	0.0575	0.0979	0.0244	0.0193	0.0277	0.0193	0.007	0.0046	0.0097	0.0046	0.0083
chr2R	18169274	18169425	chr2R:18169275-18169425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.011	0.011	0.0126	0.0095	0.0032	0.0121	0.0134	0.0153	0.0032	0.0085	0.0158	0.0085	0.0163	0.0023	0.0032	0.0023	0.0219
chr2R	18169787	18169938	chr2R:18169788-18169938	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0168	0.0138	0.0183	0.0185	0.0064	0.0131	0.0221	0.016	0.0064	0.0097	0.0215	0.0097	0.0248	0.0084	0.0116	0.0084	0.038
chr2R	18170087	18170283	chr2R:18170088-18170283	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0255	0.0292	0.0272	0.0196	0.0191	0.0238	0.0515	0.0273	0.0191	0.0181	0.0267	0.0181	0.0465	0.0077	0.0103	0.0077	0.0365
chr2R	18170324	18170539	chr2R:18170325-18170539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0231	0.0289	0.0203	0.0117	0.0209	0.0337	0.032	0.0117	0.0199	0.0318	0.0199	0.0387	0.0084	0.0103	0.0084	0.0307
chr2R	18173173	18173324	chr2R:18173174-18173324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0237	0.0306	0.0187	0.0106	0.0252	0.0337	0.0293	0.0106	0.026	0.0373	0.026	0.0302	0.01	0.0193	0.01	0.0271
chr2R	18173476	18173697	chr2R:18173477-18173697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0302	0.0232	0.0409	0.0265	0.0095	0.0223	0.0333	0.0306	0.0095	0.0393	0.0463	0.0393	0.0302	0.0184	0.0264	0.0184	0.0245
chr2R	18174880	18175059	chr2R:18174881-18175059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0533	0.0452	0.0636	0.051	0.0223	0.0515	0.051	0.0693	0.0223	0.0646	0.072	0.0646	0.0813	0.0628	0.0503	0.0628	0.0829
chr2R	18175760	18175943	chr2R:18175761-18175943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0132	0.0259	0.0223	0.0095	0.0112	0.0216	0.014	0.0095	0.0163	0.0148	0.0163	0.0116	0.0054	0.0077	0.0054	0.013
chr2R	18179585	18179736	chr2R:18179586-18179736	FBgn0263341	CR43422	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0102	0.0113	0.0106	0.0074	0.0112	0.0164	0.0067	0.0074	0.0151	0.009	0.0151	0.0101	0.0038	0.0058	0.0038	0.0073
chr2R	18180729	18180995	chr2R:18180730-18180995	FBgn0034717	CG5819	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0409	0.0489	0.0443	0.0283	0.0255	0.0442	0.0731	0.058	0.0255	0.0151	0.0341	0.0151	0.1572	0.0115	0.0116	0.0115	0.074
chr2R	18181107	18181271	chr2R:18181108-18181271	FBgn0034717	CG5819	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0143	0.0247	0.0166	0.0095	0.0117	0.0203	0.0167	0.0095	0.0097	0.0138	0.0097	0.0937	0.0077	0.0071	0.0077	0.0448
chr2R	18185359	18185557	chr2R:18185360-18185557	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0702	0.0346	0.0739	0.106	0.0138	0.0476	0.0376	0.0466	0.0138	0.0568	0.0765	0.0568	0.1325	0.1172	0.1148	0.1172	0.1287
chr2R	18185806	18185958	chr2R:18185807-18185958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0192	0.0211	0.0263	0.0095	0.0165	0.029	0.0286	0.0095	0.0211	0.0222	0.0211	0.0248	0.0345	0.0258	0.0345	0.0318
chr2R	18185978	18186129	chr2R:18185979-18186129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0203	0.0234	0.0259	0.0117	0.0155	0.0316	0.028	0.0117	0.029	0.026	0.029	0.0209	0.0214	0.0329	0.0214	0.0344
chr2R	18190116	18190268	chr2R:18190117-18190268	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.013	0.0161	0.0173	0.0053	0.016	0.0156	0.016	0.0053	0.0085	0.0113	0.0085	0.0108	0.01	0.0064	0.01	0.0141
chr2R	18196601	18196752	chr2R:18196602-18196752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.018	0.0169	0.0221	0.0146	0.0032	0.0311	0.0169	0.0173	0.0032	0.0229	0.0167	0.0229	0.055	0.0153	0.009	0.0153	0.0261
chr2R	18196902	18197064	chr2R:18196903-18197064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0239	0.0196	0.0294	0.0227	0.0064	0.032	0.0195	0.0247	0.0064	0.0278	0.0196	0.0278	0.0798	0.0245	0.0174	0.0245	0.0427
chr2R	18198830	18198981	chr2R:18198831-18198981	FBgn0034718	wdp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0161	0.0092	0.0174	0.0224	0.0032	0.0117	0.0143	0.0087	0.0032	0.0193	0.0203	0.0193	0.0186	0.0199	0.0187	0.0199	0.0443
chr2R	18199371	18199618	chr2R:18199372-18199618	FBgn0034718	wdp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.039	0.0152	0.022	0.0844	0.0042	0.0233	0.0221	0.0107	0.0042	0.0139	0.0244	0.0139	0.0442	0.0306	0.1496	0.0306	0.1428
chr2R	18200138	18200357	chr2R:18200139-18200357	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0209	0.0145	0.019	0.0301	0.0042	0.0121	0.0277	0.0127	0.0042	0.0121	0.0154	0.0121	0.0565	0.0123	0.02	0.0123	0.0719
chr2R	18204278	18204429	chr2R:18204279-18204429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.028	0.0334	0.0279	0.0085	0.0291	0.0394	0.04	0.0085	0.0332	0.0399	0.0332	0.038	0.0145	0.0239	0.0145	0.0276
chr2R	18204538	18204689	chr2R:18204539-18204689	FBgn0013272	Gp150	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0454	0.0563	0.0375	0.0255	0.0505	0.0554	0.064	0.0255	0.0586	0.063	0.0586	0.062	0.0283	0.0432	0.0283	0.0443
chr2R	18204788	18204982	chr2R:18204789-18204982	FBgn0013272	Gp150	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1767	0.1625	0.2086	0.1576	0.1007	0.2141	0.1648	0.2232	0.1007	0.247	0.2386	0.247	0.2006	0.1639	0.1896	0.1639	0.1813
chr2R	18205059	18205278	chr2R:18205060-18205278	FBgn0013272	Gp150	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2434	0.2389	0.2892	0.198	0.1835	0.2738	0.2621	0.3311	0.1835	0.3291	0.3479	0.3291	0.2851	0.1991	0.2637	0.1991	0.2507
chr2R	18205528	18205803	chr2R:18205529-18205803	FBgn0013272	Gp150	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2609	0.299	0.3133	0.1607	0.2609	0.2951	0.3715	0.3931	0.2609	0.2947	0.4048	0.2947	0.3029	0.1049	0.3133	0.1049	0.1965
chr2R	18206002	18206225	chr2R:18206003-18206225	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1463	0.1934	0.1646	0.0735	0.1877	0.149	0.2353	0.3091	0.1877	0.0779	0.2653	0.0779	0.1696	0.0306	0.1844	0.0306	0.0792
chr2R	18206883	18207064	chr2R:18206884-18207064	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.055	0.0583	0.0627	0.0429	0.0445	0.0393	0.0913	0.0813	0.0445	0.0465	0.0714	0.0465	0.1309	0.0092	0.0696	0.0092	0.087
chr2R	18210083	18210399	chr2R:18210084-18210399	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.098	0.1922	0.0635	0.0308	0.2174	0.1447	0.2682	0.2392	0.2174	0.0876	0.0733	0.0876	0.055	0.0123	0.0561	0.0123	0.0505
chr2R	18210416	18210610	chr2R:18210417-18210610	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0666	0.0963	0.0595	0.0412	0.0848	0.0893	0.1259	0.1219	0.0848	0.1008	0.0621	0.1008	0.062	0.0123	0.0799	0.0123	0.0719
chr2R	18210733	18210971	chr2R:18210734-18210971	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.059	0.0674	0.0654	0.0428	0.0668	0.068	0.0813	0.0879	0.0668	0.099	0.0781	0.099	0.0581	0.0168	0.0858	0.0168	0.0677
chr2R	18211022	18211247	chr2R:18211023-18211247	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0495	0.0602	0.0495	0.0375	0.0679	0.0549	0.0843	0.0633	0.0679	0.0507	0.0666	0.0507	0.0565	0.0153	0.0858	0.0153	0.0427
chr2R	18211377	18211618	chr2R:18211378-18211618	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0449	0.0591	0.0444	0.0297	0.0498	0.0524	0.0874	0.064	0.0498	0.061	0.0524	0.061	0.0473	0.0107	0.0651	0.0107	0.0339
chr2R	18212498	18212649	chr2R:18212499-18212649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0294	0.0278	0.0159	0.0191	0.0199	0.0407	0.046	0.0191	0.0308	0.0248	0.0308	0.0527	0.0054	0.0168	0.0054	0.0354
chr2R	18215485	18215636	chr2R:18215486-18215636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0249	0.0396	0.024	0.0093	0.0265	0.0311	0.0601	0.0546	0.0265	0.0223	0.0363	0.0223	0.0209	0.0054	0.0142	0.0054	0.0104
chr2R	18217342	18217493	chr2R:18217343-18217493	FBgn0016053,FBgn0085236	CG34207,pgc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0245	0.0389	0.0216	0.0116	0.0329	0.0277	0.0536	0.0553	0.0329	0.0187	0.0309	0.0187	0.024	0.0107	0.0123	0.0107	0.0156
chr2R	18217929	18218080	chr2R:18217930-18218080	FBgn0016053	pgc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0244	0.0309	0.0277	0.0135	0.0255	0.016	0.0441	0.0506	0.0255	0.0217	0.0418	0.0217	0.0325	0.0061	0.0193	0.0061	0.0224
chr2R	18219243	18219418	chr2R:18219244-18219418	FBgn0017482	T3dh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.0309	0.0407	0.0338	0.017	0.033	0.0376	0.0466	0.017	0.0278	0.0469	0.0278	0.0744	0.023	0.0426	0.023	0.0651
chr2R	18219498	18219686	chr2R:18219499-18219686	FBgn0017482	T3dh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0619	0.0538	0.0687	0.0636	0.0255	0.0723	0.0519	0.0853	0.0255	0.0501	0.0826	0.0501	0.1263	0.0482	0.0806	0.0482	0.1178
chr2R	18223493	18223751	chr2R:18223494-18223751	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0771	0.1085	0.0775	0.0414	0.0912	0.1214	0.1285	0.1386	0.0912	0.0598	0.0997	0.0598	0.11	0.0291	0.0522	0.0291	0.0646
chr2R	18224555	18224706	chr2R:18224556-18224706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0333	0.0273	0.0124	0.0286	0.0383	0.0415	0.0366	0.0286	0.0211	0.036	0.0211	0.0271	0.0092	0.011	0.0092	0.0151
chr2R	18226204	18226355	chr2R:18226205-18226355	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0155	0.0143	0.0175	0.0145	0.0042	0.0131	0.0277	0.0127	0.0042	0.0199	0.0167	0.0199	0.0163	0.0046	0.0058	0.0046	0.0094
chr2R	18241733	18241884	chr2R:18241734-18241884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.008	0.0086	0.0152	0.0021	0.0078	0.0143	0.0073	0.0021	0.0133	0.0071	0.0133	0.0093	0.01	0.0064	0.01	0.0052
chr2R	18242153	18242304	chr2R:18242154-18242304	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0147	0.0087	0.0074	0.0295	0.0021	0.0058	0.019	0.0073	0.0021	0.0066	0.0064	0.0066	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0047
chr2R	18244468	18244619	chr2R:18244469-18244619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0103	0.0124	0.0132	0.0053	0.0073	0.019	0.0127	0.0053	0.0157	0.0125	0.0157	0.0139	0.0038	0.0058	0.0038	0.012
chr2R	18254560	18254711	chr2R:18254561-18254711	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.005	0.0071	0.0177	0	0.0034	0.0104	0.0047	0	0.003	0.0055	0.003	0.007	8e-04	0.0058	8e-04	0.0068
chr2R	18256294	18256462	chr2R:18256295-18256462	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0122	0.0213	0.037	0.0032	0.015	0.016	0.0167	0.0032	0.0157	0.026	0.0157	0.0209	0.0115	0.0426	0.0115	0.0464
chr2R	18260565	18260716	chr2R:18260566-18260716	FBgn0034720	Liprin-gamma	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0287	0.0067	0.0157	0.0674	0	0.0092	0.0099	0.0073	0	0.0097	0.0119	0.0097	0.0186	0.013	0.0232	0.013	0.0433
chr2R	18260753	18261039	chr2R:18260754-18261039	FBgn0034720	Liprin-gamma	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0452	0.0155	0.0273	0.0982	0.0032	0.0204	0.0238	0.0133	0.0032	0.0157	0.0167	0.0157	0.0356	0.0153	0.0348	0.0153	0.0688
chr2R	18261269	18261420	chr2R:18261270-18261420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0107	0.0145	0.0375	0.0042	0.0136	0.0147	0.0113	0.0042	0.0139	0.0113	0.0139	0.0155	0.0061	0.0129	0.0061	0.0193
chr2R	18261950	18262107	chr2R:18261951-18262107	FBgn0034722	Rtf1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0257	0.0282	0.0362	0.018	0.0296	0.0333	0.032	0.018	0.0242	0.026	0.0242	0.0263	0.0107	0.0193	0.0107	0.0208
chr2R	18262453	18262630	chr2R:18262454-18262630	FBgn0034722	Rtf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1501	0.134	0.1827	0.1322	0.0923	0.1592	0.1479	0.1812	0.0923	0.2216	0.2039	0.2216	0.172	0.1233	0.1231	0.1233	0.1589
chr2R	18266537	18266696	chr2R:18266538-18266696	FBgn0025878	wrapper	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0298	0.0216	0.0338	0.0345	0.0032	0.0296	0.0272	0.0233	0.0032	0.032	0.035	0.032	0.0558	0.0299	0.029	0.0299	0.0714
chr2R	18267004	18267180	chr2R:18267005-18267180	FBgn0025878	wrapper	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.037	0.0169	0.0452	0.0503	0.0053	0.0218	0.0234	0.0167	0.0053	0.0441	0.0543	0.0441	0.072	0.0368	0.0567	0.0368	0.1021
chr2R	18270499	18270694	chr2R:18270500-18270694	FBgn0034723	CG13506	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0948	0.0249	0.11	0.1561	0.0053	0.0422	0.026	0.0286	0.0053	0.0785	0.1527	0.0785	0.1472	0.16	0.2018	0.16	0.2335
chr2R	18270892	18271072	chr2R:18270893-18271072	FBgn0034723	CG13506	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.045	0.0184	0.0612	0.0568	0.0042	0.0272	0.0186	0.028	0.0042	0.0193	0.1254	0.0193	0.0271	0.036	0.1412	0.036	0.0479
chr2R	18271680	18271872	chr2R:18271681-18271872	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0106	0.0231	0.0434	0	0.016	0.0164	0.0073	0	0.0145	0.0309	0.0145	0.0302	0.0666	0.0471	0.0666	0.0636
chr2R	18272182	18272395	chr2R:18272183-18272395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0177	0.0273	0.0372	0.0042	0.0214	0.0251	0.022	0.0042	0.0175	0.0309	0.0175	0.0488	0.0505	0.0419	0.0505	0.0552
chr2R	18274569	18274774	chr2R:18274570-18274774	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0283	0.0194	0.0278	0.0389	0.0106	0.0248	0.0272	0.02	0.0106	0.0163	0.0302	0.0163	0.0589	0.0245	0.0258	0.0245	0.0818
chr2R	18276971	18277122	chr2R:18276972-18277122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0086	0.0118	0.0148	0.0011	0.0117	0.0151	0.0047	0.0011	0.0103	0.0148	0.0103	0.007	0.0092	0.0052	0.0092	0.0115
chr2R	18277250	18277401	chr2R:18277251-18277401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0115	0.0108	0.0108	0.0131	0	0.0073	0.0221	0.012	0	0.0109	0.0141	0.0109	0.0093	0.0054	0.0123	0.0054	0.0094
chr2R	18278876	18279036	chr2R:18278877-18279036	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0198	0.0315	0.0199	0.0067	0.0021	0.0471	0.0316	0.0493	0.0021	0.0169	0.0238	0.0169	0.0155	0.0054	0.0077	0.0054	0.0078
chr2R	18282573	18282871	chr2R:18282574-18282871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0352	0.0214	0.0411	0.0441	0.0074	0.0257	0.029	0.0247	0.0074	0.0344	0.045	0.0344	0.0434	0.0789	0.0393	0.0789	0.0537
chr2R	18283080	18283326	chr2R:18283081-18283326	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0608	0.0335	0.0711	0.0801	0.0095	0.0505	0.035	0.044	0.0095	0.0495	0.0762	0.0495	0.0705	0.1202	0.1006	0.1202	0.086
chr2R	18284850	18285046	chr2R:18284851-18285046	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0851	0.0737	0.1348	0.0434	0.0424	0.1034	0.0476	0.1359	0.0424	0.0604	0.2328	0.0604	0.0713	0.0299	0.1064	0.0299	0.0344
chr2R	18285196	18285456	chr2R:18285197-18285456	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1127	0.1214	0.1593	0.0518	0.0997	0.1306	0.1215	0.1959	0.0997	0.087	0.2611	0.087	0.0736	0.0398	0.1348	0.0398	0.0344
chr2R	18285846	18286130	chr2R:18285847-18286130	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.073	0.0462	0.1122	0.06	0.0201	0.0617	0.0528	0.0526	0.0201	0.1383	0.1476	0.1383	0.062	0.1011	0.0722	0.1011	0.0573
chr2R	18286884	18287094	chr2R:18286885-18287094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0377	0.0247	0.0487	0.0401	0.0042	0.0306	0.0346	0.03	0.0042	0.0393	0.0514	0.0393	0.0798	0.0375	0.0413	0.0375	0.0735
chr2R	18287202	18287353	chr2R:18287203-18287353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.032	0.0293	0.0411	0.0251	0.0138	0.0379	0.0407	0.0306	0.0138	0.032	0.0408	0.032	0.062	0.023	0.0251	0.023	0.0412
chr2R	18288301	18288452	chr2R:18288302-18288452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0293	0.0294	0.0435	0.0136	0.0127	0.0393	0.029	0.048	0.0127	0.0163	0.0463	0.0163	0.0217	0.01	0.0193	0.01	0.0151
chr2R	18289170	18289396	chr2R:18289171-18289396	FBgn0034724	babos	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0629	0.0512	0.0843	0.0524	0.0276	0.0733	0.0562	0.062	0.0276	0.0658	0.1116	0.0658	0.0713	0.0528	0.0787	0.0528	0.0688
chr2R	18289483	18289706	chr2R:18289484-18289706	FBgn0034724	babos	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1147	0.0914	0.1532	0.0987	0.0636	0.1146	0.0965	0.1239	0.0636	0.1594	0.1949	0.1594	0.1193	0.1225	0.1399	0.1225	0.0922
chr2R	18290961	18291194	chr2R:18290962-18291194	FBgn0034725	CG6044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.172	0.1574	0.1938	0.1645	0.0933	0.1917	0.1873	0.2012	0.0933	0.2089	0.2273	0.2089	0.1797	0.1975	0.1857	0.1975	0.1803
chr2R	18295883	18296227	chr2R:18295884-18296227	FBgn0053200	ventrally-expressed-protein-D	stage11,stage14,stage5	none	VT20804.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1709	0.2187	0.1947	0.0914	0.1654	0.3422	0.199	0.2492	0.1654	0.2935	0.1389	0.2935	0.0829	0.0498	0.06	0.0498	0.0427
chr2R	18297826	18297977	chr2R:18297827-18297977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0532	0.0448	0.021	0.0392	0.0883	0.0528	0.0493	0.0392	0.0586	0.0402	0.0586	0.0364	0.0268	0.0193	0.0268	0.0219
chr2R	18298708	18298863	chr2R:18298709-18298863	FBgn0022984,FBgn0034726	Mes4,qkr58E-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0754	0.0823	0.0848	0.0574	0.0551	0.1112	0.0986	0.0846	0.0551	0.1141	0.0855	0.1141	0.0713	0.0551	0.0484	0.0551	0.075
chr2R	18298958	18299136	chr2R:18298959-18299136	FBgn0022984,FBgn0034726	Mes4,qkr58E-3	stage11,stage14,stage5	none	Mes4_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1509	0.151	0.1708	0.1288	0.1166	0.182	0.173	0.1939	0.1166	0.2144	0.1891	0.2144	0.1642	0.1355	0.1322	0.1355	0.1542
chr2R	18299180	18299412	chr2R:18299181-18299412	FBgn0022984,FBgn0034726	Mes4,qkr58E-3	stage11,stage14,stage5	none	Mes4_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1503	0.1537	0.1761	0.1181	0.1209	0.1825	0.1708	0.2045	0.1209	0.2216	0.1923	0.2216	0.1603	0.1263	0.1289	0.1263	0.1298
chr2R	18299520	18299671	chr2R:18299521-18299671	FBgn0022984,FBgn0034726	Mes4,qkr58E-3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0784	0.0673	0.0428	0.0488	0.0922	0.0969	0.0986	0.0488	0.0779	0.0736	0.0779	0.0666	0.0544	0.0471	0.0544	0.0386
chr2R	18299695	18299886	chr2R:18299696-18299886	FBgn0034726	Mes4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0644	0.0785	0.0688	0.0439	0.0594	0.0893	0.0917	0.1039	0.0594	0.0864	0.0746	0.0864	0.0666	0.0613	0.0387	0.0613	0.0422
chr2R	18302715	18302873	chr2R:18302716-18302873	FBgn0022985,FBgn0022986	qkr58E-1,qkr58E-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.069	0.0658	0.083	0.0574	0.0456	0.0723	0.0891	0.0753	0.0456	0.1014	0.0875	0.1014	0.0782	0.0827	0.0477	0.0827	0.0636
chr2R	18302942	18303129	chr2R:18302943-18303129	FBgn0022985,FBgn0022986	qkr58E-1,qkr58E-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1445	0.1462	0.1662	0.1186	0.1113	0.1655	0.1765	0.1899	0.1113	0.2077	0.1801	0.2077	0.1541	0.1424	0.118	0.1424	0.1329
chr2R	18303228	18303403	chr2R:18303229-18303403	FBgn0022985,FBgn0022986	qkr58E-1,qkr58E-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1738	0.173	0.1942	0.1525	0.1071	0.2117	0.205	0.2179	0.1071	0.2464	0.2119	0.2464	0.1751	0.1562	0.158	0.1562	0.1866
chr2R	18307772	18307968	chr2R:18307773-18307968	FBgn0034727	mRpS29	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0735	0.0502	0.0963	0.0744	0.0308	0.0684	0.0493	0.0686	0.0308	0.1153	0.1061	0.1153	0.0991	0.0858	0.0806	0.0858	0.0917
chr2R	18308416	18308617	chr2R:18308417-18308617	FBgn0034728	rad50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1041	0.0985	0.1287	0.0836	0.07	0.1194	0.1086	0.1339	0.07	0.1558	0.1399	0.1558	0.1278	0.0796	0.0954	0.0796	0.0938
chr2R	18308803	18308954	chr2R:18308804-18308954	FBgn0034728	rad50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0293	0.0348	0.015	0.0201	0.0296	0.0376	0.042	0.0201	0.0326	0.0405	0.0326	0.0333	0.0176	0.0142	0.0176	0.0125
chr2R	18314430	18314595	chr2R:18314431-18314595	FBgn0034729,FBgn0034730	CG10344,ppk12	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.0092	0.0104	0.0235	0.0021	0.0068	0.0164	0.01	0.0021	0.0054	0.0122	0.0054	0.0194	0.0077	0.0303	0.0077	0.0386
chr2R	18330023	18330174	chr2R:18330024-18330174	distal	distal	none	none	VT20825.1	VT20825.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0071	0.0063	0.011	0.0021	0.0078	0.0121	0.004	0.0021	0.0054	0.0061	0.0054	0.0085	0.0031	0.0052	0.0031	0.0099
chr2R	18342132	18342283	chr2R:18342133-18342283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.012	0.0096	0.0094	0.0174	0.0032	0.0068	0.0203	0.006	0.0032	0.0079	0.01	0.0079	0.0101	0.0092	0.0039	0.0092	0.0031
chr2R	18345488	18345639	chr2R:18345489-18345639	distal	distal	none	none	VT20834.1	VT20834.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0083	0.0062	0.0104	0.0042	0.0083	0.0134	0.01	0.0042	0.0079	0.0048	0.0079	0.007	0	0.0026	0	0.0036
chr2R	18348174	18348325	chr2R:18348175-18348325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.008	0.01	0.0131	0.0106	0.0073	0.0121	0.0073	0.0106	0.0109	0.0103	0.0109	0.0085	0.0015	0.0071	0.0015	0.0047
chr2R	18348907	18349058	chr2R:18348908-18349058	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0057	0.0054	0.0049	0.007	0.0011	0.0024	0.0138	0.0027	0.0011	0.0091	0.0048	0.0091	8e-04	8e-04	0.0013	8e-04	0.001
chr2R	18351450	18351601	chr2R:18351451-18351601	distal	distal	none	none	VT20837.1	VT20837.1	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0123	0.0255	0.0047	0.0057	0.0233	0.0117	0.0536	0.0207	0.0233	0.006	0.0051	0.006	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0057
chr2R	18351966	18352135	chr2R:18351967-18352135	distal	distal	none	none	VT20837.1	VT20837.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0223	0.0466	0.011	0.0074	0.0329	0.0301	0.0852	0.0473	0.0329	0.0163	0.0084	0.0163	0.0108	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr2R	18352352	18352521	chr2R:18352353-18352521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0181	0.0358	0.0114	0.0057	0.0244	0.0233	0.0614	0.0466	0.0244	0.0157	0.0113	0.0157	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0036
chr2R	18352571	18352752	chr2R:18352572-18352752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0226	0.0419	0.015	0.0095	0.0308	0.0301	0.0631	0.0573	0.0308	0.0229	0.0151	0.0229	0.0085	0.0061	0.0026	0.0061	0.0083
chr2R	18356159	18356310	chr2R:18356160-18356310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0099	0.0183	0.0057	0.0052	0.0064	0.0092	0.0437	0.012	0.0064	0.0048	0.0084	0.0048	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chr2R	18366714	18366915	chr2R:18366715-18366915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0181	0.0268	0.0143	0.0106	0.0209	0.0272	0.016	0.0106	0.0175	0.0193	0.0175	0.086	0.0054	0.0084	0.0054	0.0349
chr2R	18367076	18367227	chr2R:18367077-18367227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0114	0.0112	0.0154	0.0074	0.0064	0.0141	0.0173	0.0093	0.0064	0.0139	0.0116	0.0139	0.0411	0.0069	0.0058	0.0069	0.0151
chr2R	18370424	18370605	chr2R:18370425-18370605	FBgn0034734	CG4554	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0379	0.0452	0.0272	0.0223	0.0442	0.0502	0.0453	0.0223	0.0471	0.0479	0.0471	0.0565	0.0337	0.0245	0.0337	0.0334
chr2R	18370706	18370892	chr2R:18370707-18370892	FBgn0034734	CG4554	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0925	0.084	0.1173	0.0748	0.0488	0.0976	0.1073	0.1113	0.0488	0.1492	0.1296	0.1492	0.1255	0.0835	0.0774	0.0835	0.0948
chr2R	18371478	18371629	chr2R:18371479-18371629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0215	0.0259	0.0251	0.0125	0.0095	0.0233	0.0446	0.0286	0.0095	0.0308	0.0302	0.0308	0.024	0.0115	0.0077	0.0115	0.0219
chr2R	18379174	18379325	chr2R:18379175-18379325	FBgn0034735	CG4610	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0292	0.0335	0.0189	0.0159	0.035	0.0372	0.036	0.0159	0.0489	0.0331	0.0489	0.0403	0.0214	0.0213	0.0214	0.0271
chr2R	18379608	18379800	chr2R:18379609-18379800	FBgn0034735	CG4610	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1051	0.0876	0.1329	0.0943	0.0562	0.1053	0.0952	0.1259	0.0562	0.1739	0.1367	0.1739	0.1441	0.1026	0.0986	0.1026	0.1178
chr2R	18379891	18380042	chr2R:18379892-18380042	FBgn0034735	CG4610	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.041	0.0652	0.0419	0.0191	0.0495	0.0489	0.0546	0.0191	0.0821	0.0691	0.0821	0.0689	0.0459	0.0393	0.0459	0.0542
chr2R	18383365	18383573	chr2R:18383366-18383573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0333	0.0452	0.0289	0.0246	0.0191	0.049	0.0575	0.066	0.0191	0.0338	0.0283	0.0338	0.0449	0.0245	0.0161	0.0245	0.0417
chr2R	18383669	18383820	chr2R:18383670-18383820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.024	0.0302	0.0249	0.016	0.0201	0.032	0.0368	0.0426	0.0201	0.032	0.0248	0.032	0.0395	0.0214	0.0116	0.0214	0.0219
chr2R	18389361	18389512	chr2R:18389362-18389512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0183	0.0211	0.0127	0.0095	0.0238	0.019	0.0247	0.0095	0.0187	0.017	0.0187	0.0279	0.0084	0.0084	0.0084	0.0141
chr2R	18393445	18393596	chr2R:18393446-18393596	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0453	0.078	0.0406	0.0138	0.0233	0.1165	0.0584	0.1379	0.0233	0.093	0.0367	0.093	0.0178	0.0184	0.0052	0.0184	0.0162
chr2R	18393763	18394057	chr2R:18393764-18394057	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0864	0.1438	0.081	0.0283	0.0689	0.2282	0.1012	0.2278	0.0689	0.1884	0.0611	0.1884	0.0364	0.0237	0.0084	0.0237	0.0271
chr2R	18394556	18394771	chr2R:18394557-18394771	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0791	0.0957	0.078	0.0616	0.0435	0.1189	0.0774	0.1779	0.0435	0.0857	0.0611	0.0857	0.031	0.0314	0.0155	0.0314	0.0276
chr2R	18394831	18395080	chr2R:18394832-18395080	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0939	0.1371	0.0779	0.0632	0.0764	0.1451	0.1211	0.2685	0.0764	0.0658	0.0656	0.0658	0.0294	0.0214	0.0168	0.0214	0.0261
chr2R	18395160	18395376	chr2R:18395161-18395376	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1101	0.1823	0.0942	0.0469	0.1103	0.2097	0.1548	0.3391	0.1103	0.0833	0.1186	0.0833	0.0372	0.0161	0.02	0.0161	0.0208
chr2R	18398030	18398341	chr2R:18398031-18398341	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0907	0.0764	0.1308	0.0627	0.0223	0.1311	0.058	0.1106	0.0223	0.2681	0.0974	0.2681	0.1255	0.1309	0.0239	0.1309	0.0667
chr2R	18398428	18398579	chr2R:18398429-18398579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0498	0.047	0.0665	0.0347	0.018	0.082	0.0394	0.06	0.018	0.0918	0.0514	0.0918	0.1177	0.0574	0.0206	0.0574	0.0417
chr2R	18399208	18399593	chr2R:18399209-18399593	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.122	0.0841	0.1633	0.1189	0.0308	0.151	0.0644	0.1093	0.0308	0.2403	0.1421	0.2403	0.2332	0.2703	0.0825	0.2703	0.1417
chr2R	18401550	18401746	chr2R:18401551-18401746	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2582	0.2423	0.318	0.2104	0.1856	0.3214	0.2141	0.3578	0.1856	0.41	0.3441	0.41	0.292	0.2335	0.2005	0.2335	0.2137
chr2R	18401896	18402128	chr2R:18401897-18402128	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2915	0.2517	0.3666	0.2534	0.1919	0.3553	0.2119	0.3591	0.1919	0.4698	0.3977	0.4698	0.3292	0.2925	0.2643	0.2925	0.2553
chr2R	18402234	18402385	chr2R:18402235-18402385	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1479	0.1331	0.1918	0.1163	0.0859	0.1791	0.1099	0.2159	0.0859	0.2295	0.2219	0.2295	0.2006	0.1738	0.1412	0.1738	0.0964
chr2R	18403332	18403523	chr2R:18403333-18403523	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1317	0.1965	0.1365	0.054	0.1485	0.2597	0.1553	0.3138	0.1485	0.2071	0.1267	0.2071	0.0651	0.0398	0.0226	0.0398	0.0354
chr2R	18403697	18404067	chr2R:18403698-18404067	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1306	0.196	0.1279	0.0604	0.1188	0.2553	0.1484	0.3491	0.1188	0.1552	0.109	0.1552	0.0596	0.0253	0.02	0.0253	0.0438
chr2R	18404866	18405017	chr2R:18404867-18405017	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0253	0.0277	0.0479	0.0095	0.0354	0.0229	0.04	0.0095	0.0272	0.0167	0.0272	0.0201	0.0123	0.0097	0.0123	0.0234
chr2R	18411347	18411498	chr2R:18411348-18411498	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0181	0.0189	0.0292	0.0106	0.018	0.0242	0.0273	0.0106	0.0091	0.0154	0.0091	0.0155	0.01	0.0058	0.01	0.0109
chr2R	18411530	18411701	chr2R:18411531-18411701	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0196	0.0242	0.0359	0.0074	0.0257	0.0203	0.0286	0.0074	0.0145	0.0212	0.0145	0.0178	0.013	0.0058	0.013	0.0146
chr2R	18411996	18412330	chr2R:18411997-18412330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0227	0.04	0.0425	0.0074	0.0301	0.0277	0.0273	0.0074	0.029	0.0238	0.029	0.0287	0.0176	0.0168	0.0176	0.0422
chr2R	18412685	18412931	chr2R:18412686-18412931	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0264	0.0198	0.025	0.0352	0.0127	0.0209	0.026	0.026	0.0127	0.0151	0.0164	0.0151	0.0395	0.0107	0.0155	0.0107	0.0318
chr2R	18412940	18413091	chr2R:18412941-18413091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0184	0.0188	0.0202	0.0085	0.0228	0.0229	0.024	0.0085	0.0097	0.0129	0.0097	0.0333	0.0069	0.0097	0.0069	0.0172
chr2R	18416839	18416990	chr2R:18416840-18416990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0198	0.0146	0.0202	0.0251	0.0053	0.0175	0.0182	0.0207	0.0053	0.0157	0.019	0.0157	0.0302	0.0138	0.009	0.0138	0.0323
chr2R	18418227	18418441	chr2R:18418228-18418441	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0137	0.0195	0.0425	0.0021	0.017	0.0195	0.0167	0.0021	0.0181	0.0122	0.0181	0.0225	0.013	0.0052	0.013	0.0188
chr2R	18418748	18418949	chr2R:18418749-18418949	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0202	0.0283	0.0556	0.0106	0.0252	0.0307	0.0187	0.0106	0.029	0.0196	0.029	0.0395	0.049	0.0174	0.049	0.0334
chr2R	18419058	18419229	chr2R:18419059-18419229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0272	0.0186	0.024	0.0405	0.0074	0.0248	0.0238	0.0213	0.0074	0.0205	0.0206	0.0205	0.0287	0.0337	0.0155	0.0337	0.0271
chr2R	18419690	18419841	chr2R:18419691-18419841	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0181	0.0132	0.0154	0.0265	0.0021	0.017	0.019	0.014	0.0021	0.0223	0.0087	0.0223	0.0217	0.0123	0.0058	0.0123	0.0109
chr2R	18419931	18420115	chr2R:18419932-18420115	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0182	0.0184	0.0368	0.0074	0.0223	0.0264	0.02	0.0074	0.0254	0.0122	0.0254	0.0217	0.013	0.0077	0.013	0.0229
chr2R	18420171	18420322	chr2R:18420172-18420322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0117	0.0155	0.0312	0.0053	0.0126	0.0173	0.014	0.0053	0.0145	0.0122	0.0145	0.0225	0.0115	0.0071	0.0115	0.0261
chr2R	18420484	18420678	chr2R:18420485-18420678	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0299	0.0171	0.0223	0.0526	0.0053	0.0121	0.0264	0.0273	0.0053	0.0187	0.0164	0.0187	0.0364	0.0199	0.0148	0.0199	0.0573
chr2R	18420791	18420990	chr2R:18420792-18420990	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0267	0.0158	0.0176	0.0487	0.0053	0.0189	0.0203	0.0233	0.0053	0.0175	0.0141	0.0175	0.0194	0.0138	0.0084	0.0138	0.0276
chr2R	18425550	18425701	chr2R:18425551-18425701	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0174	0.0263	0.0167	0.0095	0.018	0.0238	0.0187	0.0095	0.0175	0.0145	0.0175	0.0899	0.0123	0.011	0.0123	0.036
chr2R	18426848	18427171	chr2R:18426849-18427171	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0576	0.0298	0.0684	0.0769	0.0191	0.0408	0.0428	0.0207	0.0191	0.0386	0.0405	0.0386	0.2502	0.0421	0.0554	0.0421	0.1918
chr2R	18427176	18427384	chr2R:18427177-18427384	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0518	0.0253	0.0586	0.0738	0.0085	0.0374	0.0359	0.018	0.0085	0.0356	0.0322	0.0356	0.213	0.0368	0.029	0.0368	0.2074
chr2R	18429661	18430029	chr2R:18429662-18430029	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0864	0.032	0.0838	0.15	0.0106	0.0573	0.0359	0.0247	0.0106	0.0543	0.0527	0.0543	0.2889	0.2228	0.1341	0.2228	0.2454
chr2R	18430109	18430260	chr2R:18430110-18430260	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0387	0.0151	0.0374	0.0664	0.0053	0.0228	0.019	0.0133	0.0053	0.0157	0.026	0.0157	0.1371	0.072	0.0554	0.072	0.1287
chr2R	18431819	18431970	chr2R:18431820-18431970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.0157	0.0194	0.0246	0.0074	0.015	0.026	0.0173	0.0074	0.0223	0.0151	0.0223	0.0426	0.0153	0.0142	0.0153	0.0391
chr2R	18432904	18433098	chr2R:18432905-18433098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0402	0.0236	0.0454	0.0531	0.0117	0.0277	0.0298	0.0286	0.0117	0.0797	0.0347	0.0797	0.0813	0.0835	0.0535	0.0835	0.0677
chr2R	18433641	18433792	chr2R:18433642-18433792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0259	0.0126	0.0266	0.0401	0.0095	0.018	0.0151	0.012	0.0095	0.0193	0.0315	0.0193	0.0527	0.0429	0.0774	0.0429	0.0453
chr2R	18434121	18434422	chr2R:18434122-18434422	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1277	0.0415	0.1626	0.1856	0.0127	0.0791	0.0324	0.046	0.0127	0.2283	0.1511	0.2283	0.2804	0.2358	0.1896	0.2358	0.3028
chr2R	18435529	18435680	chr2R:18435530-18435680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0249	0.0148	0.0322	0.028	0.0085	0.0194	0.0177	0.0173	0.0085	0.0477	0.0238	0.0477	0.0604	0.0796	0.0174	0.0796	0.0224
chr2R	18436978	18437129	chr2R:18436979-18437129	FBgn0034736	CG6018	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0285	0.0264	0.0298	0.0294	0.0138	0.0335	0.032	0.03	0.0138	0.0308	0.0248	0.0308	0.0736	0.0306	0.0142	0.0306	0.0631
chr2R	18437285	18437573	chr2R:18437286-18437573	FBgn0034736	CG6018	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0546	0.0332	0.06	0.0727	0.0127	0.051	0.0433	0.0273	0.0127	0.0543	0.0331	0.0543	0.1944	0.062	0.0368	0.062	0.1767
chr2R	18441729	18441906	chr2R:18441730-18441906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0127	0.0162	0.0292	0.0042	0.0146	0.0182	0.0167	0.0042	0.0151	0.0129	0.0151	0.0434	0.0329	0.0071	0.0329	0.0693
chr2R	18444416	18444567	chr2R:18444417-18444567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0156	0.0203	0.021	0.0127	0.0136	0.0247	0.0173	0.0127	0.0205	0.0215	0.0205	0.031	0.01	0.0232	0.01	0.0422
chr2R	18448175	18448368	chr2R:18448176-18448368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0373	0.0533	0.0357	0.0213	0.0509	0.0471	0.0774	0.0566	0.0509	0.0423	0.0379	0.0423	0.0325	0.0253	0.0271	0.0253	0.0255
chr2R	18448514	18448755	chr2R:18448515-18448755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0493	0.0591	0.0546	0.0324	0.0435	0.0675	0.0709	0.0753	0.0435	0.0688	0.0614	0.0688	0.0496	0.0498	0.0361	0.0498	0.0344
chr2R	18448900	18449105	chr2R:18448901-18449105	FBgn0003175	px	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1862	0.1871	0.2299	0.1373	0.1368	0.2272	0.2046	0.2485	0.1368	0.3128	0.2431	0.3128	0.2308	0.1953	0.1451	0.1953	0.174
chr2R	18449220	18449395	chr2R:18449221-18449395	FBgn0003175,FBgn0034737	CG11362,px	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1916	0.1687	0.2421	0.1617	0.1039	0.2214	0.1847	0.2099	0.1039	0.3025	0.2624	0.3025	0.2363	0.193	0.167	0.193	0.1975
chr2R	18449459	18449635	chr2R:18449460-18449635	FBgn0003175,FBgn0034737	CG11362,px	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1597	0.1376	0.1963	0.1441	0.0912	0.1621	0.1557	0.1872	0.0912	0.2482	0.2122	0.2482	0.1905	0.1616	0.1515	0.1616	0.1683
chr2R	18450006	18450157	chr2R:18450007-18450157	FBgn0003175,FBgn0034737	CG11362,px	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0366	0.0391	0.0414	0.0287	0.0255	0.05	0.0484	0.0433	0.0255	0.061	0.0408	0.061	0.038	0.0398	0.0309	0.0398	0.0339
chr2R	18451400	18451574	chr2R:18451401-18451574	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0408	0.0399	0.0553	0.026	0.0212	0.0539	0.0428	0.0553	0.0212	0.0966	0.0559	0.0966	0.0534	0.0337	0.0374	0.0337	0.0281
chr2R	18455749	18455900	chr2R:18455750-18455900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0133	0.0115	0.0205	0.0032	0.0131	0.0186	0.0213	0.0032	0.0157	0.008	0.0157	0.0147	0.0237	0.0148	0.0237	0.0167
chr2R	18456939	18457090	chr2R:18456940-18457090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0167	0.0393	0.024	0.0032	0.0228	0.0208	0.0213	0.0032	0.0531	0.0547	0.0531	0.031	0.0398	0.0342	0.0398	0.0245
chr2R	18457224	18457483	chr2R:18457225-18457483	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.0503	0.193	0.1611	0.0117	0.0816	0.0424	0.0733	0.0117	0.2512	0.2408	0.2512	0.2053	0.2044	0.236	0.2044	0.2053
chr2R	18457745	18457896	chr2R:18457746-18457896	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0463	0.0197	0.056	0.0655	0.0074	0.0311	0.0199	0.024	0.0074	0.0713	0.0624	0.0713	0.0744	0.0972	0.0858	0.0972	0.0928
chr2R	18459346	18459528	chr2R:18459347-18459528	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0527	0.0391	0.0683	0.0507	0.0201	0.0519	0.0437	0.0533	0.0201	0.1014	0.0691	0.1014	0.0875	0.0773	0.0645	0.0773	0.0677
chr2R	18465704	18465855	chr2R:18465705-18465855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0106	0.014	0.0212	0.0021	0.0117	0.016	0.0127	0.0021	0.0169	0.0116	0.0169	0.0139	0.0115	0.0071	0.0115	0.0162
chr2R	18466264	18466415	chr2R:18466265-18466415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0136	0.0116	0.0117	0.0178	0.0064	0.0073	0.0229	0.0113	0.0064	0.0109	0.0122	0.0109	0.0132	0.0054	0.0032	0.0054	0.0073
chr2R	18475020	18475175	chr2R:18475021-18475175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0171	0.0123	0.0187	0.0207	0.0042	0.018	0.016	0.0133	0.0042	0.0199	0.0122	0.0199	0.0527	0.0199	0.0168	0.0199	0.0391
chr2R	18477084	18477516	chr2R:18477085-18477516	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0425	0.036	0.0466	0.0451	0.0159	0.0505	0.0463	0.0373	0.0159	0.061	0.0389	0.061	0.0922	0.0406	0.0297	0.0406	0.0985
chr2R	18477651	18477802	chr2R:18477652-18477802	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0227	0.0188	0.0259	0.0237	0.0064	0.0199	0.029	0.0213	0.0064	0.0386	0.018	0.0386	0.0511	0.0199	0.0123	0.0199	0.0516
chr2R	18477882	18478033	chr2R:18477883-18478033	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0204	0.0171	0.0231	0.0213	0.0042	0.018	0.0277	0.018	0.0042	0.0248	0.0177	0.0248	0.0558	0.0145	0.0135	0.0145	0.0459
chr2R	18478046	18478197	chr2R:18478047-18478197	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0231	0.0298	0.0255	0.0138	0.0267	0.0337	0.0233	0.0138	0.0284	0.0254	0.0284	0.0689	0.0168	0.0193	0.0168	0.049
chr2R	18479220	18479371	chr2R:18479221-18479371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0279	0.0279	0.0377	0.0173	0.0074	0.0432	0.0307	0.032	0.0074	0.0646	0.0344	0.0646	0.0449	0.0184	0.0174	0.0184	0.025
chr2R	18479856	18480048	chr2R:18479857-18480048	FBgn0260866	dnr1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0349	0.0322	0.0377	0.035	0.0117	0.0403	0.035	0.0493	0.0117	0.0537	0.0434	0.0537	0.038	0.0306	0.0554	0.0306	0.038
chr2R	18480397	18480600	chr2R:18480398-18480600	FBgn0260866	dnr1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1455	0.1248	0.1773	0.1338	0.0923	0.1612	0.1189	0.1779	0.0923	0.2542	0.1868	0.2542	0.1658	0.1524	0.1625	0.1524	0.1542
chr2R	18480831	18481192	chr2R:18480832-18481192	FBgn0260866	dnr1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0986	0.1049	0.1232	0.0646	0.052	0.1379	0.09	0.1785	0.052	0.2077	0.1277	0.2077	0.0682	0.0949	0.0793	0.0949	0.0505
chr2R	18483948	18484117	chr2R:18483949-18484117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0381	0.0174	0.0273	0.073	0.0064	0.0233	0.0203	0.024	0.0064	0.0254	0.0238	0.0254	0.0604	0.1064	0.0651	0.1064	0.0948
chr2R	18484511	18484733	chr2R:18484512-18484733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0321	0.0227	0.036	0.0383	0.0042	0.0286	0.0307	0.0273	0.0042	0.0604	0.0257	0.0604	0.0596	0.0919	0.0258	0.0919	0.0417
chr2R	18486717	18486868	chr2R:18486718-18486868	FBgn0034741	CG4269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0275	0.0319	0.0173	0.018	0.0199	0.0424	0.0346	0.018	0.0386	0.0367	0.0386	0.0364	0.026	0.0148	0.026	0.024
chr2R	18487344	18487495	chr2R:18487345-18487495	FBgn0034741	CG4269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0238	0.0246	0.0308	0.0152	0.0106	0.0204	0.0372	0.0353	0.0106	0.0386	0.0347	0.0386	0.0364	0.026	0.0116	0.026	0.013
chr2R	18492840	18493012	chr2R:18492841-18493012	FBgn0034742	CG4294	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0663	0.0592	0.084	0.0547	0.035	0.068	0.0705	0.0766	0.035	0.1027	0.0923	0.1027	0.096	0.062	0.06	0.062	0.0688
chr2R	18493119	18493302	chr2R:18493120-18493302	FBgn0034742,FBgn0034743	CG4294,RpS16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1421	0.1259	0.1701	0.1295	0.0912	0.1456	0.1384	0.1672	0.0912	0.2222	0.183	0.2222	0.1689	0.1309	0.1464	0.1309	0.1496
chr2R	18493508	18493716	chr2R:18493509-18493716	FBgn0034742,FBgn0034743	CG4294,RpS16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2207	0.1955	0.2685	0.1962	0.1347	0.2359	0.2167	0.2605	0.1347	0.3364	0.291	0.3364	0.2696	0.2282	0.1941	0.2282	0.2251
chr2R	18493808	18494060	chr2R:18493809-18494060	FBgn0034743,FBgn0086028	RpS16,snoRNA:Me28S-G2173	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.1033	0.136	0.0855	0.0583	0.1184	0.1233	0.1472	0.0583	0.1636	0.1437	0.1636	0.1479	0.108	0.0716	0.108	0.1079
chr2R	18494345	18494496	chr2R:18494346-18494496	FBgn0083003,FBgn0083004,FBgn0083005,FBgn0086028	snoRNA:Me28S-G2173,snoRNA:Psi28S-1175a,snoRNA:Psi28S-1175b,snoRNA:Psi28S-1175c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0513	0.0571	0.0315	0.0318	0.051	0.0705	0.068	0.0318	0.0749	0.0582	0.0749	0.0573	0.0375	0.0277	0.0375	0.038
chr2R	18494610	18494761	chr2R:18494611-18494761	FBgn0082925,FBgn0083003,FBgn0083004,FBgn0083005,FBgn0086028	snoRNA:Me28S-G2173,snoRNA:Or-aca1,snoRNA:Psi28S-1175a,snoRNA:Psi28S-1175b,snoRNA:Psi28S-1175c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0408	0.0486	0.0505	0.0213	0.0191	0.0524	0.0683	0.06	0.0191	0.0725	0.0514	0.0725	0.0519	0.0268	0.0148	0.0268	0.0297
chr2R	18495133	18495503	chr2R:18495134-18495503	FBgn0034744,FBgn0082925,FBgn0083003,FBgn0083004	Vps20,snoRNA:Or-aca1,snoRNA:Psi28S-1175b,snoRNA:Psi28S-1175c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1035	0.1077	0.1302	0.0695	0.0764	0.1277	0.1393	0.1199	0.0764	0.1872	0.1328	0.1872	0.1541	0.0743	0.0748	0.0743	0.0948
chr2R	18495612	18495845	chr2R:18495613-18495845	FBgn0034744	Vps20	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1556	0.1434	0.1848	0.1373	0.1283	0.1733	0.1566	0.1805	0.1283	0.2554	0.1936	0.2554	0.1875	0.1585	0.1328	0.1585	0.1735
chr2R	18495938	18496147	chr2R:18495939-18496147	FBgn0034744	Vps20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1012	0.0788	0.1216	0.1039	0.053	0.1019	0.0817	0.1073	0.053	0.1582	0.1379	0.1582	0.1123	0.1248	0.0967	0.1248	0.1313
chr2R	18501281	18501432	chr2R:18501282-18501432	FBgn0034745,FBgn0053143	CG33143,CG4329	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0072	0.0085	0.018	0	0.0078	0.0117	0.0073	0	0.0091	0.0074	0.0091	0.0124	0.0115	0.0084	0.0115	0.0188
chr2R	18501721	18501898	chr2R:18501722-18501898	FBgn0053143	CG33143	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0187	0.0105	0.0136	0.0336	0.0032	0.0112	0.016	0.0107	0.0032	0.0109	0.0122	0.0109	0.0186	0.0291	0.0168	0.0291	0.0427
chr2R	18515152	18515303	chr2R:18515153-18515303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0067	0.0064	0.0081	0.0056	0.0011	0.0049	0.0125	0.0073	0.0011	0.0109	0.008	0.0109	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0026
chr2R	18523362	18523552	chr2R:18523363-18523552	FBgn0034748	CG17807	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0712	0.109	0.0762	0.0477	0.0845	0.0835	0.0973	0.0477	0.1341	0.1257	0.1341	0.1201	0.0919	0.0825	0.0919	0.0959
chr2R	18523607	18523760	chr2R:18523608-18523760	FBgn0034748	CG17807	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.049	0.0751	0.0418	0.0361	0.0587	0.0627	0.052	0.0361	0.09	0.09	0.09	0.0759	0.0452	0.0484	0.0452	0.0542
chr2R	18525165	18525331	chr2R:18525166-18525331	FBgn0019949,FBgn0026261	Cdk9,bonsai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1545	0.1469	0.1827	0.132	0.1135	0.1777	0.1531	0.2059	0.1135	0.2289	0.2103	0.2289	0.1665	0.144	0.1418	0.144	0.148
chr2R	18525420	18525620	chr2R:18525421-18525620	FBgn0019949,FBgn0026261	Cdk9,bonsai	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0649	0.0839	0.0557	0.0339	0.0752	0.0727	0.0973	0.0339	0.1075	0.0968	0.1075	0.0751	0.0628	0.0613	0.0628	0.061
chr2R	18527607	18527784	chr2R:18527608-18527784	FBgn0034750	CG3732	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1461	0.1368	0.1746	0.1251	0.1029	0.1835	0.1349	0.1772	0.1029	0.2144	0.192	0.2144	0.1681	0.1386	0.127	0.1386	0.1527
chr2R	18527882	18528033	chr2R:18527883-18528033	FBgn0034750	CG3732	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0752	0.0725	0.0925	0.0592	0.0392	0.1005	0.0748	0.0953	0.0392	0.1226	0.0974	0.1226	0.1022	0.0735	0.0542	0.0735	0.0792
chr2R	18528181	18528356	chr2R:18528182-18528356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0647	0.0592	0.0845	0.049	0.0297	0.0791	0.0679	0.0759	0.0297	0.1117	0.0891	0.1117	0.0891	0.0498	0.0432	0.0498	0.0693
chr2R	18528374	18528527	chr2R:18528375-18528527	FBgn0261596	RpS24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0593	0.054	0.0772	0.0458	0.0212	0.0738	0.0614	0.0713	0.0212	0.1051	0.0778	0.1051	0.0775	0.0544	0.0451	0.0544	0.0573
chr2R	18528623	18528821	chr2R:18528624-18528821	FBgn0261596	RpS24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.0779	0.1363	0.089	0.0361	0.1068	0.0766	0.1153	0.0361	0.1739	0.1441	0.1739	0.1441	0.0957	0.0941	0.0957	0.111
chr2R	18528870	18529086	chr2R:18528871-18529086	FBgn0261596	RpS24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1222	0.0936	0.1623	0.11	0.0636	0.1248	0.0913	0.1306	0.0636	0.2035	0.1772	0.2035	0.1696	0.1118	0.1012	0.1118	0.1417
chr2R	18531450	18531614	chr2R:18531451-18531614	FBgn0040091	Ugt58Fa	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0604	0.0361	0.0712	0.0758	0.0148	0.0447	0.0385	0.0553	0.0148	0.0737	0.0736	0.0737	0.1201	0.0681	0.0516	0.0681	0.1636
chr2R	18532262	18532445	chr2R:18532263-18532445	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0835	0.0637	0.1148	0.0713	0.0127	0.0845	0.0368	0.1486	0.0127	0.055	0.1984	0.055	0.0837	0.0322	0.1103	0.0322	0.0761
chr2R	18533316	18533507	chr2R:18533317-18533507	FBgn0034753	CG2852	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0971	0.0703	0.1358	0.0845	0.0403	0.099	0.0631	0.1053	0.0403	0.1775	0.1556	0.1775	0.1309	0.0842	0.1115	0.0842	0.111
chr2R	18533689	18533963	chr2R:18533690-18533963	FBgn0034753	CG2852	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1964	0.17	0.2401	0.1781	0.1145	0.2199	0.1657	0.2438	0.1145	0.3043	0.2695	0.3043	0.2471	0.193	0.1773	0.193	0.248
chr2R	18534719	18534870	chr2R:18534720-18534870	FBgn0050195,FBgn0085475	CG30195,CG34446	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0243	0.0141	0.0235	0.0368	0.0074	0.0214	0.0177	0.0127	0.0074	0.0356	0.0244	0.0356	0.0217	0.1179	0.0232	0.1179	0.0234
chr2R	18535254	18535405	chr2R:18535255-18535405	FBgn0085475	CG34446	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.029	0.0227	0.028	0.0372	0.0053	0.0286	0.029	0.0306	0.0053	0.0537	0.0244	0.0537	0.0256	0.1325	0.0232	0.1325	0.0203
chr2R	18537322	18537473	chr2R:18537323-18537473	FBgn0034755	CG3746	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0226	0.0168	0.023	0.0287	0.0064	0.0199	0.0255	0.0173	0.0064	0.038	0.0219	0.038	0.0263	0.0727	0.0303	0.0727	0.0214
chr2R	18545330	18545483	chr2R:18545331-18545483	FBgn0034758	CG13510	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0151	0.0279	0.0267	0.0053	0.0199	0.0208	0.016	0.0053	0.0151	0.0212	0.0151	0.0875	0.0077	0.0097	0.0077	0.0771
chr2R	18546179	18546389	chr2R:18546180-18546389	FBgn0034759	CG13511	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0356	0.0273	0.0447	0.0348	0.0085	0.0427	0.0355	0.0233	0.0085	0.029	0.0325	0.029	0.1387	0.0115	0.02	0.0115	0.0954
chr2R	18547149	18547328	chr2R:18547150-18547328	FBgn0034759	CG13511	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0165	0.0277	0.0284	0.0042	0.0233	0.0264	0.0113	0.0042	0.0175	0.0219	0.0175	0.0736	0.0038	0.0071	0.0038	0.0771
chr2R	18549022	18549204	chr2R:18549023-18549204	FBgn0260768	CG42566	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0901	0.0899	0.1037	0.0756	0.0604	0.1058	0.1021	0.1259	0.0604	0.1322	0.1132	0.1322	0.1177	0.0957	0.0703	0.0957	0.0928
chr2R	18549255	18549472	chr2R:18549256-18549472	FBgn0260768	CG42566	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0813	0.0854	0.05	0.0636	0.0961	0.0908	0.1099	0.0636	0.1135	0.0913	0.1135	0.0914	0.0544	0.0451	0.0544	0.0552
chr2R	18553063	18553214	chr2R:18553064-18553214	FBgn0262141	CG42867	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0177	0.0152	0.0169	0.0214	0.0032	0.0199	0.0238	0.0147	0.0032	0.0145	0.018	0.0145	0.024	0.0161	0.0129	0.0161	0.0485
chr2R	18553495	18553646	chr2R:18553496-18553646	FBgn0262141,FBgn0262142	CG42867,CG42868	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0164	0.0116	0.0124	0.026	0.0042	0.0131	0.0182	0.0113	0.0042	0.0115	0.0138	0.0115	0.0163	0.0092	0.0155	0.0092	0.0703
chr2R	18553727	18553878	chr2R:18553728-18553878	FBgn0262142	CG42868	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0152	0.012	0.0117	0.0226	0.0032	0.0165	0.0177	0.0107	0.0032	0.0157	0.0132	0.0157	0.0132	0.0092	0.0084	0.0092	0.0641
chr2R	18554550	18554701	chr2R:18554551-18554701	FBgn0050273	CG30273	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0079	0.0151	0.0326	0.0042	0.0083	0.0143	0.006	0.0042	0.006	0.0161	0.006	0.031	0.0161	0.0232	0.0161	0.0724
chr2R	18557810	18558022	chr2R:18557811-18558022	FBgn0034763	RYBP	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0567	0.0479	0.0684	0.0536	0.017	0.068	0.0532	0.06	0.017	0.0767	0.0791	0.0767	0.0775	0.0559	0.049	0.0559	0.0662
chr2R	18558140	18558311	chr2R:18558141-18558311	FBgn0034763	RYBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1467	0.1188	0.1871	0.1337	0.0615	0.1573	0.1293	0.1599	0.0615	0.2301	0.2045	0.2301	0.1921	0.1432	0.1277	0.1432	0.1605
chr2R	18558385	18558561	chr2R:18558386-18558561	FBgn0034763	RYBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1022	0.0758	0.1381	0.0925	0.0414	0.0985	0.0792	0.1086	0.0414	0.1842	0.1489	0.1842	0.1286	0.1118	0.0903	0.1118	0.1172
chr2R	18558655	18558806	chr2R:18558656-18558806	FBgn0034763	RYBP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0428	0.0384	0.0561	0.0331	0.0148	0.0529	0.0407	0.048	0.0148	0.0688	0.0611	0.0688	0.0558	0.0505	0.0342	0.0505	0.0365
chr2R	18560902	18561053	chr2R:18560903-18561053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0256	0.0136	0.0325	0.0316	0.0042	0.0194	0.0173	0.016	0.0042	0.0483	0.0293	0.0483	0.0349	0.0153	0.0142	0.0153	0.025
chr2R	18561600	18561751	chr2R:18561601-18561751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0173	0.0294	0.0344	0.0053	0.0194	0.0255	0.022	0.0053	0.0278	0.0244	0.0278	0.0302	0.0077	0.0129	0.0077	0.0188
chr2R	18563373	18563524	chr2R:18563374-18563524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0071	0.0188	0.0345	0.0021	0.0117	0.0087	0.0067	0.0021	0.0193	0.017	0.0193	0.0217	0.0138	0.0181	0.0138	0.0188
chr2R	18564243	18564540	chr2R:18564244-18564540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0657	0.0197	0.0632	0.1199	0.0064	0.0296	0.0234	0.0213	0.0064	0.0767	0.0669	0.0767	0.0844	0.1217	0.1322	0.1217	0.1417
chr2R	18564590	18564741	chr2R:18564591-18564741	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0406	0.0127	0.0407	0.0716	0.0011	0.0218	0.0151	0.012	0.0011	0.058	0.0434	0.058	0.0542	0.0934	0.0806	0.0934	0.0896
chr2R	18565148	18565317	chr2R:18565149-18565317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0642	0.0257	0.0901	0.0787	0.0053	0.0447	0.0285	0.024	0.0053	0.0888	0.0907	0.0888	0.1766	0.0674	0.0658	0.0674	0.1548
chr2R	18565783	18566005	chr2R:18565784-18566005	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2474	0.0764	0.3697	0.3044	0.0244	0.1655	0.0571	0.0586	0.0244	0.503	0.3971	0.503	0.3695	0.3438	0.3301	0.3438	0.3361
chr2R	18566011	18566234	chr2R:18566012-18566234	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1925	0.0808	0.2863	0.2145	0.0308	0.1583	0.0554	0.0919	0.0308	0.3847	0.3042	0.3847	0.2734	0.2397	0.2289	0.2397	0.2434
chr2R	18566320	18566495	chr2R:18566321-18566495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0601	0.0446	0.0934	0.0409	0.0201	0.0636	0.0532	0.0486	0.0201	0.125	0.0997	0.125	0.0751	0.0452	0.0451	0.0452	0.0521
chr2R	18568353	18568652	chr2R:18568354-18568652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1023	0.0405	0.1599	0.1081	0.0106	0.0738	0.0337	0.0533	0.0106	0.1902	0.191	0.1902	0.2208	0.0919	0.1715	0.0919	0.1636
chr2R	18569378	18569602	chr2R:18569379-18569602	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1377	0.1186	0.2165	0.0726	0.0392	0.1646	0.0852	0.2252	0.0392	0.346	0.2521	0.346	0.0906	0.0475	0.0664	0.0475	0.0354
chr2R	18569770	18569972	chr2R:18569771-18569972	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1271	0.0837	0.2055	0.0897	0.0159	0.1558	0.0519	0.1233	0.0159	0.3448	0.2125	0.3448	0.0635	0.0521	0.0567	0.0521	0.0417
chr2R	18570691	18570874	chr2R:18570692-18570874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0649	0.0315	0.0843	0.0809	0.0085	0.0524	0.0324	0.0373	0.0085	0.0984	0.0733	0.0984	0.1433	0.0551	0.0542	0.0551	0.1558
chr2R	18571061	18571212	chr2R:18571062-18571212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0608	0.0356	0.082	0.0657	0.0127	0.0573	0.0324	0.048	0.0127	0.1335	0.0932	0.1335	0.072	0.0613	0.0986	0.0613	0.0756
chr2R	18571962	18572197	chr2R:18571963-18572197	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1224	0.1785	0.1317	0.0494	0.1633	0.1966	0.2098	0.2325	0.1633	0.1872	0.1524	0.1872	0.0976	0.059	0.0522	0.059	0.0688
chr2R	18573593	18573933	chr2R:18573594-18573933	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.3132	0.2485	0.3944	0.2965	0.1548	0.351	0.2695	0.2911	0.1548	0.5223	0.4379	0.5223	0.4074	0.3606	0.3765	0.3606	0.3861
chr2R	18574242	18574651	chr2R:18574243-18574651	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.305	0.2794	0.3683	0.2643	0.2248	0.3393	0.3214	0.3371	0.2248	0.497	0.4138	0.497	0.4028	0.3292	0.3069	0.3292	0.3497
chr2R	18576358	18576598	chr2R:18576359-18576598	FBgn0020257	ppa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2906	0.2974	0.335	0.2344	0.2641	0.3383	0.3408	0.3731	0.2641	0.4215	0.3794	0.4215	0.3036	0.2397	0.2573	0.2397	0.2856
chr2R	18577170	18577468	chr2R:18577171-18577468	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2676	0.3405	0.3433	0.103	0.3022	0.3786	0.3871	0.441	0.3022	0.4342	0.4473	0.4342	0.2556	0.0835	0.2386	0.0835	0.086
chr2R	18578122	18578478	chr2R:18578123-18578478	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT20956.1	VT20956.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.258	0.3903	0.2944	0.0702	0.3404	0.3684	0.4948	0.5137	0.3404	0.2941	0.4707	0.2941	0.11	0.0245	0.1979	0.0245	0.0334
chr2R	18578553	18578704	chr2R:18578554-18578704	distal	distal	stage5	stage5	VT20956.1	VT20956.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1071	0.1842	0.1032	0.0253	0.1548	0.1277	0.269	0.2578	0.1548	0.0755	0.1794	0.0755	0.0442	0.0176	0.0619	0.0176	0.0156
chr2R	18579674	18579825	chr2R:18579675-18579825	distal	distal	none	none	VT20956.1	VT20956.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0678	0.1018	0.0755	0.0213	0.0615	0.1476	0.1103	0.1119	0.0615	0.1165	0.0887	0.1165	0.0473	0.0222	0.0258	0.0222	0.0266
chr2R	18581618	18581769	chr2R:18581619-18581769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0522	0.0435	0.0769	0.0347	0.0159	0.0636	0.0523	0.048	0.0159	0.0954	0.0913	0.0954	0.079	0.0245	0.0277	0.0245	0.0688
chr2R	18585197	18585348	chr2R:18585198-18585348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0457	0.0254	0.0131	0.0414	0.0388	0.0753	0.0446	0.0414	0.029	0.0273	0.029	0.0271	0.0084	0.0135	0.0084	0.0203
chr2R	18587688	18587925	chr2R:18587689-18587925	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT20958.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1194	0.0933	0.1519	0.1129	0.0562	0.132	0.1016	0.1106	0.0562	0.1769	0.1659	0.1769	0.1789	0.1217	0.1012	0.1217	0.1626
chr2R	18588096	18588292	chr2R:18588097-18588292	FBgn0005631	robo	stage11,stage14,stage5	none	VT20958.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2492	0.2328	0.2945	0.2177	0.1909	0.2874	0.2517	0.2965	0.1909	0.3931	0.3109	0.3931	0.2393	0.2381	0.2192	0.2381	0.2168
chr2R	18588407	18588590	chr2R:18588408-18588590	FBgn0005631	robo	stage11,stage14,stage5	none	VT20958.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2001	0.1873	0.2365	0.1745	0.1665	0.2248	0.2037	0.2385	0.1665	0.2965	0.2508	0.2965	0.2246	0.1738	0.1863	0.1738	0.1944
chr2R	18602377	18602586	chr2R:18602378-18602586	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0246	0.0383	0.0246	0.0095	0.0159	0.049	0.0515	0.0426	0.0159	0.0338	0.0347	0.0338	0.0116	0.0069	0.0168	0.0069	0.0094
chr2R	18603989	18604397	chr2R:18603990-18604397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0329	0.0506	0.0312	0.0149	0.0467	0.0306	0.0731	0.0786	0.0467	0.0229	0.0559	0.0229	0.0147	0.01	0.0309	0.01	0.0141
chr2R	18614975	18615126	chr2R:18614976-18615126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0246	0.0254	0.0173	0.0159	0.015	0.0363	0.0406	0.0159	0.0115	0.0466	0.0115	0.0209	0.0069	0.0516	0.0069	0.0073
chr2R	18616067	18616347	chr2R:18616068-18616347	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.08	0.1345	0.0714	0.0285	0.1124	0.0655	0.1903	0.2392	0.1124	0.0181	0.1479	0.0181	0.0325	0.0069	0.0787	0.0069	0.0182
chr2R	18616372	18616559	chr2R:18616373-18616559	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0701	0.0837	0.0862	0.0372	0.0562	0.0544	0.1103	0.1546	0.0562	0.0181	0.1752	0.0181	0.0542	0.0069	0.1186	0.0069	0.0188
chr2R	18616747	18616944	chr2R:18616748-18616944	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.158	0.2039	0.19	0.0717	0.2047	0.1437	0.2725	0.3045	0.2047	0.0761	0.3363	0.0761	0.182	0.0222	0.2205	0.0222	0.0453
chr2R	18624474	18624625	chr2R:18624475-18624625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0132	0.0122	0.0106	0.0042	0.0121	0.0195	0.0173	0.0042	0.0091	0.0164	0.0091	0.0101	8e-04	0.0316	8e-04	0.0068
chr2R	18627289	18627440	chr2R:18627290-18627440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0087	0.0096	0.0072	0.0093	0.0032	0.0044	0.0203	0.0113	0.0032	0.0066	0.0119	0.0066	0.0046	0.0023	0.0284	0.0023	0.0031
chr2R	18628038	18628189	chr2R:18628039-18628189	FBgn0028371	jbug	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0065	0.0112	0.015	0.0032	0.0044	0.0117	0.0073	0.0032	0.0054	0.0196	0.0054	0.0093	0.0023	0.0426	0.0023	0.0073
chr2R	18628342	18628493	chr2R:18628343-18628493	FBgn0028371	jbug	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0092	0.0088	0.0096	0.0091	0.0053	0.0063	0.016	0.0107	0.0053	0.0066	0.0125	0.0066	0.0108	8e-04	0.0277	8e-04	0.0057
chr2R	18634900	18635061	chr2R:18634901-18635061	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0142	0.0313	0.0057	0.0043	0.0435	0.0189	0.0506	0.0306	0.0435	0.0048	0.0071	0.0048	0.0077	8e-04	0.0052	8e-04	0.0042
chr2R	18639289	18639440	chr2R:18639290-18639440	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0091	0.0088	0.0075	0.0111	0.0053	0.0073	0.0156	0.0087	0.0053	0.0121	0.0071	0.0121	0.0039	0.0245	0.0039	0.0245	0.0036
chr2R	18639507	18639658	chr2R:18639508-18639658	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0148	0.0107	0.0128	0.0064	0.0155	0.0234	0.014	0.0064	0.0163	0.0103	0.0163	0.0085	0.0153	0.0032	0.0153	0.0042
chr2R	18675476	18675627	chr2R:18675477-18675627	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0088	0.0061	0.0113	0.0021	0.0087	0.0156	0.0087	0.0021	0.0091	0.0035	0.0091	0.0093	0.0061	0.0039	0.0061	0.0047
chr2R	18684473	18684640	chr2R:18684474-18684640	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0307	0.0409	0.0232	0.0276	0.0212	0.0456	0.0588	0.0473	0.0212	0.029	0.0244	0.029	0.0194	0.0291	0.0123	0.0291	0.024
chr2R	18685184	18685335	chr2R:18685185-18685335	FBgn0259145	CG42260	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0282	0.0224	0.0228	0.0404	0.0011	0.0252	0.035	0.0266	0.0011	0.026	0.0196	0.026	0.0201	0.0322	0.02	0.0322	0.0328
chr2R	18685785	18685936	chr2R:18685786-18685936	FBgn0259145	CG42260	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0378	0.0296	0.0494	0.0276	0.0369	0.0536	0.046	0.0276	0.0386	0.0309	0.0386	0.0155	0.0306	0.0213	0.0306	0.0229
chr2R	18685997	18686224	chr2R:18685998-18686224	FBgn0011211,FBgn0259145	CG42260,blw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.119	0.1181	0.1286	0.1096	0.0838	0.1383	0.1423	0.1459	0.0838	0.1757	0.1354	0.1757	0.1255	0.134	0.0986	0.134	0.1292
chr2R	18686239	18686396	chr2R:18686240-18686396	FBgn0011211,FBgn0259145	CG42260,blw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1209	0.1261	0.136	0.0983	0.0912	0.1427	0.1427	0.1732	0.0912	0.1667	0.1508	0.1667	0.141	0.1026	0.0986	0.1026	0.1313
chr2R	18686500	18686680	chr2R:18686501-18686680	FBgn0011211	blw	stage11,stage14,stage5	none	blw_-146/-93,blw_-61/+86	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2259	0.2121	0.2621	0.2016	0.1729	0.2592	0.2305	0.2685	0.1729	0.3351	0.2749	0.3351	0.2572	0.2243	0.2095	0.2243	0.2522
chr2R	18686769	18686975	chr2R:18686770-18686975	FBgn0011211	blw	stage11,stage14,stage5	none	blw_-61/+86	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.1071	0.1178	0.1155	0.0861	0.088	0.1393	0.1349	0.1566	0.088	0.1286	0.1199	0.1286	0.1115	0.0904	0.0741	0.0904	0.1209
chr2R	18687047	18687282	chr2R:18687048-18687282	FBgn0011211	blw	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0905	0.0911	0.1033	0.0758	0.0594	0.1097	0.1021	0.1246	0.0594	0.131	0.1109	0.131	0.1263	0.0919	0.0735	0.0919	0.1146
chr2R	18689963	18690437	chr2R:18689964-18690437	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT21015.1	VT21015.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2383	0.2931	0.2716	0.1406	0.2269	0.3403	0.346	0.3678	0.2269	0.2844	0.3453	0.2844	0.2448	0.124	0.1812	0.124	0.1621
chr2R	18690512	18690802	chr2R:18690513-18690802	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT21015.1	VT21015.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2363	0.3163	0.2567	0.1246	0.2609	0.3393	0.3646	0.4204	0.2609	0.2687	0.3177	0.2687	0.2572	0.1087	0.1631	0.1087	0.1449
chr2R	18693950	18694209	chr2R:18693951-18694209	FBgn0000405	CycB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1556	0.1689	0.1967	0.0955	0.1283	0.2005	0.1899	0.2125	0.1283	0.2494	0.2125	0.2494	0.1836	0.1126	0.1064	0.1126	0.1329
chr2R	18694370	18694630	chr2R:18694371-18694630	FBgn0000405	CycB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2483	0.2546	0.2871	0.1989	0.1877	0.285	0.3114	0.3211	0.1877	0.3563	0.3203	0.3563	0.2595	0.209	0.2089	0.209	0.247
chr2R	18716650	18716801	chr2R:18716651-18716801	FBgn0050272	CG30272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0117	0.0106	0.0138	0.0104	0.0064	0.0073	0.0216	0.0067	0.0064	0.0181	0.0113	0.0181	0.0256	0.0054	0.0077	0.0054	0.0219
chr2R	18724458	18724609	chr2R:18724459-18724609	FBgn0034783	CG9825	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0126	0.0242	0.0099	0.0026	0.0159	0.015	0.0294	0.0486	0.0159	0.0097	0.0154	0.0097	0.0077	0	0.0052	0	0.0036
chr2R	18726325	18726476	chr2R:18726326-18726476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.012	0.0155	0.0151	0.0046	0.0074	0.0218	0.0195	0.016	0.0074	0.0386	0.0096	0.0386	0.0147	0.0084	0.0032	0.0084	0.0052
chr2R	18726558	18726709	chr2R:18726559-18726709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.011	0.0142	0.0147	0.0033	0.0042	0.0141	0.0247	0.0153	0.0042	0.0338	0.0103	0.0338	0.0147	0.0046	0.0039	0.0046	0.0031
chr2R	18741225	18741432	chr2R:18741226-18741432	FBgn0010078,FBgn0034786	CG13531,RpL23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0841	0.0685	0.101	0.083	0.0339	0.0981	0.0614	0.1039	0.0339	0.1341	0.1042	0.1341	0.1146	0.0911	0.0825	0.0911	0.1105
chr2R	18741732	18741908	chr2R:18741733-18741908	FBgn0010078	RpL23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.185	0.1658	0.2246	0.1631	0.0944	0.215	0.1838	0.2152	0.0944	0.2862	0.2447	0.2862	0.2045	0.1646	0.1709	0.1646	0.1944
chr2R	18742077	18742423	chr2R:18742078-18742423	FBgn0010078	RpL23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.121	0.1047	0.1525	0.1046	0.0657	0.133	0.1215	0.1286	0.0657	0.1866	0.1611	0.1866	0.1619	0.1057	0.1057	0.1057	0.1449
chr2R	18747781	18748116	chr2R:18747782-18748116	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1113	0.1658	0.109	0.0531	0.1326	0.1879	0.1791	0.2405	0.1326	0.1667	0.1029	0.1667	0.0434	0.01	0.0213	0.01	0.0089
chr2R	18749155	18749423	chr2R:18749156-18749423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0297	0.0398	0.031	0.0171	0.0159	0.0553	0.0541	0.0366	0.0159	0.0435	0.0215	0.0435	0.0163	0.0077	0.0032	0.0077	0.0094
chr2R	18749573	18749779	chr2R:18749574-18749779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0302	0.0328	0.0352	0.022	0.0138	0.0398	0.0389	0.048	0.0138	0.0326	0.0251	0.0326	0.0132	0.0054	0.0039	0.0054	0.0078
chr2R	18751565	18751716	chr2R:18751566-18751716	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21046.1	VT21046.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.0239	0.0296	0.0216	0.0106	0.0248	0.0333	0.0286	0.0106	0.0193	0.0305	0.0193	0.0147	0.0038	0.0077	0.0038	0.0089
chr2R	18751754	18751939	chr2R:18751755-18751939	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21046.1	VT21046.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0223	0.0279	0.0259	0.0117	0.0214	0.029	0.0306	0.0117	0.0248	0.0267	0.0248	0.0085	0.0092	0.009	0.0092	0.0099
chr2R	18754960	18755157	chr2R:18754961-18755157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.0339	0.0421	0.0152	0.0127	0.0466	0.0272	0.0606	0.0127	0.0519	0.0386	0.0519	0.0139	0	0.0058	0	0.0021
chr2R	18755271	18755466	chr2R:18755272-18755466	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0705	0.0738	0.0839	0.0521	0.035	0.0883	0.0714	0.1279	0.035	0.1063	0.0723	0.1063	0.0124	0.0046	0.0161	0.0046	0.0078
chr2R	18758542	18758693	chr2R:18758543-18758693	FBgn0034788	CG13532	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0088	0.0152	0.0301	0.0032	0.0078	0.013	0.0127	0.0032	0.0151	0.0129	0.0151	0.007	0.0092	0.0045	0.0092	0.0068
chr2R	18762159	18762350	chr2R:18762160-18762350	FBgn0034789	PIP5K59B	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0502	0.0603	0.0567	0.0319	0.0318	0.0777	0.0692	0.0786	0.0318	0.0857	0.0547	0.0857	0.0279	0.0084	0.0052	0.0084	0.0094
chr2R	18762620	18762771	chr2R:18762621-18762771	FBgn0034789	PIP5K59B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0223	0.0202	0.0245	0.0223	0.0138	0.0233	0.0238	0.0293	0.0138	0.035	0.0209	0.035	0.0124	0.0046	0.0039	0.0046	0.0099
chr2R	18767751	18767902	chr2R:18767752-18767902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0253	0.0293	0.0189	0.0064	0.0286	0.0446	0.0193	0.0064	0.0417	0.0273	0.0417	0.0287	0.0391	0.0155	0.0391	0.0146
chr2R	18769851	18770056	chr2R:18769852-18770056	FBgn0034791	CG3501	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0772	0.0639	0.0921	0.0758	0.0371	0.0757	0.0722	0.0853	0.0371	0.1304	0.0849	0.1304	0.0937	0.0904	0.0683	0.0904	0.0964
chr2R	18770141	18770337	chr2R:18770142-18770337	FBgn0034791	CG3501	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1122	0.1013	0.1354	0.099	0.0594	0.1277	0.1094	0.1392	0.0594	0.1775	0.1444	0.1775	0.1379	0.1141	0.0935	0.1141	0.1245
chr2R	18770513	18770664	chr2R:18770514-18770664	FBgn0034791	CG3501	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.0469	0.0463	0.0277	0.0392	0.051	0.0549	0.0606	0.0392	0.0622	0.0514	0.0622	0.0403	0.0337	0.0297	0.0337	0.0318
chr2R	18773483	18773670	chr2R:18773484-18773670	FBgn0034792,FBgn0034793	CG3499,asrij	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1619	0.1226	0.2015	0.1624	0.0891	0.1592	0.1163	0.1759	0.0891	0.2506	0.2154	0.2506	0.2122	0.1784	0.1773	0.1784	0.1918
chr2R	18773964	18774162	chr2R:18773965-18774162	FBgn0034792,FBgn0034793	CG3499,asrij	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1822	0.1469	0.2343	0.1643	0.0912	0.2078	0.1384	0.2032	0.0912	0.288	0.2457	0.288	0.2285	0.1554	0.1663	0.1554	0.1892
chr2R	18774209	18774360	chr2R:18774210-18774360	FBgn0034792,FBgn0034793	CG3499,asrij	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0806	0.0694	0.1042	0.0671	0.0329	0.101	0.064	0.1046	0.0329	0.1322	0.1084	0.1322	0.1092	0.0597	0.0664	0.0597	0.0797
chr2R	18776075	18776226	chr2R:18776076-18776226	FBgn0034794,FBgn0034795,FBgn0034796	CG3700,Gmer,MED23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.0474	0.0697	0.04	0.035	0.0578	0.0484	0.072	0.035	0.0888	0.0781	0.0888	0.0635	0.0467	0.0309	0.0467	0.0563
chr2R	18776326	18776583	chr2R:18776327-18776583	FBgn0034794,FBgn0034795,FBgn0034796	CG3700,Gmer,MED23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1462	0.1529	0.165	0.118	0.122	0.1704	0.1773	0.2099	0.122	0.1963	0.1871	0.1963	0.1619	0.1294	0.1231	0.1294	0.1454
chr2R	18783254	18783419	chr2R:18783255-18783419	FBgn0034797	nahoda	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0444	0.031	0.0619	0.0401	0.0159	0.0262	0.0402	0.0533	0.0159	0.0411	0.0974	0.0411	0.0736	0.0276	0.1025	0.0276	0.0391
chr2R	18783610	18783809	chr2R:18783611-18783809	FBgn0034797	nahoda	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0838	0.0607	0.1214	0.0682	0.0403	0.0592	0.0753	0.0906	0.0403	0.038	0.217	0.038	0.1317	0.0207	0.2128	0.0207	0.0526
chr2R	18783915	18784082	chr2R:18783916-18784082	FBgn0034797	nahoda	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0398	0.04	0.0467	0.0319	0.0191	0.0374	0.0619	0.0506	0.0191	0.0223	0.0797	0.0223	0.0473	0.0214	0.0838	0.0214	0.0255
chr2R	18785653	18785828	chr2R:18785654-18785828	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0197	0.0453	0.0323	0.0064	0.0204	0.0298	0.022	0.0064	0.0097	0.0968	0.0097	0.0194	0.0054	0.1277	0.0054	0.0078
chr2R	18786022	18786194	chr2R:18786023-18786194	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0346	0.0181	0.0464	0.04	0.0064	0.0175	0.0221	0.03	0.0064	0.0127	0.0994	0.0127	0.0155	0.0038	0.1586	0.0038	0.0109
chr2R	18787784	18787935	chr2R:18787785-18787935	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0123	0.0185	0.0221	0.0032	0.0107	0.0221	0.0133	0.0032	0.0121	0.0309	0.0121	0.0108	0.0077	0.0774	0.0077	0.0099
chr2R	18789275	18789426	chr2R:18789276-18789426	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0121	0.017	0.0322	0.0021	0.0141	0.0186	0.0133	0.0021	0.0091	0.0296	0.0091	0.0108	0.0031	0.1109	0.0031	0.0208
chr2R	18796282	18796433	chr2R:18796283-18796433	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0115	0.0109	0.012	0.0011	0.0112	0.0212	0.0127	0.0011	0.0079	0.0167	0.0079	0.0093	0.0092	0.0309	0.0092	0.0068
chr2R	18796694	18796845	chr2R:18796695-18796845	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0115	0.0079	0.0137	0.0132	0.0032	0.0029	0.0169	0.0087	0.0032	0.0127	0.0222	0.0127	0.0077	0.01	0.0368	0.01	0.0063
chr2R	18799084	18799291	chr2R:18799085-18799291	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0571	0.0851	0.0591	0.0235	0.0774	0.0806	0.1125	0.1053	0.0774	0.1027	0.0527	0.1027	0.0581	0.0467	0.0142	0.0467	0.0276
chr2R	18799537	18799724	chr2R:18799538-18799724	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0769	0.1129	0.0816	0.0316	0.0901	0.1078	0.1639	0.1319	0.0901	0.1335	0.0768	0.1335	0.0713	0.0475	0.02	0.0475	0.0386
chr2R	18806127	18806278	chr2R:18806128-18806278	FBgn0050187	CG30187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0201	0.0189	0.0212	0.0085	0.0214	0.0247	0.0306	0.0085	0.0121	0.0244	0.0121	0.0318	0.0199	0.0148	0.0199	0.0464
chr2R	18811947	18812109	chr2R:18811948-18812109	FBgn0010660	Nup214	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.0584	0.0717	0.0553	0.0308	0.0733	0.0683	0.0799	0.0308	0.0876	0.0781	0.0876	0.0782	0.0567	0.0632	0.0567	0.0709
chr2R	18812190	18812383	chr2R:18812191-18812383	FBgn0010660,FBgn0261564	CG42678,Nup214	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1821	0.1645	0.2141	0.1666	0.1092	0.2136	0.1561	0.2465	0.1092	0.2736	0.2293	0.2736	0.227	0.1723	0.1818	0.1723	0.2053
chr2R	18812505	18812689	chr2R:18812506-18812689	FBgn0010660,FBgn0261564	CG42678,Nup214	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2154	0.2101	0.2451	0.1887	0.1453	0.266	0.2171	0.2918	0.1453	0.3068	0.2669	0.3068	0.2277	0.1853	0.1941	0.1853	0.2194
chr2R	18813004	18813317	chr2R:18813005-18813317	FBgn0261564	CG42678	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.0754	0.1169	0.0854	0.0445	0.0908	0.0887	0.0953	0.0445	0.1552	0.1161	0.1552	0.117	0.0888	0.1103	0.0888	0.0865
chr2R	18813325	18813783	chr2R:18813326-18813783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1157	0.0912	0.1377	0.1191	0.0488	0.1325	0.1029	0.0946	0.0488	0.2802	0.1026	0.2802	0.1301	0.2374	0.1032	0.2374	0.1204
chr2R	18813923	18814112	chr2R:18813924-18814112	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0708	0.0512	0.0897	0.072	0.0265	0.0922	0.0523	0.0413	0.0265	0.2651	0.0373	0.2651	0.0736	0.2343	0.0393	0.2343	0.0552
chr2R	18821545	18822025	chr2R:18821546-18822025	FBgn0034800	CG3788	stage11,stage14,stage5	none	CG3788_CRM18	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2518	0.2453	0.3263	0.1774	0.1315	0.3316	0.2574	0.3331	0.1315	0.4324	0.3151	0.4324	0.3122	0.2389	0.2205	0.2389	0.1793
chr2R	18822117	18822520	chr2R:18822118-18822520	distal	distal	stage11,stage5	stage5	CG3788_CRM18	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1491	0.1413	0.2	0.1018	0.0647	0.1951	0.1319	0.2119	0.0647	0.2796	0.2113	0.2796	0.1751	0.1417	0.156	0.1417	0.1058
chr2R	18824225	18824400	chr2R:18824226-18824400	FBgn0034802,FBgn0034803	CG3800,CG9849	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2496	0.2155	0.3108	0.2207	0.1326	0.2835	0.2349	0.2778	0.1326	0.3847	0.3305	0.3847	0.2905	0.2305	0.2308	0.2305	0.2579
chr2R	18824500	18824685	chr2R:18824501-18824685	FBgn0034802,FBgn0034803	CG3800,CG9849	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2222	0.1816	0.2806	0.2036	0.1188	0.2306	0.1821	0.2592	0.1188	0.346	0.2942	0.346	0.2641	0.2106	0.205	0.2106	0.2402
chr2R	18824777	18824928	chr2R:18824778-18824928	FBgn0034802,FBgn0034803	CG3800,CG9849	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1269	0.1037	0.1628	0.1134	0.0636	0.1277	0.1073	0.1546	0.0636	0.2156	0.1653	0.2156	0.151	0.1616	0.1148	0.1616	0.1131
chr2R	18824932	18825116	chr2R:18824933-18825116	FBgn0034802,FBgn0034803	CG3800,CG9849	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1474	0.1336	0.1774	0.1298	0.0976	0.1602	0.144	0.1912	0.0976	0.2264	0.1875	0.2264	0.1689	0.1325	0.138	0.1325	0.1496
chr2R	18825225	18825401	chr2R:18825226-18825401	FBgn0034803	CG9849	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1217	0.1052	0.151	0.1079	0.0573	0.1282	0.122	0.1419	0.0573	0.1806	0.1656	0.1806	0.1456	0.1103	0.1115	0.1103	0.1391
chr2R	18828441	18828592	chr2R:18828442-18828592	FBgn0034804	CG3831	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0091	0.0171	0.0519	0.0021	0.0121	0.0117	0.0107	0.0021	0.0151	0.0164	0.0151	0.0372	0.0245	0.0245	0.0245	0.1433
chr2R	18828947	18829098	chr2R:18828948-18829098	FBgn0034804	CG3831	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.027	0.0167	0.0226	0.0433	0.0053	0.0175	0.0247	0.0193	0.0053	0.0205	0.018	0.0205	0.0589	0.0191	0.029	0.0191	0.1183
chr2R	18870478	18870649	chr2R:18870479-18870649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.026	0.0247	0.0423	0.0096	0.0095	0.0262	0.0376	0.024	0.0095	0.0495	0.0582	0.0495	0.0271	0.0061	0.0116	0.0061	0.0125
chr2R	18870869	18871020	chr2R:18870870-18871020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0183	0.0153	0.0334	0.005	0.0074	0.0126	0.0272	0.0153	0.0074	0.0441	0.0453	0.0441	0.0232	0.0046	0.0058	0.0046	0.0063
chr2R	18877879	18878030	chr2R:18877880-18878030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0108	0.0103	0.0174	0.004	0.0042	0.0136	0.0151	0.0093	0.0042	0.0465	0.0122	0.0465	0.0077	0.0061	0.0032	0.0061	0.0047
chr2R	18880675	18880850	chr2R:18880676-18880850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0473	0.0492	0.061	0.0299	0.0255	0.0568	0.0722	0.0493	0.0255	0.1075	0.0653	0.1075	0.0449	0.0436	0.0419	0.0436	0.0328
chr2R	18886313	18886563	chr2R:18886314-18886563	FBgn0034808	CG9896	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0731	0.0295	0.0799	0.1142	0.0085	0.0364	0.0433	0.0306	0.0085	0.1045	0.09	0.1045	0.1092	0.1225	0.2263	0.1225	0.1136
chr2R	18889515	18889676	chr2R:18889516-18889676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0394	0.048	0.0412	0.0361	0.0359	0.0489	0.0566	0.0361	0.0676	0.0524	0.0676	0.0473	0.0482	0.0477	0.0482	0.0453
chr2R	18890968	18891253	chr2R:18890969-18891253	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0278	0.0252	0.0332	0.0246	0.0085	0.0345	0.0376	0.0193	0.0085	0.0308	0.0479	0.0308	0.0302	0.0092	0.0754	0.0092	0.0182
chr2R	18892176	18892327	chr2R:18892177-18892327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.0097	0.0157	0.0226	0.0032	0.0102	0.0147	0.0113	0.0032	0.0145	0.0219	0.0145	0.0139	0.0054	0.0716	0.0054	0.0146
chr2R	18892617	18892768	chr2R:18892618-18892768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0081	0.0082	0.0132	0.0042	0.0053	0.0151	0.0093	0.0042	0.0079	0.0129	0.0079	0.0054	0.0054	0.0445	0.0054	0.0052
chr2R	18897629	18897780	chr2R:18897630-18897780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.0067	0.0124	0.0159	0.0021	0.0078	0.0117	0.0053	0.0021	0.0036	0.027	0.0036	0.0031	0.0038	0.0625	0.0038	0.0026
chr2R	18906351	18906502	chr2R:18906352-18906502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0169	0.008	0.0091	0.0117	0.0131	0.0298	0.014	0.0117	0.0072	0.01	0.0072	0.0116	0.0023	0.0271	0.0023	0.0068
chr2R	18917316	18917467	chr2R:18917317-18917467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0088	0.0075	0.0089	0.01	0.0011	0.0034	0.0173	0.006	0.0011	0.0066	0.0122	0.0066	0.0093	0.0054	0.0284	0.0054	0.0083
chr2R	18919005	18919156	chr2R:18919006-18919156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0142	0.0154	0.0128	0.0042	0.0136	0.0268	0.0107	0.0042	0.0103	0.0248	0.0103	0.0155	0.0038	0.0438	0.0038	0.0057
chr2R	18922233	18922384	chr2R:18922234-18922384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0106	0.0092	0.0104	0.0124	0.0064	0.0083	0.0151	0.0093	0.0064	0.0217	0.0087	0.0217	0.0085	0.0283	0.0161	0.0283	0.0078
chr2R	18924055	18924206	chr2R:18924056-18924206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0095	0.011	0.0134	0.0032	0.0097	0.0186	0.0053	0.0032	0.0109	0.0141	0.0109	0.0108	0.0054	0.04	0.0054	0.0078
chr2R	18925047	18925198	chr2R:18925048-18925198	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0131	0.0124	0.018	0.0064	0.0102	0.0225	0.0147	0.0064	0.0115	0.0209	0.0115	0.0046	0.0077	0.0574	0.0077	0.0094
chr2R	18925352	18925553	chr2R:18925353-18925553	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0236	0.025	0.0324	0.0064	0.0311	0.0324	0.0247	0.0064	0.0169	0.0408	0.0169	0.0155	0.0123	0.109	0.0123	0.0167
chr2R	18930436	18930651	chr2R:18930437-18930651	FBgn0261705	CG42741	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.069	0.0268	0.0487	0.1386	0.0138	0.0364	0.0385	0.02	0.0138	0.0314	0.0518	0.0314	0.1046	0.1363	0.2089	0.1363	0.1939
chr2R	18932221	18932396	chr2R:18932222-18932396	distal	distal	stage5	stage5	twi_DmD	twi_DmD	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0617	0.0784	0.0657	0.0386	0.0636	0.082	0.1146	0.0726	0.0636	0.1039	0.0723	0.1039	0.0604	0.0528	0.0535	0.0528	0.0537
chr2R	18932452	18932651	chr2R:18932453-18932651	distal	distal	stage5	stage5	twi_1.0kb_promoter,twi_DmD,twi_dl_mel	twi_DmD	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0677	0.1115	0.0594	0.0277	0.106	0.0947	0.1873	0.0853	0.106	0.1014	0.0662	0.1014	0.0411	0.0375	0.0368	0.0375	0.036
chr2R	18932758	18932909	chr2R:18932759-18932909	distal	distal	stage5	stage5	twi_1.0kb_promoter,twi_DmD,twi_dl_mel	twi_DmD	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0366	0.0715	0.0227	0.013	0.0679	0.0558	0.1293	0.0486	0.0679	0.0429	0.0228	0.0429	0.0147	0.0191	0.0181	0.0191	0.0135
chr2R	18933613	18933859	chr2R:18933614-18933859	FBgn0003900	twi	stage11,stage5	none	twi_1.0kb_promoter,twi_440bp_promoter,twi_PE,twi_dl_mel	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1565	0.2226	0.1675	0.0705	0.1792	0.2854	0.2902	0.1939	0.1792	0.3853	0.145	0.3853	0.0844	0.1394	0.0838	0.1394	0.0698
chr2R	18935877	18936147	chr2R:18935878-18936147	distal	distal	stage14	stage14	VT21150.1	VT21150.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0593	0.0801	0.059	0.0363	0.0573	0.1383	0.0973	0.036	0.0573	0.1727	0.0341	0.1727	0.0457	0.0896	0.0187	0.0896	0.0479
chr2R	18937111	18937818	chr2R:18937112-18937818	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT21150.1,VT21151.1,twist	VT21150.1,VT21151.1,twist	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.173	0.2669	0.1838	0.0563	0.2131	0.4199	0.2686	0.2452	0.2131	0.4825	0.1466	0.4825	0.0496	0.0934	0.0799	0.0934	0.0542
chr2R	18939095	18939246	chr2R:18939096-18939246	distal	distal	stage14	stage14	VT21151.1	VT21151.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0203	0.0199	0.0178	0.0234	0.0212	0.0262	0.0251	0.016	0.0212	0.0501	0.0109	0.0501	0.0085	0.0704	0.0148	0.0704	0.0219
chr2R	18939458	18939609	chr2R:18939459-18939609	distal	distal	stage14	stage14	VT21151.1	VT21151.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0249	0.0249	0.025	0.0246	0.0106	0.0398	0.0298	0.0193	0.0106	0.0725	0.0161	0.0725	0.0093	0.0835	0.0123	0.0835	0.0198
chr2R	18940367	18940536	chr2R:18940368-18940536	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0346	0.0242	0.0567	0.0219	0.0074	0.0427	0.029	0.0153	0.0074	0.2053	0.0222	0.2053	0.0155	0.0743	0.0084	0.0743	0.0156
chr2R	18940827	18940978	chr2R:18940828-18940978	distal	distal	stage11	stage11	GJ1911	GJ1911	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0363	0.0319	0.0534	0.0224	0.0053	0.0646	0.0333	0.02	0.0053	0.1866	0.0209	0.1866	0.0178	0.0613	0.0161	0.0613	0.0208
chr2R	18941065	18941259	chr2R:18941066-18941259	distal	distal	stage11	stage11	GJ1911	GJ1911	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0477	0.0475	0.0699	0.0237	0.0085	0.1112	0.0411	0.024	0.0085	0.2367	0.0318	0.2367	0.0163	0.0727	0.0155	0.0727	0.0203
chr2R	18942880	18943031	chr2R:18942881-18943031	FBgn0050194	CG30194	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0127	0.0112	0.014	0.013	0.0011	0.0165	0.0156	0.0113	0.0011	0.0211	0.0183	0.0211	0.0077	0.0061	0.0348	0.0061	0.0083
chr2R	18945053	18945384	chr2R:18945054-18945384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0295	0.0203	0.034	0.0347	0.0095	0.0267	0.0277	0.0207	0.0095	0.0386	0.0395	0.0386	0.0503	0.0115	0.0845	0.0115	0.0448
chr2R	18945795	18945946	chr2R:18945796-18945946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0157	0.0171	0.0146	0.0095	0.016	0.0272	0.012	0.0095	0.0278	0.017	0.0278	0.0178	0.0077	0.0355	0.0077	0.0135
chr2R	18950051	18950232	chr2R:18950052-18950232	FBgn0010622	l(2)06496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0946	0.0813	0.1194	0.0822	0.0435	0.1049	0.0973	0.1026	0.0435	0.1576	0.127	0.1576	0.1224	0.0888	0.0722	0.0888	0.1094
chr2R	18950332	18950483	chr2R:18950333-18950483	FBgn0010622	l(2)06496	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0404	0.052	0.0301	0.0159	0.05	0.0502	0.0526	0.0159	0.0694	0.0514	0.0694	0.0581	0.0214	0.0271	0.0214	0.0406
chr2R	18951701	18951929	chr2R:18951702-18951929	FBgn0034814,FBgn0261363	CG42640,CG9890	stage11,stage5	none	CG42640_proPO59crystal_cell	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0811	0.0611	0.1006	0.082	0.0276	0.082	0.0662	0.0799	0.0276	0.1171	0.1103	0.1171	0.1263	0.0873	0.0858	0.0873	0.1068
chr2R	18954347	18954498	chr2R:18954348-18954498	FBgn0021979	l(2)k09913	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0298	0.052	0.0309	0.0159	0.0383	0.0385	0.034	0.0159	0.0713	0.0502	0.0713	0.0519	0.0368	0.0374	0.0368	0.0375
chr2R	18954648	18954829	chr2R:18954649-18954829	FBgn0021979	l(2)k09913	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1494	0.1158	0.1815	0.1517	0.0573	0.1558	0.1172	0.1672	0.0573	0.1999	0.1994	0.1999	0.1851	0.1746	0.1657	0.1746	0.1688
chr2R	18954949	18955146	chr2R:18954950-18955146	FBgn0021979	l(2)k09913	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.1001	0.1254	0.1246	0.07	0.1286	0.099	0.1419	0.07	0.1286	0.1363	0.1286	0.1309	0.1348	0.1515	0.1348	0.1485
chr2R	18959525	18959710	chr2R:18959526-18959710	FBgn0050201,FBgn0050202	tRNA:CR30201,tRNA:CR30202	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2105	0.2055	0.242	0.1815	0.1591	0.2422	0.2232	0.2758	0.1591	0.3128	0.2508	0.3128	0.2471	0.2029	0.1709	0.2029	0.223
chr2R	18959978	18960173	chr2R:18959979-18960173	FBgn0050201,FBgn0050202	tRNA:CR30201,tRNA:CR30202	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2493	0.2329	0.2873	0.2259	0.1845	0.2816	0.2578	0.2945	0.1845	0.372	0.308	0.372	0.2843	0.2596	0.2186	0.2596	0.271
chr2R	18960519	18960753	chr2R:18960520-18960753	FBgn0050202	tRNA:CR30202	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0798	0.0789	0.1048	0.0535	0.0573	0.0937	0.093	0.1013	0.0573	0.1492	0.1132	0.1492	0.117	0.0804	0.0438	0.0804	0.0782
chr2R	18960811	18960962	chr2R:18960812-18960962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0483	0.0513	0.0637	0.0279	0.0445	0.0597	0.0623	0.0593	0.0445	0.1075	0.0633	0.1075	0.062	0.0421	0.0271	0.0421	0.0391
chr2R	18961188	18961378	chr2R:18961189-18961378	FBgn0065073	snoRNA:229	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.083	0.067	0.0287	0.0732	0.0908	0.1107	0.0906	0.0732	0.0972	0.0653	0.0972	0.0899	0.0352	0.0264	0.0352	0.0469
chr2R	18962187	18962378	chr2R:18962188-18962378	FBgn0003062,FBgn0034816	CG3085,Fib	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1906	0.1965	0.224	0.1473	0.1251	0.2432	0.2266	0.2438	0.1251	0.2893	0.2508	0.2893	0.2115	0.1631	0.1509	0.1631	0.1876
chr2R	18965290	18965441	chr2R:18965291-18965441	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.057	0.0183	0.0081	0.0392	0.0257	0.1129	0.06	0.0392	0.0248	0.0199	0.0248	0.0217	0.0107	0.009	0.0107	0.0094
chr2R	18966492	18966662	chr2R:18966493-18966662	FBgn0034817	Art7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0883	0.0857	0.1025	0.0756	0.052	0.0942	0.1077	0.1179	0.052	0.1473	0.1061	0.1473	0.1084	0.0858	0.0825	0.0858	0.0954
chr2R	18966714	18966897	chr2R:18966715-18966897	FBgn0034817,FBgn0263707	Art7,CG43659	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1177	0.1186	0.1332	0.0997	0.0732	0.132	0.1505	0.1519	0.0732	0.1836	0.1453	0.1836	0.1387	0.1087	0.1044	0.1087	0.1334
chr2R	18967206	18967357	chr2R:18967207-18967357	FBgn0263707	CG43659	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0244	0.031	0.0287	0.0123	0.0117	0.0228	0.0554	0.0306	0.0117	0.032	0.036	0.032	0.0279	0.0123	0.0161	0.0123	0.0135
chr2R	18971086	18971237	chr2R:18971087-18971237	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0271	0.0437	0.0174	0.0192	0.0276	0.0422	0.0619	0.0566	0.0276	0.026	0.0177	0.026	0.0147	0.0199	0.0258	0.0199	0.024
chr2R	18974952	18975103	chr2R:18974953-18975103	FBgn0034820	CG13538	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0124	0.0197	0.0119	0.0047	0.0095	0.0131	0.0381	0.0193	0.0095	0.0175	0.0151	0.0175	0.0077	0.0046	0.0116	0.0046	0.0036
chr2R	18975879	18976105	chr2R:18975880-18976105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0192	0.0174	0.0228	0.0171	0.0011	0.0267	0.0268	0.0113	0.0011	0.0628	0.0167	0.0628	0.0108	0.0406	0.0129	0.0406	0.0141
chr2R	18977606	18977779	chr2R:18977607-18977779	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0368	0.0639	0.0288	0.0153	0.0647	0.0607	0.0887	0.0673	0.0647	0.0731	0.0238	0.0731	0.0163	0.0329	0.0161	0.0329	0.0135
chr2R	18979510	18979808	chr2R:18979511-18979808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0263	0.012	0.0336	0.0341	0.0064	0.0155	0.016	0.0093	0.0064	0.0845	0.0267	0.0845	0.0201	0.0911	0.0232	0.0911	0.0318
chr2R	18979960	18980111	chr2R:18979961-18980111	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0164	0.0051	0.023	0.0219	0.0021	0.0068	0.0069	0.0053	0.0021	0.067	0.0145	0.067	0.0139	0.0658	0.0142	0.0658	0.0162
chr2R	18981854	18982043	chr2R:18981855-18982043	FBgn0034821	CG9876	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0382	0.0143	0.0659	0.0347	0.0032	0.0316	0.0143	0.008	0.0032	0.2258	0.0347	0.2258	0.0147	0.1156	0.0168	0.1156	0.0245
chr2R	18982112	18982263	chr2R:18982113-18982263	FBgn0034821	CG9876	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0207	0.0186	0.0338	0.0086	0.0053	0.034	0.0216	0.012	0.0053	0.1135	0.018	0.1135	0.0093	0.0214	0.0039	0.0214	0.0068
chr2R	18984647	18984858	chr2R:18984648-18984858	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0569	0.0499	0.0669	0.0539	0.0361	0.0563	0.0584	0.0653	0.0361	0.1147	0.0704	0.1147	0.0658	0.0888	0.069	0.0888	0.0693
chr2R	18997932	18998083	chr2R:18997933-18998083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.013	0.027	0.0075	0.0033	0.0223	0.0121	0.0606	0.0173	0.0223	0.0072	0.0064	0.0072	0.0054	0.0023	0.0052	0.0023	0.0021
chr2R	19000664	19000815	chr2R:19000665-19000815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0283	0.0108	0.0085	0.0286	0.0209	0.0506	0.022	0.0286	0.0121	0.0103	0.0121	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0047
chr2R	19002006	19002206	chr2R:19002007-19002206	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0314	0.0446	0.036	0.0114	0.035	0.0398	0.0649	0.054	0.035	0.0598	0.0418	0.0598	0.0225	0.0123	0.0161	0.0123	0.0115
chr2R	19007653	19007804	chr2R:19007654-19007804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0088	0.0091	0.0085	0.0042	0.0073	0.0156	0.01	0.0042	0.0133	0.009	0.0133	0.007	0.0046	0.0026	0.0046	0.0026
chr2R	19013753	19014058	chr2R:19013754-19014058	FBgn0034824	Klp59C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0576	0.025	0.0097	0.035	0.066	0.0783	0.06	0.035	0.0326	0.0273	0.0326	0.0318	0.0138	0.0058	0.0138	0.0068
chr2R	19036939	19037090	chr2R:19036940-19037090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0069	0.0088	0.01	0.0032	0.0039	0.0134	0.0067	0.0032	0.0048	0.0077	0.0048	0.0124	0.0046	0.0039	0.0046	0.0036
chr2R	19042841	19043083	chr2R:19042842-19043083	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.042	0.0353	0.0467	0.0444	0.0159	0.0408	0.048	0.0413	0.0159	0.055	0.0473	0.055	0.0643	0.0421	0.0484	0.0421	0.0406
chr2R	19049756	19049907	chr2R:19049757-19049907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0168	0.0224	0.0206	0.0064	0.0042	0.05	0.0186	0.0167	0.0042	0.0399	0.0232	0.0399	0.0093	0.0015	0.0097	0.0015	0.0052
chr2R	19050158	19050309	chr2R:19050159-19050309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0159	0.0197	0.0183	0.0092	0.0064	0.0413	0.0173	0.0133	0.0064	0.0284	0.017	0.0284	0.0093	0.0038	0.0077	0.0038	0.0068
chr2R	19053293	19053467	chr2R:19053294-19053467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0274	0.0438	0.0253	0.0106	0.035	0.0316	0.0393	0.0106	0.0598	0.0498	0.0598	0.0411	0.0276	0.029	0.0276	0.0375
chr2R	19058412	19058563	chr2R:19058413-19058563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.021	0.0222	0.024	0.0163	0.0095	0.0277	0.0255	0.0313	0.0095	0.0278	0.0289	0.0278	0.0209	0.0077	0.0413	0.0077	0.0099
chr2R	19058590	19058859	chr2R:19058591-19058859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0292	0.0329	0.034	0.0199	0.0159	0.0413	0.0363	0.0453	0.0159	0.0386	0.0457	0.0386	0.0248	0.0107	0.0445	0.0107	0.0115
chr2R	19059359	19060035	chr2R:19059360-19060035	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0503	0.0467	0.0645	0.0387	0.0212	0.0519	0.0515	0.0799	0.0212	0.0495	0.0875	0.0495	0.0465	0.0176	0.0593	0.0176	0.0266
chr2R	19064113	19064307	chr2R:19064114-19064307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0294	0.0189	0.0335	0.0366	0.0064	0.0306	0.0203	0.0207	0.0064	0.0447	0.036	0.0447	0.0449	0.0567	0.04	0.0567	0.0453
chr2R	19064569	19064720	chr2R:19064570-19064720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0211	0.016	0.0236	0.0241	0.0074	0.0248	0.0173	0.0173	0.0074	0.0314	0.0264	0.0314	0.0349	0.0222	0.0309	0.0222	0.038
chr2R	19065630	19066069	chr2R:19065631-19066069	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0538	0.0416	0.061	0.0596	0.0223	0.0626	0.0506	0.0373	0.0223	0.1081	0.065	0.1081	0.0503	0.1263	0.0799	0.1263	0.05
chr2R	19068363	19068514	chr2R:19068364-19068514	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0307	0.0217	0.0407	0.0298	0.0064	0.0369	0.0216	0.0233	0.0064	0.0278	0.0334	0.0278	0.1139	0.0153	0.0226	0.0153	0.0646
chr2R	19068550	19068827	chr2R:19068551-19068827	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0476	0.0389	0.0657	0.0376	0.0233	0.0665	0.0394	0.0353	0.0233	0.0574	0.0524	0.0574	0.1712	0.0237	0.0284	0.0237	0.0797
chr2R	19068888	19069086	chr2R:19068889-19069086	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0341	0.0378	0.0404	0.0231	0.0318	0.0461	0.0554	0.028	0.0318	0.0356	0.0328	0.0356	0.1038	0.0168	0.0239	0.0168	0.037
chr2R	19070427	19070658	chr2R:19070428-19070658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0276	0.0117	0.0284	0.0446	0.0032	0.0223	0.0104	0.0127	0.0032	0.0417	0.0325	0.0417	0.0217	0.1118	0.0432	0.1118	0.0281
chr2R	19071636	19071787	chr2R:19071637-19071787	FBgn0034833	CG13539	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0135	0.0141	0.0127	0.0136	0.0021	0.0214	0.0169	0.018	0.0021	0.0151	0.0132	0.0151	0.0139	0.0161	0.0284	0.0161	0.0099
chr2R	19073114	19073265	chr2R:19073115-19073265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0199	0.0208	0.0275	0.0106	0.0074	0.0257	0.0199	0.0366	0.0074	0.0199	0.0424	0.0199	0.0155	0.0069	0.0135	0.0069	0.0078
chr2R	19073536	19073687	chr2R:19073537-19073687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0148	0.0204	0.0159	0.0053	0.0243	0.0186	0.012	0.0053	0.0193	0.0315	0.0193	0.0139	0.0077	0.0406	0.0077	0.0109
chr2R	19074262	19074421	chr2R:19074263-19074421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0266	0.0333	0.0349	0.0099	0.0191	0.0597	0.0264	0.0373	0.0191	0.0797	0.0305	0.0797	0.017	0.013	0.0097	0.013	0.0068
chr2R	19074620	19074771	chr2R:19074621-19074771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0253	0.0273	0.0353	0.0121	0.0074	0.0549	0.0199	0.032	0.0074	0.0664	0.035	0.0664	0.0155	0.0161	0.0142	0.0161	0.0089
chr2R	19075082	19075417	chr2R:19075083-19075417	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.1059	0.0808	0.0285	0.0456	0.1893	0.0683	0.1446	0.0456	0.1395	0.0759	0.1395	0.0511	0.0368	0.0361	0.0368	0.0198
chr2R	19075497	19075648	chr2R:19075498-19075648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0357	0.0599	0.0331	0.0116	0.0191	0.1282	0.0359	0.058	0.0191	0.0694	0.0296	0.0694	0.0178	0.0107	0.0148	0.0107	0.0104
chr2R	19076831	19077428	chr2R:19076832-19077428	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1009	0.0759	0.1386	0.0876	0.0223	0.1757	0.0528	0.0553	0.0223	0.2778	0.1087	0.2778	0.0705	0.0766	0.0683	0.0766	0.1042
chr2R	19077713	19078040	chr2R:19077714-19078040	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0602	0.0561	0.0836	0.0391	0.0085	0.1223	0.0389	0.06	0.0085	0.1709	0.0537	0.1709	0.038	0.0345	0.0355	0.0345	0.0323
chr2R	19078486	19078637	chr2R:19078487-19078637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0253	0.0204	0.0397	0.0148	0.0064	0.0359	0.0229	0.018	0.0064	0.0501	0.0415	0.0501	0.0287	0.0092	0.0168	0.0092	0.0162
chr2R	19079992	19080143	chr2R:19079993-19080143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0178	0.0184	0.0246	0.0097	0.0064	0.0296	0.0156	0.0273	0.0064	0.0236	0.0238	0.0236	0.0403	0.0061	0.0103	0.0061	0.013
chr2R	19082037	19082188	chr2R:19082038-19082188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0232	0.0346	0.0242	0.0093	0.0064	0.0524	0.0229	0.068	0.0064	0.0386	0.0257	0.0386	0.0155	0.0092	0.009	0.0092	0.0068
chr2R	19083674	19083850	chr2R:19083675-19083850	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0318	0.0359	0.0453	0.0124	0.0106	0.0553	0.0385	0.04	0.0106	0.1286	0.0283	0.1286	0.0232	0.0184	0.0129	0.0184	0.0146
chr2R	19083999	19084187	chr2R:19084000-19084187	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0538	0.0666	0.0761	0.0152	0.0329	0.1015	0.0692	0.0766	0.0329	0.2138	0.0482	0.2138	0.0225	0.013	0.0148	0.013	0.0099
chr2R	19084336	19084627	chr2R:19084337-19084627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0371	0.0518	0.0447	0.0124	0.0286	0.067	0.0614	0.0666	0.0286	0.096	0.0341	0.096	0.024	0.0077	0.0129	0.0077	0.0135
chr2R	19085996	19086152	chr2R:19085997-19086152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.021	0.0153	0.0305	0.017	0.0021	0.0311	0.0125	0.0167	0.0021	0.058	0.0215	0.058	0.024	0.0069	0.009	0.0069	0.0094
chr2R	19086351	19086601	chr2R:19086352-19086601	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0367	0.034	0.049	0.0262	0.0085	0.0694	0.0298	0.034	0.0085	0.0924	0.0476	0.0924	0.0403	0.0291	0.0226	0.0291	0.0151
chr2R	19089963	19090114	chr2R:19089964-19090114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0205	0.0131	0.0202	0.0292	0.0032	0.0238	0.0138	0.0127	0.0032	0.026	0.0186	0.026	0.0178	0.013	0.0155	0.013	0.0219
chr2R	19091434	19091621	chr2R:19091435-19091621	FBgn0085400	CG34371	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1789	0.1532	0.2174	0.1656	0.0817	0.217	0.1553	0.2045	0.0817	0.282	0.2537	0.282	0.1828	0.1577	0.1818	0.1577	0.2137
chr2R	19091892	19092082	chr2R:19091893-19092082	FBgn0085400	CG34371	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1336	0.1272	0.1558	0.1163	0.0604	0.1641	0.1349	0.1825	0.0604	0.1963	0.1788	0.1963	0.1325	0.1187	0.1315	0.1187	0.1449
chr2R	19092140	19092322	chr2R:19092141-19092322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1188	0.1189	0.1418	0.0934	0.0647	0.1558	0.1302	0.1559	0.0647	0.1697	0.1695	0.1697	0.1208	0.0995	0.1193	0.0995	0.1094
chr2R	19092718	19092869	chr2R:19092719-19092869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.0253	0.0473	0.0117	0.0053	0.0325	0.0264	0.04	0.0053	0.0193	0.0971	0.0193	0.0116	0.0084	0.0264	0.0084	0.0099
chr2R	19093555	19093740	chr2R:19093556-19093740	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0464	0.0891	0.0364	0.0095	0.0774	0.0427	0.1488	0.1272	0.0774	0.0223	0.0569	0.0223	0.0256	0.0054	0.0129	0.0054	0.0078
chr2R	19094315	19094466	chr2R:19094316-19094466	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0657	0.1109	0.0683	0.0123	0.0997	0.0505	0.1817	0.1546	0.0997	0.0278	0.1395	0.0278	0.0101	0.0038	0.0284	0.0038	0.0083
chr2R	19094511	19094795	chr2R:19094512-19094795	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1149	0.1925	0.1202	0.0224	0.1972	0.1078	0.3002	0.2525	0.1972	0.0495	0.2395	0.0495	0.0232	0.0061	0.0587	0.0061	0.0135
chr2R	19096362	19096537	chr2R:19096363-19096537	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0198	0.0706	0.0295	0.0117	0.0209	0.0277	0.0227	0.0117	0.0187	0.155	0.0187	0.0132	0.0046	0.1038	0.0046	0.0135
chr2R	19097048	19097199	chr2R:19097049-19097199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.0117	0.0253	0.0192	0.0042	0.0146	0.0164	0.0133	0.0042	0.006	0.0502	0.006	0.0155	0.0038	0.0606	0.0038	0.0146
chr2R	19099509	19099715	chr2R:19099510-19099715	FBgn0034834	LS2	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0252	0.0168	0.0481	0.0093	0.0042	0.0189	0.0225	0.0247	0.0042	0.0187	0.0907	0.0187	0.0077	0.0054	0.011	0.0054	0.0156
chr2R	19100064	19100215	chr2R:19100065-19100215	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0199	0.013	0.04	0.0056	0.0032	0.0121	0.0195	0.0173	0.0032	0.0133	0.081	0.0133	0.0085	0.0031	0.0135	0.0031	0.0042
chr2R	19102685	19102836	chr2R:19102686-19102836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.009	0.0155	0.0157	0.0032	0.0083	0.0151	0.008	0.0032	0.0103	0.0203	0.0103	0.0186	0.0138	0.011	0.0138	0.013
chr2R	19105366	19105708	chr2R:19105367-19105708	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0538	0.0805	0.0585	0.0188	0.0138	0.0835	0.0411	0.2245	0.0138	0.0314	0.0685	0.0314	0.0201	0.0069	0.0155	0.0069	0.0068
chr2R	19105806	19106035	chr2R:19105807-19106035	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0366	0.0614	0.0386	0.0067	0.0095	0.0621	0.0329	0.1706	0.0095	0.0187	0.0495	0.0187	0.0132	0.0061	0.0058	0.0061	0.0021
chr2R	19109251	19109461	chr2R:19109252-19109461	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0238	0.0376	0.0247	0.0074	0.017	0.0233	0.048	0.0773	0.017	0.0175	0.0354	0.0175	0.017	0.0023	0.0161	0.0023	0.0057
chr2R	19109498	19109649	chr2R:19109499-19109649	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0161	0.0232	0.0188	0.0053	0.0106	0.0146	0.035	0.04	0.0106	0.0097	0.0331	0.0097	0.0085	0.0023	0.0071	0.0023	0.0047
chr2R	19111454	19111605	chr2R:19111455-19111605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.0116	0.0192	0.0146	0.0064	0.0141	0.0147	0.0107	0.0064	0.0139	0.0277	0.0139	0.0225	0.0077	0.0348	0.0077	0.0167
chr2R	19111794	19111976	chr2R:19111795-19111976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0185	0.0107	0.0212	0.0241	0.0032	0.0112	0.0143	0.0167	0.0032	0.0169	0.0267	0.0169	0.0325	0.0222	0.0387	0.0222	0.0307
chr2R	19112263	19112414	chr2R:19112264-19112414	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0079	0.0194	0.0153	0.0011	0.0078	0.013	0.0107	0.0011	0.0211	0.0257	0.0211	0.0186	0.0092	0.0316	0.0092	0.0193
chr2R	19115545	19115696	chr2R:19115546-19115696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0133	0.0095	0.0206	0.0096	0.0032	0.0087	0.013	0.0147	0.0032	0.0139	0.0203	0.0139	0.0449	0.0061	0.0123	0.0061	0.0063
chr2R	19117041	19117368	chr2R:19117042-19117368	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.033	0.0166	0.0461	0.037	0.0106	0.016	0.0238	0.018	0.0106	0.0326	0.0736	0.0326	0.0418	0.0681	0.0677	0.0681	0.0281
chr2R	19117527	19117678	chr2R:19117528-19117678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0138	0.0296	0.0139	0.0053	0.0117	0.0212	0.0193	0.0053	0.0181	0.0457	0.0181	0.0294	0.0123	0.0264	0.0123	0.0141
chr2R	19117806	19117968	chr2R:19117807-19117968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0247	0.0183	0.0336	0.0221	0.0053	0.0228	0.0203	0.026	0.0053	0.0229	0.0421	0.0229	0.0473	0.0138	0.0432	0.0138	0.0255
chr2R	19118026	19118177	chr2R:19118027-19118177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0212	0.0176	0.0259	0.0201	0.0106	0.0228	0.0199	0.022	0.0106	0.0157	0.0331	0.0157	0.0356	0.01	0.0413	0.01	0.0255
chr2R	19118344	19118509	chr2R:19118345-19118509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0197	0.0289	0.0221	0.0138	0.0165	0.0255	0.0313	0.0138	0.0193	0.0466	0.0193	0.0217	0.0237	0.0496	0.0237	0.0188
chr2R	19118958	19119358	chr2R:19118959-19119358	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0524	0.0265	0.0716	0.0602	0.0085	0.0369	0.0324	0.0333	0.0085	0.0374	0.1235	0.0374	0.0635	0.0498	0.1651	0.0498	0.038
chr2R	19119804	19119969	chr2R:19119805-19119969	FBgn0034835	CG3092	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0106	0.0231	0.0166	0.0021	0.0078	0.0195	0.0127	0.0021	0.0121	0.0424	0.0121	0.0116	0.0107	0.0464	0.0107	0.0099
chr2R	19124507	19124658	chr2R:19124508-19124658	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0202	0.0312	0.0195	0.0086	0.0159	0.0272	0.0394	0.052	0.0159	0.0145	0.0302	0.0145	0.0124	0.0084	0.0174	0.0084	0.0068
chr2R	19127680	19127980	chr2R:19127681-19127980	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0115	0.0307	0.0276	0.0053	0.0121	0.0186	0.0113	0.0053	0.0223	0.0505	0.0223	0.0163	0.0184	0.0503	0.0184	0.0245
chr2R	19128090	19128302	chr2R:19128091-19128302	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0147	0.0311	0.0177	0.0095	0.0165	0.0182	0.0193	0.0095	0.0133	0.0585	0.0133	0.0077	0.0046	0.038	0.0046	0.0141
chr2R	19129275	19129426	chr2R:19129276-19129426	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0042	0.0061	0.0104	0.0032	0.0029	0.0065	0.0047	0.0032	0.0042	0.0032	0.0042	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0073
chr2R	19215670	19215821	chr2R:19215671-19215821	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0121	0.0154	0.0189	0.0074	0.0121	0.0216	0.0087	0.0074	0.0091	0.0215	0.0091	0.0186	0.0123	0.0181	0.0123	0.0115
chr2R	19216633	19216784	chr2R:19216634-19216784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0348	0.0225	0.0084	0.0138	0.0286	0.0554	0.0433	0.0138	0.0248	0.0273	0.0248	0.0217	0.0084	0.0129	0.0084	0.0094
chr2R	19222364	19222515	chr2R:19222365-19222515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.013	0.0076	0.0089	0.0064	0.0112	0.0255	0.01	0.0064	0.0042	0.0064	0.0042	0.0039	0	0.0019	0	0.0036
chr2R	19226718	19226869	chr2R:19226719-19226869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0292	0.0081	0.0092	0.0159	0.0374	0.0368	0.034	0.0159	0.0091	0.0103	0.0091	0.007	0.0123	0.0039	0.0123	0.0083
chr2R	19228458	19228609	chr2R:19228459-19228609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0139	0.0288	0.0076	0.0043	0.0223	0.018	0.061	0.0207	0.0223	0.0097	0.0074	0.0097	0.0093	0.0046	0.0064	0.0046	0.0036
chr2R	19232796	19232947	chr2R:19232797-19232947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0116	0.0232	0.0071	0.0035	0.0159	0.0073	0.0558	0.0133	0.0159	0.0036	0.0103	0.0036	0.0077	0.0023	0.0045	0.0023	0.0021
chr2R	19233270	19233421	chr2R:19233271-19233421	distal	distal	none	none	Unspecified_HC_52	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0159	0.0293	0.0122	0.005	0.018	0.015	0.0606	0.0247	0.018	0.0103	0.0145	0.0103	0.0124	0.0054	0.0077	0.0054	0.0036
chr2R	19233836	19234012	chr2R:19233837-19234012	FBgn0034846	CG9863	stage5	none	Unspecified_HC_52	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0178	0.0373	0.0099	0.0046	0.0276	0.0126	0.0861	0.0253	0.0276	0.0085	0.0138	0.0085	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr2R	19234975	19235191	chr2R:19234976-19235191	FBgn0046253	CG3502	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0304	0.042	0.033	0.0146	0.0382	0.0252	0.0826	0.032	0.0382	0.0151	0.064	0.0151	0.0163	0.0038	0.0496	0.0038	0.0073
chr2R	19238609	19238771	chr2R:19238610-19238771	FBgn0085239	CG34210	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0299	0.0277	0.0294	0.0329	0.0127	0.0296	0.0329	0.0426	0.0127	0.0326	0.0344	0.0326	0.0434	0.0383	0.0419	0.0383	0.0537
chr2R	19241283	19241439	chr2R:19241284-19241439	FBgn0050409	CG30409	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0339	0.0503	0.0308	0.0188	0.0297	0.0573	0.0653	0.0586	0.0297	0.0405	0.0273	0.0405	0.055	0.0207	0.0219	0.0207	0.0266
chr2R	19241518	19241682	chr2R:19241519-19241682	FBgn0050409	CG30409	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0456	0.0743	0.0374	0.0224	0.0467	0.0772	0.1073	0.0819	0.0467	0.0489	0.0347	0.0489	0.0604	0.0291	0.0322	0.0291	0.0255
chr2R	19242229	19242453	chr2R:19242230-19242453	FBgn0050409,FBgn0050410	CG30409,Rpi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0672	0.076	0.076	0.0478	0.0435	0.1019	0.0895	0.0839	0.0435	0.0984	0.0801	0.0984	0.0899	0.0429	0.0645	0.0429	0.0688
chr2R	19242562	19242765	chr2R:19242563-19242765	FBgn0050410	Rpi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1399	0.1398	0.1669	0.1103	0.0795	0.1859	0.1561	0.1759	0.0795	0.2035	0.1842	0.2035	0.1766	0.1256	0.1328	0.1256	0.147
chr2R	19244166	19244491	chr2R:19244167-19244491	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0678	0.084	0.0731	0.044	0.0403	0.0937	0.1138	0.1059	0.0403	0.1039	0.0749	0.1039	0.0806	0.0521	0.0477	0.0521	0.0568
chr2R	19244513	19244728	chr2R:19244514-19244728	FBgn0034849,FBgn0034850	CG3500,CG9875	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0797	0.0852	0.0939	0.0578	0.0467	0.0888	0.1172	0.1033	0.0467	0.1159	0.0984	0.1159	0.103	0.0758	0.0542	0.0758	0.0677
chr2R	19244780	19244995	chr2R:19244781-19244995	FBgn0034849,FBgn0034850	CG3500,CG9875	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1526	0.1763	0.1669	0.1103	0.141	0.1801	0.2305	0.2192	0.141	0.2035	0.1823	0.2035	0.1743	0.1317	0.1006	0.1317	0.1423
chr2R	19245102	19245313	chr2R:19245103-19245313	FBgn0034849,FBgn0034850	CG3500,CG9875	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0619	0.0683	0.0384	0.0329	0.0607	0.0908	0.0779	0.0329	0.0755	0.0868	0.0755	0.0674	0.0413	0.0393	0.0413	0.0485
chr2R	19246741	19246927	chr2R:19246742-19246927	FBgn0085453	CG34424	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0555	0.0427	0.0635	0.0611	0.0255	0.0447	0.064	0.0413	0.0255	0.0477	0.0489	0.0477	0.1735	0.0322	0.0426	0.0322	0.1553
chr2R	19259121	19259272	chr2R:19259122-19259272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0364	0.027	0.0134	0.0265	0.0296	0.0532	0.0513	0.0265	0.032	0.0315	0.032	0.0294	0.0161	0.0142	0.0161	0.0188
chr2R	19264204	19264653	chr2R:19264205-19264653	FBgn0034854	CG3493	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1268	0.1315	0.142	0.1049	0.087	0.1262	0.1847	0.1706	0.087	0.1673	0.1656	0.1673	0.1495	0.108	0.1257	0.108	0.1324
chr2R	19264972	19265123	chr2R:19264973-19265123	FBgn0034854	CG3493	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0204	0.0221	0.0198	0.0021	0.0209	0.0359	0.0213	0.0021	0.0205	0.0248	0.0205	0.0325	0.0107	0.0271	0.0107	0.0266
chr2R	19265289	19265440	chr2R:19265290-19265440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0197	0.014	0.0214	0.0241	0.0042	0.0117	0.0225	0.0187	0.0042	0.0242	0.0235	0.0242	0.0271	0.0184	0.0387	0.0184	0.0313
chr2R	19265950	19266101	chr2R:19265951-19266101	FBgn0041712	yellow-d	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.013	0.0168	0.0157	0.0042	0.0092	0.0234	0.016	0.0042	0.0139	0.0215	0.0139	0.0225	0.0077	0.0342	0.0077	0.0214
chr2R	19270380	19270542	chr2R:19270381-19270542	FBgn0040660	CG13551	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0212	0.0346	0.0462	0.0042	0.0257	0.0311	0.026	0.0042	0.0266	0.0338	0.0266	0.079	0.0306	0.0458	0.0306	0.0886
chr2R	19270584	19270735	chr2R:19270585-19270735	FBgn0040660	CG13551	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0418	0.0305	0.0406	0.0556	0.017	0.033	0.048	0.03	0.017	0.0386	0.0437	0.0386	0.0689	0.0459	0.0606	0.0459	0.0928
chr2R	19270870	19271055	chr2R:19270871-19271055	FBgn0040660	CG13551	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1064	0.071	0.1023	0.1505	0.0382	0.0893	0.0917	0.0839	0.0382	0.0821	0.1132	0.0821	0.1681	0.1478	0.1657	0.1478	0.2157
chr2R	19271226	19271401	chr2R:19271227-19271401	FBgn0040660	CG13551	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0413	0.0246	0.0388	0.0627	0.0074	0.034	0.0337	0.0247	0.0074	0.0266	0.0424	0.0266	0.0689	0.0544	0.0651	0.0544	0.0954
chr2R	19272856	19273102	chr2R:19272857-19273102	FBgn0050414	CG30414	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0471	0.0379	0.0557	0.048	0.0201	0.0398	0.0532	0.046	0.0201	0.0676	0.0531	0.0676	0.0937	0.0421	0.0406	0.0421	0.0844
chr2R	19273266	19273445	chr2R:19273267-19273445	FBgn0050414	CG30414	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0949	0.0824	0.1079	0.0947	0.0382	0.0927	0.0973	0.1179	0.0382	0.1298	0.119	0.1298	0.1317	0.0957	0.1006	0.0957	0.1303
chr2R	19273570	19273803	chr2R:19273571-19273803	FBgn0034858,FBgn0250838	CG30415,eIF2B-delta	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0926	0.0703	0.1103	0.098	0.0318	0.0947	0.077	0.0926	0.0318	0.1455	0.1232	0.1455	0.1162	0.1003	0.1154	0.1003	0.124
chr2R	19273909	19274094	chr2R:19273910-19274094	FBgn0034858,FBgn0250838	CG30415,eIF2B-delta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1456	0.1158	0.1718	0.1501	0.0817	0.1583	0.1163	0.1439	0.0817	0.2156	0.1945	0.2156	0.1898	0.1631	0.1644	0.1631	0.1876
chr2R	19282869	19283060	chr2R:19282870-19283060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0347	0.025	0.0343	0.0461	0.0159	0.0311	0.0329	0.0266	0.0159	0.0393	0.0331	0.0393	0.0442	0.026	0.0251	0.026	0.0339
chr2R	19283521	19283768	chr2R:19283522-19283768	FBgn0028497	CG3530	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0303	0.0196	0.0284	0.0444	0.0085	0.0243	0.0221	0.0266	0.0085	0.0254	0.0318	0.0254	0.0333	0.0345	0.0264	0.0345	0.0307
chr2R	19283826	19284038	chr2R:19283827-19284038	FBgn0028497	CG3530	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0334	0.0492	0.0532	0.018	0.0427	0.0368	0.0486	0.018	0.0465	0.0521	0.0465	0.0604	0.0528	0.0484	0.0528	0.062
chr2R	19284151	19284320	chr2R:19284152-19284320	FBgn0028497	CG3530	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0947	0.072	0.1066	0.1071	0.0414	0.0981	0.0722	0.1013	0.0414	0.1123	0.1186	0.1123	0.1325	0.111	0.1103	0.111	0.1355
chr2R	19289517	19289681	chr2R:19289518-19289681	FBgn0034859	CG3520	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0407	0.0422	0.031	0.0496	0.0159	0.0408	0.0489	0.0759	0.0159	0.0344	0.0325	0.0344	0.0364	0.0505	0.0355	0.0505	0.05
chr2R	19289762	19289927	chr2R:19289763-19289927	FBgn0034859	CG3520	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0633	0.0622	0.0509	0.0783	0.0233	0.0704	0.0709	0.0999	0.0233	0.0537	0.0576	0.0537	0.0666	0.0904	0.0703	0.0904	0.0865
chr2R	19302936	19303141	chr2R:19302937-19303141	FBgn0050411	CG30411	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0203	0.0176	0.0197	0.0241	0.0053	0.016	0.0346	0.012	0.0053	0.0133	0.0113	0.0133	0.0643	0.0092	0.0077	0.0092	0.0693
chr2R	19303298	19303450	chr2R:19303299-19303450	FBgn0050411	CG30411	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0191	0.0164	0.0207	0.018	0.0146	0.0359	0.012	0.018	0.0097	0.0116	0.0097	0.0519	0.0046	0.0077	0.0046	0.0589
chr2R	19303699	19303850	chr2R:19303700-19303850	FBgn0050411	CG30411	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0135	0.0201	0.0113	0.0086	0.0148	0.0146	0.045	0.0067	0.0148	0.0066	0.0103	0.0066	0.0271	0.0031	0.0032	0.0031	0.0219
chr2R	19307010	19307161	chr2R:19307011-19307161	FBgn0034860	CG9812	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.0103	0.0104	0.0153	0.0032	0.0102	0.019	0.0093	0.0032	0.0103	0.0135	0.0103	0.0101	0.0069	0.0464	0.0069	0.0099
chr2R	19308774	19308925	chr2R:19308775-19308925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0143	0.0121	0.0131	0.018	0.0074	0.0136	0.0173	0.012	0.0074	0.0145	0.0132	0.0145	0.0256	0.0092	0.0297	0.0092	0.0334
chr2R	19313511	19313717	chr2R:19313512-19313717	FBgn0034861	CG9815	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0241	0.0193	0.0213	0.0326	0.0074	0.0165	0.0234	0.0346	0.0074	0.0205	0.0228	0.0205	0.0287	0.0092	0.0677	0.0092	0.0453
chr2R	19313946	19314201	chr2R:19313947-19314201	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0213	0.0174	0.0173	0.0299	0.0053	0.015	0.0264	0.024	0.0053	0.0133	0.0203	0.0133	0.0294	0.0115	0.0735	0.0115	0.036
chr2R	19319812	19319963	chr2R:19319813-19319963	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0127	0.0047	0.0123	0.022	0.0032	0.0058	0.0074	0.0027	0.0032	0.0151	0.017	0.0151	0.0101	0.0023	0.0658	0.0023	0.0182
chr2R	19331471	19331670	chr2R:19331472-19331670	FBgn0264339	CG43795	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0122	0.0155	0.0499	0.0085	0.0136	0.0186	0.0113	0.0085	0.0115	0.0145	0.0115	0.031	0.0107	0.0464	0.0107	0.1027
chr2R	19336240	19336391	chr2R:19336241-19336391	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.005	0.0057	0.0095	0.0042	0.0034	0.0091	0.0027	0.0042	0.0048	0.0064	0.0048	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.0047
chr2R	19390332	19390483	chr2R:19390333-19390483	FBgn0034870	CG13559	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.008	0.0085	0.0238	0.0042	0.0097	0.0147	0.004	0.0042	0.0048	0.0058	0.0048	0.0225	0.0038	0.0045	0.0038	0.0756
chr2R	19390703	19390854	chr2R:19390704-19390854	FBgn0034870	CG13559	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0077	0.0061	0.0061	0.0113	0.0053	0.0058	0.0087	0.0067	0.0053	0.0066	0.0061	0.0066	0.0101	0.0038	0.0019	0.0038	0.0313
chr2R	19410590	19410750	chr2R:19410591-19410750	FBgn0015372	chrw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.041	0.0358	0.0505	0.0365	0.0212	0.0369	0.0523	0.0393	0.0212	0.0465	0.0511	0.0465	0.0635	0.026	0.0251	0.026	0.0625
chr2R	19410806	19410975	chr2R:19410807-19410975	FBgn0015372,FBgn0261786	chrw,mi	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0853	0.0709	0.1032	0.0817	0.0435	0.0859	0.0856	0.0906	0.0435	0.1165	0.1058	0.1165	0.1154	0.0819	0.0722	0.0819	0.1105
chr2R	19411029	19411208	chr2R:19411030-19411208	FBgn0015372,FBgn0261786	chrw,mi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1303	0.1056	0.1585	0.1269	0.0732	0.1267	0.1189	0.1359	0.0732	0.1673	0.172	0.1673	0.1789	0.1279	0.1244	0.1279	0.1641
chr2R	19411302	19411468	chr2R:19411303-19411468	FBgn0015372,FBgn0261786	chrw,mi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1186	0.1069	0.14	0.1082	0.0689	0.1257	0.1337	0.1292	0.0689	0.1679	0.1514	0.1679	0.1456	0.1233	0.107	0.1233	0.1391
chr2R	19411564	19411890	chr2R:19411565-19411890	FBgn0015372,FBgn0261786	chrw,mi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0833	0.084	0.0959	0.0687	0.0626	0.0869	0.122	0.0879	0.0626	0.1075	0.1019	0.1075	0.1061	0.111	0.0554	0.111	0.0813
chr2R	19414413	19414653	chr2R:19414414-19414653	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.1634	0.0278	0.0114	0.2354	0.0684	0.2881	0.1526	0.2354	0.0248	0.0334	0.0248	0.031	0.0145	0.0084	0.0145	0.0172
chr2R	19414848	19414999	chr2R:19414849-19414999	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0568	0.0202	0.0093	0.0679	0.0306	0.0999	0.0586	0.0679	0.0217	0.0257	0.0217	0.0178	0.013	0.0077	0.013	0.013
chr2R	19415044	19415195	chr2R:19415045-19415195	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0547	0.0155	0.0097	0.0541	0.0374	0.0878	0.0626	0.0541	0.0145	0.0177	0.0145	0.0194	0.0077	0.0103	0.0077	0.0141
chr2R	19425608	19425759	chr2R:19425609-19425759	FBgn0000241	bw	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0203	0.0193	0.0089	0.0074	0.0155	0.035	0.0253	0.0074	0.0163	0.0196	0.0163	0.0349	0.0031	0.0052	0.0031	0.0224
chr2R	19425774	19425925	chr2R:19425775-19425925	FBgn0000241	bw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0201	0.0207	0.0146	0.0106	0.0141	0.0324	0.0253	0.0106	0.0157	0.0167	0.0157	0.0503	0.0061	0.0084	0.0061	0.0391
chr2R	19426012	19426163	chr2R:19426013-19426163	FBgn0000241	bw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0176	0.0189	0.0151	0.0189	0.0159	0.0131	0.0329	0.0213	0.0159	0.0085	0.0161	0.0085	0.0341	0.0054	0.0103	0.0054	0.0521
chr2R	19426704	19426855	chr2R:19426705-19426855	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0222	0.0213	0.0125	0.017	0.0218	0.0381	0.0147	0.017	0.0163	0.019	0.0163	0.0503	0.0092	0.0077	0.0092	0.0292
chr2R	19426985	19427182	chr2R:19426986-19427182	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0294	0.0298	0.0302	0.0281	0.0223	0.0262	0.0532	0.02	0.0223	0.026	0.0225	0.026	0.0798	0.023	0.0142	0.023	0.0698
chr2R	19431406	19431641	chr2R:19431407-19431641	FBgn0050185	CG30185	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1089	0.1108	0.1241	0.0901	0.0912	0.1102	0.1397	0.1466	0.0912	0.1582	0.1402	0.1582	0.1193	0.0995	0.0903	0.0995	0.1219
chr2R	19431725	19431876	chr2R:19431726-19431876	FBgn0050185	CG30185	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0538	0.076	0.0479	0.0445	0.0519	0.0636	0.0839	0.0445	0.0924	0.0859	0.0924	0.0713	0.0582	0.0496	0.0582	0.0547
chr2R	19434453	19434641	chr2R:19434454-19434641	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0494	0.0704	0.0487	0.0266	0.0382	0.0578	0.0939	0.1173	0.0382	0.0483	0.0563	0.0483	0.0511	0.0283	0.0368	0.0283	0.025
chr2R	19434963	19435114	chr2R:19434964-19435114	FBgn0034876	wmd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0599	0.0599	0.0769	0.0412	0.0414	0.0583	0.0796	0.0826	0.0414	0.1014	0.0804	0.1014	0.0612	0.0521	0.0496	0.0521	0.0427
chr2R	19435159	19435360	chr2R:19435160-19435360	FBgn0034876,FBgn0034877	levy,wmd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0829	0.1135	0.0631	0.0657	0.0961	0.1047	0.0953	0.0657	0.1401	0.1215	0.1401	0.1092	0.0582	0.0677	0.0582	0.0766
chr2R	19435407	19435589	chr2R:19435408-19435589	FBgn0034876,FBgn0034877	levy,wmd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.19	0.1579	0.2404	0.1707	0.1251	0.1976	0.1747	0.2012	0.1251	0.3037	0.2572	0.3037	0.2231	0.1715	0.1928	0.1715	0.2095
chr2R	19435672	19435860	chr2R:19435673-19435860	FBgn0034876,FBgn0034877	levy,wmd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.149	0.1304	0.1808	0.1349	0.1135	0.1636	0.1401	0.1666	0.1135	0.2234	0.1942	0.2234	0.1789	0.1462	0.1393	0.1462	0.1662
chr2R	19438761	19438957	chr2R:19438762-19438957	FBgn0010501	Dcp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1993	0.2043	0.2353	0.1543	0.1707	0.232	0.2215	0.2891	0.1707	0.3001	0.2643	0.3001	0.2417	0.1692	0.176	0.1692	0.2017
chr2R	19439044	19439445	chr2R:19439045-19439445	FBgn0010501	Dcp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2362	0.2261	0.3028	0.1745	0.1506	0.2655	0.2439	0.3338	0.1506	0.3605	0.3399	0.3605	0.2998	0.2129	0.1728	0.2129	0.2366
chr2R	19441416	19441587	chr2R:19441417-19441587	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.082	0.0678	0.0992	0.0791	0.0392	0.0723	0.0731	0.1133	0.0392	0.1099	0.1145	0.1099	0.0945	0.0812	0.0748	0.0812	0.1141
chr2R	19441640	19441887	chr2R:19441641-19441887	FBgn0034878	pita	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1268	0.1225	0.1553	0.1003	0.07	0.1369	0.1505	0.1679	0.07	0.1582	0.199	0.1582	0.1131	0.0911	0.1193	0.0911	0.11
chr2R	19441930	19442124	chr2R:19441931-19442124	FBgn0034878	pita	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1602	0.151	0.1916	0.1359	0.1039	0.1951	0.1548	0.2012	0.1039	0.2277	0.2148	0.2277	0.1689	0.1355	0.1599	0.1355	0.1668
chr2R	19442181	19442369	chr2R:19442182-19442369	FBgn0034878	pita	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1643	0.1481	0.2042	0.1388	0.0901	0.184	0.16	0.2045	0.0901	0.2518	0.2283	0.2518	0.1898	0.1256	0.1696	0.1256	0.1553
chr2R	19443676	19443849	chr2R:19443677-19443849	FBgn0034879,FBgn0034880	Rrp4,alphaPS5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1272	0.1262	0.1541	0.0989	0.0838	0.1388	0.1592	0.1659	0.0838	0.1969	0.1723	0.1969	0.1479	0.1164	0.0974	0.1164	0.1178
chr2R	19447910	19448095	chr2R:19447911-19448095	FBgn0015277	Pi3K59F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0705	0.0636	0.084	0.0634	0.0435	0.0714	0.0731	0.0906	0.0435	0.093	0.0929	0.093	0.1084	0.0681	0.0638	0.0681	0.087
chr2R	19452288	19452460	chr2R:19452289-19452460	FBgn0015903	apt	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0865	0.054	0.1058	0.1017	0.0191	0.0767	0.0593	0.0686	0.0191	0.1268	0.1235	0.1268	0.1162	0.1263	0.1051	0.1263	0.1183
chr2R	19452576	19452727	chr2R:19452577-19452727	FBgn0015903	apt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0342	0.0247	0.0411	0.0372	0.0095	0.033	0.0277	0.0326	0.0095	0.0453	0.0473	0.0453	0.055	0.0452	0.0361	0.0452	0.0417
chr2R	19453067	19453333	chr2R:19453068-19453333	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0528	0.0517	0.0631	0.0429	0.018	0.0772	0.0545	0.072	0.018	0.0767	0.0559	0.0767	0.0999	0.0406	0.0535	0.0406	0.0636
chr2R	19457406	19457597	chr2R:19457407-19457597	distal	distal	none	none	VT21420.1	VT21420.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0428	0.0371	0.0495	0.0416	0.0127	0.0364	0.0467	0.062	0.0127	0.0399	0.0588	0.0399	0.0604	0.0345	0.0561	0.0345	0.0594
chr2R	19457864	19458015	chr2R:19457865-19458015	distal	distal	none	none	VT21420.1	VT21420.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0183	0.0311	0.0362	0.0064	0.018	0.0251	0.026	0.0064	0.0266	0.0325	0.0266	0.0519	0.0337	0.0348	0.0337	0.0573
chr2R	19458661	19458897	chr2R:19458662-19458897	distal	distal	stage11	stage11	VT21420.1	VT21420.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0454	0.0341	0.0651	0.0365	0.0106	0.0476	0.0376	0.0453	0.0106	0.1075	0.063	0.1075	0.0434	0.036	0.0413	0.036	0.0459
chr2R	19459268	19459445	chr2R:19459269-19459445	distal	distal	stage11	stage11	VT21420.1	VT21420.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0433	0.0479	0.0581	0.022	0.017	0.066	0.0463	0.0733	0.017	0.09	0.072	0.09	0.0217	0.0237	0.0142	0.0237	0.0141
chr2R	19459988	19460223	chr2R:19459989-19460223	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0738	0.0729	0.0821	0.0656	0.0392	0.0913	0.0636	0.1279	0.0392	0.0972	0.0974	0.0972	0.0844	0.059	0.0896	0.059	0.0709
chr2R	19460706	19460942	chr2R:19460707-19460942	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1965	0.295	0.1986	0.0841	0.2418	0.2845	0.3629	0.4077	0.2418	0.3056	0.2331	0.3056	0.0635	0.0513	0.0703	0.0513	0.0349
chr2R	19461220	19461441	chr2R:19461221-19461441	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1078	0.175	0.1133	0.0266	0.1113	0.2194	0.1795	0.2538	0.1113	0.2077	0.1016	0.2077	0.0496	0.0115	0.0219	0.0115	0.0094
chr2R	19461844	19462100	chr2R:19461845-19462100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1175	0.2172	0.0962	0.0294	0.1962	0.183	0.2755	0.3198	0.1962	0.0833	0.1071	0.0833	0.0627	0.0191	0.0187	0.0191	0.0193
chr2R	19462131	19462324	chr2R:19462132-19462324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.085	0.1665	0.0623	0.0188	0.1453	0.1422	0.189	0.2751	0.1453	0.0513	0.0746	0.0513	0.0503	0.0084	0.011	0.0084	0.0104
chr2R	19462613	19462764	chr2R:19462614-19462764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0405	0.0669	0.0371	0.0148	0.0382	0.0626	0.0688	0.1346	0.0382	0.0356	0.0418	0.0356	0.0217	0.0054	0.0071	0.0054	0.0068
chr2R	19462865	19463131	chr2R:19462866-19463131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0514	0.0581	0.0586	0.0361	0.0223	0.0626	0.0657	0.1026	0.0223	0.0465	0.0518	0.0465	0.0294	0.0199	0.0174	0.0199	0.0172
chr2R	19463252	19463403	chr2R:19463253-19463403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0482	0.0449	0.0581	0.0409	0.0148	0.0573	0.0541	0.062	0.0148	0.0531	0.0611	0.0531	0.031	0.0383	0.0322	0.0383	0.0224
chr2R	19464753	19464934	chr2R:19464754-19464934	distal	distal	stage11	stage11	VT21424.1	VT21424.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.096	0.1133	0.1305	0.039	0.0551	0.1243	0.1151	0.2045	0.0551	0.0628	0.2109	0.0628	0.0868	0.0283	0.0909	0.0283	0.0297
chr2R	19465167	19465341	chr2R:19465168-19465341	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT21424.1	VT21424.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1029	0.1314	0.1279	0.0437	0.087	0.1325	0.1371	0.2285	0.087	0.0749	0.2167	0.0749	0.0953	0.0406	0.0941	0.0406	0.0297
chr2R	19466796	19466988	chr2R:19466797-19466988	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21425.1	VT21425.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0506	0.0328	0.0605	0.0596	0.0074	0.0451	0.0376	0.0426	0.0074	0.0284	0.0447	0.0284	0.024	0.0145	0.0123	0.0145	0.0261
chr2R	19467114	19467265	chr2R:19467115-19467265	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21425.1	VT21425.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.048	0.047	0.0563	0.0401	0.0223	0.0563	0.0528	0.0726	0.0223	0.0411	0.0505	0.0411	0.0364	0.0115	0.0213	0.0115	0.0208
chr2R	19467656	19467845	chr2R:19467657-19467845	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21425.1,VT21426.1	VT21425.1,VT21426.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0725	0.0734	0.0857	0.0571	0.0551	0.0699	0.0939	0.1013	0.0551	0.0537	0.0778	0.0537	0.0666	0.0368	0.038	0.0368	0.037
chr2R	19468284	19468532	chr2R:19468285-19468532	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT21426.1,apt_1957	VT21426.1,apt_1957	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2969	0.303	0.328	0.256	0.2566	0.3422	0.3417	0.3991	0.2566	0.3877	0.3775	0.3877	0.2835	0.2986	0.2714	0.2986	0.2746
chr2R	19470512	19470663	chr2R:19470513-19470663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0188	0.0265	0.0294	0.0085	0.0214	0.0208	0.032	0.0085	0.0223	0.0312	0.0223	0.0248	0.0674	0.011	0.0674	0.0307
chr2R	19473185	19473336	chr2R:19473186-19473336	distal	distal	none	none	VT21428.1,VT21429.1	VT21428.1,VT21429.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0326	0.0299	0.0445	0.0226	0.0106	0.0272	0.0415	0.0466	0.0106	0.0242	0.0473	0.0242	0.0256	0.01	0.0251	0.01	0.0281
chr2R	19473758	19474225	chr2R:19473759-19474225	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT21429.1	VT21429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1141	0.126	0.1405	0.072	0.0679	0.1655	0.1458	0.1626	0.0679	0.1051	0.1621	0.1051	0.1022	0.0329	0.0625	0.0329	0.0427
chr2R	19474461	19475185	chr2R:19474462-19475185	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT21429.1	VT21429.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.152	0.1432	0.2018	0.1074	0.0562	0.1854	0.1769	0.1799	0.0562	0.2017	0.2514	0.2017	0.1898	0.1409	0.1322	0.1409	0.0959
chr2R	19476648	19476828	chr2R:19476649-19476828	distal	distal	none	none	VT21431.1	VT21431.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0303	0.0552	0.0441	0.0074	0.0471	0.035	0.0333	0.0074	0.0344	0.0473	0.0344	0.1348	0.062	0.0335	0.062	0.0677
chr2R	19479239	19479494	chr2R:19479240-19479494	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0351	0.0188	0.0453	0.0422	0.0064	0.0223	0.0234	0.024	0.0064	0.0284	0.0704	0.0284	0.0434	0.0253	0.0812	0.0253	0.0521
chr2R	19480123	19480274	chr2R:19480124-19480274	distal	distal	stage14	stage14	VT21433.1	VT21433.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.026	0.0136	0.0302	0.0354	0.0011	0.017	0.0156	0.0227	0.0011	0.0248	0.0415	0.0248	0.0225	0.023	0.0432	0.023	0.0224
chr2R	19480727	19480954	chr2R:19480728-19480954	distal	distal	stage14	stage14	VT21433.1	VT21433.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0307	0.0503	0.0409	0.0106	0.0374	0.0316	0.052	0.0106	0.0423	0.0666	0.0423	0.0434	0.0253	0.0503	0.0253	0.0526
chr2R	19481390	19481642	chr2R:19481391-19481642	distal	distal	stage11	stage11	VT21433.1	VT21433.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0494	0.0219	0.0726	0.0546	0.0042	0.0354	0.0221	0.0293	0.0042	0.1045	0.0891	0.1045	0.0473	0.0842	0.0761	0.0842	0.0615
chr2R	19481731	19481958	chr2R:19481732-19481958	distal	distal	none	none	VT21433.1	VT21433.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.035	0.0233	0.0494	0.0323	0.0053	0.032	0.0294	0.0306	0.0053	0.0719	0.065	0.0719	0.0232	0.0498	0.0503	0.0498	0.0292
chr2R	19485344	19485582	chr2R:19485345-19485582	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0261	0.0338	0.0308	0.0123	0.0095	0.0296	0.0372	0.0706	0.0095	0.0248	0.045	0.0248	0.0163	0.0061	0.0226	0.0061	0.0094
chr2R	19485681	19485832	chr2R:19485682-19485832	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0264	0.0341	0.0324	0.0113	0.0095	0.0379	0.0368	0.058	0.0095	0.026	0.0463	0.026	0.0201	0.0061	0.0168	0.0061	0.0104
chr2R	19485951	19486102	chr2R:19485952-19486102	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0196	0.0247	0.0255	0.0074	0.0032	0.0272	0.0251	0.05	0.0032	0.0193	0.0376	0.0193	0.0101	0.0084	0.0077	0.0084	0.0063
chr2R	19486187	19486571	chr2R:19486188-19486571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0519	0.0728	0.056	0.0242	0.0223	0.084	0.0822	0.1166	0.0223	0.0429	0.0823	0.0429	0.0271	0.0168	0.0419	0.0168	0.0162
chr2R	19486614	19486765	chr2R:19486615-19486765	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0378	0.0358	0.0125	0.0106	0.0447	0.045	0.058	0.0106	0.0278	0.0511	0.0278	0.0209	0.0061	0.0213	0.0061	0.0146
chr2R	19486845	19486996	chr2R:19486846-19486996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0295	0.0366	0.035	0.0156	0.017	0.0442	0.0415	0.056	0.017	0.0272	0.0498	0.0272	0.0263	0.013	0.0226	0.013	0.0162
chr2R	19487007	19487158	chr2R:19487008-19487158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0234	0.0287	0.0269	0.0138	0.0148	0.035	0.0272	0.0486	0.0148	0.0193	0.0392	0.0193	0.017	0.0092	0.0226	0.0092	0.0146
chr2R	19489130	19489281	chr2R:19489131-19489281	FBgn0067903,FBgn0260455	CG10332,IM18	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0368	0.0492	0.0272	0.017	0.0422	0.0454	0.0513	0.017	0.0459	0.0601	0.0459	0.0496	0.0368	0.0329	0.0368	0.0302
chr2R	19489337	19489512	chr2R:19489338-19489512	FBgn0067903,FBgn0260455,FBgn0262845	CG10332,CG43209,IM18	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0834	0.0742	0.1076	0.0673	0.0403	0.0903	0.0813	0.1106	0.0403	0.1105	0.1241	0.1105	0.11	0.0858	0.0819	0.0858	0.0792
chr2R	19496433	19496624	chr2R:19496434-19496624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0191	0.0349	0.0405	0.0106	0.0223	0.0264	0.0193	0.0106	0.0187	0.0225	0.0187	0.0163	0.01	0.0123	0.01	0.0172
chr2R	19496984	19497287	chr2R:19496985-19497287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0208	0.0272	0.0249	0.0127	0.0189	0.0316	0.0253	0.0127	0.0229	0.0302	0.0229	0.0163	0.01	0.011	0.01	0.0167
chr2R	19498658	19498809	chr2R:19498659-19498809	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0114	0.0062	0.0093	0.0196	0.0021	0.0053	0.0121	0.0047	0.0021	0.0079	0.0074	0.0079	0.0186	0.0145	0.0077	0.0145	0.0386
chr2R	19499290	19499441	chr2R:19499291-19499441	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0145	0.0128	0.0151	0.0156	0.0042	0.0126	0.0216	0.012	0.0042	0.0097	0.0164	0.0097	0.0248	0.0054	0.0103	0.0054	0.0365
chr2R	19499944	19500095	chr2R:19499945-19500095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0132	0.0132	0.0138	0.0032	0.0126	0.0242	0.012	0.0032	0.0085	0.0167	0.0085	0.0194	0.0084	0.0052	0.0084	0.0307
chr2R	19501158	19501309	chr2R:19501159-19501309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0133	0.0125	0.0108	0.0171	0.0021	0.0136	0.0186	0.016	0.0021	0.0091	0.0116	0.0091	0.0209	0.0352	0.0077	0.0352	0.025
chr2R	19502226	19502459	chr2R:19502227-19502459	FBgn0034885	CG4019	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0434	0.0246	0.0377	0.0707	0.0032	0.0252	0.042	0.026	0.0032	0.0272	0.0431	0.0272	0.0627	0.0498	0.0883	0.0498	0.1152
chr2R	19502473	19502624	chr2R:19502474-19502624	FBgn0034885	CG4019	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0183	0.0348	0.0434	0.0021	0.0209	0.0268	0.0233	0.0021	0.0236	0.0473	0.0236	0.0426	0.0237	0.0606	0.0237	0.0657
chr2R	19505169	19505320	chr2R:19505170-19505320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.0269	0.0407	0.0345	0.0074	0.0243	0.0458	0.0306	0.0074	0.0447	0.0444	0.0447	0.055	0.0299	0.0251	0.0299	0.0537
chr2R	19505365	19505727	chr2R:19505366-19505727	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0885	0.0578	0.0957	0.1149	0.0265	0.0655	0.0701	0.0833	0.0265	0.0954	0.1093	0.0954	0.1185	0.1355	0.1077	0.1355	0.1626
chr2R	19506548	19506699	chr2R:19506549-19506699	distal	distal	stage11	stage11	VT21450.1	VT21450.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0258	0.0218	0.0377	0.0171	0.0095	0.0282	0.0264	0.0293	0.0095	0.0284	0.0605	0.0284	0.0217	0.0153	0.0264	0.0153	0.0167
chr2R	19506882	19507170	chr2R:19506883-19507170	distal	distal	none	none	VT21450.1	VT21450.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0454	0.0325	0.0651	0.038	0.0095	0.0417	0.0376	0.0473	0.0095	0.0562	0.0945	0.0562	0.0356	0.0383	0.0451	0.0383	0.0391
chr2R	19509006	19509186	chr2R:19509007-19509186	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1329	0.0941	0.1609	0.1454	0.052	0.1228	0.1086	0.1239	0.052	0.1431	0.191	0.1431	0.196	0.173	0.1476	0.173	0.1511
chr2R	19509422	19509608	chr2R:19509423-19509608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0403	0.0302	0.0539	0.0368	0.0085	0.034	0.0493	0.0273	0.0085	0.0417	0.0585	0.0417	0.0565	0.0299	0.0387	0.0299	0.0323
chr2R	19512009	19512321	chr2R:19512010-19512321	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0401	0.052	0.0445	0.022	0.0233	0.0714	0.064	0.0586	0.0233	0.0568	0.0521	0.0568	0.0318	0.023	0.0284	0.023	0.0214
chr2R	19516685	19516836	chr2R:19516686-19516836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0164	0.0135	0.0185	0.0173	0.0064	0.0184	0.0182	0.0133	0.0064	0.029	0.0209	0.029	0.0132	0.0498	0.0161	0.0498	0.0115
chr2R	19517254	19517405	chr2R:19517255-19517405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0264	0.0317	0.013	0.0095	0.0257	0.0398	0.034	0.0095	0.0175	0.0563	0.0175	0.0124	0.0138	0.0232	0.0138	0.0125
chr2R	19519925	19520167	chr2R:19519926-19520167	FBgn0004795	retn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.179	0.1631	0.2151	0.1571	0.0891	0.2223	0.1734	0.2112	0.0891	0.2603	0.2424	0.2603	0.2029	0.16	0.1767	0.16	0.1777
chr2R	19520639	19520794	chr2R:19520640-19520794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0353	0.039	0.0466	0.0188	0.018	0.0447	0.0562	0.04	0.018	0.0755	0.0447	0.0755	0.0387	0.0245	0.0187	0.0245	0.0229
chr2R	19521744	19521916	chr2R:19521745-19521916	distal	distal	stage11	stage11	VT21459.1	VT21459.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0421	0.0527	0.049	0.0226	0.0308	0.0617	0.0757	0.0473	0.0308	0.0833	0.0592	0.0833	0.0248	0.0498	0.0284	0.0498	0.0182
chr2R	19525569	19525906	chr2R:19525570-19525906	distal	distal	none	none	retn_GFP	retn_GFP	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0809	0.0448	0.0207	0.0785	0.0801	0.1345	0.058	0.0785	0.0483	0.0543	0.0483	0.0302	0.023	0.0264	0.023	0.0141
chr2R	19526194	19526345	chr2R:19526195-19526345	distal	distal	none	none	retn_GFP	retn_GFP	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0332	0.0511	0.0336	0.0128	0.0244	0.0689	0.0718	0.042	0.0244	0.0737	0.0315	0.0737	0.0116	0.0322	0.011	0.0322	0.0094
chr2R	19526719	19526947	chr2R:19526720-19526947	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	retn_GFP	retn_GFP	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0995	0.2154	0.0626	0.0104	0.211	0.1981	0.2811	0.2658	0.211	0.1389	0.0563	0.1389	0.0147	0.0107	0.0071	0.0107	0.0083
chr2R	19530766	19530917	chr2R:19530767-19530917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0229	0.0212	0.0153	0.0148	0.0262	0.0285	0.0266	0.0148	0.0199	0.0305	0.0199	0.0124	0.0077	0.0464	0.0077	0.0073
chr2R	19531380	19531531	chr2R:19531381-19531531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0355	0.0502	0.032	0.0228	0.0286	0.049	0.0822	0.0453	0.0286	0.0338	0.0386	0.0338	0.0186	0.0222	0.0484	0.0222	0.0162
chr2R	19531830	19532118	chr2R:19531831-19532118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0551	0.0692	0.0603	0.0337	0.0509	0.0646	0.1172	0.0586	0.0509	0.0833	0.0785	0.0833	0.0372	0.0421	0.0561	0.0421	0.0328
chr2R	19532867	19533158	chr2R:19532868-19533158	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1244	0.2449	0.0934	0.0237	0.2598	0.2291	0.3875	0.1865	0.2598	0.2089	0.0897	0.2089	0.0294	0.0337	0.0213	0.0337	0.0162
chr2R	19533272	19533923	chr2R:19533273-19533923	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2234	0.3593	0.2253	0.0695	0.3966	0.3272	0.5402	0.3051	0.3966	0.3756	0.2453	0.3756	0.0689	0.108	0.0683	0.108	0.0469
chr2R	19534602	19534842	chr2R:19534603-19534842	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1173	0.1427	0.142	0.062	0.1039	0.1519	0.1851	0.1712	0.1039	0.1975	0.1379	0.1975	0.0418	0.0352	0.0303	0.0352	0.0375
chr2R	19538043	19538194	chr2R:19538044-19538194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0418	0.073	0.0315	0.0181	0.0806	0.0641	0.128	0.036	0.0806	0.0483	0.0373	0.0483	0.0225	0.0375	0.0226	0.0375	0.0156
chr2R	19538604	19538796	chr2R:19538605-19538796	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0461	0.0885	0.0362	0.0096	0.0848	0.0772	0.1622	0.0526	0.0848	0.0399	0.0518	0.0399	0.0225	0.0153	0.0103	0.0153	0.0109
chr2R	19538845	19538996	chr2R:19538846-19538996	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0651	0.0306	0.0074	0.0679	0.0534	0.1241	0.0326	0.0679	0.0393	0.0415	0.0393	0.0194	0.0115	0.011	0.0115	0.0078
chr2R	19539570	19539755	chr2R:19539571-19539755	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0613	0.0951	0.0532	0.0326	0.0944	0.0845	0.1583	0.074	0.0944	0.0803	0.0543	0.0803	0.0488	0.0345	0.0374	0.0345	0.0328
chr2R	19539897	19540077	chr2R:19539898-19540077	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1352	0.1434	0.15	0.1096	0.1177	0.15	0.2007	0.1539	0.1177	0.186	0.1601	0.186	0.1503	0.1187	0.1103	0.1187	0.1245
chr2R	19540456	19540607	chr2R:19540457-19540607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0661	0.0189	0.0139	0.0626	0.0568	0.1259	0.0326	0.0626	0.0296	0.0225	0.0296	0.0132	0.0199	0.0116	0.0199	0.0162
chr2R	19540989	19541140	chr2R:19540990-19541140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0599	0.0138	0.0085	0.0604	0.0471	0.1151	0.0266	0.0604	0.0181	0.0158	0.0181	0.0147	0.0115	0.0103	0.0115	0.0104
chr2R	19541436	19541603	chr2R:19541437-19541603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.0856	0.0221	0.0078	0.087	0.0782	0.1488	0.052	0.087	0.0344	0.0248	0.0344	0.0116	0.0115	0.0084	0.0115	0.0052
chr2R	19543943	19544094	chr2R:19543944-19544094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.038	0.0678	0.0263	0.0177	0.052	0.0597	0.1202	0.0486	0.052	0.0525	0.0232	0.0525	0.0139	0.0199	0.0071	0.0199	0.0135
chr2R	19544348	19544499	chr2R:19544349-19544499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0387	0.0565	0.0283	0.0302	0.0361	0.0607	0.0874	0.052	0.0361	0.0568	0.0209	0.0568	0.0186	0.0345	0.0097	0.0345	0.0245
chr2R	19544732	19544911	chr2R:19544733-19544911	FBgn0034886	Pde8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0522	0.0608	0.0448	0.0506	0.0403	0.0733	0.0796	0.0673	0.0403	0.0755	0.0286	0.0755	0.031	0.0582	0.0245	0.0582	0.0203
chr2R	19544957	19545252	chr2R:19544958-19545252	FBgn0034886	Pde8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1211	0.171	0.0808	0.1096	0.1432	0.1956	0.2132	0.1925	0.1432	0.1787	0.0608	0.1787	0.0465	0.183	0.0529	0.183	0.1079
chr2R	19546693	19547101	chr2R:19546694-19547101	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1437	0.1634	0.1056	0.1635	0.1559	0.1684	0.2392	0.1519	0.1559	0.1643	0.082	0.1643	0.1867	0.2052	0.1902	0.2052	0.2788
chr2R	19547131	19547414	chr2R:19547132-19547414	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0856	0.1186	0.0589	0.0781	0.1124	0.1146	0.1652	0.1272	0.1124	0.0737	0.0453	0.0737	0.1077	0.0957	0.0677	0.0957	0.147
chr2R	19550726	19550877	chr2R:19550727-19550877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0224	0.0298	0.0198	0.0169	0.0138	0.0325	0.0467	0.0293	0.0138	0.0435	0.0135	0.0435	0.0155	0.0482	0.0103	0.0482	0.0156
chr2R	19553915	19554123	chr2R:19553916-19554123	distal	distal	none	none	Pde8_1.1kb_CRM	Pde8_1.1kb_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0312	0.034	0.0425	0.0159	0.0325	0.0463	0.034	0.0159	0.0465	0.0376	0.0465	0.048	0.0299	0.0606	0.0299	0.075
chr2R	19554375	19554679	chr2R:19554376-19554679	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Pde8_1.1kb_CRM	Pde8_1.1kb_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1127	0.0542	0.1181	0.1721	0.0201	0.0762	0.0692	0.0566	0.0201	0.1413	0.1376	0.1413	0.1603	0.1302	0.2643	0.1302	0.2986
chr2R	19557137	19557363	chr2R:19557138-19557363	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0417	0.025	0.0385	0.0638	0.0117	0.0311	0.0385	0.0213	0.0117	0.0513	0.0244	0.0513	0.0937	0.0735	0.0226	0.0735	0.1475
chr2R	19559297	19559475	chr2R:19559298-19559475	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0509	0.0566	0.0421	0.054	0.035	0.0699	0.0696	0.066	0.035	0.0543	0.0367	0.0543	0.0759	0.0406	0.0503	0.0406	0.1152
chr2R	19559669	19559912	chr2R:19559670-19559912	FBgn0250870	CG42241	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0287	0.0289	0.0239	0.0338	0.0148	0.0262	0.0519	0.0247	0.0148	0.0211	0.0212	0.0211	0.0534	0.0291	0.0226	0.0291	0.0735
chr2R	19564427	19564578	chr2R:19564428-19564578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0169	0.0117	0.0159	0.0106	0.0131	0.0294	0.0153	0.0106	0.0115	0.0122	0.0115	0.0225	0.0084	0.0077	0.0084	0.0396
chr2R	19566648	19566933	chr2R:19566649-19566933	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0321	0.0429	0.0242	0.0285	0.0212	0.035	0.0757	0.0426	0.0212	0.029	0.0302	0.029	0.0209	0.036	0.0387	0.036	0.0328
chr2R	19567071	19567222	chr2R:19567072-19567222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0218	0.0313	0.0147	0.0189	0.0223	0.0252	0.0554	0.0266	0.0223	0.0193	0.0151	0.0193	0.0178	0.0199	0.02	0.0199	0.0276
chr2R	19568600	19568751	chr2R:19568601-19568751	FBgn0034887	St1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0151	0.0141	0.0255	0.0117	0.0117	0.0268	0.0153	0.0117	0.0103	0.0235	0.0103	0.0116	0.0123	0.0567	0.0123	0.0302
chr2R	19569097	19569248	chr2R:19569098-19569248	FBgn0034887	St1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0149	0.0137	0.0132	0.0181	0.0032	0.0141	0.0234	0.0153	0.0032	0.0163	0.0141	0.0163	0.0217	0.0123	0.0374	0.0123	0.0229
chr2R	19570783	19570981	chr2R:19570784-19570981	FBgn0034888	St3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0301	0.0138	0.019	0.0606	0.0064	0.0165	0.0229	0.0107	0.0064	0.0103	0.0225	0.0103	0.0418	0.0123	0.0761	0.0123	0.1412
chr2R	19573043	19573194	chr2R:19573044-19573194	FBgn0011296,FBgn0034889	CG11293,l(2)efl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0155	0.0135	0.014	0.0195	0.0032	0.0126	0.0234	0.0147	0.0032	0.0193	0.0154	0.0193	0.0155	0.0574	0.011	0.0574	0.0146
chr2R	19573585	19573736	chr2R:19573586-19573736	FBgn0034889	CG11293	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0193	0.025	0.0128	0.0201	0.0106	0.0257	0.0389	0.028	0.0106	0.0145	0.0154	0.0145	0.0132	0.0436	0.0219	0.0436	0.0219
chr2R	19574083	19574242	chr2R:19574084-19574242	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0258	0.0218	0.0222	0.0341	0.0085	0.0286	0.0264	0.026	0.0085	0.0211	0.0238	0.0211	0.0341	0.0574	0.0529	0.0574	0.0297
chr2R	19575265	19575416	chr2R:19575266-19575416	FBgn0262728	Pal2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0207	0.0166	0.0187	0.0276	0.0032	0.0238	0.0186	0.0213	0.0032	0.032	0.0167	0.032	0.0155	0.0253	0.0071	0.0253	0.0177
chr2R	19575550	19575726	chr2R:19575551-19575726	FBgn0262728	Pal2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0276	0.0229	0.0265	0.034	0.0064	0.0393	0.0212	0.0266	0.0064	0.0519	0.0209	0.0519	0.0155	0.0314	0.0077	0.0314	0.0224
chr2R	19581402	19581576	chr2R:19581403-19581576	FBgn0016762	angel	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0886	0.0937	0.1027	0.0675	0.0551	0.1073	0.1168	0.1266	0.0551	0.1256	0.1196	0.1256	0.1046	0.0743	0.0793	0.0743	0.0761
chr2R	19581669	19581820	chr2R:19581670-19581820	FBgn0016762	angel	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.044	0.0476	0.0235	0.0297	0.0481	0.051	0.0633	0.0297	0.0507	0.0569	0.0507	0.0519	0.0276	0.0206	0.0276	0.0302
chr2R	19585295	19585475	chr2R:19585296-19585475	FBgn0034893,FBgn0050183	CG30183,mRpL43	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1912	0.1594	0.2358	0.1777	0.0976	0.217	0.1713	0.2032	0.0976	0.2844	0.2556	0.2844	0.2393	0.2029	0.1876	0.2029	0.2303
chr2R	19585539	19585720	chr2R:19585540-19585720	FBgn0034893,FBgn0050183	CG30183,mRpL43	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1591	0.1356	0.1925	0.1487	0.0774	0.1684	0.157	0.1799	0.0774	0.2319	0.2096	0.2319	0.1859	0.1738	0.1457	0.1738	0.1892
chr2R	19585786	19585964	chr2R:19585787-19585964	FBgn0034893	mRpL43	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0729	0.0621	0.0943	0.0617	0.0223	0.0791	0.0688	0.0959	0.0223	0.1165	0.099	0.1165	0.1022	0.0628	0.0632	0.0628	0.086
chr2R	19588348	19588499	chr2R:19588349-19588499	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0282	0.0212	0.0265	0.0377	0.0138	0.0296	0.0247	0.0227	0.0138	0.0211	0.0264	0.0211	0.0457	0.0283	0.0232	0.0283	0.0829
chr2R	19588914	19589065	chr2R:19588915-19589065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0217	0.0302	0.0447	0.0095	0.0248	0.0316	0.024	0.0095	0.0326	0.0344	0.0326	0.0434	0.0299	0.0374	0.0299	0.0907
chr2R	19589875	19590087	chr2R:19589876-19590087	FBgn0013548,FBgn0034894	CG4091,l(2)dtl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.183	0.1765	0.2175	0.1525	0.141	0.2029	0.192	0.2512	0.141	0.2723	0.2466	0.2723	0.2037	0.1531	0.1638	0.1531	0.1876
chr2R	19590183	19590334	chr2R:19590184-19590334	FBgn0013548,FBgn0034894	CG4091,l(2)dtl	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0556	0.0726	0.0447	0.0371	0.0573	0.0705	0.0766	0.0371	0.087	0.0814	0.087	0.0751	0.0452	0.0471	0.0452	0.062
chr2R	19594133	19594342	chr2R:19594134-19594342	FBgn0002174	l(2)tid	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0715	0.0874	0.0774	0.0473	0.052	0.1	0.1077	0.1186	0.052	0.1021	0.0852	0.1021	0.0751	0.0513	0.0503	0.0513	0.0568
chr2R	19594476	19594664	chr2R:19594477-19594664	FBgn0002174	l(2)tid	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1381	0.1382	0.1655	0.1078	0.1135	0.1728	0.1527	0.1732	0.1135	0.2222	0.1836	0.2222	0.1689	0.108	0.1122	0.108	0.1516
chr2R	19596882	19597131	chr2R:19596883-19597131	FBgn0011297	l(2)not	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0769	0.0683	0.0971	0.0643	0.052	0.0752	0.0826	0.0906	0.052	0.1214	0.1064	0.1214	0.1115	0.0888	0.0677	0.0888	0.0803
chr2R	19597255	19597428	chr2R:19597256-19597428	FBgn0011297	l(2)not	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1034	0.092	0.1237	0.0937	0.0594	0.1117	0.1047	0.1213	0.0594	0.1335	0.1476	0.1335	0.1356	0.1057	0.0999	0.1057	0.1199
chr2R	19599407	19599558	chr2R:19599408-19599558	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.0194	0.0343	0.0698	0.0074	0.0296	0.0281	0.01	0.0074	0.029	0.0232	0.029	0.1038	0.0368	0.0451	0.0368	0.1834
chr2R	19599566	19599786	chr2R:19599567-19599786	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0513	0.0214	0.043	0.0939	0.0053	0.0325	0.0294	0.0153	0.0053	0.0338	0.0267	0.0338	0.134	0.0521	0.0696	0.0521	0.2428
chr2R	19600336	19600748	chr2R:19600337-19600748	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1042	0.0282	0.0852	0.21	0.0042	0.0534	0.0285	0.024	0.0042	0.0773	0.083	0.0773	0.1929	0.3116	0.2192	0.3116	0.3502
chr2R	19600888	19601080	chr2R:19600889-19601080	FBgn0034897	Sesn	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0958	0.026	0.0912	0.1788	0.0042	0.0451	0.0281	0.026	0.0042	0.0797	0.0961	0.0797	0.1859	0.2557	0.2302	0.2557	0.2553
chr2R	19601308	19601509	chr2R:19601309-19601509	FBgn0034897	Sesn	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0957	0.0209	0.0896	0.1859	0.0064	0.0398	0.0225	0.0147	0.0064	0.0833	0.0871	0.0833	0.1998	0.2573	0.2186	0.2573	0.2751
chr2R	19601815	19601966	chr2R:19601816-19601966	FBgn0034897	Sesn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.033	0.012	0.0292	0.0607	0.0042	0.0146	0.0177	0.0113	0.0042	0.0338	0.0267	0.0338	0.0612	0.0643	0.0677	0.0643	0.1105
chr2R	19603643	19603811	chr2R:19603644-19603811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0344	0.0207	0.0253	0.0599	0.0064	0.0252	0.0311	0.0207	0.0064	0.0296	0.0177	0.0296	0.0589	0.0743	0.0393	0.0743	0.1261
chr2R	19608015	19608194	chr2R:19608016-19608194	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.009	0.0122	0.0401	0	0.0117	0.013	0.0107	0	0.0097	0.0125	0.0097	0.0201	0.0291	0.0529	0.0291	0.0782
chr2R	19608514	19608665	chr2R:19608515-19608665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0153	0.0101	0.0129	0.0238	0.0032	0.0078	0.0221	0.0073	0.0032	0.0103	0.0174	0.0103	0.0186	0.0199	0.0393	0.0199	0.0349
chr2R	19609627	19609778	chr2R:19609628-19609778	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0087	0.0126	0.029	0.0021	0.0087	0.0173	0.0053	0.0021	0.0072	0.0183	0.0072	0.0178	0.0084	0.0877	0.0084	0.0245
chr2R	19610093	19610244	chr2R:19610094-19610244	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0211	0.0093	0.016	0.0397	0.0021	0.0112	0.0164	0.0073	0.0021	0.0133	0.0235	0.0133	0.0163	0.0176	0.1096	0.0176	0.0354
chr2R	19613554	19613782	chr2R:19613555-19613782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0152	0.0105	0.0126	0.0235	0.0042	0.0068	0.0229	0.008	0.0042	0.0072	0.0183	0.0072	0.0163	0.0176	0.0561	0.0176	0.0214
chr2R	19614607	19614758	chr2R:19614608-19614758	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0092	0.0131	0.0308	0.0011	0.0073	0.016	0.0113	0.0011	0.0097	0.0174	0.0097	0.0155	0.013	0.0858	0.013	0.0255
chr2R	19615457	19615608	chr2R:19615458-19615608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0132	0.0108	0.0089	0.0205	0.0064	0.0092	0.0208	0.0093	0.0064	0.006	0.0119	0.006	0.0139	0.013	0.0342	0.013	0.0349
chr2R	19617416	19617567	chr2R:19617417-19617567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.013	0.0099	0.0194	0.0085	0.0112	0.0177	0.0173	0.0085	0.0121	0.0119	0.0121	0.0108	0.0429	0.0123	0.0429	0.024
chr2R	19617878	19618047	chr2R:19617879-19618047	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.0118	0.0131	0.0389	0.0042	0.0117	0.0195	0.014	0.0042	0.0187	0.0154	0.0187	0.0139	0.1064	0.0284	0.1064	0.0365
chr2R	19622029	19622180	chr2R:19622030-19622180	FBgn0263543	mir-4979	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0138	0.013	0.0107	0.0181	0.0053	0.0117	0.0199	0.0173	0.0053	0.0127	0.0113	0.0127	0.0163	0.026	0.0213	0.026	0.0276
chr2R	19622287	19622438	chr2R:19622288-19622438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0156	0.0128	0.0135	0.021	0.0032	0.0092	0.0199	0.0193	0.0032	0.0133	0.0158	0.0133	0.0209	0.0245	0.0193	0.0245	0.0433
chr2R	19630965	19631257	chr2R:19630966-19631257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0415	0.0334	0.0445	0.0473	0.0074	0.0597	0.0389	0.0273	0.0074	0.0924	0.0309	0.0924	0.0534	0.1317	0.0258	0.1317	0.038
chr2R	19632416	19632628	chr2R:19632417-19632628	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0668	0.067	0.0788	0.0535	0.0255	0.0816	0.0787	0.0959	0.0255	0.1075	0.0865	0.1075	0.0883	0.0628	0.0355	0.0628	0.0839
chr2R	19632678	19632865	chr2R:19632679-19632865	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1287	0.1297	0.1655	0.087	0.0636	0.1752	0.1367	0.1772	0.0636	0.2035	0.1987	0.2035	0.1557	0.1003	0.0587	0.1003	0.1084
chr2R	19632950	19633133	chr2R:19632951-19633133	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0909	0.1102	0.1208	0.0365	0.0604	0.1461	0.1189	0.1492	0.0604	0.1123	0.1643	0.1123	0.1084	0.0375	0.04	0.0375	0.037
chr2R	19633405	19633609	chr2R:19633406-19633609	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1078	0.1155	0.1378	0.0661	0.0583	0.1393	0.1155	0.1899	0.0583	0.1014	0.1987	0.1014	0.1464	0.0628	0.1283	0.0628	0.0532
chr2R	19633718	19633883	chr2R:19633719-19633883	FBgn0000562	egl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0516	0.0952	0.0525	0.0265	0.0699	0.0519	0.0753	0.0265	0.1184	0.1161	0.1184	0.0976	0.0781	0.0748	0.0781	0.05
chr2R	19633973	19634174	chr2R:19633974-19634174	FBgn0000562	egl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1555	0.1375	0.2071	0.1189	0.0647	0.1791	0.128	0.2272	0.0647	0.2144	0.2768	0.2144	0.189	0.1279	0.1889	0.1279	0.1339
chr2R	19634302	19634490	chr2R:19634303-19634490	FBgn0000562	egl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1996	0.1494	0.2636	0.1854	0.0827	0.2029	0.1432	0.2232	0.0827	0.3237	0.3113	0.3237	0.2572	0.2083	0.2141	0.2083	0.2345
chr2R	19640176	19640597	chr2R:19640177-19640597	FBgn0034902	CG5532	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.092	0.0724	0.1123	0.0915	0.0329	0.0937	0.0822	0.1039	0.0329	0.1347	0.1293	0.1347	0.1348	0.1141	0.1012	0.1141	0.1365
chr2R	19640650	19640819	chr2R:19640651-19640819	FBgn0034902	CG5532	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0364	0.0274	0.0461	0.0359	0.0095	0.035	0.0333	0.038	0.0095	0.0489	0.054	0.0489	0.0651	0.036	0.0464	0.036	0.0563
chr2R	19640849	19641051	chr2R:19640850-19641051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0512	0.0385	0.0615	0.0542	0.0106	0.0549	0.0441	0.05	0.0106	0.0622	0.073	0.0622	0.0868	0.0674	0.0587	0.0674	0.0907
chr2R	19646853	19647004	chr2R:19646854-19647004	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0216	0.0272	0.0244	0.0123	0.0117	0.0146	0.0549	0.028	0.0117	0.032	0.0277	0.032	0.0256	0.013	0.0232	0.013	0.0083
chr2R	19660235	19660386	chr2R:19660236-19660386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0137	0.0148	0.0124	0.0138	0.0074	0.0117	0.0251	0.018	0.0074	0.0175	0.0177	0.0175	0.0085	0.0153	0.0406	0.0153	0.0047
chr2R	19661232	19661383	chr2R:19661233-19661383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0077	0.0066	0.0085	0.0079	0.0042	0.0063	0.0091	0.0093	0.0042	0.0072	0.0138	0.0072	0.0054	0.0031	0.0264	0.0031	0.0036
chr2R	19675163	19675314	chr2R:19675164-19675314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.008	0.0088	0.0214	0.0011	0.0078	0.013	0.01	0.0011	0.0048	0.017	0.0048	0.0031	0.0046	0.0832	0.0046	0.0042
chr2R	19685913	19686064	chr2R:19685914-19686064	FBgn0034903	CG9850	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.0075	0.008	0.0219	0.0021	0.0083	0.0117	0.0087	0.0021	0.0024	0.0154	0.0024	0.0077	8e-04	0.0845	8e-04	0.0068
chr2R	19696117	19696268	chr2R:19696118-19696268	FBgn0010278	Ssrp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0378	0.0426	0.026	0.0148	0.0354	0.0554	0.0506	0.0148	0.0562	0.0424	0.0562	0.0426	0.0322	0.0239	0.0322	0.0328
chr2R	19696433	19696622	chr2R:19696434-19696622	FBgn0010278,FBgn0034908	CG5543,Ssrp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.132	0.1302	0.1523	0.1118	0.0859	0.1388	0.154	0.1859	0.0859	0.1999	0.1563	0.1999	0.1487	0.1325	0.1199	0.1325	0.1381
chr2R	19696656	19696838	chr2R:19696657-19696838	FBgn0010278,FBgn0034908	CG5543,Ssrp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0967	0.0922	0.1179	0.0785	0.0551	0.1029	0.1129	0.1252	0.0551	0.1612	0.119	0.1612	0.1193	0.0812	0.0909	0.0812	0.0964
chr2R	19698520	19698671	chr2R:19698521-19698671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0222	0.0324	0.0242	0.0085	0.0201	0.0301	0.035	0.056	0.0201	0.0308	0.0267	0.0308	0.0248	0.0077	0.0077	0.0077	0.0151
chr2R	19699000	19699355	chr2R:19699001-19699355	FBgn0028411	Nxt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0957	0.0943	0.0604	0.0636	0.1097	0.1068	0.1412	0.0636	0.1111	0.1035	0.1111	0.1046	0.0643	0.0658	0.0643	0.0787
chr2R	19699430	19699623	chr2R:19699431-19699623	FBgn0028411	Nxt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1172	0.1174	0.1362	0.0962	0.07	0.1393	0.1311	0.1719	0.07	0.1745	0.1457	0.1745	0.1425	0.1057	0.0993	0.1057	0.1287
chr2R	19699747	19699959	chr2R:19699748-19699959	FBgn0028411	Nxt1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0525	0.0471	0.0671	0.0423	0.0318	0.0578	0.0489	0.066	0.0318	0.0918	0.0682	0.0918	0.0713	0.0452	0.0548	0.0452	0.0547
chr2R	19705895	19706073	chr2R:19705896-19706073	FBgn0034909	CG4797	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0253	0.017	0.0251	0.0117	0.0218	0.0324	0.0453	0.0117	0.0169	0.0151	0.0169	0.0356	0.0299	0.0271	0.0299	0.0412
chr2R	19714927	19715133	chr2R:19714928-19715133	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0059	0.0094	0.0145	0.0032	0.0068	0.0112	0.0013	0.0032	0.0091	0.0035	0.0091	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0047
chr2R	19727031	19727182	chr2R:19727032-19727182	FBgn0086659	snoRNA:Psi18S-176	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0287	0.0405	0.0276	0.018	0.0291	0.0407	0.0346	0.018	0.0471	0.0453	0.0471	0.0511	0.0375	0.029	0.0375	0.0339
chr2R	19727606	19727871	chr2R:19727607-19727871	FBgn0086659	snoRNA:Psi18S-176	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2099	0.1827	0.2584	0.1872	0.1622	0.2184	0.2076	0.2192	0.1622	0.3635	0.281	0.3635	0.2564	0.2427	0.2012	0.2427	0.2428
chr2R	19730784	19730952	chr2R:19730785-19730952	FBgn0003401	shu	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0415	0.0267	0.0326	0.068	0.0095	0.0335	0.0359	0.0293	0.0095	0.0272	0.0357	0.0272	0.0573	0.0651	0.0632	0.0651	0.111
chr2R	19731935	19732136	chr2R:19731936-19732136	FBgn0034913,FBgn0034914	CG5554,usnp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0491	0.0309	0.0651	0.0518	0.0085	0.0417	0.0398	0.036	0.0085	0.0851	0.0666	0.0851	0.0829	0.0521	0.0542	0.0521	0.0677
chr2R	19732188	19732375	chr2R:19732189-19732375	FBgn0034913,FBgn0034914	CG5554,usnp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.0763	0.1447	0.1054	0.0339	0.1063	0.0766	0.1066	0.0339	0.1884	0.1556	0.1884	0.1712	0.1172	0.1212	0.1172	0.1287
chr2R	19732411	19732597	chr2R:19732412-19732597	FBgn0034913,FBgn0034914	CG5554,usnp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1426	0.1	0.1887	0.1398	0.0498	0.1408	0.0904	0.1472	0.0498	0.2518	0.2045	0.2518	0.1898	0.1639	0.1547	0.1639	0.1694
chr2R	19732644	19732812	chr2R:19732645-19732812	FBgn0034913,FBgn0034914	CG5554,usnp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0823	0.053	0.1192	0.0748	0.0212	0.0738	0.0428	0.0933	0.0212	0.1594	0.1299	0.1594	0.103	0.0942	0.0729	0.0942	0.086
chr2R	19737748	19737933	chr2R:19737749-19737933	FBgn0034915	eIF6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1399	0.1218	0.1773	0.1192	0.0806	0.1539	0.1354	0.1626	0.0806	0.2313	0.1878	0.2313	0.1774	0.1133	0.1386	0.1133	0.1595
chr2R	19737962	19738113	chr2R:19737963-19738113	FBgn0034915	eIF6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0909	0.0776	0.1142	0.0801	0.0456	0.0942	0.093	0.0979	0.0456	0.1443	0.1241	0.1443	0.1123	0.0758	0.0974	0.0758	0.1068
chr2R	19738485	19738712	chr2R:19738486-19738712	FBgn0021895,FBgn0024234	gbb,ytr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1909	0.198	0.2194	0.1518	0.1527	0.2335	0.2141	0.2712	0.1527	0.2941	0.2395	0.2941	0.1975	0.1845	0.1612	0.1845	0.2001
chr2R	19738959	19739144	chr2R:19738960-19739144	FBgn0021895,FBgn0024234	gbb,ytr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1583	0.168	0.1744	0.1298	0.1569	0.1947	0.1851	0.2179	0.1569	0.2397	0.1891	0.2397	0.182	0.1822	0.1567	0.1822	0.1912
chr2R	19744341	19744569	chr2R:19744342-19744569	FBgn0034918	wibg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1174	0.0923	0.1477	0.1121	0.052	0.1058	0.0952	0.1472	0.052	0.1504	0.1704	0.1504	0.1875	0.1363	0.1103	0.1363	0.1417
chr2R	19744706	19744857	chr2R:19744707-19744857	FBgn0034918	wibg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0475	0.0399	0.0588	0.0436	0.0212	0.0388	0.0493	0.0633	0.0212	0.0574	0.0672	0.0574	0.0736	0.0521	0.0484	0.0521	0.0469
chr2R	19746267	19746438	chr2R:19746268-19746438	FBgn0004581	bgcn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0923	0.0692	0.0933	0.117	0.0467	0.0762	0.0839	0.0919	0.0467	0.0924	0.1023	0.0924	0.1208	0.1317	0.1277	0.1317	0.148
chr2R	19749615	19749820	chr2R:19749616-19749820	FBgn0025790	TBPH	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1462	0.1448	0.1751	0.1161	0.1018	0.1767	0.1713	0.1825	0.1018	0.2385	0.1862	0.2385	0.1627	0.1501	0.1225	0.1501	0.1397
chr2R	19749993	19750195	chr2R:19749994-19750195	FBgn0025790	TBPH	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2106	0.2049	0.2473	0.1766	0.1379	0.2432	0.2426	0.2612	0.1379	0.3152	0.2588	0.3152	0.2432	0.1991	0.1915	0.1991	0.1923
chr2R	19750255	19750487	chr2R:19750256-19750487	FBgn0025790	TBPH	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1411	0.1267	0.1756	0.1193	0.07	0.1519	0.1527	0.1619	0.07	0.2083	0.1904	0.2083	0.1689	0.1355	0.1193	0.1355	0.1407
chr2R	19752183	19752334	chr2R:19752184-19752334	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0625	0.0466	0.0753	0.0663	0.0159	0.0684	0.0549	0.0513	0.0159	0.0773	0.0772	0.0773	0.1038	0.0658	0.0709	0.0658	0.0912
chr2R	19752405	19752571	chr2R:19752406-19752571	FBgn0025335,FBgn0034919	CG4585,CG5569	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1318	0.0975	0.1626	0.1363	0.053	0.1277	0.1099	0.1259	0.053	0.2041	0.1704	0.2041	0.1905	0.1302	0.1567	0.1302	0.1839
chr2R	19752830	19752992	chr2R:19752831-19752992	FBgn0025335,FBgn0034919	CG4585,CG5569	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1691	0.1358	0.2024	0.1696	0.0795	0.1738	0.1466	0.1872	0.0795	0.2603	0.2219	0.2603	0.1991	0.1708	0.187	0.1708	0.211
chr2R	19753106	19753271	chr2R:19753107-19753271	FBgn0025335,FBgn0034919	CG4585,CG5569	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.05	0.0815	0.0695	0.0318	0.0602	0.058	0.0706	0.0318	0.0821	0.0945	0.0821	0.0899	0.085	0.0716	0.085	0.0974
chr2R	19756417	19756606	chr2R:19756418-19756606	FBgn0025352	Thiolase	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0313	0.0505	0.0185	0.0238	0.0371	0.0345	0.0865	0.0606	0.0371	0.0217	0.0228	0.0217	0.0194	0.0207	0.0264	0.0207	0.0375
chr2R	19756767	19756918	chr2R:19756768-19756918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0192	0.0323	0.0119	0.0125	0.0233	0.0214	0.0562	0.0386	0.0233	0.0169	0.0135	0.0169	0.0124	0.0145	0.0161	0.0145	0.0177
chr2R	19757712	19757916	chr2R:19757713-19757916	FBgn0011236	ken	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0947	0.0578	0.0817	0.1503	0.0424	0.0549	0.0727	0.0813	0.0424	0.0664	0.0913	0.0664	0.1541	0.1371	0.2102	0.1371	0.2632
chr2R	19758696	19758867	chr2R:19758697-19758867	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0349	0.0155	0.0247	0.0678	0.0085	0.017	0.0221	0.0187	0.0085	0.0175	0.0318	0.0175	0.0403	0.0253	0.1586	0.0253	0.0902
chr2R	19759423	19759605	chr2R:19759424-19759605	distal	distal	stage14	stage14	ken	ken	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0422	0.0172	0.031	0.0824	0.0053	0.0311	0.0173	0.0167	0.0053	0.0248	0.0421	0.0248	0.0418	0.0704	0.1728	0.0704	0.0954
chr2R	19759684	19759903	chr2R:19759685-19759903	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	ken	ken	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0616	0.0309	0.0429	0.1166	0.0095	0.0621	0.026	0.0273	0.0095	0.0338	0.0441	0.0338	0.0829	0.1256	0.1438	0.1256	0.1918
chr2R	19759985	19760199	chr2R:19759986-19760199	distal	distal	stage14	stage14	ken	ken	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0456	0.0307	0.0305	0.0788	0.0095	0.0432	0.0368	0.0353	0.0095	0.0229	0.0338	0.0229	0.0558	0.0743	0.1083	0.0743	0.1303
chr2R	19760842	19761016	chr2R:19760843-19761016	distal	distal	stage14	stage14	ken	ken	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.046	0.0121	0.0293	0.1024	0.0021	0.0146	0.0195	0.012	0.0021	0.0109	0.035	0.0109	0.0674	0.0421	0.1412	0.0421	0.2038
chr2R	19761330	19761547	chr2R:19761331-19761547	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0476	0.0252	0.0299	0.0919	0.0053	0.0296	0.0368	0.0313	0.0053	0.0199	0.0305	0.0199	0.0627	0.0482	0.1257	0.0482	0.1756
chr2R	19761613	19761764	chr2R:19761614-19761764	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.036	0.0272	0.032	0.0501	0.0117	0.0306	0.0368	0.0326	0.0117	0.0344	0.0338	0.0344	0.0511	0.0306	0.0664	0.0306	0.0995
chr2R	19765141	19765339	chr2R:19765142-19765339	FBgn0020372	TM4SF	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0675	0.053	0.0716	0.0792	0.0329	0.0684	0.0623	0.0633	0.0329	0.0791	0.073	0.0791	0.0976	0.0842	0.0774	0.0842	0.1068
chr2R	19766244	19766395	chr2R:19766245-19766395	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0366	0.04	0.0401	0.0288	0.018	0.0495	0.0493	0.0546	0.018	0.0453	0.0473	0.0453	0.0418	0.0176	0.0322	0.0176	0.0443
chr2R	19766414	19766622	chr2R:19766415-19766622	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0653	0.0624	0.0742	0.0586	0.0223	0.0796	0.0735	0.0886	0.0223	0.0815	0.0855	0.0815	0.0782	0.0582	0.0613	0.0582	0.0745
chr2R	19766696	19766899	chr2R:19766697-19766899	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0709	0.0697	0.0863	0.0554	0.0329	0.083	0.0792	0.1059	0.0329	0.0948	0.101	0.0948	0.0875	0.0536	0.0535	0.0536	0.0646
chr2R	19766935	19767086	chr2R:19766936-19767086	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0344	0.0424	0.0187	0.0148	0.0335	0.0484	0.0466	0.0148	0.0519	0.0511	0.0519	0.0318	0.0161	0.0168	0.0161	0.0234
chr2R	19769586	19769790	chr2R:19769587-19769790	FBgn0025336	CG4882	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.059	0.0561	0.0717	0.0485	0.0371	0.0602	0.0722	0.0726	0.0371	0.0996	0.072	0.0996	0.0713	0.0475	0.0503	0.0475	0.0578
chr2R	19769865	19770038	chr2R:19769866-19770038	FBgn0025336	CG4882	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1147	0.1043	0.1365	0.1024	0.0785	0.1252	0.1176	0.1412	0.0785	0.1775	0.1424	0.1775	0.117	0.098	0.0948	0.098	0.1172
chr2R	19770229	19770665	chr2R:19770230-19770665	FBgn0025336	CG4882	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0899	0.0774	0.1104	0.0813	0.0414	0.0908	0.0926	0.1039	0.0414	0.1129	0.0958	0.1129	0.0651	0.0391	0.0464	0.0391	0.0631
chr2R	19771987	19772160	chr2R:19771988-19772160	FBgn0025334	PHDP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0489	0.0252	0.0817	0.0395	0.0095	0.0345	0.0298	0.032	0.0095	0.1618	0.0836	0.1618	0.0294	0.023	0.0181	0.023	0.0188
chr2R	19772300	19772454	chr2R:19772301-19772454	FBgn0025334	PHDP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0376	0.0236	0.0569	0.0322	0.0085	0.0388	0.0247	0.026	0.0085	0.1153	0.0543	0.1153	0.0256	0.0168	0.0135	0.0168	0.0229
chr2R	19772521	19772701	chr2R:19772522-19772701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0356	0.0278	0.0518	0.0266	0.0095	0.0408	0.0316	0.0353	0.0095	0.0972	0.0453	0.0972	0.0341	0.0168	0.0123	0.0168	0.0177
chr2R	19774054	19774205	chr2R:19774055-19774205	FBgn0034920	CG5597	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.027	0.0236	0.0414	0.0152	0.0117	0.0257	0.0324	0.03	0.0117	0.0477	0.0463	0.0477	0.0263	0.0199	0.0213	0.0199	0.0094
chr2R	19777697	19777884	chr2R:19777698-19777884	FBgn0034921,FBgn0262619	DNA-ligI,Dcp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1274	0.1276	0.1506	0.1017	0.07	0.1481	0.1337	0.2045	0.07	0.1769	0.1662	0.1769	0.1487	0.1187	0.0922	0.1187	0.1225
chr2R	19777950	19778178	chr2R:19777951-19778178	FBgn0034921,FBgn0262619	DNA-ligI,Dcp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0906	0.0847	0.1126	0.073	0.0477	0.1053	0.0856	0.1319	0.0477	0.1256	0.128	0.1256	0.1092	0.0835	0.0722	0.0835	0.099
chr2R	19778251	19778409	chr2R:19778252-19778409	FBgn0034921,FBgn0262619	DNA-ligI,Dcp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0366	0.038	0.0439	0.0269	0.0148	0.0417	0.0415	0.0626	0.0148	0.0483	0.0531	0.0483	0.0434	0.0322	0.0309	0.0322	0.0318
chr2R	19782288	19782689	chr2R:19782289-19782689	FBgn0034923,FBgn0034924	CG17658,Upf3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0776	0.1315	0.0907	0.0371	0.0985	0.0839	0.1126	0.0371	0.1528	0.1469	0.1528	0.1441	0.1095	0.0858	0.1095	0.1193
chr2R	19784172	19784323	chr2R:19784173-19784323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0359	0.0261	0.0143	0.0201	0.0282	0.0584	0.0453	0.0201	0.0278	0.0289	0.0278	0.031	0.0161	0.0135	0.0161	0.0193
chr2R	19785293	19785561	chr2R:19785294-19785561	FBgn0034925	CG5339	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0571	0.0695	0.0423	0.0424	0.0597	0.0718	0.0733	0.0424	0.0791	0.0788	0.0791	0.0806	0.0429	0.0374	0.0429	0.0594
chr2R	19785705	19785887	chr2R:19785706-19785887	FBgn0034925,FBgn0263667	CG5339,Lpt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1512	0.1332	0.1789	0.1408	0.0976	0.1583	0.1579	0.1659	0.0976	0.224	0.1974	0.224	0.172	0.147	0.1406	0.147	0.1735
chr2R	19786004	19786167	chr2R:19786005-19786167	FBgn0034925,FBgn0263667	CG5339,Lpt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1327	0.1128	0.1599	0.1251	0.0785	0.1388	0.1328	0.1406	0.0785	0.2017	0.1756	0.2017	0.1572	0.121	0.136	0.121	0.1501
chr2R	19786171	19786439	chr2R:19786172-19786439	FBgn0034925,FBgn0263667	CG5339,Lpt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0577	0.077	0.0518	0.0308	0.0587	0.0804	0.068	0.0308	0.0954	0.0785	0.0954	0.0906	0.0482	0.058	0.0482	0.0636
chr2R	19791228	19791379	chr2R:19791229-19791379	FBgn0034928	CG13562	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0284	0.0237	0.0358	0.0255	0.0106	0.032	0.0277	0.0293	0.0106	0.0338	0.0424	0.0338	0.0457	0.0222	0.0529	0.0222	0.0245
chr2R	19791499	19791650	chr2R:19791500-19791650	FBgn0034928	CG13562	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0258	0.0238	0.0311	0.0223	0.0117	0.0296	0.0268	0.0346	0.0117	0.029	0.0405	0.029	0.0387	0.0199	0.038	0.0199	0.0297
chr2R	19792165	19792316	chr2R:19792166-19792316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.034	0.032	0.0461	0.023	0.0095	0.0413	0.0372	0.0446	0.0095	0.0562	0.0498	0.0562	0.0604	0.0299	0.0155	0.0299	0.0354
chr2R	19792318	19792469	chr2R:19792319-19792469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0341	0.0356	0.0447	0.0207	0.0127	0.0573	0.0324	0.0473	0.0127	0.0634	0.0463	0.0634	0.0503	0.0314	0.0142	0.0314	0.0307
chr2R	19794453	19794650	chr2R:19794454-19794650	FBgn0015268	Nap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0895	0.0791	0.1071	0.0817	0.0392	0.0995	0.0904	0.1073	0.0392	0.1455	0.1103	0.1455	0.1139	0.0789	0.0845	0.0789	0.0954
chr2R	19794725	19794911	chr2R:19794726-19794911	FBgn0015268	Nap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1254	0.0991	0.1551	0.1223	0.0382	0.1325	0.1025	0.1466	0.0382	0.2204	0.1611	0.2204	0.151	0.1286	0.1173	0.1286	0.1506
chr2R	19795085	19795274	chr2R:19795086-19795274	FBgn0015268,FBgn0261794	Nap1,kcc	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0491	0.0802	0.0583	0.0159	0.0592	0.0571	0.074	0.0159	0.1027	0.091	0.1027	0.0744	0.0681	0.0561	0.0681	0.0651
chr2R	19795291	19795442	chr2R:19795292-19795442	FBgn0015268,FBgn0261794	Nap1,kcc	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0482	0.0411	0.0604	0.0428	0.0117	0.0529	0.0506	0.0566	0.0117	0.0719	0.0675	0.0719	0.0627	0.0574	0.0329	0.0574	0.0505
chr2R	19795568	19795779	chr2R:19795569-19795779	FBgn0261794	kcc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0613	0.0487	0.0654	0.0709	0.0191	0.0612	0.0688	0.0506	0.0191	0.0803	0.0646	0.0803	0.0844	0.1271	0.0393	0.1271	0.0938
chr2R	19795805	19796194	chr2R:19795806-19796194	FBgn0261794	kcc	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0739	0.0417	0.0858	0.0969	0.0117	0.0626	0.0523	0.0426	0.0117	0.1147	0.0717	0.1147	0.1286	0.1631	0.0535	0.1631	0.1407
chr2R	19796203	19796455	chr2R:19796204-19796455	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0555	0.0346	0.0693	0.0636	0.0053	0.0563	0.0324	0.048	0.0053	0.0761	0.0614	0.0761	0.1193	0.1049	0.0303	0.1049	0.1016
chr2R	19796622	19796773	chr2R:19796623-19796773	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0178	0.0313	0.0361	0.0032	0.0238	0.0247	0.0213	0.0032	0.0284	0.0267	0.0284	0.0728	0.0352	0.0148	0.0352	0.0761
chr2R	19797772	19797923	chr2R:19797773-19797923	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0121	0.0194	0.0422	0.0021	0.017	0.0195	0.0093	0.0021	0.0205	0.0177	0.0205	0.0201	0.026	0.0116	0.026	0.0162
chr2R	19799467	19799705	chr2R:19799468-19799705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0373	0.0341	0.0423	0.0352	0.0095	0.0534	0.0446	0.03	0.0095	0.0537	0.0402	0.0537	0.0449	0.036	0.0322	0.036	0.0657
chr2R	19799797	19799948	chr2R:19799798-19799948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0211	0.0197	0.0286	0.0145	0.0074	0.0306	0.0216	0.0227	0.0074	0.0296	0.0251	0.0296	0.0287	0.01	0.009	0.01	0.0229
chr2R	19800241	19800392	chr2R:19800242-19800392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0176	0.0187	0.0247	0.0086	0.0085	0.0272	0.0221	0.0213	0.0085	0.0278	0.0296	0.0278	0.0256	0.0092	0.0071	0.0092	0.0125
chr2R	19800714	19800865	chr2R:19800715-19800865	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.021	0.027	0.0264	0.0084	0.0106	0.0495	0.0277	0.0227	0.0106	0.0308	0.0302	0.0308	0.0225	0.0145	0.0045	0.0145	0.0083
chr2R	19810805	19810956	chr2R:19810806-19810956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0201	0.0313	0.0143	0.0085	0.0189	0.0329	0.022	0.0085	0.035	0.0395	0.035	0.0294	0.0199	0.0155	0.0199	0.0172
chr2R	19811603	19811754	chr2R:19811604-19811754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0269	0.0382	0.0138	0.0053	0.0325	0.0346	0.04	0.0053	0.0405	0.0527	0.0405	0.0325	0.0115	0.0168	0.0115	0.0203
chr2R	19811952	19812523	chr2R:19811953-19812523	FBgn0034931	CG2812	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1049	0.1244	0.136	0.0489	0.0689	0.1252	0.144	0.2019	0.0689	0.1045	0.2096	0.1045	0.1046	0.0421	0.0948	0.0421	0.0396
chr2R	19812552	19812827	chr2R:19812553-19812827	FBgn0034931	CG2812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1028	0.077	0.1706	0.0572	0.0456	0.0893	0.0644	0.1452	0.0456	0.1093	0.2682	0.1093	0.1758	0.0406	0.136	0.0406	0.0464
chr2R	19812937	19813187	chr2R:19812938-19813187	FBgn0034931	CG2812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0535	0.0345	0.0865	0.0383	0.017	0.0456	0.0324	0.056	0.017	0.0694	0.127	0.0694	0.0999	0.0429	0.0587	0.0429	0.0406
chr2R	19813316	19813479	chr2R:19813317-19813479	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0231	0.0137	0.0355	0.0201	0.0042	0.015	0.0173	0.0207	0.0042	0.0362	0.0476	0.0362	0.0372	0.0337	0.02	0.0337	0.0261
chr2R	19820516	19820871	chr2R:19820517-19820871	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0902	0.0796	0.1141	0.0759	0.0361	0.1015	0.09	0.1093	0.0361	0.1268	0.1277	0.1268	0.1387	0.0582	0.0864	0.0582	0.1094
chr2R	19820946	19821144	chr2R:19820947-19821144	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1327	0.1068	0.1678	0.1232	0.0562	0.135	0.1189	0.1499	0.0562	0.1836	0.1836	0.1836	0.1944	0.0559	0.1425	0.0559	0.1866
chr2R	19821202	19821381	chr2R:19821203-19821381	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1318	0.1195	0.1641	0.1102	0.0838	0.1461	0.1349	0.1599	0.0838	0.1612	0.1955	0.1612	0.1844	0.0375	0.1418	0.0375	0.1569
chr2R	19821532	19821685	chr2R:19821533-19821685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0349	0.0577	0.0368	0.0255	0.0393	0.0415	0.0433	0.0255	0.0797	0.0572	0.0797	0.0635	0.0345	0.0426	0.0345	0.0479
chr2R	19821940	19822106	chr2R:19821941-19822106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0373	0.0319	0.0445	0.0355	0.0127	0.051	0.0411	0.0213	0.0127	0.0972	0.0299	0.0972	0.048	0.1003	0.0258	0.1003	0.0266
chr2R	19823505	19823656	chr2R:19823506-19823656	FBgn0263006	Ca-P60A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0403	0.0236	0.0377	0.0618	0.0085	0.0316	0.0307	0.024	0.0085	0.064	0.0312	0.064	0.0519	0.2381	0.0271	0.2381	0.0219
chr2R	19824069	19824220	chr2R:19824070-19824220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0283	0.0241	0.0288	0.0326	0.0117	0.0354	0.0303	0.0227	0.0117	0.0525	0.0225	0.0525	0.0356	0.121	0.0181	0.121	0.0162
chr2R	19827154	19827364	chr2R:19827155-19827364	FBgn0034933	CG3735	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1202	0.0978	0.1623	0.099	0.0689	0.134	0.1012	0.1166	0.0689	0.2114	0.1836	0.2114	0.1588	0.1202	0.098	0.1202	0.136
chr2R	19827431	19827582	chr2R:19827432-19827582	FBgn0023477,FBgn0034933	CG3735,Tal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0562	0.052	0.0735	0.0421	0.0308	0.0646	0.0653	0.0573	0.0308	0.09	0.0807	0.09	0.0821	0.049	0.0438	0.049	0.0526
chr2R	19827804	19827984	chr2R:19827805-19827984	FBgn0023477	Tal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1348	0.0712	0.1893	0.1461	0.0191	0.1233	0.058	0.0926	0.0191	0.2464	0.2193	0.2464	0.2161	0.1531	0.1786	0.1531	0.2236
chr2R	19828095	19828246	chr2R:19828096-19828246	FBgn0023477	Tal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0694	0.0472	0.0911	0.0705	0.0148	0.0602	0.0606	0.0566	0.0148	0.1014	0.1116	0.1014	0.1123	0.0789	0.0954	0.0789	0.1042
chr2R	19828252	19828403	chr2R:19828253-19828403	FBgn0023477	Tal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0549	0.0388	0.0689	0.0577	0.0148	0.0485	0.0523	0.042	0.0148	0.0767	0.0772	0.0767	0.0999	0.0528	0.0658	0.0528	0.1037
chr2R	19829810	19830141	chr2R:19829811-19830141	FBgn0001123	G-salpha60A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1834	0.1791	0.2127	0.1561	0.1326	0.2019	0.2132	0.2358	0.1326	0.2476	0.2392	0.2476	0.2107	0.1692	0.167	0.1692	0.1777
chr2R	19830228	19830678	chr2R:19830229-19830678	FBgn0001123	G-salpha60A	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1312	0.1505	0.1428	0.0968	0.1092	0.1612	0.1886	0.1972	0.1092	0.1733	0.154	0.1733	0.1541	0.1225	0.1006	0.1225	0.1021
chr2R	19830728	19830946	chr2R:19830729-19830946	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0925	0.1244	0.0862	0.0638	0.1018	0.1262	0.1574	0.1559	0.1018	0.1214	0.0788	0.1214	0.11	0.111	0.0696	0.111	0.0568
chr2R	19831047	19831348	chr2R:19831048-19831348	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0719	0.0905	0.0668	0.0568	0.0764	0.0854	0.1259	0.1113	0.0764	0.0821	0.0662	0.0821	0.0914	0.0796	0.0542	0.0796	0.0485
chr2R	19836099	19836670	chr2R:19836100-19836670	FBgn0034935,FBgn0034936	CG13565,CG2970	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1018	0.1083	0.1142	0.081	0.07	0.1291	0.1427	0.1226	0.07	0.151	0.108	0.151	0.1185	0.1026	0.0716	0.1026	0.0844
chr2R	19836780	19836965	chr2R:19836781-19836965	FBgn0034935,FBgn0034936	CG13565,CG2970	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1115	0.1077	0.1324	0.093	0.0732	0.1383	0.1189	0.1392	0.0732	0.1981	0.1309	0.1981	0.1348	0.1217	0.0864	0.1217	0.111
chr2R	19837044	19837206	chr2R:19837045-19837206	FBgn0034936	CG2970	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.056	0.0464	0.0711	0.0503	0.0286	0.0529	0.0575	0.062	0.0286	0.1045	0.0688	0.1045	0.0751	0.0704	0.0426	0.0704	0.0615
chr2R	19841485	19841665	chr2R:19841486-19841665	FBgn0034938,FBgn0034939	CG3803,thoc5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.0899	0.1164	0.0834	0.0562	0.1097	0.1064	0.1179	0.0562	0.1437	0.1289	0.1437	0.1216	0.0796	0.0851	0.0796	0.1094
chr2R	19841731	19841978	chr2R:19841732-19841978	FBgn0034938,FBgn0034939	CG3803,thoc5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0467	0.0628	0.0404	0.0339	0.0534	0.0562	0.0613	0.0339	0.0658	0.0711	0.0658	0.0682	0.0398	0.0406	0.0398	0.0511
chr2R	19844859	19845028	chr2R:19844860-19845028	FBgn0029105,FBgn0034940	CG16787,alpha-catenin-related	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1344	0.1213	0.156	0.1255	0.0753	0.1495	0.1285	0.1732	0.0753	0.1987	0.1695	0.1987	0.1456	0.1179	0.1244	0.1179	0.1423
chr2R	19845190	19845514	chr2R:19845191-19845514	FBgn0029105,FBgn0034940	CG16787,alpha-catenin-related	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0742	0.0594	0.078	0.0866	0.0329	0.0777	0.0727	0.072	0.0329	0.0809	0.0859	0.0809	0.0837	0.0551	0.0638	0.0551	0.0646
chr2R	19848472	19848623	chr2R:19848473-19848623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0387	0.0366	0.047	0.032	0.0095	0.0413	0.0497	0.0493	0.0095	0.0489	0.0601	0.0489	0.0442	0.0291	0.0509	0.0291	0.0323
chr2R	19852207	19852387	chr2R:19852208-19852387	FBgn0020764	Alas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0794	0.0538	0.0934	0.0926	0.0223	0.0709	0.0593	0.0753	0.0223	0.0972	0.1048	0.0972	0.1247	0.1194	0.0922	0.1194	0.1141
chr2R	19854963	19855114	chr2R:19854964-19855114	FBgn0003008,FBgn0085242	CG34213,or	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.04	0.0294	0.0467	0.0444	0.0106	0.0417	0.0346	0.0333	0.0106	0.0459	0.0572	0.0459	0.0573	0.0521	0.0471	0.0521	0.0662
chr2R	19855354	19855565	chr2R:19855355-19855565	FBgn0003008,FBgn0085242	CG34213,or	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.0794	0.1128	0.0992	0.0477	0.1073	0.0826	0.1093	0.0477	0.1232	0.1344	0.1232	0.1201	0.1087	0.1096	0.1087	0.1256
chr2R	19855566	19855844	chr2R:19855567-19855844	FBgn0003008,FBgn0085242	CG34213,or	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0658	0.0617	0.0782	0.057	0.0371	0.0743	0.0709	0.0873	0.0371	0.0821	0.0968	0.0821	0.0751	0.0651	0.0522	0.0651	0.0803
chr2R	19857505	19857671	chr2R:19857506-19857671	FBgn0034945,FBgn0034946	CG10904,CG3065	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1287	0.1092	0.1569	0.1196	0.0657	0.1403	0.1146	0.1552	0.0657	0.2083	0.1733	0.2083	0.1363	0.1041	0.1238	0.1041	0.1522
chr2R	19857766	19857968	chr2R:19857767-19857968	FBgn0034945,FBgn0034946	CG10904,CG3065	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1409	0.1224	0.1701	0.1295	0.07	0.1631	0.1272	0.1652	0.07	0.2132	0.1945	0.2132	0.1479	0.1217	0.1289	0.1217	0.1673
chr2R	19857985	19858249	chr2R:19857986-19858249	FBgn0034945,FBgn0034946	CG10904,CG3065	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0946	0.0739	0.1195	0.0904	0.0403	0.0942	0.0804	0.0999	0.0403	0.1268	0.1405	0.1268	0.1131	0.0697	0.098	0.0697	0.1204
chr2R	19858265	19858416	chr2R:19858266-19858416	FBgn0034946	CG3065	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0383	0.0298	0.0491	0.0359	0.0127	0.0393	0.0316	0.042	0.0127	0.0441	0.055	0.0441	0.0473	0.0253	0.0387	0.0253	0.0485
chr2R	19859848	19860041	chr2R:19859849-19860041	FBgn0002791	mr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0979	0.0983	0.1093	0.0851	0.0615	0.1136	0.1159	0.1326	0.0615	0.1238	0.1186	0.1238	0.117	0.1087	0.0903	0.1087	0.098
chr2R	19864371	19864522	chr2R:19864372-19864522	FBgn0034948	Gadd34	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0512	0.0717	0.0496	0.0276	0.0655	0.0545	0.074	0.0276	0.0791	0.0711	0.0791	0.0829	0.0567	0.0387	0.0567	0.0615
chr2R	19864694	19864872	chr2R:19864695-19864872	FBgn0034948	Gadd34	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1111	0.1008	0.1326	0.099	0.0774	0.1136	0.1116	0.1459	0.0774	0.1655	0.145	0.1655	0.1332	0.111	0.0928	0.111	0.1209
chr2R	19865383	19865597	chr2R:19865384-19865597	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1325	0.1324	0.1511	0.1121	0.1145	0.1505	0.1354	0.1992	0.1145	0.2307	0.1656	0.2307	0.1425	0.1309	0.1186	0.1309	0.1527
chr2R	19865822	19866010	chr2R:19865823-19866010	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2387	0.2095	0.2891	0.2161	0.1729	0.251	0.2167	0.2938	0.1729	0.3665	0.3222	0.3665	0.2866	0.2243	0.2315	0.2243	0.2699
chr2R	19866177	19866405	chr2R:19866178-19866405	FBgn0005612	Sox14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2694	0.2433	0.3213	0.2415	0.2036	0.3063	0.2297	0.3544	0.2036	0.4136	0.3672	0.4136	0.3354	0.2749	0.2779	0.2749	0.3267
chr2R	19866595	19866826	chr2R:19866596-19866826	FBgn0005612	Sox14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.127	0.113	0.1547	0.1122	0.0859	0.1558	0.1003	0.1686	0.0859	0.1975	0.1807	0.1975	0.1766	0.1263	0.1186	0.1263	0.1793
chr2R	19866984	19867178	chr2R:19866985-19867178	FBgn0005612	Sox14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1235	0.1125	0.1486	0.1082	0.0721	0.1568	0.1051	0.1606	0.0721	0.1588	0.173	0.1588	0.1975	0.1041	0.1335	0.1041	0.1897
chr2R	19867328	19867602	chr2R:19867329-19867602	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0914	0.0887	0.1028	0.082	0.0424	0.1155	0.0809	0.1446	0.0424	0.0773	0.1222	0.0773	0.1805	0.0643	0.0935	0.0643	0.1553
chr2R	19868474	19868625	chr2R:19868475-19868625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0441	0.0383	0.0523	0.0415	0.018	0.0602	0.0415	0.0426	0.018	0.0393	0.0444	0.0393	0.1177	0.0283	0.0284	0.0283	0.0938
chr2R	19869667	19869834	chr2R:19869668-19869834	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0696	0.0425	0.0792	0.0894	0.0159	0.0631	0.0484	0.0506	0.0159	0.0767	0.0952	0.0767	0.1139	0.1409	0.1154	0.1409	0.0917
chr2R	19874959	19875110	chr2R:19874960-19875110	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0253	0.039	0.0214	0.0141	0.0159	0.0689	0.0359	0.044	0.0159	0.0266	0.027	0.0266	0.0178	0.0138	0.0135	0.0138	0.0162
chr2R	19875306	19875628	chr2R:19875307-19875628	FBgn0019948	Phm	stage11,stage14,stage5	none	Phm_mesoderm	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.102	0.1458	0.0874	0.0691	0.1177	0.1641	0.173	0.1879	0.1177	0.1111	0.0952	0.1111	0.0775	0.0559	0.0516	0.0559	0.075
chr2R	19875639	19875790	chr2R:19875640-19875790	FBgn0019948,FBgn0034950	Pask,Phm	stage11,stage14,stage5	none	Phm_mesoderm	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0796	0.076	0.0982	0.0631	0.0445	0.1039	0.0744	0.1086	0.0445	0.1165	0.1048	0.1165	0.1115	0.0666	0.0606	0.0666	0.0907
chr2R	19875911	19876091	chr2R:19875912-19876091	FBgn0019948,FBgn0034950	Pask,Phm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1524	0.1403	0.1821	0.1334	0.0838	0.1772	0.138	0.2245	0.0838	0.2234	0.201	0.2234	0.2006	0.1325	0.1322	0.1325	0.1657
chr2R	19876183	19876497	chr2R:19876184-19876497	FBgn0019948,FBgn0034950	Pask,Phm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0746	0.0654	0.0862	0.0721	0.0318	0.0816	0.0709	0.1013	0.0318	0.0984	0.0907	0.0984	0.1077	0.0613	0.0645	0.0613	0.0766
chr2R	19882198	19882425	chr2R:19882199-19882425	FBgn0034951	CG3860	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0208	0.0147	0.0162	0.0326	0.0085	0.0165	0.0195	0.0173	0.0085	0.0109	0.0174	0.0109	0.0279	0.0237	0.02	0.0237	0.0406
chr2R	19882533	19882716	chr2R:19882534-19882716	FBgn0034951	CG3860	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0284	0.0137	0.0176	0.0565	0.0011	0.017	0.0208	0.0147	0.0011	0.0121	0.0138	0.0121	0.0442	0.0452	0.0426	0.0452	0.0787
chr2R	19904193	19904344	chr2R:19904194-19904344	FBgn0034956	CG4324	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0173	0.0157	0.023	0.0128	0.0053	0.0194	0.0199	0.0213	0.0053	0.0151	0.0367	0.0151	0.0194	0.0092	0.0297	0.0092	0.0115
chr2R	19904668	19904854	chr2R:19904669-19904854	FBgn0034956,FBgn0034957	CG3121,CG4324	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0433	0.0401	0.0549	0.0341	0.018	0.0485	0.0484	0.0546	0.018	0.0229	0.0939	0.0229	0.0604	0.0153	0.0896	0.0153	0.0349
chr2R	19909169	19909428	chr2R:19909170-19909428	FBgn0034958,FBgn0034959	CG11388,CG3907	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0672	0.0624	0.0777	0.061	0.0276	0.0709	0.083	0.0833	0.0276	0.1051	0.0823	0.1051	0.0837	0.0796	0.0548	0.0796	0.0714
chr2R	19909457	19909736	chr2R:19909458-19909736	FBgn0034958,FBgn0034959	CG11388,CG3907	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0977	0.0786	0.1103	0.1053	0.0297	0.1068	0.0878	0.1059	0.0297	0.1624	0.1125	0.1624	0.1278	0.1409	0.0922	0.1409	0.1209
chr2R	19909761	19909972	chr2R:19909762-19909972	FBgn0034958,FBgn0034959	CG11388,CG3907	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.097	0.0669	0.1192	0.1064	0.0233	0.0995	0.0631	0.0939	0.0233	0.1691	0.1302	0.1691	0.1394	0.1386	0.1038	0.1386	0.1251
chr2R	19911350	19911501	chr2R:19911351-19911501	FBgn0022708	Adk2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0557	0.0599	0.0305	0.0297	0.068	0.0757	0.058	0.0297	0.0803	0.0669	0.0803	0.0596	0.0368	0.0297	0.0368	0.0375
chr2R	19911640	19911835	chr2R:19911641-19911835	FBgn0022708	Adk2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1609	0.1562	0.1933	0.1306	0.1092	0.1888	0.1652	0.2278	0.1092	0.2452	0.2087	0.2452	0.213	0.1508	0.1335	0.1508	0.1725
chr2R	19911864	19912015	chr2R:19911865-19912015	FBgn0022708	Adk2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1005	0.0866	0.1292	0.0845	0.0509	0.1136	0.096	0.1173	0.0509	0.18	0.1334	0.18	0.1379	0.1072	0.0819	0.1072	0.1042
chr2R	19912044	19912259	chr2R:19912045-19912259	FBgn0022708	Adk2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0909	0.0917	0.1094	0.0696	0.0721	0.1058	0.1159	0.1033	0.0721	0.1232	0.1196	0.1232	0.1309	0.072	0.0729	0.072	0.0891
chr2R	19915990	19916183	chr2R:19915991-19916183	FBgn0061198	HSPC300	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.0957	0.1524	0.1146	0.0498	0.1272	0.1064	0.1233	0.0498	0.189	0.1666	0.189	0.1588	0.1248	0.1167	0.1248	0.135
chr2R	19916270	19916447	chr2R:19916271-19916447	FBgn0034961,FBgn0061198	CG3163,HSPC300	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1959	0.1687	0.2353	0.183	0.1209	0.2136	0.1804	0.2219	0.1209	0.2911	0.2556	0.2911	0.2208	0.193	0.1857	0.193	0.2178
chr2R	19916709	19916893	chr2R:19916710-19916893	FBgn0034961,FBgn0061198	CG3163,HSPC300	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1753	0.1467	0.2202	0.1581	0.0933	0.1922	0.1592	0.1945	0.0933	0.2669	0.235	0.2669	0.2277	0.1784	0.1657	0.1784	0.1876
chr2R	19917012	19917163	chr2R:19917013-19917163	FBgn0034961	CG3163	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0619	0.0487	0.0817	0.0547	0.0265	0.0631	0.0567	0.0606	0.0265	0.0936	0.0839	0.0936	0.0968	0.0582	0.0496	0.0582	0.0818
chr2R	19918698	19918849	chr2R:19918699-19918849	FBgn0050172	CG30172	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0422	0.0408	0.0475	0.0382	0.0223	0.0422	0.0528	0.0566	0.0223	0.0598	0.0479	0.0598	0.0457	0.0237	0.0219	0.0237	0.0328
chr2R	19921139	19921325	chr2R:19921140-19921325	FBgn0013764,FBgn0034962	Chi,MAN1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.0869	0.1275	0.0902	0.0467	0.1024	0.1112	0.1093	0.0467	0.1661	0.1354	0.1661	0.1301	0.1057	0.0916	0.1057	0.1162
chr2R	19921384	19921560	chr2R:19921385-19921560	FBgn0013764,FBgn0034962	Chi,MAN1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1687	0.153	0.2105	0.1402	0.0901	0.1937	0.1752	0.2005	0.0901	0.2808	0.2219	0.2808	0.206	0.1455	0.1386	0.1455	0.1756
chr2R	19921665	19921856	chr2R:19921666-19921856	FBgn0013764,FBgn0034962	Chi,MAN1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1594	0.1517	0.1931	0.1309	0.0965	0.1762	0.1812	0.2005	0.0965	0.2367	0.2122	0.2367	0.2053	0.134	0.1135	0.134	0.1787
chr2R	19921997	19922230	chr2R:19921998-19922230	FBgn0034962	MAN1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0744	0.0935	0.059	0.0445	0.0733	0.099	0.1053	0.0445	0.1147	0.0977	0.1147	0.093	0.0743	0.0651	0.0743	0.0813
chr2R	19924747	19924898	chr2R:19924748-19924898	FBgn0034963	CG13567	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0444	0.0557	0.034	0.0339	0.0461	0.0554	0.058	0.0339	0.067	0.063	0.067	0.0519	0.0352	0.0355	0.0352	0.0375
chr2R	19924900	19925051	chr2R:19924901-19925051	FBgn0034963,FBgn0034964	CG13567,IntS1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0541	0.0695	0.0464	0.0318	0.0631	0.064	0.074	0.0318	0.0755	0.0797	0.0755	0.0689	0.0528	0.0368	0.0528	0.0532
chr2R	19925185	19925347	chr2R:19925186-19925347	FBgn0034963,FBgn0034964	CG13567,IntS1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0859	0.0786	0.1058	0.0723	0.0371	0.1019	0.0874	0.1073	0.0371	0.122	0.1161	0.122	0.1046	0.0972	0.0703	0.0972	0.0803
chr2R	19925363	19925543	chr2R:19925364-19925543	FBgn0034963,FBgn0034964	CG13567,IntS1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1355	0.1277	0.1701	0.1064	0.0806	0.1485	0.154	0.1666	0.0806	0.2168	0.1814	0.2168	0.1627	0.1294	0.1161	0.1294	0.1292
chr2R	19931401	19931552	chr2R:19931402-19931552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0386	0.0624	0.0321	0.0192	0.053	0.0583	0.0787	0.0886	0.053	0.0429	0.0283	0.0429	0.0333	0.0299	0.0123	0.0299	0.0198
chr2R	19932869	19933058	chr2R:19932870-19933058	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.151	0.1601	0.1698	0.12	0.1283	0.1786	0.1925	0.2059	0.1283	0.1775	0.1952	0.1775	0.1712	0.0819	0.1502	0.0819	0.1214
chr2R	19933144	19933377	chr2R:19933145-19933377	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1313	0.1305	0.1373	0.1257	0.1198	0.1354	0.1609	0.1659	0.1198	0.1636	0.1312	0.1636	0.1201	0.1355	0.0909	0.1355	0.0969
chr2R	19933403	19933750	chr2R:19933404-19933750	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1999	0.2074	0.2242	0.1647	0.1718	0.2413	0.2496	0.2438	0.1718	0.3231	0.2196	0.3231	0.1983	0.258	0.1315	0.258	0.1532
chr2R	19933892	19934135	chr2R:19933893-19934135	FBgn0011726	tsr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.151	0.1624	0.166	0.1218	0.1336	0.1854	0.1951	0.2039	0.1336	0.2132	0.1656	0.2132	0.1634	0.1455	0.0974	0.1455	0.1381
chr2R	19934173	19934434	chr2R:19934174-19934434	FBgn0011726	tsr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2094	0.2161	0.2383	0.17	0.1813	0.2534	0.247	0.2712	0.1813	0.3007	0.2482	0.3007	0.2324	0.1983	0.1522	0.1983	0.2006
chr2R	19934578	19934729	chr2R:19934579-19934729	FBgn0011726	tsr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0902	0.1037	0.1046	0.0593	0.0604	0.1146	0.1319	0.1326	0.0604	0.1262	0.1129	0.1262	0.096	0.0666	0.0471	0.0666	0.0688
chr2R	19934831	19934991	chr2R:19934832-19934991	FBgn0011726	tsr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.104	0.1109	0.124	0.0744	0.0764	0.1214	0.1406	0.1432	0.0764	0.1649	0.1389	0.1649	0.1038	0.0766	0.0645	0.0766	0.0928
chr2R	19936092	19936273	chr2R:19936093-19936273	FBgn0003353,FBgn0028552	gammaSnap,sei	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0755	0.072	0.0885	0.0652	0.0488	0.0864	0.0869	0.0866	0.0488	0.1002	0.0936	0.1002	0.0891	0.0697	0.0529	0.0697	0.074
chr2R	19936344	19936534	chr2R:19936345-19936534	FBgn0003353,FBgn0028552	gammaSnap,sei	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.113	0.1071	0.1297	0.1012	0.0657	0.1277	0.1233	0.1432	0.0657	0.1588	0.1392	0.1588	0.1146	0.1179	0.0587	0.1179	0.0969
chr2R	19944636	19944806	chr2R:19944637-19944806	FBgn0034965	CG13568	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0859	0.0611	0.082	0.1178	0.0392	0.0752	0.0731	0.0753	0.0392	0.0851	0.0823	0.0851	0.1201	0.124	0.1141	0.124	0.1423
chr2R	19945201	19945435	chr2R:19945202-19945435	FBgn0034967	eIF-5A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2291	0.2043	0.2799	0.2011	0.1569	0.2505	0.2115	0.2851	0.1569	0.3357	0.292	0.3357	0.2866	0.2098	0.1934	0.2098	0.2465
chr2R	19945543	19945845	chr2R:19945544-19945845	FBgn0034967	eIF-5A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.168	0.1735	0.2001	0.1266	0.1294	0.1956	0.1869	0.2618	0.1294	0.2434	0.2019	0.2434	0.1983	0.1309	0.1122	0.1309	0.1438
chr2R	19947125	19947381	chr2R:19947126-19947381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.1132	0.1364	0.0873	0.0774	0.1417	0.1142	0.1699	0.0774	0.1661	0.1476	0.1661	0.1596	0.0926	0.0928	0.0926	0.1073
chr2R	19947387	19947594	chr2R:19947388-19947594	FBgn0034968	RpL12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0995	0.0877	0.1162	0.0941	0.0594	0.1131	0.0856	0.1286	0.0594	0.1401	0.1232	0.1401	0.1286	0.0934	0.1032	0.0934	0.1235
chr2R	19947821	19948001	chr2R:19947822-19948001	FBgn0034968	RpL12	stage11,stage14,stage5	none	GJ2036	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1071	0.1697	0.1206	0.0742	0.1306	0.1202	0.1412	0.0742	0.2101	0.1871	0.2101	0.1603	0.1432	0.1219	0.1432	0.1485
chr2R	19948951	19949164	chr2R:19948952-19949164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0844	0.0723	0.1109	0.0688	0.0467	0.0947	0.083	0.0839	0.0467	0.1522	0.1109	0.1522	0.1263	0.0904	0.0574	0.0904	0.0995
chr2R	19949174	19949325	chr2R:19949175-19949325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0741	0.0563	0.0994	0.0661	0.0244	0.0752	0.0653	0.0726	0.0244	0.1292	0.0955	0.1292	0.134	0.0919	0.0477	0.0919	0.1027
chr2R	19949467	19949622	chr2R:19949468-19949622	FBgn0023170	RpL39	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0746	0.0606	0.0954	0.0673	0.0255	0.0791	0.0744	0.0746	0.0255	0.1347	0.0981	0.1347	0.1046	0.0881	0.0587	0.0881	0.0943
chr2R	19949659	19949866	chr2R:19949660-19949866	FBgn0023170	RpL39	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1203	0.097	0.1536	0.1097	0.0498	0.1243	0.1012	0.1399	0.0498	0.1902	0.1688	0.1902	0.1534	0.1133	0.1083	0.1133	0.1511
chr2R	19949873	19950058	chr2R:19949874-19950058	FBgn0023170	RpL39	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.143	0.1162	0.1798	0.1327	0.0615	0.1568	0.1285	0.1432	0.0615	0.2174	0.2019	0.2174	0.172	0.134	0.1418	0.134	0.1704
chr2R	19950516	19950728	chr2R:19950517-19950728	FBgn0025806	Rap2l	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1293	0.1175	0.1475	0.1227	0.0774	0.1413	0.1397	0.1486	0.0774	0.1673	0.1768	0.1673	0.1363	0.1363	0.136	0.1363	0.1381
chr2R	19950792	19951032	chr2R:19950793-19951032	FBgn0025806	Rap2l	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.1178	0.1562	0.1127	0.0785	0.1413	0.1393	0.1559	0.0785	0.1896	0.1743	0.1896	0.1441	0.1317	0.1173	0.1317	0.1287
chr2R	19951154	19951352	chr2R:19951155-19951352	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1583	0.1599	0.1791	0.1338	0.1315	0.2019	0.1739	0.1912	0.1315	0.2349	0.1823	0.2349	0.1805	0.147	0.1335	0.147	0.1897
chr2R	19955941	19956148	chr2R:19955942-19956148	FBgn0034970,FBgn0034971	CG3209,yki	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.202	0.1714	0.2377	0.1972	0.1241	0.2092	0.1877	0.2292	0.1241	0.3013	0.2624	0.3013	0.2324	0.2404	0.2037	0.2404	0.21
chr2R	19956451	19956635	chr2R:19956452-19956635	FBgn0034970,FBgn0034971	CG3209,yki	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1986	0.1651	0.2467	0.1833	0.1039	0.2068	0.1769	0.2285	0.1039	0.2917	0.2691	0.2917	0.2262	0.1953	0.1928	0.1953	0.2064
chr2R	19956838	19956989	chr2R:19956839-19956989	FBgn0034971	CG3209	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0519	0.0429	0.0655	0.0469	0.0212	0.0558	0.0471	0.056	0.0212	0.0815	0.0788	0.0815	0.0473	0.049	0.0522	0.049	0.0547
chr2R	19961643	19961794	chr2R:19961644-19961794	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0246	0.0187	0.023	0.0329	0.0138	0.0214	0.0225	0.0233	0.0138	0.0519	0.018	0.0519	0.0186	0.1202	0.0161	0.1202	0.0146
chr2R	19961874	19962067	chr2R:19961875-19962067	FBgn0259209	Mlp60A	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.035	0.0263	0.0293	0.0511	0.0127	0.0296	0.0398	0.0253	0.0127	0.0646	0.0225	0.0646	0.0256	0.1891	0.0245	0.1891	0.0245
chr2R	19962233	19962384	chr2R:19962234-19962384	FBgn0259209	Mlp60A	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0214	0.0191	0.0228	0.0226	0.0074	0.0228	0.0247	0.0227	0.0074	0.0393	0.0209	0.0393	0.0209	0.0643	0.0103	0.0643	0.0141
chr2R	19962464	19962615	chr2R:19962465-19962615	FBgn0259209	Mlp60A	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0132	0.019	0.0201	0.0064	0.0117	0.0199	0.016	0.0064	0.0344	0.0183	0.0344	0.0155	0.0727	0.011	0.0727	0.0057
chr2R	19962713	19962864	chr2R:19962714-19962864	FBgn0259209	Mlp60A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0121	0.007	0.0157	0.0139	0.0011	0.0102	0.0104	0.006	0.0011	0.0417	0.0106	0.0417	0.0101	0.0498	0.0064	0.0498	0.0073
chr2R	19963473	19963670	chr2R:19963474-19963670	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0223	0.0106	0.0166	0.0415	0.0021	0.0146	0.0143	0.0133	0.0021	0.0284	0.0174	0.0284	0.017	0.121	0.0219	0.121	0.0287
chr2R	19967814	19967965	chr2R:19967815-19967965	FBgn0034972,FBgn0034973	CG10339,CG13564	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0166	0.0284	0.0141	0.0063	0.0117	0.0194	0.0562	0.0273	0.0117	0.0169	0.0167	0.0169	0.0116	0.0077	0.0045	0.0077	0.0057
chr2R	19969081	19969242	chr2R:19969082-19969242	FBgn0034974	CG16786	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0313	0.0174	0.0373	0.0401	0.0021	0.0165	0.026	0.024	0.0021	0.026	0.0621	0.026	0.0302	0.0161	0.127	0.0161	0.0188
chr2R	19969614	19969765	chr2R:19969615-19969765	FBgn0034974	CG16786	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0198	0.0256	0.0233	0.0106	0.0214	0.0311	0.0173	0.0106	0.0266	0.0376	0.0266	0.0178	0.0061	0.0696	0.0061	0.0182
chr2R	19973515	19973732	chr2R:19973516-19973732	FBgn0086129	snama	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0604	0.0623	0.0717	0.0458	0.0371	0.0752	0.074	0.0799	0.0371	0.0888	0.0791	0.0888	0.0798	0.0513	0.0574	0.0513	0.0516
chr2R	19973832	19973985	chr2R:19973833-19973985	FBgn0086129	snama	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1196	0.1138	0.1462	0.0971	0.0679	0.1422	0.1362	0.1439	0.0679	0.1739	0.1656	0.1739	0.1441	0.111	0.1128	0.111	0.1126
chr2R	19974048	19974234	chr2R:19974049-19974234	FBgn0086129	snama	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1809	0.1711	0.2156	0.1536	0.1188	0.2049	0.2054	0.2205	0.1188	0.2621	0.2389	0.2621	0.2029	0.1792	0.1618	0.1792	0.1798
chr2R	19974410	19974630	chr2R:19974411-19974630	FBgn0086129	snama	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0694	0.0761	0.0747	0.0561	0.0583	0.0835	0.0969	0.0966	0.0583	0.0857	0.0756	0.0857	0.0937	0.049	0.0548	0.049	0.0818
chr2R	19974866	19975039	chr2R:19974867-19975039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0353	0.0385	0.0227	0.017	0.0383	0.0519	0.0393	0.017	0.0386	0.0338	0.0386	0.0658	0.0283	0.0168	0.0283	0.0406
chr2R	19979851	19980123	chr2R:19979852-19980123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0386	0.0264	0.0194	0.017	0.0456	0.058	0.038	0.017	0.0248	0.0305	0.0248	0.0279	0.0207	0.0148	0.0207	0.0255
chr2R	19980166	19980425	chr2R:19980167-19980425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0395	0.0315	0.0167	0.0223	0.0398	0.058	0.0473	0.0223	0.0254	0.0363	0.0254	0.0364	0.0161	0.0174	0.0161	0.0214
chr2R	19985453	19985604	chr2R:19985454-19985604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.039	0.0308	0.053	0.0327	0.0201	0.0388	0.035	0.042	0.0201	0.0604	0.0534	0.0604	0.0496	0.0306	0.0322	0.0306	0.0344
chr2R	19985682	19986003	chr2R:19985683-19986003	FBgn0023081	gek	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1214	0.1186	0.1464	0.0971	0.0668	0.1383	0.1419	0.1659	0.0668	0.195	0.1498	0.195	0.1433	0.1355	0.1019	0.1355	0.1006
chr2R	19986060	19986247	chr2R:19986061-19986247	FBgn0023081	gek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1087	0.0988	0.1301	0.0964	0.0615	0.1228	0.1172	0.1226	0.0615	0.1733	0.135	0.1733	0.1294	0.1187	0.1019	0.1187	0.1141
chr2R	19986604	19986818	chr2R:19986605-19986818	FBgn0023081	gek	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1533	0.1452	0.1855	0.1269	0.1145	0.1646	0.1812	0.1739	0.1145	0.2343	0.1974	0.2343	0.1898	0.1332	0.136	0.1332	0.147
chr2R	19986831	19987012	chr2R:19986832-19987012	FBgn0034975	enok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1176	0.1148	0.14	0.0961	0.0912	0.1252	0.1488	0.1339	0.0912	0.1558	0.1598	0.1558	0.1464	0.1057	0.1057	0.1057	0.1063
chr2R	19987095	19987246	chr2R:19987096-19987246	FBgn0034975	enok	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0508	0.057	0.0589	0.0351	0.053	0.051	0.0848	0.0626	0.053	0.0719	0.065	0.0719	0.0604	0.0337	0.0335	0.0337	0.0443
chr2R	19994093	19994581	chr2R:19994094-19994581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.0653	0.0584	0.0334	0.0382	0.0612	0.0917	0.0899	0.0382	0.0664	0.0621	0.0664	0.0674	0.0314	0.0342	0.0314	0.0438
chr2R	19994612	19994859	chr2R:19994613-19994859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0479	0.0368	0.0206	0.0297	0.0476	0.0688	0.0593	0.0297	0.0368	0.0421	0.0368	0.0356	0.0207	0.0219	0.0207	0.0271
chr2R	19994978	19995129	chr2R:19994979-19995129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0274	0.0183	0.0142	0.017	0.0277	0.0333	0.0413	0.017	0.0187	0.0209	0.0187	0.0194	0.0145	0.0148	0.0145	0.0172
chr2R	19995147	19995528	chr2R:19995148-19995528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0531	0.0449	0.0302	0.0265	0.0466	0.0826	0.068	0.0265	0.0495	0.0524	0.0495	0.0372	0.0345	0.0309	0.0345	0.0396
chr2R	20000966	20001133	chr2R:20000967-20001133	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0491	0.0497	0.0315	0.0255	0.0461	0.0787	0.0533	0.0255	0.0531	0.0588	0.0531	0.0527	0.0276	0.0406	0.0276	0.0328
chr2R	20001181	20001406	chr2R:20001182-20001406	FBgn0034976	CG4049	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0675	0.0749	0.0763	0.0496	0.0382	0.0748	0.1168	0.0819	0.0382	0.0876	0.0865	0.0876	0.0844	0.0513	0.0561	0.0513	0.0526
chr2R	20001469	20001670	chr2R:20001470-20001670	FBgn0034976,FBgn0041706	CG3253,CG4049	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0683	0.0668	0.0808	0.0561	0.0339	0.0874	0.0826	0.074	0.0339	0.1002	0.0846	0.1002	0.0813	0.0636	0.0606	0.0636	0.0683
chr2R	20001734	20001921	chr2R:20001735-20001921	FBgn0034976,FBgn0041706	CG3253,CG4049	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1214	0.1188	0.1454	0.098	0.0912	0.1335	0.1427	0.1466	0.0912	0.1963	0.1505	0.1963	0.1317	0.1095	0.0961	0.1095	0.11
chr2R	20002063	20002276	chr2R:20002064-20002276	FBgn0034976,FBgn0041706	CG3253,CG4049	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1228	0.1417	0.147	0.0751	0.1018	0.1515	0.1765	0.1839	0.1018	0.2047	0.1608	0.2047	0.1092	0.0666	0.0632	0.0666	0.0615
chr2R	20002427	20002588	chr2R:20002428-20002588	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0414	0.0509	0.0231	0.0244	0.0427	0.0567	0.054	0.0244	0.064	0.0588	0.064	0.0325	0.0245	0.0206	0.0245	0.0219
chr2R	20004186	20004337	chr2R:20004187-20004337	FBgn0034978	CG3257	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0127	0.0122	0.0213	0.0064	0.0112	0.0151	0.022	0.0064	0.0103	0.0148	0.0103	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0047
chr2R	20014849	20015000	chr2R:20014850-20015000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0182	0.0226	0.0183	0.0132	0.0074	0.0233	0.0376	0.022	0.0074	0.0332	0.0174	0.0332	0.0163	0.0214	0.011	0.0214	0.0162
chr2R	20018205	20018356	chr2R:20018206-20018356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0158	0.0117	0.0142	0.022	0.0021	0.0092	0.0203	0.014	0.0021	0.0097	0.0119	0.0097	0.0364	0.0115	0.0116	0.0115	0.0547
chr2R	20018993	20019167	chr2R:20018994-20019167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0165	0.0292	0.0465	0.0106	0.0209	0.0208	0.018	0.0106	0.0193	0.0267	0.0193	0.072	0.0222	0.0342	0.0222	0.1204
chr2R	20020655	20020806	chr2R:20020656-20020806	FBgn0041582	tamo	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0123	0.0148	0.0297	0.0032	0.0112	0.019	0.0173	0.0032	0.0145	0.0167	0.0145	0.0201	0.0345	0.0251	0.0345	0.0401
chr2R	20021009	20021192	chr2R:20021010-20021192	FBgn0021875,FBgn0041582	Zfrp8,tamo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0844	0.0512	0.0782	0.1284	0.0223	0.0617	0.0515	0.0893	0.0223	0.0791	0.0894	0.0791	0.0991	0.1508	0.1315	0.1508	0.1626
chr2R	20021401	20021582	chr2R:20021402-20021582	FBgn0021875,FBgn0041582	Zfrp8,tamo	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1135	0.0985	0.1297	0.1127	0.0573	0.1165	0.1099	0.1452	0.0573	0.1419	0.1531	0.1419	0.1433	0.1248	0.1231	0.1248	0.1391
chr2R	20021681	20021832	chr2R:20021682-20021832	FBgn0021875	Zfrp8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0513	0.0679	0.0462	0.0329	0.0563	0.0718	0.058	0.0329	0.0827	0.0762	0.0827	0.0728	0.0559	0.0529	0.0559	0.0526
chr2R	20025246	20025410	chr2R:20025247-20025410	FBgn0034982	CG4065	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0576	0.0404	0.072	0.0611	0.017	0.0461	0.0506	0.0553	0.017	0.0876	0.0727	0.0876	0.096	0.0582	0.078	0.0582	0.0813
chr2R	20025475	20025864	chr2R:20025476-20025864	FBgn0034982	CG4065	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1687	0.1087	0.2048	0.1961	0.0615	0.1437	0.1116	0.1486	0.0615	0.2277	0.2312	0.2277	0.2502	0.2228	0.2108	0.2228	0.2564
chr2R	20025928	20026155	chr2R:20025929-20026155	FBgn0034982	CG4065	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0723	0.0334	0.0891	0.0973	0.0117	0.051	0.035	0.0373	0.0117	0.0713	0.1055	0.0713	0.1224	0.0904	0.0767	0.0904	0.1662
chr2R	20026225	20026505	chr2R:20026226-20026505	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0417	0.0179	0.0315	0.0794	0.0053	0.0233	0.0225	0.0213	0.0053	0.0254	0.0325	0.0254	0.0589	0.0268	0.0239	0.0268	0.1954
chr2R	20026924	20027075	chr2R:20026925-20027075	FBgn0019643	Dat	stage14	none	VT21731.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0112	0.0142	0.0355	0.0032	0.0141	0.0147	0.0133	0.0032	0.0103	0.0161	0.0103	0.0256	0.0184	0.0097	0.0184	0.0928
chr2R	20027795	20027946	chr2R:20027796-20027946	distal	distal	stage14	stage14	VT21731.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0116	0.0091	0.0104	0.0157	0.0032	0.0102	0.0177	0.0053	0.0032	0.0103	0.0103	0.0103	0.0194	0.0046	0.0045	0.0046	0.0433
chr2R	20032929	20033080	chr2R:20032930-20033080	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0104	0.0061	0.0076	0.0181	0.0021	0.0073	0.0082	0.0067	0.0021	0.0066	0.0106	0.0066	0.0077	0.0253	0.0329	0.0253	0.0151
chr2R	20033375	20033526	chr2R:20033376-20033526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.0054	0.0081	0.0195	0.0021	0.0039	0.0078	0.0067	0.0021	0.0103	0.0074	0.0103	0.0124	0.0398	0.0239	0.0398	0.0198
chr2R	20033705	20033856	chr2R:20033706-20033856	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0117	0.0105	0.0091	0.0159	0.0021	0.0083	0.0212	0.0067	0.0021	0.0127	0.0084	0.0127	0.0116	0.0406	0.0168	0.0406	0.0151
chr2R	20046304	20046455	chr2R:20046305-20046455	FBgn0015544,FBgn0260770,FBgn0260775	CG42568,DnaJ-60,spag	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0307	0.03	0.0376	0.0238	0.0106	0.0296	0.0489	0.0346	0.0106	0.0477	0.0386	0.0477	0.0496	0.0222	0.0226	0.0222	0.038
chr2R	20046489	20046663	chr2R:20046490-20046663	FBgn0015544,FBgn0260770,FBgn0260775	CG42568,DnaJ-60,spag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0429	0.0511	0.0395	0.0255	0.0437	0.0606	0.054	0.0255	0.0616	0.0556	0.0616	0.0627	0.0475	0.0438	0.0475	0.0469
chr2R	20046787	20046960	chr2R:20046788-20046960	FBgn0015544,FBgn0260770,FBgn0260775	CG42568,DnaJ-60,spag	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1292	0.114	0.159	0.1135	0.07	0.1379	0.1388	0.1486	0.07	0.1908	0.1662	0.1908	0.1712	0.1217	0.1141	0.1217	0.1428
chr2R	20047134	20047345	chr2R:20047135-20047345	FBgn0015544,FBgn0260770,FBgn0260775	CG42568,DnaJ-60,spag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0453	0.0442	0.0551	0.0356	0.0138	0.0505	0.067	0.048	0.0138	0.0731	0.0605	0.0731	0.0473	0.0391	0.0303	0.0391	0.0354
chr2R	20047499	20047650	chr2R:20047500-20047650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0155	0.0178	0.0185	0.0095	0.0074	0.0165	0.0311	0.0173	0.0074	0.0229	0.0212	0.0229	0.017	0.0069	0.0116	0.0069	0.0073
chr2R	20049605	20049756	chr2R:20049606-20049756	FBgn0034985	CG3328	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0133	0.0123	0.0129	0.0148	0.0042	0.0117	0.0177	0.0173	0.0042	0.0121	0.0141	0.0121	0.0209	0.0077	0.0193	0.0077	0.025
chr2R	20049907	20050066	chr2R:20049908-20050066	FBgn0034985	CG3328	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0136	0.0165	0.0362	0.0032	0.0146	0.0225	0.0153	0.0032	0.0157	0.0206	0.0157	0.024	0.0115	0.0471	0.0115	0.0818
chr2R	20050539	20050690	chr2R:20050540-20050690	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.009	0.0107	0.0157	0.0011	0.0126	0.0125	0.0087	0.0011	0.003	0.0164	0.003	0.0163	0.0069	0.0503	0.0069	0.0099
chr2R	20050846	20050997	chr2R:20050847-20050997	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0103	0.0103	0.0164	0.0021	0.0107	0.0169	0.012	0.0021	0.006	0.0154	0.006	0.0124	0.0046	0.0554	0.0046	0.0078
chr2R	20061373	20061581	chr2R:20061374-20061581	FBgn0034986	mRpS17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0507	0.0584	0.0632	0.0284	0.0382	0.0718	0.0774	0.0593	0.0382	0.0767	0.0704	0.0767	0.0689	0.0299	0.0245	0.0299	0.0354
chr2R	20061921	20062107	chr2R:20061922-20062107	FBgn0034986,FBgn0259937	Nop60B,mRpS17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1562	0.1474	0.1874	0.1319	0.1007	0.1845	0.1717	0.1832	0.1007	0.2367	0.199	0.2367	0.2037	0.1302	0.127	0.1302	0.1761
chr2R	20062275	20062511	chr2R:20062276-20062511	FBgn0034986,FBgn0259937	Nop60B,mRpS17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2049	0.2075	0.2424	0.1608	0.1495	0.2291	0.2651	0.2565	0.1495	0.3333	0.2675	0.3333	0.2424	0.1998	0.1663	0.1998	0.2064
chr2R	20062632	20063025	chr2R:20062633-20063025	FBgn0259937	Nop60B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1055	0.1052	0.1315	0.0774	0.0626	0.1383	0.1358	0.1066	0.0626	0.195	0.135	0.195	0.1479	0.1126	0.0664	0.1126	0.1084
chr2R	20063089	20063279	chr2R:20063090-20063279	FBgn0026169	snoRNA:Psi18S-1820	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0485	0.0533	0.0598	0.0308	0.0361	0.0704	0.064	0.0573	0.0361	0.0906	0.0559	0.0906	0.0728	0.049	0.0297	0.049	0.0433
chr2R	20063370	20063658	chr2R:20063371-20063658	FBgn0026169	snoRNA:Psi18S-1820	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0522	0.0586	0.0655	0.0306	0.0318	0.0806	0.0753	0.058	0.0318	0.1075	0.0624	0.1075	0.0759	0.0467	0.0297	0.0467	0.0485
chr2R	20064002	20064153	chr2R:20064003-20064153	FBgn0026169	snoRNA:Psi18S-1820	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0272	0.0288	0.0369	0.0146	0.018	0.0316	0.0389	0.034	0.018	0.0604	0.0347	0.0604	0.0418	0.026	0.0084	0.026	0.0245
chr2R	20073411	20073562	chr2R:20073412-20073562	FBgn0082932,FBgn0261973,FBgn0261974	snoRNA:Me28S-G1083d,snoRNA:Or-CD9a,snoRNA:Or-CD9b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0391	0.0395	0.0477	0.0292	0.0223	0.051	0.0532	0.0393	0.0223	0.0676	0.0486	0.0676	0.0612	0.0505	0.0206	0.0505	0.037
chr2R	20073892	20074043	chr2R:20073893-20074043	FBgn0034987,FBgn0261974	CG3363,snoRNA:Or-CD9b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1006	0.0879	0.1289	0.0837	0.0498	0.1083	0.1051	0.1126	0.0498	0.1739	0.1331	0.1739	0.1526	0.1003	0.0645	0.1003	0.1037
chr2R	20074110	20074309	chr2R:20074111-20074309	FBgn0034987	CG3363	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1845	0.1821	0.2146	0.1543	0.1145	0.2248	0.2297	0.2012	0.1145	0.282	0.2238	0.282	0.2339	0.2098	0.1264	0.2098	0.1699
chr2R	20074399	20074637	chr2R:20074400-20074637	FBgn0034987	CG3363	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.123	0.127	0.1063	0.0901	0.1301	0.1756	0.1259	0.0901	0.1552	0.1376	0.1552	0.1239	0.1309	0.0909	0.1309	0.1021
chr2R	20075037	20075216	chr2R:20075038-20075216	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1832	0.1978	0.2088	0.1388	0.1612	0.2184	0.2517	0.2358	0.1612	0.2603	0.2283	0.2603	0.189	0.1531	0.1528	0.1531	0.1668
chr2R	20075658	20075844	chr2R:20075659-20075844	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.1492	0.1255	0.043	0.1209	0.1704	0.1752	0.1879	0.1209	0.1691	0.1325	0.1691	0.0984	0.0429	0.0593	0.0429	0.049
chr2R	20078270	20078495	chr2R:20078271-20078495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.1095	0.0256	0.0093	0.0923	0.0534	0.2444	0.0566	0.0923	0.035	0.0277	0.035	0.0263	0.0084	0.0084	0.0084	0.012
chr2R	20082551	20082782	chr2R:20082552-20082782	FBgn0034988	CG3362	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0593	0.061	0.0387	0.0308	0.0641	0.0865	0.0666	0.0308	0.0634	0.0756	0.0634	0.0589	0.0444	0.0426	0.0444	0.0386
chr2R	20082839	20083102	chr2R:20082840-20083102	FBgn0034988	CG3362	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0911	0.1084	0.0812	0.0509	0.1024	0.1267	0.1046	0.0509	0.1238	0.1283	0.1238	0.1139	0.0896	0.0838	0.0896	0.1001
chr2R	20083159	20083310	chr2R:20083160-20083310	FBgn0034988	CG3362	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0653	0.0551	0.0401	0.0392	0.0602	0.1025	0.0733	0.0392	0.0598	0.0656	0.0598	0.062	0.0398	0.0387	0.0398	0.0578
chr2R	20084859	20085121	chr2R:20084860-20085121	FBgn0034989	CG3356	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0497	0.0485	0.0391	0.0255	0.0515	0.077	0.0526	0.0255	0.0543	0.0537	0.0543	0.0573	0.0459	0.0342	0.0459	0.0469
chr2R	20085233	20085402	chr2R:20085234-20085402	FBgn0034989	CG3356	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1115	0.1092	0.1289	0.0951	0.0689	0.1165	0.1497	0.1306	0.0689	0.1558	0.137	0.1558	0.1495	0.1011	0.0986	0.1011	0.1235
chr2R	20098193	20098344	chr2R:20098194-20098344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0079	0.0085	0.0051	0.0104	0.0011	0.0068	0.0195	0.004	0.0011	0.0054	0.0045	0.0054	0.0046	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr2R	20105774	20105925	chr2R:20105775-20105925	distal	distal	none	none	VT21762.1	VT21762.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.008	0.0081	0.0096	0.0021	0.0083	0.0125	0.0087	0.0021	0.0145	0.0051	0.0145	0.0046	0.0046	0.0052	0.0046	0.0057
chr2R	20106485	20106636	chr2R:20106486-20106636	distal	distal	none	none	VT21762.1	VT21762.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0049	0.0077	0.0092	0.0011	0.0058	0.0087	0.004	0.0011	0.0072	0.0074	0.0072	0.0093	0.0046	0.0019	0.0046	0.0068
chr2R	20114061	20114234	chr2R:20114062-20114234	distal	distal	stage14	stage14	VT21767.1	VT21767.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0106	0.0098	0.0205	0.0064	0.0087	0.0182	0.012	0.0064	0.0079	0.0055	0.0079	0.0046	0.0015	0.0045	0.0015	0.0047
chr2R	20114529	20114718	chr2R:20114530-20114718	distal	distal	stage14	stage14	VT21767.1,VT21768.1	VT21767.1,VT21768.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0107	0.0136	0.0368	0.0064	0.0092	0.0182	0.01	0.0064	0.0085	0.0096	0.0085	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0078
chr2R	20114747	20114898	chr2R:20114748-20114898	distal	distal	stage14	stage14	VT21767.1,VT21768.1	VT21767.1,VT21768.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.007	0.0107	0.0265	0.0053	0.0073	0.0117	0.006	0.0053	0.0091	0.0061	0.0091	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chr2R	20117273	20117424	chr2R:20117274-20117424	FBgn0050419	CG30419	stage14	none	VT21769.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0204	0.0113	0.0112	0.0407	0.0032	0.0068	0.0225	0.0113	0.0032	0.0121	0.0084	0.0121	0.0039	0.0046	0.0052	0.0046	0.0094
chr2R	20130125	20130338	chr2R:20130126-20130338	FBgn0050418	nord	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.012	0.0179	0.0365	0.0042	0.0126	0.0221	0.01	0.0042	0.0229	0.0241	0.0229	0.0108	0.0559	0.0671	0.0559	0.0146
chr2R	20130514	20130678	chr2R:20130515-20130678	FBgn0050418	nord	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0111	0.0211	0.0486	0.0064	0.0117	0.0182	0.0093	0.0064	0.0205	0.0273	0.0205	0.0178	0.0628	0.0825	0.0628	0.0198
chr2R	20130707	20130858	chr2R:20130708-20130858	FBgn0050418	nord	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.018	0.0071	0.0118	0.037	0.0021	0.0063	0.013	0.0067	0.0021	0.0109	0.0129	0.0109	0.0132	0.0406	0.0438	0.0406	0.0115
chr2R	20134901	20135052	chr2R:20134902-20135052	distal	distal	none	none	VT21777.1	VT21777.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0128	0.0098	0.0115	0.0175	0.0032	0.0083	0.0186	0.01	0.0032	0.0205	0.0087	0.0205	0.0101	0.0582	0.0077	0.0582	0.0083
chr2R	20142782	20142933	chr2R:20142783-20142933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0157	0.0092	0.0173	0.0213	0.0042	0.0078	0.0182	0.0073	0.0042	0.0127	0.0196	0.0127	0.0349	0.0138	0.0226	0.0138	0.0417
chr2R	20145448	20145632	chr2R:20145449-20145632	FBgn0034997	CG3376	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0252	0.011	0.0171	0.0499	0.0021	0.0121	0.019	0.0087	0.0021	0.0127	0.017	0.0127	0.0372	0.0084	0.0851	0.0084	0.1006
chr2R	20145784	20145935	chr2R:20145785-20145935	FBgn0034997	CG3376	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0142	0.009	0.0121	0.0223	0.0011	0.0078	0.0173	0.0087	0.0011	0.0091	0.0138	0.0091	0.0209	0.0077	0.0426	0.0077	0.0339
chr2R	20146414	20146565	chr2R:20146415-20146565	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0134	0.0103	0.0136	0.0166	0.0011	0.0097	0.0199	0.0107	0.0011	0.0097	0.0203	0.0097	0.0155	0.0046	0.0322	0.0046	0.0229
chr2R	20146938	20147089	chr2R:20146939-20147089	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0184	0.0135	0.0183	0.0241	0.0053	0.015	0.0203	0.0147	0.0053	0.0127	0.0196	0.0127	0.0426	0.0069	0.0477	0.0069	0.0417
chr2R	20147226	20147377	chr2R:20147227-20147377	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0136	0.019	0.0287	0.0042	0.0165	0.0238	0.01	0.0042	0.0079	0.0273	0.0079	0.031	0.0092	0.0774	0.0092	0.0276
chr2R	20147875	20148026	chr2R:20147876-20148026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0158	0.012	0.014	0.0221	0.0011	0.0121	0.019	0.0133	0.0011	0.0121	0.0141	0.0121	0.0279	0.0031	0.0239	0.0031	0.0474
chr2R	20148268	20148491	chr2R:20148269-20148491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0248	0.0194	0.022	0.0338	0.0032	0.034	0.0238	0.0147	0.0032	0.0187	0.0174	0.0187	0.0573	0.0138	0.0245	0.0138	0.0849
chr2R	20152098	20152249	chr2R:20152099-20152249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0252	0.0306	0.022	0.0095	0.0228	0.0402	0.0326	0.0095	0.0205	0.0293	0.0205	0.0395	0.0184	0.0251	0.0184	0.0328
chr2R	20152493	20152693	chr2R:20152494-20152693	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0895	0.0763	0.0995	0.0934	0.035	0.0879	0.1029	0.0973	0.035	0.1021	0.1138	0.1021	0.1201	0.0796	0.1135	0.0796	0.1329
chr2R	20152808	20152988	chr2R:20152809-20152988	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.1282	0.1518	0.1192	0.0721	0.1388	0.1734	0.1539	0.0721	0.1812	0.1666	0.1812	0.158	0.1179	0.1283	0.1179	0.1522
chr2R	20153337	20153514	chr2R:20153338-20153514	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0299	0.0306	0.0287	0.0053	0.0359	0.0454	0.0306	0.0053	0.0314	0.0286	0.0314	0.0271	0.0214	0.0129	0.0214	0.0318
chr2R	20153529	20153736	chr2R:20153530-20153736	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0311	0.0257	0.0336	0.0343	0.0074	0.0379	0.0337	0.0247	0.0074	0.0399	0.0267	0.0399	0.0364	0.026	0.02	0.026	0.0261
chr2R	20153748	20153941	chr2R:20153749-20153941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0339	0.027	0.0397	0.0352	0.0095	0.0437	0.0307	0.0253	0.0095	0.0525	0.035	0.0525	0.0596	0.0398	0.0264	0.0398	0.037
chr2R	20157413	20157564	chr2R:20157414-20157564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0125	0.0086	0.0126	0.0169	0	0.0126	0.0104	0.0113	0	0.0199	0.0116	0.0199	0.0108	0.0559	0.0039	0.0559	0.0047
chr2R	20160656	20160807	chr2R:20160657-20160807	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0173	0.0249	0.0118	0.0149	0.0074	0.0427	0.026	0.0286	0.0074	0.0157	0.009	0.0157	0.0039	0.0054	0.0019	0.0054	0.0026
chr2R	20160927	20161078	chr2R:20160928-20161078	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.02	0.0206	0.0162	0.0234	0.0021	0.0422	0.0164	0.0233	0.0021	0.0175	0.0119	0.0175	0.0178	0.0061	0.0019	0.0061	0.0146
chr2R	20161369	20161520	chr2R:20161370-20161520	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0126	0.01	0.0107	0.0175	0.0064	0.016	0.0117	0.008	0.0064	0.0175	0.0055	0.0175	0.0108	0.0069	0.0032	0.0069	0.0068
chr2R	20161720	20161956	chr2R:20161721-20161956	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0132	0.0152	0.0356	0.0032	0.0165	0.0173	0.0173	0.0032	0.0193	0.008	0.0193	0.0101	0.0138	0.0071	0.0138	0.0109
chr2R	20162546	20162697	chr2R:20162547-20162697	distal	distal	stage11	none	nvy_CRM100	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0412	0.0513	0.0425	0.0283	0.0255	0.0694	0.058	0.0633	0.0255	0.0429	0.0325	0.0429	0.0178	0.0222	0.009	0.0222	0.0172
chr2R	20162706	20162857	chr2R:20162707-20162857	FBgn0005636	nvy	stage11,stage14,stage5	none	nvy_CRM100	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0499	0.0659	0.0505	0.0312	0.0382	0.099	0.0644	0.0786	0.0382	0.0622	0.0431	0.0622	0.0217	0.0291	0.0103	0.0291	0.0162
chr2R	20163057	20163379	chr2R:20163058-20163379	FBgn0005636	nvy	stage11,stage14,stage5	none	VT21791.1,nvy_CRM100	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1888	0.2655	0.1798	0.1131	0.2291	0.2908	0.3292	0.3091	0.2291	0.215	0.1749	0.215	0.0891	0.1263	0.0509	0.1263	0.049
chr2R	20163425	20163576	chr2R:20163426-20163576	FBgn0005636	nvy	stage11,stage14,stage5	none	VT21791.1,nvy_CRM100	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0714	0.1094	0.0642	0.0368	0.1071	0.1121	0.141	0.1266	0.1071	0.0749	0.0579	0.0749	0.0318	0.0345	0.0155	0.0345	0.0188
chr2R	20163600	20163751	chr2R:20163601-20163751	FBgn0005636	nvy	stage5	none	VT21791.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0542	0.0879	0.0476	0.024	0.0795	0.1214	0.0969	0.0899	0.0795	0.0646	0.0389	0.0646	0.0318	0.023	0.0148	0.023	0.0115
chr2R	20164514	20164665	chr2R:20164515-20164665	distal	distal	none	none	VT21791.1,nvy_CRM29	nvy_CRM29	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0256	0.0404	0.0278	0.0068	0.0339	0.0427	0.0519	0.052	0.0339	0.0254	0.0383	0.0254	0.0124	0.013	0.0039	0.013	0.0057
chr2R	20164690	20164860	chr2R:20164691-20164860	distal	distal	none	none	VT21791.1,nvy_CRM29	nvy_CRM29	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0357	0.0624	0.0294	0.0127	0.0477	0.0636	0.0835	0.0779	0.0477	0.0344	0.035	0.0344	0.0155	0.0291	0.0071	0.0291	0.0083
chr2R	20167176	20167453	chr2R:20167177-20167453	distal	distal	none	none	VT21793.1	VT21793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0385	0.046	0.0398	0.0287	0.0085	0.0874	0.0489	0.0366	0.0085	0.0888	0.0238	0.0888	0.017	0.0291	0.0103	0.0291	0.0156
chr2R	20167944	20168105	chr2R:20167945-20168105	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21793.1	VT21793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0278	0.0308	0.0312	0.0206	0.0064	0.0718	0.0277	0.0153	0.0064	0.0646	0.0183	0.0646	0.0085	0.0191	0.0064	0.0191	0.0109
chr2R	20168188	20168339	chr2R:20168189-20168339	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21793.1	VT21793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0215	0.0192	0.0211	0.0246	0.0032	0.0451	0.0169	0.008	0.0032	0.0344	0.01	0.0344	0.0077	0.0138	0.0064	0.0138	0.0125
chr2R	20168406	20168600	chr2R:20168407-20168600	distal	distal	stage11	stage11	VT21793.1,VT21794.1	VT21793.1,VT21794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0238	0.0234	0.0221	0.026	0.0042	0.0573	0.0151	0.0153	0.0042	0.0314	0.0109	0.0314	0.0077	0.0138	0.0071	0.0138	0.0156
chr2R	20169368	20169529	chr2R:20169369-20169529	distal	distal	stage14	stage14	VT21794.1	VT21794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0276	0.0163	0.0273	0.0407	0.0042	0.0272	0.019	0.0153	0.0042	0.0211	0.0106	0.0211	0.0077	0.01	0.0026	0.01	0.0109
chr2R	20178627	20178896	chr2R:20178628-20178896	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT21799.1	VT21799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0502	0.0584	0.0373	0.055	0.0297	0.0631	0.0744	0.0833	0.0297	0.0525	0.0357	0.0525	0.031	0.0521	0.0413	0.0521	0.0636
chr2R	20178913	20179064	chr2R:20178914-20179064	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT21799.1	VT21799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0236	0.0192	0.0308	0.0148	0.0238	0.0376	0.0193	0.0148	0.0199	0.0206	0.0199	0.0139	0.0199	0.0129	0.0199	0.0182
chr2R	20179103	20179254	chr2R:20179104-20179254	distal	distal	stage14	stage14	VT21799.1	VT21799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0166	0.0157	0.0223	0.0064	0.0204	0.0238	0.018	0.0064	0.0187	0.0138	0.0187	0.0101	0.0061	0.0103	0.0061	0.0104
chr2R	20179663	20179814	chr2R:20179664-20179814	distal	distal	none	none	VT21799.1	VT21799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0137	0.0108	0.0153	0.0021	0.0189	0.0186	0.0153	0.0021	0.0163	0.01	0.0163	0.0116	0.0123	0.0071	0.0123	0.0115
chr2R	20180157	20180308	chr2R:20180158-20180308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0121	0.0111	0.0088	0.0169	0.0021	0.018	0.0138	0.01	0.0021	0.0103	0.01	0.0103	0.0046	0.0084	0.0064	0.0084	0.0068
chr2R	20180833	20181097	chr2R:20180834-20181097	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0813	0.0659	0.0797	0.1003	0.0286	0.1019	0.0692	0.0779	0.0286	0.1196	0.0785	0.1196	0.0999	0.1279	0.1109	0.1279	0.1298
chr2R	20181335	20181673	chr2R:20181336-20181673	FBgn0034999,FBgn0263546	CG3394,mir-4985	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0781	0.0323	0.066	0.1426	0.0117	0.0495	0.0376	0.034	0.0117	0.0598	0.0894	0.0598	0.0829	0.1937	0.2083	0.1937	0.1965
chr2R	20182161	20182326	chr2R:20182162-20182326	FBgn0263546	mir-4985	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0152	0.0247	0.0444	0.0032	0.0194	0.0229	0.0147	0.0032	0.0175	0.0257	0.0175	0.0573	0.0245	0.0277	0.0245	0.1141
chr2R	20182783	20182946	chr2R:20182784-20182946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0141	0.0235	0.0473	0.0042	0.0175	0.0234	0.01	0.0042	0.0163	0.0154	0.0163	0.0697	0.013	0.0148	0.013	0.1423
chr2R	20187102	20187290	chr2R:20187103-20187290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0264	0.0213	0.0227	0.0362	0.0148	0.0238	0.0329	0.02	0.0148	0.0284	0.0238	0.0284	0.0364	0.0452	0.0348	0.0452	0.0677
chr2R	20187385	20187536	chr2R:20187386-20187536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0136	0.0097	0.0113	0.0205	0.0064	0.0117	0.0138	0.0093	0.0064	0.0163	0.0125	0.0163	0.0108	0.0199	0.0181	0.0199	0.0386
chr2R	20188153	20188304	chr2R:20188154-20188304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0272	0.0192	0.0335	0.0294	0.0106	0.0199	0.0272	0.0233	0.0106	0.0525	0.035	0.0525	0.0333	0.0459	0.029	0.0459	0.0422
chr2R	20192214	20192477	chr2R:20192215-20192477	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	betaTub60D_pW/beta3/lac-1565,betaTub60D_pw/beta3/lac-1423	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0509	0.026	0.0692	0.0585	0.0053	0.0485	0.0255	0.0213	0.0053	0.2174	0.0383	0.2174	0.0333	0.2259	0.0342	0.2259	0.0214
chr2R	20193227	20193464	chr2R:20193228-20193464	FBgn0003888	betaTub60D	stage11,stage14,stage5	none	betaTub60D_pW/beta3/lac-1565,betaTub60D_pw/beta3/lac-1423	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1316	0.0674	0.1637	0.1682	0.0265	0.1175	0.0688	0.066	0.0265	0.3527	0.1212	0.3527	0.2091	0.3124	0.1702	0.3124	0.2444
chr2R	20195357	20195567	chr2R:20195358-20195567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.034	0.015	0.0481	0.04	0.0032	0.0311	0.0151	0.008	0.0032	0.1105	0.0235	0.1105	0.0736	0.085	0.009	0.085	0.0693
chr2R	20196837	20196988	chr2R:20196838-20196988	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	betaTub60D_beta3-14/vm1_NR	betaTub60D_beta3-14/vm1_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0414	0.012	0.0485	0.0666	0.0021	0.0286	0.0117	0.0047	0.0021	0.1522	0.017	0.1522	0.0395	0.245	0.0206	0.245	0.0485
chr2R	20197114	20197265	chr2R:20197115-20197265	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	bTub60D,betaTub60D_beta3-14/vm1_NR	bTub60D,betaTub60D_beta3-14/vm1_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0434	0.0155	0.0551	0.0617	0.0011	0.032	0.0156	0.0107	0.0011	0.1691	0.0199	0.1691	0.0496	0.2182	0.0271	0.2182	0.0448
chr2R	20197448	20197637	chr2R:20197449-20197637	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0471	0.0209	0.0604	0.0617	0.0032	0.0437	0.0195	0.0133	0.0032	0.1751	0.0219	0.1751	0.0658	0.2006	0.0264	0.2006	0.0505
chr2R	20197653	20197804	chr2R:20197654-20197804	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0361	0.0186	0.0484	0.0422	0.0021	0.0379	0.0182	0.012	0.0021	0.1498	0.0138	0.1498	0.0511	0.1302	0.0129	0.1302	0.0464
chr2R	20200016	20200253	chr2R:20200017-20200253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0399	0.0255	0.0454	0.05	0.0159	0.034	0.0355	0.0153	0.0159	0.1105	0.0309	0.1105	0.0473	0.1508	0.0258	0.1508	0.0391
chr2R	20200274	20200602	chr2R:20200275-20200602	distal	distal	none	none	VT21810.1	VT21810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0759	0.0603	0.0838	0.0847	0.0329	0.0738	0.0835	0.0573	0.0329	0.1624	0.0717	0.1624	0.0906	0.1822	0.069	0.1822	0.0928
chr2R	20200719	20200920	chr2R:20200720-20200920	distal	distal	none	none	VT21810.1	VT21810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1213	0.1013	0.132	0.1319	0.0626	0.1131	0.1362	0.1166	0.0626	0.212	0.1302	0.212	0.1379	0.1998	0.136	0.1998	0.1516
chr2R	20201367	20201518	chr2R:20201368-20201518	distal	distal	none	none	VT21810.1	VT21810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0215	0.012	0.0216	0.032	0.0074	0.0121	0.0212	0.0093	0.0074	0.026	0.0228	0.026	0.0341	0.0352	0.0832	0.0352	0.0188
chr2R	20206762	20206913	chr2R:20206763-20206913	distal	distal	stage14	stage14	VT21813.1	VT21813.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0129	0.0082	0.0117	0.0195	0.0032	0.0092	0.0147	0.006	0.0032	0.0109	0.0145	0.0109	0.0155	0.0092	0.0535	0.0092	0.0167
chr2R	20209252	20209424	chr2R:20209253-20209424	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21815.1	VT21815.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0289	0.0107	0.0313	0.0465	0.0074	0.0175	0.0125	0.0067	0.0074	0.0356	0.0318	0.0356	0.0635	0.0391	0.0632	0.0391	0.0881
chr2R	20210896	20211075	chr2R:20210897-20211075	distal	distal	none	none	VT21815.1,VT21816.1	VT21815.1,VT21816.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.023	0.0133	0.0266	0.0299	0.0042	0.017	0.0212	0.0107	0.0042	0.0236	0.0212	0.0236	0.0689	0.0429	0.0258	0.0429	0.05
chr2R	20211438	20211698	chr2R:20211439-20211698	distal	distal	stage14	stage14	VT21816.1	VT21816.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0393	0.0218	0.0431	0.0546	0.0053	0.0403	0.0242	0.0173	0.0053	0.0374	0.045	0.0374	0.096	0.075	0.0587	0.075	0.0917
chr2R	20212954	20213105	chr2R:20212955-20213105	distal	distal	stage14	stage14	VT21817.1	VT21817.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0075	0.0136	0.0191	0.0021	0.0087	0.0121	0.0073	0.0021	0.0085	0.0199	0.0085	0.017	0.0054	0.0529	0.0054	0.0151
chr2R	20214785	20214936	chr2R:20214786-20214936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0104	0.0034	0.0071	0.022	0	0.0015	0.0082	0.0027	0	0.0115	0.0045	0.0115	0.0139	0.0368	0.0084	0.0368	0.0386
chr2R	20215090	20215241	chr2R:20215091-20215241	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0276	0.008	0.0244	0.0532	0.0042	0.0126	0.0087	0.0067	0.0042	0.0254	0.0161	0.0254	0.0697	0.0896	0.0174	0.0896	0.1079
chr2R	20215445	20215813	chr2R:20215446-20215813	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT21819.1	VT21819.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0764	0.0168	0.0607	0.1601	0.0042	0.033	0.0164	0.012	0.0042	0.058	0.0383	0.058	0.1851	0.2435	0.1167	0.2435	0.297
chr2R	20216769	20216920	chr2R:20216770-20216920	distal	distal	stage14	stage14	VT21819.1	VT21819.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0095	0.0152	0.0311	0.0021	0.0121	0.0147	0.008	0.0021	0.0066	0.0225	0.0066	0.0217	0.01	0.0741	0.01	0.0406
chr2R	20217187	20217338	chr2R:20217188-20217338	distal	distal	stage14	stage14	VT21819.1,VT21820.1	VT21819.1,VT21820.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0117	0.0193	0.0356	0.0053	0.0141	0.0195	0.0087	0.0053	0.0121	0.0232	0.0121	0.0387	0.0145	0.0658	0.0145	0.0625
chr2R	20221862	20222084	chr2R:20221863-20222084	FBgn0005638	slbo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0571	0.0199	0.0484	0.1081	0.0042	0.0257	0.0333	0.016	0.0042	0.0368	0.0588	0.0368	0.0837	0.1118	0.1567	0.1118	0.1751
chr2R	20222469	20222700	chr2R:20222470-20222700	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0561	0.0121	0.0414	0.1213	0.0032	0.018	0.0199	0.0067	0.0032	0.0338	0.045	0.0338	0.0953	0.1838	0.1219	0.1838	0.2022
chr2R	20225127	20225312	chr2R:20225128-20225312	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0882	0.0695	0.1104	0.0845	0.0403	0.0845	0.0882	0.0833	0.0403	0.1147	0.1235	0.1147	0.1332	0.1057	0.0903	0.1057	0.0985
chr2R	20225420	20225571	chr2R:20225421-20225571	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.028	0.0376	0.0203	0.0191	0.0286	0.042	0.0286	0.0191	0.0417	0.045	0.0417	0.0356	0.0253	0.0206	0.0253	0.0198
chr2R	20228310	20228461	chr2R:20228311-20228461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.017	0.0138	0.0189	0.0184	0.0064	0.016	0.0199	0.0153	0.0064	0.0242	0.0238	0.0242	0.0186	0.0528	0.0123	0.0528	0.013
chr2R	20230191	20230415	chr2R:20230192-20230415	FBgn0004101	bs	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0542	0.0123	0.0749	0.0783	0.0042	0.0184	0.0151	0.0127	0.0042	0.0453	0.1125	0.0453	0.0953	0.0804	0.1515	0.0804	0.0928
chr2R	20230638	20230974	chr2R:20230639-20230974	FBgn0004101	bs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0505	0.0607	0.0482	0.0286	0.0626	0.058	0.068	0.0286	0.0713	0.0749	0.0713	0.0519	0.0513	0.0625	0.0513	0.0537
chr2R	20231115	20231302	chr2R:20231116-20231302	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1023	0.1515	0.1161	0.07	0.1209	0.1202	0.1332	0.07	0.1757	0.1752	0.1757	0.1634	0.1348	0.1289	0.1348	0.1365
chr2R	20231407	20231669	chr2R:20231408-20231669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0483	0.0398	0.0586	0.0465	0.0127	0.05	0.0506	0.0526	0.0127	0.0791	0.0624	0.0791	0.0674	0.0942	0.0426	0.0942	0.0438
chr2R	20232516	20232712	chr2R:20232517-20232712	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0528	0.0282	0.0106	0.0223	0.0495	0.0796	0.0686	0.0223	0.026	0.0379	0.026	0.0194	0.0138	0.0123	0.0138	0.012
chr2R	20235545	20235732	chr2R:20235546-20235732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0213	0.0125	0.0246	0.0276	0.0053	0.0136	0.0221	0.0067	0.0053	0.0236	0.0293	0.0236	0.0434	0.01	0.0329	0.01	0.0594
chr2R	20237763	20237914	chr2R:20237764-20237914	distal	distal	stage14	stage14	VT21830.1	VT21830.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0167	0.0117	0.0184	0.0205	0.0021	0.016	0.0177	0.0093	0.0021	0.0163	0.0203	0.0163	0.0349	0.0077	0.0329	0.0077	0.0375
chr2R	20237923	20238074	chr2R:20237924-20238074	distal	distal	stage14	stage14	VT21830.1	VT21830.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0144	0.0092	0.0156	0.0189	0.0021	0.0097	0.0134	0.012	0.0021	0.0127	0.019	0.0127	0.0279	0.0069	0.0374	0.0069	0.0292
chr2R	20238264	20238503	chr2R:20238265-20238503	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT21830.1	VT21830.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0268	0.0295	0.0259	0.0246	0.0191	0.0325	0.0363	0.0393	0.0191	0.0266	0.0318	0.0266	0.0294	0.0084	0.0516	0.0084	0.0318
chr2R	20238552	20238811	chr2R:20238553-20238811	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT21830.1	VT21830.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0272	0.0354	0.0246	0.0207	0.0201	0.0359	0.0519	0.042	0.0201	0.0223	0.0331	0.0223	0.0279	0.013	0.0387	0.013	0.0271
chr2R	20256802	20256953	chr2R:20256803-20256953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0329	0.0244	0.0484	0.0255	0.0106	0.0306	0.0303	0.0306	0.0106	0.0471	0.0672	0.0471	0.0473	0.0207	0.0438	0.0207	0.0349
chr2R	20257221	20257472	chr2R:20257222-20257472	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1642	0.0788	0.2707	0.1427	0.0265	0.1316	0.0644	0.1086	0.0265	0.253	0.3852	0.253	0.2835	0.1011	0.303	0.1011	0.1824
chr2R	20261485	20261662	chr2R:20261486-20261662	FBgn0053537	tRNA:N5:60C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0464	0.0589	0.0477	0.0308	0.0435	0.0553	0.0792	0.0819	0.0435	0.0429	0.055	0.0429	0.0542	0.0352	0.0316	0.0352	0.0485
chr2R	20264350	20264501	chr2R:20264351-20264501	distal	distal	none	none	VT21840.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0141	0.0121	0.0212	0.0086	0.0011	0.0121	0.0229	0.0087	0.0011	0.0175	0.0312	0.0175	0.0201	0.0077	0.0135	0.0077	0.012
chr2R	20276304	20276594	chr2R:20276305-20276594	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0359	0.0241	0.0259	0.0159	0.0354	0.0562	0.0446	0.0159	0.0236	0.0296	0.0236	0.0279	0.01	0.0193	0.01	0.038
chr2R	20277048	20277516	chr2R:20277049-20277516	FBgn0000037	mAcR-60C	stage11,stage14,stage5	none	VT21846.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0948	0.0659	0.0923	0.1299	0.0297	0.0786	0.0792	0.0953	0.0297	0.0996	0.11	0.0996	0.0976	0.0636	0.1431	0.0636	0.1397
chr2R	20277773	20277964	chr2R:20277774-20277964	distal	distal	stage14,stage5	stage14	VT21846.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0338	0.0482	0.0184	0.0347	0.0392	0.0383	0.0701	0.06	0.0392	0.0187	0.0151	0.0187	0.0147	0.0061	0.0103	0.0061	0.012
chr2R	20279976	20280203	chr2R:20279977-20280203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0297	0.0374	0.0245	0.0269	0.0201	0.0359	0.0506	0.0486	0.0201	0.0199	0.0228	0.0199	0.0449	0.0123	0.0135	0.0123	0.0636
chr2R	20280353	20280504	chr2R:20280354-20280504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0251	0.0303	0.0214	0.0233	0.017	0.0272	0.0484	0.0346	0.017	0.0223	0.0219	0.0223	0.0302	0.013	0.0155	0.013	0.0516
chr2R	20281003	20281154	chr2R:20281004-20281154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0186	0.0162	0.0167	0.0064	0.0165	0.0333	0.0173	0.0064	0.0145	0.0174	0.0145	0.0248	0.0084	0.0071	0.0084	0.0443
chr2R	20281201	20281352	chr2R:20281202-20281352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0171	0.0203	0.0159	0.0148	0.0095	0.0165	0.0329	0.0253	0.0095	0.0145	0.0164	0.0145	0.0271	0.0084	0.0052	0.0084	0.0386
chr2R	20289362	20289542	chr2R:20289363-20289542	distal	distal	stage11,stage14	none	VT21850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.075	0.043	0.0832	0.1018	0.0308	0.0558	0.0489	0.052	0.0308	0.0833	0.0955	0.0833	0.1139	0.0498	0.1489	0.0498	0.1423
chr2R	20289601	20289768	chr2R:20289602-20289768	FBgn0035001	slik	stage11,stage14,stage5	none	VT21850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0895	0.0722	0.1022	0.095	0.0424	0.0908	0.0817	0.0979	0.0424	0.1147	0.1068	0.1147	0.127	0.0735	0.1231	0.0735	0.1298
chr2R	20289869	20290042	chr2R:20289870-20290042	FBgn0035001	slik	stage11,stage14,stage5	none	VT21850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2134	0.1924	0.2525	0.1938	0.1538	0.2233	0.2258	0.2458	0.1538	0.308	0.2685	0.308	0.2517	0.1914	0.2089	0.1914	0.2303
chr2R	20290125	20290304	chr2R:20290126-20290304	FBgn0035001	slik	stage11,stage14,stage5	none	VT21850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2412	0.2218	0.2904	0.209	0.1676	0.2563	0.2656	0.2791	0.1676	0.3678	0.3119	0.3678	0.2812	0.2297	0.216	0.2297	0.234
chr2R	20290393	20290611	chr2R:20290394-20290611	FBgn0035001	slik	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1801	0.1681	0.214	0.1562	0.1113	0.1893	0.2046	0.2219	0.1113	0.2717	0.2283	0.2717	0.2084	0.1738	0.1618	0.1738	0.1871
chr2R	20298835	20299163	chr2R:20298836-20299163	FBgn0035002	CG3419	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0487	0.0599	0.046	0.0244	0.0539	0.0614	0.0686	0.0244	0.0604	0.0682	0.0604	0.0697	0.0536	0.0438	0.0536	0.0552
chr2R	20299268	20299444	chr2R:20299269-20299444	FBgn0035002	CG3419	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0991	0.127	0.0873	0.0721	0.1155	0.1125	0.1346	0.0721	0.1618	0.1379	0.1618	0.127	0.1003	0.0858	0.1003	0.1073
chr2R	20299616	20299767	chr2R:20299617-20299767	FBgn0035002	CG3419	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0393	0.0494	0.0326	0.0255	0.0447	0.0536	0.0386	0.0255	0.0556	0.0592	0.0556	0.0449	0.0398	0.0329	0.0398	0.0443
chr2R	20315133	20315298	chr2R:20315134-20315298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.032	0.0288	0.0319	0.0201	0.033	0.0446	0.0413	0.0201	0.0338	0.0338	0.0338	0.038	0.0383	0.0413	0.0383	0.0459
chr2R	20331483	20331634	chr2R:20331484-20331634	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0133	0.0247	0.0093	0.0049	0.0106	0.0505	0.0268	0.0133	0.0106	0.0157	0.0077	0.0157	0.0116	0.0061	0.0064	0.0061	0.0042
chr2R	20342604	20342755	chr2R:20342605-20342755	FBgn0035010	CG13579	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0078	0.0065	0.0057	0.0117	0.0042	0.0039	0.0151	0.0033	0.0042	0.006	0.0064	0.006	0.0046	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr2R	20393935	20394086	chr2R:20393936-20394086	FBgn0035014	CG13581	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0159	0.0147	0.0114	0.0223	0.0085	0.0126	0.0255	0.0133	0.0085	0.0211	0.0109	0.0211	0.0101	0.0835	0.0084	0.0835	0.0057
chr2R	20397501	20397652	chr2R:20397502-20397652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0174	0.0323	0.0108	0.0079	0.0223	0.016	0.0631	0.0333	0.0223	0.0103	0.0151	0.0103	0.0054	0.0061	0.0129	0.0061	0.0052
chr2R	20401374	20401578	chr2R:20401375-20401578	distal	distal	stage5	stage5	VT21906.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0554	0.1038	0.0401	0.0182	0.0965	0.0505	0.1535	0.1679	0.0965	0.0296	0.0601	0.0296	0.0387	0.0237	0.0277	0.0237	0.0167
chr2R	20401849	20402180	chr2R:20401850-20402180	distal	distal	none	none	VT21906.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0718	0.0728	0.0793	0.0624	0.0435	0.0558	0.1047	0.1113	0.0435	0.0725	0.1023	0.0725	0.086	0.0628	0.0896	0.0628	0.0693
chr2R	20402479	20402670	chr2R:20402480-20402670	FBgn0019886	Letm1	stage11,stage14,stage5	none	VT21906.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1444	0.1418	0.1669	0.1225	0.0997	0.1684	0.1683	0.1759	0.0997	0.1969	0.1855	0.1969	0.1867	0.1462	0.138	0.1462	0.1438
chr2R	20402743	20402955	chr2R:20402744-20402955	FBgn0019886,FBgn0259185	Ir60b,Letm1	stage11,stage14,stage5	none	VT21906.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1878	0.1978	0.2029	0.1601	0.1442	0.2199	0.2409	0.2505	0.1442	0.247	0.2196	0.247	0.2076	0.1799	0.1728	0.1799	0.1871
chr2R	20403061	20403322	chr2R:20403062-20403322	FBgn0019886,FBgn0259185	Ir60b,Letm1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0911	0.0961	0.0656	0.0583	0.1053	0.1185	0.1039	0.0583	0.1208	0.1122	0.1208	0.086	0.0666	0.0729	0.0666	0.0766
chr2R	20412128	20412279	chr2R:20412129-20412279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.021	0.0198	0.0195	0.024	0.0042	0.018	0.0298	0.0306	0.0042	0.0242	0.0167	0.0242	0.0225	0.0123	0.0064	0.0123	0.0089
chr2R	20413277	20413482	chr2R:20413278-20413482	FBgn0035016,FBgn0050169	Brca2,CG4612	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0986	0.07	0.1204	0.1065	0.0392	0.1	0.061	0.1053	0.0392	0.1467	0.1386	0.1467	0.1208	0.1156	0.1103	0.1156	0.1178
chr2R	20413566	20413747	chr2R:20413567-20413747	FBgn0035016,FBgn0050169	Brca2,CG4612	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1629	0.1257	0.1995	0.1642	0.07	0.1738	0.1155	0.1939	0.07	0.2446	0.2212	0.2446	0.2122	0.1746	0.1644	0.1746	0.2069
chr2R	20418715	20418866	chr2R:20418716-20418866	FBgn0035019,FBgn0035020	CG13585,Ir60e	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.025	0.0415	0.0306	0.017	0.0262	0.035	0.03	0.017	0.0368	0.0505	0.0368	0.0457	0.0329	0.0284	0.0329	0.0406
chr2R	20419003	20419181	chr2R:20419004-20419181	FBgn0035019,FBgn0035020	CG13585,Ir60e	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1064	0.0606	0.1335	0.1278	0.0371	0.0869	0.0619	0.0746	0.0371	0.125	0.1505	0.125	0.1735	0.1355	0.1348	0.1355	0.161
chr2R	20419258	20419699	chr2R:20419259-20419699	FBgn0035019,FBgn0035020	CG13585,Ir60e	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1124	0.0609	0.1311	0.1494	0.0329	0.0961	0.0601	0.0673	0.0329	0.1111	0.1418	0.1111	0.1967	0.1432	0.1322	0.1432	0.2449
chr2R	20422388	20422539	chr2R:20422389-20422539	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0302	0.0437	0.0295	0.017	0.0296	0.0411	0.0386	0.017	0.0471	0.0508	0.0471	0.0496	0.0391	0.0245	0.0391	0.0448
chr2R	20422604	20422794	chr2R:20422605-20422794	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0525	0.0728	0.0551	0.0276	0.0602	0.0675	0.0646	0.0276	0.0749	0.0807	0.0749	0.0899	0.0536	0.0613	0.0536	0.0766
chr2R	20422875	20423056	chr2R:20422876-20423056	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.104	0.0901	0.1241	0.0975	0.0509	0.1044	0.0978	0.1359	0.0509	0.1443	0.1373	0.1443	0.1387	0.0957	0.1083	0.0957	0.1386
chr2R	20426726	20426966	chr2R:20426727-20426966	FBgn0035023	itp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.046	0.0135	0.0371	0.0922	0.0011	0.0243	0.0173	0.0087	0.0011	0.0242	0.0299	0.0242	0.117	0.111	0.0438	0.111	0.2168
chr2R	20427077	20427228	chr2R:20427078-20427228	FBgn0035023	itp	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0276	0.006	0.0209	0.0589	0.0021	0.0092	0.0078	0.004	0.0021	0.0217	0.0138	0.0217	0.0604	0.0934	0.0297	0.0934	0.1188
chr2R	20427363	20427519	chr2R:20427364-20427519	FBgn0035023	itp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0444	0.0146	0.0357	0.0873	0.0053	0.0223	0.016	0.0173	0.0053	0.0393	0.0212	0.0393	0.0937	0.1133	0.04	0.1133	0.1949
chr2R	20427826	20428080	chr2R:20427827-20428080	FBgn0035023	itp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.0167	0.0395	0.0829	0.0021	0.0248	0.019	0.022	0.0021	0.0314	0.0254	0.0314	0.1193	0.0674	0.0574	0.0674	0.2017
chr2R	20428132	20428333	chr2R:20428133-20428333	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0407	0.0118	0.0387	0.0751	0.0042	0.0204	0.0112	0.01	0.0042	0.0211	0.0254	0.0211	0.134	0.0329	0.0593	0.0329	0.1939
chr2R	20428417	20428568	chr2R:20428418-20428568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0237	0.0083	0.0212	0.0436	0.0021	0.0097	0.013	0.008	0.0021	0.0121	0.0183	0.0121	0.062	0.0184	0.0264	0.0184	0.1146
chr2R	20431049	20431293	chr2R:20431050-20431293	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1983	0.218	0.2451	0.1249	0.1866	0.251	0.2228	0.3198	0.1866	0.3243	0.3119	0.3243	0.2254	0.2037	0.156	0.2037	0.1704
chr2R	20431379	20431552	chr2R:20431380-20431552	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0974	0.1191	0.1298	0.0375	0.0933	0.1141	0.1254	0.2065	0.0933	0.1027	0.2151	0.1027	0.0991	0.0368	0.0754	0.0368	0.0391
chr2R	20431878	20432357	chr2R:20431879-20432357	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0953	0.1028	0.1334	0.0453	0.0467	0.0981	0.1099	0.2012	0.0467	0.0894	0.2312	0.0894	0.086	0.0375	0.0903	0.0375	0.0578
chr2R	20432480	20432633	chr2R:20432481-20432633	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0361	0.0432	0.0405	0.0234	0.0085	0.0466	0.0541	0.072	0.0085	0.0326	0.0588	0.0326	0.0387	0.0322	0.0342	0.0322	0.0318
chr2R	20435206	20435357	chr2R:20435207-20435357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0347	0.0522	0.0345	0.0153	0.0329	0.0553	0.0567	0.0846	0.0329	0.0205	0.0563	0.0205	0.0333	0.013	0.0219	0.013	0.0234
chr2R	20438632	20438783	chr2R:20438633-20438783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0109	0.0083	0.0127	0.0118	0.0011	0.0092	0.0143	0.0087	0.0011	0.0072	0.0193	0.0072	0.0201	0.0038	0.029	0.0038	0.0125
chr2R	20441319	20441470	chr2R:20441320-20441470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0173	0.0219	0.019	0.0103	0.0032	0.0175	0.0381	0.0293	0.0032	0.0248	0.0235	0.0248	0.0163	0.0145	0.0064	0.0145	0.0156
chr2R	20442580	20442731	chr2R:20442581-20442731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0135	0.0093	0.0142	0.0173	0.0021	0.0087	0.0164	0.01	0.0021	0.026	0.0129	0.026	0.0139	0.0658	0.0039	0.0658	0.0083
chr2R	20443069	20443445	chr2R:20443070-20443445	FBgn0035021	CG4622	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0376	0.0485	0.0276	0.0148	0.0456	0.0454	0.052	0.0148	0.0707	0.0601	0.0707	0.0356	0.0727	0.0161	0.0727	0.0307
chr2R	20444457	20444685	chr2R:20444458-20444685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0592	0.0675	0.0648	0.0437	0.0339	0.0786	0.0787	0.0966	0.0339	0.0719	0.0688	0.0719	0.0837	0.0597	0.0432	0.0597	0.0604
chr2R	20445078	20445229	chr2R:20445079-20445229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0428	0.0535	0.0447	0.029	0.0297	0.0592	0.0601	0.0879	0.0297	0.0519	0.0527	0.0519	0.0418	0.0398	0.0271	0.0398	0.0328
chr2R	20448498	20448685	chr2R:20448499-20448685	FBgn0016687,FBgn0035024	CG11414,Nurf-38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1376	0.123	0.1614	0.1278	0.0817	0.1529	0.1202	0.1925	0.0817	0.1932	0.1749	0.1932	0.1782	0.1371	0.1309	0.1371	0.1678
chr2R	20449018	20449195	chr2R:20449019-20449195	FBgn0016687,FBgn0035024	CG11414,Nurf-38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1284	0.1056	0.1552	0.1245	0.0647	0.1388	0.1068	0.1486	0.0647	0.1866	0.163	0.1866	0.1751	0.1386	0.136	0.1386	0.1694
chr2R	20449275	20449452	chr2R:20449276-20449452	FBgn0035024	CG11414	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0476	0.0753	0.055	0.0233	0.0665	0.0463	0.0693	0.0233	0.0954	0.0785	0.0954	0.0868	0.0613	0.0567	0.0613	0.0756
chr2R	20452698	20452930	chr2R:20452699-20452930	FBgn0035025	uri	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0836	0.0512	0.0759	0.1281	0.0276	0.0602	0.058	0.0773	0.0276	0.0634	0.0826	0.0634	0.1263	0.1202	0.1225	0.1202	0.1918
chr2R	20452984	20453174	chr2R:20452985-20453174	FBgn0035025	uri	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.086	0.0702	0.0905	0.0989	0.0498	0.0869	0.0787	0.0953	0.0498	0.0984	0.0965	0.0984	0.117	0.1248	0.1025	0.1248	0.1204
chr2R	20458564	20458715	chr2R:20458565-20458715	FBgn0035026,FBgn0035027	CG3511,Fcp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0204	0.0287	0.0203	0.0085	0.0243	0.0285	0.022	0.0085	0.0338	0.027	0.0338	0.0263	0.0161	0.0116	0.0161	0.0193
chr2R	20459024	20459227	chr2R:20459025-20459227	FBgn0035026,FBgn0035027	CG3511,Fcp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.0755	0.0973	0.0745	0.0477	0.085	0.0869	0.1139	0.0477	0.1021	0.1064	0.1021	0.1053	0.072	0.0664	0.072	0.0964
chr2R	20459264	20459483	chr2R:20459265-20459483	FBgn0035026,FBgn0035027	CG3511,Fcp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.095	0.0823	0.1152	0.087	0.0498	0.1	0.0943	0.1159	0.0498	0.1298	0.1248	0.1298	0.1239	0.0919	0.0787	0.0919	0.1214
chr2R	20461667	20461904	chr2R:20461668-20461904	FBgn0035028	Start1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.056	0.0782	0.057	0.0318	0.0558	0.0709	0.0819	0.0318	0.0906	0.0965	0.0906	0.0689	0.0712	0.0548	0.0712	0.0761
chr2R	20461974	20462161	chr2R:20461975-20462161	FBgn0035028	Start1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0973	0.0829	0.116	0.093	0.0477	0.0888	0.0965	0.1292	0.0477	0.1383	0.1412	0.1383	0.11	0.1248	0.1019	0.1248	0.1167
chr2R	20467847	20468153	chr2R:20467848-20468153	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0586	0.0758	0.0755	0.0209	0.0382	0.0568	0.0852	0.1566	0.0382	0.0199	0.1621	0.0199	0.0248	0.01	0.0671	0.01	0.0073
chr2R	20468643	20468865	chr2R:20468644-20468865	FBgn0020521	pio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0784	0.0654	0.1181	0.0492	0.0403	0.0612	0.0588	0.1406	0.0403	0.0187	0.2614	0.0187	0.0294	0.0084	0.1876	0.0084	0.012
chr2R	20470209	20470360	chr2R:20470210-20470360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0147	0.0348	0.012	0.0106	0.0155	0.0216	0.0147	0.0106	0.0103	0.0704	0.0103	0.017	0.0077	0.0361	0.0077	0.0057
chr2R	20470373	20470524	chr2R:20470374-20470524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0162	0.0303	0.012	0.0074	0.0141	0.0225	0.026	0.0074	0.0103	0.0614	0.0103	0.0124	0.0061	0.0368	0.0061	0.0052
chr2R	20472866	20473017	chr2R:20472867-20473017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0193	0.0319	0.0135	0.0116	0.0191	0.0214	0.0363	0.0686	0.0191	0.0054	0.0244	0.0054	0.0093	0.0084	0.0297	0.0084	0.0063
chr2R	20473213	20473364	chr2R:20473214-20473364	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0177	0.0236	0.0156	0.0134	0.0085	0.0184	0.0324	0.0426	0.0085	0.0097	0.0273	0.0097	0.0054	0.0077	0.0355	0.0077	0.0104
chr2R	20475240	20475411	chr2R:20475241-20475411	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0206	0.0334	0.0167	0.0117	0.0243	0.0229	0.0293	0.0117	0.0121	0.064	0.0121	0.0178	0.01	0.049	0.01	0.0052
chr2R	20475625	20475830	chr2R:20475626-20475830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0232	0.0261	0.0116	0.0085	0.0209	0.0346	0.0353	0.0085	0.0133	0.0453	0.0133	0.0147	0.0038	0.0309	0.0038	0.0052
chr2R	20475867	20476019	chr2R:20475868-20476019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0217	0.0206	0.0121	0.0053	0.0243	0.0277	0.0346	0.0053	0.0103	0.0363	0.0103	0.0139	0.0092	0.0329	0.0092	0.0042
chr2R	20476877	20477028	chr2R:20476878-20477028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.01	0.0141	0.0121	0.0032	0.0092	0.0156	0.014	0.0032	0.0133	0.0225	0.0133	0.0124	0.0069	0.0374	0.0069	0.0042
chr2R	20478355	20478506	chr2R:20478356-20478506	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0195	0.026	0.0198	0.012	0.0085	0.0267	0.0255	0.052	0.0085	0.0127	0.0334	0.0127	0.0147	0.0077	0.0271	0.0077	0.0109
chr2R	20478553	20478704	chr2R:20478554-20478704	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0173	0.0244	0.0176	0.0091	0.0042	0.0209	0.0307	0.0473	0.0042	0.0109	0.0312	0.0109	0.0101	0.0069	0.0226	0.0069	0.0042
chr2R	20481322	20481554	chr2R:20481323-20481554	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.039	0.0464	0.051	0.0175	0.0138	0.065	0.0385	0.0826	0.0138	0.0248	0.0968	0.0248	0.0256	0.0084	0.0516	0.0084	0.0083
chr2R	20481767	20482020	chr2R:20481768-20482020	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0299	0.0404	0.032	0.0127	0.0335	0.0372	0.0433	0.0127	0.0181	0.0749	0.0181	0.0232	0.0123	0.107	0.0123	0.0125
chr2R	20487257	20487480	chr2R:20487258-20487480	FBgn0035032,FBgn0035033	CG3548,CG4692	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2106	0.1983	0.2528	0.1781	0.1251	0.2369	0.2357	0.2512	0.1251	0.317	0.273	0.317	0.2502	0.196	0.1734	0.196	0.2157
chr2R	20491045	20491238	chr2R:20491046-20491238	FBgn0035035	CG3570	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0655	0.0638	0.0731	0.059	0.0392	0.0752	0.0584	0.1113	0.0392	0.0592	0.0955	0.0592	0.0922	0.0605	0.0535	0.0605	0.0855
chr2R	20494229	20494380	chr2R:20494230-20494380	FBgn0035036,FBgn0259742	CG42360,CG4707	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0457	0.0324	0.06	0.045	0.0106	0.0456	0.0372	0.0406	0.0106	0.0719	0.0662	0.0719	0.0643	0.0421	0.0393	0.0421	0.0651
chr2R	20494472	20494627	chr2R:20494473-20494627	FBgn0035036,FBgn0259742	CG42360,CG4707	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.093	0.0601	0.1239	0.0961	0.0329	0.0864	0.0584	0.0833	0.0329	0.1486	0.1373	0.1486	0.1301	0.1003	0.0974	0.1003	0.1344
chr2R	20494677	20494853	chr2R:20494678-20494853	FBgn0035036,FBgn0259707,FBgn0259742	CG42360,CG42361,CG4707	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.0997	0.1796	0.1329	0.053	0.1413	0.096	0.1432	0.053	0.212	0.2013	0.212	0.1905	0.1462	0.1251	0.1462	0.1662
chr2R	20494959	20495233	chr2R:20494960-20495233	FBgn0035036,FBgn0259707,FBgn0259742	CG42360,CG42361,CG4707	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0648	0.0465	0.0829	0.0653	0.0244	0.0699	0.0493	0.0526	0.0244	0.1117	0.0871	0.1117	0.079	0.0681	0.0503	0.0681	0.062
chr2R	20498668	20498819	chr2R:20498669-20498819	FBgn0035039	CG3608	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0309	0.0349	0.0244	0.0127	0.0311	0.0433	0.0433	0.0127	0.0242	0.0441	0.0242	0.0442	0.0168	0.0309	0.0168	0.0261
chr2R	20498868	20499058	chr2R:20498869-20499058	FBgn0035039	CG3608	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0873	0.0796	0.0909	0.0919	0.0435	0.0922	0.09	0.1199	0.0435	0.0761	0.117	0.0761	0.1139	0.0613	0.1167	0.0613	0.1126
chr2R	20499106	20499294	chr2R:20499107-20499294	FBgn0035039	CG3608	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0999	0.0699	0.1085	0.1241	0.0329	0.0961	0.0701	0.1019	0.0329	0.093	0.1338	0.093	0.1518	0.0881	0.158	0.0881	0.1615
chr2R	20518504	20518684	chr2R:20518505-20518684	FBgn0015040	Cyp9c1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0331	0.0211	0.0277	0.0525	0.0148	0.0194	0.0337	0.0207	0.0148	0.0284	0.0286	0.0284	0.048	0.0934	0.0561	0.0934	0.0677
chr2R	20526055	20526206	chr2R:20526056-20526206	FBgn0035041	CG13594	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0074	0.0083	0.0053	0.0085	0.0053	0.0049	0.0199	0.004	0.0053	0.0085	0.0035	0.0085	0.0077	0.0015	0.0013	0.0015	0.0057
chr2R	20529848	20529999	chr2R:20529849-20529999	FBgn0035043	CG4781	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0104	0.0072	0.0065	0.0181	0	0.0073	0.0134	0.0067	0	0.0054	0.0035	0.0054	0.0217	0.0054	0.0052	0.0054	0.0542
chr2R	20548918	20549133	chr2R:20548919-20549133	FBgn0035044	CG3663	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0953	0.093	0.0675	0.052	0.0816	0.1432	0.1272	0.052	0.1051	0.108	0.1051	0.1115	0.0773	0.0851	0.0773	0.0954
chr2R	20549322	20549473	chr2R:20549323-20549473	FBgn0035044	CG3663	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0323	0.0419	0.0336	0.0201	0.0276	0.032	0.0718	0.044	0.0276	0.0386	0.0357	0.0386	0.0411	0.0214	0.0251	0.0214	0.0281
chr2R	20550102	20550253	chr2R:20550103-20550253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0199	0.0285	0.0152	0.0155	0.0138	0.0209	0.0614	0.0173	0.0138	0.0163	0.0158	0.0163	0.0186	0.0161	0.0071	0.0161	0.0313
chr2R	20551451	20551602	chr2R:20551452-20551602	FBgn0035046,FBgn0050161	CG30161,CG3683	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0702	0.0331	0.0182	0.0573	0.032	0.1406	0.0633	0.0573	0.0374	0.0389	0.0374	0.0263	0.0168	0.0245	0.0168	0.0224
chr2R	20551612	20552010	chr2R:20551613-20552010	FBgn0035046,FBgn0050161	CG30161,CG3683	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.1322	0.1765	0.125	0.0905	0.1262	0.1291	0.3067	0.1732	0.1262	0.1449	0.1379	0.1449	0.1418	0.111	0.0941	0.111	0.1105
chr2R	20552152	20552423	chr2R:20552153-20552423	FBgn0035046,FBgn0050161	CG30161,CG3683	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.1306	0.0841	0.0597	0.1082	0.0845	0.2448	0.1093	0.1082	0.1069	0.09	0.1069	0.0953	0.0758	0.0509	0.0758	0.075
chr2R	20552508	20552682	chr2R:20552509-20552682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.1133	0.0491	0.0319	0.1135	0.0437	0.2435	0.068	0.1135	0.0574	0.0569	0.0574	0.0542	0.0429	0.0251	0.0429	0.0433
chr2R	20552720	20552871	chr2R:20552721-20552871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.1021	0.0315	0.0194	0.1039	0.0325	0.2279	0.06	0.1039	0.0399	0.0328	0.0399	0.0426	0.0222	0.0161	0.0222	0.0292
chr2R	20553412	20553627	chr2R:20553413-20553627	FBgn0085243	CG34214	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0766	0.1714	0.036	0.0153	0.2057	0.0636	0.3495	0.1126	0.2057	0.0471	0.0357	0.0471	0.0503	0.0207	0.0142	0.0207	0.0203
chr2R	20553705	20553861	chr2R:20553706-20553861	FBgn0085243	CG34214	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0572	0.1226	0.031	0.013	0.1326	0.0461	0.2539	0.0866	0.1326	0.035	0.0325	0.035	0.0465	0.0184	0.0097	0.0184	0.0198
chr2R	20555801	20555978	chr2R:20555802-20555978	FBgn0260456	CG4806	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.084	0.0745	0.1022	0.0746	0.0403	0.085	0.0939	0.1019	0.0403	0.1371	0.1106	0.1371	0.1015	0.0735	0.0767	0.0735	0.1053
chr2R	20556222	20556616	chr2R:20556223-20556616	FBgn0035047,FBgn0260456,FBgn0261373	CG33228,CG4806,Pof	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1129	0.1113	0.1335	0.0922	0.071	0.1102	0.1687	0.1246	0.071	0.1703	0.1405	0.1703	0.1425	0.1041	0.0883	0.1041	0.1115
chr2R	20556769	20556941	chr2R:20556770-20556941	FBgn0035047,FBgn0261373	CG33228,Pof	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1914	0.1929	0.2175	0.161	0.1665	0.2107	0.2375	0.2445	0.1665	0.2711	0.2318	0.2711	0.2378	0.1753	0.1657	0.1753	0.1949
chr2R	20560630	20560803	chr2R:20560631-20560803	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0217	0.0273	0.0432	0.0106	0.0214	0.0316	0.028	0.0106	0.026	0.0376	0.026	0.0302	0.0735	0.0658	0.0735	0.038
chr2R	20565353	20565504	chr2R:20565354-20565504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0109	0.0101	0.0105	0.0123	0.0021	0.0083	0.019	0.0113	0.0021	0.0097	0.01	0.0097	0.0209	0.0107	0.0058	0.0107	0.025
chr2R	20566578	20566729	chr2R:20566579-20566729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0098	0.011	0.0062	0.0125	0.0032	0.0049	0.026	0.0073	0.0032	0.0048	0.0058	0.0048	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chr2R	20571843	20571994	chr2R:20571844-20571994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.014	0.0097	0.0124	0.0205	0.0032	0.0073	0.0195	0.0093	0.0032	0.006	0.0113	0.006	0.0356	0.0084	0.0084	0.0084	0.0594
chr2R	20572545	20572726	chr2R:20572546-20572726	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.006	0.0108	0.0551	0.0021	0.0063	0.0112	0.004	0.0021	0.0054	0.0116	0.0054	0.0232	0.0544	0.0484	0.0544	0.1209
chr2R	20573788	20573939	chr2R:20573789-20573939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.011	0.0128	0.0252	0.0042	0.0078	0.0199	0.0113	0.0042	0.0163	0.0122	0.0163	0.0178	0.085	0.009	0.085	0.0141
chr2R	20574995	20575170	chr2R:20574996-20575170	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0241	0.0123	0.0203	0.0415	0.0074	0.0107	0.0212	0.0127	0.0074	0.0139	0.019	0.0139	0.0139	0.0199	0.0123	0.0199	0.0198
chr2R	20575364	20575569	chr2R:20575365-20575569	FBgn0035049	Mmp1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.021	0.0096	0.014	0.0414	0.0021	0.0117	0.0156	0.008	0.0021	0.0079	0.0148	0.0079	0.0201	0.0459	0.0232	0.0459	0.0318
chr2R	20580774	20580925	chr2R:20580775-20580925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0168	0.012	0.014	0.0252	0.0053	0.0112	0.0203	0.012	0.0053	0.0139	0.0109	0.0139	0.0279	0.0283	0.0135	0.0283	0.0323
chr2R	20581856	20582007	chr2R:20581857-20582007	FBgn0035050	ST6Gal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0072	0.0114	0.0173	0.0032	0.0058	0.013	0.008	0.0032	0.0079	0.0122	0.0079	0.0178	0.0084	0.009	0.0084	0.012
chr2R	20589329	20589480	chr2R:20589330-20589480	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0202	0.0327	0.0127	0.0146	0.0159	0.0214	0.0593	0.0366	0.0159	0.0139	0.0161	0.0139	0.0054	0.0092	0.0148	0.0092	0.0109
chr2R	20593167	20593318	chr2R:20593168-20593318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0084	0.0108	0.0055	0.0089	0.0064	0.0039	0.0229	0.0093	0.0064	0.0066	0.0058	0.0066	0.0039	0.0023	6e-04	0.0023	0.0057
chr2R	20597661	20597812	chr2R:20597662-20597812	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0074	0.0071	0.0056	0.0096	0.0021	0.0044	0.0156	0.0047	0.0021	0.0079	0.0055	0.0079	0.0039	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr2R	20598775	20598926	chr2R:20598776-20598926	distal	distal	stage14	stage14	VT22013.1	VT22013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.011	0.0156	0.0071	0.0103	0.0053	0.0141	0.0307	0.0107	0.0053	0.0097	0.0058	0.0097	0.0023	0.0038	0.0019	0.0038	0.0057
chr2R	20600048	20600199	chr2R:20600049-20600199	distal	distal	none	none	VT22013.1	VT22013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0141	0.0091	0.0166	0.0085	0.0146	0.0212	0.0167	0.0085	0.0103	0.0093	0.0103	0.0054	0.0077	0.0045	0.0077	0.0031
chr2R	20600396	20600547	chr2R:20600397-20600547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0302	0.0187	0.0302	0.0159	0.0345	0.0394	0.0413	0.0159	0.0272	0.0129	0.0272	0.0101	0.0054	0.011	0.0054	0.0042
chr2R	20604474	20604625	chr2R:20604475-20604625	distal	distal	none	none	VT22015.1	VT22015.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0137	0.0168	0.0123	0.0117	0.0106	0.0214	0.026	0.012	0.0106	0.0242	0.0093	0.0242	0.0085	0.0054	0.0026	0.0054	0.0036
chr2R	20606245	20606423	chr2R:20606246-20606423	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0225	0.041	0.0193	0.0054	0.0212	0.0694	0.042	0.036	0.0212	0.0417	0.0145	0.0417	0.0155	0.0069	0.0039	0.0069	0.0073
chr2R	20606711	20606952	chr2R:20606712-20606952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0224	0.0288	0.0236	0.0141	0.0095	0.0505	0.0346	0.0227	0.0095	0.0477	0.0193	0.0477	0.0232	0.0138	0.0142	0.0138	0.0109
chr2R	20611867	20612018	chr2R:20611868-20612018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0128	0.0197	0.0126	0.0054	0.0085	0.0398	0.0199	0.0133	0.0085	0.0187	0.0119	0.0187	0.0077	0	0.0052	0	0.0026
chr2R	20612398	20612549	chr2R:20612399-20612549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0155	0.0232	0.017	0.0052	0.0117	0.0437	0.0225	0.0153	0.0117	0.035	0.0164	0.035	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr2R	20612690	20612841	chr2R:20612691-20612841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.014	0.0228	0.0137	0.0045	0.0117	0.0354	0.0264	0.0213	0.0117	0.0302	0.0119	0.0302	0.007	0.0023	0.0039	0.0023	0.0021
chr2R	20614773	20614930	chr2R:20614774-20614930	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0252	0.0189	0.0269	0.018	0.0282	0.035	0.026	0.018	0.0362	0.0154	0.0362	0.0077	0.0444	0.009	0.0444	0.0172
chr2R	20615012	20615356	chr2R:20615013-20615356	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0642	0.085	0.0439	0.0631	0.0679	0.0854	0.1086	0.1126	0.0679	0.0725	0.0415	0.0725	0.0132	0.0605	0.0219	0.0605	0.0146
chr2R	20623264	20623424	chr2R:20623265-20623424	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.0339	0.0321	0.0248	0.0159	0.0451	0.0333	0.052	0.0159	0.0682	0.0244	0.0682	0.0132	0.0123	0.0129	0.0123	0.0047
chr2R	20624194	20624370	chr2R:20624195-20624370	FBgn0053988	CG33988	stage11,stage14,stage5	none	VT22023.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0756	0.0953	0.0808	0.0479	0.0562	0.1311	0.1081	0.1193	0.0562	0.189	0.0627	0.189	0.0186	0.0069	0.0168	0.0069	0.0036
chr2R	20624522	20624673	chr2R:20624523-20624673	FBgn0053988	CG33988	stage11,stage14,stage5	none	VT22023.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0282	0.0364	0.0246	0.023	0.0159	0.0461	0.045	0.0446	0.0159	0.0368	0.0273	0.0368	0.0046	0.0069	0.0064	0.0069	0.0047
chr2R	20625878	20626176	chr2R:20625879-20626176	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT22023.1,VT22024.1	VT22024.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0538	0.0583	0.0478	0.0553	0.0244	0.0762	0.0744	0.07	0.0244	0.0676	0.0373	0.0676	0.0294	0.01	0.0129	0.01	0.0172
chr2R	20626839	20626990	chr2R:20626840-20626990	distal	distal	stage14	stage14	VT22024.1	VT22024.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0105	0.0102	0.0389	0.0074	0.0097	0.0151	0.0127	0.0074	0.006	0.0064	0.006	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0047
chr2R	20628461	20628612	chr2R:20628462-20628612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0231	0.0118	0.0164	0.043	0.0021	0.0131	0.0208	0.01	0.0021	0.0091	0.009	0.0091	0.0132	0.0115	0.0052	0.0115	0.0083
chr2R	20628899	20629050	chr2R:20628900-20629050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0071	0.0091	0.0365	0.0042	0.0053	0.0125	0.008	0.0042	0.0042	0.0039	0.0042	0.0085	0.0061	0.0052	0.0061	0.0094
chr2R	20629068	20629219	chr2R:20629069-20629219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.01	0.0099	0.0305	0.0021	0.0136	0.0138	0.0107	0.0021	0.0079	0.0074	0.0079	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chr2R	20629293	20629444	chr2R:20629294-20629444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0153	0.014	0.0412	0.0042	0.0175	0.0225	0.02	0.0042	0.0145	0.009	0.0145	0.0139	0.0168	0.0071	0.0168	0.0208
chr2R	20630926	20631104	chr2R:20630927-20631104	FBgn0050421	CG30421	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1692	0.1634	0.1938	0.1489	0.1113	0.1932	0.2042	0.1892	0.1113	0.244	0.2023	0.244	0.2138	0.1562	0.1534	0.1562	0.172
chr2R	20631205	20631388	chr2R:20631206-20631388	FBgn0050421	CG30421	stage11,stage14,stage5	none	VT22027.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2165	0.2054	0.2518	0.1901	0.1559	0.2427	0.2457	0.2358	0.1559	0.3068	0.2746	0.3068	0.2634	0.209	0.1915	0.209	0.2251
chr2R	20631473	20631624	chr2R:20631474-20631624	FBgn0050421	CG30421	stage11,stage5	none	VT22027.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.107	0.0847	0.1359	0.1003	0.0477	0.1068	0.1003	0.1019	0.0477	0.1588	0.1476	0.1588	0.1387	0.1011	0.1012	0.1011	0.1027
chr2R	20631701	20631886	chr2R:20631702-20631886	FBgn0050421	CG30421	stage11,stage14,stage5	none	VT22027.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1436	0.1223	0.1684	0.1404	0.0795	0.149	0.157	0.1339	0.0795	0.2138	0.1688	0.2138	0.1689	0.1225	0.1296	0.1225	0.147
chr2R	20632079	20632321	chr2R:20632080-20632321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0594	0.0594	0.0683	0.0497	0.0265	0.0665	0.0848	0.072	0.0265	0.087	0.065	0.087	0.086	0.0337	0.0426	0.0337	0.0688
chr2R	20632830	20632998	chr2R:20632831-20632998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0341	0.0263	0.0332	0.0439	0.0127	0.0345	0.0342	0.028	0.0127	0.038	0.0283	0.038	0.0689	0.0245	0.0213	0.0245	0.1105
chr2R	20633184	20633376	chr2R:20633185-20633376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0325	0.0416	0.0511	0.0201	0.034	0.0515	0.0266	0.0201	0.0586	0.0264	0.0586	0.0883	0.0712	0.0219	0.0712	0.1073
chr2R	20633794	20633961	chr2R:20633795-20633961	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0232	0.048	0.0667	0.0085	0.0282	0.0355	0.0207	0.0085	0.0984	0.0354	0.0984	0.0589	0.1133	0.0322	0.1133	0.1298
chr2R	20634114	20634265	chr2R:20634115-20634265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0262	0.0218	0.0234	0.0343	0.0201	0.016	0.0372	0.0207	0.0201	0.0308	0.0203	0.0308	0.0426	0.0337	0.0206	0.0337	0.0797
chr2R	20637202	20637363	chr2R:20637203-20637363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0256	0.0257	0.0213	0.0301	0.0095	0.0267	0.0402	0.028	0.0095	0.0205	0.0215	0.0205	0.0325	0.0314	0.0413	0.0314	0.0474
chr2R	20638080	20638231	chr2R:20638081-20638231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0151	0.0162	0.0178	0.0095	0.0141	0.0221	0.0193	0.0095	0.0163	0.0209	0.0163	0.0147	0.0123	0.038	0.0123	0.0203
chr2R	20643385	20643536	chr2R:20643386-20643536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0292	0.0187	0.0099	0.0212	0.0199	0.0484	0.0326	0.0212	0.0217	0.0199	0.0217	0.0194	0.0077	0.0155	0.0077	0.013
chr2R	20644286	20644437	chr2R:20644287-20644437	FBgn0035056	spz6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0287	0.0201	0.0202	0.017	0.0282	0.0446	0.0326	0.017	0.0223	0.0254	0.0223	0.0225	0.0191	0.0271	0.0191	0.0281
chr2R	20644628	20644831	chr2R:20644629-20644831	FBgn0035056	spz6	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0595	0.0641	0.0551	0.0593	0.0551	0.0612	0.0848	0.0813	0.0551	0.0459	0.0749	0.0459	0.0635	0.0214	0.1386	0.0214	0.0724
chr2R	20644832	20645052	chr2R:20644833-20645052	FBgn0035056	spz6	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0512	0.0479	0.0429	0.0639	0.0414	0.0383	0.0748	0.0526	0.0414	0.0242	0.0621	0.0242	0.0519	0.0138	0.2095	0.0138	0.0391
chr2R	20645208	20645438	chr2R:20645209-20645438	FBgn0035056	spz6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0282	0.036	0.0432	0.018	0.0262	0.042	0.0346	0.018	0.0217	0.0518	0.0217	0.0364	0.0107	0.138	0.0107	0.0219
chr2R	20647937	20648220	chr2R:20647938-20648220	FBgn0035057	CG3880	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0598	0.0404	0.077	0.0625	0.018	0.0471	0.0541	0.052	0.018	0.0405	0.1399	0.0405	0.038	0.0153	0.2166	0.0153	0.0255
chr2R	20650503	20650726	chr2R:20650504-20650726	FBgn0035059,FBgn0040666	CG12848,CG3894	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1555	0.1416	0.1901	0.1331	0.1177	0.1675	0.1605	0.1819	0.1177	0.2379	0.1949	0.2379	0.2208	0.1478	0.1309	0.1478	0.1688
chr2R	20653825	20654040	chr2R:20653826-20654040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0411	0.0455	0.0404	0.037	0.0201	0.0442	0.0714	0.05	0.0201	0.0417	0.0421	0.0417	0.0612	0.0276	0.0316	0.0276	0.0782
chr2R	20654994	20655381	chr2R:20654995-20655381	FBgn0027590	CG16936	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0861	0.0491	0.0925	0.1205	0.0233	0.066	0.0567	0.0653	0.0233	0.0906	0.0746	0.0906	0.2161	0.1263	0.0722	0.1263	0.2548
chr2R	20655596	20655835	chr2R:20655597-20655835	FBgn0027590	CG16936	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1156	0.0576	0.1231	0.1723	0.0361	0.0835	0.0666	0.0613	0.0361	0.1413	0.1048	0.1413	0.261	0.2335	0.1721	0.2335	0.2934
chr2R	20662312	20662644	chr2R:20662313-20662644	FBgn0035060	Eps-15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0947	0.0851	0.1105	0.0879	0.0498	0.0879	0.1047	0.1266	0.0498	0.1147	0.1177	0.1147	0.1301	0.0758	0.0748	0.0758	0.1001
chr2R	20662703	20662874	chr2R:20662704-20662874	FBgn0035060	Eps-15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1146	0.1022	0.1336	0.1075	0.071	0.1087	0.1263	0.1386	0.071	0.1498	0.1453	0.1498	0.1487	0.1087	0.1109	0.1087	0.1344
chr2R	20663063	20663301	chr2R:20663064-20663301	FBgn0035060	Eps-15	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0351	0.0614	0.0504	0.018	0.032	0.051	0.046	0.018	0.0646	0.0707	0.0646	0.0728	0.0536	0.0638	0.0536	0.0651
chr2R	20665335	20665486	chr2R:20665336-20665486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0211	0.0284	0.0237	0.01	0.0159	0.0238	0.0497	0.0273	0.0159	0.0284	0.0289	0.0284	0.017	0.0092	0.0168	0.0092	0.0094
chr2R	20667334	20667523	chr2R:20667335-20667523	FBgn0025578,FBgn0086908	Lcp9,egg	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0844	0.0639	0.1104	0.0787	0.0414	0.0801	0.0649	0.0966	0.0414	0.1292	0.118	0.1292	0.1286	0.0911	0.0787	0.0911	0.0964
chr2R	20667594	20667760	chr2R:20667595-20667760	FBgn0025578,FBgn0086908	Lcp9,egg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.0322	0.0685	0.0386	0.0148	0.0398	0.0359	0.0473	0.0148	0.087	0.0727	0.087	0.0744	0.0421	0.0426	0.0421	0.0417
chr2R	20668060	20668211	chr2R:20668061-20668211	FBgn0025578,FBgn0035063	Eap,Lcp9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0349	0.0666	0.0464	0.0159	0.0481	0.0324	0.0566	0.0159	0.0797	0.0666	0.0797	0.0775	0.0352	0.0503	0.0352	0.0641
chr2R	20668319	20668498	chr2R:20668320-20668498	FBgn0025578,FBgn0035063	Eap,Lcp9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.13	0.0906	0.1773	0.1221	0.0456	0.1335	0.0839	0.1319	0.0456	0.2107	0.1897	0.2107	0.206	0.1394	0.1244	0.1394	0.1501
chr2R	20670967	20671126	chr2R:20670968-20671126	FBgn0035064,FBgn0035065	CG16912,CG3589	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.0581	0.1459	0.1104	0.0308	0.0835	0.0437	0.0979	0.0308	0.1818	0.1746	0.1818	0.1479	0.1279	0.1335	0.1279	0.1344
chr2R	20674428	20674579	chr2R:20674429-20674579	FBgn0041205	key	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0435	0.0518	0.0345	0.0201	0.0461	0.0558	0.0666	0.0201	0.0646	0.0576	0.0646	0.0534	0.0391	0.0297	0.0391	0.0375
chr2R	20674608	20674789	chr2R:20674609-20674789	FBgn0041205	key	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0781	0.0849	0.0663	0.0467	0.0859	0.0995	0.1086	0.0467	0.0996	0.0916	0.0996	0.1038	0.0712	0.0722	0.0712	0.075
chr2R	20674852	20675051	chr2R:20674853-20675051	FBgn0041205	key	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.1069	0.1414	0.1079	0.0732	0.1291	0.1202	0.1506	0.0732	0.1703	0.1637	0.1703	0.1371	0.1164	0.1206	0.1164	0.1183
chr2R	20675146	20675416	chr2R:20675147-20675416	FBgn0041205	key	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.063	0.0568	0.0756	0.0561	0.0286	0.0636	0.0727	0.0813	0.0286	0.0827	0.0923	0.0827	0.0604	0.0559	0.0819	0.0559	0.0563
chr2R	20680799	20681045	chr2R:20680800-20681045	FBgn0015801,FBgn0262902	CR43257,Reg-5	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0468	0.0167	0.0353	0.093	0.0032	0.0214	0.0208	0.022	0.0032	0.0211	0.0412	0.0211	0.0713	0.0306	0.1593	0.0306	0.1777
chr2R	20681231	20681406	chr2R:20681232-20681406	FBgn0015801,FBgn0262902	CR43257,Reg-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0256	0.0125	0.0199	0.0465	0.0042	0.0136	0.0164	0.016	0.0042	0.0187	0.0212	0.0187	0.031	0.0176	0.0735	0.0176	0.0886
chr2R	20684906	20685093	chr2R:20684907-20685093	FBgn0023181,FBgn0035068	CG12849,Orc4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.1233	0.1679	0.1159	0.0721	0.1655	0.125	0.1739	0.0721	0.183	0.2042	0.183	0.1572	0.1248	0.1283	0.1248	0.1459
chr2R	20685328	20685479	chr2R:20685329-20685479	FBgn0023181,FBgn0035068	CG12849,Orc4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.033	0.0372	0.021	0.0244	0.0306	0.0398	0.0513	0.0244	0.0411	0.0453	0.0411	0.0333	0.0222	0.0297	0.0222	0.0203
chr2R	20688306	20688689	chr2R:20688307-20688689	distal	distal	stage5	stage5	Dll_207,VT22063.1,VT22064.1	VT22063.1,VT22064.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0574	0.1272	0.0286	0.011	0.0997	0.0505	0.2003	0.2119	0.0997	0.0266	0.0428	0.0266	0.0108	0.01	0.0116	0.01	0.0094
chr2R	20689972	20690129	chr2R:20689973-20690129	distal	distal	none	none	Dll_215,VT22064.1	Dll_215,VT22064.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0202	0.0183	0.0292	0.0124	0.0064	0.0175	0.0221	0.0326	0.0064	0.0079	0.0601	0.0079	0.0116	0.0054	0.0387	0.0054	0.0063
chr2R	20690630	20690898	chr2R:20690631-20690898	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Dll_304,VT22064.1	Dll_304,VT22064.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0507	0.0713	0.0641	0.013	0.0456	0.0481	0.0675	0.1692	0.0456	0.0254	0.1177	0.0254	0.0194	0.01	0.0193	0.01	0.0104
chr2R	20690987	20691138	chr2R:20690988-20691138	distal	distal	none	none	Dll_304	Dll_304	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0211	0.0222	0.0345	0.0053	0.0064	0.0184	0.0285	0.0406	0.0064	0.0223	0.0521	0.0223	0.0124	0.0031	0.0097	0.0031	0.0021
chr2R	20692274	20692425	chr2R:20692275-20692425	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0143	0.0227	0.0082	0.0064	0.0136	0.0173	0.0247	0.0064	0.0127	0.0428	0.0127	0.0077	0.0054	0.0206	0.0054	0.0052
chr2R	20692486	20692694	chr2R:20692487-20692694	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0171	0.0319	0.012	0.0085	0.015	0.0234	0.0266	0.0085	0.0157	0.0569	0.0157	0.0163	0.0115	0.0316	0.0115	0.0068
chr2R	20693219	20693370	chr2R:20693220-20693370	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0204	0.0226	0.0149	0.0106	0.0184	0.0281	0.0306	0.0106	0.0199	0.0354	0.0199	0.0132	0.0092	0.038	0.0092	0.0109
chr2R	20693436	20693690	chr2R:20693437-20693690	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0257	0.0307	0.0173	0.0138	0.0243	0.0346	0.038	0.0138	0.0181	0.0537	0.0181	0.0132	0.0092	0.049	0.0092	0.0109
chr2R	20695703	20695854	chr2R:20695704-20695854	distal	distal	stage5	none	Dll_179,VT22068.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0179	0.0236	0.0127	0.0053	0.0131	0.0281	0.028	0.0053	0.0151	0.037	0.0151	0.017	0.0138	0.0355	0.0138	0.0057
chr2R	20696151	20696370	chr2R:20696152-20696370	distal	distal	stage5	none	Dll_179,VT22068.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0294	0.0616	0.0175	0.0064	0.0541	0.0243	0.1116	0.0813	0.0541	0.0175	0.0215	0.0175	0.0147	0.0038	0.011	0.0038	0.0068
chr2R	20698024	20698175	chr2R:20698025-20698175	distal	distal	none	none	Dll_179	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0248	0.0183	0.033	0.0231	0.0148	0.0218	0.0182	0.0286	0.0148	0.0338	0.0379	0.0338	0.0287	0.0046	0.0155	0.0046	0.0109
chr2R	20698266	20698417	chr2R:20698267-20698417	distal	distal	none	none	Dll_179	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0188	0.0263	0.0187	0.0053	0.0248	0.0255	0.022	0.0053	0.0199	0.0277	0.0199	0.0178	0.0023	0.0129	0.0023	0.0057
chr2R	20699621	20699812	chr2R:20699622-20699812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0517	0.0435	0.0747	0.0356	0.0276	0.0461	0.0476	0.0726	0.0276	0.0483	0.1016	0.0483	0.0318	0.01	0.0316	0.01	0.012
chr2R	20701273	20701490	chr2R:20701274-20701490	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1853	0.1925	0.2336	0.1241	0.1304	0.1806	0.237	0.2931	0.1304	0.1957	0.3354	0.1957	0.1875	0.1386	0.2108	0.1386	0.0818
chr2R	20702118	20702390	chr2R:20702119-20702390	FBgn0000157	Dll	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2731	0.2155	0.3674	0.234	0.175	0.2447	0.2236	0.3225	0.175	0.4306	0.4193	0.4306	0.3493	0.2519	0.2882	0.2519	0.2543
chr2R	20706671	20706822	chr2R:20706672-20706822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0234	0.0184	0.0164	0.0138	0.0155	0.0372	0.0333	0.0138	0.0127	0.0264	0.0127	0.0139	0.0413	0.0103	0.0413	0.0146
chr2R	20708372	20708523	chr2R:20708373-20708523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0153	0.0201	0.0238	0.0042	0.0102	0.0225	0.026	0.0042	0.0103	0.0338	0.0103	0.0163	0.0054	0.069	0.0054	0.0177
chr2R	20711241	20711410	chr2R:20711242-20711410	distal	distal	stage14	stage14	VT22077.1	VT22077.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0155	0.022	0.0258	0.0053	0.016	0.0229	0.02	0.0053	0.0254	0.028	0.0254	0.017	0.0184	0.0477	0.0184	0.0365
chr2R	20715983	20716134	chr2R:20715984-20716134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0137	0.0155	0.0116	0.0064	0.0117	0.0212	0.0187	0.0064	0.0145	0.0232	0.0145	0.0085	0.0038	0.0316	0.0038	0.0068
chr2R	20716369	20716520	chr2R:20716370-20716520	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0114	0.0112	0.0121	0.0109	0.0095	0.0073	0.0143	0.0207	0.0095	0.0066	0.0206	0.0066	0.0062	0.0054	0.0348	0.0054	0.0047
chr2R	20716952	20717228	chr2R:20716953-20717228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0236	0.0351	0.019	0.0156	0.017	0.0252	0.0597	0.044	0.017	0.0109	0.0322	0.0109	0.0147	0.0054	0.0496	0.0054	0.0089
chr2R	20726927	20727078	chr2R:20726928-20727078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.013	0.01	0.0146	0.0145	0.0021	0.0068	0.0177	0.0127	0.0021	0.0109	0.0119	0.0109	0.0294	0.0054	0.0135	0.0054	0.0349
chr2R	20727258	20727409	chr2R:20727259-20727409	distal	distal	stage14	stage14	Dll_Fr3	Dll_Fr3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0174	0.0111	0.0164	0.0255	0.0011	0.0092	0.0195	0.014	0.0011	0.0079	0.0193	0.0079	0.0256	0.0069	0.0148	0.0069	0.0599
chr2R	20727866	20728017	chr2R:20727867-20728017	distal	distal	none	none	Dll_Fr3,VT22086.1	Dll_Fr3,VT22086.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0157	0.0186	0.0192	0.0086	0.0032	0.0136	0.0298	0.0293	0.0032	0.0157	0.0203	0.0157	0.0147	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chr2R	20728187	20728354	chr2R:20728188-20728354	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Dll_Fr3,VT22086.1	Dll_Fr3,VT22086.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0292	0.0384	0.0372	0.0102	0.0095	0.0374	0.0398	0.0806	0.0095	0.0302	0.0457	0.0302	0.0287	0.0054	0.0168	0.0054	0.0109
chr2R	20728427	20728578	chr2R:20728428-20728578	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Dll_Fr3,VT22086.1	Dll_Fr3,VT22086.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0181	0.0207	0.0247	0.0078	0.0095	0.0189	0.0195	0.0446	0.0095	0.0175	0.0328	0.0175	0.0163	0.0038	0.0161	0.0038	0.0083
chr2R	20728642	20728793	chr2R:20728643-20728793	distal	distal	none	none	Dll_Fr3,VT22086.1	Dll_Fr3,VT22086.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0191	0.0169	0.0284	0.0113	0.0085	0.0155	0.0199	0.032	0.0085	0.0193	0.0412	0.0193	0.0194	0.0046	0.0264	0.0046	0.0135
chr2R	20730101	20730252	chr2R:20730102-20730252	distal	distal	stage11	stage11	Dll_Fr3,Dll_Fr7,VT22087.1	Dll_Fr3,Dll_Fr7,VT22087.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.017	0.0162	0.0264	0.0077	0.0042	0.0184	0.0186	0.028	0.0042	0.0242	0.0399	0.0242	0.0062	0.0061	0.011	0.0061	0.0068
chr2R	20730515	20730803	chr2R:20730516-20730803	distal	distal	none	none	Dll_Fr3,Dll_Fr7,VT22087.1	Dll_Fr3,Dll_Fr7,VT22087.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0247	0.0378	0.0138	0.0074	0.0301	0.029	0.0366	0.0074	0.0513	0.0441	0.0513	0.0194	0.0184	0.0116	0.0184	0.0172
chr2R	20732392	20732574	chr2R:20732393-20732574	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Dll_Fr7,VT22088.1	Dll_Fr7,VT22088.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0681	0.0874	0.0765	0.0373	0.0774	0.0811	0.1237	0.1073	0.0774	0.0785	0.0977	0.0785	0.0775	0.0521	0.058	0.0521	0.0391
chr2R	20738951	20739102	chr2R:20738952-20739102	distal	distal	none	none	Dll_Fr6,VT22092.1	VT22092.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0111	0.0286	0.01	0.0042	0.0102	0.0169	0.0153	0.0042	0.0133	0.0215	0.0133	0.0132	0.0031	0.0077	0.0031	0.0057
chr2R	20739498	20739704	chr2R:20739499-20739704	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Dll_Fr6,VT22092.1	VT22092.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0399	0.0179	0.0662	0.0355	0.0042	0.0272	0.013	0.034	0.0042	0.038	0.0814	0.038	0.0565	0.0145	0.0239	0.0145	0.0151
chr2R	20741595	20741806	chr2R:20741596-20741806	distal	distal	stage14	stage14	Dll_FR1	Dll_FR1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0313	0.027	0.0338	0.0334	0.0074	0.0383	0.0238	0.0446	0.0074	0.0199	0.0293	0.0199	0.0155	0.0061	0.0084	0.0061	0.0104
chr2R	20742287	20742602	chr2R:20742288-20742602	distal	distal	stage5	stage5	Dll_FR1,VT22094.1	Dll_FR1,VT22094.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0415	0.0709	0.0393	0.0109	0.0308	0.0665	0.0575	0.1699	0.0308	0.0362	0.0601	0.0362	0.0147	0.01	0.0103	0.01	0.0036
chr2R	20742900	20743206	chr2R:20742901-20743206	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Dll_FR1,VT22094.1	Dll_FR1,VT22094.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0646	0.098	0.0689	0.0227	0.0573	0.1092	0.0779	0.1999	0.0573	0.0936	0.0971	0.0936	0.0225	0.0643	0.0213	0.0643	0.0104
chr2R	20744818	20744986	chr2R:20744819-20744986	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0666	0.0688	0.0872	0.0415	0.0339	0.0723	0.093	0.0919	0.0339	0.0972	0.1023	0.0972	0.0837	0.0429	0.0426	0.0429	0.0516
chr2R	20757235	20757409	chr2R:20757236-20757409	FBgn0050420	Atf-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1563	0.1478	0.1886	0.1303	0.0933	0.1718	0.17	0.2039	0.0933	0.2319	0.2042	0.2319	0.1813	0.134	0.1399	0.134	0.1548
chr2R	20757484	20757660	chr2R:20757485-20757660	FBgn0050420	Atf-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1541	0.1466	0.1782	0.1361	0.0848	0.1752	0.1726	0.1985	0.0848	0.2271	0.2023	0.2271	0.1526	0.1447	0.1489	0.1447	0.1532
chr2R	20757737	20757959	chr2R:20757738-20757959	FBgn0050420	Atf-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0661	0.0761	0.0475	0.0329	0.0694	0.0865	0.0913	0.0329	0.0942	0.0868	0.0942	0.0627	0.0436	0.049	0.0436	0.0558
chr2R	20762060	20762274	chr2R:20762061-20762274	FBgn0035073	CG16896	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0723	0.0829	0.0882	0.043	0.0498	0.0854	0.1099	0.1119	0.0498	0.1057	0.1013	0.1057	0.0697	0.0421	0.0361	0.0421	0.0459
chr2R	20762357	20762537	chr2R:20762358-20762537	FBgn0035073	CG16896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1363	0.1476	0.0869	0.1177	0.1417	0.1618	0.1899	0.1177	0.1757	0.1646	0.1757	0.1379	0.0789	0.0851	0.0789	0.1146
chr2R	20762638	20762881	chr2R:20762639-20762881	FBgn0035073	CG16896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0928	0.0991	0.1127	0.0641	0.0732	0.1078	0.1211	0.1339	0.0732	0.1389	0.1219	0.1389	0.0953	0.0459	0.0677	0.0459	0.0844
chr2R	20763080	20763463	chr2R:20763081-20763463	FBgn0050423	CG30423	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1613	0.1614	0.1844	0.1359	0.1283	0.1772	0.1942	0.2085	0.1283	0.2307	0.1965	0.2307	0.1789	0.1516	0.1502	0.1516	0.1516
chr2R	20763616	20763776	chr2R:20763617-20763776	FBgn0050423	CG30423	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0363	0.0548	0.0469	0.0201	0.0417	0.0441	0.048	0.0201	0.0761	0.0579	0.0761	0.0519	0.0567	0.0477	0.0567	0.0438
chr2R	20763981	20764132	chr2R:20763982-20764132	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0115	0.0207	0.0461	0.0042	0.0112	0.0195	0.0107	0.0042	0.0199	0.0193	0.0199	0.0217	0.0314	0.0123	0.0314	0.0354
chr2R	20764474	20764625	chr2R:20764475-20764625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0171	0.0166	0.0269	0.0032	0.0189	0.0264	0.0193	0.0032	0.0211	0.0158	0.0211	0.0124	0.0153	0.009	0.0153	0.0099
chr2R	20765293	20765444	chr2R:20765294-20765444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0338	0.0417	0.0336	0.0251	0.0212	0.0515	0.0567	0.0413	0.0212	0.061	0.0318	0.061	0.0217	0.0559	0.0103	0.0559	0.0125
chr2R	20768691	20768870	chr2R:20768692-20768870	FBgn0085442,FBgn0263443	CR43466,NKAIN	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0892	0.1034	0.1052	0.0557	0.07	0.1214	0.1224	0.1419	0.07	0.1431	0.119	0.1431	0.0751	0.0567	0.0503	0.0567	0.0516
chr2R	20768996	20769250	chr2R:20768997-20769250	FBgn0085442,FBgn0263443	CR43466,NKAIN	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2124	0.1999	0.2505	0.1845	0.1315	0.234	0.2314	0.2745	0.1315	0.3261	0.2746	0.3261	0.2556	0.1937	0.1838	0.1937	0.2439
chr2R	20769462	20769804	chr2R:20769463-20769804	FBgn0085442,FBgn0263443	CR43466,NKAIN	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1607	0.1127	0.2223	0.1466	0.0562	0.1403	0.1099	0.1812	0.0562	0.276	0.2743	0.276	0.206	0.1968	0.1786	0.1968	0.1907
chr2R	20770067	20770463	chr2R:20770068-20770463	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1557	0.1466	0.2114	0.1049	0.0817	0.1558	0.1393	0.2765	0.0817	0.2421	0.2987	0.2421	0.1704	0.0881	0.1618	0.0881	0.1595
chr2R	20778490	20778641	chr2R:20778491-20778641	FBgn0035076	Ance-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0152	0.0195	0.0255	0.0053	0.0141	0.0255	0.0173	0.0053	0.0254	0.0161	0.0254	0.0302	0.0107	0.0077	0.0107	0.0719
chr2R	20779008	20779222	chr2R:20779009-20779222	FBgn0035076,FBgn0085434	Ance-5,NaCP60E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0919	0.073	0.1251	0.0765	0.035	0.1024	0.0649	0.1173	0.035	0.2512	0.0961	0.2512	0.0356	0.0322	0.0322	0.0322	0.0287
chr2R	20779342	20779630	chr2R:20779343-20779630	FBgn0085434	NaCP60E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0992	0.093	0.1137	0.0902	0.0509	0.1155	0.1064	0.1266	0.0509	0.1884	0.0833	0.1884	0.0705	0.0796	0.0348	0.0796	0.0594
chr2R	20780825	20780976	chr2R:20780826-20780976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0216	0.0126	0.0188	0.0348	0.0021	0.0136	0.0216	0.0127	0.0021	0.0169	0.0196	0.0169	0.0256	0.023	0.0206	0.023	0.0677
chr2R	20783909	20784060	chr2R:20783910-20784060	distal	distal	stage14	stage14	VT22113.1,VT22114.1	VT22113.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0143	0.0194	0.0152	0.0042	0.016	0.0238	0.014	0.0042	0.0187	0.0257	0.0187	0.0186	0.0123	0.0348	0.0123	0.0135
chr2R	20784604	20784755	chr2R:20784605-20784755	distal	distal	none	none	VT22113.1,VT22114.1	VT22113.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0131	0.0175	0.0164	0.0042	0.0155	0.016	0.0193	0.0042	0.0236	0.0228	0.0236	0.0101	0.0199	0.0329	0.0199	0.012
chr2R	20785045	20785196	chr2R:20785046-20785196	distal	distal	stage14	stage14	VT22114.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0221	0.0183	0.0242	0.024	0.0042	0.0252	0.0238	0.0227	0.0042	0.0302	0.0322	0.0302	0.0194	0.0176	0.0664	0.0176	0.0172
chr2R	20785530	20785681	chr2R:20785531-20785681	FBgn0035077	CG9083	none	none	VT22114.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0179	0.0152	0.0225	0.016	0.0064	0.016	0.0229	0.0193	0.0064	0.0308	0.0286	0.0308	0.017	0.0161	0.0303	0.0161	0.0135
chr2R	20789166	20789429	chr2R:20789167-20789429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0575	0.0465	0.083	0.0419	0.0223	0.0777	0.0454	0.0506	0.0223	0.1093	0.0788	0.1093	0.1325	0.0597	0.0322	0.0597	0.0631
chr2R	20789510	20789716	chr2R:20789511-20789716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0536	0.0416	0.076	0.0425	0.0106	0.0733	0.0415	0.046	0.0106	0.1021	0.0768	0.1021	0.1084	0.0521	0.029	0.0521	0.0724
chr2R	20789787	20790081	chr2R:20789788-20790081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.0462	0.0923	0.0556	0.0106	0.0743	0.0433	0.064	0.0106	0.1256	0.0894	0.1256	0.1325	0.0766	0.0348	0.0766	0.0917
chr2R	20790137	20790288	chr2R:20790138-20790288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0384	0.0288	0.0557	0.0301	0.0095	0.0466	0.026	0.0393	0.0095	0.0749	0.0547	0.0749	0.0682	0.0482	0.0206	0.0482	0.0469
chr2R	20790360	20790654	chr2R:20790361-20790654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0654	0.0486	0.0905	0.0567	0.017	0.0723	0.0562	0.056	0.017	0.1316	0.0868	0.1316	0.1077	0.0758	0.0419	0.0758	0.0844
chr2R	20790761	20791019	chr2R:20790762-20791019	FBgn0066084	RpL41	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.082	0.0761	0.0987	0.07	0.0361	0.1044	0.0848	0.1033	0.0361	0.1123	0.1032	0.1123	0.1232	0.0766	0.0574	0.0766	0.0922
chr2R	20791406	20791603	chr2R:20791407-20791603	FBgn0066084	RpL41	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2291	0.1868	0.2865	0.2132	0.1209	0.2519	0.1925	0.2512	0.1209	0.3551	0.3003	0.3551	0.292	0.2106	0.2334	0.2106	0.2694
chr2R	20797958	20798109	chr2R:20797959-20798109	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0133	0.0133	0.0237	0.0021	0.0092	0.0247	0.018	0.0021	0.0157	0.0129	0.0157	0.0163	0.0092	0.0052	0.0092	0.0151
chr2R	20806271	20806470	chr2R:20806272-20806470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0439	0.0222	0.0128	0.0361	0.0345	0.0636	0.0586	0.0361	0.0236	0.0264	0.0236	0.024	0.01	0.0103	0.01	0.0177
chr2R	20806527	20806678	chr2R:20806528-20806678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0304	0.0126	0.0072	0.0223	0.0282	0.0441	0.0366	0.0223	0.0127	0.0132	0.0127	0.0186	0.0061	0.0077	0.0061	0.0094
chr2R	20809835	20809986	chr2R:20809836-20809986	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0232	0.0208	0.0071	0.0127	0.0165	0.0389	0.0273	0.0127	0.026	0.027	0.026	0.0194	0.0046	0.0064	0.0046	0.0104
chr2R	20812528	20812679	chr2R:20812529-20812679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0116	0.0083	0.0118	0.0149	0.0021	0.0102	0.0143	0.006	0.0021	0.0115	0.0145	0.0115	0.0155	0.0046	0.0406	0.0046	0.013
chr2R	20813578	20813781	chr2R:20813579-20813781	distal	distal	none	none	VT22123.1,VT22124.1	VT22123.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0169	0.0287	0.0219	0.0085	0.018	0.0264	0.0193	0.0085	0.029	0.0283	0.029	0.0519	0.0199	0.0219	0.0199	0.0375
chr2R	20814493	20814752	chr2R:20814494-20814752	distal	distal	stage14	stage14	VT22123.1,VT22124.1	VT22123.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0152	0.018	0.0235	0.0064	0.0175	0.0234	0.0153	0.0064	0.0211	0.0206	0.0211	0.0232	0.0337	0.0187	0.0337	0.0406
chr2R	20815785	20815968	chr2R:20815786-20815968	FBgn0060296	pain	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.048	0.0224	0.0391	0.0862	0.0064	0.0316	0.0247	0.0286	0.0064	0.0308	0.0434	0.0308	0.0759	0.1126	0.109	0.1126	0.1318
chr2R	20818728	20818961	chr2R:20818729-20818961	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0386	0.0582	0.0412	0.0136	0.0286	0.0704	0.0606	0.0939	0.0286	0.0399	0.0563	0.0399	0.0426	0.0138	0.0271	0.0138	0.0109
chr2R	20823961	20824215	chr2R:20823962-20824215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0411	0.0424	0.0475	0.0327	0.0276	0.0437	0.0554	0.0593	0.0276	0.0326	0.0749	0.0326	0.0403	0.0222	0.089	0.0222	0.0146
chr2R	20825045	20825196	chr2R:20825046-20825196	FBgn0043792	CG30427	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0349	0.0353	0.0181	0.017	0.0311	0.0502	0.0486	0.017	0.0314	0.0437	0.0314	0.0349	0.0161	0.0264	0.0161	0.0198
chr2R	20825633	20825990	chr2R:20825634-20825990	FBgn0022343	CG3760	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1291	0.1728	0.1245	0.0986	0.1451	0.1527	0.1692	0.0986	0.1981	0.1949	0.1981	0.1805	0.1348	0.1302	0.1348	0.1595
chr2R	20826018	20826169	chr2R:20826019-20826169	FBgn0022343	CG3760	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0449	0.0596	0.0473	0.0265	0.0456	0.0636	0.0573	0.0265	0.0688	0.0627	0.0688	0.0728	0.0605	0.0535	0.0605	0.0584
chr2R	20827504	20827794	chr2R:20827505-20827794	FBgn0035082	CG2811	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0798	0.0723	0.1009	0.0652	0.0467	0.085	0.0908	0.0893	0.0467	0.1105	0.1132	0.1105	0.134	0.0712	0.0761	0.0712	0.0917
chr2R	20827901	20828105	chr2R:20827902-20828105	FBgn0035082	CG2811	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1279	0.1006	0.1602	0.123	0.0721	0.1257	0.1116	0.1272	0.0721	0.1854	0.1797	0.1854	0.2208	0.1394	0.1451	0.1394	0.1714
chr2R	20828212	20828363	chr2R:20828213-20828363	FBgn0035082	CG2811	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0568	0.0548	0.0662	0.0486	0.0361	0.0592	0.064	0.0813	0.0361	0.0664	0.0695	0.0664	0.096	0.0513	0.0554	0.0513	0.0766
chr2R	20828999	20829150	chr2R:20829000-20829150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0228	0.041	0.0376	0.0138	0.0257	0.0316	0.026	0.0138	0.0284	0.0431	0.0284	0.0899	0.0337	0.0406	0.0337	0.0604
chr2R	20829642	20830021	chr2R:20829643-20830021	FBgn0035083	Tina-1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1475	0.0823	0.1701	0.1958	0.0445	0.1233	0.0882	0.0959	0.0445	0.2077	0.1807	0.2077	0.2208	0.2312	0.225	0.2312	0.2069
chr2R	20830166	20830352	chr2R:20830167-20830352	FBgn0035083	Tina-1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.089	0.0385	0.1037	0.1294	0.0127	0.0641	0.0363	0.048	0.0127	0.1256	0.108	0.1256	0.1495	0.1646	0.1451	0.1646	0.1735
chr2R	20830404	20830555	chr2R:20830405-20830555	FBgn0035083	Tina-1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.068	0.0292	0.0826	0.0954	0.0138	0.0471	0.0303	0.032	0.0138	0.1063	0.0865	0.1063	0.117	0.1378	0.0961	0.1378	0.1308
chr2R	20830610	20830799	chr2R:20830611-20830799	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0804	0.037	0.0925	0.1154	0.0191	0.0524	0.042	0.046	0.0191	0.096	0.1116	0.096	0.1115	0.1286	0.1283	0.1286	0.1391
chr2R	20832183	20832369	chr2R:20832184-20832369	FBgn0035084,FBgn0035085	CG15861,CG3770	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0398	0.0166	0.031	0.0753	0.0064	0.0214	0.0234	0.0167	0.0064	0.0393	0.0251	0.0393	0.0565	0.1133	0.0503	0.1133	0.1417
chr2R	20832584	20832748	chr2R:20832585-20832748	FBgn0035084,FBgn0035085	CG15861,CG3770	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.039	0.0174	0.0308	0.072	0.0117	0.0199	0.0242	0.0187	0.0117	0.0356	0.0248	0.0356	0.055	0.0934	0.0619	0.0934	0.1183
chr2R	20832900	20833108	chr2R:20832901-20833108	FBgn0035085	CG3770	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.059	0.0278	0.059	0.0939	0.0095	0.0364	0.035	0.036	0.0095	0.0652	0.0424	0.0652	0.0953	0.1003	0.0696	0.1003	0.1449
chr2R	20835599	20835750	chr2R:20835600-20835750	FBgn0027599,FBgn0035086	CG12851,CG2790	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0604	0.0472	0.0796	0.0542	0.0233	0.0558	0.0623	0.0593	0.0233	0.0912	0.0836	0.0912	0.1007	0.0674	0.0619	0.0674	0.0677
chr2R	20835859	20836054	chr2R:20835860-20836054	FBgn0027599,FBgn0035086	CG12851,CG2790	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.1052	0.1707	0.133	0.0647	0.1442	0.1094	0.1379	0.0647	0.2047	0.1945	0.2047	0.1797	0.1294	0.1489	0.1294	0.1522
chr2R	20836120	20836271	chr2R:20836121-20836271	FBgn0027599,FBgn0035086	CG12851,CG2790	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0487	0.032	0.0551	0.0604	0.017	0.0417	0.0376	0.0373	0.017	0.0622	0.0621	0.0622	0.0449	0.0375	0.0542	0.0375	0.036
chr2R	20836558	20836745	chr2R:20836559-20836745	FBgn0035086	CG12851	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.043	0.0356	0.0508	0.0428	0.0212	0.0427	0.0463	0.04	0.0212	0.067	0.0543	0.067	0.0325	0.023	0.0232	0.023	0.0203
chr2R	20843641	20843792	chr2R:20843642-20843792	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0096	0.0121	0.0228	0.0032	0.0112	0.0164	0.0067	0.0032	0.0097	0.017	0.0097	0.0124	0.0084	0.0658	0.0084	0.0162
chr2R	20846535	20846740	chr2R:20846536-20846740	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.0203	0.0369	0.0376	0.0042	0.0243	0.0285	0.026	0.0042	0.0223	0.0415	0.0223	0.0713	0.0153	0.0329	0.0153	0.0829
chr2R	20849287	20849438	chr2R:20849288-20849438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0255	0.0172	0.0242	0.0362	0.0053	0.0209	0.0216	0.0207	0.0053	0.0175	0.0296	0.0175	0.0318	0.013	0.0716	0.013	0.0464
chr2R	20850078	20850246	chr2R:20850079-20850246	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0464	0.0212	0.05	0.0706	0.0074	0.0301	0.026	0.0213	0.0074	0.0429	0.0334	0.0429	0.1239	0.0444	0.0413	0.0444	0.173
chr2R	20850912	20851122	chr2R:20850913-20851122	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0724	0.0351	0.081	0.1046	0.0095	0.0456	0.0493	0.0386	0.0095	0.0519	0.0518	0.0519	0.0736	0.0475	0.0542	0.0475	0.0922
chr2R	20851154	20851305	chr2R:20851155-20851305	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0541	0.0358	0.0636	0.0642	0.0106	0.0456	0.0493	0.0386	0.0106	0.0429	0.0576	0.0429	0.0713	0.0283	0.0322	0.0283	0.0604
chr2R	20851400	20851742	chr2R:20851401-20851742	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0971	0.0637	0.1297	0.0987	0.0265	0.0976	0.0688	0.0726	0.0265	0.1178	0.1254	0.1178	0.2014	0.0666	0.0767	0.0666	0.1235
chr2R	20851825	20852011	chr2R:20851826-20852011	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0924	0.043	0.1265	0.11	0.0223	0.0752	0.029	0.06	0.0223	0.1371	0.1363	0.1371	0.1325	0.1072	0.0948	0.1072	0.1251
chr2R	20852155	20852418	chr2R:20852156-20852418	FBgn0035087	CG2765	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.0826	0.1484	0.1024	0.0392	0.1189	0.0869	0.1099	0.0392	0.1781	0.1624	0.1781	0.1425	0.0972	0.1128	0.0972	0.1204
chr2R	20852526	20852740	chr2R:20852527-20852740	FBgn0035087	CG2765	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1909	0.1598	0.2365	0.1755	0.0997	0.2049	0.1696	0.2239	0.0997	0.2748	0.2559	0.2748	0.2424	0.1631	0.1896	0.1631	0.2163
chr2R	20853011	20853162	chr2R:20853012-20853162	FBgn0035087	CG2765	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0492	0.0431	0.0619	0.0421	0.0265	0.0578	0.0571	0.04	0.0265	0.0713	0.0685	0.0713	0.0565	0.0237	0.0297	0.0237	0.0464
chr2R	20856970	20857172	chr2R:20856971-20857172	FBgn0002607,FBgn0035088	CG3776,RpL19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1906	0.1634	0.2326	0.1748	0.1018	0.2223	0.1639	0.2239	0.1018	0.2899	0.2498	0.2899	0.2393	0.2052	0.1863	0.2052	0.211
chr2R	20857219	20857412	chr2R:20857220-20857412	FBgn0002607,FBgn0035088	CG3776,RpL19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1489	0.1478	0.1741	0.1224	0.1092	0.1714	0.1661	0.2059	0.1092	0.2114	0.1913	0.2114	0.1844	0.1317	0.138	0.1317	0.1527
chr2R	20857592	20857771	chr2R:20857593-20857771	FBgn0035088	CG3776	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0538	0.0551	0.027	0.0339	0.049	0.0727	0.0753	0.0339	0.0616	0.0601	0.0616	0.0596	0.023	0.0277	0.023	0.036
chr2R	20859416	20859567	chr2R:20859417-20859567	FBgn0035089	Phk-3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0214	0.0207	0.0199	0.0238	0.0106	0.0218	0.0285	0.0266	0.0106	0.0145	0.027	0.0145	0.0248	0.01	0.0587	0.01	0.0234
chr2R	20863103	20863254	chr2R:20863104-20863254	FBgn0035090	CG2736	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.016	0.0173	0.0152	0.0064	0.015	0.0216	0.0247	0.0064	0.0205	0.0203	0.0205	0.017	0.01	0.02	0.01	0.0266
chr2R	20863604	20863759	chr2R:20863605-20863759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.032	0.0299	0.0353	0.0306	0.0159	0.0335	0.0355	0.0446	0.0159	0.0423	0.0415	0.0423	0.0387	0.0352	0.0393	0.0352	0.0485
chr2R	20864857	20865008	chr2R:20864858-20865008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0156	0.0313	0.009	0.0052	0.0127	0.016	0.0709	0.0233	0.0127	0.0072	0.0132	0.0072	0.0093	0.0038	0.011	0.0038	0.0042
chr2R	20868687	20868846	chr2R:20868688-20868846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0314	0.038	0.0329	0.0226	0.0138	0.0456	0.0493	0.0493	0.0138	0.0254	0.0334	0.0254	0.0697	0.0107	0.0329	0.0107	0.0422
chr2R	20870697	20870848	chr2R:20870698-20870848	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0093	0.0199	0.0412	0.0021	0.0097	0.0143	0.0107	0.0021	0.0054	0.0344	0.0054	0.024	0.0023	0.1593	0.0023	0.0135
chr2R	20872287	20872438	chr2R:20872288-20872438	FBgn0010435	emp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0318	0.0302	0.0368	0.0281	0.0148	0.0359	0.0389	0.038	0.0148	0.0278	0.0399	0.0278	0.0689	0.0092	0.0406	0.0092	0.0532
chr2R	20872494	20872645	chr2R:20872495-20872645	FBgn0010435	emp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.026	0.0285	0.0286	0.0203	0.018	0.0277	0.0402	0.0386	0.018	0.0217	0.0373	0.0217	0.0333	0.01	0.0348	0.01	0.0271
chr2R	20873449	20873817	chr2R:20873450-20873817	FBgn0035091	CG3829	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1205	0.0857	0.1624	0.1132	0.0339	0.1155	0.0783	0.1412	0.0339	0.0761	0.2801	0.0761	0.1534	0.0505	0.2231	0.0505	0.1824
chr2R	20874023	20874240	chr2R:20874024-20874240	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.126	0.0996	0.1678	0.1097	0.0509	0.1252	0.0727	0.1939	0.0509	0.1316	0.2746	0.1316	0.1108	0.1049	0.1838	0.1049	0.1621
chr2R	20874312	20874555	chr2R:20874313-20874555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1125	0.0662	0.132	0.1427	0.035	0.0995	0.0489	0.1059	0.035	0.1105	0.1855	0.1105	0.1425	0.2098	0.1406	0.2098	0.2428
chr2R	20874683	20874834	chr2R:20874684-20874834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0341	0.0423	0.0393	0.0159	0.0408	0.0376	0.048	0.0159	0.0362	0.0553	0.0362	0.0473	0.0544	0.0387	0.0544	0.0631
chr2R	20877024	20877189	chr2R:20877025-20877189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0394	0.0268	0.0143	0.0223	0.0364	0.0597	0.0433	0.0223	0.0229	0.0357	0.0229	0.024	0.0107	0.0155	0.0107	0.0188
chr2R	20877518	20877669	chr2R:20877519-20877669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.042	0.0244	0.0164	0.0329	0.0325	0.0558	0.068	0.0329	0.0248	0.0338	0.0248	0.0209	0.013	0.0245	0.013	0.0261
chr2R	20877760	20877911	chr2R:20877761-20877911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0378	0.0241	0.0171	0.0308	0.0296	0.0584	0.0413	0.0308	0.0242	0.0315	0.0242	0.0194	0.0092	0.0271	0.0092	0.0261
chr2R	20884169	20884320	chr2R:20884170-20884320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0234	0.0365	0.0207	0.0117	0.0191	0.0243	0.0631	0.044	0.0191	0.0223	0.0215	0.0223	0.0279	0.0069	0.0161	0.0069	0.0135
chr2R	20885060	20885211	chr2R:20885061-20885211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0263	0.0426	0.0232	0.0116	0.0308	0.035	0.0696	0.0453	0.0308	0.0199	0.0293	0.0199	0.0232	0.0092	0.0116	0.0092	0.0135
chr2R	20885446	20885597	chr2R:20885447-20885597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0414	0.0286	0.0117	0.0329	0.0354	0.0675	0.042	0.0329	0.035	0.0305	0.035	0.0256	0.01	0.0148	0.01	0.0151
chr2R	20886200	20886387	chr2R:20886201-20886387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0275	0.0375	0.0253	0.0188	0.0276	0.035	0.0502	0.0466	0.0276	0.0217	0.0222	0.0217	0.0565	0.0207	0.0142	0.0207	0.0354
chr2R	20888198	20888349	chr2R:20888199-20888349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0359	0.0231	0.0266	0.0297	0.0291	0.0502	0.05	0.0297	0.0193	0.0219	0.0193	0.0465	0.0214	0.0232	0.0214	0.0537
chr2R	20888733	20888884	chr2R:20888734-20888884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0282	0.0184	0.0202	0.0212	0.0184	0.042	0.042	0.0212	0.0169	0.0167	0.0169	0.0302	0.0107	0.0161	0.0107	0.0479
chr2R	20889226	20889416	chr2R:20889227-20889416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0351	0.036	0.0338	0.0355	0.0265	0.0345	0.0545	0.0366	0.0265	0.029	0.0334	0.029	0.0627	0.0138	0.0529	0.0138	0.0646
chr2R	20889591	20889748	chr2R:20889592-20889748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0324	0.0289	0.0164	0.0148	0.035	0.0458	0.038	0.0148	0.0205	0.0215	0.0205	0.0697	0.01	0.0161	0.01	0.0354
chr2R	20893707	20893930	chr2R:20893708-20893930	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0558	0.0568	0.059	0.051	0.0308	0.0641	0.0614	0.0899	0.0308	0.0972	0.0588	0.0972	0.0573	0.0858	0.0619	0.0858	0.0599
chr2R	20894277	20894428	chr2R:20894278-20894428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0454	0.0481	0.0472	0.0402	0.0371	0.0485	0.064	0.058	0.0371	0.0519	0.0469	0.0519	0.0573	0.0444	0.0464	0.0444	0.0703
chr2R	20894915	20895066	chr2R:20894916-20895066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0388	0.0369	0.0388	0.0409	0.0265	0.0369	0.0575	0.0366	0.0265	0.0386	0.0524	0.0386	0.0395	0.0237	0.087	0.0237	0.0505
chr2R	20895432	20895665	chr2R:20895433-20895665	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0827	0.0639	0.0876	0.0983	0.0498	0.0825	0.0761	0.0666	0.0498	0.087	0.1141	0.087	0.1061	0.1126	0.2076	0.1126	0.0938
chr2R	20896976	20897127	chr2R:20896977-20897127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0384	0.0398	0.0404	0.0286	0.0398	0.0523	0.0446	0.0286	0.0248	0.0611	0.0248	0.038	0.0145	0.1231	0.0145	0.0245
chr2R	20897738	20897957	chr2R:20897739-20897957	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.1326	0.0787	0.0395	0.105	0.1243	0.1808	0.1706	0.105	0.0658	0.092	0.0658	0.0914	0.0345	0.0496	0.0345	0.0521
chr2R	20898193	20898409	chr2R:20898194-20898409	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.1533	0.1796	0.1731	0.1022	0.1527	0.1917	0.2271	0.2172	0.1527	0.1987	0.1939	0.1987	0.1967	0.1018	0.0999	0.1018	0.136
chr2R	20898463	20898681	chr2R:20898464-20898681	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1506	0.1755	0.1712	0.1003	0.1379	0.1782	0.218	0.2345	0.1379	0.1932	0.2045	0.1932	0.1735	0.085	0.1186	0.085	0.1136
chr2R	20898847	20899121	chr2R:20898848-20899121	FBgn0004055,FBgn0005634	uzip,zip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2793	0.2642	0.3321	0.2383	0.1919	0.3034	0.3062	0.3498	0.1919	0.3992	0.3518	0.3992	0.3246	0.2412	0.254	0.2412	0.2882
chr2R	20899459	20899637	chr2R:20899460-20899637	FBgn0004055,FBgn0005634	uzip,zip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2198	0.2084	0.2588	0.1899	0.1654	0.2422	0.2266	0.2851	0.1654	0.3031	0.2887	0.3031	0.2293	0.1776	0.196	0.1776	0.2152
chr2R	20899821	20900018	chr2R:20899822-20900018	FBgn0004055,FBgn0005634	uzip,zip	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0999	0.1124	0.1126	0.0721	0.0976	0.1199	0.1315	0.1526	0.0976	0.1147	0.1476	0.1147	0.0534	0.0658	0.06	0.0658	0.0599
chr2R	20903006	20903170	chr2R:20903007-20903170	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0708	0.0565	0.0848	0.0716	0.0148	0.0825	0.0523	0.0899	0.0148	0.0707	0.0598	0.0707	0.0287	0.0145	0.0226	0.0145	0.0193
chr2R	20903656	20903872	chr2R:20903657-20903872	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0729	0.0737	0.0768	0.0677	0.0212	0.101	0.058	0.1432	0.0212	0.0477	0.0537	0.0477	0.024	0.0092	0.0181	0.0092	0.0156
chr2R	20905717	20905992	chr2R:20905718-20905992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0294	0.0513	0.0213	0.0138	0.0371	0.0267	0.0939	0.0613	0.0371	0.0205	0.0209	0.0205	0.0147	0.0046	0.0213	0.0046	0.013
chr2R	20905995	20906146	chr2R:20905996-20906146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0251	0.048	0.0159	0.0097	0.0329	0.0218	0.0939	0.0506	0.0329	0.0133	0.0164	0.0133	0.0108	0.0031	0.0161	0.0031	0.0099
chr2R	20906837	20906988	chr2R:20906838-20906988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0217	0.0213	0.0226	0.0212	0.0064	0.0199	0.0359	0.0227	0.0064	0.0236	0.0225	0.0236	0.0209	0.0084	0.0239	0.0084	0.0386
chr2R	20907130	20907281	chr2R:20907131-20907281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0201	0.0153	0.0245	0.0207	0.0074	0.016	0.0225	0.018	0.0074	0.0278	0.0277	0.0278	0.0155	0.0092	0.0277	0.0092	0.0292
chr2R	20908091	20908242	chr2R:20908092-20908242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0159	0.0152	0.017	0.0153	0.0011	0.0112	0.0272	0.022	0.0011	0.0139	0.0174	0.0139	0.024	0.0061	0.0077	0.0061	0.0292
chr2R	20909497	20909648	chr2R:20909498-20909648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0213	0.0199	0.0245	0.0192	0.0074	0.0233	0.0268	0.0247	0.0074	0.0211	0.0302	0.0211	0.0201	0.0054	0.0471	0.0054	0.013
chr2R	20910566	20910757	chr2R:20910567-20910757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0276	0.0203	0.0331	0.0298	0.0085	0.0257	0.0247	0.026	0.0085	0.0248	0.0444	0.0248	0.0318	0.0084	0.0774	0.0084	0.025
chr2R	20911761	20911912	chr2R:20911762-20911912	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.0141	0.0235	0.0288	0.0021	0.0141	0.0238	0.016	0.0021	0.0127	0.0322	0.0127	0.0139	0.0168	0.0703	0.0168	0.0177
chr2R	20912227	20912395	chr2R:20912228-20912395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0232	0.0202	0.027	0.0224	0.0095	0.0155	0.0298	0.0306	0.0095	0.0036	0.0482	0.0036	0.0139	0.0038	0.0638	0.0038	0.0125
chr2R	20913364	20913541	chr2R:20913365-20913541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0203	0.013	0.0216	0.0272	0	0.0117	0.0216	0.016	0	0.0151	0.0235	0.0151	0.0178	0.0115	0.0445	0.0115	0.0433
chr2R	20914193	20914385	chr2R:20914194-20914385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.021	0.0253	0.0217	0.0153	0.0064	0.0413	0.029	0.0266	0.0064	0.0248	0.0186	0.0248	0.0132	0.0115	0.0213	0.0115	0.0193
chr2R	20918489	20918640	chr2R:20918490-20918640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0232	0.0228	0.0286	0.0177	0.0117	0.0277	0.0303	0.024	0.0117	0.029	0.0286	0.029	0.0209	0.0161	0.0226	0.0161	0.0125
chr2R	20919283	20919434	chr2R:20919284-20919434	FBgn0035092	Nplp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0142	0.0181	0.0329	0.0053	0.0175	0.0221	0.0127	0.0053	0.0163	0.0193	0.0163	0.024	0.0207	0.0329	0.0207	0.0422
chr2R	20919778	20919929	chr2R:20919779-20919929	FBgn0035092	Nplp1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0156	0.0189	0.0305	0.0064	0.0175	0.0251	0.0147	0.0064	0.0217	0.0209	0.0217	0.0116	0.0061	0.02	0.0061	0.0162
chr2R	20923415	20923566	chr2R:20923416-20923566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0226	0.0321	0.0132	0.0074	0.0277	0.032	0.026	0.0074	0.029	0.0341	0.029	0.0194	0.01	0.0123	0.01	0.012
chr2R	20925780	20925974	chr2R:20925781-20925974	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0575	0.0572	0.0712	0.0429	0.0308	0.0704	0.0631	0.0806	0.0308	0.0864	0.0685	0.0864	0.0798	0.0436	0.0535	0.0436	0.0563
chr2R	20926063	20926244	chr2R:20926064-20926244	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1047	0.098	0.1263	0.0886	0.0594	0.1325	0.0891	0.1506	0.0594	0.163	0.1347	0.163	0.1177	0.0942	0.1225	0.0942	0.1256
chr2R	20926486	20926700	chr2R:20926487-20926700	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0854	0.0852	0.1084	0.0604	0.0573	0.1097	0.0839	0.1272	0.0573	0.1329	0.1225	0.1329	0.0984	0.075	0.078	0.075	0.0792
chr2R	20926862	20927019	chr2R:20926863-20927019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0307	0.0388	0.0135	0.017	0.034	0.0363	0.0453	0.017	0.0405	0.0505	0.0405	0.0294	0.0176	0.0142	0.0176	0.0162
chr2R	20929606	20929818	chr2R:20929607-20929818	distal	distal	none	none	VT22189.1	VT22189.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.03	0.0187	0.0472	0.0238	0.0042	0.0243	0.0203	0.0273	0.0042	0.0773	0.0576	0.0773	0.0147	0.0375	0.038	0.0375	0.0234
chr2R	20930944	20931095	chr2R:20930945-20931095	distal	distal	none	none	VT22189.1,VT22190.1	VT22189.1,VT22190.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.01	0.0255	0.021	0.0021	0.0141	0.0147	0.0087	0.0021	0.0181	0.037	0.0181	0.0201	0.01	0.0613	0.01	0.0125
chr2R	20932309	20932460	chr2R:20932310-20932460	distal	distal	stage11	stage11	VT22190.1	VT22190.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0239	0.0428	0.0219	0.0106	0.0335	0.0247	0.0333	0.0106	0.0254	0.0743	0.0254	0.0178	0.0115	0.0658	0.0115	0.0094
chr2R	20932507	20933036	chr2R:20932508-20933036	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT22190.1,gsb-n_2135	VT22190.1,gsb-n_2135	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0969	0.1104	0.1379	0.0369	0.0255	0.1694	0.0714	0.2152	0.0255	0.0809	0.2248	0.0809	0.0465	0.0237	0.0999	0.0237	0.0167
chr2R	20933052	20933203	chr2R:20933053-20933203	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT22190.1	VT22190.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0487	0.0378	0.0085	0.0053	0.068	0.026	0.1166	0.0053	0.0181	0.054	0.0181	0.0147	0.0023	0.0148	0.0023	0.0068
chr2R	20938302	20938840	chr2R:20938303-20938840	distal	distal	stage5	stage5	VT22194.1	VT22194.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0636	0.1169	0.0516	0.0173	0.0923	0.115	0.1237	0.1965	0.0923	0.0489	0.0621	0.0489	0.0217	0.0161	0.0213	0.0161	0.0141
chr2R	20939000	20939175	chr2R:20939001-20939175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0414	0.0365	0.0702	0.0153	0.0223	0.0442	0.0467	0.0426	0.0223	0.07	0.0965	0.07	0.0434	0.013	0.0232	0.013	0.0177
chr2R	20939230	20939381	chr2R:20939231-20939381	FBgn0001147	gsb-n	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0331	0.0298	0.0532	0.0149	0.0085	0.034	0.0407	0.0406	0.0085	0.0501	0.0733	0.0501	0.0356	0.0145	0.0193	0.0145	0.013
chr2R	20939972	20940249	chr2R:20939973-20940249	FBgn0001147	gsb-n	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1304	0.0536	0.2102	0.1288	0.017	0.0932	0.0502	0.064	0.017	0.1322	0.29	0.1322	0.0999	0.0636	0.2334	0.0636	0.111
chr2R	20940938	20941143	chr2R:20940939-20941143	distal	distal	stage5	stage5	gsb-n_gsbnE	gsb-n_gsbnE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0621	0.0528	0.0175	0.0276	0.084	0.0571	0.1013	0.0276	0.0628	0.0534	0.0628	0.0194	0.0138	0.009	0.0138	0.0073
chr2R	20941307	20941458	chr2R:20941308-20941458	distal	distal	none	none	gsb-n_gsbnE	gsb-n_gsbnE	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0259	0.0312	0.0345	0.0106	0.0106	0.0408	0.0407	0.0353	0.0106	0.0537	0.037	0.0537	0.0124	0.0084	0.0129	0.0084	0.0104
chr2R	20941964	20942115	chr2R:20941965-20942115	distal	distal	none	none	gsb-n_gsbnE	gsb-n_gsbnE	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0321	0.0408	0.0393	0.0143	0.0106	0.0558	0.0398	0.0653	0.0106	0.0362	0.0572	0.0362	0.0155	0.0115	0.0181	0.0115	0.0146
chr2R	20942257	20942410	chr2R:20942258-20942410	distal	distal	none	none	gsb-n_gsbnE	gsb-n_gsbnE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0307	0.0465	0.0332	0.0102	0.0148	0.0607	0.0381	0.0853	0.0148	0.0399	0.0402	0.0399	0.0155	0.0107	0.0129	0.0107	0.0036
chr2R	20943093	20943244	chr2R:20943094-20943244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.014	0.0207	0.0169	0.0032	0.0194	0.0199	0.0133	0.0032	0.0242	0.0238	0.0242	0.0139	0.0345	0.0193	0.0345	0.0125
chr2R	20944507	20944907	chr2R:20944508-20944907	distal	distal	stage5	stage5	VT22199.1,gsb_fragIV	VT22199.1,gsb_fragIV	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.067	0.1274	0.0551	0.0127	0.0721	0.0835	0.1587	0.2498	0.0721	0.0537	0.0723	0.0537	0.0217	0.0077	0.0116	0.0077	0.0115
chr2R	20946727	20947030	chr2R:20946728-20947030	distal	distal	none	none	VT22200.1,gsb_GLE	VT22200.1,gsb_GLE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0556	0.0609	0.0836	0.0188	0.0223	0.0942	0.0523	0.0919	0.0223	0.0912	0.1023	0.0912	0.0349	0.0207	0.0181	0.0207	0.0125
chr2R	20949239	20949435	chr2R:20949240-20949435	FBgn0001148	gsb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1906	0.213	0.2588	0.0908	0.1633	0.2456	0.2115	0.3304	0.1633	0.3128	0.3389	0.3128	0.1154	0.0651	0.1838	0.0651	0.0745
chr2R	20950016	20950167	chr2R:20950017-20950167	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0282	0.0243	0.0393	0.0203	0.0074	0.0345	0.0255	0.0333	0.0074	0.0465	0.0486	0.0465	0.0248	0.0077	0.049	0.0077	0.0167
chr2R	20952990	20953196	chr2R:20952991-20953196	distal	distal	stage5	stage5	VT22203.1	VT22203.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0576	0.0965	0.0617	0.0097	0.0138	0.1383	0.0484	0.2192	0.0138	0.0664	0.091	0.0664	0.0186	0.0107	0.0129	0.0107	0.0083
chr2R	20953241	20953392	chr2R:20953242-20953392	distal	distal	stage5	stage5	VT22203.1	VT22203.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0399	0.0709	0.0388	0.0065	0.0085	0.101	0.0333	0.1659	0.0085	0.0417	0.0547	0.0417	0.0124	0.0046	0.0071	0.0046	0.0068
chr2R	20956060	20956279	chr2R:20956061-20956279	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT22205.1	VT22205.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0463	0.0364	0.0632	0.0387	0.0117	0.0466	0.0398	0.056	0.0117	0.0574	0.0428	0.0574	0.0194	0.0207	0.0174	0.0207	0.0141
chr2R	20957154	20957383	chr2R:20957155-20957383	distal	distal	stage5	stage5	VT22206.1	VT22206.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0321	0.0451	0.0364	0.0128	0.0148	0.0316	0.0588	0.0899	0.0148	0.0386	0.0482	0.0386	0.0101	0.0199	0.0116	0.0199	0.0063
chr2R	20957447	20957617	chr2R:20957448-20957617	distal	distal	none	none	VT22206.1	VT22206.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0251	0.0334	0.0292	0.0113	0.0159	0.0243	0.042	0.0633	0.0159	0.0199	0.045	0.0199	0.0093	0.0153	0.0077	0.0153	0.0057
chr2R	20963436	20963642	chr2R:20963437-20963642	FBgn0050198	tRNA:CR30198	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1922	0.202	0.2284	0.1416	0.1548	0.2262	0.2396	0.2578	0.1548	0.2832	0.2576	0.2832	0.1851	0.1018	0.1605	0.1018	0.1923
chr2R	20963681	20963871	chr2R:20963682-20963871	FBgn0050198,FBgn0050199	tRNA:CR30198,tRNA:CR30199	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1561	0.158	0.1956	0.1106	0.1294	0.1811	0.1791	0.2072	0.1294	0.2186	0.2283	0.2186	0.1696	0.0735	0.1193	0.0735	0.1376
chr2R	20964119	20964388	chr2R:20964120-20964388	FBgn0050199,FBgn0050200	tRNA:CR30199,tRNA:CR30200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2508	0.2559	0.2968	0.1945	0.2428	0.2854	0.2933	0.3105	0.2428	0.3732	0.3145	0.3732	0.2943	0.1248	0.2211	0.1248	0.2621
chr2R	20964499	20964697	chr2R:20964500-20964697	FBgn0050199,FBgn0050200	tRNA:CR30199,tRNA:CR30200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1595	0.1841	0.1791	0.1107	0.1463	0.1888	0.2301	0.2305	0.1463	0.2017	0.19	0.2017	0.2006	0.0812	0.1141	0.0812	0.1678
chr2R	20968937	20969122	chr2R:20968938-20969122	distal	distal	none	none	gol_SVM	gol_SVM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0368	0.0258	0.0475	0.0373	0.0053	0.0325	0.0329	0.0353	0.0053	0.1292	0.0286	0.1292	0.0263	0.124	0.0161	0.124	0.0188
chr2R	20970774	20970986	chr2R:20970775-20970986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0614	0.0424	0.0739	0.0689	0.0127	0.0607	0.042	0.0646	0.0127	0.1262	0.0595	0.1262	0.0434	0.0773	0.0309	0.0773	0.0464
chr2R	20971832	20972143	chr2R:20971833-20972143	FBgn0004919	gol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1894	0.1442	0.2336	0.1915	0.0859	0.2078	0.1423	0.1792	0.0859	0.3297	0.2418	0.3297	0.1998	0.2573	0.167	0.2573	0.1918
chr2R	20972276	20972636	chr2R:20972277-20972636	FBgn0004919	gol	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0892	0.0656	0.1039	0.0996	0.0414	0.082	0.083	0.0733	0.0414	0.1347	0.1077	0.1347	0.1146	0.0965	0.098	0.0965	0.1303
chr2R	20972960	20973237	chr2R:20972961-20973237	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1423	0.1165	0.1832	0.1262	0.0859	0.1524	0.1207	0.1586	0.0859	0.215	0.2045	0.215	0.1704	0.1041	0.1244	0.1041	0.1417
chr2R	20973415	20973594	chr2R:20973416-20973594	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0725	0.0538	0.0638	0.1029	0.0435	0.0553	0.0727	0.066	0.0435	0.0694	0.0688	0.0694	0.0728	0.0636	0.0954	0.0636	0.1501
chr2R	20978526	20978677	chr2R:20978527-20978677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.019	0.0305	0.0164	0.0089	0.0201	0.0194	0.0554	0.0333	0.0201	0.0163	0.018	0.0163	0.0209	0.0184	0.0097	0.0184	0.0083
chr2R	20985845	20986065	chr2R:20985846-20986065	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1042	0.207	0.0765	0.0198	0.2333	0.1184	0.3153	0.2658	0.2333	0.0386	0.0907	0.0386	0.0976	0.0092	0.0187	0.0092	0.0151
chr2R	20986636	20986787	chr2R:20986637-20986787	FBgn0003715	CG16778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0391	0.0508	0.0409	0.0241	0.0403	0.0393	0.0852	0.052	0.0403	0.038	0.054	0.038	0.0132	0.013	0.0219	0.013	0.0099
chr2R	20986817	20986968	chr2R:20986818-20986968	FBgn0003715	CG16778	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0439	0.0589	0.0426	0.0285	0.053	0.0515	0.0908	0.0606	0.053	0.061	0.0408	0.061	0.0201	0.0138	0.0187	0.0138	0.0083
chr2R	20987101	20987332	chr2R:20987102-20987332	FBgn0003715	CG16778	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0778	0.1077	0.0831	0.0387	0.0901	0.0961	0.16	0.1193	0.0901	0.1365	0.073	0.1365	0.0403	0.0123	0.0168	0.0123	0.0125
chr2R	20987676	20987827	chr2R:20987677-20987827	distal	distal	stage11,stage14	stage11	VT22219.1	VT22219.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0419	0.0351	0.0374	0.0544	0.018	0.034	0.0549	0.0433	0.018	0.0435	0.0305	0.0435	0.0186	0.0138	0.0206	0.0138	0.0214
chr2R	20987925	20988326	chr2R:20987926-20988326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	VT22219.1	VT22219.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1422	0.179	0.144	0.0992	0.1654	0.199	0.2137	0.2145	0.1654	0.1721	0.0994	0.1721	0.0844	0.0391	0.0438	0.0391	0.0365
chr2R	20989299	20989546	chr2R:20989300-20989546	distal	distal	none	none	CG16778_tkr-15,VT22219.1,VT22220.1	CG16778_tkr-15,VT22219.1,VT22220.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0402	0.0432	0.0421	0.0345	0.0265	0.0437	0.0675	0.046	0.0265	0.0525	0.0395	0.0525	0.024	0.0115	0.011	0.0115	0.0115
chr2R	20993254	20993405	chr2R:20993255-20993405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0242	0.0264	0.0296	0.0157	0.0148	0.0238	0.0363	0.0373	0.0148	0.0181	0.0344	0.0181	0.0473	0.0084	0.02	0.0084	0.0182
chr2R	20993591	20993742	chr2R:20993592-20993742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0204	0.0264	0.0236	0.01	0.0127	0.0243	0.0368	0.04	0.0127	0.0175	0.0289	0.0175	0.0364	0.0054	0.0123	0.0054	0.0146
chr2R	20993754	20993905	chr2R:20993755-20993905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0178	0.0252	0.0185	0.0088	0.0095	0.0238	0.032	0.0426	0.0095	0.0151	0.0225	0.0151	0.017	0.0023	0.0116	0.0023	0.0151
chr2R	20994971	20995122	chr2R:20994972-20995122	distal	distal	none	none	VT22223.1	VT22223.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.015	0.0243	0.0122	0.0078	0.0085	0.015	0.0458	0.0306	0.0085	0.0133	0.0138	0.0133	0.0077	0.0023	0.0135	0.0023	0.0031
chr2R	20995234	20995450	chr2R:20995235-20995450	distal	distal	none	none	VT22223.1	VT22223.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0279	0.0617	0.0129	0.0064	0.0392	0.0282	0.1107	0.0866	0.0392	0.0163	0.0119	0.0163	0.0085	0.0069	0.0064	0.0069	0.001
chr2R	20997271	20997429	chr2R:20997272-20997429	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0147	0.0212	0.0343	0.0064	0.0155	0.0225	0.0153	0.0064	0.006	0.0357	0.006	0.0178	0.0031	0.1277	0.0031	0.0089
chr2R	20999207	20999571	chr2R:20999208-20999571	distal	distal	none	none	VT22225.1,VT22226.1	VT22225.1,VT22226.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0404	0.048	0.0451	0.0267	0.0148	0.05	0.0649	0.0686	0.0148	0.0543	0.0563	0.0543	0.031	0.023	0.0445	0.023	0.0292
chr2R	21001874	21002054	chr2R:21001875-21002054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.03	0.0386	0.0379	0.0159	0.0325	0.0402	0.0386	0.0159	0.026	0.0502	0.026	0.0519	0.013	0.0645	0.013	0.0339
chr2R	21003050	21003309	chr2R:21003051-21003309	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.098	0.046	0.1041	0.1496	0.0255	0.0626	0.0519	0.054	0.0255	0.1341	0.1103	0.1341	0.1456	0.219	0.1734	0.219	0.2126
chr2R	21003542	21003693	chr2R:21003543-21003693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0318	0.0299	0.0276	0.0233	0.0282	0.0454	0.0426	0.0233	0.0405	0.0286	0.0405	0.0395	0.0329	0.0342	0.0329	0.0354
chr2R	21006680	21006831	chr2R:21006681-21006831	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT22229.1	VT22229.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0192	0.0234	0.028	0.0074	0.0165	0.0311	0.0273	0.0074	0.0121	0.0148	0.0121	0.0077	0.0023	0.0026	0.0023	0.0068
chr2R	21006880	21007122	chr2R:21006881-21007122	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0274	0.0167	0.0296	0.037	0.0032	0.0131	0.032	0.0187	0.0032	0.0157	0.0145	0.0157	0.0163	0.0046	0.0064	0.0046	0.0094
chr2R	21007603	21007808	chr2R:21007604-21007808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0328	0.0252	0.0509	0.0216	0.0106	0.034	0.0316	0.028	0.0106	0.0399	0.0611	0.0399	0.0643	0.0153	0.0245	0.0153	0.0214
chr2R	21008421	21008663	chr2R:21008422-21008663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0357	0.0422	0.0444	0.0187	0.0201	0.0413	0.058	0.0613	0.0201	0.0163	0.0482	0.0163	0.0635	0.0046	0.02	0.0046	0.0109
chr2R	21009666	21009827	chr2R:21009667-21009827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0152	0.0201	0.0251	0.0074	0.0146	0.026	0.016	0.0074	0.0085	0.0122	0.0085	0.0101	0.0038	0.0052	0.0038	0.0068
chr2R	21012299	21012672	chr2R:21012300-21012672	distal	distal	stage14	stage14	VT22233.1	VT22233.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0358	0.0233	0.0445	0.0402	0.0042	0.0248	0.0355	0.03	0.0042	0.064	0.0325	0.064	0.0139	0.0191	0.0206	0.0191	0.0115
chr2R	21013486	21013689	chr2R:21013487-21013689	distal	distal	none	none	VT22233.1	VT22233.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0247	0.0441	0.0194	0.0089	0.0212	0.0257	0.0835	0.0533	0.0212	0.0193	0.0244	0.0193	0.0163	0.0107	0.0084	0.0107	0.0068
chr2R	21013879	21014030	chr2R:21013880-21014030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0198	0.0346	0.0154	0.0082	0.0191	0.0252	0.0614	0.036	0.0191	0.0151	0.0209	0.0151	0.0077	0.0046	0.0064	0.0046	0.0057
chr2R	21014629	21014780	chr2R:21014630-21014780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0163	0.0272	0.0122	0.0086	0.017	0.0141	0.0519	0.028	0.017	0.0103	0.0154	0.0103	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0052
chr2R	21014893	21015272	chr2R:21014894-21015272	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0387	0.0587	0.0374	0.0178	0.0392	0.0534	0.0904	0.0666	0.0392	0.0459	0.0357	0.0459	0.0132	0.0084	0.0097	0.0084	0.0099
chr2R	21017567	21017735	chr2R:21017568-21017735	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0267	0.0299	0.0125	0.0127	0.0223	0.0428	0.034	0.0127	0.0139	0.0392	0.0139	0.0163	0.0038	0.0123	0.0038	0.0068
chr2R	21019951	21020168	chr2R:21019952-21020168	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.02	0.0214	0.0206	0.0177	0.0042	0.0165	0.0402	0.0253	0.0042	0.0157	0.0167	0.0157	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0078
chr2R	21021068	21021219	chr2R:21021069-21021219	distal	distal	none	none	VT22238.1	VT22238.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0125	0.0133	0.0157	0.0032	0.0107	0.0216	0.0147	0.0032	0.0139	0.0119	0.0139	0.0062	0.0077	0.0064	0.0077	0.0073
chr2R	21021490	21021665	chr2R:21021491-21021665	distal	distal	stage14	stage14	VT22238.1	VT22238.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0131	0.0168	0.0363	0.0053	0.0126	0.0212	0.014	0.0053	0.0097	0.0132	0.0097	0.0077	0.0031	0.0116	0.0031	0.0109
chr2R	21022112	21022263	chr2R:21022113-21022263	distal	distal	none	none	VT22238.1,VT22239.1	VT22238.1,VT22239.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0181	0.0272	0.0178	0.0082	0.0127	0.0189	0.0532	0.0266	0.0127	0.0151	0.0232	0.0151	0.0062	0.0031	0.0039	0.0031	0.0031
chr2R	21022472	21022623	chr2R:21022473-21022623	distal	distal	none	none	VT22238.1,VT22239.1	VT22238.1,VT22239.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0363	0.0231	0.01	0.0276	0.0194	0.0722	0.0306	0.0276	0.0133	0.0379	0.0133	0.0046	0.0061	0.0129	0.0061	0.0047
chr2R	21027376	21027527	chr2R:21027377-21027527	FBgn0262566	CG43106	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0123	0.013	0.0148	0.0088	0.0053	0.0078	0.0242	0.0167	0.0053	0.0133	0.0174	0.0133	0.0116	0.0069	0.0064	0.0069	0.0073
chr2R	21028639	21028790	chr2R:21028640-21028790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0113	0.0146	0.0124	0.0042	0.0121	0.0208	0.0093	0.0042	0.006	0.0158	0.006	0.0116	0.0031	0.0129	0.0031	0.0094
chr2R	21048133	21048284	chr2R:21048134-21048284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0147	0.0154	0.0095	0.0074	0.0131	0.0225	0.018	0.0074	0.0115	0.0135	0.0115	0.0124	0.0038	0.0064	0.0038	0.0047
chr2R	21048347	21048531	chr2R:21048348-21048531	distal	distal	none	none	VT22244.1	VT22244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0178	0.0242	0.0155	0.0132	0.0191	0.0155	0.0411	0.0286	0.0191	0.0079	0.0109	0.0079	0.0101	0.0031	0.0039	0.0031	0.0078
chr2R	21049170	21049321	chr2R:21049171-21049321	distal	distal	none	none	VT22244.1	VT22244.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0144	0.0166	0.0121	0.0146	0.0074	0.0126	0.0303	0.018	0.0074	0.0079	0.0154	0.0079	0.0093	0.0084	0.0181	0.0084	0.0151
chr2R	21049544	21049695	chr2R:21049545-21049695	distal	distal	none	none	VT22244.1	VT22244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0157	0.0179	0.0206	0.0064	0.017	0.0238	0.0167	0.0064	0.0175	0.026	0.0175	0.0139	0.01	0.038	0.01	0.0219
chr2R	21052735	21052929	chr2R:21052736-21052929	distal	distal	stage14	stage14	VT22247.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0172	0.0231	0.0407	0.0053	0.017	0.0247	0.024	0.0053	0.0199	0.0248	0.0199	0.0387	0.0214	0.029	0.0214	0.0974
chr2R	21054686	21054837	chr2R:21054687-21054837	FBgn0054038	CG34038	none	none	VT22247.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0174	0.0098	0.0165	0.0267	0.0053	0.0087	0.019	0.0073	0.0053	0.0139	0.0235	0.0139	0.0101	0.0077	0.0825	0.0077	0.0141
chr2R	21054993	21055193	chr2R:21054994-21055193	FBgn0054038	CG34038	stage14	none	VT22247.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0296	0.0181	0.0294	0.0426	0.0053	0.018	0.029	0.0213	0.0053	0.0193	0.0431	0.0193	0.017	0.0084	0.1128	0.0084	0.0203
chr2R	21056099	21056250	chr2R:21056100-21056250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0229	0.016	0.0136	0.0127	0.0126	0.0359	0.038	0.0127	0.0103	0.0257	0.0103	0.0093	0.0054	0.0374	0.0054	0.0057
chr2R	21058253	21058460	chr2R:21058254-21058460	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0279	0.0343	0.0349	0.013	0.018	0.0262	0.045	0.0626	0.018	0.0091	0.0559	0.0091	0.0163	0.0015	0.0187	0.0015	0.0063
chr2R	21058735	21058915	chr2R:21058736-21058915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0267	0.0212	0.0443	0.0135	0.0074	0.0252	0.0251	0.032	0.0074	0.0272	0.0788	0.0272	0.0163	0.0046	0.0135	0.0046	0.0068
chr2R	21063160	21063311	chr2R:21063161-21063311	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0124	0.0219	0.0115	0.0028	0.0085	0.0223	0.0242	0.0426	0.0085	0.0079	0.0161	0.0079	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chr2R	21068494	21068645	chr2R:21068495-21068645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0211	0.0273	0.012	0.0106	0.0204	0.0329	0.0233	0.0106	0.0248	0.0248	0.0248	0.0077	0.0061	0.0064	0.0061	0.0083
chr2R	21070488	21070788	chr2R:21070489-21070788	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2311	0.2043	0.2706	0.2178	0.1474	0.2558	0.2141	0.2758	0.1474	0.3551	0.2846	0.3551	0.237	0.2159	0.2289	0.2159	0.2392
chr2R	21076299	21076450	chr2R:21076300-21076450	distal	distal	none	none	VT22259.1	VT22259.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.0263	0.0435	0.0253	0.0085	0.0311	0.035	0.0326	0.0085	0.0272	0.046	0.0272	0.0837	0.0145	0.0206	0.0145	0.0521
chr2R	21077045	21077244	chr2R:21077046-21077244	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1204	0.1	0.1524	0.1082	0.0392	0.1481	0.0956	0.1459	0.0392	0.1872	0.1842	0.1872	0.1317	0.0812	0.1044	0.0812	0.1209
chr2R	21077302	21077494	chr2R:21077303-21077494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1637	0.119	0.1942	0.1803	0.0689	0.1806	0.1034	0.1646	0.0689	0.2313	0.2219	0.2313	0.1766	0.1547	0.1876	0.1547	0.21
chr2R	21077623	21077813	chr2R:21077624-21077813	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2175	0.166	0.2664	0.2216	0.1039	0.2359	0.1592	0.2219	0.1039	0.3345	0.2936	0.3345	0.2347	0.2259	0.2231	0.2259	0.2621
chr2R	21078023	21078208	chr2R:21078024-21078208	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1887	0.129	0.2338	0.206	0.0689	0.1922	0.1272	0.1639	0.0689	0.3176	0.2473	0.3176	0.2099	0.2305	0.2153	0.2305	0.2387
chr2R	21078340	21078537	chr2R:21078341-21078537	distal	distal	stage11	stage11	VT22261.1	VT22261.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.09	0.0684	0.1085	0.0937	0.0371	0.1058	0.0631	0.0886	0.0371	0.1292	0.1212	0.1292	0.1053	0.1034	0.0877	0.1034	0.1047
chr2R	21079831	21080050	chr2R:21079832-21080050	distal	distal	stage5	stage5	VT22261.1	VT22261.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0599	0.0798	0.0787	0.017	0.0223	0.0913	0.0627	0.1805	0.0223	0.0586	0.1251	0.0586	0.0333	0.0153	0.0187	0.0153	0.0167
chr2R	21084537	21084769	chr2R:21084538-21084769	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0654	0.0492	0.018	0.0329	0.0777	0.0523	0.1326	0.0329	0.0284	0.0566	0.0284	0.0232	0.0077	0.0084	0.0077	0.0115
chr2R	21085038	21085220	chr2R:21085039-21085220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0305	0.0324	0.0317	0.0272	0.0159	0.0388	0.0458	0.0326	0.0159	0.029	0.0186	0.029	0.0124	0.0115	0.0071	0.0115	0.0162
chr2R	21085918	21086309	chr2R:21085919-21086309	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0976	0.0993	0.1494	0.0387	0.0445	0.1393	0.0956	0.1499	0.0445	0.2506	0.1804	0.2506	0.0465	0.0896	0.04	0.0896	0.0214
chr2R	21086993	21087190	chr2R:21086994-21087190	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0435	0.0705	0.0463	0.0102	0.0339	0.0869	0.0666	0.1246	0.0339	0.0501	0.045	0.0501	0.0116	0.0084	0.0097	0.0084	0.0083
chr2R	21087517	21087798	chr2R:21087518-21087798	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0687	0.1123	0.0615	0.028	0.0721	0.1209	0.1151	0.1879	0.0721	0.0405	0.0473	0.0405	0.0217	0.0092	0.0116	0.0092	0.0125
chr2R	21091334	21091515	chr2R:21091335-21091515	distal	distal	stage5	stage5	VT22268.1	VT22268.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0461	0.0781	0.0457	0.0109	0.0361	0.0893	0.0813	0.1346	0.0361	0.0302	0.0743	0.0302	0.0372	0.0054	0.0168	0.0054	0.0073
chr2R	21091558	21091768	chr2R:21091559-21091768	distal	distal	stage5	stage5	VT22268.1	VT22268.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0457	0.0732	0.0494	0.0109	0.0329	0.0612	0.0796	0.1512	0.0329	0.0308	0.0839	0.0308	0.0341	0.0069	0.0193	0.0069	0.0089
chr2R	21092297	21092672	chr2R:21092298-21092672	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT22268.1	VT22268.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0688	0.0911	0.0982	0.0117	0.0445	0.0985	0.096	0.1586	0.0445	0.0537	0.1826	0.0537	0.0442	0.0061	0.0174	0.0061	0.0094
chr2R	21093694	21093845	chr2R:21093695-21093845	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT22269.1	VT22269.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0437	0.0386	0.0482	0.0443	0.0159	0.0602	0.0454	0.0373	0.0159	0.0332	0.0563	0.0332	0.0442	0.0145	0.058	0.0145	0.0198
chr2R	21093860	21094236	chr2R:21093861-21094236	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT22269.1	VT22269.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1018	0.1044	0.1051	0.0953	0.0551	0.1553	0.1047	0.1332	0.0551	0.0719	0.128	0.0719	0.0682	0.0253	0.0999	0.0253	0.037
chr2R	21098051	21098229	chr2R:21098052-21098229	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0369	0.0604	0.0358	0.0117	0.0403	0.0723	0.0649	0.0893	0.0403	0.0447	0.0495	0.0447	0.0163	0.0138	0.0123	0.0138	0.0083
chr2R	21099230	21099381	chr2R:21099231-21099381	distal	distal	stage5	stage5	Kr_KrMT,VT22272.1	Kr_KrMT,VT22272.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0279	0.0446	0.0308	0.0058	0.0212	0.0782	0.0389	0.0493	0.0212	0.029	0.0363	0.029	0.0411	0.0031	0.0052	0.0031	0.0068
chr2R	21099417	21099611	chr2R:21099418-21099611	distal	distal	stage5	stage5	Kr_KrMT,VT22272.1	Kr_KrMT,VT22272.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0286	0.0414	0.0355	0.0068	0.0191	0.0665	0.0476	0.038	0.0191	0.0266	0.0437	0.0266	0.0488	0.0023	0.0077	0.0023	0.0104
chr2R	21100095	21100522	chr2R:21100096-21100522	distal	distal	stage11	stage11	VT22272.1,VT22273.1	VT22272.1,VT22273.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0752	0.0751	0.1194	0.0267	0.0297	0.0985	0.0865	0.1053	0.0297	0.1238	0.1887	0.1238	0.0333	0.036	0.0329	0.036	0.0224
chr2R	21102304	21102919	chr2R:21102305-21102919	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT22273.1	VT22273.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1869	0.0902	0.2709	0.2028	0.0308	0.1519	0.0779	0.1139	0.0308	0.4052	0.2849	0.4052	0.2277	0.2925	0.1825	0.2925	0.1746
chr2R	21103446	21103597	chr2R:21103447-21103597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0201	0.0349	0.0185	0.0053	0.0339	0.033	0.048	0.0433	0.0339	0.0205	0.0283	0.0205	0.0101	0.0084	0.0064	0.0084	0.0047
chr2R	21105532	21105689	chr2R:21105533-21105689	distal	distal	none	none	Kr_PP3.OHZ	Kr_PP3.OHZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0299	0.0424	0.0381	0.007	0.0159	0.068	0.0446	0.0486	0.0159	0.1021	0.027	0.1021	0.0155	0.0023	0.0052	0.0023	0.0073
chr2R	21106689	21106840	chr2R:21106690-21106840	distal	distal	stage5	stage5	Kr_PP3.OHZ	Kr_PP3.OHZ	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0521	0.034	0.0125	0.0212	0.0811	0.0428	0.0766	0.0212	0.0423	0.0421	0.0423	0.0201	0.0069	0.0116	0.0069	0.0156
chr2R	21106876	21107132	chr2R:21106877-21107132	distal	distal	stage5	stage5	Kr_PP3.OHZ,VT22277.1	Kr_PP3.OHZ,VT22277.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0671	0.1264	0.0522	0.0173	0.0721	0.1573	0.1233	0.1972	0.0721	0.0827	0.0614	0.0827	0.0256	0.0115	0.0129	0.0115	0.0156
chr2R	21110567	21110740	chr2R:21110568-21110740	distal	distal	stage5	stage5	Kr_CD1_NR,VT22278.1	Kr_CD1_NR,VT22278.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0523	0.123	0.0212	0.0074	0.1262	0.0515	0.2336	0.1226	0.1262	0.0181	0.0325	0.0181	0.0139	0.0061	0.0116	0.0061	0.0057
chr2R	21112418	21112569	chr2R:21112419-21112569	distal	distal	none	none	Kr_H/H,Kr_H/J	Kr_H/J	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.025	0.0317	0.0247	0.0178	0.0286	0.0262	0.0446	0.0426	0.0286	0.0248	0.0251	0.0248	0.0263	0.0092	0.0168	0.0092	0.0334
chr2R	21112833	21113025	chr2R:21112834-21113025	distal	distal	stage5	stage5	Kr_H/H,Kr_H/J	Kr_H/J	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0569	0.1073	0.0431	0.0157	0.0965	0.0922	0.1497	0.1366	0.0965	0.0513	0.0486	0.0513	0.0263	0.0138	0.0135	0.0138	0.0167
chr2R	21113294	21113546	chr2R:21113295-21113546	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	Kr_H/H	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1575	0.1413	0.2209	0.106	0.0806	0.215	0.109	0.2219	0.0806	0.2983	0.2286	0.2983	0.1534	0.1087	0.0567	0.1087	0.0735
chr2R	21113945	21114144	chr2R:21113946-21114144	FBgn0001325	Kr	stage11,stage14,stage5	none	Kr_H/H	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2391	0.2713	0.2844	0.1535	0.246	0.3	0.3309	0.3245	0.246	0.3714	0.2974	0.3714	0.2324	0.1998	0.1096	0.1998	0.1141
chr2R	21114346	21114563	chr2R:21114347-21114563	FBgn0001325	Kr	stage5	none	Kr_H/H	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.1057	0.09	0.0471	0.0848	0.1058	0.1371	0.1366	0.0848	0.1147	0.1006	0.1147	0.079	0.0689	0.0426	0.0689	0.0391
chr2R	21114665	21114816	chr2R:21114666-21114816	distal	distal	stage5	none	Kr_H/H	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0485	0.0641	0.0492	0.0302	0.0615	0.068	0.0757	0.0799	0.0615	0.0598	0.0563	0.0598	0.038	0.0207	0.0574	0.0207	0.0266
chr2R	21114989	21115369	chr2R:21114990-21115369	distal	distal	stage5	stage5	Kr_H/H	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0716	0.1066	0.0647	0.0401	0.1113	0.1005	0.1436	0.1213	0.1113	0.0628	0.0756	0.0628	0.0604	0.0222	0.0683	0.0222	0.0334
chr2R	21115694	21115886	chr2R:21115695-21115886	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0425	0.0743	0.0339	0.0164	0.1029	0.0587	0.1034	0.0833	0.1029	0.0302	0.0367	0.0302	0.0279	0.0077	0.0123	0.0077	0.0182
chr2R	21116038	21116317	chr2R:21116039-21116317	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0538	0.092	0.0449	0.021	0.1177	0.0859	0.1116	0.1126	0.1177	0.0441	0.0518	0.0441	0.0271	0.0184	0.0116	0.0184	0.0182
chr2R	21118573	21118724	chr2R:21118574-21118724	distal	distal	none	none	VT22282.1,VT22283.1	VT22282.1,VT22283.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0252	0.0204	0.023	0.0127	0.0267	0.0324	0.036	0.0127	0.0181	0.0196	0.0181	0.0248	0.0191	0.0045	0.0191	0.0141
chr2R	21120043	21120194	chr2R:21120044-21120194	distal	distal	stage5	stage5	VT22283.1	VT22283.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0227	0.042	0.0138	0.011	0.0255	0.0359	0.0437	0.0866	0.0255	0.0109	0.0177	0.0109	0.0062	0.0084	0.0045	0.0084	0.0089
chr2R	21120521	21120672	chr2R:21120522-21120672	distal	distal	none	none	VT22283.1	VT22283.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0249	0.0204	0.0202	0.0159	0.0223	0.0359	0.0313	0.0159	0.0205	0.0238	0.0205	0.0101	0.0084	0.0058	0.0084	0.0115
chr2R	21123723	21123874	chr2R:21123724-21123874	distal	distal	none	none	VT22285.1	VT22285.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.011	0.0121	0.0141	0.0021	0.0141	0.0173	0.01	0.0021	0.0133	0.0106	0.0133	0.0046	0.0069	0.0013	0.0069	0.0052
chr2R	21124423	21124635	chr2R:21124424-21124635	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0163	0.0198	0.023	0.0032	0.016	0.0272	0.018	0.0032	0.0175	0.0183	0.0175	0.007	0.01	0.0148	0.01	0.0104
chr2R	21124834	21125109	chr2R:21124835-21125109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0249	0.0366	0.0218	0.015	0.0095	0.0335	0.0458	0.068	0.0095	0.0211	0.0215	0.0211	0.0077	0.0023	0.0135	0.0023	0.0094
chr2R	21127156	21127319	chr2R:21127157-21127319	distal	distal	none	none	VT22287.1,VT22288.1	VT22287.1,VT22288.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0191	0.0303	0.0256	0.0021	0.0243	0.0242	0.026	0.0021	0.038	0.0341	0.038	0.017	0.023	0.0258	0.023	0.0125
chr2R	21129429	21129580	chr2R:21129430-21129580	distal	distal	stage14	stage14	VT22289.1	VT22289.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0252	0.0223	0.0286	0.0246	0.0106	0.0252	0.0294	0.0253	0.0106	0.0236	0.0312	0.0236	0.0256	0.0077	0.0193	0.0077	0.0146
chr2R	21130781	21130974	chr2R:21130782-21130974	distal	distal	none	none	VT22290.1	VT22290.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0301	0.0361	0.0419	0.0104	0.0138	0.0388	0.0355	0.0686	0.0138	0.032	0.0688	0.032	0.0147	0.0054	0.0103	0.0054	0.0052
chr2R	21131058	21131225	chr2R:21131059-21131225	distal	distal	none	none	VT22290.1	VT22290.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0254	0.0298	0.0353	0.0097	0.0138	0.0306	0.0268	0.0653	0.0138	0.0272	0.0624	0.0272	0.0101	0.0015	0.0155	0.0015	0.0073
chr2R	21132182	21132352	chr2R:21132183-21132352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0116	0.0231	0.0224	0.0042	0.0102	0.0177	0.0147	0.0042	0.0181	0.0244	0.0181	0.0116	0.0046	0.0155	0.0046	0.0146
chr2R	21134118	21134322	chr2R:21134119-21134322	FBgn0050429	CG30429	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0274	0.029	0.0387	0.0131	0.0095	0.0325	0.0303	0.0513	0.0095	0.0187	0.0627	0.0187	0.024	0.0054	0.0135	0.0054	0.0089
chr2R	21140417	21140602	chr2R:21140418-21140602	FBgn0050428	CG30428	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0561	0.0465	0.0678	0.0542	0.0233	0.0592	0.0554	0.058	0.0233	0.0737	0.0752	0.0737	0.0627	0.0505	0.06	0.0505	0.0672
chr2R	21140724	21140897	chr2R:21140725-21140897	FBgn0050428	CG30428	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1206	0.1108	0.1387	0.1117	0.0615	0.1427	0.1176	0.1539	0.0615	0.1673	0.1566	0.1673	0.1363	0.1087	0.1186	0.1087	0.1391
chr2R	21141056	21141326	chr2R:21141057-21141326	FBgn0050428	CG30428	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0818	0.1147	0.0813	0.0382	0.1049	0.0939	0.1079	0.0382	0.1298	0.1232	0.1298	0.1146	0.085	0.0671	0.085	0.1073
chr2R	21143275	21143448	chr2R:21143276-21143448	FBgn0035094	CG9380	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0525	0.0657	0.0515	0.0387	0.0594	0.0597	0.0891	0.0833	0.0594	0.0827	0.0486	0.0827	0.0503	0.0452	0.0342	0.0452	0.0573
chr2R	21144348	21144550	chr2R:21144349-21144550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0486	0.0415	0.0566	0.0479	0.0276	0.0495	0.0441	0.06	0.0276	0.0882	0.0486	0.0882	0.079	0.0283	0.0451	0.0283	0.0954
chr2R	21144959	21145357	chr2R:21144960-21145357	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1545	0.176	0.1909	0.0907	0.123	0.2374	0.1713	0.2498	0.123	0.282	0.1936	0.282	0.1387	0.0666	0.0548	0.0666	0.0844
chr2R	21145685	21145836	chr2R:21145686-21145836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0341	0.0378	0.0346	0.0295	0.018	0.0539	0.0389	0.0493	0.018	0.0417	0.035	0.0417	0.0333	0.0329	0.0284	0.0329	0.0313
chr2RHet	42491	42642	chr2RHet:42492-42642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0097	0.0227	0.0043	0.0013	0.0201	0.0107	0.0515	0.0087	0.0201	0.006	0.0035	0.006	0.0046	0.0031	0	0.0031	0.0026
chr2RHet	77907	78058	chr2RHet:77908-78058	FBgn0069969,FBgn0085793	CG40498,CR41510	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0217	0.0146	0.0253	0.017	0.018	0.0307	0.0233	0.017	0.0115	0.0145	0.0115	0.0217	0.0161	0.0174	0.0161	0.0224
chr2RHet	78199	78350	chr2RHet:78200-78350	FBgn0069969,FBgn0085793	CG40498,CR41510	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0215	0.0181	0.0184	0.0287	0.0138	0.0141	0.026	0.0193	0.0138	0.0133	0.0196	0.0133	0.0325	0.0176	0.0213	0.0176	0.0323
chr2RHet	80786	81048	chr2RHet:80787-81048	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0563	0.1171	0.0376	0.0088	0.123	0.0752	0.189	0.0933	0.123	0.0356	0.0392	0.0356	0.0465	0.0015	0.011	0.0015	0.0047
chr2RHet	89392	89543	chr2RHet:89393-89543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0105	0.0208	0.0063	0.0035	0.0117	0.0117	0.0446	0.0133	0.0117	0.0048	0.0084	0.0048	0.007	0.0015	0.0019	0.0015	0.0057
chr2RHet	95322	95572	chr2RHet:95323-95572	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.0502	0.0136	0.0075	0.0414	0.0408	0.0787	0.0466	0.0414	0.0103	0.0141	0.0103	0.0225	0.0031	0.0097	0.0031	0.0104
chr2RHet	126460	126828	chr2RHet:126461-126828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.05	0.0575	0.0516	0.0398	0.0308	0.0694	0.0701	0.0513	0.0308	0.0936	0.0492	0.0936	0.0488	0.0658	0.0458	0.0658	0.0474
chr2RHet	141325	141476	chr2RHet:141326-141476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0097	0.0224	0.0037	0.0019	0.0127	0.0039	0.0532	0.0107	0.0127	0.0042	0.0026	0.0042	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2RHet	141615	141766	chr2RHet:141616-141766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0095	0.0214	0.0044	0.0017	0.0106	0.0058	0.0523	0.0113	0.0106	0.006	0.0051	0.006	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0016
chr2RHet	147888	148039	chr2RHet:147889-148039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0074	0.0177	0.0023	0.0015	0.0032	0.0058	0.0476	0.0067	0.0032	0.0018	0.0026	0.0018	0.0031	8e-04	0.0026	8e-04	0.0021
chr2RHet	148186	148337	chr2RHet:148187-148337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0091	0.0197	0.0041	0.0029	0.0074	0.0083	0.0467	0.012	0.0074	0.0042	0.0026	0.0042	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.0052
chr2RHet	195988	196139	chr2RHet:195989-196139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0279	0.0109	0.0072	0.0233	0.0131	0.0593	0.0147	0.0233	0.0103	0.0145	0.0103	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0078
chr2RHet	197565	197847	chr2RHet:197566-197847	FBgn0003256,FBgn0085582	CG41257,rl	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0664	0.0637	0.0764	0.0585	0.0392	0.067	0.0774	0.07	0.0392	0.1021	0.0842	0.1021	0.0713	0.0712	0.0567	0.0712	0.0672
chr2RHet	198001	198194	chr2RHet:198002-198194	FBgn0003256,FBgn0085582	CG41257,rl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1156	0.1023	0.1385	0.1054	0.0774	0.1063	0.1133	0.1286	0.0774	0.1624	0.1579	0.1624	0.141	0.1187	0.1103	0.1187	0.1251
chr2RHet	198207	198410	chr2RHet:198208-198410	FBgn0003256,FBgn0085582	CG41257,rl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1142	0.0978	0.1419	0.1021	0.0583	0.1126	0.112	0.1199	0.0583	0.183	0.1518	0.183	0.1495	0.1156	0.1019	0.1156	0.1251
chr2RHet	198562	198750	chr2RHet:198563-198750	FBgn0003256	rl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1427	0.1259	0.1662	0.1358	0.0859	0.1403	0.1445	0.1486	0.0859	0.2222	0.1746	0.2222	0.1681	0.1531	0.1341	0.1531	0.1735
chr2RHet	198811	199192	chr2RHet:198812-199192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1556	0.1375	0.1777	0.1515	0.0954	0.1549	0.1492	0.1626	0.0954	0.2289	0.192	0.2289	0.1743	0.1432	0.1496	0.1432	0.1954
chr2RHet	199256	199430	chr2RHet:199257-199430	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0676	0.0576	0.0807	0.0643	0.0424	0.0563	0.0688	0.0633	0.0424	0.0882	0.0897	0.0882	0.0875	0.0613	0.0696	0.0613	0.0693
chr2RHet	199475	199651	chr2RHet:199476-199651	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0399	0.0293	0.0475	0.0433	0.0127	0.0282	0.0385	0.0326	0.0127	0.0417	0.0611	0.0417	0.0457	0.0345	0.0471	0.0345	0.0453
chr2RHet	200125	200276	chr2RHet:200126-200276	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0363	0.0351	0.0338	0.0405	0.018	0.0379	0.0458	0.0346	0.018	0.0266	0.0405	0.0266	0.0248	0.0245	0.0226	0.0245	0.037
chr2RHet	206670	206821	chr2RHet:206671-206821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0305	0.0194	0.0173	0.0244	0.0257	0.048	0.0227	0.0244	0.0223	0.0193	0.0223	0.0248	0.0207	0.0181	0.0207	0.0203
chr2RHet	207021	207172	chr2RHet:207022-207172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0264	0.0208	0.0146	0.0138	0.0238	0.0407	0.0286	0.0138	0.0242	0.0248	0.0242	0.024	0.0199	0.0135	0.0199	0.0167
chr2RHet	207702	207853	chr2RHet:207703-207853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0191	0.0229	0.0203	0.0136	0.0138	0.0175	0.0346	0.0207	0.0138	0.0205	0.0228	0.0205	0.0263	0.0145	0.0116	0.0145	0.0229
chr2RHet	214794	214945	chr2RHet:214795-214945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0211	0.0252	0.0207	0.0169	0.0085	0.0218	0.0363	0.026	0.0085	0.0229	0.0267	0.0229	0.0163	0.0199	0.0155	0.0199	0.0198
chr2RHet	217458	217629	chr2RHet:217459-217629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0368	0.0237	0.0118	0.0265	0.0262	0.0619	0.034	0.0265	0.0211	0.0251	0.0211	0.0325	0.0123	0.0142	0.0123	0.0162
chr2RHet	219829	220053	chr2RHet:219830-220053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0411	0.0241	0.0139	0.0477	0.0248	0.0705	0.0266	0.0477	0.0248	0.027	0.0248	0.0279	0.0153	0.0181	0.0153	0.0162
chr2RHet	222490	222641	chr2RHet:222491-222641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0152	0.0243	0.0126	0.0079	0.018	0.0155	0.0381	0.0213	0.018	0.0127	0.0154	0.0127	0.0124	0.0061	0.0071	0.0061	0.0089
chr2RHet	222647	222798	chr2RHet:222648-222798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0274	0.0156	0.0099	0.0212	0.0165	0.0493	0.0193	0.0212	0.0229	0.0174	0.0229	0.0124	0.0077	0.009	0.0077	0.013
chr2RHet	223681	223963	chr2RHet:223682-223963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0389	0.0251	0.0163	0.0233	0.0267	0.0688	0.028	0.0233	0.0217	0.0302	0.0217	0.0279	0.0138	0.0206	0.0138	0.0188
chr2RHet	306707	306858	chr2RHet:306708-306858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0069	0.0141	0.0037	0.0025	0.0042	0.0058	0.0355	0.006	0.0042	0.003	0.0048	0.003	0.0054	0.0015	6e-04	0.0015	0.0036
chr2RHet	338072	338267	chr2RHet:338073-338267	FBgn0085732	CR40190	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0418	0.0424	0.0397	0.0436	0.0297	0.0451	0.0467	0.05	0.0297	0.038	0.0479	0.038	0.0503	0.0551	0.0438	0.0551	0.0547
chr2RHet	351410	351613	chr2RHet:351411-351613	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0339	0.0538	0.0259	0.0205	0.0424	0.0456	0.08	0.0446	0.0424	0.0181	0.0264	0.0181	0.0534	0.0214	0.0258	0.0214	0.0261
chr2RHet	369821	370443	chr2RHet:369822-370443	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1785	0.1687	0.214	0.1505	0.1145	0.1951	0.1942	0.1765	0.1145	0.2711	0.2389	0.2711	0.2308	0.1922	0.207	0.1922	0.2251
chr2RHet	370733	370884	chr2RHet:370734-370884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0308	0.0228	0.0164	0.0276	0.0233	0.0467	0.0353	0.0276	0.0242	0.027	0.0242	0.0279	0.0191	0.0219	0.0191	0.0229
chr2RHet	379999	380150	chr2RHet:380000-380150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0121	0.0231	0.0071	0.0053	0.017	0.0087	0.0506	0.0147	0.017	0.0072	0.008	0.0072	0.0108	0.0069	0.0045	0.0069	0.0057
chr2RHet	380308	380459	chr2RHet:380309-380459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0139	0.0262	0.0091	0.0054	0.0138	0.0146	0.0523	0.0207	0.0138	0.0157	0.01	0.0157	0.0077	0.0069	0.0064	0.0069	0.0057
chr2RHet	390308	390534	chr2RHet:390309-390534	FBgn0058191	CG40191	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0619	0.052	0.066	0.0685	0.0201	0.0529	0.0744	0.05	0.0201	0.07	0.0733	0.07	0.0728	0.0681	0.0645	0.0681	0.0724
chr2RHet	390612	390817	chr2RHet:390613-390817	FBgn0058191	CG40191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1393	0.1248	0.1544	0.1388	0.0891	0.133	0.1609	0.1186	0.0891	0.1896	0.1675	0.1896	0.1526	0.1493	0.1534	0.1493	0.148
chr2RHet	390860	391050	chr2RHet:390861-391050	FBgn0058191	CG40191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1626	0.1372	0.1942	0.1564	0.0965	0.1466	0.1674	0.1432	0.0965	0.2361	0.2109	0.2361	0.1991	0.1708	0.1644	0.1708	0.1725
chr2RHet	391183	391491	chr2RHet:391184-391491	FBgn0058191	CG40191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1479	0.1216	0.1789	0.1432	0.0944	0.1306	0.1406	0.1339	0.0944	0.2186	0.1916	0.2186	0.1836	0.1432	0.1534	0.1432	0.1767
chr2RHet	391569	392175	chr2RHet:391570-392175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.102	0.092	0.1187	0.0948	0.0594	0.0893	0.1189	0.1019	0.0594	0.1316	0.1412	0.1316	0.1255	0.0896	0.1077	0.0896	0.123
chr2RHet	393189	393395	chr2RHet:393190-393395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0363	0.0422	0.0336	0.0324	0.0392	0.0393	0.0636	0.028	0.0392	0.058	0.0328	0.058	0.0349	0.0636	0.0297	0.0636	0.0391
chr2RHet	444376	444527	chr2RHet:444377-444527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0138	0.0287	0.007	0.0046	0.0159	0.0175	0.0532	0.0253	0.0159	0.0048	0.0077	0.0048	0.0101	0.0038	0.0064	0.0038	0.0047
chr2RHet	444856	445135	chr2RHet:444857-445135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0159	0.029	0.011	0.0064	0.0095	0.016	0.0567	0.0253	0.0095	0.0097	0.0122	0.0097	0.017	0.0054	0.0052	0.0054	0.0083
chr2RHet	445310	445461	chr2RHet:445311-445461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0112	0.0216	0.0072	0.004	0.0127	0.0102	0.0437	0.0193	0.0127	0.0054	0.0077	0.0054	0.0116	0.0046	0.0052	0.0046	0.0036
chr2RHet	446027	446178	chr2RHet:446028-446178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0096	0.0172	0.006	0.005	0.0053	0.0083	0.0337	0.0113	0.0053	0.0079	0.0048	0.0079	0.0093	0.0061	0.0045	0.0061	0.0068
chr2RHet	465381	465617	chr2RHet:465382-465617	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0458	0.0614	0.0396	0.0352	0.0382	0.066	0.0757	0.0646	0.0382	0.0477	0.0424	0.0477	0.0519	0.0368	0.0445	0.0368	0.05
chr2RHet	470410	470561	chr2RHet:470411-470561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0415	0.0393	0.0292	0.0191	0.0427	0.0558	0.046	0.0191	0.0344	0.046	0.0344	0.0457	0.0276	0.0355	0.0276	0.0406
chr2RHet	470626	470777	chr2RHet:470627-470777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0329	0.036	0.0369	0.0251	0.017	0.0383	0.0446	0.0393	0.017	0.0338	0.0383	0.0338	0.0473	0.0191	0.0342	0.0191	0.0339
chr2RHet	470839	471210	chr2RHet:470840-471210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0755	0.0735	0.0874	0.0646	0.0541	0.0762	0.0874	0.0799	0.0541	0.1093	0.0936	0.1093	0.0837	0.0544	0.0799	0.0544	0.0844
chr2RHet	471215	471366	chr2RHet:471216-471366	FBgn0043842	Yeti	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0613	0.0513	0.0736	0.0589	0.0361	0.0544	0.0545	0.0666	0.0361	0.0924	0.0801	0.0924	0.0759	0.0712	0.0619	0.0712	0.0735
chr2RHet	471659	471848	chr2RHet:471660-471848	FBgn0043842	Yeti	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1734	0.1481	0.2072	0.1647	0.1177	0.1767	0.1311	0.1939	0.1177	0.2554	0.2395	0.2554	0.2037	0.1776	0.1689	0.1776	0.2022
chr2RHet	472116	472332	chr2RHet:472117-472332	FBgn0043842	Yeti	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.0971	0.1178	0.1036	0.088	0.1083	0.1008	0.1139	0.088	0.1274	0.1373	0.1274	0.127	0.1072	0.118	0.1072	0.1303
chr2RHet	476785	476936	chr2RHet:476786-476936	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0226	0.0311	0.0199	0.018	0.0301	0.0195	0.0273	0.018	0.0362	0.0363	0.0362	0.0325	0.0222	0.0219	0.0222	0.0297
chr2RHet	477267	477465	chr2RHet:477268-477465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0594	0.0675	0.0645	0.0448	0.0435	0.0748	0.0744	0.0866	0.0435	0.0737	0.0733	0.0737	0.0798	0.0444	0.0477	0.0444	0.0677
chr2RHet	479538	479689	chr2RHet:479539-479689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0152	0.0247	0.0128	0.0074	0.0106	0.0136	0.0471	0.0233	0.0106	0.0133	0.0183	0.0133	0.0116	0.0069	0.011	0.0069	0.0078
chr2RHet	480104	480336	chr2RHet:480105-480336	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0484	0.0141	0.0096	0.0223	0.0243	0.0774	0.0613	0.0223	0.0115	0.0177	0.0115	0.0108	0.0077	0.0168	0.0077	0.0104
chr2RHet	485204	485393	chr2RHet:485205-485393	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0262	0.0502	0.0184	0.0079	0.0286	0.0529	0.067	0.044	0.0286	0.0266	0.0174	0.0266	0.0217	0.0138	0.0077	0.0138	0.0078
chr2RHet	485545	485696	chr2RHet:485546-485696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0168	0.0304	0.0129	0.0057	0.0127	0.0291	0.0407	0.0326	0.0127	0.0187	0.0132	0.0187	0.017	0.0084	0.0019	0.0084	0.0083
chr2RHet	491326	491611	chr2RHet:491327-491611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.038	0.0636	0.034	0.0139	0.0435	0.0922	0.0636	0.0506	0.0435	0.0767	0.0273	0.0767	0.0271	0.0176	0.0148	0.0176	0.0182
chr2RHet	492070	492221	chr2RHet:492071-492221	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0333	0.0159	0.01	0.0159	0.0388	0.0407	0.036	0.0159	0.0229	0.0151	0.0229	0.0178	0.0107	0.0148	0.0107	0.0109
chr2RHet	492343	492496	chr2RHet:492344-492496	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.034	0.0127	0.0072	0.0223	0.034	0.0446	0.0346	0.0223	0.0139	0.0151	0.0139	0.0124	0.0092	0.009	0.0092	0.0073
chr2RHet	492954	493129	chr2RHet:492955-493129	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0274	0.0454	0.0225	0.0128	0.0244	0.0427	0.0584	0.0593	0.0244	0.0181	0.0289	0.0181	0.017	0.0092	0.02	0.0092	0.012
chr2RHet	496738	496889	chr2RHet:496739-496889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0195	0.0341	0.0121	0.0113	0.0127	0.0456	0.0458	0.03	0.0127	0.0133	0.0158	0.0133	0.0116	0.013	0.0148	0.013	0.013
chr2RHet	497850	498001	chr2RHet:497851-498001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0166	0.0272	0.0131	0.0086	0.0117	0.0209	0.0497	0.0227	0.0117	0.0079	0.0193	0.0079	0.0139	0.0069	0.0142	0.0069	0.0089
chr2RHet	498063	498214	chr2RHet:498064-498214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0303	0.0141	0.01	0.0085	0.0306	0.0506	0.0266	0.0085	0.0139	0.0177	0.0139	0.0163	0.0061	0.0206	0.0061	0.0089
chr2RHet	498494	498645	chr2RHet:498495-498645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0373	0.0164	0.0102	0.017	0.034	0.0593	0.0353	0.017	0.0133	0.018	0.0133	0.0271	0.0069	0.0155	0.0069	0.0135
chr2RHet	520662	520836	chr2RHet:520663-520836	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0398	0.0079	0.0046	0.0329	0.0194	0.0787	0.0233	0.0329	0.0085	0.0103	0.0085	0.007	8e-04	0.0064	8e-04	0.0078
chr2RHet	522075	522230	chr2RHet:522076-522230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0192	0.0405	0.01	0.0056	0.0297	0.0262	0.0623	0.0413	0.0297	0.0085	0.0103	0.0085	0.017	0.0038	0.0045	0.0038	0.0094
chr2RHet	522459	522640	chr2RHet:522460-522640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0158	0.0307	0.011	0.0045	0.018	0.0204	0.0506	0.0273	0.018	0.0079	0.0122	0.0079	0.017	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2RHet	563788	563939	chr2RHet:563789-563939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.016	0.0354	0.006	0.0053	0.0286	0.017	0.0679	0.0293	0.0286	0.0036	0.0068	0.0036	0.0116	0.0038	0.0064	0.0038	0.0073
chr2RHet	564003	564154	chr2RHet:564004-564154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0198	0.0421	0.0091	0.0067	0.0382	0.0209	0.0753	0.0353	0.0382	0.0109	0.0093	0.0109	0.0124	0.0038	0.0039	0.0038	0.0099
chr2RHet	567223	567374	chr2RHet:567224-567374	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0323	0.0155	0.0132	0.018	0.0248	0.0441	0.0433	0.018	0.0175	0.0199	0.0175	0.0132	0.0115	0.0155	0.0115	0.0109
chr2RHet	567546	567785	chr2RHet:567547-567785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0492	0.079	0.0363	0.0299	0.053	0.0694	0.0934	0.0973	0.053	0.0308	0.0476	0.0308	0.0341	0.0237	0.0368	0.0237	0.0313
chr2RHet	568140	568361	chr2RHet:568141-568361	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0311	0.0496	0.0198	0.0228	0.0392	0.0413	0.0601	0.06	0.0392	0.0145	0.0286	0.0145	0.0201	0.0084	0.0329	0.0084	0.013
chr2RHet	568591	568759	chr2RHet:568592-568759	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0249	0.0417	0.0152	0.0166	0.0318	0.0316	0.0523	0.0573	0.0318	0.0066	0.0241	0.0066	0.0139	0.0077	0.0219	0.0077	0.0172
chr2RHet	568878	569029	chr2RHet:568879-569029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0284	0.0121	0.0102	0.0159	0.0248	0.0376	0.0366	0.0159	0.0103	0.0177	0.0103	0.0132	0.0077	0.0103	0.0077	0.012
chr2RHet	578490	578676	chr2RHet:578491-578676	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0154	0.0309	0.0102	0.0039	0.017	0.0194	0.0601	0.0207	0.017	0.0103	0.0084	0.0103	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0021
chr2RHet	590421	590572	chr2RHet:590422-590572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0132	0.0262	0.0089	0.0035	0.018	0.0189	0.0467	0.022	0.018	0.0103	0.01	0.0103	0.007	0.0023	0.0052	0.0023	0.0026
chr2RHet	622172	622323	chr2RHet:622173-622323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0132	0.0228	0.0094	0.0065	0.0064	0.0126	0.0497	0.016	0.0064	0.0091	0.0113	0.0091	0.0132	0.0031	0.0103	0.0031	0.0078
chr2RHet	622464	622615	chr2RHet:622465-622615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0136	0.025	0.0088	0.0063	0.0042	0.0126	0.0562	0.0193	0.0042	0.0072	0.0103	0.0072	0.0124	0.0038	0.0058	0.0038	0.0063
chr2RHet	622956	623107	chr2RHet:622957-623107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0141	0.0255	0.0098	0.0061	0.0148	0.0102	0.058	0.0167	0.0148	0.0103	0.0132	0.0103	0.0077	0.0061	0.0045	0.0061	0.0047
chr2RHet	623324	623475	chr2RHet:623325-623475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0136	0.0243	0.0081	0.0075	0.018	0.017	0.0476	0.0113	0.018	0.0066	0.0109	0.0066	0.0093	0.0061	0.011	0.0061	0.0068
chr2RHet	623623	623774	chr2RHet:623624-623774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0137	0.025	0.0081	0.0071	0.0159	0.0184	0.0519	0.0147	0.0159	0.0079	0.01	0.0079	0.0085	0.0038	0.0103	0.0038	0.0078
chr2RHet	623951	624102	chr2RHet:623952-624102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0143	0.0258	0.0096	0.0067	0.0148	0.0107	0.0584	0.0147	0.0148	0.0085	0.0119	0.0085	0.0108	0.0046	0.0071	0.0046	0.0047
chr2RHet	624155	624306	chr2RHet:624156-624306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0143	0.0238	0.0104	0.0078	0.0074	0.0141	0.0558	0.01	0.0074	0.0115	0.0106	0.0115	0.0116	0.0046	0.0123	0.0046	0.0063
chr2RHet	635005	635156	chr2RHet:635006-635156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0189	0.034	0.0096	0.0123	0.0201	0.0223	0.0614	0.0293	0.0201	0.0145	0.0103	0.0145	0.0077	0.01	0.009	0.01	0.0057
chr2RHet	635427	635665	chr2RHet:635428-635665	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0396	0.0135	0.0121	0.0255	0.0218	0.0666	0.0426	0.0255	0.0139	0.0164	0.0139	0.0139	0.0115	0.0116	0.0115	0.0094
chr2RHet	664580	664731	chr2RHet:664581-664731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0098	0.0214	0.0053	0.0018	0.0159	0.0092	0.0463	0.0127	0.0159	0.0091	0.0048	0.0091	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.001
chr2RHet	668321	668472	chr2RHet:668322-668472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0126	0.026	0.0077	0.0029	0.0265	0.0121	0.0536	0.014	0.0265	0.0066	0.01	0.0066	0.0062	0.0038	0.0045	0.0038	0.0021
chr2RHet	728389	728540	chr2RHet:728390-728540	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0295	0.0076	0.0047	0.0223	0.0102	0.0623	0.02	0.0223	0.0097	0.0084	0.0097	0.0085	0.0031	0.0097	0.0031	0.0031
chr2RHet	738671	738862	chr2RHet:738672-738862	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0256	0.0381	0.0184	0.0195	0.0286	0.035	0.0446	0.0466	0.0286	0.0127	0.0206	0.0127	0.0271	0.01	0.0309	0.01	0.0297
chr2RHet	743514	743665	chr2RHet:743515-743665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0089	0.0218	0.002	0.0021	0.017	0.0097	0.0489	0.0127	0.017	0.0018	0.0026	0.0018	0.0031	0.0015	0.0026	0.0015	0.0036
chr2RHet	759103	759254	chr2RHet:759104-759254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0089	0.0196	0.0037	0.0026	0.0117	0.0078	0.0454	0.008	0.0117	0.0042	0.0055	0.0042	0.0015	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chr2RHet	792232	792383	chr2RHet:792233-792383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0106	0.0213	0.0063	0.0032	0.0127	0.0073	0.042	0.0227	0.0127	0.0079	0.0074	0.0079	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0042
chr2RHet	795349	795500	chr2RHet:795350-795500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0124	0.0249	0.0067	0.0046	0.0201	0.0131	0.0454	0.02	0.0201	0.0097	0.0068	0.0097	0.0085	0.0023	0.0071	0.0023	0.0057
chr2RHet	799108	799259	chr2RHet:799109-799259	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0134	0.0298	0.0056	0.0036	0.017	0.0155	0.0649	0.0147	0.017	0.0079	0.0045	0.0079	0.0031	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr2RHet	800422	800573	chr2RHet:800423-800573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0138	0.0252	0.0095	0.0058	0.0117	0.0131	0.0471	0.024	0.0117	0.0133	0.0084	0.0133	0.0101	0.0084	0.0039	0.0084	0.0089
chr2RHet	817080	817297	chr2RHet:817081-817297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0225	0.0573	0.0048	0.0029	0.0615	0.018	0.1176	0.0306	0.0615	0.0036	0.0071	0.0036	0.0023	0.0038	0.0039	0.0038	0.0021
chr2RHet	817343	817494	chr2RHet:817344-817494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.013	0.0318	0.0039	0.0018	0.0329	0.0083	0.0636	0.0173	0.0329	0.0042	0.0035	0.0042	0.0031	0.0015	0.0032	0.0015	0.0016
chr2RHet	819948	820099	chr2RHet:819949-820099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.01	0.0227	0.0046	0.0017	0.018	0.0073	0.0502	0.012	0.018	0.0042	0.0055	0.0042	0.0031	0.0015	0.0032	0.0015	0.0021
chr2RHet	822800	823016	chr2RHet:822801-823016	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0305	0.0364	0.0266	0.0283	0.0361	0.0257	0.0502	0.0373	0.0361	0.0278	0.0219	0.0278	0.0542	0.026	0.0193	0.026	0.0417
chr2RHet	850740	850891	chr2RHet:850741-850891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0205	0.028	0.017	0.0159	0.0159	0.0262	0.0411	0.0253	0.0159	0.0187	0.0196	0.0187	0.0178	0.0092	0.0181	0.0092	0.0266
chr2RHet	850976	851129	chr2RHet:850977-851129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0223	0.0335	0.0161	0.0166	0.0255	0.0286	0.045	0.034	0.0255	0.0175	0.0177	0.0175	0.0232	0.013	0.0181	0.013	0.0307
chr2RHet	851538	851689	chr2RHet:851539-851689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0227	0.0263	0.0199	0.0216	0.0159	0.0248	0.035	0.0266	0.0159	0.0163	0.0206	0.0163	0.0279	0.0138	0.0387	0.0138	0.0297
chr2RHet	851729	851985	chr2RHet:851730-851985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0403	0.0322	0.0281	0.0233	0.0403	0.0493	0.05	0.0233	0.0266	0.0386	0.0266	0.0426	0.0176	0.0464	0.0176	0.0459
chr2RHet	852380	852572	chr2RHet:852381-852572	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0481	0.0673	0.0414	0.0341	0.053	0.0709	0.0701	0.0759	0.053	0.029	0.0566	0.029	0.0519	0.0207	0.0522	0.0207	0.0542
chr2RHet	852758	853053	chr2RHet:852759-853053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0587	0.0259	0.0198	0.0318	0.0495	0.0891	0.0593	0.0318	0.0223	0.0341	0.0223	0.0349	0.0138	0.029	0.0138	0.0292
chr2RHet	853103	853254	chr2RHet:853104-853254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0225	0.037	0.0161	0.0134	0.0201	0.033	0.058	0.0293	0.0201	0.0175	0.0196	0.0175	0.0194	0.0069	0.0161	0.0069	0.0224
chr2RHet	853275	853532	chr2RHet:853276-853532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0571	0.0168	0.0125	0.0329	0.0413	0.0999	0.0453	0.0329	0.0163	0.0206	0.0163	0.0194	0.0084	0.0148	0.0084	0.0188
chr2RHet	861489	861673	chr2RHet:861490-861673	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0615	0.078	0.0594	0.0453	0.0583	0.0985	0.08	0.0859	0.0583	0.0368	0.073	0.0368	0.0968	0.0276	0.0709	0.0276	0.0756
chr2RHet	862181	862332	chr2RHet:862182-862332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0241	0.0157	0.0167	0.0074	0.0262	0.0285	0.0313	0.0074	0.0151	0.0199	0.0151	0.0163	0.013	0.0277	0.013	0.025
chr2RHet	864377	864582	chr2RHet:864378-864582	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0568	0.0147	0.012	0.0657	0.0354	0.0878	0.0486	0.0657	0.0169	0.018	0.0169	0.0186	0.0077	0.0174	0.0077	0.0162
chr2RHet	865659	865810	chr2RHet:865660-865810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0149	0.0269	0.0103	0.0067	0.0053	0.0184	0.0463	0.032	0.0053	0.0097	0.0122	0.0097	0.0124	0.0054	0.009	0.0054	0.0089
chr2RHet	867463	867614	chr2RHet:867464-867614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0273	0.0138	0.0086	0.0127	0.0228	0.0398	0.0333	0.0127	0.0139	0.0164	0.0139	0.0116	0.013	0.0077	0.013	0.0078
chr2RHet	890851	891002	chr2RHet:890852-891002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0134	0.0334	0.0039	0.0014	0.0286	0.0092	0.0809	0.0127	0.0286	0.0036	0.0048	0.0036	0.0046	0	0.0013	0	0.0016
chr2RHet	936893	937044	chr2RHet:936894-937044	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0094	0.0217	0.0033	0.0024	0.0233	0.0112	0.0381	0.014	0.0233	0.003	0.0042	0.003	0.0031	0.0015	0.0013	0.0015	0.0042
chr2RHet	1009824	1009975	chr2RHet:1009825-1009975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0113	0.026	0.0051	0.0018	0.0201	0.0121	0.0532	0.014	0.0201	0.0066	0.0051	0.0066	0.0054	0.0031	6e-04	0.0031	0.0021
chr2RHet	1095799	1096028	chr2RHet:1095800-1096028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0654	0.036	0.0324	0.0583	0.0646	0.08	0.074	0.0583	0.0344	0.0421	0.0344	0.048	0.0406	0.0342	0.0406	0.0474
chr2RHet	1266327	1266729	chr2RHet:1266328-1266729	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0668	0.1194	0.0509	0.0255	0.0859	0.1209	0.1873	0.0833	0.0859	0.1051	0.0444	0.1051	0.0387	0.049	0.0239	0.049	0.0203
chr2RHet	1267223	1267458	chr2RHet:1267224-1267458	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0606	0.1284	0.032	0.0164	0.0997	0.117	0.1925	0.0939	0.0997	0.0568	0.0334	0.0568	0.024	0.0153	0.0155	0.0153	0.0162
chr2RHet	1268996	1269147	chr2RHet:1268997-1269147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0179	0.0325	0.0121	0.0081	0.0212	0.0267	0.0614	0.016	0.0212	0.0121	0.0135	0.0121	0.017	0.0046	0.0084	0.0046	0.0109
chr2RHet	1295257	1295408	chr2RHet:1295258-1295408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0122	0.0255	0.006	0.004	0.0138	0.0083	0.0619	0.0113	0.0138	0.0042	0.0071	0.0042	0.0085	0.0015	0.0032	0.0015	0.0078
chr2RHet	1333393	1333690	chr2RHet:1333394-1333690	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.1143	0.0287	0.022	0.122	0.0738	0.1825	0.1006	0.122	0.0356	0.0309	0.0356	0.0341	0.0184	0.0232	0.0184	0.0318
chr2RHet	1334821	1335466	chr2RHet:1334822-1335466	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1006	0.0943	0.106	0.1018	0.0551	0.1083	0.1003	0.1166	0.0551	0.1184	0.1145	0.1184	0.1348	0.111	0.109	0.111	0.124
chr2RHet	1335554	1335781	chr2RHet:1335555-1335781	FBgn0058263	MFS17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0695	0.0911	0.0939	0.0339	0.084	0.0688	0.0933	0.0339	0.1165	0.0955	0.1165	0.103	0.1087	0.0941	0.1087	0.1199
chr2RHet	1335986	1336222	chr2RHet:1335987-1336222	FBgn0058263	MFS17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.155	0.1415	0.1777	0.1454	0.0965	0.1641	0.1358	0.1765	0.0965	0.2138	0.1958	0.2138	0.1882	0.16	0.1502	0.16	0.1881
chr2RHet	1336516	1336814	chr2RHet:1336517-1336814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0535	0.0561	0.0522	0.0361	0.0631	0.0554	0.062	0.0361	0.0531	0.0682	0.0531	0.0713	0.0674	0.0638	0.0674	0.0573
chr2RHet	1336928	1337157	chr2RHet:1336929-1337157	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0437	0.0462	0.0445	0.04	0.0265	0.0413	0.0523	0.058	0.0265	0.0435	0.0534	0.0435	0.0627	0.0436	0.0477	0.0436	0.0479
chr2RHet	1360327	1360478	chr2RHet:1360328-1360478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0152	0.0302	0.0086	0.0057	0.0191	0.0262	0.0402	0.034	0.0191	0.0085	0.0129	0.0085	0.0062	0.0046	0.009	0.0046	0.0073
chr2RHet	1364654	1364805	chr2RHet:1364655-1364805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0126	0.0269	0.0066	0.0033	0.018	0.0345	0.0277	0.0253	0.018	0.0103	0.0064	0.0103	0.0054	0.0015	0.0058	0.0015	0.0042
chr2RHet	1364863	1365024	chr2RHet:1364864-1365024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0211	0.0437	0.0093	0.0086	0.0339	0.0354	0.0567	0.048	0.0339	0.0121	0.009	0.0121	0.0108	0.0046	0.009	0.0046	0.012
chr2RHet	1545894	1546045	chr2RHet:1545895-1546045	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0325	0.0512	0.0308	0.0134	0.0265	0.0476	0.0644	0.0646	0.0265	0.029	0.0402	0.029	0.0271	0.0191	0.0097	0.0191	0.0193
chr2RHet	1546095	1546290	chr2RHet:1546096-1546290	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0539	0.0889	0.0472	0.0223	0.0774	0.0879	0.1042	0.0959	0.0774	0.0543	0.0569	0.0543	0.0434	0.0306	0.0245	0.0306	0.0261
chr2RHet	1546659	1547235	chr2RHet:1546660-1547235	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0582	0.09	0.0486	0.0331	0.0615	0.0922	0.1103	0.0953	0.0615	0.0574	0.0543	0.0574	0.0519	0.0406	0.0297	0.0406	0.0469
chr2RHet	1547879	1548179	chr2RHet:1547880-1548179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.043	0.0788	0.0306	0.0166	0.0541	0.0592	0.1112	0.0886	0.0541	0.0308	0.0415	0.0308	0.0302	0.0199	0.0206	0.0199	0.0167
chr2RHet	1551443	1551594	chr2RHet:1551444-1551594	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0197	0.039	0.0102	0.0085	0.0297	0.0374	0.0597	0.032	0.0297	0.0109	0.0103	0.0109	0.0178	0.0069	0.0097	0.0069	0.012
chr2RHet	1558510	1558661	chr2RHet:1558511-1558661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0125	0.0107	0.0135	0.0074	0.0117	0.0186	0.0127	0.0074	0.0085	0.0148	0.0085	0.0077	0.0077	0.0045	0.0077	0.0125
chr2RHet	1595921	1596072	chr2RHet:1595922-1596072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0191	0.0268	0.0169	0.0128	0.0223	0.0252	0.032	0.0253	0.0223	0.0229	0.0196	0.0229	0.0155	0.0115	0.0168	0.0115	0.0167
chr2RHet	1605038	1605189	chr2RHet:1605039-1605189	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0131	0.0231	0.0093	0.0063	0.0191	0.0146	0.0376	0.024	0.0191	0.0103	0.0096	0.0103	0.0116	0.0046	0.009	0.0046	0.0073
chr2RHet	1605955	1606106	chr2RHet:1605956-1606106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0258	0.0123	0.0089	0.0117	0.018	0.0428	0.0286	0.0117	0.0121	0.0122	0.0121	0.0194	0.0077	0.0084	0.0077	0.0109
chr2RHet	1617929	1618080	chr2RHet:1617930-1618080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0333	0.0148	0.0082	0.018	0.0291	0.0528	0.0293	0.018	0.0169	0.0145	0.0169	0.0178	0.0084	0.0084	0.0084	0.0099
chr2RHet	1618515	1618666	chr2RHet:1618516-1618666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0195	0.0353	0.0135	0.0085	0.0212	0.0301	0.0476	0.0426	0.0212	0.0169	0.0164	0.0169	0.0085	0.0061	0.0097	0.0061	0.0094
chr2RHet	1621181	1621453	chr2RHet:1621182-1621453	FBgn0085638	CG41378	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0486	0.0788	0.0667	0.0212	0.0602	0.0515	0.0506	0.0212	0.0719	0.1	0.0719	0.0945	0.0697	0.0787	0.0697	0.0881
chr2RHet	1621577	1621775	chr2RHet:1621578-1621775	FBgn0085638	CG41378	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0925	0.0813	0.111	0.0847	0.0361	0.1053	0.0748	0.1066	0.0361	0.1202	0.1331	0.1202	0.1255	0.0904	0.1025	0.0904	0.1079
chr2RHet	1621875	1622115	chr2RHet:1621876-1622115	FBgn0085638	CG41378	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.046	0.0522	0.0344	0.0265	0.0621	0.0454	0.0493	0.0265	0.061	0.0582	0.061	0.0627	0.0368	0.0432	0.0368	0.0448
chr2RHet	1622329	1622864	chr2RHet:1622330-1622864	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.083	0.0995	0.089	0.0579	0.0604	0.1078	0.1021	0.1419	0.0604	0.0839	0.1119	0.0839	0.103	0.0574	0.0754	0.0574	0.0792
chr2RHet	1623013	1623223	chr2RHet:1623014-1623223	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.0816	0.077	0.0577	0.0488	0.0947	0.0817	0.1053	0.0488	0.0797	0.0942	0.0797	0.0868	0.0521	0.078	0.0521	0.0787
chr2RHet	1623452	1623618	chr2RHet:1623453-1623618	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0419	0.0375	0.0466	0.0416	0.0233	0.0461	0.032	0.0526	0.0233	0.0441	0.0514	0.0441	0.0635	0.0375	0.0464	0.0375	0.0688
chr2RHet	1631455	1631617	chr2RHet:1631456-1631617	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0617	0.0228	0.0089	0.052	0.0417	0.0934	0.0606	0.052	0.0242	0.0257	0.0242	0.0271	0.0061	0.0097	0.0061	0.0151
chr2RHet	1631784	1631973	chr2RHet:1631785-1631973	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0636	0.0273	0.0103	0.0615	0.0442	0.0965	0.0533	0.0615	0.0332	0.028	0.0332	0.0349	0.0054	0.0123	0.0054	0.0162
chr2RHet	1639824	1640015	chr2RHet:1639825-1640015	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0212	0.048	0.008	0.0058	0.052	0.0282	0.0597	0.064	0.052	0.0085	0.0071	0.0085	0.0101	0.0023	0.0045	0.0023	0.0031
chr2RHet	1640143	1640294	chr2RHet:1640144-1640294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0101	0.0221	0.0046	0.0028	0.0191	0.0087	0.0359	0.0253	0.0191	0.0066	0.0042	0.0066	0.0039	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chr2RHet	1712193	1712344	chr2RHet:1712194-1712344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade1	0.0126	0.0294	0.0057	0.0013	0.0201	0.0165	0.0441	0.0353	0.0201	0.0042	0.0058	0.0042	0.0062	8e-04	0.0013	8e-04	5e-04
chr2RHet	1713729	1713880	chr2RHet:1713730-1713880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0108	0.0213	0.0061	0.0042	0.0106	0.0112	0.045	0.0133	0.0106	0.0066	0.0074	0.0066	0.0085	0.0038	0.0019	0.0038	0.0057
chr2RHet	1719924	1720106	chr2RHet:1719925-1720106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0744	0.0273	0.0109	0.0721	0.068	0.0744	0.0946	0.0721	0.0217	0.0379	0.0217	0.0217	0.0046	0.0155	0.0046	0.0141
chr2RHet	1721134	1721285	chr2RHet:1721135-1721285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0168	0.0289	0.0146	0.0056	0.0148	0.0252	0.029	0.0513	0.0148	0.0085	0.0206	0.0085	0.0178	0.0031	0.0026	0.0031	0.0078
chr2RHet	1721387	1721538	chr2RHet:1721388-1721538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0151	0.0258	0.0119	0.0067	0.018	0.0204	0.0251	0.0446	0.018	0.0072	0.0158	0.0072	0.017	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chr2RHet	1721736	1721916	chr2RHet:1721737-1721916	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0156	0.0343	0.0071	0.0042	0.0286	0.0194	0.0454	0.0446	0.0286	0.0018	0.0113	0.0018	0.0116	0.0069	0.0052	0.0069	0.0031
chr2RHet	1728516	1728692	chr2RHet:1728517-1728692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0272	0.0447	0.0217	0.0136	0.035	0.035	0.0584	0.052	0.035	0.0163	0.0267	0.0163	0.0356	0.0115	0.0168	0.0115	0.0208
chr2RHet	1729407	1729558	chr2RHet:1729408-1729558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0252	0.0419	0.0174	0.015	0.0318	0.0374	0.0558	0.0433	0.0318	0.0157	0.0183	0.0157	0.0271	0.0138	0.0206	0.0138	0.0167
chr2RHet	1729748	1729925	chr2RHet:1729749-1729925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0293	0.0508	0.0198	0.0156	0.0265	0.0461	0.0627	0.0666	0.0265	0.0193	0.0206	0.0193	0.0256	0.0168	0.0142	0.0168	0.0193
chr2RHet	1735158	1735309	chr2RHet:1735159-1735309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0159	0.0227	0.0129	0.0117	0.0127	0.0223	0.0238	0.0286	0.0127	0.0139	0.0122	0.0139	0.0232	0.0084	0.0148	0.0084	0.0203
chr2RHet	1777428	1777579	chr2RHet:1777429-1777579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0292	0.0198	0.035	0.0331	0.0042	0.0238	0.0255	0.0247	0.0042	0.0338	0.0402	0.0338	0.0503	0.0299	0.0348	0.0299	0.0469
chr2RHet	1777614	1777771	chr2RHet:1777615-1777771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0258	0.0387	0.0361	0.0085	0.0291	0.0307	0.0333	0.0085	0.0435	0.0447	0.0435	0.0465	0.0383	0.0342	0.0383	0.0453
chr2RHet	1849483	1849634	chr2RHet:1849484-1849634	FBgn0260995	CG42596	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0079	0.0038	0.011	0.0042	0.0073	0.013	0.0073	0.0042	0.0024	0.0042	0.0024	0.0023	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr2RHet	1849792	1849943	chr2RHet:1849793-1849943	FBgn0260995	CG42596	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.0138	0.0082	0.0102	0.0064	0.0121	0.0229	0.014	0.0064	0.0085	0.01	0.0085	0.0093	0.0046	0.0026	0.0046	0.0047
chr2RHet	1922850	1923001	chr2RHet:1922851-1923001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0109	0.0218	0.0065	0.0036	0.0127	0.0097	0.0549	0.0047	0.0127	0.0072	0.0068	0.0072	0.0062	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr2RHet	1930086	1930243	chr2RHet:1930087-1930243	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0179	0.0441	0.0058	0.0019	0.0445	0.0121	0.106	0.0193	0.0445	0.0048	0.0058	0.0048	0.0077	0	0.0019	0	0.0016
chr2RHet	1964531	1964682	chr2RHet:1964532-1964682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0079	0.0177	0.0038	0.0014	0.0138	0.0053	0.0424	0.006	0.0138	0.0042	0.0055	0.0042	8e-04	0	0.0013	0	0.001
chr2RHet	1969612	1969763	chr2RHet:1969613-1969763	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0106	0.0279	0.0016	0.001	0.0233	0.0053	0.0627	0.0167	0.0233	0.0018	0.0019	0.0018	0.0023	8e-04	6e-04	8e-04	0.001
chr2RHet	1992695	1992846	chr2RHet:1992696-1992846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0147	0.0305	0.0088	0.0036	0.0233	0.018	0.0606	0.0213	0.0233	0.0109	0.008	0.0109	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0063
chr2RHet	2074720	2074871	chr2RHet:2074721-2074871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0087	0.0203	0.0038	0.0011	0.0148	0.0034	0.0493	0.01	0.0148	0.0036	0.0051	0.0036	0.0023	0.0015	6e-04	0.0015	0.001
chr2RHet	2132572	2132723	chr2RHet:2132573-2132723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0077	0.0186	0.0027	0.0011	0.0148	0.0068	0.0446	0.0093	0.0148	0.0012	0.0032	0.0012	0.0039	8e-04	6e-04	8e-04	5e-04
chr2RHet	2156683	2156834	chr2RHet:2156684-2156834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.014	0.0265	0.0086	0.0058	0.0095	0.015	0.0519	0.0207	0.0095	0.0097	0.0096	0.0097	0.0093	0.0038	0.0103	0.0038	0.0052
chr2RHet	2157118	2157269	chr2RHet:2157119-2157269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0274	0.007	0.0056	0.0159	0.0112	0.0554	0.0247	0.0159	0.0109	0.0074	0.0109	0.0046	0.0054	0.0045	0.0054	0.0068
chr2RHet	2157752	2157903	chr2RHet:2157753-2157903	FBgn0085569	CG41242	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0126	0.0221	0.0094	0.0057	0.0127	0.0112	0.0493	0.0113	0.0127	0.0097	0.0113	0.0097	0.0093	0.0054	0.0045	0.0054	0.0057
chr2RHet	2158294	2158445	chr2RHet:2158295-2158445	FBgn0085569	CG41242	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0107	0.0201	0.0066	0.0046	0.0095	0.0117	0.0372	0.0213	0.0095	0.0079	0.0071	0.0079	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chr2RHet	2158671	2158822	chr2RHet:2158672-2158822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0118	0.0227	0.0084	0.0033	0.0053	0.0146	0.0454	0.022	0.0053	0.0133	0.0087	0.0133	0.007	0.0015	0.0071	0.0015	0.0016
chr2RHet	2159505	2159656	chr2RHet:2159506-2159656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0257	0.0084	0.0058	0.0138	0.016	0.0506	0.0147	0.0138	0.0115	0.009	0.0115	0.0085	0.0054	0.0045	0.0054	0.0068
chr2RHet	2159702	2159853	chr2RHet:2159703-2159853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0121	0.0232	0.008	0.0042	0.0106	0.0087	0.0528	0.0113	0.0106	0.0121	0.008	0.0121	0.0101	0.0046	0.0019	0.0046	0.0068
chr2RHet	2160295	2160446	chr2RHet:2160296-2160446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.013	0.0229	0.0099	0.0052	0.0159	0.0121	0.0471	0.0147	0.0159	0.0133	0.01	0.0133	0.0108	0.0031	0.0064	0.0031	0.0083
chr2RHet	2160692	2160843	chr2RHet:2160693-2160843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0128	0.0229	0.0095	0.0052	0.0095	0.0117	0.0489	0.0153	0.0095	0.0121	0.0119	0.0121	0.007	0.0061	0.0045	0.0061	0.0063
chr2RHet	2161177	2161328	chr2RHet:2161178-2161328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0114	0.0224	0.0069	0.0042	0.0138	0.0121	0.0454	0.0207	0.0138	0.0103	0.0074	0.0103	0.0046	0.0031	0.0058	0.0031	0.0026
chr2RHet	2265122	2265273	chr2RHet:2265123-2265273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0132	0.0265	0.0081	0.0038	0.0117	0.0146	0.0575	0.0173	0.0117	0.0066	0.0071	0.0066	0.0139	0.0038	6e-04	0.0038	0.0063
chr2RHet	2265451	2265602	chr2RHet:2265452-2265602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0174	0.0354	0.0103	0.0052	0.0159	0.0141	0.0779	0.0286	0.0159	0.0079	0.0109	0.0079	0.017	0.0031	0.0032	0.0031	0.0083
chr2RHet	2265935	2266086	chr2RHet:2265936-2266086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0139	0.0267	0.0094	0.0046	0.0117	0.0155	0.0575	0.018	0.0117	0.0097	0.0077	0.0097	0.0139	0.0046	0.0045	0.0046	0.0073
chr2RHet	2273977	2274377	chr2RHet:2273978-2274377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0587	0.0217	0.0166	0.0318	0.035	0.1129	0.0446	0.0318	0.0229	0.0222	0.0229	0.0302	0.0123	0.0219	0.0123	0.0146
chr2RHet	2274509	2274660	chr2RHet:2274510-2274660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0315	0.011	0.0092	0.0148	0.0175	0.0571	0.0313	0.0148	0.0072	0.0138	0.0072	0.0124	0.0084	0.0097	0.0084	0.0089
chr2RHet	2275023	2275220	chr2RHet:2275024-2275220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0231	0.0416	0.0137	0.0127	0.0159	0.0209	0.0913	0.0266	0.0159	0.0091	0.017	0.0091	0.0155	0.0123	0.0174	0.0123	0.0135
chr2RHet	2275370	2275660	chr2RHet:2275371-2275660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0317	0.0596	0.0201	0.0134	0.0297	0.0408	0.1142	0.0466	0.0297	0.0211	0.0225	0.0211	0.0201	0.0107	0.0142	0.0107	0.012
chr2RHet	2275738	2276014	chr2RHet:2275739-2276014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0311	0.0547	0.0198	0.0173	0.0371	0.0369	0.0965	0.0513	0.0371	0.0193	0.0199	0.0193	0.0287	0.0145	0.0226	0.0145	0.0162
chr2RHet	2276240	2276391	chr2RHet:2276241-2276391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0179	0.0323	0.0103	0.0102	0.0074	0.0218	0.0649	0.0247	0.0074	0.0097	0.0113	0.0097	0.0116	0.0092	0.0123	0.0092	0.0089
chr2RHet	2284314	2284504	chr2RHet:2284315-2284504	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0688	0.0896	0.0645	0.0504	0.0764	0.0757	0.1259	0.0839	0.0764	0.0821	0.0633	0.0821	0.0891	0.0781	0.0419	0.0781	0.0511
chr2RHet	2346885	2347149	chr2RHet:2346886-2347149	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0217	0.048	0.0085	0.0068	0.0456	0.0282	0.0848	0.038	0.0456	0.0133	0.0087	0.0133	0.0093	0.0069	0.009	0.0069	0.0057
chr2RHet	2347342	2347493	chr2RHet:2347343-2347493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0113	0.0259	0.0039	0.0029	0.0233	0.0102	0.0458	0.0227	0.0233	0.0054	0.0048	0.0054	0.0023	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr2RHet	2379664	2379906	chr2RHet:2379665-2379906	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0869	0.0298	0.0258	0.0477	0.1117	0.0861	0.1019	0.0477	0.0338	0.0357	0.0338	0.0395	0.0345	0.0277	0.0345	0.0417
chr2RHet	2391436	2391587	chr2RHet:2391437-2391587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0118	0.0216	0.0085	0.0045	0.0148	0.0083	0.0441	0.0213	0.0148	0.0157	0.0055	0.0157	0.0108	0.0069	0.0071	0.0069	0.0026
chr2RHet	2573255	2573461	chr2RHet:2573256-2573461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0489	0.0801	0.0338	0.0305	0.052	0.0689	0.1151	0.0873	0.052	0.032	0.0402	0.032	0.0418	0.0337	0.0387	0.0337	0.0344
chr2RHet	2573463	2573625	chr2RHet:2573464-2573625	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0512	0.0869	0.0357	0.0285	0.0498	0.0748	0.1228	0.0946	0.0498	0.0314	0.0434	0.0314	0.0418	0.023	0.0368	0.023	0.0349
chr2RHet	2573664	2573906	chr2RHet:2573665-2573906	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0747	0.1352	0.0463	0.0383	0.0785	0.1282	0.1635	0.1699	0.0785	0.0386	0.0556	0.0386	0.0565	0.0314	0.0529	0.0314	0.0485
chr2RHet	2574041	2574285	chr2RHet:2574042-2574285	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0443	0.0808	0.0283	0.0212	0.0371	0.0646	0.1159	0.0953	0.0371	0.029	0.0299	0.029	0.0333	0.0123	0.0309	0.0123	0.0292
chr2RHet	2574687	2574838	chr2RHet:2574688-2574838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.036	0.0133	0.0138	0.0138	0.032	0.0593	0.03	0.0138	0.0145	0.017	0.0145	0.0139	0.0061	0.02	0.0061	0.0182
chr2RHet	2574872	2575093	chr2RHet:2574873-2575093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0704	0.0241	0.0221	0.0361	0.051	0.1228	0.066	0.0361	0.029	0.0302	0.029	0.0209	0.0123	0.029	0.0123	0.0261
chr2RHet	2588043	2588228	chr2RHet:2588044-2588228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0546	0.0156	0.0104	0.0308	0.032	0.1012	0.046	0.0308	0.0175	0.0174	0.0175	0.0132	0.0145	0.0116	0.0145	0.0104
chr2RHet	2588426	2588577	chr2RHet:2588427-2588577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.0339	0.0099	0.0095	0.0117	0.0165	0.0692	0.026	0.0117	0.006	0.0141	0.006	0.0139	0.0084	0.0097	0.0084	0.0094
chr2RHet	2588916	2589067	chr2RHet:2588917-2589067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0266	0.058	0.0121	0.0077	0.0318	0.0243	0.1406	0.0247	0.0318	0.0133	0.0116	0.0133	0.017	0.0054	0.011	0.0054	0.0063
chr2RHet	2589507	2589658	chr2RHet:2589508-2589658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0158	0.0284	0.0115	0.0064	0.0127	0.015	0.0619	0.0193	0.0127	0.0115	0.0132	0.0115	0.0116	0.0077	0.0058	0.0077	0.0057
chr2RHet	2589920	2590071	chr2RHet:2589921-2590071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0142	0.0248	0.0108	0.0061	0.0117	0.0155	0.0489	0.018	0.0117	0.0079	0.0135	0.0079	0.0124	0.0069	0.0064	0.0069	0.0083
chr2RHet	2590128	2590279	chr2RHet:2590129-2590279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0149	0.0272	0.0104	0.0061	0.0095	0.0165	0.0549	0.02	0.0095	0.0103	0.0135	0.0103	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0068
chr2RHet	2590753	2590904	chr2RHet:2590754-2590904	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0152	0.027	0.0108	0.0068	0.0127	0.0165	0.0584	0.02	0.0127	0.0121	0.0129	0.0121	0.0139	0.0061	0.0129	0.0061	0.0083
chr2RHet	2629752	2629991	chr2RHet:2629753-2629991	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0734	0.0404	0.0333	0.0626	0.0607	0.0817	0.0959	0.0626	0.0284	0.0572	0.0284	0.0534	0.0222	0.0496	0.0222	0.0636
chr2RHet	2773899	2774179	chr2RHet:2773900-2774179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0401	0.0657	0.0315	0.021	0.0498	0.0602	0.0891	0.0633	0.0498	0.0326	0.0347	0.0326	0.0349	0.0191	0.0316	0.0191	0.0224
chr2RHet	2774495	2774646	chr2RHet:2774496-2774646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0351	0.0246	0.0226	0.0286	0.0393	0.0385	0.036	0.0286	0.0223	0.0299	0.0223	0.0279	0.0138	0.0258	0.0138	0.0302
chr2RHet	2774997	2775187	chr2RHet:2774998-2775187	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0781	0.0357	0.0237	0.0657	0.0612	0.1215	0.0693	0.0657	0.0411	0.0379	0.0411	0.0333	0.0191	0.0284	0.0191	0.0261
chr2RHet	2775309	2775577	chr2RHet:2775310-2775577	FBgn0039959	CG17514	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.054	0.0602	0.0462	0.0382	0.0626	0.0623	0.0566	0.0382	0.0713	0.0678	0.0713	0.062	0.0398	0.0548	0.0398	0.0542
chr2RHet	2775703	2775904	chr2RHet:2775704-2775904	FBgn0039959	CG17514	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1196	0.1027	0.1398	0.1164	0.0626	0.1204	0.1021	0.1312	0.0626	0.16	0.1576	0.16	0.1441	0.1332	0.1264	0.1332	0.1308
chr2RHet	2776257	2776486	chr2RHet:2776258-2776486	FBgn0039959	CG17514	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0723	0.0598	0.0873	0.0698	0.0371	0.0675	0.0666	0.0686	0.0371	0.0984	0.0942	0.0984	0.0875	0.072	0.0722	0.072	0.0912
chr2RHet	2781073	2781224	chr2RHet:2781074-2781224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0248	0.0317	0.0269	0.0148	0.017	0.0233	0.0411	0.0406	0.017	0.0278	0.0312	0.0278	0.0341	0.0161	0.0174	0.0161	0.0188
chr2RHet	2782155	2782306	chr2RHet:2782156-2782306	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0359	0.0181	0.0102	0.0223	0.0204	0.0644	0.0326	0.0223	0.0211	0.0203	0.0211	0.0263	0.0145	0.0103	0.0145	0.0115
chr2RHet	2782426	2782597	chr2RHet:2782427-2782597	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0506	0.0207	0.011	0.0339	0.0277	0.0995	0.038	0.0339	0.0187	0.0267	0.0187	0.0225	0.0168	0.0123	0.0168	0.0146
chr2RHet	2782628	2782779	chr2RHet:2782629-2782779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0224	0.036	0.0187	0.0114	0.017	0.0296	0.0619	0.0346	0.017	0.0236	0.0196	0.0236	0.024	0.013	0.0135	0.013	0.0156
chr2RHet	2808287	2808438	chr2RHet:2808288-2808438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0209	0.0376	0.0141	0.0096	0.0276	0.0175	0.0753	0.03	0.0276	0.0169	0.0125	0.0169	0.0225	0.01	0.0071	0.01	0.012
chr2RHet	2808773	2809065	chr2RHet:2808774-2809065	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0278	0.0409	0.0249	0.0164	0.0191	0.0286	0.0683	0.038	0.0191	0.0211	0.0267	0.0211	0.0372	0.0145	0.0181	0.0145	0.0261
chr2RHet	2819090	2819241	chr2RHet:2819091-2819241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.014	0.0184	0.0145	0.0053	0.017	0.0186	0.0107	0.0053	0.0169	0.0215	0.0169	0.0302	0.0115	0.0142	0.0115	0.0255
chr2RHet	2820402	2820636	chr2RHet:2820403-2820636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0255	0.0229	0.0297	0.0237	0.0032	0.0165	0.0346	0.0326	0.0032	0.0278	0.0367	0.0278	0.0403	0.026	0.0245	0.026	0.0365
chr2RHet	2844356	2844507	chr2RHet:2844357-2844507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0097	0.0208	0.0052	0.0022	0.0106	0.0063	0.0489	0.0127	0.0106	0.003	0.0061	0.003	0.0093	0.0015	0.0019	0.0015	0.0031
chr2RHet	2861032	2861183	chr2RHet:2861033-2861183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0201	0.0332	0.017	0.0091	0.0212	0.0277	0.045	0.038	0.0212	0.0236	0.0129	0.0236	0.0124	0.0107	0.0077	0.0107	0.0068
chr2RHet	2899287	2899499	chr2RHet:2899288-2899499	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0437	0.0648	0.0377	0.0266	0.0573	0.0587	0.0766	0.0713	0.0573	0.0423	0.0441	0.0423	0.0426	0.0191	0.0303	0.0191	0.037
chr2RHet	2900315	2900509	chr2RHet:2900316-2900509	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1149	0.109	0.1334	0.1011	0.0764	0.1233	0.1194	0.1272	0.0764	0.1594	0.1547	0.1594	0.1394	0.1172	0.1206	0.1172	0.1256
chr2RHet	2900519	2901185	chr2RHet:2900520-2901185	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.179	0.1699	0.2103	0.155	0.1198	0.1879	0.1907	0.1919	0.1198	0.2415	0.2434	0.2415	0.196	0.173	0.176	0.173	0.1876
chr2RHet	2901370	2901521	chr2RHet:2901371-2901521	FBgn0020660	eIF-4B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0512	0.073	0.0483	0.0276	0.0665	0.0515	0.0553	0.0276	0.0833	0.0887	0.0833	0.0565	0.0375	0.0477	0.0375	0.062
chr2RHet	2901618	2901809	chr2RHet:2901619-2901809	FBgn0020660	eIF-4B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1296	0.1147	0.1598	0.1131	0.0742	0.1403	0.1142	0.1326	0.0742	0.1775	0.182	0.1775	0.1658	0.1072	0.1167	0.1072	0.1402
chr2RHet	2901846	2902091	chr2RHet:2901847-2902091	FBgn0020660	eIF-4B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.0819	0.1104	0.0862	0.0573	0.1019	0.0813	0.0919	0.0573	0.128	0.1186	0.128	0.1232	0.0972	0.0825	0.0972	0.1084
chr2RHet	2902107	2902304	chr2RHet:2902108-2902304	FBgn0020660	eIF-4B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0641	0.0778	0.0588	0.0435	0.0757	0.0748	0.0626	0.0435	0.0942	0.0801	0.0942	0.0891	0.0689	0.0464	0.0689	0.0782
chr2RHet	2911303	2911492	chr2RHet:2911304-2911492	FBgn0260469	CR14578	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0451	0.0249	0.0136	0.0361	0.0432	0.0554	0.0393	0.0361	0.029	0.0305	0.029	0.0256	0.0145	0.0168	0.0145	0.0156
chr2RHet	2912119	2912270	chr2RHet:2912120-2912270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0324	0.0247	0.0166	0.0201	0.0257	0.0497	0.032	0.0201	0.0175	0.0338	0.0175	0.0333	0.0214	0.0168	0.0214	0.0203
chr2RHet	2912354	2912505	chr2RHet:2912355-2912505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0241	0.0203	0.0132	0.0159	0.018	0.0363	0.026	0.0159	0.0181	0.0257	0.0181	0.024	0.0184	0.0129	0.0184	0.0182
chr2RHet	2915175	2915337	chr2RHet:2915176-2915337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.047	0.0192	0.0109	0.0445	0.0316	0.0722	0.0426	0.0445	0.0248	0.0186	0.0248	0.0194	0.013	0.009	0.013	0.0177
chr2RHet	2916637	2916788	chr2RHet:2916638-2916788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0213	0.0349	0.0161	0.0118	0.0255	0.0277	0.0497	0.034	0.0255	0.0187	0.018	0.0187	0.0186	0.0077	0.0142	0.0077	0.0172
chr2RHet	3017462	3017613	chr2RHet:3017463-3017613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0099	0.0217	0.0041	0.0031	0.0095	0.0078	0.0502	0.0133	0.0095	0.003	0.0051	0.003	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0052
chr2RHet	3017757	3017908	chr2RHet:3017758-3017908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0079	0.0169	0.0041	0.0021	0.0032	0.0063	0.0433	0.01	0.0032	0.0048	0.0055	0.0048	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0016
chr2RHet	3140649	3140800	chr2RHet:3140650-3140800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0264	0.0189	0.0138	0.0117	0.0199	0.0433	0.0273	0.0117	0.0193	0.0235	0.0193	0.0248	0.0176	0.0187	0.0176	0.0172
chr2RHet	3141290	3141441	chr2RHet:3141291-3141441	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0216	0.0338	0.0189	0.0109	0.0212	0.016	0.0757	0.014	0.0212	0.0151	0.0241	0.0151	0.0263	0.0176	0.0064	0.0176	0.0115
chr2RHet	3142613	3142764	chr2RHet:3142614-3142764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0244	0.0211	0.0123	0.0148	0.015	0.0433	0.0247	0.0148	0.0211	0.0232	0.0211	0.0302	0.0115	0.0103	0.0115	0.0198
chr2RHet	3143674	3143825	chr2RHet:3143675-3143825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0172	0.0248	0.0148	0.0114	0.0159	0.0155	0.0454	0.0227	0.0159	0.0139	0.0206	0.0139	0.017	0.0115	0.0084	0.0115	0.0203
chr2RHet	3144757	3144908	chr2RHet:3144758-3144908	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0361	0.0181	0.0095	0.0223	0.0189	0.0709	0.0247	0.0223	0.0211	0.0183	0.0211	0.024	0.0123	0.0103	0.0123	0.0125
chr2RHet	3158699	3158850	chr2RHet:3158700-3158850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0195	0.0255	0.0201	0.0121	0.0106	0.0204	0.0437	0.0247	0.0106	0.0151	0.0277	0.0151	0.0256	0.0145	0.0135	0.0145	0.0146
chr2RHet	3163466	3163617	chr2RHet:3163467-3163617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0269	0.0223	0.0117	0.0117	0.0204	0.045	0.028	0.0117	0.0211	0.0296	0.0211	0.0186	0.0138	0.0084	0.0138	0.0146
chr2RHet	3168262	3168413	chr2RHet:3168263-3168413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0222	0.0208	0.015	0.0159	0.0146	0.0368	0.0233	0.0159	0.0254	0.0251	0.0254	0.0201	0.0207	0.0161	0.0207	0.0188
chr2RHet	3170633	3170854	chr2RHet:3170634-3170854	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0363	0.0552	0.0324	0.0196	0.0424	0.0485	0.0701	0.056	0.0424	0.0338	0.0344	0.0338	0.0534	0.0291	0.0168	0.0291	0.0318
chr2RHet	3172571	3172722	chr2RHet:3172572-3172722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0232	0.0309	0.023	0.0149	0.0148	0.0214	0.0597	0.0227	0.0148	0.0223	0.0293	0.0223	0.0201	0.0145	0.0148	0.0145	0.0214
chr2RHet	3172843	3172994	chr2RHet:3172844-3172994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0312	0.0181	0.0113	0.018	0.0209	0.0597	0.0193	0.018	0.0157	0.0241	0.0157	0.0225	0.0115	0.0097	0.0115	0.0156
chr2RHet	3173683	3173834	chr2RHet:3173684-3173834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0358	0.0308	0.0194	0.0255	0.0282	0.0528	0.0406	0.0255	0.029	0.0367	0.029	0.0349	0.0283	0.0213	0.0283	0.0281
chr2RHet	3176273	3176450	chr2RHet:3176274-3176450	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.035	0.0571	0.0293	0.0164	0.053	0.0495	0.0852	0.0566	0.053	0.0284	0.0322	0.0284	0.0364	0.0115	0.0155	0.0115	0.0219
chr2RHet	3177815	3178025	chr2RHet:3177816-3178025	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.0613	0.053	0.0359	0.0467	0.0597	0.0796	0.066	0.0467	0.0694	0.0617	0.0694	0.0442	0.0421	0.04	0.0421	0.0412
chr2RHet	3178440	3178591	chr2RHet:3178441-3178591	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0513	0.0532	0.06	0.0395	0.0308	0.0587	0.0644	0.0626	0.0308	0.0725	0.072	0.0725	0.0589	0.0398	0.0477	0.0398	0.0521
chr2RHet	3178627	3179078	chr2RHet:3178628-3179078	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1324	0.1419	0.1407	0.1127	0.0838	0.1529	0.1739	0.1652	0.0838	0.1673	0.1537	0.1673	0.1541	0.1248	0.1135	0.1248	0.1464
chr2RHet	3179327	3179515	chr2RHet:3179328-3179515	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1322	0.1325	0.1481	0.1145	0.1007	0.1427	0.1574	0.1432	0.1007	0.1878	0.1621	0.1878	0.1371	0.121	0.1128	0.121	0.1391
chr2RHet	3179536	3179687	chr2RHet:3179537-3179687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0935	0.0912	0.1079	0.0802	0.0668	0.1005	0.112	0.0926	0.0668	0.125	0.118	0.125	0.1015	0.0789	0.0819	0.0789	0.1042
chr2RHet	3194030	3194181	chr2RHet:3194031-3194181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0117	0.0221	0.0071	0.0053	0.0095	0.0141	0.0385	0.0227	0.0095	0.0066	0.0106	0.0066	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0073
chr2RHet	3194259	3194410	chr2RHet:3194260-3194410	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0175	0.0334	0.0108	0.007	0.0212	0.0214	0.0593	0.0326	0.0212	0.0072	0.0135	0.0072	0.0163	0.0084	0.0071	0.0084	0.0083
chr2RHet	3194586	3194737	chr2RHet:3194587-3194737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0164	0.0279	0.0121	0.0082	0.0201	0.0165	0.0536	0.0253	0.0201	0.0079	0.0141	0.0079	0.0178	0.0107	0.0084	0.0107	0.0089
chr2RHet	3194746	3194897	chr2RHet:3194747-3194897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0167	0.0275	0.0136	0.0079	0.017	0.0199	0.0515	0.024	0.017	0.0103	0.017	0.0103	0.0186	0.0092	0.0058	0.0092	0.0099
chr2RHet	3197297	3197516	chr2RHet:3197298-3197516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0444	0.0479	0.0464	0.0382	0.0244	0.0485	0.0575	0.0593	0.0244	0.0417	0.055	0.0417	0.0542	0.0398	0.0316	0.0398	0.049
chr2RHet	3197638	3198079	chr2RHet:3197639-3198079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0986	0.0985	0.1124	0.0837	0.0583	0.1073	0.1168	0.1106	0.0583	0.1274	0.1286	0.1274	0.1139	0.0842	0.0896	0.0842	0.0948
chr2RHet	3198987	3199157	chr2RHet:3198988-3199157	FBgn0046706	Haspin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.083	0.0804	0.1014	0.0657	0.053	0.1039	0.0804	0.0959	0.053	0.1244	0.1151	0.1244	0.0999	0.0735	0.0671	0.0735	0.0907
chr2RHet	3199242	3199433	chr2RHet:3199243-3199433	FBgn0046706	Haspin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1745	0.1714	0.2033	0.1464	0.1389	0.1922	0.189	0.2032	0.1389	0.2512	0.2209	0.2512	0.2068	0.1524	0.1638	0.1524	0.1756
chr2RHet	3199604	3199887	chr2RHet:3199605-3199887	FBgn0046706	Haspin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1064	0.111	0.1283	0.0771	0.088	0.1223	0.1233	0.1299	0.088	0.1401	0.1502	0.1401	0.1201	0.0766	0.0961	0.0766	0.0834
chr2RHet	3200010	3200306	chr2RHet:3200011-3200306	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0576	0.0698	0.0607	0.0405	0.0403	0.0689	0.0856	0.0866	0.0403	0.0658	0.0727	0.0658	0.0542	0.0391	0.0464	0.0391	0.049
chr2RHet	3200690	3200841	chr2RHet:3200691-3200841	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0432	0.0298	0.0201	0.0361	0.0364	0.064	0.0426	0.0361	0.0272	0.0376	0.0272	0.0333	0.0145	0.0193	0.0145	0.0245
chr2RHet	3232416	3232567	chr2RHet:3232417-3232567	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.019	0.0238	0.0236	0.0086	0.0095	0.0238	0.0342	0.022	0.0095	0.0229	0.0235	0.0229	0.0279	0.013	0.0103	0.013	0.0099
chr2RHet	3267890	3268041	chr2RHet:3267891-3268041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0151	0.0168	0.0131	0.0155	0.0032	0.0136	0.0298	0.014	0.0032	0.0066	0.0161	0.0066	0.024	0.0115	0.0123	0.0115	0.0313
chr2RHet	3268338	3268489	chr2RHet:3268339-3268489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0167	0.0165	0.0177	0.0042	0.015	0.029	0.0167	0.0042	0.0163	0.0148	0.0163	0.0294	0.0138	0.0135	0.0138	0.0375
chr3L	26098	26249	chr3L:26099-26249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0253	0.0315	0.029	0.0117	0.0272	0.0346	0.0346	0.0117	0.0374	0.0363	0.0374	0.0271	0.023	0.0303	0.023	0.0307
chr3L	26751	26902	chr3L:26752-26902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0087	0.0138	0.0235	0.0021	0.0092	0.013	0.0113	0.0021	0.0097	0.0158	0.0097	0.0124	0.0092	0.009	0.0092	0.0073
chr3L	33008	33159	chr3L:33009-33159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0117	0.0093	0.0288	0.0053	0.0117	0.0151	0.0153	0.0053	0.0157	0.0087	0.0157	0.0046	0.0092	0.0161	0.0092	0.0203
chr3L	33518	33736	chr3L:33519-33736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0258	0.0238	0.0193	0.0352	0.0085	0.0204	0.0376	0.034	0.0085	0.0266	0.0254	0.0266	0.0124	0.0115	0.0413	0.0115	0.0255
chr3L	34818	34969	chr3L:34819-34969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0135	0.0063	0.0189	0.0085	0.0126	0.0177	0.02	0.0085	0.006	0.0084	0.006	0.0046	0.0069	0.0161	0.0069	0.0188
chr3L	38057	38208	chr3L:38058-38208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0237	0.0198	0.0203	0.0318	0.0074	0.0291	0.0264	0.0167	0.0074	0.0151	0.0277	0.0151	0.0271	0.0069	0.0445	0.0069	0.0657
chr3L	38226	38393	chr3L:38227-38393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0275	0.0222	0.0235	0.0377	0.0117	0.032	0.0277	0.02	0.0117	0.0193	0.0302	0.0193	0.0341	0.01	0.0593	0.01	0.0724
chr3L	40043	40218	chr3L:40044-40218	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0905	0.1085	0.0763	0.0861	0.0785	0.1282	0.1354	0.1226	0.0785	0.09	0.0723	0.09	0.0759	0.0628	0.0671	0.0628	0.099
chr3L	40419	40642	chr3L:40420-40642	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1883	0.2056	0.1613	0.1984	0.1357	0.2607	0.2258	0.2612	0.1357	0.2023	0.1617	0.2023	0.1565	0.196	0.176	0.196	0.2314
chr3L	41509	41700	chr3L:41510-41700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0373	0.0323	0.0433	0.0362	0.0117	0.0437	0.0424	0.0333	0.0117	0.0519	0.0473	0.0519	0.0395	0.0153	0.0445	0.0153	0.0495
chr3L	44025	44176	chr3L:44026-44176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0263	0.0393	0.0279	0.01	0.0127	0.0272	0.0748	0.0426	0.0127	0.0266	0.0344	0.0266	0.0287	0.0077	0.0116	0.0077	0.0115
chr3L	47843	48085	chr3L:47844-48085	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0594	0.1251	0.0378	0.0096	0.1039	0.0587	0.1877	0.2092	0.1039	0.0356	0.0566	0.0356	0.0263	0.01	0.0174	0.01	0.0057
chr3L	48595	48746	chr3L:48596-48746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0175	0.0338	0.0114	0.0061	0.0191	0.0165	0.0666	0.0353	0.0191	0.0109	0.0161	0.0109	0.0085	0.0046	0.0084	0.0046	0.0052
chr3L	48887	49075	chr3L:48888-49075	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0301	0.0653	0.0147	0.0078	0.053	0.0252	0.1259	0.0746	0.053	0.0109	0.0225	0.0109	0.0124	0.0038	0.0123	0.0038	0.0078
chr3L	49786	50013	chr3L:49787-50013	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0797	0.1306	0.0799	0.0224	0.0859	0.0893	0.2003	0.1925	0.0859	0.0972	0.1032	0.0972	0.0689	0.0253	0.0258	0.0253	0.0193
chr3L	50832	51117	chr3L:50833-51117	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0311	0.0651	0.0188	0.0068	0.0297	0.032	0.0809	0.1499	0.0297	0.0205	0.0199	0.0205	0.0093	0.0046	0.0058	0.0046	0.0036
chr3L	54160	54375	chr3L:54161-54375	FBgn0262679	CG43149	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0355	0.0457	0.0462	0.0123	0.0286	0.0481	0.0549	0.0653	0.0286	0.0851	0.0466	0.0851	0.0349	0.0176	0.0142	0.0176	0.013
chr3L	54459	54745	chr3L:54460-54745	FBgn0262679	CG43149	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0424	0.0643	0.0476	0.0121	0.0424	0.0743	0.0727	0.0993	0.0424	0.0857	0.0482	0.0857	0.0302	0.013	0.0155	0.013	0.0115
chr3L	56672	56852	chr3L:56673-56852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.025	0.0275	0.0251	0.022	0.0127	0.0383	0.035	0.0253	0.0127	0.061	0.0174	0.061	0.0155	0.0528	0.0097	0.0528	0.0203
chr3L	56986	57137	chr3L:56987-57137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0194	0.0187	0.024	0.0152	0.0053	0.0257	0.0247	0.016	0.0053	0.0483	0.0174	0.0483	0.0271	0.0283	0.0123	0.0283	0.0135
chr3L	57708	57859	chr3L:57709-57859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.018	0.0171	0.0204	0.0164	0.0127	0.0155	0.0255	0.0193	0.0127	0.0163	0.0244	0.0163	0.031	0.0138	0.0123	0.0138	0.0323
chr3L	59462	59613	chr3L:59463-59613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0176	0.0193	0.0191	0.0085	0.016	0.029	0.0207	0.0085	0.0163	0.0286	0.0163	0.0194	0.0161	0.0348	0.0161	0.0167
chr3L	60362	60607	chr3L:60363-60607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0253	0.0414	0.022	0.0111	0.035	0.0165	0.0757	0.0546	0.035	0.0175	0.0322	0.0175	0.0132	0.013	0.011	0.013	0.0125
chr3L	65889	66040	chr3L:65890-66040	FBgn0002564	Lsp1gamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0132	0.0236	0.0108	0.0043	0.017	0.0136	0.0471	0.0207	0.017	0.0085	0.0148	0.0085	0.0124	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chr3L	67772	67983	chr3L:67773-67983	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0527	0.0242	0.0082	0.052	0.0228	0.0865	0.0746	0.052	0.029	0.0302	0.029	0.0155	0.0077	0.0064	0.0077	0.0089
chr3L	68146	68297	chr3L:68147-68297	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0191	0.0294	0.0204	0.0063	0.0297	0.0112	0.0506	0.04	0.0297	0.026	0.0257	0.026	0.0132	0.0038	0.0058	0.0038	0.0052
chr3L	69337	69488	chr3L:69338-69488	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0173	0.0101	0.0166	0.0262	0	0.0087	0.0203	0.01	0	0.0181	0.0164	0.0181	0.0108	0.0061	0.011	0.0061	0.0068
chr3L	69528	69679	chr3L:69529-69679	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0184	0.0111	0.0152	0.0301	0.0032	0.0126	0.0182	0.0107	0.0032	0.0193	0.017	0.0193	0.0077	0.0084	0.0174	0.0084	0.0068
chr3L	70719	70870	chr3L:70720-70870	FBgn0262680	CG43150	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0192	0.0204	0.0201	0.0085	0.018	0.032	0.0207	0.0085	0.0175	0.0228	0.0175	0.0186	0.0153	0.0213	0.0153	0.0115
chr3L	70996	71167	chr3L:70997-71167	FBgn0262680	CG43150	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0294	0.0282	0.0292	0.0309	0.0223	0.0248	0.0467	0.024	0.0223	0.0217	0.0341	0.0217	0.0232	0.0176	0.0277	0.0176	0.025
chr3L	71168	71319	chr3L:71169-71319	FBgn0262680	CG43150	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0277	0.0303	0.0251	0.0276	0.018	0.0243	0.0536	0.0286	0.018	0.0254	0.0264	0.0254	0.0225	0.0207	0.0271	0.0207	0.0198
chr3L	71458	71786	chr3L:71459-71786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0368	0.0338	0.0404	0.0362	0.017	0.0257	0.0597	0.034	0.017	0.0326	0.0315	0.0326	0.0325	0.0184	0.0271	0.0184	0.0234
chr3L	73197	73431	chr3L:73198-73431	FBgn0264720	CR43988	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.038	0.0292	0.0405	0.0453	0.0191	0.0282	0.0515	0.0207	0.0191	0.0356	0.045	0.0356	0.0697	0.0314	0.087	0.0314	0.0469
chr3L	73495	73686	chr3L:73496-73686	FBgn0264720	CR43988	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0307	0.0161	0.0372	0.0398	0.0127	0.0243	0.0221	0.01	0.0127	0.0411	0.0412	0.0411	0.0643	0.023	0.0748	0.023	0.0443
chr3L	73790	73941	chr3L:73791-73941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0185	0.0097	0.0213	0.0252	0.0042	0.0107	0.016	0.01	0.0042	0.0211	0.0232	0.0211	0.0341	0.0253	0.0368	0.0253	0.0266
chr3L	74120	74319	chr3L:74121-74319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0285	0.015	0.0353	0.0361	0.0053	0.016	0.0242	0.014	0.0053	0.0296	0.0412	0.0296	0.0581	0.0337	0.0574	0.0337	0.0391
chr3L	78748	78919	chr3L:78749-78919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0221	0.0383	0.0156	0.0064	0.0228	0.0264	0.0373	0.0064	0.0441	0.0392	0.0441	0.0356	0.0145	0.0116	0.0145	0.0141
chr3L	85489	85645	chr3L:85490-85645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0303	0.0193	0.0367	0.0356	0.0053	0.0184	0.029	0.024	0.0053	0.0254	0.0254	0.0254	0.017	0.0107	0.009	0.0107	0.0224
chr3L	85899	86050	chr3L:85900-86050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.022	0.0196	0.0242	0.0224	0.0064	0.016	0.0363	0.018	0.0064	0.0145	0.019	0.0145	0.0294	0.01	0.02	0.01	0.0172
chr3L	90944	91095	chr3L:90945-91095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0176	0.0162	0.0188	0.018	0.0032	0.0131	0.0272	0.0193	0.0032	0.0181	0.018	0.0181	0.0318	0.0069	0.0245	0.0069	0.0375
chr3L	91803	91954	chr3L:91804-91954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0126	0.0067	0.0124	0.0192	0.0042	0.0063	0.0104	0.0053	0.0042	0.0115	0.0122	0.0115	0.0225	0.0153	0.0142	0.0153	0.0412
chr3L	92685	92836	chr3L:92686-92836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0145	0.0126	0.0164	0.0146	0.0085	0.0131	0.0208	0.0093	0.0085	0.0145	0.0154	0.0145	0.0325	0.0123	0.009	0.0123	0.0349
chr3L	92967	93118	chr3L:92968-93118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.016	0.0185	0.012	0.0095	0.0189	0.0268	0.0087	0.0095	0.0151	0.0193	0.0151	0.0372	0.0107	0.0097	0.0107	0.0234
chr3L	94399	94601	chr3L:94400-94601	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0186	0.0162	0.016	0.0242	0.0074	0.0194	0.0242	0.0133	0.0074	0.0127	0.0148	0.0127	0.0279	0.0314	0.009	0.0314	0.037
chr3L	95563	95714	chr3L:95564-95714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.01	0.0088	0.0096	0.0116	0.0032	0.0087	0.0182	0.0047	0.0032	0.006	0.0084	0.006	0.0209	0.0031	0.0064	0.0031	0.0297
chr3L	96488	96639	chr3L:96489-96639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0165	0.0126	0.0156	0.0053	0.0146	0.029	0.0167	0.0053	0.0115	0.0148	0.0115	0.0194	0.0375	0.0116	0.0375	0.0135
chr3L	96879	97030	chr3L:96880-97030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0178	0.0244	0.0168	0.0114	0.0138	0.0131	0.051	0.0233	0.0138	0.0115	0.0222	0.0115	0.0248	0.0176	0.0103	0.0176	0.013
chr3L	99723	99955	chr3L:99724-99955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.0257	0.0234	0.0182	0.0148	0.0238	0.0424	0.0273	0.0148	0.0229	0.0219	0.0229	0.0411	0.013	0.0142	0.013	0.038
chr3L	104203	104392	chr3L:104204-104392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0192	0.0244	0.0189	0.0095	0.0238	0.0277	0.0187	0.0095	0.0284	0.0183	0.0284	0.0488	0.0207	0.0116	0.0207	0.0386
chr3L	106208	106406	chr3L:106209-106406	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0324	0.0458	0.0248	0.0117	0.0427	0.0454	0.0333	0.0117	0.0495	0.0315	0.0495	0.1146	0.026	0.0193	0.026	0.0406
chr3L	107871	108036	chr3L:107872-108036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0268	0.0232	0.0141	0.0201	0.0248	0.0407	0.0313	0.0201	0.0199	0.026	0.0199	0.0217	0.0084	0.0097	0.0084	0.0109
chr3L	109044	109366	chr3L:109045-109366	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0325	0.0226	0.031	0.0453	0.0095	0.0316	0.0268	0.0253	0.0095	0.0411	0.0254	0.0411	0.0449	0.0689	0.0374	0.0689	0.0542
chr3L	109918	110069	chr3L:109919-110069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0198	0.0141	0.0239	0.0216	0.0021	0.0204	0.0151	0.0207	0.0021	0.0477	0.0199	0.0477	0.024	0.0628	0.0148	0.0628	0.0156
chr3L	119409	119581	chr3L:119410-119581	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0247	0.0128	0.0385	0.0228	0.0021	0.0218	0.0099	0.0193	0.0021	0.07	0.0392	0.07	0.0364	0.0452	0.0309	0.0452	0.0162
chr3L	121724	121875	chr3L:121725-121875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0178	0.016	0.0117	0.0074	0.018	0.0272	0.0213	0.0074	0.0145	0.0135	0.0145	0.0077	0.0092	0.0116	0.0092	0.0099
chr3L	122189	122340	chr3L:122190-122340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0208	0.0157	0.0191	0.0032	0.0262	0.0311	0.0213	0.0032	0.0308	0.0106	0.0308	0.0108	0.0513	0.0064	0.0513	0.0068
chr3L	122933	123153	chr3L:122934-123153	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0486	0.0926	0.0349	0.0145	0.0583	0.0845	0.1367	0.1179	0.0583	0.058	0.0354	0.058	0.024	0.0161	0.0103	0.0161	0.0125
chr3L	123706	124193	chr3L:123707-124193	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0929	0.1395	0.0826	0.0521	0.087	0.1587	0.1782	0.1779	0.087	0.1353	0.0775	0.1353	0.0728	0.0276	0.0432	0.0276	0.0255
chr3L	128491	128766	chr3L:128492-128766	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2351	0.2024	0.2882	0.2133	0.1283	0.2646	0.2219	0.2565	0.1283	0.3557	0.3145	0.3557	0.316	0.2749	0.2444	0.2749	0.2616
chr3L	129310	129520	chr3L:129311-129520	FBgn0020386	Pdk1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2125	0.1862	0.2675	0.1816	0.1326	0.2364	0.1959	0.2485	0.1326	0.3412	0.2961	0.3412	0.244	0.1937	0.1844	0.1937	0.2137
chr3L	129659	129810	chr3L:129660-129810	FBgn0020386	Pdk1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0763	0.0712	0.0945	0.062	0.0361	0.0898	0.0748	0.1113	0.0361	0.1159	0.1042	0.1159	0.0775	0.0666	0.0741	0.0666	0.0521
chr3L	131027	131278	chr3L:131028-131278	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2432	0.2237	0.2985	0.2043	0.1442	0.3165	0.1907	0.3371	0.1442	0.3533	0.3392	0.3533	0.2951	0.1876	0.2398	0.1876	0.2335
chr3L	131297	131530	chr3L:131298-131530	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.283	0.2451	0.3381	0.2649	0.1389	0.3359	0.2379	0.3498	0.1389	0.4118	0.3752	0.4118	0.3114	0.2818	0.2998	0.2818	0.2965
chr3L	131707	131944	chr3L:131708-131944	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2316	0.1431	0.2855	0.2713	0.0657	0.2146	0.1345	0.2005	0.0657	0.3539	0.3058	0.3539	0.3215	0.3262	0.2695	0.3262	0.3544
chr3L	132348	132516	chr3L:132349-132516	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1425	0.0735	0.198	0.1588	0.0265	0.118	0.0636	0.1053	0.0265	0.2959	0.209	0.2959	0.2208	0.2037	0.1599	0.2037	0.2204
chr3L	133592	133743	chr3L:133593-133743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.03	0.0199	0.0307	0.0405	0.0085	0.0301	0.0229	0.0213	0.0085	0.0483	0.0312	0.0483	0.0294	0.0911	0.04	0.0911	0.0443
chr3L	136549	136700	chr3L:136550-136700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0431	0.0376	0.0645	0.0259	0.0106	0.049	0.0489	0.0453	0.0106	0.0519	0.1032	0.0519	0.0558	0.0291	0.0438	0.0291	0.0271
chr3L	137798	138218	chr3L:137799-138218	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1067	0.152	0.1042	0.0589	0.0742	0.1908	0.1553	0.2405	0.0742	0.1389	0.1177	0.1389	0.0852	0.0727	0.06	0.0727	0.061
chr3L	138430	138636	chr3L:138431-138636	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0555	0.0422	0.0817	0.0415	0.0117	0.0612	0.0463	0.062	0.0117	0.1836	0.0714	0.1836	0.0411	0.0881	0.0335	0.0881	0.0302
chr3L	139466	139654	chr3L:139467-139654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0534	0.0507	0.0728	0.035	0.0201	0.0752	0.0627	0.0513	0.0201	0.1359	0.0727	0.1359	0.0612	0.0475	0.0529	0.0475	0.0297
chr3L	139848	140071	chr3L:139849-140071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0539	0.0591	0.0676	0.033	0.0191	0.0854	0.0718	0.0673	0.0191	0.0749	0.0675	0.0749	0.1255	0.0299	0.049	0.0299	0.0396
chr3L	140299	140463	chr3L:140300-140463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0337	0.03	0.0423	0.0285	0.0117	0.0442	0.0355	0.0326	0.0117	0.0393	0.0428	0.0393	0.0751	0.0253	0.0355	0.0253	0.0474
chr3L	140879	141090	chr3L:140880-141090	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0566	0.053	0.0652	0.0512	0.0201	0.0534	0.0727	0.0773	0.0201	0.0465	0.064	0.0465	0.0581	0.0245	0.0748	0.0245	0.0433
chr3L	141234	141385	chr3L:141235-141385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0308	0.0361	0.0331	0.0223	0.0191	0.0379	0.0506	0.046	0.0191	0.0248	0.0431	0.0248	0.0232	0.0107	0.0368	0.0107	0.0271
chr3L	146019	146170	chr3L:146020-146170	FBgn0035099	CG6845	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0234	0.0411	0.0366	0.0117	0.033	0.0212	0.034	0.0117	0.0495	0.0489	0.0495	0.0364	0.0383	0.038	0.0383	0.0453
chr3L	146301	146516	chr3L:146302-146516	FBgn0035099	CG6845	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1257	0.1041	0.1563	0.1161	0.0435	0.1442	0.0999	0.1552	0.0435	0.1938	0.1778	0.1938	0.1572	0.1156	0.1212	0.1156	0.1516
chr3L	146549	146835	chr3L:146550-146835	FBgn0035099	CG6845	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0833	0.069	0.109	0.0709	0.0265	0.0854	0.0774	0.1039	0.0265	0.1232	0.1238	0.1232	0.1162	0.0704	0.0774	0.0704	0.0896
chr3L	149416	149567	chr3L:149417-149567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0224	0.0238	0.0223	0.0207	0.0064	0.0311	0.0264	0.0346	0.0064	0.0278	0.026	0.0278	0.0201	0.013	0.0419	0.013	0.0188
chr3L	150416	150567	chr3L:150417-150567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0216	0.0263	0.0272	0.0103	0.0021	0.0432	0.0251	0.0353	0.0021	0.0598	0.0241	0.0598	0.0116	0.0069	0.0077	0.0069	0.0052
chr3L	151436	151673	chr3L:151437-151673	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0442	0.0336	0.0138	0.0053	0.0612	0.0493	0.0653	0.0053	0.0405	0.0412	0.0405	0.0217	0.0153	0.0181	0.0153	0.0104
chr3L	152049	152249	chr3L:152050-152249	FBgn0263988	Dic61B	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0319	0.0408	0.0335	0.0203	0.0085	0.0451	0.0497	0.0666	0.0085	0.0344	0.0489	0.0344	0.0225	0.0153	0.0251	0.0153	0.0109
chr3L	152750	152902	chr3L:152751-152902	FBgn0035101,FBgn0263988	Dic61B,p130CAS	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0202	0.0249	0.0461	0.0106	0.0277	0.0303	0.0153	0.0106	0.0223	0.0235	0.0223	0.0163	0.0092	0.0071	0.0092	0.0146
chr3L	153149	153300	chr3L:153150-153300	FBgn0035101	p130CAS	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.0257	0.0279	0.0306	0.0074	0.032	0.0316	0.0393	0.0074	0.0181	0.036	0.0181	0.017	0.0123	0.0116	0.0123	0.0156
chr3L	153597	154048	chr3L:153598-154048	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0819	0.0674	0.0815	0.0986	0.017	0.0951	0.0688	0.1046	0.017	0.0628	0.0801	0.0628	0.0372	0.0207	0.029	0.0207	0.0328
chr3L	154175	154385	chr3L:154176-154385	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0408	0.0263	0.0415	0.0561	0.0053	0.0388	0.0316	0.0313	0.0053	0.0332	0.0318	0.0332	0.0178	0.0138	0.0168	0.0138	0.0208
chr3L	155010	155161	chr3L:155011-155161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0229	0.0218	0.0311	0.015	0.0127	0.0296	0.0268	0.0233	0.0127	0.0205	0.0476	0.0205	0.0287	0.0161	0.0251	0.0161	0.0083
chr3L	155622	155773	chr3L:155623-155773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0167	0.0132	0.0128	0.0248	0.0074	0.0165	0.0151	0.016	0.0074	0.0157	0.0164	0.0157	0.0124	0.0743	0.029	0.0743	0.0078
chr3L	157853	158107	chr3L:157854-158107	FBgn0262681	CG43151	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.055	0.0824	0.0539	0.0255	0.0382	0.1718	0.0627	0.072	0.0382	0.1123	0.0511	0.1123	0.0232	0.0283	0.0264	0.0283	0.0198
chr3L	158871	159022	chr3L:158872-159022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0333	0.0273	0.0485	0.0233	0.0053	0.0505	0.0212	0.0333	0.0053	0.0501	0.0701	0.0501	0.0294	0.0115	0.0406	0.0115	0.0245
chr3L	159540	159811	chr3L:159541-159811	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0868	0.0783	0.1325	0.0462	0.0117	0.1437	0.0411	0.1392	0.0117	0.1552	0.1772	0.1552	0.0728	0.0153	0.0709	0.0153	0.0427
chr3L	159962	160167	chr3L:159963-160167	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0512	0.0388	0.0801	0.0336	0.0074	0.0762	0.0272	0.05	0.0074	0.1244	0.0977	0.1244	0.0503	0.0283	0.0458	0.0283	0.0323
chr3L	160360	160613	chr3L:160361-160613	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0622	0.0522	0.0845	0.049	0.0329	0.0854	0.0489	0.0586	0.0329	0.0966	0.1029	0.0966	0.0751	0.0352	0.0613	0.0352	0.0584
chr3L	160711	160900	chr3L:160712-160900	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1386	0.1214	0.1745	0.1184	0.07	0.1883	0.1086	0.1592	0.07	0.1932	0.219	0.1932	0.1557	0.0949	0.1709	0.0949	0.1641
chr3L	161131	161549	chr3L:161132-161549	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0795	0.0725	0.1016	0.0631	0.0297	0.1078	0.0714	0.0986	0.0297	0.1274	0.1251	0.1274	0.0837	0.0337	0.107	0.0337	0.0902
chr3L	161932	162182	chr3L:161933-162182	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0609	0.074	0.0659	0.0409	0.0191	0.1316	0.0636	0.0926	0.0191	0.1184	0.0675	0.1184	0.055	0.0306	0.0509	0.0306	0.0735
chr3L	162198	162349	chr3L:162199-162349	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0344	0.0442	0.035	0.0228	0.0148	0.0665	0.0424	0.0606	0.0148	0.0495	0.0334	0.0495	0.0449	0.0184	0.0161	0.0184	0.0511
chr3L	166114	166313	chr3L:166115-166313	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0525	0.0485	0.0636	0.0447	0.0159	0.0515	0.0653	0.0693	0.0159	0.0314	0.1061	0.0314	0.0565	0.0222	0.0974	0.0222	0.0386
chr3L	166362	166598	chr3L:166363-166598	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0789	0.0687	0.1028	0.0642	0.0308	0.066	0.0921	0.1026	0.0308	0.0477	0.1736	0.0477	0.0775	0.0276	0.1631	0.0276	0.0349
chr3L	171207	171446	chr3L:171208-171446	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0464	0.0688	0.0382	0.0304	0.0233	0.0951	0.0554	0.1306	0.0233	0.0441	0.0441	0.0441	0.0279	0.0138	0.0193	0.0138	0.013
chr3L	171595	171798	chr3L:171596-171798	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0558	0.0773	0.0454	0.0433	0.0318	0.1024	0.0709	0.1306	0.0318	0.0465	0.0543	0.0465	0.0279	0.0207	0.0168	0.0207	0.0156
chr3L	174125	174332	chr3L:174126-174332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0662	0.0744	0.0671	0.0561	0.0477	0.0903	0.0843	0.0939	0.0477	0.0791	0.0752	0.0791	0.0705	0.0727	0.0529	0.0727	0.0787
chr3L	174334	174574	chr3L:174335-174574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0668	0.0654	0.067	0.0681	0.0371	0.082	0.0804	0.0753	0.0371	0.0725	0.0775	0.0725	0.0813	0.0796	0.0651	0.0796	0.1063
chr3L	174601	174791	chr3L:174602-174791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.0779	0.0896	0.0919	0.0488	0.0961	0.0869	0.1073	0.0488	0.1008	0.1071	0.1008	0.1038	0.1041	0.0941	0.1041	0.1376
chr3L	175901	176343	chr3L:175902-176343	FBgn0035102	CG7049	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1183	0.1142	0.1274	0.1128	0.0753	0.1286	0.1267	0.1746	0.0753	0.1304	0.146	0.1304	0.182	0.1348	0.1277	0.1348	0.1636
chr3L	178042	178203	chr3L:178043-178203	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0496	0.0323	0.0702	0.0465	0.0117	0.0393	0.0355	0.0493	0.0117	0.0326	0.119	0.0326	0.0558	0.0184	0.1341	0.0184	0.0307
chr3L	178491	178734	chr3L:178492-178734	FBgn0035103	Vdup1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.082	0.0758	0.1107	0.0577	0.0233	0.0811	0.0679	0.1626	0.0233	0.038	0.2119	0.038	0.0565	0.0092	0.2037	0.0092	0.0266
chr3L	179860	180058	chr3L:179861-180058	FBgn0035104	CG13875	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0238	0.0416	0.0611	0.0127	0.0286	0.0311	0.0273	0.0127	0.0229	0.0611	0.0229	0.0434	0.0161	0.1689	0.0161	0.0568
chr3L	180151	180354	chr3L:180152-180354	FBgn0035104	CG13875	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0564	0.029	0.0599	0.0833	0.0138	0.0374	0.0372	0.0326	0.0138	0.0242	0.0916	0.0242	0.0713	0.0191	0.2244	0.0191	0.0662
chr3L	183775	183926	chr3L:183776-183926	FBgn0083976,FBgn0083992	CG34140,Mkp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0441	0.0438	0.0249	0.0308	0.0408	0.0644	0.0513	0.0308	0.0435	0.0498	0.0435	0.0519	0.026	0.0297	0.026	0.0302
chr3L	183955	184207	chr3L:183956-184207	FBgn0027786,FBgn0083976,FBgn0083992	CG34140,Mkp,Mtch	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0789	0.0796	0.0911	0.0646	0.0615	0.084	0.1008	0.0979	0.0615	0.0894	0.1161	0.0894	0.0999	0.0689	0.0845	0.0689	0.075
chr3L	184308	184482	chr3L:184309-184482	FBgn0027786,FBgn0083976,FBgn0083992	CG34140,Mkp,Mtch	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1422	0.1319	0.1656	0.128	0.0954	0.1549	0.1484	0.1752	0.0954	0.2101	0.182	0.2101	0.1603	0.1325	0.1502	0.1325	0.1735
chr3L	184558	184736	chr3L:184559-184736	FBgn0027786,FBgn0083976,FBgn0083992	CG34140,Mkp,Mtch	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1321	0.1238	0.1538	0.1175	0.0764	0.1442	0.1505	0.1659	0.0764	0.2017	0.1592	0.2017	0.1619	0.1363	0.1238	0.1363	0.1584
chr3L	184815	184976	chr3L:184816-184976	FBgn0027786,FBgn0083976,FBgn0083992	CG34140,Mkp,Mtch	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.077	0.0703	0.0935	0.0663	0.0382	0.0796	0.0952	0.0839	0.0382	0.1244	0.0997	0.1244	0.0906	0.0812	0.069	0.0812	0.0844
chr3L	189581	189732	chr3L:189582-189732	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0223	0.041	0.017	0.0071	0.0286	0.0228	0.0835	0.0353	0.0286	0.0187	0.0209	0.0187	0.0147	0.0069	0.0071	0.0069	0.0068
chr3L	199212	199389	chr3L:199213-199389	FBgn0035106	rno	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2321	0.2021	0.2832	0.2094	0.1368	0.2437	0.2362	0.2605	0.1368	0.34	0.3135	0.34	0.2657	0.2251	0.2205	0.2251	0.2308
chr3L	199483	199634	chr3L:199484-199634	FBgn0035106	rno	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.1165	0.1656	0.1228	0.0764	0.1364	0.144	0.1479	0.0764	0.189	0.1865	0.189	0.1464	0.1348	0.1296	0.1348	0.1266
chr3L	199707	199912	chr3L:199708-199912	FBgn0035106,FBgn0035107	mri,rno	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0942	0.084	0.1137	0.0843	0.0541	0.0961	0.0978	0.1193	0.0541	0.1335	0.1302	0.1335	0.096	0.0965	0.0858	0.0965	0.0964
chr3L	203657	203827	chr3L:203658-203827	FBgn0024945	NitFhit	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.0983	0.1371	0.0955	0.0562	0.1243	0.1051	0.1406	0.0562	0.1486	0.1576	0.1486	0.1619	0.098	0.0967	0.098	0.1183
chr3L	203890	204041	chr3L:203891-204041	FBgn0024945	NitFhit	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0654	0.0573	0.0863	0.0515	0.0297	0.068	0.0666	0.0826	0.0297	0.0936	0.0984	0.0936	0.1046	0.0597	0.0464	0.0597	0.0631
chr3L	205734	205942	chr3L:205735-205942	FBgn0025592,FBgn0035109	CG13876,Gyk	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0992	0.0785	0.1211	0.0983	0.0541	0.0976	0.0869	0.1059	0.0541	0.1401	0.1312	0.1401	0.1425	0.0988	0.098	0.0988	0.1251
chr3L	206004	206178	chr3L:206005-206178	FBgn0025592,FBgn0035109	CG13876,Gyk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1388	0.1233	0.1671	0.1251	0.0806	0.1626	0.1358	0.1606	0.0806	0.1963	0.1826	0.1963	0.1696	0.1271	0.118	0.1271	0.1527
chr3L	206326	206599	chr3L:206327-206599	FBgn0025592,FBgn0035109	CG13876,Gyk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.09	0.0849	0.1127	0.0709	0.0467	0.0947	0.1172	0.1019	0.0467	0.1413	0.1241	0.1413	0.11	0.0628	0.0722	0.0628	0.0886
chr3L	206691	206842	chr3L:206692-206842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0513	0.0552	0.0299	0.0265	0.0515	0.0839	0.054	0.0265	0.0616	0.0666	0.0616	0.0604	0.0276	0.0329	0.0276	0.0412
chr3L	207596	207800	chr3L:207597-207800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0694	0.0414	0.0214	0.0594	0.0617	0.1021	0.0766	0.0594	0.0477	0.0444	0.0477	0.048	0.0245	0.0258	0.0245	0.0271
chr3L	211213	211548	chr3L:211214-211548	FBgn0027587	CG7028	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1157	0.0823	0.1463	0.1196	0.0339	0.1121	0.0969	0.1026	0.0339	0.1751	0.1675	0.1751	0.1487	0.1455	0.1154	0.1455	0.1553
chr3L	211600	211842	chr3L:211601-211842	FBgn0027587	CG7028	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.0555	0.089	0.0674	0.0308	0.0646	0.0675	0.0779	0.0308	0.1147	0.1026	0.1147	0.0875	0.0704	0.0683	0.0704	0.0896
chr3L	211948	212099	chr3L:211949-212099	FBgn0027587	CG7028	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0391	0.0556	0.0334	0.0212	0.0422	0.048	0.058	0.0212	0.0616	0.0595	0.0616	0.0674	0.0375	0.0361	0.0375	0.0417
chr3L	212106	212273	chr3L:212107-212273	FBgn0035110,FBgn0035111	CG16940,thoc7	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.049	0.066	0.0407	0.0265	0.0583	0.0623	0.064	0.0265	0.0725	0.0714	0.0725	0.0728	0.0429	0.0393	0.0429	0.0547
chr3L	212282	212493	chr3L:212283-212493	FBgn0035110,FBgn0035111	CG16940,thoc7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0827	0.0791	0.1011	0.0666	0.0573	0.0961	0.0895	0.1073	0.0573	0.1184	0.1132	0.1184	0.1046	0.0888	0.0683	0.0888	0.0803
chr3L	212597	212768	chr3L:212598-212768	FBgn0035110,FBgn0035111	CG16940,thoc7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1348	0.1249	0.1657	0.1118	0.0827	0.1587	0.1362	0.1619	0.0827	0.2047	0.1839	0.2047	0.158	0.144	0.1044	0.144	0.1402
chr3L	212858	213079	chr3L:212859-213079	FBgn0035110,FBgn0035111	CG16940,thoc7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0709	0.0657	0.0906	0.055	0.0382	0.0786	0.0744	0.0886	0.0382	0.1238	0.0936	0.1238	0.0953	0.0689	0.0522	0.0689	0.075
chr3L	216723	216874	chr3L:216724-216874	FBgn0063923,FBgn0063924	Kaz1-ORFA,Kaz1-ORFB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0261	0.0224	0.0332	0.0223	0.0159	0.0209	0.0303	0.028	0.0159	0.0326	0.0328	0.0326	0.0387	0.0168	0.0077	0.0168	0.0245
chr3L	217613	217772	chr3L:217614-217772	FBgn0035112	CG13877	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0221	0.0292	0.0238	0.0085	0.0262	0.0298	0.028	0.0085	0.0266	0.0273	0.0266	0.0542	0.0245	0.0142	0.0245	0.0443
chr3L	223218	223457	chr3L:223219-223457	FBgn0035113	pyx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1641	0.1616	0.1929	0.1352	0.0976	0.1922	0.1769	0.2412	0.0976	0.2186	0.2071	0.2186	0.1867	0.1631	0.1315	0.1631	0.1668
chr3L	223711	223879	chr3L:223712-223879	FBgn0053229,FBgn0262109	CG33229,CR42862	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1928	0.1763	0.2275	0.1731	0.1506	0.2218	0.1838	0.2298	0.1506	0.2808	0.2424	0.2808	0.2146	0.1945	0.1805	0.1945	0.1965
chr3L	224055	224250	chr3L:224056-224250	FBgn0053229,FBgn0262109	CG33229,CR42862	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2632	0.2317	0.3135	0.2434	0.1962	0.2976	0.2288	0.3091	0.1962	0.3822	0.3399	0.3822	0.2843	0.2466	0.2547	0.2466	0.2731
chr3L	224317	224564	chr3L:224318-224564	FBgn0053229,FBgn0262109	CG33229,CR42862	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2147	0.1757	0.2689	0.1989	0.1071	0.233	0.1812	0.2412	0.1071	0.3207	0.3029	0.3207	0.2502	0.1799	0.2224	0.1799	0.2454
chr3L	224669	224856	chr3L:224670-224856	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2359	0.2019	0.286	0.2189	0.1315	0.2592	0.2085	0.2785	0.1315	0.3412	0.3061	0.3412	0.2657	0.2021	0.2237	0.2021	0.2595
chr3L	224938	225147	chr3L:224939-225147	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1495	0.1327	0.1783	0.1367	0.1029	0.167	0.144	0.1652	0.1029	0.2421	0.1916	0.2421	0.1541	0.1478	0.1438	0.1478	0.1574
chr3L	225208	225397	chr3L:225209-225397	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1439	0.1378	0.1594	0.1335	0.1145	0.1718	0.151	0.1699	0.1145	0.2198	0.1572	0.2198	0.1518	0.1554	0.1309	0.1554	0.1569
chr3L	229764	229915	chr3L:229765-229915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0641	0.0723	0.0788	0.0387	0.0657	0.0762	0.0848	0.0966	0.0657	0.0906	0.0961	0.0906	0.0635	0.0299	0.0464	0.0299	0.0532
chr3L	230016	230167	chr3L:230017-230167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0619	0.0719	0.0761	0.0351	0.0679	0.0786	0.0839	0.0926	0.0679	0.0731	0.0981	0.0731	0.0713	0.026	0.0419	0.026	0.0505
chr3L	230270	230421	chr3L:230271-230421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0675	0.0709	0.0382	0.0509	0.0796	0.0731	0.1013	0.0509	0.0731	0.0913	0.0731	0.0565	0.036	0.0413	0.036	0.0505
chr3L	230429	230644	chr3L:230430-230644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0755	0.0865	0.0924	0.0446	0.0795	0.085	0.0943	0.1406	0.0795	0.0948	0.119	0.0948	0.0736	0.0444	0.049	0.0444	0.061
chr3L	230681	230905	chr3L:230682-230905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0798	0.0915	0.0995	0.0453	0.0753	0.0951	0.1025	0.1366	0.0753	0.1171	0.1277	0.1171	0.0697	0.0368	0.0625	0.0368	0.0563
chr3L	231141	231416	chr3L:231142-231416	FBgn0262035	CG42846	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1082	0.1228	0.1331	0.0646	0.1273	0.1272	0.1345	0.1726	0.1273	0.1461	0.1669	0.1461	0.117	0.0567	0.0896	0.0567	0.0875
chr3L	232826	233068	chr3L:232827-233068	FBgn0085482,FBgn0085483	CG34453,CG34454	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0536	0.0527	0.0721	0.0343	0.0297	0.0583	0.0627	0.0799	0.0297	0.0912	0.0801	0.0912	0.0658	0.0368	0.0419	0.0368	0.0396
chr3L	239262	239755	chr3L:239263-239755	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0891	0.0787	0.0299	0.0562	0.0927	0.1185	0.1139	0.0562	0.0912	0.0862	0.0912	0.0798	0.0276	0.0361	0.0276	0.0354
chr3L	239889	240513	chr3L:239890-240513	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0784	0.1064	0.0872	0.0375	0.0944	0.1097	0.128	0.1492	0.0944	0.0954	0.0952	0.0954	0.0821	0.0352	0.0432	0.0352	0.0401
chr3L	246331	246506	chr3L:246332-246506	FBgn0000541	E(bx)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1117	0.0914	0.148	0.0946	0.0488	0.1141	0.1025	0.1252	0.0488	0.1854	0.1595	0.1854	0.1309	0.1118	0.0877	0.1118	0.1084
chr3L	246568	246734	chr3L:246569-246734	FBgn0000541	E(bx)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1904	0.1586	0.2423	0.1691	0.0997	0.2087	0.1717	0.2092	0.0997	0.2917	0.2605	0.2917	0.237	0.1776	0.1644	0.1776	0.2058
chr3L	246867	247046	chr3L:246868-247046	FBgn0000541,FBgn0052476	E(bx),mthl14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2467	0.2178	0.2931	0.2281	0.1516	0.2602	0.2465	0.2871	0.1516	0.3744	0.3087	0.3744	0.2897	0.2289	0.2527	0.2289	0.2434
chr3L	247255	247419	chr3L:247256-247419	FBgn0000541,FBgn0052476	E(bx),mthl14	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.075	0.0627	0.0906	0.0716	0.0382	0.0786	0.0714	0.0826	0.0382	0.1075	0.0949	0.1075	0.0999	0.072	0.0696	0.072	0.0912
chr3L	247782	247953	chr3L:247783-247953	FBgn0052476	mthl14	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0978	0.1054	0.1117	0.0739	0.0657	0.1311	0.1163	0.1412	0.0657	0.1033	0.1331	0.1033	0.1402	0.0704	0.0754	0.0704	0.0912
chr3L	248140	248387	chr3L:248141-248387	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1447	0.1654	0.1664	0.0978	0.1209	0.1869	0.1747	0.2572	0.1209	0.1733	0.2145	0.1733	0.1394	0.1072	0.1264	0.1072	0.1006
chr3L	248485	248670	chr3L:248486-248670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0849	0.092	0.0995	0.061	0.0604	0.0985	0.1125	0.1312	0.0604	0.0954	0.1389	0.0954	0.0813	0.0743	0.0896	0.0743	0.0552
chr3L	257283	257439	chr3L:257284-257439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.047	0.0356	0.0571	0.0485	0.0148	0.0476	0.0437	0.042	0.0148	0.0574	0.0614	0.0574	0.0689	0.0421	0.0606	0.0421	0.0677
chr3L	257613	257820	chr3L:257614-257820	FBgn0024806,FBgn0035120	DIP2,wac	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0887	0.0841	0.1051	0.0758	0.0509	0.0951	0.1008	0.1179	0.0509	0.1322	0.1077	0.1322	0.1123	0.075	0.0729	0.075	0.0948
chr3L	257884	258076	chr3L:257885-258076	FBgn0024806,FBgn0035120	DIP2,wac	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1608	0.139	0.2015	0.1404	0.0923	0.1641	0.1665	0.1785	0.0923	0.2446	0.2116	0.2446	0.2107	0.1409	0.1348	0.1409	0.174
chr3L	258185	258359	chr3L:258186-258359	FBgn0024806,FBgn0035120	DIP2,wac	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2172	0.1899	0.2739	0.1855	0.1347	0.2427	0.2016	0.2452	0.1347	0.3629	0.2781	0.3629	0.2758	0.1792	0.1999	0.1792	0.2251
chr3L	258510	258943	chr3L:258511-258943	FBgn0035120	wac	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1605	0.1557	0.2006	0.122	0.1039	0.1951	0.1648	0.2112	0.1039	0.2301	0.2257	0.2301	0.2386	0.1248	0.1444	0.1248	0.1746
chr3L	262801	263004	chr3L:262802-263004	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.15	0.1353	0.1879	0.1248	0.0923	0.1641	0.1462	0.1925	0.0923	0.2603	0.2016	0.2603	0.189	0.1577	0.1412	0.1577	0.136
chr3L	263105	263311	chr3L:263106-263311	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1117	0.1039	0.1395	0.09	0.0435	0.1388	0.1034	0.1646	0.0435	0.1353	0.1814	0.1353	0.1394	0.0743	0.1386	0.0743	0.1011
chr3L	263559	263746	chr3L:263560-263746	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1025	0.0905	0.1254	0.0908	0.0392	0.1291	0.0865	0.1319	0.0392	0.1304	0.146	0.1304	0.1673	0.0858	0.1077	0.0858	0.1381
chr3L	263853	264253	chr3L:263854-264253	FBgn0035121	Tudor-SN	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2449	0.2331	0.2945	0.2036	0.1676	0.2796	0.2617	0.3125	0.1676	0.3418	0.3399	0.3418	0.3052	0.2266	0.2521	0.2266	0.2538
chr3L	264263	264475	chr3L:264264-264475	FBgn0035121,FBgn0035122	Tudor-SN,mRpL17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1977	0.1803	0.2434	0.167	0.1347	0.2248	0.1946	0.2385	0.1347	0.2868	0.2698	0.2868	0.2308	0.1845	0.1999	0.1845	0.2011
chr3L	264681	264860	chr3L:264682-264860	FBgn0035121,FBgn0035122	Tudor-SN,mRpL17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1425	0.1109	0.1853	0.1308	0.0785	0.1476	0.122	0.1372	0.0785	0.2361	0.1952	0.2361	0.2006	0.1363	0.1425	0.1363	0.1584
chr3L	264917	265142	chr3L:264918-265142	FBgn0035122	mRpL17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0932	0.0688	0.1231	0.0877	0.0318	0.0845	0.0856	0.0946	0.0318	0.1449	0.135	0.1449	0.1464	0.072	0.0967	0.072	0.1146
chr3L	267452	267603	chr3L:267453-267603	FBgn0027111	miple	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0467	0.0351	0.049	0.057	0.0074	0.0505	0.0389	0.0473	0.0074	0.0779	0.0486	0.0779	0.0426	0.1194	0.0232	0.1194	0.0203
chr3L	267654	267805	chr3L:267655-267805	FBgn0027111	miple	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.061	0.0472	0.0723	0.0639	0.0127	0.066	0.0458	0.0733	0.0127	0.1135	0.0878	0.1135	0.0395	0.0636	0.0284	0.0636	0.0297
chr3L	270580	270731	chr3L:270581-270731	FBgn0029002	miple2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0632	0.0885	0.0499	0.0212	0.0961	0.0506	0.1026	0.0212	0.099	0.1113	0.099	0.0852	0.0536	0.0658	0.0536	0.0505
chr3L	270802	271283	chr3L:270803-271283	FBgn0029002	miple2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.27	0.2216	0.3335	0.2544	0.1166	0.3539	0.1522	0.3498	0.1166	0.3847	0.3781	0.3847	0.378	0.2726	0.276	0.2726	0.3246
chr3L	271456	271944	chr3L:271457-271944	FBgn0029002	miple2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.327	0.2922	0.3995	0.2863	0.2047	0.4369	0.2176	0.441	0.2047	0.4867	0.4585	0.4867	0.3989	0.2879	0.3288	0.2879	0.3445
chr3L	276847	277078	chr3L:276848-277078	FBgn0264707	RhoGEF3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.083	0.0722	0.0869	0.0908	0.0392	0.1223	0.064	0.0779	0.0392	0.0996	0.0868	0.0996	0.1022	0.0482	0.0471	0.0482	0.0641
chr3L	277137	277374	chr3L:277138-277374	FBgn0264707	RhoGEF3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0613	0.048	0.0609	0.0767	0.0233	0.0752	0.0437	0.064	0.0233	0.0749	0.0566	0.0749	0.0604	0.0253	0.0342	0.0253	0.0391
chr3L	278738	278889	chr3L:278739-278889	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0139	0.0213	0.0133	0.0064	0.0085	0.0184	0.0225	0.0453	0.0085	0.0091	0.0196	0.0091	0.0101	0.0054	0.009	0.0054	0.0057
chr3L	282398	282613	chr3L:282399-282613	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1196	0.055	0.159	0.1487	0.0117	0.0879	0.0549	0.0713	0.0117	0.1999	0.1836	0.1999	0.1944	0.1417	0.1908	0.1417	0.1819
chr3L	284382	284533	chr3L:284383-284533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0125	0.0122	0.0132	0.012	0.0032	0.0121	0.0208	0.0113	0.0032	0.0054	0.0241	0.0054	0.0085	0.0054	0.0342	0.0054	0.0078
chr3L	291822	292067	chr3L:291823-292067	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1306	0.1437	0.1472	0.0976	0.0923	0.1631	0.1726	0.1899	0.0923	0.1793	0.1543	0.1793	0.1185	0.1064	0.0961	0.1064	0.1063
chr3L	292297	292471	chr3L:292298-292471	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2036	0.1914	0.2402	0.1771	0.1357	0.2301	0.2171	0.2552	0.1357	0.2965	0.2415	0.2965	0.2533	0.1991	0.1683	0.1991	0.2027
chr3L	292542	292763	chr3L:292543-292763	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1437	0.1348	0.1722	0.1223	0.0742	0.1704	0.1453	0.1872	0.0742	0.2222	0.181	0.2222	0.1611	0.1332	0.118	0.1332	0.1412
chr3L	294883	295109	chr3L:294884-295109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0715	0.0689	0.0964	0.0471	0.0339	0.1073	0.0709	0.0819	0.0339	0.2246	0.0842	0.2246	0.0488	0.1256	0.0496	0.1256	0.0292
chr3L	295299	295462	chr3L:295300-295462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0566	0.0618	0.0713	0.0347	0.0244	0.082	0.0735	0.0799	0.0244	0.1492	0.0711	0.1492	0.0387	0.0957	0.0232	0.0957	0.0245
chr3L	296719	296895	chr3L:296720-296895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0616	0.1128	0.0539	0.0128	0.0647	0.0723	0.1587	0.1972	0.0647	0.0628	0.0701	0.0628	0.0201	0.0077	0.0232	0.0077	0.0089
chr3L	297004	297170	chr3L:297005-297170	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.075	0.1066	0.0962	0.0166	0.0498	0.1126	0.1168	0.1865	0.0498	0.1413	0.1232	0.1413	0.0294	0.0184	0.0213	0.0184	0.0109
chr3L	297288	297474	chr3L:297289-297474	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1396	0.1903	0.1813	0.0372	0.1251	0.2442	0.1752	0.2978	0.1251	0.2174	0.227	0.2174	0.0612	0.0138	0.0374	0.0138	0.0125
chr3L	297688	297910	chr3L:297689-297910	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1544	0.2282	0.1857	0.0377	0.1845	0.2684	0.2206	0.3518	0.1845	0.2518	0.208	0.2518	0.0527	0.0184	0.029	0.0184	0.0177
chr3L	298345	298673	chr3L:298346-298673	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1249	0.2417	0.1034	0.0181	0.2301	0.2272	0.2868	0.3504	0.2301	0.1147	0.1418	0.1147	0.0519	0.0138	0.0135	0.0138	0.0193
chr3L	299740	300281	chr3L:299741-300281	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0952	0.1391	0.0963	0.045	0.0954	0.1301	0.1466	0.2538	0.0954	0.1002	0.1061	0.1002	0.1108	0.036	0.04	0.036	0.0787
chr3L	311640	311854	chr3L:311641-311854	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0231	0.0291	0.0455	0.0191	0.0243	0.0307	0.0273	0.0191	0.0205	0.0312	0.0205	0.0434	0.0107	0.0271	0.0107	0.074
chr3L	311857	312008	chr3L:311858-312008	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0268	0.0265	0.0279	0.0258	0.0148	0.0359	0.0307	0.032	0.0148	0.0236	0.0283	0.0236	0.0534	0.0145	0.011	0.0145	0.0495
chr3L	312612	312774	chr3L:312613-312774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.037	0.0359	0.043	0.0315	0.0201	0.0398	0.0476	0.046	0.0201	0.0556	0.0405	0.0556	0.0318	0.0161	0.0168	0.0161	0.0328
chr3L	318809	318989	chr3L:318810-318989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0671	0.0739	0.0737	0.0522	0.035	0.099	0.0817	0.0999	0.035	0.0984	0.0672	0.0984	0.1007	0.0398	0.0361	0.0398	0.099
chr3L	319213	319432	chr3L:319214-319432	FBgn0004373	fwd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1311	0.161	0.1319	0.0969	0.1283	0.1699	0.2007	0.2019	0.1283	0.1407	0.1334	0.1407	0.1495	0.0873	0.089	0.0873	0.123
chr3L	319546	319786	chr3L:319547-319786	FBgn0004373	fwd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2552	0.2588	0.2956	0.2068	0.2216	0.3107	0.292	0.3065	0.2216	0.3853	0.3051	0.3853	0.2781	0.2305	0.2037	0.2305	0.223
chr3L	319850	320064	chr3L:319851-320064	FBgn0004373	fwd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2764	0.2802	0.3192	0.2252	0.2259	0.3383	0.3244	0.3271	0.2259	0.4004	0.3363	0.4004	0.3044	0.2489	0.2186	0.2489	0.2777
chr3L	320282	320571	chr3L:320283-320571	FBgn0004373	fwd	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1231	0.124	0.1503	0.0922	0.0806	0.1888	0.1358	0.1206	0.0806	0.2434	0.1376	0.2434	0.1526	0.1118	0.0671	0.1118	0.1558
chr3L	320936	321175	chr3L:320937-321175	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0965	0.1071	0.1254	0.0531	0.0668	0.199	0.0947	0.0846	0.0668	0.3068	0.0804	0.3068	0.0813	0.1126	0.0232	0.1126	0.062
chr3L	321558	321845	chr3L:321559-321845	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.132	0.1797	0.1532	0.0556	0.1241	0.2364	0.2132	0.1872	0.1241	0.3315	0.117	0.3315	0.079	0.0697	0.0348	0.0697	0.0604
chr3L	324410	324570	chr3L:324411-324570	FBgn0052344	CG32344	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0828	0.07	0.1056	0.0721	0.0371	0.0951	0.0835	0.0786	0.0371	0.1365	0.1084	0.1365	0.1131	0.0712	0.0716	0.0712	0.0896
chr3L	324643	324818	chr3L:324644-324818	FBgn0052344	CG32344	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1238	0.1102	0.1491	0.1114	0.0795	0.135	0.1254	0.1406	0.0795	0.2029	0.1576	0.2029	0.1464	0.1217	0.118	0.1217	0.1339
chr3L	324922	325073	chr3L:324923-325073	FBgn0052344	CG32344	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0639	0.0535	0.0803	0.0574	0.0403	0.0626	0.0567	0.0753	0.0403	0.119	0.0836	0.119	0.0806	0.0674	0.0606	0.0674	0.0703
chr3L	327466	327617	chr3L:327467-327617	FBgn0052343,FBgn0261985	Atac3,Ptpmeg	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0604	0.0462	0.0822	0.0524	0.0212	0.0573	0.0593	0.0586	0.0212	0.1081	0.0884	0.1081	0.079	0.0521	0.0658	0.0521	0.0563
chr3L	327700	327888	chr3L:327701-327888	FBgn0052343,FBgn0261985	Atac3,Ptpmeg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1418	0.1167	0.1759	0.1324	0.053	0.1583	0.128	0.1599	0.053	0.2277	0.1926	0.2277	0.165	0.1386	0.1386	0.1386	0.1673
chr3L	327958	328136	chr3L:327959-328136	FBgn0052343,FBgn0261985	Atac3,Ptpmeg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1668	0.1421	0.1954	0.1631	0.0795	0.1806	0.1691	0.1785	0.0795	0.2319	0.2212	0.2319	0.1851	0.173	0.1683	0.173	0.1907
chr3L	328260	328411	chr3L:328261-328411	FBgn0052343,FBgn0261985	Atac3,Ptpmeg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.0385	0.051	0.061	0.0159	0.0466	0.0554	0.0433	0.0159	0.0501	0.0601	0.0501	0.0527	0.062	0.0722	0.062	0.0625
chr3L	329212	329373	chr3L:329213-329373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0408	0.0491	0.0613	0.0276	0.0374	0.0601	0.0513	0.0276	0.0562	0.055	0.0562	0.0604	0.0796	0.0806	0.0796	0.0589
chr3L	332248	332499	chr3L:332249-332499	FBgn0035131	mthl9	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0648	0.0424	0.0669	0.0875	0.018	0.0553	0.0541	0.052	0.018	0.0483	0.0955	0.0483	0.0705	0.0796	0.2076	0.0796	0.0599
chr3L	332612	332784	chr3L:332613-332784	FBgn0035131	mthl9	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0904	0.0744	0.0984	0.0997	0.0467	0.0854	0.0904	0.0979	0.0467	0.1008	0.1183	0.1008	0.1131	0.1087	0.1444	0.1087	0.112
chr3L	332854	333050	chr3L:332855-333050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0432	0.0499	0.0425	0.0308	0.0481	0.0558	0.052	0.0308	0.0537	0.0605	0.0537	0.0511	0.0475	0.0561	0.0475	0.0511
chr3L	339022	339333	chr3L:339023-339333	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0745	0.0717	0.083	0.0684	0.0424	0.0883	0.0848	0.0933	0.0424	0.0942	0.0749	0.0942	0.1572	0.0873	0.0587	0.0873	0.1209
chr3L	339702	339853	chr3L:339703-339853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0199	0.0189	0.0263	0.0032	0.0175	0.0342	0.024	0.0032	0.026	0.019	0.026	0.017	0.0444	0.0161	0.0444	0.0391
chr3L	341386	341654	chr3L:341387-341654	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0425	0.0321	0.0343	0.0233	0.0442	0.0571	0.056	0.0233	0.0254	0.0392	0.0254	0.038	0.0345	0.0471	0.0345	0.0469
chr3L	342960	343127	chr3L:342961-343127	FBgn0035132	mthl10	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0411	0.0092	0.022	0.0976	0.0032	0.0131	0.0134	0.0067	0.0032	0.0109	0.0186	0.0109	0.0604	0.0521	0.0941	0.0521	0.172
chr3L	346658	346828	chr3L:346659-346828	FBgn0023000	mth	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0784	0.0695	0.0808	0.0855	0.0498	0.0772	0.0869	0.0859	0.0498	0.0876	0.0865	0.0876	0.1069	0.1126	0.087	0.1126	0.1251
chr3L	346842	347014	chr3L:346843-347014	FBgn0023000	mth	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.0775	0.1112	0.121	0.0509	0.0913	0.096	0.0979	0.0509	0.122	0.1267	0.122	0.1301	0.1309	0.1464	0.1309	0.1636
chr3L	347067	347261	chr3L:347068-347261	FBgn0023000	mth	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1626	0.1559	0.1819	0.1489	0.1241	0.1811	0.1856	0.1979	0.1241	0.2053	0.2042	0.2053	0.1805	0.1508	0.1547	0.1508	0.1912
chr3L	347354	347539	chr3L:347355-347539	FBgn0023000	mth	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.214	0.2097	0.2473	0.1823	0.1718	0.2393	0.2401	0.2818	0.1718	0.3025	0.2701	0.3025	0.2424	0.1945	0.1928	0.1945	0.222
chr3L	347597	348002	chr3L:347598-348002	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2389	0.2311	0.2731	0.2101	0.1633	0.2743	0.2474	0.3324	0.1633	0.314	0.3055	0.314	0.2974	0.2412	0.2186	0.2412	0.2658
chr3L	348233	348510	chr3L:348234-348510	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0888	0.057	0.0994	0.1127	0.0308	0.0782	0.0636	0.07	0.0308	0.1214	0.0778	0.1214	0.2006	0.17	0.0696	0.17	0.2001
chr3L	349343	349494	chr3L:349344-349494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0269	0.039	0.0249	0.0156	0.0148	0.0369	0.0471	0.0693	0.0148	0.0236	0.0254	0.0236	0.0318	0.01	0.0129	0.01	0.0245
chr3L	350945	351096	chr3L:350946-351096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0186	0.0221	0.0327	0.0095	0.0194	0.0264	0.0213	0.0095	0.0151	0.0174	0.0151	0.0612	0.0107	0.0174	0.0107	0.087
chr3L	355691	355845	chr3L:355692-355845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0232	0.0298	0.0217	0.0175	0.0233	0.033	0.042	0.0326	0.0233	0.029	0.0241	0.029	0.0209	0.0176	0.0129	0.0176	0.0318
chr3L	361143	361340	chr3L:361144-361340	FBgn0035136,FBgn0035137	CG1233,CG6905	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1171	0.1078	0.1415	0.1008	0.0764	0.1345	0.1215	0.1439	0.0764	0.1709	0.1566	0.1709	0.1379	0.121	0.0922	0.121	0.1308
chr3L	361359	361542	chr3L:361360-361542	FBgn0035136,FBgn0035137	CG1233,CG6905	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1408	0.128	0.1675	0.1259	0.1029	0.1558	0.1449	0.1679	0.1029	0.2156	0.1794	0.2156	0.1642	0.1378	0.1167	0.1378	0.1657
chr3L	361649	361800	chr3L:361650-361800	FBgn0035136,FBgn0035137	CG1233,CG6905	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0438	0.0435	0.0529	0.0343	0.0276	0.0481	0.0588	0.0566	0.0276	0.0604	0.0566	0.0604	0.0689	0.036	0.0271	0.036	0.0401
chr3L	371334	371546	chr3L:371335-371546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0454	0.0355	0.0659	0.034	0.0191	0.0442	0.0433	0.0446	0.0191	0.0652	0.0955	0.0652	0.0612	0.0444	0.0548	0.0444	0.0328
chr3L	371933	372084	chr3L:371934-372084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0201	0.0178	0.0174	0.0053	0.0204	0.0311	0.0233	0.0053	0.0181	0.0228	0.0181	0.0116	0.0069	0.0116	0.0069	0.0094
chr3L	374069	374220	chr3L:374070-374220	distal	distal	stage5	stage5	VT23462.1	VT23462.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.029	0.0464	0.0291	0.0096	0.0212	0.034	0.0584	0.0913	0.0212	0.0248	0.045	0.0248	0.0225	0.0061	0.0129	0.0061	0.0115
chr3L	374869	375041	chr3L:374870-375041	distal	distal	none	none	VT23462.1	VT23462.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0408	0.0742	0.0355	0.0093	0.0551	0.0539	0.0947	0.1286	0.0551	0.032	0.0524	0.032	0.0108	0.0031	0.009	0.0031	0.0057
chr3L	377292	377524	chr3L:377293-377524	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1673	0.1454	0.2208	0.1329	0.1039	0.1592	0.1821	0.1885	0.1039	0.2917	0.2373	0.2917	0.1487	0.1217	0.0961	0.1217	0.1063
chr3L	378062	378303	chr3L:378063-378303	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.3245	0.3083	0.3751	0.2869	0.2651	0.3388	0.3564	0.3931	0.2651	0.4535	0.4183	0.4535	0.3261	0.2795	0.2992	0.2795	0.3007
chr3L	381208	381441	chr3L:381209-381441	distal	distal	stage11	stage11	VT23465.1,VT23466.1	VT23465.1,VT23466.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0611	0.0562	0.0843	0.0411	0.0255	0.0689	0.0558	0.0939	0.0255	0.0785	0.1158	0.0785	0.0899	0.0145	0.06	0.0145	0.0688
chr3L	383258	383409	chr3L:383259-383409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0206	0.0192	0.0273	0.0149	0.0074	0.0233	0.0255	0.022	0.0074	0.0338	0.0376	0.0338	0.0147	0.0153	0.0309	0.0153	0.0099
chr3L	384864	385015	chr3L:384865-385015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0086	0.0122	0.0124	0.0011	0.0117	0.0121	0.0087	0.0011	0.0193	0.0132	0.0193	0.0085	0.0345	0.0064	0.0345	0.0109
chr3L	390192	390413	chr3L:390193-390413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.025	0.033	0.0213	0.0095	0.0306	0.0368	0.026	0.0095	0.0266	0.0402	0.0266	0.0426	0.0145	0.0309	0.0145	0.0245
chr3L	390489	390640	chr3L:390490-390640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0231	0.0293	0.0173	0.0138	0.0272	0.0324	0.024	0.0138	0.0296	0.0328	0.0296	0.0372	0.013	0.0161	0.013	0.024
chr3L	392228	392379	chr3L:392229-392379	FBgn0262139	trh	none	none	VT23472.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0172	0.0175	0.0092	0.0053	0.0165	0.0251	0.024	0.0053	0.0169	0.0151	0.0169	0.0093	0.0031	0.0084	0.0031	0.0083
chr3L	392884	393087	chr3L:392885-393087	FBgn0262139	trh	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0454	0.0233	0.0574	0.057	0.0085	0.033	0.0264	0.0293	0.0085	0.0519	0.092	0.0519	0.0287	0.0919	0.1322	0.0919	0.0261
chr3L	395123	395274	chr3L:395124-395274	distal	distal	none	none	trh_trh45	trh_trh45	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.012	0.0189	0.0104	0.0021	0.0146	0.0177	0.0147	0.0021	0.0145	0.0289	0.0145	0.0132	0.0069	0.02	0.0069	0.0089
chr3L	395529	395680	chr3L:395530-395680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0133	0.0126	0.0195	0.0074	0.0042	0.0097	0.0195	0.0207	0.0042	0.0079	0.0354	0.0079	0.0116	0.0061	0.0135	0.0061	0.0031
chr3L	395797	395948	chr3L:395798-395948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0133	0.0106	0.0226	0.006	0.0032	0.0092	0.0182	0.0127	0.0032	0.0211	0.036	0.0211	0.0093	0.0023	0.0077	0.0023	0.0052
chr3L	396967	397146	chr3L:396968-397146	distal	distal	none	none	trh_trh47	trh_trh47	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0199	0.0305	0.0218	0.0058	0.0074	0.033	0.0268	0.0646	0.0074	0.0272	0.0305	0.0272	0.0108	0.0015	0.0052	0.0015	0.0052
chr3L	397562	397741	chr3L:397563-397741	distal	distal	none	none	trh_trh47	trh_trh47	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.021	0.0188	0.0264	0.0174	0.0021	0.015	0.0281	0.03	0.0021	0.0175	0.0325	0.0175	0.0163	0.0069	0.0155	0.0069	0.0104
chr3L	399650	399890	chr3L:399651-399890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0168	0.0188	0.0136	0.0053	0.0204	0.0247	0.0187	0.0053	0.0103	0.0215	0.0103	0.0077	0.0054	0.0071	0.0054	0.0057
chr3L	400402	400588	chr3L:400403-400588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0165	0.0298	0.0226	0.0064	0.0209	0.0229	0.0173	0.0064	0.0181	0.0492	0.0181	0.0271	0.013	0.0542	0.013	0.0193
chr3L	401342	401493	chr3L:401343-401493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0176	0.016	0.0244	0.0121	0.0085	0.0092	0.0333	0.0113	0.0085	0.0157	0.0434	0.0157	0.0155	0.0084	0.0187	0.0084	0.0073
chr3L	401520	401671	chr3L:401521-401671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0166	0.0189	0.019	0.0113	0.0117	0.0092	0.0424	0.0133	0.0117	0.0175	0.0309	0.0175	0.0101	0.0038	0.0155	0.0038	0.0104
chr3L	401945	402186	chr3L:401946-402186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0153	0.0273	0.0156	0.0095	0.016	0.0281	0.0093	0.0095	0.0302	0.0383	0.0302	0.0163	0.0077	0.0258	0.0077	0.0162
chr3L	402550	402701	chr3L:402551-402701	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0214	0.0131	0.0294	0.022	0.0053	0.0141	0.0199	0.0153	0.0053	0.0248	0.046	0.0248	0.0217	0.0199	0.0277	0.0199	0.0203
chr3L	409804	410175	chr3L:409805-410175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0231	0.064	0.0323	0.0053	0.0374	0.0238	0.0273	0.0053	0.0767	0.0862	0.0767	0.0488	0.0421	0.0445	0.0421	0.0198
chr3L	411640	411791	chr3L:411641-411791	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0086	0.0121	0.0135	0.0011	0.0087	0.0147	0.01	0.0011	0.0115	0.0116	0.0115	0.0093	0.0015	0.0071	0.0015	0.0052
chr3L	412257	412408	chr3L:412258-412408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0148	0.0098	0.0207	0.0139	0.0064	0.0097	0.0143	0.012	0.0064	0.0139	0.035	0.0139	0.0093	0.0069	0.0129	0.0069	0.0141
chr3L	412991	413153	chr3L:412992-413153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0111	0.0141	0.0156	0.0042	0.0087	0.0177	0.0167	0.0042	0.0133	0.0148	0.0133	0.0054	0.0046	0.0071	0.0046	0.0063
chr3L	413486	413675	chr3L:413487-413675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0167	0.0242	0.0145	0.0042	0.018	0.0255	0.0193	0.0042	0.0145	0.0235	0.0145	0.0116	0.0054	0.0077	0.0054	0.0063
chr3L	414475	414626	chr3L:414476-414626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0151	0.0136	0.0117	0.0053	0.0146	0.0225	0.0193	0.0053	0.0097	0.0096	0.0097	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chr3L	416369	416652	chr3L:416370-416652	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	trh_trh66	trh_trh66	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0537	0.0809	0.0613	0.0149	0.0403	0.0447	0.1103	0.1572	0.0403	0.0199	0.1203	0.0199	0.0201	0.01	0.0329	0.01	0.0078
chr3L	416938	417089	chr3L:416939-417089	distal	distal	none	none	trh_trh67	trh_trh67	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0141	0.0145	0.0199	0.0072	0.0032	0.0136	0.0212	0.0233	0.0032	0.0151	0.0318	0.0151	0.0124	0.0046	0.0103	0.0046	0.0068
chr3L	417338	417489	chr3L:417339-417489	distal	distal	none	none	trh_trh67	trh_trh67	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0177	0.013	0.0298	0.0096	0.0011	0.0131	0.0203	0.0167	0.0011	0.0145	0.0543	0.0145	0.0139	0.0023	0.0168	0.0023	0.0099
chr3L	419645	419796	chr3L:419646-419796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.0126	0.0185	0.0163	0.0011	0.0121	0.0212	0.0167	0.0011	0.0181	0.0235	0.0181	0.0101	0.0061	0.0116	0.0061	0.0068
chr3L	420178	420329	chr3L:420179-420329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.011	0.0132	0.0134	0.0042	0.0102	0.0177	0.012	0.0042	0.0133	0.0161	0.0133	0.0108	0.0061	0.0071	0.0061	0.0073
chr3L	422773	422924	chr3L:422774-422924	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0162	0.025	0.0151	0.0074	0.0032	0.0194	0.0272	0.062	0.0032	0.0145	0.0164	0.0145	0.007	0.0023	0.0026	0.0023	0.0021
chr3L	424630	424789	chr3L:424631-424789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0155	0.0306	0.0202	0.0021	0.0165	0.019	0.026	0.0021	0.0242	0.0251	0.0242	0.007	0.0031	0.0103	0.0031	0.0052
chr3L	431660	431815	chr3L:431661-431815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.015	0.0231	0.026	0.0064	0.0146	0.0242	0.016	0.0064	0.0169	0.0154	0.0169	0.0147	0.0061	0.0103	0.0061	0.0109
chr3L	432288	432439	chr3L:432289-432439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0293	0.026	0.0359	0.0256	0.0106	0.0354	0.0316	0.0326	0.0106	0.0374	0.0408	0.0374	0.0294	0.0207	0.0239	0.0207	0.0188
chr3L	432668	432933	chr3L:432669-432933	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1553	0.1388	0.1812	0.1451	0.0721	0.1908	0.1375	0.1992	0.0721	0.1727	0.2235	0.1727	0.1541	0.1256	0.1631	0.1256	0.149
chr3L	432999	433236	chr3L:433000-433236	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0708	0.0672	0.0843	0.06	0.0191	0.0864	0.0644	0.1139	0.0191	0.0743	0.1122	0.0743	0.0674	0.0467	0.0748	0.0467	0.0599
chr3L	433358	433747	chr3L:433359-433747	FBgn0035139	CG13891	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0547	0.0492	0.0666	0.0478	0.0117	0.0767	0.0458	0.072	0.0117	0.067	0.0804	0.067	0.0674	0.036	0.0613	0.036	0.0651
chr3L	435547	435698	chr3L:435548-435698	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0184	0.0207	0.0212	0.0127	0.0074	0.0228	0.0147	0.0493	0.0074	0.0157	0.026	0.0157	0.0194	0.0138	0.0148	0.0138	0.0172
chr3L	437741	437892	chr3L:437742-437892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0166	0.0255	0.0295	0.0053	0.0209	0.0177	0.0253	0.0053	0.0163	0.0373	0.0163	0.0209	0.0038	0.0838	0.0038	0.0287
chr3L	440411	440562	chr3L:440412-440562	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0257	0.0321	0.032	0.0085	0.0325	0.035	0.0306	0.0085	0.0248	0.0325	0.0248	0.0449	0.0176	0.0413	0.0176	0.0354
chr3L	440575	440726	chr3L:440576-440726	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0246	0.0191	0.0231	0.0323	0.0042	0.0218	0.0242	0.0293	0.0042	0.0175	0.0222	0.0175	0.0318	0.0161	0.0322	0.0161	0.0307
chr3L	441047	441209	chr3L:441048-441209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0201	0.0315	0.0522	0.0064	0.0267	0.0208	0.03	0.0064	0.0272	0.0376	0.0272	0.0341	0.0253	0.0516	0.0253	0.0646
chr3L	441437	441612	chr3L:441438-441612	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0365	0.0528	0.0611	0.0233	0.0476	0.0411	0.0473	0.0233	0.0501	0.0579	0.0501	0.0643	0.0268	0.0845	0.0268	0.073
chr3L	441657	441891	chr3L:441658-441891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1016	0.0857	0.1122	0.1076	0.0562	0.1015	0.0973	0.1233	0.0562	0.122	0.1228	0.122	0.1247	0.0789	0.1238	0.0789	0.1266
chr3L	442040	442216	chr3L:442041-442216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0911	0.0845	0.1009	0.0879	0.0573	0.1034	0.0943	0.1153	0.0573	0.1087	0.1161	0.1087	0.1022	0.0781	0.0845	0.0781	0.1042
chr3L	442262	442460	chr3L:442263-442460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0551	0.0552	0.0622	0.0473	0.0392	0.0612	0.0627	0.0826	0.0392	0.067	0.0749	0.067	0.0651	0.0383	0.0464	0.0383	0.0573
chr3L	445817	446004	chr3L:445818-446004	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0499	0.0384	0.0511	0.0614	0.017	0.0544	0.0363	0.0586	0.017	0.0531	0.0556	0.0531	0.0821	0.0291	0.0767	0.0291	0.1251
chr3L	446216	446372	chr3L:446217-446372	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0374	0.029	0.0354	0.0489	0.0095	0.0413	0.0324	0.0393	0.0095	0.0248	0.0318	0.0248	0.0751	0.0153	0.0271	0.0153	0.1318
chr3L	447143	447294	chr3L:447144-447294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0299	0.0303	0.0209	0.0095	0.035	0.0368	0.042	0.0095	0.0423	0.0283	0.0423	0.0302	0.01	0.0284	0.01	0.0276
chr3L	447360	447521	chr3L:447361-447521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0437	0.044	0.0505	0.0359	0.0223	0.0558	0.0506	0.0546	0.0223	0.0688	0.0537	0.0688	0.048	0.0268	0.0516	0.0268	0.0469
chr3L	449285	449520	chr3L:449286-449520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0326	0.0388	0.0368	0.021	0.0127	0.05	0.045	0.0546	0.0127	0.055	0.0338	0.055	0.0333	0.0115	0.0264	0.0115	0.0354
chr3L	455626	455777	chr3L:455627-455777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.024	0.0268	0.0227	0.0221	0.0095	0.0335	0.0337	0.0346	0.0095	0.0248	0.0318	0.0248	0.0147	0.0207	0.0464	0.0207	0.0172
chr3L	456186	456337	chr3L:456187-456337	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.0252	0.0234	0.0279	0.0148	0.032	0.0285	0.0286	0.0148	0.0199	0.0341	0.0199	0.0178	0.0084	0.0761	0.0084	0.0214
chr3L	456465	456616	chr3L:456466-456616	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0286	0.0284	0.0302	0.0272	0.0148	0.0383	0.0355	0.032	0.0148	0.0314	0.0379	0.0314	0.0318	0.0123	0.0651	0.0123	0.0287
chr3L	456619	456770	chr3L:456620-456770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0243	0.0239	0.0272	0.0216	0.0127	0.0345	0.0281	0.0253	0.0127	0.0242	0.0338	0.0242	0.0333	0.0084	0.0464	0.0084	0.0261
chr3L	457456	457742	chr3L:457457-457742	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0466	0.053	0.048	0.0379	0.0424	0.0636	0.0675	0.054	0.0424	0.0477	0.0395	0.0477	0.0403	0.0268	0.0374	0.0268	0.0547
chr3L	457865	458045	chr3L:457866-458045	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.056	0.0718	0.0556	0.0389	0.0562	0.0738	0.0774	0.1139	0.0562	0.0664	0.0495	0.0664	0.0573	0.0352	0.0477	0.0352	0.0479
chr3L	458279	458524	chr3L:458280-458524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.0602	0.0617	0.046	0.0456	0.0714	0.0588	0.0946	0.0456	0.07	0.072	0.07	0.0496	0.0413	0.0638	0.0413	0.0641
chr3L	459689	459840	chr3L:459690-459840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0243	0.0258	0.0284	0.0181	0.0106	0.0345	0.0298	0.0333	0.0106	0.0332	0.0344	0.0332	0.0248	0.0237	0.0174	0.0237	0.0224
chr3L	459902	460096	chr3L:459903-460096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0363	0.0401	0.0262	0.0191	0.0442	0.0368	0.0613	0.0191	0.0362	0.0489	0.0362	0.0465	0.0329	0.0309	0.0329	0.0318
chr3L	461887	462038	chr3L:461888-462038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0202	0.0192	0.0187	0.023	0.0064	0.0272	0.0186	0.0306	0.0064	0.0199	0.0183	0.0199	0.0201	0.0536	0.0251	0.0536	0.0208
chr3L	465561	465798	chr3L:465562-465798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0347	0.0447	0.0336	0.0246	0.0233	0.0641	0.0458	0.0586	0.0233	0.032	0.0399	0.032	0.0356	0.0314	0.0239	0.0314	0.0396
chr3L	466646	466928	chr3L:466647-466928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.0475	0.0421	0.033	0.017	0.0597	0.0437	0.0853	0.017	0.0423	0.0627	0.0423	0.0271	0.0115	0.069	0.0115	0.0375
chr3L	467430	467581	chr3L:467431-467581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0202	0.0179	0.0221	0.0206	0.0042	0.0233	0.0234	0.0227	0.0042	0.0223	0.026	0.0223	0.024	0.01	0.0181	0.01	0.049
chr3L	468080	468231	chr3L:468081-468231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0187	0.0201	0.0183	0.0177	0.0064	0.0228	0.0208	0.034	0.0064	0.0248	0.0206	0.0248	0.0124	0.01	0.0303	0.01	0.0214
chr3L	471221	471500	chr3L:471222-471500	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0483	0.0373	0.0534	0.0551	0.0159	0.0529	0.0372	0.0493	0.0159	0.0936	0.0514	0.0936	0.0426	0.0835	0.0645	0.0835	0.0803
chr3L	472807	472958	chr3L:472808-472958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.024	0.0188	0.0193	0.0348	0.0064	0.0204	0.0251	0.0266	0.0064	0.0344	0.017	0.0344	0.0201	0.075	0.0251	0.075	0.036
chr3L	473047	473493	chr3L:473048-473493	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0501	0.0348	0.0421	0.0759	0.0191	0.0461	0.0394	0.0433	0.0191	0.0417	0.0399	0.0417	0.0713	0.0812	0.0529	0.0812	0.1391
chr3L	475108	475370	chr3L:475109-475370	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0413	0.0262	0.0381	0.0618	0.0106	0.0301	0.0329	0.038	0.0106	0.0459	0.0363	0.0459	0.0565	0.0383	0.0548	0.0383	0.1376
chr3L	475388	475539	chr3L:475389-475539	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0301	0.0219	0.0292	0.0402	0.0148	0.0252	0.0285	0.0286	0.0148	0.0308	0.0312	0.0308	0.0372	0.0168	0.0335	0.0168	0.0943
chr3L	478615	478990	chr3L:478616-478990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0449	0.0449	0.0581	0.0305	0.0244	0.0471	0.051	0.072	0.0244	0.064	0.0749	0.064	0.0325	0.0291	0.04	0.0291	0.0302
chr3L	479280	479506	chr3L:479281-479506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0299	0.0302	0.0415	0.017	0.0159	0.032	0.0372	0.0453	0.0159	0.0447	0.0437	0.0447	0.0256	0.0145	0.0142	0.0145	0.0219
chr3L	484311	484462	chr3L:484312-484462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0227	0.0265	0.0206	0.0206	0.0106	0.0277	0.0355	0.0366	0.0106	0.0223	0.0206	0.0223	0.0271	0.0092	0.0213	0.0092	0.0375
chr3L	487347	487498	chr3L:487348-487498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0416	0.0563	0.0456	0.0209	0.0265	0.1063	0.0532	0.048	0.0265	0.0604	0.0418	0.0604	0.0527	0.0161	0.0232	0.0161	0.025
chr3L	488322	488473	chr3L:488323-488473	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0429	0.0349	0.0534	0.0404	0.0148	0.0558	0.0368	0.0373	0.0148	0.0356	0.0608	0.0356	0.0604	0.0153	0.0593	0.0153	0.0281
chr3L	488662	488855	chr3L:488663-488855	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0509	0.0366	0.064	0.0525	0.0148	0.0534	0.0381	0.0446	0.0148	0.0447	0.0473	0.0447	0.0442	0.0092	0.0258	0.0092	0.0349
chr3L	489678	489829	chr3L:489679-489829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0572	0.0588	0.0737	0.0372	0.0382	0.083	0.0601	0.0726	0.0382	0.0936	0.0778	0.0936	0.0651	0.0436	0.0406	0.0436	0.0511
chr3L	490173	490474	chr3L:490174-490474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2616	0.2919	0.3085	0.1764	0.2365	0.3621	0.3093	0.3791	0.2365	0.3913	0.3232	0.3913	0.2781	0.1998	0.1857	0.1998	0.2366
chr3L	490748	490943	chr3L:490749-490943	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.188	0.1892	0.2263	0.1447	0.158	0.215	0.2206	0.2365	0.158	0.2808	0.2402	0.2808	0.22	0.1708	0.1554	0.1708	0.1605
chr3L	500095	500246	chr3L:500096-500246	FBgn0085296	CG34267	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0361	0.0303	0.0099	0.0148	0.0437	0.0407	0.0566	0.0148	0.0411	0.0399	0.0411	0.0178	0.0092	0.0135	0.0092	0.0135
chr3L	500601	500752	chr3L:500602-500752	FBgn0085296,FBgn0085297	CG34267,CG34268	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0234	0.0234	0.013	0.0095	0.0257	0.0337	0.03	0.0095	0.0223	0.0334	0.0223	0.0225	0.01	0.0206	0.01	0.0156
chr3L	500912	501063	chr3L:500913-501063	FBgn0085296,FBgn0085297	CG34267,CG34268	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0236	0.0288	0.0265	0.0145	0.0138	0.0354	0.0355	0.0366	0.0138	0.0308	0.0338	0.0308	0.0225	0.0077	0.0258	0.0077	0.0162
chr3L	501184	501356	chr3L:501185-501356	FBgn0085297	CG34268	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0536	0.0457	0.0127	0.0244	0.0699	0.061	0.074	0.0244	0.0501	0.0595	0.0501	0.038	0.013	0.0116	0.013	0.0162
chr3L	505411	505634	chr3L:505412-505634	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0567	0.0409	0.0761	0.0532	0.0148	0.0539	0.0502	0.048	0.0148	0.0839	0.0965	0.0839	0.0775	0.0482	0.0716	0.0482	0.074
chr3L	505797	506003	chr3L:505798-506003	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1722	0.1441	0.2121	0.16	0.0827	0.1835	0.1587	0.1972	0.0827	0.2729	0.2299	0.2729	0.1944	0.1662	0.1779	0.1662	0.1996
chr3L	506108	506287	chr3L:506109-506287	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2069	0.1734	0.2608	0.1854	0.1007	0.2194	0.1912	0.2298	0.1007	0.32	0.281	0.32	0.2517	0.1853	0.2089	0.1853	0.2183
chr3L	509146	509338	chr3L:509147-509338	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0344	0.0543	0.028	0.0189	0.0509	0.05	0.0843	0.0526	0.0509	0.0181	0.0302	0.0181	0.0426	0.0123	0.02	0.0123	0.036
chr3L	510974	511242	chr3L:510975-511242	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0302	0.0203	0.0287	0.043	0.0074	0.018	0.0307	0.0266	0.0074	0.0163	0.0434	0.0163	0.0341	0.0605	0.0658	0.0605	0.0479
chr3L	511590	511741	chr3L:511591-511741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0218	0.0201	0.0194	0.0263	0.0095	0.0155	0.0337	0.0273	0.0095	0.0157	0.0212	0.0157	0.0287	0.0199	0.0219	0.0199	0.0552
chr3L	513035	513186	chr3L:513036-513186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0131	0.0166	0.0249	0.0032	0.0092	0.0208	0.0193	0.0032	0.0127	0.0228	0.0127	0.0178	0.0138	0.0567	0.0138	0.0323
chr3L	514018	514169	chr3L:514019-514169	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0103	0.0119	0.0157	0.0042	0.0102	0.019	0.0073	0.0042	0.0042	0.018	0.0042	0.017	0.0077	0.0309	0.0077	0.0188
chr3L	517164	517396	chr3L:517165-517396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.013	0.0171	0.0302	0.0074	0.0121	0.0164	0.022	0.0074	0.0133	0.0199	0.0133	0.0302	0.0253	0.0426	0.0253	0.049
chr3L	517501	517709	chr3L:517502-517709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0208	0.0291	0.0352	0.0159	0.0238	0.026	0.0273	0.0159	0.0254	0.0322	0.0254	0.048	0.0276	0.0329	0.0276	0.0709
chr3L	519621	519772	chr3L:519622-519772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.023	0.0217	0.0311	0.0157	0.0021	0.0296	0.0268	0.0306	0.0021	0.0229	0.0447	0.0229	0.0294	0.0138	0.0161	0.0138	0.0177
chr3L	523666	523817	chr3L:523667-523817	distal	distal	none	none	klar_63	klar_63	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0146	0.0128	0.015	0.016	0.0074	0.0121	0.0186	0.0133	0.0074	0.0199	0.0154	0.0199	0.0132	0.0153	0.0251	0.0153	0.0208
chr3L	524435	524619	chr3L:524436-524619	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	klar_63	klar_63	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0294	0.0336	0.0305	0.0235	0.0244	0.0238	0.0476	0.0566	0.0244	0.0157	0.0502	0.0157	0.0256	0.0176	0.0503	0.0176	0.024
chr3L	524923	525074	chr3L:524924-525074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0184	0.0253	0.0223	0.0095	0.0155	0.0255	0.0293	0.0095	0.0229	0.0299	0.0229	0.0279	0.0176	0.0329	0.0176	0.0276
chr3L	525261	525486	chr3L:525262-525486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0243	0.0177	0.0264	0.0295	0.0074	0.018	0.0212	0.0293	0.0074	0.0405	0.0228	0.0405	0.0302	0.0306	0.0245	0.0306	0.0474
chr3L	526583	526752	chr3L:526584-526752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0234	0.0181	0.0245	0.0283	0.0064	0.0248	0.0234	0.0193	0.0064	0.0278	0.0232	0.0278	0.038	0.0123	0.0129	0.0123	0.0672
chr3L	527878	528029	chr3L:527879-528029	FBgn0085298	CG34269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0183	0.0206	0.0123	0.0042	0.0218	0.0311	0.016	0.0042	0.0187	0.0325	0.0187	0.0085	0.0061	0.0258	0.0061	0.012
chr3L	529118	529269	chr3L:529119-529269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0322	0.0237	0.0155	0.0191	0.0282	0.0519	0.0326	0.0191	0.0248	0.0338	0.0248	0.017	0.0207	0.0155	0.0207	0.0219
chr3L	529668	529819	chr3L:529669-529819	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0203	0.0176	0.0194	0.0064	0.0209	0.0333	0.022	0.0064	0.0296	0.0209	0.0296	0.0139	0.049	0.0148	0.049	0.0177
chr3L	531043	531194	chr3L:531044-531194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0185	0.0136	0.0173	0.0255	0.0074	0.0112	0.0199	0.0207	0.0074	0.0163	0.0154	0.0163	0.0263	0.0115	0.02	0.0115	0.0271
chr3L	535389	535570	chr3L:535390-535570	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0438	0.0228	0.0398	0.0717	0.0085	0.032	0.0281	0.028	0.0085	0.0743	0.0338	0.0743	0.0503	0.1907	0.029	0.1907	0.0964
chr3L	535598	535749	chr3L:535599-535749	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0374	0.0226	0.0373	0.0542	0.0106	0.0316	0.0285	0.0247	0.0106	0.0821	0.0283	0.0821	0.038	0.1417	0.0239	0.1417	0.0672
chr3L	537586	537788	chr3L:537587-537788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0483	0.0467	0.0527	0.0454	0.0233	0.0495	0.0709	0.0493	0.0233	0.0459	0.0428	0.0459	0.0294	0.026	0.0316	0.026	0.0365
chr3L	539594	539790	chr3L:539595-539790	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1042	0.1371	0.1049	0.0666	0.1113	0.134	0.1721	0.1925	0.1113	0.0779	0.1453	0.0779	0.0922	0.0482	0.1019	0.0482	0.0683
chr3L	539931	540115	chr3L:539932-540115	FBgn0001316	klar	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1489	0.1813	0.0929	0.1103	0.1704	0.1657	0.2112	0.1103	0.2222	0.2167	0.2222	0.1526	0.1018	0.1006	0.1018	0.098
chr3L	540190	540392	chr3L:540191-540392	FBgn0001316,FBgn0035140	CG17180,klar	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.152	0.15	0.2006	0.1008	0.0976	0.1791	0.1557	0.2265	0.0976	0.2609	0.2235	0.2609	0.1805	0.1034	0.1109	0.1034	0.1027
chr3L	540548	540727	chr3L:540549-540727	FBgn0001316,FBgn0035140	CG17180,klar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2555	0.2313	0.3014	0.2321	0.1516	0.299	0.2483	0.3058	0.1516	0.3623	0.3309	0.3623	0.2912	0.2427	0.2444	0.2427	0.2689
chr3L	540808	541009	chr3L:540809-541009	FBgn0001316,FBgn0035140	CG17180,klar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1887	0.1724	0.2236	0.1685	0.1082	0.217	0.1981	0.2219	0.1082	0.2669	0.2444	0.2669	0.1991	0.17	0.176	0.17	0.2017
chr3L	542873	543132	chr3L:542874-543132	FBgn0035141,FBgn0035142	Cypl,hipk	stage11,stage14,stage5	none	VT23552.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2769	0.2616	0.3236	0.2429	0.1951	0.3136	0.2794	0.3464	0.1951	0.4064	0.3408	0.4064	0.3036	0.268	0.2631	0.268	0.2788
chr3L	543323	543507	chr3L:543324-543507	FBgn0035141,FBgn0035142	Cypl,hipk	stage11,stage14,stage5	none	VT23552.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2245	0.2016	0.2751	0.1944	0.1474	0.2505	0.2042	0.2885	0.1474	0.3376	0.2997	0.3376	0.2494	0.2029	0.2134	0.2029	0.2293
chr3L	543643	543838	chr3L:543644-543838	distal	distal	none	none	VT23552.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1012	0.1074	0.1234	0.07	0.0657	0.133	0.1129	0.1619	0.0657	0.1449	0.1312	0.1449	0.1077	0.0559	0.0761	0.0559	0.0693
chr3L	544188	544385	chr3L:544189-544385	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT23552.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1609	0.1871	0.1987	0.0901	0.1485	0.2199	0.2037	0.2512	0.1485	0.2367	0.2267	0.2367	0.1363	0.0482	0.0825	0.0482	0.0719
chr3L	548454	548605	chr3L:548455-548605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0177	0.0203	0.0184	0.0053	0.015	0.0307	0.0207	0.0053	0.0097	0.0199	0.0097	0.0418	0.0061	0.0045	0.0061	0.0438
chr3L	548831	548997	chr3L:548832-548997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.027	0.0212	0.0301	0.0301	0.0106	0.0233	0.0268	0.0286	0.0106	0.0199	0.0283	0.0199	0.0349	0.0069	0.0161	0.0069	0.0474
chr3L	549953	550123	chr3L:549954-550123	distal	distal	none	none	VT23557.1	VT23557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0371	0.0383	0.041	0.0315	0.0286	0.0403	0.051	0.0446	0.0286	0.0332	0.0563	0.0332	0.0325	0.0123	0.0741	0.0123	0.0276
chr3L	550373	550762	chr3L:550374-550762	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT23557.1	VT23557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0998	0.067	0.1325	0.1004	0.0233	0.0733	0.0917	0.0866	0.0233	0.093	0.226	0.093	0.0767	0.059	0.2772	0.059	0.0703
chr3L	550805	550963	chr3L:550806-550963	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT23557.1	VT23557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0522	0.0307	0.061	0.0666	0.0085	0.035	0.0471	0.0333	0.0085	0.0423	0.0974	0.0423	0.0589	0.0398	0.1715	0.0398	0.049
chr3L	551326	551477	chr3L:551327-551477	distal	distal	none	none	VT23557.1	VT23557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0263	0.0231	0.0301	0.0259	0.0117	0.0277	0.0294	0.026	0.0117	0.0266	0.0399	0.0266	0.0194	0.0138	0.0677	0.0138	0.0198
chr3L	551612	551795	chr3L:551613-551795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0331	0.0345	0.0379	0.026	0.0117	0.0495	0.0433	0.0366	0.0117	0.0302	0.0428	0.0302	0.024	0.0115	0.0426	0.0115	0.0271
chr3L	553154	553384	chr3L:553155-553384	distal	distal	stage5	stage5	VT23559.1	VT23559.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0481	0.0454	0.0525	0.0464	0.0201	0.0442	0.0545	0.0773	0.0201	0.0447	0.0698	0.0447	0.048	0.0314	0.0645	0.0314	0.0672
chr3L	554485	554636	chr3L:554486-554636	distal	distal	none	none	VT23559.1,VT23560.1	VT23559.1,VT23560.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0265	0.029	0.0242	0.0262	0.018	0.0301	0.0346	0.0426	0.018	0.0211	0.0322	0.0211	0.0155	0.0145	0.0193	0.0145	0.0146
chr3L	557478	557629	chr3L:557479-557629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0151	0.0214	0.0209	0.0085	0.0117	0.0242	0.0187	0.0085	0.0187	0.0244	0.0187	0.0287	0.0168	0.0174	0.0168	0.0208
chr3L	558075	558260	chr3L:558076-558260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.032	0.0336	0.0272	0.0148	0.0393	0.0428	0.0373	0.0148	0.0362	0.0341	0.0362	0.0349	0.0115	0.0226	0.0115	0.0224
chr3L	559623	559803	chr3L:559624-559803	distal	distal	stage11	stage11	VT23563.1	VT23563.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0217	0.0187	0.0225	0.0241	0.0064	0.0209	0.0238	0.0266	0.0064	0.0163	0.0151	0.0163	0.0511	0.0123	0.0084	0.0123	0.0631
chr3L	561203	561426	chr3L:561204-561426	distal	distal	stage14	stage14	VT23563.1,VT23564.1	VT23563.1,VT23564.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.029	0.0327	0.0343	0.0117	0.034	0.0389	0.0366	0.0117	0.038	0.035	0.038	0.0403	0.0482	0.0284	0.0482	0.0552
chr3L	561876	562144	chr3L:561877-562144	distal	distal	none	none	VT23564.1	VT23564.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0365	0.0555	0.0332	0.0188	0.0371	0.0563	0.0882	0.0526	0.0371	0.0308	0.0277	0.0308	0.0573	0.0145	0.0168	0.0145	0.0344
chr3L	562217	562368	chr3L:562218-562368	distal	distal	none	none	VT23564.1	VT23564.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0226	0.0188	0.0128	0.0127	0.0262	0.0277	0.03	0.0127	0.0151	0.0186	0.0151	0.0302	0.0084	0.0148	0.0084	0.0219
chr3L	564504	564655	chr3L:564505-564655	distal	distal	none	none	VT23565.1	VT23565.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0282	0.0176	0.0127	0.017	0.0243	0.045	0.03	0.017	0.0169	0.0199	0.0169	0.0209	0.0069	0.0168	0.0069	0.0172
chr3L	565560	565711	chr3L:565561-565711	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.0122	0.0145	0.0202	0.0021	0.017	0.0151	0.0167	0.0021	0.0121	0.0186	0.0121	0.0186	0.0077	0.0554	0.0077	0.0167
chr3L	565834	565985	chr3L:565835-565985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0123	0.0107	0.0113	0.0152	0.0042	0.0117	0.0125	0.0173	0.0042	0.0072	0.0125	0.0072	0.0225	0.0061	0.0355	0.0061	0.0167
chr3L	566357	566551	chr3L:566358-566551	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0208	0.0272	0.0347	0.0106	0.0199	0.0298	0.028	0.0106	0.0302	0.0289	0.0302	0.0364	0.0123	0.058	0.0123	0.0615
chr3L	567046	567205	chr3L:567047-567205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0253	0.0261	0.0249	0.0201	0.0286	0.0307	0.0333	0.0201	0.0175	0.0257	0.0175	0.0534	0.0107	0.0232	0.0107	0.0537
chr3L	569205	569373	chr3L:569206-569373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0358	0.0171	0.0093	0.0308	0.0282	0.0523	0.0466	0.0308	0.0169	0.0232	0.0169	0.0147	0.0084	0.0135	0.0084	0.0115
chr3L	570921	571072	chr3L:570922-571072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0234	0.0223	0.013	0.0085	0.0248	0.0285	0.0353	0.0085	0.029	0.0257	0.029	0.0201	0.0069	0.0161	0.0069	0.0188
chr3L	578481	578632	chr3L:578482-578632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0206	0.0172	0.0222	0.0226	0.0053	0.0238	0.0221	0.022	0.0053	0.029	0.0228	0.029	0.0318	0.0145	0.0181	0.0145	0.0474
chr3L	578986	579137	chr3L:578987-579137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0237	0.0259	0.0232	0.0216	0.0127	0.0296	0.0342	0.0346	0.0127	0.0248	0.0232	0.0248	0.0349	0.0222	0.0213	0.0222	0.0391
chr3L	579356	579565	chr3L:579357-579565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0456	0.0429	0.0503	0.0436	0.0255	0.0553	0.0549	0.0473	0.0255	0.0688	0.0421	0.0688	0.0736	0.0666	0.0303	0.0666	0.0672
chr3L	579761	579961	chr3L:579762-579961	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.047	0.0502	0.0495	0.0408	0.0255	0.0539	0.0688	0.056	0.0255	0.0719	0.0457	0.0719	0.0565	0.0536	0.0342	0.0536	0.061
chr3L	580004	580155	chr3L:580005-580155	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0343	0.0349	0.0352	0.0117	0.032	0.0519	0.0413	0.0117	0.0507	0.0331	0.0507	0.0465	0.0582	0.0297	0.0582	0.049
chr3L	580173	580425	chr3L:580174-580425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0338	0.0387	0.0398	0.0159	0.0374	0.0463	0.0446	0.0159	0.0568	0.0383	0.0568	0.0496	0.0643	0.0322	0.0643	0.0563
chr3L	581985	582136	chr3L:581986-582136	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0162	0.0112	0.023	0.0142	0.0053	0.0117	0.0182	0.0113	0.0053	0.0592	0.0148	0.0592	0.0147	0.0391	0.0116	0.0391	0.0089
chr3L	582247	582398	chr3L:582248-582398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0181	0.0117	0.0273	0.0152	0.0064	0.0146	0.0173	0.0093	0.0064	0.07	0.0174	0.07	0.0194	0.0452	0.0064	0.0452	0.0109
chr3L	582429	582580	chr3L:582430-582580	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.0151	0.0302	0.0164	0.0095	0.0189	0.0182	0.018	0.0095	0.0803	0.0186	0.0803	0.024	0.0513	0.0103	0.0513	0.012
chr3L	583006	583157	chr3L:583007-583157	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0298	0.0336	0.0338	0.0213	0.0212	0.0417	0.0407	0.04	0.0212	0.0725	0.0267	0.0725	0.0325	0.0452	0.0135	0.0452	0.0281
chr3L	588066	588275	chr3L:588067-588275	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0397	0.0234	0.056	0.0401	0.0095	0.0364	0.0264	0.0247	0.0095	0.1655	0.0322	0.1655	0.0225	0.1631	0.0148	0.1631	0.012
chr3L	589223	589424	chr3L:589224-589424	FBgn0035144	CG17181	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0631	0.0368	0.0924	0.0603	0.0085	0.0709	0.0311	0.038	0.0085	0.3279	0.0325	0.3279	0.0302	0.242	0.0193	0.242	0.0297
chr3L	589563	589900	chr3L:589564-589900	FBgn0035144	CG17181	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1123	0.0955	0.1451	0.0953	0.0562	0.1519	0.0852	0.1173	0.0562	0.471	0.0685	0.471	0.0573	0.3438	0.0387	0.3438	0.0511
chr3L	590109	590290	chr3L:590110-590290	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0588	0.0414	0.0801	0.0549	0.0148	0.0762	0.0363	0.0426	0.0148	0.2597	0.0386	0.2597	0.0349	0.1953	0.0284	0.1953	0.0318
chr3L	591269	591458	chr3L:591270-591458	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0334	0.0166	0.044	0.0404	0.0053	0.0282	0.0177	0.018	0.0053	0.1377	0.0225	0.1377	0.0194	0.1677	0.0155	0.1677	0.012
chr3L	591585	591736	chr3L:591586-591736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0203	0.0388	0.038	0.0074	0.0301	0.0247	0.0213	0.0074	0.1075	0.0225	0.1075	0.017	0.1577	0.0129	0.1577	0.0109
chr3L	592383	592534	chr3L:592384-592534	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0333	0.0173	0.0418	0.0418	0.0053	0.0257	0.0229	0.014	0.0053	0.1021	0.0238	0.1021	0.0325	0.1608	0.0174	0.1608	0.0167
chr3L	592697	592848	chr3L:592698-592848	FBgn0035145	MED14	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0312	0.0238	0.0379	0.032	0.0085	0.033	0.0307	0.0207	0.0085	0.058	0.0347	0.058	0.0395	0.0796	0.0284	0.0796	0.025
chr3L	593113	593290	chr3L:593114-593290	FBgn0035145	MED14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1131	0.1064	0.1331	0.0987	0.0806	0.1233	0.128	0.1326	0.0806	0.1612	0.1412	0.1612	0.1294	0.1294	0.1044	0.1294	0.112
chr3L	593365	593516	chr3L:593366-593516	FBgn0035145	MED14	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0602	0.0816	0.0599	0.0392	0.0699	0.0722	0.0799	0.0392	0.1021	0.0875	0.1021	0.0775	0.0758	0.0658	0.0758	0.0688
chr3L	595422	595573	chr3L:595423-595573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0201	0.0303	0.0198	0.0092	0.0159	0.0267	0.0536	0.028	0.0159	0.0236	0.0232	0.0236	0.0194	0.0077	0.0084	0.0077	0.0089
chr3L	603357	603512	chr3L:603358-603512	FBgn0035146	CG13893	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0271	0.0212	0.0327	0.0276	0.0085	0.0272	0.0255	0.0273	0.0085	0.0284	0.0344	0.0284	0.0263	0.0237	0.0232	0.0237	0.0182
chr3L	603904	604096	chr3L:603905-604096	FBgn0035146	CG13893	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1125	0.0481	0.1623	0.1299	0.0265	0.0689	0.0385	0.0779	0.0265	0.1347	0.2122	0.1347	0.1115	0.0988	0.1702	0.0988	0.1037
chr3L	604835	605041	chr3L:604836-605041	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.111	0.0956	0.135	0.1018	0.0604	0.1184	0.1064	0.1266	0.0604	0.1673	0.1479	0.1673	0.1371	0.1049	0.1032	0.1049	0.1282
chr3L	605117	605281	chr3L:605118-605281	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0532	0.0454	0.0704	0.0429	0.018	0.0597	0.0515	0.062	0.018	0.0833	0.0746	0.0833	0.0813	0.0467	0.038	0.0467	0.0604
chr3L	605325	605476	chr3L:605326-605476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0314	0.049	0.0267	0.0138	0.035	0.042	0.0433	0.0138	0.0592	0.0553	0.0592	0.0488	0.0268	0.0226	0.0268	0.0386
chr3L	606552	606888	chr3L:606553-606888	FBgn0016715	Reg-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0868	0.0565	0.1065	0.099	0.0191	0.0845	0.0627	0.0626	0.0191	0.1184	0.1048	0.1184	0.1836	0.072	0.089	0.072	0.2001
chr3L	607069	607245	chr3L:607070-607245	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1114	0.0911	0.1428	0.0997	0.0382	0.1257	0.0982	0.1266	0.0382	0.1854	0.1621	0.1854	0.1332	0.0957	0.1064	0.0957	0.1376
chr3L	609237	609493	chr3L:609238-609493	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0484	0.0265	0.0853	0.0323	0.0085	0.0369	0.0277	0.0406	0.0085	0.0682	0.1486	0.0682	0.0473	0.0406	0.0735	0.0406	0.0198
chr3L	612326	612477	chr3L:612327-612477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0154	0.0092	0.017	0.0205	0.0021	0.015	0.0087	0.0113	0.0021	0.0284	0.0209	0.0284	0.0101	0.0574	0.0213	0.0574	0.013
chr3L	613209	613456	chr3L:613210-613456	distal	distal	stage5	stage5	BN002	BN002	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0618	0.0946	0.0621	0.0249	0.0223	0.149	0.0497	0.1872	0.0223	0.0634	0.0833	0.0634	0.0465	0.0253	0.04	0.0253	0.0297
chr3L	613832	614258	chr3L:613833-614258	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	BN002	BN002	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1154	0.1527	0.157	0.028	0.0657	0.2699	0.0908	0.2312	0.0657	0.1999	0.2289	0.1999	0.0689	0.036	0.0368	0.036	0.0375
chr3L	614893	615146	chr3L:614894-615146	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	BN002	BN002	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.087	0.0556	0.1156	0.0907	0.0159	0.1024	0.0407	0.074	0.0159	0.0996	0.1318	0.0996	0.1704	0.0681	0.1238	0.0681	0.1438
chr3L	615331	615496	chr3L:615332-615496	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0537	0.0391	0.0694	0.0528	0.0106	0.0534	0.042	0.0586	0.0106	0.0707	0.0846	0.0707	0.0984	0.0498	0.0858	0.0498	0.074
chr3L	615670	615862	chr3L:615671-615862	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0612	0.0436	0.0843	0.0554	0.0244	0.0684	0.0385	0.0573	0.0244	0.0725	0.0981	0.0725	0.158	0.0498	0.0799	0.0498	0.0881
chr3L	615930	616160	chr3L:615931-616160	FBgn0261636	CG42719	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.072	0.0472	0.0975	0.0717	0.0191	0.0835	0.0463	0.048	0.0191	0.0972	0.1074	0.0972	0.1689	0.0559	0.1025	0.0559	0.123
chr3L	616394	616627	chr3L:616395-616627	FBgn0261636	CG42719	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0933	0.045	0.1307	0.1061	0.0117	0.0816	0.0398	0.0533	0.0117	0.1425	0.1662	0.1425	0.158	0.1141	0.1663	0.1141	0.1527
chr3L	616757	616961	chr3L:616758-616961	FBgn0261636	CG42719	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0799	0.0427	0.0885	0.112	0.0138	0.0743	0.0411	0.0473	0.0138	0.0767	0.0891	0.0767	0.1658	0.1669	0.1251	0.1669	0.1516
chr3L	617996	618293	chr3L:617997-618293	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0724	0.1466	0.0513	0.0128	0.1336	0.1272	0.1613	0.2472	0.1336	0.0435	0.0682	0.0435	0.0232	0.0145	0.011	0.0145	0.0146
chr3L	618874	619070	chr3L:618875-619070	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.046	0.0917	0.0319	0.0106	0.0753	0.0782	0.0882	0.1839	0.0753	0.0181	0.0492	0.0181	0.0194	0.0046	0.02	0.0046	0.0109
chr3L	621241	621440	chr3L:621242-621440	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1167	0.1391	0.1519	0.0532	0.0891	0.2131	0.1073	0.2019	0.0891	0.1141	0.2624	0.1141	0.0906	0.0184	0.158	0.0184	0.0448
chr3L	621601	621932	chr3L:621602-621932	FBgn0263042	CG43337	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1185	0.1047	0.1684	0.0792	0.0541	0.1728	0.0766	0.1526	0.0541	0.1359	0.2904	0.1359	0.0984	0.0329	0.234	0.0329	0.0625
chr3L	621971	622160	chr3L:621972-622160	FBgn0263042	CG43337	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0776	0.0537	0.1193	0.0586	0.017	0.0917	0.0394	0.0819	0.017	0.0833	0.2145	0.0833	0.0689	0.0268	0.1618	0.0268	0.0526
chr3L	622858	623009	chr3L:622859-623009	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0482	0.0269	0.0831	0.0336	0.0053	0.0495	0.0195	0.0373	0.0053	0.0513	0.1473	0.0513	0.0651	0.013	0.0645	0.013	0.0547
chr3L	623192	623343	chr3L:623193-623343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0344	0.0723	0.0437	0.0138	0.0558	0.032	0.0433	0.0138	0.0761	0.1061	0.0761	0.0635	0.026	0.0767	0.026	0.0677
chr3L	623481	623721	chr3L:623482-623721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0827	0.0565	0.1187	0.0724	0.0223	0.0879	0.0523	0.0759	0.0223	0.128	0.164	0.128	0.1084	0.0727	0.0903	0.0727	0.123
chr3L	624320	624573	chr3L:624321-624573	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1027	0.0747	0.1411	0.0919	0.0318	0.115	0.051	0.1246	0.0318	0.1643	0.1576	0.1643	0.2045	0.049	0.0838	0.049	0.2194
chr3L	626791	627016	chr3L:626792-627016	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1034	0.0396	0.1396	0.1351	0.0127	0.0684	0.0398	0.0413	0.0127	0.0984	0.1942	0.0984	0.1828	0.1294	0.2102	0.1294	0.2079
chr3L	627031	627182	chr3L:627032-627182	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0711	0.0244	0.1027	0.0886	0.0064	0.0374	0.0229	0.0313	0.0064	0.0676	0.1453	0.0676	0.1348	0.0949	0.1386	0.0949	0.1287
chr3L	628084	628582	chr3L:628085-628582	FBgn0263039	CR43334	stage11,stage14,stage5	none	ban_br-5.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.224	0.0918	0.2971	0.2915	0.0276	0.1641	0.0973	0.0833	0.0276	0.3388	0.3363	0.3388	0.4229	0.3093	0.374	0.3093	0.4924
chr3L	629652	629839	chr3L:629653-629839	distal	distal	stage14	stage14	ban_br-5.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0697	0.0345	0.0787	0.099	0.0138	0.0573	0.0381	0.0346	0.0138	0.0978	0.0785	0.0978	0.1332	0.0965	0.1064	0.0965	0.1793
chr3L	630026	630262	chr3L:630027-630262	distal	distal	none	none	ban_br-5.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0746	0.0449	0.084	0.0975	0.0117	0.0743	0.0541	0.042	0.0117	0.1165	0.0884	0.1165	0.1177	0.0957	0.1103	0.0957	0.1621
chr3L	633280	633631	chr3L:633281-633631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	ban_br-6.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1368	0.0661	0.1741	0.1748	0.0233	0.1238	0.0584	0.072	0.0233	0.2651	0.1627	0.2651	0.2486	0.2259	0.1354	0.2259	0.3194
chr3L	633879	634068	chr3L:633880-634068	distal	distal	none	none	ban_br-6.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0595	0.0227	0.0723	0.0866	0.0021	0.0408	0.0229	0.0253	0.0021	0.0815	0.0592	0.0815	0.1634	0.0766	0.0812	0.0766	0.1777
chr3L	634400	634718	chr3L:634401-634718	distal	distal	none	none	ban_br-6.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0874	0.0499	0.0984	0.1173	0.018	0.0791	0.0562	0.0493	0.018	0.1322	0.0958	0.1322	0.1479	0.1394	0.1032	0.1394	0.2038
chr3L	634970	635219	chr3L:634971-635219	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	ban_br-6.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0854	0.0314	0.1013	0.1284	0.0064	0.0573	0.0316	0.0306	0.0064	0.18	0.0801	0.18	0.1456	0.245	0.0961	0.245	0.1881
chr3L	638967	639118	chr3L:638968-639118	FBgn0263342	CR43423	stage14	none	ban_br-6.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0545	0.0218	0.0645	0.0799	0.0064	0.0335	0.0212	0.0306	0.0064	0.0604	0.0907	0.0604	0.0759	0.0658	0.1412	0.0658	0.1141
chr3L	639495	639794	chr3L:639496-639794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	ban_br-6.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2122	0.1524	0.2846	0.1996	0.0573	0.2398	0.1129	0.2438	0.0573	0.349	0.3566	0.349	0.2804	0.2113	0.314	0.2113	0.2793
chr3L	639960	640180	chr3L:639961-640180	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1812	0.1497	0.2509	0.1401	0.0657	0.2112	0.1185	0.2552	0.0657	0.2977	0.3305	0.2977	0.1967	0.0972	0.2585	0.0972	0.1631
chr3L	640387	640683	chr3L:640388-640683	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	ban_br-C12	ban_br-C12	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2688	0.2622	0.3438	0.194	0.2131	0.3286	0.2682	0.3591	0.2131	0.4656	0.3932	0.4656	0.2874	0.1968	0.2843	0.1968	0.2413
chr3L	640829	641039	chr3L:640830-641039	distal	distal	stage5	stage5	ban_br-1.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1411	0.1553	0.1751	0.0879	0.1092	0.1903	0.1644	0.2225	0.1092	0.2736	0.181	0.2736	0.1371	0.0865	0.1296	0.0865	0.1199
chr3L	641417	641624	chr3L:641418-641624	distal	distal	stage14	stage14	ban_br-1.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1115	0.0789	0.1487	0.1069	0.0265	0.116	0.0705	0.1252	0.0265	0.244	0.1595	0.244	0.11	0.1432	0.1438	0.1432	0.1464
chr3L	642089	642297	chr3L:642090-642297	FBgn0262451	ban	stage14	none	ban_br-1.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0765	0.0477	0.1042	0.0783	0.0074	0.084	0.0385	0.0673	0.0074	0.0876	0.1556	0.0876	0.0922	0.0421	0.1863	0.0421	0.0917
chr3L	642989	643155	chr3L:642990-643155	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0624	0.0304	0.0925	0.065	0.0064	0.0539	0.0264	0.0393	0.0064	0.0568	0.1003	0.0568	0.1991	0.0306	0.0999	0.0306	0.1256
chr3L	643221	643372	chr3L:643222-643372	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0582	0.0289	0.0845	0.062	0.0032	0.05	0.0272	0.036	0.0032	0.0658	0.082	0.0658	0.1758	0.0391	0.0793	0.0391	0.1214
chr3L	645465	645616	chr3L:645466-645616	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0314	0.0241	0.0473	0.0221	0.0053	0.0272	0.0346	0.0286	0.0053	0.0356	0.0412	0.0356	0.031	0.0138	0.0258	0.0138	0.0276
chr3L	646651	646824	chr3L:646652-646824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0431	0.0254	0.0548	0.0499	0.0106	0.035	0.0285	0.0326	0.0106	0.0423	0.0421	0.0423	0.1201	0.0276	0.0322	0.0276	0.1256
chr3L	647031	647206	chr3L:647032-647206	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.055	0.0328	0.0651	0.0688	0.0095	0.0413	0.0454	0.0366	0.0095	0.0525	0.0524	0.0525	0.1472	0.0322	0.0503	0.0322	0.173
chr3L	647300	647572	chr3L:647301-647572	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0738	0.0546	0.0758	0.093	0.0138	0.0675	0.0817	0.058	0.0138	0.0761	0.0601	0.0761	0.1487	0.0582	0.0729	0.0582	0.1965
chr3L	647795	647989	chr3L:647796-647989	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0752	0.0555	0.0812	0.0905	0.0276	0.0738	0.0657	0.0693	0.0276	0.0809	0.0842	0.0809	0.1077	0.0697	0.0696	0.0697	0.1704
chr3L	648071	648247	chr3L:648072-648247	FBgn0035147	Gale	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0831	0.0685	0.1036	0.0769	0.0414	0.0932	0.0744	0.0879	0.0414	0.1081	0.117	0.1081	0.1185	0.0827	0.0812	0.0827	0.0943
chr3L	648421	648631	chr3L:648422-648631	FBgn0035147	Gale	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.082	0.0674	0.102	0.0762	0.0467	0.0816	0.0817	0.0886	0.0467	0.1153	0.1122	0.1153	0.1301	0.0758	0.0974	0.0758	0.1032
chr3L	648672	648866	chr3L:648673-648866	FBgn0035147	Gale	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1172	0.0849	0.1423	0.1259	0.0562	0.1	0.1055	0.1086	0.0562	0.1286	0.1585	0.1286	0.2347	0.1018	0.1644	0.1018	0.2074
chr3L	649434	649651	chr3L:649435-649651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0464	0.0294	0.0557	0.055	0.0095	0.0286	0.0446	0.0373	0.0095	0.0495	0.0466	0.0495	0.1239	0.0391	0.0419	0.0391	0.1271
chr3L	651124	651275	chr3L:651125-651275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0355	0.0479	0.0335	0.0238	0.0339	0.0374	0.0779	0.0546	0.0339	0.0272	0.0431	0.0272	0.0418	0.013	0.02	0.013	0.0464
chr3L	652584	652764	chr3L:652585-652764	FBgn0035148	CG3402	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0684	0.0629	0.0821	0.0595	0.0435	0.083	0.0722	0.0766	0.0435	0.0924	0.0939	0.0924	0.086	0.0482	0.0709	0.0482	0.0808
chr3L	652796	652981	chr3L:652797-652981	FBgn0035148	CG3402	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1	0.0988	0.1201	0.0792	0.0689	0.1218	0.1189	0.1193	0.0689	0.1419	0.1334	0.1419	0.1232	0.0804	0.0909	0.0804	0.1084
chr3L	653772	653952	chr3L:653773-653952	FBgn0035149,FBgn0035150	MED30,Rev1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0641	0.0673	0.0761	0.0472	0.0382	0.0893	0.0852	0.0746	0.0382	0.0972	0.0801	0.0972	0.0844	0.036	0.0606	0.036	0.0537
chr3L	653998	654181	chr3L:653999-654181	FBgn0035149,FBgn0035150	MED30,Rev1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1409	0.1361	0.1674	0.1173	0.0933	0.1646	0.1661	0.1632	0.0933	0.2101	0.1836	0.2101	0.1673	0.1141	0.1418	0.1141	0.1292
chr3L	654264	654438	chr3L:654265-654438	FBgn0035149,FBgn0035150	MED30,Rev1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1292	0.1185	0.1551	0.1128	0.0785	0.1466	0.1393	0.1426	0.0785	0.1944	0.1736	0.1944	0.141	0.1034	0.1264	0.1034	0.1344
chr3L	663210	663388	chr3L:663211-663388	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.08	0.0272	0.0091	0.0657	0.0592	0.1159	0.1126	0.0657	0.0229	0.0309	0.0229	0.0318	0.013	0.0123	0.013	0.0104
chr3L	663508	663728	chr3L:663509-663728	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0405	0.0637	0.041	0.0139	0.0371	0.0568	0.0852	0.0966	0.0371	0.0284	0.0563	0.0284	0.0488	0.0115	0.0226	0.0115	0.0203
chr3L	664283	664588	chr3L:664284-664588	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0562	0.0166	0.0097	0.0488	0.034	0.0934	0.07	0.0488	0.0121	0.0232	0.0121	0.0139	0.0092	0.0123	0.0092	0.0125
chr3L	664613	664847	chr3L:664614-664847	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0467	0.019	0.01	0.0435	0.0296	0.0792	0.0526	0.0435	0.0133	0.0315	0.0133	0.0093	0.0061	0.02	0.0061	0.012
chr3L	667343	667494	chr3L:667344-667494	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0158	0.029	0.0141	0.0028	0.0117	0.0238	0.0277	0.0686	0.0117	0.0193	0.0154	0.0193	0.0101	0.0061	0.0019	0.0061	0.0021
chr3L	673478	673671	chr3L:673479-673671	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0793	0.0299	0.1216	0.0881	0.0064	0.0466	0.0324	0.038	0.0064	0.1093	0.1489	0.1093	0.1216	0.0513	0.158	0.0513	0.1006
chr3L	675926	676200	chr3L:675927-676200	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0507	0.0437	0.0693	0.0382	0.0223	0.0471	0.0519	0.0693	0.0223	0.0362	0.0579	0.0362	0.0403	0.0123	0.0187	0.0123	0.0344
chr3L	679686	679920	chr3L:679687-679920	FBgn0035151	CG17129	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0645	0.1216	0.0503	0.0162	0.1188	0.0757	0.1778	0.1732	0.1188	0.0429	0.0714	0.0429	0.0318	0.0123	0.0174	0.0123	0.0208
chr3L	680013	680167	chr3L:680014-680167	FBgn0035151	CG17129	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0618	0.0911	0.0614	0.0295	0.0901	0.0714	0.1198	0.1332	0.0901	0.0501	0.0862	0.0501	0.0473	0.0237	0.0355	0.0237	0.0354
chr3L	680227	680435	chr3L:680228-680435	FBgn0035151	CG17129	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1055	0.1236	0.1201	0.0693	0.0954	0.1044	0.16	0.1872	0.0954	0.096	0.1627	0.096	0.0968	0.0536	0.0793	0.0536	0.0756
chr3L	680458	680662	chr3L:680459-680662	FBgn0035151	CG17129	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0981	0.0962	0.1187	0.0776	0.0615	0.0981	0.1055	0.1619	0.0615	0.099	0.1547	0.099	0.0868	0.0551	0.0909	0.0551	0.0865
chr3L	681844	682065	chr3L:681845-682065	FBgn0035152	CG3386	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2045	0.1953	0.2404	0.1755	0.1198	0.25	0.2145	0.2585	0.1198	0.3104	0.2559	0.3104	0.2208	0.1815	0.1728	0.1815	0.2142
chr3L	682249	682400	chr3L:682250-682400	FBgn0035152	CG3386	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1077	0.0876	0.1255	0.1107	0.0424	0.1277	0.0891	0.1173	0.0424	0.2047	0.1238	0.2047	0.1084	0.1179	0.1057	0.1179	0.135
chr3L	682441	682688	chr3L:682442-682688	FBgn0035152	CG3386	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1858	0.1884	0.2027	0.1645	0.1304	0.2311	0.208	0.2598	0.1304	0.3357	0.1849	0.3357	0.1875	0.1715	0.1638	0.1715	0.2032
chr3L	685204	685418	chr3L:685205-685418	FBgn0035153	ebd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1341	0.1214	0.1503	0.1306	0.0721	0.1437	0.1471	0.1532	0.0721	0.215	0.128	0.215	0.1557	0.1355	0.0767	0.1355	0.1678
chr3L	685547	685727	chr3L:685548-685727	FBgn0035153	ebd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1966	0.1877	0.2254	0.1749	0.1145	0.2447	0.2098	0.2385	0.1145	0.3194	0.1932	0.3194	0.2448	0.1884	0.1277	0.1884	0.2439
chr3L	690106	690302	chr3L:690107-690302	FBgn0035155,FBgn0052483	CG32483,RabX6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0765	0.0768	0.0543	0.0392	0.0888	0.0943	0.1026	0.0392	0.0948	0.0839	0.0948	0.0798	0.0758	0.0703	0.0758	0.0615
chr3L	690399	690572	chr3L:690400-690572	FBgn0035155,FBgn0052483	CG32483,RabX6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1281	0.1419	0.1022	0.0795	0.1519	0.1518	0.1726	0.0795	0.1739	0.1543	0.1739	0.1464	0.1217	0.1161	0.1217	0.1136
chr3L	692606	692765	chr3L:692607-692765	FBgn0260862	Vti1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0512	0.0681	0.0425	0.0265	0.0481	0.0662	0.0766	0.0265	0.0857	0.0736	0.0857	0.0728	0.0482	0.0374	0.0482	0.0521
chr3L	692841	693030	chr3L:692842-693030	FBgn0260862	Vti1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1079	0.1044	0.132	0.0854	0.0647	0.118	0.1267	0.1359	0.0647	0.1727	0.146	0.1727	0.1208	0.0942	0.0754	0.0942	0.1021
chr3L	693142	693293	chr3L:693143-693293	FBgn0260862	Vti1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0589	0.0646	0.0722	0.038	0.0424	0.067	0.0848	0.0819	0.0424	0.0894	0.0865	0.0894	0.048	0.0352	0.0355	0.0352	0.036
chr3L	695767	695922	chr3L:695768-695922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0593	0.0864	0.056	0.0326	0.0647	0.0583	0.1233	0.1352	0.0647	0.0356	0.0878	0.0356	0.031	0.0176	0.0554	0.0176	0.0229
chr3L	696299	696450	chr3L:696300-696450	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0609	0.0507	0.0735	0.0583	0.0361	0.0476	0.0748	0.06	0.0361	0.0477	0.1071	0.0477	0.0411	0.0145	0.0683	0.0145	0.0287
chr3L	696523	696760	chr3L:696524-696760	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1177	0.1046	0.1503	0.0968	0.0795	0.1024	0.1237	0.1619	0.0795	0.1153	0.2434	0.1153	0.0713	0.0459	0.1573	0.0459	0.0443
chr3L	697007	697173	chr3L:697008-697173	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0687	0.053	0.0976	0.0547	0.0329	0.0587	0.0584	0.0839	0.0329	0.0658	0.164	0.0658	0.0411	0.0283	0.0974	0.0283	0.0328
chr3L	697295	697446	chr3L:697296-697446	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0554	0.0558	0.0703	0.0384	0.0361	0.0447	0.0779	0.0873	0.0361	0.038	0.1277	0.038	0.0232	0.0176	0.0799	0.0176	0.0167
chr3L	697542	697880	chr3L:697543-697880	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1336	0.2091	0.1274	0.056	0.1665	0.165	0.2898	0.2938	0.1665	0.0755	0.2158	0.0755	0.0736	0.0276	0.1141	0.0276	0.0266
chr3L	698981	699408	chr3L:698982-699408	FBgn0035157	CG13894	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2543	0.2448	0.3378	0.1732	0.1622	0.2985	0.2426	0.3744	0.1622	0.41	0.4225	0.41	0.2347	0.1524	0.2379	0.1524	0.0844
chr3L	699566	699913	chr3L:699567-699913	FBgn0035157	CG13894	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2327	0.2283	0.297	0.1671	0.14	0.2558	0.2643	0.3278	0.14	0.3418	0.3514	0.3418	0.2293	0.1126	0.2121	0.1126	0.11
chr3L	700568	700719	chr3L:700569-700719	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0338	0.0548	0.0419	0.0138	0.0398	0.0389	0.05	0.0138	0.0326	0.0833	0.0326	0.0232	0.0184	0.0838	0.0184	0.0229
chr3L	702455	702606	chr3L:702456-702606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0244	0.0373	0.0263	0.0085	0.0301	0.0337	0.0286	0.0085	0.0332	0.0302	0.0332	0.0256	0.0077	0.0168	0.0077	0.0172
chr3L	704579	704730	chr3L:704580-704730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0309	0.0283	0.0419	0.0219	0.0138	0.033	0.0372	0.0346	0.0138	0.0513	0.0466	0.0513	0.0287	0.0077	0.0135	0.0077	0.0083
chr3L	707828	708031	chr3L:707829-708031	FBgn0035158	CG13895	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1318	0.1277	0.1766	0.087	0.1071	0.1505	0.1298	0.1865	0.1071	0.2355	0.1961	0.2355	0.1534	0.0904	0.1083	0.0904	0.0995
chr3L	708126	708331	chr3L:708127-708331	FBgn0035158	CG13895	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1713	0.1831	0.2265	0.0976	0.1336	0.2204	0.1856	0.2685	0.1336	0.2838	0.2688	0.2838	0.1743	0.1049	0.138	0.1049	0.1193
chr3L	710338	710859	chr3L:710339-710859	FBgn0025676	CkIIalpha-i3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1484	0.1403	0.2004	0.1004	0.0689	0.1714	0.1657	0.1885	0.0689	0.2391	0.2466	0.2391	0.1425	0.0949	0.107	0.0949	0.1199
chr3L	711772	711950	chr3L:711773-711950	FBgn0035159	CG13896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1481	0.1054	0.1916	0.148	0.0604	0.1646	0.1021	0.1266	0.0604	0.2403	0.2051	0.2403	0.1898	0.1455	0.1567	0.1455	0.174
chr3L	712103	712283	chr3L:712104-712283	FBgn0035159	CG13896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1761	0.1484	0.2155	0.1638	0.1029	0.1859	0.1696	0.1892	0.1029	0.2621	0.2431	0.2621	0.196	0.1753	0.1709	0.1753	0.1959
chr3L	715941	716162	chr3L:715942-716162	distal	distal	none	none	CG13896_CRM5	CG13896_CRM5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0328	0.0307	0.0492	0.0173	0.0095	0.0369	0.0376	0.0466	0.0095	0.038	0.0383	0.038	0.0256	0.0054	0.0168	0.0054	0.0156
chr3L	716452	716603	chr3L:716453-716603	distal	distal	none	none	CG13896_CRM5	CG13896_CRM5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.025	0.0405	0.0132	0.0032	0.0316	0.0346	0.0293	0.0032	0.0314	0.0302	0.0314	0.0209	0.0046	0.0129	0.0046	0.0089
chr3L	717618	717784	chr3L:717619-717784	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0307	0.0335	0.04	0.0173	0.0117	0.0388	0.0376	0.054	0.0117	0.0423	0.0524	0.0423	0.0473	0.0123	0.0303	0.0123	0.0224
chr3L	717919	718132	chr3L:717920-718132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0365	0.0352	0.013	0.0212	0.0432	0.0437	0.0513	0.0212	0.0356	0.0431	0.0356	0.0434	0.01	0.0219	0.01	0.0156
chr3L	718775	719104	chr3L:718776-719104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0401	0.0395	0.0567	0.0226	0.017	0.0461	0.0454	0.0606	0.017	0.0278	0.0862	0.0278	0.0744	0.0115	0.0625	0.0115	0.0151
chr3L	720815	721039	chr3L:720816-721039	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0402	0.0229	0.0618	0.0356	0.0021	0.0291	0.0298	0.0333	0.0021	0.0984	0.0781	0.0984	0.0488	0.0214	0.1044	0.0214	0.0245
chr3L	721394	721545	chr3L:721395-721545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0272	0.0127	0.0391	0.0302	0.0053	0.0243	0.0112	0.012	0.0053	0.0543	0.0486	0.0543	0.0403	0.0214	0.0877	0.0214	0.0214
chr3L	721981	722132	chr3L:721982-722132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0324	0.0202	0.0489	0.028	0.0042	0.0306	0.0247	0.0247	0.0042	0.0447	0.0579	0.0447	0.0821	0.0145	0.0355	0.0145	0.061
chr3L	724223	724526	chr3L:724224-724526	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1235	0.0619	0.1997	0.1086	0.0085	0.133	0.0368	0.0759	0.0085	0.3098	0.2096	0.3098	0.2603	0.0528	0.156	0.0528	0.2121
chr3L	724832	725037	chr3L:724833-725037	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_BN5-lf	Unspecified_BN5-lf	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0845	0.0447	0.1296	0.0795	0.0085	0.0917	0.0298	0.0513	0.0085	0.16	0.1315	0.16	0.2332	0.049	0.0754	0.049	0.1855
chr3L	725419	725622	chr3L:725420-725622	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_BN5-lf	Unspecified_BN5-lf	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.0218	0.1561	0.0646	0.0053	0.0481	0.0138	0.024	0.0053	0.1824	0.2315	0.1824	0.1247	0.0704	0.1251	0.0704	0.0782
chr3L	725762	725953	chr3L:725763-725953	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_BN5-lf,Unspecified_BN5-rt	Unspecified_BN5-lf,Unspecified_BN5-rt	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0762	0.0373	0.1364	0.0536	0.0042	0.067	0.0285	0.0506	0.0042	0.2065	0.1887	0.2065	0.0728	0.0789	0.0812	0.0789	0.0703
chr3L	726115	726408	chr3L:726116-726408	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN5-rt	Unspecified_BN5-rt	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.091	0.1794	0.0428	0.0255	0.1481	0.0696	0.1432	0.0255	0.2711	0.2386	0.2711	0.1108	0.0559	0.0516	0.0559	0.0636
chr3L	726520	726799	chr3L:726521-726799	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN5-rt	Unspecified_BN5-rt	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1613	0.2157	0.0363	0.0721	0.232	0.1138	0.2925	0.0721	0.343	0.265	0.343	0.1712	0.0322	0.0471	0.0322	0.0578
chr3L	726883	727251	chr3L:726884-727251	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN5-rt	Unspecified_BN5-rt	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1372	0.139	0.2117	0.0535	0.0467	0.2165	0.0835	0.2638	0.0467	0.2343	0.2559	0.2343	0.3036	0.0299	0.0529	0.0299	0.1157
chr3L	732441	732718	chr3L:732442-732718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.122	0.1355	0.1768	0.0468	0.0901	0.1131	0.1583	0.2425	0.0901	0.0574	0.3421	0.0574	0.1247	0.0115	0.1618	0.0115	0.0224
chr3L	732863	733014	chr3L:732864-733014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.063	0.0507	0.1048	0.0309	0.0255	0.0534	0.0571	0.0866	0.0255	0.0598	0.1977	0.0598	0.0581	0.0077	0.1096	0.0077	0.0167
chr3L	733342	733668	chr3L:733343-733668	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0974	0.0522	0.1651	0.0735	0.0191	0.0777	0.0519	0.0713	0.0191	0.1316	0.2846	0.1316	0.1154	0.0368	0.2076	0.0368	0.0563
chr3L	733715	733866	chr3L:733716-733866	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0473	0.0272	0.0763	0.038	0.0095	0.0374	0.0303	0.038	0.0095	0.0519	0.1395	0.0519	0.0473	0.0176	0.1206	0.0176	0.0172
chr3L	734274	734591	chr3L:734275-734591	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0625	0.0358	0.1019	0.049	0.0138	0.0524	0.035	0.0513	0.0138	0.1093	0.1627	0.1093	0.0542	0.0329	0.138	0.0329	0.0323
chr3L	735263	735414	chr3L:735264-735414	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0363	0.0801	0.0179	0.0075	0.0721	0.0364	0.1544	0.0833	0.0721	0.0103	0.0264	0.0103	0.0163	0.0077	0.0155	0.0077	0.0057
chr3L	735428	735629	chr3L:735429-735629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0467	0.1014	0.0242	0.01	0.0838	0.0495	0.1877	0.1126	0.0838	0.0127	0.0389	0.0127	0.024	0.0069	0.0245	0.0069	0.0073
chr3L	736428	736579	chr3L:736429-736579	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0142	0.0411	0.0355	0.0064	0.0194	0.019	0.014	0.0064	0.0314	0.0685	0.0314	0.0294	0.0199	0.1128	0.0199	0.0182
chr3L	736912	737063	chr3L:736913-737063	FBgn0264310	CR43785	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0342	0.0202	0.0447	0.0384	0.0042	0.0272	0.0264	0.0253	0.0042	0.0507	0.0624	0.0507	0.038	0.0268	0.0761	0.0268	0.0532
chr3L	738623	738835	chr3L:738624-738835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0246	0.0319	0.0448	0.0074	0.0388	0.0272	0.0273	0.0074	0.0236	0.0344	0.0236	0.0596	0.0276	0.0451	0.0276	0.0938
chr3L	738937	739088	chr3L:738938-739088	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0414	0.0258	0.0463	0.0533	0.0117	0.0369	0.0251	0.0366	0.0117	0.0447	0.0444	0.0447	0.0852	0.0605	0.0535	0.0605	0.0922
chr3L	739124	739327	chr3L:739125-739327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.07	0.0532	0.0749	0.0833	0.0339	0.0762	0.0584	0.0646	0.0339	0.0628	0.0817	0.0628	0.1185	0.1172	0.1096	0.1172	0.0969
chr3L	739494	740107	chr3L:739495-740107	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1133	0.1805	0.0937	0.0599	0.1124	0.2743	0.1964	0.1819	0.1124	0.1039	0.0942	0.1039	0.117	0.0559	0.0722	0.0559	0.0604
chr3L	741055	741206	chr3L:741056-741206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0299	0.0658	0.0155	0.0056	0.0509	0.0534	0.0934	0.0919	0.0509	0.0163	0.0167	0.0163	0.0116	0.0023	0.0032	0.0023	0.0078
chr3L	742573	742888	chr3L:742574-742888	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0596	0.0811	0.073	0.021	0.0477	0.1694	0.074	0.0453	0.0477	0.0876	0.0431	0.0876	0.0333	0.026	0.0116	0.026	0.0198
chr3L	743272	743528	chr3L:743273-743528	FBgn0052482	tRNA:M-i:61D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0568	0.0759	0.0613	0.0305	0.0477	0.1243	0.0848	0.06	0.0477	0.0652	0.0453	0.0652	0.0945	0.0314	0.0258	0.0314	0.0547
chr3L	744443	744655	chr3L:744444-744655	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0796	0.1893	0.0329	0.0084	0.1835	0.115	0.2682	0.2838	0.1835	0.0272	0.0334	0.0272	0.017	0.0061	0.011	0.0061	0.0057
chr3L	745376	745584	chr3L:745377-745584	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0861	0.1289	0.0961	0.0274	0.0774	0.1354	0.1657	0.1686	0.0774	0.0773	0.0891	0.0773	0.0387	0.0115	0.0161	0.0115	0.0115
chr3L	747867	748086	chr3L:747868-748086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0827	0.0899	0.1051	0.05	0.0467	0.1612	0.0779	0.0893	0.0467	0.1769	0.0897	0.1769	0.1394	0.0268	0.0574	0.0268	0.1042
chr3L	748636	748844	chr3L:748637-748844	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2717	0.2668	0.3159	0.2287	0.2047	0.3393	0.2798	0.3464	0.2047	0.3931	0.3421	0.3931	0.2657	0.2343	0.2398	0.2343	0.2804
chr3L	749167	749520	chr3L:749168-749520	FBgn0000575	emc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.3808	0.3681	0.4548	0.3136	0.2863	0.4602	0.391	0.463	0.2863	0.558	0.4852	0.558	0.4353	0.291	0.354	0.291	0.3825
chr3L	749892	750043	chr3L:749893-750043	FBgn0000575	emc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0818	0.0846	0.1037	0.0547	0.0583	0.1155	0.0913	0.1026	0.0583	0.1117	0.1212	0.1117	0.1015	0.049	0.0606	0.049	0.0677
chr3L	750807	750958	chr3L:750808-750958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0882	0.1012	0.0977	0.0634	0.0583	0.1325	0.1068	0.1386	0.0583	0.1226	0.1071	0.1226	0.11	0.0812	0.0761	0.0812	0.0709
chr3L	751522	751680	chr3L:751523-751680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0742	0.0905	0.0845	0.0447	0.0467	0.1301	0.0766	0.1399	0.0467	0.1353	0.083	0.1353	0.0899	0.062	0.0509	0.062	0.0511
chr3L	752376	752527	chr3L:752377-752527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.0909	0.0886	0.0387	0.0721	0.1301	0.0839	0.1166	0.0721	0.1002	0.1074	0.1002	0.1015	0.0291	0.0522	0.0291	0.0526
chr3L	753620	754104	chr3L:753621-754104	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2185	0.3376	0.2067	0.0982	0.3277	0.2966	0.4373	0.445	0.3277	0.1679	0.2572	0.1679	0.2409	0.0666	0.1077	0.0666	0.1397
chr3L	755000	755151	chr3L:755001-755151	FBgn0035160	CG13897	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0528	0.0596	0.0315	0.0318	0.0485	0.0796	0.0633	0.0318	0.0634	0.0704	0.0634	0.0643	0.0138	0.0368	0.0138	0.0433
chr3L	760094	760245	chr3L:760095-760245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0285	0.0414	0.034	0.0082	0.0148	0.0286	0.0411	0.1039	0.0148	0.0199	0.0588	0.0199	0.0209	0.0054	0.0148	0.0054	0.0089
chr3L	760419	760678	chr3L:760420-760678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.039	0.0567	0.0475	0.01	0.0148	0.0485	0.0515	0.1412	0.0148	0.0308	0.0836	0.0308	0.0225	0.0077	0.0155	0.0077	0.0099
chr3L	762304	762580	chr3L:762305-762580	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0913	0.1132	0.1159	0.0398	0.0583	0.0951	0.1047	0.2532	0.0583	0.0556	0.2196	0.0556	0.0534	0.0161	0.1135	0.0161	0.0255
chr3L	762610	763105	chr3L:762611-763105	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.144	0.1818	0.1732	0.0698	0.1347	0.1553	0.1869	0.3524	0.1347	0.131	0.2794	0.131	0.1286	0.0337	0.136	0.0337	0.1016
chr3L	763153	763330	chr3L:763154-763330	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0498	0.0516	0.066	0.0299	0.0212	0.067	0.051	0.0793	0.0212	0.0761	0.0865	0.0761	0.0534	0.0184	0.0348	0.0184	0.0568
chr3L	764258	764409	chr3L:764259-764409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0206	0.0162	0.0265	0.0189	0.0053	0.0141	0.0251	0.0227	0.0053	0.0296	0.0357	0.0296	0.0225	0.0161	0.0322	0.0161	0.0214
chr3L	764559	764710	chr3L:764560-764710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.015	0.0095	0.0162	0.0198	0	0.0063	0.0169	0.0153	0	0.0217	0.0158	0.0217	0.0217	0.0184	0.0135	0.0184	0.0292
chr3L	766822	766980	chr3L:766823-766980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0344	0.0223	0.0397	0.0421	0.0042	0.0277	0.0311	0.0266	0.0042	0.035	0.0312	0.035	0.0891	0.0184	0.0123	0.0184	0.1126
chr3L	767238	767397	chr3L:767239-767397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0192	0.0312	0.0411	0.0074	0.0233	0.026	0.0233	0.0074	0.029	0.0264	0.029	0.0666	0.0207	0.0251	0.0207	0.099
chr3L	769117	769306	chr3L:769118-769306	FBgn0052480	tRNA:CR32480	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0574	0.0613	0.0642	0.0454	0.0424	0.0553	0.0895	0.0759	0.0424	0.0779	0.0662	0.0779	0.0627	0.049	0.0297	0.049	0.0547
chr3L	769374	769585	chr3L:769375-769585	FBgn0052480	tRNA:CR32480	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1628	0.1537	0.1921	0.1409	0.1262	0.151	0.1886	0.2165	0.1262	0.2506	0.2006	0.2506	0.1929	0.1815	0.118	0.1815	0.1834
chr3L	770291	770489	chr3L:770292-770489	FBgn0052481	tRNA:CR32481	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0918	0.0765	0.1013	0.0986	0.0488	0.0811	0.0973	0.1006	0.0488	0.1039	0.1183	0.1039	0.1356	0.1317	0.0832	0.1317	0.1193
chr3L	771104	771279	chr3L:771105-771279	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.03	0.0207	0.0382	0.0313	0.0064	0.0228	0.0294	0.0247	0.0064	0.0797	0.0318	0.0797	0.0325	0.0965	0.0181	0.0965	0.0261
chr3L	771819	771970	chr3L:771820-771970	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0167	0.0142	0.0176	0.0184	0.0021	0.0141	0.0208	0.02	0.0021	0.0344	0.0116	0.0344	0.0186	0.0436	0.0161	0.0436	0.0182
chr3L	774549	774706	chr3L:774550-774706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0204	0.013	0.0222	0.0267	0.0011	0.0146	0.0208	0.0153	0.0011	0.0199	0.0215	0.0199	0.0349	0.0176	0.0155	0.0176	0.0631
chr3L	775756	775907	chr3L:775757-775907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.011	0.0105	0.0107	0.0011	0.0126	0.0151	0.016	0.0011	0.0103	0.0122	0.0103	0.0077	0.0069	0.0052	0.0069	0.0057
chr3L	776201	776352	chr3L:776202-776352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0098	0.0119	0.0118	0.0032	0.0112	0.0147	0.012	0.0032	0.0127	0.0138	0.0127	0.0077	0.013	0.0026	0.013	0.0083
chr3L	776739	776953	chr3L:776740-776953	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0147	0.0209	0.0256	0.0074	0.0141	0.0203	0.02	0.0074	0.0199	0.0193	0.0199	0.0124	0.0092	0.0129	0.0092	0.0156
chr3L	777552	777703	chr3L:777553-777703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0189	0.0146	0.0256	0.0164	0.0064	0.0107	0.0242	0.0173	0.0064	0.038	0.027	0.038	0.024	0.0329	0.0142	0.0329	0.0172
chr3L	779283	779434	chr3L:779284-779434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0125	0.0075	0.0157	0.0146	0.0042	0.0083	0.013	0.0053	0.0042	0.0139	0.0161	0.0139	0.0232	0.0046	0.0284	0.0046	0.0156
chr3L	780480	780642	chr3L:780481-780642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0108	0.0288	0.0207	0.0042	0.0117	0.0164	0.0133	0.0042	0.038	0.0225	0.038	0.0511	0.0191	0.0161	0.0191	0.0448
chr3L	781013	781186	chr3L:781014-781186	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0259	0.0108	0.0286	0.0398	0.0021	0.018	0.013	0.0113	0.0021	0.0169	0.0267	0.0169	0.0705	0.023	0.0451	0.023	0.0761
chr3L	781473	781703	chr3L:781474-781703	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0349	0.0171	0.0358	0.0539	0.0074	0.0214	0.0255	0.0167	0.0074	0.0223	0.0341	0.0223	0.0906	0.0421	0.0503	0.0421	0.0969
chr3L	782604	782771	chr3L:782605-782771	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0217	0.0552	0.0475	0.0032	0.0243	0.0355	0.022	0.0032	0.0513	0.0357	0.0513	0.0271	0.0115	0.0168	0.0115	0.0229
chr3L	783110	783261	chr3L:783111-783261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0217	0.0155	0.0241	0.0259	0.0011	0.0107	0.0264	0.0253	0.0011	0.0211	0.0277	0.0211	0.0147	0.0138	0.0445	0.0138	0.0198
chr3L	784700	784887	chr3L:784701-784887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0291	0.0202	0.0272	0.0412	0.0117	0.0184	0.0294	0.0266	0.0117	0.0248	0.0177	0.0248	0.0728	0.0337	0.0142	0.0337	0.1001
chr3L	785981	786140	chr3L:785982-786140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0218	0.0226	0.0227	0.0201	0.0095	0.0238	0.0398	0.0173	0.0095	0.0338	0.0219	0.0338	0.024	0.0444	0.0103	0.0444	0.0245
chr3L	786369	786520	chr3L:786370-786520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0144	0.0194	0.0136	0.0096	0.0074	0.0097	0.0424	0.016	0.0074	0.0127	0.0161	0.0127	0.0186	0.0054	0.0123	0.0054	0.013
chr3L	787942	788093	chr3L:787943-788093	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0211	0.0209	0.0249	0.017	0.0138	0.016	0.0329	0.0273	0.0138	0.026	0.0347	0.026	0.0139	0.0145	0.0309	0.0145	0.0162
chr3L	788960	789111	chr3L:788961-789111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0159	0.0318	0.0104	0.0043	0.0138	0.0121	0.0766	0.02	0.0138	0.0103	0.0119	0.0103	0.0101	0.0077	0.0032	0.0077	0.0031
chr3L	790674	790825	chr3L:790675-790825	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.0103	0.0197	0.0312	0.0042	0.0107	0.0156	0.0113	0.0042	0.0308	0.0186	0.0308	0.0201	0.1202	0.0129	0.1202	0.0146
chr3L	791217	791415	chr3L:791218-791415	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0473	0.0288	0.0505	0.0646	0.0127	0.0345	0.0385	0.0326	0.0127	0.0888	0.0453	0.0888	0.0503	0.1876	0.0683	0.1876	0.036
chr3L	791532	791766	chr3L:791533-791766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0476	0.0324	0.0504	0.0616	0.0117	0.0403	0.0437	0.0366	0.0117	0.0954	0.0424	0.0954	0.0449	0.1685	0.0516	0.1685	0.0438
chr3L	793081	793260	chr3L:793082-793260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0271	0.0224	0.0327	0.0262	0.0148	0.0325	0.0264	0.0247	0.0148	0.0326	0.0251	0.0326	0.0116	0.0107	0.0129	0.0107	0.0078
chr3L	793590	793856	chr3L:793591-793856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.033	0.0371	0.034	0.0273	0.0329	0.0374	0.0506	0.044	0.0329	0.0362	0.036	0.0362	0.0279	0.0207	0.038	0.0207	0.0245
chr3L	793997	794211	chr3L:793998-794211	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0286	0.0477	0.023	0.0135	0.0361	0.0374	0.0683	0.0666	0.0361	0.0211	0.0228	0.0211	0.0194	0.0077	0.0213	0.0077	0.0089
chr3L	795194	795443	chr3L:795195-795443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0288	0.0182	0.0241	0.046	0.0085	0.017	0.0303	0.0193	0.0085	0.0181	0.0164	0.0181	0.0194	0.0115	0.0116	0.0115	0.0125
chr3L	795750	795901	chr3L:795751-795901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0175	0.0165	0.0198	0.0163	0.0095	0.0136	0.0303	0.0133	0.0095	0.0175	0.0138	0.0175	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0068
chr3L	796060	796211	chr3L:796061-796211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0176	0.0199	0.0195	0.0032	0.0175	0.0251	0.026	0.0032	0.0072	0.0129	0.0072	0.0163	0.0084	0.0026	0.0084	0.0073
chr3L	796887	797038	chr3L:796888-797038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0097	0.0118	0.0263	0.0074	0.0068	0.0182	0.0093	0.0074	0.0145	0.0077	0.0145	0.0093	0.0069	0.0052	0.0069	0.0099
chr3L	797449	797634	chr3L:797450-797634	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.033	0.012	0.0325	0.0571	0.0032	0.0121	0.0177	0.0147	0.0032	0.0386	0.0238	0.0386	0.0163	0.0138	0.0077	0.0138	0.0151
chr3L	799851	800056	chr3L:799852-800056	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0143	0.041	0.0336	0.0042	0.018	0.0229	0.0113	0.0042	0.0568	0.0572	0.0568	0.0217	0.0758	0.0445	0.0758	0.0182
chr3L	801057	801338	chr3L:801058-801338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0188	0.0316	0.0345	0.0032	0.0223	0.032	0.018	0.0032	0.0447	0.0399	0.0447	0.0256	0.0582	0.0645	0.0582	0.0172
chr3L	801920	802076	chr3L:801921-802076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0175	0.01	0.0245	0.0184	0.0042	0.0121	0.0164	0.004	0.0042	0.0525	0.0212	0.0525	0.0116	0.0398	0.0142	0.0398	0.012
chr3L	802654	802893	chr3L:802655-802893	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.037	0.0254	0.0397	0.0469	0.0064	0.0354	0.0316	0.0273	0.0064	0.07	0.0257	0.07	0.0333	0.0322	0.0123	0.0322	0.0177
chr3L	803003	803247	chr3L:803004-803247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0324	0.0247	0.0348	0.0384	0.0074	0.0301	0.0368	0.0213	0.0074	0.0507	0.0264	0.0507	0.0271	0.0283	0.0103	0.0283	0.013
chr3L	804377	804632	chr3L:804378-804632	FBgn0035161	CG13898	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0408	0.0482	0.0464	0.0148	0.0476	0.0463	0.0653	0.0148	0.0374	0.0412	0.0374	0.0256	0.0153	0.0135	0.0153	0.024
chr3L	804819	805019	chr3L:804820-805019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0277	0.0266	0.0337	0.0106	0.0291	0.0363	0.0373	0.0106	0.0266	0.0193	0.0266	0.0186	0.0084	0.0103	0.0084	0.0156
chr3L	805567	805718	chr3L:805568-805718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.0163	0.0135	0.0166	0.0085	0.0184	0.0242	0.0173	0.0085	0.0085	0.0174	0.0085	0.0108	0.01	0.0316	0.01	0.0073
chr3L	805976	806127	chr3L:805977-806127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0168	0.0106	0.017	0.0234	0.0032	0.0126	0.0125	0.016	0.0032	0.0169	0.0203	0.0169	0.0163	0.0168	0.0522	0.0168	0.0125
chr3L	808819	808970	chr3L:808820-808970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0209	0.0207	0.0294	0.0074	0.0189	0.0329	0.0247	0.0074	0.0242	0.0158	0.0242	0.0155	0.0161	0.0084	0.0161	0.0135
chr3L	809233	809384	chr3L:809234-809384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0198	0.0088	0.0184	0.0337	0.0064	0.0078	0.0173	0.004	0.0064	0.0266	0.0141	0.0266	0.0124	0.0145	0.0148	0.0145	0.0193
chr3L	810311	810544	chr3L:810312-810544	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0277	0.0189	0.034	0.0305	0.0053	0.0214	0.0285	0.022	0.0053	0.0278	0.0305	0.0278	0.0511	0.0168	0.0187	0.0168	0.0245
chr3L	811976	812127	chr3L:811977-812127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.017	0.013	0.0209	0.0171	0.0011	0.0165	0.019	0.014	0.0011	0.0362	0.0235	0.0362	0.0139	0.0145	0.0342	0.0145	0.0162
chr3L	812856	813007	chr3L:812857-813007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0157	0.0132	0.0212	0.0125	0	0.0165	0.0208	0.0127	0	0.0519	0.0151	0.0519	0.0124	0.0253	0.0077	0.0253	0.0104
chr3L	813251	813402	chr3L:813252-813402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0182	0.0199	0.0223	0.0118	0.0042	0.0335	0.0255	0.0147	0.0042	0.0483	0.0174	0.0483	0.0163	0.0176	0.0097	0.0176	0.0135
chr3L	813494	813881	chr3L:813495-813881	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0498	0.0447	0.0645	0.0394	0.0127	0.0951	0.0433	0.0273	0.0127	0.1896	0.035	0.1896	0.038	0.0835	0.029	0.0835	0.0412
chr3L	813922	814148	chr3L:813923-814148	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0314	0.0249	0.0419	0.0272	0.0085	0.0422	0.0294	0.0213	0.0085	0.1105	0.0264	0.1105	0.031	0.0521	0.0206	0.0521	0.0354
chr3L	815078	815229	chr3L:815079-815229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0137	0.0081	0.0136	0.0201	0.0021	0.0078	0.0151	0.0067	0.0021	0.0193	0.0161	0.0193	0.0124	0.0352	0.0361	0.0352	0.0115
chr3L	815640	815791	chr3L:815641-815791	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0102	0.0074	0.0118	0.0117	0.0011	0.0146	0.0095	0.004	0.0011	0.0236	0.0109	0.0236	0.0062	0.0291	0.011	0.0291	0.0078
chr3L	815928	816138	chr3L:815929-816138	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0256	0.0265	0.0275	0.0226	0.0095	0.0471	0.0311	0.02	0.0095	0.0507	0.028	0.0507	0.0194	0.0475	0.0129	0.0475	0.0214
chr3L	816653	816830	chr3L:816654-816830	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0751	0.0791	0.0939	0.0499	0.0626	0.0917	0.1038	0.0853	0.0626	0.1087	0.1116	0.1087	0.1084	0.0283	0.0606	0.0283	0.0855
chr3L	818849	819000	chr3L:818850-819000	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0075	0.0112	0.0198	0	0.0121	0.0104	0.006	0	0.0145	0.0119	0.0145	0.0116	0.0069	0.0574	0.0069	0.0156
chr3L	819467	819618	chr3L:819468-819618	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0095	0.017	0.0311	0.0032	0.0121	0.0156	0.0073	0.0032	0.0121	0.0267	0.0121	0.0132	0.01	0.0916	0.01	0.0219
chr3L	819720	819871	chr3L:819721-819871	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0091	0.0181	0.029	0.0011	0.0107	0.0151	0.008	0.0011	0.0127	0.0273	0.0127	0.0178	0.0138	0.078	0.0138	0.0266
chr3L	820627	820778	chr3L:820628-820778	FBgn0264475	CR43883	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0171	0.0093	0.0165	0.0263	0.0032	0.0121	0.0156	0.0067	0.0032	0.029	0.0151	0.029	0.0194	0.0268	0.0232	0.0268	0.0505
chr3L	821261	821412	chr3L:821262-821412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0173	0.0156	0.0151	0.0217	0.0042	0.0238	0.0212	0.0127	0.0042	0.0242	0.0122	0.0242	0.0178	0.0168	0.0071	0.0168	0.0537
chr3L	821690	821987	chr3L:821691-821987	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0359	0.0315	0.0442	0.0316	0.0085	0.0607	0.0311	0.024	0.0085	0.1021	0.0334	0.1021	0.0372	0.062	0.0251	0.062	0.0396
chr3L	822128	822404	chr3L:822129-822404	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0486	0.0373	0.0566	0.0525	0.0085	0.0641	0.0476	0.0253	0.0085	0.1286	0.0457	0.1286	0.0457	0.1225	0.0471	0.1225	0.0578
chr3L	825991	826142	chr3L:825992-826142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0352	0.0364	0.0471	0.0207	0.0308	0.0369	0.0532	0.0346	0.0308	0.0664	0.0428	0.0664	0.0759	0.0398	0.02	0.0398	0.0245
chr3L	826372	826670	chr3L:826373-826670	FBgn0086062	snoRNA:Me28S-C788b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0703	0.0816	0.0423	0.0498	0.0665	0.1068	0.07	0.0498	0.1196	0.0695	0.1196	0.1255	0.062	0.038	0.062	0.0651
chr3L	827899	828160	chr3L:827900-828160	FBgn0086064,FBgn0086065	snoRNA:Me28S-G3113a,snoRNA:Me28S-G3113b	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0598	0.0662	0.0744	0.0366	0.0477	0.0684	0.0973	0.0693	0.0477	0.1027	0.0707	0.1027	0.093	0.0444	0.0251	0.0444	0.0479
chr3L	832879	833172	chr3L:832880-833172	FBgn0035162,FBgn0082973,FBgn0083058	CG13900,snoRNA:Psi18S-1086,snoRNA:Psi28S-3308	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1238	0.1236	0.1424	0.1037	0.0976	0.134	0.1613	0.1432	0.0976	0.1757	0.1518	0.1757	0.158	0.1371	0.1038	0.1371	0.1371
chr3L	833287	833500	chr3L:833288-833500	FBgn0035162,FBgn0083058	CG13900,snoRNA:Psi18S-1086	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1901	0.179	0.2263	0.1629	0.1347	0.1942	0.218	0.2325	0.1347	0.2868	0.245	0.2868	0.2177	0.1968	0.1541	0.1968	0.1959
chr3L	833978	834152	chr3L:833979-834152	FBgn0260755	CG42553	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1266	0.1142	0.1536	0.111	0.0615	0.1218	0.1436	0.1572	0.0615	0.189	0.1659	0.189	0.1464	0.121	0.1148	0.121	0.1292
chr3L	835553	835706	chr3L:835554-835706	FBgn0260756	CG42554	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0925	0.0884	0.1094	0.0787	0.053	0.1015	0.112	0.1159	0.053	0.1419	0.1183	0.1419	0.1108	0.085	0.087	0.085	0.0881
chr3L	837521	837696	chr3L:837522-837696	FBgn0035164,FBgn0035165	CG13887,CG13901	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1266	0.0946	0.1575	0.1284	0.0509	0.1248	0.1094	0.1093	0.0509	0.1836	0.1846	0.1836	0.1673	0.157	0.1367	0.157	0.172
chr3L	837757	837965	chr3L:837758-837965	FBgn0035164,FBgn0035165	CG13887,CG13901	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.141	0.1189	0.1657	0.1386	0.0933	0.1456	0.1293	0.1546	0.0933	0.2035	0.1907	0.2035	0.1681	0.1975	0.1348	0.1975	0.1699
chr3L	841284	841435	chr3L:841285-841435	FBgn0035166,FBgn0035167	CG13902,Gr61a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.032	0.0308	0.0329	0.0323	0.0148	0.0325	0.0407	0.0413	0.0148	0.0236	0.0357	0.0236	0.0534	0.0299	0.0368	0.0299	0.0547
chr3L	844135	844286	chr3L:844136-844286	FBgn0035168	CG13889	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0103	0.0142	0.016	0.0032	0.0083	0.0186	0.0127	0.0032	0.0109	0.0138	0.0109	0.0093	0.0031	0.0123	0.0031	0.0052
chr3L	851050	851223	chr3L:851051-851223	FBgn0035169	CG13890	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0551	0.0403	0.0739	0.0512	0.0201	0.0553	0.0433	0.0526	0.0201	0.0707	0.0949	0.0707	0.0697	0.0551	0.0561	0.0551	0.0636
chr3L	851236	851428	chr3L:851237-851428	FBgn0035169	CG13890	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0638	0.0501	0.0799	0.0614	0.0339	0.0621	0.0541	0.072	0.0339	0.0755	0.0994	0.0755	0.0821	0.059	0.0658	0.059	0.0849
chr3L	852798	852949	chr3L:852799-852949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0268	0.0212	0.0109	0.0127	0.0252	0.0402	0.034	0.0127	0.0236	0.0286	0.0236	0.0186	0.0077	0.0142	0.0077	0.012
chr3L	857281	857541	chr3L:857282-857541	FBgn0035170	dpr20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0949	0.1056	0.1104	0.0659	0.0689	0.1359	0.0999	0.1526	0.0689	0.1486	0.1186	0.1486	0.0589	0.0429	0.0387	0.0429	0.0427
chr3L	857645	857838	chr3L:857646-857838	FBgn0035170	dpr20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1053	0.0956	0.132	0.0869	0.053	0.115	0.1038	0.1406	0.053	0.1739	0.1489	0.1739	0.0953	0.0789	0.0664	0.0789	0.0881
chr3L	871222	871373	chr3L:871223-871373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.0486	0.0335	0.0244	0.0276	0.051	0.0709	0.0566	0.0276	0.0405	0.0354	0.0405	0.0411	0.0207	0.0309	0.0207	0.0307
chr3L	871445	871596	chr3L:871446-871596	FBgn0052479	CG32479	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0541	0.0478	0.0333	0.0318	0.0573	0.083	0.052	0.0318	0.0562	0.0508	0.0562	0.0527	0.0368	0.0303	0.0368	0.0469
chr3L	871820	872036	chr3L:871821-872036	FBgn0052479	CG32479	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.174	0.1641	0.2121	0.1432	0.1368	0.1913	0.1933	0.2072	0.1368	0.2717	0.2315	0.2717	0.2084	0.1478	0.1696	0.1478	0.1892
chr3L	872056	872236	chr3L:872057-872236	FBgn0052479	CG32479	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.126	0.1125	0.1574	0.1065	0.0954	0.1374	0.1228	0.1472	0.0954	0.1836	0.1772	0.1836	0.1634	0.108	0.1289	0.108	0.1443
chr3L	872347	872561	chr3L:872348-872561	FBgn0052479	CG32479	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1856	0.1803	0.2168	0.1574	0.1591	0.2029	0.2033	0.2365	0.1591	0.2603	0.2434	0.2603	0.2223	0.1753	0.1844	0.1753	0.1975
chr3L	872570	872748	chr3L:872571-872748	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1578	0.1439	0.1943	0.1333	0.1251	0.1607	0.1635	0.1925	0.1251	0.2421	0.209	0.2421	0.1952	0.1263	0.1418	0.1263	0.1777
chr3L	872822	873021	chr3L:872823-873021	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1228	0.1083	0.1529	0.1058	0.0817	0.1277	0.1241	0.1392	0.0817	0.1866	0.1756	0.1866	0.1464	0.0988	0.0993	0.0988	0.1548
chr3L	875390	875541	chr3L:875391-875541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0306	0.0335	0.0306	0.0274	0.017	0.0301	0.0519	0.0406	0.017	0.0272	0.0296	0.0272	0.0635	0.0077	0.0097	0.0077	0.0776
chr3L	876045	876196	chr3L:876046-876196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0216	0.0284	0.0343	0.0074	0.0223	0.0363	0.0207	0.0074	0.0266	0.0241	0.0266	0.0604	0.0138	0.0097	0.0138	0.099
chr3L	876812	876963	chr3L:876813-876963	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0273	0.0278	0.0247	0.0297	0.0159	0.0252	0.0394	0.0386	0.0159	0.0302	0.0222	0.0302	0.0449	0.01	0.0097	0.01	0.0834
chr3L	880983	881167	chr3L:880984-881167	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0509	0.0267	0.0391	0.0911	0.0106	0.032	0.0372	0.0306	0.0106	0.0284	0.0302	0.0284	0.0899	0.0704	0.0548	0.0704	0.1449
chr3L	881589	881797	chr3L:881590-881797	FBgn0035173	CG13907	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0244	0.0282	0.0724	0.0064	0.0296	0.0324	0.0326	0.0064	0.0187	0.0235	0.0187	0.0473	0.0505	0.0355	0.0505	0.0995
chr3L	881933	882303	chr3L:881934-882303	FBgn0035173	CG13907	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1118	0.0617	0.0952	0.1859	0.0159	0.084	0.067	0.0879	0.0159	0.0477	0.1045	0.0477	0.1154	0.1187	0.1451	0.1187	0.2319
chr3L	882605	882830	chr3L:882606-882830	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.0328	0.0348	0.0609	0.018	0.0325	0.0437	0.0446	0.018	0.0223	0.0302	0.0223	0.0651	0.0138	0.0232	0.0138	0.1266
chr3L	882927	883129	chr3L:882928-883129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0384	0.0473	0.0742	0.0159	0.0427	0.0458	0.0573	0.0159	0.0254	0.0437	0.0254	0.072	0.023	0.0329	0.023	0.1073
chr3L	885537	885688	chr3L:885538-885688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0189	0.0178	0.0263	0.0127	0.0209	0.0268	0.02	0.0127	0.0139	0.0122	0.0139	0.0442	0.01	0.0058	0.01	0.0776
chr3L	886191	886342	chr3L:886192-886342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0406	0.058	0.0329	0.0298	0.0467	0.0379	0.0874	0.0833	0.0467	0.0242	0.035	0.0242	0.0527	0.0161	0.0219	0.0161	0.0672
chr3L	886422	886643	chr3L:886423-886643	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0703	0.1356	0.0438	0.0265	0.1251	0.0859	0.208	0.1812	0.1251	0.032	0.0495	0.032	0.0658	0.0161	0.0206	0.0161	0.0516
chr3L	887462	887613	chr3L:887463-887613	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0367	0.0332	0.0433	0.0334	0.0138	0.0461	0.0389	0.038	0.0138	0.026	0.027	0.026	0.1394	0.0115	0.0116	0.0115	0.0959
chr3L	887678	887895	chr3L:887679-887895	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0478	0.0308	0.0584	0.0551	0.0117	0.0388	0.0394	0.0353	0.0117	0.0302	0.0315	0.0302	0.2084	0.0184	0.0142	0.0184	0.1631
chr3L	890651	890802	chr3L:890652-890802	FBgn0263461,FBgn0263476	snoRNA:CG32479-a,snoRNA:CG32479-b	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0185	0.0283	0.0173	0.0088	0.0085	0.0121	0.058	0.0373	0.0085	0.0181	0.0193	0.0181	0.0186	0.0054	0.009	0.0054	0.0135
chr3L	891889	892092	chr3L:891890-892092	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0281	0.0496	0.0226	0.0102	0.0467	0.0296	0.0913	0.048	0.0467	0.0199	0.0209	0.0199	0.0318	0.0069	0.0052	0.0069	0.0182
chr3L	892233	892384	chr3L:892234-892384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0223	0.0298	0.022	0.0143	0.0233	0.0194	0.051	0.034	0.0233	0.0217	0.0251	0.0217	0.024	0.0115	0.0045	0.0115	0.0271
chr3L	895484	895670	chr3L:895485-895670	FBgn0054056	CG34056	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0349	0.0269	0.0404	0.0377	0.0085	0.0306	0.0355	0.036	0.0085	0.0223	0.0637	0.0223	0.0364	0.0084	0.1212	0.0084	0.0198
chr3L	895856	896015	chr3L:895857-896015	FBgn0054056	CG34056	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0171	0.0307	0.0284	0.0042	0.0194	0.0242	0.022	0.0042	0.0157	0.0498	0.0157	0.024	0.0069	0.0903	0.0069	0.0172
chr3L	899398	899755	chr3L:899399-899755	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0511	0.0388	0.0766	0.0368	0.0117	0.0481	0.0363	0.07	0.0117	0.0326	0.0611	0.0326	0.0473	0.0107	0.0226	0.0107	0.0188
chr3L	900419	900626	chr3L:900420-900626	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0655	0.0675	0.1006	0.0248	0.0159	0.0767	0.0433	0.1692	0.0159	0.055	0.1601	0.055	0.0279	0.0084	0.0284	0.0084	0.0109
chr3L	900885	901190	chr3L:900886-901190	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG34057_CRM2	CG34057_CRM2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0617	0.049	0.0897	0.0451	0.0117	0.0568	0.0359	0.1113	0.0117	0.0543	0.1193	0.0543	0.0341	0.0077	0.02	0.0077	0.0125
chr3L	901638	901802	chr3L:901639-901802	distal	distal	stage11	stage11	CG34057_CRM2	CG34057_CRM2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.035	0.0202	0.0486	0.0365	0.0032	0.035	0.0186	0.024	0.0032	0.0169	0.0225	0.0169	0.0116	0.0061	0.009	0.0061	0.0125
chr3L	904109	904260	chr3L:904110-904260	distal	distal	stage14	stage14	nerfin-1_fragment2	nerfin-1_fragment2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0293	0.0138	0.0358	0.0394	0.0053	0.0214	0.0143	0.018	0.0053	0.0163	0.0174	0.0163	0.0108	0.0031	0.009	0.0031	0.0031
chr3L	904839	904991	chr3L:904840-904991	distal	distal	none	none	nerfin-1_fragment3	nerfin-1_fragment3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0446	0.0265	0.0549	0.0535	0.0106	0.033	0.0294	0.036	0.0106	0.0236	0.0228	0.0236	0.0194	0.0092	0.0148	0.0092	0.0115
chr3L	905306	905760	chr3L:905307-905760	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	nerfin-1_fragment4	nerfin-1_fragment4	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0822	0.0769	0.0929	0.0763	0.035	0.0854	0.0653	0.1559	0.035	0.0356	0.0489	0.0356	0.0263	0.01	0.0148	0.01	0.0177
chr3L	907511	907662	chr3L:907512-907662	distal	distal	stage14	stage14	nerfin-1_fragment6	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0141	0.023	0.0352	0.0053	0.016	0.0212	0.0147	0.0053	0.0097	0.0113	0.0097	0.0054	0.0038	0.0052	0.0038	0.0052
chr3L	907961	908112	chr3L:907962-908112	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	nerfin-1_fragment6	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0374	0.0229	0.0363	0.0547	0.0095	0.0282	0.0298	0.0286	0.0095	0.0151	0.0145	0.0151	0.0108	0.0069	0.0097	0.0069	0.013
chr3L	908189	908340	chr3L:908190-908340	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	nerfin-1_fragment6	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0275	0.0352	0.0533	0.0106	0.0311	0.0346	0.0393	0.0106	0.0181	0.0203	0.0181	0.0101	0.0054	0.0129	0.0054	0.0104
chr3L	908770	909147	chr3L:908771-909147	FBgn0028999	nerfin-1	stage11,stage14,stage5	none	nerfin-1_fragment6	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1199	0.156	0.109	0.0914	0.1326	0.1485	0.1583	0.2652	0.1326	0.0471	0.0781	0.0471	0.0341	0.01	0.0226	0.01	0.0219
chr3L	912593	912744	chr3L:912594-912744	distal	distal	stage11	stage11	VT23745.1,nerfin-1_fragment8	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0344	0.0198	0.0411	0.0432	0.0032	0.0252	0.0264	0.0247	0.0032	0.0145	0.0206	0.0145	0.0093	0.0031	0.0097	0.0031	0.0109
chr3L	912761	912912	chr3L:912762-912912	distal	distal	stage11	stage11	VT23745.1,nerfin-1_fragment8	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0322	0.0179	0.0387	0.0411	0.0042	0.0282	0.0221	0.0167	0.0042	0.0145	0.0206	0.0145	0.0101	0.0031	0.009	0.0031	0.0078
chr3L	913882	914033	chr3L:913883-914033	FBgn0264574	Glut1	stage14,stage5	none	VT23745.1,nerfin-1_fragment8	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0125	0.015	0.0383	0.0074	0.0107	0.0221	0.0113	0.0074	0.0097	0.01	0.0097	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0104
chr3L	914330	914481	chr3L:914331-914481	FBgn0264574	Glut1	stage14	none	VT23746.1,nerfin-1_fragment8	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0077	0.0098	0.0356	0.0011	0.0087	0.0147	0.0047	0.0011	0.0024	0.0055	0.0024	0.0062	0.0015	0.0019	0.0015	0.0089
chr3L	914971	915122	chr3L:914972-915122	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT23746.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0273	0.0266	0.0418	0.0117	0.0262	0.0376	0.038	0.0117	0.0193	0.0222	0.0193	0.0116	0.0084	0.0071	0.0084	0.0073
chr3L	958751	958902	chr3L:958752-958902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0092	0.0121	0.0153	0.0074	0.0078	0.0173	0.006	0.0074	0.0085	0.0106	0.0085	0.0248	0.0054	0.0206	0.0054	0.0292
chr3L	959518	959691	chr3L:959519-959691	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0626	0.029	0.078	0.0833	0.0138	0.0383	0.0316	0.038	0.0138	0.0465	0.1267	0.0465	0.0821	0.0574	0.1986	0.0574	0.0808
chr3L	959920	960114	chr3L:959921-960114	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0385	0.0237	0.048	0.0446	0.0074	0.0252	0.0359	0.026	0.0074	0.0386	0.0733	0.0386	0.0527	0.0299	0.0851	0.0299	0.0584
chr3L	965344	965505	chr3L:965345-965505	distal	distal	none	none	VT23770.1	VT23770.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0143	0.0146	0.0181	0.0085	0.0136	0.0225	0.0127	0.0085	0.0127	0.0109	0.0127	0.0387	0.0115	0.0161	0.0115	0.0328
chr3L	968296	968472	chr3L:968297-968472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0343	0.0303	0.0385	0.0341	0.0191	0.0379	0.0385	0.0353	0.0191	0.0477	0.0424	0.0477	0.0565	0.0421	0.0303	0.0421	0.0573
chr3L	973450	973601	chr3L:973451-973601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0146	0.0181	0.0152	0.0102	0.0064	0.0296	0.0242	0.0107	0.0064	0.0091	0.01	0.0091	0.0465	0.0207	0.0064	0.0207	0.0099
chr3L	975963	976114	chr3L:975964-976114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0278	0.0096	0.0185	0.0191	0.0252	0.0433	0.03	0.0191	0.0139	0.0106	0.0139	0.0085	0.0276	0.0129	0.0276	0.0214
chr3L	976430	976581	chr3L:976431-976581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0132	0.0163	0.0069	0.0166	0.0127	0.017	0.0247	0.0147	0.0127	0.0072	0.0071	0.0072	0.007	0.0322	0.0058	0.0322	0.0146
chr3L	993899	994071	chr3L:993900-994071	FBgn0035179	CG12038	stage14	none	VT23784.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.0272	0.0192	0.0323	0.0138	0.0311	0.0298	0.0426	0.0138	0.0145	0.0158	0.0145	0.0147	0.0061	0.0097	0.0061	0.0089
chr3L	994298	994449	chr3L:994299-994449	FBgn0035179	CG12038	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0186	0.0141	0.0191	0.0064	0.0223	0.0225	0.0266	0.0064	0.0139	0.0129	0.0139	0.0132	0.0092	0.0123	0.0092	0.0073
chr3L	995796	995957	chr3L:995797-995957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0324	0.0263	0.0383	0.0327	0.0095	0.0301	0.0255	0.0513	0.0095	0.0314	0.0479	0.0314	0.0519	0.0375	0.0329	0.0375	0.0584
chr3L	996021	996173	chr3L:996022-996173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0207	0.0189	0.0217	0.0216	0.0106	0.0218	0.0186	0.032	0.0106	0.0181	0.0267	0.0181	0.031	0.023	0.0193	0.023	0.0386
chr3L	996370	996521	chr3L:996371-996521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0213	0.0198	0.0218	0.0223	0.0085	0.0262	0.0212	0.028	0.0085	0.0193	0.026	0.0193	0.0271	0.0123	0.0213	0.0123	0.0422
chr3L	1000738	1000889	chr3L:1000739-1000889	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0111	0.009	0.01	0.0148	0.0032	0.0112	0.013	0.0093	0.0032	0.0091	0.009	0.0091	0.0147	0.0184	0.0071	0.0184	0.0297
chr3L	1005987	1006138	chr3L:1005988-1006138	distal	distal	none	none	VT23790.1	VT23790.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0158	0.0117	0.0152	0.021	0.0042	0.0146	0.0173	0.0107	0.0042	0.0139	0.0167	0.0139	0.024	0.0107	0.0277	0.0107	0.0401
chr3L	1006182	1006459	chr3L:1006183-1006459	distal	distal	none	none	VT23790.1	VT23790.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0148	0.0269	0.0496	0.0021	0.0165	0.0221	0.018	0.0021	0.0169	0.0376	0.0169	0.0333	0.013	0.0954	0.013	0.087
chr3L	1007660	1007849	chr3L:1007661-1007849	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0161	0.0192	0.0344	0.0064	0.018	0.0247	0.0167	0.0064	0.0103	0.017	0.0103	0.0511	0.0077	0.0438	0.0077	0.075
chr3L	1008150	1008301	chr3L:1008151-1008301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0126	0.0159	0.0331	0.0074	0.0131	0.0173	0.016	0.0074	0.0115	0.0177	0.0115	0.0318	0.0107	0.0316	0.0107	0.0745
chr3L	1023925	1024076	chr3L:1023926-1024076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0108	0.015	0.0235	0.0053	0.0087	0.0151	0.0167	0.0053	0.0151	0.0151	0.0151	0.0155	0.0123	0.0123	0.0123	0.0224
chr3L	1029585	1029736	chr3L:1029586-1029736	distal	distal	none	none	VT23801.1	VT23801.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0166	0.0214	0.0226	0.0085	0.0189	0.0247	0.016	0.0085	0.0205	0.028	0.0205	0.0209	0.0138	0.0613	0.0138	0.0156
chr3L	1029881	1030032	chr3L:1029882-1030032	distal	distal	stage14	stage14	VT23801.1	VT23801.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0189	0.0121	0.0209	0.0242	0.0021	0.0155	0.0164	0.0147	0.0021	0.0211	0.028	0.0211	0.0178	0.0145	0.0696	0.0145	0.0182
chr3L	1030356	1030578	chr3L:1030357-1030578	distal	distal	none	none	VT23801.1	VT23801.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0183	0.033	0.0454	0.0042	0.0252	0.0251	0.0193	0.0042	0.0242	0.0424	0.0242	0.0465	0.0176	0.0928	0.0176	0.0641
chr3L	1031196	1031436	chr3L:1031197-1031436	distal	distal	stage14	stage14	VT23801.1	VT23801.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0408	0.0234	0.043	0.0579	0.0032	0.0345	0.0264	0.0313	0.0032	0.0393	0.0367	0.0393	0.0945	0.0253	0.0496	0.0253	0.1433
chr3L	1032301	1032579	chr3L:1032302-1032579	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0516	0.0436	0.0543	0.0577	0.0223	0.0553	0.0541	0.0533	0.0223	0.061	0.0415	0.061	0.0852	0.0865	0.058	0.0865	0.0834
chr3L	1034013	1034170	chr3L:1034014-1034170	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0636	0.0557	0.0313	0.0424	0.0684	0.0817	0.0846	0.0424	0.0688	0.0592	0.0688	0.0496	0.0337	0.0309	0.0337	0.0354
chr3L	1034269	1034443	chr3L:1034270-1034443	FBgn0024277,FBgn0035181	CG9205,trio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1543	0.163	0.1735	0.1235	0.1188	0.2053	0.1864	0.2005	0.1188	0.2385	0.172	0.2385	0.1479	0.1279	0.118	0.1279	0.1292
chr3L	1034523	1034718	chr3L:1034524-1034718	FBgn0024277,FBgn0035181	CG9205,trio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1621	0.151	0.1921	0.1416	0.1166	0.1932	0.1726	0.1805	0.1166	0.276	0.1945	0.276	0.1611	0.1585	0.1348	0.1585	0.1595
chr3L	1034808	1034989	chr3L:1034809-1034989	FBgn0024277,FBgn0035181	CG9205,trio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1773	0.1517	0.211	0.1691	0.106	0.2029	0.1696	0.1805	0.106	0.2754	0.2232	0.2754	0.1944	0.1685	0.1844	0.1685	0.1939
chr3L	1035049	1035241	chr3L:1035050-1035241	FBgn0024277,FBgn0035181	CG9205,trio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1193	0.0962	0.1383	0.1244	0.0541	0.1257	0.1051	0.1312	0.0541	0.1636	0.1611	0.1636	0.1255	0.124	0.1418	0.124	0.1402
chr3L	1041574	1041725	chr3L:1041575-1041725	distal	distal	none	none	VT23808.1	VT23808.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0279	0.0289	0.0391	0.0146	0.0127	0.0262	0.0476	0.034	0.0127	0.058	0.0389	0.058	0.0356	0.0161	0.0077	0.0161	0.013
chr3L	1043319	1043527	chr3L:1043320-1043527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0224	0.0218	0.024	0.0212	0.0042	0.0359	0.026	0.0207	0.0042	0.0411	0.0151	0.0411	0.0085	0.0061	0.0058	0.0061	0.0083
chr3L	1043758	1043953	chr3L:1043759-1043953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.022	0.0161	0.0256	0.0248	0.0021	0.0282	0.0186	0.014	0.0021	0.0411	0.0138	0.0411	0.0108	0.0077	0.0064	0.0077	0.0063
chr3L	1046408	1046640	chr3L:1046409-1046640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0303	0.0247	0.0437	0.022	0.0053	0.0403	0.026	0.028	0.0053	0.038	0.0209	0.038	0.007	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr3L	1058444	1058598	chr3L:1058445-1058598	distal	distal	none	none	VT23814.1	VT23814.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0151	0.0138	0.0173	0.0142	0.0064	0.0136	0.0251	0.0113	0.0064	0.0193	0.0129	0.0193	0.0054	0.013	0.0039	0.013	0.0047
chr3L	1062785	1062936	chr3L:1062786-1062936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0079	0.0091	0.0233	0.0011	0.0073	0.0151	0.0073	0.0011	0.0091	0.0055	0.0091	0.0085	0.0038	0.0026	0.0038	0.0068
chr3L	1065575	1065726	chr3L:1065576-1065726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0106	0.0115	0.0177	0.0042	0.0097	0.0182	0.0107	0.0042	0.0175	0.0109	0.0175	0.0054	0.0069	0.0064	0.0069	0.0042
chr3L	1070738	1070963	chr3L:1070739-1070963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0327	0.0263	0.0385	0.0337	0.018	0.0262	0.0441	0.0207	0.018	0.0568	0.037	0.0568	0.0364	0.0704	0.0355	0.0704	0.0271
chr3L	1072425	1072581	chr3L:1072426-1072581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0074	0.0138	0.0178	0.0042	0.0078	0.0138	0.0033	0.0042	0.0103	0.0077	0.0103	0.007	0.0061	0.0039	0.0061	0.0073
chr3L	1074465	1074616	chr3L:1074466-1074616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0077	0.0148	0.0178	0.0064	0.0087	0.0091	0.0093	0.0064	0.0181	0.0135	0.0181	0.0108	0.0161	0.0084	0.0161	0.0203
chr3L	1078622	1078773	chr3L:1078623-1078773	distal	distal	none	none	VT23825.1	VT23825.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0083	0.0124	0.0157	0.0021	0.0097	0.0134	0.008	0.0021	0.0121	0.0113	0.0121	0.0101	0.01	0.0052	0.01	0.0083
chr3L	1082367	1082518	chr3L:1082368-1082518	distal	distal	none	none	VT23827.1	VT23827.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0112	0.0202	0.0205	0.0032	0.016	0.0182	0.0053	0.0032	0.029	0.0209	0.029	0.0132	0.0498	0.0103	0.0498	0.0224
chr3L	1082611	1082806	chr3L:1082612-1082806	distal	distal	none	none	VT23827.1	VT23827.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0282	0.0136	0.0332	0.0389	0.0042	0.0228	0.0182	0.0093	0.0042	0.0604	0.0312	0.0604	0.0287	0.0681	0.0277	0.0681	0.061
chr3L	1082934	1083423	chr3L:1082935-1083423	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT23827.1,VT23828.1	VT23827.1,VT23828.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0654	0.0312	0.0815	0.0859	0.0095	0.0558	0.0359	0.0247	0.0095	0.1437	0.0781	0.1437	0.0875	0.1585	0.0799	0.1585	0.1219
chr3L	1083594	1083857	chr3L:1083595-1083857	distal	distal	stage11	stage11	VT23828.1	VT23828.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0378	0.0284	0.0468	0.0383	0.0117	0.0451	0.0285	0.032	0.0117	0.0827	0.0511	0.0827	0.0387	0.0574	0.0251	0.0574	0.0646
chr3L	1083862	1084058	chr3L:1083863-1084058	distal	distal	stage11	stage11	VT23828.1	VT23828.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0364	0.0297	0.0452	0.0344	0.0106	0.0466	0.0311	0.0353	0.0106	0.0803	0.0502	0.0803	0.0302	0.0475	0.0297	0.0475	0.0532
chr3L	1084865	1085040	chr3L:1084866-1085040	distal	distal	none	none	VT23828.1,VT23829.1,bab1_dimorphic_element_middle	VT23828.1,VT23829.1,bab1_dimorphic_element_middle	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0365	0.0439	0.039	0.0255	0.018	0.0573	0.0502	0.0606	0.018	0.0453	0.0444	0.0453	0.0418	0.036	0.0245	0.036	0.0313
chr3L	1085851	1086002	chr3L:1085852-1086002	distal	distal	none	none	VT23829.1	VT23829.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.0157	0.018	0.0142	0.0095	0.0175	0.0251	0.012	0.0095	0.0163	0.0148	0.0163	0.024	0.0153	0.0058	0.0153	0.0172
chr3L	1086290	1086441	chr3L:1086291-1086441	distal	distal	none	none	VT23829.1	VT23829.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0183	0.0116	0.0287	0.0145	0.0021	0.0189	0.0169	0.0067	0.0021	0.0254	0.0254	0.0254	0.0627	0.0168	0.011	0.0168	0.0198
chr3L	1091251	1091646	chr3L:1091252-1091646	distal	distal	stage11	stage11	VT23832.1,bab1_intron_9	VT23832.1,bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0642	0.0378	0.0963	0.0583	0.0191	0.0476	0.051	0.0366	0.0191	0.1021	0.1441	0.1021	0.0589	0.0904	0.0993	0.0904	0.0516
chr3L	1092977	1093137	chr3L:1092978-1093137	distal	distal	stage14	stage14	bab1_intron_9	bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0326	0.0196	0.0393	0.0397	0.0053	0.0262	0.0285	0.02	0.0053	0.0586	0.0447	0.0586	0.0387	0.0505	0.0696	0.0505	0.0276
chr3L	1093224	1093375	chr3L:1093225-1093375	distal	distal	stage14	stage14	bab1_intron_9	bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0299	0.0176	0.0449	0.0273	0.0032	0.0267	0.0225	0.0173	0.0032	0.0574	0.0505	0.0574	0.0573	0.0352	0.0374	0.0352	0.0276
chr3L	1094619	1094823	chr3L:1094620-1094823	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT23834.1,bab1_intron_9	VT23834.1,bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0704	0.0507	0.1272	0.0302	0.018	0.1053	0.0402	0.044	0.018	0.224	0.1598	0.224	0.0496	0.0613	0.0419	0.0613	0.0177
chr3L	1095054	1095205	chr3L:1095055-1095205	distal	distal	none	none	VT23834.1,VT23835.1,bab1_intron_9	VT23834.1,VT23835.1,bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0398	0.0201	0.0698	0.0288	0.0053	0.0345	0.016	0.0273	0.0053	0.1057	0.0984	0.1057	0.0256	0.0827	0.0213	0.0827	0.0224
chr3L	1095364	1095573	chr3L:1095365-1095573	distal	distal	stage11	stage11	VT23834.1,VT23835.1,bab1_intron_9	VT23834.1,VT23835.1,bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0473	0.0265	0.0718	0.0434	0.0085	0.0422	0.029	0.0306	0.0085	0.1171	0.0994	0.1171	0.0232	0.1049	0.0316	0.1049	0.0464
chr3L	1095685	1095836	chr3L:1095686-1095836	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT23835.1,bab1_intron_9	VT23835.1,bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0392	0.0295	0.0612	0.026	0.0095	0.0379	0.0285	0.0513	0.0095	0.0839	0.0871	0.0839	0.0225	0.0674	0.0232	0.0674	0.0234
chr3L	1095876	1096127	chr3L:1095877-1096127	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT23835.1,bab1_intron_9	VT23835.1,bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0776	0.0743	0.1151	0.0401	0.0085	0.1189	0.0463	0.1352	0.0085	0.1461	0.1717	0.1461	0.031	0.0881	0.0496	0.0881	0.0313
chr3L	1096133	1096426	chr3L:1096134-1096426	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT23835.1,bab1_intron_9	VT23835.1,bab1_intron_9	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0911	0.092	0.134	0.0432	0.0201	0.1413	0.0597	0.1752	0.0201	0.1467	0.2048	0.1467	0.0503	0.0858	0.0645	0.0858	0.0334
chr3L	1096657	1097009	chr3L:1096658-1097009	distal	distal	stage11	stage11	VT23835.1,bab1_anterior_element	VT23835.1,bab1_anterior_element	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0823	0.0398	0.1305	0.0771	0.0191	0.0607	0.0342	0.06	0.0191	0.1081	0.2273	0.1081	0.0527	0.1462	0.1399	0.1462	0.0563
chr3L	1097259	1097461	chr3L:1097260-1097461	distal	distal	none	none	VT23835.1,bab1_anterior_element	VT23835.1,bab1_anterior_element	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0569	0.0355	0.0829	0.0524	0.0127	0.0665	0.0329	0.0366	0.0127	0.0749	0.1357	0.0749	0.055	0.0827	0.1135	0.0827	0.0328
chr3L	1097577	1097784	chr3L:1097578-1097784	distal	distal	none	none	VT23835.1,bab1_anterior_element	VT23835.1,bab1_anterior_element	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0537	0.0414	0.0789	0.0398	0.0095	0.0743	0.0428	0.04	0.0095	0.0803	0.1167	0.0803	0.0689	0.0567	0.0825	0.0567	0.0307
chr3L	1098743	1098929	chr3L:1098744-1098929	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0766	0.0328	0.1173	0.081	0.0212	0.0456	0.0385	0.03	0.0212	0.1377	0.1447	0.1377	0.1565	0.108	0.1141	0.108	0.1162
chr3L	1100766	1100932	chr3L:1100767-1100932	FBgn0004870	bab1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.049	0.0612	0.0248	0.0371	0.0617	0.0536	0.064	0.0371	0.07	0.0785	0.07	0.0596	0.026	0.0329	0.026	0.0328
chr3L	1101621	1101776	chr3L:1101622-1101776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0272	0.0282	0.0349	0.0177	0.017	0.0388	0.0294	0.036	0.017	0.055	0.0328	0.055	0.0147	0.01	0.009	0.01	0.0052
chr3L	1102414	1102619	chr3L:1102415-1102619	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1241	0.0639	0.1693	0.1418	0.0265	0.1044	0.0532	0.0913	0.0265	0.2301	0.2058	0.2301	0.1596	0.1662	0.1709	0.1662	0.1626
chr3L	1102797	1102951	chr3L:1102798-1102951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0336	0.0203	0.0462	0.0345	0.0074	0.0272	0.026	0.0233	0.0074	0.0399	0.0608	0.0399	0.0689	0.0299	0.0522	0.0299	0.0448
chr3L	1108692	1108889	chr3L:1108693-1108889	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.022	0.0409	0.0169	0.0064	0.0244	0.0544	0.0467	0.0493	0.0244	0.0151	0.0206	0.0151	0.0163	0.0145	0.0052	0.0145	0.0057
chr3L	1110079	1110230	chr3L:1110080-1110230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0149	0.026	0.0131	0.0045	0.0127	0.0379	0.0294	0.03	0.0127	0.0242	0.0129	0.0242	0.0085	0.0092	0.0019	0.0092	0.0016
chr3L	1112037	1112188	chr3L:1112038-1112188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.012	0.0113	0.0096	0.0064	0.0117	0.0195	0.0113	0.0064	0.0151	0.0141	0.0151	0.0132	0.0268	0.0103	0.0268	0.0063
chr3L	1117214	1117472	chr3L:1117215-1117472	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0514	0.0405	0.0665	0.0469	0.0201	0.0573	0.0467	0.048	0.0201	0.1117	0.0592	0.1117	0.0759	0.1462	0.0284	0.1462	0.037
chr3L	1117523	1117735	chr3L:1117524-1117735	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0541	0.038	0.0758	0.0483	0.0191	0.0612	0.0389	0.042	0.0191	0.119	0.0605	0.119	0.1046	0.1508	0.0251	0.1508	0.0349
chr3L	1118657	1118808	chr3L:1118658-1118808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0131	0.0066	0.0203	0.0125	0.0021	0.0073	0.0121	0.0047	0.0021	0.0242	0.0145	0.0242	0.0527	0.0291	0.0071	0.0291	0.0156
chr3L	1119632	1119783	chr3L:1119633-1119783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0128	0.011	0.014	0.0136	0.0074	0.0141	0.0151	0.01	0.0074	0.0157	0.0132	0.0157	0.0256	0.0168	0.0071	0.0168	0.0302
chr3L	1121679	1121830	chr3L:1121680-1121830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.013	0.0247	0.0132	0.0053	0.0165	0.019	0.0133	0.0053	0.0411	0.0209	0.0411	0.0364	0.0237	0.0135	0.0237	0.0177
chr3L	1122038	1122189	chr3L:1122039-1122189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0143	0.0132	0.0203	0.0088	0.0032	0.0194	0.0177	0.0133	0.0032	0.0211	0.0177	0.0211	0.0434	0.0184	0.0052	0.0184	0.0109
chr3L	1128065	1128216	chr3L:1128066-1128216	distal	distal	none	none	bab2_bab2_+47	bab2_bab2_+47	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0104	0.009	0.0096	0.013	0	0.0078	0.019	0.0047	0	0.0127	0.0077	0.0127	0.0155	0.0322	0.0064	0.0322	0.0141
chr3L	1137490	1137660	chr3L:1137491-1137660	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0214	0.0224	0.0296	0.0111	0.0085	0.0398	0.0251	0.018	0.0085	0.0248	0.0315	0.0248	0.062	0.0107	0.0168	0.0107	0.0141
chr3L	1137717	1137868	chr3L:1137718-1137868	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0179	0.0177	0.0261	0.0091	0.0106	0.0248	0.0242	0.014	0.0106	0.0236	0.0296	0.0236	0.0534	0.0107	0.0116	0.0107	0.0078
chr3L	1137878	1138323	chr3L:1137879-1138323	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0369	0.0341	0.0523	0.0231	0.0148	0.0485	0.0484	0.024	0.0148	0.0797	0.0585	0.0797	0.0496	0.026	0.0148	0.026	0.0172
chr3L	1138650	1138801	chr3L:1138651-1138801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0167	0.0117	0.0253	0.0128	0.0042	0.0184	0.016	0.0073	0.0042	0.0374	0.0312	0.0374	0.0139	0.0191	0.0161	0.0191	0.0125
chr3L	1140003	1140351	chr3L:1140004-1140351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0413	0.0315	0.0523	0.0401	0.0085	0.0481	0.0411	0.0286	0.0085	0.0773	0.0653	0.0773	0.0318	0.0513	0.0329	0.0513	0.0552
chr3L	1140559	1140745	chr3L:1140560-1140745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0331	0.0319	0.0386	0.0285	0.0095	0.0461	0.0424	0.0313	0.0095	0.0568	0.0457	0.0568	0.0294	0.0375	0.0258	0.0375	0.0349
chr3L	1145524	1145675	chr3L:1145525-1145675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0155	0.0088	0.0174	0.0207	0.0042	0.0107	0.0104	0.012	0.0042	0.0284	0.0177	0.0284	0.0147	0.0245	0.0161	0.0245	0.0302
chr3L	1146633	1146784	chr3L:1146634-1146784	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0172	0.0085	0.0185	0.0256	0.0032	0.0155	0.0078	0.0087	0.0032	0.0266	0.0203	0.0266	0.0108	0.0184	0.009	0.0184	0.0162
chr3L	1151994	1152145	chr3L:1151995-1152145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0153	0.0115	0.0222	0.0121	0.0021	0.015	0.0164	0.0127	0.0021	0.0399	0.0238	0.0399	0.0147	0.0306	0.011	0.0306	0.012
chr3L	1152218	1152397	chr3L:1152219-1152397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0243	0.0183	0.0322	0.0223	0.0042	0.0286	0.0199	0.0207	0.0042	0.0507	0.0383	0.0507	0.0232	0.0421	0.0297	0.0421	0.0193
chr3L	1152470	1152692	chr3L:1152471-1152692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0284	0.0229	0.0382	0.0237	0.0095	0.0316	0.032	0.0187	0.0095	0.0556	0.0473	0.0556	0.0287	0.0337	0.0335	0.0337	0.0182
chr3L	1152806	1152981	chr3L:1152807-1152981	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0196	0.0293	0.017	0.0095	0.0218	0.0298	0.016	0.0095	0.038	0.0399	0.038	0.0178	0.0276	0.0322	0.0276	0.0078
chr3L	1153152	1153586	chr3L:1153153-1153586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0486	0.0308	0.0718	0.043	0.0074	0.0451	0.0389	0.0306	0.0074	0.087	0.1055	0.087	0.0434	0.0574	0.0787	0.0574	0.0334
chr3L	1153638	1153789	chr3L:1153639-1153789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0181	0.0111	0.0264	0.0169	0.0011	0.0165	0.0156	0.0107	0.0011	0.0344	0.0395	0.0344	0.007	0.026	0.0316	0.026	0.013
chr3L	1166065	1166377	chr3L:1166066-1166377	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	bab2_bab2_+7	bab2_bab2_+7	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0781	0.0663	0.1197	0.0458	0.0212	0.1141	0.0657	0.074	0.0212	0.2186	0.1312	0.2186	0.0891	0.0781	0.0703	0.0781	0.0375
chr3L	1166529	1166719	chr3L:1166530-1166719	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	bab2_bab2_+7	bab2_bab2_+7	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0495	0.0427	0.0746	0.0295	0.0138	0.0728	0.0385	0.0553	0.0138	0.131	0.0904	0.131	0.0426	0.0628	0.0426	0.0628	0.0203
chr3L	1166757	1166994	chr3L:1166758-1166994	distal	distal	stage11	stage11	bab2_bab2_+7	bab2_bab2_+7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0676	0.0566	0.1044	0.0395	0.0117	0.1117	0.0407	0.0693	0.0117	0.2005	0.1222	0.2005	0.0558	0.1034	0.0464	0.1034	0.0234
chr3L	1167240	1167521	chr3L:1167241-1167521	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	bab2_bab2_+7	bab2_bab2_+7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1156	0.0943	0.182	0.0666	0.0255	0.2087	0.0407	0.1186	0.0255	0.3225	0.2061	0.3225	0.1363	0.1623	0.0696	0.1623	0.0594
chr3L	1167781	1167932	chr3L:1167782-1167932	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT23870.1,bab2_bab2_+7	VT23870.1,bab2_bab2_+7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0353	0.0373	0.0495	0.0177	0.0064	0.085	0.0268	0.034	0.0064	0.0918	0.0537	0.0918	0.0341	0.036	0.0142	0.036	0.0162
chr3L	1168425	1168660	chr3L:1168426-1168660	distal	distal	stage11	stage11	VT23870.1,bab2_bab2_+7	VT23870.1,bab2_bab2_+7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0606	0.0497	0.0953	0.0345	0.0148	0.0816	0.0458	0.0646	0.0148	0.1504	0.1064	0.1504	0.0844	0.059	0.0348	0.059	0.0401
chr3L	1168665	1168891	chr3L:1168666-1168891	distal	distal	stage11	stage11	VT23870.1,bab2_bab2_+7	VT23870.1,bab2_bab2_+7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.059	0.0427	0.0957	0.037	0.0223	0.0733	0.032	0.0566	0.0223	0.1322	0.1212	0.1322	0.0798	0.0651	0.0374	0.0651	0.0396
chr3L	1169534	1169794	chr3L:1169535-1169794	distal	distal	none	none	VT23870.1,bab2_bab2_+2	VT23870.1,bab2_bab2_+2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0367	0.0312	0.0515	0.0266	0.0095	0.0549	0.0324	0.03	0.0095	0.0574	0.0563	0.0574	0.0806	0.0253	0.0213	0.0253	0.0453
chr3L	1169856	1170007	chr3L:1169857-1170007	distal	distal	none	none	bab2_bab2_+2	bab2_bab2_+2	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0304	0.0257	0.0425	0.0223	0.0095	0.0417	0.0303	0.0187	0.0095	0.0417	0.0508	0.0417	0.0558	0.0153	0.0297	0.0153	0.0334
chr3L	1170034	1170302	chr3L:1170035-1170302	distal	distal	none	none	bab2_bab2_+2	bab2_bab2_+2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0415	0.0312	0.0618	0.0306	0.0106	0.05	0.0385	0.0266	0.0106	0.064	0.0723	0.064	0.0813	0.0214	0.0516	0.0214	0.0391
chr3L	1170684	1170835	chr3L:1170685-1170835	distal	distal	none	none	bab2_bab2_+2	bab2_bab2_+2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0243	0.0141	0.0299	0.0295	0.0032	0.0238	0.0164	0.0147	0.0032	0.0562	0.0325	0.0562	0.0201	0.0329	0.0226	0.0329	0.024
chr3L	1177165	1177408	chr3L:1177166-1177408	FBgn0025525	bab2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2168	0.1843	0.2742	0.1901	0.1273	0.2636	0.1648	0.2532	0.1273	0.3454	0.3032	0.3454	0.2688	0.2006	0.1934	0.2006	0.2454
chr3L	1177977	1178372	chr3L:1177978-1178372	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1555	0.1329	0.1789	0.155	0.07	0.183	0.1142	0.2105	0.07	0.1522	0.2469	0.1522	0.2006	0.196	0.1986	0.196	0.2069
chr3L	1178439	1178773	chr3L:1178440-1178773	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0867	0.0766	0.0947	0.0891	0.0392	0.0995	0.077	0.1146	0.0392	0.1105	0.1145	0.1105	0.1038	0.1531	0.089	0.1531	0.1235
chr3L	1188926	1189456	chr3L:1188927-1189456	FBgn0035186	CG13912	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0787	0.0464	0.084	0.1089	0.0074	0.0942	0.0454	0.0326	0.0074	0.0556	0.0514	0.0556	0.2812	0.1172	0.0864	0.1172	0.198
chr3L	1191702	1191853	chr3L:1191703-1191853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0117	0.0151	0.0203	0.0032	0.0131	0.0182	0.012	0.0032	0.0109	0.017	0.0109	0.0271	0.0115	0.0174	0.0115	0.0422
chr3L	1196059	1196267	chr3L:1196060-1196267	FBgn0040281	Aplip1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0112	0.0168	0.051	0.0064	0.0107	0.0164	0.0133	0.0064	0.0079	0.0161	0.0079	0.0116	0.0069	0.0135	0.0069	0.0182
chr3L	1199378	1199582	chr3L:1199379-1199582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0241	0.0209	0.0208	0.0313	0.0106	0.0272	0.0298	0.0187	0.0106	0.0157	0.0264	0.0157	0.0387	0.0291	0.0496	0.0291	0.0453
chr3L	1200702	1200853	chr3L:1200703-1200853	FBgn0264272	mwh	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0125	0.0086	0.0138	0.0153	0.0042	0.0092	0.0108	0.0133	0.0042	0.0054	0.0196	0.0054	0.0225	0.0054	0.0419	0.0054	0.0115
chr3L	1202767	1202918	chr3L:1202768-1202918	FBgn0063667	CG32335	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0145	0.011	0.0143	0.0187	0.0042	0.0107	0.019	0.0087	0.0042	0.0151	0.0154	0.0151	0.0232	0.0299	0.0103	0.0299	0.0287
chr3L	1203374	1203525	chr3L:1203375-1203525	FBgn0063667	CG32335	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0123	0.018	0.0206	0.0042	0.0141	0.0203	0.0113	0.0042	0.0163	0.0174	0.0163	0.0411	0.0161	0.0129	0.0161	0.0443
chr3L	1204904	1205283	chr3L:1204905-1205283	FBgn0035189	CG9119	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0403	0.0218	0.0522	0.0479	0.0053	0.0291	0.0303	0.0247	0.0053	0.0302	0.0605	0.0302	0.11	0.0268	0.0838	0.0268	0.0766
chr3L	1205331	1205508	chr3L:1205332-1205508	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0153	0.0321	0.0344	0.0042	0.0209	0.0203	0.0147	0.0042	0.0199	0.0338	0.0199	0.0751	0.0115	0.0535	0.0115	0.0698
chr3L	1206769	1206948	chr3L:1206770-1206948	FBgn0004425	LysB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.0796	0.1398	0.0812	0.0424	0.0947	0.1003	0.1013	0.0424	0.1649	0.1592	0.1649	0.1518	0.0888	0.1167	0.0888	0.1068
chr3L	1207012	1207163	chr3L:1207013-1207163	FBgn0004425	LysB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0268	0.0437	0.0235	0.0127	0.0296	0.0402	0.0273	0.0127	0.0519	0.0502	0.0519	0.0434	0.0268	0.0297	0.0268	0.0287
chr3L	1208244	1208456	chr3L:1208245-1208456	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0737	0.0578	0.0869	0.0769	0.0382	0.0544	0.0878	0.0646	0.0382	0.0737	0.1254	0.0737	0.1015	0.0214	0.2031	0.0214	0.0896
chr3L	1208688	1208839	chr3L:1208689-1208839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0093	0.0145	0.0206	0.0042	0.0087	0.0164	0.0093	0.0042	0.0103	0.0225	0.0103	0.0124	0.0054	0.0722	0.0054	0.0115
chr3L	1209121	1209272	chr3L:1209122-1209272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0144	0.0112	0.0137	0.0188	0.0053	0.0126	0.0164	0.012	0.0053	0.0127	0.019	0.0127	0.0116	0.0084	0.0548	0.0084	0.0115
chr3L	1212324	1212475	chr3L:1212325-1212475	FBgn0004428	LysE	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0095	0.0123	0.0231	0.0011	0.0126	0.0156	0.008	0.0011	0.0091	0.018	0.0091	0.0101	0.0084	0.0729	0.0084	0.0135
chr3L	1214687	1214838	chr3L:1214688-1214838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0149	0.0122	0.0145	0.0182	0.0095	0.0092	0.0229	0.008	0.0095	0.0139	0.0193	0.0139	0.0155	0.0107	0.0542	0.0107	0.0089
chr3L	1216432	1216583	chr3L:1216433-1216583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0116	0.0106	0.0113	0.013	0.0032	0.0087	0.0203	0.0107	0.0032	0.0145	0.0148	0.0145	0.0085	0.0046	0.0413	0.0046	0.0099
chr3L	1227402	1227570	chr3L:1227403-1227570	FBgn0004430	LysS	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0201	0.0222	0.043	0.0064	0.0243	0.0311	0.0187	0.0064	0.0284	0.0257	0.0284	0.0256	0.0383	0.0593	0.0383	0.0776
chr3L	1228253	1228404	chr3L:1228254-1228404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0112	0.0117	0.0103	0.0011	0.0131	0.0164	0.0147	0.0011	0.0133	0.0161	0.0133	0.0124	0.0069	0.0284	0.0069	0.0057
chr3L	1228771	1228922	chr3L:1228772-1228922	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0128	0.0113	0.0135	0.0136	0.0032	0.0097	0.0177	0.0153	0.0032	0.0115	0.0193	0.0115	0.0147	0.0061	0.0413	0.0061	0.0099
chr3L	1229429	1229580	chr3L:1229430-1229580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0082	0.0113	0.0118	0.0011	0.0083	0.016	0.0067	0.0011	0.0103	0.0154	0.0103	0.0116	0.0054	0.0355	0.0054	0.0089
chr3L	1235678	1235829	chr3L:1235679-1235829	FBgn0035192	CG9194	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0237	0.0173	0.018	0.0372	0.0032	0.0214	0.0285	0.014	0.0032	0.0248	0.0183	0.0248	0.0194	0.1394	0.0213	0.1394	0.0167
chr3L	1236030	1236181	chr3L:1236031-1236181	FBgn0035192	CG9194	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0175	0.0138	0.0152	0.024	0.0032	0.0155	0.0208	0.0167	0.0032	0.0145	0.0193	0.0145	0.0132	0.0812	0.0174	0.0812	0.013
chr3L	1244644	1244795	chr3L:1244645-1244795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0279	0.0222	0.0082	0.0117	0.0267	0.0476	0.0306	0.0117	0.0254	0.0286	0.0254	0.0163	0.01	0.0103	0.01	0.0104
chr3L	1247411	1247581	chr3L:1247412-1247581	FBgn0035194,FBgn0035195,FBgn0052318	CG32318,Psf1,Sac1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0516	0.0779	0.046	0.0286	0.0641	0.0519	0.0826	0.0286	0.1008	0.083	0.1008	0.0875	0.0398	0.0496	0.0398	0.0631
chr3L	1247615	1247831	chr3L:1247616-1247831	FBgn0035194,FBgn0035195	Psf1,Sac1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1636	0.1355	0.2138	0.1398	0.0742	0.1825	0.1311	0.2065	0.0742	0.2711	0.2338	0.2711	0.2223	0.1723	0.1341	0.1723	0.1829
chr3L	1247910	1248078	chr3L:1247911-1248078	FBgn0035194,FBgn0035195	Psf1,Sac1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1844	0.1549	0.2313	0.166	0.0933	0.2068	0.1605	0.2125	0.0933	0.2874	0.2498	0.2874	0.2301	0.1746	0.1663	0.1746	0.2147
chr3L	1248154	1248314	chr3L:1248155-1248314	FBgn0035194,FBgn0035195	Psf1,Sac1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0903	0.0684	0.119	0.0831	0.0392	0.0825	0.0804	0.0926	0.0392	0.1377	0.1209	0.1377	0.1224	0.0712	0.0812	0.0712	0.1006
chr3L	1256396	1256578	chr3L:1256397-1256578	FBgn0035199	CG9134	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.0118	0.0194	0.0439	0.0042	0.0121	0.0225	0.008	0.0042	0.006	0.0367	0.006	0.0132	0.0061	0.1676	0.0061	0.0115
chr3L	1265535	1265768	chr3L:1265536-1265768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0243	0.014	0.0218	0.0387	0.0042	0.0097	0.0268	0.0147	0.0042	0.0097	0.0415	0.0097	0.0085	0.0061	0.1515	0.0061	0.0073
chr3L	1269209	1269360	chr3L:1269210-1269360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0096	0.0085	0.0095	0.0109	0.0032	0.0024	0.0177	0.0107	0.0032	0.0072	0.0125	0.0072	0.0108	0.0077	0.0316	0.0077	0.0052
chr3L	1275218	1275369	chr3L:1275219-1275369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0105	0.0096	0.0226	0.0085	0.0083	0.0173	0.0107	0.0085	0.0115	0.009	0.0115	0.0046	8e-04	0.0039	8e-04	0.0031
chr3L	1275815	1276003	chr3L:1275816-1276003	FBgn0052333	CG32333	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0205	0.0143	0.0117	0.037	0.0085	0.0112	0.0247	0.014	0.0085	0.0133	0.0103	0.0133	0.007	0.0337	0.0123	0.0337	0.0104
chr3L	1280906	1281057	chr3L:1280907-1281057	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.007	0.007	0.0106	0.0053	0.0034	0.0134	0.0067	0.0053	0.0048	0.0084	0.0048	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0057
chr3L	1281170	1281321	chr3L:1281171-1281321	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0078	0.0075	0.0071	0.0091	0.0021	0.0044	0.0169	0.0067	0.0021	0.0048	0.0087	0.0048	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0063
chr3L	1294962	1295113	chr3L:1294963-1295113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0435	0.0293	0.0181	0.0233	0.0398	0.0683	0.0473	0.0233	0.0278	0.035	0.0278	0.031	0.0214	0.0155	0.0214	0.0208
chr3L	1295418	1295631	chr3L:1295419-1295631	FBgn0262937	Rabex-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0622	0.0697	0.0448	0.0361	0.0597	0.0848	0.0813	0.0361	0.0797	0.0759	0.0797	0.0736	0.0368	0.0522	0.0368	0.0589
chr3L	1295784	1295979	chr3L:1295785-1295979	FBgn0262937	Rabex-5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1366	0.1208	0.1665	0.1214	0.0785	0.1383	0.1406	0.1652	0.0785	0.2011	0.183	0.2011	0.1727	0.1133	0.1302	0.1133	0.1631
chr3L	1298587	1298759	chr3L:1298588-1298759	FBgn0025682	scf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1424	0.123	0.1685	0.1354	0.1018	0.167	0.1224	0.1566	0.1018	0.2506	0.1695	0.2506	0.2053	0.1692	0.1502	0.1692	0.1933
chr3L	1300074	1300247	chr3L:1300075-1300247	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0844	0.0593	0.1014	0.0939	0.018	0.1311	0.0454	0.0426	0.018	0.1908	0.0746	0.1908	0.1534	0.1149	0.0793	0.1149	0.1819
chr3L	1300430	1300748	chr3L:1300431-1300748	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1072	0.0851	0.1286	0.1083	0.0435	0.1466	0.0804	0.0793	0.0435	0.2005	0.0949	0.2005	0.2417	0.0972	0.0961	0.0972	0.2288
chr3L	1302366	1302540	chr3L:1302367-1302540	FBgn0010333,FBgn0035203	CG9149,Rac1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.064	0.0499	0.0843	0.0577	0.0297	0.0592	0.0523	0.0779	0.0297	0.1226	0.0897	0.1226	0.0821	0.0658	0.0567	0.0658	0.0823
chr3L	1302610	1302794	chr3L:1302611-1302794	FBgn0010333,FBgn0035203	CG9149,Rac1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1471	0.126	0.1829	0.1313	0.088	0.1578	0.1315	0.1772	0.088	0.2361	0.1961	0.2361	0.189	0.1317	0.1264	0.1317	0.1699
chr3L	1302852	1303042	chr3L:1302853-1303042	FBgn0010333,FBgn0035203	CG9149,Rac1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1469	0.1224	0.1864	0.131	0.0838	0.1519	0.1293	0.1712	0.0838	0.2277	0.2064	0.2277	0.1882	0.1294	0.1315	0.1294	0.1709
chr3L	1307060	1307275	chr3L:1307061-1307275	FBgn0035204,FBgn0035205	CG2277,CG2469	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1242	0.1296	0.1445	0.0958	0.088	0.1515	0.1514	0.1712	0.088	0.1733	0.1524	0.1733	0.1844	0.121	0.1032	0.121	0.1141
chr3L	1307370	1307565	chr3L:1307371-1307565	FBgn0035204,FBgn0035205	CG2277,CG2469	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2023	0.2035	0.233	0.1674	0.1665	0.234	0.234	0.2632	0.1665	0.2929	0.2492	0.2929	0.2417	0.2152	0.1721	0.2152	0.1996
chr3L	1307710	1307861	chr3L:1307711-1307861	FBgn0035204,FBgn0035205	CG2277,CG2469	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0565	0.0622	0.0395	0.0276	0.0621	0.074	0.0753	0.0276	0.0713	0.0675	0.0713	0.072	0.0429	0.0458	0.0429	0.0532
chr3L	1313047	1313265	chr3L:1313048-1313265	FBgn0035206,FBgn0035207	CG9153,CG9186	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0857	0.0476	0.1189	0.0918	0.0318	0.0607	0.0536	0.0573	0.0318	0.0864	0.1534	0.0864	0.1495	0.0628	0.1219	0.0628	0.1277
chr3L	1313584	1313754	chr3L:1313585-1313754	FBgn0035206,FBgn0035207	CG9153,CG9186	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1165	0.0753	0.1522	0.1235	0.0424	0.0879	0.0973	0.0933	0.0424	0.151	0.1785	0.151	0.1944	0.0995	0.138	0.0995	0.1678
chr3L	1313830	1314008	chr3L:1313831-1314008	FBgn0035206,FBgn0035207	CG9153,CG9186	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0468	0.0335	0.0622	0.0447	0.0117	0.0398	0.0506	0.0366	0.0117	0.0598	0.0765	0.0598	0.0821	0.0375	0.0509	0.0375	0.0631
chr3L	1318340	1318516	chr3L:1318341-1318516	FBgn0010246	Myo61F	none	none	VT23949.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0435	0.0275	0.0415	0.0636	0.0148	0.0262	0.0437	0.0293	0.0148	0.0211	0.0521	0.0211	0.0821	0.0214	0.107	0.0214	0.0959
chr3L	1318635	1318786	chr3L:1318636-1318786	FBgn0010246	Myo61F	none	none	VT23949.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0215	0.0166	0.0195	0.0292	0.0074	0.0189	0.0234	0.018	0.0074	0.0133	0.0238	0.0133	0.0341	0.0123	0.0606	0.0123	0.0391
chr3L	1320309	1320573	chr3L:1320310-1320573	distal	distal	stage14	stage14	VT23949.1,VT23950.1	VT23950.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0182	0.0264	0.0352	0.0064	0.0194	0.0307	0.0173	0.0064	0.0242	0.0257	0.0242	0.0573	0.0145	0.0445	0.0145	0.0735
chr3L	1321506	1321657	chr3L:1321507-1321657	distal	distal	none	none	VT23950.1	VT23950.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0136	0.0143	0.0209	0.0032	0.0126	0.0229	0.016	0.0032	0.0079	0.027	0.0079	0.0085	0.0061	0.0606	0.0061	0.0177
chr3L	1322000	1322151	chr3L:1322001-1322151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0142	0.0145	0.022	0.0021	0.0155	0.0212	0.018	0.0021	0.0121	0.0199	0.0121	0.0155	0.0061	0.0651	0.0061	0.0193
chr3L	1322269	1322420	chr3L:1322270-1322420	FBgn0035208	CG9184	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0135	0.0086	0.0105	0.0223	0.0011	0.0107	0.0125	0.01	0.0011	0.0097	0.0158	0.0097	0.007	0.0031	0.0845	0.0031	0.0073
chr3L	1322530	1322681	chr3L:1322531-1322681	FBgn0035208	CG9184	stage14	none	VT23951.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0086	0.0131	0.0249	0.0011	0.0107	0.0143	0.0073	0.0011	0.0115	0.0212	0.0115	0.0077	0.0031	0.089	0.0031	0.012
chr3L	1322985	1323212	chr3L:1322986-1323212	FBgn0035208	CG9184	stage14	none	VT23951.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0303	0.0157	0.0283	0.0489	0.0032	0.017	0.0268	0.0147	0.0032	0.0169	0.0437	0.0169	0.031	0.0199	0.1457	0.0199	0.0406
chr3L	1323405	1323579	chr3L:1323406-1323579	distal	distal	stage14	stage14	VT23951.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0156	0.0332	0.0575	0.0053	0.0209	0.0229	0.014	0.0053	0.0217	0.0537	0.0217	0.0294	0.0245	0.1502	0.0245	0.0631
chr3L	1323874	1324025	chr3L:1323875-1324025	distal	distal	stage5	stage5	VT23951.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0184	0.0206	0.0238	0.0085	0.0218	0.0199	0.0313	0.0085	0.0193	0.0238	0.0193	0.0256	0.0184	0.0438	0.0184	0.0287
chr3L	1329629	1329813	chr3L:1329630-1329813	FBgn0011361	mtacp1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1019	0.0855	0.1266	0.093	0.0541	0.1068	0.0921	0.1173	0.0541	0.163	0.1312	0.163	0.1348	0.0911	0.1077	0.0911	0.1235
chr3L	1329893	1330065	chr3L:1329894-1330065	FBgn0011361	mtacp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1381	0.1256	0.1631	0.1248	0.0933	0.1422	0.1488	0.1652	0.0933	0.2089	0.1733	0.2089	0.1712	0.1485	0.1167	0.1485	0.1678
chr3L	1330207	1330358	chr3L:1330208-1330358	FBgn0011361	mtacp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.0511	0.0697	0.043	0.0318	0.0549	0.064	0.0706	0.0318	0.0761	0.0801	0.0761	0.0759	0.0528	0.0432	0.0528	0.0604
chr3L	1330425	1330617	chr3L:1330426-1330617	FBgn0011361	mtacp1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.0667	0.0775	0.05	0.052	0.0718	0.0804	0.0906	0.052	0.0839	0.0939	0.0839	0.0806	0.0567	0.0664	0.0567	0.0589
chr3L	1331653	1331830	chr3L:1331654-1331830	FBgn0035209	msd1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0887	0.0776	0.1009	0.0877	0.0477	0.0961	0.0822	0.1126	0.0477	0.128	0.1109	0.128	0.1131	0.1026	0.0877	0.1026	0.1204
chr3L	1334502	1334689	chr3L:1334503-1334689	FBgn0010786	l(3)02640	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.1341	0.1871	0.1425	0.0891	0.166	0.1484	0.1819	0.0891	0.2277	0.2138	0.2277	0.1797	0.1447	0.1554	0.1447	0.1829
chr3L	1334784	1334966	chr3L:1334785-1334966	FBgn0010786,FBgn0035211	CG2211,l(3)02640	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2094	0.1796	0.247	0.2014	0.14	0.2316	0.1899	0.2338	0.14	0.3086	0.2814	0.3086	0.2494	0.255	0.2166	0.255	0.2434
chr3L	1335059	1335278	chr3L:1335060-1335278	FBgn0010786,FBgn0035211	CG2211,l(3)02640	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1495	0.1306	0.1756	0.1419	0.0965	0.1694	0.128	0.1859	0.0965	0.2228	0.1929	0.2228	0.1774	0.1776	0.1438	0.1776	0.186
chr3L	1335307	1335572	chr3L:1335308-1335572	FBgn0010786,FBgn0035211	CG2211,l(3)02640	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1556	0.1568	0.1764	0.1316	0.0997	0.1879	0.1631	0.2285	0.0997	0.221	0.1759	0.221	0.1782	0.1462	0.1141	0.1462	0.1751
chr3L	1335967	1336439	chr3L:1335968-1336439	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0985	0.097	0.1302	0.0656	0.0541	0.118	0.1077	0.1366	0.0541	0.1316	0.1283	0.1316	0.2076	0.0436	0.0606	0.0436	0.1308
chr3L	1341826	1342010	chr3L:1341827-1342010	FBgn0035213	CG2199	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0702	0.0638	0.0898	0.0558	0.0308	0.0859	0.0727	0.0786	0.0308	0.1232	0.0929	0.1232	0.0968	0.0666	0.0574	0.0666	0.0667
chr3L	1342077	1342241	chr3L:1342078-1342241	FBgn0035213	CG2199	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1364	0.1238	0.1707	0.1129	0.088	0.1578	0.1354	0.1592	0.088	0.2095	0.1904	0.2095	0.1689	0.1371	0.107	0.1371	0.136
chr3L	1342346	1342543	chr3L:1342347-1342543	FBgn0035213	CG2199	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1618	0.1577	0.1937	0.1316	0.1039	0.1888	0.1808	0.2172	0.1039	0.2488	0.2103	0.2488	0.1782	0.1493	0.1348	0.1493	0.148
chr3L	1342616	1342856	chr3L:1342617-1342856	FBgn0035213	CG2199	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0801	0.0885	0.0966	0.0528	0.0488	0.1029	0.1008	0.1233	0.0488	0.1316	0.1068	0.1316	0.0829	0.062	0.0561	0.062	0.0568
chr3L	1344448	1344599	chr3L:1344449-1344599	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0446	0.0217	0.0074	0.0308	0.0417	0.0653	0.0506	0.0308	0.0272	0.0225	0.0272	0.0256	0.0054	0.0097	0.0054	0.0104
chr3L	1349587	1349787	chr3L:1349588-1349787	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1472	0.0836	0.2336	0.1234	0.0382	0.1121	0.0709	0.1446	0.0382	0.2929	0.308	0.2929	0.172	0.0957	0.1812	0.0957	0.1266
chr3L	1349915	1350365	chr3L:1349916-1350365	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1907	0.1377	0.2519	0.1828	0.0742	0.1704	0.1466	0.2072	0.0742	0.2784	0.3122	0.2784	0.2409	0.1937	0.227	0.1937	0.2053
chr3L	1350498	1350674	chr3L:1350499-1350674	FBgn0029514	CG9166	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1621	0.1346	0.2055	0.1452	0.0817	0.1738	0.1501	0.1726	0.0817	0.2379	0.2383	0.2379	0.1929	0.1462	0.1451	0.1462	0.1834
chr3L	1350710	1350890	chr3L:1350711-1350890	FBgn0029514	CG9166	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1154	0.0886	0.1514	0.1058	0.0573	0.1053	0.1034	0.1153	0.0573	0.1781	0.1685	0.1781	0.1464	0.111	0.1115	0.111	0.123
chr3L	1351039	1351233	chr3L:1351040-1351233	FBgn0029514	CG9166	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1209	0.1109	0.1346	0.1168	0.0912	0.1311	0.1207	0.1526	0.0912	0.1781	0.1531	0.1781	0.1139	0.1363	0.118	0.1363	0.1365
chr3L	1351565	1351768	chr3L:1351566-1351768	FBgn0029514	CG9166	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0569	0.0502	0.0725	0.0473	0.0223	0.0524	0.0657	0.0726	0.0223	0.0948	0.0772	0.0948	0.0674	0.0582	0.0542	0.0582	0.0667
chr3L	1351803	1351969	chr3L:1351804-1351969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0512	0.0388	0.0725	0.0419	0.0255	0.05	0.0415	0.0546	0.0255	0.093	0.0794	0.093	0.0658	0.0605	0.0445	0.0605	0.0542
chr3L	1352090	1352511	chr3L:1352091-1352511	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1201	0.0866	0.1942	0.0763	0.0626	0.0893	0.0986	0.1306	0.0626	0.2264	0.2174	0.2264	0.1875	0.0926	0.0896	0.0926	0.0974
chr3L	1355437	1355588	chr3L:1355438-1355588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0102	0.0181	0.0121	0.0042	0.0141	0.0164	0.0073	0.0042	0.0169	0.0199	0.0169	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0063
chr3L	1358207	1358358	chr3L:1358208-1358358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0163	0.0183	0.0255	0.004	0.0053	0.0194	0.0229	0.0293	0.0053	0.0314	0.0386	0.0314	0.0046	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chr3L	1358531	1358730	chr3L:1358532-1358730	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0249	0.028	0.0401	0.0046	0.0064	0.0388	0.026	0.0453	0.0064	0.0646	0.0537	0.0646	0.0093	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr3L	1360167	1360390	chr3L:1360168-1360390	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0388	0.041	0.0659	0.0067	0.0042	0.0883	0.0255	0.0466	0.0042	0.1389	0.054	0.1389	0.0108	0.0069	0.0058	0.0069	0.0047
chr3L	1361064	1361215	chr3L:1361065-1361215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0167	0.0136	0.0239	0.0123	0.0032	0.017	0.0216	0.012	0.0032	0.0417	0.0248	0.0417	0.0132	0.0061	0.0103	0.0061	0.0141
chr3L	1363474	1363642	chr3L:1363475-1363642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0246	0.0191	0.0415	0.0123	0.0053	0.0277	0.0255	0.0167	0.0053	0.0749	0.0405	0.0749	0.0349	0.0176	0.0077	0.0176	0.0099
chr3L	1364258	1364684	chr3L:1364259-1364684	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1117	0.1373	0.1457	0.0458	0.0848	0.1262	0.1778	0.2125	0.0848	0.058	0.2926	0.058	0.0287	0.013	0.1554	0.013	0.0089
chr3L	1366938	1367181	chr3L:1366939-1367181	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1949	0.1959	0.2346	0.1501	0.1622	0.215	0.2167	0.2771	0.1622	0.2772	0.274	0.2772	0.2169	0.1646	0.1876	0.1646	0.1714
chr3L	1368084	1368295	chr3L:1368085-1368295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0408	0.0581	0.0451	0.0167	0.0255	0.0675	0.0636	0.0959	0.0255	0.064	0.0457	0.064	0.0225	0.0061	0.011	0.0061	0.0078
chr3L	1368326	1368544	chr3L:1368327-1368544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0349	0.0379	0.0482	0.017	0.0159	0.0519	0.0407	0.0533	0.0159	0.0616	0.046	0.0616	0.0364	0.0054	0.0155	0.0054	0.0125
chr3L	1369312	1369463	chr3L:1369313-1369463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.027	0.0263	0.0125	0.0106	0.0296	0.0355	0.0373	0.0106	0.0217	0.0325	0.0217	0.0147	0.0061	0.0103	0.0061	0.012
chr3L	1370226	1370377	chr3L:1370227-1370377	FBgn0003295	ru	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.0145	0.0132	0.0134	0.0064	0.0131	0.0208	0.0207	0.0064	0.0115	0.017	0.0115	0.0085	0.0054	0.0148	0.0054	0.0042
chr3L	1370534	1370685	chr3L:1370535-1370685	FBgn0003295	ru	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0087	0.0093	0.007	0.0099	0.0074	0.0053	0.0173	0.0093	0.0074	0.0066	0.0068	0.0066	0.0039	0.0054	0.0064	0.0054	0.0036
chr3L	1374858	1375024	chr3L:1374859-1375024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0133	0.0264	0.0206	0.0053	0.0102	0.0238	0.0153	0.0053	0.0193	0.0412	0.0193	0.0163	0.0077	0.0548	0.0077	0.0099
chr3L	1379149	1379447	chr3L:1379150-1379447	FBgn0052330	tRNA:CR32330	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0525	0.0341	0.0695	0.0542	0.0138	0.0393	0.0471	0.044	0.0138	0.0423	0.0945	0.0423	0.0798	0.0528	0.0832	0.0528	0.0724
chr3L	1379492	1379643	chr3L:1379493-1379643	FBgn0052330	tRNA:CR32330	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0302	0.0265	0.0358	0.0281	0.0138	0.0277	0.0316	0.042	0.0138	0.0272	0.0495	0.0272	0.0364	0.0207	0.0445	0.0207	0.0396
chr3L	1379791	1380043	chr3L:1379792-1380043	FBgn0052328,FBgn0052329,FBgn0052330	tRNA:CR32328,tRNA:CR32329,tRNA:CR32330	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.1233	0.1	0.0777	0.1166	0.1408	0.1436	0.1452	0.1166	0.1709	0.0794	0.1709	0.1131	0.1822	0.049	0.1822	0.1042
chr3L	1380120	1380316	chr3L:1380121-1380316	FBgn0052328,FBgn0052329,FBgn0052330	tRNA:CR32328,tRNA:CR32329,tRNA:CR32330	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0599	0.0866	0.0435	0.048	0.087	0.0908	0.1068	0.0959	0.087	0.0694	0.0325	0.0694	0.0573	0.1149	0.0168	0.1149	0.0709
chr3L	1380419	1380637	chr3L:1380420-1380637	FBgn0052328,FBgn0052329,FBgn0052330	tRNA:CR32328,tRNA:CR32329,tRNA:CR32330	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0361	0.0551	0.0268	0.0252	0.0488	0.0583	0.0692	0.0633	0.0488	0.0471	0.0164	0.0471	0.0434	0.0681	0.0097	0.0681	0.0318
chr3L	1380770	1380921	chr3L:1380771-1380921	FBgn0052329	tRNA:CR32329	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0234	0.0137	0.0228	0.0233	0.0204	0.0342	0.0207	0.0233	0.0205	0.0129	0.0205	0.0147	0.0352	0.0161	0.0352	0.0396
chr3L	1381004	1381174	chr3L:1381005-1381174	FBgn0052329	tRNA:CR32329	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0242	0.0189	0.0202	0.0344	0.0138	0.0189	0.0307	0.0153	0.0138	0.0248	0.0212	0.0248	0.0263	0.0329	0.0309	0.0329	0.0636
chr3L	1384495	1384646	chr3L:1384496-1384646	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0118	0.0071	0.0122	0.0166	0.0021	0.0058	0.0121	0.01	0.0021	0.0242	0.009	0.0242	0.0093	0.0345	0.0032	0.0345	0.0078
chr3L	1384828	1384979	chr3L:1384829-1384979	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0163	0.009	0.0162	0.0246	0.0042	0.0073	0.0143	0.0127	0.0042	0.0205	0.018	0.0205	0.0108	0.0069	0.011	0.0069	0.0109
chr3L	1385837	1385988	chr3L:1385838-1385988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.007	0.0114	0.0348	0.0021	0.0063	0.0112	0.0087	0.0021	0.0151	0.01	0.0151	0.0124	0.0214	0.0077	0.0214	0.0146
chr3L	1390427	1390578	chr3L:1390428-1390578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0136	0.0122	0.0141	0.0145	0.0032	0.0078	0.0242	0.0153	0.0032	0.0181	0.0167	0.0181	0.0108	0.0176	0.0193	0.0176	0.0234
chr3L	1392489	1392640	chr3L:1392490-1392640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0114	0.0097	0.0115	0.0132	0.0021	0.0097	0.0151	0.0127	0.0021	0.0187	0.009	0.0187	0.0139	0.0444	0.011	0.0444	0.0052
chr3L	1396558	1396709	chr3L:1396559-1396709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0119	0.0115	0.0096	0.0148	0.0011	0.0083	0.0242	0.01	0.0011	0.0079	0.0109	0.0079	0.0093	0.0429	0.0077	0.0429	0.0083
chr3L	1397070	1397221	chr3L:1397071-1397221	FBgn0011851	tRNA:E4:62Aa	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0168	0.0176	0.027	0.0064	0.0184	0.0251	0.0173	0.0064	0.0266	0.0154	0.0266	0.0155	0.085	0.0148	0.085	0.0177
chr3L	1400987	1401229	chr3L:1400988-1401229	FBgn0011854	tRNA:E4:62Ad	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.051	0.0509	0.0348	0.0286	0.0476	0.0722	0.068	0.0286	0.0568	0.0514	0.0568	0.0658	0.0459	0.0297	0.0459	0.0479
chr3L	1401389	1401586	chr3L:1401390-1401586	FBgn0011854,FBgn0011855	tRNA:E4:62Ad,tRNA:E4:62Ae	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.1638	0.1473	0.0961	0.1527	0.1714	0.1972	0.2025	0.1527	0.2258	0.1357	0.2258	0.1751	0.1524	0.0664	0.1524	0.1548
chr3L	1401657	1401876	chr3L:1401658-1401876	FBgn0011854,FBgn0011855	tRNA:E4:62Ad,tRNA:E4:62Ae	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.16	0.1669	0.0998	0.1665	0.1723	0.1825	0.1999	0.1665	0.2536	0.1553	0.2536	0.1882	0.1478	0.0774	0.1478	0.1558
chr3L	1404148	1404299	chr3L:1404149-1404299	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0211	0.0265	0.031	0.0043	0.017	0.0238	0.0372	0.036	0.017	0.0151	0.0592	0.0151	0.0124	0.0038	0.0045	0.0038	0.0026
chr3L	1404433	1404584	chr3L:1404434-1404584	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0245	0.0358	0.0301	0.0058	0.0329	0.0155	0.0675	0.042	0.0329	0.0181	0.0553	0.0181	0.0101	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr3L	1404678	1404895	chr3L:1404679-1404895	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0317	0.0533	0.0297	0.0097	0.0679	0.0277	0.0926	0.056	0.0679	0.0236	0.0502	0.0236	0.0147	0.0077	0.009	0.0077	0.0125
chr3L	1407456	1407607	chr3L:1407457-1407607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0101	0.0165	0.017	0.0053	0.0102	0.0169	0.0093	0.0053	0.0163	0.0251	0.0163	0.0124	0.0176	0.0303	0.0176	0.0193
chr3L	1407978	1408140	chr3L:1407979-1408140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0172	0.0268	0.0246	0.0085	0.017	0.0281	0.0187	0.0085	0.0139	0.0492	0.0139	0.0139	0.0176	0.0748	0.0176	0.0094
chr3L	1410302	1410453	chr3L:1410303-1410453	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.021	0.0452	0.0114	0.0045	0.0435	0.0359	0.0411	0.0953	0.0435	0.0109	0.0145	0.0109	0.0046	8e-04	0.0026	8e-04	0.0026
chr3L	1410511	1410771	chr3L:1410512-1410771	FBgn0035216	CG9168	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0356	0.076	0.019	0.0085	0.0562	0.0568	0.08	0.1626	0.0562	0.0133	0.0212	0.0133	0.0077	0.0046	0.0064	0.0046	0.0016
chr3L	1413364	1413619	chr3L:1413365-1413619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0218	0.0223	0.024	0.0188	0.0085	0.0175	0.0372	0.0293	0.0085	0.0169	0.0405	0.0169	0.0163	0.0123	0.0168	0.0123	0.0328
chr3L	1413890	1414427	chr3L:1413891-1414427	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.055	0.0638	0.0805	0.0171	0.0371	0.0534	0.0783	0.1133	0.0371	0.0338	0.1653	0.0338	0.0132	0.0199	0.0355	0.0199	0.0094
chr3L	1418606	1418757	chr3L:1418607-1418757	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0098	0.0187	0.0205	0.0011	0.0121	0.0151	0.0107	0.0011	0.0217	0.0232	0.0217	0.024	0.0521	0.0258	0.0521	0.0115
chr3L	1418993	1419323	chr3L:1418994-1419323	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0368	0.0219	0.053	0.0356	0.0064	0.0252	0.0285	0.032	0.0064	0.038	0.0833	0.038	0.0565	0.0413	0.0806	0.0413	0.0281
chr3L	1419329	1419480	chr3L:1419330-1419480	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0184	0.0088	0.0284	0.0181	0.0011	0.0112	0.013	0.0107	0.0011	0.0187	0.0418	0.0187	0.0387	0.0191	0.0471	0.0191	0.0094
chr3L	1419863	1420014	chr3L:1419864-1420014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0093	0.0202	0.0223	0.0042	0.0107	0.013	0.012	0.0042	0.0151	0.028	0.0151	0.0209	0.0436	0.0348	0.0436	0.0151
chr3L	1420052	1420268	chr3L:1420053-1420268	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0235	0.0132	0.0263	0.032	0.0074	0.015	0.0177	0.0167	0.0074	0.0205	0.0383	0.0205	0.0271	0.0666	0.0561	0.0666	0.0162
chr3L	1420918	1421069	chr3L:1420919-1421069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0146	0.0199	0.0169	0.0042	0.017	0.0234	0.0147	0.0042	0.0314	0.0219	0.0314	0.0124	0.0452	0.0174	0.0452	0.0109
chr3L	1423826	1424134	chr3L:1423827-1424134	FBgn0035218	CG9173	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.0177	0.0418	0.0501	0.0064	0.0199	0.0247	0.022	0.0064	0.0338	0.0707	0.0338	0.0294	0.0345	0.1277	0.0345	0.0443
chr3L	1424163	1424400	chr3L:1424164-1424400	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0333	0.0192	0.0357	0.0464	0.0074	0.0252	0.0242	0.0227	0.0074	0.0332	0.0588	0.0332	0.0186	0.0291	0.118	0.0291	0.0349
chr3L	1430081	1430251	chr3L:1430082-1430251	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.012	0.0331	0.0184	0.0032	0.016	0.016	0.012	0.0032	0.038	0.0469	0.038	0.0201	0.0199	0.0458	0.0199	0.0052
chr3L	1430612	1430763	chr3L:1430613-1430763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0127	0.0299	0.0072	0.0032	0.017	0.0169	0.0153	0.0032	0.0465	0.0405	0.0465	0.0116	0.0077	0.011	0.0077	0.0036
chr3L	1430805	1430956	chr3L:1430806-1430956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0165	0.0266	0.0074	0.0053	0.0194	0.0225	0.02	0.0053	0.0356	0.037	0.0356	0.0155	0.0069	0.009	0.0069	0.0052
chr3L	1431490	1431694	chr3L:1431491-1431694	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0383	0.0408	0.067	0.004	0.017	0.0806	0.0324	0.0366	0.017	0.1957	0.0463	0.1957	0.0147	0.0023	0.0058	0.0023	0.0026
chr3L	1431854	1432163	chr3L:1431855-1432163	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0541	0.0664	0.0841	0.0075	0.0212	0.1223	0.0558	0.0766	0.0212	0.2482	0.0582	0.2482	0.0194	0.0092	0.0077	0.0092	0.0047
chr3L	1432957	1433118	chr3L:1432958-1433118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0252	0.0324	0.0077	0.0106	0.032	0.0303	0.0326	0.0106	0.0429	0.0338	0.0429	0.0256	0.0069	0.0052	0.0069	0.0073
chr3L	1433664	1433815	chr3L:1433665-1433815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0182	0.0234	0.0236	0.0063	0.0064	0.0476	0.0242	0.0153	0.0064	0.0393	0.0267	0.0393	0.0124	0.0046	0.0103	0.0046	0.0068
chr3L	1438182	1438427	chr3L:1438183-1438427	FBgn0043865	SA-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0281	0.0479	0.0273	0.0068	0.0244	0.0476	0.0657	0.0666	0.0244	0.0236	0.0466	0.0236	0.0101	0.0061	0.0142	0.0061	0.0047
chr3L	1442066	1442217	chr3L:1442067-1442217	distal	distal	stage11	stage11	VT24013.1	VT24013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0194	0.0286	0.0145	0.0106	0.0189	0.0272	0.026	0.0106	0.0133	0.055	0.0133	0.0147	0.0031	0.0496	0.0031	0.0063
chr3L	1442229	1442478	chr3L:1442230-1442478	distal	distal	stage11	stage11	VT24013.1	VT24013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0252	0.0398	0.0267	0.0148	0.0282	0.0333	0.0313	0.0148	0.0127	0.0804	0.0127	0.0201	0.0115	0.0793	0.0115	0.0167
chr3L	1442847	1443034	chr3L:1442848-1443034	distal	distal	stage11	stage11	VT24013.1,VT24014.1	VT24013.1,VT24014.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0404	0.0213	0.0561	0.0444	0.0064	0.0209	0.032	0.0293	0.0064	0.0223	0.1174	0.0223	0.0201	0.0222	0.1431	0.0222	0.0224
chr3L	1443189	1443366	chr3L:1443190-1443366	distal	distal	none	none	VT24013.1,VT24014.1	VT24013.1,VT24014.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.042	0.0247	0.0595	0.0421	0.0106	0.0311	0.026	0.0386	0.0106	0.0248	0.1238	0.0248	0.0209	0.0222	0.138	0.0222	0.024
chr3L	1444412	1444563	chr3L:1444413-1444563	distal	distal	none	none	VT24014.1	VT24014.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0116	0.0151	0.0185	0.0032	0.0087	0.0203	0.014	0.0032	0.0103	0.028	0.0103	0.0062	0.0092	0.0613	0.0092	0.0104
chr3L	1446525	1446793	chr3L:1446526-1446793	distal	distal	stage5	stage5	VT24016.1	VT24016.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0371	0.0472	0.0499	0.0118	0.0127	0.0578	0.0554	0.0733	0.0127	0.0344	0.0752	0.0344	0.0465	0.01	0.0213	0.01	0.0094
chr3L	1447304	1447455	chr3L:1447305-1447455	distal	distal	none	none	VT24016.1	VT24016.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0224	0.03	0.026	0.0099	0.0138	0.0272	0.035	0.056	0.0138	0.0115	0.0428	0.0115	0.0201	0.0046	0.0174	0.0046	0.0078
chr3L	1447845	1448317	chr3L:1447846-1448317	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT24016.1,VT24017.1	VT24016.1,VT24017.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0951	0.1104	0.1335	0.0359	0.0647	0.115	0.1224	0.1785	0.0647	0.0725	0.2322	0.0725	0.1038	0.0138	0.1135	0.0138	0.0172
chr3L	1449395	1449546	chr3L:1449396-1449546	distal	distal	none	none	VT24017.1	VT24017.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0235	0.0202	0.0294	0.0206	0.0148	0.0175	0.0298	0.026	0.0148	0.0296	0.0395	0.0296	0.0248	0.0214	0.0374	0.0214	0.0224
chr3L	1455581	1455925	chr3L:1455582-1455925	distal	distal	none	none	VT24021.1	VT24021.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0332	0.0505	0.0398	0.0067	0.0308	0.0704	0.0484	0.0693	0.0308	0.0399	0.0521	0.0399	0.0132	0.0038	0.0142	0.0038	0.0036
chr3L	1456339	1456618	chr3L:1456340-1456618	distal	distal	stage5	stage5	VT24021.1,rho_CRM9	VT24021.1,rho_CRM9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0503	0.0968	0.0402	0.0095	0.0668	0.0903	0.0891	0.1879	0.0668	0.0205	0.0424	0.0205	0.0155	0.0084	0.011	0.0084	0.0052
chr3L	1456757	1456957	chr3L:1456758-1456957	distal	distal	none	none	VT24021.1,rho_CRM9	VT24021.1,rho_CRM9	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0239	0.039	0.0245	0.0063	0.0201	0.035	0.0484	0.066	0.0201	0.0181	0.0325	0.0181	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0063
chr3L	1462000	1462252	chr3L:1462001-1462252	distal	distal	stage5	stage5	VT24025.1,rho,rho_5-NSs,rho_MLE	rho,rho_MLE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0575	0.1215	0.0364	0.0091	0.1368	0.0888	0.1903	0.1246	0.1368	0.0254	0.0614	0.0254	0.017	0.0084	0.0116	0.0084	0.0042
chr3L	1462284	1462577	chr3L:1462285-1462577	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT24025.1,rho_5-NSs,rho_MLE	rho_MLE	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0701	0.1309	0.0614	0.0117	0.1177	0.1	0.1812	0.1845	0.1177	0.0507	0.1048	0.0507	0.0217	0.0176	0.0148	0.0176	0.0068
chr3L	1462597	1462748	chr3L:1462598-1462748	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT24025.1,rho_5-NSs	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0397	0.0658	0.0424	0.0075	0.0488	0.0563	0.0956	0.0826	0.0488	0.0435	0.0592	0.0435	0.0333	0.01	0.0097	0.01	0.0063
chr3L	1463641	1463860	chr3L:1463642-1463860	FBgn0004635	rho	stage11,stage14,stage5	none	VT24025.1,VT24026.1,rho_5-NSs	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2665	0.2674	0.3055	0.2225	0.2238	0.3141	0.2946	0.3411	0.2238	0.3732	0.3476	0.3732	0.2734	0.2335	0.2547	0.2335	0.2543
chr3L	1464134	1464430	chr3L:1464135-1464430	FBgn0004635	rho	stage11,stage5	none	VT24026.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0922	0.1173	0.0933	0.0629	0.1007	0.0913	0.1683	0.1532	0.1007	0.1014	0.1199	0.1014	0.0612	0.059	0.0787	0.059	0.0578
chr3L	1464673	1464824	chr3L:1464674-1464824	distal	distal	none	none	VT24026.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0504	0.0611	0.0551	0.0333	0.0424	0.0539	0.0826	0.0873	0.0424	0.0495	0.0807	0.0495	0.0387	0.0391	0.0484	0.0391	0.0307
chr3L	1471117	1471280	chr3L:1471118-1471280	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0223	0.0416	0.0197	0.0035	0.0148	0.0316	0.0398	0.0986	0.0148	0.0115	0.0315	0.0115	0.0108	0.0023	0.0058	0.0023	0.0021
chr3L	1478892	1479093	chr3L:1478893-1479093	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0438	0.0705	0.0412	0.0166	0.0424	0.068	0.0891	0.1079	0.0424	0.0374	0.0508	0.0374	0.0434	0.0161	0.0181	0.0161	0.0245
chr3L	1479217	1479407	chr3L:1479218-1479407	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0536	0.1088	0.0385	0.0086	0.0732	0.1039	0.099	0.2232	0.0732	0.0272	0.055	0.0272	0.0232	0.0077	0.009	0.0077	0.0094
chr3L	1479552	1479891	chr3L:1479553-1479891	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0527	0.1102	0.0372	0.0056	0.0689	0.0864	0.0917	0.2612	0.0689	0.0278	0.0543	0.0278	0.0186	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr3L	1485563	1485714	chr3L:1485564-1485714	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0212	0.0419	0.0148	0.005	0.0297	0.0316	0.0381	0.0939	0.0297	0.0157	0.0154	0.0157	0.0085	0.0031	0.0032	0.0031	0.0026
chr3L	1486922	1487079	chr3L:1486923-1487079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0179	0.0314	0.0152	0.0057	0.0255	0.0228	0.032	0.064	0.0255	0.0175	0.0164	0.0175	0.0085	0.0054	0.0064	0.0054	0.0052
chr3L	1488677	1488855	chr3L:1488678-1488855	FBgn0086670,FBgn0263839	CR43701,snoRNA:Psi28S-2622	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0684	0.0395	0.0642	0.1054	0.0318	0.0432	0.0471	0.0513	0.0318	0.0737	0.0624	0.0737	0.1022	0.1363	0.1019	0.1363	0.1318
chr3L	1488901	1489194	chr3L:1488902-1489194	FBgn0020248,FBgn0086670,FBgn0263839	CR43701,snoRNA:Psi28S-2622,stet	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0557	0.0391	0.0487	0.0819	0.0286	0.0374	0.048	0.058	0.0286	0.0501	0.0469	0.0501	0.0705	0.0934	0.0567	0.0934	0.0844
chr3L	1489607	1489812	chr3L:1489608-1489812	FBgn0020248	stet	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.013	0.0216	0.0588	0.0053	0.0136	0.0164	0.0193	0.0053	0.0091	0.0161	0.0091	0.0217	0.0253	0.0123	0.0253	0.0568
chr3L	1496249	1496480	chr3L:1496250-1496480	FBgn0043458	CG12084	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.0662	0.1244	0.1033	0.0297	0.0995	0.0644	0.0913	0.0297	0.1558	0.1383	0.1558	0.134	0.1332	0.1096	0.1332	0.1386
chr3L	1496562	1496759	chr3L:1496563-1496759	FBgn0043458	CG12084	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1384	0.1385	0.1594	0.1153	0.0838	0.1641	0.1626	0.1912	0.0838	0.1993	0.1772	0.1993	0.1503	0.1401	0.1077	0.1401	0.147
chr3L	1496802	1497105	chr3L:1496803-1497105	FBgn0043458	CG12084	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0744	0.0885	0.0807	0.0518	0.0573	0.1058	0.1068	0.1139	0.0573	0.1002	0.0881	0.1002	0.0705	0.0643	0.0387	0.0643	0.0625
chr3L	1501300	1501451	chr3L:1501301-1501451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0552	0.0426	0.0274	0.0435	0.0568	0.0718	0.0686	0.0435	0.0604	0.0379	0.0604	0.048	0.0368	0.0277	0.0368	0.0396
chr3L	1501493	1501986	chr3L:1501494-1501986	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1303	0.1567	0.1296	0.1015	0.1347	0.1549	0.2249	0.1639	0.1347	0.2198	0.1029	0.2198	0.1356	0.2152	0.0729	0.2152	0.1199
chr3L	1502011	1502427	chr3L:1502012-1502427	FBgn0028577,FBgn0261243	Psa,pUf68	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.143	0.1725	0.1435	0.1095	0.1336	0.1626	0.2491	0.1972	0.1336	0.1854	0.1331	0.1854	0.1448	0.1485	0.1019	0.1485	0.1225
chr3L	1502538	1502736	chr3L:1502539-1502736	FBgn0028577,FBgn0261243	Psa,pUf68	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1713	0.1806	0.1915	0.1388	0.1379	0.2078	0.2258	0.2099	0.1379	0.2252	0.2141	0.2252	0.2006	0.1539	0.1464	0.1539	0.1678
chr3L	1505745	1505896	chr3L:1505746-1505896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.018	0.0196	0.0254	0.0082	0.0095	0.0267	0.0247	0.022	0.0095	0.0223	0.0254	0.0223	0.0542	0.01	0.0097	0.01	0.012
chr3L	1516018	1516196	chr3L:1516019-1516196	distal	distal	stage5	none	VT24047.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0982	0.1099	0.1166	0.065	0.0689	0.1718	0.0978	0.1379	0.0689	0.1486	0.1087	0.1486	0.1394	0.0444	0.0754	0.0444	0.0761
chr3L	1516396	1516760	chr3L:1516397-1516760	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT24047.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1765	0.1727	0.2057	0.1487	0.1188	0.233	0.1717	0.2332	0.1188	0.2355	0.2103	0.2355	0.2517	0.1217	0.1605	0.1217	0.1928
chr3L	1516814	1517049	chr3L:1516815-1517049	FBgn0011204	cue	stage11,stage14,stage5	none	VT24047.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1206	0.1058	0.1457	0.1095	0.0594	0.1354	0.1159	0.1439	0.0594	0.1679	0.1614	0.1679	0.1518	0.0881	0.1257	0.0881	0.1344
chr3L	1517191	1517408	chr3L:1517192-1517408	FBgn0011204	cue	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2375	0.2095	0.2799	0.2221	0.1442	0.2748	0.2085	0.2911	0.1442	0.34	0.2923	0.34	0.3052	0.2182	0.225	0.2182	0.2814
chr3L	1517527	1517695	chr3L:1517528-1517695	FBgn0011204	cue	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1935	0.1634	0.2335	0.1831	0.105	0.2146	0.1618	0.2318	0.105	0.2868	0.2576	0.2868	0.213	0.2052	0.1644	0.2052	0.2267
chr3L	1517739	1517922	chr3L:1517740-1517922	FBgn0011204	cue	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1649	0.1367	0.1997	0.1582	0.0795	0.1825	0.1375	0.1985	0.0795	0.2512	0.2122	0.2512	0.2076	0.1593	0.147	0.1593	0.2084
chr3L	1518036	1518197	chr3L:1518037-1518197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0726	0.0521	0.091	0.0753	0.0201	0.0786	0.0502	0.0733	0.0201	0.1045	0.0942	0.1045	0.1294	0.0666	0.0754	0.0666	0.112
chr3L	1533750	1533901	chr3L:1533751-1533901	FBgn0035227	CG12090	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0483	0.0487	0.0565	0.0389	0.0244	0.0485	0.0709	0.0613	0.0244	0.0797	0.0595	0.0797	0.0457	0.0391	0.0464	0.0391	0.0443
chr3L	1533975	1534147	chr3L:1533976-1534147	FBgn0035227	CG12090	stage5	none	VT24056.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0905	0.1148	0.0947	0.0509	0.0981	0.1181	0.1206	0.0509	0.1389	0.1257	0.1389	0.1193	0.1003	0.1077	0.1003	0.1235
chr3L	1534231	1534466	chr3L:1534232-1534466	FBgn0035227	CG12090	none	none	VT24056.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0975	0.0815	0.1146	0.0965	0.0498	0.0937	0.099	0.1066	0.0498	0.1335	0.1264	0.1335	0.1278	0.1103	0.1025	0.1103	0.135
chr3L	1536502	1536673	chr3L:1536503-1536673	FBgn0035228,FBgn0035229	CG12091,CG7852	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0477	0.0791	0.0515	0.0255	0.0578	0.0536	0.0666	0.0255	0.0996	0.0785	0.0996	0.0899	0.0597	0.0464	0.0597	0.0677
chr3L	1536745	1536924	chr3L:1536746-1536924	FBgn0035228,FBgn0035229	CG12091,CG7852	stage11,stage14,stage5	none	VT24057.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1669	0.1528	0.1942	0.1528	0.1113	0.1738	0.1747	0.2045	0.1113	0.253	0.2039	0.253	0.189	0.1646	0.167	0.1646	0.1912
chr3L	1537060	1537242	chr3L:1537061-1537242	FBgn0035228,FBgn0035229	CG12091,CG7852	stage11,stage14,stage5	none	VT24057.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1851	0.1847	0.2058	0.1627	0.1432	0.2	0.2258	0.2378	0.1432	0.2639	0.2132	0.2639	0.206	0.1838	0.1657	0.1838	0.1933
chr3L	1537496	1537688	chr3L:1537497-1537688	FBgn0035229	CG7852	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0718	0.0769	0.0789	0.0583	0.0541	0.0772	0.1034	0.1013	0.0541	0.1039	0.0788	0.1039	0.0728	0.0636	0.0561	0.0636	0.0709
chr3L	1538550	1538897	chr3L:1538551-1538897	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0859	0.0907	0.0947	0.071	0.0594	0.1345	0.1211	0.0613	0.0594	0.1993	0.0669	0.1993	0.0658	0.0605	0.0419	0.0605	0.1157
chr3L	1538969	1539120	chr3L:1538970-1539120	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.04	0.0637	0.0358	0.0182	0.0488	0.067	0.0969	0.0533	0.0488	0.0779	0.0289	0.0779	0.0201	0.013	0.0129	0.013	0.0255
chr3L	1539248	1539443	chr3L:1539249-1539443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0461	0.0862	0.032	0.0167	0.0498	0.0757	0.1574	0.07	0.0498	0.0586	0.0283	0.0586	0.0201	0.0199	0.0148	0.0199	0.0203
chr3L	1545485	1545636	chr3L:1545486-1545636	FBgn0041342,FBgn0052313	CG32313,Cct1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0516	0.0514	0.0323	0.035	0.0476	0.0779	0.0566	0.035	0.0682	0.0563	0.0682	0.0519	0.0337	0.0387	0.0337	0.0323
chr3L	1546013	1546209	chr3L:1546014-1546209	FBgn0041342,FBgn0052313	CG32313,Cct1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1842	0.1643	0.2072	0.1813	0.1241	0.2107	0.1985	0.1812	0.1241	0.2319	0.2257	0.2319	0.2285	0.1945	0.1966	0.1945	0.2267
chr3L	1546330	1546535	chr3L:1546331-1546535	FBgn0041342	Cct1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1575	0.1196	0.1846	0.1699	0.0647	0.1738	0.1328	0.1406	0.0647	0.2192	0.201	0.2192	0.2169	0.2037	0.1831	0.2037	0.2267
chr3L	1546793	1547041	chr3L:1546794-1547041	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1833	0.1481	0.2245	0.1774	0.1039	0.1932	0.1665	0.1759	0.1039	0.2899	0.2489	0.2899	0.2603	0.2037	0.2231	0.2037	0.2579
chr3L	1548282	1548433	chr3L:1548283-1548433	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0269	0.0464	0.0231	0.0095	0.0255	0.0296	0.0943	0.042	0.0255	0.0163	0.026	0.0163	0.0403	0.0084	0.0129	0.0084	0.012
chr3L	1549218	1549383	chr3L:1549219-1549383	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0735	0.0494	0.035	0.0541	0.084	0.1068	0.0646	0.0541	0.0447	0.0624	0.0447	0.0658	0.0413	0.0535	0.0413	0.0328
chr3L	1557925	1558087	chr3L:1557926-1558087	FBgn0035232,FBgn0035233	CG12099,Pex10	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0441	0.0635	0.0391	0.0244	0.0553	0.0554	0.0526	0.0244	0.0773	0.072	0.0773	0.0565	0.036	0.0406	0.036	0.0453
chr3L	1558154	1558334	chr3L:1558155-1558334	FBgn0035232,FBgn0035233	CG12099,Pex10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1194	0.1003	0.1509	0.1063	0.0679	0.1286	0.1125	0.1292	0.0679	0.1848	0.1691	0.1848	0.151	0.1187	0.1219	0.1187	0.1292
chr3L	1558378	1558593	chr3L:1558379-1558593	FBgn0035232,FBgn0035233	CG12099,Pex10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1527	0.1302	0.1864	0.1406	0.0891	0.165	0.1423	0.1746	0.0891	0.2367	0.199	0.2367	0.1905	0.1593	0.1444	0.1593	0.1704
chr3L	1558666	1558843	chr3L:1558667-1558843	FBgn0035232,FBgn0035233	CG12099,Pex10	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1206	0.1011	0.1509	0.1092	0.0615	0.1248	0.1159	0.1392	0.0615	0.1781	0.1666	0.1781	0.1526	0.1049	0.1051	0.1049	0.1391
chr3L	1567917	1568175	chr3L:1567918-1568175	FBgn0035235	CG7879	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1077	0.1649	0.0966	0.0561	0.1538	0.1359	0.2587	0.1726	0.1538	0.1141	0.1035	0.1141	0.0782	0.062	0.0645	0.062	0.0662
chr3L	1568227	1568443	chr3L:1568228-1568443	FBgn0035235	CG7879	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1561	0.1649	0.1755	0.1249	0.141	0.1728	0.224	0.1852	0.141	0.2246	0.1942	0.2246	0.1487	0.1485	0.1309	0.1485	0.1595
chr3L	1568543	1568762	chr3L:1568544-1568762	FBgn0035235,FBgn0035236	CG12004,CG7879	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.215	0.2028	0.2551	0.1847	0.1612	0.2252	0.2664	0.2312	0.1612	0.3031	0.2791	0.3031	0.2517	0.2014	0.2018	0.2014	0.2183
chr3L	1569036	1569281	chr3L:1569037-1569281	FBgn0035235,FBgn0035236	CG12004,CG7879	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2226	0.2242	0.2632	0.1762	0.1962	0.2461	0.2677	0.2778	0.1962	0.3098	0.2904	0.3098	0.2703	0.2029	0.1876	0.2029	0.2079
chr3L	1569624	1569867	chr3L:1569625-1569867	FBgn0035236	CG12004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.1125	0.1067	0.082	0.0795	0.1068	0.1613	0.1386	0.0795	0.1147	0.1289	0.1147	0.1294	0.0704	0.1051	0.0704	0.0922
chr3L	1569942	1570129	chr3L:1569943-1570129	distal	distal	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0776	0.0957	0.0791	0.0557	0.071	0.085	0.1194	0.1559	0.071	0.0725	0.1077	0.0725	0.0813	0.0482	0.0825	0.0482	0.0386
chr3L	1572591	1572742	chr3L:1572592-1572742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0334	0.0607	0.0227	0.0145	0.0541	0.0233	0.1345	0.0446	0.0541	0.0199	0.0267	0.0199	0.0302	0.0115	0.0135	0.0115	0.0266
chr3L	1576010	1576253	chr3L:1576011-1576253	FBgn0035237	CG13917	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0918	0.0661	0.0455	0.0848	0.0782	0.1445	0.0946	0.0848	0.0743	0.0791	0.0743	0.0713	0.0513	0.0574	0.0513	0.0573
chr3L	1576521	1576730	chr3L:1576522-1576730	FBgn0035237	CG13917	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1573	0.1496	0.1791	0.142	0.1071	0.1646	0.1856	0.1945	0.1071	0.2114	0.2064	0.2114	0.1696	0.1386	0.1522	0.1386	0.1621
chr3L	1576840	1577018	chr3L:1576841-1577018	FBgn0035237	CG13917	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.082	0.0839	0.0992	0.0609	0.0414	0.0947	0.0999	0.1206	0.0414	0.1063	0.1305	0.1063	0.0953	0.0536	0.0845	0.0536	0.0631
chr3L	1577126	1577318	chr3L:1577127-1577318	FBgn0035237	CG13917	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0773	0.1074	0.0739	0.0475	0.0657	0.1058	0.1393	0.1546	0.0657	0.0749	0.0926	0.0749	0.062	0.0475	0.04	0.0475	0.0375
chr3L	1577461	1577620	chr3L:1577462-1577620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0595	0.0479	0.0709	0.0599	0.0286	0.0607	0.0523	0.066	0.0286	0.0876	0.0768	0.0876	0.0565	0.0452	0.0413	0.0452	0.0391
chr3L	1578334	1578485	chr3L:1578335-1578485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0399	0.0401	0.051	0.0273	0.017	0.0592	0.045	0.0453	0.017	0.0519	0.0392	0.0519	0.1084	0.0168	0.0187	0.0168	0.0542
chr3L	1578775	1578970	chr3L:1578776-1578970	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0742	0.0647	0.0887	0.0689	0.0233	0.1141	0.0614	0.07	0.0233	0.1316	0.0659	0.1316	0.1534	0.0498	0.0374	0.0498	0.1449
chr3L	1579067	1579326	chr3L:1579068-1579326	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0877	0.0747	0.0907	0.099	0.0233	0.134	0.074	0.0713	0.0233	0.0894	0.0691	0.0894	0.2146	0.059	0.0593	0.059	0.2335
chr3L	1579454	1579775	chr3L:1579455-1579775	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1048	0.083	0.1104	0.123	0.0361	0.1456	0.0817	0.0793	0.0361	0.0906	0.0887	0.0906	0.2881	0.0972	0.0864	0.0972	0.2736
chr3L	1580259	1580410	chr3L:1580260-1580410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0193	0.0121	0.0188	0.0279	0.0042	0.0204	0.0108	0.0153	0.0042	0.0254	0.0186	0.0254	0.0294	0.0567	0.0123	0.0567	0.0427
chr3L	1586523	1586738	chr3L:1586524-1586738	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1909	0.158	0.2273	0.1876	0.1283	0.201	0.1635	0.2059	0.1283	0.2723	0.2489	0.2723	0.2881	0.2289	0.2456	0.2289	0.2579
chr3L	1587014	1587165	chr3L:1587015-1587165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0267	0.0341	0.0333	0.0223	0.0296	0.0337	0.0306	0.0223	0.0393	0.0367	0.0393	0.0411	0.0452	0.0484	0.0452	0.0406
chr3L	1592950	1593226	chr3L:1592951-1593226	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1605	0.182	0.2044	0.0881	0.1273	0.1995	0.2033	0.2658	0.1273	0.3243	0.2379	0.3243	0.1712	0.16	0.1193	0.16	0.0902
chr3L	1599946	1600097	chr3L:1599947-1600097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0246	0.0246	0.0216	0.0281	0.0138	0.0243	0.0346	0.032	0.0138	0.0205	0.0238	0.0205	0.0318	0.0123	0.0174	0.0123	0.0698
chr3L	1601213	1601386	chr3L:1601214-1601386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0375	0.038	0.0377	0.0368	0.0159	0.0505	0.0567	0.0346	0.0159	0.0362	0.0373	0.0362	0.0612	0.023	0.0206	0.023	0.0839
chr3L	1601991	1602283	chr3L:1601992-1602283	FBgn0035238	CG12104	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1039	0.0735	0.1157	0.1248	0.035	0.1146	0.0761	0.0833	0.035	0.1039	0.0849	0.1039	0.275	0.0636	0.06	0.0636	0.3241
chr3L	1602347	1602511	chr3L:1602348-1602511	FBgn0035238,FBgn0035239,FBgn0035240	CG12104,CG18170,CG33791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0834	0.0713	0.1041	0.0742	0.0371	0.0913	0.0813	0.0946	0.0371	0.1117	0.0952	0.1117	0.1882	0.0636	0.0503	0.0636	0.1459
chr3L	1602559	1602757	chr3L:1602560-1602757	FBgn0035238,FBgn0035239,FBgn0035240	CG12104,CG18170,CG33791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1218	0.1074	0.152	0.1046	0.0732	0.1325	0.1168	0.1472	0.0732	0.1606	0.1521	0.1606	0.2293	0.1026	0.0916	0.1026	0.1688
chr3L	1602841	1602995	chr3L:1602842-1602995	FBgn0035238,FBgn0035239,FBgn0035240	CG12104,CG18170,CG33791	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0493	0.0386	0.0713	0.0372	0.0233	0.051	0.042	0.0473	0.0233	0.0725	0.0768	0.0725	0.0852	0.0498	0.0297	0.0498	0.0479
chr3L	1618058	1618239	chr3L:1618059-1618239	FBgn0035243,FBgn0035244,FBgn0053230	ABCB7,CG13926,CG33230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1154	0.0809	0.1552	0.1104	0.0361	0.1083	0.0813	0.1219	0.0361	0.1975	0.1646	0.1975	0.1596	0.1187	0.1115	0.1187	0.1496
chr3L	1618323	1618512	chr3L:1618324-1618512	FBgn0035243,FBgn0035244,FBgn0053230	ABCB7,CG13926,CG33230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1483	0.1272	0.1871	0.1294	0.0774	0.1602	0.144	0.1752	0.0774	0.2349	0.199	0.2349	0.1944	0.147	0.1244	0.147	0.1673
chr3L	1618535	1618686	chr3L:1618536-1618686	FBgn0035243,FBgn0035244,FBgn0053230	ABCB7,CG13926,CG33230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0787	0.0749	0.0928	0.0675	0.0392	0.0976	0.0956	0.0879	0.0392	0.1232	0.0971	0.1232	0.0937	0.0766	0.0658	0.0766	0.0881
chr3L	1627047	1627198	chr3L:1627048-1627198	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0077	0.0157	0.0379	0.0011	0.0068	0.0143	0.008	0.0011	0.0072	0.0113	0.0072	0.0077	0.01	0.0071	0.01	0.0115
chr3L	1628151	1628641	chr3L:1628152-1628641	FBgn0035246	CG13928	stage11,stage14,stage5	none	VT24098.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1044	0.058	0.1151	0.1444	0.0308	0.066	0.077	0.072	0.0308	0.0423	0.0855	0.0423	0.0658	0.0276	0.0554	0.0276	0.0756
chr3L	1629238	1629418	chr3L:1629239-1629418	FBgn0035245	GC	stage14	none	VT24098.1,VT24099.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.0127	0.0203	0.0471	0.0032	0.0136	0.0225	0.0113	0.0032	0.0157	0.0141	0.0157	0.0077	0.0054	0.0084	0.0054	0.0146
chr3L	1637024	1637175	chr3L:1637025-1637175	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0146	0.0122	0.0394	0.0064	0.015	0.0255	0.0113	0.0064	0.0085	0.0125	0.0085	0.0108	0.0123	0.0064	0.0123	0.0234
chr3L	1637720	1637871	chr3L:1637721-1637871	FBgn0013342	n-syb	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0172	0.0137	0.033	0.0064	0.016	0.0268	0.0227	0.0064	0.0121	0.0141	0.0121	0.0139	0.0077	0.0058	0.0077	0.0125
chr3L	1639144	1639312	chr3L:1639145-1639312	FBgn0013753,FBgn0035247	Bgb,metl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1287	0.1178	0.1527	0.1147	0.0689	0.1437	0.1349	0.1639	0.0689	0.2053	0.1624	0.2053	0.1348	0.1187	0.1115	0.1187	0.1475
chr3L	1639386	1639562	chr3L:1639387-1639562	FBgn0013753,FBgn0035247	Bgb,metl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1542	0.139	0.1831	0.1395	0.0753	0.1636	0.1609	0.1945	0.0753	0.2325	0.199	0.2325	0.182	0.144	0.1393	0.144	0.1714
chr3L	1639622	1639801	chr3L:1639623-1639801	FBgn0013753,FBgn0035247	Bgb,metl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1572	0.1396	0.1885	0.1426	0.0912	0.1694	0.1635	0.1785	0.0912	0.2228	0.2196	0.2228	0.1665	0.1485	0.1418	0.1485	0.1683
chr3L	1645133	1645301	chr3L:1645134-1645301	FBgn0025725,FBgn0035248	CG13919,alphaCop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1222	0.1004	0.1665	0.0979	0.07	0.118	0.1215	0.1233	0.07	0.1781	0.1958	0.1781	0.1743	0.1018	0.1173	0.1018	0.1225
chr3L	1645366	1645582	chr3L:1645367-1645582	FBgn0025725,FBgn0035248	CG13919,alphaCop	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.0901	0.1557	0.0859	0.0509	0.1058	0.1142	0.1099	0.0509	0.1769	0.1775	0.1769	0.1665	0.0896	0.0935	0.0896	0.11
chr3L	1645654	1645887	chr3L:1645655-1645887	FBgn0025725,FBgn0035248	CG13919,alphaCop	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.072	0.0823	0.084	0.0475	0.0477	0.0607	0.1492	0.0779	0.0477	0.0876	0.0965	0.0876	0.0937	0.0429	0.0542	0.0429	0.0631
chr3L	1645915	1646138	chr3L:1645916-1646138	FBgn0035248	CG13919	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0467	0.0833	0.0373	0.0162	0.0477	0.0413	0.1873	0.0506	0.0477	0.0435	0.0399	0.0435	0.0349	0.0161	0.0142	0.0161	0.0224
chr3L	1647884	1648035	chr3L:1647885-1648035	FBgn0013755,FBgn0035249	Bro,CG17249	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0357	0.049	0.0353	0.0213	0.0117	0.0354	0.1012	0.0413	0.0117	0.0326	0.0334	0.0326	0.0341	0.0222	0.02	0.0222	0.0224
chr3L	1648334	1648485	chr3L:1648335-1648485	FBgn0013755	Bro	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0295	0.0351	0.028	0.0246	0.0117	0.0218	0.0757	0.022	0.0117	0.0236	0.0251	0.0236	0.0186	0.0115	0.0148	0.0115	0.0146
chr3L	1648819	1648982	chr3L:1648820-1648982	FBgn0025712	CG13920	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0522	0.0356	0.0504	0.0727	0.0074	0.033	0.0666	0.0286	0.0074	0.0278	0.0228	0.0278	0.0232	0.0337	0.0168	0.0337	0.0313
chr3L	1649445	1649596	chr3L:1649446-1649596	FBgn0025712	CG13920	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0217	0.0241	0.0252	0.0117	0.018	0.0376	0.022	0.0117	0.026	0.0158	0.026	0.0178	0.023	0.0071	0.023	0.0146
chr3L	1650553	1650704	chr3L:1650554-1650704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.021	0.0202	0.0244	0.0181	0.0085	0.0184	0.0294	0.028	0.0085	0.0308	0.0196	0.0308	0.017	0.0337	0.009	0.0337	0.0125
chr3L	1652834	1653042	chr3L:1652835-1653042	FBgn0035251,FBgn0035252	CG7967,CG7970	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.123	0.1379	0.1122	0.106	0.1403	0.1172	0.1965	0.106	0.1769	0.1441	0.1769	0.1751	0.1233	0.1077	0.1233	0.1454
chr3L	1662070	1662221	chr3L:1662071-1662221	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0151	0.0171	0.0401	0.0021	0.016	0.0199	0.0247	0.0021	0.0187	0.0129	0.0187	0.0139	0.0084	0.0077	0.0084	0.0083
chr3L	1663122	1663310	chr3L:1663123-1663310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.0234	0.0378	0.0398	0.0106	0.0165	0.0381	0.032	0.0106	0.0326	0.027	0.0326	0.0333	0.0123	0.0148	0.0123	0.0172
chr3L	1663664	1663815	chr3L:1663665-1663815	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0303	0.0158	0.0251	0.0522	0.0064	0.0175	0.0272	0.014	0.0064	0.0229	0.018	0.0229	0.0147	0.0145	0.0064	0.0145	0.0172
chr3L	1664263	1664421	chr3L:1664264-1664421	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0599	0.028	0.0726	0.0816	0.0095	0.0427	0.0329	0.0306	0.0095	0.0815	0.0415	0.0815	0.038	0.0276	0.0251	0.0276	0.0339
chr3L	1664992	1665185	chr3L:1664993-1665185	FBgn0035253,FBgn0035254	CG7971,CG7974	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.158	0.1468	0.1915	0.1338	0.1007	0.1728	0.1696	0.1905	0.1007	0.2476	0.2035	0.2476	0.1743	0.157	0.1373	0.157	0.1511
chr3L	1665329	1665560	chr3L:1665330-1665560	FBgn0035253,FBgn0035254	CG7971,CG7974	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0797	0.072	0.1004	0.0655	0.0329	0.0874	0.0917	0.0853	0.0329	0.1268	0.1023	0.1268	0.1216	0.0881	0.0632	0.0881	0.0797
chr3L	1665768	1665919	chr3L:1665769-1665919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0366	0.0253	0.0566	0.0274	0.0064	0.034	0.0376	0.0227	0.0064	0.0809	0.0572	0.0809	0.0697	0.0383	0.0219	0.0383	0.0349
chr3L	1665956	1666221	chr3L:1665957-1666221	FBgn0082944	snoRNA:Me28S-A2634c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0535	0.0455	0.0756	0.038	0.018	0.0592	0.0562	0.054	0.018	0.1105	0.0752	0.1105	0.0906	0.0605	0.029	0.0605	0.0532
chr3L	1668284	1668520	chr3L:1668285-1668520	FBgn0026372	RpL23A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1068	0.0943	0.1348	0.09	0.0477	0.1238	0.1107	0.1199	0.0477	0.1655	0.1392	0.1655	0.1673	0.1103	0.0845	0.1103	0.1172
chr3L	1668630	1668837	chr3L:1668631-1668837	FBgn0026372	RpL23A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2101	0.1823	0.2628	0.1834	0.1103	0.2403	0.1929	0.2505	0.1103	0.3164	0.2785	0.3164	0.282	0.1899	0.1954	0.1899	0.2303
chr3L	1674453	1674613	chr3L:1674454-1674613	FBgn0035260	CG7991	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0117	0.0272	0.0299	0.0011	0.0121	0.0138	0.0213	0.0011	0.0193	0.045	0.0193	0.0163	0.0069	0.107	0.0069	0.0141
chr3L	1674986	1675137	chr3L:1674987-1675137	FBgn0035260	CG7991	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0115	0.0178	0.0146	0.0032	0.0121	0.0199	0.0113	0.0032	0.0127	0.0257	0.0127	0.0256	0.0038	0.0464	0.0038	0.0094
chr3L	1675482	1675640	chr3L:1675483-1675640	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.016	0.0211	0.0279	0.0095	0.0121	0.0277	0.0173	0.0095	0.0133	0.036	0.0133	0.0139	0.0092	0.0961	0.0092	0.0104
chr3L	1675844	1675995	chr3L:1675845-1675995	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0143	0.0227	0.0213	0.0095	0.0131	0.0234	0.0147	0.0095	0.0109	0.0412	0.0109	0.0147	0.0038	0.0825	0.0038	0.0068
chr3L	1676142	1676394	chr3L:1676143-1676394	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0294	0.0155	0.0327	0.0412	0.0032	0.0165	0.0238	0.0193	0.0032	0.0193	0.0601	0.0193	0.0178	0.0092	0.1593	0.0092	0.0083
chr3L	1676558	1676709	chr3L:1676559-1676709	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.012	0.0206	0.0237	0.0042	0.0131	0.0186	0.0113	0.0042	0.0145	0.035	0.0145	0.0163	0.0054	0.0832	0.0054	0.0083
chr3L	1688578	1688820	chr3L:1688579-1688820	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0416	0.044	0.0414	0.0244	0.0364	0.0593	0.0533	0.0244	0.0495	0.0502	0.0495	0.055	0.0176	0.0451	0.0176	0.0485
chr3L	1690801	1690952	chr3L:1690802-1690952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.0101	0.0137	0.0191	0	0.0102	0.0173	0.0113	0	0.0181	0.0161	0.0181	0.0147	0.0436	0.0219	0.0436	0.0115
chr3L	1690989	1691140	chr3L:1690990-1691140	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0104	0.0069	0.0098	0.0149	0.0011	0.0068	0.0121	0.006	0.0011	0.0151	0.01	0.0151	0.0108	0.0375	0.0206	0.0375	0.0057
chr3L	1691311	1691462	chr3L:1691312-1691462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0105	0.0075	0.0119	0.0124	0.0053	0.0049	0.0138	0.0073	0.0053	0.0187	0.0129	0.0187	0.0108	0.0276	0.0129	0.0276	0.0083
chr3L	1697173	1697324	chr3L:1697174-1697324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0145	0.0233	0.0132	0.0061	0.0148	0.0155	0.0394	0.0286	0.0148	0.0163	0.0129	0.0163	0.0155	0.0023	0.0071	0.0023	0.0047
chr3L	1708469	1708620	chr3L:1708470-1708620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0111	0.0142	0.0114	0.0032	0.0112	0.019	0.01	0.0032	0.0085	0.0232	0.0085	0.0124	0.0023	0.0406	0.0023	0.0057
chr3L	1708775	1708926	chr3L:1708776-1708926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0083	0.01	0.0088	0.0021	0.0058	0.0156	0.0107	0.0021	0.0066	0.0154	0.0066	0.007	0.0023	0.0297	0.0023	0.0026
chr3L	1723296	1723447	chr3L:1723297-1723447	FBgn0035262	CG18171	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0147	0.0148	0.0137	0.0157	0.0032	0.0121	0.026	0.0193	0.0032	0.0145	0.0154	0.0145	0.0194	0.0123	0.0071	0.0123	0.038
chr3L	1726080	1726231	chr3L:1726081-1726231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0219	0.0194	0.0352	0.0102	0.0074	0.0267	0.0277	0.0133	0.0074	0.0948	0.0219	0.0948	0.0256	0.01	0.0097	0.01	0.0167
chr3L	1726850	1727039	chr3L:1726851-1727039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0337	0.0374	0.0462	0.0157	0.0127	0.0495	0.0471	0.0466	0.0127	0.064	0.035	0.064	0.0821	0.0115	0.0116	0.0115	0.0276
chr3L	1728317	1728518	chr3L:1728318-1728518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0307	0.0236	0.0379	0.0308	0.0042	0.0277	0.0346	0.0286	0.0042	0.058	0.026	0.058	0.0728	0.0145	0.0129	0.0145	0.0787
chr3L	1729278	1729429	chr3L:1729279-1729429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0212	0.0297	0.0214	0.0042	0.0248	0.0311	0.0247	0.0042	0.0374	0.0228	0.0374	0.0503	0.0107	0.0123	0.0107	0.0464
chr3L	1729989	1730140	chr3L:1729990-1730140	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0337	0.0285	0.0381	0.0347	0.0085	0.0379	0.0355	0.0386	0.0085	0.029	0.0473	0.029	0.0558	0.0138	0.0567	0.0138	0.05
chr3L	1730238	1730432	chr3L:1730239-1730432	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0608	0.0435	0.0793	0.0599	0.0212	0.0529	0.0519	0.0626	0.0212	0.0483	0.1244	0.0483	0.0844	0.0352	0.1296	0.0352	0.0584
chr3L	1730508	1730730	chr3L:1730509-1730730	FBgn0027594	drpr	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0874	0.0623	0.1141	0.0861	0.0212	0.0704	0.0649	0.1146	0.0212	0.0845	0.1736	0.0845	0.086	0.1049	0.1522	0.1049	0.0703
chr3L	1730794	1730945	chr3L:1730795-1730945	FBgn0027594	drpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0809	0.0637	0.1032	0.0758	0.0435	0.0714	0.0735	0.0879	0.0435	0.1208	0.1277	0.1208	0.093	0.0819	0.1064	0.0819	0.0818
chr3L	1731029	1731202	chr3L:1731030-1731202	FBgn0027594	drpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1481	0.2055	0.1429	0.1166	0.1733	0.17	0.1985	0.1166	0.2409	0.2379	0.2409	0.2014	0.1631	0.1593	0.1631	0.1782
chr3L	1731295	1731460	chr3L:1731296-1731460	FBgn0027594	drpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0675	0.0573	0.0891	0.0551	0.0371	0.0636	0.0675	0.0833	0.0371	0.1123	0.1023	0.1123	0.0829	0.0658	0.0606	0.0658	0.0797
chr3L	1735673	1735848	chr3L:1735674-1735848	FBgn0035264	Oseg4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0408	0.0336	0.057	0.0311	0.018	0.0199	0.0433	0.07	0.018	0.0181	0.1055	0.0181	0.0519	0.0092	0.0916	0.0092	0.0193
chr3L	1738153	1738354	chr3L:1738154-1738354	FBgn0035265,FBgn0035266	CG18173,Gk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0562	0.0542	0.0642	0.0496	0.0244	0.0597	0.0653	0.0806	0.0244	0.0694	0.0746	0.0694	0.0914	0.0452	0.0638	0.0452	0.0782
chr3L	1738432	1738613	chr3L:1738433-1738613	FBgn0035265,FBgn0035266	CG18173,Gk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1263	0.1057	0.1433	0.1306	0.0594	0.1204	0.1259	0.1559	0.0594	0.1739	0.1662	0.1739	0.1658	0.1455	0.1709	0.1455	0.1688
chr3L	1738907	1739128	chr3L:1738908-1739128	FBgn0035266	Gk	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0808	0.0414	0.0907	0.1141	0.0223	0.0519	0.0502	0.054	0.0223	0.0688	0.1116	0.0688	0.1503	0.1462	0.156	0.1462	0.1397
chr3L	1740648	1740799	chr3L:1740649-1740799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.022	0.0183	0.0201	0.0284	0.0074	0.0189	0.0272	0.0227	0.0074	0.0229	0.0206	0.0229	0.0325	0.0743	0.0206	0.0743	0.0297
chr3L	1741804	1741955	chr3L:1741805-1741955	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0203	0.0292	0.0287	0.0095	0.0214	0.0311	0.022	0.0095	0.0151	0.0264	0.0151	0.0782	0.0107	0.0251	0.0107	0.0714
chr3L	1742193	1742391	chr3L:1742194-1742391	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.041	0.0265	0.0481	0.0493	0.0127	0.0286	0.0402	0.0286	0.0127	0.0356	0.0363	0.0356	0.1448	0.0176	0.0251	0.0176	0.1391
chr3L	1742473	1742772	chr3L:1742474-1742772	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0557	0.035	0.0676	0.0656	0.0032	0.0451	0.0528	0.0393	0.0032	0.0374	0.0508	0.0374	0.22	0.0253	0.0413	0.0253	0.173
chr3L	1746408	1746705	chr3L:1746409-1746705	FBgn0035267	CG13921	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2443	0.2911	0.3096	0.1203	0.2789	0.2816	0.3542	0.3857	0.2789	0.3086	0.4196	0.3086	0.2858	0.0528	0.2592	0.0528	0.1496
chr3L	1746832	1747018	chr3L:1746833-1747018	FBgn0035267	CG13921	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2156	0.2435	0.278	0.116	0.2259	0.2597	0.2712	0.3358	0.2259	0.3333	0.3495	0.3333	0.2572	0.0544	0.2173	0.0544	0.185
chr3L	1747109	1747315	chr3L:1747110-1747315	FBgn0035267	CG13921	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0967	0.0943	0.1426	0.049	0.0498	0.1044	0.0969	0.1619	0.0498	0.1159	0.2305	0.1159	0.0937	0.0153	0.1244	0.0153	0.0537
chr3L	1748435	1748683	chr3L:1748436-1748683	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.034	0.0226	0.0312	0.0497	0.0106	0.0194	0.035	0.03	0.0106	0.0199	0.0383	0.0199	0.0194	0.0123	0.0142	0.0123	0.0156
chr3L	1752148	1752299	chr3L:1752149-1752299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0215	0.0293	0.0239	0.0103	0.0117	0.0214	0.0497	0.0353	0.0117	0.0139	0.0383	0.0139	0.0209	0.01	0.0142	0.01	0.013
chr3L	1753445	1753596	chr3L:1753446-1753596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0168	0.0263	0.0164	0.0067	0.0117	0.0092	0.0644	0.016	0.0117	0.0085	0.0273	0.0085	0.0139	0.0054	0.0071	0.0054	0.0089
chr3L	1754669	1754820	chr3L:1754670-1754820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0165	0.0141	0.0214	0.0139	0.0042	0.0117	0.026	0.016	0.0042	0.0229	0.0254	0.0229	0.0333	0.0077	0.0258	0.0077	0.0193
chr3L	1754902	1755055	chr3L:1754903-1755055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0221	0.0172	0.0283	0.0207	0.0085	0.015	0.0277	0.0227	0.0085	0.0242	0.0334	0.0242	0.0473	0.013	0.0316	0.013	0.0344
chr3L	1755154	1755305	chr3L:1755155-1755305	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0225	0.0142	0.0266	0.0273	0.0032	0.0214	0.0164	0.0167	0.0032	0.0272	0.0299	0.0272	0.0465	0.0069	0.0638	0.0069	0.037
chr3L	1755530	1755830	chr3L:1755531-1755830	FBgn0022702,FBgn0035268	CG8001,Cht2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0787	0.0319	0.103	0.1043	0.0117	0.0481	0.0407	0.0313	0.0117	0.1202	0.1428	0.1202	0.0999	0.0429	0.2373	0.0429	0.1318
chr3L	1756151	1756384	chr3L:1756152-1756384	FBgn0022702,FBgn0035268	CG8001,Cht2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0516	0.0257	0.0624	0.0688	0.0074	0.0354	0.0316	0.0293	0.0074	0.0519	0.0781	0.0519	0.0968	0.0513	0.1019	0.0513	0.1011
chr3L	1772667	1772942	chr3L:1772668-1772942	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0755	0.176	0.0299	0.0134	0.1792	0.0534	0.3175	0.2252	0.1792	0.0266	0.0431	0.0266	0.024	0.0145	0.0213	0.0145	0.012
chr3L	1775046	1775235	chr3L:1775047-1775235	FBgn0027903,FBgn0035270	CG12018,CG13933	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1048	0.1026	0.1184	0.0923	0.0657	0.1218	0.1194	0.1392	0.0657	0.1492	0.1354	0.1492	0.1108	0.0957	0.0948	0.0957	0.1209
chr3L	1775256	1775442	chr3L:1775257-1775442	FBgn0027903,FBgn0035270	CG12018,CG13933	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0851	0.0829	0.0964	0.0752	0.0551	0.1	0.0939	0.1099	0.0551	0.1298	0.101	0.1298	0.0999	0.0865	0.0812	0.0865	0.0964
chr3L	1775544	1775706	chr3L:1775545-1775706	FBgn0027903,FBgn0035270	CG12018,CG13933	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0403	0.0659	0.0408	0.0201	0.0529	0.0428	0.0573	0.0201	0.0851	0.0727	0.0851	0.072	0.0452	0.0522	0.0452	0.0521
chr3L	1777127	1777278	chr3L:1777128-1777278	FBgn0035271,FBgn0035272	CG2021,mRpL46	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0578	0.056	0.0669	0.05	0.0255	0.0553	0.0727	0.0873	0.0255	0.0894	0.0669	0.0894	0.0767	0.0666	0.0464	0.0666	0.0662
chr3L	1777336	1777508	chr3L:1777337-1777508	FBgn0035271,FBgn0035272	CG2021,mRpL46	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.1068	0.1254	0.0905	0.053	0.1272	0.1207	0.1612	0.053	0.1624	0.1322	0.1624	0.1309	0.1095	0.0935	0.1095	0.1146
chr3L	1777844	1777995	chr3L:1777845-1777995	FBgn0035271,FBgn0035272	CG2021,mRpL46	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0343	0.0339	0.0414	0.027	0.0223	0.035	0.0411	0.0493	0.0223	0.0411	0.045	0.0411	0.0426	0.0322	0.029	0.0322	0.0297
chr3L	1778058	1778238	chr3L:1778059-1778238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0364	0.0463	0.0327	0.0286	0.0354	0.0467	0.05	0.0286	0.0489	0.0537	0.0489	0.0387	0.0413	0.0322	0.0413	0.0375
chr3L	1784201	1784394	chr3L:1784202-1784394	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0368	0.0328	0.0506	0.026	0.0159	0.0442	0.0446	0.0286	0.0159	0.0332	0.0408	0.0332	0.1317	0.0199	0.0187	0.0199	0.0521
chr3L	1793404	1793580	chr3L:1793405-1793580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0354	0.0287	0.0461	0.0313	0.0117	0.0345	0.0385	0.0326	0.0117	0.0942	0.0418	0.0942	0.0318	0.0743	0.0284	0.0743	0.0261
chr3L	1794303	1794580	chr3L:1794304-1794580	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1521	0.1284	0.1692	0.1599	0.0838	0.166	0.1384	0.1679	0.0838	0.1697	0.1669	0.1697	0.2254	0.1554	0.1341	0.1554	0.2251
chr3L	1794759	1794929	chr3L:1794760-1794929	FBgn0011573,FBgn0024510,FBgn0250789	Cdc37,alpha-Spec,dlt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.204	0.1897	0.227	0.1947	0.1315	0.2262	0.2189	0.2485	0.1315	0.2687	0.237	0.2687	0.2332	0.2037	0.1754	0.2037	0.2236
chr3L	1795013	1795208	chr3L:1795014-1795208	FBgn0011573,FBgn0024510,FBgn0250789	Cdc37,alpha-Spec,dlt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.0983	0.1445	0.1118	0.0604	0.1146	0.1194	0.1326	0.0604	0.1655	0.1601	0.1655	0.1371	0.1095	0.1231	0.1095	0.1329
chr3L	1795253	1795437	chr3L:1795254-1795437	FBgn0011573,FBgn0024510,FBgn0250789	Cdc37,alpha-Spec,dlt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1774	0.1609	0.2123	0.1575	0.0965	0.1985	0.183	0.2059	0.0965	0.2518	0.2405	0.2518	0.1905	0.147	0.1586	0.147	0.198
chr3L	1795477	1795661	chr3L:1795478-1795661	FBgn0011573,FBgn0024510,FBgn0250789	Cdc37,alpha-Spec,dlt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.155	0.1416	0.1952	0.126	0.0827	0.1718	0.1592	0.1999	0.0827	0.2355	0.2228	0.2355	0.182	0.1225	0.1386	0.1225	0.1532
chr3L	1795738	1795892	chr3L:1795739-1795892	FBgn0011573,FBgn0024510,FBgn0250789	Cdc37,alpha-Spec,dlt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0702	0.0626	0.0882	0.059	0.0318	0.0655	0.077	0.0953	0.0318	0.0978	0.1096	0.0978	0.0813	0.0613	0.0625	0.0613	0.0735
chr3L	1798703	1798881	chr3L:1798704-1798881	FBgn0067864	Patj	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1127	0.1044	0.1303	0.1025	0.0753	0.115	0.1272	0.1412	0.0753	0.1546	0.1534	0.1546	0.134	0.1187	0.1019	0.1187	0.1397
chr3L	1798932	1799127	chr3L:1798933-1799127	FBgn0067864	Patj	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.0568	0.0759	0.0643	0.0361	0.0592	0.0735	0.0779	0.0361	0.0906	0.09	0.0906	0.0705	0.0704	0.0703	0.0704	0.087
chr3L	1802402	1802650	chr3L:1802403-1802650	FBgn0025820,FBgn0261562	CG42676,JTBR	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0548	0.0716	0.0402	0.0286	0.049	0.0804	0.0773	0.0286	0.0761	0.0807	0.0761	0.0782	0.0383	0.0438	0.0383	0.0547
chr3L	1802758	1802943	chr3L:1802759-1802943	FBgn0025820,FBgn0261562	CG42676,JTBR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1213	0.0977	0.1603	0.105	0.0657	0.1262	0.1025	0.1359	0.0657	0.192	0.1727	0.192	0.1611	0.1194	0.1064	0.1194	0.1376
chr3L	1803012	1803179	chr3L:1803013-1803179	FBgn0025820,FBgn0261562	CG42676,JTBR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1317	0.1049	0.1708	0.1188	0.0583	0.1413	0.1064	0.1472	0.0583	0.2077	0.1907	0.2077	0.172	0.1279	0.1212	0.1279	0.1532
chr3L	1807557	1807759	chr3L:1807558-1807759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0246	0.0316	0.0178	0.0106	0.0296	0.0316	0.03	0.0106	0.0211	0.0312	0.0211	0.0666	0.0153	0.0116	0.0153	0.0349
chr3L	1808651	1808811	chr3L:1808652-1808811	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0224	0.036	0.0216	0.0117	0.0209	0.0329	0.03	0.0117	0.0205	0.0582	0.0205	0.0302	0.0107	0.0554	0.0107	0.0219
chr3L	1810249	1810409	chr3L:1810250-1810409	FBgn0027790	GV1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.037	0.0482	0.0388	0.0224	0.0223	0.0417	0.0796	0.0526	0.0223	0.026	0.0582	0.026	0.0356	0.0123	0.04	0.0123	0.0234
chr3L	1810545	1810696	chr3L:1810546-1810696	FBgn0027790	GV1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0204	0.0305	0.0192	0.0106	0.0159	0.0199	0.0601	0.028	0.0159	0.0163	0.0289	0.0163	0.0163	0.0038	0.0239	0.0038	0.0094
chr3L	1819000	1819167	chr3L:1819001-1819167	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0122	0.022	0.0221	0.0074	0.0097	0.0212	0.0107	0.0074	0.0139	0.0402	0.0139	0.0139	0.0054	0.0819	0.0054	0.0057
chr3L	1831843	1832036	chr3L:1831844-1832036	FBgn0035279	Cpr62Ba	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0179	0.0076	0.0142	0.0334	0.0011	0.0112	0.0117	0.004	0.0011	0.0079	0.0148	0.0079	0.0333	0.0069	0.0754	0.0069	0.0537
chr3L	1839548	1839699	chr3L:1839549-1839699	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0112	0.0061	0.0103	0.018	0	0.0068	0.0108	0.006	0	0.0054	0.0103	0.0054	0.0256	0.0031	0.0316	0.0031	0.0339
chr3L	1850635	1850833	chr3L:1850636-1850833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0198	0.0232	0.0284	0.0064	0.018	0.0316	0.024	0.0064	0.0284	0.0257	0.0284	0.0318	0.0306	0.0432	0.0306	0.0422
chr3L	1854202	1854353	chr3L:1854203-1854353	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0131	0.0141	0.0145	0.0053	0.0146	0.0216	0.0133	0.0053	0.0097	0.0129	0.0097	0.0279	0.0092	0.0058	0.0092	0.0401
chr3L	1856814	1857003	chr3L:1856815-1857003	FBgn0035283	CG12024	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1148	0.0804	0.123	0.1444	0.0382	0.1131	0.077	0.1186	0.0382	0.1232	0.1428	0.1232	0.1704	0.1478	0.1509	0.1478	0.2079
chr3L	1857080	1857259	chr3L:1857081-1857259	FBgn0035283	CG12024	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1158	0.0751	0.135	0.1401	0.0371	0.1068	0.0649	0.1206	0.0371	0.1504	0.1566	0.1504	0.1619	0.1646	0.1476	0.1646	0.1793
chr3L	1857350	1857501	chr3L:1857351-1857501	FBgn0035283	CG12024	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0501	0.0339	0.0641	0.0528	0.0138	0.0413	0.0407	0.046	0.0138	0.0755	0.0733	0.0755	0.0674	0.059	0.0529	0.059	0.0657
chr3L	1861185	1861362	chr3L:1861186-1861362	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0691	0.1189	0.0529	0.0313	0.122	0.065	0.189	0.1572	0.122	0.0501	0.0675	0.0501	0.0496	0.0383	0.0419	0.0383	0.036
chr3L	1861465	1861654	chr3L:1861466-1861654	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.1647	0.153	0.1948	0.1447	0.1092	0.165	0.1773	0.2139	0.1092	0.2446	0.2177	0.2446	0.1867	0.1524	0.1631	0.1524	0.1767
chr3L	1861743	1861955	chr3L:1861744-1861955	FBgn0004636	R	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1996	0.1681	0.2473	0.1823	0.1007	0.2155	0.1825	0.2212	0.1007	0.3104	0.2717	0.3104	0.2409	0.1907	0.1889	0.1907	0.223
chr3L	1862127	1862311	chr3L:1862128-1862311	FBgn0004636	R	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1557	0.1327	0.1949	0.1383	0.0891	0.1553	0.1505	0.1839	0.0891	0.2361	0.2193	0.2361	0.1828	0.1593	0.1341	0.1593	0.1641
chr3L	1865046	1865238	chr3L:1865047-1865238	FBgn0035285,FBgn0042712	CG12025,HBS1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1782	0.1726	0.2157	0.1433	0.1304	0.1869	0.2167	0.2152	0.1304	0.2802	0.236	0.2802	0.213	0.1692	0.1541	0.1692	0.1558
chr3L	1865328	1865501	chr3L:1865329-1865501	FBgn0035285,FBgn0042712	CG12025,HBS1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2046	0.1899	0.2431	0.1787	0.1506	0.2146	0.2318	0.2285	0.1506	0.3134	0.2617	0.3134	0.2417	0.1899	0.1786	0.1899	0.2152
chr3L	1866132	1866283	chr3L:1866133-1866283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0311	0.0259	0.0369	0.0304	0.018	0.0228	0.0424	0.0286	0.018	0.0296	0.0505	0.0296	0.0341	0.0222	0.029	0.0222	0.0224
chr3L	1868841	1868992	chr3L:1868842-1868992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0259	0.027	0.0226	0.0138	0.0257	0.0346	0.0353	0.0138	0.0229	0.0289	0.0229	0.0496	0.0161	0.0142	0.0161	0.0516
chr3L	1876014	1876175	chr3L:1876015-1876175	FBgn0002183	dre4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0491	0.0714	0.049	0.017	0.0631	0.0484	0.0799	0.017	0.0918	0.0707	0.0918	0.0643	0.0498	0.0464	0.0498	0.0693
chr3L	1876260	1876461	chr3L:1876261-1876461	FBgn0002183	dre4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1316	0.1224	0.1582	0.1125	0.0636	0.1461	0.1319	0.1825	0.0636	0.1908	0.1768	0.1908	0.1433	0.1256	0.1083	0.1256	0.1443
chr3L	1876611	1876767	chr3L:1876612-1876767	FBgn0002183	dre4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0357	0.0364	0.0415	0.0284	0.0127	0.0471	0.048	0.04	0.0127	0.0453	0.0492	0.0453	0.0387	0.0314	0.0284	0.0314	0.0401
chr3L	1882706	1882857	chr3L:1882707-1882857	FBgn0035287	CG13937	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0276	0.0236	0.0216	0.0389	0.0117	0.0301	0.0311	0.0266	0.0117	0.0199	0.018	0.0199	0.0279	0.023	0.0142	0.023	0.0375
chr3L	1883005	1883156	chr3L:1883006-1883156	FBgn0035287	CG13937	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0288	0.0248	0.0194	0.0437	0.018	0.0267	0.026	0.0426	0.018	0.0163	0.0151	0.0163	0.0147	0.013	0.0142	0.013	0.0354
chr3L	1883177	1883384	chr3L:1883178-1883384	FBgn0035287	CG13937	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0352	0.0242	0.0256	0.0581	0.0106	0.0257	0.0251	0.0446	0.0106	0.0139	0.0244	0.0139	0.0356	0.0168	0.0245	0.0168	0.0521
chr3L	1884814	1885028	chr3L:1884815-1885028	FBgn0000109	Aprt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.124	0.2004	0.1349	0.0806	0.1534	0.1116	0.2005	0.0806	0.2186	0.2424	0.2186	0.2138	0.1447	0.1644	0.1447	0.1615
chr3L	1885232	1885394	chr3L:1885233-1885394	FBgn0000109,FBgn0262624	Aprt,Tmhs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0959	0.1057	0.1335	0.0439	0.0679	0.1296	0.1047	0.1672	0.0679	0.122	0.1926	0.122	0.1255	0.0567	0.0787	0.0567	0.037
chr3L	1885504	1885722	chr3L:1885505-1885722	FBgn0262624	Tmhs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1818	0.1877	0.2341	0.1178	0.1198	0.232	0.1791	0.2925	0.1198	0.2651	0.3164	0.2651	0.2084	0.1462	0.2121	0.1462	0.124
chr3L	1885929	1886220	chr3L:1885930-1886220	FBgn0262624	Tmhs	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0755	0.0942	0.0906	0.038	0.0604	0.115	0.0891	0.1532	0.0604	0.096	0.1225	0.096	0.0736	0.0322	0.0761	0.0322	0.0386
chr3L	1886274	1886534	chr3L:1886275-1886534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0789	0.0948	0.0931	0.0455	0.052	0.1204	0.0839	0.1646	0.052	0.0833	0.1296	0.0833	0.0751	0.0383	0.0851	0.0383	0.049
chr3L	1890313	1890464	chr3L:1890314-1890464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0405	0.0291	0.0141	0.0201	0.0364	0.061	0.0546	0.0201	0.0242	0.0412	0.0242	0.0302	0.0123	0.0271	0.0123	0.0135
chr3L	1890691	1890937	chr3L:1890692-1890937	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0664	0.0509	0.0355	0.0456	0.0738	0.083	0.0893	0.0456	0.0477	0.0669	0.0477	0.0503	0.026	0.0496	0.026	0.0479
chr3L	1891027	1891243	chr3L:1891028-1891243	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1152	0.1027	0.1279	0.1152	0.0764	0.1092	0.1324	0.1292	0.0764	0.1202	0.1627	0.1202	0.1464	0.0873	0.1444	0.0873	0.1563
chr3L	1891757	1891908	chr3L:1891758-1891908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0176	0.0194	0.0207	0.0064	0.0194	0.0229	0.0253	0.0064	0.0211	0.0228	0.0211	0.0139	0.0107	0.0239	0.0107	0.0188
chr3L	1892140	1892291	chr3L:1892141-1892291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0176	0.0183	0.0227	0.0053	0.0184	0.0221	0.028	0.0053	0.0145	0.0203	0.0145	0.0186	0.013	0.0187	0.013	0.0224
chr3L	1896575	1896766	chr3L:1896576-1896766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0156	0.0292	0.0123	0.004	0.0106	0.017	0.0454	0.05	0.0106	0.0085	0.0199	0.0085	0.0085	0.0031	0.0039	0.0031	0.0031
chr3L	1899424	1899575	chr3L:1899425-1899575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0111	0.0162	0.0109	0.0057	0.0042	0.0092	0.016	0.0406	0.0042	0.0103	0.0158	0.0103	0.0093	8e-04	0.0103	8e-04	0.0068
chr3L	1913570	1913752	chr3L:1913571-1913752	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0715	0.084	0.0636	0.0488	0.0811	0.0822	0.0999	0.0488	0.09	0.1068	0.09	0.0744	0.0789	0.0903	0.0789	0.0782
chr3L	1915953	1916168	chr3L:1915954-1916168	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0227	0.0348	0.0166	0.0095	0.0262	0.0281	0.0333	0.0095	0.0332	0.0212	0.0332	0.0155	0.0046	0.0058	0.0046	0.0042
chr3L	1916741	1916930	chr3L:1916742-1916930	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0437	0.0327	0.0136	0.0138	0.0612	0.0329	0.0853	0.0138	0.0338	0.0318	0.0338	0.0031	0.0038	0.0013	0.0038	0.0042
chr3L	1918475	1918712	chr3L:1918476-1918712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0146	0.0138	0.0163	0.0074	0.0155	0.0186	0.0213	0.0074	0.0115	0.0106	0.0115	0.0031	0.0061	0.0052	0.0061	0.0042
chr3L	1920169	1920356	chr3L:1920170-1920356	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0659	0.0755	0.0787	0.0411	0.0265	0.0951	0.0688	0.1379	0.0265	0.0984	0.074	0.0984	0.0124	0.0054	0.009	0.0054	0.0068
chr3L	1921080	1921273	chr3L:1921081-1921273	FBgn0261723	Dbx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1094	0.1543	0.1133	0.0549	0.1251	0.1748	0.1769	0.2079	0.1251	0.1643	0.1016	0.1643	0.0155	0.01	0.0193	0.01	0.0094
chr3L	1922496	1922681	chr3L:1922497-1922681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.024	0.0244	0.0381	0.0081	0.0085	0.0277	0.0251	0.0426	0.0085	0.0399	0.0363	0.0399	0.0062	0.0023	0.0064	0.0023	0.0052
chr3L	1925874	1926025	chr3L:1925875-1926025	FBgn0052312	tRNA:CR32312	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0209	0.0216	0.0203	0.0207	0.0138	0.0252	0.0234	0.034	0.0138	0.0242	0.0199	0.0242	0.0201	0.0153	0.0193	0.0153	0.038
chr3L	1926275	1926426	chr3L:1926276-1926426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0172	0.0159	0.0258	0.0095	0.0189	0.0186	0.028	0.0095	0.0133	0.0135	0.0133	0.0256	0.0092	0.0264	0.0092	0.0438
chr3L	1926449	1926600	chr3L:1926450-1926600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0127	0.0147	0.0194	0.0053	0.015	0.0173	0.014	0.0053	0.0145	0.0132	0.0145	0.0132	0.0061	0.0129	0.0061	0.013
chr3L	1926852	1927003	chr3L:1926853-1927003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0142	0.0168	0.0095	0.0042	0.0136	0.0195	0.0213	0.0042	0.0097	0.0151	0.0097	0.0101	0.0038	0.0064	0.0038	0.012
chr3L	1929042	1929207	chr3L:1929043-1929207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0203	0.0349	0.0319	0.0127	0.0238	0.029	0.0213	0.0127	0.0423	0.0264	0.0423	0.0139	0.0084	0.0058	0.0084	0.012
chr3L	1930060	1930211	chr3L:1930061-1930211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0136	0.0141	0.0175	0.0053	0.0136	0.0195	0.0173	0.0053	0.0115	0.0093	0.0115	0.0039	0.0046	0.0032	0.0046	0.0052
chr3L	1930247	1930398	chr3L:1930248-1930398	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0096	0.0118	0.0181	0.0032	0.0097	0.0134	0.014	0.0032	0.0079	0.0087	0.0079	0.0077	0.0031	0.0026	0.0031	0.0057
chr3L	1931348	1931499	chr3L:1931349-1931499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0101	0.0114	0.0224	0.0042	0.0087	0.016	0.0127	0.0042	0.0066	0.0077	0.0066	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0135
chr3L	1940223	1940379	chr3L:1940224-1940379	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0255	0.0364	0.0337	0.0138	0.0291	0.0294	0.036	0.0138	0.029	0.0556	0.029	0.0279	0.0107	0.0999	0.0107	0.0162
chr3L	1940519	1940778	chr3L:1940520-1940778	FBgn0035294	Mfap1	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0388	0.0338	0.0439	0.0389	0.0255	0.0364	0.0415	0.044	0.0255	0.0447	0.0553	0.0447	0.0426	0.0222	0.087	0.0222	0.0365
chr3L	1940927	1941116	chr3L:1940928-1941116	FBgn0035294	Mfap1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0953	0.0837	0.1164	0.0852	0.0435	0.1034	0.0939	0.1179	0.0435	0.1401	0.1248	0.1401	0.1278	0.0796	0.1128	0.0796	0.0985
chr3L	1941282	1941433	chr3L:1941283-1941433	FBgn0035294	Mfap1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0199	0.0282	0.0181	0.0074	0.0209	0.0277	0.0286	0.0074	0.026	0.0318	0.026	0.0372	0.0115	0.0206	0.0115	0.0281
chr3L	1943273	1943424	chr3L:1943274-1943424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0297	0.0214	0.0123	0.018	0.0248	0.0476	0.0373	0.018	0.0272	0.0232	0.0272	0.0217	0.01	0.0123	0.01	0.0182
chr3L	1946957	1947108	chr3L:1946958-1947108	FBgn0002872,FBgn0035295	Cnb,mu2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0288	0.0302	0.0152	0.0127	0.034	0.0355	0.04	0.0127	0.0411	0.0325	0.0411	0.0271	0.0138	0.0161	0.0138	0.0188
chr3L	1947208	1947382	chr3L:1947209-1947382	FBgn0002872,FBgn0035295	Cnb,mu2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0443	0.0419	0.0572	0.0327	0.0212	0.051	0.0437	0.066	0.0212	0.07	0.0662	0.07	0.0511	0.0283	0.0322	0.0283	0.0391
chr3L	1947414	1947608	chr3L:1947415-1947608	FBgn0002872,FBgn0035295	Cnb,mu2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1125	0.1036	0.1459	0.0856	0.0456	0.1398	0.1021	0.1626	0.0456	0.1896	0.1666	0.1896	0.117	0.0812	0.0922	0.0812	0.0969
chr3L	1947651	1947831	chr3L:1947652-1947831	FBgn0002872,FBgn0035295	Cnb,mu2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1406	0.1162	0.1801	0.1246	0.0583	0.1544	0.1168	0.1732	0.0583	0.2337	0.2006	0.2337	0.1557	0.1149	0.1476	0.1149	0.1532
chr3L	1962957	1963108	chr3L:1962958-1963108	FBgn0035298	CG1140	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0142	0.0157	0.0241	0.0085	0.0121	0.0264	0.0127	0.0085	0.0175	0.0203	0.0175	0.0186	0.0176	0.011	0.0176	0.0636
chr3L	1963274	1963425	chr3L:1963275-1963425	FBgn0035298	CG1140	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.026	0.0188	0.0264	0.0336	0.0053	0.0223	0.0268	0.024	0.0053	0.035	0.0277	0.035	0.0318	0.0329	0.0142	0.0329	0.0844
chr3L	1963634	1964001	chr3L:1963635-1964001	FBgn0035298,FBgn0262110	CG1140,CG42863	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0937	0.0927	0.1049	0.0826	0.0456	0.1034	0.1198	0.1259	0.0456	0.1304	0.1174	0.1304	0.127	0.0674	0.0716	0.0674	0.1501
chr3L	1964088	1964265	chr3L:1964089-1964265	FBgn0262110	CG42863	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1334	0.1291	0.1504	0.1196	0.1018	0.1451	0.154	0.1659	0.1018	0.1787	0.1817	0.1787	0.1448	0.1202	0.1193	0.1202	0.1746
chr3L	1964360	1964582	chr3L:1964361-1964582	FBgn0262110	CG42863	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1305	0.1218	0.1528	0.1159	0.0806	0.1451	0.1427	0.1552	0.0806	0.1902	0.174	0.1902	0.1642	0.1294	0.1373	0.1294	0.1506
chr3L	1967487	1967654	chr3L:1967488-1967654	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0431	0.0287	0.0365	0.0663	0.0138	0.0311	0.0437	0.03	0.0138	0.0362	0.0334	0.0362	0.072	0.0888	0.0716	0.0888	0.1183
chr3L	1967760	1968006	chr3L:1967761-1968006	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0496	0.0304	0.0406	0.0808	0.0159	0.0398	0.0415	0.0306	0.0159	0.0423	0.0344	0.0423	0.0883	0.0926	0.0729	0.0926	0.1704
chr3L	1968019	1968170	chr3L:1968020-1968170	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0292	0.0169	0.0245	0.048	0.0074	0.0218	0.0251	0.0153	0.0074	0.0236	0.0161	0.0236	0.0689	0.0283	0.0226	0.0283	0.1365
chr3L	1969511	1969662	chr3L:1969512-1969662	FBgn0027547	CG1927	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0108	0.0102	0.0267	0.0032	0.0136	0.0177	0.0087	0.0032	0.0066	0.0148	0.0066	0.0139	0.0069	0.0567	0.0069	0.038
chr3L	1970007	1970171	chr3L:1970008-1970171	FBgn0027547	CG1927	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0274	0.0083	0.0169	0.0603	0.0053	0.0097	0.0121	0.008	0.0053	0.0109	0.018	0.0109	0.031	0.0184	0.0658	0.0184	0.1204
chr3L	1971242	1971395	chr3L:1971243-1971395	FBgn0035299,FBgn0035300	CG1139,CG11815	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0081	0.0079	0.034	0.0021	0.0087	0.013	0.0093	0.0021	0.0048	0.0071	0.0048	0.0201	0.013	0.0406	0.013	0.0677
chr3L	1997889	1998040	chr3L:1997890-1998040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0162	0.0157	0.0263	0.017	0.0146	0.0242	0.0167	0.017	0.0097	0.0206	0.0097	0.0163	0.0184	0.0168	0.0184	0.0229
chr3L	2087927	2088280	chr3L:2087928-2088280	FBgn0262107	CR42860	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0525	0.0333	0.0673	0.0579	0.017	0.0398	0.0398	0.042	0.017	0.1395	0.0524	0.1395	0.072	0.2175	0.0329	0.2175	0.0281
chr3L	2089449	2089600	chr3L:2089450-2089600	distal	distal	stage14	stage14	Ket-1	Ket-1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0239	0.0196	0.0251	0.0273	0.0064	0.0228	0.0316	0.016	0.0064	0.0495	0.0248	0.0495	0.0209	0.0896	0.0181	0.0896	0.0151
chr3L	2089726	2090116	chr3L:2089727-2090116	distal	distal	stage14	stage14	Ket-1	Ket-1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0571	0.04	0.0525	0.081	0.0191	0.0534	0.0554	0.0346	0.0191	0.128	0.0383	0.128	0.0426	0.3017	0.0432	0.3017	0.0334
chr3L	2090126	2090277	chr3L:2090127-2090277	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0315	0.0228	0.0294	0.0436	0.0106	0.0267	0.0346	0.0213	0.0106	0.0761	0.0177	0.0761	0.024	0.1654	0.0161	0.1654	0.0214
chr3L	2107462	2107855	chr3L:2107463-2107855	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0934	0.0776	0.1075	0.0955	0.0573	0.0961	0.1038	0.068	0.0573	0.2772	0.0717	0.2772	0.086	0.2243	0.0703	0.2243	0.1178
chr3L	2114750	2114950	chr3L:2114751-2114950	distal	distal	stage11	none	Ket-2	Ket-2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0561	0.0369	0.0802	0.0511	0.0127	0.065	0.0441	0.026	0.0127	0.2778	0.0334	0.2778	0.0287	0.1868	0.0232	0.1868	0.0307
chr3L	2115116	2115267	chr3L:2115117-2115267	FBgn0086906	sls	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0366	0.0194	0.0509	0.0401	0.0117	0.034	0.0234	0.0093	0.0117	0.1793	0.0186	0.1793	0.0232	0.1424	0.0148	0.1424	0.0323
chr3L	2115569	2115775	chr3L:2115570-2115775	FBgn0086906	sls	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0542	0.0312	0.0669	0.0661	0.0201	0.0515	0.0381	0.0193	0.0201	0.2403	0.0199	0.2403	0.0248	0.2221	0.0264	0.2221	0.0558
chr3L	2115985	2116136	chr3L:2115986-2116136	FBgn0086906	sls	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0248	0.0155	0.0273	0.0324	0.0117	0.0218	0.0195	0.0113	0.0117	0.087	0.0129	0.087	0.0147	0.1256	0.0181	0.1256	0.0125
chr3L	2116899	2117050	chr3L:2116900-2117050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.019	0.0273	0.0192	0.0095	0.0201	0.0209	0.0441	0.03	0.0201	0.0332	0.0193	0.0332	0.017	0.0168	0.0103	0.0168	0.0083
chr3L	2117734	2117885	chr3L:2117735-2117885	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0157	0.0367	0.0152	0.0064	0.0223	0.0208	0.0133	0.0064	0.1232	0.0167	0.1232	0.0124	0.026	0.0148	0.026	0.0198
chr3L	2118020	2118171	chr3L:2118021-2118171	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.021	0.0163	0.0339	0.012	0.0053	0.0238	0.0234	0.012	0.0053	0.1129	0.0154	0.1129	0.0116	0.0222	0.0097	0.0222	0.0141
chr3L	2118379	2118530	chr3L:2118380-2118530	distal	distal	stage11	stage11	Ket-3	Ket-3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0247	0.0192	0.0377	0.0166	0.0053	0.0291	0.026	0.016	0.0053	0.1111	0.0244	0.1111	0.0147	0.0391	0.0129	0.0391	0.0182
chr3L	2122426	2122594	chr3L:2122427-2122594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0192	0.0067	0.0155	0.0373	0.0011	0.0117	0.0082	0.0053	0.0011	0.0175	0.0167	0.0175	0.0287	0.0704	0.0393	0.0704	0.049
chr3L	2137238	2137389	chr3L:2137239-2137389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0125	0.012	0.0133	0.0123	0.0085	0.0083	0.0199	0.0127	0.0085	0.0223	0.0135	0.0223	0.0116	0.0375	0.0116	0.0375	0.0083
chr3L	2138590	2138741	chr3L:2138591-2138741	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.017	0.0122	0.0141	0.0256	0.0085	0.0097	0.0208	0.0133	0.0085	0.0254	0.0141	0.0254	0.0116	0.1103	0.0155	0.1103	0.0026
chr3L	2142797	2142948	chr3L:2142798-2142948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0092	0.0091	0.0132	0.0042	0.0087	0.0169	0.0073	0.0042	0.0097	0.0122	0.0097	0.0093	0.0107	0.0322	0.0107	0.0089
chr3L	2144578	2144748	chr3L:2144579-2144748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0159	0.0145	0.0127	0.021	0.0042	0.0155	0.0251	0.0133	0.0042	0.0175	0.0161	0.0175	0.0108	0.0482	0.0284	0.0482	0.0141
chr3L	2146219	2146410	chr3L:2146220-2146410	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.03	0.0375	0.0279	0.024	0.0286	0.0296	0.0567	0.0453	0.0286	0.0441	0.0299	0.0441	0.0256	0.0283	0.0329	0.0283	0.0198
chr3L	2151639	2151894	chr3L:2151640-2151894	FBgn0052311	zormin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0449	0.0184	0.0254	0.0959	0.0074	0.018	0.0372	0.0087	0.0074	0.0163	0.0334	0.0163	0.0434	0.1194	0.1522	0.1194	0.1355
chr3L	2152359	2152510	chr3L:2152360-2152510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0149	0.0076	0.0107	0.0276	0.0074	0.0049	0.0147	0.0053	0.0074	0.0109	0.0119	0.0109	0.0163	0.0222	0.0342	0.0222	0.0521
chr3L	2152920	2153087	chr3L:2152921-2153087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0198	0.026	0.0469	0.0064	0.0209	0.0307	0.0227	0.0064	0.035	0.0257	0.035	0.0349	0.0842	0.0451	0.0842	0.0688
chr3L	2155663	2155881	chr3L:2155664-2155881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.024	0.0137	0.0143	0.0462	0.0042	0.0117	0.0277	0.0073	0.0042	0.0181	0.0174	0.0181	0.0155	0.1064	0.0484	0.1064	0.0464
chr3L	2157596	2157856	chr3L:2157597-2157856	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0564	0.0421	0.0566	0.0723	0.0286	0.0398	0.0545	0.06	0.0286	0.0489	0.0868	0.0489	0.0503	0.0942	0.1328	0.0942	0.0771
chr3L	2158827	2159004	chr3L:2158828-2159004	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0127	0.026	0.0273	0.0032	0.0121	0.0221	0.0127	0.0032	0.0121	0.0508	0.0121	0.0139	0.0092	0.0967	0.0092	0.0109
chr3L	2159132	2159366	chr3L:2159133-2159366	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0171	0.0204	0.0248	0.0085	0.0141	0.0298	0.018	0.0085	0.0085	0.0399	0.0085	0.0085	0.0084	0.0838	0.0084	0.0135
chr3L	2161501	2161652	chr3L:2161502-2161652	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0086	0.0119	0.024	0.0053	0.0083	0.0156	0.0047	0.0053	0.0091	0.0196	0.0091	0.0101	0.0061	0.0858	0.0061	0.0094
chr3L	2161993	2162144	chr3L:2161994-2162144	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0173	0.0076	0.0157	0.0299	0.0074	0.0068	0.013	0.006	0.0074	0.0066	0.0299	0.0066	0.0077	0.0077	0.1064	0.0077	0.0125
chr3L	2163344	2163495	chr3L:2163345-2163495	FBgn0035308	CG15822	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0144	0.0098	0.0123	0.0219	0.0053	0.0078	0.019	0.008	0.0053	0.0091	0.0158	0.0091	0.0178	0.0092	0.0587	0.0092	0.024
chr3L	2163791	2164000	chr3L:2163792-2164000	FBgn0035308	CG15822	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0688	0.0442	0.0608	0.1051	0.0318	0.0471	0.0584	0.052	0.0318	0.0501	0.09	0.0501	0.0705	0.1217	0.1734	0.1217	0.1532
chr3L	2166901	2167078	chr3L:2166902-2167078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0209	0.027	0.032	0.0053	0.016	0.0359	0.0293	0.0053	0.0344	0.028	0.0344	0.0426	0.0314	0.0374	0.0314	0.0589
chr3L	2170937	2171088	chr3L:2170938-2171088	FBgn0026570	CG5704	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0085	0.0107	0.035	0	0.0068	0.0143	0.012	0	0.0115	0.0109	0.0115	0.0209	0.0191	0.0309	0.0191	0.087
chr3L	2184912	2185063	chr3L:2184913-2185063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0266	0.0255	0.0265	0.028	0.0117	0.0204	0.0471	0.022	0.0117	0.0441	0.0244	0.0441	0.0271	0.0597	0.0206	0.0597	0.0328
chr3L	2185602	2185824	chr3L:2185603-2185824	FBgn0035313	CG13810	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0185	0.0181	0.0176	0.0199	0.0042	0.0165	0.0363	0.0107	0.0042	0.0429	0.0119	0.0429	0.0124	0.0597	0.0071	0.0597	0.0172
chr3L	2190136	2190287	chr3L:2190137-2190287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0113	0.0224	0.0067	0.004	0.0074	0.0097	0.0549	0.0127	0.0074	0.0097	0.0061	0.0097	0.0085	0.0069	0.0039	0.0069	0.0036
chr3L	2190476	2190627	chr3L:2190477-2190627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0108	0.0201	0.0077	0.0039	0.0074	0.0107	0.0502	0.0093	0.0074	0.0091	0.0106	0.0091	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr3L	2191665	2191816	chr3L:2191666-2191816	FBgn0026593	CG5707	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.011	0.0121	0.0089	0.012	0.0021	0.0063	0.029	0.008	0.0021	0.006	0.0096	0.006	0.0155	0.0092	0.0052	0.0092	0.0261
chr3L	2192085	2192329	chr3L:2192086-2192329	FBgn0026593	CG5707	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0228	0.0118	0.0127	0.0461	0.0011	0.0121	0.0229	0.0067	0.0011	0.0145	0.0109	0.0145	0.0225	0.0513	0.0135	0.0513	0.1115
chr3L	2197301	2197525	chr3L:2197302-2197525	FBgn0035315	CG8960	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0506	0.1282	0.0115	0.0067	0.1516	0.033	0.2924	0.0526	0.1516	0.0145	0.0132	0.0145	0.0132	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chr3L	2198337	2198488	chr3L:2198338-2198488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0127	0.0307	0.0038	0.0025	0.0244	0.0087	0.0792	0.0087	0.0244	0.0042	0.0051	0.0042	0.0023	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chr3L	2198834	2198985	chr3L:2198835-2198985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.014	0.027	0.0088	0.0053	0.0159	0.0078	0.0718	0.01	0.0159	0.0109	0.0096	0.0109	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0089
chr3L	2199047	2199198	chr3L:2199048-2199198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0145	0.0285	0.0072	0.0067	0.0212	0.0087	0.0748	0.0087	0.0212	0.0079	0.0077	0.0079	0.0046	0.0054	0.0052	0.0054	0.0104
chr3L	2228648	2228852	chr3L:2228649-2228852	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0746	0.0884	0.0784	0.0551	0.0594	0.0757	0.1185	0.1319	0.0594	0.061	0.0887	0.061	0.0465	0.0191	0.0226	0.0191	0.0214
chr3L	2228987	2229233	chr3L:2228988-2229233	FBgn0035317	osm-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0856	0.1076	0.0801	0.067	0.0859	0.0835	0.1298	0.1852	0.0859	0.0568	0.108	0.0568	0.0395	0.013	0.0316	0.013	0.0188
chr3L	2236757	2236908	chr3L:2236758-2236908	FBgn0035318	CG9018	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0555	0.0487	0.0716	0.0454	0.0286	0.0427	0.0696	0.068	0.0286	0.0851	0.0794	0.0851	0.0689	0.0498	0.049	0.0498	0.0511
chr3L	2236973	2237195	chr3L:2236974-2237195	FBgn0035318,FBgn0040507	ACXD,CG9018	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.108	0.1008	0.1269	0.0954	0.0742	0.1015	0.1345	0.1339	0.0742	0.1528	0.1405	0.1528	0.1278	0.0995	0.098	0.0995	0.1193
chr3L	2237209	2237404	chr3L:2237210-2237404	FBgn0035318,FBgn0040507	ACXD,CG9018	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.09	0.0805	0.1079	0.081	0.053	0.0864	0.1138	0.0933	0.053	0.1322	0.1164	0.1322	0.117	0.0796	0.0967	0.0796	0.0928
chr3L	2237457	2237677	chr3L:2237458-2237677	FBgn0035318,FBgn0040507	ACXD,CG9018	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0651	0.0492	0.0813	0.065	0.0297	0.0549	0.0653	0.0633	0.0297	0.0857	0.0881	0.0857	0.11	0.0628	0.0658	0.0628	0.0985
chr3L	2237876	2238027	chr3L:2237877-2238027	FBgn0040507	ACXD	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.019	0.0194	0.0228	0.0142	0.0106	0.0189	0.029	0.0247	0.0106	0.0223	0.0238	0.0223	0.038	0.0115	0.0084	0.0115	0.0261
chr3L	2243538	2243689	chr3L:2243539-2243689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0177	0.0222	0.033	0.0042	0.0218	0.0272	0.018	0.0042	0.0284	0.0267	0.0284	0.0163	0.0322	0.0361	0.0322	0.0469
chr3L	2244136	2244408	chr3L:2244137-2244408	FBgn0052301	CG32301	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1742	0.1491	0.2124	0.1604	0.0764	0.1796	0.1881	0.1845	0.0764	0.2518	0.2334	0.2518	0.2285	0.1799	0.1902	0.1799	0.1902
chr3L	2244512	2244663	chr3L:2244513-2244663	FBgn0052301	CG32301	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.0389	0.0484	0.0376	0.017	0.0383	0.0584	0.048	0.017	0.0592	0.0527	0.0592	0.0581	0.0436	0.04	0.0436	0.0532
chr3L	2254110	2254261	chr3L:2254111-2254261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0123	0.0087	0.0136	0.0148	0.0074	0.0068	0.0125	0.0107	0.0074	0.0121	0.0122	0.0121	0.0271	0.0291	0.0135	0.0291	0.0177
chr3L	2256873	2257033	chr3L:2256874-2257033	FBgn0015359,FBgn0035321	CG1275,CG2034	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.012	0.0156	0.0416	0.0074	0.0131	0.0182	0.01	0.0074	0.0115	0.0174	0.0115	0.0232	0.0299	0.0451	0.0299	0.0443
chr3L	2257370	2257523	chr3L:2257371-2257523	FBgn0015359,FBgn0035321	CG1275,CG2034	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0419	0.0206	0.0439	0.0635	0.0095	0.0248	0.0208	0.0326	0.0095	0.0368	0.0498	0.0368	0.0674	0.0597	0.0683	0.0597	0.1001
chr3L	2257540	2257735	chr3L:2257541-2257735	FBgn0015359,FBgn0035321	CG1275,CG2034	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.06	0.0294	0.0603	0.094	0.0095	0.0364	0.0294	0.0506	0.0095	0.0525	0.072	0.0525	0.0852	0.0949	0.1096	0.0949	0.1417
chr3L	2262560	2262734	chr3L:2262561-2262734	FBgn0015360,FBgn0035323	CG13807,oxt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1189	0.0943	0.149	0.1134	0.053	0.1218	0.0882	0.1492	0.053	0.1902	0.1714	0.1902	0.1495	0.1172	0.1283	0.1172	0.1496
chr3L	2262817	2262996	chr3L:2262818-2262996	FBgn0015360,FBgn0035323	CG13807,oxt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1059	0.0849	0.1327	0.1	0.052	0.1097	0.0848	0.1266	0.052	0.1812	0.1473	0.1812	0.1348	0.1233	0.1051	0.1233	0.1214
chr3L	2263249	2263400	chr3L:2263250-2263400	FBgn0035323	CG13807	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0317	0.0283	0.0379	0.0285	0.0127	0.0301	0.0372	0.0393	0.0127	0.0604	0.0424	0.0604	0.0248	0.0636	0.0181	0.0636	0.0287
chr3L	2265327	2265478	chr3L:2265328-2265478	FBgn0000543	ecd	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0332	0.03	0.0405	0.0288	0.0127	0.0374	0.035	0.0426	0.0127	0.0525	0.0431	0.0525	0.0434	0.0628	0.0206	0.0628	0.0287
chr3L	2265485	2265636	chr3L:2265486-2265636	FBgn0000543	ecd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0454	0.0455	0.0525	0.0376	0.0233	0.0617	0.0476	0.0666	0.0233	0.0785	0.0502	0.0785	0.0511	0.0574	0.0297	0.0574	0.0417
chr3L	2265784	2265993	chr3L:2265785-2265993	FBgn0000543,FBgn0035325	CG13806,ecd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1447	0.127	0.1737	0.1326	0.0923	0.1612	0.1436	0.1586	0.0923	0.2301	0.1865	0.2301	0.1572	0.1409	0.1322	0.1409	0.1532
chr3L	2266148	2266299	chr3L:2266149-2266299	FBgn0000543,FBgn0035325	CG13806,ecd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0499	0.0452	0.0547	0.05	0.0223	0.0534	0.0653	0.046	0.0223	0.0767	0.0582	0.0767	0.0565	0.0505	0.0471	0.0505	0.0693
chr3L	2282514	2282765	chr3L:2282515-2282765	FBgn0264002	DmsR-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0121	0.0192	0.0389	0.0032	0.0146	0.019	0.0107	0.0032	0.0181	0.0264	0.0181	0.0108	0.0184	0.0613	0.0184	0.0167
chr3L	2322432	2322583	chr3L:2322433-2322583	FBgn0035331	DmsR-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0112	0.0094	0.0169	0.0117	0.0073	0.0212	0.0073	0.0117	0.0109	0.01	0.0109	0.0062	0.0038	0.0071	0.0038	0.0078
chr3L	2371858	2372049	chr3L:2371859-2372049	FBgn0035333,FBgn0035334	CG1317,CG8993	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1143	0.1017	0.1354	0.1051	0.071	0.1097	0.1112	0.1506	0.071	0.1679	0.1418	0.1679	0.1387	0.1256	0.1128	0.1256	0.111
chr3L	2372089	2372259	chr3L:2372090-2372259	FBgn0035333,FBgn0035334	CG1317,CG8993	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.1107	0.1505	0.1177	0.0817	0.1272	0.1259	0.1459	0.0817	0.1836	0.1598	0.1836	0.1557	0.1348	0.1315	0.1348	0.1324
chr3L	2372355	2372651	chr3L:2372356-2372651	FBgn0035333,FBgn0035334	CG1317,CG8993	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0717	0.0986	0.07	0.0456	0.0816	0.0895	0.0919	0.0456	0.1159	0.1116	0.1159	0.1115	0.0804	0.0638	0.0804	0.087
chr3L	2373200	2373363	chr3L:2373201-2373363	FBgn0035335,FBgn0035336	CG9004,mRpL23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0578	0.0472	0.0693	0.0571	0.0286	0.0626	0.0536	0.062	0.0286	0.0833	0.0807	0.0833	0.0728	0.0628	0.0554	0.0628	0.0756
chr3L	2373616	2373788	chr3L:2373617-2373788	FBgn0035335,FBgn0035336	CG9004,mRpL23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1295	0.0967	0.1659	0.1263	0.07	0.1272	0.0895	0.1479	0.07	0.2017	0.1842	0.2017	0.1743	0.1455	0.1257	0.1455	0.1563
chr3L	2373862	2374040	chr3L:2373863-2374040	FBgn0035335,FBgn0035336	CG9004,mRpL23	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0627	0.1126	0.0827	0.0318	0.0908	0.061	0.0866	0.0318	0.1304	0.1299	0.1304	0.1139	0.0835	0.0903	0.0835	0.1021
chr3L	2377501	2377673	chr3L:2377502-2377673	FBgn0035337,FBgn0261551	CG15877,CG42669	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1264	0.109	0.1508	0.1192	0.0647	0.1539	0.1068	0.1459	0.0647	0.1661	0.1762	0.1661	0.1673	0.1493	0.1212	0.1493	0.1459
chr3L	2377912	2378150	chr3L:2377913-2378150	FBgn0035337,FBgn0261551	CG15877,CG42669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0522	0.0469	0.0574	0.0525	0.0297	0.0602	0.0541	0.0573	0.0297	0.0562	0.0646	0.0562	0.0798	0.0636	0.0464	0.0636	0.0662
chr3L	2378725	2378876	chr3L:2378726-2378876	FBgn0035338	CG13800	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.024	0.0178	0.0223	0.0329	0.0117	0.018	0.0255	0.0207	0.0117	0.0236	0.0283	0.0236	0.0256	0.0965	0.0251	0.0965	0.0115
chr3L	2379740	2379891	chr3L:2379741-2379891	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0188	0.0135	0.0154	0.0287	0.0032	0.0141	0.0195	0.0173	0.0032	0.0145	0.0212	0.0145	0.0155	0.1172	0.0123	0.1172	0.0078
chr3L	2380267	2380418	chr3L:2380268-2380418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0214	0.0213	0.0213	0.0214	0.0053	0.0204	0.0272	0.0373	0.0053	0.0175	0.0248	0.0175	0.0186	0.0314	0.0155	0.0314	0.0146
chr3L	2383316	2383733	chr3L:2383317-2383733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0468	0.0449	0.0636	0.0306	0.0244	0.0529	0.0588	0.052	0.0244	0.0326	0.1145	0.0326	0.0449	0.0314	0.0645	0.0314	0.0245
chr3L	2384512	2384663	chr3L:2384513-2384663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0249	0.0279	0.0354	0.01	0.0117	0.0243	0.0424	0.0406	0.0117	0.0139	0.0678	0.0139	0.0225	0.0115	0.0174	0.0115	0.0104
chr3L	2385297	2385578	chr3L:2385298-2385578	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0547	0.0911	0.056	0.0125	0.0679	0.0801	0.1311	0.1173	0.0679	0.0193	0.1032	0.0193	0.0411	0.0176	0.0206	0.0176	0.0094
chr3L	2385697	2385928	chr3L:2385698-2385928	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.083	0.1422	0.0839	0.0157	0.1336	0.1083	0.1713	0.2358	0.1336	0.0181	0.1717	0.0181	0.0356	0.0184	0.0348	0.0184	0.0115
chr3L	2387512	2387679	chr3L:2387513-2387679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0474	0.0572	0.0447	0.0233	0.049	0.0636	0.0666	0.0233	0.0489	0.0746	0.0489	0.0581	0.0406	0.0484	0.0406	0.0584
chr3L	2387818	2388016	chr3L:2387819-2388016	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.1737	0.177	0.1947	0.1469	0.1368	0.1874	0.1998	0.2545	0.1368	0.1914	0.2508	0.1914	0.1944	0.16	0.1593	0.16	0.2027
chr3L	2388149	2388342	chr3L:2388150-2388342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0834	0.0876	0.0954	0.0656	0.0562	0.0942	0.1003	0.1299	0.0562	0.0839	0.1254	0.0839	0.0945	0.0574	0.0819	0.0574	0.0787
chr3L	2388745	2388896	chr3L:2388746-2388896	FBgn0261858	CG42787	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0328	0.0273	0.0489	0.0214	0.0201	0.033	0.0333	0.0313	0.0201	0.029	0.0836	0.029	0.0403	0.0222	0.0406	0.0222	0.0234
chr3L	2392852	2393116	chr3L:2392853-2393116	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0634	0.0531	0.0824	0.0542	0.0265	0.0471	0.0623	0.0939	0.0265	0.0447	0.1428	0.0447	0.0713	0.0276	0.0825	0.0276	0.0959
chr3L	2393345	2393496	chr3L:2393346-2393496	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0516	0.068	0.0621	0.0217	0.0647	0.0456	0.0999	0.0953	0.0647	0.0181	0.128	0.0181	0.0263	0.0168	0.0413	0.0168	0.0266
chr3L	2393584	2394082	chr3L:2393585-2394082	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1067	0.1415	0.1269	0.0457	0.123	0.0762	0.2111	0.2192	0.123	0.029	0.274	0.029	0.0333	0.0268	0.1206	0.0268	0.0313
chr3L	2397923	2398074	chr3L:2397924-2398074	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0135	0.0201	0.0189	0.0095	0.0136	0.0199	0.0147	0.0095	0.0072	0.0376	0.0072	0.0147	0.0184	0.0471	0.0184	0.0141
chr3L	2398644	2398795	chr3L:2398645-2398795	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0203	0.0272	0.0221	0.0085	0.0223	0.0247	0.0306	0.0085	0.0139	0.0476	0.0139	0.0209	0.0153	0.0509	0.0153	0.0229
chr3L	2398812	2399014	chr3L:2398813-2399014	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0209	0.0263	0.0304	0.0053	0.0223	0.0324	0.0247	0.0053	0.0163	0.045	0.0163	0.0225	0.0176	0.0664	0.0176	0.038
chr3L	2399487	2399638	chr3L:2399488-2399638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.018	0.0183	0.0206	0.0149	0.0117	0.0126	0.029	0.026	0.0117	0.0181	0.0305	0.0181	0.017	0.0398	0.0142	0.0398	0.012
chr3L	2400094	2400245	chr3L:2400095-2400245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0156	0.0135	0.0162	0.0174	0.0085	0.0097	0.0203	0.0187	0.0085	0.0066	0.0257	0.0066	0.017	0.0368	0.0232	0.0368	0.0146
chr3L	2400340	2400491	chr3L:2400341-2400491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0162	0.0116	0.0164	0.0213	0.0053	0.0058	0.016	0.0233	0.0053	0.0085	0.0264	0.0085	0.0186	0.049	0.0264	0.049	0.0182
chr3L	2401453	2401604	chr3L:2401454-2401604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0162	0.0141	0.0168	0.0178	0.0085	0.0102	0.0199	0.024	0.0085	0.0121	0.0264	0.0121	0.0186	0.0352	0.0232	0.0352	0.0172
chr3L	2407255	2407511	chr3L:2407256-2407511	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0452	0.0422	0.0542	0.0386	0.0297	0.0383	0.058	0.058	0.0297	0.0441	0.072	0.0441	0.0635	0.0398	0.06	0.0398	0.0516
chr3L	2407557	2407815	chr3L:2407558-2407815	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0719	0.0826	0.0657	0.0456	0.0782	0.0913	0.0913	0.0456	0.0562	0.1113	0.0562	0.1015	0.0513	0.1044	0.0513	0.1001
chr3L	2407952	2408336	chr3L:2407953-2408336	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0597	0.0743	0.0636	0.0393	0.0445	0.065	0.0787	0.1486	0.0445	0.0453	0.0907	0.0453	0.0465	0.0391	0.0535	0.0391	0.0573
chr3L	2409116	2409267	chr3L:2409117-2409267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0318	0.0257	0.0376	0.0323	0.0223	0.0199	0.0359	0.038	0.0223	0.032	0.0521	0.032	0.0341	0.0406	0.0419	0.0406	0.0318
chr3L	2409363	2409583	chr3L:2409364-2409583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.069	0.1033	0.0879	0.0392	0.0767	0.0869	0.0959	0.0392	0.1027	0.1257	0.1027	0.1046	0.0842	0.1103	0.0842	0.0995
chr3L	2411458	2411609	chr3L:2411459-2411609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0217	0.0109	0.0272	0.018	0.0155	0.0337	0.0313	0.018	0.0024	0.0154	0.0024	0.0101	0.0077	0.0071	0.0077	0.0104
chr3L	2411892	2412043	chr3L:2411893-2412043	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0183	0.0166	0.0119	0.0273	0.0042	0.0131	0.0272	0.0227	0.0042	0.0066	0.0177	0.0066	0.0054	0.0038	0.0155	0.0038	0.0094
chr3L	2417306	2417481	chr3L:2417307-2417481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0315	0.0241	0.0245	0.0223	0.0252	0.0493	0.0393	0.0223	0.0127	0.0244	0.0127	0.0565	0.0184	0.0258	0.0184	0.0438
chr3L	2417825	2418116	chr3L:2417826-2418116	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0323	0.0368	0.0239	0.0366	0.0244	0.0345	0.0519	0.0473	0.0244	0.0187	0.0322	0.0187	0.0325	0.0176	0.0464	0.0176	0.0761
chr3L	2418580	2418764	chr3L:2418581-2418764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0282	0.0166	0.0234	0.0467	0.0064	0.0214	0.0251	0.0133	0.0064	0.0248	0.0235	0.0248	0.0434	0.0766	0.0348	0.0766	0.0787
chr3L	2419002	2419208	chr3L:2419003-2419208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0224	0.0097	0.017	0.0423	0.0011	0.0121	0.0134	0.012	0.0011	0.0181	0.017	0.0181	0.0325	0.0972	0.0438	0.0972	0.0401
chr3L	2428730	2428962	chr3L:2428731-2428962	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1133	0.0781	0.1272	0.1373	0.0435	0.1165	0.0666	0.1093	0.0435	0.131	0.137	0.131	0.2316	0.2205	0.1464	0.2205	0.2043
chr3L	2429228	2429492	chr3L:2429229-2429492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0345	0.0278	0.0407	0.0352	0.0085	0.0325	0.0359	0.0386	0.0085	0.0399	0.0441	0.0399	0.072	0.0636	0.0329	0.0636	0.049
chr3L	2430105	2430326	chr3L:2430106-2430326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0218	0.0329	0.0311	0.0085	0.0272	0.032	0.022	0.0085	0.0296	0.0492	0.0296	0.0302	0.0276	0.069	0.0276	0.0292
chr3L	2436632	2436783	chr3L:2436633-2436783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0207	0.0249	0.021	0.0138	0.0209	0.0277	0.0247	0.0138	0.0115	0.0357	0.0115	0.0387	0.01	0.0316	0.01	0.0375
chr3L	2436865	2437122	chr3L:2436866-2437122	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0387	0.0274	0.0509	0.038	0.0095	0.0262	0.0381	0.0433	0.0095	0.026	0.0836	0.026	0.0511	0.0184	0.0916	0.0184	0.0391
chr3L	2437308	2437531	chr3L:2437309-2437531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0303	0.0264	0.0299	0.035	0.018	0.0233	0.0385	0.0333	0.018	0.0139	0.0527	0.0139	0.0225	0.0413	0.0916	0.0413	0.0177
chr3L	2437619	2437770	chr3L:2437620-2437770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0362	0.0469	0.0343	0.0265	0.0265	0.0447	0.0493	0.0799	0.0265	0.0151	0.0656	0.0151	0.017	0.0214	0.0716	0.0214	0.0141
chr3L	2437910	2438087	chr3L:2437911-2438087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0472	0.0751	0.0404	0.0234	0.0615	0.0714	0.109	0.0813	0.0615	0.0254	0.0717	0.0254	0.0256	0.0168	0.0535	0.0168	0.0234
chr3L	2438448	2438599	chr3L:2438449-2438599	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0869	0.183	0.0562	0.0134	0.2025	0.1413	0.2595	0.2298	0.2025	0.0513	0.0842	0.0513	0.0403	0.0138	0.0271	0.0138	0.0104
chr3L	2438600	2438751	chr3L:2438601-2438751	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1026	0.2141	0.0693	0.0145	0.2238	0.1689	0.285	0.2905	0.2238	0.0574	0.0968	0.0574	0.062	0.0138	0.0258	0.0138	0.013
chr3L	2438769	2439057	chr3L:2438770-2439057	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1599	0.3174	0.1185	0.0292	0.3245	0.2786	0.4087	0.4231	0.3245	0.0954	0.1675	0.0954	0.1053	0.0214	0.06	0.0214	0.0297
chr3L	2439130	2439379	chr3L:2439131-2439379	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.148	0.2535	0.1365	0.0426	0.2556	0.2228	0.3235	0.3391	0.2556	0.1196	0.174	0.1196	0.165	0.0291	0.1032	0.0291	0.0396
chr3L	2439483	2439728	chr3L:2439484-2439728	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0644	0.11	0.0609	0.0173	0.0965	0.1078	0.1414	0.1432	0.0965	0.0501	0.0788	0.0501	0.0643	0.0123	0.0374	0.0123	0.0115
chr3L	2439785	2440014	chr3L:2439786-2440014	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0614	0.1165	0.0522	0.01	0.1007	0.1058	0.1393	0.1799	0.1007	0.0399	0.0785	0.0399	0.0333	0.0107	0.02	0.0107	0.0031
chr3L	2441958	2442139	chr3L:2441959-2442139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0419	0.0212	0.0152	0.0392	0.0272	0.0662	0.0553	0.0392	0.0109	0.0212	0.0109	0.0589	0.0077	0.0129	0.0077	0.0344
chr3L	2444939	2445157	chr3L:2444940-2445157	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0235	0.052	0.0113	0.0052	0.0721	0.0277	0.0895	0.0486	0.0721	0.0066	0.0167	0.0066	0.0124	0.0069	0.0058	0.0069	0.0063
chr3L	2445183	2445399	chr3L:2445184-2445399	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0245	0.052	0.0136	0.0057	0.0732	0.0233	0.0939	0.048	0.0732	0.0085	0.0199	0.0085	0.0163	0.0054	0.0052	0.0054	0.0094
chr3L	2445594	2445874	chr3L:2445595-2445874	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0547	0.0168	0.0097	0.0732	0.0262	0.0917	0.0573	0.0732	0.0163	0.0203	0.0163	0.0217	0.013	0.0116	0.013	0.0135
chr3L	2446159	2446310	chr3L:2446160-2446310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0214	0.04	0.0112	0.012	0.0488	0.0291	0.0644	0.036	0.0488	0.0121	0.0132	0.0121	0.0155	0.0299	0.0103	0.0299	0.0109
chr3L	2446355	2446785	chr3L:2446356-2446785	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0418	0.0748	0.024	0.0246	0.0912	0.0519	0.1233	0.0706	0.0912	0.0236	0.0251	0.0236	0.038	0.0651	0.0219	0.0651	0.0182
chr3L	2446807	2446969	chr3L:2446808-2446969	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0261	0.0528	0.0131	0.0106	0.0573	0.0335	0.09	0.054	0.0573	0.0085	0.0154	0.0085	0.0217	0.0161	0.0155	0.0161	0.0094
chr3L	2447103	2447254	chr3L:2447104-2447254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0378	0.0105	0.0082	0.0329	0.0272	0.0675	0.032	0.0329	0.0097	0.0132	0.0097	0.0101	0.0077	0.0148	0.0077	0.0068
chr3L	2456750	2456901	chr3L:2456751-2456901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0185	0.0308	0.0124	0.0113	0.0361	0.0262	0.0471	0.028	0.0361	0.0079	0.0116	0.0079	0.0248	0.0153	0.0148	0.0153	0.0162
chr3L	2457003	2457237	chr3L:2457004-2457237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0326	0.0499	0.0234	0.0234	0.0626	0.0393	0.0766	0.048	0.0626	0.0223	0.0212	0.0223	0.0488	0.036	0.0258	0.036	0.0318
chr3L	2457252	2457441	chr3L:2457253-2457441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0312	0.0469	0.0225	0.0234	0.0392	0.0447	0.0692	0.052	0.0392	0.029	0.0183	0.029	0.0403	0.0582	0.0168	0.0582	0.0208
chr3L	2457684	2457978	chr3L:2457685-2457978	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0748	0.1021	0.065	0.055	0.1124	0.1	0.1514	0.0839	0.1124	0.0604	0.0527	0.0604	0.1402	0.1087	0.0368	0.1087	0.0782
chr3L	2458004	2458239	chr3L:2458005-2458239	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0716	0.0966	0.0681	0.0475	0.0997	0.1049	0.1345	0.0846	0.0997	0.0574	0.054	0.0574	0.1704	0.0505	0.0342	0.0505	0.0891
chr3L	2458484	2458694	chr3L:2458485-2458694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0735	0.0325	0.0207	0.0647	0.0641	0.1129	0.0813	0.0647	0.0217	0.0318	0.0217	0.0558	0.026	0.0116	0.026	0.0224
chr3L	2458736	2459067	chr3L:2458737-2459067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0504	0.0735	0.0396	0.0365	0.0636	0.0743	0.1073	0.074	0.0636	0.0368	0.0367	0.0368	0.079	0.0865	0.0213	0.0865	0.0386
chr3L	2462709	2462860	chr3L:2462710-2462860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.026	0.0322	0.0208	0.0249	0.0308	0.0218	0.051	0.0366	0.0308	0.0169	0.0141	0.0169	0.0534	0.0107	0.0103	0.0107	0.0683
chr3L	2466605	2466911	chr3L:2466606-2466911	FBgn0035347	CG33232	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2911	0.2942	0.3289	0.2461	0.2651	0.3238	0.3352	0.3804	0.2651	0.3714	0.3547	0.3714	0.3114	0.2113	0.2727	0.2113	0.3022
chr3L	2467276	2467464	chr3L:2467277-2467464	FBgn0035347	CG33232	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1149	0.1755	0.1102	0.0524	0.1432	0.1631	0.2284	0.2378	0.1432	0.0948	0.1209	0.0948	0.0937	0.0521	0.0503	0.0521	0.0427
chr3L	2467615	2467842	chr3L:2467616-2467842	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.079	0.1292	0.0652	0.038	0.1145	0.1112	0.1535	0.2005	0.1145	0.0604	0.0756	0.0604	0.0658	0.0413	0.0464	0.0413	0.0391
chr3L	2468668	2469010	chr3L:2468669-2469010	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1017	0.0841	0.1228	0.0982	0.0551	0.1126	0.0986	0.0959	0.0551	0.1546	0.1109	0.1546	0.2246	0.1363	0.0961	0.1363	0.1621
chr3L	2469046	2469197	chr3L:2469047-2469197	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0418	0.0309	0.0471	0.048	0.0191	0.0374	0.0433	0.0293	0.0191	0.0556	0.046	0.0556	0.079	0.0666	0.0632	0.0666	0.0672
chr3L	2469359	2469576	chr3L:2469360-2469576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0313	0.0501	0.0629	0.0212	0.0422	0.0342	0.0353	0.0212	0.0652	0.0585	0.0652	0.0558	0.1072	0.0812	0.1072	0.0771
chr3L	2469739	2469890	chr3L:2469740-2469890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0392	0.0333	0.047	0.0372	0.0191	0.0398	0.0476	0.0313	0.0191	0.0531	0.0621	0.0531	0.0457	0.0689	0.0464	0.0689	0.036
chr3L	2473109	2473260	chr3L:2473110-2473260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0156	0.0175	0.0177	0.0085	0.0136	0.0221	0.022	0.0085	0.0121	0.0232	0.0121	0.0178	0.0061	0.0419	0.0061	0.0146
chr3L	2473836	2474009	chr3L:2473837-2474009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0211	0.0268	0.0246	0.0233	0.017	0.0281	0.026	0.0233	0.0139	0.0457	0.0139	0.0194	0.0084	0.0845	0.0084	0.0078
chr3L	2474557	2474708	chr3L:2474558-2474708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0178	0.0145	0.0113	0.0106	0.0121	0.0285	0.0233	0.0106	0.0109	0.0135	0.0109	0.0093	0.0069	0.011	0.0069	0.0078
chr3L	2476994	2477283	chr3L:2476995-2477283	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0318	0.0566	0.0217	0.015	0.0244	0.0398	0.0696	0.1139	0.0244	0.0187	0.027	0.0187	0.0217	0.0306	0.0181	0.0306	0.013
chr3L	2478588	2478739	chr3L:2478589-2478739	FBgn0035344	Cyp4d20	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0243	0.0141	0.0169	0.0148	0.0175	0.0398	0.0313	0.0148	0.0085	0.0177	0.0085	0.0232	0.0123	0.0193	0.0123	0.0323
chr3L	2479576	2479761	chr3L:2479577-2479761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0213	0.0255	0.024	0.0148	0.018	0.0324	0.0253	0.0148	0.0272	0.0257	0.0272	0.0434	0.0161	0.0335	0.0161	0.0307
chr3L	2479900	2480051	chr3L:2479901-2480051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0183	0.0154	0.0174	0.0095	0.0155	0.0324	0.018	0.0095	0.0127	0.0193	0.0127	0.0194	0.0115	0.0232	0.0115	0.0162
chr3L	2480596	2480763	chr3L:2480597-2480763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0308	0.0236	0.0343	0.0148	0.0301	0.0471	0.038	0.0148	0.0223	0.0235	0.0223	0.0271	0.0222	0.0155	0.0222	0.0188
chr3L	2483062	2483359	chr3L:2483063-2483359	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1044	0.2348	0.0486	0.0199	0.28	0.1117	0.4113	0.2478	0.28	0.038	0.0666	0.038	0.0643	0.0199	0.0368	0.0199	0.0208
chr3L	2485844	2486040	chr3L:2485845-2486040	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0905	0.0955	0.1088	0.0649	0.0785	0.0932	0.1388	0.1033	0.0785	0.1196	0.1151	0.1196	0.1541	0.0842	0.0729	0.0842	0.1032
chr3L	2486210	2486575	chr3L:2486211-2486575	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0571	0.0609	0.0546	0.0556	0.0382	0.0451	0.1116	0.0526	0.0382	0.0592	0.0482	0.0592	0.0953	0.0551	0.0496	0.0551	0.1183
chr3L	2488698	2488862	chr3L:2488699-2488862	FBgn0035346	CG1146	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.033	0.0395	0.0236	0.0361	0.0318	0.0286	0.0766	0.0266	0.0318	0.0139	0.0186	0.0139	0.0689	0.0069	0.0277	0.0069	0.1011
chr3L	2489996	2490194	chr3L:2489997-2490194	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0305	0.0379	0.0209	0.0329	0.0276	0.0301	0.0701	0.0273	0.0276	0.0169	0.0219	0.0169	0.0418	0.0153	0.0309	0.0153	0.0719
chr3L	2492990	2493156	chr3L:2492991-2493156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0284	0.03	0.0302	0.0245	0.0106	0.0223	0.0606	0.022	0.0106	0.0193	0.0283	0.0193	0.0713	0.0115	0.0142	0.0115	0.0657
chr3L	2493522	2493673	chr3L:2493523-2493673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0262	0.0327	0.0273	0.0177	0.0201	0.0199	0.0688	0.024	0.0201	0.0181	0.0257	0.0181	0.0689	0.0107	0.0258	0.0107	0.0334
chr3L	2493956	2494536	chr3L:2493957-2494536	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0673	0.075	0.0773	0.0476	0.0456	0.082	0.1151	0.068	0.0456	0.0688	0.0511	0.0688	0.2231	0.0253	0.0329	0.0253	0.1162
chr3L	2498676	2498927	chr3L:2498677-2498927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0392	0.0622	0.0311	0.0224	0.0594	0.0515	0.0986	0.0586	0.0594	0.0296	0.0318	0.0296	0.0534	0.0191	0.02	0.0191	0.0438
chr3L	2499567	2499718	chr3L:2499568-2499718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0359	0.0212	0.0134	0.0308	0.032	0.0636	0.0273	0.0308	0.0199	0.0222	0.0199	0.0333	0.0176	0.0135	0.0176	0.0219
chr3L	2503506	2503721	chr3L:2503507-2503721	FBgn0035348	CG16758	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0493	0.0646	0.0434	0.0386	0.0339	0.0888	0.0965	0.0406	0.0339	0.061	0.0354	0.061	0.0674	0.0222	0.0258	0.0222	0.087
chr3L	2503770	2503921	chr3L:2503771-2503921	FBgn0035348	CG16758	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0285	0.0208	0.0169	0.0095	0.0374	0.0463	0.0193	0.0095	0.0248	0.0145	0.0248	0.0403	0.013	0.009	0.013	0.038
chr3L	2504368	2504534	chr3L:2504369-2504534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0284	0.0239	0.0231	0.0127	0.0354	0.0458	0.0213	0.0127	0.0314	0.017	0.0314	0.0473	0.01	0.0116	0.01	0.0542
chr3L	2504918	2505167	chr3L:2504919-2505167	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0491	0.0632	0.0457	0.037	0.0297	0.1146	0.0636	0.0533	0.0297	0.067	0.0408	0.067	0.072	0.0322	0.0413	0.0322	0.0646
chr3L	2505672	2505823	chr3L:2505673-2505823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0219	0.0349	0.0189	0.0107	0.0117	0.0592	0.035	0.0373	0.0117	0.0236	0.0199	0.0236	0.0209	0.0199	0.0064	0.0199	0.012
chr3L	2527213	2527364	chr3L:2527214-2527364	FBgn0260480	CG32295	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0155	0.0106	0.0129	0.0238	0.0032	0.0126	0.0164	0.012	0.0032	0.0193	0.0122	0.0193	0.0147	0.0842	0.0103	0.0842	0.0125
chr3L	2531390	2531615	chr3L:2531391-2531615	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1292	0.0899	0.1632	0.1359	0.0371	0.1214	0.1103	0.1073	0.0371	0.212	0.163	0.212	0.172	0.1593	0.1322	0.1593	0.1631
chr3L	2531770	2531940	chr3L:2531771-2531940	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0288	0.0576	0.0622	0.017	0.0325	0.0394	0.0313	0.017	0.0773	0.0489	0.0773	0.0899	0.0911	0.0496	0.0911	0.0912
chr3L	2532202	2532455	chr3L:2532203-2532455	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0467	0.0191	0.0543	0.0691	0.0074	0.0286	0.0234	0.0167	0.0074	0.0864	0.0399	0.0864	0.0837	0.1669	0.0413	0.1669	0.0766
chr3L	2536806	2536967	chr3L:2536807-2536967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0135	0.0212	0.0241	0.0064	0.0117	0.0234	0.0133	0.0064	0.0103	0.0151	0.0103	0.062	0.0138	0.0219	0.0138	0.0526
chr3L	2537252	2537467	chr3L:2537253-2537467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0241	0.0156	0.0324	0.0246	0.0106	0.0209	0.0242	0.0093	0.0106	0.0127	0.0183	0.0127	0.1224	0.0115	0.0129	0.0115	0.0625
chr3L	2539419	2539570	chr3L:2539420-2539570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0166	0.0118	0.0169	0.0216	0.0021	0.0078	0.0195	0.0187	0.0021	0.0157	0.0167	0.0157	0.0248	0.0115	0.0387	0.0115	0.0281
chr3L	2543299	2543450	chr3L:2543300-2543450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0128	0.0102	0.0127	0.0159	0.0042	0.0102	0.0156	0.012	0.0042	0.0097	0.0132	0.0097	0.0139	0.0092	0.0335	0.0092	0.012
chr3L	2552585	2552736	chr3L:2552586-2552736	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0231	0.0118	0.0245	0.0343	0.0053	0.017	0.0138	0.014	0.0053	0.0543	0.017	0.0543	0.0225	0.1087	0.0129	0.1087	0.0245
chr3L	2552745	2552956	chr3L:2552746-2552956	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0393	0.0227	0.0528	0.0432	0.0085	0.0388	0.0234	0.0227	0.0085	0.1232	0.0354	0.1232	0.0411	0.1348	0.0187	0.1348	0.0302
chr3L	2553225	2553449	chr3L:2553226-2553449	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Spn_369bp_CRM	Spn_369bp_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.061	0.0486	0.0788	0.0553	0.0159	0.0728	0.0363	0.0859	0.0159	0.0954	0.0656	0.0954	0.0751	0.0444	0.0567	0.0444	0.0604
chr3L	2553556	2553752	chr3L:2553557-2553752	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Spn_369bp_CRM	Spn_369bp_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0536	0.0462	0.0662	0.048	0.0127	0.0597	0.0368	0.0906	0.0127	0.058	0.0479	0.058	0.0333	0.0207	0.0206	0.0207	0.0375
chr3L	2553856	2554104	chr3L:2553857-2554104	FBgn0010905	Spn	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.07	0.0516	0.0869	0.0719	0.0212	0.0699	0.0519	0.0759	0.0212	0.1051	0.0849	0.1051	0.055	0.0658	0.0522	0.0658	0.0714
chr3L	2554238	2554438	chr3L:2554239-2554438	FBgn0010905	Spn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.072	0.1645	0.1221	0.0255	0.1063	0.0714	0.1026	0.0255	0.1848	0.1714	0.1848	0.1696	0.1263	0.1193	0.1263	0.1443
chr3L	2555095	2555246	chr3L:2555096-2555246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0323	0.0206	0.0365	0.0407	0.0042	0.0228	0.032	0.024	0.0042	0.0453	0.036	0.0453	0.048	0.0444	0.0368	0.0444	0.0667
chr3L	2565536	2565845	chr3L:2565537-2565845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0389	0.0456	0.0402	0.0299	0.0244	0.0573	0.0606	0.048	0.0244	0.0441	0.0379	0.0441	0.0658	0.0352	0.0232	0.0352	0.0521
chr3L	2566074	2566266	chr3L:2566075-2566266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.0323	0.0335	0.0235	0.0117	0.0422	0.0458	0.032	0.0117	0.0326	0.0277	0.0326	0.0705	0.0176	0.0161	0.0176	0.0526
chr3L	2568326	2568584	chr3L:2568327-2568584	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0448	0.0237	0.0487	0.0642	0.0021	0.0393	0.0242	0.0273	0.0021	0.0785	0.0399	0.0785	0.0736	0.0957	0.0516	0.0957	0.1146
chr3L	2569283	2569434	chr3L:2569284-2569434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0324	0.031	0.0346	0.0315	0.018	0.0359	0.0433	0.034	0.018	0.0471	0.0322	0.0471	0.0488	0.0245	0.0264	0.0245	0.0578
chr3L	2570287	2570566	chr3L:2570288-2570566	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.064	0.0649	0.0689	0.0575	0.0551	0.0699	0.0887	0.066	0.0551	0.0719	0.0643	0.0719	0.1224	0.0681	0.0529	0.0681	0.0948
chr3L	2571183	2571334	chr3L:2571184-2571334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0211	0.0227	0.0324	0.0042	0.034	0.026	0.0167	0.0042	0.0242	0.0177	0.0242	0.0511	0.0322	0.0168	0.0322	0.074
chr3L	2573150	2573488	chr3L:2573151-2573488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0422	0.0334	0.0452	0.0489	0.0138	0.0476	0.0394	0.0386	0.0138	0.0344	0.0338	0.0344	0.0852	0.0176	0.0181	0.0176	0.1235
chr3L	2573519	2573777	chr3L:2573520-2573777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0278	0.0412	0.0467	0.0074	0.0379	0.0368	0.032	0.0074	0.0266	0.0334	0.0266	0.0891	0.0184	0.0232	0.0184	0.1225
chr3L	2578389	2578639	chr3L:2578390-2578639	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0519	0.0309	0.0489	0.0788	0.0127	0.0393	0.0411	0.0353	0.0127	0.0888	0.0395	0.0888	0.0627	0.2251	0.0413	0.2251	0.0792
chr3L	2579467	2580071	chr3L:2579468-2580071	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0918	0.08	0.1168	0.0777	0.0276	0.1417	0.0792	0.0779	0.0276	0.1244	0.1482	0.1244	0.1108	0.144	0.0948	0.144	0.073
chr3L	2581205	2581389	chr3L:2581206-2581389	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0575	0.0461	0.0661	0.0609	0.0201	0.0816	0.0446	0.044	0.0201	0.0453	0.0878	0.0453	0.1061	0.0513	0.1057	0.0513	0.0849
chr3L	2581710	2581861	chr3L:2581711-2581861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0361	0.0212	0.0428	0.0454	0.0064	0.0417	0.019	0.0187	0.0064	0.0332	0.0376	0.0332	0.103	0.0444	0.0548	0.0444	0.0756
chr3L	2582880	2583058	chr3L:2582881-2583058	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0565	0.055	0.0555	0.0595	0.0233	0.1214	0.0394	0.04	0.0233	0.0713	0.0408	0.0713	0.1255	0.0658	0.049	0.0658	0.1199
chr3L	2583231	2583552	chr3L:2583232-2583552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0804	0.0491	0.0864	0.1086	0.018	0.085	0.0454	0.052	0.018	0.0737	0.0698	0.0737	0.2223	0.0827	0.107	0.0827	0.2298
chr3L	2583568	2583719	chr3L:2583569-2583719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0537	0.0332	0.0566	0.0734	0.0127	0.0587	0.0316	0.032	0.0127	0.0537	0.0559	0.0537	0.1061	0.0949	0.0916	0.0949	0.1105
chr3L	2583900	2584079	chr3L:2583901-2584079	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0738	0.0363	0.073	0.1167	0.0138	0.0655	0.0381	0.03	0.0138	0.0894	0.0672	0.0894	0.1216	0.1784	0.1251	0.1784	0.149
chr3L	2584536	2584737	chr3L:2584537-2584737	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0721	0.0289	0.0637	0.1295	0.0138	0.05	0.0307	0.0273	0.0138	0.0682	0.0527	0.0682	0.1332	0.1562	0.1044	0.1562	0.1553
chr3L	2585960	2586138	chr3L:2585961-2586138	FBgn0010909	msn	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1689	0.1412	0.2118	0.1529	0.088	0.1796	0.1427	0.2025	0.088	0.2554	0.2389	0.2554	0.1975	0.1677	0.1638	0.1677	0.1626
chr3L	2586210	2586385	chr3L:2586211-2586385	FBgn0010909	msn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1825	0.1601	0.2344	0.1504	0.1007	0.2	0.1687	0.2245	0.1007	0.3104	0.2521	0.3104	0.2215	0.1478	0.1476	0.1478	0.1579
chr3L	2586442	2586629	chr3L:2586443-2586629	FBgn0010909	msn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2381	0.2069	0.294	0.2115	0.1527	0.2621	0.2145	0.2785	0.1527	0.3853	0.3084	0.3853	0.2812	0.2106	0.2121	0.2106	0.2428
chr3L	2587348	2587526	chr3L:2587349-2587526	FBgn0261602	RpL8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1716	0.1341	0.2217	0.1585	0.0817	0.1762	0.1453	0.1699	0.0817	0.2868	0.2286	0.2868	0.237	0.1539	0.1515	0.1539	0.1944
chr3L	2589322	2589534	chr3L:2589323-2589534	FBgn0016794	dos	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2071	0.1907	0.2506	0.1776	0.1368	0.2262	0.2193	0.2438	0.1368	0.3068	0.2695	0.3068	0.2603	0.1822	0.1831	0.1822	0.2121
chr3L	2589766	2589947	chr3L:2589767-2589947	FBgn0016794	dos	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.0783	0.1311	0.0951	0.0467	0.1063	0.0761	0.1139	0.0467	0.163	0.1457	0.163	0.1371	0.0888	0.1077	0.0888	0.1136
chr3L	2589988	2590191	chr3L:2589989-2590191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0978	0.0773	0.124	0.092	0.035	0.1083	0.0882	0.0946	0.035	0.1546	0.1328	0.1546	0.1139	0.0942	0.1025	0.0942	0.0954
chr3L	2590336	2590502	chr3L:2590337-2590502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1078	0.1021	0.1298	0.0901	0.0604	0.135	0.1133	0.1339	0.0604	0.1806	0.1412	0.1806	0.1371	0.0812	0.0812	0.0812	0.1485
chr3L	2590670	2590852	chr3L:2590671-2590852	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.123	0.123	0.1461	0.0978	0.1039	0.1553	0.1285	0.1526	0.1039	0.2065	0.1582	0.2065	0.1472	0.098	0.0961	0.098	0.1501
chr3L	2591069	2591304	chr3L:2591070-2591304	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0969	0.1018	0.1143	0.0723	0.0657	0.1413	0.1025	0.1272	0.0657	0.186	0.1074	0.186	0.1146	0.0911	0.0606	0.0911	0.1047
chr3L	2591309	2591513	chr3L:2591310-2591513	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0726	0.0975	0.0721	0.0453	0.0721	0.0961	0.1449	0.1006	0.0721	0.0912	0.065	0.0912	0.0953	0.0398	0.0309	0.0398	0.0766
chr3L	2599196	2599444	chr3L:2599197-2599444	FBgn0028504,FBgn0035355	CG12182,CG16985	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1073	0.1118	0.1173	0.0915	0.0689	0.1447	0.1241	0.1472	0.0689	0.1564	0.1318	0.1564	0.1208	0.1233	0.0928	0.1233	0.1068
chr3L	2599487	2599675	chr3L:2599488-2599675	FBgn0028504,FBgn0035355	CG12182,CG16985	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1483	0.1473	0.1734	0.122	0.0933	0.184	0.1713	0.1932	0.0933	0.2349	0.1891	0.2349	0.182	0.1501	0.1206	0.1501	0.1443
chr3L	2599762	2600113	chr3L:2599763-2600113	FBgn0028504,FBgn0035355,FBgn0035356	CG12182,CG16985,CG16986	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0984	0.0976	0.1216	0.0739	0.053	0.115	0.1189	0.1319	0.053	0.1655	0.1367	0.1655	0.1092	0.0835	0.0767	0.0835	0.0948
chr3L	2600244	2600420	chr3L:2600245-2600420	FBgn0035356	CG16986	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0859	0.091	0.0996	0.0652	0.0594	0.0971	0.1163	0.1206	0.0594	0.1395	0.1122	0.1395	0.0891	0.075	0.0613	0.075	0.0912
chr3L	2600561	2600761	chr3L:2600562-2600761	FBgn0035356	CG16986	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0489	0.0545	0.053	0.0382	0.0361	0.05	0.0753	0.0733	0.0361	0.0713	0.0563	0.0713	0.055	0.0345	0.0355	0.0345	0.0636
chr3L	2608992	2609143	chr3L:2608993-2609143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0127	0.0138	0.011	0.0134	0.0085	0.0121	0.0229	0.0153	0.0085	0.0115	0.0113	0.0115	0.0194	0.0077	0.0077	0.0077	0.0334
chr3L	2613088	2613239	chr3L:2613089-2613239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.015	0.0133	0.015	0.017	0.0095	0.0097	0.0229	0.014	0.0095	0.0175	0.0161	0.0175	0.0178	0.0115	0.0077	0.0115	0.0339
chr3L	2614513	2614664	chr3L:2614514-2614664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0125	0.0125	0.0129	0.0121	0.0064	0.0097	0.0225	0.0133	0.0064	0.0145	0.0116	0.0145	0.0209	0.0115	0.0045	0.0115	0.0281
chr3L	2629362	2629516	chr3L:2629363-2629516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0161	0.0261	0.0312	0.0064	0.0218	0.0234	0.0127	0.0064	0.0205	0.0196	0.0205	0.0744	0.0069	0.0103	0.0069	0.0974
chr3L	2631421	2631605	chr3L:2631422-2631605	FBgn0035357,FBgn0250911	CG42245,MEP-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1414	0.1193	0.1714	0.1331	0.0764	0.15	0.141	0.1459	0.0764	0.2144	0.1932	0.2144	0.1557	0.1432	0.1315	0.1432	0.161
chr3L	2631619	2631813	chr3L:2631620-2631813	FBgn0035357,FBgn0250911	CG42245,MEP-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1571	0.1377	0.1882	0.1447	0.0891	0.183	0.1471	0.1739	0.0891	0.2301	0.2096	0.2301	0.1751	0.1776	0.1489	0.1776	0.1652
chr3L	2631838	2632009	chr3L:2631839-2632009	FBgn0035357,FBgn0250911	CG42245,MEP-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1215	0.1635	0.1088	0.0764	0.1587	0.1328	0.1566	0.0764	0.2065	0.1817	0.2065	0.1418	0.1248	0.1264	0.1248	0.1214
chr3L	2632124	2632287	chr3L:2632125-2632287	FBgn0035357,FBgn0250911	CG42245,MEP-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2043	0.2106	0.24	0.1582	0.1835	0.2621	0.2163	0.2765	0.1835	0.3001	0.2662	0.3001	0.2029	0.1914	0.1747	0.1914	0.1652
chr3L	2632562	2632780	chr3L:2632563-2632780	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1387	0.0784	0.1843	0.156	0.0488	0.1233	0.0679	0.1013	0.0488	0.2174	0.1936	0.2174	0.2401	0.1593	0.1908	0.1593	0.2137
chr3L	2635002	2635195	chr3L:2635003-2635195	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1508	0.1745	0.1588	0.1156	0.1294	0.1966	0.1869	0.2445	0.1294	0.2144	0.1473	0.2144	0.1518	0.1011	0.0935	0.1011	0.1391
chr3L	2635358	2635525	chr3L:2635359-2635525	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1896	0.1736	0.2185	0.1757	0.1113	0.2175	0.1786	0.2378	0.1113	0.2591	0.2273	0.2591	0.2285	0.1654	0.167	0.1654	0.209
chr3L	2635623	2635801	chr3L:2635624-2635801	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2151	0.1903	0.2605	0.193	0.1294	0.2291	0.2098	0.2592	0.1294	0.3339	0.2691	0.3339	0.2486	0.1799	0.1973	0.1799	0.2209
chr3L	2636068	2636447	chr3L:2636069-2636447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1679	0.1454	0.1895	0.1692	0.0901	0.201	0.141	0.2092	0.0901	0.2246	0.2068	0.2246	0.1929	0.1378	0.1889	0.1378	0.2038
chr3L	2641581	2641732	chr3L:2641582-2641732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0334	0.027	0.0121	0.0244	0.0374	0.0376	0.0486	0.0244	0.0332	0.0273	0.0332	0.0302	0.0138	0.0116	0.0138	0.0146
chr3L	2641886	2642037	chr3L:2641887-2642037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0327	0.0209	0.0106	0.0106	0.0364	0.0446	0.044	0.0106	0.0248	0.0219	0.0248	0.0256	0.0115	0.0129	0.0115	0.012
chr3L	2642204	2642516	chr3L:2642205-2642516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0597	0.0515	0.0217	0.0403	0.067	0.0688	0.0846	0.0403	0.0622	0.0534	0.0622	0.0604	0.0253	0.0239	0.0253	0.0234
chr3L	2642525	2642711	chr3L:2642526-2642711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.045	0.0362	0.0136	0.0339	0.0544	0.0441	0.0713	0.0339	0.0429	0.0376	0.0429	0.0333	0.0161	0.0142	0.0161	0.0125
chr3L	2642764	2642932	chr3L:2642765-2642932	FBgn0035358	CG14949	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0318	0.0258	0.013	0.0244	0.035	0.0394	0.0446	0.0244	0.0302	0.0244	0.0302	0.0333	0.0153	0.0116	0.0153	0.012
chr3L	2647638	2647789	chr3L:2647639-2647789	FBgn0035360	CG1246	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0113	0.0148	0.0085	0.0103	0.0064	0.0126	0.0255	0.0167	0.0064	0.0054	0.009	0.0054	0.017	0.0054	0.0058	0.0054	0.0234
chr3L	2647934	2648085	chr3L:2647935-2648085	FBgn0035360	CG1246	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.014	0.0085	0.0125	0.0106	0.0097	0.0225	0.0173	0.0106	0.0066	0.0093	0.0066	0.0178	0.0069	0.0039	0.0069	0.0297
chr3L	2651520	2651729	chr3L:2651521-2651729	FBgn0027082,FBgn0259199,FBgn0259200	Aats-pro,CG42303,CG42304	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0594	0.0608	0.0451	0.0403	0.0694	0.0804	0.0646	0.0403	0.0725	0.0633	0.0725	0.0751	0.0482	0.0516	0.0482	0.0542
chr3L	2651763	2651936	chr3L:2651764-2651936	FBgn0027082,FBgn0259199,FBgn0259200	Aats-pro,CG42303,CG42304	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0862	0.0837	0.0956	0.0785	0.0573	0.1097	0.0952	0.1059	0.0573	0.1214	0.1013	0.1214	0.0953	0.085	0.0735	0.085	0.1021
chr3L	2652015	2652194	chr3L:2652016-2652194	FBgn0027082,FBgn0259199,FBgn0259200	Aats-pro,CG42303,CG42304	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0926	0.0856	0.1056	0.0862	0.0583	0.1136	0.0917	0.1133	0.0583	0.1461	0.1138	0.1461	0.0844	0.0842	0.0825	0.0842	0.1053
chr3L	2653131	2653282	chr3L:2653132-2653282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.014	0.0189	0.0273	0.0042	0.0131	0.0225	0.0167	0.0042	0.0205	0.0151	0.0205	0.0186	0.0145	0.0097	0.0145	0.0115
chr3L	2711654	2711810	chr3L:2711655-2711810	FBgn0264606	CG43955	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.028	0.0126	0.0177	0.0233	0.0233	0.0424	0.0333	0.0233	0.0157	0.0125	0.0157	0.0039	0.0031	0.0032	0.0031	0.0021
chr3L	2711913	2712064	chr3L:2711914-2712064	FBgn0264606	CG43955	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0191	0.0084	0.0153	0.0138	0.0117	0.0281	0.03	0.0138	0.0079	0.009	0.0079	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0016
chr3L	2712667	2712844	chr3L:2712668-2712844	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0226	0.0328	0.0127	0.022	0.0255	0.0301	0.0394	0.052	0.0255	0.0217	0.0116	0.0217	0.0046	0.0061	0.0052	0.0061	0.0021
chr3L	2734557	2734811	chr3L:2734558-2734811	distal	distal	stage14	stage14	VT24636.1	VT24636.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0168	0.0255	0.033	0.0095	0.0214	0.0242	0.0167	0.0095	0.0242	0.0302	0.0242	0.038	0.0161	0.069	0.0161	0.0464
chr3L	2735371	2735522	chr3L:2735372-2735522	distal	distal	none	none	VT24636.1	VT24636.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0167	0.0226	0.0162	0.0106	0.0131	0.0255	0.024	0.0106	0.0332	0.027	0.0332	0.0163	0.0207	0.0297	0.0207	0.0125
chr3L	2744858	2745009	chr3L:2744859-2745009	distal	distal	stage14	stage14	VT24641.1	VT24641.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0152	0.0112	0.0133	0.0217	0.0053	0.0097	0.0212	0.01	0.0053	0.0284	0.0096	0.0284	0.0116	0.0704	0.0148	0.0704	0.0109
chr3L	2745089	2745299	chr3L:2745090-2745299	distal	distal	stage14	stage14	VT24641.1	VT24641.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.023	0.0142	0.0264	0.029	0.0042	0.018	0.0212	0.0133	0.0042	0.0598	0.017	0.0598	0.0279	0.0835	0.0174	0.0835	0.0182
chr3L	2745877	2746038	chr3L:2745878-2746038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0163	0.0255	0.0206	0.0053	0.0218	0.0203	0.0187	0.0053	0.0248	0.017	0.0248	0.0697	0.0237	0.0142	0.0237	0.037
chr3L	2746316	2746473	chr3L:2746317-2746473	distal	distal	none	none	VT24643.1	VT24643.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.0151	0.023	0.0226	0.0064	0.0165	0.0247	0.014	0.0064	0.0175	0.0225	0.0175	0.0457	0.0306	0.0116	0.0306	0.0318
chr3L	2748505	2748656	chr3L:2748506-2748656	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0184	0.0127	0.0126	0.0312	0.0053	0.0136	0.0186	0.0127	0.0053	0.0181	0.0109	0.0181	0.0147	0.1026	0.0161	0.1026	0.0167
chr3L	2748862	2749013	chr3L:2748863-2749013	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0177	0.0125	0.0147	0.0269	0.0085	0.0102	0.0173	0.018	0.0085	0.0278	0.0119	0.0278	0.0139	0.0988	0.0129	0.0988	0.0125
chr3L	2759460	2759611	chr3L:2759461-2759611	distal	distal	stage14	stage14	VT24648.1	VT24648.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0187	0.0115	0.0173	0.0284	0.0011	0.0155	0.0156	0.0127	0.0011	0.0205	0.0177	0.0205	0.0279	0.085	0.0148	0.085	0.024
chr3L	2762262	2762471	chr3L:2762263-2762471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0276	0.0117	0.016	0.0582	0.0042	0.0199	0.0156	0.0073	0.0042	0.0266	0.0151	0.0266	0.017	0.1953	0.0181	0.1953	0.0568
chr3L	2765132	2765283	chr3L:2765133-2765283	distal	distal	none	none	VT24651.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0332	0.0332	0.0341	0.0323	0.0117	0.0374	0.0497	0.034	0.0117	0.0447	0.0318	0.0447	0.0596	0.0253	0.0213	0.0253	0.0714
chr3L	2765477	2765656	chr3L:2765478-2765656	distal	distal	none	none	VT24651.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0426	0.0384	0.0456	0.044	0.017	0.049	0.0437	0.0533	0.017	0.0604	0.0431	0.0604	0.0658	0.0345	0.0303	0.0345	0.0954
chr3L	2765851	2766084	chr3L:2765852-2766084	FBgn0052296	Mrtf	stage5	none	VT24651.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0676	0.0627	0.0766	0.0631	0.0265	0.0806	0.0666	0.0913	0.0265	0.0882	0.0852	0.0882	0.0852	0.0559	0.0516	0.0559	0.098
chr3L	2766196	2766395	chr3L:2766197-2766395	FBgn0052296	Mrtf	stage11,stage14,stage5	none	VT24651.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1241	0.1064	0.14	0.1266	0.0626	0.133	0.1241	0.1346	0.0626	0.1806	0.1457	0.1806	0.1456	0.1669	0.1096	0.1669	0.1678
chr3L	2766497	2766684	chr3L:2766498-2766684	FBgn0035370,FBgn0052296	CG1240,Mrtf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1867	0.1716	0.2133	0.1743	0.1315	0.1917	0.2072	0.2152	0.1315	0.2748	0.2264	0.2748	0.2076	0.1899	0.1773	0.1899	0.223
chr3L	2766903	2767079	chr3L:2766904-2767079	FBgn0035370,FBgn0052296	CG1240,Mrtf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1717	0.1618	0.208	0.143	0.1326	0.1811	0.1899	0.1979	0.1326	0.2705	0.2244	0.2705	0.1867	0.16	0.1438	0.16	0.1652
chr3L	2767190	2767368	chr3L:2767191-2767368	FBgn0035370	CG1240	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0629	0.0799	0.0408	0.0551	0.0646	0.08	0.0759	0.0551	0.1093	0.0814	0.1093	0.0697	0.0391	0.0361	0.0391	0.0474
chr3L	2772226	2772401	chr3L:2772227-2772401	FBgn0035371	CG9977	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1235	0.1087	0.1456	0.1159	0.087	0.1218	0.1319	0.1372	0.087	0.1926	0.1614	0.1926	0.1479	0.144	0.1019	0.144	0.1574
chr3L	2773714	2773865	chr3L:2773715-2773865	FBgn0035372,FBgn0044452	Atg2,CG12093	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0479	0.0665	0.0397	0.0265	0.0631	0.051	0.0666	0.0265	0.09	0.0723	0.09	0.0635	0.0413	0.0496	0.0413	0.0464
chr3L	2773918	2774118	chr3L:2773919-2774118	FBgn0035372,FBgn0044452	Atg2,CG12093	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1279	0.1107	0.1635	0.1082	0.0615	0.134	0.1246	0.1566	0.0615	0.212	0.1797	0.212	0.1665	0.0911	0.118	0.0911	0.1371
chr3L	2774241	2774422	chr3L:2774242-2774422	FBgn0035372,FBgn0044452	Atg2,CG12093	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1655	0.1532	0.1984	0.1433	0.1103	0.1709	0.1864	0.2005	0.1103	0.2458	0.2177	0.2458	0.1967	0.1348	0.156	0.1348	0.1876
chr3L	2774496	2774742	chr3L:2774497-2774742	FBgn0035372,FBgn0044452	Atg2,CG12093	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0927	0.1122	0.0937	0.07	0.088	0.0932	0.1812	0.1252	0.088	0.1117	0.1003	0.1117	0.1015	0.0681	0.0754	0.0681	0.099
chr3L	2780543	2780694	chr3L:2780544-2780694	FBgn0035374	mRpS35	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0325	0.05	0.0288	0.0212	0.0316	0.0428	0.0466	0.0212	0.0556	0.0601	0.0556	0.0542	0.0291	0.0335	0.0291	0.0344
chr3L	2780810	2780981	chr3L:2780811-2780981	FBgn0035374	mRpS35	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0664	0.1119	0.0738	0.0382	0.0782	0.0804	0.0866	0.0382	0.1401	0.1286	0.1401	0.1177	0.075	0.0741	0.075	0.0985
chr3L	2781105	2781256	chr3L:2781106-2781256	FBgn0035374	mRpS35	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0336	0.0584	0.0344	0.0223	0.0374	0.0402	0.0473	0.0223	0.0743	0.0627	0.0743	0.0705	0.0368	0.0303	0.0368	0.049
chr3L	2781677	2782072	chr3L:2781678-2782072	FBgn0035375	pgant6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0833	0.0689	0.1085	0.0719	0.0456	0.0723	0.0839	0.0979	0.0456	0.1244	0.1264	0.1244	0.1162	0.085	0.0729	0.085	0.0907
chr3L	2782140	2782314	chr3L:2782141-2782314	FBgn0035375	pgant6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.119	0.0912	0.1506	0.1152	0.0541	0.1019	0.109	0.1286	0.0541	0.1836	0.1576	0.1836	0.1913	0.121	0.1206	0.121	0.1569
chr3L	2782499	2782863	chr3L:2782500-2782863	FBgn0035375	pgant6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0823	0.0713	0.1018	0.0731	0.0286	0.1155	0.0757	0.0733	0.0286	0.0996	0.092	0.0996	0.2084	0.0528	0.0613	0.0528	0.1376
chr3L	2783426	2783577	chr3L:2783427-2783577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0173	0.0302	0.0252	0.0011	0.0214	0.0281	0.0167	0.0011	0.0266	0.027	0.0266	0.0666	0.0115	0.011	0.0115	0.0646
chr3L	2787206	2787371	chr3L:2787207-2787371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0441	0.0466	0.0237	0.0233	0.0451	0.0545	0.06	0.0233	0.0574	0.0453	0.0574	0.0519	0.0138	0.0226	0.0138	0.0334
chr3L	2798783	2799002	chr3L:2798784-2799002	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0686	0.0521	0.0933	0.06	0.0085	0.0903	0.0407	0.0799	0.0085	0.0785	0.0733	0.0785	0.2347	0.0268	0.0271	0.0268	0.1464
chr3L	2799387	2799573	chr3L:2799388-2799573	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0502	0.0349	0.0679	0.0478	0.0106	0.066	0.0268	0.0446	0.0106	0.0531	0.0476	0.0531	0.1805	0.0168	0.0206	0.0168	0.1251
chr3L	2800624	2800839	chr3L:2800625-2800839	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.045	0.0413	0.0584	0.0345	0.0053	0.0578	0.0376	0.0686	0.0053	0.0628	0.0521	0.0628	0.1007	0.0123	0.0193	0.0123	0.0578
chr3L	2808145	2808531	chr3L:2808146-2808531	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1495	0.1316	0.225	0.0868	0.0424	0.1723	0.1068	0.2532	0.0424	0.1757	0.3559	0.1757	0.1278	0.0528	0.1631	0.0528	0.1016
chr3L	2808755	2808962	chr3L:2808756-2808962	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0671	0.0459	0.1034	0.0508	0.0085	0.0689	0.035	0.0846	0.0085	0.0556	0.1855	0.0556	0.0511	0.0345	0.1077	0.0345	0.0505
chr3L	2809485	2809636	chr3L:2809486-2809636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0356	0.0273	0.0548	0.0237	0.0085	0.0388	0.026	0.0413	0.0085	0.0386	0.0865	0.0386	0.0364	0.0107	0.0316	0.0107	0.0339
chr3L	2809658	2809809	chr3L:2809659-2809809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0369	0.0273	0.0519	0.0312	0.0117	0.0345	0.0264	0.0466	0.0117	0.0471	0.0704	0.0471	0.0473	0.0123	0.0309	0.0123	0.0537
chr3L	2809884	2810035	chr3L:2809885-2810035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0337	0.0259	0.0447	0.0304	0.0074	0.0364	0.0255	0.0413	0.0074	0.0374	0.0537	0.0374	0.0635	0.0092	0.0206	0.0092	0.0677
chr3L	2811643	2811794	chr3L:2811644-2811794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0219	0.0147	0.0357	0.0148	0.0032	0.0218	0.0134	0.024	0.0032	0.032	0.0322	0.032	0.0744	0.0069	0.0161	0.0069	0.0266
chr3L	2812368	2812632	chr3L:2812369-2812632	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0506	0.0451	0.0764	0.0285	0.0095	0.0806	0.0376	0.058	0.0095	0.067	0.0672	0.067	0.1495	0.01	0.0226	0.01	0.0521
chr3L	2814104	2814255	chr3L:2814105-2814255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0323	0.0284	0.0454	0.0221	0.018	0.0359	0.0285	0.042	0.018	0.032	0.0691	0.032	0.0372	0.0077	0.0271	0.0077	0.0297
chr3L	2814335	2814556	chr3L:2814336-2814556	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0338	0.0629	0.039	0.0127	0.0476	0.0342	0.0466	0.0127	0.0453	0.082	0.0453	0.0775	0.0123	0.0632	0.0123	0.0537
chr3L	2814620	2814893	chr3L:2814621-2814893	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0595	0.0405	0.0775	0.0609	0.0148	0.0612	0.0346	0.0573	0.0148	0.0664	0.0814	0.0664	0.1317	0.0199	0.0529	0.0199	0.1318
chr3L	2815959	2816110	chr3L:2815960-2816110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0281	0.0206	0.0438	0.0194	0.0095	0.0238	0.0229	0.03	0.0095	0.0236	0.063	0.0236	0.0294	0.01	0.0251	0.01	0.0167
chr3L	2816900	2817051	chr3L:2816901-2817051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0328	0.0247	0.0453	0.0281	0.0053	0.033	0.0277	0.036	0.0053	0.0344	0.0543	0.0344	0.0465	0.0092	0.0206	0.0092	0.0313
chr3L	2819825	2819976	chr3L:2819826-2819976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0342	0.0231	0.0416	0.0384	0.0053	0.0316	0.0199	0.0406	0.0053	0.0399	0.036	0.0399	0.0442	0.0115	0.0232	0.0115	0.0443
chr3L	2820682	2820833	chr3L:2820683-2820833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.0178	0.0443	0.0409	0.0032	0.0262	0.0151	0.0306	0.0032	0.0356	0.0518	0.0356	0.0728	0.0253	0.0335	0.0253	0.0709
chr3L	2821019	2821290	chr3L:2821020-2821290	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.0808	0.257	0.2235	0.0127	0.1442	0.0519	0.1266	0.0127	0.2452	0.3058	0.2452	0.3284	0.1608	0.2566	0.1608	0.2741
chr3L	2821542	2821693	chr3L:2821543-2821693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0344	0.0267	0.0487	0.0274	0.0095	0.0286	0.0234	0.0546	0.0095	0.0356	0.0588	0.0356	0.0596	0.0191	0.0245	0.0191	0.0297
chr3L	2823580	2823790	chr3L:2823581-2823790	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1421	0.0415	0.1911	0.2008	0.0127	0.0636	0.0346	0.0666	0.0127	0.1914	0.2103	0.1914	0.2649	0.2136	0.234	0.2136	0.2538
chr3L	2823942	2824135	chr3L:2823943-2824135	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0782	0.0324	0.099	0.1067	0.0053	0.0553	0.026	0.05	0.0053	0.0918	0.1055	0.0918	0.1611	0.0919	0.1206	0.0919	0.1532
chr3L	2824260	2824724	chr3L:2824261-2824724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0739	0.0335	0.0832	0.1088	0.0159	0.0515	0.0294	0.0473	0.0159	0.0767	0.0949	0.0767	0.103	0.0942	0.1109	0.0942	0.1271
chr3L	2824819	2825040	chr3L:2824820-2825040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0542	0.027	0.0555	0.0831	0.0085	0.0369	0.029	0.0393	0.0085	0.055	0.0572	0.055	0.0596	0.0681	0.0658	0.0681	0.0771
chr3L	2825332	2825483	chr3L:2825333-2825483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0194	0.0101	0.0165	0.0329	0.0032	0.0083	0.0117	0.0207	0.0032	0.0193	0.0141	0.0193	0.007	0.0046	0.0058	0.0046	0.0109
chr3L	2826911	2827062	chr3L:2826912-2827062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0266	0.0238	0.0352	0.0202	0.0053	0.0233	0.0225	0.0513	0.0053	0.0501	0.0312	0.0501	0.0178	0.0069	0.0123	0.0069	0.0083
chr3L	2827466	2827617	chr3L:2827467-2827617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0217	0.0165	0.0245	0.0246	0.0042	0.0199	0.0138	0.0353	0.0042	0.0272	0.0228	0.0272	0.0108	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr3L	2828327	2828515	chr3L:2828328-2828515	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0283	0.0166	0.0278	0.0421	0.0011	0.0214	0.0156	0.0313	0.0011	0.0338	0.0222	0.0338	0.007	0.0054	0.0026	0.0054	0.0094
chr3L	2828858	2829023	chr3L:2828859-2829023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0182	0.0352	0.0359	0.0032	0.0252	0.0151	0.0353	0.0032	0.0405	0.0344	0.0405	0.0256	0.0069	0.0123	0.0069	0.0099
chr3L	2832377	2832528	chr3L:2832378-2832528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0244	0.0221	0.0275	0.0235	0.0085	0.0252	0.0221	0.04	0.0085	0.026	0.0344	0.026	0.0132	0.0092	0.0103	0.0092	0.0109
chr3L	2838017	2838306	chr3L:2838018-2838306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0299	0.0437	0.0316	0.0127	0.0297	0.035	0.061	0.0653	0.0297	0.0399	0.0296	0.0399	0.0294	0.0092	0.0058	0.0092	0.0099
chr3L	2838643	2838873	chr3L:2838644-2838873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.0313	0.0392	0.0228	0.0106	0.0379	0.0329	0.0513	0.0106	0.0501	0.0354	0.0501	0.0333	0.0084	0.02	0.0084	0.0193
chr3L	2839395	2839586	chr3L:2839396-2839586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0262	0.0243	0.0379	0.0155	0.0064	0.0379	0.026	0.0306	0.0064	0.0411	0.028	0.0411	0.0821	0.0046	0.011	0.0046	0.0245
chr3L	2844595	2844794	chr3L:2844596-2844794	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0295	0.0248	0.0307	0.0336	0.0053	0.0228	0.0268	0.0506	0.0053	0.035	0.0251	0.035	0.0147	0.0046	0.0071	0.0046	0.0057
chr3L	2845024	2845206	chr3L:2845025-2845206	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0345	0.0212	0.0325	0.0517	0.0148	0.0175	0.0238	0.0413	0.0148	0.0308	0.0267	0.0308	0.0132	0.0046	0.0026	0.0046	0.0151
chr3L	2845629	2845780	chr3L:2845630-2845780	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0101	0.0168	0.0262	0.0042	0.0087	0.0112	0.018	0.0042	0.0211	0.0148	0.0211	0.0085	0.0092	0.0052	0.0092	0.0073
chr3L	2846794	2846945	chr3L:2846795-2846945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0127	0.0168	0.0192	0.0011	0.016	0.0147	0.02	0.0011	0.0205	0.0161	0.0205	0.0062	0.0061	0.0071	0.0061	0.0047
chr3L	2851456	2851714	chr3L:2851457-2851714	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0564	0.0454	0.0702	0.0538	0.0212	0.0524	0.0497	0.0693	0.0212	0.0761	0.083	0.0761	0.0558	0.0536	0.0535	0.0536	0.0521
chr3L	2851876	2852056	chr3L:2851877-2852056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1565	0.1367	0.1986	0.1323	0.0753	0.1752	0.1453	0.1912	0.0753	0.2464	0.2039	0.2464	0.1875	0.1493	0.1451	0.1493	0.1376
chr3L	2852411	2852832	chr3L:2852412-2852832	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0967	0.0693	0.1651	0.0524	0.0255	0.0966	0.0597	0.1113	0.0255	0.4203	0.1125	0.4203	0.0728	0.0758	0.0638	0.0758	0.0505
chr3L	2853092	2853521	chr3L:2853093-2853521	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0665	0.038	0.1249	0.0344	0.0074	0.0573	0.0337	0.0553	0.0074	0.3659	0.0717	0.3659	0.0302	0.0666	0.0271	0.0666	0.0255
chr3L	2855577	2855804	chr3L:2855578-2855804	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0635	0.035	0.0881	0.0685	0.0042	0.0442	0.0251	0.0766	0.0042	0.087	0.0576	0.087	0.0232	0.0092	0.0168	0.0092	0.0188
chr3L	2856606	2856757	chr3L:2856607-2856757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0304	0.0224	0.0439	0.0244	0.0064	0.0277	0.0186	0.0466	0.0064	0.0332	0.0334	0.0332	0.0101	0.0023	0.0052	0.0023	0.0052
chr3L	2856833	2856991	chr3L:2856834-2856991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.038	0.0254	0.0503	0.0386	0.0064	0.0364	0.016	0.052	0.0064	0.0356	0.0354	0.0356	0.007	0.0069	0.0116	0.0069	0.0068
chr3L	2858839	2858990	chr3L:2858840-2858990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0207	0.0194	0.0308	0.0111	0.0021	0.0223	0.0156	0.042	0.0021	0.0525	0.026	0.0525	0.0116	0.0069	0.0045	0.0069	0.0036
chr3L	2860517	2860721	chr3L:2860518-2860721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0355	0.0329	0.0411	0.0322	0.0127	0.0286	0.032	0.074	0.0127	0.0495	0.0354	0.0495	0.0085	0.0023	0.0071	0.0023	0.0089
chr3L	2862018	2862208	chr3L:2862019-2862208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0274	0.0187	0.041	0.0221	0.0053	0.0184	0.0225	0.0313	0.0053	0.0405	0.0341	0.0405	0.0116	0.0038	0.0071	0.0038	0.0089
chr3L	2863291	2863506	chr3L:2863292-2863506	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0392	0.032	0.0571	0.0274	0.0106	0.0403	0.0285	0.0606	0.0106	0.0513	0.0453	0.0513	0.0279	0.0368	0.0142	0.0368	0.0271
chr3L	2864574	2864725	chr3L:2864575-2864725	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0366	0.042	0.0503	0.0157	0.0106	0.082	0.0311	0.0486	0.0106	0.1033	0.0373	0.1033	0.0186	0.01	0.0142	0.01	0.013
chr3L	2865448	2865608	chr3L:2865449-2865608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.05	0.0379	0.0924	0.0171	0.0032	0.0748	0.0277	0.0466	0.0032	0.2059	0.0791	0.2059	0.0186	0.0084	0.0155	0.0084	0.0068
chr3L	2865816	2866009	chr3L:2865817-2866009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0519	0.0543	0.0805	0.0178	0.0106	0.0985	0.0402	0.0753	0.0106	0.1576	0.0801	0.1576	0.0201	0.0107	0.0187	0.0107	0.0083
chr3L	2867483	2867634	chr3L:2867484-2867634	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0824	0.079	0.1335	0.0302	0.052	0.1141	0.0701	0.1099	0.052	0.1371	0.1621	0.1371	0.096	0.0222	0.0542	0.0222	0.0214
chr3L	2867644	2867905	chr3L:2867645-2867905	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1634	0.1714	0.2503	0.059	0.1209	0.2413	0.1574	0.2258	0.1209	0.3092	0.2929	0.3092	0.1975	0.0567	0.0916	0.0567	0.0568
chr3L	2868655	2868996	chr3L:2868656-2868996	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1122	0.1588	0.1508	0.0177	0.088	0.2612	0.1371	0.1879	0.088	0.2917	0.1621	0.2917	0.0473	0.0145	0.0284	0.0145	0.0078
chr3L	2869492	2869643	chr3L:2869493-2869643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0175	0.0181	0.0234	0.0104	0.0106	0.0257	0.019	0.022	0.0106	0.0374	0.0248	0.0374	0.0132	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr3L	2869690	2869841	chr3L:2869691-2869841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0191	0.0209	0.0096	0.0074	0.0228	0.0234	0.028	0.0074	0.0254	0.0244	0.0254	0.0116	0.0031	0.0058	0.0031	0.0031
chr3L	2874045	2874247	chr3L:2874046-2874247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.037	0.0518	0.0448	0.0118	0.0191	0.0437	0.0571	0.1079	0.0191	0.0386	0.0447	0.0386	0.0356	0.0061	0.0064	0.0061	0.012
chr3L	2874818	2874969	chr3L:2874819-2874969	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0389	0.0481	0.0511	0.0152	0.018	0.0476	0.0584	0.0833	0.018	0.0556	0.0421	0.0556	0.0751	0.0084	0.0097	0.0084	0.0203
chr3L	2875090	2875477	chr3L:2875091-2875477	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0813	0.1143	0.1043	0.0192	0.0594	0.1248	0.1025	0.2232	0.0594	0.1347	0.1023	0.1347	0.0697	0.0107	0.0168	0.0107	0.0219
chr3L	2879087	2879325	chr3L:2879088-2879325	FBgn0263392	CG43444	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1888	0.2086	0.2409	0.1096	0.158	0.2442	0.2284	0.2925	0.158	0.3074	0.2669	0.3074	0.1526	0.1103	0.0954	0.1103	0.0735
chr3L	2879551	2879737	chr3L:2879552-2879737	FBgn0263392	CG43444	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1622	0.1878	0.2008	0.0914	0.1326	0.2078	0.2193	0.2545	0.1326	0.2591	0.2096	0.2591	0.1371	0.0988	0.0877	0.0988	0.0636
chr3L	2880501	2880807	chr3L:2880502-2880807	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0817	0.1381	0.0808	0.0195	0.1113	0.1238	0.1834	0.1872	0.1113	0.1256	0.0842	0.1256	0.0232	0.0161	0.0155	0.0161	0.0135
chr3L	2881499	2881684	chr3L:2881500-2881684	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1529	0.2092	0.1898	0.0493	0.1909	0.2301	0.2171	0.2978	0.1909	0.2947	0.2019	0.2947	0.0496	0.0643	0.0458	0.0643	0.025
chr3L	2881689	2881940	chr3L:2881690-2881940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.211	0.2881	0.2562	0.0753	0.2566	0.3165	0.3261	0.3844	0.2566	0.3744	0.2826	0.3744	0.0697	0.0881	0.0787	0.0881	0.0313
chr3L	2882374	2882584	chr3L:2882375-2882584	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1188	0.2228	0.0926	0.0312	0.1909	0.1684	0.295	0.3344	0.1909	0.0857	0.0865	0.0857	0.024	0.0123	0.0239	0.0123	0.0083
chr3L	2885096	2885349	chr3L:2885097-2885349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0652	0.0727	0.0836	0.0365	0.0318	0.0767	0.0952	0.1039	0.0318	0.0888	0.0797	0.0888	0.0534	0.0268	0.0277	0.0268	0.0292
chr3L	2885657	2885836	chr3L:2885658-2885836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0656	0.099	0.0684	0.0403	0.0733	0.0787	0.0913	0.0403	0.1214	0.1058	0.1214	0.096	0.085	0.0638	0.085	0.0688
chr3L	2885880	2886051	chr3L:2885881-2886051	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.0363	0.0656	0.0412	0.017	0.0447	0.0433	0.0486	0.017	0.0839	0.0682	0.0839	0.062	0.0505	0.0393	0.0505	0.0417
chr3L	2887209	2887360	chr3L:2887210-2887360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.009	0.007	0.0102	0.01	0.0032	0.0068	0.0134	0.004	0.0032	0.0091	0.0138	0.0091	0.0085	0.0077	0.0226	0.0077	0.0073
chr3L	2887612	2887854	chr3L:2887613-2887854	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0227	0.0187	0.0239	0.0258	0.0074	0.0175	0.0303	0.0193	0.0074	0.0393	0.0254	0.0393	0.0209	0.0413	0.0522	0.0413	0.0109
chr3L	2888335	2888486	chr3L:2888336-2888486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0185	0.0142	0.0185	0.0231	0.0053	0.0141	0.0268	0.0113	0.0053	0.0205	0.0244	0.0205	0.0155	0.0191	0.0522	0.0191	0.0146
chr3L	2894962	2895132	chr3L:2894963-2895132	FBgn0262593	Shab	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0107	0.0126	0.032	0.0053	0.0141	0.0156	0.0093	0.0053	0.0115	0.0113	0.0115	0.0209	0.0429	0.0045	0.0429	0.0177
chr3L	2895654	2895805	chr3L:2895655-2895805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0064	0.0095	0.0171	0.0021	0.0073	0.0112	0.004	0.0021	0.0133	0.0064	0.0133	0.0062	0.0123	0.0064	0.0123	0.0083
chr3L	2896250	2896401	chr3L:2896251-2896401	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0107	0.0052	0.0072	0.0206	0	0.0049	0.0082	0.008	0	0.0066	0.0071	0.0066	0.0085	0.0536	0.0058	0.0536	0.0057
chr3L	2896420	2896571	chr3L:2896421-2896571	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0126	0.0171	0.0372	0.0032	0.0131	0.019	0.0153	0.0032	0.0193	0.0158	0.0193	0.0194	0.0551	0.0161	0.0551	0.0208
chr3L	2896609	2896879	chr3L:2896610-2896879	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0193	0.0277	0.0561	0.0095	0.0194	0.0294	0.02	0.0095	0.0278	0.0296	0.0278	0.0271	0.0743	0.0161	0.0743	0.0219
chr3L	2897019	2897170	chr3L:2897020-2897170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0126	0.0117	0.011	0.0153	0.0032	0.0107	0.019	0.0133	0.0032	0.0103	0.0103	0.0103	0.0155	0.0214	0.0071	0.0214	0.0052
chr3L	2906204	2906355	chr3L:2906205-2906355	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0091	0.0081	0.0084	0.0111	0.0032	0.0063	0.0177	0.0047	0.0032	0.0103	0.0074	0.0103	0.0101	0.0299	0.0039	0.0299	0.0052
chr3L	2906559	2906710	chr3L:2906560-2906710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0089	0.0065	0.006	0.0149	0	0.0068	0.0121	0.0053	0	0.0109	0.0039	0.0109	0.0077	0.0521	0.0052	0.0521	0.0068
chr3L	2906911	2907062	chr3L:2906912-2907062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.007	0.0069	0.0044	0.01	0.0021	0.0034	0.0151	0.0047	0.0021	0.0054	0.0026	0.0054	0.0077	0.0306	0.0045	0.0306	0.0063
chr3L	2913830	2913981	chr3L:2913831-2913981	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0162	0.0176	0.0091	0.0223	0.0064	0.0126	0.0389	0.0093	0.0064	0.0109	0.0087	0.0109	0.0062	0.0084	0.0013	0.0084	0.0089
chr3L	2914166	2914317	chr3L:2914167-2914317	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0106	0.0079	0.0213	0.0074	0.0092	0.0199	0.0087	0.0074	0.0079	0.0064	0.0079	0.0054	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr3L	2923429	2923580	chr3L:2923430-2923580	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0088	0.0052	0.018	0.0026	0.0032	0.0039	0.0099	0.004	0.0032	0.0181	0.0096	0.0181	0.0519	0.0038	0.0013	0.0038	0.0021
chr3L	2939780	2939931	chr3L:2939781-2939931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0146	0.0116	0.0249	0.0067	0.0064	0.0102	0.0216	0.0087	0.0064	0.0302	0.0174	0.0302	0.0596	0.0077	0.0064	0.0077	0.0063
chr3L	2961337	2961488	chr3L:2961338-2961488	FBgn0035382,FBgn0054025	CG34025,Or63a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0107	0.0095	0.0075	0.0157	0.0032	0.0068	0.0199	0.0067	0.0032	0.0048	0.0074	0.0048	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0052
chr3L	2980398	2980642	chr3L:2980399-2980642	FBgn0035383	CG2107	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0419	0.0201	0.0173	0.0255	0.034	0.0675	0.0506	0.0255	0.0223	0.0254	0.0223	0.0186	0.0184	0.0148	0.0184	0.0224
chr3L	2980890	2981069	chr3L:2980891-2981069	FBgn0035383	CG2107	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0935	0.1125	0.0839	0.0827	0.0774	0.1209	0.1298	0.1672	0.0774	0.0725	0.11	0.0725	0.0798	0.1064	0.1057	0.1064	0.099
chr3L	2981480	2981631	chr3L:2981481-2981631	FBgn0035383	CG2107	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0197	0.0258	0.0179	0.0149	0.0138	0.0233	0.0411	0.0286	0.0138	0.0187	0.0215	0.0187	0.0155	0.0207	0.0181	0.0207	0.0151
chr3L	3001504	3001684	chr3L:3001505-3001684	FBgn0035385	FR	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0251	0.0097	0.0189	0.0492	0.0042	0.0087	0.0151	0.0133	0.0042	0.0193	0.0138	0.0193	0.0387	0.1202	0.0168	0.1202	0.0406
chr3L	3034500	3034651	chr3L:3034501-3034651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0122	0.0076	0.0195	0.0042	0.0146	0.0182	0.012	0.0042	0.0024	0.0113	0.0024	0.0085	0.0191	0.0077	0.0191	0.0177
chr3L	3035072	3035248	chr3L:3035073-3035248	FBgn0035388	CG2162	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.096	0.074	0.0693	0.1498	0.0435	0.0845	0.1016	0.0833	0.0435	0.0386	0.0826	0.0386	0.1301	0.1547	0.1522	0.1547	0.1959
chr3L	3035388	3035567	chr3L:3035389-3035567	FBgn0035388	CG2162	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0962	0.0591	0.073	0.1632	0.0382	0.0694	0.077	0.0666	0.0382	0.0417	0.0875	0.0417	0.1332	0.1447	0.1728	0.1447	0.2183
chr3L	3035997	3036168	chr3L:3035998-3036168	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0642	0.0532	0.0731	0.0668	0.0339	0.0524	0.0657	0.0846	0.0339	0.0326	0.119	0.0326	0.1046	0.0199	0.1393	0.0199	0.0912
chr3L	3036407	3036579	chr3L:3036408-3036579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.063	0.0586	0.0827	0.0464	0.0308	0.068	0.0722	0.0799	0.0308	0.0344	0.1331	0.0344	0.1069	0.0168	0.1038	0.0168	0.0599
chr3L	3037257	3037540	chr3L:3037258-3037540	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1024	0.1285	0.1289	0.044	0.0806	0.0951	0.1851	0.1919	0.0806	0.0857	0.2232	0.0857	0.0953	0.0299	0.1109	0.0299	0.0323
chr3L	3037760	3037911	chr3L:3037761-3037911	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1001	0.1596	0.1	0.0337	0.1729	0.1121	0.2452	0.1785	0.1729	0.1027	0.1402	0.1027	0.0922	0.023	0.0658	0.023	0.0391
chr3L	3037929	3038080	chr3L:3037930-3038080	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1173	0.1783	0.1188	0.0476	0.1919	0.132	0.2708	0.1972	0.1919	0.122	0.1563	0.122	0.1247	0.0253	0.0877	0.0253	0.0719
chr3L	3038111	3038397	chr3L:3038112-3038397	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2553	0.3013	0.3029	0.1517	0.3075	0.2995	0.3798	0.3598	0.3075	0.3279	0.3633	0.3279	0.3455	0.0873	0.2153	0.0873	0.2819
chr3L	3039971	3040122	chr3L:3039972-3040122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0442	0.0518	0.0537	0.0252	0.0276	0.0388	0.0843	0.0673	0.0276	0.07	0.0559	0.07	0.0426	0.0291	0.0284	0.0291	0.0292
chr3L	3042307	3042490	chr3L:3042308-3042490	FBgn0040308	Jafrac2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0833	0.0928	0.0892	0.0661	0.052	0.1019	0.1259	0.1159	0.052	0.1153	0.0997	0.1153	0.0852	0.0704	0.0677	0.0704	0.0943
chr3L	3042612	3042824	chr3L:3042613-3042824	FBgn0040308	Jafrac2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.07	0.0733	0.0769	0.0586	0.0488	0.0748	0.0982	0.0953	0.0488	0.0833	0.0881	0.0833	0.079	0.0597	0.0619	0.0597	0.0907
chr3L	3043731	3043882	chr3L:3043732-3043882	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0322	0.0417	0.0348	0.0187	0.0148	0.0388	0.0541	0.0706	0.0148	0.0386	0.0457	0.0386	0.0287	0.0184	0.0148	0.0184	0.0271
chr3L	3046226	3046377	chr3L:3046227-3046377	FBgn0035390	scramb2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0376	0.0427	0.0358	0.034	0.0244	0.0495	0.0528	0.0546	0.0244	0.0495	0.0399	0.0495	0.0349	0.0368	0.038	0.0368	0.0526
chr3L	3046459	3046681	chr3L:3046460-3046681	FBgn0035390,FBgn0052484	Sk2,scramb2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1287	0.1179	0.1471	0.1205	0.0817	0.1456	0.1241	0.1592	0.0817	0.2047	0.1527	0.2047	0.1681	0.1424	0.127	0.1424	0.173
chr3L	3046705	3046904	chr3L:3046706-3046904	FBgn0035390,FBgn0052484	Sk2,scramb2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1309	0.2203	0.1337	0.1018	0.1641	0.1319	0.1805	0.1018	0.2796	0.2395	0.2796	0.2455	0.1516	0.1322	0.1516	0.1892
chr3L	3047014	3047200	chr3L:3047015-3047200	FBgn0035390,FBgn0052484	Sk2,scramb2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1124	0.0879	0.1543	0.0937	0.052	0.1097	0.0913	0.1292	0.052	0.189	0.1775	0.189	0.1603	0.0972	0.0806	0.0972	0.1355
chr3L	3050240	3050402	chr3L:3050241-3050402	FBgn0052485	CG32485	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0554	0.0465	0.057	0.0635	0.0212	0.0578	0.0571	0.062	0.0212	0.0513	0.0659	0.0513	0.0798	0.0613	0.0606	0.0613	0.086
chr3L	3050544	3050695	chr3L:3050545-3050695	FBgn0052485	CG32485	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0279	0.0401	0.0308	0.0138	0.0335	0.0363	0.0346	0.0138	0.0393	0.0476	0.0393	0.0527	0.0245	0.0329	0.0245	0.0334
chr3L	3052103	3052584	chr3L:3052104-3052584	FBgn0035392	CG1271	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1585	0.1449	0.1834	0.1464	0.0965	0.1777	0.1531	0.2125	0.0965	0.218	0.2158	0.218	0.1836	0.1539	0.1496	0.1539	0.2027
chr3L	3054966	3055129	chr3L:3054967-3055129	FBgn0035393	CG16753	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0811	0.0912	0.0721	0.0424	0.1034	0.0934	0.1093	0.0424	0.1093	0.1051	0.1093	0.1015	0.0827	0.0877	0.0827	0.0922
chr3L	3058014	3058180	chr3L:3058015-3058180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.052	0.0406	0.0702	0.0448	0.0233	0.065	0.0433	0.042	0.0233	0.1069	0.064	0.1069	0.0782	0.0858	0.0387	0.0858	0.0443
chr3L	3058340	3058491	chr3L:3058341-3058491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0347	0.0213	0.0406	0.0432	0.0127	0.0291	0.0251	0.024	0.0127	0.0688	0.036	0.0688	0.0465	0.1164	0.038	0.1164	0.0297
chr3L	3059074	3059352	chr3L:3059075-3059352	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	SVM-CRM_No3775	SVM-CRM_No3775	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1361	0.1021	0.1698	0.1372	0.0562	0.1893	0.0796	0.1059	0.0562	0.2476	0.1524	0.2476	0.2641	0.2243	0.1225	0.2243	0.2241
chr3L	3059547	3059732	chr3L:3059548-3059732	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1056	0.0666	0.1466	0.1043	0.0371	0.1058	0.0606	0.0819	0.0371	0.1685	0.1833	0.1685	0.1689	0.1447	0.1264	0.1447	0.1511
chr3L	3059839	3060088	chr3L:3059840-3060088	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1707	0.1395	0.2354	0.1347	0.0721	0.1816	0.1298	0.2292	0.0721	0.1781	0.3521	0.1781	0.2409	0.1286	0.256	0.1286	0.1329
chr3L	3060218	3060430	chr3L:3060219-3060430	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2461	0.234	0.2876	0.214	0.1612	0.3024	0.2413	0.3211	0.1612	0.3412	0.3331	0.3412	0.2587	0.2129	0.2592	0.2129	0.2402
chr3L	3060523	3060772	chr3L:3060524-3060772	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1804	0.1549	0.2126	0.1737	0.1039	0.2277	0.1393	0.2152	0.1039	0.2548	0.2421	0.2548	0.2084	0.1501	0.2237	0.1501	0.2137
chr3L	3061107	3061338	chr3L:3061108-3061338	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0366	0.0774	0.0788	0.0191	0.0578	0.0281	0.054	0.0191	0.096	0.0778	0.096	0.0658	0.0766	0.069	0.0766	0.0922
chr3L	3069899	3070077	chr3L:3069900-3070077	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.156	0.1138	0.2008	0.154	0.071	0.1728	0.0878	0.1652	0.071	0.2446	0.2177	0.2446	0.1967	0.1516	0.167	0.1516	0.1912
chr3L	3070196	3070419	chr3L:3070197-3070419	FBgn0052486	CG32486	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1282	0.0971	0.1655	0.1221	0.0604	0.1223	0.1016	0.1366	0.0604	0.1957	0.1936	0.1957	0.1309	0.121	0.1412	0.121	0.1438
chr3L	3070660	3070900	chr3L:3070661-3070900	FBgn0035397,FBgn0052486	CG11486,CG32486	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3091	0.2846	0.3549	0.286	0.2344	0.3427	0.2989	0.3791	0.2344	0.4149	0.3923	0.4149	0.3416	0.2925	0.2882	0.2925	0.3345
chr3L	3071065	3071244	chr3L:3071066-3071244	FBgn0035397,FBgn0052486	CG11486,CG32486	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1878	0.166	0.2232	0.1732	0.1092	0.1981	0.1955	0.2112	0.1092	0.2754	0.2566	0.2754	0.196	0.1807	0.1825	0.1807	0.198
chr3L	3071301	3071525	chr3L:3071302-3071525	FBgn0035397,FBgn0052486	CG11486,CG32486	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1506	0.1302	0.1868	0.1337	0.0923	0.1519	0.1466	0.1819	0.0923	0.2264	0.2158	0.2264	0.1712	0.1409	0.1386	0.1409	0.1527
chr3L	3071756	3072002	chr3L:3071757-3072002	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1676	0.133	0.2319	0.1356	0.087	0.1908	0.1155	0.1939	0.087	0.3267	0.2643	0.3267	0.1665	0.1845	0.1315	0.1845	0.0813
chr3L	3072018	3072190	chr3L:3072019-3072190	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1111	0.1021	0.147	0.0817	0.0647	0.1301	0.099	0.1546	0.0647	0.2228	0.1585	0.2228	0.0976	0.111	0.0619	0.111	0.0469
chr3L	3072369	3072588	chr3L:3072370-3072588	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2016	0.1857	0.2638	0.1512	0.1135	0.2374	0.1838	0.2718	0.1135	0.3635	0.2875	0.3635	0.2022	0.196	0.138	0.196	0.1058
chr3L	3073377	3073574	chr3L:3073378-3073574	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0996	0.1325	0.1208	0.0397	0.0954	0.133	0.1574	0.2072	0.0954	0.1268	0.1743	0.1268	0.072	0.0498	0.0374	0.0498	0.0167
chr3L	3073931	3074108	chr3L:3073932-3074108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0811	0.1128	0.0987	0.0265	0.0891	0.0961	0.1324	0.1939	0.0891	0.0694	0.1486	0.0694	0.0527	0.0222	0.0297	0.0222	0.0156
chr3L	3074166	3074364	chr3L:3074167-3074364	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0989	0.1512	0.1084	0.0299	0.1124	0.1194	0.1778	0.2712	0.1124	0.0658	0.1611	0.0658	0.0442	0.0207	0.0284	0.0207	0.013
chr3L	3074973	3075168	chr3L:3074974-3075168	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0695	0.0692	0.1084	0.0272	0.0255	0.0675	0.0593	0.1586	0.0255	0.0356	0.2145	0.0356	0.0395	0.0123	0.0787	0.0123	0.013
chr3L	3077906	3078173	chr3L:3077907-3078173	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0567	0.0398	0.0505	0.0824	0.0138	0.0495	0.0532	0.0486	0.0138	0.0423	0.0444	0.0423	0.1092	0.0658	0.0935	0.0658	0.1417
chr3L	3080648	3080882	chr3L:3080649-3080882	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0609	0.0386	0.0732	0.0723	0.0201	0.05	0.0497	0.0446	0.0201	0.0767	0.0733	0.0767	0.1356	0.085	0.0729	0.085	0.1261
chr3L	3081153	3081360	chr3L:3081154-3081360	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1097	0.0446	0.1185	0.1727	0.0191	0.0617	0.0489	0.058	0.0191	0.125	0.1154	0.125	0.2324	0.2221	0.2076	0.2221	0.259
chr3L	3081502	3081702	chr3L:3081503-3081702	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0991	0.0354	0.0996	0.1696	0.0106	0.0578	0.0389	0.0326	0.0106	0.1135	0.0961	0.1135	0.1998	0.2534	0.2044	0.2534	0.2517
chr3L	3081796	3081987	chr3L:3081797-3081987	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.073	0.0426	0.0751	0.1047	0.0201	0.0558	0.0519	0.0473	0.0201	0.0864	0.0833	0.0864	0.1108	0.1531	0.1522	0.1531	0.1313
chr3L	3082058	3082361	chr3L:3082059-3082361	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0654	0.0527	0.0661	0.0788	0.0329	0.0597	0.0644	0.0686	0.0329	0.0459	0.0904	0.0459	0.0813	0.072	0.147	0.072	0.0896
chr3L	3083382	3083612	chr3L:3083383-3083612	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0524	0.0318	0.0552	0.0724	0.017	0.0413	0.0407	0.0353	0.017	0.0393	0.0389	0.0393	0.158	0.0191	0.0342	0.0191	0.1574
chr3L	3083706	3083895	chr3L:3083707-3083895	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.038	0.0223	0.0416	0.0517	0.0106	0.0359	0.0247	0.0213	0.0106	0.0223	0.0241	0.0223	0.1487	0.013	0.0148	0.013	0.1501
chr3L	3089556	3089707	chr3L:3089557-3089707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0439	0.0588	0.0435	0.0276	0.0392	0.0786	0.0679	0.0666	0.0392	0.0574	0.0486	0.0574	0.0442	0.0191	0.0342	0.0191	0.0433
chr3L	3090626	3090861	chr3L:3090627-3090861	FBgn0003938	snRNA:U5:63BC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2399	0.2415	0.2699	0.2053	0.2121	0.2777	0.2785	0.2918	0.2121	0.3406	0.2807	0.3406	0.2572	0.2205	0.1734	0.2205	0.2408
chr3L	3090979	3091203	chr3L:3090980-3091203	FBgn0003938	snRNA:U5:63BC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1796	0.1346	0.094	0.1622	0.1874	0.2197	0.2232	0.1622	0.1866	0.1299	0.1866	0.1472	0.1126	0.0774	0.1126	0.1178
chr3L	3091298	3091449	chr3L:3091299-3091449	FBgn0003938	snRNA:U5:63BC	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0616	0.0833	0.061	0.038	0.0795	0.0811	0.1133	0.0946	0.0795	0.0791	0.0666	0.0791	0.0596	0.0436	0.0284	0.0436	0.0485
chr3L	3095594	3095801	chr3L:3095595-3095801	FBgn0052288,FBgn0052289	tRNA:CR32288,tRNA:CR32289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1164	0.0941	0.1468	0.1079	0.0647	0.1262	0.0913	0.1306	0.0647	0.212	0.1534	0.212	0.1596	0.1424	0.0928	0.1424	0.1407
chr3L	3095933	3096168	chr3L:3095934-3096168	FBgn0052285,FBgn0052287,FBgn0052288,FBgn0052289	tRNA:CR32285,tRNA:CR32287,tRNA:CR32288,tRNA:CR32289	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1091	0.0911	0.1392	0.0962	0.0721	0.118	0.0947	0.1126	0.0721	0.183	0.1559	0.183	0.1565	0.1187	0.0935	0.1187	0.147
chr3L	3096255	3096692	chr3L:3096256-3096692	FBgn0052272,FBgn0052285,FBgn0052287,FBgn0052289	tRNA:CR32272,tRNA:CR32285,tRNA:CR32287,tRNA:CR32289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2625	0.2575	0.3009	0.2259	0.2407	0.2961	0.2764	0.3311	0.2407	0.3889	0.309	0.3889	0.3168	0.2734	0.1973	0.2734	0.3101
chr3L	3096819	3097000	chr3L:3096820-3097000	FBgn0052272,FBgn0052285,FBgn0052287	tRNA:CR32272,tRNA:CR32285,tRNA:CR32287	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0907	0.1052	0.1011	0.0631	0.1007	0.1238	0.1172	0.1292	0.1007	0.1449	0.101	0.1449	0.11	0.0766	0.0645	0.0766	0.099
chr3L	3097360	3097591	chr3L:3097361-3097591	FBgn0052272,FBgn0052286	tRNA:CR32272,tRNA:CR32286	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0969	0.1343	0.0911	0.0614	0.1304	0.1495	0.1527	0.1666	0.1304	0.154	0.0826	0.154	0.0999	0.075	0.0503	0.075	0.1115
chr3L	3099006	3099157	chr3L:3099007-3099157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0135	0.019	0.0194	0.0064	0.0112	0.0225	0.0173	0.0064	0.0181	0.0277	0.0181	0.0147	0.0054	0.0658	0.0054	0.0063
chr3L	3106561	3106712	chr3L:3106562-3106712	FBgn0035398	Cht7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0102	0.0124	0.0203	0.0032	0.0102	0.0186	0.0093	0.0032	0.0103	0.0186	0.0103	0.0132	0.0046	0.0664	0.0046	0.0109
chr3L	3106865	3107034	chr3L:3106866-3107034	FBgn0035398	Cht7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0103	0.0203	0.0306	0.0053	0.0117	0.0143	0.012	0.0053	0.0103	0.037	0.0103	0.0163	0.0015	0.1064	0.0015	0.0177
chr3L	3107294	3107604	chr3L:3107295-3107604	FBgn0035398	Cht7	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0444	0.033	0.0516	0.0492	0.0191	0.0388	0.0433	0.0373	0.0191	0.0242	0.0952	0.0242	0.0263	0.0077	0.1715	0.0077	0.0219
chr3L	3108104	3108255	chr3L:3108105-3108255	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0091	0.0113	0.015	0.0021	0.0097	0.016	0.0053	0.0021	0.0048	0.0215	0.0048	0.0062	8e-04	0.0548	8e-04	0.0073
chr3L	3109789	3109940	chr3L:3109790-3109940	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0076	0.0171	0.0223	0.0011	0.0092	0.0112	0.0093	0.0011	0.0139	0.0286	0.0139	0.0077	0.0038	0.0845	0.0038	0.0068
chr3L	3121437	3121653	chr3L:3121438-3121653	FBgn0052273	tRNA:CR32273	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0352	0.0369	0.0409	0.0272	0.0286	0.035	0.0554	0.0426	0.0286	0.0513	0.0412	0.0513	0.0527	0.0299	0.0232	0.0299	0.0433
chr3L	3121920	3122114	chr3L:3121921-3122114	FBgn0052273	tRNA:CR32273	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0869	0.0993	0.098	0.061	0.0785	0.1146	0.1198	0.1199	0.0785	0.1153	0.0904	0.1153	0.1704	0.0881	0.0445	0.0881	0.0902
chr3L	3122309	3122460	chr3L:3122310-3122460	FBgn0052273	tRNA:CR32273	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0274	0.0264	0.0332	0.022	0.0117	0.0272	0.0385	0.034	0.0117	0.0453	0.0289	0.0453	0.0643	0.0237	0.0148	0.0237	0.0443
chr3L	3122658	3122970	chr3L:3122659-3122970	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0636	0.0363	0.0707	0.0863	0.0095	0.0587	0.0402	0.0406	0.0095	0.0525	0.0527	0.0525	0.2045	0.0551	0.0658	0.0551	0.2022
chr3L	3123208	3123359	chr3L:3123209-3123359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0102	0.0189	0.0253	0.0042	0.0107	0.0156	0.0113	0.0042	0.0254	0.0164	0.0254	0.0287	0.0115	0.0116	0.0115	0.036
chr3L	3123430	3123581	chr3L:3123431-3123581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0137	0.0188	0.0202	0.0085	0.0117	0.0216	0.0167	0.0085	0.0223	0.017	0.0223	0.024	0.0092	0.009	0.0092	0.0162
chr3L	3125100	3125251	chr3L:3125101-3125251	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0191	0.0239	0.044	0.0064	0.0267	0.0268	0.0173	0.0064	0.032	0.0241	0.032	0.0325	0.0452	0.0335	0.0452	0.0912
chr3L	3125262	3125543	chr3L:3125263-3125543	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0418	0.0248	0.0387	0.0643	0.0064	0.0354	0.0346	0.0233	0.0064	0.0447	0.0479	0.0447	0.0457	0.0628	0.0767	0.0628	0.112
chr3L	3126516	3126671	chr3L:3126517-3126671	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0459	0.0349	0.0562	0.0469	0.0117	0.0544	0.0376	0.0413	0.0117	0.1129	0.0518	0.1129	0.0442	0.0835	0.0335	0.0835	0.062
chr3L	3126788	3126939	chr3L:3126789-3126939	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0287	0.0233	0.0373	0.0252	0.0085	0.0286	0.0316	0.0266	0.0085	0.0622	0.0334	0.0622	0.038	0.023	0.0258	0.023	0.0417
chr3L	3127400	3127551	chr3L:3127401-3127551	FBgn0026189	prominin-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0943	0.0785	0.1174	0.0868	0.0551	0.101	0.0904	0.0939	0.0551	0.1486	0.1302	0.1486	0.1146	0.1149	0.0935	0.1149	0.0985
chr3L	3127654	3127829	chr3L:3127655-3127829	FBgn0026189	prominin-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1823	0.1615	0.2247	0.159	0.1124	0.1942	0.1799	0.2205	0.1124	0.2772	0.2553	0.2772	0.2022	0.1608	0.1838	0.1608	0.1949
chr3L	3127988	3128263	chr3L:3127989-3128263	FBgn0026189	prominin-like	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0548	0.101	0.0538	0.0265	0.0646	0.0714	0.0713	0.0265	0.1147	0.1164	0.1147	0.1069	0.059	0.049	0.059	0.0724
chr3L	3134126	3134282	chr3L:3134127-3134282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0177	0.0123	0.0127	0.0291	0.0021	0.0131	0.0195	0.0147	0.0021	0.0091	0.0122	0.0091	0.0279	0.0697	0.0335	0.0697	0.0281
chr3L	3134726	3134877	chr3L:3134727-3134877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0152	0.0111	0.022	0.0123	0.0032	0.0146	0.0164	0.0087	0.0032	0.0163	0.0232	0.0163	0.0395	0.0138	0.009	0.0138	0.0208
chr3L	3139929	3140080	chr3L:3139930-3140080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0071	0.0105	0.0231	0.0021	0.0097	0.0104	0.0067	0.0021	0.0048	0.0132	0.0048	0.0116	0.0207	0.0071	0.0207	0.0099
chr3L	3140429	3140580	chr3L:3140430-3140580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.008	0.0108	0.0279	0.0011	0.0117	0.0117	0.0073	0.0011	0.0079	0.0119	0.0079	0.0155	0.0184	0.0058	0.0184	0.0125
chr3L	3141423	3141770	chr3L:3141424-3141770	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0534	0.0255	0.0428	0.0962	0.0106	0.0325	0.0337	0.0286	0.0106	0.035	0.0495	0.035	0.0713	0.0965	0.1322	0.0965	0.1397
chr3L	3142714	3142881	chr3L:3142715-3142881	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0425	0.033	0.0519	0.0428	0.0138	0.05	0.0329	0.0426	0.0138	0.0616	0.0518	0.0616	0.0806	0.0345	0.0316	0.0345	0.0823
chr3L	3143346	3143541	chr3L:3143347-3143541	FBgn0035400,FBgn0035401	CG11537,CG1291	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1202	0.0803	0.1638	0.1168	0.0308	0.1228	0.0701	0.1219	0.0308	0.2041	0.182	0.2041	0.1758	0.1386	0.0948	0.1386	0.1605
chr3L	3143734	3143903	chr3L:3143735-3143903	FBgn0035400,FBgn0035401	CG11537,CG1291	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0657	0.1086	0.0979	0.0255	0.0854	0.0662	0.1066	0.0255	0.1365	0.1219	0.1365	0.1108	0.1172	0.0928	0.1172	0.1235
chr3L	3148051	3148226	chr3L:3148052-3148226	FBgn0035402,FBgn0263108	BtbVII,CG12082	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.0742	0.1547	0.111	0.0286	0.1107	0.0727	0.1046	0.0286	0.186	0.1762	0.186	0.1557	0.1187	0.1206	0.1187	0.1334
chr3L	3148293	3148484	chr3L:3148294-3148484	FBgn0035402,FBgn0263108	BtbVII,CG12082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2103	0.1746	0.2673	0.1876	0.1092	0.2257	0.1856	0.2352	0.1092	0.3418	0.292	0.3418	0.2332	0.1953	0.1947	0.1953	0.2387
chr3L	3148525	3148722	chr3L:3148526-3148722	FBgn0035402,FBgn0263108	BtbVII,CG12082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1871	0.1686	0.223	0.1685	0.1156	0.1927	0.1981	0.2245	0.1156	0.282	0.2437	0.282	0.206	0.1646	0.167	0.1646	0.2163
chr3L	3148809	3149003	chr3L:3148810-3149003	FBgn0035402,FBgn0263108	BtbVII,CG12082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1375	0.1195	0.1615	0.1312	0.0838	0.1427	0.1397	0.1519	0.0838	0.189	0.1826	0.189	0.1479	0.1424	0.1315	0.1424	0.1657
chr3L	3149042	3149246	chr3L:3149043-3149246	FBgn0263108	BtbVII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1635	0.1514	0.1794	0.1594	0.1135	0.1621	0.1929	0.1925	0.1135	0.2258	0.2048	0.2258	0.1689	0.1876	0.1502	0.1876	0.1991
chr3L	3149328	3149551	chr3L:3149329-3149551	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1247	0.1418	0.1226	0.1079	0.1029	0.1553	0.1747	0.1859	0.1029	0.1498	0.128	0.1498	0.1464	0.157	0.0896	0.157	0.1256
chr3L	3154622	3154773	chr3L:3154623-3154773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0361	0.0357	0.0199	0.0286	0.0306	0.0588	0.036	0.0286	0.0435	0.045	0.0435	0.0325	0.0291	0.0168	0.0291	0.0261
chr3L	3154944	3155095	chr3L:3154945-3155095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0335	0.037	0.0365	0.0262	0.0297	0.0422	0.0515	0.0366	0.0297	0.0423	0.0434	0.0423	0.0403	0.0291	0.0181	0.0291	0.0443
chr3L	3159270	3159431	chr3L:3159271-3159431	FBgn0035404	CG12079	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0685	0.0546	0.0911	0.0593	0.035	0.0694	0.0662	0.0673	0.035	0.119	0.0984	0.119	0.1061	0.0636	0.0677	0.0636	0.0818
chr3L	3159511	3159681	chr3L:3159512-3159681	FBgn0035404,FBgn0035405	CG12079,pfk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.1102	0.1698	0.1253	0.0774	0.1354	0.1202	0.1492	0.0774	0.2168	0.1833	0.2168	0.1913	0.1424	0.136	0.1424	0.1641
chr3L	3159906	3160099	chr3L:3159907-3160099	FBgn0035404,FBgn0035405	CG12079,pfk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.141	0.1246	0.1681	0.1296	0.0764	0.1505	0.1401	0.1712	0.0764	0.218	0.1791	0.218	0.1712	0.1508	0.1315	0.1508	0.1694
chr3L	3160154	3160307	chr3L:3160155-3160307	FBgn0035405	pfk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0639	0.0485	0.0888	0.0539	0.018	0.068	0.0536	0.0613	0.018	0.1141	0.0913	0.1141	0.0906	0.0628	0.0542	0.0628	0.0724
chr3L	3162073	3162248	chr3L:3162074-3162248	FBgn0024194	rasp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0863	0.1071	0.0987	0.0494	0.0541	0.1194	0.1215	0.1639	0.0541	0.1407	0.1048	0.1407	0.0991	0.0911	0.0509	0.0911	0.0604
chr3L	3164714	3164865	chr3L:3164715-3164865	FBgn0052280	CG32280	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0451	0.0452	0.0556	0.0334	0.0191	0.0607	0.0606	0.0466	0.0191	0.0725	0.0624	0.0725	0.055	0.0521	0.0271	0.0521	0.0443
chr3L	3165050	3165253	chr3L:3165051-3165253	FBgn0052280	CG32280	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1724	0.1705	0.2051	0.1388	0.1379	0.1859	0.2111	0.2085	0.1379	0.2621	0.226	0.2621	0.2084	0.1685	0.1393	0.1685	0.1725
chr3L	3165490	3165701	chr3L:3165491-3165701	FBgn0052280	CG32280	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.098	0.0982	0.1208	0.0727	0.0615	0.1136	0.1163	0.1312	0.0615	0.1763	0.1277	0.1763	0.1092	0.1225	0.087	0.1225	0.074
chr3L	3165751	3165902	chr3L:3165752-3165902	FBgn0035407	CG14962	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0467	0.0502	0.0552	0.0336	0.0361	0.0505	0.0653	0.0686	0.0361	0.0761	0.0608	0.0761	0.0511	0.0398	0.0426	0.0398	0.0505
chr3L	3166903	3167054	chr3L:3166904-3167054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.029	0.0275	0.0349	0.0242	0.0085	0.0228	0.0441	0.0413	0.0085	0.038	0.0344	0.038	0.0558	0.0237	0.0213	0.0237	0.0469
chr3L	3169200	3169373	chr3L:3169201-3169373	FBgn0052278,FBgn0052281	CG32278,CG32281	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0705	0.0729	0.0763	0.0614	0.052	0.082	0.0908	0.0906	0.052	0.1105	0.0781	0.1105	0.0821	0.0582	0.0574	0.0582	0.0875
chr3L	3169435	3169586	chr3L:3169436-3169586	FBgn0052278,FBgn0052281	CG32278,CG32281	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.0464	0.059	0.0376	0.0286	0.0461	0.0653	0.056	0.0286	0.0827	0.0595	0.0827	0.0689	0.0429	0.0329	0.0429	0.0526
chr3L	3177988	3178143	chr3L:3177989-3178143	FBgn0035410	CG14964	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0298	0.0167	0.0346	0.0391	0.0053	0.0248	0.0199	0.0193	0.0053	0.0779	0.026	0.0779	0.0271	0.1225	0.0284	0.1225	0.0266
chr3L	3178316	3178467	chr3L:3178317-3178467	FBgn0035410,FBgn0035411	CG14964,Girdin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0347	0.0267	0.04	0.038	0.0127	0.0316	0.0329	0.0366	0.0127	0.0586	0.0392	0.0586	0.0426	0.0819	0.0309	0.0819	0.0344
chr3L	3178522	3178716	chr3L:3178523-3178716	FBgn0035410,FBgn0035411	CG14964,Girdin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0949	0.0654	0.1272	0.0923	0.0435	0.0757	0.077	0.0893	0.0435	0.1552	0.1408	0.1552	0.1387	0.1516	0.0922	0.1516	0.0954
chr3L	3178837	3179022	chr3L:3178838-3179022	FBgn0035410,FBgn0035411	CG14964,Girdin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1318	0.1053	0.1763	0.1127	0.0732	0.1218	0.1168	0.1499	0.0732	0.1926	0.1997	0.1926	0.1867	0.1309	0.118	0.1309	0.1381
chr3L	3179205	3179420	chr3L:3179206-3179420	FBgn0035411	Girdin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1003	0.1094	0.1157	0.0732	0.0774	0.1015	0.1362	0.1646	0.0774	0.1123	0.1466	0.1123	0.1247	0.0727	0.0967	0.0727	0.0943
chr3L	3179441	3179642	chr3L:3179442-3179642	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.073	0.075	0.0829	0.0599	0.0445	0.0786	0.0921	0.1099	0.0445	0.0918	0.1	0.0918	0.0945	0.0727	0.0825	0.0727	0.074
chr3L	3188455	3188606	chr3L:3188456-3188606	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0451	0.0199	0.0131	0.0233	0.0563	0.0541	0.0586	0.0233	0.0266	0.0203	0.0266	0.0201	0.0145	0.0116	0.0145	0.0125
chr3L	3192413	3192592	chr3L:3192414-3192592	FBgn0001233,FBgn0035414	CG14965,Hsp83	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1631	0.1498	0.1933	0.145	0.0817	0.184	0.1808	0.1945	0.0817	0.2307	0.2141	0.2307	0.1898	0.1662	0.1618	0.1662	0.1527
chr3L	3192688	3192855	chr3L:3192689-3192855	FBgn0001233,FBgn0035414	CG14965,Hsp83	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.176	0.1476	0.2129	0.1671	0.1029	0.1806	0.1739	0.1879	0.1029	0.2597	0.2357	0.2597	0.1921	0.1753	0.1786	0.1753	0.1834
chr3L	3193014	3193190	chr3L:3193015-3193190	FBgn0001233	Hsp83	stage11,stage14,stage5	none	Hsp83_c83Z.-66	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2018	0.1563	0.2407	0.21	0.1368	0.184	0.1817	0.1879	0.1368	0.288	0.2521	0.288	0.2432	0.2167	0.2128	0.2167	0.2204
chr3L	3194397	3194548	chr3L:3194398-3194548	distal	distal	none	none	Hsp83_c83Z.-66	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0614	0.0466	0.0316	0.0509	0.049	0.0956	0.0686	0.0509	0.0556	0.0466	0.0556	0.055	0.0398	0.0322	0.0398	0.0334
chr3L	3197271	3197435	chr3L:3197272-3197435	FBgn0035415	CG14966	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0739	0.0758	0.084	0.0609	0.053	0.0869	0.0908	0.0979	0.053	0.1014	0.083	0.1014	0.1061	0.0681	0.0587	0.0681	0.0808
chr3L	3197577	3197762	chr3L:3197578-3197762	FBgn0035415	CG14966	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1501	0.1352	0.1794	0.1344	0.1018	0.1723	0.1358	0.1899	0.1018	0.2204	0.1939	0.2204	0.1774	0.1455	0.1418	0.1455	0.1709
chr3L	3198212	3198403	chr3L:3198213-3198403	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.078	0.0668	0.0972	0.0693	0.0276	0.0845	0.077	0.0893	0.0276	0.1105	0.1199	0.1105	0.093	0.062	0.089	0.062	0.0922
chr3L	3198494	3198691	chr3L:3198495-3198691	FBgn0035416,FBgn0047135	CG32276,gry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1369	0.1406	0.1546	0.1134	0.1039	0.168	0.1449	0.2099	0.1039	0.1836	0.1717	0.1836	0.165	0.1256	0.1128	0.1256	0.1537
chr3L	3198764	3198915	chr3L:3198765-3198915	FBgn0035416,FBgn0047135	CG32276,gry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.084	0.1393	0.1001	0.0551	0.1073	0.0817	0.1319	0.0551	0.1667	0.1527	0.1667	0.1433	0.1026	0.1025	0.1026	0.1303
chr3L	3198958	3199129	chr3L:3198959-3199129	FBgn0035416,FBgn0047135	CG32276,gry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1942	0.1575	0.2396	0.1852	0.123	0.1981	0.1557	0.2285	0.123	0.2874	0.2547	0.2874	0.275	0.1937	0.2012	0.1937	0.2439
chr3L	3199210	3199379	chr3L:3199211-3199379	FBgn0035416,FBgn0047135	CG32276,gry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1597	0.1368	0.1845	0.1579	0.0986	0.168	0.1306	0.2212	0.0986	0.2264	0.2	0.2264	0.2184	0.1654	0.1754	0.1654	0.209
chr3L	3209025	3209194	chr3L:3209026-3209194	FBgn0052269,FBgn0052270	CG32269,CG32270	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0321	0.029	0.043	0.0234	0.018	0.0291	0.0394	0.04	0.018	0.0326	0.0482	0.0326	0.0852	0.0306	0.0187	0.0306	0.0386
chr3L	3218836	3219026	chr3L:3218837-3219026	FBgn0035420,FBgn0035421	CG12034,CG14967	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1046	0.0776	0.114	0.1245	0.0435	0.1073	0.0943	0.0806	0.0435	0.1069	0.1318	0.1069	0.1456	0.1256	0.1431	0.1256	0.1647
chr3L	3219069	3219251	chr3L:3219070-3219251	FBgn0035420,FBgn0035421	CG12034,CG14967	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0827	0.0419	0.0841	0.1267	0.0159	0.0587	0.0562	0.0386	0.0159	0.0719	0.0836	0.0719	0.1433	0.1424	0.1264	0.1424	0.1782
chr3L	3222828	3223076	chr3L:3222829-3223076	FBgn0035422,FBgn0035423,FBgn0086071,FBgn0086072	CG17737,RpL28,snoRNA:Or-CD11a,snoRNA:Or-CD11b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.251	0.2465	0.294	0.2087	0.2121	0.2864	0.2881	0.2931	0.2121	0.3744	0.3058	0.3744	0.2943	0.2466	0.2199	0.2466	0.2418
chr3L	3223251	3223420	chr3L:3223252-3223420	FBgn0035422,FBgn0035423	CG17737,RpL28	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1998	0.1702	0.2391	0.1897	0.123	0.2083	0.1912	0.2199	0.123	0.305	0.2624	0.305	0.2161	0.2098	0.1992	0.2098	0.2121
chr3L	3223525	3223706	chr3L:3223526-3223706	FBgn0035423	CG17737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2148	0.1854	0.2614	0.1964	0.123	0.2393	0.2037	0.2332	0.123	0.3207	0.2871	0.3207	0.2401	0.2037	0.2018	0.2037	0.2168
chr3L	3223765	3223978	chr3L:3223766-3223978	FBgn0035423	CG17737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1239	0.1194	0.1534	0.0966	0.0923	0.1379	0.1479	0.1426	0.0923	0.1866	0.1666	0.1866	0.1479	0.0926	0.0935	0.0926	0.1094
chr3L	3224331	3224536	chr3L:3224332-3224536	FBgn0035424	CG11505	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.1171	0.1352	0.0845	0.0721	0.133	0.1488	0.1452	0.0721	0.1679	0.1441	0.1679	0.1332	0.075	0.0941	0.075	0.0954
chr3L	3224852	3225029	chr3L:3224853-3225029	FBgn0035424	CG11505	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2029	0.1902	0.2395	0.1771	0.1368	0.218	0.2253	0.2478	0.1368	0.2832	0.2598	0.2832	0.2463	0.1769	0.1941	0.1769	0.1954
chr3L	3225241	3225472	chr3L:3225242-3225472	FBgn0035424	CG11505	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1816	0.1574	0.2183	0.1684	0.1007	0.1782	0.1981	0.1925	0.1007	0.2579	0.2379	0.2579	0.2107	0.1585	0.1676	0.1585	0.1944
chr3L	3225553	3225755	chr3L:3225554-3225755	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1386	0.1254	0.156	0.1344	0.0774	0.1311	0.1613	0.1672	0.0774	0.1824	0.1675	0.1824	0.1596	0.1401	0.1302	0.1401	0.1605
chr3L	3225963	3226143	chr3L:3225964-3226143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1304	0.118	0.1528	0.1198	0.0774	0.1563	0.1241	0.1506	0.0774	0.1667	0.1801	0.1667	0.172	0.1332	0.1277	0.1332	0.149
chr3L	3226207	3226402	chr3L:3226208-3226402	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1977	0.1872	0.2227	0.1821	0.1474	0.2257	0.2098	0.2318	0.1474	0.256	0.2482	0.256	0.2355	0.2113	0.1928	0.2113	0.2199
chr3L	3226548	3226707	chr3L:3226549-3226707	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0694	0.0785	0.0664	0.0625	0.0753	0.0908	0.1003	0.0779	0.0753	0.0791	0.0611	0.0791	0.0767	0.0735	0.0529	0.0735	0.0829
chr3L	3232449	3232600	chr3L:3232450-3232600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0406	0.0245	0.0142	0.0276	0.0383	0.0657	0.0393	0.0276	0.0308	0.027	0.0308	0.0248	0.0123	0.0181	0.0123	0.0125
chr3L	3234536	3234687	chr3L:3234537-3234687	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0363	0.0269	0.0207	0.0233	0.0383	0.0532	0.038	0.0233	0.026	0.0315	0.026	0.0279	0.0329	0.0142	0.0329	0.0287
chr3L	3234884	3235035	chr3L:3234885-3235035	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0246	0.0308	0.0207	0.0221	0.0244	0.0364	0.0389	0.0313	0.0244	0.0205	0.026	0.0205	0.0201	0.0191	0.009	0.0191	0.0459
chr3L	3236466	3236617	chr3L:3236467-3236617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0315	0.0308	0.0309	0.017	0.0291	0.0437	0.0426	0.017	0.0248	0.0312	0.0248	0.0573	0.0161	0.0193	0.0161	0.0677
chr3L	3238611	3238822	chr3L:3238612-3238822	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0327	0.0391	0.0238	0.0159	0.035	0.045	0.0393	0.0159	0.0489	0.0383	0.0489	0.0511	0.0322	0.0181	0.0322	0.0354
chr3L	3238868	3239019	chr3L:3238869-3239019	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0305	0.036	0.0337	0.0095	0.0291	0.0446	0.0453	0.0095	0.0423	0.0357	0.0423	0.0534	0.0345	0.0271	0.0345	0.0584
chr3L	3239023	3239392	chr3L:3239024-3239392	FBgn0035425	CG17746	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0865	0.0703	0.1037	0.0859	0.0286	0.0859	0.0839	0.0979	0.0286	0.1226	0.1109	0.1226	0.1387	0.0842	0.0761	0.0842	0.136
chr3L	3239489	3239691	chr3L:3239490-3239691	FBgn0035425	CG17746	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1329	0.1012	0.1595	0.139	0.0541	0.1369	0.1016	0.1472	0.0541	0.183	0.1791	0.183	0.1921	0.1248	0.1464	0.1248	0.1918
chr3L	3240514	3240665	chr3L:3240515-3240665	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0097	0.0132	0.0245	0.0032	0.0112	0.0147	0.0107	0.0032	0.0085	0.0116	0.0085	0.0341	0.01	0.0064	0.01	0.074
chr3L	3244864	3245015	chr3L:3244865-3245015	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0082	0.0087	0.006	0.01	0.0042	0.0053	0.0169	0.0087	0.0042	0.0079	0.0051	0.0079	0.0077	0.0222	0.0084	0.0222	0.0135
chr3L	3249434	3249645	chr3L:3249435-3249645	FBgn0263617	CR43626	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0354	0.0295	0.0322	0.0454	0.0127	0.0296	0.051	0.024	0.0127	0.0284	0.0341	0.0284	0.0674	0.0735	0.0316	0.0735	0.086
chr3L	3249893	3250083	chr3L:3249894-3250083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0656	0.0374	0.0588	0.1046	0.0159	0.0481	0.0493	0.044	0.0159	0.0556	0.0611	0.0556	0.117	0.16	0.1148	0.16	0.1657
chr3L	3250361	3250673	chr3L:3250362-3250673	FBgn0262368	mir-282	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0928	0.044	0.0841	0.1569	0.0276	0.0549	0.0584	0.0466	0.0276	0.0646	0.0842	0.0646	0.1789	0.2802	0.1406	0.2802	0.2486
chr3L	3252110	3252269	chr3L:3252111-3252269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0206	0.0082	0.0162	0.0391	0.0011	0.0092	0.0143	0.0073	0.0011	0.0109	0.019	0.0109	0.0302	0.0268	0.0735	0.0268	0.0594
chr3L	3266429	3266593	chr3L:3266430-3266593	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0214	0.0292	0.0173	0.0095	0.0223	0.0376	0.0173	0.0095	0.0127	0.0524	0.0127	0.0232	0.0031	0.0619	0.0031	0.0078
chr3L	3266698	3266849	chr3L:3266699-3266849	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0133	0.0103	0.0148	0.0149	0.0042	0.0083	0.0208	0.0073	0.0042	0.0079	0.0264	0.0079	0.0093	0.0038	0.0471	0.0038	0.0099
chr3L	3267327	3267481	chr3L:3267328-3267481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0188	0.0259	0.0341	0.0095	0.0209	0.0285	0.02	0.0095	0.0187	0.0363	0.0187	0.0294	0.0138	0.0729	0.0138	0.0516
chr3L	3269497	3269729	chr3L:3269498-3269729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0229	0.0264	0.0251	0.0106	0.0189	0.0398	0.0247	0.0106	0.0163	0.045	0.0163	0.0163	0.0061	0.0787	0.0061	0.0151
chr3L	3270019	3270177	chr3L:3270020-3270177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0162	0.0266	0.0216	0.0064	0.0175	0.026	0.0153	0.0064	0.0133	0.0476	0.0133	0.017	0.0054	0.0735	0.0054	0.0089
chr3L	3272008	3272159	chr3L:3272009-3272159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0117	0.0192	0.0089	0.0065	0.0042	0.0092	0.0471	0.012	0.0042	0.006	0.0148	0.006	0.0085	0.0038	0.0148	0.0038	0.0068
chr3L	3274279	3274430	chr3L:3274280-3274430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0135	0.0095	0.0165	0.0148	0.0042	0.0102	0.0164	0.0073	0.0042	0.0072	0.0277	0.0072	0.0155	0.0046	0.0477	0.0046	0.0052
chr3L	3277034	3277207	chr3L:3277035-3277207	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0566	0.0528	0.0723	0.0436	0.0276	0.0544	0.0766	0.0626	0.0276	0.0773	0.0968	0.0773	0.0658	0.0475	0.0741	0.0475	0.0578
chr3L	3280157	3280308	chr3L:3280158-3280308	FBgn0035429	CG12017	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0139	0.009	0.0135	0.0198	0.0021	0.0044	0.0216	0.0067	0.0021	0.0072	0.0219	0.0072	0.007	0.0038	0.0709	0.0038	0.0078
chr3L	3288543	3288718	chr3L:3288544-3288718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0406	0.0492	0.046	0.0212	0.0413	0.0532	0.0586	0.0212	0.0465	0.0588	0.0465	0.0627	0.0498	0.0625	0.0498	0.0568
chr3L	3294461	3294612	chr3L:3294462-3294612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0132	0.0122	0.0115	0.016	0.0032	0.0102	0.0234	0.012	0.0032	0.0036	0.0164	0.0036	0.0194	0.013	0.0297	0.013	0.0193
chr3L	3295181	3295332	chr3L:3295182-3295332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0124	0.0161	0.0117	0.0091	0.0042	0.0131	0.0337	0.0113	0.0042	0.0079	0.0199	0.0079	0.0085	0.0061	0.0258	0.0061	0.0063
chr3L	3295654	3295805	chr3L:3295655-3295805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0163	0.0164	0.0095	0.0074	0.0175	0.0298	0.0107	0.0074	0.0085	0.0299	0.0085	0.0132	0.0031	0.0232	0.0031	0.0104
chr3L	3300295	3300446	chr3L:3300296-3300446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0165	0.0126	0.0164	0.0209	0.0032	0.0131	0.0238	0.0093	0.0032	0.006	0.0222	0.006	0.0287	0.0077	0.0554	0.0077	0.0193
chr3L	3301075	3301393	chr3L:3301076-3301393	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.037	0.0191	0.0435	0.0499	0.0095	0.0291	0.0247	0.016	0.0095	0.0175	0.0489	0.0175	0.1115	0.0084	0.1186	0.0084	0.0703
chr3L	3302554	3302705	chr3L:3302555-3302705	FBgn0035431	CG14968	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.0212	0.0251	0.0213	0.0106	0.0194	0.0311	0.0273	0.0106	0.0193	0.026	0.0193	0.0527	0.0084	0.0232	0.0084	0.0422
chr3L	3302795	3302969	chr3L:3302796-3302969	FBgn0035431	CG14968	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0306	0.0295	0.0332	0.0288	0.0127	0.032	0.0441	0.0313	0.0127	0.0223	0.0344	0.0223	0.0744	0.0084	0.0445	0.0084	0.0537
chr3L	3302993	3303169	chr3L:3302994-3303169	FBgn0035431	CG14968	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0357	0.0305	0.0372	0.04	0.0159	0.0243	0.0497	0.036	0.0159	0.0284	0.0408	0.0284	0.0736	0.0161	0.0716	0.0161	0.0657
chr3L	3303266	3303473	chr3L:3303267-3303473	FBgn0035431,FBgn0035432	CG14968,ZnT63C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0622	0.0512	0.0595	0.0773	0.0286	0.0621	0.0649	0.0606	0.0286	0.0543	0.0653	0.0543	0.0937	0.0337	0.1244	0.0337	0.1167
chr3L	3303599	3303831	chr3L:3303600-3303831	FBgn0035431,FBgn0035432	CG14968,ZnT63C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1764	0.1666	0.1958	0.166	0.1379	0.1786	0.2076	0.2092	0.1379	0.2301	0.2219	0.2301	0.2076	0.1593	0.1805	0.1593	0.2022
chr3L	3303864	3304061	chr3L:3303865-3304061	FBgn0035432	ZnT63C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1433	0.1342	0.1631	0.1316	0.0933	0.1364	0.1721	0.1779	0.0933	0.2035	0.173	0.2035	0.1611	0.1233	0.109	0.1233	0.1443
chr3L	3304144	3304352	chr3L:3304145-3304352	FBgn0035432	ZnT63C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0681	0.0643	0.0803	0.0589	0.0371	0.0723	0.0731	0.0946	0.0371	0.0791	0.0881	0.0791	0.103	0.059	0.058	0.059	0.0693
chr3L	3304793	3305010	chr3L:3304794-3305010	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0604	0.0907	0.0629	0.0238	0.0636	0.0748	0.1384	0.1166	0.0636	0.0272	0.108	0.0272	0.0635	0.0153	0.0432	0.0153	0.0261
chr3L	3307734	3307885	chr3L:3307735-3307885	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0445	0.0824	0.0329	0.015	0.0604	0.0422	0.1449	0.1033	0.0604	0.0169	0.0518	0.0169	0.0318	0.0107	0.0219	0.0107	0.0224
chr3L	3307895	3308117	chr3L:3307896-3308117	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0598	0.1175	0.0405	0.0164	0.1007	0.0558	0.2072	0.1446	0.1007	0.0272	0.0633	0.0272	0.0341	0.013	0.0264	0.013	0.0219
chr3L	3308813	3308964	chr3L:3308814-3308964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0292	0.0249	0.0166	0.0159	0.0359	0.0385	0.032	0.0159	0.0163	0.0209	0.0163	0.0604	0.0092	0.0077	0.0092	0.038
chr3L	3309112	3309284	chr3L:3309113-3309284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0201	0.0218	0.0201	0.0032	0.0248	0.0311	0.0187	0.0032	0.0139	0.0167	0.0139	0.0589	0.0069	0.0064	0.0069	0.0547
chr3L	3315405	3315592	chr3L:3315406-3315592	FBgn0052282,FBgn0052283	dro3,dro4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0566	0.0715	0.0518	0.0453	0.0424	0.0845	0.0753	0.1046	0.0424	0.0749	0.0579	0.0749	0.0565	0.0666	0.0709	0.0666	0.0495
chr3L	3315702	3315853	chr3L:3315703-3315853	FBgn0052282	dro4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0405	0.0644	0.0354	0.0195	0.0244	0.1218	0.0532	0.0673	0.0244	0.0664	0.0305	0.0664	0.0333	0.026	0.0277	0.026	0.0188
chr3L	3316549	3316726	chr3L:3316550-3316726	FBgn0035434	dro5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0501	0.0567	0.0539	0.0384	0.0435	0.0757	0.0567	0.0726	0.0435	0.0779	0.0582	0.0779	0.0666	0.0467	0.0406	0.0467	0.0646
chr3L	3318899	3319097	chr3L:3318900-3319097	FBgn0035435,FBgn0035436,FBgn0259933	CG12016,CG12077,CG42456	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0693	0.0679	0.0821	0.0567	0.0318	0.0816	0.0943	0.0706	0.0318	0.1027	0.0916	0.1027	0.0837	0.0536	0.0593	0.0536	0.0651
chr3L	3319207	3319376	chr3L:3319208-3319376	FBgn0035435,FBgn0035436,FBgn0259933	CG12016,CG12077,CG42456	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1487	0.1953	0.153	0.1145	0.1665	0.1773	0.1892	0.1145	0.2355	0.2174	0.2355	0.1882	0.1585	0.156	0.1585	0.1808
chr3L	3319469	3319659	chr3L:3319470-3319659	FBgn0035435,FBgn0035436,FBgn0259933	CG12016,CG12077,CG42456	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.165	0.1563	0.193	0.1439	0.1209	0.1845	0.1812	0.1952	0.1209	0.2355	0.2096	0.2355	0.1952	0.1493	0.1438	0.1493	0.1626
chr3L	3319690	3319920	chr3L:3319691-3319920	FBgn0035435,FBgn0035436,FBgn0259933	CG12016,CG12077,CG42456	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.101	0.1024	0.1103	0.0893	0.0806	0.1136	0.1293	0.1226	0.0806	0.1534	0.1145	0.1534	0.103	0.1118	0.0819	0.1118	0.0922
chr3L	3319999	3320231	chr3L:3320000-3320231	FBgn0035436,FBgn0259933	CG12016,CG42456	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.1089	0.0966	0.0713	0.0838	0.1024	0.1605	0.1219	0.0838	0.1141	0.099	0.1141	0.1146	0.0666	0.0812	0.0666	0.0948
chr3L	3320492	3320643	chr3L:3320493-3320643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0382	0.0395	0.0429	0.0316	0.0286	0.0393	0.0541	0.0473	0.0286	0.0477	0.0457	0.0477	0.0488	0.0276	0.0251	0.0276	0.0604
chr3L	3325645	3325802	chr3L:3325646-3325802	FBgn0035438	PHGPx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0742	0.0794	0.091	0.0501	0.0604	0.0869	0.0969	0.1026	0.0604	0.128	0.0961	0.128	0.0736	0.062	0.038	0.062	0.0485
chr3L	3325862	3326040	chr3L:3325863-3326040	FBgn0035438	PHGPx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.167	0.1428	0.1935	0.1649	0.1113	0.1704	0.1618	0.1799	0.1113	0.2379	0.1997	0.2379	0.2177	0.183	0.176	0.183	0.1855
chr3L	3326123	3326338	chr3L:3326124-3326338	FBgn0035438	PHGPx	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1366	0.097	0.141	0.176	0.0721	0.117	0.1202	0.1126	0.0721	0.1552	0.1447	0.1552	0.1913	0.1753	0.1973	0.1753	0.2105
chr3L	3326926	3327077	chr3L:3326927-3327077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0201	0.0273	0.0281	0.0064	0.0252	0.0294	0.022	0.0064	0.0217	0.0299	0.0217	0.0449	0.0153	0.0219	0.0153	0.0584
chr3L	3334922	3335098	chr3L:3334923-3335098	FBgn0035440	CG14969	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0976	0.0805	0.1201	0.0922	0.0498	0.0981	0.0947	0.1046	0.0498	0.157	0.136	0.157	0.1208	0.0949	0.1044	0.0949	0.123
chr3L	3336464	3336615	chr3L:3336465-3336615	FBgn0004167,FBgn0052268	dro6,kst	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.061	0.0573	0.078	0.0465	0.0265	0.0777	0.0735	0.0626	0.0265	0.1033	0.091	0.1033	0.0736	0.0567	0.06	0.0567	0.062
chr3L	3336727	3336977	chr3L:3336728-3336977	FBgn0004167,FBgn0052268	dro6,kst	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1903	0.1853	0.2338	0.1483	0.1336	0.2432	0.192	0.2425	0.1336	0.2929	0.2862	0.2929	0.227	0.1868	0.1979	0.1868	0.198
chr3L	3337390	3337612	chr3L:3337391-3337612	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1034	0.082	0.1501	0.0759	0.0392	0.1117	0.0662	0.1419	0.0392	0.1787	0.2215	0.1787	0.0999	0.0812	0.1709	0.0812	0.0636
chr3L	3337845	3338099	chr3L:3337846-3338099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0617	0.0641	0.0744	0.0451	0.0339	0.0782	0.0688	0.0939	0.0339	0.0918	0.1096	0.0918	0.0387	0.0536	0.1038	0.0536	0.0266
chr3L	3338450	3338700	chr3L:3338451-3338700	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0725	0.0745	0.0807	0.0613	0.0297	0.0888	0.0891	0.1073	0.0297	0.1335	0.0952	0.1335	0.0496	0.0957	0.1406	0.0957	0.0271
chr3L	3338787	3338938	chr3L:3338788-3338938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0321	0.0269	0.0358	0.0338	0.0053	0.032	0.0381	0.032	0.0053	0.0537	0.0383	0.0537	0.0364	0.0651	0.0496	0.0651	0.0287
chr3L	3339231	3339467	chr3L:3339232-3339467	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1012	0.1139	0.1173	0.0695	0.0562	0.1655	0.1259	0.1346	0.0562	0.2107	0.1199	0.2107	0.0713	0.1899	0.0696	0.1899	0.0485
chr3L	3345944	3346095	chr3L:3345945-3346095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0169	0.0123	0.0193	0.0194	0.0032	0.0199	0.0151	0.0113	0.0032	0.0248	0.0232	0.0248	0.0209	0.0161	0.0251	0.0161	0.0323
chr3L	3349077	3349284	chr3L:3349078-3349284	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0609	0.0417	0.1019	0.0372	0.0074	0.1087	0.0285	0.016	0.0074	0.3158	0.0463	0.3158	0.0689	0.1118	0.0232	0.1118	0.0328
chr3L	3349286	3349473	chr3L:3349287-3349473	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.046	0.0268	0.0723	0.0386	0.0074	0.0617	0.0242	0.014	0.0074	0.1902	0.0363	0.1902	0.0899	0.0827	0.0155	0.0827	0.0651
chr3L	3349802	3349980	chr3L:3349803-3349980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0204	0.0167	0.0253	0.0192	0.0074	0.0267	0.0199	0.014	0.0074	0.0459	0.0119	0.0459	0.0527	0.0145	0.0168	0.0145	0.0422
chr3L	3351188	3351359	chr3L:3351189-3351359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0215	0.0155	0.027	0.0221	0.0074	0.0252	0.016	0.018	0.0074	0.0278	0.0264	0.0278	0.0565	0.0107	0.0361	0.0107	0.0401
chr3L	3351498	3351649	chr3L:3351499-3351649	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0222	0.0161	0.0278	0.0228	0.0064	0.0248	0.0186	0.018	0.0064	0.0435	0.0296	0.0435	0.0349	0.013	0.0593	0.013	0.0214
chr3L	3351942	3352093	chr3L:3351943-3352093	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0245	0.0166	0.0264	0.0312	0.0032	0.0243	0.0234	0.0147	0.0032	0.038	0.0296	0.038	0.0341	0.0153	0.0948	0.0153	0.0193
chr3L	3352130	3352281	chr3L:3352131-3352281	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0153	0.0284	0.0297	0.0053	0.0194	0.0251	0.01	0.0053	0.0362	0.0318	0.0362	0.0387	0.0168	0.0877	0.0168	0.0193
chr3L	3353403	3353599	chr3L:3353404-3353599	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0284	0.0165	0.0357	0.0338	0.0053	0.0228	0.0242	0.014	0.0053	0.0465	0.0482	0.0465	0.0325	0.0145	0.1025	0.0145	0.0219
chr3L	3367875	3368026	chr3L:3367876-3368026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0162	0.016	0.0181	0.0142	0.0127	0.017	0.0212	0.02	0.0127	0.0308	0.0177	0.0308	0.0163	0.0191	0.0206	0.0191	0.0177
chr3L	3368199	3368350	chr3L:3368200-3368350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.026	0.0241	0.0286	0.0253	0.017	0.0311	0.0272	0.0293	0.017	0.035	0.0322	0.035	0.0356	0.0268	0.0284	0.0268	0.0396
chr3L	3368351	3368550	chr3L:3368352-3368550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0415	0.0371	0.048	0.0393	0.0191	0.0471	0.0446	0.0473	0.0191	0.0519	0.055	0.0519	0.0658	0.0459	0.0464	0.0459	0.0604
chr3L	3368999	3369150	chr3L:3369000-3369150	FBgn0010381	Drs	none	none	Drs_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0293	0.0306	0.0189	0.0117	0.0354	0.0372	0.0386	0.0117	0.0362	0.037	0.0362	0.0279	0.0245	0.0226	0.0245	0.024
chr3L	3373862	3374030	chr3L:3373863-3374030	FBgn0027616,FBgn0035443	CG12010,YT521-B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.095	0.0894	0.1197	0.0744	0.0541	0.1	0.1055	0.1312	0.0541	0.1636	0.1386	0.1636	0.0937	0.1064	0.0729	0.1064	0.0771
chr3L	3374129	3374307	chr3L:3374130-3374307	FBgn0027616,FBgn0035443	CG12010,YT521-B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.174	0.1539	0.2227	0.1429	0.0976	0.1922	0.1626	0.2225	0.0976	0.2911	0.2498	0.2911	0.2045	0.1746	0.1464	0.1746	0.1569
chr3L	3376643	3376822	chr3L:3376644-3376822	FBgn0035444	CG12012	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0669	0.0656	0.0709	0.0641	0.0498	0.0772	0.0705	0.0919	0.0498	0.0719	0.0884	0.0719	0.0844	0.0643	0.0554	0.0643	0.1011
chr3L	3376858	3377009	chr3L:3376859-3377009	FBgn0035444	CG12012	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0411	0.0366	0.0485	0.038	0.0223	0.0413	0.0446	0.0446	0.0223	0.0471	0.0592	0.0471	0.0651	0.0352	0.0348	0.0352	0.0657
chr3L	3377842	3377993	chr3L:3377843-3377993	FBgn0035445	CG12014	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0239	0.0209	0.0222	0.0291	0.0117	0.0218	0.029	0.026	0.0117	0.0217	0.026	0.0217	0.0271	0.0276	0.0193	0.0276	0.062
chr3L	3380285	3380510	chr3L:3380286-3380510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0275	0.0138	0.028	0.0421	0.0053	0.0189	0.0125	0.0227	0.0053	0.026	0.0344	0.026	0.0418	0.0436	0.0696	0.0436	0.0584
chr3L	3382314	3382525	chr3L:3382315-3382525	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0525	0.0516	0.0651	0.0398	0.018	0.0612	0.074	0.0606	0.018	0.0785	0.1023	0.0785	0.0294	0.0391	0.1057	0.0391	0.0261
chr3L	3382895	3383074	chr3L:3382896-3383074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0241	0.052	0.0302	0.0127	0.0311	0.0285	0.0313	0.0127	0.0411	0.0955	0.0411	0.0201	0.0207	0.0922	0.0207	0.0172
chr3L	3384080	3384241	chr3L:3384081-3384241	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0319	0.0137	0.0467	0.0361	0.0021	0.0175	0.019	0.0153	0.0021	0.0127	0.1019	0.0127	0.0155	0.0107	0.1231	0.0107	0.0167
chr3L	3384403	3384653	chr3L:3384404-3384653	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0548	0.0192	0.0721	0.0758	0.0042	0.0199	0.0238	0.0306	0.0042	0.0338	0.137	0.0338	0.0449	0.0276	0.2121	0.0276	0.0787
chr3L	3385090	3385466	chr3L:3385091-3385466	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0808	0.0325	0.1039	0.1093	0.0095	0.051	0.0385	0.0313	0.0095	0.0839	0.1762	0.0839	0.0713	0.085	0.2366	0.085	0.135
chr3L	3386657	3386818	chr3L:3386658-3386818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0451	0.0249	0.0612	0.0501	0.0064	0.0451	0.0242	0.026	0.0064	0.0851	0.0598	0.0851	0.0852	0.0345	0.0484	0.0345	0.1068
chr3L	3386932	3387129	chr3L:3386933-3387129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0487	0.0258	0.067	0.0542	0.0042	0.0417	0.0337	0.024	0.0042	0.0936	0.0717	0.0936	0.0821	0.0406	0.0458	0.0406	0.1183
chr3L	3387644	3387953	chr3L:3387645-3387953	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0609	0.0437	0.0761	0.0632	0.018	0.0689	0.0467	0.0493	0.018	0.1383	0.0736	0.1383	0.0813	0.0291	0.058	0.0291	0.1574
chr3L	3389127	3389366	chr3L:3389128-3389366	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0269	0.0664	0.0583	0.0064	0.0408	0.029	0.0353	0.0064	0.038	0.1238	0.038	0.0364	0.026	0.1689	0.026	0.0511
chr3L	3389971	3390475	chr3L:3389972-3390475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0805	0.0799	0.0951	0.0652	0.0562	0.1044	0.0995	0.0786	0.0562	0.0803	0.135	0.0803	0.1077	0.0222	0.1696	0.0222	0.073
chr3L	3390643	3390809	chr3L:3390644-3390809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0461	0.0411	0.0674	0.0283	0.0148	0.0752	0.0355	0.0446	0.0148	0.0791	0.0672	0.0791	0.1177	0.0245	0.049	0.0245	0.0427
chr3L	3391767	3391987	chr3L:3391768-3391987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0455	0.034	0.0768	0.024	0.0074	0.0796	0.0242	0.0273	0.0074	0.2071	0.0621	0.2071	0.0279	0.0413	0.0374	0.0413	0.0245
chr3L	3392133	3392284	chr3L:3392134-3392284	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0339	0.0237	0.0567	0.0203	0.0021	0.0587	0.019	0.0087	0.0021	0.1643	0.0415	0.1643	0.0163	0.036	0.0309	0.036	0.0177
chr3L	3392305	3392456	chr3L:3392306-3392456	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0316	0.0238	0.0503	0.0199	0.0042	0.0573	0.019	0.0107	0.0042	0.1401	0.0363	0.1401	0.0201	0.0329	0.0297	0.0329	0.0208
chr3L	3394287	3394578	chr3L:3394288-3394578	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1055	0.047	0.1247	0.1497	0.0159	0.0796	0.0515	0.04	0.0159	0.1449	0.1437	0.1449	0.1944	0.1907	0.2192	0.1907	0.2256
chr3L	3394751	3394965	chr3L:3394752-3394965	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0922	0.0335	0.1306	0.1156	0.0138	0.0617	0.0272	0.036	0.0138	0.1516	0.1582	0.1516	0.1898	0.157	0.1715	0.157	0.1621
chr3L	3395128	3395354	chr3L:3395129-3395354	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0975	0.0305	0.1685	0.0943	0.0095	0.0641	0.0203	0.0326	0.0095	0.1981	0.2225	0.1981	0.196	0.1271	0.1779	0.1271	0.1047
chr3L	3395568	3395839	chr3L:3395569-3395839	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.0561	0.2425	0.1361	0.0074	0.1121	0.035	0.0766	0.0074	0.3816	0.3045	0.3816	0.1913	0.2083	0.225	0.2083	0.1548
chr3L	3396100	3396251	chr3L:3396101-3396251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0288	0.0102	0.0397	0.0375	0.0032	0.0204	0.0104	0.0053	0.0032	0.0918	0.0386	0.0918	0.0217	0.1034	0.0284	0.1034	0.0401
chr3L	3396358	3396509	chr3L:3396359-3396509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0473	0.0203	0.0638	0.0592	0.0053	0.0374	0.0221	0.0173	0.0053	0.1232	0.0698	0.1232	0.0395	0.1455	0.0645	0.1455	0.0604
chr3L	3397227	3397378	chr3L:3397228-3397378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0126	0.0345	0.0412	0.0042	0.0189	0.0147	0.014	0.0042	0.0513	0.0373	0.0513	0.0411	0.0413	0.0542	0.0413	0.0709
chr3L	3397545	3397696	chr3L:3397546-3397696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0327	0.0156	0.0453	0.0379	0.0042	0.0248	0.0195	0.014	0.0042	0.0501	0.055	0.0501	0.0627	0.0368	0.0361	0.0368	0.0782
chr3L	3399558	3399709	chr3L:3399559-3399709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0284	0.0188	0.0382	0.0283	0.0085	0.0272	0.0203	0.024	0.0085	0.0507	0.0379	0.0507	0.0596	0.0214	0.0135	0.0214	0.0724
chr3L	3399816	3399967	chr3L:3399817-3399967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0396	0.0318	0.0514	0.0355	0.0117	0.0388	0.0407	0.0373	0.0117	0.0598	0.054	0.0598	0.0759	0.0268	0.0226	0.0268	0.087
chr3L	3400711	3401043	chr3L:3400712-3401043	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1086	0.0603	0.1633	0.1026	0.0148	0.1029	0.0558	0.0726	0.0148	0.288	0.1508	0.288	0.1673	0.1922	0.0819	0.1922	0.1605
chr3L	3408816	3409119	chr3L:3408817-3409119	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1957	0.1963	0.2532	0.132	0.1432	0.3029	0.1864	0.2145	0.1432	0.445	0.319	0.445	0.0999	0.2458	0.216	0.2458	0.1167
chr3L	3409292	3409443	chr3L:3409293-3409443	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0545	0.0338	0.0931	0.0354	0.0148	0.0626	0.0281	0.0366	0.0148	0.1431	0.1357	0.1431	0.0263	0.0345	0.0819	0.0345	0.0318
chr3L	3409668	3410209	chr3L:3409669-3410209	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2587	0.3128	0.3269	0.1235	0.2344	0.3961	0.3036	0.439	0.2344	0.4076	0.5013	0.4076	0.1363	0.1103	0.2979	0.1103	0.1084
chr3L	3410231	3410382	chr3L:3410232-3410382	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.113	0.1301	0.1548	0.048	0.0764	0.1932	0.1086	0.1885	0.0764	0.2095	0.2331	0.2095	0.0496	0.0391	0.1077	0.0391	0.0474
chr3L	3411113	3411300	chr3L:3411114-3411300	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1168	0.1564	0.1344	0.0532	0.1241	0.2	0.16	0.2005	0.1241	0.212	0.1621	0.212	0.0643	0.0766	0.0393	0.0766	0.0552
chr3L	3411541	3411743	chr3L:3411542-3411743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0663	0.0619	0.0538	0.0318	0.0811	0.0783	0.0899	0.0318	0.0809	0.0688	0.0809	0.0418	0.0674	0.0251	0.0674	0.0417
chr3L	3412003	3412321	chr3L:3412004-3412321	FBgn0262260	mir-2282	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.071	0.0477	0.0805	0.0865	0.0159	0.0709	0.0545	0.0546	0.0159	0.1214	0.0804	0.1214	0.0883	0.1424	0.0593	0.1424	0.1011
chr3L	3417227	3417406	chr3L:3417228-3417406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1102	0.0719	0.1546	0.1043	0.0308	0.1063	0.0657	0.1053	0.0308	0.2011	0.1801	0.2011	0.151	0.1371	0.118	0.1371	0.1381
chr3L	3417924	3418106	chr3L:3417925-3418106	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2071	0.1803	0.2593	0.1799	0.1177	0.2539	0.1721	0.2318	0.1177	0.3267	0.2923	0.3267	0.237	0.2106	0.2192	0.2106	0.2371
chr3L	3418297	3418507	chr3L:3418298-3418507	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1701	0.1249	0.2074	0.1796	0.0732	0.1786	0.1155	0.1732	0.0732	0.2669	0.2164	0.2669	0.2572	0.1991	0.2076	0.1991	0.2553
chr3L	3419474	3419660	chr3L:3419475-3419660	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1346	0.091	0.1943	0.118	0.0297	0.1752	0.0636	0.1133	0.0297	0.2723	0.2302	0.2723	0.1913	0.1891	0.1457	0.1891	0.1261
chr3L	3419890	3420094	chr3L:3419891-3420094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0916	0.0709	0.1201	0.0834	0.0286	0.116	0.0601	0.0986	0.0286	0.151	0.1315	0.151	0.1557	0.0904	0.0838	0.0904	0.1329
chr3L	3420350	3420534	chr3L:3420351-3420534	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1407	0.1158	0.1782	0.1274	0.0562	0.1675	0.1094	0.1692	0.0562	0.2301	0.1997	0.2301	0.1875	0.1516	0.1251	0.1516	0.1813
chr3L	3427055	3427356	chr3L:3427056-3427356	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0326	0.0287	0.0265	0.0437	0.0095	0.0476	0.0294	0.0313	0.0095	0.026	0.0215	0.026	0.024	0.0092	0.0071	0.0092	0.0094
chr3L	3428145	3428391	chr3L:3428146-3428391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0258	0.0343	0.0291	0.0127	0.0085	0.0646	0.0324	0.0346	0.0085	0.0568	0.028	0.0568	0.0163	0.0123	0.0116	0.0123	0.0125
chr3L	3430298	3430449	chr3L:3430299-3430449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0139	0.0127	0.0175	0.0114	0.0042	0.0117	0.0186	0.0187	0.0042	0.0368	0.0135	0.0368	0.0155	0.0145	0.011	0.0145	0.0182
chr3L	3430538	3430817	chr3L:3430539-3430817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0242	0.0214	0.0325	0.0182	0.0106	0.017	0.0355	0.026	0.0106	0.055	0.0341	0.055	0.0256	0.0184	0.0213	0.0184	0.0276
chr3L	3432635	3432802	chr3L:3432636-3432802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.01	0.0162	0.0279	0	0.0107	0.0156	0.0133	0	0.0169	0.0116	0.0169	0.0403	0.0115	0.0142	0.0115	0.0698
chr3L	3432979	3433225	chr3L:3432980-3433225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0136	0.0251	0.0405	0.0021	0.0155	0.016	0.024	0.0021	0.0278	0.019	0.0278	0.0604	0.0199	0.0142	0.0199	0.1105
chr3L	3434117	3434288	chr3L:3434118-3434288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0208	0.0115	0.0156	0.037	0.0021	0.0184	0.0138	0.0113	0.0021	0.0169	0.0148	0.0169	0.0325	0.0383	0.0284	0.0383	0.0792
chr3L	3434664	3434815	chr3L:3434665-3434815	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0127	0.0164	0.0372	0.0053	0.0184	0.0134	0.0173	0.0053	0.0169	0.0206	0.0169	0.0225	0.0199	0.0567	0.0199	0.0698
chr3L	3434850	3435001	chr3L:3434851-3435001	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0175	0.0112	0.0138	0.0284	0.0053	0.015	0.0169	0.0093	0.0053	0.0169	0.0164	0.0169	0.0124	0.0191	0.0638	0.0191	0.0365
chr3L	3435245	3435396	chr3L:3435246-3435396	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0101	0.0142	0.017	0.0032	0.0107	0.0177	0.0087	0.0032	0.0151	0.0183	0.0151	0.0093	0.0069	0.0477	0.0069	0.0115
chr3L	3437502	3437692	chr3L:3437503-3437692	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0309	0.0231	0.0334	0.037	0.0127	0.0272	0.0333	0.0227	0.0127	0.0266	0.0264	0.0266	0.0705	0.0253	0.0206	0.0253	0.0756
chr3L	3437898	3438049	chr3L:3437899-3438049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.0183	0.0258	0.0276	0.0095	0.0243	0.0221	0.0213	0.0095	0.0205	0.0228	0.0205	0.0356	0.0222	0.0213	0.0222	0.0438
chr3L	3438110	3438261	chr3L:3438111-3438261	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0306	0.0237	0.0345	0.0341	0.0064	0.0345	0.026	0.0326	0.0064	0.0254	0.0347	0.0254	0.031	0.0214	0.0277	0.0214	0.0594
chr3L	3438347	3438565	chr3L:3438348-3438565	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0472	0.0419	0.0595	0.0395	0.0127	0.0573	0.0411	0.0666	0.0127	0.0598	0.0524	0.0598	0.0457	0.0191	0.0309	0.0191	0.0417
chr3L	3438819	3439124	chr3L:3438820-3439124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0573	0.0599	0.0742	0.0356	0.0255	0.0772	0.0458	0.1179	0.0255	0.0646	0.074	0.0646	0.062	0.0145	0.0245	0.0145	0.0427
chr3L	3439492	3439643	chr3L:3439493-3439643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0198	0.0189	0.0216	0.0187	0.0053	0.0223	0.026	0.0233	0.0053	0.0187	0.0235	0.0187	0.0256	0.0168	0.0129	0.0168	0.0375
chr3L	3439791	3439942	chr3L:3439792-3439942	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0155	0.0146	0.0154	0.0167	0.0042	0.0165	0.0251	0.0133	0.0042	0.0187	0.0154	0.0187	0.0116	0.0276	0.0174	0.0276	0.0208
chr3L	3440089	3440240	chr3L:3440090-3440240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0145	0.0183	0.0198	0.0042	0.015	0.0208	0.0207	0.0042	0.0205	0.0203	0.0205	0.0178	0.0191	0.029	0.0191	0.0266
chr3L	3440703	3440854	chr3L:3440704-3440854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0126	0.022	0.0148	0.0032	0.0155	0.0186	0.014	0.0032	0.0314	0.0215	0.0314	0.0186	0.0237	0.0206	0.0237	0.0162
chr3L	3444030	3444294	chr3L:3444031-3444294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0213	0.0326	0.0213	0.0117	0.0257	0.0316	0.02	0.0117	0.0229	0.0563	0.0229	0.0217	0.0153	0.0464	0.0153	0.0193
chr3L	3444520	3444707	chr3L:3444521-3444707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0192	0.0293	0.0185	0.0064	0.0218	0.0212	0.0293	0.0064	0.026	0.045	0.026	0.0186	0.0077	0.0477	0.0077	0.0156
chr3L	3448138	3448508	chr3L:3448139-3448508	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0508	0.0219	0.0525	0.081	0.0053	0.0359	0.0268	0.02	0.0053	0.0471	0.0518	0.0471	0.0937	0.0949	0.0683	0.0949	0.1407
chr3L	3450300	3450461	chr3L:3450301-3450461	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0313	0.0189	0.0369	0.0389	0.0117	0.0218	0.0195	0.03	0.0117	0.0302	0.046	0.0302	0.0527	0.0253	0.0329	0.0253	0.0797
chr3L	3450729	3450880	chr3L:3450730-3450880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.0161	0.028	0.0276	0.0085	0.0214	0.0164	0.0227	0.0085	0.0199	0.0367	0.0199	0.031	0.0123	0.0264	0.0123	0.0511
chr3L	3450892	3451043	chr3L:3450893-3451043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0125	0.0245	0.0214	0.0074	0.015	0.0121	0.02	0.0074	0.0205	0.0299	0.0205	0.0263	0.013	0.0174	0.013	0.0328
chr3L	3452327	3452787	chr3L:3452328-3452787	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0542	0.0839	0.0462	0.0298	0.0764	0.0612	0.1168	0.1166	0.0764	0.0374	0.0659	0.0374	0.038	0.0222	0.0606	0.0222	0.0297
chr3L	3452857	3453117	chr3L:3452858-3453117	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0637	0.1196	0.0423	0.0248	0.0986	0.0893	0.1648	0.1706	0.0986	0.0356	0.0543	0.0356	0.0372	0.0161	0.0509	0.0161	0.025
chr3L	3454919	3455070	chr3L:3454920-3455070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0188	0.0171	0.0195	0.0201	0.0064	0.0233	0.019	0.0213	0.0064	0.0175	0.0277	0.0175	0.0163	0.0153	0.0471	0.0153	0.0188
chr3L	3455271	3455526	chr3L:3455272-3455526	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.032	0.0407	0.0465	0.017	0.0432	0.0389	0.0366	0.017	0.0362	0.0579	0.0362	0.0395	0.0237	0.118	0.0237	0.0448
chr3L	3457021	3457218	chr3L:3457022-3457218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.056	0.058	0.0661	0.0428	0.0286	0.0723	0.0679	0.0759	0.0286	0.0882	0.0675	0.0882	0.0775	0.0582	0.0438	0.0582	0.0657
chr3L	3457330	3457481	chr3L:3457331-3457481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0267	0.0382	0.0198	0.0117	0.033	0.0311	0.0353	0.0117	0.0531	0.0373	0.0531	0.0403	0.0291	0.0155	0.0291	0.0297
chr3L	3460244	3460395	chr3L:3460245-3460395	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0482	0.072	0.0522	0.0212	0.0553	0.0558	0.0733	0.0212	0.0924	0.0752	0.0924	0.0806	0.0498	0.0561	0.0498	0.0683
chr3L	3460485	3460659	chr3L:3460486-3460659	FBgn0026259	eIF5B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.1039	0.1487	0.1141	0.0753	0.1175	0.1211	0.1412	0.0753	0.1866	0.1621	0.1866	0.1464	0.1194	0.1064	0.1194	0.1423
chr3L	3460778	3460970	chr3L:3460779-3460970	FBgn0026259,FBgn0041164	armi,eIF5B	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0647	0.0672	0.0711	0.0549	0.0626	0.0772	0.08	0.0826	0.0626	0.0839	0.0749	0.0839	0.0868	0.0513	0.0451	0.0513	0.0776
chr3L	3461205	3461387	chr3L:3461206-3461387	FBgn0026259,FBgn0041164	armi,eIF5B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0817	0.0674	0.0879	0.0908	0.0562	0.0723	0.0852	0.0833	0.0562	0.0966	0.0981	0.0966	0.1123	0.1018	0.0838	0.1018	0.1032
chr3L	3461599	3461750	chr3L:3461600-3461750	FBgn0041164	armi	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0308	0.0282	0.033	0.0313	0.0138	0.0243	0.0433	0.0366	0.0138	0.0338	0.0363	0.0338	0.0372	0.0337	0.0213	0.0337	0.0266
chr3L	3466311	3466488	chr3L:3466312-3466488	FBgn0010317	CycJ	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.036	0.0446	0.0398	0.0221	0.0255	0.0495	0.0597	0.0546	0.0255	0.0417	0.0418	0.0417	0.0565	0.0291	0.0239	0.0291	0.0245
chr3L	3471020	3471176	chr3L:3471021-3471176	FBgn0035449	CG14971	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0567	0.0401	0.0709	0.0595	0.017	0.0544	0.0394	0.0593	0.017	0.0833	0.0749	0.0833	0.0945	0.0597	0.0542	0.0597	0.0938
chr3L	3471272	3471457	chr3L:3471273-3471457	FBgn0035449	CG14971	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1385	0.0985	0.1671	0.1518	0.0467	0.1248	0.1034	0.1472	0.0467	0.2041	0.1801	0.2041	0.1851	0.1539	0.1567	0.1539	0.1907
chr3L	3471638	3471789	chr3L:3471639-3471789	FBgn0035449,FBgn0052267	CG14971,CG32267	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.027	0.0428	0.0383	0.0127	0.034	0.0355	0.0326	0.0127	0.0495	0.045	0.0495	0.0542	0.0406	0.0471	0.0406	0.0433
chr3L	3471801	3471981	chr3L:3471802-3471981	FBgn0035449,FBgn0052267,FBgn0259224	CG14971,CG32267,CG42324	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0508	0.0344	0.0635	0.0553	0.0212	0.0422	0.0437	0.0393	0.0212	0.0797	0.0617	0.0797	0.0806	0.0628	0.0587	0.0628	0.0703
chr3L	3472056	3472220	chr3L:3472057-3472220	FBgn0052267,FBgn0259224	CG32267,CG42324	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0749	0.0552	0.0996	0.0699	0.0403	0.0728	0.0558	0.0733	0.0403	0.1298	0.1042	0.1298	0.1077	0.0704	0.0703	0.0704	0.0912
chr3L	3472250	3472462	chr3L:3472251-3472462	FBgn0052267,FBgn0259224	CG32267,CG42324	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0991	0.0871	0.1225	0.0868	0.0573	0.1053	0.0986	0.1213	0.0573	0.1564	0.1367	0.1564	0.1022	0.0758	0.0716	0.0758	0.0787
chr3L	3472785	3472936	chr3L:3472786-3472936	FBgn0259224	CG42324	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0223	0.0282	0.0327	0.0085	0.0243	0.0307	0.0306	0.0085	0.0374	0.026	0.0374	0.0217	0.0161	0.0135	0.0161	0.0188
chr3L	3485041	3485192	chr3L:3485042-3485192	FBgn0262484	CG43074	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0092	0.0131	0.0298	0.0021	0.0092	0.0156	0.0087	0.0021	0.0085	0.0122	0.0085	0.0294	0.0123	0.0116	0.0123	0.0881
chr3L	3485388	3485539	chr3L:3485389-3485539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0134	0.0074	0.0113	0.0224	0.0021	0.0117	0.0104	0.0053	0.0021	0.0066	0.0116	0.0066	0.024	0.0092	0.0045	0.0092	0.0667
chr3L	3485592	3485743	chr3L:3485593-3485743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0124	0.0087	0.0117	0.0173	0.0021	0.0112	0.013	0.0093	0.0021	0.0097	0.0103	0.0097	0.0248	0.0077	0.0064	0.0077	0.0448
chr3L	3498589	3498740	chr3L:3498590-3498740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.012	0.01	0.0097	0.0021	0.0102	0.0221	0.012	0.0021	0.0115	0.0103	0.0115	0.0085	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chr3L	3512611	3512762	chr3L:3512612-3512762	FBgn0001254	ImpE2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0187	0.0223	0.0151	0.0187	0.0042	0.0262	0.0303	0.0293	0.0042	0.0121	0.0212	0.0121	0.0163	0.0038	0.0625	0.0038	0.0078
chr3L	3513533	3513684	chr3L:3513534-3513684	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.0183	0.0173	0.0311	0.0074	0.0189	0.0281	0.02	0.0074	0.0229	0.0244	0.0229	0.0108	0.0153	0.1012	0.0153	0.0151
chr3L	3515371	3515539	chr3L:3515372-3515539	FBgn0005640	Eip63E	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0993	0.084	0.1183	0.0957	0.0477	0.0951	0.1077	0.1086	0.0477	0.1576	0.1277	0.1576	0.1077	0.1026	0.0948	0.1026	0.1089
chr3L	3515655	3515830	chr3L:3515656-3515830	FBgn0005640	Eip63E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2087	0.1725	0.2539	0.1994	0.1166	0.217	0.189	0.2245	0.1166	0.3345	0.2695	0.3345	0.2525	0.2044	0.2179	0.2044	0.2376
chr3L	3515899	3516088	chr3L:3515900-3516088	FBgn0005640	Eip63E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1273	0.1004	0.1632	0.118	0.0689	0.1301	0.1176	0.1166	0.0689	0.1981	0.1868	0.1981	0.1549	0.1286	0.1399	0.1286	0.1381
chr3L	3516563	3516748	chr3L:3516564-3516748	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0408	0.0396	0.0543	0.0272	0.0223	0.0398	0.0631	0.0373	0.0223	0.058	0.0666	0.058	0.0589	0.0299	0.0413	0.0299	0.0297
chr3L	3518171	3518322	chr3L:3518172-3518322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.015	0.0288	0.0348	0.0064	0.018	0.0195	0.0187	0.0064	0.0254	0.0357	0.0254	0.0395	0.0138	0.0928	0.0138	0.0266
chr3L	3518993	3519213	chr3L:3518994-3519213	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0294	0.033	0.0118	0.0085	0.0534	0.0333	0.024	0.0085	0.0151	0.0219	0.0151	0.1193	0.0077	0.0097	0.0077	0.0219
chr3L	3523963	3524114	chr3L:3523964-3524114	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0132	0.0095	0.0104	0.0203	0.0021	0.015	0.0134	0.0067	0.0021	0.0121	0.0106	0.0121	0.0132	0.0674	0.0123	0.0674	0.0083
chr3L	3525433	3525584	chr3L:3525434-3525584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.012	0.0185	0.0173	0.0064	0.0126	0.0151	0.0173	0.0064	0.0181	0.0228	0.0181	0.024	0.0207	0.0239	0.0207	0.0151
chr3L	3530154	3530305	chr3L:3530155-3530305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0111	0.0088	0.0132	0.0053	0.0131	0.016	0.0113	0.0053	0.0097	0.0093	0.0097	0.007	0.013	0.0058	0.013	0.0083
chr3L	3530429	3530611	chr3L:3530430-3530611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0261	0.0236	0.0235	0.0319	0.0095	0.0277	0.0316	0.0293	0.0095	0.0272	0.0305	0.0272	0.017	0.0574	0.0284	0.0574	0.0214
chr3L	3531044	3531195	chr3L:3531045-3531195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0108	0.0108	0.013	0.0074	0.0092	0.0203	0.0087	0.0074	0.0079	0.01	0.0079	0.017	0.0123	0.009	0.0123	0.0047
chr3L	3535831	3535990	chr3L:3535832-3535990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.014	0.0095	0.0148	0.0182	0.0011	0.0107	0.016	0.0093	0.0011	0.0115	0.0106	0.0115	0.0403	0.0161	0.0064	0.0161	0.0406
chr3L	3536796	3537200	chr3L:3536797-3537200	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0425	0.0287	0.0543	0.045	0.0127	0.0408	0.0372	0.0266	0.0127	0.0314	0.072	0.0314	0.093	0.0482	0.0896	0.0482	0.0422
chr3L	3542575	3542799	chr3L:3542576-3542799	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0768	0.0198	0.076	0.1413	0.0095	0.0379	0.0221	0.0113	0.0095	0.061	0.0752	0.061	0.1332	0.1577	0.1612	0.1577	0.1709
chr3L	3543455	3543659	chr3L:3543456-3543659	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.2097	0.1599	0.235	0.2377	0.1283	0.2286	0.1375	0.2152	0.1283	0.2699	0.2424	0.2699	0.2889	0.281	0.2527	0.281	0.2762
chr3L	3543864	3544015	chr3L:3543865-3544015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0347	0.0206	0.0411	0.0433	0.0095	0.0228	0.026	0.03	0.0095	0.0429	0.0309	0.0429	0.0875	0.0337	0.029	0.0337	0.0578
chr3L	3545020	3545345	chr3L:3545021-3545345	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1087	0.1173	0.0753	0.1358	0.1071	0.1233	0.1458	0.1432	0.1071	0.0441	0.0386	0.0441	0.0868	0.0391	0.0613	0.0391	0.1162
chr3L	3545577	3545728	chr3L:3545578-3545728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.03	0.0187	0.0264	0.0467	0.0042	0.0267	0.0255	0.0153	0.0042	0.0193	0.0145	0.0193	0.0434	0.01	0.0103	0.01	0.0474
chr3L	3551509	3551660	chr3L:3551510-3551660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0151	0.0178	0.0256	0.0021	0.016	0.0212	0.018	0.0021	0.0175	0.0206	0.0175	0.0263	0.0191	0.0355	0.0191	0.0396
chr3L	3551740	3551891	chr3L:3551741-3551891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0169	0.0157	0.0226	0.0064	0.0184	0.0216	0.0253	0.0064	0.0217	0.0167	0.0217	0.0186	0.0199	0.0316	0.0199	0.0302
chr3L	3552392	3552620	chr3L:3552393-3552620	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0314	0.013	0.0321	0.0511	0.0064	0.0262	0.0108	0.0087	0.0064	0.0326	0.0376	0.0326	0.0442	0.121	0.0496	0.121	0.0474
chr3L	3555362	3555513	chr3L:3555363-3555513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.016	0.0218	0.0301	0.0021	0.0228	0.0247	0.0127	0.0021	0.0211	0.019	0.0211	0.0449	0.0161	0.0226	0.0161	0.075
chr3L	3556326	3556504	chr3L:3556327-3556504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0464	0.0192	0.0421	0.0816	0.0032	0.0296	0.0234	0.0193	0.0032	0.0272	0.035	0.0272	0.1022	0.0337	0.0574	0.0337	0.1798
chr3L	3556728	3556973	chr3L:3556729-3556973	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.0163	0.0392	0.0837	0.0042	0.0267	0.0216	0.012	0.0042	0.0211	0.0354	0.0211	0.0976	0.0475	0.0522	0.0475	0.1866
chr3L	3560444	3560595	chr3L:3560445-3560595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0204	0.0305	0.0173	0.0064	0.0214	0.0303	0.0253	0.0064	0.0217	0.0376	0.0217	0.0434	0.0176	0.0187	0.0176	0.0208
chr3L	3564897	3565048	chr3L:3564898-3565048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0103	0.0161	0.0252	0.0042	0.0102	0.0173	0.0093	0.0042	0.0121	0.0129	0.0121	0.0232	0.0061	0.0052	0.0061	0.0198
chr3L	3565223	3565374	chr3L:3565224-3565374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.011	0.0118	0.0255	0.0042	0.0146	0.016	0.0113	0.0042	0.0072	0.0096	0.0072	0.017	0.01	0.0052	0.01	0.0229
chr3L	3566678	3566829	chr3L:3566679-3566829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0111	0.0211	0.0253	0.0021	0.016	0.0156	0.0113	0.0021	0.0139	0.0158	0.0139	0.0163	0.0077	0.0052	0.0077	0.0193
chr3L	3566983	3567171	chr3L:3566984-3567171	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0113	0.0213	0.0494	0.0053	0.0136	0.016	0.01	0.0053	0.0169	0.0119	0.0169	0.0186	0.0054	0.0129	0.0054	0.025
chr3L	3567390	3567711	chr3L:3567391-3567711	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0368	0.0214	0.0336	0.0574	0.0095	0.0286	0.0268	0.0227	0.0095	0.0217	0.0248	0.0217	0.048	0.0092	0.0174	0.0092	0.05
chr3L	3569273	3569424	chr3L:3569274-3569424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.028	0.0298	0.0301	0.0238	0.0117	0.0282	0.0437	0.0406	0.0117	0.035	0.0286	0.035	0.0434	0.0153	0.0161	0.0153	0.0406
chr3L	3570790	3570941	chr3L:3570791-3570941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0274	0.0221	0.0325	0.0277	0.0085	0.0316	0.0208	0.0326	0.0085	0.0362	0.0344	0.0362	0.048	0.0322	0.0239	0.0322	0.0365
chr3L	3576569	3576804	chr3L:3576570-3576804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.016	0.0198	0.0273	0.0053	0.0228	0.0212	0.016	0.0053	0.0121	0.0174	0.0121	0.0209	0.0153	0.0084	0.0153	0.0287
chr3L	3576909	3577060	chr3L:3576910-3577060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0157	0.0122	0.0155	0.0198	0.0053	0.0189	0.016	0.008	0.0053	0.0145	0.0109	0.0145	0.0209	0.013	0.0077	0.013	0.013
chr3L	3578179	3578330	chr3L:3578180-3578330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0112	0.014	0.0181	0.0011	0.0131	0.0164	0.014	0.0011	0.0121	0.0138	0.0121	0.0225	0.0054	0.0103	0.0054	0.0224
chr3L	3578650	3578801	chr3L:3578651-3578801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0137	0.0176	0.0217	0.0042	0.018	0.0169	0.018	0.0042	0.0229	0.0141	0.0229	0.0287	0.0145	0.0142	0.0145	0.0354
chr3L	3580011	3580162	chr3L:3580012-3580162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.015	0.0117	0.0136	0.0202	0.0042	0.015	0.0151	0.014	0.0042	0.0139	0.008	0.0139	0.024	0.0069	0.0077	0.0069	0.0198
chr3L	3580722	3580873	chr3L:3580723-3580873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0077	0.0082	0.0131	0.0032	0.0092	0.0121	0.0073	0.0032	0.0072	0.0084	0.0072	0.0147	0.0015	0.0032	0.0015	0.0089
chr3L	3582842	3583063	chr3L:3582843-3583063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0215	0.0174	0.0206	0.0272	0.0021	0.0252	0.0221	0.018	0.0021	0.0145	0.0174	0.0145	0.031	0.0123	0.0129	0.0123	0.0203
chr3L	3583428	3583579	chr3L:3583429-3583579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0181	0.0183	0.016	0.0201	0.0042	0.0272	0.0221	0.0227	0.0042	0.0169	0.0145	0.0169	0.0287	0.0107	0.0129	0.0107	0.0182
chr3L	3593124	3593614	chr3L:3593125-3593614	FBgn0053504	snRNA:U7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0633	0.0811	0.0668	0.0397	0.0498	0.0893	0.1055	0.1046	0.0498	0.0586	0.0711	0.0586	0.1046	0.0398	0.0239	0.0398	0.0625
chr3L	3593692	3593891	chr3L:3593693-3593891	FBgn0053504	snRNA:U7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.1324	0.1119	0.0503	0.1071	0.1529	0.1527	0.1712	0.1071	0.1395	0.1151	0.1395	0.1526	0.085	0.0335	0.085	0.073
chr3L	3594046	3594212	chr3L:3594047-3594212	FBgn0053504	snRNA:U7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0297	0.0233	0.0494	0.0153	0.0159	0.0243	0.0342	0.0233	0.0159	0.0556	0.0556	0.0556	0.0666	0.0184	0.0135	0.0184	0.0287
chr3L	3597801	3597952	chr3L:3597802-3597952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0188	0.0181	0.0092	0.0042	0.0243	0.0199	0.0306	0.0042	0.0127	0.0148	0.0127	0.0271	0.0061	0.0039	0.0061	0.0141
chr3L	3611211	3611362	chr3L:3611212-3611362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0168	0.0202	0.0177	0.0042	0.0189	0.0285	0.0147	0.0042	0.0205	0.0225	0.0205	0.031	0.0107	0.009	0.0107	0.0354
chr3L	3616181	3616332	chr3L:3616182-3616332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0365	0.0314	0.0457	0.032	0.0148	0.0422	0.0411	0.034	0.0148	0.0471	0.0534	0.0471	0.0511	0.026	0.0368	0.026	0.0443
chr3L	3616451	3616634	chr3L:3616452-3616634	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.121	0.093	0.157	0.1129	0.0509	0.1286	0.1064	0.1059	0.0509	0.157	0.191	0.157	0.1596	0.1133	0.1219	0.1133	0.1428
chr3L	3616949	3617340	chr3L:3616950-3617340	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0805	0.0467	0.1369	0.0564	0.0138	0.0626	0.0601	0.0573	0.0138	0.0725	0.2283	0.0725	0.1263	0.0429	0.1212	0.0429	0.0516
chr3L	3617477	3617668	chr3L:3617478-3617668	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0283	0.0638	0.0255	0.0117	0.0359	0.0329	0.0393	0.0117	0.0356	0.1023	0.0356	0.0697	0.0107	0.0645	0.0107	0.0245
chr3L	3617956	3618107	chr3L:3617957-3618107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0193	0.0123	0.0303	0.015	0.0064	0.0194	0.0112	0.0173	0.0064	0.0151	0.0363	0.0151	0.0604	0.0046	0.0303	0.0046	0.012
chr3L	3618672	3619048	chr3L:3618673-3619048	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0497	0.0795	0.0534	0.0124	0.0594	0.0578	0.093	0.1519	0.0594	0.0242	0.0894	0.0242	0.0271	0.0069	0.0193	0.0069	0.0063
chr3L	3619161	3619396	chr3L:3619162-3619396	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0498	0.0626	0.0626	0.0214	0.0286	0.0607	0.061	0.1286	0.0286	0.0453	0.0904	0.0453	0.0287	0.0107	0.02	0.0107	0.012
chr3L	3623671	3623822	chr3L:3623672-3623822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0204	0.0378	0.0095	0.0064	0.0252	0.0242	0.0293	0.0064	0.0139	0.0672	0.0139	0.0333	0.0069	0.0174	0.0069	0.0094
chr3L	3624817	3625148	chr3L:3624818-3625148	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1117	0.1208	0.1232	0.0888	0.0944	0.1039	0.1341	0.2152	0.0944	0.0628	0.1891	0.0628	0.1108	0.0681	0.118	0.0681	0.0469
chr3L	3626086	3626341	chr3L:3626087-3626341	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1455	0.1433	0.2	0.0883	0.0954	0.1306	0.138	0.2811	0.0954	0.0399	0.3434	0.0399	0.2122	0.0207	0.2502	0.0207	0.0698
chr3L	3627994	3628145	chr3L:3627995-3628145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0174	0.0302	0.0092	0.0032	0.0272	0.0169	0.0266	0.0032	0.0091	0.0437	0.0091	0.0527	0.0092	0.0161	0.0092	0.0078
chr3L	3631505	3631656	chr3L:3631506-3631656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0193	0.024	0.0164	0.0095	0.018	0.0242	0.0333	0.0095	0.0151	0.0367	0.0151	0.0194	0.0138	0.0342	0.0138	0.0125
chr3L	3631723	3631874	chr3L:3631724-3631874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0192	0.0203	0.0111	0.0074	0.018	0.0307	0.0247	0.0074	0.0175	0.0286	0.0175	0.0077	0.0023	0.0161	0.0023	0.013
chr3L	3632447	3632598	chr3L:3632448-3632598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0231	0.016	0.0231	0.0311	0.0095	0.0209	0.0164	0.022	0.0095	0.0139	0.0232	0.0139	0.031	0.0237	0.0245	0.0237	0.0287
chr3L	3632814	3632965	chr3L:3632815-3632965	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0059	0.0084	0.0194	0.0053	0.0087	0.0078	0.0033	0.0053	0.0018	0.0096	0.0018	0.0124	0.0138	0.0148	0.0138	0.0229
chr3L	3633075	3633226	chr3L:3633076-3633226	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.01	0.0131	0.0214	0.0032	0.0097	0.0125	0.0167	0.0032	0.0091	0.0145	0.0091	0.0155	0.0153	0.0174	0.0153	0.0172
chr3L	3633659	3633810	chr3L:3633660-3633810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0113	0.0176	0.0164	0.0053	0.0131	0.0156	0.0147	0.0053	0.0079	0.0341	0.0079	0.0062	0.0069	0.0516	0.0069	0.0099
chr3L	3634027	3634189	chr3L:3634028-3634189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0116	0.0335	0.0299	0.0011	0.0189	0.0112	0.0167	0.0011	0.0115	0.0685	0.0115	0.0155	0.0092	0.0999	0.0092	0.0125
chr3L	3634375	3634535	chr3L:3634376-3634535	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0141	0.0491	0.0326	0.0064	0.0228	0.0173	0.01	0.0064	0.0248	0.0952	0.0248	0.0225	0.0214	0.1012	0.0214	0.0182
chr3L	3638154	3638305	chr3L:3638155-3638305	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.026	0.0208	0.0406	0.0157	0.0074	0.0272	0.0234	0.0306	0.0074	0.0115	0.0765	0.0115	0.0232	0.0046	0.0484	0.0046	0.0068
chr3L	3638405	3638698	chr3L:3638406-3638698	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0398	0.0335	0.0519	0.0334	0.0053	0.0505	0.0372	0.044	0.0053	0.0163	0.0994	0.0163	0.0395	0.0077	0.1154	0.0077	0.013
chr3L	3638940	3639364	chr3L:3638941-3639364	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0753	0.0824	0.1008	0.0394	0.0244	0.0903	0.0792	0.1639	0.0244	0.0272	0.2023	0.0272	0.0581	0.0107	0.1296	0.0107	0.0177
chr3L	3644277	3644428	chr3L:3644278-3644428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0157	0.0091	0.0174	0.0212	0.0042	0.0073	0.0151	0.01	0.0042	0.0079	0.0325	0.0079	0.0147	0.0031	0.0484	0.0031	0.0292
chr3L	3644667	3644818	chr3L:3644668-3644818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0105	0.0155	0.0175	0.0011	0.0078	0.0195	0.0107	0.0011	0.0079	0.0232	0.0079	0.0116	0.0046	0.038	0.0046	0.0224
chr3L	3645859	3646134	chr3L:3645860-3646134	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0297	0.0346	0.0296	0.0244	0.0201	0.0272	0.0372	0.0686	0.0201	0.0217	0.0434	0.0217	0.0287	0.0153	0.0438	0.0153	0.0375
chr3L	3646188	3646339	chr3L:3646189-3646339	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.022	0.0246	0.0214	0.0199	0.0127	0.0223	0.0277	0.0473	0.0127	0.0169	0.0309	0.0169	0.0271	0.013	0.0226	0.013	0.038
chr3L	3648325	3648476	chr3L:3648326-3648476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0102	0.0207	0.0102	0.0053	0.0092	0.0182	0.0087	0.0053	0.0103	0.0331	0.0103	0.0209	0.0054	0.0213	0.0054	0.0125
chr3L	3651755	3651906	chr3L:3651756-3651906	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0095	0.0057	0.0112	0.0118	0.0042	0.0053	0.0099	0.0053	0.0042	0.006	0.0212	0.006	0.0039	0.0046	0.0374	0.0046	0.0073
chr3L	3655238	3655389	chr3L:3655239-3655389	FBgn0035455	CG10862	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0146	0.0107	0.0185	0.0148	0.0064	0.0141	0.0143	0.0107	0.0064	0.0133	0.0193	0.0133	0.0434	0.0023	0.0251	0.0023	0.025
chr3L	3661511	3661662	chr3L:3661512-3661662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0143	0.0217	0.007	0.0042	0.0209	0.0186	0.0147	0.0042	0.0175	0.0238	0.0175	0.0108	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chr3L	3665175	3665326	chr3L:3665176-3665326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0097	0.008	0.009	0.0125	0.0042	0.0073	0.013	0.0073	0.0042	0.0048	0.0145	0.0048	0.0046	0.0015	0.0387	0.0015	0.0057
chr3L	3665749	3665951	chr3L:3665750-3665951	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0113	0.0199	0.0231	0.0021	0.0131	0.0182	0.0107	0.0021	0.0097	0.0347	0.0097	0.0124	0.0054	0.0812	0.0054	0.0094
chr3L	3666000	3666225	chr3L:3666001-3666225	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0176	0.013	0.0208	0.0194	0.0053	0.0097	0.0242	0.0133	0.0053	0.0109	0.037	0.0109	0.0101	0.0084	0.0664	0.0084	0.0063
chr3L	3670105	3670256	chr3L:3670106-3670256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0079	0.0131	0.0123	0.0021	0.0063	0.0134	0.01	0.0021	0.0115	0.018	0.0115	0.0147	0.0038	0.0303	0.0038	0.0135
chr3L	3672790	3673010	chr3L:3672791-3673010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.012	0.0258	0.0323	0.0053	0.0121	0.0199	0.0113	0.0053	0.0133	0.0463	0.0133	0.0178	0.0061	0.1212	0.0061	0.0083
chr3L	3681791	3681953	chr3L:3681792-3681953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0435	0.0259	0.0159	0.0392	0.0398	0.0528	0.06	0.0392	0.0266	0.0299	0.0266	0.031	0.0237	0.0193	0.0237	0.0177
chr3L	3684458	3684660	chr3L:3684459-3684660	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0508	0.0378	0.0139	0.0191	0.0505	0.0662	0.0753	0.0191	0.0344	0.0463	0.0344	0.0333	0.0222	0.0168	0.0222	0.0109
chr3L	3685686	3685837	chr3L:3685687-3685837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0097	0.0142	0.012	0.0042	0.0068	0.0147	0.0153	0.0042	0.0066	0.0254	0.0066	0.0085	0.0023	0.038	0.0023	0.0068
chr3L	3702537	3702718	chr3L:3702538-3702718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0253	0.0495	0.017	0.0072	0.0339	0.0359	0.0757	0.066	0.0339	0.0169	0.0244	0.0169	0.0132	0.0054	0.0168	0.0054	0.0031
chr3L	3706561	3706712	chr3L:3706562-3706712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0113	0.0126	0.0117	0.0093	0.0053	0.0097	0.019	0.02	0.0053	0.0054	0.0212	0.0054	0.0054	0.0046	0.0239	0.0046	0.0047
chr3L	3706928	3707079	chr3L:3706929-3707079	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0093	0.0142	0.015	0.0053	0.0083	0.0156	0.0087	0.0053	0.006	0.0248	0.006	0.0093	0.0038	0.0458	0.0038	0.0099
chr3L	3707189	3707340	chr3L:3707190-3707340	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0097	0.0088	0.0091	0.0113	0.0021	0.0078	0.0169	0.0087	0.0021	0.0036	0.0161	0.0036	0.0039	0.0023	0.0368	0.0023	0.0073
chr3L	3710404	3710615	chr3L:3710405-3710615	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0369	0.0503	0.0393	0.0191	0.0244	0.0563	0.0619	0.0713	0.0244	0.0356	0.0524	0.0356	0.0434	0.0176	0.0432	0.0176	0.0167
chr3L	3713523	3713674	chr3L:3713524-3713674	FBgn0262535	CG43089	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0179	0.0206	0.0169	0.0074	0.0214	0.0216	0.0247	0.0074	0.0115	0.0334	0.0115	0.0116	0.01	0.0355	0.01	0.0167
chr3L	3713795	3713946	chr3L:3713796-3713946	FBgn0262535	CG43089	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0225	0.0216	0.0249	0.021	0.0085	0.0272	0.0208	0.0373	0.0085	0.0181	0.0373	0.0181	0.0225	0.0161	0.0309	0.0161	0.0297
chr3L	3732939	3733090	chr3L:3732940-3733090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0112	0.0093	0.0094	0.0153	0.0021	0.0102	0.0125	0.0133	0.0021	0.0133	0.0103	0.0133	0.0077	0.0459	0.0129	0.0459	0.0073
chr3L	3737389	3737540	chr3L:3737390-3737540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0085	0.007	0.0084	0.0103	0.0021	0.0083	0.0104	0.0073	0.0021	0.0091	0.0058	0.0091	0.0046	0.0038	0.0039	0.0038	0.0021
chr3L	3737615	3737766	chr3L:3737616-3737766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0081	0.0072	0.0102	0.0021	0.0092	0.0138	0.0073	0.0021	0.0036	0.008	0.0036	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chr3L	3746654	3746805	chr3L:3746655-3746805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0113	0.0142	0.0214	0.0085	0.0117	0.0151	0.0153	0.0085	0.0115	0.018	0.0115	0.017	0.0069	0.0155	0.0069	0.0156
chr3L	3747503	3747845	chr3L:3747504-3747845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0346	0.0335	0.0391	0.0308	0.0117	0.0383	0.0342	0.0586	0.0117	0.0284	0.046	0.0284	0.0248	0.0123	0.0168	0.0123	0.0156
chr3L	3749536	3749687	chr3L:3749537-3749687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0076	0.0072	0.0121	0.0042	0.0107	0.0078	0.0107	0.0042	0.003	0.0096	0.003	0.007	0.0061	0.0045	0.0061	0.0052
chr3L	3752833	3753014	chr3L:3752834-3753014	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0213	0.012	0.0143	0.0394	0.0042	0.0136	0.0151	0.0173	0.0042	0.0103	0.0193	0.0103	0.0217	0.0191	0.0496	0.0191	0.061
chr3L	3755338	3755489	chr3L:3755339-3755489	FBgn0035458	CG10858	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.0148	0.0151	0.0173	0.0053	0.0155	0.0234	0.0127	0.0053	0.0121	0.0251	0.0121	0.0101	0.0123	0.0316	0.0123	0.0167
chr3L	3755804	3755955	chr3L:3755805-3755955	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0215	0.0268	0.017	0.0205	0.0138	0.0335	0.0355	0.028	0.0138	0.0133	0.0212	0.0133	0.0225	0.0092	0.0361	0.0092	0.0255
chr3L	3757824	3757975	chr3L:3757825-3757975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.022	0.0207	0.0206	0.0252	0.0095	0.0218	0.0229	0.0333	0.0095	0.0145	0.0267	0.0145	0.0194	0.0138	0.0187	0.0138	0.0115
chr3L	3760446	3760597	chr3L:3760447-3760597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0146	0.0117	0.0133	0.0194	0.0032	0.015	0.0156	0.014	0.0032	0.0109	0.0161	0.0109	0.017	0.0207	0.0155	0.0207	0.0313
chr3L	3761882	3762078	chr3L:3761883-3762078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0202	0.0206	0.0313	0.0032	0.0238	0.0272	0.026	0.0032	0.0157	0.0193	0.0157	0.0442	0.0145	0.0135	0.0145	0.0813
chr3L	3765255	3765452	chr3L:3765256-3765452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0156	0.0184	0.0313	0.0053	0.0146	0.0199	0.0266	0.0053	0.0109	0.0161	0.0109	0.0449	0.0237	0.0219	0.0237	0.0657
chr3L	3765766	3766027	chr3L:3765767-3766027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.025	0.0464	0.1284	0.0074	0.0325	0.029	0.0333	0.0074	0.0248	0.0633	0.0248	0.0697	0.0911	0.1625	0.0911	0.186
chr3L	3766461	3766681	chr3L:3766462-3766681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0437	0.0349	0.039	0.0586	0.0212	0.0316	0.0519	0.0426	0.0212	0.035	0.0424	0.035	0.0643	0.0467	0.0716	0.0467	0.0995
chr3L	3766824	3767009	chr3L:3766825-3767009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0522	0.0419	0.0605	0.0547	0.0265	0.0447	0.0489	0.062	0.0265	0.0592	0.073	0.0592	0.0798	0.0567	0.0638	0.0567	0.0881
chr3L	3767102	3767305	chr3L:3767103-3767305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0405	0.0308	0.0509	0.04	0.017	0.0311	0.0346	0.0493	0.017	0.0537	0.064	0.0537	0.0511	0.0436	0.0426	0.0436	0.0589
chr3L	3767925	3768121	chr3L:3767926-3768121	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.06	0.0432	0.0735	0.0641	0.0201	0.0568	0.051	0.0573	0.0201	0.0628	0.0949	0.0628	0.0829	0.0689	0.0729	0.0689	0.0792
chr3L	3769263	3769414	chr3L:3769264-3769414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0234	0.0305	0.0166	0.0106	0.032	0.0247	0.032	0.0106	0.029	0.0457	0.029	0.0232	0.0199	0.0168	0.0199	0.0156
chr3L	3779759	3779910	chr3L:3779760-3779910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.01	0.015	0.0199	0.0032	0.0112	0.0125	0.014	0.0032	0.0072	0.0232	0.0072	0.0163	0.0138	0.0471	0.0138	0.0151
chr3L	3782834	3783043	chr3L:3782835-3783043	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.05	0.0576	0.0737	0.0156	0.0435	0.0456	0.0766	0.0859	0.0435	0.0187	0.1563	0.0187	0.0201	0.0061	0.0419	0.0061	0.0047
chr3L	3785017	3785208	chr3L:3785018-3785208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0612	0.0627	0.0688	0.0511	0.0297	0.0655	0.0644	0.1126	0.0297	0.0562	0.092	0.0562	0.0519	0.0459	0.038	0.0459	0.0469
chr3L	3785310	3785489	chr3L:3785311-3785489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0707	0.0705	0.0815	0.0592	0.0308	0.0786	0.0727	0.1252	0.0308	0.0749	0.1071	0.0749	0.0627	0.0498	0.0264	0.0498	0.0532
chr3L	3785640	3785875	chr3L:3785641-3785875	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0683	0.0892	0.0728	0.0398	0.0467	0.0893	0.109	0.1399	0.0467	0.0851	0.09	0.0851	0.0473	0.0276	0.0271	0.0276	0.0302
chr3L	3786064	3786315	chr3L:3786065-3786315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.059	0.0576	0.0664	0.0524	0.0255	0.0636	0.0631	0.0959	0.0255	0.0664	0.083	0.0664	0.0589	0.0329	0.0348	0.0329	0.0307
chr3L	3786397	3786564	chr3L:3786398-3786564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0519	0.0604	0.0579	0.0356	0.0382	0.0675	0.0727	0.0806	0.0382	0.0405	0.0746	0.0405	0.0821	0.0222	0.0297	0.0222	0.0349
chr3L	3787246	3787434	chr3L:3787247-3787434	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1132	0.0931	0.1506	0.0946	0.0509	0.1126	0.0908	0.1512	0.0509	0.1582	0.1961	0.1582	0.1495	0.0842	0.1534	0.0842	0.1053
chr3L	3787633	3787819	chr3L:3787634-3787819	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1283	0.1022	0.1556	0.1276	0.0689	0.1262	0.1129	0.1352	0.0689	0.1878	0.1714	0.1878	0.1665	0.1501	0.1489	0.1501	0.1662
chr3L	3787914	3788109	chr3L:3787915-3788109	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1862	0.1547	0.2321	0.1711	0.1039	0.1917	0.1631	0.2159	0.1039	0.3007	0.2447	0.3007	0.2262	0.1815	0.176	0.1815	0.2053
chr3L	3788745	3788900	chr3L:3788746-3788900	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0364	0.0317	0.0332	0.0451	0.0117	0.0383	0.0372	0.046	0.0117	0.0682	0.0289	0.0682	0.0279	0.1363	0.0264	0.1363	0.024
chr3L	3789199	3789419	chr3L:3789200-3789419	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1141	0.0916	0.1302	0.1214	0.0636	0.1083	0.0956	0.1319	0.0636	0.1691	0.1402	0.1691	0.1526	0.1922	0.1006	0.1922	0.1308
chr3L	3793341	3793499	chr3L:3793342-3793499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0429	0.0283	0.0149	0.017	0.0456	0.0588	0.0586	0.017	0.0326	0.0357	0.0326	0.0287	0.0069	0.0187	0.0069	0.0193
chr3L	3795952	3796103	chr3L:3795953-3796103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0082	0.0077	0.0069	0.0102	0	0.0049	0.0143	0.0107	0	0.0048	0.0077	0.0048	0.0031	0.0015	0.0045	0.0015	0.0031
chr3L	3801218	3801369	chr3L:3801219-3801369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0083	0.0094	0.0182	0.0021	0.0083	0.0134	0.0107	0.0021	0.0091	0.0084	0.0091	0.0155	0.0038	0.0052	0.0038	0.0068
chr3L	3802625	3802776	chr3L:3802626-3802776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0157	0.0131	0.0232	0.0103	0.0042	0.0214	0.0125	0.0153	0.0042	0.0308	0.0154	0.0308	0.0496	0.0046	0.0064	0.0046	0.013
chr3L	3806131	3806289	chr3L:3806132-3806289	FBgn0035461,FBgn0035462,FBgn0052264	CG32264,IntS10,ntc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0302	0.0478	0.0386	0.0138	0.0369	0.0355	0.04	0.0138	0.061	0.0498	0.061	0.0558	0.0436	0.0419	0.0436	0.0469
chr3L	3806384	3806571	chr3L:3806385-3806571	FBgn0035461,FBgn0035462,FBgn0052264	CG32264,IntS10,ntc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1118	0.0855	0.1397	0.1104	0.0562	0.1068	0.0913	0.1173	0.0562	0.1733	0.1518	0.1733	0.1549	0.1057	0.1122	0.1057	0.1485
chr3L	3806600	3806800	chr3L:3806601-3806800	FBgn0035461,FBgn0035462,FBgn0052264	CG32264,IntS10,ntc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1003	0.0771	0.1242	0.1	0.0435	0.1024	0.0817	0.1026	0.0435	0.1552	0.1325	0.1552	0.1479	0.108	0.0903	0.108	0.1423
chr3L	3806844	3807038	chr3L:3806845-3807038	FBgn0035461,FBgn0035462,FBgn0052264	CG32264,IntS10,ntc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0556	0.0461	0.0674	0.0532	0.0148	0.0563	0.0528	0.068	0.0148	0.0882	0.0695	0.0882	0.086	0.059	0.0484	0.059	0.0766
chr3L	3809865	3810016	chr3L:3809866-3810016	FBgn0052262	CG32262	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0482	0.0319	0.0519	0.0622	0.0074	0.0383	0.0407	0.0446	0.0074	0.0411	0.0611	0.0411	0.0782	0.0789	0.0619	0.0789	0.0724
chr3L	3810103	3810273	chr3L:3810104-3810273	FBgn0052262	CG32262	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0905	0.0588	0.0966	0.1193	0.0255	0.0743	0.0623	0.0939	0.0255	0.0755	0.1103	0.0755	0.151	0.1294	0.1277	0.1294	0.1532
chr3L	3811162	3811338	chr3L:3811163-3811338	FBgn0035464,FBgn0052263	CG12006,CG32263	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1238	0.1174	0.1412	0.112	0.0817	0.1403	0.1345	0.1599	0.0817	0.1932	0.1453	0.1932	0.1503	0.1478	0.1096	0.1478	0.1438
chr3L	3811431	3811693	chr3L:3811432-3811693	FBgn0035464,FBgn0052263	CG12006,CG32263	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0859	0.0946	0.094	0.0673	0.0689	0.1097	0.112	0.1266	0.0689	0.1461	0.0875	0.1461	0.1015	0.0965	0.0748	0.0965	0.0797
chr3L	3811891	3812083	chr3L:3811892-3812083	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0541	0.0897	0.0438	0.0256	0.0424	0.0937	0.1025	0.1459	0.0424	0.067	0.0386	0.067	0.0387	0.0406	0.0264	0.0406	0.0208
chr3L	3812106	3812257	chr3L:3812107-3812257	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0368	0.0586	0.0315	0.0182	0.0191	0.0646	0.0679	0.0913	0.0191	0.0531	0.0305	0.0531	0.024	0.0322	0.0213	0.0322	0.0135
chr3L	3813764	3813956	chr3L:3813765-3813956	FBgn0004888	Scsalpha	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0785	0.0816	0.0911	0.0611	0.0541	0.0898	0.1003	0.1113	0.0541	0.1202	0.0971	0.1202	0.0883	0.0926	0.0613	0.0926	0.062
chr3L	3814076	3814280	chr3L:3814077-3814280	FBgn0004888	Scsalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1552	0.1345	0.1878	0.1426	0.0785	0.1631	0.1579	0.1765	0.0785	0.2283	0.2016	0.2283	0.1875	0.1485	0.1489	0.1485	0.1683
chr3L	3814451	3814709	chr3L:3814452-3814709	FBgn0004888	Scsalpha	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0695	0.0513	0.0862	0.0716	0.0117	0.0626	0.0696	0.064	0.0117	0.0972	0.0926	0.0972	0.0937	0.0758	0.0677	0.0758	0.0959
chr3L	3817054	3817205	chr3L:3817055-3817205	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0183	0.0268	0.0404	0.0064	0.0194	0.0268	0.022	0.0064	0.0199	0.0238	0.0199	0.0581	0.01	0.0161	0.01	0.1136
chr3L	3817364	3817515	chr3L:3817365-3817515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0192	0.0239	0.0304	0.0117	0.0233	0.0281	0.0193	0.0117	0.0163	0.0264	0.0163	0.0395	0.013	0.0148	0.013	0.0813
chr3L	3818590	3818805	chr3L:3818591-3818805	FBgn0004875	enc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1539	0.1468	0.1737	0.14	0.0976	0.1636	0.1773	0.1999	0.0976	0.1938	0.1945	0.1938	0.1882	0.1447	0.1522	0.1447	0.1793
chr3L	3819033	3819242	chr3L:3819034-3819242	FBgn0004875	enc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.153	0.1553	0.1747	0.1264	0.1166	0.1786	0.1856	0.1972	0.1166	0.2083	0.1994	0.2083	0.1758	0.1233	0.1438	0.1233	0.1694
chr3L	3824689	3824911	chr3L:3824690-3824911	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0519	0.0495	0.0579	0.0479	0.0201	0.0549	0.045	0.0999	0.0201	0.0423	0.0659	0.0423	0.0108	0.01	0.0168	0.01	0.012
chr3L	3825159	3825427	chr3L:3825160-3825427	FBgn0064227	Rdh	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0529	0.0253	0.0434	0.0943	0.0053	0.0296	0.0324	0.036	0.0053	0.0254	0.0424	0.0254	0.0209	0.0697	0.0406	0.0697	0.0224
chr3L	3825563	3825979	chr3L:3825564-3825979	FBgn0064227	Rdh	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0546	0.0332	0.0494	0.0844	0.0127	0.0456	0.0337	0.048	0.0127	0.0568	0.0514	0.0568	0.038	0.1539	0.0535	0.1539	0.0297
chr3L	3826178	3826335	chr3L:3826179-3826335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0404	0.041	0.0428	0.0201	0.049	0.0389	0.0653	0.0201	0.0429	0.0476	0.0429	0.0318	0.0597	0.0309	0.0597	0.0224
chr3L	3826501	3826652	chr3L:3826502-3826652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0193	0.0201	0.0345	0.0074	0.0194	0.026	0.0273	0.0074	0.0139	0.0222	0.0139	0.0147	0.0299	0.0116	0.0299	0.0146
chr3L	3826859	3827010	chr3L:3826860-3827010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0257	0.0182	0.0168	0.044	0.0074	0.0199	0.0272	0.0193	0.0074	0.0133	0.0132	0.0133	0.0108	0.0314	0.0097	0.0314	0.0115
chr3L	3828071	3828342	chr3L:3828072-3828342	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0575	0.0639	0.0593	0.0485	0.0435	0.0612	0.0843	0.0846	0.0435	0.0393	0.0605	0.0393	0.0318	0.0214	0.0168	0.0214	0.0177
chr3L	3830094	3830245	chr3L:3830095-3830245	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0193	0.0277	0.0175	0.0118	0.0223	0.0214	0.0385	0.0433	0.0223	0.0217	0.0206	0.0217	0.0085	0.0084	0.0064	0.0084	0.0125
chr3L	3831730	3831881	chr3L:3831731-3831881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0188	0.0169	0.0173	0.0226	0.0117	0.0199	0.0225	0.0207	0.0117	0.0205	0.0209	0.0205	0.0124	0.0505	0.0135	0.0505	0.0224
chr3L	3839615	3839796	chr3L:3839616-3839796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0307	0.0396	0.0316	0.0198	0.0244	0.0388	0.0593	0.0473	0.0244	0.0266	0.0469	0.0266	0.0194	0.0184	0.0181	0.0184	0.0261
chr3L	3839956	3840107	chr3L:3839957-3840107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0265	0.0263	0.0194	0.0138	0.0306	0.0372	0.0286	0.0138	0.0217	0.0363	0.0217	0.0201	0.0191	0.0168	0.0191	0.0261
chr3L	3842859	3843068	chr3L:3842860-3843068	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0535	0.0427	0.092	0.0231	0.0106	0.0461	0.035	0.0919	0.0106	0.0284	0.1929	0.0284	0.0178	0.0084	0.069	0.0084	0.0109
chr3L	3843357	3843544	chr3L:3843358-3843544	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0645	0.055	0.1057	0.0298	0.0255	0.0558	0.0644	0.0893	0.0255	0.0326	0.228	0.0326	0.0163	0.0161	0.0845	0.0161	0.0135
chr3L	3845869	3846279	chr3L:3845870-3846279	FBgn0013751	Awh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2778	0.207	0.3928	0.2306	0.0965	0.3291	0.1189	0.3718	0.0965	0.3992	0.4961	0.3992	0.2665	0.1547	0.3611	0.1547	0.1704
chr3L	3847930	3848081	chr3L:3847931-3848081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0123	0.0433	0.0237	0.0042	0.016	0.0099	0.022	0.0042	0.0193	0.0868	0.0193	0.0085	0.01	0.0741	0.01	0.0078
chr3L	3848741	3849143	chr3L:3848742-3849143	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.1639	0.0697	0.0148	0.1432	0.1233	0.154	0.3491	0.1432	0.0465	0.1077	0.0465	0.0139	0.0092	0.0239	0.0092	0.0094
chr3L	3849194	3849345	chr3L:3849195-3849345	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0359	0.057	0.0367	0.0116	0.0392	0.0456	0.0532	0.1259	0.0392	0.0223	0.0489	0.0223	0.0062	0.0054	0.0116	0.0054	0.0047
chr3L	3851344	3851495	chr3L:3851345-3851495	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0112	0.0263	0.024	0.0095	0.0117	0.0112	0.0167	0.0095	0.0229	0.0469	0.0229	0.0077	0.0069	0.0825	0.0069	0.0099
chr3L	3851721	3851883	chr3L:3851722-3851883	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.015	0.0406	0.0252	0.0053	0.0146	0.019	0.0247	0.0053	0.0187	0.0791	0.0187	0.0085	0.0069	0.0858	0.0069	0.0099
chr3L	3853954	3854105	chr3L:3853955-3854105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0217	0.0193	0.0301	0.015	0.0074	0.0223	0.0229	0.0273	0.0074	0.026	0.0399	0.026	0.0248	0.0123	0.0322	0.0123	0.0089
chr3L	3854766	3854917	chr3L:3854767-3854917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0197	0.0223	0.0242	0.0118	0.0085	0.0359	0.0203	0.0293	0.0085	0.0199	0.027	0.0199	0.0147	0.0031	0.0161	0.0031	0.0083
chr3L	3855044	3855259	chr3L:3855045-3855259	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0442	0.0533	0.0536	0.0237	0.0106	0.0883	0.0415	0.0799	0.0106	0.0483	0.037	0.0483	0.0132	0.0084	0.0181	0.0084	0.0073
chr3L	3855533	3855684	chr3L:3855534-3855684	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0384	0.0273	0.0492	0.039	0.0074	0.0563	0.0143	0.038	0.0074	0.0386	0.0318	0.0386	0.0178	0.013	0.0129	0.013	0.0156
chr3L	3855698	3856042	chr3L:3855699-3856042	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.082	0.0495	0.1076	0.0904	0.0106	0.0947	0.0402	0.0546	0.0106	0.0978	0.0791	0.0978	0.0527	0.036	0.0503	0.036	0.0323
chr3L	3858529	3858680	chr3L:3858530-3858680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0135	0.0086	0.015	0.0173	0.0021	0.0107	0.0091	0.0147	0.0021	0.0193	0.0219	0.0193	0.0046	0.0352	0.0316	0.0352	0.0078
chr3L	3859560	3859711	chr3L:3859561-3859711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.011	0.0254	0.0201	0.0032	0.0117	0.016	0.012	0.0032	0.0163	0.0421	0.0163	0.0163	0.01	0.0561	0.01	0.0115
chr3L	3862037	3862252	chr3L:3862038-3862252	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0485	0.0312	0.0852	0.0276	0.0106	0.0451	0.0311	0.0373	0.0106	0.1238	0.1161	0.1238	0.0426	0.0391	0.0574	0.0391	0.0224
chr3L	3862304	3862547	chr3L:3862305-3862547	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0486	0.0274	0.0835	0.0341	0.0074	0.0422	0.0294	0.0326	0.0074	0.1395	0.0945	0.1395	0.0697	0.0536	0.069	0.0536	0.0214
chr3L	3862683	3862968	chr3L:3862684-3862968	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0451	0.0178	0.0827	0.0344	0.0032	0.0388	0.0143	0.014	0.0032	0.1552	0.0785	0.1552	0.0891	0.0651	0.0619	0.0651	0.0214
chr3L	3863756	3863907	chr3L:3863757-3863907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0095	0.024	0.0152	0.0021	0.0097	0.0121	0.016	0.0021	0.0187	0.0383	0.0187	0.0147	0.0092	0.0413	0.0092	0.0094
chr3L	3865758	3865956	chr3L:3865759-3865956	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0311	0.0426	0.0359	0.0128	0.0233	0.0476	0.0402	0.0779	0.0233	0.0598	0.036	0.0598	0.0194	0.0268	0.0161	0.0268	0.0094
chr3L	3866481	3866644	chr3L:3866482-3866644	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0324	0.045	0.0372	0.013	0.0276	0.0393	0.0467	0.0879	0.0276	0.0513	0.0469	0.0513	0.0201	0.0222	0.0161	0.0222	0.0083
chr3L	3870125	3870276	chr3L:3870126-3870276	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0232	0.0208	0.0308	0.0175	0.0095	0.0374	0.0195	0.02	0.0095	0.0211	0.026	0.0211	0.0124	0.0061	0.0097	0.0061	0.0031
chr3L	3870392	3870642	chr3L:3870393-3870642	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0353	0.043	0.04	0.0216	0.0286	0.068	0.0437	0.0453	0.0286	0.035	0.0286	0.035	0.0155	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chr3L	3870931	3871082	chr3L:3870932-3871082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.022	0.0263	0.0232	0.016	0.017	0.035	0.0307	0.0306	0.017	0.0211	0.028	0.0211	0.0155	0.01	0.0232	0.01	0.0109
chr3L	3871235	3871705	chr3L:3871236-3871705	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0582	0.0309	0.0897	0.0542	0.0085	0.0393	0.0381	0.04	0.0085	0.064	0.1479	0.064	0.0573	0.0299	0.1154	0.0299	0.061
chr3L	3872886	3873063	chr3L:3872887-3873063	distal	distal	none	none	VT25223.1	VT25223.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0142	0.0609	0.029	0.0011	0.0223	0.0164	0.0167	0.0011	0.0296	0.1238	0.0296	0.0186	0.0092	0.0999	0.0092	0.0068
chr3L	3873454	3873605	chr3L:3873455-3873605	distal	distal	none	none	VT25223.1	VT25223.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.009	0.0214	0.0259	0.0042	0.0107	0.0108	0.012	0.0042	0.0109	0.0379	0.0109	0.0108	0.0038	0.0909	0.0038	0.0083
chr3L	3875542	3875897	chr3L:3875543-3875897	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0508	0.0339	0.083	0.0344	0.0138	0.0408	0.0394	0.05	0.0138	0.0459	0.1473	0.0459	0.0248	0.0084	0.0722	0.0084	0.0135
chr3L	3876885	3877139	chr3L:3876886-3877139	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0451	0.05	0.0617	0.0213	0.0276	0.0796	0.0446	0.064	0.0276	0.0851	0.0685	0.0851	0.0651	0.023	0.0297	0.023	0.025
chr3L	3878830	3879050	chr3L:3878831-3879050	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1257	0.1118	0.1647	0.0983	0.0668	0.1539	0.093	0.1752	0.0668	0.1908	0.1977	0.1908	0.1162	0.0949	0.1115	0.0949	0.074
chr3L	3879248	3879399	chr3L:3879249-3879399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0138	0.0321	0.0288	0.0042	0.0184	0.0138	0.02	0.0042	0.029	0.0376	0.029	0.0256	0.0161	0.0239	0.0161	0.0208
chr3L	3882506	3882667	chr3L:3882507-3882667	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0211	0.0268	0.0156	0.0032	0.0238	0.0298	0.03	0.0032	0.0169	0.0183	0.0169	0.0139	0.0038	0.0071	0.0038	0.0109
chr3L	3882759	3882910	chr3L:3882760-3882910	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0113	0.0193	0.0124	0.0011	0.0121	0.0186	0.0127	0.0011	0.0145	0.0135	0.0145	0.0085	0.0046	0.0045	0.0046	0.0031
chr3L	3883993	3884356	chr3L:3883994-3884356	FBgn0264518	CR43917	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.0258	0.0558	0.0255	0.0064	0.0291	0.0372	0.032	0.0064	0.038	0.0752	0.038	0.0581	0.0145	0.0503	0.0145	0.0219
chr3L	3885248	3885399	chr3L:3885249-3885399	FBgn0264518	CR43917	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0194	0.0221	0.0162	0.0074	0.018	0.032	0.0233	0.0074	0.0187	0.0273	0.0187	0.0132	0.01	0.0116	0.01	0.012
chr3L	3887482	3887633	chr3L:3887483-3887633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0071	0.0094	0.0143	0.0021	0.0078	0.0087	0.012	0.0021	0.0048	0.0051	0.0048	0.0062	0.0054	0.0026	0.0054	0.0042
chr3L	3887713	3887864	chr3L:3887714-3887864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.008	0.0093	0.0117	0.0053	0.0063	0.0082	0.016	0.0053	0.0079	0.0071	0.0079	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr3L	3889583	3889836	chr3L:3889584-3889836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.013	0.0209	0.018	0	0.0141	0.0177	0.0193	0	0.0157	0.0238	0.0157	0.0139	0.0069	0.0103	0.0069	0.0125
chr3L	3892082	3892233	chr3L:3892083-3892233	FBgn0026592	Fie	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0052	0.0058	0.0181	0.0011	0.0058	0.0078	0.006	0.0011	0.003	0.0061	0.003	0.0101	0.0115	0.0045	0.0115	0.0109
chr3L	3892528	3892679	chr3L:3892529-3892679	FBgn0026592	Fie	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0066	0.0095	0.0216	0.0011	0.0078	0.0095	0.0073	0.0011	0.0085	0.0096	0.0085	0.0108	0.0046	0.0064	0.0046	0.0115
chr3L	3892920	3893318	chr3L:3892921-3893318	FBgn0026592,FBgn0083987	Fie,snRNA:U11	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0366	0.0318	0.0352	0.0434	0.0138	0.0369	0.0467	0.0333	0.0138	0.032	0.0325	0.032	0.0449	0.0467	0.0181	0.0467	0.0479
chr3L	3894263	3894414	chr3L:3894264-3894414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.028	0.032	0.0212	0.0095	0.0291	0.0407	0.0353	0.0095	0.0344	0.0363	0.0344	0.0434	0.0207	0.0226	0.0207	0.025
chr3L	3894507	3894687	chr3L:3894508-3894687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0715	0.0586	0.0909	0.0648	0.0276	0.0743	0.0692	0.0746	0.0276	0.0978	0.1138	0.0978	0.1038	0.0812	0.0787	0.0812	0.0855
chr3L	3896506	3896673	chr3L:3896507-3896673	FBgn0035468,FBgn0035469	CG14977,Gr63a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0351	0.0647	0.0428	0.0127	0.0471	0.0355	0.0506	0.0127	0.0725	0.0698	0.0725	0.0775	0.0467	0.0445	0.0467	0.0453
chr3L	3896765	3897196	chr3L:3896766-3897196	FBgn0035468,FBgn0035469	CG14977,Gr63a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1078	0.0935	0.1355	0.0934	0.0456	0.1146	0.1086	0.1259	0.0456	0.1576	0.1466	0.1576	0.1472	0.1087	0.0941	0.1087	0.1178
chr3L	3898644	3898986	chr3L:3898645-3898986	FBgn0035470	CG14980	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0952	0.0829	0.117	0.0851	0.0255	0.1034	0.0986	0.1146	0.0255	0.1232	0.1386	0.1232	0.1193	0.0881	0.0993	0.0881	0.111
chr3L	3901912	3902162	chr3L:3901913-3902162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.11	0.076	0.1495	0.1047	0.0265	0.1155	0.0666	0.1159	0.0265	0.1473	0.1891	0.1473	0.1286	0.0858	0.1206	0.0858	0.1443
chr3L	3902573	3902766	chr3L:3902574-3902766	FBgn0003943	Ubi-p63E	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.165	0.1189	0.2108	0.1661	0.0477	0.1684	0.1099	0.1839	0.0477	0.2633	0.2318	0.2633	0.1998	0.1662	0.1754	0.1662	0.2137
chr3L	3903391	3903568	chr3L:3903392-3903568	FBgn0003943,FBgn0035471	Sc2,Ubi-p63E	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1179	0.0652	0.1368	0.1561	0.0318	0.0927	0.0727	0.0773	0.0318	0.1365	0.1476	0.1365	0.1913	0.1983	0.1451	0.1983	0.1954
chr3L	3905245	3905433	chr3L:3905246-3905433	FBgn0041147	ida	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0973	0.0633	0.1307	0.0986	0.0361	0.0937	0.0528	0.0953	0.0361	0.1359	0.155	0.1359	0.1603	0.1133	0.1025	0.1133	0.1313
chr3L	3909077	3909306	chr3L:3909078-3909306	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0493	0.0219	0.0702	0.0571	0.0074	0.0369	0.0212	0.0247	0.0074	0.0954	0.073	0.0954	0.096	0.075	0.0561	0.075	0.0865
chr3L	3909521	3909700	chr3L:3909522-3909700	FBgn0035473	mge	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1046	0.0669	0.1425	0.105	0.0286	0.0917	0.0722	0.0886	0.0286	0.1751	0.1598	0.1751	0.1557	0.1149	0.0941	0.1149	0.1397
chr3L	3926336	3926549	chr3L:3926337-3926549	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.034	0.0338	0.0232	0.046	0.0244	0.0252	0.061	0.0326	0.0244	0.0242	0.0186	0.0242	0.0387	0.0276	0.0413	0.0276	0.0657
chr3L	3929260	3929466	chr3L:3929261-3929466	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0157	0.0106	0.0137	0.0237	0.0021	0.0107	0.0186	0.0113	0.0021	0.0121	0.008	0.0121	0.038	0.0054	0.0135	0.0054	0.0625
chr3L	3931024	3931175	chr3L:3931025-3931175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0182	0.0165	0.0162	0.0223	0.0095	0.015	0.0264	0.0167	0.0095	0.0085	0.0225	0.0085	0.024	0.0222	0.0239	0.0222	0.0427
chr3L	3934129	3934280	chr3L:3934130-3934280	FBgn0004911	Eip63F-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0109	0.0093	0.0072	0.0166	0.0064	0.0063	0.0164	0.01	0.0064	0.0091	0.0087	0.0091	0.0046	0.0574	0.009	0.0574	0.0104
chr3L	3935545	3935748	chr3L:3935546-3935748	FBgn0004910	Eip63F-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0137	0.0207	0.0175	0.0053	0.0165	0.0199	0.0133	0.0053	0.0453	0.0154	0.0453	0.0178	0.0482	0.0103	0.0482	0.0167
chr3L	3937071	3937222	chr3L:3937072-3937222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0136	0.0216	0.0118	0.0021	0.016	0.0195	0.0173	0.0021	0.038	0.0164	0.038	0.0178	0.0145	0.009	0.0145	0.0146
chr3L	3937529	3937680	chr3L:3937530-3937680	FBgn0035475	CG10866	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0179	0.0349	0.0227	0.0085	0.0184	0.0281	0.0193	0.0085	0.0507	0.0367	0.0507	0.024	0.0199	0.0219	0.0199	0.0261
chr3L	3937690	3937841	chr3L:3937691-3937841	FBgn0035475	CG10866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0381	0.0259	0.053	0.0352	0.0159	0.0311	0.0329	0.03	0.0159	0.0743	0.0556	0.0743	0.0519	0.0383	0.0348	0.0383	0.0427
chr3L	3937895	3938104	chr3L:3937896-3938104	FBgn0035475	CG10866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0719	0.0566	0.0949	0.0638	0.0329	0.0752	0.0614	0.0746	0.0329	0.1075	0.1064	0.1075	0.0945	0.0666	0.0677	0.0666	0.0735
chr3L	3940339	3940490	chr3L:3940340-3940490	FBgn0035476,FBgn0264517	CG12766,CR43916	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0136	0.0121	0.0318	0.0042	0.0141	0.019	0.0193	0.0042	0.0066	0.0125	0.0066	0.0271	0.026	0.0245	0.026	0.0604
chr3L	3940577	3940728	chr3L:3940578-3940728	FBgn0035476,FBgn0264517	CG12766,CR43916	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0138	0.0105	0.0082	0.0237	0.0021	0.0107	0.0151	0.0147	0.0021	0.0066	0.0061	0.0066	0.0186	0.0184	0.0219	0.0184	0.0453
chr3L	3942405	3942577	chr3L:3942406-3942577	FBgn0027552,FBgn0035477	CG10863,CG14982	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0159	0.0079	0.0105	0.0306	0.0011	0.0097	0.0121	0.0093	0.0011	0.006	0.0103	0.006	0.0201	0.01	0.0161	0.01	0.0427
chr3L	3942760	3942911	chr3L:3942761-3942911	FBgn0027552,FBgn0035477	CG10863,CG14982	none	none	VT25263.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0092	0.0126	0.0299	0.0042	0.0097	0.0138	0.0093	0.0042	0.0133	0.0087	0.0133	0.0178	0.0061	0.0103	0.0061	0.0287
chr3L	3947005	3947156	chr3L:3947006-3947156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0271	0.0259	0.0312	0.024	0.0106	0.0296	0.0342	0.0313	0.0106	0.0368	0.0312	0.0368	0.0411	0.0237	0.0232	0.0237	0.0344
chr3L	3947385	3947557	chr3L:3947386-3947557	FBgn0035478	CG10853	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0685	0.0587	0.0792	0.0678	0.0361	0.0714	0.0657	0.0799	0.0361	0.0954	0.0859	0.0954	0.0837	0.0926	0.0774	0.0926	0.0714
chr3L	3950549	3950794	chr3L:3950550-3950794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0086	0.009	0.0093	0.0064	0.0073	0.0177	0.0033	0.0064	0.0091	0.0109	0.0091	0.0039	0.0031	0.0013	0.0031	0.0026
chr3L	3953334	3953485	chr3L:3953335-3953485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0125	0.0119	0.0104	0.0042	0.0126	0.0199	0.0147	0.0042	0.0163	0.0119	0.0163	0.0108	0.0038	0.0077	0.0038	0.0073
chr3L	3960872	3961023	chr3L:3960873-3961023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0103	0.0103	0.0223	0.0095	0.0063	0.0186	0.0087	0.0095	0.0103	0.009	0.0103	0.0108	0.0084	0.0097	0.0084	0.0104
chr3L	3963604	3963755	chr3L:3963605-3963755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.011	0.0159	0.0409	0.0042	0.0102	0.0186	0.0113	0.0042	0.0133	0.0106	0.0133	0.0101	0.0107	0.009	0.0107	0.0146
chr3L	3964081	3964356	chr3L:3964082-3964356	FBgn0035481	CG12605	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0762	0.0771	0.0728	0.0788	0.0573	0.0772	0.1116	0.0859	0.0573	0.0725	0.0534	0.0725	0.0341	0.0268	0.0174	0.0268	0.0292
chr3L	3964781	3964954	chr3L:3964782-3964954	FBgn0035481	CG12605	stage14	none	VT25272.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0405	0.0193	0.0335	0.0717	0.0148	0.018	0.0346	0.014	0.0148	0.0205	0.0212	0.0205	0.0108	0.0069	0.0155	0.0069	0.0151
chr3L	3965159	3965342	chr3L:3965160-3965342	FBgn0035481	CG12605	stage14	none	VT25272.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0148	0.0274	0.0572	0.0053	0.0141	0.0251	0.0167	0.0053	0.0151	0.0141	0.0151	0.007	0.0077	0.0077	0.0077	0.0146
chr3L	3965661	3965874	chr3L:3965662-3965874	distal	distal	none	none	VT25272.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0169	0.0101	0.0131	0.0285	0	0.0097	0.0208	0.008	0	0.0085	0.0093	0.0085	0.0039	0.0038	0.0013	0.0038	0.0047
chr3L	3970126	3970277	chr3L:3970127-3970277	distal	distal	none	none	VT25275.1	VT25275.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0138	0.0183	0.024	0.0095	0.0155	0.0212	0.0127	0.0095	0.0085	0.0125	0.0085	0.0062	0.0038	0.0045	0.0038	0.0047
chr3L	3970723	3971145	chr3L:3970724-3971145	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT25275.1	VT25275.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0509	0.038	0.0542	0.0617	0.0138	0.0553	0.0463	0.0426	0.0138	0.0332	0.0315	0.0332	0.0139	0.023	0.0084	0.023	0.0115
chr3L	3971936	3972087	chr3L:3971937-3972087	distal	distal	stage14	stage14	VT25275.1,VT25276.1	VT25275.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0096	0.0152	0.0245	0.0021	0.0063	0.0182	0.0133	0.0021	0.0115	0.0119	0.0115	0.0031	0.0038	0.0142	0.0038	0.0047
chr3L	3972113	3972264	chr3L:3972114-3972264	distal	distal	none	none	VT25276.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0115	0.0187	0.0235	0.0053	0.0083	0.0212	0.0133	0.0053	0.0121	0.0103	0.0121	0.0046	0.0054	0.0168	0.0054	0.0057
chr3L	3974486	3974637	chr3L:3974487-3974637	distal	distal	none	none	VT25277.1,scrt_sA	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0121	0.0193	0.0209	0.0053	0.0097	0.0199	0.014	0.0053	0.0127	0.0167	0.0127	0.0039	0.0031	0.009	0.0031	0.0031
chr3L	3976433	3976943	chr3L:3976434-3976943	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT25278.1,VT25279.1,scrt_sA	VT25278.1,VT25279.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.068	0.0784	0.0879	0.0345	0.0223	0.1296	0.0748	0.0959	0.0223	0.0942	0.0633	0.0942	0.0139	0.0069	0.0116	0.0069	0.0094
chr3L	3977681	3978004	chr3L:3977682-3978004	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT25279.1,scrt_sA	VT25279.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0735	0.07	0.1189	0.0276	0.0201	0.0985	0.0458	0.1406	0.0201	0.0731	0.1711	0.0731	0.0085	0.0107	0.0355	0.0107	0.0099
chr3L	3978273	3978508	chr3L:3978274-3978508	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT25279.1,VT25280.1,scrt_sA	VT25279.1,VT25280.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0782	0.1027	0.1024	0.0242	0.0456	0.1126	0.1016	0.1899	0.0456	0.0326	0.1424	0.0326	0.0116	0.0107	0.0155	0.0107	0.0078
chr3L	3978857	3979324	chr3L:3978858-3979324	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT25280.1,scrt_sA	VT25280.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0804	0.0796	0.0928	0.0677	0.0679	0.066	0.1233	0.0906	0.0679	0.0332	0.063	0.0332	0.0155	0.0084	0.0206	0.0084	0.0135
chr3L	3980036	3980338	chr3L:3980037-3980338	distal	distal	stage11	stage11	VT25280.1,VT25281.1	VT25280.1,VT25281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0653	0.0626	0.0909	0.0402	0.0223	0.0752	0.051	0.1272	0.0223	0.0423	0.1228	0.0423	0.0201	0.0161	0.0284	0.0161	0.013
chr3L	3983166	3983317	chr3L:3983167-3983317	distal	distal	none	none	scrt_sD	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0329	0.0233	0.0444	0.0309	0.0095	0.0296	0.0294	0.028	0.0095	0.0465	0.0344	0.0465	0.0163	0.0115	0.0097	0.0115	0.0073
chr3L	3983360	3983548	chr3L:3983361-3983548	FBgn0004880	scrt	none	none	scrt_sD	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0791	0.0806	0.1062	0.0475	0.0414	0.116	0.0787	0.1079	0.0414	0.1703	0.0836	0.1703	0.0294	0.0184	0.0168	0.0184	0.0109
chr3L	3983684	3983965	chr3L:3983685-3983965	FBgn0004880	scrt	stage11,stage14,stage5	none	scrt_sD	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1588	0.1998	0.1736	0.0966	0.1665	0.2413	0.2119	0.2678	0.1665	0.256	0.1453	0.256	0.048	0.0222	0.0503	0.0222	0.024
chr3L	3989928	3990079	chr3L:3989929-3990079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.027	0.0218	0.0142	0.0106	0.0204	0.0441	0.0326	0.0106	0.0223	0.0203	0.0223	0.0124	0.0145	0.0064	0.0145	0.0099
chr3L	3990291	3990442	chr3L:3990292-3990442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0185	0.0305	0.0154	0.0086	0.0148	0.0194	0.0541	0.0353	0.0148	0.0121	0.0167	0.0121	0.0077	0.0046	0.0052	0.0046	0.0073
chr3L	3991421	3991572	chr3L:3991422-3991572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0227	0.0288	0.0226	0.0159	0.018	0.0199	0.0532	0.028	0.018	0.0187	0.0199	0.0187	0.0101	0.0054	0.0039	0.0054	0.0109
chr3L	3991633	3991795	chr3L:3991634-3991795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.026	0.0249	0.0253	0.0159	0.0204	0.045	0.024	0.0159	0.0157	0.0196	0.0157	0.0077	0.0077	0.0019	0.0077	0.0115
chr3L	3992553	3992704	chr3L:3992554-3992704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0263	0.0105	0.0096	0.0212	0.018	0.0523	0.0173	0.0212	0.006	0.0109	0.006	0.007	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr3L	3995439	3995622	chr3L:3995440-3995622	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0145	0.0217	0.0447	0.0053	0.0155	0.0199	0.0193	0.0053	0.0193	0.0132	0.0193	0.0178	0.0084	0.0052	0.0084	0.0104
chr3L	4000215	4000366	chr3L:4000216-4000366	distal	distal	none	none	VT25292.1	VT25292.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0082	0.0082	0.0187	0.0011	0.0092	0.0147	0.006	0.0011	0.0066	0.0074	0.0066	0.0062	0.0061	0.0071	0.0061	0.0042
chr3L	4000586	4000737	chr3L:4000587-4000737	distal	distal	none	none	VT25292.1	VT25292.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0047	0.0072	0.0216	0.0011	0.0029	0.0091	0.0067	0.0011	0.006	0.0055	0.006	0.0039	0.0038	0.0045	0.0038	0.0047
chr3L	4001060	4001211	chr3L:4001061-4001211	distal	distal	none	none	VT25292.1	VT25292.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0193	0.0142	0.0198	0.0245	0.0117	0.0126	0.0203	0.0153	0.0117	0.0284	0.019	0.0284	0.0116	0.0123	0.0039	0.0123	0.0083
chr3L	4001513	4001664	chr3L:4001514-4001664	distal	distal	none	none	VT25292.1	VT25292.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.011	0.0156	0.0143	0.0042	0.0092	0.0186	0.012	0.0042	0.0133	0.0129	0.0133	0.0093	8e-04	0.0071	8e-04	0.0052
chr3L	4001688	4001839	chr3L:4001689-4001839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0178	0.0255	0.0167	0.0106	0.0184	0.026	0.0213	0.0106	0.0272	0.0235	0.0272	0.017	0.01	0.009	0.01	0.0094
chr3L	4002033	4002188	chr3L:4002034-4002188	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0363	0.0472	0.0298	0.0159	0.0379	0.0476	0.0526	0.0159	0.064	0.0469	0.064	0.0434	0.0375	0.029	0.0375	0.0433
chr3L	4003372	4003545	chr3L:4003373-4003545	FBgn0035482	CG14985	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0766	0.0724	0.0957	0.0604	0.0573	0.082	0.0787	0.0979	0.0573	0.1286	0.0974	0.1286	0.1162	0.0796	0.0651	0.0796	0.0829
chr3L	4003712	4003863	chr3L:4003713-4003863	FBgn0035482	CG14985	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0249	0.032	0.0169	0.0085	0.0291	0.0342	0.0306	0.0085	0.0344	0.036	0.0344	0.0395	0.023	0.0142	0.023	0.0245
chr3L	4005601	4005754	chr3L:4005602-4005754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0228	0.022	0.0228	0.0117	0.0252	0.0324	0.0247	0.0117	0.0236	0.0206	0.0236	0.0178	0.0084	0.0071	0.0084	0.0109
chr3L	4006192	4006355	chr3L:4006193-4006355	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0191	0.0184	0.0284	0.0095	0.0175	0.0277	0.0253	0.0095	0.0133	0.0186	0.0133	0.0139	0.01	0.0116	0.01	0.0146
chr3L	4007033	4007184	chr3L:4007034-4007184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0157	0.0166	0.0147	0.0157	0.0127	0.017	0.0203	0.0253	0.0127	0.0278	0.0116	0.0278	0.0116	0.0138	0.0071	0.0138	0.0104
chr3L	4008035	4008186	chr3L:4008036-4008186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0157	0.0131	0.0149	0.0064	0.0126	0.0264	0.0173	0.0064	0.0205	0.009	0.0205	0.0163	0.0077	0.0058	0.0077	0.0068
chr3L	4009966	4010117	chr3L:4009967-4010117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0175	0.0308	0.0119	0.0089	0.0201	0.0223	0.0541	0.0313	0.0201	0.0193	0.0109	0.0193	0.0101	0.0061	0.0039	0.0061	0.0026
chr3L	4010624	4010775	chr3L:4010625-4010775	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.01	0.0138	0.0214	0.0032	0.0092	0.0177	0.0107	0.0032	0.0181	0.0113	0.0181	0.0124	0.0054	0.0052	0.0054	0.0068
chr3L	4013264	4013415	chr3L:4013265-4013415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.0088	0.0114	0.0203	0.0042	0.0117	0.013	0.008	0.0042	0.0187	0.0109	0.0187	0.0132	0.0513	0.0168	0.0513	0.0151
chr3L	4014077	4014228	chr3L:4014078-4014228	distal	distal	stage14	stage14	fd64A	fd64A	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0106	0.0051	0.0123	0.0148	0.0011	0.0073	0.0052	0.0073	0.0011	0.0242	0.0084	0.0242	0.0155	0.0536	0.0052	0.0536	0.0078
chr3L	4016533	4016769	chr3L:4016534-4016769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0425	0.0338	0.0582	0.035	0.017	0.0466	0.0389	0.0406	0.017	0.1588	0.0418	0.1588	0.0302	0.1263	0.0181	0.1263	0.012
chr3L	4016967	4017220	chr3L:4016968-4017220	distal	distal	none	none	fd64a_eVME	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0373	0.0369	0.0459	0.0284	0.0201	0.0524	0.0489	0.0313	0.0201	0.1135	0.036	0.1135	0.0294	0.0819	0.0181	0.0819	0.0261
chr3L	4017373	4017697	chr3L:4017374-4017697	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	fd64a_eVME	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0544	0.0793	0.0562	0.0246	0.0838	0.0869	0.1202	0.054	0.0838	0.1528	0.0434	0.1528	0.0225	0.0559	0.0219	0.0559	0.0219
chr3L	4017707	4017979	chr3L:4017708-4017979	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	fd64a_eVME	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0457	0.0616	0.0476	0.0259	0.0668	0.0714	0.093	0.036	0.0668	0.1117	0.0367	0.1117	0.0333	0.0322	0.0155	0.0322	0.0459
chr3L	4018304	4018470	chr3L:4018305-4018470	FBgn0004895	fd64A	none	none	fd64a_eVME	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0444	0.0383	0.0509	0.0441	0.0159	0.0767	0.0363	0.0273	0.0159	0.1492	0.0283	0.1492	0.0325	0.1095	0.0322	0.1095	0.0537
chr3L	4018747	4018920	chr3L:4018748-4018920	FBgn0004895	fd64A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0311	0.0217	0.035	0.0372	0.0117	0.0417	0.0195	0.0167	0.0117	0.1063	0.0151	0.1063	0.0256	0.1149	0.0174	0.1149	0.037
chr3L	4021072	4021223	chr3L:4021073-4021223	FBgn0035483	Mul1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0299	0.0369	0.0245	0.017	0.035	0.0428	0.0313	0.017	0.0519	0.0415	0.0519	0.0372	0.0337	0.0232	0.0337	0.0334
chr3L	4021359	4021554	chr3L:4021360-4021554	FBgn0035483	Mul1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0864	0.0793	0.1022	0.0771	0.0626	0.1019	0.0783	0.1093	0.0626	0.1479	0.1109	0.1479	0.1022	0.1072	0.069	0.1072	0.1058
chr3L	4021669	4021820	chr3L:4021670-4021820	FBgn0035483	Mul1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0416	0.037	0.0527	0.0345	0.0223	0.0553	0.0359	0.044	0.0223	0.0779	0.0505	0.0779	0.0534	0.0436	0.029	0.0436	0.0469
chr3L	4025194	4025358	chr3L:4025195-4025358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0193	0.0187	0.0216	0.0174	0.0042	0.0199	0.0303	0.0193	0.0042	0.0223	0.0209	0.0223	0.0442	0.013	0.0187	0.013	0.0339
chr3L	4026340	4026491	chr3L:4026341-4026491	FBgn0035484,FBgn0045479	CG11594,Gr64a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0138	0.0121	0.0121	0.0177	0.0053	0.0131	0.0177	0.0133	0.0053	0.0139	0.0109	0.0139	0.0209	0.0115	0.02	0.0115	0.038
chr3L	4035470	4035621	chr3L:4035471-4035621	FBgn0052255	Gr64f	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0126	0.0223	0.009	0.0056	0.0032	0.0131	0.0242	0.0533	0.0032	0.0097	0.0103	0.0097	0.007	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chr3L	4039986	4040137	chr3L:4039987-4040137	FBgn0035488,FBgn0263832	CG11593,Rcd5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.045	0.0589	0.0359	0.0223	0.0485	0.0636	0.0533	0.0223	0.0688	0.0659	0.0688	0.0527	0.0237	0.0438	0.0237	0.05
chr3L	4040219	4040393	chr3L:4040220-4040393	FBgn0035488,FBgn0263832	CG11593,Rcd5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1444	0.121	0.1777	0.1341	0.0827	0.1466	0.1414	0.1439	0.0827	0.2234	0.1894	0.2234	0.1782	0.1348	0.1373	0.1348	0.1511
chr3L	4040447	4040646	chr3L:4040448-4040646	FBgn0035488,FBgn0263832	CG11593,Rcd5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1513	0.1301	0.1895	0.1331	0.071	0.1597	0.1544	0.1619	0.071	0.2373	0.2074	0.2373	0.1789	0.147	0.138	0.147	0.1516
chr3L	4040670	4040859	chr3L:4040671-4040859	FBgn0035488,FBgn0263832	CG11593,Rcd5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1271	0.1201	0.1557	0.1033	0.0721	0.1267	0.1592	0.1599	0.0721	0.1975	0.1672	0.1975	0.1371	0.0881	0.1244	0.0881	0.1245
chr3L	4048735	4048886	chr3L:4048736-4048886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0121	0.0123	0.011	0.013	0.0042	0.0155	0.0138	0.0167	0.0042	0.0139	0.0164	0.0139	0.0046	0.0061	0.04	0.0061	0.0057
chr3L	4062097	4062347	chr3L:4062098-4062347	FBgn0000449	dib	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1158	0.1958	0.1077	0.0352	0.211	0.1199	0.2729	0.2798	0.211	0.0338	0.1929	0.0338	0.086	0.0207	0.0858	0.0207	0.0276
chr3L	4062465	4062616	chr3L:4062466-4062616	FBgn0000449	dib	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0409	0.0794	0.0313	0.0085	0.0923	0.0408	0.128	0.0919	0.0923	0.0127	0.0518	0.0127	0.0217	0.0061	0.0148	0.0061	0.0047
chr3L	4064464	4064615	chr3L:4064465-4064615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0425	0.0161	0.0085	0.0477	0.0204	0.0826	0.036	0.0477	0.0133	0.0222	0.0133	0.0124	0.0084	0.0097	0.0084	0.0094
chr3L	4064701	4064918	chr3L:4064702-4064918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0663	0.0223	0.0103	0.0668	0.0301	0.1263	0.064	0.0668	0.0181	0.028	0.0181	0.0225	0.0077	0.0161	0.0077	0.0078
chr3L	4070335	4070488	chr3L:4070336-4070488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0157	0.0207	0.0323	0.0032	0.0141	0.0272	0.0173	0.0032	0.0175	0.0277	0.0175	0.0232	0.0436	0.0554	0.0436	0.0156
chr3L	4071166	4071317	chr3L:4071167-4071317	FBgn0024179	wit	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.015	0.0181	0.0512	0.0042	0.0121	0.0255	0.02	0.0042	0.0151	0.0154	0.0151	0.017	0.0322	0.0277	0.0322	0.0339
chr3L	4071678	4071887	chr3L:4071679-4071887	FBgn0024179	wit	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0486	0.0137	0.0358	0.1015	0.0021	0.0204	0.0208	0.0093	0.0021	0.0284	0.0415	0.0284	0.062	0.1126	0.1219	0.1126	0.11
chr3L	4072863	4073014	chr3L:4072864-4073014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0198	0.0155	0.04	0.0074	0.0204	0.0342	0.0193	0.0074	0.0139	0.0158	0.0139	0.0132	0.0153	0.0264	0.0153	0.0115
chr3L	4073209	4073360	chr3L:4073210-4073360	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0135	0.0127	0.0473	0.0032	0.0126	0.0225	0.0153	0.0032	0.0115	0.0116	0.0115	0.0085	0.0123	0.0342	0.0123	0.0193
chr3L	4073454	4073605	chr3L:4073455-4073605	FBgn0016013	Faa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.015	0.0148	0.0329	0.0106	0.017	0.0229	0.0127	0.0106	0.0133	0.0167	0.0133	0.0194	0.0176	0.0613	0.0176	0.0208
chr3L	4073845	4074028	chr3L:4073846-4074028	FBgn0016013	Faa	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0231	0.0291	0.0695	0.0138	0.0267	0.0385	0.016	0.0138	0.0163	0.0379	0.0163	0.048	0.0904	0.1244	0.0904	0.061
chr3L	4075080	4075256	chr3L:4075081-4075256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.037	0.0113	0.0149	0.0223	0.032	0.0588	0.044	0.0223	0.0079	0.0125	0.0079	0.017	0.0184	0.0155	0.0184	0.012
chr3L	4076112	4076557	chr3L:4076113-4076557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0378	0.0541	0.0218	0.0372	0.0371	0.051	0.0753	0.0666	0.0371	0.0163	0.0145	0.0163	0.0093	0.023	0.0123	0.023	0.0078
chr3L	4077085	4077332	chr3L:4077086-4077332	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0489	0.0553	0.0349	0.0572	0.0159	0.0684	0.0696	0.0766	0.0159	0.029	0.0154	0.029	0.0116	0.0077	0.0161	0.0077	0.0141
chr3L	4080586	4080737	chr3L:4080587-4080737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.009	0.0098	0.0198	0.0032	0.0136	0.0099	0.0093	0.0032	0.0097	0.0064	0.0097	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.0047
chr3L	4081342	4081493	chr3L:4081343-4081493	distal	distal	none	none	VT25340.1	VT25340.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0128	0.0133	0.0263	0.0021	0.016	0.0216	0.0113	0.0021	0.0091	0.0093	0.0091	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chr3L	4081975	4082126	chr3L:4081976-4082126	distal	distal	none	none	VT25340.1	VT25340.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0158	0.0152	0.0156	0.0053	0.0107	0.029	0.0193	0.0053	0.0157	0.0141	0.0157	0.0062	0.0023	0.0026	0.0023	0.0036
chr3L	4083589	4083830	chr3L:4083590-4083830	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0398	0.0414	0.0297	0.049	0.0329	0.05	0.0407	0.0626	0.0329	0.0193	0.0174	0.0193	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0073
chr3L	4088953	4089110	chr3L:4088954-4089110	FBgn0004516	Gad1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0125	0.0176	0.0446	0.0053	0.0141	0.0186	0.0107	0.0053	0.0217	0.0125	0.0217	0.0062	0.0061	0.0045	0.0061	0.0083
chr3L	4092354	4092505	chr3L:4092355-4092505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0228	0.0249	0.0227	0.0206	0.0106	0.0189	0.0441	0.0286	0.0106	0.0248	0.0267	0.0248	0.0201	0.0145	0.0226	0.0145	0.0245
chr3L	4092841	4093015	chr3L:4092842-4093015	FBgn0035496	CG14990	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1122	0.1011	0.1228	0.1129	0.0753	0.0942	0.1293	0.1412	0.0753	0.1461	0.137	0.1461	0.141	0.1172	0.1141	0.1172	0.1407
chr3L	4093140	4093324	chr3L:4093141-4093324	FBgn0035496	CG14990	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0374	0.0406	0.0469	0.0265	0.0354	0.0471	0.0526	0.0265	0.0356	0.0463	0.0356	0.0534	0.0413	0.0419	0.0413	0.0651
chr3L	4096625	4096861	chr3L:4096626-4096861	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0487	0.0193	0.0388	0.0923	0.0021	0.032	0.0247	0.0147	0.0021	0.0531	0.0395	0.0531	0.0573	0.1983	0.1167	0.1983	0.0933
chr3L	4097455	4097606	chr3L:4097456-4097606	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0253	0.0246	0.0221	0.0297	0.0085	0.0223	0.0346	0.0373	0.0085	0.0326	0.0219	0.0326	0.0217	0.0658	0.0322	0.0658	0.0266
chr3L	4097678	4097829	chr3L:4097679-4097829	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0227	0.0287	0.0187	0.0205	0.0074	0.0286	0.0346	0.054	0.0074	0.0272	0.0196	0.0272	0.0124	0.0444	0.0232	0.0444	0.0156
chr3L	4098075	4098226	chr3L:4098076-4098226	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0202	0.0315	0.0154	0.0128	0.0095	0.0248	0.029	0.0806	0.0095	0.0163	0.0203	0.0163	0.0147	0.0184	0.0297	0.0184	0.0089
chr3L	4099281	4099482	chr3L:4099282-4099482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0351	0.029	0.0357	0.0412	0.0117	0.0325	0.0411	0.0326	0.0117	0.0296	0.0363	0.0296	0.0759	0.0214	0.0284	0.0214	0.1011
chr3L	4100961	4101112	chr3L:4100962-4101112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0141	0.0228	0.0348	0.0074	0.0121	0.0234	0.016	0.0074	0.0127	0.0363	0.0127	0.0271	0.0084	0.0864	0.0084	0.0459
chr3L	4101699	4101850	chr3L:4101700-4101850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0366	0.0346	0.041	0.0338	0.0138	0.0403	0.0446	0.0493	0.0138	0.0441	0.0547	0.0441	0.0333	0.0299	0.0587	0.0299	0.037
chr3L	4102160	4102383	chr3L:4102161-4102383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0655	0.0601	0.0721	0.0645	0.0255	0.0748	0.0792	0.068	0.0255	0.0833	0.0878	0.0833	0.0705	0.0551	0.0767	0.0551	0.0844
chr3L	4102496	4102757	chr3L:4102497-4102757	FBgn0035497	CG14995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1609	0.1256	0.1772	0.1826	0.0986	0.1519	0.1445	0.1499	0.0986	0.1793	0.2048	0.1793	0.2107	0.1646	0.2263	0.1646	0.2465
chr3L	4102877	4103110	chr3L:4102878-4103110	FBgn0035497,FBgn0035498	CG14995,Fit1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1239	0.1577	0.1367	0.1082	0.1374	0.141	0.1639	0.1082	0.1872	0.1704	0.1872	0.1758	0.1455	0.1605	0.1455	0.161
chr3L	4103176	4103361	chr3L:4103177-4103361	FBgn0035497,FBgn0035498	CG14995,Fit1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0817	0.0839	0.0963	0.0632	0.0573	0.0893	0.1055	0.1066	0.0573	0.1208	0.1042	0.1208	0.0976	0.0842	0.0619	0.0842	0.0688
chr3L	4103488	4103679	chr3L:4103489-4103679	FBgn0035497,FBgn0035498	CG14995,Fit1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1546	0.1469	0.1761	0.1397	0.106	0.1723	0.1713	0.1892	0.106	0.247	0.1804	0.247	0.1751	0.1662	0.1483	0.1662	0.1746
chr3L	4103733	4103935	chr3L:4103734-4103935	FBgn0035497,FBgn0035498	CG14995,Fit1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0697	0.0958	0.0799	0.0414	0.0835	0.0878	0.0879	0.0414	0.1274	0.0961	0.1274	0.086	0.0842	0.0851	0.0842	0.1037
chr3L	4106858	4107009	chr3L:4106859-4107009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0306	0.0293	0.0303	0.0324	0.0233	0.0359	0.0398	0.0273	0.0233	0.0302	0.0318	0.0302	0.0511	0.013	0.0232	0.013	0.0724
chr3L	4107201	4107352	chr3L:4107202-4107352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0362	0.034	0.0343	0.0407	0.0233	0.0345	0.0515	0.0346	0.0233	0.0368	0.0334	0.0368	0.0573	0.0199	0.0361	0.0199	0.0896
chr3L	4108118	4108538	chr3L:4108119-4108538	FBgn0028484	Ack	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1754	0.1772	0.2022	0.144	0.1474	0.201	0.2137	0.2219	0.1474	0.2494	0.2077	0.2494	0.2022	0.1401	0.1412	0.1401	0.1626
chr3L	4108597	4108788	chr3L:4108598-4108788	FBgn0028484	Ack	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1455	0.1515	0.1717	0.1102	0.1273	0.1864	0.1683	0.1912	0.1273	0.2222	0.1736	0.2222	0.1534	0.1018	0.1193	0.1018	0.1162
chr3L	4108862	4109130	chr3L:4108863-4109130	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1293	0.1608	0.1382	0.0845	0.1251	0.1684	0.2054	0.1972	0.1251	0.1733	0.1572	0.1733	0.1139	0.0689	0.1128	0.0689	0.0875
chr3L	4109320	4109542	chr3L:4109321-4109542	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.1059	0.1527	0.1016	0.0583	0.1347	0.1529	0.215	0.1632	0.1347	0.1214	0.1219	0.1214	0.1022	0.0398	0.0928	0.0398	0.0672
chr3L	4109657	4109915	chr3L:4109658-4109915	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0749	0.0886	0.0893	0.0439	0.0594	0.1034	0.1311	0.0833	0.0594	0.1208	0.0932	0.1208	0.1069	0.049	0.0535	0.049	0.0542
chr3L	4114533	4114684	chr3L:4114534-4114684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0351	0.0198	0.0095	0.0233	0.0233	0.064	0.0333	0.0233	0.0211	0.0206	0.0211	0.0287	0.01	0.0077	0.01	0.0125
chr3L	4116762	4116913	chr3L:4116763-4116913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0166	0.0176	0.0291	0.0085	0.016	0.0247	0.0193	0.0085	0.0133	0.0183	0.0133	0.0341	0.0176	0.0181	0.0176	0.073
chr3L	4117010	4117161	chr3L:4117011-4117161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0172	0.0225	0.0312	0.0053	0.0184	0.0247	0.0227	0.0053	0.0187	0.0212	0.0187	0.0488	0.023	0.0206	0.023	0.0776
chr3L	4119658	4120130	chr3L:4119659-4120130	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.086	0.0649	0.1207	0.0714	0.0339	0.0913	0.0753	0.068	0.0339	0.1087	0.1206	0.1087	0.2587	0.0651	0.069	0.0651	0.1412
chr3L	4120514	4120699	chr3L:4120515-4120699	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0293	0.0207	0.0393	0.028	0.0032	0.0277	0.0277	0.024	0.0032	0.0362	0.0328	0.0362	0.1022	0.023	0.0251	0.023	0.0495
chr3L	4122228	4122513	chr3L:4122229-4122513	FBgn0035499	Chd64	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0646	0.0287	0.0519	0.1186	0.0117	0.032	0.0394	0.0326	0.0117	0.0296	0.0576	0.0296	0.0991	0.0391	0.1696	0.0391	0.1845
chr3L	4127379	4127530	chr3L:4127380-4127530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0211	0.0234	0.0256	0.0134	0.0074	0.018	0.0415	0.0293	0.0074	0.0229	0.0299	0.0229	0.0356	0.0199	0.0135	0.0199	0.0125
chr3L	4127600	4127751	chr3L:4127601-4127751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0285	0.0232	0.0153	0.0106	0.0286	0.0471	0.028	0.0106	0.029	0.0254	0.029	0.0271	0.0199	0.0148	0.0199	0.0214
chr3L	4130520	4130671	chr3L:4130521-4130671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0186	0.0306	0.0203	0.0117	0.018	0.0268	0.0213	0.0117	0.0205	0.0235	0.0205	0.0798	0.0145	0.0148	0.0145	0.0438
chr3L	4130776	4130993	chr3L:4130777-4130993	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0365	0.036	0.0438	0.0291	0.0138	0.0393	0.0497	0.0486	0.0138	0.0332	0.0376	0.0332	0.1077	0.0237	0.0174	0.0237	0.0625
chr3L	4133950	4134378	chr3L:4133951-4134378	FBgn0264693	ens	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.216	0.1752	0.2598	0.2135	0.1007	0.2155	0.1834	0.2538	0.1007	0.3436	0.2662	0.3436	0.2641	0.2994	0.2199	0.2994	0.2142
chr3L	4134466	4134639	chr3L:4134467-4134639	FBgn0264693	ens	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2127	0.1902	0.2476	0.1997	0.1421	0.2214	0.2033	0.2678	0.1421	0.3074	0.2717	0.3074	0.2208	0.219	0.2025	0.219	0.2314
chr3L	4134739	4134912	chr3L:4134740-4134912	FBgn0264693	ens	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1302	0.113	0.1588	0.118	0.0721	0.1393	0.1194	0.1606	0.0721	0.192	0.1785	0.192	0.1487	0.1118	0.1244	0.1118	0.1464
chr3L	4135973	4136156	chr3L:4135974-4136156	FBgn0260985	RfC4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.1059	0.1294	0.089	0.0615	0.1184	0.1263	0.1546	0.0615	0.1528	0.1469	0.1528	0.1247	0.0904	0.0967	0.0904	0.1068
chr3L	4138690	4138853	chr3L:4138691-4138853	FBgn0003206,FBgn0004574	Ras64B,Rop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0746	0.0587	0.0859	0.0801	0.0488	0.0646	0.0731	0.0713	0.0488	0.0876	0.0942	0.0876	0.0883	0.0651	0.0858	0.0651	0.0881
chr3L	4138949	4139128	chr3L:4138950-4139128	FBgn0003206,FBgn0004574	Ras64B,Rop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1745	0.1391	0.2173	0.1672	0.0954	0.1772	0.1579	0.1726	0.0954	0.256	0.2341	0.256	0.22	0.1708	0.176	0.1708	0.1886
chr3L	4139261	4139448	chr3L:4139262-4139448	FBgn0003206,FBgn0004574	Ras64B,Rop	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0803	0.0416	0.1071	0.0941	0.0201	0.0607	0.0428	0.054	0.0201	0.1244	0.1244	0.1244	0.1185	0.1072	0.1141	0.1072	0.099
chr3L	4139533	4139684	chr3L:4139534-4139684	FBgn0003206	Ras64B	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0324	0.0204	0.0421	0.0351	0.0074	0.0252	0.029	0.0247	0.0074	0.0483	0.0476	0.0483	0.048	0.0528	0.0445	0.0528	0.0297
chr3L	4142385	4142536	chr3L:4142386-4142536	FBgn0052260	CG32260	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0214	0.0196	0.0221	0.0226	0.0085	0.0233	0.0264	0.0227	0.0085	0.0248	0.0244	0.0248	0.024	0.0697	0.0148	0.0697	0.0167
chr3L	4146292	4146529	chr3L:4146293-4146529	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.057	0.0286	0.0084	0.0498	0.0311	0.0986	0.0653	0.0498	0.0175	0.0495	0.0175	0.0163	0.0084	0.0168	0.0084	0.0073
chr3L	4148685	4148836	chr3L:4148686-4148836	FBgn0035501	CG1299	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0129	0.0126	0.0114	0.0149	0.0042	0.0092	0.0225	0.0133	0.0042	0.0079	0.0199	0.0079	0.0023	0.0015	0.0574	0.0015	0.0047
chr3L	4149380	4149594	chr3L:4149381-4149594	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0299	0.0208	0.0116	0.0223	0.0199	0.0424	0.0473	0.0223	0.0115	0.0347	0.0115	0.0108	0.0046	0.0361	0.0046	0.0047
chr3L	4153290	4153441	chr3L:4153291-4153441	distal	distal	none	none	nab_nab-1	nab_nab-1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0116	0.0222	0.0086	0.0029	0.0159	0.0126	0.0368	0.0293	0.0159	0.0036	0.0093	0.0036	0.0039	0.0031	0.0019	0.0031	0.0016
chr3L	4158991	4159142	chr3L:4158992-4159142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.022	0.0297	0.0266	0.0084	0.017	0.0311	0.0454	0.0313	0.017	0.026	0.0331	0.026	0.0163	0.0015	0.0116	0.0015	0.0063
chr3L	4159359	4159568	chr3L:4159360-4159568	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0733	0.098	0.0885	0.0291	0.0488	0.1204	0.0982	0.1652	0.0488	0.1063	0.1071	0.1063	0.0194	0.0069	0.02	0.0069	0.0094
chr3L	4160904	4161248	chr3L:4160905-4161248	FBgn0259986	nab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0937	0.1164	0.1109	0.0493	0.0795	0.1155	0.1609	0.1492	0.0795	0.1039	0.1524	0.1039	0.0403	0.0153	0.0503	0.0153	0.0188
chr3L	4165871	4166022	chr3L:4165872-4166022	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0239	0.0194	0.0197	0.0334	0.0042	0.0141	0.0372	0.0187	0.0042	0.0103	0.037	0.0103	0.0101	0.0038	0.1225	0.0038	0.0109
chr3L	4166571	4166837	chr3L:4166572-4166837	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0457	0.0624	0.0358	0.038	0.0477	0.0432	0.1021	0.0793	0.0477	0.0199	0.0643	0.0199	0.017	0.0061	0.1451	0.0061	0.0109
chr3L	4167037	4167230	chr3L:4167038-4167230	FBgn0011653	mas	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.041	0.0614	0.031	0.0291	0.035	0.0408	0.1025	0.0806	0.035	0.0187	0.0569	0.0187	0.0201	0.0046	0.1109	0.0046	0.0073
chr3L	4167394	4167614	chr3L:4167395-4167614	FBgn0011653	mas	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0787	0.1433	0.0471	0.0411	0.1474	0.0524	0.2712	0.1506	0.1474	0.0242	0.0875	0.0242	0.0248	0.0069	0.1547	0.0069	0.0089
chr3L	4168672	4168823	chr3L:4168673-4168823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0243	0.0461	0.0151	0.0099	0.0339	0.0233	0.0978	0.0333	0.0339	0.0236	0.0145	0.0236	0.0046	0.0069	0.0064	0.0069	0.0026
chr3L	4169457	4169608	chr3L:4169458-4169608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0314	0.0358	0.0181	0.018	0.0277	0.0493	0.0366	0.018	0.0362	0.0441	0.0362	0.0256	0.0176	0.0206	0.0176	0.0177
chr3L	4169947	4170118	chr3L:4169948-4170118	FBgn0261274	Ero1L	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1023	0.0916	0.1201	0.0948	0.0573	0.0961	0.1163	0.1239	0.0573	0.151	0.1344	0.151	0.0976	0.111	0.0974	0.111	0.112
chr3L	4170297	4170486	chr3L:4170298-4170486	FBgn0261274	Ero1L	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1663	0.1613	0.193	0.1425	0.1082	0.1684	0.2059	0.2112	0.1082	0.2379	0.2167	0.2379	0.2029	0.1562	0.1554	0.1562	0.1751
chr3L	4170514	4170696	chr3L:4170515-4170696	FBgn0261274	Ero1L	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.1155	0.1293	0.0918	0.07	0.1175	0.16	0.1412	0.07	0.1558	0.145	0.1558	0.1379	0.1087	0.1032	0.1087	0.1058
chr3L	4171143	4171294	chr3L:4171144-4171294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.029	0.0275	0.0354	0.0235	0.0148	0.0316	0.0376	0.0333	0.0148	0.0525	0.0383	0.0525	0.0302	0.0498	0.0213	0.0498	0.0193
chr3L	4178316	4178467	chr3L:4178317-4178467	FBgn0035504	Teh4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0133	0.01	0.0319	0.0074	0.0107	0.026	0.0107	0.0074	0.0066	0.0106	0.0066	0.0085	0.0038	0.0019	0.0038	0.0068
chr3L	4185382	4185533	chr3L:4185383-4185533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0123	0.0198	0.026	0.0042	0.0112	0.0212	0.0127	0.0042	0.0193	0.0225	0.0193	0.0147	0.0061	0.0097	0.0061	0.013
chr3L	4186514	4186713	chr3L:4186515-4186713	FBgn0028664	VhaM9.7-c	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0462	0.0728	0.0497	0.0233	0.0529	0.0588	0.062	0.0233	0.0948	0.0785	0.0948	0.0705	0.0528	0.0529	0.0528	0.0683
chr3L	4186798	4186962	chr3L:4186799-4186962	FBgn0028664	VhaM9.7-c	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0956	0.0816	0.1143	0.0905	0.0551	0.0947	0.1051	0.0946	0.0551	0.1413	0.1312	0.1413	0.1139	0.0919	0.0825	0.0919	0.111
chr3L	4187506	4187657	chr3L:4187507-4187657	FBgn0035505	Teh2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0233	0.0263	0.0296	0.0131	0.0127	0.0325	0.0346	0.0286	0.0127	0.0477	0.0312	0.0477	0.0194	0.0061	0.0064	0.0061	0.0089
chr3L	4187725	4187876	chr3L:4187726-4187876	FBgn0035505	Teh2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.013	0.0173	0.0241	0.0074	0.0165	0.0177	0.012	0.0074	0.0187	0.0177	0.0187	0.0155	0.0077	0.0097	0.0077	0.0115
chr3L	4188028	4188179	chr3L:4188029-4188179	FBgn0003710,FBgn0035505	Teh2,tipE	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0103	0.0151	0.039	0.0074	0.0063	0.0182	0.012	0.0074	0.0127	0.0145	0.0127	0.0186	0.0176	0.0155	0.0176	0.0167
chr3L	4188394	4188595	chr3L:4188395-4188595	FBgn0003710,FBgn0035505	Teh2,tipE	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.01	0.0147	0.043	0.0011	0.0083	0.0182	0.01	0.0011	0.0079	0.0177	0.0079	0.0178	0.0145	0.0309	0.0145	0.0193
chr3L	4188678	4188829	chr3L:4188679-4188829	FBgn0003710	tipE	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0116	0.0117	0.0181	0.0042	0.0117	0.0173	0.014	0.0042	0.0091	0.0141	0.0091	0.0155	0.0092	0.0168	0.0092	0.0073
chr3L	4189695	4189979	chr3L:4189696-4189979	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0321	0.0467	0.0291	0.0191	0.0244	0.0417	0.0688	0.0646	0.0244	0.0284	0.0383	0.0284	0.0248	0.0107	0.0168	0.0107	0.0167
chr3L	4193554	4193742	chr3L:4193555-4193742	FBgn0263110	CG43367	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0363	0.0463	0.0373	0.018	0.0359	0.0502	0.0513	0.018	0.0501	0.0563	0.0501	0.0527	0.0391	0.0342	0.0391	0.05
chr3L	4193869	4194042	chr3L:4193870-4194042	FBgn0263110	CG43367	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0851	0.0745	0.0931	0.088	0.0424	0.0825	0.0809	0.1213	0.0424	0.1027	0.108	0.1027	0.1131	0.1133	0.0922	0.1133	0.1136
chr3L	4194147	4194497	chr3L:4194148-4194497	FBgn0263110	CG43367	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0534	0.0469	0.0607	0.0526	0.0329	0.0471	0.0575	0.0673	0.0329	0.0652	0.0717	0.0652	0.0798	0.0681	0.0554	0.0681	0.0688
chr3L	4204234	4204385	chr3L:4204235-4204385	FBgn0035508	CG15005	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0089	0.0059	0.011	0.0099	0.0021	0.0039	0.0138	0.002	0.0021	0.0115	0.0151	0.0115	0.0085	0.0015	0.029	0.0015	0.0073
chr3L	4219142	4219318	chr3L:4219143-4219318	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0312	0.0477	0.0274	0.0127	0.033	0.0437	0.04	0.0127	0.0507	0.054	0.0507	0.0612	0.0406	0.0271	0.0406	0.0464
chr3L	4219396	4219585	chr3L:4219397-4219585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0808	0.0667	0.1022	0.0732	0.0329	0.0699	0.0887	0.0906	0.0329	0.1123	0.1074	0.1123	0.1596	0.0789	0.0741	0.0789	0.1412
chr3L	4219696	4220200	chr3L:4219697-4220200	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0972	0.0662	0.1222	0.1044	0.0244	0.0917	0.0774	0.0833	0.0244	0.0996	0.1154	0.0996	0.2967	0.0459	0.0903	0.0459	0.2538
chr3L	4220997	4221148	chr3L:4220998-4221148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0148	0.0291	0.0237	0.0064	0.018	0.0238	0.014	0.0064	0.0187	0.0302	0.0187	0.0643	0.0115	0.0226	0.0115	0.0547
chr3L	4221245	4221452	chr3L:4221246-4221452	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0391	0.0206	0.0486	0.0493	0.0064	0.0296	0.0268	0.0207	0.0064	0.0332	0.0534	0.0332	0.1046	0.0268	0.0464	0.0268	0.1178
chr3L	4221808	4222049	chr3L:4221809-4222049	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0546	0.0413	0.0654	0.0578	0.0053	0.0583	0.0471	0.056	0.0053	0.0447	0.0675	0.0447	0.1433	0.0161	0.0348	0.0161	0.1595
chr3L	4223331	4223482	chr3L:4223332-4223482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.036	0.029	0.0429	0.0363	0.0064	0.032	0.0324	0.0513	0.0064	0.038	0.0559	0.038	0.048	0.0613	0.0355	0.0613	0.0604
chr3L	4227234	4227453	chr3L:4227235-4227453	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.188	0.1644	0.2539	0.1422	0.1082	0.2131	0.1475	0.2578	0.1082	0.3074	0.3219	0.3074	0.2246	0.1516	0.225	0.1516	0.2058
chr3L	4228157	4228308	chr3L:4228158-4228308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0218	0.0497	0.0554	0.0095	0.0286	0.0216	0.0306	0.0095	0.0284	0.0695	0.0284	0.0813	0.0237	0.1238	0.0237	0.0803
chr3L	4228455	4228606	chr3L:4228456-4228606	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0117	0.041	0.0544	0.0021	0.0165	0.0134	0.014	0.0021	0.026	0.0556	0.026	0.0713	0.0168	0.1309	0.0168	0.074
chr3L	4229847	4230006	chr3L:4229848-4230006	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0662	0.0677	0.0888	0.0398	0.0286	0.0738	0.0558	0.1466	0.0286	0.0507	0.1514	0.0507	0.0782	0.0314	0.0935	0.0314	0.0417
chr3L	4230243	4230453	chr3L:4230244-4230453	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1443	0.1466	0.1975	0.0834	0.0859	0.1825	0.1086	0.2898	0.0859	0.1854	0.2656	0.1854	0.1557	0.0827	0.1509	0.0827	0.1042
chr3L	4230619	4230860	chr3L:4230620-4230860	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1846	0.1839	0.2542	0.1089	0.0954	0.2539	0.1332	0.3278	0.0954	0.2295	0.3727	0.2295	0.1983	0.1072	0.2328	0.1072	0.1167
chr3L	4230919	4231182	chr3L:4230920-4231182	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1533	0.1696	0.2019	0.0816	0.0827	0.2029	0.1237	0.3538	0.0827	0.1534	0.3328	0.1534	0.1317	0.0544	0.1999	0.0544	0.0792
chr3L	4231629	4231846	chr3L:4231630-4231846	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1034	0.0947	0.139	0.0739	0.0329	0.1587	0.0701	0.1439	0.0329	0.1721	0.1611	0.1721	0.1503	0.0636	0.0754	0.0636	0.1443
chr3L	4231987	4232138	chr3L:4231988-4232138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0552	0.0537	0.0769	0.0331	0.0223	0.0883	0.0441	0.0713	0.0223	0.0966	0.0852	0.0966	0.0837	0.0184	0.0464	0.0184	0.0584
chr3L	4232345	4232598	chr3L:4232346-4232598	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1397	0.1575	0.193	0.0613	0.0912	0.2044	0.1311	0.2638	0.0912	0.2192	0.2563	0.2192	0.1619	0.0168	0.136	0.0168	0.0724
chr3L	4233453	4233604	chr3L:4233454-4233604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0317	0.0135	0.0423	0.0405	0	0.0209	0.0138	0.0207	0	0.0531	0.0521	0.0531	0.0457	0.0444	0.0406	0.0444	0.074
chr3L	4233692	4233877	chr3L:4233693-4233877	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0577	0.0249	0.0855	0.0638	0.0085	0.0481	0.0199	0.0247	0.0085	0.1286	0.1003	0.1286	0.0751	0.0873	0.0838	0.0873	0.0917
chr3L	4236225	4236376	chr3L:4236226-4236376	FBgn0001257	ImpL2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0207	0.0212	0.0234	0.0171	0.0021	0.0291	0.0242	0.03	0.0021	0.0217	0.0251	0.0217	0.031	0.0061	0.0135	0.0061	0.0198
chr3L	4239438	4239648	chr3L:4239439-4239648	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0962	0.0778	0.1192	0.0915	0.0392	0.1039	0.0744	0.1179	0.0392	0.093	0.1531	0.093	0.1867	0.0406	0.1244	0.0406	0.1907
chr3L	4239665	4239929	chr3L:4239666-4239929	FBgn0035515	CG14997	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0796	0.0494	0.0857	0.1068	0.017	0.0709	0.0484	0.0706	0.017	0.0543	0.1135	0.0543	0.134	0.0459	0.1373	0.0459	0.2053
chr3L	4241953	4242104	chr3L:4241954-4242104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0304	0.0496	0.0198	0.0159	0.0248	0.0441	0.0473	0.0159	0.0429	0.0791	0.0429	0.0271	0.0145	0.0342	0.0145	0.0224
chr3L	4242242	4242466	chr3L:4242243-4242466	FBgn0011692	pav	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0614	0.0775	0.0401	0.0392	0.0694	0.0692	0.0859	0.0392	0.09	0.0926	0.09	0.062	0.036	0.0509	0.036	0.0532
chr3L	4242625	4242797	chr3L:4242626-4242797	FBgn0011692	pav	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1579	0.1697	0.1839	0.116	0.1326	0.1956	0.1907	0.2265	0.1326	0.2198	0.2071	0.2198	0.1735	0.1164	0.1289	0.1164	0.1459
chr3L	4242974	4243125	chr3L:4242975-4243125	FBgn0011692	pav	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0598	0.0643	0.0295	0.0329	0.0723	0.0666	0.0859	0.0329	0.0845	0.074	0.0845	0.0488	0.0329	0.0322	0.0329	0.0344
chr3L	4245587	4245738	chr3L:4245588-4245738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0415	0.0501	0.0504	0.022	0.0329	0.0485	0.0601	0.0813	0.0329	0.0471	0.0688	0.0471	0.0434	0.0237	0.0258	0.0237	0.0261
chr3L	4245959	4246228	chr3L:4245960-4246228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0586	0.0809	0.0669	0.0245	0.0509	0.0762	0.0921	0.1372	0.0509	0.07	0.0887	0.07	0.048	0.0237	0.0316	0.0237	0.0292
chr3L	4246489	4246640	chr3L:4246490-4246640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0391	0.0551	0.0428	0.0173	0.0297	0.0505	0.0675	0.0893	0.0297	0.0471	0.055	0.0471	0.0325	0.0191	0.0245	0.0191	0.0198
chr3L	4252198	4252424	chr3L:4252199-4252424	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1886	0.2559	0.2176	0.0816	0.2248	0.2748	0.2829	0.3531	0.2248	0.2397	0.3203	0.2397	0.103	0.0452	0.1992	0.0452	0.0542
chr3L	4252615	4252803	chr3L:4252616-4252803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0898	0.1129	0.1132	0.0382	0.087	0.1218	0.1263	0.1612	0.087	0.1407	0.1527	0.1407	0.0627	0.0222	0.0806	0.0222	0.0328
chr3L	4253032	4253238	chr3L:4253033-4253238	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1803	0.2303	0.2289	0.071	0.1813	0.2694	0.2336	0.3358	0.1813	0.2899	0.3235	0.2899	0.0937	0.059	0.1489	0.059	0.0532
chr3L	4253317	4253703	chr3L:4253318-4253703	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2252	0.2414	0.2977	0.1274	0.1697	0.2908	0.234	0.3644	0.1697	0.3188	0.4125	0.3188	0.206	0.1547	0.1786	0.1547	0.1271
chr3L	4253759	4254149	chr3L:4253760-4254149	FBgn0041171	ago	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2058	0.1636	0.2613	0.1922	0.0997	0.2063	0.1773	0.2192	0.0997	0.3291	0.2936	0.3291	0.2696	0.219	0.2141	0.219	0.2475
chr3L	4254214	4254408	chr3L:4254215-4254408	FBgn0035517,FBgn0041171	CG1265,ago	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1786	0.1535	0.2131	0.1686	0.1209	0.1917	0.167	0.1919	0.1209	0.2603	0.2354	0.2603	0.1882	0.183	0.1605	0.183	0.2064
chr3L	4254687	4254868	chr3L:4254688-4254868	FBgn0035517,FBgn0041171	CG1265,ago	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1329	0.1214	0.157	0.1193	0.0827	0.1369	0.1367	0.1679	0.0827	0.1836	0.1807	0.1836	0.1479	0.1202	0.1341	0.1202	0.1449
chr3L	4259118	4259310	chr3L:4259119-4259310	FBgn0035518,FBgn0035519	CG1309,CG15011	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.0632	0.1298	0.1065	0.0339	0.0903	0.0575	0.0906	0.0339	0.1606	0.1498	0.1606	0.1402	0.1194	0.1199	0.1194	0.1298
chr3L	4259346	4259509	chr3L:4259347-4259509	FBgn0035518,FBgn0035519	CG1309,CG15011	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1039	0.0631	0.1362	0.1142	0.0308	0.0956	0.0554	0.0919	0.0308	0.1697	0.1537	0.1697	0.1464	0.124	0.1206	0.124	0.1417
chr3L	4262381	4262559	chr3L:4262382-4262559	FBgn0035520,FBgn0035521	CG11586,VhaM9.7-a	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.105	0.1006	0.1244	0.0886	0.0583	0.1097	0.128	0.1306	0.0583	0.1558	0.1389	0.1558	0.1146	0.085	0.0864	0.085	0.0928
chr3L	4262615	4262802	chr3L:4262616-4262802	FBgn0035520,FBgn0035521	CG11586,VhaM9.7-a	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0869	0.0851	0.1036	0.0706	0.0541	0.1015	0.1042	0.1046	0.0541	0.1123	0.1277	0.1123	0.0875	0.0597	0.0799	0.0597	0.0672
chr3L	4262836	4263062	chr3L:4262837-4263062	FBgn0035520,FBgn0035521	CG11586,VhaM9.7-a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0604	0.0617	0.075	0.043	0.0329	0.0762	0.074	0.0746	0.0329	0.0803	0.0945	0.0803	0.0581	0.0368	0.0561	0.0368	0.0328
chr3L	4263561	4263781	chr3L:4263562-4263781	FBgn0035522	CG1273	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0758	0.046	0.1091	0.0724	0.0223	0.0568	0.0519	0.0666	0.0223	0.1117	0.1518	0.1117	0.1263	0.0681	0.176	0.0681	0.049
chr3L	4263984	4264145	chr3L:4263985-4264145	FBgn0035522	CG1273	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0324	0.0325	0.0358	0.0285	0.0127	0.0228	0.0584	0.04	0.0127	0.0338	0.0508	0.0338	0.0356	0.0199	0.0696	0.0199	0.0198
chr3L	4269518	4269669	chr3L:4269519-4269669	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.024	0.032	0.0218	0.0174	0.0127	0.0243	0.0567	0.0406	0.0127	0.0139	0.0312	0.0139	0.0325	0.0084	0.0477	0.0084	0.0094
chr3L	4269837	4269988	chr3L:4269838-4269988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.025	0.0199	0.0253	0.0302	0.0117	0.0199	0.0285	0.0233	0.0117	0.0139	0.035	0.0139	0.0403	0.0123	0.0812	0.0123	0.0214
chr3L	4270178	4270387	chr3L:4270179-4270387	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0276	0.0153	0.0293	0.0395	0.0127	0.0141	0.0238	0.0147	0.0127	0.0175	0.0428	0.0175	0.0387	0.0115	0.1122	0.0115	0.0188
chr3L	4271166	4271347	chr3L:4271167-4271347	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0367	0.0231	0.0454	0.0423	0.0032	0.0301	0.0359	0.0213	0.0032	0.0175	0.0775	0.0175	0.0488	0.0115	0.1464	0.0115	0.0214
chr3L	4271906	4272311	chr3L:4271907-4272311	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0582	0.0465	0.0764	0.0514	0.0148	0.0631	0.0506	0.0666	0.0148	0.0411	0.1196	0.0411	0.093	0.0291	0.1554	0.0291	0.025
chr3L	4272441	4272724	chr3L:4272442-4272724	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0447	0.0336	0.0596	0.0405	0.0064	0.051	0.0428	0.0366	0.0064	0.0562	0.0826	0.0562	0.0736	0.0597	0.1025	0.0597	0.0146
chr3L	4277533	4277707	chr3L:4277534-4277707	FBgn0035523	CG1311	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0472	0.0541	0.0539	0.032	0.0371	0.051	0.0714	0.0766	0.0371	0.0556	0.064	0.0556	0.0589	0.0352	0.0542	0.0352	0.0266
chr3L	4277870	4278043	chr3L:4277871-4278043	FBgn0035523	CG1311	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1239	0.139	0.1383	0.0914	0.1018	0.1461	0.1739	0.1819	0.1018	0.1697	0.164	0.1697	0.1286	0.1018	0.1225	0.1018	0.0974
chr3L	4278112	4278303	chr3L:4278113-4278303	FBgn0035523	CG1311	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0679	0.0725	0.0811	0.0483	0.0371	0.0762	0.0813	0.1179	0.0371	0.0882	0.099	0.0882	0.0736	0.0498	0.0574	0.0498	0.0505
chr3L	4281943	4282094	chr3L:4281944-4282094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0282	0.0457	0.0279	0.0091	0.0276	0.0296	0.0848	0.0473	0.0276	0.0386	0.0283	0.0386	0.0364	0.0107	0.0097	0.0107	0.0104
chr3L	4282739	4282913	chr3L:4282740-4282913	FBgn0035524	CG11583	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1193	0.1219	0.1395	0.0943	0.0901	0.1223	0.1635	0.1459	0.0901	0.1775	0.1588	0.1775	0.1402	0.1003	0.0941	0.1003	0.1251
chr3L	4283090	4283275	chr3L:4283091-4283275	FBgn0035524,FBgn0261952	CG11583,srw	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0761	0.0977	0.0817	0.0458	0.0742	0.0854	0.1618	0.0839	0.0742	0.1165	0.0878	0.1165	0.072	0.0482	0.0484	0.0482	0.0532
chr3L	4283285	4283636	chr3L:4283286-4283636	FBgn0035524,FBgn0035526,FBgn0261952	CG11583,CG1316,srw	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.1697	0.1329	0.0804	0.1368	0.1437	0.2755	0.1599	0.1368	0.1727	0.1495	0.1727	0.1301	0.0873	0.0909	0.0873	0.098
chr3L	4283746	4283928	chr3L:4283747-4283928	FBgn0035526,FBgn0261952	CG1316,srw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.159	0.1638	0.1868	0.1232	0.1495	0.1699	0.2163	0.1772	0.1495	0.2391	0.2003	0.2391	0.1844	0.1462	0.118	0.1462	0.1636
chr3L	4286209	4286423	chr3L:4286210-4286423	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0636	0.0678	0.0669	0.0553	0.0414	0.0689	0.096	0.0759	0.0414	0.0755	0.063	0.0755	0.0651	0.0375	0.0393	0.0375	0.0542
chr3L	4286445	4286749	chr3L:4286446-4286749	FBgn0015829	TfIIEbeta	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0949	0.0997	0.1006	0.0833	0.0626	0.1049	0.1302	0.1239	0.0626	0.1184	0.1042	0.1184	0.11	0.075	0.0735	0.075	0.0964
chr3L	4286944	4287109	chr3L:4286945-4287109	FBgn0015829	TfIIEbeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.0997	0.1202	0.0925	0.0753	0.1112	0.1215	0.1226	0.0753	0.151	0.1376	0.151	0.1077	0.1087	0.0941	0.1087	0.1172
chr3L	4288955	4289106	chr3L:4288956-4289106	FBgn0041630	Hexo1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0259	0.0364	0.0375	0.0159	0.0262	0.0376	0.0286	0.0159	0.0308	0.0524	0.0308	0.0349	0.0176	0.0948	0.0176	0.0354
chr3L	4291816	4292098	chr3L:4291817-4292098	FBgn0035528,FBgn0035529	CG1319,CG15012	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0834	0.084	0.0995	0.0652	0.0509	0.0854	0.1142	0.1079	0.0509	0.1214	0.1068	0.1214	0.0991	0.0613	0.0671	0.0613	0.0875
chr3L	4292178	4292353	chr3L:4292179-4292353	FBgn0035528,FBgn0035529	CG1319,CG15012	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1289	0.1548	0.1143	0.0944	0.1471	0.1548	0.1612	0.0944	0.1969	0.174	0.1969	0.1379	0.1263	0.1154	0.1263	0.1412
chr3L	4292381	4292583	chr3L:4292382-4292583	FBgn0035528,FBgn0035529	CG1319,CG15012	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1195	0.1149	0.14	0.1022	0.087	0.1218	0.1449	0.1446	0.087	0.1721	0.1566	0.1721	0.1325	0.111	0.1083	0.111	0.136
chr3L	4292639	4292918	chr3L:4292640-4292918	FBgn0035528,FBgn0035529	CG1319,CG15012	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0631	0.0613	0.074	0.0531	0.035	0.0694	0.08	0.0706	0.035	0.0755	0.0833	0.0755	0.0937	0.0536	0.0677	0.0536	0.075
chr3L	4293824	4293975	chr3L:4293825-4293975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0211	0.0208	0.0199	0.0228	0.0117	0.0209	0.0329	0.02	0.0117	0.0223	0.0196	0.0223	0.0333	0.0176	0.0277	0.0176	0.0401
chr3L	4296867	4297018	chr3L:4296868-4297018	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0069	0.0085	0.0153	0.0032	0.0068	0.0125	0.004	0.0032	0.006	0.0119	0.006	0.0093	0.0061	0.0471	0.0061	0.0094
chr3L	4299281	4299510	chr3L:4299282-4299510	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0352	0.029	0.0345	0.0429	0.0159	0.0194	0.048	0.04	0.0159	0.0151	0.0685	0.0151	0.0186	0.01	0.1425	0.01	0.0208
chr3L	4307772	4307923	chr3L:4307773-4307923	FBgn0066365	dyl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.0106	0.0157	0.0213	0.0042	0.0112	0.0177	0.0107	0.0042	0.0097	0.0273	0.0097	0.0085	0.0031	0.0787	0.0031	0.0078
chr3L	4308069	4308220	chr3L:4308070-4308220	FBgn0066365	dyl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0164	0.0165	0.0178	0.0149	0.0053	0.0117	0.0307	0.018	0.0053	0.0109	0.0318	0.0109	0.0054	0.0031	0.0484	0.0031	0.0089
chr3L	4311596	4311747	chr3L:4311597-4311747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0138	0.0227	0.0105	0.0074	0.0127	0.0141	0.0446	0.0187	0.0127	0.0115	0.0109	0.0115	0.0054	0.0084	0.0135	0.0084	0.0057
chr3L	4312947	4313131	chr3L:4312948-4313131	FBgn0052251	CG32251	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0334	0.0311	0.0226	0.0127	0.0282	0.0558	0.04	0.0127	0.0308	0.0402	0.0308	0.0279	0.0168	0.0277	0.0168	0.0219
chr3L	4313412	4313583	chr3L:4313413-4313583	FBgn0052251	CG32251	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1036	0.089	0.1272	0.0941	0.0488	0.1073	0.1016	0.1219	0.0488	0.1594	0.1367	0.1594	0.1387	0.1041	0.0954	0.1041	0.1141
chr3L	4318403	4318558	chr3L:4318404-4318558	FBgn0052250	CG32250	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0403	0.0397	0.044	0.0201	0.0393	0.0545	0.056	0.0201	0.0465	0.0441	0.0465	0.0403	0.0421	0.0451	0.0421	0.0599
chr3L	4318663	4318873	chr3L:4318664-4318873	FBgn0052250	CG32250	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1041	0.0971	0.1108	0.1046	0.0764	0.1087	0.1133	0.1246	0.0764	0.1268	0.1241	0.1268	0.1255	0.0972	0.0986	0.0972	0.1699
chr3L	4318896	4319379	chr3L:4318897-4319379	FBgn0052250	CG32250	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1158	0.1053	0.1354	0.1061	0.0668	0.115	0.1397	0.1199	0.0668	0.1353	0.137	0.1353	0.2231	0.0873	0.0909	0.0873	0.2053
chr3L	4321946	4322136	chr3L:4321947-4322136	FBgn0035532	CG15014	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0562	0.0479	0.0645	0.0564	0.0255	0.0597	0.058	0.0593	0.0255	0.0791	0.0672	0.0791	0.086	0.0666	0.0477	0.0666	0.0829
chr3L	4322178	4322367	chr3L:4322179-4322367	FBgn0035532	CG15014	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0885	0.0811	0.0948	0.0898	0.0456	0.0971	0.0956	0.1046	0.0456	0.1105	0.0974	0.1105	0.1363	0.1011	0.0819	0.1011	0.135
chr3L	4322437	4322588	chr3L:4322438-4322588	FBgn0035532	CG15014	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0429	0.0406	0.0437	0.0446	0.0223	0.0417	0.0575	0.05	0.0223	0.0519	0.0447	0.0519	0.0565	0.0436	0.0374	0.0436	0.0776
chr3L	4337091	4337242	chr3L:4337092-4337242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0157	0.0128	0.0184	0.0159	0.0032	0.0107	0.0225	0.016	0.0032	0.0121	0.0241	0.0121	0.0201	0.0084	0.0277	0.0084	0.0214
chr3L	4339983	4340134	chr3L:4339984-4340134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0172	0.0157	0.0201	0.0157	0.0064	0.0141	0.0294	0.0133	0.0064	0.0109	0.0212	0.0109	0.0209	0.0145	0.0142	0.0145	0.0245
chr3L	4340310	4340461	chr3L:4340311-4340461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0152	0.0153	0.0173	0.0127	0.0042	0.0141	0.0294	0.012	0.0042	0.0103	0.018	0.0103	0.0186	0.0123	0.0129	0.0123	0.0193
chr3L	4340814	4341061	chr3L:4340815-4341061	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0192	0.0362	0.0344	0.0042	0.018	0.0316	0.02	0.0042	0.0211	0.0498	0.0211	0.0503	0.01	0.0477	0.01	0.0646
chr3L	4341141	4341337	chr3L:4341142-4341337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0366	0.0242	0.0442	0.0423	0.0064	0.0228	0.0376	0.0286	0.0064	0.0205	0.0569	0.0205	0.0751	0.0138	0.0516	0.0138	0.0844
chr3L	4342018	4342169	chr3L:4342019-4342169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0216	0.0234	0.0234	0.0177	0.0127	0.0175	0.0407	0.0253	0.0127	0.0181	0.0254	0.0181	0.0364	0.0054	0.0213	0.0054	0.0344
chr3L	4343012	4343373	chr3L:4343013-4343373	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0639	0.0317	0.0747	0.088	0.0074	0.0539	0.0389	0.024	0.0074	0.0296	0.0508	0.0296	0.2432	0.0314	0.0593	0.0314	0.2256
chr3L	4345343	4345547	chr3L:4345344-4345547	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0239	0.0317	0.0238	0.0032	0.0301	0.029	0.036	0.0032	0.0248	0.0444	0.0248	0.0294	0.0107	0.0535	0.0107	0.0292
chr3L	4346857	4347008	chr3L:4346858-4347008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.0156	0.0176	0.0246	0.0032	0.016	0.0255	0.016	0.0032	0.0151	0.0248	0.0151	0.0147	0.0138	0.0477	0.0138	0.0313
chr3L	4347082	4347245	chr3L:4347083-4347245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0229	0.0152	0.0223	0.0322	0.0064	0.0165	0.0247	0.0147	0.0064	0.0145	0.0257	0.0145	0.0395	0.013	0.0432	0.013	0.0631
chr3L	4349482	4349647	chr3L:4349483-4349647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.0174	0.0284	0.0283	0.0064	0.0155	0.0255	0.026	0.0064	0.0278	0.036	0.0278	0.0201	0.0138	0.0741	0.0138	0.0208
chr3L	4349978	4350129	chr3L:4349979-4350129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0157	0.0187	0.0223	0.0042	0.0141	0.026	0.0193	0.0042	0.0181	0.028	0.0181	0.0124	0.0161	0.0619	0.0161	0.0135
chr3L	4350931	4351082	chr3L:4350932-4351082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0186	0.0146	0.023	0.0184	0.0064	0.018	0.0186	0.016	0.0064	0.0272	0.0293	0.0272	0.017	0.0375	0.0226	0.0375	0.0203
chr3L	4353260	4353411	chr3L:4353261-4353411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0183	0.0155	0.0175	0.0223	0.0053	0.0146	0.0272	0.016	0.0053	0.0133	0.0232	0.0133	0.0139	0.0038	0.0135	0.0038	0.0224
chr3L	4353890	4354140	chr3L:4353891-4354140	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0366	0.0194	0.0349	0.0575	0.0011	0.0233	0.0264	0.0273	0.0011	0.0217	0.0296	0.0217	0.0473	0.0176	0.0193	0.0176	0.0662
chr3L	4354252	4354497	chr3L:4354253-4354497	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0265	0.0307	0.0383	0.0042	0.0354	0.0316	0.0366	0.0042	0.0223	0.0315	0.0223	0.0325	0.0107	0.0213	0.0107	0.0479
chr3L	4354649	4354880	chr3L:4354650-4354880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0309	0.0209	0.0311	0.0418	0.0042	0.0233	0.0324	0.0227	0.0042	0.0254	0.0312	0.0254	0.0565	0.0145	0.0258	0.0145	0.0907
chr3L	4355104	4355271	chr3L:4355105-4355271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0272	0.0198	0.0312	0.0309	0.0064	0.0306	0.0251	0.0173	0.0064	0.0163	0.0273	0.0163	0.0844	0.0153	0.0193	0.0153	0.0667
chr3L	4355572	4355737	chr3L:4355573-4355737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0173	0.0244	0.0259	0.0085	0.0136	0.026	0.0227	0.0085	0.0133	0.0206	0.0133	0.0604	0.0161	0.0219	0.0161	0.0558
chr3L	4355787	4355938	chr3L:4355788-4355938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0152	0.0175	0.0224	0.0064	0.0131	0.0229	0.022	0.0064	0.0157	0.0174	0.0157	0.0333	0.0138	0.0155	0.0138	0.0511
chr3L	4356103	4356254	chr3L:4356104-4356254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0173	0.0135	0.0162	0.0228	0.0085	0.0175	0.0182	0.0133	0.0085	0.0139	0.0158	0.0139	0.024	0.0084	0.0129	0.0084	0.0521
chr3L	4357080	4357258	chr3L:4357081-4357258	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0283	0.0209	0.0253	0.0398	0.0032	0.0272	0.026	0.028	0.0032	0.0175	0.0238	0.0175	0.017	0.01	0.0148	0.01	0.0162
chr3L	4357523	4357712	chr3L:4357524-4357712	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0344	0.0231	0.0346	0.0467	0.0032	0.0398	0.0264	0.022	0.0032	0.0411	0.0325	0.0411	0.0558	0.0528	0.0316	0.0528	0.0438
chr3L	4357878	4358077	chr3L:4357879-4358077	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0545	0.0431	0.0632	0.0578	0.017	0.0806	0.0389	0.0406	0.017	0.0707	0.0495	0.0707	0.1177	0.0674	0.0355	0.0674	0.1068
chr3L	4358381	4358532	chr3L:4358382-4358532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0269	0.0244	0.0236	0.0331	0.0085	0.0325	0.0329	0.026	0.0085	0.0356	0.0199	0.0356	0.0318	0.0888	0.0219	0.0888	0.0302
chr3L	4359807	4359988	chr3L:4359808-4359988	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0847	0.1004	0.0867	0.065	0.052	0.1097	0.1189	0.1492	0.052	0.0803	0.0765	0.0803	0.0434	0.036	0.0522	0.036	0.036
chr3L	4360368	4360603	chr3L:4360369-4360603	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0888	0.0627	0.1114	0.093	0.0286	0.0816	0.064	0.0946	0.0286	0.0562	0.1736	0.0562	0.0806	0.0475	0.1818	0.0475	0.0709
chr3L	4363070	4363314	chr3L:4363071-4363314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0788	0.0714	0.0961	0.0682	0.0583	0.0748	0.0887	0.0939	0.0583	0.0821	0.1183	0.0821	0.1332	0.0911	0.1057	0.0911	0.0787
chr3L	4363558	4363775	chr3L:4363559-4363775	FBgn0035533	Cip4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.1341	0.1639	0.141	0.0932	0.1145	0.165	0.2076	0.2278	0.1145	0.1643	0.1621	0.1643	0.1301	0.1263	0.0961	0.1263	0.1136
chr3L	4364012	4364186	chr3L:4364013-4364186	FBgn0035533,FBgn0035534	Cip4,mRpS6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1805	0.1599	0.2103	0.1707	0.1071	0.183	0.1903	0.2105	0.1071	0.2591	0.2219	0.2591	0.2091	0.1838	0.1676	0.1838	0.1959
chr3L	4364456	4364629	chr3L:4364457-4364629	FBgn0035533,FBgn0035534	Cip4,mRpS6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1014	0.086	0.1181	0.1001	0.0467	0.1049	0.1029	0.1099	0.0467	0.1522	0.1203	0.1522	0.1317	0.1156	0.1038	0.1156	0.1162
chr3L	4364716	4364867	chr3L:4364717-4364867	FBgn0035534	mRpS6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0481	0.0439	0.0566	0.0434	0.0223	0.0563	0.0506	0.056	0.0223	0.0743	0.0566	0.0743	0.0728	0.0444	0.04	0.0444	0.0636
chr3L	4367439	4367611	chr3L:4367440-4367611	FBgn0035537	CG11342	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1064	0.1033	0.1255	0.0888	0.0742	0.1291	0.1099	0.1379	0.0742	0.1558	0.1299	0.1558	0.1418	0.0904	0.0974	0.0904	0.1084
chr3L	4367708	4367956	chr3L:4367709-4367956	FBgn0035537	CG11342	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0647	0.0785	0.0675	0.0461	0.0573	0.0854	0.093	0.1073	0.0573	0.0755	0.0714	0.0755	0.0767	0.0482	0.0529	0.0482	0.0521
chr3L	4372160	4372311	chr3L:4372161-4372311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0201	0.0174	0.0198	0.0235	0.0042	0.0146	0.0298	0.022	0.0042	0.0236	0.0251	0.0236	0.017	0.0551	0.0277	0.0551	0.0156
chr3L	4372590	4372741	chr3L:4372591-4372741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0135	0.0142	0.0133	0.0128	0.0064	0.0117	0.0221	0.0193	0.0064	0.0133	0.0161	0.0133	0.0116	0.0253	0.0123	0.0253	0.0073
chr3L	4379258	4379409	chr3L:4379259-4379409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.01	0.0162	0.0224	0.0021	0.0112	0.0151	0.0133	0.0021	0.0109	0.0177	0.0109	0.0163	0.0107	0.0277	0.0107	0.0115
chr3L	4379939	4380090	chr3L:4379940-4380090	FBgn0035538	DopEcR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0141	0.0164	0.0288	0.0064	0.0092	0.0242	0.0207	0.0064	0.0079	0.0186	0.0079	0.0194	0.0145	0.029	0.0145	0.0271
chr3L	4380285	4380567	chr3L:4380286-4380567	FBgn0035538	DopEcR	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0895	0.0358	0.0593	0.1828	0.0201	0.0422	0.0467	0.0413	0.0201	0.0356	0.0682	0.0356	0.0875	0.1815	0.207	0.1815	0.1985
chr3L	4382725	4382996	chr3L:4382726-4382996	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.032	0.0239	0.0341	0.0386	0.0053	0.0228	0.0398	0.0286	0.0053	0.0217	0.0482	0.0217	0.0426	0.0222	0.087	0.0222	0.0453
chr3L	4383821	4384023	chr3L:4383822-4384023	FBgn0035539	slow	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0636	0.0393	0.0614	0.0933	0.0286	0.0422	0.051	0.0473	0.0286	0.0513	0.0884	0.0513	0.072	0.1172	0.1509	0.1172	0.1172
chr3L	4384324	4384531	chr3L:4384325-4384531	FBgn0035539	slow	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0523	0.0356	0.0543	0.0687	0.0255	0.0296	0.0502	0.0466	0.0255	0.0386	0.082	0.0386	0.0635	0.0704	0.1406	0.0704	0.075
chr3L	4388137	4388288	chr3L:4388138-4388288	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0149	0.01	0.0136	0.0219	0.0064	0.0073	0.0199	0.0073	0.0064	0.0169	0.0161	0.0169	0.0124	0.0567	0.0213	0.0567	0.0156
chr3L	4396522	4396713	chr3L:4396523-4396713	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0382	0.0155	0.0532	0.0473	0.0032	0.0194	0.0212	0.0193	0.0032	0.0211	0.1061	0.0211	0.0217	0.0291	0.1663	0.0291	0.0125
chr3L	4399879	4400030	chr3L:4399880-4400030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0133	0.0082	0.0109	0.0217	0.0021	0.0112	0.0095	0.0107	0.0021	0.0085	0.019	0.0085	0.0031	0.0398	0.0445	0.0398	0.0089
chr3L	4402966	4403133	chr3L:4402967-4403133	FBgn0035540	Syx17	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.07	0.0714	0.0849	0.0522	0.0392	0.0917	0.0908	0.0799	0.0392	0.0978	0.1042	0.0978	0.0767	0.0643	0.0574	0.0643	0.0625
chr3L	4403343	4403524	chr3L:4403344-4403524	FBgn0035540	Syx17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.166	0.1543	0.1973	0.1447	0.0891	0.1927	0.1812	0.1919	0.0891	0.2428	0.2273	0.2428	0.1905	0.1539	0.1612	0.1539	0.1636
chr3L	4403623	4403792	chr3L:4403624-4403792	FBgn0035540	Syx17	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0774	0.0591	0.0975	0.0759	0.0233	0.082	0.0692	0.0759	0.0233	0.125	0.0994	0.125	0.1185	0.0865	0.0774	0.0865	0.0891
chr3L	4405760	4405929	chr3L:4405761-4405929	FBgn0035541	CG15019	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0816	0.0772	0.0434	0.0477	0.082	0.1125	0.1053	0.0477	0.0936	0.0891	0.0936	0.0666	0.0544	0.0426	0.0544	0.0453
chr3L	4405989	4406176	chr3L:4405990-4406176	FBgn0035541	CG15019	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1173	0.1315	0.0916	0.0785	0.1325	0.1462	0.1486	0.0785	0.1546	0.1582	0.1546	0.103	0.0957	0.0935	0.0957	0.1016
chr3L	4406486	4406678	chr3L:4406487-4406678	FBgn0035541,FBgn0035542	CG15019,DOR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1073	0.1064	0.1142	0.1005	0.0679	0.118	0.1246	0.1466	0.0679	0.1196	0.1347	0.1196	0.0689	0.0605	0.1212	0.0605	0.073
chr3L	4406963	4407174	chr3L:4406964-4407174	FBgn0035542	DOR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2111	0.2144	0.2482	0.1668	0.1697	0.2519	0.2119	0.3071	0.1697	0.2319	0.3302	0.2319	0.1518	0.075	0.2237	0.075	0.1021
chr3L	4407349	4407500	chr3L:4407350-4407500	FBgn0035542	DOR	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.063	0.0608	0.0747	0.0525	0.0498	0.0607	0.074	0.0866	0.0498	0.0525	0.1093	0.0525	0.0333	0.0237	0.0741	0.0237	0.0193
chr3L	4407517	4407679	chr3L:4407518-4407679	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.06	0.0601	0.0727	0.0458	0.0424	0.0534	0.0766	0.0899	0.0424	0.0411	0.1148	0.0411	0.0325	0.0314	0.0851	0.0314	0.024
chr3L	4408380	4408573	chr3L:4408381-4408573	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0529	0.0591	0.0688	0.0287	0.0308	0.0539	0.0688	0.1006	0.0308	0.029	0.1318	0.029	0.0163	0.0153	0.0722	0.0153	0.0146
chr3L	4409078	4409300	chr3L:4409079-4409300	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0991	0.1916	0.0693	0.0284	0.1273	0.1442	0.2617	0.3005	0.1273	0.0435	0.1106	0.0435	0.0248	0.0398	0.0297	0.0398	0.0125
chr3L	4409511	4409686	chr3L:4409512-4409686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0615	0.0737	0.0608	0.0486	0.0286	0.067	0.1025	0.1086	0.0286	0.0314	0.0627	0.0314	0.0271	0.0253	0.0168	0.0253	0.0167
chr3L	4409929	4410154	chr3L:4409930-4410154	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0769	0.1254	0.0542	0.0478	0.0912	0.0971	0.1786	0.1765	0.0912	0.0399	0.0691	0.0399	0.0287	0.0222	0.0193	0.0222	0.0177
chr3L	4412102	4412253	chr3L:4412103-4412253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0159	0.0173	0.0127	0.0177	0.0106	0.0175	0.0208	0.0253	0.0106	0.0181	0.0125	0.0181	0.0116	0.0406	0.0174	0.0406	0.0146
chr3L	4413948	4414128	chr3L:4413949-4414128	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0183	0.0206	0.0642	0.0117	0.0233	0.0212	0.0187	0.0117	0.0175	0.0209	0.0175	0.0302	0.1018	0.06	0.1018	0.098
chr3L	4414305	4414704	chr3L:4414306-4414704	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0293	0.0325	0.0677	0.0159	0.0296	0.0389	0.0413	0.0159	0.0278	0.0373	0.0278	0.0426	0.0965	0.0658	0.0965	0.1042
chr3L	4415404	4415555	chr3L:4415405-4415555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0186	0.0157	0.0136	0.0273	0.0095	0.0165	0.0208	0.022	0.0095	0.0133	0.017	0.0133	0.0163	0.0138	0.02	0.0138	0.0641
chr3L	4422052	4422209	chr3L:4422053-4422209	FBgn0035543	CG15020	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.04	0.0095	0.007	0.035	0.0146	0.0874	0.0266	0.035	0.0048	0.0135	0.0048	0.0116	0.0038	0.0058	0.0038	0.0078
chr3L	4426693	4426861	chr3L:4426694-4426861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0194	0.0126	0.0192	0.0274	0.0032	0.0146	0.0182	0.0133	0.0032	0.0169	0.0222	0.0169	0.0318	0.0191	0.0496	0.0191	0.0422
chr3L	4429211	4429362	chr3L:4429212-4429362	FBgn0000038	nAcRbeta-64B	none	none	nAcRbeta-64B_P-171	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0055	0.0072	0.027	0.0011	0.0058	0.0099	0.004	0.0011	0.0054	0.0045	0.0054	0.0046	0.0031	0.0032	0.0031	0.0156
chr3L	4429951	4430102	chr3L:4429952-4430102	distal	distal	none	none	VT25526.1	VT25526.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0105	0.0065	0.0079	0.0178	0.0032	0.0039	0.0134	0.0067	0.0032	0.0036	0.0058	0.0036	0.0085	0.0054	0.0045	0.0054	0.0052
chr3L	4430386	4430537	chr3L:4430387-4430537	distal	distal	none	none	VT25526.1	VT25526.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0112	0.0133	0.0235	0.0011	0.0102	0.0177	0.014	0.0011	0.0127	0.0109	0.0127	0.0108	0.0069	0.0084	0.0069	0.012
chr3L	4430711	4430867	chr3L:4430712-4430867	distal	distal	none	none	VT25526.1	VT25526.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.009	0.0138	0.0294	0.0032	0.0083	0.0147	0.0093	0.0032	0.0145	0.0119	0.0145	0.0054	0.0046	0.0052	0.0046	0.012
chr3L	4431258	4431412	chr3L:4431259-4431412	distal	distal	stage14	stage14	VT25526.1	VT25526.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0113	0.0193	0.0494	0.0085	0.0083	0.0156	0.018	0.0085	0.0115	0.0238	0.0115	0.0093	0.0046	0.0174	0.0046	0.0125
chr3L	4433122	4433273	chr3L:4433123-4433273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0129	0.0093	0.0156	0.0138	0.0011	0.0078	0.0169	0.0087	0.0011	0.0079	0.018	0.0079	0.0085	0.0038	0.0213	0.0038	0.013
chr3L	4442049	4442200	chr3L:4442050-4442200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0113	0.0088	0.0136	0.0095	0.0102	0.0147	0.0147	0.0095	0.0109	0.0103	0.0109	0.0077	0.0061	0.0484	0.0061	0.0057
chr3L	4449096	4449247	chr3L:4449097-4449247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0188	0.0217	0.0166	0.0178	0.0117	0.0218	0.026	0.032	0.0117	0.0181	0.0222	0.0181	0.0132	0.0153	0.0329	0.0153	0.024
chr3L	4464095	4464246	chr3L:4464096-4464246	FBgn0040699	CG15024	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.01	0.0136	0.0188	0.0064	0.0087	0.0147	0.0113	0.0064	0.0115	0.0196	0.0115	0.0116	0.0153	0.04	0.0153	0.0151
chr3L	4464729	4464897	chr3L:4464730-4464897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.025	0.0263	0.0318	0.0127	0.0272	0.0324	0.034	0.0127	0.0242	0.035	0.0242	0.0279	0.0268	0.049	0.0268	0.0469
chr3L	4468849	4469045	chr3L:4468850-4469045	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0292	0.0274	0.0363	0.0233	0.0201	0.0282	0.0311	0.0433	0.0201	0.0332	0.0473	0.0332	0.0318	0.0145	0.0432	0.0145	0.0271
chr3L	4469108	4469298	chr3L:4469109-4469298	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0761	0.0755	0.0843	0.0677	0.0551	0.0869	0.083	0.1093	0.0551	0.0785	0.1087	0.0785	0.0844	0.049	0.1141	0.049	0.0756
chr3L	4469387	4469538	chr3L:4469388-4469538	FBgn0052249	CG32249	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0298	0.0341	0.0321	0.0223	0.0223	0.035	0.0458	0.0426	0.0223	0.0338	0.0386	0.0338	0.0325	0.0153	0.0374	0.0153	0.0245
chr3L	4475086	4475252	chr3L:4475087-4475252	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.014	0.0201	0.0253	0.0106	0.0155	0.0182	0.0167	0.0106	0.0133	0.0273	0.0133	0.0256	0.0107	0.0503	0.0107	0.0386
chr3L	4484606	4484783	chr3L:4484607-4484783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0197	0.0148	0.0141	0.0313	0.0074	0.016	0.0195	0.02	0.0074	0.0139	0.018	0.0139	0.0194	0.0138	0.0593	0.0138	0.0532
chr3L	4484941	4485099	chr3L:4484942-4485099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0186	0.015	0.0273	0.0106	0.015	0.0268	0.0266	0.0106	0.0121	0.019	0.0121	0.0209	0.0107	0.0496	0.0107	0.0459
chr3L	4485395	4485546	chr3L:4485396-4485546	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0071	0.0036	0.0066	0.0114	0	0.0034	0.0061	0.0053	0	0.0079	0.0048	0.0079	0.0031	0.0038	0.009	0.0038	0.0068
chr3L	4489658	4489809	chr3L:4489659-4489809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.011	0.0105	0.0143	0.0074	0.0083	0.0182	0.012	0.0074	0.0133	0.0113	0.0133	0.0085	0.0038	0.0142	0.0038	0.0094
chr3L	4490878	4491029	chr3L:4490879-4491029	FBgn0035553	CG13722	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0179	0.0183	0.0209	0.0142	0.0138	0.016	0.0294	0.0173	0.0138	0.0217	0.027	0.0217	0.0271	0.0069	0.0393	0.0069	0.0099
chr3L	4501471	4501657	chr3L:4501472-4501657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0459	0.0445	0.0343	0.0286	0.0476	0.064	0.0566	0.0286	0.0543	0.0521	0.0543	0.0496	0.0253	0.0567	0.0253	0.049
chr3L	4507705	4507856	chr3L:4507706-4507856	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0141	0.0092	0.0113	0.0227	0.0064	0.0073	0.0169	0.008	0.0064	0.0042	0.0203	0.0042	0.0093	0.0031	0.0832	0.0031	0.0078
chr3L	4508046	4508197	chr3L:4508047-4508197	FBgn0261526	NT1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0119	0.009	0.0091	0.0181	0.0042	0.0078	0.0169	0.008	0.0042	0.0048	0.0154	0.0048	0.0077	0.0023	0.0696	0.0023	0.0042
chr3L	4508318	4508469	chr3L:4508319-4508469	FBgn0261526	NT1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0123	0.0092	0.0085	0.0198	0.0021	0.0063	0.0195	0.0073	0.0021	0.0018	0.0158	0.0018	0.007	0.0015	0.0735	0.0015	0.0063
chr3L	4510481	4510657	chr3L:4510482-4510657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0145	0.0076	0.01	0.027	0.0053	0.0063	0.0108	0.0107	0.0053	0.0024	0.0113	0.0024	0.0201	0.0054	0.0464	0.0054	0.0391
chr3L	4516460	4516611	chr3L:4516461-4516611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0122	0.0127	0.0127	0.0111	0.0032	0.0117	0.0247	0.008	0.0032	0.0121	0.0209	0.0121	0.0054	0.0015	0.0355	0.0015	0.0052
chr3L	4522264	4522415	chr3L:4522265-4522415	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.0076	0.0076	0.01	0.0011	0.0063	0.0143	0.008	0.0011	0.006	0.0096	0.006	0.0132	0.0054	0.0309	0.0054	0.0063
chr3L	4529554	4529705	chr3L:4529555-4529705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0095	0.008	0.01	0.0042	0.0087	0.0138	0.012	0.0042	0.0079	0.01	0.0079	0.0093	0.0077	0.0277	0.0077	0.0047
chr3L	4532114	4532265	chr3L:4532115-4532265	FBgn0014073	Tie	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0165	0.0077	0.0156	0.0272	0.0032	0.0112	0.0112	0.0047	0.0032	0.0048	0.019	0.0048	0.0263	0.013	0.0709	0.013	0.0167
chr3L	4533129	4533280	chr3L:4533130-4533280	FBgn0035557	CG11353	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0077	0.0066	0.0075	0.0091	0.0032	0.0049	0.0104	0.0067	0.0032	0.006	0.0113	0.006	0.0077	0.0015	0.0251	0.0015	0.0094
chr3L	4541190	4541357	chr3L:4541191-4541357	FBgn0052243	CG32243	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0528	0.0462	0.041	0.0731	0.0361	0.0646	0.0428	0.062	0.0361	0.0574	0.0331	0.0574	0.0643	0.0904	0.0613	0.0904	0.1162
chr3L	4541657	4541856	chr3L:4541658-4541856	FBgn0035558,FBgn0052243	CG11357,CG32243	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1429	0.1163	0.159	0.1551	0.0795	0.1631	0.1142	0.1466	0.0795	0.2216	0.1572	0.2216	0.1681	0.17	0.1496	0.17	0.1944
chr3L	4541954	4542149	chr3L:4541955-4542149	FBgn0035558	CG11357	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1936	0.1646	0.2326	0.1831	0.1029	0.2345	0.1579	0.2145	0.1029	0.2995	0.2395	0.2995	0.2448	0.1953	0.1786	0.1953	0.2168
chr3L	4542452	4542633	chr3L:4542453-4542633	FBgn0035558	CG11357	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0789	0.0789	0.1028	0.0528	0.052	0.1034	0.077	0.1139	0.052	0.1449	0.1164	0.1449	0.0604	0.0567	0.0451	0.0567	0.0438
chr3L	4542669	4542873	chr3L:4542670-4542873	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.071	0.0663	0.0872	0.0586	0.0403	0.1049	0.0623	0.0766	0.0403	0.1268	0.0904	0.1268	0.0674	0.0758	0.0529	0.0758	0.0604
chr3L	4542968	4543478	chr3L:4542969-4543478	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.129	0.126	0.1588	0.0997	0.0594	0.2117	0.1016	0.1606	0.0594	0.2705	0.1469	0.2705	0.1588	0.1531	0.0819	0.1531	0.1089
chr3L	4543972	4544123	chr3L:4543973-4544123	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0273	0.0253	0.0273	0.0295	0.0117	0.0485	0.0251	0.018	0.0117	0.0362	0.0199	0.0362	0.0565	0.0161	0.0309	0.0161	0.062
chr3L	4546516	4546719	chr3L:4546517-4546719	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0549	0.0743	0.061	0.0266	0.0276	0.1762	0.0424	0.0586	0.0276	0.1612	0.0293	0.1612	0.0318	0.036	0.0135	0.036	0.025
chr3L	4546908	4547130	chr3L:4546909-4547130	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0725	0.0804	0.0923	0.0421	0.0308	0.1913	0.0446	0.056	0.0308	0.2446	0.0469	0.2446	0.0813	0.0636	0.0213	0.0636	0.0537
chr3L	4548940	4549091	chr3L:4548941-4549091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0287	0.0425	0.0289	0.0131	0.0201	0.0772	0.0333	0.05	0.0201	0.0507	0.0264	0.0507	0.0256	0.0084	0.0116	0.0084	0.0229
chr3L	4549550	4549822	chr3L:4549551-4549822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0467	0.0491	0.0561	0.0337	0.0074	0.1087	0.0372	0.0413	0.0074	0.0882	0.045	0.0882	0.1007	0.0245	0.0213	0.0245	0.0756
chr3L	4550332	4550483	chr3L:4550333-4550483	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0227	0.0248	0.0222	0.0207	0.0085	0.0408	0.0303	0.0193	0.0085	0.0314	0.0183	0.0314	0.0403	0.0115	0.0123	0.0115	0.0505
chr3L	4550707	4550858	chr3L:4550708-4550858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0207	0.0327	0.0173	0.011	0.0106	0.0364	0.0489	0.036	0.0106	0.0205	0.0183	0.0205	0.024	0.0084	0.0058	0.0084	0.0219
chr3L	4553182	4553333	chr3L:4553183-4553333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0361	0.0381	0.0423	0.027	0.0244	0.0481	0.045	0.0473	0.0244	0.0652	0.0357	0.0652	0.048	0.0322	0.0232	0.0322	0.038
chr3L	4553497	4553693	chr3L:4553498-4553693	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1323	0.1226	0.1553	0.118	0.0742	0.1621	0.1393	0.1452	0.0742	0.2077	0.1598	0.2077	0.1603	0.1332	0.1277	0.1332	0.1391
chr3L	4553933	4554106	chr3L:4553934-4554106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0349	0.0354	0.0392	0.0297	0.017	0.049	0.0458	0.0293	0.017	0.0441	0.0447	0.0441	0.0457	0.0268	0.0322	0.0268	0.0391
chr3L	4554301	4554508	chr3L:4554302-4554508	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0658	0.0628	0.078	0.0557	0.0339	0.0811	0.0796	0.0693	0.0339	0.0839	0.0939	0.0839	0.072	0.059	0.0613	0.059	0.0719
chr3L	4555917	4556068	chr3L:4555918-4556068	FBgn0260657	CG42540	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0175	0.0295	0.0154	0.0064	0.0191	0.0311	0.0342	0.0453	0.0191	0.0272	0.018	0.0272	0.0085	0.0031	0.0064	0.0031	0.0057
chr3L	4556591	4556742	chr3L:4556592-4556742	distal	distal	none	none	VT25589.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0179	0.0247	0.0082	0.0021	0.0218	0.0242	0.024	0.0021	0.0302	0.0322	0.0302	0.0271	0.0077	0.0097	0.0077	0.013
chr3L	4557119	4557270	chr3L:4557120-4557270	distal	distal	stage14	stage14	VT25589.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0137	0.0102	0.012	0.0074	0.0189	0.0208	0.008	0.0074	0.0103	0.0119	0.0103	0.0108	0.0123	0.0084	0.0123	0.0063
chr3L	4560618	4560769	chr3L:4560619-4560769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0117	0.0104	0.0148	0.0042	0.0131	0.0177	0.0127	0.0042	0.0139	0.0096	0.0139	0.0054	0.0054	0.0058	0.0054	0.0078
chr3L	4574634	4574785	chr3L:4574635-4574785	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0064	0.0042	0.0124	0.0032	0.0068	0.0112	0.0053	0.0032	0.0042	0.0045	0.0042	0.0015	0	0.0032	0	0.0036
chr3L	4587979	4588130	chr3L:4587980-4588130	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.01	0.0086	0.0077	0.0141	0.0021	0.0087	0.0147	0.0087	0.0021	0.0079	0.0096	0.0079	0.0046	0.0046	0.02	0.0046	0.0042
chr3L	4595474	4595625	chr3L:4595475-4595625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0134	0.0125	0.0155	0.0123	0.0021	0.0194	0.0164	0.012	0.0021	0.0242	0.0132	0.0242	0.0132	0.0061	0.009	0.0061	0.0234
chr3L	4598914	4599065	chr3L:4598915-4599065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0142	0.0192	0.0088	0.0042	0.0175	0.0147	0.0213	0.0042	0.0175	0.0161	0.0175	0.0101	0.0077	0.0052	0.0077	0.0068
chr3L	4599819	4600060	chr3L:4599820-4600060	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0551	0.0613	0.075	0.0265	0.0095	0.099	0.0415	0.1039	0.0095	0.0996	0.0559	0.0996	0.0263	0.0191	0.0181	0.0191	0.0219
chr3L	4602127	4602278	chr3L:4602128-4602278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0157	0.0212	0.0226	0.0095	0.0204	0.0199	0.0173	0.0095	0.0272	0.0203	0.0272	0.0178	0.013	0.0039	0.013	0.0214
chr3L	4602349	4602564	chr3L:4602350-4602564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.028	0.0193	0.0353	0.0297	0.0064	0.0286	0.0255	0.0167	0.0064	0.0604	0.0299	0.0604	0.0341	0.0176	0.0084	0.0176	0.025
chr3L	4604747	4604898	chr3L:4604748-4604898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0174	0.0143	0.0237	0.0139	0.0032	0.0214	0.0173	0.0153	0.0032	0.0272	0.0158	0.0272	0.0232	0.0161	0.0071	0.0161	0.012
chr3L	4606945	4607170	chr3L:4606946-4607170	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0427	0.0197	0.0487	0.0617	0.0042	0.0354	0.0221	0.018	0.0042	0.0731	0.0338	0.0731	0.0953	0.0475	0.0303	0.0475	0.1501
chr3L	4607362	4607770	chr3L:4607363-4607770	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0453	0.0294	0.0553	0.0519	0.0074	0.0466	0.0355	0.03	0.0074	0.1159	0.0341	0.1159	0.0744	0.075	0.0374	0.075	0.0886
chr3L	4608670	4608821	chr3L:4608671-4608821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0122	0.0166	0.0294	0.0074	0.0136	0.0177	0.012	0.0074	0.0181	0.0158	0.0181	0.0132	0.023	0.0084	0.023	0.0214
chr3L	4610337	4610575	chr3L:4610338-4610575	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0345	0.0432	0.0341	0.0252	0.0233	0.051	0.0541	0.0533	0.0233	0.0405	0.0318	0.0405	0.0488	0.0375	0.0322	0.0375	0.0245
chr3L	4611335	4611502	chr3L:4611336-4611502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0258	0.0392	0.0315	0.0095	0.0413	0.0272	0.0273	0.0095	0.0749	0.0328	0.0749	0.0356	0.0406	0.0574	0.0406	0.0287
chr3L	4611515	4611748	chr3L:4611516-4611748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0383	0.0265	0.0449	0.0443	0.0053	0.0393	0.0303	0.0333	0.0053	0.0707	0.0482	0.0707	0.0356	0.0597	0.0903	0.0597	0.0307
chr3L	4612304	4612455	chr3L:4612305-4612455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0209	0.0165	0.0207	0.026	0.0053	0.0233	0.0203	0.0173	0.0053	0.032	0.0219	0.032	0.024	0.0207	0.0606	0.0207	0.0193
chr3L	4612993	4613482	chr3L:4612994-4613482	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0731	0.0622	0.0864	0.0706	0.0265	0.1117	0.058	0.062	0.0265	0.1159	0.0617	0.1159	0.1789	0.062	0.0709	0.062	0.1058
chr3L	4613633	4614187	chr3L:4613634-4614187	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.117	0.1464	0.1298	0.0702	0.0647	0.2549	0.1107	0.1885	0.0647	0.25	0.1016	0.25	0.141	0.0827	0.0548	0.0827	0.0902
chr3L	4616472	4616623	chr3L:4616473-4616623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0133	0.0228	0.0245	0.0042	0.018	0.0151	0.018	0.0042	0.0278	0.019	0.0278	0.0387	0.0191	0.02	0.0191	0.0427
chr3L	4619084	4619235	chr3L:4619085-4619235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0235	0.0181	0.0198	0.0336	0.0064	0.0243	0.0238	0.0173	0.0064	0.0242	0.0186	0.0242	0.0217	0.026	0.0174	0.026	0.0214
chr3L	4619467	4619839	chr3L:4619468-4619839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0476	0.0329	0.0431	0.0691	0.0106	0.0432	0.0458	0.034	0.0106	0.0477	0.0357	0.0477	0.0341	0.0245	0.0245	0.0245	0.0302
chr3L	4623235	4623421	chr3L:4623236-4623421	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1045	0.0804	0.1553	0.0758	0.0244	0.15	0.0441	0.1239	0.0244	0.212	0.1878	0.212	0.1642	0.0873	0.0535	0.0873	0.1256
chr3L	4624203	4624354	chr3L:4624204-4624354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0466	0.0309	0.0641	0.045	0.0064	0.0597	0.0225	0.0353	0.0064	0.093	0.0595	0.093	0.0999	0.062	0.0297	0.062	0.0641
chr3L	4624539	4624769	chr3L:4624540-4624769	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1154	0.0444	0.1515	0.155	0.0074	0.0966	0.0359	0.0373	0.0074	0.2391	0.1434	0.2391	0.1611	0.2335	0.1019	0.2335	0.1845
chr3L	4624975	4625149	chr3L:4624976-4625149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0695	0.0371	0.0792	0.0951	0.0064	0.0602	0.0346	0.052	0.0064	0.1395	0.0605	0.1395	0.0899	0.1692	0.0516	0.1692	0.1365
chr3L	4625461	4625679	chr3L:4625462-4625679	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1066	0.0813	0.1396	0.0986	0.0297	0.1233	0.0787	0.1139	0.0297	0.1872	0.1585	0.1872	0.103	0.1034	0.0993	0.1034	0.0886
chr3L	4625767	4625964	chr3L:4625768-4625964	FBgn0262733	Src64B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2037	0.1707	0.2497	0.1901	0.0986	0.2267	0.1765	0.2245	0.0986	0.3116	0.2778	0.3116	0.2262	0.2037	0.2141	0.2037	0.1871
chr3L	4626069	4626246	chr3L:4626070-4626246	FBgn0015805,FBgn0262733	Rpd3,Src64B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2461	0.2213	0.285	0.231	0.1495	0.2791	0.2491	0.2705	0.1495	0.3708	0.2929	0.3708	0.275	0.2504	0.2456	0.2504	0.2475
chr3L	4626641	4626850	chr3L:4626642-4626850	FBgn0015805,FBgn0262733	Rpd3,Src64B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.179	0.1741	0.2013	0.1601	0.1379	0.2015	0.2115	0.2005	0.1379	0.2621	0.21	0.2621	0.1805	0.1593	0.1618	0.1593	0.1871
chr3L	4627132	4627315	chr3L:4627133-4627315	FBgn0015805	Rpd3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1975	0.1827	0.2355	0.1723	0.141	0.2184	0.2098	0.2219	0.141	0.2899	0.2585	0.2899	0.2161	0.1937	0.1825	0.1937	0.1965
chr3L	4634755	4634955	chr3L:4634756-4634955	FBgn0035563	CG13716	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0209	0.0492	0.0074	0.004	0.0403	0.015	0.1181	0.0266	0.0403	0.0066	0.009	0.0066	0.007	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chr3L	4635043	4635194	chr3L:4635044-4635194	FBgn0035563	CG13716	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0173	0.0398	0.0074	0.0031	0.0244	0.0136	0.096	0.0213	0.0244	0.0103	0.0087	0.0103	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr3L	4643648	4643799	chr3L:4643649-4643799	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0159	0.0359	0.0069	0.0036	0.0233	0.0092	0.0753	0.0393	0.0233	0.0097	0.0071	0.0097	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0063
chr3L	4644033	4644206	chr3L:4644034-4644206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0148	0.0309	0.0066	0.0058	0.0106	0.0126	0.0532	0.0473	0.0106	0.0072	0.0071	0.0072	0.0046	0.0061	0.0032	0.0061	0.0094
chr3L	4645771	4645955	chr3L:4645772-4645955	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0344	0.089	0.0072	0.0031	0.0848	0.0218	0.1812	0.0986	0.0848	0.0097	0.0064	0.0097	0.0077	0.0015	0.0026	0.0015	0.0042
chr3L	4677607	4677778	chr3L:4677608-4677778	FBgn0085295	CG34266	stage5	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.03	0.0781	0.006	0.0025	0.0657	0.0286	0.17	0.0593	0.0657	0.0079	0.0048	0.0079	0.0054	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chr3L	4679793	4679960	chr3L:4679794-4679960	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0237	0.0541	0.0084	0.0065	0.0732	0.0325	0.0804	0.0606	0.0732	0.0079	0.0087	0.0079	0.0132	0.0092	0.0064	0.0092	0.0068
chr3L	4687284	4687440	chr3L:4687285-4687440	FBgn0262870	axo	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.0153	0.0244	0.0389	0.0042	0.0146	0.0281	0.0133	0.0042	0.0163	0.0186	0.0163	0.0658	0.0115	0.0484	0.0115	0.0875
chr3L	4690680	4690900	chr3L:4690681-4690900	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0669	0.0374	0.0368	0.0541	0.0515	0.0947	0.0913	0.0541	0.038	0.0479	0.038	0.0449	0.0253	0.0542	0.0253	0.0604
chr3L	4692215	4692366	chr3L:4692216-4692366	FBgn0035574	Gef64C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0224	0.0227	0.0135	0.032	0.0138	0.0102	0.048	0.0187	0.0138	0.0066	0.0222	0.0066	0.0132	0.0038	0.1238	0.0038	0.0141
chr3L	4692694	4692875	chr3L:4692695-4692875	FBgn0035574	Gef64C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0362	0.0325	0.0253	0.0522	0.0212	0.0214	0.0614	0.0273	0.0212	0.0085	0.0466	0.0085	0.0263	0.0077	0.1883	0.0077	0.0229
chr3L	4693038	4693189	chr3L:4693039-4693189	FBgn0035574	Gef64C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0284	0.0155	0.0272	0.018	0.0189	0.0463	0.0353	0.018	0.0091	0.0277	0.0091	0.0108	0.0046	0.1044	0.0046	0.0083
chr3L	4693514	4693665	chr3L:4693515-4693665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.021	0.031	0.0121	0.0195	0.0191	0.0102	0.0744	0.02	0.0191	0.0103	0.0196	0.0103	0.0108	0.0061	0.0696	0.0061	0.0083
chr3L	4694666	4695044	chr3L:4694667-4695044	FBgn0035569	CG15876	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0862	0.2162	0.0207	0.0127	0.2672	0.0573	0.4338	0.1839	0.2672	0.0145	0.0354	0.0145	0.0124	0.0038	0.0309	0.0038	0.0057
chr3L	4696359	4696823	chr3L:4696360-4696823	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.089	0.2232	0.0204	0.0143	0.2757	0.05	0.4663	0.1805	0.2757	0.0163	0.0318	0.0163	0.0147	0.0069	0.0432	0.0069	0.0078
chr3L	4697426	4697633	chr3L:4697427-4697633	FBgn0042199	CG13713	stage5	none	Unspecified_HC_08	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.042	0.1044	0.0112	0.006	0.0986	0.0248	0.2284	0.0919	0.0986	0.0103	0.0167	0.0103	0.0093	0.0023	0.0135	0.0023	0.0047
chr3L	4698273	4698424	chr3L:4698274-4698424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0167	0.0252	0.0088	0.016	0.0148	0.0063	0.0606	0.016	0.0148	0.0042	0.0174	0.0042	0.0031	0.0038	0.0613	0.0038	0.0031
chr3L	4698540	4698691	chr3L:4698541-4698691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.015	0.0197	0.0099	0.0153	0.0148	0.0063	0.0463	0.012	0.0148	0.0066	0.017	0.0066	0.0054	0.0023	0.0561	0.0023	0.0047
chr3L	4708230	4708438	chr3L:4708231-4708438	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0312	0.0408	0.0273	0.0248	0.0286	0.0189	0.0701	0.0553	0.0286	0.0169	0.0424	0.0169	0.0256	0.0138	0.0625	0.0138	0.0151
chr3L	4708833	4708984	chr3L:4708834-4708984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0159	0.0313	0.0088	0.0064	0.0223	0.0121	0.0753	0.018	0.0223	0.0133	0.0071	0.0133	0.0116	0.0084	0.0123	0.0084	0.0047
chr3L	4709793	4709945	chr3L:4709794-4709945	FBgn0035570	CG13712	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0256	0.0599	0.0084	0.006	0.0445	0.015	0.1527	0.0227	0.0445	0.0121	0.0113	0.0121	0.0031	0.0069	0.0116	0.0069	0.0036
chr3L	4710112	4710263	chr3L:4710113-4710263	FBgn0035570	CG13712	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0192	0.0445	0.0067	0.0047	0.0244	0.0078	0.1176	0.02	0.0244	0.0079	0.0087	0.0079	0.0023	0.0054	0.009	0.0054	0.0042
chr3L	4710844	4710995	chr3L:4710845-4710995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0133	0.0258	0.0074	0.006	0.017	0.0112	0.0649	0.01	0.017	0.0066	0.0096	0.0066	0.0077	0.0054	0.011	0.0054	0.0052
chr3L	4719852	4720003	chr3L:4719853-4720003	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0099	0.007	0.009	0.0141	0.0021	0.0063	0.0138	0.004	0.0021	0.0054	0.0151	0.0054	0.0062	0.0023	0.0542	0.0023	0.0036
chr3L	4720865	4721016	chr3L:4720866-4721016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.008	0.0064	0.0061	0.0118	0.0011	0.0068	0.0117	0.0053	0.0011	0.0066	0.008	0.0066	0.0054	0.0092	0.0329	0.0092	0.0073
chr3L	4745833	4746020	chr3L:4745834-4746020	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0216	0.0148	0.0202	0.0306	0.0042	0.0087	0.0303	0.0147	0.0042	0.0109	0.0354	0.0109	0.0139	0.0069	0.1051	0.0069	0.0089
chr3L	4746500	4746651	chr3L:4746501-4746651	FBgn0264474	CR43882	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0085	0.0099	0.0245	0.0042	0.0053	0.0173	0.0073	0.0042	0.0072	0.0161	0.0072	0.0054	0.0038	0.0941	0.0038	0.0052
chr3L	4747257	4747408	chr3L:4747258-4747408	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0054	0.0129	0.0214	0.0011	0.0044	0.0104	0.0053	0.0011	0.0079	0.0177	0.0079	0.0186	0.0054	0.0658	0.0054	0.0104
chr3L	4753647	4753808	chr3L:4753648-4753808	FBgn0035571	CG12493	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0197	0.0449	0.0072	0.0052	0.0445	0.0218	0.0826	0.0446	0.0445	0.0048	0.009	0.0048	0.0101	0.0015	0.0084	0.0015	0.0068
chr3L	4757628	4757819	chr3L:4757629-4757819	FBgn0035572	CG13711	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0291	0.0742	0.0063	0.0036	0.0467	0.0155	0.1985	0.0233	0.0467	0.0048	0.0093	0.0048	0.0046	0.0015	0.0077	0.0015	0.001
chr3L	4767800	4767951	chr3L:4767801-4767951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0071	0.0067	0.0051	0.0096	0.0011	0.0029	0.0164	0.0047	0.0011	0.0048	0.0068	0.0048	0.0031	0.0015	0.0084	0.0015	0.0057
chr3L	4800743	4800894	chr3L:4800744-4800894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0049	0.0072	0.023	0.0021	0.0049	0.0069	0.0053	0.0021	0.0066	0.0074	0.0066	0.0039	0.0031	0.0116	0.0031	0.0052
chr3L	4801467	4801618	chr3L:4801468-4801618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0065	0.0046	0.0107	0.0011	0.0063	0.0134	0.0033	0.0011	0.0042	0.0035	0.0042	0.0039	8e-04	0.0052	8e-04	0.0057
chr3L	4805834	4806059	chr3L:4805835-4806059	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0698	0.057	0.0648	0.0895	0.0403	0.0612	0.0662	0.0826	0.0403	0.0453	0.0778	0.0453	0.0813	0.0727	0.0896	0.0727	0.0938
chr3L	4806133	4806314	chr3L:4806134-4806314	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0312	0.0396	0.0511	0.0159	0.0311	0.0441	0.0433	0.0159	0.0296	0.0402	0.0296	0.0519	0.0459	0.049	0.0459	0.0589
chr3L	4806377	4806562	chr3L:4806378-4806562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0313	0.0338	0.0415	0.0117	0.0306	0.0415	0.0466	0.0117	0.0236	0.0383	0.0236	0.0449	0.036	0.0406	0.036	0.0511
chr3L	4814926	4815108	chr3L:4814927-4815108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0134	0.0248	0.0086	0.006	0.0244	0.0107	0.0515	0.0167	0.0244	0.0066	0.0087	0.0066	0.0139	0.0054	0.0058	0.0054	0.0068
chr3L	4824662	4824862	chr3L:4824663-4824862	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1494	0.126	0.1711	0.1518	0.0764	0.151	0.1475	0.1646	0.0764	0.1588	0.2164	0.1588	0.1619	0.134	0.1657	0.134	0.1579
chr3L	4824978	4825179	chr3L:4824979-4825179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0828	0.0783	0.0921	0.0777	0.0488	0.0864	0.0874	0.1186	0.0488	0.0839	0.1199	0.0839	0.0767	0.0681	0.1051	0.0681	0.0578
chr3L	4825244	4825545	chr3L:4825245-4825545	FBgn0027085,FBgn0261797	Aats-leu,Dhc64C	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0996	0.094	0.1138	0.0904	0.07	0.1034	0.109	0.1252	0.07	0.1178	0.137	0.1178	0.1092	0.0949	0.1012	0.0949	0.0823
chr3L	4825703	4825881	chr3L:4825704-4825881	FBgn0027085,FBgn0261797	Aats-leu,Dhc64C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1864	0.1596	0.2183	0.1813	0.1262	0.1786	0.1903	0.2019	0.1262	0.2609	0.245	0.2609	0.2177	0.1853	0.1902	0.1853	0.198
chr3L	4826028	4826179	chr3L:4826029-4826179	FBgn0027085,FBgn0261797	Aats-leu,Dhc64C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0516	0.0588	0.0434	0.0498	0.0529	0.064	0.062	0.0498	0.0737	0.0605	0.0737	0.0713	0.0521	0.0477	0.0521	0.0485
chr3L	4839825	4839976	chr3L:4839826-4839976	FBgn0035578	CG13707	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0095	0.0083	0.0088	0.0117	0.0053	0.0092	0.0121	0.0067	0.0053	0.0115	0.0084	0.0115	0.0155	0.0115	0.0064	0.0115	0.0255
chr3L	4840114	4840318	chr3L:4840115-4840318	FBgn0035578	CG13707	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.031	0.0308	0.032	0.0302	0.018	0.035	0.0407	0.034	0.018	0.0519	0.027	0.0519	0.0442	0.0291	0.0103	0.0291	0.0698
chr3L	4842637	4842969	chr3L:4842638-4842969	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.057	0.0397	0.0428	0.0361	0.0694	0.0787	0.0546	0.0361	0.0368	0.0257	0.0368	0.0101	0.0046	0.0064	0.0046	0.0104
chr3L	4842985	4843185	chr3L:4842986-4843185	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0326	0.0274	0.0312	0.0398	0.0201	0.0311	0.0389	0.028	0.0201	0.0199	0.018	0.0199	0.0077	0.0023	0.0039	0.0023	0.0099
chr3L	4843518	4843690	chr3L:4843519-4843690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0115	0.0254	0.0373	0.0085	0.0112	0.0182	0.0093	0.0085	0.0091	0.0096	0.0091	0.007	8e-04	0.0045	8e-04	0.0057
chr3L	4854017	4854168	chr3L:4854018-4854168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.009	0.0079	0.0095	0.0074	0.0063	0.0147	0.0107	0.0074	0.0066	0.0039	0.0066	0.0108	0.0031	0.0032	0.0031	0.0057
chr3L	4854384	4854535	chr3L:4854385-4854535	distal	distal	none	none	VT25739.1	VT25739.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0083	0.0095	0.0111	0.0117	0.0073	0.0151	0.0033	0.0117	0.0127	0.0061	0.0127	0.0085	0.0031	0.0058	0.0031	0.0068
chr3L	4854797	4854948	chr3L:4854798-4854948	distal	distal	none	none	VT25739.1	VT25739.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0101	0.0101	0.0112	0.0091	0.0064	0.0063	0.0216	0.0053	0.0064	0.0121	0.0077	0.0121	0.0077	0	0.0039	0	0.0042
chr3L	4858568	4858719	chr3L:4858569-4858719	distal	distal	stage14	stage14	VT25741.1	VT25741.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0045	0.0131	0.0128	0	0.0044	0.0095	0.002	0	0.0079	0.0051	0.0079	0.0039	0.0015	0.0019	0.0015	0.0036
chr3L	4858803	4859063	chr3L:4858804-4859063	distal	distal	none	none	VT25741.1	VT25741.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0146	0.0092	0.0143	0.0209	0.0011	0.0078	0.0203	0.0067	0.0011	0.0103	0.0074	0.0103	0.0054	0.0038	0.0019	0.0038	0.0042
chr3L	4859468	4859641	chr3L:4859469-4859641	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.031	0.0227	0.0241	0.0255	0.0175	0.0623	0.0247	0.0255	0.0248	0.018	0.0248	0.0132	0.0092	0.0097	0.0092	0.0135
chr3L	4859905	4860056	chr3L:4859906-4860056	FBgn0047330	CG32235	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0158	0.029	0.0093	0.0081	0.0212	0.0112	0.0696	0.016	0.0212	0.0097	0.0116	0.0097	8e-04	0.0061	0.0026	0.0061	0.0036
chr3L	4898836	4898989	chr3L:4898837-4898989	FBgn0035583	CG13704	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0086	0.0227	0.0145	0.0053	0.0107	0.0134	0.006	0.0053	0.0091	0.0122	0.0091	0.093	0.0046	0.0077	0.0046	0.0386
chr3L	4899192	4899368	chr3L:4899193-4899368	FBgn0035583	CG13704	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0178	0.0116	0.0239	0.0182	0.0053	0.0102	0.0212	0.008	0.0053	0.0115	0.0125	0.0115	0.093	0.0069	0.0077	0.0069	0.0485
chr3L	4900964	4901156	chr3L:4900965-4901156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0126	0.0273	0.0351	0.0053	0.0121	0.0195	0.0147	0.0053	0.0223	0.0325	0.0223	0.0473	0.0184	0.0806	0.0184	0.0485
chr3L	4920783	4920934	chr3L:4920784-4920934	distal	distal	none	none	VT25773.1	VT25773.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0096	0.0088	0.0114	0.0042	0.0053	0.0186	0.01	0.0042	0.0066	0.0087	0.0066	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0047
chr3L	4921154	4921305	chr3L:4921155-4921305	distal	distal	none	none	VT25773.1	VT25773.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0082	0.0081	0.007	0.0096	0.0085	0.0049	0.0156	0.006	0.0085	0.0085	0.0064	0.0085	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0026
chr3L	4921366	4921517	chr3L:4921367-4921517	distal	distal	none	none	VT25773.1	VT25773.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.013	0.0117	0.0075	0.0127	0.0068	0.0229	0.0147	0.0127	0.0175	0.0113	0.0175	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr3L	4922025	4922176	chr3L:4922026-4922176	distal	distal	none	none	VT25773.1	VT25773.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0074	0.0062	0.0057	0.0104	0.0032	0.0039	0.0134	0.0047	0.0032	0.0048	0.0055	0.0048	0.0023	0.0069	0.0032	0.0069	0.0031
chr3L	4922409	4922560	chr3L:4922410-4922560	distal	distal	stage14	stage14	VT25773.1,VT25774.1	VT25773.1,VT25774.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0055	0.0057	0.0138	0.0021	0.0039	0.0125	0.0033	0.0021	0.0072	0.0035	0.0072	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0026
chr3L	4945077	4945257	chr3L:4945078-4945257	distal	distal	stage14	stage14	VT25786.1	VT25786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0091	0.0227	0.0344	0.0053	0.0102	0.0143	0.0073	0.0053	0.0151	0.0103	0.0151	0.0062	0.0092	0.0058	0.0092	0.0036
chr3L	4954982	4955133	chr3L:4954983-4955133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0093	0.0091	0.0081	0.0064	0.0087	0.0169	0.0067	0.0064	0.0145	0.0071	0.0145	0.0039	0.0046	0.0032	0.0046	0.001
chr3L	4960129	4960280	chr3L:4960130-4960280	distal	distal	stage5	stage5	VT25794.1	VT25794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0163	0.0123	0.011	0.0117	0.016	0.0264	0.016	0.0117	0.0187	0.009	0.0187	0.007	0.0061	0.0045	0.0061	0.0057
chr3L	4967228	4967379	chr3L:4967229-4967379	distal	distal	none	none	VT25799.1	VT25799.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0086	0.0058	0.0082	0.0085	0.0044	0.0143	0.01	0.0085	0.0091	0.0035	0.0091	0.0023	0	0.0039	0	0.0031
chr3L	4967556	4967707	chr3L:4967557-4967707	distal	distal	none	none	VT25799.1	VT25799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.009	0.0069	0.0107	0.0032	0.0087	0.0138	0.01	0.0032	0.0115	0.0048	0.0115	0.0054	8e-04	6e-04	8e-04	0.0021
chr3L	4967787	4967938	chr3L:4967788-4967938	distal	distal	none	none	VT25799.1	VT25799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0079	0.0082	0.0106	0.0053	0.0058	0.0147	0.0053	0.0053	0.0091	0.0068	0.0091	0.0077	0.0031	0.0026	0.0031	5e-04
chr3L	4968001	4968152	chr3L:4968002-4968152	distal	distal	none	none	VT25799.1	VT25799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0072	0.0082	0.0117	0.0021	0.0078	0.0112	0.006	0.0021	0.0079	0.0055	0.0079	0.0085	0.0038	0.0019	0.0038	0.0021
chr3L	4969507	4969755	chr3L:4969508-4969755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0218	0.034	0.018	0.0123	0.0201	0.0529	0.0298	0.0446	0.0201	0.0242	0.0116	0.0242	0.0108	0.0031	0.0071	0.0031	0.0036
chr3L	4976217	4976520	chr3L:4976218-4976520	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.267	0.2569	0.3346	0.204	0.2078	0.3136	0.2595	0.3524	0.2078	0.4511	0.3428	0.4511	0.3044	0.1608	0.2128	0.1608	0.1772
chr3L	4982350	4982501	chr3L:4982351-4982501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.0137	0.0128	0.0138	0.0021	0.017	0.0195	0.0147	0.0021	0.0278	0.0077	0.0278	0.007	0.0138	0.0052	0.0138	0.0036
chr3L	4984019	4984170	chr3L:4984020-4984170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0073	0.0083	0.0093	0.004	0.0074	0.0078	0.0138	0.0073	0.0074	0.0054	0.0058	0.0054	0.0062	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr3L	4984929	4985131	chr3L:4984930-4985131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0135	0.0141	0.0123	0.0042	0.0175	0.0182	0.016	0.0042	0.0127	0.0116	0.0127	0.0085	0.0015	0.0026	0.0015	0.0057
chr3L	4986950	4987101	chr3L:4986951-4987101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0074	0.0103	0.0093	0.0053	0.0107	0.0069	0.0087	0.0053	0.0091	0.0074	0.0091	0.0101	0.0031	0.0032	0.0031	0.0042
chr3L	4988351	4988502	chr3L:4988352-4988502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0146	0.012	0.0246	0.0064	0.0032	0.015	0.0125	0.0187	0.0032	0.0356	0.0322	0.0356	0.0108	0.0092	0.0116	0.0092	0.0031
chr3L	4991289	4991440	chr3L:4991290-4991440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0129	0.0105	0.0175	0.0106	0.0032	0.0102	0.0134	0.0153	0.0032	0.038	0.0145	0.038	0.0093	0.0138	0.0084	0.0138	0.0146
chr3L	4991874	4992075	chr3L:4991875-4992075	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0333	0.0298	0.0511	0.0175	0.0032	0.0563	0.0281	0.0306	0.0032	0.1546	0.0228	0.1546	0.0194	0.0475	0.0123	0.0475	0.0099
chr3L	4992135	4992286	chr3L:4992136-4992286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0183	0.0178	0.0282	0.0081	0.0032	0.0374	0.0134	0.018	0.0032	0.0725	0.0141	0.0725	0.0325	0.0222	0.0064	0.0222	0.0047
chr3L	4993949	4994100	chr3L:4993950-4994100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0195	0.0319	0.0194	0.0058	0.017	0.033	0.0359	0.0506	0.017	0.0254	0.0251	0.0254	0.017	0.0107	0.0064	0.0107	0.0047
chr3L	4999284	4999441	chr3L:4999285-4999441	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0263	0.0115	0.0404	0.0273	0.0011	0.0238	0.0117	0.008	0.0011	0.1353	0.0148	0.1353	0.0163	0.1011	0.009	0.1011	0.0125
chr3L	4999576	4999881	chr3L:4999577-4999881	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0526	0.026	0.0766	0.0558	0.0085	0.0592	0.0221	0.012	0.0085	0.2403	0.0334	0.2403	0.0256	0.1715	0.02	0.1715	0.0448
chr3L	5000072	5000223	chr3L:5000073-5000223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0171	0.0117	0.0263	0.0131	0.0053	0.0189	0.0134	0.012	0.0053	0.087	0.0103	0.087	0.0085	0.0329	0.0052	0.0329	0.013
chr3L	5011135	5011286	chr3L:5011136-5011286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0107	0.0093	0.0079	0.0053	0.0112	0.0182	0.0093	0.0053	0.0121	0.0093	0.0121	0.0077	0.0023	0.0019	0.0023	0.0016
chr3L	5013806	5013957	chr3L:5013807-5013957	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0205	0.0254	0.023	0.0123	0.0117	0.0301	0.032	0.03	0.0117	0.0284	0.0174	0.0284	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0047
chr3L	5017123	5017332	chr3L:5017124-5017332	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0299	0.0147	0.0395	0.0365	0.0053	0.0214	0.0173	0.0153	0.0053	0.0217	0.0305	0.0217	0.0108	0.0061	0.0116	0.0061	0.0125
chr3L	5017383	5017534	chr3L:5017384-5017534	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0167	0.0392	0.0334	0.0085	0.0218	0.0208	0.0207	0.0085	0.0248	0.0325	0.0248	0.0194	0.0077	0.0103	0.0077	0.013
chr3L	5017826	5018093	chr3L:5017827-5018093	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0559	0.0461	0.072	0.0493	0.0085	0.0874	0.0277	0.0686	0.0085	0.0525	0.0659	0.0525	0.0333	0.0077	0.0181	0.0077	0.0318
chr3L	5083392	5083580	chr3L:5083393-5083580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0565	0.0527	0.0647	0.0517	0.0265	0.0519	0.0705	0.074	0.0265	0.0719	0.0714	0.0719	0.0821	0.062	0.0503	0.062	0.0631
chr3L	5120807	5120958	chr3L:5120808-5120958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0118	0.0088	0.0141	0.0125	0.0053	0.0087	0.0147	0.008	0.0053	0.0103	0.0164	0.0103	0.0232	0.0015	0.0226	0.0015	0.0208
chr3L	5126868	5127048	chr3L:5126869-5127048	FBgn0035593	CG4603	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.0829	0.0915	0.0849	0.07	0.0811	0.112	0.0973	0.07	0.0966	0.1158	0.0966	0.0937	0.1026	0.1051	0.1026	0.1047
chr3L	5127179	5127349	chr3L:5127180-5127349	FBgn0035593	CG4603	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1257	0.11	0.1409	0.1264	0.0859	0.1155	0.1479	0.1239	0.0859	0.157	0.1621	0.157	0.1495	0.1524	0.1373	0.1524	0.1522
chr3L	5127427	5127631	chr3L:5127428-5127631	FBgn0035593	CG4603	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0695	0.0634	0.0831	0.0613	0.0329	0.0607	0.0956	0.0733	0.0329	0.093	0.0929	0.093	0.0976	0.0735	0.0606	0.0735	0.0776
chr3L	5128573	5128788	chr3L:5128574-5128788	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0523	0.0834	0.0449	0.0258	0.0509	0.035	0.186	0.0573	0.0509	0.0489	0.0527	0.0489	0.0449	0.0314	0.0213	0.0314	0.0297
chr3L	5129044	5129264	chr3L:5129045-5129264	FBgn0035591,FBgn0035592	CG10674,CG4611	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0778	0.0831	0.0859	0.0631	0.0541	0.0699	0.1315	0.0933	0.0541	0.1105	0.0936	0.1105	0.0868	0.0651	0.0696	0.0651	0.0834
chr3L	5129351	5129521	chr3L:5129352-5129521	FBgn0035591,FBgn0035592	CG10674,CG4611	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1114	0.0975	0.1393	0.0964	0.0551	0.0898	0.1423	0.1272	0.0551	0.1703	0.1592	0.1703	0.1456	0.0873	0.1044	0.0873	0.123
chr3L	5132379	5132615	chr3L:5132380-5132615	FBgn0035589,FBgn0035590	CG10673,CHMP2B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.0747	0.0981	0.0727	0.0541	0.0786	0.0934	0.0979	0.0541	0.1196	0.1138	0.1196	0.0991	0.0888	0.0703	0.0888	0.087
chr3L	5132637	5132817	chr3L:5132638-5132817	FBgn0035589,FBgn0035590	CG10673,CHMP2B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0999	0.0804	0.1213	0.0983	0.0657	0.0854	0.0982	0.1033	0.0657	0.1359	0.1357	0.1359	0.1356	0.124	0.0974	0.124	0.1172
chr3L	5134676	5134864	chr3L:5134677-5134864	FBgn0035587,FBgn0035588	CG10672,CG4623	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0413	0.0231	0.0429	0.06	0.0117	0.0325	0.029	0.022	0.0117	0.0362	0.0482	0.0362	0.0674	0.0551	0.0735	0.0551	0.0839
chr3L	5138644	5138918	chr3L:5138645-5138918	FBgn0028962,FBgn0035586	Aats-ala-m,CG10671	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.0447	0.0547	0.0437	0.0308	0.0393	0.0614	0.06	0.0308	0.0694	0.0611	0.0694	0.0565	0.0505	0.0542	0.0505	0.0547
chr3L	5139099	5139273	chr3L:5139100-5139273	FBgn0028962,FBgn0035586	Aats-ala-m,CG10671	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1248	0.164	0.1231	0.088	0.1403	0.1535	0.1592	0.088	0.1884	0.181	0.1884	0.1851	0.1118	0.1438	0.1118	0.1605
chr3L	5145398	5145584	chr3L:5145399-5145584	FBgn0010747,FBgn0263831	Gen,Srp54k	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1021	0.0876	0.1245	0.0936	0.0541	0.1092	0.1029	0.1093	0.0541	0.1395	0.1444	0.1395	0.117	0.0926	0.0974	0.0926	0.1157
chr3L	5145658	5145843	chr3L:5145659-5145843	FBgn0010747,FBgn0263831	Gen,Srp54k	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1732	0.1397	0.2143	0.1654	0.105	0.1728	0.1553	0.1752	0.105	0.2488	0.2395	0.2488	0.2107	0.1562	0.1825	0.1562	0.2001
chr3L	5148027	5148178	chr3L:5148028-5148178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.014	0.0169	0.0315	0.0053	0.0155	0.019	0.018	0.0053	0.0181	0.0151	0.0181	0.0178	0.0038	0.0103	0.0038	0.0146
chr3L	5148327	5148478	chr3L:5148328-5148478	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0147	0.0165	0.0348	0.0085	0.0121	0.0203	0.0207	0.0085	0.0187	0.0141	0.0187	0.0108	0.0038	0.0071	0.0038	0.0104
chr3L	5150987	5151149	chr3L:5150988-5151149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0171	0.0169	0.0164	0.0181	0.0095	0.0155	0.029	0.0167	0.0095	0.0157	0.0109	0.0157	0.0349	0.01	0.0064	0.01	0.0344
chr3L	5153554	5153705	chr3L:5153555-5153705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0118	0.0106	0.0109	0.0141	0.0042	0.0121	0.0169	0.0107	0.0042	0.0097	0.0122	0.0097	0.0147	0.0107	0.0258	0.0107	0.0109
chr3L	5161503	5161654	chr3L:5161504-5161654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0085	0.0104	0.0099	0.0053	0.0097	0.0151	0.0033	0.0053	0.0103	0.0061	0.0103	0.0178	0.0015	0.0013	0.0015	0.0057
chr3L	5162350	5162501	chr3L:5162351-5162501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0074	0.0081	0.0187	0.0021	0.0102	0.0108	0.006	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0062	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chr3L	5167210	5167361	chr3L:5167211-5167361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0085	0.0126	0.0295	0.0032	0.0107	0.0125	0.0073	0.0032	0.0103	0.0074	0.0103	0.0178	0.0054	0.0084	0.0054	0.0167
chr3L	5167398	5167558	chr3L:5167399-5167558	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0085	0.0112	0.0294	0.0032	0.0102	0.0134	0.0067	0.0032	0.0079	0.0061	0.0079	0.017	0.0038	0.0058	0.0038	0.0203
chr3L	5169120	5169376	chr3L:5169121-5169376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0274	0.0213	0.0263	0.0355	0.0159	0.0267	0.029	0.018	0.0159	0.0223	0.018	0.0223	0.062	0.013	0.0129	0.013	0.0818
chr3L	5169924	5170274	chr3L:5169925-5170274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0263	0.0234	0.0232	0.0329	0.0117	0.0243	0.0376	0.02	0.0117	0.0157	0.0141	0.0157	0.0596	0.0145	0.0142	0.0145	0.0693
chr3L	5172115	5172284	chr3L:5172116-5172284	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.022	0.0155	0.0189	0.0329	0.0064	0.0238	0.0216	0.0093	0.0064	0.0109	0.0138	0.0109	0.038	0.0107	0.0161	0.0107	0.0433
chr3L	5172505	5172677	chr3L:5172506-5172677	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0185	0.0141	0.0133	0.0291	0.0053	0.0228	0.0195	0.0073	0.0053	0.0115	0.0109	0.0115	0.0294	0.0084	0.0123	0.0084	0.0459
chr3L	5174187	5174377	chr3L:5174188-5174377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0126	0.0189	0.0351	0.0011	0.0131	0.0182	0.016	0.0011	0.0072	0.0109	0.0072	0.0666	0.01	0.0097	0.01	0.0776
chr3L	5176003	5176154	chr3L:5176004-5176154	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0115	0.0142	0.0407	0.0106	0.0141	0.0151	0.01	0.0106	0.0097	0.0103	0.0097	0.007	0.01	0.011	0.01	0.0172
chr3L	5177338	5177489	chr3L:5177339-5177489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0247	0.0128	0.0226	0.0404	0.0053	0.0204	0.0121	0.0167	0.0053	0.0211	0.0145	0.0211	0.0403	0.0391	0.02	0.0391	0.05
chr3L	5177920	5178146	chr3L:5177921-5178146	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1572	0.1352	0.1388	0.2018	0.0986	0.1859	0.1246	0.1765	0.0986	0.1178	0.1035	0.1178	0.2084	0.2397	0.127	0.2397	0.2241
chr3L	5179884	5180250	chr3L:5179885-5180250	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1399	0.12	0.1449	0.1567	0.0551	0.2204	0.1133	0.1013	0.0551	0.1461	0.1116	0.1461	0.1751	0.0934	0.0741	0.0934	0.211
chr3L	5180352	5180535	chr3L:5180353-5180535	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1112	0.0978	0.1203	0.116	0.0541	0.1607	0.0973	0.0999	0.0541	0.1208	0.1071	0.1208	0.117	0.0597	0.06	0.0597	0.1678
chr3L	5180900	5181374	chr3L:5180901-5181374	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0817	0.0667	0.0915	0.0876	0.0244	0.1073	0.0692	0.0726	0.0244	0.0501	0.0945	0.0501	0.1356	0.0161	0.058	0.0161	0.1183
chr3L	5185947	5186098	chr3L:5185948-5186098	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0039	0.0047	0.013	0.0032	0.0034	0.0065	0.004	0.0032	0.0024	0.0035	0.0024	0.007	0.0023	0.0026	0.0023	0.0057
chr3L	5194367	5194518	chr3L:5194368-5194518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0108	0.0088	0.015	0.0021	0.0112	0.019	0.012	0.0021	0.0079	0.008	0.0079	0.0046	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chr3L	5198593	5198744	chr3L:5198594-5198744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0069	0.0079	0.0191	0	0.0049	0.0125	0.0067	0	0.0048	0.0061	0.0048	0.007	0.0084	0.0058	0.0084	0.0125
chr3L	5199375	5199526	chr3L:5199376-5199526	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0059	0.0143	0.0237	0.0053	0.0034	0.0099	0.0067	0.0053	0.0187	0.0113	0.0187	0.0225	0.0222	0.0084	0.0222	0.0198
chr3L	5210275	5210426	chr3L:5210276-5210426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0067	0.0046	0.0075	0.0032	0.0049	0.0121	0.0053	0.0032	0.0066	0.0068	0.0066	0.0015	0.0023	0	0.0023	0.0052
chr3L	5217269	5217420	chr3L:5217270-5217420	distal	distal	none	none	VT25920.1,VT25921.1	VT25920.1,VT25921.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0081	0.0103	0.0056	0.0085	0.0042	0.0058	0.0225	0.0087	0.0042	0.0042	0.0055	0.0042	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chr3L	5224436	5224587	chr3L:5224437-5224587	distal	distal	none	none	VT25925.1	VT25925.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.008	0.0058	0.0138	0.0053	0.0053	0.0147	0.008	0.0053	0.0066	0.0064	0.0066	0.0031	0.0038	0.0026	0.0038	0.0042
chr3L	5226804	5226955	chr3L:5226805-5226955	distal	distal	stage14	stage14	VT25926.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0072	0.0047	0.0096	0.0032	0.0058	0.0134	0.008	0.0032	0.006	0.0051	0.006	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0026
chr3L	5240713	5240864	chr3L:5240714-5240864	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.005	0.0081	0.0241	0.0011	0.0029	0.0117	0.004	0.0011	0.0091	0.0048	0.0091	0.0085	0.0092	0.0077	0.0092	0.0156
chr3L	5241049	5241200	chr3L:5241050-5241200	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0062	0.0115	0.0345	0.0064	0.0039	0.0121	0.0053	0.0064	0.0066	0.0071	0.0066	0.0209	0.0123	0.0123	0.0123	0.0297
chr3L	5241388	5241595	chr3L:5241389-5241595	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.023	0.0088	0.0173	0.0451	0.0064	0.0083	0.0125	0.01	0.0064	0.0066	0.0151	0.0066	0.0403	0.0161	0.0406	0.0161	0.0625
chr3L	5248778	5248929	chr3L:5248779-5248929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0091	0.0098	0.0135	0.0032	0.0083	0.016	0.008	0.0032	0.0091	0.0096	0.0091	0.0124	0.0061	0.0039	0.0061	0.0109
chr3L	5266524	5266675	chr3L:5266525-5266675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0066	0.0049	0.012	0.0053	0.0044	0.0099	0.0087	0.0053	0.0066	0.0032	0.0066	0.0046	0.0046	6e-04	0.0046	0.0042
chr3L	5268807	5268958	chr3L:5268808-5268958	distal	distal	stage5	stage5	VT25948.1	VT25948.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0243	0.0318	0.0237	0.0167	0.0127	0.0301	0.0441	0.0473	0.0127	0.0254	0.0289	0.0254	0.0147	0.0123	0.011	0.0123	0.0115
chr3L	5269734	5269885	chr3L:5269735-5269885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0252	0.0343	0.0241	0.0163	0.017	0.0301	0.0437	0.0566	0.017	0.0157	0.0331	0.0157	0.0232	0.0092	0.0155	0.0092	0.0177
chr3L	5269978	5270129	chr3L:5269979-5270129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0228	0.0338	0.0183	0.0156	0.0223	0.0223	0.0471	0.0533	0.0223	0.0127	0.0238	0.0127	0.0116	0.0069	0.0077	0.0069	0.0094
chr3L	5270242	5270443	chr3L:5270243-5270443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0512	0.0641	0.0442	0.0447	0.0382	0.0466	0.0813	0.1139	0.0382	0.0248	0.0582	0.0248	0.0442	0.0352	0.0355	0.0352	0.0302
chr3L	5270721	5270931	chr3L:5270722-5270931	FBgn0052423	shep	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0472	0.05	0.0416	0.0503	0.0297	0.035	0.0571	0.1006	0.0297	0.0338	0.0453	0.0338	0.0511	0.0436	0.0297	0.0436	0.0459
chr3L	5271010	5271196	chr3L:5271011-5271196	FBgn0052423	shep	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0841	0.0666	0.0821	0.106	0.0435	0.0694	0.0679	0.1119	0.0435	0.0761	0.0884	0.0761	0.1115	0.1133	0.0832	0.1133	0.1204
chr3L	5271264	5271446	chr3L:5271265-5271446	FBgn0052423	shep	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0604	0.045	0.0585	0.0797	0.0297	0.0505	0.0424	0.0759	0.0297	0.0616	0.0601	0.0616	0.0906	0.0812	0.0664	0.0812	0.0891
chr3L	5271872	5272023	chr3L:5271873-5272023	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0049	0.0065	0.0205	0.0042	0.0015	0.0121	0.0027	0.0042	0.0079	0.0029	0.0079	0.0054	0.0031	0.0039	0.0031	0.0094
chr3L	5273433	5273584	chr3L:5273434-5273584	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.005	0.0047	0.0171	0.0011	0.0044	0.0095	0.0053	0.0011	0.0042	0.0035	0.0042	0.0015	0	0.0013	0	0.0042
chr3L	5279870	5280021	chr3L:5279871-5280021	distal	distal	none	none	VT25954.1	VT25954.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.01	0.0063	0.0093	0.0032	0.0053	0.019	0.0127	0.0032	0.0066	0.0039	0.0066	0.0054	8e-04	0.0026	8e-04	0.0052
chr3L	5318936	5319087	chr3L:5318937-5319087	distal	distal	none	none	VT25972.1	VT25972.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0264	0.0085	0.0049	0.0212	0.0107	0.0515	0.028	0.0212	0.0103	0.0116	0.0103	0.0046	0.0031	0.0103	0.0031	0.0031
chr3L	5322737	5322888	chr3L:5322738-5322888	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0071	0.0081	0.0184	0.0064	0.0044	0.0134	0.006	0.0064	0.0079	0.0074	0.0079	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0047
chr3L	5335103	5335300	chr3L:5335104-5335300	FBgn0011986	tRNA:S7:64D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0639	0.0438	0.0434	0.0435	0.0578	0.0934	0.0746	0.0435	0.058	0.0463	0.058	0.0565	0.0528	0.0368	0.0528	0.0782
chr3L	5336491	5336642	chr3L:5336492-5336642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0081	0.0103	0.0273	0.0032	0.0083	0.0125	0.0087	0.0032	0.006	0.0113	0.006	0.0201	0.0268	0.0271	0.0268	0.0443
chr3L	5346047	5346349	chr3L:5346048-5346349	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0547	0.0499	0.078	0.0344	0.0244	0.068	0.0484	0.074	0.0244	0.0628	0.1244	0.0628	0.0565	0.0268	0.0651	0.0268	0.0401
chr3L	5346849	5347000	chr3L:5346850-5347000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0165	0.0273	0.0298	0.0042	0.0204	0.0238	0.016	0.0042	0.0217	0.0241	0.0217	0.0565	0.0337	0.0174	0.0337	0.062
chr3L	5347442	5347593	chr3L:5347443-5347593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0276	0.0272	0.0343	0.0206	0.0127	0.0456	0.0238	0.03	0.0127	0.0386	0.0338	0.0386	0.0248	0.0375	0.0135	0.0375	0.0214
chr3L	5347950	5348222	chr3L:5347951-5348222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.078	0.0602	0.0938	0.0806	0.0308	0.0806	0.0619	0.0853	0.0308	0.1033	0.1116	0.1033	0.1007	0.1187	0.0799	0.1187	0.11
chr3L	5348361	5348560	chr3L:5348362-5348560	FBgn0016031	lama	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1521	0.1043	0.1921	0.1615	0.0679	0.1539	0.0822	0.1539	0.0679	0.2174	0.2254	0.2174	0.2285	0.2282	0.1992	0.2282	0.2387
chr3L	5348671	5348861	chr3L:5348672-5348861	FBgn0016031	lama	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.102	0.0779	0.127	0.1014	0.0456	0.1	0.0709	0.1213	0.0456	0.1178	0.1617	0.1178	0.1425	0.1309	0.1412	0.1309	0.1386
chr3L	5349086	5349237	chr3L:5349087-5349237	FBgn0016031,FBgn0052420	lama,tRNA:CR32420	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.0571	0.0681	0.0358	0.0424	0.0587	0.0701	0.0759	0.0424	0.0719	0.0855	0.0719	0.0697	0.0505	0.0471	0.0505	0.0386
chr3L	5349361	5349529	chr3L:5349362-5349529	FBgn0016031,FBgn0052420,FBgn0052421	lama,tRNA:CR32420,tRNA:CR32421	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1017	0.1043	0.1147	0.0845	0.0626	0.1248	0.1181	0.1392	0.0626	0.1256	0.1302	0.1256	0.1487	0.1011	0.1019	0.1011	0.1079
chr3L	5349743	5349918	chr3L:5349744-5349918	FBgn0052420,FBgn0052421	tRNA:CR32420,tRNA:CR32421	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.1153	0.1266	0.0873	0.105	0.1345	0.1388	0.1319	0.105	0.154	0.1421	0.154	0.1332	0.098	0.1019	0.098	0.1146
chr3L	5352231	5352394	chr3L:5352232-5352394	FBgn0004380	Klp64D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0608	0.0552	0.0727	0.0539	0.0286	0.066	0.0744	0.06	0.0286	0.0912	0.0759	0.0912	0.072	0.0674	0.0477	0.0674	0.0667
chr3L	5352438	5352610	chr3L:5352439-5352610	FBgn0004380	Klp64D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0835	0.0733	0.0972	0.0798	0.0467	0.084	0.0904	0.0966	0.0467	0.1153	0.1119	0.1153	0.0922	0.0934	0.0709	0.0934	0.0954
chr3L	5353253	5353430	chr3L:5353254-5353430	FBgn0035600	CG4769	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1128	0.0975	0.1345	0.1063	0.0721	0.1165	0.1064	0.1366	0.0721	0.186	0.1489	0.186	0.1387	0.121	0.0993	0.121	0.1485
chr3L	5353545	5353782	chr3L:5353546-5353782	FBgn0035600	CG4769	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1067	0.1053	0.1232	0.0902	0.0785	0.1199	0.1094	0.1586	0.0785	0.163	0.1344	0.163	0.134	0.0995	0.0903	0.0995	0.1313
chr3L	5353847	5354027	chr3L:5353848-5354027	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1204	0.0987	0.1561	0.1054	0.0753	0.1204	0.0952	0.1479	0.0753	0.2071	0.1743	0.2071	0.1789	0.1156	0.1148	0.1156	0.1569
chr3L	5358776	5358949	chr3L:5358777-5358949	FBgn0035601	Uev1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0663	0.0951	0.0745	0.0403	0.0777	0.08	0.0839	0.0403	0.131	0.0929	0.131	0.0798	0.0727	0.0754	0.0727	0.0844
chr3L	5359211	5359391	chr3L:5359212-5359391	FBgn0035601,FBgn0260856	Uev1A,membrin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.198	0.1716	0.2419	0.1794	0.1453	0.2019	0.186	0.2185	0.1453	0.3043	0.2534	0.3043	0.2324	0.2052	0.1728	0.2052	0.2137
chr3L	5359448	5359646	chr3L:5359449-5359646	FBgn0035601,FBgn0260856	Uev1A,membrin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1493	0.1264	0.1854	0.1354	0.123	0.1432	0.1354	0.1659	0.123	0.2409	0.1884	0.2409	0.1875	0.1417	0.1399	0.1417	0.1574
chr3L	5359717	5359900	chr3L:5359718-5359900	FBgn0035601,FBgn0260856	Uev1A,membrin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0678	0.083	0.0628	0.0551	0.0825	0.0774	0.0813	0.0551	0.099	0.0926	0.099	0.0844	0.0643	0.0638	0.0643	0.0761
chr3L	5359934	5360187	chr3L:5359935-5360187	FBgn0260856	membrin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.061	0.0613	0.0731	0.0473	0.0435	0.068	0.0822	0.0693	0.0435	0.093	0.0762	0.093	0.0806	0.0567	0.0529	0.0567	0.0537
chr3L	5360209	5360360	chr3L:5360210-5360360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0368	0.0385	0.0258	0.0212	0.0311	0.0532	0.05	0.0212	0.0447	0.0434	0.0447	0.0426	0.0306	0.0264	0.0306	0.0334
chr3L	5360845	5361020	chr3L:5360846-5361020	FBgn0035603	CG10635	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0459	0.0612	0.0407	0.0255	0.0519	0.0532	0.0673	0.0255	0.0755	0.0669	0.0755	0.0651	0.0513	0.0393	0.0513	0.0542
chr3L	5361076	5361240	chr3L:5361077-5361240	FBgn0035603	CG10635	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0852	0.074	0.103	0.0781	0.0551	0.0971	0.0722	0.1026	0.0551	0.1238	0.1122	0.1238	0.1123	0.0873	0.0767	0.0873	0.0969
chr3L	5361345	5361518	chr3L:5361346-5361518	FBgn0035603	CG10635	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0502	0.0665	0.0533	0.0392	0.0621	0.0601	0.0546	0.0392	0.0882	0.0723	0.0882	0.0643	0.0643	0.0548	0.0643	0.0547
chr3L	5383121	5383272	chr3L:5383122-5383272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0098	0.008	0.0124	0.0032	0.0083	0.0195	0.0093	0.0032	0.006	0.0106	0.006	0.0054	0.0046	0.0039	0.0046	0.0083
chr3L	5383592	5383743	chr3L:5383593-5383743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.012	0.0093	0.0095	0.0177	0.0021	0.0019	0.0247	0.0067	0.0021	0.0109	0.0103	0.0109	0.0054	0.0069	0.0064	0.0069	0.0089
chr3L	5388360	5388511	chr3L:5388361-5388511	distal	distal	stage14	stage14	VT26009.1	VT26009.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0129	0.0086	0.0113	0.0194	0.0021	0.0063	0.0173	0.008	0.0021	0.0151	0.0077	0.0151	0.0062	0.0038	0.0064	0.0038	0.0057
chr3L	5388645	5388796	chr3L:5388646-5388796	distal	distal	stage14	stage14	VT26009.1,VT26010.1	VT26009.1,VT26010.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0092	0.0085	0.0069	0.0127	0.0032	0.0083	0.0173	0.0047	0.0032	0.0072	0.0058	0.0072	0.007	8e-04	0.0032	8e-04	0.0036
chr3L	5389886	5390037	chr3L:5389887-5390037	distal	distal	none	none	VT26010.1	VT26010.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0109	0.0102	0.011	0.0116	0.0032	0.0083	0.0199	0.0093	0.0032	0.0205	0.0087	0.0205	0.0101	0.0138	0.0052	0.0138	0.0036
chr3L	5406250	5406422	chr3L:5406251-5406422	distal	distal	none	none	VT26019.1	VT26019.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0255	0.036	0.0322	0.0063	0.0308	0.0296	0.0523	0.044	0.0308	0.0574	0.0299	0.0574	0.031	0.0061	0.0026	0.0061	0.0042
chr3L	5416995	5417146	chr3L:5416996-5417146	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.014	0.008	0.0235	0.0117	0.0039	0.0329	0.0053	0.0117	0.006	0.0068	0.006	0.0077	0.0015	0.0045	0.0015	0.0063
chr3L	5441109	5441260	chr3L:5441110-5441260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0166	0.0099	0.0113	0.0138	0.015	0.0242	0.0193	0.0138	0.0151	0.009	0.0151	0.0077	0.0054	0.0019	0.0054	0.0047
chr3L	5445715	5445866	chr3L:5445716-5445866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0095	0.0077	0.0228	0.0106	0.0049	0.0147	0.0113	0.0106	0.0097	0.0084	0.0097	0.0046	0.0161	0.0084	0.0161	0.0083
chr3L	5474673	5474824	chr3L:5474674-5474824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0105	0.0099	0.0095	0.0064	0.0073	0.0182	0.0127	0.0064	0.0115	0.0122	0.0115	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0047
chr3L	5477260	5477411	chr3L:5477261-5477411	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0083	0.0077	0.0139	0.0021	0.0063	0.0151	0.0107	0.0021	0.0097	0.0045	0.0097	0.0077	8e-04	0.0032	8e-04	0.0057
chr3L	5489805	5489956	chr3L:5489806-5489956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0071	0.0062	0.0116	0.0042	0.0039	0.0138	0.006	0.0042	0.006	0.0077	0.006	0.0054	0.0023	0.0052	0.0023	0.0057
chr3L	5491742	5491893	chr3L:5491743-5491893	FBgn0035608	blanks	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0132	0.0265	0.0081	0.0038	0.0138	0.016	0.0528	0.0253	0.0138	0.0097	0.0084	0.0097	0.0077	0.0054	0.0019	0.0054	0.0026
chr3L	5492009	5492160	chr3L:5492010-5492160	FBgn0035608	blanks	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0187	0.0414	0.0075	0.0056	0.0318	0.0248	0.077	0.04	0.0318	0.006	0.009	0.006	0.0093	0.0054	0.0019	0.0054	0.0078
chr3L	5504391	5504550	chr3L:5504392-5504550	FBgn0085371	CG34342	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0181	0.0227	0.0208	0.01	0.0053	0.05	0.0199	0.0133	0.0053	0.0652	0.0093	0.0652	0.0108	0.0115	0.0097	0.0115	0.0115
chr3L	5504893	5505044	chr3L:5504894-5505044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0167	0.015	0.0127	0.0231	0.0074	0.0228	0.0199	0.0113	0.0074	0.0266	0.0087	0.0266	0.0147	0.0222	0.0181	0.0222	0.0328
chr3L	5505147	5505334	chr3L:5505148-5505334	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.016	0.0235	0.0877	0.0127	0.0175	0.0242	0.0127	0.0127	0.0193	0.0151	0.0193	0.062	0.0972	0.0696	0.0972	0.1219
chr3L	5516144	5516308	chr3L:5516145-5516308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0143	0.0228	0.0084	0.0114	0.0127	0.0107	0.0433	0.0266	0.0127	0.006	0.0113	0.006	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0031
chr3L	5527471	5527672	chr3L:5527472-5527672	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0171	0.0102	0.0143	0.0277	0.0042	0.0102	0.0169	0.01	0.0042	0.0103	0.0151	0.0103	0.031	0.0123	0.0342	0.0123	0.0578
chr3L	5530692	5530875	chr3L:5530693-5530875	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0283	0.0317	0.0416	0.018	0.0306	0.0394	0.0306	0.018	0.0429	0.0302	0.0429	0.0519	0.0505	0.0529	0.0505	0.0693
chr3L	5531170	5531321	chr3L:5531171-5531321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0238	0.0212	0.0234	0.0273	0.0106	0.017	0.0342	0.0227	0.0106	0.0284	0.0244	0.0284	0.0364	0.0352	0.0284	0.0352	0.0459
chr3L	5541330	5541481	chr3L:5541331-5541481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0077	0.0071	0.007	0.0091	0.0064	0.0049	0.0147	0.004	0.0064	0.0054	0.0106	0.0054	0.0039	0.0061	0.0245	0.0061	0.0078
chr3L	5541769	5541920	chr3L:5541770-5541920	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0071	0.0064	0.006	0.0093	0.0042	0.0049	0.0121	0.004	0.0042	0.0042	0.0093	0.0042	0.0039	0.0031	0.0316	0.0031	0.0016
chr3L	5552303	5552454	chr3L:5552304-5552454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0206	0.0182	0.022	0.0217	0.0064	0.0209	0.026	0.0207	0.0064	0.0181	0.0277	0.0181	0.0318	0.0138	0.0251	0.0138	0.0459
chr3L	5554378	5554529	chr3L:5554379-5554529	FBgn0010894	sinu	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.055	0.0466	0.0693	0.0486	0.0255	0.0602	0.0545	0.0633	0.0255	0.0815	0.0804	0.0815	0.0798	0.0421	0.0574	0.0421	0.0719
chr3L	5554593	5554766	chr3L:5554594-5554766	FBgn0010894	sinu	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0986	0.0875	0.1214	0.0861	0.0562	0.1117	0.1021	0.1099	0.0562	0.1419	0.1418	0.1419	0.1325	0.0881	0.0922	0.0881	0.1188
chr3L	5556454	5556639	chr3L:5556455-5556639	FBgn0029118,FBgn0029121	Sras,Sucb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0803	0.0694	0.0981	0.0728	0.0371	0.0927	0.0709	0.0966	0.0371	0.1268	0.1003	0.1268	0.1084	0.0674	0.0716	0.0674	0.1058
chr3L	5556746	5556927	chr3L:5556747-5556927	FBgn0029118,FBgn0029121	Sras,Sucb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1363	0.2011	0.1486	0.0838	0.1733	0.1453	0.1825	0.0838	0.253	0.2193	0.253	0.1952	0.1554	0.1599	0.1554	0.1798
chr3L	5558235	5558413	chr3L:5558236-5558413	FBgn0040239	bc10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1379	0.1219	0.165	0.126	0.0976	0.1408	0.144	0.1512	0.0976	0.2029	0.1775	0.2029	0.1665	0.1455	0.1296	0.1455	0.1496
chr3L	5558456	5558810	chr3L:5558457-5558810	FBgn0040239	bc10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1127	0.1048	0.133	0.0993	0.0668	0.1248	0.1159	0.1466	0.0668	0.157	0.1479	0.157	0.1317	0.1156	0.0916	0.1156	0.1261
chr3L	5570432	5570583	chr3L:5570433-5570583	FBgn0015766	Msr-110	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0188	0.0113	0.0118	0.0347	0.0053	0.0112	0.0208	0.01	0.0053	0.006	0.0164	0.006	0.0163	0.0061	0.1212	0.0061	0.0203
chr3L	5570808	5570959	chr3L:5570809-5570959	FBgn0015766	Msr-110	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0074	0.0105	0.0207	0.0021	0.0073	0.0143	0.0053	0.0021	0.0072	0.0154	0.0072	0.0101	0.0046	0.0638	0.0046	0.0162
chr3L	5571176	5571327	chr3L:5571177-5571327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0161	0.0113	0.0114	0.0265	0.0074	0.0107	0.0169	0.0107	0.0074	0.0079	0.0161	0.0079	0.0116	0.01	0.069	0.01	0.0302
chr3L	5571689	5571840	chr3L:5571690-5571840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0075	0.0098	0.017	0.0021	0.0078	0.0117	0.0093	0.0021	0.0036	0.017	0.0036	0.0139	0.0023	0.0548	0.0023	0.0125
chr3L	5576155	5576328	chr3L:5576156-5576328	FBgn0035617	l(3)psg2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0541	0.0628	0.0521	0.0255	0.0602	0.0744	0.0646	0.0255	0.0767	0.0646	0.0767	0.0689	0.0613	0.0548	0.0613	0.0646
chr3L	5576426	5576598	chr3L:5576427-5576598	FBgn0035617	l(3)psg2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1596	0.1441	0.1827	0.1517	0.1018	0.1558	0.1717	0.1919	0.1018	0.2216	0.1926	0.2216	0.1851	0.1669	0.1534	0.1669	0.1834
chr3L	5576699	5576875	chr3L:5576700-5576875	FBgn0035617	l(3)psg2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1525	0.1421	0.1712	0.1437	0.1113	0.1524	0.1721	0.1832	0.1113	0.2174	0.1823	0.2174	0.1751	0.1455	0.1438	0.1455	0.1782
chr3L	5582273	5582424	chr3L:5582274-5582424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.02	0.038	0.0142	0.0063	0.0244	0.0155	0.0848	0.0326	0.0244	0.0121	0.0161	0.0121	0.0155	0.0054	0.0103	0.0054	0.0068
chr3L	5582562	5582713	chr3L:5582563-5582713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0441	0.0141	0.0086	0.0392	0.0165	0.0917	0.0366	0.0392	0.0199	0.0138	0.0199	0.0101	0.0084	0.011	0.0084	0.0078
chr3L	5583648	5583799	chr3L:5583649-5583799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0246	0.0408	0.0218	0.0095	0.0297	0.0272	0.0735	0.0393	0.0297	0.0229	0.0235	0.0229	0.0248	0.0107	0.0116	0.0107	0.0115
chr3L	5584429	5584595	chr3L:5584430-5584595	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0454	0.018	0.0102	0.0403	0.0272	0.0843	0.042	0.0403	0.0223	0.0219	0.0223	0.0163	0.0123	0.0103	0.0123	0.0135
chr3L	5585301	5585530	chr3L:5585302-5585530	FBgn0003486	spo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0661	0.1549	0.0256	0.0114	0.1686	0.0626	0.2785	0.1759	0.1686	0.0187	0.0389	0.0187	0.0186	0.0077	0.0181	0.0077	0.0094
chr3L	5585833	5585984	chr3L:5585834-5585984	FBgn0003486	spo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0451	0.0184	0.0082	0.0424	0.0218	0.0744	0.058	0.0424	0.0205	0.0212	0.0205	0.0178	0.01	0.011	0.01	0.0073
chr3L	5588121	5588272	chr3L:5588122-5588272	FBgn0035619,FBgn0035620	CG10592,CG5150	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0207	0.0268	0.0184	0.0163	0.0159	0.0199	0.048	0.0266	0.0159	0.0133	0.0183	0.0133	0.0434	0.0092	0.0251	0.0092	0.0261
chr3L	5591811	5591962	chr3L:5591812-5591962	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.011	0.0108	0.015	0.0032	0.0107	0.0173	0.0133	0.0032	0.0103	0.0141	0.0103	0.0093	0.0107	0.0413	0.0107	0.0094
chr3L	5592154	5592305	chr3L:5592155-5592305	FBgn0035621	CG10591	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.0096	0.0088	0.0134	0.0053	0.0063	0.016	0.014	0.0053	0.0091	0.0122	0.0091	0.0046	8e-04	0.0451	8e-04	0.0052
chr3L	5592467	5592618	chr3L:5592468-5592618	FBgn0035621	CG10591	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0106	0.0099	0.0141	0.0042	0.0087	0.0186	0.0113	0.0042	0.0072	0.0125	0.0072	0.0085	0.0054	0.0496	0.0054	0.0047
chr3L	5593003	5593201	chr3L:5593004-5593201	FBgn0035621	CG10591	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0234	0.0326	0.0294	0.0106	0.0199	0.0376	0.0233	0.0106	0.0229	0.0559	0.0229	0.0217	0.013	0.0825	0.013	0.0224
chr3L	5593334	5593609	chr3L:5593335-5593609	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0387	0.0394	0.0398	0.0366	0.0244	0.0359	0.0549	0.0506	0.0244	0.0338	0.0553	0.0338	0.0403	0.023	0.0677	0.023	0.0479
chr3L	5593911	5594062	chr3L:5593912-5594062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0215	0.0174	0.0216	0.0259	0.0032	0.0131	0.0311	0.0167	0.0032	0.0181	0.0235	0.0181	0.038	0.01	0.0322	0.01	0.05
chr3L	5596726	5596913	chr3L:5596727-5596913	FBgn0035622	CG10590	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0632	0.0575	0.0766	0.0547	0.0361	0.0602	0.0822	0.068	0.0361	0.0948	0.0781	0.0948	0.086	0.0712	0.0554	0.0712	0.0672
chr3L	5596955	5597143	chr3L:5596956-5597143	FBgn0035622	CG10590	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0989	0.0915	0.1168	0.0877	0.0604	0.1024	0.1081	0.1272	0.0604	0.1528	0.1186	0.1528	0.1177	0.0888	0.0903	0.0888	0.1167
chr3L	5597344	5597519	chr3L:5597345-5597519	FBgn0035622,FBgn0035623	CG10590,mthl2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0857	0.0763	0.1065	0.0734	0.0488	0.0961	0.0887	0.0966	0.0488	0.1401	0.1116	0.1401	0.0906	0.0712	0.0787	0.0712	0.0974
chr3L	5598815	5598966	chr3L:5598816-5598966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0293	0.0272	0.0178	0.0233	0.0175	0.048	0.036	0.0233	0.0223	0.0379	0.0223	0.0209	0.0214	0.0264	0.0214	0.0151
chr3L	5601088	5601282	chr3L:5601089-5601282	FBgn0035624	Eaf6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0673	0.0613	0.082	0.0578	0.0339	0.0636	0.08	0.0839	0.0339	0.1014	0.0897	0.1014	0.0751	0.049	0.0716	0.049	0.073
chr3L	5601322	5601528	chr3L:5601323-5601528	FBgn0035624	Eaf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1068	0.0958	0.1246	0.0996	0.0583	0.0995	0.1254	0.1286	0.0583	0.1437	0.1437	0.1437	0.1115	0.1072	0.1167	0.1072	0.1167
chr3L	5601681	5601832	chr3L:5601682-5601832	FBgn0035624	Eaf6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0127	0.023	0.0251	0.0042	0.0112	0.0208	0.0153	0.0042	0.0169	0.0331	0.0169	0.0217	0.0276	0.0496	0.0276	0.0219
chr3L	5601993	5602144	chr3L:5601994-5602144	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.011	0.0189	0.0404	0.0021	0.0126	0.0195	0.0073	0.0021	0.0121	0.0293	0.0121	0.0194	0.0161	0.1257	0.0161	0.0229
chr3L	5603767	5603941	chr3L:5603768-5603941	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0169	0.0087	0.0108	0.0326	0.0021	0.0073	0.0169	0.0087	0.0021	0.0072	0.0141	0.0072	0.017	0.0276	0.0406	0.0276	0.0589
chr3L	5604731	5604882	chr3L:5604732-5604882	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0141	0.0151	0.0421	0.0032	0.0146	0.0238	0.0133	0.0032	0.0048	0.0299	0.0048	0.0101	0.0061	0.1522	0.0061	0.0151
chr3L	5605126	5605333	chr3L:5605127-5605333	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0455	0.027	0.044	0.0677	0.0085	0.0248	0.0433	0.032	0.0085	0.0115	0.0826	0.0115	0.0333	0.0123	0.2192	0.0123	0.0307
chr3L	5609633	5609815	chr3L:5609634-5609815	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26121.1	VT26121.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0473	0.0631	0.0445	0.0327	0.052	0.0393	0.099	0.0826	0.052	0.0151	0.0916	0.0151	0.0178	0.0023	0.1277	0.0023	0.0094
chr3L	5611542	5611743	chr3L:5611543-5611743	distal	distal	stage11	stage11	VT26123.1	VT26123.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0285	0.0419	0.0245	0.0095	0.0228	0.0441	0.04	0.0095	0.0115	0.0868	0.0115	0.0155	0.0092	0.0864	0.0092	0.0078
chr3L	5611818	5612049	chr3L:5611819-5612049	distal	distal	stage11	stage11	VT26123.1	VT26123.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.04	0.0513	0.0404	0.0269	0.0339	0.0354	0.0705	0.0873	0.0339	0.0127	0.0781	0.0127	0.0163	0.0077	0.0941	0.0077	0.0073
chr3L	5612453	5612604	chr3L:5612454-5612604	distal	distal	stage14	stage14	VT26123.1	VT26123.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0091	0.0137	0.0337	0.0064	0.0068	0.0156	0.0107	0.0064	0.006	0.0238	0.006	0.0124	0.0046	0.1296	0.0046	0.0115
chr3L	5612730	5612881	chr3L:5612731-5612881	distal	distal	none	none	VT26123.1	VT26123.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0189	0.0121	0.0137	0.0323	0.0095	0.0102	0.0199	0.0133	0.0095	0.0072	0.0212	0.0072	0.0132	0.0046	0.1264	0.0046	0.0083
chr3L	5614096	5614473	chr3L:5614097-5614473	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT26124.1	VT26124.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0921	0.1793	0.0727	0.0159	0.1707	0.0913	0.2967	0.2252	0.1707	0.0326	0.1486	0.0326	0.0108	0.0054	0.0503	0.0054	0.0052
chr3L	5614638	5615029	chr3L:5614639-5615029	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT26124.1	VT26124.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0704	0.1351	0.0518	0.0187	0.1336	0.0675	0.2474	0.1366	0.1336	0.0205	0.1071	0.0205	0.0101	0.0054	0.0645	0.0054	0.0073
chr3L	5615178	5615462	chr3L:5615179-5615462	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26124.1	VT26124.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0531	0.0476	0.0694	0.0414	0.0339	0.0417	0.0653	0.0666	0.0339	0.0127	0.1473	0.0127	0.0217	0.0092	0.1573	0.0092	0.0073
chr3L	5616470	5616675	chr3L:5616471-5616675	distal	distal	stage5	stage5	VT26126.1	VT26126.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0491	0.1173	0.0208	0.004	0.1485	0.0451	0.186	0.1546	0.1485	0.0133	0.0331	0.0133	0.0046	0.0038	0.0064	0.0038	0.0031
chr3L	5617125	5617276	chr3L:5617126-5617276	distal	distal	none	none	VT26126.1	VT26126.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.019	0.0253	0.0239	0.0065	0.0148	0.016	0.0411	0.0346	0.0148	0.0115	0.0402	0.0115	0.007	0.0031	0.0148	0.0031	0.0026
chr3L	5618438	5618598	chr3L:5618439-5618598	distal	distal	stage5	stage5	VT26126.1	VT26126.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.034	0.0667	0.0214	0.0113	0.0403	0.0461	0.0878	0.1139	0.0403	0.0115	0.0363	0.0115	0.0093	0.0046	0.0329	0.0046	0.0047
chr3L	5621002	5621264	chr3L:5621003-5621264	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0364	0.0212	0.0434	0.0458	0.0148	0.0194	0.0272	0.0306	0.0148	0.0079	0.0926	0.0079	0.0147	0.0023	0.1812	0.0023	0.012
chr3L	5623086	5623237	chr3L:5623087-5623237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.031	0.0186	0.0411	0.0337	0.0106	0.0189	0.0255	0.0233	0.0106	0.0103	0.0859	0.0103	0.0155	0.0038	0.1257	0.0038	0.0099
chr3L	5623755	5624026	chr3L:5623756-5624026	FBgn0035625	Blimp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1899	0.2338	0.2165	0.1115	0.2513	0.1675	0.2997	0.3444	0.2513	0.058	0.3942	0.058	0.2029	0.0521	0.343	0.0521	0.0594
chr3L	5627380	5627619	chr3L:5627381-5627619	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26131.1,VT26132.1	VT26131.1,VT26132.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1624	0.1828	0.1925	0.1065	0.1697	0.1432	0.2392	0.2578	0.1697	0.1014	0.3248	0.1014	0.1596	0.0184	0.2663	0.0184	0.087
chr3L	5628707	5628858	chr3L:5628708-5628858	distal	distal	none	none	VT26132.1	VT26132.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0139	0.0137	0.0122	0.0159	0.0117	0.0053	0.0255	0.0167	0.0117	0.0066	0.0174	0.0066	0.0093	8e-04	0.0245	8e-04	0.0109
chr3L	5630116	5630267	chr3L:5630117-5630267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0163	0.0143	0.0163	0.017	0.0097	0.0225	0.026	0.017	0.0072	0.019	0.0072	0.0062	0.0015	0.0187	0.0015	0.0047
chr3L	5632652	5632856	chr3L:5632653-5632856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0178	0.0165	0.0189	0.0117	0.015	0.0294	0.02	0.0117	0.0127	0.0138	0.0127	0.0046	0.0031	0.0193	0.0031	0.0099
chr3L	5633344	5633562	chr3L:5633345-5633562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0162	0.0195	0.0234	0.0127	0.0131	0.0264	0.0167	0.0127	0.0072	0.0177	0.0072	0.0132	0.0015	0.0135	0.0015	0.0115
chr3L	5645986	5646137	chr3L:5645987-5646137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0286	0.0345	0.039	0.0106	0.0127	0.0461	0.0376	0.0513	0.0127	0.0175	0.0434	0.0175	0.0116	0.0038	0.009	0.0038	0.0089
chr3L	5646800	5646970	chr3L:5646801-5646970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.0404	0.0697	0.0284	0.0127	0.0471	0.0446	0.068	0.0127	0.0423	0.0405	0.0423	0.0217	0.0084	0.0206	0.0084	0.0099
chr3L	5647598	5647857	chr3L:5647599-5647857	FBgn0035626	lin-28	stage11,stage14,stage5	none	VT26142.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2717	0.2332	0.3581	0.22	0.1877	0.3374	0.1752	0.3338	0.1877	0.462	0.3904	0.462	0.361	0.2695	0.2869	0.2695	0.3236
chr3L	5648110	5648304	chr3L:5648111-5648304	FBgn0035626	lin-28	stage11,stage14	none	VT26142.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1171	0.0759	0.1746	0.1	0.0276	0.1354	0.0571	0.0986	0.0276	0.215	0.2122	0.215	0.1774	0.1018	0.156	0.1018	0.1344
chr3L	5648496	5648814	chr3L:5648497-5648814	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26142.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.147	0.1128	0.2231	0.1018	0.0424	0.1917	0.0714	0.1785	0.0424	0.3031	0.2598	0.3031	0.2006	0.1034	0.1122	0.1034	0.161
chr3L	5648859	5649108	chr3L:5648860-5649108	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26142.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1742	0.0965	0.2689	0.1572	0.0127	0.2063	0.0402	0.1399	0.0127	0.3665	0.3084	0.3665	0.2843	0.1631	0.1883	0.1631	0.2632
chr3L	5650603	5650754	chr3L:5650604-5650754	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0327	0.0212	0.0265	0.0525	0.0085	0.0218	0.0303	0.0286	0.0085	0.0217	0.0248	0.0217	0.0225	0.0092	0.0174	0.0092	0.0495
chr3L	5650858	5651009	chr3L:5650859-5651009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0269	0.0356	0.0234	0.0212	0.017	0.0364	0.0303	0.0759	0.017	0.029	0.0219	0.029	0.0155	0.0061	0.0097	0.0061	0.0156
chr3L	5654589	5654740	chr3L:5654590-5654740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0238	0.0341	0.0164	0.0127	0.0214	0.032	0.0366	0.0127	0.0423	0.0367	0.0423	0.0271	0.0199	0.0187	0.0199	0.0193
chr3L	5654913	5655190	chr3L:5654914-5655190	FBgn0035627	Sse	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0632	0.0577	0.0832	0.0475	0.035	0.0718	0.0714	0.07	0.035	0.1069	0.0913	0.1069	0.0736	0.0429	0.0548	0.0429	0.062
chr3L	5655253	5655448	chr3L:5655254-5655448	FBgn0035627	Sse	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0883	0.0719	0.1236	0.0678	0.0498	0.0898	0.0804	0.0926	0.0498	0.1371	0.1441	0.1371	0.1193	0.0666	0.0696	0.0666	0.0917
chr3L	5655814	5655965	chr3L:5655815-5655965	FBgn0035627	Sse	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0238	0.0218	0.0236	0.0263	0.0095	0.0223	0.0337	0.024	0.0095	0.0302	0.0196	0.0302	0.0194	0.0145	0.0181	0.0145	0.0214
chr3L	5656031	5656182	chr3L:5656032-5656182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.019	0.0172	0.0168	0.0234	0.0021	0.0194	0.0285	0.0173	0.0021	0.0272	0.0129	0.0272	0.0139	0.0061	0.0129	0.0061	0.0229
chr3L	5656583	5656734	chr3L:5656584-5656734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0121	0.0169	0.0287	0.0021	0.0131	0.019	0.0153	0.0021	0.0223	0.0109	0.0223	0.0085	0.0115	0.0097	0.0115	0.0115
chr3L	5657047	5657285	chr3L:5657048-5657285	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0565	0.0299	0.0596	0.0829	0.0138	0.0359	0.0381	0.0366	0.0138	0.1081	0.0395	0.1081	0.0372	0.0352	0.0419	0.0352	0.0985
chr3L	5657311	5657462	chr3L:5657312-5657462	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0321	0.0181	0.0341	0.0457	0.0095	0.0257	0.0208	0.0193	0.0095	0.0616	0.0299	0.0616	0.0248	0.026	0.0355	0.026	0.0808
chr3L	5657589	5657740	chr3L:5657590-5657740	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.0202	0.0324	0.0398	0.0074	0.0277	0.0247	0.0253	0.0074	0.0586	0.0244	0.0586	0.0186	0.0184	0.0277	0.0184	0.036
chr3L	5657795	5657983	chr3L:5657796-5657983	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0425	0.0268	0.0464	0.0557	0.0117	0.033	0.0394	0.0233	0.0117	0.0912	0.0322	0.0912	0.0349	0.0559	0.0284	0.0559	0.0438
chr3L	5658545	5658838	chr3L:5658546-5658838	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0606	0.0557	0.0718	0.0536	0.0318	0.0534	0.0692	0.0839	0.0318	0.1582	0.0441	0.1582	0.0101	0.0153	0.0142	0.0153	0.0188
chr3L	5659708	5659889	chr3L:5659709-5659889	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0253	0.0132	0.0241	0.0402	0.0074	0.0102	0.0199	0.0173	0.0074	0.055	0.018	0.055	0.0194	0.0934	0.0284	0.0934	0.0558
chr3L	5660077	5660228	chr3L:5660078-5660228	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0123	0.0128	0.0191	0.0032	0.0087	0.0242	0.012	0.0032	0.0236	0.0132	0.0236	0.0085	0.049	0.0135	0.049	0.0182
chr3L	5671011	5671162	chr3L:5671012-5671162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0074	0.0066	0.0106	0.0032	0.0073	0.013	0.006	0.0032	0.0109	0.0058	0.0109	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0073
chr3L	5671444	5671595	chr3L:5671445-5671595	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0066	0.009	0.022	0.0021	0.0058	0.0125	0.0053	0.0021	0.0085	0.0077	0.0085	0.0085	0.0061	0.0032	0.0061	0.0057
chr3L	5673207	5673358	chr3L:5673208-5673358	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0054	0.0061	0.0135	0.0042	0.0029	0.0104	0.0053	0.0042	0.0091	0.0048	0.0091	0.0031	8e-04	6e-04	8e-04	0.001
chr3L	5676216	5676367	chr3L:5676217-5676367	distal	distal	none	none	VT26157.1	VT26157.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0105	0.0102	0.0156	0.0052	0.0053	0.0102	0.016	0.012	0.0053	0.0459	0.0077	0.0459	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.0042
chr3L	5677238	5677389	chr3L:5677239-5677389	distal	distal	none	none	VT26157.1	VT26157.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0081	0.009	0.0109	0.0039	0	0.0087	0.0182	0.008	0	0.0278	0.0077	0.0278	0.0054	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chr3L	5684230	5684381	chr3L:5684231-5684381	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0098	0.0109	0.0412	0.0085	0.0068	0.0182	0.008	0.0085	0.0139	0.0068	0.0139	0.0085	0.01	0.0058	0.01	0.0073
chr3L	5684436	5684587	chr3L:5684437-5684587	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.018	0.0092	0.0137	0.0326	0.0064	0.0087	0.0156	0.0093	0.0064	0.0205	0.0106	0.0205	0.0093	0.0069	0.0026	0.0069	0.0073
chr3L	5696169	5696320	chr3L:5696170-5696320	distal	distal	none	none	VT26167.1	VT26167.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0086	0.0095	0.0094	0.0068	0.0064	0.0092	0.0177	0.006	0.0064	0.0133	0.0077	0.0133	0.0093	0	0.0013	0	0.0016
chr3L	5742855	5743032	chr3L:5742856-5743032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1241	0.1167	0.1539	0.0998	0.0742	0.1282	0.1414	0.1579	0.0742	0.1908	0.1727	0.1908	0.1441	0.1179	0.0922	0.1179	0.1204
chr3L	5743096	5743294	chr3L:5743097-5743294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0769	0.0745	0.0906	0.0646	0.052	0.0772	0.0939	0.1006	0.052	0.1165	0.0977	0.1165	0.0813	0.0689	0.0696	0.0689	0.0844
chr3L	5744741	5744985	chr3L:5744742-5744985	FBgn0263106	DnaJ-1	stage11,stage14,stage5	none	VT26192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1232	0.0925	0.149	0.1292	0.0573	0.118	0.1016	0.1233	0.0573	0.1878	0.1476	0.1878	0.1797	0.1233	0.1219	0.1233	0.197
chr3L	5745177	5745375	chr3L:5745178-5745375	FBgn0263106	DnaJ-1	stage11,stage14,stage5	none	VT26192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2296	0.2096	0.2701	0.2076	0.175	0.2563	0.2223	0.2658	0.175	0.3237	0.2894	0.3237	0.2703	0.2251	0.2295	0.2251	0.2272
chr3L	5745500	5745677	chr3L:5745501-5745677	FBgn0016756,FBgn0263106	DnaJ-1,Ubp64E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1598	0.1291	0.2038	0.1458	0.0838	0.1544	0.1414	0.1779	0.0838	0.2464	0.2235	0.2464	0.1952	0.1432	0.1651	0.1432	0.1751
chr3L	5745988	5746169	chr3L:5745989-5746169	FBgn0016756	Ubp64E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2076	0.1821	0.2497	0.1899	0.1241	0.2097	0.2085	0.2518	0.1241	0.3068	0.2669	0.3068	0.244	0.1922	0.207	0.1922	0.2173
chr3L	5746222	5746404	chr3L:5746223-5746404	FBgn0016756	Ubp64E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.164	0.1447	0.1985	0.1476	0.1113	0.168	0.1592	0.1959	0.1113	0.2434	0.2106	0.2434	0.1936	0.1501	0.1638	0.1501	0.1647
chr3L	5747285	5747436	chr3L:5747286-5747436	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0389	0.0447	0.0297	0.0426	0.0371	0.0369	0.0718	0.0433	0.0371	0.0368	0.0277	0.0368	0.0418	0.1126	0.0226	0.1126	0.0479
chr3L	5747918	5748069	chr3L:5747919-5748069	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0279	0.0223	0.025	0.0373	0.0095	0.0199	0.0376	0.0227	0.0095	0.0326	0.0238	0.0326	0.0333	0.1325	0.0168	0.1325	0.0234
chr3L	5754201	5754475	chr3L:5754202-5754475	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0669	0.0753	0.0839	0.039	0.0488	0.0733	0.1194	0.0726	0.0488	0.1135	0.0939	0.1135	0.0875	0.0613	0.0426	0.0613	0.0485
chr3L	5754646	5754875	chr3L:5754647-5754875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0601	0.0709	0.0731	0.0338	0.0477	0.0791	0.0904	0.0906	0.0477	0.0924	0.081	0.0924	0.0937	0.0574	0.0355	0.0574	0.0427
chr3L	5757356	5757507	chr3L:5757357-5757507	FBgn0082994,FBgn0082995,FBgn0086660	snoRNA:Psi28S-1837a,snoRNA:Psi28S-1837b,snoRNA:Psi28S-1837c	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0383	0.0566	0.0364	0.0201	0.0488	0.0393	0.0969	0.0533	0.0488	0.0513	0.0392	0.0513	0.0356	0.0368	0.0239	0.0368	0.024
chr3L	5758270	5758421	chr3L:5758271-5758421	FBgn0035630,FBgn0263488	CG10576,unsRNA:CG10576-a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0788	0.0651	0.0949	0.0763	0.0318	0.0738	0.0817	0.0906	0.0318	0.1238	0.1026	0.1238	0.0976	0.1156	0.0793	0.1156	0.0839
chr3L	5758507	5758712	chr3L:5758508-5758712	FBgn0035630,FBgn0035631,FBgn0263488	CG10576,Txl,unsRNA:CG10576-a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2305	0.204	0.2765	0.2096	0.1463	0.2481	0.2266	0.2645	0.1463	0.3273	0.2955	0.3273	0.2912	0.2282	0.2205	0.2282	0.2387
chr3L	5758828	5758992	chr3L:5758829-5758992	FBgn0035630,FBgn0035631	CG10576,Txl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2003	0.1887	0.2374	0.1725	0.141	0.2277	0.2141	0.2365	0.141	0.2838	0.2585	0.2838	0.2285	0.1639	0.1876	0.1639	0.2048
chr3L	5761831	5762020	chr3L:5761832-5762020	FBgn0035632,FBgn0260936	Ppat-Dpck,scny	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1298	0.126	0.1538	0.1078	0.1007	0.1553	0.1328	0.1639	0.1007	0.1806	0.1637	0.1806	0.172	0.1126	0.118	0.1126	0.1397
chr3L	5762133	5762306	chr3L:5762134-5762306	FBgn0035632,FBgn0260936	Ppat-Dpck,scny	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1809	0.1629	0.2206	0.1575	0.1251	0.1966	0.1721	0.2245	0.1251	0.2669	0.2428	0.2669	0.22	0.1815	0.1773	0.1815	0.1871
chr3L	5762367	5762559	chr3L:5762368-5762559	FBgn0035632,FBgn0260936	Ppat-Dpck,scny	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1468	0.1357	0.1887	0.1131	0.0944	0.1718	0.1436	0.1832	0.0944	0.2409	0.208	0.2409	0.1774	0.121	0.1348	0.121	0.1371
chr3L	5763277	5763547	chr3L:5763278-5763547	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.129	0.1417	0.1377	0.1051	0.1262	0.1345	0.186	0.1772	0.1262	0.1407	0.1598	0.1407	0.1712	0.1064	0.1309	0.1064	0.1313
chr3L	5763572	5763742	chr3L:5763573-5763742	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0958	0.068	0.1018	0.1202	0.0445	0.0733	0.0822	0.0933	0.0445	0.0918	0.1148	0.0918	0.1665	0.1072	0.1522	0.1072	0.1647
chr3L	5763948	5764212	chr3L:5763949-5764212	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2585	0.2014	0.3173	0.2578	0.1485	0.265	0.1955	0.2765	0.1485	0.3931	0.3563	0.3931	0.3191	0.2619	0.2882	0.2619	0.3257
chr3L	5764344	5764533	chr3L:5764345-5764533	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1649	0.1515	0.2008	0.1405	0.1039	0.1908	0.1605	0.2065	0.1039	0.2663	0.2357	0.2663	0.196	0.1447	0.1696	0.1447	0.1772
chr3L	5769607	5769758	chr3L:5769608-5769758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0461	0.0423	0.0212	0.035	0.0481	0.0545	0.066	0.035	0.0513	0.0447	0.0513	0.0604	0.026	0.0264	0.026	0.0287
chr3L	5770349	5770539	chr3L:5770350-5770539	FBgn0052418	vito	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0895	0.0912	0.1015	0.0745	0.0721	0.1102	0.109	0.1079	0.0721	0.1335	0.1138	0.1335	0.1131	0.0888	0.0748	0.0888	0.1042
chr3L	5772604	5772803	chr3L:5772605-5772803	FBgn0040298,FBgn0044419,FBgn0260458	Myt1,PGRP-LD,Pmi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1389	0.1266	0.1648	0.1241	0.0976	0.1515	0.1531	0.1466	0.0976	0.2258	0.1717	0.2258	0.1751	0.1325	0.1212	0.1325	0.1652
chr3L	5773040	5773207	chr3L:5773041-5773207	FBgn0040298,FBgn0044419,FBgn0260458	Myt1,PGRP-LD,Pmi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1654	0.1533	0.191	0.1508	0.1082	0.167	0.1907	0.1939	0.1082	0.2331	0.2113	0.2331	0.196	0.1485	0.1715	0.1485	0.1735
chr3L	5773288	5773464	chr3L:5773289-5773464	FBgn0044419,FBgn0260458	PGRP-LD,Pmi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0792	0.0734	0.0961	0.0673	0.0498	0.0733	0.0917	0.1033	0.0498	0.1184	0.1032	0.1184	0.1015	0.0582	0.0651	0.0582	0.1047
chr3L	5774537	5774758	chr3L:5774538-5774758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0412	0.0346	0.0415	0.0483	0.017	0.0369	0.0489	0.042	0.017	0.0393	0.0328	0.0393	0.086	0.013	0.02	0.013	0.1371
chr3L	5775365	5775516	chr3L:5775366-5775516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.021	0.0218	0.0212	0.0198	0.0117	0.0204	0.0363	0.0193	0.0117	0.0223	0.0219	0.0223	0.0279	0.0168	0.009	0.0168	0.0474
chr3L	5778851	5779008	chr3L:5778852-5779008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0283	0.0147	0.0357	0.0355	0	0.0136	0.0247	0.0173	0	0.0393	0.0418	0.0393	0.0534	0.0421	0.06	0.0421	0.0386
chr3L	5779738	5779889	chr3L:5779739-5779889	FBgn0035636	Cralbp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.015	0.0151	0.023	0.0053	0.017	0.0221	0.016	0.0053	0.0121	0.0228	0.0121	0.0163	0.0092	0.0664	0.0092	0.0193
chr3L	5782753	5782941	chr3L:5782754-5782941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0823	0.0786	0.1009	0.0661	0.0414	0.0796	0.0861	0.1319	0.0414	0.0646	0.1579	0.0646	0.0953	0.0658	0.1115	0.0658	0.062
chr3L	5782986	5783205	chr3L:5782987-5783205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0626	0.0591	0.0753	0.0526	0.0276	0.0592	0.0701	0.0966	0.0276	0.0423	0.1151	0.0423	0.0844	0.0444	0.0909	0.0444	0.0584
chr3L	5787199	5787382	chr3L:5787200-5787382	FBgn0086694	Bre1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1591	0.1524	0.1844	0.1387	0.1145	0.1655	0.192	0.1899	0.1145	0.2343	0.201	0.2343	0.1782	0.1386	0.1567	0.1386	0.1636
chr3L	5787560	5787777	chr3L:5787561-5787777	FBgn0086694	Bre1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.0593	0.0862	0.0526	0.0318	0.0519	0.0895	0.0746	0.0318	0.0966	0.1016	0.0966	0.0821	0.0582	0.0613	0.0582	0.0578
chr3L	5790479	5790630	chr3L:5790480-5790630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.024	0.0142	0.0234	0.0355	0.0085	0.0184	0.0164	0.0187	0.0085	0.0199	0.027	0.0199	0.0349	0.0283	0.0458	0.0283	0.05
chr3L	5790803	5790954	chr3L:5790804-5790954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.035	0.034	0.026	0.0255	0.0316	0.0476	0.0493	0.0255	0.0417	0.0354	0.0417	0.0473	0.0283	0.0303	0.0283	0.037
chr3L	5791019	5791303	chr3L:5791020-5791303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0378	0.048	0.0385	0.0258	0.0276	0.051	0.0627	0.0673	0.0276	0.0525	0.0399	0.0525	0.0534	0.0306	0.0277	0.0306	0.036
chr3L	5795202	5795373	chr3L:5795203-5795373	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0228	0.0298	0.0249	0.0191	0.0209	0.0285	0.0326	0.0191	0.0205	0.0412	0.0205	0.0403	0.0107	0.0812	0.0107	0.0115
chr3L	5795536	5795718	chr3L:5795537-5795718	FBgn0259167	CG42272	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0336	0.0351	0.0308	0.035	0.0265	0.0262	0.0545	0.0433	0.0265	0.0242	0.0441	0.0242	0.0333	0.0115	0.1141	0.0115	0.0167
chr3L	5796300	5796517	chr3L:5796301-5796517	FBgn0259167	CG42272	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0333	0.0506	0.0307	0.0169	0.0403	0.049	0.0744	0.0513	0.0403	0.0314	0.0305	0.0314	0.0581	0.0207	0.0219	0.0207	0.0234
chr3L	5799588	5799739	chr3L:5799589-5799739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0523	0.0286	0.0118	0.0403	0.0354	0.0874	0.0586	0.0403	0.032	0.0363	0.032	0.031	0.0107	0.011	0.0107	0.0198
chr3L	5800021	5800232	chr3L:5800022-5800232	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.1406	0.0364	0.0127	0.1474	0.0524	0.2535	0.1579	0.1474	0.0368	0.0453	0.0368	0.0457	0.01	0.0174	0.01	0.0167
chr3L	5800687	5800841	chr3L:5800688-5800841	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0446	0.0786	0.0367	0.0152	0.0551	0.0519	0.1285	0.1066	0.0551	0.0272	0.0354	0.0272	0.0813	0.0138	0.0161	0.0138	0.0245
chr3L	5800871	5801219	chr3L:5800872-5801219	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0656	0.1119	0.0555	0.0249	0.0795	0.083	0.1752	0.1419	0.0795	0.0465	0.0576	0.0465	0.11	0.0276	0.0213	0.0276	0.0422
chr3L	5802093	5802261	chr3L:5802094-5802261	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0418	0.037	0.0497	0.0384	0.0223	0.0311	0.0601	0.044	0.0223	0.0459	0.035	0.0459	0.1278	0.0253	0.0239	0.0253	0.0907
chr3L	5802776	5803006	chr3L:5802777-5803006	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1024	0.0918	0.126	0.0881	0.0382	0.1277	0.1112	0.1013	0.0382	0.1238	0.1003	0.1238	0.2773	0.0628	0.0451	0.0628	0.2043
chr3L	5803160	5803323	chr3L:5803161-5803323	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0546	0.0784	0.0508	0.0201	0.0655	0.0649	0.0766	0.0201	0.0743	0.0617	0.0743	0.1363	0.0337	0.0297	0.0337	0.0714
chr3L	5803455	5803606	chr3L:5803456-5803606	FBgn0015806,FBgn0035639	CG5537,S6k	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0538	0.049	0.0638	0.048	0.0329	0.0558	0.0636	0.0566	0.0329	0.0779	0.0643	0.0779	0.0852	0.0375	0.0471	0.0375	0.0745
chr3L	5803728	5803919	chr3L:5803729-5803919	FBgn0015806,FBgn0035639	CG5537,S6k	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1346	0.1285	0.1511	0.1232	0.1145	0.1432	0.1574	0.1546	0.1145	0.2041	0.1537	0.2041	0.1712	0.1233	0.1219	0.1233	0.1834
chr3L	5803948	5804126	chr3L:5803949-5804126	FBgn0015806,FBgn0035639	CG5537,S6k	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1874	0.1747	0.2226	0.1631	0.1368	0.2034	0.2063	0.2172	0.1368	0.3007	0.2315	0.3007	0.2424	0.2029	0.1567	0.2029	0.2074
chr3L	5804238	5804406	chr3L:5804239-5804406	FBgn0015806,FBgn0035639	CG5537,S6k	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0794	0.0778	0.1014	0.0572	0.052	0.0883	0.0969	0.0966	0.052	0.1443	0.1029	0.1443	0.1015	0.0773	0.0522	0.0773	0.0615
chr3L	5805365	5805978	chr3L:5805366-5805978	FBgn0035640	mad2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1324	0.1477	0.1546	0.0911	0.1082	0.1485	0.1881	0.2012	0.1082	0.2114	0.1605	0.2114	0.1627	0.1103	0.0935	0.1103	0.1058
chr3L	5806168	5806411	chr3L:5806169-5806411	FBgn0035640	mad2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.172	0.1711	0.181	0.1632	0.1347	0.1825	0.2106	0.2179	0.1347	0.2337	0.1961	0.2337	0.1859	0.1876	0.1786	0.1876	0.1756
chr3L	5806494	5806678	chr3L:5806495-5806678	FBgn0035640	mad2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0715	0.0715	0.0846	0.0571	0.0488	0.0714	0.0969	0.0879	0.0488	0.1171	0.0891	0.1171	0.0844	0.0643	0.0651	0.0643	0.061
chr3L	5810117	5810474	chr3L:5810118-5810474	distal	distal	stage11	stage11	vn_1,vn_st10	vn_1,vn_st10	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0598	0.0528	0.0831	0.0421	0.0265	0.0782	0.0623	0.052	0.0265	0.2476	0.0357	0.2476	0.0806	0.0812	0.0264	0.0812	0.0646
chr3L	5812793	5812977	chr3L:5812794-5812977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0438	0.031	0.0539	0.0471	0.0117	0.0432	0.0372	0.0353	0.0117	0.1075	0.0453	0.1075	0.0542	0.075	0.0516	0.075	0.0594
chr3L	5814570	5814755	chr3L:5814571-5814755	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0263	0.0336	0.0338	0.017	0.0223	0.0424	0.0293	0.017	0.0344	0.0222	0.0344	0.0821	0.0482	0.0142	0.0482	0.0672
chr3L	5814770	5814921	chr3L:5814771-5814921	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0262	0.0265	0.0266	0.0253	0.0127	0.0252	0.045	0.026	0.0127	0.0326	0.0196	0.0326	0.0519	0.026	0.0148	0.026	0.049
chr3L	5817006	5817212	chr3L:5817007-5817212	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0495	0.0533	0.044	0.018	0.0471	0.0692	0.068	0.018	0.0308	0.0662	0.0308	0.086	0.0207	0.0638	0.0207	0.0604
chr3L	5817283	5817556	chr3L:5817284-5817556	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.039	0.0315	0.0482	0.0372	0.0117	0.0345	0.0506	0.0293	0.0117	0.0374	0.0463	0.0374	0.1038	0.023	0.0368	0.023	0.0688
chr3L	5821752	5821903	chr3L:5821753-5821903	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0166	0.011	0.0174	0.022	0.0032	0.0087	0.0164	0.0167	0.0032	0.0296	0.0138	0.0296	0.0217	0.0459	0.0213	0.0459	0.0224
chr3L	5822117	5822268	chr3L:5822118-5822268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0222	0.0142	0.0189	0.0348	0.0064	0.0131	0.019	0.022	0.0064	0.0199	0.018	0.0199	0.0333	0.0743	0.0303	0.0743	0.0396
chr3L	5822276	5822441	chr3L:5822277-5822441	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0269	0.0152	0.0244	0.0429	0.0053	0.0165	0.0203	0.022	0.0053	0.0344	0.0206	0.0344	0.0403	0.1011	0.029	0.1011	0.0552
chr3L	5822514	5822703	chr3L:5822515-5822703	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0289	0.013	0.0251	0.0508	0.0042	0.0199	0.0125	0.0153	0.0042	0.0568	0.0135	0.0568	0.0349	0.1708	0.0245	0.1708	0.0396
chr3L	5823370	5823521	chr3L:5823371-5823521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0187	0.0107	0.0161	0.0304	0.0074	0.0078	0.0169	0.0133	0.0074	0.035	0.0122	0.035	0.0108	0.1179	0.0123	0.1179	0.0135
chr3L	5823789	5823967	chr3L:5823790-5823967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0324	0.0415	0.0322	0.018	0.0316	0.0437	0.0493	0.018	0.0495	0.0482	0.0495	0.0426	0.0444	0.029	0.0444	0.0532
chr3L	5823974	5824222	chr3L:5823975-5824222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0432	0.0441	0.049	0.0359	0.0276	0.0393	0.0584	0.0693	0.0276	0.0713	0.0534	0.0713	0.048	0.0513	0.0374	0.0513	0.0542
chr3L	5826707	5826871	chr3L:5826708-5826871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0357	0.0388	0.0405	0.027	0.0233	0.0335	0.0567	0.0513	0.0233	0.0495	0.0486	0.0495	0.0387	0.0551	0.0303	0.0551	0.0292
chr3L	5827837	5828007	chr3L:5827838-5828007	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0198	0.0395	0.0136	0.0047	0.0297	0.0175	0.0683	0.0566	0.0297	0.0211	0.0154	0.0211	0.0124	0.0077	0.0032	0.0077	0.0063
chr3L	5828677	5828828	chr3L:5828678-5828828	distal	distal	none	none	vn_neurogenic_ectoderm	vn_neurogenic_ectoderm	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0172	0.0341	0.0109	0.0052	0.0244	0.0165	0.0692	0.0306	0.0244	0.0121	0.0151	0.0121	0.0039	0.0092	0.009	0.0092	0.0036
chr3L	5829021	5829207	chr3L:5829022-5829207	distal	distal	stage5	stage5	vn_neurogenic_ectoderm	vn_neurogenic_ectoderm	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0337	0.0798	0.0132	0.0047	0.0817	0.0257	0.167	0.064	0.0817	0.0169	0.0167	0.0169	0.0077	0.0107	0.0052	0.0107	0.0021
chr3L	5831332	5831483	chr3L:5831333-5831483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0162	0.0192	0.0157	0.0135	0.0085	0.016	0.0359	0.018	0.0085	0.0302	0.0154	0.0302	0.0139	0.0352	0.0142	0.0352	0.0104
chr3L	5832223	5832429	chr3L:5832224-5832429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0281	0.0324	0.0315	0.0196	0.0085	0.0282	0.0454	0.0506	0.0085	0.0362	0.0402	0.0362	0.0349	0.0222	0.04	0.0222	0.0141
chr3L	5833643	5833885	chr3L:5833644-5833885	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.052	0.0355	0.0727	0.0476	0.0191	0.0427	0.0506	0.036	0.0191	0.0694	0.0855	0.0694	0.1084	0.0467	0.0619	0.0467	0.0823
chr3L	5836440	5836591	chr3L:5836441-5836591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0314	0.0284	0.0335	0.0324	0.0127	0.0325	0.0385	0.0333	0.0127	0.0447	0.0334	0.0447	0.0403	0.0368	0.0251	0.0368	0.0657
chr3L	5837224	5837403	chr3L:5837225-5837403	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.0353	0.0628	0.0735	0.0191	0.0413	0.0476	0.04	0.0191	0.0888	0.0559	0.0888	0.0999	0.121	0.0632	0.121	0.1214
chr3L	5837589	5837756	chr3L:5837590-5837756	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.062	0.0349	0.0747	0.0783	0.0212	0.0437	0.0376	0.0433	0.0212	0.1812	0.0582	0.1812	0.0558	0.2305	0.0374	0.2305	0.0844
chr3L	5838051	5838202	chr3L:5838052-5838202	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0513	0.048	0.0544	0.0517	0.0265	0.0626	0.0571	0.0566	0.0265	0.1123	0.0415	0.1123	0.0473	0.1417	0.02	0.1417	0.0589
chr3L	5838720	5838923	chr3L:5838721-5838923	FBgn0003984	vn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2231	0.2086	0.2697	0.1881	0.1548	0.2631	0.1972	0.3065	0.1548	0.3635	0.2875	0.3635	0.2417	0.2366	0.1986	0.2366	0.2335
chr3L	5840827	5840978	chr3L:5840828-5840978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0347	0.0295	0.0561	0.017	0.0127	0.0461	0.0294	0.0353	0.0127	0.1075	0.0601	0.1075	0.031	0.0214	0.0219	0.0214	0.0177
chr3L	5841610	5841761	chr3L:5841611-5841761	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0369	0.041	0.0525	0.015	0.0095	0.0451	0.0407	0.0773	0.0095	0.0592	0.0801	0.0592	0.031	0.0176	0.0258	0.0176	0.0167
chr3L	5842127	5842290	chr3L:5842128-5842290	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0357	0.0259	0.0615	0.0184	0.0085	0.0301	0.0268	0.0486	0.0085	0.0459	0.1087	0.0459	0.0325	0.0184	0.0464	0.0184	0.0094
chr3L	5843411	5843562	chr3L:5843412-5843562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0149	0.0115	0.0178	0.0155	0.0021	0.0175	0.0143	0.0107	0.0021	0.0332	0.0186	0.0332	0.0093	0.059	0.0058	0.059	0.0052
chr3L	5849190	5849341	chr3L:5849191-5849341	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0449	0.0722	0.0519	0.0068	0.0403	0.083	0.0575	0.1386	0.0403	0.0483	0.0836	0.0483	0.0147	0.0015	0.0155	0.0015	0.0042
chr3L	5849397	5850192	chr3L:5849398-5850192	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1579	0.2302	0.2013	0.0297	0.122	0.2908	0.1717	0.429	0.122	0.2252	0.3222	0.2252	0.0496	0.0245	0.058	0.0245	0.0224
chr3L	5850235	5850636	chr3L:5850236-5850636	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0836	0.1194	0.1057	0.0194	0.0753	0.1383	0.0943	0.2278	0.0753	0.1099	0.1772	0.1099	0.0263	0.013	0.0368	0.013	0.0162
chr3L	5851493	5851768	chr3L:5851494-5851768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0519	0.0589	0.0697	0.0244	0.0403	0.0631	0.0714	0.0799	0.0403	0.0543	0.0791	0.0543	0.0248	0.0123	0.0213	0.0123	0.0193
chr3L	5852222	5852465	chr3L:5852223-5852465	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0418	0.0454	0.0708	0.0058	0.0106	0.0563	0.0385	0.0906	0.0106	0.0785	0.1145	0.0785	0.017	0.0038	0.011	0.0038	0.0026
chr3L	5853501	5853679	chr3L:5853502-5853679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0279	0.0232	0.043	0.0166	0.0106	0.0248	0.0203	0.048	0.0106	0.0229	0.0772	0.0229	0.0201	0.0077	0.0438	0.0077	0.0078
chr3L	5862450	5862633	chr3L:5862451-5862633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0432	0.052	0.0306	0.0286	0.0393	0.0588	0.058	0.0286	0.0731	0.0566	0.0731	0.0387	0.0322	0.0297	0.0322	0.0365
chr3L	5862808	5863000	chr3L:5862809-5863000	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1735	0.1691	0.1868	0.1638	0.1209	0.1951	0.2003	0.2132	0.1209	0.2403	0.1952	0.2403	0.1936	0.1799	0.1831	0.1799	0.1902
chr3L	5863210	5863440	chr3L:5863211-5863440	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0432	0.0408	0.051	0.0373	0.017	0.0515	0.0467	0.0546	0.017	0.061	0.0588	0.061	0.0341	0.0368	0.0426	0.0368	0.0323
chr3L	5863874	5864025	chr3L:5863875-5864025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0213	0.0193	0.0195	0.0053	0.0272	0.0294	0.0247	0.0053	0.0217	0.0164	0.0217	0.0132	0.0107	0.0084	0.0107	0.0135
chr3L	5864031	5864278	chr3L:5864032-5864278	FBgn0035641	CG5568	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.028	0.0306	0.0242	0.0138	0.0291	0.0398	0.0326	0.0138	0.0284	0.0322	0.0284	0.0225	0.0176	0.0142	0.0176	0.0172
chr3L	5869047	5869198	chr3L:5869048-5869198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0158	0.017	0.0136	0.0085	0.0136	0.0268	0.0187	0.0085	0.0139	0.0103	0.0139	0.0054	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr3L	5870614	5870800	chr3L:5870615-5870800	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0353	0.031	0.0405	0.0344	0.0085	0.0442	0.0333	0.0453	0.0085	0.0368	0.0322	0.0368	0.0101	0.0092	0.0077	0.0092	0.0172
chr3L	5871946	5872121	chr3L:5871947-5872121	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0377	0.0535	0.039	0.0188	0.0329	0.0553	0.064	0.0773	0.0329	0.0399	0.0334	0.0399	0.0116	0.0046	0.0058	0.0046	0.0094
chr3L	5872146	5872417	chr3L:5872147-5872417	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0436	0.0562	0.0476	0.0252	0.0308	0.0646	0.0623	0.0806	0.0308	0.0477	0.0383	0.0477	0.0085	0.0023	0.0064	0.0023	0.0094
chr3L	5874495	5874708	chr3L:5874496-5874708	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.072	0.0938	0.0772	0.0418	0.07	0.1053	0.0973	0.1432	0.07	0.1099	0.0826	0.1099	0.0139	0.0054	0.0148	0.0054	0.0063
chr3L	5875067	5875284	chr3L:5875068-5875284	FBgn0035643	CG13287	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1128	0.155	0.1159	0.0621	0.1071	0.1932	0.1497	0.2332	0.1071	0.1673	0.1116	0.1673	0.0139	0.0084	0.0193	0.0084	0.0141
chr3L	5877997	5878248	chr3L:5877998-5878248	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0202	0.0228	0.0187	0.0064	0.017	0.0268	0.0346	0.0064	0.0169	0.0174	0.0169	0.0116	0.0015	0.0019	0.0015	0.0057
chr3L	5884371	5884522	chr3L:5884372-5884522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0082	0.0131	0.0262	0.0021	0.0097	0.0099	0.012	0.0021	0.0169	0.0084	0.0169	0.0101	0.01	0.0019	0.01	0.0146
chr3L	5885034	5885292	chr3L:5885035-5885292	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0352	0.0411	0.0367	0.0269	0.0403	0.035	0.064	0.0393	0.0403	0.0181	0.0254	0.0181	0.0108	0.0054	0.0064	0.0054	0.0109
chr3L	5886162	5886313	chr3L:5886163-5886313	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0174	0.0143	0.016	0.0053	0.0131	0.0303	0.02	0.0053	0.0121	0.0135	0.0121	0.0093	0.0023	0.0019	0.0023	0.0089
chr3L	5886429	5886580	chr3L:5886430-5886580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0189	0.0173	0.0214	0.0085	0.0204	0.0238	0.0266	0.0085	0.0151	0.0177	0.0151	0.0124	0.0054	0.0045	0.0054	0.0109
chr3L	5888427	5888578	chr3L:5888428-5888578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0277	0.0348	0.0279	0.0195	0.0095	0.0602	0.0303	0.0406	0.0095	0.0362	0.0228	0.0362	0.0248	0.013	0.0142	0.013	0.0167
chr3L	5890469	5890643	chr3L:5890470-5890643	FBgn0035644,FBgn0035645	CG5592,Pole2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0851	0.0727	0.0991	0.0837	0.035	0.0888	0.0779	0.1073	0.035	0.1057	0.1074	0.1057	0.1139	0.0789	0.0864	0.0789	0.1141
chr3L	5890743	5890903	chr3L:5890744-5890903	FBgn0035644,FBgn0035645	CG5592,Pole2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0371	0.0303	0.0461	0.035	0.0106	0.0374	0.0402	0.0366	0.0106	0.0483	0.0543	0.0483	0.0511	0.0253	0.0374	0.0253	0.0526
chr3L	5892231	5892418	chr3L:5892232-5892418	FBgn0052409	CG32409	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0734	0.0877	0.0479	0.0467	0.0835	0.0856	0.0979	0.0467	0.1129	0.0984	0.1129	0.0744	0.0613	0.0406	0.0613	0.0573
chr3L	5892515	5892691	chr3L:5892516-5892691	FBgn0052409	CG32409	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1331	0.1261	0.1623	0.1088	0.0848	0.1451	0.1471	0.1692	0.0848	0.2011	0.1807	0.2011	0.1588	0.1332	0.0948	0.1332	0.1412
chr3L	5892872	5893141	chr3L:5892873-5893141	FBgn0052409	CG32409	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0488	0.0465	0.0647	0.0338	0.0244	0.05	0.064	0.0593	0.0244	0.0857	0.0691	0.0857	0.0604	0.0383	0.0277	0.0383	0.0537
chr3L	5893813	5893964	chr3L:5893814-5893964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0214	0.0254	0.0258	0.012	0.0148	0.0432	0.0285	0.0187	0.0148	0.0399	0.0264	0.0399	0.0318	0.0161	0.0123	0.0161	0.0167
chr3L	5900331	5900482	chr3L:5900332-5900482	FBgn0035648	CG13288	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0206	0.0221	0.0183	0.0214	0.0106	0.0189	0.0363	0.0253	0.0106	0.0223	0.0212	0.0223	0.0139	0.0077	0.0084	0.0077	0.0109
chr3L	5914008	5914177	chr3L:5914009-5914177	FBgn0035649	CG10483	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.012	0.0168	0.0795	0.0042	0.016	0.0186	0.008	0.0042	0.0127	0.0074	0.0127	0.0349	0.1225	0.0239	0.1225	0.0792
chr3L	5914344	5914516	chr3L:5914345-5914516	FBgn0035649	CG10483	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0088	0.0113	0.0444	0.0021	0.0112	0.013	0.0087	0.0021	0.0109	0.0084	0.0109	0.0194	0.0827	0.0103	0.0827	0.0307
chr3L	5915284	5915587	chr3L:5915285-5915587	FBgn0052407	CG32407	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.062	0.0201	0.0735	0.0962	0.0064	0.0354	0.0208	0.02	0.0064	0.0954	0.0305	0.0954	0.2254	0.1325	0.0297	0.1325	0.2178
chr3L	5915650	5915975	chr3L:5915651-5915975	FBgn0052407	CG32407	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0543	0.0268	0.0586	0.0804	0.0074	0.0432	0.029	0.0247	0.0074	0.0815	0.0293	0.0815	0.1565	0.1662	0.0219	0.1662	0.1459
chr3L	5916889	5917063	chr3L:5916890-5917063	FBgn0053523	CG33523	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0285	0.0142	0.0292	0.0437	0.0021	0.0199	0.0229	0.01	0.0021	0.0223	0.0206	0.0223	0.0852	0.0391	0.0264	0.0391	0.1006
chr3L	5919703	5919944	chr3L:5919704-5919944	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0977	0.0606	0.0778	0.161	0.0392	0.0748	0.0787	0.0613	0.0392	0.0713	0.0614	0.0713	0.172	0.2198	0.1406	0.2198	0.2705
chr3L	5920096	5920563	chr3L:5920097-5920563	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0898	0.068	0.0824	0.1224	0.0361	0.0714	0.0852	0.0879	0.0361	0.0725	0.0849	0.0725	0.1418	0.1279	0.1399	0.1279	0.1933
chr3L	5920766	5920944	chr3L:5920767-5920944	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1054	0.0995	0.1302	0.0848	0.0626	0.1126	0.1263	0.1199	0.0626	0.1298	0.1469	0.1298	0.1394	0.0467	0.0896	0.0467	0.1126
chr3L	5922249	5922400	chr3L:5922250-5922400	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0497	0.0818	0.0443	0.0199	0.0626	0.0655	0.1202	0.1053	0.0626	0.0332	0.0434	0.0332	0.0434	0.0191	0.0123	0.0191	0.0255
chr3L	5922554	5923062	chr3L:5922555-5923062	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.131	0.2345	0.1006	0.0486	0.2418	0.1723	0.333	0.2998	0.2418	0.0646	0.092	0.0646	0.0953	0.0383	0.0374	0.0383	0.05
chr3L	5925537	5925777	chr3L:5925538-5925777	FBgn0002638	Bj1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2199	0.2362	0.2472	0.1717	0.1941	0.2617	0.2677	0.3231	0.1941	0.2893	0.2682	0.2893	0.2494	0.2144	0.1702	0.2144	0.2048
chr3L	5925830	5926061	chr3L:5925831-5926061	FBgn0002638	Bj1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1412	0.1312	0.1666	0.1244	0.0848	0.1495	0.1548	0.1765	0.0848	0.1999	0.183	0.1999	0.1743	0.1401	0.1219	0.1401	0.16
chr3L	5926209	5926360	chr3L:5926210-5926360	FBgn0002638	Bj1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0319	0.0364	0.0267	0.0159	0.0345	0.0415	0.0433	0.0159	0.0374	0.0424	0.0374	0.0395	0.026	0.029	0.026	0.0313
chr3L	5936248	5936399	chr3L:5936249-5936399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0141	0.0125	0.0204	0.0091	0.0021	0.0097	0.0173	0.0207	0.0021	0.0115	0.0354	0.0115	0.0139	0.0023	0.0206	0.0023	0.0083
chr3L	5936516	5936667	chr3L:5936517-5936667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0129	0.0113	0.0161	0.0111	0.0032	0.0097	0.016	0.0193	0.0032	0.0079	0.027	0.0079	0.0132	0.0031	0.0284	0.0031	0.0099
chr3L	5939859	5940020	chr3L:5939860-5940020	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0285	0.0163	0.0386	0.0311	0.0064	0.0199	0.0251	0.0147	0.0064	0.0157	0.0469	0.0157	0.0883	0.0191	0.0606	0.0191	0.0422
chr3L	5940032	5940203	chr3L:5940033-5940203	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0172	0.0453	0.0304	0.0042	0.0199	0.0285	0.016	0.0042	0.0181	0.0637	0.0181	0.0821	0.0153	0.0645	0.0153	0.0427
chr3L	5940221	5940432	chr3L:5940222-5940432	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0398	0.028	0.0565	0.0345	0.0085	0.035	0.0458	0.024	0.0085	0.0193	0.0621	0.0193	0.158	0.0054	0.0638	0.0054	0.0651
chr3L	5940450	5940601	chr3L:5940451-5940601	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0182	0.0391	0.0237	0.0064	0.0257	0.0277	0.0153	0.0064	0.0139	0.0437	0.0139	0.1022	0.0031	0.0477	0.0031	0.0448
chr3L	5943071	5943282	chr3L:5943072-5943282	FBgn0053993	CG33993	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0278	0.0219	0.0393	0.0216	0.0148	0.0262	0.0311	0.0193	0.0148	0.0217	0.0598	0.0217	0.0488	0.0168	0.049	0.0168	0.0203
chr3L	5943607	5943999	chr3L:5943608-5943999	FBgn0053993	CG33993	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1493	0.1332	0.1873	0.1256	0.0679	0.1835	0.1419	0.1666	0.0679	0.1685	0.2633	0.1685	0.2246	0.108	0.2276	0.108	0.1579
chr3L	5945101	5945274	chr3L:5945102-5945274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0339	0.0367	0.0262	0.0265	0.0432	0.0437	0.032	0.0265	0.0374	0.0299	0.0374	0.0906	0.0176	0.0245	0.0176	0.0521
chr3L	5945418	5945658	chr3L:5945419-5945658	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0695	0.0842	0.0661	0.0568	0.0721	0.1019	0.099	0.0966	0.0721	0.0604	0.064	0.0604	0.1472	0.0345	0.0767	0.0345	0.1063
chr3L	5945708	5946033	chr3L:5945709-5946033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0833	0.0633	0.0895	0.099	0.0382	0.0864	0.0653	0.0793	0.0382	0.0815	0.1154	0.0815	0.1286	0.0666	0.196	0.0666	0.1298
chr3L	5949656	5949807	chr3L:5949657-5949807	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0153	0.0135	0.0097	0.0085	0.016	0.0221	0.016	0.0085	0.0115	0.0174	0.0115	0.0116	0.0031	0.009	0.0031	0.0073
chr3L	5956131	5956282	chr3L:5956132-5956282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0095	0.0061	0.0082	0.0021	0.0073	0.019	0.0087	0.0021	0.006	0.0071	0.006	0.0062	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr3L	5957398	5957549	chr3L:5957399-5957549	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0325	0.0398	0.0425	0.0134	0.0106	0.0524	0.0441	0.058	0.0106	0.0755	0.0408	0.0755	0.0248	0.0123	0.0097	0.0123	0.0099
chr3L	5960059	5960233	chr3L:5960060-5960233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1002	0.1072	0.1126	0.0788	0.0657	0.1214	0.1267	0.1479	0.0657	0.1504	0.1244	0.1504	0.0906	0.0926	0.0767	0.0926	0.1193
chr3L	5960352	5960581	chr3L:5960353-5960581	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1093	0.1026	0.1386	0.0848	0.0498	0.151	0.1047	0.1299	0.0498	0.1993	0.1563	0.1993	0.0976	0.0881	0.0703	0.0881	0.1344
chr3L	5960720	5961020	chr3L:5960721-5961020	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.062	0.0694	0.0759	0.0384	0.0233	0.1063	0.0653	0.0919	0.0233	0.0912	0.0842	0.0912	0.0534	0.0398	0.0419	0.0398	0.0459
chr3L	5962055	5962518	chr3L:5962056-5962518	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0996	0.1302	0.1228	0.04	0.0583	0.1709	0.106	0.2305	0.0583	0.093	0.1717	0.093	0.0558	0.0207	0.0477	0.0207	0.0271
chr3L	5962861	5963065	chr3L:5962862-5963065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0596	0.0728	0.0742	0.0288	0.0255	0.0908	0.0735	0.1226	0.0255	0.0417	0.1045	0.0417	0.0294	0.013	0.0542	0.013	0.0234
chr3L	5963341	5963492	chr3L:5963342-5963492	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0524	0.0481	0.0731	0.0345	0.017	0.0641	0.0476	0.0713	0.017	0.0236	0.1457	0.0236	0.0155	0.0153	0.0961	0.0153	0.0219
chr3L	5963631	5963970	chr3L:5963632-5963970	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.1241	0.152	0.1538	0.0604	0.106	0.1393	0.2279	0.1672	0.106	0.0562	0.3064	0.0562	0.0356	0.0322	0.1554	0.0322	0.0344
chr3L	5964089	5964258	chr3L:5964090-5964258	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0649	0.0689	0.0813	0.0423	0.0339	0.085	0.0861	0.0853	0.0339	0.0525	0.1322	0.0525	0.0248	0.0429	0.0593	0.0429	0.0245
chr3L	5964476	5964627	chr3L:5964477-5964627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0441	0.0519	0.055	0.0244	0.0709	0.0424	0.0506	0.0244	0.0477	0.0785	0.0477	0.0318	0.1164	0.0741	0.1164	0.0339
chr3L	5966190	5966341	chr3L:5966191-5966341	distal	distal	none	none	VT26319.1	VT26319.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0381	0.0394	0.0407	0.0337	0.0127	0.0602	0.0355	0.058	0.0127	0.0694	0.0431	0.0694	0.0256	0.0858	0.0193	0.0858	0.0318
chr3L	5967479	5967803	chr3L:5967480-5967803	distal	distal	stage5	stage5	VT26320.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.1406	0.1094	0.0642	0.0604	0.165	0.1644	0.2039	0.0604	0.1057	0.1431	0.1057	0.1263	0.0475	0.1006	0.0475	0.0891
chr3L	5967900	5968131	chr3L:5967901-5968131	distal	distal	none	none	VT26320.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0694	0.0675	0.0825	0.0571	0.0276	0.1039	0.0679	0.0846	0.0276	0.0857	0.0878	0.0857	0.1348	0.0536	0.0613	0.0536	0.0943
chr3L	5968241	5968394	chr3L:5968242-5968394	distal	distal	stage14	stage14	VT26320.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0695	0.053	0.0872	0.0687	0.0223	0.0796	0.051	0.0693	0.0223	0.1111	0.0881	0.1111	0.1061	0.0628	0.0729	0.0628	0.1152
chr3L	5969059	5969470	chr3L:5969060-5969470	FBgn0035656	CG10479	stage11,stage14,stage5	none	VT26320.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3983	0.3723	0.4689	0.3498	0.3012	0.4655	0.3966	0.457	0.3012	0.5839	0.4913	0.5839	0.4446	0.3867	0.3694	0.3867	0.408
chr3L	5969710	5970015	chr3L:5969711-5970015	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1882	0.1489	0.2254	0.1912	0.0647	0.2325	0.1254	0.2065	0.0647	0.2844	0.2328	0.2844	0.2099	0.1761	0.176	0.1761	0.2376
chr3L	5972949	5973100	chr3L:5972950-5973100	distal	distal	none	none	VT26323.1	VT26323.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.011	0.0338	0.0386	0.0021	0.0165	0.0138	0.0113	0.0021	0.0447	0.0405	0.0447	0.0356	0.0666	0.0316	0.0666	0.0552
chr3L	5973375	5973526	chr3L:5973376-5973526	distal	distal	none	none	VT26323.1	VT26323.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0436	0.0236	0.0572	0.051	0.0095	0.0379	0.0281	0.0193	0.0095	0.0423	0.0717	0.0423	0.0914	0.0406	0.0477	0.0406	0.1027
chr3L	5973714	5973964	chr3L:5973715-5973964	distal	distal	stage11	stage11	VT26323.1	VT26323.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0948	0.0738	0.1428	0.0656	0.0297	0.1223	0.0796	0.072	0.0297	0.099	0.1852	0.099	0.1534	0.0375	0.0716	0.0375	0.1157
chr3L	5974076	5974288	chr3L:5974077-5974288	distal	distal	stage11	stage11	VT26323.1	VT26323.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0695	0.0694	0.103	0.0327	0.0244	0.1078	0.0675	0.0939	0.0244	0.0743	0.1296	0.0743	0.1007	0.0153	0.0342	0.0153	0.0479
chr3L	5974781	5975022	chr3L:5974782-5975022	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT26323.1,VT26324.1	VT26323.1,VT26324.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0613	0.0664	0.097	0.0163	0.0148	0.1102	0.0541	0.0979	0.0148	0.2168	0.0939	0.2168	0.0294	0.013	0.0187	0.013	0.0146
chr3L	5975023	5975373	chr3L:5975024-5975373	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT26324.1	VT26324.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0779	0.1009	0.1095	0.0174	0.0435	0.1646	0.0779	0.1446	0.0435	0.2385	0.1096	0.2385	0.0302	0.0138	0.011	0.0138	0.0125
chr3L	5976000	5976394	chr3L:5976001-5976394	distal	distal	stage5	stage5	VT26324.1,VT26325.1	VT26324.1,VT26325.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0875	0.1486	0.0853	0.0217	0.0997	0.15	0.1215	0.2985	0.0997	0.0785	0.1125	0.0785	0.0302	0.026	0.0258	0.026	0.013
chr3L	5976556	5976768	chr3L:5976557-5976768	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26325.1	VT26325.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0601	0.0584	0.0799	0.0402	0.0223	0.0655	0.0584	0.1033	0.0223	0.0996	0.09	0.0996	0.0434	0.0727	0.0464	0.0727	0.0208
chr3L	5977279	5977430	chr3L:5977280-5977430	distal	distal	none	none	VT26325.1	VT26325.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0314	0.034	0.044	0.0146	0.0138	0.0451	0.0381	0.046	0.0138	0.0525	0.045	0.0525	0.0248	0.0107	0.0103	0.0107	0.0073
chr3L	5980557	5980799	chr3L:5980558-5980799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0432	0.0243	0.0556	0.0508	0.0064	0.05	0.0216	0.0207	0.0064	0.0882	0.0341	0.0882	0.0403	0.0207	0.0161	0.0207	0.0412
chr3L	5981117	5981365	chr3L:5981118-5981365	distal	distal	none	none	VT26328.1	VT26328.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0417	0.0252	0.0602	0.04	0.0106	0.0393	0.0333	0.0207	0.0106	0.0912	0.0418	0.0912	0.024	0.0176	0.009	0.0176	0.0208
chr3L	5981685	5981890	chr3L:5981686-5981890	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26328.1	VT26328.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0462	0.0308	0.0614	0.0468	0.0032	0.066	0.0251	0.0293	0.0032	0.1178	0.0431	0.1178	0.0573	0.0436	0.0135	0.0436	0.0855
chr3L	5982084	5982380	chr3L:5982085-5982380	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26328.1	VT26328.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0527	0.0379	0.0708	0.0494	0.0042	0.0806	0.0307	0.0313	0.0042	0.1516	0.0379	0.1516	0.086	0.0429	0.0181	0.0429	0.099
chr3L	5982769	5983163	chr3L:5982770-5983163	distal	distal	stage14	stage14	VT26328.1,VT26329.1	VT26328.1,VT26329.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0662	0.0454	0.0793	0.0751	0.0148	0.082	0.0489	0.0393	0.0148	0.1546	0.0428	0.1546	0.0744	0.0628	0.0413	0.0628	0.0641
chr3L	5986042	5986269	chr3L:5986043-5986269	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT26330.1	VT26330.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0674	0.1066	0.0718	0.0188	0.0445	0.1544	0.0856	0.1692	0.0445	0.1093	0.0855	0.1093	0.0496	0.0283	0.0206	0.0283	0.0146
chr3L	5986944	5987329	chr3L:5986945-5987329	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0913	0.128	0.0982	0.0426	0.0361	0.233	0.0688	0.2139	0.0361	0.1739	0.1132	0.1739	0.038	0.0391	0.0664	0.0391	0.025
chr3L	5987480	5987820	chr3L:5987481-5987820	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0783	0.1211	0.074	0.0351	0.0286	0.1932	0.0666	0.2292	0.0286	0.1171	0.0875	0.1171	0.0263	0.0306	0.0458	0.0306	0.0281
chr3L	5987827	5988075	chr3L:5987828-5988075	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0769	0.0538	0.0216	0.0138	0.1291	0.0402	0.1446	0.0138	0.0731	0.0685	0.0731	0.0155	0.0184	0.0245	0.0184	0.0198
chr3L	5989595	5989968	chr3L:5989596-5989968	FBgn0052406	CG32406	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0551	0.0932	0.0476	0.0207	0.0626	0.1107	0.0947	0.1406	0.0626	0.0713	0.054	0.0713	0.0209	0.0168	0.011	0.0168	0.0135
chr3L	5990163	5990314	chr3L:5990164-5990314	FBgn0052406	CG32406	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0228	0.0229	0.0151	0.0311	0.0042	0.0354	0.0216	0.0326	0.0042	0.0193	0.0119	0.0193	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chr3L	5994213	5994384	chr3L:5994214-5994384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0276	0.0289	0.0157	0.039	0.017	0.0267	0.0463	0.0293	0.017	0.0236	0.0093	0.0236	0.0077	0.0061	0.0045	0.0061	0.0057
chr3L	6001540	6001691	chr3L:6001541-6001691	distal	distal	none	none	VT26338.1	VT26338.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.009	0.0107	0.0187	0.0032	0.0092	0.0164	0.0067	0.0032	0.0121	0.009	0.0121	0.0046	0.0046	0.0032	0.0046	0.0052
chr3L	6004793	6004955	chr3L:6004794-6004955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0326	0.0348	0.0368	0.0256	0.0117	0.0393	0.0493	0.0413	0.0117	0.0501	0.0331	0.0501	0.048	0.026	0.0226	0.026	0.0406
chr3L	6006189	6006340	chr3L:6006190-6006340	distal	distal	stage14	stage14	VT26340.1	VT26340.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0098	0.0094	0.023	0.0042	0.0063	0.0177	0.014	0.0042	0.0085	0.0068	0.0085	0.007	0.0023	0.0058	0.0023	0.0052
chr3L	6010076	6010227	chr3L:6010077-6010227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0066	0.0062	0.0113	0.0032	0.0049	0.0121	0.0067	0.0032	0.0072	0.0068	0.0072	0.0039	0.0046	0.0019	0.0046	0.0042
chr3L	6010288	6010439	chr3L:6010289-6010439	distal	distal	none	none	VT26343.1	VT26343.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0062	0.0063	0.0138	0.0042	0.0019	0.0125	0.008	0.0042	0.0091	0.0055	0.0091	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chr3L	6011774	6011925	chr3L:6011775-6011925	distal	distal	none	none	VT26343.1	VT26343.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0035	0.007	0.0195	0	0.0019	0.0074	0.004	0	0.0042	0.0026	0.0042	0.0039	8e-04	6e-04	8e-04	0.0026
chr3L	6012213	6012364	chr3L:6012214-6012364	distal	distal	stage14	stage14	VT26343.1	VT26343.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0061	0.0055	0.017	0.0021	0.0049	0.0112	0.0073	0.0021	0.0048	0.0051	0.0048	0.0023	0.0023	0.0026	0.0023	0.0031
chr3L	6016375	6016556	chr3L:6016376-6016556	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0407	0.0486	0.0448	0.0274	0.0276	0.0481	0.064	0.0653	0.0276	0.0688	0.0476	0.0688	0.0465	0.0352	0.0348	0.0352	0.038
chr3L	6025602	6025753	chr3L:6025603-6025753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0098	0.0048	0.0104	0.0042	0.0058	0.0195	0.0073	0.0042	0.0036	0.0058	0.0036	0.0062	0.0054	0.0013	0.0054	0.0052
chr3L	6038085	6038236	chr3L:6038086-6038236	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0076	0.009	0.023	0.0021	0.0053	0.0143	0.0087	0.0021	0.0115	0.0071	0.0115	0.0062	0.0023	0.0052	0.0023	0.0052
chr3L	6041844	6041995	chr3L:6041845-6041995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0065	0.0075	0.0055	0.0065	0.0032	0.0044	0.0151	0.008	0.0032	0.006	0.0051	0.006	0.0039	0.0015	6e-04	0.0015	0.0031
chr3L	6047860	6048042	chr3L:6047861-6048042	FBgn0028980,FBgn0035667	Jon65Ai,tan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1259	0.1063	0.1494	0.1221	0.0626	0.1296	0.1289	0.1319	0.0626	0.1963	0.1576	0.1963	0.1518	0.1417	0.1302	0.1417	0.1459
chr3L	6048136	6048305	chr3L:6048137-6048305	FBgn0028980	tan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1453	0.12	0.1773	0.1386	0.071	0.1485	0.1328	0.1652	0.071	0.224	0.1862	0.224	0.1844	0.1524	0.1489	0.1524	0.1647
chr3L	6048361	6048537	chr3L:6048362-6048537	FBgn0028980	tan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0633	0.0528	0.0798	0.0568	0.0201	0.0612	0.0636	0.0779	0.0201	0.1069	0.0804	0.1069	0.0713	0.0819	0.0484	0.0819	0.062
chr3L	6048607	6048758	chr3L:6048608-6048758	FBgn0028980	tan	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0334	0.04	0.0266	0.0127	0.0383	0.0398	0.052	0.0127	0.0574	0.0373	0.0574	0.0364	0.0383	0.0258	0.0383	0.0318
chr3L	6052128	6052279	chr3L:6052129-6052279	FBgn0035669	CG6592	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0363	0.0418	0.0153	0.0138	0.0408	0.0519	0.04	0.0138	0.0598	0.0457	0.0598	0.0287	0.0077	0.0206	0.0077	0.0141
chr3L	6052303	6052521	chr3L:6052304-6052521	FBgn0035669	CG6592	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0663	0.0837	0.0827	0.0287	0.0583	0.0927	0.1086	0.1053	0.0583	0.0972	0.0936	0.0972	0.0589	0.0207	0.029	0.0207	0.0219
chr3L	6059125	6059276	chr3L:6059126-6059276	FBgn0259164	CG42269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0135	0.0086	0.0141	0.0184	0.0021	0.0087	0.0125	0.0113	0.0021	0.0163	0.0203	0.0163	0.0077	0.0237	0.049	0.0237	0.0068
chr3L	6060944	6061095	chr3L:6060945-6061095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.014	0.0232	0.0112	0.0068	0.0148	0.015	0.0424	0.0247	0.0148	0.0121	0.0129	0.0121	0.0116	0.0069	0.0123	0.0069	0.0036
chr3L	6061201	6061361	chr3L:6061202-6061361	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0384	0.0105	0.0071	0.0286	0.0233	0.061	0.0526	0.0286	0.0097	0.0113	0.0097	0.0124	0.0046	0.0135	0.0046	0.0068
chr3L	6061422	6061618	chr3L:6061423-6061618	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0212	0.044	0.01	0.0081	0.0255	0.0257	0.0575	0.0853	0.0255	0.0079	0.0148	0.0079	0.0077	0.0046	0.02	0.0046	0.0047
chr3L	6063336	6063487	chr3L:6063337-6063487	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0222	0.0228	0.0264	0.017	0.0053	0.0243	0.0242	0.0413	0.0053	0.0187	0.0412	0.0187	0.0263	0.0115	0.0329	0.0115	0.0167
chr3L	6064643	6064823	chr3L:6064644-6064823	FBgn0035673	CG6602	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0569	0.0555	0.0628	0.0519	0.0297	0.0597	0.0657	0.0833	0.0297	0.038	0.0878	0.038	0.0728	0.0214	0.0877	0.0214	0.0615
chr3L	6068273	6068452	chr3L:6068274-6068452	FBgn0035674,FBgn0035675	CG13295,CG6610	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1541	0.1433	0.1761	0.142	0.1071	0.1597	0.1648	0.1965	0.1071	0.2059	0.1929	0.2059	0.1828	0.1646	0.1489	0.1646	0.1605
chr3L	6068541	6068712	chr3L:6068542-6068712	FBgn0035674,FBgn0035675	CG13295,CG6610	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1588	0.14	0.1905	0.1451	0.0976	0.1631	0.1557	0.1919	0.0976	0.2168	0.2141	0.2168	0.1774	0.1608	0.1502	0.1608	0.1694
chr3L	6068822	6069027	chr3L:6068823-6069027	FBgn0035674,FBgn0035675	CG13295,CG6610	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.0902	0.1322	0.0982	0.0594	0.1107	0.0969	0.1233	0.0594	0.1624	0.1402	0.1624	0.1317	0.0942	0.0999	0.0942	0.1115
chr3L	6069150	6069341	chr3L:6069151-6069341	FBgn0035676	CG6619	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1012	0.0877	0.1195	0.0962	0.0615	0.0966	0.1034	0.1213	0.0615	0.1413	0.1302	0.1413	0.1123	0.0881	0.0922	0.0881	0.099
chr3L	6069619	6069816	chr3L:6069620-6069816	FBgn0035676	CG6619	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0524	0.0355	0.0458	0.0785	0.0265	0.0374	0.0484	0.04	0.0265	0.0489	0.0463	0.0489	0.0341	0.036	0.0496	0.036	0.0766
chr3L	6070561	6070712	chr3L:6070562-6070712	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.012	0.0151	0.0368	0.0021	0.0126	0.0195	0.0113	0.0021	0.0151	0.0122	0.0151	0.0155	0.0092	0.0045	0.0092	0.0198
chr3L	6075301	6075632	chr3L:6075302-6075632	FBgn0035677	CG13293	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0445	0.0588	0.0438	0.0292	0.0403	0.0544	0.0804	0.0799	0.0403	0.0447	0.0395	0.0447	0.0294	0.0153	0.0123	0.0153	0.0182
chr3L	6075795	6075998	chr3L:6075796-6075998	FBgn0035677	CG13293	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0801	0.0961	0.0827	0.0593	0.0615	0.1102	0.0956	0.1552	0.0615	0.0773	0.0698	0.0773	0.0279	0.01	0.0161	0.01	0.0203
chr3L	6076266	6076417	chr3L:6076267-6076417	FBgn0035677	CG13293	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0194	0.0208	0.0182	0.0085	0.0252	0.0229	0.026	0.0085	0.0139	0.0109	0.0139	0.0139	0.0084	0.0064	0.0084	0.0109
chr3L	6078114	6078265	chr3L:6078115-6078265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0125	0.0103	0.0124	0.0095	0.0107	0.0199	0.0133	0.0095	0.0066	0.0064	0.0066	0.0101	8e-04	0.0071	8e-04	0.0073
chr3L	6078616	6078772	chr3L:6078617-6078772	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.013	0.0217	0.0207	0.0032	0.0165	0.0151	0.0193	0.0032	0.0091	0.0132	0.0091	0.0116	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chr3L	6087502	6087697	chr3L:6087503-6087697	FBgn0035679,FBgn0061492	CG10467,loj	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0571	0.0538	0.0688	0.048	0.0255	0.0655	0.0649	0.0726	0.0255	0.0737	0.0746	0.0737	0.0891	0.0421	0.0451	0.0421	0.0756
chr3L	6087741	6087950	chr3L:6087742-6087950	FBgn0035679,FBgn0061492	CG10467,loj	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0959	0.084	0.1145	0.0888	0.0594	0.0995	0.0939	0.1113	0.0594	0.1419	0.1264	0.1419	0.1162	0.0949	0.0864	0.0949	0.1225
chr3L	6088004	6088171	chr3L:6088005-6088171	FBgn0035679,FBgn0061492	CG10467,loj	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1232	0.1081	0.1471	0.1138	0.0679	0.134	0.1172	0.1512	0.0679	0.1733	0.1682	0.1733	0.1433	0.1202	0.1161	0.1202	0.1579
chr3L	6088239	6088415	chr3L:6088240-6088415	FBgn0035679,FBgn0061492	CG10467,loj	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0716	0.0614	0.0912	0.0614	0.0382	0.0714	0.0696	0.0866	0.0382	0.0978	0.109	0.0978	0.093	0.0658	0.0729	0.0658	0.0849
chr3L	6088866	6089060	chr3L:6088867-6089060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0253	0.032	0.0216	0.0127	0.0233	0.0402	0.0313	0.0127	0.026	0.0389	0.026	0.038	0.0168	0.0303	0.0168	0.0281
chr3L	6090464	6090619	chr3L:6090465-6090619	FBgn0005658	Ets65A	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.0118	0.0213	0.044	0.0074	0.0155	0.0151	0.012	0.0074	0.0121	0.0141	0.0121	0.0201	0.0046	0.0103	0.0046	0.0177
chr3L	6096389	6096543	chr3L:6096390-6096543	distal	distal	none	none	VT26387.1	VT26387.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.015	0.0261	0.021	0.0042	0.015	0.0216	0.018	0.0042	0.0133	0.0164	0.0133	0.0054	0.0084	0.0058	0.0084	0.0052
chr3L	6096874	6097053	chr3L:6096875-6097053	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26387.1	VT26387.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0387	0.0329	0.0437	0.0398	0.0201	0.033	0.0368	0.0546	0.0201	0.0435	0.0305	0.0435	0.0178	0.0092	0.011	0.0092	0.0073
chr3L	6097774	6098143	chr3L:6097775-6098143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26387.1	VT26387.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0736	0.0612	0.0953	0.0635	0.0106	0.1015	0.0532	0.0853	0.0106	0.0876	0.064	0.0876	0.0581	0.0329	0.0239	0.0329	0.0334
chr3L	6099893	6100154	chr3L:6099894-6100154	distal	distal	stage11	stage11	VT26389.1	VT26389.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0417	0.0191	0.0635	0.0432	0.0064	0.034	0.0234	0.012	0.0064	0.0344	0.0418	0.0344	0.1263	0.013	0.0239	0.013	0.0505
chr3L	6100601	6100752	chr3L:6100602-6100752	distal	distal	none	none	VT26389.1	VT26389.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0198	0.013	0.0306	0.0157	0.0074	0.0194	0.0186	0.0087	0.0074	0.0127	0.0215	0.0127	0.0558	0.0015	0.0064	0.0015	0.0177
chr3L	6101556	6101707	chr3L:6101557-6101707	distal	distal	stage14	stage14	VT26389.1,VT26390.1	VT26389.1,VT26390.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0151	0.0174	0.0267	0.0074	0.0165	0.0242	0.0153	0.0074	0.0127	0.0125	0.0127	0.0194	0.0031	0.0071	0.0031	0.0109
chr3L	6104281	6104475	chr3L:6104282-6104475	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0098	0.0291	0.061	0.0032	0.015	0.0138	0.0067	0.0032	0.0109	0.0093	0.0109	0.0124	0.0046	0.0084	0.0046	0.0167
chr3L	6110163	6110314	chr3L:6110164-6110314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0108	0.0079	0.017	0.0064	0.0073	0.019	0.0133	0.0064	0.0091	0.009	0.0091	0.0039	0.0107	0.0148	0.0107	0.0099
chr3L	6111076	6111236	chr3L:6111077-6111236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.013	0.0159	0.0163	0.0106	0.0117	0.0186	0.016	0.0106	0.0066	0.0087	0.0066	0.0054	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr3L	6117855	6118091	chr3L:6117856-6118091	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1259	0.088	0.184	0.1044	0.0456	0.1146	0.0956	0.1133	0.0456	0.212	0.2035	0.212	0.1882	0.0988	0.1199	0.0988	0.1209
chr3L	6118198	6118369	chr3L:6118199-6118369	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0344	0.0651	0.0359	0.0191	0.0413	0.0381	0.0486	0.0191	0.064	0.0785	0.064	0.0689	0.036	0.0387	0.036	0.0511
chr3L	6118424	6118792	chr3L:6118425-6118792	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0833	0.0764	0.1197	0.0512	0.0477	0.0922	0.0705	0.1279	0.0477	0.1087	0.1492	0.1087	0.1309	0.0398	0.0716	0.0398	0.0693
chr3L	6119904	6120055	chr3L:6119905-6120055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0143	0.0169	0.0157	0.0106	0.0155	0.0212	0.0147	0.0106	0.0133	0.0244	0.0133	0.0147	0.0061	0.0464	0.0061	0.0073
chr3L	6122785	6122970	chr3L:6122786-6122970	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0407	0.0469	0.0448	0.0294	0.0329	0.0466	0.0528	0.0753	0.0329	0.0266	0.0775	0.0266	0.0341	0.0123	0.0613	0.0123	0.0401
chr3L	6134772	6134923	chr3L:6134773-6134923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.0092	0.0124	0.015	0.0053	0.0087	0.0151	0.008	0.0053	0.0085	0.0193	0.0085	0.0108	0.0015	0.0529	0.0015	0.0052
chr3L	6136266	6136417	chr3L:6136267-6136417	FBgn0020641	Lcp65Ad	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0126	0.0221	0.0097	0.0021	0.0136	0.0156	0.02	0.0021	0.0103	0.0428	0.0103	0.0108	0	0.0277	0	0.0036
chr3L	6136678	6136829	chr3L:6136679-6136829	FBgn0020641	Lcp65Ad	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0141	0.0166	0.0071	0.0032	0.0155	0.0169	0.0207	0.0032	0.0072	0.0315	0.0072	0.0054	0.0038	0.0174	0.0038	0.0031
chr3L	6148164	6148315	chr3L:6148165-6148315	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0159	0.0184	0.0137	0.0153	0.0064	0.017	0.035	0.0147	0.0064	0.0072	0.0264	0.0072	0.0023	0.0031	0.0574	0.0031	0.0031
chr3L	6149154	6149305	chr3L:6149155-6149305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0176	0.0197	0.0157	0.0173	0.0074	0.0189	0.026	0.03	0.0074	0.0079	0.0254	0.0079	0.0163	0.0061	0.0406	0.0061	0.024
chr3L	6150398	6150549	chr3L:6150399-6150549	FBgn0035685	CG13297	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0127	0.011	0.0133	0.0141	0.0042	0.0097	0.0199	0.0107	0.0042	0.0109	0.0199	0.0109	0.007	0.0061	0.0445	0.0061	0.0052
chr3L	6150986	6151137	chr3L:6150987-6151137	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0127	0.0106	0.0114	0.0166	0.0053	0.0087	0.0199	0.0093	0.0053	0.0066	0.0164	0.0066	0.0116	0.0023	0.0522	0.0023	0.0073
chr3L	6152756	6152943	chr3L:6152757-6152943	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0186	0.0284	0.0228	0.0053	0.0184	0.0294	0.0207	0.0053	0.0151	0.019	0.0151	0.0062	0.0054	0.0077	0.0054	0.0083
chr3L	6153331	6153493	chr3L:6153332-6153493	FBgn0035686	Cpr65Az	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0156	0.025	0.0241	0.0085	0.017	0.0212	0.0213	0.0085	0.0151	0.0164	0.0151	0.0085	0.0046	0.0071	0.0046	0.0047
chr3L	6154979	6155136	chr3L:6154980-6155136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0152	0.0273	0.0259	0.0106	0.0184	0.0221	0.0107	0.0106	0.0103	0.017	0.0103	0.0077	0.0038	0.0077	0.0038	0.0052
chr3L	6155508	6155711	chr3L:6155509-6155711	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0071	0.0236	0.0259	0.0042	0.0083	0.0099	0.0067	0.0042	0.0085	0.0071	0.0085	0.007	0.0046	0.0084	0.0046	0.0083
chr3L	6155886	6156039	chr3L:6155887-6156039	FBgn0035687	CG13296	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0093	0.0223	0.0291	0.0011	0.0117	0.0156	0.0073	0.0011	0.0091	0.0087	0.0091	0.007	0.0031	0.0058	0.0031	0.0068
chr3L	6159142	6159293	chr3L:6159143-6159293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0201	0.0258	0.0202	0.0135	0.0085	0.0238	0.0463	0.026	0.0085	0.0217	0.0215	0.0217	0.0209	0.0214	0.0155	0.0214	0.0104
chr3L	6160769	6160920	chr3L:6160770-6160920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0325	0.0194	0.0099	0.0244	0.0272	0.0536	0.0326	0.0244	0.0175	0.0212	0.0175	0.0209	0.0115	0.0064	0.0115	0.0135
chr3L	6166645	6166796	chr3L:6166646-6166796	FBgn0035688	CG10289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0626	0.0611	0.0791	0.0462	0.0467	0.0597	0.0913	0.0673	0.0467	0.0857	0.0833	0.0857	0.0844	0.0352	0.0426	0.0352	0.0677
chr3L	6166928	6167101	chr3L:6166929-6167101	FBgn0035688,FBgn0035689	CG10289,CG7376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1708	0.1638	0.1938	0.1536	0.1315	0.1786	0.2189	0.1752	0.1315	0.2234	0.2167	0.2234	0.1828	0.1577	0.1605	0.1577	0.1761
chr3L	6167213	6167403	chr3L:6167214-6167403	FBgn0035688,FBgn0035689	CG10289,CG7376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1269	0.1508	0.1189	0.1082	0.1393	0.1635	0.1366	0.1082	0.186	0.1685	0.186	0.1487	0.1279	0.1212	0.1279	0.1438
chr3L	6169218	6169369	chr3L:6169219-6169369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0274	0.0461	0.0223	0.012	0.0255	0.0296	0.0978	0.0326	0.0255	0.0254	0.026	0.0254	0.0209	0.0092	0.0116	0.0092	0.0203
chr3L	6174878	6175061	chr3L:6174879-6175061	FBgn0035690	CG10274	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1324	0.1185	0.1629	0.1145	0.0827	0.1316	0.141	0.1646	0.0827	0.1908	0.1794	0.1908	0.151	0.1187	0.1141	0.1187	0.1407
chr3L	6175130	6175305	chr3L:6175131-6175305	FBgn0035690	CG10274	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1618	0.1486	0.1964	0.1386	0.106	0.1617	0.1817	0.1985	0.106	0.2325	0.2158	0.2325	0.1975	0.1501	0.1489	0.1501	0.1647
chr3L	6177997	6178227	chr3L:6177998-6178227	FBgn0022699,FBgn0262985	CG43293,D19B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1982	0.1545	0.2615	0.1776	0.0976	0.2083	0.151	0.2179	0.0976	0.3213	0.2939	0.3213	0.2486	0.2029	0.1741	0.2029	0.2277
chr3L	6182152	6182325	chr3L:6182153-6182325	FBgn0022935	D19A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0888	0.0607	0.1254	0.0802	0.0233	0.0888	0.0649	0.0779	0.0233	0.1492	0.1392	0.1492	0.1394	0.0804	0.0748	0.0804	0.111
chr3L	6182753	6182914	chr3L:6182754-6182914	FBgn0035691	CG7386	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0559	0.0284	0.0689	0.0724	0.0042	0.0481	0.0285	0.036	0.0042	0.0688	0.0746	0.0688	0.103	0.0658	0.0741	0.0658	0.1053
chr3L	6186175	6186378	chr3L:6186176-6186378	FBgn0024921,FBgn0035692	CG13298,Trn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1921	0.1869	0.2152	0.1725	0.1389	0.2189	0.2193	0.2338	0.1389	0.2494	0.2386	0.2494	0.2099	0.1899	0.1651	0.1899	0.2064
chr3L	6186509	6186679	chr3L:6186510-6186679	FBgn0024921,FBgn0035692	CG13298,Trn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1554	0.1381	0.1763	0.1518	0.0838	0.1636	0.1635	0.1712	0.0838	0.2174	0.1939	0.2174	0.1743	0.1616	0.1464	0.1616	0.1839
chr3L	6186770	6187124	chr3L:6186771-6187124	FBgn0024921,FBgn0035692	CG13298,Trn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1454	0.1249	0.1745	0.1363	0.071	0.151	0.1479	0.1639	0.071	0.2295	0.1781	0.2295	0.1782	0.1401	0.1225	0.1401	0.1652
chr3L	6196307	6196458	chr3L:6196308-6196458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0176	0.0255	0.0198	0.0021	0.0223	0.026	0.02	0.0021	0.0368	0.0264	0.0368	0.0364	0.0268	0.0123	0.0268	0.0386
chr3L	6196519	6196670	chr3L:6196520-6196670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0221	0.015	0.0283	0.0234	0.0021	0.0233	0.019	0.0127	0.0021	0.0362	0.0309	0.0362	0.0387	0.0245	0.0135	0.0245	0.0521
chr3L	6197509	6197660	chr3L:6197510-6197660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.021	0.013	0.0259	0.0246	0.0042	0.0194	0.0173	0.0093	0.0042	0.035	0.0215	0.035	0.0442	0.0322	0.0135	0.0322	0.0537
chr3L	6209121	6209376	chr3L:6209122-6209376	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.08	0.0573	0.1065	0.0763	0.0191	0.1233	0.0433	0.044	0.0191	0.1322	0.0994	0.1322	0.2045	0.1018	0.0484	0.1018	0.16
chr3L	6209778	6210256	chr3L:6209779-6210256	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2062	0.1275	0.3129	0.177	0.0308	0.2631	0.0852	0.1366	0.0308	0.4004	0.3904	0.4004	0.3563	0.1738	0.2482	0.1738	0.2949
chr3L	6210293	6210471	chr3L:6210294-6210471	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1063	0.0606	0.1662	0.0918	0.0127	0.1277	0.0463	0.054	0.0127	0.247	0.209	0.247	0.1549	0.147	0.1289	0.147	0.1199
chr3L	6210610	6210844	chr3L:6210611-6210844	FBgn0002526	LanA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1111	0.0747	0.1593	0.0989	0.0318	0.1311	0.0657	0.0779	0.0318	0.2397	0.1961	0.2397	0.1549	0.1478	0.1244	0.1478	0.1438
chr3L	6211017	6211277	chr3L:6211018-6211277	FBgn0002526	LanA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2185	0.1734	0.2876	0.193	0.123	0.2689	0.167	0.1845	0.123	0.3925	0.3437	0.3925	0.3269	0.2642	0.2405	0.2642	0.2986
chr3L	6211423	6211574	chr3L:6211424-6211574	FBgn0002526	LanA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0567	0.1047	0.0678	0.035	0.0796	0.0575	0.0693	0.035	0.1316	0.1299	0.1316	0.1216	0.0704	0.0935	0.0704	0.11
chr3L	6211633	6211976	chr3L:6211634-6211976	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2182	0.1441	0.298	0.2133	0.0742	0.2282	0.1276	0.1839	0.0742	0.3798	0.3576	0.3798	0.3718	0.2902	0.2792	0.2902	0.3252
chr3L	6227419	6227576	chr3L:6227420-6227576	FBgn0261631	CG42714	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0424	0.0423	0.0228	0.0233	0.0442	0.0575	0.0573	0.0233	0.0616	0.0476	0.0616	0.0356	0.0337	0.0303	0.0337	0.0313
chr3L	6227685	6227836	chr3L:6227686-6227836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0228	0.0295	0.0261	0.0117	0.0127	0.034	0.0394	0.0373	0.0127	0.0417	0.0309	0.0417	0.0194	0.0184	0.0135	0.0184	0.0151
chr3L	6249197	6249348	chr3L:6249198-6249348	FBgn0035696	Best2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0209	0.0167	0.0235	0.0227	0.0053	0.0184	0.0298	0.0133	0.0053	0.0223	0.0354	0.0223	0.0163	0.0153	0.0645	0.0153	0.0162
chr3L	6249661	6249896	chr3L:6249662-6249896	FBgn0035696	Best2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0529	0.0389	0.0541	0.0673	0.0308	0.034	0.0593	0.0433	0.0308	0.0229	0.1026	0.0229	0.0387	0.0153	0.2321	0.0153	0.0334
chr3L	6250106	6250257	chr3L:6250107-6250257	FBgn0035696	Best2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0178	0.0245	0.0359	0.018	0.0136	0.0238	0.0247	0.018	0.0163	0.0402	0.0163	0.0232	0.0123	0.1141	0.0123	0.0234
chr3L	6252662	6252813	chr3L:6252663-6252813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.014	0.0102	0.0094	0.0234	0.0032	0.0121	0.0182	0.0073	0.0032	0.0211	0.0071	0.0211	0.0093	0.0957	0.011	0.0957	0.0068
chr3L	6255283	6255490	chr3L:6255284-6255490	FBgn0001258	ImpL3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0369	0.0253	0.0343	0.0528	0.0148	0.0296	0.032	0.0286	0.0148	0.0393	0.0354	0.0393	0.0341	0.111	0.0264	0.111	0.0297
chr3L	6255716	6255920	chr3L:6255717-6255920	FBgn0001258	ImpL3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1042	0.1024	0.1253	0.0831	0.0859	0.118	0.1103	0.1399	0.0859	0.1558	0.1508	0.1558	0.0914	0.2228	0.0819	0.2228	0.0401
chr3L	6256058	6256265	chr3L:6256059-6256265	FBgn0001258	ImpL3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1128	0.1009	0.143	0.0927	0.0689	0.1243	0.1068	0.1392	0.0689	0.1751	0.1887	0.1751	0.0782	0.2504	0.1051	0.2504	0.0334
chr3L	6256453	6256636	chr3L:6256454-6256636	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0419	0.0374	0.0503	0.0377	0.0276	0.0413	0.0441	0.0473	0.0276	0.0501	0.0678	0.0501	0.0263	0.111	0.0387	0.111	0.0115
chr3L	6257087	6257565	chr3L:6257088-6257565	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0701	0.0526	0.0825	0.0762	0.0329	0.0534	0.0705	0.0673	0.0329	0.0894	0.0929	0.0894	0.0883	0.1103	0.1025	0.1103	0.0719
chr3L	6257653	6257831	chr3L:6257654-6257831	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0997	0.0796	0.1234	0.0961	0.0456	0.0966	0.099	0.0919	0.0456	0.1618	0.1379	0.1618	0.1154	0.1225	0.1038	0.1225	0.111
chr3L	6292761	6292955	chr3L:6292762-6292955	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0252	0.0161	0.0404	0.0187	0.0053	0.0121	0.0277	0.0193	0.0053	0.0543	0.0621	0.0543	0.0147	0.0138	0.0529	0.0138	0.0104
chr3L	6302161	6302323	chr3L:6302162-6302323	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0384	0.018	0.0078	0.0297	0.034	0.0519	0.0506	0.0297	0.0211	0.0212	0.0211	0.0155	0.0046	0.011	0.0046	0.012
chr3L	6302811	6303028	chr3L:6302812-6303028	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0365	0.0103	0.0582	0.0419	0.0032	0.018	0.0138	0.006	0.0032	0.1075	0.0537	0.1075	0.0736	0.0521	0.0432	0.0521	0.0761
chr3L	6303633	6303917	chr3L:6303634-6303917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0447	0.0213	0.0712	0.0418	0.0074	0.0369	0.0281	0.012	0.0074	0.1196	0.0733	0.1196	0.0782	0.0429	0.058	0.0429	0.0625
chr3L	6304115	6304271	chr3L:6304116-6304271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0214	0.0092	0.0367	0.0184	0.0032	0.0131	0.0138	0.0073	0.0032	0.067	0.0412	0.067	0.0279	0.0161	0.0374	0.0161	0.0203
chr3L	6304458	6304609	chr3L:6304459-6304609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0138	0.0087	0.0198	0.0128	0.0042	0.0107	0.013	0.0087	0.0042	0.0278	0.0244	0.0278	0.0209	0.0084	0.0297	0.0084	0.0141
chr3L	6304726	6304877	chr3L:6304727-6304877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0186	0.0106	0.0297	0.0155	0.0074	0.0131	0.0138	0.01	0.0074	0.0453	0.0338	0.0453	0.031	0.013	0.0329	0.013	0.0156
chr3L	6305204	6305385	chr3L:6305205-6305385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0237	0.015	0.0452	0.01	0.0085	0.0272	0.0177	0.0093	0.0085	0.1202	0.0273	0.1202	0.0473	0.0061	0.0148	0.0061	0.0177
chr3L	6305630	6305781	chr3L:6305631-6305781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0163	0.0112	0.0293	0.0078	0.0032	0.018	0.0147	0.008	0.0032	0.0894	0.0145	0.0894	0.0186	0.0069	0.0155	0.0069	0.0073
chr3L	6307655	6307806	chr3L:6307656-6307806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.012	0.0218	0.0104	0.0095	0.0112	0.0182	0.0127	0.0095	0.0181	0.037	0.0181	0.0124	0.0038	0.029	0.0038	0.0094
chr3L	6308736	6308887	chr3L:6308737-6308887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0118	0.0165	0.0177	0.0106	0.0126	0.016	0.014	0.0106	0.0181	0.0206	0.0181	0.0062	0.0123	0.0419	0.0123	0.0099
chr3L	6309056	6309233	chr3L:6309057-6309233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0127	0.0299	0.0258	0.0085	0.0131	0.0208	0.012	0.0085	0.026	0.0453	0.026	0.0163	0.0123	0.0664	0.0123	0.0141
chr3L	6314862	6315013	chr3L:6314863-6315013	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0083	0.006	0.0085	0.0107	0.0053	0.0068	0.0095	0.0033	0.0053	0.006	0.0122	0.006	0.0101	0.0038	0.0297	0.0038	0.0104
chr3L	6320741	6320921	chr3L:6320742-6320921	FBgn0041623	Or65c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0143	0.0307	0.0155	0.0085	0.018	0.0199	0.0133	0.0085	0.0471	0.0395	0.0471	0.0209	0.0115	0.0239	0.0115	0.0193
chr3L	6321391	6321542	chr3L:6321392-6321542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0143	0.024	0.0097	0.0074	0.017	0.0238	0.01	0.0074	0.0344	0.0312	0.0344	0.0217	0.0061	0.0148	0.0061	0.0078
chr3L	6323745	6323896	chr3L:6323746-6323896	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0156	0.012	0.0198	0.0149	0.0021	0.0141	0.0182	0.0133	0.0021	0.0205	0.0248	0.0205	0.0147	0.0054	0.0123	0.0054	0.0073
chr3L	6324384	6324535	chr3L:6324385-6324535	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0088	0.0203	0.0148	0.0011	0.0107	0.016	0.0067	0.0011	0.0374	0.0222	0.0374	0.0108	0.0283	0.0155	0.0283	0.0109
chr3L	6324574	6324725	chr3L:6324575-6324725	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0144	0.0081	0.0183	0.0171	0.0032	0.0102	0.0147	0.004	0.0032	0.0326	0.0215	0.0326	0.0108	0.0436	0.0219	0.0436	0.0078
chr3L	6326466	6326642	chr3L:6326467-6326642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0274	0.0233	0.0434	0.0145	0.0085	0.0442	0.0234	0.0173	0.0085	0.0743	0.0508	0.0743	0.0279	0.0107	0.0264	0.0107	0.0146
chr3L	6329564	6329720	chr3L:6329565-6329720	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0302	0.0131	0.0509	0.0266	0.0032	0.0209	0.0169	0.0107	0.0032	0.0616	0.0778	0.0616	0.0333	0.0115	0.0729	0.0115	0.024
chr3L	6330015	6330166	chr3L:6330016-6330166	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.012	0.0315	0.0145	0.0032	0.0175	0.016	0.0107	0.0032	0.0507	0.0418	0.0507	0.0209	0.0069	0.038	0.0069	0.0094
chr3L	6330451	6330701	chr3L:6330452-6330701	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.079	0.049	0.158	0.0258	0.0095	0.1097	0.035	0.0366	0.0095	0.3442	0.1675	0.3442	0.072	0.0199	0.0567	0.0199	0.0208
chr3L	6331113	6331264	chr3L:6331114-6331264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0172	0.0533	0.0139	0.0053	0.0286	0.0195	0.0127	0.0053	0.1008	0.0646	0.1008	0.0256	0.0168	0.0284	0.0168	0.0099
chr3L	6332154	6332335	chr3L:6332155-6332335	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0267	0.0398	0.0258	0.0131	0.0371	0.0466	0.0398	0.056	0.0371	0.0447	0.0296	0.0447	0.0139	0.0031	0.0161	0.0031	0.0094
chr3L	6335103	6335254	chr3L:6335104-6335254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0093	0.0263	0.0281	0.0053	0.0107	0.0138	0.0087	0.0053	0.0193	0.0453	0.0193	0.0178	0.0069	0.0967	0.0069	0.0104
chr3L	6335277	6335428	chr3L:6335278-6335428	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0127	0.0368	0.028	0.0074	0.0184	0.0156	0.0113	0.0074	0.0223	0.0691	0.0223	0.0178	0.0084	0.0948	0.0084	0.012
chr3L	6335566	6335745	chr3L:6335567-6335745	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0406	0.0222	0.0652	0.0341	0.0138	0.0374	0.0208	0.022	0.0138	0.038	0.1296	0.038	0.0209	0.0077	0.1212	0.0077	0.0109
chr3L	6335807	6335958	chr3L:6335808-6335958	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0242	0.0613	0.0224	0.0148	0.033	0.0272	0.0266	0.0148	0.0429	0.1148	0.0429	0.0225	0.0054	0.0754	0.0054	0.0094
chr3L	6336823	6336974	chr3L:6336824-6336974	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.0199	0.043	0.0121	0.0042	0.033	0.0212	0.0207	0.0042	0.0525	0.0662	0.0525	0.0186	0.0077	0.0239	0.0077	0.0068
chr3L	6337143	6337394	chr3L:6337144-6337394	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0449	0.046	0.0668	0.0198	0.0095	0.0893	0.035	0.052	0.0095	0.1129	0.0826	0.1129	0.0302	0.0031	0.0277	0.0031	0.0104
chr3L	6338061	6338222	chr3L:6338062-6338222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.023	0.0243	0.0312	0.0124	0.0053	0.0447	0.0242	0.0247	0.0053	0.0362	0.0383	0.0362	0.0403	0.0061	0.0271	0.0061	0.0099
chr3L	6341660	6341811	chr3L:6341661-6341811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0075	0.0141	0.0121	0.0042	0.0083	0.0117	0.0073	0.0042	0.0199	0.0177	0.0199	0.0116	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr3L	6342510	6342661	chr3L:6342511-6342661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0192	0.0093	0.0274	0.0213	0.0011	0.0165	0.0121	0.0073	0.0011	0.0368	0.0373	0.0368	0.0225	0.0306	0.0361	0.0306	0.0156
chr3L	6342726	6342942	chr3L:6342727-6342942	FBgn0259969	Sfp65A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0283	0.0122	0.0435	0.0297	0.0032	0.017	0.0177	0.0087	0.0032	0.0622	0.0614	0.0622	0.0256	0.0337	0.0632	0.0337	0.0219
chr3L	6345072	6345223	chr3L:6345073-6345223	FBgn0035699	CG13300	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0309	0.0179	0.0506	0.0237	0.0074	0.035	0.0143	0.0173	0.0074	0.0713	0.0579	0.0713	0.0573	0.0283	0.0432	0.0283	0.0214
chr3L	6345444	6345649	chr3L:6345445-6345649	FBgn0035699	CG13300	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1449	0.0796	0.2218	0.1333	0.0201	0.1408	0.0424	0.1366	0.0201	0.2778	0.2785	0.2778	0.2122	0.1279	0.1986	0.1279	0.1652
chr3L	6350721	6350873	chr3L:6350722-6350873	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0178	0.0292	0.018	0.0049	0.0212	0.0267	0.0307	0.05	0.0212	0.0163	0.0232	0.0163	0.0217	0.0038	0.009	0.0038	0.0042
chr3L	6354821	6354972	chr3L:6354822-6354972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0092	0.0087	0.009	0.0099	0.0032	0.0078	0.0147	0.0093	0.0032	0.0097	0.0138	0.0097	0.0062	0.0015	0.0297	0.0015	0.0052
chr3L	6355243	6355394	chr3L:6355244-6355394	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0098	0.0108	0.0146	0.0064	0.0097	0.0182	0.006	0.0064	0.0097	0.017	0.0097	0.0077	0.0031	0.0484	0.0031	0.0057
chr3L	6355756	6355907	chr3L:6355757-6355907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0094	0.0071	0.0094	0.012	0.0011	0.0058	0.0143	0.0073	0.0011	0.0103	0.0129	0.0103	0.0077	0.0061	0.0355	0.0061	0.0052
chr3L	6365888	6366039	chr3L:6365889-6366039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.015	0.0138	0.0183	0.0127	0.0117	0.0121	0.0216	0.0153	0.0117	0.0199	0.0238	0.0199	0.0147	0.0069	0.0277	0.0069	0.0094
chr3L	6366842	6366993	chr3L:6366843-6366993	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0137	0.0254	0.0106	0.0085	0.0107	0.0229	0.014	0.0085	0.0187	0.0399	0.0187	0.0178	0.0054	0.0193	0.0054	0.013
chr3L	6367234	6367385	chr3L:6367235-6367385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0166	0.0097	0.0263	0.0138	0.0032	0.0146	0.0099	0.014	0.0032	0.0211	0.0431	0.0211	0.017	0.0046	0.0258	0.0046	0.0193
chr3L	6368123	6368274	chr3L:6368124-6368274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0151	0.0102	0.0284	0.006	0.0085	0.0117	0.0095	0.0167	0.0085	0.0103	0.0566	0.0103	0.0116	0.0038	0.0168	0.0038	0.0036
chr3L	6371525	6371676	chr3L:6371526-6371676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0145	0.0113	0.018	0.0141	0.0074	0.0092	0.0212	0.008	0.0074	0.0169	0.0248	0.0169	0.0178	0.013	0.0393	0.013	0.0083
chr3L	6371722	6371873	chr3L:6371723-6371873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0135	0.0108	0.0152	0.0146	0.0053	0.0092	0.0203	0.008	0.0053	0.0175	0.019	0.0175	0.0178	0.0077	0.0368	0.0077	0.0151
chr3L	6372570	6372721	chr3L:6372571-6372721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0098	0.0074	0.0103	0.012	0.0011	0.0044	0.0177	0.0027	0.0011	0.006	0.0174	0.006	0.0077	0.0077	0.0277	0.0077	0.0089
chr3L	6375445	6375743	chr3L:6375446-6375743	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0288	0.0122	0.0368	0.0387	0.0064	0.015	0.0164	0.012	0.0064	0.0592	0.0431	0.0592	0.0271	0.0345	0.0761	0.0345	0.0495
chr3L	6378067	6378218	chr3L:6378068-6378218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0135	0.0087	0.0142	0.018	0.0042	0.0112	0.0117	0.0087	0.0042	0.0127	0.0161	0.0127	0.024	0.0069	0.02	0.0069	0.0375
chr3L	6380924	6381075	chr3L:6380925-6381075	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0088	0.006	0.0075	0.0135	0.0021	0.0063	0.0117	0.0033	0.0021	0.0036	0.0125	0.0036	0.007	0.0054	0.0368	0.0054	0.012
chr3L	6393134	6393285	chr3L:6393135-6393285	FBgn0261801	CG42747	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0376	0.025	0.056	0.0315	0.0085	0.0335	0.0238	0.0366	0.0085	0.0459	0.0878	0.0459	0.0473	0.0398	0.0561	0.0398	0.0234
chr3L	6393464	6393678	chr3L:6393465-6393678	FBgn0261801	CG42747	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1567	0.1072	0.2112	0.1523	0.0604	0.1597	0.0874	0.1526	0.0604	0.2458	0.2637	0.2458	0.2153	0.1646	0.2025	0.1646	0.1834
chr3L	6394548	6394699	chr3L:6394549-6394699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.013	0.0092	0.0154	0.0148	0.0106	0.0058	0.0156	0.008	0.0106	0.0145	0.0183	0.0145	0.0232	0.0077	0.0213	0.0077	0.0266
chr3L	6397106	6397332	chr3L:6397107-6397332	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0128	0.028	0.0298	0.0021	0.016	0.0212	0.008	0.0021	0.0187	0.0473	0.0187	0.0271	0.0107	0.087	0.0107	0.0219
chr3L	6397400	6397580	chr3L:6397401-6397580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0138	0.0311	0.0248	0.0011	0.0184	0.0203	0.0127	0.0011	0.0223	0.0492	0.0223	0.0341	0.0092	0.0632	0.0092	0.0271
chr3L	6427243	6427394	chr3L:6427244-6427394	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0098	0.0052	0.0108	0.0139	0.0053	0.0063	0.0078	0.0027	0.0053	0.0097	0.0135	0.0097	0.0155	0.0084	0.0103	0.0084	0.0307
chr3L	6432922	6433073	chr3L:6432923-6433073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0079	0.0102	0.0125	0.0053	0.0092	0.0095	0.01	0.0053	0.0097	0.0125	0.0097	0.0155	0.0107	0.0309	0.0107	0.0083
chr3L	6433289	6433440	chr3L:6433290-6433440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.01	0.0066	0.0132	0.0104	0.0042	0.0053	0.0095	0.01	0.0042	0.0103	0.0132	0.0103	0.0263	0.0123	0.0142	0.0123	0.0125
chr3L	6442485	6442636	chr3L:6442486-6442636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.007	0.0194	0.0153	0.0011	0.0073	0.0108	0.0093	0.0011	0.0109	0.0318	0.0109	0.0217	0.0123	0.0413	0.0123	0.0104
chr3L	6442864	6443015	chr3L:6442865-6443015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.008	0.0162	0.0128	0.0042	0.0097	0.0125	0.0067	0.0042	0.0097	0.0273	0.0097	0.0155	0.0107	0.0309	0.0107	0.0099
chr3L	6444595	6444746	chr3L:6444596-6444746	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0159	0.011	0.0197	0.0171	0.0021	0.0102	0.0216	0.0073	0.0021	0.0109	0.0235	0.0109	0.0387	0.0061	0.0206	0.0061	0.0386
chr3L	6444826	6445091	chr3L:6444827-6445091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.01	0.023	0.022	0.0021	0.0112	0.0173	0.0067	0.0021	0.0169	0.0209	0.0169	0.0573	0.0123	0.0271	0.0123	0.0443
chr3L	6445622	6445773	chr3L:6445623-6445773	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0107	0.0081	0.0119	0.0123	0.0064	0.0078	0.0134	0.0073	0.0064	0.0072	0.0148	0.0072	0.024	0.0031	0.038	0.0031	0.0089
chr3L	6449926	6450085	chr3L:6449927-6450085	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0209	0.0338	0.0173	0.0106	0.017	0.0451	0.0346	0.0473	0.017	0.0175	0.0203	0.0175	0.0194	0.0061	0.0206	0.0061	0.012
chr3L	6450316	6450774	chr3L:6450317-6450774	distal	distal	none	none	VT26561.1	VT26561.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0362	0.0592	0.0348	0.0121	0.0477	0.0568	0.0722	0.0839	0.0477	0.0374	0.0473	0.0374	0.0349	0.013	0.0245	0.013	0.0109
chr3L	6450899	6451091	chr3L:6450900-6451091	distal	distal	none	none	VT26561.1	VT26561.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0253	0.0345	0.015	0.0117	0.035	0.029	0.032	0.0117	0.0344	0.0502	0.0344	0.0325	0.013	0.038	0.013	0.0089
chr3L	6451333	6451484	chr3L:6451334-6451484	distal	distal	stage11	stage11	VT26561.1	VT26561.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0198	0.0204	0.0117	0.0064	0.0267	0.0281	0.02	0.0064	0.0205	0.0325	0.0205	0.0108	0.0123	0.0277	0.0123	0.0078
chr3L	6451496	6451647	chr3L:6451497-6451647	distal	distal	stage11	stage11	VT26561.1	VT26561.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0176	0.0211	0.0109	0.0053	0.0238	0.0238	0.02	0.0053	0.0193	0.0315	0.0193	0.0178	0.0092	0.0258	0.0092	0.0068
chr3L	6451658	6451809	chr3L:6451659-6451809	distal	distal	none	none	VT26561.1	VT26561.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0152	0.0212	0.012	0.0095	0.0165	0.0229	0.0133	0.0095	0.0139	0.0344	0.0139	0.0155	0.0069	0.0258	0.0069	0.0104
chr3L	6452855	6453006	chr3L:6452856-6453006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0162	0.0169	0.0188	0.0127	0.0053	0.0296	0.0186	0.012	0.0053	0.0266	0.0174	0.0266	0.0302	0.0253	0.0174	0.0253	0.0078
chr3L	6453017	6453168	chr3L:6453018-6453168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.016	0.0187	0.018	0.0109	0.0032	0.034	0.0203	0.014	0.0032	0.0248	0.0203	0.0248	0.017	0.0207	0.0148	0.0207	0.0078
chr3L	6454672	6454823	chr3L:6454673-6454823	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0239	0.0147	0.0053	0.0117	0.017	0.0415	0.0293	0.0117	0.0133	0.0215	0.0133	0.0147	0.0038	0.0097	0.0038	0.0052
chr3L	6457896	6458047	chr3L:6457897-6458047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0188	0.0238	0.0204	0.0114	0.0106	0.0218	0.0411	0.0187	0.0106	0.0121	0.0251	0.0121	0.0302	0.0069	0.0135	0.0069	0.0078
chr3L	6460735	6461039	chr3L:6460736-6461039	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0492	0.0409	0.0713	0.0341	0.0159	0.0447	0.058	0.0453	0.0159	0.0223	0.074	0.0223	0.2045	0.0092	0.0561	0.0092	0.0631
chr3L	6461253	6461426	chr3L:6461254-6461426	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0272	0.0173	0.0429	0.021	0.0095	0.0252	0.0169	0.0213	0.0095	0.0157	0.0476	0.0157	0.1123	0.0077	0.029	0.0077	0.0433
chr3L	6462675	6462912	chr3L:6462676-6462912	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0802	0.0793	0.1273	0.0295	0.0488	0.0791	0.0822	0.1412	0.0488	0.0326	0.2354	0.0326	0.1394	0.0092	0.0806	0.0092	0.0224
chr3L	6464555	6464706	chr3L:6464556-6464706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0193	0.0229	0.0225	0.0117	0.0117	0.0204	0.0212	0.0486	0.0117	0.0145	0.0334	0.0145	0.0217	0.0077	0.0213	0.0077	0.0094
chr3L	6476718	6476869	chr3L:6476719-6476869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0169	0.0107	0.0279	0.0117	0.0053	0.017	0.0138	0.0093	0.0053	0.0127	0.0212	0.0127	0.0899	0.0084	0.0168	0.0084	0.0162
chr3L	6478376	6478565	chr3L:6478377-6478565	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0443	0.042	0.0456	0.0454	0.0255	0.0549	0.0424	0.0573	0.0255	0.0405	0.0563	0.0405	0.0666	0.0773	0.0477	0.0773	0.0594
chr3L	6480594	6480745	chr3L:6480595-6480745	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0246	0.0218	0.016	0.0085	0.0316	0.0355	0.0213	0.0085	0.0193	0.0286	0.0193	0.0263	0.0153	0.0245	0.0153	0.0146
chr3L	6481066	6481260	chr3L:6481067-6481260	FBgn0035702	CG10147	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0342	0.0265	0.0425	0.0337	0.0138	0.0286	0.035	0.0326	0.0138	0.0368	0.0553	0.0368	0.0403	0.0283	0.0535	0.0283	0.0365
chr3L	6481473	6481871	chr3L:6481474-6481871	FBgn0035702,FBgn0035703	CG10147,CG8270	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.16	0.128	0.1957	0.1567	0.0657	0.1689	0.1228	0.1885	0.0657	0.224	0.2186	0.224	0.2084	0.1501	0.1799	0.1501	0.185
chr3L	6482353	6482504	chr3L:6482354-6482504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0192	0.0269	0.0152	0.0148	0.0199	0.0264	0.02	0.0148	0.0302	0.0302	0.0302	0.031	0.0184	0.0135	0.0184	0.0198
chr3L	6488303	6488475	chr3L:6488304-6488475	FBgn0020251,FBgn0035704	CG10144,sfl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0949	0.0897	0.1022	0.0927	0.0594	0.1015	0.1159	0.1053	0.0594	0.1256	0.1145	0.1256	0.0999	0.1087	0.0961	0.1087	0.1167
chr3L	6488674	6488866	chr3L:6488675-6488866	FBgn0020251,FBgn0035704	CG10144,sfl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.165	0.1664	0.1697	0.1585	0.1347	0.1927	0.1903	0.2125	0.1347	0.1957	0.1994	0.1957	0.1727	0.1807	0.1644	0.1807	0.1923
chr3L	6489117	6489357	chr3L:6489118-6489357	FBgn0020251	sfl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1621	0.1857	0.1766	0.1196	0.1379	0.1893	0.2383	0.2432	0.1379	0.2204	0.1916	0.2204	0.1689	0.1677	0.1186	0.1677	0.1376
chr3L	6489369	6489561	chr3L:6489370-6489561	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1529	0.196	0.1585	0.0985	0.1612	0.1879	0.2578	0.2432	0.1612	0.2023	0.181	0.2023	0.1332	0.1256	0.1373	0.1256	0.0969
chr3L	6489738	6490062	chr3L:6489739-6490062	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0969	0.1042	0.108	0.0766	0.0986	0.0791	0.1639	0.1139	0.0986	0.0658	0.1842	0.0658	0.0829	0.0459	0.1747	0.0459	0.0839
chr3L	6490822	6491036	chr3L:6490823-6491036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0493	0.0447	0.0617	0.0407	0.0244	0.0417	0.0644	0.0593	0.0244	0.029	0.1196	0.029	0.0325	0.0191	0.107	0.0191	0.0313
chr3L	6496908	6497104	chr3L:6496909-6497104	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0339	0.0606	0.0273	0.0113	0.0488	0.0529	0.0688	0.0999	0.0488	0.0296	0.0395	0.0296	0.0101	0.0115	0.0168	0.0115	0.0089
chr3L	6498540	6498691	chr3L:6498541-6498691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0253	0.0159	0.0174	0.0127	0.0228	0.035	0.036	0.0127	0.0127	0.0196	0.0127	0.0108	0.0038	0.0077	0.0038	0.0068
chr3L	6501122	6501273	chr3L:6501123-6501273	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0278	0.0124	0.0099	0.0191	0.0175	0.048	0.0333	0.0191	0.0115	0.0174	0.0115	0.0108	0.0054	0.0155	0.0054	0.0057
chr3L	6506554	6506786	chr3L:6506555-6506786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0663	0.0192	0.0128	0.0615	0.0388	0.1202	0.0626	0.0615	0.0163	0.0257	0.0163	0.0132	0.013	0.0187	0.013	0.0094
chr3L	6508542	6508693	chr3L:6508543-6508693	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0194	0.0107	0.0131	0.0138	0.0155	0.032	0.0207	0.0138	0.0091	0.0145	0.0091	0.0054	0.0077	0.0077	0.0077	0.012
chr3L	6509305	6509456	chr3L:6509306-6509456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0292	0.0165	0.0148	0.0286	0.0243	0.0484	0.0273	0.0286	0.0175	0.0212	0.0175	0.0155	0.0245	0.0148	0.0245	0.0115
chr3L	6510093	6510244	chr3L:6510094-6510244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0163	0.0191	0.014	0.0157	0.0074	0.0146	0.0337	0.022	0.0074	0.0127	0.0161	0.0127	0.0225	0.0184	0.0097	0.0184	0.0302
chr3L	6510267	6510418	chr3L:6510268-6510418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0194	0.0136	0.0194	0.0106	0.0155	0.0303	0.0286	0.0106	0.0121	0.0183	0.0121	0.0163	0.0176	0.0193	0.0176	0.0307
chr3L	6512946	6513131	chr3L:6512947-6513131	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0363	0.0307	0.0353	0.0437	0.0212	0.0311	0.0441	0.0353	0.0212	0.055	0.0412	0.055	0.0271	0.0949	0.0535	0.0949	0.0292
chr3L	6513529	6513680	chr3L:6513530-6513680	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.0191	0.0208	0.0226	0.0138	0.0175	0.0294	0.0207	0.0138	0.0236	0.0232	0.0236	0.0232	0.0459	0.0232	0.0459	0.0146
chr3L	6515154	6515370	chr3L:6515155-6515370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0231	0.031	0.0175	0.0205	0.0286	0.0257	0.0493	0.032	0.0286	0.0223	0.0209	0.0223	0.0186	0.0138	0.0116	0.0138	0.036
chr3L	6515530	6515732	chr3L:6515531-6515732	distal	distal	none	none	Sfl	Sfl	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0267	0.0206	0.0223	0.0244	0.0204	0.0433	0.0273	0.0244	0.0121	0.0238	0.0121	0.0442	0.0115	0.0148	0.0115	0.0516
chr3L	6516081	6516251	chr3L:6516082-6516251	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0248	0.0268	0.0211	0.0267	0.0244	0.0267	0.0381	0.0247	0.0244	0.0139	0.0154	0.0139	0.0596	0.0069	0.0135	0.0069	0.0735
chr3L	6518910	6519099	chr3L:6518911-6519099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0201	0.0364	0.014	0.0088	0.0308	0.0267	0.0541	0.048	0.0308	0.0133	0.0228	0.0133	0.0085	0.0069	0.009	0.0069	0.0099
chr3L	6521697	6521848	chr3L:6521698-6521848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0273	0.0131	0.0104	0.0201	0.0218	0.0454	0.0286	0.0201	0.0109	0.018	0.0109	0.0132	0.0107	0.0135	0.0107	0.0109
chr3L	6532491	6532642	chr3L:6532492-6532642	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0158	0.0102	0.0124	0.0159	0.0107	0.0216	0.0193	0.0159	0.0133	0.0096	0.0133	0.0139	0.0054	0.009	0.0054	0.0073
chr3L	6532755	6532906	chr3L:6532756-6532906	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0155	0.0141	0.011	0.0106	0.0117	0.0229	0.0213	0.0106	0.0121	0.0186	0.0121	0.0132	0.0061	0.0058	0.0061	0.0068
chr3L	6534712	6534863	chr3L:6534713-6534863	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0248	0.0104	0.0095	0.0223	0.0238	0.0298	0.032	0.0223	0.0066	0.0148	0.0066	0.0124	0.0077	0.0071	0.0077	0.0083
chr3L	6535657	6535808	chr3L:6535658-6535808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0147	0.0114	0.0171	0.0138	0.0141	0.0199	0.0187	0.0138	0.0109	0.0145	0.0109	0.0108	0.0115	0.0148	0.0115	0.0344
chr3L	6542533	6543162	chr3L:6542534-6543162	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.097	0.0976	0.0752	0.0551	0.1063	0.1172	0.1326	0.0551	0.1045	0.1177	0.1045	0.1038	0.0727	0.0941	0.0727	0.0907
chr3L	6543262	6543495	chr3L:6543263-6543495	FBgn0042185	CG18769	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1472	0.1249	0.1548	0.1636	0.07	0.1612	0.1401	0.1552	0.07	0.189	0.1717	0.189	0.1541	0.1746	0.1838	0.1746	0.1939
chr3L	6543694	6543874	chr3L:6543695-6543874	FBgn0042185	CG18769	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.083	0.047	0.0734	0.1338	0.0265	0.0646	0.0567	0.0486	0.0265	0.087	0.074	0.087	0.0937	0.1807	0.1476	0.1807	0.1558
chr3L	6544040	6544245	chr3L:6544041-6544245	FBgn0042185	CG18769	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0449	0.0283	0.04	0.0688	0.0223	0.0354	0.0324	0.0366	0.0223	0.0495	0.0434	0.0495	0.0465	0.108	0.0819	0.108	0.0604
chr3L	6544326	6544553	chr3L:6544327-6544553	FBgn0042185	CG18769	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0257	0.0388	0.0483	0.0127	0.0277	0.0337	0.0353	0.0127	0.0531	0.0408	0.0531	0.0449	0.0697	0.0696	0.0697	0.0412
chr3L	6545004	6545252	chr3L:6545005-6545252	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0643	0.0324	0.0681	0.0958	0.0138	0.0505	0.0389	0.0273	0.0138	0.157	0.0469	0.157	0.0534	0.2351	0.0509	0.2351	0.0688
chr3L	6545389	6545815	chr3L:6545390-6545815	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0696	0.0411	0.0652	0.1063	0.0244	0.051	0.0515	0.0446	0.0244	0.1135	0.0543	0.1135	0.0713	0.2366	0.1025	0.2366	0.0589
chr3L	6551824	6551975	chr3L:6551825-6551975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0097	0.0081	0.0081	0.0131	0.0032	0.0068	0.0164	0.0053	0.0032	0.0103	0.009	0.0103	0.0108	0.0306	0.0064	0.0306	0.0083
chr3L	6598722	6598980	chr3L:6598723-6598980	FBgn0024177	zpg	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0393	0.0582	0.045	0.0212	0.0437	0.0502	0.0506	0.0212	0.0713	0.0614	0.0713	0.0728	0.0513	0.0432	0.0513	0.0594
chr3L	6599120	6599309	chr3L:6599121-6599309	FBgn0024177	zpg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1682	0.1348	0.2103	0.1594	0.1082	0.1684	0.1345	0.1825	0.1082	0.2729	0.2302	0.2729	0.2099	0.17	0.1663	0.17	0.1944
chr3L	6599443	6599609	chr3L:6599444-6599609	FBgn0024177	zpg	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0441	0.0305	0.0627	0.039	0.0117	0.0383	0.0316	0.0413	0.0117	0.0888	0.0653	0.0888	0.0736	0.0421	0.0432	0.0421	0.0547
chr3L	6599696	6599847	chr3L:6599697-6599847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0156	0.0303	0.0143	0.0064	0.016	0.0212	0.0193	0.0064	0.0405	0.0325	0.0405	0.0318	0.0168	0.0142	0.0168	0.0167
chr3L	6602212	6602403	chr3L:6602213-6602403	FBgn0035708	CG8398	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0138	0.024	0.0507	0.0095	0.0184	0.0212	0.008	0.0095	0.026	0.0222	0.026	0.0387	0.1248	0.0161	0.1248	0.0276
chr3L	6602550	6602727	chr3L:6602551-6602727	FBgn0035708	CG8398	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0103	0.0175	0.0416	0.0032	0.0112	0.0169	0.012	0.0032	0.0217	0.0167	0.0217	0.0263	0.1126	0.0174	0.1126	0.0162
chr3L	6603101	6603252	chr3L:6603102-6603252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0123	0.008	0.0122	0.0173	0.0032	0.0053	0.0143	0.0087	0.0032	0.0175	0.0109	0.0175	0.0139	0.0245	0.0039	0.0245	0.0109
chr3L	6603504	6603655	chr3L:6603505-6603655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0071	0.0098	0.0143	0.0064	0.0063	0.0117	0.006	0.0064	0.0091	0.0071	0.0091	0.0077	0.0069	0.0026	0.0069	0.0068
chr3L	6610319	6610470	chr3L:6610320-6610470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0089	0.0075	0.0072	0.0124	0.0032	0.0053	0.0169	0.004	0.0032	0.006	0.0074	0.006	0.0132	0.0092	0.0045	0.0092	0.0334
chr3L	6612287	6612477	chr3L:6612288-6612477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0378	0.0194	0.0332	0.0634	0.0106	0.0189	0.0324	0.0153	0.0106	0.0332	0.0309	0.0332	0.0573	0.062	0.0606	0.062	0.0928
chr3L	6616893	6617082	chr3L:6616894-6617082	FBgn0004619	Glu-RI	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0115	0.0178	0.0301	0.0106	0.0078	0.0225	0.0067	0.0106	0.0199	0.018	0.0199	0.0062	0.013	0.0097	0.013	0.0109
chr3L	6621982	6622133	chr3L:6621983-6622133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0161	0.0129	0.0148	0.0085	0.0146	0.0277	0.0167	0.0085	0.0127	0.0122	0.0127	0.0232	0.0161	0.011	0.0161	0.0287
chr3L	6646037	6646258	chr3L:6646038-6646258	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26663.1	VT26663.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0915	0.1031	0.0976	0.072	0.0668	0.1228	0.1003	0.1586	0.0668	0.1184	0.0955	0.1184	0.0775	0.0674	0.049	0.0674	0.0662
chr3L	6646375	6646586	chr3L:6646376-6646586	distal	distal	stage5	stage5	VT26663.1	VT26663.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0384	0.0551	0.036	0.0224	0.0286	0.0694	0.0506	0.0893	0.0286	0.0411	0.0357	0.0411	0.0356	0.0199	0.0097	0.0199	0.0297
chr3L	6681439	6681590	chr3L:6681440-6681590	distal	distal	stage14	stage14	VT26683.1	VT26683.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.006	0.0071	0.0096	0.0074	0.0053	0.0095	0.0047	0.0074	0.0085	0.0055	0.0085	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0073
chr3L	6682134	6682323	chr3L:6682135-6682323	distal	distal	stage14	stage14	VT26683.1	VT26683.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0079	0.011	0.0549	0.0064	0.0107	0.0134	0.0027	0.0064	0.006	0.0113	0.006	0.0155	0.0421	0.0516	0.0421	0.0657
chr3L	6685929	6686080	chr3L:6685930-6686080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0106	0.0062	0.0065	0.0201	0.0021	0.0053	0.013	0.0047	0.0021	0.0066	0.0055	0.0066	0.0101	0.0214	0.0213	0.0214	0.0307
chr3L	6687219	6687370	chr3L:6687220-6687370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.0062	0.0093	0.0149	0.0064	0.0039	0.0134	0.0033	0.0064	0.0091	0.0071	0.0091	0.0178	0.0054	0.0161	0.0054	0.0297
chr3L	6687471	6687677	chr3L:6687472-6687677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0144	0.0075	0.0126	0.0242	0.0042	0.0063	0.0134	0.006	0.0042	0.0085	0.0148	0.0085	0.0178	0.0107	0.0406	0.0107	0.0339
chr3L	6688924	6689226	chr3L:6688925-6689226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0186	0.0117	0.0189	0.026	0	0.0126	0.0212	0.008	0	0.0181	0.0264	0.0181	0.0139	0.01	0.0587	0.01	0.024
chr3L	6690221	6690372	chr3L:6690222-6690372	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0117	0.0085	0.0099	0.0173	0.0053	0.0068	0.0186	0.0027	0.0053	0.0103	0.01	0.0103	0.0108	0.0345	0.0116	0.0345	0.0177
chr3L	6690642	6690793	chr3L:6690643-6690793	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0085	0.0056	0.0062	0.0143	0.0032	0.0044	0.0108	0.0033	0.0032	0.0085	0.0045	0.0085	0.0093	0.0322	0.0045	0.0322	0.0146
chr3L	6691144	6691295	chr3L:6691145-6691295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0096	0.0074	0.0084	0.0134	0	0.0068	0.0156	0.0047	0	0.0091	0.0084	0.0091	0.0108	0.0322	0.0155	0.0322	0.0083
chr3L	6694142	6694314	chr3L:6694143-6694314	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0241	0.0092	0.0217	0.0433	0.0085	0.0117	0.0108	0.0093	0.0085	0.0109	0.0087	0.0109	0.0132	0.0092	0.0116	0.0092	0.0104
chr3L	6694937	6695191	chr3L:6694938-6695191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0188	0.0261	0.022	0.0127	0.0199	0.0307	0.0147	0.0127	0.0133	0.0151	0.0133	0.0108	0.0092	0.0129	0.0092	0.0083
chr3L	6696590	6696936	chr3L:6696591-6696936	FBgn0035710	SP1173	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1844	0.1544	0.1945	0.2068	0.1294	0.1665	0.1613	0.2318	0.1294	0.1824	0.2177	0.1824	0.1673	0.209	0.2134	0.209	0.2001
chr3L	6698784	6698977	chr3L:6698785-6698977	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26692.1	VT26692.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0223	0.0146	0.0249	0.028	0.0085	0.017	0.0212	0.0133	0.0085	0.0477	0.0241	0.0477	0.0155	0.0689	0.02	0.0689	0.0162
chr3L	6702207	6702358	chr3L:6702208-6702358	distal	distal	none	none	VT26693.1	VT26693.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0126	0.0059	0.0072	0.026	0.0053	0.0058	0.0108	0.002	0.0053	0.0042	0.008	0.0042	0.0116	0.0138	0.0245	0.0138	0.0412
chr3L	6709018	6709169	chr3L:6709019-6709169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.009	0.0099	0.0085	0.0032	0.0063	0.0186	0.0067	0.0032	0.0085	0.0103	0.0085	0.0101	0	0.0039	0	0.0036
chr3L	6710175	6710326	chr3L:6710176-6710326	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0184	0.0223	0.0155	0.0171	0.0127	0.0175	0.0337	0.03	0.0127	0.0151	0.0186	0.0151	0.0132	0.0077	0.0103	0.0077	0.0151
chr3L	6712701	6712852	chr3L:6712702-6712852	FBgn0005626	ple	stage14	none	ple_995bp_wound_response_element	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0117	0.01	0.0205	0.0095	0.0078	0.0212	0.0107	0.0095	0.006	0.017	0.006	0.0046	0.0023	0.0593	0.0023	0.0057
chr3L	6724220	6724371	chr3L:6724221-6724371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0197	0.028	0.0169	0.0134	0.0127	0.0184	0.0523	0.0313	0.0127	0.0181	0.0174	0.0181	0.0155	0.0153	0.0084	0.0153	0.0099
chr3L	6724633	6724784	chr3L:6724634-6724784	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0171	0.028	0.0141	0.0082	0.0212	0.0165	0.0575	0.018	0.0212	0.0133	0.0161	0.0133	0.0116	0.0115	0.0052	0.0115	0.012
chr3L	6725093	6725244	chr3L:6725094-6725244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.016	0.0258	0.0132	0.0081	0.0138	0.0155	0.0502	0.028	0.0138	0.0121	0.0125	0.0121	0.0163	0.0077	0.0077	0.0077	0.0109
chr3L	6725624	6725775	chr3L:6725625-6725775	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0162	0.0287	0.0123	0.0065	0.0244	0.0204	0.051	0.024	0.0244	0.0199	0.0132	0.0199	0.0101	0.0077	0.0084	0.0077	0.0089
chr3L	6726103	6726254	chr3L:6726104-6726254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0182	0.0292	0.0151	0.0095	0.0191	0.0204	0.0536	0.0286	0.0191	0.0193	0.0167	0.0193	0.0147	0.0123	0.0103	0.0123	0.0089
chr3L	6730971	6731122	chr3L:6730972-6731122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.025	0.0353	0.025	0.0135	0.0276	0.0296	0.0523	0.0393	0.0276	0.0272	0.0206	0.0272	0.0372	0.0123	0.0058	0.0123	0.0261
chr3L	6735415	6735609	chr3L:6735416-6735609	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.2159	0.1872	0.2482	0.2125	0.1177	0.25	0.2037	0.2185	0.1177	0.2971	0.2601	0.2971	0.2556	0.2129	0.1966	0.2129	0.2439
chr3L	6735924	6736101	chr3L:6735925-6736101	FBgn0261934	dikar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1355	0.1038	0.1676	0.1358	0.0626	0.1379	0.1133	0.1252	0.0626	0.2059	0.1878	0.2059	0.1704	0.1417	0.1464	0.1417	0.1709
chr3L	6736166	6736367	chr3L:6736167-6736367	FBgn0261934	dikar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1872	0.1584	0.2242	0.1788	0.1007	0.1951	0.1864	0.1959	0.1007	0.2723	0.2534	0.2723	0.1983	0.206	0.1779	0.206	0.2048
chr3L	6736763	6736953	chr3L:6736764-6736953	FBgn0261934	dikar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2318	0.1776	0.2989	0.2188	0.1273	0.2398	0.1799	0.2245	0.1273	0.3714	0.318	0.3714	0.2804	0.2343	0.2321	0.2343	0.2366
chr3L	6737097	6737272	chr3L:6737098-6737272	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1523	0.1064	0.2129	0.1369	0.0626	0.1529	0.0982	0.1459	0.0626	0.2754	0.2318	0.2754	0.1913	0.1378	0.1702	0.1378	0.1615
chr3L	6739903	6740054	chr3L:6739904-6740054	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.0714	0.0754	0.046	0.0477	0.067	0.099	0.0926	0.0477	0.0912	0.0768	0.0912	0.0728	0.0398	0.0445	0.0398	0.0589
chr3L	6740324	6740507	chr3L:6740325-6740507	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1911	0.1866	0.2259	0.1579	0.1538	0.2024	0.2288	0.2332	0.1538	0.2905	0.2399	0.2905	0.2014	0.1646	0.1676	0.1646	0.1907
chr3L	6745438	6745621	chr3L:6745439-6745621	FBgn0035713,FBgn0035714	CG10107,CG8549	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2298	0.1992	0.2876	0.2005	0.1453	0.2461	0.2202	0.2532	0.1453	0.3678	0.3074	0.3678	0.2742	0.2037	0.2121	0.2037	0.2251
chr3L	6745765	6745934	chr3L:6745766-6745934	FBgn0035713,FBgn0035714	CG10107,CG8549	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1996	0.1696	0.2463	0.1817	0.1251	0.2053	0.1894	0.2232	0.1251	0.3182	0.2666	0.3182	0.2363	0.1807	0.1908	0.1807	0.2058
chr3L	6746063	6746557	chr3L:6746064-6746557	FBgn0035714	CG8549	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.1768	0.1688	0.1173	0.1485	0.15	0.2695	0.1932	0.1485	0.1993	0.1945	0.1993	0.1681	0.1187	0.118	0.1187	0.1443
chr3L	6749311	6749462	chr3L:6749312-6749462	FBgn0035715	CG10103	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0475	0.0469	0.0584	0.0362	0.0318	0.0495	0.0662	0.0506	0.0318	0.0821	0.063	0.0821	0.0511	0.0352	0.0348	0.0352	0.0511
chr3L	6749514	6749715	chr3L:6749515-6749715	FBgn0035715	CG10103	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0922	0.0931	0.1123	0.0692	0.0551	0.1107	0.1138	0.1159	0.0551	0.1353	0.1338	0.1353	0.1015	0.0544	0.0664	0.0544	0.0948
chr3L	6749784	6749963	chr3L:6749785-6749963	FBgn0035715	CG10103	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0755	0.0911	0.0911	0.0411	0.0467	0.0985	0.109	0.1319	0.0467	0.1099	0.1055	0.1099	0.0751	0.026	0.0419	0.026	0.0438
chr3L	6757582	6758094	chr3L:6757583-6758094	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	vvl_vvl1+2	vvl_vvl1+2	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.078	0.1231	0.0817	0.0234	0.0923	0.0913	0.1311	0.2392	0.0923	0.0707	0.126	0.0707	0.0403	0.0306	0.0303	0.0306	0.0203
chr3L	6760218	6760635	chr3L:6760219-6760635	distal	distal	stage5	stage5	VT26720.1,vvl_vvl345	VT26720.1,vvl_vvl345	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0918	0.1983	0.0565	0.0117	0.2121	0.1063	0.2716	0.3131	0.2121	0.0254	0.1109	0.0254	0.017	0.0115	0.0187	0.0115	0.0104
chr3L	6761001	6761154	chr3L:6761002-6761154	distal	distal	none	none	VT26720.1,vvl_vvl345	VT26720.1,vvl_vvl345	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0234	0.0279	0.0134	0.0148	0.018	0.035	0.0306	0.0148	0.0205	0.0482	0.0205	0.0194	0.0069	0.0284	0.0069	0.012
chr3L	6765610	6765882	chr3L:6765611-6765882	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0206	0.0287	0.0245	0.0072	0.0117	0.0209	0.0316	0.0626	0.0117	0.0157	0.0457	0.0157	0.0062	0.0031	0.0174	0.0031	0.0036
chr3L	6766108	6766408	chr3L:6766109-6766408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0197	0.0433	0.0128	0.0032	0.0204	0.0251	0.03	0.0032	0.029	0.0823	0.029	0.0124	0.0046	0.04	0.0046	0.0078
chr3L	6770502	6770653	chr3L:6770503-6770653	distal	distal	none	none	VT26725.1,VT26726.1	VT26725.1,VT26726.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0156	0.0179	0.0188	0.0095	0.0053	0.0087	0.0368	0.0213	0.0053	0.0085	0.0367	0.0085	0.0077	0.0015	0.0329	0.0015	0.0021
chr3L	6771030	6771315	chr3L:6771031-6771315	distal	distal	stage14	stage14	VT26726.1,vvl_vvl1.8	VT26726.1,vvl_vvl1.8	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0231	0.0377	0.0256	0.0095	0.017	0.0324	0.0366	0.0095	0.0169	0.0685	0.0169	0.0232	0.0107	0.078	0.0107	0.0115
chr3L	6771981	6772177	chr3L:6771982-6772177	distal	distal	stage14	stage14	VT26726.1,vvl_vvl1.8	VT26726.1,vvl_vvl1.8	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.012	0.0287	0.0199	0.0032	0.0112	0.016	0.0193	0.0032	0.0103	0.0592	0.0103	0.0085	0.0015	0.0774	0.0015	0.0036
chr3L	6772313	6772679	chr3L:6772314-6772679	distal	distal	stage14	stage14	VT26726.1,vvl_vvl1.8	VT26726.1,vvl_vvl1.8	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0201	0.0327	0.0366	0.0053	0.017	0.0311	0.0286	0.0053	0.0163	0.064	0.0163	0.0101	0.0061	0.1289	0.0061	0.0104
chr3L	6776607	6776758	chr3L:6776608-6776758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0151	0.0254	0.0096	0.0021	0.0165	0.0216	0.02	0.0021	0.0145	0.0495	0.0145	0.0077	0.0069	0.0277	0.0069	0.0042
chr3L	6777826	6778050	chr3L:6777827-6778050	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26729.1,vvl_Hdx	VT26729.1,vvl_Hdx	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0633	0.086	0.0671	0.0337	0.0445	0.0864	0.1042	0.1326	0.0445	0.0399	0.0836	0.0399	0.0349	0.0069	0.0322	0.0069	0.013
chr3L	6778083	6778301	chr3L:6778084-6778301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26729.1,vvl_Hdx,vvl_dfr_autoregulatory	VT26729.1,vvl_Hdx,vvl_dfr_autoregulatory	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0432	0.0612	0.0318	0.0159	0.051	0.0497	0.0633	0.0159	0.0362	0.0894	0.0362	0.0263	0.0123	0.0426	0.0123	0.013
chr3L	6783009	6783324	chr3L:6783010-6783324	FBgn0086680	vvl	stage11,stage14,stage5	none	vvl_484-5prime	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.3001	0.2612	0.3862	0.249	0.1962	0.3519	0.218	0.3904	0.1962	0.4124	0.4762	0.4124	0.299	0.2182	0.3372	0.2182	0.2183
chr3L	6783846	6783997	chr3L:6783847-6783997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.03	0.0177	0.0467	0.0255	0.0053	0.0209	0.0225	0.0247	0.0053	0.0278	0.083	0.0278	0.0209	0.0077	0.0593	0.0077	0.0089
chr3L	6789395	6789546	chr3L:6789396-6789546	distal	distal	none	none	VT26733.1	VT26733.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0211	0.0136	0.0288	0.0209	0.0021	0.016	0.0164	0.0207	0.0021	0.0205	0.0453	0.0205	0.0163	0.0092	0.0316	0.0092	0.0109
chr3L	6789995	6790146	chr3L:6789996-6790146	distal	distal	none	none	VT26733.1	VT26733.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0135	0.0231	0.0201	0.0053	0.0184	0.0134	0.0167	0.0053	0.0127	0.0322	0.0127	0.0108	0.0092	0.038	0.0092	0.0115
chr3L	6790171	6790322	chr3L:6790172-6790322	distal	distal	stage14	stage14	VT26733.1	VT26733.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0169	0.0087	0.0198	0.023	0	0.0121	0.0108	0.0113	0	0.0121	0.0305	0.0121	0.0101	0.0077	0.0529	0.0077	0.0089
chr3L	6790362	6790513	chr3L:6790363-6790513	distal	distal	stage14	stage14	VT26733.1	VT26733.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.011	0.0222	0.0238	0.0032	0.015	0.013	0.014	0.0032	0.0072	0.037	0.0072	0.0155	0.0031	0.0632	0.0031	0.0115
chr3L	6790923	6791075	chr3L:6790924-6791075	distal	distal	none	none	VT26733.1	VT26733.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0184	0.0406	0.0302	0.0032	0.0282	0.0208	0.0233	0.0032	0.0248	0.0698	0.0248	0.0217	0.0138	0.0799	0.0138	0.0135
chr3L	6791398	6791549	chr3L:6791399-6791549	distal	distal	none	none	VT26733.1	VT26733.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.016	0.0213	0.0167	0.0074	0.0146	0.0264	0.0173	0.0074	0.0121	0.0341	0.0121	0.0116	0.0061	0.0458	0.0061	0.0083
chr3L	6798536	6798687	chr3L:6798537-6798687	distal	distal	none	none	vvl_vvlds3.0	vvl_vvlds3.0	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0125	0.0118	0.0179	0.0072	0.0053	0.0121	0.0169	0.0173	0.0053	0.0097	0.0305	0.0097	0.0124	0.0054	0.0123	0.0054	0.0047
chr3L	6798764	6798915	chr3L:6798765-6798915	distal	distal	none	none	vvl_vvlds3.0	vvl_vvlds3.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0182	0.0255	0.0089	0.0138	0.0228	0.0212	0.0207	0.0138	0.0163	0.0441	0.0163	0.017	0.0046	0.0206	0.0046	0.0042
chr3L	6800074	6800258	chr3L:6800075-6800258	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26739.1,vvl_vvlds3.0	VT26739.1,vvl_vvlds3.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0117	0.0461	0.0348	0.0042	0.0112	0.0143	0.0193	0.0042	0.0187	0.0958	0.0187	0.0093	0.0077	0.1199	0.0077	0.0109
chr3L	6800337	6800493	chr3L:6800338-6800493	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26739.1,vvl_vvlds3.0	VT26739.1,vvl_vvlds3.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0106	0.0386	0.0299	0.0064	0.0121	0.0117	0.0173	0.0064	0.0181	0.0794	0.0181	0.0116	0.0069	0.107	0.0069	0.0104
chr3L	6805674	6805825	chr3L:6805675-6805825	distal	distal	stage14	stage14	VT26742.1	VT26742.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0102	0.0292	0.0226	0.0032	0.0117	0.0143	0.0127	0.0032	0.0097	0.0621	0.0097	0.0085	0.0023	0.0806	0.0023	0.0104
chr3L	6805955	6806111	chr3L:6805956-6806111	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26742.1	VT26742.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0137	0.0484	0.0284	0.0074	0.0194	0.0112	0.022	0.0074	0.0169	0.1029	0.0169	0.0116	0.0031	0.1064	0.0031	0.0078
chr3L	6806773	6807345	chr3L:6806774-6807345	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT26742.1	VT26742.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0688	0.0926	0.0915	0.0174	0.0594	0.0694	0.1116	0.1652	0.0594	0.0779	0.1624	0.0779	0.0147	0.0061	0.0361	0.0061	0.0078
chr3L	6809939	6810090	chr3L:6809940-6810090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0105	0.0164	0.0116	0.0011	0.0102	0.0173	0.0133	0.0011	0.0091	0.0296	0.0091	0.0062	0.0038	0.0342	0.0038	0.0073
chr3L	6811490	6811725	chr3L:6811491-6811725	distal	distal	none	none	vvl_vvlds1.7	vvl_vvlds1.7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.035	0.0455	0.0429	0.0146	0.0244	0.0461	0.0381	0.0879	0.0244	0.0217	0.0826	0.0217	0.0155	0.0069	0.0348	0.0069	0.0094
chr3L	6813406	6813557	chr3L:6813407-6813557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0174	0.013	0.0223	0.0169	0.0021	0.0136	0.0134	0.0273	0.0021	0.0091	0.0444	0.0091	0.0077	0.0038	0.0548	0.0038	0.0099
chr3L	6814151	6814422	chr3L:6814152-6814422	distal	distal	stage5	stage5	VT26747.1	VT26747.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0709	0.1569	0.0341	0.015	0.1347	0.1243	0.1535	0.3038	0.1347	0.0229	0.0556	0.0229	0.0077	0.0069	0.0329	0.0069	0.0125
chr3L	6815745	6816125	chr3L:6815746-6816125	distal	distal	stage5	stage5	VT26747.1,vvl_vvl-41	VT26747.1,vvl_vvl-41	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0681	0.0922	0.0772	0.0313	0.0488	0.1403	0.0813	0.1186	0.0488	0.0417	0.0936	0.0417	0.0287	0.0054	0.0342	0.0054	0.0068
chr3L	6816895	6817046	chr3L:6816896-6817046	distal	distal	none	none	vvl_vvlds1.0	vvl_vvlds1.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0113	0.0341	0.0201	0.0042	0.016	0.0138	0.0133	0.0042	0.0085	0.0704	0.0085	0.0155	0.0069	0.0664	0.0069	0.0094
chr3L	6817267	6817456	chr3L:6817268-6817456	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26749.1,vvl_vvlds1.0	VT26749.1,vvl_vvlds1.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0628	0.0287	0.1061	0.0533	0.0085	0.0427	0.0281	0.0393	0.0085	0.0356	0.2183	0.0356	0.0426	0.036	0.1625	0.036	0.0318
chr3L	6818962	6819113	chr3L:6818963-6819113	distal	distal	stage11	stage11	VT26749.1,VT26750.1,vvl_vvl-43	VT26749.1,VT26750.1,vvl_vvl-43	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0229	0.0709	0.0235	0.0064	0.0296	0.0208	0.0393	0.0064	0.0169	0.1566	0.0169	0.0108	0.0084	0.0683	0.0084	0.013
chr3L	6819136	6819327	chr3L:6819137-6819327	distal	distal	stage11	stage11	VT26749.1,VT26750.1,vvl_vvl-43	VT26749.1,VT26750.1,vvl_vvl-43	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0472	0.0262	0.0874	0.0266	0.0021	0.0316	0.0247	0.048	0.0021	0.0242	0.1897	0.0242	0.0116	0.0123	0.0832	0.0123	0.0104
chr3L	6820912	6821185	chr3L:6820913-6821185	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT26750.1	VT26750.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0584	0.0628	0.0808	0.029	0.0265	0.0563	0.0744	0.1153	0.0265	0.0501	0.1267	0.0501	0.0287	0.0168	0.0464	0.0168	0.0172
chr3L	6821775	6822054	chr3L:6821776-6822054	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0382	0.0424	0.0515	0.0188	0.0127	0.0796	0.0446	0.0346	0.0127	0.0646	0.0768	0.0646	0.0155	0.0138	0.0284	0.0138	0.0109
chr3L	6824792	6825231	chr3L:6824793-6825231	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0782	0.1269	0.0893	0.0117	0.1018	0.0888	0.1384	0.2525	0.1018	0.0242	0.1904	0.0242	0.0225	0.0046	0.0284	0.0046	0.0073
chr3L	6825428	6825579	chr3L:6825429-6825579	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0236	0.0249	0.0378	0.0065	0.0138	0.0228	0.0285	0.0413	0.0138	0.0127	0.0791	0.0127	0.0108	0.0015	0.0148	0.0015	0.0052
chr3L	6827421	6827721	chr3L:6827422-6827721	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0619	0.0456	0.1005	0.0379	0.0233	0.049	0.0489	0.074	0.0233	0.0531	0.1817	0.0531	0.0573	0.0168	0.087	0.0168	0.0375
chr3L	6828164	6828486	chr3L:6828165-6828486	distal	distal	stage11	stage11	VT26755.1	VT26755.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0199	0.0896	0.0409	0.0042	0.0359	0.019	0.0227	0.0042	0.067	0.1582	0.067	0.0434	0.0314	0.0761	0.0314	0.0365
chr3L	6828610	6828761	chr3L:6828611-6828761	distal	distal	none	none	VT26755.1	VT26755.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0145	0.0371	0.016	0.0011	0.0214	0.0169	0.0187	0.0011	0.026	0.0662	0.026	0.0155	0.0092	0.0264	0.0092	0.0099
chr3L	6829697	6829848	chr3L:6829698-6829848	distal	distal	stage14	stage14	VT26755.1	VT26755.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0086	0.0156	0.0149	0.0021	0.0083	0.0156	0.008	0.0021	0.0121	0.0183	0.0121	0.0062	0.0038	0.009	0.0038	0.0031
chr3L	6834081	6834232	chr3L:6834082-6834232	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0186	0.0225	0.0086	0.0127	0.0189	0.0268	0.0207	0.0127	0.0181	0.0232	0.0181	0.0085	0.0023	0.0103	0.0023	0.0042
chr3L	6836584	6836735	chr3L:6836585-6836735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.0122	0.0192	0.0162	0.0138	0.0112	0.0164	0.012	0.0138	0.0121	0.0286	0.0121	0.007	0.0046	0.0174	0.0046	0.0047
chr3L	6836879	6837030	chr3L:6836880-6837030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0121	0.0166	0.0156	0.0064	0.0102	0.0203	0.0133	0.0064	0.0133	0.0277	0.0133	0.0046	0.0031	0.0368	0.0031	0.0089
chr3L	6838800	6839154	chr3L:6838801-6839154	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26761.1	VT26761.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.096	0.1478	0.1005	0.0333	0.0753	0.1816	0.1349	0.2505	0.0753	0.1033	0.091	0.1033	0.0232	0.0115	0.0129	0.0115	0.0151
chr3L	6839156	6839307	chr3L:6839157-6839307	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT26761.1	VT26761.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0488	0.0869	0.043	0.0127	0.0562	0.0966	0.0926	0.1406	0.0562	0.0278	0.0431	0.0278	0.0124	0.0069	0.0064	0.0069	0.0078
chr3L	6842201	6842352	chr3L:6842202-6842352	distal	distal	none	none	VT26763.1	VT26763.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0098	0.0127	0.0146	0.0021	0.0121	0.0138	0.0107	0.0021	0.0091	0.0177	0.0091	0.0085	0.0038	0.0077	0.0038	0.0031
chr3L	6842465	6842616	chr3L:6842466-6842616	distal	distal	none	none	VT26763.1	VT26763.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0107	0.014	0.0184	0.0042	0.0107	0.0173	0.0107	0.0042	0.0133	0.0186	0.0133	0.0093	0.0054	0.0161	0.0054	0.0052
chr3L	6846807	6847004	chr3L:6846808-6847004	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0224	0.0173	0.0207	0.0301	0.018	0.0165	0.0272	0.014	0.018	0.0115	0.0312	0.0115	0.0147	0.0107	0.0361	0.0107	0.0354
chr3L	6848434	6848585	chr3L:6848435-6848585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.009	0.0135	0.0207	0	0.0073	0.0169	0.01	0	0.0145	0.0154	0.0145	0.0039	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr3L	6848825	6848976	chr3L:6848826-6848976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0064	0.0114	0.0292	0.0032	0.0058	0.0099	0.006	0.0032	0.0091	0.0125	0.0091	0.0039	0.0023	0.0052	0.0023	0.0073
chr3L	6853898	6854049	chr3L:6853899-6854049	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0055	0.0118	0.0288	0.0021	0.0049	0.0082	0.0073	0.0021	0.0066	0.0119	0.0066	0.0085	0.0015	0.0071	0.0015	0.0047
chr3L	6858095	6858353	chr3L:6858096-6858353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0171	0.0289	0.0269	0.0053	0.016	0.0272	0.0227	0.0053	0.0187	0.019	0.0187	0.0093	0.0046	0.0071	0.0046	0.0047
chr3L	6858811	6859024	chr3L:6858812-6859024	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0157	0.0239	0.0277	0.0042	0.0146	0.0255	0.0193	0.0042	0.0145	0.0196	0.0145	0.0031	0.0046	0.0084	0.0046	0.0052
chr3L	6862470	6862621	chr3L:6862471-6862621	distal	distal	none	none	VT26771.1,VT26772.1	VT26771.1,VT26772.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0057	0.0099	0.0167	0.0021	0.0058	0.0082	0.0073	0.0021	0.0103	0.0084	0.0103	0.0077	0.0046	0.0084	0.0046	0.0042
chr3L	6863400	6863551	chr3L:6863401-6863551	distal	distal	none	none	VT26772.1	VT26772.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0129	0.0123	0.018	0.0078	0.0021	0.015	0.0151	0.018	0.0021	0.0163	0.0251	0.0163	0.0077	0.0046	0.0161	0.0046	0.0052
chr3L	6863605	6863756	chr3L:6863606-6863756	distal	distal	stage11	stage11	VT26772.1	VT26772.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0123	0.0225	0.0085	0.0011	0.016	0.0177	0.014	0.0011	0.0187	0.0354	0.0187	0.0101	0.0069	0.0168	0.0069	0.0052
chr3L	6866581	6866732	chr3L:6866582-6866732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.01	0.0113	0.0113	0.0021	0.0112	0.0169	0.0093	0.0021	0.0079	0.0148	0.0079	0.0101	0.0061	0.009	0.0061	0.0052
chr3L	6869154	6869305	chr3L:6869155-6869305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0124	0.011	0.0195	0.0061	0.0064	0.0087	0.0164	0.0153	0.0064	0.0091	0.0338	0.0091	0.007	0.0038	0.0103	0.0038	0.0047
chr3L	6869972	6870127	chr3L:6869973-6870127	distal	distal	none	none	VT26776.1	VT26776.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0148	0.0235	0.0148	0.0095	0.0214	0.0164	0.016	0.0095	0.0169	0.0199	0.0169	0.0124	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr3L	6871798	6871980	chr3L:6871799-6871980	distal	distal	none	none	VT26776.1	VT26776.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0131	0.0183	0.0152	0.0053	0.0146	0.0164	0.02	0.0053	0.0097	0.017	0.0097	0.0077	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr3L	6873063	6873222	chr3L:6873064-6873222	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0246	0.0173	0.0095	0.0085	0.032	0.0294	0.0353	0.0085	0.0193	0.018	0.0193	0.0093	0.0023	0.0039	0.0023	0.0031
chr3L	6874740	6874891	chr3L:6874741-6874891	distal	distal	stage14	stage14	VT26778.1	VT26778.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0117	0.0155	0.0269	0.0074	0.0131	0.0177	0.0113	0.0074	0.0145	0.0116	0.0145	0.0077	0.0038	0.0058	0.0038	0.0125
chr3L	6876657	6876808	chr3L:6876658-6876808	distal	distal	none	none	VT26779.1	VT26779.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0128	0.0169	0.0173	0.0053	0.0102	0.0203	0.0193	0.0053	0.0145	0.0164	0.0145	0.0124	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chr3L	6878393	6878673	chr3L:6878394-6878673	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.048	0.0244	0.0527	0.0693	0.0021	0.032	0.0337	0.0273	0.0021	0.032	0.0277	0.032	0.0155	0.0115	0.0084	0.0115	0.0224
chr3L	6879157	6879338	chr3L:6879158-6879338	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0429	0.016	0.0566	0.0579	0.0064	0.0204	0.0195	0.02	0.0064	0.0302	0.0232	0.0302	0.0132	0.0138	0.0193	0.0138	0.013
chr3L	6888440	6888818	chr3L:6888441-6888818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0292	0.0217	0.0388	0.0269	0.0106	0.0306	0.0255	0.0227	0.0106	0.0707	0.0296	0.0707	0.0201	0.0054	0.0077	0.0054	0.0083
chr3L	6889442	6889593	chr3L:6889443-6889593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0126	0.0085	0.0132	0.0166	0.0021	0.0083	0.0151	0.008	0.0021	0.0296	0.01	0.0296	0.0046	0.0023	0.0064	0.0023	0.0031
chr3L	6892475	6892645	chr3L:6892476-6892645	distal	distal	stage14	stage14	VT26784.1	VT26784.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.0112	0.0272	0.0384	0.0032	0.0136	0.0173	0.0107	0.0032	0.0332	0.0196	0.0332	0.0163	0.0054	0.0097	0.0054	0.0094
chr3L	6892757	6892908	chr3L:6892758-6892908	distal	distal	stage14	stage14	VT26784.1	VT26784.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0092	0.0228	0.0252	0.0053	0.0117	0.0138	0.008	0.0053	0.0332	0.0209	0.0332	0.0163	0.0038	0.0058	0.0038	0.0052
chr3L	6896200	6896351	chr3L:6896201-6896351	distal	distal	stage14	stage14	VT26786.1	VT26786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0135	0.0152	0.0152	0.0053	0.0141	0.0151	0.0227	0.0053	0.0248	0.0158	0.0248	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0042
chr3L	6896886	6897061	chr3L:6896887-6897061	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0537	0.0434	0.0711	0.0461	0.0201	0.0583	0.0428	0.066	0.0201	0.0809	0.0971	0.0809	0.0558	0.0582	0.0561	0.0582	0.0328
chr3L	6897239	6897480	chr3L:6897240-6897480	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2431	0.1868	0.2997	0.2437	0.1347	0.2558	0.1808	0.2385	0.1347	0.3641	0.3611	0.3641	0.3052	0.2634	0.274	0.2634	0.2689
chr3L	6898273	6898424	chr3L:6898274-6898424	distal	distal	stage11	stage11	VT26788.1	VT26788.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0169	0.0155	0.0279	0.0065	0.0042	0.018	0.0182	0.026	0.0042	0.0284	0.0434	0.0284	0.0116	0.0015	0.0135	0.0015	0.0047
chr3L	6899914	6900160	chr3L:6899915-6900160	distal	distal	stage14	stage14	VT26788.1	VT26788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0483	0.0338	0.0628	0.0486	0.018	0.0417	0.0381	0.0466	0.018	0.0773	0.0794	0.0773	0.0434	0.0299	0.0316	0.0299	0.0318
chr3L	6904570	6904721	chr3L:6904571-6904721	distal	distal	none	none	VT26791.1	VT26791.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.009	0.01	0.0086	0.0082	0.0021	0.0063	0.0208	0.0113	0.0021	0.0097	0.0087	0.0097	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0047
chr3L	6909435	6909630	chr3L:6909436-6909630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0157	0.0105	0.0209	0.0157	0	0.018	0.0156	0.0067	0	0.0103	0.0141	0.0103	0.0697	0.0061	0.0123	0.0061	0.0297
chr3L	6910592	6910743	chr3L:6910593-6910743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0083	0.0124	0.0096	0.0021	0.0087	0.0147	0.0073	0.0021	0.0151	0.0113	0.0151	0.0101	0.0092	0.0058	0.0092	0.0042
chr3L	6912401	6912653	chr3L:6912402-6912653	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0297	0.0204	0.0346	0.0345	0.0053	0.0233	0.0311	0.024	0.0053	0.0223	0.0486	0.0223	0.0186	0.0161	0.0812	0.0161	0.0203
chr3L	6913401	6913693	chr3L:6913402-6913693	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0162	0.0228	0.0241	0.0064	0.016	0.0285	0.0133	0.0064	0.0151	0.017	0.0151	0.0124	0.0031	0.0103	0.0031	0.0089
chr3L	6915013	6915164	chr3L:6915014-6915164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0087	0.0076	0.0127	0.0095	0.0058	0.0156	0.0067	0.0095	0.0066	0.0061	0.0066	0.0101	0.0038	0.0026	0.0038	0.0146
chr3L	6915248	6915399	chr3L:6915249-6915399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0118	0.0082	0.0115	0.0162	0.0032	0.0068	0.0173	0.004	0.0032	0.0079	0.0068	0.0079	0.0263	0.0061	0.0045	0.0061	0.0354
chr3L	6915978	6916129	chr3L:6915979-6916129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0102	0.0253	0.0143	0.0074	0.0107	0.0147	0.01	0.0074	0.0127	0.0219	0.0127	0.0178	0.0061	0.0116	0.0061	0.0172
chr3L	6919075	6919269	chr3L:6919076-6919269	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0369	0.0275	0.0456	0.0379	0.0117	0.032	0.0333	0.0393	0.0117	0.0507	0.0437	0.0507	0.0627	0.0452	0.0445	0.0452	0.0584
chr3L	6928040	6928191	chr3L:6928041-6928191	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0055	0.0067	0.0132	0.0042	0.0053	0.0095	0.0047	0.0042	0.0097	0.0051	0.0097	0.0054	0.0084	0.0052	0.0084	0.0115
chr3L	6934656	6934822	chr3L:6934657-6934822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0147	0.0159	0.0219	0.0074	0.0141	0.0238	0.016	0.0074	0.0103	0.0093	0.0103	0.0062	0.013	0.0058	0.013	0.0089
chr3L	6934906	6935099	chr3L:6934907-6935099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.019	0.0133	0.0159	0.0287	0.0042	0.0141	0.0251	0.0107	0.0042	0.0085	0.0096	0.0085	0.0116	0.0199	0.009	0.0199	0.0172
chr3L	6935227	6935552	chr3L:6935228-6935552	FBgn0035719	tow	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0428	0.0151	0.023	0.0957	0.0021	0.015	0.0268	0.0167	0.0021	0.0121	0.0148	0.0121	0.0411	0.098	0.04	0.098	0.0886
chr3L	6935832	6936006	chr3L:6935833-6936006	FBgn0035719	tow	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0428	0.012	0.0247	0.0969	0.0053	0.0155	0.0182	0.01	0.0053	0.0236	0.0141	0.0236	0.0287	0.1118	0.0239	0.1118	0.0698
chr3L	6936156	6936336	chr3L:6936157-6936336	FBgn0035719	tow	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0268	0.0122	0.0197	0.0508	0.0042	0.015	0.0182	0.0113	0.0042	0.0248	0.0177	0.0248	0.0194	0.0597	0.0193	0.0597	0.0412
chr3L	6936514	6936695	chr3L:6936515-6936695	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0663	0.0334	0.0676	0.1015	0.0159	0.0466	0.0355	0.0446	0.0159	0.1117	0.0444	0.1117	0.0744	0.1753	0.0426	0.1753	0.0693
chr3L	6936843	6936994	chr3L:6936844-6936994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0209	0.0239	0.035	0.0117	0.0184	0.029	0.028	0.0117	0.0338	0.0183	0.0338	0.0248	0.0398	0.0142	0.0398	0.0156
chr3L	6937674	6937825	chr3L:6937675-6937825	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0165	0.013	0.0165	0.0205	0.0021	0.0121	0.0251	0.012	0.0021	0.0229	0.0183	0.0229	0.0124	0.0482	0.0219	0.0482	0.0109
chr3L	6941979	6942159	chr3L:6941980-6942159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0293	0.0296	0.0191	0.0212	0.0248	0.0415	0.038	0.0212	0.0362	0.0315	0.0362	0.0279	0.0237	0.0174	0.0237	0.0234
chr3L	6942932	6943083	chr3L:6942933-6943083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0209	0.0184	0.0178	0.0095	0.0204	0.0303	0.0266	0.0095	0.0151	0.0219	0.0151	0.0248	0.0123	0.011	0.0123	0.0297
chr3L	6943248	6943472	chr3L:6943249-6943472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0269	0.0253	0.0297	0.0258	0.0074	0.0252	0.0389	0.0286	0.0074	0.0272	0.0328	0.0272	0.0411	0.0145	0.0187	0.0145	0.0511
chr3L	6948532	6948718	chr3L:6948533-6948718	FBgn0035720,FBgn0035721	CG10077,CG9948	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1046	0.1348	0.1021	0.0806	0.1184	0.1211	0.1386	0.0806	0.1667	0.1476	0.1667	0.1255	0.0995	0.0993	0.0995	0.1251
chr3L	6948924	6949104	chr3L:6948925-6949104	FBgn0035720,FBgn0035721	CG10077,CG9948	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1631	0.1337	0.2008	0.1546	0.0774	0.1505	0.1592	0.1805	0.0774	0.2657	0.2161	0.2657	0.1867	0.1616	0.1741	0.1616	0.1819
chr3L	6949164	6949353	chr3L:6949165-6949353	FBgn0035720,FBgn0035721	CG10077,CG9948	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0944	0.0774	0.1218	0.0833	0.0403	0.0966	0.0965	0.0879	0.0403	0.1624	0.1286	0.1624	0.127	0.0957	0.0858	0.0957	0.1037
chr3L	6950728	6950879	chr3L:6950729-6950879	FBgn0035722	CG10075	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0498	0.0416	0.0661	0.0409	0.018	0.0597	0.0411	0.0533	0.018	0.0791	0.0775	0.0791	0.0705	0.0391	0.0368	0.0391	0.0563
chr3L	6950883	6951034	chr3L:6950884-6951034	FBgn0029117,FBgn0035722	CG10075,Surf1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0572	0.0789	0.0542	0.0318	0.066	0.0623	0.0833	0.0318	0.0942	0.0894	0.0942	0.079	0.0505	0.0542	0.0505	0.074
chr3L	6951125	6951518	chr3L:6951126-6951518	FBgn0029117,FBgn0035722	CG10075,Surf1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1826	0.1658	0.2209	0.1593	0.1071	0.1981	0.1899	0.2159	0.1071	0.2705	0.2399	0.2705	0.2122	0.1753	0.1696	0.1753	0.1918
chr3L	6956506	6956660	chr3L:6956507-6956660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0525	0.0327	0.0552	0.0719	0.0106	0.0476	0.0381	0.038	0.0106	0.0405	0.0441	0.0405	0.1348	0.0314	0.0374	0.0314	0.1694
chr3L	6956826	6957012	chr3L:6956827-6957012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0663	0.0422	0.0909	0.0661	0.0117	0.0602	0.0437	0.0593	0.0117	0.0713	0.1113	0.0713	0.1247	0.0352	0.1032	0.0352	0.0912
chr3L	6957122	6957314	chr3L:6957123-6957314	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1049	0.0663	0.1527	0.0955	0.0329	0.0937	0.0601	0.1006	0.0329	0.1347	0.1881	0.1347	0.1696	0.0819	0.1438	0.0819	0.11
chr3L	6957354	6957571	chr3L:6957355-6957571	FBgn0261445	sgl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1956	0.1707	0.2397	0.1749	0.1113	0.2136	0.1752	0.2465	0.1113	0.2802	0.263	0.2802	0.251	0.1769	0.1857	0.1769	0.2038
chr3L	6957813	6957993	chr3L:6957814-6957993	FBgn0261445	sgl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2761	0.2481	0.336	0.2415	0.2025	0.2976	0.2621	0.3298	0.2025	0.4227	0.3588	0.4227	0.3176	0.2519	0.2592	0.2519	0.2757
chr3L	6958095	6958264	chr3L:6958096-6958264	FBgn0261445	sgl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1423	0.1375	0.1727	0.1143	0.0891	0.1704	0.1475	0.1839	0.0891	0.221	0.1897	0.221	0.1588	0.1164	0.1225	0.1164	0.1386
chr3L	6962076	6962250	chr3L:6962077-6962250	FBgn0035725	Mis12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1257	0.114	0.15	0.112	0.0764	0.1306	0.1445	0.1326	0.0764	0.186	0.1617	0.186	0.1503	0.1149	0.1051	0.1149	0.1542
chr3L	6962537	6962854	chr3L:6962538-6962854	FBgn0035725,FBgn0035726	CG9953,Mis12	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0978	0.0821	0.1096	0.1022	0.0382	0.0903	0.0965	0.1146	0.0382	0.1304	0.1174	0.1304	0.1232	0.1263	0.0845	0.1263	0.1365
chr3L	6969190	6969373	chr3L:6969191-6969373	FBgn0047205	CR32385	none	none	VT26829.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0653	0.0902	0.0539	0.05	0.071	0.0631	0.1535	0.0913	0.071	0.0574	0.0611	0.0574	0.062	0.0291	0.078	0.0291	0.0803
chr3L	6969695	6969846	chr3L:6969696-6969846	FBgn0047205	CR32385	none	none	VT26829.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.036	0.029	0.0404	0.0389	0.0138	0.0257	0.0493	0.028	0.0138	0.0374	0.0434	0.0374	0.0682	0.0237	0.0335	0.0237	0.0896
chr3L	6971026	6971243	chr3L:6971027-6971243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0655	0.0603	0.1003	0.033	0.0276	0.0718	0.0666	0.0926	0.0276	0.0459	0.1537	0.0459	0.0689	0.0199	0.0303	0.0199	0.05
chr3L	6971432	6971645	chr3L:6971433-6971645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0678	0.0785	0.0857	0.0362	0.0594	0.082	0.1034	0.0919	0.0594	0.0749	0.1113	0.0749	0.079	0.0253	0.029	0.0253	0.0563
chr3L	6971671	6971922	chr3L:6971672-6971922	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.116	0.125	0.1429	0.0766	0.0901	0.1451	0.1583	0.1386	0.0901	0.1745	0.1608	0.1745	0.1634	0.0704	0.0548	0.0704	0.149
chr3L	6972085	6972236	chr3L:6972086-6972236	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT26830.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0678	0.0632	0.0879	0.0508	0.0382	0.0752	0.0813	0.0686	0.0382	0.128	0.0823	0.128	0.0984	0.0567	0.0329	0.0567	0.1037
chr3L	6972359	6972776	chr3L:6972360-6972776	FBgn0001104	G-ialpha65A	stage11,stage14,stage5	none	VT26830.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.1798	0.2129	0.2162	0.1029	0.1877	0.2117	0.2772	0.2505	0.1877	0.2711	0.2138	0.2711	0.2107	0.0965	0.1096	0.0965	0.1511
chr3L	6972785	6972985	chr3L:6972786-6972985	FBgn0001104	G-ialpha65A	stage11,stage14,stage5	none	VT26830.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1344	0.1345	0.1723	0.0927	0.0944	0.1612	0.1587	0.1612	0.0944	0.2313	0.1788	0.2313	0.1681	0.0957	0.1161	0.0957	0.1209
chr3L	6973078	6973295	chr3L:6973079-6973295	FBgn0001104	G-ialpha65A	stage11,stage14,stage5	none	VT26830.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2084	0.1893	0.2594	0.1737	0.1357	0.2228	0.2314	0.2145	0.1357	0.3339	0.2736	0.3339	0.2727	0.2144	0.205	0.2144	0.2194
chr3L	6973431	6973628	chr3L:6973432-6973628	FBgn0001104	G-ialpha65A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0613	0.049	0.0745	0.0606	0.0233	0.0617	0.0614	0.0533	0.0233	0.1141	0.0733	0.1141	0.0782	0.1141	0.0451	0.1141	0.0677
chr3L	6974527	6974736	chr3L:6974528-6974736	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0778	0.0905	0.0749	0.0667	0.0541	0.1272	0.0999	0.1073	0.0541	0.1661	0.0595	0.1661	0.0473	0.183	0.0522	0.183	0.0511
chr3L	6974837	6974988	chr3L:6974838-6974988	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0373	0.0501	0.0402	0.0196	0.0138	0.0835	0.048	0.0626	0.0138	0.1051	0.0302	0.1051	0.0139	0.0513	0.0174	0.0513	0.0094
chr3L	6978065	6978216	chr3L:6978066-6978216	FBgn0250849,FBgn0263387	CG32388,CG43439	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.019	0.0189	0.0317	0.0052	0.0042	0.0379	0.0169	0.0173	0.0042	0.0942	0.0203	0.0942	0.0124	0.013	0.0058	0.013	0.0047
chr3L	6982055	6982249	chr3L:6982056-6982249	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1406	0.044	0.217	0.1646	0.0127	0.0971	0.0329	0.0346	0.0127	0.3732	0.228	0.3732	0.2308	0.2443	0.2037	0.2443	0.222
chr3L	6982568	6982745	chr3L:6982569-6982745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0645	0.0199	0.0997	0.0755	0.0064	0.0408	0.0177	0.0147	0.0064	0.2071	0.0884	0.2071	0.0999	0.1217	0.0883	0.1217	0.1053
chr3L	6983561	6983735	chr3L:6983562-6983735	FBgn0045759	bin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0425	0.0264	0.0581	0.0434	0.0074	0.0612	0.0208	0.0167	0.0074	0.1769	0.0309	0.1769	0.0333	0.1669	0.0148	0.1669	0.024
chr3L	6987280	6987431	chr3L:6987281-6987431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0241	0.0157	0.0363	0.0201	0.0032	0.0228	0.019	0.0167	0.0032	0.0719	0.0338	0.0719	0.0287	0.0306	0.0206	0.0306	0.024
chr3L	6987696	6987972	chr3L:6987697-6987972	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0962	0.0725	0.1214	0.095	0.0477	0.1053	0.0662	0.0953	0.0477	0.192	0.1219	0.192	0.11	0.1332	0.0954	0.1332	0.112
chr3L	6988628	6988828	chr3L:6988629-6988828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0527	0.0542	0.0637	0.039	0.0382	0.0675	0.0536	0.0786	0.0382	0.099	0.0691	0.099	0.038	0.0429	0.0374	0.0429	0.0386
chr3L	6990654	6990805	chr3L:6990655-6990805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0101	0.0089	0.0216	0.0042	0.0078	0.0186	0.0093	0.0042	0.0072	0.0077	0.0072	0.0201	0.0253	0.0155	0.0253	0.0417
chr3L	6991895	6992046	chr3L:6991896-6992046	FBgn0260660	mp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.0087	0.0099	0.027	0.0053	0.0083	0.0164	0.006	0.0053	0.0085	0.0061	0.0085	0.0232	0.0199	0.0219	0.0199	0.0453
chr3L	6999327	6999478	chr3L:6999328-6999478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0103	0.0096	0.0082	0.0134	0.0064	0.0087	0.016	0.0087	0.0064	0.0121	0.0074	0.0121	0.0108	0.0413	0.009	0.0413	0.0078
chr3L	7001378	7001529	chr3L:7001379-7001529	distal	distal	none	none	VT26846.1	VT26846.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0126	0.0052	0.0076	0.0263	0.0021	0.0058	0.0091	0.0033	0.0021	0.0085	0.0058	0.0085	0.017	0.0452	0.0309	0.0452	0.0307
chr3L	7001742	7001898	chr3L:7001743-7001898	distal	distal	none	none	VT26846.1	VT26846.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.014	0.0064	0.0084	0.0287	0.0032	0.0097	0.0091	0.0033	0.0032	0.0072	0.0074	0.0072	0.0209	0.0436	0.0303	0.0436	0.0391
chr3L	7002375	7002579	chr3L:7002376-7002579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0155	0.0085	0.0127	0.0265	0.0032	0.0083	0.013	0.01	0.0032	0.0085	0.0145	0.0085	0.0232	0.0375	0.0258	0.0375	0.038
chr3L	7002927	7003078	chr3L:7002928-7003078	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0103	0.004	0.01	0.0175	0.0021	0.0058	0.0061	0.0027	0.0021	0.0072	0.0129	0.0072	0.0163	0.0245	0.0213	0.0245	0.0208
chr3L	7005482	7005645	chr3L:7005483-7005645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0328	0.0466	0.0287	0.0159	0.0383	0.045	0.0386	0.0159	0.0525	0.0527	0.0525	0.0565	0.036	0.0239	0.036	0.0485
chr3L	7006855	7007072	chr3L:7006856-7007072	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0191	0.0116	0.0102	0.0375	0.0064	0.0097	0.0234	0.008	0.0064	0.0103	0.0093	0.0103	0.0147	0.0413	0.0193	0.0413	0.0453
chr3L	7012145	7012296	chr3L:7012146-7012296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0108	0.0072	0.0077	0.0182	0.0032	0.0039	0.0173	0.004	0.0032	0.0048	0.0058	0.0048	0.0077	8e-04	0.0013	8e-04	0.0031
chr3L	7070548	7070699	chr3L:7070549-7070699	FBgn0035733	CG8641	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0167	0.0126	0.0198	0.0095	0.017	0.0242	0.0153	0.0095	0.0205	0.0087	0.0205	0.0194	0.0145	0.0045	0.0145	0.0109
chr3L	7075170	7075321	chr3L:7075171-7075321	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0158	0.0154	0.0159	0.0074	0.0146	0.0221	0.02	0.0074	0.0175	0.0154	0.0175	0.0194	0.0138	0.0142	0.0138	0.0125
chr3L	7075421	7075588	chr3L:7075422-7075588	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0283	0.026	0.0293	0.0298	0.0127	0.0223	0.0402	0.03	0.0127	0.0423	0.0232	0.0423	0.0473	0.0314	0.0232	0.0314	0.0526
chr3L	7083751	7083902	chr3L:7083752-7083902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0093	0.0117	0.0123	0.0106	0.0049	0.0177	0.008	0.0106	0.0145	0.0135	0.0145	0.0101	0.0031	0.0303	0.0031	0.0104
chr3L	7084164	7084315	chr3L:7084165-7084315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0102	0.0097	0.0098	0.0113	0.0053	0.0053	0.0212	0.006	0.0053	0.0072	0.0129	0.0072	0.0108	0.0046	0.0277	0.0046	0.0031
chr3L	7087812	7088009	chr3L:7087813-7088009	FBgn0053556	form3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0578	0.0332	0.0694	0.0726	0.0265	0.0272	0.051	0.0386	0.0265	0.0556	0.0814	0.0556	0.1232	0.0574	0.1199	0.0574	0.1131
chr3L	7088417	7088669	chr3L:7088418-7088669	FBgn0053556	form3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0295	0.0208	0.0368	0.0312	0.0138	0.0214	0.029	0.0233	0.0138	0.0405	0.0408	0.0405	0.062	0.0222	0.0432	0.0222	0.0568
chr3L	7098730	7098881	chr3L:7098731-7098881	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.009	0.0044	0.0072	0.0162	0.0011	0.0029	0.0087	0.004	0.0011	0.003	0.0109	0.003	0.0085	0.0061	0.0438	0.0061	0.013
chr3L	7099918	7100121	chr3L:7099919-7100121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0095	0.0155	0.0323	0.0032	0.0097	0.0177	0.004	0.0032	0.0163	0.0148	0.0163	0.0271	0.0299	0.0297	0.0299	0.062
chr3L	7101232	7101383	chr3L:7101233-7101383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0117	0.0103	0.0217	0.0074	0.0087	0.0203	0.01	0.0074	0.0127	0.01	0.0127	0.0132	0.0123	0.0168	0.0123	0.0511
chr3L	7104300	7104451	chr3L:7104301-7104451	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0144	0.0081	0.0183	0.0171	0.0032	0.0068	0.016	0.0073	0.0032	0.0169	0.0264	0.0169	0.0147	0.0123	0.0297	0.0123	0.0245
chr3L	7106398	7106549	chr3L:7106399-7106549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.013	0.0071	0.0126	0.0202	0.0011	0.0087	0.0125	0.0053	0.0011	0.0157	0.0145	0.0157	0.0124	0.0184	0.02	0.0184	0.0328
chr3L	7118101	7118252	chr3L:7118102-7118252	FBgn0002775	msl-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0356	0.0406	0.0359	0.0233	0.0364	0.0515	0.0406	0.0233	0.0471	0.0447	0.0471	0.0519	0.0345	0.0387	0.0345	0.0526
chr3L	7118340	7118519	chr3L:7118341-7118519	FBgn0002775,FBgn0035741	BBS1,msl-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1073	0.0958	0.1255	0.1001	0.0679	0.1073	0.1112	0.1319	0.0679	0.151	0.1415	0.151	0.134	0.0965	0.1167	0.0965	0.1344
chr3L	7118566	7118757	chr3L:7118567-7118757	FBgn0002775,FBgn0035741	BBS1,msl-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1476	0.1429	0.173	0.1251	0.1018	0.1578	0.1583	0.2052	0.1018	0.2107	0.1846	0.2107	0.1797	0.1217	0.1393	0.1217	0.1631
chr3L	7118861	7119125	chr3L:7118862-7119125	FBgn0002775,FBgn0035741	BBS1,msl-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0576	0.0612	0.0347	0.0339	0.0544	0.0787	0.0753	0.0339	0.0658	0.072	0.0658	0.0651	0.0322	0.0419	0.0322	0.0401
chr3L	7124688	7124928	chr3L:7124689-7124928	FBgn0010387	Dbi	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0212	0.011	0.018	0.0362	0.0021	0.0117	0.0195	0.0087	0.0021	0.0121	0.0154	0.0121	0.0496	0.0077	0.0181	0.0077	0.11
chr3L	7126915	7127141	chr3L:7126916-7127141	FBgn0023001	melt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.113	0.1312	0.134	0.0695	0.088	0.1228	0.1419	0.2258	0.088	0.0851	0.2273	0.0851	0.0906	0.0597	0.1489	0.0597	0.0594
chr3L	7127317	7127468	chr3L:7127318-7127468	FBgn0023001	melt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1111	0.1493	0.1204	0.0582	0.1156	0.132	0.173	0.2412	0.1156	0.0646	0.2064	0.0646	0.0914	0.0375	0.1277	0.0375	0.0667
chr3L	7127497	7127707	chr3L:7127498-7127707	FBgn0023001	melt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1626	0.2078	0.1864	0.0859	0.1866	0.1689	0.2448	0.3344	0.1866	0.0719	0.3431	0.0719	0.134	0.0444	0.2321	0.0444	0.0646
chr3L	7128109	7128338	chr3L:7128110-7128338	FBgn0023001	melt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0814	0.1029	0.093	0.0447	0.1018	0.0782	0.1202	0.1626	0.1018	0.029	0.1801	0.029	0.0519	0.0161	0.1335	0.0161	0.0292
chr3L	7130759	7130924	chr3L:7130760-7130924	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0493	0.0641	0.0495	0.0327	0.0594	0.0403	0.0982	0.0826	0.0594	0.0139	0.1032	0.0139	0.0186	0.0069	0.1257	0.0069	0.0078
chr3L	7130951	7131158	chr3L:7130952-7131158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0663	0.1206	0.0449	0.029	0.1283	0.0772	0.1812	0.1432	0.1283	0.0163	0.09	0.0163	0.0209	0.0069	0.1019	0.0069	0.0104
chr3L	7131381	7131534	chr3L:7131382-7131534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0791	0.0155	0.0086	0.0986	0.0398	0.1324	0.0839	0.0986	0.0091	0.0254	0.0091	0.0124	0.0069	0.0174	0.0069	0.0052
chr3L	7136246	7136397	chr3L:7136247-7136397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0241	0.0361	0.0212	0.0139	0.035	0.0233	0.0549	0.046	0.035	0.0163	0.0299	0.0163	0.0201	0.0145	0.0181	0.0145	0.0203
chr3L	7136503	7136687	chr3L:7136504-7136687	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0542	0.0759	0.0462	0.0387	0.0647	0.066	0.099	0.1059	0.0647	0.0405	0.064	0.0405	0.0442	0.0406	0.0554	0.0406	0.0599
chr3L	7142480	7142909	chr3L:7142481-7142909	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0517	0.0526	0.0577	0.0441	0.0276	0.067	0.0731	0.0453	0.0276	0.0779	0.063	0.0779	0.0635	0.0689	0.0496	0.0689	0.0479
chr3L	7144221	7144372	chr3L:7144222-7144372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0184	0.0179	0.0141	0.0237	0.0095	0.017	0.0281	0.0213	0.0095	0.0163	0.01	0.0163	0.0256	0.0352	0.0174	0.0352	0.0396
chr3L	7144561	7144712	chr3L:7144562-7144712	distal	distal	none	none	VT26925.1	VT26925.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0118	0.0195	0.0285	0.0074	0.0097	0.0221	0.01	0.0074	0.0139	0.0132	0.0139	0.0465	0.0299	0.0219	0.0299	0.0584
chr3L	7144768	7145005	chr3L:7144769-7145005	distal	distal	none	none	VT26925.1	VT26925.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0279	0.0105	0.0279	0.0473	0.0064	0.0165	0.0138	0.0067	0.0064	0.0187	0.0186	0.0187	0.0821	0.0904	0.0368	0.0904	0.073
chr3L	7145183	7145357	chr3L:7145184-7145357	distal	distal	none	none	VT26925.1	VT26925.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0274	0.0137	0.0226	0.048	0.0106	0.0102	0.0212	0.0133	0.0106	0.0169	0.017	0.0169	0.0604	0.1041	0.0419	0.1041	0.0641
chr3L	7145495	7145716	chr3L:7145496-7145716	distal	distal	none	none	VT26925.1	VT26925.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0153	0.0237	0.0437	0.0095	0.0204	0.0164	0.0187	0.0095	0.0229	0.027	0.0229	0.038	0.0689	0.0613	0.0689	0.0547
chr3L	7148481	7148632	chr3L:7148482-7148632	distal	distal	none	none	VT26927.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0393	0.0462	0.0381	0.0329	0.0308	0.0515	0.0593	0.05	0.0308	0.038	0.037	0.038	0.0395	0.0145	0.0322	0.0145	0.0334
chr3L	7148945	7149297	chr3L:7148946-7149297	distal	distal	stage11,stage5	stage11	VT26927.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1086	0.1519	0.098	0.0719	0.1241	0.1583	0.1899	0.1905	0.1241	0.1256	0.0752	0.1256	0.0976	0.0444	0.0445	0.0444	0.0516
chr3L	7149469	7149755	chr3L:7149470-7149755	FBgn0259173	corn	stage11,stage14,stage5	none	VT26927.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1698	0.2534	0.161	0.0861	0.2598	0.2393	0.3196	0.3151	0.2598	0.1866	0.1547	0.1866	0.0844	0.0513	0.0716	0.0513	0.0464
chr3L	7150094	7150299	chr3L:7150095-7150299	FBgn0259173	corn	stage11,stage14,stage5	none	VT26927.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2049	0.2078	0.2223	0.1824	0.1633	0.2383	0.2323	0.2758	0.1633	0.2675	0.2476	0.2675	0.1983	0.1876	0.1889	0.1876	0.1959
chr3L	7150444	7150667	chr3L:7150445-7150667	FBgn0259173	corn	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.094	0.1112	0.0893	0.0795	0.1199	0.0965	0.1206	0.0795	0.1371	0.1277	0.1371	0.1022	0.0926	0.0941	0.0926	0.112
chr3L	7182848	7183134	chr3L:7182849-7183134	FBgn0263218	Dscam2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0195	0.0267	0.0129	0.0187	0.0265	0.0112	0.0528	0.0247	0.0265	0.0187	0.0116	0.0187	0.0155	0.0046	0.0116	0.0046	0.0052
chr3L	7209081	7209232	chr3L:7209082-7209232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0079	0.0079	0.0127	0.0011	0.0034	0.0177	0.0087	0.0011	0.0048	0.008	0.0048	0.0093	0.0046	0.0026	0.0046	0.0036
chr3L	7231539	7231742	chr3L:7231540-7231742	FBgn0035751,FBgn0261111	BHD,CG14829	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0937	0.0966	0.1033	0.0799	0.0742	0.1053	0.1129	0.1306	0.0742	0.1461	0.1061	0.1461	0.117	0.0904	0.0928	0.0904	0.111
chr3L	7233963	7234207	chr3L:7233964-7234207	FBgn0035753	RpL18	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0743	0.0685	0.0947	0.0583	0.0435	0.0791	0.0843	0.0819	0.0435	0.1232	0.0984	0.1232	0.1069	0.0528	0.0638	0.0528	0.0813
chr3L	7234387	7234554	chr3L:7234388-7234554	FBgn0024542,FBgn0035753	Neos,RpL18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1793	0.1619	0.2136	0.1613	0.122	0.2068	0.1782	0.1932	0.122	0.2772	0.2305	0.2772	0.2091	0.1524	0.1767	0.1524	0.1959
chr3L	7234599	7234789	chr3L:7234600-7234789	FBgn0024542,FBgn0035753	Neos,RpL18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.155	0.1366	0.1775	0.151	0.0933	0.1806	0.1492	0.1659	0.0933	0.2349	0.199	0.2349	0.1673	0.17	0.1431	0.17	0.1866
chr3L	7234837	7235017	chr3L:7234838-7235017	FBgn0024542,FBgn0035753	Neos,RpL18	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1216	0.0962	0.1484	0.1205	0.0541	0.1398	0.1029	0.1106	0.0541	0.1993	0.1666	0.1993	0.1394	0.1271	0.1135	0.1271	0.1579
chr3L	7236962	7237145	chr3L:7236963-7237145	FBgn0016036,FBgn0028648	mRpL50,mei-P22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1322	0.1195	0.1496	0.1273	0.0859	0.1432	0.1406	0.1392	0.0859	0.2035	0.1553	0.2035	0.1472	0.1371	0.1219	0.1371	0.1605
chr3L	7243576	7243768	chr3L:7243577-7243768	FBgn0035754,FBgn0263447	CR43470,MED4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1634	0.1624	0.1825	0.1437	0.1103	0.1966	0.1903	0.1979	0.1103	0.2403	0.1987	0.2403	0.1696	0.1577	0.167	0.1577	0.1579
chr3L	7243860	7244246	chr3L:7243861-7244246	FBgn0035754,FBgn0263447	CR43470,MED4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.141	0.1315	0.1835	0.1049	0.0785	0.1757	0.1436	0.1579	0.0785	0.2597	0.1965	0.2597	0.1712	0.1455	0.1186	0.1455	0.1089
chr3L	7249246	7249397	chr3L:7249247-7249397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0123	0.011	0.0164	0.0095	0.0053	0.0102	0.0173	0.0087	0.0053	0.0127	0.0232	0.0127	0.0147	0.0046	0.0297	0.0046	0.0047
chr3L	7251390	7251555	chr3L:7251391-7251555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.009	0.0246	0.0341	0.0021	0.0102	0.0108	0.0153	0.0021	0.0066	0.0521	0.0066	0.0101	0.0092	0.1167	0.0092	0.0135
chr3L	7254792	7254943	chr3L:7254793-7254943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.009	0.0089	0.0148	0.0011	0.0073	0.0156	0.0113	0.0011	0.0079	0.0113	0.0079	0.0132	0.0038	0.0509	0.0038	0.0047
chr3L	7256631	7256794	chr3L:7256632-7256794	FBgn0035755	CG14830	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0101	0.0206	0.022	0.0042	0.0092	0.0169	0.012	0.0042	0.0042	0.0447	0.0042	0.007	0.0038	0.0864	0.0038	0.0042
chr3L	7256974	7257135	chr3L:7256975-7257135	FBgn0035755	CG14830	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0188	0.0491	0.0418	0.0053	0.0175	0.0255	0.03	0.0053	0.0115	0.1087	0.0115	0.0132	0.0046	0.1728	0.0046	0.0078
chr3L	7306029	7306180	chr3L:7306030-7306180	FBgn0035756	unc-13-4A	stage14	none	VT27014.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.007	0.0067	0.0157	0.0011	0.0078	0.0112	0.008	0.0011	0.0066	0.0071	0.0066	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chr3L	7306878	7307029	chr3L:7306879-7307029	distal	distal	stage14	stage14	VT27014.1	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0049	0.0044	0.024	0.0021	0.0049	0.0087	0.004	0.0021	0.003	0.0042	0.003	0.0031	0.0054	0.0064	0.0054	0.0094
chr3L	7316169	7316351	chr3L:7316170-7316351	FBgn0035761,FBgn0035762	CG8605,RhoGEF4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.048	0.0725	0.0397	0.017	0.0587	0.0528	0.072	0.017	0.0803	0.0923	0.0803	0.0612	0.0505	0.0593	0.0505	0.0386
chr3L	7316413	7316594	chr3L:7316414-7316594	FBgn0035761,FBgn0035762	CG8605,RhoGEF4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1196	0.0977	0.1558	0.1042	0.0498	0.1282	0.0982	0.1379	0.0498	0.1878	0.1881	0.1878	0.1394	0.1164	0.118	0.1164	0.135
chr3L	7316627	7316814	chr3L:7316628-7316814	FBgn0035761,FBgn0035762	CG8605,RhoGEF4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0901	0.0638	0.1254	0.0809	0.0318	0.0811	0.0657	0.0866	0.0318	0.1449	0.1466	0.1449	0.1216	0.0827	0.0838	0.0827	0.111
chr3L	7319912	7320067	chr3L:7319913-7320067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.0268	0.0346	0.0412	0.0053	0.0277	0.0385	0.0326	0.0053	0.0217	0.0302	0.0217	0.0829	0.0161	0.0155	0.0161	0.1167
chr3L	7321660	7321811	chr3L:7321661-7321811	FBgn0002909,FBgn0035763,FBgn0259203	CG42307,CG8602,mus312	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1201	0.1195	0.1358	0.1036	0.0965	0.1311	0.1427	0.1472	0.0965	0.1655	0.1479	0.1655	0.1495	0.0988	0.1128	0.0988	0.1548
chr3L	7321855	7322050	chr3L:7321856-7322050	FBgn0002909,FBgn0035763,FBgn0259203	CG42307,CG8602,mus312	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1994	0.1791	0.242	0.1755	0.1432	0.1976	0.2029	0.2312	0.1432	0.3092	0.2707	0.3092	0.237	0.1822	0.2037	0.1822	0.235
chr3L	7322163	7322386	chr3L:7322164-7322386	FBgn0002909,FBgn0035763,FBgn0259203	CG42307,CG8602,mus312	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0947	0.068	0.1354	0.0797	0.0414	0.0835	0.0744	0.0913	0.0414	0.1697	0.1621	0.1697	0.1294	0.0926	0.0799	0.0926	0.1016
chr3L	7322388	7322539	chr3L:7322389-7322539	FBgn0002909,FBgn0035763,FBgn0259203	CG42307,CG8602,mus312	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.0427	0.0697	0.0485	0.0244	0.0461	0.0536	0.056	0.0244	0.0894	0.0797	0.0894	0.0697	0.0467	0.0529	0.0467	0.0615
chr3L	7327957	7328186	chr3L:7327958-7328186	FBgn0264302,FBgn0264303	CG43780,CG43781	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0888	0.0809	0.1152	0.0685	0.0541	0.0893	0.0943	0.1179	0.0541	0.1232	0.1338	0.1232	0.1038	0.0536	0.1044	0.0536	0.0948
chr3L	7328261	7328451	chr3L:7328262-7328451	FBgn0264302,FBgn0264303	CG43780,CG43781	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1211	0.1158	0.1544	0.0904	0.0668	0.1354	0.1328	0.1652	0.0668	0.2005	0.1659	0.2005	0.1642	0.098	0.1289	0.098	0.136
chr3L	7332014	7332188	chr3L:7332015-7332188	FBgn0011640,FBgn0035766	eco,lark	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1259	0.1082	0.1693	0.0982	0.0615	0.1364	0.1125	0.1539	0.0615	0.1993	0.191	0.1993	0.1596	0.1164	0.1161	0.1164	0.136
chr3L	7332475	7332650	chr3L:7332476-7332650	FBgn0011640,FBgn0035766	eco,lark	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1941	0.1838	0.2247	0.172	0.1294	0.2223	0.2128	0.2258	0.1294	0.2832	0.2447	0.2832	0.1967	0.206	0.1676	0.206	0.2116
chr3L	7332736	7333087	chr3L:7332737-7333087	FBgn0011640,FBgn0035766	eco,lark	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1464	0.1376	0.1693	0.131	0.0912	0.165	0.173	0.1559	0.0912	0.2186	0.1868	0.2186	0.1433	0.1562	0.1289	0.1562	0.1574
chr3L	7337715	7337967	chr3L:7337716-7337967	FBgn0035767	CG8596	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0738	0.0518	0.0939	0.0763	0.017	0.0524	0.0575	0.0879	0.017	0.0845	0.1424	0.0845	0.0813	0.1156	0.1141	0.1156	0.0959
chr3L	7338133	7338518	chr3L:7338134-7338518	FBgn0035767	CG8596	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2308	0.1715	0.2986	0.2225	0.0827	0.216	0.1561	0.2778	0.0827	0.3128	0.4209	0.3128	0.2758	0.3469	0.3256	0.3469	0.2689
chr3L	7338563	7338786	chr3L:7338564-7338786	FBgn0035767	CG8596	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0918	0.1012	0.1107	0.0606	0.0541	0.0951	0.1202	0.1646	0.0541	0.0996	0.1762	0.0996	0.0775	0.0804	0.0967	0.0804	0.0677
chr3L	7340775	7340971	chr3L:7340776-7340971	FBgn0015298,FBgn0019662	Srp19,qm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0582	0.0805	0.0617	0.0318	0.0646	0.0731	0.0759	0.0318	0.0906	0.0952	0.0906	0.0829	0.0651	0.0677	0.0651	0.0808
chr3L	7341024	7341222	chr3L:7341025-7341222	FBgn0015298,FBgn0019662	Srp19,qm	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.098	0.0703	0.1249	0.0996	0.0414	0.0888	0.0796	0.0893	0.0414	0.1353	0.1514	0.1353	0.1387	0.1103	0.1032	0.1103	0.1313
chr3L	7341292	7341517	chr3L:7341293-7341517	FBgn0015298,FBgn0019662	Srp19,qm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1276	0.0806	0.1418	0.1645	0.0456	0.099	0.0973	0.0966	0.0456	0.1498	0.1633	0.1498	0.1789	0.1776	0.1792	0.1776	0.2126
chr3L	7349515	7349710	chr3L:7349516-7349710	FBgn0035769	CTCF	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0785	0.0596	0.1034	0.0723	0.0435	0.0704	0.0679	0.0793	0.0435	0.1135	0.1186	0.1135	0.0798	0.0743	0.0703	0.0743	0.0907
chr3L	7349743	7349931	chr3L:7349744-7349931	FBgn0035769	CTCF	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.128	0.1108	0.1608	0.1111	0.071	0.1461	0.1202	0.1419	0.071	0.195	0.1817	0.195	0.1325	0.1172	0.1077	0.1172	0.1433
chr3L	7349991	7350197	chr3L:7349992-7350197	FBgn0035769	CTCF	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0997	0.081	0.1321	0.0849	0.0329	0.1126	0.0856	0.1093	0.0329	0.1691	0.1447	0.1691	0.1247	0.0758	0.0883	0.0758	0.1126
chr3L	7353087	7353247	chr3L:7353088-7353247	FBgn0035770,FBgn0035771	pst,sec63	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0485	0.0258	0.0499	0.0724	0.0053	0.0354	0.0342	0.0306	0.0053	0.0501	0.0543	0.0501	0.0674	0.062	0.107	0.062	0.1032
chr3L	7353556	7353730	chr3L:7353557-7353730	FBgn0035770,FBgn0035771	pst,sec63	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.168	0.1118	0.2171	0.177	0.0721	0.1461	0.1068	0.1606	0.0721	0.2687	0.2312	0.2687	0.2316	0.183	0.2063	0.183	0.2131
chr3L	7353835	7354022	chr3L:7353836-7354022	FBgn0035770,FBgn0035771	pst,sec63	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1425	0.0945	0.1749	0.1606	0.0424	0.1388	0.093	0.1233	0.0424	0.2156	0.1971	0.2156	0.1828	0.1838	0.1992	0.1838	0.1866
chr3L	7354047	7354407	chr3L:7354048-7354407	FBgn0035771	sec63	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1553	0.1149	0.1772	0.1763	0.0679	0.1422	0.1215	0.1606	0.0679	0.1836	0.2228	0.1836	0.1967	0.17	0.2624	0.17	0.2168
chr3L	7357944	7358109	chr3L:7357945-7358109	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0711	0.0663	0.0929	0.0526	0.0286	0.0845	0.0601	0.1133	0.0286	0.0845	0.1389	0.0845	0.062	0.0383	0.1083	0.0383	0.061
chr3L	7358187	7358338	chr3L:7358188-7358338	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0491	0.0416	0.0684	0.0362	0.0138	0.0544	0.0394	0.072	0.0138	0.061	0.0977	0.061	0.0573	0.0283	0.0767	0.0283	0.0401
chr3L	7361247	7361415	chr3L:7361248-7361415	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0602	0.0444	0.0697	0.0675	0.0233	0.0534	0.0523	0.0593	0.0233	0.0634	0.0717	0.0634	0.0968	0.0658	0.0754	0.0658	0.1084
chr3L	7361531	7361775	chr3L:7361532-7361775	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1739	0.1666	0.1916	0.1625	0.1251	0.1917	0.1708	0.2385	0.1251	0.2053	0.2106	0.2053	0.2177	0.2014	0.1773	0.2014	0.2074
chr3L	7362280	7362457	chr3L:7362281-7362457	FBgn0035772,FBgn0082598	Sh3beta,akirin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1396	0.1277	0.1603	0.1302	0.0785	0.1393	0.1561	0.1732	0.0785	0.189	0.1794	0.189	0.1526	0.1401	0.1386	0.1401	0.1584
chr3L	7362853	7363256	chr3L:7362854-7363256	FBgn0035772,FBgn0082598	Sh3beta,akirin	stage11,stage14,stage5	none	bhr	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2521	0.2451	0.2982	0.2093	0.2163	0.2883	0.2734	0.3051	0.2163	0.3732	0.3193	0.3732	0.2897	0.2312	0.1966	0.2312	0.2512
chr3L	7363320	7363513	chr3L:7363321-7363513	FBgn0082598	akirin	stage11,stage14,stage5	none	bhr	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2029	0.1722	0.2527	0.1824	0.1124	0.2209	0.1765	0.2292	0.1124	0.3116	0.2682	0.3116	0.2486	0.1945	0.1831	0.1945	0.2163
chr3L	7363590	7363794	chr3L:7363591-7363794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	bhr	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2165	0.2144	0.2655	0.165	0.158	0.2641	0.2353	0.2705	0.158	0.346	0.2891	0.346	0.2215	0.1508	0.1573	0.1508	0.1678
chr3L	7363872	7364047	chr3L:7363873-7364047	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	bhr	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1398	0.1427	0.1947	0.0763	0.0997	0.1684	0.1531	0.2025	0.0997	0.2778	0.2225	0.2778	0.1309	0.0597	0.0671	0.0597	0.0599
chr3L	7364575	7364769	chr3L:7364576-7364769	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1101	0.1236	0.1529	0.0479	0.088	0.1267	0.1349	0.1905	0.088	0.18	0.2077	0.18	0.1092	0.0421	0.0484	0.0421	0.0568
chr3L	7367590	7367741	chr3L:7367591-7367741	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0683	0.0453	0.015	0.0541	0.0553	0.0861	0.1093	0.0541	0.0531	0.0547	0.0531	0.0403	0.0184	0.0135	0.0184	0.0208
chr3L	7369413	7369564	chr3L:7369414-7369564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0227	0.0288	0.0245	0.0095	0.0233	0.0337	0.0273	0.0095	0.0278	0.0315	0.0278	0.0418	0.0145	0.0187	0.0145	0.0563
chr3L	7369847	7370020	chr3L:7369848-7370020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0363	0.0361	0.0426	0.0297	0.0223	0.0417	0.0467	0.0413	0.0223	0.0308	0.054	0.0308	0.0581	0.0153	0.0329	0.0153	0.05
chr3L	7373656	7373807	chr3L:7373657-7373807	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0192	0.0203	0.0203	0.0085	0.0209	0.0264	0.0233	0.0085	0.0205	0.019	0.0205	0.0318	0.013	0.0142	0.013	0.0323
chr3L	7374256	7374407	chr3L:7374257-7374407	FBgn0016983,FBgn0052380	SMSr,smid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0516	0.0541	0.0584	0.0415	0.0339	0.0583	0.0644	0.0793	0.0339	0.067	0.0675	0.067	0.0573	0.0421	0.038	0.0421	0.061
chr3L	7374554	7374732	chr3L:7374555-7374732	FBgn0016983,FBgn0052380	SMSr,smid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2139	0.1929	0.2543	0.1929	0.1357	0.2272	0.2189	0.2578	0.1357	0.3001	0.2804	0.3001	0.2494	0.1983	0.1992	0.1983	0.2308
chr3L	7374864	7375078	chr3L:7374865-7375078	FBgn0016983,FBgn0052380	SMSr,smid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1622	0.1574	0.1924	0.1344	0.122	0.1888	0.1687	0.2059	0.122	0.2198	0.2151	0.2198	0.189	0.147	0.1244	0.147	0.1626
chr3L	7375171	7375322	chr3L:7375172-7375322	FBgn0016983	smid	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0682	0.0763	0.0464	0.0403	0.0772	0.0792	0.0919	0.0403	0.0827	0.0842	0.0827	0.0744	0.0551	0.0419	0.0551	0.0563
chr3L	7375366	7375581	chr3L:7375367-7375581	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0547	0.0599	0.0336	0.0286	0.0587	0.0683	0.0793	0.0286	0.0652	0.0675	0.0652	0.0558	0.0368	0.0284	0.0368	0.036
chr3L	7395255	7395431	chr3L:7395256-7395431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0115	0.0138	0.0188	0.0021	0.0102	0.0221	0.01	0.0021	0.0109	0.0106	0.0109	0.0356	0.0061	0.0071	0.0061	0.0526
chr3L	7407393	7407544	chr3L:7407394-7407544	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0104	0.0187	0.0065	0.0053	0.0032	0.0121	0.0216	0.0446	0.0032	0.0048	0.0096	0.0048	0.0054	0.0038	0.0052	0.0038	0.0031
chr3L	7409031	7409182	chr3L:7409032-7409182	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade4	0.0099	0.0184	0.0042	0.0065	0.0095	0.0131	0.0117	0.0506	0.0095	0.0012	0.0048	0.0012	8e-04	0.0023	0.0019	0.0023	0.0042
chr3L	7410254	7410405	chr3L:7410255-7410405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.007	0.0051	0.0079	0.0032	0.0058	0.0112	0.01	0.0032	0.0085	0.0035	0.0085	0.007	0.0023	0.0045	0.0023	0.0016
chr3L	7410702	7410853	chr3L:7410703-7410853	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0111	0.0118	0.0196	0.0042	0.0097	0.0156	0.016	0.0042	0.0127	0.01	0.0127	0.0077	0.0115	0.0045	0.0115	0.0057
chr3L	7415831	7415982	chr3L:7415832-7415982	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0101	0.0081	0.0228	0.0064	0.0102	0.0147	0.012	0.0064	0.006	0.0077	0.006	0.0077	0.0222	0.0058	0.0222	0.013
chr3L	7416522	7416673	chr3L:7416523-7416673	FBgn0259935	CG42458	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0067	0.0112	0.0246	0.0011	0.0083	0.0095	0.0073	0.0011	0.0072	0.0071	0.0072	0.0116	0.0145	0.009	0.0145	0.0156
chr3L	7416740	7416971	chr3L:7416741-7416971	FBgn0259935	CG42458	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0172	0.0154	0.0428	0.0074	0.015	0.0316	0.0133	0.0074	0.0151	0.0138	0.0151	0.0147	0.0283	0.0148	0.0283	0.0151
chr3L	7422026	7422177	chr3L:7422027-7422177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.015	0.0107	0.0177	0.0021	0.015	0.0255	0.0173	0.0021	0.0151	0.0119	0.0151	0.0085	0.0536	0.0058	0.0536	0.0141
chr3L	7425507	7425695	chr3L:7425508-7425695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0673	0.0568	0.072	0.0738	0.0456	0.0646	0.0679	0.0726	0.0456	0.0851	0.0656	0.0851	0.1255	0.1118	0.0613	0.1118	0.1235
chr3L	7425945	7426152	chr3L:7425946-7426152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.032	0.0484	0.0656	0.0265	0.0388	0.0342	0.0413	0.0265	0.0731	0.0357	0.0731	0.0906	0.1011	0.0406	0.1011	0.124
chr3L	7426732	7426899	chr3L:7426733-7426899	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0609	0.0437	0.0661	0.0744	0.0318	0.0519	0.0458	0.0633	0.0318	0.1099	0.065	0.1099	0.0736	0.1325	0.0664	0.1325	0.1162
chr3L	7427524	7427763	chr3L:7427525-7427763	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0619	0.0832	0.0657	0.0445	0.0757	0.0614	0.0899	0.0445	0.1123	0.1019	0.1123	0.0798	0.0735	0.0993	0.0735	0.0896
chr3L	7428340	7428553	chr3L:7428341-7428553	FBgn0014011	Rac2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.241	0.2328	0.2858	0.2011	0.2142	0.2699	0.2379	0.3158	0.2142	0.3671	0.3289	0.3671	0.275	0.2734	0.2431	0.2734	0.2684
chr3L	7435038	7435189	chr3L:7435039-7435189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0076	0.0084	0.0125	0.0042	0.0107	0.0104	0.006	0.0042	0.0103	0.0096	0.0103	0.0062	0.0077	0.0039	0.0077	0.0135
chr3L	7435256	7435407	chr3L:7435257-7435407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0085	0.0086	0.0121	0.0021	0.0092	0.0147	0.0073	0.0021	0.0139	0.0084	0.0139	0.0054	0.0084	0.0032	0.0084	0.0083
chr3L	7455327	7455478	chr3L:7455328-7455478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0094	0.0085	0.0077	0.0124	0.0064	0.0068	0.0177	0.004	0.0064	0.0085	0.0055	0.0085	0.0046	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr3L	7456668	7456819	chr3L:7456669-7456819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0079	0.0071	0.0088	0.0053	0.0049	0.0138	0.0087	0.0053	0.0127	0.0068	0.0127	0.0039	0.0015	0.0019	0.0015	0.0047
chr3L	7463712	7463863	chr3L:7463713-7463863	FBgn0035787	CG8543	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0081	0.0128	0.0235	0.0011	0.0087	0.0099	0.0127	0.0011	0.0139	0.0103	0.0139	0.0155	0.0115	0.0077	0.0115	0.0104
chr3L	7470400	7470551	chr3L:7470401-7470551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0069	0.0072	0.0095	0.0011	0.0078	0.0099	0.008	0.0011	0.0091	0.0077	0.0091	0.0085	0.0046	0.0064	0.0046	0.0042
chr3L	7471224	7471375	chr3L:7471225-7471375	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0044	0.0058	0.0113	0.0042	0.0034	0.0069	0.0047	0.0042	0.0066	0.0042	0.0066	0.0046	0.0061	6e-04	0.0061	0.0083
chr3L	7483885	7484036	chr3L:7483886-7484036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0086	0.0056	0.0116	0.0021	0.0063	0.0143	0.012	0.0021	0.0079	0.0045	0.0079	0.0031	0.0069	0.0019	0.0069	0.0052
chr3L	7502335	7502486	chr3L:7502336-7502486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0097	0.0076	0.0114	0.0011	0.0078	0.0182	0.01	0.0011	0.0079	0.008	0.0079	0.0054	0.0046	0.0064	0.0046	0.0057
chr3L	7503099	7503250	chr3L:7503100-7503250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0218	0.0274	0.0267	0.0085	0.0189	0.0355	0.0266	0.0085	0.0284	0.0289	0.0284	0.0217	0.0115	0.0239	0.0115	0.0172
chr3L	7503319	7503472	chr3L:7503320-7503472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0548	0.0439	0.0614	0.0599	0.0265	0.0383	0.0644	0.0546	0.0265	0.067	0.0582	0.067	0.0527	0.0337	0.0471	0.0337	0.0584
chr3L	7503604	7503819	chr3L:7503605-7503819	FBgn0035793	CG7546	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1451	0.1246	0.1631	0.1482	0.0764	0.1451	0.1397	0.1632	0.0764	0.1981	0.1785	0.1981	0.1565	0.1401	0.1625	0.1401	0.172
chr3L	7504014	7504205	chr3L:7504015-7504205	FBgn0035793	CG7546	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1357	0.1175	0.1585	0.131	0.0859	0.1442	0.1198	0.1679	0.0859	0.2059	0.1749	0.2059	0.1503	0.1386	0.1476	0.1386	0.1626
chr3L	7504231	7504411	chr3L:7504232-7504411	FBgn0035793	CG7546	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1156	0.0906	0.1475	0.1085	0.0435	0.1228	0.0882	0.1312	0.0435	0.1872	0.1695	0.1872	0.1379	0.1187	0.1103	0.1187	0.1292
chr3L	7511582	7511797	chr3L:7511583-7511797	FBgn0052372	ltl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0496	0.043	0.0626	0.0429	0.0191	0.083	0.0458	0.022	0.0191	0.2101	0.026	0.2101	0.0302	0.1386	0.0232	0.1386	0.0318
chr3L	7511929	7512185	chr3L:7511930-7512185	FBgn0052372	ltl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0769	0.0682	0.0796	0.0838	0.0573	0.1141	0.0766	0.0393	0.0573	0.244	0.0357	0.244	0.062	0.2274	0.0658	0.2274	0.0834
chr3L	7512211	7512362	chr3L:7512212-7512362	FBgn0052372	ltl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0473	0.051	0.0539	0.0358	0.0456	0.0835	0.0575	0.0273	0.0456	0.163	0.027	0.163	0.0364	0.0674	0.0329	0.0674	0.0495
chr3L	7512453	7512838	chr3L:7512454-7512838	FBgn0052372	ltl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0823	0.1149	0.0931	0.0338	0.1039	0.182	0.1263	0.0786	0.1039	0.2705	0.0492	0.2705	0.0643	0.0651	0.0335	0.0651	0.0448
chr3L	7513847	7514002	chr3L:7513848-7514002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0273	0.0336	0.0265	0.0212	0.0223	0.0505	0.0433	0.0207	0.0223	0.0471	0.017	0.0471	0.0511	0.0237	0.0077	0.0237	0.0485
chr3L	7514976	7515127	chr3L:7514977-7515127	distal	distal	none	none	CG32372	CG32372	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0187	0.0206	0.0165	0.0189	0.0117	0.033	0.0268	0.0107	0.0117	0.0362	0.0103	0.0362	0.0225	0.0191	0.0077	0.0191	0.0422
chr3L	7515421	7515594	chr3L:7515422-7515594	distal	distal	none	none	CG32372	CG32372	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0257	0.0269	0.0228	0.0276	0.018	0.0451	0.0337	0.016	0.018	0.0417	0.0161	0.0417	0.0364	0.0237	0.0116	0.0237	0.0683
chr3L	7515632	7515813	chr3L:7515633-7515813	distal	distal	none	none	CG32372	CG32372	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0313	0.0366	0.0297	0.0272	0.0106	0.0738	0.0389	0.0207	0.0106	0.0489	0.0209	0.0489	0.055	0.0253	0.0084	0.0253	0.0657
chr3L	7520886	7521037	chr3L:7520887-7521037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0361	0.031	0.036	0.0419	0.017	0.0369	0.0433	0.0293	0.017	0.0531	0.0379	0.0531	0.0395	0.0337	0.029	0.0337	0.0907
chr3L	7521166	7521317	chr3L:7521167-7521317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0375	0.0975	0.0512	0.0265	0.0451	0.0407	0.0486	0.0265	0.1292	0.1	0.1292	0.1069	0.0574	0.0529	0.0574	0.0672
chr3L	7521413	7521590	chr3L:7521414-7521590	FBgn0028582	lqf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1533	0.125	0.1871	0.148	0.0912	0.1607	0.1341	0.1499	0.0912	0.2494	0.1894	0.2494	0.1898	0.1554	0.1534	0.1554	0.1839
chr3L	7521753	7521950	chr3L:7521754-7521950	FBgn0028582	lqf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1897	0.1438	0.2255	0.2016	0.0976	0.1903	0.1505	0.1819	0.0976	0.2886	0.2399	0.2886	0.2494	0.2221	0.2334	0.2221	0.2397
chr3L	7522091	7522302	chr3L:7522092-7522302	FBgn0028582	lqf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1501	0.0773	0.1971	0.1799	0.0467	0.1165	0.0714	0.0973	0.0467	0.2536	0.2158	0.2536	0.2471	0.2312	0.2521	0.2312	0.2116
chr3L	7522477	7522722	chr3L:7522478-7522722	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0687	0.0354	0.0797	0.0937	0.0106	0.051	0.0411	0.04	0.0106	0.0845	0.0839	0.0845	0.134	0.1087	0.1122	0.1087	0.147
chr3L	7522804	7522955	chr3L:7522805-7522955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0379	0.0212	0.0416	0.0526	0.0074	0.0252	0.0281	0.0266	0.0074	0.0393	0.0457	0.0393	0.0767	0.0651	0.0619	0.0651	0.0849
chr3L	7524124	7524285	chr3L:7524125-7524285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0373	0.0217	0.0523	0.0384	0.0042	0.0277	0.0316	0.0233	0.0042	0.0459	0.0559	0.0459	0.1007	0.0184	0.0722	0.0184	0.0594
chr3L	7526015	7526178	chr3L:7526016-7526178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0608	0.0574	0.0355	0.035	0.0704	0.083	0.0666	0.035	0.0731	0.0656	0.0731	0.0713	0.036	0.0567	0.036	0.0526
chr3L	7526305	7526456	chr3L:7526306-7526456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.041	0.0344	0.0174	0.0201	0.0456	0.0644	0.0366	0.0201	0.038	0.0418	0.038	0.0356	0.0176	0.0258	0.0176	0.0224
chr3L	7528265	7528416	chr3L:7528266-7528416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0164	0.0174	0.0145	0.0174	0.0095	0.015	0.0294	0.02	0.0095	0.0211	0.0135	0.0211	0.0209	0.0115	0.0077	0.0115	0.0406
chr3L	7538069	7538220	chr3L:7538070-7538220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.011	0.0074	0.0095	0.0166	0.0021	0.0112	0.0095	0.0073	0.0021	0.0085	0.0125	0.0085	0.0093	0.023	0.0193	0.023	0.0261
chr3L	7542850	7543001	chr3L:7542851-7543001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.0101	0.0137	0.0118	0.0021	0.0102	0.0195	0.0073	0.0021	0.0193	0.0158	0.0193	0.017	0.0092	0.0284	0.0092	0.0109
chr3L	7545208	7545359	chr3L:7545209-7545359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0108	0.0093	0.0128	0.0103	0.0064	0.0087	0.0125	0.0127	0.0064	0.0072	0.0203	0.0072	0.0093	0.0023	0.0316	0.0023	0.0078
chr3L	7546012	7546252	chr3L:7546013-7546252	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0156	0.0213	0.016	0.0085	0.0155	0.019	0.0213	0.0085	0.0109	0.0363	0.0109	0.0108	0.0054	0.0503	0.0054	0.0083
chr3L	7546262	7546413	chr3L:7546263-7546413	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0096	0.0152	0.0136	0.0021	0.0097	0.0125	0.0133	0.0021	0.0085	0.026	0.0085	0.0101	0.0031	0.0458	0.0031	0.0057
chr3L	7547216	7547367	chr3L:7547217-7547367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0238	0.0196	0.0254	0.0269	0.0106	0.018	0.0255	0.0286	0.0106	0.0205	0.0344	0.0205	0.024	0.0153	0.0503	0.0153	0.0297
chr3L	7555588	7555739	chr3L:7555589-7555739	FBgn0035798	frac	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.017	0.0096	0.0086	0.0344	0.0021	0.0131	0.0147	0.0087	0.0021	0.0163	0.0068	0.0163	0.0077	0.1394	0.0135	0.1394	0.0125
chr3L	7555924	7556075	chr3L:7555925-7556075	FBgn0035798	frac	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0163	0.0127	0.0096	0.0276	0.0074	0.0165	0.0186	0.0093	0.0074	0.0217	0.0074	0.0217	0.007	0.108	0.0116	0.108	0.0109
chr3L	7564214	7564474	chr3L:7564215-7564474	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0118	0.0206	0.0285	0.0085	0.0112	0.0208	0.01	0.0085	0.0211	0.0328	0.0211	0.0124	0.0337	0.0793	0.0337	0.0115
chr3L	7584742	7584950	chr3L:7584743-7584950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0219	0.0151	0.0241	0.0272	0.0117	0.016	0.0242	0.0107	0.0117	0.0399	0.0251	0.0399	0.0263	0.0444	0.0348	0.0444	0.0334
chr3L	7585117	7585268	chr3L:7585118-7585268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0128	0.0161	0.018	0.0064	0.0117	0.0238	0.0093	0.0064	0.0254	0.0148	0.0254	0.0201	0.0391	0.0206	0.0391	0.0172
chr3L	7594625	7594776	chr3L:7594626-7594776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0126	0.0065	0.0108	0.0213	0.0032	0.0044	0.0143	0.0047	0.0032	0.0085	0.01	0.0085	0.0139	0.0061	0.009	0.0061	0.0047
chr3L	7597975	7598184	chr3L:7597976-7598184	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1057	0.0841	0.1148	0.1198	0.0573	0.0947	0.106	0.0999	0.0573	0.099	0.1444	0.099	0.1588	0.1072	0.1412	0.1072	0.1688
chr3L	7598258	7598409	chr3L:7598259-7598409	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.036	0.0353	0.0359	0.0201	0.032	0.0523	0.0433	0.0201	0.035	0.0447	0.035	0.0349	0.0245	0.0477	0.0245	0.0568
chr3L	7598410	7598561	chr3L:7598411-7598561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0254	0.0249	0.0227	0.0288	0.0138	0.0233	0.0363	0.0286	0.0138	0.0187	0.0322	0.0187	0.0232	0.0214	0.0368	0.0214	0.0485
chr3L	7599073	7599224	chr3L:7599074-7599224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0175	0.0113	0.0193	0.0226	0.0095	0.0112	0.0186	0.0087	0.0095	0.0211	0.0228	0.0211	0.0256	0.0222	0.0213	0.0222	0.0459
chr3L	7599626	7599777	chr3L:7599627-7599777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0142	0.0093	0.0169	0.0167	0.0042	0.0087	0.0147	0.0107	0.0042	0.0145	0.0244	0.0145	0.0178	0.026	0.0226	0.026	0.0219
chr3L	7601777	7601935	chr3L:7601778-7601935	distal	distal	stage11	stage11	VT27166.1	VT27166.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0096	0.0277	0.0195	0.0021	0.0102	0.0164	0.0073	0.0021	0.0181	0.0447	0.0181	0.0232	0.0123	0.0522	0.0123	0.0167
chr3L	7602034	7602196	chr3L:7602035-7602196	distal	distal	stage11	stage11	VT27166.1	VT27166.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0082	0.0247	0.0209	0.0011	0.0078	0.016	0.0067	0.0011	0.0145	0.0424	0.0145	0.017	0.013	0.0638	0.013	0.0104
chr3L	7602306	7602457	chr3L:7602307-7602457	distal	distal	stage11	stage11	VT27166.1	VT27166.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0082	0.0188	0.0149	0.0021	0.0063	0.0156	0.008	0.0021	0.0066	0.037	0.0066	0.0116	0.0092	0.0393	0.0092	0.0104
chr3L	7603729	7603951	chr3L:7603730-7603951	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0278	0.0113	0.0404	0.0323	0.0032	0.0155	0.0151	0.014	0.0032	0.0139	0.0801	0.0139	0.0178	0.0061	0.1096	0.0061	0.0198
chr3L	7606159	7606310	chr3L:7606160-7606310	distal	distal	none	none	VT27168.1	VT27168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.013	0.011	0.0104	0.0181	0.0085	0.0102	0.019	0.0073	0.0085	0.0115	0.0116	0.0115	0.0147	0.0383	0.0161	0.0383	0.0182
chr3L	7613859	7614010	chr3L:7613860-7614010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0113	0.0079	0.0128	0.0134	0.0021	0.0053	0.0156	0.0073	0.0021	0.0109	0.0203	0.0109	0.0085	0.0069	0.0374	0.0069	0.0104
chr3L	7615450	7615601	chr3L:7615451-7615601	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0122	0.0136	0.0141	0.0032	0.0155	0.0182	0.0107	0.0032	0.0079	0.0209	0.0079	0.0155	0.0084	0.0284	0.0084	0.013
chr3L	7624022	7624173	chr3L:7624023-7624173	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0081	0.0113	0.0178	0.0042	0.0058	0.0138	0.01	0.0042	0.006	0.0167	0.006	0.0147	0.0077	0.0335	0.0077	0.024
chr3L	7625322	7625473	chr3L:7625323-7625473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.014	0.011	0.0133	0.0182	0.0064	0.0112	0.0186	0.008	0.0064	0.0091	0.0158	0.0091	0.0225	0.0115	0.0135	0.0115	0.0438
chr3L	7625832	7625985	chr3L:7625833-7625985	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0213	0.0097	0.0175	0.0383	0.0053	0.0092	0.0186	0.0067	0.0053	0.0133	0.0113	0.0133	0.055	0.0176	0.0135	0.0176	0.1141
chr3L	7626162	7626339	chr3L:7626163-7626339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0118	0.0155	0.0277	0.0053	0.0092	0.0199	0.0153	0.0053	0.0115	0.0129	0.0115	0.0411	0.0123	0.0103	0.0123	0.0803
chr3L	7626436	7626587	chr3L:7626437-7626587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0158	0.0093	0.0168	0.0219	0.0021	0.0087	0.0186	0.0067	0.0021	0.0139	0.0186	0.0139	0.0341	0.0115	0.0161	0.0115	0.0568
chr3L	7626759	7626910	chr3L:7626760-7626910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0158	0.011	0.0142	0.0228	0.0053	0.0126	0.0177	0.0093	0.0053	0.0133	0.0186	0.0133	0.0194	0.013	0.0161	0.013	0.0578
chr3L	7626938	7627089	chr3L:7626939-7627089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0189	0.0111	0.0218	0.0245	0.0032	0.0126	0.0186	0.01	0.0032	0.0181	0.0305	0.0181	0.0279	0.0138	0.0226	0.0138	0.0599
chr3L	7627738	7627908	chr3L:7627739-7627908	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0106	0.0155	0.0358	0.0053	0.0097	0.0199	0.0093	0.0053	0.0115	0.0209	0.0115	0.024	0.0184	0.0632	0.0184	0.0625
chr3L	7628314	7628480	chr3L:7628315-7628480	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0133	0.0192	0.0273	0.0053	0.0131	0.0229	0.0113	0.0053	0.0072	0.037	0.0072	0.0108	0.0077	0.0812	0.0077	0.025
chr3L	7632731	7632904	chr3L:7632732-7632904	FBgn0086074	snoRNA:Me18S-A1806	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0589	0.0364	0.0433	0.1011	0.0265	0.0403	0.0567	0.022	0.0265	0.058	0.0392	0.058	0.0713	0.1508	0.1025	0.1508	0.1245
chr3L	7633032	7633368	chr3L:7633033-7633368	FBgn0053276,FBgn0086074	CG33276,snoRNA:Me18S-A1806	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0692	0.054	0.0563	0.1004	0.0255	0.0646	0.0727	0.062	0.0255	0.0562	0.063	0.0562	0.086	0.157	0.0941	0.157	0.1204
chr3L	7633457	7633681	chr3L:7633458-7633681	FBgn0053276	CG33276	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0602	0.0547	0.0603	0.0661	0.0435	0.0621	0.0644	0.068	0.0435	0.0543	0.0772	0.0543	0.0713	0.098	0.0632	0.098	0.0771
chr3L	7633829	7634092	chr3L:7633830-7634092	FBgn0053276	CG33276	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.0456	0.0553	0.0432	0.0223	0.0534	0.0627	0.052	0.0223	0.0592	0.0646	0.0592	0.0705	0.0567	0.0426	0.0567	0.0505
chr3L	7634252	7634426	chr3L:7634253-7634426	FBgn0035805	CG7506	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0308	0.041	0.0315	0.017	0.0301	0.0441	0.0353	0.017	0.0519	0.0441	0.0519	0.0457	0.0299	0.0322	0.0299	0.0401
chr3L	7634690	7634875	chr3L:7634691-7634875	FBgn0035805	CG7506	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.0973	0.1049	0.1017	0.0827	0.1146	0.1073	0.1199	0.0827	0.1171	0.1222	0.1171	0.1247	0.1156	0.1148	0.1156	0.1141
chr3L	7636727	7636938	chr3L:7636728-7636938	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0435	0.033	0.0508	0.0473	0.0117	0.0437	0.0337	0.048	0.0117	0.0477	0.0559	0.0477	0.0209	0.0077	0.0219	0.0077	0.0115
chr3L	7637119	7637270	chr3L:7637120-7637270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0163	0.0206	0.0146	0.0064	0.015	0.0229	0.022	0.0064	0.0121	0.0277	0.0121	0.0132	0.01	0.0071	0.01	0.0083
chr3L	7643477	7643628	chr3L:7643478-7643628	FBgn0052373	CG32373	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0212	0.0178	0.0217	0.0244	0.0085	0.0199	0.0294	0.014	0.0085	0.0145	0.0241	0.0145	0.0411	0.0191	0.0161	0.0191	0.0464
chr3L	7644189	7644423	chr3L:7644190-7644423	FBgn0035806	PGRP-SD	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0287	0.0212	0.0338	0.0316	0.0106	0.0248	0.0311	0.0193	0.0106	0.0278	0.037	0.0278	0.0511	0.0222	0.0174	0.0222	0.0657
chr3L	7647277	7647468	chr3L:7647278-7647468	FBgn0035807	CG7492	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0495	0.0341	0.0594	0.0557	0.0159	0.0354	0.0433	0.048	0.0159	0.0761	0.0611	0.0761	0.062	0.0452	0.0638	0.0452	0.0568
chr3L	7647522	7647701	chr3L:7647523-7647701	FBgn0035807	CG7492	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0926	0.0785	0.111	0.0881	0.0456	0.084	0.099	0.0999	0.0456	0.1395	0.1199	0.1395	0.117	0.0789	0.0864	0.0789	0.1094
chr3L	7647766	7647976	chr3L:7647767-7647976	FBgn0035807	CG7492	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.121	0.1041	0.1484	0.1099	0.0541	0.1238	0.1285	0.1292	0.0541	0.1854	0.1556	0.1854	0.165	0.1133	0.1193	0.1133	0.1292
chr3L	7696152	7696303	chr3L:7696153-7696303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.021	0.0214	0.0223	0.0191	0.0191	0.0228	0.029	0.0207	0.0191	0.0169	0.027	0.0169	0.0302	0.0077	0.0374	0.0077	0.0167
chr3L	7704740	7704891	chr3L:7704741-7704891	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0175	0.0071	0.0122	0.0348	0.0011	0.0058	0.0151	0.0053	0.0011	0.0072	0.0032	0.0072	0.0046	0.0077	0.0026	0.0077	0.0104
chr3L	7706528	7706935	chr3L:7706529-7706935	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0853	0.0714	0.0783	0.1085	0.0414	0.0796	0.0874	0.0953	0.0414	0.0429	0.0479	0.0429	0.0302	0.0276	0.0361	0.0276	0.0292
chr3L	7707209	7707450	chr3L:7707210-7707450	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0622	0.0877	0.0565	0.0401	0.0583	0.0893	0.1025	0.1319	0.0583	0.0205	0.046	0.0205	0.0364	0.0138	0.011	0.0138	0.0156
chr3L	7707486	7707854	chr3L:7707487-7707854	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0843	0.0886	0.081	0.0833	0.053	0.0932	0.1008	0.1312	0.053	0.032	0.0418	0.032	0.038	0.0199	0.0245	0.0199	0.0203
chr3L	7709371	7709522	chr3L:7709372-7709522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0151	0.0116	0.0132	0.0212	0.0042	0.0063	0.0186	0.02	0.0042	0.0115	0.0119	0.0115	0.0101	0.0605	0.0071	0.0605	0.0109
chr3L	7711229	7711380	chr3L:7711230-7711380	FBgn0261788	Ank2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0185	0.0107	0.0109	0.0354	0.0053	0.0083	0.019	0.0107	0.0053	0.0079	0.01	0.0079	0.0108	0.0475	0.0071	0.0475	0.0224
chr3L	7711504	7711688	chr3L:7711505-7711688	FBgn0261788	Ank2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0371	0.0216	0.0236	0.0692	0.0106	0.0194	0.0303	0.0313	0.0106	0.0393	0.0199	0.0393	0.0325	0.1417	0.0368	0.1417	0.0813
chr3L	7711864	7712052	chr3L:7711865-7712052	FBgn0035811,FBgn0261788	Ank2,CG12262	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0371	0.0172	0.0178	0.0806	0.0106	0.017	0.0255	0.0193	0.0106	0.0181	0.0154	0.0181	0.0333	0.1103	0.0529	0.1103	0.1089
chr3L	7712299	7712486	chr3L:7712300-7712486	FBgn0035811	CG12262	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0366	0.0223	0.0242	0.066	0.0127	0.018	0.0333	0.03	0.0127	0.0211	0.0235	0.0211	0.0411	0.0704	0.0503	0.0704	0.1115
chr3L	7712658	7712821	chr3L:7712659-7712821	FBgn0035811	CG12262	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0286	0.0233	0.0214	0.0425	0.0095	0.0267	0.0303	0.0253	0.0095	0.0242	0.0186	0.0242	0.038	0.0605	0.0232	0.0605	0.0792
chr3L	7714865	7715016	chr3L:7714866-7715016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0216	0.0252	0.0185	0.021	0.0148	0.0199	0.0411	0.028	0.0148	0.0181	0.0193	0.0181	0.0279	0.0176	0.0123	0.0176	0.0485
chr3L	7719198	7719385	chr3L:7719199-7719385	FBgn0035812	CG7457	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.0748	0.078	0.0436	0.0551	0.0714	0.1021	0.0893	0.0551	0.099	0.09	0.099	0.0736	0.0582	0.0432	0.0582	0.0578
chr3L	7719475	7719660	chr3L:7719476-7719660	FBgn0035812	CG7457	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0938	0.0975	0.1074	0.0748	0.0668	0.1049	0.1259	0.1173	0.0668	0.1395	0.1174	0.1395	0.11	0.0995	0.089	0.0995	0.0959
chr3L	7719956	7720107	chr3L:7719957-7720107	FBgn0035812	CG7457	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0199	0.0182	0.0202	0.0214	0.0053	0.0184	0.0281	0.02	0.0053	0.0187	0.0264	0.0187	0.0201	0.0191	0.0335	0.0191	0.0214
chr3L	7725355	7725506	chr3L:7725356-7725506	FBgn0035813	CG8492	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0125	0.0107	0.0123	0.0148	0.0011	0.0112	0.0182	0.012	0.0011	0.006	0.0222	0.006	0.0093	0.0084	0.049	0.0084	0.0068
chr3L	7735161	7735312	chr3L:7735162-7735312	FBgn0035815	Snmp2	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0056	0.0117	0.035	0.0021	0.0053	0.0112	0.0027	0.0021	0.0091	0.019	0.0091	0.0093	0.0038	0.1309	0.0038	0.0141
chr3L	7736090	7736241	chr3L:7736091-7736241	FBgn0035815	Snmp2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0088	0.0064	0.007	0.0135	0.0032	0.0058	0.0125	0.004	0.0032	0.0079	0.0093	0.0079	0.0054	0.0031	0.0445	0.0031	0.0063
chr3L	7736904	7737055	chr3L:7736905-7737055	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0052	0.0074	0.0152	0.0042	0.0039	0.0099	0.0033	0.0042	0.0048	0.0106	0.0048	0.0077	0.0023	0.0529	0.0023	0.0047
chr3L	7752458	7752668	chr3L:7752459-7752668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0353	0.0209	0.0364	0.0503	0.0127	0.0282	0.0242	0.0227	0.0127	0.0447	0.0399	0.0447	0.0558	0.0827	0.0496	0.0827	0.0787
chr3L	7752832	7752983	chr3L:7752833-7752983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.015	0.0097	0.0137	0.0224	0.0042	0.0083	0.0186	0.0087	0.0042	0.0145	0.0122	0.0145	0.0294	0.0199	0.0181	0.0199	0.0485
chr3L	7753536	7753687	chr3L:7753537-7753687	FBgn0001208	Hn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.014	0.0085	0.0099	0.0246	0.0042	0.0068	0.0147	0.0087	0.0042	0.0103	0.008	0.0103	0.0232	0.0092	0.0193	0.0092	0.0667
chr3L	7763701	7763852	chr3L:7763702-7763852	distal	distal	stage14	stage14	Clk_8.0Clk-GAL4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0082	0.0067	0.0148	0.0064	0.0078	0.0125	0.008	0.0064	0.0066	0.0051	0.0066	0.0054	0.0077	0.0026	0.0077	0.0042
chr3L	7765376	7765527	chr3L:7765377-7765527	distal	distal	stage14	stage14	Clk_8.0Clk-GAL4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0114	0.0088	0.0089	0.0171	0.0095	0.0049	0.0173	0.0067	0.0095	0.0097	0.0077	0.0097	0.0139	0.0054	0.0084	0.0054	0.0448
chr3L	7768737	7768929	chr3L:7768738-7768929	FBgn0023076	Clk	stage14	none	Clk_8.0Clk-GAL4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0184	0.0105	0.0227	0.0226	0.0064	0.0121	0.0186	0.0053	0.0064	0.0151	0.0141	0.0151	0.072	0.0199	0.0161	0.0199	0.0469
chr3L	7774436	7774645	chr3L:7774437-7774645	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0451	0.0522	0.0521	0.0339	0.0563	0.0454	0.0626	0.0339	0.0616	0.0508	0.0616	0.0565	0.0689	0.049	0.0689	0.0568
chr3L	7774798	7775038	chr3L:7774799-7775038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1636	0.1249	0.1895	0.1785	0.0742	0.1626	0.1155	0.1859	0.0742	0.2289	0.191	0.2289	0.2254	0.2098	0.1586	0.2098	0.2048
chr3L	7775485	7775651	chr3L:7775486-7775651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0228	0.0147	0.0259	0.0284	0.0117	0.0233	0.0151	0.014	0.0117	0.0229	0.0148	0.0229	0.0844	0.0253	0.0251	0.0253	0.0521
chr3L	7776011	7776162	chr3L:7776012-7776162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0148	0.0098	0.0151	0.0199	0.0032	0.0112	0.0173	0.0087	0.0032	0.0157	0.0135	0.0157	0.0294	0.0191	0.0322	0.0191	0.0266
chr3L	7781034	7781185	chr3L:7781035-7781185	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0044	0.0093	0.013	0.0042	0.0039	0.0074	0.0033	0.0042	0.0054	0.0132	0.0054	0.0101	0.0084	0.0148	0.0084	0.0052
chr3L	7797755	7797906	chr3L:7797756-7797906	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0651	0.0243	0.0712	0.104	0.0106	0.0461	0.0195	0.022	0.0106	0.0773	0.0749	0.0773	0.117	0.1508	0.0948	0.1508	0.1522
chr3L	7798005	7798203	chr3L:7798006-7798203	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1188	0.0455	0.1387	0.1789	0.0201	0.0782	0.0407	0.044	0.0201	0.1395	0.1473	0.1395	0.2378	0.2236	0.187	0.2236	0.2345
chr3L	7798444	7798648	chr3L:7798445-7798648	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1191	0.055	0.1411	0.1666	0.017	0.0913	0.0467	0.0706	0.017	0.1498	0.1601	0.1498	0.2161	0.2243	0.1831	0.2243	0.2189
chr3L	7799720	7799871	chr3L:7799721-7799871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0123	0.0307	0.027	0.0064	0.0126	0.0208	0.012	0.0064	0.0223	0.0203	0.0223	0.0991	0.026	0.0174	0.026	0.0604
chr3L	7800109	7800260	chr3L:7800110-7800260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.024	0.0126	0.0346	0.0249	0.0032	0.0189	0.019	0.008	0.0032	0.0169	0.0219	0.0169	0.1278	0.0092	0.0148	0.0092	0.0651
chr3L	7801973	7802197	chr3L:7801974-7802197	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0812	0.0288	0.0924	0.1274	0.0085	0.0544	0.0281	0.028	0.0085	0.0773	0.082	0.0773	0.1983	0.1508	0.1257	0.1508	0.1313
chr3L	7802342	7802505	chr3L:7802343-7802505	FBgn0052369	CG32369	none	none	VT27247.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.044	0.0115	0.0515	0.072	0.0042	0.018	0.0143	0.01	0.0042	0.0374	0.0434	0.0374	0.1208	0.0758	0.0632	0.0758	0.0974
chr3L	7802585	7802760	chr3L:7802586-7802760	FBgn0052369	CG32369	none	none	VT27247.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0645	0.0151	0.0739	0.1093	0.0042	0.0277	0.0143	0.0147	0.0042	0.0767	0.0643	0.0767	0.1603	0.134	0.1128	0.134	0.1501
chr3L	7802868	7803061	chr3L:7802869-7803061	FBgn0052369	CG32369	stage14	none	VT27247.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0856	0.015	0.0978	0.1512	0.0053	0.0335	0.0134	0.0073	0.0053	0.1021	0.082	0.1021	0.2277	0.2006	0.1476	0.2006	0.2163
chr3L	7803767	7803918	chr3L:7803768-7803918	distal	distal	stage14	stage14	VT27247.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0152	0.0052	0.014	0.0277	0.0021	0.0068	0.0095	0.0013	0.0021	0.0066	0.018	0.0066	0.0279	0.0092	0.0812	0.0092	0.0234
chr3L	7804840	7804991	chr3L:7804841-7804991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0262	0.011	0.0261	0.0432	0.0021	0.016	0.0169	0.008	0.0021	0.0175	0.0206	0.0175	0.0744	0.0482	0.0438	0.0482	0.0761
chr3L	7806667	7806841	chr3L:7806668-7806841	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0402	0.0152	0.0388	0.0695	0.0064	0.0199	0.0216	0.012	0.0064	0.0344	0.026	0.0344	0.1146	0.0842	0.0709	0.0842	0.1261
chr3L	7808955	7809122	chr3L:7808956-7809122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0204	0.0075	0.0154	0.0404	0.0032	0.0087	0.0134	0.0033	0.0032	0.0085	0.0129	0.0085	0.0449	0.0444	0.0393	0.0444	0.0756
chr3L	7810468	7810619	chr3L:7810469-7810619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0159	0.0145	0.0173	0.0162	0.0106	0.0126	0.0255	0.0113	0.0106	0.0103	0.0138	0.0103	0.0527	0.0222	0.009	0.0222	0.0344
chr3L	7811809	7811960	chr3L:7811810-7811960	distal	distal	stage14	stage14	VT27251.1	VT27251.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0161	0.0059	0.0127	0.0312	0.0011	0.0063	0.0112	0.004	0.0011	0.0072	0.0164	0.0072	0.0263	0.0107	0.0858	0.0107	0.0276
chr3L	7814399	7814550	chr3L:7814400-7814550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0135	0.0079	0.0141	0.0191	0.0032	0.0078	0.0147	0.0033	0.0032	0.0115	0.0167	0.0115	0.0287	0.0138	0.0445	0.0138	0.0172
chr3L	7814822	7815076	chr3L:7814823-7815076	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.039	0.0247	0.0439	0.0496	0.0223	0.0277	0.0402	0.014	0.0223	0.0423	0.0421	0.0423	0.1015	0.0368	0.0928	0.0368	0.0584
chr3L	7819369	7819667	chr3L:7819370-7819667	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0329	0.0209	0.032	0.0472	0.0085	0.0204	0.0368	0.0187	0.0085	0.0356	0.0299	0.0356	0.0604	0.1018	0.0213	0.1018	0.0651
chr3L	7821102	7821309	chr3L:7821103-7821309	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.0059	0.0154	0.0401	0.0053	0.0092	0.0087	0.0013	0.0053	0.0133	0.0158	0.0133	0.0349	0.0291	0.0606	0.0291	0.0547
chr3L	7821396	7821576	chr3L:7821397-7821576	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0208	0.0061	0.0146	0.0441	0.0032	0.0117	0.0069	0.0027	0.0032	0.0079	0.0161	0.0079	0.0325	0.026	0.058	0.026	0.0688
chr3L	7822910	7823061	chr3L:7822911-7823061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0164	0.0112	0.0162	0.0224	0.0032	0.0097	0.0225	0.0073	0.0032	0.0157	0.0132	0.0157	0.0411	0.023	0.0168	0.023	0.0433
chr3L	7826855	7827006	chr3L:7826856-7827006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0206	0.0113	0.0201	0.0316	0.0095	0.0131	0.0199	0.004	0.0095	0.0127	0.0145	0.0127	0.0604	0.0436	0.0264	0.0436	0.0511
chr3L	7828292	7828533	chr3L:7828293-7828533	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0191	0.0414	0.0553	0.0032	0.032	0.026	0.0107	0.0032	0.0338	0.0251	0.0338	0.1325	0.0904	0.0368	0.0904	0.0902
chr3L	7830233	7830451	chr3L:7830234-7830451	distal	distal	stage14	stage14	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27260.1	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27260.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0378	0.0086	0.0221	0.0877	0.0042	0.0126	0.0134	0.004	0.0042	0.0133	0.0138	0.0133	0.0666	0.0942	0.0554	0.0942	0.124
chr3L	7830911	7831062	chr3L:7830912-7831062	distal	distal	none	none	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27260.1	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27260.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0238	0.0145	0.0157	0.043	0.0064	0.0184	0.0216	0.0133	0.0064	0.0223	0.0093	0.0223	0.031	0.1103	0.0226	0.1103	0.0495
chr3L	7831216	7831367	chr3L:7831217-7831367	distal	distal	none	none	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27260.1	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27260.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0164	0.0097	0.0117	0.0291	0.0064	0.017	0.0121	0.0047	0.0064	0.0127	0.0068	0.0127	0.0333	0.0773	0.0161	0.0773	0.0302
chr3L	7834790	7834941	chr3L:7834791-7834941	distal	distal	stage14	stage14	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27262.1	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27262.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0157	0.0096	0.0209	0.0169	0.0053	0.0126	0.0147	0.0067	0.0053	0.0145	0.0116	0.0145	0.0713	0.0184	0.0071	0.0184	0.0339
chr3L	7835415	7835566	chr3L:7835416-7835566	distal	distal	none	none	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27262.1,VT27263.1	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27262.1,VT27263.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.014	0.0096	0.0174	0.0153	0.0021	0.0131	0.0147	0.008	0.0021	0.0157	0.0132	0.0157	0.0473	0.0153	0.0077	0.0153	0.0334
chr3L	7837350	7837501	chr3L:7837351-7837501	distal	distal	none	none	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27263.1	Pdp1_2nd_intron_enhancer,VT27263.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0123	0.0088	0.0129	0.0155	0.0053	0.0126	0.0125	0.006	0.0053	0.0151	0.0103	0.0151	0.0232	0.0237	0.0103	0.0237	0.024
chr3L	7840864	7841031	chr3L:7840865-7841031	distal	distal	stage14	stage14	Pdp1_1st_intron_enhancer,VT27265.1	Pdp1_1st_intron_enhancer,VT27265.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0207	0.0086	0.0162	0.039	0.0011	0.0107	0.0151	0.0067	0.0011	0.0121	0.0093	0.0121	0.0465	0.0329	0.0058	0.0329	0.0412
chr3L	7841238	7841389	chr3L:7841239-7841389	distal	distal	stage14	stage14	Pdp1_1st_intron_enhancer	Pdp1_1st_intron_enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.01	0.01	0.0157	0.0032	0.0121	0.0195	0.0033	0.0032	0.0091	0.009	0.0091	0.017	0.0092	0.0045	0.0092	0.0193
chr3L	7843878	7844046	chr3L:7843879-7844046	distal	distal	stage14	stage14	Pdp1_1st_intron_enhancer	Pdp1_1st_intron_enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0293	0.0128	0.0316	0.0453	0.0032	0.0228	0.0186	0.0047	0.0032	0.0133	0.0132	0.0133	0.1363	0.0245	0.0084	0.0245	0.1287
chr3L	7844250	7844422	chr3L:7844251-7844422	distal	distal	stage14	stage14	Pdp1_1st_intron_enhancer	Pdp1_1st_intron_enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0248	0.0112	0.0265	0.0382	0.0021	0.0214	0.013	0.0067	0.0021	0.0145	0.0103	0.0145	0.1139	0.0184	0.0097	0.0184	0.1105
chr3L	7845545	7845764	chr3L:7845546-7845764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0096	0.0278	0.0358	0.0053	0.015	0.0117	0.006	0.0053	0.0139	0.0148	0.0139	0.1046	0.0237	0.009	0.0237	0.0855
chr3L	7847513	7847664	chr3L:7847514-7847664	distal	distal	none	none	VT27269.1	VT27269.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0311	0.0269	0.0269	0.0405	0.0244	0.0272	0.0446	0.014	0.0244	0.0308	0.0154	0.0308	0.0651	0.062	0.0077	0.062	0.0521
chr3L	7847854	7848278	chr3L:7847855-7848278	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT27269.1	VT27269.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1628	0.1124	0.1681	0.2132	0.0954	0.1539	0.1289	0.1059	0.0954	0.2168	0.1132	0.2168	0.3726	0.3093	0.1238	0.3093	0.3147
chr3L	7848630	7848792	chr3L:7848631-7848792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0596	0.0298	0.0598	0.0927	0.0159	0.0505	0.0324	0.0273	0.0159	0.0531	0.0379	0.0531	0.1658	0.1355	0.0426	0.1355	0.1313
chr3L	7849339	7849667	chr3L:7849340-7849667	distal	distal	stage14	stage14	VT27271.1	VT27271.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0634	0.0419	0.0689	0.0813	0.0212	0.0728	0.0441	0.0366	0.0212	0.067	0.0392	0.067	0.2115	0.1715	0.049	0.1715	0.1204
chr3L	7851069	7851220	chr3L:7851070-7851220	distal	distal	none	none	VT27271.1	VT27271.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0261	0.0178	0.0301	0.0309	0.0032	0.0316	0.0225	0.012	0.0032	0.0332	0.0151	0.0332	0.0899	0.0934	0.0168	0.0934	0.0255
chr3L	7851279	7851598	chr3L:7851280-7851598	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT27271.1,VT27272.1	VT27271.1,VT27272.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0652	0.052	0.0792	0.0645	0.0201	0.0971	0.0597	0.0286	0.0201	0.0779	0.0444	0.0779	0.2455	0.157	0.0277	0.157	0.0896
chr3L	7851821	7852205	chr3L:7851822-7852205	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27272.1	VT27272.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0611	0.0435	0.0699	0.0712	0.018	0.0748	0.0493	0.0366	0.018	0.1027	0.0418	0.1027	0.1774	0.1807	0.0264	0.1807	0.1021
chr3L	7852854	7853005	chr3L:7852855-7853005	distal	distal	stage14	stage14	VT27272.1	VT27272.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0281	0.0165	0.036	0.0324	0.0064	0.0359	0.013	0.014	0.0064	0.0169	0.0238	0.0169	0.1278	0.0421	0.009	0.0421	0.0448
chr3L	7853142	7853293	chr3L:7853143-7853293	distal	distal	stage14	stage14	VT27272.1,VT27273.1	VT27272.1,VT27273.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0249	0.0088	0.0202	0.048	0.0021	0.017	0.0091	0.006	0.0021	0.0127	0.0138	0.0127	0.0534	0.0582	0.0129	0.0582	0.0599
chr3L	7854832	7854983	chr3L:7854833-7854983	distal	distal	stage11	stage11	VT27273.1,VT27274.1	VT27273.1,VT27274.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.03	0.0135	0.0508	0.0258	0.0053	0.0277	0.0147	0.0067	0.0053	0.0954	0.0277	0.0954	0.1007	0.0574	0.0123	0.0574	0.0334
chr3L	7855282	7855493	chr3L:7855283-7855493	distal	distal	stage11	stage11	VT27273.1,VT27274.1	VT27273.1,VT27274.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0451	0.0229	0.0721	0.0402	0.0053	0.051	0.0208	0.0113	0.0053	0.1371	0.0383	0.1371	0.1541	0.062	0.0168	0.062	0.0771
chr3L	7858039	7858190	chr3L:7858040-7858190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0237	0.0116	0.028	0.0323	0.0042	0.0184	0.0134	0.0107	0.0042	0.0362	0.0138	0.0362	0.0806	0.0253	0.0193	0.0253	0.0818
chr3L	7858466	7858617	chr3L:7858467-7858617	distal	distal	none	none	VT27276.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0246	0.0102	0.0236	0.0419	0.0011	0.017	0.0151	0.0053	0.0011	0.0211	0.0132	0.0211	0.0767	0.023	0.0264	0.023	0.1136
chr3L	7859098	7859352	chr3L:7859099-7859352	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27276.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0488	0.0187	0.0648	0.0648	0.0106	0.034	0.0203	0.0107	0.0106	0.0459	0.0296	0.0459	0.2386	0.0636	0.0226	0.0636	0.1652
chr3L	7860149	7860300	chr3L:7860150-7860300	FBgn0016694	Pdp1	stage11,stage14,stage5	none	VT27276.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0411	0.0147	0.0508	0.0599	0.0053	0.0228	0.0186	0.014	0.0053	0.0791	0.0312	0.0791	0.1146	0.0789	0.0522	0.0789	0.0943
chr3L	7860561	7860761	chr3L:7860562-7860761	FBgn0016694	Pdp1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1227	0.0273	0.1699	0.1776	0.0053	0.0617	0.0199	0.0167	0.0053	0.3231	0.1235	0.3231	0.2796	0.268	0.1934	0.268	0.2663
chr3L	7861259	7861410	chr3L:7861260-7861410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0117	0.0362	0.0372	0.0074	0.0112	0.019	0.0087	0.0074	0.0592	0.0328	0.0592	0.0573	0.0766	0.0316	0.0766	0.0516
chr3L	7861585	7861762	chr3L:7861586-7861762	FBgn0052365	CG32365	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0494	0.0246	0.0924	0.0299	0.0159	0.0325	0.0234	0.0353	0.0159	0.1304	0.1	0.1304	0.1108	0.0398	0.04	0.0398	0.0427
chr3L	7861891	7862132	chr3L:7861892-7862132	FBgn0052365	CG32365	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1283	0.0932	0.169	0.1228	0.0753	0.1102	0.1034	0.1139	0.0753	0.1896	0.1881	0.1896	0.2215	0.1485	0.1618	0.1485	0.1668
chr3L	7862933	7863084	chr3L:7862934-7863084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0148	0.0095	0.0162	0.0191	0.0053	0.0107	0.013	0.0093	0.0053	0.0181	0.019	0.0181	0.0186	0.023	0.0181	0.023	0.0156
chr3L	7866597	7866748	chr3L:7866598-7866748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0148	0.013	0.0155	0.0162	0.0085	0.0097	0.0229	0.0133	0.0085	0.0163	0.0161	0.0163	0.0225	0.0368	0.0168	0.0368	0.0104
chr3L	7868919	7869082	chr3L:7868920-7869082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0248	0.01	0.0423	0.0223	0.0032	0.016	0.0147	0.0053	0.0032	0.0296	0.0531	0.0296	0.0666	0.013	0.0522	0.013	0.0167
chr3L	7869415	7869666	chr3L:7869416-7869666	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0408	0.0182	0.0661	0.0384	0.0042	0.0238	0.0255	0.018	0.0042	0.0483	0.0871	0.0483	0.0968	0.0314	0.0683	0.0314	0.0406
chr3L	7874341	7874492	chr3L:7874342-7874492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0099	0.0076	0.0117	0.0106	0	0.0058	0.0134	0.0087	0	0.0072	0.0174	0.0072	0.0085	0.0054	0.0277	0.0054	0.0052
chr3L	7883168	7883319	chr3L:7883169-7883319	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0165	0.0275	0.0137	0.0072	0.0148	0.0136	0.0497	0.0366	0.0148	0.0097	0.0203	0.0097	0.0101	0.0038	0.0219	0.0038	0.0042
chr3L	7883528	7883679	chr3L:7883529-7883679	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0129	0.0157	0.0122	0.0104	0.0053	0.015	0.0294	0.0133	0.0053	0.0054	0.0238	0.0054	0.0046	0.0015	0.0368	0.0015	0.0042
chr3L	7883947	7884162	chr3L:7883948-7884162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0229	0.0261	0.0189	0.0095	0.017	0.0359	0.034	0.0095	0.0139	0.0479	0.0139	0.0132	0.0061	0.06	0.0061	0.012
chr3L	7888123	7888389	chr3L:7888124-7888389	FBgn0035823	eIF4E-5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0394	0.0753	0.0292	0.0106	0.0668	0.05	0.112	0.1013	0.0668	0.0314	0.0344	0.0314	0.0271	0.0168	0.0174	0.0168	0.0078
chr3L	7888623	7888774	chr3L:7888624-7888774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0494	0.0138	0.0079	0.0435	0.0354	0.0731	0.0653	0.0435	0.0145	0.0158	0.0145	0.0124	0.0092	0.0123	0.0092	0.0089
chr3L	7889509	7889720	chr3L:7889510-7889720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0717	0.0249	0.012	0.0732	0.0456	0.1155	0.0759	0.0732	0.0242	0.028	0.0242	0.0248	0.0145	0.0155	0.0145	0.0167
chr3L	7889927	7890078	chr3L:7889928-7890078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0565	0.0203	0.0071	0.0488	0.0374	0.0917	0.0666	0.0488	0.0157	0.0257	0.0157	0.0232	0.0077	0.011	0.0077	0.0099
chr3L	7890666	7890863	chr3L:7890667-7890863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0333	0.0678	0.0217	0.0074	0.0721	0.0422	0.0999	0.0906	0.0721	0.0193	0.0264	0.0193	0.0178	0.0115	0.0077	0.0115	0.0078
chr3L	7891824	7891975	chr3L:7891825-7891975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0322	0.0643	0.0232	0.0061	0.0785	0.0461	0.0999	0.0646	0.0785	0.026	0.0293	0.026	0.0163	0.0153	0.0032	0.0153	0.0052
chr3L	7896586	7896865	chr3L:7896587-7896865	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0632	0.0795	0.0582	0.0504	0.0689	0.0786	0.1103	0.0873	0.0689	0.061	0.0646	0.061	0.0821	0.1508	0.0258	0.1508	0.0375
chr3L	7897144	7897295	chr3L:7897145-7897295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0307	0.0502	0.0263	0.0136	0.0551	0.0427	0.0692	0.058	0.0551	0.0217	0.035	0.0217	0.0341	0.0314	0.0181	0.0314	0.0083
chr3L	7902156	7902342	chr3L:7902157-7902342	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.061	0.1438	0.0263	0.0065	0.1644	0.0476	0.2669	0.1526	0.1644	0.0193	0.0376	0.0193	0.0256	0.0092	0.0052	0.0092	0.0042
chr3L	7902479	7902830	chr3L:7902480-7902830	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.2304	0.0414	0.0125	0.2577	0.1087	0.3607	0.3045	0.2577	0.0405	0.054	0.0405	0.0294	0.0176	0.0116	0.0176	0.0099
chr3L	7903227	7903487	chr3L:7903228-7903487	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1384	0.2747	0.1046	0.0234	0.2598	0.2291	0.3832	0.3358	0.2598	0.16	0.1132	0.16	0.0418	0.0322	0.0226	0.0322	0.013
chr3L	7903757	7903908	chr3L:7903758-7903908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0459	0.08	0.0412	0.013	0.0742	0.0811	0.096	0.0993	0.0742	0.0586	0.0453	0.0586	0.0294	0.0107	0.0129	0.0107	0.0151
chr3L	7904056	7904228	chr3L:7904057-7904228	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0964	0.1391	0.1013	0.0433	0.0901	0.1646	0.1596	0.1765	0.0901	0.1232	0.1084	0.1232	0.0806	0.0536	0.04	0.0536	0.0615
chr3L	7904421	7904669	chr3L:7904422-7904669	FBgn0003041	pbl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.1152	0.1161	0.0595	0.0817	0.132	0.1324	0.1519	0.0817	0.1486	0.1248	0.1486	0.0906	0.0781	0.0548	0.0781	0.0829
chr3L	7904916	7905129	chr3L:7904917-7905129	FBgn0003041,FBgn0035824	CG8281,pbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.234	0.2424	0.2825	0.1716	0.193	0.265	0.301	0.2871	0.193	0.3593	0.3029	0.3593	0.2665	0.1937	0.1715	0.1937	0.2074
chr3L	7905393	7905575	chr3L:7905394-7905575	FBgn0003041,FBgn0035824	CG8281,pbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1775	0.1648	0.2197	0.1454	0.106	0.1976	0.192	0.2032	0.106	0.2699	0.246	0.2699	0.1998	0.1462	0.1373	0.1462	0.1886
chr3L	7908135	7908317	chr3L:7908136-7908317	FBgn0035825,FBgn0052368	CG32368,CG8111	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0828	0.0531	0.084	0.1146	0.0339	0.0573	0.0679	0.0613	0.0339	0.096	0.0814	0.096	0.1294	0.1462	0.1154	0.1462	0.1459
chr3L	7908422	7908591	chr3L:7908423-7908591	FBgn0035825,FBgn0052368	CG32368,CG8111	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0441	0.0756	0.0752	0.018	0.0534	0.0554	0.058	0.018	0.0755	0.0862	0.0755	0.0922	0.0881	0.0748	0.0881	0.0985
chr3L	7909031	7909210	chr3L:7909032-7909210	FBgn0052368	CG32368	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0613	0.0704	0.0641	0.0482	0.0414	0.0733	0.09	0.0979	0.0414	0.0936	0.0704	0.0936	0.0581	0.0475	0.0638	0.0475	0.0552
chr3L	7909429	7909696	chr3L:7909430-7909696	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0748	0.0761	0.0782	0.0695	0.0509	0.0816	0.0965	0.0933	0.0509	0.099	0.0887	0.099	0.0798	0.0605	0.0903	0.0605	0.0823
chr3L	7924798	7924952	chr3L:7924799-7924952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.072	0.022	0.0106	0.0742	0.0286	0.151	0.0513	0.0742	0.0272	0.0254	0.0272	0.017	0.0092	0.0116	0.0092	0.0109
chr3L	7928136	7928332	chr3L:7928137-7928332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0522	0.0462	0.0591	0.0512	0.0371	0.0485	0.0701	0.0386	0.0371	0.0465	0.0559	0.0465	0.1193	0.0237	0.0251	0.0237	0.1136
chr3L	7928664	7928853	chr3L:7928665-7928853	FBgn0024187	syd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0643	0.0964	0.0933	0.0392	0.0709	0.0835	0.0786	0.0392	0.1117	0.1003	0.1117	0.1053	0.0827	0.0961	0.0827	0.11
chr3L	7928863	7929054	chr3L:7928864-7929054	FBgn0024187,FBgn0035827	Srp9,syd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0895	0.0813	0.1061	0.0806	0.052	0.0883	0.1029	0.1013	0.052	0.1226	0.1225	0.1226	0.1139	0.0758	0.0812	0.0758	0.1047
chr3L	7929129	7929305	chr3L:7929130-7929305	FBgn0024187,FBgn0035827	Srp9,syd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1849	0.1664	0.2152	0.1723	0.1251	0.183	0.2016	0.2052	0.1251	0.2536	0.2383	0.2536	0.2122	0.1753	0.1928	0.1753	0.209
chr3L	7929385	7929568	chr3L:7929386-7929568	FBgn0024187,FBgn0035827	Srp9,syd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1601	0.1443	0.1905	0.1443	0.1166	0.1515	0.1743	0.1879	0.1166	0.2252	0.2103	0.2252	0.189	0.157	0.158	0.157	0.1756
chr3L	7929603	7930032	chr3L:7929604-7930032	FBgn0024187,FBgn0035827	Srp9,syd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1234	0.123	0.1395	0.1061	0.088	0.133	0.1574	0.1446	0.088	0.1534	0.1486	0.1534	0.1735	0.1103	0.1173	0.1103	0.1423
chr3L	7931880	7932031	chr3L:7931881-7932031	distal	distal	none	none	VT27309.1	VT27309.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0146	0.0261	0.027	0.0053	0.0141	0.0182	0.0213	0.0053	0.0151	0.0186	0.0151	0.0736	0.0153	0.0161	0.0153	0.0552
chr3L	7935898	7936084	chr3L:7935899-7936084	distal	distal	none	none	VT27312.1	VT27312.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0212	0.0172	0.0293	0.0169	0.0011	0.0306	0.0208	0.014	0.0011	0.0091	0.0186	0.0091	0.1046	0.0084	0.009	0.0084	0.038
chr3L	7936475	7936663	chr3L:7936476-7936663	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT27312.1	VT27312.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0429	0.0485	0.0569	0.0214	0.0117	0.0869	0.0467	0.052	0.0117	0.0429	0.0428	0.0429	0.1541	0.0199	0.0168	0.0199	0.0328
chr3L	7938374	7938592	chr3L:7938375-7938592	distal	distal	none	none	VT27313.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0329	0.0398	0.0352	0.0228	0.0191	0.05	0.0493	0.0513	0.0191	0.0278	0.0344	0.0278	0.0256	0.0115	0.0077	0.0115	0.0135
chr3L	7939698	7939869	chr3L:7939699-7939869	FBgn0264472	CG43880	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0251	0.0158	0.0388	0.0203	0.0042	0.0243	0.0182	0.0173	0.0042	0.0489	0.0347	0.0489	0.0674	0.0299	0.02	0.0299	0.0245
chr3L	7939910	7940061	chr3L:7939911-7940061	FBgn0264472	CG43880	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0246	0.0203	0.0343	0.0188	0.0064	0.0325	0.0208	0.0253	0.0064	0.0411	0.0325	0.0411	0.0511	0.0283	0.0161	0.0283	0.024
chr3L	7941050	7941301	chr3L:7941051-7941301	FBgn0041156	exex	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2088	0.1834	0.275	0.1645	0.1198	0.234	0.1721	0.2658	0.1198	0.2415	0.3328	0.2415	0.2974	0.0842	0.2095	0.0842	0.1975
chr3L	7945716	7946074	chr3L:7945717-7946074	distal	distal	stage5	stage5	VT27316.1	VT27316.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0682	0.0563	0.0846	0.0635	0.0276	0.0743	0.0619	0.0746	0.0276	0.0489	0.1148	0.0489	0.0852	0.0498	0.1122	0.0498	0.0594
chr3L	7946414	7946581	chr3L:7946415-7946581	distal	distal	stage11	stage11	VT27316.1	VT27316.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0269	0.0171	0.0416	0.0219	0.0064	0.0277	0.0173	0.0187	0.0064	0.0223	0.0302	0.0223	0.0225	0.0176	0.0155	0.0176	0.0172
chr3L	7946735	7946886	chr3L:7946736-7946886	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.014	0.0345	0.0136	0.0032	0.0194	0.0173	0.0167	0.0032	0.0139	0.0193	0.0139	0.0248	0.0038	0.0064	0.0038	0.0042
chr3L	7947192	7947343	chr3L:7947193-7947343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0145	0.0272	0.0127	0.0053	0.0146	0.0234	0.0147	0.0053	0.0085	0.0138	0.0085	0.0209	0.0038	0.0084	0.0038	0.0073
chr3L	7948059	7948210	chr3L:7948060-7948210	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0222	0.009	0.024	0.035	0.0032	0.0155	0.0099	0.006	0.0032	0.0151	0.0122	0.0151	0.017	0.0168	0.0097	0.0168	0.0172
chr3L	7948238	7948490	chr3L:7948239-7948490	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0401	0.0153	0.0476	0.0595	0.0021	0.0262	0.0177	0.0127	0.0021	0.0393	0.0235	0.0393	0.0287	0.0352	0.0135	0.0352	0.0386
chr3L	7949103	7949293	chr3L:7949104-7949293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0342	0.0277	0.0534	0.0205	0.0042	0.0505	0.0268	0.028	0.0042	0.0429	0.0457	0.0429	0.1115	0.0153	0.0148	0.0153	0.0245
chr3L	7951666	7951954	chr3L:7951667-7951954	distal	distal	stage14	stage14	VT27320.1	VT27320.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0437	0.0307	0.0379	0.0645	0.0255	0.0408	0.0363	0.0306	0.0255	0.0181	0.0232	0.0181	0.0387	0.0092	0.0097	0.0092	0.0245
chr3L	7954195	7954472	chr3L:7954196-7954472	distal	distal	stage11	stage11	VT27321.1	VT27321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.028	0.0187	0.0379	0.0274	0.0042	0.0262	0.0229	0.0213	0.0042	0.0181	0.0293	0.0181	0.1193	0.0115	0.0258	0.0115	0.0631
chr3L	7954722	7954970	chr3L:7954723-7954970	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27321.1	VT27321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0473	0.0332	0.0648	0.0437	0.0074	0.0665	0.0311	0.028	0.0074	0.0435	0.0434	0.0435	0.2045	0.0161	0.0329	0.0161	0.1105
chr3L	7955437	7955676	chr3L:7955438-7955676	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0296	0.0188	0.0414	0.0288	0.0042	0.0296	0.0251	0.0173	0.0042	0.0199	0.0283	0.0199	0.1418	0.0107	0.0297	0.0107	0.0651
chr3L	7955744	7955902	chr3L:7955745-7955902	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0279	0.0174	0.0419	0.0241	0.0064	0.0248	0.0229	0.0167	0.0064	0.0181	0.0334	0.0181	0.1317	0.0107	0.0213	0.0107	0.0578
chr3L	7956219	7956370	chr3L:7956220-7956370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0111	0.0201	0.0097	0.0021	0.0141	0.0164	0.012	0.0021	0.0103	0.0167	0.0103	0.0542	0.0038	0.0084	0.0038	0.0208
chr3L	7960488	7960639	chr3L:7960489-7960639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0108	0.0155	0.0334	0.0064	0.0117	0.016	0.012	0.0064	0.0133	0.0116	0.0133	0.0209	0.0123	0.0064	0.0123	0.0261
chr3L	7961817	7962018	chr3L:7961818-7962018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0387	0.0287	0.0317	0.0575	0.0106	0.0403	0.0316	0.0366	0.0106	0.0332	0.0248	0.0332	0.0496	0.0421	0.029	0.0421	0.0422
chr3L	7962174	7962325	chr3L:7962175-7962325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0213	0.0188	0.0228	0.0117	0.0286	0.0272	0.02	0.0117	0.0115	0.0164	0.0115	0.0418	0.013	0.0174	0.013	0.0474
chr3L	7962413	7962608	chr3L:7962414-7962608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.027	0.0247	0.0216	0.0355	0.0138	0.034	0.0316	0.0207	0.0138	0.0217	0.0193	0.0217	0.0465	0.023	0.0239	0.023	0.0829
chr3L	7962869	7963020	chr3L:7962870-7963020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0144	0.011	0.0137	0.0189	0.0021	0.0107	0.0186	0.01	0.0021	0.0151	0.0164	0.0151	0.0178	0.0107	0.011	0.0107	0.0422
chr3L	7963264	7963415	chr3L:7963265-7963415	FBgn0010406	RNaseX25	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0294	0.0239	0.0276	0.0191	0.0316	0.0428	0.032	0.0191	0.0236	0.0251	0.0236	0.0403	0.0268	0.0174	0.0268	0.0584
chr3L	7963621	7963865	chr3L:7963622-7963865	FBgn0010406	RNaseX25	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0789	0.0742	0.0595	0.0615	0.0777	0.1038	0.0986	0.0615	0.0743	0.0823	0.0743	0.0891	0.0574	0.0613	0.0574	0.0771
chr3L	7963902	7964076	chr3L:7963903-7964076	FBgn0010406	RNaseX25	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0515	0.0508	0.0395	0.0329	0.0485	0.0714	0.0646	0.0329	0.0574	0.0524	0.0574	0.0604	0.0352	0.0413	0.0352	0.0547
chr3L	7968586	7968737	chr3L:7968587-7968737	FBgn0027554	CG8042	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0571	0.0576	0.0664	0.0462	0.0371	0.0786	0.0606	0.0686	0.0371	0.0749	0.0778	0.0749	0.0627	0.0398	0.0419	0.0398	0.0625
chr3L	7968910	7969076	chr3L:7968911-7969076	FBgn0035829,FBgn0035830	CG8209,HP4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0641	0.0532	0.0832	0.0551	0.018	0.0699	0.0649	0.0646	0.018	0.1027	0.0916	0.1027	0.079	0.0429	0.0554	0.0429	0.0735
chr3L	7969170	7969338	chr3L:7969171-7969338	FBgn0035829,FBgn0035830	CG8209,HP4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.0978	0.1513	0.1206	0.0785	0.1209	0.1016	0.1279	0.0785	0.1793	0.172	0.1793	0.141	0.1118	0.1296	0.1118	0.1516
chr3L	7969422	7969596	chr3L:7969423-7969596	FBgn0035829,FBgn0035830	CG8209,HP4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1086	0.0909	0.1345	0.1	0.0562	0.116	0.099	0.1186	0.0562	0.1649	0.1518	0.1649	0.1177	0.1003	0.1115	0.1003	0.1188
chr3L	7971648	7971833	chr3L:7971649-7971833	FBgn0011817,FBgn0035831	CG8038,nmo	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1397	0.1305	0.1665	0.1206	0.087	0.1573	0.1527	0.1579	0.087	0.2162	0.1788	0.2162	0.1479	0.1156	0.1154	0.1156	0.1542
chr3L	7971951	7972191	chr3L:7971952-7972191	FBgn0011817,FBgn0035831	CG8038,nmo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.264	0.2486	0.3051	0.2362	0.2004	0.2869	0.285	0.3098	0.2004	0.3629	0.3302	0.3629	0.2959	0.255	0.2347	0.255	0.2694
chr3L	7972333	7972687	chr3L:7972334-7972687	FBgn0011817	nmo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1759	0.1685	0.2052	0.1519	0.1294	0.1913	0.2016	0.2105	0.1294	0.2512	0.217	0.2512	0.2029	0.1539	0.1489	0.1539	0.1704
chr3L	7973034	7973219	chr3L:7973035-7973219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1071	0.138	0.1094	0.0702	0.0976	0.1359	0.1808	0.1832	0.0976	0.1763	0.0923	0.1763	0.0581	0.0521	0.0419	0.0521	0.05
chr3L	7973769	7973941	chr3L:7973770-7973941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0593	0.0578	0.0723	0.0465	0.0286	0.0583	0.074	0.0833	0.0286	0.0568	0.0807	0.0568	0.0418	0.0276	0.0309	0.0276	0.0302
chr3L	7974619	7974797	chr3L:7974620-7974797	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0645	0.0623	0.0735	0.0571	0.035	0.067	0.0766	0.0833	0.035	0.0471	0.0723	0.0471	0.0263	0.0092	0.0322	0.0092	0.0261
chr3L	7976780	7977025	chr3L:7976781-7977025	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1766	0.2832	0.1777	0.0563	0.2778	0.2	0.3888	0.3777	0.2778	0.0876	0.3225	0.0876	0.0798	0.026	0.136	0.026	0.0334
chr3L	7977174	7977345	chr3L:7977175-7977345	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1083	0.1763	0.1114	0.029	0.1622	0.1194	0.2396	0.2578	0.1622	0.0676	0.1852	0.0676	0.0519	0.0107	0.0451	0.0107	0.0219
chr3L	7977913	7978340	chr3L:7977914-7978340	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2136	0.2722	0.2485	0.11	0.2227	0.3223	0.295	0.3491	0.2227	0.2778	0.2871	0.2778	0.0612	0.0459	0.0722	0.0459	0.0433
chr3L	7980846	7981179	chr3L:7980847-7981179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0703	0.0867	0.084	0.0368	0.071	0.0709	0.1189	0.1199	0.071	0.0888	0.0942	0.0888	0.0457	0.0161	0.0277	0.0161	0.0302
chr3L	7981306	7981973	chr3L:7981307-7981973	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2926	0.404	0.3316	0.1253	0.3934	0.4252	0.4671	0.4997	0.3934	0.4481	0.4	0.4481	0.261	0.1317	0.1876	0.1317	0.1256
chr3L	7982155	7982373	chr3L:7982156-7982373	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1006	0.0971	0.1383	0.0632	0.0764	0.1126	0.1099	0.1292	0.0764	0.1467	0.1859	0.1467	0.1526	0.0689	0.1161	0.0689	0.0662
chr3L	7984178	7984329	chr3L:7984179-7984329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0424	0.0369	0.0494	0.0408	0.0265	0.0374	0.0484	0.046	0.0265	0.0525	0.0643	0.0525	0.0426	0.0237	0.0271	0.0237	0.0948
chr3L	7985669	7985879	chr3L:7985670-7985879	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.076	0.1057	0.0996	0.0169	0.0774	0.0981	0.109	0.1819	0.0774	0.1878	0.1203	0.1878	0.0178	0.0123	0.029	0.0123	0.0162
chr3L	7986760	7987095	chr3L:7986761-7987095	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0868	0.0577	0.1181	0.0848	0.035	0.0757	0.067	0.064	0.035	0.1244	0.1691	0.1244	0.1053	0.0605	0.1831	0.0605	0.0985
chr3L	7988445	7988702	chr3L:7988446-7988702	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1108	0.0768	0.1678	0.0862	0.0371	0.1058	0.0757	0.1033	0.0371	0.2826	0.2003	0.2826	0.0651	0.1401	0.098	0.1401	0.0881
chr3L	7988982	7989133	chr3L:7988983-7989133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.042	0.0555	0.0258	0.0212	0.0427	0.0532	0.0593	0.0212	0.07	0.064	0.07	0.0395	0.0329	0.0264	0.0329	0.0307
chr3L	7989532	7989853	chr3L:7989533-7989853	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0919	0.0764	0.1184	0.0802	0.0562	0.0917	0.077	0.1073	0.0562	0.1763	0.1132	0.1763	0.1665	0.1654	0.069	0.1654	0.098
chr3L	7989902	7990190	chr3L:7989903-7990190	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.078	0.1143	0.0768	0.0389	0.0859	0.1	0.1215	0.2079	0.0859	0.0864	0.0855	0.0864	0.1007	0.0544	0.0361	0.0544	0.0532
chr3L	7990484	7990671	chr3L:7990485-7990671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0391	0.0652	0.0298	0.0201	0.052	0.0466	0.0861	0.0993	0.052	0.032	0.0367	0.032	0.0333	0.0314	0.0239	0.0314	0.0172
chr3L	7993186	7993337	chr3L:7993187-7993337	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0331	0.0348	0.0316	0.033	0.0255	0.0316	0.0407	0.0553	0.0255	0.0278	0.0418	0.0278	0.0217	0.01	0.0116	0.01	0.0151
chr3L	7994355	7994506	chr3L:7994356-7994506	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.018	0.0158	0.0179	0.0205	0.0095	0.0126	0.0173	0.0293	0.0095	0.0181	0.0196	0.0181	0.0062	0.0054	0.0058	0.0054	0.0047
chr3L	7996136	7996323	chr3L:7996137-7996323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0363	0.0348	0.0196	0.0318	0.0359	0.048	0.0426	0.0318	0.0423	0.046	0.0423	0.0209	0.0161	0.0232	0.0161	0.0266
chr3L	7998117	7998520	chr3L:7998118-7998520	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0666	0.0673	0.0667	0.0626	0.0573	0.0813	0.0913	0.0626	0.0646	0.0849	0.0646	0.0666	0.0276	0.1096	0.0276	0.1141
chr3L	7998735	7998947	chr3L:7998736-7998947	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0371	0.051	0.0357	0.0233	0.0435	0.0286	0.0796	0.074	0.0435	0.0344	0.0444	0.0344	0.0349	0.0214	0.038	0.0214	0.0297
chr3L	7998980	7999170	chr3L:7998981-7999170	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0544	0.0658	0.0525	0.0437	0.0573	0.0524	0.0952	0.0853	0.0573	0.0531	0.0666	0.0531	0.0542	0.0283	0.0638	0.0283	0.0672
chr3L	8002108	8002259	chr3L:8002109-8002259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0347	0.0393	0.035	0.0294	0.0424	0.033	0.0489	0.0546	0.0424	0.0374	0.0466	0.0374	0.0256	0.0245	0.0464	0.0245	0.0344
chr3L	8002964	8003115	chr3L:8002965-8003115	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0317	0.0327	0.0194	0.0159	0.0306	0.0407	0.0453	0.0159	0.0332	0.0437	0.0332	0.024	0.0077	0.0239	0.0077	0.0219
chr3L	8006176	8006608	chr3L:8006177-8006608	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0832	0.1016	0.0865	0.059	0.0764	0.0951	0.1319	0.1399	0.0764	0.0942	0.1029	0.0942	0.0705	0.0544	0.0729	0.0544	0.0646
chr3L	8006646	8006934	chr3L:8006647-8006934	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0516	0.0612	0.0523	0.0402	0.0445	0.0466	0.0887	0.0846	0.0445	0.0519	0.0704	0.0519	0.0349	0.0352	0.0677	0.0352	0.0453
chr3L	8007808	8007959	chr3L:8007809-8007959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0288	0.0258	0.0305	0.0304	0.0223	0.0243	0.0333	0.0313	0.0223	0.0272	0.0392	0.0272	0.0403	0.0191	0.0226	0.0191	0.0688
chr3L	8008366	8008517	chr3L:8008367-8008517	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0313	0.0338	0.0401	0.0189	0.0286	0.0301	0.0385	0.052	0.0286	0.032	0.0598	0.032	0.0279	0.0153	0.0309	0.0153	0.0255
chr3L	8008563	8008714	chr3L:8008564-8008714	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0305	0.0335	0.0175	0.0233	0.0262	0.0402	0.044	0.0233	0.0236	0.0518	0.0236	0.0302	0.0138	0.0361	0.0138	0.0193
chr3L	8009209	8009450	chr3L:8009210-8009450	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0412	0.0419	0.047	0.0341	0.0329	0.0383	0.0476	0.0666	0.0329	0.0423	0.0595	0.0423	0.0565	0.023	0.0567	0.023	0.0453
chr3L	8010681	8010832	chr3L:8010682-8010832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0265	0.0327	0.0254	0.0207	0.0233	0.0301	0.0398	0.0446	0.0233	0.0236	0.0334	0.0236	0.0279	0.0322	0.0219	0.0322	0.0224
chr3L	8011112	8011263	chr3L:8011113-8011263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0253	0.0282	0.0297	0.0171	0.0265	0.0282	0.0303	0.0453	0.0265	0.0272	0.0424	0.0272	0.0194	0.0168	0.0226	0.0168	0.025
chr3L	8011519	8012038	chr3L:8011520-8012038	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0762	0.0608	0.0802	0.0888	0.0424	0.0684	0.0653	0.0873	0.0424	0.0737	0.0891	0.0737	0.1247	0.0827	0.0651	0.0827	0.1876
chr3L	8012057	8012496	chr3L:8012058-8012496	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0609	0.0626	0.0607	0.0592	0.0488	0.051	0.0757	0.0986	0.0488	0.067	0.0717	0.067	0.0682	0.036	0.038	0.036	0.1329
chr3L	8012527	8012710	chr3L:8012528-8012710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0294	0.0376	0.0284	0.0213	0.035	0.0228	0.0519	0.056	0.035	0.0332	0.0322	0.0332	0.0256	0.0207	0.0116	0.0207	0.0339
chr3L	8017501	8017696	chr3L:8017502-8017696	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0528	0.0257	0.0603	0.0751	0.0148	0.0272	0.0285	0.0406	0.0148	0.1021	0.0556	0.1021	0.0666	0.1493	0.0593	0.1493	0.0766
chr3L	8018165	8018316	chr3L:8018166-8018316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0177	0.0244	0.0189	0.0064	0.018	0.0212	0.026	0.0064	0.0278	0.0318	0.0278	0.0139	0.0184	0.0322	0.0184	0.0177
chr3L	8018522	8018673	chr3L:8018523-8018673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0212	0.0258	0.0228	0.0143	0.018	0.018	0.0311	0.046	0.018	0.0284	0.0312	0.0284	0.0147	0.0168	0.0181	0.0168	0.013
chr3L	8019160	8019311	chr3L:8019161-8019311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.027	0.0202	0.0139	0.017	0.0214	0.0359	0.042	0.017	0.0145	0.0273	0.0145	0.0163	0.013	0.0181	0.013	0.0177
chr3L	8019538	8019689	chr3L:8019539-8019689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0229	0.0302	0.024	0.0135	0.0212	0.0252	0.0324	0.0533	0.0212	0.0229	0.0302	0.0229	0.0194	0.0153	0.0116	0.0153	0.0214
chr3L	8019695	8019846	chr3L:8019696-8019846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0243	0.0318	0.0258	0.0145	0.0127	0.0311	0.0346	0.0553	0.0127	0.0272	0.0334	0.0272	0.0178	0.0168	0.0142	0.0168	0.0172
chr3L	8021634	8021859	chr3L:8021635-8021859	FBgn0052370	tRNA:CR32370	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0641	0.0602	0.0577	0.0755	0.0403	0.0602	0.0783	0.0733	0.0403	0.061	0.0614	0.061	0.086	0.0789	0.0619	0.0789	0.1485
chr3L	8021867	8022018	chr3L:8021868-8022018	FBgn0052370	tRNA:CR32370	stage14,stage5	none	nmo_754bp_CRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0381	0.0335	0.0345	0.0471	0.0159	0.0311	0.0415	0.0506	0.0159	0.029	0.0476	0.029	0.0434	0.0459	0.0387	0.0459	0.0943
chr3L	8022290	8022510	chr3L:8022291-8022510	distal	distal	stage11,stage14	stage11	nmo_754bp_CRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0473	0.0363	0.0604	0.0453	0.0286	0.035	0.042	0.0533	0.0286	0.0737	0.0823	0.0737	0.0403	0.0436	0.0767	0.0436	0.0542
chr3L	8022815	8023159	chr3L:8022816-8023159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0545	0.0565	0.035	0.0339	0.0485	0.0735	0.0813	0.0339	0.0785	0.0617	0.0785	0.0465	0.0429	0.0368	0.0429	0.0485
chr3L	8024099	8024250	chr3L:8024100-8024250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0288	0.0359	0.0355	0.0136	0.0212	0.0272	0.0489	0.0566	0.0212	0.029	0.0534	0.029	0.0194	0.0153	0.0142	0.0153	0.0125
chr3L	8027800	8028002	chr3L:8027801-8028002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.044	0.0543	0.0494	0.0266	0.0339	0.0544	0.0562	0.0886	0.0339	0.0477	0.0643	0.0477	0.0287	0.0199	0.0187	0.0199	0.0318
chr3L	8028015	8028288	chr3L:8028016-8028288	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.047	0.05	0.0532	0.037	0.0318	0.0524	0.0588	0.0713	0.0318	0.0423	0.0678	0.0423	0.0333	0.0199	0.0335	0.0199	0.0375
chr3L	8028635	8028786	chr3L:8028636-8028786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0348	0.0355	0.0252	0.0233	0.0403	0.0333	0.0533	0.0233	0.0302	0.0424	0.0302	0.0263	0.0168	0.0174	0.0168	0.0287
chr3L	8029056	8029207	chr3L:8029057-8029207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0354	0.0385	0.0198	0.017	0.0417	0.0407	0.048	0.017	0.0405	0.0399	0.0405	0.0248	0.0115	0.0168	0.0115	0.024
chr3L	8030585	8030809	chr3L:8030586-8030809	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0597	0.039	0.0871	0.0528	0.0223	0.0524	0.0324	0.0633	0.0223	0.0622	0.1367	0.0622	0.0612	0.0413	0.0922	0.0413	0.0578
chr3L	8030971	8031169	chr3L:8030972-8031169	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0777	0.045	0.1049	0.0843	0.0308	0.0534	0.0359	0.0753	0.0308	0.07	0.1482	0.07	0.1162	0.0651	0.118	0.0651	0.1141
chr3L	8034360	8034511	chr3L:8034361-8034511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0344	0.0272	0.0174	0.0255	0.0325	0.0441	0.048	0.0255	0.0296	0.0367	0.0296	0.0194	0.0207	0.0251	0.0207	0.0182
chr3L	8036503	8036770	chr3L:8036504-8036770	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0396	0.0368	0.0363	0.0244	0.0403	0.0476	0.06	0.0244	0.038	0.046	0.038	0.0232	0.0429	0.0322	0.0429	0.0344
chr3L	8037005	8037156	chr3L:8037006-8037156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0229	0.0258	0.0244	0.018	0.0117	0.0262	0.029	0.0446	0.0117	0.0211	0.0309	0.0211	0.0163	0.0092	0.0161	0.0092	0.012
chr3L	8037261	8037412	chr3L:8037262-8037412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0237	0.0238	0.0255	0.0214	0.0127	0.0214	0.0251	0.0446	0.0127	0.0278	0.0328	0.0278	0.017	0.0123	0.0251	0.0123	0.0162
chr3L	8039841	8040036	chr3L:8039842-8040036	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0312	0.0349	0.0156	0.0191	0.032	0.0355	0.0493	0.0191	0.0453	0.0476	0.0453	0.0155	0.0161	0.0148	0.0161	0.0219
chr3L	8040520	8040671	chr3L:8040521-8040671	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0255	0.0313	0.016	0.0138	0.0267	0.0251	0.0426	0.0138	0.0368	0.0376	0.0368	0.0263	0.0191	0.02	0.0191	0.0177
chr3L	8045253	8045482	chr3L:8045254-8045482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0426	0.0398	0.0463	0.0418	0.0233	0.0447	0.0411	0.0693	0.0233	0.0471	0.0521	0.0471	0.0596	0.0291	0.0426	0.0291	0.073
chr3L	8045880	8046041	chr3L:8045881-8046041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0386	0.033	0.0223	0.018	0.0359	0.0493	0.0606	0.018	0.0344	0.0447	0.0344	0.0225	0.0291	0.0258	0.0291	0.0271
chr3L	8046239	8046491	chr3L:8046240-8046491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0363	0.039	0.0383	0.0312	0.0201	0.0403	0.0437	0.0646	0.0201	0.0362	0.0521	0.0362	0.0279	0.0283	0.0393	0.0283	0.0406
chr3L	8046543	8046694	chr3L:8046544-8046694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0288	0.0309	0.0313	0.0237	0.0148	0.0325	0.0346	0.05	0.0148	0.0308	0.0418	0.0308	0.0209	0.0191	0.0316	0.0191	0.0339
chr3L	8046890	8047041	chr3L:8046891-8047041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.0259	0.0239	0.021	0.0095	0.0306	0.0324	0.034	0.0095	0.0266	0.0302	0.0266	0.0139	0.0199	0.0193	0.0199	0.0344
chr3L	8047602	8047753	chr3L:8047603-8047753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0237	0.0219	0.0272	0.0217	0.0042	0.0233	0.0234	0.042	0.0042	0.0326	0.0315	0.0326	0.0287	0.0245	0.0181	0.0245	0.0276
chr3L	8048935	8049086	chr3L:8048936-8049086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.011	0.0188	0.0315	0.0032	0.0126	0.0151	0.0147	0.0032	0.0175	0.0206	0.0175	0.0217	0.0222	0.0297	0.0222	0.0396
chr3L	8049478	8049694	chr3L:8049479-8049694	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0544	0.0136	0.0259	0.1313	0.0021	0.0228	0.0134	0.0147	0.0021	0.0175	0.0238	0.0175	0.0581	0.1455	0.1032	0.1455	0.2011
chr3L	8050632	8050783	chr3L:8050633-8050783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0224	0.0111	0.015	0.0433	0.0032	0.0126	0.0134	0.0173	0.0032	0.0097	0.019	0.0097	0.0248	0.0643	0.0606	0.0643	0.0526
chr3L	8050834	8050985	chr3L:8050835-8050985	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0106	0.0183	0.0476	0.0021	0.0136	0.0156	0.0127	0.0021	0.0121	0.0257	0.0121	0.0287	0.059	0.0928	0.059	0.05
chr3L	8051294	8051492	chr3L:8051295-8051492	FBgn0026263	bip1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0319	0.0096	0.0184	0.0716	0.0032	0.0117	0.0134	0.0087	0.0032	0.0079	0.0199	0.0079	0.0387	0.059	0.098	0.059	0.1006
chr3L	8051506	8051657	chr3L:8051507-8051657	FBgn0026263	bip1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0302	0.0125	0.0213	0.0599	0.0021	0.0121	0.0186	0.016	0.0021	0.0157	0.0215	0.0157	0.0488	0.0444	0.0819	0.0444	0.0834
chr3L	8051747	8051935	chr3L:8051748-8051935	FBgn0026263	bip1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.049	0.013	0.0287	0.1117	0.0032	0.0175	0.0195	0.012	0.0032	0.0181	0.0331	0.0181	0.0565	0.0636	0.1367	0.0636	0.1949
chr3L	8052951	8053178	chr3L:8052952-8053178	FBgn0052358,FBgn0052359	tRNA:CR32358,tRNA:CR32359	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0615	0.0541	0.0694	0.0611	0.0361	0.0597	0.0683	0.068	0.0361	0.0767	0.0855	0.0767	0.0806	0.0697	0.0593	0.0697	0.1084
chr3L	8053293	8053703	chr3L:8053294-8053703	FBgn0052358,FBgn0052359,FBgn0052360	tRNA:CR32358,tRNA:CR32359,tRNA:CR32360	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1731	0.1605	0.2025	0.1549	0.1357	0.1728	0.1821	0.2105	0.1357	0.2693	0.2145	0.2693	0.2099	0.219	0.1464	0.219	0.2116
chr3L	8053763	8053959	chr3L:8053764-8053959	FBgn0052358,FBgn0052359,FBgn0052360	tRNA:CR32358,tRNA:CR32359,tRNA:CR32360	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1073	0.1362	0.1025	0.0817	0.1155	0.1285	0.1412	0.0817	0.154	0.1495	0.154	0.1456	0.1309	0.0974	0.1309	0.1344
chr3L	8056876	8057042	chr3L:8056877-8057042	FBgn0262579	Ect4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0465	0.0201	0.0269	0.0975	0.0095	0.0262	0.0285	0.0167	0.0095	0.0236	0.0305	0.0236	0.0503	0.1685	0.0986	0.1685	0.149
chr3L	8057161	8057312	chr3L:8057162-8057312	FBgn0262579	Ect4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0198	0.0241	0.0653	0.0085	0.0252	0.0255	0.0213	0.0085	0.035	0.0251	0.035	0.0318	0.1378	0.0516	0.1378	0.0891
chr3L	8058705	8058899	chr3L:8058706-8058899	FBgn0052361,FBgn0052362	tRNA:CR32361,tRNA:CR32362	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1063	0.1093	0.1146	0.094	0.0901	0.1049	0.138	0.1379	0.0901	0.1552	0.1125	0.1552	0.1263	0.1417	0.0922	0.1417	0.1204
chr3L	8059066	8059275	chr3L:8059067-8059275	FBgn0052361,FBgn0052362	tRNA:CR32361,tRNA:CR32362	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.132	0.1346	0.1462	0.1136	0.1092	0.1451	0.1544	0.1726	0.1092	0.1896	0.1585	0.1896	0.1387	0.1363	0.1219	0.1363	0.1542
chr3L	8059455	8059796	chr3L:8059456-8059796	FBgn0052362	tRNA:CR32362	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0583	0.0684	0.057	0.0486	0.0467	0.0621	0.0887	0.0933	0.0467	0.0568	0.0678	0.0568	0.0581	0.0368	0.0877	0.0368	0.0495
chr3L	8061034	8061439	chr3L:8061035-8061439	FBgn0052363	tRNA:CR32363	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0656	0.1092	0.0529	0.0308	0.1135	0.0922	0.1458	0.1339	0.1135	0.0543	0.0547	0.0543	0.0658	0.0406	0.0297	0.0406	0.05
chr3L	8064866	8065051	chr3L:8064867-8065051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0874	0.0862	0.0976	0.0776	0.0541	0.0951	0.1116	0.1019	0.0541	0.1008	0.1154	0.1008	0.1286	0.1034	0.0948	0.1034	0.1073
chr3L	8065193	8065379	chr3L:8065194-8065379	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0294	0.0305	0.0327	0.0245	0.0201	0.034	0.0433	0.032	0.0201	0.0332	0.0376	0.0332	0.0318	0.0368	0.0309	0.0368	0.024
chr3L	8066100	8066251	chr3L:8066101-8066251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0148	0.0208	0.0302	0.0032	0.0194	0.0203	0.016	0.0032	0.0121	0.0325	0.0121	0.017	0.0199	0.0748	0.0199	0.0261
chr3L	8066658	8066809	chr3L:8066659-8066809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0227	0.0166	0.0237	0.0283	0.0074	0.0155	0.0247	0.0213	0.0074	0.0199	0.0296	0.0199	0.0372	0.0138	0.0522	0.0138	0.0448
chr3L	8067094	8067304	chr3L:8067095-8067304	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0122	0.0303	0.0551	0.0042	0.015	0.0195	0.0087	0.0042	0.0242	0.0421	0.0242	0.0372	0.0337	0.1173	0.0337	0.074
chr3L	8067508	8067764	chr3L:8067509-8067764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0304	0.0218	0.0349	0.0351	0.0074	0.0277	0.0311	0.02	0.0074	0.0205	0.0553	0.0205	0.0395	0.0184	0.0774	0.0184	0.0469
chr3L	8070380	8070568	chr3L:8070381-8070568	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0558	0.048	0.0544	0.0661	0.0371	0.0495	0.0558	0.0673	0.0371	0.0308	0.0965	0.0308	0.0411	0.0942	0.1173	0.0942	0.0657
chr3L	8071395	8071546	chr3L:8071396-8071546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0132	0.0185	0.024	0.0042	0.0141	0.0182	0.0153	0.0042	0.006	0.0328	0.006	0.0194	0.0092	0.0645	0.0092	0.0156
chr3L	8072787	8073007	chr3L:8072788-8073007	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0519	0.0523	0.0714	0.0299	0.052	0.0437	0.0662	0.0733	0.052	0.0181	0.1511	0.0181	0.0186	0.0161	0.0832	0.0161	0.0234
chr3L	8073888	8074136	chr3L:8073889-8074136	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0387	0.0259	0.0433	0.048	0.0127	0.0286	0.0342	0.0313	0.0127	0.0332	0.0682	0.0332	0.0434	0.0881	0.0664	0.0881	0.0516
chr3L	8074694	8074845	chr3L:8074695-8074845	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0189	0.0132	0.0143	0.0302	0.0042	0.0136	0.0208	0.014	0.0042	0.0097	0.0222	0.0097	0.017	0.0168	0.0348	0.0168	0.0542
chr3L	8075034	8075207	chr3L:8075035-8075207	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0441	0.0169	0.0275	0.0927	0.0085	0.0204	0.0229	0.0167	0.0085	0.0139	0.0289	0.0139	0.0581	0.0613	0.0974	0.0613	0.1407
chr3L	8075889	8076040	chr3L:8075890-8076040	FBgn0264705	CR43974	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0182	0.0234	0.0168	0.0141	0.0064	0.0223	0.029	0.0413	0.0064	0.0115	0.0238	0.0115	0.0139	0.0138	0.0142	0.0138	0.0182
chr3L	8083822	8083973	chr3L:8083823-8083973	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0279	0.0192	0.0118	0.018	0.0218	0.0463	0.0313	0.018	0.0217	0.0215	0.0217	0.0232	0.0123	0.0148	0.0123	0.0172
chr3L	8083998	8084270	chr3L:8083999-8084270	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0264	0.0384	0.0236	0.016	0.0339	0.0272	0.0675	0.0346	0.0339	0.0254	0.0289	0.0254	0.0287	0.0161	0.0161	0.0161	0.0261
chr3L	8084571	8084766	chr3L:8084572-8084766	FBgn0035833	CG7565	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0463	0.0406	0.052	0.0462	0.0276	0.0515	0.0454	0.0513	0.0276	0.0543	0.0598	0.0543	0.0682	0.0398	0.0342	0.0398	0.073
chr3L	8084827	8085034	chr3L:8084828-8085034	FBgn0035833	CG7565	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0858	0.0653	0.0928	0.1011	0.0403	0.0786	0.0619	0.1033	0.0403	0.1002	0.0968	0.1002	0.1286	0.0628	0.0677	0.0628	0.1647
chr3L	8086665	8086842	chr3L:8086666-8086842	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.016	0.0237	0.0287	0.0074	0.0175	0.0247	0.0173	0.0074	0.0145	0.0183	0.0145	0.0658	0.0123	0.0103	0.0123	0.0808
chr3L	8089504	8089655	chr3L:8089505-8089655	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0117	0.0057	0.0062	0.0242	0.0032	0.0058	0.0091	0.0067	0.0032	0.006	0.0051	0.006	0.0124	0.0222	0.0245	0.0222	0.0459
chr3L	8092741	8092892	chr3L:8092742-8092892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0079	0.0085	0.0124	0.0021	0.0049	0.0138	0.012	0.0021	0.006	0.0113	0.006	0.0085	0.0084	0.0103	0.0084	0.0063
chr3L	8095446	8095602	chr3L:8095447-8095602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.015	0.0164	0.0233	0.0106	0.0121	0.0255	0.016	0.0106	0.0163	0.0154	0.0163	0.0139	0.0107	0.011	0.0107	0.0261
chr3L	8095707	8095858	chr3L:8095708-8095858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.0186	0.0183	0.0182	0.0095	0.0218	0.0294	0.0167	0.0095	0.0181	0.0232	0.0181	0.0178	0.0138	0.0161	0.0138	0.0276
chr3L	8101378	8101529	chr3L:8101379-8101529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.0176	0.0107	0.0194	0.0095	0.0155	0.026	0.0227	0.0095	0.0066	0.0116	0.0066	0.0147	0.0107	0.009	0.0107	0.0214
chr3L	8101716	8101867	chr3L:8101717-8101867	FBgn0028379	fan	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0246	0.0228	0.0217	0.0299	0.0191	0.0194	0.035	0.0233	0.0191	0.0242	0.0232	0.0242	0.0209	0.0253	0.0219	0.0253	0.0245
chr3L	8102076	8102282	chr3L:8102077-8102282	FBgn0028379	fan	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0543	0.0467	0.0592	0.0403	0.0544	0.0809	0.0553	0.0403	0.0513	0.0495	0.0513	0.0596	0.0735	0.0567	0.0735	0.0651
chr3L	8102926	8103077	chr3L:8102927-8103077	FBgn0027549	CG7927	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.034	0.0299	0.0219	0.0201	0.035	0.0385	0.0513	0.0201	0.0332	0.0334	0.0332	0.0387	0.026	0.0232	0.026	0.0266
chr3L	8103366	8103533	chr3L:8103367-8103533	FBgn0027549	CG7927	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0967	0.0879	0.1156	0.0859	0.0583	0.1044	0.0852	0.1332	0.0583	0.1292	0.1402	0.1292	0.134	0.1095	0.0922	0.1095	0.1131
chr3L	8103610	8103792	chr3L:8103611-8103792	FBgn0027549,FBgn0262442	CG7927,mir-2501	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0465	0.0421	0.0593	0.0373	0.0223	0.0447	0.0471	0.068	0.0223	0.0664	0.0695	0.0664	0.0736	0.0436	0.0445	0.0436	0.0464
chr3L	8103871	8104022	chr3L:8103872-8104022	FBgn0027549,FBgn0262442	CG7927,mir-2501	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0273	0.0253	0.0349	0.0213	0.0138	0.0311	0.0281	0.0366	0.0138	0.0326	0.0421	0.0326	0.0442	0.0191	0.0348	0.0191	0.0245
chr3L	8105134	8105285	chr3L:8105135-8105285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.0238	0.0329	0.0223	0.0117	0.0277	0.0359	0.022	0.0117	0.0284	0.0296	0.0284	0.0736	0.0222	0.0142	0.0222	0.0412
chr3L	8108661	8108833	chr3L:8108662-8108833	FBgn0026252,FBgn0262716	Arp66B,msk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0589	0.0492	0.0714	0.0558	0.0244	0.0573	0.0588	0.0706	0.0244	0.0984	0.0746	0.0984	0.0767	0.0613	0.0613	0.0613	0.0745
chr3L	8108899	8109091	chr3L:8108900-8109091	FBgn0026252,FBgn0262716	Arp66B,msk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1451	0.1132	0.1822	0.1401	0.0636	0.1432	0.1181	0.1599	0.0636	0.2319	0.1968	0.2319	0.1952	0.1554	0.1464	0.1554	0.1756
chr3L	8109179	8109380	chr3L:8109180-8109380	FBgn0026252,FBgn0262716	Arp66B,msk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1695	0.1294	0.2124	0.1671	0.0657	0.1714	0.1298	0.1825	0.0657	0.2506	0.2254	0.2506	0.2486	0.1884	0.1779	0.1884	0.1965
chr3L	8109516	8109824	chr3L:8109517-8109824	FBgn0026252	msk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0743	0.0485	0.0891	0.087	0.0148	0.0699	0.0458	0.0733	0.0148	0.0966	0.0939	0.0966	0.1239	0.1141	0.0774	0.1141	0.1167
chr3L	8110073	8110224	chr3L:8110074-8110224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.025	0.0152	0.0282	0.0324	0.0021	0.0184	0.0208	0.0187	0.0021	0.0368	0.0241	0.0368	0.0465	0.0429	0.0213	0.0429	0.0584
chr3L	8114200	8114371	chr3L:8114201-8114371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.041	0.0556	0.0367	0.0295	0.0435	0.0529	0.0727	0.0746	0.0435	0.0435	0.0341	0.0435	0.0604	0.0314	0.0284	0.0314	0.0443
chr3L	8114518	8114690	chr3L:8114519-8114690	FBgn0035838	ldbr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.045	0.0627	0.0607	0.0223	0.0544	0.0484	0.066	0.0223	0.0803	0.0582	0.0803	0.0829	0.085	0.0438	0.085	0.0902
chr3L	8114793	8114987	chr3L:8114794-8114987	FBgn0035838	ldbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1129	0.1009	0.1368	0.1	0.0583	0.1194	0.1146	0.1346	0.0583	0.1661	0.1463	0.1661	0.1479	0.1179	0.098	0.1179	0.136
chr3L	8117219	8117407	chr3L:8117220-8117407	FBgn0035839	CG7550	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0452	0.0487	0.0556	0.0299	0.0339	0.049	0.067	0.054	0.0339	0.067	0.0576	0.067	0.0697	0.0299	0.0309	0.0299	0.0459
chr3L	8117529	8117738	chr3L:8117530-8117738	FBgn0035839,FBgn0042112	CG7550,mRpL36	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0735	0.0945	0.0621	0.052	0.0879	0.0779	0.0966	0.052	0.1027	0.1064	0.1027	0.1069	0.0766	0.0516	0.0766	0.0881
chr3L	8117859	8118056	chr3L:8117860-8118056	FBgn0035839,FBgn0042112	CG7550,mRpL36	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0672	0.0556	0.0911	0.054	0.0382	0.0694	0.064	0.0713	0.0382	0.096	0.1035	0.096	0.1108	0.0605	0.049	0.0605	0.0761
chr3L	8118130	8118321	chr3L:8118131-8118321	FBgn0035839,FBgn0042112	CG7550,mRpL36	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0752	0.0668	0.0967	0.0611	0.0498	0.0796	0.0796	0.0839	0.0498	0.1178	0.1093	0.1178	0.1022	0.0567	0.0619	0.0567	0.086
chr3L	8120611	8120767	chr3L:8120612-8120767	FBgn0010350,FBgn0029113	CdsA,Uba2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0465	0.031	0.0605	0.0483	0.0138	0.0442	0.029	0.0433	0.0138	0.0725	0.0688	0.0725	0.0666	0.0528	0.049	0.0528	0.0641
chr3L	8120841	8121030	chr3L:8120842-8121030	FBgn0010350,FBgn0029113	CdsA,Uba2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.0768	0.1481	0.1205	0.0382	0.1097	0.0679	0.1099	0.0382	0.1793	0.1621	0.1793	0.1534	0.1248	0.1206	0.1248	0.1501
chr3L	8121092	8121269	chr3L:8121093-8121269	FBgn0010350,FBgn0029113	CdsA,Uba2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1532	0.092	0.1981	0.1723	0.0414	0.1427	0.0787	0.1259	0.0414	0.2452	0.2113	0.2452	0.2115	0.1715	0.1779	0.1715	0.2183
chr3L	8121438	8121770	chr3L:8121439-8121770	FBgn0010350	CdsA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0827	0.0578	0.0898	0.1025	0.0191	0.085	0.0571	0.0839	0.0191	0.0948	0.0997	0.0948	0.1139	0.1026	0.1044	0.1026	0.1063
chr3L	8130247	8130486	chr3L:8130248-8130486	FBgn0002899,FBgn0035842	CG7504,mus301	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0652	0.0864	0.0586	0.0318	0.0699	0.0813	0.0886	0.0318	0.096	0.1003	0.096	0.0945	0.062	0.0683	0.062	0.0641
chr3L	8130546	8130755	chr3L:8130547-8130755	FBgn0002899,FBgn0035842	CG7504,mus301	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1032	0.1574	0.1086	0.0551	0.1194	0.1185	0.1452	0.0551	0.1751	0.1823	0.1751	0.1565	0.1164	0.1206	0.1164	0.1339
chr3L	8130777	8130950	chr3L:8130778-8130950	FBgn0002899,FBgn0035842	CG7504,mus301	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1419	0.1186	0.1789	0.1273	0.0668	0.1316	0.1445	0.1632	0.0668	0.1969	0.2042	0.1969	0.1743	0.1233	0.1367	0.1233	0.1532
chr3L	8131788	8131939	chr3L:8131789-8131939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0201	0.0293	0.0194	0.0104	0.0117	0.0262	0.0584	0.0193	0.0117	0.0199	0.0251	0.0199	0.0178	0.0107	0.0135	0.0107	0.0073
chr3L	8139156	8139307	chr3L:8139157-8139307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0102	0.0116	0.0093	0.0097	0.0053	0.0228	0.0117	0.0073	0.0053	0.0079	0.0119	0.0079	0.0077	0.0283	0.0077	0.0283	0.0083
chr3L	8145048	8145199	chr3L:8145049-8145199	FBgn0035844	CG13676	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0096	0.0119	0.0188	0.0021	0.0097	0.0156	0.01	0.0021	0.0085	0.0154	0.0085	0.0155	0.0031	0.0619	0.0031	0.0115
chr3L	8146831	8147028	chr3L:8146832-8147028	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0355	0.0292	0.0305	0.0191	0.032	0.0497	0.048	0.0191	0.0187	0.0444	0.0187	0.0325	0.0107	0.087	0.0107	0.0271
chr3L	8151953	8152133	chr3L:8151954-8152133	FBgn0259916	CG42445	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0252	0.007	0.0151	0.0567	0.0011	0.0078	0.0134	0.0033	0.0011	0.0091	0.0186	0.0091	0.031	0.0054	0.1057	0.0054	0.1105
chr3L	8152238	8152396	chr3L:8152239-8152396	FBgn0259916,FBgn0264478	CG42445,CG43886	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0241	0.0071	0.0119	0.0565	0.0021	0.0063	0.0143	0.0053	0.0021	0.0066	0.0151	0.0066	0.0217	0.01	0.1122	0.01	0.0928
chr3L	8152860	8153027	chr3L:8152861-8153027	FBgn0264478	CG43886	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0136	0.0079	0.0086	0.0253	0.0064	0.0078	0.0099	0.012	0.0064	0.006	0.0116	0.006	0.0124	0.0069	0.0516	0.0069	0.0401
chr3L	8153278	8153429	chr3L:8153279-8153429	FBgn0264478	CG43886	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0167	0.0132	0.0269	0.0074	0.0136	0.029	0.0193	0.0074	0.0097	0.0151	0.0097	0.0194	0.0054	0.0561	0.0054	0.0391
chr3L	8157333	8157484	chr3L:8157334-8157484	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0207	0.0353	0.0192	0.006	0.018	0.0277	0.051	0.0526	0.018	0.0163	0.0277	0.0163	0.0124	0.0084	0.011	0.0084	0.0047
chr3L	8160005	8160156	chr3L:8160006-8160156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0153	0.0206	0.0071	0.0095	0.0121	0.0268	0.0167	0.0095	0.0115	0.0354	0.0115	0.017	0.0023	0.02	0.0023	0.0047
chr3L	8168997	8169176	chr3L:8168998-8169176	FBgn0040290	RecQ4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1044	0.0978	0.1195	0.0951	0.0551	0.1078	0.1064	0.1532	0.0551	0.1202	0.1405	0.1202	0.1325	0.0965	0.127	0.0965	0.1146
chr3L	8169267	8169479	chr3L:8169268-8169479	FBgn0040290	RecQ4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0502	0.0459	0.0565	0.0483	0.0201	0.051	0.0528	0.0666	0.0201	0.0507	0.0682	0.0507	0.0767	0.0444	0.0671	0.0444	0.0646
chr3L	8171071	8171295	chr3L:8171072-8171295	FBgn0020392	Nmt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0467	0.0398	0.0542	0.0462	0.0191	0.0505	0.0407	0.0573	0.0191	0.0604	0.0572	0.0604	0.0728	0.0513	0.049	0.0513	0.0573
chr3L	8171438	8171633	chr3L:8171439-8171633	FBgn0020392	Nmt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0766	0.0602	0.089	0.0813	0.0286	0.0752	0.0606	0.0946	0.0286	0.09	0.1032	0.09	0.1038	0.0965	0.0806	0.0965	0.0954
chr3L	8173931	8174126	chr3L:8173932-8174126	FBgn0035847,FBgn0035848	CG7979,mthl7	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0574	0.0416	0.06	0.0721	0.018	0.0587	0.0506	0.044	0.018	0.0374	0.0614	0.0374	0.1286	0.0697	0.0683	0.0697	0.1277
chr3L	8178709	8178871	chr3L:8178710-8178871	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0435	0.0309	0.0477	0.0529	0.0159	0.0408	0.0415	0.0306	0.0159	0.0411	0.0386	0.0411	0.1193	0.0352	0.0232	0.0352	0.1324
chr3L	8179048	8179612	chr3L:8179049-8179612	FBgn0035849,FBgn0035850	Atg18,ERR	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1651	0.129	0.1996	0.1675	0.0562	0.166	0.1458	0.1632	0.0562	0.2138	0.2055	0.2138	0.3106	0.1723	0.1431	0.1723	0.2715
chr3L	8179695	8179867	chr3L:8179696-8179867	FBgn0035849,FBgn0035850	Atg18,ERR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1862	0.1639	0.2195	0.1745	0.1177	0.1859	0.1786	0.2265	0.1177	0.2627	0.245	0.2627	0.2285	0.206	0.1599	0.206	0.2173
chr3L	8179981	8180210	chr3L:8179982-8180210	FBgn0035849,FBgn0035850	Atg18,ERR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2415	0.244	0.2636	0.2143	0.2185	0.2587	0.2933	0.3005	0.2185	0.3122	0.2881	0.3122	0.2812	0.2259	0.2166	0.2259	0.2564
chr3L	8180239	8180439	chr3L:8180240-8180439	FBgn0035849,FBgn0035850	Atg18,ERR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.1296	0.1579	0.1303	0.0971	0.175	0.1413	0.1964	0.1919	0.175	0.1486	0.1373	0.1486	0.1526	0.0949	0.0999	0.0949	0.1318
chr3L	8182341	8182661	chr3L:8182342-8182661	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1126	0.2526	0.0505	0.0244	0.298	0.1155	0.4092	0.3018	0.298	0.0368	0.072	0.0368	0.0527	0.0184	0.0348	0.0184	0.0334
chr3L	8182990	8183174	chr3L:8182991-8183174	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.1067	0.0354	0.0185	0.1188	0.0515	0.1864	0.1119	0.1188	0.0399	0.0408	0.0399	0.0333	0.0153	0.02	0.0153	0.025
chr3L	8184285	8184456	chr3L:8184286-8184456	FBgn0035851	MED24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.1123	0.1028	0.0739	0.0997	0.099	0.1518	0.1452	0.0997	0.1304	0.1145	0.1304	0.1046	0.0919	0.0658	0.0919	0.0964
chr3L	8184516	8184713	chr3L:8184517-8184713	FBgn0035851	MED24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0769	0.0728	0.0544	0.0573	0.0621	0.1094	0.0999	0.0573	0.0851	0.081	0.0851	0.0868	0.0704	0.0522	0.0704	0.0724
chr3L	8189762	8189913	chr3L:8189763-8189913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.05	0.032	0.0157	0.0445	0.0417	0.0718	0.056	0.0445	0.0326	0.0392	0.0326	0.0341	0.0191	0.0135	0.0191	0.0198
chr3L	8190408	8190559	chr3L:8190409-8190559	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0485	0.0456	0.0249	0.0329	0.0495	0.064	0.0626	0.0329	0.0459	0.0547	0.0459	0.0434	0.0283	0.0245	0.0283	0.0328
chr3L	8190562	8190764	chr3L:8190563-8190764	FBgn0035853	Ubc12	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0789	0.0939	0.0568	0.052	0.0917	0.1008	0.0946	0.052	0.1135	0.1103	0.1135	0.0868	0.0628	0.0625	0.0628	0.0782
chr3L	8190904	8191086	chr3L:8190905-8191086	FBgn0035853,FBgn0035854	CG8005,Ubc12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1597	0.1312	0.1968	0.1507	0.1039	0.1646	0.1419	0.1606	0.1039	0.2476	0.208	0.2476	0.1983	0.1478	0.158	0.1478	0.1819
chr3L	8191218	8191394	chr3L:8191219-8191394	FBgn0035853,FBgn0035854	CG8005,Ubc12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1229	0.0938	0.1519	0.1234	0.07	0.1155	0.1016	0.1206	0.07	0.1878	0.1762	0.1878	0.1348	0.1294	0.1257	0.1294	0.1574
chr3L	8191467	8191618	chr3L:8191468-8191618	FBgn0035853,FBgn0035854	CG8005,Ubc12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0497	0.0698	0.046	0.0244	0.0602	0.0545	0.0693	0.0244	0.0954	0.0804	0.0954	0.0635	0.049	0.0445	0.049	0.0563
chr3L	8203013	8203164	chr3L:8203014-8203164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0095	0.0095	0.0143	0.0042	0.0058	0.0186	0.008	0.0042	0.0079	0.0113	0.0079	0.0108	0.0077	0.0116	0.0077	0.0104
chr3L	8212956	8213107	chr3L:8212957-8213107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.0092	0.0093	0.0121	0.0064	0.0068	0.0173	0.0073	0.0064	0.0109	0.009	0.0109	0.007	0.0038	6e-04	0.0038	0.0047
chr3L	8234111	8234262	chr3L:8234112-8234262	FBgn0035861	CG7213	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0191	0.0111	0.0108	0.037	0.0053	0.0063	0.0234	0.008	0.0053	0.0097	0.0093	0.0097	0.007	0.013	0.0064	0.013	0.0073
chr3L	8235519	8235670	chr3L:8235520-8235670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0081	0.0061	0.0084	0.0053	0.0039	0.016	0.0073	0.0053	0.0079	0.0051	0.0079	0.0062	8e-04	0.0026	8e-04	0.0036
chr3L	8236009	8236160	chr3L:8236010-8236160	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.01	0.0093	0.0063	0.0149	0.0074	0.0073	0.0177	0.0067	0.0074	0.0066	0.0071	0.0066	0.007	0.0352	0.0064	0.0352	0.0115
chr3L	8254682	8254833	chr3L:8254683-8254833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0119	0.015	0.0109	0.0096	0.0085	0.0117	0.029	0.0107	0.0085	0.0157	0.0132	0.0157	0.0039	0.0092	0.0032	0.0092	0.0016
chr3L	8281942	8282112	chr3L:8281943-8282112	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0266	0.0213	0.0234	0.0361	0.0159	0.0248	0.0294	0.0207	0.0159	0.0356	0.0193	0.0356	0.0302	0.0949	0.0155	0.0949	0.0401
chr3L	8282228	8282379	chr3L:8282229-8282379	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0208	0.0157	0.0242	0.0228	0.0085	0.0155	0.0247	0.018	0.0085	0.0272	0.0257	0.0272	0.0395	0.0391	0.0123	0.0391	0.0339
chr3L	8282403	8282554	chr3L:8282404-8282554	FBgn0027569	cert	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0209	0.0275	0.0266	0.0095	0.0214	0.0303	0.0273	0.0095	0.0374	0.0286	0.0374	0.0325	0.0459	0.02	0.0459	0.0386
chr3L	8282625	8282831	chr3L:8282626-8282831	FBgn0027569	cert	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.062	0.047	0.0708	0.0691	0.0223	0.0573	0.0558	0.0613	0.0223	0.0857	0.0723	0.0857	0.093	0.1003	0.0625	0.1003	0.0938
chr3L	8282887	8283071	chr3L:8282888-8283071	FBgn0027569	cert	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.1	0.1381	0.1256	0.0594	0.1238	0.1068	0.1339	0.0594	0.1341	0.1646	0.1341	0.1611	0.1539	0.1386	0.1539	0.1579
chr3L	8283154	8283339	chr3L:8283155-8283339	FBgn0027569	cert	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0882	0.0745	0.1041	0.0861	0.0456	0.0883	0.0848	0.0959	0.0456	0.087	0.1338	0.087	0.1193	0.0743	0.1083	0.0743	0.1053
chr3L	8283518	8283669	chr3L:8283519-8283669	FBgn0027569	cert	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0223	0.0242	0.0159	0.0127	0.0262	0.0311	0.0213	0.0127	0.0236	0.0331	0.0236	0.0209	0.0161	0.0187	0.0161	0.0146
chr3L	8290015	8290373	chr3L:8290016-8290373	FBgn0015793	Rab-RP3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0906	0.0851	0.0958	0.0911	0.0477	0.0898	0.1042	0.1186	0.0477	0.099	0.1116	0.099	0.1084	0.1003	0.1006	0.1003	0.1219
chr3L	8290406	8290630	chr3L:8290407-8290630	FBgn0015793	Rab-RP3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0546	0.0689	0.0529	0.0255	0.067	0.0692	0.0626	0.0255	0.0688	0.0794	0.0688	0.079	0.0636	0.0561	0.0636	0.0703
chr3L	8290706	8290910	chr3L:8290707-8290910	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0399	0.0446	0.0424	0.0319	0.0127	0.0675	0.0536	0.0433	0.0127	0.0411	0.0437	0.0411	0.0635	0.026	0.0303	0.026	0.0589
chr3L	8292447	8292630	chr3L:8292448-8292630	FBgn0035866	CG7197	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.1188	0.1487	0.123	0.0923	0.1383	0.1259	0.1666	0.0923	0.1818	0.174	0.1818	0.1596	0.1378	0.1431	0.1378	0.1522
chr3L	8292838	8293018	chr3L:8292839-8293018	FBgn0035866,FBgn0035867	CG13671,CG7197	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1378	0.1133	0.1683	0.1317	0.0838	0.1413	0.1142	0.1532	0.0838	0.189	0.1984	0.189	0.182	0.1394	0.1464	0.1394	0.1516
chr3L	8293048	8293260	chr3L:8293049-8293260	FBgn0035866,FBgn0035867	CG13671,CG7197	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1195	0.1061	0.1438	0.1079	0.0721	0.1267	0.1129	0.1466	0.0721	0.1763	0.1614	0.1763	0.1418	0.121	0.0999	0.121	0.1318
chr3L	8296876	8297060	chr3L:8296877-8297060	FBgn0035868,FBgn0087039	CG7194,Sbp2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0607	0.0608	0.0716	0.0487	0.0371	0.0655	0.074	0.0853	0.0371	0.0586	0.0958	0.0586	0.0767	0.0345	0.0832	0.0345	0.0578
chr3L	8297142	8297315	chr3L:8297143-8297315	FBgn0035868,FBgn0087039	CG7194,Sbp2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0845	0.0805	0.1028	0.0689	0.0551	0.0888	0.0869	0.1193	0.0551	0.0954	0.1395	0.0954	0.1015	0.0681	0.0928	0.0681	0.0907
chr3L	8301738	8301916	chr3L:8301739-8301916	FBgn0035871	BI-1	stage11,stage14,stage5	none	Gr66a_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.0717	0.0799	0.0696	0.053	0.0806	0.0904	0.0846	0.053	0.0815	0.0936	0.0815	0.086	0.062	0.0651	0.062	0.0896
chr3L	8301936	8302158	chr3L:8301937-8302158	FBgn0035871	BI-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.1397	0.1721	0.1484	0.1029	0.1607	0.1622	0.1759	0.1029	0.1624	0.2035	0.1624	0.2076	0.1547	0.1418	0.1547	0.1751
chr3L	8302265	8302438	chr3L:8302266-8302438	FBgn0035871	BI-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1605	0.1858	0.1505	0.1326	0.1602	0.2011	0.2085	0.1326	0.1751	0.2209	0.1751	0.2029	0.1662	0.1554	0.1662	0.1621
chr3L	8302538	8302748	chr3L:8302539-8302748	FBgn0035871	BI-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0942	0.1144	0.1011	0.0641	0.1007	0.1029	0.1566	0.1379	0.1007	0.1027	0.1103	0.1027	0.1177	0.0651	0.0677	0.0651	0.0735
chr3L	8302759	8303098	chr3L:8302760-8303098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0867	0.1152	0.0888	0.0525	0.1124	0.0961	0.16	0.1372	0.1124	0.0851	0.0977	0.0851	0.1038	0.0582	0.0477	0.0582	0.0547
chr3L	8308027	8308229	chr3L:8308028-8308229	FBgn0035872	CG7185	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1389	0.1478	0.1552	0.111	0.1251	0.1495	0.1929	0.1672	0.1251	0.1902	0.1585	0.1902	0.1479	0.1317	0.107	0.1317	0.124
chr3L	8308249	8308462	chr3L:8308250-8308462	FBgn0035872	CG7185	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.173	0.1491	0.2056	0.1639	0.1071	0.1689	0.1804	0.1765	0.1071	0.2524	0.2145	0.2524	0.2169	0.1761	0.1651	0.1761	0.1803
chr3L	8308506	8308703	chr3L:8308507-8308703	FBgn0035872	CG7185	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.211	0.2013	0.2421	0.1877	0.1474	0.2131	0.2491	0.2458	0.1474	0.3007	0.2614	0.3007	0.2316	0.1815	0.1966	0.1815	0.2157
chr3L	8309063	8309214	chr3L:8309064-8309214	FBgn0035872	CG7185	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.0373	0.0453	0.0319	0.0127	0.0364	0.0558	0.046	0.0127	0.0622	0.045	0.0622	0.0473	0.036	0.0361	0.036	0.0406
chr3L	8322254	8322432	chr3L:8322255-8322432	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0222	0.0142	0.0181	0.0356	0.0021	0.016	0.0216	0.0147	0.0021	0.0109	0.0232	0.0109	0.0372	0.0306	0.0542	0.0306	0.0604
chr3L	8331776	8331973	chr3L:8331777-8331973	FBgn0035876	Pex2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0532	0.0665	0.05	0.0382	0.0592	0.0593	0.074	0.0382	0.0779	0.0746	0.0779	0.0705	0.0467	0.0664	0.0467	0.0594
chr3L	8332044	8332224	chr3L:8332045-8332224	FBgn0035876	Pex2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0957	0.0861	0.1115	0.089	0.053	0.1053	0.0878	0.1252	0.053	0.1208	0.128	0.1208	0.1356	0.0896	0.0935	0.0896	0.1157
chr3L	8332365	8332516	chr3L:8332366-8332516	FBgn0035876	Pex2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0403	0.0442	0.035	0.0255	0.049	0.0428	0.0566	0.0255	0.0537	0.0482	0.0537	0.0581	0.0322	0.0361	0.0322	0.0396
chr3L	8332908	8333059	chr3L:8332909-8333059	FBgn0011762	DNApol-alpha50	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0388	0.0439	0.0437	0.0277	0.0339	0.0451	0.0562	0.054	0.0339	0.061	0.0418	0.061	0.0488	0.0245	0.0264	0.0245	0.0448
chr3L	8333081	8333257	chr3L:8333082-8333257	FBgn0011762	DNApol-alpha50	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0539	0.0576	0.0599	0.0433	0.0339	0.0592	0.0766	0.0753	0.0339	0.0797	0.0611	0.0797	0.0604	0.0459	0.04	0.0459	0.0542
chr3L	8333339	8333523	chr3L:8333340-8333523	FBgn0011762,FBgn0035877	CG7083,DNApol-alpha50	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1354	0.1264	0.1562	0.1225	0.0923	0.1476	0.1445	0.1579	0.0923	0.183	0.1733	0.183	0.1665	0.1233	0.1186	0.1233	0.1516
chr3L	8333583	8333755	chr3L:8333584-8333755	FBgn0011762,FBgn0035877	CG7083,DNApol-alpha50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1447	0.1236	0.1784	0.1312	0.0859	0.1398	0.1466	0.1532	0.0859	0.2059	0.1958	0.2059	0.1813	0.1317	0.138	0.1317	0.1558
chr3L	8333784	8333951	chr3L:8333785-8333951	FBgn0011762,FBgn0035877	CG7083,DNApol-alpha50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.112	0.143	0.1104	0.0785	0.1223	0.1406	0.1372	0.0785	0.1522	0.1656	0.1522	0.1433	0.108	0.1096	0.108	0.1407
chr3L	8336479	8336630	chr3L:8336480-8336630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0311	0.0537	0.0265	0.0107	0.0339	0.0267	0.1094	0.0473	0.0339	0.0284	0.0283	0.0284	0.0302	0.013	0.0103	0.013	0.0115
chr3L	8339218	8339406	chr3L:8339219-8339406	FBgn0035878,FBgn0035879	CG7112,CG7182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1695	0.1519	0.1934	0.1629	0.1326	0.1655	0.1661	0.2059	0.1326	0.2494	0.2084	0.2494	0.1983	0.1975	0.1644	0.1975	0.2017
chr3L	8339510	8339682	chr3L:8339511-8339682	FBgn0035878,FBgn0035879	CG7112,CG7182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.155	0.1309	0.1739	0.1614	0.1071	0.1388	0.1484	0.1785	0.1071	0.2174	0.182	0.2174	0.206	0.1822	0.167	0.1822	0.2017
chr3L	8339723	8340002	chr3L:8339724-8340002	FBgn0035878,FBgn0035879	CG7112,CG7182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.086	0.0592	0.0923	0.1092	0.0382	0.065	0.0761	0.0673	0.0382	0.096	0.0913	0.096	0.1495	0.124	0.0922	0.124	0.1569
chr3L	8340563	8340748	chr3L:8340564-8340748	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0322	0.0326	0.0306	0.0127	0.0311	0.0532	0.0326	0.0127	0.0356	0.0289	0.0356	0.0604	0.0161	0.0142	0.0161	0.0709
chr3L	8351635	8351786	chr3L:8351636-8351786	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0273	0.0212	0.0274	0.0117	0.0228	0.0307	0.0533	0.0117	0.0133	0.0215	0.0133	0.038	0.0123	0.0245	0.0123	0.0511
chr3L	8351914	8352065	chr3L:8351915-8352065	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0342	0.0226	0.0256	0.0567	0.0042	0.0238	0.0272	0.0353	0.0042	0.0175	0.0232	0.0175	0.0589	0.0352	0.0393	0.0352	0.1178
chr3L	8352109	8352318	chr3L:8352110-8352318	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0511	0.0293	0.0335	0.0948	0.0159	0.032	0.0398	0.034	0.0159	0.0163	0.0283	0.0163	0.0844	0.0942	0.0754	0.0942	0.1553
chr3L	8352355	8352547	chr3L:8352356-8352547	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.048	0.0219	0.0312	0.0957	0.0106	0.0204	0.0355	0.022	0.0106	0.0175	0.0296	0.0175	0.0759	0.0942	0.0896	0.0942	0.1496
chr3L	8352710	8352861	chr3L:8352711-8352861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.0137	0.0146	0.0331	0.0021	0.0121	0.0251	0.014	0.0021	0.0109	0.0158	0.0109	0.0279	0.0214	0.0471	0.0214	0.05
chr3L	8353451	8353652	chr3L:8353452-8353652	FBgn0001248	Idh	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0366	0.0158	0.0273	0.0699	0.0064	0.018	0.0216	0.0193	0.0064	0.0157	0.0386	0.0157	0.0457	0.0459	0.1412	0.0459	0.0818
chr3L	8353954	8354148	chr3L:8353955-8354148	FBgn0001248	Idh	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0522	0.015	0.0306	0.1174	0.0011	0.0223	0.0199	0.0147	0.0011	0.0133	0.0341	0.0133	0.0581	0.1049	0.1721	0.1049	0.1516
chr3L	8359665	8359816	chr3L:8359666-8359816	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0082	0.0065	0.0084	0.0099	0.0032	0.0058	0.0112	0.006	0.0032	0.0079	0.0113	0.0079	0.0093	0.0061	0.0239	0.0061	0.0099
chr3L	8365417	8365568	chr3L:8365418-8365568	FBgn0001253	ImpE1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0181	0.0202	0.0326	0.0191	0.0126	0.0298	0.0153	0.0191	0.0115	0.0334	0.0115	0.0139	0.0023	0.1199	0.0023	0.0078
chr3L	8365861	8366012	chr3L:8365862-8366012	FBgn0001253	ImpE1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0138	0.0159	0.0139	0.0074	0.015	0.0195	0.014	0.0074	0.0079	0.0248	0.0079	0.0147	0.0015	0.0535	0.0015	0.0036
chr3L	8367211	8367389	chr3L:8367212-8367389	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.014	0.0277	0.0262	0.0074	0.0136	0.0225	0.0147	0.0074	0.0109	0.0579	0.0109	0.007	0.0023	0.1038	0.0023	0.0063
chr3L	8367455	8367606	chr3L:8367456-8367606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0189	0.0126	0.0231	0.0214	0.0032	0.0121	0.0238	0.0113	0.0032	0.0109	0.0457	0.0109	0.007	0.0023	0.089	0.0023	0.0042
chr3L	8373493	8373644	chr3L:8373494-8373644	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0187	0.0209	0.0121	0.0138	0.018	0.0294	0.02	0.0138	0.0157	0.0328	0.0157	0.0163	0.0046	0.0393	0.0046	0.0036
chr3L	8377511	8377662	chr3L:8377512-8377662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.0106	0.0066	0.0117	0.0053	0.0107	0.0169	0.008	0.0053	0.0079	0.009	0.0079	0.0031	0.0046	0.0335	0.0046	0.0083
chr3L	8378076	8378227	chr3L:8378077-8378227	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0114	0.0132	0.0081	0.013	0.0095	0.0117	0.0251	0.0087	0.0095	0.006	0.0125	0.006	0.0062	0.0077	0.04	0.0077	0.0068
chr3L	8388164	8388368	chr3L:8388165-8388368	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.063	0.0495	0.0718	0.0685	0.035	0.0655	0.0549	0.0573	0.035	0.0882	0.0685	0.0882	0.0798	0.0766	0.0619	0.0766	0.0829
chr3L	8388505	8388815	chr3L:8388506-8388815	FBgn0035888	CG7120	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0501	0.0496	0.0527	0.0478	0.0223	0.0699	0.0575	0.0546	0.0223	0.0803	0.0386	0.0803	0.0511	0.0498	0.0303	0.0498	0.0714
chr3L	8388956	8389221	chr3L:8388957-8389221	FBgn0035888	CG7120	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1169	0.1375	0.1079	0.1039	0.1018	0.1966	0.1349	0.1632	0.1018	0.1431	0.0621	0.1431	0.0589	0.0773	0.0245	0.0773	0.1037
chr3L	8389317	8389552	chr3L:8389318-8389552	FBgn0035888	CG7120	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0712	0.0864	0.0695	0.056	0.0562	0.1184	0.0943	0.0999	0.0562	0.0821	0.037	0.0821	0.0442	0.0245	0.0084	0.0245	0.0474
chr3L	8389556	8389836	chr3L:8389557-8389836	FBgn0035888	CG7120	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0546	0.0603	0.0618	0.0402	0.0223	0.0976	0.0619	0.066	0.0223	0.0815	0.0373	0.0815	0.0449	0.0191	0.0155	0.0191	0.0495
chr3L	8390001	8390222	chr3L:8390002-8390222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.024	0.0216	0.0274	0.023	0.0074	0.0335	0.0238	0.0227	0.0074	0.0332	0.0196	0.0332	0.0418	0.0077	0.0084	0.0077	0.0516
chr3L	8398055	8398206	chr3L:8398056-8398206	FBgn0035889,FBgn0035890,FBgn0053057	CG13667,CG33057,mkg-p	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0565	0.0735	0.0563	0.0255	0.0617	0.0701	0.0773	0.0255	0.0833	0.0801	0.0833	0.0751	0.0658	0.0522	0.0658	0.075
chr3L	8398397	8398605	chr3L:8398398-8398605	FBgn0035889,FBgn0035890,FBgn0053057	CG13667,CG33057,mkg-p	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.165	0.1567	0.1923	0.1443	0.1103	0.1922	0.1713	0.1965	0.1103	0.2415	0.2064	0.2415	0.1882	0.173	0.1444	0.173	0.1746
chr3L	8404541	8404780	chr3L:8404542-8404780	FBgn0035891,FBgn0035892	Oseg1,exo70	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1047	0.0963	0.1154	0.1024	0.0573	0.1034	0.1047	0.1486	0.0573	0.1214	0.1502	0.1214	0.1015	0.1194	0.1199	0.1194	0.1251
chr3L	8404851	8405028	chr3L:8404852-8405028	FBgn0035891,FBgn0035892	Oseg1,exo70	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1083	0.0967	0.124	0.1042	0.0435	0.1243	0.1038	0.1379	0.0435	0.1492	0.1508	0.1492	0.1084	0.1202	0.1173	0.1202	0.1318
chr3L	8405097	8405265	chr3L:8405098-8405265	FBgn0035891,FBgn0035892	Oseg1,exo70	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.046	0.0627	0.0448	0.0233	0.0553	0.0532	0.0593	0.0233	0.07	0.0785	0.07	0.0503	0.0482	0.0542	0.0482	0.0552
chr3L	8413114	8413410	chr3L:8413115-8413410	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0142	0.0188	0.0386	0.0053	0.0146	0.0212	0.0187	0.0053	0.0151	0.0215	0.0151	0.0271	0.0268	0.0651	0.0268	0.0547
chr3L	8414466	8414689	chr3L:8414467-8414689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0513	0.0538	0.0485	0.0515	0.0403	0.035	0.0874	0.0633	0.0403	0.0248	0.074	0.0248	0.0511	0.0268	0.0928	0.0268	0.0709
chr3L	8414927	8415144	chr3L:8414928-8415144	FBgn0052354	CG32354	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0545	0.0452	0.0605	0.0581	0.0201	0.0364	0.0679	0.0626	0.0201	0.0483	0.0907	0.0483	0.062	0.0452	0.0722	0.0452	0.1079
chr3L	8417976	8418153	chr3L:8417977-8418153	FBgn0020224	Cbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1654	0.1336	0.2085	0.1536	0.0753	0.1612	0.1548	0.1792	0.0753	0.2597	0.227	0.2597	0.2029	0.1539	0.1599	0.1539	0.1892
chr3L	8418224	8418402	chr3L:8418225-8418402	FBgn0020224	Cbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1851	0.1474	0.2405	0.1663	0.1082	0.1811	0.1652	0.1859	0.1082	0.3116	0.2592	0.3116	0.2479	0.1753	0.185	0.1753	0.1907
chr3L	8418591	8418778	chr3L:8418592-8418778	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.043	0.0678	0.0347	0.0201	0.0529	0.0528	0.0526	0.0201	0.0779	0.0804	0.0779	0.0527	0.0337	0.0458	0.0337	0.0412
chr3L	8418941	8419092	chr3L:8418942-8419092	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0345	0.0447	0.0391	0.0181	0.0392	0.0447	0.061	0.048	0.0392	0.0399	0.0537	0.0399	0.0325	0.0161	0.0213	0.0161	0.024
chr3L	8420796	8420961	chr3L:8420797-8420961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0248	0.0331	0.0223	0.0159	0.0243	0.0355	0.0266	0.0159	0.0266	0.0347	0.0266	0.0596	0.0107	0.0193	0.0107	0.0485
chr3L	8428813	8428964	chr3L:8428814-8428964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0183	0.0188	0.0235	0.012	0.0085	0.0184	0.0247	0.0286	0.0085	0.026	0.0248	0.026	0.0194	0.0107	0.0155	0.0107	0.0146
chr3L	8434176	8434327	chr3L:8434177-8434327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.029	0.0191	0.0319	0.037	0.0042	0.0252	0.0251	0.02	0.0042	0.0236	0.0376	0.0236	0.0465	0.0161	0.0613	0.0161	0.0464
chr3L	8434409	8434602	chr3L:8434410-8434602	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0571	0.0294	0.0607	0.084	0.0074	0.0466	0.0268	0.04	0.0074	0.0465	0.0669	0.0465	0.0922	0.0528	0.1025	0.0528	0.0938
chr3L	8434921	8435094	chr3L:8434922-8435094	FBgn0263352	Unr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1299	0.1047	0.1579	0.1273	0.0551	0.1291	0.1185	0.1392	0.0551	0.1969	0.1678	0.1969	0.1433	0.1302	0.1212	0.1302	0.1344
chr3L	8435136	8435297	chr3L:8435137-8435297	FBgn0263352	Unr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0867	0.1467	0.11	0.0329	0.1194	0.0835	0.1252	0.0329	0.18	0.1566	0.18	0.1286	0.1034	0.1244	0.1034	0.1172
chr3L	8435374	8435555	chr3L:8435375-8435555	FBgn0263352	Unr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1742	0.1428	0.2104	0.1696	0.0891	0.1845	0.1449	0.1965	0.0891	0.2657	0.2232	0.2657	0.1998	0.1738	0.1825	0.1738	0.1876
chr3L	8442187	8442338	chr3L:8442188-8442338	FBgn0035896	CG6983	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0582	0.056	0.0697	0.048	0.0361	0.068	0.0662	0.0646	0.0361	0.0743	0.0788	0.0743	0.0542	0.0444	0.0632	0.0444	0.0495
chr3L	8442393	8442601	chr3L:8442394-8442601	FBgn0010825,FBgn0035896	CG6983,Gug	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1297	0.166	0.1355	0.0986	0.1388	0.1522	0.1679	0.0986	0.18	0.1958	0.18	0.141	0.1233	0.1522	0.1233	0.161
chr3L	8442913	8443083	chr3L:8442914-8443083	FBgn0010825,FBgn0035896	CG6983,Gug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2084	0.1831	0.2419	0.2001	0.1241	0.2097	0.2189	0.2285	0.1241	0.2609	0.2756	0.2609	0.2301	0.196	0.2044	0.196	0.234
chr3L	8443222	8443423	chr3L:8443223-8443423	FBgn0010825	Gug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1913	0.1937	0.2094	0.1689	0.1432	0.2155	0.231	0.2445	0.1432	0.2331	0.2299	0.2331	0.2053	0.1585	0.1825	0.1585	0.1912
chr3L	8443866	8444065	chr3L:8443867-8444065	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.07	0.0687	0.069	0.0726	0.0445	0.0709	0.0986	0.072	0.0445	0.0713	0.0543	0.0713	0.0418	0.0276	0.0361	0.0276	0.0349
chr3L	8445048	8445199	chr3L:8445049-8445199	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0514	0.0406	0.0726	0.0401	0.018	0.0495	0.0454	0.058	0.018	0.1492	0.0588	0.1492	0.0318	0.0444	0.0232	0.0444	0.0375
chr3L	8445228	8445389	chr3L:8445229-8445389	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0583	0.0462	0.0852	0.0423	0.0201	0.067	0.0532	0.0466	0.0201	0.1673	0.0746	0.1673	0.0558	0.0505	0.0232	0.0505	0.0479
chr3L	8445469	8445620	chr3L:8445470-8445620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0503	0.0439	0.0742	0.0313	0.018	0.0524	0.0528	0.058	0.018	0.1232	0.0695	0.1232	0.0682	0.0268	0.0297	0.0268	0.0406
chr3L	8447608	8447797	chr3L:8447609-8447797	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0818	0.1442	0.0669	0.0284	0.1188	0.1422	0.151	0.2305	0.1188	0.0948	0.0743	0.0948	0.0256	0.0138	0.0174	0.0138	0.0135
chr3L	8448095	8448246	chr3L:8448096-8448246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.06	0.0861	0.0552	0.0359	0.0636	0.0772	0.1172	0.1106	0.0636	0.0803	0.0611	0.0803	0.024	0.0383	0.0219	0.0383	0.0219
chr3L	8448421	8448572	chr3L:8448422-8448572	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0532	0.0759	0.0358	0.0471	0.0583	0.0447	0.1332	0.0793	0.0583	0.038	0.0328	0.038	0.0318	0.0789	0.0342	0.0789	0.0328
chr3L	8448996	8449312	chr3L:8448997-8449312	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0673	0.0515	0.0687	0.0834	0.0371	0.0578	0.0575	0.072	0.0371	0.0761	0.0855	0.0761	0.0449	0.1623	0.1083	0.1623	0.0453
chr3L	8449633	8449956	chr3L:8449634-8449956	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0965	0.1324	0.0968	0.0561	0.122	0.1117	0.1561	0.1979	0.122	0.0797	0.1389	0.0797	0.0542	0.0559	0.0986	0.0559	0.0292
chr3L	8450687	8450911	chr3L:8450688-8450911	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0691	0.0471	0.0739	0.0886	0.0255	0.0524	0.0614	0.0606	0.0255	0.0731	0.0736	0.0731	0.0689	0.0842	0.0851	0.0842	0.086
chr3L	8451044	8451359	chr3L:8451045-8451359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1076	0.0506	0.1058	0.1734	0.0148	0.0777	0.0571	0.0546	0.0148	0.1425	0.0984	0.1425	0.127	0.2718	0.1947	0.2718	0.1631
chr3L	8451516	8451704	chr3L:8451517-8451704	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0626	0.0298	0.0688	0.0923	0.0064	0.0461	0.032	0.0386	0.0064	0.1045	0.0707	0.1045	0.0519	0.1309	0.1154	0.1309	0.0891
chr3L	8451941	8452238	chr3L:8451942-8452238	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1578	0.1488	0.1744	0.1497	0.1336	0.1432	0.1804	0.1999	0.1336	0.1963	0.1849	0.1963	0.0713	0.1784	0.1431	0.1784	0.0761
chr3L	8452812	8453077	chr3L:8452813-8453077	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.05	0.0849	0.0843	0.0286	0.051	0.0653	0.0653	0.0286	0.0797	0.1064	0.0797	0.0511	0.0766	0.1399	0.0766	0.0485
chr3L	8453502	8453694	chr3L:8453503-8453694	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0607	0.0479	0.0872	0.046	0.0361	0.05	0.0653	0.054	0.0361	0.0845	0.1006	0.0845	0.038	0.0666	0.0567	0.0666	0.0245
chr3L	8454346	8454497	chr3L:8454347-8454497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.04	0.0349	0.0528	0.0318	0.0265	0.0354	0.0502	0.0406	0.0265	0.0906	0.0572	0.0906	0.0163	0.0383	0.0445	0.0383	0.0313
chr3L	8454663	8454889	chr3L:8454664-8454889	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0797	0.0502	0.1194	0.0689	0.0318	0.0704	0.0593	0.048	0.0318	0.1793	0.1453	0.1793	0.0542	0.0766	0.0941	0.0766	0.0834
chr3L	8463406	8463566	chr3L:8463407-8463566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.038	0.0341	0.0178	0.0244	0.0311	0.0549	0.0473	0.0244	0.0314	0.0418	0.0314	0.0271	0.0145	0.02	0.0145	0.0229
chr3L	8463883	8464034	chr3L:8463884-8464034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0277	0.0265	0.0157	0.0201	0.0262	0.0355	0.0326	0.0201	0.0332	0.0273	0.0332	0.0248	0.0145	0.0135	0.0145	0.024
chr3L	8464276	8464427	chr3L:8464277-8464427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0325	0.0288	0.0142	0.0201	0.0272	0.0497	0.0433	0.0201	0.0284	0.036	0.0284	0.0225	0.0115	0.0103	0.0115	0.0214
chr3L	8464663	8464814	chr3L:8464664-8464814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0386	0.0282	0.0173	0.0297	0.0345	0.0497	0.06	0.0297	0.0302	0.0357	0.0302	0.0209	0.0168	0.0251	0.0168	0.0151
chr3L	8466115	8466372	chr3L:8466116-8466372	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0399	0.0562	0.0404	0.0212	0.0456	0.0461	0.0696	0.0879	0.0456	0.0302	0.0569	0.0302	0.0325	0.0214	0.029	0.0214	0.024
chr3L	8466459	8466610	chr3L:8466460-8466610	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0249	0.0314	0.0287	0.0134	0.0244	0.0238	0.0411	0.0506	0.0244	0.0223	0.0395	0.0223	0.0225	0.0123	0.0232	0.0123	0.0151
chr3L	8467075	8467226	chr3L:8467076-8467226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0269	0.026	0.0146	0.018	0.0218	0.035	0.0413	0.018	0.0302	0.036	0.0302	0.0178	0.013	0.0206	0.013	0.0162
chr3L	8467331	8467482	chr3L:8467332-8467482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0219	0.027	0.0242	0.0135	0.0212	0.0223	0.0394	0.0353	0.0212	0.0175	0.0357	0.0175	0.024	0.0084	0.0206	0.0084	0.0151
chr3L	8467888	8468039	chr3L:8467889-8468039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0242	0.0245	0.013	0.0117	0.018	0.0342	0.0406	0.0117	0.0223	0.0341	0.0223	0.0186	0.0161	0.0193	0.0161	0.0125
chr3L	8473435	8473586	chr3L:8473436-8473586	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0144	0.0264	0.0117	0.0039	0.017	0.015	0.0515	0.0273	0.017	0.0109	0.018	0.0109	0.0085	0.0046	0.0039	0.0046	0.0031
chr3L	8473700	8473851	chr3L:8473701-8473851	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0309	0.016	0.0056	0.0297	0.0175	0.0532	0.034	0.0297	0.0217	0.0206	0.0217	0.0093	0.0031	0.0084	0.0031	0.0073
chr3L	8474148	8474299	chr3L:8474149-8474299	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0623	0.0176	0.0089	0.0551	0.0218	0.1237	0.058	0.0551	0.0151	0.0277	0.0151	0.0054	0.0061	0.02	0.0061	0.0057
chr3L	8474304	8474521	chr3L:8474305-8474521	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0452	0.0886	0.0305	0.0128	0.0764	0.033	0.1812	0.0786	0.0764	0.0229	0.0495	0.0229	0.0155	0.0084	0.0297	0.0084	0.0094
chr3L	8484574	8484765	chr3L:8484575-8484765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.022	0.0374	0.0201	0.0071	0.0286	0.0243	0.0649	0.0353	0.0286	0.0193	0.0286	0.0193	0.0139	0.0107	0.0116	0.0107	0.0057
chr3L	8484816	8484967	chr3L:8484817-8484967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0162	0.0293	0.0143	0.0035	0.0276	0.0228	0.0446	0.0293	0.0276	0.0151	0.0206	0.0151	0.0108	0.0054	0.0039	0.0054	0.0042
chr3L	8485196	8485404	chr3L:8485197-8485404	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0199	0.0376	0.0143	0.0063	0.0371	0.0233	0.0623	0.0433	0.0371	0.0169	0.0199	0.0169	0.0085	0.0023	0.0123	0.0023	0.0073
chr3L	8485543	8485694	chr3L:8485544-8485694	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0166	0.0274	0.0145	0.007	0.018	0.0204	0.042	0.0353	0.018	0.0127	0.0215	0.0127	0.0093	0.0031	0.0168	0.0031	0.0036
chr3L	8488052	8488339	chr3L:8488053-8488339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0339	0.0485	0.0372	0.0139	0.0382	0.0243	0.0921	0.0493	0.0382	0.0145	0.0675	0.0145	0.0248	0.0061	0.038	0.0061	0.0073
chr3L	8489797	8489992	chr3L:8489798-8489992	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.026	0.0311	0.0123	0.0159	0.0165	0.0446	0.0346	0.0159	0.0193	0.0588	0.0193	0.0116	0.0054	0.0361	0.0054	0.0073
chr3L	8490719	8491000	chr3L:8490720-8491000	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0451	0.0892	0.0286	0.0141	0.0689	0.0505	0.1246	0.1512	0.0689	0.0175	0.0502	0.0175	0.0186	0.0084	0.0387	0.0084	0.0073
chr3L	8499138	8499412	chr3L:8499139-8499412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.042	0.0513	0.0291	0.0286	0.0354	0.0536	0.0626	0.0286	0.0217	0.0977	0.0217	0.0279	0.0054	0.1135	0.0054	0.0068
chr3L	8499648	8499849	chr3L:8499649-8499849	FBgn0262719	CG43163	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1113	0.1383	0.1358	0.0543	0.1092	0.1306	0.1492	0.2312	0.1092	0.0646	0.2569	0.0646	0.0689	0.0176	0.1825	0.0176	0.0219
chr3L	8500153	8500444	chr3L:8500154-8500444	FBgn0262719	CG43163	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2161	0.2691	0.2556	0.1135	0.2333	0.2485	0.3356	0.3658	0.2333	0.276	0.355	0.276	0.2014	0.0858	0.2437	0.0858	0.1131
chr3L	8502536	8502687	chr3L:8502537-8502687	FBgn0035900,FBgn0035901	CG6745,ZC3H3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.0491	0.0665	0.0489	0.0308	0.0485	0.0649	0.0646	0.0308	0.0743	0.0749	0.0743	0.0813	0.0544	0.0471	0.0544	0.0615
chr3L	8502793	8502961	chr3L:8502794-8502961	FBgn0035900,FBgn0035901	CG6745,ZC3H3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.1061	0.1343	0.1111	0.053	0.118	0.1358	0.1372	0.053	0.1673	0.1431	0.1673	0.1472	0.1302	0.1038	0.1302	0.1397
chr3L	8503013	8503199	chr3L:8503014-8503199	FBgn0035900,FBgn0035901	CG6745,ZC3H3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0819	0.0705	0.094	0.0813	0.0361	0.0869	0.0882	0.0846	0.0361	0.1208	0.1051	0.1208	0.0922	0.0965	0.0799	0.0965	0.1021
chr3L	8505683	8505867	chr3L:8505684-8505867	FBgn0035903	CG6765	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0926	0.1062	0.1056	0.0632	0.0615	0.1165	0.1237	0.1512	0.0615	0.128	0.1064	0.128	0.0503	0.0237	0.0342	0.0237	0.0219
chr3L	8506508	8506659	chr3L:8506509-8506659	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.029	0.0213	0.031	0.0354	0.0064	0.0233	0.0272	0.03	0.0064	0.0248	0.0367	0.0248	0.0263	0.0176	0.0213	0.0176	0.0234
chr3L	8507971	8508146	chr3L:8507972-8508146	FBgn0035902	CG6683	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.1326	0.1516	0.1042	0.0923	0.1413	0.1769	0.1532	0.0923	0.1902	0.1588	0.1902	0.165	0.108	0.1109	0.108	0.1287
chr3L	8511417	8511568	chr3L:8511418-8511568	FBgn0035904	CG6776	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0132	0.0096	0.0188	0.0074	0.0083	0.0212	0.0153	0.0074	0.0079	0.009	0.0079	0.0163	0.0084	0.0097	0.0084	0.0453
chr3L	8516542	8516732	chr3L:8516543-8516732	FBgn0035906	CG6673	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.0861	0.1041	0.0887	0.0541	0.0976	0.0978	0.1153	0.0541	0.119	0.117	0.119	0.1224	0.1172	0.0825	0.1172	0.1219
chr3L	8516828	8516994	chr3L:8516829-8516994	FBgn0035906	CG6673	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0547	0.0585	0.0411	0.0265	0.0641	0.0662	0.07	0.0265	0.0713	0.0662	0.0713	0.0689	0.0429	0.0484	0.0429	0.0521
chr3L	8517876	8518047	chr3L:8517877-8518047	FBgn0024236,FBgn0035907	CG6662,foi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0601	0.0684	0.0485	0.035	0.0592	0.0856	0.0666	0.035	0.07	0.0801	0.07	0.0798	0.0413	0.0619	0.0413	0.061
chr3L	8518278	8518482	chr3L:8518279-8518482	FBgn0024236,FBgn0035907	CG6662,foi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1503	0.1523	0.1651	0.1317	0.1304	0.1578	0.1851	0.1939	0.1304	0.2204	0.1666	0.2204	0.1905	0.16	0.127	0.16	0.1621
chr3L	8518624	8518854	chr3L:8518625-8518854	FBgn0024236	foi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0814	0.0833	0.0912	0.0685	0.0657	0.0806	0.1021	0.1193	0.0657	0.1341	0.0775	0.1341	0.1084	0.0934	0.06	0.0934	0.0891
chr3L	8518883	8519118	chr3L:8518884-8519118	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0862	0.092	0.0829	0.07	0.0966	0.1081	0.0973	0.07	0.131	0.065	0.131	0.1433	0.1493	0.0496	0.1493	0.1079
chr3L	8519126	8519277	chr3L:8519127-8519277	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.0562	0.061	0.0475	0.0477	0.0723	0.067	0.0573	0.0477	0.0803	0.0424	0.0803	0.1232	0.0597	0.0245	0.0597	0.0922
chr3L	8519347	8519591	chr3L:8519348-8519591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0649	0.0768	0.0665	0.0499	0.0551	0.1024	0.0874	0.0846	0.0551	0.0725	0.0412	0.0725	0.1572	0.0467	0.0226	0.0467	0.1089
chr3L	8520078	8520229	chr3L:8520079-8520229	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0481	0.0943	0.0296	0.0169	0.0986	0.067	0.1384	0.1193	0.0986	0.026	0.0328	0.026	0.0434	0.0199	0.0155	0.0199	0.0245
chr3L	8520344	8520534	chr3L:8520345-8520534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.1503	0.0303	0.0153	0.1463	0.0942	0.2223	0.1999	0.1463	0.0272	0.0386	0.0272	0.038	0.0184	0.0187	0.0184	0.0151
chr3L	8527176	8527575	chr3L:8527177-8527575	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0911	0.1061	0.0968	0.0682	0.0965	0.1034	0.1328	0.1319	0.0965	0.1178	0.1055	0.1178	0.1053	0.0781	0.0593	0.0781	0.1058
chr3L	8527601	8527804	chr3L:8527602-8527804	FBgn0035909	ergic53	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.126	0.1261	0.1499	0.0997	0.105	0.1471	0.1423	0.1519	0.105	0.1854	0.1643	0.1854	0.1487	0.111	0.109	0.111	0.1292
chr3L	8527970	8528153	chr3L:8527971-8528153	FBgn0035909	ergic53	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1618	0.1438	0.1949	0.1454	0.0986	0.1733	0.1596	0.1825	0.0986	0.2331	0.2129	0.2331	0.1975	0.1593	0.1586	0.1593	0.1662
chr3L	8528214	8528394	chr3L:8528215-8528394	FBgn0035909	ergic53	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.105	0.0811	0.1294	0.1047	0.0371	0.0981	0.0978	0.1099	0.0371	0.1335	0.1556	0.1335	0.1379	0.1133	0.147	0.1133	0.1178
chr3L	8531567	8531727	chr3L:8531568-8531727	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0349	0.0258	0.0376	0.0422	0.0127	0.0316	0.0307	0.034	0.0127	0.0211	0.0537	0.0211	0.0287	0.0138	0.0213	0.0138	0.0198
chr3L	8533223	8533374	chr3L:8533224-8533374	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0141	0.0255	0.023	0.0074	0.0175	0.0173	0.0167	0.0074	0.0151	0.0141	0.0151	0.0139	0.0077	0.0045	0.0077	0.0099
chr3L	8533626	8533823	chr3L:8533627-8533823	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.016	0.0363	0.0538	0.0042	0.0189	0.0221	0.014	0.0042	0.0169	0.018	0.0169	0.0279	0.013	0.0129	0.013	0.0391
chr3L	8534010	8534161	chr3L:8534011-8534161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0151	0.0251	0.0304	0.0053	0.0194	0.0216	0.014	0.0053	0.0157	0.019	0.0157	0.0062	0.0061	0.0058	0.0061	0.0125
chr3L	8536802	8537046	chr3L:8536803-8537046	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0291	0.0258	0.0326	0.0288	0.0159	0.0316	0.032	0.0293	0.0159	0.0223	0.0286	0.0223	0.0186	0.0061	0.0103	0.0061	0.012
chr3L	8537529	8537680	chr3L:8537530-8537680	FBgn0260442	rhea	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0332	0.0217	0.0407	0.0377	0.0095	0.0204	0.0333	0.024	0.0095	0.0459	0.0424	0.0459	0.038	0.023	0.0303	0.023	0.0318
chr3L	8537796	8537969	chr3L:8537797-8537969	FBgn0260442	rhea	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0921	0.0608	0.1239	0.0923	0.0339	0.0796	0.0636	0.0766	0.0339	0.1558	0.135	0.1558	0.1224	0.1041	0.0883	0.1041	0.1152
chr3L	8537992	8538176	chr3L:8537993-8538176	FBgn0260442	rhea	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1262	0.1016	0.1614	0.115	0.052	0.1277	0.1198	0.1252	0.052	0.2017	0.1743	0.2017	0.1658	0.1516	0.118	0.1516	0.1423
chr3L	8538254	8538459	chr3L:8538255-8538459	FBgn0260442	rhea	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0638	0.1076	0.0837	0.0233	0.082	0.0696	0.0893	0.0233	0.1262	0.1103	0.1262	0.127	0.0965	0.0787	0.0965	0.1146
chr3L	8538565	8538819	chr3L:8538566-8538819	FBgn0260442	rhea	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0554	0.0481	0.0665	0.0515	0.017	0.065	0.0562	0.0613	0.017	0.0713	0.0592	0.0713	0.0914	0.0368	0.0335	0.0368	0.0912
chr3L	8539611	8539834	chr3L:8539612-8539834	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1025	0.0815	0.1289	0.0969	0.053	0.1345	0.074	0.0866	0.053	0.1745	0.1286	0.1745	0.2099	0.108	0.1406	0.108	0.147
chr3L	8540140	8540341	chr3L:8540141-8540341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0486	0.0324	0.0622	0.0519	0.0117	0.0578	0.032	0.0313	0.0117	0.1021	0.054	0.1021	0.0829	0.0628	0.0548	0.0628	0.0766
chr3L	8540558	8540709	chr3L:8540559-8540709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0352	0.0265	0.042	0.0375	0.0074	0.0437	0.0307	0.0253	0.0074	0.0779	0.0302	0.0779	0.0643	0.0452	0.0374	0.0452	0.0594
chr3L	8540938	8541089	chr3L:8540939-8541089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0331	0.0218	0.0381	0.0401	0.0095	0.0296	0.0264	0.0213	0.0095	0.0664	0.0273	0.0664	0.062	0.0314	0.0393	0.0314	0.0787
chr3L	8541263	8541414	chr3L:8541264-8541414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0357	0.0272	0.043	0.037	0.0085	0.0422	0.0324	0.024	0.0085	0.0785	0.0225	0.0785	0.0798	0.0253	0.0239	0.0253	0.0849
chr3L	8542283	8542444	chr3L:8542284-8542444	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0413	0.0358	0.053	0.0347	0.0085	0.0743	0.0311	0.022	0.0085	0.1147	0.0363	0.1147	0.0581	0.0674	0.0251	0.0674	0.049
chr3L	8542581	8542750	chr3L:8542582-8542750	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.045	0.0369	0.0577	0.04	0.0138	0.0762	0.0329	0.024	0.0138	0.1353	0.0334	0.1353	0.0666	0.0835	0.0284	0.0835	0.0479
chr3L	8543919	8544070	chr3L:8543920-8544070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0128	0.0192	0.026	0.0053	0.016	0.0186	0.0113	0.0053	0.0278	0.0141	0.0278	0.0318	0.0237	0.0174	0.0237	0.0537
chr3L	8544944	8545095	chr3L:8544945-8545095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0097	0.0099	0.0153	0.0053	0.0117	0.0138	0.0087	0.0053	0.0139	0.008	0.0139	0.0085	0.0145	0.0064	0.0145	0.012
chr3L	8546404	8546555	chr3L:8546405-8546555	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.025	0.0153	0.0235	0.0376	0.0053	0.0194	0.0216	0.014	0.0053	0.0423	0.0186	0.0423	0.0271	0.1386	0.0239	0.1386	0.0151
chr3L	8547201	8547442	chr3L:8547202-8547442	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0539	0.0611	0.058	0.0415	0.0382	0.0752	0.0779	0.0633	0.0382	0.0628	0.0695	0.0628	0.072	0.0467	0.0703	0.0467	0.0433
chr3L	8548820	8549016	chr3L:8548821-8549016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0315	0.0356	0.0326	0.0258	0.0148	0.0466	0.0471	0.034	0.0148	0.0483	0.0322	0.0483	0.0411	0.0345	0.0297	0.0345	0.0287
chr3L	8550174	8550370	chr3L:8550175-8550370	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0403	0.0259	0.0376	0.0593	0.0201	0.0345	0.0298	0.028	0.0201	0.0211	0.0212	0.0211	0.0186	0.0207	0.0142	0.0207	0.0172
chr3L	8553032	8553353	chr3L:8553033-8553353	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0783	0.0333	0.0911	0.1145	0.0138	0.0427	0.0394	0.042	0.0138	0.0707	0.0437	0.0707	0.0232	0.026	0.0335	0.026	0.0328
chr3L	8553794	8554048	chr3L:8553795-8554048	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0537	0.0233	0.0567	0.0843	0.0053	0.0359	0.029	0.022	0.0053	0.0441	0.0299	0.0441	0.017	0.0168	0.0161	0.0168	0.0203
chr3L	8562868	8563045	chr3L:8562869-8563045	FBgn0264511	CR43910	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0374	0.014	0.0363	0.0649	0.0064	0.017	0.0182	0.0127	0.0064	0.0205	0.0148	0.0205	0.0194	0.0123	0.0123	0.0123	0.0261
chr3L	8567820	8568064	chr3L:8567821-8568064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0296	0.0226	0.0313	0.0355	0.0138	0.0262	0.0324	0.0227	0.0138	0.0344	0.0257	0.0344	0.0387	0.0276	0.02	0.0276	0.0354
chr3L	8568178	8568478	chr3L:8568179-8568478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0237	0.0301	0.0351	0.0117	0.0291	0.0324	0.026	0.0117	0.029	0.0302	0.029	0.0318	0.0276	0.0161	0.0276	0.0375
chr3L	8569029	8569228	chr3L:8569030-8569228	FBgn0035911	CG6638	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0416	0.0212	0.0464	0.0592	0.0064	0.032	0.0203	0.028	0.0064	0.0477	0.0556	0.0477	0.0643	0.0689	0.0658	0.0689	0.0928
chr3L	8569412	8569563	chr3L:8569413-8569563	FBgn0035911	CG6638	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0274	0.0155	0.0253	0.043	0.0074	0.0218	0.0117	0.0247	0.0074	0.0211	0.0322	0.0211	0.0333	0.0413	0.0432	0.0413	0.0657
chr3L	8569725	8569876	chr3L:8569726-8569876	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0146	0.0217	0.0444	0.0074	0.0165	0.0182	0.02	0.0074	0.0223	0.0232	0.0223	0.0194	0.0199	0.0213	0.0199	0.025
chr3L	8571680	8571831	chr3L:8571681-8571831	FBgn0262508	CG43078	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0075	0.0086	0.0174	0.0053	0.0058	0.0143	0.0053	0.0053	0.006	0.0113	0.006	0.0139	0.0207	0.0309	0.0207	0.0198
chr3L	8573071	8573222	chr3L:8573072-8573222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0079	0.008	0.0157	0.0011	0.0058	0.016	0.008	0.0011	0.0072	0.0103	0.0072	0.0093	0.0084	0.0368	0.0084	0.0156
chr3L	8573562	8573713	chr3L:8573563-8573713	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0093	0.0164	0.0259	0.0042	0.0117	0.0087	0.0153	0.0042	0.0066	0.027	0.0066	0.0132	0.0077	0.0851	0.0077	0.013
chr3L	8593960	8594142	chr3L:8593961-8594142	FBgn0017430,FBgn0017579,FBgn0060292	Nelf-E,RpL14,snoRNA:U49:66Da	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1974	0.1975	0.2235	0.1685	0.1739	0.2238	0.2253	0.2412	0.1739	0.288	0.2441	0.288	0.1936	0.1715	0.1773	0.1715	0.2006
chr3L	8594524	8595064	chr3L:8594525-8595064	FBgn0017579,FBgn0060291,FBgn0060292	RpL14,snoRNA:U49:66Da,snoRNA:U49:66Db	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1053	0.1097	0.1298	0.0735	0.0657	0.1272	0.1302	0.1439	0.0657	0.1558	0.1457	0.1558	0.1356	0.0781	0.0593	0.0781	0.1084
chr3L	8595272	8595423	chr3L:8595273-8595423	FBgn0060291	snoRNA:U49:66Db	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0484	0.0598	0.0253	0.0403	0.0485	0.0588	0.066	0.0403	0.0894	0.0598	0.0894	0.0689	0.0329	0.0271	0.0329	0.037
chr3L	8595747	8596173	chr3L:8595748-8596173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0854	0.0785	0.1175	0.0579	0.0573	0.0888	0.0956	0.0946	0.0573	0.1588	0.1209	0.1588	0.151	0.0873	0.0593	0.0873	0.0808
chr3L	8596290	8596850	chr3L:8596291-8596850	FBgn0017429	CG5989	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1018	0.0901	0.139	0.0742	0.0498	0.1199	0.1034	0.1053	0.0498	0.1908	0.1437	0.1908	0.1673	0.1018	0.0696	0.1018	0.098
chr3L	8596926	8597105	chr3L:8596927-8597105	FBgn0017429	CG5989	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0813	0.0723	0.1044	0.066	0.0456	0.0762	0.0956	0.0826	0.0456	0.119	0.1219	0.119	0.1131	0.0704	0.0819	0.0704	0.0823
chr3L	8597189	8597377	chr3L:8597190-8597377	FBgn0017429,FBgn0035914	CG5989,CG6282	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1374	0.1186	0.1712	0.1213	0.0785	0.1388	0.1397	0.1519	0.0785	0.215	0.1897	0.215	0.1758	0.1371	0.1251	0.1371	0.1438
chr3L	8597603	8597811	chr3L:8597604-8597811	FBgn0017429,FBgn0035914	CG5989,CG6282	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0758	0.0482	0.1033	0.0763	0.0329	0.0597	0.048	0.0673	0.0329	0.1528	0.1003	0.1528	0.1123	0.1225	0.0606	0.1225	0.0646
chr3L	8597933	8598084	chr3L:8597934-8598084	FBgn0035914	CG6282	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0225	0.0181	0.0274	0.022	0.0042	0.0228	0.0225	0.0247	0.0042	0.0326	0.0283	0.0326	0.0294	0.0214	0.0129	0.0214	0.0177
chr3L	8616555	8616848	chr3L:8616556-8616848	FBgn0035916	GAPsec	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0394	0.0668	0.0478	0.0244	0.0471	0.0424	0.0513	0.0244	0.0839	0.0746	0.0839	0.0635	0.0528	0.0503	0.0528	0.061
chr3L	8616910	8617094	chr3L:8616911-8617094	FBgn0035916,FBgn0035917	GAPsec,Zasp66	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0731	0.0601	0.0944	0.0643	0.0403	0.0704	0.0662	0.0793	0.0403	0.1129	0.1026	0.1129	0.1015	0.0704	0.0722	0.0704	0.0829
chr3L	8620809	8620989	chr3L:8620810-8620989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0535	0.0409	0.068	0.0518	0.0255	0.0417	0.0441	0.0646	0.0255	0.0978	0.0717	0.0978	0.0937	0.0812	0.0587	0.0812	0.0771
chr3L	8621128	8621425	chr3L:8621129-8621425	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.14	0.1089	0.1805	0.1303	0.0764	0.1359	0.1016	0.1592	0.0764	0.2663	0.2003	0.2663	0.1851	0.2243	0.1709	0.2243	0.1636
chr3L	8621691	8621842	chr3L:8621692-8621842	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0315	0.0242	0.0382	0.0324	0.0117	0.0252	0.0307	0.0373	0.0117	0.055	0.0418	0.055	0.0341	0.0881	0.0322	0.0881	0.0261
chr3L	8621870	8622072	chr3L:8621871-8622072	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0333	0.0226	0.0354	0.0429	0.0074	0.0233	0.032	0.0286	0.0074	0.0574	0.037	0.0574	0.0333	0.134	0.04	0.134	0.0198
chr3L	8622325	8622476	chr3L:8622326-8622476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0202	0.0135	0.0206	0.0273	0.0064	0.0131	0.0164	0.0193	0.0064	0.0411	0.0186	0.0411	0.0178	0.0904	0.0168	0.0904	0.0115
chr3L	8624227	8624378	chr3L:8624228-8624378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0228	0.0204	0.0237	0.0244	0.0064	0.0243	0.0212	0.032	0.0064	0.0332	0.0241	0.0332	0.0263	0.0681	0.0181	0.0681	0.0193
chr3L	8626845	8627020	chr3L:8626846-8627020	FBgn0035918	Cdc6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0654	0.0465	0.0801	0.0705	0.0244	0.0626	0.0536	0.0566	0.0244	0.0906	0.0842	0.0906	0.1038	0.0842	0.0774	0.0842	0.1157
chr3L	8627131	8627328	chr3L:8627132-8627328	FBgn0035918	Cdc6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1259	0.1162	0.1505	0.1097	0.071	0.1403	0.1241	0.1612	0.071	0.2077	0.1666	0.2077	0.1379	0.1309	0.1328	0.1309	0.1595
chr3L	8628426	8628577	chr3L:8628427-8628577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0164	0.0146	0.0187	0.016	0.0011	0.0165	0.0212	0.0167	0.0011	0.0205	0.0254	0.0205	0.0116	0.0161	0.0335	0.0161	0.0125
chr3L	8630834	8630996	chr3L:8630835-8630996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0364	0.0307	0.0156	0.0212	0.0369	0.0584	0.0333	0.0212	0.032	0.0418	0.032	0.0155	0.0222	0.0206	0.0222	0.0109
chr3L	8637008	8637221	chr3L:8637009-8637221	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0325	0.036	0.0437	0.0164	0.0106	0.051	0.0281	0.062	0.0106	0.0097	0.0907	0.0097	0.0139	0.0031	0.0426	0.0031	0.0099
chr3L	8637232	8637434	chr3L:8637233-8637434	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0332	0.0398	0.0431	0.0149	0.017	0.051	0.0372	0.0626	0.017	0.0115	0.0865	0.0115	0.0101	0.0054	0.0419	0.0054	0.0083
chr3L	8637474	8637844	chr3L:8637475-8637844	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0416	0.0518	0.0527	0.0181	0.018	0.0631	0.0588	0.0759	0.018	0.0205	0.0987	0.0205	0.0132	0.0054	0.0451	0.0054	0.0073
chr3L	8640057	8640243	chr3L:8640058-8640243	FBgn0035921,FBgn0035922	CG13305,Pex7	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0307	0.0191	0.0327	0.0414	0.0064	0.0189	0.0298	0.0233	0.0064	0.0169	0.0209	0.0169	0.0139	0.0061	0.0181	0.0061	0.013
chr3L	8645066	8645256	chr3L:8645067-8645256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0628	0.0563	0.0791	0.0521	0.0286	0.0714	0.0675	0.0686	0.0286	0.1051	0.0814	0.1051	0.0813	0.0674	0.0574	0.0674	0.0526
chr3L	8645535	8645912	chr3L:8645536-8645912	distal	distal	stage11	stage11	VT27671.1	VT27671.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.07	0.0563	0.0962	0.0565	0.0191	0.0811	0.0619	0.072	0.0191	0.1486	0.118	0.1486	0.0689	0.16	0.0484	0.16	0.038
chr3L	8646132	8646386	chr3L:8646133-8646386	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT27671.1	VT27671.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0613	0.1069	0.0553	0.017	0.0456	0.1301	0.0865	0.1979	0.0456	0.0592	0.0807	0.0592	0.0341	0.0436	0.0148	0.0436	0.0135
chr3L	8646660	8646931	chr3L:8646661-8646931	distal	distal	stage5	stage5	VT27671.1	VT27671.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0632	0.1508	0.0246	0.0078	0.1347	0.1107	0.2262	0.1885	0.1347	0.0284	0.0344	0.0284	0.0124	0.0168	0.0052	0.0168	0.0052
chr3L	8647970	8648121	chr3L:8647971-8648121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0167	0.0178	0.0164	0.0157	0.0127	0.0223	0.0229	0.0173	0.0127	0.0338	0.0141	0.0338	0.0108	0.0658	0.0071	0.0658	0.0042
chr3L	8653358	8653509	chr3L:8653359-8653509	distal	distal	stage11	stage11	VT27675.1	VT27675.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.0163	0.023	0.0139	0.0106	0.0146	0.0242	0.0213	0.0106	0.0236	0.035	0.0236	0.0178	0.0191	0.0245	0.0191	0.0125
chr3L	8653576	8653727	chr3L:8653577-8653727	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT27675.1	VT27675.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0259	0.0317	0.0312	0.0138	0.0201	0.0301	0.0324	0.0546	0.0201	0.0248	0.0502	0.0248	0.0271	0.0276	0.0226	0.0276	0.012
chr3L	8653793	8654044	chr3L:8653794-8654044	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT27675.1	VT27675.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0401	0.0628	0.0414	0.0134	0.0392	0.0709	0.0593	0.1039	0.0392	0.032	0.0695	0.032	0.024	0.0191	0.0271	0.0191	0.0104
chr3L	8654142	8654293	chr3L:8654143-8654293	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT27675.1	VT27675.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0282	0.0496	0.027	0.0057	0.0308	0.051	0.0467	0.0899	0.0308	0.0211	0.0431	0.0211	0.0139	0.0092	0.0103	0.0092	0.0026
chr3L	8655652	8655803	chr3L:8655653-8655803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0144	0.0173	0.0136	0.0121	0.0148	0.016	0.0229	0.0227	0.0148	0.0151	0.0158	0.0151	0.0201	0.01	0.0052	0.01	0.0276
chr3L	8657541	8657901	chr3L:8657542-8657901	distal	distal	stage5	stage5	VT27677.1,h_stripe_3+4_ET22	VT27677.1,h_stripe_3+4_ET22	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0342	0.0851	0.0093	0.0046	0.0933	0.0427	0.1427	0.0966	0.0933	0.0103	0.0113	0.0103	0.0054	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr3L	8658574	8658750	chr3L:8658575-8658750	distal	distal	none	none	VT27678.1	VT27678.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0301	0.0627	0.0185	0.0063	0.0551	0.0379	0.0986	0.0799	0.0551	0.0133	0.028	0.0133	0.0139	0.0061	0.009	0.0061	0.0068
chr3L	8658877	8659104	chr3L:8658878-8659104	distal	distal	stage5	stage5	VT27678.1,h_h7FA	VT27678.1,h_h7FA	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0382	0.0845	0.0202	0.0064	0.0753	0.0578	0.1302	0.1093	0.0753	0.0127	0.0318	0.0127	0.0116	0.0046	0.0071	0.0046	0.0078
chr3L	8659246	8659512	chr3L:8659247-8659512	distal	distal	stage5	stage5	VT27678.1,h_stripe_6+2_NR	VT27678.1,h_stripe_6+2_NR	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.042	0.1007	0.0143	0.0068	0.1007	0.0398	0.1959	0.0906	0.1007	0.0103	0.0199	0.0103	0.007	0.0069	0.0071	0.0069	0.0052
chr3L	8659525	8659697	chr3L:8659526-8659697	distal	distal	stage5	stage5	VT27678.1,VT27679.1,h_stripe_6+2_NR	VT27678.1,VT27679.1,h_stripe_6+2_NR	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0336	0.0826	0.0108	0.0039	0.0817	0.0301	0.1683	0.0686	0.0817	0.0085	0.0145	0.0085	0.0023	0.0023	0.0045	0.0023	0.0021
chr3L	8661004	8661306	chr3L:8661005-8661306	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27679.1,VT27680.1	VT27679.1,VT27680.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0357	0.0183	0.0385	0.0522	0.0095	0.0262	0.0234	0.0173	0.0095	0.0574	0.0344	0.0574	0.0643	0.0689	0.0445	0.0689	0.1021
chr3L	8661524	8661675	chr3L:8661525-8661675	distal	distal	none	none	VT27679.1,VT27680.1	VT27679.1,VT27680.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.0127	0.0202	0.0212	0.0074	0.0136	0.0173	0.0167	0.0074	0.0229	0.0193	0.0229	0.0372	0.026	0.0174	0.026	0.0433
chr3L	8661721	8661872	chr3L:8661722-8661872	distal	distal	none	none	VT27679.1,VT27680.1	VT27679.1,VT27680.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0153	0.0153	0.0133	0.0175	0.0138	0.017	0.0225	0.0153	0.0138	0.0187	0.0109	0.0187	0.0225	0.0391	0.0116	0.0391	0.0261
chr3L	8662192	8662343	chr3L:8662193-8662343	distal	distal	none	none	VT27680.1	VT27680.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0193	0.0183	0.016	0.024	0.0106	0.0175	0.029	0.0207	0.0106	0.0254	0.017	0.0254	0.0147	0.075	0.0155	0.075	0.0198
chr3L	8662435	8662586	chr3L:8662436-8662586	distal	distal	none	none	VT27680.1	VT27680.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.0224	0.0132	0.027	0.0212	0.016	0.0385	0.0227	0.0212	0.0229	0.0145	0.0229	0.0101	0.0988	0.0148	0.0988	0.0146
chr3L	8663333	8663574	chr3L:8663334-8663574	distal	distal	stage5	stage5	VT27680.1,h_stripe5	VT27680.1,h_stripe5	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0723	0.1776	0.0265	0.005	0.1782	0.0612	0.3335	0.1879	0.1782	0.0163	0.0466	0.0163	0.0093	0.0038	0.0071	0.0038	0.0057
chr3L	8663619	8663861	chr3L:8663620-8663861	distal	distal	stage5	stage5	h_stripe5	h_stripe5	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0426	0.0957	0.0226	0.0052	0.07	0.0413	0.1631	0.1252	0.07	0.0181	0.0354	0.0181	0.0139	0.0046	0.0052	0.0046	0.0057
chr3L	8664109	8664386	chr3L:8664110-8664386	distal	distal	stage5	stage5	h_stripe1	h_stripe1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.1965	0.0275	0.0077	0.1983	0.0864	0.3478	0.2085	0.1983	0.0217	0.0376	0.0217	0.0194	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr3L	8664431	8664582	chr3L:8664432-8664582	distal	distal	stage5	stage5	h_stripe1	h_stripe1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0443	0.1098	0.0148	0.0035	0.0944	0.0422	0.2063	0.1213	0.0944	0.0079	0.0209	0.0079	0.0077	0.0046	0.0026	0.0046	0.0036
chr3L	8665987	8666164	chr3L:8665988-8666164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0565	0.0289	0.0718	0.0705	0.017	0.0364	0.0346	0.0333	0.017	0.0912	0.0595	0.0912	0.1479	0.0689	0.0671	0.0689	0.1277
chr3L	8668657	8669050	chr3L:8668658-8669050	FBgn0001168	h	stage11,stage14,stage5	none	VT27684.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3126	0.3771	0.3095	0.244	0.3966	0.3578	0.4572	0.4544	0.3966	0.3575	0.3974	0.3575	0.3532	0.3828	0.3314	0.3828	0.3241
chr3L	8669271	8669489	chr3L:8669272-8669489	FBgn0001168	h	stage5	none	VT27684.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0718	0.0963	0.0693	0.0471	0.1018	0.0801	0.1241	0.1252	0.1018	0.0797	0.0945	0.0797	0.0759	0.0789	0.0503	0.0789	0.0677
chr3L	8669586	8669737	chr3L:8669587-8669737	distal	distal	none	none	VT27684.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0391	0.0592	0.0303	0.0263	0.0647	0.0461	0.0843	0.0673	0.0647	0.0441	0.0318	0.0441	0.0403	0.059	0.0239	0.059	0.0349
chr3L	8669773	8669924	chr3L:8669774-8669924	distal	distal	none	none	VT27684.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0447	0.0628	0.0357	0.0345	0.0742	0.0481	0.0874	0.072	0.0742	0.0646	0.0354	0.0646	0.0349	0.0881	0.0213	0.0881	0.0433
chr3L	8670179	8670381	chr3L:8670180-8670381	distal	distal	none	none	VT27684.1,h_mesodermal	h_mesodermal	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0518	0.067	0.041	0.0467	0.0774	0.0539	0.0965	0.074	0.0774	0.1021	0.0289	0.1021	0.0356	0.1761	0.0213	0.1761	0.0266
chr3L	8671040	8671191	chr3L:8671041-8671191	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.029	0.0482	0.0183	0.0192	0.0679	0.0243	0.0813	0.048	0.0679	0.0356	0.0148	0.0356	0.024	0.0567	0.0084	0.0567	0.0208
chr3L	8674309	8674462	chr3L:8674310-8674462	distal	distal	stage5	stage5	VT27685.1	VT27685.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0239	0.0376	0.0179	0.0152	0.0201	0.0388	0.0394	0.0606	0.0201	0.0175	0.0225	0.0175	0.0225	0.0184	0.0064	0.0184	0.0281
chr3L	8675255	8675406	chr3L:8675256-8675406	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0173	0.028	0.0121	0.0074	0.0194	0.0251	0.02	0.0074	0.0133	0.0431	0.0133	0.038	0.0046	0.0271	0.0046	0.0146
chr3L	8675411	8675617	chr3L:8675412-8675617	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0231	0.0461	0.0152	0.0085	0.0282	0.032	0.0253	0.0085	0.0163	0.0611	0.0163	0.0976	0.0069	0.0148	0.0069	0.0339
chr3L	8676201	8676427	chr3L:8676202-8676427	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0179	0.0241	0.0235	0.0074	0.0155	0.0298	0.0207	0.0074	0.0163	0.0232	0.0163	0.062	0.0176	0.0219	0.0176	0.0479
chr3L	8678841	8678992	chr3L:8678842-8678992	distal	distal	none	none	VT27688.1	VT27688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.009	0.0117	0.0148	0.0032	0.0078	0.0164	0.008	0.0032	0.0121	0.008	0.0121	0.0302	0.013	0.0039	0.013	0.037
chr3L	8679015	8679166	chr3L:8679016-8679166	distal	distal	none	none	VT27688.1	VT27688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0108	0.0092	0.0104	0.0131	0.0064	0.0049	0.0195	0.0067	0.0064	0.0169	0.0064	0.0169	0.024	0.0123	0.0019	0.0123	0.0297
chr3L	8680773	8681013	chr3L:8680774-8681013	distal	distal	stage5	stage5	h_stripe0	h_stripe0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0238	0.0461	0.0133	0.0104	0.0339	0.0175	0.0969	0.0426	0.0339	0.0091	0.0167	0.0091	0.0209	0.0092	0.009	0.0092	0.0198
chr3L	8681861	8682012	chr3L:8681862-8682012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0148	0.014	0.0305	0.0053	0.0155	0.0251	0.014	0.0053	0.0072	0.008	0.0072	0.0496	0.0199	0.0116	0.0199	0.0808
chr3L	8682892	8683043	chr3L:8682893-8683043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0102	0.0183	0.0125	0.0074	0.0102	0.0151	0.0087	0.0074	0.0109	0.0122	0.0109	0.0635	0.0161	0.0142	0.0161	0.0219
chr3L	8684973	8685131	chr3L:8684974-8685131	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0396	0.0171	0.0374	0.0671	0.0042	0.0248	0.0247	0.014	0.0042	0.0175	0.0219	0.0175	0.1379	0.0222	0.0161	0.0222	0.2095
chr3L	8685587	8685862	chr3L:8685588-8685862	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0581	0.0285	0.0617	0.0873	0.0138	0.0451	0.0337	0.0213	0.0138	0.0254	0.0379	0.0254	0.2316	0.0306	0.0426	0.0306	0.2543
chr3L	8687014	8687165	chr3L:8687015-8687165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0107	0.0071	0.0123	0.0128	0.0032	0.0097	0.0091	0.0067	0.0032	0.0091	0.0148	0.0091	0.0248	0.0046	0.0309	0.0046	0.0162
chr3L	8689680	8689851	chr3L:8689681-8689851	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0064	0.0203	0.0426	0.0011	0.0063	0.0108	0.006	0.0011	0.0109	0.0161	0.0109	0.0643	0.0306	0.0303	0.0306	0.1021
chr3L	8691067	8691324	chr3L:8691068-8691324	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0085	0.0214	0.0524	0.0021	0.0102	0.0134	0.008	0.0021	0.0109	0.0138	0.0109	0.0775	0.0145	0.0471	0.0145	0.1402
chr3L	8691728	8691971	chr3L:8691729-8691971	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.036	0.0171	0.0405	0.0522	0.0074	0.0233	0.0255	0.012	0.0074	0.0236	0.0219	0.0236	0.1495	0.0214	0.02	0.0214	0.1542
chr3L	8692868	8693230	chr3L:8692869-8693230	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27697.1	VT27697.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0675	0.039	0.0755	0.0907	0.0201	0.0578	0.0523	0.0306	0.0201	0.0435	0.0347	0.0435	0.3044	0.062	0.0316	0.062	0.247
chr3L	8693509	8693706	chr3L:8693510-8693706	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27697.1	VT27697.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0137	0.0358	0.0581	0.0064	0.0252	0.0169	0.006	0.0064	0.0199	0.0158	0.0199	0.1402	0.0314	0.0232	0.0314	0.1683
chr3L	8693709	8693860	chr3L:8693710-8693860	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27697.1	VT27697.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0307	0.0108	0.0365	0.0464	0.0042	0.0189	0.0125	0.0053	0.0042	0.0223	0.0203	0.0223	0.1332	0.0444	0.0155	0.0444	0.1214
chr3L	8694088	8694239	chr3L:8694089-8694239	distal	distal	none	none	VT27697.1	VT27697.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0151	0.0299	0.0295	0.0042	0.0165	0.0242	0.014	0.0042	0.0097	0.0209	0.0097	0.11	0.0245	0.0103	0.0245	0.0761
chr3L	8697107	8697258	chr3L:8697108-8697258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0188	0.0184	0.0182	0.0117	0.0199	0.0255	0.022	0.0117	0.0163	0.0241	0.0163	0.0263	0.0115	0.0368	0.0115	0.0229
chr3L	8698144	8698304	chr3L:8698145-8698304	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27700.1	VT27700.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0333	0.0138	0.0373	0.0507	0.0032	0.0194	0.0203	0.0127	0.0032	0.0163	0.0225	0.0163	0.1456	0.013	0.0142	0.013	0.1605
chr3L	8705889	8706123	chr3L:8705890-8706123	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	h_V	h_V	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0287	0.0301	0.0164	0.0138	0.0354	0.032	0.036	0.0138	0.0181	0.0492	0.0181	0.0271	0.0138	0.0329	0.0138	0.0141
chr3L	8706798	8707034	chr3L:8706799-8707034	distal	distal	stage5	stage5	VT27705.1,h_V	VT27705.1,h_V	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0336	0.0268	0.0259	0.017	0.0325	0.0506	0.0386	0.017	0.0272	0.0264	0.0272	0.0333	0.0214	0.0187	0.0214	0.0334
chr3L	8711779	8711967	chr3L:8711780-8711967	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0818	0.0704	0.098	0.0769	0.0382	0.0888	0.0843	0.0846	0.0382	0.1099	0.1228	0.1099	0.1007	0.0804	0.0819	0.0804	0.1079
chr3L	8712547	8712733	chr3L:8712548-8712733	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0462	0.0634	0.0457	0.0274	0.0562	0.0524	0.0891	0.0773	0.0562	0.0447	0.0576	0.0447	0.0565	0.0237	0.0322	0.0237	0.0386
chr3L	8713008	8713166	chr3L:8713009-8713166	FBgn0011509	SrpRbeta	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0615	0.0472	0.0784	0.0589	0.0233	0.0631	0.0502	0.0586	0.0233	0.09	0.0926	0.09	0.0906	0.0536	0.0658	0.0536	0.0792
chr3L	8713241	8713417	chr3L:8713242-8713417	FBgn0011509	SrpRbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1075	0.0768	0.1423	0.1036	0.0403	0.1	0.0792	0.1059	0.0403	0.1661	0.1611	0.1661	0.1588	0.1087	0.0999	0.1087	0.136
chr3L	8713938	8714089	chr3L:8713939-8714089	FBgn0035923,FBgn0052022	CG32022,CG6511	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0753	0.0573	0.098	0.0706	0.0329	0.0689	0.0722	0.066	0.0329	0.1081	0.118	0.1081	0.1146	0.0727	0.0735	0.0727	0.0954
chr3L	8714168	8714333	chr3L:8714169-8714333	FBgn0035923,FBgn0052022	CG32022,CG6511	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1669	0.1245	0.2079	0.1695	0.0817	0.1524	0.1341	0.1679	0.0817	0.25	0.2302	0.25	0.2177	0.1753	0.1889	0.1753	0.2157
chr3L	8714458	8714628	chr3L:8714459-8714628	FBgn0035923,FBgn0052022	CG32022,CG6511	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1916	0.1545	0.2354	0.1848	0.122	0.1917	0.1635	0.1965	0.122	0.2965	0.2444	0.2965	0.2641	0.1922	0.2057	0.1922	0.2204
chr3L	8734325	8734515	chr3L:8734326-8734515	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.03	0.0136	0.0131	0.067	0.0095	0.0136	0.0225	0.0107	0.0095	0.0181	0.008	0.0181	0.0318	0.1723	0.0284	0.1723	0.0782
chr3L	8738432	8738590	chr3L:8738433-8738590	FBgn0003149	Prm	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0346	0.0354	0.0358	0.0323	0.0212	0.0306	0.064	0.0266	0.0212	0.064	0.0347	0.064	0.024	0.1095	0.0239	0.1095	0.0156
chr3L	8738784	8738935	chr3L:8738785-8738935	FBgn0003149	Prm	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0184	0.0249	0.0164	0.0132	0.0148	0.0141	0.0458	0.0266	0.0148	0.0217	0.0199	0.0217	0.0147	0.0421	0.0084	0.0421	0.0073
chr3L	8740556	8740707	chr3L:8740557-8740707	distal	distal	stage14	stage14	Prm_-1.7/-0.76_NR	Prm_-1.7/-0.76_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0177	0.0077	0.0169	0.0298	0.0021	0.0112	0.0121	0.0053	0.0021	0.035	0.0132	0.035	0.0139	0.0988	0.0148	0.0988	0.0172
chr3L	8741342	8741493	chr3L:8741343-8741493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0166	0.0137	0.0159	0.0207	0.0117	0.0087	0.0268	0.0113	0.0117	0.0242	0.0161	0.0242	0.0194	0.0628	0.011	0.0628	0.0146
chr3L	8742059	8742238	chr3L:8742060-8742238	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0679	0.0501	0.0905	0.0629	0.0329	0.0524	0.0649	0.0586	0.0329	0.1033	0.1023	0.1033	0.0991	0.0827	0.06	0.0827	0.0797
chr3L	8746587	8746738	chr3L:8746588-8746738	FBgn0261259	Fhos	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0142	0.0097	0.0132	0.0203	0.0064	0.0087	0.0169	0.0087	0.0064	0.0217	0.0119	0.0217	0.0085	0.0758	0.0052	0.0758	0.0115
chr3L	8748497	8748648	chr3L:8748498-8748648	FBgn0035924	CG6576	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0136	0.0106	0.0091	0.0217	0.0042	0.0083	0.0242	0.0033	0.0042	0.0139	0.009	0.0139	0.0101	0.0881	0.011	0.0881	0.0073
chr3L	8756082	8756233	chr3L:8756083-8756233	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0112	0.0059	0.0085	0.0202	0.0021	0.0049	0.0108	0.0053	0.0021	0.0066	0.01	0.0066	0.0139	0.0168	0.0245	0.0168	0.0323
chr3L	8758582	8758773	chr3L:8758583-8758773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0106	0.0331	0.0376	0.0042	0.0141	0.016	0.0073	0.0042	0.0266	0.0424	0.0266	0.0496	0.0865	0.0509	0.0865	0.0297
chr3L	8758921	8759111	chr3L:8758922-8759111	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0744	0.0262	0.106	0.0936	0.0106	0.0354	0.0311	0.0273	0.0106	0.0652	0.1576	0.0652	0.1503	0.1685	0.1547	0.1685	0.0703
chr3L	8759361	8759616	chr3L:8759362-8759616	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.105	0.0336	0.1222	0.1659	0.0159	0.0515	0.0381	0.0306	0.0159	0.0622	0.1836	0.0622	0.1836	0.2397	0.2398	0.2397	0.1641
chr3L	8760016	8760167	chr3L:8760017-8760167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0287	0.0204	0.0428	0.0226	0.0095	0.0238	0.0303	0.0207	0.0095	0.0356	0.0711	0.0356	0.031	0.0222	0.0426	0.0222	0.0214
chr3L	8762770	8762921	chr3L:8762771-8762921	distal	distal	none	none	VT27732.1	VT27732.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0175	0.0101	0.0216	0.0212	0.0021	0.0107	0.0186	0.0067	0.0021	0.0109	0.0235	0.0109	0.055	0.0054	0.0406	0.0054	0.0313
chr3L	8765944	8766134	chr3L:8765945-8766134	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27734.1	VT27734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0378	0.0155	0.0492	0.0503	0.0042	0.0175	0.0264	0.014	0.0042	0.0187	0.0897	0.0187	0.0457	0.0115	0.1812	0.0115	0.0203
chr3L	8766379	8766670	chr3L:8766380-8766670	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27734.1	VT27734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0336	0.0145	0.0416	0.0462	0.0042	0.016	0.0212	0.0187	0.0042	0.0242	0.0698	0.0242	0.0395	0.0123	0.1612	0.0123	0.0203
chr3L	8780447	8780637	chr3L:8780448-8780637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0318	0.0259	0.0379	0.0318	0.0127	0.0267	0.0411	0.024	0.0127	0.0314	0.046	0.0314	0.0689	0.0329	0.0471	0.0329	0.0526
chr3L	8781050	8781324	chr3L:8781051-8781324	FBgn0035926	CG5804	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0179	0.0237	0.0177	0.0074	0.0141	0.0303	0.0213	0.0074	0.0175	0.0206	0.0175	0.0635	0.0077	0.0148	0.0077	0.0433
chr3L	8791861	8792032	chr3L:8791862-8792032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0392	0.0394	0.0536	0.0233	0.0201	0.0515	0.0476	0.0453	0.0201	0.0809	0.0543	0.0809	0.0573	0.0299	0.0251	0.0299	0.0365
chr3L	8801638	8801789	chr3L:8801639-8801789	FBgn0035932	CG13308	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0147	0.016	0.0216	0.0058	0.0053	0.0199	0.0229	0.0167	0.0053	0.0507	0.0174	0.0507	0.0155	0.0061	0.0071	0.0061	0.0083
chr3L	8802594	8802745	chr3L:8802595-8802745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0183	0.0253	0.0211	0.0075	0.0138	0.0204	0.0407	0.0306	0.0138	0.0417	0.0186	0.0417	0.0186	0.0115	0.0064	0.0115	0.0083
chr3L	8803590	8803741	chr3L:8803591-8803741	FBgn0035933	CG13309	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.014	0.0143	0.022	0.0049	0.0064	0.017	0.0203	0.0167	0.0064	0.0417	0.0215	0.0417	0.0186	0.0084	0.0039	0.0084	0.0057
chr3L	8807009	8807160	chr3L:8807010-8807160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0096	0.0092	0.0086	0.011	0.0011	0.0073	0.0143	0.012	0.0011	0.0151	0.0074	0.0151	0.0101	0.0314	0.0071	0.0314	0.0073
chr3L	8807245	8807396	chr3L:8807246-8807396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0103	0.0098	0.0099	0.0113	0.0042	0.0117	0.0151	0.008	0.0042	0.0169	0.0084	0.0169	0.0139	0.026	0.0064	0.026	0.0094
chr3L	8813860	8814148	chr3L:8813861-8814148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0333	0.0442	0.0113	0.0085	0.0485	0.0277	0.052	0.0085	0.0284	0.0781	0.0284	0.0209	0.0077	0.0213	0.0077	0.0083
chr3L	8816953	8817104	chr3L:8816954-8817104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0095	0.0166	0.0187	0.0042	0.0092	0.0125	0.012	0.0042	0.0085	0.0232	0.0085	0.0093	0.01	0.0116	0.01	0.0068
chr3L	8817396	8817596	chr3L:8817397-8817596	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0447	0.0269	0.0594	0.0485	0.0053	0.0354	0.0216	0.0513	0.0053	0.0386	0.0572	0.0386	0.0325	0.0138	0.0271	0.0138	0.0141
chr3L	8817745	8818024	chr3L:8817746-8818024	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0775	0.0571	0.1202	0.0533	0.017	0.0714	0.0484	0.1099	0.017	0.0646	0.1913	0.0646	0.0782	0.026	0.089	0.026	0.024
chr3L	8818318	8818552	chr3L:8818319-8818552	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1089	0.1224	0.1613	0.0365	0.0668	0.1223	0.1025	0.2532	0.0668	0.087	0.3061	0.087	0.0674	0.0084	0.1057	0.0084	0.0078
chr3L	8818718	8818904	chr3L:8818719-8818904	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0791	0.0927	0.1121	0.0279	0.053	0.0738	0.0861	0.1985	0.053	0.0362	0.2244	0.0362	0.0635	0.0069	0.0832	0.0069	0.0109
chr3L	8818905	8819083	chr3L:8818906-8819083	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.064	0.0632	0.0963	0.0295	0.0297	0.0587	0.0549	0.1372	0.0297	0.0266	0.1859	0.0266	0.0697	0.0107	0.0858	0.0107	0.0125
chr3L	8819221	8819586	chr3L:8819222-8819586	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0716	0.1031	0.0731	0.0347	0.052	0.0757	0.0735	0.2525	0.052	0.0356	0.1273	0.0356	0.0442	0.0222	0.0916	0.0222	0.0193
chr3L	8820474	8820653	chr3L:8820475-8820653	FBgn0263930	dally	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1588	0.1393	0.186	0.1507	0.1018	0.1437	0.1406	0.2318	0.1018	0.163	0.2418	0.163	0.2091	0.1539	0.1509	0.1539	0.1798
chr3L	8820885	8821189	chr3L:8820886-8821189	FBgn0263930	dally	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0882	0.0758	0.1029	0.0861	0.0445	0.0767	0.0753	0.1406	0.0445	0.0592	0.163	0.0592	0.0821	0.0643	0.1064	0.0643	0.0719
chr3L	8822724	8822910	chr3L:8822725-8822910	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT27767.1	VT27767.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1168	0.1817	0.1244	0.0359	0.1813	0.1228	0.2375	0.2665	0.1813	0.0658	0.2186	0.0658	0.0945	0.0429	0.0787	0.0429	0.0245
chr3L	8823045	8823251	chr3L:8823046-8823251	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT27767.1	VT27767.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0832	0.1112	0.1049	0.0281	0.0944	0.0951	0.1311	0.1759	0.0944	0.0827	0.1505	0.0827	0.1294	0.0391	0.0477	0.0391	0.0219
chr3L	8823551	8823799	chr3L:8823552-8823799	distal	distal	none	none	VT27767.1	VT27767.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0632	0.0669	0.0862	0.0338	0.0297	0.0767	0.0636	0.1113	0.0297	0.0586	0.0968	0.0586	0.1789	0.023	0.0406	0.023	0.0542
chr3L	8825689	8825878	chr3L:8825690-8825878	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.071	0.0857	0.0877	0.0361	0.0657	0.0801	0.1047	0.1292	0.0657	0.0429	0.1524	0.0429	0.0782	0.0191	0.0767	0.0191	0.0391
chr3L	8826019	8826491	chr3L:8826020-8826491	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1635	0.2385	0.1783	0.0635	0.2047	0.1845	0.2971	0.3691	0.2047	0.1039	0.2839	0.1039	0.1898	0.0544	0.1238	0.0544	0.0578
chr3L	8826495	8826755	chr3L:8826496-8826755	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1335	0.1525	0.1755	0.0661	0.0912	0.151	0.1362	0.2998	0.0912	0.099	0.2839	0.099	0.1704	0.0628	0.1341	0.0628	0.0547
chr3L	8828173	8828324	chr3L:8828174-8828324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0371	0.0364	0.053	0.0205	0.0095	0.0471	0.0381	0.0533	0.0095	0.0248	0.0653	0.0248	0.117	0.0138	0.0316	0.0138	0.0302
chr3L	8832393	8832665	chr3L:8832394-8832665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0753	0.0356	0.1305	0.059	0.0064	0.0631	0.0281	0.0486	0.0064	0.0531	0.2428	0.0531	0.0937	0.026	0.1883	0.026	0.0229
chr3L	8833010	8833284	chr3L:8833011-8833284	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0937	0.0437	0.1665	0.0698	0.0064	0.0665	0.0311	0.0806	0.0064	0.0839	0.2926	0.0839	0.1534	0.0505	0.1889	0.0505	0.0396
chr3L	8834816	8834967	chr3L:8834817-8834967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0233	0.0157	0.0277	0.0269	0.0042	0.0199	0.0238	0.0147	0.0042	0.026	0.0354	0.026	0.024	0.0153	0.02	0.0153	0.0115
chr3L	8835193	8835344	chr3L:8835194-8835344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.025	0.0178	0.0319	0.0253	0.0074	0.0189	0.0216	0.028	0.0074	0.0266	0.0447	0.0266	0.0302	0.0123	0.02	0.0123	0.0203
chr3L	8835492	8835774	chr3L:8835493-8835774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.03	0.0211	0.0335	0.0362	0.0074	0.0257	0.0272	0.0266	0.0074	0.0302	0.0412	0.0302	0.0434	0.0237	0.0245	0.0237	0.0375
chr3L	8842827	8842978	chr3L:8842828-8842978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0251	0.0142	0.0315	0.0304	0.0032	0.0146	0.0173	0.0227	0.0032	0.0574	0.0299	0.0574	0.0279	0.0873	0.0116	0.0873	0.0214
chr3L	8843166	8843376	chr3L:8843167-8843376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0349	0.0187	0.0456	0.0414	0.0021	0.0243	0.0208	0.0273	0.0021	0.0876	0.0367	0.0876	0.0364	0.1348	0.0219	0.1348	0.0229
chr3L	8843676	8843882	chr3L:8843677-8843882	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0348	0.0313	0.0449	0.0276	0.0148	0.0359	0.0247	0.062	0.0148	0.0525	0.0476	0.0525	0.0387	0.0505	0.0148	0.0505	0.0172
chr3L	8843920	8844193	chr3L:8843921-8844193	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0594	0.0521	0.0712	0.0546	0.0233	0.0617	0.0307	0.1146	0.0233	0.0972	0.0727	0.0972	0.055	0.0666	0.0232	0.0666	0.036
chr3L	8844456	8844631	chr3L:8844457-8844631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0497	0.0413	0.0569	0.0514	0.018	0.0597	0.0342	0.062	0.018	0.0525	0.0469	0.0525	0.0713	0.0314	0.0297	0.0314	0.0646
chr3L	8844678	8845197	chr3L:8844679-8845197	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1049	0.0531	0.1301	0.1351	0.0148	0.0743	0.0519	0.0799	0.0148	0.1027	0.0932	0.1027	0.1441	0.0597	0.0729	0.0597	0.1344
chr3L	8852616	8852767	chr3L:8852617-8852767	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0193	0.0234	0.018	0.0074	0.0189	0.0225	0.0306	0.0074	0.026	0.0277	0.026	0.0256	0.0145	0.0297	0.0145	0.0115
chr3L	8852787	8853037	chr3L:8852788-8853037	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0286	0.0206	0.036	0.0295	0.0106	0.0267	0.0203	0.0293	0.0106	0.038	0.0447	0.038	0.0403	0.0482	0.0342	0.0482	0.0156
chr3L	8853642	8853793	chr3L:8853643-8853793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0197	0.0311	0.0209	0.0074	0.0223	0.0238	0.0313	0.0074	0.0199	0.0479	0.0199	0.0325	0.0153	0.0464	0.0153	0.0135
chr3L	8853890	8854041	chr3L:8853891-8854041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0136	0.0209	0.018	0.0085	0.0141	0.0169	0.0207	0.0085	0.0121	0.0344	0.0121	0.0186	0.0084	0.0509	0.0084	0.0099
chr3L	8854988	8855139	chr3L:8854989-8855139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0126	0.0187	0.0164	0.0042	0.017	0.0169	0.0127	0.0042	0.0187	0.0196	0.0187	0.0178	0.0084	0.0187	0.0084	0.0063
chr3L	8855655	8855806	chr3L:8855656-8855806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0168	0.0187	0.0204	0.0106	0.0021	0.0121	0.0234	0.0426	0.0021	0.0181	0.0273	0.0181	0.017	0.0054	0.0174	0.0054	0.0047
chr3L	8856193	8856393	chr3L:8856194-8856393	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0386	0.039	0.0527	0.0227	0.0095	0.0602	0.0221	0.0733	0.0095	0.0737	0.0537	0.0737	0.038	0.0191	0.0168	0.0191	0.0203
chr3L	8856406	8856557	chr3L:8856407-8856557	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.027	0.0377	0.0213	0.0042	0.0403	0.0225	0.0453	0.0042	0.0513	0.0415	0.0513	0.0333	0.0199	0.0181	0.0199	0.0229
chr3L	8856616	8856767	chr3L:8856617-8856767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0177	0.033	0.0194	0.0085	0.0223	0.0169	0.0273	0.0085	0.0465	0.0386	0.0465	0.0263	0.0268	0.0168	0.0268	0.0188
chr3L	8856772	8856923	chr3L:8856773-8856923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0174	0.0297	0.015	0.0064	0.0194	0.0195	0.0286	0.0064	0.0441	0.037	0.0441	0.017	0.0199	0.0174	0.0199	0.012
chr3L	8857293	8857444	chr3L:8857294-8857444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0178	0.0162	0.0211	0.0162	0.0053	0.0184	0.0182	0.026	0.0053	0.0393	0.0193	0.0393	0.0201	0.0283	0.0129	0.0283	0.0151
chr3L	8858269	8858531	chr3L:8858270-8858531	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0464	0.0315	0.0518	0.057	0.0085	0.0447	0.029	0.0473	0.0085	0.0586	0.0659	0.0586	0.0565	0.0942	0.0593	0.0942	0.0698
chr3L	8858535	8858689	chr3L:8858536-8858689	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0311	0.0203	0.0346	0.0393	0.0074	0.0272	0.0199	0.0286	0.0074	0.0429	0.0395	0.0429	0.038	0.0904	0.0393	0.0904	0.0386
chr3L	8862363	8862514	chr3L:8862364-8862514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0105	0.0161	0.0167	0.0011	0.0131	0.0143	0.0133	0.0011	0.0103	0.018	0.0103	0.0356	0.0138	0.0148	0.0138	0.0307
chr3L	8862770	8862921	chr3L:8862771-8862921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0168	0.0138	0.0185	0.0181	0.0032	0.0121	0.0164	0.0253	0.0032	0.0151	0.0248	0.0151	0.0318	0.0161	0.0148	0.0161	0.0297
chr3L	8864507	8864658	chr3L:8864508-8864658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0177	0.0148	0.0235	0.0145	0.0042	0.018	0.0203	0.0173	0.0042	0.0356	0.0264	0.0356	0.0256	0.0329	0.0097	0.0329	0.0151
chr3L	8866015	8866397	chr3L:8866016-8866397	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.014	0.0542	0.0341	0.0064	0.0204	0.0147	0.0173	0.0064	0.026	0.0431	0.026	0.1782	0.0191	0.0251	0.0191	0.0709
chr3L	8866476	8866631	chr3L:8866477-8866631	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.02	0.0066	0.0316	0.0221	0.0032	0.0131	0.0035	0.008	0.0032	0.0097	0.0251	0.0097	0.1077	0.0138	0.0226	0.0138	0.0469
chr3L	8878127	8878278	chr3L:8878128-8878278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0162	0.0103	0.0227	0.0155	0.0021	0.0107	0.0104	0.022	0.0021	0.0175	0.0331	0.0175	0.0287	0.0084	0.0374	0.0084	0.0141
chr3L	8878418	8878569	chr3L:8878419-8878569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0176	0.0178	0.0199	0.0148	0.0053	0.017	0.0229	0.0286	0.0053	0.0163	0.0257	0.0163	0.0271	0.0092	0.029	0.0092	0.0177
chr3L	8883994	8884145	chr3L:8883995-8884145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0393	0.0385	0.0511	0.0273	0.0233	0.0403	0.0489	0.0486	0.0233	0.0616	0.0614	0.0616	0.0519	0.0329	0.0303	0.0329	0.0297
chr3L	8884264	8884463	chr3L:8884265-8884463	FBgn0020633	Mcm7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1251	0.1062	0.1685	0.0985	0.0679	0.1233	0.1237	0.1392	0.0679	0.2035	0.1871	0.2035	0.1627	0.111	0.1064	0.111	0.1084
chr3L	8884597	8884833	chr3L:8884598-8884833	FBgn0020633	Mcm7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1144	0.1163	0.1355	0.0893	0.0817	0.1248	0.1306	0.1666	0.0817	0.1649	0.1486	0.1649	0.1286	0.0919	0.0916	0.0919	0.1115
chr3L	8884845	8884996	chr3L:8884846-8884996	FBgn0020633	Mcm7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0541	0.0697	0.0394	0.0329	0.0544	0.0688	0.072	0.0329	0.0864	0.0768	0.0864	0.0744	0.0475	0.0322	0.0475	0.0511
chr3L	8885046	8885247	chr3L:8885047-8885247	FBgn0020633	Mcm7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0424	0.0472	0.0227	0.0233	0.0427	0.0584	0.0546	0.0233	0.0574	0.0489	0.0574	0.0503	0.0253	0.0239	0.0253	0.0287
chr3L	8886234	8886385	chr3L:8886235-8886385	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0195	0.0289	0.0228	0.0054	0.0127	0.0345	0.0303	0.0466	0.0127	0.0175	0.0235	0.0175	0.0101	0.0077	0.0045	0.0077	0.0052
chr3L	8905526	8905746	chr3L:8905527-8905746	FBgn0035935,FBgn0035936	Tsp66E,mfr	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0128	0.0299	0.104	0.0106	0.017	0.0164	0.012	0.0106	0.0145	0.0418	0.0145	0.0457	0.0176	0.1883	0.0176	0.1391
chr3L	8906212	8906363	chr3L:8906213-8906363	FBgn0035935	mfr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0097	0.0113	0.0159	0.0042	0.0102	0.0164	0.0087	0.0042	0.0127	0.0119	0.0127	0.0085	0.0054	0.0148	0.0054	0.0078
chr3L	8912837	8912988	chr3L:8912838-8912988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0127	0.0111	0.0088	0.0189	0.0042	0.0092	0.0212	0.0073	0.0042	0.0066	0.0119	0.0066	0.0108	0.0084	0.038	0.0084	0.0229
chr3L	8918035	8918186	chr3L:8918036-8918186	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0146	0.0173	0.0235	0.0159	0.0097	0.0225	0.0167	0.0159	0.0139	0.0273	0.0139	0.0132	0.0069	0.0606	0.0069	0.0104
chr3L	8918188	8918371	chr3L:8918189-8918371	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.015	0.0206	0.034	0.0106	0.0136	0.0234	0.0153	0.0106	0.0115	0.037	0.0115	0.0108	0.0054	0.1051	0.0054	0.0156
chr3L	8918888	8919039	chr3L:8918889-8919039	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0123	0.0137	0.017	0.0074	0.0087	0.0212	0.0133	0.0074	0.0097	0.0196	0.0097	0.017	0.0038	0.0406	0.0038	0.0167
chr3L	8922643	8922794	chr3L:8922644-8922794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0148	0.015	0.0133	0.0162	0.0053	0.0102	0.0307	0.01	0.0053	0.0139	0.0167	0.0139	0.0108	0.0123	0.0193	0.0123	0.0089
chr3L	8923049	8923200	chr3L:8923050-8923200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0137	0.0137	0.0117	0.0159	0.0042	0.0078	0.029	0.012	0.0042	0.0109	0.0129	0.0109	0.0062	0.01	0.0077	0.01	0.0083
chr3L	8925174	8925336	chr3L:8925175-8925336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0085	0.0105	0.0363	0.0021	0.0078	0.016	0.0067	0.0021	0.0054	0.0125	0.0054	0.0163	0.0191	0.0464	0.0191	0.0552
chr3L	8941447	8941598	chr3L:8941448-8941598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0148	0.012	0.0124	0.0205	0.0064	0.0083	0.0182	0.0167	0.0064	0.0085	0.0113	0.0085	0.0271	0.01	0.009	0.01	0.0526
chr3L	8944773	8944944	chr3L:8944774-8944944	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0135	0.0424	0.0645	0.0032	0.0199	0.0147	0.0167	0.0032	0.026	0.0621	0.026	0.0488	0.0306	0.0567	0.0306	0.0672
chr3L	8945218	8945424	chr3L:8945219-8945424	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0333	0.0238	0.0379	0.0387	0.0074	0.0316	0.032	0.026	0.0074	0.0157	0.055	0.0157	0.0364	0.0077	0.0342	0.0077	0.0287
chr3L	8945670	8945821	chr3L:8945671-8945821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0336	0.0218	0.0292	0.0517	0.0095	0.0272	0.0255	0.0273	0.0095	0.0199	0.0386	0.0199	0.0341	0.0191	0.0374	0.0191	0.0323
chr3L	8945992	8946143	chr3L:8945993-8946143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0326	0.0203	0.0289	0.0504	0.0138	0.0267	0.026	0.0207	0.0138	0.0236	0.0312	0.0236	0.0395	0.0329	0.0451	0.0329	0.0339
chr3L	8946283	8946472	chr3L:8946284-8946472	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.051	0.0207	0.0395	0.0975	0.0053	0.0282	0.0281	0.0213	0.0053	0.0248	0.0444	0.0248	0.055	0.0873	0.0864	0.0873	0.1094
chr3L	8946696	8947194	chr3L:8946697-8947194	FBgn0264305,FBgn0264307	CG43783,orb2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1409	0.1074	0.1504	0.1678	0.0562	0.1335	0.1267	0.1306	0.0562	0.1534	0.1768	0.1534	0.1696	0.1669	0.1786	0.1669	0.198
chr3L	8947206	8947357	chr3L:8947207-8947357	FBgn0264305,FBgn0264307	CG43783,orb2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0569	0.0444	0.0643	0.0628	0.0244	0.0558	0.0523	0.054	0.0244	0.0688	0.0775	0.0688	0.0651	0.0605	0.0613	0.0605	0.0803
chr3L	8947487	8947665	chr3L:8947488-8947665	FBgn0040321,FBgn0264305,FBgn0264307	CG43783,GNBP3,orb2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1092	0.0882	0.1223	0.1181	0.0657	0.1005	0.099	0.1193	0.0657	0.1262	0.1492	0.1262	0.127	0.1248	0.1425	0.1248	0.1344
chr3L	8947828	8948114	chr3L:8947829-8948114	FBgn0040321,FBgn0264305,FBgn0264307	CG43783,GNBP3,orb2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0477	0.041	0.053	0.0493	0.0233	0.0471	0.0549	0.0453	0.0233	0.0459	0.0695	0.0459	0.0713	0.0383	0.0812	0.0383	0.0568
chr3L	8949781	8949992	chr3L:8949782-8949992	FBgn0011787	mRpL12	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0821	0.0674	0.1034	0.0752	0.0308	0.0898	0.0748	0.0846	0.0308	0.1147	0.119	0.1147	0.1263	0.0858	0.0754	0.0858	0.0943
chr3L	8957708	8957886	chr3L:8957709-8957886	FBgn0035942	CG5660	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0396	0.0203	0.0392	0.0617	0.0085	0.0228	0.0242	0.0286	0.0085	0.0211	0.0434	0.0211	0.0806	0.0482	0.0722	0.0482	0.0933
chr3L	8957984	8958136	chr3L:8957985-8958136	FBgn0035942	CG5660	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0122	0.0206	0.0281	0.0053	0.0121	0.019	0.0113	0.0053	0.0121	0.0228	0.0121	0.0411	0.0199	0.0355	0.0199	0.0453
chr3L	8959585	8959736	chr3L:8959586-8959736	FBgn0035943,FBgn0035944	CG5021,CG5653	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0174	0.0222	0.0265	0.0095	0.0146	0.0255	0.02	0.0095	0.0193	0.0254	0.0193	0.0325	0.0184	0.0303	0.0184	0.0339
chr3L	8959836	8960000	chr3L:8959837-8960000	FBgn0035943,FBgn0035944	CG5021,CG5653	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0622	0.0424	0.0615	0.0852	0.0212	0.0505	0.048	0.06	0.0212	0.0374	0.0727	0.0374	0.1053	0.0888	0.0851	0.0888	0.1256
chr3L	8960103	8960279	chr3L:8960104-8960279	FBgn0035944	CG5021	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0344	0.0242	0.0364	0.0436	0.0148	0.0257	0.0311	0.032	0.0148	0.0272	0.0415	0.0272	0.0503	0.0498	0.0451	0.0498	0.062
chr3L	8960301	8960502	chr3L:8960302-8960502	FBgn0035944	CG5021	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.028	0.0201	0.0291	0.0358	0.0148	0.0228	0.0247	0.0273	0.0148	0.0248	0.0318	0.0248	0.0442	0.0375	0.0329	0.0375	0.0532
chr3L	8961546	8961710	chr3L:8961547-8961710	FBgn0035945	CG5026	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.011	0.0236	0.0713	0.0011	0.0121	0.0182	0.0113	0.0011	0.0115	0.0203	0.0115	0.0604	0.0551	0.0735	0.0551	0.1172
chr3L	8961811	8961962	chr3L:8961812-8961962	FBgn0035945	CG5026	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0083	0.0168	0.035	0.0011	0.0083	0.0147	0.0087	0.0011	0.0085	0.0154	0.0085	0.038	0.0245	0.0297	0.0245	0.0547
chr3L	8967518	8967693	chr3L:8967519-8967693	FBgn0035947,FBgn0086706	Srp68,pix	stage11,stage14,stage5	none	CG5064_srp68prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0978	0.05	0.1387	0.1064	0.018	0.0825	0.0372	0.0726	0.018	0.1588	0.1576	0.1588	0.1441	0.1034	0.1238	0.1034	0.1371
chr3L	8967741	8967970	chr3L:8967742-8967970	FBgn0035947,FBgn0086706	Srp68,pix	stage11,stage14,stage5	none	CG5064_srp68prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.159	0.1034	0.2084	0.167	0.0615	0.1413	0.1016	0.1379	0.0615	0.2542	0.2293	0.2542	0.2091	0.1838	0.185	0.1838	0.1996
chr3L	8968058	8968234	chr3L:8968059-8968234	FBgn0035947,FBgn0086706	Srp68,pix	stage11,stage14,stage5	none	CG5064_srp68prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1204	0.0871	0.152	0.123	0.0594	0.1083	0.0978	0.1086	0.0594	0.192	0.1621	0.192	0.1541	0.1524	0.1289	0.1524	0.1454
chr3L	8968438	8968589	chr3L:8968439-8968589	FBgn0035947	Srp68	none	none	CG5064_srp68prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0363	0.0324	0.0456	0.0306	0.0074	0.0427	0.0389	0.04	0.0074	0.0507	0.0505	0.0507	0.0465	0.0375	0.0335	0.0375	0.037
chr3L	8971908	8972128	chr3L:8971909-8972128	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1038	0.0631	0.1263	0.1248	0.0244	0.0898	0.0631	0.0879	0.0244	0.1419	0.1196	0.1419	0.2091	0.1447	0.109	0.1447	0.1761
chr3L	8978377	8978528	chr3L:8978378-8978528	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0297	0.0346	0.0242	0.0138	0.0369	0.0359	0.0373	0.0138	0.0326	0.0444	0.0326	0.0271	0.0268	0.0245	0.0268	0.0203
chr3L	8978653	8978846	chr3L:8978654-8978846	FBgn0263199	Galk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0771	0.0785	0.0821	0.0702	0.0392	0.085	0.0986	0.1066	0.0392	0.0779	0.0949	0.0779	0.0767	0.0735	0.0645	0.0735	0.0693
chr3L	8979046	8979355	chr3L:8979047-8979355	FBgn0035951,FBgn0263199	CG5068,Galk	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.084	0.0614	0.0821	0.1111	0.0403	0.0801	0.0735	0.068	0.0403	0.0664	0.0672	0.0664	0.1805	0.0559	0.0703	0.0559	0.2512
chr3L	8979441	8979592	chr3L:8979442-8979592	FBgn0035951,FBgn0263199	CG5068,Galk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0559	0.0459	0.0655	0.0565	0.0191	0.0544	0.0571	0.0586	0.0191	0.0797	0.0685	0.0797	0.0891	0.0536	0.049	0.0536	0.0886
chr3L	8979714	8979887	chr3L:8979715-8979887	FBgn0035951	CG5068	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1569	0.1265	0.191	0.1536	0.071	0.1524	0.1445	0.1699	0.071	0.2421	0.1926	0.2421	0.206	0.1585	0.1464	0.1585	0.2017
chr3L	8979971	8980146	chr3L:8979972-8980146	FBgn0035951	CG5068	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0749	0.0583	0.0954	0.071	0.0255	0.0655	0.0675	0.0833	0.0255	0.1111	0.0984	0.1111	0.0953	0.0812	0.0671	0.0812	0.0745
chr3L	8990264	8990695	chr3L:8990265-8990695	FBgn0016070	smg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.0897	0.156	0.1005	0.0477	0.1102	0.0921	0.1319	0.0477	0.2307	0.1495	0.2307	0.1239	0.1294	0.0774	0.1294	0.086
chr3L	8990801	8990976	chr3L:8990802-8990976	FBgn0016070,FBgn0035953	CG5087,smg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1021	0.0833	0.1178	0.1058	0.0647	0.0951	0.0865	0.1199	0.0647	0.1395	0.1296	0.1395	0.1108	0.1348	0.1038	0.1348	0.112
chr3L	8991064	8991284	chr3L:8991065-8991284	FBgn0016070,FBgn0035953	CG5087,smg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2255	0.1922	0.2742	0.2093	0.1357	0.2408	0.1959	0.2478	0.1357	0.3448	0.3003	0.3448	0.2432	0.2297	0.2057	0.2297	0.2434
chr3L	8991446	8991597	chr3L:8991447-8991597	FBgn0016070,FBgn0035953	CG5087,smg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0622	0.0436	0.0844	0.0588	0.018	0.0617	0.0497	0.0513	0.018	0.1039	0.0984	0.1039	0.072	0.0613	0.0619	0.0613	0.0724
chr3L	8995815	8995995	chr3L:8995816-8995995	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0855	0.0407	0.0114	0.0923	0.0578	0.1267	0.1019	0.0923	0.0513	0.0537	0.0513	0.0279	0.0092	0.0142	0.0092	0.0141
chr3L	8996472	8996789	chr3L:8996473-8996789	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Doc3_7731	Doc3_7731	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0921	0.1528	0.1016	0.0136	0.1082	0.1592	0.1488	0.2558	0.1082	0.1516	0.1296	0.1516	0.0271	0.0161	0.0168	0.0161	0.0125
chr3L	8997912	8998267	chr3L:8997913-8998267	FBgn0035954	Doc3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2478	0.2514	0.309	0.1767	0.2163	0.282	0.2509	0.3598	0.2163	0.3617	0.4161	0.3617	0.2912	0.2466	0.2985	0.2466	0.2017
chr3L	9003728	9003937	chr3L:9003729-9003937	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0562	0.1093	0.0428	0.0116	0.1071	0.0553	0.1843	0.1286	0.1071	0.0598	0.0486	0.0598	0.0263	0.0107	0.0161	0.0107	0.012
chr3L	9004729	9004944	chr3L:9004730-9004944	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.074	0.051	0.1222	0.0468	0.0159	0.0791	0.0458	0.07	0.0159	0.2874	0.1084	0.2874	0.0449	0.1256	0.0561	0.1256	0.0234
chr3L	9005146	9005547	chr3L:9005147-9005547	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0954	0.0918	0.1357	0.0553	0.0509	0.1083	0.0887	0.1446	0.0509	0.3128	0.1206	0.3128	0.0527	0.1455	0.0683	0.1455	0.0307
chr3L	9006943	9007235	chr3L:9006944-9007235	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0463	0.0889	0.0369	0.0089	0.0424	0.1141	0.0705	0.1559	0.0424	0.0525	0.0505	0.0525	0.0178	0.0092	0.0148	0.0092	0.0094
chr3L	9008486	9008679	chr3L:9008487-9008679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0384	0.0522	0.0529	0.007	0.017	0.0738	0.0458	0.0846	0.017	0.0459	0.0878	0.0459	0.0325	0.0046	0.0116	0.0046	0.0068
chr3L	9009669	9009820	chr3L:9009670-9009820	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0264	0.027	0.0331	0.0184	0.018	0.0296	0.0311	0.038	0.018	0.0423	0.0453	0.0423	0.0209	0.0061	0.0432	0.0061	0.0203
chr3L	9010256	9010517	chr3L:9010257-9010517	distal	distal	stage5	stage5	Doc2_7739	Doc2_7739	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0667	0.1171	0.0651	0.012	0.0795	0.1005	0.1181	0.2179	0.0795	0.07	0.101	0.07	0.0434	0.0115	0.0232	0.0115	0.012
chr3L	9010519	9010851	chr3L:9010520-9010851	distal	distal	stage5	stage5	Doc2_7739	Doc2_7739	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0569	0.1067	0.049	0.01	0.0901	0.084	0.1354	0.1646	0.0901	0.0501	0.073	0.0501	0.0333	0.0115	0.0193	0.0115	0.0073
chr3L	9011931	9012082	chr3L:9011932-9012082	FBgn0035956	Doc2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0338	0.0373	0.0463	0.0163	0.0148	0.0393	0.0437	0.0586	0.0148	0.0719	0.0614	0.0719	0.0294	0.0245	0.0297	0.0245	0.0135
chr3L	9012423	9012636	chr3L:9012424-9012636	FBgn0035956	Doc2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1815	0.1866	0.2411	0.1103	0.1166	0.2126	0.2106	0.2625	0.1166	0.3043	0.3087	0.3043	0.2355	0.1447	0.1883	0.1447	0.1339
chr3L	9012825	9012976	chr3L:9012826-9012976	FBgn0035956	Doc2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0547	0.0583	0.0761	0.0272	0.0233	0.0743	0.0666	0.0806	0.0233	0.09	0.1058	0.09	0.0565	0.0383	0.0432	0.0383	0.0339
chr3L	9013822	9013973	chr3L:9013823-9013973	distal	distal	stage5	stage5	VT27864.1	VT27864.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0322	0.0634	0.024	0.0063	0.0498	0.0413	0.0904	0.0946	0.0498	0.0248	0.0293	0.0248	0.0225	0.0069	0.0084	0.0069	0.0057
chr3L	9014008	9014213	chr3L:9014009-9014213	distal	distal	stage5	stage5	VT27864.1	VT27864.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0556	0.123	0.0319	0.0063	0.105	0.0728	0.1734	0.1925	0.105	0.0332	0.0418	0.0332	0.0225	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr3L	9016607	9016812	chr3L:9016608-9016812	distal	distal	none	none	VT27865.1	VT27865.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0447	0.0446	0.0619	0.0258	0.0233	0.0524	0.0454	0.0713	0.0233	0.0604	0.0875	0.0604	0.0612	0.0322	0.0355	0.0322	0.037
chr3L	9017028	9017407	chr3L:9017029-9017407	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27865.1	VT27865.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0633	0.0506	0.0865	0.0521	0.0233	0.0631	0.0619	0.06	0.0233	0.1226	0.0891	0.1226	0.1224	0.0773	0.0432	0.0773	0.0938
chr3L	9018429	9018751	chr3L:9018430-9018751	distal	distal	stage14	stage14	VT27867.1	VT27867.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0434	0.0269	0.0648	0.0382	0.0074	0.0374	0.0329	0.0286	0.0074	0.0737	0.0977	0.0737	0.0426	0.0368	0.0928	0.0368	0.0302
chr3L	9019079	9019268	chr3L:9019080-9019268	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT27867.1	VT27867.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.0378	0.0496	0.0242	0.0201	0.0345	0.0532	0.0526	0.0201	0.0459	0.0868	0.0459	0.0217	0.0153	0.0819	0.0153	0.0063
chr3L	9019566	9019782	chr3L:9019567-9019782	distal	distal	none	none	VT27867.1	VT27867.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0407	0.0568	0.0462	0.0166	0.0477	0.0417	0.0813	0.0746	0.0477	0.0374	0.0855	0.0374	0.0108	0.0115	0.0464	0.0115	0.0083
chr3L	9020842	9021013	chr3L:9020843-9021013	distal	distal	none	none	VT27867.1	VT27867.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0228	0.0203	0.0294	0.0182	0.0074	0.0272	0.0247	0.026	0.0074	0.0507	0.0273	0.0507	0.0302	0.0145	0.0245	0.0145	0.0318
chr3L	9021470	9021621	chr3L:9021471-9021621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0209	0.0155	0.0312	0.0157	0.0095	0.016	0.0225	0.016	0.0095	0.0537	0.0383	0.0537	0.0147	0.0184	0.0368	0.0184	0.0125
chr3L	9022223	9022441	chr3L:9022224-9022441	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0688	0.1419	0.0481	0.0097	0.176	0.0617	0.2824	0.0953	0.176	0.0399	0.0852	0.0399	0.0201	0.0107	0.0193	0.0107	0.0073
chr3L	9022521	9022807	chr3L:9022522-9022807	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0825	0.1812	0.0472	0.0109	0.2269	0.085	0.3586	0.1126	0.2269	0.0761	0.0643	0.0761	0.017	0.013	0.0219	0.013	0.0073
chr3L	9022905	9023069	chr3L:9022906-9023069	distal	distal	stage5	stage5	Doc_DocF4s1	Doc_DocF4s1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0313	0.0599	0.0264	0.0046	0.0594	0.05	0.0943	0.054	0.0594	0.0592	0.0241	0.0592	0.0101	0.0054	0.009	0.0054	0.0031
chr3L	9024002	9024541	chr3L:9024003-9024541	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Doc1_7750,VT27870.1	Doc1_7750,VT27870.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0697	0.0957	0.0816	0.0274	0.0668	0.0806	0.1159	0.1506	0.0668	0.0839	0.1238	0.0839	0.0395	0.0237	0.0613	0.0237	0.0177
chr3L	9025939	9026093	chr3L:9025940-9026093	distal	distal	none	none	Doc2_ae8,VT27871.1	Doc2_ae8,VT27871.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0257	0.0163	0.0331	0.028	0.0074	0.0228	0.0208	0.0147	0.0074	0.0417	0.0473	0.0417	0.0263	0.0337	0.0529	0.0337	0.0302
chr3L	9026494	9026645	chr3L:9026495-9026645	distal	distal	stage14	stage14	Doc2_ae8,VT27871.1	Doc2_ae8,VT27871.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0156	0.0239	0.0167	0.0042	0.0131	0.0251	0.0227	0.0042	0.0223	0.0357	0.0223	0.0194	0.0107	0.0484	0.0107	0.0094
chr3L	9027013	9027164	chr3L:9027014-9027164	distal	distal	none	none	Doc2_ae8,VT27871.1,VT27872.1	Doc2_ae8,VT27871.1,VT27872.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0202	0.0214	0.0244	0.0143	0.0074	0.0204	0.026	0.0326	0.0074	0.0248	0.0389	0.0248	0.0139	0.0123	0.0406	0.0123	0.0073
chr3L	9027706	9027857	chr3L:9027707-9027857	distal	distal	none	none	VT27872.1	VT27872.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.0102	0.0214	0.0155	0.0032	0.0136	0.0117	0.0133	0.0032	0.0157	0.0392	0.0157	0.0108	0.0077	0.0458	0.0077	0.0099
chr3L	9027974	9028189	chr3L:9027975-9028189	distal	distal	stage5	stage5	VT27872.1	VT27872.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0365	0.0426	0.0199	0.0127	0.0437	0.0398	0.0593	0.0127	0.0447	0.0717	0.0447	0.0155	0.0061	0.0587	0.0061	0.0151
chr3L	9029007	9029158	chr3L:9029008-9029158	distal	distal	stage11	stage11	VT27872.1,VT27873.1	VT27872.1,VT27873.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0233	0.0478	0.0127	0.0127	0.0291	0.0316	0.0247	0.0127	0.0411	0.0846	0.0411	0.0155	0.0061	0.0368	0.0061	0.0073
chr3L	9032234	9032544	chr3L:9032235-9032544	distal	distal	stage5	stage5	Doc1_7753	Doc1_7753	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0601	0.1223	0.0431	0.0092	0.106	0.0879	0.1548	0.1945	0.106	0.0562	0.0598	0.0562	0.0209	0.0077	0.0155	0.0077	0.0052
chr3L	9034246	9034509	chr3L:9034247-9034509	FBgn0028789	Doc1	stage11,stage14,stage5	none	VT27876.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2681	0.3248	0.3316	0.1351	0.2715	0.3471	0.3875	0.3984	0.2715	0.4094	0.4379	0.4094	0.2641	0.1562	0.2998	0.1562	0.1146
chr3L	9035487	9035782	chr3L:9035488-9035782	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Doc2_ae10,VT27876.1	Doc2_ae10	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1349	0.1877	0.1603	0.048	0.1442	0.1709	0.2171	0.2765	0.1442	0.1769	0.2424	0.1769	0.1046	0.0413	0.1406	0.0413	0.0234
chr3L	9036123	9036274	chr3L:9036124-9036274	distal	distal	stage11	stage11	Doc2_ae10,VT27876.1	Doc2_ae10	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0454	0.0455	0.0629	0.0262	0.0286	0.0403	0.0519	0.0793	0.0286	0.0894	0.0939	0.0894	0.0209	0.0306	0.0709	0.0306	0.0141
chr3L	9036352	9036503	chr3L:9036353-9036503	distal	distal	stage11	stage11	Doc2_ae10,VT27876.1	Doc2_ae10	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0467	0.0576	0.0613	0.0184	0.0371	0.0621	0.0571	0.0953	0.0371	0.1021	0.0794	0.1021	0.0232	0.026	0.0406	0.026	0.012
chr3L	9036874	9037075	chr3L:9036875-9037075	distal	distal	stage5	stage5	VT27876.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0642	0.1064	0.0688	0.012	0.0403	0.1563	0.0757	0.1779	0.0403	0.1401	0.0749	0.1401	0.0271	0.0145	0.0245	0.0145	0.0073
chr3L	9040037	9040217	chr3L:9040038-9040217	FBgn0035957	CG5144	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.0927	0.1155	0.0859	0.0573	0.1063	0.109	0.1219	0.0573	0.1407	0.1264	0.1407	0.1022	0.1018	0.0922	0.1018	0.0907
chr3L	9040378	9040554	chr3L:9040379-9040554	FBgn0035957	CG5144	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1103	0.0966	0.1306	0.1033	0.0573	0.115	0.112	0.1312	0.0573	0.1781	0.1405	0.1781	0.1092	0.1302	0.1032	0.1302	0.1136
chr3L	9041447	9041598	chr3L:9041448-9041598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0215	0.0123	0.0241	0.029	0.0032	0.0112	0.0216	0.0127	0.0032	0.0356	0.0161	0.0356	0.0163	0.0934	0.0123	0.0934	0.0162
chr3L	9042053	9042204	chr3L:9042054-9042204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0234	0.0174	0.0263	0.0269	0.0085	0.0238	0.0216	0.0173	0.0085	0.0411	0.0199	0.0411	0.0271	0.0674	0.0193	0.0674	0.0151
chr3L	9042277	9042428	chr3L:9042278-9042428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.022	0.0158	0.025	0.0256	0.0064	0.0243	0.019	0.014	0.0064	0.0417	0.0161	0.0417	0.0209	0.0674	0.0148	0.0674	0.0156
chr3L	9043777	9043949	chr3L:9043778-9043949	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0463	0.0204	0.0499	0.0712	0.0127	0.0286	0.0251	0.0187	0.0127	0.0356	0.0235	0.0356	0.0155	0.0452	0.0174	0.0452	0.0172
chr3L	9044716	9045100	chr3L:9044717-9045100	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0871	0.0556	0.0909	0.1182	0.0244	0.0587	0.0727	0.0733	0.0244	0.0737	0.0444	0.0737	0.0325	0.0896	0.0271	0.0896	0.0422
chr3L	9045143	9045316	chr3L:9045144-9045316	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0584	0.0369	0.0614	0.0792	0.0159	0.0413	0.0502	0.0426	0.0159	0.0386	0.0289	0.0386	0.0163	0.0528	0.0193	0.0528	0.0313
chr3L	9046437	9046588	chr3L:9046438-9046588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0179	0.0358	0.0375	0.0032	0.018	0.026	0.0247	0.0032	0.0368	0.0145	0.0368	0.0139	0.0452	0.009	0.0452	0.0156
chr3L	9047401	9047637	chr3L:9047402-9047637	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.044	0.0338	0.0543	0.0441	0.0159	0.0325	0.0484	0.042	0.0159	0.0501	0.036	0.0501	0.048	0.0521	0.0232	0.0521	0.0516
chr3L	9047765	9047916	chr3L:9047766-9047916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0385	0.0293	0.05	0.0361	0.0138	0.0335	0.0437	0.0273	0.0138	0.064	0.0437	0.064	0.0372	0.0459	0.0181	0.0459	0.0422
chr3L	9048000	9048173	chr3L:9048001-9048173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0512	0.0393	0.0615	0.0531	0.017	0.0461	0.051	0.0473	0.017	0.0773	0.0617	0.0773	0.0473	0.0505	0.0374	0.0505	0.0558
chr3L	9049017	9049168	chr3L:9049018-9049168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0231	0.0143	0.0236	0.0324	0.0064	0.017	0.0216	0.012	0.0064	0.0429	0.0196	0.0429	0.0194	0.0995	0.0155	0.0995	0.0266
chr3L	9050686	9050878	chr3L:9050687-9050878	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0603	0.027	0.053	0.1053	0.0042	0.051	0.0294	0.0207	0.0042	0.1021	0.037	0.1021	0.0666	0.232	0.0767	0.232	0.1172
chr3L	9051108	9051502	chr3L:9051109-9051502	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0677	0.0335	0.0459	0.1299	0.0095	0.0534	0.0407	0.0346	0.0095	0.09	0.0251	0.09	0.0589	0.2741	0.0651	0.2741	0.1532
chr3L	9054124	9054313	chr3L:9054125-9054313	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0243	0.0133	0.0288	0.0315	0.0053	0.0184	0.0182	0.012	0.0053	0.0851	0.0158	0.0851	0.0155	0.1286	0.0123	0.1286	0.0083
chr3L	9054455	9054631	chr3L:9054456-9054631	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0185	0.0122	0.0227	0.0209	0.0011	0.0165	0.0177	0.0113	0.0011	0.064	0.0167	0.064	0.0085	0.0819	0.0077	0.0819	0.0078
chr3L	9057424	9057586	chr3L:9057425-9057586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.032	0.0534	0.0416	0.018	0.0379	0.0381	0.0426	0.018	0.0707	0.0559	0.0707	0.0643	0.0651	0.0535	0.0651	0.0532
chr3L	9059058	9059209	chr3L:9059059-9059209	FBgn0000116	Argk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0079	0.0117	0.0265	0.0032	0.0073	0.0151	0.0047	0.0032	0.0103	0.0132	0.0103	0.017	0.0398	0.011	0.0398	0.0229
chr3L	9059966	9060117	chr3L:9059967-9060117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.011	0.0157	0.0136	0.0053	0.0092	0.019	0.012	0.0053	0.0163	0.0158	0.0163	0.0194	0.0092	0.0071	0.0092	0.0109
chr3L	9062462	9062613	chr3L:9062463-9062613	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0184	0.0233	0.0174	0.0141	0.0127	0.0184	0.0415	0.0193	0.0127	0.0211	0.0193	0.0211	0.0232	0.0191	0.0187	0.0191	0.0141
chr3L	9065265	9065446	chr3L:9065266-9065446	FBgn0035959	CG4911	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0607	0.0335	0.0674	0.0838	0.0244	0.0447	0.0346	0.0426	0.0244	0.0767	0.0704	0.0767	0.1046	0.1294	0.0774	0.1294	0.1115
chr3L	9065461	9065662	chr3L:9065462-9065662	FBgn0035959	CG4911	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.103	0.0745	0.1206	0.1156	0.0562	0.0806	0.09	0.0966	0.0562	0.1431	0.1322	0.1431	0.1534	0.1547	0.1257	0.1547	0.1449
chr3L	9065718	9065883	chr3L:9065719-9065883	FBgn0035959,FBgn0035960	CG4911,CG4942	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1145	0.0889	0.1357	0.12	0.0573	0.1073	0.0956	0.1219	0.0573	0.1564	0.1508	0.1564	0.151	0.1325	0.1264	0.1325	0.1548
chr3L	9066123	9066297	chr3L:9066124-9066297	FBgn0035959,FBgn0035960	CG4911,CG4942	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0687	0.0607	0.0763	0.0692	0.0244	0.0694	0.0774	0.0819	0.0244	0.1045	0.0801	0.1045	0.0728	0.0666	0.0748	0.0666	0.0891
chr3L	9066408	9066559	chr3L:9066409-9066559	FBgn0035960	CG4942	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0346	0.0467	0.0281	0.0212	0.034	0.0519	0.0386	0.0212	0.058	0.054	0.058	0.0457	0.026	0.0309	0.026	0.0328
chr3L	9067284	9067435	chr3L:9067285-9067435	FBgn0023479	Tequila	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.019	0.0163	0.0216	0.0192	0.0011	0.0141	0.0268	0.0213	0.0011	0.0296	0.0167	0.0296	0.0387	0.0184	0.0135	0.0184	0.0375
chr3L	9067562	9067740	chr3L:9067563-9067740	FBgn0023479	Tequila	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0147	0.0221	0.0294	0.0053	0.0121	0.0208	0.0213	0.0053	0.0296	0.017	0.0296	0.0465	0.0153	0.0155	0.0153	0.0782
chr3L	9068153	9068304	chr3L:9068154-9068304	FBgn0023479	Tequila	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0115	0.0079	0.0107	0.0164	0.0032	0.0107	0.013	0.0047	0.0032	0.0157	0.0077	0.0157	0.0225	0.0061	0.009	0.0061	0.0448
chr3L	9085608	9085759	chr3L:9085609-9085759	FBgn0043806	CG32032	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0141	0.0076	0.0146	0.0209	0.0064	0.0068	0.0112	0.0087	0.0064	0.0187	0.0106	0.0187	0.0225	0.0123	0.0071	0.0123	0.0563
chr3L	9086067	9086218	chr3L:9086068-9086218	FBgn0043806	CG32032	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0167	0.0102	0.0164	0.0244	0.0074	0.0073	0.0195	0.0073	0.0074	0.0229	0.0119	0.0229	0.0333	0.0138	0.0103	0.0138	0.0667
chr3L	9088120	9088308	chr3L:9088121-9088308	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0272	0.0332	0.0373	0.017	0.033	0.0346	0.032	0.017	0.0399	0.0267	0.0399	0.0674	0.023	0.0142	0.023	0.1027
chr3L	9088879	9089123	chr3L:9088880-9089123	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0146	0.0185	0.0368	0.0053	0.0189	0.0203	0.014	0.0053	0.0133	0.0103	0.0133	0.0558	0.0115	0.0077	0.0115	0.1115
chr3L	9089895	9090090	chr3L:9089896-9090090	FBgn0040827	CG13315	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0116	0.0179	0.0299	0.0064	0.0121	0.0164	0.012	0.0064	0.0187	0.0135	0.0187	0.038	0.0184	0.0116	0.0184	0.0776
chr3L	9090476	9090627	chr3L:9090477-9090627	FBgn0040827	CG13315	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0134	0.0096	0.0107	0.0207	0.0011	0.0112	0.0164	0.0067	0.0011	0.0109	0.008	0.0109	0.0256	0.0145	0.0084	0.0145	0.0532
chr3L	9095069	9095338	chr3L:9095070-9095338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0214	0.0301	0.0337	0.0095	0.0252	0.0264	0.0273	0.0095	0.0507	0.0251	0.0507	0.038	0.059	0.009	0.059	0.0521
chr3L	9095568	9095859	chr3L:9095569-9095859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0246	0.0203	0.0316	0.0216	0.0106	0.0243	0.0264	0.0187	0.0106	0.0646	0.0222	0.0646	0.0349	0.049	0.0135	0.049	0.0229
chr3L	9096940	9097091	chr3L:9096941-9097091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0235	0.0305	0.0241	0.0149	0.0223	0.0267	0.048	0.028	0.0223	0.0423	0.0219	0.0423	0.0287	0.0214	0.0174	0.0214	0.0151
chr3L	9097165	9097488	chr3L:9097166-9097488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0403	0.0479	0.0428	0.0291	0.0392	0.0413	0.0766	0.0406	0.0392	0.0755	0.0386	0.0755	0.0426	0.0475	0.0277	0.0475	0.0323
chr3L	9097763	9097914	chr3L:9097764-9097914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0232	0.034	0.0225	0.0118	0.0255	0.0325	0.058	0.0213	0.0255	0.0423	0.0199	0.0423	0.017	0.0168	0.0097	0.0168	0.0125
chr3L	9098499	9098968	chr3L:9098500-9098968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0632	0.0846	0.065	0.0375	0.052	0.0694	0.1484	0.0593	0.052	0.1039	0.0579	0.1039	0.072	0.0551	0.029	0.0551	0.037
chr3L	9099199	9099355	chr3L:9099200-9099355	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0288	0.0325	0.032	0.0213	0.0127	0.034	0.0502	0.0273	0.0127	0.0604	0.028	0.0604	0.0186	0.0306	0.0168	0.0306	0.0125
chr3L	9106199	9106353	chr3L:9106200-9106353	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0274	0.0147	0.0354	0.0329	0.0053	0.0282	0.0121	0.0133	0.0053	0.1111	0.017	0.1111	0.017	0.1217	0.0155	0.1217	0.0151
chr3L	9106751	9106936	chr3L:9106752-9106936	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.078	0.0568	0.1065	0.0703	0.017	0.1437	0.0394	0.024	0.017	0.3351	0.0527	0.3351	0.0658	0.2167	0.0438	0.2167	0.0542
chr3L	9107215	9107366	chr3L:9107216-9107366	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0341	0.0218	0.044	0.037	0.0032	0.0524	0.019	0.0093	0.0032	0.128	0.0225	0.128	0.0426	0.1049	0.0226	0.1049	0.0375
chr3L	9107722	9107935	chr3L:9107723-9107935	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0319	0.0182	0.0412	0.0369	0.0032	0.035	0.0182	0.0167	0.0032	0.0779	0.0196	0.0779	0.0875	0.0636	0.0161	0.0636	0.0709
chr3L	9114084	9114235	chr3L:9114085-9114235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0196	0.014	0.0203	0.0252	0.0042	0.0189	0.0164	0.0167	0.0042	0.0471	0.0164	0.0471	0.0101	0.0482	0.0471	0.0482	0.0135
chr3L	9114483	9114650	chr3L:9114484-9114650	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0343	0.0168	0.0353	0.0526	0.0053	0.0267	0.0221	0.012	0.0053	0.058	0.0344	0.058	0.0395	0.1003	0.0928	0.1003	0.0276
chr3L	9115152	9115303	chr3L:9115153-9115303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0189	0.0127	0.016	0.029	0.0053	0.017	0.0173	0.014	0.0053	0.0296	0.0151	0.0296	0.0108	0.0413	0.0329	0.0413	0.0151
chr3L	9115662	9115862	chr3L:9115663-9115862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0284	0.0163	0.032	0.0379	0.0032	0.0282	0.0173	0.018	0.0032	0.0882	0.0196	0.0882	0.0186	0.124	0.0193	0.124	0.0109
chr3L	9116485	9116649	chr3L:9116486-9116649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0241	0.0116	0.0284	0.0333	0.0085	0.0155	0.0151	0.0093	0.0085	0.0815	0.0135	0.0815	0.0217	0.1018	0.0174	0.1018	0.0141
chr3L	9118152	9118303	chr3L:9118153-9118303	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0481	0.0157	0.0547	0.077	0.0085	0.0257	0.0182	0.012	0.0085	0.1002	0.0511	0.1002	0.0612	0.1041	0.0993	0.1041	0.0865
chr3L	9118378	9118645	chr3L:9118379-9118645	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1266	0.0497	0.1551	0.1813	0.0212	0.0796	0.0433	0.0633	0.0212	0.2868	0.1312	0.2868	0.1813	0.2489	0.187	0.2489	0.2058
chr3L	9118673	9118900	chr3L:9118674-9118900	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0753	0.0698	0.0687	0.0887	0.0308	0.0806	0.0774	0.1053	0.0308	0.1008	0.0588	0.1008	0.0852	0.0942	0.0838	0.0942	0.1032
chr3L	9120256	9120407	chr3L:9120257-9120407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0167	0.0289	0.0391	0.0053	0.0204	0.0216	0.0233	0.0053	0.0423	0.0248	0.0423	0.0302	0.0467	0.0232	0.0467	0.0224
chr3L	9120750	9121162	chr3L:9120751-9121162	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0798	0.032	0.0863	0.126	0.0117	0.0519	0.0324	0.0346	0.0117	0.1292	0.0659	0.1292	0.1139	0.1593	0.1032	0.1593	0.1178
chr3L	9121934	9122170	chr3L:9121935-9122170	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0756	0.0475	0.0929	0.0881	0.0255	0.0641	0.0562	0.054	0.0255	0.1341	0.0952	0.1341	0.1263	0.1041	0.1309	0.1041	0.112
chr3L	9122434	9122643	chr3L:9122435-9122643	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1053	0.0809	0.135	0.1001	0.0361	0.1194	0.083	0.0966	0.0361	0.189	0.1666	0.189	0.1154	0.1156	0.1754	0.1156	0.0954
chr3L	9122728	9122934	chr3L:9122729-9122934	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0817	0.0675	0.1043	0.0727	0.0191	0.0995	0.0545	0.1139	0.0191	0.1286	0.1444	0.1286	0.0751	0.0613	0.1483	0.0613	0.0532
chr3L	9122973	9123175	chr3L:9122974-9123175	FBgn0011206	bol	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0845	0.074	0.1155	0.0621	0.0244	0.1	0.0692	0.1186	0.0244	0.1546	0.136	0.1546	0.0953	0.0459	0.087	0.0459	0.0417
chr3L	9123416	9123633	chr3L:9123417-9123633	FBgn0011206	bol	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0753	0.0597	0.1037	0.0616	0.0244	0.0927	0.0506	0.0866	0.0244	0.1636	0.1045	0.1636	0.0953	0.0704	0.0484	0.0704	0.0625
chr3L	9127479	9127680	chr3L:9127480-9127680	FBgn0035964	Dhpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1648	0.1346	0.2011	0.1586	0.1092	0.1718	0.1362	0.1626	0.1092	0.2591	0.2225	0.2591	0.1975	0.1516	0.1831	0.1516	0.1876
chr3L	9127839	9128053	chr3L:9127840-9128053	FBgn0035964	Dhpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0553	0.0797	0.0666	0.0244	0.0602	0.0688	0.0753	0.0244	0.0894	0.0939	0.0894	0.0883	0.0613	0.089	0.0613	0.087
chr3L	9128362	9128513	chr3L:9128363-9128513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0291	0.0234	0.0363	0.0274	0.0127	0.0296	0.0255	0.0273	0.0127	0.0417	0.0444	0.0417	0.0364	0.0222	0.0355	0.0222	0.0427
chr3L	9129953	9130104	chr3L:9129954-9130104	FBgn0035965	Use1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0592	0.0477	0.0799	0.0493	0.0339	0.0534	0.0489	0.0673	0.0339	0.0966	0.0859	0.0966	0.0713	0.0528	0.0464	0.0528	0.0594
chr3L	9130224	9130387	chr3L:9130225-9130387	FBgn0035965	Use1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1301	0.119	0.1509	0.1196	0.0986	0.1306	0.1259	0.1646	0.0986	0.1697	0.1759	0.1697	0.1309	0.1217	0.1348	0.1217	0.1308
chr3L	9130476	9130655	chr3L:9130477-9130655	FBgn0035965,FBgn0263456	Use1,nwk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1019	0.0956	0.1193	0.0898	0.0742	0.0971	0.1133	0.1332	0.0742	0.1081	0.1486	0.1081	0.1092	0.072	0.1103	0.072	0.1084
chr3L	9130752	9130988	chr3L:9130753-9130988	FBgn0035965,FBgn0263456	Use1,nwk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0998	0.1078	0.0984	0.0923	0.0859	0.1015	0.1332	0.1472	0.0859	0.0652	0.1167	0.0652	0.0868	0.0299	0.1025	0.0299	0.0672
chr3L	9131120	9131271	chr3L:9131121-9131271	FBgn0263456	nwk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0211	0.0239	0.0241	0.0148	0.0248	0.0247	0.0253	0.0148	0.0211	0.0222	0.0211	0.0364	0.0123	0.0193	0.0123	0.0193
chr3L	9135160	9135364	chr3L:9135161-9135364	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0297	0.0416	0.0211	0.0258	0.0297	0.034	0.0692	0.044	0.0297	0.0127	0.0148	0.0127	0.0256	0.0107	0.0129	0.0107	0.0276
chr3L	9138285	9138436	chr3L:9138286-9138436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0262	0.0118	0.0085	0.0233	0.016	0.0523	0.0167	0.0233	0.0169	0.0138	0.0169	0.0101	0.0046	0.0084	0.0046	0.0094
chr3L	9138536	9138687	chr3L:9138537-9138687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0182	0.0338	0.0104	0.0092	0.0265	0.016	0.067	0.0273	0.0265	0.0139	0.0119	0.0139	0.0101	0.0046	0.011	0.0046	0.0104
chr3L	9139898	9140108	chr3L:9139899-9140108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0363	0.0121	0.0107	0.0297	0.0296	0.0601	0.0353	0.0297	0.0163	0.0132	0.0163	0.0132	0.0138	0.0077	0.0138	0.013
chr3L	9141368	9141650	chr3L:9141369-9141650	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0201	0.0396	0.0135	0.0054	0.0318	0.0223	0.067	0.0466	0.0318	0.0205	0.0122	0.0205	0.0139	0.0023	0.0032	0.0023	0.0078
chr3L	9145681	9145855	chr3L:9145682-9145855	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0278	0.0573	0.0178	0.0058	0.0509	0.0481	0.0852	0.0606	0.0509	0.0236	0.0196	0.0236	0.0093	0.0046	0.0052	0.0046	0.0026
chr3L	9146092	9146243	chr3L:9146093-9146243	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0239	0.0474	0.0176	0.0046	0.0445	0.0393	0.074	0.0453	0.0445	0.0205	0.0219	0.0205	0.0155	0.0015	0.0071	0.0015	0.0047
chr3L	9164909	9165060	chr3L:9164910-9165060	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0059	0.0043	0.0089	0.0032	0.0044	0.0112	0.0053	0.0032	0.0048	0.0035	0.0048	0.0023	0.0031	6e-04	0.0031	0.0036
chr3L	9172611	9172762	chr3L:9172612-9172762	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0113	0.0101	0.0069	0.0177	0.0032	0.0073	0.0225	0.0047	0.0032	0.006	0.0064	0.006	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr3L	9174518	9174669	chr3L:9174519-9174669	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0075	0.0075	0.0053	0.0097	0.0021	0.0049	0.0169	0.004	0.0021	0.0097	0.0055	0.0097	0.0023	0.0038	0.0045	0.0038	0.0063
chr3L	9175250	9175401	chr3L:9175251-9175401	FBgn0004244	Rdl	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0071	0.0047	0.0111	0.0074	0.0034	0.0147	0.0047	0.0074	0.0054	0.0045	0.0054	0.0039	8e-04	0.0013	8e-04	0.0016
chr3L	9181502	9181653	chr3L:9181503-9181653	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0061	0.0048	0.0093	0.0021	0.0039	0.013	0.004	0.0021	0.0042	0.0051	0.0042	0.0062	0.0023	0.0052	0.0023	0.0031
chr3L	9183373	9183524	chr3L:9183374-9183524	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0059	0.0047	0.0092	0.0011	0.0029	0.0121	0.0047	0.0011	0.0066	0.0032	0.0066	0.0031	0.0054	0.0019	0.0054	0.0031
chr3L	9189823	9189974	chr3L:9189824-9189974	distal	distal	none	none	VT27954.1	VT27954.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.0037	0.0034	0.0117	0.0074	0.0034	0.0061	0.0013	0.0074	0.0012	0.0023	0.0012	0.0046	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr3L	9196236	9196395	chr3L:9196237-9196395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0223	0.04	0.0436	0.0138	0.0238	0.0272	0.03	0.0138	0.0531	0.0392	0.0531	0.062	0.0574	0.0477	0.0574	0.075
chr3L	9201985	9202140	chr3L:9201986-9202140	FBgn0035968	Slc45-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0146	0.0332	0.0359	0.0085	0.0184	0.0195	0.0133	0.0085	0.0205	0.0241	0.0205	0.1115	0.0123	0.0251	0.0123	0.0985
chr3L	9202662	9202984	chr3L:9202663-9202984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0321	0.0179	0.0485	0.0301	0.0042	0.0233	0.0303	0.0093	0.0042	0.0417	0.0521	0.0417	0.1007	0.0161	0.0471	0.0161	0.0516
chr3L	9204505	9204682	chr3L:9204506-9204682	FBgn0035969	CG4476	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0384	0.0506	0.0382	0.0201	0.0408	0.0467	0.056	0.0201	0.0525	0.0637	0.0525	0.0674	0.0452	0.0522	0.0452	0.061
chr3L	9242964	9243115	chr3L:9242965-9243115	FBgn0035971	CG4477	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0099	0.0192	0.0075	0.0022	0.0095	0.0286	0.0199	0.0193	0.0095	0.0103	0.0096	0.0103	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chr3L	9244939	9245090	chr3L:9244940-9245090	FBgn0264000	Glu-RIB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0121	0.0117	0.0219	0.0074	0.0078	0.0173	0.0207	0.0074	0.0133	0.0106	0.0133	0.007	0.0046	0.0039	0.0046	0.0068
chr3L	9299167	9299318	chr3L:9299168-9299318	distal	distal	none	none	VT28013.1	VT28013.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0057	0.0063	0.0127	0.0042	0.0034	0.013	0.002	0.0042	0.0079	0.0029	0.0079	0.0023	0.0023	6e-04	0.0023	0.0036
chr3L	9323252	9323504	chr3L:9323253-9323504	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0581	0.0704	0.0425	0.0616	0.0382	0.0883	0.0709	0.0999	0.0382	0.0477	0.0466	0.0477	0.0256	0.0521	0.0496	0.0521	0.0584
chr3L	9323759	9323925	chr3L:9323760-9323925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0172	0.0214	0.0199	0.0085	0.0214	0.0229	0.0193	0.0085	0.0284	0.0183	0.0284	0.0194	0.0115	0.0129	0.0115	0.0224
chr3L	9326940	9327091	chr3L:9326941-9327091	FBgn0035975	PGRP-LA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0067	0.0071	0.0237	0.0021	0.0058	0.0134	0.0053	0.0021	0.0036	0.0071	0.0036	0.0178	0.0138	0.0277	0.0138	0.0412
chr3L	9328716	9328867	chr3L:9328717-9328867	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.012	0.0098	0.0067	0.0203	0.0021	0.0092	0.0173	0.01	0.0021	0.006	0.0061	0.006	0.0101	0.0092	0.0142	0.0092	0.0469
chr3L	9330912	9331063	chr3L:9330913-9331063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0205	0.0123	0.0176	0.0327	0.0053	0.0073	0.0264	0.008	0.0053	0.0133	0.0225	0.0133	0.0256	0.0069	0.0709	0.0069	0.0479
chr3L	9331178	9331368	chr3L:9331179-9331368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0331	0.0163	0.0301	0.0553	0.0074	0.015	0.032	0.0093	0.0074	0.0211	0.0312	0.0211	0.0627	0.01	0.1128	0.01	0.0891
chr3L	9332814	9332965	chr3L:9332815-9332965	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0075	0.0137	0.0312	0.0011	0.0063	0.0134	0.0073	0.0011	0.0048	0.0251	0.0048	0.0124	0.0061	0.1038	0.0061	0.0224
chr3L	9333435	9333615	chr3L:9333436-9333615	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0331	0.0106	0.0242	0.0678	0.0064	0.0117	0.0182	0.0053	0.0064	0.0193	0.0283	0.0193	0.0434	0.0253	0.1451	0.0253	0.1058
chr3L	9334031	9334212	chr3L:9334032-9334212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0295	0.0188	0.0253	0.046	0.0138	0.015	0.0359	0.012	0.0138	0.0236	0.0296	0.0236	0.0426	0.0176	0.0858	0.0176	0.0803
chr3L	9335560	9335711	chr3L:9335561-9335711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0112	0.009	0.0067	0.0185	0.0042	0.0063	0.0177	0.008	0.0042	0.0079	0.0077	0.0079	0.0093	0.0092	0.0219	0.0092	0.0401
chr3L	9340907	9341058	chr3L:9340908-9341058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.0147	0.0174	0.0202	0.0032	0.0136	0.0251	0.0167	0.0032	0.0199	0.0164	0.0199	0.0294	0.0176	0.0258	0.0176	0.037
chr3L	9342464	9342780	chr3L:9342465-9342780	FBgn0035977	PGRP-LF	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0347	0.0148	0.0237	0.0691	0.0053	0.0165	0.0264	0.0127	0.0053	0.0217	0.0186	0.0217	0.0534	0.0498	0.058	0.0498	0.1662
chr3L	9350775	9350926	chr3L:9350776-9350926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0315	0.0201	0.033	0.0428	0.0064	0.0243	0.0285	0.02	0.0064	0.0374	0.0209	0.0374	0.0844	0.0253	0.0239	0.0253	0.1079
chr3L	9351070	9351289	chr3L:9351071-9351289	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0622	0.038	0.0813	0.0684	0.0095	0.0607	0.045	0.034	0.0095	0.0857	0.0598	0.0857	0.1758	0.0413	0.0374	0.0413	0.1615
chr3L	9351475	9351692	chr3L:9351476-9351692	FBgn0035978,FBgn0052039	CG32039,UGP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0914	0.0871	0.1062	0.0801	0.0477	0.1063	0.0982	0.1133	0.0477	0.1268	0.1096	0.1268	0.1371	0.0712	0.0896	0.0712	0.1141
chr3L	9351718	9351907	chr3L:9351719-9351907	FBgn0035978,FBgn0052039	CG32039,UGP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.0659	0.1006	0.0781	0.0361	0.0757	0.0796	0.0833	0.0361	0.128	0.1093	0.128	0.1108	0.0812	0.0845	0.0812	0.1037
chr3L	9351977	9352145	chr3L:9351978-9352145	FBgn0035978,FBgn0052039	CG32039,UGP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1342	0.1261	0.1562	0.1192	0.0912	0.1456	0.141	0.1706	0.0912	0.1896	0.1711	0.1896	0.165	0.1302	0.138	0.1302	0.1371
chr3L	9352278	9352599	chr3L:9352279-9352599	FBgn0035978,FBgn0052039	CG32039,UGP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.073	0.0805	0.0583	0.0435	0.0689	0.1025	0.0939	0.0435	0.087	0.0923	0.087	0.0914	0.062	0.0567	0.062	0.0693
chr3L	9353317	9353494	chr3L:9353318-9353494	FBgn0085484	CG34455	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0827	0.0644	0.0931	0.0916	0.0467	0.0796	0.064	0.0913	0.0467	0.0888	0.0977	0.0888	0.1387	0.0628	0.0838	0.0628	0.1381
chr3L	9353555	9353734	chr3L:9353556-9353734	FBgn0085484	CG34455	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0754	0.0532	0.0843	0.0904	0.0308	0.065	0.0588	0.072	0.0308	0.0574	0.0846	0.0574	0.1882	0.0467	0.0677	0.0467	0.1824
chr3L	9357343	9357500	chr3L:9357344-9357500	FBgn0035980	CG4447	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0481	0.0666	0.0659	0.0276	0.0587	0.0601	0.0573	0.0276	0.0755	0.0814	0.0755	0.0736	0.0789	0.0613	0.0789	0.0855
chr3L	9359758	9359909	chr3L:9359759-9359909	FBgn0004379	Klp67A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0722	0.0832	0.0483	0.0361	0.082	0.0952	0.0886	0.0361	0.119	0.0868	0.119	0.0596	0.0475	0.0542	0.0475	0.0594
chr3L	9359993	9360165	chr3L:9359994-9360165	FBgn0004379,FBgn0035981	CG4452,Klp67A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.154	0.1496	0.184	0.1259	0.1082	0.1714	0.1708	0.1965	0.1082	0.2409	0.2042	0.2409	0.1565	0.1187	0.1386	0.1187	0.1527
chr3L	9360396	9360588	chr3L:9360397-9360588	FBgn0004379,FBgn0035981	CG4452,Klp67A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.134	0.1388	0.1448	0.1167	0.105	0.1335	0.1821	0.1792	0.105	0.1866	0.155	0.1866	0.1263	0.1164	0.1251	0.1164	0.1391
chr3L	9360904	9361205	chr3L:9360905-9361205	FBgn0035981	CG4452	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0793	0.1149	0.0753	0.044	0.0954	0.0981	0.1622	0.1412	0.0954	0.087	0.0759	0.087	0.0821	0.0467	0.0406	0.0467	0.0584
chr3L	9361212	9361363	chr3L:9361213-9361363	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0481	0.0765	0.0431	0.0217	0.0562	0.0524	0.1125	0.1079	0.0562	0.0465	0.0469	0.0465	0.038	0.0207	0.0245	0.0207	0.0313
chr3L	9361620	9361851	chr3L:9361621-9361851	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.1034	0.2085	0.0623	0.0311	0.2153	0.1189	0.3352	0.2512	0.2153	0.0622	0.0749	0.0622	0.0442	0.0276	0.029	0.0276	0.0505
chr3L	9361863	9362137	chr3L:9361864-9362137	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1122	0.2424	0.059	0.0249	0.2471	0.133	0.3858	0.3031	0.2471	0.0586	0.073	0.0586	0.0457	0.0245	0.0232	0.0245	0.0349
chr3L	9364033	9364184	chr3L:9364034-9364184	FBgn0011769	Fdxh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0453	0.0338	0.042	0.0618	0.0223	0.0306	0.0502	0.0413	0.0223	0.0344	0.0379	0.0344	0.0852	0.0597	0.0593	0.0597	0.0886
chr3L	9364301	9364504	chr3L:9364302-9364504	FBgn0011769	Fdxh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0429	0.0213	0.0334	0.0774	0.0106	0.0214	0.0329	0.0247	0.0106	0.0163	0.0322	0.0163	0.079	0.0743	0.0787	0.0743	0.1016
chr3L	9365505	9365724	chr3L:9365506-9365724	FBgn0001223,FBgn0001228,FBgn0001229	Hsp22,Hsp67Bb,Hsp67Bc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0593	0.0214	0.0421	0.1203	0.0074	0.0252	0.0277	0.0293	0.0074	0.0248	0.0437	0.0248	0.0744	0.1003	0.158	0.1003	0.1438
chr3L	9365897	9366163	chr3L:9365898-9366163	FBgn0001223,FBgn0001228,FBgn0001229	Hsp22,Hsp67Bb,Hsp67Bc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0571	0.0376	0.0593	0.0765	0.0212	0.0427	0.0484	0.0466	0.0212	0.0489	0.0608	0.0489	0.1108	0.0536	0.098	0.0536	0.123
chr3L	9366686	9367125	chr3L:9366687-9367125	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1416	0.085	0.1221	0.2263	0.0456	0.1049	0.0995	0.1046	0.0456	0.1365	0.1093	0.1365	0.1712	0.2504	0.2257	0.2504	0.2517
chr3L	9370412	9370600	chr3L:9370413-9370600	FBgn0001225	Hsp26	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0626	0.0279	0.0409	0.1251	0.0148	0.0335	0.0342	0.0333	0.0148	0.0236	0.0383	0.0236	0.0953	0.1508	0.1135	0.1508	0.1636
chr3L	9370721	9370898	chr3L:9370722-9370898	FBgn0001225	Hsp26	none	none	Hsp26_nurse_cell_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0592	0.037	0.0397	0.1054	0.0212	0.0413	0.0394	0.0573	0.0212	0.026	0.0367	0.026	0.086	0.1256	0.107	0.1256	0.1292
chr3L	9371650	9371801	chr3L:9371651-9371801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0171	0.0128	0.0156	0.0235	0.0095	0.0121	0.0199	0.0127	0.0095	0.0169	0.0161	0.0169	0.0132	0.013	0.0071	0.013	0.012
chr3L	9373110	9373405	chr3L:9373111-9373405	FBgn0001227,FBgn0263492	CR43481,Hsp67Ba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0719	0.0941	0.0574	0.0629	0.0573	0.1112	0.1125	0.1186	0.0573	0.0821	0.0489	0.0821	0.0496	0.049	0.0245	0.049	0.038
chr3L	9373606	9373928	chr3L:9373607-9373928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0536	0.054	0.049	0.0582	0.0201	0.065	0.0675	0.0686	0.0201	0.0646	0.0428	0.0646	0.0604	0.0651	0.0277	0.0651	0.0417
chr3L	9374325	9374493	chr3L:9374326-9374493	FBgn0001224	Hsp23	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.041	0.0568	0.0406	0.0237	0.0297	0.0655	0.08	0.0526	0.0297	0.0525	0.035	0.0525	0.0534	0.0222	0.0155	0.0222	0.0261
chr3L	9374595	9375030	chr3L:9374596-9375030	FBgn0001224	Hsp23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1381	0.1426	0.1447	0.1259	0.0954	0.1723	0.1773	0.1492	0.0954	0.1624	0.126	0.1624	0.2091	0.1279	0.087	0.1279	0.1615
chr3L	9376066	9376305	chr3L:9376067-9376305	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.06	0.0884	0.0492	0.0402	0.0774	0.0806	0.1146	0.1153	0.0774	0.0435	0.0559	0.0435	0.0434	0.0291	0.0297	0.0291	0.0401
chr3L	9376310	9376496	chr3L:9376311-9376496	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0485	0.0663	0.0362	0.0422	0.0562	0.051	0.0895	0.0926	0.0562	0.0326	0.0379	0.0326	0.0349	0.0337	0.0309	0.0337	0.0542
chr3L	9376574	9376946	chr3L:9376575-9376946	FBgn0001226	Hsp27	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.0751	0.0844	0.1471	0.0435	0.0825	0.0943	0.0973	0.0435	0.058	0.0891	0.058	0.1208	0.1386	0.1277	0.1386	0.1939
chr3L	9377045	9377216	chr3L:9377046-9377216	FBgn0001226	Hsp27	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0788	0.0471	0.0703	0.1234	0.0276	0.0694	0.0484	0.0553	0.0276	0.0543	0.0752	0.0543	0.1038	0.121	0.1193	0.121	0.1553
chr3L	9381428	9381579	chr3L:9381429-9381579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.017	0.0232	0.017	0.0102	0.0085	0.016	0.0471	0.0207	0.0085	0.0169	0.019	0.0169	0.0225	0.0115	0.011	0.0115	0.0125
chr3L	9383313	9383464	chr3L:9383314-9383464	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0206	0.0325	0.0194	0.0086	0.0191	0.0233	0.0666	0.018	0.0191	0.0187	0.0228	0.0187	0.0256	0.01	0.0077	0.01	0.012
chr3L	9383633	9383886	chr3L:9383634-9383886	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0331	0.0517	0.0282	0.0175	0.0329	0.034	0.0973	0.0446	0.0329	0.035	0.0312	0.035	0.0294	0.0168	0.0181	0.0168	0.0276
chr3L	9384950	9385101	chr3L:9384951-9385101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0268	0.0204	0.018	0.0085	0.0214	0.0463	0.0313	0.0085	0.0236	0.028	0.0236	0.0178	0.0161	0.0161	0.0161	0.0229
chr3L	9390375	9390526	chr3L:9390376-9390526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.025	0.0294	0.0291	0.0155	0.0106	0.0442	0.0342	0.0293	0.0106	0.0187	0.0186	0.0187	0.086	0.0107	0.0103	0.0107	0.0271
chr3L	9391658	9391913	chr3L:9391659-9391913	FBgn0035983	CG4080	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0887	0.0751	0.1079	0.0827	0.0265	0.0976	0.08	0.1053	0.0265	0.1498	0.1087	0.1498	0.0999	0.1225	0.0606	0.1225	0.086
chr3L	9391950	9392101	chr3L:9391951-9392101	FBgn0035983	CG4080	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0958	0.0867	0.1135	0.0865	0.0488	0.1131	0.0947	0.1093	0.0488	0.1582	0.1145	0.1582	0.1061	0.1126	0.0735	0.1126	0.0855
chr3L	9392203	9392398	chr3L:9392204-9392398	FBgn0035983	CG4080	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1811	0.1653	0.2085	0.1686	0.1421	0.1971	0.1847	0.1999	0.1421	0.2717	0.2248	0.2717	0.2006	0.1838	0.156	0.1838	0.2038
chr3L	9394268	9394446	chr3L:9394269-9394446	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0765	0.0406	0.0707	0.1228	0.0212	0.05	0.0497	0.0526	0.0212	0.0676	0.0733	0.0676	0.1115	0.1133	0.1605	0.1133	0.1954
chr3L	9394572	9394780	chr3L:9394573-9394780	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0828	0.0667	0.0877	0.0955	0.0318	0.0879	0.0787	0.0786	0.0318	0.119	0.09	0.119	0.0899	0.1049	0.1135	0.1049	0.1402
chr3L	9394987	9395180	chr3L:9394988-9395180	FBgn0015218	eIF-4E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2305	0.2124	0.2558	0.2231	0.1548	0.2553	0.2409	0.2552	0.1548	0.349	0.2842	0.349	0.2231	0.2374	0.2527	0.2374	0.2486
chr3L	9395197	9395397	chr3L:9395198-9395397	FBgn0015218	eIF-4E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1881	0.1701	0.2268	0.1659	0.0976	0.1981	0.202	0.2219	0.0976	0.276	0.2338	0.276	0.2161	0.1593	0.1689	0.1593	0.1839
chr3L	9395478	9395667	chr3L:9395479-9395667	FBgn0015218	eIF-4E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2046	0.1854	0.2418	0.1854	0.1294	0.2063	0.2266	0.2358	0.1294	0.2959	0.2637	0.2959	0.2308	0.1953	0.1921	0.1953	0.2074
chr3L	9395815	9395966	chr3L:9395816-9395966	FBgn0015218	eIF-4E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0533	0.0519	0.0347	0.0456	0.0466	0.08	0.0606	0.0456	0.0574	0.0598	0.0574	0.0534	0.0283	0.0368	0.0283	0.0448
chr3L	9403145	9403337	chr3L:9403146-9403337	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1599	0.1749	0.1933	0.1067	0.1273	0.1917	0.2115	0.2225	0.1273	0.2494	0.2257	0.2494	0.1394	0.1011	0.0974	0.1011	0.0896
chr3L	9403379	9403560	chr3L:9403380-9403560	FBgn0035986	CG4022	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1512	0.134	0.1869	0.1312	0.0827	0.1612	0.1531	0.1765	0.0827	0.2307	0.2061	0.2307	0.1689	0.1417	0.1141	0.1417	0.1381
chr3L	9403592	9403787	chr3L:9403593-9403787	FBgn0035986,FBgn0035987	CG3689,CG4022	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1432	0.131	0.1652	0.1327	0.0933	0.1573	0.1518	0.1546	0.0933	0.2047	0.1817	0.2047	0.1627	0.1577	0.1328	0.1577	0.1688
chr3L	9403804	9404000	chr3L:9403805-9404000	FBgn0035986,FBgn0035987	CG3689,CG4022	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1883	0.1671	0.2188	0.1785	0.1283	0.1942	0.1899	0.2099	0.1283	0.276	0.2254	0.276	0.2378	0.1891	0.1721	0.1891	0.2199
chr3L	9404038	9404224	chr3L:9404039-9404224	FBgn0035986,FBgn0035987	CG3689,CG4022	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1444	0.131	0.169	0.1324	0.0933	0.15	0.1522	0.1672	0.0933	0.2246	0.1727	0.2246	0.158	0.1409	0.136	0.1409	0.1605
chr3L	9404282	9404473	chr3L:9404283-9404473	FBgn0035986,FBgn0035987	CG3689,CG4022	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1129	0.1117	0.1371	0.0879	0.0679	0.1345	0.1362	0.1359	0.0679	0.1926	0.1386	0.1926	0.1139	0.0934	0.0722	0.0934	0.1032
chr3L	9405209	9405360	chr3L:9405210-9405360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.038	0.0497	0.0415	0.0212	0.0223	0.0631	0.058	0.0613	0.0223	0.0495	0.0328	0.0495	0.0736	0.0153	0.0226	0.0153	0.0344
chr3L	9405866	9406017	chr3L:9405867-9406017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0495	0.032	0.0145	0.0361	0.0451	0.0753	0.0533	0.0361	0.0393	0.0309	0.0393	0.0349	0.01	0.0135	0.01	0.0182
chr3L	9413406	9413557	chr3L:9413407-9413557	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.024	0.0258	0.025	0.0209	0.0085	0.0325	0.0381	0.0253	0.0085	0.0423	0.0235	0.0423	0.0263	0.0184	0.0168	0.0184	0.0386
chr3L	9414552	9414782	chr3L:9414553-9414782	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0602	0.1175	0.0402	0.018	0.1177	0.0617	0.1804	0.1606	0.1177	0.0314	0.064	0.0314	0.0325	0.013	0.029	0.013	0.0219
chr3L	9415577	9415810	chr3L:9415578-9415810	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.08	0.0722	0.0962	0.071	0.0329	0.0951	0.0787	0.0946	0.0329	0.0688	0.1087	0.0688	0.2022	0.0345	0.0696	0.0345	0.1668
chr3L	9415905	9416087	chr3L:9415906-9416087	FBgn0023129	aay	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0961	0.0712	0.1235	0.0939	0.0276	0.1029	0.0619	0.1033	0.0276	0.0707	0.1743	0.0707	0.2053	0.0475	0.1425	0.0475	0.1829
chr3L	9416224	9416474	chr3L:9416225-9416474	FBgn0023129	aay	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1275	0.1083	0.1549	0.1188	0.0551	0.1515	0.0887	0.1746	0.0551	0.0791	0.2244	0.0791	0.2502	0.0597	0.196	0.0597	0.2032
chr3L	9417353	9417521	chr3L:9417354-9417521	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0814	0.0634	0.1022	0.0785	0.0456	0.0791	0.0696	0.0753	0.0456	0.0942	0.1235	0.0942	0.1526	0.075	0.0922	0.075	0.1214
chr3L	9417619	9417787	chr3L:9417620-9417787	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0952	0.0931	0.1071	0.0845	0.0541	0.1141	0.1116	0.1126	0.0541	0.1159	0.128	0.1159	0.1247	0.0881	0.0999	0.0881	0.11
chr3L	9419193	9419344	chr3L:9419194-9419344	FBgn0035989	CG3967	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.037	0.0216	0.0353	0.0563	0.0095	0.0252	0.0281	0.0253	0.0095	0.032	0.0463	0.032	0.0372	0.0375	0.0993	0.0375	0.0516
chr3L	9419387	9419538	chr3L:9419388-9419538	FBgn0035989	CG3967	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.0309	0.0477	0.068	0.0127	0.0374	0.0355	0.0426	0.0127	0.0519	0.0537	0.0519	0.0442	0.0651	0.0774	0.0651	0.0672
chr3L	9419731	9419984	chr3L:9419732-9419984	FBgn0015296,FBgn0035989	CG3967,Shc	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.1669	0.1135	0.1845	0.2072	0.07	0.1432	0.125	0.1459	0.07	0.218	0.2003	0.218	0.2153	0.1585	0.2334	0.1585	0.2486
chr3L	9420019	9420201	chr3L:9420020-9420201	FBgn0015296,FBgn0035989	CG3967,Shc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1963	0.1655	0.2336	0.1898	0.123	0.2029	0.1869	0.2039	0.123	0.3031	0.2508	0.3031	0.2424	0.1891	0.1921	0.1891	0.2381
chr3L	9420273	9420424	chr3L:9420274-9420424	FBgn0015296,FBgn0035989	CG3967,Shc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0973	0.0849	0.1208	0.0854	0.053	0.1053	0.1012	0.1013	0.053	0.1691	0.1203	0.1691	0.1332	0.0881	0.0903	0.0881	0.1152
chr3L	9422397	9422548	chr3L:9422398-9422548	FBgn0005533,FBgn0082953	RpS17,snoRNA:Psi28S-612	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0548	0.0608	0.0613	0.0411	0.0382	0.065	0.0809	0.0733	0.0382	0.0785	0.0675	0.0785	0.0666	0.0398	0.0393	0.0398	0.0615
chr3L	9422588	9422739	chr3L:9422589-9422739	FBgn0005533,FBgn0082953	RpS17,snoRNA:Psi28S-612	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0742	0.0688	0.092	0.0607	0.035	0.0786	0.0852	0.0886	0.035	0.1153	0.0984	0.1153	0.086	0.0613	0.069	0.0613	0.075
chr3L	9422832	9423063	chr3L:9422833-9423063	FBgn0005533,FBgn0040305,FBgn0082953	MTF-1,RpS17,snoRNA:Psi28S-612	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1562	0.1463	0.1815	0.1397	0.1124	0.1646	0.1566	0.1992	0.1124	0.2331	0.1891	0.2331	0.172	0.1493	0.1547	0.1493	0.1615
chr3L	9423259	9423449	chr3L:9423260-9423449	FBgn0005533,FBgn0040305	MTF-1,RpS17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.23	0.1954	0.2707	0.2241	0.1368	0.2427	0.2189	0.2492	0.1368	0.3291	0.2961	0.3291	0.2742	0.2672	0.2411	0.2672	0.2611
chr3L	9423570	9423721	chr3L:9423571-9423721	FBgn0040305	MTF-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0762	0.0614	0.0865	0.0812	0.0424	0.0801	0.074	0.0706	0.0424	0.1075	0.0887	0.1075	0.1193	0.0942	0.0909	0.0942	0.1167
chr3L	9425539	9425749	chr3L:9425540-9425749	distal	distal	stage14	stage14	VT28083.1	VT28083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0541	0.0449	0.0575	0.0609	0.0138	0.0791	0.0476	0.0393	0.0138	0.1099	0.0534	0.1099	0.0395	0.1945	0.0419	0.1945	0.0417
chr3L	9426364	9426515	chr3L:9426365-9426515	distal	distal	none	none	VT28083.1	VT28083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0241	0.0138	0.024	0.0356	0.0032	0.016	0.0186	0.0167	0.0032	0.0393	0.0248	0.0393	0.024	0.111	0.0174	0.111	0.0266
chr3L	9428494	9428689	chr3L:9428495-9428689	FBgn0260431	CG42526	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0924	0.0791	0.1041	0.0943	0.0467	0.0864	0.0913	0.1086	0.0467	0.1081	0.1138	0.1081	0.1193	0.0965	0.1096	0.0965	0.0922
chr3L	9428971	9429122	chr3L:9428972-9429122	FBgn0260431	CG42526	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0336	0.0385	0.022	0.0244	0.032	0.0437	0.044	0.0244	0.0501	0.0476	0.0501	0.0263	0.0222	0.0213	0.0222	0.0261
chr3L	9431243	9431394	chr3L:9431244-9431394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0221	0.0247	0.0283	0.017	0.0209	0.0311	0.0247	0.017	0.029	0.0235	0.029	0.0434	0.0168	0.0155	0.0168	0.0703
chr3L	9434831	9434982	chr3L:9434832-9434982	FBgn0035993,FBgn0260859	Bet3,Nf-YA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0434	0.0419	0.0504	0.0376	0.0201	0.0515	0.0571	0.0453	0.0201	0.0694	0.0502	0.0694	0.0511	0.0383	0.0361	0.0383	0.0615
chr3L	9434985	9435201	chr3L:9434986-9435201	FBgn0035993,FBgn0260859	Bet3,Nf-YA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0913	0.0783	0.1136	0.0813	0.0498	0.099	0.0926	0.0833	0.0498	0.1353	0.118	0.1353	0.1154	0.0842	0.0677	0.0842	0.1136
chr3L	9435286	9435459	chr3L:9435287-9435459	FBgn0035993,FBgn0260859	Bet3,Nf-YA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.129	0.1149	0.1529	0.1184	0.0774	0.1316	0.1341	0.1406	0.0774	0.1902	0.1627	0.1902	0.1588	0.111	0.1161	0.111	0.1595
chr3L	9435603	9435754	chr3L:9435604-9435754	FBgn0035993,FBgn0260859	Bet3,Nf-YA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0428	0.0526	0.0451	0.0294	0.0318	0.0592	0.0662	0.0653	0.0318	0.0531	0.0441	0.0531	0.0434	0.026	0.0316	0.026	0.0396
chr3L	9435823	9436032	chr3L:9435824-9436032	FBgn0035993,FBgn0053926,FBgn0260859	Bet3,CG33926,Nf-YA	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0879	0.118	0.0721	0.0716	0.0817	0.1199	0.151	0.1492	0.0817	0.0797	0.073	0.0797	0.0829	0.0766	0.0658	0.0766	0.112
chr3L	9436152	9436303	chr3L:9436153-9436303	FBgn0053926	CG33926	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0583	0.0842	0.0464	0.0425	0.0647	0.0786	0.1129	0.1059	0.0647	0.0556	0.0514	0.0556	0.0519	0.0383	0.04	0.0383	0.0766
chr3L	9439607	9439782	chr3L:9439608-9439782	FBgn0035995	CG3529	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0708	0.0613	0.09	0.0604	0.0435	0.0709	0.0714	0.0779	0.0435	0.1165	0.0984	0.1165	0.0976	0.0758	0.0671	0.0758	0.0756
chr3L	9439882	9440054	chr3L:9439883-9440054	FBgn0035995	CG3529	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1721	0.1643	0.1968	0.1537	0.1092	0.1927	0.1869	0.2152	0.1092	0.2385	0.2203	0.2385	0.1952	0.183	0.1631	0.183	0.1678
chr3L	9440120	9440301	chr3L:9440121-9440301	FBgn0035995	CG3529	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.157	0.1307	0.1886	0.1518	0.0859	0.1515	0.1484	0.1732	0.0859	0.2192	0.2084	0.2192	0.1797	0.1577	0.1657	0.1577	0.1475
chr3L	9440361	9440610	chr3L:9440362-9440610	FBgn0035995	CG3529	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1769	0.2045	0.1824	0.1401	0.1707	0.1917	0.2383	0.2938	0.1707	0.1661	0.2254	0.1661	0.2161	0.121	0.158	0.121	0.1735
chr3L	9440827	9440978	chr3L:9440828-9440978	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0518	0.0439	0.0384	0.0265	0.0495	0.0675	0.074	0.0265	0.0483	0.0495	0.0483	0.0534	0.0406	0.0413	0.0406	0.05
chr3L	9444641	9444807	chr3L:9444642-9444807	FBgn0035996,FBgn0052038	CG32038,CG3448	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0839	0.1065	0.0844	0.0679	0.1078	0.0908	0.0979	0.0679	0.1395	0.1164	0.1395	0.1069	0.0988	0.0864	0.0988	0.0995
chr3L	9444856	9445031	chr3L:9444857-9445031	FBgn0035996,FBgn0052038	CG32038,CG3448	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1529	0.1367	0.1799	0.1412	0.087	0.1728	0.1492	0.1772	0.087	0.2198	0.1926	0.2198	0.2022	0.1485	0.1451	0.1485	0.1772
chr3L	9445278	9445429	chr3L:9445279-9445429	FBgn0052038	CG32038	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0633	0.0597	0.0769	0.0525	0.035	0.0699	0.0792	0.0693	0.035	0.093	0.0759	0.093	0.0782	0.0406	0.0413	0.0406	0.0865
chr3L	9448631	9448987	chr3L:9448632-9448987	FBgn0035997,FBgn0035999	CG3552,phol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.2544	0.2206	0.3057	0.2359	0.1442	0.2786	0.2509	0.2612	0.1442	0.3744	0.3325	0.3744	0.3222	0.2557	0.256	0.2557	0.297
chr3L	9449068	9449235	chr3L:9449069-9449235	FBgn0035997,FBgn0035999	CG3552,phol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2874	0.2458	0.3473	0.2682	0.1686	0.3107	0.2699	0.3025	0.1686	0.4257	0.3785	0.4257	0.3447	0.2894	0.2869	0.2894	0.3043
chr3L	9449298	9449479	chr3L:9449299-9449479	FBgn0035997,FBgn0035999	CG3552,phol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2542	0.2392	0.2959	0.2253	0.1676	0.2951	0.2712	0.2871	0.1676	0.3569	0.3328	0.3569	0.282	0.2335	0.2224	0.2335	0.271
chr3L	9449610	9449854	chr3L:9449611-9449854	FBgn0035997,FBgn0035999	CG3552,phol	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1519	0.1699	0.1609	0.122	0.14	0.1825	0.2111	0.1999	0.14	0.1963	0.1727	0.1963	0.1549	0.1041	0.0999	0.1041	0.1318
chr3L	9451002	9451226	chr3L:9451003-9451226	FBgn0035998	CG3437	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1274	0.1443	0.1402	0.0944	0.1029	0.1578	0.1696	0.1939	0.1029	0.1655	0.1643	0.1655	0.1572	0.1126	0.1044	0.1126	0.1162
chr3L	9453619	9453770	chr3L:9453620-9453770	FBgn0036000,FBgn0052043	CG32043,CG3434	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1205	0.11	0.1523	0.0972	0.0689	0.1272	0.1298	0.1466	0.0689	0.1896	0.1682	0.1896	0.1518	0.1003	0.1038	0.1003	0.1204
chr3L	9453810	9453988	chr3L:9453811-9453988	FBgn0036000,FBgn0052043	CG32043,CG3434	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2083	0.1859	0.2518	0.1855	0.123	0.218	0.2189	0.2352	0.123	0.3152	0.2765	0.3152	0.251	0.2044	0.2025	0.2044	0.2314
chr3L	9454058	9454284	chr3L:9454059-9454284	FBgn0036000,FBgn0052043	CG32043,CG3434	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2009	0.1525	0.2442	0.2075	0.0859	0.1893	0.1778	0.1899	0.0859	0.3116	0.2698	0.3116	0.251	0.2557	0.2289	0.2557	0.2663
chr3L	9454906	9455106	chr3L:9454907-9455106	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.1991	0.236	0.2194	0.1356	0.2397	0.1932	0.3157	0.2918	0.2397	0.2428	0.2833	0.2428	0.1782	0.1776	0.1573	0.1776	0.1282
chr3L	9455211	9455384	chr3L:9455212-9455384	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2418	0.2279	0.2904	0.2041	0.1813	0.2723	0.2574	0.2778	0.1813	0.3732	0.3225	0.3732	0.2657	0.2182	0.2315	0.2182	0.2074
chr3L	9455584	9455795	chr3L:9455585-9455795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2712	0.2585	0.3145	0.2378	0.2301	0.3058	0.2963	0.2951	0.2301	0.4112	0.3357	0.4112	0.306	0.2879	0.2502	0.2879	0.2512
chr3L	9456147	9456334	chr3L:9456148-9456334	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1062	0.1319	0.1121	0.071	0.1071	0.1529	0.1665	0.1359	0.1071	0.1824	0.118	0.1824	0.0837	0.1179	0.0838	0.1179	0.0714
chr3L	9456605	9456871	chr3L:9456606-9456871	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1371	0.2334	0.1194	0.0487	0.2269	0.2131	0.3309	0.2365	0.2269	0.2609	0.1058	0.2609	0.0782	0.0666	0.0477	0.0666	0.0438
chr3L	9458693	9458992	chr3L:9458694-9458992	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1249	0.074	0.1107	0.1975	0.0392	0.0874	0.1008	0.0746	0.0392	0.2035	0.0807	0.2035	0.151	0.3086	0.1103	0.3086	0.2533
chr3L	9459190	9459449	chr3L:9459191-9459449	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0834	0.0679	0.0688	0.1168	0.0392	0.0782	0.0947	0.0713	0.0392	0.1117	0.0698	0.1117	0.0627	0.1608	0.1032	0.1608	0.1261
chr3L	9460080	9460231	chr3L:9460081-9460231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0338	0.0482	0.019	0.0338	0.0361	0.032	0.0921	0.0366	0.0361	0.0308	0.018	0.0308	0.0163	0.0368	0.0129	0.0368	0.0188
chr3L	9460925	9461169	chr3L:9460926-9461169	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.08	0.1348	0.0536	0.0478	0.0965	0.117	0.17	0.2012	0.0965	0.0628	0.0601	0.0628	0.0542	0.0513	0.0284	0.0513	0.0224
chr3L	9462074	9462287	chr3L:9462075-9462287	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0419	0.0403	0.0326	0.0539	0.0297	0.0272	0.0701	0.0406	0.0297	0.035	0.0315	0.035	0.024	0.0214	0.0135	0.0214	0.0172
chr3L	9462503	9462654	chr3L:9462504-9462654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0216	0.0213	0.0145	0.0297	0.0106	0.016	0.0428	0.0153	0.0106	0.0133	0.0164	0.0133	0.0093	0.0153	0.0103	0.0153	0.0193
chr3L	9467475	9467680	chr3L:9467476-9467680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0483	0.0649	0.0519	0.0256	0.0371	0.0568	0.1016	0.0759	0.0371	0.0616	0.0537	0.0616	0.0473	0.0383	0.02	0.0383	0.0271
chr3L	9468035	9468186	chr3L:9468036-9468186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0445	0.0272	0.0173	0.0403	0.035	0.0696	0.0493	0.0403	0.0356	0.0286	0.0356	0.0333	0.0253	0.0142	0.0253	0.0193
chr3L	9469338	9469633	chr3L:9469339-9469633	FBgn0011327	Uch-L3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0484	0.0513	0.0567	0.0359	0.0297	0.0466	0.0757	0.066	0.0297	0.0749	0.0643	0.0749	0.0434	0.0643	0.0245	0.0643	0.0349
chr3L	9469752	9469903	chr3L:9469753-9469903	FBgn0011327,FBgn0036004	Jarid2,Uch-L3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0517	0.0609	0.0475	0.0339	0.0476	0.0709	0.0733	0.0339	0.0707	0.0672	0.0707	0.0651	0.0582	0.0484	0.0582	0.0537
chr3L	9470017	9470186	chr3L:9470018-9470186	FBgn0011327,FBgn0036004	Jarid2,Uch-L3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1579	0.1544	0.1806	0.1367	0.105	0.1816	0.1812	0.2039	0.105	0.2144	0.1961	0.2144	0.182	0.1478	0.1393	0.1478	0.173
chr3L	9470299	9470513	chr3L:9470300-9470513	FBgn0011327,FBgn0036004	Jarid2,Uch-L3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0989	0.0981	0.1096	0.0879	0.0753	0.1019	0.1285	0.1213	0.0753	0.1292	0.118	0.1292	0.1131	0.0926	0.0832	0.0926	0.1178
chr3L	9470538	9470689	chr3L:9470539-9470689	FBgn0011327,FBgn0036004	Jarid2,Uch-L3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0491	0.0516	0.0444	0.0255	0.0529	0.0636	0.064	0.0255	0.0707	0.0489	0.0707	0.0589	0.0459	0.038	0.0459	0.0573
chr3L	9470772	9470934	chr3L:9470773-9470934	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0334	0.0303	0.0365	0.0334	0.017	0.0403	0.0385	0.028	0.017	0.0447	0.0338	0.0447	0.0442	0.0283	0.0219	0.0283	0.0464
chr3L	9478434	9478650	chr3L:9478435-9478650	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0825	0.0331	0.0173	0.0679	0.0471	0.1475	0.0833	0.0679	0.0368	0.036	0.0368	0.0341	0.013	0.0161	0.013	0.0182
chr3L	9479356	9479589	chr3L:9479357-9479589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0539	0.0798	0.0489	0.0306	0.0795	0.065	0.1103	0.1006	0.0795	0.0604	0.0505	0.0604	0.0581	0.0214	0.0303	0.0214	0.036
chr3L	9479976	9480127	chr3L:9479977-9480127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.043	0.033	0.0164	0.035	0.0379	0.0567	0.0546	0.035	0.0356	0.0386	0.0356	0.0395	0.0123	0.0181	0.0123	0.0203
chr3L	9480501	9480699	chr3L:9480502-9480699	FBgn0036005	pall	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0775	0.0842	0.0862	0.0604	0.0551	0.0806	0.1215	0.0973	0.0551	0.1057	0.0997	0.1057	0.0682	0.072	0.0606	0.072	0.0735
chr3L	9480829	9481010	chr3L:9480830-9481010	FBgn0036005	pall	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1289	0.1358	0.1433	0.1053	0.0976	0.1481	0.1765	0.1566	0.0976	0.1763	0.1614	0.1763	0.1387	0.111	0.1115	0.111	0.1334
chr3L	9481167	9481450	chr3L:9481168-9481450	FBgn0036005	pall	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0585	0.0571	0.0675	0.0503	0.0339	0.0602	0.0804	0.0606	0.0339	0.0719	0.0801	0.0719	0.0744	0.0505	0.0645	0.0505	0.0646
chr3L	9484535	9484816	chr3L:9484536-9484816	FBgn0052037	CG32037	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0858	0.1788	0.0539	0.0167	0.1294	0.1437	0.2292	0.2692	0.1294	0.0707	0.074	0.0707	0.0263	0.0276	0.0258	0.0276	0.0099
chr3L	9484990	9485160	chr3L:9484991-9485160	FBgn0052037	CG32037	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0643	0.031	0.0145	0.052	0.0573	0.0809	0.0966	0.052	0.038	0.0431	0.038	0.0178	0.0237	0.0251	0.0237	0.0141
chr3L	9485231	9485382	chr3L:9485232-9485382	FBgn0052037	CG32037	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0298	0.0303	0.0175	0.017	0.0291	0.0368	0.0433	0.017	0.0344	0.0418	0.0344	0.0256	0.0253	0.0303	0.0253	0.0167
chr3L	9490471	9490622	chr3L:9490472-9490622	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0279	0.0245	0.0189	0.0095	0.0286	0.0359	0.0413	0.0095	0.032	0.027	0.032	0.0302	0.0115	0.0239	0.0115	0.0334
chr3L	9490665	9490901	chr3L:9490666-9490901	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.038	0.0329	0.0265	0.018	0.0364	0.0532	0.046	0.018	0.0386	0.0386	0.0386	0.0442	0.0161	0.038	0.0161	0.05
chr3L	9494593	9494791	chr3L:9494594-9494791	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0542	0.0487	0.0662	0.0472	0.0201	0.0704	0.0489	0.0626	0.0201	0.1238	0.0534	0.1238	0.0325	0.0651	0.0206	0.0651	0.0255
chr3L	9495523	9495674	chr3L:9495524-9495674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0304	0.0284	0.0402	0.0217	0.0148	0.0403	0.0307	0.034	0.0148	0.0537	0.0312	0.0537	0.0759	0.023	0.009	0.023	0.0334
chr3L	9495936	9496087	chr3L:9495937-9496087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0216	0.0263	0.0246	0.013	0.0085	0.0296	0.0324	0.038	0.0085	0.0296	0.017	0.0296	0.055	0.0084	0.0064	0.0084	0.0224
chr3L	9496786	9496937	chr3L:9496787-9496937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0366	0.0513	0.0332	0.0238	0.0244	0.0592	0.0623	0.0686	0.0244	0.055	0.0315	0.055	0.024	0.0207	0.0245	0.0207	0.0281
chr3L	9497789	9498014	chr3L:9497790-9498014	FBgn0036007	path	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0661	0.07	0.0811	0.0451	0.0435	0.0825	0.083	0.0913	0.0435	0.1202	0.0887	0.1202	0.0782	0.0743	0.0509	0.0743	0.0391
chr3L	9498054	9498264	chr3L:9498055-9498264	FBgn0036007	path	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1086	0.1103	0.1277	0.0856	0.0689	0.1568	0.1163	0.1299	0.0689	0.195	0.1315	0.195	0.1084	0.1409	0.0799	0.1409	0.0782
chr3L	9498297	9498479	chr3L:9498298-9498479	FBgn0036007	path	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1484	0.1362	0.1756	0.132	0.106	0.183	0.1345	0.1652	0.106	0.2603	0.1839	0.2603	0.1332	0.1845	0.1225	0.1845	0.1245
chr3L	9498824	9499009	chr3L:9498825-9499009	FBgn0036007	path	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1209	0.1321	0.1452	0.0819	0.088	0.1471	0.1406	0.1979	0.088	0.2192	0.1473	0.2192	0.0697	0.0628	0.0638	0.0628	0.0521
chr3L	9501690	9501856	chr3L:9501691-9501856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0384	0.0194	0.0444	0.0531	0.0074	0.0218	0.0247	0.0213	0.0074	0.0266	0.0254	0.0266	0.0225	0.0161	0.0181	0.0161	0.0219
chr3L	9502131	9502454	chr3L:9502132-9502454	FBgn0036008	CG3408	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1373	0.0808	0.149	0.1876	0.0318	0.1019	0.0878	0.1133	0.0318	0.1431	0.0984	0.1431	0.1332	0.1409	0.1077	0.1409	0.1725
chr3L	9502633	9502840	chr3L:9502634-9502840	FBgn0036008	CG3408	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1582	0.1098	0.1761	0.1925	0.0626	0.1417	0.1099	0.1559	0.0626	0.2192	0.1675	0.2192	0.2084	0.1998	0.1844	0.1998	0.2319
chr3L	9502947	9503274	chr3L:9502948-9503274	FBgn0036008	CG3408	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1193	0.0789	0.1529	0.1277	0.0392	0.1083	0.083	0.1053	0.0392	0.1981	0.145	0.1981	0.2045	0.1325	0.1296	0.1325	0.16
chr3L	9503335	9503563	chr3L:9503336-9503563	FBgn0086075	snoRNA:Me28S-G3253	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0824	0.0663	0.108	0.0724	0.0329	0.0932	0.0766	0.0753	0.0329	0.1425	0.1045	0.1425	0.1387	0.072	0.0696	0.072	0.0964
chr3L	9503623	9503816	chr3L:9503624-9503816	FBgn0086075	snoRNA:Me28S-G3253	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0597	0.0528	0.077	0.0483	0.0233	0.068	0.0588	0.0746	0.0233	0.1087	0.0695	0.1087	0.0937	0.049	0.0471	0.049	0.0573
chr3L	9503868	9504019	chr3L:9503869-9504019	FBgn0086075	snoRNA:Me28S-G3253	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0534	0.0485	0.0633	0.0479	0.0265	0.0597	0.058	0.064	0.0265	0.0912	0.0572	0.0912	0.0744	0.0498	0.0509	0.0498	0.0584
chr3L	9504294	9504465	chr3L:9504295-9504465	FBgn0010408,FBgn0086075	RpS9,snoRNA:Me28S-G3253	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.117	0.1028	0.1423	0.1051	0.0657	0.1223	0.1267	0.1286	0.0657	0.1957	0.1412	0.1957	0.141	0.1194	0.1103	0.1194	0.1339
chr3L	9504536	9504728	chr3L:9504537-9504728	FBgn0010408	RpS9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1685	0.1611	0.1831	0.1606	0.1251	0.1908	0.1786	0.2072	0.1251	0.2512	0.1823	0.2512	0.1859	0.1891	0.1618	0.1891	0.197
chr3L	9504917	9505130	chr3L:9504918-9505130	FBgn0010408	RpS9	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1217	0.1206	0.127	0.1171	0.1007	0.1388	0.1328	0.1426	0.1007	0.1612	0.1373	0.1612	0.134	0.1202	0.1244	0.1202	0.1407
chr3L	9515854	9516005	chr3L:9515855-9516005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0086	0.0065	0.0062	0.0136	0.0021	0.0058	0.0108	0.0087	0.0021	0.0066	0.0064	0.0066	0.0077	0.0268	0.0135	0.0268	0.0115
chr3L	9522049	9522200	chr3L:9522050-9522200	FBgn0036009	Or67a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0103	0.0181	0.0298	0.0032	0.0112	0.016	0.0107	0.0032	0.0097	0.0312	0.0097	0.0163	0.0092	0.0993	0.0092	0.0125
chr3L	9540075	9540353	chr3L:9540076-9540353	FBgn0261555	CG42673	stage11,stage14	none	VT28140.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0701	0.0143	0.0655	0.1374	0.0064	0.0199	0.0229	0.008	0.0064	0.0205	0.1132	0.0205	0.0627	0.0827	0.285	0.0827	0.1001
chr3L	9540998	9541149	chr3L:9540999-9541149	distal	distal	none	none	VT28140.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0065	0.0171	0.0234	0.0032	0.0053	0.0108	0.0047	0.0032	0.0085	0.0309	0.0085	0.0116	0.0038	0.0716	0.0038	0.0193
chr3L	9541954	9542105	chr3L:9541955-9542105	distal	distal	none	none	VT28140.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0107	0.015	0.0235	0.0074	0.0087	0.0186	0.01	0.0074	0.0121	0.0209	0.0121	0.0186	0.0329	0.0535	0.0329	0.0135
chr3L	9542915	9543071	chr3L:9542916-9543071	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.026	0.0082	0.0331	0.038	0.0053	0.0112	0.0104	0.0087	0.0053	0.0097	0.063	0.0097	0.0271	0.0061	0.1283	0.0061	0.0208
chr3L	9543389	9543540	chr3L:9543390-9543540	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0144	0.0072	0.0159	0.0209	0.0042	0.0058	0.0147	0.004	0.0042	0.0079	0.0264	0.0079	0.0178	0.0069	0.0587	0.0069	0.0172
chr3L	9544074	9544225	chr3L:9544075-9544225	distal	distal	none	none	VT28142.1	VT28142.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.015	0.0059	0.0132	0.0272	0.0042	0.0049	0.0091	0.006	0.0042	0.0066	0.019	0.0066	0.0186	0.0054	0.0632	0.0054	0.0354
chr3L	9544541	9544692	chr3L:9544542-9544692	distal	distal	none	none	VT28142.1	VT28142.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.0069	0.0132	0.0277	0.0032	0.0068	0.0117	0.0053	0.0032	0.0109	0.0186	0.0109	0.0139	0.0054	0.0877	0.0054	0.0182
chr3L	9561775	9561926	chr3L:9561776-9561926	distal	distal	none	none	VT28151.1,VT28152.1	VT28151.1,VT28152.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0108	0.008	0.0081	0.0169	0.0064	0.0044	0.0156	0.0073	0.0064	0.0066	0.0087	0.0066	0.0108	0.0092	0.0187	0.0092	0.024
chr3L	9562407	9562594	chr3L:9562408-9562594	distal	distal	stage14	stage14	VT28152.1	VT28152.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0225	0.0082	0.015	0.0468	0.0085	0.0068	0.0147	0.0047	0.0085	0.0079	0.018	0.0079	0.0294	0.0306	0.0812	0.0306	0.0761
chr3L	9562697	9562848	chr3L:9562698-9562848	distal	distal	stage14	stage14	VT28152.1	VT28152.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0157	0.0069	0.0103	0.0316	0.0011	0.0083	0.0125	0.0027	0.0011	0.0054	0.0116	0.0054	0.0217	0.01	0.0613	0.01	0.0532
chr3L	9564745	9564972	chr3L:9564746-9564972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0307	0.0131	0.0307	0.0504	0.0085	0.015	0.0182	0.0107	0.0085	0.0272	0.0328	0.0272	0.0651	0.0689	0.0516	0.0689	0.087
chr3L	9607160	9607327	chr3L:9607161-9607327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1034	0.0823	0.1269	0.1014	0.053	0.1083	0.0904	0.0993	0.053	0.1709	0.1527	0.1709	0.1317	0.1164	0.1135	0.1164	0.1407
chr3L	9607549	9607776	chr3L:9607550-9607776	FBgn0002528	LanB2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.07	0.1358	0.1076	0.0573	0.0927	0.0653	0.0919	0.0573	0.1987	0.1412	0.1987	0.1704	0.1332	0.1173	0.1332	0.1694
chr3L	9607865	9608081	chr3L:9607866-9608081	FBgn0002528	LanB2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2159	0.1933	0.2694	0.1824	0.1538	0.2733	0.1613	0.2632	0.1538	0.3738	0.3074	0.3738	0.3036	0.268	0.2289	0.268	0.2731
chr3L	9608233	9608440	chr3L:9608234-9608440	FBgn0002528	LanB2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1249	0.1252	0.1546	0.092	0.087	0.1796	0.112	0.1659	0.087	0.2089	0.1852	0.2089	0.1658	0.124	0.1219	0.124	0.124
chr3L	9608547	9608768	chr3L:9608548-9608768	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1922	0.2003	0.2339	0.1373	0.1559	0.2568	0.1933	0.2618	0.1559	0.3255	0.2669	0.3255	0.2564	0.1891	0.1941	0.1891	0.1688
chr3L	9608845	9609079	chr3L:9608846-9609079	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1198	0.1057	0.1428	0.1103	0.0679	0.1388	0.112	0.1252	0.0679	0.192	0.1238	0.192	0.2471	0.0773	0.078	0.0773	0.2517
chr3L	9616908	9617121	chr3L:9616909-9617121	FBgn0036018	CG3335	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0719	0.0641	0.0787	0.0732	0.0467	0.0777	0.0709	0.0806	0.0467	0.1081	0.0833	0.1081	0.0837	0.0819	0.06	0.0819	0.1183
chr3L	9617203	9617386	chr3L:9617204-9617386	FBgn0036018	CG3335	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.0966	0.1251	0.1007	0.0594	0.1092	0.1155	0.1286	0.0594	0.1564	0.1331	0.1564	0.1394	0.1187	0.0864	0.1187	0.1501
chr3L	9617450	9617708	chr3L:9617451-9617708	FBgn0036018	CG3335	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0562	0.0482	0.0692	0.051	0.0223	0.0539	0.0619	0.0653	0.0223	0.0815	0.073	0.0815	0.0899	0.0513	0.0477	0.0513	0.0813
chr3L	9623073	9623273	chr3L:9623074-9623273	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1237	0.1299	0.1388	0.1001	0.1145	0.1437	0.1488	0.1619	0.1145	0.1932	0.1605	0.1932	0.1185	0.1156	0.1096	0.1156	0.1141
chr3L	9623374	9623570	chr3L:9623375-9623570	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0665	0.0747	0.0745	0.0487	0.0551	0.0825	0.0856	0.0953	0.0551	0.1021	0.0875	0.1021	0.0573	0.0582	0.058	0.0582	0.0552
chr3L	9623973	9624124	chr3L:9623974-9624124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0201	0.0229	0.0223	0.0143	0.0117	0.0243	0.0363	0.0233	0.0117	0.026	0.028	0.026	0.024	0.013	0.0129	0.013	0.0266
chr3L	9627161	9627312	chr3L:9627162-9627312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.037	0.018	0.0078	0.0201	0.0277	0.064	0.0346	0.0201	0.0254	0.0209	0.0254	0.0155	0.0084	0.0064	0.0084	0.0094
chr3L	9636749	9636900	chr3L:9636750-9636900	FBgn0053696	CG33696	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0076	0.0072	0.0114	0.0053	0.0053	0.0138	0.0067	0.0053	0.0079	0.0087	0.0079	0.0039	0.0046	0.0045	0.0046	0.0036
chr3L	9637066	9637217	chr3L:9637067-9637217	FBgn0053696	CG33696	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.007	0.0086	0.0178	0.0064	0.0063	0.0121	0.0053	0.0064	0.0079	0.0096	0.0079	0.0015	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chr3L	9664596	9664747	chr3L:9664597-9664747	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0126	0.0123	0.0091	0.0166	0.0085	0.0112	0.0182	0.0113	0.0085	0.0048	0.0141	0.0048	0.0085	0.013	0.0135	0.013	0.0344
chr3L	9668736	9669022	chr3L:9668737-9669022	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0411	0.0472	0.0753	0.0265	0.0447	0.0571	0.0426	0.0265	0.0604	0.0421	0.0604	0.0813	0.1363	0.0522	0.1363	0.111
chr3L	9671379	9671621	chr3L:9671380-9671621	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1353	0.1218	0.1533	0.1308	0.0753	0.1417	0.128	0.1865	0.0753	0.1612	0.1955	0.1612	0.1627	0.1868	0.1792	0.1868	0.1412
chr3L	9671925	9672078	chr3L:9671926-9672078	FBgn0016081,FBgn0036028	CG16717,fry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0596	0.0578	0.0662	0.0544	0.0361	0.0607	0.061	0.0933	0.0361	0.0707	0.081	0.0707	0.0635	0.0544	0.069	0.0544	0.0672
chr3L	9672189	9672355	chr3L:9672190-9672355	FBgn0016081,FBgn0036028	CG16717,fry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1433	0.1292	0.1635	0.137	0.0965	0.1451	0.1436	0.1825	0.0965	0.1926	0.1849	0.1926	0.1665	0.1562	0.1534	0.1562	0.1595
chr3L	9685769	9685982	chr3L:9685770-9685982	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1179	0.0241	0.1327	0.2065	0.0053	0.0447	0.0255	0.018	0.0053	0.192	0.1305	0.192	0.2053	0.268	0.234	0.268	0.2835
chr3L	9686288	9686466	chr3L:9686289-9686466	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0853	0.0193	0.0722	0.1734	0.0064	0.0306	0.0251	0.014	0.0064	0.0864	0.0749	0.0864	0.1201	0.2243	0.1902	0.2243	0.2345
chr3L	9686615	9686781	chr3L:9686616-9686781	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0551	0.013	0.035	0.1242	0.0021	0.0165	0.0216	0.0073	0.0021	0.0254	0.0325	0.0254	0.0844	0.144	0.147	0.144	0.1605
chr3L	9686899	9687050	chr3L:9686900-9687050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0412	0.0092	0.0299	0.0891	0.0042	0.0083	0.0138	0.008	0.0042	0.0229	0.0322	0.0229	0.0542	0.1041	0.109	0.1041	0.1089
chr3L	9687569	9687751	chr3L:9687570-9687751	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.053	0.012	0.0334	0.1205	0	0.0218	0.0173	0.0067	0	0.0242	0.0299	0.0242	0.0767	0.1554	0.1128	0.1554	0.1522
chr3L	9688486	9688669	chr3L:9688487-9688669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0457	0.0146	0.022	0.1064	0.0085	0.0146	0.0247	0.0093	0.0085	0.0181	0.018	0.0181	0.0465	0.1692	0.0883	0.1692	0.1136
chr3L	9689876	9690164	chr3L:9689877-9690164	FBgn0036030	CG6767	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0834	0.0187	0.0659	0.175	0.0064	0.0282	0.0247	0.0133	0.0064	0.058	0.0662	0.058	0.1154	0.2083	0.1876	0.2083	0.2715
chr3L	9691305	9691484	chr3L:9691306-9691484	FBgn0015321	UbcD4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0555	0.033	0.0445	0.0926	0.0191	0.0359	0.0437	0.0366	0.0191	0.0362	0.0421	0.0362	0.1007	0.1026	0.109	0.1026	0.124
chr3L	9697062	9697213	chr3L:9697063-9697213	FBgn0036031,FBgn0036032	CG16711,CG6761	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0155	0.0125	0.0107	0.0241	0.0085	0.0107	0.0203	0.012	0.0085	0.0097	0.0106	0.0097	0.0132	0.026	0.0206	0.026	0.0344
chr3L	9697333	9697534	chr3L:9697334-9697534	FBgn0036032	CG16711	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0891	0.067	0.0973	0.1049	0.0445	0.0796	0.0757	0.0826	0.0445	0.1033	0.1116	0.1033	0.1185	0.121	0.109	0.121	0.1251
chr3L	9697551	9697756	chr3L:9697552-9697756	FBgn0036032	CG16711	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0699	0.0525	0.082	0.076	0.0201	0.066	0.0549	0.0753	0.0201	0.0894	0.0942	0.0894	0.0999	0.0865	0.078	0.0865	0.0964
chr3L	9705875	9706026	chr3L:9705876-9706026	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0352	0.0297	0.0376	0.0387	0.0138	0.034	0.0407	0.034	0.0138	0.0314	0.0357	0.0314	0.0596	0.0268	0.0245	0.0268	0.0714
chr3L	9706839	9707026	chr3L:9706840-9707026	FBgn0040475,FBgn0045823	SH3PX1,vsg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1633	0.1432	0.1905	0.1558	0.1156	0.1626	0.1579	0.1852	0.1156	0.2391	0.2177	0.2391	0.1921	0.1677	0.1657	0.1677	0.1944
chr3L	9707310	9707542	chr3L:9707311-9707542	FBgn0040475,FBgn0045823	SH3PX1,vsg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2205	0.194	0.2621	0.2046	0.1803	0.2291	0.2016	0.2492	0.1803	0.3255	0.2907	0.3255	0.2696	0.2243	0.2166	0.2243	0.2517
chr3L	9707759	9707936	chr3L:9707760-9707936	FBgn0045823	vsg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1672	0.1342	0.2084	0.1589	0.0817	0.1728	0.1384	0.1825	0.0817	0.2778	0.2338	0.2778	0.1813	0.1845	0.1689	0.1845	0.1793
chr3L	9709550	9709701	chr3L:9709551-9709701	FBgn0065081	snmRNA:838	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0333	0.0293	0.042	0.0283	0.0074	0.032	0.0389	0.0386	0.0074	0.0405	0.0383	0.0405	0.0806	0.0199	0.0155	0.0199	0.0651
chr3L	9712094	9712260	chr3L:9712095-9712260	FBgn0036035,FBgn0036036	CG14174,CG18178	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1006	0.0801	0.131	0.0902	0.0583	0.1121	0.0787	0.0966	0.0583	0.1594	0.1447	0.1594	0.1518	0.1248	0.0954	0.1248	0.1183
chr3L	9715948	9716375	chr3L:9715949-9716375	FBgn0036038,FBgn0261530	defl,nbs	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0758	0.0775	0.0892	0.059	0.053	0.0913	0.09	0.0979	0.053	0.1141	0.0916	0.1141	0.1007	0.062	0.0464	0.062	0.073
chr3L	9716450	9716811	chr3L:9716451-9716811	FBgn0036038,FBgn0261530	defl,nbs	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0753	0.0764	0.0871	0.0611	0.0467	0.0845	0.0982	0.0939	0.0467	0.1087	0.0907	0.1087	0.11	0.0681	0.0703	0.0681	0.074
chr3L	9719902	9720096	chr3L:9719903-9720096	FBgn0036039	Naa60	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0982	0.0835	0.1197	0.0912	0.0583	0.0816	0.1034	0.1126	0.0583	0.1516	0.1437	0.1516	0.1185	0.1018	0.0838	0.1018	0.124
chr3L	9720416	9720567	chr3L:9720417-9720567	FBgn0036039	Naa60	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0234	0.0263	0.0235	0.0095	0.0204	0.0355	0.0326	0.0095	0.0254	0.0299	0.0254	0.0403	0.0153	0.0226	0.0153	0.0459
chr3L	9720639	9720790	chr3L:9720640-9720790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.0223	0.0272	0.0213	0.0074	0.0218	0.0359	0.026	0.0074	0.0314	0.0273	0.0314	0.0387	0.0161	0.0174	0.0161	0.0453
chr3L	9722997	9723229	chr3L:9722998-9723229	FBgn0019644	ATPsyn-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1056	0.0808	0.1256	0.1113	0.0626	0.0893	0.0973	0.0999	0.0626	0.1636	0.1331	0.1636	0.1441	0.1041	0.1199	0.1041	0.1433
chr3L	9729896	9730065	chr3L:9729897-9730065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0339	0.0109	0.0074	0.0276	0.0112	0.0714	0.032	0.0276	0.0127	0.0138	0.0127	0.0124	0.0054	0.0135	0.0054	0.0057
chr3L	9732702	9732853	chr3L:9732703-9732853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0102	0.0107	0.0174	0.0032	0.0087	0.0186	0.01	0.0032	0.0115	0.0109	0.0115	0.0077	0.0161	0.0064	0.0161	0.0073
chr3L	9735342	9735516	chr3L:9735343-9735516	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0277	0.0218	0.0362	0.0249	0.0074	0.0175	0.0307	0.0333	0.0074	0.0223	0.0576	0.0223	0.0333	0.0123	0.0593	0.0123	0.0146
chr3L	9735749	9735942	chr3L:9735750-9735942	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0245	0.0146	0.035	0.0241	0.0053	0.0146	0.0238	0.014	0.0053	0.0169	0.0588	0.0169	0.0325	0.0084	0.0677	0.0084	0.0115
chr3L	9736689	9736932	chr3L:9736690-9736932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.023	0.016	0.0269	0.0267	0.0064	0.015	0.0277	0.0167	0.0064	0.0151	0.0357	0.0151	0.0418	0.0145	0.0671	0.0145	0.0255
chr3L	9737119	9737284	chr3L:9737120-9737284	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.046	0.0167	0.0582	0.0652	0.0074	0.0223	0.0199	0.018	0.0074	0.038	0.0788	0.038	0.0945	0.0375	0.1464	0.0375	0.0776
chr3L	9737525	9737802	chr3L:9737526-9737802	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0857	0.0641	0.1014	0.0927	0.0435	0.0626	0.0787	0.0913	0.0435	0.0731	0.1543	0.0731	0.0837	0.0712	0.1947	0.0712	0.0844
chr3L	9737844	9737998	chr3L:9737845-9737998	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0389	0.0312	0.0437	0.0423	0.0159	0.0345	0.0428	0.0386	0.0159	0.0314	0.072	0.0314	0.0279	0.0222	0.1109	0.0222	0.025
chr3L	9738263	9738414	chr3L:9738264-9738414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.0171	0.0178	0.0216	0.0053	0.0136	0.0251	0.0273	0.0053	0.0091	0.0305	0.0091	0.0077	0.013	0.0606	0.013	0.0073
chr3L	9742418	9742569	chr3L:9742419-9742569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.0087	0.0098	0.0139	0.0064	0.0092	0.0138	0.0067	0.0064	0.0127	0.0109	0.0127	0.0101	0.0352	0.0071	0.0352	0.0125
chr3L	9744372	9744558	chr3L:9744373-9744558	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0404	0.0477	0.0344	0.0387	0.0403	0.0403	0.067	0.0553	0.0403	0.0374	0.0363	0.0374	0.0263	0.0214	0.02	0.0214	0.0224
chr3L	9744788	9745028	chr3L:9744789-9745028	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1144	0.0869	0.1311	0.1267	0.0403	0.0888	0.1086	0.1233	0.0403	0.1377	0.1469	0.1377	0.1356	0.1309	0.1219	0.1309	0.1068
chr3L	9745157	9745359	chr3L:9745158-9745359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0431	0.0652	0.0675	0.0201	0.0466	0.0532	0.0593	0.0201	0.0622	0.0839	0.0622	0.0751	0.0789	0.0864	0.0789	0.0552
chr3L	9755207	9755452	chr3L:9755208-9755452	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0555	0.0325	0.0362	0.1025	0.0148	0.0393	0.0497	0.028	0.0148	0.0272	0.0376	0.0272	0.0806	0.1034	0.1167	0.1034	0.1746
chr3L	9756550	9756758	chr3L:9756551-9756758	FBgn0036043	CG8177	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0817	0.0435	0.0768	0.1296	0.0148	0.066	0.0394	0.0566	0.0148	0.0809	0.0868	0.0809	0.1286	0.1968	0.1715	0.1968	0.1746
chr3L	9756883	9757062	chr3L:9756884-9757062	FBgn0036043	CG8177	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0759	0.0263	0.0857	0.1207	0.0095	0.0422	0.0294	0.024	0.0095	0.093	0.0965	0.093	0.1394	0.1646	0.1425	0.1646	0.1798
chr3L	9767141	9767292	chr3L:9767142-9767292	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0097	0.0091	0.0044	0.0163	0.0021	0.0034	0.0225	0.0047	0.0021	0.003	0.0042	0.003	0.0046	0.0046	0.0052	0.0046	0.0042
chr3L	9777132	9777355	chr3L:9777133-9777355	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.1266	0.0171	0.0075	0.1336	0.0704	0.2288	0.1053	0.1336	0.0175	0.019	0.0175	0.0201	0.013	0.0084	0.013	0.0068
chr3L	9780041	9780192	chr3L:9780042-9780192	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0099	0.0071	0.0069	0.0163	0.0021	0.0053	0.0147	0.0053	0.0021	0.0103	0.0061	0.0103	0.0062	0.0092	0.0058	0.0092	0.0172
chr3L	9795905	9796114	chr3L:9795906-9796114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0393	0.0084	0.0045	0.0371	0.0248	0.0735	0.0286	0.0371	0.0085	0.0125	0.0085	0.0054	0.0038	0.0026	0.0038	0.0078
chr3L	9796339	9796490	chr3L:9796340-9796490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0159	0.0303	0.0095	0.007	0.0361	0.018	0.0554	0.0207	0.0361	0.0139	0.0119	0.0139	0.0077	0.0123	0.0052	0.0123	0.0073
chr3L	9796929	9797080	chr3L:9796930-9797080	FBgn0044049	Ilp4	stage5	none	VT28266.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0186	0.0393	0.0104	0.0046	0.035	0.0272	0.0666	0.0386	0.035	0.0151	0.0129	0.0151	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0068
chr3L	9797121	9797534	chr3L:9797122-9797534	FBgn0044049	Ilp4	stage5	none	Ilp4_Mes3_early_embryonic,VT28266.1,VT28267.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0449	0.1084	0.0162	0.0053	0.1113	0.066	0.1968	0.0839	0.1113	0.0139	0.0241	0.0139	0.0108	0.0077	0.0045	0.0077	0.0052
chr3L	9799069	9799220	chr3L:9799070-9799220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0295	0.0095	0.0049	0.017	0.0102	0.0692	0.016	0.017	0.0127	0.0119	0.0127	0.0062	0.0084	0.0045	0.0084	0.0036
chr3L	9801616	9801767	chr3L:9801617-9801767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0139	0.0258	0.0085	0.0065	0.0201	0.018	0.0519	0.0153	0.0201	0.0097	0.008	0.0097	0.0101	0.0084	0.0039	0.0084	0.0063
chr3L	9806375	9806526	chr3L:9806376-9806526	FBgn0264489	CG43897	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0159	0.0133	0.0105	0.0245	0.0053	0.0112	0.0285	0.006	0.0053	0.0211	0.0084	0.0211	0.0093	0.0972	0.0071	0.0972	0.0089
chr3L	9806993	9807144	chr3L:9806994-9807144	FBgn0264489	CG43897	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0155	0.0147	0.01	0.0223	0.0042	0.0102	0.0255	0.0207	0.0042	0.0151	0.009	0.0151	0.0116	0.0858	0.0097	0.0858	0.0078
chr3L	9807575	9807726	chr3L:9807576-9807726	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0099	0.0047	0.0058	0.0201	0.0011	0.0078	0.0056	0.0013	0.0011	0.0121	0.0029	0.0121	0.0085	0.0896	0.0077	0.0896	0.0016
chr3L	9807737	9807992	chr3L:9807738-9807992	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0152	0.0071	0.0105	0.0295	0.0021	0.0063	0.013	0.0053	0.0021	0.0217	0.0077	0.0217	0.0093	0.1248	0.011	0.1248	0.0052
chr3L	9809011	9809162	chr3L:9809012-9809162	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0158	0.0075	0.0108	0.0305	0	0.0078	0.013	0.008	0	0.0163	0.0122	0.0163	0.0093	0.1248	0.011	0.1248	0.0135
chr3L	9817479	9817632	chr3L:9817480-9817632	FBgn0044048	Ilp5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0274	0.0201	0.043	0.0185	0.0095	0.0209	0.0268	0.024	0.0095	0.0537	0.0463	0.0537	0.0418	0.0268	0.0155	0.0268	0.0224
chr3L	9822057	9822208	chr3L:9822058-9822208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.011	0.0112	0.0095	0.0123	0.0074	0.0136	0.0134	0.0133	0.0074	0.0127	0.008	0.0127	0.0186	0.0337	0.0071	0.0337	0.0115
chr3L	9823190	9823341	chr3L:9823191-9823341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0145	0.014	0.0175	0.0118	0.0085	0.018	0.0169	0.016	0.0085	0.0223	0.0151	0.0223	0.0194	0.036	0.0052	0.036	0.0089
chr3L	9829172	9829323	chr3L:9829173-9829323	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0251	0.0339	0.0261	0.0141	0.0212	0.0277	0.0649	0.02	0.0212	0.026	0.0283	0.026	0.0256	0.0207	0.0129	0.0207	0.0172
chr3L	9829838	9830025	chr3L:9829839-9830025	FBgn0028429	I-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.1108	0.108	0.0912	0.0742	0.1121	0.1514	0.1326	0.0742	0.1407	0.1077	0.1407	0.11	0.1233	0.1012	0.1233	0.1141
chr3L	9830161	9830503	chr3L:9830162-9830503	FBgn0028429	I-2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.07	0.0866	0.0613	0.0609	0.0689	0.083	0.1272	0.0959	0.0689	0.0803	0.0582	0.0803	0.0682	0.0873	0.0619	0.0873	0.0808
chr3L	9831384	9831608	chr3L:9831385-9831608	FBgn0015618	Cdk8	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0644	0.0751	0.0511	0.0477	0.0718	0.083	0.0753	0.0477	0.0924	0.0823	0.0924	0.0728	0.059	0.0574	0.059	0.0526
chr3L	9831674	9831860	chr3L:9831675-9831860	FBgn0015618	Cdk8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0836	0.0901	0.084	0.076	0.0594	0.0981	0.1077	0.1159	0.0594	0.1081	0.0907	0.1081	0.0837	0.0858	0.0877	0.0858	0.0844
chr3L	9832059	9832210	chr3L:9832060-9832210	FBgn0015618	Cdk8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0363	0.0444	0.034	0.0299	0.0265	0.051	0.0584	0.0533	0.0265	0.0459	0.0399	0.0459	0.0263	0.0429	0.0277	0.0429	0.0339
chr3L	9835069	9835220	chr3L:9835070-9835220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0288	0.0303	0.0234	0.0331	0.018	0.0345	0.0411	0.0326	0.018	0.0368	0.027	0.0368	0.0201	0.1087	0.0168	0.1087	0.0219
chr3L	9835375	9835526	chr3L:9835376-9835526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0302	0.034	0.025	0.0316	0.0233	0.0354	0.0489	0.0393	0.0233	0.0399	0.0264	0.0399	0.0201	0.0934	0.0226	0.0934	0.0198
chr3L	9835725	9835876	chr3L:9835726-9835876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0224	0.026	0.0227	0.018	0.0212	0.0248	0.0359	0.0306	0.0212	0.0344	0.0241	0.0344	0.024	0.0368	0.0148	0.0368	0.0214
chr3L	9838334	9838485	chr3L:9838335-9838485	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.029	0.0256	0.013	0.0117	0.0248	0.0441	0.0393	0.0117	0.032	0.0325	0.032	0.0186	0.0184	0.0174	0.0184	0.0146
chr3L	9839108	9839528	chr3L:9839109-9839528	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0639	0.0651	0.0333	0.0414	0.0665	0.0843	0.074	0.0414	0.0876	0.0775	0.0876	0.0519	0.0337	0.0309	0.0337	0.0453
chr3L	9841552	9841703	chr3L:9841553-9841703	distal	distal	none	none	Gap1_NRE	Gap1_NRE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0213	0.0181	0.0203	0.0259	0.0074	0.0286	0.0247	0.012	0.0074	0.035	0.0196	0.035	0.0178	0.0957	0.0129	0.0957	0.0109
chr3L	9847234	9847447	chr3L:9847235-9847447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2453	0.2142	0.2844	0.237	0.1442	0.2777	0.2228	0.2705	0.1442	0.3442	0.2952	0.3442	0.2858	0.2519	0.2424	0.2519	0.2772
chr3L	9847779	9847945	chr3L:9847780-9847945	FBgn0004390	Gap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2139	0.1975	0.2565	0.1854	0.1453	0.2282	0.2357	0.2332	0.1453	0.317	0.2762	0.317	0.2502	0.1907	0.196	0.1907	0.2157
chr3L	9848059	9848230	chr3L:9848060-9848230	FBgn0004390	Gap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1489	0.1279	0.1953	0.1214	0.0774	0.149	0.1592	0.1572	0.0774	0.25	0.2125	0.25	0.1642	0.1317	0.1483	0.1317	0.1386
chr3L	9848308	9848484	chr3L:9848309-9848484	FBgn0004390	Gap1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2306	0.2192	0.2678	0.2026	0.1548	0.2534	0.2595	0.2698	0.1548	0.3225	0.2974	0.3225	0.2541	0.2351	0.2173	0.2351	0.2335
chr3L	9848564	9848715	chr3L:9848565-9848715	FBgn0004390	Gap1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.0911	0.1146	0.0947	0.0636	0.0932	0.1138	0.1133	0.0636	0.1401	0.1273	0.1401	0.1139	0.1049	0.1051	0.1049	0.1193
chr3L	9848819	9848996	chr3L:9848820-9848996	FBgn0004390	Gap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1927	0.1861	0.2355	0.1532	0.123	0.2481	0.1804	0.2412	0.123	0.3466	0.2752	0.3466	0.2053	0.2366	0.1799	0.2366	0.2017
chr3L	9849170	9849550	chr3L:9849171-9849550	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2148	0.2231	0.2549	0.1615	0.1262	0.3311	0.2059	0.2745	0.1262	0.3992	0.2807	0.3992	0.244	0.2121	0.1889	0.2121	0.248
chr3L	9849784	9849959	chr3L:9849785-9849959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0767	0.0804	0.0865	0.0618	0.035	0.1272	0.0839	0.0846	0.035	0.099	0.1154	0.099	0.072	0.062	0.1064	0.062	0.0724
chr3L	9852677	9853107	chr3L:9852678-9853107	FBgn0036052	CG10809	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1765	0.1721	0.2046	0.1505	0.106	0.2073	0.2037	0.2065	0.106	0.2482	0.228	0.2482	0.2115	0.1815	0.156	0.1815	0.1819
chr3L	9856947	9857196	chr3L:9856948-9857196	FBgn0036053	iPLA2-VIA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0583	0.0581	0.0605	0.056	0.0201	0.0689	0.0779	0.0713	0.0201	0.064	0.0643	0.064	0.0604	0.0475	0.0413	0.0475	0.0881
chr3L	9857336	9857525	chr3L:9857337-9857525	FBgn0027567,FBgn0036053	CG8108,iPLA2-VIA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1265	0.1186	0.135	0.1259	0.0742	0.1413	0.1445	0.1412	0.0742	0.186	0.1489	0.186	0.1115	0.134	0.1289	0.134	0.148
chr3L	9857633	9857816	chr3L:9857634-9857816	FBgn0027567,FBgn0036053	CG8108,iPLA2-VIA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1598	0.1548	0.1811	0.1422	0.1209	0.1704	0.1825	0.1939	0.1209	0.221	0.1994	0.221	0.1689	0.1462	0.1593	0.1462	0.1657
chr3L	9857887	9858142	chr3L:9857888-9858142	FBgn0027567,FBgn0036053	CG8108,iPLA2-VIA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0895	0.0987	0.098	0.0698	0.053	0.1097	0.1276	0.1219	0.053	0.1093	0.108	0.1093	0.1069	0.072	0.0613	0.072	0.0813
chr3L	9858218	9858550	chr3L:9858219-9858550	FBgn0027567	CG8108	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0658	0.085	0.0684	0.0414	0.0498	0.0908	0.1155	0.0986	0.0498	0.0707	0.073	0.0707	0.0821	0.0467	0.0438	0.0467	0.0495
chr3L	9863692	9863843	chr3L:9863693-9863843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0338	0.0282	0.0118	0.0212	0.0379	0.0415	0.0426	0.0212	0.0326	0.0334	0.0326	0.0225	0.0115	0.0142	0.0115	0.0146
chr3L	9864064	9864215	chr3L:9864065-9864215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0269	0.0203	0.0093	0.0117	0.0194	0.0437	0.036	0.0117	0.0242	0.0241	0.0242	0.017	0.0107	0.0084	0.0107	0.0115
chr3L	9864587	9864848	chr3L:9864588-9864848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0339	0.0405	0.0369	0.0233	0.017	0.0422	0.0519	0.056	0.017	0.0374	0.046	0.0374	0.0333	0.0237	0.0387	0.0237	0.0172
chr3L	9880350	9880567	chr3L:9880351-9880567	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0617	0.0222	0.0095	0.071	0.0218	0.1086	0.0746	0.071	0.029	0.0267	0.029	0.017	0.0107	0.0084	0.0107	0.0146
chr3L	9881371	9881624	chr3L:9881372-9881624	FBgn0011836,FBgn0025866	CalpB,Taf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0648	0.0742	0.0501	0.0403	0.0762	0.0766	0.0793	0.0403	0.0966	0.0833	0.0966	0.0736	0.0544	0.0516	0.0544	0.0594
chr3L	9881705	9881918	chr3L:9881706-9881918	FBgn0011836,FBgn0025866	CalpB,Taf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1074	0.0902	0.1214	0.1113	0.0647	0.1126	0.0973	0.1079	0.0647	0.1479	0.1315	0.1479	0.1325	0.1248	0.1186	0.1248	0.1365
chr3L	9882113	9882323	chr3L:9882114-9882323	FBgn0011836,FBgn0025866	CalpB,Taf2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0678	0.0393	0.0793	0.0872	0.0127	0.0626	0.0385	0.0466	0.0127	0.0942	0.0871	0.0942	0.0953	0.1263	0.098	0.1263	0.1021
chr3L	9882423	9882601	chr3L:9882424-9882601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0373	0.0283	0.0443	0.0395	0.0127	0.0398	0.035	0.0266	0.0127	0.0519	0.0495	0.0519	0.0503	0.0605	0.04	0.0605	0.0511
chr3L	9882609	9882760	chr3L:9882610-9882760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0172	0.023	0.0192	0.0064	0.0218	0.0247	0.016	0.0064	0.0217	0.0264	0.0217	0.0225	0.0283	0.0181	0.0283	0.0224
chr3L	9889838	9889989	chr3L:9889839-9889989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0206	0.0227	0.0305	0.0074	0.0257	0.0281	0.0227	0.0074	0.0181	0.0232	0.0181	0.0372	0.023	0.0174	0.023	0.0719
chr3L	9890322	9890473	chr3L:9890323-9890473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0229	0.0303	0.0379	0.0085	0.0243	0.0381	0.0187	0.0085	0.0332	0.0203	0.0332	0.0604	0.0283	0.0277	0.0283	0.075
chr3L	9890850	9891044	chr3L:9890851-9891044	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0433	0.0338	0.0466	0.0503	0.0191	0.0481	0.0372	0.0353	0.0191	0.055	0.0399	0.055	0.0798	0.0413	0.0355	0.0413	0.0922
chr3L	9891150	9891420	chr3L:9891151-9891420	FBgn0036058	CG6707	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0709	0.0652	0.0727	0.0753	0.0403	0.0777	0.0822	0.0726	0.0403	0.0827	0.0759	0.0827	0.0914	0.085	0.0825	0.085	0.0938
chr3L	9891620	9891813	chr3L:9891621-9891813	FBgn0036058	CG6707	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1801	0.164	0.2067	0.1689	0.1092	0.1854	0.2037	0.1939	0.1092	0.2542	0.2167	0.2542	0.2053	0.1799	0.1638	0.1799	0.2022
chr3L	9891959	9892170	chr3L:9891960-9892170	FBgn0036058,FBgn0036059	CG6707,nudE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0987	0.0928	0.1294	0.0714	0.0551	0.1034	0.1181	0.1059	0.0551	0.1504	0.1412	0.1504	0.1185	0.0528	0.0664	0.0528	0.0855
chr3L	9892246	9892414	chr3L:9892247-9892414	FBgn0036059	nudE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.159	0.2071	0.1514	0.1135	0.1811	0.1821	0.2019	0.1135	0.2452	0.2338	0.2452	0.1975	0.1417	0.1721	0.1417	0.1777
chr3L	9892502	9892691	chr3L:9892503-9892691	FBgn0036059	nudE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1219	0.1579	0.1189	0.0838	0.1354	0.1488	0.1546	0.0838	0.2005	0.1723	0.2005	0.1495	0.1141	0.1425	0.1141	0.1459
chr3L	9898257	9898408	chr3L:9898258-9898408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0155	0.0202	0.0141	0.0117	0.0074	0.0146	0.0268	0.0366	0.0074	0.0187	0.0151	0.0187	0.007	0.0069	0.0052	0.0069	0.0052
chr3L	9899009	9899160	chr3L:9899010-9899160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0115	0.0125	0.0109	0.0111	0.0064	0.0141	0.0238	0.006	0.0064	0.0175	0.0093	0.0175	0.0085	0.0054	0.0019	0.0054	0.0057
chr3L	9901019	9901170	chr3L:9901020-9901170	FBgn0085385	CG34356	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0082	0.0072	0.0079	0.0021	0.0092	0.0151	0.0053	0.0021	0.0097	0.0071	0.0097	0.0077	0.0031	0.0045	0.0031	0.0026
chr3L	9920329	9920480	chr3L:9920330-9920480	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.005	0.0033	0.0097	0.0021	0.0034	0.0099	0.0027	0.0021	0.0054	0.0026	0.0054	8e-04	0.0031	0.0039	0.0031	5e-04
chr3L	9961420	9961618	chr3L:9961421-9961618	FBgn0026404,FBgn0036062	CG6685,Nc	stage11,stage14,stage5	none	Nc_dronc_0.52kb	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1618	0.1289	0.1937	0.1636	0.0859	0.166	0.1306	0.1666	0.0859	0.2271	0.2103	0.2271	0.2146	0.1822	0.1605	0.1822	0.2048
chr3L	9965065	9965297	chr3L:9965066-9965297	FBgn0036063,FBgn0259932,FBgn0263251	CG42455,CG6674,vnc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1399	0.1218	0.1694	0.1277	0.0817	0.1369	0.1315	0.1712	0.0817	0.2077	0.1842	0.2077	0.1751	0.1103	0.1386	0.1103	0.1537
chr3L	9965328	9965502	chr3L:9965329-9965502	FBgn0036063,FBgn0259932,FBgn0263251	CG42455,CG6674,vnc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1718	0.1373	0.2084	0.1703	0.0944	0.1689	0.1414	0.1819	0.0944	0.2657	0.2241	0.2657	0.2022	0.1861	0.1657	0.1861	0.21
chr3L	9965747	9965928	chr3L:9965748-9965928	FBgn0259932,FBgn0263251	CG42455,vnc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1126	0.0892	0.1344	0.1147	0.0583	0.1024	0.0969	0.1186	0.0583	0.1757	0.1502	0.1757	0.1193	0.1202	0.1257	0.1202	0.1397
chr3L	9967438	9967716	chr3L:9967439-9967716	FBgn0040823	dpr6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0522	0.0211	0.0396	0.101	0.0074	0.0272	0.0281	0.0187	0.0074	0.0393	0.0363	0.0393	0.0581	0.0819	0.0787	0.0819	0.0808
chr3L	10079517	10079736	chr3L:10079518-10079736	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0275	0.0115	0.0207	0.0529	0.0074	0.0126	0.0182	0.008	0.0074	0.0066	0.0225	0.0066	0.0457	0.0253	0.0748	0.0253	0.0495
chr3L	10083094	10083245	chr3L:10083095-10083245	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0132	0.0133	0.0135	0.0085	0.018	0.019	0.0067	0.0085	0.0103	0.01	0.0103	0.0387	0.0069	0.011	0.0069	0.0302
chr3L	10085397	10085773	chr3L:10085398-10085773	FBgn0052053	CG32053	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0392	0.0426	0.0459	0.0279	0.0244	0.0709	0.0528	0.0207	0.0244	0.0199	0.026	0.0199	0.1735	0.0069	0.0084	0.0069	0.0797
chr3L	10087963	10088114	chr3L:10087964-10088114	FBgn0052054	CG32054	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0074	0.0066	0.0066	0.0091	0.0021	0.0097	0.0091	0.0047	0.0021	0.0036	0.0061	0.0036	0.0178	0.0023	0.0019	0.0023	0.024
chr3L	10158531	10158682	chr3L:10158532-10158682	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0071	0.0077	0.0213	0.0042	0.0073	0.0121	0.0053	0.0042	0.0121	0.0074	0.0121	0.007	0.0904	0.0077	0.0904	0.0047
chr3L	10158990	10159141	chr3L:10158991-10159141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0087	0.009	0.0048	0.0125	0.0042	0.0058	0.0177	0.0067	0.0042	0.0066	0.0039	0.0066	0.0054	0.0482	0.0071	0.0482	0.0042
chr3L	10159649	10159813	chr3L:10159650-10159813	FBgn0036072	CG6628	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0165	0.0333	0.0093	0.0058	0.0286	0.0248	0.0528	0.038	0.0286	0.0121	0.0116	0.0121	0.0054	0.0115	0.0052	0.0115	0.0042
chr3L	10178287	10178438	chr3L:10178288-10178438	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.007	0.005	0.006	0.0103	0.0064	0.0029	0.0074	0.0047	0.0064	0.0054	0.0061	0.0054	0.0108	0.0237	0.0064	0.0237	0.0083
chr3L	10179160	10179372	chr3L:10179161-10179372	FBgn0052057	dpr10	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0609	0.0181	0.0605	0.1093	0.0042	0.0316	0.0221	0.0093	0.0042	0.0622	0.0556	0.0622	0.134	0.157	0.0948	0.157	0.1553
chr3L	10180072	10180290	chr3L:10180073-10180290	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0393	0.0238	0.0343	0.0622	0.0201	0.0267	0.0329	0.0207	0.0201	0.0338	0.0325	0.0338	0.0596	0.1011	0.0542	0.1011	0.062
chr3L	10182255	10182460	chr3L:10182256-10182460	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0279	0.0432	0.0293	0.0091	0.0308	0.035	0.058	0.0653	0.0308	0.0272	0.0389	0.0272	0.0186	0.0038	0.0206	0.0038	0.0083
chr3L	10187191	10187342	chr3L:10187192-10187342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0214	0.0244	0.0184	0.0213	0.0276	0.0175	0.0394	0.022	0.0276	0.0163	0.0244	0.0163	0.0232	0.0207	0.0432	0.0207	0.0203
chr3L	10190543	10190694	chr3L:10190544-10190694	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0049	0.0089	0.0159	0.0032	0.0029	0.0095	0.0027	0.0032	0.006	0.0119	0.006	0.0124	0.0054	0.0406	0.0054	0.0167
chr3L	10194878	10195029	chr3L:10194879-10195029	FBgn0000451	ect	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0076	0.0141	0.0394	0.0053	0.0078	0.0134	0.0053	0.0053	0.0054	0.0267	0.0054	0.0093	0.0031	0.156	0.0031	0.0094
chr3L	10196103	10196254	chr3L:10196104-10196254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0082	0.0166	0.0351	0.0085	0.0063	0.0134	0.0073	0.0085	0.0072	0.0283	0.0072	0.0132	0.0046	0.1212	0.0046	0.013
chr3L	10199192	10199343	chr3L:10199193-10199343	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0086	0.0049	0.0069	0.0146	0.0021	0.0034	0.0099	0.004	0.0021	0.003	0.0113	0.003	0.0054	0.0061	0.0503	0.0061	0.0057
chr3L	10199629	10199823	chr3L:10199630-10199823	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0064	0.0121	0.027	0.0021	0.0063	0.0099	0.0047	0.0021	0.006	0.0186	0.006	0.0077	0.0061	0.0819	0.0061	0.0042
chr3L	10201904	10202055	chr3L:10201905-10202055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0222	0.027	0.0235	0.0117	0.0189	0.0316	0.03	0.0117	0.0242	0.0338	0.0242	0.0372	0.0207	0.0509	0.0207	0.0214
chr3L	10216600	10216751	chr3L:10216601-10216751	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.0147	0.0171	0.0205	0.0106	0.0126	0.0247	0.0147	0.0106	0.0157	0.0167	0.0157	0.0271	0.0107	0.0161	0.0107	0.0485
chr3L	10217343	10217494	chr3L:10217344-10217494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0159	0.0136	0.017	0.0173	0.0053	0.0141	0.0221	0.016	0.0053	0.0175	0.0196	0.0175	0.0217	0.0084	0.0174	0.0084	0.0344
chr3L	10217859	10218174	chr3L:10217860-10218174	FBgn0052056	scramb1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0439	0.0591	0.0544	0.0191	0.0495	0.0471	0.064	0.0191	0.0658	0.0617	0.0658	0.0651	0.0475	0.0529	0.0475	0.0672
chr3L	10218242	10218434	chr3L:10218243-10218434	FBgn0052056	scramb1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0867	0.0784	0.0996	0.0817	0.0742	0.0864	0.0766	0.1113	0.0742	0.1002	0.1183	0.1002	0.1069	0.0773	0.0916	0.0773	0.0839
chr3L	10218510	10218706	chr3L:10218511-10218706	FBgn0052056	scramb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0938	0.1263	0.0943	0.0859	0.1141	0.0943	0.1119	0.0859	0.1455	0.1463	0.1455	0.1177	0.0995	0.0928	0.0995	0.1037
chr3L	10219172	10219379	chr3L:10219173-10219379	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0723	0.0909	0.0661	0.0582	0.052	0.1029	0.0895	0.1412	0.052	0.0519	0.0492	0.0519	0.0325	0.0107	0.0239	0.0107	0.0281
chr3L	10219393	10219583	chr3L:10219394-10219583	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0606	0.0712	0.057	0.0526	0.0456	0.0859	0.0688	0.1059	0.0456	0.0386	0.045	0.0386	0.0287	0.0168	0.0213	0.0168	0.0188
chr3L	10222875	10223026	chr3L:10222876-10223026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0209	0.0247	0.0206	0.017	0.0095	0.0291	0.0355	0.0247	0.0095	0.0211	0.0154	0.0211	0.0201	0.013	0.0077	0.013	0.0281
chr3L	10227220	10227449	chr3L:10227221-10227449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0265	0.0184	0.0433	0.0171	0.0032	0.0199	0.0169	0.038	0.0032	0.0103	0.0334	0.0103	0.0108	0.0031	0.0071	0.0031	0.0073
chr3L	10234640	10234791	chr3L:10234641-10234791	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0187	0.0192	0.0207	0.0159	0.0074	0.0214	0.0173	0.0373	0.0074	0.0169	0.0244	0.0169	0.007	0.0023	0.0052	0.0023	0.0036
chr3L	10235011	10235198	chr3L:10235012-10235198	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0131	0.0279	0.0259	0	0.015	0.0182	0.0187	0	0.0181	0.0154	0.0181	0.0054	0.0015	0.009	0.0015	0.0068
chr3L	10239465	10239712	chr3L:10239466-10239712	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1514	0.1437	0.2051	0.1011	0.0827	0.1981	0.1163	0.2192	0.0827	0.2687	0.2338	0.2687	0.1325	0.0957	0.0748	0.0957	0.0714
chr3L	10240315	10240472	chr3L:10240316-10240472	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0101	0.0322	0.0248	0.0032	0.0117	0.0078	0.0193	0.0032	0.0163	0.0251	0.0163	0.0046	0.0015	0.0077	0.0015	0.0047
chr3L	10246291	10246442	chr3L:10246292-10246442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0145	0.0206	0.0146	0.0077	0.0117	0.0126	0.0272	0.038	0.0117	0.0103	0.0125	0.0103	0.0085	8e-04	0.0026	8e-04	0.0036
chr3L	10247228	10247595	chr3L:10247229-10247595	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0511	0.0953	0.0378	0.0162	0.0721	0.0927	0.0913	0.1659	0.0721	0.0429	0.0521	0.0429	0.017	0.0077	0.0142	0.0077	0.0083
chr3L	10250982	10251212	chr3L:10250983-10251212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0098	0.0137	0.0238	0.0042	0.0112	0.0138	0.01	0.0042	0.0036	0.009	0.0036	0.0062	0.0061	0.0052	0.0061	0.0052
chr3L	10251921	10252072	chr3L:10251922-10252072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0147	0.0122	0.017	0.015	0.0074	0.0112	0.0169	0.012	0.0074	0.0072	0.0277	0.0072	0.007	0.0054	0.0226	0.0054	0.0078
chr3L	10256452	10256603	chr3L:10256453-10256603	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.0128	0.0136	0.0149	0.0053	0.015	0.0173	0.016	0.0053	0.0248	0.0093	0.0248	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0021
chr3L	10260611	10260762	chr3L:10260612-10260762	FBgn0011569	can	none	none	VT28510.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0121	0.0117	0.0085	0.0074	0.0087	0.0216	0.0147	0.0074	0.0103	0.0061	0.0103	0.0062	0.0038	0.0045	0.0038	0.0057
chr3L	10264838	10265038	chr3L:10264839-10265038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0532	0.0414	0.0661	0.0524	0.0191	0.0413	0.0545	0.0586	0.0191	0.0435	0.0585	0.0435	0.0356	0.0123	0.0251	0.0123	0.024
chr3L	10265173	10265326	chr3L:10265174-10265326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0302	0.0166	0.0327	0.0426	0.0032	0.016	0.0251	0.022	0.0032	0.0181	0.0215	0.0181	0.0085	0.0054	0.0168	0.0054	0.0115
chr3L	10270844	10270995	chr3L:10270845-10270995	distal	distal	stage11	stage11	VT28514.1	VT28514.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0162	0.0161	0.0263	0.0054	0.0064	0.0184	0.016	0.0293	0.0064	0.0097	0.0161	0.0097	0.0015	0.0031	0.0013	0.0031	0.0063
chr3L	10272706	10272871	chr3L:10272707-10272871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0122	0.0228	0.0409	0.0032	0.0121	0.0182	0.0147	0.0032	0.0079	0.0096	0.0079	0.0101	0.0023	0.0084	0.0023	0.0109
chr3L	10274998	10275210	chr3L:10274999-10275210	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0521	0.0642	0.0618	0.028	0.0392	0.0583	0.0787	0.0993	0.0392	0.0652	0.0678	0.0652	0.0232	0.0153	0.0161	0.0153	0.0188
chr3L	10278094	10278267	chr3L:10278095-10278267	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0554	0.0629	0.0666	0.0347	0.0339	0.0665	0.0852	0.0746	0.0339	0.0906	0.0685	0.0906	0.0387	0.0337	0.0187	0.0337	0.0229
chr3L	10281395	10281600	chr3L:10281396-10281600	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0437	0.0861	0.0261	0.0156	0.0848	0.0495	0.1471	0.0906	0.0848	0.0242	0.0215	0.0242	0.0108	0.0107	0.0064	0.0107	0.0083
chr3L	10282556	10282774	chr3L:10282557-10282774	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2046	0.2152	0.2485	0.1445	0.1601	0.2335	0.2647	0.2598	0.1601	0.3291	0.2605	0.3291	0.2084	0.1708	0.0999	0.1708	0.1251
chr3L	10283306	10283457	chr3L:10283307-10283457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0165	0.015	0.0188	0.0074	0.0146	0.0238	0.0227	0.0074	0.0133	0.0122	0.0133	0.0039	0.0123	0.0045	0.0123	0.0083
chr3L	10283519	10283670	chr3L:10283520-10283670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0234	0.031	0.0194	0.0194	0.0148	0.0257	0.0411	0.0513	0.0148	0.0242	0.0203	0.0242	0.0093	0.0145	0.0097	0.0145	0.0104
chr3L	10283790	10284057	chr3L:10283791-10284057	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0442	0.0538	0.0429	0.0348	0.0477	0.0451	0.0701	0.0706	0.0477	0.0646	0.0434	0.0646	0.0395	0.0467	0.0219	0.0467	0.0281
chr3L	10286517	10286671	chr3L:10286518-10286671	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0199	0.0242	0.0355	0.0117	0.0233	0.029	0.016	0.0117	0.0157	0.0154	0.0157	0.0108	0.0084	0.0064	0.0084	0.0099
chr3L	10286731	10286931	chr3L:10286732-10286931	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0191	0.0173	0.0298	0.0064	0.0238	0.0294	0.0153	0.0064	0.0115	0.0122	0.0115	0.0093	0.0054	0.0084	0.0054	0.0125
chr3L	10289726	10289946	chr3L:10289727-10289946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0343	0.0603	0.0274	0.0127	0.0424	0.0301	0.1224	0.0533	0.0424	0.0175	0.0309	0.0175	0.007	0.0054	0.0135	0.0054	0.0052
chr3L	10291052	10291292	chr3L:10291053-10291292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0257	0.041	0.0237	0.0107	0.0244	0.0218	0.0835	0.0373	0.0244	0.0133	0.0161	0.0133	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr3L	10292412	10292563	chr3L:10292413-10292563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0092	0.0095	0.0132	0.0011	0.0073	0.0182	0.01	0.0011	0.0036	0.008	0.0036	0.0062	0.0023	0.0077	0.0023	0.0042
chr3L	10292927	10293078	chr3L:10292928-10293078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0123	0.0254	0.0079	0.0026	0.0106	0.0291	0.0363	0.0286	0.0106	0.0066	0.0106	0.0066	0	0	6e-04	0	0.001
chr3L	10294691	10294842	chr3L:10294692-10294842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0169	0.0207	0.0114	0.0085	0.0209	0.0173	0.0253	0.0085	0.0229	0.0154	0.0229	0.0023	0.0015	0.0045	0.0015	0.0031
chr3L	10294959	10295166	chr3L:10294960-10295166	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.036	0.0354	0.0442	0.0279	0.0159	0.0403	0.0333	0.0613	0.0159	0.0362	0.0286	0.0362	0.0077	0.0023	0.0097	0.0023	0.0068
chr3L	10299492	10299789	chr3L:10299493-10299789	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0607	0.044	0.0608	0.0794	0.017	0.049	0.0515	0.066	0.017	0.0453	0.0476	0.0453	0.0387	0.0413	0.0335	0.0413	0.037
chr3L	10301161	10301536	chr3L:10301162-10301536	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0676	0.1194	0.0528	0.0259	0.1156	0.0966	0.1553	0.1599	0.1156	0.0634	0.045	0.0634	0.0093	0.0031	0.0181	0.0031	0.0078
chr3L	10302658	10302962	chr3L:10302659-10302962	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0378	0.0243	0.0341	0.057	0.0064	0.035	0.0298	0.0273	0.0064	0.0229	0.0174	0.0229	0.0147	0.0123	0.0103	0.0123	0.0182
chr3L	10306289	10306537	chr3L:10306290-10306537	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0439	0.0155	0.0078	0.0297	0.032	0.0619	0.0666	0.0297	0.0109	0.0219	0.0109	0.007	0.0031	0.0064	0.0031	0.0021
chr3L	10306613	10306784	chr3L:10306614-10306784	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0176	0.0335	0.0112	0.0068	0.0223	0.0301	0.042	0.048	0.0223	0.0091	0.0116	0.0091	0.0054	8e-04	0.0013	8e-04	0.0026
chr3L	10309337	10309500	chr3L:10309338-10309500	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0293	0.0336	0.0177	0.0106	0.034	0.0372	0.0406	0.0106	0.0296	0.0524	0.0296	0.0194	0.01	0.0419	0.01	0.0125
chr3L	10314006	10314198	chr3L:10314007-10314198	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT28539.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0746	0.0907	0.0968	0.0322	0.0339	0.1078	0.096	0.1406	0.0339	0.1214	0.11	0.1214	0.0503	0.0184	0.0135	0.0184	0.0083
chr3L	10314530	10314791	chr3L:10314531-10314791	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT28539.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0598	0.0658	0.0728	0.0389	0.0212	0.0743	0.0692	0.1053	0.0212	0.0972	0.081	0.0972	0.038	0.0452	0.0174	0.0452	0.0276
chr3L	10314919	10315323	chr3L:10314920-10315323	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT28539.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1944	0.1722	0.257	0.1505	0.0838	0.2519	0.1362	0.2605	0.0838	0.3394	0.2852	0.3394	0.1557	0.1371	0.1231	0.1371	0.1251
chr3L	10316129	10316323	chr3L:10316130-10316323	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0434	0.0454	0.0508	0.0333	0.0276	0.05	0.0489	0.064	0.0276	0.0441	0.063	0.0441	0.0186	0.0092	0.0181	0.0092	0.0172
chr3L	10318054	10318205	chr3L:10318055-10318205	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT28541.1	VT28541.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0597	0.0584	0.0666	0.0535	0.0308	0.0767	0.0657	0.0693	0.0308	0.0779	0.0556	0.0779	0.0403	0.0643	0.0213	0.0643	0.0396
chr3L	10318255	10318536	chr3L:10318256-10318536	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT28541.1	VT28541.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1447	0.129	0.1632	0.142	0.0668	0.1786	0.1341	0.1612	0.0668	0.215	0.1534	0.215	0.151	0.1792	0.0767	0.1792	0.1261
chr3L	10318770	10318981	chr3L:10318771-10318981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0548	0.0662	0.044	0.0538	0.0477	0.0612	0.1012	0.072	0.0477	0.0344	0.0363	0.0344	0.0248	0.0283	0.0135	0.0283	0.025
chr3L	10323432	10323592	chr3L:10323433-10323592	distal	distal	stage11	stage11	VT28544.1	VT28544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.047	0.0381	0.0862	0.0141	0.018	0.0456	0.0471	0.0506	0.018	0.0411	0.1756	0.0411	0.0116	0.0069	0.0284	0.0069	0.0099
chr3L	10323671	10323864	chr3L:10323672-10323864	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT28544.1,VT28545.1	VT28544.1,VT28545.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0766	0.0786	0.1187	0.0283	0.0498	0.082	0.1073	0.0913	0.0498	0.0894	0.2154	0.0894	0.0217	0.0207	0.06	0.0207	0.0135
chr3L	10323867	10324178	chr3L:10323868-10324178	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT28544.1,VT28545.1	VT28544.1,VT28545.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1247	0.1615	0.167	0.0372	0.1283	0.1403	0.234	0.1939	0.1283	0.122	0.301	0.122	0.0248	0.0345	0.0851	0.0345	0.0141
chr3L	10325321	10325472	chr3L:10325322-10325472	distal	distal	stage5	stage5	VT28545.1	VT28545.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0408	0.0241	0.0089	0.0339	0.0267	0.0735	0.0373	0.0339	0.0181	0.0312	0.0181	0.0217	0.0077	0.0084	0.0077	0.0089
chr3L	10328718	10329089	chr3L:10328719-10329089	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT28547.1,VT28548.1	VT28547.1,VT28548.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0753	0.0758	0.1095	0.0372	0.0541	0.0524	0.1038	0.1173	0.0541	0.0296	0.2328	0.0296	0.0209	0.0176	0.1161	0.0176	0.0099
chr3L	10330463	10330716	chr3L:10330464-10330716	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT28548.1	VT28548.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0475	0.0694	0.0489	0.0214	0.0435	0.033	0.1272	0.0846	0.0435	0.0175	0.0926	0.0175	0.024	0.0153	0.0484	0.0153	0.013
chr3L	10330963	10331360	chr3L:10330964-10331360	distal	distal	none	none	VT28548.1,VT28549.1	VT28548.1,VT28549.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0507	0.0602	0.0633	0.0263	0.0456	0.0383	0.0882	0.0873	0.0456	0.0175	0.1264	0.0175	0.0209	0.0107	0.0774	0.0107	0.0115
chr3L	10331403	10331554	chr3L:10331404-10331554	distal	distal	none	none	VT28549.1	VT28549.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0131	0.0242	0.0181	0.0042	0.0112	0.0173	0.0213	0.0042	0.0048	0.0498	0.0048	0.0077	0.0046	0.0587	0.0046	0.0068
chr3L	10336552	10336703	chr3L:10336553-10336703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0151	0.0258	0.0192	0.0085	0.0165	0.0234	0.0147	0.0085	0.0109	0.0479	0.0109	0.0077	0.0069	0.0535	0.0069	0.0104
chr3L	10336999	10337291	chr3L:10337000-10337291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0493	0.0268	0.0708	0.051	0.0085	0.0413	0.035	0.024	0.0085	0.0543	0.0968	0.0543	0.0426	0.0475	0.0716	0.0475	0.0558
chr3L	10337520	10337695	chr3L:10337521-10337695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0311	0.0162	0.0407	0.0372	0.0011	0.0243	0.0195	0.0193	0.0011	0.0459	0.0521	0.0459	0.0201	0.0413	0.0342	0.0413	0.0599
chr3L	10337792	10337943	chr3L:10337793-10337943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0126	0.0266	0.0244	0.0021	0.0121	0.0186	0.016	0.0021	0.0314	0.0367	0.0314	0.0124	0.0314	0.0342	0.0314	0.0276
chr3L	10338215	10338429	chr3L:10338216-10338429	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0454	0.0264	0.0698	0.0397	0.0042	0.0301	0.0324	0.042	0.0042	0.0459	0.1183	0.0459	0.0225	0.049	0.0651	0.049	0.0255
chr3L	10339220	10339423	chr3L:10339221-10339423	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0322	0.0226	0.052	0.0212	0.0095	0.0282	0.0264	0.0286	0.0095	0.0386	0.0855	0.0386	0.0093	0.01	0.0245	0.01	0.0094
chr3L	10339689	10339884	chr3L:10339690-10339884	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0166	0.0388	0.0273	0.0085	0.0199	0.0251	0.014	0.0085	0.0236	0.0656	0.0236	0.0155	0.0138	0.0703	0.0138	0.0146
chr3L	10340513	10340692	chr3L:10340514-10340692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0152	0.0254	0.0153	0.0053	0.0131	0.0208	0.0233	0.0053	0.0085	0.018	0.0085	0.0023	0.0061	0.0097	0.0061	0.0047
chr3L	10341541	10341692	chr3L:10341542-10341692	distal	distal	none	none	VT28555.1	VT28555.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0088	0.0232	0.027	0.0053	0.0121	0.0099	0.0087	0.0053	0.0193	0.0338	0.0193	0.0186	0.013	0.0658	0.013	0.0292
chr3L	10342338	10342716	chr3L:10342339-10342716	distal	distal	stage11	stage11	VT28555.1	VT28555.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0739	0.0369	0.0957	0.0914	0.0053	0.0553	0.0489	0.0333	0.0053	0.1171	0.1273	0.1171	0.072	0.085	0.1193	0.085	0.1443
chr3L	10343101	10343344	chr3L:10343102-10343344	distal	distal	stage11	stage11	VT28555.1,VT28556.1	VT28555.1,VT28556.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.043	0.0312	0.0565	0.0414	0.0085	0.0437	0.0359	0.038	0.0085	0.0954	0.0678	0.0954	0.0302	0.0636	0.0484	0.0636	0.0495
chr3L	10344290	10344496	chr3L:10344291-10344496	distal	distal	stage5	stage5	VT28556.1	VT28556.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0431	0.0303	0.0596	0.0394	0.0117	0.0481	0.0285	0.0346	0.0117	0.0894	0.0682	0.0894	0.055	0.0521	0.0458	0.0521	0.0568
chr3L	10345523	10345820	chr3L:10345524-10345820	distal	distal	stage14	stage14	VT28557.1	VT28557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.035	0.0118	0.0245	0.0723	0.0021	0.0194	0.0147	0.0107	0.0021	0.038	0.0251	0.038	0.0232	0.2343	0.0529	0.2343	0.0427
chr3L	10346101	10346252	chr3L:10346102-10346252	distal	distal	none	none	VT28557.1	VT28557.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0167	0.0061	0.0123	0.0333	0.0011	0.0102	0.0078	0.004	0.0011	0.0302	0.0106	0.0302	0.0085	0.1263	0.02	0.1263	0.0156
chr3L	10346995	10347146	chr3L:10346996-10347146	distal	distal	none	none	VT28557.1	VT28557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.022	0.0135	0.0264	0.0269	0.0074	0.0165	0.0156	0.016	0.0074	0.0242	0.036	0.0242	0.024	0.0237	0.0355	0.0237	0.0438
chr3L	10347152	10347303	chr3L:10347153-10347303	distal	distal	none	none	VT28557.1	VT28557.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0199	0.0132	0.0258	0.0209	0.0053	0.017	0.0203	0.012	0.0053	0.0145	0.0373	0.0145	0.0232	0.0184	0.0309	0.0184	0.0323
chr3L	10347870	10348109	chr3L:10347871-10348109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0295	0.0385	0.0322	0.0042	0.0432	0.0415	0.022	0.0042	0.0338	0.0392	0.0338	0.0674	0.0237	0.0297	0.0237	0.0657
chr3L	10348706	10348857	chr3L:10348707-10348857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0115	0.0168	0.0255	0.0053	0.0136	0.0177	0.01	0.0053	0.0139	0.0238	0.0139	0.0132	0.0345	0.0303	0.0345	0.0349
chr3L	10353328	10353562	chr3L:10353329-10353562	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0627	0.0437	0.0853	0.059	0.0106	0.0485	0.0584	0.056	0.0106	0.0894	0.092	0.0894	0.0372	0.0268	0.0342	0.0268	0.0224
chr3L	10354320	10354499	chr3L:10354321-10354499	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0378	0.0213	0.0582	0.0338	0.0064	0.0306	0.0225	0.0253	0.0064	0.0338	0.1087	0.0338	0.0225	0.0383	0.0858	0.0383	0.0208
chr3L	10355934	10356176	chr3L:10355935-10356176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0483	0.0452	0.0547	0.0447	0.0286	0.0617	0.0554	0.042	0.0286	0.0429	0.0621	0.0429	0.093	0.0789	0.0413	0.0789	0.0474
chr3L	10356491	10356678	chr3L:10356492-10356678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.09	0.0865	0.1171	0.0641	0.0392	0.1053	0.1008	0.1113	0.0392	0.1389	0.1543	0.1389	0.103	0.0995	0.0967	0.0995	0.0532
chr3L	10356885	10357078	chr3L:10356886-10357078	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2233	0.1897	0.2843	0.1941	0.1347	0.2466	0.2054	0.2292	0.1347	0.346	0.327	0.346	0.2463	0.2404	0.2437	0.2404	0.2194
chr3L	10358009	10358170	chr3L:10358010-10358170	FBgn0262439	mir-276a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0398	0.0252	0.057	0.0372	0.0117	0.0267	0.0285	0.0386	0.0117	0.0266	0.1055	0.0266	0.0294	0.0184	0.0903	0.0184	0.0229
chr3L	10358246	10358397	chr3L:10358247-10358397	FBgn0262439	mir-276a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0339	0.031	0.0473	0.0224	0.0159	0.0345	0.0303	0.054	0.0159	0.0229	0.0865	0.0229	0.0209	0.0115	0.0516	0.0115	0.0141
chr3L	10365473	10365624	chr3L:10365474-10365624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0087	0.0061	0.0086	0.0117	0.0032	0.0073	0.0112	0.0027	0.0032	0.006	0.0161	0.006	0.0031	0.0054	0.0361	0.0054	0.0057
chr3L	10365937	10366088	chr3L:10365938-10366088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0096	0.0086	0.0113	0.0089	0.0042	0.0063	0.0156	0.008	0.0042	0.006	0.0203	0.006	0.0077	0.0031	0.0297	0.0031	0.0042
chr3L	10371346	10371497	chr3L:10371347-10371497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0106	0.011	0.0106	0.0042	0.0092	0.0177	0.0113	0.0042	0.0042	0.0158	0.0042	0.0155	0.0061	0.0297	0.0061	0.0057
chr3L	10379996	10380147	chr3L:10379997-10380147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0107	0.0223	0.0114	0.0085	0.0092	0.0134	0.0167	0.0085	0.0157	0.0421	0.0157	0.0093	0.0092	0.0251	0.0092	0.0073
chr3L	10381311	10381691	chr3L:10381312-10381691	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0333	0.0475	0.0305	0.0205	0.0318	0.051	0.0683	0.044	0.0318	0.0417	0.0318	0.0417	0.0302	0.036	0.0213	0.036	0.0203
chr3L	10382910	10383114	chr3L:10382911-10383114	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0351	0.0628	0.0212	0.0138	0.0422	0.035	0.0593	0.0138	0.0429	0.1048	0.0429	0.0449	0.0138	0.0445	0.0138	0.0229
chr3L	10383135	10383286	chr3L:10383136-10383286	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0309	0.0288	0.0442	0.0187	0.018	0.0257	0.0376	0.0413	0.018	0.0338	0.073	0.0338	0.0302	0.0084	0.0451	0.0084	0.0177
chr3L	10383719	10383870	chr3L:10383720-10383870	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.011	0.024	0.0192	0.0053	0.0087	0.0199	0.0087	0.0053	0.0109	0.0437	0.0109	0.0124	0.0161	0.0477	0.0161	0.013
chr3L	10383883	10384034	chr3L:10383884-10384034	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0106	0.0188	0.0206	0.0042	0.0117	0.0151	0.0113	0.0042	0.0066	0.035	0.0066	0.0101	0.01	0.058	0.01	0.0135
chr3L	10384606	10384768	chr3L:10384607-10384768	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0133	0.0286	0.0292	0.0106	0.0155	0.0186	0.012	0.0106	0.0121	0.054	0.0121	0.0147	0.0145	0.0896	0.0145	0.0162
chr3L	10385119	10385370	chr3L:10385120-10385370	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0454	0.0389	0.0515	0.046	0.0201	0.0393	0.0523	0.048	0.0201	0.0278	0.0839	0.0278	0.0302	0.0207	0.1135	0.0207	0.0245
chr3L	10385424	10385704	chr3L:10385425-10385704	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0327	0.0481	0.0461	0.0201	0.0403	0.0398	0.0386	0.0201	0.0266	0.0659	0.0266	0.0411	0.0368	0.0638	0.0368	0.0469
chr3L	10385857	10386033	chr3L:10385858-10386033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0153	0.0299	0.0455	0.0106	0.017	0.0216	0.016	0.0106	0.032	0.0347	0.032	0.038	0.0689	0.058	0.0689	0.0604
chr3L	10386440	10386648	chr3L:10386441-10386648	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0224	0.0128	0.0237	0.0316	0.0053	0.015	0.0186	0.012	0.0053	0.0284	0.0267	0.0284	0.0217	0.0345	0.0297	0.0345	0.0573
chr3L	10402743	10402908	chr3L:10402744-10402908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0087	0.0179	0.0326	0.0042	0.0058	0.0147	0.0107	0.0042	0.0121	0.0113	0.0121	0.0015	0.0046	0.0052	0.0046	0.0094
chr3L	10405710	10405903	chr3L:10405711-10405903	FBgn0036082,FBgn0264722	CG12362,CR43990	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0211	0.0403	0.0151	0.0064	0.0414	0.0301	0.0484	0.0573	0.0414	0.0133	0.0186	0.0133	0.0155	0.0069	0.0077	0.0069	0.0073
chr3L	10417227	10417378	chr3L:10417228-10417378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0074	0.0082	0.0148	0.0032	0.0068	0.0143	0.0047	0.0032	0.0072	0.0074	0.0072	0.0108	0.01	0.0084	0.01	0.0089
chr3L	10420522	10420722	chr3L:10420523-10420722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT28596.1	VT28596.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0504	0.0678	0.0466	0.0351	0.0477	0.067	0.0809	0.0953	0.0477	0.0574	0.0463	0.0574	0.0147	0.0061	0.0219	0.0061	0.0109
chr3L	10421070	10421226	chr3L:10421071-10421226	distal	distal	stage14	stage14	VT28596.1	VT28596.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0107	0.0175	0.0273	0.0053	0.0097	0.0151	0.0107	0.0053	0.0199	0.0167	0.0199	0.0201	0.036	0.0413	0.036	0.0234
chr3L	10421596	10421747	chr3L:10421597-10421747	distal	distal	stage14	stage14	VT28596.1	VT28596.1	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0106	0.0049	0.0102	0.0174	0.0042	0.0044	0.0074	0.0053	0.0042	0.0133	0.01	0.0133	0.0116	0.0237	0.0174	0.0237	0.0198
chr3L	10440616	10440829	chr3L:10440617-10440829	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0413	0.0173	0.0081	0.0308	0.0388	0.0476	0.0593	0.0308	0.0248	0.0235	0.0248	0.0085	0.0115	0.0161	0.0115	0.0052
chr3L	10447179	10447330	chr3L:10447180-10447330	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0254	0.0173	0.0077	0.0148	0.0214	0.0303	0.0413	0.0148	0.006	0.0347	0.006	0.0046	8e-04	0.0284	8e-04	0.0031
chr3L	10455322	10455473	chr3L:10455323-10455473	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0234	0.0195	0.0096	0.0159	0.0218	0.0285	0.0326	0.0159	0.0236	0.0238	0.0236	0.017	0.0061	0.0148	0.0061	0.0104
chr3L	10455642	10455793	chr3L:10455643-10455793	FBgn0011802	Gem3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0314	0.0329	0.0219	0.0223	0.0296	0.0433	0.0413	0.0223	0.0368	0.0344	0.0368	0.0411	0.0222	0.029	0.0222	0.0261
chr3L	10455884	10456102	chr3L:10455885-10456102	FBgn0011802	Gem3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0634	0.0587	0.0751	0.0558	0.0339	0.0723	0.064	0.0799	0.0339	0.0833	0.0859	0.0833	0.0767	0.0582	0.0703	0.0582	0.0703
chr3L	10456113	10456316	chr3L:10456114-10456316	FBgn0011802	Gem3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0959	0.074	0.1261	0.0872	0.0488	0.0995	0.0705	0.0993	0.0488	0.1661	0.1322	0.1661	0.1185	0.0942	0.0954	0.0942	0.1006
chr3L	10456340	10456741	chr3L:10456341-10456741	FBgn0011802,FBgn0052061	CG32061,Gem3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0922	0.052	0.144	0.0802	0.0223	0.0743	0.0571	0.0586	0.0223	0.1751	0.1576	0.1751	0.1247	0.0858	0.0851	0.0858	0.0865
chr3L	10474454	10474626	chr3L:10474455-10474626	FBgn0052062	A2bp1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0228	0.0171	0.0199	0.0323	0.0053	0.0165	0.0316	0.0153	0.0053	0.0175	0.0193	0.0175	0.0108	0.0138	0.0071	0.0138	0.0115
chr3L	10478811	10478988	chr3L:10478812-10478988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0196	0.0166	0.0465	0.0095	0.0199	0.0272	0.026	0.0095	0.0175	0.0148	0.0175	0.0139	0.0352	0.0161	0.0352	0.0208
chr3L	10489118	10489269	chr3L:10489119-10489269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0086	0.0055	0.0103	0.0074	0.0083	0.0147	0.0053	0.0074	0.0121	0.0035	0.0121	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0047
chr3L	10493191	10493342	chr3L:10493192-10493342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0104	0.0198	0.0061	0.0047	0.017	0.0112	0.0407	0.0107	0.017	0.0097	0.0051	0.0097	0.0077	0.0023	0.0052	0.0023	0.0042
chr3L	10493804	10493955	chr3L:10493805-10493955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0171	0.0155	0.0086	0.0281	0.0085	0.0092	0.0316	0.0113	0.0085	0.0097	0.0051	0.0097	0.0062	0.0153	0.0045	0.0153	0.0089
chr3L	10494966	10495117	chr3L:10494967-10495117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0088	0.0052	0.013	0.0021	0.0102	0.0138	0.01	0.0021	0.0054	0.0042	0.0054	0.0054	0.0046	0.0019	0.0046	0.0047
chr3L	10498069	10498220	chr3L:10498070-10498220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0115	0.0061	0.012	0.0053	0.0117	0.0195	0.0093	0.0053	0.0042	0.0064	0.0042	0.0015	0.0084	0.0013	0.0084	0.0078
chr3L	10500167	10500327	chr3L:10500168-10500327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0355	0.0142	0.016	0.0201	0.0272	0.0549	0.05	0.0201	0.0157	0.0151	0.0157	0.0132	0.0222	0.009	0.0222	0.0156
chr3L	10500463	10500638	chr3L:10500464-10500638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0445	0.0169	0.0203	0.0297	0.0325	0.0666	0.06	0.0297	0.0199	0.0196	0.0199	0.0155	0.026	0.0155	0.026	0.0167
chr3L	10501174	10501351	chr3L:10501175-10501351	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0232	0.0133	0.0128	0.0455	0.0095	0.0107	0.0229	0.0147	0.0095	0.0103	0.008	0.0103	0.0178	0.0482	0.009	0.0482	0.0193
chr3L	10506717	10506868	chr3L:10506718-10506868	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.0085	0.0058	0.0189	0	0.0102	0.0125	0.0107	0	0.0042	0.0045	0.0042	0.007	0.0023	0.0026	0.0023	0.0047
chr3L	10508273	10508424	chr3L:10508274-10508424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0202	0.0225	0.0242	0.0106	0.0233	0.0255	0.026	0.0106	0.0229	0.0222	0.0229	0.0116	0.0161	0.0052	0.0161	0.0104
chr3L	10509003	10509199	chr3L:10509004-10509199	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2102	0.2005	0.249	0.1784	0.1676	0.2296	0.2266	0.2412	0.1676	0.3219	0.272	0.3219	0.2301	0.209	0.1786	0.209	0.1798
chr3L	10509479	10509725	chr3L:10509480-10509725	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2217	0.2408	0.2626	0.1557	0.2078	0.2796	0.2677	0.2865	0.2078	0.3641	0.299	0.3641	0.1394	0.1899	0.1818	0.1899	0.1355
chr3L	10509901	10510052	chr3L:10509902-10510052	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0758	0.0756	0.0962	0.0536	0.0456	0.0883	0.0848	0.1033	0.0456	0.1196	0.108	0.1196	0.0395	0.0551	0.0458	0.0551	0.0354
chr3L	10510621	10510992	chr3L:10510622-10510992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1121	0.0955	0.139	0.1011	0.0435	0.1248	0.1025	0.1292	0.0435	0.1534	0.128	0.1534	0.0852	0.0804	0.0554	0.0804	0.0677
chr3L	10511191	10511342	chr3L:10511192-10511342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0418	0.0364	0.0527	0.0361	0.0064	0.0553	0.0402	0.046	0.0064	0.0694	0.0437	0.0694	0.0256	0.0237	0.0181	0.0237	0.0224
chr3L	10512139	10512322	chr3L:10512140-10512322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0526	0.0584	0.0709	0.026	0.0148	0.1015	0.0597	0.0593	0.0148	0.0906	0.0627	0.0906	0.1216	0.0199	0.0303	0.0199	0.0245
chr3L	10515570	10515755	chr3L:10515571-10515755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0295	0.0319	0.0318	0.0117	0.0345	0.0389	0.0346	0.0117	0.0507	0.0251	0.0507	0.0411	0.0337	0.0316	0.0337	0.0433
chr3L	10518202	10518372	chr3L:10518203-10518372	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.027	0.0317	0.0353	0.0127	0.0127	0.065	0.026	0.0266	0.0127	0.0882	0.0254	0.0882	0.0101	0.0145	0.0052	0.0145	0.0078
chr3L	10518400	10518551	chr3L:10518401-10518551	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0308	0.0374	0.0373	0.0163	0.0138	0.0772	0.0307	0.0306	0.0138	0.0918	0.0254	0.0918	0.0116	0.0207	0.009	0.0207	0.0063
chr3L	10518736	10519004	chr3L:10518737-10519004	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0776	0.0892	0.0918	0.049	0.0212	0.2078	0.0597	0.064	0.0212	0.256	0.0572	0.256	0.0263	0.0498	0.029	0.0498	0.0229
chr3L	10519441	10519592	chr3L:10519442-10519592	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0233	0.0187	0.026	0.0253	0.0021	0.0393	0.0147	0.0187	0.0021	0.0556	0.0174	0.0556	0.0139	0.0184	0.0064	0.0184	0.0089
chr3L	10519664	10519815	chr3L:10519665-10519815	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0219	0.0116	0.0236	0.0315	0	0.017	0.0125	0.016	0	0.0568	0.0158	0.0568	0.0101	0.0176	0.0058	0.0176	0.0167
chr3L	10519892	10520065	chr3L:10519893-10520065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0263	0.0196	0.0303	0.0294	0.0042	0.0325	0.0234	0.016	0.0042	0.0779	0.0186	0.0779	0.0139	0.0306	0.0116	0.0306	0.0193
chr3L	10521532	10521684	chr3L:10521533-10521684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0244	0.0167	0.0286	0.0284	0.0011	0.0252	0.0216	0.0153	0.0011	0.0326	0.0148	0.0326	0.0844	0.026	0.0174	0.026	0.0537
chr3L	10524211	10524392	chr3L:10524212-10524392	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0319	0.0228	0.032	0.0419	0.0074	0.033	0.0294	0.022	0.0074	0.0447	0.0408	0.0447	0.0139	0.0168	0.1244	0.0168	0.0245
chr3L	10525240	10525682	chr3L:10525241-10525682	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.07	0.071	0.0834	0.0543	0.0233	0.118	0.061	0.0893	0.0233	0.1238	0.0907	0.1238	0.0674	0.0536	0.0574	0.0536	0.0604
chr3L	10529058	10529209	chr3L:10529059-10529209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0241	0.0186	0.0272	0.0269	0.0117	0.0301	0.0203	0.0153	0.0117	0.0598	0.0177	0.0598	0.0256	0.0597	0.0168	0.0597	0.0287
chr3L	10529361	10529528	chr3L:10529362-10529528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0334	0.0223	0.0405	0.038	0.0085	0.0369	0.0229	0.0213	0.0085	0.0972	0.027	0.0972	0.0287	0.1018	0.0219	0.1018	0.0318
chr3L	10529809	10530008	chr3L:10529810-10530008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0269	0.0176	0.0287	0.0355	0.0053	0.0243	0.0234	0.0193	0.0053	0.0634	0.019	0.0634	0.0186	0.0858	0.0193	0.0858	0.0354
chr3L	10533086	10533278	chr3L:10533087-10533278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0268	0.0211	0.0297	0.0301	0.0106	0.0316	0.0234	0.02	0.0106	0.0658	0.0225	0.0658	0.024	0.085	0.011	0.085	0.0151
chr3L	10533346	10533497	chr3L:10533347-10533497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0212	0.015	0.0231	0.0262	0.0085	0.0228	0.0186	0.0113	0.0085	0.0417	0.0212	0.0417	0.0116	0.0605	0.0084	0.0605	0.013
chr3L	10533649	10533889	chr3L:10533650-10533889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0173	0.0266	0.0246	0.0106	0.0243	0.0186	0.0193	0.0106	0.0399	0.0241	0.0399	0.0155	0.0337	0.0077	0.0337	0.0193
chr3L	10534101	10534280	chr3L:10534102-10534280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0273	0.0219	0.0302	0.0302	0.0095	0.0243	0.032	0.0213	0.0095	0.0592	0.0219	0.0592	0.0302	0.0291	0.0123	0.0291	0.0391
chr3L	10543284	10543455	chr3L:10543285-10543455	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0325	0.0314	0.035	0.0311	0.0117	0.0704	0.0247	0.0173	0.0117	0.0876	0.0232	0.0876	0.024	0.0559	0.0239	0.0559	0.0287
chr3L	10546428	10546579	chr3L:10546429-10546579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0229	0.0184	0.0256	0.0249	0.0021	0.0369	0.0182	0.016	0.0021	0.0713	0.0151	0.0713	0.0101	0.0406	0.009	0.0406	0.0464
chr3L	10547583	10547773	chr3L:10547584-10547773	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0667	0.047	0.097	0.0556	0.0032	0.1218	0.0251	0.034	0.0032	0.3291	0.0444	0.3291	0.0209	0.1822	0.0226	0.1822	0.0219
chr3L	10547945	10548368	chr3L:10547946-10548368	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1138	0.0825	0.1536	0.105	0.0117	0.2136	0.0394	0.0513	0.0117	0.5006	0.0775	0.5006	0.0411	0.3331	0.0484	0.3331	0.0516
chr3L	10552516	10552761	chr3L:10552517-10552761	FBgn0036085	CG6527	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.034	0.0303	0.0391	0.0327	0.018	0.0364	0.0329	0.0373	0.018	0.0676	0.0405	0.0676	0.0178	0.036	0.0342	0.036	0.0182
chr3L	10552824	10552975	chr3L:10552825-10552975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.021	0.0165	0.0266	0.0198	0.0042	0.0228	0.0182	0.0193	0.0042	0.0543	0.0222	0.0543	0.0101	0.0138	0.0174	0.0138	0.0135
chr3L	10561070	10561267	chr3L:10561071-10561267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0288	0.0304	0.0348	0.0205	0.0095	0.0451	0.035	0.03	0.0095	0.0876	0.026	0.0876	0.0178	0.0352	0.0135	0.0352	0.0198
chr3L	10561688	10561839	chr3L:10561689-10561839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0151	0.0146	0.0157	0.0149	0.0064	0.015	0.0173	0.0227	0.0064	0.0332	0.0132	0.0332	0.0054	0.0168	0.0058	0.0168	0.0109
chr3L	10562541	10562692	chr3L:10562542-10562692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0273	0.0283	0.0348	0.018	0.017	0.0354	0.0368	0.0266	0.017	0.0791	0.0296	0.0791	0.0178	0.0329	0.0148	0.0329	0.0214
chr3L	10572257	10572408	chr3L:10572258-10572408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0138	0.0181	0.0132	0.0053	0.0175	0.0177	0.0167	0.0053	0.0411	0.0125	0.0411	0.0054	0.0138	0.0045	0.0138	0.0083
chr3L	10575001	10575152	chr3L:10575002-10575152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0181	0.0153	0.0258	0.0128	0.0042	0.0223	0.0195	0.018	0.0042	0.0586	0.0206	0.0586	0.0139	0.0222	0.0097	0.0222	0.0099
chr3L	10575697	10575848	chr3L:10575698-10575848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0202	0.032	0.0189	0.0085	0.0223	0.0301	0.0489	0.0293	0.0223	0.0338	0.019	0.0338	0.0077	0.0123	0.0052	0.0123	0.0057
chr3L	10575939	10576158	chr3L:10575940-10576158	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0319	0.0518	0.0264	0.0156	0.0424	0.0495	0.0865	0.0386	0.0424	0.0531	0.0219	0.0531	0.0163	0.0245	0.011	0.0245	0.0141
chr3L	10578201	10578352	chr3L:10578202-10578352	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.017	0.0137	0.022	0.0152	0.0032	0.0199	0.0143	0.0173	0.0032	0.0489	0.0164	0.0489	0.0124	0.026	0.0161	0.026	0.012
chr3L	10582448	10582601	chr3L:10582449-10582601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0205	0.0155	0.0282	0.0178	0.0053	0.0194	0.0173	0.018	0.0053	0.0622	0.0241	0.0622	0.0124	0.0337	0.0155	0.0337	0.0198
chr3L	10623811	10623984	chr3L:10623812-10623984	FBgn0001179,FBgn0054001,FBgn0260643	CG34001,CG42535,hay	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.043	0.0435	0.0386	0.0329	0.0466	0.061	0.0393	0.0329	0.058	0.0511	0.058	0.0349	0.0413	0.0458	0.0413	0.0485
chr3L	10624082	10624267	chr3L:10624083-10624267	FBgn0001179,FBgn0054001,FBgn0260643	CG34001,CG42535,hay	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1361	0.1208	0.1683	0.1181	0.088	0.1379	0.1289	0.1679	0.088	0.2144	0.1775	0.2144	0.1743	0.1141	0.1238	0.1141	0.1371
chr3L	10624298	10624487	chr3L:10624299-10624487	FBgn0001179,FBgn0054001,FBgn0260643	CG34001,CG42535,hay	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1062	0.0993	0.1239	0.0946	0.0732	0.1058	0.1168	0.1346	0.0732	0.1624	0.1305	0.1624	0.1294	0.1034	0.0935	0.1034	0.1073
chr3L	10624547	10624698	chr3L:10624548-10624698	FBgn0001179,FBgn0054001	CG34001,hay	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0414	0.0458	0.0285	0.0233	0.0422	0.058	0.054	0.0233	0.0531	0.0466	0.0531	0.0465	0.0322	0.0219	0.0322	0.0349
chr3L	10630647	10630832	chr3L:10630648-10630832	FBgn0000629,FBgn0036090	CG8009,E(z)	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0516	0.052	0.0627	0.0391	0.0286	0.0617	0.0657	0.058	0.0286	0.0839	0.0675	0.0839	0.0558	0.0475	0.0426	0.0475	0.0505
chr3L	10630903	10631076	chr3L:10630904-10631076	FBgn0000629,FBgn0036090	CG8009,E(z)	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.103	0.0973	0.1166	0.0943	0.0689	0.1078	0.1172	0.1139	0.0689	0.1504	0.1222	0.1504	0.1185	0.1034	0.0967	0.1034	0.1287
chr3L	10631146	10631347	chr3L:10631147-10631347	FBgn0000629,FBgn0036090	CG8009,E(z)	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.1063	0.1359	0.1147	0.0944	0.1155	0.1241	0.1272	0.0944	0.1709	0.1418	0.1709	0.1394	0.1248	0.1225	0.1248	0.1417
chr3L	10631423	10631710	chr3L:10631424-10631710	FBgn0000629,FBgn0036090	CG8009,E(z)	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0872	0.0992	0.0659	0.0657	0.0951	0.1064	0.0999	0.0657	0.1244	0.1039	0.1244	0.0976	0.0666	0.0677	0.0666	0.0803
chr3L	10632891	10633042	chr3L:10632892-10633042	FBgn0036091	CG18628	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0283	0.0431	0.0275	0.0127	0.0361	0.035	0.0588	0.056	0.0361	0.0362	0.0354	0.0362	0.0194	0.0153	0.0097	0.0153	0.0162
chr3L	10637876	10638165	chr3L:10637877-10638165	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0515	0.0532	0.0361	0.0233	0.0524	0.0722	0.06	0.0233	0.0682	0.0621	0.0682	0.0411	0.0498	0.0413	0.0498	0.0532
chr3L	10638269	10638562	chr3L:10638270-10638562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0492	0.0404	0.0205	0.0223	0.051	0.0722	0.0533	0.0223	0.055	0.0437	0.055	0.031	0.0268	0.0213	0.0268	0.0214
chr3L	10641447	10641729	chr3L:10641448-10641729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0366	0.043	0.0438	0.0214	0.0276	0.0408	0.0692	0.04	0.0276	0.07	0.045	0.07	0.0418	0.0413	0.0181	0.0413	0.0193
chr3L	10641824	10642056	chr3L:10641825-10642056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0437	0.0511	0.0178	0.0371	0.049	0.0493	0.058	0.0371	0.0797	0.0633	0.0797	0.0364	0.0475	0.0142	0.0475	0.0125
chr3L	10642417	10642721	chr3L:10642418-10642721	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0319	0.0381	0.0397	0.0163	0.0191	0.0398	0.0433	0.06	0.0191	0.0755	0.0421	0.0755	0.017	0.0214	0.0071	0.0214	0.0115
chr3L	10643368	10643528	chr3L:10643369-10643528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0172	0.0173	0.0221	0.0064	0.0199	0.0242	0.0187	0.0064	0.0187	0.0228	0.0187	0.0155	0.0375	0.0135	0.0375	0.0375
chr3L	10645831	10645982	chr3L:10645832-10645982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.019	0.0265	0.0184	0.0113	0.0148	0.0218	0.0476	0.0233	0.0148	0.0229	0.0232	0.0229	0.0178	0.0138	0.0148	0.0138	0.0167
chr3L	10646022	10646173	chr3L:10646023-10646173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0209	0.0273	0.0232	0.0113	0.0064	0.0199	0.0506	0.0266	0.0064	0.0284	0.0267	0.0284	0.0232	0.0199	0.0097	0.0199	0.0162
chr3L	10646388	10646539	chr3L:10646389-10646539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0187	0.0267	0.0192	0.0092	0.017	0.0291	0.0415	0.02	0.017	0.0187	0.0209	0.0187	0.0232	0.0077	0.0058	0.0077	0.0162
chr3L	10646676	10647013	chr3L:10646677-10647013	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0321	0.0545	0.028	0.0116	0.0414	0.068	0.0761	0.0433	0.0414	0.038	0.028	0.038	0.0318	0.01	0.0064	0.01	0.013
chr3L	10647405	10647556	chr3L:10647406-10647556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0305	0.0217	0.0109	0.018	0.0277	0.0476	0.0293	0.018	0.026	0.0251	0.026	0.017	0.0176	0.009	0.0176	0.0109
chr3L	10649660	10649811	chr3L:10649661-10649811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0322	0.0462	0.0317	0.017	0.0201	0.0752	0.0506	0.034	0.0201	0.0616	0.028	0.0616	0.0364	0.0145	0.0148	0.0145	0.0255
chr3L	10652826	10653070	chr3L:10652827-10653070	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0584	0.0477	0.0826	0.0439	0.0223	0.0587	0.0541	0.0666	0.0223	0.093	0.099	0.093	0.0372	0.0368	0.0258	0.0368	0.0245
chr3L	10653344	10653853	chr3L:10653345-10653853	FBgn0052066	CG32066	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.173	0.22	0.1732	0.1203	0.2025	0.2461	0.2422	0.2672	0.2025	0.2331	0.1514	0.2331	0.1766	0.0965	0.0909	0.0965	0.1417
chr3L	10654009	10654202	chr3L:10654010-10654202	FBgn0036096,FBgn0052066	CG32066,CG8003	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1857	0.1746	0.216	0.165	0.1347	0.2005	0.1964	0.2132	0.1347	0.2971	0.217	0.2971	0.1991	0.1677	0.1515	0.1677	0.2126
chr3L	10654487	10654664	chr3L:10654488-10654664	FBgn0036096,FBgn0052066	CG32066,CG8003	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1026	0.0821	0.1249	0.1011	0.0594	0.1078	0.0891	0.1013	0.0594	0.1486	0.1347	0.1486	0.1286	0.0965	0.0967	0.0965	0.1193
chr3L	10656351	10656537	chr3L:10656352-10656537	FBgn0052068	CG32068	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1188	0.111	0.1409	0.1033	0.0859	0.1345	0.1259	0.1372	0.0859	0.1739	0.1531	0.1739	0.1472	0.1133	0.1167	0.1133	0.1277
chr3L	10657711	10657907	chr3L:10657712-10657907	FBgn0010762	simj	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2695	0.2468	0.3204	0.239	0.1771	0.2937	0.2695	0.3158	0.1771	0.3804	0.3521	0.3804	0.3122	0.258	0.2521	0.258	0.2809
chr3L	10658216	10658401	chr3L:10658217-10658401	FBgn0010762	simj	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1355	0.1255	0.1684	0.1106	0.0891	0.1549	0.1328	0.1572	0.0891	0.2319	0.1797	0.2319	0.1418	0.1126	0.1373	0.1126	0.124
chr3L	10658554	10658737	chr3L:10658555-10658737	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2171	0.1841	0.2679	0.1982	0.122	0.2524	0.1786	0.2372	0.122	0.3647	0.3013	0.3647	0.2308	0.2412	0.2482	0.2412	0.2204
chr3L	10658949	10659134	chr3L:10658950-10659134	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1342	0.1041	0.1595	0.1401	0.0594	0.1388	0.1016	0.1472	0.0594	0.2361	0.1752	0.2361	0.1387	0.1662	0.185	0.1662	0.1631
chr3L	10659210	10659361	chr3L:10659211-10659361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0378	0.0661	0.0677	0.0265	0.0432	0.0463	0.0453	0.0265	0.0888	0.0666	0.0888	0.086	0.0513	0.1025	0.0513	0.0917
chr3L	10659804	10660005	chr3L:10659805-10660005	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0859	0.094	0.0975	0.0642	0.0467	0.1063	0.0904	0.1639	0.0467	0.0845	0.126	0.0845	0.1053	0.0498	0.1103	0.0498	0.0792
chr3L	10660526	10660713	chr3L:10660527-10660713	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0609	0.0565	0.0827	0.0419	0.0371	0.05	0.0709	0.0819	0.0371	0.0248	0.1264	0.0248	0.1301	0.0222	0.0793	0.0222	0.049
chr3L	10661790	10661941	chr3L:10661791-10661941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0359	0.0469	0.0402	0.0188	0.0265	0.0481	0.0722	0.0506	0.0265	0.0278	0.0289	0.0278	0.0225	0.013	0.0097	0.013	0.0141
chr3L	10663189	10663340	chr3L:10663190-10663340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0147	0.0173	0.0233	0.0095	0.0141	0.0208	0.0147	0.0095	0.0169	0.0135	0.0169	0.0062	0.01	0.0064	0.01	0.0167
chr3L	10663539	10663690	chr3L:10663540-10663690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.0317	0.0298	0.033	0.0201	0.0316	0.048	0.0313	0.0201	0.0217	0.028	0.0217	0.0178	0.0176	0.0084	0.0176	0.0188
chr3L	10664941	10665092	chr3L:10664942-10665092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0148	0.0131	0.0185	0.0042	0.0155	0.0212	0.016	0.0042	0.0091	0.0113	0.0091	0.0116	0.0046	0.0045	0.0046	0.0078
chr3L	10666839	10667001	chr3L:10666840-10667001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0489	0.0582	0.0451	0.0428	0.0435	0.0631	0.0731	0.07	0.0435	0.0332	0.0498	0.0332	0.031	0.0268	0.0271	0.0268	0.0292
chr3L	10667310	10667506	chr3L:10667311-10667506	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1818	0.2024	0.2023	0.1365	0.175	0.2204	0.25	0.2272	0.175	0.2476	0.2344	0.2476	0.1658	0.1769	0.1663	0.1769	0.1329
chr3L	10668083	10668291	chr3L:10668084-10668291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0974	0.1392	0.1006	0.0472	0.0976	0.1408	0.1817	0.1792	0.0976	0.1027	0.1196	0.1027	0.0705	0.0452	0.0535	0.0452	0.0479
chr3L	10668987	10669160	chr3L:10668988-10669160	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0893	0.1421	0.0827	0.0376	0.1336	0.1194	0.1873	0.1845	0.1336	0.0694	0.1235	0.0694	0.0674	0.0452	0.0677	0.0452	0.0334
chr3L	10669766	10669956	chr3L:10669767-10669956	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1004	0.1149	0.1082	0.0756	0.0785	0.1369	0.1341	0.1386	0.0785	0.1594	0.0977	0.1594	0.1425	0.0812	0.0503	0.0812	0.1475
chr3L	10670064	10670222	chr3L:10670065-10670222	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0684	0.0737	0.0802	0.0494	0.0382	0.0966	0.0908	0.0819	0.0382	0.09	0.0862	0.09	0.117	0.0345	0.0361	0.0345	0.0943
chr3L	10670526	10670677	chr3L:10670527-10670677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0612	0.0882	0.0627	0.0294	0.0636	0.0714	0.1393	0.1013	0.0636	0.0477	0.0852	0.0477	0.0736	0.0214	0.0329	0.0214	0.0396
chr3L	10671094	10671284	chr3L:10671095-10671284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0886	0.1027	0.1001	0.0603	0.0732	0.0917	0.1306	0.1479	0.0732	0.0338	0.1637	0.0338	0.0837	0.013	0.1238	0.013	0.0354
chr3L	10671997	10672207	chr3L:10671998-10672207	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1726	0.1702	0.2039	0.1409	0.1453	0.1932	0.1752	0.2332	0.1453	0.1944	0.2466	0.1944	0.189	0.1286	0.185	0.1286	0.1428
chr3L	10674020	10674199	chr3L:10674021-10674199	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0501	0.0252	0.0495	0.0787	0.0159	0.0364	0.0229	0.0353	0.0159	0.0441	0.0283	0.0441	0.0782	0.0421	0.0387	0.0421	0.1183
chr3L	10675008	10675202	chr3L:10675009-10675202	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1146	0.1331	0.1038	0.1058	0.0912	0.1417	0.1687	0.1619	0.0912	0.0984	0.099	0.0984	0.1363	0.0835	0.0851	0.0835	0.1397
chr3L	10675636	10675787	chr3L:10675637-10675787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0285	0.0425	0.0596	0.0191	0.035	0.029	0.04	0.0191	0.0248	0.0386	0.0248	0.0682	0.026	0.0406	0.026	0.0933
chr3L	10675792	10675997	chr3L:10675793-10675997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.057	0.0327	0.0546	0.0868	0.0201	0.0417	0.0376	0.0406	0.0201	0.0374	0.0547	0.0374	0.1061	0.072	0.0729	0.072	0.1506
chr3L	10676235	10676428	chr3L:10676236-10676428	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0909	0.0501	0.099	0.1277	0.0265	0.0733	0.0536	0.0586	0.0265	0.07	0.0997	0.07	0.2122	0.0804	0.1328	0.0804	0.2209
chr3L	10676854	10677005	chr3L:10676855-10677005	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0392	0.0391	0.035	0.044	0.0265	0.0393	0.0541	0.044	0.0265	0.029	0.0383	0.029	0.0565	0.0237	0.0722	0.0237	0.0563
chr3L	10677764	10677939	chr3L:10677765-10677939	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0388	0.0594	0.0365	0.0117	0.0466	0.0407	0.0626	0.0117	0.0386	0.046	0.0386	0.0372	0.0138	0.0161	0.0138	0.0208
chr3L	10679865	10680016	chr3L:10679866-10680016	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0651	0.0444	0.0223	0.035	0.0563	0.0969	0.0793	0.035	0.0556	0.0473	0.0556	0.0418	0.0237	0.0206	0.0237	0.0266
chr3L	10680149	10680300	chr3L:10680150-10680300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0401	0.0288	0.0128	0.0191	0.0345	0.061	0.0506	0.0191	0.0284	0.036	0.0284	0.024	0.0123	0.0142	0.0123	0.012
chr3L	10684045	10684231	chr3L:10684046-10684231	FBgn0036099	CG11811	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0876	0.0722	0.1093	0.081	0.0371	0.0859	0.0843	0.0979	0.0371	0.1389	0.1199	0.1389	0.1077	0.1034	0.0787	0.1034	0.1032
chr3L	10684322	10684555	chr3L:10684323-10684555	FBgn0036099	CG11811	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0646	0.0545	0.0855	0.0531	0.0191	0.0675	0.067	0.0693	0.0191	0.1057	0.099	0.1057	0.0736	0.072	0.0477	0.072	0.0651
chr3L	10685605	10685846	chr3L:10685606-10685846	FBgn0053493	CG33493	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.035	0.0392	0.0273	0.018	0.0408	0.0424	0.0473	0.018	0.0453	0.0341	0.0453	0.0627	0.0283	0.0155	0.0283	0.0532
chr3L	10686910	10687061	chr3L:10686911-10687061	FBgn0047038	CG6463	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0505	0.0416	0.0619	0.0478	0.0255	0.0539	0.0446	0.052	0.0255	0.0785	0.0678	0.0785	0.0627	0.0567	0.0451	0.0567	0.0563
chr3L	10687093	10687275	chr3L:10687094-10687275	FBgn0047038	CG6463	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0928	0.0771	0.1173	0.0836	0.0456	0.0966	0.0783	0.1099	0.0456	0.1407	0.1283	0.1407	0.1123	0.0919	0.0754	0.0919	0.1063
chr3L	10690006	10690157	chr3L:10690007-10690157	FBgn0036101	NijA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0161	0.011	0.0132	0.0249	0.0053	0.0131	0.0138	0.0133	0.0053	0.0151	0.0177	0.0151	0.0155	0.01	0.0554	0.01	0.0297
chr3L	10690452	10690667	chr3L:10690453-10690667	FBgn0036101	NijA	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0243	0.0346	0.06	0.0201	0.0248	0.0303	0.028	0.0201	0.0308	0.0431	0.0308	0.0457	0.0291	0.1012	0.0291	0.0985
chr3L	10690820	10691039	chr3L:10690821-10691039	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0329	0.0528	0.0657	0.0223	0.0417	0.0376	0.0373	0.0223	0.0495	0.0659	0.0495	0.0651	0.0375	0.1277	0.0375	0.0886
chr3L	10691272	10691459	chr3L:10691273-10691459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0637	0.1033	0.0907	0.0488	0.0757	0.0744	0.0753	0.0488	0.1129	0.1196	0.1129	0.1053	0.0904	0.1012	0.0904	0.1188
chr3L	10691465	10691673	chr3L:10691466-10691673	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1069	0.0869	0.1296	0.1044	0.0573	0.0951	0.1086	0.1019	0.0573	0.1492	0.1482	0.1492	0.1247	0.1156	0.1083	0.1156	0.1287
chr3L	10691796	10691947	chr3L:10691797-10691947	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0379	0.0458	0.0313	0.0191	0.0325	0.0554	0.0506	0.0191	0.0483	0.055	0.0483	0.0457	0.0383	0.0258	0.0383	0.0354
chr3L	10692780	10692931	chr3L:10692781-10692931	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0136	0.0099	0.0125	0.0074	0.0087	0.0247	0.014	0.0074	0.0109	0.0113	0.0109	0.0077	0.0031	0.0071	0.0031	0.0036
chr3L	10693623	10693774	chr3L:10693624-10693774	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0131	0.0099	0.0136	0.0042	0.0102	0.0234	0.0127	0.0042	0.0097	0.0106	0.0097	0.007	0.0023	0.009	0.0023	0.0073
chr3L	10701770	10701921	chr3L:10701771-10701921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0104	0.009	0.0107	0.0117	0.0042	0.0078	0.0151	0.0087	0.0042	0.0042	0.0186	0.0042	0.0077	0.0015	0.0451	0.0015	0.0036
chr3L	10702070	10702221	chr3L:10702071-10702221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0094	0.0067	0.0094	0.0123	0.0074	0.0049	0.0099	0.0067	0.0074	0.0079	0.0167	0.0079	0.0023	8e-04	0.0355	8e-04	0.0078
chr3L	10703136	10703325	chr3L:10703137-10703325	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0167	0.0196	0.0156	0.0146	0.0032	0.0126	0.042	0.0173	0.0032	0.0048	0.0322	0.0048	0.0054	0.0061	0.0522	0.0061	0.0047
chr3L	10703956	10704107	chr3L:10703957-10704107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.009	0.0075	0.0103	0.0092	0.0042	0.0063	0.0147	0.0053	0.0042	0.006	0.018	0.006	0.007	0.0015	0.0329	0.0015	0.0021
chr3L	10706894	10707045	chr3L:10706895-10707045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.007	0.0064	0.0057	0.0091	0.0042	0.0078	0.0104	0.004	0.0042	0.0036	0.0071	0.0036	0.007	0.0031	0.0297	0.0031	0.0031
chr3L	10711304	10711546	chr3L:10711305-10711546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0105	0.0093	0.012	0.0053	0.0092	0.0182	0.01	0.0053	0.0103	0.0093	0.0103	0.0054	0.0038	0.0123	0.0038	0.0052
chr3L	10715648	10715799	chr3L:10715649-10715799	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0088	0.009	0.0063	0.0114	0.0085	0.0068	0.0169	0.0053	0.0085	0.0066	0.008	0.0066	0.0039	0.0069	0.0052	0.0069	0.0047
chr3L	10716953	10717104	chr3L:10716954-10717104	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0092	0.0095	0.0145	0.0064	0.0078	0.0147	0.0087	0.0064	0.0133	0.008	0.0133	0.0101	0.0054	0.0026	0.0054	0.0083
chr3L	10717948	10718099	chr3L:10717949-10718099	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0062	0.0049	0.026	0.0021	0.0087	0.0121	0.0013	0.0021	0.0036	0.0029	0.0036	0.0054	0.0023	0.0039	0.0023	0.0052
chr3L	10725332	10725483	chr3L:10725333-10725483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.011	0.0071	0.0103	0.0163	0.0053	0.0078	0.0091	0.0067	0.0053	0.0091	0.017	0.0091	0.0039	0.0214	0.0355	0.0214	0.0083
chr3L	10729892	10730043	chr3L:10729893-10730043	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0459	0.0142	0.0443	0.0831	0.0032	0.0189	0.0177	0.0187	0.0032	0.0495	0.0457	0.0495	0.0689	0.0858	0.0729	0.0858	0.1089
chr3L	10730150	10730610	chr3L:10730151-10730610	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2371	0.1012	0.2978	0.3224	0.0445	0.1553	0.0934	0.1226	0.0445	0.349	0.3347	0.349	0.3904	0.3637	0.3553	0.3637	0.4018
chr3L	10731590	10731749	chr3L:10731591-10731749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0338	0.008	0.0254	0.0719	0.0042	0.0107	0.0108	0.006	0.0042	0.0229	0.0209	0.0229	0.0612	0.0574	0.0825	0.0574	0.1188
chr3L	10732090	10732282	chr3L:10732091-10732282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0457	0.0173	0.0454	0.0778	0.0064	0.0238	0.019	0.0213	0.0064	0.0405	0.0486	0.0405	0.0837	0.075	0.0819	0.075	0.1089
chr3L	10732460	10732791	chr3L:10732461-10732791	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1032	0.0398	0.1093	0.1674	0.017	0.0592	0.0372	0.0546	0.017	0.1129	0.117	0.1129	0.1789	0.1937	0.1406	0.1937	0.2204
chr3L	10733217	10733508	chr3L:10733218-10733508	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0805	0.0132	0.0414	0.1986	0.0085	0.0214	0.0151	0.01	0.0085	0.026	0.0412	0.026	0.0852	0.1953	0.1889	0.1953	0.2678
chr3L	10735380	10735531	chr3L:10735381-10735531	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.005	0.0053	0.0178	0.0064	0.0044	0.0091	0.0027	0.0064	0.0036	0.0061	0.0036	0.0054	0.0038	0.0123	0.0038	0.0078
chr3L	10735973	10736153	chr3L:10735974-10736153	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0107	0.036	0.0426	0.0042	0.0131	0.0164	0.0067	0.0042	0.0181	0.0653	0.0181	0.0209	0.0153	0.1141	0.0153	0.0334
chr3L	10739639	10739790	chr3L:10739640-10739790	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0131	0.0074	0.0082	0.0248	0.0074	0.0083	0.0117	0.0033	0.0074	0.006	0.0103	0.006	0.0101	0.0904	0.0206	0.0904	0.0083
chr3L	10739846	10739997	chr3L:10739847-10739997	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0122	0.0066	0.0093	0.0217	0.0032	0.0053	0.0121	0.0067	0.0032	0.0151	0.0084	0.0151	0.0085	0.0766	0.0148	0.0766	0.0094
chr3L	10740609	10740760	chr3L:10740610-10740760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0158	0.0081	0.0085	0.0323	0.0074	0.0063	0.0112	0.0087	0.0074	0.0121	0.008	0.0121	0.0132	0.0965	0.0193	0.0965	0.0234
chr3L	10742030	10742181	chr3L:10742031-10742181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0069	0.0165	0.0284	0.0042	0.0078	0.0095	0.0067	0.0042	0.0121	0.0232	0.0121	0.0186	0.0544	0.0574	0.0544	0.0115
chr3L	10742237	10742388	chr3L:10742238-10742388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0069	0.0137	0.0323	0.0032	0.0058	0.0108	0.008	0.0032	0.0163	0.0183	0.0163	0.0124	0.0835	0.0477	0.0835	0.0146
chr3L	10744528	10744679	chr3L:10744529-10744679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0144	0.0091	0.0119	0.023	0.0021	0.0087	0.016	0.0067	0.0021	0.0157	0.0141	0.0157	0.0116	0.062	0.0135	0.062	0.0162
chr3L	10745999	10746150	chr3L:10746000-10746150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0112	0.0255	0.0288	0.0053	0.0126	0.019	0.006	0.0053	0.035	0.0277	0.035	0.0325	0.036	0.0393	0.036	0.0422
chr3L	10747510	10747661	chr3L:10747511-10747661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.014	0.0111	0.0112	0.0203	0.0117	0.0078	0.0182	0.0107	0.0117	0.0121	0.0119	0.0121	0.0139	0.0597	0.0135	0.0597	0.0125
chr3L	10747797	10747948	chr3L:10747798-10747948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0098	0.0088	0.0171	0.0085	0.0097	0.0169	0.006	0.0085	0.0133	0.0077	0.0133	0.0077	0.0528	0.0103	0.0528	0.0099
chr3L	10751195	10751346	chr3L:10751196-10751346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0095	0.019	0.0121	0.0064	0.0073	0.0134	0.012	0.0064	0.0139	0.0312	0.0139	0.0132	0.0107	0.0271	0.0107	0.0073
chr3L	10751536	10751687	chr3L:10751537-10751687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0127	0.0136	0.016	0.0081	0.0074	0.0112	0.0238	0.0113	0.0074	0.0097	0.0299	0.0097	0.0054	0.0046	0.0187	0.0046	0.0068
chr3L	10752202	10752439	chr3L:10752203-10752439	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0214	0.0341	0.0231	0.0148	0.0175	0.0346	0.0207	0.0148	0.0181	0.0611	0.0181	0.0225	0.0184	0.0613	0.0184	0.0141
chr3L	10753135	10753286	chr3L:10753136-10753286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0071	0.017	0.0287	0.0021	0.0078	0.0108	0.0087	0.0021	0.0151	0.0264	0.0151	0.0132	0.026	0.078	0.026	0.0193
chr3L	10754014	10754208	chr3L:10754015-10754208	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0153	0.0404	0.0428	0.0032	0.0209	0.0169	0.0233	0.0032	0.0193	0.0756	0.0193	0.0155	0.0222	0.118	0.0222	0.0203
chr3L	10756718	10756970	chr3L:10756719-10756970	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0211	0.0295	0.022	0.0107	0.0127	0.0306	0.0298	0.0513	0.0127	0.0157	0.0254	0.0157	0.0124	0.01	0.0084	0.01	0.0099
chr3L	10759544	10759774	chr3L:10759545-10759774	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0352	0.0221	0.0386	0.0462	0.0148	0.0272	0.0238	0.03	0.0148	0.026	0.0492	0.026	0.0442	0.0406	0.0503	0.0406	0.0703
chr3L	10759926	10760121	chr3L:10759927-10760121	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0707	0.0329	0.0825	0.0998	0.017	0.0447	0.0307	0.0466	0.017	0.0586	0.0974	0.0586	0.1208	0.0796	0.1103	0.0796	0.1829
chr3L	10760195	10760346	chr3L:10760196-10760346	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0271	0.0086	0.0258	0.0492	0.0042	0.0117	0.0099	0.0087	0.0042	0.0139	0.0312	0.0139	0.0496	0.0375	0.0464	0.0375	0.0948
chr3L	10762039	10762218	chr3L:10762040-10762218	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0431	0.029	0.0858	0.0118	0.0074	0.0408	0.0203	0.0586	0.0074	0.1292	0.1003	0.1292	0.031	0.0092	0.0193	0.0092	0.0063
chr3L	10762526	10762840	chr3L:10762527-10762840	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1342	0.081	0.2424	0.0748	0.0244	0.1194	0.0567	0.1432	0.0244	0.2264	0.3174	0.2264	0.134	0.023	0.1412	0.023	0.0469
chr3L	10763021	10763365	chr3L:10763022-10763365	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1219	0.053	0.2198	0.0916	0.0085	0.0966	0.0285	0.0899	0.0085	0.1171	0.3482	0.1171	0.1998	0.0322	0.2463	0.0322	0.0745
chr3L	10764704	10765197	chr3L:10764705-10765197	FBgn0262890	CG43245	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1575	0.1196	0.2282	0.1221	0.0785	0.1403	0.0995	0.2092	0.0785	0.2017	0.3588	0.2017	0.1557	0.059	0.2818	0.059	0.1397
chr3L	10765209	10765360	chr3L:10765210-10765360	FBgn0262890	CG43245	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0606	0.0324	0.0978	0.0514	0.0159	0.0466	0.026	0.048	0.0159	0.0598	0.1707	0.0598	0.0682	0.0145	0.1244	0.0145	0.0646
chr3L	10765445	10765656	chr3L:10765446-10765656	FBgn0262890	CG43245	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0681	0.0313	0.1076	0.066	0.0074	0.0539	0.0264	0.04	0.0074	0.096	0.1749	0.096	0.072	0.0222	0.1612	0.0222	0.0797
chr3L	10765954	10766184	chr3L:10765955-10766184	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0575	0.0187	0.1013	0.0529	0.0032	0.0359	0.0173	0.018	0.0032	0.0803	0.1743	0.0803	0.0651	0.0153	0.1399	0.0153	0.0558
chr3L	10766884	10767080	chr3L:10766885-10767080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0438	0.0224	0.0647	0.0446	0.0074	0.0306	0.0303	0.02	0.0074	0.0513	0.0691	0.0513	0.1379	0.0138	0.0522	0.0138	0.0995
chr3L	10768344	10768509	chr3L:10768345-10768509	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0262	0.0077	0.0246	0.0485	0	0.0092	0.0121	0.0067	0	0.0205	0.0357	0.0205	0.0263	0.0184	0.1044	0.0184	0.0735
chr3L	10768865	10769091	chr3L:10768866-10769091	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0528	0.0187	0.0599	0.083	0.0064	0.0277	0.0216	0.0207	0.0064	0.064	0.0672	0.064	0.0891	0.0398	0.1219	0.0398	0.1584
chr3L	10769767	10769918	chr3L:10769768-10769918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0213	0.0087	0.0179	0.0391	0.0032	0.0121	0.0134	0.0047	0.0032	0.0133	0.0206	0.0133	0.0294	0.0245	0.0348	0.0245	0.0896
chr3L	10772632	10772783	chr3L:10772633-10772783	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0126	0.006	0.0085	0.0244	0.0011	0.0053	0.0121	0.0053	0.0011	0.006	0.0113	0.006	0.0116	0.0092	0.0535	0.0092	0.0344
chr3L	10773493	10773644	chr3L:10773494-10773644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0177	0.0112	0.0199	0.0226	0.0042	0.0092	0.0208	0.012	0.0042	0.0187	0.0289	0.0187	0.0186	0.0092	0.0638	0.0092	0.0146
chr3L	10774550	10774753	chr3L:10774551-10774753	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0385	0.0176	0.0467	0.0529	0.0106	0.0184	0.0264	0.0167	0.0106	0.0694	0.0341	0.0694	0.0767	0.0544	0.0297	0.0544	0.1162
chr3L	10775602	10775753	chr3L:10775603-10775753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0163	0.0093	0.0195	0.0205	0.0053	0.0087	0.0164	0.008	0.0053	0.0145	0.0215	0.0145	0.024	0.0191	0.0129	0.0191	0.0266
chr3L	10776301	10776509	chr3L:10776302-10776509	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0339	0.0112	0.0349	0.0582	0.0021	0.0209	0.0108	0.012	0.0021	0.1008	0.0186	0.1008	0.0147	0.1822	0.0206	0.1822	0.037
chr3L	10776659	10776930	chr3L:10776660-10776930	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0434	0.0169	0.0471	0.0688	0.0042	0.0286	0.0212	0.014	0.0042	0.1268	0.0228	0.1268	0.0256	0.1975	0.0174	0.1975	0.0417
chr3L	10781026	10781284	chr3L:10781027-10781284	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT28800.1	VT28800.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0391	0.0165	0.0283	0.0762	0.0053	0.0238	0.0242	0.01	0.0053	0.0501	0.0257	0.0501	0.0318	0.1715	0.0393	0.1715	0.0855
chr3L	10781321	10781488	chr3L:10781322-10781488	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT28800.1	VT28800.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0338	0.014	0.0251	0.0656	0.0064	0.0184	0.0208	0.0093	0.0064	0.0417	0.0203	0.0417	0.0194	0.124	0.0284	0.124	0.0693
chr3L	10781752	10781924	chr3L:10781753-10781924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0305	0.0156	0.0322	0.0453	0.0085	0.0218	0.0186	0.0153	0.0085	0.0399	0.0283	0.0399	0.0349	0.0406	0.0271	0.0406	0.0584
chr3L	10783507	10783658	chr3L:10783508-10783658	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0122	0.0049	0.0102	0.0227	0.0032	0.0068	0.0074	0.0027	0.0032	0.0115	0.0096	0.0115	0.0139	0.0551	0.0219	0.0551	0.0224
chr3L	10784827	10785031	chr3L:10784828-10785031	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0205	0.0118	0.0307	0.0189	0.0032	0.0209	0.0156	0.006	0.0032	0.035	0.0338	0.035	0.017	0.0276	0.0329	0.0276	0.0141
chr3L	10786515	10786666	chr3L:10786516-10786666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0174	0.0096	0.0195	0.0238	0.0064	0.0107	0.0147	0.0073	0.0064	0.0181	0.0244	0.0181	0.0217	0.0222	0.0471	0.0222	0.0224
chr3L	10786682	10786833	chr3L:10786683-10786833	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0117	0.0179	0.0185	0.0064	0.0087	0.0208	0.0113	0.0064	0.0205	0.0199	0.0205	0.0225	0.0237	0.0309	0.0237	0.0193
chr3L	10795454	10795605	chr3L:10795455-10795605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0077	0.011	0.0241	0.0032	0.0073	0.0134	0.006	0.0032	0.0091	0.0064	0.0091	0.0054	0.0161	0.0052	0.0161	0.0078
chr3L	10796670	10796821	chr3L:10796671-10796821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0077	0.0132	0.0178	0.0106	0.0078	0.0104	0.0067	0.0106	0.0157	0.01	0.0157	0.0163	0.0123	0.0084	0.0123	0.0063
chr3L	10802392	10802559	chr3L:10802393-10802559	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.034	0.0142	0.0434	0.0458	0.0032	0.0233	0.0156	0.016	0.0032	0.0266	0.0215	0.0266	0.0163	0.0207	0.0142	0.0207	0.0188
chr3L	10803540	10803691	chr3L:10803541-10803691	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0125	0.0221	0.0334	0.0064	0.0117	0.0186	0.0153	0.0064	0.0169	0.017	0.0169	0.0186	0.0069	0.0052	0.0069	0.013
chr3L	10803982	10804377	chr3L:10803983-10804377	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1232	0.0942	0.1435	0.1331	0.0679	0.1155	0.1107	0.1033	0.0679	0.1691	0.0839	0.1691	0.1139	0.0444	0.0535	0.0444	0.0672
chr3L	10804408	10804635	chr3L:10804409-10804635	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0681	0.0487	0.0813	0.0753	0.0286	0.0699	0.0571	0.0453	0.0286	0.0984	0.0408	0.0984	0.0496	0.0184	0.0264	0.0184	0.0261
chr3L	10805029	10805235	chr3L:10805030-10805235	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0496	0.0328	0.0656	0.051	0.018	0.0456	0.0342	0.0346	0.018	0.0761	0.0395	0.0761	0.0418	0.0237	0.0264	0.0237	0.0214
chr3L	10810125	10810282	chr3L:10810126-10810282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0093	0.0175	0.0411	0.0053	0.0083	0.0173	0.006	0.0053	0.0145	0.008	0.0145	0.0124	0.0069	0.0064	0.0069	0.0198
chr3L	10810771	10811016	chr3L:10810772-10811016	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0176	0.0313	0.07	0.0127	0.0184	0.0272	0.014	0.0127	0.029	0.0196	0.029	0.0333	0.0421	0.0284	0.0421	0.0406
chr3L	10815489	10815640	chr3L:10815490-10815640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0072	0.0108	0.0319	0.0021	0.0073	0.0125	0.0067	0.0021	0.0079	0.0084	0.0079	0.0108	0.0046	0.0052	0.0046	0.0083
chr3L	10815918	10816069	chr3L:10815919-10816069	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0081	0.0098	0.0362	0.0042	0.0058	0.016	0.006	0.0042	0.0072	0.0074	0.0072	0.0054	0.0092	0.0077	0.0092	0.0078
chr3L	10816957	10817108	chr3L:10816958-10817108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0149	0.0082	0.0146	0.0227	0.0011	0.0078	0.0169	0.0053	0.0011	0.0097	0.0125	0.0097	0.0077	0.0046	0.0019	0.0046	0.0057
chr3L	10817114	10817540	chr3L:10817115-10817540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0201	0.0227	0.0412	0.0106	0.0228	0.0329	0.0173	0.0106	0.0169	0.0164	0.0169	0.0186	0.013	0.0045	0.013	0.0047
chr3L	10818317	10818468	chr3L:10818318-10818468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.007	0.009	0.0217	0.0032	0.0078	0.0112	0.006	0.0032	0.006	0.0064	0.006	0.0062	0.0054	0.0064	0.0054	0.0063
chr3L	10819209	10819360	chr3L:10819210-10819360	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.006	0.0072	0.0284	0	0.0049	0.0112	0.006	0	0.0054	0.0039	0.0054	0.0039	0.0031	0.0019	0.0031	0.0089
chr3L	10819762	10819913	chr3L:10819763-10819913	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0032	0.007	0.0272	0.0011	0.0024	0.0048	0.004	0.0011	0.0048	0.0032	0.0048	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0057
chr3L	10819935	10820152	chr3L:10819936-10820152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0072	0.0114	0.0379	0.0053	0.0049	0.0112	0.008	0.0053	0.0079	0.0051	0.0079	0.0031	0.0046	0.0064	0.0046	0.0089
chr3L	10820315	10820466	chr3L:10820316-10820466	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0072	0.0088	0.0292	0.0064	0.0058	0.0125	0.0067	0.0064	0.0085	0.0074	0.0085	0.007	0.0077	0.0052	0.0077	0.0068
chr3L	10820899	10821050	chr3L:10820900-10821050	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0067	0.0109	0.0253	0.0021	0.0078	0.0117	0.006	0.0021	0.0103	0.0116	0.0103	0.0031	0.0023	0.0039	0.0023	0.0057
chr3L	10822824	10822975	chr3L:10822825-10822975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0101	0.0124	0.0258	0.0032	0.0097	0.016	0.0133	0.0032	0.0097	0.008	0.0097	0.0178	0.0115	0.009	0.0115	0.0349
chr3L	10823395	10823546	chr3L:10823396-10823546	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.014	0.0198	0.022	0.0011	0.015	0.0195	0.0193	0.0011	0.0211	0.0148	0.0211	0.0108	0.0107	0.0064	0.0107	0.0146
chr3L	10823581	10823732	chr3L:10823582-10823732	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.012	0.019	0.0212	0.0021	0.0136	0.0199	0.0087	0.0021	0.0187	0.0151	0.0187	0.0116	0.0184	0.0123	0.0184	0.0125
chr3L	10825503	10825679	chr3L:10825504-10825679	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0258	0.0191	0.0236	0.0356	0.0042	0.0199	0.0311	0.016	0.0042	0.0248	0.0183	0.0248	0.0108	0.0069	0.0077	0.0069	0.0156
chr3L	10825771	10825922	chr3L:10825772-10825922	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0135	0.0159	0.0305	0.0064	0.0136	0.0212	0.0147	0.0064	0.0151	0.0132	0.0151	0.0093	0.0031	0.0058	0.0031	0.0083
chr3L	10826156	10826307	chr3L:10826157-10826307	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0153	0.0075	0.0182	0.0053	0.0121	0.0277	0.0173	0.0053	0.0036	0.0064	0.0036	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr3L	10831478	10831629	chr3L:10831479-10831629	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0102	0.0052	0.0096	0.0163	0	0.0053	0.0074	0.008	0	0.0115	0.01	0.0115	0.0132	0.0145	0.0097	0.0145	0.0323
chr3L	10831717	10831868	chr3L:10831718-10831868	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0098	0.0051	0.009	0.016	0	0.0034	0.0108	0.0053	0	0.0097	0.0103	0.0097	0.0116	0.0145	0.0064	0.0145	0.0307
chr3L	10834178	10834329	chr3L:10834179-10834329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0256	0.0227	0.0279	0.0262	0.0042	0.0442	0.0203	0.0253	0.0042	0.0163	0.017	0.0163	0.0101	0.0031	0.0071	0.0031	0.0094
chr3L	10835086	10835287	chr3L:10835087-10835287	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.044	0.0338	0.0464	0.0526	0.0074	0.0617	0.026	0.0406	0.0074	0.0737	0.0299	0.0737	0.0108	0.0237	0.0213	0.0237	0.025
chr3L	10836009	10836390	chr3L:10836010-10836390	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1145	0.1224	0.1249	0.0944	0.0562	0.2087	0.0813	0.1659	0.0562	0.1649	0.0727	0.1649	0.0604	0.0337	0.0329	0.0337	0.0459
chr3L	10836696	10836892	chr3L:10836697-10836892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0649	0.0503	0.0805	0.0642	0.0159	0.0806	0.0372	0.0766	0.0159	0.087	0.046	0.087	0.0465	0.0314	0.02	0.0314	0.0391
chr3L	10837023	10837218	chr3L:10837024-10837218	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0433	0.038	0.0509	0.0408	0.0127	0.051	0.0363	0.058	0.0127	0.0435	0.0373	0.0435	0.0217	0.0161	0.0103	0.0161	0.0224
chr3L	10838046	10838220	chr3L:10838047-10838220	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0807	0.0604	0.1146	0.066	0.0244	0.099	0.0476	0.0793	0.0244	0.1558	0.0736	0.1558	0.0372	0.0168	0.0193	0.0168	0.0208
chr3L	10838604	10838815	chr3L:10838605-10838815	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0547	0.0454	0.0697	0.0487	0.017	0.0655	0.045	0.0606	0.017	0.067	0.0592	0.067	0.0325	0.0107	0.011	0.0107	0.0135
chr3L	10839077	10839228	chr3L:10839078-10839228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0528	0.0543	0.0679	0.0345	0.018	0.0738	0.0532	0.0799	0.018	0.0495	0.063	0.0495	0.086	0.01	0.029	0.01	0.0271
chr3L	10840264	10840415	chr3L:10840265-10840415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0431	0.0408	0.052	0.0359	0.0191	0.0422	0.0549	0.052	0.0191	0.0604	0.0502	0.0604	0.031	0.0084	0.0148	0.0084	0.0198
chr3L	10840590	10840845	chr3L:10840591-10840845	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0913	0.1228	0.1171	0.0279	0.0891	0.1228	0.1466	0.1692	0.0891	0.1105	0.1592	0.1105	0.079	0.0145	0.0245	0.0145	0.0193
chr3L	10841185	10841464	chr3L:10841186-10841464	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1339	0.1309	0.2184	0.0446	0.0456	0.2049	0.0895	0.2165	0.0456	0.3267	0.2723	0.3267	0.1177	0.049	0.0606	0.049	0.0365
chr3L	10841955	10842401	chr3L:10841956-10842401	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.179	0.1776	0.2255	0.1295	0.1304	0.1966	0.2093	0.2272	0.1304	0.285	0.292	0.285	0.1425	0.2925	0.1631	0.2925	0.0985
chr3L	10842942	10843161	chr3L:10842943-10843161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1662	0.157	0.2127	0.1255	0.1082	0.2034	0.1726	0.1859	0.1082	0.3098	0.2395	0.3098	0.2037	0.2182	0.1212	0.2182	0.1652
chr3L	10843229	10843449	chr3L:10843230-10843449	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1568	0.1453	0.1921	0.1308	0.0923	0.1917	0.1609	0.1686	0.0923	0.2844	0.2093	0.2844	0.1704	0.2129	0.1212	0.2129	0.186
chr3L	10844278	10844429	chr3L:10844279-10844429	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.1081	0.173	0.0854	0.0551	0.1515	0.0973	0.1512	0.0551	0.256	0.2267	0.256	0.1053	0.1531	0.1354	0.1531	0.0631
chr3L	10844498	10844806	chr3L:10844499-10844806	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2193	0.2235	0.2808	0.1471	0.1697	0.2893	0.2145	0.2985	0.1697	0.4523	0.3412	0.4523	0.182	0.2818	0.2121	0.2818	0.1256
chr3L	10845539	10845900	chr3L:10845540-10845900	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.243	0.2165	0.3123	0.1965	0.1495	0.2854	0.2284	0.2645	0.1495	0.4909	0.3508	0.4909	0.2541	0.3354	0.2476	0.3354	0.2006
chr3L	10846050	10846201	chr3L:10846051-10846201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0955	0.0439	0.1383	0.1063	0.0201	0.0782	0.0346	0.0453	0.0201	0.2289	0.1486	0.2289	0.1363	0.2106	0.0896	0.2106	0.0959
chr3L	10848626	10848938	chr3L:10848627-10848938	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.153	0.1248	0.2331	0.0968	0.0583	0.2223	0.0722	0.1746	0.0583	0.3835	0.2727	0.3835	0.0813	0.0888	0.0903	0.0888	0.0459
chr3L	10849207	10849395	chr3L:10849208-10849395	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1352	0.1427	0.1718	0.0865	0.0923	0.1947	0.1224	0.2052	0.0923	0.2494	0.1997	0.2494	0.0666	0.0559	0.0967	0.0559	0.0594
chr3L	10849680	10850046	chr3L:10849681-10850046	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.328	0.3099	0.3699	0.302	0.2662	0.3694	0.3473	0.3544	0.2662	0.4698	0.3887	0.4698	0.3377	0.3093	0.3133	0.3093	0.32
chr3L	10850547	10850822	chr3L:10850548-10850822	FBgn0026160	tna	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2744	0.259	0.3156	0.2463	0.2301	0.3199	0.2643	0.3118	0.2301	0.3883	0.3469	0.3883	0.2928	0.2779	0.2521	0.2779	0.2809
chr3L	10850836	10851030	chr3L:10850837-10851030	FBgn0026160	tna	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2671	0.2559	0.3067	0.2362	0.2365	0.3053	0.2612	0.3251	0.2365	0.3859	0.328	0.3859	0.2943	0.2672	0.234	0.2672	0.272
chr3L	10851823	10851974	chr3L:10851824-10851974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0784	0.0882	0.0984	0.0454	0.052	0.0888	0.1142	0.1186	0.052	0.0948	0.1151	0.0948	0.1356	0.0329	0.0509	0.0329	0.0693
chr3L	10853259	10853465	chr3L:10853260-10853465	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1835	0.2246	0.2069	0.1118	0.2269	0.2398	0.2513	0.2725	0.2269	0.2397	0.2621	0.2397	0.1696	0.124	0.1412	0.124	0.1225
chr3L	10853518	10853669	chr3L:10853519-10853669	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.129	0.1648	0.1557	0.0596	0.1294	0.1874	0.1683	0.2318	0.1294	0.1703	0.2048	0.1703	0.1278	0.0674	0.0845	0.0674	0.0521
chr3L	10853887	10854268	chr3L:10853888-10854268	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1403	0.2409	0.1228	0.0471	0.2174	0.1723	0.3205	0.3431	0.2174	0.0827	0.1884	0.0827	0.0821	0.026	0.069	0.026	0.0328
chr3L	10854623	10854801	chr3L:10854624-10854801	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1002	0.1309	0.0963	0.07	0.1092	0.1126	0.186	0.1519	0.1092	0.0556	0.082	0.0556	0.0511	0.0291	0.0322	0.0291	0.036
chr3L	10854983	10855207	chr3L:10854984-10855207	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.112	0.1179	0.126	0.09	0.07	0.1417	0.1445	0.1386	0.07	0.1093	0.1132	0.1093	0.0775	0.0398	0.0464	0.0398	0.0641
chr3L	10855373	10855524	chr3L:10855374-10855524	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.055	0.0632	0.0542	0.0467	0.0371	0.0578	0.09	0.0773	0.0371	0.0441	0.0601	0.0441	0.0434	0.0245	0.0464	0.0245	0.0693
chr3L	10855537	10855688	chr3L:10855538-10855688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0742	0.1038	0.0693	0.0464	0.0795	0.0908	0.1419	0.1259	0.0795	0.0531	0.0733	0.0531	0.0759	0.0314	0.0387	0.0314	0.073
chr3L	10855834	10856038	chr3L:10855835-10856038	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1015	0.1916	0.0651	0.0407	0.193	0.1277	0.2837	0.2438	0.193	0.0447	0.0688	0.0447	0.0689	0.0368	0.0374	0.0368	0.0532
chr3L	10856304	10856626	chr3L:10856305-10856626	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1073	0.1776	0.091	0.0467	0.1442	0.1631	0.2323	0.2292	0.1442	0.0755	0.1064	0.0755	0.0976	0.0345	0.0477	0.0345	0.0641
chr3L	10858448	10858599	chr3L:10858449-10858599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0238	0.0227	0.0273	0.0148	0.018	0.0368	0.0286	0.0148	0.0223	0.0199	0.0223	0.0163	0.0084	0.0135	0.0084	0.0182
chr3L	10858781	10858932	chr3L:10858782-10858932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.016	0.0166	0.0214	0.0032	0.0126	0.0251	0.0173	0.0032	0.0163	0.0151	0.0163	0.0093	0.0077	0.0135	0.0077	0.0135
chr3L	10859060	10859211	chr3L:10859061-10859211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.029	0.0263	0.029	0.0127	0.0243	0.0467	0.0333	0.0127	0.0151	0.0219	0.0151	0.007	0.013	0.0135	0.013	0.0219
chr3L	10860329	10860480	chr3L:10860330-10860480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0205	0.0217	0.0197	0.0201	0.0106	0.016	0.0368	0.0253	0.0106	0.0139	0.0232	0.0139	0.024	0.0092	0.0174	0.0092	0.0433
chr3L	10867149	10867300	chr3L:10867150-10867300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0235	0.0272	0.0263	0.0163	0.0159	0.0233	0.0342	0.0453	0.0159	0.0296	0.0318	0.0296	0.0201	0.0153	0.0206	0.0153	0.0146
chr3L	10869318	10869530	chr3L:10869319-10869530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0531	0.0355	0.0285	0.0265	0.0524	0.0705	0.072	0.0265	0.0447	0.0418	0.0447	0.0294	0.0253	0.0348	0.0253	0.0339
chr3L	10872069	10872240	chr3L:10872070-10872240	FBgn0036104,FBgn0036105	CG6418,blos4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.126	0.1088	0.1537	0.1147	0.0647	0.1379	0.1224	0.1326	0.0647	0.1896	0.1666	0.1896	0.1526	0.1263	0.1212	0.1263	0.136
chr3L	10872336	10872544	chr3L:10872337-10872544	FBgn0036104,FBgn0036105	CG6418,blos4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0577	0.0784	0.0536	0.0138	0.0704	0.0722	0.0806	0.0138	0.0966	0.0904	0.0966	0.0705	0.0582	0.0567	0.0582	0.0646
chr3L	10875588	10875771	chr3L:10875589-10875771	FBgn0036106,FBgn0036107	CG6409,CG7949	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0425	0.0576	0.0414	0.0212	0.05	0.0471	0.0626	0.0212	0.061	0.0714	0.061	0.0496	0.0475	0.0406	0.0475	0.0479
chr3L	10875869	10876046	chr3L:10875870-10876046	FBgn0036107	CG7949	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0914	0.0773	0.1072	0.0897	0.0498	0.0942	0.08	0.1019	0.0498	0.1274	0.1273	0.1274	0.0953	0.108	0.0883	0.108	0.1136
chr3L	10876119	10876298	chr3L:10876120-10876298	FBgn0036107	CG7949	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0404	0.0645	0.0497	0.018	0.0447	0.0502	0.0546	0.018	0.0719	0.0762	0.0719	0.0674	0.0582	0.0477	0.0582	0.0651
chr3L	10879090	10879282	chr3L:10879091-10879282	FBgn0027615	CG6404	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0937	0.0808	0.1138	0.0861	0.0488	0.099	0.0865	0.1073	0.0488	0.1359	0.1267	0.1359	0.1177	0.0888	0.0806	0.0888	0.1282
chr3L	10886151	10886334	chr3L:10886152-10886334	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0449	0.0353	0.0443	0.0564	0.018	0.0422	0.0402	0.046	0.018	0.0374	0.0502	0.0374	0.0798	0.0559	0.0671	0.0559	0.1027
chr3L	10886358	10886573	chr3L:10886359-10886573	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0239	0.0364	0.0468	0.0127	0.0291	0.032	0.0253	0.0127	0.0217	0.0367	0.0217	0.0891	0.0329	0.0496	0.0329	0.1016
chr3L	10890148	10890383	chr3L:10890149-10890383	distal	distal	stage14	stage14	VT28861.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0203	0.0454	0.0394	0.0106	0.0272	0.026	0.018	0.0106	0.0314	0.0322	0.0314	0.1472	0.0176	0.0226	0.0176	0.0995
chr3L	10890398	10890549	chr3L:10890399-10890549	distal	distal	stage14	stage14	VT28861.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0267	0.0177	0.0319	0.0311	0.0074	0.0218	0.0242	0.016	0.0074	0.0266	0.026	0.0266	0.0875	0.0168	0.0168	0.0168	0.0766
chr3L	10891059	10891287	chr3L:10891060-10891287	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT28861.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.074	0.0247	0.0953	0.1058	0.0117	0.0422	0.0272	0.0193	0.0117	0.1105	0.0701	0.1105	0.2208	0.1064	0.0961	0.1064	0.198
chr3L	10891429	10891617	chr3L:10891430-10891617	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT28861.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0706	0.027	0.0735	0.116	0.017	0.0403	0.0294	0.0286	0.017	0.0725	0.0672	0.0725	0.1472	0.1302	0.1277	0.1302	0.1579
chr3L	10891703	10891885	chr3L:10891704-10891885	FBgn0036111	Aps	stage11,stage14,stage5	none	VT28861.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0706	0.0298	0.0684	0.1186	0.0159	0.0437	0.035	0.0266	0.0159	0.0586	0.0714	0.0586	0.1177	0.1263	0.1444	0.1263	0.1438
chr3L	10892124	10892311	chr3L:10892125-10892311	FBgn0036111	Aps	stage11,stage14,stage5	none	VT28861.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1618	0.0993	0.1784	0.2135	0.0657	0.133	0.1055	0.1173	0.0657	0.1981	0.1952	0.1981	0.2246	0.2213	0.2334	0.2213	0.2652
chr3L	10892402	10892588	chr3L:10892403-10892588	FBgn0036111	Aps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1402	0.0961	0.1709	0.1557	0.0636	0.1204	0.1077	0.1179	0.0636	0.2047	0.1868	0.2047	0.1712	0.1769	0.1696	0.1769	0.1798
chr3L	10897105	10897256	chr3L:10897106-10897256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.0085	0.0103	0.0131	0.0021	0.0073	0.016	0.0067	0.0021	0.0079	0.0154	0.0079	0.0093	0.0069	0.0361	0.0069	0.0089
chr3L	10924338	10924489	chr3L:10924339-10924489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0101	0.014	0.0114	0.0053	0.0107	0.0169	0.008	0.0053	0.0066	0.0219	0.0066	0.0124	0.0023	0.0322	0.0023	0.0057
chr3L	10924780	10924931	chr3L:10924781-10924931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0108	0.0081	0.0122	0.0124	0.0064	0.0063	0.0121	0.012	0.0064	0.0072	0.0203	0.0072	0.0077	0.0061	0.0368	0.0061	0.0057
chr3L	10928176	10928327	chr3L:10928177-10928327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0135	0.0092	0.0131	0.0188	0.0032	0.0092	0.0138	0.012	0.0032	0.0133	0.0193	0.0133	0.0116	0.0054	0.0587	0.0054	0.0089
chr3L	10928552	10928703	chr3L:10928553-10928703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0092	0.0131	0.0191	0.0042	0.0068	0.0182	0.0067	0.0042	0.0072	0.0219	0.0072	0.0093	0.0038	0.0664	0.0038	0.0052
chr3L	10937546	10937697	chr3L:10937547-10937697	FBgn0054050	CG34050	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0152	0.0153	0.0232	0.0063	0.0085	0.015	0.0212	0.0193	0.0085	0.0217	0.0338	0.0217	0.0124	0.0038	0.0064	0.0038	0.0109
chr3L	10939694	10939845	chr3L:10939695-10939845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0084	0.0071	0.008	0.0103	0.0032	0.0049	0.013	0.0067	0.0032	0.0115	0.0093	0.0115	0.0077	0.026	0.0103	0.026	0.0078
chr3L	10942921	10943091	chr3L:10942922-10943091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0364	0.0455	0.0388	0.0235	0.0244	0.0437	0.0597	0.062	0.0244	0.0411	0.0518	0.0411	0.0387	0.0207	0.0406	0.0207	0.025
chr3L	10944102	10944253	chr3L:10944103-10944253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.0083	0.0148	0.0134	0.0042	0.0063	0.0125	0.0127	0.0042	0.0145	0.0244	0.0145	0.007	0.0092	0.0426	0.0092	0.0042
chr3L	10944588	10944768	chr3L:10944589-10944768	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0121	0.0279	0.0226	0.0032	0.0136	0.0203	0.012	0.0032	0.0175	0.0534	0.0175	0.0108	0.023	0.0632	0.023	0.0125
chr3L	10944987	10945158	chr3L:10944988-10945158	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0092	0.0202	0.0195	0.0032	0.0097	0.0143	0.0107	0.0032	0.0066	0.0415	0.0066	0.0054	0.0107	0.0645	0.0107	0.0078
chr3L	10945546	10945704	chr3L:10945547-10945704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0087	0.0221	0.017	0.0021	0.0087	0.0112	0.0133	0.0021	0.0109	0.0437	0.0109	0.0101	0.0107	0.0464	0.0107	0.0109
chr3L	10946936	10947087	chr3L:10946937-10947087	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0098	0.0128	0.0201	0.0053	0.0097	0.0151	0.0113	0.0053	0.0133	0.0196	0.0133	0.0093	0.0069	0.0645	0.0069	0.0115
chr3L	10948176	10948327	chr3L:10948177-10948327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0135	0.0192	0.0167	0.0074	0.0107	0.0195	0.0193	0.0074	0.0175	0.0289	0.0175	0.0085	0.0031	0.0548	0.0031	0.0089
chr3L	10951836	10952116	chr3L:10951837-10952116	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0474	0.0447	0.0736	0.0216	0.018	0.0432	0.0463	0.0826	0.018	0.0169	0.1553	0.0169	0.0279	0.0084	0.0754	0.0084	0.0078
chr3L	10952443	10952594	chr3L:10952444-10952594	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.011	0.0265	0.017	0.0053	0.0083	0.0186	0.014	0.0053	0.0133	0.0495	0.0133	0.0132	0.0077	0.049	0.0077	0.0125
chr3L	10952794	10952974	chr3L:10952795-10952974	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0163	0.0317	0.0178	0.0053	0.017	0.0251	0.0173	0.0053	0.0229	0.054	0.0229	0.0163	0.0061	0.0516	0.0061	0.0156
chr3L	10955462	10955622	chr3L:10955463-10955622	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0103	0.0359	0.027	0.0042	0.0146	0.0156	0.0073	0.0042	0.0115	0.0688	0.0115	0.0232	0.0107	0.0806	0.0107	0.0188
chr3L	10958853	10959012	chr3L:10958854-10959012	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.0165	0.0529	0.0391	0.0085	0.017	0.0242	0.0193	0.0085	0.0236	0.1058	0.0236	0.0178	0.013	0.1283	0.013	0.0214
chr3L	10959434	10959971	chr3L:10959435-10959971	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0897	0.1158	0.1037	0.0451	0.0604	0.0714	0.1397	0.2325	0.0604	0.0362	0.2177	0.0362	0.0209	0.0107	0.1509	0.0107	0.0214
chr3L	10968562	10968713	chr3L:10968563-10968713	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0156	0.0221	0.0091	0.0074	0.0136	0.0225	0.0193	0.0074	0.0193	0.0367	0.0193	0.0124	0.0054	0.0187	0.0054	0.0099
chr3L	10976982	10977133	chr3L:10976983-10977133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0111	0.0091	0.017	0.007	0.0011	0.0092	0.0169	0.008	0.0011	0.0127	0.0193	0.0127	0.0155	0.0031	0.0155	0.0031	0.0083
chr3L	10978745	10978921	chr3L:10978746-10978921	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0463	0.0818	0.0401	0.0134	0.0562	0.0738	0.1298	0.0819	0.0562	0.0501	0.0486	0.0501	0.0325	0.0061	0.0155	0.0061	0.0172
chr3L	10979044	10979242	chr3L:10979045-10979242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0343	0.0518	0.0336	0.0153	0.0276	0.0447	0.0869	0.05	0.0276	0.0326	0.045	0.0326	0.024	0.0069	0.0187	0.0069	0.0156
chr3L	10984584	10984735	chr3L:10984585-10984735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0177	0.0308	0.0106	0.0085	0.016	0.0251	0.0247	0.0085	0.0205	0.0482	0.0205	0.024	0.0069	0.0219	0.0069	0.0094
chr3L	10986211	10986432	chr3L:10986212-10986432	distal	distal	none	none	VT28913.1	VT28913.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0314	0.0537	0.0248	0.0127	0.0369	0.0428	0.0373	0.0127	0.0658	0.0633	0.0658	0.0449	0.0268	0.029	0.0268	0.0365
chr3L	10987251	10987606	chr3L:10987252-10987606	distal	distal	none	none	VT28913.1	VT28913.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0231	0.0424	0.0306	0.0064	0.0257	0.0298	0.036	0.0064	0.038	0.0553	0.038	0.0503	0.0153	0.0651	0.0153	0.0438
chr3L	10990390	10990640	chr3L:10990391-10990640	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0433	0.0282	0.0529	0.0497	0.0085	0.0427	0.0281	0.036	0.0085	0.0405	0.0701	0.0405	0.0751	0.0123	0.0845	0.0123	0.0938
chr3L	10992626	10992777	chr3L:10992627-10992777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0067	0.0286	0.0155	0.0032	0.0136	0.0061	0.0053	0.0032	0.0072	0.0621	0.0072	0.0062	0.0023	0.0587	0.0023	0.0042
chr3L	10992866	10993144	chr3L:10992867-10993144	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0369	0.0248	0.0608	0.0241	0.0074	0.0238	0.0363	0.034	0.0074	0.0236	0.1235	0.0236	0.0209	0.0031	0.089	0.0031	0.0068
chr3L	10994673	10994905	chr3L:10994674-10994905	FBgn0086077	snoRNA:Me18S-G962	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0404	0.016	0.0671	0.0383	0.0032	0.0189	0.0212	0.0213	0.0032	0.0217	0.1402	0.0217	0.0209	0.0038	0.1386	0.0038	0.0141
chr3L	10997171	10997417	chr3L:10997172-10997417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0296	0.025	0.0386	0.0248	0.0053	0.0432	0.0255	0.0266	0.0053	0.0211	0.0434	0.0211	0.0658	0.0092	0.0316	0.0092	0.0271
chr3L	11001879	11002147	chr3L:11001880-11002147	FBgn0013469	klu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1904	0.1745	0.2377	0.1562	0.1506	0.1976	0.1851	0.2345	0.1506	0.2615	0.2495	0.2615	0.2022	0.111	0.1934	0.111	0.1621
chr3L	11002253	11002457	chr3L:11002254-11002457	FBgn0013469	klu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2434	0.1948	0.2984	0.2376	0.1347	0.2558	0.1903	0.2532	0.1347	0.337	0.3383	0.337	0.2951	0.2489	0.2676	0.2489	0.2819
chr3L	11003455	11003694	chr3L:11003456-11003694	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2593	0.237	0.3131	0.2252	0.1877	0.2752	0.253	0.3031	0.1877	0.3454	0.3553	0.3454	0.2889	0.2557	0.2579	0.2557	0.2397
chr3L	11003700	11003851	chr3L:11003701-11003851	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1687	0.1428	0.216	0.1457	0.1209	0.1816	0.1306	0.1905	0.1209	0.2252	0.2582	0.2252	0.2076	0.1868	0.2031	0.1868	0.1376
chr3L	11004943	11005095	chr3L:11004944-11005095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0157	0.036	0.0209	0.0021	0.0194	0.0199	0.0213	0.0021	0.0121	0.0193	0.0121	0.0139	0.0038	0.0129	0.0038	0.0052
chr3L	11008270	11008657	chr3L:11008271-11008657	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.027	0.0569	0.0416	0.0127	0.0359	0.0311	0.0326	0.0127	0.029	0.1051	0.029	0.0194	0.0107	0.1451	0.0107	0.012
chr3L	11009480	11009631	chr3L:11009481-11009631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.013	0.0166	0.0072	0.0064	0.015	0.0221	0.01	0.0064	0.006	0.0174	0.006	0.007	0.0038	0.0077	0.0038	0.0026
chr3L	11011322	11011504	chr3L:11011323-11011504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0177	0.0254	0.0217	0.0046	0.0095	0.0267	0.0298	0.0413	0.0095	0.0163	0.0305	0.0163	0.0077	0.0023	0.0077	0.0023	0.0031
chr3L	11011963	11012198	chr3L:11011964-11012198	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0373	0.0593	0.0431	0.0064	0.0318	0.0549	0.0528	0.1239	0.0318	0.0187	0.0794	0.0187	0.0108	0.0054	0.0077	0.0054	0.0052
chr3L	11013246	11013414	chr3L:11013247-11013414	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0451	0.0809	0.0382	0.0125	0.0573	0.0782	0.096	0.1206	0.0573	0.0205	0.0514	0.0205	0.0279	0.0092	0.011	0.0092	0.0141
chr3L	11013514	11013727	chr3L:11013515-11013727	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0333	0.0487	0.0338	0.0156	0.0297	0.0534	0.0571	0.0673	0.0297	0.0211	0.0392	0.0211	0.0248	0.0084	0.0155	0.0084	0.0151
chr3L	11014535	11014700	chr3L:11014536-11014700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0383	0.0387	0.0188	0.0233	0.0369	0.0415	0.0613	0.0233	0.0405	0.0431	0.0405	0.0403	0.0184	0.0174	0.0184	0.024
chr3L	11017252	11017403	chr3L:11017253-11017403	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0145	0.0201	0.0156	0.007	0.0032	0.0325	0.0247	0.0207	0.0032	0.0151	0.019	0.0151	0.0132	0.0084	0.0097	0.0084	0.0057
chr3L	11023888	11024068	chr3L:11023889-11024068	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0226	0.0214	0.0339	0.0114	0.0106	0.034	0.0251	0.0153	0.0106	0.0242	0.0338	0.0242	0.0829	0.0168	0.0116	0.0168	0.0141
chr3L	11024765	11024967	chr3L:11024766-11024967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0254	0.0156	0.0407	0.0195	0.0021	0.0257	0.0173	0.0173	0.0021	0.0386	0.0238	0.0386	0.0976	0.0107	0.0129	0.0107	0.036
chr3L	11028120	11028298	chr3L:11028121-11028298	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0298	0.0304	0.0414	0.0163	0.0117	0.0539	0.0281	0.0286	0.0117	0.0362	0.0325	0.0362	0.1123	0.0107	0.0219	0.0107	0.024
chr3L	11028526	11028696	chr3L:11028527-11028696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0171	0.0227	0.0199	0.0078	0.0042	0.0335	0.0285	0.022	0.0042	0.0145	0.0164	0.0145	0.055	0.0038	0.011	0.0038	0.012
chr3L	11034164	11034315	chr3L:11034165-11034315	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0329	0.0322	0.0162	0.018	0.0286	0.0506	0.0386	0.018	0.0447	0.0293	0.0447	0.0356	0.026	0.0155	0.026	0.0214
chr3L	11034455	11034631	chr3L:11034456-11034631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0936	0.0932	0.1119	0.0739	0.0742	0.1044	0.1034	0.1219	0.0742	0.1359	0.1286	0.1359	0.0984	0.1049	0.089	0.1049	0.099
chr3L	11034797	11034956	chr3L:11034798-11034956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.03	0.0364	0.0291	0.0286	0.0243	0.0385	0.0406	0.0286	0.0453	0.0399	0.0453	0.0325	0.0337	0.0316	0.0337	0.0422
chr3L	11036503	11036654	chr3L:11036504-11036654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0215	0.0332	0.0208	0.0092	0.0201	0.0194	0.0614	0.0346	0.0201	0.0151	0.0289	0.0151	0.0194	0.0123	0.0116	0.0123	0.0089
chr3L	11038250	11038530	chr3L:11038251-11038530	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.1094	0.1707	0.0674	0.0403	0.1456	0.0861	0.2005	0.0403	0.1105	0.2469	0.1105	0.1092	0.0276	0.1244	0.0276	0.0433
chr3L	11039697	11039890	chr3L:11039698-11039890	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.085	0.0977	0.0906	0.0646	0.0679	0.1034	0.1185	0.1266	0.0679	0.0743	0.0852	0.0743	0.1154	0.036	0.0845	0.036	0.0839
chr3L	11041077	11041261	chr3L:11041078-11041261	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0957	0.0861	0.1249	0.0744	0.0456	0.101	0.0934	0.1213	0.0456	0.1226	0.1405	0.1226	0.1201	0.0743	0.0819	0.0743	0.1032
chr3L	11054227	11054439	chr3L:11054228-11054439	FBgn0036117,FBgn0036118	CG6321,blos2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0609	0.042	0.077	0.0642	0.0223	0.0553	0.051	0.0433	0.0223	0.1021	0.0791	0.1021	0.0906	0.0743	0.0632	0.0743	0.099
chr3L	11054519	11054719	chr3L:11054520-11054719	FBgn0036117,FBgn0036118	CG6321,blos2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0995	0.0786	0.117	0.1036	0.0445	0.1063	0.0852	0.0966	0.0445	0.157	0.1257	0.157	0.1216	0.1149	0.1103	0.1149	0.1423
chr3L	11054747	11055004	chr3L:11054748-11055004	FBgn0036117,FBgn0036118	CG6321,blos2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.072	0.0621	0.0879	0.0657	0.0339	0.0806	0.0666	0.0826	0.0339	0.1171	0.0939	0.1171	0.0945	0.0712	0.0754	0.0712	0.0797
chr3L	11055357	11055570	chr3L:11055358-11055570	FBgn0052069	CG32069	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0788	0.0708	0.101	0.0632	0.0403	0.0879	0.0709	0.1026	0.0403	0.1196	0.1132	0.1196	0.1053	0.062	0.0716	0.062	0.0834
chr3L	11055664	11055835	chr3L:11055665-11055835	FBgn0052069	CG32069	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1238	0.1053	0.1553	0.11	0.0657	0.1335	0.1047	0.1446	0.0657	0.1818	0.1707	0.1818	0.1681	0.1217	0.1199	0.1217	0.1339
chr3L	11055918	11056104	chr3L:11055919-11056104	FBgn0052069	CG32069	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0542	0.0482	0.0669	0.0471	0.0265	0.0505	0.061	0.064	0.0265	0.0737	0.0743	0.0737	0.0782	0.0398	0.0496	0.0398	0.0683
chr3L	11057554	11057706	chr3L:11057555-11057706	FBgn0025355,FBgn0052075	CG32075,SuUR	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0486	0.038	0.0671	0.0401	0.0191	0.0471	0.0437	0.0526	0.0191	0.0737	0.0752	0.0737	0.0852	0.0391	0.0348	0.0391	0.0589
chr3L	11057746	11057919	chr3L:11057747-11057919	FBgn0025355,FBgn0052075	CG32075,SuUR	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0897	0.0702	0.1165	0.082	0.0435	0.0966	0.0692	0.0893	0.0435	0.1401	0.1325	0.1401	0.1278	0.0858	0.0909	0.0858	0.1047
chr3L	11057984	11058169	chr3L:11057985-11058169	FBgn0025355,FBgn0052075	CG32075,SuUR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1434	0.1074	0.1853	0.1377	0.0509	0.1447	0.1094	0.1479	0.0509	0.218	0.2177	0.218	0.1859	0.1608	0.1386	0.1608	0.1777
chr3L	11062866	11063087	chr3L:11062867-11063087	FBgn0036121	CG6310	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0522	0.0368	0.0642	0.0564	0.0148	0.0549	0.042	0.0366	0.0148	0.0942	0.0466	0.0942	0.1216	0.059	0.0277	0.059	0.1298
chr3L	11063597	11063748	chr3L:11063598-11063748	FBgn0263241	Mocs1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0083	0.0157	0.0457	0.0011	0.0121	0.0087	0.012	0.0011	0.0145	0.0138	0.0145	0.0364	0.0375	0.0251	0.0375	0.1094
chr3L	11067076	11067315	chr3L:11067077-11067315	FBgn0010741	l(3)01239	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0656	0.0489	0.0882	0.0596	0.0201	0.0617	0.0515	0.0693	0.0201	0.1202	0.0904	0.1202	0.093	0.0743	0.0548	0.0743	0.0688
chr3L	11067403	11067580	chr3L:11067404-11067580	FBgn0010741,FBgn0036124	CG7839,l(3)01239	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1067	0.0856	0.134	0.1003	0.0456	0.117	0.0757	0.1226	0.0456	0.1751	0.1441	0.1751	0.1464	0.1141	0.1044	0.1141	0.1277
chr3L	11067765	11067948	chr3L:11067766-11067948	FBgn0010741,FBgn0036124	CG7839,l(3)01239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0853	0.0606	0.109	0.0869	0.0329	0.0835	0.0541	0.0833	0.0329	0.1455	0.1183	0.1455	0.1131	0.1049	0.0928	0.1049	0.1021
chr3L	11067992	11068232	chr3L:11067993-11068232	FBgn0036124	CG7839	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0489	0.0355	0.0646	0.0465	0.018	0.0495	0.0372	0.0393	0.018	0.087	0.0691	0.087	0.0697	0.0513	0.0464	0.0513	0.0505
chr3L	11076816	11076967	chr3L:11076817-11076967	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0259	0.0338	0.0206	0.0106	0.0345	0.0277	0.0373	0.0106	0.0272	0.0428	0.0272	0.0503	0.0145	0.029	0.0145	0.0339
chr3L	11077630	11077824	chr3L:11077631-11077824	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0741	0.0717	0.0956	0.0532	0.0318	0.085	0.0601	0.1332	0.0318	0.0344	0.1727	0.0344	0.0821	0.0161	0.158	0.0161	0.036
chr3L	11077913	11078132	chr3L:11077914-11078132	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0668	0.0604	0.0852	0.0538	0.0339	0.0655	0.0584	0.1093	0.0339	0.0308	0.1479	0.0308	0.0798	0.0176	0.1509	0.0176	0.0349
chr3L	11078549	11078700	chr3L:11078550-11078700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0289	0.031	0.0221	0.0159	0.0301	0.0402	0.0366	0.0159	0.0386	0.0354	0.0386	0.0333	0.0253	0.0303	0.0253	0.0281
chr3L	11078886	11079228	chr3L:11078887-11079228	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0746	0.0692	0.0834	0.071	0.0318	0.0927	0.0822	0.0759	0.0318	0.125	0.0669	0.125	0.1363	0.0888	0.038	0.0888	0.1245
chr3L	11079884	11080035	chr3L:11079885-11080035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0189	0.0194	0.0173	0.0106	0.0204	0.0251	0.026	0.0106	0.0211	0.0167	0.0211	0.0186	0.0084	0.0116	0.0084	0.0115
chr3L	11082958	11083170	chr3L:11082959-11083170	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0833	0.0735	0.1049	0.0705	0.0308	0.1078	0.0709	0.0899	0.0308	0.1256	0.0907	0.1256	0.1727	0.0796	0.0645	0.0796	0.0912
chr3L	11083443	11083622	chr3L:11083444-11083622	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1058	0.0926	0.1287	0.0954	0.0414	0.1165	0.1042	0.1173	0.0414	0.1473	0.127	0.1473	0.158	0.0942	0.1012	0.0942	0.111
chr3L	11085183	11085334	chr3L:11085184-11085334	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0585	0.0469	0.068	0.0611	0.0297	0.065	0.0471	0.0593	0.0297	0.0809	0.0707	0.0809	0.079	0.0858	0.0606	0.0858	0.0735
chr3L	11085399	11085577	chr3L:11085400-11085577	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1763	0.1296	0.2261	0.1737	0.0679	0.1956	0.1146	0.1692	0.0679	0.2965	0.2367	0.2965	0.2448	0.2129	0.1973	0.2129	0.2157
chr3L	11085671	11085861	chr3L:11085672-11085861	FBgn0020412	JIL-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1621	0.1262	0.2051	0.1551	0.0626	0.1888	0.1086	0.1792	0.0626	0.2766	0.2212	0.2766	0.1944	0.1646	0.1767	0.1646	0.2017
chr3L	11085951	11086141	chr3L:11085952-11086141	FBgn0020412	JIL-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1972	0.168	0.248	0.1741	0.1082	0.218	0.1726	0.2239	0.1082	0.3152	0.2662	0.3152	0.2339	0.2083	0.1857	0.2083	0.21
chr3L	11086197	11086369	chr3L:11086198-11086369	FBgn0020412	JIL-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1605	0.1403	0.1915	0.149	0.1113	0.1752	0.1445	0.1772	0.1113	0.2458	0.1977	0.2458	0.1921	0.16	0.1573	0.16	0.1782
chr3L	11089495	11089690	chr3L:11089496-11089690	FBgn0036125,FBgn0083068	CG6279,pncr011:3L	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1067	0.0768	0.1301	0.1145	0.0445	0.1117	0.0761	0.0973	0.0445	0.1461	0.1437	0.1461	0.134	0.1363	0.1019	0.1363	0.135
chr3L	11089723	11089874	chr3L:11089724-11089874	FBgn0036125,FBgn0083068	CG6279,pncr011:3L	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.067	0.0447	0.0821	0.0752	0.0233	0.0641	0.0458	0.0566	0.0233	0.1033	0.0833	0.1033	0.0782	0.0842	0.0638	0.0842	0.0948
chr3L	11089922	11090124	chr3L:11089923-11090124	FBgn0083068	pncr011:3L	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.074	0.0596	0.0796	0.0841	0.0255	0.0903	0.0545	0.0746	0.0255	0.096	0.0833	0.096	0.0922	0.0735	0.0877	0.0735	0.1204
chr3L	11090957	11091189	chr3L:11090958-11091189	FBgn0036126,FBgn0261112	APP-BP1,CG6272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0568	0.0384	0.0707	0.0622	0.0159	0.0544	0.0411	0.0453	0.0159	0.0918	0.0752	0.0918	0.0658	0.0965	0.0587	0.0965	0.073
chr3L	11091244	11091448	chr3L:11091245-11091448	FBgn0036126,FBgn0261112	APP-BP1,CG6272	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1178	0.0958	0.1439	0.1138	0.0498	0.116	0.1042	0.1326	0.0498	0.1896	0.1498	0.1896	0.1503	0.124	0.1212	0.124	0.1454
chr3L	11091621	11091799	chr3L:11091622-11091799	FBgn0036126,FBgn0261112	APP-BP1,CG6272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.0804	0.1227	0.0849	0.0488	0.0985	0.0882	0.1079	0.0488	0.1582	0.1286	0.1582	0.1123	0.0842	0.0883	0.0842	0.1032
chr3L	11091876	11092027	chr3L:11091877-11092027	FBgn0261112	APP-BP1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0363	0.0478	0.0262	0.0233	0.0393	0.0446	0.048	0.0233	0.0562	0.0531	0.0562	0.0434	0.0299	0.0206	0.0299	0.0281
chr3L	11097542	11097693	chr3L:11097543-11097693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.012	0.0098	0.0099	0.0166	0.0053	0.0092	0.0164	0.0087	0.0053	0.0085	0.0106	0.0085	0.0178	0.0084	0.0097	0.0084	0.0375
chr3L	11102694	11102875	chr3L:11102695-11102875	FBgn0036133,FBgn0054012	CG34012,CG7638	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0531	0.054	0.0557	0.0492	0.0255	0.0597	0.0705	0.0713	0.0255	0.0797	0.0537	0.0797	0.0666	0.0911	0.0368	0.0911	0.0485
chr3L	11102950	11103187	chr3L:11102951-11103187	FBgn0036133,FBgn0054012	CG34012,CG7638	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0535	0.0484	0.0579	0.0544	0.0223	0.0573	0.0688	0.05	0.0223	0.09	0.0492	0.09	0.072	0.1164	0.0374	0.1164	0.0532
chr3L	11105912	11106085	chr3L:11105913-11106085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0394	0.0332	0.0434	0.0419	0.017	0.0374	0.0446	0.038	0.017	0.0368	0.0389	0.0368	0.0883	0.0429	0.0245	0.0429	0.0844
chr3L	11106410	11106653	chr3L:11106411-11106653	FBgn0003462	Sod	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0672	0.0568	0.0641	0.0823	0.0297	0.0699	0.0774	0.058	0.0297	0.0574	0.0682	0.0574	0.1038	0.075	0.0748	0.075	0.1407
chr3L	11106745	11106947	chr3L:11106746-11106947	FBgn0003462	Sod	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0879	0.073	0.0688	0.1255	0.0551	0.0675	0.1081	0.0766	0.0551	0.0429	0.0733	0.0429	0.1317	0.1141	0.1161	0.1141	0.186
chr3L	11110807	11110958	chr3L:11110808-11110958	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0346	0.0501	0.0299	0.0223	0.0329	0.0432	0.0779	0.054	0.0329	0.0248	0.0312	0.0248	0.0318	0.0161	0.0193	0.0161	0.0203
chr3L	11111648	11112086	chr3L:11111649-11112086	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2247	0.2004	0.2296	0.2466	0.1697	0.2248	0.2228	0.2498	0.1697	0.2095	0.2666	0.2095	0.3424	0.2052	0.3095	0.2052	0.2887
chr3L	11112682	11112868	chr3L:11112683-11112868	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1118	0.0556	0.1423	0.1412	0.0339	0.0786	0.0558	0.0706	0.0339	0.1697	0.1701	0.1697	0.1743	0.1317	0.1973	0.1317	0.1746
chr3L	11112942	11113173	chr3L:11112943-11113173	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.21	0.1768	0.2392	0.2149	0.1092	0.2311	0.1894	0.2192	0.1092	0.2989	0.2585	0.2989	0.2866	0.2412	0.254	0.2412	0.2335
chr3L	11113261	11113473	chr3L:11113262-11113473	FBgn0036134,FBgn0036135	fd68A,mRpL2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1796	0.1416	0.2133	0.1852	0.0764	0.1961	0.1393	0.1805	0.0764	0.2609	0.219	0.2609	0.2363	0.2052	0.1973	0.2052	0.1954
chr3L	11113567	11113735	chr3L:11113568-11113735	FBgn0036134,FBgn0036135	fd68A,mRpL2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.115	0.0869	0.1504	0.1075	0.0329	0.1136	0.0917	0.1246	0.0329	0.1739	0.1772	0.1739	0.1394	0.1095	0.1238	0.1095	0.1141
chr3L	11113828	11113993	chr3L:11113829-11113993	FBgn0036134,FBgn0036135	fd68A,mRpL2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1874	0.1586	0.2249	0.1782	0.087	0.1981	0.1795	0.2039	0.087	0.2796	0.2473	0.2796	0.2014	0.1968	0.1876	0.1968	0.2027
chr3L	11115997	11116148	chr3L:11115998-11116148	FBgn0036136,FBgn0260795	CG42575,Ufd1-like	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0719	0.0654	0.0907	0.0585	0.0276	0.0845	0.0822	0.0779	0.0276	0.1123	0.099	0.1123	0.0914	0.0666	0.058	0.0666	0.0631
chr3L	11116298	11116493	chr3L:11116299-11116493	FBgn0036136,FBgn0260795	CG42575,Ufd1-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2058	0.1907	0.2448	0.1799	0.1336	0.2286	0.2167	0.2425	0.1336	0.2929	0.2685	0.2929	0.2285	0.1815	0.1721	0.1815	0.1928
chr3L	11116613	11116764	chr3L:11116614-11116764	FBgn0036136,FBgn0260795	CG42575,Ufd1-like	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0826	0.0886	0.0876	0.0703	0.0477	0.0956	0.1103	0.1213	0.0477	0.099	0.0952	0.099	0.055	0.0559	0.0535	0.0559	0.0422
chr3L	11117020	11117277	chr3L:11117021-11117277	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1498	0.1426	0.1345	0.1304	0.1602	0.167	0.1939	0.1304	0.186	0.154	0.186	0.0775	0.1853	0.1399	0.1853	0.0844
chr3L	11117375	11117526	chr3L:11117376-11117526	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0735	0.0632	0.0462	0.0509	0.0728	0.0908	0.0999	0.0509	0.0942	0.0598	0.0942	0.0356	0.0597	0.0522	0.0597	0.0354
chr3L	11119346	11119499	chr3L:11119347-11119499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0588	0.0345	0.0203	0.0382	0.0495	0.0835	0.0799	0.0382	0.0236	0.0431	0.0236	0.0178	0.0145	0.0232	0.0145	0.0094
chr3L	11125009	11125160	chr3L:11125010-11125160	FBgn0052074	CG32074	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0246	0.0107	0.0046	0.0127	0.0291	0.0342	0.0247	0.0127	0.0109	0.0148	0.0109	0.0085	0.0038	0.0045	0.0038	0.0068
chr3L	11125214	11125365	chr3L:11125215-11125365	FBgn0052074	CG32074	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0318	0.0173	0.0075	0.0148	0.032	0.045	0.0393	0.0148	0.0151	0.0248	0.0151	0.0139	0.0061	0.0103	0.0061	0.0068
chr3L	11128083	11128234	chr3L:11128084-11128234	FBgn0036138	CG14143	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0307	0.0173	0.0097	0.0223	0.0291	0.045	0.0353	0.0223	0.0187	0.0209	0.0187	0.0132	0.0084	0.0103	0.0084	0.0099
chr3L	11129048	11129203	chr3L:11129049-11129203	FBgn0052082	CG32082	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0249	0.0102	0.0152	0.0519	0.0053	0.0083	0.0156	0.0133	0.0053	0.006	0.0177	0.006	0.0256	0.0153	0.0916	0.0153	0.0672
chr3L	11141007	11141158	chr3L:11141008-11141158	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0108	0.016	0.0221	0.0085	0.0107	0.0156	0.012	0.0085	0.0091	0.0305	0.0091	0.0046	0.0038	0.0812	0.0038	0.0063
chr3L	11141836	11141987	chr3L:11141837-11141987	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0105	0.0102	0.0148	0.0032	0.0097	0.0182	0.0107	0.0032	0.0066	0.017	0.0066	0.0093	0.0031	0.0496	0.0031	0.0057
chr3L	11142235	11142386	chr3L:11142236-11142386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0119	0.0126	0.0102	0.0131	0.0053	0.0092	0.0208	0.0167	0.0053	0.0048	0.0183	0.0048	0.0077	0.0015	0.0503	0.0015	0.0031
chr3L	11144047	11144204	chr3L:11144048-11144204	FBgn0036139	CG6216	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0103	0.0173	0.0226	0.0053	0.0126	0.0121	0.0133	0.0053	0.0091	0.0331	0.0091	0.0124	0.0015	0.0858	0.0015	0.0078
chr3L	11149960	11150111	chr3L:11149961-11150111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0139	0.0231	0.0105	0.0075	0.0074	0.0476	0.0229	0.014	0.0074	0.0127	0.0119	0.0127	0.0085	0.0084	0.0058	0.0084	0.0078
chr3L	11157529	11157877	chr3L:11157530-11157877	FBgn0052076,FBgn0264721	Alg10,CR43989	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0483	0.0424	0.0624	0.0393	0.0212	0.0417	0.0519	0.064	0.0212	0.0707	0.0723	0.0707	0.0775	0.0413	0.0593	0.0413	0.0417
chr3L	11157970	11158159	chr3L:11157971-11158159	FBgn0052076,FBgn0264721	Alg10,CR43989	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0828	0.0745	0.1032	0.0698	0.0403	0.0883	0.0874	0.0919	0.0403	0.1322	0.1193	0.1322	0.1053	0.0888	0.0748	0.0888	0.0891
chr3L	11162641	11162833	chr3L:11162642-11162833	FBgn0036141,FBgn0036142	CG7616,wls	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1329	0.1183	0.1514	0.129	0.0657	0.132	0.138	0.1619	0.0657	0.1914	0.1759	0.1914	0.1503	0.1424	0.1425	0.1424	0.1574
chr3L	11163041	11163239	chr3L:11163042-11163239	FBgn0036141,FBgn0036142	CG7616,wls	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0916	0.079	0.1048	0.0912	0.0382	0.068	0.1016	0.1146	0.0382	0.1099	0.136	0.1099	0.0991	0.0888	0.1283	0.0888	0.099
chr3L	11174691	11174853	chr3L:11174692-11174853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.012	0.0161	0.0213	0.0064	0.0155	0.0173	0.0073	0.0064	0.0145	0.0109	0.0145	0.0496	0.0107	0.0077	0.0107	0.0599
chr3L	11177315	11177466	chr3L:11177316-11177466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0109	0.0069	0.0093	0.0171	0.0021	0.0073	0.0099	0.0067	0.0021	0.0097	0.0048	0.0097	0.0294	0.0069	0.0019	0.0069	0.0542
chr3L	11177853	11178004	chr3L:11177854-11178004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0128	0.0115	0.0118	0.0155	0.0074	0.0112	0.0199	0.0093	0.0074	0.0097	0.0084	0.0097	0.0325	0.01	0.0058	0.01	0.038
chr3L	11178433	11178611	chr3L:11178434-11178611	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0376	0.029	0.0411	0.0434	0.0233	0.0345	0.0398	0.0273	0.0233	0.0368	0.0389	0.0368	0.0813	0.0268	0.0174	0.0268	0.0959
chr3L	11190033	11190365	chr3L:11190034-11190365	FBgn0036144	GlcAT-P	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0694	0.0633	0.0632	0.0829	0.0414	0.0743	0.0878	0.0493	0.0414	0.1021	0.0569	0.1021	0.0658	0.1233	0.0522	0.1233	0.0776
chr3L	11190588	11190796	chr3L:11190589-11190796	FBgn0036144	GlcAT-P	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1787	0.153	0.1957	0.1887	0.1273	0.1888	0.1683	0.1646	0.1273	0.2488	0.2164	0.2488	0.1991	0.2351	0.1857	0.2351	0.2241
chr3L	11190974	11191148	chr3L:11190975-11191148	FBgn0036144	GlcAT-P	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1398	0.1095	0.1613	0.1501	0.0657	0.1296	0.1224	0.1406	0.0657	0.2053	0.1768	0.2053	0.1712	0.1723	0.1457	0.1723	0.1985
chr3L	11191321	11191568	chr3L:11191322-11191568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0293	0.0489	0.065	0.0095	0.0311	0.042	0.032	0.0095	0.0725	0.0386	0.0725	0.0806	0.0911	0.0348	0.0911	0.1183
chr3L	11191600	11191759	chr3L:11191601-11191759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0325	0.0169	0.0352	0.0469	0.0032	0.0214	0.0234	0.016	0.0032	0.0441	0.0293	0.0441	0.0604	0.0505	0.0148	0.0505	0.111
chr3L	11192101	11192252	chr3L:11192102-11192252	FBgn0036145	CG7607	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0215	0.0158	0.0192	0.0305	0.0053	0.017	0.0281	0.0113	0.0053	0.0242	0.0177	0.0242	0.0302	0.0237	0.0116	0.0237	0.0771
chr3L	11197296	11197451	chr3L:11197297-11197451	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.037	0.0212	0.0352	0.0567	0.0042	0.0282	0.0311	0.0193	0.0042	0.0386	0.0296	0.0386	0.0759	0.0299	0.0284	0.0299	0.1511
chr3L	11198443	11198657	chr3L:11198444-11198657	FBgn0036147	Plod	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0664	0.0628	0.0739	0.0622	0.0456	0.0636	0.0878	0.068	0.0456	0.1069	0.0723	0.1069	0.0798	0.0704	0.0529	0.0704	0.0855
chr3L	11198766	11198986	chr3L:11198767-11198986	FBgn0036147	Plod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1409	0.1489	0.1758	0.0936	0.1039	0.1607	0.1929	0.1739	0.1039	0.2409	0.2042	0.2409	0.1193	0.1057	0.089	0.1057	0.1204
chr3L	11199029	11199194	chr3L:11199030-11199194	FBgn0036147	Plod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1559	0.1463	0.189	0.1303	0.1103	0.1583	0.1877	0.1679	0.1103	0.2421	0.2174	0.2421	0.1596	0.1516	0.1238	0.1516	0.1595
chr3L	11203704	11203900	chr3L:11203705-11203900	FBgn0061469,FBgn0064766	CG7600,Ube3a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2173	0.2018	0.2572	0.1909	0.1389	0.2481	0.2193	0.2465	0.1389	0.3134	0.2817	0.3134	0.2479	0.1975	0.2186	0.1975	0.2038
chr3L	11204028	11204199	chr3L:11204029-11204199	FBgn0061469,FBgn0064766	CG7600,Ube3a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0742	0.0689	0.0901	0.0627	0.0435	0.0782	0.0826	0.0946	0.0435	0.1153	0.0945	0.1153	0.0922	0.0643	0.069	0.0643	0.0703
chr3L	11207520	11207684	chr3L:11207521-11207684	FBgn0261553	CG42671	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0945	0.0786	0.1069	0.0986	0.0456	0.0762	0.0999	0.1093	0.0456	0.0894	0.1318	0.0894	0.1356	0.0781	0.1032	0.0781	0.1251
chr3L	11207792	11207956	chr3L:11207793-11207956	FBgn0261553	CG42671	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.1021	0.0743	0.126	0.1071	0.0414	0.0796	0.0796	0.1166	0.0414	0.1196	0.1482	0.1196	0.1541	0.075	0.1244	0.075	0.1256
chr3L	11208034	11208372	chr3L:11208035-11208372	FBgn0261553	CG42671	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1432	0.1147	0.1775	0.1374	0.0732	0.1214	0.128	0.1712	0.0732	0.1884	0.2154	0.1884	0.1998	0.1692	0.1644	0.1692	0.147
chr3L	11208436	11208604	chr3L:11208437-11208604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1508	0.1264	0.1736	0.153	0.0944	0.134	0.1497	0.1679	0.0944	0.1498	0.2289	0.1498	0.1952	0.1884	0.1767	0.1884	0.173
chr3L	11208730	11208933	chr3L:11208731-11208933	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1713	0.1724	0.1799	0.1606	0.1294	0.1612	0.1968	0.2605	0.1294	0.1153	0.291	0.1153	0.1534	0.16	0.2534	0.16	0.1516
chr3L	11209006	11209234	chr3L:11209007-11209234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1223	0.1392	0.1429	0.0809	0.0859	0.1306	0.1544	0.2265	0.0859	0.09	0.2492	0.09	0.0868	0.1286	0.1341	0.1286	0.0615
chr3L	11217261	11217412	chr3L:11217262-11217412	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0229	0.0234	0.0145	0.0042	0.0199	0.0333	0.0333	0.0042	0.0211	0.0363	0.0211	0.0101	0.0115	0.0277	0.0115	0.0115
chr3L	11217861	11218041	chr3L:11217862-11218041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.0654	0.0786	0.05	0.0308	0.0631	0.0934	0.0753	0.0308	0.0821	0.1003	0.0821	0.0736	0.0498	0.0632	0.0498	0.0672
chr3L	11218180	11218331	chr3L:11218181-11218331	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0294	0.032	0.0181	0.0138	0.0248	0.0424	0.0373	0.0138	0.029	0.0434	0.029	0.0287	0.0199	0.0251	0.0199	0.0193
chr3L	11220771	11220973	chr3L:11220772-11220973	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0344	0.0341	0.0484	0.0195	0.0201	0.033	0.0476	0.038	0.0201	0.029	0.0804	0.029	0.0395	0.0153	0.0309	0.0153	0.025
chr3L	11222159	11222442	chr3L:11222160-11222442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.03	0.0395	0.0339	0.015	0.018	0.0325	0.0649	0.0453	0.018	0.0272	0.0531	0.0272	0.0279	0.0214	0.0168	0.0214	0.0146
chr3L	11225814	11225965	chr3L:11225815-11225965	distal	distal	none	none	VT29045.1,VT29046.1	VT29045.1,VT29046.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0162	0.0242	0.0145	0.0091	0.0053	0.0354	0.0346	0.0187	0.0053	0.0242	0.0119	0.0242	0.0155	0.0123	0.0077	0.0123	0.0104
chr3L	11229753	11229994	chr3L:11229754-11229994	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0485	0.0851	0.041	0.0159	0.0753	0.049	0.1488	0.0959	0.0753	0.0242	0.0772	0.0242	0.017	0.0069	0.0348	0.0069	0.0172
chr3L	11230112	11230346	chr3L:11230113-11230346	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0845	0.1721	0.057	0.0169	0.1898	0.0825	0.2928	0.1872	0.1898	0.0199	0.1116	0.0199	0.0217	0.0061	0.0406	0.0061	0.0151
chr3L	11230481	11230663	chr3L:11230482-11230663	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.118	0.2338	0.0934	0.0155	0.2439	0.1316	0.3482	0.3091	0.2439	0.032	0.1916	0.032	0.0248	0.0084	0.0432	0.0084	0.0073
chr3L	11231218	11231441	chr3L:11231219-11231441	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0541	0.1095	0.0382	0.0097	0.1082	0.0733	0.1644	0.1392	0.1082	0.0356	0.0621	0.0356	0.017	0.0077	0.0161	0.0077	0.0063
chr3L	11232487	11232675	chr3L:11232488-11232675	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0285	0.0334	0.0251	0.0269	0.0148	0.0282	0.061	0.0326	0.0148	0.0175	0.0289	0.0175	0.0418	0.0123	0.0226	0.0123	0.0589
chr3L	11235994	11236265	chr3L:11235995-11236265	distal	distal	none	none	VT29051.1,VT29052.1	VT29051.1,VT29052.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0725	0.114	0.0731	0.0253	0.0764	0.1252	0.1388	0.1452	0.0764	0.0574	0.1003	0.0574	0.062	0.0115	0.0316	0.0115	0.0281
chr3L	11236502	11236691	chr3L:11236503-11236691	distal	distal	stage5	stage5	VT29051.1,VT29052.1	VT29051.1,VT29052.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1234	0.2168	0.1225	0.0201	0.175	0.1956	0.2915	0.2751	0.175	0.0876	0.2228	0.0876	0.0411	0.0153	0.0355	0.0153	0.0141
chr3L	11237202	11237519	chr3L:11237203-11237519	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT29052.1	VT29052.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1099	0.1243	0.147	0.0531	0.053	0.2005	0.1081	0.1566	0.053	0.1473	0.1772	0.1473	0.0775	0.0352	0.0393	0.0352	0.0563
chr3L	11239076	11239227	chr3L:11239077-11239227	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1217	0.0921	0.1628	0.1097	0.0477	0.1083	0.0973	0.1352	0.0477	0.2114	0.2068	0.2114	0.151	0.1715	0.1502	0.1715	0.1214
chr3L	11239377	11239605	chr3L:11239378-11239605	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT29054.1	VT29054.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2523	0.2079	0.3207	0.2268	0.1198	0.284	0.1977	0.2765	0.1198	0.4034	0.3839	0.4034	0.2967	0.3032	0.2837	0.3032	0.2897
chr3L	11240598	11240827	chr3L:11240599-11240827	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29054.1	VT29054.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1782	0.0896	0.24	0.2094	0.0329	0.1558	0.0774	0.1026	0.0329	0.3279	0.2498	0.3279	0.2641	0.2741	0.2366	0.2741	0.222
chr3L	11241025	11241202	chr3L:11241026-11241202	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29054.1	VT29054.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1698	0.1301	0.2142	0.1654	0.0573	0.1888	0.1155	0.1839	0.0573	0.2591	0.2383	0.2591	0.196	0.1738	0.1799	0.1738	0.1819
chr3L	11245262	11245460	chr3L:11245263-11245460	FBgn0041094	scyl	stage11,stage14,stage5	none	VT29056.1,VT29057.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2979	0.302	0.3509	0.2353	0.2651	0.3369	0.3395	0.3684	0.2651	0.4257	0.3907	0.4257	0.3129	0.2519	0.2605	0.2519	0.246
chr3L	11245919	11246092	chr3L:11245920-11246092	distal	distal	none	none	VT29057.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0883	0.1115	0.0923	0.0581	0.1092	0.1053	0.138	0.1399	0.1092	0.0954	0.1206	0.0954	0.0682	0.0505	0.0819	0.0505	0.061
chr3L	11246114	11246265	chr3L:11246115-11246265	distal	distal	none	none	VT29057.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0662	0.0855	0.0675	0.0432	0.0891	0.0777	0.1003	0.1039	0.0891	0.0694	0.0897	0.0694	0.0534	0.0398	0.06	0.0398	0.0479
chr3L	11246453	11246647	chr3L:11246454-11246647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1174	0.1329	0.1391	0.0765	0.123	0.1388	0.1458	0.1772	0.123	0.1389	0.1839	0.1389	0.1247	0.0643	0.1128	0.0643	0.0912
chr3L	11246875	11247241	chr3L:11246876-11247241	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1643	0.1993	0.1811	0.1067	0.2078	0.1879	0.2409	0.2478	0.2078	0.1636	0.2492	0.1636	0.1503	0.0812	0.1418	0.0812	0.1292
chr3L	11247369	11247604	chr3L:11247370-11247604	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1269	0.1646	0.142	0.0682	0.158	0.1534	0.2029	0.2005	0.158	0.1516	0.1855	0.1516	0.0914	0.0651	0.1032	0.0651	0.0703
chr3L	11247629	11247904	chr3L:11247630-11247904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1563	0.1877	0.1789	0.0965	0.1601	0.2019	0.2059	0.2405	0.1601	0.2107	0.2251	0.2107	0.1177	0.0957	0.1412	0.0957	0.1105
chr3L	11248029	11248205	chr3L:11248030-11248205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0941	0.1018	0.1033	0.0755	0.0944	0.0976	0.1176	0.1259	0.0944	0.1057	0.1505	0.1057	0.0689	0.085	0.0916	0.085	0.1094
chr3L	11249388	11249565	chr3L:11249389-11249565	distal	distal	none	none	VT29058.1	VT29058.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0763	0.0705	0.0882	0.0696	0.0604	0.0709	0.0817	0.0999	0.0604	0.0598	0.1453	0.0598	0.0627	0.0551	0.1476	0.0551	0.061
chr3L	11249855	11250016	chr3L:11249856-11250016	distal	distal	none	none	VT29058.1	VT29058.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0824	0.0815	0.0959	0.0687	0.071	0.0728	0.1016	0.1126	0.071	0.0682	0.155	0.0682	0.055	0.0406	0.1599	0.0406	0.05
chr3L	11250737	11250959	chr3L:11250738-11250959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0458	0.0492	0.0542	0.0327	0.035	0.05	0.0666	0.0566	0.035	0.1063	0.0556	0.1063	0.0279	0.0773	0.0239	0.0773	0.0266
chr3L	11252899	11253434	chr3L:11252900-11253434	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.1439	0.1655	0.1742	0.0866	0.0933	0.1932	0.1462	0.2798	0.0933	0.1878	0.2286	0.1878	0.1766	0.1248	0.1051	0.1248	0.098
chr3L	11253645	11253913	chr3L:11253646-11253913	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.1311	0.1247	0.0461	0.0891	0.1442	0.1241	0.2165	0.0891	0.1081	0.1502	0.1081	0.2184	0.0429	0.0542	0.0429	0.0651
chr3L	11253933	11254110	chr3L:11253934-11254110	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.065	0.0845	0.0772	0.0299	0.0562	0.0883	0.0804	0.1386	0.0562	0.0537	0.0939	0.0537	0.1487	0.0214	0.0355	0.0214	0.0485
chr3L	11254300	11254578	chr3L:11254301-11254578	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.1413	0.1121	0.0465	0.1241	0.1417	0.1254	0.2432	0.1241	0.096	0.1437	0.096	0.1789	0.0383	0.0658	0.0383	0.0719
chr3L	11254776	11255228	chr3L:11254777-11255228	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1156	0.1705	0.1202	0.0492	0.1347	0.1786	0.1397	0.3118	0.1347	0.1123	0.1669	0.1123	0.1317	0.0498	0.0529	0.0498	0.0474
chr3L	11265554	11265705	chr3L:11265555-11265705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0152	0.0146	0.0216	0.0088	0.0032	0.017	0.0203	0.0153	0.0032	0.0139	0.0174	0.0139	0.062	0.0092	0.0084	0.0092	0.0151
chr3L	11266192	11266378	chr3L:11266193-11266378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0251	0.0259	0.0284	0.0206	0.0127	0.033	0.0359	0.0233	0.0127	0.0169	0.0238	0.0169	0.0806	0.0054	0.011	0.0054	0.0568
chr3L	11266568	11266729	chr3L:11266569-11266729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0251	0.0228	0.0326	0.0195	0.0138	0.0267	0.0316	0.024	0.0138	0.0163	0.0315	0.0163	0.0891	0.0069	0.0129	0.0069	0.0469
chr3L	11266809	11266960	chr3L:11266810-11266960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0248	0.0234	0.0354	0.0148	0.0127	0.0383	0.0247	0.0213	0.0127	0.0236	0.0338	0.0236	0.0914	0.0077	0.0161	0.0077	0.0297
chr3L	11266995	11267187	chr3L:11266996-11267187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0302	0.0302	0.0397	0.0198	0.0117	0.0408	0.0385	0.03	0.0117	0.0308	0.0357	0.0308	0.103	0.0123	0.0168	0.0123	0.0417
chr3L	11269142	11269422	chr3L:11269143-11269422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0444	0.026	0.0652	0.0422	0.0042	0.0471	0.0242	0.0306	0.0042	0.0592	0.0605	0.0592	0.1526	0.0383	0.0374	0.0383	0.0823
chr3L	11271525	11271690	chr3L:11271526-11271690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0205	0.0221	0.0263	0.0124	0.0053	0.034	0.0268	0.0167	0.0053	0.0127	0.0238	0.0127	0.0728	0.01	0.0064	0.01	0.0234
chr3L	11272303	11272565	chr3L:11272304-11272565	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0171	0.0359	0.0305	0.0053	0.0214	0.0255	0.0167	0.0053	0.0145	0.0463	0.0145	0.0744	0.0375	0.0348	0.0375	0.0334
chr3L	11272660	11272867	chr3L:11272661-11272867	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0305	0.0209	0.0395	0.0313	0.0117	0.0233	0.0311	0.02	0.0117	0.0211	0.0547	0.0211	0.0643	0.0459	0.0361	0.0459	0.0323
chr3L	11273862	11274070	chr3L:11273863-11274070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0314	0.0254	0.0185	0.0286	0.0272	0.0458	0.036	0.0286	0.0133	0.0399	0.0133	0.0209	0.0084	0.0387	0.0084	0.0151
chr3L	11277100	11277292	chr3L:11277101-11277292	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.014	0.0225	0.0287	0.0095	0.0136	0.0242	0.0093	0.0095	0.0193	0.017	0.0193	0.0596	0.0123	0.0077	0.0123	0.0745
chr3L	11277640	11278009	chr3L:11277641-11278009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.052	0.051	0.0492	0.0561	0.035	0.0592	0.0644	0.0566	0.035	0.058	0.0486	0.058	0.0782	0.0398	0.0322	0.0398	0.1084
chr3L	11278013	11278164	chr3L:11278014-11278164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0259	0.0235	0.0205	0.017	0.0243	0.0337	0.0366	0.017	0.029	0.0251	0.029	0.0287	0.0184	0.0219	0.0184	0.0266
chr3L	11278213	11278364	chr3L:11278214-11278364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0296	0.0295	0.0322	0.0269	0.0233	0.0267	0.0402	0.036	0.0233	0.0308	0.0376	0.0308	0.0442	0.0138	0.0258	0.0138	0.0427
chr3L	11278924	11279186	chr3L:11278925-11279186	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0472	0.03	0.0614	0.0507	0.0138	0.0383	0.0376	0.032	0.0138	0.0386	0.0479	0.0386	0.1642	0.0444	0.0284	0.0444	0.1073
chr3L	11279491	11279642	chr3L:11279492-11279642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0205	0.0156	0.0259	0.0201	0.0053	0.016	0.0238	0.018	0.0053	0.0169	0.0238	0.0169	0.0558	0.0161	0.0161	0.0161	0.0391
chr3L	11280546	11280697	chr3L:11280547-11280697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0211	0.0173	0.0221	0.0241	0.0085	0.0175	0.026	0.018	0.0085	0.0211	0.0309	0.0211	0.024	0.023	0.0219	0.023	0.0459
chr3L	11282091	11282242	chr3L:11282092-11282242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0101	0.0217	0.011	0.0011	0.0112	0.0169	0.01	0.0011	0.0127	0.0376	0.0127	0.0178	0.0061	0.0213	0.0061	0.0104
chr3L	11282551	11282702	chr3L:11282552-11282702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.01	0.0241	0.0198	0.0021	0.0092	0.0143	0.014	0.0021	0.0217	0.0373	0.0217	0.017	0.0283	0.0413	0.0283	0.012
chr3L	11285392	11285650	chr3L:11285393-11285650	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0691	0.0246	0.0563	0.1329	0.0106	0.035	0.0337	0.0193	0.0106	0.0314	0.0653	0.0314	0.1247	0.124	0.1954	0.124	0.2178
chr3L	11286583	11286761	chr3L:11286584-11286761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.011	0.0421	0.0717	0.0021	0.0146	0.0164	0.0093	0.0021	0.0163	0.0627	0.0163	0.0689	0.0567	0.1418	0.0567	0.0969
chr3L	11287747	11287931	chr3L:11287748-11287931	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0623	0.0216	0.0556	0.1153	0.0053	0.0325	0.0255	0.0227	0.0053	0.0236	0.0778	0.0236	0.0883	0.1378	0.1502	0.1378	0.1527
chr3L	11287953	11288188	chr3L:11287954-11288188	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.106	0.0461	0.1138	0.1642	0.0255	0.0549	0.0601	0.0526	0.0255	0.0537	0.1637	0.0537	0.1596	0.2289	0.2418	0.2289	0.1803
chr3L	11288586	11288761	chr3L:11288587-11288761	FBgn0036152	CG6175	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0419	0.0191	0.0371	0.0728	0.0085	0.0262	0.0272	0.016	0.0085	0.0121	0.0473	0.0121	0.072	0.0796	0.1277	0.0796	0.0917
chr3L	11288895	11289199	chr3L:11288896-11289199	FBgn0036152	CG6175	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0632	0.0166	0.0542	0.1253	0.0064	0.0243	0.0234	0.0113	0.0064	0.0266	0.0797	0.0266	0.079	0.2213	0.2108	0.2213	0.1094
chr3L	11289621	11289772	chr3L:11289622-11289772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0112	0.0265	0.0649	0.0032	0.0141	0.0125	0.0147	0.0032	0.0139	0.0392	0.0139	0.0349	0.1156	0.1083	0.1156	0.0516
chr3L	11294243	11294394	chr3L:11294244-11294394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.008	0.0123	0.016	0.0032	0.0053	0.0138	0.0087	0.0032	0.0054	0.0113	0.0054	0.0031	0.0077	0.0045	0.0077	0.0063
chr3L	11294981	11295132	chr3L:11294982-11295132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0097	0.0165	0.0163	0.0042	0.0087	0.0169	0.0093	0.0042	0.0085	0.0203	0.0085	0.0147	0.0061	0.0071	0.0061	0.0078
chr3L	11295703	11295902	chr3L:11295704-11295902	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0102	0.0293	0.0287	0.0032	0.0131	0.0147	0.0113	0.0032	0.0133	0.0215	0.0133	0.0062	0.0061	0.0064	0.0061	0.0099
chr3L	11296490	11296684	chr3L:11296491-11296684	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0138	0.0344	0.029	0.0053	0.0126	0.0182	0.0233	0.0053	0.0181	0.0277	0.0181	0.0085	0.0038	0.0058	0.0038	0.0073
chr3L	11297206	11297357	chr3L:11297207-11297357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0229	0.0253	0.0163	0.0191	0.017	0.035	0.028	0.0191	0.0205	0.0277	0.0205	0.0108	0.0054	0.0135	0.0054	0.0078
chr3L	11299161	11299376	chr3L:11299162-11299376	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0359	0.0371	0.0224	0.0255	0.0282	0.0476	0.0513	0.0255	0.0242	0.0559	0.0242	0.0147	0.0084	0.0426	0.0084	0.0125
chr3L	11299875	11300051	chr3L:11299876-11300051	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0203	0.0421	0.0297	0.0106	0.0223	0.0247	0.0253	0.0106	0.0175	0.0727	0.0175	0.024	0.0123	0.0741	0.0123	0.0156
chr3L	11300231	11300382	chr3L:11300232-11300382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0133	0.0302	0.0178	0.0032	0.0165	0.0164	0.0167	0.0032	0.0072	0.0598	0.0072	0.0139	0.0061	0.0496	0.0061	0.0068
chr3L	11300619	11300770	chr3L:11300620-11300770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0157	0.0301	0.0088	0.0042	0.0184	0.0203	0.0193	0.0042	0.0187	0.0543	0.0187	0.0139	0.0069	0.0193	0.0069	0.0068
chr3L	11302083	11302340	chr3L:11302084-11302340	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0371	0.06	0.026	0.0223	0.034	0.0458	0.058	0.0223	0.0248	0.1174	0.0248	0.0248	0.0153	0.0496	0.0153	0.0172
chr3L	11302559	11302710	chr3L:11302560-11302710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0221	0.0191	0.0294	0.0174	0.0106	0.015	0.0307	0.024	0.0106	0.0151	0.0498	0.0151	0.0108	0.0069	0.0181	0.0069	0.0078
chr3L	11302767	11302918	chr3L:11302768-11302918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.019	0.0132	0.0277	0.016	0.0021	0.0112	0.0203	0.0173	0.0021	0.0127	0.0457	0.0127	0.0093	0.0069	0.0129	0.0069	0.0047
chr3L	11303177	11303342	chr3L:11303178-11303342	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0321	0.0127	0.0515	0.0323	0.0064	0.0175	0.0112	0.02	0.0064	0.0308	0.083	0.0308	0.0124	0.0138	0.0303	0.0138	0.012
chr3L	11308420	11308571	chr3L:11308421-11308571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0125	0.0174	0.0155	0.0021	0.0112	0.0173	0.018	0.0021	0.0187	0.0206	0.0187	0.0101	0.0054	0.0071	0.0054	0.0094
chr3L	11308659	11308810	chr3L:11308660-11308810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0083	0.0072	0.0153	0.0032	0.0073	0.0134	0.0107	0.0032	0.0066	0.0064	0.0066	0.0054	0.0061	0.0026	0.0061	0.0068
chr3L	11309788	11310001	chr3L:11309789-11310001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0255	0.0288	0.0237	0.0238	0.0138	0.0413	0.0316	0.0293	0.0138	0.0121	0.0334	0.0121	0.0139	0.0123	0.0123	0.0123	0.0099
chr3L	11316749	11316999	chr3L:11316750-11316999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0166	0.0499	0.0507	0.0021	0.0218	0.0186	0.024	0.0021	0.0163	0.0807	0.0163	0.0682	0.0222	0.0967	0.0222	0.0719
chr3L	11317327	11317478	chr3L:11317328-11317478	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.034	0.0405	0.0309	0.017	0.034	0.0458	0.0486	0.017	0.0163	0.0746	0.0163	0.0349	0.013	0.0799	0.013	0.0313
chr3L	11317514	11317754	chr3L:11317515-11317754	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0895	0.0794	0.1236	0.0635	0.0583	0.0782	0.1012	0.1046	0.0583	0.0399	0.227	0.0399	0.1123	0.0145	0.1754	0.0145	0.0552
chr3L	11317763	11318001	chr3L:11317764-11318001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0909	0.0722	0.1404	0.0575	0.0445	0.0709	0.077	0.1219	0.0445	0.0272	0.274	0.0272	0.1115	0.0161	0.1515	0.0161	0.0537
chr3L	11318008	11318333	chr3L:11318009-11318333	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0974	0.077	0.1633	0.0479	0.0297	0.0772	0.0861	0.1352	0.0297	0.0344	0.3161	0.0344	0.0945	0.0107	0.1309	0.0107	0.0292
chr3L	11320574	11320725	chr3L:11320575-11320725	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0194	0.0148	0.0222	0.0213	0.0042	0.017	0.0229	0.016	0.0042	0.0169	0.0357	0.0169	0.0186	0.0276	0.049	0.0276	0.0135
chr3L	11321163	11321354	chr3L:11321164-11321354	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0348	0.0145	0.0421	0.0494	0.0042	0.0184	0.0173	0.022	0.0042	0.0145	0.0836	0.0145	0.0178	0.0138	0.1689	0.0138	0.0156
chr3L	11321942	11322093	chr3L:11321943-11322093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0106	0.0192	0.026	0.0011	0.0078	0.0164	0.018	0.0011	0.0079	0.037	0.0079	0.0093	0.0084	0.087	0.0084	0.0083
chr3L	11322420	11322577	chr3L:11322421-11322577	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0112	0.0339	0.0408	0.0032	0.0107	0.0151	0.016	0.0032	0.0066	0.0711	0.0066	0.0101	0.0054	0.1444	0.0054	0.0094
chr3L	11326046	11326221	chr3L:11326047-11326221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.0118	0.0382	0.0267	0.0032	0.015	0.0151	0.0167	0.0032	0.0103	0.0791	0.0103	0.0101	0.0077	0.0767	0.0077	0.0109
chr3L	11326706	11326857	chr3L:11326707-11326857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0147	0.0115	0.0185	0.0141	0.0021	0.0087	0.0173	0.0153	0.0021	0.0139	0.0283	0.0139	0.0124	0.0038	0.0168	0.0038	0.0057
chr3L	11326999	11327150	chr3L:11327000-11327150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0128	0.015	0.0152	0.0064	0.0068	0.0216	0.016	0.0064	0.0127	0.0215	0.0127	0.0031	0.0015	0.0071	0.0015	0.0073
chr3L	11327390	11327556	chr3L:11327391-11327556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0145	0.0179	0.0189	0.0032	0.0136	0.0238	0.0167	0.0032	0.0127	0.0215	0.0127	0.0039	0.0023	0.0045	0.0023	0.0042
chr3L	11329300	11329484	chr3L:11329301-11329484	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0177	0.0291	0.0217	0.0085	0.0189	0.0221	0.0227	0.0085	0.0187	0.0244	0.0187	0.0496	0.01	0.0103	0.01	0.036
chr3L	11330135	11330286	chr3L:11330136-11330286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0125	0.019	0.0099	0.0064	0.0117	0.0169	0.0167	0.0064	0.0115	0.0254	0.0115	0.0077	0.0031	0.0064	0.0031	0.0063
chr3L	11330874	11331026	chr3L:11330875-11331026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0247	0.0242	0.0383	0.0104	0.0095	0.0306	0.0264	0.034	0.0095	0.0308	0.0621	0.0308	0.017	0.0069	0.011	0.0069	0.0063
chr3L	11331361	11331512	chr3L:11331362-11331512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0159	0.0118	0.0221	0.0135	0.0074	0.0107	0.0151	0.0173	0.0074	0.0193	0.0344	0.0193	0.0077	0.0031	0.0123	0.0031	0.0057
chr3L	11331526	11331752	chr3L:11331527-11331752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.024	0.0258	0.0289	0.0166	0.0127	0.0165	0.0458	0.032	0.0127	0.0169	0.0479	0.0169	0.0139	0.01	0.0226	0.01	0.0083
chr3L	11332753	11332963	chr3L:11332754-11332963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.021	0.0132	0.0264	0.0238	0.0021	0.0141	0.0164	0.0213	0.0021	0.0223	0.0418	0.0223	0.0178	0.0314	0.0142	0.0314	0.0162
chr3L	11333789	11333940	chr3L:11333790-11333940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.024	0.0283	0.0294	0.0134	0.0095	0.0243	0.0424	0.04	0.0095	0.0199	0.0514	0.0199	0.0108	0.0077	0.0116	0.0077	0.0078
chr3L	11334502	11334688	chr3L:11334503-11334688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0162	0.0319	0.0166	0.0042	0.0252	0.0151	0.0227	0.0042	0.0242	0.0437	0.0242	0.0349	0.0314	0.0187	0.0314	0.0109
chr3L	11335036	11335187	chr3L:11335037-11335187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0237	0.0398	0.0135	0.0053	0.0252	0.0307	0.0333	0.0053	0.0278	0.0534	0.0278	0.0194	0.0191	0.009	0.0191	0.0094
chr3L	11335646	11336185	chr3L:11335647-11336185	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1623	0.1873	0.2306	0.0595	0.0774	0.2369	0.1181	0.3831	0.0774	0.128	0.4109	0.128	0.1387	0.0329	0.1715	0.0329	0.0271
chr3L	11336712	11337175	chr3L:11336713-11337175	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1813	0.2122	0.274	0.045	0.1071	0.2379	0.1851	0.3917	0.1071	0.215	0.4939	0.215	0.0651	0.0291	0.1244	0.0291	0.0156
chr3L	11337262	11337482	chr3L:11337263-11337482	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.096	0.1252	0.1348	0.0207	0.0806	0.1126	0.1241	0.2332	0.0806	0.1093	0.2508	0.1093	0.0333	0.0145	0.0554	0.0145	0.0104
chr3L	11337618	11338074	chr3L:11337619-11338074	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.155	0.2061	0.2118	0.0356	0.1357	0.1835	0.2003	0.3897	0.1357	0.1745	0.3695	0.1745	0.0852	0.0283	0.0845	0.0283	0.0214
chr3L	11341958	11342178	chr3L:11341959-11342178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0291	0.0143	0.0311	0.0434	0.0085	0.0184	0.0195	0.0133	0.0085	0.0386	0.036	0.0386	0.0418	0.0781	0.0509	0.0781	0.0532
chr3L	11342223	11342381	chr3L:11342224-11342381	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0245	0.0107	0.0246	0.0397	0.0064	0.0131	0.0134	0.0127	0.0064	0.0266	0.0302	0.0266	0.031	0.0712	0.049	0.0712	0.0505
chr3L	11342754	11343115	chr3L:11342755-11343115	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0668	0.0294	0.0817	0.0923	0.0095	0.0422	0.0329	0.0346	0.0095	0.1178	0.0797	0.1178	0.1286	0.1447	0.0851	0.1447	0.1548
chr3L	11343318	11343469	chr3L:11343319-11343469	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0406	0.0237	0.051	0.0482	0.0117	0.0291	0.0268	0.0313	0.0117	0.0707	0.0466	0.0707	0.0914	0.0544	0.0567	0.0544	0.0855
chr3L	11343482	11343715	chr3L:11343483-11343715	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0751	0.0356	0.0949	0.0975	0.0191	0.05	0.0359	0.0426	0.0191	0.1486	0.0926	0.1486	0.1317	0.1018	0.1044	0.1018	0.1839
chr3L	11344043	11344239	chr3L:11344044-11344239	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.056	0.0333	0.0689	0.0673	0.017	0.0437	0.0359	0.0413	0.017	0.1129	0.0733	0.1129	0.0775	0.0988	0.0696	0.0988	0.1094
chr3L	11344435	11344686	chr3L:11344436-11344686	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0487	0.0725	0.0556	0.0233	0.0529	0.0644	0.0606	0.0233	0.0996	0.091	0.0996	0.0658	0.0881	0.0587	0.0881	0.0803
chr3L	11347346	11347580	chr3L:11347347-11347580	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0201	0.0529	0.0267	0.0074	0.0335	0.0195	0.0207	0.0074	0.032	0.0354	0.032	0.1766	0.013	0.0084	0.013	0.0703
chr3L	11348799	11348991	chr3L:11348800-11348991	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.03	0.027	0.0457	0.016	0.018	0.033	0.0268	0.036	0.018	0.0193	0.0495	0.0193	0.1154	0.0046	0.0264	0.0046	0.0193
chr3L	11349098	11349348	chr3L:11349099-11349348	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0347	0.0415	0.0377	0.0237	0.0297	0.0306	0.0519	0.068	0.0297	0.0211	0.0489	0.0211	0.0674	0.0123	0.0516	0.0123	0.0193
chr3L	11350129	11350387	chr3L:11350130-11350387	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0746	0.1732	0.0302	0.0131	0.2047	0.101	0.2465	0.2245	0.2047	0.0217	0.0476	0.0217	0.0163	0.0077	0.0135	0.0077	0.0057
chr3L	11351957	11352108	chr3L:11351958-11352108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0251	0.026	0.0265	0.0226	0.0148	0.0184	0.0389	0.036	0.0148	0.0242	0.0331	0.0242	0.0279	0.0199	0.0148	0.0199	0.0224
chr3L	11353025	11353284	chr3L:11353026-11353284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0151	0.0143	0.0203	0.0053	0.0121	0.0277	0.014	0.0053	0.0103	0.0196	0.0103	0.0124	0.0077	0.0303	0.0077	0.0109
chr3L	11354250	11354401	chr3L:11354251-11354401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0064	0.0072	0.0127	0.0011	0.0068	0.0074	0.0113	0.0011	0.0054	0.0051	0.0054	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0073
chr3L	11354578	11354729	chr3L:11354579-11354729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0088	0.0108	0.0149	0.0021	0.0083	0.0134	0.0107	0.0021	0.0109	0.01	0.0109	0.007	0.0054	0.0039	0.0054	0.0078
chr3L	11354829	11354980	chr3L:11354830-11354980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0111	0.0142	0.0157	0.0032	0.0102	0.019	0.0113	0.0032	0.0181	0.0135	0.0181	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0042
chr3L	11358298	11358897	chr3L:11358299-11358897	FBgn0036155	CG6163	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0241	0.0458	0.1302	0.0106	0.0238	0.0359	0.0273	0.0106	0.0278	0.063	0.0278	0.072	0.0651	0.2315	0.0651	0.2178
chr3L	11360632	11360783	chr3L:11360633-11360783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0197	0.0083	0.0162	0.0362	0.0042	0.0107	0.0134	0.006	0.0042	0.0079	0.0248	0.0079	0.0178	0.01	0.0316	0.01	0.075
chr3L	11360795	11360946	chr3L:11360796-11360946	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.018	0.0059	0.0131	0.037	0.0011	0.0083	0.0095	0.004	0.0011	0.0109	0.018	0.0109	0.0139	0.0092	0.0284	0.0092	0.0891
chr3L	11361146	11361369	chr3L:11361147-11361369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0262	0.0097	0.0241	0.0469	0.0032	0.0136	0.013	0.01	0.0032	0.0205	0.0376	0.0205	0.0232	0.0176	0.0748	0.0176	0.075
chr3L	11361503	11361664	chr3L:11361504-11361664	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0079	0.0245	0.0398	0.0032	0.0097	0.0112	0.0093	0.0032	0.0139	0.0434	0.0139	0.0186	0.0184	0.1044	0.0184	0.0328
chr3L	11362211	11362466	chr3L:11362212-11362466	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.046	0.0218	0.06	0.0575	0.0064	0.032	0.0169	0.036	0.0064	0.0393	0.1016	0.0393	0.0403	0.0207	0.1425	0.0207	0.0568
chr3L	11362797	11363005	chr3L:11362798-11363005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0372	0.0146	0.049	0.0496	0.0053	0.0248	0.0143	0.0187	0.0053	0.0429	0.0672	0.0429	0.0604	0.0283	0.0774	0.0283	0.0771
chr3L	11363226	11363397	chr3L:11363227-11363397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0095	0.0369	0.0319	0.0032	0.0126	0.0104	0.0133	0.0032	0.0374	0.0592	0.0374	0.0217	0.023	0.0729	0.023	0.0344
chr3L	11363652	11363841	chr3L:11363653-11363841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0309	0.014	0.0411	0.0387	0.0053	0.0204	0.0164	0.016	0.0053	0.0405	0.0611	0.0405	0.0333	0.0383	0.0632	0.0383	0.0542
chr3L	11366460	11366611	chr3L:11366461-11366611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0209	0.0093	0.0292	0.0246	0.0042	0.0131	0.0091	0.0133	0.0042	0.035	0.0334	0.035	0.0302	0.0559	0.0277	0.0559	0.0167
chr3L	11366682	11366833	chr3L:11366683-11366833	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0173	0.006	0.0232	0.0234	0.0021	0.0078	0.0078	0.006	0.0021	0.0314	0.027	0.0314	0.024	0.0582	0.0219	0.0582	0.0172
chr3L	11367373	11367598	chr3L:11367374-11367598	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0818	0.0927	0.0966	0.0533	0.0785	0.1204	0.0943	0.1119	0.0785	0.1395	0.1003	0.1395	0.1084	0.111	0.0387	0.111	0.0464
chr3L	11367713	11367864	chr3L:11367714-11367864	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0353	0.0317	0.0496	0.0238	0.0148	0.0456	0.0355	0.0333	0.0148	0.0749	0.0508	0.0749	0.0612	0.0536	0.0226	0.0536	0.0198
chr3L	11368328	11368526	chr3L:11368329-11368526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0499	0.0272	0.0668	0.0567	0.0064	0.049	0.0225	0.0313	0.0064	0.1516	0.0633	0.1516	0.0333	0.1907	0.0393	0.1907	0.0266
chr3L	11368706	11368889	chr3L:11368707-11368889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0427	0.0268	0.0598	0.0416	0.0053	0.0485	0.0255	0.0247	0.0053	0.1383	0.0563	0.1383	0.031	0.1424	0.0264	0.1424	0.0188
chr3L	11369461	11369612	chr3L:11369462-11369612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0178	0.0085	0.0259	0.0192	0.0032	0.017	0.0078	0.0073	0.0032	0.0556	0.018	0.0556	0.031	0.0199	0.011	0.0199	0.0422
chr3L	11369622	11369773	chr3L:11369623-11369773	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0266	0.0142	0.0423	0.0233	0.0053	0.0272	0.0121	0.0133	0.0053	0.0894	0.0305	0.0894	0.0473	0.0268	0.0148	0.0268	0.0464
chr3L	11370551	11370702	chr3L:11370552-11370702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0115	0.0235	0.0206	0.0085	0.0112	0.0173	0.01	0.0085	0.0181	0.0277	0.0181	0.0147	0.01	0.0187	0.01	0.013
chr3L	11370767	11371057	chr3L:11370768-11371057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0172	0.0358	0.0216	0.0106	0.018	0.0255	0.016	0.0106	0.0266	0.0399	0.0266	0.0209	0.013	0.0187	0.013	0.0135
chr3L	11371310	11371461	chr3L:11371311-11371461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.022	0.0138	0.0365	0.0152	0.0074	0.0155	0.0164	0.0167	0.0074	0.0254	0.063	0.0254	0.0124	0.0046	0.0303	0.0046	0.0083
chr3L	11373186	11373396	chr3L:11373187-11373396	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0475	0.0213	0.0641	0.0586	0.0095	0.0277	0.0285	0.0207	0.0095	0.0314	0.1093	0.0314	0.0573	0.0145	0.1702	0.0145	0.0552
chr3L	11373449	11373646	chr3L:11373450-11373646	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0519	0.0224	0.0684	0.0667	0.0095	0.032	0.0234	0.0286	0.0095	0.0248	0.1167	0.0248	0.0736	0.0153	0.1773	0.0153	0.0698
chr3L	11374217	11374394	chr3L:11374218-11374394	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0379	0.0155	0.056	0.043	0.0095	0.0194	0.0186	0.0167	0.0095	0.0296	0.0775	0.0296	0.0829	0.0107	0.1006	0.0107	0.0537
chr3L	11374469	11374638	chr3L:11374470-11374638	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0492	0.027	0.0732	0.0476	0.018	0.0311	0.0277	0.04	0.018	0.0272	0.1232	0.0272	0.0751	0.0138	0.127	0.0138	0.0422
chr3L	11374935	11375148	chr3L:11374936-11375148	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0557	0.0314	0.0801	0.056	0.0201	0.0345	0.0277	0.0526	0.0201	0.038	0.137	0.038	0.0612	0.0283	0.1225	0.0283	0.0547
chr3L	11375989	11376140	chr3L:11375990-11376140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0125	0.0232	0.0114	0.0042	0.0121	0.0216	0.0107	0.0042	0.0127	0.0228	0.0127	0.0163	0.0023	0.0123	0.0023	0.0115
chr3L	11377440	11377654	chr3L:11377441-11377654	FBgn0261813	CG42755	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0746	0.0439	0.115	0.0645	0.0191	0.0684	0.035	0.0633	0.0191	0.0984	0.1875	0.0984	0.0627	0.0528	0.1096	0.0528	0.0318
chr3L	11377727	11377878	chr3L:11377728-11377878	FBgn0261813	CG42755	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0483	0.0254	0.0741	0.0457	0.0095	0.0408	0.0225	0.0346	0.0095	0.0507	0.1254	0.0507	0.0387	0.0322	0.0632	0.0322	0.0255
chr3L	11378666	11378817	chr3L:11378667-11378817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0135	0.0071	0.0179	0.0157	0.0042	0.0121	0.0082	0.004	0.0042	0.0139	0.019	0.0139	0.0256	0.0054	0.0084	0.0054	0.012
chr3L	11380401	11380681	chr3L:11380402-11380681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0363	0.0294	0.0468	0.0324	0.0138	0.0369	0.0255	0.05	0.0138	0.0489	0.0695	0.0489	0.0201	0.0368	0.0522	0.0368	0.0156
chr3L	11382149	11382379	chr3L:11382150-11382379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0371	0.0341	0.0456	0.0312	0.0233	0.0607	0.0264	0.0346	0.0233	0.0731	0.0547	0.0731	0.0194	0.0559	0.0368	0.0559	0.013
chr3L	11384711	11384862	chr3L:11384712-11384862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0103	0.022	0.0192	0.0011	0.0112	0.0164	0.0107	0.0011	0.0133	0.0228	0.0133	0.0132	0.0038	0.0116	0.0038	0.0099
chr3L	11384965	11385127	chr3L:11384966-11385127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0095	0.0245	0.0216	0.0021	0.0131	0.0121	0.0113	0.0021	0.0151	0.0257	0.0151	0.0147	0.0061	0.0097	0.0061	0.0135
chr3L	11386344	11386501	chr3L:11386345-11386501	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0196	0.0434	0.0164	0.0032	0.033	0.0195	0.0233	0.0032	0.0308	0.0752	0.0308	0.0225	0.0107	0.0335	0.0107	0.0125
chr3L	11386919	11387091	chr3L:11386920-11387091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0174	0.0363	0.0188	0.0074	0.0214	0.0208	0.022	0.0074	0.0151	0.0672	0.0151	0.0217	0.0107	0.0438	0.0107	0.0083
chr3L	11390075	11390226	chr3L:11390076-11390226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0202	0.0202	0.0284	0.0111	0.0106	0.0175	0.0272	0.0266	0.0106	0.0181	0.0463	0.0181	0.0132	0.0077	0.0084	0.0077	0.0099
chr3L	11392698	11392849	chr3L:11392699-11392849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0108	0.0187	0.0149	0.0074	0.0073	0.0186	0.0127	0.0074	0.0054	0.0347	0.0054	0.0054	0.0023	0.0368	0.0023	0.0063
chr3L	11393600	11393784	chr3L:11393601-11393784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0169	0.0235	0.0284	0.0074	0.0184	0.0247	0.018	0.0074	0.0145	0.0209	0.0145	0.0132	0.0084	0.009	0.0084	0.0078
chr3L	11394059	11394304	chr3L:11394060-11394304	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0395	0.0249	0.0358	0.06	0.0127	0.033	0.0333	0.0207	0.0127	0.0187	0.027	0.0187	0.0116	0.01	0.0129	0.01	0.0115
chr3L	11394951	11395102	chr3L:11394952-11395102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.016	0.0218	0.0285	0.0095	0.015	0.0225	0.0213	0.0095	0.0121	0.0222	0.0121	0.0093	0.013	0.0148	0.013	0.0109
chr3L	11395166	11395394	chr3L:11395167-11395394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0281	0.0216	0.0275	0.0361	0.0095	0.0325	0.0255	0.0207	0.0095	0.0187	0.0273	0.0187	0.0101	0.0077	0.0142	0.0077	0.0135
chr3L	11395707	11395858	chr3L:11395708-11395858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0135	0.016	0.0238	0.0053	0.0194	0.0164	0.014	0.0053	0.0163	0.018	0.0163	0.0046	0.0038	0.011	0.0038	0.0068
chr3L	11396500	11396651	chr3L:11396501-11396651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0288	0.0244	0.0433	0.0177	0.0117	0.0316	0.0277	0.0326	0.0117	0.0296	0.0723	0.0296	0.0085	0.01	0.0142	0.01	0.0068
chr3L	11396933	11397126	chr3L:11396934-11397126	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0349	0.0267	0.0379	0.0408	0.0106	0.034	0.0225	0.0453	0.0106	0.0145	0.046	0.0145	0.0046	0.0054	0.009	0.0054	0.0063
chr3L	11397161	11397312	chr3L:11397162-11397312	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0274	0.0273	0.0306	0.0074	0.0408	0.0199	0.0466	0.0074	0.0133	0.0334	0.0133	0.007	0.0046	0.011	0.0046	0.0094
chr3L	11398870	11399141	chr3L:11398871-11399141	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0631	0.0278	0.0971	0.0652	0.0074	0.0471	0.0251	0.0346	0.0074	0.0556	0.1839	0.0556	0.0426	0.0291	0.1921	0.0291	0.0391
chr3L	11399212	11399537	chr3L:11399213-11399537	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.0422	0.1261	0.0746	0.0074	0.0718	0.0303	0.0646	0.0074	0.058	0.2505	0.058	0.0442	0.0314	0.2115	0.0314	0.0485
chr3L	11399669	11400078	chr3L:11399670-11400078	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1141	0.093	0.1669	0.0799	0.017	0.1442	0.0458	0.1852	0.017	0.0743	0.3109	0.0743	0.0821	0.0191	0.2411	0.0191	0.0485
chr3L	11400172	11400323	chr3L:11400173-11400323	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0519	0.0429	0.0745	0.037	0.0053	0.0602	0.0229	0.0946	0.0053	0.0296	0.1383	0.0296	0.0356	0.0176	0.1012	0.0176	0.0219
chr3L	11400664	11400867	chr3L:11400665-11400867	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0329	0.0145	0.041	0.0446	0.0042	0.0214	0.013	0.022	0.0042	0.0211	0.0701	0.0211	0.0256	0.0138	0.1238	0.0138	0.0375
chr3L	11401087	11401238	chr3L:11401088-11401238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0097	0.0209	0.0231	0.0032	0.0136	0.0108	0.0113	0.0032	0.0139	0.0328	0.0139	0.0139	0.0054	0.0522	0.0054	0.0234
chr3L	11401577	11401728	chr3L:11401578-11401728	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0204	0.0121	0.0228	0.0272	0.0064	0.0141	0.013	0.018	0.0064	0.0139	0.035	0.0139	0.0232	0.0168	0.0393	0.0168	0.0412
chr3L	11406316	11406648	chr3L:11406317-11406648	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0517	0.1132	0.0382	0.0064	0.0752	0.029	0.1139	0.0064	0.0374	0.1672	0.0374	0.0279	0.0176	0.0522	0.0176	0.0193
chr3L	11406666	11406828	chr3L:11406667-11406828	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0452	0.0348	0.0737	0.0256	0.0064	0.0413	0.0255	0.0766	0.0064	0.0284	0.091	0.0284	0.017	0.0061	0.0251	0.0061	0.0109
chr3L	11407269	11407433	chr3L:11407270-11407433	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0442	0.0223	0.0684	0.0421	0.0074	0.0359	0.0221	0.026	0.0074	0.0525	0.063	0.0525	0.0178	0.0161	0.0181	0.0161	0.0203
chr3L	11407946	11408267	chr3L:11407947-11408267	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0797	0.082	0.1023	0.0522	0.0276	0.1277	0.0666	0.1173	0.0276	0.1226	0.0842	0.1226	0.0372	0.0138	0.029	0.0138	0.0198
chr3L	11408300	11408512	chr3L:11408301-11408512	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0616	0.0563	0.082	0.0453	0.0085	0.1097	0.0337	0.0753	0.0085	0.1335	0.0588	0.1335	0.0271	0.0153	0.0174	0.0153	0.0151
chr3L	11409612	11409763	chr3L:11409613-11409763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0428	0.0343	0.0646	0.0283	0.0085	0.0364	0.0458	0.046	0.0085	0.0459	0.0894	0.0459	0.0829	0.0245	0.0451	0.0245	0.0313
chr3L	11409768	11410056	chr3L:11409769-11410056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0733	0.0435	0.1174	0.0583	0.0117	0.0602	0.0454	0.0586	0.0117	0.1159	0.1447	0.1159	0.1689	0.0704	0.0916	0.0704	0.0688
chr3L	11410190	11410497	chr3L:11410191-11410497	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1109	0.0522	0.1723	0.1089	0.0064	0.1272	0.029	0.0426	0.0064	0.2711	0.1736	0.2711	0.2122	0.2044	0.1244	0.2044	0.1152
chr3L	11410622	11410797	chr3L:11410623-11410797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0833	0.0329	0.1486	0.0678	0.0064	0.083	0.0112	0.0306	0.0064	0.2651	0.1447	0.2651	0.158	0.1302	0.0799	0.1302	0.0766
chr3L	11411022	11411331	chr3L:11411023-11411331	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1132	0.0751	0.1701	0.0934	0.0255	0.1617	0.0398	0.0839	0.0255	0.2687	0.1852	0.2687	0.182	0.1654	0.1393	0.1654	0.0855
chr3L	11411645	11412075	chr3L:11411646-11412075	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.107	0.0951	0.153	0.0696	0.0329	0.1718	0.0701	0.1179	0.0329	0.2144	0.1633	0.2144	0.196	0.0804	0.1109	0.0804	0.0651
chr3L	11412495	11412708	chr3L:11412496-11412708	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0646	0.0518	0.0886	0.0525	0.0159	0.0689	0.0666	0.0593	0.0159	0.0864	0.1151	0.0864	0.1007	0.0475	0.1006	0.0475	0.0438
chr3L	11412717	11412868	chr3L:11412718-11412868	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0413	0.0315	0.0551	0.037	0.0138	0.0398	0.0433	0.0333	0.0138	0.0513	0.0765	0.0513	0.048	0.0299	0.0774	0.0299	0.0307
chr3L	11414220	11414398	chr3L:11414221-11414398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0462	0.0708	0.0405	0.0251	0.0318	0.1034	0.0493	0.1126	0.0318	0.0411	0.027	0.0411	0.0139	0.0092	0.0097	0.0092	0.0073
chr3L	11414973	11415124	chr3L:11414974-11415124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0454	0.0415	0.0614	0.0322	0.0138	0.084	0.0329	0.0433	0.0138	0.0755	0.046	0.0755	0.0186	0.0115	0.011	0.0115	0.0104
chr3L	11415265	11415451	chr3L:11415266-11415451	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0599	0.043	0.078	0.0588	0.018	0.0718	0.0346	0.056	0.018	0.0833	0.0479	0.0833	0.0225	0.0222	0.0193	0.0222	0.0109
chr3L	11415757	11416014	chr3L:11415758-11416014	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0813	0.0451	0.1169	0.0826	0.0148	0.0816	0.032	0.0606	0.0148	0.1202	0.0836	0.1202	0.0372	0.0138	0.0258	0.0138	0.0245
chr3L	11416539	11416783	chr3L:11416540-11416783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.055	0.0255	0.0963	0.0425	0.0074	0.0403	0.0255	0.0326	0.0074	0.1268	0.1251	0.1268	0.0527	0.0551	0.0613	0.0551	0.0255
chr3L	11416837	11417101	chr3L:11416838-11417101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0562	0.0339	0.0991	0.034	0.0095	0.0544	0.0359	0.0386	0.0095	0.1389	0.1257	0.1389	0.0364	0.0498	0.0348	0.0498	0.0115
chr3L	11417467	11417688	chr3L:11417468-11417688	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0751	0.0396	0.1293	0.0553	0.0053	0.0898	0.0264	0.0373	0.0053	0.282	0.1431	0.282	0.0271	0.1631	0.0561	0.1631	0.0224
chr3L	11421545	11421765	chr3L:11421546-11421765	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1226	0.0779	0.1819	0.1075	0.0318	0.1388	0.0489	0.0986	0.0318	0.2277	0.2119	0.2277	0.1851	0.1378	0.1425	0.1378	0.1496
chr3L	11422572	11422892	chr3L:11422573-11422892	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0487	0.0289	0.0687	0.049	0.0117	0.0485	0.0285	0.03	0.0117	0.1335	0.0553	0.1335	0.0806	0.1685	0.0264	0.1685	0.025
chr3L	11423068	11423228	chr3L:11423069-11423228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0324	0.0218	0.0451	0.0304	0.0074	0.0364	0.0169	0.0306	0.0074	0.096	0.0412	0.096	0.024	0.098	0.0213	0.098	0.0167
chr3L	11425119	11425301	chr3L:11425120-11425301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0305	0.0311	0.0195	0.0127	0.0398	0.0316	0.0433	0.0127	0.0223	0.0444	0.0223	0.0271	0.0061	0.0522	0.0061	0.0109
chr3L	11425657	11425854	chr3L:11425658-11425854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0259	0.0418	0.0167	0.0106	0.0544	0.0203	0.0213	0.0106	0.0634	0.0473	0.0634	0.0248	0.0123	0.029	0.0123	0.0115
chr3L	11427271	11427469	chr3L:11427272-11427469	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0369	0.016	0.0075	0.0085	0.0612	0.0268	0.052	0.0085	0.0193	0.0183	0.0193	0.0093	0.01	0.0084	0.01	0.0078
chr3L	11428908	11429159	chr3L:11428909-11429159	FBgn0036158	CG6149	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0288	0.0477	0.0266	0.0102	0.0138	0.0981	0.0385	0.0373	0.0138	0.0284	0.026	0.0284	0.0147	0.0069	0.0071	0.0069	0.0042
chr3L	11432374	11432703	chr3L:11432375-11432703	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0448	0.0596	0.0468	0.0262	0.0233	0.1267	0.0372	0.064	0.0233	0.1244	0.0257	0.1244	0.0077	0.0092	0.009	0.0092	0.012
chr3L	11433477	11433628	chr3L:11433478-11433628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0159	0.0181	0.0161	0.0134	0.0042	0.0267	0.0247	0.0147	0.0042	0.0338	0.0119	0.0338	0.0132	0.0069	0.0052	0.0069	0.0063
chr3L	11433679	11433830	chr3L:11433680-11433830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0207	0.0249	0.0214	0.015	0.0064	0.0471	0.0277	0.0193	0.0064	0.0429	0.0196	0.0429	0.0116	0.0145	0.0129	0.0145	0.0115
chr3L	11433894	11434086	chr3L:11433895-11434086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0237	0.029	0.0241	0.0173	0.0053	0.067	0.0238	0.016	0.0053	0.0519	0.0196	0.0519	0.0155	0.0168	0.0135	0.0168	0.0162
chr3L	11435147	11435481	chr3L:11435148-11435481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0314	0.0201	0.0348	0.0402	0.0064	0.0422	0.0156	0.016	0.0064	0.0229	0.045	0.0229	0.062	0.0214	0.0877	0.0214	0.0474
chr3L	11435627	11435778	chr3L:11435628-11435778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.0131	0.0176	0.0207	0.0042	0.0184	0.0117	0.0187	0.0042	0.0079	0.0241	0.0079	0.0232	0.0168	0.0406	0.0168	0.0188
chr3L	11436474	11436659	chr3L:11436475-11436659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.029	0.0405	0.0218	0.0241	0.0255	0.0447	0.0458	0.052	0.0255	0.0151	0.0312	0.0151	0.017	0.0092	0.0677	0.0092	0.0099
chr3L	11436931	11437082	chr3L:11436932-11437082	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0065	0.0074	0.0171	0.0032	0.0083	0.0099	0.004	0.0032	0.0042	0.01	0.0042	0.0093	0.0061	0.0548	0.0061	0.0052
chr3L	11437122	11437273	chr3L:11437123-11437273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0083	0.0098	0.0135	0.0011	0.0078	0.0156	0.0067	0.0011	0.0103	0.0119	0.0103	0.0116	0.0031	0.0393	0.0031	0.0052
chr3L	11437701	11437852	chr3L:11437702-11437852	FBgn0036159	CG7557	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0142	0.0137	0.0161	0.0127	0.0053	0.0189	0.0147	0.02	0.0053	0.0205	0.0193	0.0205	0.0093	0.0069	0.0368	0.0069	0.0068
chr3L	11454318	11454469	chr3L:11454319-11454469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0071	0.0075	0.0089	0.0032	0.0068	0.013	0.0053	0.0032	0.0085	0.0087	0.0085	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0047
chr3L	11455870	11456026	chr3L:11455871-11456026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0185	0.0298	0.018	0.0065	0.0191	0.017	0.0355	0.06	0.0191	0.0091	0.0141	0.0091	0.0093	0.0054	0.0058	0.0054	0.0047
chr3L	11458887	11459038	chr3L:11458888-11459038	FBgn0036162	CG6140	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0145	0.0154	0.0107	0.0127	0.0121	0.0182	0.0173	0.0127	0.0103	0.0257	0.0103	0.007	0.0023	0.0258	0.0023	0.0047
chr3L	11464936	11465163	chr3L:11464937-11465163	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.064	0.0869	0.0624	0.0402	0.0742	0.0893	0.0995	0.1166	0.0742	0.1226	0.0498	0.1226	0.0612	0.0513	0.0213	0.0513	0.0198
chr3L	11465428	11465634	chr3L:11465429-11465634	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0605	0.0881	0.0588	0.0316	0.0636	0.0893	0.0969	0.1306	0.0636	0.122	0.0457	0.122	0.0503	0.0475	0.0226	0.0475	0.0182
chr3L	11465674	11465854	chr3L:11465675-11465854	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.04	0.0563	0.0396	0.0221	0.0318	0.0558	0.0636	0.0846	0.0318	0.0797	0.0334	0.0797	0.0263	0.0276	0.0123	0.0276	0.0109
chr3L	11465949	11466221	chr3L:11465950-11466221	FBgn0028667	Vha16-3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0338	0.0472	0.0348	0.0178	0.0382	0.0427	0.0571	0.0626	0.0382	0.0531	0.0344	0.0531	0.0232	0.0115	0.0097	0.0115	0.0109
chr3L	11470442	11470593	chr3L:11470443-11470593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0066	0.0076	0.0132	0.0011	0.0044	0.0134	0.0073	0.0011	0.0085	0.0084	0.0085	0.0023	0.0046	6e-04	0.0046	0.0047
chr3L	11470789	11470940	chr3L:11470790-11470940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0076	0.0099	0.0196	0.0032	0.0083	0.0138	0.004	0.0032	0.0097	0.0087	0.0097	0.0093	0.0046	0.0032	0.0046	0.0063
chr3L	11472223	11472374	chr3L:11472224-11472374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0079	0.0095	0.0104	0.0042	0.0068	0.0099	0.0133	0.0042	0.0139	0.0093	0.0139	0.0046	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chr3L	11477292	11477443	chr3L:11477293-11477443	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0111	0.0157	0.0234	0.0042	0.0097	0.0182	0.012	0.0042	0.0181	0.0158	0.0181	0.0085	0.0084	0.0077	0.0084	0.0094
chr3L	11480438	11480617	chr3L:11480439-11480617	FBgn0036165	chrb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1994	0.1422	0.2598	0.1972	0.0679	0.2141	0.1246	0.1912	0.0679	0.311	0.2958	0.311	0.2417	0.2159	0.2205	0.2159	0.2064
chr3L	11480628	11480926	chr3L:11480629-11480926	FBgn0036165	chrb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3008	0.2001	0.3835	0.3227	0.1071	0.3112	0.1648	0.2485	0.1071	0.4638	0.4209	0.4638	0.4028	0.3576	0.3482	0.3576	0.3674
chr3L	11482606	11482757	chr3L:11482607-11482757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0442	0.0391	0.0618	0.0306	0.0127	0.0549	0.0458	0.0446	0.0127	0.0441	0.0842	0.0441	0.0279	0.026	0.0393	0.026	0.0172
chr3L	11484692	11485167	chr3L:11484693-11485167	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1722	0.2107	0.1734	0.128	0.1856	0.1937	0.2647	0.2665	0.1856	0.2246	0.209	0.2246	0.096	0.1508	0.1509	0.1508	0.1094
chr3L	11485659	11485933	chr3L:11485660-11485933	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0916	0.0693	0.1211	0.0841	0.035	0.0981	0.0848	0.0626	0.035	0.1969	0.1299	0.1969	0.086	0.1133	0.0825	0.1133	0.0844
chr3L	11486575	11486845	chr3L:11486576-11486845	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1135	0.0612	0.1443	0.1383	0.0223	0.0811	0.0593	0.0913	0.0223	0.1467	0.2029	0.1467	0.0875	0.1577	0.1625	0.1577	0.0964
chr3L	11487319	11487470	chr3L:11487320-11487470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.0189	0.0556	0.0329	0.0053	0.0248	0.0221	0.0253	0.0053	0.0399	0.0878	0.0399	0.0225	0.0276	0.06	0.0276	0.024
chr3L	11487659	11487853	chr3L:11487660-11487853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0508	0.0436	0.0683	0.0395	0.0064	0.0689	0.032	0.0666	0.0064	0.0707	0.099	0.0707	0.0287	0.0528	0.0645	0.0528	0.025
chr3L	11488151	11488302	chr3L:11488152-11488302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0387	0.0259	0.0593	0.0304	0.0085	0.0311	0.0268	0.0406	0.0085	0.0489	0.0932	0.0489	0.0271	0.0291	0.0535	0.0291	0.0198
chr3L	11490407	11490638	chr3L:11490408-11490638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.028	0.0541	0.0354	0.0053	0.034	0.0368	0.0326	0.0053	0.0417	0.0884	0.0417	0.0209	0.0291	0.0671	0.0291	0.0245
chr3L	11490960	11491420	chr3L:11490961-11491420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0631	0.0422	0.0838	0.0638	0.017	0.0573	0.0458	0.0546	0.017	0.0604	0.1386	0.0604	0.0395	0.0528	0.1025	0.0528	0.0474
chr3L	11491577	11491836	chr3L:11491578-11491836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0417	0.0303	0.0557	0.039	0.0117	0.0379	0.0333	0.044	0.0117	0.038	0.0955	0.038	0.0201	0.0306	0.0722	0.0306	0.0302
chr3L	11501754	11501905	chr3L:11501755-11501905	FBgn0053500	CG33500	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.013	0.0269	0.0231	0.0053	0.0126	0.0169	0.0173	0.0053	0.0151	0.0441	0.0151	0.0178	0.0191	0.0445	0.0191	0.0151
chr3L	11502082	11502347	chr3L:11502083-11502347	FBgn0003378,FBgn0053500	CG33500,Sgs8	none	none	Sgs7	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0371	0.0224	0.0505	0.0389	0.0074	0.0252	0.0272	0.03	0.0074	0.035	0.0797	0.035	0.0341	0.0444	0.0561	0.0444	0.0297
chr3L	11503470	11503679	chr3L:11503471-11503679	FBgn0053272	CG33272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0332	0.0223	0.04	0.0379	0.0127	0.0252	0.0298	0.0273	0.0127	0.0338	0.0489	0.0338	0.0442	0.0299	0.0625	0.0299	0.0453
chr3L	11504450	11504630	chr3L:11504451-11504630	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Sgs3	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1147	0.0907	0.1297	0.1252	0.0509	0.1146	0.0839	0.1392	0.0509	0.1455	0.1588	0.1455	0.1371	0.1286	0.1238	0.1286	0.1631
chr3L	11504730	11504903	chr3L:11504731-11504903	FBgn0003373	Sgs3	none	none	Sgs3	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0531	0.084	0.0844	0.0276	0.0626	0.0541	0.0779	0.0276	0.0821	0.1039	0.0821	0.0821	0.0681	0.0903	0.0681	0.1126
chr3L	11505036	11505187	chr3L:11505037-11505187	FBgn0003373	Sgs3	none	none	Sgs3	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0178	0.0236	0.0311	0.0064	0.0214	0.0216	0.0227	0.0064	0.0229	0.0286	0.0229	0.0217	0.026	0.0368	0.026	0.0406
chr3L	11505549	11505740	chr3L:11505550-11505740	FBgn0003373	Sgs3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0671	0.0341	0.0566	0.1154	0.0159	0.0539	0.0311	0.042	0.0159	0.0344	0.0576	0.0344	0.0821	0.1225	0.1296	0.1225	0.1282
chr3L	11506098	11506354	chr3L:11506099-11506354	FBgn0036168	CG7512	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0373	0.0257	0.0383	0.0492	0.0064	0.032	0.0381	0.0247	0.0064	0.0314	0.0424	0.0314	0.0426	0.0383	0.06	0.0383	0.0453
chr3L	11506663	11506814	chr3L:11506664-11506814	FBgn0036168	CG7512	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0188	0.0241	0.026	0.0095	0.0189	0.0272	0.0266	0.0095	0.0223	0.0354	0.0223	0.0178	0.0138	0.0677	0.0138	0.013
chr3L	11516033	11516309	chr3L:11516034-11516309	FBgn0036170	CG11714	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0616	0.0646	0.0429	0.0339	0.0631	0.08	0.072	0.0339	0.0773	0.0743	0.0773	0.0697	0.0521	0.0651	0.0521	0.0443
chr3L	11516486	11516686	chr3L:11516487-11516686	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1586	0.1539	0.1845	0.1354	0.1018	0.1879	0.1665	0.1972	0.1018	0.2283	0.2145	0.2283	0.1844	0.1631	0.1799	0.1631	0.1949
chr3L	11516891	11517042	chr3L:11516892-11517042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0457	0.0484	0.0527	0.035	0.0308	0.0505	0.051	0.0706	0.0308	0.0586	0.065	0.0586	0.0604	0.0368	0.0406	0.0368	0.0599
chr3L	11517141	11517292	chr3L:11517142-11517292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0253	0.0317	0.0223	0.0106	0.0277	0.0307	0.0313	0.0106	0.038	0.0424	0.038	0.0248	0.0214	0.0277	0.0214	0.0334
chr3L	11519933	11520084	chr3L:11519934-11520084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0141	0.0231	0.0228	0.0074	0.0146	0.0208	0.0167	0.0074	0.0151	0.0225	0.0151	0.0503	0.01	0.0097	0.01	0.0657
chr3L	11520620	11520771	chr3L:11520621-11520771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0158	0.0217	0.0291	0.0117	0.0146	0.0212	0.02	0.0117	0.0151	0.0228	0.0151	0.0465	0.0115	0.0187	0.0115	0.0771
chr3L	11520998	11521149	chr3L:11520999-11521149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0132	0.0225	0.0338	0.0064	0.015	0.0173	0.016	0.0064	0.0127	0.0248	0.0127	0.0426	0.01	0.0226	0.01	0.0917
chr3L	11521663	11521825	chr3L:11521664-11521825	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0153	0.0251	0.0285	0.0106	0.0117	0.0229	0.02	0.0106	0.0199	0.0186	0.0199	0.0643	0.0092	0.0123	0.0092	0.0792
chr3L	11524475	11524737	chr3L:11524476-11524737	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0342	0.0398	0.0305	0.032	0.018	0.0612	0.0415	0.0386	0.018	0.0199	0.037	0.0199	0.0511	0.0123	0.0264	0.0123	0.0667
chr3L	11525064	11525312	chr3L:11525065-11525312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0313	0.0343	0.0423	0.0106	0.0369	0.0385	0.0433	0.0106	0.0254	0.0424	0.0254	0.0426	0.0253	0.0516	0.0253	0.0474
chr3L	11525314	11525549	chr3L:11525315-11525549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0272	0.0368	0.0329	0.0095	0.0301	0.032	0.0393	0.0095	0.0254	0.0466	0.0254	0.0457	0.023	0.0445	0.023	0.0328
chr3L	11526162	11526383	chr3L:11526163-11526383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0291	0.0262	0.0349	0.0259	0.0095	0.0291	0.0337	0.0326	0.0095	0.0278	0.0386	0.0278	0.0581	0.0199	0.0284	0.0199	0.0495
chr3L	11527017	11527168	chr3L:11527018-11527168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0214	0.0169	0.0213	0.0266	0.0053	0.0141	0.0247	0.0253	0.0053	0.0193	0.0277	0.0193	0.0341	0.01	0.06	0.01	0.0339
chr3L	11527250	11527401	chr3L:11527251-11527401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0249	0.0174	0.0311	0.0263	0.0042	0.0204	0.0203	0.0247	0.0042	0.038	0.035	0.038	0.0418	0.0237	0.0503	0.0237	0.0318
chr3L	11527579	11527776	chr3L:11527580-11527776	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.078	0.0536	0.1034	0.0773	0.0244	0.0612	0.0649	0.0726	0.0244	0.1178	0.119	0.1178	0.151	0.0965	0.1173	0.0965	0.0933
chr3L	11530194	11530361	chr3L:11530195-11530361	distal	distal	stage14	stage14	VT29202.1	VT29202.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0157	0.0291	0.0198	0.0064	0.0141	0.0225	0.0227	0.0064	0.0145	0.0514	0.0145	0.0194	0.0054	0.0593	0.0054	0.0089
chr3L	11532594	11532745	chr3L:11532595-11532745	distal	distal	stage14	stage14	VT29203.1	VT29203.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0165	0.0127	0.0184	0.0064	0.0155	0.0285	0.0167	0.0064	0.0072	0.0193	0.0072	0.0139	0.0061	0.0413	0.0061	0.0146
chr3L	11533138	11533349	chr3L:11533139-11533349	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29203.1,VT29204.1	VT29203.1,VT29204.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.0233	0.0324	0.0336	0.0074	0.0233	0.0346	0.0306	0.0074	0.0199	0.0466	0.0199	0.0302	0.0138	0.0845	0.0138	0.0287
chr3L	11533390	11533588	chr3L:11533391-11533588	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29204.1	VT29204.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0282	0.0219	0.0343	0.0285	0.0064	0.0248	0.0324	0.024	0.0064	0.026	0.0463	0.026	0.0395	0.0138	0.0651	0.0138	0.0266
chr3L	11537706	11537857	chr3L:11537707-11537857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.0111	0.0193	0.0156	0.0042	0.0121	0.0138	0.0167	0.0042	0.0127	0.0232	0.0127	0.031	0.0077	0.0135	0.0077	0.0344
chr3L	11539040	11539191	chr3L:11539041-11539191	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.019	0.0183	0.0237	0.0146	0.0106	0.0189	0.0229	0.0213	0.0106	0.0181	0.0379	0.0181	0.0178	0.01	0.0219	0.01	0.0193
chr3L	11539240	11539391	chr3L:11539241-11539391	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.0173	0.0251	0.0131	0.0095	0.017	0.0247	0.022	0.0095	0.0145	0.0437	0.0145	0.0139	0.0107	0.0277	0.0107	0.0125
chr3L	11540553	11540704	chr3L:11540554-11540704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.012	0.0226	0.017	0.0021	0.0131	0.0169	0.0167	0.0021	0.0085	0.0399	0.0085	0.0178	0.0061	0.0432	0.0061	0.0141
chr3L	11543991	11544276	chr3L:11543992-11544276	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0661	0.0403	0.086	0.0731	0.0138	0.0558	0.0411	0.0533	0.0138	0.055	0.1553	0.055	0.0442	0.0934	0.1728	0.0934	0.038
chr3L	11545319	11545470	chr3L:11545320-11545470	FBgn0263569	mir-4968	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0334	0.027	0.05	0.0223	0.0074	0.0369	0.0247	0.044	0.0074	0.0405	0.0669	0.0405	0.0194	0.0161	0.0284	0.0161	0.0109
chr3L	11546199	11546639	chr3L:11546200-11546639	FBgn0263569	mir-4968	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.4352	0.3726	0.5184	0.4139	0.3086	0.4699	0.3292	0.5217	0.3086	0.6063	0.5817	0.6063	0.4756	0.4579	0.4558	0.4579	0.4695
chr3L	11547343	11547494	chr3L:11547344-11547494	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0499	0.0471	0.0755	0.0248	0.017	0.0534	0.0346	0.0999	0.017	0.0332	0.1408	0.0332	0.0527	0.026	0.0426	0.026	0.0198
chr3L	11547749	11548083	chr3L:11547750-11548083	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1173	0.1648	0.1192	0.0621	0.1198	0.1277	0.173	0.3118	0.1198	0.0537	0.208	0.0537	0.0705	0.0804	0.098	0.0804	0.0511
chr3L	11550472	11550655	chr3L:11550473-11550655	distal	distal	none	none	VT29213.1	VT29213.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0917	0.1048	0.0857	0.0836	0.0647	0.1126	0.1155	0.1459	0.0647	0.0713	0.0842	0.0713	0.079	0.0758	0.0471	0.0758	0.0745
chr3L	11554178	11554368	chr3L:11554179-11554368	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	VT29215.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0781	0.0785	0.1099	0.0428	0.0604	0.0874	0.0947	0.0926	0.0604	0.122	0.137	0.122	0.1077	0.0651	0.0438	0.0651	0.037
chr3L	11554480	11554819	chr3L:11554481-11554819	FBgn0036173	CG7394	stage11	none	VT29215.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.076	0.097	0.051	0.0456	0.0879	0.0921	0.0926	0.0456	0.0827	0.117	0.0827	0.1108	0.0467	0.0445	0.0467	0.0625
chr3L	11554901	11555234	chr3L:11554902-11555234	FBgn0036173,FBgn0259481	CG7394,Mob2	stage11,stage14,stage5	none	VT29215.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1433	0.1163	0.1764	0.137	0.07	0.1403	0.1354	0.1419	0.07	0.192	0.1961	0.192	0.1952	0.1317	0.1418	0.1317	0.1553
chr3L	11555252	11555486	chr3L:11555253-11555486	FBgn0036173,FBgn0259481	CG7394,Mob2	stage11,stage14,stage5	none	VT29215.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1407	0.1231	0.1716	0.1263	0.087	0.1471	0.1484	0.1439	0.087	0.1908	0.1936	0.1908	0.1696	0.1172	0.136	0.1172	0.1443
chr3L	11555707	11555900	chr3L:11555708-11555900	FBgn0259481	Mob2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.115	0.0945	0.1508	0.0987	0.0594	0.1068	0.1151	0.1133	0.0594	0.1673	0.1765	0.1673	0.1503	0.111	0.0974	0.111	0.1219
chr3L	11556007	11556158	chr3L:11556008-11556158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.0526	0.0595	0.044	0.0297	0.0417	0.0839	0.0626	0.0297	0.0779	0.0633	0.0779	0.0651	0.0498	0.0426	0.0498	0.0542
chr3L	11579490	11579666	chr3L:11579491-11579666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0432	0.0535	0.0497	0.0246	0.0297	0.0505	0.0709	0.0726	0.0297	0.0622	0.0576	0.0622	0.0488	0.023	0.0413	0.023	0.0292
chr3L	11579878	11580454	chr3L:11579879-11580454	FBgn0003292	rt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2467	0.2673	0.3048	0.1597	0.228	0.283	0.266	0.3964	0.228	0.4475	0.3566	0.4475	0.2223	0.1271	0.3488	0.1271	0.1558
chr3L	11580758	11580996	chr3L:11580759-11580996	FBgn0003292	rt	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.114	0.1415	0.1201	0.0766	0.1326	0.132	0.1414	0.2272	0.1326	0.1443	0.182	0.1443	0.0503	0.0375	0.2334	0.0375	0.0334
chr3L	11581132	11581319	chr3L:11581133-11581319	FBgn0003292	rt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0594	0.0487	0.0793	0.0496	0.0297	0.0573	0.0428	0.0853	0.0297	0.0936	0.126	0.0936	0.0341	0.0214	0.1528	0.0214	0.0214
chr3L	11581647	11581798	chr3L:11581648-11581798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0297	0.0252	0.0352	0.0287	0.0095	0.0291	0.0264	0.042	0.0095	0.0278	0.0624	0.0278	0.0163	0.0123	0.0967	0.0123	0.0094
chr3L	11581835	11581994	chr3L:11581836-11581994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0295	0.0518	0.0394	0.0148	0.0301	0.0329	0.0453	0.0148	0.0236	0.0968	0.0236	0.031	0.0092	0.1367	0.0092	0.013
chr3L	11584839	11585023	chr3L:11584840-11585023	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0281	0.045	0.0237	0.0141	0.0255	0.0447	0.0458	0.0726	0.0255	0.0447	0.0193	0.0447	0.0108	0.0092	0.009	0.0092	0.0063
chr3L	11589688	11589915	chr3L:11589689-11589915	FBgn0036179	CG7368	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0301	0.0375	0.0284	0.0237	0.0318	0.0267	0.0614	0.0393	0.0318	0.0423	0.0203	0.0423	0.0209	0.0153	0.0077	0.0153	0.024
chr3L	11592303	11592469	chr3L:11592304-11592469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0101	0.0187	0.0262	0.0074	0.0083	0.0177	0.0087	0.0074	0.0338	0.0164	0.0338	0.0101	0.0452	0.0077	0.0452	0.0375
chr3L	11601907	11602204	chr3L:11601908-11602204	FBgn0036180	CG6091	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0724	0.0717	0.0841	0.0604	0.0414	0.0748	0.0908	0.0959	0.0414	0.1063	0.0907	0.1063	0.0922	0.085	0.0709	0.085	0.0693
chr3L	11602252	11602430	chr3L:11602253-11602430	FBgn0036180	CG6091	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.0872	0.1206	0.0958	0.0583	0.0942	0.1025	0.1193	0.0583	0.1407	0.1344	0.1407	0.1286	0.1057	0.1148	0.1057	0.124
chr3L	11602480	11602660	chr3L:11602481-11602660	FBgn0036180	CG6091	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1525	0.1397	0.1811	0.1355	0.0912	0.1607	0.1609	0.1859	0.0912	0.2059	0.2064	0.2059	0.1751	0.1501	0.1496	0.1501	0.1688
chr3L	11602704	11602894	chr3L:11602705-11602894	FBgn0036180,FBgn0262021	CG42832,CG6091	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.122	0.1067	0.1457	0.1132	0.0679	0.1223	0.1263	0.1412	0.0679	0.1673	0.1669	0.1673	0.1464	0.1263	0.1141	0.1263	0.1386
chr3L	11603039	11603358	chr3L:11603040-11603358	FBgn0036180,FBgn0262021	CG42832,CG6091	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0479	0.0548	0.0522	0.0354	0.0339	0.0646	0.0683	0.0613	0.0339	0.0634	0.0585	0.0634	0.0496	0.0368	0.0335	0.0368	0.0485
chr3L	11615506	11615657	chr3L:11615507-11615657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0144	0.0132	0.0119	0.0184	0.0042	0.015	0.0221	0.0133	0.0042	0.0127	0.0119	0.0127	0.0194	0.013	0.009	0.013	0.0438
chr3L	11615927	11616078	chr3L:11615928-11616078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0127	0.011	0.0098	0.0178	0.0064	0.0092	0.019	0.0107	0.0064	0.0115	0.0093	0.0115	0.017	0.0107	0.0052	0.0107	0.0391
chr3L	11616351	11616616	chr3L:11616352-11616616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0244	0.0202	0.0187	0.0354	0.0064	0.0214	0.0324	0.0207	0.0064	0.0169	0.019	0.0169	0.024	0.0222	0.0219	0.0222	0.0604
chr3L	11616762	11616952	chr3L:11616763-11616952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.013	0.0173	0.0629	0.0053	0.0155	0.0221	0.0067	0.0053	0.0133	0.0174	0.0133	0.0349	0.0429	0.0651	0.0429	0.1152
chr3L	11619444	11619633	chr3L:11619445-11619633	FBgn0036183,FBgn0036184	CG6083,PCID2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.0599	0.0703	0.0625	0.0498	0.0592	0.0709	0.0813	0.0498	0.0888	0.0749	0.0888	0.079	0.0773	0.0683	0.0773	0.0782
chr3L	11620760	11620911	chr3L:11620761-11620911	FBgn0042138	CG18815	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0437	0.0529	0.0411	0.0276	0.0505	0.0601	0.0513	0.0276	0.0525	0.0646	0.0525	0.0604	0.0513	0.0406	0.0513	0.0516
chr3L	11621033	11621197	chr3L:11621034-11621197	FBgn0042138	CG18815	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1074	0.0928	0.1235	0.106	0.0636	0.1131	0.1047	0.1179	0.0636	0.1304	0.1357	0.1304	0.1495	0.1179	0.1032	0.1179	0.1266
chr3L	11621377	11621672	chr3L:11621378-11621672	FBgn0042138	CG18815	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0538	0.0619	0.0542	0.0329	0.0544	0.0753	0.06	0.0329	0.0719	0.0653	0.0719	0.0798	0.0582	0.0554	0.0582	0.0631
chr3L	11623434	11623841	chr3L:11623435-11623841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.074	0.0779	0.083	0.0597	0.0509	0.0772	0.1047	0.0986	0.0509	0.0894	0.0913	0.0894	0.0991	0.0697	0.0561	0.0697	0.0719
chr3L	11623908	11624085	chr3L:11623909-11624085	FBgn0052091	CG32091	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0897	0.0847	0.0961	0.0883	0.0636	0.0883	0.0999	0.1106	0.0636	0.1111	0.1045	0.1111	0.1177	0.0835	0.0948	0.0835	0.1188
chr3L	11624446	11624597	chr3L:11624447-11624597	FBgn0052091	CG32091	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0254	0.0156	0.022	0.0402	0.0064	0.0165	0.0216	0.0187	0.0064	0.0308	0.0203	0.0308	0.031	0.0245	0.029	0.0245	0.0938
chr3L	11624777	11624928	chr3L:11624778-11624928	FBgn0052091	CG32091	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0146	0.0166	0.0267	0.0021	0.0136	0.0229	0.018	0.0021	0.0163	0.0158	0.0163	0.0271	0.013	0.0168	0.013	0.0688
chr3L	11629894	11630045	chr3L:11629895-11630045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0105	0.0096	0.0067	0.0157	0.0021	0.0092	0.0173	0.0073	0.0021	0.0054	0.0061	0.0054	0.017	0.0061	0.0097	0.0061	0.0422
chr3L	11630274	11630450	chr3L:11630275-11630450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0133	0.0164	0.0343	0.0021	0.0136	0.0216	0.0133	0.0021	0.0139	0.0132	0.0139	0.0403	0.0199	0.02	0.0199	0.0917
chr3L	11635165	11635316	chr3L:11635166-11635316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0207	0.0189	0.024	0.0192	0.0074	0.0184	0.0294	0.022	0.0074	0.0242	0.0289	0.0242	0.0387	0.026	0.0277	0.026	0.0255
chr3L	11641293	11641444	chr3L:11641294-11641444	FBgn0036187,FBgn0036188	CG11660,CG7339	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0507	0.0754	0.0524	0.0286	0.0621	0.0675	0.054	0.0286	0.0966	0.0807	0.0966	0.0868	0.0605	0.0516	0.0605	0.0646
chr3L	11641479	11641654	chr3L:11641480-11641654	FBgn0036187,FBgn0036188	CG11660,CG7339	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.131	0.1186	0.1435	0.1312	0.0933	0.1451	0.128	0.1492	0.0933	0.1824	0.1563	0.1824	0.1441	0.1508	0.1457	0.1508	0.1537
chr3L	11641729	11641900	chr3L:11641730-11641900	FBgn0036187,FBgn0036188	CG11660,CG7339	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1398	0.1395	0.1448	0.1347	0.1198	0.1592	0.1574	0.1639	0.1198	0.1866	0.1617	0.1866	0.134	0.1547	0.147	0.1547	0.1527
chr3L	11642000	11642224	chr3L:11642001-11642224	FBgn0036187,FBgn0036188	CG11660,CG7339	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0531	0.0511	0.0684	0.0384	0.0392	0.0553	0.0649	0.0566	0.0392	0.0912	0.0701	0.0912	0.0627	0.0429	0.0361	0.0429	0.0474
chr3L	11648233	11648384	chr3L:11648234-11648384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0105	0.0075	0.0102	0.0053	0.0083	0.0182	0.0113	0.0053	0.0103	0.0087	0.0103	0.0062	0.0061	0.0064	0.0061	0.0057
chr3L	11671650	11671801	chr3L:11671651-11671801	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.008	0.0086	0.0213	0.0032	0.0053	0.0138	0.0107	0.0032	0.0103	0.0045	0.0103	0.0108	0.0038	0.0052	0.0038	0.0078
chr3L	11672787	11672938	chr3L:11672788-11672938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0115	0.0105	0.0389	0.0021	0.0121	0.0195	0.0093	0.0021	0.0091	0.0055	0.0091	0.0077	0.0031	0.0045	0.0031	0.0083
chr3L	11673412	11673714	chr3L:11673413-11673714	FBgn0052085	CG32085	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0165	0.0286	0.0953	0.0074	0.0165	0.0281	0.014	0.0074	0.0236	0.0215	0.0236	0.0341	0.0972	0.0503	0.0972	0.0365
chr3L	11674347	11674504	chr3L:11674348-11674504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0257	0.0202	0.0249	0.0327	0.0117	0.0218	0.026	0.0247	0.0117	0.0399	0.0212	0.0399	0.0139	0.0214	0.0142	0.0214	0.0115
chr3L	11674692	11674843	chr3L:11674693-11674843	FBgn0015828	TfIIEalpha	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.04	0.0411	0.0291	0.017	0.0388	0.0619	0.044	0.017	0.0592	0.0421	0.0592	0.038	0.0391	0.0239	0.0391	0.0172
chr3L	11674954	11675428	chr3L:11674955-11675428	FBgn0015828	TfIIEalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1519	0.1573	0.1708	0.1252	0.1145	0.1592	0.2089	0.1885	0.1145	0.2325	0.1778	0.2325	0.1727	0.1363	0.1186	0.1363	0.1527
chr3L	11677003	11677601	chr3L:11677004-11677601	FBgn0036191	Sug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1362	0.1357	0.1294	0.1441	0.0891	0.1442	0.1713	0.1699	0.0891	0.1455	0.1283	0.1455	0.2153	0.1409	0.1264	0.1409	0.222
chr3L	11677650	11677932	chr3L:11677651-11677932	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0692	0.0646	0.0694	0.0742	0.0371	0.0772	0.0839	0.0686	0.0371	0.0815	0.0669	0.0815	0.1247	0.0773	0.0509	0.0773	0.1298
chr3L	11677946	11678097	chr3L:11677947-11678097	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.029	0.0326	0.0361	0.0148	0.0301	0.045	0.0273	0.0148	0.0332	0.0283	0.0332	0.0666	0.0222	0.0219	0.0222	0.0771
chr3L	11679003	11679247	chr3L:11679004-11679247	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0321	0.0247	0.0357	0.0366	0.0127	0.0301	0.035	0.0233	0.0127	0.0344	0.0277	0.0344	0.086	0.0276	0.0226	0.0276	0.0797
chr3L	11684101	11684544	chr3L:11684102-11684544	FBgn0036192,FBgn0036193	CG14135,pallidin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1088	0.1122	0.111	0.1026	0.0615	0.1083	0.1574	0.1379	0.0615	0.1268	0.117	0.1268	0.134	0.0835	0.1006	0.0835	0.1334
chr3L	11684630	11684810	chr3L:11684631-11684810	FBgn0036192,FBgn0036193	CG14135,pallidin	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.1209	0.1279	0.1015	0.07	0.1257	0.1548	0.1546	0.07	0.1443	0.1431	0.1443	0.1371	0.0988	0.1038	0.0988	0.1282
chr3L	11685089	11685268	chr3L:11685090-11685268	FBgn0036193	CG14135	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0636	0.0515	0.0408	0.0329	0.0631	0.0869	0.0779	0.0329	0.064	0.064	0.064	0.0418	0.0398	0.0458	0.0398	0.0469
chr3L	11686190	11686392	chr3L:11686191-11686392	FBgn0264479	CR43887	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1104	0.2556	0.0373	0.0283	0.3107	0.1655	0.3685	0.2831	0.3107	0.0393	0.0428	0.0393	0.0488	0.0291	0.029	0.0291	0.0386
chr3L	11687234	11687422	chr3L:11687235-11687422	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.1194	0.0232	0.015	0.1336	0.0655	0.1981	0.1286	0.1336	0.029	0.0257	0.029	0.024	0.0191	0.0161	0.0191	0.0224
chr3L	11688981	11689160	chr3L:11688982-11689160	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0586	0.0643	0.0614	0.0492	0.0371	0.066	0.083	0.0833	0.0371	0.0664	0.0759	0.0664	0.0627	0.0444	0.0774	0.0444	0.049
chr3L	11689514	11689964	chr3L:11689515-11689964	FBgn0036194	CG11652	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.207	0.2206	0.2187	0.1791	0.14	0.2427	0.2859	0.2612	0.14	0.2301	0.246	0.2301	0.2455	0.1432	0.2147	0.1432	0.2131
chr3L	11689982	11690177	chr3L:11689983-11690177	FBgn0036194	CG11652	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1355	0.1411	0.1431	0.1207	0.0848	0.1544	0.1765	0.1799	0.0848	0.1739	0.1608	0.1739	0.1472	0.1332	0.1315	0.1332	0.1496
chr3L	11690318	11690478	chr3L:11690319-11690478	FBgn0036194	CG11652	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0545	0.0518	0.0356	0.0255	0.0544	0.0748	0.068	0.0255	0.07	0.0585	0.07	0.0434	0.0475	0.0322	0.0475	0.0427
chr3L	11696765	11696999	chr3L:11696766-11696999	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.044	0.0263	0.0496	0.0577	0.0074	0.0398	0.0346	0.0207	0.0074	0.1274	0.0334	0.1274	0.0356	0.2075	0.0355	0.2075	0.025
chr3L	11698182	11698372	chr3L:11698183-11698372	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0299	0.0158	0.0223	0.054	0.0053	0.0204	0.0225	0.016	0.0053	0.0471	0.0164	0.0471	0.0302	0.1531	0.0264	0.1531	0.0584
chr3L	11701096	11701281	chr3L:11701097-11701281	FBgn0036196	CG11658	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0656	0.025	0.0673	0.1092	0.0106	0.0311	0.0298	0.03	0.0106	0.0688	0.0778	0.0688	0.0999	0.1355	0.147	0.1355	0.1438
chr3L	11701492	11701755	chr3L:11701493-11701755	FBgn0036196,FBgn0261353,FBgn0261381	CG11658,CG42630,mtTFB1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0889	0.044	0.0912	0.1366	0.0233	0.0529	0.0606	0.0413	0.0233	0.1135	0.0977	0.1135	0.1216	0.1723	0.1734	0.1723	0.1615
chr3L	11701992	11702173	chr3L:11701993-11702173	FBgn0036196,FBgn0261353,FBgn0261381	CG11658,CG42630,mtTFB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1281	0.1013	0.1516	0.1322	0.07	0.1238	0.1172	0.1206	0.07	0.1757	0.174	0.1757	0.1727	0.1424	0.1502	0.1424	0.1641
chr3L	11702250	11702417	chr3L:11702251-11702417	FBgn0261353,FBgn0261381	CG42630,mtTFB1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0495	0.0826	0.0709	0.0276	0.0544	0.0636	0.0626	0.0276	0.09	0.099	0.09	0.093	0.0666	0.0793	0.0666	0.0933
chr3L	11702922	11703073	chr3L:11702923-11703073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0287	0.0374	0.021	0.0148	0.0301	0.0385	0.0366	0.0148	0.0332	0.0457	0.0332	0.0503	0.0191	0.0251	0.0191	0.0271
chr3L	11703374	11703653	chr3L:11703375-11703653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.0434	0.0516	0.0288	0.018	0.0476	0.0593	0.052	0.018	0.0694	0.0518	0.0694	0.0635	0.0276	0.0329	0.0276	0.0386
chr3L	11703817	11704117	chr3L:11703818-11704117	FBgn0036198	crim	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0572	0.0566	0.0684	0.0455	0.0201	0.0646	0.0774	0.0686	0.0201	0.0791	0.0756	0.0791	0.0759	0.0475	0.0471	0.0475	0.0594
chr3L	11704155	11704306	chr3L:11704156-11704306	FBgn0036198	crim	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0618	0.0792	0.059	0.0435	0.0636	0.0787	0.0733	0.0435	0.0936	0.0855	0.0936	0.0829	0.0559	0.0613	0.0559	0.0782
chr3L	11704431	11704605	chr3L:11704432-11704605	FBgn0036198	crim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.131	0.1281	0.1434	0.1205	0.0997	0.1291	0.1639	0.1519	0.0997	0.1775	0.1518	0.1775	0.1541	0.1286	0.1302	0.1286	0.1506
chr3L	11705038	11705189	chr3L:11705039-11705189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.025	0.0305	0.0277	0.016	0.0148	0.0233	0.0567	0.0293	0.0148	0.0266	0.0322	0.0266	0.0341	0.0145	0.0258	0.0145	0.0162
chr3L	11713918	11714101	chr3L:11713919-11714101	FBgn0036199	Bmcp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0873	0.0739	0.102	0.0862	0.0477	0.085	0.0856	0.0886	0.0477	0.1057	0.1129	0.1057	0.1177	0.0957	0.0825	0.0957	0.1266
chr3L	11714186	11714431	chr3L:11714187-11714431	FBgn0036199	Bmcp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0552	0.0424	0.0676	0.056	0.0201	0.0471	0.0554	0.0506	0.0201	0.0785	0.0682	0.0785	0.0922	0.0567	0.0438	0.0567	0.0969
chr3L	11714541	11714742	chr3L:11714542-11714742	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0297	0.0204	0.0362	0.0329	0.0095	0.0267	0.026	0.0193	0.0095	0.0429	0.0322	0.0429	0.0612	0.0245	0.0168	0.0245	0.0787
chr3L	11714855	11715006	chr3L:11714856-11715006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0135	0.0207	0.0175	0.0064	0.0131	0.0229	0.0093	0.0064	0.0266	0.0203	0.0266	0.0333	0.0123	0.0123	0.0123	0.038
chr3L	11721340	11721491	chr3L:11721341-11721491	FBgn0052088	CG32088	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0146	0.015	0.0227	0.0106	0.0175	0.0186	0.016	0.0106	0.0139	0.019	0.0139	0.017	0.0299	0.0206	0.0299	0.0386
chr3L	11723147	11723298	chr3L:11723148-11723298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0198	0.0213	0.0227	0.0149	0.0064	0.0223	0.0385	0.018	0.0064	0.0308	0.0235	0.0308	0.0217	0.023	0.0148	0.023	0.0146
chr3L	11732069	11732220	chr3L:11732070-11732220	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0049	0.004	0.0034	0.0075	0.0011	0.0019	0.0091	0.004	0.0011	0.0024	0.0023	0.0024	0.0031	8e-04	0.0026	8e-04	0.0016
chr3L	11758106	11758495	chr3L:11758107-11758495	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1389	0.1362	0.1486	0.1313	0.1007	0.1476	0.1432	0.1919	0.1007	0.2095	0.1006	0.2095	0.0503	0.0299	0.0574	0.0299	0.0505
chr3L	11758905	11759088	chr3L:11758906-11759088	FBgn0036202	CG6024	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0707	0.0369	0.0734	0.1056	0.0212	0.0447	0.045	0.046	0.0212	0.0719	0.0492	0.0719	0.0596	0.0199	0.0735	0.0199	0.1084
chr3L	11759238	11759393	chr3L:11759239-11759393	FBgn0036202	CG6024	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0428	0.0227	0.0429	0.0653	0.0095	0.0238	0.0277	0.034	0.0095	0.0296	0.0209	0.0296	0.0271	0.013	0.0264	0.013	0.0386
chr3L	11759738	11759933	chr3L:11759739-11759933	FBgn0036202	CG6024	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0147	0.0228	0.0333	0.0053	0.016	0.0229	0.018	0.0053	0.0163	0.017	0.0163	0.0186	0.0038	0.0071	0.0038	0.0094
chr3L	11765781	11765961	chr3L:11765782-11765961	FBgn0262396	mir-314	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0147	0.0171	0.0256	0.0032	0.0189	0.0208	0.0167	0.0032	0.0127	0.0135	0.0127	0.0519	0.0123	0.0071	0.0123	0.0714
chr3L	11770051	11770202	chr3L:11770052-11770202	FBgn0036205	CG14131	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0132	0.0146	0.0191	0.0053	0.0141	0.0234	0.0113	0.0053	0.0115	0.0167	0.0115	0.0271	0.0123	0.0213	0.0123	0.0344
chr3L	11770656	11770816	chr3L:11770657-11770816	FBgn0036205	CG14131	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0199	0.0183	0.0202	0.0214	0.0095	0.018	0.026	0.0207	0.0095	0.0175	0.019	0.0175	0.0442	0.0115	0.0309	0.0115	0.038
chr3L	11781418	11781569	chr3L:11781419-11781569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0188	0.0194	0.0249	0.0113	0.0053	0.0286	0.0277	0.016	0.0053	0.0169	0.019	0.0169	0.0713	0.01	0.0071	0.01	0.0229
chr3L	11782236	11782437	chr3L:11782237-11782437	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0934	0.092	0.097	0.0912	0.0509	0.118	0.0999	0.1173	0.0509	0.1105	0.0987	0.1105	0.1255	0.0965	0.0787	0.0965	0.1199
chr3L	11782523	11782735	chr3L:11782524-11782735	FBgn0015278	Pi3K68D	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0752	0.0793	0.0779	0.0678	0.0445	0.0845	0.1016	0.0993	0.0445	0.0882	0.0859	0.0882	0.0821	0.0643	0.0709	0.0643	0.0839
chr3L	11782799	11783016	chr3L:11782800-11783016	FBgn0015278	Pi3K68D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.123	0.1484	0.1154	0.0689	0.1379	0.1484	0.1646	0.0689	0.1878	0.1678	0.1878	0.1332	0.1394	0.1335	0.1394	0.1329
chr3L	11783041	11783219	chr3L:11783042-11783219	FBgn0015278	Pi3K68D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1619	0.1518	0.1919	0.1404	0.0986	0.1694	0.1786	0.1952	0.0986	0.2349	0.2087	0.2349	0.1875	0.1623	0.158	0.1623	0.1595
chr3L	11783376	11783527	chr3L:11783377-11783527	FBgn0015278	Pi3K68D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.0503	0.067	0.0395	0.0233	0.05	0.0696	0.0613	0.0233	0.0767	0.0772	0.0767	0.0612	0.0436	0.0406	0.0436	0.0516
chr3L	11786568	11786931	chr3L:11786569-11786931	FBgn0036206,FBgn0036207	CG10907,CG5964	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0823	0.0769	0.0995	0.0693	0.0573	0.084	0.0969	0.0893	0.0573	0.119	0.1138	0.119	0.0991	0.0674	0.0696	0.0674	0.0907
chr3L	11788235	11788386	chr3L:11788236-11788386	FBgn0004381	Klp68D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0297	0.0301	0.017	0.0138	0.0286	0.0415	0.038	0.0138	0.038	0.0334	0.038	0.0271	0.0153	0.0187	0.0153	0.0177
chr3L	11788601	11788779	chr3L:11788602-11788779	FBgn0004381	Klp68D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0996	0.1234	0.0868	0.0647	0.1175	0.1094	0.1326	0.0647	0.1395	0.1415	0.1395	0.1301	0.0858	0.0883	0.0858	0.1126
chr3L	11788882	11789033	chr3L:11788883-11789033	FBgn0004381	Klp68D	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.036	0.0524	0.0379	0.0191	0.0447	0.0359	0.0526	0.0191	0.0574	0.0592	0.0574	0.0573	0.0406	0.0374	0.0406	0.0469
chr3L	11793933	11794166	chr3L:11793934-11794166	FBgn0036208,FBgn0052093	CG10361,tRNA:CR32093	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0299	0.0226	0.0242	0.0444	0.0106	0.0238	0.0316	0.0266	0.0106	0.0399	0.0206	0.0399	0.0217	0.1355	0.0226	0.1355	0.0386
chr3L	11794549	11794817	chr3L:11794550-11794817	FBgn0052093	tRNA:CR32093	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0315	0.0429	0.0272	0.0235	0.0361	0.0529	0.0458	0.0526	0.0361	0.0302	0.027	0.0302	0.0457	0.0383	0.0155	0.0383	0.0391
chr3L	11796590	11796741	chr3L:11796591-11796741	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0137	0.0219	0.0118	0.0067	0.0053	0.0126	0.0493	0.0153	0.0053	0.0175	0.0122	0.0175	0.0124	0.0077	0.0058	0.0077	0.0057
chr3L	11796861	11797012	chr3L:11796862-11797012	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0142	0.0208	0.0124	0.0086	0.0106	0.0155	0.0402	0.0173	0.0106	0.0145	0.0125	0.0145	0.0093	0.0069	0.009	0.0069	0.0068
chr3L	11807961	11808112	chr3L:11807962-11808112	FBgn0036210,FBgn0259140	CG14130,CG42255	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0253	0.0254	0.0191	0.0201	0.0257	0.0329	0.032	0.0201	0.0266	0.0277	0.0266	0.0263	0.013	0.0232	0.013	0.0266
chr3L	11808408	11808603	chr3L:11808409-11808603	FBgn0036210	CG14130	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.1011	0.115	0.0856	0.0753	0.1189	0.1181	0.1199	0.0753	0.125	0.1305	0.125	0.1363	0.0911	0.1006	0.0911	0.1073
chr3L	11808739	11808928	chr3L:11808740-11808928	FBgn0036210	CG14130	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.042	0.0537	0.0324	0.0223	0.0466	0.0571	0.0473	0.0223	0.064	0.0592	0.064	0.0604	0.0391	0.0316	0.0391	0.0438
chr3L	11809868	11810029	chr3L:11809869-11810029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.057	0.0379	0.0343	0.0329	0.0621	0.0679	0.0733	0.0329	0.0423	0.045	0.0423	0.0418	0.0337	0.029	0.0337	0.0433
chr3L	11812762	11812913	chr3L:11812763-11812913	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.06	0.0474	0.0702	0.0629	0.0297	0.067	0.0519	0.05	0.0297	0.0894	0.0797	0.0894	0.0883	0.0505	0.0741	0.0505	0.1079
chr3L	11813008	11813217	chr3L:11813009-11813217	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1186	0.1078	0.1373	0.1102	0.0679	0.1398	0.1254	0.1219	0.0679	0.1757	0.155	0.1757	0.158	0.1149	0.1296	0.1149	0.1699
chr3L	11815006	11815203	chr3L:11815007-11815203	FBgn0036211,FBgn0036212	CG11597,CG5946	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1164	0.1094	0.1283	0.1111	0.0721	0.1437	0.1194	0.1292	0.0721	0.1661	0.1334	0.1661	0.1394	0.1386	0.0935	0.1386	0.1282
chr3L	11815285	11815467	chr3L:11815286-11815467	FBgn0036211,FBgn0036212,FBgn0036213	CG11597,CG5946,RpL10Ab	stage11,stage14,stage5	none	VT29343.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1245	0.1049	0.1534	0.1145	0.0753	0.1257	0.1172	0.1306	0.0753	0.2011	0.1621	0.2011	0.1448	0.1156	0.1219	0.1156	0.124
chr3L	11815835	11816073	chr3L:11815836-11816073	FBgn0036211,FBgn0036212,FBgn0036213,FBgn0083015	CG11597,CG5946,RpL10Ab,snoRNA:Psi18S-920	stage11,stage14,stage5	none	VT29343.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1613	0.1426	0.2025	0.137	0.087	0.1689	0.1687	0.1792	0.087	0.2482	0.2235	0.2482	0.2053	0.16	0.138	0.16	0.1709
chr3L	11816187	11816338	chr3L:11816188-11816338	FBgn0036213,FBgn0083015	RpL10Ab,snoRNA:Psi18S-920	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0703	0.0705	0.0852	0.0538	0.0424	0.0854	0.0861	0.0866	0.0424	0.1153	0.0884	0.1153	0.086	0.0643	0.0451	0.0643	0.0823
chr3L	11817426	11817699	chr3L:11817427-11817699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0894	0.082	0.1206	0.0635	0.0445	0.1214	0.08	0.0999	0.0445	0.1679	0.1241	0.1679	0.1456	0.0926	0.0574	0.0926	0.0881
chr3L	11818481	11818714	chr3L:11818482-11818714	FBgn0052095	CG32095	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0807	0.0819	0.1046	0.0531	0.0435	0.1102	0.0965	0.0919	0.0435	0.1395	0.1103	0.1395	0.1046	0.0636	0.0458	0.0636	0.0604
chr3L	11818744	11819490	chr3L:11818745-11819490	FBgn0052095	CG32095	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2009	0.2217	0.2391	0.1356	0.1729	0.2578	0.2535	0.2658	0.1729	0.2784	0.2572	0.2784	0.2564	0.1562	0.1231	0.1562	0.1746
chr3L	11819510	11819661	chr3L:11819511-11819661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0591	0.077	0.0722	0.0248	0.0467	0.084	0.093	0.0986	0.0467	0.0791	0.0788	0.0791	0.0643	0.0314	0.0258	0.0314	0.025
chr3L	11819871	11820022	chr3L:11819872-11820022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0494	0.0698	0.0565	0.0189	0.0562	0.0728	0.0766	0.0993	0.0562	0.0737	0.0669	0.0737	0.0449	0.0207	0.0206	0.0207	0.0255
chr3L	11824318	11824530	chr3L:11824319-11824530	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0944	0.154	0.0985	0.0233	0.141	0.1864	0.1696	0.1699	0.141	0.1105	0.1264	0.1105	0.0767	0.0207	0.0297	0.0207	0.024
chr3L	11825522	11825701	chr3L:11825523-11825701	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1151	0.1365	0.1428	0.0607	0.1156	0.1578	0.1514	0.1719	0.1156	0.1848	0.1527	0.1848	0.117	0.0942	0.0445	0.0942	0.0558
chr3L	11825780	11826030	chr3L:11825781-11826030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2013	0.2238	0.2527	0.1198	0.2068	0.249	0.2496	0.2712	0.2068	0.3388	0.2521	0.3388	0.1805	0.1332	0.1109	0.1332	0.1235
chr3L	11826228	11826442	chr3L:11826229-11826442	FBgn0000404	CycA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.224	0.2119	0.2775	0.1787	0.1803	0.25	0.2236	0.2618	0.1803	0.3635	0.31	0.3635	0.2572	0.1975	0.2186	0.1975	0.2397
chr3L	11826542	11826764	chr3L:11826543-11826764	FBgn0000404	CycA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2444	0.2602	0.2852	0.1821	0.2004	0.2985	0.295	0.3131	0.2004	0.3478	0.3068	0.3478	0.2912	0.2021	0.2031	0.2021	0.2267
chr3L	11826927	11827078	chr3L:11826928-11827078	FBgn0000404	CycA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0521	0.0616	0.0561	0.0372	0.0392	0.0631	0.0861	0.068	0.0392	0.0652	0.0559	0.0652	0.0542	0.0444	0.0393	0.0444	0.0391
chr3L	11828031	11828182	chr3L:11828032-11828182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0282	0.0565	0.0189	0.007	0.0318	0.0306	0.0757	0.1033	0.0318	0.0145	0.0238	0.0145	0.0101	0.0023	0.0103	0.0023	0.0073
chr3L	11855894	11856045	chr3L:11855895-11856045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0092	0.0072	0.0152	0.0053	0.0049	0.0182	0.0073	0.0053	0.0097	0.0061	0.0097	0.0046	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr3L	11856551	11856702	chr3L:11856552-11856702	FBgn0085449	CG34420	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.007	0.0072	0.0171	0.0053	0.0058	0.0138	0.0033	0.0053	0.0097	0.0061	0.0097	0.0046	0.0031	6e-04	0.0031	0.0026
chr3L	11889702	11889853	chr3L:11889703-11889853	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0055	0.006	0.01	0.0042	0.0039	0.0099	0.0053	0.0042	0.0054	0.0045	0.0054	0.0054	0.0046	0.0039	0.0046	0.0042
chr3L	11911437	11912037	chr3L:11911438-11912037	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1177	0.1461	0.1343	0.068	0.1007	0.1194	0.1873	0.2232	0.1007	0.096	0.2135	0.096	0.1139	0.0773	0.1122	0.0773	0.0787
chr3L	11918452	11918953	chr3L:11918453-11918953	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0797	0.1984	0.0255	0.0067	0.2492	0.1136	0.3503	0.1506	0.2492	0.0211	0.0354	0.0211	0.0163	0.0046	0.0116	0.0046	0.0057
chr3L	11920495	11920691	chr3L:11920496-11920691	FBgn0011723	byn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.12	0.1878	0.1195	0.0447	0.1612	0.1194	0.2716	0.2538	0.1612	0.0217	0.2566	0.0217	0.0449	0.0054	0.1786	0.0054	0.0073
chr3L	11924338	11924700	chr3L:11924339-11924700	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0508	0.1023	0.035	0.0104	0.1039	0.0626	0.1717	0.0966	0.1039	0.0217	0.0572	0.0217	0.024	0.0046	0.0213	0.0046	0.0094
chr3L	11925966	11926155	chr3L:11925967-11926155	distal	distal	stage5	stage5	VT29398.1	VT29398.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0252	0.0496	0.0184	0.0054	0.0371	0.0393	0.0757	0.0546	0.0371	0.0127	0.026	0.0127	0.0201	0.0031	0.0129	0.0031	0.0036
chr3L	11930414	11930565	chr3L:11930415-11930565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0171	0.0109	0.015	0.0117	0.0117	0.0277	0.0193	0.0117	0.0145	0.0116	0.0145	0.0093	0.0107	0.0071	0.0107	0.0073
chr3L	11931971	11932153	chr3L:11931972-11932153	FBgn0036223	CG14126	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0668	0.0742	0.0703	0.0546	0.0371	0.085	0.0843	0.1019	0.0371	0.0924	0.0833	0.0924	0.055	0.0421	0.0451	0.0421	0.0584
chr3L	11932362	11932513	chr3L:11932363-11932513	FBgn0036223	CG14126	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.027	0.0142	0.0102	0.0159	0.0282	0.0363	0.0306	0.0159	0.0163	0.0186	0.0163	0.0093	0.0145	0.0084	0.0145	0.0094
chr3L	11932732	11932909	chr3L:11932733-11932909	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0255	0.0535	0.0136	0.0072	0.0392	0.0354	0.0878	0.0626	0.0392	0.0181	0.0177	0.0181	0.0124	0.0107	0.0103	0.0107	0.0052
chr3L	11958004	11958299	chr3L:11958005-11958299	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0302	0.0234	0.0272	0.0412	0.0106	0.0233	0.035	0.0247	0.0106	0.0284	0.0325	0.0284	0.0387	0.0299	0.0219	0.0299	0.1042
chr3L	11959374	11959525	chr3L:11959375-11959525	FBgn0028573	prc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0112	0.0165	0.0224	0.0064	0.0087	0.0195	0.0087	0.0064	0.0151	0.0161	0.0151	0.0333	0.0145	0.0155	0.0145	0.0563
chr3L	11959843	11959994	chr3L:11959844-11959994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0145	0.0131	0.0131	0.0175	0.0064	0.0117	0.0212	0.0133	0.0064	0.0103	0.0151	0.0103	0.017	0.0138	0.0058	0.0138	0.0448
chr3L	11985624	11985775	chr3L:11985625-11985775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0202	0.0269	0.0178	0.0106	0.0199	0.0251	0.028	0.0106	0.0362	0.0302	0.0362	0.0232	0.0268	0.0161	0.0268	0.0255
chr3L	11985943	11986129	chr3L:11985944-11986129	FBgn0036237	viaf	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0591	0.0456	0.0755	0.0563	0.0233	0.0563	0.0437	0.064	0.0233	0.1069	0.0814	0.1069	0.0782	0.0789	0.0522	0.0789	0.0787
chr3L	11986186	11986364	chr3L:11986187-11986364	FBgn0036237	viaf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0869	0.0677	0.1056	0.0877	0.0445	0.0951	0.0653	0.0806	0.0445	0.1401	0.1196	0.1401	0.103	0.1141	0.0909	0.1141	0.1219
chr3L	11990895	11991077	chr3L:11990896-11991077	FBgn0026432	Grip163	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0435	0.0591	0.0319	0.0212	0.0442	0.0536	0.0633	0.0212	0.064	0.0707	0.064	0.0503	0.0368	0.0368	0.0368	0.0375
chr3L	11991156	11991346	chr3L:11991157-11991346	FBgn0026432	Grip163	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0872	0.0925	0.1014	0.0656	0.053	0.0932	0.1112	0.1332	0.053	0.1135	0.1209	0.1135	0.0883	0.0819	0.0696	0.0819	0.0776
chr3L	11995484	11995683	chr3L:11995485-11995683	FBgn0036239	Pop2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0745	0.0723	0.0895	0.0606	0.0509	0.0748	0.0761	0.1126	0.0509	0.1063	0.0955	0.1063	0.0953	0.075	0.0587	0.075	0.0761
chr3L	11995888	11996087	chr3L:11995889-11996087	FBgn0036239,FBgn0036240	CG6928,Pop2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1499	0.1366	0.1726	0.1398	0.105	0.1592	0.1479	0.1825	0.105	0.2216	0.1833	0.2216	0.1782	0.1554	0.1483	0.1554	0.1652
chr3L	11996142	11996335	chr3L:11996143-11996335	FBgn0036239,FBgn0036240	CG6928,Pop2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1404	0.1175	0.1648	0.1391	0.0753	0.1442	0.1185	0.1666	0.0753	0.1914	0.19	0.1914	0.158	0.1493	0.1367	0.1493	0.1631
chr3L	11996460	11996785	chr3L:11996461-11996785	FBgn0036239,FBgn0036240	CG6928,Pop2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0641	0.0742	0.0698	0.0403	0.065	0.0731	0.0939	0.0403	0.0827	0.0804	0.0827	0.093	0.0689	0.0748	0.0689	0.0855
chr3L	12001171	12001341	chr3L:12001172-12001341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0393	0.0386	0.041	0.0383	0.0297	0.0442	0.0428	0.0486	0.0297	0.0562	0.0434	0.0562	0.0558	0.036	0.0574	0.036	0.0646
chr3L	12007376	12007527	chr3L:12007377-12007527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0108	0.0079	0.0152	0.0093	0.0021	0.0087	0.0134	0.0047	0.0021	0.0085	0.0235	0.0085	0.0217	8e-04	0.029	8e-04	0.0063
chr3L	12008384	12008584	chr3L:12008385-12008584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0136	0.0071	0.0171	0.0169	0.0064	0.0073	0.0091	0.008	0.0064	0.0272	0.0177	0.0272	0.0209	0.0038	0.0309	0.0038	0.0292
chr3L	12019573	12019724	chr3L:12019574-12019724	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0142	0.008	0.014	0.0214	0.0053	0.0083	0.0138	0.0067	0.0053	0.0121	0.0183	0.0121	0.0178	0.0054	0.0593	0.0054	0.0208
chr3L	12027812	12027963	chr3L:12027813-12027963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0163	0.0232	0.0178	0.007	0.0244	0.0223	0.0281	0.0286	0.0244	0.0175	0.0244	0.0175	0.017	0.0038	0.0097	0.0038	0.0089
chr3L	12030826	12030977	chr3L:12030827-12030977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0108	0.0209	0.0233	0.0021	0.015	0.0134	0.01	0.0021	0.0236	0.0299	0.0236	0.0163	0.0207	0.0619	0.0207	0.0177
chr3L	12032068	12032219	chr3L:12032069-12032219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0152	0.0111	0.0184	0.0163	0.0074	0.0068	0.0199	0.01	0.0074	0.0266	0.0193	0.0266	0.024	0.0077	0.0174	0.0077	0.0334
chr3L	12032346	12032497	chr3L:12032347-12032497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0151	0.011	0.0173	0.0174	0.0011	0.0117	0.0195	0.0067	0.0011	0.0272	0.0161	0.0272	0.024	0.013	0.0168	0.013	0.037
chr3L	12033505	12033671	chr3L:12033506-12033671	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0333	0.014	0.0368	0.0511	0.0021	0.0175	0.0195	0.0167	0.0021	0.0308	0.0521	0.0308	0.0503	0.0161	0.1219	0.0161	0.0646
chr3L	12033700	12034071	chr3L:12033701-12034071	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0535	0.0272	0.0699	0.065	0.0064	0.0388	0.0363	0.0273	0.0064	0.0761	0.0698	0.0761	0.1402	0.0337	0.1096	0.0337	0.1094
chr3L	12034377	12034531	chr3L:12034378-12034531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0108	0.0307	0.0241	0.0053	0.016	0.0151	0.0093	0.0053	0.0266	0.0206	0.0266	0.0945	0.0115	0.0245	0.0115	0.0542
chr3L	12038591	12038759	chr3L:12038592-12038759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.02	0.0116	0.0268	0.0219	0.0042	0.0126	0.0212	0.0073	0.0042	0.0272	0.0238	0.0272	0.0658	0.0107	0.0309	0.0107	0.0417
chr3L	12039715	12039866	chr3L:12039716-12039866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0137	0.0117	0.018	0.0111	0.0032	0.0165	0.0169	0.008	0.0032	0.0399	0.0125	0.0399	0.0178	0.0184	0.0135	0.0184	0.0135
chr3L	12041498	12041649	chr3L:12041499-12041649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0123	0.0165	0.0155	0.0074	0.0107	0.0203	0.0107	0.0074	0.0151	0.0235	0.0151	0.0186	0.0069	0.0432	0.0069	0.0099
chr3L	12046686	12046874	chr3L:12046687-12046874	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0274	0.014	0.0423	0.0262	0.0032	0.018	0.0177	0.016	0.0032	0.055	0.0463	0.055	0.0643	0.0199	0.0593	0.0199	0.0214
chr3L	12049529	12049796	chr3L:12049530-12049796	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1065	0.0486	0.1431	0.1309	0.0191	0.0762	0.0454	0.0586	0.0191	0.0779	0.172	0.0779	0.3067	0.0299	0.2179	0.0299	0.2642
chr3L	12050145	12050358	chr3L:12050146-12050358	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0579	0.0455	0.0879	0.0387	0.017	0.0772	0.0446	0.044	0.017	0.0827	0.083	0.0827	0.2022	0.0153	0.0284	0.0153	0.098
chr3L	12050746	12050952	chr3L:12050747-12050952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0315	0.0169	0.0485	0.0291	0.0011	0.0277	0.0216	0.0133	0.0011	0.0356	0.0434	0.0356	0.1301	0.0084	0.0258	0.0084	0.0693
chr3L	12052111	12052277	chr3L:12052112-12052277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.023	0.0138	0.0286	0.0273	0.0042	0.0233	0.0173	0.0087	0.0042	0.0483	0.0232	0.0483	0.0403	0.049	0.0406	0.049	0.0276
chr3L	12055718	12056058	chr3L:12055719-12056058	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0793	0.0366	0.1324	0.0688	0.0053	0.0796	0.0212	0.0353	0.0053	0.3611	0.0804	0.3611	0.1208	0.1654	0.0613	0.1654	0.0756
chr3L	12056169	12056320	chr3L:12056170-12056320	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.034	0.0151	0.0605	0.026	0.0032	0.0345	0.0099	0.012	0.0032	0.1884	0.0283	0.1884	0.0442	0.0835	0.0181	0.0835	0.0182
chr3L	12056801	12057125	chr3L:12056802-12057125	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0657	0.0265	0.1108	0.06	0.0064	0.049	0.0268	0.0227	0.0064	0.3641	0.0428	0.3641	0.0744	0.1975	0.0342	0.1975	0.0453
chr3L	12058001	12058231	chr3L:12058002-12058231	FBgn0041096	rols	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0464	0.0258	0.0745	0.0387	0.0042	0.0515	0.0281	0.0173	0.0042	0.2585	0.0277	0.2585	0.038	0.1194	0.0219	0.1194	0.0297
chr3L	12059176	12059327	chr3L:12059177-12059327	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0297	0.0227	0.0522	0.013	0.0106	0.033	0.0264	0.0233	0.0106	0.1516	0.0254	0.1516	0.0349	0.0107	0.0174	0.0107	0.0156
chr3L	12059857	12060061	chr3L:12059858-12060061	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1055	0.096	0.1183	0.1021	0.0562	0.1282	0.0986	0.1193	0.0562	0.1848	0.1164	0.1848	0.1278	0.1149	0.109	0.1149	0.136
chr3L	12060195	12060441	chr3L:12060196-12060441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0416	0.0451	0.0351	0.0212	0.0485	0.045	0.0533	0.0212	0.0598	0.0479	0.0598	0.0527	0.0383	0.0419	0.0383	0.05
chr3L	12066510	12066728	chr3L:12066511-12066728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.026	0.033	0.032	0.0117	0.0148	0.0359	0.0484	0.0346	0.0148	0.0368	0.0383	0.0368	0.0449	0.0077	0.0245	0.0077	0.0162
chr3L	12070226	12070377	chr3L:12070227-12070377	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0348	0.0353	0.0528	0.0146	0.0117	0.0704	0.0303	0.028	0.0117	0.1419	0.0412	0.1419	0.0279	0.0153	0.0258	0.0153	0.0146
chr3L	12070392	12070543	chr3L:12070393-12070543	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0421	0.0368	0.0692	0.0184	0.0159	0.0709	0.0277	0.0386	0.0159	0.1878	0.0534	0.1878	0.0387	0.0168	0.0355	0.0168	0.0208
chr3L	12070786	12071039	chr3L:12070787-12071039	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0884	0.0859	0.1398	0.0347	0.0286	0.1612	0.0649	0.0966	0.0286	0.3321	0.1209	0.3321	0.0937	0.026	0.0567	0.026	0.0532
chr3L	12072102	12072442	chr3L:12072103-12072442	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0853	0.0751	0.1242	0.0539	0.0286	0.1286	0.0636	0.0859	0.0286	0.119	0.1428	0.119	0.2339	0.0268	0.0625	0.0268	0.1167
chr3L	12072596	12072747	chr3L:12072597-12072747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0462	0.0455	0.0651	0.0263	0.0127	0.0738	0.0424	0.0593	0.0127	0.0791	0.0704	0.0791	0.1115	0.0168	0.0226	0.0168	0.0625
chr3L	12074814	12075030	chr3L:12074815-12075030	FBgn0250876	Sema-5c	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2039	0.1911	0.2674	0.1486	0.1516	0.2553	0.1596	0.2712	0.1516	0.3508	0.3296	0.3508	0.2742	0.1034	0.2315	0.1034	0.2553
chr3L	12075589	12075807	chr3L:12075590-12075807	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.1185	0.1548	0.0707	0.0764	0.1568	0.1034	0.1746	0.0764	0.2415	0.1891	0.2415	0.1348	0.0429	0.1386	0.0429	0.1105
chr3L	12076325	12076692	chr3L:12076326-12076692	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.14	0.205	0.1621	0.0433	0.1866	0.2058	0.199	0.3111	0.1866	0.2017	0.235	0.2017	0.0844	0.0207	0.1167	0.0207	0.0354
chr3L	12076850	12077104	chr3L:12076851-12077104	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0627	0.0727	0.0867	0.0252	0.0477	0.0777	0.0709	0.1173	0.0477	0.0531	0.1113	0.0531	0.1534	0.0054	0.0445	0.0054	0.0386
chr3L	12077929	12078080	chr3L:12077930-12078080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0103	0.0244	0.0219	0.0064	0.0102	0.0134	0.0127	0.0064	0.0187	0.0277	0.0187	0.0488	0.0092	0.0251	0.0092	0.049
chr3L	12078153	12078304	chr3L:12078154-12078304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0127	0.0278	0.0253	0.0042	0.0189	0.0143	0.0147	0.0042	0.0211	0.0267	0.0211	0.0705	0.0069	0.0316	0.0069	0.0599
chr3L	12082388	12082539	chr3L:12082389-12082539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0136	0.0245	0.022	0.0032	0.0189	0.0177	0.014	0.0032	0.029	0.035	0.029	0.0194	0.0161	0.0593	0.0161	0.0167
chr3L	12082592	12082789	chr3L:12082593-12082789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0253	0.0153	0.0311	0.0302	0.0095	0.0218	0.0186	0.014	0.0095	0.0399	0.0402	0.0399	0.0279	0.0199	0.0799	0.0199	0.024
chr3L	12083300	12083510	chr3L:12083301-12083510	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0323	0.0854	0.0894	0.0223	0.0408	0.0381	0.032	0.0223	0.0628	0.1151	0.0628	0.1278	0.0444	0.1663	0.0444	0.1443
chr3L	12083903	12084054	chr3L:12083904-12084054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0193	0.0093	0.0151	0.0351	0.0032	0.0107	0.0147	0.0067	0.0032	0.0139	0.0151	0.0139	0.0302	0.0123	0.0477	0.0123	0.0776
chr3L	12089739	12089945	chr3L:12089740-12089945	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0295	0.053	0.0202	0.0136	0.035	0.049	0.0627	0.0813	0.035	0.0157	0.0302	0.0157	0.0201	0.0061	0.0322	0.0061	0.0125
chr3L	12092550	12092715	chr3L:12092551-12092715	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0369	0.0464	0.0464	0.0159	0.0117	0.0981	0.0385	0.0306	0.0117	0.1353	0.0309	0.1353	0.0163	0.0283	0.0135	0.0283	0.0193
chr3L	12093050	12093201	chr3L:12093051-12093201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0144	0.0157	0.0183	0.0088	0.0032	0.0233	0.0173	0.018	0.0032	0.0483	0.0119	0.0483	0.0124	0.0115	0.0052	0.0115	0.0078
chr3L	12094907	12095194	chr3L:12094908-12095194	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0501	0.0599	0.0651	0.0227	0.017	0.1068	0.0407	0.0846	0.017	0.1371	0.0659	0.1371	0.0318	0.0245	0.0445	0.0245	0.0224
chr3L	12095402	12095588	chr3L:12095403-12095588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0214	0.0333	0.0204	0.0092	0.0085	0.0485	0.029	0.0533	0.0085	0.0489	0.019	0.0489	0.0077	0.01	0.0142	0.01	0.0104
chr3L	12102229	12102428	chr3L:12102230-12102428	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0116	0.0256	0.0376	0.0011	0.0175	0.0156	0.0107	0.0011	0.032	0.0325	0.032	0.0279	0.0467	0.0567	0.0467	0.0558
chr3L	12104336	12104624	chr3L:12104337-12104624	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0702	0.0231	0.0945	0.0962	0.0074	0.033	0.0268	0.0266	0.0074	0.0622	0.1521	0.0622	0.1092	0.049	0.1986	0.049	0.1386
chr3L	12104960	12105127	chr3L:12104961-12105127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.032	0.0141	0.0387	0.0446	0.0032	0.0238	0.0138	0.016	0.0032	0.0254	0.0585	0.0254	0.0496	0.0153	0.0883	0.0153	0.0735
chr3L	12105342	12105621	chr3L:12105343-12105621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0202	0.032	0.0405	0.0064	0.0233	0.0298	0.0247	0.0064	0.0314	0.0431	0.0314	0.0349	0.0069	0.0858	0.0069	0.0594
chr3L	12109066	12109232	chr3L:12109067-12109232	FBgn0011335	l(3)j2D3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1102	0.1023	0.1312	0.0961	0.0604	0.1223	0.1151	0.1312	0.0604	0.1649	0.1559	0.1649	0.11	0.1003	0.107	0.1003	0.1131
chr3L	12109335	12109597	chr3L:12109336-12109597	FBgn0011335	l(3)j2D3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0817	0.0695	0.1094	0.065	0.0276	0.0859	0.0804	0.0933	0.0276	0.1304	0.1215	0.1304	0.1239	0.0666	0.069	0.0666	0.0792
chr3L	12111271	12111466	chr3L:12111272-12111466	FBgn0036248	ssp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.1281	0.1542	0.117	0.0891	0.1413	0.154	0.1652	0.0891	0.1896	0.1672	0.1896	0.1549	0.1194	0.1154	0.1194	0.1438
chr3L	12113046	12113217	chr3L:12113047-12113217	FBgn0036249	CG11560	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.094	0.0881	0.1127	0.0802	0.0573	0.1058	0.1055	0.1039	0.0573	0.1564	0.1151	0.1564	0.1123	0.0965	0.0825	0.0965	0.0881
chr3L	12117277	12117761	chr3L:12117278-12117761	FBgn0022959	yps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.268	0.2261	0.3109	0.2677	0.1442	0.3146	0.2245	0.2665	0.1442	0.4354	0.3174	0.4354	0.2703	0.3744	0.2566	0.3744	0.2496
chr3L	12117846	12117997	chr3L:12117847-12117997	FBgn0022959	yps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0694	0.0596	0.0916	0.0561	0.0244	0.0859	0.0657	0.0666	0.0244	0.1504	0.0871	0.1504	0.0829	0.0873	0.0522	0.0873	0.0568
chr3L	12118194	12118372	chr3L:12118195-12118372	FBgn0022959	yps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1516	0.1326	0.1802	0.1415	0.0944	0.182	0.1246	0.1679	0.0944	0.2494	0.1801	0.2494	0.1766	0.1669	0.1541	0.1669	0.1563
chr3L	12122016	12122167	chr3L:12122017-12122167	FBgn0002565	Lsp2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0167	0.0142	0.0169	0.0192	0.0021	0.0184	0.0221	0.0127	0.0021	0.0248	0.0193	0.0248	0.0178	0.0628	0.0161	0.0628	0.0063
chr3L	12124542	12124865	chr3L:12124543-12124865	FBgn0046296	CG11534	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0456	0.0424	0.0552	0.0386	0.0212	0.0476	0.0584	0.048	0.0212	0.0803	0.0621	0.0803	0.0589	0.0505	0.0387	0.0505	0.0526
chr3L	12125148	12125320	chr3L:12125149-12125320	FBgn0046296	CG11534	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1012	0.081	0.1332	0.0887	0.053	0.0981	0.0804	0.1159	0.053	0.18	0.1498	0.18	0.1309	0.1041	0.0954	0.1041	0.123
chr3L	12129719	12129920	chr3L:12129720-12129920	FBgn0036254,FBgn0036255	Atg12,CG5645	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0846	0.0702	0.107	0.0763	0.0329	0.0903	0.0727	0.0986	0.0329	0.1437	0.1164	0.1437	0.1139	0.0995	0.0812	0.0995	0.0912
chr3L	12129946	12130114	chr3L:12129947-12130114	FBgn0036254,FBgn0036255	Atg12,CG5645	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0762	0.0631	0.0978	0.067	0.0339	0.0796	0.0662	0.0833	0.0339	0.1105	0.1122	0.1105	0.1146	0.0858	0.0671	0.0858	0.0849
chr3L	12130217	12130396	chr3L:12130218-12130396	FBgn0036254,FBgn0036255	Atg12,CG5645	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0497	0.0465	0.06	0.0419	0.0286	0.0568	0.0506	0.0586	0.0286	0.0682	0.0637	0.0682	0.0821	0.0467	0.0413	0.0467	0.0568
chr3L	12131050	12131201	chr3L:12131051-12131201	FBgn0011455	l(3)neo18	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0417	0.0629	0.0407	0.0212	0.0505	0.0506	0.0533	0.0212	0.0845	0.0653	0.0845	0.0674	0.0452	0.0374	0.0452	0.0485
chr3L	12131485	12131674	chr3L:12131486-12131674	FBgn0011455,FBgn0036257	RhoGAP68F,l(3)neo18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1785	0.1502	0.2095	0.176	0.0923	0.1757	0.1752	0.1939	0.0923	0.2554	0.2225	0.2554	0.2293	0.183	0.1747	0.183	0.2137
chr3L	12131809	12132029	chr3L:12131810-12132029	FBgn0011455,FBgn0036257	RhoGAP68F,l(3)neo18	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1602	0.1078	0.1801	0.197	0.0626	0.1364	0.122	0.1339	0.0626	0.192	0.1965	0.192	0.227	0.2067	0.1973	0.2067	0.2517
chr3L	12132194	12132649	chr3L:12132195-12132649	FBgn0036257	RhoGAP68F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.081	0.0663	0.0954	0.0817	0.0233	0.0888	0.0748	0.0826	0.0233	0.1033	0.1177	0.1033	0.093	0.0636	0.0845	0.0636	0.1178
chr3L	12132704	12132855	chr3L:12132705-12132855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0324	0.0257	0.0349	0.0373	0.0032	0.0277	0.0372	0.0353	0.0032	0.0423	0.0412	0.0423	0.0403	0.0222	0.0329	0.0222	0.0761
chr3L	12138666	12138839	chr3L:12138667-12138839	FBgn0036258	CG5642	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0948	0.0881	0.0536	0.0657	0.0981	0.1285	0.1073	0.0657	0.1033	0.0881	0.1033	0.1022	0.0666	0.0516	0.0666	0.0657
chr3L	12138873	12139291	chr3L:12138874-12139291	FBgn0013997,FBgn0036258	CG5642,Nrx-IV	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1961	0.198	0.2211	0.1666	0.1336	0.2296	0.2439	0.2305	0.1336	0.2603	0.2389	0.2603	0.2223	0.1708	0.1715	0.1708	0.2053
chr3L	12139527	12139691	chr3L:12139528-12139691	FBgn0013997,FBgn0036258	CG5642,Nrx-IV	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1867	0.1623	0.2204	0.1771	0.1007	0.2015	0.1877	0.1945	0.1007	0.2651	0.2412	0.2651	0.2138	0.1753	0.1812	0.1753	0.2209
chr3L	12139972	12140144	chr3L:12139973-12140144	FBgn0013997	Nrx-IV	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0871	0.0798	0.1071	0.0734	0.0467	0.0971	0.0947	0.0939	0.0467	0.1292	0.1277	0.1292	0.0984	0.0605	0.1057	0.0605	0.0933
chr3L	12140146	12140326	chr3L:12140147-12140326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1171	0.0785	0.1623	0.1106	0.0265	0.1146	0.0839	0.0966	0.0265	0.1999	0.1884	0.1999	0.1836	0.085	0.1541	0.085	0.1506
chr3L	12140407	12140558	chr3L:12140408-12140558	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0397	0.0299	0.0431	0.0468	0.0117	0.0369	0.0381	0.034	0.0117	0.0543	0.0444	0.0543	0.0356	0.0452	0.0335	0.0452	0.0391
chr3L	12141025	12141176	chr3L:12141026-12141176	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0384	0.0248	0.0475	0.0436	0.0085	0.0369	0.0247	0.0333	0.0085	0.0652	0.0412	0.0652	0.0387	0.0268	0.02	0.0268	0.0307
chr3L	12143580	12143731	chr3L:12143581-12143731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0254	0.0242	0.0383	0.0125	0.0064	0.0364	0.0277	0.0273	0.0064	0.0386	0.0315	0.0386	0.0271	0.01	0.009	0.01	0.0115
chr3L	12143972	12144123	chr3L:12143973-12144123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0206	0.04	0.015	0.0106	0.0214	0.0272	0.026	0.0106	0.0151	0.0264	0.0151	0.0194	0.0092	0.011	0.0092	0.0083
chr3L	12144329	12144480	chr3L:12144330-12144480	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0255	0.0431	0.0131	0.0074	0.0267	0.0337	0.0346	0.0074	0.0211	0.0302	0.0211	0.0294	0.0069	0.0103	0.0069	0.012
chr3L	12144903	12145054	chr3L:12144904-12145054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0205	0.0237	0.0261	0.0107	0.0032	0.017	0.0424	0.03	0.0032	0.0236	0.0264	0.0236	0.024	0.0092	0.0129	0.0092	0.0141
chr3L	12147112	12147263	chr3L:12147113-12147263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0193	0.0268	0.0107	0.0085	0.0199	0.0277	0.0233	0.0085	0.0199	0.0325	0.0199	0.0271	0.0107	0.0103	0.0107	0.0141
chr3L	12149194	12149345	chr3L:12149195-12149345	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0246	0.0216	0.0096	0.0085	0.0257	0.0247	0.042	0.0085	0.0242	0.027	0.0242	0.0178	0.0077	0.0135	0.0077	0.012
chr3L	12154392	12154599	chr3L:12154393-12154599	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0213	0.0136	0.0193	0.032	0.0032	0.016	0.019	0.016	0.0032	0.0121	0.0203	0.0121	0.0341	0.0406	0.0393	0.0406	0.0391
chr3L	12155170	12155536	chr3L:12155171-12155536	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0162	0.0221	0.0423	0.0021	0.0194	0.0247	0.016	0.0021	0.0223	0.0283	0.0223	0.024	0.059	0.0548	0.059	0.0516
chr3L	12155629	12155828	chr3L:12155630-12155828	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0173	0.0097	0.0146	0.0287	0	0.0112	0.0151	0.01	0	0.0151	0.0183	0.0151	0.017	0.0467	0.0374	0.0467	0.0339
chr3L	12156319	12156470	chr3L:12156320-12156470	FBgn0036259	CG9760	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0162	0.0178	0.0124	0.0185	0.0053	0.0267	0.0216	0.0153	0.0053	0.0127	0.01	0.0127	0.0248	0.0398	0.0077	0.0398	0.0224
chr3L	12156890	12157105	chr3L:12156891-12157105	FBgn0036259	CG9760	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0297	0.0253	0.0226	0.0423	0.0148	0.032	0.0311	0.0247	0.0148	0.0193	0.0277	0.0193	0.0271	0.0858	0.0445	0.0858	0.0313
chr3L	12158188	12158339	chr3L:12158189-12158339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0119	0.0115	0.0099	0.0145	0.0053	0.0141	0.0151	0.0127	0.0053	0.0115	0.0093	0.0115	0.0124	0.0207	0.0064	0.0207	0.0297
chr3L	12171938	12172089	chr3L:12171939-12172089	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0116	0.0097	0.0114	0.0139	0.0042	0.0117	0.0143	0.008	0.0042	0.0066	0.0164	0.0066	0.0139	0.0054	0.0264	0.0054	0.0193
chr3L	12172937	12173088	chr3L:12172938-12173088	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0113	0.015	0.0178	0.0074	0.0112	0.0169	0.0093	0.0074	0.0163	0.0151	0.0163	0.0256	0.0115	0.0232	0.0115	0.0339
chr3L	12177880	12178031	chr3L:12177881-12178031	FBgn0036262	CG6910	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0086	0.0076	0.0067	0.0117	0.0042	0.0087	0.0112	0.0067	0.0042	0.0066	0.0071	0.0066	0.0085	0.0054	0.0052	0.0054	0.0323
chr3L	12178687	12178838	chr3L:12178688-12178838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.01	0.015	0.0246	0	0.0058	0.0186	0.0133	0	0.0223	0.0116	0.0223	0.0232	0.0061	0.0116	0.0061	0.0703
chr3L	12186461	12186647	chr3L:12186462-12186647	FBgn0036263	thoc6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.035	0.0372	0.024	0.0191	0.0398	0.0463	0.0393	0.0191	0.0435	0.0418	0.0435	0.0395	0.0245	0.0213	0.0245	0.0323
chr3L	12186692	12186921	chr3L:12186693-12186921	FBgn0036263	thoc6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.0856	0.0989	0.0739	0.052	0.1	0.1021	0.1086	0.052	0.1117	0.1132	0.1117	0.0984	0.075	0.0806	0.075	0.0875
chr3L	12186976	12187167	chr3L:12186977-12187167	FBgn0036263	thoc6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0414	0.0552	0.0408	0.0255	0.0495	0.0484	0.0486	0.0255	0.0688	0.0621	0.0688	0.0558	0.0421	0.0484	0.0421	0.0532
chr3L	12196481	12196632	chr3L:12196482-12196632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0079	0.0142	0.0177	0.0064	0.0063	0.0112	0.0087	0.0064	0.0103	0.0145	0.0103	0.0155	0.01	0.0116	0.01	0.0172
chr3L	12196930	12197081	chr3L:12196931-12197081	FBgn0022709	Adk1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0122	0.0206	0.0327	0.0064	0.0136	0.0151	0.016	0.0064	0.0181	0.0228	0.0181	0.0178	0.0245	0.0181	0.0245	0.0151
chr3L	12198795	12198951	chr3L:12198796-12198951	FBgn0036266	CG5626	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0313	0.0485	0.0422	0.0138	0.0393	0.0372	0.034	0.0138	0.0537	0.0588	0.0537	0.0581	0.0444	0.049	0.0444	0.0547
chr3L	12199034	12199233	chr3L:12199035-12199233	FBgn0036266	CG5626	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.0621	0.1006	0.0943	0.0339	0.0772	0.0623	0.0879	0.0339	0.1099	0.1222	0.1099	0.1154	0.0865	0.1083	0.0865	0.123
chr3L	12199316	12199467	chr3L:12199317-12199467	FBgn0036266	CG5626	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0287	0.0433	0.0401	0.0148	0.0286	0.0376	0.0393	0.0148	0.0568	0.0508	0.0568	0.0442	0.0306	0.0535	0.0306	0.0552
chr3L	12216343	12216494	chr3L:12216344-12216494	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.015	0.0096	0.014	0.0223	0.0042	0.0087	0.0169	0.0073	0.0042	0.0163	0.0148	0.0163	0.0201	0.0207	0.0181	0.0207	0.0464
chr3L	12233323	12233591	chr3L:12233324-12233591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0162	0.0326	0.0107	0.0074	0.0121	0.029	0.0167	0.0074	0.0477	0.0251	0.0477	0.062	0.0054	0.0116	0.0054	0.0151
chr3L	12233592	12233970	chr3L:12233593-12233970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0208	0.0563	0.0134	0.0074	0.018	0.0342	0.022	0.0074	0.0767	0.0518	0.0767	0.0906	0.0084	0.0077	0.0084	0.0203
chr3L	12236336	12236487	chr3L:12236337-12236487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0171	0.0113	0.0335	0.0056	0.0042	0.0126	0.016	0.0133	0.0042	0.0948	0.0241	0.0948	0.0163	0.0038	0.0097	0.0038	0.0068
chr3L	12251948	12252154	chr3L:12251949-12252154	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0167	0.0132	0.0166	0.0206	0.0032	0.0165	0.0195	0.0127	0.0032	0.0066	0.0164	0.0066	0.0457	0.0054	0.0103	0.0054	0.0563
chr3L	12258649	12258861	chr3L:12258650-12258861	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0909	0.0724	0.1146	0.0855	0.0308	0.118	0.0649	0.0866	0.0308	0.1606	0.1315	0.1606	0.1061	0.1141	0.0999	0.1141	0.1068
chr3L	12259101	12259309	chr3L:12259102-12259309	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1651	0.1223	0.2095	0.1643	0.0657	0.1728	0.1099	0.1692	0.0657	0.2705	0.2492	0.2705	0.2014	0.2282	0.1979	0.2282	0.2116
chr3L	12259382	12259579	chr3L:12259383-12259579	FBgn0260941	app	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1479	0.123	0.1831	0.1372	0.0753	0.168	0.1185	0.1579	0.0753	0.2295	0.2158	0.2295	0.1634	0.1593	0.1663	0.1593	0.1688
chr3L	12259850	12260023	chr3L:12259851-12260023	FBgn0260941	app	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2282	0.2111	0.2593	0.2131	0.1622	0.2563	0.2232	0.2732	0.1622	0.3225	0.2897	0.3225	0.2479	0.2466	0.227	0.2466	0.2606
chr3L	12260115	12260329	chr3L:12260116-12260329	FBgn0052100,FBgn0260941	CG32100,app	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1818	0.16	0.2027	0.1833	0.1156	0.1913	0.1843	0.1945	0.1156	0.247	0.2241	0.247	0.196	0.2129	0.2095	0.2129	0.2074
chr3L	12260510	12260695	chr3L:12260511-12260695	FBgn0052100	CG32100	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1404	0.1229	0.1642	0.1337	0.0838	0.1466	0.1414	0.1479	0.0838	0.1926	0.1932	0.1926	0.1549	0.1539	0.1528	0.1539	0.1579
chr3L	12264376	12264551	chr3L:12264377-12264551	FBgn0036271	Pbgs	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.052	0.0821	0.0677	0.0308	0.068	0.0467	0.0746	0.0308	0.1039	0.0932	0.1039	0.096	0.0743	0.0754	0.0743	0.0875
chr3L	12266975	12267126	chr3L:12266976-12267126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0293	0.038	0.0315	0.0171	0.0223	0.0277	0.0627	0.0386	0.0223	0.0423	0.035	0.0423	0.0325	0.0237	0.0213	0.0237	0.0214
chr3L	12268385	12268536	chr3L:12268386-12268536	distal	distal	none	none	VT29570.1	VT29570.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0247	0.0262	0.0206	0.0276	0.0117	0.035	0.0342	0.0266	0.0117	0.0453	0.0138	0.0453	0.0232	0.098	0.0116	0.098	0.0177
chr3L	12269369	12269892	chr3L:12269370-12269892	FBgn0036272	CG4300	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0787	0.0621	0.0904	0.0844	0.0286	0.0811	0.0761	0.0693	0.0286	0.0876	0.0836	0.0876	0.1464	0.0911	0.069	0.0911	0.0808
chr3L	12270249	12270432	chr3L:12270250-12270432	FBgn0036272,FBgn0036273	CG10426,CG4300	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1324	0.114	0.1678	0.1141	0.0912	0.1282	0.1194	0.1459	0.0912	0.2035	0.1791	0.2035	0.1836	0.1348	0.1173	0.1348	0.1225
chr3L	12270668	12270859	chr3L:12270669-12270859	FBgn0036272,FBgn0036273	CG10426,CG4300	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1357	0.1	0.1778	0.1294	0.0679	0.1155	0.1133	0.1272	0.0679	0.218	0.1871	0.218	0.1967	0.1493	0.1277	0.1493	0.1537
chr3L	12270958	12271118	chr3L:12270959-12271118	FBgn0036273	CG10426	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0801	0.0631	0.09	0.0881	0.0424	0.0816	0.0657	0.0759	0.0424	0.1069	0.0977	0.1069	0.0891	0.1256	0.0729	0.1256	0.0917
chr3L	12271126	12271277	chr3L:12271127-12271277	FBgn0036273	CG10426	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0348	0.0576	0.0649	0.0233	0.0398	0.0424	0.04	0.0233	0.0761	0.0563	0.0761	0.0589	0.0766	0.038	0.0766	0.0474
chr3L	12278730	12278881	chr3L:12278731-12278881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0088	0.0082	0.0086	0.0097	0.0021	0.0039	0.0182	0.008	0.0021	0.0151	0.0071	0.0151	0.0093	0.0314	0.0019	0.0314	0.0036
chr3L	12281323	12281474	chr3L:12281324-12281474	distal	distal	stage14	stage14	VT29577.1	VT29577.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0108	0.0095	0.0142	0.0042	0.0121	0.0182	0.008	0.0042	0.0109	0.0103	0.0109	0.0039	0.0046	0.0342	0.0046	0.0052
chr3L	12282904	12283092	chr3L:12282905-12283092	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0275	0.012	0.0324	0.0395	0.0064	0.0146	0.016	0.0107	0.0064	0.0097	0.0158	0.0097	0.007	0.0023	0.0103	0.0023	0.0057
chr3L	12283758	12283939	chr3L:12283759-12283939	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29579.1	VT29579.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.015	0.0259	0.0354	0.0064	0.0175	0.0164	0.0227	0.0064	0.0121	0.0132	0.0121	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0083
chr3L	12287762	12287933	chr3L:12287763-12287933	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.011	0.026	0.0309	0.0085	0.0136	0.016	0.0073	0.0085	0.0175	0.0129	0.0175	0.0077	0.0046	0.0071	0.0046	0.0104
chr3L	12289353	12289553	chr3L:12289354-12289553	FBgn0036274	CG4328	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0086	0.0129	0.0338	0.0032	0.0092	0.0143	0.0073	0.0032	0.0091	0.0119	0.0091	0.0023	0.0054	0.0019	0.0054	0.0073
chr3L	12291293	12291444	chr3L:12291294-12291444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0155	0.0103	0.0194	0.017	0.0064	0.0121	0.0134	0.012	0.0064	0.0296	0.0138	0.0296	0.0178	0.0199	0.009	0.0199	0.0334
chr3L	12295635	12295786	chr3L:12295636-12295786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0075	0.0081	0.0195	0.0021	0.0049	0.0156	0.0067	0.0021	0.006	0.0051	0.006	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0063
chr3L	12297314	12297517	chr3L:12297315-12297517	distal	distal	none	none	VT29586.1	VT29586.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0098	0.0274	0.0233	0.0042	0.0121	0.0156	0.008	0.0042	0.0157	0.0148	0.0157	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr3L	12299489	12299640	chr3L:12299490-12299640	distal	distal	none	none	VT29587.1	VT29587.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0093	0.009	0.0103	0.0074	0.0068	0.0177	0.0067	0.0074	0.0103	0.0084	0.0103	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0026
chr3L	12303722	12303873	chr3L:12303723-12303873	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0057	0.0077	0.028	0.0042	0.0053	0.0099	0.0053	0.0042	0.0072	0.0035	0.0072	0.0039	0.0023	0.0032	0.0023	0.0073
chr3L	12304146	12304297	chr3L:12304147-12304297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0082	0.0099	0.0107	0.0021	0.0092	0.0134	0.0087	0.0021	0.0072	0.0084	0.0072	0.0085	0.0054	0.0032	0.0054	0.0026
chr3L	12306378	12306596	chr3L:12306379-12306596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0116	0.017	0.0185	0.0064	0.0112	0.0186	0.0113	0.0064	0.0145	0.0132	0.0145	0.0031	0.0031	0.0071	0.0031	0.0036
chr3L	12306665	12306839	chr3L:12306666-12306839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0127	0.0169	0.0182	0.0032	0.016	0.0195	0.0107	0.0032	0.0169	0.0096	0.0169	0.0062	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chr3L	12307275	12307546	chr3L:12307276-12307546	distal	distal	stage11	stage11	CG32105_cooc164	CG32105_cooc164	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0178	0.0216	0.0185	0.0021	0.0189	0.0251	0.024	0.0021	0.0109	0.0125	0.0109	0.007	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr3L	12309246	12309441	chr3L:12309247-12309441	distal	distal	none	none	VT29592.1	VT29592.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0131	0.0194	0.0166	0.0042	0.0131	0.0221	0.012	0.0042	0.0145	0.0109	0.0145	0.0077	0.0046	0.0026	0.0046	0.0068
chr3L	12312820	12312990	chr3L:12312821-12312990	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0131	0.0171	0.0171	0.0085	0.0136	0.019	0.016	0.0085	0.0187	0.0109	0.0187	0.0124	0.0046	0.0052	0.0046	0.0057
chr3L	12315213	12315374	chr3L:12315214-12315374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0132	0.0228	0.0184	0.0032	0.017	0.019	0.0113	0.0032	0.0205	0.017	0.0205	0.0155	0.0061	0.0039	0.0061	0.0089
chr3L	12317569	12317774	chr3L:12317570-12317774	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0334	0.0336	0.0552	0.0093	0.0085	0.0772	0.0251	0.02	0.0085	0.1455	0.0389	0.1455	0.0077	0.0077	0.0084	0.0077	0.0042
chr3L	12318188	12318339	chr3L:12318189-12318339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0207	0.0189	0.0321	0.0102	0.0042	0.0359	0.016	0.016	0.0042	0.0767	0.019	0.0767	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0083
chr3L	12318836	12318987	chr3L:12318837-12318987	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0225	0.0262	0.0317	0.0084	0.0042	0.0534	0.0186	0.0306	0.0042	0.0465	0.0286	0.0465	0.0163	0.0046	0.0097	0.0046	0.0042
chr3L	12319116	12319357	chr3L:12319117-12319357	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0249	0.0472	0.0187	0.0053	0.0403	0.0203	0.0366	0.0053	0.0374	0.0437	0.0374	0.0232	0.0061	0.009	0.0061	0.0104
chr3L	12321932	12322175	chr3L:12321933-12322175	FBgn0052105	CG32105	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1426	0.1123	0.2086	0.104	0.0371	0.1748	0.0696	0.1945	0.0371	0.3128	0.2006	0.3128	0.1131	0.059	0.0522	0.059	0.0443
chr3L	12325644	12325795	chr3L:12325645-12325795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0109	0.0074	0.0157	0.0096	0.0032	0.0087	0.0108	0.0067	0.0032	0.0072	0.0109	0.0072	0.0534	0.0077	0.0045	0.0077	0.0167
chr3L	12329427	12329836	chr3L:12329428-12329836	FBgn0036277	CG10418	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1058	0.085	0.1268	0.106	0.0551	0.1073	0.0969	0.0973	0.0551	0.1636	0.1328	0.1636	0.1162	0.1194	0.1057	0.1194	0.1214
chr3L	12330016	12330399	chr3L:12330017-12330399	FBgn0036277	CG10418	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.0466	0.0558	0.0267	0.0371	0.0534	0.058	0.0513	0.0371	0.0707	0.0576	0.0707	0.0542	0.0291	0.0226	0.0291	0.0318
chr3L	12344604	12344821	chr3L:12344605-12344821	FBgn0036278	GRHRII	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0427	0.0351	0.0505	0.0425	0.0212	0.0364	0.0394	0.0473	0.0212	0.0713	0.0495	0.0713	0.0573	0.0574	0.0368	0.0574	0.05
chr3L	12380320	12380471	chr3L:12380321-12380471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0157	0.0184	0.027	0.0106	0.0126	0.026	0.0167	0.0106	0.0139	0.0289	0.0139	0.0101	0.0092	0.087	0.0092	0.0104
chr3L	12382113	12382264	chr3L:12382114-12382264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0217	0.0142	0.0381	0.012	0.0095	0.0175	0.0151	0.0167	0.0095	0.0344	0.0228	0.0344	0.0209	0.0092	0.0161	0.0092	0.0089
chr3L	12384052	12384277	chr3L:12384053-12384277	FBgn0036279	Ncc69	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0583	0.039	0.0684	0.0688	0.0212	0.0539	0.045	0.04	0.0212	0.099	0.0486	0.099	0.0906	0.0835	0.0916	0.0835	0.087
chr3L	12384456	12384669	chr3L:12384457-12384669	FBgn0036279	Ncc69	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1594	0.1069	0.1967	0.177	0.071	0.1432	0.1142	0.1153	0.071	0.2971	0.1495	0.2971	0.2378	0.2496	0.2315	0.2496	0.2204
chr3L	12384710	12384958	chr3L:12384711-12384958	FBgn0036279	Ncc69	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1074	0.0669	0.1414	0.1153	0.0392	0.0913	0.0696	0.0786	0.0392	0.1775	0.1096	0.1775	0.1418	0.1263	0.1425	0.1263	0.1282
chr3L	12385440	12385623	chr3L:12385441-12385623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0298	0.0178	0.0433	0.0283	0.0085	0.0262	0.0195	0.0187	0.0085	0.0326	0.0315	0.0326	0.1038	0.0322	0.029	0.0322	0.0448
chr3L	12391929	12392080	chr3L:12391930-12392080	FBgn0052104	CG32104	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0236	0.0344	0.0199	0.0117	0.0214	0.0363	0.0266	0.0117	0.0429	0.0373	0.0429	0.0403	0.0222	0.0161	0.0222	0.0198
chr3L	12392109	12392260	chr3L:12392110-12392260	FBgn0052104	CG32104	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0427	0.0524	0.0319	0.0244	0.0432	0.0541	0.0573	0.0244	0.0664	0.0576	0.0664	0.0542	0.0314	0.0335	0.0314	0.038
chr3L	12392372	12392566	chr3L:12392373-12392566	FBgn0052104	CG32104	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1202	0.1246	0.1451	0.0879	0.0859	0.1485	0.141	0.1506	0.0859	0.1848	0.1566	0.1848	0.1534	0.1026	0.098	0.1026	0.0938
chr3L	12394950	12395113	chr3L:12394951-12395113	FBgn0036282	Smyd4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0259	0.0229	0.0278	0.027	0.0085	0.0291	0.0281	0.0286	0.0085	0.0622	0.0219	0.0622	0.024	0.0904	0.0155	0.0904	0.0151
chr3L	12400538	12400791	chr3L:12400539-12400791	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0232	0.0247	0.0376	0.0032	0.0238	0.0368	0.0266	0.0032	0.026	0.0277	0.026	0.0294	0.0207	0.0748	0.0207	0.05
chr3L	12401692	12401877	chr3L:12401693-12401877	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0423	0.0183	0.0239	0.0893	0.0095	0.0204	0.0281	0.016	0.0095	0.0139	0.0238	0.0139	0.0519	0.0942	0.0664	0.0942	0.1907
chr3L	12407402	12407578	chr3L:12407403-12407578	FBgn0052103	CG32103	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0545	0.041	0.0636	0.0597	0.0191	0.0485	0.0528	0.0466	0.0191	0.0574	0.0659	0.0574	0.0875	0.036	0.0858	0.036	0.0636
chr3L	12407640	12407794	chr3L:12407641-12407794	FBgn0052103	CG32103	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0901	0.0808	0.1065	0.0827	0.052	0.0942	0.0947	0.0939	0.052	0.1232	0.1074	0.1232	0.1092	0.0835	0.089	0.0835	0.0891
chr3L	12407874	12408047	chr3L:12407875-12408047	FBgn0052103	CG32103	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1544	0.1956	0.1465	0.1039	0.1777	0.1808	0.1859	0.1039	0.2319	0.2138	0.2319	0.1867	0.1669	0.1644	0.1669	0.1636
chr3L	12408159	12408335	chr3L:12408160-12408335	FBgn0052103	CG32103	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0749	0.0725	0.0867	0.0645	0.0488	0.0767	0.0947	0.0859	0.0488	0.1141	0.099	0.1141	0.072	0.0743	0.0716	0.0743	0.0724
chr3L	12408440	12408612	chr3L:12408441-12408612	FBgn0052103	CG32103	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.039	0.0501	0.0259	0.0148	0.0398	0.0597	0.0413	0.0148	0.0646	0.0553	0.0646	0.0457	0.0237	0.0309	0.0237	0.0354
chr3L	12410295	12410503	chr3L:12410296-12410503	FBgn0020655	Gap69C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0637	0.049	0.0783	0.0641	0.0318	0.0578	0.0528	0.0673	0.0318	0.0815	0.0945	0.0815	0.0852	0.0551	0.0703	0.0551	0.1006
chr3L	12410565	12410753	chr3L:12410566-12410753	FBgn0020655	Gap69C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0992	0.0914	0.1164	0.0891	0.0657	0.0917	0.1133	0.1179	0.0657	0.1419	0.1305	0.1419	0.1216	0.0881	0.0928	0.0881	0.1188
chr3L	12419341	12419492	chr3L:12419342-12419492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0112	0.0152	0.012	0.0053	0.0087	0.0195	0.0127	0.0053	0.0103	0.0254	0.0103	0.0132	0.0038	0.0335	0.0038	0.0089
chr3L	12425658	12426028	chr3L:12425659-12426028	FBgn0036285	toe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0888	0.0809	0.1176	0.0661	0.0477	0.0782	0.0891	0.1332	0.0477	0.1002	0.183	0.1002	0.0813	0.0536	0.1631	0.0536	0.0443
chr3L	12426154	12426305	chr3L:12426155-12426305	FBgn0036285	toe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0264	0.032	0.0184	0.0201	0.0252	0.0333	0.0386	0.0201	0.0236	0.0486	0.0236	0.0294	0.013	0.0419	0.013	0.0104
chr3L	12426909	12427165	chr3L:12426910-12427165	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0556	0.0649	0.0471	0.0544	0.0541	0.0568	0.093	0.0706	0.0541	0.0405	0.0428	0.0405	0.0666	0.0314	0.0245	0.0314	0.0313
chr3L	12427610	12427810	chr3L:12427611-12427810	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1249	0.0993	0.1604	0.1146	0.0636	0.1238	0.0943	0.1432	0.0636	0.1769	0.2116	0.1769	0.1565	0.1363	0.1406	0.1363	0.1172
chr3L	12428636	12428818	chr3L:12428637-12428818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.0395	0.0329	0.0117	0.018	0.0587	0.0424	0.0426	0.018	0.0248	0.0469	0.0248	0.0372	0.0077	0.0168	0.0077	0.0073
chr3L	12433335	12433486	chr3L:12433336-12433486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0158	0.0274	0.0096	0.0074	0.0165	0.0216	0.0193	0.0074	0.0139	0.0524	0.0139	0.0155	0.0054	0.0264	0.0054	0.0052
chr3L	12433829	12433980	chr3L:12433830-12433980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0112	0.0188	0.0114	0.0032	0.0146	0.0147	0.014	0.0032	0.0133	0.0299	0.0133	0.0108	0.0084	0.0284	0.0084	0.0078
chr3L	12434596	12434747	chr3L:12434597-12434747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.018	0.016	0.0288	0.0084	0.0032	0.0165	0.0173	0.0286	0.0032	0.0121	0.0576	0.0121	0.0101	0.0061	0.0219	0.0061	0.0031
chr3L	12435429	12435731	chr3L:12435430-12435731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0293	0.0475	0.0216	0.0106	0.0403	0.0337	0.0353	0.0106	0.0272	0.0852	0.0272	0.0263	0.01	0.0509	0.01	0.0167
chr3L	12435918	12436069	chr3L:12435919-12436069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0193	0.0326	0.0138	0.0053	0.0248	0.0242	0.022	0.0053	0.0217	0.0566	0.0217	0.0178	0.0054	0.0387	0.0054	0.0099
chr3L	12436684	12436925	chr3L:12436685-12436925	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0443	0.0502	0.0636	0.0164	0.0339	0.0413	0.0584	0.0873	0.0339	0.0296	0.1215	0.0296	0.0271	0.0069	0.0426	0.0069	0.0099
chr3L	12437044	12437211	chr3L:12437045-12437211	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0434	0.051	0.0638	0.0127	0.035	0.0383	0.0606	0.0839	0.035	0.0302	0.1302	0.0302	0.0147	0.0084	0.0264	0.0084	0.0078
chr3L	12437480	12437631	chr3L:12437481-12437631	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0244	0.0357	0.0102	0.018	0.0189	0.0342	0.0326	0.018	0.0157	0.0685	0.0157	0.0124	0.0107	0.0232	0.0107	0.0068
chr3L	12439550	12439701	chr3L:12439551-12439701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0131	0.0098	0.023	0.006	0.0042	0.0136	0.0147	0.0067	0.0042	0.0115	0.0441	0.0115	0.007	0.0038	0.0148	0.0038	0.0036
chr3L	12440326	12440510	chr3L:12440327-12440510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0148	0.0203	0.0223	0.0042	0.0165	0.0229	0.014	0.0042	0.0145	0.0154	0.0145	0.0093	0.0061	0.011	0.0061	0.0094
chr3L	12443894	12444110	chr3L:12443895-12444110	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0222	0.041	0.0184	0.0054	0.0255	0.0432	0.0567	0.0406	0.0255	0.0145	0.0286	0.0145	0.0132	0.0054	0.0077	0.0054	0.0047
chr3L	12446931	12447135	chr3L:12446932-12447135	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0339	0.041	0.0505	0.0078	0.0138	0.0583	0.0285	0.0746	0.0138	0.0374	0.092	0.0374	0.0077	0.0023	0.0123	0.0023	0.0047
chr3L	12447144	12447295	chr3L:12447145-12447295	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0252	0.0351	0.032	0.0067	0.0085	0.0447	0.0303	0.0626	0.0085	0.0229	0.0579	0.0229	0.007	0.0015	0.0097	0.0015	0.0057
chr3L	12449885	12450097	chr3L:12449886-12450097	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0435	0.0183	0.0734	0.039	0.0074	0.0257	0.0199	0.022	0.0074	0.0314	0.1402	0.0314	0.0457	0.0092	0.1231	0.0092	0.0297
chr3L	12450119	12450303	chr3L:12450120-12450303	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0435	0.015	0.0732	0.0429	0.0032	0.0228	0.0186	0.0133	0.0032	0.0284	0.1357	0.0284	0.0643	0.0138	0.1257	0.0138	0.038
chr3L	12450733	12451202	chr3L:12450734-12451202	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0455	0.0267	0.0652	0.045	0.017	0.0311	0.0324	0.03	0.017	0.0272	0.1286	0.0272	0.0349	0.0107	0.1373	0.0107	0.0354
chr3L	12452604	12452819	chr3L:12452605-12452819	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0122	0.0346	0.039	0.0074	0.0121	0.0164	0.016	0.0074	0.0254	0.0598	0.0254	0.0287	0.0276	0.1077	0.0276	0.0302
chr3L	12455062	12455230	chr3L:12455063-12455230	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0152	0.0268	0.0244	0.0021	0.0175	0.0212	0.0207	0.0021	0.0163	0.0447	0.0163	0.0201	0.013	0.0716	0.013	0.0109
chr3L	12460829	12461038	chr3L:12460830-12461038	FBgn0000625	eyg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0698	0.07	0.0953	0.0415	0.0435	0.0825	0.0835	0.0839	0.0435	0.0809	0.1322	0.0809	0.0844	0.0436	0.0664	0.0436	0.0313
chr3L	12461176	12461393	chr3L:12461177-12461393	FBgn0000625	eyg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2023	0.1358	0.2792	0.1922	0.0509	0.199	0.1029	0.2125	0.0509	0.3412	0.3318	0.3412	0.2703	0.2075	0.2482	0.2075	0.2116
chr3L	12464531	12464708	chr3L:12464532-12464708	FBgn0036286	CG10616	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0806	0.071	0.0806	0.0914	0.0445	0.0937	0.0774	0.0839	0.0445	0.1008	0.0875	0.1008	0.0875	0.1064	0.0954	0.1064	0.1016
chr3L	12464736	12465103	chr3L:12464737-12465103	FBgn0036286	CG10616	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1144	0.0982	0.1236	0.1224	0.0573	0.133	0.1051	0.1186	0.0573	0.1534	0.136	0.1534	0.1356	0.144	0.1406	0.144	0.1397
chr3L	12466803	12466954	chr3L:12466804-12466954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0241	0.0261	0.0155	0.0148	0.0267	0.0363	0.0207	0.0148	0.029	0.0338	0.029	0.0271	0.0138	0.0161	0.0138	0.0245
chr3L	12467071	12467222	chr3L:12467072-12467222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0216	0.0251	0.0123	0.0138	0.0248	0.0272	0.0227	0.0138	0.029	0.0334	0.029	0.0248	0.0115	0.0181	0.0115	0.012
chr3L	12471415	12471638	chr3L:12471416-12471638	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0392	0.0253	0.0519	0.0407	0.0159	0.0427	0.026	0.0187	0.0159	0.1667	0.027	0.1667	0.0201	0.1539	0.0232	0.1539	0.0172
chr3L	12475386	12475596	chr3L:12475387-12475596	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0287	0.0197	0.0405	0.0258	0.0106	0.0316	0.0199	0.0187	0.0106	0.1135	0.0277	0.1135	0.024	0.0904	0.0097	0.0904	0.0151
chr3L	12476847	12477002	chr3L:12476848-12477002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0197	0.0145	0.0195	0.0258	0.0074	0.0243	0.0138	0.0153	0.0074	0.0447	0.0145	0.0447	0.0194	0.085	0.011	0.085	0.0276
chr3L	12477627	12477930	chr3L:12477628-12477930	FBgn0036287	CG10663	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0612	0.0608	0.0736	0.048	0.0308	0.1019	0.0627	0.0553	0.0308	0.1854	0.0505	0.1854	0.0666	0.1172	0.0432	0.1172	0.0485
chr3L	12478045	12478255	chr3L:12478046-12478255	FBgn0036287	CG10663	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1121	0.1098	0.135	0.0894	0.0721	0.1748	0.1112	0.0993	0.0721	0.3279	0.0936	0.3279	0.1348	0.183	0.0767	0.183	0.1245
chr3L	12483156	12483426	chr3L:12483157-12483426	FBgn0036288	CG10660	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0577	0.0255	0.0574	0.094	0.0085	0.0359	0.0333	0.0266	0.0085	0.0465	0.0428	0.0465	0.1696	0.0398	0.1154	0.0398	0.1954
chr3L	12483747	12483957	chr3L:12483748-12483957	FBgn0036288	CG10660	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0398	0.0219	0.0381	0.0616	0.0117	0.0257	0.0277	0.0247	0.0117	0.0284	0.0402	0.0284	0.0806	0.0322	0.0709	0.0322	0.1365
chr3L	12484054	12484352	chr3L:12484055-12484352	FBgn0036288	CG10660	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0523	0.0698	0.0721	0.0233	0.0583	0.0631	0.072	0.0233	0.0604	0.0881	0.0604	0.0976	0.0413	0.107	0.0413	0.1334
chr3L	12484397	12484687	chr3L:12484398-12484687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0627	0.0678	0.0736	0.045	0.0435	0.0718	0.0891	0.0786	0.0435	0.0779	0.0881	0.0779	0.0852	0.0314	0.0632	0.0314	0.074
chr3L	12487502	12487653	chr3L:12487503-12487653	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0145	0.0214	0.0135	0.0078	0.0095	0.0194	0.0363	0.02	0.0095	0.0151	0.0174	0.0151	0.0093	0.0054	0.0142	0.0054	0.0104
chr3L	12488307	12488458	chr3L:12488308-12488458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0189	0.0206	0.0192	0.0053	0.0175	0.029	0.026	0.0053	0.0109	0.0296	0.0109	0.0155	0.0046	0.0529	0.0046	0.0135
chr3L	12494111	12494262	chr3L:12494112-12494262	FBgn0036290,FBgn0036291	CG10638,CG10681	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0285	0.0418	0.0397	0.0106	0.032	0.0407	0.0326	0.0106	0.0483	0.0479	0.0483	0.0488	0.0429	0.0458	0.0429	0.0505
chr3L	12494342	12494523	chr3L:12494343-12494523	FBgn0036290,FBgn0036291	CG10638,CG10681	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0828	0.0591	0.0939	0.0971	0.0414	0.0714	0.0657	0.0746	0.0414	0.1021	0.1096	0.1021	0.1108	0.1041	0.1115	0.1041	0.123
chr3L	12494542	12494698	chr3L:12494543-12494698	FBgn0036290,FBgn0036291	CG10638,CG10681	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0439	0.0793	0.082	0.035	0.0563	0.045	0.0506	0.035	0.0845	0.0926	0.0845	0.0953	0.0865	0.0928	0.0865	0.1047
chr3L	12496906	12497074	chr3L:12496907-12497074	FBgn0027936,FBgn0036292	CG10646,vih	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0716	0.0481	0.1071	0.0589	0.0117	0.0655	0.0519	0.0666	0.0117	0.1353	0.1193	0.1353	0.1154	0.0651	0.0567	0.0651	0.0902
chr3L	12497291	12497475	chr3L:12497292-12497475	FBgn0027936,FBgn0036292	CG10646,vih	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1294	0.113	0.1588	0.1154	0.0753	0.1398	0.1259	0.1439	0.0753	0.192	0.1714	0.192	0.172	0.1309	0.1109	0.1309	0.1443
chr3L	12497530	12497720	chr3L:12497531-12497720	FBgn0027936	vih	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0881	0.0803	0.1072	0.0759	0.0382	0.1015	0.09	0.1013	0.0382	0.1262	0.1167	0.1262	0.1046	0.0949	0.0677	0.0949	0.0959
chr3L	12497852	12498003	chr3L:12497853-12498003	FBgn0027936	vih	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.047	0.0587	0.0499	0.0306	0.0201	0.0893	0.0666	0.0593	0.0201	0.0628	0.0582	0.0628	0.0411	0.0475	0.029	0.0475	0.0344
chr3L	12498099	12498250	chr3L:12498100-12498250	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0441	0.0592	0.0458	0.0255	0.0201	0.084	0.0644	0.0733	0.0201	0.0574	0.055	0.0574	0.0387	0.036	0.0232	0.036	0.0318
chr3L	12498755	12498906	chr3L:12498756-12498906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.051	0.0647	0.0567	0.0295	0.0445	0.0636	0.0709	0.0966	0.0445	0.0556	0.072	0.0556	0.0496	0.0498	0.0251	0.0498	0.0344
chr3L	12499219	12499544	chr3L:12499220-12499544	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.2046	0.1454	0.0734	0.1686	0.1767	0.2327	0.3211	0.1686	0.1558	0.1952	0.1558	0.0713	0.1064	0.0716	0.1064	0.0584
chr3L	12500131	12500324	chr3L:12500132-12500324	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0661	0.0391	0.0838	0.0769	0.017	0.0524	0.0368	0.0586	0.017	0.1171	0.0723	0.1171	0.1286	0.1776	0.0316	0.1776	0.0886
chr3L	12500341	12500492	chr3L:12500342-12500492	FBgn0036294	CG10654	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0369	0.0219	0.0468	0.0428	0.0095	0.0248	0.0255	0.0313	0.0095	0.067	0.0376	0.067	0.0697	0.0804	0.0142	0.0804	0.0412
chr3L	12500782	12500998	chr3L:12500783-12500998	FBgn0036294	CG10654	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0211	0.0277	0.0436	0.0095	0.0252	0.0221	0.032	0.0095	0.0254	0.0309	0.0254	0.0349	0.0712	0.02	0.0712	0.0625
chr3L	12507559	12507761	chr3L:12507560-12507761	FBgn0002466,FBgn0041775	sti,tral	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.06	0.0571	0.0807	0.0407	0.0223	0.0714	0.0619	0.0833	0.0223	0.099	0.0814	0.099	0.0798	0.0459	0.0342	0.0459	0.0485
chr3L	12507816	12508019	chr3L:12507817-12508019	FBgn0002466,FBgn0041775	sti,tral	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1459	0.1257	0.19	0.12	0.0774	0.1684	0.1194	0.1825	0.0774	0.2289	0.2154	0.2289	0.1588	0.124	0.1199	0.124	0.1386
chr3L	12508072	12508246	chr3L:12508073-12508246	FBgn0002466,FBgn0041775	sti,tral	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1898	0.1654	0.2316	0.1713	0.1241	0.2015	0.1626	0.2312	0.1241	0.2597	0.2559	0.2597	0.2332	0.1991	0.1702	0.1991	0.1871
chr3L	12508315	12508498	chr3L:12508316-12508498	FBgn0002466,FBgn0041775	sti,tral	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.11	0.092	0.1324	0.1057	0.0636	0.1228	0.0813	0.1306	0.0636	0.16	0.1405	0.16	0.134	0.1172	0.1141	0.1172	0.1219
chr3L	12508534	12508798	chr3L:12508535-12508798	FBgn0041775	tral	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.0811	0.1195	0.0944	0.0467	0.1068	0.0757	0.1179	0.0467	0.1377	0.1315	0.1377	0.134	0.1118	0.0883	0.1118	0.1235
chr3L	12508829	12509036	chr3L:12508830-12509036	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0743	0.0608	0.0801	0.0831	0.0339	0.0796	0.0545	0.0933	0.0339	0.0833	0.0897	0.0833	0.1061	0.0835	0.0851	0.0835	0.1146
chr3L	12513441	12513592	chr3L:12513442-12513592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0469	0.0401	0.0196	0.0286	0.0466	0.0571	0.064	0.0286	0.035	0.0495	0.035	0.0403	0.0168	0.0174	0.0168	0.0266
chr3L	12517014	12517207	chr3L:12517015-12517207	FBgn0020388,FBgn0262524	Pcaf,ver	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1065	0.1089	0.1303	0.0777	0.0679	0.1262	0.1315	0.1306	0.0679	0.1618	0.1408	0.1618	0.1232	0.085	0.0767	0.085	0.0959
chr3L	12517250	12517440	chr3L:12517251-12517440	FBgn0020388,FBgn0262524	Pcaf,ver	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0813	0.0819	0.1006	0.0595	0.0509	0.0947	0.0943	0.1066	0.0509	0.125	0.1064	0.125	0.103	0.0636	0.0587	0.0636	0.0808
chr3L	12517529	12517760	chr3L:12517530-12517760	FBgn0020388,FBgn0262524	Pcaf,ver	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.0683	0.0904	0.045	0.0467	0.0709	0.08	0.0959	0.0467	0.1014	0.1	0.1014	0.0999	0.0521	0.0368	0.0521	0.0714
chr3L	12519499	12519718	chr3L:12519500-12519718	FBgn0004926	eIF-2beta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1594	0.1582	0.1839	0.134	0.1379	0.1762	0.1869	0.1805	0.1379	0.2554	0.1913	0.2554	0.1681	0.1501	0.1431	0.1501	0.1652
chr3L	12519727	12519917	chr3L:12519728-12519917	FBgn0004926	eIF-2beta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2213	0.212	0.2579	0.1916	0.1644	0.2529	0.2279	0.2678	0.1644	0.3273	0.2711	0.3273	0.2486	0.2198	0.1954	0.2198	0.2225
chr3L	12519993	12520163	chr3L:12519994-12520163	FBgn0004926	eIF-2beta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1687	0.1692	0.1826	0.1529	0.122	0.2049	0.1834	0.2219	0.122	0.2192	0.1913	0.2192	0.1898	0.1715	0.1631	0.1715	0.1793
chr3L	12522451	12522602	chr3L:12522452-12522602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0458	0.0353	0.0575	0.0447	0.0223	0.0369	0.051	0.0386	0.0223	0.0543	0.0559	0.0543	0.1146	0.0459	0.0368	0.0459	0.0839
chr3L	12522685	12522916	chr3L:12522686-12522916	FBgn0036298	nst	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1166	0.1019	0.1353	0.1125	0.0657	0.1228	0.1116	0.1359	0.0657	0.1636	0.1479	0.1636	0.1627	0.1562	0.1057	0.1562	0.1542
chr3L	12522954	12523132	chr3L:12522955-12523132	FBgn0036298	nst	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1312	0.1031	0.1627	0.128	0.0541	0.135	0.1073	0.1326	0.0541	0.2005	0.1791	0.2005	0.1805	0.157	0.1444	0.157	0.1584
chr3L	12523153	12523331	chr3L:12523154-12523331	FBgn0036298	nst	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1568	0.1325	0.1919	0.1454	0.07	0.1631	0.1423	0.1686	0.07	0.2132	0.2251	0.2132	0.2014	0.1784	0.1522	0.1784	0.1912
chr3L	12523406	12523557	chr3L:12523407-12523557	FBgn0036298	nst	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0762	0.0611	0.0995	0.0675	0.0361	0.082	0.0619	0.0726	0.0361	0.1099	0.1186	0.1099	0.1108	0.0804	0.0638	0.0804	0.0933
chr3L	12526734	12526923	chr3L:12526735-12526923	FBgn0036299,FBgn0085271	CG34242,Tsf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1292	0.1256	0.1385	0.1231	0.0785	0.1553	0.1345	0.1619	0.0785	0.1618	0.1588	0.1618	0.1379	0.1118	0.1289	0.1118	0.1662
chr3L	12526985	12527390	chr3L:12526986-12527390	FBgn0036299,FBgn0036300,FBgn0085271	CG10688,CG34242,Tsf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1822	0.172	0.207	0.1666	0.1092	0.2107	0.1929	0.2159	0.1092	0.2784	0.2219	0.2784	0.1921	0.1608	0.1651	0.1608	0.2251
chr3L	12527521	12527730	chr3L:12527522-12527730	FBgn0036300,FBgn0085271	CG10688,CG34242	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.107	0.075	0.1444	0.1015	0.0498	0.0903	0.0817	0.0979	0.0498	0.1848	0.1534	0.1848	0.1665	0.098	0.0993	0.098	0.1449
chr3L	12530100	12530254	chr3L:12530101-12530254	FBgn0036301	CG4069	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0456	0.0369	0.0614	0.0379	0.0148	0.0515	0.0428	0.04	0.0148	0.0815	0.0685	0.0815	0.0682	0.049	0.0342	0.049	0.0516
chr3L	12530346	12530515	chr3L:12530347-12530515	FBgn0036301	CG4069	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0775	0.0662	0.0971	0.0687	0.0308	0.0854	0.0757	0.0766	0.0308	0.1232	0.11	0.1232	0.103	0.0796	0.0638	0.0796	0.0891
chr3L	12535333	12535484	chr3L:12535334-12535484	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0186	0.0303	0.017	0.0072	0.0138	0.0427	0.0342	0.0313	0.0138	0.0242	0.018	0.0242	0.0139	0.01	0.011	0.01	0.0063
chr3L	12536491	12536726	chr3L:12536492-12536726	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0199	0.0368	0.0159	0.0056	0.017	0.0325	0.0497	0.052	0.017	0.0139	0.0222	0.0139	0.007	0.0054	0.0097	0.0054	0.0031
chr3L	12546640	12546851	chr3L:12546641-12546851	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0255	0.0322	0.0166	0.017	0.0238	0.0346	0.0333	0.017	0.0193	0.0601	0.0193	0.0163	0.0107	0.0419	0.0107	0.0115
chr3L	12546878	12547042	chr3L:12546879-12547042	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0209	0.0303	0.0164	0.017	0.0209	0.0285	0.0227	0.017	0.0193	0.0543	0.0193	0.0147	0.0084	0.0432	0.0084	0.0104
chr3L	12550734	12550885	chr3L:12550735-12550885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0147	0.0261	0.0127	0.0042	0.0131	0.0255	0.0127	0.0042	0.0169	0.0293	0.0169	0.0581	0.0077	0.011	0.0077	0.0266
chr3L	12551094	12551256	chr3L:12551095-12551256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0172	0.0395	0.0155	0.0074	0.0209	0.0242	0.0173	0.0074	0.0193	0.0421	0.0193	0.0984	0.0115	0.0142	0.0115	0.0328
chr3L	12553567	12553718	chr3L:12553568-12553718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0208	0.0209	0.0273	0.0135	0.0064	0.018	0.0324	0.0247	0.0064	0.0483	0.027	0.0483	0.0163	0.0322	0.0155	0.0322	0.0089
chr3L	12556177	12556407	chr3L:12556178-12556407	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0428	0.0255	0.0462	0.0582	0.0148	0.0359	0.0285	0.0273	0.0148	0.1117	0.0325	0.1117	0.031	0.1539	0.0419	0.1539	0.0568
chr3L	12556710	12556861	chr3L:12556711-12556861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0143	0.0152	0.0223	0.0095	0.0146	0.0199	0.016	0.0095	0.0254	0.0164	0.0254	0.0124	0.0643	0.0129	0.0643	0.0234
chr3L	12558380	12558531	chr3L:12558381-12558531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0208	0.0092	0.0211	0.0334	0.0042	0.0126	0.0104	0.012	0.0042	0.0411	0.0193	0.0411	0.0186	0.1103	0.0219	0.1103	0.0208
chr3L	12558867	12559056	chr3L:12558868-12559056	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0337	0.0206	0.0426	0.0386	0.0085	0.0282	0.026	0.022	0.0085	0.1087	0.0315	0.1087	0.0263	0.108	0.029	0.108	0.0271
chr3L	12559123	12559454	chr3L:12559124-12559454	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0655	0.057	0.0893	0.0487	0.035	0.0728	0.0804	0.0446	0.035	0.2289	0.0569	0.2289	0.0689	0.0926	0.0303	0.0926	0.0631
chr3L	12559575	12560041	chr3L:12559576-12560041	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0766	0.1286	0.0674	0.0287	0.1071	0.1335	0.1548	0.1439	0.1071	0.1039	0.0691	0.1039	0.0465	0.0352	0.0213	0.0352	0.0219
chr3L	12563827	12563978	chr3L:12563828-12563978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0204	0.0227	0.0174	0.0148	0.0228	0.0324	0.0133	0.0148	0.0308	0.026	0.0308	0.0116	0.0092	0.0181	0.0092	0.0255
chr3L	12564514	12564696	chr3L:12564515-12564696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0282	0.0307	0.0192	0.0117	0.0286	0.042	0.032	0.0117	0.0308	0.0437	0.0308	0.0147	0.0077	0.0451	0.0077	0.0193
chr3L	12565316	12565494	chr3L:12565317-12565494	FBgn0036302	sowah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0667	0.0573	0.0799	0.0625	0.0382	0.0689	0.0757	0.0586	0.0382	0.087	0.0865	0.087	0.0906	0.0613	0.0703	0.0613	0.0709
chr3L	12565567	12565755	chr3L:12565568-12565755	FBgn0036302	sowah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.1031	0.0891	0.1189	0.1015	0.0583	0.1029	0.1055	0.1126	0.0583	0.1292	0.128	0.1292	0.1193	0.1263	0.0974	0.1263	0.1193
chr3L	12565921	12566072	chr3L:12565922-12566072	FBgn0036302	sowah	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0239	0.0217	0.0167	0.017	0.0228	0.0307	0.0306	0.017	0.0242	0.0244	0.0242	0.0194	0.0253	0.0181	0.0253	0.0151
chr3L	12568732	12568883	chr3L:12568733-12568883	distal	distal	none	none	VT29739.1,VT29740.1	VT29739.1,VT29740.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0172	0.0292	0.0171	0.0064	0.0248	0.0212	0.0173	0.0064	0.0332	0.0238	0.0332	0.0209	0.0153	0.0116	0.0153	0.0109
chr3L	12569004	12569155	chr3L:12569005-12569155	distal	distal	none	none	VT29739.1,VT29740.1	VT29739.1,VT29740.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0158	0.0206	0.0136	0.0042	0.0194	0.0186	0.0207	0.0042	0.0217	0.0167	0.0217	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0063
chr3L	12570129	12570328	chr3L:12570130-12570328	distal	distal	none	none	VT29740.1,VT29741.1	VT29740.1,VT29741.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0433	0.045	0.0648	0.0178	0.017	0.0612	0.0484	0.0593	0.017	0.0598	0.0553	0.0598	0.024	0.0084	0.0084	0.0084	0.0115
chr3L	12570483	12570809	chr3L:12570484-12570809	distal	distal	stage5	stage5	VT29740.1,VT29741.1	VT29740.1,VT29741.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0431	0.0495	0.0561	0.0217	0.0074	0.0864	0.0411	0.062	0.0074	0.0574	0.036	0.0574	0.0201	0.013	0.011	0.013	0.0073
chr3L	12573375	12573677	chr3L:12573376-12573677	FBgn0015904	ara	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.201	0.1051	0.2783	0.2232	0.0604	0.1413	0.1016	0.1392	0.0604	0.3291	0.3338	0.3291	0.244	0.2802	0.2992	0.2802	0.2011
chr3L	12574010	12574216	chr3L:12574011-12574216	FBgn0015904	ara	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0509	0.0476	0.0674	0.0366	0.018	0.0524	0.0666	0.0586	0.018	0.0984	0.0759	0.0984	0.0403	0.036	0.049	0.036	0.0354
chr3L	12578279	12578430	chr3L:12578280-12578430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0211	0.0116	0.0341	0.0175	0.0032	0.0194	0.013	0.0127	0.0032	0.0157	0.0518	0.0157	0.0434	0.0038	0.0413	0.0038	0.0229
chr3L	12579895	12580046	chr3L:12579896-12580046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0107	0.0244	0.0166	0.0032	0.015	0.0147	0.01	0.0032	0.0229	0.0325	0.0229	0.0248	0.01	0.0277	0.01	0.0167
chr3L	12581454	12581607	chr3L:12581455-12581607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0234	0.016	0.0383	0.0155	0.0053	0.0214	0.0203	0.0167	0.0053	0.0374	0.0646	0.0374	0.017	0.0161	0.0193	0.0161	0.0167
chr3L	12582142	12582293	chr3L:12582143-12582293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0123	0.0176	0.0121	0.0064	0.0097	0.019	0.0147	0.0064	0.0187	0.0238	0.0187	0.0155	0.0046	0.0271	0.0046	0.0099
chr3L	12583579	12584014	chr3L:12583580-12584014	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0573	0.0472	0.0802	0.0434	0.0223	0.0796	0.045	0.0513	0.0223	0.0713	0.1215	0.0713	0.0573	0.0222	0.0999	0.0222	0.0334
chr3L	12584740	12584938	chr3L:12584741-12584938	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0214	0.0288	0.0202	0.0143	0.0138	0.0379	0.0324	0.0373	0.0138	0.0199	0.0225	0.0199	0.007	0.013	0.0148	0.013	0.0167
chr3L	12590423	12590650	chr3L:12590424-12590650	distal	distal	stage11	stage11	VT29751.1	VT29751.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0268	0.0451	0.0156	0.0095	0.035	0.0329	0.0306	0.0095	0.0489	0.0691	0.0489	0.0225	0.0123	0.0393	0.0123	0.0099
chr3L	12590695	12590886	chr3L:12590696-12590886	distal	distal	stage11	stage11	VT29751.1,VT29752.1	VT29751.1,VT29752.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0287	0.0234	0.047	0.0145	0.0053	0.0359	0.0303	0.022	0.0053	0.0543	0.0746	0.0543	0.017	0.0031	0.0471	0.0031	0.0094
chr3L	12591004	12591259	chr3L:12591005-12591259	distal	distal	stage11	stage11	VT29751.1,VT29752.1	VT29751.1,VT29752.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0223	0.0434	0.0136	0.0085	0.0364	0.0247	0.0207	0.0085	0.0477	0.064	0.0477	0.0256	0.0077	0.0368	0.0077	0.0104
chr3L	12592134	12592285	chr3L:12592135-12592285	distal	distal	none	none	VT29752.1	VT29752.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0175	0.0145	0.0287	0.0088	0.0042	0.0223	0.016	0.016	0.0042	0.0519	0.0334	0.0519	0.0085	0.0061	0.0116	0.0061	0.0073
chr3L	12593347	12593498	chr3L:12593348-12593498	distal	distal	none	none	VT29753.1	VT29753.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.015	0.0211	0.0182	0.0095	0.0175	0.0208	0.0173	0.0095	0.0205	0.0315	0.0205	0.0163	0.0191	0.0342	0.0191	0.0156
chr3L	12593551	12593702	chr3L:12593552-12593702	distal	distal	none	none	VT29753.1	VT29753.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0214	0.0156	0.028	0.0207	0.0053	0.0204	0.0212	0.0147	0.0053	0.0242	0.0434	0.0242	0.0263	0.0268	0.04	0.0268	0.0151
chr3L	12594431	12594582	chr3L:12594432-12594582	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29753.1,VT29754.1	VT29753.1,VT29754.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0169	0.0472	0.024	0.0064	0.0184	0.0221	0.022	0.0064	0.0266	0.0939	0.0266	0.0101	0.0084	0.078	0.0084	0.013
chr3L	12594619	12594770	chr3L:12594620-12594770	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29753.1,VT29754.1	VT29753.1,VT29754.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0158	0.0518	0.0221	0.0064	0.0209	0.0169	0.022	0.0064	0.0356	0.0961	0.0356	0.0225	0.0123	0.0625	0.0123	0.0162
chr3L	12594960	12595111	chr3L:12594961-12595111	distal	distal	none	none	VT29754.1	VT29754.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0148	0.0362	0.0164	0.0064	0.0233	0.0147	0.016	0.0064	0.0266	0.0633	0.0266	0.0232	0.01	0.0342	0.01	0.0234
chr3L	12596451	12596627	chr3L:12596452-12596627	distal	distal	stage5	stage5	VT29755.1	VT29755.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0306	0.0299	0.0402	0.0209	0.0127	0.0447	0.029	0.038	0.0127	0.0767	0.0424	0.0767	0.0279	0.023	0.0181	0.023	0.0349
chr3L	12597358	12597509	chr3L:12597359-12597509	distal	distal	none	none	VT29755.1	VT29755.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0191	0.0168	0.0265	0.0135	0.0011	0.0262	0.0208	0.0187	0.0011	0.0429	0.0235	0.0429	0.0139	0.0168	0.0135	0.0168	0.012
chr3L	12599167	12599608	chr3L:12599168-12599608	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT29757.1	VT29757.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1159	0.0851	0.1904	0.0687	0.0138	0.1665	0.0649	0.0939	0.0138	0.2615	0.2257	0.2615	0.2068	0.098	0.0761	0.098	0.1011
chr3L	12601319	12601470	chr3L:12601320-12601470	distal	distal	none	none	VT29757.1	VT29757.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0205	0.0113	0.0425	0.0065	0.0021	0.0257	0.0091	0.0053	0.0021	0.1383	0.0241	0.1383	0.0116	0.0153	0.0058	0.0153	0.0068
chr3L	12602492	12602727	chr3L:12602493-12602727	FBgn0015919	caup	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2769	0.2404	0.349	0.2387	0.175	0.299	0.2388	0.3225	0.175	0.4318	0.4035	0.4318	0.3044	0.2343	0.2959	0.2343	0.2684
chr3L	12608621	12608806	chr3L:12608622-12608806	distal	distal	none	none	VT29762.1	VT29762.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0153	0.0359	0.0155	0.0053	0.0248	0.016	0.016	0.0053	0.029	0.0582	0.029	0.0263	0.0107	0.0322	0.0107	0.0146
chr3L	12609120	12609357	chr3L:12609121-12609357	distal	distal	stage11	stage11	VT29762.1	VT29762.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0639	0.0445	0.1154	0.029	0.0085	0.0743	0.0329	0.0666	0.0085	0.0634	0.2061	0.0634	0.0434	0.0161	0.0864	0.0161	0.0172
chr3L	12611211	12611362	chr3L:12611212-12611362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0152	0.0136	0.019	0.0127	0.0042	0.0214	0.0177	0.0113	0.0042	0.0079	0.0232	0.0079	0.0372	0.0061	0.0187	0.0061	0.0208
chr3L	12612029	12612180	chr3L:12612030-12612180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.009	0.0122	0.0121	0.0021	0.0102	0.0143	0.01	0.0021	0.0127	0.0158	0.0127	0.0093	0.0015	0.0084	0.0015	0.0109
chr3L	12615306	12615482	chr3L:12615307-12615482	distal	distal	none	none	VT29765.1	VT29765.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0197	0.0391	0.0209	0.0042	0.0257	0.0285	0.0153	0.0042	0.0278	0.0621	0.0278	0.0256	0.0161	0.0419	0.0161	0.0229
chr3L	12620885	12621105	chr3L:12620886-12621105	FBgn0052111	CG32111	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.077	0.0513	0.0666	0.1171	0.0361	0.0476	0.0662	0.068	0.0361	0.0242	0.0723	0.0242	0.0868	0.0582	0.147	0.0582	0.0604
chr3L	12621272	12621423	chr3L:12621273-12621423	FBgn0052111	CG32111	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0148	0.0198	0.0235	0.0117	0.015	0.0234	0.014	0.0117	0.0103	0.0251	0.0103	0.0225	0.0107	0.0316	0.0107	0.0177
chr3L	12624548	12624699	chr3L:12624549-12624699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0204	0.0256	0.0118	0.0053	0.0189	0.0316	0.0233	0.0053	0.0163	0.0421	0.0163	0.0124	0.0046	0.0258	0.0046	0.0073
chr3L	12626394	12626587	chr3L:12626395-12626587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0308	0.0261	0.0117	0.0201	0.034	0.0368	0.042	0.0201	0.0296	0.0296	0.0296	0.0093	0.0077	0.0032	0.0077	0.0021
chr3L	12629161	12629312	chr3L:12629162-12629312	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0114	0.0055	0.0141	0.015	0.0032	0.0058	0.0074	0.006	0.0032	0.0205	0.0167	0.0205	0.0108	0.026	0.0064	0.026	0.0104
chr3L	12631512	12631729	chr3L:12631513-12631729	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0326	0.015	0.0322	0.0526	0.0021	0.0214	0.0169	0.0173	0.0021	0.0145	0.0151	0.0145	0.0186	0.0138	0.0071	0.0138	0.0219
chr3L	12632438	12632604	chr3L:12632439-12632604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0285	0.0127	0.0287	0.046	0.0032	0.0184	0.0164	0.014	0.0032	0.0187	0.0299	0.0187	0.0101	0.0115	0.0168	0.0115	0.0162
chr3L	12632667	12632818	chr3L:12632668-12632818	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.012	0.0286	0.0359	0.0032	0.0136	0.0173	0.0127	0.0032	0.0199	0.0312	0.0199	0.017	0.0115	0.0148	0.0115	0.0099
chr3L	12632927	12633211	chr3L:12632928-12633211	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0167	0.0376	0.0517	0.0011	0.0136	0.0277	0.024	0.0011	0.0248	0.0412	0.0248	0.0178	0.01	0.0135	0.01	0.0193
chr3L	12633656	12634090	chr3L:12633657-12634090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0494	0.0295	0.0552	0.0652	0.0064	0.0413	0.0398	0.0293	0.0064	0.0374	0.0698	0.0374	0.0573	0.0521	0.0361	0.0521	0.0448
chr3L	12635533	12635829	chr3L:12635534-12635829	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0481	0.048	0.0452	0.0514	0.0138	0.0883	0.0355	0.0593	0.0138	0.026	0.0444	0.026	0.0248	0.0168	0.0181	0.0168	0.0214
chr3L	12636868	12637101	chr3L:12636869-12637101	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	ara_IroRE-2B	ara_IroRE-2B	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0156	0.0563	0.0302	0.0011	0.0228	0.019	0.018	0.0011	0.0139	0.1228	0.0139	0.0124	0.0077	0.0974	0.0077	0.0135
chr3L	12637265	12637435	chr3L:12637266-12637435	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	ara_IroRE-2B	ara_IroRE-2B	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0249	0.0695	0.0302	0.0085	0.034	0.0229	0.038	0.0085	0.0211	0.1441	0.0211	0.0271	0.0092	0.1012	0.0092	0.0094
chr3L	12637917	12638068	chr3L:12637918-12638068	distal	distal	none	none	ara_IroRE-2B	ara_IroRE-2B	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0183	0.0296	0.0171	0.0085	0.0243	0.0169	0.0266	0.0085	0.0187	0.0534	0.0187	0.017	0.0054	0.0451	0.0054	0.0125
chr3L	12639321	12639536	chr3L:12639322-12639536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0694	0.0666	0.0868	0.0536	0.0424	0.0718	0.0722	0.1019	0.0424	0.0851	0.1068	0.0851	0.0775	0.0605	0.0735	0.0605	0.0719
chr3L	12640099	12640250	chr3L:12640100-12640250	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0651	0.0558	0.0138	0.0286	0.0859	0.0489	0.1093	0.0286	0.0229	0.082	0.0229	0.031	0.0115	0.02	0.0115	0.0109
chr3L	12640366	12640576	chr3L:12640367-12640576	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0642	0.1001	0.0758	0.0114	0.0318	0.1311	0.0506	0.2212	0.0318	0.0332	0.1215	0.0332	0.0271	0.0015	0.02	0.0015	0.0104
chr3L	12641708	12641859	chr3L:12641709-12641859	distal	distal	none	none	VT29778.1	VT29778.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.029	0.0297	0.0354	0.0213	0.0085	0.0388	0.0242	0.0513	0.0085	0.0326	0.0457	0.0326	0.0163	0.01	0.0168	0.01	0.0099
chr3L	12642408	12642685	chr3L:12642409-12642685	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG32111_8084,VT29778.1	CG32111_8084,VT29778.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1012	0.1656	0.1067	0.0231	0.1209	0.117	0.1933	0.2911	0.1209	0.0393	0.2064	0.0393	0.0465	0.0061	0.0509	0.0061	0.0156
chr3L	12643006	12643157	chr3L:12643007-12643157	distal	distal	stage11	stage11	VT29778.1,VT29779.1	VT29778.1,VT29779.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.038	0.0514	0.0177	0.0265	0.0379	0.0424	0.058	0.0265	0.0193	0.1	0.0193	0.0194	0.0031	0.049	0.0031	0.0083
chr3L	12644538	12644968	chr3L:12644539-12644968	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29779.1	VT29779.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0859	0.0733	0.1198	0.0627	0.0265	0.0913	0.067	0.1272	0.0265	0.0417	0.1633	0.0417	0.0728	0.0138	0.0658	0.0138	0.0323
chr3L	12645448	12645630	chr3L:12645449-12645630	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0212	0.0511	0.0164	0.0053	0.0277	0.0216	0.032	0.0053	0.0314	0.091	0.0314	0.0201	0.0061	0.0432	0.0061	0.0068
chr3L	12646327	12646503	chr3L:12646328-12646503	FBgn0263379	CR43431	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1976	0.165	0.2557	0.1703	0.1124	0.2286	0.1544	0.2205	0.1124	0.2971	0.2846	0.2971	0.2649	0.196	0.1709	0.196	0.1902
chr3L	12649260	12649411	chr3L:12649261-12649411	distal	distal	stage5	stage5	VT29782.1	VT29782.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0225	0.0232	0.0315	0.012	0.0127	0.0393	0.0221	0.024	0.0127	0.0175	0.0264	0.0175	0.0852	0.0023	0.0161	0.0023	0.0234
chr3L	12650229	12650380	chr3L:12650230-12650380	distal	distal	none	none	VT29782.1	VT29782.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0167	0.0206	0.0117	0.0064	0.0199	0.0221	0.02	0.0064	0.0103	0.0203	0.0103	0.0124	0.0084	0.0052	0.0084	0.0099
chr3L	12656763	12657061	chr3L:12656764-12657061	distal	distal	stage14	stage14	VT29787.1	VT29787.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0156	0.0278	0.0221	0.0064	0.0131	0.0264	0.0193	0.0064	0.0127	0.0476	0.0127	0.0194	0.0054	0.0658	0.0054	0.0141
chr3L	12658068	12658315	chr3L:12658069-12658315	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29787.1	VT29787.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0428	0.0277	0.0678	0.0322	0.0074	0.035	0.0311	0.04	0.0074	0.0489	0.1158	0.0489	0.038	0.0069	0.0819	0.0069	0.0266
chr3L	12658619	12658780	chr3L:12658620-12658780	distal	distal	none	none	VT29787.1	VT29787.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0209	0.0409	0.0171	0.0064	0.0257	0.0294	0.0207	0.0064	0.0302	0.0633	0.0302	0.0325	0.0092	0.038	0.0092	0.0177
chr3L	12659429	12659622	chr3L:12659430-12659622	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0361	0.0204	0.0617	0.0255	0.0011	0.0262	0.0229	0.0313	0.0011	0.0326	0.1164	0.0326	0.0194	0.0107	0.0787	0.0107	0.0146
chr3L	12660575	12660726	chr3L:12660576-12660726	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0331	0.0366	0.0387	0.023	0.0223	0.0592	0.0376	0.0346	0.0223	0.0652	0.0315	0.0652	0.0302	0.0306	0.0213	0.0306	0.0271
chr3L	12660751	12660945	chr3L:12660752-12660945	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0561	0.07	0.0602	0.0361	0.0382	0.134	0.061	0.052	0.0382	0.1184	0.0395	0.1184	0.0666	0.0597	0.0219	0.0597	0.0495
chr3L	12661306	12661521	chr3L:12661307-12661521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0338	0.0414	0.0202	0.017	0.0495	0.0363	0.0393	0.017	0.0634	0.0357	0.0634	0.0465	0.0253	0.011	0.0253	0.0313
chr3L	12665497	12665648	chr3L:12665498-12665648	distal	distal	stage5	stage5	VT29791.1,VT29792.1	VT29791.1,VT29792.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0259	0.036	0.0306	0.0095	0.0159	0.067	0.0272	0.0393	0.0159	0.035	0.0392	0.035	0.0279	0.0046	0.0187	0.0046	0.0089
chr3L	12665864	12666124	chr3L:12665865-12666124	distal	distal	stage5	stage5	VT29791.1,VT29792.1	VT29791.1,VT29792.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0547	0.052	0.0198	0.0329	0.085	0.0497	0.0586	0.0329	0.0507	0.0714	0.0507	0.0426	0.013	0.0219	0.013	0.0177
chr3L	12666310	12666461	chr3L:12666311-12666461	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT29792.1	VT29792.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0291	0.0376	0.036	0.012	0.0297	0.0466	0.0385	0.0493	0.0297	0.0205	0.0653	0.0205	0.0194	0.0069	0.0245	0.0069	0.013
chr3L	12667201	12667352	chr3L:12667202-12667352	distal	distal	none	none	VT29792.1	VT29792.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0242	0.0306	0.0174	0.0148	0.0286	0.029	0.0293	0.0148	0.0223	0.0434	0.0223	0.0263	0.0077	0.0374	0.0077	0.0172
chr3L	12667793	12667990	chr3L:12667794-12667990	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0184	0.0523	0.0354	0.0053	0.0252	0.0242	0.0213	0.0053	0.0386	0.0691	0.0386	0.0744	0.0168	0.049	0.0168	0.0698
chr3L	12668152	12668303	chr3L:12668153-12668303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0146	0.0341	0.0185	0.0042	0.0155	0.0225	0.0167	0.0042	0.0284	0.0473	0.0284	0.0287	0.0069	0.0413	0.0069	0.0245
chr3L	12668513	12668703	chr3L:12668514-12668703	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0228	0.0524	0.0359	0.0042	0.0291	0.0264	0.0293	0.0042	0.026	0.0952	0.026	0.0349	0.0107	0.098	0.0107	0.0313
chr3L	12668727	12668878	chr3L:12668728-12668878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0156	0.034	0.0294	0.0032	0.0204	0.0186	0.0167	0.0032	0.0187	0.0582	0.0187	0.0217	0.01	0.0683	0.01	0.0328
chr3L	12668983	12669134	chr3L:12668984-12669134	distal	distal	stage14	stage14	VT29794.1	VT29794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0153	0.0249	0.0216	0.0085	0.015	0.0229	0.014	0.0085	0.0145	0.0389	0.0145	0.0155	0.0069	0.0567	0.0069	0.0182
chr3L	12669721	12669872	chr3L:12669722-12669872	distal	distal	stage11	stage11	VT29794.1	VT29794.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0303	0.0356	0.0424	0.0111	0.0148	0.0519	0.0311	0.0493	0.0148	0.0368	0.0412	0.0368	0.0217	0.0077	0.0181	0.0077	0.0057
chr3L	12669895	12670139	chr3L:12669896-12670139	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT29794.1	VT29794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0481	0.0639	0.0608	0.0166	0.0329	0.0942	0.0515	0.0966	0.0329	0.0459	0.0637	0.0459	0.038	0.0115	0.0187	0.0115	0.0089
chr3L	12670533	12670956	chr3L:12670534-12670956	distal	distal	stage5	stage5	VT29794.1,VT29795.1	VT29794.1,VT29795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0707	0.1333	0.0505	0.0227	0.0933	0.1922	0.125	0.1546	0.0933	0.0393	0.0457	0.0393	0.055	0.0069	0.0135	0.0069	0.0125
chr3L	12671520	12671699	chr3L:12671521-12671699	distal	distal	none	none	VT29795.1	VT29795.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0326	0.0196	0.0475	0.0308	0.0032	0.0286	0.0208	0.026	0.0032	0.0308	0.0701	0.0308	0.0256	0.01	0.0438	0.01	0.0412
chr3L	12672476	12672809	chr3L:12672477-12672809	distal	distal	none	none	VT29795.1,VT29796.1	VT29795.1,VT29796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0342	0.0339	0.0468	0.0207	0.0064	0.0417	0.045	0.042	0.0064	0.029	0.0482	0.029	0.0813	0.01	0.0142	0.01	0.0438
chr3L	12674569	12674796	chr3L:12674570-12674796	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29796.1	VT29796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0426	0.0258	0.0604	0.0419	0.0053	0.0374	0.0242	0.04	0.0053	0.0254	0.0441	0.0254	0.0271	0.0168	0.0142	0.0168	0.0261
chr3L	12675357	12675508	chr3L:12675358-12675508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0265	0.0317	0.0103	0.0064	0.032	0.0324	0.034	0.0064	0.0399	0.0299	0.0399	0.0201	0.0031	0.0071	0.0031	0.0063
chr3L	12675695	12675927	chr3L:12675696-12675927	distal	distal	none	none	VT29798.1	VT29798.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0314	0.0435	0.0369	0.0118	0.017	0.0583	0.0433	0.0613	0.017	0.0272	0.0486	0.0272	0.0201	0.0046	0.0123	0.0046	0.0063
chr3L	12676361	12676564	chr3L:12676362-12676564	distal	distal	stage5	stage5	VT29798.1	VT29798.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0348	0.0654	0.0261	0.0102	0.0732	0.0549	0.0705	0.0999	0.0732	0.0163	0.0238	0.0163	0.0178	0.0054	0.0084	0.0054	0.0052
chr3L	12677758	12677909	chr3L:12677759-12677909	distal	distal	stage11	stage11	VT29798.1,VT29799.1	VT29798.1,VT29799.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0292	0.0343	0.0392	0.0124	0.0127	0.0583	0.0281	0.044	0.0127	0.026	0.0331	0.026	0.0775	0.0061	0.0071	0.0061	0.0182
chr3L	12677927	12678162	chr3L:12677928-12678162	distal	distal	stage11	stage11	VT29798.1,VT29799.1	VT29798.1,VT29799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.0445	0.0607	0.0212	0.0191	0.0738	0.0424	0.0493	0.0191	0.0441	0.0556	0.0441	0.1348	0.0123	0.0168	0.0123	0.0339
chr3L	12679129	12679280	chr3L:12679130-12679280	distal	distal	none	none	VT29799.1	VT29799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.015	0.0173	0.027	0.0064	0.017	0.0221	0.0153	0.0064	0.0151	0.0158	0.0151	0.0186	0.0077	0.0116	0.0077	0.0162
chr3L	12679395	12679546	chr3L:12679396-12679546	distal	distal	none	none	VT29799.1,VT29800.1	VT29799.1,VT29800.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.0152	0.0218	0.0318	0.0064	0.0165	0.0238	0.014	0.0064	0.0205	0.0183	0.0205	0.0256	0.0084	0.011	0.0084	0.0167
chr3L	12680347	12680498	chr3L:12680348-12680498	distal	distal	none	none	VT29800.1	VT29800.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0274	0.0311	0.0134	0.0117	0.0379	0.0247	0.044	0.0117	0.0223	0.0248	0.0223	0.0155	0.0031	0.0039	0.0031	0.0068
chr3L	12680569	12680838	chr3L:12680570-12680838	distal	distal	none	none	VT29800.1	VT29800.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0432	0.0528	0.0448	0.0308	0.0212	0.0709	0.051	0.0746	0.0212	0.0344	0.0415	0.0344	0.0248	0.0107	0.0245	0.0107	0.0224
chr3L	12683456	12683607	chr3L:12683457-12683607	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.032	0.0208	0.0423	0.0333	0.0074	0.0277	0.0212	0.0313	0.0074	0.0453	0.0444	0.0453	0.0705	0.0161	0.0329	0.0161	0.0464
chr3L	12683924	12684109	chr3L:12683925-12684109	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0439	0.0198	0.0511	0.0629	0.0032	0.0306	0.026	0.0193	0.0032	0.0495	0.0588	0.0495	0.0666	0.0291	0.0851	0.0291	0.0703
chr3L	12686032	12686324	chr3L:12686033-12686324	FBgn0014343	mirr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3233	0.2822	0.3945	0.2912	0.2195	0.3515	0.2928	0.3484	0.2195	0.4819	0.4441	0.4819	0.3362	0.2848	0.3262	0.2848	0.3163
chr3L	12686411	12686721	chr3L:12686412-12686721	FBgn0014343	mirr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3582	0.3417	0.4185	0.3105	0.2927	0.4034	0.3594	0.4211	0.2927	0.5121	0.4691	0.5121	0.3679	0.3384	0.3288	0.3384	0.3481
chr3L	12688150	12688378	chr3L:12688151-12688378	distal	distal	none	none	VT29804.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0476	0.0366	0.0624	0.0437	0.0148	0.0524	0.0346	0.048	0.0148	0.058	0.0666	0.058	0.1038	0.0168	0.0522	0.0168	0.0849
chr3L	12688743	12688978	chr3L:12688744-12688978	distal	distal	none	none	VT29804.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0442	0.0284	0.0563	0.0485	0.0074	0.0364	0.0307	0.0406	0.0074	0.0634	0.0588	0.0634	0.0883	0.0176	0.0567	0.0176	0.1006
chr3L	12689030	12689181	chr3L:12689031-12689181	distal	distal	none	none	VT29804.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0344	0.0212	0.0454	0.0369	0.0064	0.0316	0.019	0.03	0.0064	0.0447	0.0486	0.0447	0.0728	0.01	0.0374	0.01	0.0823
chr3L	12690709	12690892	chr3L:12690710-12690892	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0502	0.0776	0.051	0.0188	0.0095	0.1383	0.0394	0.1292	0.0095	0.0562	0.0691	0.0562	0.0294	0.0123	0.0161	0.0123	0.0302
chr3L	12692128	12692279	chr3L:12692129-12692279	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0362	0.0249	0.0567	0.0263	0.0053	0.0364	0.0272	0.0333	0.0053	0.1298	0.0476	0.1298	0.0294	0.0574	0.0226	0.0574	0.0224
chr3L	12692337	12692615	chr3L:12692338-12692615	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0662	0.0485	0.1019	0.0469	0.0095	0.0806	0.0355	0.0726	0.0095	0.2156	0.0887	0.2156	0.0387	0.0766	0.0471	0.0766	0.0334
chr3L	12692652	12692841	chr3L:12692653-12692841	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0469	0.0376	0.0753	0.026	0.0095	0.0621	0.0264	0.0573	0.0095	0.1504	0.0749	0.1504	0.0225	0.0314	0.0245	0.0314	0.0229
chr3L	12693429	12693580	chr3L:12693430-12693580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0285	0.0272	0.0379	0.0195	0.0064	0.0388	0.0234	0.0446	0.0064	0.0507	0.0389	0.0507	0.0201	0.0061	0.0129	0.0061	0.0214
chr3L	12693757	12694013	chr3L:12693758-12694013	distal	distal	stage14	stage14	VT29807.1	VT29807.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0433	0.0319	0.058	0.04	0.0106	0.0519	0.0255	0.04	0.0106	0.0725	0.0563	0.0725	0.0209	0.0145	0.0174	0.0145	0.0271
chr3L	12694225	12694376	chr3L:12694226-12694376	distal	distal	none	none	VT29807.1	VT29807.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0258	0.0245	0.0213	0.0138	0.0282	0.0268	0.0373	0.0138	0.0229	0.026	0.0229	0.017	0.0077	0.0219	0.0077	0.0193
chr3L	12694880	12695031	chr3L:12694881-12695031	distal	distal	none	none	VT29807.1	VT29807.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0158	0.0206	0.0148	0.0021	0.0223	0.0173	0.0207	0.0021	0.029	0.0238	0.029	0.0116	0.0291	0.0116	0.0291	0.0146
chr3L	12696466	12696626	chr3L:12696467-12696626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.0416	0.0466	0.0167	0.0117	0.0544	0.0277	0.0799	0.0117	0.0272	0.0881	0.0272	0.0108	0.0069	0.0322	0.0069	0.0135
chr3L	12696934	12697121	chr3L:12696935-12697121	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0443	0.0654	0.0477	0.017	0.018	0.0748	0.0389	0.1519	0.018	0.0229	0.0868	0.0229	0.024	0.0107	0.0264	0.0107	0.0172
chr3L	12697236	12697387	chr3L:12697237-12697387	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.031	0.0465	0.0315	0.0131	0.0064	0.0563	0.0251	0.1073	0.0064	0.0254	0.0447	0.0254	0.0163	0.0023	0.0116	0.0023	0.0219
chr3L	12697445	12697996	chr3L:12697446-12697996	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0593	0.0592	0.0661	0.0521	0.017	0.0743	0.0588	0.0873	0.017	0.0495	0.0846	0.0495	0.0782	0.0191	0.0387	0.0191	0.1141
chr3L	12698515	12698691	chr3L:12698516-12698691	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.0232	0.0373	0.0202	0.0106	0.0218	0.0238	0.0393	0.0106	0.0193	0.0659	0.0193	0.017	0.01	0.0368	0.01	0.0245
chr3L	12698789	12699025	chr3L:12698790-12699025	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0334	0.0289	0.0497	0.0206	0.0064	0.033	0.026	0.0546	0.0064	0.0248	0.09	0.0248	0.0271	0.0054	0.0361	0.0054	0.0271
chr3L	12704508	12704701	chr3L:12704509-12704701	distal	distal	stage14	stage14	VT29811.1	VT29811.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0199	0.0411	0.0276	0.0021	0.0267	0.0203	0.0306	0.0021	0.0181	0.0743	0.0181	0.0178	0.01	0.0625	0.01	0.0255
chr3L	12704819	12704970	chr3L:12704820-12704970	distal	distal	stage14	stage14	VT29811.1	VT29811.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0133	0.0272	0.0206	0.0032	0.0155	0.0177	0.0173	0.0032	0.0211	0.0441	0.0211	0.0124	0.01	0.0471	0.01	0.0182
chr3L	12707760	12708010	chr3L:12707761-12708010	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT29813.1	VT29813.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0666	0.0257	0.1077	0.0673	0.0042	0.0442	0.026	0.0266	0.0042	0.1836	0.1466	0.1836	0.0294	0.1784	0.109	0.1784	0.0234
chr3L	12710248	12710399	chr3L:12710249-12710399	distal	distal	none	none	VT29814.1	VT29814.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0308	0.0279	0.0392	0.0248	0.017	0.0364	0.0324	0.0306	0.017	0.0326	0.0563	0.0326	0.031	0.0199	0.029	0.0199	0.0208
chr3L	12710517	12710775	chr3L:12710518-12710775	distal	distal	none	none	VT29814.1	VT29814.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0319	0.0237	0.0374	0.0351	0.0095	0.0311	0.0329	0.0207	0.0095	0.029	0.0469	0.029	0.0403	0.0276	0.0239	0.0276	0.036
chr3L	12711144	12711394	chr3L:12711145-12711394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0339	0.0242	0.0438	0.0338	0.0074	0.0369	0.026	0.0293	0.0074	0.0489	0.0566	0.0489	0.0318	0.0245	0.0484	0.0245	0.0261
chr3L	12712628	12712861	chr3L:12712629-12712861	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT29816.1	VT29816.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.035	0.0395	0.0478	0.0157	0.0095	0.051	0.029	0.0773	0.0095	0.0338	0.0637	0.0338	0.0155	0.0038	0.0077	0.0038	0.0047
chr3L	12713064	12713436	chr3L:12713065-12713436	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT29816.1	VT29816.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0692	0.0602	0.1094	0.0351	0.0148	0.1005	0.0489	0.0846	0.0148	0.0876	0.1531	0.0876	0.0534	0.013	0.0309	0.013	0.0141
chr3L	12714106	12714257	chr3L:12714107-12714257	distal	distal	none	none	VT29816.1,VT29817.1	VT29816.1,VT29817.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0189	0.025	0.0162	0.0095	0.0233	0.0212	0.0213	0.0095	0.0169	0.0248	0.0169	0.0186	0.0046	0.0064	0.0046	0.0063
chr3L	12716681	12716872	chr3L:12716682-12716872	distal	distal	stage5	stage5	VT29818.1	VT29818.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0749	0.0251	0.0136	0.0467	0.0981	0.0709	0.0993	0.0467	0.0308	0.0286	0.0308	0.0108	0.0069	0.0097	0.0069	0.0089
chr3L	12717391	12717643	chr3L:12717392-12717643	distal	distal	stage14	stage14	VT29818.1	VT29818.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.039	0.0452	0.0458	0.0245	0.0159	0.0786	0.042	0.0493	0.0159	0.0845	0.0441	0.0845	0.0194	0.0222	0.011	0.0222	0.0146
chr3L	12717777	12718083	chr3L:12717778-12718083	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0527	0.0636	0.0613	0.0312	0.018	0.1165	0.0571	0.0706	0.018	0.0894	0.0531	0.0894	0.0232	0.0092	0.0148	0.0092	0.0146
chr3L	12718096	12718247	chr3L:12718097-12718247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0318	0.0401	0.0401	0.0135	0.0127	0.066	0.0394	0.0473	0.0127	0.0652	0.0392	0.0652	0.0178	0.0077	0.0097	0.0077	0.0104
chr3L	12718350	12718764	chr3L:12718351-12718764	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0712	0.1059	0.0827	0.0196	0.0361	0.1956	0.0774	0.1319	0.0361	0.1612	0.0852	0.1612	0.0442	0.0107	0.0161	0.0107	0.0177
chr3L	12719131	12719282	chr3L:12719132-12719282	distal	distal	stage5	stage5	VT29820.1	VT29820.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0262	0.0314	0.0336	0.0121	0.0074	0.0583	0.0216	0.0406	0.0074	0.0604	0.0302	0.0604	0.0163	0.0077	0.0103	0.0077	0.0089
chr3L	12720413	12720659	chr3L:12720414-12720659	distal	distal	stage14	stage14	VT29820.1	VT29820.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0393	0.0454	0.0312	0.0064	0.0675	0.0324	0.0473	0.0064	0.0429	0.0392	0.0429	0.0217	0.0084	0.009	0.0084	0.0146
chr3L	12720840	12720991	chr3L:12720841-12720991	distal	distal	stage14	stage14	VT29820.1,VT29821.1	VT29820.1,VT29821.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0243	0.026	0.0303	0.0156	0.0053	0.0379	0.0264	0.0366	0.0053	0.0272	0.0376	0.0272	0.0232	0.0077	0.0071	0.0077	0.0089
chr3L	12722506	12722799	chr3L:12722507-12722799	distal	distal	stage14	stage14	VT29821.1,VT29822.1	VT29821.1,VT29822.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0487	0.0379	0.0615	0.0467	0.0201	0.0636	0.0381	0.0306	0.0201	0.0574	0.0492	0.0574	0.0937	0.0153	0.0239	0.0153	0.0261
chr3L	12722975	12723126	chr3L:12722976-12723126	distal	distal	stage14	stage14	VT29821.1,VT29822.1	VT29821.1,VT29822.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.03	0.0274	0.0359	0.0265	0.0159	0.0413	0.0346	0.0207	0.0159	0.0393	0.0312	0.0393	0.0387	0.0046	0.0097	0.0046	0.0125
chr3L	12723686	12723837	chr3L:12723687-12723837	distal	distal	none	none	VT29822.1	VT29822.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0343	0.0414	0.044	0.0156	0.0138	0.0728	0.0333	0.0453	0.0138	0.07	0.0405	0.07	0.0511	0.0199	0.0148	0.0199	0.0099
chr3L	12725748	12725899	chr3L:12725749-12725899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0345	0.0607	0.0348	0.0148	0.0432	0.0428	0.0393	0.0148	0.07	0.0685	0.07	0.0542	0.0283	0.0374	0.0283	0.0443
chr3L	12725985	12726154	chr3L:12725986-12726154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0851	0.0648	0.1214	0.0678	0.0435	0.0845	0.0761	0.0686	0.0435	0.1522	0.1277	0.1522	0.1092	0.062	0.0677	0.062	0.0818
chr3L	12726234	12726438	chr3L:12726235-12726438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0492	0.077	0.0382	0.0308	0.0597	0.0619	0.052	0.0308	0.1002	0.0772	0.1002	0.0798	0.0345	0.0355	0.0345	0.0505
chr3L	12726707	12726858	chr3L:12726708-12726858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0355	0.047	0.0196	0.018	0.0383	0.042	0.048	0.018	0.0507	0.0608	0.0507	0.0364	0.0191	0.0239	0.0191	0.0203
chr3L	12727143	12727571	chr3L:12727144-12727571	FBgn0014007,FBgn0261933	Ptp69D,SmD1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.1199	0.1138	0.076	0.0859	0.1146	0.1471	0.1632	0.0859	0.1467	0.1183	0.1467	0.103	0.0727	0.0851	0.0727	0.0943
chr3L	12727626	12727801	chr3L:12727627-12727801	FBgn0014007,FBgn0261933	Ptp69D,SmD1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1419	0.1416	0.1558	0.127	0.0859	0.1587	0.1657	0.1839	0.0859	0.2053	0.1601	0.2053	0.1456	0.1286	0.1219	0.1286	0.1579
chr3L	12727929	12728128	chr3L:12727930-12728128	FBgn0014007,FBgn0261933	Ptp69D,SmD1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1523	0.1523	0.1654	0.138	0.088	0.1801	0.1873	0.1785	0.088	0.2101	0.1772	0.2101	0.1619	0.1386	0.1341	0.1386	0.1798
chr3L	12728217	12728444	chr3L:12728218-12728444	FBgn0014007	Ptp69D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.11	0.1395	0.0971	0.0785	0.1272	0.1293	0.1312	0.0785	0.1757	0.1495	0.1757	0.1348	0.0926	0.1019	0.0926	0.1188
chr3L	12728527	12728717	chr3L:12728528-12728717	FBgn0014007	Ptp69D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0866	0.0796	0.1043	0.0749	0.0573	0.0976	0.0891	0.0939	0.0573	0.1129	0.1074	0.1129	0.1301	0.0651	0.0632	0.0651	0.1058
chr3L	12733573	12733724	chr3L:12733574-12733724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0249	0.036	0.0239	0.0136	0.018	0.0325	0.0562	0.04	0.018	0.032	0.026	0.032	0.0186	0.0107	0.0123	0.0107	0.0229
chr3L	12733992	12734184	chr3L:12733993-12734184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0439	0.0357	0.0253	0.0318	0.0447	0.0614	0.0466	0.0318	0.0471	0.0376	0.0471	0.0333	0.026	0.0284	0.026	0.0344
chr3L	12734208	12734359	chr3L:12734209-12734359	FBgn0052112	CG32112	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0343	0.0369	0.0365	0.029	0.0329	0.0364	0.0519	0.0346	0.0329	0.0501	0.037	0.0501	0.031	0.0322	0.0239	0.0322	0.0401
chr3L	12734365	12734516	chr3L:12734366-12734516	FBgn0052112	CG32112	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0383	0.0317	0.0297	0.0297	0.0398	0.0476	0.0446	0.0297	0.0393	0.0325	0.0393	0.0395	0.0299	0.0277	0.0299	0.037
chr3L	12734576	12734753	chr3L:12734577-12734753	FBgn0052112	CG32112	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.063	0.0644	0.0671	0.0568	0.0318	0.067	0.0861	0.0799	0.0318	0.0827	0.0688	0.0827	0.0751	0.0704	0.0496	0.0704	0.0693
chr3L	12734792	12734977	chr3L:12734793-12734977	FBgn0052112	CG32112	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.088	0.083	0.099	0.0815	0.053	0.0937	0.0973	0.1079	0.053	0.1171	0.101	0.1171	0.1255	0.1018	0.0658	0.1018	0.1058
chr3L	12735047	12735198	chr3L:12735048-12735198	FBgn0052112	CG32112	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0452	0.0403	0.0494	0.0462	0.0233	0.0413	0.051	0.0533	0.0233	0.0592	0.0495	0.0592	0.0682	0.062	0.0316	0.062	0.061
chr3L	12738348	12738499	chr3L:12738349-12738499	FBgn0052109	CG32109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0136	0.0159	0.0479	0.0085	0.016	0.0208	0.0107	0.0085	0.0097	0.0154	0.0097	0.0372	0.0436	0.0413	0.0436	0.0803
chr3L	12741940	12742100	chr3L:12741941-12742100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.0246	0.0363	0.0402	0.0085	0.0223	0.0342	0.036	0.0085	0.0229	0.0424	0.0229	0.0294	0.0207	0.0213	0.0207	0.0334
chr3L	12742858	12743039	chr3L:12742859-12743039	FBgn0010235,FBgn0036305	CG10984,Klc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1054	0.0763	0.118	0.1242	0.0361	0.0932	0.0882	0.0946	0.0361	0.128	0.1286	0.128	0.1418	0.1263	0.1251	0.1263	0.1673
chr3L	12743118	12743293	chr3L:12743119-12743293	FBgn0010235,FBgn0036305	CG10984,Klc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1829	0.1596	0.2102	0.1791	0.1082	0.1864	0.1894	0.1885	0.1082	0.2536	0.2286	0.2536	0.2169	0.196	0.1934	0.196	0.2236
chr3L	12743479	12743674	chr3L:12743480-12743674	FBgn0010235,FBgn0036305	CG10984,Klc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1268	0.1115	0.1505	0.118	0.0742	0.1272	0.128	0.1459	0.0742	0.1993	0.1627	0.1993	0.1464	0.1233	0.1393	0.1233	0.149
chr3L	12743897	12744097	chr3L:12743898-12744097	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1074	0.1009	0.1284	0.0915	0.0764	0.1087	0.1194	0.1339	0.0764	0.1588	0.1514	0.1588	0.1115	0.0926	0.1154	0.0926	0.1157
chr3L	12747547	12747767	chr3L:12747548-12747767	FBgn0036306,FBgn0052113	CG10973,CG32113	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0747	0.0682	0.0909	0.0642	0.0403	0.0816	0.083	0.0826	0.0403	0.1093	0.1019	0.1093	0.103	0.0513	0.0703	0.0513	0.0912
chr3L	12747783	12747995	chr3L:12747784-12747995	FBgn0036306,FBgn0052113	CG10973,CG32113	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1191	0.1043	0.1472	0.1047	0.0615	0.1199	0.1207	0.1319	0.0615	0.1612	0.1653	0.1612	0.1534	0.0988	0.1064	0.0988	0.1428
chr3L	12748039	12748236	chr3L:12748040-12748236	FBgn0036306,FBgn0052113	CG10973,CG32113	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1303	0.1167	0.1612	0.1115	0.071	0.134	0.1427	0.1392	0.071	0.1993	0.1733	0.1993	0.1534	0.1141	0.1141	0.1141	0.1501
chr3L	12765726	12765974	chr3L:12765727-12765974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0278	0.026	0.0329	0.0241	0.0064	0.035	0.0329	0.03	0.0064	0.0441	0.0312	0.0441	0.0356	0.0237	0.0245	0.0237	0.0386
chr3L	12766198	12766477	chr3L:12766199-12766477	FBgn0036309	Hip1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0746	0.0633	0.0929	0.0671	0.0297	0.0874	0.0701	0.072	0.0297	0.1208	0.0884	0.1208	0.1162	0.0597	0.058	0.0597	0.1089
chr3L	12766543	12766756	chr3L:12766544-12766756	FBgn0036309	Hip1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0872	0.0775	0.0977	0.0863	0.052	0.0932	0.0891	0.0946	0.052	0.1105	0.1006	0.1105	0.1177	0.0819	0.0806	0.0819	0.1324
chr3L	12772624	12772775	chr3L:12772625-12772775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0154	0.0148	0.0216	0.0092	0.0064	0.015	0.0203	0.0193	0.0064	0.0411	0.019	0.0411	0.0225	0.0168	0.0103	0.0168	0.0073
chr3L	12783205	12783356	chr3L:12783206-12783356	FBgn0261674	CG42709	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0131	0.0181	0.0439	0.0032	0.0126	0.0216	0.0133	0.0032	0.0229	0.017	0.0229	0.0349	0.0237	0.0258	0.0237	0.112
chr3L	12784082	12784233	chr3L:12784083-12784233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0174	0.0165	0.0152	0.0207	0.0064	0.0126	0.0316	0.0133	0.0064	0.0175	0.0145	0.0175	0.0263	0.01	0.0148	0.01	0.0464
chr3L	12785819	12785970	chr3L:12785820-12785970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0219	0.0284	0.0203	0.0074	0.0262	0.0329	0.018	0.0074	0.0205	0.0428	0.0205	0.0318	0.0161	0.04	0.0161	0.0234
chr3L	12786056	12786253	chr3L:12786057-12786253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0237	0.049	0.0338	0.0138	0.0364	0.0234	0.0247	0.0138	0.026	0.0826	0.026	0.0503	0.0123	0.089	0.0123	0.0292
chr3L	12786396	12786688	chr3L:12786397-12786688	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0417	0.0669	0.0369	0.0255	0.0471	0.0484	0.0553	0.0255	0.0489	0.0981	0.0489	0.0744	0.0161	0.0748	0.0161	0.0422
chr3L	12787718	12787928	chr3L:12787719-12787928	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.0771	0.0796	0.0893	0.0424	0.0811	0.0995	0.0986	0.0424	0.0658	0.1058	0.0658	0.1007	0.0919	0.1161	0.0919	0.1001
chr3L	12789446	12789597	chr3L:12789447-12789597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0245	0.0209	0.0275	0.0252	0.0064	0.0291	0.0272	0.0213	0.0064	0.038	0.028	0.038	0.0263	0.0299	0.0168	0.0299	0.0386
chr3L	12791993	12792177	chr3L:12791994-12792177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0301	0.0312	0.0322	0.0266	0.0191	0.0296	0.0532	0.024	0.0191	0.0374	0.0386	0.0374	0.0418	0.0153	0.0464	0.0153	0.036
chr3L	12792438	12792589	chr3L:12792439-12792589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0283	0.0349	0.0306	0.0185	0.0244	0.0306	0.0627	0.0247	0.0244	0.0393	0.0331	0.0393	0.0341	0.0161	0.0213	0.0161	0.0318
chr3L	12792700	12792851	chr3L:12792701-12792851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0285	0.043	0.0259	0.0152	0.0318	0.0374	0.0727	0.0313	0.0318	0.0386	0.026	0.0386	0.0325	0.0092	0.011	0.0092	0.0307
chr3L	12794748	12794958	chr3L:12794749-12794958	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_4405	Unspecified_4405	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0596	0.0675	0.0811	0.027	0.0223	0.132	0.0649	0.0493	0.0223	0.2464	0.0514	0.2464	0.0217	0.0835	0.0123	0.0835	0.0177
chr3L	12796975	12797126	chr3L:12796976-12797126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0456	0.0209	0.013	0.0382	0.0335	0.0796	0.038	0.0382	0.0242	0.0251	0.0242	0.0139	0.0145	0.0161	0.0145	0.0135
chr3L	12797263	12797414	chr3L:12797264-12797414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0519	0.0533	0.0575	0.0441	0.0201	0.0529	0.0692	0.074	0.0201	0.0664	0.072	0.0664	0.0542	0.0482	0.0651	0.0482	0.0474
chr3L	12797532	12797734	chr3L:12797533-12797734	FBgn0260945	Atg1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1333	0.1051	0.1647	0.1303	0.0583	0.1374	0.1025	0.1486	0.0583	0.1963	0.1768	0.1963	0.172	0.1355	0.1483	0.1355	0.1381
chr3L	12798069	12798264	chr3L:12798070-12798264	FBgn0260945	Atg1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1925	0.1817	0.225	0.1689	0.1082	0.2194	0.2184	0.2212	0.1082	0.3013	0.2421	0.3013	0.2355	0.1884	0.1747	0.1884	0.1975
chr3L	12798429	12798781	chr3L:12798430-12798781	FBgn0260945,FBgn0262714	Atg1,Sap130	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1233	0.1225	0.1497	0.0951	0.0668	0.1485	0.154	0.1392	0.0668	0.2095	0.1678	0.2095	0.1278	0.0919	0.1064	0.0919	0.111
chr3L	12798914	12799106	chr3L:12798915-12799106	FBgn0262714	Sap130	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1663	0.1625	0.1909	0.1436	0.1262	0.183	0.1791	0.1992	0.1262	0.2337	0.2154	0.2337	0.1875	0.1738	0.1547	0.1738	0.1615
chr3L	12799173	12799361	chr3L:12799174-12799361	FBgn0262714	Sap130	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.123	0.1755	0.1379	0.0742	0.1621	0.1172	0.1632	0.0742	0.221	0.1926	0.221	0.1766	0.1547	0.1335	0.1547	0.1657
chr3L	12799483	12799666	chr3L:12799484-12799666	FBgn0262714	Sap130	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1521	0.1342	0.1802	0.1413	0.0986	0.1752	0.1367	0.1659	0.0986	0.2301	0.2045	0.2301	0.172	0.1715	0.1451	0.1715	0.1652
chr3L	12806799	12806950	chr3L:12806800-12806950	FBgn0036314,FBgn0260965	CG10754,CG42588	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.0513	0.0698	0.045	0.0265	0.0607	0.0692	0.048	0.0265	0.0882	0.0772	0.0882	0.062	0.0544	0.04	0.0544	0.0537
chr3L	12807017	12807216	chr3L:12807018-12807216	FBgn0036314,FBgn0260965	CG10754,CG42588	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1306	0.1201	0.1548	0.1156	0.0859	0.1243	0.1375	0.1566	0.0859	0.2071	0.1646	0.2071	0.1456	0.1394	0.1167	0.1394	0.1324
chr3L	12807264	12807461	chr3L:12807265-12807461	FBgn0036314,FBgn0260965	CG10754,CG42588	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1255	0.1179	0.1437	0.1142	0.0912	0.1403	0.1306	0.1346	0.0912	0.1932	0.1585	0.1932	0.1356	0.1455	0.1141	0.1455	0.1303
chr3L	12807537	12807891	chr3L:12807538-12807891	FBgn0036314,FBgn0260965	CG10754,CG42588	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1018	0.0922	0.1214	0.0908	0.0509	0.1053	0.1116	0.1159	0.0509	0.163	0.1302	0.163	0.1077	0.0904	0.1032	0.0904	0.1115
chr3L	12807919	12808195	chr3L:12807920-12808195	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1092	0.1068	0.1259	0.0936	0.071	0.1126	0.1298	0.1392	0.071	0.1757	0.128	0.1757	0.1356	0.0827	0.0954	0.0827	0.1371
chr3L	12808911	12809125	chr3L:12808912-12809125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1041	0.1218	0.1098	0.0783	0.088	0.1393	0.1484	0.1412	0.088	0.154	0.1113	0.154	0.1115	0.075	0.0838	0.075	0.1199
chr3L	12824035	12824326	chr3L:12824036-12824326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0339	0.0218	0.0348	0.0464	0.0053	0.0345	0.0242	0.0187	0.0053	0.0254	0.0267	0.0254	0.0837	0.0689	0.0271	0.0689	0.0933
chr3L	12825320	12825471	chr3L:12825321-12825471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0168	0.0358	0.0499	0.0074	0.0238	0.0173	0.0213	0.0074	0.0272	0.0473	0.0272	0.0364	0.0605	0.0451	0.0605	0.0255
chr3L	12825621	12825843	chr3L:12825622-12825843	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1001	0.0343	0.1261	0.1451	0.0053	0.0621	0.0255	0.048	0.0053	0.0845	0.192	0.0845	0.1154	0.2389	0.2102	0.2389	0.0964
chr3L	12826465	12826616	chr3L:12826466-12826616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0237	0.0142	0.0264	0.0315	0.0032	0.018	0.0186	0.0153	0.0032	0.0205	0.0338	0.0205	0.0449	0.0628	0.0387	0.0628	0.025
chr3L	12827242	12827535	chr3L:12827243-12827535	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0568	0.0283	0.0457	0.101	0.0085	0.033	0.0415	0.0293	0.0085	0.0278	0.0527	0.0278	0.0744	0.1064	0.1032	0.1064	0.0865
chr3L	12827566	12827764	chr3L:12827567-12827764	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0477	0.0223	0.0392	0.0855	0.0064	0.0272	0.0316	0.0213	0.0064	0.0272	0.0479	0.0272	0.062	0.0896	0.1064	0.0896	0.0651
chr3L	12829338	12829558	chr3L:12829339-12829558	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0344	0.0198	0.0412	0.0432	0.0106	0.0252	0.0255	0.018	0.0106	0.0308	0.0257	0.0308	0.1325	0.0567	0.0187	0.0567	0.0875
chr3L	12829606	12829757	chr3L:12829607-12829757	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0222	0.0133	0.025	0.029	0.0074	0.016	0.0177	0.0113	0.0074	0.0254	0.0148	0.0254	0.0713	0.0505	0.0097	0.0505	0.0537
chr3L	12830249	12830400	chr3L:12830250-12830400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0193	0.0136	0.0221	0.0227	0.0042	0.0155	0.0216	0.0133	0.0042	0.0163	0.0238	0.0163	0.0503	0.0207	0.0116	0.0207	0.0552
chr3L	12830532	12830730	chr3L:12830533-12830730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.015	0.0236	0.0341	0.0042	0.0146	0.0247	0.0153	0.0042	0.0151	0.0209	0.0151	0.0612	0.0276	0.0193	0.0276	0.0813
chr3L	12831196	12831347	chr3L:12831197-12831347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0179	0.0131	0.0194	0.0216	0.0053	0.0199	0.016	0.0113	0.0053	0.0157	0.0141	0.0157	0.0596	0.0138	0.0097	0.0138	0.0558
chr3L	12831470	12831648	chr3L:12831471-12831648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0165	0.0108	0.0195	0.0195	0.0032	0.0194	0.0108	0.008	0.0032	0.0163	0.0113	0.0163	0.0635	0.0107	0.009	0.0107	0.0516
chr3L	12833108	12833259	chr3L:12833109-12833259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.013	0.0122	0.011	0.0162	0.0074	0.0121	0.0186	0.014	0.0074	0.0127	0.0138	0.0127	0.0147	0.0421	0.011	0.0421	0.0146
chr3L	12835797	12835948	chr3L:12835798-12835948	FBgn0036316	CG10960	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0221	0.0198	0.0223	0.0244	0.0117	0.0233	0.0277	0.0167	0.0117	0.026	0.0241	0.026	0.0287	0.0191	0.0181	0.0191	0.0261
chr3L	12836117	12836268	chr3L:12836118-12836268	FBgn0036316	CG10960	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0188	0.0179	0.0199	0.0127	0.0194	0.0255	0.022	0.0127	0.0187	0.0138	0.0187	0.0271	0.0153	0.011	0.0153	0.0162
chr3L	12836687	12836838	chr3L:12836688-12836838	FBgn0036316	CG10960	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0184	0.0209	0.0302	0.0106	0.0175	0.029	0.0187	0.0106	0.0169	0.0209	0.0169	0.0225	0.0153	0.0064	0.0153	0.0141
chr3L	12842626	12842777	chr3L:12842627-12842777	FBgn0036317,FBgn0036318	CG10948,Wbp2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0297	0.0319	0.0205	0.0127	0.034	0.0389	0.036	0.0127	0.0399	0.0331	0.0399	0.0364	0.0268	0.0123	0.0268	0.0307
chr3L	12842857	12843057	chr3L:12842858-12843057	FBgn0036317,FBgn0036318	CG10948,Wbp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0827	0.0739	0.0958	0.0781	0.052	0.0791	0.0926	0.0879	0.052	0.0894	0.1087	0.0894	0.1278	0.0812	0.0774	0.0812	0.0912
chr3L	12843147	12843327	chr3L:12843148-12843327	FBgn0036317,FBgn0036318	CG10948,Wbp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1301	0.1638	0.1228	0.0954	0.1427	0.1579	0.1586	0.0954	0.1781	0.1887	0.1781	0.1851	0.1332	0.1386	0.1332	0.1397
chr3L	12843413	12843581	chr3L:12843414-12843581	FBgn0036317,FBgn0036318	CG10948,Wbp2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0617	0.0634	0.075	0.0453	0.035	0.0689	0.0779	0.0813	0.035	0.0906	0.0833	0.0906	0.079	0.0521	0.0516	0.0521	0.0485
chr3L	12850128	12850279	chr3L:12850129-12850279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0268	0.0315	0.0221	0.0095	0.0291	0.0355	0.034	0.0095	0.0326	0.035	0.0326	0.0449	0.023	0.0193	0.023	0.0318
chr3L	12850407	12850621	chr3L:12850408-12850621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0294	0.0363	0.0273	0.0127	0.032	0.0363	0.04	0.0127	0.0453	0.0399	0.0453	0.038	0.0237	0.0213	0.0237	0.0334
chr3L	12850728	12850903	chr3L:12850729-12850903	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0322	0.0409	0.0365	0.018	0.0393	0.0307	0.048	0.018	0.0556	0.045	0.0556	0.0403	0.0436	0.0322	0.0436	0.038
chr3L	12854457	12854608	chr3L:12854458-12854608	FBgn0052107	CG32107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0297	0.0377	0.024	0.0127	0.0306	0.0433	0.0313	0.0127	0.0495	0.0421	0.0495	0.0341	0.0299	0.0232	0.0299	0.025
chr3L	12854672	12854922	chr3L:12854673-12854922	FBgn0052107	CG32107	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0903	0.0785	0.1244	0.066	0.0445	0.0879	0.0965	0.0979	0.0445	0.1679	0.1354	0.1679	0.1185	0.0804	0.0632	0.0804	0.0636
chr3L	12855024	12855175	chr3L:12855025-12855175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0233	0.0338	0.0199	0.0148	0.0175	0.0346	0.0286	0.0148	0.0483	0.0331	0.0483	0.0356	0.0214	0.0206	0.0214	0.0167
chr3L	12857564	12857715	chr3L:12857565-12857715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0074	0.0074	0.0128	0.0053	0.0044	0.0147	0.0053	0.0053	0.0103	0.0064	0.0103	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0068
chr3L	12857869	12858020	chr3L:12857870-12858020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0104	0.011	0.007	0.0134	0.0064	0.0049	0.0242	0.006	0.0064	0.006	0.0051	0.006	0.0054	0.0054	0.0019	0.0054	0.0057
chr3L	12861174	12861357	chr3L:12861175-12861357	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0354	0.0405	0.0404	0.0242	0.0233	0.0422	0.0476	0.0573	0.0233	0.0604	0.0486	0.0604	0.024	0.023	0.0219	0.023	0.0109
chr3L	12882557	12882740	chr3L:12882558-12882740	FBgn0264486	CG43894	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0117	0.0106	0.0135	0.011	0.0021	0.0083	0.0221	0.0067	0.0021	0.0097	0.0109	0.0097	0.038	0.01	0.0058	0.01	0.024
chr3L	12885594	12885765	chr3L:12885595-12885765	FBgn0036323	CG14118	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0179	0.0178	0.0194	0.0163	0.0095	0.0209	0.0221	0.0193	0.0095	0.0157	0.0199	0.0157	0.0434	0.0352	0.0219	0.0352	0.012
chr3L	12895798	12895975	chr3L:12895799-12895975	FBgn0036324	CG12520	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0217	0.0116	0.0147	0.0405	0.0042	0.0092	0.0251	0.0047	0.0042	0.0079	0.0141	0.0079	0.0403	0.0306	0.0516	0.0306	0.0761
chr3L	12906725	12906888	chr3L:12906726-12906888	FBgn0052115	CG32115	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0254	0.0133	0.025	0.0394	0.0053	0.017	0.0212	0.0087	0.0053	0.0266	0.0193	0.0266	0.0643	0.0368	0.0213	0.0368	0.0922
chr3L	12906981	12907214	chr3L:12906982-12907214	FBgn0052115	CG32115	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0471	0.0227	0.0472	0.0744	0.0138	0.0335	0.0272	0.016	0.0138	0.0652	0.036	0.0652	0.103	0.0835	0.0542	0.0835	0.1584
chr3L	12907322	12907473	chr3L:12907323-12907473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0201	0.01	0.0198	0.0318	0.0053	0.0136	0.013	0.0067	0.0053	0.0278	0.0174	0.0278	0.0395	0.036	0.0239	0.036	0.0631
chr3L	12923795	12924023	chr3L:12923796-12924023	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0163	0.0116	0.0242	0.0128	0.0053	0.0218	0.0134	0.004	0.0053	0.0465	0.0109	0.0465	0.0542	0.0145	0.0019	0.0145	0.0167
chr3L	12999741	12999926	chr3L:12999742-12999926	FBgn0036330	CG11263	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0807	0.0759	0.0923	0.0734	0.0424	0.0927	0.0904	0.0866	0.0424	0.1027	0.1132	0.1027	0.0914	0.0758	0.0864	0.0758	0.087
chr3L	13000098	13000249	chr3L:13000099-13000249	FBgn0036330	CG11263	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0287	0.0331	0.0234	0.0095	0.0316	0.0394	0.0326	0.0095	0.0435	0.0402	0.0435	0.0294	0.0291	0.0219	0.0291	0.0328
chr3L	13000393	13000544	chr3L:13000394-13000544	FBgn0036330	CG11263	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0202	0.0292	0.0185	0.0064	0.0194	0.0333	0.0173	0.0064	0.0399	0.0315	0.0399	0.0333	0.0207	0.0277	0.0207	0.0214
chr3L	13001032	13001195	chr3L:13001033-13001195	FBgn0036331	CG14117	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0356	0.0369	0.0414	0.0279	0.0265	0.0359	0.048	0.044	0.0265	0.0501	0.0527	0.0501	0.0411	0.0452	0.0316	0.0452	0.0354
chr3L	13001242	13001438	chr3L:13001243-13001438	FBgn0036331	CG14117	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0675	0.0704	0.0775	0.0533	0.0477	0.0772	0.0783	0.0939	0.0477	0.0906	0.0955	0.0906	0.0868	0.0773	0.0619	0.0773	0.0829
chr3L	13001476	13001627	chr3L:13001477-13001627	FBgn0036331	CG14117	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.033	0.0321	0.027	0.0212	0.033	0.0398	0.0406	0.0212	0.0374	0.0405	0.0374	0.0387	0.0383	0.0297	0.0383	0.0427
chr3L	13007883	13008034	chr3L:13007884-13008034	FBgn0036333	MICAL-like	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0333	0.0329	0.0402	0.0262	0.0191	0.0306	0.0467	0.0366	0.0191	0.0483	0.0434	0.0483	0.0503	0.023	0.0251	0.023	0.0386
chr3L	13008099	13008531	chr3L:13008100-13008531	FBgn0036333	MICAL-like	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1089	0.0943	0.133	0.0989	0.0594	0.1136	0.112	0.1093	0.0594	0.1486	0.1531	0.1486	0.158	0.1011	0.107	0.1011	0.1365
chr3L	13008576	13008753	chr3L:13008577-13008753	FBgn0036333,FBgn0036334	CG11267,MICAL-like	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0617	0.0515	0.0747	0.0588	0.0339	0.0665	0.0528	0.0666	0.0339	0.0761	0.0868	0.0761	0.0852	0.0574	0.0529	0.0574	0.0938
chr3L	13009050	13009241	chr3L:13009051-13009241	FBgn0036334	CG11267	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1038	0.0798	0.1296	0.1024	0.0445	0.1107	0.074	0.0999	0.0445	0.1624	0.1428	0.1624	0.158	0.1332	0.0986	0.1332	0.1365
chr3L	13009344	13009495	chr3L:13009345-13009495	FBgn0036334	CG11267	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0605	0.0431	0.0779	0.0609	0.0148	0.0612	0.0411	0.0553	0.0148	0.1081	0.0791	0.1081	0.0937	0.0743	0.0535	0.0743	0.0922
chr3L	13009724	13009875	chr3L:13009725-13009875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0297	0.0217	0.0371	0.0306	0.0095	0.0277	0.0264	0.0227	0.0095	0.0423	0.0322	0.0423	0.0751	0.0352	0.0258	0.0352	0.0511
chr3L	13010479	13010728	chr3L:13010480-13010728	FBgn0036335	mRpL20	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0518	0.0361	0.0694	0.0499	0.0085	0.0437	0.042	0.054	0.0085	0.0857	0.072	0.0857	0.0945	0.0758	0.0438	0.0758	0.0714
chr3L	13010849	13011210	chr3L:13010850-13011210	FBgn0036335,FBgn0036336	mRpL20,ste14	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0821	0.0581	0.0925	0.0976	0.0297	0.0689	0.061	0.0799	0.0297	0.1129	0.099	0.1129	0.1123	0.1217	0.0954	0.1217	0.1339
chr3L	13011311	13011462	chr3L:13011312-13011462	FBgn0036335,FBgn0036336	mRpL20,ste14	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0458	0.0285	0.0467	0.0641	0.0159	0.0359	0.0307	0.0353	0.0159	0.0495	0.0466	0.0495	0.0674	0.0712	0.0567	0.0712	0.0933
chr3L	13015282	13015501	chr3L:13015283-13015501	FBgn0036337	CG11255	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.1089	0.1615	0.0944	0.0657	0.1442	0.1068	0.1459	0.0657	0.2041	0.1736	0.2041	0.1836	0.1187	0.1006	0.1187	0.1282
chr3L	13015701	13015883	chr3L:13015702-13015883	FBgn0036337	CG11255	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1894	0.1682	0.2319	0.1666	0.1113	0.2146	0.167	0.2212	0.1113	0.2886	0.2572	0.2886	0.2363	0.2106	0.1631	0.2106	0.1923
chr3L	13015995	13016208	chr3L:13015996-13016208	FBgn0036337,FBgn0086078,FBgn0260441	CG11255,RpS12,snoRNA:Me28S-A774b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0894	0.0745	0.1105	0.0827	0.0308	0.0888	0.0856	0.0959	0.0308	0.1492	0.1238	0.1492	0.1022	0.0858	0.0793	0.0858	0.1068
chr3L	13016342	13016531	chr3L:13016343-13016531	FBgn0086078,FBgn0260441	RpS12,snoRNA:Me28S-A774b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1724	0.1483	0.2082	0.1599	0.0954	0.184	0.1548	0.1892	0.0954	0.2633	0.2267	0.2633	0.2037	0.1815	0.1573	0.1815	0.1886
chr3L	13016648	13016990	chr3L:13016649-13016990	FBgn0086078,FBgn0086079,FBgn0260441	RpS12,snoRNA:Me28S-A774a,snoRNA:Me28S-A774b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1063	0.0963	0.1278	0.0939	0.0615	0.117	0.1146	0.1113	0.0615	0.1739	0.1331	0.1739	0.1363	0.1286	0.0935	0.1286	0.1162
chr3L	13018099	13018250	chr3L:13018100-13018250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.04	0.0617	0.0348	0.0191	0.0476	0.0441	0.054	0.0191	0.0954	0.0566	0.0954	0.086	0.0597	0.0297	0.0597	0.0511
chr3L	13021946	13022140	chr3L:13021947-13022140	FBgn0083978	CG17672	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.0912	0.0901	0.0597	0.0742	0.0733	0.1237	0.1193	0.0742	0.0471	0.172	0.0471	0.0465	0.0276	0.2005	0.0276	0.0188
chr3L	13023006	13023191	chr3L:13023007-13023191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0331	0.0363	0.0406	0.0212	0.0191	0.0277	0.045	0.0626	0.0191	0.0272	0.0595	0.0272	0.0271	0.0184	0.0471	0.0184	0.0167
chr3L	13023611	13023762	chr3L:13023612-13023762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0215	0.0189	0.0206	0.0255	0.0117	0.015	0.0234	0.0313	0.0117	0.0205	0.028	0.0205	0.0209	0.0299	0.0484	0.0299	0.0188
chr3L	13024271	13024422	chr3L:13024272-13024422	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0318	0.0319	0.0304	0.0138	0.0243	0.0476	0.044	0.0138	0.0175	0.0559	0.0175	0.0201	0.0115	0.0954	0.0115	0.0135
chr3L	13025220	13025424	chr3L:13025221-13025424	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0798	0.0611	0.109	0.0687	0.035	0.0684	0.0657	0.0933	0.035	0.055	0.181	0.055	0.1139	0.0253	0.167	0.0253	0.0735
chr3L	13025453	13025699	chr3L:13025454-13025699	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0804	0.0733	0.102	0.0648	0.0467	0.0684	0.0913	0.1086	0.0467	0.0864	0.1572	0.0864	0.0999	0.0283	0.1605	0.0283	0.0709
chr3L	13025992	13026173	chr3L:13025993-13026173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0567	0.0436	0.0768	0.0492	0.0244	0.0485	0.058	0.0493	0.0244	0.07	0.1158	0.07	0.0744	0.0199	0.1122	0.0199	0.061
chr3L	13029814	13029998	chr3L:13029815-13029998	FBgn0036340	SRm160	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1654	0.1373	0.2109	0.1469	0.0764	0.1728	0.1518	0.1812	0.0764	0.2585	0.2347	0.2585	0.2022	0.147	0.1593	0.147	0.172
chr3L	13030076	13030253	chr3L:13030077-13030253	FBgn0036340	SRm160	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1316	0.1009	0.1656	0.1285	0.0551	0.1417	0.1055	0.1186	0.0551	0.2156	0.1788	0.2156	0.1642	0.1531	0.1219	0.1531	0.1506
chr3L	13030353	13030504	chr3L:13030354-13030504	FBgn0036340	SRm160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0587	0.044	0.0744	0.0578	0.0212	0.0621	0.048	0.0513	0.0212	0.1021	0.0804	0.1021	0.062	0.0796	0.0561	0.0796	0.0657
chr3L	13034082	13034279	chr3L:13034083-13034279	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1483	0.1395	0.1778	0.1257	0.0933	0.182	0.1518	0.1552	0.0933	0.224	0.1958	0.224	0.1611	0.1371	0.1354	0.1371	0.1511
chr3L	13034438	13034661	chr3L:13034439-13034661	FBgn0011284	RpS4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1555	0.1312	0.1937	0.1406	0.087	0.1583	0.1358	0.1699	0.087	0.2379	0.2154	0.2379	0.1681	0.1401	0.1573	0.1401	0.1678
chr3L	13034777	13034961	chr3L:13034778-13034961	FBgn0011284	RpS4	stage11,stage14,stage5	none	VT29977.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.2159	0.2024	0.2529	0.1904	0.1347	0.2427	0.2297	0.2445	0.1347	0.3104	0.2743	0.3104	0.2208	0.1983	0.2012	0.1983	0.2402
chr3L	13037477	13037678	chr3L:13037478-13037678	FBgn0036341	Syx13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1465	0.0973	0.1741	0.1711	0.0456	0.1306	0.0934	0.1299	0.0456	0.1963	0.1871	0.1963	0.2455	0.1953	0.1863	0.1953	0.2428
chr3L	13037686	13037906	chr3L:13037687-13037906	FBgn0036341	Syx13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1802	0.129	0.2122	0.2022	0.0753	0.1864	0.122	0.1492	0.0753	0.2415	0.2357	0.2415	0.2982	0.2351	0.2218	0.2351	0.2876
chr3L	13039980	13040154	chr3L:13039981-13040154	FBgn0036342	CG11279	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.114	0.1395	0.0937	0.0657	0.134	0.1298	0.1479	0.0657	0.1775	0.1627	0.1775	0.1356	0.1087	0.0909	0.1087	0.1193
chr3L	13040331	13040521	chr3L:13040332-13040521	FBgn0036342	CG11279	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0551	0.0532	0.0702	0.0407	0.0212	0.0704	0.0679	0.0613	0.0212	0.0857	0.082	0.0857	0.0666	0.0368	0.0419	0.0368	0.0568
chr3L	13042666	13042834	chr3L:13042667-13042834	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0608	0.112	0.0525	0.0125	0.1113	0.0733	0.1475	0.1632	0.1113	0.0278	0.0923	0.0278	0.024	0.0107	0.029	0.0107	0.0089
chr3L	13043031	13043224	chr3L:13043032-13043224	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.087	0.1626	0.0711	0.0199	0.1559	0.1078	0.2158	0.2445	0.1559	0.0374	0.1312	0.0374	0.0287	0.0107	0.0516	0.0107	0.013
chr3L	13043967	13044144	chr3L:13043968-13044144	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.051	0.0568	0.0727	0.0207	0.0445	0.0427	0.0869	0.0653	0.0445	0.0368	0.1434	0.0368	0.0256	0.013	0.0587	0.013	0.0094
chr3L	13046877	13047028	chr3L:13046878-13047028	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0311	0.0512	0.0338	0.0058	0.0201	0.0403	0.0372	0.1339	0.0201	0.0266	0.0624	0.0266	0.0108	0.0069	0.0097	0.0069	0.0036
chr3L	13047171	13047343	chr3L:13047172-13047343	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0331	0.0533	0.036	0.0071	0.0244	0.0364	0.0324	0.1459	0.0244	0.0236	0.0685	0.0236	0.0101	0.0092	0.0097	0.0092	0.0026
chr3L	13047477	13047628	chr3L:13047478-13047628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0231	0.031	0.0292	0.0075	0.0148	0.0243	0.0242	0.0759	0.0148	0.0181	0.0524	0.0181	0.0085	0.0084	0.0097	0.0084	0.0047
chr3L	13049919	13050228	chr3L:13049920-13050228	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0385	0.0774	0.0261	0.0086	0.0689	0.0466	0.1202	0.0979	0.0689	0.0308	0.0322	0.0308	0.0178	0.0061	0.0161	0.0061	0.0073
chr3L	13051653	13051987	chr3L:13051654-13051987	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0654	0.0597	0.1121	0.0206	0.0212	0.1252	0.0506	0.042	0.0212	0.3508	0.0675	0.3508	0.024	0.0406	0.0181	0.0406	0.0146
chr3L	13052126	13052361	chr3L:13052127-13052361	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0418	0.0305	0.0736	0.0194	0.0064	0.0549	0.0307	0.0313	0.0064	0.1926	0.0646	0.1926	0.0194	0.0406	0.0309	0.0406	0.0068
chr3L	13052916	13053156	chr3L:13052917-13053156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0283	0.0334	0.0405	0.0092	0.0127	0.0325	0.0346	0.0646	0.0127	0.055	0.0559	0.055	0.0077	0.0054	0.0168	0.0054	0.0057
chr3L	13057415	13057566	chr3L:13057416-13057566	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0151	0.0221	0.0164	0.0127	0.0141	0.0173	0.022	0.0127	0.0121	0.0412	0.0121	0.007	0.0046	0.0458	0.0046	0.0104
chr3L	13057731	13057882	chr3L:13057732-13057882	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0158	0.0289	0.0213	0.0106	0.0175	0.019	0.0193	0.0106	0.0193	0.0518	0.0193	0.0116	0.0107	0.0509	0.0107	0.0203
chr3L	13057936	13058087	chr3L:13057937-13058087	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0126	0.0329	0.0189	0.0085	0.0136	0.0156	0.016	0.0085	0.0236	0.0572	0.0236	0.0116	0.0145	0.0413	0.0145	0.0188
chr3L	13058222	13058418	chr3L:13058223-13058418	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.01	0.0339	0.0214	0.0032	0.0136	0.016	0.0067	0.0032	0.026	0.0608	0.026	0.0155	0.0115	0.0432	0.0115	0.0198
chr3L	13061061	13061266	chr3L:13061062-13061266	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0275	0.0341	0.0362	0.0104	0.0085	0.0451	0.0307	0.054	0.0085	0.0417	0.0463	0.0417	0.0132	0.0084	0.0155	0.0084	0.0042
chr3L	13061270	13061514	chr3L:13061271-13061514	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0516	0.0567	0.0173	0.0201	0.0587	0.0523	0.0833	0.0201	0.0531	0.0778	0.0531	0.017	0.013	0.029	0.013	0.0068
chr3L	13061828	13062419	chr3L:13061829-13062419	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0882	0.0906	0.1359	0.0331	0.035	0.1126	0.077	0.1626	0.035	0.1081	0.2367	0.1081	0.0248	0.0245	0.0909	0.0245	0.0156
chr3L	13063115	13063337	chr3L:13063116-13063337	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0458	0.0552	0.0617	0.0178	0.018	0.0917	0.0515	0.0613	0.018	0.0725	0.0778	0.0725	0.0519	0.0092	0.0303	0.0092	0.0125
chr3L	13063418	13063569	chr3L:13063419-13063569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0256	0.0285	0.0364	0.0106	0.0106	0.0461	0.0238	0.036	0.0106	0.0429	0.0476	0.0429	0.0333	0.0054	0.0174	0.0054	0.013
chr3L	13064585	13064778	chr3L:13064586-13064778	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.0336	0.0617	0.0272	0.0159	0.0345	0.0394	0.05	0.0159	0.0242	0.1206	0.0242	0.0271	0.0092	0.0838	0.0092	0.0151
chr3L	13064910	13065142	chr3L:13064911-13065142	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0338	0.0561	0.0267	0.0127	0.0325	0.0437	0.052	0.0127	0.029	0.1026	0.029	0.0256	0.0092	0.078	0.0092	0.0162
chr3L	13067206	13067357	chr3L:13067207-13067357	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0814	0.1159	0.1044	0.0175	0.0785	0.0835	0.1514	0.1879	0.0785	0.0223	0.2164	0.0223	0.0372	0.0031	0.0419	0.0031	0.0094
chr3L	13067358	13067728	chr3L:13067359-13067728	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1444	0.218	0.1716	0.0324	0.2047	0.1325	0.269	0.3738	0.2047	0.038	0.3637	0.038	0.0465	0.0084	0.0986	0.0084	0.0151
chr3L	13068400	13068576	chr3L:13068401-13068576	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0237	0.0194	0.0302	0.0214	0.0085	0.018	0.0277	0.026	0.0085	0.0133	0.0556	0.0133	0.0225	0.0031	0.0477	0.0031	0.0328
chr3L	13069388	13069539	chr3L:13069389-13069539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0302	0.028	0.0555	0.005	0.0085	0.0238	0.0346	0.0493	0.0085	0.0163	0.1177	0.0163	0.0101	0.0031	0.0097	0.0031	0.0031
chr3L	13070591	13070806	chr3L:13070592-13070806	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0642	0.1356	0.0438	0.0067	0.122	0.0947	0.1613	0.2199	0.122	0.0284	0.0666	0.0284	0.0116	0.0031	0.0084	0.0031	0.0036
chr3L	13071027	13071178	chr3L:13071028-13071178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0337	0.0593	0.032	0.0071	0.0488	0.0461	0.0597	0.1106	0.0488	0.0242	0.0505	0.0242	0.0124	0.0046	0.0097	0.0046	0.0036
chr3L	13072933	13073084	chr3L:13072934-13073084	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0267	0.0353	0.0157	0.0138	0.0248	0.0294	0.044	0.0138	0.0121	0.0691	0.0121	0.0093	0.0046	0.0438	0.0046	0.0104
chr3L	13073126	13073399	chr3L:13073127-13073399	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0292	0.0525	0.0238	0.017	0.0325	0.0285	0.046	0.017	0.0223	0.1045	0.0223	0.0163	0.0077	0.0703	0.0077	0.0141
chr3L	13073653	13073804	chr3L:13073654-13073804	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0178	0.0308	0.011	0.0053	0.0184	0.0177	0.0313	0.0053	0.0302	0.0511	0.0302	0.0093	0.0084	0.0271	0.0084	0.0052
chr3L	13074594	13075213	chr3L:13074595-13075213	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1188	0.2596	0.0712	0.0136	0.3054	0.2073	0.3002	0.3504	0.3054	0.0525	0.0723	0.0525	0.0225	0.0046	0.0077	0.0046	0.0031
chr3L	13075231	13075382	chr3L:13075232-13075382	FBgn0263661	CR43652	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.051	0.1083	0.0339	0.0058	0.0912	0.1068	0.0982	0.1859	0.0912	0.0157	0.0322	0.0157	0.0101	0.0031	0.0058	0.0031	0.001
chr3L	13075392	13075543	chr3L:13075393-13075543	FBgn0263661	CR43652	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0428	0.0796	0.0376	0.0072	0.0647	0.0782	0.0657	0.1486	0.0647	0.0175	0.0379	0.0175	0.0139	0.0046	0.0052	0.0046	0.0042
chr3L	13076081	13076274	chr3L:13076082-13076274	FBgn0263661	CR43652	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0479	0.0421	0.0638	0.0368	0.0244	0.0544	0.0428	0.0606	0.0244	0.0284	0.0463	0.0284	0.0418	0.0084	0.0174	0.0084	0.0172
chr3L	13076630	13076849	chr3L:13076631-13076849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0436	0.0487	0.0238	0.017	0.051	0.0437	0.074	0.017	0.0211	0.064	0.0211	0.0178	0.0084	0.0419	0.0084	0.0109
chr3L	13077243	13077394	chr3L:13077244-13077394	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.034	0.0421	0.0452	0.0125	0.018	0.051	0.051	0.0573	0.018	0.0266	0.0363	0.0266	0.0093	0.0046	0.0058	0.0046	0.0063
chr3L	13077533	13077867	chr3L:13077534-13077867	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0824	0.0976	0.102	0.044	0.0509	0.1583	0.0947	0.0959	0.0509	0.0912	0.0646	0.0912	0.0201	0.023	0.0168	0.023	0.0198
chr3L	13078658	13078851	chr3L:13078659-13078851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0472	0.0371	0.0081	0.0106	0.0743	0.0394	0.0673	0.0106	0.055	0.0392	0.055	0.0225	0.0069	0.009	0.0069	0.0052
chr3L	13084150	13084465	chr3L:13084151-13084465	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0448	0.0495	0.066	0.0164	0.0201	0.0602	0.045	0.0873	0.0201	0.0405	0.0723	0.0405	0.0147	0.0046	0.011	0.0046	0.0036
chr3L	13084633	13084784	chr3L:13084634-13084784	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0146	0.0277	0.01	0.0042	0.0194	0.0156	0.0187	0.0042	0.0121	0.0241	0.0121	0.0093	0.0015	0.0052	0.0015	0.0042
chr3L	13084846	13084997	chr3L:13084847-13084997	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0137	0.022	0.0084	0.0074	0.0141	0.0164	0.018	0.0074	0.006	0.0158	0.006	0.0023	0.0031	0.0019	0.0031	0.0026
chr3L	13086637	13086827	chr3L:13086638-13086827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0191	0.0261	0.0184	0.0064	0.0223	0.0216	0.028	0.0064	0.0193	0.0244	0.0193	0.0062	0.0069	0.0052	0.0069	0.0073
chr3L	13087562	13087766	chr3L:13087563-13087766	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0169	0.0387	0.0072	0.0053	0.0238	0.0173	0.0233	0.0053	0.0513	0.0595	0.0513	0.0085	0.0115	0.0064	0.0115	0.0031
chr3L	13088348	13088499	chr3L:13088349-13088499	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0274	0.0505	0.0239	0.0056	0.0308	0.0345	0.0571	0.0953	0.0308	0.0254	0.0309	0.0254	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0031
chr3L	13088562	13088757	chr3L:13088563-13088757	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0353	0.0688	0.027	0.0071	0.052	0.0369	0.0843	0.1259	0.052	0.029	0.0309	0.029	0.007	0.0038	0.0116	0.0038	0.0036
chr3L	13089278	13089456	chr3L:13089279-13089456	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0393	0.0602	0.0435	0.0114	0.0435	0.033	0.074	0.1166	0.0435	0.0326	0.0675	0.0326	0.0155	0.0054	0.0239	0.0054	0.0073
chr3L	13090664	13090815	chr3L:13090665-13090815	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0212	0.0335	0.0116	0.0095	0.0272	0.0229	0.0313	0.0095	0.032	0.0547	0.032	0.0116	0.0107	0.0271	0.0107	0.0047
chr3L	13090834	13091295	chr3L:13090835-13091295	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0451	0.0457	0.0633	0.0244	0.0085	0.0631	0.0458	0.0706	0.0085	0.0737	0.0984	0.0737	0.0178	0.0283	0.0529	0.0283	0.0104
chr3L	13092258	13092415	chr3L:13092259-13092415	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.0147	0.0236	0.0196	0.0064	0.0126	0.0212	0.0213	0.0064	0.0115	0.0431	0.0115	0.007	0.0092	0.0625	0.0092	0.0047
chr3L	13093014	13093184	chr3L:13093015-13093184	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0298	0.0355	0.0344	0.0182	0.0138	0.0345	0.0372	0.0646	0.0138	0.0236	0.0605	0.0236	0.0155	0.0069	0.0522	0.0069	0.0089
chr3L	13093880	13094066	chr3L:13093881-13094066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0242	0.0375	0.0258	0.0075	0.0148	0.0286	0.0536	0.0513	0.0148	0.0199	0.0428	0.0199	0.0163	0.0054	0.0123	0.0054	0.0068
chr3L	13094407	13094558	chr3L:13094408-13094558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.029	0.0176	0.0097	0.0117	0.0267	0.0458	0.032	0.0117	0.0145	0.026	0.0145	0.0108	0.0061	0.0187	0.0061	0.0094
chr3L	13094690	13094841	chr3L:13094691-13094841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.02	0.0283	0.0217	0.0088	0.0148	0.0218	0.0389	0.0393	0.0148	0.0151	0.0341	0.0151	0.0116	0.0038	0.0155	0.0038	0.0063
chr3L	13094951	13095102	chr3L:13094952-13095102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0268	0.0201	0.0086	0.017	0.0204	0.0407	0.0306	0.017	0.0157	0.0322	0.0157	0.0085	0.0077	0.0168	0.0077	0.0026
chr3L	13096691	13096842	chr3L:13096692-13096842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0217	0.0167	0.0277	0.0209	0.0032	0.0165	0.0234	0.0247	0.0032	0.0362	0.037	0.0362	0.0139	0.0605	0.0142	0.0605	0.0151
chr3L	13097514	13097811	chr3L:13097515-13097811	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0395	0.0366	0.0553	0.0255	0.0085	0.0354	0.0493	0.0566	0.0085	0.0809	0.0707	0.0809	0.0124	0.072	0.0251	0.072	0.0115
chr3L	13098962	13099263	chr3L:13098963-13099263	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0663	0.043	0.1209	0.0324	0.0106	0.0524	0.0346	0.0859	0.0106	0.0815	0.2334	0.0815	0.024	0.0207	0.0877	0.0207	0.0182
chr3L	13100748	13100957	chr3L:13100749-13100957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.037	0.0379	0.0562	0.0148	0.0085	0.0296	0.0497	0.0706	0.0085	0.0217	0.1093	0.0217	0.0209	0.0061	0.0284	0.0061	0.0094
chr3L	13101601	13101752	chr3L:13101602-13101752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0143	0.0275	0.0191	0.0021	0.0146	0.0195	0.0207	0.0021	0.0151	0.0505	0.0151	0.0147	0.0092	0.0593	0.0092	0.0068
chr3L	13107176	13107401	chr3L:13107177-13107401	FBgn0010452	trn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3078	0.3109	0.369	0.237	0.2641	0.3704	0.3153	0.3957	0.2641	0.4161	0.4228	0.4161	0.3005	0.2542	0.2972	0.2542	0.1574
chr3L	13108374	13108525	chr3L:13108375-13108525	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.054	0.0644	0.0661	0.0291	0.0265	0.0767	0.0489	0.1272	0.0265	0.0598	0.1032	0.0598	0.0201	0.0283	0.0484	0.0283	0.0219
chr3L	13112062	13112213	chr3L:13112063-13112213	distal	distal	stage14	stage14	VT30021.1	VT30021.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0317	0.0252	0.0391	0.0308	0.0064	0.0311	0.0251	0.0406	0.0064	0.0314	0.0662	0.0314	0.017	0.0107	0.0799	0.0107	0.0229
chr3L	13112313	13112491	chr3L:13112314-13112491	distal	distal	stage14	stage14	VT30021.1	VT30021.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.035	0.0264	0.0458	0.0329	0.0106	0.0369	0.0255	0.034	0.0106	0.0356	0.0765	0.0356	0.0186	0.013	0.0748	0.013	0.0276
chr3L	13113100	13113251	chr3L:13113101-13113251	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT30021.1	VT30021.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0664	0.0991	0.0712	0.0245	0.0361	0.1097	0.0774	0.2005	0.0361	0.0556	0.1248	0.0556	0.024	0.013	0.0696	0.013	0.0104
chr3L	13113280	13113630	chr3L:13113281-13113630	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1198	0.1737	0.1339	0.0441	0.0615	0.2112	0.1138	0.3498	0.0615	0.1359	0.2141	0.1359	0.0349	0.0306	0.1103	0.0306	0.0182
chr3L	13113755	13113906	chr3L:13113756-13113906	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0405	0.0661	0.0391	0.0134	0.0233	0.0689	0.0428	0.1486	0.0233	0.0314	0.0585	0.0314	0.0116	0.0107	0.0277	0.0107	0.0052
chr3L	13116178	13116329	chr3L:13116179-13116329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0199	0.0269	0.0227	0.0089	0.0085	0.0325	0.0285	0.042	0.0085	0.0211	0.0235	0.0211	0.0163	0.0046	0.011	0.0046	0.0089
chr3L	13118425	13118762	chr3L:13118426-13118762	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0429	0.0179	0.0577	0.0544	0.0032	0.0296	0.0203	0.0167	0.0032	0.0652	0.072	0.0652	0.0658	0.0368	0.1051	0.0368	0.0677
chr3L	13118771	13118963	chr3L:13118772-13118963	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0126	0.0411	0.0329	0.0042	0.0165	0.016	0.0107	0.0042	0.0344	0.0498	0.0344	0.0682	0.0199	0.0426	0.0199	0.0578
chr3L	13118975	13119126	chr3L:13118976-13119126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0121	0.0253	0.0224	0.0021	0.015	0.0156	0.0127	0.0021	0.0248	0.0318	0.0248	0.0349	0.0077	0.0413	0.0077	0.0339
chr3L	13124889	13125040	chr3L:13124890-13125040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0147	0.0262	0.0112	0.0057	0.0201	0.0117	0.0441	0.0326	0.0201	0.0109	0.0119	0.0109	0.0108	0.0054	0.0064	0.0054	0.0036
chr3L	13127369	13127520	chr3L:13127370-13127520	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0204	0.0378	0.0143	0.0077	0.0339	0.0282	0.0549	0.046	0.0339	0.0127	0.0148	0.0127	0.0108	0.0038	0.009	0.0038	0.0099
chr3L	13128112	13128638	chr3L:13128113-13128638	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0789	0.0806	0.1028	0.0507	0.0435	0.0898	0.0861	0.1199	0.0435	0.1184	0.1309	0.1184	0.0775	0.0276	0.0593	0.0276	0.0412
chr3L	13128716	13128917	chr3L:13128717-13128917	FBgn0053262	CG33262	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0523	0.0771	0.053	0.0238	0.0477	0.084	0.0882	0.1066	0.0477	0.0833	0.0537	0.0833	0.0349	0.023	0.0187	0.023	0.0234
chr3L	13130569	13130790	chr3L:13130570-13130790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.014	0.0326	0.029	0.0053	0.017	0.019	0.0147	0.0053	0.0211	0.0296	0.0211	0.0116	0.0069	0.0168	0.0069	0.0162
chr3L	13137625	13137878	chr3L:13137626-13137878	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0335	0.0135	0.0378	0.0512	0.0032	0.0204	0.0169	0.0133	0.0032	0.0664	0.036	0.0664	0.0256	0.111	0.0574	0.111	0.0396
chr3L	13137935	13138250	chr3L:13137936-13138250	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0443	0.0221	0.0537	0.0589	0.0117	0.0272	0.0324	0.018	0.0117	0.1129	0.0415	0.1129	0.0325	0.0995	0.0419	0.0995	0.0401
chr3L	13139779	13139932	chr3L:13139780-13139932	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.014	0.0169	0.0191	0.0053	0.0117	0.0255	0.012	0.0053	0.0181	0.0119	0.0181	0.0139	0.0069	0.0064	0.0069	0.0068
chr3L	13140674	13140825	chr3L:13140675-13140825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0067	0.0081	0.0124	0.0021	0.0078	0.0112	0.0047	0.0021	0.0103	0.0087	0.0103	0.0031	0.0031	0.0058	0.0031	0.0026
chr3L	13143823	13143974	chr3L:13143824-13143974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0136	0.0173	0.0136	0.0093	0.0042	0.0107	0.0381	0.0107	0.0042	0.0169	0.0106	0.0169	0.0077	0.0061	0.0052	0.0061	0.0104
chr3L	13147058	13147342	chr3L:13147059-13147342	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0332	0.0207	0.0538	0.0246	0.0053	0.0403	0.0221	0.012	0.0053	0.183	0.0206	0.183	0.0093	0.0368	0.0097	0.0368	0.0078
chr3L	13147412	13147563	chr3L:13147413-13147563	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0085	0.0203	0.0131	0.0032	0.0136	0.0104	0.006	0.0032	0.0604	0.0064	0.0604	0.007	0.0138	0.0032	0.0138	0.0016
chr3L	13147819	13147970	chr3L:13147820-13147970	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.008	0.0128	0.0121	0.0042	0.0087	0.0156	0.004	0.0042	0.0181	0.0103	0.0181	0.0077	0.0084	0.0045	0.0084	0.0042
chr3L	13148508	13148669	chr3L:13148509-13148669	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0095	0.0132	0.0252	0.0042	0.0117	0.016	0.006	0.0042	0.0181	0.0109	0.0181	0.0046	0.0031	0.0052	0.0031	0.0063
chr3L	13148930	13149112	chr3L:13148931-13149112	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.009	0.0142	0.026	0.0021	0.0063	0.016	0.0113	0.0021	0.0157	0.0084	0.0157	0.0085	0.0023	0.0032	0.0023	0.0078
chr3L	13149212	13149513	chr3L:13149213-13149513	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0233	0.0176	0.0202	0.0331	0.0042	0.0155	0.0346	0.0127	0.0042	0.0266	0.0129	0.0266	0.0116	0.0061	0.0077	0.0061	0.013
chr3L	13161435	13161586	chr3L:13161436-13161586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0136	0.0155	0.0202	0.0042	0.0107	0.019	0.0233	0.0042	0.0175	0.0203	0.0175	0.0139	0.0168	0.0484	0.0168	0.012
chr3L	13161665	13161816	chr3L:13161666-13161816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0135	0.0234	0.0238	0.0042	0.0121	0.0221	0.016	0.0042	0.0254	0.0331	0.0254	0.0186	0.0214	0.0548	0.0214	0.0162
chr3L	13161877	13162120	chr3L:13161878-13162120	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0151	0.0306	0.0301	0.0032	0.0199	0.019	0.0153	0.0032	0.0236	0.0492	0.0236	0.0256	0.0214	0.0799	0.0214	0.0177
chr3L	13162547	13162698	chr3L:13162548-13162698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.0127	0.0174	0.0164	0.0053	0.0117	0.019	0.0153	0.0053	0.0187	0.0225	0.0187	0.0124	0.0054	0.04	0.0054	0.012
chr3L	13163455	13163606	chr3L:13163456-13163606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0142	0.0253	0.009	0.0075	0.017	0.015	0.0433	0.0273	0.017	0.0054	0.0164	0.0054	0.0031	0.0046	0.0155	0.0046	0.0063
chr3L	13166949	13167100	chr3L:13166950-13167100	FBgn0086916	snky	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0098	0.0227	0.0085	0.0064	0.0087	0.0151	0.0113	0.0064	0.0187	0.0383	0.0187	0.0085	0.0061	0.0206	0.0061	0.0047
chr3L	13170756	13170907	chr3L:13170757-13170907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0151	0.0236	0.0129	0.0081	0.0223	0.0189	0.0363	0.0247	0.0223	0.0085	0.0119	0.0085	0.0232	0.0092	0.0097	0.0092	0.0031
chr3L	13171069	13171220	chr3L:13171070-13171220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0209	0.0236	0.013	0.0117	0.0243	0.0255	0.0227	0.0117	0.0248	0.0296	0.0248	0.031	0.0145	0.0206	0.0145	0.0078
chr3L	13175754	13175905	chr3L:13175755-13175905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0088	0.0141	0.0102	0.0021	0.0102	0.0151	0.0073	0.0021	0.0121	0.0215	0.0121	0.0093	0.0046	0.0309	0.0046	0.0047
chr3L	13179693	13179844	chr3L:13179694-13179844	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0185	0.0244	0.0206	0.0097	0.0095	0.0272	0.0203	0.0466	0.0095	0.0211	0.026	0.0211	0.0108	0.0084	0.0071	0.0084	0.0057
chr3L	13180692	13180904	chr3L:13180693-13180904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0141	0.0232	0.0226	0.0074	0.0121	0.0182	0.0207	0.0074	0.0091	0.01	0.0091	0.007	0.0031	0.0045	0.0031	0.0052
chr3L	13181920	13182071	chr3L:13181921-13182071	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0106	0.0152	0.0207	0.0053	0.0117	0.0156	0.0107	0.0053	0.0097	0.0106	0.0097	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0099
chr3L	13182297	13182476	chr3L:13182298-13182476	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0228	0.0294	0.0308	0.0095	0.0277	0.0264	0.0286	0.0095	0.0103	0.0174	0.0103	0.0108	0.0031	0.0026	0.0031	0.0109
chr3L	13182652	13182821	chr3L:13182653-13182821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0331	0.0231	0.039	0.0377	0.0117	0.032	0.026	0.024	0.0117	0.0181	0.0212	0.0181	0.0085	0.0023	0.0071	0.0023	0.0052
chr3L	13187778	13187995	chr3L:13187779-13187995	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0285	0.0252	0.0344	0.0258	0.0064	0.035	0.0307	0.0273	0.0064	0.0248	0.0315	0.0248	0.0186	0.0092	0.0097	0.0092	0.013
chr3L	13189572	13189796	chr3L:13189573-13189796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0106	0.0146	0.0199	0.0053	0.0087	0.0173	0.0113	0.0053	0.0121	0.0106	0.0121	0.0062	0.0084	0.0026	0.0084	0.0068
chr3L	13189893	13190044	chr3L:13189894-13190044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.008	0.011	0.0166	0.0042	0.0073	0.0099	0.01	0.0042	0.0079	0.0068	0.0079	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0047
chr3L	13190561	13190735	chr3L:13190562-13190735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0102	0.0166	0.0345	0.0021	0.0126	0.0173	0.0053	0.0021	0.0054	0.0087	0.0054	0.0101	0.0046	0.0052	0.0046	0.0083
chr3L	13190948	13191158	chr3L:13190949-13191158	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0151	0.0277	0.0419	0.0021	0.015	0.0212	0.0213	0.0021	0.0181	0.0141	0.0181	0.0147	0.0123	0.0077	0.0123	0.013
chr3L	13192404	13192555	chr3L:13192405-13192555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0064	0.0069	0.0189	0.0032	0.0073	0.0108	0.0033	0.0032	0.0072	0.0042	0.0072	0.0046	0.0077	0.0039	0.0077	0.0177
chr3L	13193242	13193454	chr3L:13193243-13193454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0132	0.0261	0.0201	0.0085	0.018	0.0121	0.0187	0.0085	0.0163	0.0209	0.0163	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0078
chr3L	13203142	13203293	chr3L:13203143-13203293	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0177	0.0232	0.0195	0.0021	0.0248	0.0247	0.0173	0.0021	0.0169	0.0193	0.0169	0.0139	0.0077	0.009	0.0077	0.0104
chr3L	13203395	13203568	chr3L:13203396-13203568	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0272	0.0227	0.0288	0.0304	0.0064	0.0364	0.0221	0.028	0.0064	0.0151	0.0219	0.0151	0.0124	0.0107	0.011	0.0107	0.0141
chr3L	13203738	13203910	chr3L:13203739-13203910	FBgn0052129	tRNA:CR32129	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0247	0.0269	0.0249	0.0095	0.0325	0.0277	0.0313	0.0095	0.0121	0.0164	0.0121	0.0248	0.0115	0.0161	0.0115	0.012
chr3L	13204229	13204466	chr3L:13204230-13204466	FBgn0052128,FBgn0052129	tRNA:CR32128,tRNA:CR32129	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0926	0.0643	0.0398	0.0594	0.1078	0.0999	0.1133	0.0594	0.0839	0.0617	0.0839	0.0775	0.0521	0.04	0.0521	0.0505
chr3L	13204544	13204781	chr3L:13204545-13204781	FBgn0052128,FBgn0052129	tRNA:CR32128,tRNA:CR32129	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0521	0.078	0.0467	0.029	0.0647	0.0825	0.0839	0.0973	0.0647	0.0731	0.0383	0.0731	0.062	0.0337	0.0264	0.0337	0.0464
chr3L	13205357	13205541	chr3L:13205358-13205541	FBgn0052126	tRNA:CR32126	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0625	0.0833	0.0642	0.0373	0.0689	0.0869	0.0887	0.1166	0.0689	0.0845	0.0624	0.0845	0.0744	0.0337	0.0696	0.0337	0.036
chr3L	13205645	13205851	chr3L:13205646-13205851	FBgn0052126	tRNA:CR32126	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0489	0.0376	0.0269	0.0223	0.0602	0.0463	0.0773	0.0223	0.0495	0.0325	0.0495	0.0488	0.0306	0.0303	0.0306	0.0255
chr3L	13206426	13206598	chr3L:13206427-13206598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0381	0.0327	0.0377	0.0447	0.0085	0.0427	0.0415	0.034	0.0085	0.0713	0.0267	0.0713	0.0387	0.0911	0.0219	0.0911	0.0417
chr3L	13206715	13206914	chr3L:13206716-13206914	FBgn0052127	tRNA:CR32127	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0341	0.0313	0.0326	0.0389	0.0127	0.0383	0.0368	0.0393	0.0127	0.0501	0.0248	0.0501	0.0503	0.0773	0.0258	0.0773	0.0339
chr3L	13207156	13207340	chr3L:13207157-13207340	FBgn0052127	tRNA:CR32127	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0588	0.0889	0.0538	0.0306	0.0679	0.0995	0.09	0.1279	0.0679	0.0646	0.0444	0.0646	0.0976	0.0306	0.0284	0.0306	0.0469
chr3L	13207591	13208034	chr3L:13207592-13208034	FBgn0052127	tRNA:CR32127	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0489	0.044	0.0628	0.039	0.017	0.0704	0.0446	0.046	0.017	0.099	0.0662	0.099	0.0542	0.0567	0.0677	0.0567	0.0323
chr3L	13208409	13208647	chr3L:13208410-13208647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0227	0.0303	0.0207	0.0117	0.0238	0.0234	0.038	0.0117	0.0254	0.0492	0.0254	0.0201	0.0168	0.0529	0.0168	0.0099
chr3L	13209173	13209335	chr3L:13209174-13209335	FBgn0264515	CG43914	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0248	0.0393	0.022	0.0118	0.0308	0.0262	0.0389	0.0813	0.0308	0.0121	0.0341	0.0121	0.0163	0.0061	0.0264	0.0061	0.0063
chr3L	13210988	13211139	chr3L:13210989-13211139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0127	0.01	0.0178	0.0102	0.0011	0.0121	0.0134	0.0147	0.0011	0.0338	0.0151	0.0338	0.0209	0.0237	0.0097	0.0237	0.0052
chr3L	13213032	13213183	chr3L:13213033-13213183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0127	0.01	0.0185	0.0093	0.0011	0.015	0.0121	0.0107	0.0011	0.0163	0.0154	0.0163	0.0449	0.013	0.0135	0.013	0.0089
chr3L	13220266	13220492	chr3L:13220267-13220492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0291	0.0238	0.0336	0.0301	0.0106	0.0262	0.032	0.024	0.0106	0.0248	0.0241	0.0248	0.0271	0.0214	0.0181	0.0214	0.0193
chr3L	13220802	13221200	chr3L:13220803-13221200	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2204	0.2222	0.248	0.1883	0.1813	0.2583	0.2284	0.2825	0.1813	0.2899	0.2682	0.2899	0.2587	0.1899	0.205	0.1899	0.2298
chr3L	13221577	13221802	chr3L:13221578-13221802	FBgn0023095	caps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2756	0.2636	0.3079	0.2536	0.2683	0.2718	0.2881	0.3358	0.2683	0.3587	0.3254	0.3587	0.3075	0.2404	0.2618	0.2404	0.2986
chr3L	13222939	13223090	chr3L:13222940-13223090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0083	0.0194	0.0245	0.0011	0.0078	0.0143	0.0067	0.0011	0.0169	0.0251	0.0169	0.024	0.013	0.0535	0.013	0.0214
chr3L	13225944	13226096	chr3L:13225945-13226096	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0102	0.032	0.0292	0.0053	0.0136	0.0143	0.008	0.0053	0.0157	0.0177	0.0157	0.1162	0.0123	0.0193	0.0123	0.0724
chr3L	13226957	13227108	chr3L:13226958-13227108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.015	0.0101	0.014	0.0217	0.0053	0.0102	0.016	0.0113	0.0053	0.0121	0.0093	0.0121	0.0294	0.0214	0.0155	0.0214	0.0396
chr3L	13228687	13228838	chr3L:13228688-13228838	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0113	0.0057	0.0157	0.0128	0.0011	0.0121	0.0065	0.0027	0.0011	0.0085	0.0071	0.0085	0.0612	0.0069	0.011	0.0069	0.0255
chr3L	13230057	13230268	chr3L:13230058-13230268	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0363	0.0328	0.0396	0.0368	0.0127	0.0374	0.0493	0.034	0.0127	0.0411	0.0354	0.0411	0.0782	0.0467	0.0406	0.0467	0.038
chr3L	13236760	13236925	chr3L:13236761-13236925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0169	0.0236	0.0137	0.013	0.0286	0.0228	0.0307	0.022	0.0286	0.0066	0.01	0.0066	0.0054	0.0023	0.0077	0.0023	0.0052
chr3L	13238565	13238716	chr3L:13238566-13238716	distal	distal	none	none	VT30091.1	VT30091.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0214	0.0147	0.0114	0.0148	0.0209	0.032	0.02	0.0148	0.0181	0.009	0.0181	0.0132	0.0092	0.0039	0.0092	0.0109
chr3L	13242581	13242770	chr3L:13242582-13242770	FBgn0011844	tRNA:D2:69F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0389	0.0442	0.0415	0.0299	0.0435	0.0393	0.0541	0.0546	0.0435	0.0465	0.0412	0.0465	0.0573	0.0444	0.02	0.0444	0.0464
chr3L	13243030	13243181	chr3L:13243031-13243181	FBgn0011844	tRNA:D2:69F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0188	0.014	0.0194	0.0234	0.0106	0.0141	0.0208	0.0127	0.0106	0.0211	0.0199	0.0211	0.0139	0.0237	0.0297	0.0237	0.0318
chr3L	13243570	13243754	chr3L:13243571-13243754	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0368	0.0127	0.0344	0.0664	0.0021	0.0209	0.0138	0.014	0.0021	0.0525	0.0309	0.0525	0.0457	0.1026	0.0593	0.1026	0.1063
chr3L	13244001	13244327	chr3L:13244002-13244327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0344	0.015	0.0294	0.0617	0.0064	0.0175	0.0199	0.0173	0.0064	0.0537	0.0215	0.0537	0.0349	0.1309	0.0426	0.1309	0.0829
chr3L	13246949	13247298	chr3L:13246950-13247298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0324	0.0241	0.0373	0.0362	0.0074	0.0345	0.0281	0.0273	0.0074	0.0519	0.0469	0.0519	0.0287	0.0237	0.0741	0.0237	0.0266
chr3L	13249400	13249551	chr3L:13249401-13249551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0207	0.0183	0.0227	0.0212	0.0074	0.0199	0.0303	0.0133	0.0074	0.0266	0.0322	0.0266	0.017	0.0153	0.0464	0.0153	0.0167
chr3L	13251680	13251875	chr3L:13251681-13251875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0152	0.0076	0.0183	0.0202	0	0.0092	0.0108	0.0093	0	0.0374	0.0148	0.0374	0.0124	0.0069	0.0193	0.0069	0.0141
chr3L	13264685	13264836	chr3L:13264686-13264836	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0086	0.0098	0.0245	0.0064	0.0078	0.0134	0.0087	0.0064	0.0127	0.0077	0.0127	0.007	0.0092	0.0097	0.0092	0.0172
chr3L	13272890	13273278	chr3L:13272891-13273278	FBgn0052123	tRNA:CR32123:Psi	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0674	0.0349	0.0192	0.0583	0.0549	0.0956	0.0799	0.0583	0.0465	0.0289	0.0465	0.0349	0.0123	0.0161	0.0123	0.0234
chr3L	13276762	13276913	chr3L:13276763-13276913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0072	0.0104	0.017	0.0021	0.0087	0.0112	0.0067	0.0021	0.0085	0.01	0.0085	0.0101	0.0092	0.0187	0.0092	0.0109
chr3L	13279748	13279932	chr3L:13279749-13279932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0113	0.022	0.0287	0.0117	0.0117	0.016	0.0087	0.0117	0.0338	0.0177	0.0338	0.0209	0.0528	0.0226	0.0528	0.0151
chr3L	13280723	13280874	chr3L:13280724-13280874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0098	0.0184	0.0136	0.0032	0.0107	0.0151	0.01	0.0032	0.0175	0.0251	0.0175	0.0139	0.0168	0.0245	0.0168	0.0125
chr3L	13282963	13283293	chr3L:13282964-13283293	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0502	0.0229	0.0646	0.0649	0.0042	0.0359	0.0281	0.0187	0.0042	0.1691	0.0441	0.1691	0.0318	0.2243	0.0284	0.2243	0.0307
chr3L	13288728	13288879	chr3L:13288729-13288879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.011	0.0093	0.0132	0.0021	0.016	0.0156	0.0073	0.0021	0.0091	0.0103	0.0091	0.0039	0.0061	0.0039	0.0061	0.0036
chr3L	13289106	13289358	chr3L:13289107-13289358	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.032	0.0451	0.0367	0.0121	0.0244	0.0524	0.0493	0.062	0.0244	0.0272	0.0534	0.0272	0.0178	0.013	0.0039	0.013	0.0057
chr3L	13292924	13293127	chr3L:13292925-13293127	FBgn0262623	CG43147	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0494	0.0284	0.0134	0.0392	0.051	0.0549	0.0646	0.0392	0.0242	0.0354	0.0242	0.0349	0.0138	0.0142	0.0138	0.0208
chr3L	13294757	13294927	chr3L:13294758-13294927	FBgn0003034	Acp70A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0262	0.0353	0.0207	0.0117	0.0291	0.035	0.0333	0.0117	0.0483	0.0373	0.0483	0.0364	0.0306	0.0271	0.0306	0.0198
chr3L	13295006	13295202	chr3L:13295007-13295202	FBgn0003034,FBgn0264512	Acp70A,CR43911	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0525	0.0669	0.0418	0.0223	0.0689	0.0489	0.0813	0.0223	0.0894	0.0765	0.0894	0.0705	0.0567	0.0458	0.0567	0.061
chr3L	13303739	13303890	chr3L:13303740-13303890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0071	0.007	0.007	0.0074	0.0032	0.0024	0.013	0.01	0.0032	0.0097	0.0039	0.0097	0.0031	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chr3L	13304291	13304526	chr3L:13304292-13304526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0091	0.0145	0.0227	0.0032	0.0083	0.0164	0.008	0.0032	0.0145	0.008	0.0145	0.0116	0.0023	0.0045	0.0023	0.0052
chr3L	13305517	13305732	chr3L:13305518-13305732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0113	0.0136	0.0199	0.0053	0.0131	0.019	0.008	0.0053	0.0115	0.0071	0.0115	0.0062	0.0069	0.0032	0.0069	0.0052
chr3L	13313746	13313897	chr3L:13313747-13313897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0085	0.0108	0.0116	0.0074	0.0073	0.0143	0.0047	0.0074	0.0157	0.0096	0.0157	0.007	0.0023	0.0071	0.0023	0.0068
chr3L	13314201	13314352	chr3L:13314202-13314352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.01	0.007	0.0103	0.0131	0.0042	0.0044	0.0151	0.004	0.0042	0.0157	0.0087	0.0157	0.0039	0.0031	0.0084	0.0031	0.0141
chr3L	13319385	13319573	chr3L:13319386-13319573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0115	0.0147	0.0166	0.0032	0.0126	0.0164	0.0127	0.0032	0.0127	0.0096	0.0127	0.0124	0.0054	0.0052	0.0054	0.0125
chr3L	13320746	13320897	chr3L:13320747-13320897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0114	0.0095	0.0117	0.0134	0.0042	0.0112	0.0156	0.006	0.0042	0.0163	0.0074	0.0163	0.0248	0.0031	0.0045	0.0031	0.0177
chr3L	13339963	13340165	chr3L:13339964-13340165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0224	0.0415	0.0152	0.0091	0.0233	0.0568	0.061	0.022	0.0233	0.0386	0.0093	0.0386	0.0116	0.0077	0.0052	0.0077	0.0089
chr3L	13340594	13340781	chr3L:13340595-13340781	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0283	0.0675	0.0105	0.004	0.052	0.068	0.1094	0.0493	0.052	0.0236	0.0074	0.0236	0.0046	8e-04	0.0013	8e-04	0.0047
chr3L	13342853	13343004	chr3L:13342854-13343004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0116	0.0178	0.0133	0.0026	0.0117	0.0218	0.0285	0.0133	0.0117	0.0386	0.0071	0.0386	0.0062	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr3L	13349154	13349305	chr3L:13349155-13349305	FBgn0040813	Nplp2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0146	0.0103	0.0152	0.0187	0.0042	0.0165	0.0147	0.0047	0.0042	0.0139	0.0093	0.0139	0.0488	0.0054	0.0039	0.0054	0.0589
chr3L	13349428	13349634	chr3L:13349429-13349634	FBgn0040813	Nplp2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0295	0.0298	0.0258	0.0331	0.0148	0.0456	0.042	0.018	0.0148	0.0229	0.0148	0.0229	0.0798	0.0092	0.0077	0.0092	0.1058
chr3L	13355886	13356037	chr3L:13355887-13356037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0089	0.0093	0.0067	0.0109	0.0021	0.0063	0.0199	0.0067	0.0021	0.0079	0.0051	0.0079	0.0101	0.0031	0.0045	0.0031	0.0047
chr3L	13357174	13357325	chr3L:13357175-13357325	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0114	0.007	0.0093	0.0187	0.0021	0.0049	0.0147	0.0047	0.0021	0.006	0.0074	0.006	0.0139	0.0023	0.0026	0.0023	0.0068
chr3L	13361961	13362112	chr3L:13361962-13362112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.01	0.0178	0.0052	0.0064	0.0011	0.0087	0.0446	0.0107	0.0011	0.0036	0.0055	0.0036	0.0077	8e-04	0.0032	8e-04	0.0057
chr3L	13371400	13371783	chr3L:13371401-13371783	FBgn0036349,FBgn0036350	CG14111,SNCF	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0991	0.2684	0.0122	0.0053	0.3987	0.0782	0.5082	0.1985	0.3987	0.0133	0.0148	0.0133	0.0101	0.0031	0.0103	0.0031	0.0047
chr3L	13371867	13372018	chr3L:13371868-13372018	FBgn0036349	SNCF	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0546	0.1442	0.0081	0.0054	0.2291	0.0456	0.2772	0.0826	0.2291	0.0109	0.0093	0.0109	0.0054	0.0038	0.009	0.0038	0.0052
chr3L	13372391	13372580	chr3L:13372392-13372580	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0449	0.114	0.0117	0.0042	0.1527	0.0495	0.2262	0.0646	0.1527	0.0187	0.0132	0.0187	0.0085	0.0031	0.0026	0.0031	0.0052
chr3L	13373160	13373467	chr3L:13373161-13373467	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.091	0.0183	0.0077	0.1145	0.0451	0.1665	0.0686	0.1145	0.0211	0.0219	0.0211	0.0186	0.0046	0.0142	0.0046	0.0057
chr3L	13374597	13374748	chr3L:13374598-13374748	FBgn0036351	CG14107	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0187	0.0115	0.0182	0.017	0.0102	0.0346	0.014	0.017	0.0103	0.019	0.0103	0.007	0.0084	0.0522	0.0084	0.0156
chr3L	13375448	13375599	chr3L:13375449-13375599	FBgn0001256	ImpL1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0217	0.0222	0.0159	0.0276	0.0138	0.0131	0.0398	0.0227	0.0138	0.0121	0.0251	0.0121	0.0139	0.0031	0.1038	0.0031	0.0094
chr3L	13375726	13375927	chr3L:13375727-13375927	FBgn0001256	ImpL1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0256	0.025	0.0221	0.0302	0.018	0.015	0.0476	0.0247	0.018	0.0163	0.0354	0.0163	0.0147	0.0077	0.1032	0.0077	0.0094
chr3L	13377752	13377903	chr3L:13377753-13377903	FBgn0036352	CG14110	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.0165	0.0137	0.017	0.0074	0.0126	0.0277	0.02	0.0074	0.0133	0.0222	0.0133	0.007	0.0046	0.0522	0.0046	0.0083
chr3L	13379374	13379525	chr3L:13379375-13379525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0252	0.0384	0.0221	0.0139	0.0233	0.0311	0.0575	0.042	0.0233	0.0199	0.0283	0.0199	0.0201	0.0092	0.0271	0.0092	0.0109
chr3L	13380849	13381035	chr3L:13380850-13381035	FBgn0036353	CG10171	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1021	0.0982	0.1185	0.0884	0.0679	0.1107	0.1038	0.1359	0.0679	0.1558	0.1309	0.1558	0.1069	0.1049	0.098	0.1049	0.0959
chr3L	13381313	13381464	chr3L:13381314-13381464	FBgn0036353	CG10171	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0264	0.0306	0.0223	0.017	0.0301	0.0303	0.034	0.017	0.0417	0.0315	0.0417	0.0302	0.0214	0.0245	0.0214	0.0281
chr3L	13381529	13381680	chr3L:13381530-13381680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0294	0.0438	0.0276	0.0127	0.0335	0.0376	0.0373	0.0127	0.0616	0.0489	0.0616	0.0341	0.0352	0.0316	0.0352	0.0349
chr3L	13381880	13382031	chr3L:13381881-13382031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0297	0.0401	0.0187	0.0117	0.0272	0.0424	0.0373	0.0117	0.0537	0.046	0.0537	0.0349	0.023	0.02	0.023	0.0177
chr3L	13383054	13383237	chr3L:13383055-13383237	FBgn0036354	Poc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1343	0.1371	0.1544	0.1092	0.1113	0.1335	0.1739	0.1712	0.1113	0.2047	0.1756	0.2047	0.117	0.1194	0.1096	0.1194	0.1318
chr3L	13383662	13383813	chr3L:13383663-13383813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0292	0.0422	0.0299	0.0139	0.0233	0.035	0.0515	0.07	0.0233	0.0326	0.0418	0.0326	0.0194	0.0145	0.0187	0.0145	0.0172
chr3L	13385113	13385466	chr3L:13385114-13385466	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0541	0.0779	0.0699	0.0102	0.0477	0.0471	0.0986	0.1399	0.0477	0.0248	0.1531	0.0248	0.0124	0.0077	0.0245	0.0077	0.0036
chr3L	13386372	13386523	chr3L:13386373-13386523	distal	distal	none	none	VT30169.1	VT30169.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0239	0.0229	0.0385	0.0089	0.0053	0.017	0.0311	0.0386	0.0053	0.0145	0.0781	0.0145	0.0163	0.0061	0.0193	0.0061	0.0057
chr3L	13387312	13387463	chr3L:13387313-13387463	distal	distal	stage11	stage11	VT30169.1,VT30170.1	VT30169.1,VT30170.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0229	0.0194	0.0431	0.0045	0.0032	0.0243	0.0238	0.0273	0.0032	0.0133	0.0977	0.0133	0.0031	0.0046	0.0064	0.0046	0.0036
chr3L	13391705	13391856	chr3L:13391706-13391856	distal	distal	none	none	VT30171.1	VT30171.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0395	0.0283	0.0071	0.0095	0.0684	0.0415	0.0406	0.0095	0.0314	0.0453	0.0314	0.0101	0.0054	0.0084	0.0054	0.0052
chr3L	13392427	13392619	chr3L:13392428-13392619	distal	distal	stage5	stage5	VT30171.1	VT30171.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0392	0.0718	0.0373	0.005	0.0668	0.0549	0.1073	0.0839	0.0668	0.029	0.0592	0.029	0.0093	8e-04	0.0071	8e-04	0.0057
chr3L	13394171	13394499	chr3L:13394172-13394499	FBgn0002573	sens	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1269	0.1371	0.1783	0.0592	0.0806	0.1121	0.1254	0.2805	0.0806	0.0453	0.3569	0.0453	0.0426	0.01	0.1928	0.01	0.0172
chr3L	13394658	13394809	chr3L:13394659-13394809	FBgn0002573	sens	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0321	0.0355	0.0505	0.0081	0.0201	0.0354	0.0337	0.0673	0.0201	0.0163	0.0916	0.0163	0.0077	0.0023	0.02	0.0023	0.001
chr3L	13396004	13396210	chr3L:13396005-13396210	distal	distal	stage11	stage11	sens_sensCRM3	sens_sensCRM3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0383	0.0394	0.0508	0.0234	0.0276	0.0413	0.0467	0.056	0.0276	0.0332	0.0797	0.0332	0.0194	0.0168	0.0432	0.0168	0.0135
chr3L	13396662	13396884	chr3L:13396663-13396884	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1349	0.1795	0.1396	0.0799	0.1389	0.1631	0.2128	0.2572	0.1389	0.0519	0.2534	0.0519	0.0488	0.0475	0.1825	0.0475	0.0307
chr3L	13400364	13400515	chr3L:13400365-13400515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0216	0.0269	0.0153	0.0117	0.0214	0.0242	0.0346	0.0117	0.0133	0.0479	0.0133	0.0139	0.0061	0.0426	0.0061	0.0073
chr3L	13401598	13401812	chr3L:13401599-13401812	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT30177.1	VT30177.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0972	0.1821	0.0879	0.0124	0.1379	0.1684	0.2409	0.2265	0.1379	0.0598	0.1563	0.0598	0.0271	0.0077	0.0226	0.0077	0.0078
chr3L	13402051	13402340	chr3L:13402052-13402340	distal	distal	stage5	stage5	VT30177.1	VT30177.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0749	0.1403	0.0651	0.0124	0.0838	0.1723	0.1721	0.1512	0.0838	0.0604	0.1003	0.0604	0.0225	0.01	0.0213	0.01	0.0099
chr3L	13402367	13402518	chr3L:13402368-13402518	distal	distal	none	none	VT30177.1	VT30177.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0368	0.0538	0.0444	0.0095	0.0201	0.0718	0.0636	0.0586	0.0201	0.0429	0.072	0.0429	0.0155	0.0084	0.0174	0.0084	0.0063
chr3L	13402761	13402924	chr3L:13402762-13402924	distal	distal	none	none	VT30177.1	VT30177.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0312	0.0537	0.0315	0.0058	0.0329	0.0364	0.0835	0.0706	0.0329	0.0217	0.0572	0.0217	0.0093	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chr3L	13404236	13404425	chr3L:13404237-13404425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1054	0.1076	0.1284	0.0778	0.0615	0.1286	0.1267	0.1266	0.0615	0.1498	0.1447	0.1498	0.1263	0.1011	0.089	0.1011	0.0974
chr3L	13404525	13404783	chr3L:13404526-13404783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0673	0.0674	0.0864	0.0461	0.0276	0.0816	0.0874	0.0779	0.0276	0.0888	0.1006	0.0888	0.0852	0.0597	0.0567	0.0597	0.0511
chr3L	13405513	13405683	chr3L:13405514-13405683	FBgn0036356,FBgn0260049	CG10222,flr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.0937	0.1218	0.0908	0.0562	0.1155	0.0986	0.1292	0.0562	0.1534	0.1312	0.1534	0.1139	0.0949	0.0909	0.0949	0.111
chr3L	13405825	13406017	chr3L:13405826-13406017	FBgn0036356,FBgn0260049	CG10222,flr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1347	0.1275	0.1527	0.1231	0.0806	0.1495	0.1401	0.1699	0.0806	0.1763	0.164	0.1763	0.1704	0.1355	0.1257	0.1355	0.16
chr3L	13406531	13406749	chr3L:13406532-13406749	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0442	0.0381	0.0374	0.0585	0.017	0.035	0.0562	0.0486	0.017	0.0658	0.0277	0.0658	0.0465	0.1784	0.0277	0.1784	0.0433
chr3L	13419692	13419843	chr3L:13419693-13419843	FBgn0036359	CG14105	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0101	0.0077	0.0135	0.0032	0.0107	0.019	0.0073	0.0032	0.0072	0.0103	0.0072	0.0093	0.0054	0.0458	0.0054	0.0052
chr3L	13426044	13426259	chr3L:13426045-13426259	FBgn0012010	tRNA:V4:70BCb	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0999	0.1168	0.0805	0.1024	0.0976	0.1097	0.1414	0.1572	0.0976	0.0936	0.0961	0.0936	0.0829	0.1746	0.0993	0.1746	0.1397
chr3L	13426452	13426603	chr3L:13426453-13426603	FBgn0012009,FBgn0012010	tRNA:V4:70BCa,tRNA:V4:70BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.0597	0.0462	0.0369	0.0456	0.0563	0.0779	0.0746	0.0456	0.0628	0.0444	0.0628	0.062	0.0559	0.0348	0.0559	0.0521
chr3L	13426713	13426911	chr3L:13426714-13426911	FBgn0012009	tRNA:V4:70BCa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1083	0.121	0.108	0.0943	0.1103	0.1223	0.1484	0.1499	0.1103	0.1455	0.1109	0.1455	0.1402	0.1508	0.0806	0.1508	0.1324
chr3L	13427894	13428045	chr3L:13427895-13428045	FBgn0036360	CG10713	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0236	0.0075	0.011	0.0201	0.0218	0.0428	0.0107	0.0201	0.0103	0.0064	0.0103	0.0054	0.0077	0.0019	0.0077	0.0063
chr3L	13428397	13428656	chr3L:13428398-13428656	FBgn0036360	CG10713	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0312	0.0169	0.0166	0.0632	0.0106	0.0131	0.0272	0.0167	0.0106	0.0187	0.009	0.0187	0.017	0.0727	0.0116	0.0727	0.0281
chr3L	13433630	13433781	chr3L:13433631-13433781	FBgn0036363,FBgn0036364	CG10140,CG14109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0152	0.0124	0.0195	0.0053	0.0117	0.0225	0.0187	0.0053	0.0217	0.0129	0.0217	0.0132	0.0628	0.0103	0.0628	0.0109
chr3L	13433959	13434110	chr3L:13433960-13434110	FBgn0036363,FBgn0036364	CG10140,CG14109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0256	0.0204	0.0206	0.0369	0.0085	0.0209	0.0303	0.0233	0.0085	0.0338	0.0219	0.0338	0.0163	0.1256	0.0187	0.1256	0.0188
chr3L	13435337	13435488	chr3L:13435338-13435488	FBgn0036365	CG10732	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0314	0.0315	0.0223	0.0138	0.0316	0.045	0.0386	0.0138	0.0417	0.0376	0.0417	0.0263	0.0322	0.0226	0.0322	0.0281
chr3L	13435614	13435789	chr3L:13435615-13435789	FBgn0036365	CG10732	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0759	0.0695	0.0865	0.0714	0.053	0.0772	0.0843	0.0826	0.053	0.1093	0.1	0.1093	0.0883	0.0904	0.078	0.0904	0.087
chr3L	13435833	13436035	chr3L:13435834-13436035	FBgn0036365	CG10732	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0528	0.05	0.0569	0.0514	0.035	0.0549	0.0679	0.05	0.035	0.0773	0.0614	0.0773	0.0558	0.0735	0.0554	0.0735	0.0558
chr3L	13436067	13436269	chr3L:13436068-13436269	FBgn0036365	CG10732	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0365	0.0374	0.0349	0.0372	0.0286	0.035	0.0575	0.0353	0.0286	0.0447	0.0363	0.0447	0.0372	0.0766	0.0309	0.0766	0.0323
chr3L	13436588	13436739	chr3L:13436589-13436739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.0196	0.0174	0.0163	0.0159	0.0136	0.0337	0.022	0.0159	0.0266	0.0145	0.0266	0.0186	0.0574	0.0064	0.0574	0.0078
chr3L	13436869	13437020	chr3L:13436870-13437020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0144	0.0178	0.0129	0.0123	0.0159	0.0121	0.026	0.0247	0.0159	0.0187	0.0113	0.0187	0.0101	0.0391	0.0058	0.0391	0.0073
chr3L	13442658	13442809	chr3L:13442659-13442809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0257	0.0209	0.0142	0.018	0.0218	0.0394	0.028	0.018	0.0223	0.0228	0.0223	0.0232	0.0253	0.0135	0.0253	0.0141
chr3L	13443283	13443490	chr3L:13443284-13443490	FBgn0036366,FBgn0036368	CG10133,CG10738	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.077	0.0659	0.074	0.0926	0.0361	0.0723	0.0701	0.0926	0.0361	0.0912	0.083	0.0912	0.093	0.1156	0.0999	0.1156	0.1225
chr3L	13443731	13443912	chr3L:13443732-13443912	FBgn0036366,FBgn0036368	CG10133,CG10738	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1155	0.1059	0.1174	0.1241	0.0795	0.1194	0.1215	0.1279	0.0795	0.1341	0.1232	0.1341	0.1495	0.1386	0.1302	0.1386	0.1548
chr3L	13445348	13445499	chr3L:13445349-13445499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0119	0.0087	0.0129	0.0143	0.0032	0.0102	0.0117	0.0093	0.0032	0.0175	0.01	0.0175	0.0263	0.0123	0.0103	0.0123	0.0297
chr3L	13448187	13448338	chr3L:13448188-13448338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0087	0.0112	0.0196	0.0064	0.0068	0.0147	0.0087	0.0064	0.0066	0.009	0.0066	0.0147	0.0046	0.0039	0.0046	0.0104
chr3L	13450290	13450495	chr3L:13450291-13450495	FBgn0036367	CG10116	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.0171	0.0235	0.0141	0.0064	0.017	0.0285	0.0153	0.0064	0.0272	0.0186	0.0272	0.0511	0.0145	0.011	0.0145	0.0276
chr3L	13451663	13451814	chr3L:13451664-13451814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0081	0.0061	0.0106	0.0042	0.0078	0.0117	0.0093	0.0042	0.006	0.0093	0.006	0.0031	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chr3L	13463665	13463816	chr3L:13463666-13463816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0129	0.0095	0.0225	0.0063	0	0.0092	0.0156	0.0087	0	0.0604	0.0148	0.0604	0.0155	0.0092	0.0026	0.0092	0.0052
chr3L	13463915	13464066	chr3L:13463916-13464066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0143	0.0118	0.0226	0.0081	0.0021	0.0136	0.0208	0.004	0.0021	0.0628	0.0087	0.0628	0.0256	0.0145	0.0032	0.0145	0.0089
chr3L	13464444	13464595	chr3L:13464445-13464595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0105	0.0096	0.0173	0.004	0.0053	0.0112	0.016	0.0047	0.0053	0.0513	0.008	0.0513	0.0139	0.0031	0.0052	0.0031	0.0031
chr3L	13465841	13465992	chr3L:13465842-13465992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0103	0.0081	0.0166	0.0058	0.0032	0.0058	0.016	0.008	0.0032	0.0441	0.0093	0.0441	0.0093	0.0046	0.0071	0.0046	0.0057
chr3L	13467873	13468024	chr3L:13467874-13468024	FBgn0036369	CG10089	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0138	0.0098	0.0165	0.0153	0.0053	0.0112	0.0138	0.0107	0.0053	0.0332	0.0138	0.0332	0.0124	0.0061	0.0129	0.0061	0.0031
chr3L	13469826	13469977	chr3L:13469827-13469977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.0138	0.0168	0.0276	0.0042	0.0189	0.0203	0.0127	0.0042	0.0254	0.019	0.0254	0.0186	0.026	0.0754	0.026	0.0135
chr3L	13470276	13470437	chr3L:13470277-13470437	FBgn0086708	stv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0229	0.0506	0.0785	0.0032	0.0286	0.026	0.034	0.0032	0.07	0.0637	0.07	0.0496	0.1156	0.1663	0.1156	0.0505
chr3L	13470441	13470694	chr3L:13470442-13470694	FBgn0086708	stv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0634	0.0198	0.065	0.1103	0.0011	0.0316	0.0247	0.0173	0.0011	0.0803	0.0865	0.0803	0.0658	0.1501	0.2211	0.1501	0.0782
chr3L	13472718	13472869	chr3L:13472719-13472869	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0195	0.0161	0.0162	0.027	0.0074	0.0146	0.0277	0.012	0.0074	0.032	0.0151	0.032	0.0132	0.0567	0.04	0.0567	0.0135
chr3L	13479067	13479237	chr3L:13479068-13479237	FBgn0036372	CG10083	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0694	0.0663	0.0742	0.0674	0.0361	0.0762	0.0722	0.0959	0.0361	0.1033	0.0736	0.1033	0.0744	0.0689	0.06	0.0689	0.0907
chr3L	13479328	13479509	chr3L:13479329-13479509	FBgn0036372,FBgn0036373	CG10083,CG10741	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1628	0.1508	0.1885	0.1482	0.1029	0.1641	0.1786	0.1932	0.1029	0.247	0.2051	0.247	0.1766	0.1524	0.1489	0.1524	0.1767
chr3L	13479769	13479935	chr3L:13479770-13479935	FBgn0036372,FBgn0036373	CG10083,CG10741	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1845	0.1716	0.2071	0.1741	0.1177	0.1922	0.2059	0.2085	0.1177	0.256	0.2309	0.256	0.1875	0.1738	0.1966	0.1738	0.1923
chr3L	13480093	13480392	chr3L:13480094-13480392	FBgn0036373	CG10741	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0948	0.0824	0.1198	0.0813	0.0467	0.0898	0.1025	0.0986	0.0467	0.1437	0.1412	0.1437	0.1123	0.0712	0.1354	0.0712	0.0771
chr3L	13480506	13480657	chr3L:13480507-13480657	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0341	0.0398	0.0367	0.0249	0.0318	0.0413	0.0484	0.052	0.0318	0.0429	0.045	0.0429	0.0325	0.0123	0.0477	0.0123	0.0276
chr3L	13481852	13482059	chr3L:13481853-13482059	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0474	0.0416	0.0514	0.0496	0.0201	0.0558	0.0541	0.038	0.0201	0.0435	0.0392	0.0435	0.1294	0.0191	0.0251	0.0191	0.1324
chr3L	13482225	13482403	chr3L:13482226-13482403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0339	0.0304	0.0345	0.0372	0.0127	0.0447	0.0381	0.0273	0.0127	0.0284	0.0225	0.0284	0.096	0.0153	0.0097	0.0153	0.1037
chr3L	13483027	13483178	chr3L:13483028-13483178	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0279	0.0417	0.0236	0.0173	0.0138	0.0325	0.0433	0.0833	0.0138	0.0133	0.0347	0.0133	0.0287	0.0107	0.0342	0.0107	0.0198
chr3L	13483931	13484082	chr3L:13483932-13484082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.0233	0.0279	0.0253	0.0042	0.0262	0.0294	0.0326	0.0042	0.0175	0.0489	0.0175	0.0194	0.0092	0.0729	0.0092	0.0203
chr3L	13485688	13485839	chr3L:13485689-13485839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0189	0.0232	0.0217	0.0095	0.0223	0.0242	0.022	0.0095	0.0151	0.0328	0.0151	0.0232	0.0092	0.06	0.0092	0.0177
chr3L	13486886	13487055	chr3L:13486887-13487055	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0396	0.0197	0.0111	0.0308	0.032	0.0528	0.0566	0.0308	0.0163	0.0174	0.0163	0.0318	0.0046	0.0193	0.0046	0.013
chr3L	13487700	13487892	chr3L:13487701-13487892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0364	0.0166	0.026	0.07	0.0085	0.0184	0.0216	0.018	0.0085	0.0151	0.0289	0.0151	0.0503	0.0161	0.1335	0.0161	0.1303
chr3L	13488447	13488637	chr3L:13488448-13488637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0226	0.024	0.0228	0.0106	0.0252	0.0294	0.0273	0.0106	0.0236	0.0203	0.0236	0.0519	0.013	0.0161	0.013	0.0558
chr3L	13490056	13490249	chr3L:13490057-13490249	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0339	0.0206	0.0156	0.0159	0.0369	0.0441	0.0426	0.0159	0.0229	0.0244	0.0229	0.0232	0.0176	0.0232	0.0176	0.0135
chr3L	13490293	13490494	chr3L:13490294-13490494	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.033	0.0165	0.0111	0.0138	0.0369	0.0463	0.0346	0.0138	0.0175	0.019	0.0175	0.0225	0.0092	0.0148	0.0092	0.0141
chr3L	13491370	13491521	chr3L:13491371-13491521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0256	0.0232	0.0255	0.0283	0.0127	0.0218	0.0342	0.0266	0.0127	0.0193	0.0322	0.0193	0.0318	0.0145	0.0671	0.0145	0.0297
chr3L	13492974	13493152	chr3L:13492975-13493152	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0173	0.0303	0.0277	0.0032	0.0209	0.0242	0.018	0.0032	0.0145	0.0585	0.0145	0.0132	0.0038	0.0961	0.0038	0.0125
chr3L	13493207	13493362	chr3L:13493208-13493362	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0269	0.042	0.0316	0.0085	0.0291	0.0316	0.0386	0.0085	0.0133	0.0839	0.0133	0.0225	0.0031	0.1141	0.0031	0.0156
chr3L	13493497	13493648	chr3L:13493498-13493648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0187	0.0228	0.0187	0.0064	0.017	0.026	0.0227	0.0064	0.0145	0.0389	0.0145	0.0186	0.0077	0.0503	0.0077	0.0162
chr3L	13495394	13495565	chr3L:13495395-13495565	FBgn0036374	Spt20	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0668	0.0704	0.048	0.0488	0.0694	0.0843	0.0773	0.0488	0.087	0.0756	0.087	0.0806	0.0467	0.058	0.0467	0.062
chr3L	13495681	13495853	chr3L:13495682-13495853	FBgn0036374	Spt20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1836	0.1691	0.2152	0.165	0.122	0.1869	0.2042	0.2005	0.122	0.2929	0.2302	0.2929	0.2022	0.1784	0.1741	0.1784	0.1991
chr3L	13495976	13496127	chr3L:13495977-13496127	FBgn0036374	Spt20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0716	0.0668	0.0841	0.0634	0.0318	0.0714	0.0869	0.0799	0.0318	0.1171	0.0875	0.1171	0.0844	0.0674	0.0722	0.0674	0.0818
chr3L	13496132	13496283	chr3L:13496133-13496283	FBgn0036374	Spt20	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0455	0.047	0.0549	0.0334	0.0318	0.0461	0.0597	0.0613	0.0318	0.0876	0.0569	0.0876	0.0519	0.0536	0.0335	0.0536	0.036
chr3L	13506124	13506315	chr3L:13506125-13506315	FBgn0036376,FBgn0086785	Liprin-beta,Vps36	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1409	0.1269	0.1747	0.1193	0.0806	0.1403	0.1436	0.1759	0.0806	0.2192	0.1984	0.2192	0.1634	0.134	0.1341	0.134	0.1329
chr3L	13506371	13506570	chr3L:13506372-13506570	FBgn0036376,FBgn0086785	Liprin-beta,Vps36	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1521	0.1314	0.1935	0.1298	0.0795	0.1495	0.1458	0.1759	0.0795	0.2361	0.2158	0.2361	0.1898	0.1409	0.136	0.1409	0.1584
chr3L	13506693	13506991	chr3L:13506694-13506991	FBgn0036376,FBgn0086785	Liprin-beta,Vps36	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.0624	0.0831	0.0519	0.0329	0.0728	0.0813	0.0686	0.0329	0.1014	0.0878	0.1014	0.0953	0.0567	0.0567	0.0567	0.0631
chr3L	13512154	13512305	chr3L:13512155-13512305	FBgn0036377	CG10710	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0165	0.0138	0.0091	0.0276	0.0042	0.0126	0.0268	0.0107	0.0042	0.0157	0.009	0.0157	0.0077	0.1172	0.0058	0.1172	0.0057
chr3L	13512744	13512895	chr3L:13512745-13512895	FBgn0036377	CG10710	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0212	0.0121	0.0137	0.0397	0.0021	0.0155	0.0208	0.008	0.0021	0.0217	0.0135	0.0217	0.0085	0.1685	0.0103	0.1685	0.0099
chr3L	13513182	13513374	chr3L:13513183-13513374	FBgn0036377	CG10710	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.0128	0.0159	0.035	0.0042	0.0087	0.0238	0.0113	0.0042	0.0356	0.0093	0.0356	0.0147	0.1554	0.009	0.1554	0.0026
chr3L	13526743	13526949	chr3L:13526744-13526949	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0874	0.0293	0.0162	0.0732	0.0612	0.1548	0.072	0.0732	0.0441	0.0232	0.0441	0.0263	0.0214	0.0097	0.0214	0.0068
chr3L	13531200	13531408	chr3L:13531201-13531408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0304	0.0629	0.0161	0.0096	0.0583	0.0335	0.1172	0.0513	0.0583	0.0254	0.0151	0.0254	0.0093	0.0069	0.0039	0.0069	0.0083
chr3L	13531464	13531713	chr3L:13531465-13531713	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0308	0.0566	0.0195	0.0143	0.0477	0.0325	0.1055	0.0426	0.0477	0.0284	0.0183	0.0284	0.0124	0.0168	0.0097	0.0168	0.0083
chr3L	13532750	13532922	chr3L:13532751-13532922	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0216	0.0369	0.0135	0.0135	0.0392	0.0175	0.0631	0.0346	0.0392	0.0229	0.0093	0.0229	0.0163	0.0077	0.0084	0.0077	0.0052
chr3L	13537120	13537271	chr3L:13537121-13537271	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0132	0.0183	0.0096	0.0114	0.0064	0.0092	0.0342	0.0247	0.0064	0.0187	0.008	0.0187	0.0046	0.0084	0.0019	0.0084	0.0026
chr3L	13545700	13545851	chr3L:13545701-13545851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0084	0.0065	0.0086	0.0104	0.0011	0.0049	0.0138	0.004	0.0011	0.0097	0.0071	0.0097	0.0077	0.0069	0.0013	0.0069	0.0042
chr3L	13549166	13549317	chr3L:13549167-13549317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.0162	0.0141	0.0127	0.0106	0.0131	0.0247	0.0207	0.0106	0.0229	0.0109	0.0229	0.0124	0.0077	0.0052	0.0077	0.0052
chr3L	13555495	13555646	chr3L:13555496-13555646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0088	0.0057	0.0117	0.0042	0.0083	0.0151	0.0087	0.0042	0.0085	0.0035	0.0085	0.007	0.0092	0.0013	0.0092	0.0036
chr3L	13563011	13563162	chr3L:13563012-13563162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0141	0.0141	0.0123	0.0162	0.0053	0.0146	0.0195	0.0173	0.0053	0.0254	0.0093	0.0254	0.007	0.0077	0.0039	0.0077	0.0042
chr3L	13564502	13564653	chr3L:13564503-13564653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0141	0.0169	0.0107	0.0146	0.0064	0.0131	0.0203	0.0326	0.0064	0.0242	0.0068	0.0242	0.0039	0.0084	0.0013	0.0084	0.0063
chr3L	13564691	13564842	chr3L:13564692-13564842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.013	0.0089	0.0148	0.0064	0.0112	0.0173	0.02	0.0064	0.0145	0.0051	0.0145	0.0054	0.0061	0.0026	0.0061	0.0042
chr3L	13564975	13565126	chr3L:13564976-13565126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0095	0.0084	0.0169	0.0042	0.0097	0.0143	0.0107	0.0042	0.0127	0.0042	0.0127	0.0101	0.0069	0.0052	0.0069	0.0042
chr3L	13567148	13567299	chr3L:13567149-13567299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0096	0.0099	0.0099	0.0032	0.0078	0.0143	0.0127	0.0032	0.0139	0.0077	0.0139	0.0101	0.0084	0.0032	0.0084	0.0026
chr3L	13567461	13567612	chr3L:13567462-13567612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0143	0.0117	0.0134	0.0042	0.0155	0.0225	0.0147	0.0042	0.0175	0.0116	0.0175	0.0101	0.0145	0.0052	0.0145	0.0068
chr3L	13578452	13578706	chr3L:13578453-13578706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0288	0.0227	0.026	0.0117	0.0243	0.0454	0.0326	0.0117	0.0242	0.017	0.0242	0.0124	0.01	0.0097	0.01	0.0094
chr3L	13584388	13584539	chr3L:13584389-13584539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0185	0.0339	0.0112	0.0095	0.0148	0.0204	0.0614	0.0366	0.0148	0.0175	0.01	0.0175	0.0054	0.0123	0.0026	0.0123	0.0026
chr3L	13588507	13588658	chr3L:13588508-13588658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0092	0.0072	0.0127	0.0053	0.0073	0.0169	0.0073	0.0053	0.0103	0.0051	0.0103	0.007	0.0077	0.0026	0.0077	0.0036
chr3L	13593197	13593348	chr3L:13593198-13593348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.01	0.0085	0.0156	0.0042	0.0083	0.0143	0.014	0.0042	0.0157	0.0058	0.0157	0.0054	0.0123	0.0032	0.0123	0.0026
chr3L	13599637	13599788	chr3L:13599638-13599788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0101	0.0104	0.0131	0.0032	0.0092	0.0134	0.0173	0.0032	0.0145	0.0055	0.0145	0.0132	0.0061	0.0026	0.0061	0.0016
chr3L	13603384	13603551	chr3L:13603385-13603551	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0201	0.0154	0.027	0.0127	0.0199	0.0264	0.026	0.0127	0.0187	0.0096	0.0187	0.0085	0.0214	0.009	0.0214	0.0115
chr3L	13606008	13606159	chr3L:13606009-13606159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0146	0.0114	0.0219	0.0064	0.0165	0.0229	0.0153	0.0064	0.0163	0.0064	0.0163	0.0124	0.0145	0.0052	0.0145	0.0094
chr3L	13608188	13608535	chr3L:13608189-13608535	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0422	0.0854	0.0231	0.0149	0.0827	0.0743	0.0856	0.1372	0.0827	0.0411	0.0254	0.0411	0.0046	0.0138	0.0032	0.0138	0.0052
chr3L	13613389	13613540	chr3L:13613390-13613540	FBgn0262415	mir-289	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0086	0.0094	0.016	0.0064	0.0058	0.0151	0.008	0.0064	0.0139	0.0064	0.0139	0.007	0.0115	0.0032	0.0115	0.0057
chr3L	13613641	13613792	chr3L:13613642-13613792	FBgn0262415	mir-289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0077	0.0076	0.0141	0.0053	0.0063	0.0143	0.0053	0.0053	0.0091	0.0068	0.0091	0.0046	0.0084	0.0039	0.0084	0.0036
chr3L	13627006	13627157	chr3L:13627007-13627157	distal	distal	none	none	VT30292.1	VT30292.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0081	0.0085	0.013	0.0032	0.0063	0.0143	0.008	0.0032	0.0169	0.0055	0.0169	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0073
chr3L	13627550	13627701	chr3L:13627551-13627701	distal	distal	none	none	VT30292.1	VT30292.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0067	0.0051	0.0139	0	0.0073	0.0125	0.006	0	0.0054	0.0032	0.0054	0.0039	0.0054	0.0026	0.0054	0.0021
chr3L	13632060	13632211	chr3L:13632061-13632211	distal	distal	stage14	stage14	VT30294.1	VT30294.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0093	0.0109	0.0228	0.0011	0.0102	0.0177	0.0033	0.0011	0.0139	0.0064	0.0139	0.007	0.0038	0.0058	0.0038	0.0073
chr3L	13637507	13637727	chr3L:13637508-13637727	distal	distal	stage5	stage5	VT30297.1	VT30297.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0317	0.0345	0.0345	0.0253	0.0127	0.0495	0.0428	0.0293	0.0127	0.0797	0.0193	0.0797	0.0186	0.0191	0.0077	0.0191	0.012
chr3L	13638072	13638223	chr3L:13638073-13638223	distal	distal	none	none	VT30297.1,VT30298.1	VT30297.1,VT30298.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0157	0.0183	0.0184	0.0099	0.0053	0.0306	0.019	0.0153	0.0053	0.0459	0.0077	0.0459	0.0108	0.0123	0.0026	0.0123	0.0031
chr3L	13638456	13638652	chr3L:13638457-13638652	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT30298.1	VT30298.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0273	0.0307	0.0349	0.0152	0.0138	0.0544	0.0333	0.0247	0.0138	0.1027	0.0148	0.1027	0.0139	0.0184	0.0039	0.0184	0.0052
chr3L	13639245	13639403	chr3L:13639246-13639403	distal	distal	none	none	VT30298.1	VT30298.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0284	0.0249	0.0148	0.0138	0.0374	0.0333	0.0326	0.0138	0.0519	0.0148	0.0519	0.0217	0.0176	0.0045	0.0176	0.0057
chr3L	13640116	13640274	chr3L:13640117-13640274	distal	distal	none	none	VT30299.1	VT30299.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0243	0.0126	0.0254	0.0361	0.0064	0.0194	0.0169	0.01	0.0064	0.0296	0.0077	0.0296	0.0101	0.0107	0.0064	0.0107	0.0068
chr3L	13640663	13640814	chr3L:13640664-13640814	distal	distal	none	none	VT30299.1	VT30299.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0101	0.0178	0.0171	0.0032	0.0136	0.0121	0.0113	0.0032	0.0223	0.0119	0.0223	0.0108	0.0054	0.0026	0.0054	0.0036
chr3L	13641273	13641424	chr3L:13641274-13641424	distal	distal	none	none	VT30299.1	VT30299.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0113	0.0168	0.0283	0.0074	0.0117	0.0208	0.0067	0.0074	0.0193	0.0113	0.0193	0.0062	0.0084	0.0026	0.0084	0.0047
chr3L	13641903	13642054	chr3L:13641904-13642054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0116	0.0175	0.0198	0.0042	0.0136	0.0212	0.0047	0.0042	0.0266	0.0103	0.0266	0.0294	0.0123	0.0032	0.0123	0.0057
chr3L	13642124	13642275	chr3L:13642125-13642275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0158	0.0125	0.014	0.0216	0.0021	0.0092	0.026	0.0087	0.0021	0.0193	0.0055	0.0193	0.0139	0.0077	0.0019	0.0077	0.0068
chr3L	13645375	13645526	chr3L:13645376-13645526	distal	distal	none	none	VT30301.1	VT30301.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0072	0.0124	0.028	0.0011	0.0068	0.013	0.006	0.0011	0.0127	0.0074	0.0127	0.0054	0.0069	0.0071	0.0069	0.0052
chr3L	13648340	13648491	chr3L:13648341-13648491	distal	distal	none	none	VT30303.1	VT30303.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0092	0.0115	0.0145	0.0021	0.0078	0.0156	0.0107	0.0021	0.0109	0.0071	0.0109	0.0046	0.0031	0.0013	0.0031	0.0036
chr3L	13648516	13648667	chr3L:13648517-13648667	distal	distal	none	none	VT30303.1	VT30303.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0118	0.0112	0.0185	0.0032	0.0087	0.0225	0.01	0.0032	0.0121	0.008	0.0121	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.001
chr3L	13649466	13649617	chr3L:13649467-13649617	distal	distal	none	none	VT30304.1	VT30304.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.0143	0.0199	0.0326	0.0064	0.0175	0.0186	0.0153	0.0064	0.035	0.0093	0.035	0.0093	0.0092	0.0019	0.0092	0.0042
chr3L	13653323	13653545	chr3L:13653324-13653545	distal	distal	none	none	VT30306.1	VT30306.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0238	0.0165	0.0273	0.0283	0.0042	0.0248	0.0195	0.0147	0.0042	0.0568	0.0183	0.0568	0.0155	0.0544	0.0071	0.0544	0.0135
chr3L	13653646	13654032	chr3L:13653647-13654032	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT30306.1	VT30306.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0676	0.0307	0.0855	0.0893	0.0074	0.0442	0.0381	0.0253	0.0074	0.0906	0.0511	0.0906	0.0689	0.0498	0.0264	0.0498	0.0401
chr3L	13654696	13654938	chr3L:13654697-13654938	distal	distal	none	none	VT30307.1	VT30307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0471	0.0455	0.0668	0.0273	0.017	0.0544	0.0627	0.05	0.017	0.1238	0.0601	0.1238	0.0302	0.0276	0.0155	0.0276	0.0125
chr3L	13655821	13656020	chr3L:13655822-13656020	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT30307.1	VT30307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0613	0.0338	0.068	0.0847	0.0085	0.0398	0.0454	0.0426	0.0085	0.0731	0.0389	0.0731	0.0271	0.0268	0.0277	0.0268	0.0224
chr3L	13659229	13659412	chr3L:13659230-13659412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0285	0.0231	0.0381	0.0242	0.0127	0.0277	0.032	0.018	0.0127	0.0827	0.0296	0.0827	0.0325	0.0505	0.0103	0.0505	0.0156
chr3L	13659891	13660136	chr3L:13659892-13660136	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2262	0.2059	0.265	0.2064	0.1792	0.2214	0.2526	0.2199	0.1792	0.3182	0.2778	0.3182	0.3013	0.2366	0.1438	0.2366	0.2256
chr3L	13660447	13660656	chr3L:13660448-13660656	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1289	0.1256	0.1586	0.1	0.0954	0.1165	0.1708	0.1432	0.0954	0.1377	0.2061	0.1377	0.1634	0.0934	0.078	0.0934	0.0985
chr3L	13661001	13661152	chr3L:13661002-13661152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0288	0.0338	0.0245	0.028	0.0265	0.0335	0.0446	0.0373	0.0265	0.032	0.0215	0.032	0.0178	0.0054	0.0097	0.0054	0.0089
chr3L	13661961	13662112	chr3L:13661962-13662112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0134	0.0103	0.011	0.0195	0.0011	0.0097	0.0203	0.006	0.0011	0.0169	0.0071	0.0169	0.0046	0.0046	0.0064	0.0046	0.0063
chr3L	13662200	13662351	chr3L:13662201-13662351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0092	0.0103	0.0195	0.0042	0.0102	0.0164	0.0053	0.0042	0.0187	0.0058	0.0187	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0031
chr3L	13666318	13666686	chr3L:13666319-13666686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0374	0.0322	0.0308	0.0127	0.0451	0.0497	0.0393	0.0127	0.0574	0.0212	0.0574	0.0201	0.0383	0.0103	0.0383	0.0094
chr3L	13666723	13667078	chr3L:13666724-13667078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0512	0.0348	0.0329	0.0265	0.0563	0.0744	0.0513	0.0265	0.061	0.0264	0.061	0.0232	0.0513	0.009	0.0513	0.0068
chr3L	13667215	13667399	chr3L:13667216-13667399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.047	0.0628	0.0374	0.0398	0.0403	0.0743	0.0887	0.0546	0.0403	0.0531	0.0305	0.0531	0.024	0.0299	0.0084	0.0299	0.0057
chr3L	13667517	13667668	chr3L:13667518-13667668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0326	0.0383	0.0313	0.0276	0.017	0.0524	0.0493	0.032	0.017	0.0616	0.0244	0.0616	0.0139	0.0314	0.0045	0.0314	0.0073
chr3L	13667845	13668286	chr3L:13667846-13668286	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0788	0.1148	0.0819	0.0354	0.0594	0.1723	0.1285	0.1033	0.0594	0.2198	0.0627	0.2198	0.0325	0.1034	0.0219	0.1034	0.0208
chr3L	13669890	13670041	chr3L:13669891-13670041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0136	0.0137	0.0117	0.0155	0.0011	0.015	0.0251	0.0113	0.0011	0.0236	0.0074	0.0236	0.0101	0.0406	0.0026	0.0406	0.0083
chr3L	13670116	13670360	chr3L:13670117-13670360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0207	0.0211	0.0179	0.0235	0.0053	0.0248	0.0311	0.0213	0.0053	0.0308	0.0138	0.0308	0.0201	0.0544	0.0064	0.0544	0.0083
chr3L	13673133	13673284	chr3L:13673134-13673284	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.008	0.0126	0.0128	0.0011	0.0068	0.0151	0.0093	0.0011	0.0284	0.0077	0.0284	0.0039	0.0046	0.0026	0.0046	0.0052
chr3L	13673506	13673737	chr3L:13673507-13673737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0162	0.0146	0.0212	0.0125	0.0032	0.0189	0.0203	0.0133	0.0032	0.0525	0.0122	0.0525	0.0116	0.0061	0.0045	0.0061	0.0031
chr3L	13678452	13678603	chr3L:13678453-13678603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0094	0.0179	0.0047	0.0052	0.0085	0.0092	0.0424	0.01	0.0085	0.0048	0.0058	0.0048	0.0046	0.0054	0.0045	0.0054	0.0063
chr3L	13681365	13681545	chr3L:13681366-13681545	distal	distal	stage5	stage5	VT30321.1	VT30321.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0276	0.0421	0.028	0.0109	0.0329	0.0398	0.0502	0.06	0.0329	0.0574	0.0232	0.0574	0.0232	0.01	0.0052	0.01	0.0156
chr3L	13681638	13681815	chr3L:13681639-13681815	distal	distal	stage5	stage5	VT30321.1	VT30321.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0336	0.054	0.0345	0.0099	0.0361	0.0592	0.0657	0.068	0.0361	0.0737	0.027	0.0737	0.0279	0.0123	0.0019	0.0123	0.0162
chr3L	13682299	13682704	chr3L:13682300-13682704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0293	0.049	0.0253	0.0117	0.0191	0.0563	0.0705	0.0513	0.0191	0.026	0.0241	0.026	0.024	0.0092	0.0071	0.0092	0.0104
chr3L	13682767	13682918	chr3L:13682768-13682918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0305	0.0157	0.0063	0.0127	0.0316	0.0471	0.0286	0.0127	0.0169	0.0151	0.0169	0.0209	0.0077	0.0032	0.0077	0.0073
chr3L	13683396	13683547	chr3L:13683397-13683547	distal	distal	none	none	VT30323.1	VT30323.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0236	0.0112	0.0082	0.0074	0.0189	0.0389	0.028	0.0074	0.0187	0.0103	0.0187	0.007	0.01	0.0058	0.01	0.0057
chr3L	13692266	13692417	chr3L:13692267-13692417	distal	distal	none	none	VT30327.1	VT30327.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0133	0.0102	0.0129	0.017	0.0042	0.0068	0.0221	0.008	0.0042	0.0169	0.0096	0.0169	0.007	0.0061	0.0019	0.0061	0.0042
chr3L	13692602	13692753	chr3L:13692603-13692753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0098	0.0102	0.008	0.0113	0.0032	0.0063	0.0212	0.0093	0.0032	0.0085	0.0077	0.0085	0.0054	8e-04	0.0039	8e-04	0.0042
chr3L	13692929	13693080	chr3L:13692930-13693080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0102	0.0123	0.0074	0.011	0.0053	0.0107	0.0238	0.01	0.0053	0.0091	0.0071	0.0091	8e-04	0.0031	0.0013	0.0031	0.0021
chr3L	13696149	13696449	chr3L:13696150-13696449	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0239	0.0348	0.0225	0.0132	0.0223	0.0218	0.0567	0.042	0.0223	0.0181	0.037	0.0181	0.0085	0.0046	0.0103	0.0046	0.0036
chr3L	13709755	13709906	chr3L:13709756-13709906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0141	0.0247	0.0121	0.0045	0.0106	0.0369	0.0255	0.028	0.0106	0.0175	0.0109	0.0175	0.0054	0.0061	0.0039	0.0061	0.0016
chr3L	13755940	13756091	chr3L:13755941-13756091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0051	0.008	0.016	0	0.0034	0.0095	0.0067	0	0.006	0.0068	0.006	0.0046	0.0015	6e-04	0.0015	0.0031
chr3L	13756172	13756323	chr3L:13756173-13756323	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0094	0.0052	0.0072	0.0163	0.0021	0.0049	0.0108	0.0027	0.0021	0.0079	0.0042	0.0079	0.0046	0.0023	6e-04	0.0023	0.0063
chr3L	13756661	13756812	chr3L:13756662-13756812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0084	0.0067	0.0075	0.0114	0.0021	0.0019	0.0134	0.01	0.0021	0.0181	0.0045	0.0181	0.0031	0.0015	0	0.0015	0.0031
chr3L	13757148	13757446	chr3L:13757149-13757446	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0213	0.0115	0.0199	0.0338	0.0064	0.0078	0.0234	0.006	0.0064	0.0356	0.0129	0.0356	0.0108	0.0084	0.0039	0.0084	0.013
chr3L	13757493	13757656	chr3L:13757494-13757656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0156	0.0131	0.0208	0.0127	0.0064	0.0136	0.0212	0.01	0.0064	0.0459	0.0148	0.0459	0.0077	0.0077	0.0032	0.0077	0.0047
chr3L	13758875	13759026	chr3L:13758876-13759026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0159	0.0285	0.0109	0.0072	0.0148	0.015	0.0515	0.0313	0.0148	0.0115	0.0135	0.0115	0.0054	0.0023	0.0052	0.0023	0.0021
chr3L	13766218	13766520	chr3L:13766219-13766520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0226	0.0193	0.0388	0.0084	0.0042	0.0199	0.0311	0.02	0.0042	0.0519	0.0598	0.0519	0.0124	0.0077	0.0064	0.0077	0.0063
chr3L	13768239	13768436	chr3L:13768240-13768436	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0477	0.0204	0.0079	0.0445	0.0243	0.0804	0.0553	0.0445	0.0205	0.0289	0.0205	0.0163	0.0107	0.0071	0.0107	0.0078
chr3L	13769950	13770101	chr3L:13769951-13770101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0116	0.0099	0.0093	0.0021	0.0068	0.0229	0.012	0.0021	0.0109	0.0113	0.0109	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chr3L	13770162	13770313	chr3L:13770163-13770313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0103	0.013	0.0084	0.0095	0.0021	0.0083	0.0255	0.0153	0.0021	0.0115	0.0061	0.0115	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr3L	13781164	13781315	chr3L:13781165-13781315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0077	0.0067	0.0103	0.0042	0.0053	0.0138	0.008	0.0042	0.0066	0.0064	0.0066	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0047
chr3L	13796495	13796646	chr3L:13796496-13796646	FBgn0264001	bru-3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0136	0.0132	0.0072	0.0212	0.0095	0.0092	0.0268	0.008	0.0095	0.0091	0.0048	0.0091	0.0039	0.0015	0.0019	0.0015	0.0036
chr3L	13824884	13825035	chr3L:13824885-13825035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0087	0.0143	0.0063	0.005	0	0.0073	0.0372	0.006	0	0.0066	0.0061	0.0066	0.0085	0.0023	0.0052	0.0023	0.0021
chr3L	13828535	13828686	chr3L:13828536-13828686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.011	0.0071	0.0103	0.0042	0.0053	0.0255	0.006	0.0042	0.0121	0.008	0.0121	0.0039	0.0061	0.0032	0.0061	0.0042
chr3L	13830675	13830881	chr3L:13830676-13830881	FBgn0262813	CG43184	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0378	0.0945	0.01	0.005	0.0795	0.0199	0.2413	0.0326	0.0795	0.0133	0.0106	0.0133	0.007	0.0061	0.0052	0.0061	0.0031
chr3L	13831509	13831660	chr3L:13831510-13831660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.018	0.0394	0.0075	0.0057	0.0085	0.0117	0.1086	0.012	0.0085	0.0103	0.008	0.0103	0.0085	0.0061	0.0045	0.0061	0.0036
chr3L	13833953	13834104	chr3L:13833954-13834104	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0155	0.0108	0.0189	0.0064	0.0112	0.0294	0.0107	0.0064	0.0151	0.009	0.0151	0.0023	0.0046	0.0045	0.0046	0.0057
chr3L	13836559	13836710	chr3L:13836560-13836710	FBgn0040812,FBgn0043550	CG8750,Tsp68C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0155	0.0132	0.0142	0.0195	0.0032	0.0107	0.0255	0.01	0.0032	0.0187	0.017	0.0187	0.0124	0.0145	0.0155	0.0145	0.0297
chr3L	13838471	13838663	chr3L:13838472-13838663	FBgn0029167	Hml	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0956	0.0861	0.1154	0.0845	0.0498	0.0961	0.1168	0.0846	0.0498	0.1546	0.1273	0.1546	0.1216	0.0819	0.0909	0.0819	0.1053
chr3L	13852898	13853049	chr3L:13852899-13853049	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0304	0.0369	0.033	0.0203	0.0223	0.0456	0.0381	0.0473	0.0223	0.055	0.0286	0.055	0.0356	0.0391	0.0148	0.0391	0.0292
chr3L	13853150	13853474	chr3L:13853151-13853474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0937	0.0902	0.0685	0.0668	0.1209	0.0813	0.1299	0.0668	0.1178	0.0897	0.1178	0.127	0.0865	0.0535	0.0865	0.1376
chr3L	13853512	13853666	chr3L:13853513-13853666	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0371	0.0402	0.0269	0.018	0.0544	0.0333	0.048	0.018	0.0513	0.0418	0.0513	0.0573	0.0375	0.0193	0.0375	0.0511
chr3L	13855651	13855966	chr3L:13855652-13855966	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0804	0.0426	0.0906	0.1114	0.0212	0.085	0.0381	0.0253	0.0212	0.1425	0.0402	0.1425	0.2424	0.1325	0.0335	0.1325	0.2788
chr3L	13856368	13856785	chr3L:13856369-13856785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1633	0.1176	0.2161	0.1562	0.0212	0.2825	0.0779	0.0733	0.0212	0.4257	0.1058	0.4257	0.3888	0.1884	0.0606	0.1884	0.3273
chr3L	13856815	13856966	chr3L:13856816-13856966	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0624	0.0495	0.0845	0.0525	0.0095	0.1141	0.0402	0.026	0.0095	0.1673	0.0389	0.1673	0.1681	0.0521	0.029	0.0521	0.1188
chr3L	13858678	13858829	chr3L:13858679-13858829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0334	0.0344	0.0414	0.0234	0.0106	0.0519	0.0428	0.028	0.0106	0.0531	0.0293	0.0531	0.0999	0.0145	0.0103	0.0145	0.0584
chr3L	13859503	13859654	chr3L:13859504-13859654	FBgn0036381	CG8745	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0269	0.0249	0.0292	0.0267	0.0117	0.0316	0.0376	0.0187	0.0117	0.0465	0.0241	0.0465	0.0372	0.0191	0.009	0.0191	0.0271
chr3L	13859971	13860160	chr3L:13859972-13860160	FBgn0036381	CG8745	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0769	0.0823	0.0849	0.0621	0.0615	0.0947	0.1138	0.0706	0.0615	0.1304	0.0762	0.1304	0.1201	0.0597	0.0445	0.0597	0.0881
chr3L	13864816	13864967	chr3L:13864817-13864967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.021	0.0192	0.028	0.0152	0.0106	0.0243	0.0285	0.0167	0.0106	0.0495	0.0241	0.0495	0.0302	0.0268	0.0142	0.0268	0.0177
chr3L	13865077	13865277	chr3L:13865078-13865277	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0341	0.025	0.0464	0.0308	0.0127	0.0267	0.0415	0.0193	0.0127	0.1141	0.0299	0.1141	0.0387	0.0605	0.0264	0.0605	0.0349
chr3L	13865333	13865484	chr3L:13865334-13865484	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0205	0.0161	0.026	0.0194	0.0064	0.018	0.0264	0.0127	0.0064	0.0574	0.0206	0.0574	0.0201	0.0436	0.0148	0.0436	0.0193
chr3L	13869566	13869717	chr3L:13869567-13869717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0197	0.0255	0.0162	0.0117	0.0218	0.029	0.0187	0.0117	0.0386	0.0203	0.0386	0.031	0.0153	0.0174	0.0153	0.0208
chr3L	13870124	13870290	chr3L:13870125-13870290	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0536	0.0525	0.0617	0.0461	0.0286	0.0553	0.0701	0.0606	0.0286	0.0833	0.0611	0.0833	0.079	0.0467	0.0554	0.0467	0.0735
chr3L	13872017	13872168	chr3L:13872018-13872168	FBgn0036382	CG13737	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0131	0.0095	0.0128	0.0174	0.0032	0.0092	0.0177	0.0053	0.0032	0.0115	0.0183	0.0115	0.0132	0.0038	0.0503	0.0038	0.0104
chr3L	13873173	13873324	chr3L:13873174-13873324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0077	0.0067	0.0055	0.0113	0.0032	0.0053	0.013	0.0067	0.0032	0.0048	0.0077	0.0048	0.0039	0.0054	0.0355	0.0054	0.0057
chr3L	13874372	13874523	chr3L:13874373-13874523	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0076	0.0089	0.013	0	0.0063	0.0151	0.0073	0	0.0066	0.0113	0.0066	0.0132	0.0038	0.0406	0.0038	0.0073
chr3L	13874749	13874900	chr3L:13874750-13874900	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0064	0.0096	0.0143	0	0.0063	0.0108	0.006	0	0.0109	0.0151	0.0109	0.007	0.0023	0.049	0.0023	0.0052
chr3L	13875782	13875933	chr3L:13875783-13875933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0185	0.0121	0.0291	0.0141	0.0032	0.017	0.0182	0.008	0.0032	0.0646	0.0251	0.0646	0.0225	0.0145	0.0251	0.0145	0.0141
chr3L	13877175	13877326	chr3L:13877176-13877326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0147	0.0112	0.0165	0.0166	0.0032	0.0092	0.0212	0.012	0.0032	0.0284	0.0138	0.0284	0.0225	0.0123	0.0213	0.0123	0.0261
chr3L	13877869	13878039	chr3L:13877870-13878039	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0274	0.0507	0.0197	0.0097	0.0403	0.0316	0.0978	0.0366	0.0403	0.0266	0.0228	0.0266	0.0201	0.0046	0.0174	0.0046	0.0125
chr3L	13888874	13889025	chr3L:13888875-13889025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0197	0.0228	0.0231	0.0125	0.0064	0.0223	0.0372	0.026	0.0064	0.0386	0.0232	0.0386	0.0217	0.01	0.009	0.01	0.0151
chr3L	13893808	13893989	chr3L:13893809-13893989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0269	0.0228	0.0242	0.0344	0.0095	0.0189	0.0329	0.028	0.0095	0.0296	0.0219	0.0296	0.0442	0.0429	0.0335	0.0429	0.0625
chr3L	13895031	13895297	chr3L:13895032-13895297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.02	0.0137	0.0113	0.0366	0.0064	0.0092	0.0234	0.014	0.0064	0.0085	0.0119	0.0085	0.0132	0.023	0.0174	0.023	0.0318
chr3L	13896308	13896459	chr3L:13896309-13896459	FBgn0264006	dysc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0085	0.007	0.0163	0.0032	0.0044	0.0156	0.0113	0.0032	0.0066	0.0061	0.0066	0.0062	0.0046	0.009	0.0046	0.0083
chr3L	13896732	13896883	chr3L:13896733-13896883	FBgn0264006	dysc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0093	0.009	0.0067	0.0125	0.0011	0.0078	0.0147	0.012	0.0011	0.0079	0.0064	0.0079	0.0023	0.0061	0.0058	0.0061	0.0016
chr3L	13897554	13897705	chr3L:13897555-13897705	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0202	0.0124	0.0359	0.0127	0.0146	0.0298	0.0247	0.0127	0.0121	0.0135	0.0121	0.007	0.0123	0.0187	0.0123	0.0224
chr3L	13897707	13897962	chr3L:13897708-13897962	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0415	0.0566	0.0242	0.0436	0.0456	0.032	0.0848	0.0786	0.0456	0.0344	0.0238	0.0344	0.0139	0.0115	0.0161	0.0115	0.0266
chr3L	13898958	13899109	chr3L:13898959-13899109	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0102	0.0061	0.0153	0.0074	0.0044	0.0177	0.0153	0.0074	0.006	0.0048	0.006	0.0054	0.0038	0.0045	0.0038	0.0083
chr3L	13900883	13901176	chr3L:13900884-13901176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0226	0.035	0.018	0.0136	0.0159	0.0155	0.0649	0.0466	0.0159	0.0272	0.0228	0.0272	0.0108	0.0145	0.011	0.0145	0.0162
chr3L	13904631	13904829	chr3L:13904632-13904829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0188	0.0137	0.0143	0.0292	0.0064	0.0136	0.0177	0.0213	0.0064	0.0151	0.0161	0.0151	0.0194	0.0299	0.0239	0.0299	0.0469
chr3L	13905140	13905344	chr3L:13905141-13905344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0183	0.0192	0.0287	0.0074	0.0165	0.0316	0.018	0.0074	0.0242	0.018	0.0242	0.0201	0.023	0.0258	0.023	0.038
chr3L	13905355	13905506	chr3L:13905356-13905506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0165	0.0165	0.0135	0.0199	0.0042	0.0087	0.0311	0.0187	0.0042	0.0187	0.0125	0.0187	0.0139	0.0184	0.0097	0.0184	0.0339
chr3L	13907772	13907966	chr3L:13907773-13907966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0337	0.0216	0.0472	0.0323	0.0032	0.0291	0.032	0.0187	0.0032	0.1377	0.028	0.1377	0.0294	0.0597	0.0232	0.0597	0.0479
chr3L	13910812	13911005	chr3L:13910813-13911005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0351	0.0263	0.043	0.0362	0.0085	0.0354	0.032	0.03	0.0085	0.1008	0.0289	0.1008	0.0364	0.023	0.0213	0.023	0.0865
chr3L	13911253	13911404	chr3L:13911254-13911404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.029	0.0198	0.0292	0.0391	0.0127	0.0209	0.032	0.018	0.0127	0.0393	0.0248	0.0393	0.0465	0.0168	0.0226	0.0168	0.0933
chr3L	13912521	13912751	chr3L:13912522-13912751	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0534	0.039	0.0562	0.0664	0.0191	0.0471	0.0467	0.0446	0.0191	0.0719	0.0527	0.0719	0.0643	0.0613	0.0406	0.0613	0.0677
chr3L	13912995	13913366	chr3L:13912996-13913366	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.226	0.1014	0.2857	0.2997	0.0456	0.132	0.1016	0.1466	0.0456	0.4034	0.3051	0.4034	0.3029	0.3553	0.2553	0.3553	0.3674
chr3L	13913621	13913796	chr3L:13913622-13913796	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1536	0.1137	0.1832	0.1659	0.0721	0.135	0.1202	0.1612	0.0721	0.2446	0.1949	0.2446	0.1859	0.2021	0.1438	0.2021	0.209
chr3L	13915332	13915496	chr3L:13915333-13915496	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0759	0.0717	0.0977	0.0565	0.053	0.0636	0.0848	0.1126	0.053	0.0568	0.1621	0.0568	0.0829	0.0306	0.1225	0.0306	0.0641
chr3L	13915936	13916188	chr3L:13915937-13916188	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1173	0.1867	0.1146	0.0428	0.1835	0.1097	0.2656	0.2632	0.1835	0.0477	0.2232	0.0477	0.0581	0.0207	0.1264	0.0207	0.0287
chr3L	13917821	13917972	chr3L:13917822-13917972	FBgn0026376	Rgl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.055	0.0928	0.0464	0.0221	0.0732	0.0534	0.1349	0.1352	0.0732	0.0127	0.0875	0.0127	0.0341	0.0168	0.0471	0.0168	0.0177
chr3L	13918386	13918590	chr3L:13918387-13918590	FBgn0026376	Rgl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1606	0.2415	0.165	0.0653	0.2248	0.1544	0.3283	0.3364	0.2248	0.0495	0.317	0.0495	0.086	0.0191	0.2166	0.0191	0.0292
chr3L	13921723	13921874	chr3L:13921724-13921874	FBgn0036386	CG8833	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0376	0.0405	0.0235	0.0223	0.032	0.0575	0.0433	0.0223	0.0519	0.0466	0.0519	0.0387	0.0199	0.0239	0.0199	0.0318
chr3L	13921973	13922167	chr3L:13921974-13922167	FBgn0001108,FBgn0036386	CG8833,Gl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0909	0.0896	0.1085	0.073	0.0657	0.0937	0.1181	0.0973	0.0657	0.1425	0.1215	0.1425	0.1007	0.062	0.0799	0.062	0.0907
chr3L	13922402	13922626	chr3L:13922403-13922626	FBgn0001108,FBgn0036386	CG8833,Gl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1315	0.153	0.143	0.0948	0.1262	0.1311	0.2154	0.1706	0.1262	0.1636	0.1688	0.1636	0.1317	0.0873	0.1135	0.0873	0.1063
chr3L	13928071	13928276	chr3L:13928072-13928276	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0569	0.0506	0.0565	0.0643	0.0339	0.0466	0.0644	0.0706	0.0339	0.0435	0.0807	0.0435	0.0651	0.0475	0.098	0.0475	0.0865
chr3L	13931638	13931811	chr3L:13931639-13931811	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0156	0.0367	0.0437	0.0053	0.0184	0.0229	0.0147	0.0053	0.0133	0.064	0.0133	0.0287	0.0038	0.1251	0.0038	0.0198
chr3L	13932143	13932441	chr3L:13932144-13932441	FBgn0052137	CG32137	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0545	0.0355	0.0519	0.0785	0.0191	0.032	0.0441	0.05	0.0191	0.0127	0.0839	0.0127	0.0604	0.0077	0.207	0.0077	0.0516
chr3L	13935457	13935850	chr3L:13935458-13935850	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0387	0.0464	0.0385	0.0304	0.0276	0.0316	0.0826	0.0466	0.0276	0.0314	0.0457	0.0314	0.0565	0.0123	0.0419	0.0123	0.0459
chr3L	13942614	13942795	chr3L:13942615-13942795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0486	0.0607	0.0386	0.0233	0.05	0.077	0.0473	0.0233	0.0646	0.0723	0.0646	0.0697	0.0115	0.0832	0.0115	0.0516
chr3L	13949880	13950094	chr3L:13949881-13950094	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0316	0.0299	0.0358	0.029	0.018	0.0272	0.0424	0.0326	0.018	0.0471	0.0383	0.0471	0.0349	0.0429	0.0284	0.0429	0.037
chr3L	13950181	13950332	chr3L:13950182-13950332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0207	0.0136	0.0253	0.0238	0.0085	0.017	0.0151	0.0153	0.0085	0.0308	0.0199	0.0308	0.0341	0.026	0.0135	0.026	0.0453
chr3L	13950669	13950849	chr3L:13950670-13950849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0279	0.0151	0.0354	0.0341	0.0053	0.0184	0.0212	0.014	0.0053	0.0453	0.0225	0.0453	0.055	0.0306	0.0174	0.0306	0.0698
chr3L	13957304	13957551	chr3L:13957305-13957551	FBgn0025874	Meics	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0525	0.0632	0.0387	0.0371	0.0578	0.0623	0.0673	0.0371	0.0876	0.0682	0.0876	0.0643	0.0475	0.04	0.0475	0.0511
chr3L	13957739	13957931	chr3L:13957740-13957931	FBgn0025874,FBgn0036389,FBgn0263232	Meics,Nxf3,ssp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.154	0.128	0.1892	0.1443	0.0923	0.1544	0.1375	0.1566	0.0923	0.2434	0.2087	0.2434	0.1758	0.1554	0.1696	0.1554	0.1678
chr3L	13958219	13958399	chr3L:13958220-13958399	FBgn0025874,FBgn0036389,FBgn0263232	Meics,Nxf3,ssp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1525	0.1269	0.1854	0.1451	0.0891	0.1587	0.1302	0.1599	0.0891	0.244	0.1926	0.244	0.1867	0.1646	0.156	0.1646	0.173
chr3L	13958480	13958834	chr3L:13958481-13958834	FBgn0036389,FBgn0263232	Nxf3,ssp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1522	0.1306	0.1876	0.1374	0.0848	0.1743	0.1319	0.1686	0.0848	0.2705	0.1878	0.2705	0.2029	0.1845	0.1502	0.1845	0.1767
chr3L	13958886	13959059	chr3L:13958887-13959059	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0605	0.0632	0.0727	0.0441	0.0371	0.084	0.0653	0.0793	0.0371	0.0984	0.0752	0.0984	0.0782	0.0521	0.06	0.0521	0.0495
chr3L	13964765	13964916	chr3L:13964766-13964916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0206	0.0146	0.0182	0.0064	0.0209	0.0355	0.0213	0.0064	0.0163	0.0138	0.0163	0.0209	0.0253	0.0123	0.0253	0.0354
chr3L	13966415	13966566	chr3L:13966416-13966566	FBgn0036390	CG13738	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0217	0.0292	0.0209	0.0143	0.018	0.0262	0.0342	0.042	0.018	0.0229	0.0228	0.0229	0.0271	0.0306	0.0155	0.0306	0.0115
chr3L	13966607	13966820	chr3L:13966608-13966820	FBgn0001216,FBgn0036390	CG13738,Hsc70-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0309	0.0459	0.0261	0.0195	0.0318	0.0408	0.0532	0.0726	0.0318	0.0284	0.0309	0.0284	0.0271	0.0467	0.0135	0.0467	0.0182
chr3L	13966871	13967022	chr3L:13966872-13967022	FBgn0001216,FBgn0036390	CG13738,Hsc70-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0181	0.0232	0.0162	0.0143	0.0127	0.0223	0.0298	0.034	0.0127	0.0193	0.0228	0.0193	0.0101	0.0329	0.011	0.0329	0.0151
chr3L	13967101	13967252	chr3L:13967102-13967252	FBgn0001216	Hsc70-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0263	0.0166	0.0178	0.0127	0.0262	0.0402	0.0273	0.0127	0.0193	0.0222	0.0193	0.0132	0.0467	0.0123	0.0467	0.0146
chr3L	13967626	13967777	chr3L:13967627-13967777	FBgn0001216	Hsc70-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0138	0.0121	0.0122	0.0174	0.0032	0.0102	0.0151	0.0227	0.0032	0.0199	0.0106	0.0199	0.0147	0.0712	0.0071	0.0712	0.0068
chr3L	13967990	13968141	chr3L:13967991-13968141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0128	0.0081	0.0085	0.0227	0.0042	0.0087	0.0121	0.0073	0.0042	0.0097	0.009	0.0097	0.0101	0.0865	0.011	0.0865	0.0125
chr3L	13984884	13985035	chr3L:13984885-13985035	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0152	0.0277	0.01	0.0071	0.0148	0.0189	0.0476	0.0286	0.0148	0.0169	0.0087	0.0169	0.0046	0.01	6e-04	0.01	0.0057
chr3L	13986538	13986760	chr3L:13986539-13986760	FBgn0036391	CG17364	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0639	0.0575	0.0681	0.0664	0.0318	0.0684	0.0705	0.0613	0.0318	0.1335	0.0547	0.1335	0.0581	0.0766	0.0477	0.0766	0.0657
chr3L	13986873	13987061	chr3L:13986874-13987061	FBgn0036391,FBgn0250848	26-29-p,CG17364	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.062	0.051	0.0669	0.0689	0.0392	0.0626	0.0584	0.0553	0.0392	0.1256	0.0595	0.1256	0.0589	0.0712	0.0625	0.0712	0.0969
chr3L	13987213	13987448	chr3L:13987214-13987448	FBgn0250848	26-29-p	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0544	0.033	0.0504	0.0826	0.0117	0.0408	0.042	0.0346	0.0117	0.0634	0.0502	0.0634	0.0689	0.059	0.0741	0.059	0.1376
chr3L	13989660	13989811	chr3L:13989661-13989811	FBgn0036395	CG17361	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0268	0.0206	0.0324	0.0276	0.0074	0.0272	0.0229	0.0227	0.0074	0.0362	0.0322	0.0362	0.0418	0.0222	0.0181	0.0222	0.0537
chr3L	13990265	13990416	chr3L:13990266-13990416	FBgn0036395	CG17361	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.043	0.0329	0.0543	0.0418	0.0085	0.0471	0.0277	0.048	0.0085	0.0809	0.0531	0.0809	0.0558	0.0498	0.0419	0.0498	0.0521
chr3L	13994904	13995055	chr3L:13994905-13995055	FBgn0036397,FBgn0036398	CG8783,CG9007	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1195	0.1108	0.1336	0.1138	0.0604	0.1223	0.1319	0.1466	0.0604	0.1679	0.1489	0.1679	0.1263	0.1225	0.1231	0.1225	0.1386
chr3L	13995126	13995303	chr3L:13995127-13995303	FBgn0036397,FBgn0036398	CG8783,CG9007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2237	0.1942	0.2609	0.216	0.1368	0.2296	0.2137	0.2565	0.1368	0.3297	0.2852	0.3297	0.2486	0.2389	0.2282	0.2389	0.2335
chr3L	13995436	13995600	chr3L:13995437-13995600	FBgn0036397,FBgn0036398	CG8783,CG9007	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2281	0.1899	0.2723	0.2221	0.1113	0.2432	0.1946	0.2492	0.1113	0.3291	0.3045	0.3291	0.2564	0.2534	0.2418	0.2534	0.2387
chr3L	13995954	13996206	chr3L:13995955-13996206	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3089	0.2871	0.3406	0.2986	0.2248	0.3437	0.2976	0.3558	0.2248	0.4257	0.3675	0.4257	0.3176	0.3124	0.2895	0.3124	0.3486
chr3L	13996462	13996613	chr3L:13996463-13996613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0857	0.1105	0.0815	0.0573	0.1015	0.0926	0.1099	0.0573	0.1329	0.1215	0.1329	0.103	0.0666	0.0903	0.0666	0.0995
chr3L	13996710	13996906	chr3L:13996711-13996906	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1953	0.1755	0.2335	0.1756	0.141	0.2102	0.183	0.2205	0.141	0.2693	0.2576	0.2693	0.2246	0.1715	0.1896	0.1715	0.2121
chr3L	13996954	13997105	chr3L:13996955-13997105	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1089	0.0911	0.1255	0.1106	0.0604	0.1121	0.1025	0.1119	0.0604	0.1437	0.137	0.1437	0.1092	0.1194	0.0948	0.1194	0.1094
chr3L	13997222	13997408	chr3L:13997223-13997408	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2027	0.1675	0.2332	0.2085	0.1156	0.2029	0.1691	0.2272	0.1156	0.279	0.2447	0.279	0.2293	0.1822	0.2089	0.1822	0.2465
chr3L	13997916	13998067	chr3L:13997917-13998067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0531	0.0309	0.0458	0.0859	0.0255	0.035	0.0363	0.0306	0.0255	0.0423	0.0437	0.0423	0.0728	0.0949	0.0658	0.0949	0.1475
chr3L	13998266	13998458	chr3L:13998267-13998458	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0934	0.0422	0.0878	0.1567	0.018	0.0573	0.0471	0.046	0.018	0.0978	0.0775	0.0978	0.1518	0.219	0.1173	0.219	0.2387
chr3L	13998613	13998764	chr3L:13998614-13998764	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0542	0.0259	0.0516	0.0887	0.0148	0.0403	0.0238	0.03	0.0148	0.0737	0.0421	0.0737	0.0775	0.134	0.0503	0.134	0.1615
chr3L	13999870	14000045	chr3L:13999871-14000045	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0265	0.0317	0.0951	0.0074	0.032	0.0307	0.036	0.0074	0.0344	0.026	0.0344	0.0395	0.1662	0.0432	0.1662	0.0646
chr3L	14003270	14003421	chr3L:14003271-14003421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.028	0.0316	0.015	0.0117	0.0252	0.0428	0.032	0.0117	0.0308	0.036	0.0308	0.031	0.0168	0.0135	0.0168	0.0198
chr3L	14012924	14013187	chr3L:14012925-14013187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0496	0.0409	0.0267	0.0414	0.0456	0.0649	0.06	0.0414	0.0435	0.0498	0.0435	0.0395	0.0314	0.0251	0.0314	0.0339
chr3L	14013526	14013910	chr3L:14013527-14013910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0563	0.0661	0.0619	0.0393	0.0509	0.068	0.0753	0.0906	0.0509	0.0694	0.0685	0.0694	0.0496	0.0398	0.0368	0.0398	0.0516
chr3L	14014155	14014456	chr3L:14014156-14014456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0493	0.0583	0.05	0.0383	0.0297	0.0626	0.077	0.0666	0.0297	0.058	0.0476	0.058	0.0674	0.0329	0.029	0.0329	0.0667
chr3L	14021689	14021856	chr3L:14021690-14021856	FBgn0052133	ptip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1733	0.1542	0.2063	0.1583	0.1029	0.182	0.1713	0.1959	0.1029	0.2542	0.2145	0.2542	0.2107	0.1639	0.156	0.1639	0.1933
chr3L	14022168	14022360	chr3L:14022169-14022360	FBgn0052133	ptip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1755	0.1611	0.2115	0.1521	0.1103	0.1932	0.1765	0.1979	0.1103	0.2627	0.2254	0.2627	0.1991	0.1715	0.158	0.1715	0.172
chr3L	14022449	14022645	chr3L:14022450-14022645	FBgn0052133	ptip	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0749	0.0753	0.0909	0.0571	0.053	0.0786	0.0874	0.0979	0.053	0.0966	0.1074	0.0966	0.0937	0.0613	0.0632	0.0613	0.0714
chr3L	14024236	14024426	chr3L:14024237-14024426	FBgn0036402,FBgn0061515	CG6650,endos	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0795	0.1002	0.0816	0.054	0.0774	0.0966	0.1151	0.1359	0.0774	0.0839	0.0752	0.0839	0.1046	0.0513	0.0445	0.0513	0.0584
chr3L	14024453	14024679	chr3L:14024454-14024679	FBgn0036402,FBgn0061515	CG6650,endos	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1299	0.1446	0.1443	0.0978	0.1029	0.1602	0.1657	0.1879	0.1029	0.163	0.1508	0.163	0.1541	0.1049	0.0916	0.1049	0.11
chr3L	14024719	14024899	chr3L:14024720-14024899	FBgn0036402,FBgn0061515	CG6650,endos	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1656	0.1578	0.1952	0.142	0.1145	0.1854	0.1704	0.2079	0.1145	0.2198	0.209	0.2198	0.2014	0.1478	0.1289	0.1478	0.1735
chr3L	14025080	14025261	chr3L:14025081-14025261	FBgn0061515	endos	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.1219	0.1231	0.147	0.0929	0.0986	0.1417	0.1315	0.1612	0.0986	0.1667	0.1617	0.1667	0.1394	0.0957	0.0722	0.0957	0.1256
chr3L	14029720	14029871	chr3L:14029721-14029871	FBgn0026418,FBgn0262145	CR42871,Hsc70Cb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0451	0.04	0.0509	0.0444	0.0148	0.0461	0.0515	0.0513	0.0148	0.0525	0.0527	0.0525	0.0697	0.0521	0.0445	0.0521	0.0589
chr3L	14030030	14030205	chr3L:14030031-14030205	FBgn0026418,FBgn0262145	CR42871,Hsc70Cb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1644	0.1411	0.2066	0.1441	0.1082	0.1631	0.157	0.1799	0.1082	0.2681	0.2145	0.2681	0.2122	0.1417	0.1489	0.1417	0.1855
chr3L	14030277	14030487	chr3L:14030278-14030487	FBgn0026418,FBgn0262145	CR42871,Hsc70Cb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.1079	0.1637	0.1186	0.0668	0.1286	0.1211	0.1406	0.0668	0.2059	0.1678	0.2059	0.1689	0.1003	0.136	0.1003	0.148
chr3L	14030715	14030866	chr3L:14030716-14030866	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0641	0.0548	0.0794	0.0575	0.0233	0.0777	0.0532	0.0726	0.0233	0.0954	0.0717	0.0954	0.1022	0.0513	0.0638	0.0513	0.0698
chr3L	14030896	14031097	chr3L:14030897-14031097	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1073	0.0899	0.1207	0.112	0.0562	0.1165	0.0947	0.1079	0.0562	0.1407	0.1161	0.1407	0.1572	0.098	0.1283	0.098	0.161
chr3L	14031298	14031568	chr3L:14031299-14031568	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.104	0.0995	0.1056	0.1072	0.071	0.115	0.1038	0.1379	0.071	0.1051	0.1161	0.1051	0.1185	0.1133	0.1302	0.1133	0.1183
chr3L	14036890	14037041	chr3L:14036891-14037041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0196	0.0231	0.0249	0.0099	0.0095	0.0286	0.0268	0.028	0.0095	0.0296	0.0244	0.0296	0.0411	0.01	0.0058	0.01	0.0167
chr3L	14043853	14044004	chr3L:14043854-14044004	FBgn0036405	CG6833	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0491	0.0709	0.0404	0.0255	0.0549	0.0657	0.0533	0.0255	0.09	0.0823	0.09	0.0744	0.0375	0.0484	0.0375	0.0578
chr3L	14044215	14044406	chr3L:14044216-14044406	FBgn0036405	CG6833	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.164	0.157	0.1948	0.1381	0.1018	0.1801	0.1817	0.1939	0.1018	0.2663	0.2084	0.2663	0.1797	0.1485	0.1464	0.1485	0.1824
chr3L	14044576	14044727	chr3L:14044577-14044727	FBgn0036405	CG6833	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.0561	0.0628	0.0494	0.0255	0.0573	0.0727	0.0799	0.0255	0.0767	0.0688	0.0767	0.0697	0.049	0.0464	0.049	0.0641
chr3L	14045677	14046065	chr3L:14045678-14046065	FBgn0036406,FBgn0264718	CG13484,CG43986	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.115	0.1326	0.0833	0.0668	0.1306	0.1466	0.1259	0.0668	0.1528	0.1508	0.1528	0.1387	0.1011	0.0832	0.1011	0.11
chr3L	14046224	14046426	chr3L:14046225-14046426	FBgn0036406,FBgn0052138,FBgn0264718	CG13484,CG32138,CG43986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2473	0.2502	0.2862	0.2012	0.2195	0.2709	0.2837	0.3051	0.2195	0.349	0.3103	0.349	0.2974	0.2289	0.2173	0.2289	0.2423
chr3L	14046494	14046670	chr3L:14046495-14046670	FBgn0036406,FBgn0052138,FBgn0264718	CG13484,CG32138,CG43986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1903	0.199	0.2315	0.1355	0.1516	0.2204	0.2215	0.2705	0.1516	0.3001	0.2563	0.3001	0.2045	0.1516	0.1464	0.1516	0.1668
chr3L	14048224	14048418	chr3L:14048225-14048418	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0755	0.0555	0.0951	0.0763	0.0201	0.0748	0.0558	0.0799	0.0201	0.1238	0.1077	0.1238	0.1046	0.0704	0.087	0.0704	0.1084
chr3L	14049021	14049235	chr3L:14049022-14049235	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0774	0.0637	0.0893	0.0795	0.0255	0.0859	0.064	0.0859	0.0255	0.0906	0.09	0.0906	0.1077	0.0391	0.1012	0.0391	0.148
chr3L	14050119	14050314	chr3L:14050120-14050314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0547	0.0358	0.0135	0.018	0.0743	0.0454	0.0899	0.018	0.0393	0.0367	0.0393	0.0442	0.0161	0.0161	0.0161	0.0125
chr3L	14053743	14053924	chr3L:14053744-14053924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0265	0.0308	0.0349	0.0124	0.0106	0.0374	0.0381	0.038	0.0106	0.026	0.0479	0.026	0.0248	0.0107	0.0219	0.0107	0.0135
chr3L	14056253	14056404	chr3L:14056254-14056404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0289	0.023	0.0216	0.0265	0.0233	0.0394	0.0373	0.0265	0.0175	0.0341	0.0175	0.0163	0.0084	0.0651	0.0084	0.0109
chr3L	14056912	14057063	chr3L:14056913-14057063	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0287	0.0344	0.0266	0.0127	0.0364	0.0346	0.034	0.0127	0.0236	0.0601	0.0236	0.017	0.01	0.0819	0.01	0.0135
chr3L	14057177	14057371	chr3L:14057178-14057371	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0493	0.0364	0.0638	0.0476	0.0117	0.0558	0.0303	0.054	0.0117	0.0223	0.1212	0.0223	0.0418	0.0123	0.1586	0.0123	0.0255
chr3L	14063060	14063211	chr3L:14063061-14063211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0199	0.0305	0.019	0.0089	0.017	0.0189	0.0601	0.0247	0.017	0.0236	0.0228	0.0236	0.0163	0.0031	0.0116	0.0031	0.0104
chr3L	14064554	14064731	chr3L:14064555-14064731	FBgn0013563	Pex1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.053	0.0528	0.0361	0.0498	0.0549	0.0714	0.0493	0.0498	0.0501	0.0659	0.0501	0.055	0.026	0.0432	0.026	0.0495
chr3L	14064848	14065031	chr3L:14064849-14065031	FBgn0013563	Pex1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1378	0.1457	0.1552	0.1099	0.1082	0.1602	0.1743	0.1719	0.1082	0.1389	0.2016	0.1389	0.1743	0.085	0.1341	0.085	0.1438
chr3L	14069531	14069682	chr3L:14069532-14069682	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	btl_P[B23]	btl_P[B23]	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0326	0.0521	0.0322	0.0113	0.0286	0.0568	0.0588	0.0759	0.0286	0.0133	0.0543	0.0133	0.0263	0.0061	0.0245	0.0061	0.0104
chr3L	14069698	14070055	chr3L:14069699-14070055	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	btl_P[B23],btl_P[B4]	btl_P[B23],btl_P[B4]	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0794	0.1549	0.0595	0.0169	0.1389	0.1374	0.1964	0.1965	0.1389	0.026	0.099	0.026	0.0511	0.0061	0.0374	0.0061	0.0151
chr3L	14079707	14079858	chr3L:14079708-14079858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.013	0.0168	0.0102	0.012	0.0053	0.0272	0.0134	0.0227	0.0053	0.0121	0.0093	0.0121	0.0054	0.0038	0.0026	0.0038	0.0016
chr3L	14081036	14081187	chr3L:14081037-14081187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.009	0.0098	0.0187	0.0032	0.0087	0.0151	0.0073	0.0032	0.0085	0.0113	0.0085	0.0124	0.0038	0.0032	0.0038	0.0109
chr3L	14082228	14082409	chr3L:14082229-14082409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0176	0.0137	0.0135	0.0138	0.015	0.0272	0.016	0.0138	0.0097	0.0109	0.0097	0.0124	0.0038	0.0045	0.0038	0.0047
chr3L	14082965	14083136	chr3L:14082966-14083136	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0203	0.0174	0.0185	0.0064	0.018	0.0294	0.026	0.0064	0.0042	0.0096	0.0042	0.0132	0.0038	0.0026	0.0038	0.0099
chr3L	14093534	14093685	chr3L:14093535-14093685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0126	0.0112	0.0118	0.0011	0.0121	0.0221	0.012	0.0011	0.0115	0.0106	0.0115	0.0108	0.0038	0.0039	0.0038	0.0057
chr3L	14093746	14093897	chr3L:14093747-14093897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0093	0.0091	0.0075	0.0021	0.0083	0.016	0.01	0.0021	0.0109	0.0087	0.0109	0.0085	8e-04	0.0013	8e-04	0.0021
chr3L	14094419	14094570	chr3L:14094420-14094570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0111	0.0102	0.0124	0.0053	0.0097	0.0186	0.0113	0.0053	0.0097	0.0071	0.0097	0.0155	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chr3L	14094821	14095011	chr3L:14094822-14095011	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0112	0.0145	0.0227	0.0064	0.0121	0.0147	0.0153	0.0064	0.0115	0.0103	0.0115	0.0139	0.0077	0.0052	0.0077	0.0089
chr3L	14095455	14095606	chr3L:14095456-14095606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0103	0.0107	0.0141	0.0011	0.0126	0.0138	0.0127	0.0011	0.0054	0.0084	0.0054	0.0163	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chr3L	14096145	14096408	chr3L:14096146-14096408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0198	0.0272	0.0258	0.0074	0.0248	0.0272	0.0187	0.0074	0.0181	0.0151	0.0181	0.031	0.0038	0.0135	0.0038	0.0099
chr3L	14098148	14098380	chr3L:14098149-14098380	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0286	0.0278	0.041	0.016	0.0042	0.0563	0.0294	0.016	0.0042	0.0175	0.0264	0.0175	0.1448	0.0054	0.0084	0.0054	0.0417
chr3L	14098971	14099122	chr3L:14098972-14099122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0177	0.0168	0.0244	0.0113	0.0021	0.0238	0.0247	0.0133	0.0021	0.0145	0.0177	0.0145	0.0782	0.0069	0.0129	0.0069	0.0177
chr3L	14101312	14101499	chr3L:14101313-14101499	FBgn0036411	Sox21a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0916	0.0915	0.1123	0.0689	0.0392	0.1165	0.1051	0.1119	0.0392	0.1081	0.0942	0.1081	0.1828	0.0582	0.0322	0.0582	0.0568
chr3L	14102933	14103084	chr3L:14102934-14103084	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0122	0.0181	0.028	0.0042	0.0136	0.0169	0.014	0.0042	0.0103	0.0158	0.0103	0.0217	0.0054	0.0058	0.0054	0.0141
chr3L	14103916	14104108	chr3L:14103917-14104108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0527	0.0284	0.0127	0.0424	0.0398	0.0701	0.0753	0.0424	0.0266	0.0289	0.0266	0.0387	0.0069	0.0155	0.0069	0.0167
chr3L	14104141	14104292	chr3L:14104142-14104292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0274	0.0334	0.0284	0.0195	0.0223	0.0311	0.0411	0.0446	0.0223	0.0284	0.0338	0.0284	0.0302	0.0176	0.0213	0.0176	0.025
chr3L	14104578	14104809	chr3L:14104579-14104809	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1484	0.1315	0.1895	0.1223	0.088	0.1369	0.1652	0.1599	0.088	0.221	0.1981	0.221	0.2053	0.1309	0.1296	0.1309	0.1397
chr3L	14104964	14105187	chr3L:14104965-14105187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0365	0.0582	0.0363	0.018	0.0369	0.0489	0.0473	0.018	0.0688	0.0637	0.0688	0.0643	0.0368	0.0368	0.0368	0.0459
chr3L	14107379	14107574	chr3L:14107380-14107574	distal	distal	stage14	stage14	VT30526.1	VT30526.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0454	0.0212	0.0641	0.0521	0.0021	0.0325	0.0221	0.028	0.0021	0.0423	0.0521	0.0423	0.0279	0.0138	0.0258	0.0138	0.0219
chr3L	14109294	14109445	chr3L:14109295-14109445	distal	distal	none	none	VT30527.1	VT30527.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.0148	0.031	0.0116	0.0021	0.0165	0.0229	0.0173	0.0021	0.0169	0.0508	0.0169	0.0302	0.0084	0.0239	0.0084	0.0073
chr3L	14110832	14110983	chr3L:14110833-14110983	distal	distal	none	none	VT30528.1	VT30528.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0116	0.0145	0.0138	0.0021	0.0126	0.0169	0.0133	0.0021	0.0091	0.0177	0.0091	0.0101	0.0046	0.0071	0.0046	0.0063
chr3L	14111978	14112296	chr3L:14111979-14112296	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT30528.1	VT30528.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0797	0.074	0.1241	0.0375	0.018	0.1015	0.0545	0.1372	0.018	0.1473	0.183	0.1473	0.0465	0.0145	0.0374	0.0145	0.0177
chr3L	14113080	14113354	chr3L:14113081-14113354	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT30530.1	VT30530.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0167	0.0325	0.0177	0.0032	0.0165	0.0255	0.018	0.0032	0.0278	0.0495	0.0278	0.0194	0.0069	0.0361	0.0069	0.0177
chr3L	14115237	14115443	chr3L:14115238-14115443	distal	distal	none	none	VT30530.1	VT30530.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0485	0.032	0.0746	0.0382	0.0148	0.0422	0.045	0.0273	0.0148	0.0809	0.0945	0.0809	0.0697	0.0375	0.038	0.0375	0.049
chr3L	14117663	14117878	chr3L:14117664-14117878	distal	distal	stage14	stage14	VT30532.1	VT30532.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0223	0.0212	0.0189	0.0273	0.0106	0.0282	0.0255	0.022	0.0106	0.0139	0.0206	0.0139	0.0248	0.0184	0.0213	0.0184	0.0334
chr3L	14119968	14120229	chr3L:14119969-14120229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0341	0.0451	0.0202	0.0085	0.0587	0.0272	0.0446	0.0085	0.0344	0.0695	0.0344	0.0163	0.0115	0.0219	0.0115	0.0141
chr3L	14122172	14122450	chr3L:14122173-14122450	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT30534.1	VT30534.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0391	0.0312	0.0503	0.0356	0.0085	0.0364	0.0355	0.0413	0.0085	0.0356	0.0859	0.0356	0.0302	0.0214	0.1064	0.0214	0.0177
chr3L	14124506	14124671	chr3L:14124507-14124671	FBgn0042630	Sox21b	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0433	0.0259	0.0473	0.0582	0.0117	0.034	0.0272	0.0353	0.0117	0.0308	0.0723	0.0308	0.0488	0.0444	0.1083	0.0444	0.0479
chr3L	14124823	14125040	chr3L:14124824-14125040	FBgn0042630	Sox21b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.163	0.1262	0.2094	0.153	0.0509	0.1655	0.122	0.1912	0.0509	0.2699	0.2617	0.2699	0.2138	0.1577	0.2186	0.1577	0.1506
chr3L	14126175	14126360	chr3L:14126176-14126360	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0805	0.0788	0.1175	0.0419	0.0297	0.0874	0.0753	0.1406	0.0297	0.1564	0.1704	0.1564	0.0612	0.0758	0.0554	0.0758	0.038
chr3L	14128774	14129268	chr3L:14128775-14129268	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0856	0.1499	0.0831	0.0163	0.1029	0.0859	0.1445	0.3258	0.1029	0.0296	0.1659	0.0296	0.0139	0.0107	0.0322	0.0107	0.0078
chr3L	14131277	14131428	chr3L:14131278-14131428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0089	0.0095	0.0105	0.0064	0.0042	0.0073	0.0134	0.0127	0.0042	0.0042	0.0109	0.0042	0.0077	0.0023	6e-04	0.0023	0.0031
chr3L	14132552	14132704	chr3L:14132553-14132704	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0261	0.0474	0.0228	0.006	0.0201	0.0262	0.0809	0.066	0.0201	0.0157	0.0315	0.0157	0.0108	0.0069	0.011	0.0069	0.0016
chr3L	14134070	14134331	chr3L:14134071-14134331	distal	distal	none	none	VT30541.1	VT30541.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0346	0.0254	0.0131	0.018	0.0238	0.0519	0.0526	0.018	0.0236	0.0296	0.0236	0.0124	0.0054	0.0116	0.0054	0.0073
chr3L	14134973	14135124	chr3L:14134974-14135124	distal	distal	none	none	VT30541.1	VT30541.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0182	0.0199	0.0174	0.0032	0.0141	0.0247	0.0313	0.0032	0.0121	0.0309	0.0121	0.0139	0.0138	0.0484	0.0138	0.0068
chr3L	14135771	14135922	chr3L:14135772-14135922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0123	0.0204	0.0182	0.0042	0.015	0.0138	0.018	0.0042	0.0151	0.0302	0.0151	0.0217	0.0107	0.0413	0.0107	0.0146
chr3L	14138557	14138762	chr3L:14138558-14138762	distal	distal	stage11	stage11	VT30543.1,VT30544.1	VT30543.1,VT30544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0473	0.0395	0.0642	0.0376	0.0159	0.0422	0.0549	0.0453	0.0159	0.0525	0.1042	0.0525	0.0356	0.0398	0.0916	0.0398	0.0214
chr3L	14139110	14139286	chr3L:14139111-14139286	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT30544.1	VT30544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0423	0.0274	0.0548	0.0453	0.0117	0.0301	0.0381	0.0333	0.0117	0.0217	0.1039	0.0217	0.0294	0.0513	0.1141	0.0513	0.0234
chr3L	14139413	14139567	chr3L:14139414-14139567	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT30544.1	VT30544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0308	0.0227	0.0405	0.0294	0.0085	0.0272	0.026	0.0273	0.0085	0.0217	0.0801	0.0217	0.0101	0.0191	0.0909	0.0191	0.012
chr3L	14139817	14139968	chr3L:14139818-14139968	distal	distal	none	none	VT30544.1	VT30544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0158	0.0278	0.0214	0.0064	0.0165	0.0221	0.02	0.0064	0.0193	0.0495	0.0193	0.0093	0.013	0.0683	0.013	0.0083
chr3L	14143299	14143593	chr3L:14143300-14143593	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_HC_10	Unspecified_HC_10	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1609	0.2749	0.1599	0.0345	0.2524	0.218	0.3542	0.3578	0.2524	0.1419	0.265	0.1419	0.0782	0.036	0.0806	0.036	0.024
chr3L	14144784	14145080	chr3L:14144785-14145080	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1153	0.2034	0.0997	0.034	0.2068	0.1403	0.2591	0.2905	0.2068	0.0459	0.1852	0.0459	0.038	0.0214	0.0787	0.0214	0.0334
chr3L	14145155	14145435	chr3L:14145156-14145435	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0726	0.1114	0.0796	0.0217	0.0976	0.0714	0.1479	0.1706	0.0976	0.0405	0.1254	0.0405	0.038	0.0107	0.0445	0.0107	0.0229
chr3L	14145446	14145597	chr3L:14145447-14145597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0491	0.0471	0.0113	0.0276	0.0417	0.0722	0.0626	0.0276	0.0236	0.063	0.0236	0.017	0.0038	0.0181	0.0038	0.0104
chr3L	14146228	14146410	chr3L:14146229-14146410	distal	distal	none	none	VT30548.1	VT30548.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0684	0.1099	0.0709	0.0191	0.07	0.1097	0.1393	0.1426	0.07	0.0465	0.0923	0.0465	0.0256	0.0092	0.0206	0.0092	0.0125
chr3L	14146809	14147069	chr3L:14146810-14147069	distal	distal	stage5	stage5	VT30548.1	VT30548.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0753	0.1844	0.0268	0.0065	0.2503	0.085	0.3486	0.1126	0.2503	0.0217	0.037	0.0217	0.0155	0.0038	0.0071	0.0038	0.0057
chr3L	14148279	14148465	chr3L:14148280-14148465	distal	distal	stage5	stage5	VT30549.1	VT30549.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.05	0.1104	0.0275	0.0072	0.1347	0.0481	0.1704	0.1372	0.1347	0.0278	0.0334	0.0278	0.0093	0.0054	0.0097	0.0054	0.0031
chr3L	14151190	14151342	chr3L:14151191-14151342	distal	distal	stage14	stage14	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0221	0.0201	0.0246	0.0217	0.0042	0.0175	0.0372	0.018	0.0042	0.0115	0.0418	0.0115	0.0147	0.0046	0.0774	0.0046	0.0083
chr3L	14151781	14152257	chr3L:14151782-14152257	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0386	0.0413	0.0475	0.0259	0.0233	0.0374	0.0627	0.044	0.0233	0.0338	0.072	0.0338	0.0287	0.0115	0.0574	0.0115	0.0214
chr3L	14153060	14153211	chr3L:14153061-14153211	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0192	0.0297	0.0194	0.0074	0.0191	0.016	0.0558	0.0247	0.0191	0.0193	0.0209	0.0193	0.0124	0.0046	0.0116	0.0046	0.0057
chr3L	14155030	14155181	chr3L:14155031-14155181	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0233	0.0274	0.0312	0.0099	0.0127	0.0354	0.0311	0.0346	0.0127	0.026	0.0386	0.026	0.0178	0.0061	0.0142	0.0061	0.0083
chr3L	14155311	14155462	chr3L:14155312-14155462	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0217	0.0279	0.0269	0.0089	0.0095	0.0374	0.0333	0.032	0.0095	0.0229	0.0277	0.0229	0.0163	0.0054	0.0097	0.0054	0.0099
chr3L	14155506	14155657	chr3L:14155507-14155657	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0234	0.0225	0.0099	0.0148	0.0248	0.032	0.0227	0.0148	0.0133	0.0183	0.0133	0.0116	0.0054	0.0077	0.0054	0.0089
chr3L	14155874	14156079	chr3L:14155875-14156079	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0247	0.0457	0.0201	0.0064	0.0424	0.0286	0.0714	0.05	0.0424	0.0211	0.0244	0.0211	0.0062	0.0077	0.0064	0.0077	0.0052
chr3L	14156123	14156274	chr3L:14156124-14156274	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0218	0.0353	0.0203	0.0084	0.0276	0.0218	0.058	0.0373	0.0276	0.0217	0.0222	0.0217	0.0101	0.01	0.0103	0.01	0.0083
chr3L	14157011	14157222	chr3L:14157012-14157222	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0444	0.0374	0.0683	0.0259	0.0159	0.0495	0.0446	0.044	0.0159	0.0894	0.0633	0.0894	0.038	0.0222	0.0193	0.0222	0.0271
chr3L	14157523	14157674	chr3L:14157524-14157674	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0259	0.0305	0.0344	0.0114	0.0233	0.0223	0.0497	0.0333	0.0233	0.0344	0.0357	0.0344	0.0318	0.0038	0.0142	0.0038	0.0135
chr3L	14159131	14159392	chr3L:14159132-14159392	distal	distal	none	none	D_D32	D_D32	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0448	0.0627	0.0571	0.0114	0.0361	0.0621	0.0683	0.0999	0.0361	0.0284	0.0633	0.0284	0.0217	0.0031	0.0187	0.0031	0.0109
chr3L	14159672	14159823	chr3L:14159673-14159823	distal	distal	none	none	D_D32,VT30556.1	D_D32,VT30556.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0203	0.0233	0.0284	0.0081	0.0138	0.0214	0.0307	0.034	0.0138	0.0199	0.0354	0.0199	0.017	0.0061	0.0161	0.0061	0.0047
chr3L	14161092	14161243	chr3L:14161093-14161243	distal	distal	none	none	D_D32,VT30556.1	D_D32,VT30556.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0138	0.0072	0.0174	0.0173	0.0032	0.0053	0.0147	0.0067	0.0032	0.0103	0.0254	0.0103	0.0178	0.0107	0.0406	0.0107	0.0146
chr3L	14162220	14162427	chr3L:14162221-14162427	distal	distal	none	none	VT30557.1	VT30557.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0264	0.0358	0.031	0.0109	0.0159	0.0354	0.0523	0.04	0.0159	0.0205	0.0402	0.0205	0.0139	0.0084	0.0148	0.0084	0.0083
chr3L	14163463	14163660	chr3L:14163464-14163660	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT30557.1	VT30557.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0349	0.0376	0.0388	0.0276	0.0159	0.051	0.0471	0.0393	0.0159	0.0272	0.0318	0.0272	0.0139	0.0038	0.0129	0.0038	0.0078
chr3L	14165462	14165631	chr3L:14165463-14165631	distal	distal	stage14	stage14	VT30559.1	VT30559.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0317	0.0228	0.0302	0.0432	0.0127	0.0126	0.0424	0.022	0.0127	0.0284	0.0254	0.0284	0.0163	0.01	0.0148	0.01	0.0229
chr3L	14165928	14166079	chr3L:14165929-14166079	distal	distal	none	none	VT30559.1	VT30559.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.0355	0.0307	0.0351	0.0318	0.0209	0.0692	0.0273	0.0318	0.0272	0.0228	0.0272	0.0163	0.0084	0.0193	0.0084	0.0162
chr3L	14166466	14166652	chr3L:14166467-14166652	distal	distal	none	none	D_D/fsh_O-E,VT30559.1,VT30560.1	D_D/fsh_O-E,VT30559.1,VT30560.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0472	0.1144	0.0156	0.0067	0.1315	0.032	0.2535	0.0626	0.1315	0.0169	0.0177	0.0169	0.007	0.0038	0.0116	0.0038	0.0026
chr3L	14167727	14167878	chr3L:14167728-14167878	distal	distal	none	none	VT30560.1	VT30560.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0336	0.0471	0.0184	0.0191	0.0383	0.0441	0.0393	0.0191	0.0284	0.0785	0.0284	0.0341	0.0115	0.0368	0.0115	0.0167
chr3L	14169235	14169464	chr3L:14169236-14169464	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0523	0.0943	0.0433	0.0152	0.1113	0.0437	0.1648	0.0906	0.1113	0.0248	0.0682	0.0248	0.0248	0.0115	0.0297	0.0115	0.0109
chr3L	14169609	14169789	chr3L:14169610-14169789	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0875	0.0401	0.0134	0.1039	0.0374	0.1639	0.07	0.1039	0.0254	0.0608	0.0254	0.0232	0.0069	0.0206	0.0069	0.0104
chr3L	14169870	14170021	chr3L:14169871-14170021	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.077	0.0339	0.0125	0.0986	0.035	0.1384	0.066	0.0986	0.0187	0.0527	0.0187	0.0194	0.01	0.0206	0.01	0.0089
chr3L	14170208	14170359	chr3L:14170209-14170359	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.1027	0.0558	0.0214	0.1177	0.05	0.1817	0.0953	0.1177	0.0531	0.0717	0.0531	0.0372	0.0084	0.0348	0.0084	0.0172
chr3L	14170650	14170926	chr3L:14170651-14170926	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.3301	0.3703	0.3635	0.2486	0.3627	0.3879	0.4386	0.4117	0.3627	0.3979	0.4039	0.3979	0.2928	0.242	0.314	0.242	0.2032
chr3L	14171071	14171300	chr3L:14171072-14171300	FBgn0000411	D	stage11,stage14,stage5	none	D_D51	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.2182	0.2606	0.2317	0.1561	0.246	0.282	0.2997	0.2845	0.246	0.253	0.2486	0.253	0.1905	0.1669	0.1489	0.1669	0.1412
chr3L	14176155	14176306	chr3L:14176156-14176306	distal	distal	none	none	VT30564.1	VT30564.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.02	0.0201	0.0305	0.0084	0.0085	0.0199	0.0268	0.0266	0.0085	0.0519	0.0293	0.0519	0.0209	0.0061	0.0103	0.0061	0.0094
chr3L	14176997	14177423	chr3L:14176998-14177423	distal	distal	none	none	VT30564.1	VT30564.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0507	0.0473	0.0143	0.0212	0.0422	0.0748	0.068	0.0212	0.0652	0.0556	0.0652	0.0248	0.0107	0.0226	0.0107	0.0089
chr3L	14178267	14178464	chr3L:14178268-14178464	distal	distal	stage5	stage5	VT30566.1	VT30566.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0933	0.0181	0.0079	0.1198	0.035	0.1864	0.056	0.1198	0.0205	0.0203	0.0205	0.0209	0.0069	0.0052	0.0069	0.0104
chr3L	14182724	14182932	chr3L:14182725-14182932	FBgn0036414	nan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0802	0.0786	0.0895	0.0717	0.0551	0.085	0.0913	0.1059	0.0551	0.0942	0.11	0.0942	0.086	0.0727	0.0961	0.0727	0.0693
chr3L	14183072	14183248	chr3L:14183073-14183248	FBgn0036414	nan	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.0748	0.0745	0.0923	0.0488	0.0888	0.0822	0.0979	0.0488	0.0954	0.0826	0.0954	0.062	0.1087	0.1032	0.1087	0.0938
chr3L	14183469	14183644	chr3L:14183470-14183644	FBgn0013718	nuf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1473	0.1385	0.1599	0.1433	0.0859	0.1714	0.1583	0.1586	0.0859	0.2053	0.174	0.2053	0.1363	0.1462	0.1612	0.1462	0.1527
chr3L	14183835	14184026	chr3L:14183836-14184026	FBgn0013718	nuf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2187	0.2168	0.2577	0.1778	0.1601	0.2515	0.2435	0.2665	0.1601	0.3303	0.2868	0.3303	0.237	0.1907	0.2031	0.1907	0.21
chr3L	14184390	14184588	chr3L:14184391-14184588	FBgn0013718	nuf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1423	0.1962	0.152	0.0714	0.1644	0.1786	0.2535	0.2405	0.1644	0.16	0.2087	0.16	0.1162	0.0658	0.118	0.0658	0.0735
chr3L	14184636	14184787	chr3L:14184637-14184787	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0998	0.0444	0.0219	0.0838	0.0714	0.138	0.1372	0.0838	0.0525	0.0588	0.0525	0.0279	0.023	0.0309	0.023	0.0224
chr3L	14185757	14185908	chr3L:14185758-14185908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0289	0.0323	0.0434	0.0092	0.017	0.0466	0.0342	0.038	0.017	0.1147	0.0367	0.1147	0.0178	0.0107	0.0148	0.0107	0.0073
chr3L	14187354	14187588	chr3L:14187355-14187588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0545	0.0874	0.0496	0.023	0.0647	0.0757	0.1267	0.1046	0.0647	0.0513	0.0621	0.0513	0.0697	0.0253	0.04	0.0253	0.0234
chr3L	14189477	14189804	chr3L:14189478-14189804	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0641	0.1068	0.0627	0.018	0.0689	0.1228	0.1315	0.1219	0.0689	0.0942	0.0865	0.0942	0.0248	0.023	0.0239	0.023	0.0151
chr3L	14190039	14190216	chr3L:14190040-14190216	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0434	0.0491	0.0449	0.0354	0.0159	0.0728	0.0567	0.046	0.0159	0.0785	0.0469	0.0785	0.0279	0.085	0.0303	0.085	0.0302
chr3L	14194178	14194412	chr3L:14194179-14194412	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1338	0.1426	0.1708	0.0833	0.0923	0.151	0.1345	0.2432	0.0923	0.1335	0.2884	0.1335	0.1239	0.036	0.2089	0.036	0.0912
chr3L	14197508	14197683	chr3L:14197509-14197683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.048	0.0598	0.0581	0.0238	0.0318	0.0515	0.0753	0.0893	0.0318	0.0332	0.109	0.0332	0.0248	0.0191	0.0535	0.0191	0.0156
chr3L	14197799	14197997	chr3L:14197800-14197997	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0929	0.1089	0.1084	0.0581	0.087	0.0985	0.1289	0.1532	0.087	0.0864	0.174	0.0864	0.0744	0.0513	0.1199	0.0513	0.0422
chr3L	14198375	14198558	chr3L:14198376-14198558	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1238	0.1494	0.135	0.0827	0.1283	0.1209	0.1773	0.2278	0.1283	0.0676	0.2469	0.0676	0.0767	0.0666	0.1818	0.0666	0.0485
chr3L	14198977	14199129	chr3L:14198978-14199129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0344	0.0409	0.0407	0.0201	0.0212	0.0413	0.045	0.0686	0.0212	0.0169	0.0807	0.0169	0.0186	0.0145	0.0522	0.0145	0.0115
chr3L	14204761	14205064	chr3L:14204762-14205064	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0803	0.1331	0.0692	0.0334	0.0986	0.1078	0.1462	0.2312	0.0986	0.0664	0.1077	0.0664	0.0449	0.0337	0.0554	0.0337	0.0281
chr3L	14205173	14205324	chr3L:14205174-14205324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0564	0.0818	0.0519	0.033	0.0541	0.0699	0.1003	0.1226	0.0541	0.0592	0.0672	0.0592	0.038	0.0276	0.0438	0.0276	0.0459
chr3L	14205495	14205684	chr3L:14205496-14205684	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1606	0.1533	0.1849	0.142	0.0923	0.1801	0.1782	0.1965	0.0923	0.2289	0.2106	0.2289	0.1526	0.1286	0.1721	0.1286	0.1668
chr3L	14205840	14206007	chr3L:14205841-14206007	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0777	0.0733	0.0887	0.0705	0.0445	0.0786	0.0965	0.0886	0.0445	0.1063	0.1023	0.1063	0.0744	0.0674	0.0761	0.0674	0.087
chr3L	14206691	14206842	chr3L:14206692-14206842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0183	0.0209	0.016	0.0138	0.0165	0.0247	0.0227	0.0138	0.0163	0.0331	0.0163	0.0163	0.0145	0.0432	0.0145	0.0073
chr3L	14206902	14207053	chr3L:14206903-14207053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.0174	0.0217	0.0141	0.0064	0.0184	0.0247	0.018	0.0064	0.0211	0.0309	0.0211	0.0163	0.026	0.0161	0.026	0.013
chr3L	14207124	14207275	chr3L:14207125-14207275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0217	0.0207	0.0187	0.0159	0.0199	0.0355	0.018	0.0159	0.0193	0.0289	0.0193	0.0163	0.0314	0.0239	0.0314	0.0198
chr3L	14212783	14213008	chr3L:14212784-14213008	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.0592	0.0953	0.1191	0.0435	0.0602	0.0753	0.072	0.0435	0.0725	0.1199	0.0725	0.1255	0.1149	0.1676	0.1149	0.1886
chr3L	14213995	14214263	chr3L:14213996-14214263	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0745	0.0537	0.0717	0.1007	0.0265	0.0592	0.0692	0.0646	0.0265	0.0707	0.0614	0.0707	0.0999	0.0995	0.0677	0.0995	0.1735
chr3L	14214294	14214445	chr3L:14214295-14214445	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0242	0.0377	0.0699	0.0127	0.0257	0.0337	0.0253	0.0127	0.0405	0.0305	0.0405	0.0527	0.1041	0.0277	0.1041	0.1131
chr3L	14216593	14216856	chr3L:14216594-14216856	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0476	0.0336	0.0525	0.0579	0.0212	0.0398	0.0437	0.0346	0.0212	0.0797	0.0637	0.0797	0.0411	0.0988	0.0709	0.0988	0.075
chr3L	14218995	14219146	chr3L:14218996-14219146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0285	0.0293	0.0132	0.0201	0.0218	0.0458	0.028	0.0201	0.0374	0.0325	0.0374	0.031	0.0107	0.0135	0.0107	0.0261
chr3L	14220548	14220699	chr3L:14220549-14220699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.015	0.0194	0.029	0.0085	0.0146	0.0255	0.01	0.0085	0.0223	0.0241	0.0223	0.0217	0.0191	0.0129	0.0191	0.0782
chr3L	14221544	14221695	chr3L:14221545-14221695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0201	0.0172	0.0203	0.023	0.0117	0.0117	0.029	0.0207	0.0117	0.0151	0.0299	0.0151	0.0232	0.0176	0.0206	0.0176	0.0516
chr3L	14221808	14222000	chr3L:14221809-14222000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0276	0.0211	0.0253	0.0376	0.017	0.0175	0.0294	0.0286	0.017	0.0266	0.0318	0.0266	0.0217	0.0337	0.029	0.0337	0.0808
chr3L	14222184	14222335	chr3L:14222185-14222335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0184	0.0188	0.0168	0.0196	0.0095	0.0209	0.0216	0.03	0.0095	0.0139	0.0209	0.0139	0.0163	0.0084	0.011	0.0084	0.049
chr3L	14228822	14228973	chr3L:14228823-14228973	FBgn0085273	CG34244	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0275	0.0312	0.0196	0.018	0.0277	0.0368	0.034	0.018	0.0386	0.0421	0.0386	0.0217	0.0268	0.0226	0.0268	0.0281
chr3L	14229035	14229231	chr3L:14229036-14229231	FBgn0085273	CG34244	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0462	0.0401	0.0609	0.0369	0.0212	0.0456	0.0528	0.0493	0.0212	0.0743	0.0807	0.0743	0.0488	0.0513	0.0503	0.0513	0.0469
chr3L	14233922	14234073	chr3L:14233923-14234073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0112	0.0128	0.0123	0.0082	0.0053	0.0092	0.0229	0.0127	0.0053	0.0066	0.0222	0.0066	0.007	0.0015	0.0264	0.0015	0.0036
chr3L	14239010	14239161	chr3L:14239011-14239161	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.019	0.0356	0.0137	0.0063	0.0265	0.0272	0.0532	0.0426	0.0265	0.0169	0.0186	0.0169	0.0108	0.0084	0.0064	0.0084	0.0068
chr3L	14246435	14246586	chr3L:14246436-14246586	distal	distal	none	none	VT30604.1	VT30604.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0101	0.0079	0.0112	0.0114	0.0042	0.0078	0.0125	0.006	0.0042	0.0085	0.0199	0.0085	0.0039	0.0054	0.0329	0.0054	0.0073
chr3L	14246996	14247147	chr3L:14246997-14247147	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0082	0.0054	0.0088	0.0107	0	0.0058	0.0082	0.006	0	0.0048	0.0148	0.0048	0.0093	0.0038	0.0348	0.0038	0.0057
chr3L	14252591	14252742	chr3L:14252592-14252742	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0082	0.008	0.0095	0.0053	0.0068	0.0147	0.006	0.0053	0.0121	0.0074	0.0121	0.0054	0.0031	0.0058	0.0031	0.0031
chr3L	14252913	14253064	chr3L:14252914-14253064	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.009	0.0075	0.01	0.0042	0.0097	0.0125	0.0107	0.0042	0.0072	0.009	0.0072	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0031
chr3L	14256042	14256193	chr3L:14256043-14256193	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0093	0.0086	0.0213	0.0021	0.0083	0.0186	0.006	0.0021	0.0079	0.0074	0.0079	0.0054	0.0046	0.0064	0.0046	0.0052
chr3L	14259981	14260132	chr3L:14259982-14260132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0128	0.0122	0.0117	0.0032	0.0141	0.0177	0.0167	0.0032	0.0121	0.0167	0.0121	0.0108	0.0077	0.011	0.0077	0.0083
chr3L	14260197	14260348	chr3L:14260198-14260348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0096	0.0093	0.011	0.0064	0.0078	0.0151	0.0107	0.0064	0.0091	0.0122	0.0091	0.0093	0.0031	0.0123	0.0031	0.0073
chr3L	14265364	14265530	chr3L:14265365-14265530	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0512	0.0194	0.0533	0.0844	0.0085	0.0267	0.0195	0.026	0.0085	0.0477	0.0775	0.0477	0.0527	0.0957	0.1309	0.0957	0.0985
chr3L	14265913	14266160	chr3L:14265914-14266160	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0622	0.0231	0.0683	0.0994	0.0085	0.0296	0.0264	0.0326	0.0085	0.0284	0.1177	0.0284	0.0643	0.0704	0.2044	0.0704	0.1037
chr3L	14267266	14267461	chr3L:14267267-14267461	FBgn0001085	fz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2737	0.2372	0.3376	0.2444	0.1676	0.3044	0.1977	0.3511	0.1676	0.43	0.3682	0.43	0.306	0.255	0.2701	0.255	0.2741
chr3L	14267929	14268080	chr3L:14267930-14268080	FBgn0001085	fz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0403	0.043	0.0514	0.0251	0.0233	0.0626	0.0437	0.0513	0.0233	0.0531	0.0672	0.0531	0.062	0.026	0.0361	0.026	0.0281
chr3L	14269268	14269493	chr3L:14269269-14269493	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1434	0.2107	0.1685	0.0407	0.1569	0.2092	0.2253	0.3171	0.1569	0.1745	0.2823	0.1745	0.0395	0.0222	0.0986	0.0222	0.013
chr3L	14269707	14269886	chr3L:14269708-14269886	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.1191	0.0949	0.0285	0.0721	0.1369	0.125	0.1719	0.0721	0.1461	0.1341	0.1461	0.0294	0.0436	0.0445	0.0436	0.0146
chr3L	14275271	14275532	chr3L:14275272-14275532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0236	0.0388	0.0309	0.0117	0.0218	0.032	0.0346	0.0117	0.0459	0.0559	0.0459	0.0287	0.0345	0.0522	0.0345	0.0292
chr3L	14280727	14280978	chr3L:14280728-14280978	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0652	0.0476	0.1037	0.0428	0.0191	0.0811	0.0359	0.0593	0.0191	0.125	0.1553	0.125	0.0596	0.0413	0.0825	0.0413	0.0422
chr3L	14281251	14281724	chr3L:14281252-14281724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0535	0.035	0.0774	0.0478	0.0117	0.0495	0.0385	0.0393	0.0117	0.1111	0.1074	0.1111	0.0341	0.0505	0.0748	0.0505	0.0573
chr3L	14289827	14289978	chr3L:14289828-14289978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0148	0.0236	0.0244	0.0053	0.016	0.0182	0.0213	0.0053	0.0284	0.0283	0.0284	0.017	0.0452	0.0419	0.0452	0.0068
chr3L	14290456	14290690	chr3L:14290457-14290690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.042	0.0234	0.0442	0.0603	0.0085	0.0262	0.0272	0.0313	0.0085	0.0725	0.0553	0.0725	0.024	0.1547	0.0683	0.1547	0.0292
chr3L	14290806	14291016	chr3L:14290807-14291016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0438	0.0324	0.0491	0.0506	0.0127	0.0422	0.0281	0.0466	0.0127	0.0936	0.0547	0.0936	0.0256	0.1325	0.0619	0.1325	0.0219
chr3L	14291267	14291445	chr3L:14291268-14291445	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0451	0.0515	0.0518	0.0306	0.0361	0.049	0.0519	0.0859	0.0361	0.0543	0.0791	0.0543	0.0263	0.0628	0.0522	0.0628	0.0115
chr3L	14291837	14292048	chr3L:14291838-14292048	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0351	0.028	0.0426	0.0347	0.0117	0.0374	0.0285	0.0393	0.0117	0.0368	0.0585	0.0368	0.0217	0.0314	0.0374	0.0314	0.0224
chr3L	14293783	14294025	chr3L:14293784-14294025	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0561	0.0486	0.0648	0.055	0.0085	0.0592	0.0463	0.0806	0.0085	0.0574	0.0592	0.0574	0.0287	0.0176	0.0187	0.0176	0.0188
chr3L	14296853	14297145	chr3L:14296854-14297145	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1074	0.045	0.1515	0.1288	0.0095	0.0704	0.0437	0.0526	0.0095	0.244	0.11	0.244	0.1712	0.1263	0.1057	0.1263	0.173
chr3L	14297176	14297402	chr3L:14297177-14297402	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0888	0.0422	0.1277	0.098	0.0095	0.0709	0.0294	0.0593	0.0095	0.2295	0.0862	0.2295	0.0999	0.0904	0.0587	0.0904	0.1209
chr3L	14303812	14303966	chr3L:14303813-14303966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0265	0.0317	0.0269	0.0117	0.0252	0.0316	0.0413	0.0117	0.0302	0.0463	0.0302	0.0225	0.0184	0.0509	0.0184	0.0234
chr3L	14310381	14310532	chr3L:14310382-14310532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0133	0.0199	0.0134	0.0085	0.0097	0.0199	0.0173	0.0085	0.0169	0.0299	0.0169	0.0116	0.0038	0.0316	0.0038	0.0094
chr3L	14310936	14311087	chr3L:14310937-14311087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0142	0.023	0.0182	0.0074	0.0126	0.0169	0.0207	0.0074	0.0205	0.037	0.0205	0.0124	0.0145	0.0426	0.0145	0.0078
chr3L	14311196	14311350	chr3L:14311197-14311350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0199	0.0157	0.024	0.0202	0.0053	0.0131	0.0229	0.0207	0.0053	0.0266	0.0338	0.0266	0.0186	0.0092	0.0522	0.0092	0.0109
chr3L	14311420	14311571	chr3L:14311421-14311571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0216	0.0246	0.016	0.0053	0.018	0.0316	0.0333	0.0053	0.0229	0.0373	0.0229	0.0147	0.0084	0.0368	0.0084	0.0068
chr3L	14312648	14312799	chr3L:14312649-14312799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0174	0.0125	0.0195	0.0206	0.0053	0.0092	0.016	0.022	0.0053	0.0181	0.0267	0.0181	0.0124	0.0107	0.0219	0.0107	0.0156
chr3L	14313913	14314064	chr3L:14313914-14314064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0165	0.0171	0.0209	0.0109	0.0074	0.0175	0.0225	0.0213	0.0074	0.0344	0.0232	0.0344	0.0077	0.0184	0.0097	0.0184	0.0068
chr3L	14314326	14314529	chr3L:14314327-14314529	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0317	0.0336	0.0412	0.0191	0.0159	0.0272	0.0467	0.0493	0.0159	0.0386	0.0633	0.0386	0.0287	0.0145	0.0393	0.0145	0.0156
chr3L	14314842	14314993	chr3L:14314843-14314993	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0183	0.0194	0.0155	0.0117	0.0199	0.0203	0.0247	0.0117	0.0175	0.0315	0.0175	0.0085	0.013	0.0335	0.013	0.0078
chr3L	14315185	14315357	chr3L:14315186-14315357	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0262	0.0287	0.0266	0.0228	0.017	0.0257	0.0402	0.0366	0.017	0.0199	0.0421	0.0199	0.0124	0.0161	0.0329	0.0161	0.0219
chr3L	14316726	14316899	chr3L:14316727-14316899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0207	0.0198	0.0224	0.0095	0.018	0.0294	0.0253	0.0095	0.0133	0.0203	0.0133	0.0132	0.0123	0.009	0.0123	0.0099
chr3L	14316939	14317090	chr3L:14316940-14317090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0241	0.0179	0.0213	0.0117	0.0233	0.0311	0.0293	0.0117	0.0103	0.0219	0.0103	0.0108	0.01	0.0064	0.01	0.0089
chr3L	14318284	14318435	chr3L:14318285-14318435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0145	0.0216	0.0356	0.0032	0.017	0.0182	0.018	0.0032	0.0248	0.0228	0.0248	0.0163	0.0184	0.0142	0.0184	0.013
chr3L	14318698	14318849	chr3L:14318699-14318849	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0151	0.0179	0.0407	0.0032	0.0146	0.0195	0.0253	0.0032	0.0151	0.0212	0.0151	0.0132	0.0161	0.0155	0.0161	0.0193
chr3L	14319534	14319687	chr3L:14319535-14319687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0222	0.0329	0.0344	0.0127	0.0228	0.0277	0.0273	0.0127	0.0187	0.0302	0.0187	0.0093	0.0123	0.0155	0.0123	0.0193
chr3L	14320435	14320586	chr3L:14320436-14320586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0105	0.015	0.0177	0.0053	0.0073	0.0147	0.018	0.0053	0.0139	0.0174	0.0139	0.0054	0.0123	0.0097	0.0123	0.0068
chr3L	14321295	14321466	chr3L:14321296-14321466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.027	0.0189	0.0279	0.0351	0.0095	0.0252	0.0225	0.02	0.0095	0.032	0.0302	0.032	0.0116	0.0145	0.0129	0.0145	0.0162
chr3L	14321794	14321945	chr3L:14321795-14321945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0192	0.0165	0.0174	0.0242	0.0064	0.0165	0.0177	0.022	0.0064	0.0133	0.0219	0.0133	0.0147	0.0107	0.0103	0.0107	0.013
chr3L	14323533	14323684	chr3L:14323534-14323684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.025	0.0181	0.0128	0.0233	0.0199	0.0441	0.0193	0.0233	0.0199	0.0241	0.0199	0.0139	0.0138	0.0123	0.0138	0.013
chr3L	14326125	14326354	chr3L:14326126-14326354	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0289	0.0312	0.0307	0.0244	0.017	0.033	0.045	0.0313	0.017	0.026	0.0495	0.026	0.0178	0.0138	0.0509	0.0138	0.0099
chr3L	14327575	14327790	chr3L:14327576-14327790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0437	0.0119	0.0071	0.0583	0.0257	0.0722	0.0326	0.0583	0.0085	0.0141	0.0085	0.0124	0.0084	0.0064	0.0084	0.0068
chr3L	14328084	14328268	chr3L:14328085-14328268	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0548	0.0188	0.0111	0.0604	0.0286	0.0904	0.0546	0.0604	0.0163	0.0264	0.0163	0.0147	0.0153	0.0181	0.0153	0.0073
chr3L	14328834	14329079	chr3L:14328835-14329079	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0277	0.0411	0.038	0.0159	0.0311	0.0363	0.0326	0.0159	0.029	0.0595	0.029	0.0442	0.0345	0.0909	0.0345	0.0276
chr3L	14329180	14329331	chr3L:14329181-14329331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0172	0.0254	0.0228	0.0127	0.0165	0.019	0.024	0.0127	0.0193	0.0373	0.0193	0.0279	0.0176	0.0522	0.0176	0.0177
chr3L	14329797	14330120	chr3L:14329798-14330120	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0424	0.0349	0.0515	0.0407	0.0127	0.0374	0.0428	0.0526	0.0127	0.0453	0.0839	0.0453	0.0318	0.0605	0.0877	0.0605	0.025
chr3L	14331980	14332173	chr3L:14331981-14332173	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0437	0.0235	0.0136	0.0361	0.0359	0.0528	0.072	0.0361	0.0217	0.0344	0.0217	0.0163	0.013	0.0245	0.013	0.0089
chr3L	14332236	14332387	chr3L:14332237-14332387	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.037	0.0195	0.0117	0.0265	0.0311	0.0441	0.0573	0.0265	0.0284	0.0215	0.0284	0.0147	0.0123	0.0142	0.0123	0.0104
chr3L	14338349	14338500	chr3L:14338350-14338500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0156	0.0147	0.0214	0.0102	0.0042	0.0199	0.0177	0.016	0.0042	0.0175	0.0363	0.0175	0.0085	0.01	0.0174	0.01	0.0078
chr3L	14339354	14339754	chr3L:14339355-14339754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0384	0.0395	0.0486	0.026	0.0095	0.0617	0.0428	0.0406	0.0095	0.0833	0.0572	0.0833	0.0271	0.0352	0.029	0.0352	0.0281
chr3L	14340054	14340606	chr3L:14340055-14340606	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0697	0.0624	0.0863	0.0595	0.0148	0.1165	0.0562	0.0533	0.0148	0.1655	0.0968	0.1655	0.0434	0.108	0.0806	0.108	0.0615
chr3L	14341239	14341488	chr3L:14341240-14341488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0298	0.0359	0.0343	0.0182	0.0127	0.0592	0.0359	0.0366	0.0127	0.0465	0.0428	0.0465	0.0256	0.0138	0.0329	0.0138	0.0188
chr3L	14345314	14345506	chr3L:14345315-14345506	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.027	0.0349	0.0286	0.0166	0.0159	0.0388	0.0415	0.048	0.0159	0.0344	0.0412	0.0344	0.0101	0.0245	0.0116	0.0245	0.0146
chr3L	14345834	14345985	chr3L:14345835-14345985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0189	0.0204	0.0143	0.0064	0.0214	0.0208	0.026	0.0064	0.0181	0.0312	0.0181	0.0124	0.0168	0.0271	0.0168	0.0068
chr3L	14346073	14346224	chr3L:14346074-14346224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0177	0.0173	0.0198	0.0157	0.0042	0.0214	0.0195	0.0227	0.0042	0.0193	0.0315	0.0193	0.0085	0.0145	0.0239	0.0145	0.0083
chr3L	14346559	14346710	chr3L:14346560-14346710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0198	0.0238	0.0221	0.0127	0.0095	0.0252	0.0342	0.0233	0.0095	0.0181	0.0341	0.0181	0.0116	0.0107	0.0181	0.0107	0.0115
chr3L	14347186	14347337	chr3L:14347187-14347337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.0145	0.0192	0.0202	0.0032	0.017	0.0177	0.018	0.0032	0.0163	0.0238	0.0163	0.017	0.0222	0.0181	0.0222	0.0125
chr3L	14347732	14348033	chr3L:14347733-14348033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0295	0.0247	0.0327	0.0315	0.0032	0.034	0.0329	0.024	0.0032	0.0254	0.0408	0.0254	0.0442	0.0345	0.0284	0.0345	0.0406
chr3L	14349201	14349352	chr3L:14349202-14349352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0227	0.0217	0.0326	0.0131	0.0042	0.0252	0.0229	0.038	0.0042	0.0362	0.0473	0.0362	0.0163	0.0115	0.0187	0.0115	0.0104
chr3L	14350113	14350328	chr3L:14350114-14350328	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0356	0.0445	0.0453	0.015	0.0265	0.0422	0.0593	0.0646	0.0265	0.067	0.0547	0.067	0.0256	0.0253	0.0142	0.0253	0.0156
chr3L	14351028	14351179	chr3L:14351029-14351179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0146	0.0107	0.0179	0.0155	0.0042	0.0121	0.0143	0.0133	0.0042	0.0145	0.0264	0.0145	0.0147	0.0276	0.0258	0.0276	0.013
chr3L	14353402	14353553	chr3L:14353403-14353553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0156	0.0268	0.024	0.0064	0.0141	0.0182	0.026	0.0064	0.0205	0.0405	0.0205	0.024	0.0176	0.0432	0.0176	0.0281
chr3L	14355978	14356129	chr3L:14355979-14356129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0209	0.0108	0.0232	0.0295	0.0053	0.0131	0.013	0.016	0.0053	0.0151	0.0309	0.0151	0.0341	0.0145	0.0226	0.0145	0.0703
chr3L	14356634	14356785	chr3L:14356635-14356785	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0242	0.0115	0.0225	0.0402	0.0021	0.0141	0.0143	0.0147	0.0021	0.0163	0.0305	0.0163	0.0318	0.0306	0.0271	0.0306	0.0959
chr3L	14357647	14357840	chr3L:14357648-14357840	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0445	0.0314	0.0763	0.0244	0.0117	0.0364	0.0264	0.06	0.0117	0.0507	0.1441	0.0507	0.0194	0.0268	0.0496	0.0268	0.0198
chr3L	14358052	14358245	chr3L:14358053-14358245	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0398	0.0269	0.0676	0.0235	0.0085	0.0345	0.0234	0.0446	0.0085	0.0338	0.1341	0.0338	0.0186	0.01	0.06	0.01	0.0167
chr3L	14358323	14358474	chr3L:14358324-14358474	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0314	0.0247	0.0509	0.0175	0.0064	0.0296	0.0242	0.04	0.0064	0.032	0.0932	0.032	0.0263	0.0161	0.0277	0.0161	0.0156
chr3L	14358554	14358771	chr3L:14358555-14358771	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0501	0.0417	0.0764	0.0306	0.0159	0.0534	0.0398	0.062	0.0159	0.0495	0.1344	0.0495	0.048	0.026	0.0496	0.026	0.0339
chr3L	14359170	14359437	chr3L:14359171-14359437	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0459	0.0216	0.0703	0.0462	0.0053	0.0301	0.029	0.0227	0.0053	0.0737	0.0653	0.0737	0.1487	0.0666	0.0516	0.0666	0.0672
chr3L	14365821	14365972	chr3L:14365822-14365972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0081	0.0128	0.0157	0.0011	0.0087	0.0091	0.0147	0.0011	0.0157	0.0109	0.0157	0.0093	0.0107	0.0039	0.0107	0.0099
chr3L	14366181	14366332	chr3L:14366182-14366332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0076	0.0093	0.0118	0	0.0058	0.013	0.0107	0	0.0085	0.01	0.0085	0.007	0.0092	0.0058	0.0092	0.0068
chr3L	14393175	14393326	chr3L:14393176-14393326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0327	0.0313	0.0142	0.0095	0.0311	0.0467	0.038	0.0095	0.0441	0.0412	0.0441	0.0155	0.0214	0.0161	0.0214	0.0073
chr3L	14395562	14395892	chr3L:14395563-14395892	FBgn0036422	CG3868	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0517	0.0414	0.0162	0.0329	0.0471	0.0753	0.062	0.0329	0.055	0.0531	0.055	0.0256	0.0176	0.0155	0.0176	0.0198
chr3L	14399684	14399835	chr3L:14399685-14399835	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0307	0.0654	0.018	0.0057	0.0456	0.0233	0.1367	0.0546	0.0456	0.0193	0.0215	0.0193	0.0201	0.0038	0.0071	0.0038	0.0083
chr3L	14399890	14400072	chr3L:14399891-14400072	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.1057	0.0298	0.0127	0.0838	0.0422	0.2128	0.0833	0.0838	0.0278	0.0338	0.0278	0.0403	0.0107	0.0155	0.0107	0.0208
chr3L	14401945	14402144	chr3L:14401946-14402144	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0765	0.1085	0.0876	0.0284	0.1018	0.0981	0.1436	0.1193	0.1018	0.131	0.1006	0.131	0.0635	0.0253	0.0226	0.0253	0.0281
chr3L	14402584	14402765	chr3L:14402585-14402765	FBgn0003459	stwl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2179	0.212	0.2797	0.1567	0.1824	0.2422	0.2388	0.2512	0.1824	0.346	0.3193	0.346	0.2393	0.1753	0.1734	0.1753	0.1615
chr3L	14402951	14403136	chr3L:14402952-14403136	FBgn0003459	stwl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2448	0.2183	0.3066	0.2067	0.1527	0.2568	0.2418	0.2652	0.1527	0.381	0.3354	0.381	0.2696	0.2289	0.2398	0.2289	0.2366
chr3L	14403448	14403623	chr3L:14403449-14403623	FBgn0003459,FBgn0036423	CG3919,stwl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2289	0.2183	0.2681	0.1977	0.1665	0.2626	0.2284	0.2665	0.1665	0.3231	0.2945	0.3231	0.2533	0.2259	0.2173	0.2259	0.2251
chr3L	14403758	14403932	chr3L:14403759-14403932	FBgn0036423	CG3919	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.1124	0.1473	0.1037	0.0859	0.1422	0.1099	0.1426	0.0859	0.1896	0.1588	0.1896	0.1425	0.1072	0.1154	0.1072	0.1282
chr3L	14403981	14404160	chr3L:14403982-14404160	FBgn0036423	CG3919	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0978	0.0892	0.1204	0.0826	0.0636	0.1165	0.0926	0.1059	0.0636	0.1479	0.1309	0.1479	0.1239	0.0727	0.1083	0.0727	0.1006
chr3L	14408790	14408964	chr3L:14408791-14408964	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0288	0.0586	0.0195	0.0057	0.0477	0.0529	0.0757	0.0693	0.0477	0.0175	0.0193	0.0175	0.0194	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr3L	14414139	14414338	chr3L:14414140-14414338	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0259	0.0364	0.0272	0.0127	0.0127	0.0364	0.0484	0.0493	0.0127	0.0193	0.0457	0.0193	0.0124	0.013	0.02	0.013	0.0109
chr3L	14414980	14415360	chr3L:14414981-14415360	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0394	0.0409	0.044	0.0326	0.0074	0.0515	0.0376	0.07	0.0074	0.0513	0.0524	0.0513	0.0411	0.0475	0.058	0.0475	0.0307
chr3L	14416723	14417070	chr3L:14416724-14417070	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0344	0.0816	0.0457	0.0085	0.0417	0.0307	0.0566	0.0085	0.0399	0.1203	0.0399	0.1301	0.0176	0.1044	0.0176	0.0599
chr3L	14420347	14420595	chr3L:14420348-14420595	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1397	0.1022	0.1794	0.138	0.0827	0.1112	0.1371	0.1026	0.0827	0.1425	0.2334	0.1425	0.299	0.0459	0.2495	0.0459	0.2501
chr3L	14421937	14422110	chr3L:14421938-14422110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0163	0.0282	0.0228	0.0085	0.017	0.0229	0.0207	0.0085	0.0115	0.0492	0.0115	0.0217	0.0092	0.0709	0.0092	0.0172
chr3L	14426724	14426875	chr3L:14426725-14426875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0148	0.0208	0.0118	0.0011	0.0121	0.0225	0.0213	0.0011	0.0115	0.0341	0.0115	0.0132	0.0092	0.0309	0.0092	0.0083
chr3L	14427268	14427419	chr3L:14427269-14427419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0173	0.0183	0.0153	0.0074	0.015	0.026	0.022	0.0074	0.0157	0.0299	0.0157	0.0101	0.0107	0.0413	0.0107	0.0125
chr3L	14427779	14427957	chr3L:14427780-14427957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0187	0.0218	0.018	0.0085	0.0194	0.0238	0.026	0.0085	0.0127	0.0379	0.0127	0.0155	0.0038	0.0458	0.0038	0.0193
chr3L	14431137	14431303	chr3L:14431138-14431303	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0229	0.0294	0.0289	0.0091	0.017	0.0388	0.0316	0.0373	0.017	0.0688	0.0277	0.0688	0.0124	0.0084	0.0181	0.0084	0.0078
chr3L	14435634	14435785	chr3L:14435635-14435785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0125	0.0157	0.0113	0.0053	0.0117	0.0169	0.018	0.0053	0.0121	0.0219	0.0121	0.0201	0.01	0.0264	0.01	0.0047
chr3L	14438680	14438860	chr3L:14438681-14438860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0408	0.0395	0.0246	0.0212	0.0461	0.051	0.0546	0.0212	0.035	0.0514	0.035	0.0519	0.0153	0.0406	0.0153	0.0334
chr3L	14438908	14439107	chr3L:14438909-14439107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0662	0.0694	0.0783	0.0494	0.0467	0.0718	0.0843	0.0899	0.0467	0.0809	0.0926	0.0809	0.1092	0.0276	0.0671	0.0276	0.0662
chr3L	14439211	14439362	chr3L:14439212-14439362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0352	0.0396	0.0407	0.0241	0.0138	0.0495	0.0497	0.0473	0.0138	0.0435	0.0399	0.0435	0.0736	0.0168	0.0277	0.0168	0.0313
chr3L	14440044	14440257	chr3L:14440045-14440257	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0625	0.0786	0.0826	0.0223	0.0339	0.1184	0.0675	0.1119	0.0339	0.0845	0.0752	0.0845	0.165	0.0253	0.0297	0.0253	0.0224
chr3L	14440551	14440744	chr3L:14440552-14440744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0465	0.0656	0.0527	0.0184	0.0498	0.0646	0.0913	0.068	0.0498	0.0374	0.0588	0.0374	0.1108	0.013	0.029	0.013	0.0255
chr3L	14441619	14441847	chr3L:14441620-14441847	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1131	0.18	0.1121	0.0395	0.1962	0.1544	0.2024	0.2538	0.1962	0.0562	0.2058	0.0562	0.0775	0.0115	0.1367	0.0115	0.0188
chr3L	14441951	14442102	chr3L:14441952-14442102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0483	0.0684	0.0528	0.021	0.0657	0.0646	0.0731	0.0973	0.0657	0.035	0.0971	0.035	0.0333	0.0107	0.0677	0.0107	0.0099
chr3L	14444980	14445286	chr3L:14444981-14445286	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0457	0.1059	0.0183	0.0085	0.1082	0.0573	0.1721	0.1179	0.1082	0.0151	0.027	0.0151	0.0139	0.01	0.0135	0.01	0.0094
chr3L	14445843	14446287	chr3L:14445844-14446287	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1355	0.2449	0.1175	0.033	0.2036	0.2117	0.285	0.3578	0.2036	0.1769	0.1653	0.1769	0.0534	0.0658	0.0445	0.0658	0.0203
chr3L	14446512	14446663	chr3L:14446513-14446663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0206	0.0289	0.0253	0.0063	0.0138	0.033	0.0346	0.036	0.0138	0.0453	0.0315	0.0453	0.0108	0.01	0.0084	0.01	5e-04
chr3L	14447895	14448187	chr3L:14447896-14448187	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0401	0.0862	0.0207	0.0099	0.0742	0.0835	0.1107	0.1013	0.0742	0.0205	0.0267	0.0205	0.0178	0.0138	0.0103	0.0138	0.0141
chr3L	14450137	14450292	chr3L:14450138-14450292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.0077	0.0165	0.0322	0.0021	0.0087	0.0125	0.0047	0.0021	0.0121	0.0148	0.0121	0.0387	0.0145	0.0193	0.0145	0.0813
chr3L	14456722	14456930	chr3L:14456723-14456930	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0382	0.0641	0.0349	0.0128	0.035	0.0558	0.0822	0.0999	0.035	0.032	0.0521	0.032	0.0186	0.0115	0.02	0.0115	0.0083
chr3L	14461180	14461363	chr3L:14461181-14461363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0271	0.0269	0.0411	0.012	0.0127	0.0345	0.0372	0.0247	0.0127	0.0719	0.0502	0.0719	0.0194	0.0069	0.0213	0.0069	0.0135
chr3L	14469936	14470119	chr3L:14469937-14470119	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0437	0.0153	0.0632	0.054	0.0064	0.0189	0.019	0.0173	0.0064	0.0725	0.0839	0.0725	0.0697	0.0505	0.1077	0.0505	0.0688
chr3L	14470196	14470397	chr3L:14470197-14470397	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0773	0.039	0.111	0.083	0.0223	0.0539	0.0376	0.0513	0.0223	0.1129	0.155	0.1129	0.1154	0.0597	0.1599	0.0597	0.1251
chr3L	14471312	14471463	chr3L:14471313-14471463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.011	0.0095	0.0117	0.0118	0.0064	0.0107	0.0143	0.008	0.0064	0.0091	0.0186	0.0091	0.0054	0.0023	0.0342	0.0023	0.0078
chr3L	14481862	14482046	chr3L:14481863-14482046	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0491	0.0346	0.0747	0.037	0.0191	0.0383	0.0441	0.0466	0.0191	0.0839	0.1	0.0839	0.0767	0.0352	0.0625	0.0352	0.0417
chr3L	14482055	14482261	chr3L:14482056-14482261	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0552	0.0469	0.0792	0.0383	0.0339	0.0495	0.0571	0.0633	0.0339	0.0845	0.1029	0.0845	0.0891	0.0406	0.0574	0.0406	0.0422
chr3L	14482329	14482480	chr3L:14482330-14482480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0367	0.0298	0.0541	0.0255	0.0106	0.0422	0.0294	0.0406	0.0106	0.0537	0.0775	0.0537	0.0527	0.026	0.038	0.026	0.0281
chr3L	14482512	14482698	chr3L:14482513-14482698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0501	0.0487	0.0679	0.0322	0.0286	0.0583	0.0523	0.064	0.0286	0.0743	0.0916	0.0743	0.0674	0.0283	0.0503	0.0283	0.0412
chr3L	14485042	14485193	chr3L:14485043-14485193	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0107	0.0107	0.0164	0.0045	0.0032	0.0126	0.0117	0.016	0.0032	0.0085	0.0299	0.0085	0.007	0.0061	0.0052	0.0061	0.0052
chr3L	14485301	14485467	chr3L:14485302-14485467	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0143	0.0188	0.0185	0.0047	0.0032	0.0126	0.019	0.042	0.0032	0.0109	0.0347	0.0109	0.007	0.0061	0.0077	0.0061	0.001
chr3L	14491084	14491428	chr3L:14491085-14491428	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0333	0.0363	0.0157	0.017	0.0432	0.0342	0.0426	0.017	0.0284	0.0595	0.0284	0.0256	0.0168	0.0342	0.0168	0.0115
chr3L	14492804	14492976	chr3L:14492805-14492976	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0182	0.0353	0.0131	0.0049	0.0201	0.0233	0.048	0.058	0.0201	0.0103	0.0196	0.0103	0.0085	8e-04	0.0084	8e-04	0.0021
chr3L	14503107	14503318	chr3L:14503108-14503318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0145	0.0162	0.0157	0.0085	0.0131	0.0229	0.0167	0.0085	0.0097	0.0145	0.0097	0.0449	0.0115	0.0129	0.0115	0.0339
chr3L	14505996	14506147	chr3L:14505997-14506147	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0264	0.0193	0.0364	0.0233	0.0064	0.0291	0.0212	0.022	0.0064	0.0435	0.0437	0.0435	0.0349	0.026	0.0322	0.026	0.0281
chr3L	14506215	14506403	chr3L:14506216-14506403	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0798	0.0522	0.1126	0.0748	0.018	0.0718	0.0515	0.0726	0.018	0.1449	0.1219	0.1449	0.1108	0.0949	0.0832	0.0949	0.0839
chr3L	14506483	14506675	chr3L:14506484-14506675	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1106	0.0785	0.1463	0.1072	0.0361	0.1121	0.0649	0.1126	0.0361	0.1957	0.1537	0.1957	0.151	0.121	0.1277	0.121	0.1308
chr3L	14506837	14507109	chr3L:14506838-14507109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0543	0.0354	0.0821	0.0448	0.0106	0.0485	0.0355	0.048	0.0106	0.0906	0.1019	0.0906	0.0821	0.0314	0.0735	0.0314	0.0532
chr3L	14509891	14510051	chr3L:14509892-14510051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0275	0.0244	0.0339	0.0238	0.0117	0.0282	0.035	0.0266	0.0117	0.0248	0.0341	0.0248	0.0519	0.0199	0.0206	0.0199	0.0391
chr3L	14511886	14512037	chr3L:14511887-14512037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0165	0.0113	0.0169	0.022	0.0042	0.0092	0.0147	0.0187	0.0042	0.029	0.0174	0.029	0.017	0.0643	0.0213	0.0643	0.0125
chr3L	14515952	14516110	chr3L:14515953-14516110	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0136	0.0297	0.0439	0.0042	0.0131	0.0238	0.0133	0.0042	0.0163	0.0537	0.0163	0.017	0.0123	0.1431	0.0123	0.0307
chr3L	14516197	14516394	chr3L:14516198-14516394	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0207	0.042	0.0393	0.0074	0.0233	0.0268	0.0286	0.0074	0.0236	0.0781	0.0236	0.0201	0.0168	0.1135	0.0168	0.0297
chr3L	14522712	14522863	chr3L:14522713-14522863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0107	0.0128	0.012	0.0021	0.0126	0.0173	0.008	0.0021	0.0054	0.0235	0.0054	0.0108	0.0038	0.0355	0.0038	0.0047
chr3L	14523337	14523488	chr3L:14523338-14523488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0143	0.0156	0.0095	0.0011	0.0155	0.0216	0.0167	0.0011	0.0133	0.0257	0.0133	0.0139	0.0038	0.0258	0.0038	0.0063
chr3L	14527488	14527639	chr3L:14527489-14527639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0233	0.0199	0.0239	0.0263	0.0074	0.0282	0.019	0.0273	0.0074	0.029	0.0257	0.029	0.0271	0.0498	0.0303	0.0498	0.0224
chr3L	14529261	14529450	chr3L:14529262-14529450	FBgn0087007,FBgn0262891	CG43246,bbg	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0199	0.0374	0.0673	0.0053	0.0223	0.0268	0.0227	0.0053	0.0254	0.0482	0.0254	0.055	0.0352	0.1264	0.0352	0.1047
chr3L	14530592	14530773	chr3L:14530593-14530773	FBgn0026409	Mpcp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1945	0.1588	0.2484	0.1752	0.0891	0.2005	0.1704	0.2032	0.0891	0.3309	0.2624	0.3309	0.2417	0.1884	0.1857	0.1884	0.2084
chr3L	14531132	14531283	chr3L:14531133-14531283	FBgn0026409	Mpcp	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0425	0.0324	0.0565	0.0384	0.0148	0.0447	0.0355	0.0406	0.0148	0.0725	0.0582	0.0725	0.0581	0.0375	0.0348	0.0375	0.0485
chr3L	14531811	14531973	chr3L:14531812-14531973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0364	0.0385	0.0228	0.0223	0.0316	0.0489	0.054	0.0223	0.0386	0.0486	0.0386	0.048	0.0199	0.0342	0.0199	0.0266
chr3L	14537122	14537273	chr3L:14537123-14537273	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0404	0.0345	0.0495	0.037	0.018	0.0442	0.0298	0.0553	0.018	0.0284	0.082	0.0284	0.0488	0.0337	0.0858	0.0337	0.0349
chr3L	14537279	14537474	chr3L:14537280-14537474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0674	0.0445	0.0897	0.0687	0.0233	0.0626	0.0316	0.074	0.0233	0.0393	0.1543	0.0393	0.0976	0.0406	0.1812	0.0406	0.0646
chr3L	14537568	14537772	chr3L:14537569-14537772	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0517	0.0318	0.0684	0.0556	0.0148	0.0437	0.0277	0.046	0.0148	0.0278	0.1322	0.0278	0.0473	0.0276	0.1586	0.0276	0.0459
chr3L	14538346	14538506	chr3L:14538347-14538506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0377	0.0246	0.0424	0.0472	0.0085	0.0388	0.0264	0.0247	0.0085	0.0688	0.0495	0.0688	0.0364	0.1072	0.0625	0.1072	0.0354
chr3L	14538886	14539037	chr3L:14538887-14539037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0321	0.0315	0.0348	0.0299	0.0148	0.0437	0.0407	0.0293	0.0148	0.0374	0.0418	0.0374	0.0449	0.0513	0.0387	0.0513	0.036
chr3L	14540151	14540348	chr3L:14540152-14540348	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0463	0.053	0.0576	0.0263	0.0127	0.066	0.0567	0.0806	0.0127	0.0465	0.0804	0.0465	0.0736	0.0145	0.049	0.0145	0.0417
chr3L	14541032	14541212	chr3L:14541033-14541212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0498	0.0417	0.0525	0.0558	0.0138	0.068	0.0394	0.042	0.0138	0.0447	0.0534	0.0447	0.1108	0.0184	0.0464	0.0184	0.1449
chr3L	14541374	14541525	chr3L:14541375-14541525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0369	0.046	0.0373	0.0262	0.0138	0.0893	0.0355	0.044	0.0138	0.035	0.0428	0.035	0.0565	0.0145	0.0258	0.0145	0.0584
chr3L	14541569	14541720	chr3L:14541570-14541720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0382	0.05	0.0385	0.0246	0.0117	0.0869	0.0454	0.0566	0.0117	0.0399	0.046	0.0399	0.0418	0.0092	0.029	0.0092	0.0505
chr3L	14542358	14542509	chr3L:14542359-14542509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0301	0.0434	0.0307	0.0146	0.0286	0.035	0.0549	0.068	0.0286	0.026	0.0405	0.026	0.0325	0.0168	0.0245	0.0168	0.0162
chr3L	14543994	14544190	chr3L:14543995-14544190	FBgn0036428	CG9238	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2019	0.1776	0.2589	0.1664	0.1283	0.2286	0.1579	0.2545	0.1283	0.3279	0.2923	0.3279	0.2486	0.2175	0.2379	0.2175	0.2308
chr3L	14544307	14544517	chr3L:14544308-14544517	FBgn0036428	CG9238	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1618	0.126	0.2212	0.1366	0.0764	0.1752	0.1086	0.1805	0.0764	0.2856	0.2524	0.2856	0.22	0.1807	0.1773	0.1807	0.2001
chr3L	14544821	14545010	chr3L:14544822-14545010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0902	0.0633	0.1217	0.0856	0.0191	0.1107	0.0532	0.0759	0.0191	0.1751	0.1514	0.1751	0.096	0.1286	0.109	0.1286	0.1188
chr3L	14545495	14545731	chr3L:14545496-14545731	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_4515	Unspecified_4515	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.152	0.118	0.2058	0.1308	0.0626	0.1854	0.0731	0.1759	0.0626	0.2385	0.2624	0.2385	0.1828	0.1585	0.1986	0.1585	0.172
chr3L	14545833	14546041	chr3L:14545834-14546041	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_4515	Unspecified_4515	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1017	0.0694	0.1491	0.0858	0.0255	0.1087	0.048	0.1106	0.0255	0.1171	0.2379	0.1171	0.0852	0.0613	0.1799	0.0613	0.1001
chr3L	14548301	14548452	chr3L:14548302-14548452	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0352	0.0351	0.0448	0.0246	0.0032	0.0515	0.0402	0.044	0.0032	0.0386	0.0518	0.0386	0.086	0.0191	0.0348	0.0191	0.0422
chr3L	14549328	14549520	chr3L:14549329-14549520	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0614	0.0819	0.0643	0.0354	0.0498	0.0922	0.0839	0.1173	0.0498	0.0966	0.073	0.0966	0.0457	0.0467	0.0496	0.0467	0.0412
chr3L	14552391	14552568	chr3L:14552392-14552568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0237	0.04	0.0256	0.0106	0.0248	0.0337	0.0247	0.0106	0.0405	0.0392	0.0405	0.0767	0.0199	0.0258	0.0199	0.0485
chr3L	14552795	14553188	chr3L:14552796-14553188	FBgn0054039	CG34039	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1279	0.1168	0.1453	0.1212	0.0668	0.1364	0.1241	0.1612	0.0668	0.1733	0.1723	0.1733	0.134	0.111	0.1367	0.111	0.1558
chr3L	14553261	14553412	chr3L:14553262-14553412	FBgn0028418,FBgn0054039	CG34039,Lk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.049	0.042	0.0584	0.0465	0.0212	0.0534	0.0415	0.0566	0.0212	0.0652	0.0672	0.0652	0.0589	0.0337	0.0567	0.0337	0.0657
chr3L	14555547	14555698	chr3L:14555548-14555698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0344	0.0421	0.0295	0.0201	0.0301	0.0497	0.0393	0.0201	0.0429	0.0486	0.0429	0.0457	0.0253	0.0251	0.0253	0.0386
chr3L	14555837	14556038	chr3L:14555838-14556038	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1073	0.0885	0.1331	0.0998	0.0424	0.099	0.1042	0.1199	0.0424	0.1431	0.1508	0.1431	0.127	0.1072	0.1044	0.1072	0.1089
chr3L	14556682	14556848	chr3L:14556683-14556848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0282	0.0203	0.0368	0.0274	0.0117	0.0252	0.0221	0.0266	0.0117	0.0242	0.0421	0.0242	0.0682	0.0153	0.0374	0.0153	0.05
chr3L	14558383	14558570	chr3L:14558384-14558570	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0338	0.0177	0.0349	0.0507	0.0064	0.0243	0.0208	0.0207	0.0064	0.0175	0.019	0.0175	0.0147	0.0069	0.0103	0.0069	0.0104
chr3L	14562720	14562871	chr3L:14562721-14562871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0142	0.0131	0.0177	0.0053	0.0184	0.0156	0.018	0.0053	0.0139	0.0109	0.0139	0.0116	0.0038	0.0045	0.0038	0.0063
chr3L	14563349	14563554	chr3L:14563350-14563554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0278	0.0213	0.0308	0.0316	0.0074	0.0311	0.0238	0.022	0.0074	0.026	0.0222	0.026	0.0225	0.0054	0.0129	0.0054	0.0146
chr3L	14568924	14569099	chr3L:14568925-14569099	distal	distal	stage11	stage11	CG13479_CRM14	CG13479_CRM14	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0299	0.025	0.0486	0.0149	0.0064	0.0325	0.0229	0.0466	0.0064	0.0187	0.0273	0.0187	0.0178	0.0054	0.0071	0.0054	0.0078
chr3L	14569531	14569803	chr3L:14569532-14569803	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0481	0.0484	0.0693	0.0245	0.0297	0.0476	0.0471	0.0813	0.0297	0.0284	0.0479	0.0284	0.0263	0.0061	0.0064	0.0061	0.0109
chr3L	14570653	14570861	chr3L:14570654-14570861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0187	0.0346	0.021	0.0106	0.0218	0.0203	0.0293	0.0106	0.0175	0.0228	0.0175	0.0155	0.0031	0.0071	0.0031	0.012
chr3L	14572125	14572394	chr3L:14572126-14572394	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1866	0.1331	0.26	0.1659	0.0657	0.1835	0.1233	0.1799	0.0657	0.32	0.2977	0.32	0.2215	0.1899	0.1805	0.1899	0.1845
chr3L	14573474	14573625	chr3L:14573475-14573625	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0246	0.0268	0.0389	0.0106	0.0243	0.0324	0.0313	0.0106	0.0217	0.0286	0.0217	0.0062	0.0069	0.011	0.0069	0.0099
chr3L	14574666	14574870	chr3L:14574667-14574870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0399	0.0808	0.0258	0.0097	0.0541	0.0534	0.0835	0.1672	0.0541	0.0157	0.0312	0.0157	0.0132	0.0092	0.0084	0.0092	0.0078
chr3L	14575907	14576058	chr3L:14575908-14576058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0225	0.0329	0.0239	0.0093	0.018	0.0272	0.0389	0.0566	0.018	0.0133	0.0386	0.0133	0.0217	0.0023	0.0155	0.0023	0.0078
chr3L	14577664	14577886	chr3L:14577665-14577886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.029	0.0234	0.0159	0.0053	0.035	0.0307	0.0506	0.0053	0.0193	0.0248	0.0193	0.0132	0.0115	0.0129	0.0115	0.0109
chr3L	14579515	14579763	chr3L:14579516-14579763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0274	0.0345	0.0355	0.0104	0.0064	0.0359	0.0346	0.0713	0.0064	0.0266	0.0579	0.0266	0.017	0.0069	0.0148	0.0069	0.0073
chr3L	14581733	14581884	chr3L:14581734-14581884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0226	0.0228	0.0093	0.0117	0.0277	0.0225	0.038	0.0117	0.0157	0.0334	0.0157	0.0077	0.0069	0.0058	0.0069	0.0057
chr3L	14581982	14582170	chr3L:14581983-14582170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.026	0.0282	0.0372	0.0114	0.0085	0.0316	0.0255	0.0553	0.0085	0.0223	0.0559	0.0223	0.0139	0.0031	0.0148	0.0031	0.0063
chr3L	14584191	14584368	chr3L:14584192-14584368	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0117	0.0198	0.0269	0.0032	0.0136	0.0143	0.016	0.0032	0.0085	0.0122	0.0085	0.0124	0.0046	0.011	0.0046	0.0078
chr3L	14585203	14585495	chr3L:14585204-14585495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0336	0.0288	0.0459	0.0255	0.0064	0.0403	0.0255	0.0473	0.0064	0.0332	0.0408	0.0332	0.0232	0.0054	0.0135	0.0054	0.0057
chr3L	14592699	14592890	chr3L:14592700-14592890	FBgn0040318	HGTX	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1625	0.163	0.208	0.1121	0.1347	0.1777	0.1743	0.2219	0.1347	0.2621	0.2405	0.2621	0.1139	0.1072	0.0928	0.1072	0.0964
chr3L	14593775	14593986	chr3L:14593776-14593986	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.1058	0.1355	0.0888	0.0615	0.1277	0.1055	0.1486	0.0615	0.1558	0.1601	0.1558	0.11	0.1003	0.0999	0.1003	0.0907
chr3L	14596399	14596571	chr3L:14596400-14596571	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0513	0.0819	0.0308	0.0308	0.0636	0.0489	0.0773	0.0308	0.1081	0.0968	0.1081	0.0573	0.0337	0.0368	0.0337	0.0349
chr3L	14598676	14598843	chr3L:14598677-14598843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0136	0.0187	0.0253	0.0074	0.0136	0.0195	0.0153	0.0074	0.0169	0.0277	0.0169	0.0155	0.0138	0.0348	0.0138	0.0406
chr3L	14600840	14601049	chr3L:14600841-14601049	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0614	0.0827	0.0581	0.0403	0.0733	0.0619	0.0853	0.0403	0.0918	0.1035	0.0918	0.0914	0.0658	0.0825	0.0658	0.0839
chr3L	14601255	14601462	chr3L:14601256-14601462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0189	0.0287	0.0273	0.0159	0.0175	0.0251	0.0207	0.0159	0.0314	0.0305	0.0314	0.0465	0.0184	0.0245	0.0184	0.0573
chr3L	14602608	14602759	chr3L:14602609-14602759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0193	0.013	0.0216	0.0238	0.0053	0.0146	0.0169	0.0147	0.0053	0.026	0.0248	0.026	0.0294	0.0107	0.0193	0.0107	0.0578
chr3L	14603987	14604138	chr3L:14603988-14604138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0267	0.015	0.0322	0.0338	0.0053	0.0141	0.0242	0.014	0.0053	0.0187	0.0518	0.0187	0.0372	0.0069	0.0799	0.0069	0.0448
chr3L	14604153	14604304	chr3L:14604154-14604304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0145	0.0355	0.0365	0.0053	0.018	0.0169	0.0173	0.0053	0.0139	0.0672	0.0139	0.024	0.0077	0.1083	0.0077	0.0287
chr3L	14604892	14605075	chr3L:14604893-14605075	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0498	0.0277	0.0843	0.0366	0.0064	0.032	0.0268	0.05	0.0064	0.0338	0.1707	0.0338	0.0256	0.0168	0.1206	0.0168	0.0146
chr3L	14606400	14607019	chr3L:14606401-14607019	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1624	0.1367	0.2193	0.1287	0.0954	0.151	0.1579	0.1792	0.0954	0.2959	0.2646	0.2959	0.244	0.1723	0.2095	0.1723	0.1558
chr3L	14607257	14607592	chr3L:14607258-14607592	FBgn0003388	shd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.145	0.0708	0.2341	0.1301	0.0318	0.0951	0.0813	0.0786	0.0318	0.2917	0.3106	0.2917	0.2363	0.1271	0.2373	0.1271	0.1746
chr3L	14610856	14611007	chr3L:14610857-14611007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0148	0.032	0.035	0.0053	0.0199	0.0229	0.0113	0.0053	0.0223	0.0534	0.0223	0.0302	0.0061	0.127	0.0061	0.0125
chr3L	14611455	14611606	chr3L:14611456-14611606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0234	0.0213	0.036	0.012	0.0138	0.0243	0.0298	0.0207	0.0138	0.0151	0.0505	0.0151	0.0627	0.0115	0.0303	0.0115	0.0057
chr3L	14614414	14614565	chr3L:14614415-14614565	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0419	0.046	0.0506	0.0277	0.0318	0.0398	0.0571	0.0653	0.0318	0.0568	0.0611	0.0568	0.0496	0.026	0.0438	0.026	0.0307
chr3L	14614643	14614865	chr3L:14614644-14614865	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.123	0.1255	0.1444	0.0968	0.0795	0.1427	0.1436	0.1546	0.0795	0.1739	0.1701	0.1739	0.1232	0.0949	0.1367	0.0949	0.1209
chr3L	14615252	14615403	chr3L:14615253-14615403	FBgn0036433	CG9628	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0217	0.012	0.0221	0.0323	0.0042	0.0126	0.019	0.0133	0.0042	0.0133	0.026	0.0133	0.0318	0.0115	0.0516	0.0115	0.0386
chr3L	14615504	14615670	chr3L:14615505-14615670	FBgn0036433	CG9628	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0259	0.0527	0.0655	0.017	0.0379	0.0272	0.0286	0.017	0.0314	0.0695	0.0314	0.0658	0.0207	0.1077	0.0207	0.0709
chr3L	14615754	14615951	chr3L:14615755-14615951	FBgn0036433	CG9628	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0703	0.0343	0.0769	0.1033	0.0127	0.0505	0.0381	0.042	0.0127	0.0399	0.1132	0.0399	0.0883	0.0184	0.1979	0.0184	0.1115
chr3L	14616141	14616316	chr3L:14616142-14616316	FBgn0036433	CG9628	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0132	0.0245	0.0382	0.0053	0.0175	0.0182	0.014	0.0053	0.0181	0.036	0.0181	0.024	0.0253	0.0896	0.0253	0.0354
chr3L	14616891	14617063	chr3L:14616892-14617063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0292	0.0233	0.034	0.0304	0.0032	0.0228	0.0433	0.0173	0.0032	0.0181	0.0299	0.0181	0.017	0.0061	0.0348	0.0061	0.0156
chr3L	14617513	14617779	chr3L:14617514-14617779	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0485	0.0492	0.0501	0.046	0.0403	0.0345	0.0835	0.0446	0.0403	0.0199	0.0759	0.0199	0.0356	0.0115	0.1328	0.0115	0.024
chr3L	14617959	14618200	chr3L:14617960-14618200	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0736	0.0669	0.0841	0.0696	0.052	0.0432	0.1012	0.0919	0.052	0.0211	0.1659	0.0211	0.0387	0.0123	0.2282	0.0123	0.025
chr3L	14618744	14618937	chr3L:14618745-14618937	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0439	0.0138	0.0665	0.0526	0.0021	0.0209	0.0125	0.02	0.0021	0.0278	0.0949	0.0278	0.093	0.0199	0.1322	0.0199	0.0453
chr3L	14624837	14625036	chr3L:14624838-14625036	FBgn0027375	RecQ5	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0673	0.0806	0.0549	0.0297	0.0743	0.0826	0.0853	0.0297	0.093	0.092	0.093	0.0782	0.0574	0.058	0.0574	0.0573
chr3L	14625112	14625293	chr3L:14625113-14625293	FBgn0027375,FBgn0041604	RecQ5,dlp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1453	0.1327	0.1789	0.1225	0.0944	0.1505	0.1445	0.1732	0.0944	0.221	0.2045	0.221	0.158	0.121	0.136	0.121	0.1397
chr3L	14625613	14625796	chr3L:14625614-14625796	FBgn0027375,FBgn0041604	RecQ5,dlp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2091	0.1933	0.2513	0.1805	0.1686	0.2175	0.2037	0.2538	0.1686	0.2977	0.2894	0.2977	0.2378	0.1807	0.1883	0.1807	0.234
chr3L	14627822	14628169	chr3L:14627823-14628169	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1545	0.1549	0.2146	0.088	0.0541	0.182	0.151	0.2598	0.0541	0.096	0.3579	0.096	0.2138	0.0896	0.2018	0.0896	0.0584
chr3L	14628586	14628786	chr3L:14628587-14628786	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0732	0.0527	0.115	0.0503	0.0159	0.0777	0.0402	0.0853	0.0159	0.0344	0.1984	0.0344	0.1479	0.0199	0.1257	0.0199	0.0474
chr3L	14631275	14631485	chr3L:14631276-14631485	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1081	0.1473	0.1397	0.0297	0.105	0.1485	0.1445	0.2378	0.105	0.0694	0.2749	0.0694	0.0558	0.0145	0.0767	0.0145	0.0203
chr3L	14633491	14633794	chr3L:14633492-14633794	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0488	0.0745	0.0478	0.021	0.0541	0.0573	0.0843	0.1339	0.0541	0.0284	0.0804	0.0284	0.0333	0.01	0.0316	0.01	0.0234
chr3L	14634150	14634301	chr3L:14634151-14634301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0282	0.0383	0.0189	0.0138	0.0286	0.032	0.0453	0.0138	0.0157	0.0672	0.0157	0.0364	0.0092	0.0509	0.0092	0.0125
chr3L	14635190	14635462	chr3L:14635191-14635462	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1068	0.1761	0.1102	0.0258	0.122	0.1631	0.1925	0.2845	0.122	0.0483	0.2068	0.0483	0.0674	0.0176	0.0445	0.0176	0.0214
chr3L	14635843	14635994	chr3L:14635844-14635994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0335	0.038	0.0442	0.0169	0.0201	0.0345	0.0411	0.0653	0.0201	0.0393	0.0701	0.0393	0.0294	0.0276	0.0245	0.0276	0.0188
chr3L	14636837	14637121	chr3L:14636838-14637121	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1061	0.1529	0.1261	0.0319	0.123	0.1248	0.1592	0.2632	0.123	0.0743	0.2354	0.0743	0.0643	0.0176	0.0761	0.0176	0.0245
chr3L	14638022	14638173	chr3L:14638023-14638173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0288	0.0232	0.0412	0.0213	0.0085	0.0311	0.0242	0.0346	0.0085	0.0435	0.0617	0.0435	0.0256	0.0268	0.0232	0.0268	0.0281
chr3L	14638291	14638619	chr3L:14638292-14638619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0544	0.0487	0.068	0.0457	0.0212	0.0524	0.0735	0.0553	0.0212	0.0779	0.0932	0.0779	0.0442	0.0712	0.0464	0.0712	0.0526
chr3L	14638874	14639083	chr3L:14638875-14639083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0291	0.0216	0.039	0.0266	0.0053	0.0306	0.0221	0.0313	0.0053	0.0181	0.0441	0.0181	0.0844	0.0191	0.0174	0.0191	0.0495
chr3L	14642254	14642500	chr3L:14642255-14642500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0381	0.0355	0.0467	0.0315	0.0127	0.0359	0.0381	0.0586	0.0127	0.032	0.082	0.032	0.0217	0.0375	0.049	0.0375	0.0287
chr3L	14643260	14643642	chr3L:14643261-14643642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0636	0.0431	0.0961	0.051	0.0085	0.0621	0.0285	0.0819	0.0085	0.0839	0.1161	0.0839	0.1146	0.0482	0.0406	0.0482	0.0954
chr3L	14643645	14643868	chr3L:14643646-14643868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0378	0.0283	0.05	0.0351	0.0074	0.0398	0.0281	0.0413	0.0074	0.0362	0.0492	0.0362	0.1084	0.0322	0.0219	0.0322	0.075
chr3L	14644519	14644735	chr3L:14644520-14644735	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0345	0.038	0.0444	0.0198	0.0127	0.0442	0.0337	0.0706	0.0127	0.0308	0.0759	0.0308	0.0302	0.0207	0.0342	0.0207	0.0177
chr3L	14645610	14645820	chr3L:14645611-14645820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0324	0.0239	0.0381	0.0355	0.0053	0.0296	0.0238	0.038	0.0053	0.0266	0.0621	0.0266	0.0287	0.0544	0.0793	0.0544	0.0151
chr3L	14645900	14646071	chr3L:14645901-14646071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0303	0.0183	0.0355	0.038	0.0021	0.0238	0.0173	0.0293	0.0021	0.0217	0.064	0.0217	0.0178	0.0643	0.0819	0.0643	0.0177
chr3L	14647245	14647396	chr3L:14647246-14647396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0216	0.0171	0.0254	0.0224	0.0011	0.0238	0.0156	0.0233	0.0011	0.0187	0.0367	0.0187	0.0232	0.026	0.02	0.026	0.036
chr3L	14648040	14648282	chr3L:14648041-14648282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0241	0.0406	0.0546	0.0085	0.0335	0.0238	0.0313	0.0085	0.0423	0.0566	0.0423	0.0356	0.1348	0.0574	0.1348	0.0417
chr3L	14648467	14649038	chr3L:14648468-14649038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1233	0.1366	0.1476	0.0819	0.0541	0.1757	0.0982	0.2425	0.0541	0.0882	0.2678	0.0882	0.0666	0.108	0.1593	0.108	0.0495
chr3L	14652530	14652681	chr3L:14652531-14652681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0339	0.0353	0.0397	0.026	0.0064	0.0704	0.0234	0.0426	0.0064	0.0229	0.0556	0.0229	0.0387	0.0191	0.0232	0.0191	0.0203
chr3L	14653032	14653189	chr3L:14653033-14653189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0313	0.0246	0.0315	0.0387	0.0064	0.0359	0.0221	0.0346	0.0064	0.0266	0.0354	0.0266	0.0163	0.026	0.011	0.026	0.0198
chr3L	14653625	14653930	chr3L:14653626-14653930	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0742	0.0602	0.0703	0.0943	0.0265	0.0825	0.0536	0.0879	0.0265	0.0574	0.0707	0.0574	0.0372	0.0475	0.0638	0.0475	0.0281
chr3L	14653973	14654124	chr3L:14653974-14654124	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0361	0.0226	0.0322	0.0556	0.0106	0.0286	0.0221	0.0346	0.0106	0.0229	0.0402	0.0229	0.0201	0.0329	0.0516	0.0329	0.0219
chr3L	14654876	14655047	chr3L:14654877-14655047	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0372	0.0194	0.0316	0.0632	0.0011	0.0243	0.0234	0.0253	0.0011	0.0187	0.0312	0.0187	0.0116	0.0115	0.0155	0.0115	0.024
chr3L	14655202	14655367	chr3L:14655203-14655367	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0413	0.026	0.0364	0.0638	0.0021	0.0388	0.0247	0.0373	0.0021	0.026	0.0357	0.026	0.0178	0.013	0.0174	0.013	0.0219
chr3L	14655477	14655628	chr3L:14655478-14655628	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0368	0.0319	0.032	0.0476	0.0042	0.0447	0.026	0.058	0.0042	0.0326	0.0354	0.0326	0.0178	0.0107	0.0103	0.0107	0.0193
chr3L	14656206	14656584	chr3L:14656207-14656584	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0497	0.0336	0.0694	0.0461	0.0095	0.0534	0.0346	0.0373	0.0095	0.1027	0.0875	0.1027	0.0465	0.1011	0.0335	0.1011	0.024
chr3L	14656671	14656822	chr3L:14656672-14656822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.032	0.0248	0.0414	0.0298	0.0095	0.0417	0.0234	0.0293	0.0095	0.061	0.0502	0.061	0.0333	0.085	0.0232	0.085	0.0182
chr3L	14656948	14657206	chr3L:14656949-14657206	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0489	0.0516	0.0618	0.0319	0.0212	0.0903	0.0411	0.06	0.0212	0.096	0.0723	0.096	0.0411	0.0475	0.0368	0.0475	0.0224
chr3L	14657502	14657776	chr3L:14657503-14657776	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0636	0.0565	0.0972	0.0348	0.0095	0.1204	0.0394	0.0526	0.0095	0.253	0.0775	0.253	0.0426	0.0681	0.0264	0.0681	0.038
chr3L	14658941	14659208	chr3L:14658942-14659208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0417	0.0295	0.0448	0.0519	0.0106	0.0316	0.0381	0.0393	0.0106	0.0531	0.0547	0.0531	0.038	0.0276	0.0251	0.0276	0.0448
chr3L	14659337	14659563	chr3L:14659338-14659563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0391	0.0263	0.0482	0.0433	0.0064	0.0296	0.0342	0.0333	0.0064	0.0634	0.0621	0.0634	0.0263	0.0245	0.0232	0.0245	0.0422
chr3L	14661933	14662087	chr3L:14661934-14662087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0261	0.0171	0.0296	0.0323	0.0074	0.0214	0.0225	0.0173	0.0074	0.0205	0.0415	0.0205	0.0426	0.0253	0.0239	0.0253	0.0693
chr3L	14664504	14664676	chr3L:14664505-14664676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0478	0.0365	0.0646	0.0419	0.0212	0.0388	0.0398	0.0533	0.0212	0.067	0.0875	0.067	0.0635	0.0421	0.0445	0.0421	0.0532
chr3L	14664760	14664948	chr3L:14664761-14664948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1066	0.1001	0.123	0.0959	0.0647	0.1087	0.1198	0.1266	0.0647	0.1389	0.1524	0.1389	0.1286	0.0911	0.1148	0.0911	0.1225
chr3L	14665809	14665980	chr3L:14665810-14665980	FBgn0259175,FBgn0262581	CG43121,ome	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0221	0.0353	0.0575	0.0127	0.0282	0.0251	0.0273	0.0127	0.029	0.046	0.029	0.0411	0.0819	0.1122	0.0819	0.0433
chr3L	14666434	14666585	chr3L:14666435-14666585	FBgn0259175	ome	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0349	0.0253	0.0362	0.0441	0.0148	0.0277	0.0324	0.032	0.0148	0.0332	0.0508	0.0332	0.0364	0.0337	0.1083	0.0337	0.0323
chr3L	14667029	14667237	chr3L:14667030-14667237	FBgn0011927,FBgn0011928	tRNA:M3:70Fa,tRNA:M3:70Fb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1904	0.2003	0.2105	0.1572	0.175	0.232	0.2184	0.2345	0.175	0.2548	0.2412	0.2548	0.2053	0.16	0.176	0.16	0.1694
chr3L	14667311	14667487	chr3L:14667312-14667487	FBgn0011927,FBgn0011928	tRNA:M3:70Fa,tRNA:M3:70Fb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2455	0.2571	0.2666	0.2094	0.2216	0.2825	0.2833	0.3211	0.2216	0.3315	0.2891	0.3315	0.2657	0.2266	0.2244	0.2266	0.2361
chr3L	14667672	14667823	chr3L:14667673-14667823	FBgn0011928	tRNA:M3:70Fb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0677	0.0756	0.0462	0.0477	0.0791	0.0753	0.0859	0.0477	0.0876	0.0897	0.0876	0.0689	0.0544	0.049	0.0544	0.0537
chr3L	14671233	14671384	chr3L:14671234-14671384	FBgn0036436	CG4914	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0226	0.01	0.0255	0.0336	0.0064	0.0102	0.0164	0.008	0.0064	0.0157	0.036	0.0157	0.038	0.0107	0.089	0.0107	0.0287
chr3L	14671666	14671817	chr3L:14671667-14671817	FBgn0036436	CG4914	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0125	0.0203	0.0299	0.0074	0.0141	0.0177	0.0107	0.0074	0.0139	0.0315	0.0139	0.024	0.0092	0.0909	0.0092	0.0208
chr3L	14683789	14683940	chr3L:14683790-14683940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0079	0.0067	0.0146	0.0042	0.0034	0.0156	0.008	0.0042	0.0024	0.0077	0.0024	0.0031	0.0015	0.0058	0.0015	0.0026
chr3L	14699724	14699926	chr3L:14699725-14699926	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0293	0.0097	0.0228	0.0583	0.0064	0.0092	0.0134	0.0127	0.0064	0.0072	0.0299	0.0072	0.0403	0.0161	0.1096	0.0161	0.074
chr3L	14701580	14701731	chr3L:14701581-14701731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0105	0.0071	0.0091	0.0159	0.0021	0.0049	0.0147	0.0067	0.0021	0.0109	0.0096	0.0109	0.0101	0.0368	0.0077	0.0368	0.0208
chr3L	14736456	14736738	chr3L:14736457-14736738	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0346	0.0214	0.0385	0.0451	0.0021	0.0233	0.0359	0.0213	0.0021	0.0187	0.0621	0.0187	0.0395	0.0153	0.1193	0.0153	0.0427
chr3L	14744620	14744771	chr3L:14744621-14744771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0391	0.0523	0.042	0.0212	0.0403	0.0442	0.0843	0.0486	0.0403	0.0707	0.0437	0.0707	0.0318	0.0153	0.0226	0.0153	0.0271
chr3L	14748258	14748594	chr3L:14748259-14748594	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT30867.1	VT30867.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3413	0.3154	0.4079	0.297	0.2407	0.4126	0.2833	0.4184	0.2407	0.538	0.4434	0.538	0.34	0.3315	0.3256	0.3315	0.3345
chr3L	14748743	14748905	chr3L:14748744-14748905	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT30867.1	VT30867.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1591	0.139	0.1928	0.1445	0.1082	0.183	0.1189	0.1965	0.1082	0.2409	0.2248	0.2409	0.1828	0.1417	0.1954	0.1417	0.1636
chr3L	14749438	14749698	chr3L:14749439-14749698	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT30867.1,VT30868.1	VT30867.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2051	0.1179	0.2259	0.2798	0.0689	0.168	0.1168	0.1412	0.0689	0.2403	0.2482	0.2403	0.2781	0.291	0.3011	0.291	0.3481
chr3L	14749977	14750128	chr3L:14749978-14750128	distal	distal	stage14	stage14	VT30868.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1026	0.0833	0.1151	0.1106	0.0615	0.1136	0.0869	0.0913	0.0615	0.1365	0.1113	0.1365	0.1356	0.0965	0.1154	0.0965	0.1376
chr3L	14750427	14750666	chr3L:14750428-14750666	FBgn0260233	CG42507	stage11,stage14,stage5	none	Trl_-204/+737,VT30868.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2555	0.235	0.3039	0.2252	0.1474	0.2985	0.2621	0.2751	0.1474	0.3949	0.3145	0.3949	0.3021	0.2542	0.2282	0.2542	0.2434
chr3L	14751009	14751345	chr3L:14751010-14751345	FBgn0260233	CG42507	stage11,stage14,stage5	none	Trl_-204/+737,VT30868.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.3632	0.3443	0.4264	0.3149	0.2566	0.4204	0.3811	0.3944	0.2566	0.5314	0.4614	0.5314	0.4175	0.3384	0.3179	0.3384	0.3632
chr3L	14751959	14752215	chr3L:14751960-14752215	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2269	0.2105	0.2968	0.1686	0.1463	0.2709	0.1903	0.2951	0.1463	0.3998	0.355	0.3998	0.2332	0.1585	0.2231	0.1585	0.2053
chr3L	14752246	14752502	chr3L:14752247-14752502	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2415	0.1836	0.301	0.2409	0.0901	0.2689	0.1579	0.2525	0.0901	0.3865	0.317	0.3865	0.2835	0.2473	0.2392	0.2473	0.2845
chr3L	14752707	14752858	chr3L:14752708-14752858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1063	0.0464	0.1286	0.1489	0.0117	0.0888	0.0381	0.0506	0.0117	0.1806	0.1071	0.1806	0.1642	0.1692	0.1341	0.1692	0.185
chr3L	14753125	14753300	chr3L:14753126-14753300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1156	0.0374	0.1605	0.1536	0.0074	0.0782	0.0272	0.0346	0.0074	0.2458	0.1498	0.2458	0.2239	0.2021	0.1676	0.2021	0.21
chr3L	14754989	14755165	chr3L:14754990-14755165	FBgn0036446,FBgn0053260	CG33260,CG9384	stage11,stage14,stage5	none	VT30872.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1997	0.203	0.2218	0.1718	0.1474	0.2248	0.2357	0.2452	0.1474	0.288	0.2376	0.288	0.213	0.1799	0.1876	0.1799	0.1965
chr3L	14768862	14769118	chr3L:14768863-14769118	FBgn0036448	mop	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1337	0.132	0.1812	0.0834	0.0498	0.1748	0.1553	0.1552	0.0498	0.2403	0.2068	0.2403	0.1441	0.085	0.0858	0.085	0.1016
chr3L	14769153	14769326	chr3L:14769154-14769326	FBgn0036448	mop	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.138	0.1281	0.1739	0.1096	0.0636	0.1549	0.1527	0.1599	0.0636	0.221	0.1926	0.221	0.1526	0.1302	0.1148	0.1302	0.1188
chr3L	14769630	14769781	chr3L:14769631-14769781	FBgn0036448	mop	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0432	0.0492	0.033	0.0265	0.0398	0.0597	0.0513	0.0265	0.0676	0.0527	0.0676	0.0434	0.0345	0.0329	0.0345	0.0443
chr3L	14772940	14773091	chr3L:14772941-14773091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.0299	0.0321	0.0338	0.0286	0.0248	0.0433	0.0326	0.0286	0.0344	0.0338	0.0344	0.048	0.0184	0.0309	0.0184	0.0703
chr3L	14773289	14773537	chr3L:14773290-14773537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0496	0.0413	0.0546	0.0535	0.0244	0.0383	0.064	0.04	0.0244	0.0616	0.0457	0.0616	0.0914	0.0345	0.0361	0.0345	0.1073
chr3L	14774268	14774509	chr3L:14774269-14774509	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1722	0.0828	0.2373	0.2007	0.0308	0.1403	0.0804	0.0839	0.0308	0.308	0.2633	0.308	0.2517	0.2205	0.2295	0.2205	0.2209
chr3L	14776963	14777171	chr3L:14776964-14777171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0629	0.1168	0.043	0.0246	0.088	0.0524	0.2189	0.1226	0.088	0.0368	0.0624	0.0368	0.0356	0.0222	0.038	0.0222	0.0302
chr3L	14777861	14778037	chr3L:14777862-14778037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0845	0.0953	0.0916	0.0488	0.0854	0.1155	0.0933	0.0488	0.1069	0.1148	0.1069	0.086	0.1478	0.1348	0.1478	0.0948
chr3L	14778272	14778490	chr3L:14778273-14778490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.1248	0.1198	0.1319	0.1228	0.07	0.1286	0.1401	0.1506	0.07	0.0984	0.1637	0.0984	0.1433	0.1317	0.1754	0.1317	0.1355
chr3L	14778552	14778789	chr3L:14778553-14778789	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1584	0.2074	0.136	0.1281	0.1824	0.1898	0.2772	0.2332	0.1824	0.1069	0.1309	0.1069	0.1278	0.0865	0.1186	0.0865	0.1245
chr3L	14778920	14779167	chr3L:14778921-14779167	FBgn0036449	bmm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.112	0.1321	0.11	0.0916	0.1177	0.1248	0.1799	0.1379	0.1177	0.1105	0.1186	0.1105	0.0937	0.0689	0.0986	0.0689	0.0974
chr3L	14779340	14779557	chr3L:14779341-14779557	FBgn0036449,FBgn0036450	CG13472,bmm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2105	0.2101	0.2363	0.1827	0.1824	0.2141	0.2522	0.2512	0.1824	0.2784	0.2482	0.2784	0.2355	0.1769	0.2083	0.1769	0.211
chr3L	14779786	14779977	chr3L:14779787-14779977	FBgn0036449,FBgn0036450	CG13472,bmm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1618	0.1563	0.1834	0.1443	0.1474	0.1578	0.1916	0.1832	0.1474	0.2204	0.1932	0.2204	0.1991	0.1432	0.156	0.1432	0.1657
chr3L	14782922	14783107	chr3L:14782923-14783107	FBgn0036451	CG9425	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1761	0.1684	0.2086	0.149	0.1304	0.1845	0.1959	0.2065	0.1304	0.2615	0.2296	0.2615	0.1944	0.1508	0.1663	0.1508	0.1688
chr3L	14783329	14783506	chr3L:14783330-14783506	FBgn0036451	CG9425	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1822	0.1691	0.2142	0.1617	0.14	0.1903	0.2046	0.1959	0.14	0.2687	0.2302	0.2687	0.2177	0.1738	0.1863	0.1738	0.1756
chr3L	14783552	14783752	chr3L:14783553-14783752	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1268	0.1118	0.1563	0.1113	0.0764	0.1345	0.1332	0.1292	0.0764	0.2041	0.1646	0.2041	0.1611	0.1286	0.1083	0.1286	0.136
chr3L	14793933	14794899	chr3L:14793934-14794899	FBgn0029148	NHP2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1349	0.1545	0.1549	0.0911	0.1092	0.165	0.2042	0.1652	0.1092	0.1981	0.1704	0.1981	0.1751	0.1363	0.0806	0.1363	0.1105
chr3L	14794927	14795116	chr3L:14794928-14795116	FBgn0029148	NHP2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0991	0.094	0.0572	0.0647	0.1117	0.1319	0.1039	0.0647	0.1226	0.108	0.1226	0.0806	0.0674	0.06	0.0674	0.0667
chr3L	14795182	14795379	chr3L:14795183-14795379	FBgn0029148	NHP2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1405	0.1527	0.1605	0.1049	0.1007	0.167	0.2007	0.1679	0.1007	0.2005	0.1807	0.2005	0.1611	0.1194	0.1057	0.1194	0.1266
chr3L	14795556	14796093	chr3L:14795557-14796093	FBgn0001120,FBgn0029148	NHP2,gnu	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0654	0.0654	0.0832	0.0457	0.0265	0.0694	0.0856	0.0793	0.0265	0.1069	0.0936	0.1069	0.0798	0.049	0.0406	0.049	0.0568
chr3L	14796420	14796620	chr3L:14796421-14796620	FBgn0001120	gnu	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0402	0.0578	0.0461	0.0139	0.0392	0.0607	0.0666	0.072	0.0392	0.0429	0.0601	0.0429	0.0612	0.0153	0.0148	0.0153	0.0208
chr3L	14798000	14798195	chr3L:14798001-14798195	FBgn0036454	CG17839	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.012	0.0152	0.0575	0.0042	0.0165	0.0156	0.0107	0.0042	0.0109	0.0164	0.0109	0.017	0.0123	0.0625	0.0123	0.0276
chr3L	14826330	14826481	chr3L:14826331-14826481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	none	0.0098	0.0102	0.0061	0.0134	0.0032	0.0146	0.013	0.0107	0.0032	0.006	0.0068	0.006	0.0077	0.0276	0.0026	0.0276	0.0099
chr3L	14826681	14826832	chr3L:14826682-14826832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.0209	0.0124	0.0213	0.0106	0.0262	0.0311	0.0153	0.0106	0.0115	0.0154	0.0115	0.0139	0.0528	0.0097	0.0528	0.0151
chr3L	14828618	14828769	chr3L:14828619-14828769	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0091	0.0085	0.0146	0.0042	0.0092	0.016	0.0067	0.0042	0.0127	0.0071	0.0127	0.0046	0.0077	0.0032	0.0077	0.0036
chr3L	14828867	14829018	chr3L:14828868-14829018	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.008	0.0066	0.0099	0.0021	0.0092	0.0138	0.006	0.0021	0.0042	0.009	0.0042	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chr3L	14836754	14836905	chr3L:14836755-14836905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.0136	0.0148	0.0127	0.0032	0.0102	0.019	0.0233	0.0032	0.0066	0.0286	0.0066	0.0062	0.0061	0.0361	0.0061	0.0057
chr3L	14839889	14840040	chr3L:14839890-14840040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0075	0.0047	0.012	0.0042	0.0058	0.0134	0.0073	0.0042	0.0048	0.0048	0.0048	0.0031	0.0046	0.0064	0.0046	0.0052
chr3L	14854030	14854181	chr3L:14854031-14854181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0078	0.009	0.0058	0.0085	0.0064	0.0053	0.0195	0.0033	0.0064	0.0066	0.0045	0.0066	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.0036
chr3L	14917632	14917783	chr3L:14917633-14917783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0083	0.0067	0.0093	0.0053	0.0063	0.0156	0.0053	0.0053	0.006	0.0071	0.006	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chr3L	14935687	14935838	chr3L:14935688-14935838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0443	0.0474	0.0556	0.0285	0.0191	0.0583	0.0549	0.0666	0.0191	0.0731	0.0659	0.0731	0.0519	0.0322	0.0335	0.0322	0.0344
chr3L	14936006	14936193	chr3L:14936007-14936193	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1532	0.1754	0.1	0.0997	0.1733	0.1548	0.2258	0.0997	0.2301	0.2087	0.2301	0.158	0.108	0.1141	0.108	0.1188
chr3L	14936338	14936538	chr3L:14936339-14936538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.065	0.1007	0.0632	0.027	0.0604	0.0995	0.0982	0.1765	0.0604	0.0749	0.0855	0.0749	0.0465	0.0268	0.0451	0.0268	0.0261
chr3L	14936554	14936716	chr3L:14936555-14936716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0441	0.0845	0.0335	0.0107	0.0551	0.0786	0.0714	0.1639	0.0551	0.0284	0.0553	0.0284	0.0186	0.0092	0.0174	0.0092	0.0115
chr3L	14937396	14937630	chr3L:14937397-14937630	FBgn0040809	CG13465	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1102	0.24	0.0666	0.0131	0.2068	0.1777	0.3084	0.3531	0.2068	0.07	0.101	0.07	0.0232	0.01	0.0226	0.01	0.0135
chr3L	14937856	14938058	chr3L:14937857-14938058	FBgn0040809	CG13465	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0789	0.1271	0.0839	0.0196	0.0838	0.1316	0.1298	0.1972	0.0838	0.0984	0.1235	0.0984	0.062	0.0176	0.0226	0.0176	0.0354
chr3L	14938388	14938627	chr3L:14938389-14938627	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1005	0.166	0.1109	0.016	0.0954	0.1675	0.1505	0.2938	0.0954	0.1268	0.1891	0.1268	0.0333	0.0222	0.0245	0.0222	0.0141
chr3L	14939206	14939383	chr3L:14939207-14939383	FBgn0040487	BobA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1236	0.2162	0.1319	0.0111	0.1813	0.1917	0.2673	0.2865	0.1813	0.1419	0.2158	0.1419	0.0318	0.0084	0.0213	0.0084	0.0068
chr3L	14940719	14940913	chr3L:14940720-14940913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0552	0.0776	0.0736	0.0099	0.0212	0.0966	0.0727	0.1366	0.0212	0.1027	0.0971	0.1027	0.0139	0.0031	0.0097	0.0031	0.0073
chr3L	14940988	14941213	chr3L:14940989-14941213	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0801	0.1297	0.0904	0.0135	0.0445	0.1563	0.1008	0.2458	0.0445	0.125	0.117	0.125	0.0147	0.0092	0.011	0.0092	0.0089
chr3L	14943068	14943308	chr3L:14943069-14943308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.054	0.0833	0.0673	0.0068	0.0276	0.1092	0.0631	0.1472	0.0276	0.0845	0.0891	0.0845	0.0194	0.0054	0.011	0.0054	0.0057
chr3L	14943501	14943700	chr3L:14943502-14943700	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0541	0.0942	0.058	0.0052	0.0318	0.0981	0.0649	0.2105	0.0318	0.0598	0.0846	0.0598	0.0178	0.0092	0.0026	0.0092	0.0057
chr3L	14945693	14945844	chr3L:14945694-14945844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0267	0.0373	0.0372	0.0035	0.018	0.0461	0.0251	0.0713	0.018	0.0356	0.0611	0.0356	0.017	0.0031	0.0058	0.0031	0.0026
chr3L	14946430	14946670	chr3L:14946431-14946670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0734	0.1352	0.0661	0.0123	0.0488	0.1796	0.0934	0.2458	0.0488	0.058	0.1016	0.058	0.0209	0.0077	0.009	0.0077	0.0063
chr3L	14949480	14950091	chr3L:14949481-14950091	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	GJ8300	GJ8300	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1474	0.1838	0.2113	0.0366	0.0594	0.283	0.1367	0.2798	0.0594	0.3231	0.2322	0.3231	0.2471	0.0398	0.0548	0.0398	0.0469
chr3L	14951707	14952109	chr3L:14951708-14952109	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1453	0.2112	0.1915	0.021	0.1188	0.2602	0.1929	0.3118	0.1188	0.2385	0.2884	0.2385	0.072	0.0176	0.0374	0.0176	0.0214
chr3L	14952196	14952347	chr3L:14952197-14952347	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0703	0.0714	0.0096	0.0308	0.0971	0.0558	0.1113	0.0308	0.0978	0.0984	0.0978	0.0426	0.0077	0.0135	0.0077	0.013
chr3L	14953545	14953696	chr3L:14953546-14953696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0683	0.0851	0.0975	0.0174	0.0127	0.1165	0.0476	0.1799	0.0127	0.1347	0.127	0.1347	0.0232	0.0237	0.0297	0.0237	0.0083
chr3L	14953706	14953961	chr3L:14953707-14953961	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1298	0.1505	0.1992	0.0304	0.0286	0.2335	0.0692	0.3011	0.0286	0.3207	0.2473	0.3207	0.0387	0.0391	0.0529	0.0391	0.0125
chr3L	14954487	14954638	chr3L:14954488-14954638	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0616	0.0841	0.0822	0.0138	0.0435	0.0898	0.0709	0.1619	0.0435	0.1051	0.118	0.1051	0.0325	0.013	0.0284	0.013	0.0099
chr3L	14955876	14956125	chr3L:14955877-14956125	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1094	0.1062	0.1758	0.0402	0.018	0.1869	0.0428	0.1985	0.018	0.1963	0.2762	0.1963	0.1154	0.0214	0.0974	0.0214	0.0313
chr3L	14957267	14957418	chr3L:14957268-14957418	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0706	0.0705	0.1202	0.0163	0.0201	0.1175	0.0584	0.0873	0.0201	0.285	0.1158	0.285	0.0256	0.0168	0.0251	0.0168	0.0172
chr3L	14957482	14957811	chr3L:14957483-14957811	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1151	0.1316	0.1765	0.0292	0.0626	0.1927	0.1129	0.1819	0.0626	0.3931	0.1817	0.3931	0.0666	0.0237	0.0277	0.0237	0.0521
chr3L	14958022	14958211	chr3L:14958023-14958211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0859	0.1613	0.076	0.0125	0.1432	0.1049	0.231	0.2185	0.1432	0.1135	0.1135	0.1135	0.0294	0.0077	0.0103	0.0077	0.0219
chr3L	14959286	14959559	chr3L:14959287-14959559	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.137	0.167	0.1921	0.043	0.0774	0.1646	0.1817	0.2858	0.0774	0.1123	0.3572	0.1123	0.0705	0.013	0.1257	0.013	0.0146
chr3L	14961077	14961317	chr3L:14961078-14961317	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1825	0.3051	0.1981	0.0283	0.263	0.2913	0.3763	0.3791	0.263	0.2899	0.2871	0.2899	0.0829	0.0299	0.0645	0.0299	0.0172
chr3L	14961398	14961641	chr3L:14961399-14961641	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1871	0.263	0.2311	0.0542	0.2068	0.2636	0.311	0.3411	0.2068	0.3581	0.3071	0.3581	0.1348	0.0819	0.1277	0.0819	0.024
chr3L	14962265	14962666	chr3L:14962266-14962666	FBgn0026320	Tom	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3055	0.3572	0.3846	0.161	0.2959	0.3985	0.3573	0.483	0.2959	0.5272	0.4849	0.5272	0.2773	0.1937	0.3166	0.1937	0.1376
chr3L	14962797	14963179	chr3L:14962798-14963179	FBgn0026320	Tom	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2166	0.2899	0.2732	0.0726	0.2418	0.3277	0.231	0.4637	0.2418	0.3454	0.4058	0.3454	0.1325	0.0482	0.1889	0.0482	0.0657
chr3L	14963197	14963348	chr3L:14963198-14963348	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1147	0.167	0.1335	0.0356	0.1495	0.1825	0.1505	0.2505	0.1495	0.1727	0.1871	0.1727	0.0666	0.0184	0.0883	0.0184	0.0386
chr3L	14965105	14965314	chr3L:14965106-14965314	FBgn0000216	Brd	stage11,stage5	none	Brd_1.3,Brd_1.5_NR	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1529	0.201	0.2184	0.0273	0.1389	0.1951	0.2323	0.2951	0.1389	0.2899	0.3199	0.2899	0.0813	0.0222	0.0619	0.0222	0.0115
chr3L	14965423	14965778	chr3L:14965424-14965778	FBgn0000216	Brd	stage11,stage14,stage5	none	Brd_1.3,Brd_1.5_NR	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2576	0.3857	0.3227	0.043	0.3309	0.3845	0.449	0.4917	0.3309	0.4559	0.4424	0.4559	0.134	0.0452	0.0941	0.0452	0.013
chr3L	14965780	14965993	chr3L:14965781-14965993	FBgn0000216	Brd	stage11,stage14,stage5	none	Brd_1.5_NR	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1955	0.3016	0.2378	0.0306	0.2481	0.3063	0.3084	0.435	0.2481	0.3031	0.3672	0.3031	0.0891	0.0207	0.0858	0.0207	0.0146
chr3L	14966357	14966623	chr3L:14966358-14966623	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.2036	0.2992	0.2306	0.067	0.2418	0.2529	0.3746	0.4137	0.2418	0.2192	0.3852	0.2192	0.1379	0.0191	0.2321	0.0191	0.0214
chr3L	14967733	14967889	chr3L:14967734-14967889	FBgn0040296	Ocho	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.094	0.0906	0.158	0.0274	0.0392	0.1078	0.0753	0.1706	0.0392	0.2409	0.2334	0.2409	0.0488	0.0253	0.0613	0.0253	0.0203
chr3L	14968094	14968467	chr3L:14968095-14968467	FBgn0040296	Ocho	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2182	0.302	0.2596	0.0792	0.2481	0.2728	0.3478	0.4277	0.2481	0.4094	0.3624	0.4094	0.0945	0.0842	0.1644	0.0842	0.074
chr3L	14969244	14969395	chr3L:14969245-14969395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.1452	0.1434	0.0432	0.1071	0.1898	0.1267	0.2019	0.1071	0.1957	0.2	0.1957	0.103	0.0145	0.0928	0.0145	0.0594
chr3L	14970558	14970832	chr3L:14970559-14970832	FBgn0263380	CR43432	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2111	0.2089	0.2622	0.1576	0.1888	0.251	0.2439	0.1979	0.1888	0.2868	0.3418	0.2868	0.2742	0.111	0.2282	0.111	0.2616
chr3L	14970847	14971037	chr3L:14970848-14971037	FBgn0263380	CR43432	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1562	0.1671	0.1921	0.1046	0.122	0.1854	0.1938	0.2045	0.122	0.1932	0.2479	0.1932	0.2153	0.0658	0.1489	0.0658	0.1902
chr3L	14971564	14971785	chr3L:14971565-14971785	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.12	0.0632	0.1812	0.1164	0.0127	0.115	0.0355	0.0973	0.0127	0.2005	0.2514	0.2005	0.1844	0.1011	0.176	0.1011	0.1918
chr3L	14972415	14972698	chr3L:14972416-14972698	FBgn0036459	CG3349	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.131	0.1251	0.2176	0.0423	0.0657	0.1534	0.1371	0.1746	0.0657	0.1697	0.3675	0.1697	0.1177	0.0222	0.098	0.0222	0.036
chr3L	14972710	14972861	chr3L:14972711-14972861	FBgn0036459	CG3349	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0663	0.0515	0.1171	0.027	0.018	0.0675	0.0484	0.0853	0.018	0.0845	0.2039	0.0845	0.0565	0.0123	0.0606	0.0123	0.0203
chr3L	14975785	14975978	chr3L:14975786-14975978	FBgn0036460	CG5114	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1346	0.1209	0.1728	0.1081	0.0721	0.1539	0.1298	0.1559	0.0721	0.2271	0.1994	0.2271	0.1441	0.1126	0.0986	0.1126	0.1464
chr3L	14977566	14977750	chr3L:14977567-14977750	FBgn0002778	mnd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0298	0.0468	0.0575	0.0074	0.0296	0.0385	0.04	0.0074	0.061	0.054	0.061	0.0573	0.108	0.0232	0.108	0.1021
chr3L	14977893	14978087	chr3L:14977894-14978087	FBgn0002778	mnd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0567	0.0356	0.0555	0.0817	0.0085	0.0456	0.0433	0.038	0.0085	0.0731	0.0614	0.0731	0.0713	0.16	0.04	0.16	0.1287
chr3L	14979095	14979246	chr3L:14979096-14979246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0248	0.0163	0.0292	0.0294	0.0053	0.0165	0.0247	0.0173	0.0053	0.0393	0.028	0.0393	0.0473	0.0352	0.011	0.0352	0.0631
chr3L	14980141	14980595	chr3L:14980142-14980595	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1034	0.1087	0.0744	0.1295	0.0859	0.0796	0.1903	0.0913	0.0859	0.0537	0.0804	0.0537	0.1441	0.1149	0.1476	0.1149	0.1912
chr3L	14980631	14980932	chr3L:14980632-14980932	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0758	0.0659	0.0745	0.0883	0.0498	0.0723	0.1012	0.048	0.0498	0.061	0.0698	0.061	0.1735	0.0651	0.0761	0.0651	0.1892
chr3L	14981153	14981350	chr3L:14981154-14981350	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0467	0.0429	0.0497	0.0476	0.0244	0.0529	0.0649	0.0306	0.0244	0.0471	0.0473	0.0471	0.0991	0.0406	0.0342	0.0406	0.1027
chr3L	14981356	14981637	chr3L:14981357-14981637	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0547	0.0542	0.0602	0.0493	0.0255	0.0738	0.0744	0.0453	0.0255	0.0537	0.0627	0.0537	0.1177	0.0337	0.0329	0.0337	0.1157
chr3L	14981894	14982045	chr3L:14981895-14982045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0255	0.0236	0.0225	0.0309	0.0064	0.0204	0.042	0.0187	0.0064	0.0314	0.0228	0.0314	0.0325	0.0123	0.0251	0.0123	0.0766
chr3L	14982293	14982444	chr3L:14982294-14982444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.022	0.0196	0.0214	0.0252	0.0085	0.0131	0.0368	0.0173	0.0085	0.0217	0.0241	0.0217	0.0356	0.0153	0.0438	0.0153	0.036
chr3L	14983119	14983270	chr3L:14983120-14983270	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0224	0.0319	0.0187	0.0159	0.0117	0.0262	0.0536	0.0386	0.0117	0.026	0.0203	0.026	0.0201	0.0138	0.0129	0.0138	0.0323
chr3L	14984922	14985073	chr3L:14984923-14985073	FBgn0036461	CG10006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0231	0.0179	0.0184	0.034	0.0085	0.016	0.0264	0.0193	0.0085	0.0133	0.0196	0.0133	0.0395	0.013	0.0529	0.013	0.0646
chr3L	14985194	14985380	chr3L:14985195-14985380	FBgn0036461	CG10006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0365	0.0335	0.0275	0.0496	0.0201	0.0257	0.058	0.0286	0.0201	0.0103	0.0383	0.0103	0.055	0.0084	0.0825	0.0084	0.0907
chr3L	14985512	14985737	chr3L:14985513-14985737	FBgn0036461	CG10006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0565	0.0221	0.0199	0.0562	0.0257	0.1125	0.0466	0.0562	0.0097	0.0344	0.0097	0.0294	0.0161	0.0316	0.0161	0.0287
chr3L	14988508	14988719	chr3L:14988509-14988719	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0516	0.0925	0.0426	0.0159	0.0817	0.0529	0.1475	0.1193	0.0817	0.032	0.0685	0.032	0.0349	0.0153	0.0277	0.0153	0.0177
chr3L	14992157	14992325	chr3L:14992158-14992325	FBgn0036462	mRpL39	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0484	0.0536	0.0331	0.0255	0.0451	0.0761	0.0466	0.0255	0.0622	0.0588	0.0622	0.062	0.0322	0.0426	0.0322	0.0422
chr3L	14992482	14992639	chr3L:14992483-14992639	FBgn0023174,FBgn0036462	Prosbeta2,mRpL39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1155	0.1058	0.1456	0.0934	0.0753	0.117	0.1375	0.1179	0.0753	0.1836	0.1672	0.1836	0.1325	0.1011	0.1019	0.1011	0.1105
chr3L	14992682	14992857	chr3L:14992683-14992857	FBgn0023174,FBgn0036462	Prosbeta2,mRpL39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1857	0.1734	0.2203	0.1615	0.1209	0.1956	0.2132	0.2019	0.1209	0.285	0.2431	0.285	0.2045	0.1738	0.1728	0.1738	0.1928
chr3L	14992981	14993171	chr3L:14992982-14993171	FBgn0023174,FBgn0036462	Prosbeta2,mRpL39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1288	0.125	0.1457	0.1145	0.087	0.1456	0.1522	0.1372	0.087	0.1824	0.1592	0.1824	0.1456	0.1187	0.1251	0.1187	0.1324
chr3L	14993244	14993476	chr3L:14993245-14993476	FBgn0023174,FBgn0036462	Prosbeta2,mRpL39	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0802	0.0794	0.098	0.0616	0.0541	0.0845	0.1077	0.0859	0.0541	0.1075	0.1113	0.1075	0.1046	0.0544	0.0793	0.0544	0.0803
chr3L	14998620	14998845	chr3L:14998621-14998845	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.026	0.0489	0.023	0.0042	0.0316	0.0294	0.0386	0.0042	0.0876	0.0608	0.0876	0.0201	0.0283	0.0361	0.0283	0.0229
chr3L	14999083	14999234	chr3L:14999084-14999234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0202	0.016	0.0287	0.0156	0.0053	0.018	0.0216	0.0207	0.0053	0.0441	0.0383	0.0441	0.017	0.0184	0.0271	0.0184	0.0167
chr3L	14999443	14999594	chr3L:14999444-14999594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0166	0.0286	0.0117	0.0042	0.0189	0.0169	0.0273	0.0042	0.0399	0.0334	0.0399	0.0225	0.0077	0.0181	0.0077	0.0172
chr3L	14999925	15000076	chr3L:14999926-15000076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0182	0.0246	0.016	0.0106	0.0136	0.0238	0.0293	0.0106	0.0217	0.0386	0.0217	0.0201	0.0084	0.0309	0.0084	0.0219
chr3L	15000486	15000724	chr3L:15000487-15000724	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0279	0.0511	0.0205	0.0064	0.033	0.0346	0.0393	0.0064	0.0423	0.0817	0.0423	0.0395	0.0176	0.0426	0.0176	0.0229
chr3L	15002010	15002217	chr3L:15002011-15002217	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0316	0.0328	0.0396	0.0216	0.0064	0.0631	0.0247	0.0366	0.0064	0.0713	0.0428	0.0713	0.0194	0.0345	0.0206	0.0345	0.0307
chr3L	15003572	15003723	chr3L:15003573-15003723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0232	0.0263	0.0224	0.0085	0.0262	0.0272	0.0313	0.0085	0.0278	0.0305	0.0278	0.0302	0.0176	0.0219	0.0176	0.0448
chr3L	15003894	15004056	chr3L:15003895-15004056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0382	0.0424	0.0482	0.0227	0.0191	0.0408	0.0502	0.0606	0.0191	0.0254	0.0743	0.0254	0.0411	0.0138	0.0271	0.0138	0.0433
chr3L	15004265	15004493	chr3L:15004266-15004493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0392	0.04	0.0495	0.0269	0.0148	0.0471	0.0467	0.0486	0.0148	0.0405	0.0691	0.0405	0.0496	0.01	0.0251	0.01	0.0604
chr3L	15004707	15004866	chr3L:15004708-15004866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0316	0.0255	0.0363	0.0333	0.0064	0.0398	0.0311	0.024	0.0064	0.0423	0.0453	0.0423	0.038	0.0207	0.0135	0.0207	0.0875
chr3L	15005018	15005169	chr3L:15005019-15005169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0207	0.0147	0.0213	0.0267	0.0032	0.0199	0.0225	0.0113	0.0032	0.0302	0.0244	0.0302	0.0217	0.0145	0.011	0.0145	0.073
chr3L	15006638	15006789	chr3L:15006639-15006789	FBgn0036463	Reck	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0405	0.0394	0.0511	0.0302	0.0233	0.0413	0.0502	0.0513	0.0233	0.0586	0.0656	0.0586	0.0503	0.0245	0.0303	0.0245	0.0532
chr3L	15006807	15006999	chr3L:15006808-15006999	FBgn0036463	Reck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.051	0.0466	0.0609	0.0451	0.0223	0.0529	0.0523	0.0666	0.0223	0.0586	0.0814	0.0586	0.0627	0.0429	0.0587	0.0429	0.0735
chr3L	15007056	15007252	chr3L:15007057-15007252	FBgn0036463	Reck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0788	0.0603	0.0937	0.0831	0.0445	0.0748	0.0614	0.0753	0.0445	0.1057	0.1277	0.1057	0.0751	0.0934	0.1025	0.0934	0.1266
chr3L	15007530	15007720	chr3L:15007531-15007720	FBgn0036463	Reck	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.09	0.0722	0.1089	0.0891	0.0445	0.0874	0.0856	0.0819	0.0445	0.1322	0.119	0.1322	0.11	0.0812	0.1006	0.0812	0.1094
chr3L	15007758	15008017	chr3L:15007759-15008017	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0555	0.066	0.0453	0.0361	0.0568	0.0692	0.0666	0.0361	0.0864	0.0714	0.0864	0.0503	0.0521	0.0445	0.0521	0.0526
chr3L	15008179	15008356	chr3L:15008180-15008356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0379	0.0383	0.0467	0.0277	0.0148	0.0398	0.0523	0.0466	0.0148	0.0676	0.0553	0.0676	0.0287	0.0375	0.0277	0.0375	0.0318
chr3L	15008400	15008599	chr3L:15008401-15008599	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0349	0.0464	0.0217	0.0148	0.0393	0.0458	0.0406	0.0148	0.0628	0.0524	0.0628	0.0333	0.0283	0.0161	0.0283	0.0234
chr3L	15013989	15014140	chr3L:15013990-15014140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0292	0.0356	0.0336	0.017	0.0191	0.0364	0.0355	0.0633	0.0191	0.0217	0.0299	0.0217	0.0085	0.0054	0.0052	0.0054	0.0042
chr3L	15014278	15014486	chr3L:15014279-15014486	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0738	0.0864	0.0855	0.0468	0.0509	0.1039	0.0757	0.1386	0.0509	0.0851	0.0871	0.0851	0.0155	0.0115	0.011	0.0115	0.0083
chr3L	15015095	15015487	chr3L:15015096-15015487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.0363	0.0638	0.0205	0.0138	0.0408	0.0398	0.0573	0.0138	0.0568	0.055	0.0568	0.024	0.0092	0.0116	0.0092	0.013
chr3L	15018870	15019021	chr3L:15018871-15019021	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0161	0.0308	0.0105	0.0057	0.0265	0.0189	0.0402	0.0486	0.0265	0.0127	0.0145	0.0127	0.0046	0.0061	0.0039	0.0061	0.0052
chr3L	15019093	15019293	chr3L:15019094-15019293	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0484	0.0193	0.0071	0.0414	0.032	0.0666	0.0686	0.0414	0.0205	0.0238	0.0205	0.0077	0.0061	0.0045	0.0061	0.0042
chr3L	15024603	15024817	chr3L:15024604-15024817	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.034	0.0477	0.0405	0.0117	0.0148	0.0665	0.045	0.064	0.0148	0.0682	0.0453	0.0682	0.0147	0.0191	0.0116	0.0191	0.0068
chr3L	15024953	15025161	chr3L:15024954-15025161	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0729	0.0825	0.1023	0.0298	0.0371	0.1199	0.0744	0.1079	0.0371	0.1757	0.1141	0.1757	0.0325	0.0674	0.0232	0.0674	0.0135
chr3L	15027272	15027423	chr3L:15027273-15027423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0147	0.0095	0.0187	0.0032	0.0146	0.0203	0.0213	0.0032	0.0072	0.0096	0.0072	0.0101	0.0023	0.0064	0.0023	0.0125
chr3L	15027861	15028012	chr3L:15027862-15028012	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.01	0.0094	0.0273	0.0032	0.0102	0.013	0.0133	0.0032	0.0115	0.0084	0.0115	0.0085	0.0077	0.009	0.0077	0.0146
chr3L	15028141	15028292	chr3L:15028142-15028292	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0106	0.0104	0.0253	0.0053	0.0146	0.0099	0.0147	0.0053	0.0097	0.01	0.0097	0.0124	0.0115	0.0039	0.0115	0.0146
chr3L	15028975	15029126	chr3L:15028976-15029126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.023	0.0315	0.0254	0.0109	0.0106	0.0296	0.0376	0.0526	0.0106	0.0205	0.0302	0.0205	0.0139	0.0123	0.0064	0.0123	0.0115
chr3L	15032694	15032981	chr3L:15032695-15032981	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	ind_moduleA_NR	ind_moduleA_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0678	0.1421	0.043	0.0121	0.1326	0.1019	0.1592	0.2338	0.1326	0.0332	0.0765	0.0332	0.0077	0.0092	0.0077	0.0092	0.0047
chr3L	15033583	15033775	chr3L:15033584-15033775	distal	distal	stage5	stage5	ind_moduleA_NR,ind_moduleC	ind_moduleA_NR,ind_moduleC	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0655	0.1614	0.0225	0.0057	0.1601	0.0879	0.2171	0.2472	0.1601	0.0248	0.0331	0.0248	0.0054	0.0077	0.0045	0.0077	0.0057
chr3L	15037042	15037336	chr3L:15037043-15037336	FBgn0025776	ind	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1394	0.247	0.1014	0.0607	0.2683	0.182	0.2993	0.3558	0.2683	0.0707	0.0746	0.0707	0.0271	0.0107	0.0219	0.0107	0.0109
chr3L	15038318	15038547	chr3L:15038319-15038547	distal	distal	stage5	stage5	ind_GN1.6	ind_GN1.6	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.1332	0.0453	0.0077	0.1241	0.0689	0.1713	0.2265	0.1241	0.0308	0.0701	0.0308	0.0139	0.0084	0.0058	0.0084	0.0057
chr3L	15039164	15039369	chr3L:15039165-15039369	distal	distal	none	none	ind_GN1.6	ind_GN1.6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0303	0.0242	0.0401	0.0265	0.0159	0.0233	0.0346	0.0273	0.0159	0.0163	0.0357	0.0163	0.0387	0.0107	0.0181	0.0107	0.0255
chr3L	15040176	15040327	chr3L:15040177-15040327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0231	0.0401	0.0218	0.0056	0.0233	0.0204	0.0385	0.0946	0.0233	0.0097	0.0363	0.0097	0.0077	0.0023	0.0064	0.0023	0.0047
chr3L	15040339	15040490	chr3L:15040340-15040490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0275	0.034	0.0359	0.011	0.017	0.0199	0.0398	0.0686	0.017	0.0157	0.0479	0.0157	0.0124	0.0077	0.0064	0.0077	0.0083
chr3L	15040702	15040979	chr3L:15040703-15040979	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0566	0.0551	0.0778	0.035	0.0371	0.049	0.0757	0.07	0.0371	0.0513	0.0633	0.0513	0.0248	0.0176	0.0193	0.0176	0.0172
chr3L	15041338	15041537	chr3L:15041339-15041537	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1117	0.1152	0.1303	0.0873	0.0912	0.1238	0.1345	0.1452	0.0912	0.154	0.1389	0.154	0.117	0.0904	0.0974	0.0904	0.0943
chr3L	15052432	15052583	chr3L:15052433-15052583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0137	0.0136	0.0139	0.0074	0.0121	0.0216	0.0153	0.0074	0.0169	0.0122	0.0169	0.0093	0.01	0.0045	0.01	0.0047
chr3L	15058064	15058215	chr3L:15058065-15058215	FBgn0261090	Sytbeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.014	0.0122	0.0159	0.0064	0.0131	0.0238	0.0133	0.0064	0.0163	0.0132	0.0163	0.0108	0.0299	0.0045	0.0299	0.0182
chr3L	15063312	15063463	chr3L:15063313-15063463	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0239	0.0203	0.0166	0.0085	0.0262	0.0389	0.0207	0.0085	0.0302	0.0199	0.0302	0.0256	0.026	0.0071	0.026	0.0297
chr3L	15063915	15064066	chr3L:15063916-15064066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0168	0.0142	0.0136	0.0231	0.0085	0.0117	0.0203	0.016	0.0085	0.0236	0.0103	0.0236	0.0217	0.026	0.0077	0.026	0.0563
chr3L	15064320	15064478	chr3L:15064321-15064478	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0286	0.0173	0.0231	0.0473	0.0032	0.0218	0.0238	0.0193	0.0032	0.0308	0.018	0.0308	0.0356	0.0972	0.0226	0.0972	0.0813
chr3L	15064617	15064768	chr3L:15064618-15064768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0131	0.0141	0.0324	0.0021	0.0112	0.0208	0.0147	0.0021	0.0205	0.0132	0.0205	0.0163	0.0796	0.0155	0.0796	0.0433
chr3L	15065259	15065571	chr3L:15065260-15065571	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1197	0.0835	0.1344	0.1441	0.0371	0.1087	0.1051	0.0833	0.0371	0.192	0.1424	0.192	0.1193	0.2136	0.1289	0.2136	0.2064
chr3L	15065655	15065827	chr3L:15065656-15065827	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.043	0.0319	0.0547	0.0426	0.0127	0.0383	0.0454	0.0293	0.0127	0.0731	0.0579	0.0731	0.0558	0.0605	0.038	0.0605	0.0547
chr3L	15066885	15067036	chr3L:15066886-15067036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0179	0.0142	0.0181	0.0219	0.0053	0.0131	0.0229	0.0107	0.0053	0.0199	0.0154	0.0199	0.0263	0.0666	0.011	0.0666	0.0172
chr3L	15071938	15072089	chr3L:15071939-15072089	FBgn0036474	Or71a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.023	0.0189	0.0251	0.0252	0.0085	0.0189	0.029	0.016	0.0085	0.0616	0.0161	0.0616	0.0263	0.072	0.0135	0.072	0.0234
chr3L	15072475	15072670	chr3L:15072476-15072670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.1073	0.1124	0.1042	0.0838	0.115	0.1445	0.1006	0.0838	0.1938	0.0997	0.1938	0.1301	0.1485	0.1277	0.1485	0.1548
chr3L	15073352	15073517	chr3L:15073353-15073517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0248	0.0202	0.026	0.0287	0.0117	0.0223	0.0316	0.014	0.0117	0.0568	0.0167	0.0568	0.0287	0.0911	0.011	0.0911	0.024
chr3L	15074168	15074376	chr3L:15074169-15074376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.025	0.0489	0.0152	0.0089	0.0276	0.0155	0.1163	0.032	0.0276	0.0199	0.0154	0.0199	0.0139	0.0145	0.0071	0.0145	0.0109
chr3L	15077461	15077686	chr3L:15077462-15077686	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0582	0.0384	0.0693	0.0681	0.018	0.0476	0.0458	0.0426	0.018	0.1147	0.0521	0.1147	0.1177	0.0881	0.0303	0.0881	0.1563
chr3L	15081732	15081917	chr3L:15081733-15081917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0361	0.0358	0.032	0.0411	0.0297	0.0306	0.0497	0.042	0.0297	0.0525	0.0212	0.0525	0.0519	0.1194	0.0129	0.1194	0.0505
chr3L	15082265	15082427	chr3L:15082266-15082427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0508	0.0438	0.0471	0.0318	0.0476	0.0696	0.0546	0.0318	0.0773	0.0363	0.0773	0.0519	0.0865	0.0226	0.0865	0.0745
chr3L	15082685	15082905	chr3L:15082686-15082905	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0748	0.0664	0.0834	0.0748	0.0361	0.0888	0.0757	0.0746	0.0361	0.1449	0.0704	0.1449	0.103	0.1394	0.0374	0.1394	0.1271
chr3L	15082929	15083186	chr3L:15082930-15083186	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0633	0.0518	0.0754	0.0629	0.0223	0.0694	0.0653	0.0533	0.0223	0.1347	0.0621	0.1347	0.0976	0.1164	0.0374	0.1164	0.1042
chr3L	15083377	15083598	chr3L:15083378-15083598	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0802	0.0404	0.0981	0.105	0.0138	0.065	0.0398	0.044	0.0138	0.2095	0.0691	0.2095	0.1154	0.2259	0.0503	0.2259	0.1657
chr3L	15087051	15087683	chr3L:15087052-15087683	FBgn0036476,FBgn0086690	CG6945,cp309	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1951	0.1929	0.2266	0.1629	0.1506	0.217	0.2193	0.2305	0.1506	0.2784	0.2553	0.2784	0.1983	0.1822	0.2237	0.1822	0.174
chr3L	15087796	15087961	chr3L:15087797-15087961	FBgn0027088,FBgn0036476,FBgn0086690	Aats-gly,CG6945,cp309	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.16	0.1529	0.1835	0.1422	0.1188	0.1898	0.1574	0.1779	0.1188	0.2216	0.2084	0.2216	0.1696	0.1401	0.1676	0.1401	0.1699
chr3L	15088125	15088338	chr3L:15088126-15088338	FBgn0027088,FBgn0036476,FBgn0086690	Aats-gly,CG6945,cp309	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1191	0.1178	0.134	0.1042	0.0764	0.1398	0.1302	0.1559	0.0764	0.1733	0.154	0.1733	0.1301	0.1225	0.1057	0.1225	0.1318
chr3L	15091170	15091345	chr3L:15091171-15091345	FBgn0262707	CTPsyn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1258	0.1224	0.152	0.1007	0.0764	0.1597	0.1202	0.1579	0.0764	0.189	0.1653	0.189	0.1642	0.1064	0.0928	0.1064	0.1287
chr3L	15091443	15091885	chr3L:15091444-15091885	FBgn0262707	CTPsyn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1726	0.1785	0.2028	0.1329	0.1124	0.2379	0.1587	0.2432	0.1124	0.2579	0.2209	0.2579	0.1991	0.1547	0.1238	0.1547	0.1746
chr3L	15092090	15092507	chr3L:15092091-15092507	FBgn0264704	CR43973	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1541	0.1419	0.1727	0.1472	0.0923	0.1782	0.1384	0.1985	0.0923	0.2041	0.1855	0.2041	0.1936	0.17	0.1399	0.17	0.1678
chr3L	15092873	15093031	chr3L:15092874-15093031	FBgn0264704	CR43973	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0379	0.0542	0.0365	0.0212	0.0467	0.0617	0.0757	0.0453	0.0467	0.0362	0.0322	0.0362	0.0387	0.0207	0.0123	0.0207	0.0261
chr3L	15094286	15094437	chr3L:15094287-15094437	distal	distal	none	none	VT31046.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0406	0.0339	0.0475	0.0407	0.0085	0.0495	0.032	0.044	0.0085	0.0543	0.0344	0.0543	0.0434	0.0452	0.0329	0.0452	0.036
chr3L	15094440	15094591	chr3L:15094441-15094591	distal	distal	none	none	VT31046.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0359	0.0293	0.0382	0.0408	0.0032	0.0451	0.0298	0.0366	0.0032	0.0411	0.0289	0.0411	0.0271	0.0391	0.0297	0.0391	0.0261
chr3L	15094660	15095004	chr3L:15094661-15095004	FBgn0264703	CR43972	stage11,stage14,stage5	none	VT31046.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0859	0.0837	0.098	0.0751	0.0127	0.1354	0.0662	0.1259	0.0127	0.0996	0.0974	0.0996	0.0705	0.0689	0.0748	0.0689	0.0401
chr3L	15096123	15096274	chr3L:15096124-15096274	distal	distal	none	none	VT31046.1,VT31047.1	VT31047.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0266	0.0217	0.0234	0.0355	0.0074	0.0233	0.0285	0.026	0.0074	0.0254	0.0225	0.0254	0.0287	0.023	0.011	0.023	0.0292
chr3L	15097463	15097819	chr3L:15097464-15097819	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT31047.1	VT31047.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1474	0.0805	0.1765	0.1901	0.0329	0.1214	0.0856	0.0899	0.0329	0.1836	0.1929	0.1836	0.2068	0.3308	0.207	0.3308	0.123
chr3L	15097859	15098010	chr3L:15097860-15098010	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT31047.1	VT31047.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0754	0.0432	0.0826	0.1035	0.0127	0.0636	0.0484	0.048	0.0127	0.0857	0.0894	0.0857	0.0976	0.1577	0.1206	0.1577	0.0698
chr3L	15098564	15098715	chr3L:15098565-15098715	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0216	0.0123	0.0246	0.0285	0.0053	0.0184	0.013	0.0153	0.0053	0.0199	0.0341	0.0199	0.0186	0.0222	0.0561	0.0222	0.013
chr3L	15100306	15100737	chr3L:15100307-15100737	distal	distal	stage14	stage14	VT31049.1	VT31049.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0628	0.0447	0.0648	0.0806	0.0106	0.0597	0.0502	0.0553	0.0106	0.0513	0.0579	0.0513	0.0705	0.0605	0.0832	0.0605	0.049
chr3L	15101191	15101376	chr3L:15101192-15101376	distal	distal	stage11	none	VT31049.1	VT31049.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0434	0.0189	0.065	0.0471	0.0095	0.0272	0.0177	0.0247	0.0095	0.0882	0.0711	0.0882	0.0488	0.0444	0.0516	0.0444	0.0349
chr3L	15109269	15109420	chr3L:15109270-15109420	FBgn0036480	Cep135	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0206	0.0258	0.0223	0.0148	0.0238	0.0221	0.0213	0.0148	0.0302	0.0283	0.0302	0.0325	0.0268	0.0193	0.0268	0.0292
chr3L	15109699	15109879	chr3L:15109700-15109879	FBgn0036480	Cep135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1142	0.1167	0.1221	0.1028	0.0679	0.1296	0.1341	0.1546	0.0679	0.1292	0.1402	0.1292	0.1278	0.1087	0.1238	0.1087	0.1094
chr3L	15109977	15110231	chr3L:15109978-15110231	FBgn0036480	Cep135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0867	0.093	0.0968	0.0685	0.0456	0.1015	0.1103	0.1233	0.0456	0.1057	0.109	0.1057	0.0937	0.0681	0.0961	0.0681	0.0584
chr3L	15110456	15110607	chr3L:15110457-15110607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0273	0.0311	0.0185	0.0148	0.0209	0.042	0.0353	0.0148	0.0314	0.0354	0.0314	0.0333	0.0207	0.0226	0.0207	0.0198
chr3L	15110614	15110765	chr3L:15110615-15110765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0211	0.024	0.012	0.0127	0.0189	0.0264	0.0286	0.0127	0.0181	0.0331	0.0181	0.0271	0.0123	0.0155	0.0123	0.0135
chr3L	15114727	15114878	chr3L:15114728-15114878	FBgn0052847	CG32847	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.035	0.0171	0.0079	0.0159	0.0447	0.0446	0.038	0.0159	0.0181	0.0206	0.0181	0.0139	0.01	0.0097	0.01	0.0089
chr3L	15116857	15117008	chr3L:15116858-15117008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0208	0.024	0.0184	0.0138	0.0194	0.0264	0.03	0.0138	0.0175	0.036	0.0175	0.024	0.0123	0.0438	0.0123	0.0115
chr3L	15118304	15118555	chr3L:15118305-15118555	FBgn0036481	CG16959	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1016	0.1482	0.1	0.0514	0.1251	0.0825	0.1609	0.2978	0.1251	0.0278	0.2084	0.0278	0.0356	0.0077	0.185	0.0077	0.0156
chr3L	15119141	15119329	chr3L:15119142-15119329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0253	0.0317	0.0199	0.0117	0.0238	0.0398	0.0266	0.0117	0.0187	0.0569	0.0187	0.0186	0.0092	0.0632	0.0092	0.0078
chr3L	15124173	15124363	chr3L:15124174-15124363	FBgn0036482	CG13457	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0384	0.0234	0.0106	0.0339	0.032	0.0523	0.0493	0.0339	0.0217	0.0315	0.0217	0.0201	0.0092	0.0161	0.0092	0.0109
chr3L	15129474	15129625	chr3L:15129475-15129625	FBgn0036483	CG12316	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0676	0.0587	0.0822	0.0614	0.0318	0.0718	0.0666	0.072	0.0318	0.1002	0.0952	0.1002	0.0751	0.072	0.0754	0.072	0.0667
chr3L	15129656	15129845	chr3L:15129657-15129845	FBgn0036483	CG12316	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1437	0.1147	0.182	0.1341	0.0732	0.1437	0.1198	0.1472	0.0732	0.221	0.1942	0.221	0.1975	0.1746	0.1367	0.1746	0.1365
chr3L	15129939	15130105	chr3L:15129940-15130105	FBgn0036483	CG12316	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1627	0.1319	0.2072	0.1482	0.1029	0.1646	0.128	0.1726	0.1029	0.2693	0.2138	0.2693	0.2122	0.1715	0.1438	0.1715	0.1496
chr3L	15130312	15130505	chr3L:15130313-15130505	FBgn0036483	CG12316	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1177	0.0967	0.1449	0.1114	0.071	0.1146	0.1051	0.1233	0.071	0.186	0.1633	0.186	0.1379	0.111	0.1231	0.111	0.1277
chr3L	15133540	15133738	chr3L:15133541-15133738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0689	0.0552	0.0816	0.0702	0.0255	0.0738	0.0623	0.0686	0.0255	0.1014	0.082	0.1014	0.1232	0.0306	0.0825	0.0306	0.1464
chr3L	15133780	15133984	chr3L:15133781-15133984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0934	0.0875	0.1093	0.0827	0.0573	0.1087	0.0978	0.1046	0.0573	0.1437	0.1087	0.1437	0.1464	0.0735	0.1051	0.0735	0.1365
chr3L	15134404	15134626	chr3L:15134405-15134626	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1836	0.173	0.2193	0.1562	0.1241	0.2087	0.1886	0.2172	0.1241	0.2645	0.2611	0.2645	0.2192	0.1087	0.2379	0.1087	0.223
chr3L	15134640	15134812	chr3L:15134641-15134812	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1466	0.1265	0.1853	0.1266	0.0689	0.1587	0.1311	0.1719	0.0689	0.1769	0.2486	0.1769	0.1751	0.085	0.1863	0.085	0.1782
chr3L	15134880	15135085	chr3L:15134881-15135085	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1992	0.1846	0.2385	0.1724	0.1347	0.2228	0.2054	0.2212	0.1347	0.3043	0.2749	0.3043	0.2084	0.1547	0.2063	0.1547	0.2079
chr3L	15135150	15135345	chr3L:15135151-15135345	FBgn0014002	Pdi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1573	0.1419	0.1924	0.1361	0.0912	0.182	0.1479	0.1825	0.0912	0.2325	0.2238	0.2325	0.1727	0.1194	0.1709	0.1194	0.1621
chr3L	15135556	15135791	chr3L:15135557-15135791	FBgn0014002	Pdi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2132	0.1877	0.2468	0.2048	0.1273	0.2413	0.1808	0.2458	0.1273	0.2802	0.2897	0.2802	0.2417	0.1845	0.2231	0.1845	0.2626
chr3L	15136654	15136805	chr3L:15136655-15136805	FBgn0047178	CG32147	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0664	0.0578	0.0736	0.068	0.0403	0.0723	0.0558	0.0766	0.0403	0.0797	0.082	0.0797	0.1022	0.0704	0.0645	0.0704	0.1115
chr3L	15136856	15137007	chr3L:15136857-15137007	FBgn0036484,FBgn0047178	CG32147,Pex3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0751	0.056	0.0882	0.082	0.0297	0.0752	0.0541	0.074	0.0297	0.1135	0.0887	0.1135	0.1224	0.1018	0.0812	0.1018	0.1146
chr3L	15137053	15137248	chr3L:15137054-15137248	FBgn0036484,FBgn0047178	CG32147,Pex3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1561	0.1204	0.1846	0.1647	0.0817	0.1568	0.1146	0.1586	0.0817	0.2385	0.2006	0.2385	0.1998	0.1907	0.167	0.1907	0.2105
chr3L	15137365	15137553	chr3L:15137366-15137553	FBgn0036484,FBgn0047178	CG32147,Pex3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1719	0.1618	0.1964	0.1564	0.1145	0.1951	0.1726	0.2025	0.1145	0.2603	0.21	0.2603	0.1751	0.1784	0.1567	0.1784	0.1845
chr3L	15139834	15140010	chr3L:15139835-15140010	FBgn0036485	FucTA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0483	0.0611	0.0371	0.0462	0.0318	0.0558	0.0878	0.0733	0.0318	0.0242	0.0305	0.0242	0.0248	0.0145	0.0168	0.0145	0.0151
chr3L	15140130	15140303	chr3L:15140131-15140303	FBgn0036485	FucTA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0514	0.0661	0.0381	0.0497	0.0456	0.0626	0.0869	0.0826	0.0456	0.0199	0.0283	0.0199	0.0201	0.0115	0.011	0.0115	0.0135
chr3L	15140580	15140745	chr3L:15140581-15140745	FBgn0036485	FucTA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.0351	0.0305	0.0348	0.017	0.0398	0.045	0.0413	0.017	0.0211	0.0267	0.0211	0.0271	0.0115	0.0155	0.0115	0.024
chr3L	15151613	15151801	chr3L:15151614-15151801	FBgn0036486,FBgn0036487	Msh6,Prp31	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.129	0.1235	0.1561	0.1054	0.0838	0.1476	0.1276	0.1646	0.0838	0.1872	0.1743	0.1872	0.1503	0.121	0.1096	0.121	0.123
chr3L	15152061	15152236	chr3L:15152062-15152236	FBgn0036486,FBgn0036487	Msh6,Prp31	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1438	0.1312	0.1711	0.128	0.0976	0.149	0.1458	0.1612	0.0976	0.2023	0.191	0.2023	0.1665	0.1409	0.1367	0.1409	0.1563
chr3L	15152336	15152496	chr3L:15152337-15152496	FBgn0036487	Prp31	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0601	0.0499	0.0742	0.0561	0.0265	0.0592	0.0584	0.0586	0.0265	0.0833	0.0897	0.0833	0.0744	0.0651	0.0632	0.0651	0.0667
chr3L	15154781	15154959	chr3L:15154782-15154959	FBgn0036488	CG6878	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.0829	0.1373	0.1068	0.0594	0.0879	0.093	0.1113	0.0594	0.1685	0.1553	0.1685	0.1371	0.134	0.0986	0.134	0.136
chr3L	15155055	15155230	chr3L:15155056-15155230	FBgn0036488	CG6878	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0422	0.0801	0.0539	0.0255	0.0466	0.0528	0.0506	0.0255	0.1051	0.0875	0.1051	0.0852	0.0567	0.0574	0.0567	0.0719
chr3L	15156017	15156168	chr3L:15156018-15156168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0447	0.0354	0.0234	0.0255	0.0388	0.0636	0.058	0.0255	0.0417	0.0431	0.0417	0.0387	0.0276	0.0264	0.0276	0.0297
chr3L	15156360	15156536	chr3L:15156361-15156536	FBgn0036489	CG7011	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0655	0.0602	0.0807	0.0549	0.0265	0.0665	0.074	0.0706	0.0265	0.1021	0.09	0.1021	0.093	0.059	0.0651	0.059	0.0688
chr3L	15156643	15156810	chr3L:15156644-15156810	FBgn0036489	CG7011	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.126	0.1114	0.1549	0.1104	0.0647	0.1238	0.128	0.1452	0.0647	0.1842	0.1849	0.1842	0.1596	0.1248	0.1173	0.1248	0.1412
chr3L	15163041	15163192	chr3L:15163042-15163192	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0135	0.0272	0.0099	0	0.0184	0.0199	0.0113	0	0.0085	0.0441	0.0085	0.0333	0.0054	0.0193	0.0054	0.0094
chr3L	15165193	15165510	chr3L:15165194-15165510	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.058	0.0322	0.0826	0.0597	0.0074	0.049	0.0407	0.028	0.0074	0.0543	0.1042	0.0543	0.1534	0.0375	0.0374	0.0375	0.1329
chr3L	15166106	15166320	chr3L:15166107-15166320	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0394	0.0657	0.0335	0.0166	0.0636	0.0505	0.0939	0.0726	0.0636	0.0229	0.0476	0.0229	0.0302	0.0168	0.0206	0.0168	0.0198
chr3L	15168385	15168659	chr3L:15168386-15168659	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0463	0.0179	0.0462	0.0781	0.0064	0.0223	0.0268	0.016	0.0064	0.0477	0.0572	0.0477	0.0635	0.134	0.0986	0.134	0.0964
chr3L	15168689	15168886	chr3L:15168690-15168886	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0362	0.0174	0.0423	0.0506	0.0074	0.0204	0.0238	0.0207	0.0074	0.0646	0.0492	0.0646	0.0387	0.1133	0.0477	0.1133	0.0552
chr3L	15169853	15170107	chr3L:15169854-15170107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0402	0.0284	0.0372	0.0567	0.0127	0.0417	0.0307	0.0286	0.0127	0.0483	0.0453	0.0483	0.0356	0.1723	0.038	0.1723	0.0339
chr3L	15170592	15170918	chr3L:15170593-15170918	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0567	0.0494	0.0619	0.0593	0.0276	0.0563	0.0662	0.0506	0.0276	0.1039	0.0682	0.1039	0.0473	0.2044	0.038	0.2044	0.0318
chr3L	15171526	15171790	chr3L:15171527-15171790	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.066	0.0439	0.072	0.0841	0.0159	0.066	0.051	0.042	0.0159	0.1141	0.0717	0.1141	0.0581	0.2228	0.0658	0.2228	0.0485
chr3L	15171808	15172053	chr3L:15171809-15172053	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.069	0.0542	0.0811	0.0724	0.0276	0.0704	0.0675	0.052	0.0276	0.1063	0.0916	0.1063	0.0837	0.1562	0.0825	0.1562	0.0396
chr3L	15172138	15172310	chr3L:15172139-15172310	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.03	0.0201	0.042	0.028	0.0021	0.0311	0.0277	0.0133	0.0021	0.0713	0.0402	0.0713	0.0511	0.0704	0.0277	0.0704	0.0172
chr3L	15172418	15172569	chr3L:15172419-15172569	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0208	0.0118	0.0336	0.0167	0.0042	0.0184	0.0177	0.0067	0.0042	0.0495	0.0402	0.0495	0.0333	0.0345	0.0193	0.0345	0.0135
chr3L	15173035	15173244	chr3L:15173036-15173244	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.0207	0.0662	0.0194	0.0042	0.0199	0.0285	0.03	0.0042	0.0272	0.1383	0.0272	0.0116	0.0168	0.0587	0.0168	0.0099
chr3L	15180613	15180764	chr3L:15180614-15180764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0138	0.0226	0.0074	0.0021	0.0141	0.0182	0.0207	0.0021	0.0181	0.0392	0.0181	0.0124	0.0046	0.0213	0.0046	0.0052
chr3L	15182717	15182868	chr3L:15182718-15182868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0135	0.0179	0.0109	0.0042	0.0112	0.0186	0.0173	0.0042	0.0169	0.0299	0.0169	0.0077	0.0069	0.0303	0.0069	0.0052
chr3L	15187759	15188002	chr3L:15187760-15188002	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0322	0.0217	0.0505	0.0238	0.0106	0.0262	0.0333	0.0153	0.0106	0.0217	0.0936	0.0217	0.0325	0.0145	0.0458	0.0145	0.0344
chr3L	15188075	15188380	chr3L:15188076-15188380	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0418	0.0279	0.0628	0.0341	0.0148	0.034	0.0411	0.024	0.0148	0.0296	0.1116	0.0296	0.0527	0.0145	0.0554	0.0145	0.0625
chr3L	15189111	15189403	chr3L:15189112-15189403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0319	0.0189	0.0516	0.0246	0.0085	0.0209	0.0268	0.0207	0.0085	0.0399	0.0926	0.0399	0.0217	0.0138	0.0683	0.0138	0.0167
chr3L	15192012	15192163	chr3L:15192013-15192163	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0397	0.0196	0.0792	0.0189	0.0064	0.0252	0.0247	0.0207	0.0064	0.0362	0.1614	0.0362	0.0186	0.0115	0.0426	0.0115	0.0198
chr3L	15192170	15192321	chr3L:15192171-15192321	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0348	0.0204	0.0674	0.015	0.0095	0.0189	0.0298	0.0247	0.0095	0.0393	0.1318	0.0393	0.0225	0.0061	0.0342	0.0061	0.0193
chr3L	15192683	15193027	chr3L:15192684-15193027	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0843	0.0669	0.1142	0.0707	0.0498	0.049	0.1107	0.0693	0.0498	0.0996	0.1974	0.0996	0.0519	0.0995	0.1302	0.0995	0.0667
chr3L	15193103	15193270	chr3L:15193104-15193270	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0444	0.0221	0.0599	0.0524	0.0095	0.0184	0.0337	0.0247	0.0095	0.0386	0.1135	0.0386	0.0232	0.0835	0.0967	0.0835	0.0464
chr3L	15193727	15193922	chr3L:15193728-15193922	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0497	0.0252	0.0817	0.0421	0.0106	0.0301	0.0298	0.0326	0.0106	0.0187	0.1704	0.0187	0.0318	0.0176	0.1244	0.0176	0.0281
chr3L	15194242	15194393	chr3L:15194243-15194393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0291	0.0193	0.047	0.0205	0.0053	0.0184	0.019	0.0406	0.0053	0.029	0.0881	0.029	0.0217	0.01	0.0613	0.01	0.0109
chr3L	15195752	15196268	chr3L:15195753-15196268	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0977	0.0783	0.1485	0.0636	0.0286	0.0971	0.08	0.1213	0.0286	0.1014	0.2572	0.1014	0.0736	0.0613	0.1438	0.0613	0.0453
chr3L	15196538	15196905	chr3L:15196539-15196905	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0954	0.0824	0.1348	0.0667	0.0456	0.082	0.0917	0.1279	0.0456	0.0767	0.255	0.0767	0.0604	0.0528	0.1786	0.0528	0.0433
chr3L	15202526	15202677	chr3L:15202527-15202677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0112	0.0208	0.0182	0.0021	0.0117	0.019	0.0127	0.0021	0.0115	0.0325	0.0115	0.0217	0.0077	0.0477	0.0077	0.0151
chr3L	15202729	15202880	chr3L:15202730-15202880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.012	0.0239	0.0155	0.0032	0.0117	0.0199	0.0107	0.0032	0.0109	0.0431	0.0109	0.017	0.0069	0.0406	0.0069	0.013
chr3L	15209852	15210080	chr3L:15209853-15210080	distal	distal	stage5	stage5	VT31109.1	VT31109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0413	0.0288	0.012	0.0318	0.0335	0.0597	0.0473	0.0318	0.0266	0.0408	0.0266	0.0139	0.0092	0.0213	0.0092	0.0115
chr3L	15210131	15210282	chr3L:15210132-15210282	distal	distal	stage5	stage5	VT31109.1	VT31109.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0182	0.0243	0.0204	0.0088	0.0212	0.017	0.0368	0.0293	0.0212	0.0193	0.0315	0.0193	0.0093	0.0031	0.0155	0.0031	0.0083
chr3L	15210572	15210894	chr3L:15210573-15210894	distal	distal	stage5	stage5	VT31109.1	VT31109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0369	0.0422	0.052	0.0143	0.0138	0.0451	0.0567	0.0593	0.0138	0.0483	0.0785	0.0483	0.0194	0.0184	0.0245	0.0184	0.012
chr3L	15214184	15214335	chr3L:15214185-15214335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0192	0.0308	0.0118	0.0074	0.0194	0.0303	0.0213	0.0074	0.026	0.0534	0.026	0.0116	0.0038	0.0342	0.0038	0.0089
chr3L	15214574	15214887	chr3L:15214575-15214887	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0357	0.0287	0.0516	0.0259	0.0127	0.0257	0.0428	0.0306	0.0127	0.0211	0.1023	0.0211	0.0217	0.0107	0.0767	0.0107	0.0177
chr3L	15216126	15216301	chr3L:15216127-15216301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0277	0.0176	0.0466	0.0182	0.0074	0.015	0.0255	0.0247	0.0074	0.0145	0.0984	0.0145	0.0124	0.0061	0.058	0.0061	0.0104
chr3L	15216557	15216825	chr3L:15216558-15216825	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_23	Unspecified_HC_23	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0901	0.1621	0.0858	0.0142	0.1813	0.0655	0.2634	0.1919	0.1813	0.0362	0.1759	0.0362	0.0178	0.0084	0.0432	0.0084	0.0047
chr3L	15216926	15217134	chr3L:15216927-15217134	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_23	Unspecified_HC_23	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0833	0.1837	0.0481	0.0097	0.2238	0.0636	0.3175	0.1939	0.2238	0.0272	0.0923	0.0272	0.0116	0.0023	0.0206	0.0023	0.0083
chr3L	15217745	15218071	chr3L:15217746-15218071	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0709	0.0785	0.0935	0.0376	0.0509	0.084	0.0921	0.1033	0.0509	0.1165	0.1373	0.1165	0.0372	0.0368	0.0774	0.0368	0.0271
chr3L	15218127	15218278	chr3L:15218128-15218278	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0465	0.0446	0.069	0.0238	0.0201	0.0519	0.0484	0.062	0.0201	0.0688	0.109	0.0688	0.0302	0.0153	0.0548	0.0153	0.0156
chr3L	15218382	15218533	chr3L:15218383-15218533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0245	0.0243	0.0345	0.0138	0.0095	0.0252	0.0294	0.0333	0.0095	0.0356	0.0476	0.0356	0.0194	0.0077	0.0297	0.0077	0.0135
chr3L	15220705	15220920	chr3L:15220706-15220920	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0599	0.0431	0.0967	0.0382	0.0201	0.0485	0.0571	0.0473	0.0201	0.026	0.2141	0.026	0.0163	0.0145	0.1367	0.0145	0.0109
chr3L	15221030	15221190	chr3L:15221031-15221190	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0537	0.0388	0.0836	0.0375	0.0223	0.0451	0.0493	0.046	0.0223	0.0266	0.1801	0.0266	0.017	0.0214	0.1296	0.0214	0.0135
chr3L	15223233	15223384	chr3L:15223234-15223384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0363	0.0303	0.0396	0.0395	0.0159	0.0311	0.0398	0.0386	0.0159	0.0223	0.064	0.0223	0.0248	0.0505	0.089	0.0505	0.0214
chr3L	15223434	15223585	chr3L:15223435-15223585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0277	0.0461	0.0416	0.0117	0.0291	0.0329	0.0386	0.0117	0.0362	0.0704	0.0362	0.0294	0.036	0.1141	0.036	0.0245
chr3L	15224327	15224478	chr3L:15224328-15224478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0268	0.0181	0.0339	0.0288	0.0074	0.0155	0.0294	0.02	0.0074	0.0205	0.0559	0.0205	0.0256	0.0123	0.0361	0.0123	0.0532
chr3L	15225985	15226197	chr3L:15225986-15226197	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT31118.1	VT31118.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.115	0.2071	0.1127	0.0146	0.2004	0.1277	0.2625	0.3264	0.2004	0.032	0.2299	0.032	0.0364	0.0092	0.0432	0.0092	0.0036
chr3L	15227181	15227360	chr3L:15227182-15227360	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0777	0.0568	0.1102	0.0655	0.0318	0.0684	0.058	0.0826	0.0318	0.1008	0.1675	0.1008	0.0976	0.0513	0.1135	0.0513	0.1042
chr3L	15227546	15227744	chr3L:15227547-15227744	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1848	0.1765	0.2319	0.1423	0.1357	0.1995	0.1592	0.2732	0.1357	0.2506	0.2968	0.2506	0.2184	0.1776	0.225	0.1776	0.1839
chr3L	15228496	15228724	chr3L:15228497-15228724	FBgn0029114	Tollo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2568	0.2859	0.3016	0.1752	0.2587	0.2801	0.3214	0.3784	0.2587	0.3653	0.3547	0.3653	0.2827	0.2343	0.2508	0.2343	0.2324
chr3L	15234185	15234336	chr3L:15234186-15234336	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0436	0.0365	0.0145	0.0286	0.0306	0.0476	0.074	0.0286	0.0163	0.0678	0.0163	0.0147	0.0092	0.0361	0.0092	0.0104
chr3L	15234367	15234651	chr3L:15234368-15234651	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.056	0.0836	0.0582	0.0226	0.0689	0.0587	0.0965	0.1419	0.0689	0.0338	0.0981	0.0338	0.0294	0.0138	0.0509	0.0138	0.0188
chr3L	15237191	15237342	chr3L:15237192-15237342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0206	0.0274	0.0196	0.0064	0.0194	0.0333	0.024	0.0064	0.0145	0.0421	0.0145	0.0155	0.0107	0.0264	0.0107	0.0151
chr3L	15238728	15238879	chr3L:15238729-15238879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0215	0.0199	0.0346	0.0088	0.0032	0.0199	0.0268	0.0266	0.0032	0.0169	0.0334	0.0169	0.0093	0.0084	0.011	0.0084	0.0057
chr3L	15239218	15239369	chr3L:15239219-15239369	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0182	0.0315	0.0071	0.0042	0.0141	0.0294	0.0253	0.0042	0.0121	0.0315	0.0121	0.0054	0.0015	0.009	0.0015	0.0031
chr3L	15241661	15241812	chr3L:15241662-15241812	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0138	0.0166	0.0203	0.0095	0.0102	0.0186	0.022	0.0095	0.0048	0.0331	0.0048	0.0093	0.0046	0.078	0.0046	0.0036
chr3L	15241883	15242034	chr3L:15241884-15242034	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.011	0.0171	0.0235	0.0042	0.0097	0.0156	0.0167	0.0042	0.0066	0.0315	0.0066	0.0085	0.0054	0.0909	0.0054	0.0052
chr3L	15242159	15242310	chr3L:15242160-15242310	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0141	0.0121	0.0129	0.0177	0.0095	0.0121	0.0151	0.0153	0.0095	0.0072	0.0225	0.0072	0.0085	0.0046	0.0613	0.0046	0.0089
chr3L	15245278	15245689	chr3L:15245279-15245689	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0449	0.0393	0.0566	0.0383	0.0148	0.0417	0.0389	0.0646	0.0148	0.0199	0.1077	0.0199	0.0256	0.0145	0.1225	0.0145	0.0177
chr3L	15246012	15246163	chr3L:15246013-15246163	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0132	0.0245	0.0145	0.0095	0.0126	0.0138	0.0207	0.0095	0.0145	0.0476	0.0145	0.0093	0.0046	0.0516	0.0046	0.0031
chr3L	15246293	15246444	chr3L:15246294-15246444	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0215	0.0095	0.0397	0.015	0.0011	0.0102	0.0061	0.0227	0.0011	0.0193	0.0833	0.0193	0.0085	0.0054	0.0535	0.0054	0.0042
chr3L	15246609	15246760	chr3L:15246610-15246760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0336	0.0216	0.0612	0.0169	0.0127	0.0233	0.0173	0.0393	0.0127	0.0229	0.1334	0.0229	0.0085	0.01	0.058	0.01	0.0042
chr3L	15247123	15247326	chr3L:15247124-15247326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0608	0.0415	0.1016	0.0376	0.0127	0.0432	0.0424	0.07	0.0127	0.0272	0.2206	0.0272	0.0178	0.01	0.1225	0.01	0.0115
chr3L	15247335	15247486	chr3L:15247336-15247486	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0467	0.0275	0.085	0.0259	0.0074	0.0306	0.0294	0.042	0.0074	0.0242	0.1826	0.0242	0.0163	0.01	0.0812	0.01	0.0109
chr3L	15253281	15253432	chr3L:15253282-15253432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0183	0.0282	0.0208	0.0046	0.0159	0.0252	0.0355	0.0386	0.0159	0.0085	0.0296	0.0085	0.0054	0.0023	0.0071	0.0023	0.0031
chr3L	15254148	15254310	chr3L:15254149-15254310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0372	0.0365	0.051	0.0227	0.0117	0.0369	0.0381	0.0686	0.0117	0.0187	0.099	0.0187	0.0178	0.0031	0.0793	0.0031	0.0109
chr3L	15254504	15254690	chr3L:15254505-15254690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0361	0.0364	0.0495	0.021	0.0138	0.033	0.0476	0.0546	0.0138	0.0163	0.1	0.0163	0.0116	0.0069	0.0677	0.0069	0.0115
chr3L	15255230	15255503	chr3L:15255231-15255503	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1224	0.2441	0.1011	0.0097	0.2174	0.1859	0.279	0.3857	0.2174	0.0157	0.2151	0.0157	0.0139	0.0031	0.02	0.0031	0.0026
chr3L	15255573	15255724	chr3L:15255574-15255724	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0671	0.1302	0.0558	0.0089	0.0944	0.1097	0.1324	0.2232	0.0944	0.0145	0.1087	0.0145	0.0108	0.0038	0.0174	0.0038	0.0031
chr3L	15255788	15255981	chr3L:15255789-15255981	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0525	0.1023	0.0424	0.0079	0.0742	0.0859	0.1021	0.1812	0.0742	0.0145	0.0759	0.0145	0.0186	0.0084	0.011	0.0084	0.0057
chr3L	15257374	15257731	chr3L:15257375-15257731	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.056	0.0602	0.0778	0.0274	0.0201	0.0626	0.0714	0.0999	0.0201	0.0737	0.1132	0.0737	0.0434	0.0283	0.038	0.0283	0.0292
chr3L	15259443	15259594	chr3L:15259444-15259594	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0295	0.0398	0.0363	0.0104	0.0201	0.0354	0.0407	0.0746	0.0201	0.0169	0.0707	0.0169	0.0085	0.0061	0.0239	0.0061	0.0063
chr3L	15260069	15260353	chr3L:15260070-15260353	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0453	0.0612	0.0584	0.0131	0.0276	0.0675	0.0467	0.1226	0.0276	0.0368	0.1109	0.0368	0.0178	0.0138	0.0277	0.0138	0.0073
chr3L	15260897	15261099	chr3L:15260898-15261099	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1054	0.1054	0.1341	0.0739	0.0806	0.1238	0.1112	0.1366	0.0806	0.16	0.1592	0.16	0.1007	0.0827	0.0948	0.0827	0.0938
chr3L	15261190	15261374	chr3L:15261191-15261374	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1365	0.1255	0.1769	0.1046	0.1029	0.1432	0.1328	0.1606	0.1029	0.2095	0.209	0.2095	0.1526	0.1194	0.1277	0.1194	0.1334
chr3L	15261469	15261701	chr3L:15261470-15261701	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0688	0.0728	0.0472	0.0445	0.0689	0.0766	0.0973	0.0445	0.0821	0.0894	0.0821	0.0658	0.0551	0.0554	0.0551	0.0599
chr3L	15261876	15262027	chr3L:15261877-15262027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0269	0.0272	0.0312	0.0219	0.0095	0.0296	0.0372	0.0326	0.0095	0.029	0.0376	0.029	0.0287	0.0199	0.0161	0.0199	0.0208
chr3L	15265702	15265853	chr3L:15265703-15265853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0101	0.0226	0.0164	0.0032	0.0102	0.0177	0.008	0.0032	0.0217	0.0251	0.0217	0.0194	0.0077	0.0116	0.0077	0.0073
chr3L	15266818	15266969	chr3L:15266819-15266969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0098	0.0106	0.0124	0.0061	0.0053	0.0097	0.0156	0.01	0.0053	0.0109	0.0103	0.0109	0.0062	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chr3L	15268453	15268653	chr3L:15268454-15268653	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0086	0.0127	0.0233	0.0011	0.0083	0.0138	0.01	0.0011	0.0072	0.0084	0.0072	0.0054	0.0054	0.0052	0.0054	0.0068
chr3L	15268955	15269108	chr3L:15268956-15269108	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.013	0.0204	0.0302	0.0042	0.0112	0.0199	0.0153	0.0042	0.0272	0.0186	0.0272	0.0132	0.0222	0.0148	0.0222	0.0156
chr3L	15271393	15271544	chr3L:15271394-15271544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0129	0.0105	0.0169	0.0111	0.0011	0.0117	0.0151	0.0127	0.0011	0.029	0.0167	0.029	0.0101	0.0237	0.0084	0.0237	0.0057
chr3L	15273079	15273230	chr3L:15273080-15273230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0162	0.0167	0.022	0.0093	0.0053	0.0316	0.0156	0.0153	0.0053	0.0266	0.0225	0.0266	0.017	0.0054	0.0071	0.0054	0.0052
chr3L	15274243	15274394	chr3L:15274244-15274394	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0077	0.017	0.0182	0.0011	0.0117	0.0069	0.01	0.0011	0.0229	0.0167	0.0229	0.0046	0.0031	0.0064	0.0031	0.0057
chr3L	15278763	15278914	chr3L:15278764-15278914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0107	0.019	0.0152	0.0053	0.0097	0.016	0.0127	0.0053	0.0085	0.0132	0.0085	0.0062	0.0077	0.0039	0.0077	0.0057
chr3L	15281003	15281154	chr3L:15281004-15281154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0092	0.011	0.0217	0.0011	0.0097	0.0125	0.012	0.0011	0.0054	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0064	0.0054	0.0083
chr3L	15281829	15281980	chr3L:15281830-15281980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0137	0.0098	0.0166	0.0148	0.0042	0.0073	0.0169	0.012	0.0042	0.0091	0.0212	0.0091	0.0116	0.0046	0.0309	0.0046	0.0047
chr3L	15282308	15282459	chr3L:15282309-15282459	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0217	0.0349	0.0121	0.0074	0.0243	0.0264	0.0293	0.0074	0.0223	0.036	0.0223	0.0178	0.0038	0.0103	0.0038	0.0073
chr3L	15282544	15282755	chr3L:15282545-15282755	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0246	0.0449	0.0181	0.0085	0.0223	0.0346	0.0346	0.0085	0.0169	0.0386	0.0169	0.0271	0.0054	0.009	0.0054	0.013
chr3L	15284399	15284550	chr3L:15284400-15284550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0077	0.0155	0.0143	0.0011	0.0073	0.0125	0.0093	0.0011	0.0187	0.0138	0.0187	0.0101	0.0038	0.0064	0.0038	0.0057
chr3L	15286890	15287041	chr3L:15286891-15287041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0136	0.0116	0.0227	0.0058	0.0064	0.0102	0.0177	0.012	0.0064	0.0139	0.018	0.0139	0.0031	0	0.0013	0	0.0047
chr3L	15296834	15296985	chr3L:15296835-15296985	FBgn0036493	CG7255	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0184	0.0221	0.0234	0.0088	0.0074	0.0209	0.032	0.0286	0.0074	0.0127	0.0241	0.0127	0.0511	0.0046	0.0135	0.0046	0.0125
chr3L	15297261	15297520	chr3L:15297262-15297520	FBgn0036493	CG7255	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0493	0.0499	0.0688	0.0274	0.0191	0.0563	0.0554	0.0746	0.0191	0.0622	0.073	0.0622	0.1263	0.0199	0.0213	0.0199	0.0604
chr3L	15297629	15297909	chr3L:15297630-15297909	FBgn0036493	CG7255	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0563	0.0565	0.073	0.0377	0.0233	0.0699	0.0571	0.0899	0.0233	0.0707	0.0611	0.0707	0.1727	0.0214	0.0206	0.0214	0.1006
chr3L	15298404	15298576	chr3L:15298405-15298576	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0321	0.0254	0.0426	0.0279	0.0095	0.0388	0.0277	0.022	0.0095	0.0592	0.0302	0.0592	0.0868	0.0184	0.0123	0.0184	0.0745
chr3L	15304399	15304659	chr3L:15304400-15304659	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0536	0.0313	0.0827	0.0467	0.0095	0.0451	0.0255	0.046	0.0095	0.0652	0.118	0.0652	0.0349	0.049	0.0374	0.049	0.049
chr3L	15304833	15305397	chr3L:15304834-15305397	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0793	0.0379	0.1	0.1029	0.0074	0.0505	0.0342	0.064	0.0074	0.0882	0.1315	0.0882	0.0465	0.0712	0.0535	0.0712	0.0813
chr3L	15306220	15306372	chr3L:15306221-15306372	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.028	0.0501	0.0232	0.0085	0.0329	0.0374	0.0623	0.0826	0.0329	0.0175	0.0309	0.0175	0.0062	0.0046	0.0032	0.0046	0.0042
chr3L	15306396	15306807	chr3L:15306397-15306807	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0611	0.0963	0.0665	0.0159	0.0604	0.0791	0.106	0.1692	0.0604	0.064	0.1013	0.064	0.0101	0.013	0.0161	0.013	0.0068
chr3L	15307623	15307782	chr3L:15307624-15307782	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0388	0.0426	0.0623	0.0086	0.0064	0.0466	0.0247	0.1059	0.0064	0.0652	0.0958	0.0652	0.0139	0.0054	0.0077	0.0054	0.0068
chr3L	15307838	15308033	chr3L:15307839-15308033	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.055	0.0764	0.0727	0.0117	0.0255	0.0772	0.0657	0.1626	0.0255	0.0839	0.1074	0.0839	0.0201	0.0069	0.0142	0.0069	0.0078
chr3L	15308595	15308781	chr3L:15308596-15308781	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.1186	0.0885	0.0103	0.0923	0.1194	0.1202	0.1865	0.0923	0.0791	0.1238	0.0791	0.0225	0.0054	0.0129	0.0054	0.0099
chr3L	15313161	15313430	chr3L:15313162-15313430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0621	0.0495	0.0951	0.04	0.0095	0.1019	0.032	0.0553	0.0095	0.279	0.0598	0.279	0.0333	0.0712	0.0193	0.0712	0.0688
chr3L	15313656	15313856	chr3L:15313657-15313856	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0744	0.0725	0.1239	0.0223	0.0212	0.1447	0.0415	0.0899	0.0212	0.3345	0.1055	0.3345	0.0256	0.0214	0.0264	0.0214	0.0292
chr3L	15313935	15314157	chr3L:15313936-15314157	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0972	0.0826	0.1711	0.0323	0.0127	0.1757	0.0381	0.1039	0.0127	0.3792	0.1804	0.3792	0.0333	0.0444	0.0471	0.0444	0.0255
chr3L	15314361	15314616	chr3L:15314362-15314616	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1137	0.1012	0.2	0.0329	0.0265	0.2087	0.0523	0.1233	0.0265	0.4064	0.2283	0.4064	0.0302	0.0375	0.0651	0.0375	0.025
chr3L	15314711	15314871	chr3L:15314712-15314871	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0624	0.0484	0.1112	0.0246	0.0106	0.0917	0.0285	0.066	0.0106	0.1975	0.1447	0.1975	0.0256	0.0145	0.0683	0.0145	0.0151
chr3L	15315343	15315537	chr3L:15315344-15315537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0517	0.0636	0.0708	0.0174	0.0255	0.1126	0.0372	0.0926	0.0255	0.125	0.0859	0.125	0.0147	0.0123	0.0374	0.0123	0.0109
chr3L	15316464	15316807	chr3L:15316465-15316807	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0597	0.0789	0.0815	0.0143	0.0255	0.1311	0.0644	0.1039	0.0255	0.1872	0.082	0.1872	0.0232	0.0184	0.0155	0.0184	0.0089
chr3L	15317617	15317768	chr3L:15317618-15317768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0171	0.0136	0.0203	0.0175	0.0032	0.0194	0.0151	0.016	0.0032	0.0284	0.0215	0.0284	0.0186	0.0046	0.009	0.0046	0.036
chr3L	15321614	15321809	chr3L:15321615-15321809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0363	0.0315	0.0233	0.0223	0.0316	0.0454	0.054	0.0223	0.0338	0.0312	0.0338	0.0124	0.0077	0.0103	0.0077	0.0125
chr3L	15322432	15322583	chr3L:15322433-15322583	distal	distal	none	none	GJ8368,VT31166.1	GJ8368,VT31166.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0327	0.0325	0.0397	0.0253	0.018	0.0417	0.0285	0.046	0.018	0.0531	0.0431	0.0531	0.031	0.0184	0.0232	0.0184	0.0151
chr3L	15322758	15323023	chr3L:15322759-15323023	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	GJ8368,VT31166.1	GJ8368,VT31166.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1797	0.1974	0.2265	0.1085	0.1071	0.2476	0.176	0.3025	0.1071	0.337	0.2466	0.337	0.1402	0.1072	0.1173	0.1072	0.0709
chr3L	15323519	15323729	chr3L:15323520-15323729	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT31166.1	VT31166.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0422	0.0578	0.0544	0.0113	0.0138	0.0738	0.0368	0.1226	0.0138	0.0755	0.0585	0.0755	0.0108	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chr3L	15323810	15324069	chr3L:15323811-15324069	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT31166.1,VT31167.1	VT31166.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0574	0.0609	0.0907	0.017	0.0191	0.0908	0.0402	0.1073	0.0191	0.1709	0.0707	0.1709	0.0178	0.0054	0.0103	0.0054	0.0083
chr3L	15329582	15329853	chr3L:15329583-15329853	FBgn0036494	Toll-6	stage11,stage14,stage5	none	VT31169.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2417	0.2463	0.3066	0.1654	0.1527	0.3262	0.2202	0.3424	0.1527	0.4269	0.3492	0.4269	0.1379	0.1937	0.1683	0.1937	0.0969
chr3L	15330014	15330165	chr3L:15330015-15330165	FBgn0036494	Toll-6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0562	0.0476	0.0803	0.0393	0.018	0.0694	0.0428	0.066	0.018	0.1105	0.1016	0.1105	0.031	0.059	0.0496	0.059	0.0245
chr3L	15338083	15338234	chr3L:15338084-15338234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0177	0.0207	0.0071	0.0085	0.016	0.0225	0.0273	0.0085	0.0223	0.0193	0.0223	0.0124	0.0015	0.0032	0.0015	0.0031
chr3L	15340994	15341197	chr3L:15340995-15341197	distal	distal	stage5	stage5	VT31173.1	VT31173.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0771	0.0597	0.1263	0.0425	0.0074	0.1058	0.0337	0.0879	0.0074	0.2452	0.1296	0.2452	0.0542	0.0184	0.02	0.0184	0.0146
chr3L	15341440	15341621	chr3L:15341441-15341621	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT31173.1	VT31173.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0551	0.0399	0.0956	0.0277	0.0053	0.0748	0.0208	0.06	0.0053	0.1757	0.1077	0.1757	0.0387	0.0168	0.0161	0.0168	0.0156
chr3L	15342035	15342220	chr3L:15342036-15342220	distal	distal	stage14	stage14	VT31173.1,VT31174.1	VT31173.1,VT31174.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0274	0.0258	0.032	0.0242	0.0064	0.0296	0.026	0.0473	0.0064	0.0386	0.0273	0.0386	0.0108	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chr3L	15345297	15345515	chr3L:15345298-15345515	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT31175.1	VT31175.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0645	0.0594	0.1075	0.0231	0.018	0.0733	0.0368	0.1279	0.018	0.0616	0.1923	0.0616	0.0356	0.0145	0.04	0.0145	0.0109
chr3L	15345833	15346072	chr3L:15345834-15346072	distal	distal	stage14	stage14	VT31175.1,VT31176.1	VT31175.1,VT31176.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0373	0.0303	0.0529	0.028	0.0159	0.0398	0.0337	0.0373	0.0159	0.0441	0.0855	0.0441	0.0217	0.0092	0.0406	0.0092	0.025
chr3L	15346786	15346937	chr3L:15346787-15346937	distal	distal	stage5	stage5	VT31176.1	VT31176.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0278	0.0317	0.0364	0.0141	0.0074	0.0461	0.035	0.0386	0.0074	0.0211	0.0437	0.0211	0.0279	0.0061	0.0129	0.0061	0.0151
chr3L	15347207	15347446	chr3L:15347208-15347446	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT31176.1	VT31176.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.041	0.043	0.0536	0.0251	0.0127	0.066	0.0407	0.0546	0.0127	0.0525	0.0592	0.0525	0.0186	0.0207	0.0181	0.0207	0.0193
chr3L	15347942	15348312	chr3L:15347943-15348312	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0596	0.0704	0.0656	0.0408	0.0233	0.0913	0.0636	0.1099	0.0233	0.0284	0.0399	0.0284	0.0093	0.013	0.0084	0.013	0.0104
chr3L	15349808	15349959	chr3L:15349809-15349959	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0136	0.0121	0.0154	0.0134	0.0053	0.0136	0.0195	0.0093	0.0053	0.0272	0.0138	0.0272	0.0101	0.0092	0.0052	0.0092	0.0083
chr3L	15355690	15355841	chr3L:15355691-15355841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0146	0.0128	0.012	0.0106	0.018	0.0173	0.0147	0.0106	0.0187	0.0129	0.0187	0.0077	0.0038	0.0052	0.0038	0.0115
chr3L	15356468	15356619	chr3L:15356469-15356619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0091	0.0075	0.0078	0.0032	0.0063	0.0143	0.01	0.0032	0.0085	0.0084	0.0085	0.0054	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr3L	15362059	15362210	chr3L:15362060-15362210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0226	0.0375	0.0157	0.0135	0.0233	0.0301	0.061	0.038	0.0233	0.0151	0.0151	0.0151	0.017	0.0153	0.0155	0.0153	0.0167
chr3L	15380032	15380183	chr3L:15380033-15380183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0141	0.0147	0.017	0.0102	0.0095	0.0097	0.0272	0.0147	0.0095	0.0115	0.0109	0.0115	0.0085	0.0038	0.0071	0.0038	0.0047
chr3L	15384658	15384809	chr3L:15384659-15384809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0085	0.0088	0.0071	0.0097	0.0042	0.0078	0.016	0.006	0.0042	0.0079	0.0061	0.0079	0.0031	0.0061	0.0058	0.0061	0.0031
chr3L	15384900	15385051	chr3L:15384901-15385051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0117	0.0104	0.0091	0.0021	0.0097	0.0212	0.0113	0.0021	0.0139	0.0106	0.0139	0.0046	0.0023	0.0045	0.0023	0.0036
chr3L	15385445	15385596	chr3L:15385446-15385596	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0285	0.0214	0.0097	0.018	0.0233	0.0458	0.028	0.018	0.026	0.0241	0.026	0.0147	0.0077	0.0052	0.0077	0.0078
chr3L	15397007	15397230	chr3L:15397008-15397230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0136	0.0217	0.0245	0.0042	0.0102	0.0247	0.0133	0.0042	0.0181	0.0167	0.0181	0.0186	0.0061	0.0097	0.0061	0.0125
chr3L	15398446	15398597	chr3L:15398447-15398597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0083	0.0076	0.0081	0.0093	0.0042	0.0039	0.0147	0.0067	0.0042	0.0091	0.0074	0.0091	0.0046	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chr3L	15414591	15414742	chr3L:15414592-15414742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0069	0.0066	0.0102	0.0032	0.0092	0.0112	0.004	0.0032	0.0072	0.0061	0.0072	0.0062	0.0031	6e-04	0.0031	0.0021
chr3L	15414978	15415129	chr3L:15414979-15415129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0079	0.0076	0.0055	0.0109	0.0032	0.0029	0.016	0.0053	0.0032	0.0054	0.0055	0.0054	0.0062	0.0084	0.0019	0.0084	0.0042
chr3L	15420727	15420878	chr3L:15420728-15420878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0083	0.008	0.0065	0.0106	0.0042	0.0058	0.0164	0.006	0.0042	0.0048	0.0064	0.0048	0.0062	8e-04	0.0026	8e-04	0.0016
chr3L	15421672	15421823	chr3L:15421673-15421823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0077	0.0086	0.0188	0.0053	0.0049	0.0125	0.0073	0.0053	0.006	0.0103	0.006	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0073
chr3L	15422189	15422340	chr3L:15422190-15422340	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0062	0.0112	0.021	0.0053	0.0034	0.0112	0.006	0.0053	0.0133	0.0103	0.0133	0.0139	0.0031	0.0064	0.0031	0.0094
chr3L	15447489	15447640	chr3L:15447490-15447640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0115	0.0053	0.0113	0.0042	0.0053	0.0212	0.016	0.0042	0.0042	0.0061	0.0042	0.0031	8e-04	6e-04	8e-04	0.0047
chr3L	15447773	15447924	chr3L:15447774-15447924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0103	0.0084	0.0121	0.0085	0.0083	0.0147	0.0147	0.0085	0.0079	0.0084	0.0079	0.0054	0.0054	6e-04	0.0054	0.0052
chr3L	15451170	15451321	chr3L:15451171-15451321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0113	0.0085	0.0153	0.0042	0.0102	0.0182	0.01	0.0042	0.0085	0.0061	0.0085	0.0062	0.0046	0.0026	0.0046	0.0125
chr3L	15460194	15460345	chr3L:15460195-15460345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0128	0.0243	0.0072	0.006	0.0148	0.0097	0.0554	0.0153	0.0148	0.0072	0.0077	0.0072	0.0085	0.0069	0.0032	0.0069	0.0042
chr3L	15464529	15464680	chr3L:15464530-15464680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0076	0.0093	0.0057	0.0077	0.0032	0.0068	0.0212	0.0047	0.0032	0.0048	0.0029	0.0048	0.0015	8e-04	0	8e-04	0.0021
chr3L	15464758	15464909	chr3L:15464759-15464909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0128	0.007	0.0089	0.0053	0.0078	0.0268	0.0067	0.0053	0.0085	0.0051	0.0085	0.0023	0	0	0	0.0021
chr3L	15487076	15487304	chr3L:15487077-15487304	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0107	0.0194	0.0746	0.0011	0.0131	0.0186	0.0067	0.0011	0.0085	0.019	0.0085	0.0473	0.0475	0.0509	0.0475	0.1459
chr3L	15487580	15487748	chr3L:15487581-15487748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0178	0.0117	0.0127	0.0301	0.0053	0.0131	0.0173	0.0133	0.0053	0.0097	0.0119	0.0097	0.0271	0.0138	0.0193	0.0138	0.0604
chr3L	15487822	15487973	chr3L:15487823-15487973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0189	0.0138	0.0166	0.027	0.0064	0.0146	0.0203	0.016	0.0064	0.0175	0.0158	0.0175	0.0263	0.0061	0.0284	0.0061	0.0448
chr3L	15488092	15488248	chr3L:15488093-15488248	FBgn0040805	CG12355	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0113	0.015	0.0407	0.0053	0.0102	0.0186	0.012	0.0053	0.0066	0.0138	0.0066	0.0333	0.0061	0.029	0.0061	0.0818
chr3L	15491660	15491829	chr3L:15491661-15491829	FBgn0036499,FBgn0036500	CG7275,CG7276	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0517	0.0636	0.0444	0.0233	0.0519	0.0735	0.0533	0.0233	0.0719	0.0727	0.0719	0.0689	0.0559	0.0393	0.0559	0.0662
chr3L	15491934	15492114	chr3L:15491935-15492114	FBgn0036500	CG7275	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1185	0.1418	0.1025	0.0891	0.1306	0.1453	0.1299	0.0891	0.1812	0.1572	0.1812	0.1325	0.121	0.0922	0.121	0.1365
chr3L	15492206	15492376	chr3L:15492207-15492376	FBgn0036500	CG7275	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.0533	0.072	0.0409	0.035	0.0563	0.0718	0.0533	0.035	0.0954	0.0768	0.0954	0.0682	0.0467	0.0419	0.0467	0.0433
chr3L	15493444	15493595	chr3L:15493445-15493595	FBgn0036501	CG7272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0286	0.0273	0.0308	0.0277	0.0159	0.0218	0.0506	0.0207	0.0159	0.0326	0.0312	0.0326	0.0519	0.0337	0.0271	0.0337	0.0453
chr3L	15493940	15494168	chr3L:15493941-15494168	FBgn0036501	CG7272	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.074	0.0313	0.0749	0.1209	0.0127	0.0369	0.0368	0.0413	0.0127	0.0634	0.0842	0.0634	0.1472	0.1478	0.1741	0.1478	0.1787
chr3L	15494277	15494445	chr3L:15494278-15494445	FBgn0036501	CG7272	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0422	0.0275	0.0381	0.0632	0.0138	0.0325	0.0389	0.0213	0.0138	0.0338	0.045	0.0338	0.0612	0.1011	0.0754	0.1011	0.0912
chr3L	15494698	15494943	chr3L:15494699-15494943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.0345	0.0476	0.0863	0.0159	0.0369	0.0506	0.0366	0.0159	0.0628	0.0408	0.0628	0.0829	0.1662	0.0625	0.1662	0.1183
chr3L	15495146	15495398	chr3L:15495147-15495398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0545	0.0427	0.052	0.0703	0.018	0.0403	0.0675	0.046	0.018	0.0537	0.0576	0.0537	0.0651	0.1057	0.0709	0.1057	0.0657
chr3L	15495567	15495718	chr3L:15495568-15495718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0169	0.0286	0.0308	0.0042	0.0165	0.0229	0.0253	0.0042	0.0157	0.0476	0.0157	0.024	0.026	0.069	0.026	0.0261
chr3L	15500415	15500640	chr3L:15500416-15500640	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1102	0.0947	0.1371	0.0979	0.0679	0.1097	0.1302	0.0806	0.0679	0.2035	0.1122	0.2035	0.227	0.1126	0.0748	0.1126	0.1652
chr3L	15500683	15500893	chr3L:15500684-15500893	FBgn0036502	CG7841	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1551	0.1468	0.1775	0.1397	0.1007	0.1583	0.1985	0.1492	0.1007	0.2246	0.1916	0.2246	0.2076	0.1531	0.1489	0.1531	0.1772
chr3L	15501000	15501201	chr3L:15501001-15501201	FBgn0036502	CG7841	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.0948	0.1296	0.0869	0.053	0.1053	0.122	0.1066	0.053	0.1836	0.1322	0.1836	0.1472	0.1026	0.0941	0.1026	0.1068
chr3L	15501254	15501473	chr3L:15501255-15501473	FBgn0036502	CG7841	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1775	0.1331	0.2362	0.1628	0.07	0.1767	0.1246	0.1812	0.07	0.305	0.2678	0.305	0.2432	0.1815	0.1805	0.1815	0.1975
chr3L	15501531	15501720	chr3L:15501532-15501720	FBgn0004052,FBgn0036502	CG7841,Z600	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1684	0.1481	0.2057	0.1501	0.1039	0.1786	0.1618	0.1845	0.1039	0.2657	0.2334	0.2657	0.1936	0.1654	0.1773	0.1654	0.1673
chr3L	15502196	15502518	chr3L:15502197-15502518	FBgn0001099,FBgn0004052,FBgn0028377	Z600,gdl,gdl-ORF39	stage5	none	Z600_z600-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1309	0.2074	0.1043	0.0746	0.281	0.1029	0.3741	0.1332	0.281	0.1208	0.1141	0.1208	0.1007	0.0666	0.078	0.0666	0.0922
chr3L	15502578	15502773	chr3L:15502579-15502773	FBgn0001099,FBgn0004052,FBgn0028377	Z600,gdl,gdl-ORF39	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1661	0.1847	0.1812	0.1287	0.1856	0.1456	0.2742	0.1785	0.1856	0.2126	0.1955	0.2126	0.1905	0.1409	0.1264	0.1409	0.1595
chr3L	15504004	15504155	chr3L:15504005-15504155	FBgn0000565	Eip71CD	stage14	none	Eip71CD_657_NR	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.052	0.0446	0.0501	0.0622	0.0233	0.0354	0.0826	0.0326	0.0233	0.0429	0.0521	0.0429	0.0945	0.0436	0.0574	0.0436	0.135
chr3L	15504895	15505060	chr3L:15504896-15505060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0934	0.0947	0.1119	0.0717	0.0594	0.1019	0.109	0.1272	0.0594	0.1558	0.1251	0.1558	0.1154	0.0896	0.078	0.0896	0.087
chr3L	15507556	15507765	chr3L:15507557-15507765	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Eip71CD_3Eip	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1152	0.0593	0.1373	0.1533	0.0339	0.0874	0.0631	0.0633	0.0339	0.1636	0.1495	0.1636	0.206	0.1922	0.1825	0.1922	0.2163
chr3L	15508089	15508270	chr3L:15508090-15508270	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Eip71CD_3Eip	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1025	0.0967	0.0968	0.1152	0.071	0.1019	0.1276	0.0979	0.071	0.1021	0.0974	0.1021	0.1611	0.1187	0.109	0.1187	0.1944
chr3L	15508798	15509023	chr3L:15508799-15509023	distal	distal	none	none	Eip71CD_3Eip	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.071	0.0551	0.0439	0.0594	0.0471	0.1146	0.0733	0.0594	0.0652	0.0678	0.0652	0.0527	0.0544	0.0445	0.0544	0.0672
chr3L	15509157	15509308	chr3L:15509158-15509308	distal	distal	none	none	Eip71CD_3Eip	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.062	0.053	0.0697	0.0636	0.0435	0.0529	0.0636	0.0613	0.0435	0.0833	0.0836	0.0833	0.0682	0.0704	0.0741	0.0704	0.0896
chr3L	15509635	15509920	chr3L:15509636-15509920	FBgn0036503	CG13454	stage11,stage5	none	Eip71CD_3Eip	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1121	0.113	0.1338	0.0872	0.0806	0.1267	0.1302	0.1452	0.0806	0.1649	0.165	0.1649	0.1131	0.0988	0.1032	0.0988	0.1251
chr3L	15510086	15510302	chr3L:15510087-15510302	FBgn0036503	CG13454	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1458	0.2304	0.1497	0.0468	0.2153	0.1869	0.2885	0.3071	0.2153	0.1298	0.2141	0.1298	0.0782	0.0398	0.0535	0.0398	0.0552
chr3L	15510547	15510824	chr3L:15510548-15510824	FBgn0036503	CG13454	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0763	0.1007	0.0882	0.0361	0.0859	0.0922	0.122	0.1439	0.0859	0.0749	0.1219	0.0749	0.0837	0.0268	0.0348	0.0268	0.0604
chr3L	15510889	15511118	chr3L:15510890-15511118	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0646	0.0971	0.0687	0.024	0.0785	0.085	0.1263	0.1239	0.0785	0.0664	0.0965	0.0664	0.0457	0.0168	0.0239	0.0168	0.0386
chr3L	15515743	15516007	chr3L:15515744-15516007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.035	0.0376	0.0316	0.0159	0.0291	0.0506	0.0453	0.0159	0.0374	0.0383	0.0374	0.0612	0.0191	0.0232	0.0191	0.0688
chr3L	15516688	15517049	chr3L:15516689-15517049	FBgn0036505	CG7945	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0799	0.083	0.0864	0.0692	0.0636	0.0786	0.1064	0.0986	0.0636	0.1081	0.0971	0.1081	0.0844	0.0773	0.0683	0.0773	0.0917
chr3L	15517152	15517339	chr3L:15517153-15517339	FBgn0036505	CG7945	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1351	0.1357	0.1574	0.11	0.1113	0.1451	0.1501	0.1712	0.1113	0.2041	0.1749	0.2041	0.1448	0.1279	0.1051	0.1279	0.1381
chr3L	15517458	15517623	chr3L:15517459-15517623	FBgn0036505	CG7945	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0558	0.0528	0.0277	0.035	0.0684	0.0567	0.074	0.035	0.0664	0.0643	0.0664	0.0356	0.0237	0.029	0.0237	0.0292
chr3L	15523808	15524062	chr3L:15523809-15524062	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CrebA_CrebA-770	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0605	0.0601	0.076	0.044	0.0318	0.0786	0.0692	0.0693	0.0318	0.0676	0.101	0.0676	0.0968	0.0812	0.0561	0.0812	0.0453
chr3L	15524121	15524272	chr3L:15524122-15524272	FBgn0262893	CG43248	none	none	CrebA_CrebA-770	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.036	0.039	0.0454	0.0221	0.0148	0.0481	0.0437	0.056	0.0148	0.0429	0.0662	0.0429	0.0411	0.0528	0.0226	0.0528	0.0188
chr3L	15524540	15524691	chr3L:15524541-15524691	FBgn0262893	CG43248	none	none	CrebA_CrebA-770	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.033	0.0351	0.0355	0.0277	0.0106	0.0558	0.0398	0.0333	0.0106	0.0592	0.035	0.0592	0.0442	0.0597	0.0284	0.0597	0.0271
chr3L	15524792	15525001	chr3L:15524793-15525001	FBgn0262893	CG43248	none	none	CrebA_CrebA-770	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0454	0.0482	0.0524	0.0347	0.018	0.0733	0.0528	0.048	0.018	0.0731	0.0514	0.0731	0.0682	0.0398	0.0348	0.0398	0.0495
chr3L	15525603	15525786	chr3L:15525604-15525786	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0836	0.0561	0.0989	0.0975	0.018	0.0845	0.0528	0.0693	0.018	0.0839	0.091	0.0839	0.1146	0.0666	0.118	0.0666	0.1636
chr3L	15527226	15527377	chr3L:15527227-15527377	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0516	0.0189	0.0778	0.0593	0.0032	0.0272	0.0173	0.026	0.0032	0.0248	0.154	0.0248	0.0341	0.013	0.1844	0.013	0.0438
chr3L	15527531	15527977	chr3L:15527532-15527977	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1608	0.0725	0.2374	0.1752	0.0233	0.117	0.0571	0.0993	0.0233	0.0833	0.4129	0.0833	0.2037	0.0498	0.3243	0.0498	0.2517
chr3L	15528341	15528559	chr3L:15528342-15528559	FBgn0004396	CrebA	stage11,stage5	none	VT31280.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1769	0.1375	0.2264	0.1667	0.0891	0.1733	0.1319	0.1905	0.0891	0.1643	0.318	0.1643	0.2324	0.1018	0.2141	0.1018	0.2533
chr3L	15528962	15529169	chr3L:15528963-15529169	FBgn0004396	CrebA	stage11,stage14,stage5	none	VT31280.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1375	0.1149	0.1787	0.1177	0.0488	0.1417	0.0999	0.1885	0.0488	0.0966	0.2804	0.0966	0.1851	0.0482	0.2121	0.0482	0.1527
chr3L	15530101	15530266	chr3L:15530102-15530266	distal	distal	none	none	VT31280.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0431	0.0212	0.0632	0.0455	0.0085	0.0311	0.0177	0.0306	0.0085	0.0248	0.1209	0.0248	0.0442	0.01	0.1141	0.01	0.0573
chr3L	15530860	15531026	chr3L:15530861-15531026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0449	0.0279	0.0435	0.0655	0.0074	0.0359	0.0311	0.034	0.0074	0.0344	0.0463	0.0344	0.0914	0.0207	0.0342	0.0207	0.1845
chr3L	15531366	15531709	chr3L:15531367-15531709	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0733	0.0657	0.0731	0.082	0.0392	0.0879	0.0766	0.0633	0.0392	0.0664	0.0646	0.0664	0.1665	0.0459	0.0451	0.0459	0.2189
chr3L	15532311	15532462	chr3L:15532312-15532462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0285	0.0189	0.0277	0.0402	0.0085	0.0228	0.0229	0.0207	0.0085	0.0169	0.0318	0.0169	0.0542	0.0115	0.0355	0.0115	0.1016
chr3L	15534116	15534267	chr3L:15534117-15534267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0193	0.0128	0.0168	0.0292	0.0042	0.0126	0.0199	0.0127	0.0042	0.0048	0.026	0.0048	0.0139	0.0168	0.0264	0.0168	0.0214
chr3L	15536665	15536878	chr3L:15536666-15536878	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0162	0.0397	0.0395	0.0032	0.0194	0.0212	0.018	0.0032	0.0139	0.0768	0.0139	0.0263	0.0054	0.1231	0.0054	0.0302
chr3L	15537026	15537177	chr3L:15537027-15537177	distal	distal	stage14	stage14	VT31285.1	VT31285.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0126	0.0226	0.0299	0.0021	0.0146	0.0195	0.012	0.0021	0.0085	0.0405	0.0085	0.0225	0.0077	0.0838	0.0077	0.0297
chr3L	15537688	15537839	chr3L:15537689-15537839	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT31285.1	VT31285.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0295	0.0334	0.0267	0.0212	0.0306	0.035	0.042	0.0212	0.0217	0.0531	0.0217	0.0349	0.023	0.0671	0.023	0.0255
chr3L	15537957	15538347	chr3L:15537958-15538347	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT31285.1	VT31285.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0862	0.1061	0.0858	0.0643	0.0764	0.0966	0.1146	0.1632	0.0764	0.0519	0.1441	0.0519	0.0705	0.0689	0.1431	0.0689	0.0521
chr3L	15539325	15539567	chr3L:15539326-15539567	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0414	0.0351	0.0508	0.038	0.0138	0.0316	0.0567	0.036	0.0138	0.029	0.0855	0.029	0.0418	0.0191	0.0903	0.0191	0.0401
chr3L	15540516	15540667	chr3L:15540517-15540667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0182	0.0208	0.0203	0.0042	0.0204	0.0294	0.016	0.0042	0.0145	0.0264	0.0145	0.0325	0.01	0.0226	0.01	0.0406
chr3L	15541340	15541491	chr3L:15541341-15541491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0327	0.0218	0.0142	0.0244	0.0252	0.0532	0.032	0.0244	0.0175	0.0289	0.0175	0.0333	0.0084	0.0174	0.0084	0.025
chr3L	15547120	15547307	chr3L:15547121-15547307	FBgn0087035	AGO2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.177	0.1659	0.2096	0.1537	0.1166	0.1971	0.1743	0.2152	0.1166	0.2542	0.2283	0.2542	0.1967	0.1853	0.1625	0.1853	0.1839
chr3L	15547393	15547625	chr3L:15547394-15547625	FBgn0087035	AGO2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2093	0.2001	0.2423	0.1834	0.1633	0.2204	0.2331	0.2345	0.1633	0.3013	0.2588	0.3013	0.2339	0.2098	0.1928	0.2098	0.2095
chr3L	15547633	15547784	chr3L:15547634-15547784	FBgn0087035	AGO2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1152	0.1185	0.1326	0.0923	0.0923	0.1379	0.1272	0.1432	0.0923	0.1576	0.1482	0.1576	0.1216	0.098	0.1064	0.098	0.1084
chr3L	15547945	15548144	chr3L:15547946-15548144	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0658	0.0805	0.0688	0.0371	0.0811	0.08	0.0753	0.0371	0.1075	0.0894	0.1075	0.0635	0.0842	0.0799	0.0842	0.0829
chr3L	15555666	15556002	chr3L:15555667-15556002	FBgn0036509	CG7739	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0823	0.0709	0.0997	0.0758	0.0424	0.085	0.0869	0.0813	0.0424	0.1135	0.1093	0.1135	0.1208	0.0697	0.078	0.0697	0.1084
chr3L	15556068	15556252	chr3L:15556069-15556252	FBgn0036509,FBgn0036510	CG7427,CG7739	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1019	0.0814	0.1207	0.1043	0.0573	0.0917	0.1012	0.0919	0.0573	0.1576	0.1386	0.1576	0.1123	0.1041	0.1128	0.1041	0.1266
chr3L	15556456	15556624	chr3L:15556457-15556624	FBgn0036509,FBgn0036510	CG7427,CG7739	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1313	0.1137	0.1528	0.1273	0.0795	0.1296	0.1367	0.1292	0.0795	0.195	0.1749	0.195	0.1379	0.1348	0.1393	0.1348	0.1516
chr3L	15556670	15557028	chr3L:15556671-15557028	FBgn0036510	CG7427	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.173	0.2203	0.1606	0.1145	0.1971	0.2003	0.2172	0.1145	0.2615	0.2502	0.2615	0.2153	0.1708	0.1805	0.1708	0.198
chr3L	15558798	15559016	chr3L:15558799-15559016	FBgn0036511	CG6498	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0965	0.0927	0.1013	0.0955	0.0647	0.0922	0.1259	0.1013	0.0647	0.131	0.101	0.131	0.1309	0.0896	0.0967	0.0896	0.1219
chr3L	15559034	15559209	chr3L:15559035-15559209	FBgn0036511	CG6498	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1693	0.1416	0.2075	0.1583	0.0912	0.1699	0.1674	0.1652	0.0912	0.2621	0.218	0.2621	0.2324	0.1677	0.1663	0.1677	0.2027
chr3L	15559284	15559525	chr3L:15559285-15559525	FBgn0036511	CG6498	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1619	0.1022	0.2204	0.1643	0.0456	0.1286	0.1189	0.1219	0.0456	0.2772	0.2466	0.2772	0.2479	0.1884	0.1921	0.1884	0.2194
chr3L	15559594	15560012	chr3L:15559595-15560012	FBgn0036511	CG6498	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.125	0.0912	0.1608	0.1234	0.0371	0.118	0.1133	0.0993	0.0371	0.1455	0.1711	0.1455	0.2773	0.1233	0.136	0.1233	0.1975
chr3L	15569198	15569487	chr3L:15569199-15569487	FBgn0036512	CG16979	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0575	0.0607	0.0608	0.0504	0.0339	0.0583	0.09	0.0653	0.0339	0.0622	0.0707	0.0622	0.0736	0.059	0.0496	0.059	0.0693
chr3L	15569577	15569772	chr3L:15569578-15569772	FBgn0036512	CG16979	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0874	0.0954	0.078	0.0615	0.0922	0.1081	0.1059	0.0615	0.1039	0.1154	0.1039	0.1022	0.0896	0.0754	0.0896	0.1073
chr3L	15569828	15570067	chr3L:15569829-15570067	FBgn0036512	CG16979	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.064	0.0611	0.0755	0.0546	0.0467	0.0602	0.0783	0.07	0.0467	0.0918	0.0862	0.0918	0.0844	0.0636	0.0548	0.0636	0.0703
chr3L	15573270	15573462	chr3L:15573271-15573462	FBgn0036514,FBgn0261109	CG12301,mrn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0565	0.0723	0.0467	0.0392	0.0549	0.0683	0.0786	0.0392	0.09	0.0804	0.09	0.0767	0.0406	0.0451	0.0406	0.0646
chr3L	15573546	15573746	chr3L:15573547-15573746	FBgn0036514,FBgn0261109	CG12301,mrn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1309	0.1259	0.1542	0.111	0.0817	0.1447	0.138	0.1606	0.0817	0.2114	0.1598	0.2114	0.1495	0.1156	0.1077	0.1156	0.1459
chr3L	15573796	15573984	chr3L:15573797-15573984	FBgn0036514,FBgn0261109	CG12301,mrn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1252	0.1127	0.1544	0.1072	0.07	0.1248	0.1237	0.1479	0.07	0.2059	0.1672	0.2059	0.1503	0.1133	0.1019	0.1133	0.1339
chr3L	15574060	15574224	chr3L:15574061-15574224	FBgn0036514,FBgn0261109	CG12301,mrn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0486	0.0619	0.0433	0.0297	0.0539	0.058	0.0633	0.0297	0.0839	0.0669	0.0839	0.0596	0.0475	0.0445	0.0475	0.05
chr3L	15576632	15576806	chr3L:15576633-15576806	FBgn0036515	CG12304	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0736	0.0689	0.082	0.0696	0.0414	0.0748	0.0839	0.0886	0.0414	0.1021	0.0865	0.1021	0.1061	0.085	0.0696	0.085	0.099
chr3L	15580747	15581126	chr3L:15580748-15581126	FBgn0036516	CG7656	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1063	0.1129	0.1113	0.0933	0.0774	0.1165	0.1462	0.1266	0.0774	0.1341	0.1251	0.1341	0.1224	0.1018	0.0916	0.1018	0.1245
chr3L	15581201	15581389	chr3L:15581202-15581389	FBgn0036516	CG7656	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1511	0.1368	0.1741	0.1418	0.0838	0.1539	0.1574	0.1712	0.0838	0.2138	0.1881	0.2138	0.1836	0.1547	0.1554	0.1547	0.1652
chr3L	15581536	15581687	chr3L:15581537-15581687	FBgn0036516,FBgn0036518	CG7656,RhoGAP71E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0659	0.0713	0.0741	0.051	0.0456	0.0796	0.0839	0.0893	0.0456	0.0851	0.0804	0.0851	0.0736	0.0429	0.06	0.0429	0.0636
chr3L	15581875	15582059	chr3L:15581876-15582059	FBgn0036518	RhoGAP71E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2188	0.2187	0.2471	0.188	0.175	0.2461	0.2487	0.2592	0.175	0.3031	0.2653	0.3031	0.2525	0.2167	0.1941	0.2167	0.2215
chr3L	15582477	15582811	chr3L:15582478-15582811	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.1088	0.0774	0.056	0.0848	0.1112	0.1276	0.1319	0.0848	0.0894	0.0826	0.0894	0.0798	0.0597	0.0613	0.0597	0.0631
chr3L	15584092	15584243	chr3L:15584093-15584243	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0475	0.0556	0.0471	0.039	0.0414	0.0447	0.074	0.072	0.0414	0.0417	0.0566	0.0417	0.0589	0.026	0.0761	0.026	0.0433
chr3L	15586339	15586760	chr3L:15586340-15586760	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0893	0.1702	0.0506	0.0414	0.2121	0.1117	0.2128	0.2258	0.2121	0.0489	0.0592	0.0489	0.0426	0.0398	0.0271	0.0398	0.0266
chr3L	15587292	15587443	chr3L:15587293-15587443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0364	0.0689	0.0266	0.0109	0.0467	0.051	0.0792	0.1233	0.0467	0.0175	0.0264	0.0175	0.0341	0.0054	0.011	0.0054	0.0162
chr3L	15587448	15587678	chr3L:15587449-15587678	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0564	0.0973	0.044	0.0241	0.0764	0.0757	0.112	0.1519	0.0764	0.0308	0.0386	0.0308	0.0736	0.0107	0.02	0.0107	0.0427
chr3L	15588263	15588543	chr3L:15588264-15588543	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0875	0.1542	0.0694	0.033	0.1591	0.1388	0.215	0.1512	0.1591	0.0725	0.0723	0.0725	0.0968	0.0222	0.0355	0.0222	0.0537
chr3L	15588555	15589025	chr3L:15588556-15589025	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1	0.1549	0.0923	0.0472	0.1495	0.1291	0.2288	0.1532	0.1495	0.0694	0.0949	0.0694	0.1743	0.0306	0.0496	0.0306	0.0865
chr3L	15589526	15589677	chr3L:15589527-15589677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0428	0.0606	0.0404	0.0256	0.0647	0.0466	0.0848	0.0666	0.0647	0.0405	0.0373	0.0405	0.0751	0.0237	0.0213	0.0237	0.0479
chr3L	15590339	15590490	chr3L:15590340-15590490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0328	0.0364	0.0336	0.028	0.0339	0.0374	0.0446	0.042	0.0339	0.0362	0.0302	0.0362	0.0596	0.0168	0.0226	0.0168	0.0631
chr3L	15591187	15591338	chr3L:15591188-15591338	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0358	0.0406	0.0415	0.0242	0.0329	0.0422	0.051	0.0466	0.0329	0.0236	0.0453	0.0236	0.0937	0.0107	0.0361	0.0107	0.0474
chr3L	15591555	15591814	chr3L:15591556-15591814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0462	0.05	0.0552	0.0322	0.0339	0.0583	0.0619	0.056	0.0339	0.0344	0.0492	0.0344	0.134	0.0199	0.0361	0.0199	0.0636
chr3L	15592095	15592246	chr3L:15592096-15592246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0394	0.0288	0.0283	0.0223	0.0417	0.0532	0.0466	0.0223	0.0199	0.0383	0.0199	0.038	0.0199	0.049	0.0199	0.0427
chr3L	15592308	15592533	chr3L:15592309-15592533	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0334	0.0312	0.0287	0.0412	0.0138	0.0345	0.0402	0.038	0.0138	0.0242	0.0399	0.0242	0.0333	0.0222	0.087	0.0222	0.0604
chr3L	15592784	15592935	chr3L:15592785-15592935	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.025	0.0241	0.0389	0.0265	0.0209	0.0359	0.024	0.0265	0.0163	0.035	0.0163	0.0217	0.0145	0.1115	0.0145	0.0302
chr3L	15593456	15593607	chr3L:15593457-15593607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0327	0.0289	0.0276	0.0255	0.0286	0.0493	0.028	0.0255	0.026	0.0312	0.026	0.0449	0.0153	0.0297	0.0153	0.0568
chr3L	15594451	15594602	chr3L:15594452-15594602	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0253	0.0329	0.026	0.016	0.0318	0.0248	0.0476	0.0373	0.0318	0.0175	0.0241	0.0175	0.0534	0.0153	0.0181	0.0153	0.0245
chr3L	15599582	15599800	chr3L:15599583-15599800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0471	0.0254	0.0189	0.0424	0.0282	0.0662	0.0653	0.0424	0.0217	0.0264	0.0217	0.0318	0.0138	0.029	0.0138	0.0214
chr3L	15602271	15602422	chr3L:15602272-15602422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.039	0.0228	0.0164	0.0276	0.035	0.0515	0.0486	0.0276	0.0169	0.0299	0.0169	0.0256	0.0168	0.0161	0.0168	0.025
chr3L	15602467	15602695	chr3L:15602468-15602695	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0629	0.043	0.0305	0.0382	0.0607	0.0891	0.0733	0.0382	0.0272	0.055	0.0272	0.0496	0.0337	0.029	0.0337	0.0401
chr3L	15602745	15603087	chr3L:15602746-15603087	FBgn0036519	CG7650	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0639	0.0576	0.0415	0.0361	0.0612	0.0843	0.0813	0.0361	0.0507	0.063	0.0507	0.0736	0.0421	0.0451	0.0421	0.0563
chr3L	15603151	15603314	chr3L:15603152-15603314	FBgn0036519	CG7650	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0575	0.0571	0.0673	0.0472	0.0414	0.0568	0.0692	0.074	0.0414	0.0761	0.0727	0.0761	0.0674	0.0467	0.0477	0.0467	0.0625
chr3L	15603401	15603600	chr3L:15603402-15603600	FBgn0036519	CG7650	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1027	0.0963	0.1187	0.0922	0.0732	0.1063	0.1055	0.1226	0.0732	0.1359	0.1244	0.1359	0.1255	0.1118	0.0935	0.1118	0.112
chr3L	15603964	15604115	chr3L:15603965-15604115	FBgn0036519	CG7650	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0166	0.0218	0.0149	0.0095	0.0107	0.0242	0.0247	0.0095	0.0272	0.0257	0.0272	0.017	0.0138	0.0168	0.0138	0.0156
chr3L	15607581	15607732	chr3L:15607582-15607732	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0125	0.0113	0.0171	0.0032	0.0136	0.0182	0.016	0.0032	0.0133	0.0093	0.0133	0.0077	0.0061	0.0039	0.0061	0.0068
chr3L	15610024	15610175	chr3L:15610025-15610175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0065	0.0095	0.0135	0.0032	0.0053	0.0108	0.0067	0.0032	0.0103	0.0106	0.0103	0.007	0.0046	0.0058	0.0046	0.0036
chr3L	15612546	15612700	chr3L:15612547-15612700	FBgn0036522	CG7372	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0447	0.0563	0.0481	0.0281	0.0339	0.0534	0.0666	0.0799	0.0339	0.0568	0.0486	0.0568	0.0457	0.0283	0.0245	0.0283	0.0271
chr3L	15612845	15613017	chr3L:15612846-15613017	FBgn0036522	CG7372	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1777	0.1731	0.2086	0.149	0.1326	0.1971	0.1869	0.2199	0.1326	0.2736	0.2203	0.2736	0.1774	0.1669	0.1528	0.1669	0.1626
chr3L	15613273	15613466	chr3L:15613274-15613466	FBgn0036522	CG7372	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0623	0.0788	0.0702	0.0352	0.0817	0.0655	0.0943	0.1006	0.0817	0.0864	0.0756	0.0864	0.055	0.0429	0.0458	0.0429	0.0375
chr3L	15617342	15617504	chr3L:15617343-15617504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0461	0.0298	0.0532	0.0567	0.0244	0.0383	0.0264	0.036	0.0244	0.0223	0.0267	0.0223	0.0116	0.0138	0.0161	0.0138	0.0188
chr3L	15618190	15618341	chr3L:15618191-15618341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0154	0.0143	0.0117	0.0207	0.0032	0.0155	0.0203	0.0147	0.0032	0.0072	0.0135	0.0072	0.0124	0.0115	0.0335	0.0115	0.0281
chr3L	15618437	15618613	chr3L:15618438-15618613	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0333	0.0203	0.0231	0.0589	0.0074	0.0189	0.0303	0.0247	0.0074	0.0121	0.0273	0.0121	0.0349	0.0482	0.0941	0.0482	0.0881
chr3L	15618679	15618855	chr3L:15618680-15618855	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0126	0.017	0.0471	0.0053	0.0117	0.0173	0.0173	0.0053	0.0139	0.0228	0.0139	0.0186	0.0498	0.0793	0.0498	0.0615
chr3L	15619247	15619442	chr3L:15619248-15619442	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0498	0.0162	0.0307	0.1083	0.0074	0.0189	0.0234	0.0167	0.0074	0.0223	0.0354	0.0223	0.0527	0.1309	0.1573	0.1309	0.1423
chr3L	15629695	15629888	chr3L:15629696-15629888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0217	0.0332	0.0174	0.0138	0.0228	0.0281	0.024	0.0138	0.0326	0.0334	0.0326	0.0689	0.0115	0.0123	0.0115	0.036
chr3L	15630196	15630401	chr3L:15630197-15630401	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.063	0.0857	0.0569	0.0444	0.0615	0.0956	0.0934	0.1113	0.0615	0.0628	0.065	0.0628	0.0728	0.0528	0.0329	0.0528	0.0724
chr3L	15630490	15630674	chr3L:15630491-15630674	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0576	0.0378	0.0238	0.0382	0.066	0.0623	0.0753	0.0382	0.0386	0.0421	0.0386	0.048	0.026	0.0219	0.026	0.036
chr3L	15630845	15631112	chr3L:15630846-15631112	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0411	0.045	0.0542	0.0223	0.0201	0.0578	0.0454	0.064	0.0201	0.0332	0.0662	0.0332	0.0937	0.01	0.0277	0.01	0.0297
chr3L	15631361	15631863	chr3L:15631362-15631863	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0741	0.0864	0.0986	0.0336	0.0255	0.1097	0.0843	0.1306	0.0255	0.0525	0.154	0.0525	0.0976	0.0115	0.0677	0.0115	0.0334
chr3L	15631935	15632230	chr3L:15631936-15632230	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0427	0.0446	0.0576	0.0242	0.0138	0.0583	0.0303	0.0853	0.0138	0.0302	0.0997	0.0302	0.0364	0.0054	0.0593	0.0054	0.0188
chr3L	15634616	15634767	chr3L:15634617-15634767	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.011	0.0081	0.009	0.0166	0.0032	0.0083	0.0134	0.0073	0.0032	0.0054	0.01	0.0054	0.0201	0.0031	0.0103	0.0031	0.0386
chr3L	15635166	15635317	chr3L:15635167-15635317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0146	0.0208	0.0207	0.0074	0.0146	0.0208	0.016	0.0074	0.0187	0.0238	0.0187	0.0349	0.0214	0.0148	0.0214	0.0422
chr3L	15640164	15640330	chr3L:15640165-15640330	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0253	0.0117	0.0241	0.0416	0.0032	0.0155	0.0151	0.0113	0.0032	0.0145	0.0302	0.0145	0.0403	0.0429	0.078	0.0429	0.0526
chr3L	15640656	15640807	chr3L:15640657-15640807	FBgn0259236	comm3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0137	0.0128	0.0143	0.0042	0.0175	0.0173	0.0173	0.0042	0.0085	0.0161	0.0085	0.0178	0.01	0.0277	0.01	0.0182
chr3L	15641210	15641378	chr3L:15641211-15641378	FBgn0259236,FBgn0262529	CG43083,comm3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0206	0.0122	0.015	0.0362	0.0085	0.0131	0.0195	0.0087	0.0085	0.0085	0.019	0.0085	0.0302	0.0199	0.0787	0.0199	0.0464
chr3L	15646935	15647086	chr3L:15646936-15647086	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0112	0.0183	0.013	0.0011	0.0121	0.016	0.014	0.0011	0.0211	0.0293	0.0211	0.0101	0.0092	0.0297	0.0092	0.0099
chr3L	15649472	15649656	chr3L:15649473-15649656	FBgn0004592	Eig71Ee	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0218	0.034	0.0142	0.0064	0.0223	0.0272	0.0353	0.0064	0.0254	0.0611	0.0254	0.0155	0.0145	0.0322	0.0145	0.0057
chr3L	15655769	15655962	chr3L:15655770-15655962	distal	distal	stage14	stage14	VT31353.1	VT31353.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0269	0.0155	0.0372	0.0285	0.0074	0.0252	0.0143	0.016	0.0074	0.0604	0.0354	0.0604	0.0442	0.0199	0.0103	0.0199	0.0198
chr3L	15656015	15656166	chr3L:15656016-15656166	distal	distal	stage14	stage14	VT31353.1	VT31353.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0199	0.0137	0.0274	0.0187	0.0032	0.0238	0.0138	0.012	0.0032	0.0362	0.028	0.0362	0.0403	0.0161	0.0116	0.0161	0.0104
chr3L	15657034	15657185	chr3L:15657035-15657185	distal	distal	none	none	VT31353.1	VT31353.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0097	0.0132	0.0259	0.0042	0.0102	0.0117	0.012	0.0042	0.0157	0.0113	0.0157	0.0116	0.0084	0.0064	0.0084	0.0151
chr3L	15657248	15657399	chr3L:15657249-15657399	distal	distal	stage14	stage14	VT31353.1	VT31353.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0207	0.0153	0.0199	0.0277	0.0032	0.0194	0.0143	0.0273	0.0032	0.0242	0.0215	0.0242	0.0116	0.0123	0.0103	0.0123	0.0115
chr3L	15657476	15657640	chr3L:15657477-15657640	distal	distal	stage14	stage14	VT31353.1	VT31353.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0202	0.0292	0.0329	0.0064	0.0243	0.0208	0.0286	0.0064	0.032	0.0338	0.032	0.0062	0.013	0.011	0.013	0.0104
chr3L	15657778	15657929	chr3L:15657779-15657929	distal	distal	stage14	stage14	VT31353.1	VT31353.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0195	0.0156	0.0201	0.0233	0.0085	0.015	0.016	0.0293	0.0085	0.0236	0.0232	0.0236	0.0054	0.0054	0.0064	0.0054	0.0052
chr3L	15658660	15658895	chr3L:15658661-15658895	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.041	0.068	0.0414	0.0104	0.0233	0.0665	0.0506	0.1499	0.0233	0.0296	0.0733	0.0296	0.0209	0.0038	0.0097	0.0038	0.0073
chr3L	15659163	15659444	chr3L:15659164-15659444	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0593	0.1028	0.0584	0.0117	0.052	0.1184	0.0696	0.1945	0.052	0.0465	0.0968	0.0465	0.0186	0.0061	0.0052	0.0061	0.0073
chr3L	15661174	15661325	chr3L:15661175-15661325	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0056	0.0066	0.0142	0.0021	0.0034	0.0091	0.0093	0.0021	0.0024	0.0071	0.0024	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chr3L	15661525	15661676	chr3L:15661526-15661676	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0077	0.0075	0.0153	0.0053	0.0092	0.0087	0.0093	0.0053	0.0048	0.008	0.0048	0.0031	8e-04	0.0019	8e-04	0.0042
chr3L	15662737	15663202	chr3L:15662738-15663202	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0991	0.1067	0.1415	0.044	0.0392	0.1364	0.0891	0.1845	0.0392	0.1159	0.2621	0.1159	0.0449	0.0199	0.1244	0.0199	0.0141
chr3L	15663834	15664024	chr3L:15663835-15664024	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0605	0.0622	0.0991	0.0162	0.0223	0.0534	0.0662	0.1226	0.0223	0.032	0.2183	0.032	0.0116	0.0069	0.0496	0.0069	0.0031
chr3L	15664085	15664246	chr3L:15664086-15664246	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0405	0.044	0.0651	0.0095	0.0106	0.0383	0.0458	0.0859	0.0106	0.0278	0.1405	0.0278	0.0046	0.0061	0.0187	0.0061	0.0036
chr3L	15665602	15665753	chr3L:15665603-15665753	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.0103	0.0154	0.0224	0.0032	0.0097	0.0156	0.0127	0.0032	0.0121	0.0212	0.0121	0.007	0.0061	0.009	0.0061	0.0083
chr3L	15666233	15666384	chr3L:15666234-15666384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0243	0.0209	0.0371	0.0139	0.0095	0.0204	0.0234	0.036	0.0095	0.0356	0.063	0.0356	0.0093	0.0107	0.02	0.0107	0.0063
chr3L	15667697	15667848	chr3L:15667698-15667848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0166	0.0131	0.0256	0.0106	0.0042	0.0218	0.0147	0.0093	0.0042	0.0628	0.0219	0.0628	0.0108	0.0123	0.009	0.0123	0.0109
chr3L	15668121	15668277	chr3L:15668122-15668277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0284	0.015	0.0445	0.0258	0.0053	0.0209	0.0156	0.02	0.0053	0.1141	0.0376	0.1141	0.017	0.0773	0.0174	0.0773	0.0109
chr3L	15668439	15668667	chr3L:15668440-15668667	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0495	0.0255	0.0786	0.0444	0.0064	0.0471	0.0242	0.0253	0.0064	0.2355	0.0518	0.2355	0.031	0.1516	0.0316	0.1516	0.0151
chr3L	15669179	15669476	chr3L:15669180-15669476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0237	0.0181	0.0274	0.026	0.0053	0.0199	0.0212	0.026	0.0053	0.0731	0.0199	0.0731	0.0093	0.0628	0.0103	0.0628	0.0089
chr3L	15669628	15669779	chr3L:15669629-15669779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0088	0.0113	0.0198	0.0032	0.0073	0.013	0.0113	0.0032	0.0205	0.009	0.0205	0.007	0.0138	0.0045	0.0138	0.0052
chr3L	15670284	15670435	chr3L:15670285-15670435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0172	0.0135	0.0199	0.0185	0.0053	0.0117	0.0238	0.0147	0.0053	0.0356	0.0203	0.0356	0.0116	0.0069	0.0045	0.0069	0.0083
chr3L	15670572	15670723	chr3L:15670573-15670723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0128	0.0183	0.0162	0.0042	0.0102	0.0195	0.0193	0.0042	0.026	0.0219	0.026	0.0132	0.0038	0.0064	0.0038	0.0068
chr3L	15671158	15671309	chr3L:15671159-15671309	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0097	0.0171	0.0234	0.0064	0.0121	0.0147	0.0073	0.0064	0.0223	0.0141	0.0223	0.007	0.0077	0.009	0.0077	0.0094
chr3L	15671424	15671651	chr3L:15671425-15671651	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.011	0.0179	0.0448	0.0042	0.0087	0.0195	0.0127	0.0042	0.0127	0.0151	0.0127	0.0085	0.0084	0.0045	0.0084	0.0083
chr3L	15671922	15672073	chr3L:15671923-15672073	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0069	0.0103	0.0313	0.0021	0.0087	0.0095	0.0087	0.0021	0.0079	0.0113	0.0079	0.0077	0.0038	0.0058	0.0038	0.0052
chr3L	15676923	15677074	chr3L:15676924-15677074	FBgn0036528,FBgn0036529	CG7579,pgant8	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.0122	0.018	0.017	0.0042	0.0107	0.0169	0.0167	0.0042	0.0169	0.0293	0.0169	0.0085	0.0069	0.0477	0.0069	0.0083
chr3L	15677283	15677434	chr3L:15677284-15677434	FBgn0036529	pgant8	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0123	0.0103	0.0109	0.016	0.0042	0.0087	0.016	0.0127	0.0042	0.0072	0.0164	0.0072	0.0093	0.0069	0.0458	0.0069	0.0109
chr3L	15681267	15681482	chr3L:15681268-15681482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0277	0.0518	0.0214	0.0077	0.0445	0.0325	0.0796	0.068	0.0445	0.0181	0.0299	0.0181	0.0147	0.0031	0.0097	0.0031	0.0057
chr3L	15681706	15681874	chr3L:15681707-15681874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0359	0.0234	0.0096	0.0265	0.0267	0.0502	0.048	0.0265	0.0175	0.0299	0.0175	0.0201	0.0023	0.0052	0.0023	0.0094
chr3L	15683277	15683428	chr3L:15683278-15683428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0181	0.0228	0.0171	0.0011	0.0248	0.0229	0.0227	0.0011	0.0217	0.027	0.0217	0.0256	0.0084	0.0142	0.0084	0.0422
chr3L	15683909	15684371	chr3L:15683910-15684371	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1127	0.0781	0.1695	0.0888	0.0106	0.1359	0.0493	0.1133	0.0106	0.2107	0.1862	0.2107	0.237	0.049	0.0832	0.049	0.1954
chr3L	15684636	15684852	chr3L:15684637-15684852	FBgn0085480	CG34451	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0315	0.0641	0.0465	0.0085	0.0505	0.0346	0.0293	0.0085	0.0628	0.0862	0.0628	0.0744	0.0299	0.0593	0.0299	0.0875
chr3L	15686020	15686201	chr3L:15686021-15686201	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0155	0.0452	0.0352	0.0042	0.0218	0.016	0.0187	0.0042	0.0199	0.0817	0.0199	0.0395	0.013	0.1032	0.013	0.0313
chr3L	15686639	15686807	chr3L:15686640-15686807	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.0125	0.0487	0.0341	0.0053	0.0175	0.0134	0.0167	0.0053	0.0223	0.0894	0.0223	0.0387	0.0077	0.1019	0.0077	0.0255
chr3L	15689832	15689983	chr3L:15689833-15689983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0281	0.0315	0.0343	0.0175	0.0085	0.0403	0.0255	0.0566	0.0085	0.0266	0.0453	0.0266	0.0496	0.0054	0.0148	0.0054	0.0453
chr3L	15692891	15693127	chr3L:15692892-15693127	FBgn0041160	comm2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2752	0.3016	0.3428	0.1717	0.2407	0.3549	0.3166	0.3658	0.2407	0.4517	0.4048	0.4517	0.3277	0.2251	0.2482	0.2251	0.2507
chr3L	15693745	15693913	chr3L:15693746-15693913	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0926	0.1362	0.0231	0.0361	0.115	0.0843	0.1439	0.0361	0.244	0.1669	0.244	0.0666	0.0398	0.0406	0.0398	0.0188
chr3L	15693934	15694208	chr3L:15693935-15694208	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.073	0.0973	0.0972	0.0192	0.0509	0.0917	0.122	0.1352	0.0509	0.1516	0.1299	0.1516	0.0449	0.0222	0.0342	0.0222	0.0188
chr3L	15694894	15695072	chr3L:15694895-15695072	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0613	0.1105	0.0478	0.0209	0.106	0.0631	0.1652	0.1452	0.106	0.0429	0.0614	0.0429	0.0426	0.0153	0.0406	0.0153	0.025
chr3L	15695425	15695576	chr3L:15695426-15695576	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0194	0.0231	0.0308	0.0064	0.0155	0.0294	0.024	0.0064	0.0266	0.0354	0.0266	0.0155	0.0145	0.0819	0.0145	0.0349
chr3L	15695648	15695799	chr3L:15695649-15695799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0193	0.0325	0.0284	0.0085	0.0238	0.0242	0.0213	0.0085	0.0272	0.0531	0.0272	0.0163	0.0138	0.0767	0.0138	0.0287
chr3L	15696571	15696722	chr3L:15696572-15696722	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0518	0.0941	0.0437	0.0135	0.0382	0.1155	0.0567	0.1939	0.0382	0.0543	0.0608	0.0543	0.0209	0.01	0.0148	0.01	0.0125
chr3L	15696813	15697094	chr3L:15696814-15697094	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0983	0.1664	0.0987	0.0219	0.1071	0.1947	0.1189	0.3018	0.1071	0.1238	0.1367	0.1238	0.0511	0.0123	0.0368	0.0123	0.0287
chr3L	15697747	15698013	chr3L:15697748-15698013	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0389	0.0214	0.0533	0.0428	0.0106	0.0277	0.0238	0.0266	0.0106	0.0326	0.0527	0.0326	0.141	0.026	0.0619	0.026	0.073
chr3L	15699122	15699273	chr3L:15699123-15699273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0238	0.0158	0.0324	0.0234	0.0042	0.0238	0.0164	0.0187	0.0042	0.0187	0.0373	0.0187	0.0744	0.0069	0.0361	0.0069	0.0417
chr3L	15699286	15699687	chr3L:15699287-15699687	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0345	0.086	0.0468	0.0106	0.0481	0.0333	0.0486	0.0106	0.0423	0.1119	0.0423	0.1735	0.0161	0.0799	0.0161	0.0829
chr3L	15703357	15703571	chr3L:15703358-15703571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.045	0.0727	0.0492	0.0093	0.0244	0.1316	0.0562	0.0886	0.0244	0.0845	0.0569	0.0845	0.0248	0.0038	0.0116	0.0038	0.0099
chr3L	15704141	15704292	chr3L:15704142-15704292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0527	0.027	0.0077	0.0498	0.0379	0.0813	0.0533	0.0498	0.0181	0.0514	0.0181	0.0101	0.0046	0.0148	0.0046	0.0052
chr3L	15704314	15704465	chr3L:15704315-15704465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0355	0.0775	0.0207	0.0049	0.0997	0.0408	0.1328	0.0666	0.0997	0.0145	0.037	0.0145	0.0093	8e-04	0.0084	8e-04	0.0042
chr3L	15704551	15704736	chr3L:15704552-15704736	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0447	0.1039	0.0188	0.0071	0.122	0.049	0.1851	0.0973	0.122	0.0115	0.0305	0.0115	0.0163	0.0069	0.0097	0.0069	0.0047
chr3L	15705159	15705537	chr3L:15705160-15705537	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1206	0.2741	0.0627	0.0125	0.2863	0.2019	0.3447	0.3771	0.2863	0.0556	0.1006	0.0556	0.0263	0.0092	0.0174	0.0092	0.0078
chr3L	15706285	15706472	chr3L:15706286-15706472	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0303	0.0364	0.0437	0.0089	0.0127	0.0442	0.0398	0.0566	0.0127	0.0459	0.0682	0.0459	0.0287	0.0038	0.0129	0.0038	0.0104
chr3L	15706495	15706646	chr3L:15706496-15706646	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0288	0.0338	0.0397	0.0111	0.0138	0.0364	0.0363	0.0553	0.0138	0.038	0.0617	0.038	0.0325	0.0046	0.0168	0.0046	0.0125
chr3L	15706805	15707190	chr3L:15706806-15707190	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0683	0.0852	0.0803	0.0362	0.0382	0.1083	0.0835	0.1279	0.0382	0.0833	0.1164	0.0833	0.0782	0.0237	0.0445	0.0237	0.0578
chr3L	15707203	15707606	chr3L:15707204-15707606	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0593	0.0673	0.0697	0.039	0.0339	0.0913	0.0722	0.0786	0.0339	0.0507	0.09	0.0507	0.1069	0.023	0.038	0.023	0.075
chr3L	15709026	15709177	chr3L:15709027-15709177	FBgn0260777	CG42571	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0284	0.0411	0.012	0.0053	0.0403	0.0268	0.0406	0.0053	0.0308	0.0421	0.0308	0.093	0.0077	0.0116	0.0077	0.0219
chr3L	15713410	15713714	chr3L:15713411-15713714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0401	0.0552	0.0376	0.0201	0.0432	0.0428	0.058	0.0201	0.0441	0.0807	0.0441	0.0635	0.0245	0.0522	0.0245	0.0391
chr3L	15714115	15714402	chr3L:15714116-15714402	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.058	0.0363	0.0763	0.0624	0.0117	0.0485	0.0281	0.0573	0.0117	0.0864	0.1003	0.0864	0.0798	0.0972	0.0903	0.0972	0.0521
chr3L	15714450	15714601	chr3L:15714451-15714601	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0238	0.0431	0.0259	0.0074	0.0306	0.0186	0.0426	0.0074	0.0465	0.0646	0.0465	0.0318	0.0306	0.0477	0.0306	0.0224
chr3L	15715150	15715355	chr3L:15715151-15715355	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0431	0.0479	0.0549	0.0249	0.0159	0.0587	0.0389	0.0886	0.0159	0.0525	0.081	0.0525	0.048	0.01	0.0309	0.01	0.036
chr3L	15715654	15715805	chr3L:15715655-15715805	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0283	0.0343	0.0335	0.016	0.0064	0.0427	0.0277	0.0593	0.0064	0.029	0.0492	0.029	0.0263	0.0077	0.0148	0.0077	0.0224
chr3L	15716907	15717058	chr3L:15716908-15717058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.035	0.0349	0.0374	0.0324	0.0064	0.0476	0.0255	0.0606	0.0064	0.0374	0.0514	0.0374	0.0271	0.0245	0.0348	0.0245	0.0349
chr3L	15719783	15719934	chr3L:15719784-15719934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0459	0.0436	0.0596	0.0333	0.017	0.0612	0.0342	0.07	0.017	0.0815	0.0682	0.0815	0.072	0.0176	0.0406	0.0176	0.0646
chr3L	15720231	15720433	chr3L:15720232-15720433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0517	0.0393	0.0666	0.0493	0.0148	0.0592	0.0285	0.0593	0.0148	0.0803	0.0791	0.0803	0.0844	0.0475	0.0264	0.0475	0.1079
chr3L	15721413	15721614	chr3L:15721414-15721614	FBgn0010105	comm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.213	0.1932	0.269	0.1738	0.1495	0.2553	0.1522	0.2791	0.1495	0.343	0.3064	0.343	0.2463	0.1685	0.1838	0.1685	0.2079
chr3L	15722325	15722723	chr3L:15722326-15722723	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2608	0.2677	0.3131	0.1957	0.2036	0.351	0.2409	0.3651	0.2036	0.4004	0.3415	0.4004	0.2781	0.1945	0.2115	0.1945	0.1824
chr3L	15723861	15724012	chr3L:15723862-15724012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0422	0.0391	0.0608	0.0253	0.0233	0.0607	0.0303	0.052	0.0233	0.0948	0.0717	0.0948	0.0434	0.0253	0.0297	0.0253	0.0266
chr3L	15725012	15725188	chr3L:15725013-15725188	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0359	0.0694	0.0294	0.0056	0.0445	0.1058	0.0476	0.0986	0.0445	0.0459	0.0293	0.0459	0.0225	0.0031	0.0032	0.0031	0.0057
chr3L	15725460	15725611	chr3L:15725461-15725611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0308	0.0528	0.0315	0.0054	0.0127	0.1058	0.0368	0.0573	0.0127	0.0676	0.026	0.0676	0.0232	0.0015	0.0064	0.0015	0.0047
chr3L	15727269	15727460	chr3L:15727270-15727460	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0271	0.0219	0.033	0.0265	0.0095	0.0252	0.0255	0.0306	0.0095	0.0217	0.026	0.0217	0.0279	0.0077	0.0103	0.0077	0.0193
chr3L	15728993	15729144	chr3L:15728994-15729144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0113	0.0097	0.011	0.0132	0.0053	0.0063	0.016	0.01	0.0053	0.0121	0.0122	0.0121	0.0093	0.0061	0.0277	0.0061	0.0109
chr3L	15732348	15732499	chr3L:15732349-15732499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0145	0.0126	0.0152	0.0157	0.0032	0.0083	0.0225	0.016	0.0032	0.0151	0.0174	0.0151	0.0124	0.0237	0.0245	0.0237	0.0083
chr3L	15732619	15732825	chr3L:15732620-15732825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0111	0.0154	0.0209	0.0032	0.0126	0.016	0.0133	0.0032	0.0127	0.0186	0.0127	0.0194	0.0429	0.0316	0.0429	0.0146
chr3L	15734009	15734164	chr3L:15734010-15734164	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0138	0.0352	0.0333	0.0011	0.0131	0.0234	0.018	0.0011	0.0169	0.0643	0.0169	0.0139	0.01	0.1019	0.01	0.0135
chr3L	15734315	15734548	chr3L:15734316-15734548	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0255	0.0157	0.0322	0.0291	0.0053	0.0146	0.0268	0.014	0.0053	0.0242	0.0415	0.0242	0.0256	0.0084	0.0677	0.0084	0.0245
chr3L	15735771	15735982	chr3L:15735772-15735982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0274	0.0315	0.0343	0.0152	0.0064	0.0573	0.0277	0.0366	0.0064	0.0429	0.0357	0.0429	0.0287	0.0092	0.0168	0.0092	0.0083
chr3L	15739455	15739654	chr3L:15739456-15739654	distal	distal	none	none	VT31399.1	VT31399.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0272	0.0259	0.0344	0.0209	0.0127	0.0437	0.0316	0.0147	0.0127	0.067	0.028	0.067	0.031	0.0176	0.0103	0.0176	0.0151
chr3L	15740998	15741257	chr3L:15740999-15741257	distal	distal	none	none	VT31399.1	VT31399.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0266	0.025	0.0339	0.0203	0.0074	0.0364	0.0307	0.0233	0.0074	0.0592	0.0309	0.0592	0.0318	0.0391	0.0277	0.0391	0.0167
chr3L	15741362	15741537	chr3L:15741363-15741537	distal	distal	stage11	stage11	VT31399.1	VT31399.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0297	0.0187	0.0475	0.0224	0.0053	0.0306	0.0203	0.02	0.0053	0.1105	0.0379	0.1105	0.0349	0.0368	0.04	0.0368	0.0156
chr3L	15741573	15741763	chr3L:15741574-15741763	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0363	0.0227	0.0614	0.0241	0.0053	0.0393	0.0216	0.0227	0.0053	0.1479	0.0502	0.1479	0.0411	0.0436	0.0368	0.0436	0.0193
chr3L	15742589	15742879	chr3L:15742590-15742879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0314	0.029	0.0431	0.021	0.017	0.0447	0.0264	0.028	0.017	0.0713	0.0457	0.0713	0.0356	0.023	0.0316	0.023	0.0214
chr3L	15744710	15744894	chr3L:15744711-15744894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0175	0.0118	0.0197	0.0213	0.0021	0.017	0.0203	0.006	0.0021	0.0205	0.0151	0.0205	0.0411	0.0092	0.0077	0.0092	0.038
chr3L	15748004	15748155	chr3L:15748005-15748155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0252	0.0376	0.0149	0.0106	0.0354	0.029	0.0233	0.0106	0.0417	0.0444	0.0417	0.048	0.0176	0.0226	0.0176	0.0177
chr3L	15748174	15748325	chr3L:15748175-15748325	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0315	0.0242	0.0485	0.021	0.0148	0.033	0.0281	0.0233	0.0148	0.0356	0.0585	0.0356	0.0806	0.0214	0.0355	0.0214	0.0276
chr3L	15748360	15748636	chr3L:15748361-15748636	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0455	0.0313	0.0726	0.0318	0.0159	0.0437	0.0359	0.036	0.0159	0.061	0.0797	0.061	0.134	0.0337	0.0561	0.0337	0.0365
chr3L	15748851	15749002	chr3L:15748852-15749002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0267	0.0309	0.0352	0.0128	0.0148	0.0325	0.0502	0.026	0.0148	0.0423	0.035	0.0423	0.0534	0.0123	0.02	0.0123	0.013
chr3L	15749163	15749485	chr3L:15749164-15749485	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.068	0.1118	0.0669	0.0202	0.1007	0.0922	0.1596	0.1093	0.1007	0.0851	0.0817	0.0851	0.0589	0.0398	0.0245	0.0398	0.0135
chr3L	15749492	15749805	chr3L:15749493-15749805	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0688	0.1223	0.0618	0.0167	0.1315	0.0767	0.1804	0.1326	0.1315	0.0694	0.0814	0.0694	0.0349	0.0276	0.0226	0.0276	0.0083
chr3L	15749827	15750036	chr3L:15749828-15750036	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0405	0.0621	0.0463	0.0102	0.0583	0.0427	0.1012	0.0586	0.0583	0.0393	0.0482	0.0393	0.0256	0.01	0.0103	0.01	0.0083
chr3L	15750046	15750197	chr3L:15750047-15750197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0268	0.0359	0.0341	0.0086	0.0201	0.0393	0.0515	0.0373	0.0201	0.0344	0.0354	0.0344	0.017	0.0092	0.0058	0.0092	0.0089
chr3L	15751094	15751326	chr3L:15751095-15751326	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.049	0.0525	0.0181	0.0201	0.0782	0.051	0.0426	0.0201	0.0707	0.0418	0.0707	0.0937	0.0253	0.0174	0.0253	0.0182
chr3L	15752135	15752286	chr3L:15752136-15752286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0166	0.0311	0.01	0.0053	0.0175	0.0199	0.024	0.0053	0.0199	0.0293	0.0199	0.0217	0.0046	0.0116	0.0046	0.0057
chr3L	15753305	15753462	chr3L:15753306-15753462	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0442	0.0471	0.0638	0.0195	0.0223	0.0743	0.042	0.0546	0.0223	0.1455	0.0605	0.1455	0.0263	0.0498	0.0239	0.0498	0.0063
chr3L	15753485	15753660	chr3L:15753486-15753660	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0498	0.0494	0.0723	0.0255	0.0212	0.0893	0.0428	0.046	0.0212	0.1715	0.0678	0.1715	0.0263	0.0651	0.0284	0.0651	0.0146
chr3L	15755622	15755884	chr3L:15755623-15755884	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0287	0.016	0.0416	0.0288	0.0032	0.0228	0.0203	0.016	0.0032	0.0924	0.0363	0.0924	0.0302	0.0636	0.0322	0.0636	0.0292
chr3L	15756347	15756652	chr3L:15756348-15756652	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0295	0.0105	0.035	0.0447	0.0011	0.0218	0.0117	0.0047	0.0011	0.0622	0.0334	0.0622	0.0403	0.1248	0.0413	0.1248	0.0386
chr3L	15756718	15756934	chr3L:15756719-15756934	distal	distal	stage14	stage14	VT31409.1	VT31409.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0285	0.0143	0.0341	0.0382	0.0053	0.0238	0.0151	0.012	0.0053	0.058	0.0286	0.058	0.048	0.0911	0.029	0.0911	0.0485
chr3L	15756944	15757095	chr3L:15756945-15757095	distal	distal	stage14	stage14	VT31409.1	VT31409.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0201	0.0105	0.0269	0.0234	0.0032	0.018	0.0099	0.0093	0.0032	0.0429	0.0257	0.0429	0.0333	0.0559	0.0232	0.0559	0.025
chr3L	15758233	15758499	chr3L:15758234-15758499	distal	distal	none	none	VT31409.1	VT31409.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0349	0.0456	0.044	0.013	0.0138	0.0519	0.0476	0.0686	0.0138	0.0266	0.0817	0.0266	0.0132	0.01	0.0309	0.01	0.0083
chr3L	15759413	15759564	chr3L:15759414-15759564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0161	0.0103	0.0183	0.0201	0.0021	0.0092	0.0182	0.01	0.0021	0.0181	0.0219	0.0181	0.0217	0.0161	0.0097	0.0161	0.013
chr3L	15759894	15760045	chr3L:15759895-15760045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0186	0.0169	0.0231	0.0155	0.0042	0.0194	0.0221	0.0227	0.0042	0.0242	0.0244	0.0242	0.0349	0.013	0.0135	0.013	0.0177
chr3L	15761123	15761274	chr3L:15761124-15761274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0143	0.0131	0.0198	0.0096	0.0032	0.0136	0.0238	0.0073	0.0032	0.0169	0.0238	0.0169	0.0132	0.01	0.0116	0.01	0.0135
chr3L	15761715	15762066	chr3L:15761716-15762066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0487	0.0378	0.0648	0.0433	0.0064	0.0437	0.0476	0.0493	0.0064	0.0731	0.0768	0.0731	0.0395	0.0291	0.0496	0.0291	0.0297
chr3L	15763536	15763687	chr3L:15763537-15763687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0295	0.0326	0.0107	0.0127	0.0316	0.0381	0.036	0.0127	0.0278	0.0537	0.0278	0.0139	0.0077	0.0277	0.0077	0.0073
chr3L	15763772	15764036	chr3L:15763773-15764036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0488	0.0748	0.0537	0.0143	0.0679	0.0883	0.0874	0.0779	0.0679	0.0574	0.0826	0.0574	0.0217	0.0184	0.0206	0.0184	0.0073
chr3L	15765219	15765370	chr3L:15765220-15765370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0166	0.0268	0.0135	0.0088	0.0201	0.0218	0.0346	0.0366	0.0201	0.0181	0.0138	0.0181	0.0101	0.0038	0.0103	0.0038	0.0036
chr3L	15765693	15765844	chr3L:15765694-15765844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0165	0.0211	0.0161	0.0118	0.0042	0.0146	0.0272	0.0426	0.0042	0.0163	0.0196	0.0163	0.0101	0.0069	0.011	0.0069	0.0073
chr3L	15769023	15769174	chr3L:15769024-15769174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0126	0.0198	0.0159	0.0032	0.0126	0.0177	0.016	0.0032	0.0157	0.0206	0.0157	0.0116	0.0069	0.0077	0.0069	0.0073
chr3L	15769975	15770219	chr3L:15769976-15770219	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0328	0.033	0.0459	0.0181	0.0148	0.033	0.0381	0.0533	0.0148	0.0223	0.0621	0.0223	0.0201	0.0138	0.0193	0.0138	0.012
chr3L	15770221	15770433	chr3L:15770222-15770433	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0395	0.0358	0.0609	0.0202	0.0255	0.0374	0.045	0.0473	0.0255	0.0229	0.0904	0.0229	0.0294	0.0092	0.0387	0.0092	0.0151
chr3L	15770860	15771035	chr3L:15770861-15771035	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0277	0.0203	0.0468	0.015	0.0085	0.0267	0.0255	0.02	0.0085	0.026	0.0711	0.026	0.0279	0.0107	0.0297	0.0107	0.0109
chr3L	15771974	15772474	chr3L:15771975-15772474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0467	0.0349	0.0688	0.0355	0.0074	0.0476	0.0424	0.0426	0.0074	0.0362	0.0801	0.0362	0.0744	0.0092	0.0432	0.0092	0.0453
chr3L	15773143	15773294	chr3L:15773144-15773294	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.027	0.0178	0.0398	0.0233	0.0064	0.0286	0.0173	0.0193	0.0064	0.0833	0.0367	0.0833	0.0209	0.0697	0.0135	0.0697	0.0125
chr3L	15773385	15773609	chr3L:15773386-15773609	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.034	0.0212	0.0478	0.0331	0.0042	0.0272	0.0247	0.0286	0.0042	0.0924	0.0412	0.0924	0.0271	0.0972	0.0239	0.0972	0.0182
chr3L	15777019	15777170	chr3L:15777020-15777170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0174	0.0289	0.0147	0.0074	0.0095	0.0199	0.0285	0.0653	0.0095	0.0133	0.0196	0.0133	0.0085	0.0038	0.0084	0.0038	0.0042
chr3L	15778564	15778943	chr3L:15778565-15778943	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0719	0.0589	0.1085	0.0462	0.0148	0.0597	0.0402	0.1352	0.0148	0.0537	0.2151	0.0537	0.0256	0.0643	0.0967	0.0643	0.0214
chr3L	15779505	15779656	chr3L:15779506-15779656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0262	0.035	0.0255	0.0171	0.0159	0.0379	0.0402	0.0486	0.0159	0.0187	0.0389	0.0187	0.0093	0.0038	0.0123	0.0038	0.0078
chr3L	15780225	15780581	chr3L:15780226-15780581	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0567	0.076	0.056	0.0359	0.0435	0.0578	0.0696	0.1599	0.0435	0.0284	0.0489	0.0284	0.0163	0.0145	0.0129	0.0145	0.0188
chr3L	15780790	15781024	chr3L:15780791-15781024	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0498	0.0738	0.0442	0.0292	0.0286	0.0655	0.0623	0.1606	0.0286	0.026	0.0293	0.026	0.0101	0.0061	0.0084	0.0061	0.0078
chr3L	15782694	15782845	chr3L:15782695-15782845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0285	0.0274	0.0117	0.0074	0.0359	0.0346	0.034	0.0074	0.0314	0.0244	0.0314	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr3L	15784351	15784662	chr3L:15784352-15784662	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0505	0.0467	0.0834	0.0185	0.0042	0.115	0.0346	0.022	0.0042	0.2488	0.0582	0.2488	0.0209	0.0375	0.02	0.0375	0.0115
chr3L	15785406	15785678	chr3L:15785407-15785678	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0366	0.0366	0.0569	0.0142	0.0064	0.067	0.032	0.0353	0.0064	0.1673	0.0395	0.1673	0.0155	0.0199	0.0129	0.0199	0.0057
chr3L	15785689	15785840	chr3L:15785690-15785840	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.023	0.0272	0.0327	0.0077	0.0032	0.0505	0.0251	0.0273	0.0032	0.0888	0.0251	0.0888	0.0124	0.0092	0.0052	0.0092	0.0047
chr3L	15786715	15786866	chr3L:15786716-15786866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0135	0.0171	0.0179	0.0047	0.0053	0.0199	0.0186	0.024	0.0053	0.0169	0.019	0.0169	0.0039	0.0023	0.0045	0.0023	0.0052
chr3L	15787071	15787474	chr3L:15787072-15787474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0327	0.041	0.0409	0.0146	0.0148	0.0456	0.0385	0.0753	0.0148	0.0477	0.0428	0.0477	0.0062	0.0054	0.0084	0.0054	0.0083
chr3L	15787705	15787890	chr3L:15787706-15787890	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0377	0.0507	0.0429	0.0175	0.0127	0.066	0.0316	0.1046	0.0127	0.0525	0.0444	0.0525	0.0062	0.0015	0.0052	0.0015	0.0063
chr3L	15788243	15788394	chr3L:15788244-15788394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0184	0.0255	0.0221	0.0064	0.0106	0.0257	0.0242	0.05	0.0106	0.0248	0.0273	0.0248	0.0046	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr3L	15788695	15788846	chr3L:15788696-15788846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0179	0.0277	0.0198	0.005	0.0095	0.0277	0.0272	0.0513	0.0095	0.0193	0.0309	0.0193	0.0039	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chr3L	15791629	15791780	chr3L:15791630-15791780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0291	0.042	0.0339	0.0093	0.0148	0.0379	0.0571	0.06	0.0148	0.0423	0.0482	0.0423	0.0101	0.0069	0.0123	0.0069	0.0031
chr3L	15792257	15792451	chr3L:15792258-15792451	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0499	0.073	0.0629	0.0096	0.053	0.0383	0.1375	0.0693	0.053	0.0314	0.1174	0.0314	0.0248	0.0069	0.0193	0.0069	0.0042
chr3L	15795101	15795607	chr3L:15795102-15795607	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0934	0.1788	0.0792	0.0135	0.1092	0.1587	0.1544	0.3458	0.1092	0.0694	0.126	0.0694	0.0147	0.0092	0.0135	0.0092	0.0104
chr3L	15795716	15795880	chr3L:15795717-15795880	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0326	0.0406	0.0472	0.0075	0.0244	0.0456	0.0402	0.064	0.0244	0.0411	0.081	0.0411	0.0139	0.0069	0.0123	0.0069	0.0036
chr3L	15796150	15796513	chr3L:15796151-15796513	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0712	0.0935	0.092	0.0235	0.07	0.0519	0.1704	0.0906	0.07	0.061	0.1698	0.061	0.0256	0.0329	0.0516	0.0329	0.0115
chr3L	15800632	15800961	chr3L:15800633-15800961	FBgn0036531	CG6244	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0557	0.0844	0.0628	0.0157	0.0244	0.1136	0.0619	0.1386	0.0244	0.0598	0.0884	0.0598	0.0302	0.0123	0.0155	0.0123	0.012
chr3L	15801586	15802016	chr3L:15801587-15802016	FBgn0036531	CG6244	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0911	0.0867	0.1003	0.0859	0.0339	0.0995	0.1003	0.1252	0.0339	0.1129	0.1141	0.1129	0.1123	0.0957	0.1025	0.0957	0.1094
chr3L	15802393	15802544	chr3L:15802394-15802544	FBgn0036532	CG13445	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0169	0.0264	0.0213	0.0032	0.0175	0.0238	0.024	0.0032	0.0332	0.0309	0.0332	0.0232	0.0245	0.0271	0.0245	0.0229
chr3L	15802746	15802897	chr3L:15802747-15802897	FBgn0036532	CG13445	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0176	0.0264	0.0164	0.0127	0.0175	0.0229	0.0213	0.0127	0.0314	0.0312	0.0314	0.024	0.0176	0.0181	0.0176	0.025
chr3L	15803087	15803238	chr3L:15803088-15803238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0227	0.0168	0.0312	0.0198	0.0085	0.0248	0.0125	0.024	0.0085	0.0417	0.0338	0.0417	0.0395	0.0214	0.0239	0.0214	0.0323
chr3L	15803774	15803925	chr3L:15803775-15803925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0269	0.0208	0.0134	0.018	0.018	0.0437	0.034	0.018	0.0217	0.0257	0.0217	0.0178	0.0153	0.0168	0.0153	0.0135
chr3L	15808371	15808522	chr3L:15808372-15808522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0352	0.0322	0.0386	0.0348	0.0201	0.0442	0.0285	0.0446	0.0201	0.0411	0.0418	0.0411	0.0302	0.0184	0.0193	0.0184	0.0224
chr3L	15808748	15808961	chr3L:15808749-15808961	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.165	0.1643	0.1992	0.1281	0.1262	0.2131	0.1505	0.2192	0.1262	0.2645	0.209	0.2645	0.1758	0.1156	0.1264	0.1156	0.1235
chr3L	15809046	15809197	chr3L:15809047-15809197	FBgn0261722	fwe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0862	0.091	0.0994	0.0663	0.0541	0.117	0.0973	0.1119	0.0541	0.1286	0.1074	0.1286	0.0852	0.0582	0.0722	0.0582	0.0766
chr3L	15809229	15809391	chr3L:15809230-15809391	FBgn0261722	fwe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1135	0.0849	0.1484	0.1071	0.0403	0.1262	0.0753	0.1006	0.0403	0.183	0.1669	0.183	0.1348	0.1118	0.1328	0.1118	0.1219
chr3L	15809417	15809603	chr3L:15809418-15809603	FBgn0015025,FBgn0261722	CkIIalpha-i1,fwe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1524	0.1358	0.1871	0.1327	0.0774	0.1782	0.1414	0.1646	0.0774	0.2325	0.2125	0.2325	0.1634	0.1371	0.1277	0.1371	0.1631
chr3L	15809727	15809878	chr3L:15809728-15809878	FBgn0015025,FBgn0261722	CkIIalpha-i1,fwe	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.0664	0.0693	0.0365	0.0414	0.0811	0.0714	0.0793	0.0414	0.0833	0.082	0.0833	0.0558	0.0322	0.04	0.0322	0.0375
chr3L	15809956	15810132	chr3L:15809957-15810132	FBgn0015025,FBgn0261722	CkIIalpha-i1,fwe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.1071	0.1201	0.0737	0.0668	0.1248	0.125	0.1312	0.0668	0.1371	0.1286	0.1371	0.1239	0.0666	0.0741	0.0666	0.0803
chr3L	15810203	15810435	chr3L:15810204-15810435	FBgn0015025	CkIIalpha-i1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0628	0.0637	0.0805	0.0425	0.0456	0.0704	0.0744	0.0833	0.0456	0.0954	0.0887	0.0954	0.0751	0.036	0.0426	0.036	0.0511
chr3L	15810644	15810795	chr3L:15810645-15810795	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0371	0.0368	0.0505	0.0228	0.0212	0.0485	0.0428	0.0393	0.0212	0.0676	0.0534	0.0676	0.0426	0.0253	0.0213	0.0253	0.0271
chr3L	15816955	15817153	chr3L:15816956-15817153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0268	0.0377	0.0362	0.0127	0.0306	0.0376	0.024	0.0127	0.0278	0.0328	0.0278	0.0883	0.0207	0.0142	0.0207	0.0917
chr3L	15817802	15817978	chr3L:15817803-15817978	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0664	0.0567	0.0693	0.0741	0.0255	0.0757	0.0631	0.0753	0.0255	0.09	0.0614	0.09	0.1185	0.0842	0.0413	0.0842	0.1548
chr3L	15819881	15820082	chr3L:15819882-15820082	FBgn0036534,FBgn0040230	Dcp2,dbo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1798	0.1684	0.2024	0.1677	0.1516	0.1864	0.1946	0.2045	0.1516	0.247	0.2328	0.247	0.1851	0.1876	0.1767	0.1876	0.2022
chr3L	15820129	15820325	chr3L:15820130-15820325	FBgn0040230	dbo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1526	0.1408	0.1754	0.1406	0.0997	0.1655	0.1704	0.1592	0.0997	0.2071	0.1994	0.2071	0.1735	0.1815	0.1567	0.1815	0.1621
chr3L	15825177	15825439	chr3L:15825178-15825439	FBgn0036536	CG12713	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1167	0.1353	0.1284	0.083	0.088	0.1471	0.1626	0.1719	0.088	0.1558	0.146	0.1558	0.1162	0.072	0.0935	0.072	0.1084
chr3L	15825440	15825634	chr3L:15825441-15825634	FBgn0036536	CG12713	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.149	0.1502	0.1714	0.123	0.0997	0.167	0.176	0.1925	0.0997	0.2089	0.1904	0.2089	0.1751	0.1309	0.1406	0.1309	0.1412
chr3L	15825700	15825851	chr3L:15825701-15825851	FBgn0036536	CG12713	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0565	0.0556	0.0659	0.0472	0.0308	0.0655	0.0657	0.07	0.0308	0.0731	0.073	0.0731	0.072	0.0582	0.0484	0.0582	0.0516
chr3L	15828061	15828314	chr3L:15828062-15828314	FBgn0036537	CG18081	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0909	0.097	0.0684	0.053	0.0971	0.1125	0.1139	0.053	0.1141	0.1045	0.1141	0.0922	0.0712	0.0703	0.0712	0.0902
chr3L	15828393	15828579	chr3L:15828394-15828579	FBgn0036537	CG18081	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1103	0.1123	0.123	0.0941	0.0753	0.1223	0.1384	0.1406	0.0753	0.1425	0.1376	0.1425	0.1208	0.0934	0.0974	0.0934	0.123
chr3L	15830481	15830654	chr3L:15830482-15830654	FBgn0036538	CG15715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1349	0.1322	0.1586	0.112	0.106	0.1393	0.1553	0.1652	0.106	0.1981	0.1733	0.1981	0.1495	0.1156	0.1186	0.1156	0.1376
chr3L	15831187	15831338	chr3L:15831188-15831338	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0331	0.0491	0.0312	0.0174	0.0297	0.0461	0.0804	0.046	0.0297	0.0356	0.0386	0.0356	0.0194	0.0153	0.0181	0.0153	0.0156
chr3L	15836940	15837091	chr3L:15836941-15837091	FBgn0052150,FBgn0262371	CG32150,mir-263b	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0174	0.0302	0.01	0.0053	0.018	0.0216	0.028	0.0053	0.0115	0.0537	0.0115	0.0062	0.0023	0.0155	0.0023	0.0042
chr3L	15837263	15837678	chr3L:15837264-15837678	FBgn0052150	CG32150	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0427	0.0775	0.0231	0.0095	0.0456	0.0385	0.0819	0.0095	0.0229	0.1395	0.0229	0.0116	0.01	0.04	0.01	0.0115
chr3L	15840084	15840235	chr3L:15840085-15840235	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG32150_PE	CG32150_PE	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0356	0.0396	0.0569	0.0077	0.0148	0.032	0.0428	0.0773	0.0148	0.0181	0.1199	0.0181	0.0085	0.0107	0.0084	0.0107	0.0063
chr3L	15840313	15840524	chr3L:15840314-15840524	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG32150_PE	CG32150_PE	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0568	0.0666	0.0873	0.0125	0.0244	0.0485	0.0662	0.1479	0.0244	0.0229	0.1871	0.0229	0.0116	0.0115	0.0206	0.0115	0.0094
chr3L	15840691	15840912	chr3L:15840692-15840912	distal	distal	stage5	stage5	CG32150_PE	CG32150_PE	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0406	0.0536	0.0558	0.0095	0.0233	0.0383	0.0523	0.1133	0.0233	0.0121	0.1186	0.0121	0.0139	0.0069	0.0155	0.0069	0.0063
chr3L	15841170	15841367	chr3L:15841171-15841367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0416	0.0495	0.0608	0.0117	0.017	0.0398	0.0523	0.0993	0.017	0.0205	0.1241	0.0205	0.0139	0.01	0.0193	0.01	0.0104
chr3L	15846549	15846700	chr3L:15846550-15846700	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.035	0.0345	0.0173	0.0255	0.0238	0.0532	0.044	0.0255	0.0393	0.0402	0.0393	0.0364	0.0153	0.0142	0.0153	0.0271
chr3L	15846703	15846854	chr3L:15846704-15846854	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0172	0.0208	0.0178	0.0127	0.0095	0.0146	0.0333	0.0227	0.0095	0.0175	0.0183	0.0175	0.0163	0.0054	0.0064	0.0054	0.0099
chr3L	15853163	15853344	chr3L:15853164-15853344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0439	0.0424	0.0135	0.0191	0.0437	0.0623	0.0473	0.0191	0.061	0.0498	0.061	0.0256	0.0123	0.0142	0.0123	0.0135
chr3L	15856325	15856487	chr3L:15856326-15856487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0201	0.0399	0.0136	0.0052	0.0286	0.0155	0.0869	0.0326	0.0286	0.0163	0.0158	0.0163	0.0132	0.0038	0.0097	0.0038	0.0031
chr3L	15856616	15856767	chr3L:15856617-15856767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0141	0.026	0.01	0.0053	0.0223	0.0092	0.0567	0.0207	0.0223	0.0103	0.0129	0.0103	0.0085	0.0046	0.0064	0.0046	0.0047
chr3L	15899252	15899403	chr3L:15899253-15899403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0114	0.0077	0.0075	0.0198	0.0032	0.0073	0.0164	0.0027	0.0032	0.006	0.0045	0.006	0.0039	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chr3L	15899703	15899854	chr3L:15899704-15899854	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0132	0.0086	0.0098	0.022	0.0032	0.0039	0.0203	0.0053	0.0032	0.0079	0.0077	0.0079	0.0077	0.0031	0.0052	0.0031	0.0078
chr3L	15906512	15906663	chr3L:15906513-15906663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0077	0.006	0.0088	0.0053	0.0063	0.0147	0.0053	0.0053	0.0054	0.0051	0.0054	0.0077	8e-04	0.0032	8e-04	0.0031
chr3L	15914144	15914319	chr3L:15914145-15914319	distal	distal	stage14	stage14	VT31496.1	VT31496.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0102	0.0168	0.0544	0.0032	0.0097	0.0186	0.004	0.0032	0.0169	0.0096	0.0169	0.0116	0.0214	0.0168	0.0214	0.0162
chr3L	15914565	15914716	chr3L:15914566-15914716	distal	distal	none	none	VT31496.1	VT31496.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0061	0.0079	0.0272	0.0032	0.0058	0.013	0.0013	0.0032	0.006	0.0077	0.006	0.0054	0.0061	0.0077	0.0061	0.0078
chr3L	15915876	15916027	chr3L:15915877-15916027	distal	distal	none	none	VT31497.1	VT31497.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0102	0.0145	0.0224	0.0021	0.0092	0.0182	0.0073	0.0021	0.0133	0.0122	0.0133	0.0132	0.0084	0.0052	0.0084	0.0089
chr3L	15917436	15917629	chr3L:15917437-15917629	FBgn0036544	sff	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0552	0.0551	0.0511	0.0597	0.0424	0.0544	0.0826	0.0453	0.0424	0.0767	0.0437	0.0767	0.0511	0.049	0.0277	0.049	0.0386
chr3L	15917765	15917936	chr3L:15917766-15917936	FBgn0036544	sff	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0569	0.047	0.0574	0.0675	0.0477	0.0456	0.0731	0.0326	0.0477	0.0888	0.0441	0.0888	0.0736	0.0697	0.0309	0.0697	0.061
chr3L	15918002	15918213	chr3L:15918003-15918213	FBgn0036544	sff	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1161	0.089	0.1146	0.1482	0.0817	0.0879	0.1228	0.0859	0.0817	0.154	0.1006	0.154	0.1418	0.1639	0.089	0.1639	0.1428
chr3L	15918348	15918525	chr3L:15918349-15918525	FBgn0036544	sff	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0606	0.0558	0.0593	0.0673	0.053	0.0495	0.0839	0.0513	0.053	0.0785	0.0582	0.0785	0.0705	0.0666	0.0438	0.0666	0.075
chr3L	15920628	15920779	chr3L:15920629-15920779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0088	0.0177	0.0046	0.0036	0.0308	0.0102	0.0337	0.0047	0.0308	0.0066	0.0035	0.0066	0.0039	0.0054	0.0045	0.0054	0.0026
chr3L	15921072	15921223	chr3L:15921073-15921223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0126	0.0226	0.0091	0.0054	0.0329	0.0121	0.0407	0.014	0.0329	0.0091	0.0113	0.0091	0.0093	0.0077	0.0071	0.0077	0.0031
chr3L	15931598	15931749	chr3L:15931599-15931749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade5	0.0123	0.0221	0.0079	0.0064	0.0339	0.015	0.0333	0.02	0.0339	0.0079	0.01	0.0079	0.0085	0.0077	0.011	0.0077	0.0057
chr3L	15931764	15931915	chr3L:15931765-15931915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0117	0.0199	0.0067	0.0079	0.0265	0.0141	0.0359	0.0127	0.0265	0.0036	0.0096	0.0036	0.0054	0.0092	0.0142	0.0092	0.0057
chr3L	15933231	15933382	chr3L:15933232-15933382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0139	0.0216	0.01	0.0096	0.017	0.0146	0.0389	0.0173	0.017	0.0127	0.0122	0.0127	0.0077	0.0115	0.0071	0.0115	0.0104
chr3L	15933696	15933847	chr3L:15933697-15933847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0145	0.0223	0.0114	0.0092	0.0138	0.0131	0.0424	0.02	0.0138	0.0139	0.0116	0.0139	0.0139	0.0153	0.0116	0.0153	0.0047
chr3L	15937990	15938141	chr3L:15937991-15938141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	none	0.0127	0.0242	0.0062	0.007	0.0286	0.015	0.0454	0.016	0.0286	0.0085	0.0061	0.0085	0.0093	0.0092	0.0064	0.0092	0.0115
chr3L	15945964	15946159	chr3L:15945965-15946159	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0297	0.0612	0.015	0.0106	0.0848	0.0558	0.0913	0.042	0.0848	0.0145	0.0138	0.0145	0.0062	0.0069	0.011	0.0069	0.0083
chr3L	15946905	15947322	chr3L:15946906-15947322	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0983	0.0421	0.027	0.0933	0.101	0.151	0.062	0.0933	0.0441	0.046	0.0441	0.0473	0.0268	0.0348	0.0268	0.0271
chr3L	15947621	15947783	chr3L:15947622-15947783	FBgn0000489,FBgn0036545	GXIVsPLA2,Pka-C3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0528	0.0693	0.0522	0.0351	0.0435	0.0728	0.1038	0.064	0.0435	0.0634	0.0588	0.0634	0.0503	0.0345	0.0271	0.0345	0.0391
chr3L	15947825	15948021	chr3L:15947826-15948021	FBgn0000489,FBgn0036545	GXIVsPLA2,Pka-C3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1074	0.1037	0.1223	0.0951	0.0679	0.1252	0.1246	0.1139	0.0679	0.1528	0.1299	0.1528	0.117	0.1026	0.0948	0.1026	0.11
chr3L	15948124	15948301	chr3L:15948125-15948301	FBgn0000489,FBgn0036545	GXIVsPLA2,Pka-C3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1738	0.158	0.2056	0.1567	0.1018	0.1874	0.1886	0.1785	0.1018	0.2603	0.2238	0.2603	0.189	0.17	0.158	0.17	0.1871
chr3L	15948394	15948562	chr3L:15948395-15948562	FBgn0000489,FBgn0036545	GXIVsPLA2,Pka-C3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0888	0.0824	0.1079	0.0752	0.0456	0.0913	0.1038	0.0979	0.0456	0.1401	0.1209	0.1401	0.1061	0.0819	0.0851	0.0819	0.0818
chr3L	15948632	15948783	chr3L:15948633-15948783	FBgn0036545	GXIVsPLA2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.05	0.0537	0.0389	0.0308	0.0519	0.0722	0.0466	0.0308	0.0646	0.0611	0.0646	0.0527	0.0513	0.0432	0.0513	0.0386
chr3L	15949190	15949542	chr3L:15949191-15949542	FBgn0036546	elgi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0752	0.0825	0.0836	0.0578	0.0626	0.0752	0.1068	0.1019	0.0626	0.1045	0.0981	0.1045	0.0751	0.0636	0.0632	0.0636	0.0735
chr3L	15949616	15949805	chr3L:15949617-15949805	FBgn0036546	elgi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1053	0.1068	0.1206	0.0868	0.0848	0.1053	0.1337	0.1206	0.0848	0.1558	0.1289	0.1558	0.1247	0.1041	0.089	0.1041	0.1073
chr3L	15949879	15950081	chr3L:15949880-15950081	FBgn0036546	elgi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0591	0.0666	0.0657	0.0434	0.0382	0.0626	0.0939	0.0733	0.0382	0.0773	0.0707	0.0773	0.0705	0.0513	0.0458	0.0513	0.0563
chr3L	15951773	15952001	chr3L:15951774-15952001	FBgn0036547	CG17032	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0373	0.0275	0.0289	0.0575	0.0117	0.0257	0.0363	0.0393	0.0117	0.0278	0.0354	0.0278	0.038	0.0513	0.138	0.0513	0.0485
chr3L	15952196	15952396	chr3L:15952197-15952396	FBgn0036547	CG17032	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0293	0.0344	0.0508	0.0117	0.0267	0.048	0.0313	0.0117	0.032	0.0447	0.032	0.0457	0.0613	0.1173	0.0613	0.0391
chr3L	15960615	15960808	chr3L:15960616-15960808	FBgn0036549,FBgn0263599	CG10516,l(3)72Ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0608	0.0627	0.0706	0.048	0.0308	0.0684	0.0783	0.0766	0.0308	0.0948	0.0727	0.0948	0.0782	0.0482	0.0509	0.0482	0.0688
chr3L	15960912	15961084	chr3L:15960913-15961084	FBgn0036549,FBgn0263599	CG10516,l(3)72Ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.175	0.1696	0.1997	0.154	0.1241	0.1893	0.1985	0.2025	0.1241	0.2446	0.2212	0.2446	0.2084	0.1623	0.1489	0.1623	0.2058
chr3L	15961149	15961352	chr3L:15961150-15961352	FBgn0036549,FBgn0263599	CG10516,l(3)72Ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1663	0.1601	0.1895	0.1476	0.1145	0.1811	0.1834	0.1905	0.1145	0.2452	0.2058	0.2452	0.1936	0.1524	0.1328	0.1524	0.21
chr3L	15961853	15962007	chr3L:15961854-15962007	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0366	0.0314	0.0365	0.0425	0.0148	0.0413	0.035	0.0353	0.0148	0.0344	0.0299	0.0344	0.0821	0.0191	0.0142	0.0191	0.1126
chr3L	15963637	15963788	chr3L:15963638-15963788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0198	0.0238	0.0192	0.0162	0.0106	0.0228	0.029	0.038	0.0106	0.0181	0.0199	0.0181	0.0232	0.0069	0.0097	0.0069	0.038
chr3L	15969643	15969794	chr3L:15969644-15969794	FBgn0036551	CG17029	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0211	0.017	0.0149	0.0042	0.0194	0.0303	0.028	0.0042	0.0223	0.018	0.0223	0.0178	0.0084	0.0116	0.0084	0.0323
chr3L	15970004	15970155	chr3L:15970005-15970155	FBgn0036551	CG17029	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.022	0.0177	0.0169	0.0323	0.0106	0.0165	0.0251	0.022	0.0106	0.0133	0.0209	0.0133	0.0248	0.0176	0.0271	0.0176	0.0672
chr3L	15972478	15972629	chr3L:15972479-15972629	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0219	0.0232	0.0244	0.0085	0.0204	0.0311	0.0273	0.0085	0.026	0.0193	0.026	0.0403	0.0161	0.0161	0.0161	0.0573
chr3L	15975895	15976305	chr3L:15975896-15976305	FBgn0000115,FBgn0000212	Arf72A,brm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1735	0.1574	0.2122	0.149	0.0901	0.1898	0.1864	0.1819	0.0901	0.2627	0.2302	0.2627	0.2006	0.1639	0.1399	0.1639	0.1933
chr3L	15977821	15977980	chr3L:15977822-15977980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0413	0.0226	0.0097	0.0456	0.0316	0.0705	0.0266	0.0456	0.0193	0.0293	0.0193	0.0225	0.0092	0.0129	0.0092	0.0156
chr3L	15979396	15979559	chr3L:15979397-15979559	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0555	0.0203	0.0092	0.0392	0.0738	0.0714	0.0433	0.0392	0.0175	0.0273	0.0175	0.0194	0.0077	0.0097	0.0077	0.0109
chr3L	15980797	15981001	chr3L:15980798-15981001	FBgn0259824,FBgn0263600	DNApol-delta,Hip14	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0681	0.0532	0.0786	0.0734	0.0308	0.0641	0.0541	0.0779	0.0308	0.0682	0.0949	0.0682	0.0984	0.0681	0.078	0.0681	0.0938
chr3L	15981246	15981433	chr3L:15981247-15981433	FBgn0259824,FBgn0263600	DNApol-delta,Hip14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1433	0.1195	0.1796	0.1299	0.0732	0.1476	0.1146	0.1732	0.0732	0.2409	0.1936	0.2409	0.1541	0.144	0.1206	0.144	0.1402
chr3L	15981490	15981673	chr3L:15981491-15981673	FBgn0259824	Hip14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1331	0.0988	0.1835	0.1161	0.0424	0.1403	0.0926	0.1372	0.0424	0.244	0.1884	0.244	0.1642	0.1539	0.0922	0.1539	0.112
chr3L	15986656	15986807	chr3L:15986657-15986807	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0323	0.0184	0.0107	0.0212	0.0277	0.051	0.0313	0.0212	0.0236	0.0203	0.0236	0.0209	0.0115	0.0097	0.0115	0.0156
chr3L	15988413	15988564	chr3L:15988414-15988564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0193	0.0297	0.0169	0.0104	0.0201	0.0209	0.0515	0.0293	0.0201	0.0229	0.019	0.0229	0.0155	0.013	0.0168	0.013	0.0078
chr3L	15988631	15988882	chr3L:15988632-15988882	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0513	0.0291	0.0163	0.0445	0.0311	0.0865	0.0586	0.0445	0.038	0.0341	0.038	0.0333	0.0168	0.0193	0.0168	0.0219
chr3L	15989150	15989301	chr3L:15989151-15989301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0211	0.0317	0.0188	0.0117	0.0201	0.0277	0.0484	0.034	0.0201	0.0266	0.0186	0.0266	0.0248	0.0214	0.0116	0.0214	0.0094
chr3L	15991426	15991577	chr3L:15991427-15991577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0283	0.0217	0.0235	0.0201	0.0243	0.0415	0.0286	0.0201	0.0175	0.027	0.0175	0.0271	0.0398	0.0226	0.0398	0.0234
chr3L	15992277	15992473	chr3L:15992278-15992473	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0465	0.0383	0.0571	0.0441	0.0212	0.0466	0.0484	0.0386	0.0212	0.0314	0.0624	0.0314	0.1263	0.0452	0.0348	0.0452	0.0829
chr3L	15992566	15992766	chr3L:15992567-15992766	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0595	0.0386	0.0782	0.0622	0.0127	0.0568	0.0489	0.0313	0.0127	0.0429	0.0762	0.0429	0.206	0.0345	0.0503	0.0345	0.1391
chr3L	15994121	15994272	chr3L:15994122-15994272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.014	0.0117	0.0108	0.0202	0.0053	0.0141	0.0164	0.0113	0.0053	0.0115	0.0103	0.0115	0.0155	0.0528	0.0103	0.0528	0.0224
chr3L	15995512	15995725	chr3L:15995513-15995725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0437	0.0401	0.0511	0.0394	0.0191	0.0447	0.0558	0.04	0.0191	0.0272	0.0637	0.0272	0.0976	0.0123	0.0671	0.0123	0.0646
chr3L	15996769	15996920	chr3L:15996770-15996920	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0288	0.0308	0.0282	0.0273	0.0212	0.0262	0.0497	0.028	0.0212	0.0326	0.0309	0.0326	0.0287	0.0184	0.0206	0.0184	0.0328
chr3L	15997278	15997649	chr3L:15997279-15997649	FBgn0036556	CG5830	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1469	0.1373	0.1739	0.1281	0.106	0.1558	0.1579	0.1572	0.106	0.2277	0.2006	0.2277	0.1642	0.1516	0.1444	0.1516	0.1584
chr3L	15997742	15997930	chr3L:15997743-15997930	FBgn0036556,FBgn0036557	CG5830,mRpS31	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1721	0.1636	0.2	0.1508	0.1294	0.1869	0.1869	0.1939	0.1294	0.2766	0.2103	0.2766	0.2091	0.17	0.1567	0.17	0.1834
chr3L	15997998	15998149	chr3L:15997999-15998149	FBgn0036556,FBgn0036557	CG5830,mRpS31	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1187	0.1066	0.1355	0.1139	0.0795	0.1204	0.1194	0.1359	0.0795	0.1757	0.1514	0.1757	0.141	0.1348	0.1135	0.1348	0.1501
chr3L	15998205	15998372	chr3L:15998206-15998372	FBgn0036556,FBgn0036557	CG5830,mRpS31	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1341	0.1206	0.1574	0.1237	0.0742	0.1451	0.1388	0.1426	0.0742	0.2162	0.1672	0.2162	0.1603	0.1447	0.1373	0.1447	0.1527
chr3L	16004541	16004749	chr3L:16004542-16004749	FBgn0263601	mib1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1371	0.0905	0.1728	0.1501	0.0456	0.1228	0.0956	0.1119	0.0456	0.2162	0.191	0.2162	0.1991	0.1975	0.1799	0.1975	0.1506
chr3L	16004857	16005046	chr3L:16004858-16005046	FBgn0263601	mib1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.227	0.2206	0.2629	0.1948	0.1474	0.2578	0.2478	0.2718	0.1474	0.3194	0.2961	0.3194	0.251	0.1853	0.2186	0.1853	0.2434
chr3L	16005443	16005914	chr3L:16005444-16005914	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	mib1_8458	mib1_8458	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1391	0.1896	0.1617	0.0581	0.0859	0.2238	0.1609	0.3358	0.0859	0.1564	0.246	0.1564	0.0705	0.0536	0.0928	0.0536	0.0547
chr3L	16009421	16009572	chr3L:16009422-16009572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0279	0.0335	0.0333	0.0148	0.0282	0.0346	0.0413	0.0148	0.0217	0.0605	0.0217	0.0155	0.0375	0.0974	0.0375	0.0089
chr3L	16009869	16010077	chr3L:16009870-16010077	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0785	0.1184	0.0678	0.0458	0.0827	0.1194	0.0986	0.2192	0.0827	0.0483	0.118	0.0483	0.0263	0.1034	0.0819	0.1034	0.0188
chr3L	16010384	16010596	chr3L:16010385-16010596	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0638	0.0961	0.0571	0.035	0.0456	0.1053	0.0956	0.1546	0.0456	0.0386	0.0974	0.0386	0.0178	0.085	0.0548	0.085	0.0094
chr3L	16010698	16011001	chr3L:16010699-16011001	FBgn0264601	CG43950	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0942	0.1906	0.0619	0.022	0.1612	0.1296	0.2712	0.2538	0.1612	0.0284	0.1109	0.0284	0.0209	0.0421	0.0445	0.0421	0.0078
chr3L	16011073	16011284	chr3L:16011074-16011284	FBgn0264601	CG43950	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0636	0.1444	0.0316	0.0084	0.1326	0.0626	0.2375	0.1859	0.1326	0.0175	0.0563	0.0175	0.0101	0.0138	0.0161	0.0138	0.0068
chr3L	16011926	16012126	chr3L:16011927-16012126	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0942	0.1508	0.0968	0.0281	0.123	0.1087	0.1834	0.2412	0.123	0.0399	0.2003	0.0399	0.0271	0.0168	0.0922	0.0168	0.012
chr3L	16012752	16012903	chr3L:16012753-16012903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0293	0.0431	0.0181	0.0085	0.0364	0.0337	0.0453	0.0085	0.0531	0.0659	0.0531	0.0163	0.0176	0.0374	0.0176	0.0073
chr3L	16014260	16014411	chr3L:16014261-16014411	FBgn0264600	CG43949	stage11	none	Notum_cooc310	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0389	0.0445	0.0553	0.0146	0.0127	0.0544	0.0458	0.07	0.0127	0.035	0.1006	0.035	0.0232	0.0191	0.0387	0.0191	0.0068
chr3L	16016426	16016633	chr3L:16016427-16016633	FBgn0044028	Notum	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1828	0.244	0.2018	0.0934	0.2333	0.2097	0.3179	0.2898	0.2333	0.1963	0.2849	0.1963	0.1371	0.1432	0.1812	0.1432	0.0594
chr3L	16017583	16017734	chr3L:16017584-16017734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0283	0.0343	0.0191	0.0212	0.0291	0.0385	0.032	0.0212	0.0266	0.0556	0.0266	0.0232	0.01	0.0554	0.01	0.0109
chr3L	16018169	16018495	chr3L:16018170-16018495	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.158	0.2625	0.1405	0.0604	0.2884	0.1733	0.3966	0.2738	0.2884	0.0918	0.2482	0.0918	0.0713	0.0528	0.156	0.0528	0.0427
chr3L	16019241	16019588	chr3L:16019242-16019588	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0908	0.0818	0.0948	0.0964	0.0562	0.0869	0.1077	0.0906	0.0562	0.0688	0.101	0.0688	0.2169	0.0972	0.058	0.0972	0.2262
chr3L	16020599	16020917	chr3L:16020600-16020917	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0685	0.0647	0.0995	0.0389	0.0318	0.0743	0.0675	0.0933	0.0318	0.0652	0.1486	0.0652	0.1456	0.0383	0.0832	0.0383	0.0412
chr3L	16022240	16022391	chr3L:16022241-16022391	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0269	0.0244	0.0177	0.0148	0.0243	0.0385	0.034	0.0148	0.0109	0.0447	0.0109	0.0147	0.013	0.0484	0.013	0.0162
chr3L	16024757	16024908	chr3L:16024758-16024908	FBgn0263570	mir-4941	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0315	0.0361	0.0317	0.026	0.0117	0.0369	0.0467	0.0533	0.0117	0.0429	0.0421	0.0429	0.0194	0.0858	0.0142	0.0858	0.0151
chr3L	16027635	16027848	chr3L:16027636-16027848	FBgn0260646	CG42538	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0847	0.036	0.0166	0.0647	0.0466	0.1293	0.1153	0.0647	0.029	0.0479	0.029	0.0302	0.0191	0.0155	0.0191	0.0151
chr3L	16030332	16030554	chr3L:16030333-16030554	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.124	0.1134	0.1562	0.1005	0.0604	0.1413	0.1319	0.1332	0.0604	0.183	0.1871	0.183	0.1232	0.0919	0.1038	0.0919	0.1271
chr3L	16030599	16031173	chr3L:16030600-16031173	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.144	0.121	0.1904	0.1188	0.0636	0.1553	0.1306	0.1519	0.0636	0.1938	0.2473	0.1938	0.1603	0.0896	0.1567	0.0896	0.161
chr3L	16031268	16031421	chr3L:16031269-16031421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0596	0.0462	0.0792	0.0531	0.0159	0.0626	0.0454	0.0566	0.0159	0.0688	0.1061	0.0688	0.0713	0.0268	0.0561	0.0268	0.1027
chr3L	16033657	16033870	chr3L:16033658-16033870	distal	distal	none	none	VT31550.1	VT31550.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1087	0.1019	0.1331	0.0894	0.071	0.1301	0.1042	0.1279	0.071	0.1745	0.1431	0.1745	0.0635	0.0352	0.0748	0.0352	0.0542
chr3L	16034501	16034815	chr3L:16034502-16034815	distal	distal	stage14	stage14	VT31550.1	VT31550.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1343	0.0926	0.1882	0.1217	0.0382	0.1442	0.0817	0.1133	0.0382	0.3098	0.2006	0.3098	0.1402	0.1003	0.158	0.1003	0.1866
chr3L	16035613	16035764	chr3L:16035614-16035764	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0821	0.0497	0.1235	0.0728	0.0233	0.0777	0.0428	0.064	0.0233	0.1588	0.1707	0.1588	0.0666	0.0965	0.1528	0.0965	0.0433
chr3L	16035924	16036188	chr3L:16035925-16036188	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1338	0.0771	0.2039	0.12	0.0286	0.1189	0.0675	0.1013	0.0286	0.2373	0.2949	0.2373	0.1201	0.0781	0.2908	0.0781	0.099
chr3L	16036655	16036931	chr3L:16036656-16036931	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT31552.1,th_8479	VT31552.1,th_8479	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2395	0.2481	0.3052	0.1578	0.1941	0.2932	0.2465	0.3338	0.1941	0.4426	0.3907	0.4426	0.1875	0.1417	0.2869	0.1417	0.1959
chr3L	16037395	16037580	chr3L:16037396-16037580	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT31552.1,th_8479	VT31552.1,th_8479	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1268	0.1125	0.1911	0.0721	0.0636	0.1485	0.1021	0.1579	0.0636	0.1981	0.2981	0.1981	0.0991	0.0314	0.1418	0.0314	0.098
chr3L	16038278	16038515	chr3L:16038279-16038515	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT31552.1	VT31552.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1763	0.1545	0.2001	0.1746	0.1156	0.2112	0.1566	0.1779	0.1156	0.2289	0.1891	0.2289	0.1844	0.1156	0.136	0.1156	0.2277
chr3L	16038806	16039016	chr3L:16038807-16039016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1236	0.1001	0.15	0.1209	0.0498	0.1359	0.1029	0.1173	0.0498	0.1751	0.1518	0.1751	0.1425	0.1309	0.1128	0.1309	0.1522
chr3L	16039339	16039499	chr3L:16039340-16039499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1521	0.1224	0.1811	0.1535	0.0817	0.1626	0.1241	0.1526	0.0817	0.2367	0.1801	0.2367	0.196	0.1746	0.1386	0.1746	0.211
chr3L	16039896	16040084	chr3L:16039897-16040084	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2396	0.2343	0.2704	0.2117	0.211	0.2689	0.2625	0.2652	0.211	0.3249	0.2961	0.3249	0.2533	0.2343	0.187	0.2343	0.2574
chr3L	16040304	16040479	chr3L:16040305-16040479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1546	0.1624	0.1841	0.1134	0.1156	0.1922	0.1799	0.1945	0.1156	0.2337	0.1945	0.2337	0.1363	0.0911	0.0922	0.0911	0.0902
chr3L	16042295	16042502	chr3L:16042296-16042502	FBgn0264602	CR43951	stage11,stage5	none	VT31555.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1002	0.1428	0.1302	0.0196	0.087	0.133	0.2016	0.1679	0.087	0.1636	0.1788	0.1636	0.0442	0.013	0.0335	0.013	0.013
chr3L	16043258	16043471	chr3L:16043259-16043471	distal	distal	stage11	stage11	VT31555.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1547	0.141	0.2094	0.11	0.052	0.2214	0.1349	0.1666	0.052	0.3043	0.2048	0.3043	0.1735	0.0727	0.0948	0.0727	0.1021
chr3L	16043752	16043947	chr3L:16043753-16043947	FBgn0260635	th	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1571	0.1189	0.1909	0.1627	0.0583	0.1777	0.1298	0.1233	0.0583	0.2162	0.183	0.2162	0.2208	0.1531	0.1573	0.1531	0.1772
chr3L	16044166	16044362	chr3L:16044167-16044362	FBgn0260635	th	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2235	0.2055	0.2591	0.2046	0.1485	0.2417	0.2448	0.2152	0.1485	0.3134	0.2807	0.3134	0.2455	0.2136	0.207	0.2136	0.2376
chr3L	16050719	16050870	chr3L:16050720-16050870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0242	0.0324	0.0249	0.0142	0.017	0.0267	0.0545	0.0346	0.017	0.0266	0.0334	0.0266	0.0194	0.01	0.0303	0.01	0.013
chr3L	16053802	16053986	chr3L:16053803-16053986	distal	distal	none	none	VT31562.1	VT31562.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0131	0.0225	0.0375	0.0021	0.0189	0.0173	0.008	0.0021	0.0127	0.0215	0.0127	0.0627	0.01	0.0413	0.01	0.0896
chr3L	16054427	16054579	chr3L:16054428-16054579	distal	distal	stage14	stage14	VT31562.1	VT31562.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0325	0.0173	0.0312	0.0508	0.0032	0.0286	0.0177	0.0193	0.0032	0.0223	0.0241	0.0223	0.0844	0.0161	0.0329	0.0161	0.1412
chr3L	16059860	16060011	chr3L:16059861-16060011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0308	0.0218	0.0123	0.0148	0.0282	0.0463	0.0366	0.0148	0.0254	0.0264	0.0254	0.0155	0.0138	0.0148	0.0138	0.0188
chr3L	16064349	16064500	chr3L:16064350-16064500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.019	0.0273	0.0188	0.0099	0.017	0.0228	0.0441	0.0247	0.017	0.0223	0.0222	0.0223	0.0178	0.023	0.0064	0.023	0.0094
chr3L	16065869	16066020	chr3L:16065870-16066020	distal	distal	stage14	stage14	VT31567.1	VT31567.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0166	0.0147	0.0154	0.0201	0.0021	0.0184	0.0182	0.018	0.0021	0.0254	0.0129	0.0254	0.0201	0.0781	0.009	0.0781	0.0063
chr3L	16066373	16066524	chr3L:16066374-16066524	distal	distal	stage14	stage14	VT31567.1	VT31567.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0256	0.0233	0.0212	0.0329	0.0095	0.0233	0.0363	0.0233	0.0095	0.0356	0.0222	0.0356	0.0209	0.1164	0.0187	0.1164	0.0167
chr3L	16067377	16067528	chr3L:16067378-16067528	distal	distal	stage5	stage5	VT31567.1	VT31567.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0243	0.0312	0.0221	0.0191	0.0106	0.05	0.0294	0.0373	0.0106	0.038	0.0228	0.038	0.0186	0.049	0.0135	0.049	0.0156
chr3L	16067549	16067700	chr3L:16067550-16067700	distal	distal	stage5	stage5	VT31567.1	VT31567.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0284	0.0345	0.0305	0.0194	0.0148	0.0592	0.0303	0.0386	0.0148	0.0543	0.027	0.0543	0.0302	0.0482	0.0155	0.0482	0.0162
chr3L	16067703	16067882	chr3L:16067704-16067882	distal	distal	stage5	stage5	VT31567.1	VT31567.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0361	0.0401	0.0387	0.0287	0.0138	0.0714	0.0368	0.0393	0.0138	0.0761	0.0318	0.0761	0.0341	0.0819	0.0181	0.0819	0.0193
chr3L	16071704	16071877	chr3L:16071705-16071877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0308	0.0575	0.0195	0.0134	0.0467	0.0413	0.0956	0.0506	0.0467	0.0278	0.0183	0.0278	0.0116	0.0253	0.011	0.0253	0.013
chr3L	16072098	16072276	chr3L:16072099-16072276	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.043	0.0824	0.0251	0.0187	0.0647	0.0607	0.141	0.072	0.0647	0.0296	0.0257	0.0296	0.0201	0.0268	0.0129	0.0268	0.0245
chr3L	16073665	16073816	chr3L:16073666-16073816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.023	0.0255	0.0207	0.0228	0.0127	0.0238	0.0402	0.0247	0.0127	0.0338	0.0199	0.0338	0.0201	0.0299	0.011	0.0299	0.0511
chr3L	16074532	16074683	chr3L:16074533-16074683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0173	0.0196	0.0173	0.0149	0.0095	0.018	0.0281	0.024	0.0095	0.0223	0.0186	0.0223	0.017	0.01	0.0077	0.01	0.0339
chr3L	16078542	16078693	chr3L:16078543-16078693	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0301	0.0383	0.0293	0.022	0.0223	0.0408	0.0515	0.044	0.0223	0.0568	0.027	0.0568	0.0248	0.0658	0.0123	0.0658	0.0162
chr3L	16078813	16078984	chr3L:16078814-16078984	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0399	0.0417	0.0409	0.0369	0.0191	0.0422	0.061	0.0373	0.0191	0.09	0.0334	0.09	0.0279	0.1133	0.0213	0.1133	0.025
chr3L	16080518	16080702	chr3L:16080519-16080702	FBgn0263602	Taspase1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1378	0.1604	0.1448	0.1049	0.1251	0.1665	0.1873	0.1925	0.1251	0.2029	0.1508	0.2029	0.1448	0.1271	0.0916	0.1271	0.1407
chr3L	16083178	16083329	chr3L:16083179-16083329	FBgn0036565,FBgn0036566	CG5235,ClC-c	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0829	0.1017	0.102	0.0409	0.0647	0.1044	0.1224	0.1252	0.0647	0.1413	0.1096	0.1413	0.0782	0.0368	0.0496	0.0368	0.0375
chr3L	16083453	16083635	chr3L:16083454-16083635	FBgn0036565,FBgn0036566	CG5235,ClC-c	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1927	0.2026	0.2225	0.1489	0.1569	0.2282	0.2331	0.2365	0.1569	0.2989	0.2418	0.2989	0.1929	0.1761	0.1522	0.1761	0.1704
chr3L	16083703	16083878	chr3L:16083704-16083878	FBgn0036565,FBgn0036566	CG5235,ClC-c	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1291	0.1095	0.1641	0.1127	0.053	0.1345	0.1159	0.1426	0.053	0.2011	0.1852	0.2011	0.1565	0.1286	0.1141	0.1286	0.1433
chr3L	16084352	16084503	chr3L:16084353-16084503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.028	0.0274	0.0308	0.0256	0.0233	0.0316	0.0368	0.0247	0.0233	0.0362	0.0293	0.0362	0.0488	0.0214	0.0206	0.0214	0.0474
chr3L	16093267	16093433	chr3L:16093268-16093433	FBgn0036569	CG5414	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0412	0.0329	0.0316	0.0609	0.0276	0.0286	0.0519	0.0253	0.0276	0.0284	0.0373	0.0284	0.0534	0.0658	0.0535	0.0658	0.0907
chr3L	16098629	16098834	chr3L:16098630-16098834	FBgn0036570,FBgn0262987	CG43295,IntS9	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0697	0.0607	0.0877	0.06	0.0329	0.0752	0.061	0.0733	0.0329	0.1244	0.0965	0.1244	0.086	0.0812	0.0554	0.0812	0.086
chr3L	16098858	16099399	chr3L:16098859-16099399	FBgn0036570,FBgn0262987	CG43295,IntS9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0852	0.0831	0.1038	0.0671	0.0403	0.0874	0.0943	0.1126	0.0403	0.1171	0.119	0.1171	0.1224	0.0789	0.0625	0.0789	0.098
chr3L	16102691	16102842	chr3L:16102692-16102842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0235	0.0482	0.0147	0.0056	0.0265	0.018	0.1116	0.03	0.0265	0.0157	0.0193	0.0157	0.0108	0.0077	0.0039	0.0077	0.0089
chr3L	16105181	16105347	chr3L:16105182-16105347	FBgn0263603	Zn72D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.0943	0.1294	0.0966	0.0626	0.1112	0.109	0.1039	0.0626	0.1655	0.1383	0.1655	0.1224	0.098	0.0903	0.098	0.1157
chr3L	16105416	16105589	chr3L:16105417-16105589	FBgn0263603	Zn72D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2024	0.2036	0.231	0.1698	0.1665	0.2228	0.2401	0.2278	0.1665	0.3062	0.2392	0.3062	0.213	0.1524	0.1651	0.1524	0.2084
chr3L	16105686	16105854	chr3L:16105687-16105854	FBgn0010280,FBgn0263603	Taf4,Zn72D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2142	0.2107	0.242	0.1876	0.1739	0.2422	0.2375	0.2432	0.1739	0.3043	0.2553	0.3043	0.2324	0.1776	0.1863	0.1776	0.2262
chr3L	16105955	16106106	chr3L:16105956-16106106	FBgn0010280,FBgn0263603	Taf4,Zn72D	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0705	0.0743	0.0793	0.0565	0.0551	0.0786	0.0921	0.0913	0.0551	0.0918	0.0865	0.0918	0.0782	0.0459	0.0587	0.0459	0.0677
chr3L	16106240	16106650	chr3L:16106241-16106650	FBgn0010280	Taf4	stage11,stage14,stage5	none	VT31588.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3113	0.3047	0.3453	0.2814	0.2524	0.3383	0.3542	0.3624	0.2524	0.436	0.3659	0.436	0.3284	0.3193	0.2888	0.3193	0.3288
chr3L	16106776	16107315	chr3L:16106777-16107315	FBgn0010280	Taf4	stage11,stage14,stage5	none	VT31588.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3065	0.3845	0.3093	0.2164	0.386	0.3408	0.5255	0.3891	0.386	0.3804	0.3193	0.3804	0.3083	0.2113	0.2083	0.2113	0.2678
chr3L	16107397	16107548	chr3L:16107398-16107548	distal	distal	stage5	none	VT31588.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.1412	0.0344	0.0173	0.1506	0.0617	0.266	0.1059	0.1506	0.0429	0.0395	0.0429	0.031	0.0123	0.0219	0.0123	0.0182
chr3L	16114712	16114863	chr3L:16114713-16114863	FBgn0036571	CG12272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.036	0.0365	0.0226	0.0255	0.0364	0.0558	0.026	0.0255	0.0435	0.0415	0.0435	0.031	0.0199	0.0251	0.0199	0.0339
chr3L	16114979	16115156	chr3L:16114980-16115156	FBgn0036571	CG12272	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1038	0.1089	0.1132	0.0877	0.0817	0.1267	0.1302	0.1206	0.0817	0.1365	0.1241	0.1365	0.1177	0.0873	0.0864	0.0873	0.1199
chr3L	16115319	16115470	chr3L:16115320-16115470	FBgn0036571	CG12272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0482	0.0538	0.0422	0.0297	0.0383	0.0696	0.0593	0.0297	0.0725	0.0553	0.0725	0.0612	0.0536	0.0329	0.0536	0.0594
chr3L	16120999	16121150	chr3L:16121000-16121150	FBgn0003076	Pgm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0435	0.0742	0.0414	0.0223	0.0529	0.0437	0.0633	0.0223	0.0779	0.0958	0.0779	0.0666	0.0459	0.0426	0.0459	0.0511
chr3L	16121238	16121389	chr3L:16121239-16121389	FBgn0003076	Pgm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0401	0.0279	0.0532	0.0394	0.0106	0.0393	0.0285	0.0366	0.0106	0.0658	0.0624	0.0658	0.0542	0.0605	0.0322	0.0605	0.0365
chr3L	16121569	16121792	chr3L:16121570-16121792	FBgn0003076	Pgm	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0915	0.0601	0.1133	0.1028	0.0265	0.083	0.0597	0.074	0.0265	0.1618	0.1125	0.1618	0.1425	0.1531	0.0819	0.1531	0.1303
chr3L	16121798	16122219	chr3L:16121799-16122219	FBgn0003076,FBgn0011016	Pgm,SsRbeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1695	0.1194	0.206	0.1856	0.0732	0.1597	0.1151	0.1479	0.0732	0.2675	0.2209	0.2675	0.2146	0.2152	0.187	0.2152	0.2241
chr3L	16122600	16122784	chr3L:16122601-16122784	FBgn0011016	SsRbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1914	0.1591	0.2334	0.1815	0.1092	0.1869	0.1734	0.1972	0.1092	0.288	0.2495	0.288	0.2378	0.1968	0.205	0.1968	0.211
chr3L	16122937	16123088	chr3L:16122938-16123088	FBgn0011016	SsRbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0624	0.083	0.0634	0.0435	0.0578	0.0757	0.0886	0.0435	0.0924	0.0923	0.0924	0.1015	0.0528	0.0928	0.0528	0.0818
chr3L	16124319	16124574	chr3L:16124320-16124574	FBgn0263604	l(3)72Dh	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1006	0.0916	0.1193	0.0901	0.0657	0.1165	0.0986	0.1073	0.0657	0.1371	0.1376	0.1371	0.1193	0.0804	0.1173	0.0804	0.1344
chr3L	16124616	16124808	chr3L:16124617-16124808	FBgn0036574,FBgn0263604	CG16838,l(3)72Dh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1242	0.1099	0.1431	0.1193	0.0785	0.1218	0.1328	0.1306	0.0785	0.183	0.1595	0.183	0.1394	0.121	0.1515	0.121	0.149
chr3L	16125060	16125248	chr3L:16125061-16125248	FBgn0036574,FBgn0263604	CG16838,l(3)72Dh	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1187	0.1113	0.1424	0.101	0.0657	0.1282	0.1207	0.1479	0.0657	0.1751	0.1666	0.1751	0.141	0.1126	0.1219	0.1126	0.1355
chr3L	16125330	16125512	chr3L:16125331-16125512	FBgn0036574	CG16838	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0771	0.0729	0.0994	0.0572	0.0392	0.0825	0.0817	0.0919	0.0392	0.1171	0.1186	0.1171	0.1053	0.0567	0.0703	0.0567	0.0834
chr3L	16130305	16130456	chr3L:16130306-16130456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0225	0.0318	0.022	0.0127	0.0265	0.0272	0.0497	0.0326	0.0265	0.0236	0.0225	0.0236	0.0341	0.0107	0.0135	0.0107	0.0208
chr3L	16130588	16130739	chr3L:16130589-16130739	FBgn0036575	CG5157	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0214	0.0278	0.0216	0.0139	0.0148	0.0223	0.0437	0.0333	0.0148	0.0223	0.0248	0.0223	0.0256	0.0069	0.0142	0.0069	0.0276
chr3L	16132067	16132226	chr3L:16132068-16132226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0378	0.0353	0.0245	0.0244	0.035	0.0532	0.0426	0.0244	0.0362	0.0424	0.0362	0.0418	0.0322	0.0251	0.0322	0.0396
chr3L	16132321	16132496	chr3L:16132322-16132496	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0799	0.0799	0.0895	0.0693	0.0456	0.0835	0.1038	0.0953	0.0456	0.0984	0.1068	0.0984	0.0984	0.0919	0.0909	0.0919	0.1021
chr3L	16132599	16132805	chr3L:16132600-16132805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.032	0.0405	0.0334	0.0159	0.035	0.0398	0.0413	0.0159	0.0447	0.045	0.0447	0.0558	0.0329	0.038	0.0329	0.0578
chr3L	16137081	16137232	chr3L:16137082-16137232	FBgn0052152	CG32152	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0237	0.0333	0.0174	0.0198	0.0127	0.0267	0.0575	0.0333	0.0127	0.0145	0.0193	0.0145	0.0271	0.0268	0.0155	0.0268	0.0292
chr3L	16138519	16138670	chr3L:16138520-16138670	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0237	0.0155	0.0219	0.0148	0.0175	0.0381	0.0247	0.0148	0.0139	0.0161	0.0139	0.0194	0.013	0.029	0.013	0.0219
chr3L	16139137	16139288	chr3L:16139138-16139288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.0141	0.015	0.0235	0.0074	0.0146	0.0195	0.018	0.0074	0.0115	0.0154	0.0115	0.0302	0.0107	0.0297	0.0107	0.0401
chr3L	16140723	16140874	chr3L:16140724-16140874	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0105	0.0076	0.018	0.0053	0.0092	0.0203	0.0073	0.0053	0.006	0.0058	0.006	0.0108	0.0115	0.0077	0.0115	0.0109
chr3L	16141358	16141509	chr3L:16141359-16141509	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0051	0.0046	0.0177	0.0042	0.0049	0.0087	0.0027	0.0042	0.006	0.0023	0.006	0.0085	0.0077	0.0097	0.0077	0.0214
chr3L	16141952	16142103	chr3L:16141953-16142103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0144	0.0133	0.0113	0.0189	0.0053	0.0112	0.0255	0.0107	0.0053	0.0097	0.0096	0.0097	0.0302	0.0061	0.0135	0.0061	0.0453
chr3L	16142637	16142933	chr3L:16142638-16142933	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0371	0.0326	0.0511	0.0148	0.0456	0.061	0.0227	0.0148	0.0278	0.0225	0.0278	0.086	0.0498	0.0342	0.0498	0.1058
chr3L	16143190	16143373	chr3L:16143191-16143373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0214	0.0255	0.0377	0.0106	0.0243	0.0372	0.0127	0.0106	0.0187	0.0174	0.0187	0.0759	0.0299	0.029	0.0299	0.0839
chr3L	16143466	16143617	chr3L:16143467-16143617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.0101	0.0169	0.0194	0.0042	0.0107	0.019	0.0047	0.0042	0.0127	0.0096	0.0127	0.0573	0.013	0.02	0.013	0.0422
chr3L	16143917	16144068	chr3L:16143918-16144068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0113	0.0098	0.0095	0.0149	0.0032	0.0068	0.019	0.008	0.0032	0.0072	0.0087	0.0072	0.0209	0.0077	0.0303	0.0077	0.0182
chr3L	16149629	16149780	chr3L:16149630-16149780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0101	0.0064	0.0051	0.0199	0.0021	0.0083	0.013	0.0013	0.0021	0.0085	0.0035	0.0085	0.0077	0.0505	0.02	0.0505	0.0182
chr3L	16150821	16150972	chr3L:16150822-16150972	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0071	0.0141	0.0408	0.0021	0.0068	0.013	0.0027	0.0021	0.0085	0.009	0.0085	0.0387	0.0176	0.0284	0.0176	0.0954
chr3L	16151326	16151533	chr3L:16151327-16151533	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0066	0.0164	0.048	0.0021	0.0078	0.0099	0.0073	0.0021	0.0139	0.0109	0.0139	0.0473	0.0237	0.0277	0.0237	0.1245
chr3L	16151601	16151813	chr3L:16151602-16151813	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0085	0.0165	0.0352	0.0011	0.0126	0.0143	0.0053	0.0011	0.0079	0.0122	0.0079	0.0496	0.0191	0.0226	0.0191	0.0907
chr3L	16154859	16155010	chr3L:16154860-16155010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0214	0.0132	0.0148	0.0377	0.0074	0.0102	0.026	0.0093	0.0074	0.0066	0.0161	0.0066	0.0333	0.0214	0.0664	0.0214	0.0505
chr3L	16155252	16155545	chr3L:16155253-16155545	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0498	0.0176	0.0376	0.0992	0.0064	0.0214	0.0303	0.0113	0.0064	0.0229	0.037	0.0229	0.0899	0.0475	0.1838	0.0475	0.1506
chr3L	16157357	16157544	chr3L:16157358-16157544	FBgn0036576	CG5151	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0733	0.0254	0.0664	0.1344	0.0159	0.0316	0.0333	0.026	0.0159	0.0646	0.0556	0.0646	0.1162	0.1462	0.1386	0.1462	0.1803
chr3L	16157781	16157969	chr3L:16157782-16157969	FBgn0036576	CG5151	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0765	0.0254	0.0655	0.1458	0.017	0.0286	0.0346	0.0247	0.017	0.0574	0.0582	0.0574	0.127	0.16	0.1386	0.16	0.1939
chr3L	16165513	16165664	chr3L:16165514-16165664	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0065	0.0117	0.0258	0.0032	0.0073	0.0104	0.004	0.0032	0.006	0.0055	0.006	0.0077	0.0023	0.0064	0.0023	0.0052
chr3L	16165695	16165895	chr3L:16165696-16165895	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0077	0.0115	0.0358	0.0032	0.0083	0.0099	0.0113	0.0032	0.0072	0.0039	0.0072	0.007	0.013	0.0064	0.013	0.0073
chr3L	16166240	16166391	chr3L:16166241-16166391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0079	0.0138	0.0295	0.0021	0.0097	0.0121	0.0073	0.0021	0.0091	0.008	0.0091	0.0124	0.0115	0.0071	0.0115	0.0094
chr3L	16167273	16167566	chr3L:16167274-16167566	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0385	0.0201	0.0555	0.0405	0.0095	0.0223	0.0268	0.0233	0.0095	0.0676	0.0302	0.0676	0.0511	0.0406	0.0284	0.0406	0.0229
chr3L	16170044	16170195	chr3L:16170045-16170195	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0182	0.0263	0.0169	0.0106	0.0223	0.0233	0.0342	0.0266	0.0223	0.0272	0.0113	0.0272	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0026
chr3L	16170667	16170818	chr3L:16170668-16170818	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0205	0.0204	0.0265	0.0141	0.0106	0.0238	0.0225	0.0266	0.0106	0.064	0.018	0.064	0.0186	0.0153	0.0161	0.0153	0.0115
chr3L	16171604	16171867	chr3L:16171605-16171867	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0788	0.0992	0.0735	0.0617	0.0838	0.084	0.1349	0.1086	0.0838	0.1159	0.0527	0.1159	0.0666	0.0467	0.0374	0.0467	0.0563
chr3L	16174718	16174869	chr3L:16174719-16174869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0262	0.0269	0.0268	0.0248	0.018	0.0257	0.045	0.02	0.018	0.0338	0.0244	0.0338	0.0341	0.0283	0.0213	0.0283	0.0391
chr3L	16175976	16176127	chr3L:16175977-16176127	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0051	0.0062	0.0138	0.0021	0.0039	0.0104	0.0033	0.0021	0.0054	0.0048	0.0054	0.0062	8e-04	0.0045	8e-04	0.0083
chr3L	16176679	16176830	chr3L:16176680-16176830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0076	0.006	0.0118	0.0042	0.0073	0.0147	0.0027	0.0042	0.0072	0.0068	0.0072	0.0039	0.0046	0.0039	0.0046	0.0057
chr3L	16186963	16187209	chr3L:16186964-16187209	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0196	0.0133	0.0199	0.0263	0.0042	0.0175	0.0203	0.0093	0.0042	0.0097	0.0148	0.0097	0.0643	0.0375	0.0103	0.0375	0.0526
chr3L	16196343	16196494	chr3L:16196344-16196494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0126	0.0113	0.0108	0.016	0.0032	0.0087	0.0195	0.0133	0.0032	0.0139	0.0096	0.0139	0.0186	0.013	0.0135	0.013	0.0307
chr3L	16204569	16204756	chr3L:16204570-16204756	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0273	0.0192	0.0213	0.043	0.0138	0.0155	0.0342	0.0167	0.0138	0.0254	0.019	0.0254	0.038	0.0766	0.0548	0.0766	0.0547
chr3L	16206413	16206564	chr3L:16206414-16206564	FBgn0264483	CR43891	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0116	0.0093	0.0107	0.0152	0.0021	0.0141	0.0138	0.006	0.0021	0.0091	0.0064	0.0091	0.0279	0.0176	0.0032	0.0176	0.0386
chr3L	16208008	16208159	chr3L:16208009-16208159	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0045	0.0036	0.0032	0.0068	0.0011	0.0044	0.0069	0.002	0.0011	0.0042	0.0032	0.0042	0.0023	0.023	0.0026	0.023	0.0057
chr3L	16215014	16215183	chr3L:16215015-16215183	FBgn0052153	tRNA:CR32153	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0381	0.0133	0.0107	0.0212	0.0257	0.0606	0.044	0.0212	0.0169	0.0122	0.0169	0.0186	0.0184	0.0097	0.0184	0.0162
chr3L	16219449	16219712	chr3L:16219450-16219712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.077	0.0199	0.0092	0.0689	0.0262	0.1561	0.0726	0.0689	0.0266	0.0228	0.0266	0.0209	0.0092	0.0097	0.0092	0.0109
chr3L	16219978	16220129	chr3L:16219979-16220129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0283	0.0526	0.0216	0.0086	0.0308	0.0228	0.1133	0.0386	0.0308	0.0254	0.0241	0.0254	0.031	0.0107	0.0097	0.0107	0.0104
chr3L	16221467	16221618	chr3L:16221468-16221618	FBgn0263605	l(3)72Dn	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0501	0.0538	0.0377	0.0255	0.0519	0.0701	0.052	0.0255	0.0652	0.0595	0.0652	0.055	0.0398	0.0432	0.0398	0.0401
chr3L	16221760	16221934	chr3L:16221761-16221934	FBgn0036579,FBgn0263605	CG5027,l(3)72Dn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1275	0.1204	0.1421	0.1195	0.0933	0.1257	0.1484	0.1399	0.0933	0.1757	0.1486	0.1757	0.1425	0.1263	0.1128	0.1263	0.1355
chr3L	16222111	16222278	chr3L:16222112-16222278	FBgn0036579,FBgn0263605	CG5027,l(3)72Dn	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0837	0.083	0.0857	0.0824	0.0689	0.0757	0.096	0.1166	0.0689	0.0972	0.0836	0.0972	0.0945	0.0919	0.06	0.0919	0.0922
chr3L	16224727	16224975	chr3L:16224728-16224975	FBgn0036580,FBgn0036581	MED10,PDCD-5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0742	0.0673	0.0919	0.0625	0.0392	0.0709	0.083	0.0793	0.0392	0.1262	0.0949	0.1262	0.0914	0.0796	0.0632	0.0796	0.0631
chr3L	16225070	16225240	chr3L:16225071-16225240	FBgn0036580,FBgn0036581	MED10,PDCD-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.133	0.1181	0.1645	0.1152	0.0668	0.1311	0.1414	0.1426	0.0668	0.2065	0.1749	0.2065	0.1588	0.1271	0.1161	0.1271	0.1261
chr3L	16225307	16225672	chr3L:16225308-16225672	FBgn0036580,FBgn0036581	MED10,PDCD-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1006	0.0951	0.1184	0.0872	0.0509	0.1	0.1202	0.1213	0.0509	0.1443	0.1357	0.1443	0.1131	0.0842	0.0954	0.0842	0.0933
chr3L	16226145	16226296	chr3L:16226146-16226296	FBgn0263606	l(3)72Do	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0409	0.0366	0.0372	0.0497	0.018	0.0383	0.051	0.0386	0.018	0.038	0.0412	0.038	0.0527	0.0459	0.0477	0.0459	0.0771
chr3L	16248125	16248276	chr3L:16248126-16248276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0138	0.0084	0.0124	0.0074	0.0092	0.0247	0.014	0.0074	0.0103	0.008	0.0103	0.0046	0.0015	0.0026	0.0015	0.0036
chr3L	16250341	16250492	chr3L:16250342-16250492	FBgn0036584	CG13054	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0077	0.0098	0.0065	0.0067	0.0042	0.0044	0.0212	0.006	0.0042	0.0079	0.0058	0.0079	0.0101	0.0031	0.0026	0.0031	0.0016
chr3L	16273302	16273464	chr3L:16273303-16273464	FBgn0040796	CG13064	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0112	0.0249	0.0359	0.0053	0.0102	0.0186	0.008	0.0053	0.0091	0.0473	0.0091	0.0201	0.0077	0.136	0.0077	0.0135
chr3L	16279307	16279458	chr3L:16279308-16279458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0116	0.0119	0.0127	0.0053	0.0073	0.0208	0.0133	0.0053	0.0085	0.0203	0.0085	0.0077	0.0038	0.0438	0.0038	0.0052
chr3L	16279622	16279773	chr3L:16279623-16279773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0115	0.01	0.0123	0.0053	0.0063	0.0208	0.0127	0.0053	0.0115	0.0116	0.0115	0.0116	0.0061	0.0342	0.0061	0.0089
chr3L	16281586	16281737	chr3L:16281587-16281737	FBgn0036595	CG13046	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.0062	0.0088	0.0106	0.0042	0.0049	0.013	0.002	0.0042	0.0085	0.0122	0.0085	0.0101	0.0031	0.0368	0.0031	0.0036
chr3L	16284922	16285076	chr3L:16284923-16285076	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0168	0.015	0.0272	0.0053	0.0097	0.0238	0.0286	0.0053	0.0121	0.0186	0.0121	0.0225	0.0245	0.0458	0.0245	0.0396
chr3L	16308753	16308904	chr3L:16308754-16308904	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0126	0.0206	0.0104	0.0061	0.0085	0.0117	0.0415	0.0153	0.0085	0.0145	0.01	0.0145	0.0108	0.0092	0.0032	0.0092	0.0083
chr3L	16328089	16328259	chr3L:16328090-16328259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.0241	0.0459	0.0525	0.0127	0.0325	0.0203	0.0313	0.0127	0.0519	0.0559	0.0519	0.0589	0.0658	0.0735	0.0658	0.0823
chr3L	16331034	16331185	chr3L:16331035-16331185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0108	0.0076	0.0096	0.0156	0.0011	0.0083	0.0121	0.008	0.0011	0.0048	0.0154	0.0048	0.0108	0.0031	0.0342	0.0031	0.0219
chr3L	16333181	16333332	chr3L:16333182-16333332	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0166	0.0135	0.0176	0.0191	0.0042	0.0136	0.0229	0.0127	0.0042	0.0139	0.0305	0.0139	0.0101	0.0046	0.0716	0.0046	0.0063
chr3L	16341080	16341245	chr3L:16341081-16341245	FBgn0260460	mRpS34	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1047	0.0997	0.1226	0.0908	0.0604	0.1078	0.122	0.1272	0.0604	0.1582	0.1334	0.1582	0.1216	0.0919	0.0993	0.0919	0.1126
chr3L	16341327	16341483	chr3L:16341328-16341483	FBgn0260460	mRpS34	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0589	0.0825	0.0613	0.0276	0.0626	0.0718	0.0799	0.0276	0.1087	0.0842	0.1087	0.0891	0.0651	0.0619	0.0651	0.0834
chr3L	16342943	16343126	chr3L:16342944-16343126	FBgn0052357	tRNA:CR32357	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0479	0.0744	0.0401	0.0267	0.0732	0.0602	0.0982	0.0913	0.0732	0.0483	0.0434	0.0483	0.0511	0.0314	0.0226	0.0314	0.0412
chr3L	16344731	16344882	chr3L:16344732-16344882	FBgn0036614,FBgn0036615	CG4925,CG4933	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0464	0.0475	0.0514	0.0398	0.018	0.0481	0.064	0.0526	0.018	0.061	0.054	0.061	0.0558	0.0421	0.0361	0.0421	0.0532
chr3L	16344982	16345152	chr3L:16344983-16345152	FBgn0036614,FBgn0036615	CG4925,CG4933	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1187	0.114	0.1372	0.1037	0.0742	0.1214	0.151	0.1186	0.0742	0.1703	0.1498	0.1703	0.1379	0.1118	0.0993	0.1118	0.1235
chr3L	16345236	16345540	chr3L:16345237-16345540	FBgn0036614,FBgn0036615	CG4925,CG4933	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0762	0.0672	0.0948	0.0659	0.0297	0.066	0.0986	0.074	0.0297	0.131	0.1016	0.131	0.0821	0.075	0.0729	0.075	0.0761
chr3L	16350461	16350612	chr3L:16350462-16350612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.015	0.0123	0.014	0.0192	0.0032	0.0112	0.0203	0.014	0.0032	0.0127	0.0125	0.0127	0.017	0.0061	0.0206	0.0061	0.0339
chr3L	16351894	16352120	chr3L:16351895-16352120	FBgn0036616	CG4893	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0107	0.0129	0.0338	0.0042	0.0102	0.0173	0.0107	0.0042	0.0223	0.0135	0.0223	0.0085	0.049	0.0097	0.049	0.038
chr3L	16352489	16352640	chr3L:16352490-16352640	FBgn0036616	CG4893	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0173	0.0096	0.0088	0.0352	0.0053	0.0087	0.0195	0.0047	0.0053	0.0054	0.0074	0.0054	0.017	0.0176	0.0142	0.0176	0.0756
chr3L	16352835	16352986	chr3L:16352836-16352986	FBgn0036616	CG4893	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0072	0.0088	0.0351	0.0011	0.0068	0.0147	0.0053	0.0011	0.006	0.0071	0.006	0.0232	0.0107	0.0193	0.0107	0.0875
chr3L	16361358	16361509	chr3L:16361359-16361509	FBgn0036620	CG4842	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0108	0.0088	0.0093	0.0146	0.0021	0.0063	0.0173	0.0087	0.0021	0.0085	0.0103	0.0085	0.0147	0.0061	0.0135	0.0061	0.0328
chr3L	16364773	16364924	chr3L:16364774-16364924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0211	0.0257	0.022	0.0149	0.0127	0.0204	0.0398	0.032	0.0127	0.0199	0.028	0.0199	0.0194	0.013	0.0135	0.013	0.025
chr3L	16364955	16365176	chr3L:16364956-16365176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.028	0.0315	0.032	0.0198	0.0148	0.0257	0.0476	0.0393	0.0148	0.0356	0.0405	0.0356	0.0271	0.0107	0.0206	0.0107	0.0323
chr3L	16370916	16371474	chr3L:16370917-16371474	FBgn0036621	roq	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2042	0.1406	0.2591	0.2149	0.0657	0.1791	0.1553	0.1765	0.0657	0.3243	0.3019	0.3243	0.2804	0.2527	0.2508	0.2527	0.2824
chr3L	16371603	16371778	chr3L:16371604-16371778	FBgn0036621	roq	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1949	0.1877	0.2249	0.1702	0.1188	0.2131	0.2141	0.2358	0.1188	0.2929	0.2415	0.2929	0.22	0.1861	0.1831	0.1861	0.2084
chr3L	16372071	16372314	chr3L:16372072-16372314	FBgn0036621	roq	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0692	0.0738	0.0816	0.0506	0.0308	0.0811	0.0887	0.0986	0.0308	0.1075	0.0862	0.1075	0.086	0.0651	0.0509	0.0651	0.0631
chr3L	16373850	16374044	chr3L:16373851-16374044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0726	0.0668	0.0877	0.0625	0.0255	0.0825	0.0809	0.0773	0.0255	0.0894	0.1061	0.0894	0.1154	0.1225	0.0658	0.1225	0.0709
chr3L	16374166	16374317	chr3L:16374167-16374317	FBgn0036622	CG4753	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0987	0.0899	0.124	0.0809	0.0498	0.1107	0.0969	0.1079	0.0498	0.1153	0.1508	0.1153	0.1665	0.121	0.0961	0.121	0.1058
chr3L	16374366	16374541	chr3L:16374367-16374541	FBgn0036622	CG4753	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1616	0.1544	0.2003	0.1273	0.1124	0.1704	0.1778	0.1865	0.1124	0.212	0.2312	0.212	0.2231	0.1708	0.1534	0.1708	0.1694
chr3L	16374685	16374855	chr3L:16374686-16374855	FBgn0036622	CG4753	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1725	0.169	0.2034	0.1426	0.1156	0.1927	0.199	0.1972	0.1156	0.2301	0.2222	0.2301	0.2332	0.1815	0.1593	0.1815	0.1699
chr3L	16378499	16378683	chr3L:16378500-16378683	FBgn0036623	CG4729	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1578	0.1319	0.1895	0.1519	0.0848	0.1743	0.1289	0.1646	0.0848	0.2385	0.2096	0.2385	0.1867	0.1685	0.1773	0.1685	0.1918
chr3L	16378885	16379089	chr3L:16378886-16379089	FBgn0036623,FBgn0036624	CG4729,RAF2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1663	0.1594	0.1878	0.1504	0.1262	0.1869	0.1657	0.1979	0.1262	0.2391	0.2048	0.2391	0.1851	0.1608	0.1631	0.1608	0.1777
chr3L	16379311	16379488	chr3L:16379312-16379488	FBgn0036623,FBgn0036624	CG4729,RAF2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1053	0.1012	0.1175	0.0965	0.0753	0.1112	0.1029	0.1432	0.0753	0.1522	0.1235	0.1522	0.1115	0.0896	0.0928	0.0896	0.1193
chr3L	16379591	16379783	chr3L:16379592-16379783	FBgn0036624	RAF2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0528	0.061	0.043	0.0318	0.0583	0.0623	0.0686	0.0318	0.0779	0.0595	0.0779	0.0565	0.0383	0.0368	0.0383	0.0584
chr3L	16384000	16384170	chr3L:16384001-16384170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0387	0.0336	0.0398	0.0432	0.0148	0.0413	0.0394	0.0426	0.0148	0.0386	0.0415	0.0386	0.0627	0.0521	0.0361	0.0521	0.0719
chr3L	16384234	16384483	chr3L:16384235-16384483	FBgn0036626	CG13036	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0376	0.0355	0.0392	0.0383	0.0106	0.0432	0.0502	0.034	0.0106	0.038	0.0383	0.038	0.0651	0.0421	0.0355	0.0421	0.0604
chr3L	16386914	16387113	chr3L:16386915-16387113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0334	0.0383	0.0332	0.0283	0.0223	0.0422	0.0549	0.0373	0.0223	0.0193	0.0299	0.0193	0.0666	0.0069	0.0245	0.0069	0.0636
chr3L	16387582	16387748	chr3L:16387583-16387748	FBgn0036627	Grp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0238	0.0259	0.0244	0.0207	0.0095	0.0306	0.0368	0.026	0.0095	0.0229	0.0203	0.0229	0.0418	0.0107	0.0206	0.0107	0.0386
chr3L	16394255	16394475	chr3L:16394256-16394475	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0468	0.058	0.0443	0.037	0.0541	0.0476	0.0878	0.056	0.0541	0.0531	0.0376	0.0531	0.0596	0.0475	0.0155	0.0475	0.0584
chr3L	16395108	16395259	chr3L:16395109-16395259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0508	0.0335	0.0274	0.0435	0.0364	0.0813	0.05	0.0435	0.0386	0.0328	0.0386	0.0341	0.0214	0.0129	0.0214	0.0417
chr3L	16395312	16395577	chr3L:16395313-16395577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0645	0.1006	0.0515	0.0386	0.1092	0.0748	0.1462	0.1046	0.1092	0.0658	0.0424	0.0658	0.062	0.0306	0.0148	0.0306	0.0703
chr3L	16395591	16395941	chr3L:16395592-16395941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0867	0.1281	0.0647	0.0646	0.1283	0.1092	0.1873	0.1226	0.1283	0.0827	0.0563	0.0827	0.086	0.0429	0.0258	0.0429	0.1423
chr3L	16396122	16396583	chr3L:16396123-16396583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0985	0.1266	0.0845	0.0824	0.1495	0.1	0.1817	0.1126	0.1495	0.1286	0.0765	0.1286	0.0852	0.0904	0.069	0.0904	0.1397
chr3L	16401134	16401407	chr3L:16401135-16401407	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2227	0.2714	0.2378	0.1517	0.228	0.3272	0.2833	0.3251	0.228	0.3243	0.2206	0.3243	0.1588	0.1294	0.0941	0.1294	0.1136
chr3L	16401431	16401631	chr3L:16401432-16401631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1752	0.221	0.177	0.122	0.1845	0.2335	0.2569	0.2712	0.1845	0.2452	0.1463	0.2452	0.1185	0.1217	0.0729	0.1217	0.0844
chr3L	16401811	16402001	chr3L:16401812-16402001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1753	0.2059	0.1943	0.1202	0.1527	0.2364	0.2349	0.2512	0.1527	0.2856	0.1717	0.2856	0.1518	0.1547	0.0974	0.1547	0.1042
chr3L	16402079	16402312	chr3L:16402080-16402312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1611	0.1907	0.1732	0.1147	0.1421	0.2112	0.2349	0.2219	0.1421	0.2476	0.1531	0.2476	0.1619	0.1685	0.0845	0.1685	0.1178
chr3L	16402458	16402868	chr3L:16402459-16402868	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2172	0.2086	0.2541	0.1862	0.1251	0.2636	0.2249	0.2512	0.1251	0.3575	0.208	0.3575	0.3292	0.2121	0.1438	0.2121	0.2887
chr3L	16403095	16403263	chr3L:16403096-16403263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0908	0.0896	0.1001	0.0819	0.0562	0.1029	0.1142	0.0933	0.0562	0.1443	0.081	0.1443	0.1294	0.0911	0.0522	0.0911	0.1047
chr3L	16403656	16403884	chr3L:16403657-16403884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2691	0.3306	0.3115	0.1537	0.2895	0.3379	0.3962	0.3731	0.2895	0.4118	0.3367	0.4118	0.2122	0.1309	0.1109	0.1309	0.1053
chr3L	16404706	16404998	chr3L:16404707-16404998	FBgn0014163	fax	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2998	0.3032	0.3602	0.2296	0.2354	0.3359	0.3486	0.3664	0.2354	0.4777	0.3682	0.4777	0.3176	0.2144	0.2121	0.2144	0.2621
chr3L	16405495	16405665	chr3L:16405496-16405665	FBgn0028399	TMS1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1601	0.1261	0.2027	0.1515	0.0795	0.1413	0.1605	0.1412	0.0795	0.2409	0.2302	0.2409	0.1936	0.1623	0.1702	0.1623	0.1892
chr3L	16405745	16405915	chr3L:16405746-16405915	FBgn0028399	TMS1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1306	0.1114	0.1576	0.1223	0.0753	0.1267	0.1349	0.1319	0.0753	0.183	0.1765	0.183	0.1603	0.1302	0.1141	0.1302	0.1433
chr3L	16410010	16410161	chr3L:16410011-16410161	FBgn0036629	CG4573	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.0465	0.0518	0.0313	0.0191	0.0485	0.0623	0.0586	0.0191	0.0652	0.0563	0.0652	0.0434	0.036	0.0271	0.036	0.037
chr3L	16410198	16410380	chr3L:16410199-16410380	FBgn0036629	CG4573	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0814	0.0821	0.0964	0.0639	0.0456	0.0879	0.099	0.1019	0.0456	0.1244	0.1084	0.1244	0.0821	0.0712	0.0703	0.0712	0.0776
chr3L	16412115	16412271	chr3L:16412116-16412271	FBgn0027080,FBgn0053158	Aats-tyr,CG33158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.043	0.0561	0.0334	0.0223	0.05	0.0541	0.0446	0.0223	0.0664	0.0643	0.0664	0.0565	0.0299	0.0387	0.0299	0.0417
chr3L	16412374	16412548	chr3L:16412375-16412548	FBgn0027080,FBgn0053158	Aats-tyr,CG33158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1632	0.1504	0.1951	0.1426	0.0944	0.1888	0.1631	0.1765	0.0944	0.2301	0.2206	0.2301	0.1991	0.1531	0.1541	0.1531	0.1761
chr3L	16412608	16412829	chr3L:16412609-16412829	FBgn0027080,FBgn0053158	Aats-tyr,CG33158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1575	0.151	0.1839	0.1356	0.1039	0.1791	0.1648	0.1865	0.1039	0.224	0.2032	0.224	0.1905	0.1478	0.1418	0.1478	0.1647
chr3L	16421750	16421901	chr3L:16421751-16421901	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0219	0.0305	0.0206	0.0138	0.017	0.0199	0.0571	0.0266	0.017	0.0169	0.0315	0.0169	0.017	0.0123	0.0264	0.0123	0.012
chr3L	16426821	16426972	chr3L:16426822-16426972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.011	0.0087	0.016	0.0081	0.0032	0.0117	0.0099	0.0087	0.0032	0.0127	0.0183	0.0127	0.0318	0.0054	0.0155	0.0054	0.0073
chr3L	16428719	16428870	chr3L:16428720-16428870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0156	0.0112	0.0131	0.0074	0.0146	0.0277	0.0133	0.0074	0.0066	0.0177	0.0066	0.0101	0.0054	0.0297	0.0054	0.0167
chr3L	16429089	16429240	chr3L:16429090-16429240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0168	0.0152	0.0194	0.0064	0.015	0.029	0.018	0.0064	0.0163	0.0196	0.0163	0.0155	0.01	0.0509	0.01	0.0172
chr3L	16431949	16432100	chr3L:16431950-16432100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0109	0.0106	0.0105	0.0117	0.0032	0.0068	0.0186	0.0133	0.0032	0.0109	0.0145	0.0109	0.0116	0.0031	0.04	0.0031	0.0063
chr3L	16435616	16435767	chr3L:16435617-16435767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0115	0.0111	0.0112	0.0123	0.0032	0.0107	0.0199	0.008	0.0032	0.0121	0.0119	0.0121	0.0147	0.0084	0.0309	0.0084	0.0083
chr3L	16436221	16436372	chr3L:16436222-16436372	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0115	0.0194	0.0207	0.0117	0.0097	0.0151	0.0153	0.0117	0.0169	0.0277	0.0169	0.0232	0.0061	0.0671	0.0061	0.0146
chr3L	16440626	16440777	chr3L:16440627-16440777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0194	0.0171	0.0219	0.0064	0.0165	0.0342	0.0153	0.0064	0.0151	0.0267	0.0151	0.0085	0.0069	0.0741	0.0069	0.0146
chr3L	16440962	16441113	chr3L:16440963-16441113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0207	0.03	0.0175	0.0136	0.0159	0.0204	0.0601	0.0193	0.0159	0.0085	0.0267	0.0085	0.017	0.0054	0.0426	0.0054	0.0057
chr3L	16445084	16445372	chr3L:16445085-16445372	FBgn0261799	dsx-c73A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.0761	0.1104	0.1085	0.0414	0.0932	0.0787	0.0993	0.0414	0.0797	0.1643	0.0797	0.1278	0.1118	0.1838	0.1118	0.1501
chr3L	16451938	16452089	chr3L:16451939-16452089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0152	0.017	0.0123	0.0042	0.0126	0.0208	0.022	0.0042	0.0085	0.0315	0.0085	0.0077	0.0031	0.038	0.0031	0.0057
chr3L	16455087	16455238	chr3L:16455088-16455238	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0133	0.0157	0.0207	0.0053	0.0131	0.0229	0.014	0.0053	0.0115	0.027	0.0115	0.0108	0.0084	0.0774	0.0084	0.0052
chr3L	16457371	16457653	chr3L:16457372-16457653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0181	0.0218	0.0191	0.0053	0.0194	0.0294	0.016	0.0053	0.0205	0.0357	0.0205	0.0124	0.0191	0.0451	0.0191	0.0099
chr3L	16463257	16463450	chr3L:16463258-16463450	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0921	0.095	0.1061	0.0734	0.0583	0.1073	0.1025	0.1279	0.0583	0.1322	0.1325	0.1322	0.103	0.0858	0.0961	0.0858	0.1063
chr3L	16463635	16463873	chr3L:16463636-16463873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0455	0.0607	0.0485	0.0253	0.0414	0.0524	0.0878	0.0646	0.0414	0.0646	0.0666	0.0646	0.0287	0.023	0.0445	0.023	0.0261
chr3L	16466260	16466411	chr3L:16466261-16466411	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.0409	0.0607	0.0085	0.0138	0.035	0.0407	0.0799	0.0138	0.0236	0.1251	0.0236	0.0163	0.0015	0.0251	0.0015	0.0042
chr3L	16466439	16466629	chr3L:16466440-16466629	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0418	0.0612	0.0514	0.0095	0.0403	0.0447	0.0683	0.1073	0.0403	0.0399	0.0939	0.0399	0.0186	0.0061	0.0161	0.0061	0.0104
chr3L	16468726	16469113	chr3L:16468727-16469113	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1158	0.1427	0.1608	0.0363	0.0615	0.2301	0.0908	0.2119	0.0615	0.1836	0.2421	0.1836	0.0976	0.0368	0.06	0.0368	0.0287
chr3L	16469491	16469642	chr3L:16469492-16469642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0218	0.0283	0.0234	0.013	0.0159	0.0451	0.0268	0.0266	0.0159	0.0254	0.0289	0.0254	0.0263	0.01	0.02	0.01	0.0182
chr3L	16470106	16470427	chr3L:16470107-16470427	distal	distal	none	none	argos_aos292	argos_aos292	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0582	0.0638	0.073	0.0358	0.0265	0.0738	0.0718	0.0926	0.0265	0.0598	0.1035	0.0598	0.0465	0.0368	0.0458	0.0368	0.0328
chr3L	16470537	16470696	chr3L:16470538-16470696	distal	distal	none	none	argos_aos292	argos_aos292	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0536	0.0637	0.0607	0.0347	0.0339	0.068	0.074	0.0899	0.0339	0.0616	0.0804	0.0616	0.0403	0.0559	0.0368	0.0559	0.0349
chr3L	16473442	16473642	chr3L:16473443-16473642	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0637	0.0452	0.0797	0.0668	0.0138	0.0578	0.0571	0.05	0.0138	0.0803	0.1219	0.0803	0.038	0.0881	0.1457	0.0881	0.0438
chr3L	16473737	16473938	chr3L:16473738-16473938	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0707	0.0409	0.092	0.0808	0.017	0.0519	0.0433	0.054	0.017	0.0924	0.1328	0.0924	0.0511	0.1233	0.1605	0.1233	0.05
chr3L	16474016	16474172	chr3L:16474017-16474172	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0512	0.0417	0.0614	0.0504	0.0244	0.049	0.0502	0.0533	0.0244	0.0598	0.09	0.0598	0.0372	0.0643	0.0877	0.0643	0.0479
chr3L	16475983	16476220	chr3L:16475984-16476220	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0824	0.0999	0.0415	0.052	0.1029	0.0813	0.1073	0.052	0.1347	0.1302	0.1347	0.062	0.0436	0.0664	0.0436	0.0584
chr3L	16476346	16476536	chr3L:16476347-16476536	FBgn0004569	aos	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1032	0.0956	0.1445	0.0663	0.0583	0.1257	0.0965	0.1213	0.0583	0.1733	0.1868	0.1733	0.1201	0.075	0.1161	0.075	0.0823
chr3L	16476666	16476838	chr3L:16476667-16476838	FBgn0004569	aos	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2057	0.1929	0.2678	0.1519	0.1591	0.2388	0.1968	0.2239	0.1591	0.3557	0.3109	0.3557	0.237	0.1899	0.2063	0.1899	0.2178
chr3L	16477181	16477377	chr3L:16477182-16477377	FBgn0004569	aos	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1683	0.1699	0.2122	0.1184	0.1209	0.1859	0.1907	0.2185	0.1209	0.3037	0.2646	0.3037	0.117	0.1447	0.185	0.1447	0.1344
chr3L	16478420	16478663	chr3L:16478421-16478663	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0743	0.1398	0.0589	0.0181	0.1166	0.0908	0.2029	0.1799	0.1166	0.0284	0.1071	0.0284	0.0426	0.0115	0.0438	0.0115	0.0146
chr3L	16481567	16481887	chr3L:16481568-16481887	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0742	0.0404	0.1047	0.0784	0.0212	0.0549	0.0484	0.038	0.0212	0.0368	0.1701	0.0368	0.1588	0.0168	0.2231	0.0168	0.0808
chr3L	16482452	16482770	chr3L:16482453-16482770	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.156	0.2187	0.169	0.0717	0.228	0.1709	0.314	0.2245	0.228	0.0592	0.2929	0.0592	0.1952	0.0291	0.2115	0.0291	0.0594
chr3L	16484139	16484577	chr3L:16484140-16484577	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1272	0.2507	0.1037	0.0149	0.2301	0.2549	0.2409	0.3664	0.2301	0.1467	0.1534	0.1467	0.0263	0.0123	0.0239	0.0123	0.0125
chr3L	16486948	16487126	chr3L:16486949-16487126	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.1215	0.1396	0.0738	0.0785	0.1442	0.1289	0.1612	0.0785	0.1703	0.1762	0.1703	0.1263	0.0873	0.1064	0.0873	0.11
chr3L	16487595	16488184	chr3L:16487596-16488184	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1053	0.094	0.1223	0.0992	0.0604	0.1087	0.109	0.1159	0.0604	0.1268	0.1605	0.1268	0.1317	0.1095	0.1212	0.1095	0.1532
chr3L	16488355	16488538	chr3L:16488356-16488538	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0379	0.0228	0.0288	0.0648	0.0042	0.0262	0.0298	0.0286	0.0042	0.0193	0.0299	0.0193	0.0511	0.0567	0.0535	0.0567	0.1146
chr3L	16489246	16489397	chr3L:16489247-16489397	FBgn0260388	CG42514	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0263	0.0243	0.0312	0.023	0.0085	0.0272	0.0303	0.0326	0.0085	0.0374	0.0367	0.0374	0.0372	0.0138	0.0174	0.0138	0.0537
chr3L	16489664	16489815	chr3L:16489665-16489815	FBgn0260388	CG42514	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0406	0.0425	0.032	0.0255	0.0398	0.0502	0.0513	0.0255	0.058	0.0508	0.058	0.0372	0.0283	0.0419	0.0283	0.0537
chr3L	16509918	16510069	chr3L:16509919-16510069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0066	0.0066	0.0053	0.0081	0.0021	0.0039	0.0147	0.0053	0.0021	0.0072	0.0039	0.0072	0.0093	0.0015	0.0039	0.0015	0.0042
chr3L	16526904	16527083	chr3L:16526905-16527083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0132	0.0189	0.0355	0.0053	0.0146	0.0221	0.0073	0.0053	0.029	0.0116	0.029	0.017	0.0881	0.0148	0.0881	0.0162
chr3L	16527308	16527459	chr3L:16527309-16527459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0163	0.0123	0.0154	0.0219	0.0064	0.0112	0.0225	0.0067	0.0064	0.0266	0.01	0.0266	0.0178	0.0643	0.0129	0.0643	0.0109
chr3L	16536354	16536571	chr3L:16536355-16536571	FBgn0263131	CG43373	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0127	0.0152	0.0294	0.0085	0.0107	0.0199	0.016	0.0085	0.0115	0.019	0.0115	0.0132	0.01	0.0496	0.01	0.0099
chr3L	16538748	16538931	chr3L:16538749-16538931	FBgn0036638	CG13033	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0368	0.0375	0.0466	0.0252	0.0223	0.0248	0.0497	0.0586	0.0223	0.0054	0.1039	0.0054	0.0116	0.0031	0.0793	0.0031	0.0125
chr3L	16539087	16539246	chr3L:16539088-16539246	FBgn0036638	CG13033	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0199	0.0209	0.0128	0.0106	0.0112	0.0324	0.0286	0.0106	0.0091	0.0412	0.0091	0.0077	0.0061	0.0316	0.0061	0.0089
chr3L	16556577	16556778	chr3L:16556578-16556778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0759	0.0763	0.0849	0.0655	0.0467	0.0709	0.0934	0.1086	0.0467	0.096	0.1042	0.096	0.0829	0.0773	0.0671	0.0773	0.0839
chr3L	16556805	16557038	chr3L:16556806-16557038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0588	0.0527	0.0395	0.0361	0.0442	0.0779	0.0866	0.0361	0.055	0.0653	0.055	0.0519	0.0475	0.0426	0.0475	0.0542
chr3L	16557175	16557326	chr3L:16557176-16557326	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.021	0.0401	0.0145	0.0068	0.0445	0.015	0.0506	0.0706	0.0445	0.0157	0.017	0.0157	0.0194	0.01	0.0077	0.01	0.0047
chr3L	16557415	16557656	chr3L:16557416-16557656	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.076	0.0168	0.0075	0.0827	0.0223	0.1016	0.1286	0.0827	0.0151	0.0215	0.0151	0.017	0.0084	0.0103	0.0084	0.0068
chr3L	16560088	16560239	chr3L:16560089-16560239	FBgn0262842	CG43206	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0307	0.0399	0.0297	0.0216	0.0339	0.0248	0.0666	0.044	0.0339	0.029	0.0402	0.029	0.0232	0.0413	0.0232	0.0413	0.0198
chr3L	16560463	16560614	chr3L:16560464-16560614	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0161	0.0175	0.018	0.0117	0.0092	0.026	0.022	0.0117	0.0199	0.0244	0.0199	0.0132	0.0383	0.0206	0.0383	0.0125
chr3L	16560654	16560805	chr3L:16560655-16560805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.018	0.0167	0.0188	0.0185	0.0106	0.0126	0.0229	0.0286	0.0106	0.0242	0.0267	0.0242	0.0085	0.0421	0.0219	0.0421	0.0104
chr3L	16562453	16562834	chr3L:16562454-16562834	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0572	0.0536	0.0709	0.0462	0.0244	0.0398	0.0787	0.0726	0.0244	0.0489	0.1206	0.0489	0.0442	0.0521	0.0593	0.0521	0.0693
chr3L	16563758	16564010	chr3L:16563759-16564010	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0938	0.1522	0.0846	0.0386	0.1166	0.0922	0.1903	0.2572	0.1166	0.0223	0.1682	0.0223	0.0349	0.0176	0.1148	0.0176	0.0203
chr3L	16565009	16565161	chr3L:16565010-16565161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0386	0.0457	0.0462	0.0223	0.0255	0.0388	0.0536	0.0733	0.0255	0.0187	0.0823	0.0187	0.038	0.0084	0.0522	0.0084	0.0234
chr3L	16565355	16565609	chr3L:16565356-16565609	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1127	0.1183	0.1377	0.079	0.07	0.1044	0.1276	0.1959	0.07	0.0465	0.2354	0.0465	0.1588	0.0436	0.1625	0.0436	0.0959
chr3L	16567400	16567580	chr3L:16567401-16567580	FBgn0262732	mbf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1249	0.1225	0.1345	0.1171	0.0891	0.1282	0.1371	0.1619	0.0891	0.1322	0.1563	0.1322	0.1681	0.1279	0.1103	0.1279	0.1522
chr3L	16567652	16567831	chr3L:16567653-16567831	FBgn0262732	mbf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1391	0.1351	0.1556	0.1253	0.088	0.1485	0.1518	0.1739	0.088	0.1685	0.1807	0.1685	0.1882	0.1302	0.1257	0.1302	0.1704
chr3L	16567917	16568096	chr3L:16567918-16568096	FBgn0262732	mbf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0659	0.0689	0.0571	0.0414	0.0791	0.0813	0.0753	0.0414	0.0731	0.0807	0.0731	0.0821	0.0536	0.0664	0.0536	0.0782
chr3L	16573013	16573202	chr3L:16573014-16573202	FBgn0036640	nxf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0632	0.0734	0.0796	0.0338	0.0445	0.084	0.0753	0.0979	0.0445	0.1057	0.0932	0.1057	0.0736	0.0436	0.0393	0.0436	0.0422
chr3L	16573273	16573461	chr3L:16573274-16573461	FBgn0036640	nxf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0853	0.1009	0.1044	0.0469	0.07	0.1252	0.0982	0.1299	0.07	0.1407	0.1206	0.1407	0.0976	0.0544	0.058	0.0544	0.061
chr3L	16573586	16573737	chr3L:16573587-16573737	FBgn0036640	nxf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0527	0.0536	0.0302	0.0308	0.0617	0.0657	0.062	0.0308	0.064	0.0633	0.064	0.0565	0.0337	0.038	0.0337	0.0344
chr3L	16574326	16574507	chr3L:16574327-16574507	FBgn0036641,FBgn0263975	CR43727,Smn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1249	0.1138	0.1504	0.1093	0.0785	0.1388	0.1285	0.1346	0.0785	0.1818	0.165	0.1818	0.1673	0.1394	0.1251	0.1394	0.1397
chr3L	16574612	16574793	chr3L:16574613-16574793	FBgn0036641,FBgn0263975	CR43727,Smn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.128	0.1163	0.1547	0.1118	0.0679	0.1364	0.1341	0.1392	0.0679	0.1975	0.1714	0.1975	0.1479	0.157	0.1264	0.157	0.136
chr3L	16575539	16575777	chr3L:16575540-16575777	FBgn0028693	Rpn12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0793	0.0609	0.0984	0.079	0.0339	0.0777	0.0675	0.068	0.0339	0.096	0.1125	0.096	0.1177	0.0712	0.0967	0.0712	0.0985
chr3L	16576014	16576179	chr3L:16576015-16576179	FBgn0028693	Rpn12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1171	0.1118	0.1335	0.105	0.0732	0.1165	0.1388	0.1386	0.0732	0.1564	0.1611	0.1564	0.117	0.1217	0.1057	0.1217	0.124
chr3L	16577283	16577458	chr3L:16577284-16577458	FBgn0250814	CG4169	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1403	0.1491	0.1591	0.1097	0.1188	0.1529	0.1851	0.1672	0.1188	0.1884	0.1746	0.1884	0.1634	0.1187	0.1115	0.1187	0.1344
chr3L	16577538	16577689	chr3L:16577539-16577689	FBgn0250814	CG4169	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0803	0.0854	0.0905	0.0634	0.0657	0.084	0.112	0.0939	0.0657	0.1069	0.099	0.1069	0.0953	0.0697	0.0625	0.0697	0.0797
chr3L	16580115	16580477	chr3L:16580116-16580477	FBgn0036643,FBgn0052163	CG32163,Syx8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1666	0.1747	0.1878	0.1342	0.1124	0.1903	0.2141	0.2032	0.1124	0.189	0.2228	0.189	0.2146	0.1378	0.1476	0.1378	0.1746
chr3L	16580589	16580992	chr3L:16580590-16580992	FBgn0036643,FBgn0052163	CG32163,Syx8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1727	0.1789	0.1267	0.1113	0.1869	0.2072	0.2132	0.1113	0.212	0.2026	0.212	0.1828	0.1394	0.1438	0.1394	0.1542
chr3L	16581257	16581427	chr3L:16581258-16581427	FBgn0002283	l(3)73Ah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2162	0.2005	0.2613	0.1844	0.1463	0.2102	0.2491	0.2345	0.1463	0.3231	0.2868	0.3231	0.2595	0.193	0.1979	0.193	0.2043
chr3L	16581568	16581756	chr3L:16581569-16581756	FBgn0002283	l(3)73Ah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.1486	0.1901	0.1255	0.1082	0.1515	0.1903	0.1692	0.1082	0.2379	0.21	0.2379	0.1859	0.1248	0.1367	0.1248	0.1464
chr3L	16584099	16584302	chr3L:16584100-16584302	FBgn0003741	tra	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1404	0.1471	0.1681	0.1024	0.1124	0.1626	0.1587	0.1959	0.1124	0.2174	0.1887	0.2174	0.1627	0.1072	0.1083	0.1072	0.148
chr3L	16587882	16588033	chr3L:16587883-16588033	FBgn0027500,FBgn0042178	CG32165,spd-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0594	0.065	0.0292	0.0244	0.0752	0.0515	0.0919	0.0244	0.0652	0.0817	0.0652	0.0527	0.0352	0.0309	0.0352	0.0391
chr3L	16588087	16588287	chr3L:16588088-16588287	FBgn0027500,FBgn0042178	CG32165,spd-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1194	0.1659	0.111	0.0817	0.1553	0.1025	0.1759	0.0817	0.1981	0.1926	0.1981	0.1526	0.1202	0.1373	0.1202	0.1386
chr3L	16588378	16588554	chr3L:16588379-16588554	FBgn0027500,FBgn0042178	CG32165,spd-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1138	0.0881	0.1476	0.1056	0.0562	0.1252	0.074	0.1179	0.0562	0.1751	0.1723	0.1751	0.141	0.1317	0.1225	0.1317	0.1152
chr3L	16589682	16589833	chr3L:16589683-16589833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0231	0.0241	0.0274	0.0174	0.0064	0.0262	0.0333	0.0326	0.0064	0.026	0.0357	0.026	0.0232	0.0123	0.0335	0.0123	0.0146
chr3L	16602339	16602575	chr3L:16602340-16602575	FBgn0036648	CG4098	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.103	0.1118	0.1084	0.0873	0.0827	0.1194	0.1397	0.1339	0.0827	0.1329	0.1199	0.1329	0.1216	0.1003	0.0999	0.1003	0.1204
chr3L	16602609	16602760	chr3L:16602610-16602760	FBgn0036648	CG4098	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0531	0.0649	0.0602	0.0322	0.0414	0.0689	0.0874	0.074	0.0414	0.0864	0.0643	0.0864	0.0488	0.036	0.0368	0.036	0.0438
chr3L	16602990	16603374	chr3L:16602991-16603374	FBgn0002284	Pros26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.1043	0.1133	0.0706	0.0583	0.116	0.1384	0.1106	0.0583	0.1467	0.1193	0.1467	0.1123	0.0781	0.0671	0.0781	0.0829
chr3L	16603445	16603622	chr3L:16603446-16603622	FBgn0002284	Pros26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1064	0.1092	0.1216	0.0866	0.0764	0.1257	0.1293	0.1159	0.0764	0.1558	0.1289	0.1558	0.1185	0.0995	0.0832	0.0995	0.1006
chr3L	16605248	16605423	chr3L:16605249-16605423	FBgn0004465,FBgn0025558	CG4101,Su(P)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1596	0.1476	0.1868	0.1432	0.1113	0.1859	0.1522	0.1765	0.1113	0.2228	0.1994	0.2228	0.1921	0.1577	0.1522	0.1577	0.1688
chr3L	16605487	16605660	chr3L:16605488-16605660	FBgn0004465,FBgn0025558	CG4101,Su(P)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1563	0.1478	0.1806	0.1393	0.0976	0.1743	0.1665	0.1779	0.0976	0.2198	0.1965	0.2198	0.182	0.1386	0.1431	0.1386	0.1688
chr3L	16605716	16605917	chr3L:16605717-16605917	FBgn0004465,FBgn0025558	CG4101,Su(P)	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0989	0.0998	0.1132	0.0822	0.0498	0.1044	0.1241	0.1319	0.0498	0.1244	0.1241	0.1244	0.1232	0.0735	0.0806	0.0735	0.1006
chr3L	16606084	16606284	chr3L:16606085-16606284	FBgn0025558	CG4101	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0819	0.0849	0.0682	0.0382	0.0917	0.0982	0.1066	0.0382	0.0954	0.0849	0.0954	0.103	0.0804	0.069	0.0804	0.0875
chr3L	16606348	16606532	chr3L:16606349-16606532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0634	0.0778	0.0602	0.0508	0.0477	0.0816	0.1016	0.0919	0.0477	0.0682	0.0617	0.0682	0.0689	0.0636	0.058	0.0636	0.0657
chr3L	16608484	16608683	chr3L:16608485-16608683	FBgn0017572	Mo25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1197	0.1138	0.1355	0.1089	0.0838	0.1272	0.1328	0.1352	0.0838	0.1697	0.1444	0.1697	0.1332	0.1394	0.1032	0.1394	0.1282
chr3L	16608849	16609061	chr3L:16608850-16609061	FBgn0017572	Mo25	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0443	0.046	0.0468	0.0397	0.0318	0.051	0.0584	0.048	0.0318	0.0586	0.0492	0.0586	0.0488	0.049	0.0361	0.049	0.0464
chr3L	16618878	16619029	chr3L:16618879-16619029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0247	0.0127	0.0092	0.017	0.0204	0.0381	0.026	0.017	0.0109	0.0148	0.0109	0.0108	0.0138	0.0097	0.0138	0.0104
chr3L	16619409	16619584	chr3L:16619410-16619584	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0446	0.0894	0.028	0.0127	0.087	0.0786	0.1125	0.1039	0.087	0.0531	0.027	0.0531	0.0155	0.0207	0.0097	0.0207	0.0141
chr3L	16622723	16622874	chr3L:16622724-16622874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.016	0.0138	0.019	0.015	0.0042	0.0141	0.0234	0.014	0.0042	0.0169	0.0273	0.0169	0.0155	0.0077	0.0335	0.0077	0.0125
chr3L	16623009	16623160	chr3L:16623010-16623160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0222	0.0184	0.0196	0.0085	0.0146	0.0394	0.0266	0.0085	0.0163	0.0286	0.0163	0.0085	0.0176	0.04	0.0176	0.0135
chr3L	16623492	16623896	chr3L:16623493-16623896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0523	0.0491	0.0577	0.0499	0.0255	0.0417	0.0792	0.05	0.0255	0.0586	0.072	0.0586	0.0596	0.0544	0.0864	0.0544	0.0532
chr3L	16624236	16624387	chr3L:16624237-16624387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0365	0.0193	0.0162	0.0265	0.0243	0.0541	0.0453	0.0265	0.0236	0.0244	0.0236	0.0163	0.0237	0.0187	0.0237	0.0182
chr3L	16624481	16624679	chr3L:16624482-16624679	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.1011	0.026	0.0181	0.1071	0.05	0.1756	0.0906	0.1071	0.0229	0.0338	0.0229	0.0294	0.0222	0.0181	0.0222	0.0198
chr3L	16624794	16624998	chr3L:16624795-16624998	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0501	0.0938	0.0324	0.0206	0.1103	0.0563	0.1466	0.0899	0.1103	0.0278	0.0402	0.0278	0.031	0.0207	0.0226	0.0207	0.0219
chr3L	16625608	16625759	chr3L:16625609-16625759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0193	0.0213	0.0168	0.0199	0.0138	0.0165	0.0372	0.0193	0.0138	0.0169	0.0154	0.0169	0.0271	0.0176	0.0142	0.0176	0.0375
chr3L	16625941	16626195	chr3L:16625942-16626195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0286	0.0292	0.0286	0.0281	0.0148	0.0252	0.0415	0.0353	0.0148	0.0254	0.0305	0.0254	0.0403	0.0176	0.0219	0.0176	0.0448
chr3L	16627322	16627483	chr3L:16627323-16627483	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0242	0.0264	0.0263	0.018	0.0184	0.0389	0.0253	0.018	0.0157	0.0167	0.0157	0.0147	0.01	0.0116	0.01	0.0078
chr3L	16628139	16628290	chr3L:16628140-16628290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0172	0.0184	0.0146	0.0085	0.0146	0.0242	0.0233	0.0085	0.0109	0.0183	0.0109	0.0077	0.0092	0.0097	0.0092	0.013
chr3L	16628811	16629012	chr3L:16628812-16629012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0274	0.039	0.0347	0.0085	0.0316	0.0398	0.03	0.0085	0.0302	0.0511	0.0302	0.0349	0.0436	0.0542	0.0436	0.0271
chr3L	16629260	16629559	chr3L:16629261-16629559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0496	0.0472	0.0372	0.0414	0.0524	0.0701	0.038	0.0414	0.0296	0.0678	0.0296	0.0581	0.0459	0.0638	0.0459	0.0261
chr3L	16629633	16629784	chr3L:16629634-16629784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0204	0.0184	0.0212	0.0159	0.0214	0.0316	0.0167	0.0159	0.0193	0.0225	0.0193	0.0178	0.0245	0.0297	0.0245	0.0162
chr3L	16632244	16632395	chr3L:16632245-16632395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.032	0.0159	0.0095	0.0201	0.0243	0.0411	0.048	0.0201	0.0115	0.0206	0.0115	0.0116	0.0084	0.0064	0.0084	0.0099
chr3L	16633646	16633797	chr3L:16633647-16633797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0182	0.0117	0.0282	0.0145	0.0053	0.0175	0.013	0.0087	0.0053	0.0157	0.019	0.0157	0.0906	0.0191	0.0129	0.0191	0.025
chr3L	16634267	16634630	chr3L:16634268-16634630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0333	0.0224	0.031	0.048	0.0074	0.0262	0.0337	0.0193	0.0074	0.0272	0.028	0.0272	0.055	0.1011	0.0484	0.1011	0.0469
chr3L	16635057	16635269	chr3L:16635058-16635269	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.04	0.0272	0.032	0.0632	0.018	0.0277	0.0363	0.028	0.018	0.0459	0.0267	0.0459	0.0403	0.2312	0.0206	0.2312	0.0396
chr3L	16635546	16635697	chr3L:16635547-16635697	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0239	0.0077	0.0181	0.0482	0.0042	0.0121	0.0061	0.0087	0.0042	0.0296	0.0132	0.0296	0.0294	0.1646	0.0232	0.1646	0.0334
chr3L	16637629	16637796	chr3L:16637630-16637796	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0422	0.0277	0.024	0.0318	0.0379	0.0549	0.05	0.0318	0.0242	0.028	0.0242	0.0318	0.0191	0.0103	0.0191	0.0422
chr3L	16638685	16638944	chr3L:16638686-16638944	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0707	0.0451	0.0843	0.0843	0.0106	0.0539	0.0437	0.074	0.0106	0.0725	0.082	0.0725	0.0418	0.0329	0.0322	0.0329	0.0391
chr3L	16640209	16640360	chr3L:16640210-16640360	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0352	0.0186	0.0397	0.0489	0.0064	0.0243	0.0203	0.0187	0.0064	0.0501	0.0395	0.0501	0.0395	0.0467	0.0277	0.0467	0.0453
chr3L	16640462	16640627	chr3L:16640463-16640627	FBgn0000017	Abl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.07	0.0414	0.0945	0.0752	0.0053	0.0621	0.0372	0.0553	0.0053	0.1292	0.1026	0.1292	0.0883	0.0781	0.0716	0.0781	0.0834
chr3L	16640955	16641164	chr3L:16640956-16641164	FBgn0000017	Abl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2277	0.194	0.273	0.2156	0.1082	0.25	0.2158	0.2152	0.1082	0.314	0.2949	0.314	0.2827	0.2427	0.2334	0.2427	0.2522
chr3L	16646763	16647011	chr3L:16646764-16647011	FBgn0041721	snRNA:U12:73B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0266	0.0252	0.0223	0.0327	0.0127	0.0204	0.0363	0.03	0.0127	0.0139	0.0209	0.0139	0.0418	0.0299	0.0206	0.0299	0.0516
chr3L	16648993	16649144	chr3L:16648994-16649144	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0112	0.0199	0.0241	0.0074	0.0097	0.0173	0.01	0.0074	0.0109	0.0357	0.0109	0.0108	0.0115	0.0638	0.0115	0.0188
chr3L	16653138	16653439	chr3L:16653139-16653439	distal	distal	stage14	stage14	VT31884.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0891	0.054	0.0777	0.1409	0.0233	0.0578	0.0683	0.0666	0.0233	0.0682	0.0556	0.0682	0.0798	0.1378	0.0916	0.1378	0.1271
chr3L	16653747	16653925	chr3L:16653748-16653925	distal	distal	stage14	none	VT31884.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0729	0.0315	0.0755	0.1161	0.0127	0.0413	0.0346	0.042	0.0127	0.0574	0.0659	0.0574	0.0984	0.1026	0.0858	0.1026	0.1136
chr3L	16653961	16654190	chr3L:16653962-16654190	distal	distal	stage14	none	VT31884.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0721	0.0385	0.0754	0.106	0.0276	0.0481	0.0424	0.0473	0.0276	0.0664	0.0707	0.0664	0.1053	0.0827	0.0864	0.0827	0.1152
chr3L	16654378	16654529	chr3L:16654379-16654529	FBgn0260960	Baldspot	stage11,stage14,stage5	none	VT31884.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1026	0.0879	0.1159	0.1046	0.0615	0.1092	0.0783	0.1279	0.0615	0.1202	0.1077	0.1202	0.1425	0.0911	0.0819	0.0911	0.1136
chr3L	16654670	16654862	chr3L:16654671-16654862	FBgn0260960	Baldspot	stage11,stage14,stage5	none	VT31884.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2327	0.2016	0.2731	0.2229	0.1273	0.2578	0.2003	0.2458	0.1273	0.3454	0.2833	0.3454	0.3044	0.2489	0.2231	0.2489	0.284
chr3L	16655102	16655282	chr3L:16655103-16655282	FBgn0260960	Baldspot	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1354	0.1223	0.1618	0.121	0.0764	0.1447	0.1233	0.1732	0.0764	0.2083	0.1759	0.2083	0.1658	0.1386	0.1244	0.1386	0.172
chr3L	16655487	16655653	chr3L:16655488-16655653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0615	0.0497	0.0737	0.0613	0.0265	0.0626	0.0558	0.0593	0.0265	0.0906	0.0775	0.0906	0.0891	0.0658	0.0613	0.0658	0.1032
chr3L	16660120	16660271	chr3L:16660121-16660271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0206	0.0294	0.0174	0.0143	0.0191	0.0199	0.058	0.0213	0.0191	0.0199	0.0203	0.0199	0.0194	0.0077	0.0148	0.0077	0.0281
chr3L	16660720	16661373	chr3L:16660721-16661373	FBgn0010223	Galpha73B	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0833	0.0503	0.0881	0.1149	0.0138	0.0607	0.0662	0.0606	0.0138	0.0894	0.0849	0.0894	0.1689	0.0995	0.0806	0.0995	0.2616
chr3L	16661945	16662096	chr3L:16661946-16662096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0171	0.0237	0.0187	0.0042	0.017	0.0268	0.0187	0.0042	0.0229	0.0222	0.0229	0.0457	0.0092	0.0161	0.0092	0.0396
chr3L	16666272	16666475	chr3L:16666273-16666475	FBgn0040512	zetaCOP	stage11,stage14,stage5	none	zeta-COP_zetaCOP_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.062	0.0647	0.073	0.0471	0.0371	0.0617	0.0848	0.0906	0.0371	0.1002	0.0823	0.1002	0.0635	0.0536	0.0509	0.0536	0.0667
chr3L	16666564	16666766	chr3L:16666565-16666766	FBgn0036652,FBgn0040512	CG13032,zetaCOP	stage11,stage14,stage5	none	zeta-COP_zetaCOP_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0937	0.0973	0.1046	0.0778	0.0657	0.0976	0.1198	0.1252	0.0657	0.1335	0.1254	0.1335	0.0852	0.0835	0.0832	0.0835	0.1079
chr3L	16672350	16672501	chr3L:16672351-16672501	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0197	0.0209	0.0192	0.0188	0.0085	0.0214	0.029	0.028	0.0085	0.0229	0.0248	0.0229	0.017	0.0306	0.0219	0.0306	0.0198
chr3L	16672580	16672927	chr3L:16672581-16672927	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0479	0.0657	0.0391	0.0376	0.0562	0.0597	0.0952	0.064	0.0562	0.0556	0.0415	0.0556	0.038	0.0743	0.0413	0.0743	0.038
chr3L	16676030	16676181	chr3L:16676031-16676181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.023	0.0218	0.0249	0.0223	0.0117	0.0204	0.0307	0.0227	0.0117	0.0248	0.0302	0.0248	0.0263	0.0138	0.02	0.0138	0.0422
chr3L	16676581	16676732	chr3L:16676582-16676732	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0161	0.0199	0.0191	0.0053	0.0175	0.0225	0.0187	0.0053	0.0236	0.0209	0.0236	0.0294	0.0138	0.0232	0.0138	0.0297
chr3L	16683500	16683651	chr3L:16683501-16683651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0138	0.0123	0.0146	0.0032	0.0146	0.0208	0.0153	0.0032	0.0115	0.0167	0.0115	0.0155	0.0084	0.0284	0.0084	0.0156
chr3L	16688753	16688927	chr3L:16688754-16688927	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0193	0.027	0.0281	0.0053	0.016	0.0281	0.0286	0.0053	0.0242	0.0434	0.0242	0.0132	0.0153	0.0761	0.0153	0.0234
chr3L	16690797	16690948	chr3L:16690798-16690948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0168	0.015	0.0199	0.0155	0.0042	0.0112	0.0216	0.024	0.0042	0.0308	0.0248	0.0308	0.0108	0.0123	0.0374	0.0123	0.0125
chr3L	16692851	16693064	chr3L:16692852-16693064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0275	0.0282	0.0296	0.0245	0.0117	0.0272	0.0415	0.03	0.0117	0.0242	0.0395	0.0242	0.024	0.0207	0.0245	0.0207	0.0427
chr3L	16694106	16694358	chr3L:16694107-16694358	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0327	0.0181	0.0312	0.0506	0.0042	0.0238	0.0238	0.018	0.0042	0.061	0.0309	0.061	0.024	0.1141	0.04	0.1141	0.0615
chr3L	16694419	16694778	chr3L:16694420-16694778	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0406	0.0243	0.0402	0.0592	0.0085	0.0345	0.0294	0.0233	0.0085	0.07	0.0421	0.07	0.0418	0.0949	0.0464	0.0949	0.0969
chr3L	16695703	16696091	chr3L:16695704-16696091	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0385	0.0177	0.044	0.0557	0.0021	0.0262	0.0208	0.0167	0.0021	0.1021	0.0305	0.1021	0.0333	0.1394	0.0387	0.1394	0.0631
chr3L	16696135	16696530	chr3L:16696136-16696530	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.036	0.0187	0.0388	0.0521	0.0053	0.0252	0.0234	0.0213	0.0053	0.0737	0.037	0.0737	0.0287	0.0926	0.0613	0.0926	0.062
chr3L	16697422	16697642	chr3L:16697423-16697642	FBgn0036654	CG9692	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0261	0.0182	0.0284	0.0323	0.0074	0.0282	0.0182	0.0213	0.0074	0.0229	0.0457	0.0229	0.0209	0.0176	0.0883	0.0176	0.0255
chr3L	16701955	16702122	chr3L:16701956-16702122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0399	0.026	0.0525	0.0414	0.0074	0.0432	0.0298	0.0227	0.0074	0.1304	0.0334	0.1304	0.0442	0.1279	0.0206	0.1279	0.037
chr3L	16703827	16704009	chr3L:16703828-16704009	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1085	0.0911	0.1711	0.0592	0.0488	0.1112	0.0852	0.1352	0.0488	0.2319	0.2	0.2319	0.1681	0.0505	0.0974	0.0505	0.0808
chr3L	16704024	16704175	chr3L:16704025-16704175	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0697	0.0617	0.1048	0.0402	0.0339	0.0762	0.0614	0.0873	0.0339	0.1389	0.1264	0.1389	0.1046	0.0421	0.0703	0.0421	0.0479
chr3L	16704240	16704508	chr3L:16704241-16704508	FBgn0063485,FBgn0264605	CG43954,Lasp	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1095	0.1072	0.1471	0.0707	0.0615	0.1214	0.1224	0.1352	0.0615	0.1896	0.1762	0.1896	0.1263	0.0674	0.1148	0.0674	0.0829
chr3L	16704733	16704930	chr3L:16704734-16704930	FBgn0000414,FBgn0063485,FBgn0264605	CG43954,Dab,Lasp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2649	0.2485	0.3113	0.2324	0.1941	0.2786	0.2876	0.2958	0.1941	0.3943	0.3482	0.3943	0.2943	0.2381	0.2618	0.2381	0.2772
chr3L	16705090	16705269	chr3L:16705091-16705269	FBgn0000414,FBgn0063485,FBgn0264605	CG43954,Dab,Lasp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2172	0.2049	0.2631	0.1808	0.1379	0.2451	0.2258	0.2478	0.1379	0.3351	0.2868	0.3351	0.2153	0.1753	0.1702	0.1753	0.1845
chr3L	16705600	16705789	chr3L:16705601-16705789	FBgn0000414	Dab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1596	0.1712	0.1957	0.1069	0.1018	0.2	0.1942	0.2032	0.1018	0.2729	0.2051	0.2729	0.151	0.0781	0.0806	0.0781	0.0756
chr3L	16706621	16706803	chr3L:16706622-16706803	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.1363	0.1369	0.0824	0.105	0.1398	0.1609	0.1792	0.105	0.1842	0.1704	0.1842	0.0991	0.062	0.1109	0.062	0.1381
chr3L	16706918	16707199	chr3L:16706919-16707199	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0902	0.0899	0.11	0.0689	0.0594	0.1068	0.1029	0.1119	0.0594	0.1425	0.1325	0.1425	0.0914	0.0613	0.0961	0.0613	0.1105
chr3L	16717394	16717545	chr3L:16717395-16717545	FBgn0036655	CG13031	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0166	0.0244	0.0152	0.0093	0.0138	0.0214	0.0372	0.0273	0.0138	0.0199	0.0174	0.0199	0.0116	0.0077	0.0064	0.0077	0.0115
chr3L	16723868	16724038	chr3L:16723869-16724038	FBgn0004556	Dbp73D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.1162	0.1419	0.1004	0.0742	0.1311	0.1345	0.1372	0.0742	0.1818	0.1489	0.1818	0.1503	0.1179	0.0909	0.1179	0.1277
chr3L	16724118	16724308	chr3L:16724119-16724308	FBgn0004556	Dbp73D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0499	0.0627	0.04	0.0223	0.051	0.0683	0.0586	0.0223	0.0815	0.0656	0.0815	0.0627	0.0406	0.0419	0.0406	0.0542
chr3L	16724358	16724570	chr3L:16724359-16724570	FBgn0004556	Dbp73D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0395	0.0419	0.0334	0.0297	0.0316	0.0601	0.044	0.0297	0.0459	0.0476	0.0459	0.0519	0.0253	0.0355	0.0253	0.0479
chr3L	16725593	16725744	chr3L:16725594-16725744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0174	0.0228	0.0138	0.0053	0.0165	0.0285	0.016	0.0053	0.0133	0.0241	0.0133	0.0511	0.0069	0.011	0.0069	0.0261
chr3L	16731600	16731751	chr3L:16731601-16731751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.012	0.0192	0.0182	0.0032	0.0136	0.0164	0.0133	0.0032	0.0181	0.0212	0.0181	0.0132	0.0061	0.011	0.0061	0.0109
chr3L	16734617	16734801	chr3L:16734618-16734801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0414	0.0426	0.0486	0.032	0.0223	0.035	0.0692	0.0473	0.0223	0.0501	0.0514	0.0501	0.0503	0.0268	0.0239	0.0268	0.0433
chr3L	16734860	16735042	chr3L:16734861-16735042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0739	0.07	0.0887	0.0621	0.0382	0.0612	0.1025	0.0853	0.0382	0.1008	0.0939	0.1008	0.0798	0.0643	0.0516	0.0643	0.0766
chr3L	16735428	16735579	chr3L:16735429-16735579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.0209	0.0355	0.0178	0.0138	0.0194	0.0307	0.0253	0.0138	0.0236	0.0302	0.0236	0.0194	0.0061	0.0142	0.0061	0.0188
chr3L	16736145	16736339	chr3L:16736146-16736339	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0368	0.0176	0.0457	0.0485	0.0074	0.0218	0.0212	0.0207	0.0074	0.029	0.0383	0.029	0.062	0.0199	0.0193	0.0199	0.1027
chr3L	16736754	16737083	chr3L:16736755-16737083	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.072	0.0578	0.1107	0.0455	0.0223	0.0631	0.0601	0.0866	0.0223	0.09	0.1151	0.09	0.0418	0.0161	0.0239	0.0161	0.0453
chr3L	16737148	16737507	chr3L:16737149-16737507	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0969	0.0594	0.1576	0.0721	0.0159	0.0782	0.0644	0.0773	0.0159	0.151	0.1495	0.151	0.0643	0.0322	0.0355	0.0322	0.0568
chr3L	16737637	16737932	chr3L:16737638-16737932	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0748	0.0422	0.1173	0.0646	0.0159	0.0539	0.0463	0.0553	0.0159	0.09	0.092	0.09	0.0403	0.0138	0.0277	0.0138	0.0313
chr3L	16738783	16738974	chr3L:16738784-16738974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0287	0.0472	0.0194	0.0106	0.0364	0.0337	0.0353	0.0106	0.0205	0.0441	0.0205	0.0209	0.0077	0.0187	0.0077	0.0219
chr3L	16739436	16739587	chr3L:16739437-16739587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0226	0.0155	0.0289	0.0237	0.0106	0.0146	0.0238	0.0153	0.0106	0.0127	0.0286	0.0127	0.0201	0.0123	0.0413	0.0123	0.0146
chr3L	16739759	16739986	chr3L:16739760-16739986	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0376	0.0206	0.0463	0.0469	0.0085	0.0204	0.0285	0.0247	0.0085	0.0308	0.0293	0.0308	0.0271	0.0084	0.0174	0.0084	0.0177
chr3L	16740467	16740618	chr3L:16740468-16740618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0101	0.0165	0.0217	0.0032	0.0097	0.0164	0.0087	0.0032	0.0066	0.0103	0.0066	0.0062	0.0092	0.0064	0.0092	0.0057
chr3L	16742197	16742386	chr3L:16742198-16742386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0202	0.0155	0.0283	0.0167	0.0127	0.0126	0.0225	0.02	0.0127	0.0121	0.0412	0.0121	0.0194	0.0107	0.0361	0.0107	0.0099
chr3L	16742792	16742943	chr3L:16742793-16742943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0125	0.0212	0.0173	0.0053	0.0146	0.016	0.0147	0.0053	0.0151	0.0318	0.0151	0.0116	0.0138	0.0393	0.0138	0.012
chr3L	16743140	16743291	chr3L:16743141-16743291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0202	0.0122	0.0222	0.0269	0.0021	0.0112	0.0173	0.0193	0.0021	0.0169	0.0322	0.0169	0.0132	0.0207	0.0438	0.0207	0.0365
chr3L	16745834	16745985	chr3L:16745835-16745985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0142	0.0151	0.0136	0.0138	0.0032	0.0131	0.0195	0.0233	0.0032	0.0103	0.0183	0.0103	0.0132	0.0329	0.011	0.0329	0.0068
chr3L	16746735	16746886	chr3L:16746736-16746886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0079	0.0118	0.0136	0.0032	0.0044	0.0151	0.0067	0.0032	0.0163	0.0129	0.0163	0.0093	0.0322	0.0129	0.0322	0.0083
chr3L	16747809	16748146	chr3L:16747810-16748146	FBgn0262099	CG42852	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0242	0.0218	0.0261	0.0248	0.017	0.0218	0.0346	0.018	0.017	0.0223	0.0322	0.0223	0.0139	0.0145	0.0355	0.0145	0.0177
chr3L	16753179	16753377	chr3L:16753180-16753377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0132	0.0181	0.027	0.0021	0.0102	0.0212	0.016	0.0021	0.0163	0.0248	0.0163	0.0124	0.0107	0.0464	0.0107	0.0151
chr3L	16754432	16754583	chr3L:16754433-16754583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0265	0.0188	0.0386	0.0217	0.0053	0.016	0.0277	0.0266	0.0053	0.029	0.064	0.029	0.0147	0.0145	0.0335	0.0145	0.0261
chr3L	16755743	16755982	chr3L:16755744-16755982	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0681	0.0589	0.0892	0.0551	0.0148	0.0874	0.0502	0.0846	0.0148	0.1455	0.0971	0.1455	0.055	0.059	0.0368	0.059	0.1037
chr3L	16756752	16756903	chr3L:16756753-16756903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0122	0.017	0.0284	0.0032	0.0165	0.0138	0.016	0.0032	0.0229	0.0135	0.0229	0.0163	0.0138	0.009	0.0138	0.0182
chr3L	16758703	16758908	chr3L:16758704-16758908	FBgn0004108	Nrt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1338	0.117	0.1584	0.1255	0.0817	0.1325	0.1371	0.1399	0.0817	0.1987	0.1666	0.1987	0.1177	0.1172	0.1057	0.1172	0.1391
chr3L	16759093	16759271	chr3L:16759094-16759271	FBgn0004108	Nrt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2406	0.2399	0.2721	0.2069	0.2004	0.2762	0.2587	0.2925	0.2004	0.3255	0.2826	0.3255	0.2517	0.1998	0.2076	0.1998	0.2402
chr3L	16759405	16759630	chr3L:16759406-16759630	FBgn0004108	Nrt	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.105	0.1473	0.1065	0.0561	0.1166	0.1675	0.1393	0.2139	0.1166	0.1208	0.1132	0.1208	0.0798	0.0421	0.0432	0.0421	0.0589
chr3L	16760126	16760277	chr3L:16760127-16760277	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_4725	Unspecified_4725	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0581	0.0409	0.0881	0.0444	0.0233	0.0461	0.0489	0.0526	0.0233	0.1196	0.1019	0.1196	0.0682	0.0789	0.0451	0.0789	0.0307
chr3L	16760324	16760516	chr3L:16760325-16760516	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_4725	Unspecified_4725	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0711	0.0481	0.1069	0.0577	0.0255	0.0602	0.0554	0.0586	0.0255	0.1534	0.1096	0.1534	0.1146	0.1026	0.0574	0.1026	0.0479
chr3L	16760699	16760895	chr3L:16760700-16760895	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0598	0.0484	0.081	0.0494	0.035	0.0621	0.0506	0.0566	0.035	0.1159	0.0781	0.1159	0.0844	0.0865	0.0464	0.0865	0.0344
chr3L	16760974	16761125	chr3L:16760975-16761125	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Nrt_8563	Nrt_8563	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0609	0.0637	0.0836	0.0329	0.0371	0.1015	0.0662	0.0513	0.0371	0.1316	0.0778	0.1316	0.0945	0.0544	0.0284	0.0544	0.0292
chr3L	16761136	16761448	chr3L:16761137-16761448	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Nrt_8563	Nrt_8563	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1172	0.1343	0.1619	0.0489	0.0732	0.2034	0.1241	0.1532	0.0732	0.2621	0.1457	0.2621	0.1828	0.0613	0.0406	0.0613	0.0537
chr3L	16761624	16761800	chr3L:16761625-16761800	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0783	0.0821	0.1102	0.0391	0.0414	0.1194	0.0774	0.1019	0.0414	0.1679	0.1032	0.1679	0.1092	0.0505	0.0348	0.0505	0.0417
chr3L	16763044	16763271	chr3L:16763045-16763271	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1043	0.1387	0.1135	0.0557	0.0838	0.1612	0.1631	0.1652	0.0838	0.1147	0.1386	0.1147	0.079	0.036	0.0535	0.036	0.0448
chr3L	16763868	16764019	chr3L:16763869-16764019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0543	0.0749	0.0464	0.04	0.0732	0.0553	0.1112	0.0839	0.0732	0.0399	0.0444	0.0399	0.031	0.0123	0.0226	0.0123	0.0323
chr3L	16765154	16765380	chr3L:16765155-16765380	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0664	0.0748	0.0613	0.0627	0.0774	0.0558	0.1107	0.074	0.0774	0.058	0.055	0.058	0.0682	0.0467	0.0445	0.0467	0.1225
chr3L	16766336	16766589	chr3L:16766337-16766589	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1358	0.3013	0.0722	0.0206	0.3425	0.1864	0.42	0.3698	0.3425	0.0374	0.082	0.0374	0.0201	0.0115	0.0129	0.0115	0.0266
chr3L	16766888	16767057	chr3L:16766889-16767057	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0685	0.1563	0.0289	0.0139	0.2216	0.0675	0.2734	0.1193	0.2216	0.0229	0.0286	0.0229	0.0147	0.01	0.0084	0.01	0.025
chr3L	16767155	16767324	chr3L:16767156-16767324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.07	0.1547	0.0316	0.0175	0.2301	0.0636	0.2794	0.0999	0.2301	0.0199	0.0309	0.0199	0.0139	0.0123	0.0071	0.0123	0.0307
chr3L	16767595	16767798	chr3L:16767596-16767798	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.074	0.165	0.0319	0.0187	0.2322	0.067	0.311	0.0999	0.2322	0.0266	0.0264	0.0266	0.0232	0.013	0.0097	0.013	0.0313
chr3L	16767918	16768080	chr3L:16767919-16768080	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0706	0.1513	0.0349	0.0195	0.2142	0.0602	0.2768	0.1073	0.2142	0.032	0.0305	0.032	0.024	0.0115	0.0116	0.0115	0.0349
chr3L	16768187	16768354	chr3L:16768188-16768354	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.075	0.1605	0.0373	0.0209	0.263	0.0728	0.2721	0.1139	0.263	0.0344	0.036	0.0344	0.0186	0.0138	0.011	0.0138	0.0323
chr3L	16768434	16768679	chr3L:16768435-16768679	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0907	0.1937	0.0457	0.0251	0.263	0.1053	0.3348	0.1319	0.263	0.0417	0.0457	0.0417	0.024	0.0161	0.0135	0.0161	0.0406
chr3L	16768957	16769355	chr3L:16768958-16769355	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.1093	0.2246	0.0624	0.0319	0.334	0.1126	0.3798	0.1639	0.334	0.0465	0.0601	0.0465	0.0418	0.0237	0.0187	0.0237	0.0521
chr3L	16770065	16770216	chr3L:16770066-16770216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0554	0.1094	0.0326	0.0199	0.1442	0.0578	0.1886	0.0866	0.1442	0.029	0.0286	0.029	0.0186	0.0168	0.0103	0.0168	0.0313
chr3L	16770863	16771014	chr3L:16770864-16771014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0439	0.0582	0.0459	0.0256	0.0382	0.0461	0.0865	0.068	0.0382	0.0417	0.0447	0.0417	0.0325	0.0138	0.02	0.0138	0.0443
chr3L	16772758	16772934	chr3L:16772759-16772934	FBgn0036660,FBgn0036661	CG13025,CG9705	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1189	0.1137	0.1425	0.0989	0.0901	0.1204	0.1358	0.1386	0.0901	0.1751	0.1588	0.1751	0.1263	0.1133	0.1038	0.1133	0.11
chr3L	16773114	16773284	chr3L:16773115-16773284	FBgn0036660,FBgn0036661	CG13025,CG9705	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.1267	0.161	0.1163	0.0785	0.1558	0.138	0.1539	0.0785	0.2005	0.1791	0.2005	0.1487	0.1164	0.1161	0.1164	0.1376
chr3L	16773533	16773726	chr3L:16773534-16773726	FBgn0036661	CG9705	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.0816	0.0915	0.0742	0.0392	0.1049	0.0813	0.1186	0.0392	0.0948	0.1	0.0948	0.0976	0.0689	0.0709	0.0689	0.0922
chr3L	16775967	16776156	chr3L:16775968-16776156	FBgn0036662	CG9706	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1301	0.126	0.1494	0.1136	0.0827	0.1626	0.1432	0.1292	0.0827	0.1824	0.1666	0.1824	0.1418	0.1485	0.1122	0.1485	0.1303
chr3L	16779705	16779911	chr3L:16779706-16779911	FBgn0025582	Int6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0708	0.0633	0.0888	0.0595	0.0265	0.0748	0.077	0.0746	0.0265	0.0936	0.1029	0.0936	0.093	0.0743	0.0606	0.0743	0.0709
chr3L	16779958	16780127	chr3L:16779959-16780127	FBgn0025582	Int6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.0942	0.1297	0.0939	0.0467	0.1126	0.1064	0.1173	0.0467	0.1576	0.145	0.1576	0.134	0.0949	0.0928	0.0949	0.1172
chr3L	16780210	16780423	chr3L:16780211-16780423	FBgn0025582	Int6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0618	0.0581	0.0684	0.0586	0.0308	0.0728	0.0701	0.0666	0.0308	0.09	0.0714	0.09	0.0728	0.062	0.0625	0.062	0.0693
chr3L	16792104	16792255	chr3L:16792105-16792255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0197	0.0178	0.0214	0.0199	0.0138	0.0189	0.0268	0.0147	0.0138	0.0435	0.0174	0.0435	0.024	0.0628	0.0103	0.0628	0.0109
chr3L	16792718	16792916	chr3L:16792719-16792916	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0255	0.0454	0.0137	0.0163	0.0308	0.0306	0.0813	0.0426	0.0308	0.0296	0.0103	0.0296	0.0155	0.0482	0.0084	0.0482	0.0151
chr3L	16793250	16793428	chr3L:16793251-16793428	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0435	0.0192	0.0387	0.076	0.0032	0.0257	0.0303	0.0113	0.0032	0.0815	0.0222	0.0815	0.0627	0.2052	0.0426	0.2052	0.0902
chr3L	16793692	16793843	chr3L:16793693-16793843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.0136	0.0228	0.0245	0.0053	0.0184	0.0208	0.008	0.0053	0.0284	0.0135	0.0284	0.062	0.0505	0.0181	0.0505	0.0339
chr3L	16794148	16794354	chr3L:16794149-16794354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0247	0.0161	0.0265	0.0323	0.0064	0.0218	0.0225	0.0113	0.0064	0.0604	0.019	0.0604	0.0302	0.0865	0.02	0.0865	0.037
chr3L	16794572	16794863	chr3L:16794573-16794863	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0664	0.0277	0.077	0.0979	0.0095	0.0417	0.0376	0.0213	0.0095	0.0707	0.0797	0.0707	0.1619	0.1233	0.118	0.1233	0.1636
chr3L	16795050	16795310	chr3L:16795051-16795310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0221	0.0438	0.0503	0.0106	0.032	0.032	0.014	0.0106	0.0435	0.0383	0.0435	0.1053	0.0613	0.0613	0.0613	0.0797
chr3L	16796568	16796749	chr3L:16796569-16796749	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0311	0.0143	0.0404	0.0398	0.0074	0.0199	0.0177	0.012	0.0074	0.0809	0.027	0.0809	0.0612	0.1034	0.0181	0.1034	0.0422
chr3L	16799073	16799240	chr3L:16799074-16799240	distal	distal	none	none	VT31953.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.011	0.0183	0.0439	0.0032	0.0155	0.0169	0.0073	0.0032	0.0248	0.0138	0.0248	0.0201	0.0942	0.0123	0.0942	0.024
chr3L	16799517	16799818	chr3L:16799518-16799818	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT31953.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0671	0.027	0.0687	0.1103	0.0095	0.0403	0.0363	0.0207	0.0095	0.099	0.0492	0.099	0.0813	0.2251	0.0542	0.2251	0.0974
chr3L	16800242	16800411	chr3L:16800243-16800411	FBgn0036663	CG9674	stage14	none	VT31953.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0169	0.0293	0.068	0.0053	0.0184	0.029	0.0113	0.0053	0.0302	0.0232	0.0302	0.0465	0.1371	0.0245	0.1371	0.0448
chr3L	16800483	16800634	chr3L:16800484-16800634	FBgn0036663	CG9674	stage14	none	VT31953.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0321	0.0229	0.0294	0.0453	0.017	0.0194	0.0368	0.0207	0.017	0.0338	0.0238	0.0338	0.0341	0.0658	0.0284	0.0658	0.0297
chr3L	16800757	16800989	chr3L:16800758-16800989	FBgn0036663	CG9674	stage5	none	VT31953.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0436	0.0471	0.081	0.0233	0.0422	0.0662	0.044	0.0233	0.0604	0.0379	0.0604	0.0403	0.1034	0.0387	0.1034	0.0412
chr3L	16801010	16801209	chr3L:16801011-16801209	FBgn0036663	CG9674	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0488	0.0459	0.042	0.0595	0.0329	0.0442	0.0644	0.0453	0.0329	0.0525	0.0399	0.0525	0.0411	0.0666	0.04	0.0666	0.0542
chr3L	16801375	16801553	chr3L:16801376-16801553	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.114	0.1492	0.1278	0.07	0.1354	0.1375	0.1286	0.07	0.1872	0.1498	0.1872	0.1619	0.1378	0.1141	0.1378	0.1501
chr3L	16801676	16801931	chr3L:16801677-16801931	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0563	0.0712	0.0589	0.0233	0.065	0.0757	0.0626	0.0233	0.0827	0.0781	0.0827	0.0806	0.0712	0.0671	0.0712	0.0625
chr3L	16805117	16805300	chr3L:16805118-16805300	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0596	0.0308	0.0279	0.0509	0.0335	0.1003	0.0626	0.0509	0.0163	0.0514	0.0163	0.0279	0.0092	0.0986	0.0092	0.0057
chr3L	16823227	16823378	chr3L:16823228-16823378	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0178	0.0199	0.0205	0.0085	0.017	0.0307	0.0147	0.0085	0.0072	0.035	0.0072	0.017	0.0031	0.0722	0.0031	0.0042
chr3L	16828486	16828637	chr3L:16828487-16828637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0188	0.032	0.0147	0.0086	0.0212	0.0272	0.0593	0.0193	0.0212	0.0115	0.0203	0.0115	0.0108	0.0061	0.0232	0.0061	0.0047
chr3L	16829816	16829967	chr3L:16829817-16829967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0092	0.0095	0.0104	0.0077	0	0.0083	0.0173	0.0093	0	0.0072	0.0151	0.0072	0.0093	0.0031	0.0245	0.0031	0.0047
chr3L	16833480	16833631	chr3L:16833481-16833631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0113	0.0128	0.0162	0.0053	0.0112	0.019	0.0113	0.0053	0.0133	0.0161	0.0133	0.0116	0.0038	0.0548	0.0038	0.0068
chr3L	16835120	16835313	chr3L:16835121-16835313	FBgn0036666	TSG101	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1086	0.0948	0.1273	0.1035	0.0594	0.1136	0.1077	0.1106	0.0594	0.1606	0.1408	0.1606	0.1255	0.0949	0.1231	0.0949	0.1251
chr3L	16835488	16835665	chr3L:16835489-16835665	FBgn0036666	TSG101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1672	0.1493	0.1981	0.1532	0.105	0.1791	0.1687	0.1739	0.105	0.2307	0.2251	0.2307	0.1952	0.1348	0.1651	0.1348	0.1991
chr3L	16835777	16836098	chr3L:16835778-16836098	FBgn0036666	TSG101	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.093	0.0845	0.1072	0.087	0.0551	0.0937	0.1034	0.0946	0.0551	0.119	0.1238	0.119	0.1108	0.0735	0.0903	0.0735	0.1178
chr3L	16837484	16837635	chr3L:16837485-16837635	FBgn0036667	CG9669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0398	0.0425	0.0467	0.0291	0.0212	0.0485	0.0476	0.054	0.0212	0.058	0.0553	0.058	0.0558	0.0314	0.0258	0.0314	0.0453
chr3L	16837706	16837888	chr3L:16837707-16837888	FBgn0036667	CG9669	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0774	0.0705	0.093	0.0678	0.0435	0.0898	0.0774	0.0853	0.0435	0.125	0.0894	0.125	0.1123	0.0613	0.0748	0.0613	0.1011
chr3L	16838005	16838236	chr3L:16838006-16838236	FBgn0036667,FBgn0036668	CG9669,CG9715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1208	0.1061	0.143	0.1128	0.0573	0.1325	0.1237	0.1266	0.0573	0.1836	0.1572	0.1836	0.1356	0.0988	0.1341	0.0988	0.1558
chr3L	16838403	16838568	chr3L:16838404-16838568	FBgn0036667,FBgn0036668	CG9669,CG9715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1545	0.1382	0.181	0.1436	0.0944	0.1699	0.1544	0.1632	0.0944	0.2198	0.1994	0.2198	0.1797	0.1455	0.1341	0.1455	0.1892
chr3L	16838793	16838944	chr3L:16838794-16838944	FBgn0036668,FBgn0052161	CG32161,CG9715	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.045	0.0383	0.0547	0.0419	0.0159	0.0495	0.0489	0.0373	0.0159	0.0598	0.0595	0.0598	0.0604	0.062	0.0432	0.062	0.049
chr3L	16845049	16845249	chr3L:16845050-16845249	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0353	0.0547	0.0315	0.0178	0.0392	0.0456	0.0835	0.0546	0.0392	0.0308	0.0379	0.0308	0.0449	0.0168	0.0168	0.0168	0.0261
chr3L	16846418	16846624	chr3L:16846419-16846624	FBgn0003410	sina	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0655	0.0646	0.0783	0.0526	0.0414	0.0714	0.0727	0.0806	0.0414	0.1141	0.0801	0.1141	0.0674	0.0773	0.0413	0.0773	0.0568
chr3L	16846743	16846936	chr3L:16846744-16846936	FBgn0003410	sina	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1789	0.1761	0.1956	0.1638	0.1177	0.201	0.202	0.2112	0.1177	0.2621	0.1987	0.2621	0.1991	0.2152	0.1476	0.2152	0.1965
chr3L	16847025	16847235	chr3L:16847026-16847235	FBgn0003410	sina	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1268	0.1199	0.1379	0.1224	0.0785	0.1325	0.1401	0.1472	0.0785	0.1878	0.1399	0.1878	0.1572	0.1845	0.1122	0.1845	0.1553
chr3L	16847393	16847639	chr3L:16847394-16847639	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1109	0.1109	0.133	0.0865	0.07	0.1442	0.112	0.1346	0.07	0.1461	0.1444	0.1461	0.1588	0.0904	0.0916	0.0904	0.1146
chr3L	16847802	16848006	chr3L:16847803-16848006	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0632	0.0607	0.0735	0.0549	0.0308	0.068	0.0809	0.0646	0.0308	0.0676	0.0656	0.0676	0.0759	0.0436	0.0509	0.0436	0.0797
chr3L	16848420	16848574	chr3L:16848421-16848574	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0349	0.0361	0.0363	0.032	0.0106	0.05	0.0398	0.0453	0.0106	0.0308	0.0315	0.0308	0.0697	0.0253	0.0329	0.0253	0.0584
chr3L	16853802	16854005	chr3L:16853803-16854005	FBgn0036670	CG13029	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0799	0.1315	0.0849	0.0167	0.105	0.1408	0.141	0.1666	0.105	0.0857	0.1186	0.0857	0.0658	0.0168	0.0271	0.0168	0.0167
chr3L	16854225	16854408	chr3L:16854226-16854408	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1018	0.1482	0.1211	0.029	0.1124	0.1612	0.1574	0.2032	0.1124	0.1147	0.172	0.1147	0.0945	0.026	0.0542	0.026	0.0318
chr3L	16854529	16854683	chr3L:16854530-16854683	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0537	0.0713	0.065	0.0216	0.0435	0.0748	0.0761	0.1013	0.0435	0.0543	0.0904	0.0543	0.0604	0.0191	0.0406	0.0191	0.0188
chr3L	16855540	16855699	chr3L:16855541-16855699	FBgn0003250	Rh4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0493	0.0596	0.0503	0.0366	0.035	0.0573	0.0727	0.0766	0.035	0.0773	0.0482	0.0773	0.0434	0.0835	0.0245	0.0835	0.0328
chr3L	16856160	16856593	chr3L:16856161-16856593	FBgn0036671	CG9951	none	none	Rh4_159_CAT	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1009	0.0896	0.1187	0.094	0.0403	0.0995	0.1029	0.1219	0.0403	0.1431	0.1289	0.1431	0.1332	0.1103	0.0909	0.1103	0.1167
chr3L	16858262	16858452	chr3L:16858263-16858452	FBgn0261565	Lmpt	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1288	0.1099	0.1581	0.1178	0.0551	0.1199	0.1315	0.1506	0.0551	0.1691	0.1926	0.1691	0.1565	0.1126	0.1651	0.1126	0.1334
chr3L	16858649	16858877	chr3L:16858650-16858877	FBgn0261565	Lmpt	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1086	0.0937	0.1508	0.0791	0.0424	0.0976	0.1099	0.1352	0.0424	0.1268	0.2132	0.1268	0.1425	0.026	0.1844	0.026	0.0745
chr3L	16865978	16866215	chr3L:16865979-16866215	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0321	0.0242	0.0355	0.0373	0.0117	0.032	0.0337	0.0207	0.0117	0.0405	0.0415	0.0405	0.0503	0.0475	0.0587	0.0475	0.0412
chr3L	16868125	16868276	chr3L:16868126-16868276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0145	0.0108	0.0145	0.0185	0.0064	0.0097	0.0186	0.0087	0.0064	0.0242	0.0125	0.0242	0.0201	0.0352	0.02	0.0352	0.0198
chr3L	16868709	16868881	chr3L:16868710-16868881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0512	0.0384	0.0636	0.0519	0.0244	0.0417	0.0506	0.0406	0.0244	0.0791	0.0701	0.0791	0.0883	0.0819	0.0696	0.0819	0.0688
chr3L	16868983	16869134	chr3L:16868984-16869134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0246	0.0331	0.024	0.0117	0.0223	0.0368	0.028	0.0117	0.038	0.0395	0.038	0.0457	0.0299	0.0413	0.0299	0.024
chr3L	16869270	16869421	chr3L:16869271-16869421	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0162	0.0227	0.0267	0.0064	0.015	0.0272	0.0167	0.0064	0.0199	0.0331	0.0199	0.0256	0.0161	0.0774	0.0161	0.0125
chr3L	16870200	16870351	chr3L:16870201-16870351	FBgn0052170	CG32170	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0177	0.013	0.0169	0.024	0.0074	0.0117	0.0221	0.012	0.0074	0.0145	0.0232	0.0145	0.0248	0.0023	0.0767	0.0023	0.0193
chr3L	16872549	16872700	chr3L:16872550-16872700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.015	0.0116	0.016	0.0177	0.0053	0.0117	0.0199	0.0087	0.0053	0.0085	0.0222	0.0085	0.0225	0.0107	0.0277	0.0107	0.0271
chr3L	16874232	16874383	chr3L:16874233-16874383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0116	0.0155	0.0139	0.0064	0.0097	0.0151	0.0153	0.0064	0.0085	0.0235	0.0085	0.0194	0.0054	0.0387	0.0054	0.0115
chr3L	16877287	16877447	chr3L:16877288-16877447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0226	0.0087	0.0131	0.0485	0.0032	0.0078	0.0177	0.0053	0.0032	0.0048	0.0132	0.0048	0.0318	0.0391	0.0477	0.0391	0.0766
chr3L	16879762	16879913	chr3L:16879763-16879913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.012	0.0074	0.015	0.0139	0.0021	0.0102	0.0121	0.0027	0.0021	0.0091	0.0119	0.0091	0.0434	0.0161	0.009	0.0161	0.0261
chr3L	16883684	16883866	chr3L:16883685-16883866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0219	0.0151	0.0203	0.0313	0.0074	0.0136	0.0281	0.0107	0.0074	0.0121	0.0225	0.0121	0.0449	0.026	0.0458	0.026	0.0401
chr3L	16884150	16884387	chr3L:16884151-16884387	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0904	0.0368	0.0684	0.1746	0.0223	0.0408	0.0584	0.024	0.0223	0.0332	0.0569	0.0332	0.1859	0.2297	0.2044	0.2297	0.2345
chr3L	16885151	16885310	chr3L:16885152-16885310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0205	0.0131	0.0251	0.0237	0.0021	0.0204	0.0169	0.0093	0.0021	0.0079	0.0199	0.0079	0.0891	0.0161	0.0168	0.0161	0.0511
chr3L	16887636	16887787	chr3L:16887637-16887787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0128	0.009	0.01	0.0201	0.0032	0.0117	0.013	0.0073	0.0032	0.0127	0.0116	0.0127	0.0116	0.0628	0.009	0.0628	0.0182
chr3L	16889631	16889785	chr3L:16889632-16889785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.0112	0.0143	0.0363	0.0032	0.0121	0.0208	0.0067	0.0032	0.0145	0.0116	0.0145	0.031	0.0551	0.0335	0.0551	0.0552
chr3L	16890881	16891032	chr3L:16890882-16891032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0113	0.0106	0.0141	0.0091	0.0011	0.0092	0.019	0.0087	0.0011	0.0115	0.0141	0.0115	0.0318	0.0184	0.0084	0.0184	0.0099
chr3L	16893834	16893988	chr3L:16893835-16893988	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0171	0.0213	0.0216	0.0074	0.0159	0.0136	0.0394	0.0187	0.0159	0.0465	0.0199	0.0465	0.0124	0.013	0.0129	0.013	0.0052
chr3L	16903651	16903802	chr3L:16903652-16903802	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0198	0.0133	0.0151	0.032	0.0085	0.0141	0.019	0.0107	0.0085	0.0296	0.0109	0.0296	0.0225	0.1194	0.0123	0.1194	0.0203
chr3L	16904277	16904429	chr3L:16904278-16904429	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0111	0.0148	0.0443	0.0042	0.0107	0.0182	0.012	0.0042	0.0314	0.0125	0.0314	0.0147	0.1784	0.0239	0.1784	0.0156
chr3L	16905380	16905656	chr3L:16905381-16905656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0165	0.0189	0.0237	0.0064	0.0141	0.029	0.0147	0.0064	0.0199	0.0248	0.0199	0.0209	0.0398	0.0438	0.0398	0.0193
chr3L	16906492	16906643	chr3L:16906493-16906643	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0312	0.0325	0.0286	0.0326	0.017	0.0252	0.0407	0.05	0.017	0.0344	0.0328	0.0344	0.0418	0.0544	0.0503	0.0544	0.0328
chr3L	16909241	16909403	chr3L:16909242-16909403	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0097	0.0127	0.0436	0.0021	0.0087	0.0177	0.0087	0.0021	0.0085	0.0196	0.0085	0.0147	0.0413	0.1032	0.0413	0.0349
chr3L	16911082	16911233	chr3L:16911083-16911233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0145	0.0105	0.0136	0.0201	0.0042	0.0073	0.0195	0.008	0.0042	0.0121	0.0138	0.0121	0.0271	0.0299	0.0309	0.0299	0.0208
chr3L	16920527	16920678	chr3L:16920528-16920678	FBgn0036677	CG13023	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.014	0.0141	0.0201	0.0074	0.0097	0.0247	0.0133	0.0074	0.006	0.0254	0.006	0.0085	0.0061	0.0638	0.0061	0.0083
chr3L	16923723	16923889	chr3L:16923724-16923889	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.059	0.0283	0.0586	0.0936	0.0127	0.0388	0.0277	0.0373	0.0127	0.0423	0.073	0.0423	0.1069	0.1018	0.1451	0.1018	0.1287
chr3L	16926870	16927021	chr3L:16926871-16927021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0116	0.009	0.0104	0.0159	0.0064	0.0087	0.0134	0.0087	0.0064	0.0066	0.0167	0.0066	0.0093	0.0031	0.0516	0.0031	0.0094
chr3L	16927133	16927284	chr3L:16927134-16927284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0092	0.0112	0.0153	0.0042	0.0078	0.0186	0.0053	0.0042	0.0054	0.0203	0.0054	0.0077	0.0077	0.0484	0.0077	0.0063
chr3L	16928570	16928723	chr3L:16928571-16928723	FBgn0036678	CG11905	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0153	0.0208	0.0311	0.0064	0.0155	0.0238	0.0147	0.0064	0.0097	0.0395	0.0097	0.0132	0.0031	0.1219	0.0031	0.0094
chr3L	16929879	16930030	chr3L:16929880-16930030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0132	0.0086	0.0173	0.0139	0.0042	0.0068	0.0177	0.0047	0.0042	0.0103	0.0267	0.0103	0.017	0.0046	0.0496	0.0046	0.0047
chr3L	16948433	16948618	chr3L:16948434-16948618	FBgn0010352	Nc73EF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1547	0.1215	0.1797	0.1645	0.07	0.1519	0.1406	0.1379	0.07	0.2192	0.1955	0.2192	0.1991	0.1623	0.1844	0.1623	0.2011
chr3L	16948838	16948989	chr3L:16948839-16948989	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0319	0.0186	0.0308	0.0479	0.0117	0.0214	0.0268	0.0167	0.0117	0.0272	0.0357	0.0272	0.0519	0.036	0.0535	0.036	0.0636
chr3L	16949206	16949560	chr3L:16949207-16949560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0621	0.0375	0.0794	0.0705	0.017	0.0529	0.0415	0.0366	0.017	0.0761	0.0907	0.0761	0.1139	0.0574	0.0832	0.0574	0.1032
chr3L	16949903	16950054	chr3L:16949904-16950054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0204	0.0239	0.0302	0.0138	0.0277	0.0277	0.0147	0.0138	0.0193	0.0251	0.0193	0.048	0.0391	0.0419	0.0391	0.0365
chr3L	16950232	16950429	chr3L:16950233-16950429	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0528	0.0416	0.0476	0.0709	0.018	0.0694	0.0471	0.0286	0.018	0.0362	0.035	0.0362	0.1379	0.0988	0.0748	0.0988	0.1126
chr3L	16950442	16950649	chr3L:16950443-16950649	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0567	0.0356	0.05	0.0877	0.0117	0.0646	0.0372	0.026	0.0117	0.038	0.0344	0.038	0.1503	0.1256	0.0767	0.1256	0.1501
chr3L	16951017	16951211	chr3L:16951018-16951211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0281	0.0138	0.0268	0.0455	0.0053	0.0209	0.0195	0.01	0.0053	0.0151	0.0238	0.0151	0.0798	0.0191	0.0606	0.0191	0.0938
chr3L	16951835	16951986	chr3L:16951836-16951986	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.02	0.0106	0.0236	0.0265	0.0032	0.017	0.0134	0.0093	0.0032	0.0109	0.0244	0.0109	0.0589	0.0061	0.0574	0.0061	0.0417
chr3L	16952014	16952195	chr3L:16952015-16952195	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.025	0.0147	0.0294	0.0315	0.0021	0.0233	0.0216	0.0113	0.0021	0.0181	0.026	0.0181	0.0806	0.01	0.0419	0.01	0.0646
chr3L	16959362	16959513	chr3L:16959363-16959513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0159	0.0152	0.0192	0.013	0.0085	0.0155	0.0247	0.0153	0.0085	0.0169	0.0183	0.0169	0.0411	0.0115	0.0129	0.0115	0.0198
chr3L	16962855	16963076	chr3L:16962856-16963076	FBgn0261547	Exn	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0434	0.0189	0.0353	0.0797	0.0053	0.0277	0.0272	0.0147	0.0053	0.0157	0.0325	0.0157	0.103	0.0283	0.0928	0.0283	0.1876
chr3L	16963497	16963755	chr3L:16963498-16963755	FBgn0261547	Exn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0168	0.0168	0.0244	0.0042	0.015	0.0285	0.0133	0.0042	0.0072	0.0135	0.0072	0.0519	0.01	0.0155	0.01	0.062
chr3L	16967958	16968303	chr3L:16967959-16968303	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0654	0.0435	0.0778	0.0763	0.0201	0.0461	0.0571	0.0493	0.0201	0.038	0.1264	0.038	0.0953	0.0306	0.1986	0.0306	0.0714
chr3L	16968561	16968782	chr3L:16968562-16968782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0113	0.0362	0.0522	0.0085	0.0165	0.0151	0.0073	0.0085	0.0163	0.0559	0.0163	0.0558	0.0184	0.1315	0.0184	0.0677
chr3L	16969286	16969495	chr3L:16969287-16969495	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0647	0.0201	0.0745	0.1039	0.0148	0.0286	0.0238	0.0133	0.0148	0.0556	0.0894	0.0556	0.1363	0.0858	0.1799	0.0858	0.1511
chr3L	16970807	16970958	chr3L:16970808-16970958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0102	0.0117	0.0182	0.0064	0.0068	0.0169	0.0133	0.0064	0.0103	0.0135	0.0103	0.0139	0.0046	0.0181	0.0046	0.0162
chr3L	16971679	16971830	chr3L:16971680-16971830	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0079	0.0076	0.0153	0.0042	0.0058	0.0134	0.0087	0.0042	0.0042	0.0113	0.0042	0.0077	0.0031	0.0464	0.0031	0.0099
chr3L	16974526	16974677	chr3L:16974527-16974677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0103	0.0086	0.0107	0.0117	0.0053	0.0068	0.0186	0.0033	0.0053	0.0079	0.0055	0.0079	0.0349	0.0046	0.0084	0.0046	0.0302
chr3L	16977354	16977505	chr3L:16977355-16977505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0146	0.0185	0.0163	0.0064	0.018	0.0203	0.0133	0.0064	0.0145	0.0138	0.0145	0.0542	0.0123	0.0123	0.0123	0.0344
chr3L	16977982	16978141	chr3L:16977983-16978141	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0101	0.0181	0.0252	0.0064	0.0087	0.0182	0.008	0.0064	0.0115	0.0141	0.0115	0.055	0.0138	0.02	0.0138	0.0594
chr3L	16978714	16978888	chr3L:16978715-16978888	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.064	0.0288	0.0636	0.1037	0.0117	0.0398	0.0363	0.0266	0.0117	0.0429	0.0723	0.0429	0.1224	0.1103	0.1328	0.1103	0.1589
chr3L	16979000	16979174	chr3L:16979001-16979174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0187	0.0346	0.0607	0.0021	0.0248	0.0285	0.016	0.0021	0.0169	0.0444	0.0169	0.0674	0.0482	0.0967	0.0482	0.0886
chr3L	16979609	16979792	chr3L:16979610-16979792	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0329	0.0101	0.0279	0.0638	0.0042	0.0112	0.013	0.0113	0.0042	0.0217	0.0341	0.0217	0.0496	0.0391	0.1109	0.0391	0.1016
chr3L	16982173	16982324	chr3L:16982174-16982324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0093	0.0145	0.0213	0.0042	0.0083	0.0156	0.0087	0.0042	0.0127	0.0219	0.0127	0.0132	0.0077	0.0677	0.0077	0.012
chr3L	16982626	16982777	chr3L:16982627-16982777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0095	0.0154	0.0227	0.0021	0.0102	0.0182	0.006	0.0021	0.0103	0.0219	0.0103	0.0256	0.0069	0.0683	0.0069	0.0146
chr3L	16995408	16995680	chr3L:16995409-16995680	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0278	0.0216	0.0263	0.0363	0.0095	0.0218	0.0342	0.022	0.0095	0.0308	0.0251	0.0308	0.0449	0.0482	0.0277	0.0482	0.0719
chr3L	16996847	16997360	chr3L:16996848-16997360	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0606	0.0386	0.0643	0.0812	0.0148	0.0417	0.048	0.0486	0.0148	0.0537	0.0473	0.0537	0.1665	0.0727	0.0677	0.0727	0.161
chr3L	16997611	16997857	chr3L:16997612-16997857	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0382	0.0222	0.0372	0.0574	0.0095	0.0277	0.0251	0.0306	0.0095	0.026	0.036	0.026	0.0767	0.0444	0.0806	0.0444	0.099
chr3L	16998066	16998217	chr3L:16998067-16998217	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0135	0.0283	0.0226	0.0053	0.0165	0.0156	0.0187	0.0053	0.0187	0.0235	0.0187	0.0837	0.0123	0.0284	0.0123	0.0433
chr3L	16998225	16998438	chr3L:16998226-16998438	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0351	0.0277	0.0466	0.0309	0.0127	0.0325	0.0333	0.0373	0.0127	0.026	0.0444	0.026	0.1263	0.0283	0.0342	0.0283	0.0552
chr3L	17003238	17003516	chr3L:17003239-17003516	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT32048.1,VT32049.1	VT32048.1,VT32049.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1611	0.1355	0.1523	0.1994	0.1103	0.1248	0.1951	0.1286	0.1103	0.125	0.1334	0.125	0.3308	0.2634	0.1754	0.2634	0.3356
chr3L	17004036	17004377	chr3L:17004037-17004377	distal	distal	stage11,stage5	stage11	VT32049.1,VT32050.1	VT32049.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.1251	0.2397	0.0736	0.0538	0.2704	0.1471	0.3175	0.3198	0.2704	0.0519	0.0868	0.0519	0.0751	0.0727	0.0393	0.0727	0.0672
chr3L	17004908	17005117	chr3L:17004909-17005117	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT32050.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1285	0.1492	0.1274	0.1067	0.1166	0.1267	0.199	0.1872	0.1166	0.163	0.1325	0.163	0.0829	0.1378	0.0986	0.1378	0.1068
chr3L	17005224	17005411	chr3L:17005225-17005411	FBgn0036684	CG3764	stage11,stage14,stage5	none	VT32050.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1604	0.1579	0.1647	0.1585	0.1156	0.1553	0.1795	0.2152	0.1156	0.192	0.1894	0.192	0.1356	0.1692	0.176	0.1692	0.1746
chr3L	17005562	17005768	chr3L:17005563-17005768	FBgn0036684	CG3764	stage11,stage14,stage5	none	VT32050.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1851	0.1833	0.1981	0.1727	0.1421	0.2015	0.1933	0.2418	0.1421	0.2319	0.2277	0.2319	0.1851	0.183	0.1876	0.183	0.1965
chr3L	17008829	17008980	chr3L:17008830-17008980	FBgn0036685	CG6664	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0794	0.0638	0.0962	0.0784	0.0361	0.068	0.0796	0.0779	0.0361	0.1075	0.1071	0.1075	0.1007	0.0926	0.0799	0.0926	0.0855
chr3L	17009061	17009249	chr3L:17009062-17009249	FBgn0036685,FBgn0036686	CG6664,CG7728	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1916	0.1697	0.2216	0.183	0.1156	0.199	0.1938	0.2039	0.1156	0.2639	0.2322	0.2639	0.227	0.2121	0.1786	0.2121	0.2006
chr3L	17009540	17009715	chr3L:17009541-17009715	FBgn0036685,FBgn0036686	CG6664,CG7728	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1399	0.1181	0.1739	0.1269	0.0764	0.1544	0.1224	0.1499	0.0764	0.2162	0.1884	0.2162	0.1689	0.1294	0.1315	0.1294	0.1527
chr3L	17017032	17017205	chr3L:17017033-17017205	FBgn0011293,FBgn0036688	Fit2,a10	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0406	0.0321	0.0274	0.0212	0.0398	0.0541	0.0506	0.0212	0.0314	0.0367	0.0314	0.0411	0.0276	0.0309	0.0276	0.038
chr3L	17017310	17017501	chr3L:17017311-17017501	FBgn0011293,FBgn0036688	Fit2,a10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1048	0.0976	0.1245	0.0914	0.0604	0.1058	0.1112	0.1266	0.0604	0.1449	0.1412	0.1449	0.1448	0.1233	0.0954	0.1233	0.1136
chr3L	17017595	17017822	chr3L:17017596-17017822	FBgn0036688	Fit2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.042	0.0615	0.0428	0.0201	0.0461	0.0484	0.06	0.0201	0.0749	0.0678	0.0749	0.0759	0.0567	0.0445	0.0567	0.0547
chr3L	17025101	17025432	chr3L:17025102-17025432	FBgn0036690	Ilp8	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0291	0.0158	0.0307	0.0421	0.0042	0.0165	0.0242	0.0167	0.0042	0.0296	0.0373	0.0296	0.0449	0.0291	0.0903	0.0291	0.0495
chr3L	17026556	17026744	chr3L:17026557-17026744	FBgn0262895	CG43250	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0169	0.026	0.0384	0.0053	0.0146	0.0268	0.0213	0.0053	0.0242	0.0354	0.0242	0.0248	0.0513	0.0677	0.0513	0.038
chr3L	17027330	17027502	chr3L:17027331-17027502	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0177	0.0376	0.0213	0.0032	0.0175	0.0238	0.0286	0.0032	0.0181	0.0711	0.0181	0.017	0.01	0.0613	0.01	0.0094
chr3L	17028342	17028512	chr3L:17028343-17028512	FBgn0036691	beg	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0418	0.0469	0.0491	0.0283	0.0339	0.0403	0.0584	0.066	0.0339	0.0411	0.0659	0.0411	0.0449	0.0345	0.0348	0.0345	0.025
chr3L	17028638	17028823	chr3L:17028639-17028823	FBgn0036691	beg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0989	0.0977	0.1109	0.0869	0.053	0.1083	0.1146	0.1252	0.053	0.1286	0.1251	0.1286	0.1224	0.1026	0.0961	0.1026	0.0954
chr3L	17028912	17029064	chr3L:17028913-17029064	FBgn0036691	beg	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0363	0.0444	0.0347	0.0148	0.0476	0.0424	0.038	0.0148	0.0568	0.0424	0.0568	0.0558	0.0406	0.0413	0.0406	0.0427
chr3L	17029301	17029452	chr3L:17029302-17029452	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0217	0.0305	0.0198	0.0053	0.0233	0.0303	0.026	0.0053	0.0362	0.0334	0.0362	0.0333	0.0253	0.0206	0.0253	0.0193
chr3L	17029670	17029821	chr3L:17029671-17029821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0216	0.0308	0.0114	0.0064	0.0228	0.0294	0.0286	0.0064	0.0362	0.0325	0.0362	0.0364	0.0123	0.0116	0.0123	0.0141
chr3L	17035382	17035545	chr3L:17035383-17035545	FBgn0036695,FBgn0261872	Papst2,scaf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0663	0.0944	0.0767	0.0403	0.0859	0.0692	0.0759	0.0403	0.1292	0.0958	0.1292	0.1115	0.0827	0.0671	0.0827	0.0995
chr3L	17035572	17035766	chr3L:17035573-17035766	FBgn0036695,FBgn0261872	Papst2,scaf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1377	0.1162	0.1642	0.1327	0.0721	0.151	0.1241	0.1346	0.0721	0.2186	0.1714	0.2186	0.1936	0.1394	0.1264	0.1394	0.1704
chr3L	17035818	17035994	chr3L:17035819-17035994	FBgn0036695,FBgn0261872	Papst2,scaf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1756	0.1636	0.2013	0.1607	0.1145	0.1898	0.1877	0.1885	0.1145	0.2681	0.2084	0.2681	0.2161	0.1815	0.1502	0.1815	0.2027
chr3L	17036079	17036230	chr3L:17036080-17036230	FBgn0036695,FBgn0261872	Papst2,scaf6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0632	0.0602	0.0731	0.0556	0.0308	0.0621	0.0783	0.07	0.0308	0.0924	0.0723	0.0924	0.0821	0.0666	0.0413	0.0666	0.0849
chr3L	17037639	17037790	chr3L:17037640-17037790	FBgn0036696	CG14057	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0456	0.0506	0.0343	0.0201	0.0471	0.0571	0.06	0.0201	0.0574	0.0527	0.0574	0.0596	0.0444	0.0361	0.0444	0.0485
chr3L	17037817	17038043	chr3L:17037818-17038043	FBgn0036696	CG14057	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0769	0.0769	0.0904	0.0622	0.0403	0.0898	0.0882	0.0933	0.0403	0.1159	0.0968	0.1159	0.1053	0.0796	0.0696	0.0796	0.0813
chr3L	17038055	17038246	chr3L:17038056-17038246	FBgn0036696	CG14057	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1057	0.1108	0.1118	0.0933	0.0721	0.1233	0.1302	0.1372	0.0721	0.154	0.1196	0.154	0.1108	0.1401	0.0948	0.1401	0.111
chr3L	17038396	17038547	chr3L:17038397-17038547	FBgn0036696	CG14057	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0293	0.0361	0.0266	0.0246	0.0233	0.0262	0.0606	0.0366	0.0233	0.0362	0.0309	0.0362	0.0287	0.0613	0.0226	0.0613	0.0146
chr3L	17038878	17039029	chr3L:17038879-17039029	FBgn0010424	TpnC73F	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0213	0.0125	0.017	0.0358	0.0032	0.0165	0.0173	0.0093	0.0032	0.0205	0.019	0.0205	0.0225	0.1332	0.0174	0.1332	0.0177
chr3L	17039110	17039261	chr3L:17039111-17039261	FBgn0010424	TpnC73F	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0201	0.0151	0.0147	0.0318	0.0011	0.0189	0.0199	0.018	0.0011	0.0211	0.0145	0.0211	0.0186	0.1286	0.0129	0.1286	0.0135
chr3L	17040774	17040925	chr3L:17040775-17040925	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0233	0.0142	0.0164	0.0409	0.0021	0.016	0.0221	0.0147	0.0021	0.0326	0.0116	0.0326	0.0232	0.1493	0.0219	0.1493	0.0182
chr3L	17042497	17042648	chr3L:17042498-17042648	FBgn0036697	rogdi	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0125	0.016	0.0281	0.0032	0.017	0.0151	0.0133	0.0032	0.0121	0.0219	0.0121	0.0186	0.0291	0.0709	0.0291	0.0208
chr3L	17043691	17043874	chr3L:17043692-17043874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0633	0.0459	0.0726	0.0726	0.0212	0.0568	0.0502	0.0553	0.0212	0.0592	0.0884	0.0592	0.0922	0.0919	0.0793	0.0919	0.0849
chr3L	17043940	17044118	chr3L:17043941-17044118	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.13	0.1149	0.1414	0.1344	0.0689	0.135	0.1298	0.1346	0.0689	0.1437	0.1672	0.1437	0.151	0.1462	0.1406	0.1462	0.1688
chr3L	17044248	17044417	chr3L:17044249-17044417	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1753	0.1616	0.1933	0.1709	0.105	0.1888	0.1795	0.2032	0.105	0.2373	0.2061	0.2373	0.2029	0.1822	0.1741	0.1822	0.211
chr3L	17044628	17044903	chr3L:17044629-17044903	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0627	0.0592	0.073	0.0554	0.0276	0.0655	0.077	0.064	0.0276	0.0918	0.073	0.0918	0.0821	0.0605	0.04	0.0605	0.0714
chr3L	17046139	17046420	chr3L:17046140-17046420	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0521	0.0263	0.0195	0.0276	0.034	0.0727	0.074	0.0276	0.0242	0.0277	0.0242	0.038	0.0161	0.0142	0.0161	0.0318
chr3L	17047023	17047174	chr3L:17047024-17047174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0167	0.0184	0.0252	0.0106	0.0194	0.0242	0.0133	0.0106	0.0175	0.0129	0.0175	0.0372	0.0191	0.011	0.0191	0.0532
chr3L	17048570	17048776	chr3L:17048571-17048776	FBgn0036698	CG7724	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0666	0.0715	0.0706	0.0568	0.0435	0.065	0.0826	0.1026	0.0435	0.0423	0.1225	0.0423	0.0488	0.0406	0.1335	0.0406	0.0542
chr3L	17048883	17049034	chr3L:17048884-17049034	FBgn0036698	CG7724	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.0275	0.0302	0.0262	0.0138	0.0243	0.0389	0.0353	0.0138	0.0175	0.0476	0.0175	0.0201	0.0138	0.0651	0.0138	0.0167
chr3L	17049895	17050186	chr3L:17049896-17050186	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0183	0.0244	0.0255	0.0064	0.0184	0.0251	0.022	0.0064	0.0181	0.0421	0.0181	0.0147	0.0054	0.0632	0.0054	0.0156
chr3L	17052313	17052464	chr3L:17052314-17052464	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.02	0.0248	0.0152	0.0199	0.0148	0.0184	0.0454	0.018	0.0148	0.0169	0.0167	0.0169	0.0139	0.0184	0.0174	0.0184	0.0146
chr3L	17065384	17065535	chr3L:17065385-17065535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0128	0.013	0.0119	0.0135	0.0095	0.0092	0.0242	0.0093	0.0095	0.0103	0.0164	0.0103	0.0163	0.0046	0.0097	0.0046	0.0276
chr3L	17089411	17089562	chr3L:17089412-17089562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0104	0.0092	0.0071	0.0152	0.0064	0.0063	0.0195	0.0047	0.0064	0.0121	0.0058	0.0121	0.0062	0.0038	0.0064	0.0038	0.0115
chr3L	17090803	17090954	chr3L:17090804-17090954	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0057	0.0039	0.0075	0.0011	0.0039	0.0108	0.0047	0.0011	0.0085	0.0016	0.0085	0.0023	0	0.0032	0	0.0042
chr3L	17092691	17092842	chr3L:17092692-17092842	distal	distal	none	none	VT32092.1	VT32092.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.009	0.0108	0.0057	0.0104	0.0074	0.0039	0.0234	0.0093	0.0074	0.0072	0.0035	0.0072	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chr3L	17096704	17096855	chr3L:17096705-17096855	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0057	0.0055	0.0092	0	0.0024	0.0134	0.0033	0	0.0072	0.0048	0.0072	0.0023	8e-04	0.0019	8e-04	0.0031
chr3L	17097995	17098146	chr3L:17097996-17098146	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0055	0.0077	0.0153	0.0032	0.0044	0.0104	0.0033	0.0032	0.0133	0.0048	0.0133	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0063
chr3L	17099470	17099621	chr3L:17099471-17099621	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0112	0.0121	0.0072	0.0146	0.0053	0.0063	0.0229	0.0127	0.0053	0.0066	0.0051	0.0066	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0047
chr3L	17099735	17099886	chr3L:17099736-17099886	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0094	0.0096	0.007	0.0118	0.0053	0.0049	0.0177	0.012	0.0053	0.0066	0.0055	0.0066	0.0046	8e-04	0.0019	8e-04	0.0026
chr3L	17106067	17106218	chr3L:17106068-17106218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0159	0.0103	0.0142	0.0238	0.0064	0.0087	0.0216	0.004	0.0064	0.0109	0.0096	0.0109	0.0085	0.0077	0.0052	0.0077	0.0115
chr3L	17106279	17106430	chr3L:17106280-17106430	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0157	0.009	0.0119	0.0274	0.0011	0.0063	0.0186	0.008	0.0011	0.0079	0.0061	0.0079	0.0039	0.0069	0.0039	0.0069	0.0099
chr3L	17106579	17106755	chr3L:17106580-17106755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0079	0.0113	0.0336	0.0011	0.0049	0.016	0.008	0.0011	0.0109	0.0045	0.0109	0.0054	0.0031	0.0071	0.0031	0.0083
chr3L	17107140	17107291	chr3L:17107141-17107291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0075	0.0077	0.0177	0.0074	0.0029	0.0147	0.006	0.0074	0.0079	0.0068	0.0079	0.0015	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chr3L	17107605	17107756	chr3L:17107606-17107756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0111	0.0063	0.0135	0.0074	0.0083	0.0182	0.01	0.0074	0.003	0.0051	0.003	0.0015	0.0031	0.0019	0.0031	0.0016
chr3L	17113966	17114155	chr3L:17113967-17114155	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0162	0.0345	0.0063	0.0065	0.0392	0.0092	0.0644	0.03	0.0392	0.0091	0.0058	0.0091	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0031
chr3L	17116123	17116274	chr3L:17116124-17116274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0141	0.0091	0.0146	0.0117	0.0083	0.0221	0.0167	0.0117	0.0139	0.0071	0.0139	0.0054	0.0084	0.0019	0.0084	0.0031
chr3L	17116745	17116896	chr3L:17116746-17116896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0138	0.0086	0.0116	0.0064	0.0058	0.0238	0.02	0.0064	0.0097	0.0061	0.0097	0.0062	0.0046	0.0039	0.0046	0.0047
chr3L	17117113	17117264	chr3L:17117114-17117264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0092	0.0072	0.0089	0.0085	0.0053	0.0164	0.008	0.0085	0.0079	0.0064	0.0079	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0047
chr3L	17123304	17123455	chr3L:17123305-17123455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0095	0.0063	0.0164	0.0053	0.0063	0.0164	0.0087	0.0053	0.0054	0.0058	0.0054	0.007	0.0015	0.0013	0.0015	0.0047
chr3L	17125843	17125994	chr3L:17125844-17125994	distal	distal	none	none	VT32110.1	VT32110.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0069	0.0072	0.0043	0.0095	0.0032	0.0024	0.016	0.0073	0.0032	0.003	0.0042	0.003	0.0039	0	0.0019	0	0.0031
chr3L	17129968	17130119	chr3L:17129969-17130119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0062	0.0069	0.0032	0.0089	0.0011	0.0063	0.0151	0.0027	0.0011	0.0024	0.0023	0.0024	0.0023	0.0015	0.0026	0.0015	0.0026
chr3L	17130314	17130465	chr3L:17130315-17130465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0079	0.0049	0.0084	0.0021	0.0049	0.0143	0.0073	0.0021	0.0072	0.0039	0.0072	0.0031	0.0038	0.0013	0.0038	0.0031
chr3L	17135047	17135198	chr3L:17135048-17135198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0074	0.0064	0.0044	0.0118	0.0032	0.0049	0.0134	0.004	0.0032	0.003	0.0051	0.003	0.0015	0.0061	0.0026	0.0061	0.0042
chr3L	17135480	17135631	chr3L:17135481-17135631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0069	0.0065	0.0037	0.011	0.0021	0.0044	0.0138	0.0053	0.0021	0.0054	0.0032	0.0054	0.0031	0.0038	0.0039	0.0038	0.0047
chr3L	17135804	17135955	chr3L:17135805-17135955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0071	0.0053	0.0093	0.0011	0.0029	0.0147	0.0073	0.0011	0.0079	0.0048	0.0079	0.0031	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chr3L	17139073	17139237	chr3L:17139074-17139237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0155	0.0318	0.0072	0.0064	0.0297	0.0121	0.0731	0.0133	0.0297	0.0097	0.0071	0.0097	0.0039	0.0015	0.0045	0.0015	0.0036
chr3L	17141020	17141371	chr3L:17141021-17141371	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0604	0.067	0.0551	0.0588	0.0551	0.0534	0.0965	0.0726	0.0551	0.0864	0.0498	0.0864	0.0232	0.013	0.0187	0.013	0.013
chr3L	17141906	17142057	chr3L:17141907-17142057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0166	0.0218	0.0297	0.0074	0.017	0.0251	0.0167	0.0074	0.035	0.017	0.035	0.0116	0.0092	0.0135	0.0092	0.0083
chr3L	17142120	17142271	chr3L:17142121-17142271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.017	0.0133	0.0211	0.0167	0.0053	0.0126	0.0225	0.0107	0.0053	0.0374	0.0164	0.0374	0.0132	0.0054	0.0077	0.0054	0.0068
chr3L	17142776	17143368	chr3L:17142777-17143368	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.129	0.1478	0.1374	0.0987	0.0986	0.1597	0.1773	0.1739	0.0986	0.2258	0.1158	0.2258	0.0767	0.0528	0.0239	0.0528	0.0318
chr3L	17147703	17147854	chr3L:17147704-17147854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0125	0.0077	0.0113	0.0192	0.0053	0.0044	0.0169	0.006	0.0053	0.0091	0.0077	0.0091	0.0147	8e-04	0.0039	8e-04	0.0125
chr3L	17149162	17149330	chr3L:17149163-17149330	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.012	0.0104	0.0231	0.0032	0.0107	0.0177	0.0147	0.0032	0.0066	0.0068	0.0066	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chr3L	17150719	17150870	chr3L:17150720-17150870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0135	0.0191	0.0152	0.0054	0.0085	0.0189	0.0247	0.022	0.0085	0.0417	0.0093	0.0417	0.0077	0.0038	0.0045	0.0038	0.0036
chr3L	17156572	17156723	chr3L:17156573-17156723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0082	0.0044	0.0107	0.0064	0.0058	0.0143	0.006	0.0064	0.006	0.0032	0.006	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr3L	17157121	17157272	chr3L:17157122-17157272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0096	0.012	0.0069	0.01	0.0021	0.0087	0.0247	0.01	0.0021	0.006	0.0055	0.006	0.0054	0.0023	0.0039	0.0023	0.0031
chr3L	17160884	17161035	chr3L:17160885-17161035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.007	0.0077	0.0056	0.0077	0.0053	0.0034	0.0169	0.0047	0.0053	0.006	0.0058	0.006	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr3L	17162920	17163071	chr3L:17162921-17163071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0126	0.0148	0.01	0.013	0.0064	0.0092	0.0294	0.0127	0.0064	0.0127	0.0087	0.0127	0.0046	0.0046	0.0045	0.0046	0.0068
chr3L	17168548	17168699	chr3L:17168549-17168699	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.005	0.0086	0.0146	0	0.0034	0.0125	0.002	0	0.0036	0.0084	0.0036	0.0062	0.0077	0.0052	0.0077	0.0068
chr3L	17169613	17169764	chr3L:17169614-17169764	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0041	0.0035	0.002	0.0071	0.0042	0.0015	0.0074	0.0013	0.0042	0.003	0.001	0.003	8e-04	0.0015	6e-04	0.0015	0.001
chr3L	17169841	17169992	chr3L:17169842-17169992	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0042	0.0041	0.0023	0.0065	0.0042	0.0015	0.0078	0.004	0.0042	0.0024	6e-04	0.0024	8e-04	0	0	0	0.0016
chr3L	17173259	17173410	chr3L:17173260-17173410	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0055	0.006	0.0075	0.0011	0.0049	0.0099	0.0047	0.0011	0.0079	0.0055	0.0079	0.007	0.0023	0.0045	0.0023	0.0026
chr3L	17173615	17173766	chr3L:17173616-17173766	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0061	0.0049	0.0075	0.0042	0.0044	0.0121	0.004	0.0042	0.0054	0.0045	0.0054	0.0039	0.0031	0	0.0031	0.0016
chr3L	17177090	17177241	chr3L:17177091-17177241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0072	0.0057	0.0095	0.0021	0.0044	0.0147	0.006	0.0021	0.0072	0.0058	0.0072	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chr3L	17182533	17182684	chr3L:17182534-17182684	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0036	0.0052	0.0153	0.0021	0.0034	0.0048	0.0033	0.0021	0.0054	0.0042	0.0054	0.0046	0.013	0.0032	0.013	0.0094
chr3L	17187790	17187941	chr3L:17187791-17187941	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0057	0.0061	0.0155	0.0011	0.0063	0.0112	0.002	0.0011	0.0079	0.0061	0.0079	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chr3L	17191782	17191933	chr3L:17191783-17191933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0105	0.0074	0.0086	0.016	0.0053	0.0019	0.0164	0.006	0.0053	0.0109	0.0055	0.0109	0.0116	0.0107	0.0052	0.0107	0.013
chr3L	17202055	17202206	chr3L:17202056-17202206	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0049	0.003	0.01	0.0064	0.0039	0.0078	0.0027	0.0064	0.0024	0.0029	0.0024	8e-04	0.0015	6e-04	0.0015	0.0021
chr3L	17204473	17204624	chr3L:17204474-17204624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.008	0.0077	0.0132	0.0021	0.0058	0.0134	0.01	0.0021	0.0072	0.008	0.0072	0.0085	0.0061	0.0077	0.0061	0.0083
chr3L	17204807	17205011	chr3L:17204808-17205011	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.031	0.0125	0.0183	0.0657	0.0085	0.0112	0.0221	0.008	0.0085	0.0133	0.0177	0.0133	0.0248	0.0658	0.0426	0.0658	0.0709
chr3L	17205561	17205712	chr3L:17205562-17205712	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0116	0.0113	0.0084	0.0153	0.0053	0.0029	0.0238	0.0113	0.0053	0.0121	0.0074	0.0121	0.0062	0.0046	0.0039	0.0046	0.0099
chr3L	17209716	17209867	chr3L:17209717-17209867	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0052	0.0062	0.0091	0.0021	0.0049	0.0104	0.002	0.0021	0.0066	0.0035	0.0066	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr3L	17211413	17211564	chr3L:17211414-17211564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.01	0.0081	0.0081	0.0141	0.0032	0.0058	0.0177	0.0047	0.0032	0.0097	0.0087	0.0097	0.0077	0.0413	0.0116	0.0413	0.0099
chr3L	17217675	17217826	chr3L:17217676-17217826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0066	0.0048	0.0089	0.0021	0.0058	0.0112	0.006	0.0021	0.0036	0.0039	0.0036	0.0031	0.0046	0.0013	0.0046	0.0031
chr3L	17218387	17218538	chr3L:17218388-17218538	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0047	0.0072	0.0148	0	0.0044	0.0104	0.0027	0	0.0115	0.0064	0.0115	0.0062	0.0168	0.0071	0.0168	0.0146
chr3L	17219790	17219941	chr3L:17219791-17219941	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0045	0.0057	0.0139	0.0011	0.0039	0.0082	0.004	0.0011	0.0048	0.0035	0.0048	0.0093	0.0069	0.0058	0.0069	0.0094
chr3L	17229999	17230211	chr3L:17230000-17230211	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0272	0.0338	0.0155	0.0326	0.0201	0.0214	0.0649	0.0247	0.0201	0.0133	0.0158	0.0133	0.0217	0.0368	0.0251	0.0368	0.0599
chr3L	17230260	17230443	chr3L:17230261-17230443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0431	0.0168	0.0182	0.0424	0.0301	0.0696	0.0393	0.0424	0.0193	0.0196	0.0193	0.0147	0.0245	0.0123	0.0245	0.0307
chr3L	17231276	17231477	chr3L:17231277-17231477	FBgn0260943	Rbp6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0806	0.0248	0.0693	0.1553	0.0064	0.0369	0.0346	0.02	0.0064	0.0767	0.0621	0.0767	0.1456	0.2106	0.1573	0.2106	0.2658
chr3L	17231483	17231634	chr3L:17231484-17231634	FBgn0260943	Rbp6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0579	0.0198	0.0407	0.1193	0.0064	0.0243	0.0298	0.016	0.0064	0.0368	0.035	0.0368	0.0922	0.1348	0.1289	0.1348	0.1944
chr3L	17235144	17235314	chr3L:17235145-17235314	FBgn0036702	CG6512	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1363	0.1211	0.16	0.1271	0.0954	0.1311	0.1501	0.1279	0.0954	0.2023	0.1736	0.2023	0.1549	0.1363	0.1373	0.1363	0.1449
chr3L	17235465	17235657	chr3L:17235466-17235657	FBgn0036702	CG6512	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1721	0.171	0.1931	0.1501	0.1326	0.1913	0.2076	0.1845	0.1326	0.256	0.2164	0.256	0.1596	0.1669	0.1683	0.1669	0.1813
chr3L	17238819	17239008	chr3L:17238820-17239008	FBgn0264462	CR43870	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0751	0.0425	0.0308	0.0573	0.0617	0.1211	0.0693	0.0573	0.0562	0.0428	0.0562	0.0674	0.0482	0.0322	0.0482	0.0459
chr3L	17247397	17247637	chr3L:17247398-17247637	FBgn0036704	CG6497	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.0702	0.0668	0.0753	0.0456	0.0777	0.0714	0.0979	0.0456	0.0616	0.0817	0.0616	0.0596	0.0505	0.0954	0.0505	0.0782
chr3L	17247759	17247910	chr3L:17247760-17247910	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0364	0.0287	0.0212	0.0255	0.0335	0.0493	0.042	0.0255	0.0254	0.0302	0.0254	0.0341	0.0115	0.0277	0.0115	0.0281
chr3L	17249079	17249230	chr3L:17249080-17249230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0206	0.0108	0.0102	0.0127	0.0155	0.0285	0.03	0.0127	0.0115	0.0113	0.0115	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.0021
chr3L	17252762	17252913	chr3L:17252763-17252913	FBgn0264466	CR43874	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0115	0.0079	0.0185	0.0078	0.0032	0.0102	0.0112	0.0067	0.0032	0.0586	0.0096	0.0586	0.0077	0.0199	0.0045	0.0199	0.0042
chr3L	17260178	17260329	chr3L:17260179-17260329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0089	0.0088	0.0115	0.006	0.0032	0.0078	0.0177	0.0047	0.0032	0.0368	0.0061	0.0368	0.0046	0.0069	0.0071	0.0069	0.0026
chr3L	17262709	17262906	chr3L:17262710-17262906	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0357	0.0543	0.0199	0.0322	0.0414	0.0403	0.0549	0.0913	0.0414	0.0254	0.0158	0.0254	0.007	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr3L	17263062	17263213	chr3L:17263063-17263213	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0192	0.0104	0.0114	0.0074	0.016	0.0268	0.026	0.0074	0.0193	0.008	0.0193	0.0054	0.0031	0	0.0031	0.0031
chr3L	17271839	17271990	chr3L:17271840-17271990	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0065	0.0069	0.0097	0.0021	0.0063	0.013	0.0027	0.0021	0.0079	0.008	0.0079	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0036
chr3L	17278836	17278987	chr3L:17278837-17278987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0081	0.0067	0.0078	0.0042	0.0049	0.0117	0.012	0.0042	0.0091	0.0042	0.0091	0.0046	0.0015	6e-04	0.0015	0.0026
chr3L	17292914	17293065	chr3L:17292915-17293065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0069	0.0051	0.0123	0.0042	0.0044	0.0143	0.0033	0.0042	0.0085	0.0035	0.0085	0.0023	0.0015	0.0019	0.0015	0.0026
chr3L	17293384	17293535	chr3L:17293385-17293535	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.007	0.0056	0.0075	0.0042	0.0044	0.0104	0.0087	0.0042	0.0042	0.0064	0.0042	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chr3L	17306090	17306241	chr3L:17306091-17306241	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0093	0.007	0.0079	0.0135	0.0064	0.0058	0.0112	0.0053	0.0064	0.0085	0.0074	0.0085	0.0062	0.0031	0.0045	0.0031	0.0068
chr3L	17309471	17309622	chr3L:17309472-17309622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0073	0.0074	0.0071	0.0074	0.0053	0.0024	0.0173	0.0047	0.0053	0.0066	0.0064	0.0066	0.0093	0.0023	0.0032	0.0023	0.0026
chr3L	17332038	17332189	chr3L:17332039-17332189	FBgn0036710	CG6479	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.0515	0.0723	0.0425	0.0201	0.0617	0.0627	0.0606	0.0201	0.096	0.0768	0.096	0.0666	0.049	0.0438	0.049	0.0552
chr3L	17332325	17332512	chr3L:17332326-17332512	FBgn0036710	CG6479	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1313	0.1244	0.1561	0.1118	0.0933	0.1461	0.1349	0.1479	0.0933	0.1981	0.1736	0.1981	0.1518	0.1133	0.1244	0.1133	0.1412
chr3L	17332950	17333162	chr3L:17332951-17333162	FBgn0052173	tRNA:CR32173	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0689	0.0895	0.0709	0.0437	0.0721	0.0893	0.0969	0.1206	0.0721	0.0882	0.0736	0.0882	0.0883	0.0314	0.0496	0.0314	0.0886
chr3L	17336981	17337250	chr3L:17336982-17337250	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0341	0.0166	0.0088	0.0329	0.0121	0.0653	0.0333	0.0329	0.0133	0.0199	0.0133	0.0194	0.01	0.009	0.01	0.0099
chr3L	17339590	17339741	chr3L:17339591-17339741	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.007	0.0052	0.0095	0.0053	0.0063	0.0104	0.006	0.0053	0.0042	0.0058	0.0042	0.0015	0.0023	0.0045	0.0023	0.0021
chr3L	17342822	17343055	chr3L:17342823-17343055	FBgn0036713	Mip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.038	0.0512	0.0324	0.0295	0.0371	0.0393	0.0817	0.046	0.0371	0.0393	0.0318	0.0393	0.0178	0.0115	0.0142	0.0115	0.0167
chr3L	17344760	17344954	chr3L:17344761-17344954	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0527	0.0279	0.0363	0.0403	0.0485	0.0675	0.066	0.0403	0.0272	0.0325	0.0272	0.0372	0.0521	0.0342	0.0521	0.0568
chr3L	17344996	17345184	chr3L:17344997-17345184	FBgn0036714	CG7692	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0336	0.0384	0.0294	0.0327	0.0255	0.033	0.0493	0.0453	0.0255	0.029	0.0338	0.029	0.0418	0.0444	0.0368	0.0444	0.0448
chr3L	17345186	17345353	chr3L:17345187-17345353	FBgn0036714	CG7692	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0321	0.0365	0.0294	0.0302	0.0308	0.034	0.042	0.046	0.0308	0.0338	0.0302	0.0338	0.0411	0.049	0.0284	0.049	0.0391
chr3L	17346017	17346201	chr3L:17346018-17346201	FBgn0036714	CG7692	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1598	0.16	0.1782	0.1394	0.1304	0.1519	0.2007	0.1859	0.1304	0.2258	0.1913	0.2258	0.1673	0.1593	0.1438	0.1593	0.1459
chr3L	17346343	17346494	chr3L:17346344-17346494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0503	0.0603	0.0565	0.0323	0.0308	0.0534	0.0835	0.074	0.0308	0.0658	0.0624	0.0658	0.0426	0.0268	0.0271	0.0268	0.0375
chr3L	17346559	17346710	chr3L:17346560-17346710	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0417	0.0303	0.0139	0.0265	0.032	0.0597	0.0506	0.0265	0.032	0.0325	0.032	0.0225	0.0107	0.0181	0.0107	0.0109
chr3L	17351701	17351852	chr3L:17351702-17351852	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0177	0.0176	0.0255	0.0117	0.0165	0.0229	0.0253	0.0117	0.0121	0.0125	0.0121	0.0116	0.0084	0.0071	0.0084	0.0068
chr3L	17352560	17352713	chr3L:17352561-17352713	FBgn0015550	tap	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0442	0.0242	0.0546	0.0553	0.0032	0.0248	0.0277	0.0433	0.0032	0.029	0.0225	0.029	0.0116	0.0069	0.0129	0.0069	0.0182
chr3L	17354912	17355367	chr3L:17354913-17355367	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.081	0.094	0.0959	0.0501	0.0265	0.0786	0.0718	0.2245	0.0265	0.064	0.0923	0.064	0.024	0.01	0.0206	0.01	0.0141
chr3L	17356021	17356402	chr3L:17356022-17356402	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0493	0.0634	0.052	0.0305	0.0223	0.0471	0.0562	0.1459	0.0223	0.0229	0.0434	0.0229	0.0101	0.0054	0.0064	0.0054	0.0063
chr3L	17357192	17357419	chr3L:17357193-17357419	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0441	0.0538	0.0491	0.0277	0.0212	0.065	0.0437	0.0919	0.0212	0.0229	0.0447	0.0229	0.0178	0.0069	0.0129	0.0069	0.0068
chr3L	17358304	17358455	chr3L:17358305-17358455	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0194	0.0198	0.021	0.0074	0.0165	0.0281	0.024	0.0074	0.0109	0.018	0.0109	0.0015	0.0069	0.0064	0.0069	0.0063
chr3L	17359034	17359185	chr3L:17359035-17359185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0292	0.0266	0.0106	0.017	0.0218	0.0394	0.046	0.017	0.0121	0.0186	0.0121	0.0132	0.0023	0.0071	0.0023	0.0047
chr3L	17360002	17360391	chr3L:17360003-17360391	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0757	0.0776	0.0947	0.0526	0.0477	0.0636	0.0986	0.1126	0.0477	0.0616	0.0772	0.0616	0.0194	0.0123	0.0232	0.0123	0.0167
chr3L	17367834	17367985	chr3L:17367835-17367985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.014	0.0166	0.0248	0.0064	0.015	0.0177	0.018	0.0064	0.0139	0.0215	0.0139	0.017	0.0115	0.0696	0.0115	0.0219
chr3L	17368310	17368461	chr3L:17368311-17368461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.024	0.0183	0.026	0.028	0.0095	0.0214	0.0195	0.0273	0.0095	0.0175	0.0357	0.0175	0.0287	0.0199	0.0645	0.0199	0.0234
chr3L	17368646	17368842	chr3L:17368647-17368842	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0329	0.027	0.0343	0.0379	0.0106	0.0316	0.0272	0.046	0.0106	0.0163	0.0405	0.0163	0.0341	0.0276	0.0638	0.0276	0.0334
chr3L	17371445	17371704	chr3L:17371446-17371704	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0405	0.0825	0.0232	0.0124	0.052	0.0748	0.0865	0.1379	0.052	0.0103	0.0357	0.0103	0.0186	0.0084	0.0271	0.0084	0.0099
chr3L	17372132	17372326	chr3L:17372133-17372326	FBgn0036715	Cad74A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0535	0.1056	0.0376	0.0128	0.1007	0.0573	0.1237	0.1772	0.1007	0.0151	0.0617	0.0151	0.0256	0.0077	0.0342	0.0077	0.0073
chr3L	17372535	17372836	chr3L:17372536-17372836	FBgn0036715	Cad74A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1681	0.2312	0.1928	0.0706	0.2238	0.1956	0.2504	0.3451	0.2238	0.0417	0.3447	0.0417	0.1565	0.0138	0.2231	0.0138	0.037
chr3L	17375197	17375353	chr3L:17375198-17375353	FBgn0036716	CG13728	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0161	0.0203	0.0114	0.0053	0.018	0.0208	0.0193	0.0053	0.0085	0.0141	0.0085	0.0527	0.0038	0.0077	0.0038	0.0281
chr3L	17381760	17381984	chr3L:17381761-17381984	FBgn0036717	CG13731	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0179	0.0304	0.0121	0.0104	0.017	0.015	0.048	0.0486	0.017	0.0103	0.0183	0.0103	0.0062	0.0031	0.0284	0.0031	0.0042
chr3L	17382131	17382282	chr3L:17382132-17382282	FBgn0036717	CG13731	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.013	0.0127	0.0174	0.0021	0.0112	0.0212	0.016	0.0021	0.0072	0.0241	0.0072	0.007	0.0015	0.0619	0.0015	0.0073
chr3L	17385643	17385794	chr3L:17385644-17385794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0207	0.0121	0.013	0.0053	0.0136	0.0342	0.0273	0.0053	0.0079	0.0212	0.0079	0.0039	0	0.0458	0	0.0052
chr3L	17387402	17387553	chr3L:17387403-17387553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0131	0.0193	0.0109	0.0085	0.0159	0.0097	0.0277	0.0266	0.0159	0.0072	0.0177	0.0072	0.0085	0.0023	0.029	0.0023	0.0042
chr3L	17387730	17387881	chr3L:17387731-17387881	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0269	0.0166	0.0156	0.0201	0.0141	0.0381	0.0406	0.0201	0.0127	0.0244	0.0127	0.0139	0.0092	0.0496	0.0092	0.0063
chr3L	17387932	17388083	chr3L:17387933-17388083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0211	0.0138	0.0138	0.0148	0.0131	0.0242	0.0346	0.0148	0.0109	0.0222	0.0109	0.0077	0.0069	0.0393	0.0069	0.0115
chr3L	17389877	17390028	chr3L:17389878-17390028	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0153	0.0279	0.0112	0.0058	0.0148	0.0131	0.0359	0.0473	0.0148	0.0079	0.0177	0.0079	0.0101	0.0061	0.0116	0.0061	0.0047
chr3L	17390218	17390369	chr3L:17390219-17390369	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0167	0.0333	0.0102	0.0054	0.0212	0.0146	0.0441	0.0593	0.0212	0.0072	0.0154	0.0072	0.0085	0.0054	0.0135	0.0054	0.0016
chr3L	17391442	17391593	chr3L:17391443-17391593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0152	0.0297	0.0099	0.0049	0.0191	0.0155	0.0407	0.0493	0.0191	0.0079	0.0161	0.0079	0.0054	0.0031	0.009	0.0031	0.0036
chr3L	17397602	17397814	chr3L:17397603-17397814	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0334	0.0376	0.055	0.0212	0.0306	0.0385	0.0466	0.0212	0.0199	0.0643	0.0199	0.0364	0.0069	0.1896	0.0069	0.0344
chr3L	17398179	17398330	chr3L:17398180-17398330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0204	0.0258	0.0151	0.0202	0.0127	0.0184	0.0346	0.0353	0.0127	0.0085	0.0251	0.0085	0.0124	0.0015	0.0671	0.0015	0.0135
chr3L	17400329	17400572	chr3L:17400330-17400572	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0891	0.1042	0.0982	0.0622	0.0838	0.0971	0.1241	0.1372	0.0838	0.099	0.1267	0.099	0.0891	0.0689	0.1038	0.0689	0.0677
chr3L	17400626	17401088	chr3L:17400627-17401088	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1393	0.2021	0.142	0.066	0.1718	0.1209	0.2751	0.2905	0.1718	0.0821	0.2457	0.0821	0.0868	0.0567	0.1431	0.0567	0.0563
chr3L	17405606	17405801	chr3L:17405607-17405801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0447	0.0613	0.047	0.0237	0.035	0.0442	0.0878	0.0873	0.035	0.0399	0.0633	0.0399	0.0612	0.049	0.0309	0.049	0.0208
chr3L	17408868	17409173	chr3L:17408869-17409173	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1713	0.2895	0.1765	0.0336	0.2863	0.2053	0.3685	0.3937	0.2863	0.0483	0.2997	0.0483	0.1859	0.0145	0.0825	0.0145	0.0198
chr3L	17409345	17409652	chr3L:17409346-17409652	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1669	0.3028	0.1529	0.0304	0.315	0.1917	0.4113	0.4017	0.315	0.0344	0.2579	0.0344	0.1464	0.0145	0.0703	0.0145	0.0151
chr3L	17410514	17410665	chr3L:17410515-17410665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0367	0.0439	0.0492	0.0149	0.018	0.033	0.0532	0.0766	0.018	0.0115	0.0977	0.0115	0.0263	0.0054	0.0445	0.0054	0.0089
chr3L	17411771	17411922	chr3L:17411772-17411922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0386	0.0425	0.0178	0.0233	0.0311	0.0545	0.052	0.0233	0.0193	0.074	0.0193	0.0248	0.0115	0.0348	0.0115	0.012
chr3L	17414124	17414333	chr3L:17414125-17414333	FBgn0027660	blot	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0204	0.044	0.057	0.0064	0.0243	0.026	0.0273	0.0064	0.0157	0.0756	0.0157	0.0395	0.0436	0.1425	0.0436	0.05
chr3L	17414549	17414717	chr3L:17414550-17414717	FBgn0027660	blot	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0219	0.0391	0.1128	0.0159	0.0267	0.0294	0.0167	0.0159	0.0242	0.0537	0.0242	0.055	0.1095	0.1805	0.1095	0.1714
chr3L	17418249	17418428	chr3L:17418250-17418428	FBgn0040793,FBgn0086475	CG7630,sec3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1527	0.1408	0.1805	0.1356	0.0954	0.167	0.1561	0.1706	0.0954	0.2041	0.2006	0.2041	0.1851	0.1309	0.158	0.1309	0.1574
chr3L	17418483	17418661	chr3L:17418484-17418661	FBgn0040793,FBgn0086475	CG7630,sec3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1705	0.1646	0.1994	0.1454	0.1135	0.1937	0.1925	0.1839	0.1135	0.2434	0.2212	0.2434	0.1913	0.147	0.1612	0.147	0.1735
chr3L	17418712	17418863	chr3L:17418713-17418863	FBgn0040793,FBgn0086475	CG7630,sec3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.076	0.0937	0.0641	0.0361	0.084	0.0999	0.0913	0.0361	0.1135	0.1026	0.1135	0.1038	0.0758	0.0567	0.0758	0.0818
chr3L	17419973	17420124	chr3L:17419974-17420124	FBgn0053051	CG33051	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0673	0.0758	0.0792	0.0448	0.0509	0.0714	0.1029	0.0833	0.0509	0.0882	0.0923	0.0882	0.0868	0.0536	0.0458	0.0536	0.0662
chr3L	17420188	17420369	chr3L:17420189-17420369	FBgn0053051	CG33051	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1285	0.1372	0.0997	0.0986	0.1364	0.1574	0.1499	0.0986	0.1703	0.1524	0.1703	0.1402	0.1179	0.109	0.1179	0.1339
chr3L	17421590	17421800	chr3L:17421591-17421800	FBgn0053052	CG33052	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.083	0.0732	0.0963	0.0792	0.0424	0.0845	0.0848	0.0933	0.0424	0.1196	0.0942	0.1196	0.1255	0.0735	0.0716	0.0735	0.1704
chr3L	17421842	17422033	chr3L:17421843-17422033	FBgn0053052	CG33052	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.1147	0.1414	0.0992	0.0901	0.1316	0.1324	0.1386	0.0901	0.1812	0.1502	0.1812	0.1642	0.1279	0.1161	0.1279	0.1631
chr3L	17422084	17422283	chr3L:17422085-17422283	FBgn0053052	CG33052	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1232	0.1118	0.1503	0.1061	0.0689	0.1413	0.1298	0.1292	0.0689	0.1926	0.1633	0.1926	0.1751	0.1447	0.1167	0.1447	0.174
chr3L	17422326	17422538	chr3L:17422327-17422538	FBgn0053052	CG33052	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0801	0.0649	0.1004	0.0749	0.0318	0.0811	0.0839	0.0666	0.0318	0.1371	0.099	0.1371	0.1232	0.1179	0.0851	0.1179	0.1042
chr3L	17423678	17423829	chr3L:17423679-17423829	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0383	0.0354	0.0442	0.0352	0.0233	0.0364	0.0476	0.0413	0.0233	0.0338	0.0579	0.0338	0.0573	0.0368	0.0651	0.0368	0.0375
chr3L	17426213	17426386	chr3L:17426214-17426386	FBgn0042641,FBgn0052174	CG32174,frc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1903	0.1857	0.2121	0.1716	0.1506	0.2102	0.1998	0.2312	0.1506	0.2566	0.2215	0.2566	0.2215	0.2136	0.158	0.2136	0.2137
chr3L	17426649	17426820	chr3L:17426650-17426820	FBgn0042641,FBgn0052174,FBgn0052176	CG32174,CG32176,frc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1834	0.1684	0.2102	0.1707	0.1262	0.1937	0.1847	0.2025	0.1262	0.2458	0.2283	0.2458	0.213	0.1937	0.167	0.1937	0.2116
chr3L	17426867	17427045	chr3L:17426868-17427045	FBgn0052174,FBgn0052176	CG32174,CG32176	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.132	0.117	0.1585	0.1196	0.0753	0.1316	0.1289	0.1499	0.0753	0.1914	0.1759	0.1914	0.1487	0.1348	0.1186	0.1348	0.147
chr3L	17431680	17432031	chr3L:17431681-17432031	FBgn0036725	CG18265	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.048	0.0277	0.0433	0.0758	0.018	0.0286	0.0359	0.0333	0.018	0.026	0.0395	0.026	0.0411	0.0123	0.0142	0.0123	0.0495
chr3L	17432295	17432542	chr3L:17432296-17432542	FBgn0036725	CG18265	stage14	none	VT32272.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0188	0.0302	0.0707	0.0064	0.0243	0.0238	0.0187	0.0064	0.0211	0.0238	0.0211	0.0186	0.0191	0.0206	0.0191	0.0307
chr3L	17434840	17434991	chr3L:17434841-17434991	distal	distal	stage14	stage14	VT32273.1	VT32273.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.02	0.0122	0.0103	0.0393	0.0032	0.0097	0.0251	0.0073	0.0032	0.0036	0.0096	0.0036	0.0031	0.0031	0.0019	0.0031	0.0188
chr3L	17435225	17435376	chr3L:17435226-17435376	distal	distal	stage14	stage14	VT32273.1	VT32273.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0106	0.0118	0.0422	0.0095	0.0068	0.0164	0.014	0.0095	0.0072	0.0084	0.0072	0.0077	0.0061	0.0064	0.0061	0.0167
chr3L	17435490	17435641	chr3L:17435491-17435641	distal	distal	none	none	VT32273.1	VT32273.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0191	0.0232	0.0375	0.0127	0.0175	0.0294	0.018	0.0127	0.0091	0.0212	0.0091	0.0263	0.01	0.011	0.01	0.024
chr3L	17435694	17435985	chr3L:17435695-17435985	distal	distal	stage11	stage11	VT32273.1	VT32273.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0388	0.0274	0.0357	0.055	0.0085	0.0277	0.0458	0.0227	0.0085	0.0151	0.0277	0.0151	0.0403	0.0184	0.02	0.0184	0.0443
chr3L	17437901	17438052	chr3L:17437902-17438052	distal	distal	none	none	VT32275.1	VT32275.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0136	0.0235	0.0276	0.0085	0.0136	0.0216	0.0113	0.0085	0.0187	0.0273	0.0187	0.0124	0.0046	0.0058	0.0046	0.0094
chr3L	17438785	17438999	chr3L:17438786-17438999	distal	distal	none	none	VT32275.1	VT32275.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0452	0.0568	0.0541	0.0224	0.0276	0.0388	0.0982	0.0646	0.0276	0.0242	0.0656	0.0242	0.0325	0.0038	0.0155	0.0038	0.0167
chr3L	17439133	17439524	chr3L:17439134-17439524	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT32275.1	VT32275.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1226	0.1193	0.1637	0.0812	0.0636	0.1379	0.1401	0.1466	0.0636	0.1021	0.1756	0.1021	0.1797	0.0299	0.06	0.0299	0.098
chr3L	17440612	17440763	chr3L:17440613-17440763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0162	0.0213	0.0305	0.0011	0.0146	0.0255	0.0207	0.0011	0.0115	0.0206	0.0115	0.0217	0.0054	0.0013	0.0054	0.0083
chr3L	17441456	17441607	chr3L:17441457-17441607	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0069	0.011	0.0203	0.0032	0.0102	0.0099	0.0033	0.0032	0.0036	0.0061	0.0036	0.0217	0.0038	0.0032	0.0038	0.0073
chr3L	17448649	17448939	chr3L:17448650-17448939	distal	distal	none	none	VT32278.1	VT32278.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0347	0.0206	0.0533	0.0302	0.0042	0.0335	0.0221	0.0207	0.0042	0.0181	0.0534	0.0181	0.0767	0.0077	0.0123	0.0077	0.0573
chr3L	17449317	17449500	chr3L:17449318-17449500	distal	distal	none	none	VT32278.1	VT32278.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0161	0.0279	0.0196	0.0074	0.0184	0.0234	0.0167	0.0074	0.0103	0.0122	0.0103	0.0225	0.0046	0.0026	0.0046	0.0094
chr3L	17450734	17450885	chr3L:17450735-17450885	distal	distal	none	none	VT32279.1	VT32279.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0135	0.0202	0.0269	0.0042	0.0112	0.0221	0.0153	0.0042	0.0127	0.0138	0.0127	0.0186	0.0046	0.0052	0.0046	0.0099
chr3L	17451099	17451250	chr3L:17451100-17451250	distal	distal	none	none	VT32279.1	VT32279.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0155	0.0312	0.029	0.0095	0.0146	0.0247	0.0167	0.0095	0.0163	0.0235	0.0163	0.038	0.0084	0.0071	0.0084	0.012
chr3L	17452408	17452559	chr3L:17452409-17452559	distal	distal	none	none	VT32280.1	VT32280.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0155	0.0264	0.0191	0.0074	0.0218	0.0221	0.0113	0.0074	0.0175	0.0135	0.0175	0.0163	0.0031	0.0064	0.0031	0.0083
chr3L	17453185	17453409	chr3L:17453186-17453409	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT32280.1,VT32281.1	VT32280.1,VT32281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.043	0.0344	0.0481	0.0471	0.0117	0.0466	0.045	0.0326	0.0117	0.0507	0.0444	0.0507	0.0287	0.0046	0.0103	0.0046	0.0167
chr3L	17453769	17453920	chr3L:17453770-17453920	distal	distal	stage14	stage14	VT32281.1	VT32281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0116	0.0157	0.0331	0.0032	0.0131	0.0177	0.01	0.0032	0.0115	0.0109	0.0115	0.0132	0.0077	0.0032	0.0077	0.0141
chr3L	17456601	17456937	chr3L:17456602-17456937	distal	distal	stage11	stage11	VT32282.1	VT32282.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0589	0.0446	0.0853	0.0458	0.0148	0.0748	0.0523	0.026	0.0148	0.0519	0.0624	0.0519	0.172	0.0253	0.0239	0.0253	0.0641
chr3L	17457028	17457179	chr3L:17457029-17457179	distal	distal	none	none	VT32282.1	VT32282.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.0217	0.0326	0.0167	0.0053	0.0277	0.032	0.0147	0.0053	0.0193	0.0212	0.0193	0.0356	0.0054	0.0084	0.0054	0.0141
chr3L	17457420	17457571	chr3L:17457421-17457571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0188	0.0231	0.0138	0.0074	0.0252	0.0212	0.018	0.0074	0.0103	0.0141	0.0103	0.0201	0.0046	0.0026	0.0046	0.0089
chr3L	17457724	17457875	chr3L:17457725-17457875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0202	0.0232	0.0139	0.0074	0.0218	0.0247	0.024	0.0074	0.0163	0.0174	0.0163	0.024	0.0046	0.0058	0.0046	0.0094
chr3L	17458960	17459170	chr3L:17458961-17459170	FBgn0036726	CG7603	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1259	0.1264	0.1443	0.1053	0.087	0.1345	0.1527	0.1559	0.087	0.1806	0.1531	0.1806	0.1379	0.1187	0.0961	0.1187	0.1204
chr3L	17459211	17459375	chr3L:17459212-17459375	FBgn0036726	CG7603	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0708	0.0849	0.0542	0.0488	0.0733	0.0843	0.0886	0.0488	0.1045	0.0904	0.1045	0.0906	0.0597	0.0451	0.0597	0.0719
chr3L	17459431	17459729	chr3L:17459432-17459729	FBgn0036726	CG7603	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0588	0.0605	0.043	0.0286	0.0641	0.0865	0.054	0.0286	0.0737	0.0627	0.0737	0.0643	0.0391	0.0458	0.0391	0.0589
chr3L	17463240	17463452	chr3L:17463241-17463452	FBgn0036727	CG7589	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0273	0.0279	0.0294	0.0085	0.0291	0.0433	0.0273	0.0085	0.0193	0.0254	0.0193	0.0682	0.0168	0.0239	0.0168	0.0688
chr3L	17468025	17468218	chr3L:17468026-17468218	FBgn0036728	CG7580	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1848	0.1519	0.2208	0.182	0.0965	0.183	0.1683	0.1845	0.0965	0.2651	0.2476	0.2651	0.2239	0.1853	0.1896	0.1853	0.2236
chr3L	17468358	17468533	chr3L:17468359-17468533	FBgn0036728	CG7580	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0792	0.0679	0.0938	0.0758	0.035	0.0791	0.0783	0.0833	0.035	0.1057	0.1051	0.1057	0.0984	0.0865	0.0819	0.0865	0.0912
chr3L	17468544	17468931	chr3L:17468545-17468931	FBgn0085279	CG34250	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1096	0.0904	0.1352	0.1029	0.0583	0.1024	0.1068	0.1053	0.0583	0.1709	0.1376	0.1709	0.1379	0.1187	0.1103	0.1187	0.1287
chr3L	17468966	17469164	chr3L:17468967-17469164	FBgn0085279	CG34250	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1102	0.0851	0.1313	0.1149	0.0615	0.0966	0.0986	0.1026	0.0615	0.1649	0.1373	0.1649	0.1464	0.1233	0.1148	0.1233	0.1391
chr3L	17469233	17469431	chr3L:17469234-17469431	FBgn0085279	CG34250	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1099	0.1734	0.1452	0.0732	0.1272	0.1233	0.1266	0.0732	0.2011	0.199	0.2011	0.1758	0.1616	0.1509	0.1616	0.1709
chr3L	17469561	17469813	chr3L:17469562-17469813	FBgn0085279	CG34250	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0636	0.0431	0.0777	0.071	0.0148	0.0563	0.0502	0.0486	0.0148	0.087	0.0871	0.087	0.0821	0.075	0.0754	0.075	0.0917
chr3L	17478156	17478327	chr3L:17478157-17478327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0335	0.0186	0.0373	0.0461	0.0032	0.0277	0.0221	0.0153	0.0032	0.0302	0.0228	0.0302	0.1162	0.0222	0.0135	0.0222	0.135
chr3L	17478567	17478747	chr3L:17478568-17478747	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0439	0.0196	0.0506	0.0638	0.0053	0.0316	0.0251	0.0133	0.0053	0.0326	0.0264	0.0326	0.1828	0.0299	0.0187	0.0299	0.1834
chr3L	17480192	17480429	chr3L:17480193-17480429	FBgn0036732	Oatp74D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1987	0.1436	0.2425	0.2122	0.0891	0.2053	0.1185	0.1845	0.0891	0.3249	0.2646	0.3249	0.2618	0.2642	0.2398	0.2642	0.2413
chr3L	17480542	17480786	chr3L:17480543-17480786	FBgn0036732	Oatp74D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2385	0.2139	0.2891	0.2106	0.158	0.2888	0.1877	0.2705	0.158	0.3738	0.3315	0.3738	0.2881	0.2435	0.236	0.2435	0.2569
chr3L	17481811	17482022	chr3L:17481812-17482022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0583	0.0275	0.0736	0.076	0.0074	0.0451	0.0285	0.024	0.0074	0.0767	0.0932	0.0767	0.1061	0.1194	0.098	0.1194	0.1027
chr3L	17482068	17482282	chr3L:17482069-17482282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0539	0.0363	0.0662	0.06	0.018	0.0563	0.0363	0.0313	0.018	0.0598	0.0711	0.0598	0.1317	0.0858	0.0625	0.0858	0.1001
chr3L	17486440	17486591	chr3L:17486441-17486591	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0254	0.0211	0.0231	0.0327	0.0095	0.0272	0.0277	0.0173	0.0095	0.0109	0.0312	0.0109	0.0372	0.0368	0.0574	0.0368	0.0412
chr3L	17486956	17487138	chr3L:17486957-17487138	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0396	0.0223	0.032	0.0673	0.0032	0.0277	0.0342	0.0173	0.0032	0.0223	0.0341	0.0223	0.072	0.0345	0.0729	0.0345	0.1532
chr3L	17487197	17487348	chr3L:17487198-17487348	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0305	0.0155	0.0227	0.0558	0.0042	0.018	0.0238	0.0127	0.0042	0.0163	0.0225	0.0163	0.0519	0.0276	0.0741	0.0276	0.1136
chr3L	17488439	17488632	chr3L:17488440-17488632	FBgn0052185	edin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0214	0.0466	0.0439	0.0032	0.0272	0.0277	0.0213	0.0032	0.0374	0.0469	0.0374	0.0984	0.0574	0.0264	0.0574	0.0844
chr3L	17488829	17489251	chr3L:17488830-17489251	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1023	0.0628	0.1368	0.1085	0.0265	0.0777	0.0688	0.0786	0.0265	0.1341	0.1534	0.1341	0.1913	0.1286	0.0716	0.1286	0.1871
chr3L	17489418	17489644	chr3L:17489419-17489644	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0654	0.0844	0.0766	0.0318	0.0477	0.0631	0.112	0.1259	0.0477	0.038	0.1392	0.038	0.0503	0.0268	0.0664	0.0268	0.0318
chr3L	17493010	17493161	chr3L:17493011-17493161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0097	0.0123	0.0253	0.0042	0.0112	0.0134	0.008	0.0042	0.0103	0.0116	0.0103	0.0116	0.0138	0.011	0.0138	0.0151
chr3L	17493735	17493933	chr3L:17493736-17493933	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0475	0.0428	0.0319	0.035	0.0422	0.074	0.0426	0.035	0.032	0.035	0.032	0.0728	0.0444	0.0232	0.0444	0.0485
chr3L	17497137	17497288	chr3L:17497138-17497288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0166	0.0182	0.0162	0.0153	0.0159	0.0146	0.0247	0.0233	0.0159	0.0121	0.0206	0.0121	0.0209	0.0054	0.0297	0.0054	0.0208
chr3L	17497496	17497647	chr3L:17497497-17497647	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0272	0.0179	0.0125	0.0159	0.0189	0.0493	0.0227	0.0159	0.0169	0.0244	0.0169	0.0132	0.0077	0.0219	0.0077	0.0141
chr3L	17498302	17498453	chr3L:17498303-17498453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0225	0.0325	0.0194	0.0148	0.0127	0.0194	0.0649	0.028	0.0127	0.0109	0.0289	0.0109	0.0209	0.0077	0.0264	0.0077	0.0224
chr3L	17498478	17498629	chr3L:17498479-17498629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0201	0.0258	0.0195	0.0142	0.0074	0.015	0.051	0.026	0.0074	0.0109	0.0254	0.0109	0.0318	0.0046	0.0187	0.0046	0.0281
chr3L	17500146	17500297	chr3L:17500147-17500297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0166	0.0165	0.0185	0.0064	0.0165	0.0255	0.018	0.0064	0.0133	0.0167	0.0133	0.0341	0.0153	0.0123	0.0153	0.0422
chr3L	17506659	17506851	chr3L:17506660-17506851	FBgn0036733	U4-U6-60K	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.075	0.1024	0.079	0.0477	0.0786	0.0861	0.1039	0.0477	0.1202	0.1042	0.1202	0.1224	0.098	0.0696	0.098	0.0974
chr3L	17506929	17507103	chr3L:17506930-17507103	FBgn0036733,FBgn0036734	CG7564,U4-U6-60K	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1551	0.1377	0.1867	0.1398	0.1135	0.1583	0.1475	0.1679	0.1135	0.2421	0.1929	0.2421	0.1789	0.1539	0.1386	0.1539	0.1584
chr3L	17507298	17507524	chr3L:17507299-17507524	FBgn0036733,FBgn0036734	CG7564,U4-U6-60K	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1837	0.1667	0.226	0.1561	0.1315	0.1942	0.1773	0.2105	0.1315	0.2874	0.2453	0.2874	0.2169	0.1662	0.1586	0.1662	0.1714
chr3L	17507960	17508111	chr3L:17507961-17508111	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0275	0.0324	0.0313	0.0177	0.018	0.0359	0.0415	0.0366	0.018	0.0368	0.0325	0.0368	0.0232	0.023	0.0142	0.023	0.0219
chr3L	17509341	17509580	chr3L:17509342-17509580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.0481	0.0451	0.0244	0.0276	0.051	0.0657	0.048	0.0276	0.0447	0.0537	0.0447	0.0465	0.023	0.0277	0.023	0.0344
chr3L	17509652	17509803	chr3L:17509653-17509803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0288	0.0353	0.0306	0.0195	0.0148	0.0354	0.045	0.0473	0.0148	0.0308	0.0334	0.0308	0.0364	0.0123	0.0258	0.0123	0.0334
chr3L	17517827	17518054	chr3L:17517828-17518054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0352	0.04	0.0421	0.0221	0.0244	0.0519	0.0476	0.046	0.0244	0.0453	0.0502	0.0453	0.0387	0.0184	0.0239	0.0184	0.0297
chr3L	17518178	17518338	chr3L:17518179-17518338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0375	0.0364	0.0178	0.0212	0.0427	0.0458	0.05	0.0212	0.0356	0.045	0.0356	0.0372	0.0153	0.0239	0.0153	0.0188
chr3L	17519368	17519519	chr3L:17519369-17519519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.025	0.0274	0.0298	0.0171	0.0074	0.0286	0.0342	0.0326	0.0074	0.0338	0.0357	0.0338	0.0271	0.0184	0.0181	0.0184	0.0229
chr3L	17522656	17522807	chr3L:17522657-17522807	FBgn0036735,FBgn0259174	Edc3,Nedd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0783	0.0627	0.1025	0.0691	0.0392	0.0811	0.0662	0.0753	0.0392	0.1135	0.1132	0.1135	0.1131	0.0628	0.0741	0.0628	0.0928
chr3L	17522846	17523030	chr3L:17522847-17523030	FBgn0036735,FBgn0259174	Edc3,Nedd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1456	0.1335	0.1722	0.1299	0.0954	0.1534	0.1522	0.1619	0.0954	0.2029	0.1894	0.2029	0.1789	0.1394	0.1335	0.1394	0.1584
chr3L	17523108	17523301	chr3L:17523109-17523301	FBgn0036735,FBgn0259174	Edc3,Nedd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1715	0.1534	0.2044	0.1555	0.0944	0.1811	0.1631	0.2099	0.0944	0.2597	0.2209	0.2597	0.206	0.1677	0.1489	0.1677	0.1991
chr3L	17523597	17523797	chr3L:17523598-17523797	FBgn0259174	Nedd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0988	0.0947	0.1077	0.0936	0.0573	0.1136	0.0973	0.1266	0.0573	0.1359	0.1035	0.1359	0.1371	0.0858	0.1167	0.0858	0.1199
chr3L	17523923	17524074	chr3L:17523924-17524074	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0402	0.0373	0.0461	0.0369	0.0191	0.0466	0.0424	0.042	0.0191	0.0411	0.0447	0.0411	0.0899	0.0337	0.0458	0.0337	0.0558
chr3L	17524570	17524739	chr3L:17524571-17524739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.036	0.0468	0.0375	0.0095	0.0539	0.0381	0.04	0.0095	0.0362	0.0325	0.0362	0.134	0.0161	0.0232	0.0161	0.0933
chr3L	17526032	17526286	chr3L:17526033-17526286	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1109	0.0684	0.0832	0.1888	0.0435	0.0772	0.0856	0.0733	0.0435	0.0876	0.0894	0.0876	0.134	0.2029	0.2031	0.2029	0.2689
chr3L	17526507	17526774	chr3L:17526508-17526774	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1083	0.0612	0.064	0.2096	0.0318	0.066	0.0727	0.0746	0.0318	0.0417	0.0669	0.0417	0.1193	0.2044	0.2211	0.2044	0.3116
chr3L	17527652	17527814	chr3L:17527653-17527814	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.033	0.0587	0.0235	0.0146	0.0414	0.0476	0.0874	0.0646	0.0414	0.0187	0.0312	0.0187	0.0209	0.01	0.0245	0.01	0.013
chr3L	17536928	17537079	chr3L:17536929-17537079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0177	0.0304	0.0147	0.0067	0.0127	0.0267	0.0515	0.0313	0.0127	0.0181	0.0193	0.0181	0.0116	0.0038	0.0084	0.0038	0.0089
chr3L	17538464	17538615	chr3L:17538465-17538615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0138	0.0226	0.0109	0.0072	0.0085	0.0131	0.0458	0.0173	0.0085	0.0115	0.0125	0.0115	0.0108	0.0054	0.0032	0.0054	0.013
chr3L	17540977	17541186	chr3L:17540978-17541186	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0358	0.0409	0.033	0.0331	0.0191	0.0432	0.0575	0.04	0.0191	0.0248	0.035	0.0248	0.0635	0.0276	0.0335	0.0276	0.0651
chr3L	17541895	17542046	chr3L:17541896-17542046	FBgn0023197	Jon74E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0197	0.0248	0.0179	0.016	0.0127	0.0218	0.0385	0.0266	0.0127	0.0211	0.0161	0.0211	0.0209	0.0107	0.0123	0.0107	0.0302
chr3L	17542429	17542580	chr3L:17542430-17542580	FBgn0023197,FBgn0036738	CG7542,Jon74E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0234	0.0275	0.0197	0.0228	0.0127	0.0194	0.0458	0.032	0.0127	0.0169	0.0193	0.0169	0.038	0.0161	0.0387	0.0161	0.0313
chr3L	17544439	17544590	chr3L:17544440-17544590	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0332	0.0501	0.0235	0.0251	0.052	0.0364	0.08	0.0466	0.052	0.0181	0.0305	0.0181	0.0263	0.0168	0.0522	0.0168	0.025
chr3L	17549006	17549259	chr3L:17549007-17549259	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.2166	0.0414	0.0116	0.2587	0.1228	0.333	0.2385	0.2587	0.0489	0.0569	0.0489	0.0225	0.0161	0.0123	0.0161	0.012
chr3L	17549859	17550010	chr3L:17549860-17550010	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0759	0.0358	0.015	0.0604	0.0466	0.1228	0.0793	0.0604	0.0399	0.0415	0.0399	0.0356	0.0138	0.0129	0.0138	0.0234
chr3L	17550286	17550483	chr3L:17550287-17550483	FBgn0025455	CycT	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1313	0.1305	0.1566	0.1044	0.1007	0.1359	0.167	0.1386	0.1007	0.189	0.1723	0.189	0.1464	0.1087	0.1128	0.1087	0.1303
chr3L	17550530	17550984	chr3L:17550531-17550984	FBgn0025455	CycT	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2652	0.2655	0.2963	0.2307	0.2248	0.2947	0.3175	0.2811	0.2248	0.3587	0.3293	0.3587	0.2967	0.2596	0.2495	0.2596	0.2731
chr3L	17551198	17551383	chr3L:17551199-17551383	FBgn0025455	CycT	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0525	0.0575	0.0576	0.0414	0.0361	0.0544	0.0865	0.0586	0.0361	0.0719	0.0659	0.0719	0.055	0.0375	0.0496	0.0375	0.05
chr3L	17555368	17555519	chr3L:17555369-17555519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0196	0.0152	0.0199	0.0241	0.0032	0.0155	0.0242	0.018	0.0032	0.0229	0.0122	0.0229	0.0542	0.0283	0.0168	0.0283	0.0542
chr3L	17556209	17556360	chr3L:17556210-17556360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0231	0.0211	0.0209	0.0279	0.0106	0.0214	0.032	0.0227	0.0106	0.0205	0.0215	0.0205	0.0395	0.0329	0.0387	0.0329	0.0406
chr3L	17556391	17556542	chr3L:17556392-17556542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0214	0.0217	0.0359	0.0106	0.0214	0.0346	0.0187	0.0106	0.0254	0.0222	0.0254	0.031	0.0521	0.0522	0.0521	0.0401
chr3L	17556774	17557224	chr3L:17556775-17557224	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1404	0.0983	0.1352	0.193	0.0467	0.1049	0.1384	0.1079	0.0467	0.186	0.1225	0.186	0.2277	0.2711	0.2173	0.2711	0.2757
chr3L	17557772	17557923	chr3L:17557773-17557923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0142	0.0209	0.0123	0.0086	0.017	0.0073	0.0441	0.018	0.017	0.0127	0.0167	0.0127	0.0116	0.0138	0.0123	0.0138	0.0078
chr3L	17559745	17559932	chr3L:17559746-17559932	FBgn0086080	snoRNA:Me28S-A576	stage14	none	VT32331.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0287	0.0108	0.018	0.0604	0.0042	0.0126	0.0182	0.0087	0.0042	0.0121	0.0196	0.0121	0.0364	0.0697	0.0864	0.0697	0.0959
chr3L	17563211	17563466	chr3L:17563212-17563466	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0506	0.013	0.0326	0.1124	0.0032	0.0175	0.0195	0.01	0.0032	0.0151	0.0386	0.0151	0.0697	0.1761	0.1593	0.1761	0.1225
chr3L	17565287	17565572	chr3L:17565288-17565572	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0295	0.0097	0.0192	0.0628	0.0011	0.0126	0.0186	0.0047	0.0011	0.0072	0.0235	0.0072	0.0325	0.0505	0.0883	0.0505	0.0766
chr3L	17567015	17567236	chr3L:17567016-17567236	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0609	0.0166	0.0462	0.1267	0.0042	0.0218	0.0229	0.0147	0.0042	0.0362	0.0408	0.0362	0.117	0.1531	0.1509	0.1531	0.2053
chr3L	17570663	17570814	chr3L:17570664-17570814	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0214	0.0069	0.0181	0.0414	0.0053	0.0092	0.0095	0.0047	0.0053	0.0217	0.0132	0.0217	0.0457	0.0613	0.0264	0.0613	0.0818
chr3L	17570907	17571093	chr3L:17570908-17571093	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0446	0.0142	0.0369	0.0869	0.0042	0.0238	0.0173	0.012	0.0042	0.0411	0.0264	0.0411	0.0922	0.1485	0.0709	0.1485	0.1397
chr3L	17572723	17572874	chr3L:17572724-17572874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0152	0.0118	0.0131	0.0214	0.0053	0.0083	0.0242	0.0073	0.0053	0.0109	0.0141	0.0109	0.024	0.0092	0.0064	0.0092	0.0599
chr3L	17577790	17578016	chr3L:17577791-17578016	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0172	0.0087	0.0138	0.0304	0.0074	0.0083	0.0121	0.0053	0.0074	0.0097	0.0125	0.0097	0.0364	0.0314	0.04	0.0314	0.0521
chr3L	17583848	17584041	chr3L:17583849-17584041	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0923	0.0319	0.0914	0.1608	0.0138	0.0529	0.0272	0.0313	0.0138	0.0827	0.0701	0.0827	0.213	0.2159	0.1863	0.2159	0.2246
chr3L	17590105	17590353	chr3L:17590106-17590353	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1515	0.1132	0.1802	0.1629	0.0742	0.1223	0.1267	0.1432	0.0742	0.2198	0.1949	0.2198	0.1991	0.1746	0.176	0.1746	0.1892
chr3L	17594594	17594745	chr3L:17594595-17594745	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0116	0.0162	0.0245	0.0053	0.0121	0.0156	0.0133	0.0053	0.0115	0.0254	0.0115	0.0155	0.0222	0.0593	0.0222	0.0156
chr3L	17599993	17600207	chr3L:17599994-17600207	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0342	0.0163	0.0239	0.0656	0.0106	0.0184	0.0268	0.008	0.0106	0.0223	0.0251	0.0223	0.048	0.1118	0.058	0.1118	0.1084
chr3L	17601406	17601603	chr3L:17601407-17601603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0575	0.0426	0.0628	0.0684	0.0127	0.0461	0.0631	0.0466	0.0127	0.0688	0.0672	0.0688	0.096	0.0896	0.0658	0.0896	0.1204
chr3L	17604111	17604394	chr3L:17604112-17604394	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0918	0.089	0.1071	0.0783	0.0647	0.0922	0.1207	0.0846	0.0647	0.1522	0.1154	0.1522	0.1092	0.1271	0.0986	0.1271	0.1032
chr3L	17604648	17604820	chr3L:17604649-17604820	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0328	0.0602	0.0726	0.0223	0.035	0.0402	0.042	0.0223	0.0888	0.0598	0.0888	0.0759	0.1202	0.0606	0.1202	0.1178
chr3L	17604880	17605627	chr3L:17604881-17605627	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2127	0.117	0.2489	0.2799	0.0636	0.1524	0.1397	0.1173	0.0636	0.3907	0.2151	0.3907	0.3106	0.441	0.2411	0.441	0.4106
chr3L	17606411	17606586	chr3L:17606412-17606586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0428	0.0269	0.0647	0.0363	0.0095	0.032	0.0333	0.0326	0.0095	0.1449	0.0605	0.1449	0.0465	0.0865	0.0329	0.0865	0.037
chr3L	17607123	17607370	chr3L:17607124-17607370	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.074	0.0379	0.0813	0.1063	0.0191	0.0393	0.0437	0.0486	0.0191	0.0966	0.0904	0.0966	0.1131	0.173	0.1167	0.173	0.1105
chr3L	17610060	17610211	chr3L:17610061-17610211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0132	0.0217	0.0453	0.0042	0.0102	0.0225	0.0153	0.0042	0.0163	0.0174	0.0163	0.0534	0.0345	0.0219	0.0345	0.1079
chr3L	17612434	17612620	chr3L:17612435-17612620	FBgn0000567	Eip74EF	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0349	0.0202	0.0235	0.0639	0.0117	0.0218	0.0324	0.014	0.0117	0.0181	0.0206	0.0181	0.0534	0.0605	0.0496	0.0605	0.1344
chr3L	17614194	17614477	chr3L:17614195-17614477	FBgn0036740,FBgn0036741	CG6259,CG7510	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0828	0.0776	0.0995	0.0703	0.0477	0.0786	0.1025	0.0873	0.0477	0.1153	0.1138	0.1153	0.0906	0.0766	0.0735	0.0766	0.0855
chr3L	17614538	17614706	chr3L:17614539-17614706	FBgn0036740,FBgn0036741	CG6259,CG7510	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1637	0.1466	0.1938	0.15	0.1198	0.1549	0.1704	0.1779	0.1198	0.2524	0.2096	0.2524	0.1882	0.1531	0.1431	0.1531	0.1881
chr3L	17614797	17614968	chr3L:17614798-17614968	FBgn0036740,FBgn0036741	CG6259,CG7510	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1881	0.1763	0.2169	0.1698	0.1421	0.1879	0.2085	0.2045	0.1421	0.2814	0.2305	0.2814	0.2177	0.1692	0.1612	0.1692	0.2194
chr3L	17615137	17615410	chr3L:17615138-17615410	FBgn0036740,FBgn0036741	CG6259,CG7510	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0759	0.067	0.0852	0.0755	0.0392	0.0631	0.0934	0.0839	0.0392	0.09	0.0932	0.09	0.0844	0.062	0.0632	0.062	0.0917
chr3L	17615529	17615736	chr3L:17615530-17615736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0305	0.0262	0.0345	0.0311	0.0095	0.0243	0.0407	0.0326	0.0095	0.0344	0.0367	0.0344	0.0271	0.0168	0.0213	0.0168	0.038
chr3L	17629885	17630036	chr3L:17629886-17630036	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0383	0.0392	0.0185	0.0201	0.0388	0.0484	0.0506	0.0201	0.0435	0.0437	0.0435	0.0372	0.0184	0.0123	0.0184	0.0219
chr3L	17630087	17631110	chr3L:17630088-17631110	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.135	0.1711	0.1556	0.0721	0.1294	0.1568	0.2184	0.2159	0.1294	0.1818	0.1785	0.1818	0.1224	0.0812	0.0471	0.0812	0.0875
chr3L	17631117	17631582	chr3L:17631118-17631582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.1164	0.0803	0.0359	0.1039	0.101	0.1497	0.1432	0.1039	0.0978	0.0904	0.0978	0.0612	0.0482	0.0239	0.0482	0.0464
chr3L	17631758	17631954	chr3L:17631759-17631954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0415	0.0602	0.0445	0.0171	0.0392	0.0539	0.0887	0.0633	0.0392	0.0586	0.0486	0.0586	0.0318	0.0291	0.0084	0.0291	0.0198
chr3L	17632713	17632864	chr3L:17632714-17632864	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0631	0.0412	0.0143	0.053	0.0539	0.0943	0.0606	0.053	0.0556	0.0479	0.0556	0.0294	0.0214	0.0103	0.0214	0.0167
chr3L	17632939	17633090	chr3L:17632940-17633090	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0657	0.04	0.016	0.0424	0.0583	0.0965	0.0726	0.0424	0.0459	0.0444	0.0459	0.0341	0.0199	0.0181	0.0199	0.0156
chr3L	17637258	17637441	chr3L:17637259-17637441	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1391	0.1362	0.1758	0.1022	0.087	0.1587	0.1497	0.1726	0.087	0.183	0.2135	0.183	0.1263	0.0773	0.1186	0.0773	0.1126
chr3L	17637483	17637672	chr3L:17637484-17637672	FBgn0004401	Pep	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.191	0.1877	0.2264	0.156	0.1357	0.2117	0.215	0.2252	0.1357	0.2681	0.2482	0.2681	0.206	0.147	0.1696	0.147	0.172
chr3L	17637989	17638219	chr3L:17637990-17638219	FBgn0004401	Pep	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2432	0.2499	0.277	0.1986	0.1919	0.2704	0.3058	0.2838	0.1919	0.3539	0.2945	0.3539	0.2618	0.232	0.2057	0.232	0.2314
chr3L	17643239	17643554	chr3L:17643240-17643554	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0888	0.2061	0.0353	0.0164	0.2831	0.0704	0.3875	0.1526	0.2831	0.0465	0.0447	0.0465	0.0232	0.0322	0.0161	0.0322	0.0125
chr3L	17645481	17645632	chr3L:17645482-17645632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.047	0.0778	0.0402	0.0202	0.0626	0.0413	0.1362	0.0906	0.0626	0.0338	0.054	0.0338	0.0426	0.0168	0.0348	0.0168	0.0214
chr3L	17646199	17646747	chr3L:17646200-17646747	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1961	0.1943	0.2332	0.1575	0.1421	0.1646	0.2517	0.2632	0.1421	0.2271	0.3553	0.2271	0.1518	0.147	0.3095	0.147	0.1511
chr3L	17646871	17647049	chr3L:17646872-17647049	FBgn0052177,FBgn0052179	Krn,Ndfip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1174	0.0895	0.1542	0.1082	0.052	0.1117	0.1021	0.1046	0.052	0.1987	0.1852	0.1987	0.1232	0.1325	0.1393	0.1325	0.1016
chr3L	17647091	17647242	chr3L:17647092-17647242	FBgn0036745,FBgn0052177,FBgn0052179	CG7484,Krn,Ndfip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1164	0.1002	0.135	0.1142	0.07	0.1063	0.1207	0.1166	0.07	0.1745	0.1502	0.1745	0.1348	0.1485	0.127	0.1485	0.1126
chr3L	17647271	17647469	chr3L:17647272-17647469	FBgn0036745,FBgn0052177,FBgn0052179	CG7484,Krn,Ndfip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2182	0.2028	0.2467	0.2043	0.1591	0.2223	0.237	0.2358	0.1591	0.3255	0.2669	0.3255	0.2254	0.2259	0.2128	0.2259	0.234
chr3L	17647591	17647789	chr3L:17647592-17647789	FBgn0036745,FBgn0052177,FBgn0052179	CG7484,Krn,Ndfip	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1709	0.1599	0.1915	0.1606	0.1177	0.1772	0.1812	0.1939	0.1177	0.2524	0.2132	0.2524	0.1634	0.1807	0.1683	0.1807	0.1808
chr3L	17647857	17648024	chr3L:17647858-17648024	FBgn0036745,FBgn0052177,FBgn0052179	CG7484,Krn,Ndfip	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0752	0.0712	0.0867	0.0671	0.0435	0.0728	0.0895	0.0833	0.0435	0.1129	0.0974	0.1129	0.0759	0.0727	0.0716	0.0727	0.0782
chr3L	17650185	17650365	chr3L:17650186-17650365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0538	0.0454	0.0723	0.0429	0.0148	0.0607	0.0541	0.0473	0.0148	0.1969	0.0379	0.1969	0.062	0.1034	0.0213	0.1034	0.0459
chr3L	17651124	17651298	chr3L:17651125-17651298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0493	0.0417	0.0603	0.0457	0.0191	0.0437	0.0549	0.048	0.0191	0.1407	0.0379	0.1407	0.0627	0.0613	0.0374	0.0613	0.0631
chr3L	17651354	17651505	chr3L:17651355-17651505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0396	0.0364	0.0458	0.0365	0.0191	0.0432	0.0441	0.0426	0.0191	0.0815	0.035	0.0815	0.0473	0.0413	0.0393	0.0413	0.0386
chr3L	17651527	17651694	chr3L:17651528-17651694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0554	0.0545	0.0594	0.0519	0.0223	0.0631	0.0705	0.062	0.0223	0.0912	0.0547	0.0912	0.0581	0.0674	0.0683	0.0674	0.0552
chr3L	17651745	17651952	chr3L:17651746-17651952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.05	0.0517	0.0477	0.0506	0.0255	0.0617	0.0636	0.06	0.0255	0.0725	0.0469	0.0725	0.0527	0.0712	0.0709	0.0712	0.0485
chr3L	17658452	17658603	chr3L:17658453-17658603	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0226	0.0308	0.0174	0.0192	0.0117	0.0252	0.0493	0.036	0.0117	0.0175	0.0158	0.0175	0.0256	0.0077	0.0129	0.0077	0.0162
chr3L	17661090	17661303	chr3L:17661091-17661303	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0504	0.058	0.0574	0.0343	0.0233	0.0738	0.0593	0.0833	0.0233	0.0562	0.0547	0.0562	0.0883	0.0245	0.0284	0.0245	0.0422
chr3L	17661576	17661855	chr3L:17661577-17661855	FBgn0036746,FBgn0065088	TORC,snmRNA:641	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0684	0.0689	0.0806	0.0546	0.0371	0.0825	0.0792	0.0866	0.0371	0.09	0.09	0.09	0.0782	0.0574	0.0503	0.0574	0.0688
chr3L	17661977	17662163	chr3L:17661978-17662163	FBgn0036746,FBgn0065088	TORC,snmRNA:641	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1209	0.1056	0.1423	0.1147	0.0594	0.116	0.1293	0.1339	0.0594	0.1848	0.1511	0.1848	0.1495	0.1263	0.1064	0.1263	0.1449
chr3L	17662278	17662470	chr3L:17662279-17662470	FBgn0036746,FBgn0065088	TORC,snmRNA:641	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2316	0.2076	0.2689	0.2174	0.1548	0.2335	0.2422	0.2412	0.1548	0.3351	0.2881	0.3351	0.2665	0.2397	0.2276	0.2397	0.2564
chr3L	17662725	17662905	chr3L:17662726-17662905	FBgn0036746	TORC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1287	0.109	0.152	0.1252	0.0721	0.1306	0.1293	0.1126	0.0721	0.195	0.164	0.195	0.1433	0.1378	0.1257	0.1378	0.1496
chr3L	17682889	17683040	chr3L:17682890-17683040	FBgn0052183	Ccn	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0056	0.0039	0.0128	0.0021	0.0019	0.0117	0.006	0.0021	0.0024	0.0032	0.0024	0.0039	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chr3L	17732845	17733057	chr3L:17732846-17733057	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.048	0.0425	0.0492	0.0529	0.0265	0.0427	0.0562	0.0433	0.0265	0.0719	0.0376	0.0719	0.079	0.0804	0.0316	0.0804	0.0933
chr3L	17733488	17733639	chr3L:17733489-17733639	FBgn0036749	CG7460	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0446	0.0219	0.0506	0.0632	0.0021	0.0413	0.0234	0.016	0.0021	0.0809	0.0222	0.0809	0.1286	0.1133	0.02	0.1133	0.1277
chr3L	17733729	17733951	chr3L:17733730-17733951	FBgn0036749	CG7460	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0691	0.0348	0.0824	0.093	0.0074	0.0612	0.0381	0.026	0.0074	0.1208	0.0322	0.1208	0.2293	0.1363	0.029	0.1363	0.2048
chr3L	17743889	17744040	chr3L:17743890-17744040	FBgn0036751	Adgf-B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0158	0.0138	0.0145	0.0195	0.0011	0.0121	0.0285	0.0093	0.0011	0.0278	0.01	0.0278	0.0163	0.0475	0.009	0.0475	0.0214
chr3L	17744278	17744429	chr3L:17744279-17744429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0143	0.0131	0.017	0.0128	0.0064	0.0131	0.0216	0.0073	0.0064	0.0362	0.0125	0.0362	0.0201	0.0291	0.0039	0.0291	0.013
chr3L	17748800	17748951	chr3L:17748801-17748951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0193	0.0142	0.0212	0.0228	0.0074	0.0175	0.0247	0.004	0.0074	0.0604	0.0077	0.0604	0.017	0.085	0.0064	0.085	0.013
chr3L	17748976	17749127	chr3L:17748977-17749127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0215	0.015	0.0273	0.0224	0.0064	0.0184	0.0255	0.0053	0.0064	0.0707	0.0119	0.0707	0.0263	0.0766	0.0052	0.0766	0.0182
chr3L	17750511	17750734	chr3L:17750512-17750734	FBgn0052182	CG32182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1241	0.0677	0.1537	0.1547	0.0318	0.1296	0.067	0.0386	0.0318	0.349	0.0543	0.349	0.158	0.2366	0.0387	0.2366	0.2011
chr3L	17750994	17751171	chr3L:17750995-17751171	FBgn0052182	CG32182	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0846	0.0356	0.1206	0.0998	0.0138	0.0864	0.0268	0.0107	0.0138	0.2832	0.035	0.2832	0.1193	0.1202	0.0219	0.1202	0.149
chr3L	17756576	17756764	chr3L:17756577-17756764	FBgn0036752,FBgn0043025	Adgf-A,Msi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0182	0.0339	0.0618	0.0074	0.0228	0.0298	0.008	0.0074	0.058	0.0141	0.058	0.0782	0.1057	0.0155	0.1057	0.1251
chr3L	17757183	17757397	chr3L:17757184-17757397	FBgn0036752,FBgn0043025	Adgf-A,Msi	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0754	0.032	0.085	0.1134	0.0138	0.0456	0.0454	0.0167	0.0138	0.1371	0.0341	0.1371	0.1991	0.183	0.0239	0.183	0.2434
chr3L	17758579	17758768	chr3L:17758580-17758768	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0466	0.0137	0.0077	0.0509	0.017	0.1003	0.024	0.0509	0.0205	0.0106	0.0205	0.0194	0.013	0.0019	0.013	0.012
chr3L	17784278	17784552	chr3L:17784279-17784552	FBgn0261997	CG42815	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0449	0.0558	0.0524	0.0244	0.0371	0.0553	0.0714	0.0606	0.0371	0.0827	0.0527	0.0827	0.0372	0.0145	0.0064	0.0145	0.0141
chr3L	17791335	17791486	chr3L:17791336-17791486	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0244	0.0166	0.0128	0.0233	0.0141	0.0458	0.016	0.0233	0.0157	0.0222	0.0157	0.0209	0.0138	0.0161	0.0138	0.0188
chr3L	17794991	17795142	chr3L:17794992-17795142	FBgn0052190	NUCB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0571	0.0618	0.0652	0.0429	0.053	0.0573	0.0878	0.0566	0.053	0.0906	0.0675	0.0906	0.0589	0.0513	0.0432	0.0513	0.0516
chr3L	17795291	17795519	chr3L:17795292-17795519	FBgn0052190	NUCB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1765	0.1839	0.1977	0.145	0.1506	0.1976	0.2236	0.1972	0.1506	0.2536	0.2132	0.2536	0.1983	0.1524	0.1425	0.1524	0.1725
chr3L	17796975	17797126	chr3L:17796976-17797126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0155	0.0279	0.0185	0.0074	0.017	0.0203	0.0173	0.0074	0.0411	0.028	0.0411	0.0287	0.0199	0.0206	0.0199	0.0261
chr3L	17797268	17797424	chr3L:17797269-17797424	FBgn0036754	CG5589	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0243	0.0392	0.0242	0.0064	0.0286	0.032	0.0253	0.0064	0.0568	0.0415	0.0568	0.0434	0.0283	0.0226	0.0283	0.037
chr3L	17797434	17797585	chr3L:17797435-17797585	FBgn0036754	CG5589	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0337	0.0254	0.0464	0.0288	0.0138	0.0354	0.0277	0.028	0.0138	0.0634	0.0469	0.0634	0.0581	0.0299	0.0406	0.0299	0.036
chr3L	17797720	17797896	chr3L:17797721-17797896	FBgn0036754	CG5589	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0653	0.0531	0.0821	0.0606	0.0255	0.0723	0.0571	0.0606	0.0255	0.1117	0.0833	0.1117	0.0953	0.059	0.0671	0.059	0.0761
chr3L	17799096	17799247	chr3L:17799097-17799247	FBgn0052187	CG32187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.014	0.0181	0.0123	0.0074	0.0165	0.0221	0.012	0.0074	0.0229	0.0174	0.0229	0.0155	0.0092	0.0032	0.0092	0.0089
chr3L	17799363	17799521	chr3L:17799364-17799521	FBgn0052187	CG32187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.028	0.0378	0.0306	0.0127	0.032	0.032	0.036	0.0127	0.038	0.0386	0.038	0.0356	0.0138	0.0161	0.0138	0.024
chr3L	17799611	17799771	chr3L:17799612-17799771	FBgn0052187	CG32187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0596	0.0594	0.0676	0.051	0.0339	0.0646	0.0662	0.0766	0.0339	0.0749	0.081	0.0749	0.0775	0.0345	0.0426	0.0345	0.0641
chr3L	17801726	17801877	chr3L:17801727-17801877	FBgn0052191	CG32191	stage14	none	VT32456.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0107	0.0087	0.0117	0.0118	0.0021	0.0073	0.0151	0.0073	0.0021	0.0066	0.0141	0.0066	0.0217	0.01	0.0116	0.01	0.0245
chr3L	17816135	17816286	chr3L:17816136-17816286	FBgn0001134,FBgn0261401	Grd,Ir75c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0087	0.0065	0.0116	0.0021	0.0073	0.0169	0.0053	0.0021	0.006	0.0061	0.006	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr3L	17832863	17833014	chr3L:17832864-17833014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0141	0.0113	0.012	0.0074	0.0107	0.0255	0.0113	0.0074	0.0103	0.0103	0.0103	0.0248	0.0046	0.0058	0.0046	0.0313
chr3L	17834259	17834425	chr3L:17834260-17834425	FBgn0036759	CG5577	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.0118	0.014	0.0351	0.0032	0.0112	0.0229	0.0073	0.0032	0.0103	0.0116	0.0103	0.0287	0.0153	0.0548	0.0153	0.061
chr3L	17836182	17836487	chr3L:17836183-17836487	FBgn0036760	CG5567	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0607	0.1001	0.0943	0.0276	0.0733	0.0701	0.0726	0.0276	0.1093	0.1167	0.1093	0.1139	0.1087	0.089	0.1087	0.1199
chr3L	17836573	17836750	chr3L:17836574-17836750	FBgn0036760	CG5567	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.0668	0.1352	0.1185	0.0339	0.0869	0.0623	0.0906	0.0339	0.1492	0.1621	0.1492	0.1456	0.1233	0.127	0.1233	0.147
chr3L	17839290	17839448	chr3L:17839291-17839448	FBgn0036761	MED19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1191	0.1387	0.1053	0.0827	0.1335	0.1406	0.1372	0.0827	0.1679	0.1521	0.1679	0.1433	0.1294	0.1064	0.1294	0.1298
chr3L	17839507	17839717	chr3L:17839508-17839717	FBgn0036761,FBgn0036762	CG7430,MED19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2379	0.2248	0.2735	0.2135	0.1569	0.2602	0.2561	0.2558	0.1569	0.3273	0.3013	0.3273	0.2665	0.2328	0.2186	0.2328	0.2611
chr3L	17840058	17840267	chr3L:17840059-17840267	FBgn0036761,FBgn0036762	CG7430,MED19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1663	0.1297	0.2051	0.1645	0.0923	0.1447	0.154	0.1492	0.0923	0.276	0.217	0.276	0.1929	0.1822	0.1663	0.1822	0.2006
chr3L	17842723	17842896	chr3L:17842724-17842896	FBgn0036763	CG7441	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0783	0.0995	0.0837	0.0594	0.0791	0.1042	0.0813	0.0594	0.1141	0.1174	0.1141	0.1084	0.0957	0.0774	0.0957	0.1152
chr3L	17842964	17843158	chr3L:17842965-17843158	FBgn0036763	CG7441	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0544	0.05	0.0633	0.0494	0.0371	0.0461	0.0709	0.0533	0.0371	0.07	0.0711	0.07	0.0837	0.0528	0.04	0.0528	0.0667
chr3L	17849821	17850021	chr3L:17849822-17850021	FBgn0036764	CG5535	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0622	0.0422	0.0624	0.0841	0.0255	0.0636	0.0411	0.0466	0.0255	0.0598	0.0727	0.0598	0.0868	0.1118	0.0858	0.1118	0.1152
chr3L	17850347	17850631	chr3L:17850348-17850631	FBgn0036764	CG5535	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0769	0.0516	0.075	0.1072	0.0255	0.0709	0.0532	0.056	0.0255	0.0688	0.092	0.0688	0.1022	0.1455	0.1212	0.1455	0.1225
chr3L	17850931	17851104	chr3L:17850932-17851104	FBgn0054002	CG34002	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0289	0.0246	0.0293	0.0333	0.0138	0.0277	0.0298	0.0273	0.0138	0.0326	0.0312	0.0326	0.0364	0.0528	0.0264	0.0528	0.0433
chr3L	17853787	17853938	chr3L:17853788-17853938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0232	0.0294	0.0204	0.0192	0.018	0.0214	0.0467	0.0333	0.018	0.0211	0.0241	0.0211	0.0232	0.0123	0.0187	0.0123	0.0125
chr3L	17854121	17854272	chr3L:17854122-17854272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0312	0.0198	0.0178	0.0265	0.0248	0.0433	0.0373	0.0265	0.0302	0.0232	0.0302	0.0155	0.0184	0.0245	0.0184	0.0141
chr3L	17854641	17854798	chr3L:17854642-17854798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0391	0.0464	0.0387	0.0315	0.0403	0.0476	0.0549	0.0613	0.0403	0.0562	0.0428	0.0562	0.0279	0.0237	0.0322	0.0237	0.0261
chr3L	17854896	17855076	chr3L:17854897-17855076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0399	0.0477	0.04	0.0309	0.0361	0.0529	0.0606	0.0513	0.0361	0.055	0.0463	0.055	0.0287	0.0283	0.0251	0.0283	0.0219
chr3L	17863984	17864135	chr3L:17863985-17864135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0204	0.0179	0.022	0.0213	0.0074	0.0165	0.0303	0.016	0.0074	0.0356	0.0203	0.0356	0.0217	0.0475	0.0187	0.0475	0.0151
chr3L	17864448	17864599	chr3L:17864449-17864599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0269	0.0295	0.0261	0.0249	0.0138	0.0248	0.0458	0.0353	0.0138	0.0314	0.0305	0.0314	0.0263	0.0222	0.0213	0.0222	0.0214
chr3L	17871960	17872171	chr3L:17871961-17872171	FBgn0036765	CG7408	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0273	0.0206	0.0242	0.0382	0.0117	0.015	0.0303	0.0247	0.0117	0.0181	0.028	0.0181	0.0442	0.0314	0.0703	0.0314	0.0594
chr3L	17886893	17887065	chr3L:17886894-17887065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0203	0.0145	0.0228	0.0127	0.0194	0.0333	0.0153	0.0127	0.0145	0.0206	0.0145	0.0116	0.0115	0.0297	0.0115	0.012
chr3L	17888941	17889104	chr3L:17888942-17889104	FBgn0036769	Tsp74F	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.023	0.0116	0.0204	0.0386	0.0053	0.0155	0.0143	0.012	0.0053	0.0133	0.0299	0.0133	0.0287	0.0077	0.1186	0.0077	0.0287
chr3L	17891815	17891985	chr3L:17891816-17891985	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0366	0.031	0.0358	0.0439	0.018	0.032	0.0428	0.0266	0.018	0.035	0.036	0.035	0.0689	0.0421	0.0548	0.0421	0.0782
chr3L	17898870	17899157	chr3L:17898871-17899157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0193	0.0135	0.017	0.0283	0.0127	0.0102	0.0251	0.0067	0.0127	0.0133	0.0141	0.0133	0.0411	0.0345	0.0161	0.0345	0.0542
chr3L	17900831	17901052	chr3L:17900832-17901052	FBgn0036770,FBgn0036771	CG14353,Prestin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0654	0.0314	0.0515	0.1185	0.0095	0.035	0.0376	0.0426	0.0095	0.0368	0.0592	0.0368	0.0837	0.0988	0.1219	0.0988	0.1595
chr3L	17901139	17901316	chr3L:17901140-17901316	FBgn0036770,FBgn0036771	CG14353,Prestin	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0709	0.0492	0.0703	0.0957	0.0329	0.0568	0.0562	0.062	0.0329	0.0598	0.0842	0.0598	0.0953	0.0911	0.0993	0.0911	0.1308
chr3L	17905118	17905269	chr3L:17905119-17905269	FBgn0036772	CG5290	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0204	0.033	0.0246	0.0095	0.0277	0.0186	0.028	0.0095	0.0332	0.0395	0.0332	0.0387	0.0268	0.0219	0.0268	0.0313
chr3L	17905468	17905746	chr3L:17905469-17905746	FBgn0036772	CG5290	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1146	0.088	0.1338	0.1232	0.0424	0.1146	0.0727	0.1346	0.0424	0.1407	0.1608	0.1407	0.1534	0.1524	0.1193	0.1524	0.1694
chr3L	17905807	17905987	chr3L:17905808-17905987	FBgn0036772	CG5290	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.0816	0.1174	0.115	0.0339	0.1058	0.0666	0.1286	0.0339	0.128	0.136	0.128	0.1363	0.1394	0.1186	0.1394	0.1563
chr3L	17906119	17906270	chr3L:17906120-17906270	FBgn0036772	CG5290	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0297	0.0226	0.0311	0.0362	0.0127	0.0248	0.0272	0.0266	0.0127	0.0332	0.0347	0.0332	0.0403	0.0345	0.038	0.0345	0.0537
chr3L	17906348	17906499	chr3L:17906349-17906499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0135	0.011	0.0128	0.0171	0.0011	0.0117	0.019	0.0093	0.0011	0.0157	0.0116	0.0157	0.0256	0.0176	0.0148	0.0176	0.0307
chr3L	17907203	17907388	chr3L:17907204-17907388	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0128	0.0154	0.0408	0.0021	0.0141	0.0203	0.0113	0.0021	0.0127	0.0186	0.0127	0.0232	0.0153	0.0542	0.0153	0.0803
chr3L	17914697	17914848	chr3L:17914698-17914848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0085	0.0076	0.0071	0.0111	0.0032	0.0063	0.0112	0.008	0.0032	0.0066	0.0068	0.0066	0.0155	0.0061	0.0084	0.0061	0.0255
chr3L	17915446	17915660	chr3L:17915447-17915660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0155	0.0085	0.0127	0.0263	0.0053	0.0063	0.0143	0.0073	0.0053	0.0085	0.0132	0.0085	0.0279	0.0115	0.0458	0.0115	0.0474
chr3L	17917262	17917413	chr3L:17917263-17917413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.0086	0.0095	0.0109	0.0021	0.0092	0.0121	0.008	0.0021	0.0054	0.0148	0.0054	0.0062	0.0038	0.0271	0.0038	0.0115
chr3L	17923260	17923411	chr3L:17923261-17923411	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0077	0.0069	0.0377	0.0053	0.0049	0.0143	0.006	0.0053	0.0054	0.0055	0.0054	0.0046	0.0038	0.0097	0.0038	0.0208
chr3L	17923865	17924016	chr3L:17923866-17924016	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0051	0.0048	0.0136	0.0032	0.0024	0.0134	0.0013	0.0032	0.0036	0.0058	0.0036	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0042
chr3L	17924930	17925081	chr3L:17924931-17925081	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0057	0.0052	0.0113	0.0021	0.0039	0.0112	0.004	0.0021	0.0085	0.0051	0.0085	0.0046	0.0061	0.0032	0.0061	0.0063
chr3L	17926139	17926290	chr3L:17926140-17926290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0112	0.008	0.0102	0.016	0.0021	0.0063	0.0143	0.0093	0.0021	0.0054	0.0084	0.0054	0.0225	0.0069	0.0097	0.0069	0.0365
chr3L	17926353	17926521	chr3L:17926354-17926521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0088	0.0137	0.0177	0.0021	0.0087	0.0151	0.008	0.0021	0.006	0.0113	0.006	0.0333	0.01	0.0097	0.01	0.0406
chr3L	17927207	17927359	chr3L:17927208-17927359	FBgn0262792,FBgn0262793	CG43173,CG43174	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0146	0.0106	0.0148	0.0189	0.0042	0.0092	0.0177	0.0107	0.0042	0.0109	0.0164	0.0109	0.0294	0.0123	0.0309	0.0123	0.0297
chr3L	17927913	17928064	chr3L:17927914-17928064	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.008	0.0135	0.017	0.0021	0.0078	0.0112	0.01	0.0021	0.0079	0.0209	0.0079	0.0124	0.01	0.0522	0.01	0.0078
chr3L	17928259	17928410	chr3L:17928260-17928410	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0153	0.012	0.0129	0.0217	0.0074	0.0097	0.019	0.012	0.0074	0.0109	0.0177	0.0109	0.0163	0.0123	0.0503	0.0123	0.0261
chr3L	17930584	17930751	chr3L:17930585-17930751	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0227	0.0166	0.0227	0.0297	0.0159	0.017	0.0272	0.008	0.0159	0.0157	0.0315	0.0157	0.0294	0.0184	0.0529	0.0184	0.0375
chr3L	17940604	17940755	chr3L:17940605-17940755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0123	0.0079	0.0099	0.0201	0.0042	0.0087	0.0125	0.0067	0.0042	0.0085	0.01	0.0085	0.0163	0.0107	0.0142	0.0107	0.0469
chr3L	17942240	17942427	chr3L:17942241-17942427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.039	0.0141	0.0444	0.0609	0.0095	0.0204	0.0195	0.0073	0.0095	0.0592	0.0402	0.0592	0.0713	0.0681	0.0703	0.0681	0.0865
chr3L	17943341	17943576	chr3L:17943342-17943576	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0093	0.0312	0.0677	0	0.016	0.0125	0.006	0	0.0272	0.0244	0.0272	0.0837	0.0743	0.0206	0.0743	0.1589
chr3L	17943722	17943873	chr3L:17943723-17943873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0085	0.023	0.035	0.0032	0.0131	0.0117	0.0047	0.0032	0.0205	0.0167	0.0205	0.0581	0.0276	0.0123	0.0276	0.0902
chr3L	17949539	17949690	chr3L:17949540-17949690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0132	0.0065	0.0117	0.0223	0.0032	0.0073	0.0104	0.0033	0.0032	0.0097	0.0129	0.0097	0.0163	0.0145	0.0071	0.0145	0.0386
chr3L	17949873	17950024	chr3L:17949874-17950024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0064	0.0114	0.0203	0.0032	0.0053	0.0125	0.004	0.0032	0.0151	0.0113	0.0151	0.017	0.0153	0.0077	0.0153	0.0276
chr3L	17954796	17954998	chr3L:17954797-17954998	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.043	0.0085	0.0263	0.0998	0.0021	0.015	0.0099	0.0047	0.0021	0.0163	0.0299	0.0163	0.0534	0.049	0.1302	0.049	0.1918
chr3L	17955376	17955580	chr3L:17955377-17955580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0504	0.0132	0.0263	0.1184	0.0053	0.0165	0.0177	0.0133	0.0053	0.0169	0.0228	0.0169	0.0674	0.0651	0.1238	0.0651	0.2199
chr3L	17955725	17955876	chr3L:17955726-17955876	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.028	0.0081	0.0202	0.0589	0.0064	0.0107	0.0108	0.0067	0.0064	0.0187	0.0215	0.0187	0.038	0.0329	0.0651	0.0329	0.1251
chr3L	17955884	17956035	chr3L:17955885-17956035	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0291	0.0079	0.0195	0.0632	0.0032	0.0092	0.0121	0.0067	0.0032	0.0187	0.0203	0.0187	0.0395	0.0375	0.0941	0.0375	0.1172
chr3L	17956724	17957004	chr3L:17956725-17957004	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0557	0.012	0.0448	0.1164	0.0053	0.0184	0.0164	0.006	0.0053	0.0513	0.0431	0.0513	0.0852	0.1945	0.1115	0.1945	0.1803
chr3L	17957093	17957244	chr3L:17957094-17957244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0075	0.0214	0.0667	0.0011	0.0092	0.0125	0.0053	0.0011	0.0326	0.0158	0.0326	0.0434	0.1371	0.0438	0.1371	0.1001
chr3L	17957966	17958325	chr3L:17957967-17958325	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0705	0.0565	0.0523	0.1061	0.0392	0.0553	0.0709	0.068	0.0392	0.0477	0.0585	0.0477	0.0852	0.0796	0.1863	0.0796	0.1621
chr3L	17958327	17958582	chr3L:17958328-17958582	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0499	0.0197	0.0378	0.0971	0.0085	0.0282	0.0212	0.0227	0.0085	0.0302	0.0521	0.0302	0.0534	0.0513	0.1973	0.0513	0.1391
chr3L	17959521	17959672	chr3L:17959522-17959672	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.0148	0.0297	0.0641	0.0085	0.018	0.0195	0.0147	0.0085	0.0242	0.028	0.0242	0.0689	0.0567	0.0309	0.0567	0.1532
chr3L	17960350	17960516	chr3L:17960351-17960516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0525	0.0232	0.0501	0.088	0.0127	0.0316	0.0285	0.0233	0.0127	0.0562	0.046	0.0562	0.1015	0.0965	0.0716	0.0965	0.1449
chr3L	17961660	17961850	chr3L:17961661-17961850	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1107	0.0396	0.1049	0.1965	0.0201	0.0578	0.0506	0.0313	0.0201	0.1129	0.1109	0.1129	0.1766	0.2152	0.1754	0.2152	0.2856
chr3L	17961907	17962155	chr3L:17961908-17962155	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0895	0.0323	0.0829	0.1608	0.0201	0.0461	0.0407	0.0253	0.0201	0.087	0.0788	0.087	0.1526	0.1662	0.1425	0.1662	0.2507
chr3L	17962173	17962349	chr3L:17962174-17962349	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0546	0.0247	0.0485	0.0947	0.0212	0.032	0.029	0.0193	0.0212	0.058	0.0408	0.058	0.0883	0.075	0.0671	0.075	0.1595
chr3L	17964269	17964498	chr3L:17964270-17964498	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0659	0.0178	0.0463	0.1411	0.0095	0.0286	0.0186	0.0167	0.0095	0.0441	0.0437	0.0441	0.0976	0.1554	0.1225	0.1554	0.2168
chr3L	17964553	17964878	chr3L:17964554-17964878	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0782	0.0248	0.0713	0.1455	0.0138	0.0345	0.032	0.02	0.0138	0.0393	0.082	0.0393	0.1549	0.144	0.1818	0.144	0.2251
chr3L	17965542	17965792	chr3L:17965543-17965792	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.106	0.0383	0.0963	0.1925	0.017	0.0485	0.0428	0.0466	0.017	0.0966	0.0997	0.0966	0.1735	0.2098	0.2083	0.2098	0.2694
chr3L	17966146	17966360	chr3L:17966147-17966360	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0891	0.0259	0.0754	0.1748	0.0085	0.0383	0.026	0.0306	0.0085	0.0513	0.0801	0.0513	0.1208	0.147	0.1831	0.147	0.2376
chr3L	17967775	17968043	chr3L:17967776-17968043	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1031	0.072	0.1036	0.1373	0.0233	0.0976	0.0688	0.0966	0.0233	0.1335	0.0913	0.1335	0.1162	0.0972	0.0703	0.0972	0.1485
chr3L	17968745	17968896	chr3L:17968746-17968896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0309	0.0228	0.035	0.0355	0.0064	0.0228	0.0272	0.0373	0.0064	0.038	0.0395	0.038	0.0372	0.023	0.0206	0.023	0.0255
chr3L	17969645	17969884	chr3L:17969646-17969884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0151	0.0305	0.0518	0.0095	0.018	0.0229	0.0133	0.0095	0.0205	0.0318	0.0205	0.0248	0.0145	0.0116	0.0145	0.0427
chr3L	17971117	17971268	chr3L:17971118-17971268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0273	0.029	0.0293	0.0231	0.0159	0.0228	0.0467	0.034	0.0159	0.026	0.0347	0.026	0.0341	0.0145	0.0219	0.0145	0.0203
chr3L	17972859	17973081	chr3L:17972860-17973081	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0493	0.0383	0.0567	0.0536	0.0159	0.0432	0.0523	0.044	0.0159	0.0628	0.054	0.0628	0.0953	0.0605	0.04	0.0605	0.1006
chr3L	17973193	17973344	chr3L:17973194-17973344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0199	0.0182	0.0239	0.0174	0.0106	0.0126	0.0311	0.0227	0.0106	0.0332	0.0215	0.0332	0.0349	0.0161	0.0161	0.0161	0.0307
chr3L	17973880	17974228	chr3L:17973881-17974228	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0499	0.0249	0.0453	0.0829	0.0117	0.0311	0.0342	0.0227	0.0117	0.0465	0.046	0.0465	0.0844	0.0459	0.0632	0.0459	0.2053
chr3L	17974537	17974719	chr3L:17974538-17974719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0131	0.0264	0.0564	0.0032	0.0165	0.0195	0.0113	0.0032	0.0266	0.028	0.0266	0.0496	0.0429	0.0509	0.0429	0.1219
chr3L	17974743	17974894	chr3L:17974744-17974894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0141	0.0253	0.0313	0.0021	0.0175	0.0199	0.0147	0.0021	0.026	0.0257	0.026	0.0473	0.0276	0.0303	0.0276	0.062
chr3L	17975074	17975225	chr3L:17975075-17975225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0158	0.0108	0.0161	0.021	0.0021	0.0107	0.0164	0.01	0.0021	0.0199	0.0154	0.0199	0.0256	0.0582	0.0142	0.0582	0.0245
chr3L	17979472	17979665	chr3L:17979473-17979665	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0606	0.0773	0.0754	0.0258	0.035	0.0689	0.0904	0.1186	0.035	0.064	0.1068	0.064	0.0565	0.0268	0.0406	0.0268	0.0318
chr3L	17979797	17980006	chr3L:17979798-17980006	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0498	0.0647	0.0576	0.0246	0.0297	0.0621	0.0701	0.1006	0.0297	0.0459	0.0797	0.0459	0.055	0.023	0.0297	0.023	0.0344
chr3L	17980423	17980574	chr3L:17980424-17980574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0148	0.0263	0.0302	0.0042	0.0165	0.0208	0.018	0.0042	0.026	0.0273	0.026	0.0225	0.0153	0.0155	0.0153	0.0271
chr3L	17981331	17981521	chr3L:17981332-17981521	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1267	0.1778	0.1134	0.0583	0.1578	0.1445	0.1546	0.0583	0.221	0.2039	0.221	0.1627	0.1378	0.1289	0.1378	0.123
chr3L	17981698	17982009	chr3L:17981699-17982009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.0846	0.1198	0.0719	0.0392	0.0971	0.0882	0.1233	0.0392	0.1461	0.1305	0.1461	0.1007	0.0865	0.0806	0.0865	0.0563
chr3L	17982349	17982603	chr3L:17982350-17982603	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2037	0.1302	0.2958	0.1847	0.0657	0.2024	0.1003	0.1706	0.0657	0.3726	0.3363	0.3726	0.2688	0.2389	0.205	0.2389	0.1985
chr3L	17983114	17983324	chr3L:17983115-17983324	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1775	0.071	0.2773	0.187	0.0053	0.1432	0.0437	0.0866	0.0053	0.3207	0.3402	0.3207	0.2905	0.1975	0.2444	0.1975	0.2209
chr3L	17985837	17985996	chr3L:17985838-17985996	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0498	0.0265	0.067	0.0568	0.0159	0.0262	0.0363	0.034	0.0159	0.0417	0.0614	0.0417	0.0418	0.0176	0.0316	0.0176	0.013
chr3L	17986537	17986719	chr3L:17986538-17986719	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0447	0.0183	0.0707	0.0457	0.0064	0.0272	0.0173	0.0233	0.0064	0.0368	0.118	0.0368	0.0705	0.036	0.1135	0.036	0.0287
chr3L	17988415	17988566	chr3L:17988416-17988566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0122	0.0297	0.0538	0.0042	0.018	0.0117	0.0167	0.0042	0.0314	0.0296	0.0314	0.0271	0.0459	0.02	0.0459	0.0427
chr3L	17992611	17992799	chr3L:17992612-17992799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.245	0.2053	0.3203	0.2068	0.1548	0.2806	0.1916	0.2472	0.1548	0.4287	0.3502	0.4287	0.3067	0.2703	0.2334	0.2703	0.2783
chr3L	17992951	17993118	chr3L:17992952-17993118	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1753	0.1271	0.242	0.156	0.0774	0.1854	0.1064	0.1619	0.0774	0.3207	0.265	0.3207	0.2409	0.2098	0.1625	0.2098	0.1923
chr3L	17993344	17993531	chr3L:17993345-17993531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.073	0.037	0.1122	0.0703	0.0095	0.0757	0.0307	0.0266	0.0095	0.2536	0.0791	0.2536	0.1201	0.2029	0.0413	0.2029	0.0573
chr3L	17994071	17994228	chr3L:17994072-17994228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0512	0.028	0.0796	0.0458	0.0106	0.0549	0.0277	0.0187	0.0106	0.1745	0.0666	0.1745	0.0705	0.0881	0.029	0.0881	0.0787
chr3L	17995356	17995518	chr3L:17995357-17995518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0482	0.078	0.0334	0.0201	0.067	0.045	0.0653	0.0201	0.0495	0.101	0.0495	0.1418	0.0306	0.049	0.0306	0.0511
chr3L	17996318	17996470	chr3L:17996319-17996470	FBgn0086081	snoRNA:Me28S-A30	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0576	0.0348	0.0854	0.0526	0.0064	0.0592	0.0303	0.0386	0.0064	0.0628	0.0949	0.0628	0.1851	0.0245	0.0355	0.0245	0.1381
chr3L	17997734	17998004	chr3L:17997735-17998004	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0943	0.0353	0.1556	0.0929	0.0064	0.0767	0.0238	0.0333	0.0064	0.2083	0.1804	0.2083	0.1991	0.0651	0.1154	0.0651	0.1798
chr3L	17998008	17998203	chr3L:17998009-17998203	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0918	0.0436	0.1489	0.083	0.0117	0.0879	0.0255	0.052	0.0117	0.2313	0.1685	0.2313	0.1611	0.0858	0.1012	0.0858	0.1464
chr3L	17998442	17998971	chr3L:17998443-17998971	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1675	0.076	0.2659	0.1617	0.0233	0.1393	0.0614	0.0806	0.0233	0.407	0.3023	0.407	0.2517	0.2328	0.1986	0.2328	0.2376
chr3L	18001705	18001856	chr3L:18001706-18001856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0281	0.0138	0.0429	0.0279	0.0032	0.0189	0.0208	0.01	0.0032	0.0441	0.0556	0.0441	0.0503	0.0743	0.029	0.0743	0.0208
chr3L	18002070	18002221	chr3L:18002071-18002221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0271	0.0146	0.0346	0.0327	0.0074	0.016	0.0225	0.012	0.0074	0.0465	0.0338	0.0465	0.0565	0.108	0.0277	0.108	0.0182
chr3L	18002346	18002497	chr3L:18002347-18002497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0219	0.0126	0.0258	0.0281	0.0021	0.0146	0.0177	0.0133	0.0021	0.038	0.0257	0.038	0.0395	0.0896	0.0264	0.0896	0.0182
chr3L	18003563	18003829	chr3L:18003564-18003829	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0722	0.0292	0.1131	0.0755	0.0085	0.0558	0.026	0.0273	0.0085	0.0356	0.181	0.0356	0.1813	0.0368	0.2218	0.0368	0.0547
chr3L	18003839	18003990	chr3L:18003840-18003990	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0418	0.0171	0.0661	0.0426	0.0011	0.0345	0.0121	0.0187	0.0011	0.0217	0.1013	0.0217	0.1185	0.0268	0.1199	0.0268	0.0302
chr3L	18005957	18006215	chr3L:18005958-18006215	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0689	0.089	0.0843	0.0297	0.0318	0.1199	0.0606	0.1586	0.0318	0.0646	0.1283	0.0646	0.093	0.0237	0.0587	0.0237	0.0302
chr3L	18006224	18006428	chr3L:18006225-18006428	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.051	0.0723	0.0584	0.0191	0.0382	0.0806	0.0467	0.1419	0.0382	0.0393	0.0868	0.0393	0.072	0.0153	0.0329	0.0153	0.0219
chr3L	18006430	18006592	chr3L:18006431-18006592	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.046	0.0601	0.0574	0.0178	0.0276	0.0573	0.045	0.1246	0.0276	0.0393	0.0868	0.0393	0.0558	0.0115	0.0329	0.0115	0.024
chr3L	18008332	18008598	chr3L:18008333-18008598	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1033	0.1312	0.1374	0.0347	0.0923	0.0976	0.1817	0.1779	0.0923	0.0592	0.2592	0.0592	0.0968	0.0237	0.0819	0.0237	0.0287
chr3L	18008716	18008901	chr3L:18008717-18008901	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0528	0.0822	0.0267	0.0286	0.0612	0.067	0.0613	0.0286	0.0459	0.1299	0.0459	0.1046	0.0245	0.0355	0.0245	0.038
chr3L	18009334	18009540	chr3L:18009335-18009540	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0781	0.052	0.1209	0.0603	0.017	0.0723	0.0489	0.0779	0.017	0.1739	0.1469	0.1739	0.1084	0.1225	0.0574	0.1225	0.0657
chr3L	18009707	18009938	chr3L:18009708-18009938	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.0879	0.199	0.1317	0.053	0.1126	0.0852	0.1206	0.053	0.2421	0.2508	0.2421	0.2192	0.1998	0.1605	0.1998	0.1845
chr3L	18010836	18011004	chr3L:18010837-18011004	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.028	0.0761	0.0267	0.0053	0.0437	0.0238	0.038	0.0053	0.0368	0.1331	0.0368	0.079	0.0191	0.0664	0.0191	0.0214
chr3L	18012369	18012520	chr3L:18012370-18012520	distal	distal	none	none	VT32566.1	VT32566.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0107	0.0184	0.024	0.0021	0.0141	0.016	0.0073	0.0021	0.0175	0.0219	0.0175	0.0232	0.0191	0.0181	0.0191	0.0297
chr3L	18012832	18013000	chr3L:18012833-18013000	distal	distal	none	none	VT32566.1	VT32566.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0661	0.0249	0.0772	0.1	0.0085	0.0388	0.0277	0.02	0.0085	0.0713	0.0862	0.0713	0.1379	0.0988	0.1006	0.0988	0.1449
chr3L	18013248	18013399	chr3L:18013249-18013399	distal	distal	none	none	VT32566.1	VT32566.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.0095	0.028	0.0551	0.0011	0.0117	0.013	0.0107	0.0011	0.0302	0.0235	0.0302	0.0643	0.0436	0.0387	0.0436	0.1225
chr3L	18014109	18014366	chr3L:18014110-18014366	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0508	0.0141	0.0332	0.1111	0.0021	0.0146	0.0225	0.0127	0.0021	0.026	0.0289	0.026	0.0852	0.134	0.0832	0.134	0.211
chr3L	18015155	18015428	chr3L:18015156-18015428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0151	0.0283	0.0511	0.0032	0.015	0.0238	0.0173	0.0032	0.0181	0.0241	0.0181	0.0728	0.0214	0.0529	0.0214	0.1146
chr3L	18015774	18015980	chr3L:18015775-18015980	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0673	0.0224	0.0746	0.1095	0.0085	0.0383	0.0238	0.0187	0.0085	0.0519	0.063	0.0519	0.1905	0.072	0.0806	0.072	0.2449
chr3L	18016918	18017069	chr3L:18016919-18017069	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0062	0.0143	0.0382	0.0021	0.0087	0.0091	0.0047	0.0021	0.0066	0.0093	0.0066	0.0465	0.0237	0.0129	0.0237	0.0974
chr3L	18019178	18019329	chr3L:18019179-18019329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0062	0.0093	0.0358	0.0021	0.0053	0.0117	0.0053	0.0021	0.0054	0.0064	0.0054	0.024	0.0176	0.0322	0.0176	0.0594
chr3L	18022181	18022332	chr3L:18022182-18022332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0074	0.0086	0.0217	0.0021	0.0078	0.0125	0.0073	0.0021	0.0072	0.008	0.0072	0.0147	0.0069	0.0135	0.0069	0.0245
chr3L	18022696	18022909	chr3L:18022697-18022909	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.119	0.0673	0.1171	0.1787	0.053	0.0757	0.0796	0.068	0.053	0.1262	0.0939	0.1262	0.2161	0.1975	0.1367	0.1975	0.2496
chr3L	18023430	18023581	chr3L:18023431-18023581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0077	0.0123	0.0248	0.0042	0.0078	0.0121	0.008	0.0042	0.0121	0.0074	0.0121	0.0372	0.0184	0.0123	0.0184	0.0422
chr3L	18025950	18026143	chr3L:18025951-18026143	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0259	0.0072	0.0169	0.0567	0.0021	0.0097	0.0082	0.008	0.0021	0.0085	0.0145	0.0085	0.0496	0.0704	0.0548	0.0704	0.1011
chr3L	18029516	18029667	chr3L:18029517-18029667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0122	0.008	0.0119	0.0171	0.0032	0.0083	0.0147	0.004	0.0032	0.0139	0.0119	0.0139	0.0116	0.023	0.0103	0.023	0.0094
chr3L	18030362	18030529	chr3L:18030363-18030529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0252	0.016	0.0278	0.0326	0.0106	0.0199	0.0229	0.0133	0.0106	0.0755	0.0177	0.0755	0.0155	0.1271	0.02	0.1271	0.0109
chr3L	18031010	18031161	chr3L:18031011-18031161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0141	0.0106	0.0176	0.0141	0.0085	0.0078	0.0164	0.012	0.0085	0.0205	0.0222	0.0205	0.0163	0.0199	0.0348	0.0199	0.0063
chr3L	18054917	18055071	chr3L:18054918-18055071	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.012	0.005	0.0066	0.0258	0.0032	0.0049	0.0082	0.0047	0.0032	0.0079	0.0042	0.0079	0.0116	0.0505	0.0077	0.0505	0.0156
chr3L	18055217	18055368	chr3L:18055218-18055368	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0051	0.0062	0.021	0.0011	0.0039	0.0104	0.0033	0.0011	0.0066	0.0068	0.0066	0.007	0.0199	0.0097	0.0199	0.0104
chr3L	18056416	18056665	chr3L:18056417-18056665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0947	0.0643	0.1006	0.122	0.0392	0.0757	0.0657	0.074	0.0392	0.1105	0.0984	0.1105	0.1681	0.1524	0.1173	0.1524	0.1506
chr3L	18057917	18058158	chr3L:18057918-18058158	FBgn0000568	Eip75B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.0693	0.1577	0.1352	0.0414	0.083	0.0631	0.1059	0.0414	0.1926	0.1772	0.1926	0.1689	0.1585	0.1412	0.1585	0.1626
chr3L	18058745	18058902	chr3L:18058746-18058902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0093	0.0141	0.0272	0.0064	0.0087	0.016	0.008	0.0064	0.0079	0.0132	0.0079	0.0108	0.0069	0.0039	0.0069	0.0104
chr3L	18069950	18070101	chr3L:18069951-18070101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0109	0.0071	0.0113	0.0146	0.0032	0.0053	0.0112	0.0073	0.0032	0.0072	0.0183	0.0072	0.0093	0.0061	0.038	0.0061	0.0063
chr3L	18070546	18070697	chr3L:18070547-18070697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0071	0.0094	0.0249	0.0085	0.0044	0.0134	0.0033	0.0085	0.0103	0.0064	0.0103	0.0147	0.0115	0.0187	0.0115	0.0412
chr3L	18070855	18071155	chr3L:18070856-18071155	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0193	0.0284	0.0851	0.0159	0.0194	0.0272	0.0193	0.0159	0.0284	0.0203	0.0284	0.0473	0.0926	0.0651	0.0926	0.1063
chr3L	18071480	18071631	chr3L:18071481-18071631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0147	0.0122	0.0224	0.017	0.0112	0.0225	0.0127	0.017	0.0109	0.0113	0.0109	0.0093	0.0107	0.0148	0.0107	0.0151
chr3L	18072285	18072528	chr3L:18072286-18072528	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.0137	0.0227	0.0668	0.0064	0.0146	0.0251	0.008	0.0064	0.0199	0.019	0.0199	0.031	0.075	0.0406	0.075	0.0636
chr3L	18075121	18075272	chr3L:18075122-18075272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0176	0.0112	0.0123	0.0305	0.0032	0.0068	0.0221	0.0107	0.0032	0.0139	0.0151	0.0139	0.0108	0.0536	0.0516	0.0536	0.0224
chr3L	18075314	18075465	chr3L:18075315-18075465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0121	0.0113	0.029	0.0032	0.0102	0.0208	0.0133	0.0032	0.0109	0.0129	0.0109	0.0163	0.0536	0.0374	0.0536	0.0287
chr3L	18076678	18076829	chr3L:18076679-18076829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0266	0.0224	0.0282	0.0297	0.0127	0.0189	0.0355	0.022	0.0127	0.0326	0.0286	0.0326	0.0488	0.0406	0.0309	0.0406	0.0412
chr3L	18076978	18077129	chr3L:18076979-18077129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0137	0.011	0.0113	0.0194	0.0064	0.0073	0.0199	0.01	0.0064	0.0133	0.009	0.0133	0.0217	0.0291	0.009	0.0291	0.0135
chr3L	18077135	18077286	chr3L:18077136-18077286	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0146	0.0105	0.0108	0.0234	0.0032	0.0063	0.0234	0.006	0.0032	0.0121	0.0109	0.0121	0.0163	0.0283	0.0116	0.0283	0.0156
chr3L	18077735	18077886	chr3L:18077736-18077886	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0059	0.0075	0.0157	0.0042	0.0049	0.0104	0.0027	0.0042	0.0091	0.0074	0.0091	0.0085	0.0092	0.009	0.0092	0.0151
chr3L	18080236	18080508	chr3L:18080237-18080508	FBgn0052194,FBgn0085282	CG34253,CR32194	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0278	0.0137	0.022	0.05	0.0064	0.016	0.0195	0.01	0.0064	0.0229	0.019	0.0229	0.0465	0.0207	0.0522	0.0207	0.1178
chr3L	18080549	18080700	chr3L:18080550-18080700	FBgn0052194,FBgn0085282	CG34253,CR32194	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0159	0.0091	0.014	0.0256	0.0074	0.0087	0.0134	0.006	0.0074	0.0121	0.0135	0.0121	0.0287	0.013	0.038	0.013	0.0438
chr3L	18080993	18081144	chr3L:18080994-18081144	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0243	0.0298	0.0352	0.0159	0.0204	0.0402	0.0213	0.0159	0.035	0.0325	0.035	0.0356	0.0314	0.0471	0.0314	0.0485
chr3L	18081221	18081403	chr3L:18081222-18081403	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0693	0.0858	0.0813	0.0392	0.067	0.1008	0.0733	0.0392	0.1093	0.0932	0.1093	0.0937	0.1018	0.098	0.1018	0.0917
chr3L	18085650	18085801	chr3L:18085651-18085801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0117	0.0108	0.011	0.0135	0.0021	0.0049	0.0221	0.012	0.0021	0.0091	0.0154	0.0091	0.0132	0.0015	0.0426	0.0015	0.0083
chr3L	18088889	18089040	chr3L:18088890-18089040	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0183	0.0193	0.0206	0.0148	0.0106	0.0165	0.0229	0.028	0.0106	0.0145	0.0251	0.0145	0.0209	0.0023	0.0322	0.0023	0.0109
chr3L	18094902	18095082	chr3L:18094903-18095082	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0121	0.0301	0.0496	0.0074	0.0097	0.0182	0.0133	0.0074	0.0115	0.0534	0.0115	0.0287	0.0092	0.1625	0.0092	0.0302
chr3L	18095452	18095631	chr3L:18095453-18095631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0408	0.0299	0.0532	0.0395	0.0064	0.0325	0.0225	0.0646	0.0064	0.0097	0.1093	0.0097	0.0294	0.0054	0.1367	0.0054	0.0167
chr3L	18095885	18096116	chr3L:18095886-18096116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0213	0.032	0.0306	0.0085	0.0277	0.0234	0.0306	0.0085	0.0145	0.0585	0.0145	0.0201	0.0054	0.1019	0.0054	0.0151
chr3L	18098478	18098658	chr3L:18098479-18098658	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0308	0.0512	0.0227	0.0167	0.0339	0.0403	0.0649	0.0706	0.0339	0.0127	0.0328	0.0127	0.0163	0.0138	0.0303	0.0138	0.0135
chr3L	18098835	18098986	chr3L:18098836-18098986	FBgn0036773	CG13698	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0309	0.0244	0.0321	0.0369	0.0201	0.0218	0.0272	0.0326	0.0201	0.0229	0.0431	0.0229	0.0395	0.0161	0.0793	0.0161	0.0391
chr3L	18099151	18099473	chr3L:18099152-18099473	FBgn0036773,FBgn0036774	CG13698,mRpS26	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0987	0.0608	0.0911	0.1494	0.0382	0.0733	0.0701	0.0733	0.0382	0.0634	0.108	0.0634	0.1278	0.0842	0.227	0.0842	0.1845
chr3L	18099570	18099750	chr3L:18099571-18099750	FBgn0036773,FBgn0036774	CG13698,mRpS26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1165	0.0953	0.1341	0.1207	0.0615	0.115	0.1012	0.1186	0.0615	0.1473	0.1453	0.1473	0.1603	0.1271	0.1257	0.1271	0.1714
chr3L	18099816	18100003	chr3L:18099817-18100003	FBgn0036774	mRpS26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0628	0.0528	0.0772	0.0581	0.0371	0.0641	0.0619	0.0573	0.0371	0.087	0.0836	0.087	0.096	0.0697	0.0522	0.0697	0.0839
chr3L	18102347	18102498	chr3L:18102348-18102498	FBgn0002901,FBgn0036775	CG5147,mus304	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0325	0.0515	0.0389	0.0138	0.0398	0.0385	0.0406	0.0138	0.0592	0.0595	0.0592	0.055	0.0475	0.0322	0.0475	0.061
chr3L	18102580	18102754	chr3L:18102581-18102754	FBgn0002901,FBgn0036775	CG5147,mus304	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.114	0.1152	0.1294	0.0958	0.0859	0.1204	0.138	0.1379	0.0859	0.157	0.1524	0.157	0.1371	0.1202	0.0974	0.1202	0.1219
chr3L	18102799	18102991	chr3L:18102800-18102991	FBgn0002901,FBgn0036775	CG5147,mus304	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0833	0.0851	0.0951	0.0684	0.0562	0.0883	0.1034	0.1086	0.0562	0.1129	0.1129	0.1129	0.0968	0.0796	0.0754	0.0796	0.0865
chr3L	18105664	18105856	chr3L:18105665-18105856	FBgn0036777,FBgn0052195	CG32195,CG7341	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0546	0.0638	0.0572	0.0415	0.0414	0.0587	0.0856	0.0793	0.0414	0.07	0.0659	0.07	0.0658	0.0337	0.0509	0.0337	0.0558
chr3L	18105934	18106111	chr3L:18105935-18106111	FBgn0036777,FBgn0052195	CG32195,CG7341	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1092	0.1103	0.1198	0.0962	0.087	0.116	0.1272	0.1372	0.087	0.1449	0.1373	0.1449	0.127	0.0942	0.0948	0.0942	0.1324
chr3L	18106352	18106547	chr3L:18106353-18106547	FBgn0036777,FBgn0052195	CG32195,CG7341	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0445	0.0464	0.0461	0.0407	0.035	0.05	0.0567	0.0466	0.035	0.0495	0.0601	0.0495	0.0418	0.0459	0.0445	0.0459	0.0516
chr3L	18107440	18107659	chr3L:18107441-18107659	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0179	0.0308	0.0731	0.0106	0.0194	0.0255	0.0167	0.0106	0.0187	0.0331	0.0187	0.0488	0.0528	0.0368	0.0528	0.1131
chr3L	18124832	18124983	chr3L:18124833-18124983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0115	0.0177	0.011	0.0052	0.0106	0.0087	0.0385	0.014	0.0106	0.0127	0.0154	0.0127	0.0062	0.0031	0.0039	0.0031	0.0094
chr3L	18125053	18125204	chr3L:18125054-18125204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0127	0.0201	0.0126	0.0046	0.0074	0.0136	0.0467	0.0093	0.0074	0.0115	0.0193	0.0115	0.0046	0.0038	0.0084	0.0038	0.0047
chr3L	18131467	18131664	chr3L:18131468-18131664	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0616	0.1371	0.0343	0.0071	0.1686	0.0403	0.2833	0.0899	0.1686	0.0151	0.0633	0.0151	0.0201	0.0077	0.0148	0.0077	0.0042
chr3L	18132336	18132565	chr3L:18132337-18132565	FBgn0020300	gk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1395	0.2296	0.1161	0.0646	0.2492	0.1272	0.3806	0.2119	0.2492	0.0507	0.2006	0.0507	0.1084	0.0123	0.2141	0.0123	0.0427
chr3L	18132725	18132937	chr3L:18132726-18132937	FBgn0020300	gk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0416	0.0697	0.0344	0.0182	0.0732	0.0272	0.1401	0.0513	0.0732	0.0211	0.0582	0.0211	0.0279	0.0038	0.0554	0.0038	0.0146
chr3L	18135121	18135281	chr3L:18135122-18135281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0291	0.0366	0.0315	0.018	0.0286	0.0194	0.0761	0.0233	0.0286	0.0151	0.0566	0.0151	0.0178	0.0054	0.0464	0.0054	0.0151
chr3L	18137724	18137875	chr3L:18137725-18137875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0356	0.0156	0.0085	0.0286	0.0141	0.077	0.022	0.0286	0.0169	0.0183	0.0169	0.0186	0.0069	0.0148	0.0069	0.0083
chr3L	18137983	18138134	chr3L:18137984-18138134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0178	0.0312	0.0132	0.0078	0.0201	0.0126	0.074	0.0147	0.0201	0.0157	0.0151	0.0157	0.0163	0.0061	0.0135	0.0061	0.0068
chr3L	18138358	18138509	chr3L:18138359-18138509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0152	0.0264	0.0115	0.0067	0.0212	0.0087	0.0644	0.0127	0.0212	0.0091	0.0151	0.0091	0.0147	0.0046	0.0123	0.0046	0.0057
chr3L	18141322	18141473	chr3L:18141323-18141473	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0155	0.0194	0.0145	0.0121	0.0095	0.0107	0.0363	0.02	0.0095	0.0048	0.0257	0.0048	0.0147	0.0031	0.0309	0.0031	0.0089
chr3L	18147358	18147544	chr3L:18147359-18147544	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0565	0.0434	0.0647	0.0621	0.0223	0.0476	0.0606	0.0466	0.0223	0.0779	0.0759	0.0779	0.0844	0.0835	0.0838	0.0835	0.0928
chr3L	18155538	18155689	chr3L:18155539-18155689	FBgn0036781	CG13699	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.008	0.0108	0.0192	0.0011	0.0083	0.0147	0.006	0.0011	0.0054	0.018	0.0054	0.0085	0.0038	0.0651	0.0038	0.0078
chr3L	18160027	18160178	chr3L:18160028-18160178	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0466	0.053	0.057	0.028	0.0286	0.0519	0.0779	0.0573	0.0286	0.0628	0.0678	0.0628	0.0496	0.0207	0.0445	0.0207	0.0261
chr3L	18160238	18160470	chr3L:18160239-18160470	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1206	0.1307	0.1472	0.0801	0.0986	0.132	0.1683	0.1446	0.0986	0.1576	0.1778	0.1576	0.134	0.0758	0.1154	0.0758	0.1063
chr3L	18160972	18161123	chr3L:18160973-18161123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0253	0.0257	0.0319	0.0175	0.0148	0.0296	0.0342	0.0227	0.0148	0.0278	0.0447	0.0278	0.0302	0.0168	0.0284	0.0168	0.025
chr3L	18163355	18163576	chr3L:18163356-18163576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.03	0.0401	0.0234	0.0117	0.0427	0.0329	0.0286	0.0117	0.0181	0.0453	0.0181	0.0434	0.0145	0.0187	0.0145	0.0177
chr3L	18165422	18165573	chr3L:18165423-18165573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0235	0.0249	0.0256	0.0195	0.0074	0.0291	0.0372	0.0207	0.0074	0.0248	0.0363	0.0248	0.0217	0.0391	0.0181	0.0391	0.024
chr3L	18166190	18166341	chr3L:18166191-18166341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0176	0.0162	0.019	0.0177	0.0011	0.0199	0.0268	0.0133	0.0011	0.0181	0.028	0.0181	0.0155	0.0498	0.0135	0.0498	0.0151
chr3L	18166847	18167103	chr3L:18166848-18167103	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0911	0.0322	0.01	0.0838	0.0495	0.1708	0.0733	0.0838	0.0205	0.055	0.0205	0.0194	0.01	0.0219	0.01	0.0089
chr3L	18167956	18168107	chr3L:18167957-18168107	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0769	0.0266	0.0131	0.0636	0.0515	0.1094	0.0979	0.0636	0.0127	0.0466	0.0127	0.0139	0.0054	0.0258	0.0054	0.0156
chr3L	18168140	18168395	chr3L:18168141-18168395	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0664	0.1255	0.047	0.0217	0.1177	0.0879	0.1683	0.1612	0.1177	0.0254	0.0823	0.0254	0.024	0.0123	0.0484	0.0123	0.0167
chr3L	18169833	18169984	chr3L:18169834-18169984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.018	0.0247	0.0185	0.01	0.0106	0.0417	0.0272	0.02	0.0106	0.0236	0.0235	0.0236	0.0163	0.0092	0.0142	0.0092	0.013
chr3L	18178064	18178383	chr3L:18178065-18178383	FBgn0003997	W	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0795	0.1056	0.0869	0.0422	0.0562	0.1248	0.1172	0.1292	0.0562	0.0978	0.1273	0.0978	0.062	0.0513	0.0761	0.0513	0.0391
chr3L	18178726	18178979	chr3L:18178727-18178979	FBgn0003997	W	stage11,stage14,stage5	none	W_5primeF	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2659	0.2805	0.3112	0.1998	0.2354	0.3155	0.3058	0.3331	0.2354	0.4239	0.3923	0.4239	0.3021	0.2864	0.294	0.2864	0.2621
chr3L	18179187	18179360	chr3L:18179188-18179360	FBgn0003997	W	stage11,stage14,stage5	none	W_5primeF	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2333	0.2605	0.2659	0.1671	0.2216	0.2893	0.2881	0.3025	0.2216	0.3671	0.3267	0.3671	0.2703	0.2389	0.2598	0.2389	0.209
chr3L	18179972	18180144	chr3L:18179973-18180144	distal	distal	none	none	W_5primeF	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0777	0.0927	0.0912	0.046	0.052	0.099	0.1142	0.1193	0.052	0.0725	0.1479	0.0725	0.0666	0.0245	0.1012	0.0245	0.0438
chr3L	18181649	18181800	chr3L:18181650-18181800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0397	0.0177	0.0442	0.0595	0.0021	0.0262	0.0208	0.0187	0.0021	0.0362	0.0553	0.0362	0.0674	0.0375	0.0567	0.0375	0.1308
chr3L	18182042	18182251	chr3L:18182043-18182251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0499	0.0482	0.0623	0.0382	0.0308	0.0529	0.0636	0.052	0.0308	0.1057	0.0669	0.1057	0.0395	0.0237	0.0458	0.0237	0.0719
chr3L	18184007	18184158	chr3L:18184008-18184158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0193	0.0111	0.0212	0.0263	0.0011	0.0146	0.0151	0.012	0.0011	0.0205	0.0235	0.0205	0.0263	0.0444	0.0219	0.0444	0.0307
chr3L	18184776	18185005	chr3L:18184777-18185005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0075	0.0179	0.024	0.0042	0.0126	0.0065	0.0087	0.0042	0.0229	0.0164	0.0229	0.0248	0.0551	0.0045	0.0551	0.0234
chr3L	18185345	18185496	chr3L:18185346-18185496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0112	0.0301	0.0106	0	0.0107	0.016	0.018	0	0.0163	0.0495	0.0163	0.0271	0.0054	0.0206	0.0054	0.0141
chr3L	18185828	18186039	chr3L:18185829-18186039	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0551	0.0339	0.0929	0.0373	0.0095	0.0442	0.0333	0.0493	0.0095	0.0483	0.1595	0.0483	0.1007	0.0061	0.1012	0.0061	0.0406
chr3L	18186217	18186423	chr3L:18186218-18186423	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0218	0.0918	0.0318	0.0021	0.0291	0.0151	0.042	0.0021	0.0296	0.164	0.0296	0.103	0.0107	0.0851	0.0107	0.0214
chr3L	18191438	18191630	chr3L:18191439-18191630	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0136	0.0315	0.026	0.0042	0.017	0.0199	0.0113	0.0042	0.0314	0.0322	0.0314	0.0651	0.0092	0.0374	0.0092	0.0537
chr3L	18192801	18192952	chr3L:18192802-18192952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.0163	0.0311	0.0097	0.0032	0.0199	0.0195	0.0247	0.0032	0.0163	0.0576	0.0163	0.0163	0.0069	0.0206	0.0069	0.0073
chr3L	18196230	18196450	chr3L:18196231-18196450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0255	0.0423	0.0149	0.0117	0.0282	0.0359	0.0266	0.0117	0.0399	0.0617	0.0399	0.0209	0.0168	0.0258	0.0168	0.0104
chr3L	18196989	18197151	chr3L:18196990-18197151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0105	0.0308	0.0308	0.0021	0.0194	0.0099	0.0093	0.0021	0.0302	0.0489	0.0302	0.0186	0.0375	0.0696	0.0375	0.024
chr3L	18197348	18197499	chr3L:18197349-18197499	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0186	0.0046	0.0222	0.0304	0.0011	0.0097	0.0043	0.0033	0.0011	0.0133	0.0395	0.0133	0.017	0.0421	0.0664	0.0421	0.0219
chr3L	18197627	18197846	chr3L:18197628-18197846	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0122	0.0654	0.0482	0.0011	0.0243	0.0117	0.0093	0.0011	0.0338	0.1196	0.0338	0.0457	0.0398	0.1354	0.0398	0.0271
chr3L	18198403	18198667	chr3L:18198404-18198667	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.048	0.0533	0.0742	0.0131	0.0212	0.0791	0.0631	0.0466	0.0212	0.0888	0.1154	0.0888	0.0356	0.0191	0.0258	0.0191	0.0099
chr3L	18198677	18198872	chr3L:18198678-18198872	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0409	0.0406	0.0675	0.0121	0.0148	0.0757	0.0363	0.0346	0.0148	0.0966	0.1032	0.0966	0.0178	0.0176	0.0219	0.0176	0.0073
chr3L	18199035	18199186	chr3L:18199036-18199186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0218	0.0291	0.0097	0.0106	0.034	0.0238	0.0227	0.0106	0.0362	0.0441	0.0362	0.0108	0.0123	0.0123	0.0123	0.0078
chr3L	18200094	18200289	chr3L:18200095-18200289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0254	0.0258	0.0344	0.015	0.0085	0.0417	0.0285	0.0233	0.0085	0.0362	0.0479	0.0362	0.0209	0.0153	0.0226	0.0153	0.0182
chr3L	18204556	18204707	chr3L:18204557-18204707	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0085	0.0162	0.022	0.0042	0.0097	0.0117	0.01	0.0042	0.0115	0.0312	0.0115	0.0077	0.0077	0.0741	0.0077	0.0089
chr3L	18205183	18205334	chr3L:18205184-18205334	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0087	0.0179	0.0285	0.0032	0.0136	0.0074	0.0113	0.0032	0.0169	0.0273	0.0169	0.0132	0.0077	0.089	0.0077	0.0172
chr3L	18205611	18205762	chr3L:18205612-18205762	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0082	0.0227	0.029	0.0011	0.0121	0.0112	0.0093	0.0011	0.0103	0.0402	0.0103	0.0209	0.0054	0.1083	0.0054	0.0089
chr3L	18206815	18207283	chr3L:18206816-18207283	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0864	0.0594	0.1404	0.0572	0.018	0.0767	0.0593	0.0933	0.018	0.0791	0.2688	0.0791	0.0473	0.0214	0.1799	0.0214	0.0297
chr3L	18208561	18208863	chr3L:18208562-18208863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0376	0.0418	0.0287	0.0085	0.0461	0.0428	0.052	0.0085	0.0405	0.0675	0.0405	0.0232	0.0084	0.0935	0.0084	0.0099
chr3L	18209067	18209228	chr3L:18209068-18209228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0332	0.0278	0.0421	0.0294	0.0074	0.0417	0.0272	0.04	0.0074	0.035	0.0762	0.035	0.0186	0.0054	0.1032	0.0054	0.0125
chr3L	18209836	18210293	chr3L:18209837-18210293	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0752	0.1017	0.0853	0.0344	0.017	0.2121	0.0774	0.0833	0.017	0.256	0.054	0.256	0.0364	0.0934	0.0432	0.0934	0.0167
chr3L	18211639	18211912	chr3L:18211640-18211912	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.049	0.0703	0.0599	0.0132	0.0392	0.065	0.0956	0.0879	0.0392	0.0658	0.092	0.0658	0.0232	0.0176	0.0245	0.0176	0.0089
chr3L	18212178	18212438	chr3L:18212179-18212438	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0365	0.0636	0.0107	0.0074	0.0485	0.0329	0.0573	0.0074	0.0507	0.1077	0.0507	0.0263	0.0092	0.0239	0.0092	0.0089
chr3L	18214331	18214516	chr3L:18214332-18214516	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	GJ8671	GJ8671	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0794	0.0546	0.1343	0.0471	0.017	0.1029	0.0272	0.0806	0.017	0.2162	0.1762	0.2162	0.086	0.0536	0.1083	0.0536	0.0365
chr3L	18214599	18214807	chr3L:18214600-18214807	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	GJ8671	GJ8671	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0978	0.0648	0.1713	0.054	0.0223	0.1379	0.0346	0.0673	0.0223	0.3074	0.2186	0.3074	0.0821	0.0398	0.118	0.0398	0.0599
chr3L	18215541	18215692	chr3L:18215542-18215692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0251	0.0163	0.0346	0.0245	0.0032	0.0272	0.016	0.0153	0.0032	0.0531	0.0376	0.0531	0.0395	0.0161	0.0258	0.0161	0.0526
chr3L	18217851	18218081	chr3L:18217852-18218081	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1066	0.0646	0.1971	0.0542	0.0053	0.1306	0.0307	0.0893	0.0053	0.2995	0.2643	0.2995	0.1433	0.0429	0.0716	0.0429	0.1011
chr3L	18218536	18218737	chr3L:18218537-18218737	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0856	0.0616	0.1506	0.0412	0.0148	0.1218	0.0337	0.0833	0.0148	0.1618	0.2145	0.1618	0.1387	0.0291	0.0683	0.0291	0.0651
chr3L	18218828	18219041	chr3L:18218829-18219041	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0391	0.1306	0.0588	0.0095	0.0801	0.0247	0.046	0.0095	0.1377	0.1804	0.1377	0.1472	0.0413	0.0812	0.0413	0.1058
chr3L	18219325	18219530	chr3L:18219326-18219530	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0607	0.0227	0.0841	0.0776	0.0042	0.033	0.0272	0.0233	0.0042	0.0876	0.1071	0.0876	0.1263	0.0735	0.1186	0.0735	0.1219
chr3L	18220155	18220347	chr3L:18220156-18220347	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0472	0.012	0.0429	0.0914	0.0011	0.0228	0.0134	0.0107	0.0011	0.0592	0.0505	0.0592	0.0519	0.1807	0.1044	0.1807	0.1146
chr3L	18220748	18220937	chr3L:18220749-18220937	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0524	0.0238	0.0659	0.0696	0.0042	0.0403	0.0221	0.032	0.0042	0.0749	0.1039	0.0749	0.0426	0.1279	0.1032	0.1279	0.074
chr3L	18221665	18222048	chr3L:18221666-18222048	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1922	0.1922	0.2558	0.1223	0.1294	0.2345	0.205	0.2318	0.1294	0.2252	0.3891	0.2252	0.2393	0.1133	0.2643	0.1133	0.1334
chr3L	18222409	18222683	chr3L:18222410-18222683	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1555	0.0945	0.2643	0.1042	0.0233	0.1947	0.0545	0.1146	0.0233	0.3255	0.3566	0.3255	0.22	0.1417	0.2134	0.1417	0.0896
chr3L	18225913	18226082	chr3L:18225914-18226082	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0489	0.0567	0.073	0.0136	0.0244	0.0714	0.0571	0.0819	0.0244	0.0562	0.126	0.0562	0.031	0.0107	0.0264	0.0107	0.0089
chr3L	18226504	18226655	chr3L:18226505-18226655	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0506	0.0257	0.1014	0.0227	0.0042	0.0456	0.0203	0.0306	0.0042	0.0755	0.1855	0.0755	0.048	0.0107	0.06	0.0107	0.0182
chr3L	18227318	18227708	chr3L:18227319-18227708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2186	0.131	0.3166	0.209	0.0647	0.2015	0.0969	0.1825	0.0647	0.3877	0.4219	0.3877	0.3215	0.2665	0.314	0.2665	0.3085
chr3L	18228590	18228754	chr3L:18228591-18228754	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0552	0.0523	0.0685	0.0439	0.0286	0.0519	0.0653	0.0646	0.0286	0.0507	0.1084	0.0507	0.0565	0.0214	0.1064	0.0214	0.0511
chr3L	18228877	18229055	chr3L:18228878-18229055	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0711	0.0293	0.1128	0.0721	0.0117	0.0505	0.0255	0.0313	0.0117	0.1178	0.164	0.1178	0.1069	0.0452	0.1625	0.0452	0.0907
chr3L	18229189	18229459	chr3L:18229190-18229459	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1115	0.0386	0.1822	0.1153	0.0106	0.0718	0.0329	0.0366	0.0106	0.2476	0.254	0.2476	0.1325	0.0926	0.2515	0.0926	0.136
chr3L	18229737	18229902	chr3L:18229738-18229902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0597	0.0232	0.0858	0.0719	0.0095	0.0354	0.0268	0.0193	0.0095	0.1033	0.137	0.1033	0.0434	0.0704	0.1754	0.0704	0.0615
chr3L	18232394	18232558	chr3L:18232395-18232558	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0459	0.0188	0.0451	0.0771	0.0032	0.0311	0.0234	0.0127	0.0032	0.0362	0.0624	0.0362	0.0612	0.0597	0.1431	0.0597	0.1115
chr3L	18232595	18232861	chr3L:18232596-18232861	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0651	0.0375	0.0647	0.0962	0.0106	0.0553	0.0441	0.036	0.0106	0.0495	0.099	0.0495	0.0666	0.0597	0.1934	0.0597	0.135
chr3L	18233684	18233843	chr3L:18233685-18233843	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0523	0.0193	0.0692	0.0707	0.0053	0.032	0.0212	0.0173	0.0053	0.0399	0.1199	0.0399	0.0589	0.0253	0.1818	0.0253	0.0855
chr3L	18235178	18235451	chr3L:18235179-18235451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0445	0.0475	0.0541	0.0306	0.0329	0.0728	0.0441	0.0473	0.0329	0.0459	0.0508	0.0459	0.1317	0.0191	0.0438	0.0191	0.0511
chr3L	18236053	18236219	chr3L:18236054-18236219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0213	0.0508	0.0246	0.0085	0.0257	0.0311	0.0213	0.0085	0.0302	0.0839	0.0302	0.0573	0.0145	0.0503	0.0145	0.0318
chr3L	18236882	18237105	chr3L:18236883-18237105	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1049	0.0408	0.1567	0.1196	0.0106	0.0782	0.0277	0.0493	0.0106	0.1757	0.2212	0.1757	0.1627	0.1531	0.2063	0.1531	0.1485
chr3L	18241382	18241590	chr3L:18241383-18241590	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0268	0.0406	0.021	0.0095	0.0325	0.0268	0.0346	0.0095	0.0471	0.0563	0.0471	0.0318	0.0222	0.0342	0.0222	0.0208
chr3L	18242271	18242422	chr3L:18242272-18242422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0239	0.0122	0.006	0.0106	0.0121	0.0428	0.0273	0.0106	0.0175	0.0129	0.0175	0.0139	0.0092	0.0103	0.0092	0.0036
chr3L	18243186	18243337	chr3L:18243187-18243337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0208	0.0255	0.0239	0.0121	0.0244	0.0175	0.042	0.0266	0.0244	0.0386	0.028	0.0386	0.0108	0.0214	0.0174	0.0214	0.0089
chr3L	18243773	18243954	chr3L:18243774-18243954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0363	0.0218	0.0522	0.0351	0.0064	0.034	0.026	0.018	0.0064	0.16	0.0289	0.16	0.0225	0.1149	0.0232	0.1149	0.0151
chr3L	18244103	18244273	chr3L:18244104-18244273	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0373	0.016	0.0562	0.0405	0.0032	0.0316	0.0134	0.014	0.0032	0.1757	0.0328	0.1757	0.024	0.1455	0.0309	0.1455	0.0172
chr3L	18244281	18244512	chr3L:18244282-18244512	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0426	0.0206	0.0576	0.0507	0.0053	0.0325	0.0164	0.0286	0.0053	0.1697	0.0395	0.1697	0.0248	0.183	0.0387	0.183	0.0229
chr3L	18246182	18246333	chr3L:18246183-18246333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0147	0.0118	0.0217	0.0103	0.0064	0.0107	0.0143	0.0167	0.0064	0.0193	0.0347	0.0193	0.0163	0.0168	0.0232	0.0168	0.0042
chr3L	18247787	18247938	chr3L:18247788-18247938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0091	0.0198	0.0184	0.0021	0.0136	0.0125	0.006	0.0021	0.0248	0.0277	0.0248	0.0132	0.0268	0.0174	0.0268	0.0307
chr3L	18248910	18249061	chr3L:18248911-18249061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0216	0.0275	0.0127	0.0074	0.017	0.0298	0.0333	0.0074	0.0254	0.0395	0.0254	0.0263	0.0069	0.0245	0.0069	0.0109
chr3L	18249275	18249426	chr3L:18249276-18249426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.018	0.0174	0.0251	0.0107	0.0117	0.0136	0.0277	0.018	0.0117	0.0229	0.0421	0.0229	0.0093	0.0077	0.0168	0.0077	0.0078
chr3L	18253919	18254241	chr3L:18253920-18254241	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0388	0.0378	0.0594	0.0174	0.0276	0.033	0.0437	0.0546	0.0276	0.0332	0.11	0.0332	0.0325	0.0092	0.04	0.0092	0.0151
chr3L	18254255	18254406	chr3L:18254256-18254406	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0308	0.0421	0.01	0.0201	0.0248	0.0402	0.0413	0.0201	0.0205	0.0772	0.0205	0.0294	0.0069	0.0245	0.0069	0.0078
chr3L	18258454	18258605	chr3L:18258455-18258605	distal	distal	none	none	VT32699.1	VT32699.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.015	0.0128	0.0192	0.0128	0.0053	0.015	0.0169	0.01	0.0053	0.0211	0.0129	0.0211	0.0473	0.0031	0.0077	0.0031	0.0172
chr3L	18258644	18258795	chr3L:18258645-18258795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0216	0.0168	0.0264	0.0217	0.0053	0.018	0.0238	0.0153	0.0053	0.0302	0.0222	0.0302	0.0465	0.01	0.0097	0.01	0.0224
chr3L	18259547	18259861	chr3L:18259548-18259861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0314	0.0168	0.0374	0.0411	0.0064	0.0252	0.0208	0.0153	0.0064	0.0489	0.0405	0.0489	0.0356	0.0544	0.0832	0.0544	0.0334
chr3L	18260481	18260711	chr3L:18260482-18260711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0219	0.011	0.0235	0.0323	0.0011	0.0155	0.0156	0.0113	0.0011	0.0374	0.0283	0.0374	0.0155	0.0459	0.0625	0.0459	0.0281
chr3L	18261246	18261489	chr3L:18261247-18261489	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.053	0.0237	0.0791	0.0571	0.0053	0.0485	0.0247	0.0107	0.0053	0.2234	0.0592	0.2234	0.0271	0.1386	0.0722	0.1386	0.038
chr3L	18261591	18261758	chr3L:18261592-18261758	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0356	0.0212	0.0476	0.0386	0.0053	0.0437	0.0199	0.0113	0.0053	0.1202	0.0373	0.1202	0.0287	0.0942	0.0413	0.0942	0.0323
chr3L	18262106	18262272	chr3L:18262107-18262272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0319	0.0258	0.0501	0.0188	0.0032	0.0519	0.0177	0.028	0.0032	0.1347	0.0434	0.1347	0.007	0.0314	0.0232	0.0314	0.0214
chr3L	18265295	18265507	chr3L:18265296-18265507	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.107	0.0897	0.1437	0.0859	0.0456	0.1141	0.0978	0.1019	0.0456	0.1703	0.1408	0.1703	0.0627	0.0199	0.0355	0.0199	0.0542
chr3L	18265641	18266122	chr3L:18265642-18266122	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1724	0.1406	0.2307	0.1439	0.087	0.2039	0.1289	0.1606	0.087	0.2464	0.2463	0.2464	0.1146	0.036	0.0986	0.036	0.0813
chr3L	18267454	18267605	chr3L:18267455-18267605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0234	0.0242	0.033	0.012	0.0032	0.0393	0.0238	0.032	0.0032	0.0477	0.0395	0.0477	0.0186	0.0107	0.0084	0.0107	0.0094
chr3L	18270863	18271033	chr3L:18270864-18271033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0208	0.0368	0.0155	0.0053	0.0296	0.0208	0.024	0.0053	0.0362	0.0579	0.0362	0.0217	0.0115	0.0419	0.0115	0.0068
chr3L	18272568	18272719	chr3L:18272569-18272719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0163	0.0277	0.0131	0.0064	0.017	0.0208	0.0233	0.0064	0.0284	0.0489	0.0284	0.0062	0.0123	0.0251	0.0123	0.0068
chr3L	18273076	18273227	chr3L:18273077-18273227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0161	0.0113	0.0204	0.0167	0.0021	0.015	0.0147	0.0147	0.0021	0.0447	0.0186	0.0447	0.0077	0.0521	0.0103	0.0521	0.0073
chr3L	18273684	18273906	chr3L:18273685-18273906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0376	0.0263	0.0548	0.0312	0.0117	0.0374	0.032	0.0207	0.0117	0.0803	0.0656	0.0803	0.0349	0.0505	0.0187	0.0505	0.0214
chr3L	18274025	18274176	chr3L:18274026-18274176	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0405	0.0204	0.0638	0.0372	0.0053	0.033	0.0203	0.022	0.0053	0.0912	0.0794	0.0912	0.0496	0.0812	0.0406	0.0812	0.0245
chr3L	18274269	18274501	chr3L:18274270-18274501	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0786	0.0393	0.1231	0.0738	0.0095	0.082	0.0311	0.0306	0.0095	0.1926	0.1424	0.1926	0.0999	0.16	0.0748	0.16	0.0615
chr3L	18274620	18274799	chr3L:18274621-18274799	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0583	0.0267	0.0918	0.0568	0.0042	0.0549	0.0247	0.0193	0.0042	0.1612	0.1023	0.1612	0.0573	0.1309	0.06	0.1309	0.036
chr3L	18276734	18276885	chr3L:18276735-18276885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0214	0.0125	0.0354	0.0162	0.0011	0.0223	0.0164	0.008	0.0011	0.0767	0.0338	0.0767	0.0201	0.0413	0.0129	0.0413	0.0125
chr3L	18279433	18279604	chr3L:18279434-18279604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0177	0.0209	0.0103	0.0032	0.0199	0.0281	0.0147	0.0032	0.0296	0.0212	0.0296	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chr3L	18283088	18283378	chr3L:18283089-18283378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0366	0.0336	0.0509	0.0244	0.0095	0.0335	0.0389	0.0546	0.0095	0.0423	0.064	0.0423	0.0263	0.0161	0.0245	0.0161	0.0094
chr3L	18283976	18284127	chr3L:18283977-18284127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0255	0.0207	0.0414	0.0134	0.0064	0.0286	0.0229	0.0247	0.0064	0.0477	0.0582	0.0477	0.0163	0.0207	0.0123	0.0207	0.0089
chr3L	18284201	18284380	chr3L:18284202-18284380	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0336	0.0302	0.0556	0.0132	0.0085	0.0359	0.032	0.046	0.0085	0.0501	0.074	0.0501	0.0178	0.0138	0.0084	0.0138	0.0083
chr3L	18287821	18288019	chr3L:18287822-18288019	FBgn0036784,FBgn0262998	CG5103,CR43306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0247	0.0348	0.016	0.0085	0.0199	0.0415	0.0266	0.0085	0.0205	0.028	0.0205	0.0139	0.0069	0.011	0.0069	0.0068
chr3L	18288159	18288310	chr3L:18288160-18288310	FBgn0262998	CR43306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0158	0.0239	0.0131	0.0074	0.0155	0.026	0.014	0.0074	0.0193	0.0215	0.0193	0.0116	0.0054	0.0116	0.0054	0.0073
chr3L	18289579	18289814	chr3L:18289580-18289814	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0934	0.1626	0.0886	0.0213	0.141	0.0981	0.2522	0.1879	0.141	0.0435	0.1408	0.0435	0.0178	0.0077	0.0129	0.0077	0.0036
chr3L	18290285	18290614	chr3L:18290286-18290614	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0748	0.1011	0.0951	0.0233	0.0742	0.1005	0.1103	0.1439	0.0742	0.0556	0.1633	0.0556	0.0333	0.0138	0.049	0.0138	0.0146
chr3L	18290710	18290972	chr3L:18290711-18290972	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0522	0.0674	0.0689	0.017	0.0467	0.065	0.0727	0.1039	0.0467	0.0266	0.127	0.0266	0.0248	0.0107	0.0374	0.0107	0.0104
chr3L	18292161	18292312	chr3L:18292162-18292312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0244	0.0383	0.0251	0.0081	0.0233	0.015	0.0709	0.0433	0.0233	0.0217	0.0331	0.0217	0.0217	0.0054	0.0161	0.0054	0.0042
chr3L	18297525	18297945	chr3L:18297526-18297945	FBgn0015946	grim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0989	0.056	0.1071	0.138	0.0255	0.0626	0.0675	0.0653	0.0255	0.0586	0.0653	0.0586	0.0658	0.072	0.0658	0.072	0.0625
chr3L	18299915	18300262	chr3L:18299916-18300262	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0647	0.1153	0.0501	0.0242	0.087	0.1379	0.0891	0.1819	0.087	0.0429	0.0502	0.0429	0.0194	0.0084	0.0064	0.0084	0.0083
chr3L	18300576	18300745	chr3L:18300577-18300745	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0417	0.0258	0.0095	0.0329	0.049	0.0324	0.0726	0.0329	0.0284	0.0334	0.0284	0.0054	0.0077	0.0045	0.0077	0.0016
chr3L	18300929	18301080	chr3L:18300930-18301080	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0178	0.0257	0.0188	0.0079	0.0106	0.0364	0.0268	0.032	0.0106	0.0181	0.0215	0.0181	0.0054	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr3L	18308223	18308388	chr3L:18308224-18308388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0255	0.0228	0.0369	0.016	0.0064	0.0374	0.0268	0.0193	0.0064	0.087	0.0322	0.087	0.0147	0.0306	0.0123	0.0306	0.0078
chr3L	18309064	18309470	chr3L:18309065-18309470	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0797	0.0683	0.117	0.0515	0.0212	0.1218	0.0666	0.0633	0.0212	0.2343	0.1106	0.2343	0.0263	0.1302	0.0251	0.1302	0.0219
chr3L	18311642	18311845	chr3L:18311643-18311845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0391	0.0316	0.0128	0.0223	0.0529	0.0385	0.0426	0.0223	0.0447	0.0318	0.0447	0.0364	0.0176	0.0129	0.0176	0.0099
chr3L	18312919	18313176	chr3L:18312920-18313176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0276	0.0221	0.0344	0.0265	0.0095	0.0233	0.0316	0.0233	0.0095	0.0489	0.0431	0.0489	0.0186	0.0413	0.0232	0.0413	0.025
chr3L	18313310	18313461	chr3L:18313311-18313461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0155	0.0244	0.0162	0	0.017	0.0238	0.014	0	0.032	0.0325	0.032	0.0116	0.0253	0.0174	0.0253	0.0182
chr3L	18316085	18316236	chr3L:18316086-18316236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0138	0.0231	0.0156	0.0053	0.0136	0.0212	0.016	0.0053	0.0181	0.0286	0.0181	0.0194	0.0092	0.0219	0.0092	0.0104
chr3L	18316287	18316438	chr3L:18316288-18316438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0126	0.0255	0.0167	0.0042	0.0165	0.0147	0.0147	0.0042	0.0254	0.0293	0.0254	0.0256	0.0161	0.0239	0.0161	0.013
chr3L	18316843	18316994	chr3L:18316844-18316994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0166	0.013	0.0253	0.0113	0.0032	0.0199	0.0151	0.0113	0.0032	0.0242	0.0363	0.0242	0.0186	0.0115	0.0226	0.0115	0.0104
chr3L	18318492	18318682	chr3L:18318493-18318682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0277	0.0283	0.0134	0.0085	0.0306	0.0368	0.0333	0.0085	0.0248	0.0244	0.0248	0.0116	0.0023	0.0064	0.0023	0.0073
chr3L	18319251	18319448	chr3L:18319252-18319448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0177	0.0179	0.0149	0.0053	0.0194	0.0238	0.02	0.0053	0.0127	0.0141	0.0127	0.0139	0.0115	0.0064	0.0115	0.0099
chr3L	18322121	18322281	chr3L:18322122-18322281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.031	0.0192	0.0156	0.0201	0.0388	0.0342	0.0366	0.0201	0.0151	0.0206	0.0151	0.0101	0.0054	0.0052	0.0054	0.0078
chr3L	18322497	18322666	chr3L:18322498-18322666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.0298	0.0249	0.0196	0.0085	0.0408	0.0285	0.0393	0.0085	0.0109	0.0254	0.0109	0.0132	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chr3L	18323760	18323998	chr3L:18323761-18323998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0293	0.0344	0.0397	0.0121	0.0148	0.0286	0.0433	0.058	0.0148	0.0169	0.0762	0.0169	0.0132	0.0115	0.0264	0.0115	0.0031
chr3L	18324693	18325177	chr3L:18324694-18325177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0414	0.0434	0.052	0.0274	0.0148	0.0558	0.0567	0.0386	0.0148	0.0616	0.046	0.0616	0.0139	0.0123	0.0123	0.0123	0.0193
chr3L	18331889	18332040	chr3L:18331890-18332040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0101	0.0132	0.0128	0.0021	0.0092	0.016	0.01	0.0021	0.0115	0.0174	0.0115	0.0093	0.0054	0.0097	0.0054	0.0047
chr3L	18332754	18332964	chr3L:18332755-18332964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0209	0.0265	0.0241	0.0111	0.0106	0.0252	0.0281	0.044	0.0106	0.0187	0.0412	0.0187	0.0093	0.0077	0.0135	0.0077	0.0036
chr3L	18334538	18334689	chr3L:18334539-18334689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0189	0.0122	0.013	0.0053	0.0155	0.0242	0.032	0.0053	0.0223	0.0103	0.0223	0.0031	0.0054	0.0019	0.0054	0.0047
chr3L	18335649	18335800	chr3L:18335650-18335800	distal	distal	none	none	VT32741.1	VT32741.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0128	0.0128	0.0121	0.0042	0.0112	0.0208	0.0153	0.0042	0.0211	0.0096	0.0211	0.0046	8e-04	0.0064	8e-04	0.0036
chr3L	18338398	18338583	chr3L:18338399-18338583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0387	0.0381	0.0542	0.0224	0.0148	0.0393	0.0471	0.0526	0.0148	0.0634	0.0727	0.0634	0.0271	0.0268	0.0297	0.0268	0.0156
chr3L	18339926	18340077	chr3L:18339927-18340077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0246	0.0268	0.0336	0.0121	0.0117	0.0451	0.0229	0.0293	0.0117	0.061	0.0318	0.061	0.0263	0.0161	0.0123	0.0161	0.0047
chr3L	18340397	18340566	chr3L:18340398-18340566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0245	0.025	0.0353	0.012	0.0148	0.0306	0.0329	0.0213	0.0148	0.0308	0.0457	0.0308	0.038	0.0077	0.0219	0.0077	0.0099
chr3L	18341303	18341518	chr3L:18341304-18341518	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0543	0.0894	0.0491	0.0207	0.0742	0.0806	0.1198	0.0999	0.0742	0.0447	0.0588	0.0447	0.0263	0.0077	0.0213	0.0077	0.0089
chr3L	18341537	18341789	chr3L:18341538-18341789	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0826	0.1515	0.0668	0.0228	0.1644	0.1233	0.208	0.1579	0.1644	0.0767	0.0785	0.0767	0.0248	0.0207	0.0213	0.0207	0.0094
chr3L	18341986	18342366	chr3L:18341987-18342366	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1413	0.2334	0.147	0.0323	0.2556	0.182	0.3378	0.2205	0.2556	0.1987	0.1727	0.1987	0.0403	0.023	0.0406	0.023	0.0156
chr3L	18342621	18342836	chr3L:18342622-18342836	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0447	0.0646	0.0487	0.018	0.0371	0.065	0.0874	0.0759	0.0371	0.0809	0.0447	0.0809	0.017	0.0115	0.02	0.0115	0.0146
chr3L	18343659	18343906	chr3L:18343660-18343906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0473	0.0623	0.0501	0.0273	0.0403	0.0388	0.109	0.0706	0.0403	0.029	0.0421	0.029	0.0209	0.01	0.0161	0.01	0.0109
chr3L	18348144	18348379	chr3L:18348145-18348379	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0556	0.0604	0.0871	0.0156	0.0095	0.0796	0.051	0.1073	0.0095	0.0507	0.1457	0.0507	0.0263	0.01	0.0174	0.01	0.0104
chr3L	18348388	18348658	chr3L:18348389-18348658	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0641	0.0821	0.0863	0.0196	0.0212	0.101	0.0631	0.1512	0.0212	0.0616	0.1273	0.0616	0.0287	0.0153	0.0116	0.0153	0.0078
chr3L	18348698	18348849	chr3L:18348699-18348849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0281	0.0353	0.0348	0.0127	0.0138	0.035	0.0402	0.0593	0.0138	0.032	0.0424	0.032	0.0201	0.01	0.0084	0.01	0.0063
chr3L	18349491	18349797	chr3L:18349492-18349797	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0681	0.131	0.051	0.0164	0.0976	0.101	0.1626	0.1905	0.0976	0.0405	0.072	0.0405	0.0124	0.0084	0.0161	0.0084	0.0068
chr3L	18354459	18354967	chr3L:18354460-18354967	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0938	0.2203	0.0383	0.0132	0.2725	0.0913	0.3374	0.2718	0.2725	0.0229	0.0495	0.0229	0.0093	0.0061	0.0052	0.0061	0.0036
chr3L	18355669	18355820	chr3L:18355670-18355820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0282	0.0107	0.0099	0.0201	0.018	0.045	0.0306	0.0201	0.0072	0.0116	0.0072	0.0054	0.0054	0.0019	0.0054	0.0031
chr3L	18360754	18360933	chr3L:18360755-18360933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0142	0.0218	0.0156	0.0032	0.0189	0.0208	0.014	0.0032	0.032	0.0174	0.032	0.0062	0.0138	0.0064	0.0138	0.0078
chr3L	18363886	18364037	chr3L:18363887-18364037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0141	0.0181	0.0124	0.0011	0.0136	0.0208	0.0193	0.0011	0.0163	0.0174	0.0163	0.0139	0.0023	0.0123	0.0023	0.012
chr3L	18364101	18364252	chr3L:18364102-18364252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0169	0.0263	0.0132	0.0021	0.0175	0.0229	0.024	0.0021	0.0151	0.0322	0.0151	0.0209	0.0054	0.0142	0.0054	0.013
chr3L	18370351	18370564	chr3L:18370352-18370564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0226	0.027	0.0258	0.0141	0.0191	0.0291	0.0394	0.0233	0.0191	0.0429	0.0174	0.0429	0.0132	0.0054	0.0071	0.0054	0.0068
chr3L	18371201	18371352	chr3L:18371202-18371352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0101	0.0094	0.0099	0.0032	0.0097	0.0177	0.006	0.0032	0.0054	0.0106	0.0054	0.007	0.0061	0.0032	0.0061	0.0036
chr3L	18372212	18372560	chr3L:18372213-18372560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0206	0.0311	0.0227	0.0042	0.0316	0.0203	0.022	0.0042	0.0199	0.0331	0.0199	0.0271	0.0092	0.0103	0.0092	0.0151
chr3L	18375370	18375542	chr3L:18375371-18375542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0177	0.0202	0.0111	0.0117	0.0117	0.0307	0.0193	0.0117	0.0109	0.0257	0.0109	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0036
chr3L	18375599	18375819	chr3L:18375600-18375819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0138	0.0193	0.0141	0.0064	0.0083	0.0242	0.014	0.0064	0.0109	0.0251	0.0109	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0073
chr3L	18384693	18384844	chr3L:18384694-18384844	distal	distal	none	none	VT32768.1	VT32768.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0127	0.0198	0.0137	0.0036	0.0053	0.0141	0.0363	0.0227	0.0053	0.0066	0.0151	0.0066	0.0046	0.0031	6e-04	0.0031	0.0042
chr3L	18385607	18385758	chr3L:18385608-18385758	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0257	0.016	0.0072	0.0074	0.035	0.0203	0.0453	0.0074	0.0187	0.0174	0.0187	0.0039	0.0023	0.0071	0.0023	0.0021
chr3L	18386775	18386980	chr3L:18386776-18386980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0196	0.0437	0.0194	0.0053	0.0218	0.0285	0.0193	0.0053	0.0386	0.0383	0.0386	0.0116	0.0123	0.0097	0.0123	0.0099
chr3L	18387648	18387799	chr3L:18387649-18387799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0176	0.0246	0.011	0.0042	0.0146	0.029	0.0213	0.0042	0.0211	0.0206	0.0211	0.0077	0.0015	0.0045	0.0015	0.0047
chr3L	18391006	18391170	chr3L:18391007-18391170	FBgn0011706	rpr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.065	0.0656	0.0877	0.0395	0.035	0.0893	0.0623	0.0893	0.035	0.1063	0.1003	0.1063	0.0596	0.0337	0.0503	0.0337	0.0229
chr3L	18391464	18391664	chr3L:18391465-18391664	FBgn0011706	rpr	stage11,stage14,stage5	none	rpr_1.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2488	0.2135	0.3284	0.2008	0.14	0.2646	0.2042	0.2825	0.14	0.4366	0.374	0.4366	0.2479	0.2596	0.2502	0.2596	0.1454
chr3L	18393094	18393413	chr3L:18393095-18393413	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	rpr_4S4,rpr_4S5	rpr_4S4,rpr_4S5	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2331	0.1503	0.3406	0.2078	0.0477	0.2534	0.0904	0.2265	0.0477	0.4801	0.4087	0.4801	0.292	0.2427	0.2785	0.2427	0.1871
chr3L	18395059	18395210	chr3L:18395060-18395210	distal	distal	none	none	VT32774.1,rpr_4S1	VT32774.1,rpr_4S1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0476	0.0236	0.0798	0.0393	0.0053	0.0427	0.0199	0.0266	0.0053	0.0851	0.1305	0.0851	0.0349	0.059	0.0729	0.059	0.0328
chr3L	18395488	18395743	chr3L:18395489-18395743	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT32774.1	VT32774.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1141	0.0415	0.1911	0.1108	0.0085	0.0738	0.0368	0.0466	0.0085	0.1848	0.2846	0.1848	0.1751	0.0942	0.2444	0.0942	0.1146
chr3L	18396053	18396300	chr3L:18396054-18396300	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT32774.1	VT32774.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1178	0.0666	0.1984	0.0868	0.0106	0.1306	0.0372	0.0919	0.0106	0.1938	0.2797	0.1938	0.2316	0.0544	0.187	0.0544	0.1094
chr3L	18396422	18396597	chr3L:18396423-18396597	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT32774.1	VT32774.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0846	0.0608	0.1434	0.0467	0.0085	0.1107	0.0359	0.0946	0.0085	0.1171	0.2135	0.1171	0.1681	0.0299	0.107	0.0299	0.049
chr3L	18398939	18399090	chr3L:18398940-18399090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0162	0.0181	0.0095	0.0064	0.0184	0.0212	0.0213	0.0064	0.0139	0.0225	0.0139	0.0178	0.0054	0.0077	0.0054	0.0036
chr3L	18404426	18404577	chr3L:18404427-18404577	distal	distal	none	none	VT32779.1	VT32779.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0143	0.0181	0.0145	0.0032	0.0155	0.0199	0.0187	0.0032	0.0205	0.0148	0.0205	0.0155	0.0084	0.0064	0.0084	0.0052
chr3L	18404676	18404847	chr3L:18404677-18404847	distal	distal	none	none	VT32779.1	VT32779.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0143	0.0169	0.0171	0.0042	0.017	0.0195	0.0167	0.0042	0.0145	0.0167	0.0145	0.0101	0.0054	0.0077	0.0054	0.0047
chr3L	18410984	18411135	chr3L:18410985-18411135	distal	distal	stage14	stage14	VT32783.1	VT32783.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0161	0.0129	0.0251	0.0021	0.0194	0.0242	0.0153	0.0021	0.0121	0.0125	0.0121	0.0116	0.0138	0.0135	0.0138	0.0177
chr3L	18411942	18412093	chr3L:18411943-18412093	distal	distal	none	none	VT32783.1	VT32783.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0236	0.0156	0.0111	0.0074	0.0277	0.032	0.0286	0.0074	0.0115	0.0103	0.0115	0.0054	0.0038	0.0032	0.0038	0.0016
chr3L	18412136	18412346	chr3L:18412137-18412346	distal	distal	none	none	VT32783.1	VT32783.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0248	0.0173	0.0182	0.0085	0.0296	0.0333	0.0273	0.0085	0.0163	0.0148	0.0163	0.0054	0.0084	0.0071	0.0084	0.0036
chr3L	18412411	18412562	chr3L:18412412-18412562	distal	distal	none	none	VT32783.1	VT32783.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0231	0.0159	0.0167	0.0106	0.0238	0.0329	0.0253	0.0106	0.0169	0.0138	0.0169	0.007	0.01	0.011	0.01	0.0057
chr3L	18417419	18417570	chr3L:18417420-18417570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.012	0.0176	0.0129	0.0047	0.0053	0.0354	0.016	0.014	0.0053	0.0193	0.0135	0.0193	0.0062	0.0023	0.0039	0.0023	0.0047
chr3L	18423604	18423755	chr3L:18423605-18423755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0145	0.0211	0.0178	0.0035	0.0095	0.0184	0.0311	0.0266	0.0095	0.0133	0.0116	0.0133	0.0046	0.0023	6e-04	0.0023	0.0026
chr3L	18424014	18424165	chr3L:18424015-18424165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0112	0.0145	0.0129	0.0056	0.0032	0.0126	0.026	0.0167	0.0032	0.0139	0.0103	0.0139	0.0062	0.0015	0.0032	0.0015	0.0042
chr3L	18424631	18424782	chr3L:18424632-18424782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0163	0.0274	0.0147	0.0056	0.0191	0.0204	0.0337	0.0453	0.0191	0.0193	0.0183	0.0193	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chr3L	18426194	18426345	chr3L:18426195-18426345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0116	0.0166	0.0133	0.004	0.0095	0.015	0.0247	0.0207	0.0095	0.0127	0.0129	0.0127	0.0046	0.0046	0.0013	0.0046	0.0021
chr3L	18426379	18426530	chr3L:18426380-18426530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0128	0.0179	0.0143	0.0053	0.0106	0.018	0.026	0.0167	0.0106	0.0127	0.0125	0.0127	0.0077	0.0046	6e-04	0.0046	0.0031
chr3L	18432971	18433257	chr3L:18432972-18433257	FBgn0036786	skl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.199	0.1913	0.2591	0.1418	0.1569	0.2194	0.2046	0.2345	0.1569	0.3273	0.2797	0.3273	0.1743	0.1263	0.1006	0.1263	0.0964
chr3L	18434573	18434772	chr3L:18434574-18434772	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0414	0.0445	0.0622	0.0152	0.0159	0.0549	0.0398	0.0779	0.0159	0.1063	0.0695	0.1063	0.0442	0.0299	0.0193	0.0299	0.0099
chr3L	18438715	18438889	chr3L:18438716-18438889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0155	0.0255	0.0156	0.0042	0.0194	0.0199	0.0187	0.0042	0.0362	0.0225	0.0362	0.0194	0.026	0.0077	0.026	0.0104
chr3L	18439638	18439789	chr3L:18439639-18439789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0147	0.0193	0.0137	0.0106	0.0117	0.0136	0.0255	0.024	0.0117	0.0139	0.0196	0.0139	0.0023	0.0038	0.0039	0.0038	0.0026
chr3L	18440236	18440535	chr3L:18440237-18440535	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0384	0.0502	0.0414	0.0219	0.0138	0.0578	0.0433	0.0893	0.0138	0.0465	0.0556	0.0465	0.0155	0.0107	0.009	0.0107	0.0083
chr3L	18441271	18441422	chr3L:18441272-18441422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0127	0.0094	0.0096	0.0085	0.0126	0.0177	0.0133	0.0085	0.0109	0.0122	0.0109	0.0031	0.0031	0.0064	0.0031	0.0068
chr3L	18443127	18443311	chr3L:18443128-18443311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0116	0.0122	0.0127	0.0064	0.0117	0.0186	0.0073	0.0064	0.0066	0.009	0.0066	0.0039	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr3L	18445894	18446060	chr3L:18445895-18446060	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0239	0.0353	0.0277	0.0071	0.018	0.0393	0.0515	0.0353	0.018	0.0531	0.0244	0.0531	0.0178	0.0092	0.0032	0.0092	0.0052
chr3L	18453253	18453404	chr3L:18453254-18453404	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0243	0.039	0.0365	0.0191	0.0218	0.0329	0.0273	0.0191	0.038	0.046	0.038	0.0442	0.0368	0.04	0.0368	0.0469
chr3L	18453529	18453905	chr3L:18453530-18453905	FBgn0052196	CG32196	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.121	0.0719	0.1312	0.1646	0.0456	0.082	0.0792	0.0899	0.0456	0.1316	0.1508	0.1316	0.1658	0.1708	0.1825	0.1708	0.2038
chr3L	18454000	18454196	chr3L:18454001-18454196	FBgn0052196	CG32196	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.071	0.0334	0.069	0.115	0.0159	0.0422	0.0363	0.0366	0.0159	0.0586	0.0788	0.0586	0.1139	0.121	0.1231	0.121	0.1631
chr3L	18454383	18454619	chr3L:18454384-18454619	FBgn0052196	CG32196	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0542	0.0461	0.0522	0.0656	0.0297	0.0505	0.0497	0.0586	0.0297	0.0574	0.0576	0.0574	0.0651	0.0766	0.0716	0.0766	0.0896
chr3L	18456212	18456363	chr3L:18456213-18456363	FBgn0036787	CG4306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0232	0.0161	0.0189	0.0358	0.0085	0.016	0.0238	0.0127	0.0085	0.0229	0.0209	0.0229	0.0232	0.1003	0.0226	0.1003	0.0307
chr3L	18476819	18476970	chr3L:18476820-18476970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0079	0.0065	0.0067	0.0107	0.0032	0.0034	0.0117	0.0073	0.0032	0.0091	0.0064	0.0091	0.0039	0.0329	0.0084	0.0329	0.0016
chr3L	18477139	18477290	chr3L:18477140-18477290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0124	0.015	0.0094	0.013	0.0106	0.0121	0.0247	0.0127	0.0106	0.0121	0.01	0.0121	0.0124	0.0368	0.0103	0.0368	0.0047
chr3L	18495742	18495925	chr3L:18495743-18495925	FBgn0036789	AlCR2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0202	0.0365	0.01	0.0132	0.0255	0.0175	0.0541	0.0486	0.0255	0.0085	0.0135	0.0085	0.0093	0.0191	0.0116	0.0191	0.0036
chr3L	18506155	18506306	chr3L:18506156-18506306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0214	0.0051	0.0078	0.0201	0.0092	0.0389	0.0227	0.0201	0.006	0.0042	0.006	0.0031	0.0023	0.0039	0.0023	0.0016
chr3L	18506319	18506507	chr3L:18506320-18506507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0156	0.0339	0.0055	0.0063	0.0308	0.0126	0.0649	0.034	0.0308	0.0072	0.0039	0.0072	0.0039	0.0054	0.0039	0.0054	0.0021
chr3L	18532884	18533113	chr3L:18532885-18533113	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0386	0.018	0.013	0.0191	0.0316	0.042	0.0666	0.0191	0.0193	0.0219	0.0193	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr3L	18553069	18553275	chr3L:18553070-18553275	FBgn0036790	star1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0196	0.0376	0.0109	0.0091	0.0233	0.0199	0.0593	0.048	0.0233	0.0091	0.0154	0.0091	0.0077	0.0176	0.0058	0.0176	0.0073
chr3L	18554777	18554928	chr3L:18554778-18554928	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0107	0.0061	0.0104	0.0032	0.0078	0.0234	0.0067	0.0032	0.0079	0.0048	0.0079	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chr3L	18581766	18581964	chr3L:18581767-18581964	FBgn0036791	CG7271	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0511	0.1343	0.0093	0.004	0.1527	0.0277	0.3019	0.072	0.1527	0.0066	0.0148	0.0066	0.0062	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr3L	18582317	18582468	chr3L:18582318-18582468	FBgn0036791	CG7271	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0134	0.0363	0.0018	6e-04	0.0297	0.0044	0.0969	0.0073	0.0297	0.0018	0.0019	0.0018	8e-04	0.0015	0.0013	0.0015	0
chr3L	18583345	18583496	chr3L:18583346-18583496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0251	0.0577	0.0099	0.0054	0.0424	0.015	0.1371	0.0306	0.0424	0.0121	0.0138	0.0121	0.007	0.01	0.0026	0.01	0.0068
chr3L	18584962	18585274	chr3L:18584963-18585274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0364	0.0862	0.0102	0.0096	0.0721	0.0228	0.2046	0.0353	0.0721	0.0157	0.0106	0.0157	0.0093	0.0115	0.0064	0.0115	0.012
chr3L	18586777	18586950	chr3L:18586778-18586950	FBgn0003683	term	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0478	0.1279	0.0066	0.0036	0.1654	0.0214	0.2898	0.056	0.1654	0.0079	0.0071	0.0079	0.007	0.0015	0.0064	0.0015	0.0026
chr3L	18603828	18603979	chr3L:18603829-18603979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0142	0.026	0.0114	0.0039	0.0117	0.017	0.0484	0.0247	0.0117	0.0157	0.0129	0.0157	0.0101	0.0061	0.0052	0.0061	0.0031
chr3L	18611354	18611556	chr3L:18611355-18611556	FBgn0036793,FBgn0036799,FBgn0052200	CG13380,CG4174,tRNA:CR32200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2264	0.2426	0.2472	0.1854	0.2121	0.251	0.2798	0.2891	0.2121	0.3013	0.2714	0.3013	0.2541	0.193	0.1876	0.193	0.2366
chr3L	18614303	18614591	chr3L:18614304-18614591	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2322	0.183	0.2991	0.2138	0.1092	0.215	0.1851	0.2545	0.1092	0.34	0.3617	0.34	0.2556	0.2688	0.2495	0.2688	0.2022
chr3L	18614756	18614990	chr3L:18614757-18614990	FBgn0013717	not	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.164	0.134	0.1841	0.1755	0.0732	0.1626	0.1518	0.1539	0.0732	0.1697	0.2013	0.1697	0.2262	0.1447	0.1567	0.1447	0.2288
chr3L	18615154	18615321	chr3L:18615155-18615321	FBgn0013717,FBgn0259791	bora,not	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1865	0.1732	0.2124	0.1728	0.1103	0.2117	0.1782	0.2245	0.1103	0.2488	0.236	0.2488	0.2099	0.1623	0.1779	0.1623	0.2069
chr3L	18615462	18615655	chr3L:18615463-18615655	FBgn0013717,FBgn0259791	bora,not	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1452	0.1432	0.1732	0.1168	0.0806	0.1646	0.1605	0.1939	0.0806	0.1932	0.2019	0.1932	0.1611	0.098	0.1257	0.098	0.1381
chr3L	18615689	18615875	chr3L:18615690-18615875	FBgn0013717,FBgn0259791	bora,not	stage5	none	VT32888.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.1077	0.1475	0.0912	0.0721	0.1325	0.109	0.1386	0.0721	0.1812	0.1598	0.1812	0.1479	0.0934	0.0922	0.0934	0.1152
chr3L	18618996	18619179	chr3L:18618997-18619179	FBgn0036801	MYPT-75D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1909	0.1803	0.2386	0.1504	0.1124	0.2325	0.1696	0.2418	0.1124	0.3219	0.2723	0.3219	0.2076	0.1991	0.1805	0.1991	0.1688
chr3L	18620592	18620809	chr3L:18620593-18620809	distal	distal	none	none	VT32891.1	VT32891.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0628	0.0705	0.0746	0.0412	0.0361	0.083	0.0735	0.0979	0.0361	0.0447	0.1141	0.0447	0.086	0.0145	0.0593	0.0145	0.0631
chr3L	18620936	18621201	chr3L:18620937-18621201	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT32891.1	VT32891.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1183	0.1244	0.1567	0.0693	0.0583	0.1325	0.1293	0.1959	0.0583	0.1286	0.2608	0.1286	0.0937	0.0452	0.1496	0.0452	0.0756
chr3L	18622599	18622841	chr3L:18622600-18622841	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT32891.1,VT32892.1	VT32891.1,VT32892.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0507	0.0547	0.0726	0.0223	0.0138	0.083	0.045	0.0799	0.0138	0.1208	0.0961	0.1208	0.0333	0.0168	0.0484	0.0168	0.0162
chr3L	18622986	18623254	chr3L:18622987-18623254	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT32892.1	VT32892.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0568	0.0612	0.0747	0.0323	0.0244	0.0592	0.0484	0.1193	0.0244	0.0519	0.1257	0.0519	0.0596	0.0153	0.0767	0.0153	0.0307
chr3L	18626131	18626282	chr3L:18626132-18626282	distal	distal	none	none	VT32893.1	VT32893.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0175	0.0125	0.0175	0.023	0.0064	0.0146	0.0195	0.0107	0.0064	0.0296	0.0141	0.0296	0.0263	0.0651	0.0123	0.0651	0.0224
chr3L	18630624	18630775	chr3L:18630625-18630775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0172	0.0168	0.0163	0.0053	0.0209	0.0225	0.0207	0.0053	0.0109	0.0145	0.0109	0.0279	0.0084	0.0077	0.0084	0.0141
chr3L	18633453	18633749	chr3L:18633454-18633749	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0595	0.0527	0.064	0.0622	0.0255	0.0549	0.0571	0.0759	0.0255	0.0435	0.0788	0.0435	0.0906	0.0888	0.0567	0.0888	0.0339
chr3L	18633858	18634075	chr3L:18633859-18634075	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.1062	0.1037	0.0822	0.0721	0.1024	0.1198	0.1479	0.0721	0.0713	0.1277	0.0713	0.1433	0.1126	0.0832	0.1126	0.0547
chr3L	18634384	18634551	chr3L:18634385-18634551	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0254	0.0212	0.0236	0.0322	0.0117	0.0194	0.026	0.032	0.0117	0.0205	0.0244	0.0205	0.0287	0.0375	0.0251	0.0375	0.0198
chr3L	18658768	18658975	chr3L:18658769-18658975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0787	0.0844	0.0764	0.0749	0.0626	0.085	0.0969	0.1033	0.0626	0.093	0.0701	0.093	0.11	0.0988	0.0619	0.0988	0.11
chr3L	18659052	18659203	chr3L:18659053-18659203	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0321	0.0399	0.0311	0.0246	0.0233	0.0374	0.0545	0.046	0.0233	0.0417	0.028	0.0417	0.0434	0.0398	0.0206	0.0398	0.0318
chr3L	18659936	18660231	chr3L:18659937-18660231	FBgn0260027	CG42495	none	none	VT32913.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0602	0.0624	0.0608	0.057	0.0339	0.0558	0.0908	0.066	0.0339	0.0586	0.0675	0.0586	0.0713	0.059	0.0645	0.059	0.0693
chr3L	18660351	18660527	chr3L:18660352-18660527	FBgn0260027	CG42495	stage11,stage14,stage5	none	VT32913.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1122	0.1007	0.1195	0.117	0.0721	0.1068	0.128	0.1086	0.0721	0.1238	0.136	0.1238	0.1278	0.1095	0.1173	0.1095	0.1548
chr3L	18660907	18661058	chr3L:18660908-18661058	FBgn0260027	CG42495	none	none	VT32913.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0369	0.0345	0.0287	0.018	0.0364	0.0463	0.05	0.018	0.0374	0.0383	0.0374	0.0442	0.0253	0.0245	0.0253	0.0406
chr3L	18665269	18665420	chr3L:18665270-18665420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0543	0.0467	0.0632	0.0529	0.0148	0.051	0.0558	0.0606	0.0148	0.0682	0.0624	0.0682	0.072	0.0536	0.04	0.0536	0.0714
chr3L	18665482	18665663	chr3L:18665483-18665663	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1193	0.1153	0.1391	0.1021	0.0551	0.132	0.1289	0.1552	0.0551	0.1806	0.1125	0.1806	0.127	0.0957	0.0832	0.0957	0.1047
chr3L	18666171	18666363	chr3L:18666172-18666363	FBgn0042134	Capr	stage11,stage14,stage5	none	VT32915.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1701	0.1553	0.2129	0.1395	0.0944	0.1903	0.1665	0.1932	0.0944	0.2524	0.2309	0.2524	0.196	0.1485	0.1406	0.1485	0.1584
chr3L	18674826	18675019	chr3L:18674827-18675019	FBgn0036804,FBgn0052202	CG32202,Sgf11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0784	0.0763	0.0942	0.0635	0.0488	0.085	0.0895	0.0946	0.0488	0.1069	0.0968	0.1069	0.1177	0.0643	0.0625	0.0643	0.0813
chr3L	18675206	18675376	chr3L:18675207-18675376	FBgn0036804,FBgn0052202	CG32202,Sgf11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1256	0.112	0.1495	0.1145	0.0562	0.135	0.125	0.1399	0.0562	0.1836	0.1643	0.1836	0.1549	0.1271	0.1141	0.1271	0.1391
chr3L	18675485	18675694	chr3L:18675486-18675694	FBgn0052202	CG32202	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0581	0.084	0.0579	0.0276	0.065	0.0722	0.068	0.0276	0.1039	0.0887	0.1039	0.0914	0.0574	0.06	0.0574	0.0735
chr3L	18675704	18675895	chr3L:18675705-18675895	FBgn0052202	CG32202	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0424	0.0379	0.0509	0.038	0.0244	0.0403	0.0471	0.044	0.0244	0.0562	0.0579	0.0562	0.0596	0.0337	0.0426	0.0337	0.0485
chr3L	18676313	18676557	chr3L:18676314-18676557	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0334	0.0421	0.0258	0.0159	0.0364	0.0433	0.038	0.0159	0.0465	0.0527	0.0465	0.0395	0.0237	0.0309	0.0237	0.0328
chr3L	18676852	18677003	chr3L:18676853-18677003	FBgn0036805	Chmp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0496	0.0648	0.056	0.0212	0.0641	0.0446	0.0673	0.0212	0.0628	0.0775	0.0628	0.0728	0.0658	0.0496	0.0658	0.0719
chr3L	18677094	18677276	chr3L:18677095-18677276	FBgn0036805	Chmp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1137	0.1541	0.1323	0.0615	0.1369	0.1138	0.1466	0.0615	0.1914	0.1707	0.1914	0.1448	0.1462	0.1277	0.1462	0.1579
chr3L	18677431	18677582	chr3L:18677432-18677582	FBgn0036805	Chmp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0237	0.0336	0.0344	0.0064	0.0252	0.0324	0.0286	0.0064	0.0399	0.0376	0.0399	0.0387	0.0352	0.0316	0.0352	0.0396
chr3L	18715982	18716133	chr3L:18715983-18716133	FBgn0036809	CG12477	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0138	0.0265	0.0085	0.0053	0.0117	0.0233	0.0497	0.0207	0.0117	0.0139	0.0077	0.0139	0.0085	0.0031	0.0045	0.0031	0.0073
chr3L	18716360	18716511	chr3L:18716361-18716511	FBgn0036809,FBgn0264717	CG12477,CR43985	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0179	0.0361	0.0075	0.0089	0.0138	0.0262	0.0688	0.034	0.0138	0.0097	0.0068	0.0097	0.0093	0.01	0.0077	0.01	0.0109
chr3L	18716706	18716857	chr3L:18716707-18716857	FBgn0036809,FBgn0264717	CG12477,CR43985	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0158	0.0279	0.0086	0.01	0.0117	0.0204	0.0519	0.028	0.0117	0.0139	0.0106	0.0139	0.0054	0.0145	0.0071	0.0145	0.0146
chr3L	18723160	18723354	chr3L:18723161-18723354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0301	0.0345	0.0383	0.016	0.0159	0.0432	0.0381	0.046	0.0159	0.0604	0.0447	0.0604	0.0232	0.0268	0.0129	0.0268	0.0261
chr3L	18723410	18723618	chr3L:18723411-18723618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0499	0.0357	0.0191	0.018	0.0515	0.067	0.0633	0.018	0.0556	0.0341	0.0556	0.024	0.0291	0.0103	0.0291	0.0219
chr3L	18723833	18724020	chr3L:18723834-18724020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0311	0.042	0.0311	0.0191	0.0191	0.0471	0.058	0.0406	0.0191	0.0574	0.0222	0.0574	0.031	0.0291	0.009	0.0291	0.0193
chr3L	18728743	18728999	chr3L:18728744-18728999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0298	0.0246	0.0125	0.0064	0.0345	0.0484	0.0207	0.0064	0.0622	0.0177	0.0622	0.0163	0.0268	0.0077	0.0268	0.013
chr3L	18729532	18729683	chr3L:18729533-18729683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.015	0.0305	0.0091	0.004	0.0233	0.0175	0.0588	0.0253	0.0233	0.0139	0.0113	0.0139	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chr3L	18733632	18733783	chr3L:18733633-18733783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.0199	0.0152	0.0194	0.0085	0.0228	0.0242	0.03	0.0085	0.0169	0.0158	0.0169	0.0225	0.0421	0.011	0.0421	0.0198
chr3L	18735679	18735976	chr3L:18735680-18735976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0605	0.086	0.0556	0.0373	0.0467	0.0956	0.1129	0.0979	0.0467	0.1105	0.0524	0.1105	0.0271	0.0643	0.02	0.0643	0.0302
chr3L	18736273	18736462	chr3L:18736274-18736462	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0765	0.1059	0.0792	0.0408	0.0912	0.1058	0.112	0.1439	0.0912	0.122	0.0904	0.122	0.0387	0.0283	0.038	0.0283	0.0234
chr3L	18736897	18737155	chr3L:18736898-18737155	FBgn0036810	CG6885	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1172	0.1363	0.119	0.0937	0.1103	0.1243	0.1704	0.1579	0.1103	0.1292	0.1518	0.1292	0.1061	0.0896	0.1186	0.0896	0.0886
chr3L	18737378	18737600	chr3L:18737379-18737600	FBgn0036810	CG6885	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0705	0.125	0.0527	0.0292	0.0891	0.0563	0.2388	0.1179	0.0891	0.0586	0.0656	0.0586	0.048	0.0337	0.0413	0.0337	0.024
chr3L	18738561	18738745	chr3L:18738562-18738745	FBgn0036811	MED11	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0835	0.0951	0.0997	0.0526	0.0573	0.0908	0.1241	0.1233	0.0573	0.1238	0.1119	0.1238	0.096	0.0643	0.0458	0.0643	0.0547
chr3L	18738845	18739028	chr3L:18738846-18739028	FBgn0036811	MED11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1213	0.1412	0.1343	0.0849	0.0848	0.1505	0.1752	0.1686	0.0848	0.1618	0.1476	0.1618	0.1379	0.098	0.0819	0.098	0.1032
chr3L	18739280	18739490	chr3L:18739281-18739490	FBgn0036811	MED11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.077	0.0569	0.0324	0.0382	0.0689	0.1133	0.0946	0.0382	0.0713	0.0601	0.0713	0.0674	0.036	0.0361	0.036	0.0438
chr3L	18741373	18741539	chr3L:18741374-18741539	FBgn0036812,FBgn0036813	Aut1,Nufip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1409	0.1324	0.1582	0.1313	0.105	0.1451	0.1561	0.1479	0.105	0.2011	0.1756	0.2011	0.1503	0.1355	0.1444	0.1355	0.1542
chr3L	18741679	18741861	chr3L:18741680-18741861	FBgn0036812,FBgn0036813	Aut1,Nufip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1784	0.1715	0.1999	0.1625	0.1304	0.1927	0.2003	0.1865	0.1304	0.256	0.2264	0.256	0.1813	0.1708	0.1644	0.1708	0.2126
chr3L	18741964	18742122	chr3L:18741965-18742122	FBgn0036812,FBgn0036813	Aut1,Nufip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.076	0.0781	0.0865	0.062	0.0477	0.0748	0.1055	0.0879	0.0477	0.1147	0.0942	0.1147	0.0906	0.0544	0.0613	0.0544	0.0995
chr3L	18747024	18747218	chr3L:18747025-18747218	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT32957.1	VT32957.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0471	0.0207	0.0503	0.0732	0.0074	0.0214	0.0285	0.0253	0.0074	0.0217	0.0923	0.0217	0.0403	0.0398	0.1399	0.0398	0.111
chr3L	18750279	18750609	chr3L:18750280-18750609	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT32959.1	VT32959.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0703	0.0227	0.0374	0.1596	0.0074	0.0267	0.0337	0.022	0.0074	0.0217	0.046	0.0217	0.0643	0.2106	0.2147	0.2106	0.2142
chr3L	18752360	18752614	chr3L:18752361-18752614	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0851	0.0282	0.0674	0.1682	0.0117	0.0456	0.0368	0.0167	0.0117	0.0785	0.0553	0.0785	0.1363	0.2397	0.1876	0.2397	0.2496
chr3L	18753871	18754050	chr3L:18753872-18754050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.007	0.0162	0.0446	0.0032	0.0078	0.0117	0.0047	0.0032	0.0181	0.0158	0.0181	0.0341	0.036	0.0464	0.036	0.0933
chr3L	18758864	18759076	chr3L:18758865-18759076	distal	distal	stage14	stage14	VT32964.1	VT32964.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0529	0.0198	0.0382	0.1061	0.0095	0.0248	0.0316	0.0133	0.0095	0.0356	0.0389	0.0356	0.0775	0.1263	0.0999	0.1263	0.1772
chr3L	18761261	18761412	chr3L:18761262-18761412	distal	distal	stage14	stage14	VT32965.1	VT32965.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0159	0.0093	0.0143	0.0248	0.0032	0.0083	0.0195	0.004	0.0032	0.006	0.0257	0.006	0.0155	0.013	0.0677	0.013	0.0188
chr3L	18762060	18762223	chr3L:18762061-18762223	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT32965.1	VT32965.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0097	0.0242	0.038	0.0021	0.0092	0.0156	0.01	0.0021	0.0109	0.0434	0.0109	0.0225	0.0123	0.0986	0.0123	0.0391
chr3L	18764294	18764530	chr3L:18764295-18764530	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0571	0.0136	0.0519	0.1115	0.0032	0.0252	0.0138	0.01	0.0032	0.058	0.055	0.058	0.0875	0.17	0.167	0.17	0.1318
chr3L	18764618	18765136	chr3L:18764619-18765136	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1494	0.0368	0.1471	0.2778	0.0095	0.0675	0.0441	0.0173	0.0095	0.1733	0.1514	0.1733	0.2386	0.4035	0.3191	0.4035	0.4122
chr3L	18765240	18765391	chr3L:18765241-18765391	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0314	0.0095	0.0332	0.0538	0.0032	0.0141	0.0121	0.0067	0.0032	0.0483	0.0325	0.0483	0.0511	0.0965	0.0613	0.0965	0.0667
chr3L	18774987	18775164	chr3L:18774988-18775164	distal	distal	stage14	stage14	VT32968.1	VT32968.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0255	0.016	0.026	0.0355	0.0053	0.016	0.0303	0.0093	0.0053	0.035	0.0193	0.035	0.0581	0.0436	0.0219	0.0436	0.0677
chr3L	18779211	18779362	chr3L:18779212-18779362	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0037	0.0062	0.0228	0.0021	0.0034	0.0056	0.004	0.0021	0.006	0.0058	0.006	0.0124	0.0123	0.011	0.0123	0.0547
chr3L	18779596	18779819	chr3L:18779597-18779819	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.027	0.01	0.0132	0.0613	0.0053	0.0097	0.0173	0.006	0.0053	0.0079	0.0129	0.0079	0.0271	0.0429	0.0284	0.0429	0.1251
chr3L	18781012	18781163	chr3L:18781013-18781163	distal	distal	none	none	VT32972.1	VT32972.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0292	0.0214	0.0212	0.0138	0.0248	0.051	0.022	0.0138	0.0242	0.0264	0.0242	0.0201	0.013	0.0148	0.013	0.0401
chr3L	18782632	18782903	chr3L:18782633-18782903	distal	distal	stage14	stage14	VT32972.1	VT32972.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0235	0.016	0.0151	0.0412	0.0148	0.0131	0.0251	0.0153	0.0148	0.0121	0.0151	0.0121	0.0279	0.0482	0.0271	0.0482	0.0594
chr3L	18784132	18784283	chr3L:18784133-18784283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0115	0.0069	0.0065	0.0223	0.0011	0.0063	0.0138	0.0047	0.0011	0.0042	0.0048	0.0042	0.0186	0.0268	0.0135	0.0268	0.0406
chr3L	18784447	18784619	chr3L:18784448-18784619	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.009	0.015	0.06	0	0.0097	0.0164	0.0067	0	0.0115	0.0106	0.0115	0.0403	0.0743	0.0303	0.0743	0.1256
chr3L	18785257	18785408	chr3L:18785258-18785408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0124	0.0136	0.0086	0.0152	0.0117	0.0097	0.0216	0.0127	0.0117	0.0097	0.0084	0.0097	0.0124	0.0107	0.0058	0.0107	0.0396
chr3L	18785940	18786091	chr3L:18785941-18786091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0191	0.0115	0.021	0.0127	0.0146	0.0281	0.024	0.0127	0.0133	0.0087	0.0133	0.0186	0.0299	0.011	0.0299	0.0339
chr3L	18793278	18793452	chr3L:18793279-18793452	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0364	0.0179	0.0319	0.062	0.0095	0.0199	0.0234	0.02	0.0095	0.029	0.0457	0.029	0.0356	0.0651	0.1096	0.0651	0.0839
chr3L	18793543	18793694	chr3L:18793544-18793694	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0115	0.0179	0.0519	0.0042	0.0175	0.0134	0.0113	0.0042	0.0169	0.0215	0.0169	0.0263	0.0574	0.0703	0.0574	0.086
chr3L	18793832	18794019	chr3L:18793833-18794019	FBgn0001078	ftz-f1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0182	0.0235	0.0581	0.0095	0.0214	0.0247	0.0147	0.0095	0.0211	0.027	0.0211	0.0372	0.0582	0.058	0.0582	0.0917
chr3L	18794448	18794682	chr3L:18794449-18794682	FBgn0001078	ftz-f1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1059	0.037	0.0779	0.2135	0.0085	0.0515	0.0437	0.0413	0.0085	0.055	0.0781	0.055	0.1541	0.2481	0.2476	0.2481	0.2538
chr3L	18794916	18795067	chr3L:18794917-18795067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0146	0.0157	0.0315	0.0064	0.0131	0.016	0.0233	0.0064	0.0157	0.0167	0.0157	0.0232	0.0352	0.0438	0.0352	0.0396
chr3L	18803044	18803195	chr3L:18803045-18803195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0295	0.0334	0.031	0.0234	0.0212	0.033	0.0484	0.0326	0.0212	0.0489	0.0302	0.0489	0.0364	0.0383	0.0226	0.0383	0.0287
chr3L	18803637	18803837	chr3L:18803638-18803837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.0273	0.0264	0.0233	0.0159	0.0262	0.0381	0.028	0.0159	0.0278	0.0264	0.0278	0.0473	0.0184	0.0174	0.0184	0.0479
chr3L	18807129	18807654	chr3L:18807130-18807654	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1269	0.1239	0.1443	0.1111	0.0923	0.1549	0.144	0.1292	0.0923	0.2349	0.1113	0.2349	0.227	0.1562	0.0825	0.1562	0.1751
chr3L	18810861	18811012	chr3L:18810862-18811012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.032	0.0236	0.0395	0.0333	0.0064	0.0388	0.0247	0.0227	0.0064	0.0266	0.0389	0.0266	0.1046	0.013	0.0309	0.013	0.0792
chr3L	18812498	18812883	chr3L:18812499-18812883	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1728	0.1372	0.2151	0.1661	0.0848	0.1607	0.141	0.1759	0.0848	0.2162	0.2878	0.2162	0.2502	0.1715	0.2682	0.1715	0.1928
chr3L	18813108	18813641	chr3L:18813109-18813641	FBgn0036814	CG14073	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2389	0.1945	0.2838	0.2392	0.1347	0.2194	0.2137	0.2425	0.1347	0.3647	0.3344	0.3647	0.2804	0.2626	0.2734	0.2626	0.2835
chr3L	18813740	18813931	chr3L:18813741-18813931	FBgn0036814,FBgn0036815	CG14073,HipHop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1977	0.1844	0.217	0.1915	0.1633	0.1966	0.2111	0.2165	0.1633	0.2796	0.2453	0.2796	0.2014	0.1998	0.1979	0.1998	0.2381
chr3L	18814195	18814370	chr3L:18814196-18814370	FBgn0036814,FBgn0036815	CG14073,HipHop	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.137	0.1272	0.1603	0.1223	0.0986	0.1466	0.1315	0.1572	0.0986	0.1963	0.1759	0.1963	0.1588	0.1309	0.1244	0.1309	0.1558
chr3L	18814416	18814775	chr3L:18814417-18814775	FBgn0036815	HipHop	stage11,stage5	none	Cat_catalase_Lac-Z	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1279	0.1135	0.153	0.1164	0.0721	0.132	0.1198	0.1439	0.0721	0.1944	0.1624	0.1944	0.1588	0.1156	0.1083	0.1156	0.1454
chr3L	18815633	18815797	chr3L:18815634-18815797	FBgn0000261	Cat	stage11,stage14,stage5	none	Cat_catalase_Lac-Z	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1542	0.133	0.1893	0.1393	0.0732	0.1578	0.1414	0.1672	0.0732	0.2313	0.2177	0.2313	0.1774	0.147	0.1418	0.147	0.1829
chr3L	18815873	18816051	chr3L:18815874-18816051	FBgn0000261	Cat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1923	0.1675	0.239	0.1689	0.1039	0.1981	0.1674	0.2239	0.1039	0.2862	0.2826	0.2862	0.2208	0.1876	0.1812	0.1876	0.2199
chr3L	18816143	18816352	chr3L:18816144-18816352	FBgn0000261	Cat	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.106	0.1068	0.1312	0.0776	0.0414	0.1369	0.1194	0.1312	0.0414	0.1606	0.1408	0.1606	0.1456	0.0689	0.0703	0.0689	0.1183
chr3L	18817303	18817454	chr3L:18817304-18817454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0304	0.0445	0.0348	0.0053	0.033	0.0363	0.0453	0.0053	0.0272	0.0749	0.0272	0.0349	0.01	0.098	0.01	0.0323
chr3L	18821267	18821418	chr3L:18821268-18821418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0377	0.0324	0.0433	0.0376	0.0265	0.0277	0.0467	0.0346	0.0265	0.0556	0.0508	0.0556	0.0418	0.036	0.0387	0.036	0.0552
chr3L	18821530	18821716	chr3L:18821531-18821716	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.095	0.0809	0.1154	0.0884	0.0573	0.0961	0.0939	0.0846	0.0573	0.1359	0.1341	0.1359	0.1201	0.1011	0.098	0.1011	0.1172
chr3L	18825481	18826124	chr3L:18825482-18826124	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0977	0.0708	0.1114	0.1127	0.0255	0.0893	0.0917	0.0759	0.0255	0.1256	0.1122	0.1256	0.1936	0.2136	0.1399	0.2136	0.1235
chr3L	18826600	18826966	chr3L:18826601-18826966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0591	0.0577	0.0717	0.0468	0.0255	0.0752	0.0631	0.0733	0.0255	0.0978	0.0871	0.0978	0.0581	0.0804	0.0632	0.0804	0.0417
chr3L	18827862	18828040	chr3L:18827863-18828040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0529	0.0461	0.0635	0.0489	0.0265	0.0626	0.0454	0.0593	0.0265	0.0737	0.0736	0.0737	0.0728	0.0567	0.0484	0.0567	0.0641
chr3L	18828151	18828361	chr3L:18828152-18828361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0534	0.0528	0.0585	0.0485	0.0318	0.0704	0.0567	0.06	0.0318	0.0628	0.0675	0.0628	0.0891	0.0391	0.0458	0.0391	0.087
chr3L	18833052	18833315	chr3L:18833053-18833315	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT32997.1	VT32997.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1296	0.1473	0.1708	0.0646	0.0689	0.2068	0.1103	0.2225	0.0689	0.2428	0.1865	0.2428	0.2029	0.1095	0.0754	0.1095	0.0855
chr3L	18833552	18833757	chr3L:18833553-18833757	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT32997.1,VT32998.1	VT32997.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2399	0.2326	0.3027	0.1791	0.1771	0.2913	0.208	0.3138	0.1771	0.4046	0.3473	0.4046	0.3191	0.2282	0.2108	0.2282	0.2736
chr3L	18834354	18834698	chr3L:18834355-18834698	FBgn0052027	CR32027	stage11,stage14,stage5	none	VT32998.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1122	0.1415	0.1222	0.0685	0.0827	0.1617	0.144	0.1972	0.0827	0.1697	0.1367	0.1697	0.1309	0.1049	0.0613	0.1049	0.1126
chr3L	18839408	18839672	chr3L:18839409-18839672	FBgn0036816	Indy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0693	0.0945	0.0898	0.0318	0.0854	0.0683	0.0986	0.0318	0.0755	0.1183	0.0755	0.1332	0.1057	0.1547	0.1057	0.0922
chr3L	18839748	18839934	chr3L:18839749-18839934	FBgn0036816	Indy	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0587	0.0853	0.0699	0.0244	0.0704	0.058	0.0846	0.0244	0.0906	0.1058	0.0906	0.0821	0.0827	0.0941	0.0827	0.0797
chr3L	18839955	18840159	chr3L:18839956-18840159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0556	0.0481	0.0671	0.0514	0.0191	0.0587	0.0558	0.0586	0.0191	0.0688	0.0823	0.0688	0.0689	0.0758	0.0593	0.0758	0.05
chr3L	18841097	18841248	chr3L:18841098-18841248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0264	0.0349	0.0177	0.0138	0.0291	0.0277	0.038	0.0138	0.0519	0.0341	0.0519	0.024	0.0153	0.0161	0.0153	0.0234
chr3L	18841582	18841790	chr3L:18841583-18841790	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1208	0.1144	0.148	0.0982	0.0657	0.1393	0.1406	0.1239	0.0657	0.1727	0.1637	0.1727	0.1371	0.1018	0.1019	0.1018	0.1199
chr3L	18842843	18842994	chr3L:18842844-18842994	distal	distal	none	none	VT33002.1	VT33002.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0247	0.0513	0.016	0.0127	0.0316	0.0307	0.0233	0.0127	0.0393	0.0495	0.0393	0.0163	0.013	0.0187	0.013	0.0109
chr3L	18843784	18843935	chr3L:18843785-18843935	distal	distal	stage11	stage11	VT33002.1,VT33003.1	VT33002.1,VT33003.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0253	0.0351	0.031	0.0081	0.0159	0.033	0.042	0.058	0.0159	0.0199	0.0302	0.0199	0.0085	0.0077	0.0097	0.0077	0.0031
chr3L	18844082	18844250	chr3L:18844083-18844250	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT33002.1,VT33003.1	VT33002.1,VT33003.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0368	0.058	0.0401	0.0096	0.0265	0.0461	0.0761	0.0906	0.0265	0.0157	0.0553	0.0157	0.0124	0.0077	0.0084	0.0077	0.0042
chr3L	18845395	18845553	chr3L:18845396-18845553	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT33003.1,VT33004.1	VT33003.1,VT33004.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.0255	0.0429	0.0285	0.0064	0.0291	0.0268	0.0386	0.0064	0.0193	0.0341	0.0193	0.007	0.0084	0.0174	0.0084	0.0094
chr3L	18846660	18846811	chr3L:18846661-18846811	distal	distal	none	none	VT33004.1	VT33004.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0176	0.0199	0.024	0.0148	0.0209	0.0208	0.02	0.0148	0.0091	0.0161	0.0091	0.007	0.0061	0.0064	0.0061	0.0094
chr3L	18847546	18847822	chr3L:18847547-18847822	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1331	0.1878	0.1344	0.0705	0.1792	0.2068	0.1834	0.2485	0.1792	0.0888	0.1572	0.0888	0.0759	0.0222	0.0355	0.0222	0.0469
chr3L	18853676	18853890	chr3L:18853677-18853890	FBgn0262461	mir-315	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0373	0.0629	0.0315	0.015	0.0371	0.0655	0.0727	0.0806	0.0371	0.0302	0.0331	0.0302	0.0147	0.0061	0.0045	0.0061	0.0078
chr3L	18858620	18858807	chr3L:18858621-18858807	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1328	0.1255	0.1612	0.1097	0.0679	0.1626	0.1337	0.1532	0.0679	0.2083	0.181	0.2083	0.165	0.1271	0.1019	0.1271	0.1334
chr3L	18858883	18859078	chr3L:18858884-18859078	FBgn0036818	CG14074	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1439	0.122	0.1867	0.1216	0.0689	0.1563	0.1194	0.1599	0.0689	0.2458	0.1977	0.2458	0.1797	0.1462	0.1219	0.1462	0.148
chr3L	18859145	18859319	chr3L:18859146-18859319	FBgn0036818	CG14074	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1654	0.1578	0.1985	0.1376	0.0997	0.1854	0.1726	0.2005	0.0997	0.2506	0.2177	0.2506	0.189	0.1531	0.1444	0.1531	0.172
chr3L	18859397	18859674	chr3L:18859398-18859674	FBgn0036818	CG14074	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0735	0.0725	0.089	0.0575	0.0414	0.0782	0.0882	0.0879	0.0414	0.1087	0.1068	0.1087	0.0798	0.0658	0.0658	0.0658	0.074
chr3L	18860757	18860936	chr3L:18860758-18860936	FBgn0036819	dysb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.093	0.119	0.0813	0.0551	0.0966	0.1155	0.1159	0.0551	0.1425	0.1492	0.1425	0.1294	0.1018	0.0858	0.1018	0.1079
chr3L	18862152	18862567	chr3L:18862153-18862567	FBgn0036820	CG6852	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1399	0.1229	0.1669	0.1294	0.0806	0.15	0.1293	0.1486	0.0806	0.2234	0.1929	0.2234	0.1588	0.157	0.1418	0.157	0.1631
chr3L	18862639	18862889	chr3L:18862640-18862889	FBgn0036820,FBgn0085284	CG6852,blos3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0694	0.0636	0.0756	0.0691	0.0382	0.0816	0.0692	0.0706	0.0382	0.1008	0.0842	0.1008	0.0837	0.0674	0.0851	0.0674	0.098
chr3L	18863245	18863425	chr3L:18863246-18863425	FBgn0085284	blos3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0923	0.0901	0.1039	0.0819	0.0657	0.1073	0.1016	0.0993	0.0657	0.1202	0.1257	0.1202	0.1154	0.0796	0.0922	0.0796	0.1282
chr3L	18865549	18865738	chr3L:18865550-18865738	FBgn0014075,FBgn0025807	Rad9,Ugt	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0671	0.0638	0.0783	0.0583	0.0286	0.0738	0.0701	0.0919	0.0286	0.0918	0.0891	0.0918	0.0844	0.0567	0.0613	0.0567	0.0808
chr3L	18865778	18865966	chr3L:18865779-18865966	FBgn0014075,FBgn0025807	Rad9,Ugt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.085	0.0753	0.0996	0.0799	0.0382	0.0893	0.0856	0.1013	0.0382	0.1129	0.1151	0.1129	0.1108	0.0858	0.087	0.0858	0.1032
chr3L	18866004	18866198	chr3L:18866005-18866198	FBgn0014075,FBgn0025807	Rad9,Ugt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0541	0.0723	0.0549	0.0297	0.0578	0.0701	0.0673	0.0297	0.0815	0.0826	0.0815	0.0798	0.0643	0.0554	0.0643	0.0703
chr3L	18875358	18875509	chr3L:18875359-18875509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.016	0.0214	0.0178	0.0079	0.0074	0.0335	0.0251	0.0167	0.0074	0.0163	0.0215	0.0163	0.024	0.0115	0.0045	0.0115	0.012
chr3L	18882434	18882594	chr3L:18882435-18882594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0166	0.0242	0.0402	0.0011	0.0238	0.0251	0.0127	0.0011	0.0223	0.0212	0.0223	0.0558	0.0222	0.0297	0.0222	0.0938
chr3L	18883547	18883752	chr3L:18883548-18883752	FBgn0036821	CG3961	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1122	0.0455	0.1297	0.1675	0.0117	0.0689	0.0458	0.056	0.0117	0.186	0.1193	0.186	0.2076	0.1838	0.1393	0.1838	0.2163
chr3L	18884028	18884226	chr3L:18884029-18884226	FBgn0036821	CG3961	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1066	0.0282	0.141	0.1564	0.0064	0.0558	0.0177	0.0313	0.0064	0.2065	0.1473	0.2065	0.1921	0.1654	0.1489	0.1654	0.197
chr3L	18885169	18885320	chr3L:18885170-18885320	FBgn0036822	CG11637	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0392	0.0313	0.0447	0.0421	0.0127	0.0335	0.0428	0.0333	0.0127	0.0519	0.0498	0.0519	0.0596	0.0352	0.0548	0.0352	0.0599
chr3L	18888144	18888295	chr3L:18888145-18888295	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0196	0.0112	0.0148	0.0341	0.0021	0.0165	0.0151	0.0107	0.0021	0.0157	0.0145	0.0157	0.0341	0.0375	0.0509	0.0375	0.0495
chr3L	18889301	18889841	chr3L:18889302-18889841	FBgn0086661	snoRNA:Psi28S-2566	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1009	0.0876	0.0996	0.1173	0.0721	0.1034	0.1155	0.0726	0.0721	0.1866	0.0833	0.1866	0.1309	0.1891	0.1212	0.1891	0.1511
chr3L	18890706	18890886	chr3L:18890707-18890886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0208	0.0393	0.062	0.0064	0.0272	0.0268	0.024	0.0064	0.0483	0.0344	0.0483	0.0759	0.0391	0.0484	0.0391	0.1475
chr3L	18890896	18891047	chr3L:18890897-18891047	FBgn0036824	CG3902	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0475	0.0224	0.0505	0.0723	0.0053	0.032	0.0277	0.0253	0.0053	0.0622	0.0518	0.0622	0.0767	0.0681	0.069	0.0681	0.1464
chr3L	18891285	18891475	chr3L:18891286-18891475	FBgn0036824	CG3902	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0677	0.0236	0.0647	0.1203	0.0021	0.0379	0.026	0.0227	0.0021	0.0628	0.0746	0.0628	0.1015	0.16	0.1496	0.16	0.1876
chr3L	18891822	18892013	chr3L:18891823-18892013	FBgn0036824,FBgn0036825	CG3902,RpL26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1578	0.1403	0.1909	0.1409	0.0944	0.1553	0.1639	0.1586	0.0944	0.2277	0.2119	0.2277	0.1782	0.1386	0.1638	0.1386	0.1652
chr3L	18892097	18892269	chr3L:18892098-18892269	FBgn0036825	RpL26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1549	0.1341	0.194	0.1351	0.0806	0.15	0.154	0.1652	0.0806	0.247	0.2064	0.247	0.1983	0.1317	0.1489	0.1317	0.1631
chr3L	18892337	18892713	chr3L:18892338-18892713	FBgn0036825	RpL26	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0877	0.0745	0.1146	0.073	0.0265	0.0927	0.0817	0.1026	0.0265	0.157	0.1148	0.157	0.1348	0.0911	0.078	0.0911	0.0875
chr3L	18894271	18894517	chr3L:18894272-18894517	FBgn0036826,FBgn0036827	CG3893,CG6843	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.109	0.0957	0.1414	0.0884	0.0615	0.1058	0.1125	0.1179	0.0615	0.1824	0.1508	0.1824	0.1541	0.0819	0.0858	0.0819	0.1152
chr3L	18894602	18894778	chr3L:18894603-18894778	FBgn0036826,FBgn0036827	CG3893,CG6843	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1511	0.1383	0.1877	0.1251	0.0923	0.1544	0.1657	0.1592	0.0923	0.2446	0.1987	0.2446	0.1797	0.1225	0.1289	0.1225	0.1558
chr3L	18894867	18895098	chr3L:18894868-18895098	FBgn0036826,FBgn0036827	CG3893,CG6843	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0758	0.0949	0.0572	0.052	0.082	0.0969	0.0853	0.052	0.125	0.1	0.125	0.0875	0.0636	0.0529	0.0636	0.0745
chr3L	18897707	18897858	chr3L:18897708-18897858	FBgn0027057	CSN1b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.052	0.0548	0.0376	0.0244	0.0568	0.0688	0.0586	0.0244	0.0658	0.0582	0.0658	0.0635	0.0421	0.0387	0.0421	0.0469
chr3L	18897941	18898123	chr3L:18897942-18898123	FBgn0027057,FBgn0036828	CG6841,CSN1b	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1168	0.1117	0.133	0.1047	0.0562	0.1252	0.144	0.1252	0.0562	0.1812	0.1402	0.1812	0.141	0.1041	0.107	0.1041	0.1355
chr3L	18898361	18898537	chr3L:18898362-18898537	FBgn0027057,FBgn0036828	CG6841,CSN1b	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1088	0.0976	0.1246	0.104	0.0604	0.1053	0.1215	0.1113	0.0604	0.1673	0.1344	0.1673	0.1224	0.1003	0.1032	0.1003	0.1318
chr3L	18898576	18898768	chr3L:18898577-18898768	FBgn0036828	CG6841	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0512	0.0695	0.0499	0.018	0.05	0.0679	0.066	0.018	0.0851	0.0759	0.0851	0.072	0.049	0.0419	0.049	0.0646
chr3L	18920047	18920198	chr3L:18920048-18920198	distal	distal	none	none	VT33042.1	VT33042.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0076	0.0089	0.0171	0.0064	0.0073	0.0121	0.0073	0.0064	0.0115	0.0103	0.0115	0.0085	0.0314	0.0168	0.0314	0.0115
chr3L	18939062	18939213	chr3L:18939063-18939213	FBgn0052204	CG32204	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0066	0.0061	0.0132	0.0032	0.0068	0.0108	0.0053	0.0032	0.0066	0.0068	0.0066	0.0039	0.0023	0.0064	0.0023	0.0057
chr3L	18940224	18940402	chr3L:18940225-18940402	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0379	0.0651	0.0397	0.0223	0.0398	0.0484	0.048	0.0223	0.0894	0.0733	0.0894	0.0666	0.0498	0.0561	0.0498	0.0573
chr3L	18942328	18942506	chr3L:18942329-18942506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0307	0.0221	0.0359	0.0347	0.0064	0.0296	0.0225	0.026	0.0064	0.0435	0.0408	0.0435	0.0565	0.0337	0.0464	0.0337	0.0599
chr3L	18945712	18945865	chr3L:18945713-18945865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0172	0.0299	0.0206	0.0021	0.0155	0.0242	0.024	0.0021	0.006	0.0579	0.006	0.0217	0.0046	0.0722	0.0046	0.0068
chr3L	18956419	18956570	chr3L:18956420-18956570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0065	0.0075	0.0029	0.0093	0	0.0053	0.0164	0.004	0	0.0042	0.0016	0.0042	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.001
chr3L	18961819	18961970	chr3L:18961820-18961970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0238	0.0341	0.0233	0.0148	0.0223	0.0333	0.0253	0.0148	0.0447	0.0376	0.0447	0.048	0.0184	0.0277	0.0184	0.0386
chr3L	18981274	18981425	chr3L:18981275-18981425	FBgn0036836	CG11619	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0087	0.0113	0.024	0.0042	0.0092	0.013	0.008	0.0042	0.0115	0.0193	0.0115	0.0039	0.0069	0.087	0.0069	0.0099
chr3L	18982804	18982955	chr3L:18982805-18982955	FBgn0085285	CG34256	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0148	0.018	0.026	0.0053	0.0107	0.0272	0.016	0.0053	0.0091	0.0309	0.0091	0.0147	0.0077	0.0877	0.0077	0.0094
chr3L	18986108	18986259	chr3L:18986109-18986259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0198	0.0184	0.0176	0.0237	0.0085	0.0189	0.0255	0.0167	0.0085	0.0223	0.0203	0.0223	0.0209	0.0092	0.029	0.0092	0.0511
chr3L	18987623	18987842	chr3L:18987624-18987842	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0246	0.0137	0.0171	0.0448	0.0064	0.0194	0.0182	0.01	0.0064	0.0115	0.0186	0.0115	0.0263	0.0467	0.0554	0.0467	0.0334
chr3L	18987983	18988134	chr3L:18987984-18988134	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.012	0.0147	0.0251	0.0106	0.0141	0.0151	0.0133	0.0106	0.0133	0.0138	0.0133	0.0209	0.0161	0.0361	0.0161	0.0203
chr3L	18988887	18989038	chr3L:18988888-18989038	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0176	0.0085	0.0094	0.0369	0.0011	0.0117	0.0099	0.0113	0.0011	0.0121	0.0071	0.0121	0.017	0.026	0.0496	0.026	0.0261
chr3L	18989715	18989934	chr3L:18989716-18989934	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0582	0.0194	0.0392	0.1224	0.0053	0.0291	0.0208	0.0207	0.0053	0.0296	0.0495	0.0296	0.0519	0.0666	0.1767	0.0666	0.1579
chr3L	18993396	18993555	chr3L:18993397-18993555	FBgn0036838	CG3808	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0596	0.0542	0.0731	0.0507	0.0286	0.0607	0.0601	0.072	0.0286	0.0857	0.0859	0.0857	0.0751	0.0536	0.0496	0.0536	0.073
chr3L	18993664	18993836	chr3L:18993665-18993836	FBgn0036838	CG3808	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.1108	0.1456	0.1075	0.0668	0.1364	0.1086	0.1472	0.0668	0.1806	0.1704	0.1806	0.1464	0.111	0.1173	0.111	0.1355
chr3L	18996256	18996407	chr3L:18996257-18996407	FBgn0036839	CG18136	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0315	0.0421	0.0278	0.0237	0.0308	0.0359	0.0502	0.0566	0.0308	0.0278	0.0392	0.0278	0.0232	0.0406	0.0329	0.0406	0.0224
chr3L	18997343	18997540	chr3L:18997344-18997540	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0907	0.1176	0.0871	0.0646	0.1188	0.1029	0.1302	0.1612	0.1188	0.0912	0.1148	0.0912	0.086	0.0704	0.0651	0.0704	0.0865
chr3L	18998843	18998994	chr3L:18998844-18998994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0292	0.0349	0.0296	0.0223	0.018	0.0335	0.0402	0.0506	0.018	0.0236	0.0441	0.0236	0.0217	0.013	0.0219	0.013	0.0219
chr3L	18999517	18999668	chr3L:18999518-18999668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0253	0.0334	0.025	0.0164	0.0212	0.0316	0.0363	0.046	0.0212	0.0217	0.0367	0.0217	0.0093	0.0077	0.0193	0.0077	0.0141
chr3L	18999776	18999927	chr3L:18999777-18999927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0256	0.0305	0.0247	0.0209	0.0276	0.0233	0.0372	0.04	0.0276	0.0187	0.0392	0.0187	0.0147	0.0115	0.0232	0.0115	0.0156
chr3L	19002291	19002442	chr3L:19002292-19002442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.04	0.0582	0.0346	0.0255	0.0414	0.0505	0.0623	0.0899	0.0414	0.032	0.0428	0.032	0.0287	0.0199	0.0271	0.0199	0.0412
chr3L	19005911	19006062	chr3L:19005912-19006062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0291	0.0441	0.0269	0.0148	0.0361	0.0345	0.0502	0.0686	0.0361	0.0229	0.0447	0.0229	0.0132	0.0077	0.0284	0.0077	0.0141
chr3L	19006429	19006799	chr3L:19006430-19006799	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.061	0.068	0.0603	0.054	0.0435	0.0646	0.0826	0.0833	0.0435	0.0417	0.1058	0.0417	0.0349	0.0191	0.1438	0.0191	0.0427
chr3L	19007378	19007600	chr3L:19007379-19007600	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0494	0.0482	0.0571	0.0423	0.0308	0.0447	0.0584	0.0646	0.0308	0.0374	0.1029	0.0374	0.0356	0.0214	0.1025	0.0214	0.0479
chr3L	19007836	19008111	chr3L:19007837-19008111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0528	0.0624	0.0565	0.038	0.0498	0.0587	0.0761	0.0773	0.0498	0.038	0.0971	0.038	0.0341	0.0191	0.0896	0.0191	0.036
chr3L	19009414	19009617	chr3L:19009415-19009617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0249	0.033	0.0291	0.0223	0.0218	0.0316	0.0326	0.0223	0.0193	0.0637	0.0193	0.0132	0.0069	0.0993	0.0069	0.0146
chr3L	19009849	19010000	chr3L:19009850-19010000	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0339	0.0411	0.0286	0.0318	0.0403	0.0316	0.0554	0.0526	0.0403	0.0169	0.0486	0.0169	0.0186	0.0191	0.0858	0.0191	0.0229
chr3L	19011525	19011855	chr3L:19011526-19011855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0636	0.0626	0.0703	0.0575	0.0626	0.0592	0.0753	0.072	0.0626	0.0664	0.0942	0.0664	0.0612	0.0819	0.0735	0.0819	0.0526
chr3L	19012552	19012703	chr3L:19012553-19012703	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0292	0.0327	0.0321	0.0221	0.0265	0.0306	0.0437	0.0346	0.0265	0.029	0.0453	0.029	0.024	0.0329	0.0251	0.0329	0.0198
chr3L	19012960	19013164	chr3L:19012961-19013164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0387	0.0489	0.044	0.0216	0.0339	0.0529	0.0528	0.06	0.0339	0.0598	0.0605	0.0598	0.0248	0.0368	0.0303	0.0368	0.0203
chr3L	19016013	19016191	chr3L:19016014-19016191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0492	0.0424	0.0258	0.0339	0.0388	0.0623	0.068	0.0339	0.0278	0.0662	0.0278	0.0194	0.0123	0.0445	0.0123	0.0203
chr3L	19016211	19016375	chr3L:19016212-19016375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0385	0.045	0.0423	0.027	0.0286	0.0374	0.0554	0.066	0.0286	0.032	0.0646	0.032	0.0263	0.0107	0.0419	0.0107	0.0287
chr3L	19017893	19018044	chr3L:19017894-19018044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0432	0.0408	0.0445	0.0446	0.0286	0.0417	0.0454	0.0493	0.0286	0.0248	0.0505	0.0248	0.0256	0.0123	0.0258	0.0123	0.0261
chr3L	19018181	19018425	chr3L:19018182-19018425	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0687	0.0552	0.0746	0.0771	0.0308	0.0519	0.0657	0.0773	0.0308	0.0411	0.0859	0.0411	0.0395	0.0145	0.0496	0.0145	0.0334
chr3L	19018571	19018793	chr3L:19018572-19018793	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0584	0.0599	0.056	0.0595	0.0562	0.0481	0.08	0.07	0.0562	0.0411	0.0717	0.0411	0.0287	0.0199	0.0355	0.0199	0.0193
chr3L	19018877	19019028	chr3L:19018878-19019028	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0429	0.0518	0.0435	0.0322	0.0467	0.0461	0.0636	0.0573	0.0467	0.0344	0.0601	0.0344	0.0263	0.0115	0.0303	0.0115	0.0172
chr3L	19022060	19022253	chr3L:19022061-19022253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0519	0.0584	0.053	0.0433	0.0456	0.0544	0.077	0.0646	0.0456	0.0459	0.0778	0.0459	0.0449	0.0475	0.0574	0.0475	0.0412
chr3L	19024632	19024866	chr3L:19024633-19024866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0461	0.0472	0.0344	0.035	0.0481	0.0528	0.0566	0.035	0.0622	0.0559	0.0622	0.0465	0.0459	0.0554	0.0459	0.0276
chr3L	19025034	19025251	chr3L:19025035-19025251	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0767	0.1297	0.0654	0.0298	0.0954	0.1345	0.1202	0.2039	0.0954	0.0906	0.0814	0.0906	0.0372	0.0291	0.0464	0.0291	0.0276
chr3L	19025698	19025980	chr3L:19025699-19025980	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0934	0.0982	0.1308	0.0469	0.053	0.1092	0.0939	0.1539	0.053	0.1304	0.2039	0.1304	0.0643	0.0352	0.1019	0.0352	0.0453
chr3L	19026005	19026286	chr3L:19026006-19026286	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0953	0.094	0.1354	0.0526	0.0583	0.1291	0.0774	0.1299	0.0583	0.1981	0.1871	0.1981	0.0604	0.0712	0.0825	0.0712	0.061
chr3L	19026565	19026963	chr3L:19026566-19026963	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1485	0.2466	0.1464	0.0409	0.2757	0.2466	0.2457	0.3251	0.2757	0.2162	0.209	0.2162	0.0442	0.0475	0.0593	0.0475	0.037
chr3L	19029191	19029417	chr3L:19029192-19029417	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1218	0.195	0.1198	0.0422	0.2142	0.1345	0.2357	0.2712	0.2142	0.0634	0.2341	0.0634	0.0356	0.013	0.1167	0.013	0.0307
chr3L	19030147	19030306	chr3L:19030148-19030306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.047	0.0414	0.0518	0.0479	0.0244	0.0422	0.0528	0.054	0.0244	0.0326	0.065	0.0326	0.0852	0.0276	0.0516	0.0276	0.1006
chr3L	19031003	19031154	chr3L:19031004-19031154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.055	0.0563	0.0329	0.0339	0.0544	0.0692	0.07	0.0339	0.0417	0.0781	0.0417	0.0697	0.0115	0.0464	0.0115	0.0469
chr3L	19032589	19032744	chr3L:19032590-19032744	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0554	0.0552	0.0511	0.0602	0.0424	0.0539	0.0675	0.064	0.0424	0.0495	0.0653	0.0495	0.0612	0.062	0.0619	0.062	0.1068
chr3L	19033196	19033347	chr3L:19033197-19033347	distal	distal	none	none	nkd_IntE_255,nkd_IntE_869	nkd_IntE_255,nkd_IntE_869	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0462	0.0424	0.0449	0.0518	0.0382	0.0403	0.0554	0.04	0.0382	0.0405	0.0441	0.0405	0.0953	0.0291	0.0496	0.0291	0.112
chr3L	19033393	19033558	chr3L:19033394-19033558	distal	distal	none	none	nkd_IntE_869	nkd_IntE_869	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0515	0.0459	0.0596	0.0489	0.0371	0.0539	0.0519	0.0446	0.0371	0.0507	0.0537	0.0507	0.1348	0.026	0.0451	0.026	0.1131
chr3L	19035152	19035375	chr3L:19035153-19035375	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1326	0.1444	0.1615	0.0877	0.1209	0.1262	0.1894	0.1666	0.1209	0.1123	0.2846	0.1123	0.0806	0.036	0.2411	0.036	0.0756
chr3L	19035521	19035672	chr3L:19035522-19035672	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.1079	0.0888	0.0422	0.0912	0.0927	0.1358	0.1486	0.0912	0.0453	0.164	0.0453	0.0473	0.0138	0.1277	0.0138	0.0302
chr3L	19035867	19036211	chr3L:19035868-19036211	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1539	0.2039	0.1877	0.061	0.1782	0.1607	0.2409	0.3011	0.1782	0.1057	0.3466	0.1057	0.1022	0.0322	0.1689	0.0322	0.0365
chr3L	19036613	19037062	chr3L:19036614-19037062	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	nkd_8756	nkd_8756	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2582	0.3255	0.3085	0.1277	0.2863	0.3442	0.372	0.3757	0.2863	0.462	0.3756	0.462	0.2324	0.2519	0.1767	0.2519	0.1027
chr3L	19037343	19037781	chr3L:19037344-19037781	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.203	0.3271	0.1893	0.0792	0.3213	0.2772	0.4338	0.3631	0.3213	0.2748	0.2196	0.2748	0.1061	0.1233	0.0793	0.1233	0.0568
chr3L	19037894	19038045	chr3L:19037895-19038045	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.1201	0.0692	0.0401	0.1124	0.099	0.1678	0.1306	0.1124	0.0882	0.0836	0.0882	0.0534	0.0406	0.0393	0.0406	0.0474
chr3L	19038452	19038640	chr3L:19038453-19038640	FBgn0002945	nkd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2228	0.2292	0.2529	0.1826	0.1951	0.25	0.2647	0.2645	0.1951	0.314	0.2807	0.314	0.2409	0.1937	0.2037	0.1937	0.2116
chr3L	19040175	19040326	chr3L:19040176-19040326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.024	0.0183	0.041	0.0117	0.0053	0.0214	0.0212	0.0306	0.0053	0.0284	0.0582	0.0284	0.0147	0.0092	0.02	0.0092	0.0094
chr3L	19042987	19043353	chr3L:19042988-19043353	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.065	0.0405	0.0954	0.059	0.018	0.0524	0.0502	0.0386	0.018	0.1244	0.1386	0.1244	0.0573	0.0513	0.1096	0.0513	0.0761
chr3L	19049901	19050059	chr3L:19049902-19050059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0196	0.0113	0.0251	0.0228	0.0011	0.0131	0.0169	0.012	0.0011	0.0628	0.017	0.0628	0.0194	0.0498	0.02	0.0498	0.0188
chr3L	19050243	19050441	chr3L:19050244-19050441	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0269	0.0113	0.0332	0.0372	0	0.0136	0.0182	0.0087	0	0.0876	0.0244	0.0876	0.0186	0.0835	0.0329	0.0835	0.0318
chr3L	19050562	19050713	chr3L:19050563-19050713	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0175	0.008	0.0256	0.0192	0.0021	0.0117	0.0099	0.0073	0.0021	0.0713	0.0186	0.0713	0.0124	0.0467	0.02	0.0467	0.013
chr3L	19051912	19052122	chr3L:19051913-19052122	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0429	0.0234	0.0084	0.0201	0.0306	0.0558	0.0606	0.0201	0.0338	0.0286	0.0338	0.0155	0.01	0.0071	0.01	0.0083
chr3L	19055608	19055759	chr3L:19055609-19055759	FBgn0036842	CG3797	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0832	0.0753	0.0992	0.0744	0.0467	0.0922	0.0839	0.0893	0.0467	0.1256	0.1113	0.1256	0.0914	0.0766	0.0729	0.0766	0.0995
chr3L	19055844	19056027	chr3L:19055845-19056027	FBgn0036842,FBgn0036843	CG3797,CG6812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1944	0.1711	0.2371	0.1735	0.1156	0.2019	0.1946	0.1999	0.1156	0.2989	0.2637	0.2989	0.2231	0.1677	0.1709	0.1677	0.2121
chr3L	19056127	19056323	chr3L:19056128-19056323	FBgn0036842,FBgn0036843	CG3797,CG6812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1894	0.1606	0.2292	0.178	0.1135	0.1791	0.1886	0.1912	0.1135	0.2886	0.2469	0.2886	0.2277	0.1669	0.1973	0.1669	0.2069
chr3L	19056415	19056752	chr3L:19056416-19056752	FBgn0036842,FBgn0036843	CG3797,CG6812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0621	0.075	0.0778	0.0265	0.0655	0.0835	0.074	0.0265	0.067	0.0887	0.067	0.0767	0.062	0.0948	0.062	0.073
chr3L	19064403	19064554	chr3L:19064404-19064554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0214	0.0175	0.0233	0.018	0.0126	0.0329	0.0273	0.018	0.0139	0.0264	0.0139	0.0217	0.0176	0.0554	0.0176	0.0214
chr3L	19065435	19065639	chr3L:19065436-19065639	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0168	0.0209	0.035	0.0085	0.0107	0.029	0.018	0.0085	0.0163	0.0235	0.0163	0.0418	0.0176	0.0509	0.0176	0.0641
chr3L	19065872	19066023	chr3L:19065873-19066023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.0153	0.0148	0.0253	0.0095	0.0131	0.0203	0.0187	0.0095	0.0103	0.0174	0.0103	0.024	0.0283	0.0258	0.0283	0.0443
chr3L	19066341	19066492	chr3L:19066342-19066492	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0319	0.0258	0.0239	0.0475	0.018	0.0238	0.0368	0.0286	0.018	0.0205	0.0257	0.0205	0.0442	0.0827	0.0393	0.0827	0.075
chr3L	19066560	19066897	chr3L:19066561-19066897	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0546	0.0298	0.0326	0.1064	0.0148	0.0286	0.0467	0.0313	0.0148	0.0308	0.036	0.0308	0.0627	0.2274	0.0735	0.2274	0.1522
chr3L	19068600	19068751	chr3L:19068601-19068751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0239	0.0318	0.0173	0.0224	0.0159	0.018	0.0562	0.0346	0.0159	0.0121	0.0238	0.0121	0.0194	0.0161	0.0297	0.0161	0.0313
chr3L	19070524	19070675	chr3L:19070525-19070675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0272	0.0122	0.0163	0.018	0.0189	0.0463	0.0253	0.018	0.0103	0.0141	0.0103	0.0085	0.0038	0.0084	0.0038	0.0109
chr3L	19072360	19072541	chr3L:19072361-19072541	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0421	0.0289	0.043	0.056	0.0117	0.0238	0.0424	0.0366	0.0117	0.0368	0.0473	0.0368	0.0751	0.0597	0.0696	0.0597	0.075
chr3L	19072997	19073161	chr3L:19072998-19073161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0389	0.0255	0.0444	0.0479	0.0127	0.0209	0.0398	0.026	0.0127	0.0417	0.0646	0.0417	0.0473	0.0322	0.0799	0.0322	0.0714
chr3L	19074431	19074782	chr3L:19074432-19074782	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1863	0.1994	0.2232	0.1312	0.1527	0.1976	0.2608	0.2179	0.1527	0.2518	0.3235	0.2518	0.1301	0.1455	0.2411	0.1455	0.1344
chr3L	19074895	19075046	chr3L:19074896-19075046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0622	0.0673	0.0765	0.0409	0.0403	0.0636	0.0943	0.068	0.0403	0.0906	0.11	0.0906	0.0488	0.0513	0.0651	0.0513	0.0511
chr3L	19076293	19076544	chr3L:19076294-19076544	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1115	0.2213	0.0759	0.028	0.2471	0.0932	0.3538	0.2565	0.2471	0.0447	0.1392	0.0447	0.0411	0.0253	0.0426	0.0253	0.038
chr3L	19076844	19076995	chr3L:19076845-19076995	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0422	0.0562	0.0377	0.0315	0.0477	0.0301	0.0956	0.0573	0.0477	0.0386	0.0505	0.0386	0.0411	0.0368	0.0303	0.0368	0.0537
chr3L	19078917	19079104	chr3L:19078918-19079104	FBgn0036844	Mkp3	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0996	0.0993	0.1142	0.084	0.0594	0.1044	0.1107	0.1299	0.0594	0.1226	0.1592	0.1226	0.1123	0.1049	0.136	0.1049	0.0865
chr3L	19079201	19079368	chr3L:19079202-19079368	FBgn0036844	Mkp3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1188	0.1147	0.1398	0.1004	0.0764	0.1238	0.1306	0.1452	0.0764	0.163	0.1823	0.163	0.151	0.1332	0.1328	0.1332	0.1178
chr3L	19079439	19079635	chr3L:19079440-19079635	FBgn0036844	Mkp3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1978	0.1844	0.2308	0.1766	0.1368	0.1869	0.2093	0.2405	0.1368	0.2693	0.2904	0.2693	0.2541	0.2113	0.2115	0.2113	0.2215
chr3L	19079722	19079907	chr3L:19079723-19079907	FBgn0036844	Mkp3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1409	0.1286	0.1613	0.1322	0.106	0.1252	0.1466	0.1739	0.106	0.1775	0.2106	0.1775	0.1758	0.16	0.1773	0.16	0.1397
chr3L	19080071	19080262	chr3L:19080072-19080262	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0631	0.0424	0.0577	0.0922	0.0265	0.0422	0.0571	0.05	0.0265	0.0314	0.0749	0.0314	0.1053	0.1003	0.1393	0.1003	0.0896
chr3L	19080587	19080738	chr3L:19080588-19080738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0299	0.031	0.0212	0.0382	0.018	0.0286	0.0389	0.036	0.018	0.0199	0.0238	0.0199	0.0232	0.0245	0.0297	0.0245	0.0245
chr3L	19084651	19084964	chr3L:19084652-19084964	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0638	0.0497	0.041	0.1046	0.035	0.0568	0.0584	0.0526	0.035	0.0308	0.0354	0.0308	0.079	0.0904	0.069	0.0904	0.1652
chr3L	19085656	19085843	chr3L:19085657-19085843	FBgn0036846	MESR6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.121	0.1056	0.1412	0.116	0.0679	0.1136	0.1259	0.1279	0.0679	0.16	0.1643	0.16	0.1658	0.1225	0.1186	0.1225	0.1464
chr3L	19085931	19086088	chr3L:19085932-19086088	FBgn0036846	MESR6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0505	0.0238	0.0651	0.0643	0.017	0.0316	0.0247	0.026	0.017	0.0749	0.0746	0.0749	0.0868	0.0835	0.0748	0.0835	0.0917
chr3L	19089029	19089180	chr3L:19089030-19089180	FBgn0036847	CG11577	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.03	0.0209	0.0343	0.0354	0.0064	0.0296	0.0251	0.0207	0.0064	0.0411	0.0389	0.0411	0.0488	0.0268	0.0484	0.0268	0.0516
chr3L	19089213	19089401	chr3L:19089214-19089401	FBgn0036847	CG11577	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0555	0.0384	0.0609	0.0687	0.017	0.0408	0.0437	0.0553	0.017	0.067	0.0775	0.067	0.072	0.0773	0.0774	0.0773	0.0969
chr3L	19090718	19090872	chr3L:19090719-19090872	FBgn0036848,FBgn0036849	CG10424,CG14079	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0236	0.0367	0.0453	0.0032	0.032	0.0264	0.03	0.0032	0.026	0.0379	0.026	0.0798	0.0314	0.0219	0.0314	0.1152
chr3L	19091007	19091179	chr3L:19091008-19091179	FBgn0036848,FBgn0036849	CG10424,CG14079	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0198	0.033	0.0386	0.0074	0.0252	0.0195	0.0266	0.0074	0.0308	0.0331	0.0308	0.0651	0.0199	0.029	0.0199	0.0912
chr3L	19093357	19093532	chr3L:19093358-19093532	FBgn0036850	Gem2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0807	0.0737	0.0968	0.071	0.0392	0.0816	0.0826	0.0959	0.0392	0.1093	0.1084	0.1093	0.1022	0.0781	0.0619	0.0781	0.1063
chr3L	19125806	19125957	chr3L:19125807-19125957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0196	0.0192	0.0145	0.0085	0.0189	0.0324	0.018	0.0085	0.0211	0.019	0.0211	0.0147	0.0054	0.0064	0.0054	0.0109
chr3L	19132247	19132398	chr3L:19132248-19132398	FBgn0036851	CG14082	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0075	0.0099	0.0223	0	0.0063	0.0138	0.008	0	0.006	0.0145	0.006	0.007	0.0061	0.011	0.0061	0.0089
chr3L	19133231	19133414	chr3L:19133232-19133414	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1053	0.0773	0.1137	0.1274	0.0435	0.0932	0.0904	0.0866	0.0435	0.1165	0.1254	0.1165	0.1301	0.1286	0.1367	0.1286	0.1428
chr3L	19133535	19133789	chr3L:19133536-19133789	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2361	0.2164	0.2751	0.2154	0.1432	0.2655	0.2275	0.2525	0.1432	0.3418	0.2945	0.3418	0.2641	0.2251	0.2315	0.2251	0.2408
chr3L	19136133	19136284	chr3L:19136134-19136284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0406	0.0363	0.0189	0.0191	0.0461	0.0545	0.0426	0.0191	0.0399	0.0441	0.0399	0.0364	0.0161	0.0297	0.0161	0.0203
chr3L	19140034	19140291	chr3L:19140035-19140291	distal	distal	none	none	fz2,fz2_Lac-Z	fz2,fz2_Lac-Z	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0422	0.0648	0.0423	0.018	0.0578	0.0337	0.0553	0.018	0.0713	0.0723	0.0713	0.0728	0.0398	0.0406	0.0398	0.05
chr3L	19141218	19141708	chr3L:19141219-19141708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.0627	0.0827	0.0525	0.0276	0.0854	0.0528	0.0939	0.0276	0.0984	0.0977	0.0984	0.0914	0.0651	0.0477	0.0651	0.0552
chr3L	19142089	19142526	chr3L:19142090-19142526	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0774	0.0876	0.0971	0.0443	0.0498	0.1282	0.0709	0.1093	0.0498	0.0912	0.1386	0.0912	0.0806	0.0398	0.0683	0.0398	0.0401
chr3L	19142614	19142800	chr3L:19142615-19142800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0387	0.0416	0.0508	0.0223	0.0159	0.0684	0.0294	0.0566	0.0159	0.0507	0.072	0.0507	0.0411	0.0168	0.0374	0.0168	0.0224
chr3L	19142871	19143106	chr3L:19142872-19143106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0407	0.0401	0.0566	0.0238	0.0117	0.0558	0.0372	0.05	0.0117	0.055	0.082	0.055	0.0488	0.013	0.0413	0.013	0.0234
chr3L	19145062	19145246	chr3L:19145063-19145246	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0519	0.0588	0.052	0.0441	0.0244	0.0762	0.045	0.0973	0.0244	0.0417	0.0383	0.0417	0.0263	0.0077	0.0148	0.0077	0.0162
chr3L	19145505	19145684	chr3L:19145506-19145684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0397	0.0408	0.0454	0.0323	0.0148	0.0485	0.0329	0.074	0.0148	0.0435	0.0389	0.0435	0.0287	0.0123	0.0206	0.0123	0.0193
chr3L	19145756	19145937	chr3L:19145757-19145937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0425	0.0452	0.0515	0.0297	0.0138	0.051	0.0437	0.0753	0.0138	0.0658	0.0508	0.0658	0.0418	0.0191	0.0239	0.0191	0.0255
chr3L	19146859	19147038	chr3L:19146860-19147038	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.043	0.0413	0.0486	0.0387	0.0339	0.0413	0.0437	0.0533	0.0339	0.0525	0.0624	0.0525	0.0426	0.059	0.0458	0.059	0.0281
chr3L	19147221	19147372	chr3L:19147222-19147372	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0304	0.028	0.0364	0.0265	0.0127	0.0403	0.0242	0.0366	0.0127	0.0537	0.0424	0.0537	0.0302	0.0551	0.0206	0.0551	0.024
chr3L	19148219	19148370	chr3L:19148220-19148370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0275	0.0174	0.0278	0.0384	0.0042	0.0223	0.0169	0.0233	0.0042	0.026	0.035	0.026	0.038	0.0781	0.0309	0.0781	0.0354
chr3L	19148784	19149092	chr3L:19148785-19149092	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0586	0.0521	0.0593	0.065	0.0276	0.0757	0.0502	0.06	0.0276	0.0833	0.0637	0.0833	0.0643	0.1447	0.0535	0.1447	0.061
chr3L	19149543	19149815	chr3L:19149544-19149815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0515	0.053	0.0486	0.0532	0.0414	0.0675	0.051	0.064	0.0414	0.0519	0.0553	0.0519	0.0689	0.0406	0.0413	0.0406	0.1063
chr3L	19149889	19150326	chr3L:19149890-19150326	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.123	0.074	0.0515	0.0859	0.1976	0.106	0.1133	0.0859	0.0996	0.09	0.0996	0.0658	0.0459	0.0587	0.0459	0.0646
chr3L	19151242	19151393	chr3L:19151243-19151393	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0341	0.034	0.0359	0.0322	0.0148	0.0553	0.0298	0.0333	0.0148	0.0568	0.037	0.0568	0.0372	0.0651	0.0258	0.0651	0.0266
chr3L	19151478	19151734	chr3L:19151479-19151734	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0529	0.0354	0.0648	0.0593	0.0095	0.0587	0.0333	0.0353	0.0095	0.0839	0.0717	0.0839	0.0775	0.0972	0.0638	0.0972	0.0469
chr3L	19152037	19152414	chr3L:19152038-19152414	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0689	0.0449	0.094	0.0682	0.0159	0.0675	0.0376	0.058	0.0159	0.1274	0.1248	0.1274	0.0651	0.1432	0.0877	0.1432	0.0537
chr3L	19152548	19152699	chr3L:19152549-19152699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0285	0.0226	0.0346	0.0285	0.017	0.0311	0.0216	0.0247	0.017	0.0356	0.0521	0.0356	0.0256	0.0421	0.0477	0.0421	0.0177
chr3L	19152961	19153116	chr3L:19152962-19153116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0274	0.068	0.029	0.0191	0.0374	0.0268	0.0326	0.0191	0.0513	0.1257	0.0513	0.0263	0.0207	0.0664	0.0207	0.0193
chr3L	19155963	19156124	chr3L:19155964-19156124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0612	0.0613	0.0865	0.0333	0.0371	0.0917	0.0497	0.0799	0.0371	0.1842	0.0887	0.1842	0.0565	0.0957	0.0335	0.0957	0.0151
chr3L	19156396	19156578	chr3L:19156397-19156578	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0688	0.0535	0.1063	0.0447	0.0074	0.1044	0.0385	0.0553	0.0074	0.2331	0.1096	0.2331	0.0542	0.1202	0.0413	0.1202	0.024
chr3L	19157622	19157773	chr3L:19157623-19157773	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_4906	Unspecified_4906	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.044	0.0381	0.0629	0.0297	0.0201	0.0558	0.0294	0.0473	0.0201	0.1129	0.0659	0.1129	0.0519	0.0383	0.0413	0.0383	0.0349
chr3L	19158235	19158618	chr3L:19158236-19158618	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.2291	0.1642	0.0616	0.211	0.2354	0.2206	0.3198	0.211	0.2107	0.183	0.2107	0.2014	0.059	0.0703	0.059	0.0808
chr3L	19160882	19161070	chr3L:19160883-19161070	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1063	0.1365	0.1311	0.0455	0.1007	0.1189	0.1315	0.2352	0.1007	0.0966	0.2341	0.0966	0.0728	0.0681	0.0928	0.0681	0.024
chr3L	19161322	19161563	chr3L:19161323-19161563	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0964	0.1262	0.1161	0.0415	0.0488	0.1529	0.0882	0.2338	0.0488	0.1087	0.1846	0.1087	0.0697	0.0398	0.0741	0.0398	0.037
chr3L	19161626	19161777	chr3L:19161627-19161777	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0616	0.0689	0.0826	0.0305	0.0201	0.0903	0.0489	0.1126	0.0201	0.1021	0.1125	0.1021	0.062	0.0253	0.0632	0.0253	0.0271
chr3L	19161895	19162090	chr3L:19161896-19162090	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0982	0.0814	0.1447	0.066	0.0392	0.1044	0.0644	0.1266	0.0392	0.1377	0.2106	0.1377	0.1464	0.0368	0.1199	0.0368	0.0933
chr3L	19162194	19162359	chr3L:19162195-19162359	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0802	0.0563	0.1124	0.0714	0.0244	0.0782	0.0463	0.0833	0.0244	0.0948	0.1463	0.0948	0.172	0.049	0.0954	0.049	0.1219
chr3L	19163049	19163200	chr3L:19163050-19163200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0681	0.0734	0.0868	0.0416	0.0435	0.085	0.0809	0.0966	0.0435	0.09	0.1212	0.09	0.0736	0.0551	0.0735	0.0551	0.036
chr3L	19163674	19163870	chr3L:19163675-19163870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2314	0.2324	0.2774	0.1799	0.1676	0.2816	0.2301	0.2905	0.1676	0.3146	0.3129	0.3146	0.282	0.1807	0.2173	0.1807	0.2204
chr3L	19164363	19165060	chr3L:19164364-19165060	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2604	0.2511	0.3251	0.1998	0.1591	0.3267	0.2089	0.3678	0.1591	0.2458	0.4119	0.2458	0.3199	0.0942	0.2908	0.0942	0.1438
chr3L	19167723	19167876	chr3L:19167724-19167876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0448	0.0408	0.0598	0.0329	0.017	0.0636	0.0415	0.0393	0.017	0.0386	0.0479	0.0386	0.1363	0.0168	0.0129	0.0168	0.0677
chr3L	19167938	19168111	chr3L:19167939-19168111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0419	0.0661	0.0379	0.0148	0.0617	0.0407	0.05	0.0148	0.0459	0.0534	0.0459	0.1309	0.0138	0.0148	0.0138	0.073
chr3L	19169917	19170106	chr3L:19169918-19170106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0448	0.0849	0.0335	0.0125	0.0636	0.0801	0.0939	0.1193	0.0636	0.0266	0.0421	0.0266	0.0387	0.0054	0.0116	0.0054	0.0146
chr3L	19170951	19171109	chr3L:19170952-19171109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0323	0.0248	0.0349	0.0377	0.0106	0.032	0.0303	0.0286	0.0106	0.0338	0.037	0.0338	0.0542	0.0222	0.0554	0.0222	0.0636
chr3L	19171219	19171478	chr3L:19171220-19171478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0525	0.0482	0.0629	0.0458	0.0265	0.066	0.0515	0.0553	0.0265	0.0694	0.0685	0.0694	0.0658	0.0329	0.0535	0.0329	0.0703
chr3L	19172056	19172329	chr3L:19172057-19172329	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0729	0.1231	0.075	0.0145	0.0498	0.1563	0.0662	0.2432	0.0498	0.1105	0.0801	0.1105	0.0395	0.0092	0.0142	0.0092	0.012
chr3L	19172364	19172572	chr3L:19172365-19172572	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.09	0.1464	0.1013	0.0145	0.0562	0.2078	0.0774	0.2738	0.0562	0.1812	0.1096	0.1812	0.0449	0.0077	0.0123	0.0077	0.012
chr3L	19172793	19172959	chr3L:19172794-19172959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0431	0.0623	0.0527	0.0113	0.0127	0.0903	0.0329	0.1206	0.0127	0.0906	0.0563	0.0906	0.0318	0.0092	0.0148	0.0092	0.0083
chr3L	19174128	19174382	chr3L:19174129-19174382	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0924	0.0599	0.1503	0.0653	0.0223	0.1107	0.0381	0.0753	0.0223	0.1588	0.1569	0.1588	0.2494	0.0704	0.0735	0.0704	0.1058
chr3L	19175686	19175868	chr3L:19175687-19175868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0231	0.0571	0.0386	0.0074	0.034	0.0247	0.024	0.0074	0.0719	0.0762	0.0719	0.0558	0.0444	0.0593	0.0444	0.0323
chr3L	19176721	19177015	chr3L:19176722-19177015	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0951	0.0732	0.1538	0.0553	0.0265	0.134	0.0554	0.0813	0.0265	0.2977	0.1859	0.2977	0.0542	0.0949	0.0903	0.0949	0.037
chr3L	19177161	19177530	chr3L:19177162-19177530	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.2129	0.218	0.0446	0.158	0.265	0.173	0.3151	0.158	0.343	0.2913	0.343	0.1216	0.0582	0.0845	0.0582	0.0261
chr3L	19179668	19179819	chr3L:19179669-19179819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0192	0.0268	0.0164	0.0064	0.0155	0.0294	0.024	0.0064	0.0278	0.0395	0.0278	0.0178	0.0123	0.038	0.0123	0.0099
chr3L	19180321	19180472	chr3L:19180322-19180472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0153	0.0107	0.0183	0.0171	0.0064	0.0097	0.0147	0.014	0.0064	0.032	0.0158	0.032	0.0194	0.0452	0.0064	0.0452	0.0104
chr3L	19180898	19181049	chr3L:19180899-19181049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0207	0.0198	0.0247	0.0174	0.0085	0.0364	0.0143	0.0227	0.0085	0.067	0.0196	0.067	0.0093	0.0391	0.0103	0.0391	0.0146
chr3L	19181106	19181257	chr3L:19181107-19181257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.022	0.0168	0.0289	0.0202	0.0032	0.0257	0.0164	0.022	0.0032	0.0707	0.0241	0.0707	0.0132	0.0306	0.0129	0.0306	0.0177
chr3L	19181300	19181451	chr3L:19181301-19181451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0123	0.0105	0.0132	0.0134	0.0011	0.0112	0.0164	0.0113	0.0011	0.0248	0.0116	0.0248	0.0077	0.013	0.0064	0.013	0.0063
chr3L	19184875	19185371	chr3L:19184876-19185371	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	SVM-CRM_No4906	SVM-CRM_No4906	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0511	0.0274	0.0714	0.0551	0.0085	0.0335	0.0394	0.0233	0.0085	0.1316	0.072	0.1316	0.0651	0.0689	0.0735	0.0689	0.0677
chr3L	19185377	19185528	chr3L:19185378-19185528	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	SVM-CRM_No4906	SVM-CRM_No4906	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.023	0.0123	0.033	0.0238	0.0021	0.015	0.0186	0.0107	0.0021	0.0707	0.0344	0.0707	0.0116	0.026	0.0471	0.026	0.0229
chr3L	19185556	19185707	chr3L:19185557-19185707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0208	0.0143	0.0286	0.0195	0.0042	0.015	0.0216	0.016	0.0042	0.0489	0.0334	0.0489	0.0108	0.0253	0.0393	0.0253	0.012
chr3L	19185774	19185925	chr3L:19185775-19185925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0168	0.014	0.0225	0.0138	0.0032	0.0136	0.0195	0.016	0.0032	0.0236	0.0318	0.0236	0.0132	0.0145	0.0245	0.0145	0.0115
chr3L	19186747	19186898	chr3L:19186748-19186898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0199	0.0209	0.0142	0.0064	0.0238	0.026	0.0227	0.0064	0.0248	0.0273	0.0248	0.0124	0.0092	0.0135	0.0092	0.0083
chr3L	19187030	19187181	chr3L:19187031-19187181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0198	0.0201	0.0272	0.0116	0.0042	0.0267	0.0247	0.0266	0.0042	0.0278	0.0392	0.0278	0.0155	0.0107	0.0142	0.0107	0.0073
chr3L	19188055	19188206	chr3L:19188056-19188206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0118	0.0127	0.012	0.0021	0.0136	0.0173	0.0107	0.0021	0.0133	0.0125	0.0133	0.0147	0.0061	0.0116	0.0061	0.0083
chr3L	19189203	19189354	chr3L:19189204-19189354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0126	0.015	0.0123	0.0103	0	0.0301	0.0143	0.012	0	0.0278	0.0103	0.0278	0.0101	0.0168	0.0084	0.0168	0.0063
chr3L	19189549	19189700	chr3L:19189550-19189700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0098	0.0088	0.008	0.0128	0.0053	0.0092	0.0117	0.0113	0.0053	0.0139	0.0051	0.0139	0.0124	0.0337	0.0058	0.0337	0.0099
chr3L	19190349	19190679	chr3L:19190350-19190679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0356	0.015	0.0368	0.0572	0.0011	0.0233	0.016	0.0173	0.0011	0.0833	0.0296	0.0833	0.0318	0.1103	0.0419	0.1103	0.0693
chr3L	19193022	19193186	chr3L:19193023-19193186	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0115	0.0266	0.0375	0.0042	0.0141	0.0182	0.0087	0.0042	0.0223	0.0444	0.0223	0.0155	0.023	0.1096	0.023	0.0063
chr3L	19193485	19193636	chr3L:19193486-19193636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0115	0.025	0.0213	0.0032	0.0102	0.0169	0.0147	0.0032	0.0199	0.0431	0.0199	0.0163	0.0084	0.06	0.0084	0.0094
chr3L	19193666	19193921	chr3L:19193667-19193921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0167	0.0385	0.0276	0.0074	0.0175	0.0212	0.0207	0.0074	0.038	0.0601	0.038	0.0263	0.0153	0.0587	0.0153	0.0266
chr3L	19194039	19194404	chr3L:19194040-19194404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0638	0.0657	0.0812	0.0426	0.0435	0.0675	0.0908	0.0646	0.0435	0.1075	0.1032	0.1075	0.0635	0.0528	0.0522	0.0528	0.0459
chr3L	19195379	19195558	chr3L:19195380-19195558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0479	0.0212	0.0631	0.061	0.0074	0.032	0.0272	0.0167	0.0074	0.1159	0.063	0.1159	0.0534	0.1179	0.0464	0.1179	0.0688
chr3L	19195933	19196084	chr3L:19195934-19196084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0121	0.0185	0.0201	0.0021	0.0126	0.0182	0.0133	0.0021	0.0338	0.0132	0.0338	0.0155	0.0237	0.0135	0.0237	0.0167
chr3L	19196152	19196303	chr3L:19196153-19196303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0093	0.0212	0.0206	0.0011	0.0092	0.0147	0.0107	0.0011	0.0386	0.018	0.0386	0.0116	0.0253	0.0181	0.0253	0.013
chr3L	19198126	19198334	chr3L:19198127-19198334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0163	0.0173	0.0199	0.0053	0.0146	0.0234	0.0253	0.0053	0.0175	0.017	0.0175	0.0085	0.0069	0.0103	0.0069	0.0115
chr3L	19198719	19198870	chr3L:19198720-19198870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0091	0.0113	0.0202	0.0064	0.0068	0.016	0.0087	0.0064	0.0169	0.008	0.0169	0.0085	0.0069	0.0084	0.0069	0.0188
chr3L	19199208	19199359	chr3L:19199209-19199359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0086	0.0133	0.0128	0.0053	0.0083	0.0125	0.01	0.0053	0.0169	0.0161	0.0169	0.007	0.0061	0.0045	0.0061	0.0078
chr3L	19203523	19203674	chr3L:19203524-19203674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0072	0.0058	0.0164	0.0053	0.0063	0.0104	0.008	0.0053	0.0066	0.0068	0.0066	0.0046	0.0061	0.0026	0.0061	0.0078
chr3L	19204238	19204389	chr3L:19204239-19204389	distal	distal	none	none	VT33193.1	VT33193.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0085	0.0086	0.0116	0.0042	0.0063	0.016	0.0073	0.0042	0.0066	0.0096	0.0066	0.0093	0.0046	0.0052	0.0046	0.0104
chr3L	19206274	19206425	chr3L:19206275-19206425	distal	distal	none	none	VT33193.1	VT33193.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0074	0.0065	0.0081	0.0042	0.0058	0.0117	0.008	0.0042	0.0085	0.0074	0.0085	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0026
chr3L	19211046	19211197	chr3L:19211047-19211197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0081	0.0084	0.0169	0.0064	0.0068	0.0143	0.0067	0.0064	0.0115	0.0077	0.0115	0.007	0.0084	0.0071	0.0084	0.0109
chr3L	19213330	19213481	chr3L:19213331-19213481	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0045	0.009	0.0181	0.0021	0.0053	0.0052	0.0073	0.0021	0.0097	0.0084	0.0097	0.0077	0.0161	0.0077	0.0161	0.0208
chr3L	19214429	19214580	chr3L:19214430-19214580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0115	0.0066	0.0122	0.0162	0.0032	0.0053	0.0117	0.0067	0.0032	0.0115	0.0161	0.0115	0.0139	0.0077	0.0342	0.0077	0.0109
chr3L	19220720	19220871	chr3L:19220721-19220871	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0175	0.0086	0.0312	0.0123	0.0032	0.0112	0.0147	0.004	0.0032	0.0749	0.0283	0.0749	0.0077	0.0138	0.0129	0.0138	0.0115
chr3L	19221148	19221299	chr3L:19221149-19221299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0172	0.0133	0.0218	0.0164	0.0042	0.016	0.0173	0.012	0.0042	0.0411	0.0196	0.0411	0.0194	0.0084	0.0084	0.0084	0.0287
chr3L	19221453	19221604	chr3L:19221454-19221604	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0131	0.0246	0.0248	0.0053	0.0136	0.0186	0.0107	0.0053	0.0302	0.0219	0.0302	0.0426	0.0092	0.0168	0.0092	0.0495
chr3L	19221701	19221997	chr3L:19221702-19221997	FBgn0264485	CR43893	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0253	0.0459	0.0517	0.0095	0.0277	0.0342	0.0293	0.0095	0.0423	0.0399	0.0423	0.079	0.0245	0.0284	0.0245	0.0688
chr3L	19222898	19223049	chr3L:19222899-19223049	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0196	0.0107	0.0147	0.035	0.0011	0.0102	0.019	0.01	0.0011	0.0193	0.0141	0.0193	0.0085	0.0038	0.0077	0.0038	0.0115
chr3L	19223902	19224204	chr3L:19223903-19224204	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0509	0.0183	0.0581	0.0795	0.0117	0.0218	0.0242	0.016	0.0117	0.0942	0.0363	0.0942	0.0426	0.0429	0.0155	0.0429	0.0365
chr3L	19224785	19224936	chr3L:19224786-19224936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0091	0.0154	0.0299	0.0085	0.0102	0.0156	0.004	0.0085	0.0121	0.0106	0.0121	0.0132	0.0054	0.0058	0.0054	0.0089
chr3L	19226701	19226852	chr3L:19226702-19226852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0103	0.0133	0.0259	0.0011	0.0117	0.0151	0.0107	0.0011	0.0169	0.0148	0.0169	0.0085	0.0436	0.0077	0.0436	0.0099
chr3L	19226938	19227089	chr3L:19226939-19227089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.0146	0.0146	0.0171	0.0064	0.0126	0.0238	0.0153	0.0064	0.0199	0.0145	0.0199	0.0147	0.0368	0.0084	0.0368	0.0052
chr3L	19227644	19227871	chr3L:19227645-19227871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0239	0.0383	0.048	0.0106	0.035	0.0251	0.0233	0.0106	0.0501	0.0402	0.0501	0.038	0.0888	0.0245	0.0888	0.0344
chr3L	19228075	19228243	chr3L:19228076-19228243	FBgn0016797	fz2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0267	0.0412	0.0489	0.0148	0.032	0.0376	0.0213	0.0148	0.0525	0.0347	0.0525	0.0449	0.0383	0.0168	0.0383	0.0443
chr3L	19228318	19228676	chr3L:19228319-19228676	FBgn0016797	fz2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.046	0.0264	0.0359	0.079	0.0085	0.0301	0.0428	0.024	0.0085	0.0314	0.0293	0.0314	0.048	0.0406	0.02	0.0406	0.0662
chr3L	19231091	19231242	chr3L:19231092-19231242	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.014	0.0137	0.033	0.0053	0.0126	0.0242	0.0113	0.0053	0.0091	0.0122	0.0091	0.0093	0.0061	0.0032	0.0061	0.0089
chr3L	19233819	19233970	chr3L:19233820-19233970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0143	0.0202	0.0305	0.0042	0.0136	0.0251	0.014	0.0042	0.0175	0.0199	0.0175	0.0395	0.026	0.0187	0.026	0.061
chr3L	19236364	19236515	chr3L:19236365-19236515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0195	0.0314	0.0166	0.0093	0.018	0.0155	0.0606	0.0286	0.018	0.0211	0.019	0.0211	0.0147	0.0069	0.0103	0.0069	0.0089
chr3L	19236685	19236836	chr3L:19236686-19236836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.035	0.0237	0.0118	0.0223	0.0282	0.0515	0.0406	0.0223	0.0314	0.0267	0.0314	0.0163	0.0115	0.0123	0.0115	0.0146
chr3L	19239274	19239425	chr3L:19239275-19239425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0147	0.0112	0.0217	0.0109	0.0032	0.0141	0.0151	0.012	0.0032	0.0181	0.0148	0.0181	0.062	0.0054	0.0077	0.0054	0.0146
chr3L	19244302	19244515	chr3L:19244303-19244515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.015	0.0211	0.0248	0.0053	0.0131	0.0268	0.012	0.0053	0.0217	0.017	0.0217	0.0155	0.0084	0.0039	0.0084	0.0099
chr3L	19245068	19245219	chr3L:19245069-19245219	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0107	0.0145	0.024	0.0021	0.0068	0.0195	0.014	0.0021	0.0145	0.0141	0.0145	0.0139	0.0061	0.0071	0.0061	0.0104
chr3L	19246457	19246608	chr3L:19246458-19246608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0205	0.0257	0.0226	0.0125	0.0148	0.0209	0.0402	0.028	0.0148	0.0242	0.0238	0.0242	0.0333	0.0069	0.0187	0.0069	0.0104
chr3L	19248094	19248278	chr3L:19248095-19248278	FBgn0036853,FBgn0040075	mRpL21,rept	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1438	0.1311	0.1735	0.1255	0.0944	0.1558	0.1228	0.1865	0.0944	0.2258	0.1932	0.2258	0.1712	0.1302	0.127	0.1302	0.1496
chr3L	19248349	19248513	chr3L:19248350-19248513	FBgn0036853,FBgn0040075	mRpL21,rept	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1557	0.1393	0.1912	0.1351	0.1113	0.1718	0.1306	0.1872	0.1113	0.2391	0.2096	0.2391	0.1998	0.1501	0.1296	0.1501	0.1647
chr3L	19248637	19248788	chr3L:19248638-19248788	FBgn0036853,FBgn0040075	mRpL21,rept	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0457	0.0363	0.06	0.0405	0.0255	0.0481	0.0376	0.0433	0.0255	0.0731	0.063	0.0731	0.0744	0.0436	0.029	0.0436	0.0599
chr3L	19253422	19253607	chr3L:19253423-19253607	FBgn0026630	nes	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0781	0.0596	0.0959	0.0794	0.0318	0.0743	0.0649	0.0713	0.0318	0.1147	0.1006	0.1147	0.1177	0.0995	0.0748	0.0995	0.1084
chr3L	19253702	19253897	chr3L:19253703-19253897	FBgn0026630	nes	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1442	0.1252	0.1689	0.1383	0.0785	0.166	0.128	0.1539	0.0785	0.1932	0.1891	0.1932	0.1774	0.1669	0.1418	0.1669	0.1793
chr3L	19254402	19254602	chr3L:19254403-19254602	FBgn0260857	Bet1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.0947	0.1306	0.0948	0.0668	0.1068	0.1034	0.1133	0.0668	0.1576	0.1466	0.1576	0.1402	0.1041	0.1148	0.1041	0.1146
chr3L	19254653	19254804	chr3L:19254654-19254804	FBgn0260857	Bet1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0516	0.0744	0.0492	0.0244	0.0621	0.0627	0.0526	0.0244	0.0809	0.0859	0.0809	0.0883	0.0482	0.0593	0.0482	0.0667
chr3L	19254908	19255059	chr3L:19254909-19255059	FBgn0260857	Bet1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0323	0.0462	0.0251	0.018	0.0374	0.0424	0.0293	0.018	0.0441	0.0572	0.0441	0.0558	0.0214	0.0355	0.0214	0.0292
chr3L	19256771	19257134	chr3L:19256772-19257134	FBgn0017578,FBgn0036856,FBgn0259720	CG42374,CG9666,Max	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1267	0.1118	0.1451	0.1232	0.0806	0.135	0.1233	0.1266	0.0806	0.1787	0.1469	0.1787	0.1782	0.1317	0.1199	0.1317	0.1621
chr3L	19257192	19257359	chr3L:19257193-19257359	FBgn0017578,FBgn0036856,FBgn0259720	CG42374,CG9666,Max	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1266	0.1153	0.147	0.1168	0.0838	0.1272	0.1276	0.1439	0.0838	0.1806	0.1576	0.1806	0.1487	0.1263	0.1083	0.1263	0.1595
chr3L	19257429	19257599	chr3L:19257430-19257599	FBgn0017578,FBgn0036856,FBgn0259720	CG42374,CG9666,Max	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.129	0.1198	0.1563	0.1092	0.0817	0.1374	0.1298	0.1419	0.0817	0.1963	0.1698	0.1963	0.1565	0.1149	0.1012	0.1149	0.1433
chr3L	19261928	19262135	chr3L:19261929-19262135	FBgn0036857,FBgn0036859	CG14085,CG9629	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0425	0.0255	0.0431	0.0606	0.0106	0.0364	0.032	0.0207	0.0106	0.0326	0.0322	0.0326	0.1255	0.0199	0.0232	0.0199	0.1772
chr3L	19264905	19265056	chr3L:19264906-19265056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0145	0.0223	0.0133	0.007	0.0042	0.0383	0.0251	0.0187	0.0042	0.0211	0.0154	0.0211	0.0093	0.01	0.0032	0.01	0.0115
chr3L	19281611	19281762	chr3L:19281612-19281762	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0149	0.0191	0.019	0.0057	0.0127	0.0141	0.0277	0.028	0.0127	0.0133	0.0135	0.0133	0.017	0.0031	0.0058	0.0031	0.0094
chr3L	19281971	19282122	chr3L:19281972-19282122	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0285	0.0138	0.0079	0.0138	0.0204	0.0424	0.038	0.0138	0.0133	0.0161	0.0133	0.0116	0.0077	0.0039	0.0077	0.013
chr3L	19282475	19282626	chr3L:19282476-19282626	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0146	0.0198	0.0129	0.0106	0.0085	0.0155	0.0363	0.014	0.0085	0.0079	0.0141	0.0079	0.0225	0.0077	0.0077	0.0077	0.0177
chr3L	19285627	19285825	chr3L:19285628-19285825	FBgn0036862	Gbs-76A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0369	0.0181	0.0245	0.0714	0.0106	0.0286	0.0169	0.0167	0.0106	0.0175	0.0148	0.0175	0.0488	0.0689	0.0193	0.0689	0.0709
chr3L	19285991	19286142	chr3L:19285992-19286142	FBgn0036862	Gbs-76A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0449	0.0381	0.0363	0.062	0.0095	0.0524	0.0346	0.05	0.0095	0.0266	0.0305	0.0266	0.0604	0.0597	0.0251	0.0597	0.0615
chr3L	19286263	19286682	chr3L:19286264-19286682	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0888	0.1031	0.0699	0.0936	0.0488	0.1097	0.0796	0.1759	0.0488	0.0622	0.0717	0.0622	0.0844	0.0942	0.0477	0.0942	0.0782
chr3L	19287394	19287637	chr3L:19287395-19287637	FBgn0028380	fal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1723	0.1654	0.1925	0.1579	0.1188	0.1956	0.1739	0.1952	0.1188	0.2264	0.2254	0.2264	0.1681	0.1531	0.1573	0.1531	0.1595
chr3L	19287721	19287951	chr3L:19287722-19287951	FBgn0028380	fal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1682	0.1194	0.1862	0.2032	0.0668	0.1621	0.1176	0.1439	0.0668	0.195	0.2116	0.195	0.2122	0.2121	0.2083	0.2121	0.2371
chr3L	19288012	19288210	chr3L:19288013-19288210	FBgn0028380	fal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1436	0.1175	0.1584	0.1567	0.0573	0.1515	0.1038	0.1626	0.0573	0.1643	0.1759	0.1643	0.189	0.1348	0.1773	0.1348	0.1902
chr3L	19308447	19308611	chr3L:19308448-19308611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0172	0.0313	0.0124	0.0065	0.0276	0.0141	0.0394	0.052	0.0276	0.0097	0.0199	0.0097	0.0085	0.0069	0.0097	0.0069	0.0047
chr3L	19309203	19309372	chr3L:19309204-19309372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0174	0.0202	0.0214	0.0099	0.0064	0.017	0.0199	0.04	0.0064	0.0181	0.037	0.0181	0.0101	0.0145	0.0142	0.0145	0.0073
chr3L	19309434	19309686	chr3L:19309435-19309686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0259	0.0328	0.0286	0.0153	0.0064	0.0345	0.0303	0.06	0.0064	0.0326	0.0434	0.0326	0.0108	0.026	0.0206	0.026	0.0057
chr3L	19323911	19324293	chr3L:19323912-19324293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0279	0.0191	0.0334	0.0316	0.0064	0.0165	0.0303	0.0187	0.0064	0.0211	0.0563	0.0211	0.0201	0.0283	0.0445	0.0283	0.0224
chr3L	19324976	19325127	chr3L:19324977-19325127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0123	0.0093	0.0143	0.0134	0.0032	0.0131	0.0125	0.008	0.0032	0.0151	0.0232	0.0151	0.0062	0.0268	0.0232	0.0268	0.0057
chr3L	19327946	19328097	chr3L:19327947-19328097	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0122	0.0081	0.0133	0.0156	0.0064	0.0068	0.0138	0.008	0.0064	0.0115	0.0209	0.0115	0.0085	0.0023	0.0516	0.0023	0.0073
chr3L	19329323	19329474	chr3L:19329324-19329474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0131	0.0132	0.0171	0.0064	0.0097	0.0238	0.012	0.0064	0.006	0.0251	0.006	0.0077	8e-04	0.0664	8e-04	0.0031
chr3L	19330595	19330769	chr3L:19330596-19330769	FBgn0003089	pip	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0152	0.0434	0.0429	0.0042	0.0204	0.0203	0.0133	0.0042	0.0133	0.0894	0.0133	0.0232	0.0069	0.1644	0.0069	0.013
chr3L	19331044	19331195	chr3L:19331045-19331195	FBgn0003089	pip	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0135	0.0115	0.0155	0.0135	0.0064	0.0097	0.0151	0.0147	0.0064	0.0072	0.0283	0.0072	0.0116	0.0015	0.0464	0.0015	0.0068
chr3L	19342920	19343111	chr3L:19342921-19343111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0434	0.0602	0.0425	0.0329	0.0451	0.0571	0.052	0.0329	0.0743	0.0701	0.0743	0.0651	0.0559	0.0458	0.0559	0.0662
chr3L	19343813	19343964	chr3L:19343814-19343964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0088	0.0103	0.0138	0.0032	0.0121	0.0134	0.0073	0.0032	0.0097	0.009	0.0097	0.0054	0.0061	0.0032	0.0061	0.0083
chr3L	19379968	19380119	chr3L:19379969-19380119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0082	0.0083	0.0072	0.0092	0.0085	0.0073	0.0134	0.0053	0.0085	0.0054	0.0077	0.0054	0.0054	0.0069	0.0039	0.0069	0.0021
chr3L	19406183	19406334	chr3L:19406184-19406334	FBgn0052206	CG32206	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0055	0.0053	0.0188	0.0032	0.0063	0.0087	0.002	0.0032	0.006	0.0032	0.006	0.0039	0.0046	0.0026	0.0046	0.0052
chr3L	19422506	19422681	chr3L:19422507-19422681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0103	0.0136	0.0121	0.0032	0.0097	0.0203	0.008	0.0032	0.006	0.0093	0.006	0.0054	0.0031	6e-04	0.0031	0.0052
chr3L	19425460	19425611	chr3L:19425461-19425611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0133	0.0116	0.0067	0.0224	0.0032	0.0073	0.0247	0.0113	0.0032	0.0066	0.0071	0.0066	0.0077	0.0115	0.0097	0.0115	0.0125
chr3L	19429543	19429694	chr3L:19429544-19429694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0064	0.0039	0.0078	0.0011	0.0049	0.0121	0.008	0.0011	0.0054	0.0032	0.0054	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr3L	19439163	19439365	chr3L:19439164-19439365	FBgn0053062	CG33062	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0724	0.0662	0.0912	0.0586	0.035	0.0718	0.0787	0.0899	0.035	0.1063	0.1003	0.1063	0.0744	0.0559	0.0619	0.0559	0.0599
chr3L	19439477	19439658	chr3L:19439478-19439658	FBgn0053062	CG33062	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.112	0.1058	0.133	0.0958	0.0679	0.1126	0.1237	0.1326	0.0679	0.1606	0.1559	0.1606	0.1193	0.1149	0.1103	0.1149	0.1089
chr3L	19439727	19439905	chr3L:19439728-19439905	FBgn0023395,FBgn0053062	CG33062,Chd3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.159	0.1508	0.1872	0.1372	0.1039	0.1646	0.1726	0.1772	0.1039	0.2307	0.2177	0.2307	0.1735	0.1692	0.1457	0.1692	0.1668
chr3L	19440161	19440374	chr3L:19440162-19440374	FBgn0023395	Chd3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1054	0.1123	0.124	0.0773	0.0594	0.1248	0.1315	0.1472	0.0594	0.1624	0.1354	0.1624	0.1216	0.0934	0.0851	0.0934	0.1027
chr3L	19440407	19440567	chr3L:19440408-19440567	FBgn0023395	Chd3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0547	0.0622	0.0685	0.0311	0.0382	0.067	0.0731	0.0826	0.0382	0.0906	0.0772	0.0906	0.0589	0.0337	0.0309	0.0337	0.0438
chr3L	19462008	19462159	chr3L:19462009-19462159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0169	0.0304	0.0132	0.006	0.0148	0.0267	0.0415	0.0353	0.0148	0.0133	0.019	0.0133	0.0108	0.0092	0.0064	0.0092	0.0078
chr3L	19471761	19472131	chr3L:19471762-19472131	FBgn0052207,FBgn0262031	CR32207,CR42842	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0583	0.0494	0.0143	0.035	0.0612	0.0558	0.0899	0.035	0.0465	0.0588	0.0465	0.055	0.0153	0.0148	0.0153	0.0146
chr3L	19473007	19473281	chr3L:19473008-19473281	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0381	0.0221	0.0086	0.0286	0.0296	0.0411	0.0593	0.0286	0.0236	0.028	0.0236	0.0232	0.0084	0.011	0.0084	0.0063
chr3L	19475137	19475288	chr3L:19475138-19475288	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0093	0.0071	0.0202	0.0021	0.0097	0.0125	0.0133	0.0021	0.0042	0.009	0.0042	0.0077	0.0054	0.0142	0.0054	0.0109
chr3L	19476192	19476381	chr3L:19476193-19476381	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0476	0.0612	0.0642	0.0233	0.0524	0.0519	0.0653	0.0233	0.0574	0.0807	0.0574	0.0806	0.0781	0.0838	0.0781	0.0928
chr3L	19481184	19481631	chr3L:19481185-19481631	FBgn0052212,FBgn0062928	CG32212,pncr009:3L	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0573	0.0553	0.0262	0.0286	0.0612	0.0593	0.0879	0.0286	0.0519	0.0614	0.0519	0.0682	0.026	0.02	0.026	0.0302
chr3L	19481762	19481913	chr3L:19481763-19481913	FBgn0062928	pncr009:3L	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0292	0.0247	0.0124	0.0117	0.0277	0.0337	0.0453	0.0117	0.0242	0.0289	0.0242	0.0318	0.013	0.0103	0.013	0.0156
chr3L	19481951	19482102	chr3L:19481952-19482102	FBgn0062928	pncr009:3L	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0279	0.0236	0.0127	0.0159	0.0243	0.0342	0.04	0.0159	0.026	0.0277	0.026	0.031	0.0153	0.0084	0.0153	0.0151
chr3L	19489313	19489464	chr3L:19489314-19489464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.0121	0.0132	0.0141	0.0032	0.0112	0.0199	0.0087	0.0032	0.0103	0.0106	0.0103	0.031	0.0092	0.0097	0.0092	0.0334
chr3L	19489662	19489852	chr3L:19489663-19489852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0178	0.0133	0.0193	0.021	0.0011	0.0189	0.0203	0.01	0.0011	0.0115	0.019	0.0115	0.0473	0.0077	0.0161	0.0077	0.0573
chr3L	19490104	19490259	chr3L:19490105-19490259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.013	0.0192	0.0214	0.0011	0.016	0.0199	0.0107	0.0011	0.0085	0.0158	0.0085	0.0542	0.0054	0.0123	0.0054	0.0604
chr3L	19492305	19492456	chr3L:19492306-19492456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0112	0.01	0.0098	0.0141	0.0021	0.0073	0.0195	0.0087	0.0021	0.0151	0.0093	0.0151	0.0124	0.049	0.0052	0.049	0.012
chr3L	19509469	19509640	chr3L:19509470-19509640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0278	0.0409	0.0322	0.0148	0.0248	0.0368	0.034	0.0148	0.0465	0.046	0.0465	0.0503	0.0368	0.0239	0.0368	0.0427
chr3L	19509731	19509947	chr3L:19509732-19509947	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1134	0.1013	0.1327	0.1057	0.0541	0.1112	0.1241	0.1213	0.0541	0.1558	0.1495	0.1558	0.1472	0.1302	0.1161	0.1302	0.1261
chr3L	19510080	19510271	chr3L:19510081-19510271	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0386	0.0345	0.0434	0.0377	0.0244	0.0345	0.0467	0.038	0.0244	0.0447	0.0502	0.0447	0.0596	0.0567	0.0374	0.0567	0.0516
chr3L	19513997	19514148	chr3L:19513998-19514148	FBgn0036880	Cpr76Bc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0102	0.0113	0.0116	0.0095	0.0058	0.019	0.0087	0.0095	0.0072	0.017	0.0072	0.0108	0.0077	0.0335	0.0077	0.0057
chr3L	19536065	19536220	chr3L:19536066-19536220	FBgn0264477	CG43885	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0202	0.0202	0.0294	0.0074	0.0189	0.0294	0.0273	0.0074	0.0175	0.0154	0.0175	0.0186	0.01	0.0084	0.01	0.0078
chr3L	19539312	19539463	chr3L:19539313-19539463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0254	0.0185	0.0081	0.0117	0.017	0.0441	0.0273	0.0117	0.0205	0.0267	0.0205	0.0139	0.0084	0.0045	0.0084	0.012
chr3L	19545359	19545551	chr3L:19545360-19545551	FBgn0036886,FBgn0262517	CG9300,l(3)76BDr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1747	0.1675	0.2039	0.1507	0.1039	0.1811	0.1959	0.2119	0.1039	0.253	0.2328	0.253	0.1805	0.1677	0.156	0.1677	0.1761
chr3L	19545829	19545980	chr3L:19545830-19545980	FBgn0036886,FBgn0262517	CG9300,l(3)76BDr	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.0462	0.0524	0.0265	0.0223	0.0403	0.0679	0.0553	0.0223	0.0604	0.0672	0.0604	0.0349	0.0314	0.0335	0.0314	0.024
chr3L	19549510	19549661	chr3L:19549511-19549661	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0823	0.0901	0.107	0.0464	0.0551	0.0602	0.1298	0.1266	0.0551	0.0248	0.2293	0.0248	0.0232	0.01	0.156	0.01	0.0203
chr3L	19549876	19550145	chr3L:19549877-19550145	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1912	0.2956	0.1991	0.0657	0.2694	0.1893	0.3958	0.4077	0.2694	0.0628	0.4167	0.0628	0.0325	0.0184	0.2321	0.0184	0.0151
chr3L	19550701	19551057	chr3L:19550702-19551057	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1401	0.1778	0.1695	0.0656	0.1209	0.1252	0.2228	0.2811	0.1209	0.0531	0.3579	0.0531	0.0294	0.0391	0.2211	0.0391	0.0125
chr3L	19551069	19551511	chr3L:19551070-19551511	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1788	0.2181	0.2207	0.089	0.1548	0.1626	0.2517	0.3711	0.1548	0.0719	0.4534	0.0719	0.0411	0.0283	0.3275	0.0283	0.0208
chr3L	19551810	19551961	chr3L:19551811-19551961	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0503	0.0442	0.0662	0.0395	0.0233	0.0403	0.0619	0.0613	0.0233	0.0205	0.1399	0.0205	0.0132	0.0061	0.1528	0.0061	0.0109
chr3L	19552554	19552705	chr3L:19552555-19552705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0586	0.1138	0.0398	0.0174	0.0774	0.0519	0.1946	0.1586	0.0774	0.0085	0.0842	0.0085	0.0077	0.0023	0.0638	0.0023	0.0036
chr3L	19553741	19553892	chr3L:19553742-19553892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0758	0.0911	0.0981	0.0343	0.0477	0.0665	0.1112	0.1566	0.0477	0.0157	0.2203	0.0157	0.024	0.0031	0.1277	0.0031	0.0109
chr3L	19554110	19554294	chr3L:19554111-19554294	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0872	0.1456	0.0904	0.0185	0.1156	0.085	0.2046	0.2125	0.1156	0.0199	0.1994	0.0199	0.0209	0.0061	0.0638	0.0061	0.0068
chr3L	19555304	19555510	chr3L:19555305-19555510	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1719	0.2559	0.1763	0.0734	0.2418	0.1442	0.3456	0.3704	0.2418	0.0284	0.3662	0.0284	0.0821	0.0077	0.2579	0.0077	0.0297
chr3L	19555536	19555788	chr3L:19555537-19555788	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1775	0.2647	0.1859	0.0709	0.2481	0.1471	0.3681	0.3684	0.2481	0.0223	0.3955	0.0223	0.0852	0.0115	0.256	0.0115	0.0229
chr3L	19555915	19556066	chr3L:19555916-19556066	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0879	0.1408	0.0824	0.0348	0.1347	0.0675	0.2154	0.1785	0.1347	0.0272	0.164	0.0272	0.0442	0.0107	0.1096	0.0107	0.0182
chr3L	19556996	19557177	chr3L:19556997-19557177	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0701	0.1181	0.0687	0.018	0.1283	0.0573	0.1592	0.1726	0.1283	0.0169	0.145	0.0169	0.0263	0.0061	0.0484	0.0061	0.013
chr3L	19557270	19557507	chr3L:19557271-19557507	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0867	0.1436	0.0817	0.0285	0.1379	0.0544	0.2158	0.2132	0.1379	0.0193	0.1717	0.0193	0.0279	0.0061	0.0941	0.0061	0.0089
chr3L	19557881	19558128	chr3L:19557882-19558128	FBgn0262373	mir-9a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0752	0.1294	0.0676	0.0228	0.1294	0.0461	0.1808	0.2045	0.1294	0.0127	0.145	0.0127	0.0217	0.0138	0.0645	0.0138	0.0115
chr3L	19558266	19558466	chr3L:19558267-19558466	FBgn0262373	mir-9a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0784	0.1347	0.0697	0.0251	0.1177	0.0447	0.1977	0.2125	0.1177	0.0157	0.1498	0.0157	0.0155	0.0092	0.0799	0.0092	0.0089
chr3L	19559240	19559519	chr3L:19559241-19559519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0928	0.1474	0.0916	0.0331	0.1283	0.0617	0.2145	0.2338	0.1283	0.0229	0.199	0.0229	0.0194	0.0176	0.1019	0.0176	0.0172
chr3L	19561695	19561846	chr3L:19561696-19561846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0639	0.0605	0.0191	0.0456	0.0374	0.077	0.1079	0.0456	0.0254	0.1219	0.0254	0.0209	0.0138	0.0451	0.0138	0.012
chr3L	19562229	19562410	chr3L:19562230-19562410	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0837	0.1036	0.1024	0.0411	0.0806	0.0903	0.1267	0.1399	0.0806	0.1063	0.1466	0.1063	0.0728	0.0536	0.0632	0.0536	0.0391
chr3L	19562530	19562803	chr3L:19562531-19562803	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0682	0.0834	0.0853	0.0326	0.0551	0.0684	0.1077	0.1199	0.0551	0.0894	0.128	0.0894	0.0473	0.0459	0.0554	0.0459	0.0214
chr3L	19568818	19569107	chr3L:19568819-19569107	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0365	0.0227	0.0428	0.045	0.0106	0.0267	0.0316	0.0213	0.0106	0.0598	0.0514	0.0598	0.0411	0.0812	0.0509	0.0812	0.0532
chr3L	19573982	19574133	chr3L:19573983-19574133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0194	0.0172	0.0157	0.0258	0.0042	0.0146	0.032	0.016	0.0042	0.0163	0.0199	0.0163	0.0132	0.0253	0.0129	0.0253	0.0083
chr3L	19575548	19575699	chr3L:19575549-19575699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0142	0.0108	0.018	0.0064	0.0121	0.0247	0.01	0.0064	0.0097	0.0122	0.0097	0.0062	0.0092	0.0045	0.0092	0.0042
chr3L	19576630	19576787	chr3L:19576631-19576787	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0326	0.0522	0.0245	0.0195	0.0371	0.0437	0.0761	0.0613	0.0371	0.0187	0.0334	0.0187	0.0155	0.0069	0.0077	0.0069	0.0094
chr3L	19577048	19577236	chr3L:19577049-19577236	FBgn0005564	Shal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0443	0.0648	0.028	0.0391	0.0488	0.0617	0.0783	0.0833	0.0488	0.0229	0.0367	0.0229	0.0225	0.0398	0.0219	0.0398	0.0203
chr3L	19577327	19577478	chr3L:19577328-19577478	FBgn0005564	Shal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0306	0.0365	0.0255	0.0297	0.0244	0.032	0.0471	0.0473	0.0244	0.0169	0.0341	0.0169	0.0225	0.0276	0.0161	0.0276	0.0151
chr3L	19577676	19577827	chr3L:19577677-19577827	FBgn0005564	Shal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0192	0.022	0.0338	0.0106	0.0165	0.0329	0.0127	0.0106	0.0139	0.0293	0.0139	0.0209	0.0306	0.0097	0.0306	0.0125
chr3L	19578572	19578763	chr3L:19578573-19578763	FBgn0036887	CG9231	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0522	0.0692	0.0469	0.0318	0.0612	0.0571	0.0626	0.0318	0.0821	0.0833	0.0821	0.0573	0.049	0.0451	0.049	0.0552
chr3L	19578774	19578982	chr3L:19578775-19578982	FBgn0036887,FBgn0036888	CG9231,CG9330	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0694	0.0947	0.0643	0.0297	0.0845	0.0727	0.0979	0.0297	0.1033	0.117	0.1033	0.0906	0.0681	0.0722	0.0681	0.073
chr3L	19579040	19579216	chr3L:19579041-19579216	FBgn0036887,FBgn0036888	CG9231,CG9330	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1662	0.1575	0.1906	0.149	0.0997	0.1777	0.167	0.2085	0.0997	0.2271	0.2135	0.2271	0.189	0.1662	0.1567	0.1662	0.1751
chr3L	19579252	19579450	chr3L:19579253-19579450	FBgn0036887,FBgn0036888	CG9231,CG9330	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.151	0.1449	0.1698	0.137	0.0944	0.1602	0.1583	0.1879	0.0944	0.2053	0.1961	0.2053	0.1634	0.1462	0.1476	0.1462	0.1626
chr3L	19579511	19579662	chr3L:19579512-19579662	FBgn0036887,FBgn0036888	CG9231,CG9330	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0674	0.0826	0.0614	0.035	0.0718	0.08	0.0913	0.035	0.0972	0.0981	0.0972	0.0821	0.075	0.0496	0.075	0.0917
chr3L	19583297	19583448	chr3L:19583298-19583448	FBgn0036889	CG14100	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0353	0.0524	0.0423	0.0127	0.0359	0.0523	0.0346	0.0127	0.0646	0.0601	0.0646	0.0496	0.0459	0.0464	0.0459	0.0552
chr3L	19583539	19583851	chr3L:19583540-19583851	FBgn0036889	CG14100	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1374	0.1082	0.16	0.1451	0.0774	0.1277	0.1224	0.1166	0.0774	0.2053	0.1698	0.2053	0.1751	0.1761	0.1663	0.1761	0.172
chr3L	19583978	19584149	chr3L:19583979-19584149	FBgn0036889	CG14100	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.043	0.0445	0.0497	0.0338	0.0255	0.0476	0.0541	0.0473	0.0255	0.058	0.0559	0.058	0.0558	0.0352	0.038	0.0352	0.0443
chr3L	19584155	19584509	chr3L:19584156-19584509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0559	0.0718	0.0579	0.0361	0.0424	0.0587	0.1047	0.0819	0.0424	0.0682	0.0678	0.0682	0.0635	0.0345	0.0348	0.0345	0.0516
chr3L	19591435	19591723	chr3L:19591436-19591723	FBgn0005386,FBgn0010417	Taf6,ash1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.1198	0.1124	0.0723	0.07	0.1296	0.1609	0.1246	0.07	0.131	0.1203	0.131	0.1131	0.0712	0.0806	0.0712	0.0875
chr3L	19591793	19591977	chr3L:19591794-19591977	FBgn0005386,FBgn0010417	Taf6,ash1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1793	0.1744	0.2071	0.1543	0.1135	0.1922	0.2102	0.2005	0.1135	0.2434	0.2273	0.2434	0.2076	0.1708	0.156	0.1708	0.1782
chr3L	19592084	19592263	chr3L:19592085-19592263	FBgn0005386,FBgn0010417	Taf6,ash1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.1277	0.1643	0.1175	0.0965	0.132	0.1579	0.1492	0.0965	0.1981	0.1781	0.1981	0.1689	0.124	0.1186	0.124	0.1334
chr3L	19594617	19594768	chr3L:19594618-19594768	FBgn0036890	CG9368	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0226	0.0227	0.0363	0.0106	0.0214	0.0316	0.03	0.0106	0.0187	0.0244	0.0187	0.0178	0.0207	0.0148	0.0207	0.0328
chr3L	19594939	19595090	chr3L:19594940-19595090	FBgn0036890	CG9368	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0231	0.0228	0.0187	0.0117	0.0209	0.0342	0.0247	0.0117	0.0181	0.0273	0.0181	0.0209	0.0084	0.0116	0.0084	0.0146
chr3L	19596575	19596785	chr3L:19596576-19596785	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0516	0.0694	0.0536	0.0295	0.053	0.0641	0.09	0.0786	0.053	0.0495	0.0669	0.0495	0.0581	0.0283	0.0413	0.0283	0.036
chr3L	19596838	19597103	chr3L:19596839-19597103	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0672	0.1085	0.0523	0.0373	0.0944	0.0927	0.144	0.1206	0.0944	0.0483	0.0633	0.0483	0.0658	0.0406	0.038	0.0406	0.0526
chr3L	19599156	19599361	chr3L:19599157-19599361	FBgn0020277,FBgn0036891	CG9372,lush	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0528	0.0445	0.058	0.0565	0.0233	0.0539	0.0554	0.0466	0.0233	0.0519	0.0714	0.0519	0.0759	0.0436	0.0593	0.0436	0.1105
chr3L	19604909	19605150	chr3L:19604910-19605150	FBgn0036892,FBgn0036893	CG9376,Lon	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.058	0.042	0.0754	0.0567	0.0127	0.0544	0.0471	0.0533	0.0127	0.0924	0.082	0.0924	0.0813	0.062	0.0509	0.062	0.0688
chr3L	19605221	19605397	chr3L:19605222-19605397	FBgn0036892,FBgn0036893	CG9376,Lon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1267	0.0845	0.1656	0.131	0.0276	0.1228	0.0783	0.1126	0.0276	0.2035	0.1788	0.2035	0.1921	0.1501	0.138	0.1501	0.1626
chr3L	19605481	19605661	chr3L:19605482-19605661	FBgn0036892,FBgn0036893	CG9376,Lon	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0638	0.1345	0.1145	0.0255	0.0903	0.0601	0.0806	0.0255	0.1606	0.1527	0.1606	0.1448	0.124	0.127	0.124	0.1464
chr3L	19605778	19605929	chr3L:19605779-19605929	FBgn0036892,FBgn0036893	CG9376,Lon	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0282	0.0503	0.0347	0.0085	0.0359	0.0298	0.0373	0.0085	0.067	0.0531	0.067	0.0434	0.0436	0.0342	0.0436	0.0375
chr3L	19611265	19611451	chr3L:19611266-19611451	FBgn0260655	l(3)76BDm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0947	0.0967	0.1049	0.0812	0.0679	0.0995	0.1159	0.1139	0.0679	0.1153	0.1183	0.1153	0.1084	0.0942	0.069	0.0942	0.1027
chr3L	19611539	19611725	chr3L:19611540-19611725	FBgn0029094,FBgn0260655	asf1,l(3)76BDm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1895	0.1937	0.2156	0.1562	0.1421	0.2063	0.2197	0.2332	0.1421	0.2518	0.2466	0.2518	0.2192	0.1853	0.1586	0.1853	0.21
chr3L	19611865	19612056	chr3L:19611866-19612056	FBgn0029094,FBgn0260655	asf1,l(3)76BDm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.1862	0.1945	0.1349	0.1421	0.1942	0.2137	0.2312	0.1421	0.2409	0.2106	0.2409	0.2122	0.1585	0.1509	0.1585	0.1834
chr3L	19612151	19612404	chr3L:19612152-19612404	FBgn0029094	asf1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0765	0.096	0.0859	0.0444	0.0615	0.0874	0.1289	0.1153	0.0615	0.1027	0.0894	0.1027	0.0984	0.0459	0.0471	0.0459	0.0636
chr3L	19616908	19617059	chr3L:19616909-19617059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0141	0.0153	0.019	0.0074	0.0064	0.0131	0.0195	0.0193	0.0064	0.0072	0.0373	0.0072	0.0093	0.0069	0.0135	0.0069	0.0068
chr3L	19618544	19618695	chr3L:19618545-19618695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0182	0.0201	0.0221	0.0118	0.0074	0.0189	0.029	0.0253	0.0074	0.0175	0.036	0.0175	0.0163	0.0092	0.0129	0.0092	0.0151
chr3L	19623958	19624109	chr3L:19623959-19624109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.028	0.0267	0.0416	0.0146	0.0106	0.0291	0.0277	0.038	0.0106	0.0217	0.046	0.0217	0.0991	0.01	0.0168	0.01	0.0224
chr3L	19626203	19626377	chr3L:19626204-19626377	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1106	0.0683	0.1628	0.1005	0.018	0.1049	0.0636	0.0833	0.018	0.1781	0.2154	0.1781	0.1766	0.0727	0.1464	0.0727	0.1605
chr3L	19627626	19627802	chr3L:19627627-19627802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.046	0.0521	0.0484	0.0366	0.0488	0.0442	0.0571	0.0793	0.0488	0.0199	0.0756	0.0199	0.0442	0.0237	0.0413	0.0237	0.0162
chr3L	19628275	19628471	chr3L:19628276-19628471	FBgn0036896	wnd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1061	0.0735	0.1249	0.1218	0.0382	0.0791	0.0748	0.1179	0.0382	0.0374	0.2145	0.0374	0.0914	0.0605	0.207	0.0605	0.0672
chr3L	19628704	19629071	chr3L:19628705-19629071	FBgn0036896	wnd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1753	0.1066	0.2452	0.1755	0.0361	0.1311	0.0709	0.2099	0.0361	0.093	0.4344	0.093	0.1479	0.0467	0.3501	0.0467	0.074
chr3L	19629755	19629992	chr3L:19629756-19629992	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1008	0.1216	0.1294	0.0461	0.0795	0.1053	0.1129	0.2265	0.0795	0.0459	0.2524	0.0459	0.0837	0.0391	0.1341	0.0391	0.0188
chr3L	19630249	19630518	chr3L:19630250-19630518	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1152	0.1249	0.1697	0.0446	0.0488	0.1286	0.0744	0.2865	0.0488	0.0465	0.3428	0.0465	0.0852	0.0268	0.1277	0.0268	0.0182
chr3L	19635273	19635513	chr3L:19635274-19635513	FBgn0036897	CG8786	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0456	0.0504	0.0266	0.0159	0.049	0.061	0.0533	0.0159	0.0543	0.0646	0.0543	0.0387	0.0283	0.0316	0.0283	0.0307
chr3L	19635599	19635756	chr3L:19635600-19635756	FBgn0036897	CG8786	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0679	0.0596	0.0867	0.0567	0.0191	0.0728	0.0688	0.0726	0.0191	0.1014	0.1064	0.1014	0.0728	0.0674	0.0677	0.0674	0.0589
chr3L	19635826	19636001	chr3L:19635827-19636001	FBgn0036897	CG8786	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.0996	0.1283	0.0979	0.0445	0.1058	0.1081	0.1472	0.0445	0.163	0.1527	0.163	0.1092	0.1034	0.1109	0.1034	0.1204
chr3L	19636399	19636550	chr3L:19636400-19636550	FBgn0036897	CG8786	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0253	0.0204	0.0132	0.0117	0.0194	0.0411	0.0273	0.0117	0.0223	0.027	0.0223	0.0124	0.0138	0.0135	0.0138	0.0146
chr3L	19642409	19642603	chr3L:19642410-19642603	FBgn0022774	Oat	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0142	0.0168	0.0324	0.0064	0.0146	0.0216	0.012	0.0064	0.0175	0.0129	0.0175	0.0434	0.0176	0.0135	0.0176	0.0891
chr3L	19642793	19643089	chr3L:19642794-19643089	FBgn0022774	Oat	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0389	0.0249	0.0313	0.0627	0.0106	0.0277	0.035	0.026	0.0106	0.0242	0.0309	0.0242	0.0658	0.0421	0.0284	0.0421	0.1569
chr3L	19643781	19643971	chr3L:19643782-19643971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0426	0.0812	0.0519	0.0148	0.0539	0.0333	0.0706	0.0148	0.0936	0.1035	0.0936	0.1038	0.062	0.0716	0.062	0.0823
chr3L	19644084	19644307	chr3L:19644085-19644307	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0322	0.0396	0.0235	0.0138	0.0267	0.0394	0.0466	0.0138	0.0465	0.0521	0.0465	0.0449	0.0237	0.0387	0.0237	0.0323
chr3L	19644310	19644755	chr3L:19644311-19644755	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0462	0.0644	0.0477	0.0241	0.0424	0.0476	0.0904	0.0833	0.0424	0.0592	0.0653	0.0592	0.0341	0.0214	0.0368	0.0214	0.0313
chr3L	19648500	19648697	chr3L:19648501-19648697	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0245	0.0238	0.027	0.0224	0.0053	0.0296	0.032	0.0273	0.0053	0.0405	0.0251	0.0405	0.0155	0.0038	0.0097	0.0038	0.0052
chr3L	19648971	19649180	chr3L:19648972-19649180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0314	0.0278	0.0431	0.0226	0.0106	0.0413	0.0277	0.0326	0.0106	0.0332	0.0547	0.0332	0.0496	0.0077	0.0387	0.0077	0.0109
chr3L	19651570	19651794	chr3L:19651571-19651794	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0331	0.0322	0.0362	0.0306	0.0106	0.0529	0.0303	0.0313	0.0106	0.0525	0.0296	0.0525	0.0364	0.0061	0.0103	0.0061	0.024
chr3L	19656296	19656455	chr3L:19656297-19656455	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.052	0.0423	0.0174	0.0361	0.0544	0.0558	0.0706	0.0361	0.0519	0.0476	0.0519	0.0356	0.013	0.0142	0.013	0.0208
chr3L	19656774	19656986	chr3L:19656775-19656986	FBgn0036899	tey	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2455	0.2597	0.292	0.1787	0.21	0.2801	0.282	0.3218	0.21	0.3291	0.3582	0.3291	0.2208	0.1884	0.2205	0.1884	0.1386
chr3L	19658242	19658413	chr3L:19658243-19658413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0478	0.0577	0.042	0.043	0.0329	0.0553	0.0779	0.0713	0.0329	0.0411	0.0428	0.0411	0.0666	0.0934	0.0348	0.0934	0.0474
chr3L	19658569	19658720	chr3L:19658570-19658720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0263	0.0221	0.0275	0.0297	0.0117	0.0228	0.0285	0.024	0.0117	0.0453	0.0238	0.0453	0.0318	0.085	0.0123	0.085	0.024
chr3L	19660943	19661094	chr3L:19660944-19661094	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0077	0.0113	0.0136	0.0011	0.0078	0.0099	0.0127	0.0011	0.0072	0.0135	0.0072	0.0085	0.0038	0.0058	0.0038	0.0052
chr3L	19663593	19663744	chr3L:19663594-19663744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.009	0.0108	0.0125	0.0032	0.0121	0.0117	0.0107	0.0032	0.0193	0.0077	0.0193	0.0046	0.0299	0.0052	0.0299	0.0104
chr3L	19663949	19664100	chr3L:19663950-19664100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0142	0.0166	0.0146	0.0021	0.0218	0.0151	0.014	0.0021	0.0223	0.0148	0.0223	0.0194	0.0329	0.0058	0.0329	0.0109
chr3L	19665117	19665275	chr3L:19665118-19665275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.011	0.0174	0.0146	0.0042	0.017	0.0117	0.0107	0.0042	0.0163	0.0116	0.0163	0.0132	0.0123	0.0045	0.0123	0.012
chr3L	19667242	19667393	chr3L:19667243-19667393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0144	0.0113	0.0141	0.0182	0.0042	0.0121	0.0173	0.0107	0.0042	0.0169	0.0148	0.0169	0.0186	0.0299	0.0135	0.0299	0.024
chr3L	19673032	19673183	chr3L:19673033-19673183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0132	0.0166	0.0131	0.0011	0.0175	0.0199	0.0113	0.0011	0.0223	0.0209	0.0223	0.0054	0.0054	0.009	0.0054	0.0057
chr3L	19673570	19673862	chr3L:19673571-19673862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0183	0.0158	0.0184	0.0209	0.0011	0.0165	0.0238	0.018	0.0011	0.0199	0.0215	0.0199	0.0124	0.0153	0.0071	0.0153	0.0109
chr3L	19676068	19676305	chr3L:19676069-19676305	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1541	0.096	0.2128	0.1546	0.0403	0.1316	0.0718	0.1486	0.0403	0.2385	0.2788	0.2385	0.1851	0.157	0.1934	0.157	0.1527
chr3L	19680157	19680326	chr3L:19680158-19680326	FBgn0004623,FBgn0036900	CG8765,Gbeta76C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.0339	0.047	0.026	0.018	0.034	0.0493	0.036	0.018	0.0519	0.0543	0.0519	0.0395	0.0184	0.0284	0.0184	0.0297
chr3L	19680442	19680621	chr3L:19680443-19680621	FBgn0004623,FBgn0036900	CG8765,Gbeta76C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1534	0.1459	0.1786	0.1342	0.105	0.1602	0.1635	0.1852	0.105	0.2156	0.1971	0.2156	0.1867	0.1531	0.1554	0.1531	0.1402
chr3L	19682355	19682506	chr3L:19682356-19682506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0103	0.0138	0.0159	0.0021	0.0087	0.0151	0.0147	0.0021	0.0127	0.0186	0.0127	0.0101	0.0061	0.0458	0.0061	0.0094
chr3L	19685547	19685698	chr3L:19685548-19685698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0154	0.0136	0.0204	0.012	0.0053	0.015	0.0195	0.0133	0.0053	0.0163	0.0222	0.0163	0.017	0.0031	0.0361	0.0031	0.0057
chr3L	19687284	19687474	chr3L:19687285-19687474	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.0162	0.033	0.0395	0.0117	0.0175	0.0238	0.014	0.0117	0.0175	0.063	0.0175	0.0116	0.0031	0.1425	0.0031	0.0162
chr3L	19688335	19688506	chr3L:19688336-19688506	FBgn0261341	verm	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0365	0.0193	0.0376	0.0546	0.0011	0.0189	0.0372	0.0127	0.0011	0.0205	0.0588	0.0205	0.0349	0.0069	0.1844	0.0069	0.0313
chr3L	19688988	19689148	chr3L:19688989-19689148	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0095	0.0181	0.0246	0.0011	0.0097	0.0177	0.006	0.0011	0.0103	0.0344	0.0103	0.0077	0	0.0961	0	0.0078
chr3L	19691864	19692015	chr3L:19691865-19692015	distal	distal	stage14	stage14	VT33451.1	VT33451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.008	0.0123	0.0238	0.0042	0.0068	0.0125	0.0087	0.0042	0.0072	0.0203	0.0072	0.0132	0.0038	0.0858	0.0038	0.0094
chr3L	19693701	19693852	chr3L:19693702-19693852	distal	distal	stage14	stage14	VT33451.1	VT33451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0148	0.0123	0.0151	0.0173	0.0074	0.0117	0.0195	0.0127	0.0074	0.0139	0.0225	0.0139	0.0124	0.0038	0.0574	0.0038	0.0099
chr3L	19698062	19698214	chr3L:19698063-19698214	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0082	0.0166	0.0266	0.0064	0.0083	0.0121	0.006	0.0064	0.0079	0.0334	0.0079	0.0031	0.0084	0.0935	0.0084	0.0083
chr3L	19700763	19700980	chr3L:19700764-19700980	FBgn0260653	serp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0125	0.0192	0.0423	0.0042	0.0121	0.0221	0.0093	0.0042	0.0079	0.0293	0.0079	0.0225	0.0054	0.138	0.0054	0.0281
chr3L	19770326	19770477	chr3L:19770327-19770477	distal	distal	none	none	VT33487.1	VT33487.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0117	0.0165	0.0212	0.0074	0.0112	0.0208	0.0067	0.0074	0.0151	0.0151	0.0151	0.0356	0.013	0.0251	0.013	0.0396
chr3L	19770521	19770711	chr3L:19770522-19770711	distal	distal	stage14	stage14	VT33487.1	VT33487.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0143	0.0249	0.0265	0.0095	0.0146	0.0242	0.0093	0.0095	0.0169	0.0244	0.0169	0.0635	0.0153	0.038	0.0153	0.0495
chr3L	19770768	19771063	chr3L:19770769-19771063	distal	distal	stage14	stage14	VT33487.1,VT33488.1	VT33487.1,VT33488.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0207	0.0152	0.022	0.0253	0.0074	0.0184	0.0242	0.0093	0.0074	0.0181	0.0215	0.0181	0.0496	0.0123	0.0464	0.0123	0.037
chr3L	19775544	19775695	chr3L:19775545-19775695	distal	distal	none	none	VT33490.1	VT33490.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0165	0.0161	0.0208	0.0121	0.0095	0.0165	0.0212	0.0207	0.0095	0.0205	0.0122	0.0205	0.0627	0.0145	0.0116	0.0145	0.0146
chr3L	19784079	19784348	chr3L:19784080-19784348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.1017	0.1773	0.1848	0.0689	0.1301	0.1129	0.1039	0.0689	0.2458	0.1801	0.2458	0.2494	0.2527	0.2334	0.2527	0.2678
chr3L	19784522	19784722	chr3L:19784523-19784722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2084	0.1999	0.2315	0.1927	0.1824	0.2209	0.2266	0.2125	0.1824	0.3146	0.2514	0.3146	0.2347	0.2642	0.207	0.2642	0.2689
chr3L	19784889	19785094	chr3L:19784890-19785094	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1893	0.1916	0.1996	0.1753	0.1527	0.2228	0.2249	0.2019	0.1527	0.218	0.2058	0.218	0.2711	0.1807	0.1857	0.1807	0.2684
chr3L	19786627	19786816	chr3L:19786628-19786816	FBgn0261283,FBgn0261360,FBgn0261688	CG42637,Gyc76C,HLH106	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2282	0.2085	0.2659	0.2087	0.1357	0.2534	0.2444	0.2112	0.1357	0.337	0.2859	0.337	0.2874	0.2443	0.2199	0.2443	0.2678
chr3L	19786928	19787114	chr3L:19786929-19787114	FBgn0261283,FBgn0261360,FBgn0261688	CG42637,Gyc76C,HLH106	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1403	0.1089	0.1501	0.1645	0.0679	0.1413	0.1215	0.1033	0.0679	0.1751	0.1711	0.1751	0.1665	0.1975	0.1644	0.1975	0.2095
chr3L	19787359	19787517	chr3L:19787360-19787517	FBgn0261283	HLH106	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.075	0.0313	0.0576	0.1429	0.018	0.0393	0.0363	0.028	0.018	0.0386	0.0579	0.0386	0.1232	0.1577	0.1438	0.1577	0.1944
chr3L	19797943	19798094	chr3L:19797944-19798094	FBgn0036908,FBgn0036909	CG14103,CG15881	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.041	0.0621	0.0434	0.0223	0.0481	0.0463	0.0506	0.0223	0.0688	0.0749	0.0688	0.0558	0.0505	0.0438	0.0505	0.0532
chr3L	19798129	19798315	chr3L:19798130-19798315	FBgn0036908,FBgn0036909	CG14103,CG15881	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0855	0.0758	0.1044	0.0755	0.052	0.0893	0.0856	0.0926	0.052	0.1316	0.1183	0.1316	0.1015	0.0773	0.0754	0.0773	0.098
chr3L	19798420	19798656	chr3L:19798421-19798656	FBgn0036908,FBgn0036909,FBgn0083952	CG14103,CG15881,CG34116	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0794	0.0692	0.1025	0.0653	0.0498	0.0782	0.0783	0.0899	0.0498	0.1202	0.1164	0.1202	0.1022	0.0697	0.0664	0.0697	0.0782
chr3L	19798861	19799030	chr3L:19798862-19799030	FBgn0083952	CG34116	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0496	0.0796	0.0464	0.0233	0.0563	0.0575	0.0646	0.0233	0.1002	0.0878	0.1002	0.0759	0.0383	0.0496	0.0383	0.0537
chr3L	19799102	19799265	chr3L:19799103-19799265	FBgn0083952	CG34116	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.0847	0.1312	0.0905	0.0488	0.1083	0.0878	0.1006	0.0488	0.1558	0.1489	0.1558	0.1317	0.1049	0.0864	0.1049	0.1037
chr3L	19799348	19799561	chr3L:19799349-19799561	FBgn0083952	CG34116	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0578	0.0882	0.0571	0.0361	0.0752	0.0606	0.0686	0.0361	0.1063	0.0977	0.1063	0.0891	0.0605	0.0522	0.0605	0.075
chr3L	19799607	19799908	chr3L:19799608-19799908	FBgn0024889,FBgn0040786,FBgn0083952	CG14104,CG34116,Kap-alpha1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0667	0.0561	0.0902	0.0528	0.0255	0.0718	0.0696	0.058	0.0255	0.1171	0.0961	0.1171	0.0883	0.0413	0.0587	0.0413	0.0693
chr3L	19799985	19800166	chr3L:19799986-19800166	FBgn0024889,FBgn0040786	CG14104,Kap-alpha1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0858	0.0677	0.1181	0.0706	0.0339	0.0811	0.0766	0.0846	0.0339	0.1473	0.1367	0.1473	0.0984	0.0735	0.0729	0.0735	0.0834
chr3L	19800242	19800454	chr3L:19800243-19800454	FBgn0024889,FBgn0040786	CG14104,Kap-alpha1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1725	0.164	0.2063	0.145	0.1039	0.1777	0.1994	0.1845	0.1039	0.2536	0.2347	0.2536	0.1898	0.1493	0.1522	0.1493	0.1808
chr3L	19800459	19800639	chr3L:19800460-19800639	FBgn0024889,FBgn0040786	CG14104,Kap-alpha1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1277	0.1249	0.1439	0.1131	0.0901	0.1354	0.1544	0.1339	0.0901	0.1812	0.1534	0.1812	0.1549	0.1149	0.1212	0.1149	0.1496
chr3L	19802195	19802346	chr3L:19802196-19802346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0233	0.034	0.0244	0.0102	0.0138	0.0277	0.0597	0.0333	0.0138	0.0248	0.0296	0.0248	0.0263	0.0107	0.0123	0.0107	0.0125
chr3L	19802428	19802579	chr3L:19802429-19802579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0232	0.0369	0.0208	0.0104	0.017	0.0233	0.0705	0.0353	0.017	0.0236	0.0238	0.0236	0.0232	0.0145	0.0116	0.0145	0.013
chr3L	19806382	19806609	chr3L:19806383-19806609	FBgn0036910	Cyp305a1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0434	0.0344	0.0546	0.0412	0.0138	0.0451	0.0411	0.0353	0.0138	0.0344	0.0521	0.0344	0.1301	0.0199	0.0529	0.0199	0.0714
chr3L	19806657	19806808	chr3L:19806658-19806808	FBgn0036910	Cyp305a1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0347	0.0305	0.0431	0.0302	0.0127	0.0408	0.0402	0.028	0.0127	0.0393	0.0444	0.0393	0.079	0.0199	0.0368	0.0199	0.05
chr3L	19808636	19808814	chr3L:19808637-19808814	FBgn0023094	cyc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0428	0.0538	0.0286	0.0461	0.0329	0.0417	0.0826	0.0593	0.0329	0.0181	0.0338	0.0181	0.0387	0.0314	0.0419	0.0314	0.0532
chr3L	19808996	19809165	chr3L:19808997-19809165	FBgn0023094	cyc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0489	0.0273	0.0349	0.0884	0.0159	0.0296	0.0368	0.0313	0.0159	0.0151	0.0418	0.0151	0.0612	0.0651	0.0935	0.0651	0.1209
chr3L	19810474	19810722	chr3L:19810475-19810722	FBgn0036911	Fibp	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0708	0.0535	0.091	0.0681	0.0212	0.0641	0.0714	0.0573	0.0212	0.1214	0.0904	0.1214	0.1053	0.0643	0.0677	0.0643	0.0933
chr3L	19810827	19810993	chr3L:19810828-19810993	FBgn0013799,FBgn0036911	Deaf1,Fibp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1463	0.1255	0.1744	0.1388	0.0785	0.1544	0.1371	0.1486	0.0785	0.2264	0.1842	0.2264	0.1782	0.1401	0.1425	0.1401	0.1704
chr3L	19811163	19811326	chr3L:19811164-19811326	FBgn0013799,FBgn0036911	Deaf1,Fibp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1835	0.1545	0.2265	0.1685	0.1029	0.183	0.176	0.1752	0.1029	0.2784	0.2341	0.2784	0.2355	0.1708	0.1741	0.1708	0.2032
chr3L	19811435	19811631	chr3L:19811436-19811631	FBgn0013799,FBgn0036911	Deaf1,Fibp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.0972	0.1113	0.0964	0.0636	0.1097	0.1211	0.0986	0.0636	0.1437	0.1183	0.1437	0.117	0.1018	0.0903	0.1018	0.1178
chr3L	19811810	19812060	chr3L:19811811-19812060	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0607	0.0378	0.0539	0.0939	0.0191	0.051	0.0428	0.0386	0.0191	0.0616	0.0466	0.0616	0.062	0.0835	0.0458	0.0835	0.0813
chr3L	19823786	19824016	chr3L:19823787-19824016	distal	distal	none	none	VT33517.1	VT33517.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0351	0.0384	0.0426	0.0231	0.0201	0.0364	0.0489	0.0513	0.0201	0.0447	0.0502	0.0447	0.0411	0.0337	0.0187	0.0337	0.0224
chr3L	19826386	19826667	chr3L:19826387-19826667	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0411	0.0549	0.0629	0.0191	0.0485	0.0471	0.0493	0.0191	0.0543	0.0656	0.0543	0.0666	0.0819	0.0593	0.0819	0.0505
chr3L	19827329	19827520	chr3L:19827330-19827520	FBgn0003744,FBgn0052221	CG32221,trc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.0477	0.1265	0.1227	0.0212	0.0835	0.0342	0.0546	0.0212	0.1522	0.1453	0.1522	0.1371	0.1371	0.1173	0.1371	0.1527
chr3L	19827681	19827832	chr3L:19827682-19827832	FBgn0003744,FBgn0052221	CG32221,trc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0317	0.0151	0.0284	0.0538	0.0074	0.0214	0.0143	0.0167	0.0074	0.0284	0.0312	0.0284	0.0418	0.0299	0.0496	0.0299	0.0969
chr3L	19829568	19829744	chr3L:19829569-19829744	FBgn0001324	kto	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1068	0.1038	0.1289	0.0859	0.0689	0.1218	0.1155	0.1199	0.0689	0.1516	0.1473	0.1516	0.1317	0.1003	0.0883	0.1003	0.0995
chr3L	19829834	19830015	chr3L:19829835-19830015	FBgn0001324	kto	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0498	0.0485	0.0609	0.0391	0.0276	0.0534	0.0536	0.0606	0.0276	0.0821	0.0646	0.0821	0.0581	0.0429	0.0387	0.0429	0.0453
chr3L	19837842	19838066	chr3L:19837843-19838066	FBgn0020389	Papss	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0367	0.0284	0.0451	0.0368	0.018	0.0282	0.0342	0.0393	0.018	0.0574	0.0511	0.0574	0.048	0.0613	0.0355	0.0613	0.0406
chr3L	19838284	19838465	chr3L:19838285-19838465	FBgn0020389	Papss	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1188	0.1002	0.1445	0.1113	0.0647	0.1136	0.1107	0.1272	0.0647	0.18	0.1608	0.18	0.1689	0.1332	0.1064	0.1332	0.1464
chr3L	19838548	19838833	chr3L:19838549-19838833	FBgn0020389	Papss	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0753	0.102	0.0801	0.052	0.0869	0.0817	0.0939	0.052	0.1238	0.1138	0.1238	0.1146	0.0972	0.0767	0.0972	0.1068
chr3L	19838933	19839204	chr3L:19838934-19839204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.0355	0.0453	0.0338	0.0255	0.0417	0.0437	0.038	0.0255	0.0417	0.0592	0.0417	0.0488	0.0306	0.0432	0.0306	0.0459
chr3L	19839385	19839536	chr3L:19839386-19839536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.0189	0.0209	0.018	0.0053	0.016	0.0298	0.026	0.0053	0.0151	0.0318	0.0151	0.0217	0.0145	0.029	0.0145	0.0182
chr3L	19840774	19840925	chr3L:19840775-19840925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0144	0.0146	0.014	0.0148	0.0064	0.0141	0.0208	0.0173	0.0064	0.0127	0.0138	0.0127	0.0263	0.0168	0.0206	0.0168	0.0177
chr3L	19841146	19841305	chr3L:19841147-19841305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0143	0.0184	0.0263	0.0032	0.0155	0.0225	0.0127	0.0032	0.0169	0.0206	0.0169	0.0263	0.0184	0.0438	0.0184	0.038
chr3L	19851315	19851466	chr3L:19851316-19851466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0128	0.0097	0.0126	0.0166	0.0064	0.0102	0.0117	0.01	0.0064	0.0133	0.0154	0.0133	0.0108	0.0123	0.0445	0.0123	0.0115
chr3L	19854126	19854289	chr3L:19854127-19854289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0324	0.0401	0.0273	0.0233	0.032	0.042	0.0386	0.0233	0.0495	0.0479	0.0495	0.0449	0.0383	0.0335	0.0383	0.0375
chr3L	19854417	19854791	chr3L:19854418-19854791	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1445	0.1196	0.1944	0.1175	0.0742	0.1403	0.1388	0.1352	0.0742	0.2512	0.2257	0.2512	0.1936	0.1746	0.1663	0.1746	0.1417
chr3L	19859759	19859910	chr3L:19859760-19859910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0386	0.0319	0.0187	0.0212	0.0335	0.0675	0.0273	0.0212	0.0314	0.0373	0.0314	0.038	0.0176	0.0245	0.0176	0.0261
chr3L	19860449	19860600	chr3L:19860450-19860600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0306	0.0334	0.0359	0.0217	0.0127	0.0257	0.058	0.0346	0.0127	0.0362	0.0405	0.0362	0.0457	0.0207	0.0219	0.0207	0.0412
chr3L	19863053	19863207	chr3L:19863054-19863207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0388	0.032	0.0426	0.0422	0.0106	0.034	0.0467	0.038	0.0106	0.0399	0.0383	0.0399	0.0837	0.0306	0.02	0.0306	0.1027
chr3L	19863825	19864015	chr3L:19863826-19864015	FBgn0036913,FBgn0262518	CG8334,Rab8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1245	0.1099	0.1508	0.1121	0.0668	0.1277	0.1207	0.1326	0.0668	0.1854	0.1637	0.1854	0.1665	0.1355	0.1115	0.1355	0.1443
chr3L	19864082	19864284	chr3L:19864083-19864284	FBgn0036913,FBgn0262518	CG8334,Rab8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1892	0.17	0.2278	0.1684	0.1092	0.1981	0.192	0.2005	0.1092	0.3043	0.2434	0.3043	0.2254	0.1845	0.1831	0.1845	0.211
chr3L	19864504	19864655	chr3L:19864505-19864655	FBgn0036913,FBgn0262518	CG8334,Rab8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.0414	0.0631	0.0539	0.0255	0.0485	0.042	0.052	0.0255	0.0821	0.0646	0.0821	0.0689	0.0528	0.0625	0.0528	0.0511
chr3L	19864751	19864967	chr3L:19864752-19864967	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0485	0.0292	0.0544	0.0635	0.017	0.0345	0.0359	0.0313	0.017	0.0586	0.0572	0.0586	0.0604	0.0597	0.0503	0.0597	0.0636
chr3L	19865564	19865715	chr3L:19865565-19865715	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0188	0.0254	0.0292	0.0106	0.0233	0.026	0.0133	0.0106	0.0193	0.0235	0.0193	0.0387	0.0138	0.0155	0.0138	0.0453
chr3L	19873232	19873383	chr3L:19873233-19873383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0191	0.0247	0.0141	0.0095	0.0262	0.0208	0.0233	0.0095	0.0278	0.0309	0.0278	0.0217	0.0107	0.0168	0.0107	0.0198
chr3L	19873674	19874242	chr3L:19873675-19874242	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0673	0.0765	0.0811	0.0418	0.0424	0.0786	0.1034	0.0826	0.0424	0.0857	0.0939	0.0857	0.0891	0.0406	0.0471	0.0406	0.0537
chr3L	19874290	19874533	chr3L:19874291-19874533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0421	0.0372	0.0221	0.018	0.0374	0.0662	0.0433	0.018	0.0368	0.0447	0.0368	0.0442	0.0207	0.0245	0.0207	0.0292
chr3L	19879376	19879527	chr3L:19879377-19879527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0227	0.0237	0.01	0.0074	0.0199	0.0346	0.032	0.0074	0.0211	0.0315	0.0211	0.0263	0.0115	0.0135	0.0115	0.0115
chr3L	19882885	19883036	chr3L:19882886-19883036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0366	0.0251	0.0113	0.0244	0.0282	0.0506	0.0506	0.0244	0.026	0.0312	0.026	0.0225	0.0115	0.011	0.0115	0.0141
chr3L	19883073	19883224	chr3L:19883074-19883224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0378	0.023	0.013	0.0276	0.0243	0.0584	0.0473	0.0276	0.0236	0.0296	0.0236	0.0194	0.01	0.0135	0.01	0.0188
chr3L	19888700	19888907	chr3L:19888701-19888907	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2497	0.2901	0.2879	0.1627	0.2609	0.2835	0.3482	0.3384	0.2609	0.3285	0.3498	0.3285	0.2665	0.2228	0.2321	0.2228	0.2027
chr3L	19889175	19889363	chr3L:19889176-19889363	FBgn0052218	CR32218	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1099	0.1346	0.122	0.0692	0.0976	0.1345	0.1596	0.1599	0.0976	0.1449	0.1473	0.1449	0.0999	0.0804	0.0922	0.0804	0.0985
chr3L	19889524	19889715	chr3L:19889525-19889715	FBgn0052218	CR32218	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2078	0.2211	0.2511	0.1454	0.1856	0.2335	0.2444	0.2658	0.1856	0.3164	0.2932	0.3164	0.2324	0.1914	0.1896	0.1914	0.2058
chr3L	19890100	19890294	chr3L:19890101-19890294	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2089	0.2085	0.251	0.1632	0.141	0.2325	0.2275	0.2652	0.141	0.3237	0.2881	0.3237	0.2502	0.2159	0.1947	0.2159	0.2209
chr3L	19890591	19890840	chr3L:19890592-19890840	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2355	0.2642	0.2725	0.1628	0.1962	0.2937	0.3002	0.3058	0.1962	0.337	0.3029	0.337	0.2851	0.2152	0.2083	0.2152	0.2293
chr3L	19890957	19891248	chr3L:19890958-19891248	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1577	0.219	0.1784	0.0664	0.2195	0.1947	0.2682	0.2625	0.2195	0.151	0.2315	0.151	0.2184	0.0689	0.0961	0.0689	0.0881
chr3L	19891797	19891981	chr3L:19891798-19891981	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1386	0.1803	0.1792	0.0473	0.1336	0.1675	0.2349	0.2185	0.1336	0.253	0.2206	0.253	0.1208	0.072	0.0496	0.072	0.0537
chr3L	19892306	19892861	chr3L:19892307-19892861	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3147	0.3466	0.3745	0.2135	0.3128	0.3694	0.3772	0.4011	0.3128	0.529	0.4077	0.529	0.3571	0.3484	0.2211	0.3484	0.2887
chr3L	19895984	19896135	chr3L:19895985-19896135	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0583	0.0551	0.0584	0.0617	0.0329	0.066	0.0705	0.0586	0.0329	0.0598	0.0791	0.0598	0.0418	0.0467	0.138	0.0467	0.0558
chr3L	19896523	19896674	chr3L:19896524-19896674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0571	0.0667	0.0575	0.0458	0.0467	0.0684	0.0835	0.0773	0.0467	0.0459	0.0778	0.0459	0.0465	0.0214	0.1019	0.0214	0.0401
chr3L	19899908	19900059	chr3L:19899909-19900059	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1019	0.1266	0.1119	0.0634	0.0976	0.1383	0.1241	0.1752	0.0976	0.1431	0.1289	0.1431	0.1325	0.0919	0.069	0.0919	0.0902
chr3L	19900126	19900338	chr3L:19900127-19900338	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1792	0.193	0.1949	0.1464	0.1559	0.2044	0.2102	0.2398	0.1559	0.2428	0.2334	0.2428	0.1936	0.2098	0.1831	0.2098	0.185
chr3L	19900522	19900727	chr3L:19900523-19900727	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1359	0.1287	0.1534	0.1248	0.0891	0.1369	0.144	0.1686	0.0891	0.1534	0.2003	0.1534	0.1557	0.1715	0.1663	0.1715	0.1459
chr3L	19901428	19901645	chr3L:19901429-19901645	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2068	0.217	0.239	0.16	0.1474	0.2646	0.2336	0.2572	0.1474	0.3345	0.2576	0.3345	0.1929	0.1845	0.1541	0.1845	0.1652
chr3L	19901660	19901811	chr3L:19901661-19901811	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1546	0.1474	0.1834	0.1312	0.0965	0.1845	0.1505	0.1845	0.0965	0.2428	0.1961	0.2428	0.1696	0.1409	0.1393	0.1409	0.1485
chr3L	19901962	19902144	chr3L:19901963-19902144	FBgn0014037,FBgn0264481	CR43889,Su(Tpl)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2202	0.1844	0.2693	0.2062	0.1166	0.2456	0.1899	0.2119	0.1166	0.3261	0.2981	0.3261	0.2587	0.2075	0.216	0.2075	0.2423
chr3L	19902460	19902640	chr3L:19902461-19902640	FBgn0014037,FBgn0264481	CR43889,Su(Tpl)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2541	0.2335	0.2954	0.2316	0.1718	0.2748	0.2561	0.2885	0.1718	0.3521	0.3219	0.3521	0.2874	0.2473	0.2469	0.2473	0.2616
chr3L	19902739	19903135	chr3L:19902740-19903135	FBgn0014037,FBgn0036915,FBgn0262519,FBgn0264481	CG7757,CR43889,Mi-2,Su(Tpl)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2874	0.2469	0.3443	0.2702	0.175	0.301	0.2621	0.2978	0.175	0.407	0.3733	0.407	0.3269	0.245	0.3069	0.245	0.3038
chr3L	19903271	19903468	chr3L:19903272-19903468	FBgn0036915,FBgn0262519	CG7757,Mi-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2072	0.1858	0.2513	0.1827	0.122	0.232	0.1977	0.2305	0.122	0.3249	0.2736	0.3249	0.2301	0.1769	0.205	0.1769	0.2069
chr3L	19906766	19906917	chr3L:19906767-19906917	FBgn0036916	Mtr3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1072	0.1117	0.1165	0.092	0.0795	0.1267	0.1302	0.1213	0.0795	0.1473	0.1212	0.1473	0.11	0.1041	0.0999	0.1041	0.1058
chr3L	19908014	19908207	chr3L:19908015-19908207	FBgn0028695	Rpn1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1504	0.1466	0.1746	0.1281	0.0986	0.1612	0.1734	0.1812	0.0986	0.2174	0.1859	0.2174	0.1789	0.1279	0.1483	0.1279	0.1516
chr3L	19915441	19915592	chr3L:19915442-19915592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0642	0.0282	0.0162	0.0509	0.0277	0.1263	0.056	0.0509	0.0308	0.0331	0.0308	0.031	0.0176	0.0161	0.0176	0.0208
chr3L	19915693	19915955	chr3L:19915694-19915955	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0666	0.1181	0.0503	0.027	0.1007	0.0583	0.2236	0.0926	0.1007	0.0568	0.0588	0.0568	0.0503	0.0222	0.0277	0.0222	0.037
chr3L	19916061	19916253	chr3L:19916062-19916253	FBgn0020887	Su(z)12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0641	0.068	0.0737	0.0492	0.0541	0.0612	0.1042	0.0586	0.0541	0.0767	0.0887	0.0767	0.0736	0.0544	0.0484	0.0544	0.0589
chr3L	19916436	19916658	chr3L:19916437-19916658	FBgn0020887,FBgn0036918	CG7770,Su(z)12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1495	0.1457	0.1718	0.1294	0.1124	0.1592	0.1782	0.1566	0.1124	0.212	0.1887	0.212	0.1658	0.147	0.1431	0.147	0.1501
chr3L	19916681	19916851	chr3L:19916682-19916851	FBgn0020887,FBgn0036918	CG7770,Su(z)12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.1758	0.219	0.1636	0.1304	0.1976	0.218	0.1852	0.1304	0.2717	0.2334	0.2717	0.2169	0.1884	0.1779	0.1884	0.1839
chr3L	19916935	19917108	chr3L:19916936-19917108	FBgn0020887,FBgn0036918	CG7770,Su(z)12	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0811	0.0814	0.0954	0.065	0.0467	0.0966	0.106	0.0766	0.0467	0.1165	0.1032	0.1165	0.0991	0.0888	0.0658	0.0888	0.0766
chr3L	19917917	19918101	chr3L:19917918-19918101	FBgn0036919	Grasp65	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1628	0.1558	0.1937	0.1369	0.1018	0.1714	0.189	0.1859	0.1018	0.2192	0.2228	0.2192	0.1921	0.1501	0.1476	0.1501	0.1735
chr3L	19918186	19918369	chr3L:19918187-19918369	FBgn0036919	Grasp65	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1006	0.1094	0.1173	0.0724	0.0679	0.1146	0.1285	0.1366	0.0679	0.1365	0.1286	0.1365	0.1317	0.0766	0.0838	0.0766	0.0943
chr3L	19921501	19921699	chr3L:19921502-19921699	FBgn0036920,FBgn0036921	CG8004,RhoGDI	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1509	0.1382	0.1827	0.1301	0.0912	0.1612	0.1696	0.1479	0.0912	0.2319	0.2	0.2319	0.1805	0.1478	0.1425	0.1478	0.1449
chr3L	19921759	19921929	chr3L:19921760-19921929	FBgn0036920,FBgn0036921	CG8004,RhoGDI	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1562	0.1267	0.1945	0.1471	0.0668	0.1573	0.1501	0.1446	0.0668	0.2494	0.2103	0.2494	0.1952	0.1654	0.1586	0.1654	0.1647
chr3L	19922157	19922419	chr3L:19922158-19922419	FBgn0036921	RhoGDI	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.145	0.092	0.1968	0.1473	0.0562	0.135	0.0848	0.1039	0.0562	0.2723	0.2026	0.2723	0.2308	0.1769	0.1599	0.1769	0.1839
chr3L	19923068	19923284	chr3L:19923069-19923284	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.054	0.0379	0.0632	0.062	0.0191	0.0524	0.0376	0.0453	0.0191	0.0586	0.0566	0.0586	0.1348	0.0253	0.0613	0.0253	0.1188
chr3L	19923652	19923803	chr3L:19923653-19923803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0294	0.0211	0.035	0.0326	0.0064	0.0218	0.0303	0.0233	0.0064	0.0374	0.0312	0.0374	0.062	0.0176	0.0187	0.0176	0.0823
chr3L	19926181	19926367	chr3L:19926182-19926367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.031	0.0487	0.0429	0.0159	0.0316	0.0359	0.0433	0.0159	0.0592	0.0498	0.0592	0.0736	0.0322	0.0335	0.0322	0.0797
chr3L	19931957	19932108	chr3L:19931958-19932108	FBgn0004852	Ac76E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0204	0.0254	0.0155	0.0202	0.0117	0.0243	0.032	0.0386	0.0117	0.0127	0.0161	0.0127	0.0248	0.0253	0.0213	0.0253	0.0313
chr3L	19932233	19932425	chr3L:19932234-19932425	FBgn0004852	Ac76E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0668	0.0647	0.0586	0.078	0.0488	0.0602	0.0783	0.0806	0.0488	0.0531	0.0588	0.0531	0.1022	0.0827	0.0613	0.0827	0.1344
chr3L	19962102	19962253	chr3L:19962103-19962253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0098	0.0069	0.0117	0.0032	0.0053	0.019	0.01	0.0032	0.0097	0.0048	0.0097	0.007	0.0061	0.0032	0.0061	0.0042
chr3L	19971442	19971593	chr3L:19971443-19971593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0217	0.0255	0.0195	0.0127	0.0223	0.0294	0.0207	0.0127	0.0332	0.0277	0.0332	0.0248	0.0314	0.0129	0.0314	0.0167
chr3L	19972397	19972548	chr3L:19972398-19972548	FBgn0036922	CG14182	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0275	0.032	0.0185	0.018	0.0286	0.0394	0.0233	0.018	0.0411	0.0315	0.0411	0.0325	0.026	0.0142	0.026	0.024
chr3L	19972625	19972776	chr3L:19972626-19972776	FBgn0036922	CG14182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.0432	0.0651	0.0351	0.0212	0.0505	0.0554	0.0453	0.0212	0.0797	0.073	0.0797	0.0635	0.0406	0.0297	0.0406	0.0511
chr3L	19972860	19973044	chr3L:19972861-19973044	FBgn0036922	CG14182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0951	0.0921	0.1159	0.0758	0.0657	0.1029	0.0995	0.1146	0.0657	0.1371	0.1338	0.1371	0.1146	0.0896	0.0767	0.0896	0.1042
chr3L	19973182	19973333	chr3L:19973183-19973333	FBgn0036922	CG14182	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0335	0.0357	0.021	0.0201	0.0316	0.0428	0.0446	0.0201	0.0368	0.0412	0.0368	0.0395	0.0207	0.0232	0.0207	0.0271
chr3L	19982917	19983068	chr3L:19982918-19983068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0191	0.0283	0.0165	0.0116	0.0106	0.0374	0.0389	0.0286	0.0106	0.0145	0.0209	0.0145	0.0186	0.0084	0.0077	0.0084	0.0162
chr3L	19984706	19984857	chr3L:19984707-19984857	FBgn0005633,FBgn0013303,FBgn0036926	CG7646,Nca,fln	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.0788	0.078	0.0532	0.0509	0.0825	0.1008	0.0866	0.0509	0.1057	0.0887	0.1057	0.0682	0.0613	0.0548	0.0613	0.0604
chr3L	19984912	19985321	chr3L:19984913-19985321	FBgn0013303,FBgn0036926	CG7646,Nca	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2016	0.2105	0.2247	0.1661	0.1771	0.1932	0.2604	0.2578	0.1771	0.2832	0.2479	0.2832	0.2177	0.1708	0.1599	0.1708	0.1871
chr3L	19985559	19985739	chr3L:19985560-19985739	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0414	0.0322	0.0478	0.0446	0.017	0.0383	0.0355	0.0406	0.017	0.055	0.0498	0.055	0.0534	0.0375	0.0426	0.0375	0.0459
chr3L	19987290	19987441	chr3L:19987291-19987441	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0308	0.032	0.0254	0.0355	0.0223	0.0291	0.0433	0.0333	0.0223	0.0229	0.0302	0.0229	0.0178	0.01	0.0142	0.01	0.0146
chr3L	19993298	19993449	chr3L:19993299-19993449	FBgn0036927,FBgn0036928	CG7433,Tom20	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0406	0.0378	0.0418	0.0425	0.018	0.0383	0.0532	0.0346	0.018	0.0477	0.045	0.0477	0.0465	0.0796	0.0271	0.0796	0.0453
chr3L	19994101	19994301	chr3L:19994102-19994301	FBgn0036927,FBgn0036928	CG7433,Tom20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1216	0.1127	0.151	0.0993	0.0742	0.1335	0.1233	0.1419	0.0742	0.1836	0.1775	0.1836	0.141	0.1118	0.1064	0.1118	0.1204
chr3L	19994335	19994677	chr3L:19994336-19994677	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1202	0.1032	0.152	0.1043	0.0551	0.1194	0.1202	0.1272	0.0551	0.1938	0.173	0.1938	0.1402	0.1332	0.1115	0.1332	0.1157
chr3L	19995490	19995659	chr3L:19995491-19995659	FBgn0036929	CG7668	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0898	0.0894	0.1072	0.0713	0.0414	0.0932	0.1051	0.1279	0.0414	0.1178	0.1344	0.1178	0.1077	0.0666	0.0948	0.0666	0.0875
chr3L	19995742	19995909	chr3L:19995743-19995909	FBgn0036929	CG7668	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1651	0.1645	0.1933	0.1349	0.1251	0.1738	0.1834	0.2085	0.1251	0.2452	0.2193	0.2452	0.1813	0.1516	0.1631	0.1516	0.173
chr3L	19995988	19996201	chr3L:19995989-19996201	FBgn0036929	CG7668	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1099	0.1104	0.1305	0.0869	0.0912	0.1189	0.1263	0.1286	0.0912	0.1709	0.1473	0.1709	0.1239	0.1164	0.1019	0.1164	0.1178
chr3L	19997572	19997936	chr3L:19997573-19997936	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.191	0.1763	0.2415	0.1519	0.1007	0.2184	0.1713	0.2365	0.1007	0.2977	0.2752	0.2977	0.1991	0.1761	0.1799	0.1761	0.1329
chr3L	19998153	19998330	chr3L:19998154-19998330	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1249	0.1119	0.1789	0.0802	0.0456	0.1626	0.0835	0.1692	0.0456	0.2325	0.2019	0.2325	0.134	0.0521	0.0658	0.0521	0.0558
chr3L	19999427	19999606	chr3L:19999428-19999606	FBgn0261574	kug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1678	0.1633	0.2102	0.1264	0.1262	0.1922	0.1778	0.1852	0.1262	0.2355	0.2315	0.2355	0.22	0.1332	0.176	0.1332	0.1699
chr3L	19999696	19999847	chr3L:19999697-19999847	FBgn0261574	kug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1155	0.1176	0.1396	0.0868	0.0848	0.1335	0.1319	0.1346	0.0848	0.1709	0.1469	0.1709	0.1627	0.0957	0.136	0.0957	0.1105
chr3L	19999852	20000072	chr3L:19999853-20000072	FBgn0261574	kug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1353	0.1488	0.1595	0.0937	0.1283	0.1704	0.1752	0.1506	0.1283	0.1836	0.164	0.1836	0.2231	0.0965	0.1154	0.0965	0.1402
chr3L	20000157	20000331	chr3L:20000158-20000331	FBgn0261574	kug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0734	0.0875	0.0802	0.0503	0.0604	0.0937	0.1086	0.0986	0.0604	0.0906	0.0913	0.0906	0.0991	0.0413	0.0722	0.0413	0.0683
chr3L	20010050	20010201	chr3L:20010051-20010201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0186	0.0277	0.019	0.0081	0.017	0.018	0.0463	0.0333	0.017	0.0199	0.0232	0.0199	0.0178	0.0054	0.009	0.0054	0.0151
chr3L	20021138	20021289	chr3L:20021139-20021289	FBgn0036931	CG14183	none	none	VT33607.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0274	0.0226	0.0136	0.017	0.0228	0.0458	0.0247	0.017	0.0211	0.0273	0.0211	0.0225	0.0123	0.0116	0.0123	0.0219
chr3L	20021530	20021982	chr3L:20021531-20021982	FBgn0036932	CG14184	stage11,stage14,stage5	none	VT33607.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1084	0.1031	0.1245	0.0966	0.0626	0.099	0.1384	0.1153	0.0626	0.1534	0.1312	0.1534	0.141	0.0957	0.0961	0.0957	0.1324
chr3L	20022043	20022214	chr3L:20022044-20022214	FBgn0036932	CG14184	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0839	0.0779	0.0957	0.0777	0.0509	0.083	0.0895	0.0886	0.0509	0.1359	0.1019	0.1359	0.0922	0.0865	0.0812	0.0865	0.099
chr3L	20029772	20029923	chr3L:20029773-20029923	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0061	0.0075	0.0125	0.0053	0.0073	0.0087	0.006	0.0053	0.0072	0.0084	0.0072	0.0085	0.0107	0.0032	0.0107	0.0057
chr3L	20090455	20090670	chr3L:20090456-20090670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1001	0.1047	0.1086	0.0856	0.0562	0.1068	0.1272	0.1159	0.0562	0.1335	0.1235	0.1335	0.1084	0.1026	0.0799	0.1026	0.098
chr3L	20092889	20093040	chr3L:20092890-20093040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0171	0.0167	0.0132	0.0217	0.0085	0.0155	0.0268	0.0167	0.0085	0.0127	0.0135	0.0127	0.0132	0.0069	0.0064	0.0069	0.0094
chr3L	20094961	20095112	chr3L:20094962-20095112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0076	0.009	0.0281	0	0.0087	0.0117	0.0067	0	0.0091	0.009	0.0091	0.0039	0.0138	0.0064	0.0138	0.012
chr3L	20096950	20097160	chr3L:20096951-20097160	FBgn0036935	CG14186	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1144	0.09	0.1253	0.1299	0.0573	0.1019	0.0982	0.1093	0.0573	0.131	0.1489	0.131	0.1441	0.1164	0.1541	0.1164	0.1282
chr3L	20097258	20097524	chr3L:20097259-20097524	FBgn0036935	CG14186	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.175	0.1599	0.1803	0.1862	0.106	0.1922	0.1592	0.2105	0.106	0.2277	0.1968	0.2277	0.1766	0.2144	0.1928	0.2144	0.1532
chr3L	20097810	20098018	chr3L:20097811-20098018	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0503	0.0425	0.0329	0.0783	0.0297	0.0461	0.0545	0.0446	0.0297	0.0332	0.0334	0.0332	0.0287	0.085	0.0316	0.085	0.0391
chr3L	20098391	20098571	chr3L:20098392-20098571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0365	0.0449	0.0273	0.0372	0.0297	0.0417	0.0575	0.0526	0.0297	0.038	0.0273	0.038	0.0147	0.0168	0.0168	0.0168	0.0162
chr3L	20106250	20106410	chr3L:20106251-20106410	FBgn0036938	CG14187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0259	0.0313	0.023	0.0233	0.017	0.0296	0.0324	0.0426	0.017	0.0115	0.0379	0.0115	0.0186	0.0191	0.0426	0.0191	0.0297
chr3L	20119150	20119301	chr3L:20119151-20119301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0115	0.0159	0.0135	0.0032	0.0141	0.0182	0.01	0.0032	0.0079	0.0299	0.0079	0.0093	0.0023	0.0458	0.0023	0.0042
chr3L	20120409	20120560	chr3L:20120410-20120560	FBgn0036939	CG7365	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0166	0.0221	0.0148	0.0124	0.0148	0.0092	0.0441	0.0207	0.0148	0.0127	0.0244	0.0127	0.0085	0.0107	0.0342	0.0107	0.0057
chr3L	20120629	20120780	chr3L:20120630-20120780	FBgn0036939	CG7365	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0193	0.0157	0.0136	0.0117	0.0146	0.0333	0.016	0.0117	0.0103	0.0267	0.0103	0.0085	0.0084	0.0374	0.0084	0.0068
chr3L	20122180	20122356	chr3L:20122181-20122356	FBgn0005198	gig	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0941	0.0871	0.1129	0.0813	0.0414	0.099	0.1073	0.0939	0.0414	0.1486	0.1267	0.1486	0.1022	0.1072	0.0974	0.1072	0.0959
chr3L	20122456	20122607	chr3L:20122457-20122607	FBgn0005198	gig	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0409	0.0401	0.0471	0.035	0.0233	0.0515	0.0493	0.0393	0.0233	0.0604	0.0537	0.0604	0.0465	0.0436	0.0406	0.0436	0.0453
chr3L	20133719	20133870	chr3L:20133720-20133870	FBgn0036942	CG7328	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.017	0.0179	0.0155	0.0177	0.0191	0.0155	0.0251	0.016	0.0191	0.0163	0.0161	0.0163	0.0333	0.0107	0.011	0.0107	0.0427
chr3L	20133966	20134117	chr3L:20133967-20134117	FBgn0036942	CG7328	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0194	0.0131	0.0153	0.017	0.0136	0.0337	0.014	0.017	0.0139	0.0122	0.0139	0.0263	0.01	0.0097	0.01	0.037
chr3L	20161816	20161967	chr3L:20161817-20161967	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0171	0.0234	0.0199	0.0068	0.0074	0.0427	0.0225	0.0173	0.0074	0.029	0.0206	0.029	0.0209	0.0084	0.0071	0.0084	0.0068
chr3L	20164805	20164956	chr3L:20164806-20164956	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0257	0.0065	0.0052	0.0191	0.0451	0.0242	0.0133	0.0191	0.0079	0.0068	0.0079	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr3L	20171566	20171717	chr3L:20171567-20171717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0088	0.0088	0.01	0.0064	0.0087	0.0147	0.006	0.0064	0.0109	0.0084	0.0109	0.0077	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr3L	20176000	20176190	chr3L:20176001-20176190	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0338	0.0359	0.034	0.0313	0.0127	0.0451	0.0368	0.046	0.0127	0.0429	0.0299	0.0429	0.0635	0.049	0.0232	0.049	0.0537
chr3L	20176798	20176979	chr3L:20176799-20176979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0394	0.0214	0.0456	0.0526	0.0053	0.0306	0.0234	0.0207	0.0053	0.0531	0.0469	0.0531	0.0782	0.0674	0.0509	0.0674	0.0948
chr3L	20176997	20177241	chr3L:20176998-20177241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0274	0.057	0.0661	0.0032	0.0374	0.035	0.0273	0.0032	0.0737	0.0511	0.0737	0.1077	0.0827	0.0638	0.0827	0.1204
chr3L	20178364	20178515	chr3L:20178365-20178515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.011	0.0095	0.0136	0.0064	0.0117	0.0186	0.0047	0.0064	0.0115	0.008	0.0115	0.0108	0.0038	0.0071	0.0038	0.0063
chr3L	20179078	20179229	chr3L:20179079-20179229	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0219	0.0146	0.0142	0.0386	0.0074	0.0165	0.0203	0.0127	0.0074	0.0121	0.0122	0.0121	0.0279	0.0421	0.0264	0.0421	0.037
chr3L	20179417	20179603	chr3L:20179418-20179603	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0956	0.0616	0.0956	0.1335	0.0403	0.0694	0.0748	0.0586	0.0403	0.1014	0.108	0.1014	0.1394	0.1516	0.1354	0.1516	0.1746
chr3L	20179720	20179938	chr3L:20179721-20179938	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1138	0.051	0.1273	0.1693	0.0318	0.0723	0.0519	0.0513	0.0318	0.1232	0.1457	0.1232	0.2037	0.2274	0.2031	0.2274	0.2116
chr3L	20180400	20180551	chr3L:20180401-20180551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0274	0.0167	0.0308	0.0355	0.0148	0.0155	0.0272	0.0127	0.0148	0.0326	0.0264	0.0326	0.0581	0.0681	0.0264	0.0681	0.0521
chr3L	20180825	20181545	chr3L:20180826-20181545	FBgn0036945	CG6981	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1283	0.0765	0.1511	0.1611	0.0339	0.0806	0.1133	0.0806	0.0339	0.128	0.1277	0.128	0.3385	0.1072	0.0722	0.1072	0.3658
chr3L	20181677	20181853	chr3L:20181678-20181853	FBgn0036945	CG6981	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0452	0.0307	0.0563	0.0492	0.0148	0.0301	0.0493	0.0333	0.0148	0.0465	0.0486	0.0465	0.1371	0.0276	0.0251	0.0276	0.1188
chr3L	20181880	20182062	chr3L:20181881-20182062	FBgn0036945	CG6981	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0494	0.0413	0.0589	0.0482	0.0191	0.0354	0.0718	0.0433	0.0191	0.0471	0.0614	0.0471	0.1162	0.0245	0.0251	0.0245	0.112
chr3L	20182194	20182619	chr3L:20182195-20182619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0661	0.058	0.0821	0.0575	0.0265	0.0568	0.0878	0.066	0.0265	0.0688	0.0804	0.0688	0.141	0.0406	0.0419	0.0406	0.112
chr3L	20186777	20186944	chr3L:20186778-20186944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0107	0.025	0.0313	0.0032	0.0141	0.0182	0.006	0.0032	0.0163	0.0154	0.0163	0.0813	0.0115	0.0161	0.0115	0.0891
chr3L	20186996	20187149	chr3L:20186997-20187149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0216	0.0121	0.0253	0.0283	0.0042	0.015	0.0177	0.0087	0.0042	0.0163	0.0164	0.0163	0.0852	0.01	0.0135	0.01	0.0813
chr3L	20188996	20189147	chr3L:20188997-20189147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0221	0.013	0.0213	0.0331	0.0085	0.0107	0.0216	0.0133	0.0085	0.0121	0.0315	0.0121	0.0279	0.0046	0.0941	0.0046	0.0334
chr3L	20189272	20189423	chr3L:20189273-20189423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.02	0.0098	0.022	0.0292	0.0064	0.0107	0.0151	0.0087	0.0064	0.0103	0.0318	0.0103	0.0294	0.0084	0.0812	0.0084	0.0307
chr3L	20190880	20191031	chr3L:20190881-20191031	FBgn0261556	CG42674	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0265	0.0241	0.0222	0.0338	0.0159	0.018	0.0411	0.0213	0.0159	0.0157	0.0241	0.0157	0.0465	0.0421	0.0419	0.0421	0.0448
chr3L	20191409	20191576	chr3L:20191410-20191576	FBgn0261556	CG42674	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0467	0.0239	0.0331	0.087	0.0223	0.0204	0.0389	0.0153	0.0223	0.0187	0.0331	0.0187	0.0775	0.0651	0.1193	0.0651	0.1537
chr3L	20214140	20214302	chr3L:20214141-20214302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0327	0.034	0.0373	0.026	0.0286	0.0316	0.0433	0.038	0.0286	0.0441	0.045	0.0441	0.0403	0.0306	0.029	0.0306	0.0438
chr3L	20218877	20219093	chr3L:20218878-20219093	FBgn0260397	Su(var)3-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0487	0.0597	0.052	0.0327	0.0339	0.0568	0.0787	0.062	0.0339	0.0531	0.063	0.0531	0.055	0.0337	0.0316	0.0337	0.0412
chr3L	20219159	20219343	chr3L:20219160-20219343	FBgn0260397	Su(var)3-3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1125	0.1174	0.125	0.0934	0.0933	0.1243	0.1436	0.1239	0.0933	0.1576	0.1408	0.1576	0.1309	0.1064	0.0896	0.1064	0.1225
chr3L	20219401	20219574	chr3L:20219402-20219574	FBgn0260397	Su(var)3-3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1463	0.1388	0.1638	0.1354	0.1029	0.1427	0.1648	0.1559	0.1029	0.2047	0.1797	0.2047	0.172	0.1585	0.1231	0.1585	0.1652
chr3L	20223479	20223780	chr3L:20223480-20223780	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0453	0.0314	0.0338	0.0735	0.0095	0.0374	0.0471	0.0306	0.0095	0.0229	0.0379	0.0229	0.0565	0.0214	0.0858	0.0214	0.1219
chr3L	20224622	20224773	chr3L:20224623-20224773	FBgn0036956	CG13813	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0147	0.018	0.0245	0.0021	0.016	0.0216	0.0167	0.0021	0.0211	0.0212	0.0211	0.0186	0.0214	0.0258	0.0214	0.0334
chr3L	20228612	20228906	chr3L:20228613-20228906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0427	0.0431	0.0198	0.0276	0.0466	0.0523	0.0466	0.0276	0.0477	0.054	0.0477	0.0372	0.0168	0.0187	0.0168	0.024
chr3L	20229182	20229333	chr3L:20229183-20229333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0245	0.0334	0.0273	0.0114	0.0191	0.0354	0.0411	0.0373	0.0191	0.029	0.0325	0.029	0.0271	0.0145	0.0103	0.0145	0.0135
chr3L	20229359	20229510	chr3L:20229360-20229510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0309	0.0251	0.0116	0.0191	0.0272	0.0424	0.036	0.0191	0.0272	0.0289	0.0272	0.0263	0.01	0.0129	0.01	0.0146
chr3L	20234026	20234177	chr3L:20234027-20234177	FBgn0024814,FBgn0036959	CG6951,Clc	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0334	0.0622	0.0376	0.0212	0.0403	0.0359	0.0446	0.0212	0.0737	0.0701	0.0737	0.0627	0.0475	0.0322	0.0475	0.0448
chr3L	20234295	20234465	chr3L:20234296-20234465	FBgn0024814,FBgn0036959	CG6951,Clc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.1446	0.1904	0.1299	0.0997	0.1587	0.173	0.1699	0.0997	0.2385	0.2125	0.2385	0.1673	0.1302	0.1277	0.1302	0.16
chr3L	20234560	20234726	chr3L:20234561-20234726	FBgn0024814,FBgn0036958,FBgn0036959	CG17233,CG6951,Clc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.206	0.2011	0.2387	0.1756	0.1506	0.232	0.2176	0.2525	0.1506	0.2947	0.2534	0.2947	0.2339	0.1761	0.1741	0.1761	0.223
chr3L	20234879	20235095	chr3L:20234880-20235095	FBgn0036958	CG17233	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1467	0.1346	0.1753	0.1288	0.088	0.1752	0.1414	0.1586	0.088	0.2017	0.1971	0.2017	0.1836	0.1309	0.1367	0.1309	0.1579
chr3L	20235528	20235712	chr3L:20235529-20235712	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1288	0.1169	0.153	0.1156	0.0933	0.1311	0.1293	0.1479	0.0933	0.1806	0.173	0.1806	0.1495	0.1233	0.1173	0.1233	0.1506
chr3L	20235765	20235916	chr3L:20235766-20235916	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0585	0.0562	0.0671	0.0517	0.0308	0.0597	0.0722	0.0693	0.0308	0.0761	0.0714	0.0761	0.0775	0.0444	0.0535	0.0444	0.0776
chr3L	20236969	20237120	chr3L:20236970-20237120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0319	0.0373	0.0287	0.0295	0.0308	0.035	0.0497	0.0393	0.0308	0.0242	0.0367	0.0242	0.0318	0.0222	0.0277	0.0222	0.0584
chr3L	20240915	20241194	chr3L:20240916-20241194	FBgn0036960	CG13814	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.026	0.0241	0.0166	0.0386	0.0053	0.0199	0.0458	0.0233	0.0053	0.0175	0.0164	0.0175	0.0209	0.0536	0.0155	0.0536	0.0292
chr3L	20241249	20241556	chr3L:20241250-20241556	FBgn0036960	CG13814	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0259	0.0304	0.0173	0.0305	0.0085	0.0243	0.058	0.024	0.0085	0.0236	0.0167	0.0236	0.0194	0.0666	0.011	0.0666	0.0214
chr3L	20248026	20248177	chr3L:20248027-20248177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0126	0.0129	0.0125	0.0021	0.0107	0.0225	0.014	0.0021	0.0157	0.0106	0.0157	0.007	0.0077	0.0019	0.0077	0.0021
chr3L	20251716	20251867	chr3L:20251717-20251867	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0217	0.0137	0.0099	0.0074	0.0204	0.0359	0.0187	0.0074	0.0121	0.0186	0.0121	0.0077	0.0054	0.0064	0.0054	0.0083
chr3L	20251930	20252100	chr3L:20251931-20252100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.027	0.0417	0.023	0.0149	0.0318	0.033	0.0653	0.0406	0.0318	0.0199	0.027	0.0199	0.0186	0.0115	0.0129	0.0115	0.0083
chr3L	20269614	20269796	chr3L:20269615-20269796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0246	0.0173	0.0183	0.0398	0.0032	0.0131	0.0324	0.0153	0.0032	0.0109	0.0122	0.0109	0.0411	0.0069	0.0077	0.0069	0.1089
chr3L	20270000	20270205	chr3L:20270001-20270205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0188	0.015	0.0115	0.0309	0.0064	0.0121	0.029	0.0087	0.0064	0.0085	0.0103	0.0085	0.017	0.0084	0.0052	0.0084	0.0761
chr3L	20273735	20273971	chr3L:20273736-20273971	distal	distal	none	none	VT33729.1	VT33729.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0189	0.0169	0.0194	0.0206	0.0138	0.0141	0.0311	0.0107	0.0138	0.0145	0.0138	0.0145	0.0139	0.0115	0.0052	0.0115	0.0125
chr3L	20274465	20274763	chr3L:20274466-20274763	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT33729.1	VT33729.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0698	0.0357	0.0279	0.07	0.0549	0.1155	0.0506	0.07	0.0223	0.0286	0.0223	0.0178	0.0069	0.0064	0.0069	0.0167
chr3L	20275482	20275664	chr3L:20275483-20275664	distal	distal	none	none	VT33729.1,VT33730.1	VT33729.1,VT33730.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0172	0.0173	0.0273	0.0032	0.0223	0.0221	0.016	0.0032	0.0097	0.0093	0.0097	0.007	0.0046	0.0064	0.0046	0.013
chr3L	20276142	20276315	chr3L:20276143-20276315	distal	distal	stage14	stage14	VT33730.1	VT33730.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0218	0.0254	0.0343	0.0095	0.0218	0.032	0.0213	0.0095	0.0145	0.0116	0.0145	0.0093	0.0069	0.0064	0.0069	0.0089
chr3L	20280314	20280550	chr3L:20280315-20280550	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.028	0.0436	0.0169	0.0228	0.018	0.0233	0.0843	0.0433	0.018	0.0115	0.0145	0.0115	0.0062	0.0084	0.0052	0.0084	0.0151
chr3L	20286135	20286462	chr3L:20286136-20286462	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT33735.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0811	0.1415	0.0596	0.0373	0.1188	0.0723	0.2794	0.1059	0.1188	0.032	0.0685	0.032	0.0302	0.0107	0.0258	0.0107	0.025
chr3L	20287646	20288021	chr3L:20287647-20288021	FBgn0052227	gogo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0947	0.1504	0.0741	0.055	0.1379	0.099	0.2405	0.1539	0.1379	0.0477	0.074	0.0477	0.0372	0.0176	0.0232	0.0176	0.0349
chr3L	20288166	20288490	chr3L:20288167-20288490	FBgn0052227	gogo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1354	0.1925	0.1018	0.1083	0.1888	0.1214	0.3179	0.1832	0.1888	0.0489	0.0791	0.0489	0.0496	0.0207	0.0426	0.0207	0.0401
chr3L	20289661	20289910	chr3L:20289662-20289910	FBgn0036964	CG6480	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0753	0.0852	0.0825	0.0564	0.0456	0.0864	0.1155	0.0966	0.0456	0.0888	0.0887	0.0888	0.0775	0.0467	0.0638	0.0467	0.0578
chr3L	20289998	20290178	chr3L:20289999-20290178	FBgn0036964	CG6480	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1015	0.1142	0.1052	0.0834	0.07	0.1204	0.1501	0.1206	0.07	0.1226	0.1125	0.1226	0.096	0.0712	0.0916	0.0712	0.0948
chr3L	20295153	20295326	chr3L:20295154-20295326	FBgn0036967,FBgn0052226	CG6597,Pex23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1307	0.1124	0.1591	0.1199	0.0647	0.1325	0.1241	0.1359	0.0647	0.2041	0.1662	0.2041	0.1658	0.1164	0.1373	0.1164	0.1308
chr3L	20295422	20295594	chr3L:20295423-20295594	FBgn0036967,FBgn0052226	CG6597,Pex23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1602	0.1343	0.2006	0.1448	0.0848	0.1568	0.1432	0.1732	0.0848	0.2536	0.2193	0.2536	0.1859	0.1524	0.1483	0.1524	0.1699
chr3L	20295687	20295945	chr3L:20295688-20295945	FBgn0036967,FBgn0052226	CG6597,Pex23	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1003	0.0799	0.1288	0.0918	0.0467	0.0932	0.0917	0.0999	0.0467	0.1612	0.1322	0.1612	0.1146	0.1202	0.0754	0.1202	0.0907
chr3L	20295953	20296104	chr3L:20295954-20296104	FBgn0036967	CG6597	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0474	0.0544	0.038	0.0276	0.0447	0.0644	0.0526	0.0276	0.07	0.0518	0.07	0.0387	0.0513	0.029	0.0513	0.0365
chr3L	20296319	20296500	chr3L:20296320-20296500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0578	0.0343	0.0199	0.0456	0.0471	0.077	0.0726	0.0456	0.0447	0.0338	0.0447	0.0325	0.0276	0.0181	0.0276	0.0167
chr3L	20299379	20299530	chr3L:20299380-20299530	FBgn0052225	CG32225	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.0161	0.0176	0.033	0.0042	0.018	0.0229	0.0167	0.0042	0.0205	0.0215	0.0205	0.0101	0.0291	0.0039	0.0291	0.0073
chr3L	20300624	20300775	chr3L:20300625-20300775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0337	0.0319	0.0395	0.0294	0.0064	0.0417	0.0467	0.0266	0.0064	0.0882	0.0334	0.0882	0.0279	0.0896	0.0148	0.0896	0.0172
chr3L	20302995	20303188	chr3L:20302996-20303188	FBgn0003124	polo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2012	0.2066	0.2425	0.1497	0.1294	0.2592	0.218	0.2385	0.1294	0.305	0.2621	0.305	0.2262	0.1554	0.158	0.1554	0.174
chr3L	20303270	20303476	chr3L:20303271-20303476	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1365	0.1593	0.175	0.0689	0.105	0.182	0.1791	0.1959	0.105	0.2355	0.1987	0.2355	0.1356	0.0789	0.0787	0.0789	0.0662
chr3L	20303541	20303751	chr3L:20303542-20303751	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1747	0.2197	0.2183	0.0766	0.1813	0.2374	0.2431	0.2598	0.1813	0.3321	0.236	0.3321	0.1387	0.1049	0.0787	0.1049	0.061
chr3L	20306362	20306525	chr3L:20306363-20306525	FBgn0250791	Snap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0891	0.0928	0.1047	0.0678	0.0541	0.1024	0.1021	0.1166	0.0541	0.1256	0.1267	0.1256	0.0953	0.0743	0.0832	0.0743	0.0834
chr3L	20306605	20306801	chr3L:20306606-20306801	FBgn0250791	Snap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1799	0.1744	0.2118	0.151	0.1273	0.1976	0.1938	0.2079	0.1273	0.2518	0.2412	0.2518	0.206	0.1746	0.1593	0.1746	0.1782
chr3L	20306901	20307052	chr3L:20306902-20307052	FBgn0250791	Snap	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0799	0.0685	0.1027	0.0677	0.0276	0.0864	0.0731	0.0913	0.0276	0.1238	0.1151	0.1238	0.1154	0.0804	0.0638	0.0804	0.0886
chr3L	20310231	20310382	chr3L:20310232-20310382	FBgn0262057,FBgn0264467	CR43875,Spn77Ba	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0305	0.0269	0.0324	0.0324	0.0127	0.0223	0.0415	0.0306	0.0127	0.0254	0.0441	0.0254	0.0318	0.0214	0.0567	0.0214	0.038
chr3L	20310469	20310620	chr3L:20310470-20310620	FBgn0262057,FBgn0264467	CR43875,Spn77Ba	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0231	0.0303	0.0244	0.0106	0.0252	0.0324	0.0233	0.0106	0.0248	0.0441	0.0248	0.0271	0.0138	0.0509	0.0138	0.0245
chr3L	20313268	20313452	chr3L:20313269-20313452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0375	0.0468	0.0504	0.0106	0.0413	0.0454	0.0493	0.0106	0.0423	0.063	0.0423	0.0503	0.0758	0.06	0.0758	0.0683
chr3L	20318070	20318248	chr3L:20318071-20318248	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0264	0.0182	0.0358	0.0253	0.0106	0.0257	0.0242	0.0113	0.0106	0.0719	0.0305	0.0719	0.0294	0.0482	0.0271	0.0482	0.025
chr3L	20340741	20340892	chr3L:20340742-20340892	FBgn0036973	Rbbp5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0454	0.0432	0.0552	0.037	0.0244	0.0558	0.0454	0.054	0.0244	0.0713	0.0543	0.0713	0.0565	0.0306	0.04	0.0306	0.05
chr3L	20340983	20341164	chr3L:20340984-20341164	FBgn0036973,FBgn0036974	Rbbp5,eRF1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.1092	0.1444	0.1213	0.0689	0.135	0.1207	0.1199	0.0689	0.18	0.1566	0.18	0.151	0.1309	0.1257	0.1309	0.1542
chr3L	20341346	20341532	chr3L:20341347-20341532	FBgn0036973,FBgn0036974	Rbbp5,eRF1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1663	0.1405	0.1994	0.1588	0.0774	0.1723	0.1657	0.1572	0.0774	0.2343	0.228	0.2343	0.1936	0.1616	0.1876	0.1616	0.186
chr3L	20341600	20341765	chr3L:20341601-20341765	FBgn0036974	eRF1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1178	0.0754	0.1411	0.1397	0.0297	0.0981	0.0809	0.0953	0.0297	0.157	0.154	0.157	0.1673	0.1508	0.1509	0.1508	0.1704
chr3L	20341832	20342044	chr3L:20341833-20342044	FBgn0036974	eRF1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0963	0.0436	0.1037	0.1471	0.0148	0.066	0.0458	0.0453	0.0148	0.0888	0.109	0.0888	0.1456	0.1585	0.1534	0.1585	0.1704
chr3L	20342083	20342242	chr3L:20342084-20342242	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0617	0.031	0.0698	0.087	0.0106	0.0495	0.0324	0.032	0.0106	0.0688	0.0797	0.0688	0.0906	0.0957	0.098	0.0957	0.0974
chr3L	20342249	20342496	chr3L:20342250-20342496	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0774	0.0378	0.0835	0.115	0.0074	0.066	0.035	0.0446	0.0074	0.0876	0.0855	0.0876	0.117	0.1087	0.1115	0.1087	0.1214
chr3L	20342580	20342791	chr3L:20342581-20342791	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0938	0.0547	0.1024	0.128	0.0148	0.0898	0.0502	0.0646	0.0148	0.1141	0.1058	0.1141	0.151	0.1172	0.1341	0.1172	0.1584
chr3L	20347106	20347257	chr3L:20347107-20347257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0245	0.0216	0.0272	0.0248	0.0117	0.0238	0.0272	0.0266	0.0117	0.0236	0.0325	0.0236	0.0387	0.0176	0.0303	0.0176	0.0443
chr3L	20349325	20349538	chr3L:20349326-20349538	FBgn0024887	kin17	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0282	0.0397	0.0291	0.0117	0.0325	0.0363	0.034	0.0117	0.0417	0.0492	0.0417	0.048	0.0345	0.0245	0.0345	0.0412
chr3L	20349804	20349978	chr3L:20349805-20349978	FBgn0024887	kin17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1099	0.1054	0.1258	0.0975	0.0774	0.1058	0.1276	0.1332	0.0774	0.1528	0.1395	0.1528	0.1208	0.1164	0.1032	0.1164	0.111
chr3L	20350062	20350213	chr3L:20350063-20350213	FBgn0024887	kin17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0532	0.0627	0.0383	0.0286	0.0621	0.0636	0.068	0.0286	0.0737	0.0691	0.0737	0.0674	0.0398	0.0426	0.0398	0.0485
chr3L	20354369	20354520	chr3L:20354370-20354520	FBgn0259676	DNApol-alpha60	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0485	0.0454	0.0547	0.0453	0.0233	0.0422	0.0545	0.0686	0.0233	0.0622	0.0624	0.0622	0.0511	0.0291	0.0316	0.0291	0.0505
chr3L	20354594	20354801	chr3L:20354595-20354801	FBgn0259676	DNApol-alpha60	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0908	0.0976	0.0997	0.0735	0.0732	0.1083	0.0973	0.1312	0.0732	0.1171	0.1129	0.1171	0.0984	0.0689	0.0799	0.0689	0.0933
chr3L	20354881	20355032	chr3L:20354882-20355032	FBgn0259676	DNApol-alpha60	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0379	0.04	0.0259	0.0265	0.0354	0.0484	0.0413	0.0265	0.0465	0.0498	0.0465	0.0325	0.0352	0.0316	0.0352	0.0276
chr3L	20358230	20358420	chr3L:20358231-20358420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0291	0.043	0.0336	0.0085	0.0265	0.0456	0.0558	0.0486	0.0265	0.0296	0.0521	0.0296	0.0225	0.0069	0.0142	0.0069	0.0099
chr3L	20360148	20360351	chr3L:20360149-20360351	FBgn0001259,FBgn0036978	Toll-9,in	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.072	0.0445	0.1143	0.0561	0.0085	0.0558	0.0368	0.0833	0.0085	0.0302	0.2341	0.0302	0.0488	0.0092	0.1863	0.0092	0.0339
chr3L	20363371	20363522	chr3L:20363372-20363522	FBgn0036979	CG13247	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0161	0.0156	0.015	0.0178	0.0021	0.0165	0.026	0.0127	0.0021	0.0157	0.0193	0.0157	0.0124	0.0505	0.0116	0.0505	0.0109
chr3L	20368671	20368822	chr3L:20368672-20368822	FBgn0001247	Ide	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0487	0.0515	0.0538	0.0401	0.0286	0.0563	0.0666	0.0526	0.0286	0.0646	0.0521	0.0646	0.0519	0.0421	0.0406	0.0421	0.0448
chr3L	20368921	20369086	chr3L:20368922-20369086	FBgn0001247,FBgn0036980	Ide,RhoBTB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1618	0.1555	0.191	0.1366	0.1071	0.1694	0.1881	0.1726	0.1071	0.2415	0.2113	0.2415	0.172	0.1478	0.1418	0.1478	0.1574
chr3L	20369224	20369411	chr3L:20369225-20369411	FBgn0001247,FBgn0036980	Ide,RhoBTB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1848	0.175	0.2198	0.1572	0.1124	0.2005	0.2059	0.1952	0.1124	0.2699	0.2466	0.2699	0.2053	0.1608	0.1741	0.1608	0.1704
chr3L	20369508	20369803	chr3L:20369509-20369803	FBgn0036980	RhoBTB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0946	0.1023	0.1112	0.0677	0.0647	0.1	0.1375	0.1133	0.0647	0.1141	0.1241	0.1141	0.1115	0.0658	0.0787	0.0658	0.0641
chr3L	20370695	20370846	chr3L:20370696-20370846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0233	0.0221	0.0231	0.0251	0.0074	0.0272	0.0268	0.028	0.0074	0.0326	0.0254	0.0326	0.0201	0.0306	0.02	0.0306	0.0422
chr3L	20375182	20375384	chr3L:20375183-20375384	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0683	0.0376	0.0196	0.0668	0.0495	0.0999	0.0713	0.0668	0.038	0.0428	0.038	0.0418	0.0253	0.0155	0.0253	0.0261
chr3L	20377122	20377305	chr3L:20377123-20377305	FBgn0011205,FBgn0027565	CG5498,fbl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0874	0.1029	0.088	0.052	0.1083	0.0956	0.0973	0.052	0.119	0.1116	0.119	0.1146	0.1057	0.0961	0.1057	0.1146
chr3L	20377420	20377594	chr3L:20377421-20377594	FBgn0011205,FBgn0027565	CG5498,fbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1295	0.1614	0.1409	0.0933	0.1602	0.1337	0.1519	0.0933	0.1914	0.1714	0.1914	0.182	0.1539	0.1599	0.1539	0.1668
chr3L	20377667	20377859	chr3L:20377668-20377859	FBgn0011205,FBgn0027565	CG5498,fbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0787	0.0643	0.0943	0.0776	0.0403	0.0801	0.0718	0.074	0.0403	0.1232	0.0977	0.1232	0.1046	0.0842	0.0799	0.0842	0.1032
chr3L	20378143	20378294	chr3L:20378144-20378294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0292	0.0262	0.0298	0.032	0.0106	0.0301	0.035	0.0233	0.0106	0.0308	0.0312	0.0308	0.038	0.0276	0.0271	0.0276	0.061
chr3L	20378617	20378946	chr3L:20378618-20378946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0473	0.0405	0.0491	0.0528	0.0223	0.0456	0.0467	0.0466	0.0223	0.0338	0.0412	0.0338	0.117	0.0145	0.04	0.0145	0.1339
chr3L	20379131	20379321	chr3L:20379132-20379321	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0293	0.0231	0.0312	0.0343	0.0074	0.0301	0.0316	0.0247	0.0074	0.0236	0.0331	0.0236	0.0635	0.0107	0.0522	0.0107	0.0646
chr3L	20380551	20380849	chr3L:20380552-20380849	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0545	0.0476	0.0687	0.0468	0.0148	0.0539	0.0683	0.0533	0.0148	0.0447	0.0608	0.0447	0.182	0.0291	0.0342	0.0291	0.1073
chr3L	20381141	20381292	chr3L:20381142-20381292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.031	0.031	0.0353	0.0263	0.0159	0.0364	0.0424	0.032	0.0159	0.0284	0.036	0.0284	0.072	0.0168	0.0206	0.0168	0.061
chr3L	20385945	20386096	chr3L:20385946-20386096	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0374	0.0355	0.0201	0.0201	0.0316	0.0528	0.048	0.0201	0.0411	0.0389	0.0411	0.0442	0.0268	0.0155	0.0268	0.0255
chr3L	20386361	20386512	chr3L:20386362-20386512	FBgn0053969	CG33969	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0582	0.0746	0.0419	0.0286	0.068	0.0675	0.0726	0.0286	0.0839	0.0865	0.0839	0.0883	0.0467	0.0368	0.0467	0.0594
chr3L	20386562	20386764	chr3L:20386563-20386764	FBgn0053969	CG33969	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0999	0.1043	0.1165	0.0769	0.0742	0.1126	0.1129	0.1292	0.0742	0.1377	0.1312	0.1377	0.1255	0.0873	0.0748	0.0873	0.0938
chr3L	20386806	20386957	chr3L:20386807-20386957	FBgn0053969	CG33969	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0453	0.054	0.0456	0.0354	0.0318	0.0519	0.0666	0.062	0.0318	0.0459	0.0566	0.0459	0.0442	0.0368	0.0316	0.0368	0.0516
chr3L	20387115	20387266	chr3L:20387116-20387266	FBgn0053969	CG33969	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0279	0.0345	0.0293	0.0189	0.0159	0.0316	0.0389	0.044	0.0159	0.0314	0.0392	0.0314	0.0225	0.0138	0.0174	0.0138	0.0266
chr3L	20387339	20387490	chr3L:20387340-20387490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0417	0.0339	0.0212	0.018	0.0471	0.0536	0.0453	0.018	0.0423	0.0405	0.0423	0.0325	0.0184	0.0161	0.0184	0.0245
chr3L	20388580	20388971	chr3L:20388581-20388971	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.107	0.1929	0.0834	0.037	0.1962	0.1277	0.2798	0.2225	0.1962	0.0888	0.1161	0.0888	0.0658	0.0245	0.0503	0.0245	0.0511
chr3L	20389633	20389816	chr3L:20389634-20389816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0512	0.1027	0.035	0.0116	0.1092	0.0607	0.1665	0.1026	0.1092	0.0405	0.0505	0.0405	0.0225	0.01	0.0174	0.01	0.0125
chr3L	20389979	20390130	chr3L:20389980-20390130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0441	0.0914	0.0312	0.0056	0.0965	0.0563	0.1566	0.0806	0.0965	0.0399	0.0428	0.0399	0.0209	0.0046	0.0097	0.0046	0.0042
chr3L	20390324	20390475	chr3L:20390325-20390475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0519	0.1021	0.039	0.01	0.1145	0.0519	0.1743	0.0986	0.1145	0.0435	0.0585	0.0435	0.0263	0.0061	0.0174	0.0061	0.012
chr3L	20391209	20391436	chr3L:20391210-20391436	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0907	0.1152	0.0872	0.0671	0.105	0.0743	0.1778	0.1292	0.105	0.0725	0.1145	0.0725	0.1092	0.0314	0.1721	0.0314	0.062
chr3L	20391750	20391964	chr3L:20391751-20391964	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1027	0.1443	0.0909	0.0692	0.1474	0.1136	0.2089	0.1412	0.1474	0.0984	0.1174	0.0984	0.0984	0.0521	0.1586	0.0521	0.0714
chr3L	20392134	20392374	chr3L:20392135-20392374	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1221	0.1736	0.1104	0.0774	0.1622	0.1568	0.2388	0.1739	0.1622	0.1238	0.1203	0.1238	0.158	0.085	0.0935	0.085	0.123
chr3L	20392782	20392972	chr3L:20392783-20392972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0859	0.1118	0.0812	0.0621	0.1039	0.0961	0.157	0.1153	0.1039	0.0845	0.0939	0.0845	0.086	0.0689	0.0625	0.0689	0.0865
chr3L	20393158	20393343	chr3L:20393159-20393343	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0978	0.1558	0.0848	0.0473	0.1559	0.1316	0.2158	0.1619	0.1559	0.0936	0.1103	0.0936	0.0767	0.0368	0.0574	0.0368	0.0724
chr3L	20393380	20393559	chr3L:20393381-20393559	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0893	0.1537	0.0764	0.0315	0.1304	0.116	0.2292	0.1626	0.1304	0.0924	0.1019	0.0924	0.0527	0.036	0.0426	0.036	0.0349
chr3L	20394352	20394512	chr3L:20394353-20394512	FBgn0028978	trbl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1254	0.1613	0.1322	0.0777	0.141	0.1456	0.221	0.1639	0.141	0.1449	0.163	0.1449	0.1309	0.0636	0.0954	0.0636	0.1172
chr3L	20394704	20394887	chr3L:20394705-20394887	FBgn0028978	trbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2762	0.3045	0.3187	0.198	0.2725	0.3286	0.3503	0.3291	0.2725	0.3961	0.3489	0.3961	0.2928	0.2236	0.2431	0.2236	0.2434
chr3L	20395832	20396031	chr3L:20395833-20396031	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	trbl_CRM8	trbl_CRM8	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1732	0.2888	0.1891	0.0266	0.2672	0.2495	0.3651	0.3591	0.2672	0.2482	0.2498	0.2482	0.096	0.0237	0.0393	0.0237	0.0245
chr3L	20396228	20396589	chr3L:20396229-20396589	distal	distal	stage5	stage5	VT33785.1,trbl_CRM8	VT33785.1,trbl_CRM8	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1431	0.2296	0.1589	0.0291	0.2291	0.1816	0.3049	0.2652	0.2291	0.2083	0.2058	0.2083	0.1108	0.0161	0.0368	0.0161	0.0417
chr3L	20398438	20398817	chr3L:20398439-20398817	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT33785.1,VT33786.1	VT33785.1,VT33786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1413	0.2488	0.1256	0.0386	0.2142	0.2277	0.2946	0.3165	0.2142	0.2132	0.1473	0.2132	0.0395	0.0222	0.0284	0.0222	0.0229
chr3L	20398878	20399066	chr3L:20398879-20399066	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT33786.1	VT33786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0637	0.1069	0.059	0.0205	0.0848	0.0932	0.1367	0.1292	0.0848	0.0767	0.072	0.0767	0.0163	0.01	0.0129	0.01	0.012
chr3L	20399085	20399236	chr3L:20399086-20399236	distal	distal	stage14	stage14	VT33786.1	VT33786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0512	0.0764	0.0518	0.0223	0.0742	0.0573	0.1138	0.0793	0.0742	0.0622	0.0669	0.0622	0.0209	0.0107	0.0148	0.0107	0.0182
chr3L	20399725	20399898	chr3L:20399726-20399898	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT33786.1	VT33786.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0785	0.1345	0.0707	0.0245	0.1156	0.1078	0.1881	0.1532	0.1156	0.1292	0.0852	0.1292	0.0217	0.0084	0.0239	0.0084	0.0203
chr3L	20403271	20403422	chr3L:20403272-20403422	FBgn0036984	CG13248	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0156	0.024	0.0156	0.0074	0.0141	0.0255	0.0133	0.0074	0.0332	0.0267	0.0332	0.0186	0.0061	0.0135	0.0061	0.0188
chr3L	20403606	20403757	chr3L:20403607-20403757	FBgn0036984	CG13248	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0123	0.0141	0.0246	0.0085	0.0092	0.0208	0.01	0.0085	0.0127	0.018	0.0127	0.0132	0.0123	0.0155	0.0123	0.0162
chr3L	20403961	20404148	chr3L:20403962-20404148	FBgn0036984	CG13248	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0268	0.0265	0.0343	0.0106	0.0296	0.0337	0.034	0.0106	0.035	0.0331	0.035	0.0287	0.0207	0.0522	0.0207	0.049
chr3L	20409191	20409342	chr3L:20409192-20409342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.013	0.0122	0.0119	0.0149	0.0032	0.0131	0.019	0.0133	0.0032	0.0085	0.0167	0.0085	0.0124	0.01	0.0097	0.01	0.0318
chr3L	20418834	20418985	chr3L:20418835-20418985	FBgn0036986	CG5282	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0171	0.0142	0.0123	0.0042	0.018	0.0255	0.0227	0.0042	0.0115	0.0164	0.0115	0.0116	0.0084	0.0058	0.0084	0.0094
chr3L	20419125	20419276	chr3L:20419126-20419276	FBgn0036986	CG5282	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0186	0.0194	0.0161	0.0203	0.0117	0.016	0.0264	0.0247	0.0117	0.0151	0.019	0.0151	0.0116	0.0069	0.0064	0.0069	0.0104
chr3L	20420704	20420881	chr3L:20420705-20420881	FBgn0036987	CG5274	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1046	0.1036	0.1209	0.0877	0.0509	0.1155	0.1194	0.1272	0.0509	0.154	0.135	0.154	0.1263	0.1087	0.0838	0.1087	0.1079
chr3L	20423497	20423683	chr3L:20423498-20423683	FBgn0036988	CG5262	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1291	0.1244	0.1482	0.1135	0.0742	0.1476	0.1388	0.1472	0.0742	0.1908	0.1617	0.1908	0.1689	0.1225	0.1077	0.1225	0.1579
chr3L	20423826	20424091	chr3L:20423827-20424091	FBgn0036988	CG5262	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0776	0.0887	0.059	0.0414	0.0864	0.0952	0.0939	0.0414	0.1208	0.0939	0.1208	0.0999	0.0689	0.0529	0.0689	0.0855
chr3L	20425382	20425578	chr3L:20425383-20425578	FBgn0019947,FBgn0029158	Las,Psn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1368	0.1685	0.1269	0.0901	0.1631	0.1514	0.1532	0.0901	0.1999	0.1913	0.1999	0.1751	0.1478	0.1231	0.1478	0.1501
chr3L	20425643	20425827	chr3L:20425644-20425827	FBgn0019947,FBgn0029158	Las,Psn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1482	0.1407	0.1768	0.1253	0.0976	0.1636	0.1548	0.1612	0.0976	0.218	0.1981	0.218	0.1805	0.144	0.1277	0.144	0.1522
chr3L	20428968	20429152	chr3L:20428969-20429152	FBgn0036990,FBgn0036991	CG5872,mRpL15	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0579	0.0587	0.0671	0.0469	0.0371	0.0723	0.0619	0.0686	0.0371	0.0833	0.0707	0.0833	0.0736	0.0505	0.0458	0.0505	0.0688
chr3L	20429234	20429409	chr3L:20429235-20429409	FBgn0036990,FBgn0036991	CG5872,mRpL15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1301	0.128	0.1499	0.1107	0.0806	0.1539	0.1484	0.1446	0.0806	0.186	0.1633	0.186	0.1534	0.1126	0.1019	0.1126	0.1527
chr3L	20429480	20429631	chr3L:20429481-20429631	FBgn0036990,FBgn0036991	CG5872,mRpL15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0409	0.0389	0.0524	0.0306	0.0265	0.0403	0.045	0.05	0.0265	0.0598	0.0572	0.0598	0.0534	0.0268	0.0303	0.0268	0.0433
chr3L	20434867	20435111	chr3L:20434868-20435111	FBgn0036993	CG5910	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0566	0.0624	0.0495	0.0578	0.0371	0.0519	0.0848	0.0786	0.0371	0.0332	0.0441	0.0332	0.0186	0.0061	0.0232	0.0061	0.0099
chr3L	20435374	20435542	chr3L:20435375-20435542	FBgn0036993	CG5910	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0341	0.0231	0.034	0.0467	0.0148	0.0228	0.0342	0.0227	0.0148	0.0199	0.0315	0.0199	0.0194	0.0084	0.0187	0.0084	0.0135
chr3L	20435751	20435902	chr3L:20435752-20435902	FBgn0036993	CG5910	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0173	0.0272	0.0248	0.0106	0.0136	0.0238	0.024	0.0106	0.0223	0.0305	0.0223	0.0217	0.0115	0.0168	0.0115	0.0172
chr3L	20436007	20436271	chr3L:20436008-20436271	FBgn0036993	CG5910	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0933	0.081	0.1052	0.094	0.0361	0.0903	0.0952	0.1039	0.0361	0.0713	0.1251	0.0713	0.0604	0.0329	0.0799	0.0329	0.0464
chr3L	20437214	20437365	chr3L:20437215-20437365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0209	0.0183	0.0226	0.0219	0.0127	0.0214	0.0264	0.014	0.0127	0.0326	0.0212	0.0326	0.0271	0.0559	0.0116	0.0559	0.0208
chr3L	20438189	20438357	chr3L:20438190-20438357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.024	0.0238	0.0226	0.0258	0.0138	0.0194	0.0368	0.0273	0.0138	0.0272	0.0222	0.0272	0.0318	0.0521	0.0129	0.0521	0.0344
chr3L	20438975	20439126	chr3L:20438976-20439126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.013	0.0123	0.0142	0.0124	0.0032	0.0126	0.0177	0.0133	0.0032	0.0163	0.0132	0.0163	0.0178	0.0092	0.0084	0.0092	0.0281
chr3L	20440122	20440273	chr3L:20440123-20440273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0233	0.0189	0.0273	0.024	0.0064	0.0233	0.0242	0.018	0.0064	0.0423	0.028	0.0423	0.0287	0.0513	0.0116	0.0513	0.0271
chr3L	20440448	20440620	chr3L:20440449-20440620	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0407	0.03	0.0557	0.0361	0.0117	0.0364	0.0346	0.0393	0.0117	0.1027	0.0508	0.1027	0.0558	0.0551	0.0368	0.0551	0.0469
chr3L	20440890	20441244	chr3L:20440891-20441244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0408	0.0348	0.0561	0.0306	0.0191	0.0471	0.0411	0.0373	0.0191	0.0809	0.0399	0.0809	0.1123	0.0421	0.0271	0.0421	0.0479
chr3L	20442721	20442872	chr3L:20442722-20442872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0242	0.038	0.023	0.01	0.0233	0.0325	0.0593	0.036	0.0233	0.0284	0.0267	0.0284	0.0217	0.0153	0.009	0.0153	0.013
chr3L	20445892	20446068	chr3L:20445893-20446068	FBgn0036994,FBgn0083120	CG5199,Uhg8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1351	0.1145	0.1702	0.1196	0.0732	0.1432	0.1215	0.1326	0.0732	0.2114	0.1801	0.2114	0.172	0.1325	0.1212	0.1325	0.1423
chr3L	20446260	20446446	chr3L:20446261-20446446	FBgn0036994,FBgn0083120,FBgn0086082	CG5199,Uhg8,snoRNA:Or-CD11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1287	0.1078	0.1662	0.1107	0.071	0.132	0.1129	0.1299	0.071	0.2156	0.1836	0.2156	0.172	0.1271	0.1115	0.1271	0.1298
chr3L	20446496	20446671	chr3L:20446497-20446671	FBgn0082949,FBgn0083120,FBgn0086082	Uhg8,snoRNA:Me18S-U1356a,snoRNA:Or-CD11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0901	0.0861	0.1122	0.0702	0.0541	0.0971	0.099	0.0979	0.0541	0.1504	0.1222	0.1504	0.1154	0.0789	0.0832	0.0789	0.0803
chr3L	20448144	20448295	chr3L:20448145-20448295	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.026	0.0214	0.0365	0.0196	0.0053	0.0257	0.0268	0.0273	0.0053	0.0465	0.0357	0.0465	0.0581	0.0306	0.0116	0.0306	0.0365
chr3L	20448377	20448528	chr3L:20448378-20448528	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0256	0.0198	0.0353	0.0213	0.0074	0.0272	0.0255	0.016	0.0074	0.0423	0.0354	0.0423	0.0604	0.0368	0.0193	0.0368	0.0318
chr3L	20448668	20449108	chr3L:20448669-20449108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0482	0.0385	0.0713	0.0337	0.0106	0.0573	0.0441	0.0386	0.0106	0.1045	0.065	0.1045	0.1185	0.0697	0.0232	0.0697	0.0464
chr3L	20449129	20449280	chr3L:20449130-20449280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0236	0.0197	0.035	0.0153	0.0053	0.0316	0.0203	0.0173	0.0053	0.0447	0.0312	0.0447	0.072	0.0283	0.0116	0.0283	0.0219
chr3L	20460674	20460825	chr3L:20460675-20460825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0257	0.0217	0.0305	0.0249	0.0032	0.0277	0.0324	0.02	0.0032	0.0362	0.0305	0.0362	0.0488	0.0391	0.0284	0.0391	0.0365
chr3L	20465138	20465289	chr3L:20465139-20465289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0364	0.0274	0.0462	0.0358	0.0021	0.0359	0.0381	0.0286	0.0021	0.0586	0.0412	0.0586	0.0744	0.0207	0.0258	0.0207	0.074
chr3L	20466089	20466284	chr3L:20466090-20466284	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1211	0.1004	0.1548	0.1071	0.0424	0.1354	0.1073	0.1139	0.0424	0.2065	0.1502	0.2065	0.1735	0.1194	0.0909	0.1194	0.1318
chr3L	20466380	20466564	chr3L:20466381-20466564	FBgn0036998,FBgn0052428	CG32428,CG5969	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1938	0.1852	0.225	0.1693	0.1336	0.2019	0.2128	0.2219	0.1336	0.2911	0.2367	0.2911	0.2169	0.1884	0.1683	0.1884	0.197
chr3L	20466769	20466947	chr3L:20466770-20466947	FBgn0036998,FBgn0052428	CG32428,CG5969	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1502	0.1426	0.1772	0.1292	0.0827	0.1578	0.1704	0.1739	0.0827	0.2186	0.1907	0.2186	0.1836	0.1424	0.1412	0.1424	0.149
chr3L	20467023	20467245	chr3L:20467024-20467245	FBgn0036998,FBgn0036999,FBgn0052428	CG32428,CG5969,isoQC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1125	0.1089	0.1346	0.0922	0.0604	0.1175	0.141	0.1266	0.0604	0.1691	0.1495	0.1691	0.1309	0.1156	0.1006	0.1156	0.1115
chr3L	20467395	20467610	chr3L:20467396-20467610	FBgn0036999	isoQC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1276	0.1706	0.1235	0.0817	0.1393	0.1557	0.1499	0.0817	0.2204	0.1875	0.2204	0.196	0.1248	0.1547	0.1248	0.1824
chr3L	20467650	20467801	chr3L:20467651-20467801	FBgn0036999	isoQC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0785	0.0728	0.0952	0.0666	0.0498	0.0772	0.0887	0.0859	0.0498	0.1159	0.1096	0.1159	0.1177	0.059	0.0883	0.059	0.1006
chr3L	20467936	20468104	chr3L:20467937-20468104	FBgn0036999	isoQC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1122	0.1067	0.1322	0.0965	0.0647	0.0995	0.1375	0.1266	0.0647	0.1667	0.1666	0.1667	0.1402	0.0957	0.1315	0.0957	0.1287
chr3L	20468208	20468456	chr3L:20468209-20468456	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0611	0.0678	0.0668	0.0475	0.0392	0.0578	0.0891	0.0866	0.0392	0.0755	0.0881	0.0755	0.0651	0.0406	0.0696	0.0406	0.0573
chr3L	20482787	20483050	chr3L:20482788-20483050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0335	0.0348	0.0245	0.0117	0.0369	0.0489	0.0333	0.0117	0.0338	0.0379	0.0338	0.0558	0.0421	0.0187	0.0421	0.0349
chr3L	20483115	20483323	chr3L:20483116-20483323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0284	0.0322	0.0313	0.0209	0.0042	0.0437	0.0428	0.0313	0.0042	0.0302	0.0273	0.0302	0.0713	0.0237	0.0142	0.0237	0.0396
chr3L	20484718	20484940	chr3L:20484719-20484940	FBgn0037001	CG6020	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0677	0.0683	0.0409	0.0329	0.0515	0.0995	0.0933	0.0329	0.029	0.0932	0.029	0.1255	0.0276	0.06	0.0276	0.0578
chr3L	20486511	20486680	chr3L:20486512-20486680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0382	0.0629	0.0256	0.0244	0.0679	0.0612	0.0852	0.0486	0.0679	0.026	0.0254	0.026	0.0457	0.0398	0.0168	0.0398	0.0323
chr3L	20486899	20487140	chr3L:20486900-20487140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0844	0.122	0.0615	0.0674	0.1166	0.1238	0.1648	0.1153	0.1166	0.0658	0.0502	0.0658	0.1193	0.0835	0.0393	0.0835	0.0829
chr3L	20488108	20488259	chr3L:20488109-20488259	FBgn0037000	CG5130	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0492	0.0502	0.0532	0.0437	0.0286	0.0519	0.0653	0.0586	0.0286	0.0483	0.0614	0.0483	0.0682	0.0299	0.0426	0.0299	0.0657
chr3L	20488359	20488543	chr3L:20488360-20488543	FBgn0037000	CG5130	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.117	0.1204	0.1282	0.101	0.0817	0.1267	0.154	0.1252	0.0817	0.1419	0.1495	0.1419	0.1456	0.0888	0.0999	0.0888	0.1402
chr3L	20488596	20488747	chr3L:20488597-20488747	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0564	0.0562	0.0617	0.0507	0.0424	0.0597	0.0757	0.0553	0.0424	0.0688	0.0685	0.0688	0.0728	0.0544	0.0445	0.0544	0.0714
chr3L	20489921	20490165	chr3L:20489922-20490165	FBgn0052425	CG32425	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.042	0.0602	0.0469	0.0255	0.0432	0.0575	0.0406	0.0255	0.0719	0.0666	0.0719	0.0728	0.0513	0.0509	0.0513	0.0631
chr3L	20490296	20490499	chr3L:20490297-20490499	FBgn0052425	CG32425	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1166	0.0956	0.1263	0.1294	0.0498	0.1131	0.1094	0.1126	0.0498	0.1576	0.1392	0.1576	0.1448	0.1577	0.127	0.1577	0.1496
chr3L	20490565	20490748	chr3L:20490566-20490748	FBgn0052425	CG32425	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0599	0.0434	0.0636	0.0742	0.018	0.0505	0.0567	0.0446	0.018	0.0719	0.0627	0.0719	0.0976	0.1156	0.0606	0.1156	0.0902
chr3L	20490766	20490936	chr3L:20490767-20490936	FBgn0052425	CG32425	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.034	0.0263	0.0354	0.0412	0.0117	0.0257	0.0368	0.032	0.0117	0.0368	0.0379	0.0368	0.0457	0.0712	0.0335	0.0712	0.0417
chr3L	20491048	20491199	chr3L:20491049-20491199	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0273	0.0219	0.0259	0.035	0.0074	0.0233	0.0281	0.0266	0.0074	0.0393	0.0241	0.0393	0.0318	0.0988	0.0226	0.0988	0.0224
chr3L	20500745	20500896	chr3L:20500746-20500896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0289	0.0254	0.0321	0.0294	0.0042	0.0408	0.0307	0.0187	0.0042	0.0537	0.0228	0.0537	0.0581	0.0636	0.0213	0.0636	0.0318
chr3L	20501207	20501420	chr3L:20501208-20501420	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0917	0.0565	0.1154	0.1053	0.0159	0.1005	0.0549	0.0546	0.0159	0.1534	0.1093	0.1534	0.1782	0.1355	0.1128	0.1355	0.1324
chr3L	20501534	20501938	chr3L:20501535-20501938	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0823	0.0621	0.0948	0.0912	0.0201	0.1092	0.0649	0.048	0.0201	0.1141	0.0788	0.1141	0.1913	0.0835	0.0806	0.0835	0.1324
chr3L	20502129	20502329	chr3L:20502130-20502329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0349	0.0302	0.0379	0.0368	0.0074	0.0422	0.0424	0.0233	0.0074	0.026	0.0312	0.026	0.11	0.0253	0.029	0.0253	0.0688
chr3L	20502354	20502552	chr3L:20502355-20502552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0402	0.0274	0.0457	0.0485	0.0106	0.034	0.0363	0.0253	0.0106	0.0356	0.0431	0.0356	0.1146	0.0505	0.0458	0.0505	0.0829
chr3L	20502790	20502979	chr3L:20502791-20502979	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0556	0.0223	0.0683	0.0788	0.0064	0.035	0.0268	0.0187	0.0064	0.0537	0.0711	0.0537	0.1627	0.098	0.0806	0.098	0.1423
chr3L	20504666	20504863	chr3L:20504667-20504863	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0737	0.0706	0.0596	0.0509	0.0791	0.1025	0.0666	0.0509	0.096	0.0656	0.096	0.1139	0.0789	0.0522	0.0789	0.1068
chr3L	20507443	20507594	chr3L:20507444-20507594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0411	0.0806	0.0222	0.0175	0.0732	0.0301	0.1449	0.0966	0.0732	0.0169	0.0277	0.0169	0.031	0.0153	0.0135	0.0153	0.0281
chr3L	20508410	20508561	chr3L:20508411-20508561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0387	0.0668	0.0294	0.0174	0.0562	0.0238	0.1224	0.074	0.0562	0.0362	0.0367	0.0362	0.0271	0.0276	0.0129	0.0276	0.0208
chr3L	20509092	20509243	chr3L:20509093-20509243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0465	0.0717	0.0404	0.0251	0.052	0.0383	0.1311	0.066	0.052	0.0531	0.0431	0.0531	0.0434	0.0283	0.0219	0.0283	0.0412
chr3L	20509657	20510059	chr3L:20509658-20510059	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1507	0.16	0.1713	0.1178	0.123	0.1583	0.2132	0.1686	0.123	0.2017	0.174	0.2017	0.2533	0.121	0.0799	0.121	0.2236
chr3L	20510064	20510215	chr3L:20510065-20510215	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0783	0.1028	0.0784	0.0507	0.0848	0.0811	0.1518	0.1073	0.0848	0.0803	0.0762	0.0803	0.1154	0.0421	0.0303	0.0421	0.1073
chr3L	20510544	20510795	chr3L:20510545-20510795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1961	0.29	0.1739	0.1156	0.2747	0.215	0.3992	0.3384	0.2747	0.1528	0.19	0.1528	0.165	0.0835	0.0999	0.0835	0.1449
chr3L	20511606	20511843	chr3L:20511607-20511843	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0945	0.1068	0.0949	0.0804	0.0668	0.0898	0.122	0.1626	0.0668	0.1033	0.0997	0.1033	0.1084	0.059	0.0664	0.059	0.1053
chr3L	20511850	20512341	chr3L:20511851-20512341	FBgn0037007	CG5059	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1795	0.1746	0.1876	0.1762	0.1379	0.1641	0.2063	0.2192	0.1379	0.1872	0.2183	0.1872	0.2239	0.1493	0.2063	0.1493	0.2215
chr3L	20512415	20512623	chr3L:20512416-20512623	FBgn0037007	CG5059	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1563	0.1522	0.1692	0.1468	0.1209	0.1364	0.1894	0.1972	0.1209	0.1739	0.199	0.1739	0.1905	0.1286	0.1747	0.1286	0.1902
chr3L	20513769	20513957	chr3L:20513770-20513957	FBgn0037008,FBgn0037009	CG5104,mTerf3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1293	0.1134	0.1516	0.1225	0.0774	0.1223	0.1311	0.1312	0.0774	0.1914	0.1723	0.1914	0.1596	0.1585	0.1199	0.1585	0.1516
chr3L	20514036	20514221	chr3L:20514037-20514221	FBgn0037008,FBgn0037009	CG5104,mTerf3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1261	0.1262	0.1421	0.1085	0.0944	0.1354	0.1427	0.1452	0.0944	0.1745	0.1595	0.1745	0.1712	0.1371	0.1057	0.1371	0.1542
chr3L	20517623	20517779	chr3L:20517624-20517779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0373	0.0282	0.0406	0.0439	0.0138	0.0325	0.0333	0.0313	0.0138	0.0459	0.0305	0.0459	0.0899	0.0268	0.0161	0.0268	0.1214
chr3L	20519217	20519403	chr3L:20519218-20519403	FBgn0037010,FBgn0037011	CG4825,CG4858	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2001	0.1904	0.2251	0.1835	0.122	0.215	0.2119	0.2272	0.122	0.2862	0.2338	0.2862	0.2556	0.1975	0.1644	0.1975	0.2428
chr3L	20519559	20519724	chr3L:20519560-20519724	FBgn0037010,FBgn0037011	CG4825,CG4858	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1769	0.1719	0.1978	0.1596	0.1326	0.1917	0.189	0.2012	0.1326	0.2524	0.2244	0.2524	0.1828	0.1715	0.1483	0.1715	0.2126
chr3L	20519836	20520007	chr3L:20519837-20520007	FBgn0037011	CG4858	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0729	0.078	0.0806	0.0586	0.0657	0.0859	0.0969	0.0759	0.0657	0.099	0.0913	0.099	0.0806	0.0651	0.06	0.0651	0.0829
chr3L	20523640	20523823	chr3L:20523641-20523823	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.052	0.0936	0.0321	0.0274	0.0764	0.0684	0.1505	0.0906	0.0764	0.0399	0.0315	0.0399	0.0511	0.0291	0.02	0.0291	0.0568
chr3L	20531706	20531857	chr3L:20531707-20531857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.013	0.0117	0.0094	0.0184	0.0064	0.0092	0.0238	0.0087	0.0064	0.0127	0.0096	0.0127	0.0116	0.0421	0.0155	0.0421	0.0188
chr3L	20532471	20532622	chr3L:20532472-20532622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0162	0.0248	0.0107	0.0125	0.0138	0.0184	0.0471	0.0173	0.0138	0.0079	0.0132	0.0079	0.0139	0.0145	0.0142	0.0145	0.0162
chr3L	20533521	20533672	chr3L:20533522-20533672	FBgn0037012	Rcd2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0194	0.0182	0.0145	0.026	0.0106	0.0121	0.029	0.0187	0.0106	0.0109	0.0132	0.0109	0.0318	0.0398	0.0232	0.0398	0.0391
chr3L	20533949	20534140	chr3L:20533950-20534140	FBgn0037012	Rcd2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0951	0.0856	0.0813	0.1209	0.0626	0.0782	0.1125	0.0999	0.0626	0.0622	0.0958	0.0622	0.1193	0.1386	0.1277	0.1386	0.1662
chr3L	20534196	20534453	chr3L:20534197-20534453	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0844	0.0628	0.0723	0.1217	0.035	0.0641	0.083	0.0733	0.035	0.0537	0.0849	0.0537	0.1077	0.1309	0.1315	0.1309	0.1615
chr3L	20534743	20534929	chr3L:20534744-20534929	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0824	0.0773	0.0858	0.0844	0.0604	0.0709	0.0943	0.0939	0.0604	0.0731	0.1029	0.0731	0.1185	0.1003	0.1064	0.1003	0.1037
chr3L	20541672	20541823	chr3L:20541673-20541823	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.0101	0.015	0.0164	0.0032	0.0107	0.0156	0.0113	0.0032	0.0079	0.0296	0.0079	0.007	0.0107	0.0509	0.0107	0.0089
chr3L	20545251	20545402	chr3L:20545252-20545402	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0085	0.0127	0.0252	0.0011	0.0107	0.0138	0.0067	0.0011	0.006	0.0219	0.006	0.0139	0.0069	0.0832	0.0069	0.0099
chr3L	20545478	20545629	chr3L:20545479-20545629	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.0074	0.0135	0.0202	0.0021	0.0068	0.013	0.006	0.0021	0.0066	0.0228	0.0066	0.0132	0.0061	0.0625	0.0061	0.0094
chr3L	20557971	20558122	chr3L:20557972-20558122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0142	0.0309	0.0067	0.0036	0.0233	0.0131	0.0722	0.0147	0.0233	0.0072	0.0071	0.0072	0.0101	0.0023	0.0097	0.0023	0.0031
chr3L	20558890	20559041	chr3L:20558891-20559041	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0057	0.006	0.0132	0.0021	0.0058	0.0112	0.0013	0.0021	0.0036	0.0093	0.0036	0.0039	0.0038	0.0458	0.0038	0.0078
chr3L	20559262	20559413	chr3L:20559263-20559413	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0073	0.0046	0.0044	0.0135	0.0021	0.0058	0.0074	0.0027	0.0021	0.0036	0.0068	0.0036	0.0054	0.0107	0.0413	0.0107	0.0057
chr3L	20559631	20559782	chr3L:20559632-20559782	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0095	0.0067	0.0146	0.0042	0.0112	0.0147	0.0087	0.0042	0.0066	0.01	0.0066	0.0062	0.013	0.0419	0.013	0.0063
chr3L	20561248	20561399	chr3L:20561249-20561399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0112	0.0176	0.009	0.0064	0.0095	0.0068	0.0402	0.0073	0.0095	0.0072	0.0141	0.0072	0.0046	0.0038	0.0142	0.0038	0.0052
chr3L	20562346	20562579	chr3L:20562347-20562579	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0258	0.0497	0.0197	0.0058	0.0403	0.05	0.0688	0.0426	0.0403	0.029	0.0222	0.029	0.0116	0.0023	0.0123	0.0023	0.0063
chr3L	20563079	20563230	chr3L:20563080-20563230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0302	0.0076	0.0039	0.0255	0.0277	0.0346	0.0346	0.0255	0.0079	0.0096	0.0079	0.0054	0.0038	0.0064	0.0038	0.0031
chr3L	20569515	20569666	chr3L:20569516-20569666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.0088	0.0141	0.0166	0.0021	0.0092	0.0156	0.006	0.0021	0.0097	0.0219	0.0097	0.0132	0.0092	0.0509	0.0092	0.0083
chr3L	20570173	20570324	chr3L:20570174-20570324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0116	0.0096	0.0102	0.0153	0.0053	0.0073	0.0164	0.0093	0.0053	0.0054	0.0164	0.0054	0.0077	0.0077	0.0432	0.0077	0.0094
chr3L	20573502	20573653	chr3L:20573503-20573653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0188	0.0176	0.0189	0.0053	0.0146	0.0294	0.02	0.0053	0.0181	0.0244	0.0181	0.017	0.0023	0.0638	0.0023	0.0083
chr3L	20573824	20574006	chr3L:20573825-20574006	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0291	0.0421	0.0288	0.0149	0.0244	0.0432	0.0558	0.044	0.0244	0.0223	0.0434	0.0223	0.0232	0.0107	0.0368	0.0107	0.0073
chr3L	20583019	20583170	chr3L:20583020-20583170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0102	0.0097	0.0086	0.0124	0.0021	0.0092	0.016	0.008	0.0021	0.0079	0.0116	0.0079	0.0085	0.0406	0.0155	0.0406	0.0031
chr3L	20584810	20584961	chr3L:20584811-20584961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0166	0.0117	0.0106	0.0042	0.0117	0.029	0.018	0.0042	0.0121	0.0151	0.0121	0.0085	0.0092	0.0219	0.0092	0.0052
chr3L	20586195	20586346	chr3L:20586196-20586346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.01	0.0169	0.0114	0.0053	0.0097	0.0182	0.0053	0.0053	0.0121	0.0283	0.0121	0.0108	0.0138	0.0264	0.0138	0.0047
chr3L	20586921	20587078	chr3L:20586922-20587078	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0179	0.0258	0.0198	0.0085	0.017	0.0247	0.0213	0.0085	0.0278	0.0383	0.0278	0.0178	0.0161	0.049	0.0161	0.0141
chr3L	20593679	20593870	chr3L:20593680-20593870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0267	0.0467	0.0211	0.0104	0.0435	0.0422	0.0575	0.0513	0.0435	0.0133	0.0289	0.0133	0.0155	0.0115	0.0258	0.0115	0.0063
chr3L	20596582	20596825	chr3L:20596583-20596825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.0429	0.0297	0.0095	0.0244	0.0432	0.0502	0.0586	0.0244	0.0139	0.0469	0.0139	0.0201	0.0023	0.0226	0.0023	0.0063
chr3L	20596982	20597208	chr3L:20596983-20597208	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0403	0.0634	0.0428	0.0117	0.0371	0.0631	0.0679	0.0953	0.0371	0.0109	0.0814	0.0109	0.0132	0.0054	0.0316	0.0054	0.0073
chr3L	20605881	20606032	chr3L:20605882-20606032	distal	distal	none	none	knrl_+8_construct	knrl_+8_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0143	0.0194	0.0146	0.0064	0.0121	0.026	0.012	0.0064	0.0103	0.0318	0.0103	0.0163	0.0046	0.0471	0.0046	0.0094
chr3L	20613623	20614102	chr3L:20613624-20614102	FBgn0001323	knrl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2456	0.3102	0.2859	0.1292	0.3033	0.3097	0.3279	0.3911	0.3033	0.3231	0.3598	0.3231	0.206	0.0521	0.2727	0.0521	0.1172
chr3L	20614845	20615081	chr3L:20614846-20615081	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2817	0.3063	0.331	0.2	0.2619	0.3248	0.3426	0.3538	0.2619	0.3847	0.3949	0.3847	0.3036	0.2741	0.2959	0.2741	0.2392
chr3L	20616335	20616718	chr3L:20616336-20616718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0824	0.1565	0.0604	0.0238	0.1315	0.1374	0.1881	0.1992	0.1315	0.0501	0.0759	0.0501	0.0387	0.0138	0.0219	0.0138	0.0104
chr3L	20616987	20617138	chr3L:20616988-20617138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0363	0.0709	0.0249	0.01	0.0456	0.067	0.0696	0.1179	0.0456	0.0199	0.0296	0.0199	0.0132	0.0061	0.011	0.0061	0.0068
chr3L	20622064	20622297	chr3L:20622065-20622297	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0641	0.0374	0.0085	0.0371	0.0942	0.0588	0.0733	0.0371	0.0356	0.0553	0.0356	0.0194	0.0054	0.0181	0.0054	0.0068
chr3L	20622492	20622738	chr3L:20622493-20622738	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0376	0.0761	0.0274	0.0057	0.0626	0.0864	0.0982	0.0706	0.0626	0.0308	0.0331	0.0308	0.0132	0.0069	0.0071	0.0069	0.0042
chr3L	20622794	20623096	chr3L:20622795-20623096	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0371	0.0723	0.0298	0.0057	0.0615	0.0859	0.0869	0.0666	0.0615	0.0223	0.0418	0.0223	0.0101	0.0054	0.009	0.0054	0.0057
chr3L	20623711	20623862	chr3L:20623712-20623862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0207	0.0345	0.0173	0.0074	0.0267	0.029	0.0207	0.0074	0.0217	0.0608	0.0217	0.017	0.0138	0.0284	0.0138	0.0229
chr3L	20623993	20624144	chr3L:20623994-20624144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0224	0.0329	0.0124	0.0117	0.0286	0.0272	0.0247	0.0117	0.0187	0.0563	0.0187	0.0147	0.0084	0.0271	0.0084	0.0109
chr3L	20627349	20627726	chr3L:20627350-20627726	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0589	0.0613	0.0798	0.0333	0.0382	0.0932	0.0623	0.0546	0.0382	0.119	0.1026	0.119	0.0442	0.0436	0.0574	0.0436	0.0349
chr3L	20627842	20628021	chr3L:20627843-20628021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0382	0.0417	0.0475	0.024	0.0255	0.0578	0.0458	0.0393	0.0255	0.0519	0.0669	0.0519	0.0356	0.0406	0.0368	0.0406	0.0255
chr3L	20628194	20628468	chr3L:20628195-20628468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0319	0.0387	0.0201	0.0095	0.0451	0.0394	0.0306	0.0095	0.0399	0.0608	0.0399	0.0139	0.0168	0.0458	0.0168	0.0182
chr3L	20628950	20629101	chr3L:20628951-20629101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0125	0.0246	0.013	0.0106	0.0117	0.0173	0.0147	0.0106	0.0314	0.035	0.0314	0.0116	0.0092	0.0361	0.0092	0.0073
chr3L	20633161	20633359	chr3L:20633162-20633359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0209	0.0236	0.0321	0.0057	0.0064	0.0243	0.0221	0.0466	0.0064	0.0151	0.0585	0.0151	0.0116	0.0031	0.0142	0.0031	0.0021
chr3L	20636127	20636278	chr3L:20636128-20636278	distal	distal	none	none	VT33905.1	VT33905.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0169	0.0224	0.0214	0.0056	0.0095	0.0184	0.0229	0.044	0.0095	0.0139	0.0367	0.0139	0.0062	0.0038	0.0135	0.0038	0.0031
chr3L	20636864	20637015	chr3L:20636865-20637015	distal	distal	none	none	VT33905.1	VT33905.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.018	0.0207	0.0254	0.0068	0.0074	0.0209	0.0247	0.028	0.0074	0.0133	0.0389	0.0133	0.0062	0.0046	0.011	0.0046	0.0047
chr3L	20637178	20637329	chr3L:20637179-20637329	distal	distal	none	none	VT33905.1,VT33906.1	VT33905.1,VT33906.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.028	0.027	0.0079	0.0148	0.0325	0.0298	0.0386	0.0148	0.0151	0.0402	0.0151	0.0108	0.0069	0.0135	0.0069	0.0057
chr3L	20637411	20637627	chr3L:20637412-20637627	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT33905.1,VT33906.1	VT33905.1,VT33906.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0341	0.0459	0.0462	0.0077	0.0212	0.05	0.0463	0.0779	0.0212	0.0242	0.0772	0.0242	0.0132	0.0046	0.0084	0.0046	0.0063
chr3L	20637723	20637874	chr3L:20637724-20637874	distal	distal	stage11	stage11	VT33906.1	VT33906.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0191	0.0197	0.0325	0.0036	0.0074	0.0277	0.0186	0.0273	0.0074	0.0109	0.0572	0.0109	0.0124	0.0038	0.0084	0.0038	0.0016
chr3L	20638135	20638392	chr3L:20638136-20638392	distal	distal	stage11	stage11	VT33906.1	VT33906.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0481	0.036	0.0926	0.0128	0.0064	0.0481	0.0329	0.064	0.0064	0.0507	0.1646	0.0507	0.0178	0.0038	0.0297	0.0038	0.0057
chr3L	20639829	20639980	chr3L:20639830-20639980	distal	distal	stage14	stage14	VT33907.1	VT33907.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.011	0.0272	0.0201	0.0021	0.0117	0.0151	0.0127	0.0021	0.0175	0.0514	0.0175	0.0085	0.0077	0.0696	0.0077	0.0063
chr3L	20641667	20641855	chr3L:20641668-20641855	distal	distal	none	none	VT33908.1	VT33908.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0139	0.0246	0.0115	0.0046	0.0127	0.0126	0.0324	0.0453	0.0127	0.003	0.0119	0.003	0.0015	0.0015	0.0058	0.0015	0.0016
chr3L	20642539	20642722	chr3L:20642540-20642722	distal	distal	none	none	VT33908.1	VT33908.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0272	0.0278	0.0113	0.0053	0.0364	0.0173	0.0506	0.0053	0.0229	0.0447	0.0229	0.0108	0.0031	0.0361	0.0031	0.0042
chr3L	20643603	20643754	chr3L:20643604-20643754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0161	0.0206	0.0164	0.0032	0.0199	0.0221	0.0167	0.0032	0.0133	0.0325	0.0133	0.0124	0.0038	0.0548	0.0038	0.0099
chr3L	20644238	20644414	chr3L:20644239-20644414	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0267	0.0382	0.0226	0.0064	0.0228	0.0458	0.0293	0.0064	0.0199	0.0695	0.0199	0.0147	0.0069	0.0735	0.0069	0.0094
chr3L	20644553	20644824	chr3L:20644554-20644824	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0204	0.041	0.0263	0.0064	0.0194	0.0342	0.0173	0.0064	0.026	0.0746	0.026	0.0201	0.01	0.0922	0.01	0.0083
chr3L	20655404	20655613	chr3L:20655405-20655613	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT33916.1	VT33916.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0352	0.0191	0.0561	0.0302	0.0085	0.0233	0.0238	0.0213	0.0085	0.0181	0.1235	0.0181	0.0108	0.0046	0.109	0.0046	0.0109
chr3L	20660472	20660818	chr3L:20660473-20660818	distal	distal	none	none	VT33919.1	VT33919.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0409	0.05	0.0566	0.0135	0.0148	0.0587	0.0554	0.0706	0.0148	0.0272	0.0939	0.0272	0.0449	0.0061	0.0387	0.0061	0.0109
chr3L	20661170	20661557	chr3L:20661171-20661557	distal	distal	stage5	stage5	VT33919.1	VT33919.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0357	0.057	0.0392	0.0082	0.0445	0.0422	0.0727	0.0793	0.0445	0.0211	0.0704	0.0211	0.0186	0.0061	0.0187	0.0061	0.0052
chr3L	20662411	20662562	chr3L:20662412-20662562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0145	0.0152	0.0197	0.0081	0.0074	0.0141	0.0173	0.022	0.0074	0.0121	0.0347	0.0121	0.0108	0.0092	0.0148	0.0092	0.0068
chr3L	20663535	20663686	chr3L:20663536-20663686	distal	distal	none	none	VT33921.1	VT33921.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0132	0.0206	0.0123	0.0058	0.0106	0.0121	0.0281	0.0346	0.0106	0.0097	0.0183	0.0097	0.0085	0.0031	0.0058	0.0031	0.0099
chr3L	20663855	20664006	chr3L:20663856-20664006	distal	distal	none	none	VT33921.1	VT33921.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0149	0.0282	0.0123	0.0029	0.0095	0.0155	0.0355	0.0566	0.0095	0.0072	0.0174	0.0072	0.0101	0.0031	0.0052	0.0031	0.0016
chr3L	20667085	20667236	chr3L:20667086-20667236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0147	0.0165	0.013	0.0021	0.0131	0.0264	0.0153	0.0021	0.0066	0.0305	0.0066	0.0054	0.0077	0.0348	0.0077	0.0089
chr3L	20668121	20668272	chr3L:20668122-20668272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0173	0.0266	0.0082	0.0074	0.0194	0.0229	0.0193	0.0074	0.0211	0.0428	0.0211	0.0194	0.0069	0.0187	0.0069	0.0073
chr3L	20671284	20671460	chr3L:20671285-20671460	distal	distal	none	none	kni_AE19	kni_AE19	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0213	0.0289	0.027	0.0065	0.0127	0.0267	0.0368	0.0446	0.0127	0.0133	0.0502	0.0133	0.0077	0.0031	0.0161	0.0031	0.0042
chr3L	20671684	20671954	chr3L:20671685-20671954	distal	distal	stage5	stage5	kni_AE19	kni_AE19	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0384	0.0677	0.0395	0.0046	0.0318	0.05	0.0476	0.1526	0.0318	0.0139	0.0804	0.0139	0.0062	8e-04	0.009	8e-04	0.0031
chr3L	20674362	20674513	chr3L:20674363-20674513	distal	distal	stage11	stage11	VT33927.1	VT33927.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0197	0.0421	0.0091	0.0085	0.0218	0.0272	0.0213	0.0085	0.0163	0.0875	0.0163	0.0085	0.0015	0.029	0.0015	0.0047
chr3L	20674663	20674855	chr3L:20674664-20674855	distal	distal	stage11	stage11	VT33927.1	VT33927.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0349	0.035	0.0533	0.0146	0.0148	0.0335	0.0446	0.0466	0.0148	0.0193	0.1103	0.0193	0.0163	0.0084	0.0451	0.0084	0.0047
chr3L	20677814	20677965	chr3L:20677815-20677965	distal	distal	stage11	stage11	VT33928.1,VT33929.1	VT33928.1,VT33929.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0226	0.0378	0.0103	0.0053	0.0257	0.0238	0.038	0.0053	0.0145	0.0778	0.0145	0.0085	0.0015	0.0322	0.0015	0.0042
chr3L	20678520	20678704	chr3L:20678521-20678704	distal	distal	stage11	stage11	VT33929.1	VT33929.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0317	0.0376	0.0444	0.011	0.0159	0.0306	0.0497	0.0566	0.0159	0.0163	0.0881	0.0163	0.0062	0.0015	0.0342	0.0015	0.0052
chr3L	20680191	20680394	chr3L:20680192-20680394	distal	distal	stage11	stage11	VT33930.1	VT33930.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0428	0.0339	0.078	0.0139	0.0117	0.0422	0.0307	0.0546	0.0117	0.0477	0.1486	0.0477	0.031	0.0038	0.0438	0.0038	0.0083
chr3L	20680414	20680622	chr3L:20680415-20680622	distal	distal	stage11	stage11	VT33930.1	VT33930.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0486	0.0451	0.0849	0.0127	0.0117	0.0626	0.0329	0.0773	0.0117	0.0525	0.1566	0.0525	0.0395	0.0031	0.04	0.0031	0.0078
chr3L	20680800	20681114	chr3L:20680801-20681114	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT33930.1	VT33930.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0748	0.0926	0.1133	0.0125	0.0265	0.1063	0.0528	0.2059	0.0265	0.0646	0.2109	0.0646	0.0473	0.0077	0.0284	0.0077	0.0104
chr3L	20683306	20683457	chr3L:20683307-20683457	distal	distal	none	none	VT33932.1	VT33932.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0146	0.0231	0.0169	0.0064	0.0092	0.0225	0.022	0.0064	0.0085	0.0457	0.0085	0.0046	0.0069	0.0561	0.0069	0.0078
chr3L	20685672	20685878	chr3L:20685673-20685878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0698	0.1013	0.0774	0.0262	0.1007	0.0879	0.128	0.1139	0.1007	0.035	0.146	0.035	0.0442	0.0138	0.0819	0.0138	0.0099
chr3L	20686021	20686303	chr3L:20686022-20686303	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0434	0.0759	0.0368	0.0145	0.0923	0.0461	0.1194	0.0706	0.0923	0.0151	0.0704	0.0151	0.0178	0.0069	0.0426	0.0069	0.0063
chr3L	20686342	20686554	chr3L:20686343-20686554	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0581	0.0266	0.0092	0.0806	0.0325	0.1003	0.0413	0.0806	0.0139	0.0498	0.0139	0.0116	0.0061	0.0251	0.0061	0.0057
chr3L	20686680	20686831	chr3L:20686681-20686831	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0497	0.0234	0.0086	0.0626	0.0345	0.0804	0.0333	0.0626	0.0085	0.0428	0.0085	0.0132	0.0015	0.0245	0.0015	0.0047
chr3L	20687076	20687299	chr3L:20687077-20687299	distal	distal	stage5	none	kni_+1_construct	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0477	0.0925	0.0364	0.0102	0.141	0.0631	0.1246	0.0799	0.141	0.0217	0.0627	0.0217	0.0209	0.0054	0.0277	0.0054	0.0068
chr3L	20687486	20687849	chr3L:20687487-20687849	distal	distal	stage5	none	kni_+1_construct	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0764	0.151	0.0557	0.0157	0.1707	0.0995	0.2215	0.1539	0.1707	0.0435	0.0868	0.0435	0.0294	0.0107	0.0368	0.0107	0.0109
chr3L	20688053	20688248	chr3L:20688054-20688248	FBgn0001320	kni	none	none	kni_+1_construct	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0539	0.0909	0.0489	0.0181	0.0859	0.0597	0.1432	0.0926	0.0859	0.0278	0.0791	0.0278	0.0325	0.01	0.0542	0.01	0.0078
chr3L	20688515	20688865	chr3L:20688516-20688865	FBgn0001320	kni	stage11,stage14,stage5	none	VT33934.1,kni_+1_construct	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2243	0.2365	0.2904	0.138	0.2078	0.2767	0.2206	0.3085	0.2078	0.2893	0.3814	0.2893	0.2223	0.1003	0.2766	0.1003	0.1318
chr3L	20689768	20689919	chr3L:20689769-20689919	distal	distal	none	none	VT33934.1,kni_KD	kni_KD	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.033	0.0608	0.0293	0.0058	0.0573	0.032	0.1107	0.0466	0.0573	0.0133	0.0543	0.0133	0.0124	0.0046	0.0123	0.0046	0.0031
chr3L	20690442	20690670	chr3L:20690443-20690670	distal	distal	stage5	stage5	VT33934.1,VT33935.1,kni_KD	VT33935.1,kni_KD	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.1132	0.0221	0.0079	0.1283	0.0403	0.2193	0.0839	0.1283	0.0163	0.0315	0.0163	0.0093	0.0046	0.0142	0.0046	0.0021
chr3L	20693019	20693170	chr3L:20693020-20693170	distal	distal	stage5	stage5	VT33936.1,kni,kni_-5_construct	VT33936.1,kni,kni_-5_construct	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0185	0.0398	0.0114	0.0026	0.0403	0.0214	0.0757	0.026	0.0403	0.0115	0.0129	0.0115	0.0108	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr3L	20703324	20703475	chr3L:20703325-20703475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.0131	0.0199	0.0156	0.0042	0.0165	0.0195	0.0107	0.0042	0.0205	0.0232	0.0205	0.0287	0.013	0.0206	0.013	0.0261
chr3L	20703539	20703833	chr3L:20703540-20703833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0222	0.0311	0.0266	0.0159	0.0184	0.0355	0.02	0.0159	0.0236	0.0437	0.0236	0.0364	0.0214	0.0458	0.0214	0.036
chr3L	20704112	20704566	chr3L:20704113-20704566	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0827	0.0631	0.1028	0.0827	0.0286	0.0743	0.0779	0.0613	0.0286	0.1147	0.1367	0.1147	0.0736	0.1064	0.1328	0.1064	0.0771
chr3L	20704653	20704858	chr3L:20704654-20704858	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1127	0.1085	0.132	0.0961	0.0689	0.1223	0.1276	0.1146	0.0689	0.1582	0.1592	0.1582	0.0999	0.1034	0.1199	0.1034	0.1047
chr3L	20704999	20705212	chr3L:20705000-20705212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0403	0.0454	0.0473	0.0269	0.0308	0.0427	0.0558	0.0526	0.0308	0.0556	0.0595	0.0556	0.031	0.0199	0.0303	0.0199	0.0266
chr3L	20705439	20705651	chr3L:20705440-20705651	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.035	0.0446	0.042	0.0166	0.0223	0.0466	0.0536	0.0526	0.0223	0.0459	0.0563	0.0459	0.0318	0.0123	0.0161	0.0123	0.0135
chr3L	20711631	20711782	chr3L:20711632-20711782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0175	0.0198	0.0161	0.0164	0.0117	0.0233	0.026	0.02	0.0117	0.0332	0.0125	0.0332	0.0132	0.0084	0.009	0.0084	0.0125
chr3L	20712313	20712534	chr3L:20712314-20712534	FBgn0037015	cmpy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0461	0.0623	0.0371	0.0379	0.0435	0.0665	0.0748	0.0673	0.0435	0.0646	0.0334	0.0646	0.0093	0.0061	0.0052	0.0061	0.0083
chr3L	20718970	20719121	chr3L:20718971-20719121	distal	distal	none	none	VT33950.1	VT33950.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0083	0.0113	0.0095	0.0032	0.0087	0.0138	0.006	0.0032	0.0079	0.0164	0.0079	0.0108	0.0023	0.0277	0.0023	0.0042
chr3L	20723507	20723677	chr3L:20723508-20723677	FBgn0037016	CG13252	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0337	0.0095	0.0175	0.0784	0.0032	0.0121	0.0151	0.006	0.0032	0.006	0.0203	0.006	0.0411	0.0153	0.1219	0.0153	0.1699
chr3L	20724076	20724240	chr3L:20724077-20724240	FBgn0037016	CG13252	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0198	0.0116	0.0216	0.0272	0.0021	0.0117	0.0216	0.0067	0.0021	0.0109	0.0215	0.0109	0.0573	8e-04	0.0368	8e-04	0.0589
chr3L	20724492	20724643	chr3L:20724493-20724643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0138	0.0097	0.0121	0.0202	0.0074	0.0083	0.0156	0.0067	0.0074	0.0085	0.0129	0.0085	0.0263	0.0123	0.02	0.0123	0.0396
chr3L	20728647	20728798	chr3L:20728648-20728798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0128	0.0161	0.0107	0.0106	0.0112	0.019	0.0107	0.0106	0.0127	0.0174	0.0127	0.0302	0.0069	0.0155	0.0069	0.0193
chr3L	20729511	20729662	chr3L:20729512-20729662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0146	0.0188	0.0152	0.0064	0.0175	0.0199	0.0133	0.0064	0.0266	0.0116	0.0266	0.0449	0.0199	0.0123	0.0199	0.0255
chr3L	20760484	20760642	chr3L:20760485-20760642	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0617	0.0171	0.011	0.052	0.0485	0.0891	0.0646	0.052	0.0151	0.0212	0.0151	0.0147	0.01	0.0071	0.01	0.0146
chr3L	20761125	20761276	chr3L:20761126-20761276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0371	0.0627	0.0301	0.0162	0.0551	0.0534	0.0835	0.0693	0.0551	0.0248	0.0344	0.0248	0.0139	0.0054	0.0084	0.0054	0.0083
chr3L	20762110	20762261	chr3L:20762111-20762261	FBgn0037017,FBgn0040634	CG4074,CG4186	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0517	0.0511	0.0315	0.035	0.0524	0.0709	0.0566	0.035	0.055	0.0588	0.055	0.0527	0.0352	0.0264	0.0352	0.0318
chr3L	20762321	20762472	chr3L:20762322-20762472	FBgn0037017,FBgn0040634	CG4074,CG4186	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0623	0.0596	0.0763	0.0501	0.0382	0.0646	0.0748	0.0666	0.0382	0.0845	0.0859	0.0845	0.0875	0.0459	0.0387	0.0459	0.0688
chr3L	20762535	20762714	chr3L:20762536-20762714	FBgn0037017,FBgn0040634	CG4074,CG4186	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1253	0.1085	0.1504	0.1166	0.0785	0.1248	0.1189	0.1339	0.0785	0.1757	0.1688	0.1757	0.1627	0.1279	0.1109	0.1279	0.1438
chr3L	20764130	20764301	chr3L:20764131-20764301	FBgn0016696,FBgn0037018	CG4042,Pitslre	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.0922	0.1516	0.111	0.0562	0.1306	0.0826	0.1079	0.0562	0.1757	0.1704	0.1757	0.1565	0.1233	0.1109	0.1233	0.1365
chr3L	20764517	20764698	chr3L:20764518-20764698	FBgn0016696,FBgn0037018	CG4042,Pitslre	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1812	0.1555	0.222	0.165	0.1071	0.1947	0.1566	0.1812	0.1071	0.2736	0.2373	0.2736	0.2099	0.1799	0.1663	0.1799	0.1918
chr3L	20764975	20765182	chr3L:20764976-20765182	FBgn0016696,FBgn0037018	CG4042,Pitslre	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.151	0.1659	0.1668	0.117	0.1495	0.1796	0.1851	0.1772	0.1495	0.186	0.1891	0.186	0.1596	0.1355	0.1289	0.1355	0.1266
chr3L	20765311	20765462	chr3L:20765312-20765462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0751	0.0509	0.0298	0.0626	0.0709	0.0934	0.0886	0.0626	0.0525	0.0588	0.0525	0.0534	0.0322	0.0277	0.0322	0.0323
chr3L	20770119	20770340	chr3L:20770120-20770340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0683	0.0586	0.0324	0.0477	0.0646	0.077	0.0986	0.0477	0.064	0.0682	0.064	0.0627	0.0383	0.0342	0.0383	0.0417
chr3L	20770797	20770948	chr3L:20770798-20770948	FBgn0037019	Pex16	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0454	0.0424	0.0547	0.0387	0.0138	0.0495	0.0541	0.052	0.0138	0.0676	0.0643	0.0676	0.0558	0.0444	0.04	0.0444	0.0573
chr3L	20771279	20771486	chr3L:20771280-20771486	FBgn0037019,FBgn0037020	Pex14,Pex16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1501	0.122	0.1824	0.1461	0.071	0.1573	0.1233	0.1479	0.071	0.2325	0.2071	0.2325	0.1859	0.1646	0.167	0.1646	0.1803
chr3L	20771537	20771716	chr3L:20771538-20771716	FBgn0037019,FBgn0037020	Pex14,Pex16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0952	0.0857	0.1132	0.0861	0.0498	0.1131	0.0943	0.0899	0.0498	0.1473	0.1232	0.1473	0.1185	0.0934	0.087	0.0934	0.0995
chr3L	20771811	20772006	chr3L:20771812-20772006	FBgn0037019,FBgn0037020	Pex14,Pex16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1501	0.1321	0.1794	0.138	0.088	0.1617	0.141	0.1606	0.088	0.2204	0.1958	0.2204	0.1952	0.147	0.138	0.147	0.1735
chr3L	20772246	20772397	chr3L:20772247-20772397	FBgn0037020	Pex14	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0404	0.0582	0.0441	0.0148	0.0471	0.0575	0.0393	0.0148	0.0646	0.0707	0.0646	0.0503	0.0444	0.0413	0.0444	0.0584
chr3L	20777694	20777899	chr3L:20777695-20777899	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1213	0.1282	0.1354	0.098	0.0986	0.1296	0.1445	0.1612	0.0986	0.1655	0.1563	0.1655	0.1387	0.085	0.0999	0.085	0.1313
chr3L	20778211	20778413	chr3L:20778212-20778413	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2687	0.2668	0.3091	0.2266	0.2492	0.3049	0.2772	0.3138	0.2492	0.4028	0.3347	0.4028	0.2851	0.1953	0.254	0.1953	0.2762
chr3L	20778477	20778677	chr3L:20778478-20778677	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2107	0.215	0.2316	0.183	0.1707	0.251	0.224	0.2592	0.1707	0.2886	0.2428	0.2886	0.213	0.1715	0.1915	0.1715	0.1959
chr3L	20778955	20779138	chr3L:20778956-20779138	FBgn0037021	CG11399	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1582	0.1535	0.1892	0.1295	0.1092	0.1786	0.1704	0.1845	0.1092	0.2361	0.2016	0.2361	0.182	0.1309	0.1399	0.1309	0.1464
chr3L	20779190	20779387	chr3L:20779191-20779387	FBgn0037021	CG11399	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1833	0.1729	0.2199	0.1547	0.1156	0.1927	0.2024	0.2045	0.1156	0.285	0.2331	0.285	0.2099	0.16	0.1554	0.16	0.1761
chr3L	20781174	20781344	chr3L:20781175-20781344	FBgn0037022	CG11396	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.0877	0.1253	0.0939	0.053	0.1044	0.0852	0.1246	0.053	0.1564	0.1312	0.1564	0.1224	0.1003	0.0896	0.1003	0.1162
chr3L	20782509	20782709	chr3L:20782510-20782709	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Six4_D-six4-III-GFP	Six4_D-six4-III-GFP	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0798	0.0841	0.1099	0.0419	0.0095	0.184	0.0497	0.0826	0.0095	0.3086	0.0682	0.3086	0.0473	0.0697	0.0271	0.0697	0.0511
chr3L	20785842	20786051	chr3L:20785843-20786051	FBgn0027364	Six4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1517	0.1847	0.1905	0.0721	0.1315	0.2359	0.1721	0.2385	0.1315	0.3134	0.1711	0.3134	0.0914	0.0582	0.0438	0.0582	0.0573
chr3L	20787146	20787297	chr3L:20787147-20787297	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0325	0.0361	0.0481	0.0114	0.0148	0.0306	0.0467	0.0566	0.0148	0.061	0.0588	0.061	0.017	0.0054	0.0097	0.0054	0.0063
chr3L	20788295	20788446	chr3L:20788296-20788446	FBgn0263844	CR43705	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0283	0.047	0.0259	0.01	0.0318	0.0481	0.0398	0.0879	0.0318	0.0332	0.0293	0.0332	0.0155	0.0084	0.0135	0.0084	0.0063
chr3L	20788510	20788661	chr3L:20788511-20788661	FBgn0263844	CR43705	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.049	0.0274	0.0114	0.0318	0.0379	0.0515	0.0913	0.0318	0.0429	0.0302	0.0429	0.0116	0.0069	0.0142	0.0069	0.0089
chr3L	20789014	20789165	chr3L:20789015-20789165	FBgn0263844,FBgn0263845	CR43705,CR43706	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0294	0.0334	0.0353	0.0185	0.0191	0.0422	0.0368	0.0413	0.0191	0.0707	0.035	0.0707	0.0178	0.0406	0.0123	0.0406	0.0135
chr3L	20789961	20790177	chr3L:20789962-20790177	FBgn0263845	CR43706	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0887	0.0956	0.1213	0.0451	0.0382	0.1272	0.0744	0.1519	0.0382	0.1812	0.1186	0.1812	0.0395	0.0253	0.0258	0.0253	0.0182
chr3L	20791346	20791506	chr3L:20791347-20791506	FBgn0037023,FBgn0037024	CG3698,CG4365	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.042	0.0339	0.0557	0.0361	0.0191	0.0398	0.0337	0.0433	0.0191	0.0628	0.065	0.0628	0.0542	0.0391	0.0432	0.0391	0.0417
chr3L	20791643	20791814	chr3L:20791644-20791814	FBgn0037023,FBgn0037024	CG3698,CG4365	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1393	0.1188	0.1786	0.1191	0.0732	0.1451	0.1224	0.1519	0.0732	0.2083	0.1952	0.2083	0.196	0.1325	0.1193	0.1325	0.1449
chr3L	20793387	20793560	chr3L:20793388-20793560	FBgn0037025	Spc105R	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1051	0.1018	0.1321	0.0792	0.0604	0.1282	0.0978	0.1352	0.0604	0.1661	0.1441	0.1661	0.1371	0.0858	0.0916	0.0858	0.1011
chr3L	20793671	20793857	chr3L:20793672-20793857	FBgn0037025	Spc105R	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0646	0.0789	0.0379	0.0297	0.0835	0.0623	0.0806	0.0297	0.1045	0.0826	0.1045	0.0775	0.0444	0.0355	0.0444	0.0495
chr3L	20802271	20802469	chr3L:20802272-20802469	FBgn0037026,FBgn0037027	CG3634,CG3680	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1456	0.1302	0.1754	0.1302	0.0689	0.1578	0.1354	0.1686	0.0689	0.2277	0.199	0.2277	0.1518	0.1417	0.127	0.1417	0.1673
chr3L	20802672	20802850	chr3L:20802673-20802850	FBgn0037026,FBgn0037027	CG3634,CG3680	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.1105	0.1443	0.1032	0.0753	0.1233	0.1189	0.1406	0.0753	0.1842	0.1669	0.1842	0.1495	0.1187	0.1103	0.1187	0.1298
chr3L	20802951	20803122	chr3L:20802952-20803122	FBgn0037027	CG3680	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0516	0.0441	0.0684	0.0416	0.018	0.0529	0.0545	0.0506	0.018	0.0851	0.0736	0.0851	0.0914	0.0505	0.0374	0.0505	0.0526
chr3L	20809120	20809303	chr3L:20809121-20809303	FBgn0037028,FBgn0259243	CG3618,Pka-R1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.0769	0.1128	0.1024	0.0509	0.0893	0.083	0.0946	0.0509	0.1437	0.1209	0.1437	0.1239	0.1026	0.0999	0.1026	0.1188
chr3L	20809397	20809548	chr3L:20809398-20809548	FBgn0037028,FBgn0259243	CG3618,Pka-R1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0488	0.0336	0.0605	0.0528	0.0191	0.0456	0.0329	0.0453	0.0191	0.0791	0.0637	0.0791	0.0682	0.0459	0.0516	0.0459	0.0599
chr3L	20809561	20809775	chr3L:20809562-20809775	FBgn0037028,FBgn0259243	CG3618,Pka-R1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0463	0.0429	0.0544	0.0412	0.0223	0.051	0.0515	0.0526	0.0223	0.0682	0.0585	0.0682	0.048	0.036	0.0374	0.036	0.0406
chr3L	20809782	20809937	chr3L:20809783-20809937	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.0248	0.0288	0.0192	0.0106	0.0325	0.0298	0.0273	0.0106	0.035	0.0296	0.035	0.0256	0.0176	0.0161	0.0176	0.0172
chr3L	20813167	20813318	chr3L:20813168-20813318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.0088	0.008	0.0162	0.0011	0.0087	0.0151	0.0087	0.0011	0.0048	0.009	0.0048	0.0101	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr3L	20826709	20826860	chr3L:20826710-20826860	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0126	0.0222	0.0143	0.0042	0.0175	0.0177	0.0107	0.0042	0.0151	0.0177	0.0151	0.0643	0.0031	0.009	0.0031	0.0344
chr3L	20827213	20827364	chr3L:20827214-20827364	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0212	0.0182	0.0265	0.0187	0.0117	0.0199	0.0225	0.0207	0.0117	0.0181	0.0161	0.0181	0.0868	0.01	0.0148	0.01	0.0433
chr3L	20827394	20827545	chr3L:20827395-20827545	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0179	0.0227	0.0184	0.0064	0.0155	0.0225	0.028	0.0064	0.0169	0.0167	0.0169	0.0596	0.0115	0.0116	0.0115	0.0406
chr3L	20830687	20830838	chr3L:20830688-20830838	FBgn0040636	CG13255	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0174	0.014	0.0152	0.0235	0.0064	0.0146	0.0225	0.0087	0.0064	0.0091	0.0129	0.0091	0.0341	0.0168	0.0181	0.0168	0.0511
chr3L	20831179	20831330	chr3L:20831180-20831330	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0236	0.0223	0.0226	0.026	0.0127	0.0194	0.0363	0.0227	0.0127	0.0242	0.026	0.0242	0.0294	0.0123	0.0613	0.0123	0.0281
chr3L	20831547	20831698	chr3L:20831548-20831698	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0253	0.0257	0.0207	0.0298	0.0117	0.0262	0.0424	0.0187	0.0117	0.0175	0.0235	0.0175	0.0279	0.0115	0.0812	0.0115	0.025
chr3L	20834185	20834336	chr3L:20834186-20834336	FBgn0027055	CSN3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0343	0.0419	0.0299	0.017	0.0301	0.0493	0.0406	0.017	0.0525	0.0453	0.0525	0.0395	0.0383	0.0277	0.0383	0.0391
chr3L	20834340	20834513	chr3L:20834341-20834513	FBgn0027055	CSN3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0478	0.0442	0.0588	0.0398	0.0297	0.0398	0.0584	0.0486	0.0297	0.064	0.0643	0.064	0.0658	0.0521	0.0387	0.0521	0.0469
chr3L	20834635	20834822	chr3L:20834636-20834822	FBgn0027055,FBgn0037031	CG11456,CSN3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1459	0.1321	0.169	0.1359	0.0997	0.1471	0.151	0.1519	0.0997	0.2126	0.1865	0.2126	0.1549	0.1539	0.147	0.1539	0.1558
chr3L	20835006	20835183	chr3L:20835007-20835183	FBgn0027055,FBgn0037031	CG11456,CSN3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0709	0.1018	0.0815	0.053	0.0816	0.08	0.0826	0.053	0.125	0.1138	0.125	0.1015	0.0873	0.0909	0.0873	0.0943
chr3L	20835240	20835408	chr3L:20835241-20835408	FBgn0037031	CG11456	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0338	0.0589	0.0405	0.0159	0.0422	0.0402	0.0366	0.0159	0.0815	0.0611	0.0815	0.0589	0.0429	0.0361	0.0429	0.0495
chr3L	20843965	20844116	chr3L:20843966-20844116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0086	0.0091	0.0072	0.0042	0.0063	0.0143	0.0073	0.0042	0.0085	0.0071	0.0085	0.0085	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chr3L	20844210	20844437	chr3L:20844211-20844437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.016	0.0119	0.0128	0.0074	0.0121	0.0277	0.018	0.0074	0.0066	0.0074	0.0066	0.0093	0.0054	0.0058	0.0054	0.0063
chr3L	20860468	20860619	chr3L:20860469-20860619	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0118	0.0075	0.0131	0.0064	0.0083	0.019	0.0113	0.0064	0.0103	0.0061	0.0103	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0047
chr3L	20877925	20878076	chr3L:20877926-20878076	FBgn0052432	CG32432	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0124	0.0131	0.0095	0.0149	0.0042	0.0078	0.0285	0.0093	0.0042	0.0109	0.0093	0.0109	0.0093	0.0077	0.0084	0.0077	0.0078
chr3L	20878313	20878464	chr3L:20878314-20878464	FBgn0052432	CG32432	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.009	0.0065	0.0249	0.0053	0.0073	0.0151	0.0067	0.0053	0.0066	0.0071	0.0066	0.0023	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr3L	20893128	20893279	chr3L:20893129-20893279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0233	0.0236	0.0231	0.0233	0.0148	0.0243	0.0307	0.028	0.0148	0.0266	0.0277	0.0266	0.0271	0.0199	0.0155	0.0199	0.0433
chr3L	20895537	20895688	chr3L:20895538-20895688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0103	0.0095	0.0071	0.0148	0.0042	0.0044	0.0212	0.0053	0.0042	0.0091	0.0068	0.0091	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0073
chr3L	20899791	20899942	chr3L:20899792-20899942	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0072	0.0075	0.0062	0.0081	0.0011	0.0058	0.0164	0.004	0.0011	0.003	0.0096	0.003	0.0015	0.0015	0.0039	0.0015	0.0016
chr3L	20903489	20903676	chr3L:20903490-20903676	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.057	0.0676	0.0506	0.0265	0.0646	0.0714	0.0666	0.0265	0.0773	0.0762	0.0773	0.0782	0.0613	0.0632	0.0613	0.0662
chr3L	20903778	20903968	chr3L:20903779-20903968	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.036	0.0343	0.0156	0.0201	0.0359	0.0502	0.036	0.0201	0.0465	0.0373	0.0465	0.0294	0.0207	0.0161	0.0207	0.0177
chr3L	20909881	20910032	chr3L:20909882-20910032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0111	0.0102	0.0178	0.0049	0.0042	0.0112	0.0151	0.0107	0.0042	0.0091	0.0341	0.0091	0.007	0.0038	0.0097	0.0038	0.0031
chr3L	20910508	20910659	chr3L:20910509-20910659	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0187	0.0456	0.0095	0.0053	0.0252	0.0216	0.0233	0.0053	0.0326	0.0775	0.0326	0.0333	0.0084	0.0206	0.0084	0.0052
chr3L	20911281	20911432	chr3L:20911282-20911432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0181	0.043	0.0167	0.0042	0.0223	0.0221	0.0227	0.0042	0.0187	0.0846	0.0187	0.0132	0.0061	0.0445	0.0061	0.013
chr3L	20911434	20911585	chr3L:20911435-20911585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0153	0.0396	0.0174	0.0064	0.0194	0.0151	0.0207	0.0064	0.0205	0.0714	0.0205	0.0163	0.0069	0.0426	0.0069	0.0167
chr3L	20912435	20912675	chr3L:20912436-20912675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.012	0.0255	0.0237	0.0021	0.0136	0.0177	0.0127	0.0021	0.0121	0.027	0.0121	0.0279	0.0031	0.011	0.0031	0.0099
chr3L	20914897	20915048	chr3L:20914898-20915048	FBgn0264550	CR43929	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0319	0.0377	0.0169	0.0191	0.0379	0.0372	0.0366	0.0191	0.0254	0.0537	0.0254	0.048	0.01	0.0271	0.01	0.0261
chr3L	20915097	20915274	chr3L:20915098-20915274	FBgn0264550	CR43929	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0434	0.0576	0.0505	0.0196	0.0467	0.05	0.0735	0.0653	0.0467	0.0362	0.0707	0.0362	0.072	0.0092	0.0329	0.0092	0.0287
chr3L	20915418	20915657	chr3L:20915419-20915657	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1186	0.1215	0.1584	0.0719	0.0594	0.1549	0.1267	0.1439	0.0594	0.1202	0.201	0.1202	0.2455	0.0276	0.0935	0.0276	0.135
chr3L	20915741	20915892	chr3L:20915742-20915892	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0603	0.0857	0.0375	0.0233	0.0898	0.0476	0.0833	0.0233	0.0411	0.1148	0.0411	0.1495	0.013	0.0548	0.013	0.0719
chr3L	20923149	20923588	chr3L:20923150-20923588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.044	0.0284	0.0539	0.0504	0.017	0.034	0.0368	0.0293	0.017	0.0314	0.0711	0.0314	0.055	0.0452	0.087	0.0452	0.0641
chr3L	20924398	20924549	chr3L:20924399-20924549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0176	0.0234	0.0173	0.0117	0.0223	0.0195	0.0213	0.0117	0.035	0.0264	0.035	0.0163	0.0168	0.029	0.0168	0.0219
chr3L	20925237	20925504	chr3L:20925238-20925504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0267	0.0197	0.0329	0.0279	0.0032	0.0325	0.0255	0.0147	0.0032	0.055	0.0315	0.055	0.0217	0.0253	0.0348	0.0253	0.0469
chr3L	20925704	20925916	chr3L:20925705-20925916	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0422	0.0294	0.0551	0.0423	0.0074	0.051	0.0394	0.0147	0.0074	0.1262	0.0405	0.1262	0.0294	0.0942	0.0322	0.0942	0.0433
chr3L	20926031	20926182	chr3L:20926032-20926182	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0257	0.0177	0.033	0.0266	0.0053	0.0228	0.029	0.0107	0.0053	0.0537	0.0347	0.0537	0.0147	0.0444	0.0258	0.0444	0.0302
chr3L	20926486	20926726	chr3L:20926487-20926726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0198	0.0412	0.0284	0.0095	0.0209	0.0285	0.022	0.0095	0.0441	0.0569	0.0441	0.0325	0.0276	0.049	0.0276	0.037
chr3L	20927024	20927175	chr3L:20927025-20927175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0194	0.0334	0.0219	0.0064	0.018	0.0281	0.0227	0.0064	0.0332	0.045	0.0332	0.0349	0.026	0.0309	0.026	0.0271
chr3L	20929403	20929554	chr3L:20929404-20929554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0088	0.022	0.011	0.0064	0.0107	0.0121	0.006	0.0064	0.0103	0.0418	0.0103	0.0124	0.0046	0.0309	0.0046	0.0089
chr3L	20932492	20932643	chr3L:20932493-20932643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0198	0.0241	0.0162	0.0074	0.0199	0.0272	0.0266	0.0074	0.0193	0.0395	0.0193	0.0139	0.0168	0.0284	0.0168	0.0156
chr3L	20932720	20932871	chr3L:20932721-20932871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0189	0.0277	0.0162	0.0042	0.0194	0.0285	0.0227	0.0042	0.0217	0.0441	0.0217	0.0163	0.0145	0.0277	0.0145	0.0193
chr3L	20933023	20933174	chr3L:20933024-20933174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0188	0.0125	0.0232	0.0209	0.0042	0.0155	0.0164	0.0113	0.0042	0.0169	0.0305	0.0169	0.0209	0.0214	0.0168	0.0214	0.0344
chr3L	20933491	20933642	chr3L:20933492-20933642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0136	0.011	0.0141	0.0159	0.0053	0.0092	0.019	0.0113	0.0053	0.0109	0.017	0.0109	0.0186	0.0138	0.02	0.0138	0.0287
chr3L	20933935	20934086	chr3L:20933936-20934086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.01	0.018	0.0146	0.0053	0.0107	0.0121	0.0133	0.0053	0.0151	0.0273	0.0151	0.0116	0.0038	0.0361	0.0038	0.0141
chr3L	20935205	20935356	chr3L:20935206-20935356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0182	0.014	0.0242	0.0163	0.0117	0.0121	0.0199	0.0167	0.0117	0.0187	0.0383	0.0187	0.0186	0.0153	0.0232	0.0153	0.0208
chr3L	20937461	20937631	chr3L:20937462-20937631	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0288	0.0177	0.0485	0.0196	0.0064	0.0364	0.0121	0.0193	0.0064	0.0175	0.064	0.0175	0.0984	0.0061	0.0458	0.0061	0.0245
chr3L	20937730	20937881	chr3L:20937731-20937881	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0196	0.0095	0.0327	0.0164	0.0021	0.0165	0.0108	0.008	0.0021	0.0127	0.0453	0.0127	0.0612	0.0084	0.0471	0.0084	0.0125
chr3L	20942634	20942835	chr3L:20942635-20942835	FBgn0011591	fng	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1377	0.0609	0.1966	0.1588	0.0255	0.1049	0.0381	0.0713	0.0255	0.2047	0.2598	0.2047	0.2277	0.2289	0.2115	0.2289	0.2272
chr3L	20943056	20943290	chr3L:20943057-20943290	FBgn0011591	fng	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0498	0.0143	0.0505	0.0886	0.0021	0.0238	0.0151	0.0153	0.0021	0.0598	0.0505	0.0598	0.0953	0.134	0.0993	0.134	0.1397
chr3L	20943478	20943630	chr3L:20943479-20943630	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.03	0.0083	0.0275	0.057	0.0011	0.0141	0.0091	0.0087	0.0011	0.0374	0.0338	0.0374	0.0294	0.1011	0.0651	0.1011	0.0766
chr3L	20943653	20943842	chr3L:20943654-20943842	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0093	0.0244	0.0515	0.0032	0.0107	0.0099	0.0133	0.0032	0.0278	0.0277	0.0278	0.0341	0.0712	0.0729	0.0712	0.0719
chr3L	20969579	20969730	chr3L:20969580-20969730	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0216	0.016	0.0181	0.0127	0.0189	0.0285	0.0247	0.0127	0.0121	0.0248	0.0121	0.0132	0.0115	0.0393	0.0115	0.0099
chr3L	20970414	20970565	chr3L:20970415-20970565	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0123	0.012	0.0094	0.016	0.0064	0.0112	0.0203	0.0087	0.0064	0.0097	0.0132	0.0097	0.0062	0.0054	0.0542	0.0054	0.0063
chr3L	20974493	20974750	chr3L:20974494-20974750	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.037	0.0911	0.0105	0.0054	0.0668	0.0345	0.202	0.0566	0.0668	0.0115	0.0125	0.0115	0.0039	0.0038	0.0097	0.0038	0.0042
chr3L	20984617	20984788	chr3L:20984618-20984788	FBgn0037042	CG12984	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0496	0.0269	0.0174	0.0308	0.0549	0.0571	0.06	0.0308	0.0338	0.0312	0.0338	0.0271	0.0138	0.0226	0.0138	0.0188
chr3L	20984875	20985120	chr3L:20984876-20985120	FBgn0037042	CG12984	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.036	0.0512	0.0379	0.0167	0.0318	0.0481	0.0636	0.0653	0.0318	0.0435	0.0476	0.0435	0.0302	0.0115	0.02	0.0115	0.0188
chr3L	20985145	20985411	chr3L:20985146-20985411	FBgn0037042	CG12984	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0602	0.043	0.0192	0.053	0.0544	0.0558	0.0873	0.053	0.0471	0.0576	0.0471	0.0395	0.0153	0.0258	0.0153	0.0188
chr3L	20985420	20985571	chr3L:20985421-20985571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0376	0.0312	0.0152	0.0212	0.034	0.0463	0.0513	0.0212	0.0368	0.0389	0.0368	0.0287	0.0153	0.0155	0.0153	0.013
chr3L	20985687	20985880	chr3L:20985688-20985880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.028	0.0378	0.0307	0.0142	0.017	0.0325	0.0463	0.0553	0.017	0.035	0.0428	0.035	0.0186	0.0222	0.0187	0.0222	0.0089
chr3L	20987125	20987276	chr3L:20987126-20987276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0228	0.0334	0.0206	0.0134	0.0212	0.0282	0.0424	0.0406	0.0212	0.0181	0.0257	0.0181	0.0201	0.0153	0.0168	0.0153	0.0151
chr3L	20988401	20988552	chr3L:20988402-20988552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0243	0.0365	0.0213	0.0139	0.0201	0.0267	0.0528	0.042	0.0201	0.0211	0.0264	0.0211	0.0217	0.0123	0.0174	0.0123	0.0188
chr3L	21000461	21000743	chr3L:21000462-21000743	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1526	0.137	0.182	0.1379	0.0573	0.2053	0.096	0.1972	0.0573	0.244	0.2312	0.244	0.1456	0.2067	0.1889	0.2067	0.1391
chr3L	21000781	21000997	chr3L:21000782-21000997	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1788	0.1572	0.2199	0.1579	0.0583	0.2529	0.1094	0.2072	0.0583	0.3176	0.2588	0.3176	0.1758	0.2044	0.1792	0.2044	0.1537
chr3L	21001132	21001537	chr3L:21001133-21001537	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1829	0.1704	0.2181	0.1582	0.088	0.2466	0.1388	0.2245	0.088	0.311	0.2524	0.311	0.1696	0.1761	0.147	0.1761	0.1277
chr3L	21002034	21002258	chr3L:21002035-21002258	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1811	0.1969	0.1816	0.1628	0.1421	0.2437	0.186	0.2565	0.1421	0.2784	0.191	0.2784	0.1557	0.1953	0.1515	0.1953	0.1892
chr3L	21002648	21002830	chr3L:21002649-21002830	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1308	0.0861	0.1622	0.1464	0.0541	0.1243	0.077	0.1026	0.0541	0.2742	0.1704	0.2742	0.1588	0.183	0.1779	0.183	0.1845
chr3L	21002881	21003128	chr3L:21002882-21003128	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1558	0.1478	0.169	0.1501	0.0827	0.1951	0.1462	0.1792	0.0827	0.2554	0.1659	0.2554	0.1743	0.1723	0.138	0.1723	0.1772
chr3L	21004124	21004359	chr3L:21004125-21004359	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1474	0.1899	0.1444	0.1032	0.1506	0.1733	0.2535	0.2145	0.1506	0.16	0.1489	0.16	0.1418	0.0712	0.0793	0.0712	0.136
chr3L	21004540	21004756	chr3L:21004541-21004756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.057	0.0816	0.0453	0.0423	0.0615	0.0684	0.1064	0.1079	0.0615	0.0447	0.0534	0.0447	0.0395	0.0413	0.0361	0.0413	0.036
chr3L	21004770	21004921	chr3L:21004771-21004921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.0623	0.0379	0.0387	0.0308	0.0655	0.0722	0.0859	0.0308	0.0368	0.0408	0.0368	0.0302	0.0299	0.0245	0.0299	0.0208
chr3L	21004976	21005127	chr3L:21004977-21005127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0466	0.0656	0.0338	0.0395	0.0424	0.0558	0.0947	0.074	0.0424	0.0314	0.037	0.0314	0.0294	0.036	0.0361	0.036	0.0287
chr3L	21006675	21006929	chr3L:21006676-21006929	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0308	0.031	0.0556	0.0159	0.0238	0.045	0.038	0.0159	0.0278	0.0386	0.0278	0.0325	0.0865	0.0858	0.0865	0.0537
chr3L	21007575	21007771	chr3L:21007576-21007771	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.073	0.0425	0.0751	0.1049	0.0212	0.0515	0.0441	0.0573	0.0212	0.0749	0.081	0.0749	0.1232	0.1325	0.127	0.1325	0.0974
chr3L	21007849	21008053	chr3L:21007850-21008053	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.061	0.0361	0.0646	0.0848	0.0085	0.0553	0.0298	0.0546	0.0085	0.0737	0.0646	0.0737	0.1046	0.1126	0.0954	0.1126	0.0834
chr3L	21016582	21016773	chr3L:21016583-21016773	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1093	0.0409	0.1489	0.1423	0.018	0.0709	0.0372	0.04	0.018	0.1908	0.1624	0.1908	0.1983	0.1501	0.1734	0.1501	0.1876
chr3L	21018306	21018493	chr3L:21018307-21018493	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1882	0.1671	0.2256	0.1706	0.105	0.2015	0.1734	0.2065	0.105	0.2808	0.2482	0.2808	0.1998	0.1891	0.1825	0.1891	0.1991
chr3L	21018767	21018955	chr3L:21018768-21018955	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2157	0.1969	0.2571	0.1912	0.1485	0.2345	0.2085	0.2298	0.1485	0.3146	0.2823	0.3146	0.2316	0.1845	0.2089	0.1845	0.2183
chr3L	21019380	21019628	chr3L:21019381-21019628	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3007	0.3007	0.3439	0.2532	0.2365	0.3505	0.3201	0.3618	0.2365	0.4167	0.3695	0.4167	0.33	0.2657	0.2631	0.2657	0.2751
chr3L	21019662	21019868	chr3L:21019663-21019868	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2628	0.2598	0.3069	0.2177	0.2142	0.3049	0.2729	0.3018	0.2142	0.3792	0.3354	0.3792	0.2603	0.2083	0.2386	0.2083	0.2251
chr3L	21019949	21020123	chr3L:21019950-21020123	FBgn0003415	skd	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1357	0.1678	0.1142	0.0785	0.1597	0.1462	0.1706	0.0785	0.2023	0.1859	0.2023	0.1541	0.1164	0.1406	0.1164	0.1256
chr3L	21020178	21020371	chr3L:21020179-21020371	FBgn0003415	skd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1535	0.1382	0.1883	0.1323	0.1007	0.1757	0.1497	0.1499	0.1007	0.2373	0.2051	0.2373	0.1681	0.1554	0.158	0.1554	0.1433
chr3L	21020430	21020620	chr3L:21020431-21020620	FBgn0003415,FBgn0037044	CG10585,skd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.189	0.1719	0.2217	0.1723	0.1177	0.2112	0.1838	0.1959	0.1177	0.2874	0.2312	0.2874	0.2014	0.1907	0.1844	0.1907	0.1959
chr3L	21020931	21021173	chr3L:21020932-21021173	FBgn0003415,FBgn0037044	CG10585,skd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2237	0.1927	0.2664	0.2117	0.1188	0.2204	0.215	0.2358	0.1188	0.3357	0.2926	0.3357	0.2479	0.2496	0.236	0.2496	0.2345
chr3L	21024818	21024986	chr3L:21024819-21024986	FBgn0028402,FBgn0037045	CG10584,Sin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1438	0.131	0.1711	0.1281	0.071	0.1558	0.1583	0.1399	0.071	0.2101	0.1849	0.2101	0.1681	0.1508	0.1219	0.1508	0.1636
chr3L	21027028	21027179	chr3L:21027029-21027179	FBgn0026179,FBgn0037046	CG10581,siz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0508	0.0548	0.0619	0.0341	0.0244	0.0621	0.0644	0.0726	0.0244	0.0833	0.0707	0.0833	0.0612	0.0406	0.0342	0.0406	0.0422
chr3L	21027232	21027442	chr3L:21027233-21027442	FBgn0026179,FBgn0037046	CG10581,siz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0932	0.0992	0.1065	0.0719	0.0636	0.1107	0.1129	0.1153	0.0636	0.1359	0.126	0.1359	0.0999	0.075	0.0748	0.075	0.1011
chr3L	21027531	21027711	chr3L:21027532-21027711	FBgn0026179,FBgn0037046	CG10581,siz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1812	0.1625	0.2195	0.1601	0.1113	0.1942	0.1877	0.1779	0.1113	0.2899	0.2408	0.2899	0.1991	0.1975	0.167	0.1975	0.2084
chr3L	21027793	21027984	chr3L:21027794-21027984	FBgn0026179,FBgn0037046	CG10581,siz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.081	0.0654	0.1037	0.0734	0.0414	0.0825	0.0792	0.0666	0.0414	0.1141	0.1174	0.1141	0.0999	0.0934	0.0877	0.0934	0.0792
chr3L	21028043	21028194	chr3L:21028044-21028194	FBgn0026179	siz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.037	0.0279	0.047	0.0361	0.0191	0.0379	0.0311	0.0266	0.0191	0.0604	0.0466	0.0604	0.0503	0.0582	0.0406	0.0582	0.0427
chr3L	21029211	21029479	chr3L:21029212-21029479	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0596	0.077	0.0635	0.0359	0.0286	0.0748	0.1068	0.1013	0.0286	0.0531	0.0486	0.0531	0.1185	0.023	0.0174	0.023	0.0641
chr3L	21029499	21029664	chr3L:21029500-21029664	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0387	0.0363	0.0475	0.0318	0.0117	0.0476	0.0428	0.0426	0.0117	0.0525	0.0277	0.0525	0.1185	0.0214	0.0181	0.0214	0.074
chr3L	21030409	21030560	chr3L:21030410-21030560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0241	0.0176	0.0273	0.0279	0.0085	0.018	0.029	0.0153	0.0085	0.032	0.0222	0.032	0.048	0.0138	0.0206	0.0138	0.0657
chr3L	21030709	21030860	chr3L:21030710-21030860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0162	0.0203	0.033	0.0064	0.0218	0.0234	0.0113	0.0064	0.0248	0.0161	0.0248	0.0403	0.0207	0.0129	0.0207	0.0813
chr3L	21033505	21033719	chr3L:21033506-21033719	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.0137	0.0217	0.0369	0.0042	0.015	0.0177	0.0173	0.0042	0.0338	0.0141	0.0338	0.0263	0.0406	0.0097	0.0406	0.0646
chr3L	21034018	21034169	chr3L:21034019-21034169	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0091	0.0112	0.0319	0.0032	0.0097	0.0125	0.0093	0.0032	0.0193	0.0084	0.0193	0.0201	0.0567	0.0142	0.0567	0.0568
chr3L	21036549	21036712	chr3L:21036550-21036712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0277	0.0097	0.034	0.0409	0.0042	0.016	0.0125	0.006	0.0042	0.1159	0.0151	0.1159	0.0108	0.1355	0.0161	0.1355	0.0365
chr3L	21036718	21036869	chr3L:21036719-21036869	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.026	0.0155	0.0355	0.0273	0.0117	0.0214	0.0151	0.016	0.0117	0.0978	0.0215	0.0978	0.0108	0.0804	0.0181	0.0804	0.0234
chr3L	21036909	21037094	chr3L:21036910-21037094	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0425	0.0375	0.0605	0.0283	0.017	0.0388	0.0402	0.064	0.017	0.1371	0.0418	0.1371	0.0248	0.0681	0.011	0.0681	0.0219
chr3L	21037247	21037432	chr3L:21037248-21037432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0391	0.0293	0.0518	0.0361	0.0127	0.034	0.0346	0.0406	0.0127	0.1184	0.0338	0.1184	0.0279	0.0896	0.0193	0.0896	0.0297
chr3L	21037490	21037653	chr3L:21037491-21037653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0313	0.0218	0.0391	0.0334	0.0064	0.0238	0.0268	0.028	0.0064	0.0864	0.028	0.0864	0.0248	0.0888	0.0168	0.0888	0.0266
chr3L	21038129	21038280	chr3L:21038130-21038280	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0357	0.0255	0.0383	0.044	0.0074	0.0417	0.0264	0.0247	0.0074	0.0864	0.028	0.0864	0.031	0.1011	0.0335	0.1011	0.0417
chr3L	21038828	21038979	chr3L:21038829-21038979	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0316	0.0132	0.0321	0.0517	0.0053	0.0155	0.0169	0.0133	0.0053	0.061	0.0219	0.061	0.0465	0.1409	0.0284	0.1409	0.0532
chr3L	21040015	21040166	chr3L:21040016-21040166	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0387	0.0466	0.0415	0.0267	0.0255	0.0583	0.0588	0.0473	0.0255	0.0483	0.0344	0.0483	0.0263	0.0291	0.0193	0.0291	0.0234
chr3L	21040338	21040525	chr3L:21040339-21040525	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0947	0.1117	0.1088	0.0602	0.0721	0.1311	0.1129	0.1432	0.0721	0.1661	0.0958	0.1661	0.0426	0.0452	0.0297	0.0452	0.0313
chr3L	21040532	21040780	chr3L:21040533-21040780	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0985	0.1157	0.1123	0.0641	0.0742	0.1277	0.1168	0.1619	0.0742	0.1618	0.1032	0.1618	0.0465	0.0513	0.0322	0.0513	0.0323
chr3L	21040956	21041138	chr3L:21040957-21041138	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1328	0.1565	0.1548	0.082	0.1018	0.1845	0.1427	0.2305	0.1018	0.2198	0.1511	0.2198	0.0589	0.0781	0.0451	0.0781	0.0396
chr3L	21041287	21041438	chr3L:21041288-21041438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0468	0.0465	0.0579	0.035	0.0276	0.0534	0.0428	0.072	0.0276	0.0628	0.0553	0.0628	0.0279	0.0207	0.0187	0.0207	0.0162
chr3L	21042626	21043019	chr3L:21042627-21043019	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2528	0.2281	0.306	0.2223	0.1676	0.2801	0.2258	0.2885	0.1676	0.3684	0.3158	0.3684	0.3222	0.2711	0.2618	0.2711	0.2798
chr3L	21043418	21043569	chr3L:21043419-21043569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0421	0.0422	0.042	0.0422	0.0223	0.0471	0.0575	0.04	0.0223	0.0447	0.0389	0.0447	0.0457	0.0322	0.0271	0.0322	0.0526
chr3L	21046112	21046272	chr3L:21046113-21046272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0521	0.0231	0.0127	0.0329	0.0369	0.0796	0.0633	0.0329	0.0229	0.0302	0.0229	0.0132	0.01	0.0142	0.01	0.0146
chr3L	21047135	21047329	chr3L:21047136-21047329	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0311	0.0227	0.0324	0.0391	0.0085	0.0228	0.0337	0.024	0.0085	0.0284	0.0277	0.0284	0.0364	0.0475	0.0445	0.0475	0.0349
chr3L	21048185	21048336	chr3L:21048186-21048336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0245	0.0229	0.0283	0.0221	0.0042	0.0204	0.0376	0.0266	0.0042	0.0296	0.0357	0.0296	0.0194	0.0191	0.049	0.0191	0.0146
chr3L	21048976	21049226	chr3L:21048977-21049226	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0488	0.0565	0.0544	0.034	0.0265	0.0316	0.08	0.0979	0.0265	0.0266	0.0772	0.0266	0.0349	0.0322	0.0535	0.0322	0.025
chr3L	21049996	21050347	chr3L:21049997-21050347	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0804	0.0952	0.0879	0.0554	0.0456	0.1	0.1051	0.1359	0.0456	0.0658	0.1354	0.0658	0.0434	0.0283	0.1425	0.0283	0.0323
chr3L	21050719	21050870	chr3L:21050720-21050870	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.024	0.0224	0.0212	0.0288	0.0106	0.0214	0.0311	0.0273	0.0106	0.0157	0.0228	0.0157	0.024	0.0138	0.0774	0.0138	0.025
chr3L	21051813	21052006	chr3L:21051814-21052006	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0457	0.0176	0.0453	0.0774	0.0053	0.0248	0.019	0.022	0.0053	0.026	0.0611	0.026	0.0666	0.0727	0.1651	0.0727	0.0703
chr3L	21053135	21053286	chr3L:21053136-21053286	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0224	0.0209	0.0217	0.0246	0.0127	0.0189	0.0229	0.03	0.0127	0.0163	0.0244	0.0163	0.024	0.0138	0.0516	0.0138	0.0224
chr3L	21053372	21053567	chr3L:21053373-21053567	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0331	0.0313	0.0282	0.0405	0.0127	0.0272	0.0398	0.0393	0.0127	0.0169	0.0241	0.0169	0.0395	0.0291	0.0484	0.0291	0.0521
chr3L	21057459	21057701	chr3L:21057460-21057701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0213	0.0393	0.0283	0.0074	0.0189	0.0277	0.0306	0.0074	0.0374	0.0273	0.0374	0.0341	0.0268	0.0232	0.0268	0.0208
chr3L	21058389	21058572	chr3L:21058390-21058572	FBgn0262482	CG43072	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0778	0.0688	0.0947	0.0692	0.0382	0.0801	0.0822	0.0806	0.0382	0.1039	0.0897	0.1039	0.1356	0.0651	0.0651	0.0651	0.1167
chr3L	21058664	21058854	chr3L:21058665-21058854	FBgn0262482	CG43072	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1276	0.1358	0.1457	0.0986	0.0827	0.1374	0.1639	0.1739	0.0827	0.1806	0.1601	0.1806	0.1495	0.1034	0.1135	0.1034	0.1329
chr3L	21059088	21059239	chr3L:21059089-21059239	FBgn0262482	CG43072	none	none	siz_loner/CG32434-PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0582	0.0747	0.0694	0.0276	0.0339	0.0782	0.0947	0.0906	0.0339	0.0827	0.0923	0.0827	0.0426	0.0268	0.0355	0.0268	0.0344
chr3L	21059316	21059522	chr3L:21059317-21059522	FBgn0262482	CG43072	stage11,stage5	stage5	siz_loner/CG32434-PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0737	0.093	0.0935	0.0304	0.0414	0.1141	0.1081	0.1099	0.0414	0.1045	0.1309	0.1045	0.0643	0.0268	0.0432	0.0268	0.0406
chr3L	21059624	21060086	chr3L:21059625-21060086	distal	distal	stage11,stage5	stage5	siz_loner/CG32434-PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1841	0.3361	0.1662	0.0338	0.2768	0.2898	0.4234	0.4264	0.2768	0.1914	0.2508	0.1914	0.062	0.0283	0.0509	0.0283	0.0307
chr3L	21060631	21061018	chr3L:21060632-21061018	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	siz_loner/CG32434-PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2669	0.3873	0.3118	0.0831	0.4136	0.3626	0.4494	0.4397	0.4136	0.3937	0.4235	0.3937	0.141	0.0544	0.2192	0.0544	0.0469
chr3L	21065111	21065262	chr3L:21065112-21065262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.0747	0.032	0.0155	0.0435	0.0291	0.1345	0.0919	0.0435	0.0386	0.0415	0.0386	0.0147	0.0191	0.02	0.0191	0.0146
chr3L	21067619	21067770	chr3L:21067620-21067770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0324	0.0501	0.0255	0.0203	0.0318	0.034	0.0843	0.056	0.0318	0.0229	0.0341	0.0229	0.0178	0.0237	0.02	0.0237	0.0177
chr3L	21067781	21067949	chr3L:21067782-21067949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0545	0.0297	0.0209	0.0403	0.0359	0.0865	0.0606	0.0403	0.0314	0.035	0.0314	0.0217	0.0283	0.0219	0.0283	0.0214
chr3L	21068050	21068317	chr3L:21068051-21068317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0503	0.0815	0.0421	0.0244	0.0626	0.051	0.122	0.1006	0.0626	0.0501	0.0495	0.0501	0.0294	0.0406	0.0232	0.0406	0.0261
chr3L	21073202	21073510	chr3L:21073203-21073510	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0558	0.0151	0.0078	0.0339	0.0286	0.0809	0.0859	0.0339	0.0127	0.0222	0.0127	0.0077	0.0077	0.0071	0.0077	0.0073
chr3L	21084183	21084334	chr3L:21084184-21084334	distal	distal	none	none	ko_2.2G-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0111	0.0117	0.0178	0.0053	0.0073	0.0208	0.0107	0.0053	0.0097	0.0151	0.0097	0.0139	0.0092	0.0303	0.0092	0.0224
chr3L	21085467	21085678	chr3L:21085468-21085678	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0168	0.0185	0.0265	0.0064	0.0136	0.029	0.0173	0.0064	0.0127	0.0145	0.0127	0.0139	0.0031	0.0064	0.0031	0.0068
chr3L	21086285	21086436	chr3L:21086286-21086436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0131	0.0175	0.0139	0.0042	0.0083	0.0264	0.0087	0.0042	0.0169	0.0193	0.0169	0.0209	0.0214	0.0219	0.0214	0.0099
chr3L	21086583	21086734	chr3L:21086584-21086734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0155	0.0131	0.0165	0.0171	0.0032	0.0107	0.0255	0.01	0.0032	0.0157	0.0167	0.0157	0.0271	0.0222	0.0245	0.0222	0.0125
chr3L	21090385	21090536	chr3L:21090386-21090536	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0164	0.013	0.0089	0.0284	0.0042	0.0097	0.0199	0.0167	0.0042	0.0127	0.01	0.0127	0.0077	0.0743	0.0226	0.0743	0.024
chr3L	21093068	21093244	chr3L:21093069-21093244	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0599	0.0189	0.0549	0.111	0.0117	0.0277	0.0247	0.0113	0.0117	0.0543	0.0576	0.0543	0.1007	0.1271	0.138	0.1271	0.1657
chr3L	21094541	21094692	chr3L:21094542-21094692	distal	distal	stage14	stage14	ko_15N/Sp-lacZ	ko_15N/Sp-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0072	0.008	0.0164	0.0021	0.0083	0.0121	0.0047	0.0021	0.0103	0.0096	0.0103	0.0085	0.0207	0.0387	0.0207	0.0073
chr3L	21105037	21105188	chr3L:21105038-21105188	distal	distal	stage14	stage14	ko_15N/Sp-lacZ	ko_15N/Sp-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0135	0.0113	0.0103	0.0194	0.0106	0.0107	0.0169	0.0093	0.0106	0.0145	0.01	0.0145	0.0101	0.072	0.011	0.072	0.0083
chr3L	21107979	21108130	chr3L:21107980-21108130	distal	distal	none	none	ko_15N/Sp-lacZ	ko_15N/Sp-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0102	0.0107	0.0098	0.0102	0.0021	0.0049	0.0208	0.012	0.0021	0.0079	0.0135	0.0079	0.0108	0.0038	0.0271	0.0038	0.0078
chr3L	21110682	21110833	chr3L:21110683-21110833	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0179	0.0148	0.0135	0.0263	0.0021	0.0121	0.0255	0.0127	0.0021	0.0169	0.0148	0.0169	0.0194	0.0184	0.0181	0.0184	0.0651
chr3L	21111882	21112033	chr3L:21111883-21112033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0085	0.0101	0.0066	0.0088	0.0042	0.0083	0.0195	0.0073	0.0042	0.0054	0.0064	0.0054	0.0116	0.0038	0.0084	0.0038	0.0167
chr3L	21116213	21116364	chr3L:21116214-21116364	FBgn0053284	CG33284	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0111	0.0123	0.0148	0.0021	0.0097	0.0177	0.012	0.0021	0.0072	0.0186	0.0072	0.0116	0.0077	0.0432	0.0077	0.0083
chr3L	21117020	21117171	chr3L:21117021-21117171	FBgn0053284	CG33284	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.0097	0.0129	0.012	0.0032	0.0058	0.019	0.008	0.0032	0.0085	0.0212	0.0085	0.0077	0.0077	0.0309	0.0077	0.0083
chr3L	21118270	21118421	chr3L:21118271-21118421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0153	0.0216	0.0135	0.0103	0.0053	0.0184	0.026	0.0366	0.0053	0.0133	0.0151	0.0133	0.0085	0.0214	0.0103	0.0214	0.0078
chr3L	21122833	21123074	chr3L:21122834-21123074	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0416	0.0576	0.0433	0.017	0.0451	0.0528	0.052	0.017	0.0779	0.0743	0.0779	0.0426	0.0544	0.0703	0.0544	0.0422
chr3L	21123953	21124104	chr3L:21123954-21124104	FBgn0020294,FBgn0037050	CG10566,ko	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0592	0.0565	0.0675	0.0531	0.0435	0.0519	0.074	0.0593	0.0435	0.0688	0.0768	0.0688	0.0875	0.0681	0.0735	0.0681	0.0485
chr3L	21124284	21124490	chr3L:21124285-21124490	FBgn0020294,FBgn0037050	CG10566,ko	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2194	0.2263	0.2279	0.2023	0.1824	0.2515	0.2634	0.2492	0.1824	0.2729	0.2444	0.2729	0.2254	0.2397	0.2108	0.2397	0.2163
chr3L	21124640	21124827	chr3L:21124641-21124827	FBgn0020294,FBgn0037050	CG10566,ko	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1783	0.196	0.1905	0.145	0.1686	0.2126	0.234	0.1972	0.1686	0.2252	0.1936	0.2252	0.1805	0.1516	0.1289	0.1516	0.1412
chr3L	21128628	21128779	chr3L:21128629-21128779	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0426	0.0556	0.0472	0.0382	0.05	0.0541	0.0373	0.0382	0.0725	0.0569	0.0725	0.062	0.0498	0.0458	0.0498	0.0599
chr3L	21129117	21129293	chr3L:21129118-21129293	FBgn0037051	CG10565	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.185	0.1849	0.2108	0.1568	0.1718	0.1927	0.2215	0.1899	0.1718	0.247	0.2309	0.247	0.2192	0.1815	0.1534	0.1815	0.197
chr3L	21129523	21129674	chr3L:21129524-21129674	FBgn0037051	CG10565	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0464	0.0668	0.0424	0.0281	0.0488	0.0481	0.1086	0.0673	0.0488	0.0453	0.0502	0.0453	0.0395	0.0375	0.0303	0.0375	0.0328
chr3L	21129801	21129952	chr3L:21129802-21129952	FBgn0037051	CG10565	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0525	0.0291	0.0201	0.0424	0.0345	0.0895	0.0486	0.0424	0.0266	0.0392	0.0266	0.0263	0.0168	0.0297	0.0168	0.0224
chr3L	21137111	21137262	chr3L:21137112-21137262	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0667	0.0147	0.0085	0.0615	0.0306	0.1349	0.0466	0.0615	0.0169	0.0167	0.0169	0.017	0.01	0.0084	0.01	0.0115
chr3L	21137293	21137485	chr3L:21137294-21137485	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0892	0.0135	0.0085	0.1103	0.0286	0.1856	0.0493	0.1103	0.0163	0.0161	0.0163	0.0139	0.0092	0.0058	0.0092	0.0094
chr3L	21138056	21138289	chr3L:21138057-21138289	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.052	0.1338	0.0103	0.0063	0.1548	0.0461	0.2612	0.0899	0.1548	0.0085	0.0135	0.0085	0.0085	0.0038	0.0064	0.0038	0.0047
chr3L	21138977	21139490	chr3L:21138978-21139490	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.091	0.2408	0.0154	0.0067	0.3277	0.066	0.4676	0.1439	0.3277	0.0157	0.017	0.0157	0.0178	0.0031	0.0071	0.0031	0.0052
chr3L	21139664	21139815	chr3L:21139665-21139815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0232	0.0546	0.0089	0.0038	0.0467	0.0214	0.1168	0.0346	0.0467	0.0121	0.0125	0.0121	0.0039	0.0046	0.0032	0.0046	0.0026
chr3L	21144740	21144891	chr3L:21144741-21144891	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.009	0.0055	0.0107	0.0032	0.0044	0.0212	0.0053	0.0032	0.0042	0.008	0.0042	0.0031	0.0015	0.0064	0.0015	0.0099
chr3L	21165254	21165435	chr3L:21165255-21165435	FBgn0024150	Ac78C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0349	0.0111	0.0242	0.0732	0.0053	0.0112	0.016	0.0113	0.0053	0.0091	0.028	0.0091	0.0503	0.0375	0.0922	0.0375	0.1053
chr3L	21165552	21165707	chr3L:21165553-21165707	FBgn0021760	chb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0092	0.0173	0.0454	0.0021	0.0121	0.0138	0.0067	0.0021	0.0085	0.0222	0.0085	0.0333	0.0176	0.0535	0.0176	0.0855
chr3L	21165810	21165961	chr3L:21165811-21165961	FBgn0021760,FBgn0041607	asparagine-synthetase,chb	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.01	0.0171	0.0422	0.0011	0.0121	0.016	0.01	0.0011	0.0103	0.0174	0.0103	0.038	0.0069	0.0361	0.0069	0.0985
chr3L	21166106	21166257	chr3L:21166107-21166257	FBgn0021760,FBgn0041607	asparagine-synthetase,chb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0082	0.0118	0.0277	0.0032	0.0102	0.0138	0.0047	0.0032	0.0072	0.0113	0.0072	0.0279	0.013	0.0219	0.013	0.0505
chr3L	21168598	21168983	chr3L:21168599-21168983	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.2263	0.2201	0.2577	0.1987	0.1644	0.2286	0.2768	0.2305	0.1644	0.3007	0.2852	0.3007	0.268	0.2021	0.227	0.2021	0.2423
chr3L	21169014	21169208	chr3L:21169015-21169208	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1592	0.1436	0.1843	0.149	0.0965	0.1607	0.1834	0.1446	0.0965	0.2277	0.2029	0.2277	0.1774	0.1669	0.1696	0.1669	0.1688
chr3L	21169497	21169701	chr3L:21169498-21169701	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.094	0.1221	0.0836	0.0739	0.106	0.1083	0.157	0.1366	0.106	0.1105	0.0839	0.1105	0.0899	0.1072	0.0677	0.1072	0.0808
chr3L	21170600	21170751	chr3L:21170601-21170751	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0289	0.0242	0.0256	0.0191	0.0199	0.045	0.036	0.0191	0.0272	0.0232	0.0272	0.0201	0.0138	0.0142	0.0138	0.0167
chr3L	21171140	21171291	chr3L:21171141-21171291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.044	0.0168	0.0096	0.0392	0.0184	0.0869	0.0386	0.0392	0.0211	0.0183	0.0211	0.0108	0.0084	0.0077	0.0084	0.0063
chr3L	21176851	21177002	chr3L:21176852-21177002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.034	0.0156	0.0111	0.0265	0.0291	0.051	0.0306	0.0265	0.0169	0.0151	0.0169	0.0186	0.01	0.0116	0.01	0.0099
chr3L	21178829	21178980	chr3L:21178830-21178980	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0082	0.0094	0.0164	0.0032	0.0053	0.0147	0.0087	0.0032	0.0085	0.0093	0.0085	0.0093	0.0084	0.0045	0.0084	0.0104
chr3L	21179725	21179876	chr3L:21179726-21179876	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0226	0.0147	0.0207	0.0138	0.0204	0.0333	0.0207	0.0138	0.0133	0.0154	0.0133	0.0132	0.0092	0.0039	0.0092	0.0052
chr3L	21180488	21180639	chr3L:21180489-21180639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0093	0.0091	0.0166	0.0011	0.0073	0.0156	0.0107	0.0011	0.0054	0.0064	0.0054	0.0124	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr3L	21180908	21181059	chr3L:21180909-21181059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.01	0.008	0.0125	0.0011	0.0078	0.0164	0.0113	0.0011	0.0091	0.0071	0.0091	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0063
chr3L	21181110	21181261	chr3L:21181111-21181261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0079	0.0084	0.0128	0.0032	0.0049	0.0138	0.0107	0.0032	0.0066	0.0061	0.0066	0.0155	0.0054	0.0026	0.0054	0.0078
chr3L	21186616	21186767	chr3L:21186617-21186767	FBgn0259239	CG42337	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0081	0.0095	0.0281	0.0042	0.0068	0.0143	0.006	0.0042	0.0066	0.0058	0.0066	0.0132	0.0069	0.0052	0.0069	0.0078
chr3L	21186772	21186923	chr3L:21186773-21186923	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.011	0.0124	0.0294	0.0064	0.0092	0.0177	0.01	0.0064	0.0145	0.0096	0.0145	0.0085	0.0061	0.0058	0.0061	0.0068
chr3L	21186971	21187122	chr3L:21186972-21187122	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0181	0.0151	0.0122	0.0279	0.0074	0.0121	0.0221	0.014	0.0074	0.0181	0.0096	0.0181	0.0101	0.01	0.0052	0.01	0.0083
chr3L	21187601	21187785	chr3L:21187602-21187785	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0136	0.0138	0.0366	0.0042	0.0112	0.019	0.0193	0.0042	0.0085	0.0116	0.0085	0.0132	0.0061	0.0026	0.0061	0.0073
chr3L	21189512	21189689	chr3L:21189513-21189689	FBgn0041100,FBgn0085290	CG34261,park	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0463	0.0369	0.0575	0.0444	0.0212	0.0413	0.0368	0.0513	0.0212	0.0731	0.0588	0.0731	0.0635	0.049	0.0516	0.049	0.0526
chr3L	21189794	21189971	chr3L:21189795-21189971	FBgn0041100,FBgn0085290	CG34261,park	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.0942	0.1423	0.1072	0.0573	0.1102	0.1034	0.1126	0.0573	0.1793	0.1576	0.1793	0.1572	0.1172	0.1115	0.1172	0.135
chr3L	21190276	21190427	chr3L:21190277-21190427	FBgn0041100,FBgn0085290	CG34261,park	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0299	0.0272	0.0365	0.0258	0.0138	0.035	0.0324	0.028	0.0138	0.0411	0.0392	0.0411	0.0534	0.0337	0.0226	0.0337	0.0349
chr3L	21195224	21195410	chr3L:21195225-21195410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0707	0.0614	0.0766	0.0745	0.0329	0.0631	0.0804	0.07	0.0329	0.0851	0.0955	0.0851	0.0775	0.0651	0.0819	0.0651	0.1115
chr3L	21195517	21195775	chr3L:21195518-21195775	FBgn0037057,FBgn0053054	CG10512,CG33054	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0413	0.0461	0.0681	0.017	0.0447	0.0575	0.0486	0.017	0.038	0.0585	0.038	0.055	0.0337	0.0903	0.0337	0.1021
chr3L	21195966	21196201	chr3L:21195967-21196201	FBgn0037057,FBgn0053054,FBgn0053056	CG10512,CG33054,CG33056	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0553	0.0622	0.0824	0.0255	0.0641	0.0692	0.0626	0.0255	0.0525	0.0833	0.0525	0.0728	0.0245	0.1418	0.0245	0.1053
chr3L	21196270	21196421	chr3L:21196271-21196421	FBgn0037057,FBgn0053054,FBgn0053056	CG10512,CG33054,CG33056	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0217	0.0292	0.0327	0.0095	0.0199	0.0363	0.0187	0.0095	0.0236	0.0367	0.0236	0.031	0.0176	0.0484	0.0176	0.0318
chr3L	21197911	21198062	chr3L:21197912-21198062	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0213	0.0118	0.0179	0.0355	0.0011	0.0141	0.0203	0.0087	0.0011	0.0127	0.0122	0.0127	0.0534	0.0115	0.0213	0.0115	0.0928
chr3L	21198533	21198710	chr3L:21198534-21198710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0196	0.0148	0.0211	0.0233	0.0032	0.0165	0.0251	0.0113	0.0032	0.0151	0.017	0.0151	0.0534	0.0153	0.0161	0.0153	0.05
chr3L	21203415	21203620	chr3L:21203416-21203620	FBgn0037059,FBgn0037060	CG10508,CG10510	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.0128	0.0184	0.0558	0.0053	0.0078	0.0208	0.016	0.0053	0.0115	0.0135	0.0115	0.0108	0.0054	0.0071	0.0054	0.012
chr3L	21204853	21205004	chr3L:21204854-21205004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0096	0.0091	0.0159	0.0042	0.0058	0.0173	0.0107	0.0042	0.0097	0.0074	0.0097	0.0077	0.0046	0.0077	0.0046	0.0047
chr3L	21209260	21209411	chr3L:21209261-21209411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0242	0.0338	0.0223	0.0127	0.0238	0.0337	0.024	0.0127	0.0489	0.0338	0.0489	0.0403	0.0253	0.0213	0.0253	0.024
chr3L	21209597	21209748	chr3L:21209598-21209748	FBgn0028427,FBgn0037061	CG12975,Ilk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0658	0.0565	0.0789	0.0617	0.0318	0.0563	0.0766	0.062	0.0318	0.0906	0.0942	0.0906	0.079	0.0628	0.0658	0.0628	0.0636
chr3L	21209881	21210051	chr3L:21209882-21210051	FBgn0028427,FBgn0037061	CG12975,Ilk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.158	0.1375	0.1824	0.1543	0.0891	0.1631	0.1574	0.1506	0.0891	0.2373	0.1952	0.2373	0.189	0.1646	0.1593	0.1646	0.1902
chr3L	21210170	21210481	chr3L:21210171-21210481	FBgn0028427,FBgn0037061	CG12975,Ilk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1047	0.0872	0.1217	0.1054	0.053	0.1078	0.1008	0.0913	0.053	0.1528	0.1251	0.1528	0.1325	0.1371	0.1186	0.1371	0.1235
chr3L	21216295	21216446	chr3L:21216296-21216446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0125	0.0093	0.0093	0.0196	0.0064	0.0092	0.0169	0.0033	0.0064	0.0199	0.0058	0.0199	0.0077	0.0674	0.0077	0.0674	0.0109
chr3L	21217982	21218185	chr3L:21217983-21218185	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0186	0.034	0.0858	0.0042	0.0238	0.0285	0.0127	0.0042	0.0513	0.0248	0.0513	0.0674	0.173	0.0561	0.173	0.1391
chr3L	21218886	21219089	chr3L:21218887-21219089	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0487	0.0328	0.032	0.0849	0.0117	0.0403	0.0363	0.038	0.0117	0.055	0.0209	0.055	0.055	0.1899	0.0638	0.1899	0.1167
chr3L	21219490	21219688	chr3L:21219491-21219688	FBgn0004865	Eip78C	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0138	0.0291	0.0959	0.0042	0.017	0.0182	0.016	0.0042	0.0453	0.028	0.0453	0.0418	0.2159	0.0806	0.2159	0.1334
chr3L	21233266	21233477	chr3L:21233267-21233477	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0637	0.0121	0.0321	0.1561	0.0011	0.0175	0.0203	0.004	0.0011	0.0127	0.0341	0.0127	0.0829	0.1141	0.2012	0.1141	0.2652
chr3L	21244456	21244607	chr3L:21244457-21244607	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0154	0.0071	0.0129	0.0273	0.0021	0.0073	0.013	0.004	0.0021	0.0151	0.0135	0.0151	0.0217	0.0199	0.0593	0.0199	0.0297
chr3L	21244754	21244961	chr3L:21244755-21244961	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0217	0.0113	0.0176	0.0379	0.0053	0.0087	0.0216	0.0073	0.0053	0.0145	0.0225	0.0145	0.0225	0.0314	0.0799	0.0314	0.0448
chr3L	21245701	21245957	chr3L:21245702-21245957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0329	0.0189	0.0315	0.0501	0.0032	0.0262	0.0264	0.0193	0.0032	0.0513	0.0254	0.0513	0.0465	0.1378	0.0322	0.1378	0.0427
chr3L	21246442	21246854	chr3L:21246443-21246854	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0338	0.076	0.1246	0.0117	0.049	0.0489	0.0213	0.0117	0.1063	0.0614	0.1063	0.1495	0.2672	0.1161	0.2672	0.1595
chr3L	21249753	21250007	chr3L:21249754-21250007	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0128	0.0249	0.0724	0.0074	0.0141	0.0208	0.0093	0.0074	0.0199	0.0334	0.0199	0.0349	0.0314	0.1464	0.0314	0.1131
chr3L	21250162	21250347	chr3L:21250163-21250347	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0301	0.0161	0.0203	0.0564	0.0127	0.0184	0.0234	0.0127	0.0127	0.0139	0.0296	0.0139	0.024	0.0314	0.1109	0.0314	0.0896
chr3L	21253545	21253696	chr3L:21253546-21253696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.014	0.0112	0.0118	0.0195	0.0074	0.0049	0.0247	0.008	0.0074	0.0097	0.017	0.0097	0.0108	0.0077	0.06	0.0077	0.013
chr3L	21254820	21255026	chr3L:21254821-21255026	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0315	0.0147	0.0258	0.0567	0.0074	0.0155	0.0268	0.006	0.0074	0.0115	0.0286	0.0115	0.0604	0.026	0.0677	0.026	0.1277
chr3L	21255674	21255850	chr3L:21255675-21255850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.049	0.0422	0.0542	0.051	0.0276	0.0403	0.0528	0.056	0.0276	0.0592	0.0646	0.0592	0.0697	0.0574	0.0619	0.0574	0.0834
chr3L	21260992	21261169	chr3L:21260993-21261169	FBgn0037063	CG9391	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0434	0.0294	0.0339	0.0693	0.0117	0.035	0.0337	0.032	0.0117	0.0133	0.0354	0.0133	0.0713	0.0758	0.0754	0.0758	0.1063
chr3L	21261248	21261405	chr3L:21261249-21261405	FBgn0037063	CG9391	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0313	0.0219	0.0279	0.0455	0.0074	0.0316	0.0199	0.0286	0.0074	0.0139	0.0322	0.0139	0.048	0.0498	0.0619	0.0498	0.0667
chr3L	21269105	21269513	chr3L:21269106-21269513	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1029	0.0925	0.1407	0.073	0.0551	0.1223	0.0913	0.1086	0.0551	0.1045	0.2055	0.1045	0.1673	0.0697	0.1238	0.0697	0.1047
chr3L	21269786	21269981	chr3L:21269787-21269981	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1098	0.0968	0.1558	0.0737	0.0541	0.1223	0.0865	0.1352	0.0541	0.1685	0.2161	0.1685	0.1418	0.1217	0.1373	0.1217	0.0641
chr3L	21270088	21270299	chr3L:21270089-21270299	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.088	0.0602	0.134	0.0687	0.0148	0.0845	0.0458	0.0953	0.0148	0.1522	0.1865	0.1522	0.1038	0.1087	0.1238	0.1087	0.0563
chr3L	21272016	21272167	chr3L:21272017-21272167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0199	0.0297	0.023	0.0117	0.0209	0.0225	0.0253	0.0117	0.0217	0.0363	0.0217	0.038	0.0092	0.0219	0.0092	0.0318
chr3L	21272376	21272527	chr3L:21272377-21272527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0251	0.0244	0.0264	0.0245	0.0106	0.0262	0.0307	0.0346	0.0106	0.0314	0.0338	0.0314	0.0201	0.0115	0.009	0.0115	0.0224
chr3L	21273022	21273235	chr3L:21273023-21273235	FBgn0012034	AcCoAS	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.0189	0.0321	0.0887	0.0064	0.0301	0.0203	0.0167	0.0064	0.0157	0.035	0.0157	0.0674	0.023	0.0651	0.023	0.1907
chr3L	21273340	21273584	chr3L:21273341-21273584	FBgn0012034	AcCoAS	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0564	0.0379	0.0579	0.0756	0.0138	0.0612	0.0372	0.034	0.0138	0.0411	0.0572	0.0411	0.1301	0.0245	0.0625	0.0245	0.1886
chr3L	21274537	21274725	chr3L:21274538-21274725	FBgn0027945	ppl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0974	0.092	0.1126	0.0869	0.052	0.1024	0.0973	0.1259	0.052	0.1377	0.1257	0.1377	0.1387	0.0904	0.0741	0.0904	0.1433
chr3L	21277925	21278076	chr3L:21277926-21278076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.039	0.0333	0.0555	0.0274	0.0127	0.0403	0.0376	0.044	0.0127	0.0417	0.0498	0.0417	0.0883	0.0138	0.0193	0.0138	0.0495
chr3L	21278198	21278383	chr3L:21278199-21278383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0583	0.0518	0.0806	0.0412	0.0265	0.0646	0.0584	0.0626	0.0265	0.0592	0.0711	0.0592	0.0868	0.0222	0.0264	0.0222	0.05
chr3L	21278732	21278913	chr3L:21278733-21278913	FBgn0037065,FBgn0259785	CG12974,pzg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1583	0.1413	0.1997	0.1319	0.105	0.1748	0.1397	0.1646	0.105	0.2301	0.2096	0.2301	0.2138	0.1302	0.1515	0.1302	0.1516
chr3L	21279052	21279235	chr3L:21279053-21279235	FBgn0037065,FBgn0259785	CG12974,pzg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2726	0.2549	0.318	0.2424	0.2195	0.3029	0.2448	0.2958	0.2195	0.3835	0.3395	0.3835	0.299	0.2565	0.2643	0.2565	0.2772
chr3L	21279405	21279556	chr3L:21279406-21279556	FBgn0037065,FBgn0259785	CG12974,pzg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.1043	0.1249	0.0726	0.0795	0.1112	0.1155	0.1272	0.0795	0.1624	0.1286	0.1624	0.1046	0.0605	0.0696	0.0605	0.0943
chr3L	21287362	21287587	chr3L:21287363-21287587	FBgn0037068	Cpr78Cb	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0388	0.0345	0.0304	0.0265	0.0432	0.0497	0.04	0.0265	0.0254	0.0572	0.0254	0.0163	0.01	0.1019	0.01	0.0094
chr3L	21289375	21289561	chr3L:21289376-21289561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.025	0.0242	0.0274	0.0234	0.0117	0.0262	0.0333	0.0227	0.0117	0.0254	0.0457	0.0254	0.0124	0.0145	0.0613	0.0145	0.0193
chr3L	21289729	21289929	chr3L:21289730-21289929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0333	0.0435	0.031	0.0244	0.0276	0.0481	0.0532	0.0373	0.0276	0.0284	0.0418	0.0284	0.0341	0.0253	0.0496	0.0253	0.0234
chr3L	21291786	21292057	chr3L:21291787-21292057	FBgn0263841	CG43702	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.1209	0.0259	0.0127	0.1304	0.0621	0.2067	0.1059	0.1304	0.0211	0.0331	0.0211	0.0294	0.01	0.0155	0.01	0.012
chr3L	21294960	21295119	chr3L:21294961-21295119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0217	0.0198	0.0263	0.0189	0.0085	0.0189	0.0285	0.0187	0.0085	0.0133	0.0495	0.0133	0.0147	0.0069	0.0632	0.0069	0.0083
chr3L	21296923	21297074	chr3L:21296924-21297074	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.028	0.0244	0.0336	0.0258	0.0159	0.0252	0.029	0.0293	0.0159	0.0344	0.0389	0.0344	0.0465	0.0283	0.0277	0.0283	0.0365
chr3L	21297192	21297393	chr3L:21297193-21297393	FBgn0037070,FBgn0037071	CG11309,CG7632	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0502	0.0406	0.0603	0.0497	0.0127	0.0437	0.0476	0.0513	0.0127	0.0658	0.065	0.0658	0.0759	0.0559	0.06	0.0559	0.0625
chr3L	21297470	21297652	chr3L:21297471-21297652	FBgn0037070,FBgn0037071	CG11309,CG7632	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1018	0.0763	0.1152	0.1154	0.0308	0.1053	0.0744	0.0893	0.0308	0.1425	0.1235	0.1425	0.1371	0.1447	0.1289	0.1447	0.1271
chr3L	21297700	21297906	chr3L:21297701-21297906	FBgn0037070,FBgn0037071	CG11309,CG7632	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1411	0.1255	0.1577	0.1404	0.0848	0.1495	0.1267	0.1546	0.0848	0.2005	0.1759	0.2005	0.1627	0.1646	0.1509	0.1646	0.1641
chr3L	21298164	21298520	chr3L:21298165-21298520	FBgn0037070,FBgn0037071	CG11309,CG7632	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0627	0.0643	0.0755	0.0468	0.0392	0.0709	0.0774	0.072	0.0392	0.0894	0.0865	0.0894	0.0798	0.0467	0.0438	0.0467	0.0615
chr3L	21298632	21299159	chr3L:21298633-21299159	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.0768	0.0562	0.0315	0.0668	0.066	0.1086	0.0773	0.0668	0.064	0.0659	0.064	0.0434	0.0329	0.0322	0.0329	0.038
chr3L	21308588	21308787	chr3L:21308589-21308787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0404	0.0259	0.0164	0.0318	0.0369	0.0606	0.0386	0.0318	0.032	0.0309	0.032	0.0201	0.0168	0.0206	0.0168	0.0167
chr3L	21308893	21309044	chr3L:21308894-21309044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.036	0.0234	0.0146	0.0265	0.032	0.0536	0.0333	0.0265	0.0278	0.0228	0.0278	0.0279	0.0092	0.0181	0.0092	0.0172
chr3L	21309401	21309632	chr3L:21309402-21309632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.032	0.0461	0.0302	0.0181	0.0329	0.0413	0.0662	0.042	0.0329	0.0302	0.036	0.0302	0.0225	0.0199	0.0155	0.0199	0.0214
chr3L	21309857	21310008	chr3L:21309858-21310008	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0292	0.0223	0.0109	0.0233	0.0296	0.0446	0.0253	0.0233	0.0302	0.0235	0.0302	0.0163	0.0123	0.009	0.0123	0.012
chr3L	21310647	21310829	chr3L:21310648-21310829	FBgn0003042	Pc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1302	0.1421	0.1572	0.0873	0.1177	0.1403	0.1618	0.1732	0.1177	0.2089	0.1585	0.2089	0.1053	0.0758	0.0928	0.0758	0.0891
chr3L	21311044	21311251	chr3L:21311045-21311251	FBgn0003042	Pc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1809	0.1775	0.2061	0.1572	0.122	0.1947	0.2111	0.1952	0.122	0.2572	0.2129	0.2572	0.1936	0.1554	0.1644	0.1554	0.173
chr3L	21311454	21311668	chr3L:21311455-21311668	FBgn0003042,FBgn0086913	Pc,Rab26	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0386	0.034	0.0357	0.0471	0.018	0.0393	0.042	0.032	0.018	0.0393	0.0402	0.0393	0.0333	0.0368	0.049	0.0368	0.0401
chr3L	21311748	21311899	chr3L:21311749-21311899	FBgn0086913	Rab26	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0278	0.0161	0.0235	0.0455	0.0074	0.0175	0.0234	0.0147	0.0074	0.0284	0.0209	0.0284	0.024	0.0222	0.0284	0.0222	0.0214
chr3L	21312430	21312581	chr3L:21312431-21312581	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0096	0.0124	0.0409	0.0021	0.0078	0.0156	0.01	0.0021	0.0066	0.0135	0.0066	0.017	0.0092	0.0142	0.0092	0.0203
chr3L	21312883	21313034	chr3L:21312884-21313034	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0072	0.0072	0.0255	0.0032	0.0053	0.0121	0.0067	0.0032	0.0042	0.0068	0.0042	0.0077	0.0046	0.0026	0.0046	0.0099
chr3L	21315264	21315513	chr3L:21315265-21315513	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0343	0.0184	0.0256	0.0212	0.0238	0.0623	0.026	0.0212	0.0248	0.0177	0.0248	0.0062	0.01	0.009	0.01	0.0078
chr3L	21317904	21318055	chr3L:21317905-21318055	distal	distal	stage14	stage14	VT34256.1	VT34256.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0142	0.0105	0.0156	0.0053	0.0189	0.0216	0.008	0.0053	0.0121	0.01	0.0121	0.0046	0.0015	0.0045	0.0015	0.0047
chr3L	21322977	21323128	chr3L:21322978-21323128	distal	distal	none	none	VT34259.1	VT34259.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0165	0.0228	0.0161	0.01	0.018	0.0184	0.0342	0.0193	0.018	0.0187	0.0174	0.0187	0.0147	0.0061	0.0064	0.0061	0.0115
chr3L	21324359	21324510	chr3L:21324360-21324510	distal	distal	none	none	VT34259.1	VT34259.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0145	0.01	0.0124	0.0053	0.0092	0.0251	0.0173	0.0053	0.0097	0.0103	0.0097	0.0124	0.0107	0.0064	0.0107	0.0073
chr3L	21327840	21328068	chr3L:21327841-21328068	FBgn0037073	CG7338	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0675	0.069	0.0754	0.0572	0.0435	0.0801	0.0804	0.0713	0.0435	0.0773	0.09	0.0773	0.079	0.0605	0.0613	0.0605	0.0761
chr3L	21328173	21328358	chr3L:21328174-21328358	FBgn0037073	CG7338	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1664	0.1528	0.1928	0.1526	0.1103	0.1917	0.151	0.1805	0.1103	0.2331	0.2106	0.2331	0.2169	0.1891	0.1476	0.1891	0.1939
chr3L	21328468	21328637	chr3L:21328469-21328637	FBgn0037073	CG7338	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.072	0.0632	0.0893	0.0627	0.0467	0.0782	0.0666	0.0746	0.0467	0.1111	0.0955	0.1111	0.1022	0.0735	0.0625	0.0735	0.0818
chr3L	21336473	21336706	chr3L:21336474-21336706	FBgn0037074,FBgn0052436	CG32436,CG7324	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0902	0.0773	0.1029	0.0908	0.0435	0.0854	0.0813	0.1013	0.0435	0.1244	0.1048	0.1244	0.1425	0.1064	0.0928	0.1064	0.1391
chr3L	21336743	21336918	chr3L:21336744-21336918	FBgn0037074,FBgn0052436	CG32436,CG7324	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.1024	0.1292	0.1124	0.0668	0.116	0.109	0.1286	0.0668	0.157	0.1444	0.157	0.1503	0.1386	0.1225	0.1386	0.1501
chr3L	21337151	21337308	chr3L:21337152-21337308	FBgn0037074,FBgn0052436	CG32436,CG7324	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0309	0.0368	0.0316	0.018	0.0325	0.0394	0.0373	0.018	0.038	0.0447	0.038	0.0457	0.0398	0.0348	0.0398	0.0443
chr3L	21339565	21340068	chr3L:21339566-21340068	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT34268.1	VT34268.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2021	0.2778	0.1868	0.1344	0.2375	0.2835	0.3097	0.3418	0.2375	0.1643	0.227	0.1643	0.1627	0.1026	0.1302	0.1026	0.1073
chr3L	21340175	21340416	chr3L:21340176-21340416	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT34268.1,VT34269.1	VT34268.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1278	0.1618	0.128	0.0897	0.1336	0.1694	0.1929	0.1805	0.1336	0.1486	0.1492	0.1486	0.1239	0.0865	0.078	0.0865	0.1006
chr3L	21340806	21340962	chr3L:21340807-21340962	distal	distal	stage5	stage5	VT34268.1,VT34269.1	VT34268.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0599	0.0338	0.0253	0.0445	0.0665	0.064	0.0759	0.0445	0.0399	0.0347	0.0399	0.0287	0.0314	0.0219	0.0314	0.0292
chr3L	21342286	21342454	chr3L:21342287-21342454	FBgn0037076	ebd2	stage11,stage14,stage5	none	VT34269.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0327	0.0305	0.0425	0.0148	0.0427	0.0337	0.0446	0.0148	0.0145	0.0347	0.0145	0.0666	0.0176	0.0864	0.0176	0.049
chr3L	21353015	21353183	chr3L:21353016-21353183	FBgn0052440	CG32440	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0398	0.0352	0.026	0.0223	0.0383	0.0411	0.0606	0.0223	0.0501	0.0338	0.0501	0.0449	0.0337	0.0251	0.0337	0.0469
chr3L	21373472	21373623	chr3L:21373473-21373623	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.01	0.006	0.0086	0.016	0.0064	0.0063	0.0069	0.004	0.0064	0.0133	0.0051	0.0133	0.0163	0.0567	0.0052	0.0567	0.0104
chr3L	21373855	21374006	chr3L:21373856-21374006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0104	0.0087	0.0095	0.0132	0.0095	0.0097	0.0125	0.0053	0.0095	0.0127	0.008	0.0127	0.0124	0.0314	0.0039	0.0314	0.0182
chr3L	21374138	21374289	chr3L:21374139-21374289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0163	0.0143	0.0213	0.0117	0.0165	0.0242	0.014	0.0117	0.0193	0.0151	0.0193	0.0116	0.0429	0.0064	0.0429	0.0261
chr3L	21375029	21375180	chr3L:21375030-21375180	FBgn0261258	rgn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.007	0.008	0.0159	0.0053	0.0063	0.0112	0.0067	0.0053	0.0079	0.008	0.0079	0.0101	0.0061	0.009	0.0061	0.0156
chr3L	21375503	21375654	chr3L:21375504-21375654	FBgn0261258	rgn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0158	0.0106	0.011	0.0269	0.0064	0.0087	0.0212	0.006	0.0064	0.0109	0.0096	0.0109	0.0139	0.0161	0.0084	0.0161	0.0255
chr3L	21379272	21379423	chr3L:21379273-21379423	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0129	0.0108	0.0098	0.0187	0.0074	0.0112	0.0182	0.006	0.0074	0.0097	0.0071	0.0097	0.0178	0.0153	0.0045	0.0153	0.0141
chr3L	21383328	21383479	chr3L:21383329-21383479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0085	0.0072	0.0066	0.012	0.0053	0.0044	0.0147	0.0053	0.0053	0.0048	0.009	0.0048	0.0077	0.0046	0.0342	0.0046	0.0099
chr3L	21393356	21393507	chr3L:21393357-21393507	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0057	0.0117	0.0202	0.0032	0.0063	0.0104	0.004	0.0032	0.0133	0.0071	0.0133	0.0287	0.0115	0.0116	0.0115	0.0516
chr3L	21411302	21411453	chr3L:21411303-21411453	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0162	0.0141	0.0138	0.021	0.0095	0.0097	0.0229	0.0127	0.0095	0.0181	0.017	0.0181	0.0139	0.0069	0.0645	0.0069	0.0141
chr3L	21412074	21412225	chr3L:21412075-21412225	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.0127	0.0107	0.0123	0.0095	0.0117	0.0173	0.0153	0.0095	0.0085	0.0158	0.0085	0.0077	0.0107	0.0219	0.0107	0.012
chr3L	21425878	21426055	chr3L:21425879-21426055	FBgn0005694,FBgn0037081	Aef1,barc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.0596	0.0684	0.0497	0.0318	0.0699	0.0709	0.0613	0.0318	0.0827	0.0672	0.0827	0.0782	0.0559	0.0477	0.0559	0.0651
chr3L	21426134	21426331	chr3L:21426135-21426331	FBgn0005694,FBgn0037081	Aef1,barc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1621	0.1454	0.1966	0.143	0.0827	0.1859	0.1436	0.1805	0.0827	0.2452	0.2074	0.2452	0.2076	0.1662	0.1373	0.1662	0.1819
chr3L	21426432	21426611	chr3L:21426433-21426611	FBgn0005694,FBgn0037081	Aef1,barc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1366	0.0957	0.1822	0.1323	0.0509	0.135	0.0822	0.1199	0.0509	0.2319	0.1981	0.2319	0.1882	0.1409	0.1425	0.1409	0.1699
chr3L	21426672	21426866	chr3L:21426673-21426866	FBgn0005694,FBgn0037081	Aef1,barc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0863	0.0465	0.1119	0.1028	0.0223	0.0655	0.0428	0.0526	0.0223	0.1425	0.1232	0.1425	0.1301	0.1172	0.1283	0.1172	0.1298
chr3L	21426890	21427083	chr3L:21426891-21427083	FBgn0005694	Aef1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0941	0.0413	0.1112	0.1345	0.0127	0.0602	0.0428	0.0453	0.0127	0.1141	0.1235	0.1141	0.1627	0.1348	0.185	0.1348	0.185
chr3L	21427211	21427401	chr3L:21427212-21427401	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0578	0.0345	0.0662	0.0746	0.0064	0.0461	0.0394	0.038	0.0064	0.0489	0.0823	0.0489	0.1015	0.0643	0.1283	0.0643	0.0891
chr3L	21432882	21433033	chr3L:21432883-21433033	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0208	0.033	0.0175	0.0107	0.0148	0.0204	0.067	0.026	0.0148	0.0242	0.0212	0.0242	0.0139	0.0138	0.0116	0.0138	0.0099
chr3L	21434129	21434347	chr3L:21434130-21434347	FBgn0037082	CG5664	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0657	0.0647	0.0418	0.0467	0.0718	0.074	0.0773	0.0467	0.0737	0.0756	0.0737	0.0581	0.0368	0.0387	0.0368	0.0552
chr3L	21434410	21434590	chr3L:21434411-21434590	FBgn0037082	CG5664	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1098	0.1083	0.1264	0.0933	0.0827	0.1209	0.1202	0.1246	0.0827	0.16	0.1395	0.16	0.127	0.0995	0.0858	0.0995	0.1282
chr3L	21434645	21434859	chr3L:21434646-21434859	FBgn0037082	CG5664	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0767	0.0693	0.0873	0.0734	0.0435	0.0762	0.0804	0.0826	0.0435	0.0954	0.0981	0.0954	0.1092	0.0704	0.0832	0.0704	0.112
chr3L	21437790	21437941	chr3L:21437791-21437941	FBgn0037083	CG5656	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.028	0.0308	0.0266	0.0265	0.0138	0.0223	0.0584	0.026	0.0138	0.0308	0.0347	0.0308	0.0178	0.0138	0.0722	0.0138	0.0188
chr3L	21438061	21438212	chr3L:21438062-21438212	FBgn0037083	CG5656	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0221	0.0212	0.0201	0.0253	0.0117	0.0141	0.0394	0.0167	0.0117	0.0236	0.028	0.0236	0.0108	0.0161	0.0651	0.0161	0.0214
chr3L	21438803	21438983	chr3L:21438804-21438983	FBgn0086377	Syx7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1282	0.1189	0.1505	0.1142	0.0742	0.1456	0.128	0.1399	0.0742	0.189	0.1653	0.189	0.1541	0.1225	0.1328	0.1225	0.1371
chr3L	21439129	21439458	chr3L:21439130-21439458	FBgn0086377	Syx7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0761	0.0703	0.0893	0.068	0.0403	0.0782	0.0843	0.0846	0.0403	0.1171	0.0965	0.1171	0.093	0.075	0.0761	0.075	0.0797
chr3L	21441486	21441637	chr3L:21441487-21441637	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0202	0.0316	0.0125	0.0074	0.0228	0.026	0.024	0.0074	0.0393	0.045	0.0393	0.0132	0.0084	0.0258	0.0084	0.0073
chr3L	21441718	21441869	chr3L:21441719-21441869	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0201	0.0219	0.0246	0.0131	0.0064	0.0199	0.0307	0.03	0.0064	0.0181	0.0415	0.0181	0.0108	0.0084	0.0219	0.0084	0.0135
chr3L	21442395	21442708	chr3L:21442396-21442708	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.044	0.0879	0.0272	0.0134	0.0742	0.0762	0.122	0.0933	0.0742	0.0217	0.0431	0.0217	0.0163	0.0138	0.02	0.0138	0.012
chr3L	21444641	21444825	chr3L:21444642-21444825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0202	0.0247	0.0222	0.013	0.0085	0.0214	0.0303	0.038	0.0085	0.0217	0.0222	0.0217	0.0163	0.0299	0.0116	0.0299	0.0094
chr3L	21445217	21445368	chr3L:21445218-21445368	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0243	0.014	0.0212	0.0391	0.0042	0.0184	0.0173	0.016	0.0042	0.038	0.018	0.038	0.0139	0.1585	0.0155	0.1585	0.0141
chr3L	21446646	21446853	chr3L:21446647-21446853	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Syx7_8977	Syx7_8977	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0458	0.038	0.0699	0.028	0.0042	0.0811	0.0281	0.0313	0.0042	0.195	0.0534	0.195	0.0279	0.0337	0.0355	0.0337	0.0422
chr3L	21447023	21447197	chr3L:21447024-21447197	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0402	0.0333	0.0589	0.0274	0.0095	0.0617	0.0294	0.0286	0.0095	0.1455	0.0492	0.1455	0.0325	0.0306	0.0348	0.0306	0.0438
chr3L	21447273	21447424	chr3L:21447274-21447424	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0245	0.0253	0.0327	0.0145	0.0085	0.0515	0.0221	0.0173	0.0085	0.0791	0.026	0.0791	0.0186	0.0191	0.0206	0.0191	0.0151
chr3L	21448025	21448176	chr3L:21448026-21448176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0153	0.0166	0.0153	0.0074	0.0097	0.0234	0.022	0.0074	0.0187	0.0138	0.0187	0.0085	0.0069	0.0058	0.0069	0.0083
chr3L	21448617	21448768	chr3L:21448618-21448768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.019	0.0262	0.0204	0.0093	0.0106	0.0248	0.029	0.042	0.0106	0.0236	0.0206	0.0236	0.0116	0.0161	0.0077	0.0161	0.0063
chr3L	21449566	21449717	chr3L:21449567-21449717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0183	0.0108	0.0225	0.022	0.0011	0.0126	0.0164	0.01	0.0011	0.055	0.0154	0.055	0.0163	0.0574	0.0129	0.0574	0.0214
chr3L	21450732	21450883	chr3L:21450733-21450883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0163	0.0108	0.0216	0.0167	0.0042	0.016	0.0117	0.01	0.0042	0.0447	0.0183	0.0447	0.0178	0.0505	0.0077	0.0505	0.0135
chr3L	21451847	21452137	chr3L:21451848-21452137	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.058	0.0408	0.0772	0.0563	0.017	0.0519	0.0484	0.048	0.017	0.0459	0.0585	0.0459	0.0465	0.023	0.0284	0.023	0.0261
chr3L	21453277	21453607	chr3L:21453278-21453607	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0918	0.0975	0.1131	0.0621	0.0626	0.0874	0.0887	0.1719	0.0626	0.0513	0.21	0.0513	0.0534	0.0383	0.1683	0.0383	0.024
chr3L	21453700	21453928	chr3L:21453701-21453928	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0888	0.1017	0.0919	0.0709	0.0668	0.1029	0.093	0.1552	0.0668	0.0864	0.1074	0.0864	0.0813	0.0957	0.0722	0.0957	0.0438
chr3L	21455684	21455968	chr3L:21455685-21455968	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0483	0.043	0.0727	0.0273	0.0201	0.0689	0.0415	0.044	0.0201	0.1612	0.0601	0.1612	0.0372	0.0666	0.0116	0.0666	0.012
chr3L	21456350	21456623	chr3L:21456351-21456623	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.045	0.0537	0.0558	0.0233	0.0276	0.0767	0.0597	0.05	0.0276	0.1002	0.0518	0.1002	0.0418	0.0528	0.0168	0.0528	0.0156
chr3L	21457395	21457546	chr3L:21457396-21457546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0189	0.0177	0.0245	0.0142	0.0064	0.0257	0.0225	0.0127	0.0064	0.0284	0.0206	0.0284	0.0488	0.0184	0.0129	0.0184	0.0182
chr3L	21458608	21458806	chr3L:21458609-21458806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0366	0.0184	0.0402	0.0529	0.0021	0.0252	0.0247	0.022	0.0021	0.064	0.0373	0.064	0.0503	0.1669	0.0271	0.1669	0.0417
chr3L	21459180	21459340	chr3L:21459181-21459340	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0279	0.0211	0.0255	0.0383	0.0095	0.0243	0.0268	0.0213	0.0095	0.0374	0.0254	0.0374	0.0294	0.1133	0.0193	0.1133	0.0297
chr3L	21460784	21461001	chr3L:21460785-21461001	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0324	0.0584	0.0244	0.0123	0.0223	0.0854	0.0471	0.0713	0.0223	0.032	0.0273	0.032	0.024	0.0329	0.0058	0.0329	0.0094
chr3L	21464633	21464890	chr3L:21464634-21464890	distal	distal	none	none	croc_7kb3prime	croc_7kb3prime	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0333	0.0541	0.0317	0.0117	0.0255	0.0437	0.0804	0.0693	0.0255	0.0296	0.0296	0.0296	0.0318	0.0069	0.011	0.0069	0.0125
chr3L	21465056	21465239	chr3L:21465057-21465239	distal	distal	stage5	stage5	croc_7kb3prime	croc_7kb3prime	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0424	0.0794	0.0371	0.0068	0.0403	0.0883	0.0891	0.1079	0.0403	0.0393	0.0395	0.0393	0.024	0.0069	0.0058	0.0069	0.0052
chr3L	21469628	21469843	chr3L:21469629-21469843	FBgn0014143	croc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2284	0.2269	0.2652	0.1895	0.1813	0.2544	0.2357	0.2712	0.1813	0.3647	0.2785	0.3647	0.2742	0.2619	0.1825	0.2619	0.2168
chr3L	21469953	21470171	chr3L:21469954-21470171	FBgn0014143	croc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1508	0.1554	0.1591	0.1365	0.1135	0.1646	0.1752	0.1899	0.1135	0.1812	0.1711	0.1812	0.1487	0.1455	0.1244	0.1455	0.1199
chr3L	21472803	21473053	chr3L:21472804-21473053	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1825	0.1944	0.1947	0.156	0.1538	0.2233	0.2124	0.2219	0.1538	0.2452	0.165	0.2452	0.1967	0.1922	0.0948	0.1922	0.148
chr3L	21473594	21473745	chr3L:21473595-21473745	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0353	0.0712	0.0217	0.0102	0.07	0.0485	0.1012	0.0773	0.07	0.0193	0.0251	0.0193	0.0163	0.0092	0.0116	0.0092	0.0089
chr3L	21474118	21474269	chr3L:21474119-21474269	distal	distal	none	none	croc_4kb	croc_4kb	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0664	0.023	0.0131	0.0509	0.0301	0.1155	0.072	0.0509	0.0302	0.0257	0.0302	0.0201	0.0153	0.0123	0.0153	0.012
chr3L	21474858	21475079	chr3L:21474859-21475079	distal	distal	stage5	stage5	croc_4kb	croc_4kb	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0492	0.1155	0.0214	0.0056	0.0891	0.101	0.1163	0.1719	0.0891	0.0248	0.0206	0.0248	0.0155	0.0046	0.0071	0.0046	0.0042
chr3L	21475307	21475458	chr3L:21475308-21475458	distal	distal	stage5	stage5	croc_4kb	croc_4kb	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.029	0.0596	0.0192	0.0057	0.0488	0.0359	0.0696	0.0913	0.0488	0.0229	0.0206	0.0229	0.0163	0.0077	0.0071	0.0077	0.0052
chr3L	21475475	21475626	chr3L:21475476-21475626	distal	distal	stage5	stage5	croc_4kb	croc_4kb	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0484	0.0214	0.0081	0.0361	0.0354	0.0489	0.0746	0.0361	0.0254	0.026	0.0254	0.0147	0.013	0.0097	0.013	0.0068
chr3L	21477099	21477349	chr3L:21477100-21477349	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	croc_4kb	croc_4kb	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2495	0.2433	0.2863	0.2161	0.1665	0.2917	0.2556	0.2825	0.1665	0.317	0.3161	0.317	0.2998	0.2037	0.2463	0.2037	0.2491
chr3L	21482028	21482179	chr3L:21482029-21482179	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0185	0.0373	0.0113	0.0054	0.0191	0.0184	0.0835	0.0227	0.0191	0.0091	0.0177	0.0091	0.007	0.0038	0.0064	0.0038	0.0052
chr3L	21482389	21482540	chr3L:21482390-21482540	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0176	0.0323	0.0138	0.0053	0.0127	0.0218	0.0692	0.0173	0.0127	0.0115	0.0203	0.0115	0.0132	0.0054	0.0039	0.0054	0.0063
chr3L	21482985	21483136	chr3L:21482986-21483136	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0224	0.0415	0.0171	0.0068	0.0201	0.0209	0.09	0.0253	0.0201	0.0193	0.0232	0.0193	0.0147	0.0061	0.0103	0.0061	0.0057
chr3L	21483654	21483869	chr3L:21483655-21483869	FBgn0037085	Neu2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.1061	0.0296	0.0171	0.0817	0.0408	0.2163	0.0779	0.0817	0.0266	0.0389	0.0266	0.0279	0.0207	0.0206	0.0207	0.013
chr3L	21486099	21486281	chr3L:21486100-21486281	FBgn0037086,FBgn0037087	CG7202,CG7519	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0583	0.0477	0.0645	0.0635	0.0265	0.0524	0.0545	0.0606	0.0265	0.0713	0.072	0.0713	0.0868	0.0651	0.0729	0.0651	0.0896
chr3L	21486350	21486560	chr3L:21486351-21486560	FBgn0037086,FBgn0037087	CG7202,CG7519	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0432	0.0305	0.0519	0.0479	0.0042	0.0369	0.0385	0.0373	0.0042	0.0501	0.0543	0.0501	0.079	0.0505	0.0548	0.0505	0.0672
chr3L	21489871	21490121	chr3L:21489872-21490121	FBgn0015239	Hr78	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.0441	0.0806	0.0485	0.0148	0.0515	0.0497	0.0613	0.0148	0.0773	0.118	0.0773	0.0674	0.0513	0.0761	0.0513	0.0521
chr3L	21490254	21490442	chr3L:21490255-21490442	FBgn0015239,FBgn0264554	CG43933,Hr78	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1506	0.1361	0.1878	0.126	0.0785	0.1549	0.138	0.1839	0.0785	0.2271	0.2386	0.2271	0.1572	0.1516	0.167	0.1516	0.1313
chr3L	21490524	21490706	chr3L:21490525-21490706	FBgn0015239,FBgn0264554	CG43933,Hr78	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1599	0.1474	0.189	0.142	0.0827	0.1733	0.1648	0.1799	0.0827	0.2343	0.2267	0.2343	0.1766	0.1577	0.1696	0.1577	0.1636
chr3L	21490807	21491004	chr3L:21490808-21491004	FBgn0015239,FBgn0264554	CG43933,Hr78	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0569	0.0515	0.0652	0.0538	0.0255	0.0534	0.0701	0.0546	0.0255	0.067	0.0839	0.067	0.0759	0.0567	0.0774	0.0567	0.062
chr3L	21500573	21500758	chr3L:21500574-21500758	FBgn0037092,FBgn0264561	Glg1,M6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1789	0.1441	0.2208	0.1718	0.0912	0.1796	0.1557	0.1679	0.0912	0.2675	0.2486	0.2675	0.2022	0.173	0.1825	0.173	0.2022
chr3L	21500863	21501035	chr3L:21500864-21501035	FBgn0037092,FBgn0264561	Glg1,M6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1642	0.1239	0.2032	0.1664	0.0817	0.1534	0.1349	0.1392	0.0817	0.2258	0.2363	0.2258	0.2022	0.1508	0.1979	0.1508	0.1892
chr3L	21501107	21501274	chr3L:21501108-21501274	FBgn0037092,FBgn0264561	Glg1,M6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0848	0.0497	0.1053	0.1014	0.0339	0.066	0.0515	0.0553	0.0339	0.1008	0.1328	0.1008	0.1131	0.0674	0.1496	0.0674	0.112
chr3L	21502875	21503040	chr3L:21502876-21503040	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0237	0.042	0.0393	0.0106	0.0286	0.032	0.0266	0.0106	0.0187	0.0441	0.0187	0.1046	0.01	0.049	0.01	0.0844
chr3L	21503423	21503600	chr3L:21503424-21503600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0327	0.0269	0.0401	0.0309	0.0095	0.0291	0.0441	0.0213	0.0095	0.0266	0.0415	0.0266	0.0945	0.0123	0.0329	0.0123	0.0667
chr3L	21508624	21508840	chr3L:21508625-21508840	FBgn0026371	SAK	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.1128	0.1218	0.066	0.0923	0.1194	0.1362	0.1279	0.0923	0.1588	0.1293	0.1588	0.1139	0.075	0.0651	0.075	0.0714
chr3L	21508911	21509093	chr3L:21508912-21509093	FBgn0026371,FBgn0037093	Cdk12,SAK	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1488	0.1392	0.1784	0.1271	0.1082	0.1578	0.154	0.1646	0.1082	0.2246	0.1916	0.2246	0.1619	0.1286	0.1483	0.1286	0.1485
chr3L	21509300	21509502	chr3L:21509301-21509502	FBgn0026371,FBgn0037093	Cdk12,SAK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.1611	0.1997	0.1574	0.1209	0.1796	0.1808	0.1932	0.1209	0.2355	0.2241	0.2355	0.1851	0.1654	0.1657	0.1654	0.1813
chr3L	21509765	21509942	chr3L:21509766-21509942	FBgn0037093	Cdk12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2224	0.2203	0.2546	0.1894	0.193	0.2476	0.2349	0.2525	0.193	0.3267	0.2762	0.3267	0.2262	0.209	0.2044	0.209	0.198
chr3L	21510152	21510328	chr3L:21510153-21510328	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1911	0.1879	0.2235	0.1592	0.14	0.2189	0.2102	0.2165	0.14	0.2766	0.237	0.2766	0.2223	0.1723	0.1773	0.1723	0.1855
chr3L	21510449	21510600	chr3L:21510450-21510600	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0642	0.0608	0.0791	0.0518	0.0392	0.068	0.0748	0.0633	0.0392	0.1069	0.0801	0.1069	0.0806	0.0574	0.0554	0.0574	0.0636
chr3L	21516187	21516386	chr3L:21516188-21516386	FBgn0037094	CG7611	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1582	0.1635	0.175	0.1338	0.1357	0.1675	0.1834	0.2012	0.1357	0.2107	0.2013	0.2107	0.1596	0.1554	0.1386	0.1554	0.1647
chr3L	21516426	21516681	chr3L:21516427-21516681	FBgn0037094	CG7611	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1833	0.1853	0.2173	0.1439	0.1506	0.199	0.1981	0.2365	0.1506	0.2313	0.2714	0.2313	0.182	0.1531	0.1689	0.1531	0.1574
chr3L	21517009	21517243	chr3L:21517010-21517243	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0756	0.0734	0.0883	0.0641	0.0498	0.0869	0.0856	0.0813	0.0498	0.0839	0.1154	0.0839	0.0705	0.0544	0.0793	0.0544	0.0787
chr3L	21517326	21517532	chr3L:21517327-21517532	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0669	0.072	0.0721	0.0556	0.0498	0.0772	0.0817	0.0893	0.0498	0.0839	0.0801	0.0839	0.0798	0.0482	0.0542	0.0482	0.0912
chr3L	21517750	21517901	chr3L:21517751-21517901	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0302	0.0333	0.0303	0.0266	0.0233	0.0272	0.0519	0.034	0.0233	0.0344	0.0315	0.0344	0.0418	0.013	0.0193	0.013	0.0631
chr3L	21522000	21522261	chr3L:21522001-21522261	FBgn0052442,FBgn0264469	CG32442,CR43877	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0922	0.0997	0.108	0.0664	0.0817	0.0971	0.1189	0.1199	0.0817	0.1244	0.119	0.1244	0.1201	0.0789	0.0625	0.0789	0.0776
chr3L	21522335	21522516	chr3L:21522336-21522516	FBgn0052442	CG32442	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1157	0.1193	0.1284	0.0978	0.0838	0.1204	0.1414	0.1406	0.0838	0.1522	0.1473	0.1522	0.1371	0.1164	0.0883	0.1164	0.1219
chr3L	21526416	21526567	chr3L:21526417-21526567	FBgn0029152	Mkrn1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0858	0.0927	0.0982	0.0645	0.0647	0.0981	0.1202	0.0946	0.0647	0.1178	0.11	0.1178	0.0852	0.0804	0.06	0.0804	0.0714
chr3L	21526704	21526898	chr3L:21526705-21526898	FBgn0029152	Mkrn1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1701	0.1781	0.1933	0.1356	0.1326	0.2	0.2115	0.1885	0.1326	0.2409	0.2215	0.2409	0.1704	0.1669	0.1283	0.1669	0.1501
chr3L	21529738	21529907	chr3L:21529739-21529907	FBgn0015283	Pros54	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0786	0.0744	0.0892	0.0717	0.0318	0.0811	0.096	0.0919	0.0318	0.1178	0.091	0.1178	0.086	0.0689	0.0683	0.0689	0.0797
chr3L	21530040	21530245	chr3L:21530041-21530245	FBgn0015283	Pros54	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1639	0.1567	0.1855	0.1482	0.1007	0.1762	0.1869	0.1832	0.1007	0.2095	0.2035	0.2095	0.1805	0.1531	0.1502	0.1531	0.1787
chr3L	21532001	21532370	chr3L:21532002-21532370	FBgn0263911	CoVIII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1274	0.1264	0.1522	0.1012	0.0933	0.1359	0.1553	0.1386	0.0933	0.1812	0.163	0.1812	0.1572	0.1026	0.1057	0.1026	0.1277
chr3L	21532465	21532638	chr3L:21532466-21532638	FBgn0028663,FBgn0263911	CoVIII,VhaM9.7-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1618	0.1457	0.1938	0.1445	0.0986	0.1752	0.1631	0.1566	0.0986	0.2633	0.2013	0.2633	0.1782	0.1585	0.1567	0.1585	0.1688
chr3L	21532866	21533042	chr3L:21532867-21533042	FBgn0028663,FBgn0263911	CoVIII,VhaM9.7-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1527	0.1256	0.1838	0.1489	0.0785	0.1505	0.1349	0.1466	0.0785	0.2548	0.1907	0.2548	0.1828	0.1639	0.1547	0.1639	0.1907
chr3L	21533096	21533293	chr3L:21533097-21533293	FBgn0028663	VhaM9.7-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0916	0.0713	0.1157	0.0877	0.0318	0.0927	0.0783	0.0793	0.0318	0.1413	0.1203	0.1413	0.1263	0.0919	0.0999	0.0919	0.1183
chr3L	21542727	21542878	chr3L:21542728-21542878	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0146	0.0196	0.0157	0.0077	0.0127	0.0146	0.0359	0.0127	0.0127	0.0181	0.018	0.0181	0.0132	0.0107	0.0039	0.0107	0.013
chr3L	21547574	21547893	chr3L:21547575-21547893	FBgn0037098	Wnk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1027	0.0947	0.1143	0.0987	0.0509	0.1068	0.1112	0.1106	0.0509	0.1184	0.1354	0.1184	0.1046	0.1087	0.1044	0.1087	0.1214
chr3L	21548026	21548207	chr3L:21548027-21548207	FBgn0037098	Wnk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1559	0.15	0.1717	0.145	0.1103	0.1549	0.1765	0.1879	0.1103	0.183	0.2035	0.183	0.172	0.1539	0.1586	0.1539	0.1657
chr3L	21551004	21551155	chr3L:21551005-21551155	FBgn0037099	CG7173	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0121	0.0162	0.0241	0.0021	0.0117	0.0203	0.0113	0.0021	0.0187	0.0196	0.0187	0.0194	0.0123	0.0658	0.0123	0.0172
chr3L	21551251	21551402	chr3L:21551252-21551402	FBgn0037099	CG7173	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0165	0.0118	0.0165	0.0216	0.0032	0.0087	0.0199	0.0133	0.0032	0.0145	0.0238	0.0145	0.0147	0.0061	0.069	0.0061	0.0109
chr3L	21558176	21558327	chr3L:21558177-21558327	FBgn0037101	CG7634	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0118	0.0113	0.016	0.0053	0.0117	0.0156	0.0133	0.0053	0.0127	0.0119	0.0127	0.0085	0.0046	0.0077	0.0046	0.0057
chr3L	21561928	21562119	chr3L:21561929-21562119	FBgn0037102,FBgn0052438	CG7172,Smc5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1447	0.1366	0.1698	0.1262	0.1092	0.1534	0.1371	0.1686	0.1092	0.2258	0.1881	0.2258	0.1735	0.1447	0.1496	0.1447	0.1631
chr3L	21562258	21562422	chr3L:21562259-21562422	FBgn0037102,FBgn0052438	CG7172,Smc5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1438	0.1321	0.1722	0.1257	0.0901	0.1505	0.1414	0.1579	0.0901	0.2234	0.1894	0.2234	0.1743	0.1355	0.1573	0.1355	0.1553
chr3L	21562614	21562897	chr3L:21562615-21562897	FBgn0052438	Smc5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0553	0.056	0.0697	0.0387	0.0308	0.0524	0.074	0.0706	0.0308	0.0827	0.0733	0.0827	0.0666	0.0551	0.0419	0.0551	0.0464
chr3L	21567062	21567213	chr3L:21567063-21567213	FBgn0052441,FBgn0262330	CG32441,mir-193	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0359	0.0424	0.024	0.017	0.0354	0.0471	0.0426	0.017	0.0465	0.0486	0.0465	0.0449	0.026	0.0213	0.026	0.0328
chr3L	21567501	21567690	chr3L:21567502-21567690	FBgn0052441,FBgn0262330	CG32441,mir-193	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1499	0.1458	0.1759	0.126	0.0891	0.1597	0.1765	0.1652	0.0891	0.2029	0.1981	0.2029	0.1782	0.1325	0.1264	0.1325	0.1579
chr3L	21567800	21567951	chr3L:21567801-21567951	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0536	0.0819	0.0492	0.0223	0.0621	0.0701	0.0566	0.0223	0.0912	0.0952	0.0912	0.086	0.0459	0.0522	0.0459	0.0568
chr3L	21567983	21568162	chr3L:21567984-21568162	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.054	0.0551	0.0344	0.0286	0.0597	0.0748	0.0513	0.0286	0.0586	0.0659	0.0586	0.0558	0.0413	0.0361	0.0413	0.0417
chr3L	21570636	21570787	chr3L:21570637-21570787	FBgn0264567	CR43939	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0207	0.0284	0.0169	0.0074	0.0272	0.0242	0.02	0.0074	0.035	0.0305	0.035	0.0163	0.0092	0.0064	0.0092	0.0146
chr3L	21571913	21572130	chr3L:21571914-21572130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0255	0.0287	0.0177	0.0042	0.0267	0.0381	0.028	0.0042	0.0302	0.0305	0.0302	0.0163	0.013	0.0135	0.013	0.0109
chr3L	21572837	21573056	chr3L:21572838-21573056	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.041	0.0247	0.0107	0.0308	0.0325	0.0545	0.056	0.0308	0.0236	0.0283	0.0236	0.0124	0.0069	0.0077	0.0069	0.0099
chr3L	21577895	21578135	chr3L:21577896-21578135	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT34389.1,VT34390.1	VT34389.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1667	0.1629	0.2042	0.1299	0.1113	0.1816	0.1899	0.1885	0.1113	0.2977	0.227	0.2977	0.1115	0.1784	0.1173	0.1784	0.099
chr3L	21578731	21578963	chr3L:21578732-21578963	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT34390.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0392	0.0429	0.0425	0.0315	0.0138	0.0485	0.0536	0.0533	0.0138	0.0531	0.0453	0.0531	0.0434	0.049	0.0213	0.049	0.0386
chr3L	21580945	21581096	chr3L:21580946-21581096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0207	0.0214	0.0106	0.0106	0.015	0.0311	0.0233	0.0106	0.0278	0.0212	0.0278	0.0085	0.0046	0.0039	0.0046	0.0052
chr3L	21583106	21583257	chr3L:21583107-21583257	distal	distal	none	none	VT34392.1	VT34392.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0151	0.0173	0.0156	0.0032	0.015	0.0221	0.018	0.0032	0.0211	0.0186	0.0211	0.0077	0.0115	0.0103	0.0115	0.0063
chr3L	21584380	21584566	chr3L:21584381-21584566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0259	0.0189	0.0442	0.0136	0.0074	0.0301	0.0212	0.0193	0.0074	0.0888	0.046	0.0888	0.017	0.0161	0.0168	0.0161	0.013
chr3L	21587280	21587506	chr3L:21587281-21587506	FBgn0264568	CR43940	stage5	none	VT34395.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0278	0.0466	0.024	0.0109	0.035	0.0345	0.0809	0.0406	0.035	0.032	0.0193	0.032	0.0147	0.013	0.0084	0.013	0.0104
chr3L	21591412	21591774	chr3L:21591413-21591774	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2463	0.2438	0.2991	0.1911	0.2015	0.2655	0.2634	0.2958	0.2015	0.3744	0.3338	0.3744	0.1712	0.0942	0.207	0.0942	0.1574
chr3L	21596354	21596505	chr3L:21596355-21596505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.039	0.0236	0.011	0.0212	0.0306	0.0679	0.032	0.0212	0.0199	0.0309	0.0199	0.0101	0.0092	0.0116	0.0092	0.0083
chr3L	21596583	21596734	chr3L:21596584-21596734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0227	0.0361	0.0213	0.0093	0.0201	0.0238	0.064	0.034	0.0201	0.0205	0.026	0.0205	0.0163	0.0092	0.0097	0.0092	0.0063
chr3L	21597528	21597709	chr3L:21597529-21597709	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT34401.1	VT34401.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1271	0.1214	0.1504	0.1078	0.0689	0.1311	0.1501	0.1366	0.0689	0.18	0.1685	0.18	0.1255	0.1149	0.1296	0.1149	0.1063
chr3L	21597913	21598064	chr3L:21597914-21598064	distal	distal	none	none	VT34401.1	VT34401.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0328	0.0381	0.036	0.0233	0.0223	0.0306	0.0523	0.0426	0.0223	0.038	0.0431	0.038	0.024	0.0168	0.0342	0.0168	0.0229
chr3L	21598442	21598593	chr3L:21598443-21598593	distal	distal	none	none	VT34401.1	VT34401.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.0317	0.0292	0.011	0.0159	0.0267	0.0493	0.03	0.0159	0.0187	0.0495	0.0187	0.0132	0.0054	0.0206	0.0054	0.0104
chr3L	21598751	21598975	chr3L:21598752-21598975	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT34401.1	VT34401.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0467	0.0631	0.0549	0.0194	0.0392	0.0442	0.1064	0.0633	0.0392	0.0229	0.108	0.0229	0.0194	0.0077	0.0554	0.0077	0.0109
chr3L	21603412	21603563	chr3L:21603413-21603563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0248	0.0209	0.0155	0.0148	0.0262	0.0342	0.0247	0.0148	0.0217	0.0161	0.0217	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0047
chr3L	21603698	21603913	chr3L:21603699-21603913	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0678	0.0902	0.0734	0.0368	0.0604	0.0854	0.1198	0.1019	0.0604	0.0972	0.0502	0.0972	0.0186	0.0115	0.0161	0.0115	0.0099
chr3L	21604329	21604480	chr3L:21604330-21604480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0193	0.0247	0.0153	0.0148	0.0165	0.0285	0.018	0.0148	0.0284	0.0241	0.0284	0.0186	0.01	0.0129	0.01	0.0083
chr3L	21604852	21605003	chr3L:21604853-21605003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0204	0.0236	0.0254	0.0116	0.0085	0.0252	0.0311	0.0273	0.0085	0.0254	0.0241	0.0254	0.0155	0.0115	0.009	0.0115	0.012
chr3L	21609033	21609184	chr3L:21609034-21609184	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0289	0.0202	0.0082	0.0138	0.0233	0.0467	0.0247	0.0138	0.0266	0.0241	0.0266	0.0147	0.0061	0.0084	0.0061	0.0109
chr3L	21610204	21610388	chr3L:21610205-21610388	FBgn0037105,FBgn0037106	CG11307,S1P	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.0511	0.0576	0.05	0.0201	0.0587	0.058	0.0686	0.0201	0.0634	0.0698	0.0634	0.0612	0.0605	0.0503	0.0605	0.0667
chr3L	21610412	21610598	chr3L:21610413-21610598	FBgn0037105,FBgn0037106	CG11307,S1P	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1094	0.0936	0.1207	0.1147	0.0509	0.1141	0.0969	0.1106	0.0509	0.1383	0.1373	0.1383	0.1332	0.1348	0.1103	0.1348	0.149
chr3L	21610638	21610822	chr3L:21610639-21610822	FBgn0037105,FBgn0037106	CG11307,S1P	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1056	0.0914	0.1185	0.1072	0.0488	0.1053	0.1073	0.1059	0.0488	0.1353	0.1418	0.1353	0.1278	0.1225	0.1141	0.1225	0.1271
chr3L	21610932	21611087	chr3L:21610933-21611087	FBgn0037105,FBgn0037106	CG11307,S1P	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0349	0.0467	0.04	0.0201	0.0301	0.0463	0.0473	0.0201	0.0495	0.0614	0.0495	0.0465	0.0452	0.0445	0.0452	0.0438
chr3L	21611090	21611398	chr3L:21611091-21611398	FBgn0037106	CG11307	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0528	0.0549	0.039	0.0308	0.0447	0.0705	0.0706	0.0308	0.0622	0.0711	0.0622	0.0519	0.0345	0.04	0.0345	0.05
chr3L	21611449	21611600	chr3L:21611450-21611600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0264	0.0292	0.0185	0.0117	0.0218	0.0398	0.032	0.0117	0.0362	0.0347	0.0362	0.0294	0.0168	0.0181	0.0168	0.0214
chr3L	21618413	21618698	chr3L:21618414-21618698	FBgn0037107,FBgn0037108	CG11306,CG7166	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0375	0.0399	0.0332	0.0395	0.0286	0.0335	0.0567	0.0426	0.0286	0.0338	0.0383	0.0338	0.0263	0.0444	0.0193	0.0444	0.0313
chr3L	21618744	21618953	chr3L:21618745-21618953	FBgn0037107,FBgn0037108	CG11306,CG7166	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0421	0.0341	0.0297	0.0648	0.0159	0.0311	0.0528	0.03	0.0159	0.0254	0.0373	0.0254	0.0232	0.0536	0.0335	0.0536	0.0479
chr3L	21619022	21619173	chr3L:21619023-21619173	FBgn0037107,FBgn0037108	CG11306,CG7166	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.0308	0.0247	0.0343	0.018	0.0311	0.0407	0.0346	0.018	0.0236	0.0334	0.0236	0.0256	0.0207	0.0239	0.0207	0.038
chr3L	21619287	21619687	chr3L:21619288-21619687	FBgn0037108	CG11306	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1342	0.1454	0.1317	0.1244	0.1241	0.1534	0.1622	0.1732	0.1241	0.1329	0.1576	0.1329	0.1433	0.1179	0.1173	0.1179	0.1678
chr3L	21620152	21620458	chr3L:21620153-21620458	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0444	0.0489	0.0556	0.0273	0.017	0.0544	0.0558	0.0633	0.017	0.064	0.0633	0.064	0.0434	0.0214	0.0258	0.0214	0.0349
chr3L	21620503	21620654	chr3L:21620504-21620654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0288	0.032	0.035	0.0185	0.0095	0.0369	0.0359	0.0393	0.0095	0.0356	0.0441	0.0356	0.0302	0.0115	0.0148	0.0115	0.0229
chr3L	21621003	21621244	chr3L:21621004-21621244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0331	0.0437	0.0359	0.0182	0.0223	0.0539	0.0411	0.0586	0.0223	0.0411	0.0434	0.0411	0.0271	0.013	0.0161	0.013	0.0177
chr3L	21622960	21623111	chr3L:21622961-21623111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0127	0.0198	0.016	0.0021	0.0155	0.0147	0.016	0.0021	0.0236	0.0244	0.0236	0.0147	0.0368	0.0142	0.0368	0.0089
chr3L	21627472	21627650	chr3L:21627473-21627650	FBgn0037109	MED1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1275	0.1152	0.151	0.1156	0.0679	0.1563	0.0965	0.1466	0.0679	0.1775	0.1714	0.1775	0.1363	0.1149	0.1128	0.1149	0.1391
chr3L	21628116	21628267	chr3L:21628117-21628267	FBgn0037110	ORMDL	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0346	0.0443	0.0493	0.0201	0.0403	0.0342	0.046	0.0201	0.055	0.0518	0.055	0.0457	0.059	0.0471	0.059	0.0709
chr3L	21628312	21628694	chr3L:21628313-21628694	FBgn0037110	ORMDL	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1105	0.1291	0.1253	0.0488	0.1354	0.0978	0.1706	0.0488	0.1582	0.1444	0.1582	0.1479	0.1577	0.1064	0.1577	0.1704
chr3L	21628717	21628910	chr3L:21628718-21628910	FBgn0037110	ORMDL	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0695	0.0857	0.0784	0.0212	0.0801	0.0675	0.1046	0.0212	0.1014	0.0965	0.1014	0.0991	0.0919	0.0716	0.0919	0.1047
chr3L	21633665	21633816	chr3L:21633666-21633816	FBgn0052446	Atox1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0474	0.0419	0.059	0.0408	0.0138	0.0544	0.0441	0.056	0.0138	0.061	0.0736	0.061	0.0604	0.0467	0.0477	0.0467	0.0558
chr3L	21633935	21634118	chr3L:21633936-21634118	FBgn0052446	Atox1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1557	0.1337	0.1973	0.1347	0.0721	0.1694	0.1293	0.1785	0.0721	0.1987	0.2479	0.1987	0.1859	0.1332	0.176	0.1332	0.1725
chr3L	21634250	21634404	chr3L:21634251-21634404	FBgn0052446	Atox1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0702	0.0658	0.0901	0.0533	0.0286	0.0864	0.0584	0.0986	0.0286	0.0749	0.128	0.0749	0.0767	0.0413	0.0787	0.0413	0.0693
chr3L	21634965	21635116	chr3L:21634966-21635116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0273	0.0401	0.0235	0.0064	0.033	0.0324	0.0353	0.0064	0.0254	0.0624	0.0254	0.0411	0.0138	0.0451	0.0138	0.0245
chr3L	21636138	21636471	chr3L:21636139-21636471	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0884	0.1019	0.1253	0.0329	0.0339	0.0937	0.0657	0.2338	0.0339	0.0314	0.265	0.0314	0.0349	0.013	0.1032	0.013	0.0177
chr3L	21637235	21637386	chr3L:21637236-21637386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0359	0.031	0.0084	0.0106	0.0189	0.0394	0.0799	0.0106	0.0109	0.0601	0.0109	0.0124	0.0015	0.0297	0.0015	0.0042
chr3L	21637821	21638344	chr3L:21637822-21638344	FBgn0264711	CG43980	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1395	0.1441	0.1904	0.0785	0.0626	0.1432	0.1129	0.2805	0.0626	0.0477	0.3949	0.0477	0.055	0.0084	0.3011	0.0084	0.025
chr3L	21641954	21642105	chr3L:21641955-21642105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0162	0.0358	0.0175	0.0053	0.0184	0.0164	0.0266	0.0053	0.0272	0.0617	0.0272	0.0155	0.0054	0.0606	0.0054	0.0094
chr3L	21642498	21642649	chr3L:21642499-21642649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0157	0.0301	0.0246	0.0032	0.015	0.0216	0.024	0.0032	0.0121	0.0585	0.0121	0.0101	0.0069	0.0877	0.0069	0.0083
chr3L	21645400	21645584	chr3L:21645401-21645584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0224	0.0344	0.0269	0.0074	0.0204	0.0346	0.026	0.0074	0.0205	0.0592	0.0205	0.0178	0.013	0.0838	0.013	0.0115
chr3L	21646020	21646210	chr3L:21646021-21646210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1442	0.1438	0.1709	0.1152	0.0986	0.168	0.1553	0.1805	0.0986	0.1745	0.2116	0.1745	0.1619	0.1064	0.1541	0.1064	0.1298
chr3L	21646455	21646690	chr3L:21646456-21646690	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0558	0.0591	0.0612	0.0464	0.0212	0.0621	0.0735	0.0686	0.0212	0.0537	0.0833	0.0537	0.0534	0.0283	0.0793	0.0283	0.0474
chr3L	21650728	21650943	chr3L:21650729-21650943	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0127	0.0195	0.0323	0.0042	0.0121	0.0225	0.0113	0.0042	0.0181	0.0283	0.0181	0.0201	0.01	0.0825	0.01	0.037
chr3L	21660694	21660880	chr3L:21660695-21660880	FBgn0264708	CR43977	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0131	0.0268	0.0291	0.0032	0.015	0.0177	0.0127	0.0032	0.0646	0.0222	0.0646	0.0178	0.0949	0.029	0.0949	0.0109
chr3L	21661804	21661955	chr3L:21661805-21661955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0183	0.0123	0.023	0.0198	0.0032	0.0117	0.019	0.0127	0.0032	0.0386	0.0257	0.0386	0.017	0.0459	0.0271	0.0459	0.0109
chr3L	21662012	21662163	chr3L:21662013-21662163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0237	0.0146	0.027	0.0304	0.0032	0.0228	0.0173	0.0127	0.0032	0.0543	0.0251	0.0543	0.0201	0.0911	0.0258	0.0911	0.0172
chr3L	21663157	21663351	chr3L:21663158-21663351	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.04	0.0228	0.0445	0.0542	0.0074	0.0301	0.0324	0.0207	0.0074	0.1111	0.0334	0.1111	0.0294	0.2144	0.0264	0.2144	0.0198
chr3L	21663543	21663853	chr3L:21663544-21663853	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0443	0.0214	0.0525	0.0609	0.0117	0.0335	0.026	0.0167	0.0117	0.1431	0.0344	0.1431	0.0325	0.2343	0.0348	0.2343	0.0234
chr3L	21672786	21672960	chr3L:21672787-21672960	FBgn0037116,FBgn0037117	CG11248,CG7158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1449	0.1203	0.1782	0.1358	0.053	0.1539	0.1293	0.1406	0.053	0.2138	0.2003	0.2138	0.165	0.1478	0.1464	0.1478	0.1584
chr3L	21673038	21673219	chr3L:21673039-21673219	FBgn0037116,FBgn0037117	CG11248,CG7158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1356	0.1114	0.1624	0.1331	0.0583	0.1422	0.1168	0.1306	0.0583	0.1957	0.1846	0.1957	0.1503	0.1554	0.1393	0.1554	0.1475
chr3L	21673302	21673478	chr3L:21673303-21673478	FBgn0037116,FBgn0037117	CG11248,CG7158	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.04	0.0576	0.0517	0.0191	0.0427	0.0489	0.048	0.0191	0.0537	0.072	0.0537	0.0519	0.0574	0.0516	0.0574	0.0521
chr3L	21680674	21680847	chr3L:21680675-21680847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0156	0.0231	0.0166	0.0074	0.0155	0.0242	0.0147	0.0074	0.0157	0.0408	0.0157	0.0116	0.0115	0.0458	0.0115	0.0083
chr3L	21681075	21681226	chr3L:21681076-21681226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0091	0.0175	0.0169	0.0053	0.0073	0.0117	0.012	0.0053	0.0115	0.0299	0.0115	0.0085	0.0023	0.0548	0.0023	0.0104
chr3L	21681659	21681810	chr3L:21681660-21681810	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0153	0.017	0.0142	0.0064	0.018	0.0182	0.018	0.0064	0.0103	0.026	0.0103	0.0116	0.0031	0.0432	0.0031	0.0078
chr3L	21687366	21687567	chr3L:21687367-21687567	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0247	0.025	0.0301	0.0184	0.0074	0.0189	0.0433	0.0266	0.0074	0.0163	0.0418	0.0163	0.017	0.0084	0.0432	0.0084	0.0052
chr3L	21687637	21687856	chr3L:21687638-21687856	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0223	0.0435	0.0238	0.0117	0.0233	0.0329	0.022	0.0117	0.0248	0.0627	0.0248	0.0411	0.0084	0.0671	0.0084	0.0089
chr3L	21687967	21688217	chr3L:21687968-21688217	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.039	0.0293	0.0588	0.0283	0.0191	0.0403	0.0385	0.022	0.0191	0.0362	0.0865	0.0362	0.0511	0.0161	0.069	0.0161	0.0214
chr3L	21688323	21688474	chr3L:21688324-21688474	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0206	0.0231	0.0096	0.0138	0.0194	0.0337	0.0113	0.0138	0.0163	0.0296	0.0163	0.0147	0.0031	0.0219	0.0031	0.0063
chr3L	21688481	21688632	chr3L:21688482-21688632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0189	0.0247	0.0211	0.01	0.0159	0.0218	0.0398	0.0173	0.0159	0.0115	0.0254	0.0115	0.0132	0.0038	0.0174	0.0038	0.0089
chr3L	21691755	21691906	chr3L:21691756-21691906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0166	0.016	0.0102	0.0085	0.016	0.0277	0.0153	0.0085	0.0103	0.0267	0.0103	0.007	0.0031	0.0335	0.0031	0.0052
chr3L	21691918	21692069	chr3L:21691919-21692069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.0196	0.0245	0.0113	0.0042	0.0194	0.0311	0.0187	0.0042	0.0157	0.0408	0.0157	0.007	0.0038	0.0329	0.0038	0.0063
chr3L	21693376	21693527	chr3L:21693377-21693527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0173	0.0258	0.011	0.0032	0.0214	0.0255	0.0133	0.0032	0.0187	0.0424	0.0187	0.0124	0.0092	0.0245	0.0092	0.0057
chr3L	21694101	21694263	chr3L:21694102-21694263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0198	0.0296	0.0136	0.0021	0.0228	0.0247	0.026	0.0021	0.0163	0.0508	0.0163	0.0085	0.0069	0.0393	0.0069	0.0052
chr3L	21695111	21695262	chr3L:21695112-21695262	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0181	0.014	0.0222	0.0181	0.0021	0.017	0.0234	0.0093	0.0021	0.0205	0.0305	0.0205	0.0186	0.0031	0.0587	0.0031	0.0063
chr3L	21697485	21697636	chr3L:21697486-21697636	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0117	0.0176	0.0149	0.0042	0.0146	0.0164	0.01	0.0042	0.0193	0.0232	0.0193	0.0139	0.0046	0.0484	0.0046	0.0068
chr3L	21699397	21699608	chr3L:21699398-21699608	FBgn0052447	CG32447	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1305	0.1427	0.1758	0.0673	0.0944	0.1704	0.1337	0.1905	0.0944	0.1643	0.2537	0.1643	0.1232	0.0283	0.1779	0.0283	0.0464
chr3L	21699734	21699885	chr3L:21699735-21699885	FBgn0052447	CG32447	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0549	0.0626	0.0689	0.0309	0.035	0.0684	0.067	0.0806	0.035	0.061	0.0949	0.061	0.0496	0.0237	0.0593	0.0237	0.0281
chr3L	21699923	21700121	chr3L:21699924-21700121	FBgn0052447	CG32447	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0897	0.1014	0.1135	0.0504	0.0488	0.1092	0.1077	0.1332	0.0488	0.1171	0.1492	0.1171	0.0844	0.0375	0.0999	0.0375	0.0433
chr3L	21706132	21706283	chr3L:21706133-21706283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0153	0.0235	0.0081	0.0042	0.015	0.0238	0.0167	0.0042	0.0091	0.045	0.0091	0.0093	0.0038	0.0181	0.0038	0.0036
chr3L	21712139	21712305	chr3L:21712140-21712305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0261	0.0452	0.0239	0.0071	0.0117	0.0835	0.0446	0.0393	0.0117	0.0368	0.0302	0.0368	0.0101	0.0123	0.0084	0.0123	0.0063
chr3L	21712310	21712573	chr3L:21712311-21712573	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.038	0.0639	0.0343	0.0132	0.0308	0.1228	0.0575	0.048	0.0308	0.0658	0.0399	0.0658	0.0124	0.026	0.0168	0.026	0.0078
chr3L	21712598	21712749	chr3L:21712599-21712749	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0228	0.04	0.0203	0.0064	0.0265	0.0631	0.0446	0.032	0.0265	0.0368	0.0248	0.0368	0.0085	0.0092	0.0116	0.0092	0.0057
chr3L	21720092	21720253	chr3L:21720093-21720253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.036	0.0371	0.0429	0.0273	0.0085	0.0752	0.0333	0.0273	0.0085	0.0501	0.0277	0.0501	0.1038	0.0176	0.0226	0.0176	0.0599
chr3L	21720468	21720688	chr3L:21720469-21720688	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0517	0.0479	0.066	0.0404	0.018	0.0956	0.0381	0.0313	0.018	0.0694	0.0405	0.0694	0.1588	0.0199	0.0316	0.0199	0.0875
chr3L	21720742	21720965	chr3L:21720743-21720965	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0673	0.0647	0.0853	0.0506	0.0191	0.1451	0.0424	0.044	0.0191	0.1033	0.0566	0.1033	0.1356	0.0322	0.049	0.0322	0.0881
chr3L	21721078	21721299	chr3L:21721079-21721299	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0719	0.0612	0.0929	0.0609	0.0223	0.0976	0.0601	0.0613	0.0223	0.1123	0.0842	0.1123	0.1108	0.0429	0.0696	0.0429	0.0756
chr3L	21721353	21721589	chr3L:21721354-21721589	FBgn0037120,FBgn0037121	CG11247,Rpb8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1009	0.094	0.127	0.0801	0.0467	0.1204	0.1099	0.1019	0.0467	0.1685	0.126	0.1685	0.1278	0.062	0.0851	0.062	0.098
chr3L	21721642	21721836	chr3L:21721643-21721836	FBgn0037120,FBgn0037121	CG11247,Rpb8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1743	0.154	0.2232	0.1433	0.1103	0.1757	0.1778	0.1699	0.1103	0.2748	0.236	0.2748	0.2308	0.1417	0.138	0.1417	0.1683
chr3L	21721929	21722097	chr3L:21721930-21722097	FBgn0037120,FBgn0037121	CG11247,Rpb8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1751	0.1604	0.2171	0.1455	0.1166	0.1942	0.1799	0.1706	0.1166	0.2627	0.237	0.2627	0.2208	0.1623	0.1586	0.1623	0.161
chr3L	21722273	21722424	chr3L:21722274-21722424	FBgn0037120,FBgn0037121	CG11247,Rpb8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0441	0.0466	0.0256	0.0255	0.0519	0.058	0.0366	0.0255	0.055	0.0547	0.055	0.0488	0.0222	0.0348	0.0222	0.0292
chr3L	21732281	21732499	chr3L:21732282-21732499	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0262	0.0193	0.036	0.023	0.0074	0.0286	0.0225	0.0187	0.0074	0.0139	0.0347	0.0139	0.096	0.0084	0.0625	0.0084	0.0198
chr3L	21732597	21732748	chr3L:21732598-21732748	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0108	0.0105	0.0141	0.0075	0.0032	0.0097	0.0169	0.0127	0.0032	0.006	0.0154	0.006	0.0318	0.0023	0.0213	0.0023	0.0063
chr3L	21756804	21756991	chr3L:21756805-21756991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0347	0.0345	0.0353	0.0341	0.0201	0.0325	0.0532	0.026	0.0201	0.0362	0.0341	0.0362	0.0465	0.0283	0.038	0.0283	0.0573
chr3L	21757183	21757334	chr3L:21757184-21757334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0194	0.0262	0.0181	0.0134	0.0159	0.0136	0.0541	0.0187	0.0159	0.0151	0.0196	0.0151	0.0209	0.0107	0.0116	0.0107	0.0162
chr3L	21759115	21759266	chr3L:21759116-21759266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.022	0.0277	0.0183	0.0199	0.018	0.0209	0.0519	0.0167	0.018	0.0302	0.0141	0.0302	0.0194	0.0375	0.0206	0.0375	0.0141
chr3L	21759282	21759433	chr3L:21759283-21759433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0155	0.0157	0.0128	0.0182	0.0053	0.0136	0.0303	0.0113	0.0053	0.0175	0.0129	0.0175	0.0132	0.0306	0.0219	0.0306	0.0167
chr3L	21762742	21762912	chr3L:21762743-21762912	FBgn0037133	CG7370	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0227	0.0101	0.0115	0.0492	0.0064	0.0058	0.0208	0.008	0.0064	0.0042	0.0093	0.0042	0.0194	0.0115	0.0168	0.0115	0.0657
chr3L	21763024	21763179	chr3L:21763025-21763179	FBgn0037130,FBgn0037133	CG7370,Syn1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0083	0.0108	0.0397	0.0032	0.0087	0.0143	0.0053	0.0032	0.0079	0.0109	0.0079	0.0108	0.0084	0.0116	0.0084	0.0287
chr3L	21763579	21763759	chr3L:21763580-21763759	FBgn0037130	Syn1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0095	0.0136	0.0593	0.0021	0.0121	0.0138	0.008	0.0021	0.0079	0.0116	0.0079	0.0225	0.0115	0.0219	0.0115	0.0896
chr3L	21767050	21767240	chr3L:21767051-21767240	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0519	0.0482	0.0598	0.0472	0.0233	0.0549	0.0601	0.0526	0.0233	0.0562	0.083	0.0562	0.055	0.0475	0.0522	0.0475	0.0604
chr3L	21770022	21770173	chr3L:21770023-21770173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0123	0.0219	0.0108	0.0031	0.0159	0.0102	0.0411	0.0213	0.0159	0.0054	0.0177	0.0054	0.0101	0.0031	0.0058	0.0031	0.0036
chr3L	21781092	21781351	chr3L:21781093-21781351	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0498	0.043	0.0868	0.0169	0.0106	0.0432	0.0372	0.0866	0.0106	0.0417	0.1048	0.0417	0.0201	0.0115	0.0155	0.0115	0.0109
chr3L	21782266	21782417	chr3L:21782267-21782417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0205	0.0203	0.0287	0.0118	0.0095	0.0204	0.0285	0.02	0.0095	0.0115	0.0434	0.0115	0.0163	0.0061	0.0329	0.0061	0.0042
chr3L	21784946	21785097	chr3L:21784947-21785097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0155	0.0278	0.0081	0.0074	0.0131	0.0251	0.016	0.0074	0.0127	0.0309	0.0127	0.0163	0.0054	0.0077	0.0054	0.0057
chr3L	21793516	21793740	chr3L:21793517-21793740	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.089	0.0609	0.1515	0.0517	0.0138	0.1248	0.0389	0.0646	0.0138	0.2579	0.1675	0.2579	0.1224	0.0513	0.1141	0.0513	0.0433
chr3L	21793829	21793980	chr3L:21793830-21793980	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0421	0.0246	0.072	0.0291	0.0032	0.05	0.0208	0.0213	0.0032	0.1232	0.0807	0.1232	0.0449	0.0222	0.0677	0.0222	0.0224
chr3L	21794665	21794819	chr3L:21794666-21794819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0189	0.0131	0.0297	0.0135	0.0064	0.0155	0.016	0.0187	0.0064	0.0211	0.0486	0.0211	0.0271	0.0077	0.0458	0.0077	0.0031
chr3L	21801185	21801424	chr3L:21801186-21801424	FBgn0000560	eg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2228	0.1914	0.3065	0.1661	0.1273	0.2675	0.1622	0.2332	0.1273	0.3835	0.3543	0.3835	0.2657	0.1554	0.2714	0.1554	0.2121
chr3L	21801675	21801937	chr3L:21801676-21801937	FBgn0000560	eg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1802	0.1553	0.2344	0.1487	0.0954	0.1947	0.1592	0.1839	0.0954	0.3056	0.2678	0.3056	0.182	0.1217	0.2334	0.1217	0.2069
chr3L	21811906	21812057	chr3L:21811907-21812057	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0435	0.0363	0.012	0.0148	0.051	0.042	0.0633	0.0148	0.0338	0.0498	0.0338	0.024	0.0084	0.0284	0.0084	0.012
chr3L	21814956	21815176	chr3L:21814957-21815176	FBgn0022936	CycH	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1439	0.1628	0.165	0.0998	0.1209	0.1961	0.167	0.1925	0.1209	0.2186	0.1749	0.2186	0.1565	0.1103	0.1044	0.1103	0.1126
chr3L	21815202	21815353	chr3L:21815203-21815353	FBgn0022936	CycH	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0693	0.0749	0.0836	0.0472	0.0467	0.0869	0.0848	0.0879	0.0467	0.1214	0.0923	0.1214	0.0589	0.0559	0.0509	0.0559	0.0578
chr3L	21816201	21816399	chr3L:21816202-21816399	FBgn0037134	CG7407	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0795	0.0786	0.0991	0.059	0.0435	0.084	0.0878	0.1073	0.0435	0.1371	0.1135	0.1371	0.0899	0.0758	0.0677	0.0758	0.0766
chr3L	21816456	21816639	chr3L:21816457-21816639	FBgn0037134	CG7407	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1116	0.1127	0.1357	0.0841	0.0732	0.1238	0.1198	0.1506	0.0732	0.1854	0.1524	0.1854	0.1356	0.0972	0.0845	0.0972	0.1094
chr3L	21817644	21817795	chr3L:21817645-21817795	FBgn0037135	CG7414	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0733	0.0864	0.0529	0.035	0.0743	0.0891	0.0973	0.035	0.1093	0.0939	0.1093	0.0821	0.0666	0.06	0.0666	0.0599
chr3L	21817938	21818115	chr3L:21817939-21818115	FBgn0037135	CG7414	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1986	0.1823	0.2409	0.1704	0.1368	0.1995	0.1929	0.2285	0.1368	0.2911	0.2727	0.2911	0.2293	0.1945	0.1728	0.1945	0.2116
chr3L	21821039	21821190	chr3L:21821040-21821190	FBgn0052448	CG32448	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0556	0.0527	0.0681	0.045	0.0318	0.0655	0.0584	0.0526	0.0318	0.0731	0.0814	0.0731	0.0829	0.0505	0.0477	0.0505	0.0667
chr3L	21821278	21821443	chr3L:21821279-21821443	FBgn0052448	CG32448	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0838	0.0851	0.0985	0.0663	0.0573	0.0947	0.0908	0.1073	0.0573	0.1202	0.1193	0.1202	0.0937	0.0766	0.0671	0.0766	0.0933
chr3L	21823123	21823524	chr3L:21823124-21823524	FBgn0263001	CR43309	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0763	0.0847	0.092	0.0497	0.0636	0.0835	0.1077	0.0866	0.0636	0.1063	0.1096	0.1063	0.0984	0.0559	0.0767	0.0559	0.0537
chr3L	21824970	21825155	chr3L:21824971-21825155	FBgn0046301	CG7148	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0647	0.0693	0.0376	0.0435	0.0646	0.0878	0.0666	0.0435	0.0845	0.0836	0.0845	0.0565	0.0505	0.0335	0.0505	0.0485
chr3L	21825247	21825430	chr3L:21825248-21825430	FBgn0037137,FBgn0046301	CG7148,Nopp140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0829	0.0966	0.0893	0.0604	0.0923	0.0956	0.1202	0.1006	0.0923	0.1256	0.099	0.1256	0.072	0.0873	0.0529	0.0873	0.0808
chr3L	21825766	21825945	chr3L:21825767-21825945	FBgn0037137,FBgn0046301	CG7148,Nopp140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1672	0.158	0.2011	0.1402	0.1092	0.1869	0.1756	0.1805	0.1092	0.2802	0.2129	0.2802	0.1936	0.1616	0.1476	0.1616	0.1793
chr3L	21826023	21826207	chr3L:21826024-21826207	FBgn0037137	Nopp140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0749	0.0722	0.093	0.0579	0.0329	0.085	0.0869	0.0819	0.0329	0.1407	0.0977	0.1407	0.0906	0.0743	0.0561	0.0743	0.0703
chr3L	21830480	21830631	chr3L:21830481-21830631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0304	0.0323	0.0386	0.0194	0.0212	0.0422	0.0381	0.0333	0.0212	0.0586	0.0399	0.0586	0.0442	0.0245	0.0148	0.0245	0.0292
chr3L	21833206	21833389	chr3L:21833207-21833389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0209	0.0346	0.0749	0.0074	0.0209	0.032	0.0187	0.0074	0.026	0.0289	0.026	0.0473	0.0743	0.0503	0.0743	0.0641
chr3L	21833765	21833955	chr3L:21833766-21833955	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0677	0.035	0.073	0.0985	0.0159	0.0403	0.0433	0.0433	0.0159	0.0682	0.0576	0.0682	0.0666	0.0911	0.049	0.0911	0.0631
chr3L	21834073	21834293	chr3L:21834074-21834293	FBgn0037138	P5CDh1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0641	0.051	0.0648	0.0778	0.0297	0.049	0.0649	0.056	0.0297	0.0598	0.0666	0.0598	0.0682	0.0735	0.0567	0.0735	0.0615
chr3L	21834371	21834579	chr3L:21834372-21834579	FBgn0037138	P5CDh1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0969	0.0708	0.1091	0.1128	0.0382	0.0825	0.0779	0.0846	0.0382	0.1075	0.1225	0.1075	0.1263	0.1133	0.109	0.1133	0.1037
chr3L	21836511	21836768	chr3L:21836512-21836768	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0857	0.124	0.0815	0.0476	0.0997	0.0947	0.1548	0.1712	0.0997	0.0574	0.0904	0.0574	0.0759	0.0352	0.0535	0.0352	0.0318
chr3L	21852594	21852745	chr3L:21852595-21852745	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0057	0.0086	0.0148	0.0011	0.0058	0.0095	0.0033	0.0011	0.0091	0.0087	0.0091	0.0054	0.0054	0.0058	0.0054	0.0026
chr3L	21853151	21853302	chr3L:21853152-21853302	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0062	0.0088	0.0181	0.0021	0.0034	0.013	0.0047	0.0021	0.006	0.0068	0.006	0.0093	8e-04	0.0019	8e-04	0.0068
chr3L	21853582	21853733	chr3L:21853583-21853733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0082	0.008	0.0074	0.0093	0.0042	0.0063	0.0164	0.0033	0.0042	0.0097	0.0074	0.0097	0.007	0.0023	0.0019	0.0023	0.0083
chr3L	21856358	21856509	chr3L:21856359-21856509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0097	0.0102	0.0085	0.0104	0.0032	0.0068	0.0208	0.0093	0.0032	0.0097	0.0074	0.0097	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chr3L	21859484	21859635	chr3L:21859485-21859635	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0125	0.0127	0.0191	0.0074	0.0126	0.0177	0.0127	0.0074	0.0109	0.0116	0.0109	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0141
chr3L	21860414	21860565	chr3L:21860415-21860565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0119	0.0171	0.0082	0.0102	0.0127	0.0131	0.0329	0.0093	0.0127	0.0139	0.0061	0.0139	0.0077	0.0077	0.0045	0.0077	0.0036
chr3L	21861144	21861295	chr3L:21861145-21861295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0128	0.0099	0.0086	0.0032	0.0126	0.0216	0.01	0.0032	0.0072	0.0125	0.0072	0.0054	0.0023	0.0058	0.0023	0.0052
chr3L	21864917	21865068	chr3L:21864918-21865068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.01	0.011	0.0081	0.0074	0.0083	0.0195	0.006	0.0074	0.0163	0.0109	0.0163	0.007	8e-04	0.0026	8e-04	0.0042
chr3L	21865794	21865945	chr3L:21865795-21865945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0101	0.0074	0.0117	0.0032	0.0102	0.0173	0.006	0.0032	0.0079	0.0055	0.0079	0.0085	0.0046	0.0045	0.0046	0.0068
chr3L	21871514	21871665	chr3L:21871515-21871665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0373	0.0531	0.0443	0.0118	0.0244	0.0515	0.0675	0.074	0.0244	0.0495	0.0495	0.0495	0.0287	0.0092	0.0116	0.0092	0.0125
chr3L	21871756	21871907	chr3L:21871757-21871907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0557	0.0594	0.0288	0.0191	0.066	0.0701	0.066	0.0191	0.0604	0.0723	0.0604	0.0465	0.0291	0.0309	0.0291	0.0297
chr3L	21872505	21872742	chr3L:21872506-21872742	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3114	0.2775	0.3699	0.2849	0.1919	0.3544	0.2703	0.3398	0.1919	0.4559	0.3817	0.4559	0.3687	0.304	0.2895	0.304	0.3304
chr3L	21872949	21873110	chr3L:21872950-21873110	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.0765	0.1202	0.0817	0.0445	0.0971	0.0666	0.1093	0.0445	0.1407	0.1296	0.1407	0.11	0.0674	0.0986	0.0674	0.1006
chr3L	21873157	21873871	chr3L:21873158-21873871	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.3231	0.2516	0.4114	0.3061	0.1569	0.3471	0.2163	0.3165	0.1569	0.4614	0.4486	0.4614	0.3803	0.2634	0.3404	0.2634	0.3413
chr3L	21877749	21877900	chr3L:21877750-21877900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0261	0.0163	0.0255	0.0377	0.0032	0.018	0.0221	0.0207	0.0032	0.0199	0.0222	0.0199	0.0139	0.01	0.0135	0.01	0.012
chr3L	21880106	21880257	chr3L:21880107-21880257	FBgn0264470	CR43878	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0179	0.015	0.0173	0.0219	0.0042	0.0218	0.0173	0.014	0.0042	0.0187	0.017	0.0187	0.0279	0.0375	0.0193	0.0375	0.0302
chr3L	21880364	21880525	chr3L:21880365-21880525	FBgn0264470	CR43878	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0202	0.0193	0.0253	0.0106	0.0257	0.0285	0.014	0.0106	0.0175	0.0228	0.0175	0.0256	0.0398	0.0245	0.0398	0.0344
chr3L	21880678	21880829	chr3L:21880679-21880829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0165	0.0171	0.016	0.0163	0.0053	0.0146	0.0264	0.0213	0.0053	0.0121	0.0222	0.0121	0.0155	0.0153	0.0297	0.0153	0.0156
chr3L	21882619	21882770	chr3L:21882620-21882770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0145	0.0162	0.0136	0.0135	0.0106	0.018	0.0199	0.0167	0.0106	0.0115	0.0135	0.0115	0.0147	0.0306	0.0135	0.0306	0.0094
chr3L	21885978	21886129	chr3L:21885979-21886129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0086	0.0086	0.0112	0.0057	0	0.0117	0.0108	0.01	0	0.006	0.0084	0.006	0.0116	0.0038	0.0045	0.0038	0.0057
chr3L	21886771	21886922	chr3L:21886772-21886922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0161	0.0108	0.0194	0.0182	0.0021	0.0097	0.0182	0.014	0.0021	0.0169	0.0215	0.0169	0.0263	0.0191	0.0251	0.0191	0.0151
chr3L	21887129	21887397	chr3L:21887130-21887397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0223	0.026	0.0226	0.0074	0.0175	0.035	0.024	0.0074	0.0248	0.0244	0.0248	0.0232	0.023	0.0193	0.023	0.0172
chr3L	21887780	21888003	chr3L:21887781-21888003	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0349	0.0335	0.0279	0.0138	0.0408	0.0402	0.046	0.0138	0.0344	0.0244	0.0344	0.0596	0.0375	0.0193	0.0375	0.0464
chr3L	21894698	21894849	chr3L:21894699-21894849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0181	0.0194	0.0116	0.0085	0.0121	0.0272	0.0273	0.0085	0.0121	0.0206	0.0121	0.0093	0.0077	0.0077	0.0077	0.0052
chr3L	21899559	21899710	chr3L:21899560-21899710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0103	0.0136	0.0139	0.0032	0.0083	0.0169	0.0107	0.0032	0.0193	0.0122	0.0193	0.0101	0.0069	0.0052	0.0069	0.0063
chr3L	21899932	21900083	chr3L:21899933-21900083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0147	0.0156	0.0124	0.0042	0.0126	0.0225	0.022	0.0042	0.0175	0.0161	0.0175	0.0139	0.013	0.0058	0.013	0.012
chr3L	21904038	21904189	chr3L:21904039-21904189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0094	0.0148	0.0084	0.0043	0.0032	0.0141	0.0212	0.0167	0.0032	0.0085	0.0084	0.0085	0.0077	0.0023	0.0052	0.0023	0.0042
chr3L	21904585	21904760	chr3L:21904586-21904760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0162	0.0233	0.0156	0.0089	0.0042	0.0442	0.0225	0.0187	0.0042	0.0121	0.0125	0.0121	0.0062	0.0069	0.0045	0.0069	0.0094
chr3L	21909158	21909309	chr3L:21909159-21909309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.032	0.0221	0.0166	0.0191	0.0325	0.0467	0.0266	0.0191	0.0284	0.0244	0.0284	0.0217	0.0222	0.0155	0.0222	0.0214
chr3L	21909453	21909665	chr3L:21909454-21909665	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0448	0.0446	0.0558	0.033	0.0265	0.0422	0.0653	0.0433	0.0265	0.1093	0.0585	0.1093	0.0263	0.0727	0.0368	0.0727	0.0255
chr3L	21922210	21922376	chr3L:21922211-21922376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0187	0.0349	0.0269	0.0042	0.0209	0.0203	0.0293	0.0042	0.0284	0.0524	0.0284	0.0209	0.0222	0.0542	0.0222	0.0224
chr3L	21922521	21922672	chr3L:21922522-21922672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0262	0.0229	0.0297	0.0259	0.0138	0.0233	0.0281	0.0253	0.0138	0.0229	0.0415	0.0229	0.0325	0.0245	0.0438	0.0245	0.0234
chr3L	21922778	21922929	chr3L:21922779-21922929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.014	0.0212	0.0198	0.0032	0.015	0.0229	0.0107	0.0032	0.0242	0.0251	0.0242	0.0271	0.013	0.0348	0.013	0.0224
chr3L	21923171	21923322	chr3L:21923172-21923322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.012	0.0175	0.0228	0.0042	0.015	0.0173	0.012	0.0042	0.0121	0.0196	0.0121	0.0248	0.0153	0.0342	0.0153	0.0307
chr3L	21923434	21923618	chr3L:21923435-21923618	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0291	0.0161	0.0269	0.046	0.0053	0.0223	0.0195	0.016	0.0053	0.0175	0.0322	0.0175	0.0434	0.0421	0.0567	0.0421	0.073
chr3L	21924892	21925066	chr3L:21924893-21925066	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0347	0.0379	0.0391	0.0265	0.0255	0.0451	0.0415	0.04	0.0255	0.0688	0.0309	0.0688	0.0209	0.0199	0.0135	0.0199	0.024
chr3L	21927756	21927965	chr3L:21927757-21927965	FBgn0037140	CG7442	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0229	0.0162	0.0202	0.0333	0.0074	0.0238	0.0225	0.0107	0.0074	0.0332	0.0132	0.0332	0.0364	0.0842	0.0161	0.0842	0.0422
chr3L	21928733	21928884	chr3L:21928734-21928884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0132	0.0105	0.0127	0.0169	0.0042	0.0083	0.0169	0.012	0.0042	0.0115	0.0125	0.0115	0.0209	0.0191	0.011	0.0191	0.0281
chr3L	21929329	21929480	chr3L:21929330-21929480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.015	0.0135	0.0146	0.0173	0.0021	0.0107	0.0264	0.0093	0.0021	0.0139	0.0154	0.0139	0.0225	0.0107	0.0084	0.0107	0.0406
chr3L	21934848	21935029	chr3L:21934849-21935029	FBgn0037141,FBgn0037142	CG14562,DNApol-eta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1297	0.1104	0.1581	0.1202	0.0689	0.132	0.1016	0.1492	0.0689	0.2089	0.1826	0.2089	0.1418	0.1623	0.1154	0.1623	0.1475
chr3L	21935209	21935401	chr3L:21935210-21935401	FBgn0037141,FBgn0037142	CG14562,DNApol-eta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1356	0.1204	0.1591	0.1269	0.071	0.1539	0.1207	0.1459	0.071	0.2095	0.1746	0.2095	0.1441	0.1554	0.1161	0.1554	0.1615
chr3L	21935493	21935644	chr3L:21935494-21935644	FBgn0037142	CG14562	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0496	0.0697	0.0493	0.0212	0.0607	0.0536	0.06	0.0212	0.09	0.0714	0.09	0.0744	0.0482	0.0432	0.0482	0.061
chr3L	21935655	21935856	chr3L:21935656-21935856	FBgn0037142	CG14562	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0388	0.0547	0.0443	0.018	0.0534	0.0389	0.0433	0.018	0.0785	0.0537	0.0785	0.0449	0.0421	0.0406	0.0421	0.0532
chr3L	21935951	21936102	chr3L:21935952-21936102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0315	0.0327	0.0353	0.026	0.0138	0.034	0.0467	0.0393	0.0138	0.0417	0.0347	0.0417	0.0279	0.0299	0.0213	0.0299	0.0266
chr3L	21936522	21936724	chr3L:21936523-21936724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0309	0.0341	0.0381	0.0195	0.0095	0.0568	0.0398	0.024	0.0095	0.0622	0.037	0.0622	0.0325	0.0222	0.0206	0.0222	0.0245
chr3L	21945874	21946025	chr3L:21945875-21946025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0142	0.0251	0.0277	0.0064	0.017	0.0177	0.0173	0.0064	0.0314	0.0273	0.0314	0.0294	0.0375	0.0348	0.0375	0.0323
chr3L	21946222	21946431	chr3L:21946223-21946431	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0603	0.0334	0.0666	0.0834	0.0106	0.0481	0.0398	0.0326	0.0106	0.0628	0.0826	0.0628	0.0875	0.1202	0.1051	0.1202	0.0881
chr3L	21946781	21947017	chr3L:21946782-21947017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.043	0.0283	0.0484	0.0535	0.0042	0.0369	0.0415	0.028	0.0042	0.0447	0.0441	0.0447	0.0968	0.0536	0.0438	0.0536	0.0912
chr3L	21947144	21947326	chr3L:21947145-21947326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.033	0.0217	0.0367	0.0416	0.0064	0.0262	0.0316	0.0213	0.0064	0.0441	0.0331	0.0441	0.0666	0.0544	0.0335	0.0544	0.0698
chr3L	21947332	21947483	chr3L:21947333-21947483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0137	0.0279	0.0329	0.0032	0.0126	0.0212	0.0167	0.0032	0.0386	0.0257	0.0386	0.0434	0.0551	0.0251	0.0551	0.0521
chr3L	21947542	21947730	chr3L:21947543-21947730	FBgn0037144	CG7458	none	none	CG7458_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0158	0.0251	0.0434	0.0053	0.0184	0.0212	0.0167	0.0053	0.0374	0.0164	0.0374	0.0589	0.0727	0.0135	0.0727	0.0907
chr3L	21948099	21948285	chr3L:21948100-21948285	FBgn0037144	CG7458	stage11,stage14	none	CG7458_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0804	0.027	0.0924	0.127	0.0064	0.0544	0.0251	0.018	0.0064	0.1884	0.0421	0.1884	0.1898	0.2389	0.0606	0.2389	0.2381
chr3L	21948760	21948937	chr3L:21948761-21948937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0264	0.0201	0.0338	0.0255	0.0074	0.0165	0.0381	0.0133	0.0074	0.0507	0.0248	0.0507	0.0627	0.0368	0.0193	0.0368	0.0396
chr3L	21955070	21955308	chr3L:21955071-21955308	FBgn0029091	CS-2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.07	0.0557	0.1089	0.0434	0.0159	0.1204	0.0424	0.0413	0.0159	0.2071	0.0608	0.2071	0.2107	0.0536	0.0309	0.0536	0.0881
chr3L	21955366	21955626	chr3L:21955367-21955626	FBgn0029091	CS-2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0463	0.0319	0.0735	0.0324	0.0053	0.0558	0.0359	0.0253	0.0053	0.1214	0.0431	0.1214	0.1696	0.0306	0.0187	0.0306	0.0745
chr3L	21955926	21956077	chr3L:21955927-21956077	FBgn0029091	CS-2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0153	0.0117	0.0231	0.0109	0.0042	0.0155	0.016	0.0087	0.0042	0.0435	0.0154	0.0435	0.0302	0.0138	0.0058	0.0138	0.0172
chr3L	21956587	21956759	chr3L:21956588-21956759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0162	0.0115	0.0195	0.0177	0.0021	0.017	0.0138	0.0093	0.0021	0.0356	0.0167	0.0356	0.0248	0.0184	0.0097	0.0184	0.0365
chr3L	21964976	21965146	chr3L:21964977-21965146	FBgn0037146	CG7470	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0223	0.0107	0.0185	0.0393	0.0042	0.0184	0.0143	0.0067	0.0042	0.0109	0.0084	0.0109	0.0697	0.0123	0.0045	0.0123	0.1261
chr3L	21965796	21965947	chr3L:21965797-21965947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0127	0.0093	0.009	0.0205	0.0042	0.0073	0.0182	0.0067	0.0042	0.0066	0.008	0.0066	0.0201	0.0123	0.0058	0.0123	0.0532
chr3L	21967724	21967875	chr3L:21967725-21967875	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0145	0.0118	0.0119	0.0202	0.0021	0.0146	0.0195	0.0093	0.0021	0.0127	0.0074	0.0127	0.0318	0.0077	0.0077	0.0077	0.0558
chr3L	21990902	21991053	chr3L:21990903-21991053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0093	0.0057	0.0086	0.0053	0.0049	0.0177	0.0093	0.0053	0.0036	0.0058	0.0036	0.007	8e-04	0.0039	8e-04	0.0073
chr3L	21999227	21999510	chr3L:21999228-21999510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0218	0.0158	0.0222	0.0281	0.0106	0.0194	0.0234	0.0073	0.0106	0.026	0.019	0.026	0.0434	0.0628	0.0271	0.0628	0.0287
chr3L	21999665	21999816	chr3L:21999666-21999816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0156	0.0145	0.0189	0.0095	0.0107	0.0264	0.014	0.0095	0.0187	0.0129	0.0187	0.0225	0.0329	0.0116	0.0329	0.0276
chr3L	22007790	22007941	chr3L:22007791-22007941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0123	0.0188	0.0121	0.0053	0.0064	0.0097	0.0437	0.0107	0.0064	0.0115	0.0141	0.0115	0.0139	0.0015	0.0052	0.0015	0.0036
chr3L	22010076	22010227	chr3L:22010077-22010227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.0098	0.0143	0.0121	0.0032	0.0063	0.0182	0.0093	0.0032	0.0097	0.0225	0.0097	0.0093	0.0046	0.0406	0.0046	0.0047
chr3L	22016983	22017134	chr3L:22016984-22017134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0138	0.014	0.0176	0.0093	0.0064	0.0136	0.0225	0.012	0.0064	0.0109	0.017	0.0109	0.0194	0.0084	0.009	0.0084	0.0083
chr3L	22020718	22020869	chr3L:22020719-22020869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0098	0.0176	0.0077	0.0035	0.0064	0.0068	0.0394	0.0127	0.0064	0.0103	0.008	0.0103	0.0039	0.0069	0.0045	0.0069	0.0036
chr3L	22027991	22028142	chr3L:22027992-22028142	FBgn0004514	Oct-TyrR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0085	0.0076	0.0116	0.0053	0.0049	0.0195	0.0033	0.0053	0.0054	0.0093	0.0054	0.0054	0.0092	0.0071	0.0092	0.0042
chr3L	22041930	22042081	chr3L:22041931-22042081	distal	distal	none	none	VT34625.1	VT34625.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0119	0.0188	0.0091	0.0072	0.0106	0.0073	0.0394	0.018	0.0106	0.0103	0.0093	0.0103	0.0054	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chr3L	22044267	22044537	chr3L:22044268-22044537	distal	distal	stage14	stage14	VT34626.1	VT34626.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0217	0.0092	0.0147	0.0434	0.0032	0.0117	0.0108	0.01	0.0032	0.0187	0.0122	0.0187	0.024	0.0911	0.0245	0.0911	0.0516
chr3L	22044684	22044835	chr3L:22044685-22044835	distal	distal	stage14	stage14	VT34626.1	VT34626.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0169	0.0083	0.0112	0.0327	0.0032	0.0087	0.0121	0.0093	0.0032	0.0211	0.0074	0.0211	0.0139	0.1126	0.0116	0.1126	0.0162
chr3L	22045523	22045674	chr3L:22045524-22045674	distal	distal	none	none	VT34626.1,VT34627.1	VT34626.1,VT34627.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0113	0.0111	0.009	0.0139	0.0021	0.0073	0.0216	0.0073	0.0021	0.0072	0.0106	0.0072	0.0085	0.0406	0.0045	0.0406	0.0099
chr3L	22051929	22052080	chr3L:22051930-22052080	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0129	0.0102	0.0107	0.0182	0.0042	0.0087	0.0169	0.01	0.0042	0.0169	0.0087	0.0169	0.007	0.0551	0.0084	0.0551	0.0078
chr3L	22052276	22052427	chr3L:22052277-22052427	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0113	0.0126	0.0096	0.0118	0.0053	0.0117	0.0212	0.0087	0.0053	0.0085	0.0109	0.0085	0.0085	0.0306	0.0084	0.0306	0.0083
chr3L	22058506	22058702	chr3L:22058507-22058702	FBgn0037149	CG14561	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0623	0.0801	0.0651	0.0394	0.0551	0.0757	0.1012	0.0986	0.0551	0.0688	0.0807	0.0688	0.0604	0.0544	0.0355	0.0544	0.0526
chr3L	22058877	22059083	chr3L:22058878-22059083	FBgn0037149	CG14561	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1879	0.2397	0.1924	0.1252	0.2291	0.2194	0.3166	0.2378	0.2291	0.2301	0.2228	0.2301	0.182	0.1455	0.1309	0.1455	0.1579
chr3L	22059093	22059314	chr3L:22059094-22059314	FBgn0037149	CG14561	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1395	0.2504	0.101	0.0579	0.315	0.149	0.3984	0.2145	0.315	0.1081	0.1138	0.1081	0.0968	0.0735	0.0638	0.0735	0.0662
chr3L	22059878	22060199	chr3L:22059879-22060199	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1254	0.2652	0.0673	0.0331	0.3012	0.1301	0.4269	0.2652	0.3012	0.0652	0.0785	0.0652	0.0589	0.0383	0.0374	0.0383	0.0396
chr3L	22061065	22061250	chr3L:22061066-22061250	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.056	0.1032	0.0381	0.023	0.0912	0.0456	0.1946	0.0853	0.0912	0.0326	0.0431	0.0326	0.0527	0.0214	0.0258	0.0214	0.0339
chr3L	22064894	22065071	chr3L:22064895-22065071	FBgn0027532,FBgn0264727	CG7139,CR43995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.165	0.1542	0.1863	0.1536	0.1326	0.1718	0.173	0.1739	0.1326	0.2168	0.201	0.2168	0.2014	0.1776	0.158	0.1776	0.1824
chr3L	22065280	22065491	chr3L:22065281-22065491	FBgn0027532,FBgn0264727	CG7139,CR43995	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1412	0.1412	0.1638	0.1163	0.0933	0.1655	0.1631	0.1612	0.0933	0.212	0.1788	0.212	0.1557	0.1263	0.1096	0.1263	0.1501
chr3L	22067448	22067694	chr3L:22067449-22067694	FBgn0037150	CG7133	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1538	0.1591	0.1754	0.1242	0.1198	0.1665	0.1795	0.1979	0.1198	0.2162	0.2055	0.2162	0.1751	0.1401	0.1496	0.1401	0.1402
chr3L	22067790	22067977	chr3L:22067791-22067977	FBgn0037150	CG7133	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0982	0.0938	0.1169	0.0827	0.0657	0.101	0.1099	0.1146	0.0657	0.1419	0.1325	0.1419	0.1185	0.111	0.0858	0.111	0.1006
chr3L	22068651	22068802	chr3L:22068652-22068802	FBgn0000100,FBgn0037151	CG7130,RpLP0	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0702	0.0898	0.0572	0.0361	0.0757	0.0887	0.0813	0.0361	0.1147	0.0958	0.1147	0.0837	0.062	0.0561	0.062	0.075
chr3L	22068838	22069036	chr3L:22068839-22069036	FBgn0000100,FBgn0037151	CG7130,RpLP0	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1716	0.1575	0.2081	0.1473	0.1039	0.1806	0.183	0.1812	0.1039	0.256	0.2293	0.256	0.1944	0.147	0.1625	0.147	0.1824
chr3L	22069095	22069263	chr3L:22069096-22069263	FBgn0000100,FBgn0037151	CG7130,RpLP0	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2139	0.1938	0.2576	0.1884	0.1188	0.2374	0.2119	0.2258	0.1188	0.3231	0.2788	0.3231	0.2579	0.2121	0.196	0.2121	0.2387
chr3L	22071110	22071261	chr3L:22071111-22071261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0381	0.0308	0.0552	0.0276	0.0106	0.0442	0.0281	0.0453	0.0106	0.0942	0.0566	0.0942	0.0542	0.0567	0.0206	0.0567	0.0339
chr3L	22071386	22071587	chr3L:22071387-22071587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0684	0.0627	0.0892	0.0518	0.0329	0.0816	0.0597	0.0833	0.0329	0.1534	0.0865	0.1534	0.079	0.0881	0.04	0.0881	0.0745
chr3L	22072942	22073093	chr3L:22072943-22073093	FBgn0259973	Sfp79B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.015	0.0074	0.0136	0.0251	0	0.0107	0.0091	0.0093	0	0.0145	0.0109	0.0145	0.0294	0.0758	0.0129	0.0758	0.013
chr3L	22075516	22075667	chr3L:22075517-22075667	FBgn0004414	msopa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0091	0.011	0.0187	0.0021	0.0102	0.0138	0.01	0.0021	0.0072	0.0138	0.0072	0.0124	0.0092	0.0077	0.0092	0.0172
chr3L	22076945	22077315	chr3L:22076946-22077315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0239	0.0307	0.0259	0.0095	0.0194	0.0376	0.026	0.0095	0.0205	0.0325	0.0205	0.017	0.0123	0.0245	0.0123	0.0177
chr3L	22079775	22079926	chr3L:22079776-22079926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0094	0.0087	0.0077	0.0121	0.0021	0.0068	0.0169	0.01	0.0021	0.0103	0.0045	0.0103	0.0054	0.0084	0.0084	0.0084	0.0057
chr3L	22082526	22082677	chr3L:22082527-22082677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0272	0.0165	0.0117	0.0106	0.0403	0.0342	0.0193	0.0106	0.0242	0.0164	0.0242	0.0116	0.0077	0.011	0.0077	0.0198
chr3L	22084802	22084953	chr3L:22084803-22084953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0139	0.0153	0.0128	0.0134	0.0032	0.0097	0.0303	0.0153	0.0032	0.0103	0.017	0.0103	0.0039	0.0077	0.0058	0.0077	0.0063
chr3L	22087099	22087250	chr3L:22087100-22087250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0135	0.0147	0.0108	0.015	0.0074	0.0102	0.0277	0.0127	0.0074	0.0091	0.0106	0.0091	0.0039	0.0054	0.0026	0.0054	0.0073
chr3L	22087541	22087838	chr3L:22087542-22087838	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.04	0.0563	0.0344	0.028	0.0382	0.05	0.0779	0.0586	0.0382	0.0459	0.028	0.0459	0.0147	0.0176	0.0077	0.0176	0.0089
chr3L	22089654	22089805	chr3L:22089655-22089805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0107	0.0083	0.0105	0.0135	0.0011	0.0092	0.0138	0.0073	0.0011	0.0193	0.0096	0.0193	0.007	0.0391	0.0077	0.0391	0.0094
chr3L	22101161	22101574	chr3L:22101162-22101574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0312	0.0294	0.035	0.029	0.0117	0.0296	0.0476	0.026	0.0117	0.0296	0.0344	0.0296	0.0263	0.0161	0.0271	0.0161	0.0234
chr3L	22102882	22103033	chr3L:22102883-22103033	distal	distal	stage14	stage14	VT34654.1	VT34654.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0113	0.0087	0.0093	0.0164	0.0021	0.0039	0.0203	0.0053	0.0021	0.0079	0.0096	0.0079	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0073
chr3L	22103521	22103672	chr3L:22103522-22103672	distal	distal	none	none	VT34654.1	VT34654.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0106	0.009	0.0146	0.0042	0.0083	0.0199	0.008	0.0042	0.0091	0.009	0.0091	0.0039	0.0123	0.0058	0.0123	0.0042
chr3L	22103807	22103958	chr3L:22103808-22103958	distal	distal	none	none	VT34654.1	VT34654.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0131	0.0113	0.015	0.013	0.0064	0.0117	0.0199	0.0067	0.0064	0.0127	0.0132	0.0127	0.0085	0.0184	0.0039	0.0184	0.0052
chr3L	22103972	22104163	chr3L:22103973-22104163	distal	distal	none	none	VT34654.1	VT34654.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0172	0.013	0.017	0.0221	0.0074	0.0126	0.0203	0.01	0.0074	0.0217	0.0129	0.0217	0.007	0.0375	0.0052	0.0375	0.0104
chr3L	22104748	22104943	chr3L:22104749-22104943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0118	0.0166	0.0162	0.0053	0.0121	0.0173	0.01	0.0053	0.006	0.0129	0.006	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr3L	22106433	22106584	chr3L:22106434-22106584	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0051	0.0057	0.0117	0	0.0053	0.0082	0.006	0	0.0054	0.0064	0.0054	0.0023	0.0031	0.0032	0.0031	0.0083
chr3L	22110536	22110687	chr3L:22110537-22110687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0157	0.019	0.0143	0.0042	0.016	0.0247	0.0147	0.0042	0.0181	0.0212	0.0181	0.0232	0.0077	0.0084	0.0077	0.0099
chr3L	22111483	22111978	chr3L:22111484-22111978	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0294	0.0673	0.0588	0.0074	0.032	0.0424	0.0326	0.0074	0.0773	0.0859	0.0773	0.0674	0.1156	0.0793	0.1156	0.0234
chr3L	22113334	22113485	chr3L:22113335-22113485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0103	0.0119	0.012	0.0053	0.0087	0.0186	0.0107	0.0053	0.0127	0.01	0.0127	0.0124	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chr3L	22113861	22114022	chr3L:22113862-22114022	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0113	0.0213	0.0255	0.0042	0.0097	0.019	0.0127	0.0042	0.0121	0.0196	0.0121	0.0457	0.0061	0.0187	0.0061	0.0547
chr3L	22114224	22114375	chr3L:22114225-22114375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.017	0.0097	0.0169	0.0252	0.0032	0.0083	0.0147	0.0107	0.0032	0.0115	0.0151	0.0115	0.0411	0.0077	0.0193	0.0077	0.0558
chr3L	22114754	22114905	chr3L:22114755-22114905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0162	0.019	0.0163	0.0106	0.018	0.0216	0.0147	0.0106	0.0211	0.0183	0.0211	0.0201	0.0077	0.011	0.0077	0.0365
chr3L	22116692	22117006	chr3L:22116693-22117006	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0219	0.0372	0.0401	0.0064	0.0238	0.0303	0.0273	0.0064	0.0332	0.0328	0.0332	0.0565	0.0345	0.0174	0.0345	0.0532
chr3L	22120485	22120636	chr3L:22120486-22120636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0082	0.0107	0.0138	0.0053	0.0097	0.0125	0.0053	0.0053	0.0079	0.01	0.0079	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chr3L	22120919	22121070	chr3L:22120920-22121070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.014	0.0195	0.018	0.0085	0.0107	0.0234	0.014	0.0085	0.0079	0.0174	0.0079	0.0139	0.0061	0.0077	0.0061	0.0057
chr3L	22121403	22121554	chr3L:22121404-22121554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.012	0.0147	0.0159	0.0053	0.0102	0.0182	0.0127	0.0053	0.0079	0.0122	0.0079	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0063
chr3L	22122922	22123382	chr3L:22122923-22123382	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0849	0.0779	0.1284	0.0448	0.0212	0.1083	0.0662	0.1186	0.0212	0.0707	0.1383	0.0707	0.0411	0.0207	0.0413	0.0207	0.0146
chr3L	22123808	22123981	chr3L:22123809-22123981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0454	0.0535	0.0629	0.017	0.0085	0.0631	0.0342	0.1133	0.0085	0.0223	0.1013	0.0223	0.0256	0.0046	0.0168	0.0046	0.0052
chr3L	22125913	22126091	chr3L:22125914-22126091	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1154	0.1535	0.1416	0.0441	0.1379	0.0971	0.2124	0.2099	0.1379	0.026	0.2637	0.026	0.1224	0.0237	0.1161	0.0237	0.0344
chr3L	22127339	22127509	chr3L:22127340-22127509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0393	0.0313	0.034	0.054	0.0148	0.0325	0.0428	0.0346	0.0148	0.0266	0.0395	0.0266	0.0349	0.0628	0.0413	0.0628	0.05
chr3L	22127737	22127942	chr3L:22127738-22127942	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1735	0.1624	0.1985	0.1585	0.1166	0.1646	0.1743	0.2258	0.1166	0.2077	0.2524	0.2077	0.1402	0.1654	0.1812	0.1654	0.1569
chr3L	22128237	22128428	chr3L:22128238-22128428	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1717	0.1669	0.1921	0.1547	0.1262	0.183	0.1808	0.2119	0.1262	0.2216	0.2273	0.2216	0.1596	0.1776	0.1792	0.1776	0.161
chr3L	22129062	22129263	chr3L:22129063-22129263	FBgn0037153	olf413	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2045	0.1932	0.2443	0.1735	0.1506	0.2	0.2145	0.2465	0.1506	0.2488	0.3035	0.2488	0.2122	0.1692	0.2031	0.1692	0.1782
chr3L	22129455	22129711	chr3L:22129456-22129711	FBgn0037153	olf413	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0986	0.124	0.1039	0.0643	0.1082	0.1034	0.1453	0.1699	0.1082	0.0924	0.1405	0.0924	0.055	0.0368	0.0729	0.0368	0.0537
chr3L	22130021	22130172	chr3L:22130022-22130172	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0424	0.047	0.0586	0.0194	0.0106	0.0456	0.0476	0.0773	0.0106	0.0368	0.1016	0.0368	0.024	0.0191	0.0342	0.0191	0.0141
chr3L	22134977	22135128	chr3L:22134978-22135128	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0243	0.0287	0.0329	0.01	0.0064	0.0204	0.0234	0.0686	0.0064	0.0187	0.0424	0.0187	0.007	0.0069	0.0097	0.0069	0.0052
chr3L	22135186	22135391	chr3L:22135187-22135391	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0388	0.0528	0.0435	0.0178	0.0127	0.0408	0.0389	0.1186	0.0127	0.0229	0.0627	0.0229	0.0093	0.0077	0.0213	0.0077	0.0089
chr3L	22135465	22135616	chr3L:22135466-22135616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.0302	0.0258	0.0164	0.0085	0.0262	0.0285	0.0553	0.0085	0.0145	0.036	0.0145	0.0085	0.0077	0.0103	0.0077	0.0068
chr3L	22135925	22136092	chr3L:22135926-22136092	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0346	0.0329	0.0539	0.0152	0.0106	0.033	0.0333	0.058	0.0106	0.0181	0.0897	0.0181	0.0116	0.0069	0.0174	0.0069	0.0094
chr3L	22136138	22136289	chr3L:22136139-22136289	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0218	0.0421	0.0138	0.0042	0.0248	0.0238	0.0333	0.0042	0.0151	0.0656	0.0151	0.0116	0.0069	0.0155	0.0069	0.0094
chr3L	22136381	22136532	chr3L:22136382-22136532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0217	0.0324	0.0114	0.0021	0.0175	0.0264	0.0386	0.0021	0.0091	0.0521	0.0091	0.0139	0.0046	0.0168	0.0046	0.0063
chr3L	22136913	22137064	chr3L:22136914-22137064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0193	0.0196	0.024	0.0138	0.0095	0.0136	0.0277	0.028	0.0095	0.0121	0.0424	0.0121	0.0054	0.0161	0.0174	0.0161	0.0094
chr3L	22140443	22140594	chr3L:22140444-22140594	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0118	0.025	0.0375	0.0011	0.0097	0.0151	0.0213	0.0011	0.0097	0.0283	0.0097	0.0077	0.0015	0.0174	0.0015	0.012
chr3L	22140859	22141124	chr3L:22140860-22141124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0483	0.0419	0.0662	0.0359	0.0095	0.0306	0.0368	0.1033	0.0095	0.0163	0.0772	0.0163	0.0186	0.0069	0.0271	0.0069	0.0109
chr3L	22142009	22142160	chr3L:22142010-22142160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0139	0.0092	0.015	0.0178	0.0011	0.0068	0.0151	0.014	0.0011	0.0091	0.0219	0.0091	0.0054	0.0283	0.0155	0.0283	0.0057
chr3L	22142588	22142739	chr3L:22142589-22142739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0086	0.0168	0.0164	0.0011	0.0087	0.0121	0.0127	0.0011	0.006	0.0305	0.006	0.0039	0.01	0.0393	0.01	0.0073
chr3L	22144473	22144624	chr3L:22144474-22144624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.0181	0.0249	0.0145	0.0053	0.0102	0.0277	0.0293	0.0053	0.0145	0.0402	0.0145	0.0116	0.0069	0.0322	0.0069	0.0094
chr3L	22146094	22146245	chr3L:22146095-22146245	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0156	0.0117	0.0199	0.015	0.0042	0.0107	0.0208	0.0087	0.0042	0.0187	0.0315	0.0187	0.0046	0.0276	0.0148	0.0276	0.0078
chr3L	22147044	22147195	chr3L:22147045-22147195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0222	0.0155	0.0335	0.0173	0.0085	0.0121	0.0225	0.0207	0.0085	0.029	0.0453	0.029	0.007	0.0145	0.0148	0.0145	0.0125
chr3L	22147620	22147771	chr3L:22147621-22147771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0197	0.0311	0.0107	0.0127	0.018	0.0298	0.0187	0.0127	0.0223	0.0347	0.0223	0.0101	0.0054	0.0123	0.0054	0.0047
chr3L	22148800	22148951	chr3L:22148801-22148951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0127	0.0204	0.0124	0.0064	0.0107	0.019	0.0127	0.0064	0.0103	0.0267	0.0103	0.0116	0.0092	0.0129	0.0092	0.0063
chr3L	22151051	22151202	chr3L:22151052-22151202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0219	0.0198	0.0296	0.0157	0.0074	0.0214	0.0225	0.026	0.0074	0.0634	0.0289	0.0634	0.0132	0.0329	0.0161	0.0329	0.0083
chr3L	22152399	22152960	chr3L:22152400-22152960	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1308	0.1122	0.1702	0.1085	0.0477	0.1757	0.0926	0.1386	0.0477	0.3484	0.1794	0.3484	0.0697	0.3162	0.1115	0.3162	0.0448
chr3L	22153945	22154199	chr3L:22153946-22154199	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.051	0.0224	0.0534	0.0804	0.0053	0.0267	0.0298	0.0247	0.0053	0.0574	0.0807	0.0574	0.0279	0.2167	0.0993	0.2167	0.0401
chr3L	22154292	22154508	chr3L:22154293-22154508	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0491	0.0246	0.0661	0.0579	0.0074	0.0345	0.0251	0.0313	0.0074	0.0537	0.1129	0.0537	0.0263	0.1325	0.0883	0.1325	0.0313
chr3L	22154919	22155070	chr3L:22154920-22155070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.031	0.0295	0.0448	0.0175	0.0159	0.0325	0.0333	0.042	0.0159	0.0266	0.083	0.0266	0.0132	0.023	0.0284	0.023	0.0141
chr3L	22155538	22155801	chr3L:22155539-22155801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0449	0.051	0.0669	0.0141	0.0297	0.0553	0.0463	0.0819	0.0297	0.0308	0.1267	0.0308	0.0124	0.013	0.0219	0.013	0.0094
chr3L	22155887	22156096	chr3L:22155888-22156096	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0489	0.0703	0.0571	0.0162	0.0562	0.067	0.0843	0.0866	0.0562	0.0211	0.1045	0.0211	0.0147	0.013	0.0251	0.013	0.013
chr3L	22156145	22156301	chr3L:22156146-22156301	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0396	0.0589	0.0426	0.0146	0.0467	0.049	0.0787	0.0759	0.0467	0.0175	0.0749	0.0175	0.0155	0.0115	0.0219	0.0115	0.0151
chr3L	22156375	22156748	chr3L:22156376-22156748	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1066	0.1849	0.0986	0.028	0.176	0.117	0.2651	0.2179	0.176	0.0326	0.181	0.0326	0.0457	0.0153	0.0651	0.0153	0.0188
chr3L	22157468	22157675	chr3L:22157469-22157675	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0393	0.034	0.06	0.0226	0.0117	0.0374	0.042	0.0413	0.0117	0.0272	0.1093	0.0272	0.0294	0.01	0.0548	0.01	0.0188
chr3L	22158256	22158445	chr3L:22158257-22158445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0179	0.0402	0.013	0.0106	0.0189	0.026	0.0167	0.0106	0.0103	0.0736	0.0103	0.0163	0.0061	0.0245	0.0061	0.0094
chr3L	22161578	22162028	chr3L:22161579-22162028	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0632	0.0669	0.0416	0.0286	0.0621	0.0757	0.0906	0.0286	0.0417	0.0952	0.0417	0.055	0.0291	0.0471	0.0291	0.0453
chr3L	22164716	22165058	chr3L:22164717-22165058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0285	0.0263	0.0381	0.0203	0.0106	0.0165	0.0307	0.046	0.0106	0.0254	0.0547	0.0254	0.0093	0.0145	0.0206	0.0145	0.0146
chr3L	22168775	22169104	chr3L:22168776-22169104	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.075	0.0373	0.0909	0.0997	0.0106	0.0354	0.0355	0.072	0.0106	0.0471	0.1727	0.0471	0.0318	0.2029	0.1593	0.2029	0.0657
chr3L	22169539	22170215	chr3L:22169540-22170215	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1744	0.1803	0.2093	0.1295	0.0912	0.1364	0.1042	0.4284	0.0912	0.0725	0.4318	0.0725	0.0449	0.2228	0.2798	0.2228	0.0505
chr3L	22174227	22174378	chr3L:22174228-22174378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0157	0.0272	0.0291	0.0053	0.0155	0.0156	0.0273	0.0053	0.0127	0.0505	0.0127	0.0132	0.0306	0.0703	0.0306	0.0151
chr3L	22174630	22175022	chr3L:22174631-22175022	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0656	0.0936	0.0579	0.0429	0.0255	0.0816	0.0619	0.2199	0.0255	0.0435	0.0961	0.0435	0.0209	0.0329	0.0716	0.0329	0.0448
chr3L	22175028	22175254	chr3L:22175029-22175254	distal	distal	stage5	stage5	VT34695.1	VT34695.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.04	0.039	0.0393	0.0419	0.0106	0.0272	0.0385	0.0799	0.0106	0.0314	0.0633	0.0314	0.0225	0.0391	0.0529	0.0391	0.0537
chr3L	22175617	22176353	chr3L:22175618-22176353	distal	distal	stage5	stage5	VT34695.1	VT34695.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0915	0.116	0.0904	0.0655	0.0721	0.0825	0.1462	0.1712	0.0721	0.0598	0.1479	0.0598	0.0403	0.0605	0.0967	0.0605	0.0604
chr3L	22176449	22176736	chr3L:22176450-22176736	distal	distal	stage5	stage5	VT34695.1	VT34695.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0447	0.0563	0.0462	0.0302	0.0308	0.0437	0.0727	0.0813	0.0308	0.032	0.0746	0.032	0.017	0.0199	0.0509	0.0199	0.0287
chr3L	22177607	22177758	chr3L:22177608-22177758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0283	0.0223	0.0106	0.0127	0.0155	0.0385	0.0473	0.0127	0.0145	0.0296	0.0145	0.0108	0.0069	0.0161	0.0069	0.0094
chr3L	22179697	22179848	chr3L:22179698-22179848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0172	0.0127	0.0184	0.021	0.0032	0.0107	0.0156	0.0207	0.0032	0.0121	0.0299	0.0121	0.0062	0.0092	0.0245	0.0092	0.036
chr3L	22180503	22180654	chr3L:22180504-22180654	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0177	0.0096	0.0211	0.023	0.0074	0.0083	0.0134	0.0113	0.0074	0.0127	0.0341	0.0127	0.0132	0.0092	0.0387	0.0092	0.0386
chr3L	22181606	22181757	chr3L:22181607-22181757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0092	0.0246	0.0242	0.0011	0.0087	0.0134	0.0113	0.0011	0.0199	0.0405	0.0199	0.0139	0.0123	0.0464	0.0123	0.0245
chr3L	22182001	22182218	chr3L:22182002-22182218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0227	0.014	0.0232	0.032	0.0053	0.0131	0.0169	0.0227	0.0053	0.0109	0.0376	0.0109	0.0163	0.0168	0.0522	0.0168	0.0427
chr3L	22182518	22182683	chr3L:22182519-22182683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0207	0.0153	0.0208	0.0266	0.0011	0.0141	0.0195	0.0253	0.0011	0.0121	0.0318	0.0121	0.0147	0.0145	0.0284	0.0145	0.0386
chr3L	22184521	22184819	chr3L:22184522-22184819	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0483	0.0621	0.0466	0.0347	0.0382	0.0403	0.0722	0.0999	0.0382	0.0175	0.0884	0.0175	0.0155	0.0191	0.0999	0.0191	0.0182
chr3L	22184864	22185081	chr3L:22184865-22185081	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0371	0.0531	0.0315	0.0255	0.0191	0.0471	0.0657	0.0773	0.0191	0.0248	0.0476	0.0248	0.0163	0.0168	0.0542	0.0168	0.0188
chr3L	22185227	22185416	chr3L:22185228-22185416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0299	0.0253	0.0269	0.0383	0.0053	0.0267	0.0281	0.0386	0.0053	0.0163	0.0424	0.0163	0.0139	0.0513	0.0613	0.0513	0.0365
chr3L	22185730	22186126	chr3L:22185731-22186126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0507	0.041	0.0513	0.061	0.0255	0.0286	0.0597	0.0593	0.0255	0.0405	0.0765	0.0405	0.0201	0.0658	0.0838	0.0658	0.0672
chr3L	22186209	22186426	chr3L:22186210-22186426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0323	0.0236	0.0235	0.0201	0.0112	0.0545	0.0473	0.0201	0.0103	0.0437	0.0103	0.0093	0.0138	0.0496	0.0138	0.0167
chr3L	22188188	22188467	chr3L:22188189-22188467	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0312	0.0272	0.0306	0.0365	0.0095	0.0238	0.0389	0.034	0.0095	0.0248	0.0418	0.0248	0.0108	0.0207	0.0148	0.0207	0.0167
chr3L	22190536	22190799	chr3L:22190537-22190799	distal	distal	none	none	VT34703.1	VT34703.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.028	0.0202	0.032	0.0323	0.0138	0.0214	0.0234	0.0247	0.0138	0.0193	0.0489	0.0193	0.0209	0.0168	0.0239	0.0168	0.0214
chr3L	22190879	22191030	chr3L:22190880-22191030	distal	distal	none	none	VT34703.1	VT34703.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0072	0.0193	0.0238	0.0021	0.0078	0.0082	0.01	0.0021	0.0115	0.0267	0.0115	0.0155	0.0084	0.0181	0.0084	0.0198
chr3L	22191533	22191684	chr3L:22191534-22191684	distal	distal	none	none	VT34703.1	VT34703.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0137	0.0183	0.0139	0.0053	0.0121	0.0195	0.0173	0.0053	0.0139	0.0212	0.0139	0.0085	0.0115	0.0142	0.0115	0.0089
chr3L	22192301	22192532	chr3L:22192302-22192532	distal	distal	stage14	stage14	VT34703.1	VT34703.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0091	0.0173	0.0242	0.0021	0.0063	0.0121	0.0167	0.0021	0.0127	0.0199	0.0127	0.0085	0.0306	0.0097	0.0306	0.0193
chr3L	22192747	22192918	chr3L:22192748-22192918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.022	0.0151	0.023	0.0287	0.0095	0.0131	0.0195	0.0187	0.0095	0.0115	0.0305	0.0115	0.0093	0.0314	0.011	0.0314	0.0198
chr3L	22196102	22196253	chr3L:22196103-22196253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0126	0.0201	0.0273	0.0053	0.0058	0.0225	0.0147	0.0053	0.0169	0.027	0.0169	0.0101	0.0176	0.0193	0.0176	0.0182
chr3L	22197755	22198051	chr3L:22197756-22198051	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0339	0.0384	0.0359	0.0267	0.017	0.0398	0.045	0.0493	0.017	0.0272	0.0347	0.0272	0.0465	0.0222	0.0187	0.0222	0.0401
chr3L	22200559	22200710	chr3L:22200560-22200710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0116	0.0181	0.018	0.0042	0.0097	0.0173	0.0133	0.0042	0.0085	0.0215	0.0085	0.007	0.0054	0.0084	0.0054	0.0083
chr3L	22200909	22201060	chr3L:22200910-22201060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0163	0.0118	0.0207	0.0164	0.0053	0.0102	0.0143	0.0153	0.0053	0.0145	0.0318	0.0145	0.0101	0.0054	0.0116	0.0054	0.0099
chr3L	22202851	22203041	chr3L:22202852-22203041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0311	0.0241	0.0334	0.0363	0.0159	0.0184	0.0458	0.016	0.0159	0.0133	0.0296	0.0133	0.0124	0.0069	0.0206	0.0069	0.0276
chr3L	22203191	22203342	chr3L:22203192-22203342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.01	0.0217	0.0226	0.0042	0.0087	0.0169	0.0093	0.0042	0.0097	0.0232	0.0097	0.0085	0.0023	0.0116	0.0023	0.013
chr3L	22207915	22208342	chr3L:22207916-22208342	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0466	0.0619	0.0529	0.0224	0.0318	0.0665	0.0779	0.0733	0.0318	0.0435	0.0656	0.0435	0.0318	0.0115	0.0264	0.0115	0.0266
chr3L	22211711	22211862	chr3L:22211712-22211862	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0163	0.0133	0.0211	0.0143	0.0042	0.0087	0.0208	0.0193	0.0042	0.0121	0.0289	0.0121	0.0077	0.0061	0.0142	0.0061	0.0089
chr3L	22212120	22212271	chr3L:22212121-22212271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.013	0.013	0.0166	0.0092	0.0053	0.0121	0.0182	0.0193	0.0053	0.0091	0.028	0.0091	0.0054	0.0046	0.0077	0.0046	0.0047
chr3L	22213005	22213206	chr3L:22213006-22213206	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.025	0.0176	0.0104	0.0095	0.0248	0.0272	0.038	0.0095	0.0072	0.0289	0.0072	0.0054	0.0038	0.0135	0.0038	0.0099
chr3L	22213490	22213738	chr3L:22213491-22213738	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.036	0.033	0.0159	0.017	0.0383	0.0355	0.0526	0.017	0.0302	0.0428	0.0302	0.0186	0.0115	0.0226	0.0115	0.0094
chr3L	22216312	22216490	chr3L:22216313-22216490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0312	0.0335	0.0123	0.0138	0.0267	0.048	0.034	0.0138	0.0338	0.0421	0.0338	0.0201	0.013	0.0148	0.013	0.0089
chr3L	22225302	22225453	chr3L:22225303-22225453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0105	0.0255	0.011	0.0053	0.0121	0.0151	0.01	0.0053	0.0368	0.026	0.0368	0.0124	0.0069	0.0148	0.0069	0.0104
chr3L	22230083	22230253	chr3L:22230084-22230253	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0158	0.0272	0.0191	0.0106	0.0209	0.0186	0.0127	0.0106	0.0169	0.0232	0.0169	0.0101	0.013	0.0123	0.013	0.0057
chr3L	22230631	22230907	chr3L:22230632-22230907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0275	0.0171	0.0336	0.0323	0.0117	0.0136	0.0234	0.0227	0.0117	0.0157	0.0241	0.0157	0.0093	0.0069	0.0135	0.0069	0.0094
chr3L	22231708	22231861	chr3L:22231709-22231861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0121	0.0274	0.0187	0.0011	0.0141	0.0186	0.0087	0.0011	0.0139	0.0206	0.0139	0.0116	0.0069	0.009	0.0069	0.0094
chr3L	22232028	22232179	chr3L:22232029-22232179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0083	0.0142	0.0166	0.0021	0.0083	0.0147	0.008	0.0021	0.0091	0.0158	0.0091	0.0108	0.0092	0.0123	0.0092	0.0057
chr3L	22232869	22233020	chr3L:22232870-22233020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0122	0.0093	0.0142	0.0132	0.0064	0.0087	0.0138	0.0093	0.0064	0.0151	0.019	0.0151	0.007	0.0038	0.011	0.0038	0.0208
chr3L	22255932	22256118	chr3L:22255933-22256118	FBgn0015075,FBgn0028500	Ddx1,Rich	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1739	0.1601	0.2016	0.1588	0.1241	0.167	0.1683	0.2085	0.1241	0.2597	0.2145	0.2597	0.1983	0.1761	0.1599	0.1761	0.1918
chr3L	22256366	22256560	chr3L:22256367-22256560	FBgn0015075,FBgn0028500	Ddx1,Rich	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1358	0.1167	0.157	0.134	0.0923	0.1388	0.1151	0.1352	0.0923	0.1938	0.1733	0.1938	0.1596	0.1623	0.1244	0.1623	0.1772
chr3L	22259656	22259869	chr3L:22259657-22259869	FBgn0004179,FBgn0037156	CG11523,Csp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1495	0.1358	0.178	0.1334	0.0923	0.1752	0.1324	0.1639	0.0923	0.2331	0.1968	0.2331	0.1712	0.1485	0.1425	0.1485	0.1782
chr3L	22259988	22260139	chr3L:22259989-22260139	FBgn0004179,FBgn0037156	CG11523,Csp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0451	0.0702	0.0568	0.0297	0.0568	0.0458	0.0513	0.0297	0.0845	0.083	0.0845	0.0627	0.0689	0.0606	0.0689	0.074
chr3L	22260463	22260700	chr3L:22260464-22260700	FBgn0004179	Csp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2582	0.2582	0.3014	0.2107	0.1941	0.2883	0.2885	0.3071	0.1941	0.3907	0.3305	0.3907	0.268	0.2412	0.2392	0.2412	0.2355
chr3L	22260740	22261026	chr3L:22260741-22261026	FBgn0004179	Csp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2036	0.2476	0.2141	0.1427	0.2375	0.234	0.3028	0.2738	0.2375	0.2754	0.2251	0.2754	0.196	0.16	0.127	0.16	0.135
chr3L	22261272	22261423	chr3L:22261273-22261423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0579	0.0796	0.0563	0.0354	0.0456	0.0772	0.1055	0.0926	0.0456	0.0652	0.0646	0.0652	0.0488	0.0306	0.0322	0.0306	0.0375
chr3L	22261719	22261885	chr3L:22261720-22261885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0493	0.0688	0.0454	0.0316	0.0265	0.0699	0.099	0.0706	0.0265	0.0435	0.0441	0.0435	0.0604	0.0191	0.02	0.0191	0.0391
chr3L	22262200	22262351	chr3L:22262201-22262351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0428	0.0583	0.0421	0.0263	0.0276	0.0524	0.0878	0.056	0.0276	0.0411	0.0379	0.0411	0.0666	0.0138	0.02	0.0138	0.0443
chr3L	22265411	22265562	chr3L:22265412-22265562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0254	0.0229	0.0236	0.0301	0.017	0.0165	0.035	0.0273	0.017	0.0199	0.0228	0.0199	0.048	0.0153	0.0129	0.0153	0.0756
chr3L	22265800	22265951	chr3L:22265801-22265951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.023	0.0273	0.0217	0.0198	0.0148	0.0301	0.0363	0.03	0.0148	0.0193	0.0244	0.0193	0.0248	0.0207	0.009	0.0207	0.0391
chr3L	22266955	22267151	chr3L:22266956-22267151	FBgn0025702	srpk79D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0283	0.0225	0.0503	0.018	0.0214	0.0428	0.032	0.018	0.0181	0.0219	0.0181	0.0194	0.023	0.011	0.023	0.0287
chr3L	22267209	22267415	chr3L:22267210-22267415	FBgn0025702	srpk79D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0351	0.0249	0.0355	0.0233	0.0311	0.0558	0.0313	0.0233	0.0217	0.0296	0.0217	0.017	0.0214	0.0135	0.0214	0.0188
chr3L	22269227	22269640	chr3L:22269228-22269640	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0403	0.027	0.0387	0.057	0.0074	0.0316	0.0376	0.03	0.0074	0.064	0.0328	0.064	0.0356	0.1524	0.0251	0.1524	0.0396
chr3L	22270193	22270344	chr3L:22270194-22270344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0233	0.0186	0.0213	0.0306	0.0085	0.0223	0.0251	0.02	0.0085	0.0236	0.0222	0.0236	0.0194	0.1103	0.0084	0.1103	0.0177
chr3L	22270600	22270751	chr3L:22270601-22270751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.025	0.0189	0.0202	0.0372	0.0032	0.0194	0.0285	0.0187	0.0032	0.0272	0.0206	0.0272	0.0217	0.134	0.0193	0.134	0.0167
chr3L	22272404	22272555	chr3L:22272405-22272555	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0197	0.0318	0.0166	0.0096	0.0127	0.0131	0.0636	0.0346	0.0127	0.0175	0.0232	0.0175	0.0124	0.0207	0.0097	0.0207	0.0083
chr3L	22274367	22274518	chr3L:22274368-22274518	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0165	0.0174	0.0214	0.0099	0.0074	0.0155	0.0247	0.0253	0.0074	0.032	0.0244	0.032	0.017	0.0191	0.0097	0.0191	0.0073
chr3L	22280944	22281115	chr3L:22280945-22281115	FBgn0011771	Hem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0677	0.0887	0.0614	0.0403	0.068	0.0887	0.0793	0.0403	0.1021	0.0994	0.1021	0.0891	0.0651	0.0613	0.0651	0.0834
chr3L	22281213	22281404	chr3L:22281214-22281404	FBgn0011771,FBgn0027086	Aats-ile,Hem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1399	0.132	0.1575	0.1294	0.0965	0.1393	0.1557	0.1559	0.0965	0.1866	0.1768	0.1866	0.1588	0.1447	0.1354	0.1447	0.1542
chr3L	22281659	22281822	chr3L:22281660-22281822	FBgn0011771,FBgn0027086	Aats-ile,Hem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1677	0.1458	0.202	0.1544	0.0753	0.184	0.1522	0.1746	0.0753	0.2542	0.2151	0.2542	0.2091	0.1753	0.1509	0.1753	0.1907
chr3L	22282029	22282252	chr3L:22282030-22282252	FBgn0027086	Aats-ile	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.0644	0.0839	0.0564	0.0297	0.0908	0.0709	0.0673	0.0297	0.1111	0.0897	0.1111	0.0821	0.0697	0.0522	0.0697	0.0724
chr3L	22282276	22282427	chr3L:22282277-22282427	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0349	0.0438	0.0281	0.0106	0.0466	0.042	0.038	0.0106	0.0574	0.0502	0.0574	0.0356	0.0322	0.0239	0.0322	0.0412
chr3L	22298468	22298619	chr3L:22298469-22298619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0255	0.0218	0.0338	0.0205	0.0127	0.0204	0.0208	0.0366	0.0127	0.0471	0.0399	0.0471	0.0178	0.0145	0.0174	0.0145	0.0214
chr3L	22299172	22299323	chr3L:22299173-22299323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0183	0.0269	0.0187	0.0042	0.0155	0.019	0.0326	0.0042	0.0332	0.0354	0.0332	0.0186	0.01	0.0148	0.01	0.025
chr3L	22299670	22299821	chr3L:22299671-22299821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0229	0.0206	0.0232	0.0252	0.0042	0.0238	0.0212	0.0306	0.0042	0.0266	0.0283	0.0266	0.0217	0.0077	0.0168	0.0077	0.0287
chr3L	22303310	22303461	chr3L:22303311-22303461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0204	0.0247	0.0202	0.0085	0.0238	0.0199	0.0266	0.0085	0.0308	0.0238	0.0308	0.0186	0.0092	0.0148	0.0092	0.0234
chr3L	22304598	22304749	chr3L:22304599-22304749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0243	0.0246	0.0265	0.0216	0.0074	0.0286	0.0229	0.0346	0.0074	0.0368	0.0289	0.0368	0.0271	0.0191	0.0226	0.0191	0.0188
chr3L	22304969	22305120	chr3L:22304970-22305120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0269	0.0277	0.0268	0.026	0.0117	0.0272	0.0272	0.0426	0.0117	0.029	0.0328	0.029	0.0194	0.0054	0.0168	0.0054	0.0214
chr3L	22310213	22310397	chr3L:22310214-22310397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0233	0.0194	0.0279	0.0224	0.0127	0.0165	0.0208	0.03	0.0127	0.0302	0.0363	0.0302	0.0178	0.0107	0.009	0.0107	0.0266
chr3L	22310611	22310762	chr3L:22310612-22310762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0198	0.0201	0.0185	0.0207	0.0095	0.0184	0.0203	0.0373	0.0095	0.0193	0.0241	0.0193	0.0093	0.013	0.0116	0.013	0.0219
chr3L	22311692	22311878	chr3L:22311693-22311878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0237	0.0211	0.0218	0.0285	0.0074	0.0214	0.0251	0.0233	0.0074	0.0211	0.0286	0.0211	0.0209	0.0084	0.0174	0.0084	0.0464
chr3L	22314402	22314553	chr3L:22314403-22314553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0199	0.0247	0.0237	0.0021	0.0243	0.0143	0.0406	0.0021	0.026	0.0305	0.026	0.0194	0.0054	0.0193	0.0054	0.0328
chr3L	22317563	22317714	chr3L:22317564-22317714	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0265	0.0241	0.0164	0.0117	0.0335	0.0221	0.04	0.0117	0.035	0.0293	0.035	0.0201	0.0115	0.0142	0.0115	0.0229
chr3L	22320121	22320272	chr3L:22320122-22320272	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0248	0.0249	0.026	0.0233	0.0106	0.0223	0.0285	0.032	0.0106	0.0272	0.0344	0.0272	0.0209	0.01	0.0155	0.01	0.0255
chr3L	22320649	22320845	chr3L:22320650-22320845	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0327	0.0355	0.0402	0.017	0.034	0.0363	0.04	0.017	0.0374	0.0402	0.0374	0.0232	0.01	0.0135	0.01	0.0417
chr3L	22321206	22321357	chr3L:22321207-22321357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0227	0.0239	0.023	0.021	0.0085	0.0257	0.0251	0.03	0.0085	0.0266	0.0283	0.0266	0.0147	0.01	0.0193	0.01	0.0214
chr3L	22322181	22322423	chr3L:22322182-22322423	FBgn0052450	CG32450	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0382	0.0454	0.0396	0.0288	0.0286	0.0553	0.0441	0.0546	0.0286	0.0519	0.0498	0.0519	0.0209	0.023	0.0155	0.023	0.0334
chr3L	22323232	22323383	chr3L:22323233-22323383	FBgn0052450	CG32450	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0273	0.03	0.0315	0.0196	0.0095	0.0345	0.029	0.044	0.0095	0.0399	0.0408	0.0399	0.0217	0.0115	0.0193	0.0115	0.0318
chr3L	22326603	22326915	chr3L:22326604-22326915	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0422	0.0386	0.039	0.0499	0.0265	0.0413	0.042	0.042	0.0265	0.0501	0.0392	0.0501	0.0271	0.0199	0.0213	0.0199	0.0365
chr3L	22327305	22327456	chr3L:22327306-22327456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0176	0.0165	0.0175	0.0189	0.0085	0.015	0.0147	0.0273	0.0085	0.0175	0.0225	0.0175	0.0108	0.0123	0.0123	0.0123	0.0188
chr3L	22329261	22329446	chr3L:22329262-22329446	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0542	0.044	0.018	0.0318	0.0602	0.0523	0.0766	0.0318	0.0622	0.0582	0.0622	0.0186	0.0138	0.0129	0.0138	0.0245
chr3L	22329807	22329958	chr3L:22329808-22329958	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.028	0.0351	0.0284	0.0195	0.0212	0.0383	0.0372	0.0453	0.0212	0.038	0.0363	0.038	0.0194	0.0153	0.0174	0.0153	0.0297
chr3L	22331922	22332073	chr3L:22331923-22332073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0318	0.0341	0.0372	0.0233	0.0127	0.0374	0.0316	0.0526	0.0127	0.0513	0.046	0.0513	0.0325	0.0176	0.0251	0.0176	0.0375
chr3L	22332103	22332254	chr3L:22332104-22332254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0314	0.0349	0.0189	0.0117	0.0335	0.0268	0.0513	0.0117	0.0459	0.0395	0.0459	0.0333	0.0191	0.0155	0.0191	0.0276
chr3L	22332465	22332667	chr3L:22332466-22332667	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0656	0.07	0.0737	0.0517	0.0392	0.0689	0.0709	0.1093	0.0392	0.0851	0.0926	0.0851	0.0558	0.0459	0.04	0.0459	0.0834
chr3L	22334395	22334546	chr3L:22334396-22334546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0297	0.0302	0.0301	0.0287	0.0127	0.0248	0.0329	0.048	0.0127	0.0453	0.0338	0.0453	0.0147	0.0161	0.0174	0.0161	0.0255
chr3L	22336367	22336532	chr3L:22336368-22336532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0289	0.0269	0.033	0.0267	0.0223	0.0354	0.0242	0.0333	0.0223	0.032	0.0334	0.032	0.0465	0.01	0.0116	0.01	0.0495
chr3L	22337593	22337764	chr3L:22337594-22337764	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0389	0.0531	0.0392	0.0228	0.0308	0.0466	0.0683	0.0666	0.0308	0.0435	0.0505	0.0435	0.0279	0.0115	0.0258	0.0115	0.0344
chr3L	22337874	22338104	chr3L:22337875-22338104	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0582	0.0717	0.0605	0.0407	0.0361	0.0772	0.0692	0.1079	0.0361	0.0664	0.072	0.0664	0.0527	0.0329	0.0445	0.0329	0.0584
chr3L	22339677	22339878	chr3L:22339678-22339878	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0657	0.0699	0.0732	0.0528	0.0509	0.0752	0.0783	0.0833	0.0509	0.0743	0.0945	0.0743	0.0891	0.0413	0.0651	0.0413	0.0902
chr3L	22339903	22340116	chr3L:22339904-22340116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.065	0.0627	0.0744	0.0572	0.0414	0.0689	0.0679	0.0826	0.0414	0.0743	0.0939	0.0743	0.0937	0.0436	0.0535	0.0436	0.1063
chr3L	22340185	22340336	chr3L:22340186-22340336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0352	0.0386	0.0378	0.0284	0.0255	0.034	0.0489	0.0513	0.0255	0.0362	0.046	0.0362	0.048	0.0168	0.029	0.0168	0.0505
chr3L	22342200	22342711	chr3L:22342201-22342711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.079	0.0839	0.085	0.067	0.0445	0.0995	0.0826	0.1086	0.0445	0.0906	0.1096	0.0906	0.0751	0.0513	0.0703	0.0513	0.1032
chr3L	22342737	22342888	chr3L:22342738-22342888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0378	0.0364	0.0288	0.018	0.0466	0.0381	0.0513	0.018	0.035	0.0444	0.035	0.0372	0.0191	0.0219	0.0191	0.0386
chr3L	22343833	22343984	chr3L:22343834-22343984	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.027	0.0268	0.0274	0.0267	0.0201	0.0238	0.0355	0.0313	0.0201	0.0254	0.0421	0.0254	0.0186	0.0145	0.0535	0.0145	0.0302
chr3L	22344649	22344833	chr3L:22344650-22344833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0378	0.0336	0.0486	0.0306	0.0191	0.0393	0.0355	0.0473	0.0191	0.0513	0.0688	0.0513	0.0248	0.0176	0.0432	0.0176	0.0412
chr3L	22348245	22348463	chr3L:22348246-22348463	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0508	0.0621	0.053	0.0358	0.052	0.049	0.0644	0.0979	0.052	0.0314	0.0932	0.0314	0.0287	0.0168	0.0825	0.0168	0.0313
chr3L	22349652	22349803	chr3L:22349653-22349803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0293	0.0253	0.0291	0.0341	0.0223	0.0296	0.0307	0.022	0.0223	0.0278	0.0302	0.0278	0.031	0.0115	0.0181	0.0115	0.038
chr3L	22349955	22350106	chr3L:22349956-22350106	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0339	0.0371	0.0305	0.034	0.0371	0.0379	0.0398	0.0413	0.0371	0.0296	0.037	0.0296	0.0225	0.013	0.0168	0.013	0.0334
chr3L	22350303	22350454	chr3L:22350304-22350454	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0302	0.0332	0.0239	0.0338	0.0191	0.0398	0.0324	0.0493	0.0191	0.0199	0.0238	0.0199	0.0186	0.0061	0.0103	0.0061	0.0203
chr3L	22350577	22350728	chr3L:22350578-22350728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0325	0.0249	0.0331	0.0223	0.0325	0.0355	0.0413	0.0223	0.026	0.0267	0.026	0.0178	0.0077	0.0129	0.0077	0.0224
chr3L	22350834	22350985	chr3L:22350835-22350985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0255	0.0264	0.0223	0.028	0.0286	0.0218	0.029	0.036	0.0286	0.0272	0.0235	0.0272	0.017	0.0038	0.011	0.0038	0.0188
chr3L	22351506	22351657	chr3L:22351507-22351657	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0341	0.0241	0.0203	0.0138	0.0403	0.0385	0.0393	0.0138	0.0236	0.0293	0.0236	0.0178	0.0092	0.0181	0.0092	0.0287
chr3L	22353518	22353669	chr3L:22353519-22353669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.0269	0.0308	0.0462	0.017	0.0301	0.0307	0.036	0.017	0.0211	0.0498	0.0211	0.0139	0.0107	0.1386	0.0107	0.0339
chr3L	22354526	22354677	chr3L:22354527-22354677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0234	0.0232	0.0219	0.0191	0.0175	0.0324	0.0253	0.0191	0.0326	0.0241	0.0326	0.0163	0.0306	0.0251	0.0306	0.0271
chr3L	22355677	22355860	chr3L:22355678-22355860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0381	0.034	0.04	0.0407	0.0255	0.0354	0.0342	0.046	0.0255	0.0356	0.0637	0.0356	0.0271	0.0574	0.0593	0.0574	0.0433
chr3L	22355933	22356084	chr3L:22355934-22356084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0279	0.0264	0.0298	0.0274	0.018	0.0267	0.032	0.0333	0.018	0.0272	0.0418	0.0272	0.024	0.0299	0.038	0.0299	0.0313
chr3L	22356445	22356908	chr3L:22356446-22356908	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0672	0.0715	0.0798	0.0486	0.0721	0.0641	0.0874	0.0773	0.0721	0.0737	0.1135	0.0737	0.062	0.0191	0.0619	0.0191	0.062
chr3L	22357322	22357613	chr3L:22357323-22357613	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0667	0.0984	0.0436	0.0477	0.0767	0.0679	0.0793	0.0477	0.0827	0.1331	0.0827	0.1294	0.0199	0.0664	0.0199	0.0714
chr3L	22357614	22357765	chr3L:22357615-22357765	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0535	0.0678	0.029	0.0414	0.0583	0.0463	0.0793	0.0414	0.0556	0.0894	0.0556	0.0899	0.0145	0.0477	0.0145	0.0386
chr3L	22358058	22358421	chr3L:22358059-22358421	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0698	0.0563	0.0929	0.0596	0.0382	0.0524	0.0696	0.0706	0.0382	0.0785	0.1386	0.0785	0.0829	0.0291	0.0922	0.0291	0.0844
chr3L	22359034	22359185	chr3L:22359035-22359185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0322	0.0309	0.027	0.0394	0.0201	0.0291	0.0333	0.0426	0.0201	0.026	0.0347	0.026	0.0325	0.013	0.0174	0.013	0.0995
chr3L	22360263	22360427	chr3L:22360264-22360427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.036	0.0288	0.0334	0.0471	0.0212	0.0301	0.0372	0.026	0.0212	0.0356	0.0309	0.0356	0.062	0.0191	0.0232	0.0191	0.1225
chr3L	22360706	22360857	chr3L:22360707-22360857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0293	0.028	0.028	0.032	0.0223	0.0248	0.0407	0.0227	0.0223	0.0308	0.035	0.0308	0.0263	0.036	0.0174	0.036	0.0625
chr3L	22361879	22362030	chr3L:22361880-22362030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.028	0.0328	0.0258	0.0252	0.0244	0.0316	0.0441	0.036	0.0244	0.0278	0.0309	0.0278	0.024	0.0283	0.0168	0.0283	0.0391
chr3L	22364879	22365030	chr3L:22364880-22365030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.023	0.0231	0.0208	0.0252	0.0201	0.0209	0.0285	0.0266	0.0201	0.0205	0.0322	0.0205	0.0108	0.013	0.0374	0.013	0.0339
chr3L	22365728	22366033	chr3L:22365729-22366033	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0904	0.0562	0.1428	0.0713	0.0286	0.067	0.0545	0.0799	0.0286	0.0525	0.2826	0.0525	0.0426	0.0222	0.1947	0.0222	0.0495
chr3L	22366219	22366522	chr3L:22366220-22366522	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0672	0.0884	0.0717	0.0386	0.0689	0.0976	0.099	0.0993	0.0689	0.0543	0.1045	0.0543	0.0403	0.0161	0.0619	0.0161	0.0453
chr3L	22367143	22367294	chr3L:22367144-22367294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0341	0.0499	0.0315	0.0195	0.0435	0.0481	0.0558	0.0633	0.0435	0.0272	0.0476	0.0272	0.0178	0.0115	0.0187	0.0115	0.0276
chr3L	22367300	22367529	chr3L:22367301-22367529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0443	0.0617	0.0443	0.0248	0.0604	0.0524	0.0727	0.0773	0.0604	0.038	0.0678	0.038	0.0248	0.0153	0.0271	0.0153	0.0307
chr3L	22368390	22368541	chr3L:22368391-22368541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0265	0.0308	0.028	0.0199	0.0244	0.0218	0.0458	0.0313	0.0244	0.0229	0.0424	0.0229	0.0209	0.0115	0.0142	0.0115	0.025
chr3L	22368583	22368734	chr3L:22368584-22368734	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0298	0.034	0.0307	0.0241	0.0265	0.0282	0.042	0.04	0.0265	0.029	0.0444	0.029	0.0217	0.0115	0.0277	0.0115	0.0297
chr3L	22368828	22368979	chr3L:22368829-22368979	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0345	0.0424	0.0343	0.0259	0.0286	0.0345	0.0601	0.0446	0.0286	0.0199	0.0585	0.0199	0.0186	0.0138	0.0355	0.0138	0.0307
chr3L	22372100	22372282	chr3L:22372101-22372282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0356	0.0447	0.0422	0.0308	0.0359	0.0463	0.0386	0.0308	0.0471	0.064	0.0471	0.0302	0.0368	0.0787	0.0368	0.049
chr3L	22372993	22373210	chr3L:22372994-22373210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0494	0.055	0.058	0.0337	0.0361	0.0534	0.0644	0.0746	0.0361	0.0435	0.0916	0.0435	0.0294	0.0191	0.0503	0.0191	0.0396
chr3L	22373774	22374065	chr3L:22373775-22374065	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0746	0.0666	0.1023	0.0532	0.052	0.0641	0.0861	0.0746	0.052	0.0743	0.1402	0.0743	0.0806	0.0819	0.0574	0.0819	0.0511
chr3L	22374099	22374537	chr3L:22374100-22374537	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0864	0.0877	0.1095	0.0596	0.0615	0.0786	0.109	0.1073	0.0615	0.0688	0.1566	0.0688	0.0744	0.049	0.0761	0.049	0.0552
chr3L	22374703	22374950	chr3L:22374704-22374950	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0507	0.0571	0.059	0.0344	0.035	0.0549	0.067	0.0713	0.035	0.0417	0.0531	0.0417	0.0271	0.0107	0.0258	0.0107	0.0334
chr3L	22375115	22375266	chr3L:22375116-22375266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0348	0.0398	0.0237	0.0223	0.0291	0.0471	0.0406	0.0223	0.0429	0.035	0.0429	0.0194	0.0153	0.0174	0.0153	0.0224
chr3L	22375591	22375742	chr3L:22375592-22375742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0355	0.0474	0.0344	0.0235	0.0392	0.0519	0.0601	0.0433	0.0392	0.0556	0.0367	0.0556	0.0178	0.0168	0.0181	0.0168	0.0307
chr3L	22375841	22376143	chr3L:22375842-22376143	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0661	0.0735	0.0681	0.0554	0.052	0.0806	0.0817	0.0826	0.052	0.0809	0.0704	0.0809	0.0612	0.0643	0.04	0.0643	0.0563
chr3L	22380201	22380352	chr3L:22380202-22380352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0331	0.0507	0.0284	0.0185	0.035	0.0364	0.0744	0.06	0.035	0.0211	0.0405	0.0211	0.0201	0.01	0.0123	0.01	0.0266
chr3L	22381355	22381506	chr3L:22381356-22381506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0337	0.045	0.0348	0.0199	0.0414	0.0335	0.0619	0.054	0.0414	0.0386	0.0486	0.0386	0.0209	0.0123	0.0219	0.0123	0.0323
chr3L	22381618	22381769	chr3L:22381619-22381769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0371	0.0459	0.041	0.0231	0.0339	0.0359	0.0597	0.0526	0.0339	0.0423	0.0576	0.0423	0.024	0.0138	0.0297	0.0138	0.0365
chr3L	22382021	22382399	chr3L:22382022-22382399	distal	distal	none	none	VT34796.1	VT34796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0743	0.0846	0.0812	0.0551	0.0573	0.082	0.1125	0.0933	0.0573	0.0779	0.1219	0.0779	0.048	0.0574	0.0832	0.0574	0.0667
chr3L	22385891	22386042	chr3L:22385892-22386042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.027	0.0183	0.0187	0.0201	0.0209	0.0415	0.0306	0.0201	0.0181	0.0186	0.0181	0.017	0.0123	0.0097	0.0123	0.0156
chr3L	22386220	22386499	chr3L:22386221-22386499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.048	0.0319	0.0407	0.0297	0.0432	0.067	0.0526	0.0297	0.0405	0.0328	0.0405	0.0294	0.0613	0.0174	0.0613	0.0307
chr3L	22387415	22387779	chr3L:22387416-22387779	distal	distal	none	none	VT34799.1	VT34799.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0527	0.0464	0.0553	0.057	0.0308	0.0359	0.0705	0.0486	0.0308	0.0459	0.0884	0.0459	0.0302	0.0827	0.098	0.0827	0.0396
chr3L	22393161	22393616	chr3L:22393162-22393616	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT34802.1	VT34802.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.258	0.3964	0.2671	0.0932	0.3542	0.3816	0.4723	0.4537	0.3542	0.2361	0.4116	0.2361	0.1402	0.0444	0.1825	0.0444	0.0657
chr3L	22393766	22394363	chr3L:22393767-22394363	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT34802.1	VT34802.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2404	0.3412	0.2695	0.0958	0.2863	0.3811	0.3871	0.3518	0.2863	0.3937	0.3444	0.3937	0.151	0.0789	0.1115	0.0789	0.1324
chr3L	22394628	22394836	chr3L:22394629-22394836	distal	distal	none	none	VT34802.1,VT34803.1	VT34802.1,VT34803.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0779	0.097	0.0774	0.0571	0.0679	0.0995	0.1332	0.0906	0.0679	0.1051	0.0916	0.1051	0.072	0.0413	0.0277	0.0413	0.135
chr3L	22395523	22395674	chr3L:22395524-22395674	distal	distal	none	none	VT34803.1	VT34803.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0651	0.1031	0.0607	0.0274	0.0933	0.0796	0.1501	0.1046	0.0933	0.0604	0.0904	0.0604	0.0294	0.0306	0.0419	0.0306	0.0281
chr3L	22395914	22396214	chr3L:22395915-22396214	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Ten-m_9046,VT34803.1,VT34804.1	Ten-m_9046,VT34803.1,VT34804.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2198	0.3599	0.2137	0.0698	0.3266	0.3354	0.4438	0.4151	0.3266	0.1636	0.3588	0.1636	0.0906	0.0957	0.1309	0.0957	0.049
chr3L	22397337	22397488	chr3L:22397338-22397488	distal	distal	none	none	VT34804.1	VT34804.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0499	0.0597	0.0448	0.0447	0.0414	0.0544	0.0826	0.0693	0.0414	0.0719	0.0495	0.0719	0.0271	0.1348	0.0264	0.1348	0.0334
chr3L	22400975	22401165	chr3L:22400976-22401165	FBgn0004449	Ten-m	stage11,stage14,stage5	none	VT34806.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2712	0.2833	0.3052	0.2204	0.2503	0.3	0.3266	0.3018	0.2503	0.3792	0.3357	0.3792	0.2758	0.2297	0.2347	0.2297	0.2611
chr3L	22401386	22401579	chr3L:22401387-22401579	FBgn0004449	Ten-m	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.261	0.2658	0.2895	0.2243	0.2301	0.2893	0.2833	0.3011	0.2301	0.3466	0.3293	0.3466	0.2471	0.2305	0.2495	0.2305	0.2376
chr3L	22404873	22405116	chr3L:22404874-22405116	distal	distal	stage11	stage11	VT34808.1	VT34808.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0388	0.0318	0.0656	0.0173	0.0085	0.068	0.0234	0.022	0.0085	0.1878	0.0431	0.1878	0.0287	0.0268	0.0142	0.0268	0.013
chr3L	22405823	22405974	chr3L:22405824-22405974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0155	0.013	0.0273	0.0053	0.0042	0.0175	0.0173	0.0133	0.0042	0.0779	0.0151	0.0779	0.0186	0.0061	0.0084	0.0061	0.0057
chr3L	22411279	22411430	chr3L:22411280-22411430	distal	distal	stage14	stage14	VT34812.1	VT34812.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0127	0.0173	0.038	0.0011	0.0126	0.0234	0.0127	0.0011	0.0115	0.0254	0.0115	0.024	0.0092	0.0748	0.0092	0.0657
chr3L	22411549	22411720	chr3L:22411550-22411720	distal	distal	none	none	VT34812.1,VT34813.1	VT34812.1,VT34813.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0254	0.0125	0.0199	0.0458	0.0021	0.015	0.0195	0.0107	0.0021	0.0175	0.0183	0.0175	0.0442	0.013	0.0496	0.013	0.1131
chr3L	22413311	22413462	chr3L:22413312-22413462	distal	distal	none	none	VT34813.1	VT34813.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0157	0.0132	0.0152	0.0191	0.0064	0.0117	0.0225	0.0133	0.0064	0.0151	0.0212	0.0151	0.0163	0.0107	0.0419	0.0107	0.0224
chr3L	22413646	22414017	chr3L:22413647-22414017	distal	distal	none	none	VT34813.1,VT34814.1	VT34813.1,VT34814.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0444	0.0249	0.0456	0.0649	0.0064	0.0301	0.0372	0.02	0.0064	0.0399	0.054	0.0399	0.0767	0.0268	0.1251	0.0268	0.1094
chr3L	22414076	22414415	chr3L:22414077-22414415	distal	distal	stage14	stage14	VT34814.1	VT34814.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0199	0.0423	0.0657	0.0053	0.0257	0.0238	0.022	0.0053	0.0417	0.0598	0.0417	0.0449	0.0413	0.1464	0.0413	0.0834
chr3L	22416739	22416890	chr3L:22416740-22416890	distal	distal	none	none	VT34815.1	VT34815.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0096	0.0085	0.01	0.0103	0.0042	0.0073	0.0143	0.0073	0.0042	0.0139	0.01	0.0139	0.0124	0.0046	0.0039	0.0046	0.0255
chr3L	22420030	22420181	chr3L:22420031-22420181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.0125	0.0189	0.016	0.0064	0.0141	0.0164	0.014	0.0064	0.0284	0.0158	0.0284	0.0155	0.0138	0.0103	0.0138	0.0188
chr3L	22422712	22423212	chr3L:22422713-22423212	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0736	0.0416	0.1099	0.0696	0.0159	0.067	0.0467	0.0386	0.0159	0.2446	0.0875	0.2446	0.0666	0.0467	0.0632	0.0467	0.1308
chr3L	22423337	22423742	chr3L:22423338-22423742	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0687	0.0394	0.1109	0.0553	0.0106	0.0791	0.0346	0.0293	0.0106	0.285	0.0859	0.285	0.0511	0.0758	0.0561	0.0758	0.075
chr3L	22423933	22424167	chr3L:22423934-22424167	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0331	0.0283	0.0514	0.0184	0.0042	0.0476	0.0324	0.024	0.0042	0.1298	0.0399	0.1298	0.0232	0.0322	0.02	0.0322	0.0182
chr3L	22424635	22424875	chr3L:22424636-22424875	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0476	0.0766	0.0528	0.0093	0.0318	0.132	0.0458	0.0999	0.0318	0.1516	0.0322	0.1516	0.0116	0.01	0.0071	0.01	0.0036
chr3L	22425411	22425585	chr3L:22425412-22425585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0258	0.0366	0.0277	0.0117	0.0032	0.0631	0.0298	0.0373	0.0032	0.0592	0.0235	0.0592	0.017	0.0138	0.0129	0.0138	0.0125
chr3L	22428438	22428589	chr3L:22428439-22428589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0152	0.0194	0.0196	0.0042	0.016	0.0234	0.014	0.0042	0.0248	0.0251	0.0248	0.0108	0.0069	0.0535	0.0069	0.0151
chr3L	22430226	22430377	chr3L:22430227-22430377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0138	0.0159	0.0196	0.0064	0.0155	0.0212	0.01	0.0064	0.0217	0.0167	0.0217	0.0139	0.0069	0.0535	0.0069	0.0125
chr3L	22433031	22433182	chr3L:22433032-22433182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0166	0.0098	0.0192	0.0214	0.0021	0.0131	0.0143	0.008	0.0021	0.0368	0.0186	0.0368	0.0155	0.023	0.0458	0.023	0.0177
chr3L	22433296	22433447	chr3L:22433297-22433447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0163	0.0101	0.0162	0.0234	0.0032	0.0121	0.0151	0.0087	0.0032	0.0314	0.0151	0.0314	0.017	0.0429	0.0316	0.0429	0.0198
chr3L	22434894	22435045	chr3L:22434895-22435045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0142	0.0155	0.0162	0.0106	0.0032	0.018	0.0203	0.018	0.0032	0.0393	0.0122	0.0393	0.0101	0.026	0.0064	0.026	0.0057
chr3L	22435431	22435966	chr3L:22435432-22435966	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.062	0.0756	0.0673	0.0409	0.0594	0.0806	0.1103	0.0473	0.0594	0.1341	0.0514	0.1341	0.0651	0.0995	0.0303	0.0995	0.0365
chr3L	22439730	22439881	chr3L:22439731-22439881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0092	0.0074	0.0117	0.0086	0.0032	0.0058	0.0125	0.0067	0.0032	0.0236	0.0074	0.0236	0.0093	0.0015	0.0039	0.0015	0.0073
chr3L	22442075	22442226	chr3L:22442076-22442226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0138	0.0117	0.0223	0.0067	0.0032	0.016	0.0151	0.0093	0.0032	0.0634	0.0116	0.0634	0.0085	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr3L	22442605	22442756	chr3L:22442606-22442756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0117	0.0103	0.0169	0.0074	0.0032	0.0068	0.0203	0.0093	0.0032	0.0483	0.0093	0.0483	0.0116	0.0054	0.0077	0.0054	0.0083
chr3L	22443883	22444034	chr3L:22443884-22444034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0151	0.0127	0.0258	0.0061	0.0032	0.0141	0.0186	0.014	0.0032	0.0773	0.0145	0.0773	0.0147	0.0038	0.009	0.0038	0.0083
chr3L	22449060	22449486	chr3L:22449061-22449486	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0559	0.0535	0.057	0.0574	0.0297	0.0519	0.0722	0.0586	0.0297	0.0725	0.0579	0.0725	0.0844	0.0245	0.1006	0.0245	0.0964
chr3L	22450927	22451078	chr3L:22450928-22451078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0279	0.0175	0.0109	0.0117	0.0189	0.0606	0.0133	0.0117	0.029	0.0161	0.029	0.0201	0.0191	0.0123	0.0191	0.0099
chr3L	22451614	22451801	chr3L:22451615-22451801	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0222	0.0212	0.0169	0.0127	0.0189	0.0381	0.0167	0.0127	0.0193	0.0177	0.0193	0.0573	0.01	0.0116	0.01	0.0427
chr3L	22452102	22452276	chr3L:22452103-22452276	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0199	0.0462	0.0351	0.0074	0.0233	0.0264	0.018	0.0074	0.0411	0.0318	0.0411	0.1402	0.0107	0.0155	0.0107	0.1047
chr3L	22452416	22452567	chr3L:22452417-22452567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0226	0.0265	0.0196	0.0106	0.0199	0.0398	0.0153	0.0106	0.0211	0.019	0.0211	0.0751	0.0038	0.0135	0.0038	0.0558
chr3L	22453638	22453789	chr3L:22453639-22453789	FBgn0037163	laza	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0361	0.0237	0.0107	0.0191	0.0277	0.0528	0.0426	0.0191	0.035	0.0196	0.035	0.0418	0.0069	0.011	0.0069	0.0214
chr3L	22454030	22454371	chr3L:22454031-22454371	FBgn0037163	laza	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1027	0.1493	0.0924	0.062	0.1548	0.1218	0.1869	0.1519	0.1548	0.0773	0.0897	0.0773	0.2091	0.0191	0.0993	0.0191	0.1204
chr3L	22456439	22456590	chr3L:22456440-22456590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0144	0.0207	0.0141	0.0077	0.0074	0.0291	0.0221	0.026	0.0074	0.0157	0.0119	0.0157	0.0248	0.0046	0.0103	0.0046	0.0104
chr3L	22459175	22459402	chr3L:22459176-22459402	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0148	0.0235	0.0319	0.0085	0.0184	0.0164	0.0167	0.0085	0.0169	0.0395	0.0169	0.0186	0.0069	0.1135	0.0069	0.0162
chr3L	22459821	22459972	chr3L:22459822-22459972	FBgn0037164	CG11438	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0131	0.0154	0.0262	0.0074	0.0131	0.0225	0.01	0.0074	0.0127	0.0232	0.0127	0.0116	0.0038	0.0961	0.0038	0.0063
chr3L	22461821	22461972	chr3L:22461822-22461972	FBgn0037165	CG11437	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0116	0.0143	0.0214	0.0021	0.0112	0.0151	0.0127	0.0021	0.0091	0.0235	0.0091	0.0101	0.0077	0.0729	0.0077	0.0089
chr3L	22463523	22463684	chr3L:22463524-22463684	FBgn0037166	CG11426	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0503	0.0293	0.0466	0.0778	0.017	0.0398	0.0363	0.024	0.017	0.0453	0.0502	0.0453	0.0829	0.0299	0.1412	0.0299	0.1397
chr3L	22463928	22464079	chr3L:22463929-22464079	FBgn0037166	CG11426	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0135	0.0194	0.0252	0.0074	0.015	0.0208	0.008	0.0074	0.0169	0.0244	0.0169	0.0279	0.0168	0.0316	0.0168	0.0474
chr3L	22464192	22464343	chr3L:22464193-22464343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.013	0.0092	0.0126	0.0175	0.0032	0.0107	0.0147	0.008	0.0032	0.0145	0.0119	0.0145	0.0217	0.0123	0.0168	0.0123	0.0344
chr3L	22467247	22467398	chr3L:22467248-22467398	FBgn0037167	CG11425	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0111	0.0098	0.0187	0.0042	0.0117	0.0173	0.012	0.0042	0.0097	0.0116	0.0097	0.0147	0.0038	0.0426	0.0038	0.024
chr3L	22482744	22482905	chr3L:22482745-22482905	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0188	0.0189	0.0146	0.0095	0.015	0.0216	0.032	0.0095	0.0091	0.0106	0.0091	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0042
chr3L	22483235	22483463	chr3L:22483236-22483463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0152	0.0156	0.0167	0.0106	0.0107	0.026	0.0133	0.0106	0.0103	0.0122	0.0103	0.0054	0.0046	0.0019	0.0046	0.0057
chr3L	22487936	22488087	chr3L:22487937-22488087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0187	0.026	0.0123	0.0175	0.0148	0.0209	0.0415	0.0233	0.0148	0.0157	0.0122	0.0157	0.0101	0.0153	0.0129	0.0153	0.0099
chr3L	22488098	22488374	chr3L:22488099-22488374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0405	0.0173	0.0308	0.017	0.0383	0.061	0.0453	0.017	0.0211	0.0125	0.0211	0.0124	0.036	0.0174	0.036	0.0125
chr3L	22488538	22488689	chr3L:22488539-22488689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0188	0.0103	0.0145	0.0106	0.0136	0.0268	0.0253	0.0106	0.0091	0.0087	0.0091	0.0077	0.0161	0.0026	0.0161	0.0073
chr3L	22499172	22499384	chr3L:22499173-22499384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0288	0.0247	0.0178	0.018	0.0204	0.035	0.0433	0.018	0.026	0.0293	0.026	0.0093	0.0092	0.0129	0.0092	0.0109
chr3L	22508873	22509024	chr3L:22508874-22509024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0097	0.0103	0.0085	0.0104	0.0021	0.0078	0.0203	0.0093	0.0021	0.0109	0.0096	0.0109	0.0062	0.0077	0.0064	0.0077	0.0042
chr3L	22509658	22509809	chr3L:22509659-22509809	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0062	0.0099	0.0226	0.0021	0.0063	0.0104	0.0067	0.0021	0.0066	0.0084	0.0066	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0063
chr3L	22518795	22518962	chr3L:22518796-22518962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0081	0.0117	0.0134	0.0042	0.0053	0.0151	0.0073	0.0042	0.0079	0.009	0.0079	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0073
chr3L	22519246	22519397	chr3L:22519247-22519397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0071	0.0082	0.0125	0.0011	0.0068	0.0121	0.008	0.0011	0.0115	0.0077	0.0115	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr3L	22519522	22519673	chr3L:22519523-22519673	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.008	0.0074	0.0149	0.0011	0.0053	0.0164	0.008	0.0011	0.0097	0.0068	0.0097	0.0039	0.0023	0.0052	0.0023	0.0031
chr3L	22520709	22520860	chr3L:22520710-22520860	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0105	0.0098	0.0167	0.0032	0.0097	0.0182	0.0073	0.0032	0.0085	0.0087	0.0085	0.0046	0.0046	0.0032	0.0046	0.0047
chr3L	22524077	22524228	chr3L:22524078-22524228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0135	0.0226	0.0126	0.0043	0.0042	0.0184	0.0272	0.042	0.0042	0.0133	0.0154	0.0133	0.0085	0.0077	0.0013	0.0077	0.0036
chr3L	22524581	22524785	chr3L:22524582-22524785	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0209	0.0439	0.0103	0.0068	0.0414	0.0209	0.0688	0.0553	0.0414	0.0085	0.0132	0.0085	0.0062	0.0077	0.0084	0.0077	0.0052
chr3L	22527058	22527235	chr3L:22527059-22527235	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0152	0.031	0.0082	0.0053	0.0212	0.0141	0.0502	0.0393	0.0212	0.0072	0.0113	0.0072	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0068
chr3L	22529955	22530131	chr3L:22529956-22530131	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0106	0.0127	0.0123	0.0042	0.0102	0.0173	0.0087	0.0042	0.0103	0.009	0.0103	0.007	0.0046	0.0032	0.0046	0.0042
chr3L	22565292	22565443	chr3L:22565293-22565443	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0103	0.014	0.0162	0.0021	0.0087	0.0186	0.0107	0.0021	0.0097	0.0109	0.0097	0.0077	0.0077	0.0077	0.0077	0.0063
chr3L	22565629	22565801	chr3L:22565630-22565801	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0121	0.0346	0.0468	0.0042	0.0112	0.0164	0.0133	0.0042	0.0091	0.0174	0.0091	0.0093	0.0054	0.0103	0.0054	0.0146
chr3L	22568096	22568248	chr3L:22568097-22568248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0136	0.0152	0.0191	0.0085	0.0087	0.0238	0.012	0.0085	0.0127	0.0093	0.0127	0.007	0.0092	0.0052	0.0092	0.0078
chr3L	22568306	22568457	chr3L:22568307-22568457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0108	0.0137	0.0175	0.0053	0.0097	0.0173	0.01	0.0053	0.0175	0.01	0.0175	0.0062	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chr3L	22568558	22568709	chr3L:22568559-22568709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.01	0.0117	0.0141	0.0074	0.0092	0.0151	0.0093	0.0074	0.0127	0.0103	0.0127	0.0093	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr3L	22569107	22569258	chr3L:22569108-22569258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0096	0.0091	0.0107	0.0074	0.0087	0.0134	0.0107	0.0074	0.006	0.0103	0.006	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0073
chr3L	22579575	22579736	chr3L:22579576-22579736	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0181	0.025	0.0188	0.0127	0.0223	0.0225	0.0167	0.0127	0.0139	0.0122	0.0139	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0026
chr3L	22579950	22580101	chr3L:22579951-22580101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0179	0.0237	0.0193	0.01	0.0064	0.0495	0.0138	0.0253	0.0064	0.0139	0.0135	0.0139	0.0093	0.0023	0.0032	0.0023	0.001
chr3L	22581180	22581423	chr3L:22581181-22581423	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0638	0.0648	0.0689	0.057	0.0191	0.0704	0.0523	0.1099	0.0191	0.0399	0.0389	0.0399	0.0178	0.0123	0.0142	0.0123	0.0109
chr3L	22581483	22581706	chr3L:22581484-22581706	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.046	0.0429	0.0504	0.0448	0.0117	0.0515	0.0307	0.0713	0.0117	0.0254	0.0257	0.0254	0.0116	0.0046	0.0103	0.0046	0.0109
chr3L	22582336	22582487	chr3L:22582337-22582487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0136	0.0162	0.0159	0.0084	0.0053	0.0345	0.0151	0.0073	0.0053	0.0097	0.0109	0.0097	0.0054	0.0054	0.0058	0.0054	0.0036
chr3L	22584108	22584259	chr3L:22584109-22584259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0122	0.0228	0.0107	0.0042	0.0107	0.0169	0.0167	0.0042	0.0072	0.0151	0.0072	0.0108	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chr3L	22591175	22591326	chr3L:22591176-22591326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0128	0.0161	0.0157	0.006	0.0127	0.0141	0.0177	0.0227	0.0127	0.0181	0.0109	0.0181	0.007	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr3L	22591447	22591598	chr3L:22591448-22591598	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0087	0.009	0.0128	0.0039	0.0021	0.0131	0.0095	0.008	0.0021	0.0133	0.0042	0.0133	0.0031	0.0031	0.0019	0.0031	0.001
chr3L	22592027	22592178	chr3L:22592028-22592178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0097	0.0102	0.0145	0.004	0.0032	0.0097	0.0182	0.0073	0.0032	0.0151	0.0061	0.0151	0.0093	0.0031	0.0013	0.0031	0.0031
chr3L	22594845	22594996	chr3L:22594846-22594996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0101	0.0122	0.0156	0.0032	0.0092	0.0182	0.0087	0.0032	0.0085	0.0087	0.0085	0.0116	0.0015	0.0058	0.0015	0.0078
chr3L	22596325	22596476	chr3L:22596326-22596476	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0092	0.0082	0.0153	0.0064	0.0053	0.0169	0.0107	0.0064	0.0109	0.0071	0.0109	0.0023	0.0054	0.0045	0.0054	0.0052
chr3L	22596952	22597108	chr3L:22596953-22597108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0113	0.0255	0.022	0.0011	0.016	0.0138	0.014	0.0011	0.0175	0.0132	0.0175	0.0116	0.0069	0.0058	0.0069	0.0125
chr3L	22598815	22599098	chr3L:22598816-22599098	FBgn0037172	CG6914	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0202	0.0244	0.0246	0.0117	0.0141	0.0337	0.0213	0.0117	0.0199	0.0186	0.0199	0.0116	0.0015	0.009	0.0015	0.0115
chr3L	22600494	22600665	chr3L:22600495-22600665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0123	0.0208	0.0297	0.0064	0.0146	0.0195	0.01	0.0064	0.0103	0.01	0.0103	0.0085	0.0023	0.0032	0.0023	0.0083
chr3L	22600906	22601088	chr3L:22600907-22601088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0155	0.0183	0.0206	0.0011	0.0218	0.0238	0.0107	0.0011	0.0097	0.0125	0.0097	0.0163	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr3L	22603637	22603788	chr3L:22603638-22603788	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0129	0.0101	0.014	0.0148	0.0064	0.0092	0.0182	0.0073	0.0064	0.0072	0.0093	0.0072	0.038	0.0069	0.0064	0.0069	0.0089
chr3L	22607273	22607424	chr3L:22607274-22607424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0116	0.0044	0.0145	0.0042	0.0112	0.0182	0.0133	0.0042	0.0054	0.0032	0.0054	0.0015	0.0046	0.0026	0.0046	0.0078
chr3L	22608321	22608554	chr3L:22608322-22608554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0393	0.0263	0.016	0.0212	0.0393	0.0489	0.0506	0.0212	0.035	0.0238	0.035	0.0132	0.0061	0.0084	0.0061	0.0063
chr3L	22609746	22609897	chr3L:22609747-22609897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.0339	0.0222	0.0104	0.0201	0.034	0.0463	0.0366	0.0201	0.026	0.0244	0.026	0.0085	0.0084	0.0058	0.0084	0.0036
chr3L	22610011	22610200	chr3L:22610012-22610200	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.055	0.0839	0.0534	0.0245	0.0445	0.0811	0.1064	0.1073	0.0445	0.0773	0.0563	0.0773	0.0209	0.0153	0.0123	0.0153	0.0089
chr3L	22620623	22620774	chr3L:22620624-22620774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0087	0.0061	0.012	0.0042	0.0068	0.0151	0.0093	0.0042	0.0072	0.0058	0.0072	0.0046	0.0061	0.0026	0.0061	0.0031
chr3L	22626834	22626985	chr3L:22626835-22626985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.028	0.0277	0.0336	0.0223	0.0106	0.0257	0.0415	0.0247	0.0106	0.0435	0.036	0.0435	0.0341	0.0291	0.0187	0.0291	0.0323
chr3L	22627026	22627219	chr3L:22627027-22627219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0399	0.0391	0.0466	0.0336	0.018	0.0422	0.0515	0.036	0.018	0.0604	0.0534	0.0604	0.0426	0.0383	0.04	0.0383	0.0459
chr3L	22627319	22627500	chr3L:22627320-22627500	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.0921	0.1244	0.0724	0.0594	0.1058	0.1068	0.0966	0.0594	0.1606	0.1363	0.1606	0.1146	0.085	0.089	0.085	0.0974
chr3L	22631409	22631560	chr3L:22631410-22631560	FBgn0037171	CG14459	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0249	0.0095	0.0169	0.0191	0.0233	0.0333	0.0233	0.0191	0.0079	0.0096	0.0079	0.007	0.0046	0.0039	0.0046	0.0021
chr3L	22635173	22635324	chr3L:22635174-22635324	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.009	0.0077	0.0299	0.0032	0.0107	0.0125	0.008	0.0032	0.0024	0.0055	0.0024	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0068
chr3L	22635680	22635832	chr3L:22635681-22635832	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0375	0.033	0.0278	0.0532	0.018	0.0223	0.0567	0.028	0.018	0.0308	0.0206	0.0308	0.0217	0.0077	0.0103	0.0077	0.0167
chr3L	22635841	22636013	chr3L:22635842-22636013	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0349	0.0472	0.0244	0.0326	0.0392	0.032	0.0787	0.04	0.0392	0.0229	0.0244	0.0229	0.017	0.0061	0.009	0.0061	0.0089
chr3L	22636066	22636298	chr3L:22636067-22636298	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0364	0.054	0.0382	0.0148	0.0361	0.05	0.0619	0.0746	0.0361	0.0525	0.0402	0.0525	0.0217	0.0031	0.0045	0.0031	0.0151
chr3L	22641336	22641526	chr3L:22641337-22641526	FBgn0053769,FBgn0053770	CG33769,CG33770	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0508	0.0758	0.0558	0.0174	0.0403	0.0748	0.1038	0.0866	0.0403	0.0688	0.0585	0.0688	0.055	0.0168	0.0168	0.0168	0.0177
chr3L	22662245	22662566	chr3L:22662246-22662566	FBgn0037174,FBgn0262249,FBgn0262951	CG14457,CR43270,mir-958	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.06	0.07	0.0716	0.0361	0.0329	0.0879	0.0779	0.0786	0.0329	0.0417	0.0707	0.0417	0.1859	0.0138	0.0309	0.0138	0.0787
chr3L	22662600	22662890	chr3L:22662601-22662890	FBgn0037174,FBgn0262249,FBgn0262951	CG14457,CR43270,mir-958	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0757	0.088	0.0893	0.0471	0.0424	0.1107	0.1068	0.0893	0.0424	0.0531	0.0907	0.0531	0.2246	0.0145	0.0535	0.0145	0.1021
chr3L	22662896	22663282	chr3L:22662897-22663282	FBgn0037174,FBgn0262249,FBgn0262951	CG14457,CR43270,mir-958	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.094	0.0905	0.1265	0.0624	0.0339	0.1466	0.0865	0.0899	0.0339	0.0803	0.1283	0.0803	0.3067	0.0191	0.0729	0.0191	0.1428
chr3L	22663346	22663766	chr3L:22663347-22663766	FBgn0037174	CG14457	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0611	0.0558	0.0787	0.0478	0.0201	0.0796	0.0606	0.054	0.0201	0.055	0.0572	0.055	0.2401	0.0145	0.0297	0.0145	0.1266
chr3L	22664405	22664671	chr3L:22664406-22664671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0356	0.0257	0.0561	0.0241	0.0074	0.0345	0.0298	0.03	0.0074	0.0266	0.0714	0.0266	0.117	0.0061	0.0445	0.0061	0.0401
chr3L	22664843	22665081	chr3L:22664844-22665081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0354	0.0344	0.048	0.0228	0.0117	0.0408	0.0519	0.0266	0.0117	0.032	0.046	0.032	0.1278	0.0107	0.0135	0.0107	0.0547
chr3L	22665137	22665315	chr3L:22665138-22665315	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0329	0.0315	0.0449	0.0212	0.0127	0.0485	0.0402	0.0193	0.0127	0.0139	0.0312	0.0139	0.1627	0.0061	0.0097	0.0061	0.0578
chr3L	22665524	22665675	chr3L:22665525-22665675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0215	0.0218	0.0302	0.0117	0.0074	0.0345	0.0307	0.0087	0.0074	0.0133	0.018	0.0133	0.1053	0.0031	0.009	0.0031	0.0266
chr3L	22665781	22665932	chr3L:22665782-22665932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0168	0.0222	0.0187	0.0086	0.0053	0.0374	0.0264	0.0147	0.0053	0.0091	0.0145	0.0091	0.055	0.0023	0.0064	0.0023	0.0198
chr3L	22665992	22666143	chr3L:22665993-22666143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0214	0.0302	0.0225	0.0103	0.0117	0.0316	0.051	0.0227	0.0117	0.0151	0.0225	0.0151	0.0496	0.0046	0.0097	0.0046	0.0167
chr3L	22668225	22668376	chr3L:22668226-22668376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0126	0.0118	0.0138	0.0121	0.0021	0.0141	0.0169	0.012	0.0021	0.0163	0.0106	0.0163	0.0279	0.0069	0.0052	0.0069	0.013
chr3L	22674147	22674455	chr3L:22674148-22674455	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0721	0.0543	0.0996	0.0618	0.0339	0.0709	0.0562	0.06	0.0339	0.099	0.1064	0.099	0.1797	0.0697	0.0445	0.0697	0.1261
chr3L	22683294	22683445	chr3L:22683295-22683445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0165	0.0178	0.0207	0.0106	0.0042	0.0223	0.0255	0.016	0.0042	0.0199	0.0193	0.0199	0.0364	0.0061	0.0052	0.0061	0.0177
chr3L	22684328	22684479	chr3L:22684329-22684479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0122	0.0128	0.0095	0.0053	0.0117	0.016	0.0173	0.0053	0.0091	0.0119	0.0091	0.0116	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr3L	22692414	22692606	chr3L:22692415-22692606	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0283	0.028	0.0418	0.0139	0.0117	0.0417	0.0311	0.0233	0.0117	0.0211	0.0273	0.0211	0.1425	0.01	0.0187	0.01	0.0229
chr3L	22694200	22694351	chr3L:22694201-22694351	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0098	0.0132	0.0157	0.0011	0.0097	0.0169	0.008	0.0011	0.0079	0.0113	0.0079	0.024	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr3L	22706552	22706740	chr3L:22706553-22706740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0391	0.0425	0.0528	0.0202	0.0255	0.0505	0.0528	0.044	0.0255	0.0785	0.0572	0.0785	0.0511	0.0314	0.0206	0.0314	0.0214
chr3L	22706816	22706998	chr3L:22706817-22706998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0575	0.0657	0.0758	0.0283	0.0382	0.0733	0.077	0.074	0.0382	0.1002	0.0862	0.1002	0.0844	0.0513	0.0303	0.0513	0.0302
chr3L	22710316	22710486	chr3L:22710317-22710486	FBgn0037182,FBgn0052452	ArfGAP3,CG32452	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1942	0.1849	0.2237	0.172	0.1559	0.2015	0.2059	0.2092	0.1559	0.285	0.2473	0.285	0.2169	0.1822	0.1812	0.1822	0.2157
chr3L	22710706	22710938	chr3L:22710707-22710938	FBgn0037182,FBgn0052452	ArfGAP3,CG32452	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.1072	0.1282	0.1033	0.0817	0.1194	0.1211	0.1213	0.0817	0.1624	0.1412	0.1624	0.1232	0.1217	0.1122	0.1217	0.1308
chr3L	22711034	22711185	chr3L:22711035-22711185	FBgn0037182,FBgn0052452	ArfGAP3,CG32452	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0501	0.0499	0.0586	0.0409	0.0318	0.0578	0.0601	0.0493	0.0318	0.0664	0.0678	0.0664	0.0573	0.0413	0.0393	0.0413	0.0521
chr3L	22713965	22714116	chr3L:22713966-22714116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0631	0.0492	0.0942	0.0444	0.0308	0.0573	0.0541	0.0566	0.0308	0.1322	0.1051	0.1322	0.0868	0.059	0.058	0.059	0.0469
chr3L	22715337	22715488	chr3L:22715338-22715488	FBgn0037183	CG14451	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0365	0.0466	0.0335	0.0285	0.0339	0.0481	0.0536	0.052	0.0339	0.0628	0.0334	0.0628	0.0279	0.0758	0.0206	0.0758	0.0266
chr3L	22715809	22715960	chr3L:22715810-22715960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0555	0.0856	0.0472	0.0311	0.0742	0.0786	0.1029	0.0999	0.0742	0.09	0.046	0.09	0.0341	0.0704	0.0181	0.0704	0.0401
chr3L	22716360	22716511	chr3L:22716361-22716511	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.083	0.0615	0.0255	0.0551	0.1053	0.0852	0.0946	0.0551	0.0791	0.0759	0.0791	0.0573	0.036	0.0335	0.036	0.0307
chr3L	22717454	22717697	chr3L:22717455-22717697	FBgn0016034	mael	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.176	0.2344	0.1964	0.0881	0.228	0.2636	0.2574	0.2345	0.228	0.1389	0.3003	0.1389	0.1441	0.0551	0.156	0.0551	0.0782
chr3L	22720789	22720990	chr3L:22720790-22720990	FBgn0037184,FBgn0037185	CG11367,CG14450	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1392	0.1386	0.1599	0.1171	0.0997	0.1699	0.1553	0.1432	0.0997	0.2156	0.1768	0.2156	0.1658	0.1294	0.1238	0.1294	0.1548
chr3L	22721105	22721296	chr3L:22721106-22721296	FBgn0037184,FBgn0037185	CG11367,CG14450	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1867	0.163	0.2221	0.1742	0.1251	0.1976	0.1644	0.1899	0.1251	0.2995	0.2518	0.2995	0.2254	0.1891	0.2018	0.1891	0.2147
chr3L	22721527	22721734	chr3L:22721528-22721734	FBgn0037185	CG11367	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0499	0.0415	0.0598	0.0486	0.017	0.0447	0.051	0.05	0.017	0.0809	0.0662	0.0809	0.0643	0.0559	0.0548	0.0559	0.0599
chr3L	22726847	22727068	chr3L:22726848-22727068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0424	0.0363	0.0452	0.0461	0.0159	0.0359	0.0519	0.0353	0.0159	0.0477	0.0524	0.0477	0.0612	0.0482	0.049	0.0482	0.0839
chr3L	22727139	22727290	chr3L:22727140-22727290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0257	0.0242	0.0312	0.0214	0.0117	0.0228	0.0363	0.0253	0.0117	0.0284	0.0418	0.0284	0.0387	0.026	0.0239	0.026	0.0344
chr3L	22730974	22731200	chr3L:22730975-22731200	FBgn0037186	CG11241	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0395	0.0336	0.049	0.0358	0.0223	0.0379	0.0411	0.0373	0.0223	0.0405	0.0402	0.0405	0.1224	0.0207	0.0316	0.0207	0.074
chr3L	22734437	22734605	chr3L:22734438-22734605	FBgn0010830,FBgn0037188	CG7369,l(3)04053	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1811	0.1534	0.2157	0.1739	0.0944	0.1859	0.1639	0.1819	0.0944	0.2748	0.2325	0.2748	0.2014	0.1807	0.1838	0.1807	0.2006
chr3L	22734764	22734932	chr3L:22734765-22734932	FBgn0010830,FBgn0037188	CG7369,l(3)04053	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2235	0.2023	0.2514	0.2167	0.158	0.2214	0.2115	0.2412	0.158	0.2959	0.2794	0.2959	0.2432	0.2297	0.2147	0.2297	0.2434
chr3L	22735046	22735454	chr3L:22735047-22735454	FBgn0037188	CG7369	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.166	0.1346	0.1967	0.1674	0.0848	0.1578	0.1324	0.1679	0.0848	0.2271	0.2158	0.2271	0.1805	0.1822	0.167	0.1822	0.1584
chr3L	22735679	22735880	chr3L:22735680-22735880	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0443	0.0329	0.0556	0.0446	0.0191	0.0383	0.0415	0.0306	0.0191	0.0417	0.0826	0.0417	0.0488	0.0613	0.0696	0.0613	0.0208
chr3L	22736383	22736539	chr3L:22736384-22736539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0343	0.0354	0.0421	0.0106	0.0345	0.0471	0.04	0.0106	0.0368	0.0444	0.0368	0.0318	0.0681	0.0683	0.0681	0.0297
chr3L	22741783	22741934	chr3L:22741784-22741934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0378	0.0226	0.0128	0.0244	0.0379	0.0428	0.05	0.0244	0.0193	0.0264	0.0193	0.0178	0.0123	0.009	0.0123	0.0083
chr3L	22742002	22742169	chr3L:22742003-22742169	FBgn0052451	SPoCk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.031	0.0421	0.032	0.0175	0.0286	0.0374	0.0519	0.056	0.0286	0.0362	0.0373	0.0362	0.0225	0.0176	0.0103	0.0176	0.012
chr3L	22742360	22742622	chr3L:22742361-22742622	FBgn0052451	SPoCk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.107	0.1424	0.1039	0.0707	0.1241	0.1374	0.1674	0.1586	0.1241	0.1322	0.1138	0.1322	0.072	0.062	0.0348	0.062	0.0354
chr3L	22743011	22743162	chr3L:22743012-22743162	FBgn0052451	SPoCk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0207	0.0241	0.0197	0.0181	0.0085	0.0209	0.0342	0.0273	0.0085	0.0169	0.0209	0.0169	0.0225	0.0207	0.0077	0.0207	0.0094
chr3L	22743227	22743490	chr3L:22743228-22743490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0312	0.033	0.0312	0.0292	0.0212	0.0408	0.0424	0.0253	0.0212	0.0326	0.0248	0.0326	0.0442	0.0153	0.0123	0.0153	0.0193
chr3L	22766486	22766682	chr3L:22766487-22766682	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.181	0.1653	0.2241	0.1512	0.1145	0.1893	0.1851	0.1879	0.1145	0.3037	0.2556	0.3037	0.2122	0.2221	0.1966	0.2221	0.2084
chr3L	22766699	22766978	chr3L:22766700-22766978	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1543	0.1393	0.1935	0.1278	0.106	0.1607	0.1557	0.1452	0.106	0.2705	0.2212	0.2705	0.1828	0.1761	0.1818	0.1761	0.1699
chr3L	22767113	22767371	chr3L:22767114-22767371	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.072	0.0739	0.0846	0.0561	0.0371	0.0806	0.0878	0.0939	0.0371	0.0942	0.1119	0.0942	0.0844	0.0551	0.1128	0.0551	0.062
chr3L	22772530	22772681	chr3L:22772531-22772681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0157	0.0146	0.0132	0.0032	0.0165	0.0251	0.0153	0.0032	0.0115	0.0183	0.0115	0.0178	0.0069	0.011	0.0069	0.0073
chr3L	22774869	22775020	chr3L:22774870-22775020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0363	0.0169	0.0102	0.0223	0.018	0.0588	0.048	0.0223	0.0133	0.0219	0.0133	0.0209	0.013	0.0142	0.013	0.0078
chr3L	22775395	22775569	chr3L:22775396-22775569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.024	0.04	0.0211	0.0092	0.0138	0.032	0.0545	0.0533	0.0138	0.0229	0.0267	0.0229	0.0163	0.0107	0.009	0.0107	0.0089
chr3L	22775865	22776045	chr3L:22775866-22776045	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0307	0.0623	0.0183	0.0091	0.0265	0.0408	0.0631	0.1199	0.0265	0.0229	0.0222	0.0229	0.0132	0.0107	0.0052	0.0107	0.0073
chr3L	22776184	22776441	chr3L:22776185-22776441	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.1054	0.0284	0.0102	0.0583	0.0621	0.1125	0.1945	0.0583	0.029	0.0376	0.029	0.0194	0.0077	0.0097	0.0077	0.0089
chr3L	22777171	22777341	chr3L:22777172-22777341	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0452	0.0164	0.0077	0.0201	0.0335	0.0394	0.0946	0.0201	0.0181	0.0212	0.0181	0.0147	0.0054	0.0084	0.0054	0.0089
chr3L	22779834	22779985	chr3L:22779835-22779985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0186	0.0131	0.0221	0.0127	0.0165	0.0264	0.0213	0.0127	0.0145	0.0151	0.0145	0.017	0.0276	0.0226	0.0276	0.0313
chr3L	22781159	22781429	chr3L:22781160-22781429	FBgn0037191	CG14448	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0752	0.0842	0.0571	0.0849	0.0551	0.0811	0.1094	0.0953	0.0551	0.0453	0.0749	0.0453	0.0821	0.1126	0.0999	0.1126	0.112
chr3L	22781504	22781655	chr3L:22781505-22781655	FBgn0037191	CG14448	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0249	0.0309	0.0208	0.0226	0.0106	0.0252	0.0484	0.0333	0.0106	0.0181	0.027	0.0181	0.0279	0.0383	0.0206	0.0383	0.0271
chr3L	22784450	22784601	chr3L:22784451-22784601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0295	0.0184	0.0093	0.0223	0.0209	0.0484	0.032	0.0223	0.0181	0.0251	0.0181	0.0132	0.0138	0.0064	0.0138	0.0125
chr3L	22789969	22790188	chr3L:22789970-22790188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0315	0.0305	0.0315	0.0326	0.0223	0.0286	0.0372	0.034	0.0223	0.0628	0.0254	0.0628	0.0333	0.1087	0.0181	0.1087	0.0203
chr3L	22790879	22791030	chr3L:22790880-22791030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0131	0.0092	0.0147	0.0156	0.0032	0.0078	0.0182	0.0067	0.0032	0.0314	0.0106	0.0314	0.0108	0.0383	0.0129	0.0383	0.012
chr3L	22812978	22813129	chr3L:22812979-22813129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0148	0.0302	0.0066	0.0065	0.0191	0.0228	0.0411	0.0346	0.0191	0.0072	0.008	0.0072	0.0062	0.0084	0.0071	0.0084	0.0083
chr3L	22813306	22813523	chr3L:22813307-22813523	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0283	0.054	0.0183	0.0106	0.0424	0.0495	0.0627	0.0526	0.0424	0.0205	0.0215	0.0205	0.0217	0.0191	0.009	0.0191	0.013
chr3L	22814559	22814710	chr3L:22814560-22814710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0125	0.0131	0.0195	0.0095	0.0131	0.0177	0.012	0.0095	0.0145	0.0154	0.0145	0.0139	0.0521	0.0155	0.0521	0.0151
chr3L	22815640	22815808	chr3L:22815641-22815808	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0207	0.0312	0.084	0.0085	0.0194	0.0311	0.0233	0.0085	0.0236	0.0412	0.0236	0.0395	0.1194	0.1161	0.1194	0.0756
chr3L	22816003	22816173	chr3L:22816004-22816173	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0237	0.0208	0.0185	0.0327	0.0117	0.016	0.0368	0.0173	0.0117	0.0242	0.0222	0.0242	0.0194	0.0406	0.0445	0.0406	0.0261
chr3L	22817882	22818045	chr3L:22817883-22818045	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0074	0.0173	0.0645	0.0042	0.0083	0.0087	0.0067	0.0042	0.0103	0.0209	0.0103	0.0271	0.0674	0.0754	0.0674	0.0896
chr3L	22818104	22818255	chr3L:22818105-22818255	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0072	0.0121	0.0422	0.0032	0.0073	0.013	0.004	0.0032	0.0079	0.0132	0.0079	0.0178	0.0413	0.0477	0.0413	0.0532
chr3L	22827105	22827256	chr3L:22827106-22827256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0145	0.0111	0.0099	0.0233	0.0053	0.0063	0.0216	0.01	0.0053	0.0133	0.01	0.0133	0.0085	0.0582	0.0161	0.0582	0.0109
chr3L	22828526	22828799	chr3L:22828527-22828799	FBgn0027339	jim	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.078	0.0143	0.0395	0.1913	0.0064	0.0248	0.016	0.0107	0.0064	0.0284	0.035	0.0284	0.0798	0.2557	0.1747	0.2557	0.2163
chr3L	22830853	22831004	chr3L:22830854-22831004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0188	0.0107	0.0135	0.0336	0.0021	0.0131	0.0186	0.0073	0.0021	0.0169	0.0096	0.0169	0.0248	0.026	0.0245	0.026	0.0313
chr3L	22831310	22831461	chr3L:22831311-22831461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0185	0.0125	0.0189	0.0249	0.0032	0.0146	0.0199	0.0113	0.0032	0.0139	0.0186	0.0139	0.0341	0.013	0.0426	0.013	0.0297
chr3L	22831564	22831715	chr3L:22831565-22831715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0226	0.0128	0.0218	0.0343	0.0021	0.015	0.0186	0.0113	0.0021	0.0115	0.0302	0.0115	0.0341	0.01	0.0793	0.01	0.0344
chr3L	22832557	22832762	chr3L:22832558-22832762	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0456	0.0272	0.0349	0.0778	0.0095	0.035	0.0368	0.0227	0.0095	0.0278	0.0315	0.0278	0.0643	0.1041	0.0496	0.1041	0.1006
chr3L	22832782	22833022	chr3L:22832783-22833022	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0223	0.0362	0.0875	0.0148	0.0243	0.0307	0.018	0.0148	0.0368	0.0267	0.0368	0.0511	0.1271	0.0509	0.1271	0.0865
chr3L	22836306	22836507	chr3L:22836307-22836507	FBgn0052456	tRNA:CR32456	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.0935	0.0794	0.0602	0.0848	0.0922	0.1151	0.0979	0.0848	0.1075	0.0768	0.1075	0.1077	0.0758	0.0387	0.0758	0.0886
chr3L	22836778	22836953	chr3L:22836779-22836953	FBgn0052456	tRNA:CR32456	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0288	0.0249	0.0299	0.0319	0.0117	0.0243	0.0428	0.018	0.0117	0.032	0.0235	0.032	0.0325	0.0184	0.0187	0.0184	0.0281
chr3L	22840843	22841025	chr3L:22840844-22841025	FBgn0052460	tRNA:CR32460	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1274	0.1302	0.1054	0.1029	0.1481	0.1384	0.1272	0.1029	0.1787	0.1357	0.1787	0.1541	0.1348	0.1019	0.1348	0.1459
chr3L	22844388	22844589	chr3L:22844389-22844589	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.053	0.054	0.0543	0.0506	0.035	0.0563	0.0575	0.0746	0.035	0.0266	0.0534	0.0266	0.0697	0.0322	0.0503	0.0322	0.0375
chr3L	22844671	22844886	chr3L:22844672-22844886	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0646	0.0877	0.0605	0.0432	0.0498	0.0942	0.0839	0.1426	0.0498	0.0314	0.0531	0.0314	0.0643	0.0168	0.0664	0.0168	0.0281
chr3L	22850172	22850323	chr3L:22850173-22850323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0208	0.0141	0.0125	0.0042	0.0189	0.0281	0.028	0.0042	0.0115	0.0203	0.0115	0.0108	0.0054	0.0329	0.0054	0.0073
chr3L	22856804	22857050	chr3L:22856805-22857050	FBgn0053169	CG33169	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1773	0.1594	0.2207	0.1496	0.1071	0.1684	0.1644	0.2225	0.1071	0.2138	0.2952	0.2138	0.1991	0.1394	0.1857	0.1394	0.1714
chr3L	22857380	22857594	chr3L:22857381-22857594	FBgn0053169,FBgn0053170	CG33169,CG33170	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.1017	0.1291	0.1001	0.0573	0.1262	0.1042	0.1193	0.0573	0.1184	0.1672	0.1184	0.1448	0.0934	0.1315	0.0934	0.1292
chr3L	22857789	22858003	chr3L:22857790-22858003	FBgn0053170	CG33170	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1237	0.1154	0.1343	0.1214	0.0912	0.1388	0.1142	0.1346	0.0912	0.1389	0.1518	0.1389	0.1751	0.1164	0.1315	0.1164	0.1647
chr3L	22861295	22861464	chr3L:22861296-22861464	FBgn0037199	CG11137	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1187	0.1071	0.151	0.0964	0.0636	0.1306	0.1138	0.1272	0.0636	0.1836	0.1672	0.1836	0.1456	0.108	0.0935	0.108	0.1105
chr3L	22863582	22863754	chr3L:22863583-22863754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.054	0.0486	0.0608	0.0526	0.0201	0.0646	0.0584	0.0506	0.0201	0.0471	0.0559	0.0471	0.1131	0.0329	0.038	0.0329	0.1053
chr3L	22864110	22864539	chr3L:22864111-22864539	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1938	0.1554	0.2301	0.197	0.0859	0.1888	0.1713	0.1865	0.0859	0.2464	0.2495	0.2464	0.2541	0.2006	0.205	0.2006	0.2522
chr3L	22864576	22864781	chr3L:22864577-22864781	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1851	0.1613	0.2216	0.1718	0.1071	0.1976	0.1678	0.1939	0.1071	0.2639	0.254	0.2639	0.2076	0.1807	0.1773	0.1807	0.2027
chr3L	22864801	22864977	chr3L:22864802-22864977	FBgn0010348,FBgn0037200	Arf79F,CG11109	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2158	0.1937	0.25	0.2029	0.1315	0.2316	0.2076	0.2272	0.1315	0.3007	0.2781	0.3007	0.2308	0.2075	0.2141	0.2075	0.2428
chr3L	22865134	22865311	chr3L:22865135-22865311	FBgn0010348,FBgn0037200	Arf79F,CG11109	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2525	0.2408	0.2929	0.2211	0.1856	0.2738	0.2634	0.2685	0.1856	0.3545	0.3055	0.3545	0.2881	0.232	0.2321	0.232	0.2538
chr3L	22871194	22871373	chr3L:22871195-22871373	FBgn0044324	Chro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2069	0.2075	0.2431	0.1666	0.1527	0.2374	0.2409	0.2258	0.1527	0.311	0.2592	0.311	0.2169	0.1677	0.1657	0.1677	0.2006
chr3L	22871786	22871963	chr3L:22871787-22871963	FBgn0037202,FBgn0044324	Chro,Ssl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2256	0.1909	0.2734	0.2121	0.1251	0.234	0.1899	0.2252	0.1251	0.3557	0.2814	0.3557	0.2603	0.2328	0.2095	0.2328	0.2444
chr3L	22872037	22872206	chr3L:22872038-22872206	FBgn0037202,FBgn0044324	Chro,Ssl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.235	0.2192	0.2797	0.2037	0.1538	0.2646	0.2279	0.2532	0.1538	0.3617	0.299	0.3617	0.2595	0.1983	0.2244	0.1983	0.2277
chr3L	22872253	22872459	chr3L:22872254-22872459	FBgn0037202,FBgn0044324	Chro,Ssl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1449	0.1461	0.166	0.1206	0.1039	0.1665	0.1535	0.1732	0.1039	0.2319	0.1772	0.2319	0.1441	0.1202	0.1257	0.1202	0.1397
chr3L	22873087	22873238	chr3L:22873088-22873238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0616	0.0331	0.0148	0.0361	0.0529	0.0943	0.0593	0.0361	0.029	0.0389	0.029	0.0333	0.0115	0.0161	0.0115	0.0224
chr3L	22877652	22877820	chr3L:22877653-22877820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0436	0.0273	0.0173	0.0286	0.0345	0.0653	0.046	0.0286	0.029	0.0296	0.029	0.0356	0.0222	0.0271	0.0222	0.0188
chr3L	22877868	22878019	chr3L:22877869-22878019	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0354	0.0154	0.0109	0.0329	0.0262	0.0493	0.0393	0.0329	0.0193	0.017	0.0193	0.0139	0.0168	0.0142	0.0168	0.0109
chr3L	22878071	22878302	chr3L:22878072-22878302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0648	0.0228	0.016	0.0573	0.0369	0.1138	0.056	0.0573	0.029	0.0248	0.029	0.0225	0.0184	0.0239	0.0184	0.0156
chr3L	22878938	22879089	chr3L:22878939-22879089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0252	0.033	0.0241	0.0175	0.0127	0.0301	0.0519	0.0366	0.0127	0.0266	0.0244	0.0266	0.038	0.0123	0.0181	0.0123	0.0255
chr3L	22879346	22879497	chr3L:22879347-22879497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0221	0.0315	0.0199	0.0141	0.0148	0.0252	0.0541	0.0313	0.0148	0.0254	0.0183	0.0254	0.017	0.0107	0.0129	0.0107	0.0141
chr3L	22879998	22880191	chr3L:22879999-22880191	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0324	0.0313	0.0383	0.027	0.0127	0.0437	0.0428	0.0233	0.0127	0.0338	0.035	0.0338	0.0759	0.0107	0.0187	0.0107	0.0563
chr3L	22881209	22881360	chr3L:22881210-22881360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0136	0.0165	0.0121	0.0032	0.0131	0.0208	0.0153	0.0032	0.0127	0.0209	0.0127	0.0201	0.0038	0.0322	0.0038	0.0089
chr3L	22881647	22881798	chr3L:22881648-22881798	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.0172	0.0151	0.012	0.0042	0.0155	0.0255	0.02	0.0042	0.0133	0.0174	0.0133	0.0186	0.0038	0.0342	0.0038	0.0104
chr3L	22883192	22883371	chr3L:22883193-22883371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0192	0.0177	0.0225	0.0173	0.0074	0.0126	0.0307	0.0173	0.0074	0.0151	0.0196	0.0151	0.0596	0.0077	0.0129	0.0077	0.0427
chr3L	22887772	22887984	chr3L:22887773-22887984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0516	0.0353	0.0491	0.0726	0.0106	0.0417	0.0424	0.044	0.0106	0.0507	0.0514	0.0507	0.0813	0.0819	0.0864	0.0819	0.1271
chr3L	22888035	22888222	chr3L:22888036-22888222	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0636	0.0451	0.0708	0.0763	0.0233	0.0534	0.0497	0.0546	0.0233	0.0851	0.0788	0.0851	0.0968	0.0911	0.1044	0.0911	0.1214
chr3L	22902214	22902371	chr3L:22902215-22902371	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0257	0.0297	0.0377	0.0138	0.0335	0.035	0.0153	0.0138	0.0302	0.0186	0.0302	0.0465	0.0207	0.0123	0.0207	0.0646
chr3L	22902508	22902982	chr3L:22902509-22902982	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1024	0.0694	0.1235	0.1163	0.0329	0.0845	0.0822	0.0793	0.0329	0.1455	0.092	0.1455	0.1317	0.0743	0.0316	0.0743	0.1402
chr3L	22903338	22903632	chr3L:22903339-22903632	FBgn0037206	CG12768	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.079	0.0627	0.0736	0.103	0.0318	0.0845	0.061	0.0653	0.0318	0.1081	0.0582	0.1081	0.0868	0.1685	0.0342	0.1685	0.1073
chr3L	22903799	22904060	chr3L:22903800-22904060	FBgn0037206	CG12768	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0431	0.0467	0.065	0.0223	0.0597	0.0536	0.0306	0.0223	0.0749	0.0357	0.0749	0.0356	0.1087	0.0193	0.1087	0.0667
chr3L	22904234	22904474	chr3L:22904235-22904474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0451	0.0381	0.0509	0.0464	0.0117	0.0684	0.0424	0.0253	0.0117	0.1141	0.0357	0.1141	0.0263	0.1133	0.0142	0.1133	0.0417
chr3L	22904715	22904956	chr3L:22904716-22904956	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.04	0.0524	0.05	0.017	0.051	0.0549	0.038	0.017	0.0876	0.037	0.0876	0.0418	0.0628	0.0213	0.0628	0.049
chr3L	22909741	22909892	chr3L:22909742-22909892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0132	0.0147	0.0139	0.0074	0.0087	0.0216	0.0113	0.0074	0.0181	0.0164	0.0181	0.0155	0.0107	0.0045	0.0107	0.0099
chr3L	22917688	22917839	chr3L:22917689-22917839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0141	0.014	0.0079	0.0117	0.0092	0.0251	0.0087	0.0117	0.0157	0.0106	0.0157	0.0124	0.0054	0.0064	0.0054	0.0068
chr3L	22920168	22920319	chr3L:22920169-22920319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0076	0.0088	0.0171	0.0011	0.0097	0.0147	0.0013	0.0011	0.0151	0.0061	0.0151	0.0132	0.0758	0.0026	0.0758	0.0021
chr3L	22921275	22921501	chr3L:22921276-22921501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0152	0.0257	0.0121	0.007	0.018	0.0184	0.0484	0.0167	0.018	0.0151	0.0141	0.0151	0.0085	0.0092	0.0026	0.0092	0.0078
chr3L	22931299	22931450	chr3L:22931300-22931450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0123	0.0123	0.0114	0.0132	0.0074	0.0131	0.0182	0.0107	0.0074	0.0187	0.0096	0.0187	0.0155	0.0406	0.0045	0.0406	0.0057
chr3L	22933162	22933358	chr3L:22933163-22933358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0466	0.0466	0.0575	0.0345	0.0276	0.0617	0.0532	0.044	0.0276	0.0731	0.054	0.0731	0.0658	0.0505	0.0342	0.0505	0.0433
chr3L	22933422	22933616	chr3L:22933423-22933616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.1017	0.1199	0.0667	0.0912	0.133	0.093	0.1139	0.0912	0.1576	0.1164	0.1576	0.1325	0.1103	0.0729	0.1103	0.087
chr3L	22936620	22936926	chr3L:22936621-22936926	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1371	0.1266	0.1759	0.1064	0.0594	0.2816	0.0792	0.0773	0.0594	0.314	0.118	0.314	0.2262	0.1103	0.0793	0.1103	0.209
chr3L	22937958	22938109	chr3L:22937959-22938109	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0647	0.068	0.0772	0.0472	0.0435	0.0971	0.0709	0.064	0.0435	0.1033	0.0595	0.1033	0.096	0.0498	0.0316	0.0498	0.0818
chr3L	22938233	22938412	chr3L:22938234-22938412	FBgn0037207	Mes2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1517	0.1623	0.1713	0.1182	0.1209	0.2374	0.1453	0.1532	0.1209	0.2168	0.1363	0.2168	0.2239	0.1003	0.0954	0.1003	0.1834
chr3L	22938419	22938706	chr3L:22938420-22938706	FBgn0037207	Mes2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2166	0.1969	0.2716	0.1784	0.1347	0.315	0.1618	0.1925	0.1347	0.2977	0.2373	0.2977	0.3408	0.0888	0.1805	0.0888	0.284
chr3L	22941136	22941802	chr3L:22941137-22941802	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2405	0.2035	0.285	0.2328	0.0954	0.3883	0.1548	0.1692	0.0954	0.4475	0.2379	0.4475	0.2665	0.2542	0.2321	0.2542	0.3377
chr3L	22942674	22942872	chr3L:22942675-22942872	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.072	0.1027	0.0799	0.0288	0.0604	0.1529	0.1029	0.1019	0.0604	0.1612	0.0624	0.1612	0.0806	0.0498	0.0181	0.0498	0.038
chr3L	22945849	22946168	chr3L:22945850-22946168	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1056	0.1422	0.1162	0.0529	0.1124	0.1476	0.1449	0.1852	0.1124	0.0525	0.1402	0.0525	0.0473	0.0145	0.0587	0.0145	0.0354
chr3L	22951174	22951346	chr3L:22951175-22951346	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.027	0.029	0.0332	0.018	0.017	0.0296	0.0346	0.032	0.017	0.0248	0.0395	0.0248	0.0387	0.0168	0.0297	0.0168	0.0255
chr3L	22951397	22951612	chr3L:22951398-22951612	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.0548	0.0572	0.0361	0.0414	0.0602	0.0601	0.0613	0.0414	0.0447	0.0746	0.0447	0.055	0.0459	0.0561	0.0459	0.0453
chr3L	22951698	22951934	chr3L:22951699-22951934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0427	0.0364	0.0304	0.0297	0.051	0.0571	0.032	0.0297	0.038	0.0428	0.038	0.0395	0.036	0.0348	0.036	0.0448
chr3L	22953458	22953752	chr3L:22953459-22953752	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0463	0.0302	0.0497	0.0606	0.0191	0.0403	0.0389	0.0233	0.0191	0.0568	0.0486	0.0568	0.0775	0.0436	0.0819	0.0436	0.0875
chr3L	22974995	22975170	chr3L:22974996-22975170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0308	0.0257	0.0496	0.016	0.0053	0.0364	0.0294	0.03	0.0053	0.0604	0.0572	0.0604	0.0503	0.0214	0.0181	0.0214	0.0229
chr3L	22975270	22975440	chr3L:22975271-22975440	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.0723	0.0897	0.054	0.0414	0.0932	0.0683	0.0899	0.0414	0.1087	0.1026	0.1087	0.0875	0.072	0.0722	0.072	0.0766
chr3L	22977215	22977694	chr3L:22977216-22977694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0458	0.0621	0.05	0.0231	0.0318	0.0641	0.0809	0.0646	0.0318	0.0525	0.0691	0.0525	0.038	0.0222	0.0271	0.0222	0.0255
chr3L	22977804	22977955	chr3L:22977805-22977955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0233	0.0341	0.0227	0.0118	0.0148	0.0311	0.0471	0.0353	0.0148	0.0223	0.0293	0.0223	0.0248	0.0069	0.0129	0.0069	0.0141
chr3L	22978094	22978245	chr3L:22978095-22978245	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0205	0.0317	0.0183	0.0106	0.0201	0.0257	0.0476	0.028	0.0201	0.026	0.0209	0.026	0.0163	0.0069	0.0077	0.0069	0.0146
chr3L	22981536	22981759	chr3L:22981537-22981759	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0278	0.0365	0.0299	0.0156	0.0255	0.0277	0.0571	0.036	0.0255	0.0308	0.045	0.0308	0.0201	0.0138	0.0239	0.0138	0.0141
chr3L	22982674	22982825	chr3L:22982675-22982825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0131	0.0117	0.0209	0.006	0.0074	0.0097	0.0147	0.0173	0.0074	0.0157	0.0373	0.0157	0.0062	0.0038	0.0071	0.0038	0.0042
chr3L	22991303	22991541	chr3L:22991304-22991541	FBgn0262509	nrm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0767	0.0854	0.1003	0.0411	0.0636	0.0612	0.1073	0.1272	0.0636	0.0374	0.1859	0.0374	0.0225	0.0299	0.0787	0.0299	0.0203
chr3L	22992076	22992256	chr3L:22992077-22992256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0281	0.0346	0.0316	0.017	0.0201	0.0306	0.0523	0.0333	0.0201	0.0205	0.0457	0.0205	0.0209	0.0145	0.0226	0.0145	0.0104
chr3L	22996893	22997044	chr3L:22996894-22997044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0284	0.0124	0.0075	0.0106	0.017	0.0506	0.03	0.0106	0.0097	0.0161	0.0097	0.0108	0.0038	0.0077	0.0038	0.0078
chr3L	22998440	22998623	chr3L:22998441-22998623	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0385	0.0533	0.0322	0.0287	0.0339	0.0485	0.0817	0.046	0.0339	0.0362	0.036	0.0362	0.024	0.0191	0.0206	0.0191	0.0318
chr3L	22998836	22998987	chr3L:22998837-22998987	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0288	0.0178	0.0118	0.0191	0.0184	0.0458	0.0266	0.0191	0.0157	0.0235	0.0157	0.0139	0.0107	0.0129	0.0107	0.0115
chr3L	22999006	22999157	chr3L:22999007-22999157	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0318	0.0201	0.0088	0.017	0.0214	0.0502	0.0346	0.017	0.0193	0.028	0.0193	0.0124	0.0031	0.0097	0.0031	0.0104
chr3L	23008910	23009093	chr3L:23008911-23009093	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0852	0.053	0.0356	0.0679	0.0636	0.1289	0.0826	0.0679	0.0465	0.0531	0.0465	0.0728	0.0145	0.0297	0.0145	0.0547
chr3L	23012666	23012817	chr3L:23012667-23012817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0209	0.0384	0.015	0.0078	0.0318	0.0262	0.0709	0.0227	0.0318	0.0091	0.0241	0.0091	0.0116	0.0061	0.009	0.0061	0.0089
chr3L	23014245	23014396	chr3L:23014246-23014396	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0414	0.0189	0.015	0.0371	0.035	0.0606	0.0346	0.0371	0.0229	0.0209	0.0229	0.0194	0.013	0.0148	0.013	0.0188
chr3L	23014415	23014635	chr3L:23014416-23014635	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0624	0.0277	0.0258	0.0551	0.049	0.0891	0.054	0.0551	0.0278	0.0341	0.0278	0.0287	0.0276	0.0271	0.0276	0.0323
chr3L	23015481	23015798	chr3L:23015482-23015798	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0282	0.0491	0.0169	0.0173	0.0424	0.0301	0.077	0.0453	0.0424	0.0097	0.0222	0.0097	0.0178	0.0107	0.0303	0.0107	0.0188
chr3L	23018635	23018786	chr3L:23018636-23018786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0128	0.0234	0.0095	0.0045	0.0117	0.016	0.0446	0.018	0.0117	0.0103	0.0119	0.0103	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0042
chr3L	23022000	23022211	chr3L:23022001-23022211	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0246	0.0401	0.0189	0.0135	0.0308	0.0306	0.0575	0.038	0.0308	0.0139	0.0296	0.0139	0.0147	0.0123	0.0193	0.0123	0.0151
chr3L	23025572	23025723	chr3L:23025573-23025723	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.03	0.0183	0.0093	0.0159	0.0223	0.048	0.0273	0.0159	0.0199	0.0251	0.0199	0.0147	0.0145	0.009	0.0145	0.0104
chr3L	23033411	23033562	chr3L:23033412-23033562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0119	0.0198	0.0102	0.0049	0.0095	0.0117	0.0385	0.0173	0.0095	0.0097	0.0135	0.0097	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0063
chr3L	23043010	23043195	chr3L:23043011-23043195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0176	0.0364	0.0095	0.0054	0.0308	0.0223	0.0653	0.0286	0.0308	0.0085	0.0109	0.0085	0.0101	0.0061	0.0026	0.0061	0.0078
chr3L	23054251	23054402	chr3L:23054252-23054402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.011	0.0187	0.0077	0.0058	0.0106	0.0073	0.0389	0.0127	0.0106	0.0072	0.0087	0.0072	0.0077	0.0069	0.0058	0.0069	0.0073
chr3L	23060144	23060452	chr3L:23060145-23060452	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0308	0.0456	0.0301	0.015	0.0255	0.0437	0.0636	0.0473	0.0255	0.0272	0.0354	0.0272	0.0341	0.0107	0.0129	0.0107	0.0214
chr3L	23082161	23082374	chr3L:23082162-23082374	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0421	0.0547	0.0425	0.0274	0.0223	0.0568	0.0679	0.0653	0.0223	0.0344	0.0553	0.0344	0.0442	0.0237	0.0335	0.0237	0.0438
chr3L	23082405	23082649	chr3L:23082406-23082649	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0421	0.0508	0.0445	0.0298	0.0159	0.05	0.0649	0.066	0.0159	0.0386	0.0527	0.0386	0.0511	0.023	0.0329	0.023	0.0459
chr3L	23085300	23085451	chr3L:23085301-23085451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0375	0.0284	0.0528	0.0309	0.0191	0.0383	0.026	0.0306	0.0191	0.0616	0.0563	0.0616	0.0767	0.0413	0.0342	0.0413	0.0479
chr3L	23085712	23085863	chr3L:23085713-23085863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0374	0.0279	0.0497	0.0344	0.0159	0.034	0.0311	0.0306	0.0159	0.064	0.0518	0.064	0.0806	0.0436	0.0329	0.0436	0.05
chr3L	23086018	23086169	chr3L:23086019-23086169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0441	0.0391	0.0549	0.0377	0.0201	0.05	0.0467	0.038	0.0201	0.067	0.0608	0.067	0.0798	0.0406	0.0387	0.0406	0.0662
chr3L	23087863	23088039	chr3L:23087864-23088039	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0632	0.0507	0.0825	0.056	0.0297	0.0612	0.0593	0.052	0.0297	0.1051	0.0878	0.1051	0.0968	0.0651	0.0535	0.0651	0.0808
chr3L	23088116	23088401	chr3L:23088117-23088401	FBgn0024733	RpL10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0865	0.1268	0.0978	0.0668	0.1087	0.0895	0.0859	0.0668	0.1546	0.1379	0.1546	0.1309	0.108	0.0928	0.108	0.1193
chr3L	23088511	23088706	chr3L:23088512-23088706	FBgn0024733	RpL10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1737	0.1563	0.2039	0.16	0.1389	0.1937	0.1466	0.1765	0.1389	0.2464	0.2296	0.2464	0.1944	0.1815	0.1406	0.1815	0.2095
chr3L	23088855	23089048	chr3L:23088856-23089048	FBgn0024733	RpL10	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.0943	0.123	0.0819	0.0679	0.1107	0.0995	0.1086	0.0679	0.1377	0.1341	0.1377	0.1325	0.0888	0.0793	0.0888	0.1011
chr3L	23090049	23090216	chr3L:23090050-23090216	FBgn0264492	CkIIalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0769	0.0801	0.0953	0.0531	0.0626	0.0806	0.0934	0.0979	0.0626	0.1117	0.11	0.1117	0.0922	0.0697	0.0567	0.0697	0.0573
chr3L	23092628	23092822	chr3L:23092629-23092822	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1396	0.1296	0.1692	0.1184	0.0901	0.1485	0.1401	0.1519	0.0901	0.2132	0.1801	0.2132	0.1727	0.124	0.1167	0.124	0.1376
chr3L	23092867	23093110	chr3L:23092868-23093110	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1238	0.1196	0.1449	0.1054	0.0689	0.1374	0.1306	0.1452	0.0689	0.1854	0.1624	0.1854	0.1371	0.1233	0.0961	0.1233	0.1282
chr3L	23096019	23096170	chr3L:23096020-23096170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0359	0.0365	0.0164	0.0117	0.0369	0.048	0.0406	0.0117	0.0344	0.0405	0.0344	0.0496	0.0176	0.0168	0.0176	0.0214
chr3L	23096776	23096942	chr3L:23096777-23096942	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0558	0.0444	0.0315	0.0477	0.051	0.0709	0.0646	0.0477	0.0471	0.0469	0.0471	0.0573	0.0429	0.0297	0.0429	0.0469
chr3L	23097826	23097977	chr3L:23097827-23097977	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0313	0.031	0.0185	0.018	0.034	0.0372	0.038	0.018	0.0344	0.0367	0.0344	0.0325	0.0199	0.0219	0.0199	0.0276
chr3L	23098813	23098964	chr3L:23098814-23098964	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0267	0.0226	0.018	0.0148	0.0282	0.0303	0.0366	0.0148	0.0187	0.0293	0.0187	0.0271	0.0207	0.0174	0.0207	0.0208
chr3L	23116798	23116961	chr3L:23116799-23116961	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0288	0.0393	0.0278	0.0182	0.017	0.0408	0.0536	0.046	0.017	0.0314	0.0299	0.0314	0.0256	0.0191	0.0135	0.0191	0.0141
chr3L	23117331	23117482	chr3L:23117332-23117482	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0279	0.0369	0.0261	0.0199	0.0201	0.0369	0.0433	0.0473	0.0201	0.0308	0.0302	0.0308	0.0248	0.0153	0.0239	0.0153	0.0203
chr3L	23118237	23118853	chr3L:23118238-23118853	FBgn0053217	CG33217	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1505	0.1695	0.1632	0.1154	0.1326	0.1723	0.1769	0.2019	0.1326	0.1963	0.1785	0.1963	0.1751	0.1126	0.1277	0.1126	0.1459
chr3L	23118955	23119138	chr3L:23118956-23119138	FBgn0053217	CG33217	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1631	0.1706	0.1763	0.1404	0.1612	0.1748	0.1678	0.2092	0.1612	0.2325	0.1897	0.2325	0.1689	0.1531	0.1502	0.1531	0.173
chr3L	23119253	23119460	chr3L:23119254-23119460	FBgn0053217	CG33217	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.07	0.0754	0.0684	0.0424	0.0791	0.0701	0.0959	0.0424	0.0954	0.0817	0.0954	0.0689	0.0758	0.0632	0.0758	0.0839
chr3L	23119559	23120042	chr3L:23119560-23120042	FBgn0053217	CG33217	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.064	0.054	0.0755	0.0625	0.0201	0.0689	0.0593	0.0613	0.0201	0.0839	0.0846	0.0839	0.0852	0.0643	0.0574	0.0643	0.0797
chr3L	23136018	23136458	chr3L:23136019-23136458	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0635	0.086	0.0586	0.0437	0.0668	0.0767	0.1155	0.0866	0.0668	0.0688	0.0547	0.0688	0.0821	0.0368	0.0458	0.0368	0.0573
chr3L	23138103	23138254	chr3L:23138104-23138254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0227	0.0275	0.0222	0.018	0.0191	0.0223	0.0424	0.0266	0.0191	0.0145	0.027	0.0145	0.0356	0.0199	0.0219	0.0199	0.0193
chr3L	23140516	23140741	chr3L:23140517-23140741	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.035	0.0518	0.0278	0.0242	0.0371	0.0461	0.0657	0.0626	0.0371	0.0344	0.0347	0.0344	0.0209	0.0314	0.0245	0.0314	0.0234
chr3L	23141976	23142127	chr3L:23141977-23142127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0212	0.028	0.0238	0.0127	0.0272	0.0221	0.0233	0.0127	0.0278	0.0318	0.0278	0.0287	0.0207	0.0258	0.0207	0.0349
chr3L	23142281	23142486	chr3L:23142282-23142486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.037	0.0459	0.034	0.018	0.0481	0.0333	0.048	0.018	0.0628	0.0505	0.0628	0.0426	0.0406	0.0264	0.0406	0.05
chr3L	23142622	23142841	chr3L:23142623-23142841	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0502	0.0668	0.0458	0.0244	0.0757	0.0389	0.0693	0.0244	0.0725	0.0733	0.0725	0.0782	0.0467	0.0406	0.0467	0.0599
chr3L	23142844	23143043	chr3L:23142845-23143043	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0507	0.0645	0.0455	0.0223	0.0723	0.0433	0.068	0.0223	0.0725	0.072	0.0725	0.0713	0.0536	0.04	0.0536	0.0537
chr3L	23143079	23143393	chr3L:23143080-23143393	FBgn0052350	CG32350	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1103	0.1013	0.1296	0.0992	0.052	0.1335	0.0995	0.1219	0.052	0.1576	0.1473	0.1576	0.1247	0.1194	0.0877	0.1194	0.1313
chr3L	23143493	23143673	chr3L:23143494-23143673	FBgn0052350	CG32350	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.0965	0.133	0.1024	0.0594	0.1257	0.0861	0.1272	0.0594	0.1564	0.1502	0.1564	0.134	0.1217	0.0974	0.1217	0.1204
chr3L	23143813	23144128	chr3L:23143814-23144128	FBgn0052350	CG32350	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0749	0.0863	0.0648	0.0477	0.0864	0.0839	0.0873	0.0477	0.0954	0.1042	0.0954	0.0875	0.0658	0.0722	0.0658	0.0756
chr3L	23158706	23158938	chr3L:23158707-23158938	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0327	0.0735	0.0126	0.0092	0.0445	0.0791	0.0969	0.07	0.0445	0.0127	0.0148	0.0127	0.0132	0.013	0.0123	0.013	0.0099
chr3L	23177057	23177218	chr3L:23177058-23177218	FBgn0264698	CR43967	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0249	0.0592	0.0079	0.0053	0.07	0.0272	0.1133	0.0373	0.07	0.0109	0.0071	0.0109	0.0108	0.0023	0.0058	0.0023	0.0099
chr3L	23177378	23177605	chr3L:23177379-23177605	FBgn0264698	CR43967	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0217	0.0513	0.0065	0.0053	0.0562	0.0252	0.0995	0.0306	0.0562	0.0079	0.0055	0.0079	0.0101	0.0054	0.0077	0.0054	0.0073
chr3L	23179102	23179253	chr3L:23179103-23179253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0109	0.0206	0.0075	0.0039	0.0085	0.0126	0.042	0.016	0.0085	0.0085	0.008	0.0085	0.0054	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chr3L	23179340	23179491	chr3L:23179341-23179491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0108	0.0208	0.0066	0.0042	0.0127	0.0141	0.0389	0.018	0.0127	0.0091	0.0064	0.0091	0.0023	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr3L	23198266	23198454	chr3L:23198267-23198454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0388	0.0129	0.0097	0.0308	0.0286	0.0657	0.0306	0.0308	0.0103	0.0161	0.0103	0.0132	0.0138	0.0052	0.0138	0.0089
chr3L	23199005	23199156	chr3L:23199006-23199156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0125	0.0072	0.0164	0.0064	0.0131	0.0177	0.0133	0.0064	0.006	0.008	0.006	0.0085	0.0176	0.0097	0.0176	0.0099
chr3L	23199637	23199822	chr3L:23199638-23199822	FBgn0037212	nAcRalpha-80B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0365	0.0309	0.0338	0.0458	0.017	0.0345	0.0346	0.0386	0.017	0.0223	0.0421	0.0223	0.0302	0.0383	0.0342	0.0383	0.0313
chr3L	23200268	23200424	chr3L:23200269-23200424	FBgn0037212	nAcRalpha-80B	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0266	0.0414	0.0207	0.0166	0.0392	0.0286	0.0653	0.04	0.0392	0.0163	0.026	0.0163	0.017	0.0161	0.0135	0.0161	0.0146
chr3L	23201323	23201474	chr3L:23201324-23201474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0134	0.0246	0.0089	0.006	0.017	0.0155	0.0515	0.012	0.017	0.0091	0.0109	0.0091	0.0116	0.0077	0.0058	0.0077	0.0063
chr3L	23211973	23212141	chr3L:23211974-23212141	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0181	0.034	0.0126	0.0063	0.0233	0.0209	0.0545	0.0366	0.0233	0.0133	0.017	0.0133	0.0132	0.0038	0.0071	0.0038	0.0089
chr3L	23223650	23223979	chr3L:23223651-23223979	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0887	0.0142	0.0111	0.0806	0.0277	0.1869	0.062	0.0806	0.0175	0.0145	0.0175	0.0108	0.0107	0.011	0.0107	0.0109
chr3L	23224045	23224196	chr3L:23224046-23224196	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.019	0.0424	0.0071	0.0058	0.0308	0.0204	0.0852	0.026	0.0308	0.0097	0.0068	0.0097	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0031
chr3L	23224573	23224724	chr3L:23224574-23224724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0173	0.032	0.0114	0.0074	0.017	0.0165	0.0649	0.024	0.017	0.0091	0.0141	0.0091	0.0108	0.0092	0.0077	0.0092	0.0078
chr3L	23233577	23233728	chr3L:23233578-23233728	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0223	0.0365	0.016	0.0134	0.0265	0.032	0.0567	0.0293	0.0265	0.0133	0.017	0.0133	0.0271	0.013	0.0129	0.013	0.0193
chr3L	23234063	23234229	chr3L:23234064-23234229	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0407	0.0657	0.0296	0.0251	0.0604	0.0485	0.0952	0.0686	0.0604	0.0242	0.0341	0.0242	0.0457	0.0283	0.0329	0.0283	0.0287
chr3L	23234352	23234543	chr3L:23234353-23234543	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.042	0.0737	0.0254	0.0248	0.0647	0.0592	0.109	0.0686	0.0647	0.0205	0.0309	0.0205	0.0372	0.0214	0.0329	0.0214	0.0292
chr3L	23241877	23242097	chr3L:23241878-23242097	distal	distal	stage11	stage11	VT35190.1	VT35190.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.058	0.0711	0.0437	0.0318	0.0699	0.0631	0.0633	0.0318	0.0791	0.0859	0.0791	0.0666	0.0505	0.0587	0.0505	0.0469
chr3L	23242262	23242434	chr3L:23242263-23242434	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT35190.1	VT35190.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1173	0.1221	0.1362	0.0911	0.0976	0.1335	0.1306	0.1412	0.0976	0.1775	0.1556	0.1775	0.1309	0.1087	0.1109	0.1087	0.1162
chr3L	23242446	23242597	chr3L:23242447-23242597	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0902	0.0938	0.1042	0.0707	0.0774	0.1053	0.0969	0.1139	0.0774	0.1449	0.1164	0.1449	0.0891	0.0873	0.0864	0.0873	0.0907
chr3L	23242785	23242948	chr3L:23242786-23242948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0373	0.0363	0.0398	0.0358	0.0233	0.0364	0.0441	0.0433	0.0233	0.0543	0.0444	0.0543	0.0279	0.0498	0.0432	0.0498	0.0427
chr3L	23242976	23243271	chr3L:23242977-23243271	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0518	0.0512	0.0588	0.0448	0.0339	0.0471	0.0636	0.064	0.0339	0.0737	0.0678	0.0737	0.048	0.0513	0.0535	0.0513	0.0584
chr3L	23243278	23243484	chr3L:23243279-23243484	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0512	0.0525	0.0359	0.0286	0.0471	0.0696	0.0606	0.0286	0.0634	0.0617	0.0634	0.0496	0.0444	0.0368	0.0444	0.0427
chr3L	23243516	23243737	chr3L:23243517-23243737	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0751	0.0622	0.0458	0.0562	0.0752	0.0926	0.0859	0.0562	0.0749	0.0749	0.0749	0.0565	0.0459	0.0516	0.0459	0.0568
chr3L	23243785	23243968	chr3L:23243786-23243968	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.07	0.0881	0.0717	0.0478	0.0753	0.0932	0.1016	0.0959	0.0753	0.0809	0.0817	0.0809	0.0782	0.0452	0.0554	0.0452	0.0657
chr3L	23251400	23251630	chr3L:23251401-23251630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0447	0.0434	0.0527	0.0376	0.0138	0.0476	0.0541	0.0533	0.0138	0.0489	0.065	0.0489	0.0627	0.0398	0.0509	0.0398	0.0526
chr3L	23251717	23251904	chr3L:23251718-23251904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0636	0.058	0.0728	0.0597	0.0318	0.0626	0.067	0.07	0.0318	0.0646	0.09	0.0646	0.096	0.0697	0.0838	0.0697	0.073
chr3L	23251978	23252129	chr3L:23251979-23252129	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.025	0.0223	0.0235	0.0095	0.0248	0.0329	0.0293	0.0095	0.0175	0.0289	0.0175	0.0263	0.0237	0.0271	0.0237	0.0328
chr3L	23253143	23253320	chr3L:23253144-23253320	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0379	0.0505	0.0368	0.0251	0.0255	0.0432	0.0675	0.0573	0.0255	0.0368	0.0444	0.0368	0.0442	0.0253	0.0277	0.0253	0.0391
chr3L	23254647	23254822	chr3L:23254648-23254822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0405	0.0204	0.0142	0.018	0.0383	0.0588	0.046	0.018	0.0133	0.026	0.0133	0.0256	0.0184	0.0135	0.0184	0.0188
chr3L	23255815	23255966	chr3L:23255816-23255966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0346	0.0245	0.0251	0.0265	0.0417	0.0346	0.0386	0.0265	0.0248	0.0334	0.0248	0.0232	0.0283	0.0355	0.0283	0.0307
chr3L	23257809	23258035	chr3L:23257810-23258035	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0601	0.0275	0.0149	0.0456	0.0403	0.0995	0.0633	0.0456	0.0248	0.0367	0.0248	0.031	0.0207	0.0187	0.0207	0.0146
chr3L	23258058	23258226	chr3L:23258059-23258226	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0542	0.0207	0.0102	0.0403	0.0369	0.0878	0.0566	0.0403	0.0151	0.026	0.0151	0.0248	0.0161	0.0142	0.0161	0.0063
chr3L	23258527	23258679	chr3L:23258528-23258679	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0449	0.0192	0.011	0.0329	0.033	0.0666	0.0493	0.0329	0.0217	0.0206	0.0217	0.0194	0.0168	0.0097	0.0168	0.0125
chr3L	23264271	23264422	chr3L:23264272-23264422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0134	0.0218	0.0099	0.0079	0.0085	0.015	0.0303	0.026	0.0085	0.0097	0.0109	0.0097	0.0132	0.0115	0.0097	0.0115	0.0063
chr3L	23271320	23271876	chr3L:23271321-23271876	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1174	0.1256	0.1458	0.077	0.0901	0.1515	0.1198	0.1546	0.0901	0.1763	0.1666	0.1763	0.1363	0.1118	0.078	0.1118	0.0849
chr3L	23271972	23272166	chr3L:23271973-23272166	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0825	0.1063	0.0622	0.0551	0.0927	0.0861	0.1013	0.0551	0.1244	0.119	0.1244	0.1115	0.0727	0.0716	0.0727	0.0782
chr3L	23272230	23272436	chr3L:23272231-23272436	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1276	0.1499	0.0982	0.088	0.1461	0.1306	0.1572	0.088	0.189	0.1672	0.189	0.1479	0.1164	0.1019	0.1164	0.1193
chr3L	23272512	23272741	chr3L:23272513-23272741	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0891	0.1007	0.0999	0.0645	0.0774	0.1058	0.1103	0.1193	0.0774	0.1329	0.1077	0.1329	0.1015	0.0835	0.0709	0.0835	0.0636
chr3L	23272744	23272895	chr3L:23272745-23272895	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0552	0.0723	0.0584	0.0326	0.052	0.0665	0.0861	0.0959	0.052	0.0773	0.0617	0.0773	0.0573	0.0383	0.0335	0.0383	0.037
chr3L	23273038	23273189	chr3L:23273039-23273189	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0431	0.0358	0.0148	0.0233	0.034	0.0575	0.0586	0.0233	0.0453	0.0383	0.0453	0.0333	0.0184	0.0155	0.0184	0.0146
chr3L	23282252	23282403	chr3L:23282253-23282403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0146	0.0272	0.0085	0.0072	0.0159	0.0131	0.0528	0.02	0.0159	0.0097	0.0113	0.0097	0.0085	0.0054	0.011	0.0054	0.0063
chr3L	23283140	23283291	chr3L:23283141-23283291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0264	0.0155	0.0079	0.0127	0.0199	0.0471	0.0207	0.0127	0.0139	0.0186	0.0139	0.0139	0.0046	0.0071	0.0046	0.0052
chr3L	23297402	23297553	chr3L:23297403-23297553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.008	0.0182	0.0036	0.0014	0.0095	0.0053	0.0446	0.01	0.0095	0.0024	0.0061	0.0024	0.0015	0.0023	6e-04	0.0023	5e-04
chr3L	23308893	23309044	chr3L:23308894-23309044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0172	0.0169	0.0173	0.0175	0.0042	0.0146	0.0203	0.024	0.0042	0.0151	0.0225	0.0151	0.0201	0.0161	0.0174	0.0161	0.0261
chr3L	23310350	23310821	chr3L:23310351-23310821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0468	0.0583	0.0487	0.0318	0.0382	0.0505	0.0761	0.064	0.0382	0.0525	0.0547	0.0525	0.0511	0.0322	0.0284	0.0322	0.0438
chr3L	23311014	23311165	chr3L:23311015-23311165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.029	0.0307	0.0152	0.0159	0.0252	0.0368	0.0386	0.0159	0.0296	0.0424	0.0296	0.0248	0.0176	0.0168	0.0176	0.0188
chr3L	23315624	23315775	chr3L:23315625-23315775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0314	0.0255	0.0132	0.0148	0.0238	0.0528	0.0273	0.0148	0.0205	0.035	0.0205	0.0217	0.0138	0.0187	0.0138	0.0104
chr3L	23318016	23318167	chr3L:23318017-23318167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0219	0.0287	0.0232	0.0128	0.0159	0.0233	0.0381	0.0306	0.0159	0.0223	0.0277	0.0223	0.0248	0.0115	0.0142	0.0115	0.0177
chr3L	23324653	23324804	chr3L:23324654-23324804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0277	0.0146	0.0081	0.0212	0.0218	0.0428	0.0233	0.0212	0.0157	0.0154	0.0157	0.0209	0.0077	0.0135	0.0077	0.0073
chr3L	23330489	23330646	chr3L:23330490-23330646	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0531	0.0518	0.0629	0.0437	0.0233	0.0641	0.058	0.058	0.0233	0.0755	0.0704	0.0755	0.055	0.0521	0.0406	0.0521	0.0521
chr3L	23330715	23331019	chr3L:23330716-23331019	FBgn0010215	alpha-Cat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1242	0.1051	0.1533	0.1136	0.0604	0.1417	0.1003	0.1153	0.0604	0.1757	0.1695	0.1757	0.1534	0.1149	0.1083	0.1149	0.1402
chr3L	23331152	23331326	chr3L:23331153-23331326	FBgn0010215	alpha-Cat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1643	0.1428	0.1997	0.1496	0.1103	0.1709	0.128	0.1852	0.1103	0.2585	0.2135	0.2585	0.1967	0.1677	0.1618	0.1677	0.1813
chr3L	23331508	23331722	chr3L:23331509-23331722	FBgn0010215	alpha-Cat	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0831	0.0783	0.1024	0.0674	0.0573	0.0879	0.0731	0.1039	0.0573	0.1184	0.1222	0.1184	0.0922	0.075	0.0729	0.075	0.0808
chr3L	23332292	23332482	chr3L:23332293-23332482	FBgn0052230,FBgn0263573	CG32230,mir-4942	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1518	0.1419	0.1764	0.1359	0.1113	0.1777	0.1367	0.1606	0.1113	0.215	0.1897	0.215	0.1952	0.1485	0.1444	0.1485	0.173
chr3L	23332583	23332823	chr3L:23332584-23332823	FBgn0052230,FBgn0263573	CG32230,mir-4942	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1008	0.0885	0.1156	0.0983	0.0488	0.1039	0.0874	0.1073	0.0488	0.1389	0.1273	0.1389	0.1232	0.1072	0.1012	0.1072	0.1308
chr3L	23332869	23333191	chr3L:23332870-23333191	FBgn0052230	CG32230	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.081	0.0874	0.0879	0.0661	0.0668	0.0859	0.0965	0.1006	0.0668	0.0906	0.0997	0.0906	0.0984	0.0666	0.0561	0.0666	0.0938
chr3L	23336344	23336510	chr3L:23336345-23336510	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0766	0.0378	0.0173	0.0679	0.068	0.0943	0.0893	0.0679	0.0405	0.0473	0.0405	0.0387	0.0253	0.0142	0.0253	0.0214
chr3L	23336589	23336822	chr3L:23336590-23336822	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0502	0.0841	0.0414	0.0219	0.0626	0.0777	0.1034	0.1006	0.0626	0.0501	0.0508	0.0501	0.0318	0.0314	0.0168	0.0314	0.0255
chr3L	23336901	23337239	chr3L:23336902-23337239	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.044	0.0604	0.0447	0.0248	0.0339	0.0553	0.0839	0.066	0.0339	0.0465	0.0521	0.0465	0.0418	0.0329	0.0219	0.0329	0.0313
chr3L	23347608	23347759	chr3L:23347609-23347759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0156	0.0302	0.0104	0.005	0.0318	0.0223	0.0433	0.0293	0.0318	0.0115	0.0109	0.0115	0.0116	8e-04	0.0077	8e-04	0.0078
chr3L	23378004	23378184	chr3L:23378005-23378184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0133	0.0309	0.0053	0.0025	0.0297	0.016	0.0588	0.0193	0.0297	0.0042	0.0077	0.0042	0.0062	8e-04	0.0013	8e-04	0.0036
chr3L	23387027	23387204	chr3L:23387028-23387204	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0614	0.0187	0.0075	0.052	0.0422	0.0904	0.0686	0.052	0.0139	0.0244	0.0139	0.0248	0.0092	0.0039	0.0092	0.0094
chr3L	23387388	23387539	chr3L:23387389-23387539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0152	0.0272	0.0115	0.0058	0.0212	0.0214	0.045	0.026	0.0212	0.0085	0.0145	0.0085	0.0155	0.0061	0.0026	0.0061	0.0083
chr3L	23410495	23410646	chr3L:23410496-23410646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0244	0.0152	0.0139	0.0117	0.0252	0.0346	0.0273	0.0117	0.0133	0.0125	0.0133	0.0139	0.0061	0.0052	0.0061	0.0094
chr3L	23410779	23410930	chr3L:23410780-23410930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0232	0.0166	0.0199	0.0074	0.0243	0.0372	0.0227	0.0074	0.0157	0.0132	0.0157	0.0155	0.0054	0.009	0.0054	0.0177
chr3L	23422414	23422565	chr3L:23422415-23422565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0117	0.0278	0.0043	0.0019	0.0117	0.0049	0.0692	0.014	0.0117	0.0036	0.0045	0.0036	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.0016
chr3L	23450696	23450847	chr3L:23450697-23450847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0078	0.0173	0.0039	0.0015	0.0064	0.0073	0.0424	0.0073	0.0064	0.0054	0.0039	0.0054	0.0023	0	0.0019	0	5e-04
chr3L	23451392	23451543	chr3L:23451393-23451543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0087	0.0181	0.0042	0.0031	0.0053	0.0078	0.042	0.0113	0.0053	0.0018	0.0068	0.0018	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chr3L	23451717	23451868	chr3L:23451718-23451868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0094	0.0199	0.0048	0.0026	0.0074	0.0049	0.0515	0.0087	0.0074	0.0036	0.0048	0.0036	0.0046	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr3L	23459361	23459512	chr3L:23459362-23459512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0095	0.0184	0.007	0.0024	0.0042	0.0058	0.0484	0.0107	0.0042	0.006	0.0061	0.006	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.001
chr3L	23459685	23459836	chr3L:23459686-23459836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0226	0.0104	0.0043	0.0106	0.0073	0.051	0.0147	0.0106	0.0127	0.0109	0.0127	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chr3L	23459951	23460102	chr3L:23459952-23460102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0146	0.0249	0.0118	0.0063	0.0138	0.0112	0.0515	0.0173	0.0138	0.0115	0.0125	0.0115	0.0132	0.0038	0.0045	0.0038	0.0068
chr3L	23518818	23518969	chr3L:23518819-23518969	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0116	0.0257	0.0044	0.0038	0.0276	0.0097	0.0424	0.0286	0.0276	0.0054	0.0042	0.0054	0.0039	0.0046	0.0052	0.0046	0.0036
chr3L	23546722	23546873	chr3L:23546723-23546873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0162	0.0298	0.0118	0.0058	0.017	0.0345	0.0337	0.0366	0.017	0.0151	0.0145	0.0151	0.0085	0.0061	0.009	0.0061	0.0068
chr3L	23547879	23548030	chr3L:23547880-23548030	FBgn0250816	AGO3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0222	0.0339	0.0204	0.011	0.0159	0.0354	0.0381	0.0413	0.0159	0.0127	0.026	0.0127	0.031	0.0046	0.0226	0.0046	0.0125
chr3L	23548892	23549091	chr3L:23548893-23549091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0261	0.0422	0.0241	0.0102	0.0233	0.0379	0.0502	0.0553	0.0233	0.0236	0.0309	0.0236	0.0248	0.0107	0.0129	0.0107	0.0135
chr3L	23550260	23550411	chr3L:23550261-23550411	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0161	0.0283	0.0131	0.0058	0.0233	0.0184	0.0454	0.0273	0.0233	0.0145	0.0145	0.0145	0.0186	0.0038	0.0064	0.0038	0.0083
chr3L	23561738	23561913	chr3L:23561739-23561913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0291	0.0437	0.0263	0.0157	0.0276	0.0447	0.0532	0.046	0.0276	0.0181	0.0379	0.0181	0.0294	0.01	0.0206	0.01	0.0214
chr3L	23561967	23562179	chr3L:23561968-23562179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0269	0.0436	0.0242	0.0111	0.0286	0.0383	0.061	0.0453	0.0286	0.0127	0.0328	0.0127	0.031	0.0061	0.0187	0.0061	0.0109
chr3L	23562467	23562665	chr3L:23562468-23562665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0452	0.0207	0.0134	0.0276	0.0388	0.0679	0.048	0.0276	0.0151	0.0241	0.0151	0.0248	0.013	0.0213	0.013	0.0135
chr3L	23562793	23562944	chr3L:23562794-23562944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0182	0.0312	0.0151	0.0072	0.017	0.0243	0.0545	0.026	0.017	0.0121	0.0203	0.0121	0.0163	0.0038	0.009	0.0038	0.0078
chr3L	23572710	23572861	chr3L:23572711-23572861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0312	0.0232	0.0149	0.0212	0.033	0.0372	0.0373	0.0212	0.0229	0.0302	0.0229	0.024	0.0138	0.0245	0.0138	0.0203
chr3L	23572992	23573176	chr3L:23572993-23573176	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0345	0.0508	0.0287	0.0226	0.035	0.0461	0.0666	0.0533	0.035	0.0248	0.0376	0.0248	0.0271	0.0184	0.04	0.0184	0.0276
chr3L	23573181	23573485	chr3L:23573182-23573485	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0544	0.0733	0.0491	0.0391	0.052	0.065	0.0939	0.0819	0.052	0.0459	0.0601	0.0459	0.0534	0.036	0.0554	0.036	0.0521
chr3L	23573739	23573964	chr3L:23573740-23573964	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.079	0.0918	0.0784	0.0653	0.0657	0.0932	0.1086	0.1073	0.0657	0.0616	0.0987	0.0616	0.0968	0.049	0.0916	0.049	0.1006
chr3L	23574242	23574393	chr3L:23574243-23574393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0243	0.0274	0.025	0.0201	0.0106	0.0267	0.0329	0.0333	0.0106	0.0223	0.0331	0.0223	0.0271	0.0184	0.029	0.0184	0.0266
chr3L	23574802	23574953	chr3L:23574803-23574953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0322	0.023	0.0167	0.0148	0.0277	0.0463	0.0353	0.0148	0.0187	0.0289	0.0187	0.0325	0.0184	0.0193	0.0184	0.0198
chr3L	23575881	23576112	chr3L:23575882-23576112	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0438	0.0573	0.0428	0.0297	0.0329	0.0573	0.0714	0.064	0.0329	0.0519	0.0463	0.0519	0.0519	0.0291	0.0329	0.0291	0.0427
chr3L	23576365	23576651	chr3L:23576366-23576651	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0528	0.0586	0.0591	0.0394	0.0435	0.0665	0.0614	0.0706	0.0435	0.0676	0.0675	0.0676	0.0589	0.0299	0.0561	0.0299	0.0505
chr3L	23576731	23576923	chr3L:23576732-23576923	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0719	0.0764	0.0796	0.0583	0.0551	0.0883	0.0835	0.0866	0.0551	0.0797	0.1013	0.0797	0.079	0.0551	0.0735	0.0551	0.074
chr3L	23581990	23582141	chr3L:23581991-23582141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.018	0.0279	0.0157	0.0095	0.0159	0.0272	0.0307	0.0353	0.0159	0.0127	0.0241	0.0127	0.0108	0.013	0.009	0.013	0.0125
chr3L	23582190	23582378	chr3L:23582191-23582378	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0284	0.0454	0.0237	0.0145	0.0308	0.0447	0.0476	0.06	0.0308	0.0211	0.0318	0.0211	0.0217	0.0145	0.0193	0.0145	0.0135
chr3L	23582506	23582693	chr3L:23582507-23582693	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0438	0.079	0.031	0.0184	0.0615	0.0801	0.0861	0.0953	0.0615	0.0302	0.0386	0.0302	0.0356	0.0145	0.0232	0.0145	0.0245
chr3L	23592621	23592868	chr3L:23592622-23592868	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0251	0.0573	0.0107	0.0049	0.0403	0.0481	0.0731	0.0706	0.0403	0.0103	0.0132	0.0103	0.0108	0.0061	0.0032	0.0061	0.0068
chr3L	23592939	23593099	chr3L:23592940-23593099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0165	0.0391	0.0063	0.0024	0.0276	0.034	0.0446	0.0553	0.0276	0.0042	0.0068	0.0042	0.0085	0.0023	0.0019	0.0023	0.0042
chr3L	23601912	23602177	chr3L:23601913-23602177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0166	0.0379	0.0076	0.0026	0.0233	0.0233	0.0588	0.0513	0.0233	0.0091	0.0064	0.0091	0.0101	0.0038	0.0013	0.0038	0.0036
chr3L	23602201	23602352	chr3L:23602202-23602352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0113	0.0259	0.0057	0.001	0.0127	0.018	0.0368	0.0393	0.0127	0.0042	0.0068	0.0042	0.0085	0	6e-04	0	0.001
chr3L	23607642	23607793	chr3L:23607643-23607793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0106	0.0244	0.0046	0.0018	0.0191	0.0126	0.0454	0.0173	0.0191	0.0018	0.0068	0.0018	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0021
chr3L	23638967	23639118	chr3L:23638968-23639118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0094	0.0202	0.0044	0.0026	0.0074	0.0092	0.0476	0.0107	0.0074	0.0066	0.0045	0.0066	0.0031	8e-04	0.0026	8e-04	0.0026
chr3L	23655555	23655706	chr3L:23655556-23655706	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0167	0.0341	0.0096	0.005	0.0308	0.0214	0.045	0.038	0.0308	0.0127	0.0093	0.0127	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chr3L	23656082	23656233	chr3L:23656083-23656233	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0107	0.0203	0.007	0.004	0.0138	0.0223	0.0251	0.014	0.0138	0.0066	0.0106	0.0066	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0031
chr3L	23679330	23679541	chr3L:23679331-23679541	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0594	0.0835	0.0702	0.0361	0.0757	0.051	0.0753	0.0361	0.0948	0.0961	0.0948	0.0968	0.0766	0.0941	0.0766	0.0813
chr3L	23679600	23679764	chr3L:23679601-23679764	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0403	0.0637	0.0507	0.018	0.051	0.0394	0.0493	0.018	0.0767	0.0749	0.0767	0.0658	0.0567	0.0593	0.0567	0.0688
chr3L	23682006	23682157	chr3L:23682007-23682157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0234	0.0184	0.0162	0.018	0.0218	0.0281	0.028	0.018	0.0187	0.0238	0.0187	0.0232	0.0161	0.0251	0.0161	0.0193
chr3L	23682977	23683128	chr3L:23682978-23683128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0121	0.0137	0.015	0.0053	0.0112	0.0177	0.0153	0.0053	0.0127	0.0167	0.0127	0.0132	0.0123	0.0316	0.0123	0.0182
chr3L	23688995	23689146	chr3L:23688996-23689146	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0349	0.0175	0.0111	0.0308	0.0311	0.0441	0.04	0.0308	0.0139	0.0203	0.0139	0.0256	0.0092	0.0097	0.0092	0.0125
chr3L	23690840	23690991	chr3L:23690841-23690991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0343	0.0211	0.0209	0.0212	0.0286	0.0454	0.046	0.0212	0.0205	0.0264	0.0205	0.0248	0.0199	0.0271	0.0199	0.0229
chr3L	23691254	23691475	chr3L:23691255-23691475	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0273	0.0417	0.0223	0.0166	0.0265	0.0461	0.0528	0.042	0.0265	0.0193	0.0309	0.0193	0.0279	0.0168	0.0148	0.0168	0.0198
chr3L	23691553	23691719	chr3L:23691554-23691719	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0242	0.0384	0.0206	0.0123	0.0201	0.0379	0.0428	0.0506	0.0201	0.0091	0.0286	0.0091	0.0225	0.0145	0.0181	0.0145	0.0099
chr3L	23707392	23707543	chr3L:23707393-23707543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0349	0.032	0.0228	0.017	0.0369	0.0402	0.046	0.017	0.032	0.037	0.032	0.031	0.0214	0.0206	0.0214	0.0287
chr3L	23707637	23707904	chr3L:23707638-23707904	FBgn0039977	CG17454	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.077	0.0809	0.09	0.0583	0.0498	0.0845	0.0904	0.0979	0.0498	0.0942	0.1087	0.0942	0.0875	0.0613	0.0613	0.0613	0.0646
chr3L	23707990	23708192	chr3L:23707991-23708192	FBgn0039977	CG17454	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1323	0.1118	0.1561	0.1291	0.071	0.1374	0.1029	0.1432	0.071	0.1757	0.1762	0.1757	0.1634	0.1363	0.147	0.1363	0.1438
chr3L	23708277	23708514	chr3L:23708278-23708514	FBgn0039977	CG17454	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1031	0.0831	0.1211	0.1056	0.0477	0.1029	0.0757	0.1073	0.0477	0.1322	0.1383	0.1322	0.1177	0.1034	0.1341	0.1034	0.1157
chr3L	23708515	23708894	chr3L:23708516-23708894	FBgn0039977	CG17454	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0967	0.0835	0.1096	0.0973	0.0488	0.0966	0.0804	0.1059	0.0488	0.1147	0.1309	0.1147	0.1084	0.1057	0.1148	0.1057	0.1115
chr3L	23708968	23709119	chr3L:23708969-23709119	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0342	0.0304	0.0404	0.0318	0.0138	0.0301	0.0346	0.0413	0.0138	0.0471	0.0457	0.0471	0.0403	0.0436	0.0342	0.0436	0.0417
chr3L	23710669	23710820	chr3L:23710670-23710820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0202	0.027	0.0184	0.0074	0.0233	0.0195	0.032	0.0074	0.0248	0.0293	0.0248	0.0387	0.0168	0.0258	0.0168	0.024
chr3L	23716154	23716305	chr3L:23716155-23716305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0152	0.028	0.0094	0.0072	0.0255	0.0155	0.0541	0.0207	0.0255	0.0109	0.0106	0.0109	0.0116	0.0054	0.0123	0.0054	0.0078
chr3L	23716697	23716848	chr3L:23716698-23716848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0135	0.0265	0.0065	0.0067	0.0138	0.0146	0.0562	0.0173	0.0138	0.0054	0.0068	0.0054	0.0116	0.0069	0.0071	0.0069	0.0063
chr3L	23719356	23719529	chr3L:23719357-23719529	FBgn0058298	CG40298	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0378	0.039	0.0352	0.0191	0.0471	0.0415	0.038	0.0191	0.0471	0.0405	0.0471	0.0465	0.0482	0.0406	0.0482	0.0417
chr3L	23719742	23719893	chr3L:23719743-23719893	FBgn0058298	CG40298	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0219	0.0206	0.0197	0.0258	0.0064	0.0228	0.0242	0.028	0.0064	0.0169	0.0251	0.0169	0.0263	0.0582	0.0239	0.0582	0.0255
chr3L	23723307	23723458	chr3L:23723308-23723458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0115	0.0221	0.0072	0.0043	0.0085	0.0131	0.0415	0.0213	0.0085	0.0066	0.01	0.0066	0.0054	0.0038	0.0064	0.0038	0.0042
chr3L	23731043	23731365	chr3L:23731044-23731365	FBgn0040056	CG17698	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0532	0.0391	0.053	0.0692	0.0223	0.0578	0.0381	0.0413	0.0223	0.0543	0.0601	0.0543	0.0666	0.0521	0.0858	0.0521	0.1001
chr3L	23731396	23731595	chr3L:23731397-23731595	FBgn0040056	CG17698	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.0578	0.0693	0.0728	0.0318	0.0782	0.0502	0.0713	0.0318	0.0821	0.0807	0.0821	0.0806	0.0567	0.1057	0.0567	0.0995
chr3L	23731632	23731802	chr3L:23731633-23731802	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0541	0.0465	0.0619	0.0539	0.0212	0.066	0.0394	0.056	0.0212	0.0839	0.0688	0.0839	0.0635	0.0544	0.0761	0.0544	0.0683
chr3L	23736841	23736992	chr3L:23736842-23736992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.0264	0.0082	0.0063	0.0127	0.0141	0.0554	0.0167	0.0127	0.0109	0.0074	0.0109	0.0108	0.0061	0.0071	0.0061	0.0073
chr3L	23737104	23737255	chr3L:23737105-23737255	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0295	0.0066	0.0058	0.0159	0.0141	0.0631	0.018	0.0159	0.0091	0.0068	0.0091	0.007	0.0077	0.0039	0.0077	0.0073
chr3L	23780182	23780333	chr3L:23780183-23780333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0325	0.0095	0.0085	0.0223	0.0165	0.0653	0.0193	0.0223	0.0085	0.0122	0.0085	0.0085	0.0038	0.0129	0.0038	0.0115
chr3L	23781581	23781732	chr3L:23781582-23781732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0104	0.0184	0.007	0.0052	0.0117	0.0097	0.0389	0.01	0.0117	0.0079	0.0061	0.0079	0.0093	0.0054	0.0064	0.0054	0.0057
chr3L	23863249	23863400	chr3L:23863250-23863400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0085	0.0171	0.0036	0.0043	0.0117	0.0083	0.0415	0.0047	0.0117	0.0042	0.0042	0.0042	0.0039	0.0046	0.0045	0.0046	0.0052
chr3L	23863525	23863676	chr3L:23863526-23863676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0106	0.0233	0.0044	0.0032	0.0148	0.0092	0.0528	0.0113	0.0148	0.0018	0.0055	0.0018	0.0054	0.0031	0.0013	0.0031	0.0042
chr3L	23930721	23930872	chr3L:23930722-23930872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0089	0.0188	0.0039	0.0033	0.0127	0.0053	0.0463	0.0093	0.0127	0.0066	0.0042	0.0066	0.0023	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr3L	23998468	23998619	chr3L:23998469-23998619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.01	0.0211	0.0052	0.0029	0.0095	0.0107	0.0484	0.0113	0.0095	0.0054	0.0058	0.0054	0.0046	0.0046	0.0039	0.0046	0.0016
chr3L	24001482	24001633	chr3L:24001483-24001633	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0305	0.0225	0.0177	0.0223	0.0282	0.0433	0.03	0.0223	0.0193	0.0257	0.0193	0.0279	0.0191	0.0226	0.0191	0.0214
chr3L	24001702	24001913	chr3L:24001703-24001913	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.031	0.0434	0.0283	0.0202	0.0212	0.0408	0.0588	0.0473	0.0212	0.0254	0.0312	0.0254	0.038	0.0245	0.0271	0.0245	0.0214
chr3L	24020774	24021111	chr3L:24020775-24021111	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.083	0.0812	0.0556	0.0668	0.0883	0.0926	0.0979	0.0668	0.0936	0.091	0.0936	0.093	0.0513	0.0619	0.0513	0.0714
chr3L	24021434	24021636	chr3L:24021435-24021636	FBgn0058045	CG40045	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1938	0.1901	0.2123	0.1777	0.1644	0.2233	0.1903	0.2052	0.1644	0.2542	0.2389	0.2542	0.2115	0.1884	0.1818	0.1884	0.2194
chr3L	24021749	24022157	chr3L:24021750-24022157	FBgn0058045	CG40045	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1525	0.1477	0.166	0.1432	0.1145	0.1665	0.1626	0.1626	0.1145	0.2059	0.1785	0.2059	0.1658	0.1516	0.1541	0.1516	0.1678
chr3L	24022195	24022399	chr3L:24022196-24022399	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0798	0.0842	0.0826	0.0717	0.0668	0.0913	0.0913	0.0999	0.0668	0.1051	0.0916	0.1051	0.0744	0.0735	0.0767	0.0735	0.0829
chr3L	24022423	24022946	chr3L:24022424-24022946	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1066	0.1159	0.1094	0.093	0.087	0.1068	0.1505	0.1312	0.087	0.1316	0.1235	0.1316	0.1053	0.1256	0.0986	0.1256	0.0969
chr3L	24022990	24023214	chr3L:24022991-24023214	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0552	0.0687	0.0516	0.044	0.0573	0.0495	0.1021	0.0713	0.0573	0.0562	0.065	0.0562	0.0503	0.062	0.0438	0.062	0.0459
chr3L	24027693	24027892	chr3L:24027694-24027892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0345	0.039	0.0383	0.0253	0.0244	0.0335	0.0571	0.0373	0.0244	0.0441	0.0447	0.0441	0.0387	0.0314	0.0297	0.0314	0.0281
chr3L	24028037	24028254	chr3L:24028038-24028254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0363	0.0422	0.0412	0.0241	0.0244	0.0369	0.0532	0.054	0.0244	0.0441	0.0508	0.0441	0.0403	0.0299	0.0258	0.0299	0.0302
chr3L	24028755	24029016	chr3L:24028756-24029016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0286	0.0322	0.0335	0.0192	0.0127	0.0306	0.0385	0.0446	0.0127	0.038	0.0408	0.038	0.0279	0.0199	0.0258	0.0199	0.0229
chr3L	24029247	24029398	chr3L:24029248-24029398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0212	0.0234	0.024	0.0157	0.017	0.017	0.0329	0.028	0.017	0.0314	0.027	0.0314	0.0294	0.0276	0.0193	0.0276	0.0135
chr3L	24029599	24030610	chr3L:24029600-24030610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1106	0.1254	0.1195	0.0843	0.0901	0.1282	0.1427	0.1506	0.0901	0.1214	0.1492	0.1214	0.1317	0.1026	0.0909	0.1026	0.1152
chr3L	24036829	24036980	chr3L:24036830-24036980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0103	0.0226	0.0051	0.0022	0.017	0.0087	0.0489	0.016	0.017	0.0054	0.0068	0.0054	0.0039	0.0015	0	0.0015	0.0026
chr3L	24037311	24037462	chr3L:24037312-24037462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0085	0.0204	0.0029	0.0014	0.017	0.0073	0.051	0.006	0.017	0.003	0.0032	0.003	0.0031	8e-04	0.0013	8e-04	0.0021
chr3L	24066878	24067346	chr3L:24066879-24067346	FBgn0011288	Snap25	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0573	0.0794	0.0363	0.0557	0.0456	0.0675	0.1073	0.0966	0.0456	0.029	0.0421	0.029	0.0449	0.0536	0.0297	0.0536	0.0281
chr3L	24067508	24067659	chr3L:24067509-24067659	FBgn0011288	Snap25	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0243	0.01	0.016	0.0159	0.0189	0.0355	0.028	0.0159	0.0066	0.0122	0.0066	0.0139	0.0168	0.0084	0.0168	0.0073
chr3L	24074342	24074493	chr3L:24074343-24074493	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0145	0.0317	0.0058	0.0047	0.0212	0.016	0.0675	0.0133	0.0212	0.0024	0.0074	0.0024	0.0101	0.0054	0.0071	0.0054	0.0063
chr3L	24075920	24076074	chr3L:24075921-24076074	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0196	0.0325	0.016	0.0091	0.017	0.0243	0.045	0.0386	0.017	0.0109	0.0206	0.0109	0.0163	0.0069	0.0174	0.0069	0.0089
chr3L	24076225	24076376	chr3L:24076226-24076376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.023	0.0341	0.0204	0.0135	0.0191	0.0316	0.0407	0.0413	0.0191	0.0139	0.0299	0.0139	0.0201	0.0038	0.029	0.0038	0.0135
chr3L	24076527	24076697	chr3L:24076528-24076697	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0346	0.0515	0.0322	0.0184	0.0201	0.0481	0.0545	0.0733	0.0201	0.0205	0.0421	0.0205	0.0442	0.0161	0.0348	0.0161	0.0198
chr3L	24076758	24076909	chr3L:24076759-24076909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0348	0.0216	0.0142	0.0127	0.0345	0.0463	0.042	0.0127	0.0115	0.0277	0.0115	0.0341	0.0168	0.0219	0.0168	0.0135
chr3L	24077598	24077749	chr3L:24077599-24077749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0169	0.0267	0.015	0.0079	0.0138	0.0146	0.0545	0.0187	0.0138	0.0115	0.0193	0.0115	0.0232	0.0054	0.0129	0.0054	0.0078
chr3L	24116780	24116931	chr3L:24116781-24116931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0117	0.0203	0.0086	0.0053	0.0148	0.0126	0.0411	0.0087	0.0148	0.0097	0.0103	0.0097	0.0108	0.0031	0.0039	0.0031	0.0073
chr3L	24117379	24117530	chr3L:24117380-24117530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0121	0.0214	0.0098	0.0043	0.0127	0.0117	0.0433	0.0133	0.0127	0.0103	0.0106	0.0103	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chr3L	24122528	24122679	chr3L:24122529-24122679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0169	0.04	0.0062	0.0028	0.0233	0.0136	0.0973	0.0187	0.0233	0.0072	0.0068	0.0072	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr3L	24197869	24198020	chr3L:24197870-24198020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0159	0.0307	0.0096	0.0061	0.0138	0.0209	0.0536	0.0306	0.0138	0.0115	0.009	0.0115	0.0155	0.0069	0.0064	0.0069	0.0089
chr3L	24198430	24198628	chr3L:24198431-24198628	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.089	0.0183	0.0096	0.0795	0.068	0.1237	0.0933	0.0795	0.0229	0.0196	0.0229	0.0271	0.01	0.0148	0.01	0.0099
chr3L	24201407	24201558	chr3L:24201408-24201558	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0142	0.0283	0.0079	0.0054	0.0191	0.018	0.0528	0.0207	0.0191	0.0097	0.0084	0.0097	0.0039	0.0038	0.0084	0.0038	0.0026
chr3L	24203399	24203585	chr3L:24203400-24203585	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0287	0.0629	0.0105	0.0104	0.0541	0.0364	0.1133	0.0533	0.0541	0.0139	0.0129	0.0139	0.0093	0.0184	0.0142	0.0184	0.0073
chr3L	24203836	24203987	chr3L:24203837-24203987	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0164	0.034	0.0086	0.0052	0.0233	0.016	0.061	0.0346	0.0233	0.0085	0.0113	0.0085	0.0085	0.0038	0.009	0.0038	0.0026
chr3L	24204135	24204286	chr3L:24204136-24204286	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0122	0.0279	0.0047	0.0028	0.0201	0.0155	0.0519	0.026	0.0201	0.0066	0.0058	0.0066	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr3L	24224573	24224818	chr3L:24224574-24224818	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0974	0.1139	0.11	0.0652	0.0689	0.1189	0.1289	0.1346	0.0689	0.131	0.126	0.131	0.1425	0.1018	0.0896	0.1018	0.074
chr3L	24224886	24225120	chr3L:24224887-24225120	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0576	0.0657	0.0661	0.0391	0.0318	0.065	0.0835	0.0746	0.0318	0.0785	0.082	0.0785	0.0782	0.0551	0.0458	0.0551	0.05
chr3L	24225509	24225660	chr3L:24225510-24225660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0246	0.0184	0.0149	0.0117	0.0165	0.0385	0.0233	0.0117	0.0248	0.019	0.0248	0.0225	0.0168	0.0142	0.0168	0.0245
chr3L	24226164	24226383	chr3L:24226165-24226383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0189	0.0226	0.0137	0.0205	0.0127	0.0218	0.0294	0.0233	0.0127	0.0205	0.0132	0.0205	0.0155	0.0467	0.0232	0.0467	0.0188
chr3L	24245759	24245910	chr3L:24245760-24245910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0219	0.035	0.0168	0.0128	0.0191	0.0306	0.0458	0.0426	0.0191	0.006	0.019	0.006	0.0318	0.0107	0.0155	0.0107	0.0229
chr3L	24246128	24246305	chr3L:24246129-24246305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0269	0.0426	0.0209	0.016	0.0233	0.0481	0.048	0.0506	0.0233	0.0085	0.0235	0.0085	0.0457	0.01	0.0193	0.01	0.0261
chr3L	24246361	24246512	chr3L:24246362-24246512	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0157	0.0236	0.0132	0.0096	0.0138	0.0223	0.0294	0.024	0.0138	0.0097	0.0138	0.0097	0.0248	0.0046	0.0103	0.0046	0.0125
chr3L	24275444	24275623	chr3L:24275445-24275623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0189	0.0371	0.0115	0.0065	0.0297	0.018	0.0541	0.05	0.0297	0.0054	0.0151	0.0054	0.017	0.0054	0.0077	0.0054	0.0099
chr3L	24280988	24281139	chr3L:24280989-24281139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0199	0.0341	0.016	0.0084	0.0265	0.0189	0.0683	0.0247	0.0265	0.0266	0.0183	0.0266	0.0108	0.0123	0.0071	0.0123	0.0073
chr3L	24286542	24286693	chr3L:24286543-24286693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0141	0.0267	0.0075	0.0072	0.0223	0.0126	0.0584	0.0133	0.0223	0.0072	0.0087	0.0072	0.0116	0.0038	0.0129	0.0038	0.0073
chr3L	24316496	24316647	chr3L:24316497-24316647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.008	0.0165	0.0046	0.0024	0.0191	0.0073	0.0238	0.016	0.0191	0.0042	0.0045	0.0042	0.007	0.0015	0.0045	0.0015	0.0021
chr3L	24367598	24367749	chr3L:24367599-24367749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0096	0.0194	0.0051	0.0035	0.0159	0.0083	0.0415	0.0087	0.0159	0.006	0.0064	0.006	0.0046	0.0038	0.0019	0.0038	0.0068
chr3L	24456017	24456370	chr3L:24456018-24456370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0325	0.0535	0.022	0.0207	0.0308	0.0427	0.0813	0.0586	0.0308	0.0193	0.0254	0.0193	0.0333	0.0191	0.0251	0.0191	0.0255
chr3L	24465804	24466072	chr3L:24465805-24466072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0565	0.0113	0.0084	0.053	0.033	0.1064	0.0406	0.053	0.0091	0.0135	0.0091	0.0124	0.0046	0.0129	0.0046	0.0125
chr3L	24501435	24501586	chr3L:24501436-24501586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0115	0.0198	0.0093	0.0047	0.0064	0.0141	0.0389	0.0113	0.0064	0.0079	0.0125	0.0079	0.0132	0.0038	0.0058	0.0038	0.0063
chr3L	24529139	24529328	chr3L:24529140-24529328	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1306	0.1388	0.133	0.1189	0.1082	0.15	0.1592	0.1559	0.1082	0.1504	0.1531	0.1504	0.1232	0.1325	0.1425	0.1325	0.1235
chr3L	24529677	24529860	chr3L:24529678-24529860	FBgn0044510	mRpS5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0739	0.0849	0.0754	0.0602	0.0498	0.0898	0.1073	0.0913	0.0498	0.0809	0.0932	0.0809	0.0728	0.062	0.0735	0.062	0.0693
chr3L	24530038	24530236	chr3L:24530039-24530236	FBgn0044510	mRpS5	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0755	0.0876	0.0811	0.056	0.0742	0.0898	0.1038	0.0919	0.0742	0.1002	0.0923	0.1002	0.0875	0.0643	0.0613	0.0643	0.0672
chr3L	24530333	24530521	chr3L:24530334-24530521	FBgn0044510	mRpS5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1693	0.1671	0.1945	0.1441	0.1273	0.1806	0.1791	0.2005	0.1273	0.2385	0.2222	0.2385	0.1936	0.1623	0.147	0.1623	0.1813
chr3L	24530570	24530758	chr3L:24530571-24530758	FBgn0044510	mRpS5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0997	0.086	0.1192	0.0937	0.0583	0.0971	0.0965	0.0999	0.0583	0.1377	0.1286	0.1377	0.1441	0.0957	0.0903	0.0957	0.1245
chr3L	24530995	24531182	chr3L:24530996-24531182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0478	0.0381	0.0566	0.049	0.0148	0.0422	0.0433	0.0486	0.0148	0.0616	0.0614	0.0616	0.0728	0.0559	0.0516	0.0559	0.0526
chr3L	24532367	24532611	chr3L:24532368-24532611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.047	0.0273	0.0202	0.0403	0.0316	0.0757	0.04	0.0403	0.0278	0.0267	0.0278	0.038	0.0214	0.02	0.0214	0.0292
chr3L	24532822	24532973	chr3L:24532823-24532973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0384	0.032	0.0207	0.0212	0.0218	0.0662	0.0393	0.0212	0.0296	0.035	0.0296	0.0426	0.0199	0.0232	0.0199	0.0302
chr3LHet	183985	184136	chr3LHet:183986-184136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0128	0.0292	0.0048	0.0032	0.0339	0.0063	0.0701	0.0067	0.0339	0.0048	0.0048	0.0048	0.0077	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chr3LHet	206475	206626	chr3LHet:206476-206626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0302	0.0287	0.0391	0.0223	0.0148	0.0311	0.0385	0.0286	0.0148	0.035	0.0486	0.035	0.0434	0.0168	0.0361	0.0168	0.0188
chr3LHet	207130	207340	chr3LHet:207131-207340	FBgn0028993	scro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2198	0.223	0.2406	0.1933	0.2025	0.2345	0.2539	0.2452	0.2025	0.2337	0.2778	0.2337	0.2301	0.1623	0.2153	0.1623	0.2147
chr3LHet	216267	216418	chr3LHet:216268-216418	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0193	0.0333	0.0155	0.0078	0.0265	0.0248	0.0528	0.026	0.0265	0.0103	0.0248	0.0103	0.0108	0.01	0.0097	0.01	0.0109
chr3LHet	217971	218122	chr3LHet:217972-218122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0253	0.0164	0.0124	0.0127	0.015	0.042	0.0247	0.0127	0.0133	0.0196	0.0133	0.0232	0.0031	0.0181	0.0031	0.0115
chr3LHet	218501	218652	chr3LHet:218502-218652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0172	0.0283	0.0127	0.0096	0.018	0.0218	0.0497	0.022	0.018	0.0072	0.0154	0.0072	0.017	0.0077	0.0135	0.0077	0.0083
chr3LHet	218799	218950	chr3LHet:218800-218950	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0364	0.0194	0.0118	0.0286	0.0262	0.0545	0.0386	0.0286	0.0157	0.0248	0.0157	0.0217	0.0084	0.0187	0.0084	0.0063
chr3LHet	227469	227620	chr3LHet:227470-227620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0327	0.0209	0.0082	0.0127	0.0291	0.051	0.0353	0.0127	0.0151	0.027	0.0151	0.0155	0.0023	0.0103	0.0023	0.0083
chr3LHet	227729	228327	chr3LHet:227730-228327	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0739	0.1071	0.0659	0.0457	0.0732	0.0811	0.1522	0.1292	0.0732	0.0399	0.0733	0.0399	0.0387	0.0199	0.0445	0.0199	0.0344
chr3LHet	233489	233672	chr3LHet:233490-233672	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0226	0.0561	0.0056	0.0038	0.0604	0.0233	0.1172	0.026	0.0604	0.0036	0.0071	0.0036	0.0031	0.0023	0.0052	0.0023	0.0036
chr3LHet	233949	234100	chr3LHet:233950-234100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0143	0.0292	0.0086	0.0039	0.0255	0.017	0.0558	0.0207	0.0255	0.0066	0.0145	0.0066	0.0031	0.0046	0.0064	0.0046	0.0036
chr3LHet	234247	234412	chr3LHet:234248-234412	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0214	0.0457	0.0115	0.0052	0.0551	0.0204	0.0878	0.0247	0.0551	0.0121	0.0148	0.0121	0.0093	0.0084	0.0052	0.0084	0.0036
chr3LHet	240836	240987	chr3LHet:240837-240987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0096	0.0163	0.0067	0.0052	0.0106	0.0107	0.0272	0.0127	0.0106	0.0066	0.009	0.0066	0.0062	0.0038	0.0077	0.0038	0.0063
chr3LHet	242020	242171	chr3LHet:242021-242171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0146	0.0264	0.0108	0.0056	0.018	0.0243	0.0437	0.0173	0.018	0.0079	0.0154	0.0079	0.0093	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr3LHet	266546	266710	chr3LHet:266547-266710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0366	0.0363	0.0349	0.0387	0.0138	0.0403	0.0342	0.056	0.0138	0.0326	0.0379	0.0326	0.0496	0.0475	0.04	0.0475	0.0542
chr3LHet	294031	294182	chr3LHet:294032-294182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0079	0.0172	0.0032	0.0026	0.0021	0.0083	0.0389	0.0113	0.0021	0.003	0.0045	0.003	0.0023	0.0023	0.0032	0.0023	0.0031
chr3LHet	303032	303230	chr3LHet:303033-303230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0197	0.0437	0.0091	0.0043	0.0435	0.0301	0.0644	0.04	0.0435	0.0048	0.0119	0.0048	0.0124	0.0038	0.0052	0.0038	0.0057
chr3LHet	311343	311513	chr3LHet:311344-311513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0311	0.0278	0.0358	0.0298	0.0148	0.0286	0.0307	0.0333	0.0148	0.0302	0.0428	0.0302	0.0596	0.0459	0.0393	0.0459	0.0386
chr3LHet	323650	323810	chr3LHet:323651-323810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0165	0.0386	0.0071	0.0022	0.0414	0.0155	0.0779	0.0227	0.0414	0.0042	0.0096	0.0042	0.007	0.0023	0.0019	0.0023	0.0042
chr3LHet	394936	395132	chr3LHet:394937-395132	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0191	0.0454	0.006	0.0042	0.0435	0.0184	0.0891	0.0306	0.0435	0.0115	0.0045	0.0115	0.0046	8e-04	0.0052	8e-04	0.0036
chr3LHet	411704	411855	chr3LHet:411705-411855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0244	0.0301	0.0256	0.0138	0.0272	0.0307	0.026	0.0138	0.032	0.0334	0.032	0.0364	0.0329	0.0271	0.0329	0.0302
chr3LHet	457494	457671	chr3LHet:457495-457671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0325	0.0253	0.0194	0.017	0.0282	0.0407	0.048	0.017	0.0254	0.0302	0.0254	0.0263	0.026	0.0187	0.026	0.0287
chr3LHet	457702	458231	chr3LHet:457703-458231	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0817	0.0953	0.0831	0.0648	0.0594	0.0908	0.1176	0.1226	0.0594	0.0936	0.0875	0.0936	0.0968	0.0666	0.0658	0.0666	0.0855
chr3LHet	458311	458510	chr3LHet:458312-458510	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0861	0.1071	0.0854	0.0635	0.088	0.1034	0.1254	0.1319	0.088	0.0924	0.0936	0.0924	0.0984	0.049	0.0716	0.049	0.0849
chr3LHet	458595	458750	chr3LHet:458596-458750	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0544	0.0617	0.0627	0.037	0.0456	0.0592	0.0649	0.0859	0.0456	0.061	0.0707	0.061	0.0736	0.0375	0.0419	0.0375	0.0459
chr3LHet	458813	459103	chr3LHet:458814-459103	FBgn0058002	CG40002	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.1102	0.1085	0.0765	0.0795	0.117	0.1285	0.1306	0.0795	0.1268	0.1225	0.1268	0.1123	0.072	0.0819	0.072	0.0985
chr3LHet	459147	459344	chr3LHet:459148-459344	FBgn0058002	CG40002	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.103	0.0956	0.1251	0.087	0.0721	0.1102	0.0943	0.1226	0.0721	0.1612	0.1354	0.1612	0.1348	0.0934	0.1051	0.0934	0.1016
chr3LHet	459431	459612	chr3LHet:459432-459612	FBgn0058002	CG40002	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1528	0.132	0.1796	0.1466	0.105	0.1558	0.1246	0.1612	0.105	0.218	0.1939	0.218	0.1952	0.1585	0.1683	0.1585	0.1767
chr3LHet	459767	459966	chr3LHet:459768-459966	FBgn0058002	CG40002	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0575	0.0408	0.0701	0.0624	0.0286	0.0553	0.0368	0.0453	0.0286	0.0821	0.0781	0.0821	0.0806	0.0781	0.0619	0.0781	0.073
chr3LHet	470744	470895	chr3LHet:470745-470895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade1	0.013	0.0307	0.0044	0.0026	0.0255	0.0209	0.0458	0.0306	0.0255	0.0036	0.0051	0.0036	0.0054	0.0031	0.0013	0.0031	0.0036
chr3LHet	477836	477987	chr3LHet:477837-477987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.018	0.0263	0.014	0.0132	0.0138	0.0175	0.0528	0.018	0.0138	0.0145	0.019	0.0145	0.0155	0.0084	0.011	0.0084	0.0203
chr3LHet	481306	481457	chr3LHet:481307-481457	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.014	0.027	0.0081	0.0058	0.0201	0.018	0.0363	0.036	0.0201	0.0072	0.0084	0.0072	0.0147	0.0069	0.0064	0.0069	0.0089
chr3LHet	542328	542716	chr3LHet:542329-542716	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0888	0.1143	0.0923	0.0565	0.0753	0.1039	0.1514	0.1246	0.0753	0.1069	0.0994	0.1069	0.1325	0.0704	0.0677	0.0704	0.0771
chr3LHet	558812	558963	chr3LHet:558813-558963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0106	0.0214	0.0053	0.0042	0.0148	0.0107	0.045	0.0133	0.0148	0.0072	0.0077	0.0072	0.0015	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr3LHet	591040	591206	chr3LHet:591041-591206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.043	0.0146	0.0079	0.0467	0.0296	0.0735	0.032	0.0467	0.0127	0.0177	0.0127	0.0178	0.0077	0.0103	0.0077	0.0104
chr3LHet	591343	591494	chr3LHet:591344-591494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0249	0.0137	0.0093	0.0138	0.0209	0.0428	0.0207	0.0138	0.0139	0.0132	0.0139	0.0178	0.0092	0.0097	0.0092	0.0125
chr3LHet	592958	593180	chr3LHet:592959-593180	FBgn0040022	Set1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0395	0.0506	0.0446	0.0201	0.0495	0.0424	0.0486	0.0201	0.0556	0.0518	0.0556	0.0589	0.059	0.0445	0.059	0.0584
chr3LHet	593326	593971	chr3LHet:593327-593971	FBgn0040022	Set1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1545	0.139	0.1873	0.1359	0.0933	0.1655	0.1272	0.1812	0.0933	0.2114	0.2174	0.2114	0.2029	0.1662	0.1412	0.1662	0.1605
chr3LHet	593975	594229	chr3LHet:593976-594229	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0682	0.1062	0.0823	0.0488	0.0767	0.0705	0.0859	0.0488	0.1202	0.1206	0.1202	0.1208	0.0881	0.0883	0.0881	0.098
chr3LHet	594296	594526	chr3LHet:594297-594526	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.0833	0.1216	0.1085	0.0594	0.0976	0.0809	0.1073	0.0594	0.1377	0.1389	0.1377	0.1239	0.1202	0.109	0.1202	0.1308
chr3LHet	594753	594990	chr3LHet:594754-594990	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0639	0.0596	0.0797	0.0515	0.0424	0.0709	0.0644	0.06	0.0424	0.1123	0.0817	0.1123	0.0868	0.0559	0.0522	0.0559	0.0636
chr3LHet	595080	595231	chr3LHet:595081-595231	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0421	0.0506	0.0476	0.0266	0.0456	0.0476	0.0701	0.048	0.0456	0.0586	0.0502	0.0586	0.048	0.023	0.0303	0.023	0.036
chr3LHet	600800	601040	chr3LHet:600801-601040	FBgn0040020	MED21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0891	0.0854	0.1047	0.076	0.0414	0.1044	0.0817	0.1119	0.0414	0.1184	0.1209	0.1184	0.0999	0.085	0.0748	0.085	0.0907
chr3LHet	601338	601565	chr3LHet:601339-601565	FBgn0040020	MED21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1896	0.1726	0.2204	0.1746	0.1283	0.2126	0.1574	0.2145	0.1283	0.2591	0.2505	0.2591	0.2192	0.193	0.1818	0.193	0.2058
chr3LHet	603492	603684	chr3LHet:603493-603684	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0606	0.0869	0.051	0.0418	0.0817	0.0728	0.1016	0.1139	0.0817	0.0568	0.0518	0.0568	0.0534	0.0329	0.0361	0.0329	0.0417
chr3LHet	605127	605278	chr3LHet:605128-605278	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0526	0.0454	0.0298	0.0297	0.0602	0.0631	0.0673	0.0297	0.0483	0.054	0.0483	0.0434	0.0276	0.0297	0.0276	0.036
chr3LHet	606066	606252	chr3LHet:606067-606252	FBgn0260008	Ucrh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1356	0.1062	0.1668	0.1342	0.0636	0.1466	0.0882	0.1306	0.0636	0.2005	0.1904	0.2005	0.1782	0.1401	0.1302	0.1401	0.1824
chr3LHet	606316	606645	chr3LHet:606317-606645	FBgn0260008	Ucrh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1335	0.1082	0.1623	0.1302	0.0615	0.1422	0.0999	0.1379	0.0615	0.1848	0.1839	0.1848	0.1751	0.1294	0.1315	0.1294	0.174
chr3LHet	606760	606975	chr3LHet:606761-606975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0924	0.0884	0.1069	0.0809	0.053	0.1121	0.0826	0.1133	0.053	0.1274	0.1158	0.1274	0.11	0.1011	0.0825	0.1011	0.0969
chr3LHet	607026	607321	chr3LHet:607027-607321	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.0885	0.1038	0.0854	0.0477	0.1015	0.0895	0.1226	0.0477	0.1383	0.1058	0.1383	0.1193	0.1095	0.0877	0.1095	0.1089
chr3LHet	661323	661545	chr3LHet:661324-661545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0374	0.058	0.0298	0.0227	0.0509	0.0476	0.0804	0.0586	0.0509	0.0471	0.0273	0.0471	0.031	0.0429	0.0206	0.0429	0.0255
chr3LHet	661797	661948	chr3LHet:661798-661948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0401	0.0259	0.0195	0.0318	0.0364	0.0515	0.0453	0.0318	0.0362	0.0273	0.0362	0.0279	0.023	0.0193	0.023	0.0281
chr3LHet	662182	662381	chr3LHet:662183-662381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0329	0.0513	0.0286	0.017	0.0339	0.0451	0.0705	0.06	0.0339	0.0338	0.0318	0.0338	0.0356	0.0161	0.0213	0.0161	0.0292
chr3LHet	675665	675816	chr3LHet:675666-675816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.011	0.0224	0.006	0.0039	0.0148	0.0107	0.0467	0.016	0.0148	0.006	0.0058	0.006	0.0062	0.0031	6e-04	0.0031	0.0057
chr3LHet	676904	677055	chr3LHet:676905-677055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0117	0.0224	0.007	0.005	0.0127	0.015	0.0463	0.0133	0.0127	0.0048	0.0096	0.0048	0.0054	0.0069	0.0058	0.0069	0.0052
chr3LHet	681436	681587	chr3LHet:681437-681587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.015	0.0227	0.0127	0.0091	0.0148	0.0165	0.035	0.0193	0.0148	0.0133	0.0161	0.0133	0.0147	0.013	0.0103	0.013	0.0099
chr3LHet	681681	681832	chr3LHet:681682-681832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0258	0.0284	0.0251	0.0237	0.0223	0.032	0.0372	0.0233	0.0223	0.0356	0.026	0.0356	0.0263	0.0406	0.0219	0.0406	0.0276
chr3LHet	682093	682244	chr3LHet:682094-682244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0276	0.031	0.0242	0.0273	0.0127	0.035	0.0415	0.0333	0.0127	0.0308	0.0299	0.0308	0.024	0.0498	0.0168	0.0498	0.0334
chr3LHet	683044	683211	chr3LHet:683045-683211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0178	0.0314	0.0127	0.0082	0.0233	0.0218	0.0545	0.0286	0.0233	0.0133	0.0138	0.0133	0.0124	0.0084	0.0084	0.0084	0.0073
chr3LHet	695069	695220	chr3LHet:695070-695220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0166	0.035	0.008	0.0056	0.0223	0.0223	0.0606	0.034	0.0223	0.0097	0.0074	0.0097	0.0132	0.0069	0.0052	0.0069	0.0089
chr3LHet	695345	695514	chr3LHet:695346-695514	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0158	0.0341	0.0071	0.0047	0.0308	0.0223	0.0597	0.028	0.0308	0.0091	0.009	0.0091	0.007	0.0069	0.0032	0.0069	0.0057
chr3LHet	715415	715687	chr3LHet:715416-715687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0369	0.0188	0.033	0.0255	0.0252	0.0614	0.03	0.0255	0.0175	0.017	0.0175	0.0349	0.0329	0.0168	0.0329	0.0552
chr3LHet	741580	741731	chr3LHet:741581-741731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.018	0.0361	0.0102	0.0063	0.0318	0.0199	0.067	0.0247	0.0318	0.0127	0.01	0.0127	0.0139	0.0046	0.0077	0.0046	0.0068
chr3LHet	769030	769181	chr3LHet:769031-769181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0081	0.0184	0.0038	0.0014	0.0095	0.0044	0.0471	0.0113	0.0095	0.003	0.0029	0.003	0.0062	0.0023	0	0.0023	0.001
chr3LHet	771063	771214	chr3LHet:771064-771214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0108	0.0247	0.0039	0.0029	0.017	0.0044	0.0627	0.0113	0.017	0.006	0.0042	0.006	0	8e-04	0.0039	8e-04	0.0026
chr3LHet	771254	771482	chr3LHet:771255-771482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0141	0.0335	0.0048	0.0025	0.0286	0.0107	0.0813	0.0127	0.0286	0.0066	0.0048	0.0066	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chr3LHet	796389	796540	chr3LHet:796390-796540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0153	0.0345	0.0067	0.0033	0.0286	0.0073	0.0813	0.0187	0.0286	0.0079	0.0071	0.0079	0.0093	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr3LHet	796623	796786	chr3LHet:796624-796786	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0182	0.0426	0.0066	0.0035	0.0265	0.0092	0.1055	0.0187	0.0265	0.0085	0.0064	0.0085	0.007	0	0.0052	0	0.0052
chr3LHet	874471	874622	chr3LHet:874472-874622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.01	0.0242	0.0032	0.0018	0.0223	0.0087	0.0554	0.01	0.0223	0.0036	0.0032	0.0036	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.0026
chr3LHet	909768	909940	chr3LHet:909769-909940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0143	0.0355	0.0042	0.0017	0.0339	0.0083	0.0783	0.0193	0.0339	0.006	0.0048	0.006	0.0039	8e-04	0.0013	8e-04	0.0021
chr3LHet	910284	910435	chr3LHet:910285-910435	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0148	0.0351	0.0055	0.0022	0.0308	0.0146	0.0761	0.0187	0.0308	0.0054	0.008	0.0054	0.0039	0.0015	0.0019	0.0015	0.0021
chr3LHet	956109	956260	chr3LHet:956110-956260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0107	0.0258	0.0037	0.0015	0.0191	0.0112	0.0619	0.008	0.0191	0.0036	0.0048	0.0036	0.0023	8e-04	0.0019	8e-04	0.0016
chr3LHet	994023	994187	chr3LHet:994024-994187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0185	0.0431	0.0069	0.0036	0.0318	0.0223	0.0766	0.04	0.0318	0.0103	0.0071	0.0103	0.007	0.0023	0.0039	0.0023	0.0052
chr3LHet	1008806	1008957	chr3LHet:1008807-1008957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0129	0.026	0.0079	0.0038	0.0148	0.0184	0.0411	0.0253	0.0148	0.006	0.01	0.006	0.0093	0.0015	0.0058	0.0015	0.0036
chr3LHet	1009596	1009808	chr3LHet:1009597-1009808	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0576	0.0132	0.012	0.0339	0.0437	0.0619	0.0873	0.0339	0.0097	0.0154	0.0097	0.0209	0.0077	0.02	0.0077	0.0135
chr3LHet	1016434	1016757	chr3LHet:1016435-1016757	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0224	0.0515	0.0084	0.0054	0.0456	0.0228	0.1064	0.0273	0.0456	0.0085	0.0096	0.0085	0.0062	0.0054	0.0039	0.0054	0.0047
chr3LHet	1058001	1058182	chr3LHet:1058002-1058182	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0202	0.0383	0.0132	0.0078	0.018	0.0345	0.0523	0.0386	0.018	0.0115	0.0158	0.0115	0.0194	0.0077	0.0103	0.0077	0.0094
chr3LHet	1058315	1058508	chr3LHet:1058316-1058508	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0373	0.0623	0.0283	0.0192	0.0403	0.0534	0.0774	0.0786	0.0403	0.0242	0.0315	0.0242	0.0434	0.0176	0.0213	0.0176	0.025
chr3LHet	1058909	1059081	chr3LHet:1058910-1059081	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0207	0.0454	0.0098	0.005	0.0456	0.0291	0.0817	0.0293	0.0456	0.0085	0.0132	0.0085	0.0101	0.0038	0.0045	0.0038	0.0073
chr3LHet	1059254	1059405	chr3LHet:1059255-1059405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0124	0.0257	0.0065	0.0042	0.0286	0.018	0.0424	0.0173	0.0286	0.0054	0.0087	0.0054	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr3LHet	1059551	1059702	chr3LHet:1059552-1059702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0133	0.0304	0.0051	0.0033	0.0223	0.017	0.0571	0.024	0.0223	0.0048	0.0048	0.0048	0.0085	0.0015	0.0045	0.0015	0.0052
chr3LHet	1086005	1086181	chr3LHet:1086006-1086181	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.02	0.0408	0.0109	0.0067	0.0276	0.0257	0.0575	0.0513	0.0276	0.0109	0.01	0.0109	0.0194	0.0077	0.0077	0.0077	0.0099
chr3LHet	1130253	1130450	chr3LHet:1130254-1130450	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0477	0.0239	0.0212	0.0244	0.0553	0.051	0.0586	0.0244	0.0109	0.0318	0.0109	0.038	0.0123	0.0297	0.0123	0.0313
chr3LHet	1139473	1139645	chr3LHet:1139474-1139645	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0401	0.0122	0.0078	0.0297	0.0408	0.0359	0.062	0.0297	0.0066	0.0151	0.0066	0.0155	0.0023	0.011	0.0023	0.0068
chr3LHet	1140543	1140832	chr3LHet:1140544-1140832	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0253	0.0408	0.0187	0.0153	0.0276	0.0403	0.0463	0.042	0.0276	0.0199	0.0238	0.0199	0.0225	0.0084	0.0264	0.0084	0.0151
chr3LHet	1140926	1141077	chr3LHet:1140927-1141077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0255	0.0112	0.01	0.0117	0.0214	0.029	0.0373	0.0117	0.0109	0.0141	0.0109	0.0108	0.0069	0.0155	0.0069	0.0089
chr3LHet	1220403	1220567	chr3LHet:1220404-1220567	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0286	0.0381	0.0345	0.0114	0.017	0.05	0.0446	0.0373	0.017	0.0755	0.0264	0.0755	0.0341	0.0184	0.0148	0.0184	0.0057
chr3LHet	1220582	1221257	chr3LHet:1220583-1221257	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0899	0.1336	0.0918	0.0391	0.0901	0.1204	0.1916	0.1332	0.0901	0.1431	0.0932	0.1431	0.086	0.0436	0.0438	0.0436	0.037
chr3LHet	1221378	1221529	chr3LHet:1221379-1221529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0346	0.0236	0.0109	0.0212	0.0325	0.0506	0.0333	0.0212	0.0362	0.0235	0.0362	0.017	0.01	0.0123	0.01	0.0094
chr3LHet	1232491	1232687	chr3LHet:1232492-1232687	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0417	0.0941	0.017	0.0102	0.0944	0.0456	0.1548	0.0919	0.0944	0.0199	0.017	0.0199	0.0101	0.0084	0.0097	0.0084	0.0109
chr3LHet	1249480	1249776	chr3LHet:1249481-1249776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0335	0.0489	0.0298	0.0203	0.0233	0.0447	0.0657	0.0546	0.0233	0.0362	0.0293	0.0362	0.0503	0.0199	0.0123	0.0199	0.0323
chr3LHet	1249981	1250186	chr3LHet:1249982-1250186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0406	0.031	0.017	0.0191	0.0442	0.0497	0.048	0.0191	0.0411	0.0293	0.0411	0.0457	0.0138	0.0155	0.0138	0.0229
chr3LHet	1250289	1250582	chr3LHet:1250290-1250582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0334	0.0484	0.0336	0.0163	0.0286	0.0519	0.0571	0.0513	0.0286	0.0362	0.0415	0.0362	0.0426	0.0138	0.0193	0.0138	0.0229
chr3LHet	1250612	1250889	chr3LHet:1250613-1250889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0298	0.0486	0.0269	0.0121	0.035	0.049	0.0588	0.048	0.035	0.0296	0.0338	0.0296	0.0294	0.0138	0.0155	0.0138	0.0135
chr3LHet	1251394	1251545	chr3LHet:1251395-1251545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0279	0.031	0.034	0.0177	0.017	0.0296	0.0415	0.0293	0.017	0.038	0.0331	0.038	0.0604	0.0168	0.0174	0.0168	0.0245
chr3LHet	1277259	1277410	chr3LHet:1277260-1277410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0135	0.0242	0.0076	0.0081	0.0159	0.0146	0.0467	0.014	0.0159	0.0103	0.0074	0.0103	0.0093	0.0054	0.0039	0.0054	0.0109
chr3LHet	1305045	1305196	chr3LHet:1305046-1305196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0147	0.0308	0.0071	0.0052	0.0191	0.0214	0.0631	0.0187	0.0191	0.0072	0.0077	0.0072	0.007	0.0061	0.0045	0.0061	0.0042
chr3LHet	1342950	1343101	chr3LHet:1342951-1343101	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0184	0.0358	0.0126	0.0054	0.0265	0.0248	0.0558	0.0346	0.0265	0.0133	0.0119	0.0133	0.0201	0.0038	0.0045	0.0038	0.0068
chr3LHet	1343205	1343407	chr3LHet:1343206-1343407	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0909	0.0266	0.0113	0.0954	0.0655	0.1189	0.0973	0.0954	0.0266	0.0305	0.0266	0.0318	0.0123	0.0123	0.0123	0.012
chr3LHet	1367581	1367732	chr3LHet:1367582-1367732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0111	0.0183	0.0099	0.0043	0.0085	0.0083	0.0333	0.014	0.0085	0.0103	0.0116	0.0103	0.0132	0.0069	0.0019	0.0069	0.0052
chr3LHet	1368328	1368479	chr3LHet:1368329-1368479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0304	0.0164	0.0104	0.0212	0.0238	0.0463	0.026	0.0212	0.0145	0.0203	0.0145	0.0155	0.0077	0.0077	0.0077	0.0125
chr3LHet	1395258	1395465	chr3LHet:1395259-1395465	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0953	0.0695	0.1151	0.1024	0.0414	0.0801	0.0735	0.0946	0.0414	0.1202	0.1457	0.1202	0.1286	0.144	0.1348	0.144	0.0938
chr3LHet	1395746	1395929	chr3LHet:1395747-1395929	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0429	0.069	0.0762	0.0233	0.0529	0.0441	0.0513	0.0233	0.0839	0.0791	0.0839	0.0759	0.0934	0.0838	0.0934	0.0933
chr3LHet	1395984	1396234	chr3LHet:1395985-1396234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1069	0.0894	0.1221	0.1099	0.0615	0.1112	0.0904	0.0973	0.0615	0.1371	0.1415	0.1371	0.1224	0.1378	0.1128	0.1378	0.136
chr3LHet	1396381	1396555	chr3LHet:1396382-1396555	FBgn0058178	CG40178	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1724	0.1497	0.2008	0.1668	0.1124	0.1786	0.1518	0.1799	0.1124	0.2367	0.2199	0.2367	0.1998	0.1761	0.1838	0.1761	0.2048
chr3LHet	1396804	1396999	chr3LHet:1396805-1396999	FBgn0058178	CG40178	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2099	0.1836	0.2516	0.1934	0.1368	0.2034	0.1981	0.2179	0.1368	0.3134	0.2765	0.3134	0.2393	0.2052	0.2186	0.2052	0.2288
chr3LHet	1403229	1403380	chr3LHet:1403230-1403380	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0278	0.0038	0.0033	0.0191	0.0126	0.0593	0.0173	0.0191	0.0024	0.0032	0.0024	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chr3LHet	1413461	1413635	chr3LHet:1413462-1413635	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0148	0.0378	0.0037	0.0013	0.0361	0.0121	0.0904	0.0113	0.0361	0.0024	0.0039	0.0024	0.0039	0.0023	0	0.0023	5e-04
chr3LHet	1439052	1439247	chr3LHet:1439053-1439247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0092	0.0212	0.0036	0.0021	0.0201	0.0087	0.0463	0.0093	0.0201	0.0036	0.0039	0.0036	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chr3LHet	1564661	1564812	chr3LHet:1564662-1564812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0226	0.0077	0.0047	0.0106	0.0107	0.0458	0.02	0.0106	0.0079	0.01	0.0079	0.0077	0.0077	0.0052	0.0077	0.0057
chr3LHet	1565018	1565169	chr3LHet:1565019-1565169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0226	0.0076	0.005	0.0148	0.0063	0.0502	0.0153	0.0148	0.006	0.01	0.006	0.0093	0.0046	0.0077	0.0046	0.0063
chr3LHet	1565304	1565455	chr3LHet:1565305-1565455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0136	0.0218	0.0107	0.0078	0.0074	0.0126	0.0428	0.0187	0.0074	0.0127	0.0113	0.0127	0.0155	0.01	0.0135	0.01	0.0068
chr3LHet	1569328	1569496	chr3LHet:1569329-1569496	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0596	0.0614	0.0647	0.0518	0.0456	0.083	0.0571	0.07	0.0456	0.0821	0.0768	0.0821	0.055	0.0628	0.0651	0.0628	0.0667
chr3LHet	1569507	1569738	chr3LHet:1569508-1569738	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.1028	0.1122	0.0881	0.07	0.1374	0.0943	0.1179	0.07	0.1286	0.1357	0.1286	0.1154	0.1057	0.1109	0.1057	0.112
chr3LHet	1570020	1570171	chr3LHet:1570021-1570171	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0286	0.0257	0.0312	0.0291	0.017	0.0286	0.0255	0.0306	0.017	0.0254	0.0405	0.0254	0.0372	0.0283	0.0342	0.0283	0.0365
chr3LHet	1570241	1570564	chr3LHet:1570242-1570564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0391	0.0421	0.0373	0.0377	0.0212	0.0374	0.0467	0.06	0.0212	0.0248	0.0421	0.0248	0.0674	0.0268	0.038	0.0268	0.0584
chr3LHet	1570671	1570847	chr3LHet:1570672-1570847	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0391	0.0535	0.0367	0.0256	0.0297	0.0505	0.0562	0.0773	0.0297	0.0308	0.0469	0.0308	0.0457	0.0138	0.0213	0.0138	0.0401
chr3LHet	1571223	1571374	chr3LHet:1571224-1571374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.019	0.0284	0.0146	0.0132	0.0191	0.0272	0.0342	0.0313	0.0191	0.0145	0.0174	0.0145	0.0201	0.01	0.0148	0.01	0.0203
chr3LHet	1642056	1642284	chr3LHet:1642057-1642284	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0131	0.0298	0.0053	0.0031	0.0318	0.0155	0.0614	0.0173	0.0318	0.0048	0.0055	0.0048	0.0062	0.0031	0.0019	0.0031	0.0036
chr3LHet	1664007	1664158	chr3LHet:1664008-1664158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0099	0.0203	0.0058	0.0028	0.0095	0.0117	0.0415	0.0153	0.0095	0.0054	0.0074	0.0054	0.0054	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr3LHet	1674728	1674879	chr3LHet:1674729-1674879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0131	0.0219	0.009	0.0078	0.0085	0.0209	0.035	0.018	0.0085	0.0115	0.0064	0.0115	0.0124	0.0084	0.0097	0.0084	0.0083
chr3LHet	1718814	1718965	chr3LHet:1718815-1718965	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0108	0.0102	0.0075	0.0152	0.0053	0.0087	0.0138	0.0093	0.0053	0.0042	0.0096	0.0042	0.0139	0.0046	0.0393	0.0046	0.0172
chr3LHet	1723710	1723861	chr3LHet:1723711-1723861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.017	0.0269	0.0135	0.0099	0.0148	0.0257	0.0311	0.0306	0.0148	0.0091	0.019	0.0091	0.0093	0.0061	0.0155	0.0061	0.0135
chr3LHet	1723978	1724129	chr3LHet:1723979-1724129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0191	0.0267	0.0176	0.0123	0.0191	0.0199	0.0368	0.0253	0.0191	0.0139	0.0219	0.0139	0.0232	0.0046	0.0181	0.0046	0.0177
chr3LHet	1724577	1724751	chr3LHet:1724578-1724751	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.044	0.0274	0.0209	0.0435	0.0442	0.048	0.0473	0.0435	0.0266	0.0305	0.0266	0.0449	0.013	0.0297	0.013	0.0281
chr3LHet	1724913	1725064	chr3LHet:1724914-1725064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0156	0.0201	0.0133	0.0131	0.017	0.0175	0.019	0.0293	0.017	0.0121	0.017	0.0121	0.0163	0.0084	0.0174	0.0084	0.0177
chr3LHet	1745586	1745767	chr3LHet:1745587-1745767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0145	0.035	0.0042	0.0029	0.0509	0.017	0.0701	0.014	0.0509	0.0042	0.0051	0.0042	8e-04	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chr3LHet	1749023	1749212	chr3LHet:1749024-1749212	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0192	0.0415	0.0094	0.0052	0.0488	0.0262	0.0766	0.0227	0.0488	0.0091	0.0113	0.0091	0.0124	0.0015	0.0064	0.0015	0.0073
chr3LHet	1752691	1752842	chr3LHet:1752692-1752842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0126	0.0223	0.0094	0.0053	0.0127	0.0155	0.0394	0.0167	0.0127	0.0139	0.0087	0.0139	0.0124	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr3LHet	1754130	1754281	chr3LHet:1754131-1754281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0105	0.0193	0.0071	0.0043	0.0074	0.0087	0.0411	0.014	0.0074	0.0115	0.0077	0.0115	0.0046	0.0023	0.0052	0.0023	0.0047
chr3LHet	1758372	1758523	chr3LHet:1758373-1758523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0121	0.0263	0.0051	0.004	0.0159	0.0126	0.0554	0.018	0.0159	0.0072	0.0048	0.0072	0.0054	0.0031	0.0039	0.0031	0.0057
chr3LHet	1758725	1758876	chr3LHet:1758726-1758876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0087	0.0189	0.0041	0.0022	0.0127	0.0073	0.0402	0.0167	0.0127	0.0066	0.0032	0.0066	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.001
chr3LHet	1794293	1794444	chr3LHet:1794294-1794444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0081	0.0202	0.0023	0.0011	0.0138	0.0068	0.0528	0.0047	0.0138	0.0024	0.0035	0.0024	0.0023	0.0015	6e-04	0.0015	0.001
chr3LHet	1796917	1797068	chr3LHet:1796918-1797068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0078	0.0173	0.0036	0.0018	0.0064	0.0053	0.0441	0.0053	0.0064	0.0048	0.0042	0.0048	0.0031	0.0038	0	0.0038	0.001
chr3LHet	1848361	1848512	chr3LHet:1848362-1848512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0096	0.0202	0.0052	0.0026	0.0201	0.0058	0.0446	0.014	0.0201	0.0066	0.0061	0.0066	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0021
chr3LHet	1848785	1848953	chr3LHet:1848786-1848953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0246	0.0604	0.0072	0.0038	0.0615	0.0228	0.1315	0.0306	0.0615	0.0072	0.0077	0.0072	0.0101	0.0054	0.0013	0.0054	0.0042
chr3LHet	2043169	2043320	chr3LHet:2043170-2043320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0122	0.0231	0.0099	0.0025	0.0064	0.0117	0.0502	0.0173	0.0064	0.0157	0.0116	0.0157	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chr3LHet	2043637	2043788	chr3LHet:2043638-2043788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0113	0.0179	0.0109	0.0045	0.0032	0.0092	0.0402	0.0127	0.0032	0.0133	0.0164	0.0133	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr3LHet	2043854	2044005	chr3LHet:2043855-2044005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0119	0.0194	0.0114	0.004	0.0117	0.0083	0.0398	0.0167	0.0117	0.0151	0.0129	0.0151	0.0101	0.0054	0.0045	0.0054	0.0026
chr3LHet	2145832	2145983	chr3LHet:2145833-2145983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0124	0.0254	0.007	0.0039	0.0095	0.0218	0.0385	0.0227	0.0095	0.0133	0.0042	0.0133	0.0116	0.0023	0.0026	0.0023	0.0078
chr3LHet	2146531	2146682	chr3LHet:2146532-2146682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0132	0.0282	0.007	0.0032	0.018	0.0194	0.0411	0.0253	0.018	0.0097	0.0064	0.0097	0.0077	0.0038	0.0026	0.0038	0.0063
chr3LHet	2189880	2190173	chr3LHet:2189881-2190173	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0691	0.0523	0.0849	0.0705	0.018	0.066	0.048	0.0813	0.018	0.0827	0.1045	0.0827	0.0883	0.0842	0.0729	0.0842	0.0844
chr3LHet	2190239	2190390	chr3LHet:2190240-2190390	FBgn0063670	CG40228	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0607	0.0485	0.0794	0.0538	0.0255	0.0617	0.0489	0.064	0.0255	0.0876	0.0968	0.0876	0.0759	0.0658	0.0619	0.0658	0.0563
chr3LHet	2190673	2190874	chr3LHet:2190674-2190874	FBgn0063670	CG40228	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1648	0.1327	0.2085	0.1528	0.0817	0.1583	0.1181	0.1852	0.0817	0.2397	0.2415	0.2397	0.2115	0.1746	0.1638	0.1746	0.1855
chr3LHet	2191015	2191347	chr3LHet:2191016-2191347	FBgn0063670	CG40228	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1243	0.1094	0.1551	0.1071	0.0551	0.1432	0.1051	0.1392	0.0551	0.1769	0.1759	0.1769	0.1727	0.121	0.1219	0.121	0.1318
chr3LHet	2191817	2191968	chr3LHet:2191818-2191968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0366	0.033	0.0421	0.0345	0.0138	0.0301	0.0389	0.042	0.0138	0.0417	0.0531	0.0417	0.0465	0.0375	0.0361	0.0375	0.0406
chr3LHet	2195516	2195909	chr3LHet:2195517-2195909	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.1155	0.0222	0.0148	0.071	0.0845	0.1838	0.1193	0.071	0.0187	0.0235	0.0187	0.0294	0.0184	0.0161	0.0184	0.0135
chr3LHet	2196169	2196320	chr3LHet:2196170-2196320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0354	0.0094	0.0077	0.0244	0.0214	0.0705	0.0193	0.0244	0.0103	0.0096	0.0103	0.0124	0.01	0.0077	0.01	0.0089
chr3LHet	2196702	2196853	chr3LHet:2196703-2196853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.019	0.0405	0.0098	0.0052	0.0255	0.0136	0.083	0.0333	0.0255	0.0066	0.0129	0.0066	0.0108	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr3LHet	2196867	2197018	chr3LHet:2196868-2197018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0174	0.0384	0.0065	0.0058	0.0276	0.0165	0.0783	0.028	0.0276	0.0054	0.0096	0.0054	0.0054	0.0077	0.009	0.0077	0.0031
chr3LHet	2197992	2198143	chr3LHet:2197993-2198143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0159	0.0388	0.0048	0.0026	0.0255	0.016	0.0735	0.0386	0.0255	0.0072	0.0051	0.0072	0.0062	0.0023	0.0052	0.0023	0.0026
chr3LHet	2210378	2210529	chr3LHet:2210379-2210529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0116	0.0247	0.0053	0.0039	0.0148	0.0136	0.0484	0.0147	0.0148	0.0042	0.008	0.0042	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0042
chr3LHet	2210705	2210856	chr3LHet:2210706-2210856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0107	0.0216	0.0056	0.0042	0.0159	0.0141	0.0372	0.022	0.0159	0.0054	0.008	0.0054	0.0046	0.0046	0.0045	0.0046	0.0057
chr3LHet	2210883	2211034	chr3LHet:2210884-2211034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0123	0.0238	0.0071	0.0053	0.0138	0.017	0.045	0.018	0.0138	0.0054	0.0106	0.0054	0.007	0.0061	0.0052	0.0061	0.0068
chr3LHet	2211343	2211505	chr3LHet:2211344-2211505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0171	0.0317	0.0121	0.0064	0.0255	0.0209	0.0515	0.0273	0.0255	0.0085	0.0161	0.0085	0.0163	0.0077	0.0077	0.0077	0.0052
chr3LHet	2211804	2211975	chr3LHet:2211805-2211975	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0688	0.0157	0.0106	0.0626	0.0398	0.1116	0.0673	0.0626	0.0187	0.0174	0.0187	0.0186	0.0077	0.0097	0.0077	0.0109
chr3LHet	2212626	2212807	chr3LHet:2212627-2212807	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0366	0.0816	0.0157	0.0092	0.0742	0.0573	0.1315	0.074	0.0742	0.0199	0.0186	0.0199	0.0155	0.0054	0.0103	0.0054	0.0073
chr3LHet	2212930	2213081	chr3LHet:2212931-2213081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0174	0.0354	0.0104	0.005	0.0233	0.0248	0.0683	0.024	0.0233	0.0121	0.0093	0.0121	0.0132	0.0015	0.0052	0.0015	0.0057
chr3LHet	2236180	2236392	chr3LHet:2236181-2236392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.031	0.0287	0.033	0.0313	0.0159	0.033	0.029	0.0366	0.0159	0.0193	0.0495	0.0193	0.0318	0.0337	0.0484	0.0337	0.038
chr3LHet	2237168	2237456	chr3LHet:2237169-2237456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0369	0.0239	0.0169	0.0244	0.0272	0.0653	0.03	0.0244	0.0272	0.028	0.0272	0.0263	0.0168	0.0193	0.0168	0.0214
chr3LHet	2241176	2241327	chr3LHet:2241177-2241327	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0266	0.0391	0.0241	0.0153	0.0276	0.0311	0.0571	0.0373	0.0276	0.0229	0.0325	0.0229	0.0209	0.0138	0.0168	0.0138	0.0208
chr3LHet	2241352	2241542	chr3LHet:2241353-2241542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0484	0.0659	0.0442	0.0334	0.0414	0.0578	0.0835	0.0773	0.0414	0.038	0.054	0.038	0.0573	0.0268	0.0522	0.0268	0.0396
chr3LHet	2242183	2242345	chr3LHet:2242184-2242345	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0441	0.051	0.0481	0.032	0.0318	0.0461	0.0649	0.0633	0.0318	0.0519	0.054	0.0519	0.055	0.0406	0.0316	0.0406	0.0391
chr3LHet	2242493	2242737	chr3LHet:2242494-2242737	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0656	0.0779	0.0747	0.0419	0.0329	0.0772	0.099	0.0893	0.0329	0.0839	0.0855	0.0839	0.086	0.0482	0.0406	0.0482	0.0552
chr3LHet	2242771	2243243	chr3LHet:2242772-2243243	FBgn0260987	vtd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.131	0.1803	0.1327	0.0739	0.1357	0.1743	0.2284	0.1925	0.1357	0.1492	0.1498	0.1492	0.1309	0.0812	0.0825	0.0812	0.074
chr3LHet	2243441	2243634	chr3LHet:2243442-2243634	FBgn0260987	vtd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.151	0.1696	0.1558	0.1248	0.1421	0.1607	0.205	0.1952	0.1421	0.189	0.1762	0.189	0.1348	0.1462	0.127	0.1462	0.149
chr3LHet	2243932	2244219	chr3LHet:2243933-2244219	FBgn0260987	vtd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0979	0.0986	0.1067	0.0876	0.0657	0.101	0.1276	0.1046	0.0657	0.1322	0.1119	0.1322	0.1139	0.0896	0.0916	0.0896	0.1282
chr3LHet	2254676	2254827	chr3LHet:2254677-2254827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0274	0.0183	0.011	0.017	0.0238	0.0402	0.0253	0.017	0.0157	0.0232	0.0157	0.0116	0.01	0.011	0.01	0.0177
chr3LHet	2255064	2255215	chr3LHet:2255065-2255215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0236	0.0324	0.0241	0.0132	0.0159	0.0282	0.0467	0.032	0.0159	0.0266	0.0296	0.0266	0.0194	0.0138	0.009	0.0138	0.024
chr3LHet	2255627	2255789	chr3LHet:2255628-2255789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0359	0.0242	0.0106	0.0297	0.0248	0.0545	0.0306	0.0297	0.0254	0.0264	0.0254	0.0271	0.013	0.011	0.013	0.013
chr3LHet	2255916	2256067	chr3LHet:2255917-2256067	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0345	0.0222	0.0106	0.0233	0.0248	0.0549	0.036	0.0233	0.0205	0.0289	0.0205	0.024	0.0115	0.0084	0.0115	0.0156
chr3LHet	2257062	2257245	chr3LHet:2257063-2257245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0288	0.037	0.0317	0.0163	0.0244	0.0335	0.0519	0.0373	0.0244	0.0284	0.0434	0.0284	0.0279	0.0153	0.0193	0.0153	0.0208
chr3LHet	2263754	2263905	chr3LHet:2263755-2263905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0275	0.0159	0.0102	0.0191	0.017	0.045	0.0293	0.0191	0.0127	0.0199	0.0127	0.0186	0.01	0.0103	0.01	0.0151
chr3LHet	2269604	2269822	chr3LHet:2269605-2269822	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0492	0.0193	0.0146	0.0604	0.0262	0.0861	0.0346	0.0604	0.0145	0.0228	0.0145	0.024	0.0138	0.0174	0.0138	0.0156
chr3LHet	2271465	2271616	chr3LHet:2271466-2271616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0209	0.0398	0.0127	0.0088	0.0392	0.0296	0.0558	0.0393	0.0392	0.0127	0.0122	0.0127	0.0209	0.0031	0.0103	0.0031	0.0089
chr3LHet	2273663	2273814	chr3LHet:2273664-2273814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0166	0.0333	0.0098	0.0054	0.0276	0.017	0.0627	0.024	0.0276	0.0115	0.0106	0.0115	0.0108	0.0077	0.0058	0.0077	0.0031
chr3LHet	2283554	2283705	chr3LHet:2283555-2283705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.0151	0.0129	0.0169	0.0095	0.0126	0.0255	0.01	0.0095	0.0103	0.0177	0.0103	0.0124	0.0077	0.0355	0.0077	0.0203
chr3LHet	2383583	2383879	chr3LHet:2383584-2383879	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0325	0.0513	0.0275	0.0169	0.0297	0.0553	0.0606	0.0526	0.0297	0.0332	0.0286	0.0332	0.0449	0.0199	0.0187	0.0199	0.0203
chr3LHet	2384172	2384323	chr3LHet:2384173-2384323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0114	0.0169	0.0102	0.0067	0.0042	0.0155	0.026	0.018	0.0042	0.0139	0.0068	0.0139	0.0209	0.0084	0.0077	0.0084	0.0078
chr3LHet	2386676	2386927	chr3LHet:2386677-2386927	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0391	0.0917	0.0151	0.0065	0.088	0.0519	0.1613	0.0759	0.088	0.0193	0.0132	0.0193	0.0225	0.0054	0.0052	0.0054	0.0094
chr3LHet	2389909	2390179	chr3LHet:2389910-2390179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0178	0.0374	0.0096	0.005	0.0371	0.0204	0.077	0.0187	0.0371	0.0103	0.0103	0.0103	0.0093	0.0046	0.0039	0.0046	0.0078
chr3LHet	2392568	2392861	chr3LHet:2392569-2392861	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0669	0.0368	0.0279	0.0541	0.068	0.0874	0.0613	0.0541	0.0308	0.0463	0.0308	0.0473	0.0276	0.038	0.0276	0.0297
chr3LHet	2397169	2397320	chr3LHet:2397170-2397320	FBgn0028697	RpL15	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0425	0.0362	0.0288	0.0265	0.0364	0.0631	0.0433	0.0265	0.0435	0.0431	0.0435	0.031	0.023	0.0309	0.023	0.036
chr3LHet	2397663	2397858	chr3LHet:2397664-2397858	FBgn0028697	RpL15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1588	0.1388	0.1882	0.1489	0.0806	0.1631	0.1501	0.1639	0.0806	0.2271	0.2113	0.2271	0.1905	0.1685	0.1438	0.1685	0.1813
chr3LHet	2397973	2398708	chr3LHet:2397974-2398708	FBgn0028697,FBgn0086533	RpL15,snoRNA:Me18S-C419	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1883	0.1605	0.2234	0.1809	0.0976	0.1888	0.1704	0.1939	0.0976	0.2717	0.237	0.2717	0.2541	0.1922	0.1889	0.1922	0.2392
chr3LHet	2398734	2398930	chr3LHet:2398735-2398930	FBgn0086533	snoRNA:Me18S-C419	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.0435	0.0676	0.0563	0.0223	0.05	0.0541	0.044	0.0223	0.0731	0.0826	0.0731	0.079	0.0712	0.0542	0.0712	0.0823
chr3LHet	2399526	2399800	chr3LHet:2399527-2399800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0753	0.0642	0.0918	0.0698	0.0286	0.0869	0.0679	0.0706	0.0286	0.1105	0.0984	0.1105	0.1301	0.0743	0.0761	0.0743	0.1089
chr3LHet	2399958	2400120	chr3LHet:2399959-2400120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0525	0.0389	0.0631	0.0563	0.0223	0.0476	0.0489	0.036	0.0223	0.0797	0.0617	0.0797	0.1007	0.0643	0.0445	0.0643	0.1032
chr3LHet	2408753	2408904	chr3LHet:2408754-2408904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0367	0.0406	0.0423	0.0263	0.018	0.0447	0.0446	0.0513	0.018	0.0471	0.0531	0.0471	0.0426	0.026	0.0264	0.026	0.0313
chr3LHet	2408944	2409205	chr3LHet:2408945-2409205	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.0732	0.0717	0.0473	0.035	0.0791	0.0817	0.0973	0.035	0.0725	0.0836	0.0725	0.0829	0.0467	0.0554	0.0467	0.0558
chr3LHet	2409359	2409610	chr3LHet:2409360-2409610	FBgn0024804	Dbp80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0802	0.082	0.0896	0.068	0.0647	0.0903	0.0913	0.0913	0.0647	0.1021	0.101	0.1021	0.0945	0.0697	0.0787	0.0697	0.0881
chr3LHet	2409696	2409935	chr3LHet:2409697-2409935	FBgn0024804	Dbp80	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1341	0.1235	0.1534	0.1246	0.0933	0.1451	0.1254	0.1479	0.0933	0.1751	0.1749	0.1751	0.1611	0.1577	0.1367	0.1577	0.1516
chr3LHet	2410033	2410184	chr3LHet:2410034-2410184	FBgn0024804	Dbp80	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0457	0.0688	0.065	0.0286	0.0573	0.0454	0.0593	0.0286	0.0797	0.083	0.0797	0.0596	0.0773	0.0716	0.0773	0.0803
chr3LHet	2410213	2410412	chr3LHet:2410214-2410412	FBgn0024804	Dbp80	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0661	0.0503	0.0753	0.0735	0.0308	0.0519	0.0575	0.058	0.0308	0.0779	0.092	0.0779	0.0798	0.0727	0.0774	0.0727	0.1037
chr3LHet	2418628	2418779	chr3LHet:2418629-2418779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0191	0.0268	0.0189	0.0109	0.0095	0.016	0.0506	0.0273	0.0095	0.0236	0.0225	0.0236	0.0217	0.0176	0.0103	0.0176	0.0125
chr3LHet	2458979	2459130	chr3LHet:2458980-2459130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0255	0.0165	0.0097	0.0106	0.0209	0.0376	0.0333	0.0106	0.0175	0.019	0.0175	0.0201	0.01	0.0097	0.01	0.0135
chr3LHet	2464559	2464807	chr3LHet:2464560-2464807	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0828	0.0079	0.0082	0.0954	0.0209	0.1605	0.06	0.0954	0.006	0.01	0.006	0.0101	0.0077	0.0058	0.0077	0.012
chr3LHet	2481498	2481652	chr3LHet:2481499-2481652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0324	0.0171	0.0079	0.0223	0.0286	0.0437	0.038	0.0223	0.0217	0.0183	0.0217	0.0178	0.0077	0.009	0.0077	0.0099
chr3LHet	2481829	2482027	chr3LHet:2481830-2482027	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0614	0.0978	0.0632	0.0187	0.0615	0.0937	0.1159	0.1113	0.0615	0.0682	0.0701	0.0682	0.0798	0.0253	0.0193	0.0253	0.0219
chr3LHet	2482096	2482294	chr3LHet:2482097-2482294	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0379	0.0584	0.0405	0.0121	0.0445	0.0534	0.0675	0.068	0.0445	0.0423	0.0463	0.0423	0.0488	0.0168	0.0103	0.0168	0.0162
chr3LHet	2488883	2489083	chr3LHet:2488884-2489083	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0353	0.08	0.0161	0.0065	0.07	0.049	0.1384	0.0606	0.07	0.0145	0.0161	0.0145	0.0209	0.0054	0.0039	0.0054	0.0104
chr3LHet	2491287	2491474	chr3LHet:2491288-2491474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0194	0.0417	0.0086	0.0063	0.0382	0.0194	0.0826	0.0253	0.0382	0.0085	0.009	0.0085	0.0101	0.01	0.0064	0.01	0.0052
chr3LHet	2491802	2491953	chr3LHet:2491803-2491953	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0128	0.0264	0.0063	0.0046	0.0201	0.0102	0.0541	0.0193	0.0201	0.0036	0.0074	0.0036	0.0093	0.0054	0.0071	0.0054	0.0031
chr3LHet	2504736	2504887	chr3LHet:2504737-2504887	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.017	0.0314	0.0113	0.0072	0.0233	0.0165	0.0593	0.0247	0.0233	0.0127	0.0093	0.0127	0.0178	0.0084	0.0045	0.0084	0.012
chr3LHet	2505146	2505341	chr3LHet:2505147-2505341	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0255	0.0525	0.0141	0.0079	0.0329	0.0403	0.077	0.056	0.0329	0.0163	0.0135	0.0163	0.0217	0.013	0.0026	0.013	0.013
chr3LHet	2506755	2506912	chr3LHet:2506756-2506912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0157	0.0324	0.0084	0.005	0.0276	0.0146	0.0554	0.0286	0.0276	0.0042	0.0103	0.0042	0.0147	0.0054	0.0032	0.0054	0.0083
chr3LHet	2508345	2508496	chr3LHet:2508346-2508496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0164	0.0335	0.0095	0.0047	0.0286	0.0209	0.0554	0.0306	0.0286	0.0072	0.0113	0.0072	0.0139	0.0069	0.0039	0.0069	0.0052
chr3LHet	2513566	2513775	chr3LHet:2513567-2513775	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.042	0.0943	0.0171	0.0109	0.105	0.0471	0.1782	0.0593	0.105	0.0133	0.0154	0.0133	0.0294	0.0107	0.0097	0.0107	0.013
chr3LHet	2513986	2514137	chr3LHet:2513987-2514137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0133	0.0243	0.0082	0.0064	0.0233	0.0083	0.0489	0.0173	0.0233	0.0042	0.01	0.0042	0.0108	0.0077	0.0052	0.0077	0.0089
chr3LHet	2514151	2514302	chr3LHet:2514152-2514302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0138	0.0254	0.0085	0.0067	0.0276	0.0083	0.0506	0.0167	0.0276	0.0048	0.0087	0.0048	0.0132	0.0084	0.0045	0.0084	0.0089
chr3LHet	2522360	2522511	chr3LHet:2522361-2522511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0114	0.0204	0.0086	0.0045	0.0138	0.0146	0.0359	0.0153	0.0138	0.0079	0.0087	0.0079	0.0178	0.0077	0.0019	0.0077	0.0047
chr3LHet	2540157	2540412	chr3LHet:2540158-2540412	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0424	0.0202	0.0139	0.0244	0.0311	0.0757	0.032	0.0244	0.0181	0.0257	0.0181	0.0201	0.0123	0.0174	0.0123	0.0162
chr3LHet	2545352	2545539	chr3LHet:2545353-2545539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0523	0.0642	0.0504	0.0411	0.0445	0.0612	0.0787	0.0653	0.0445	0.0531	0.0621	0.0531	0.0596	0.0459	0.058	0.0459	0.0547
chr3LHet	2545620	2545793	chr3LHet:2545621-2545793	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0617	0.0766	0.0619	0.0447	0.0445	0.0806	0.0917	0.0859	0.0445	0.0652	0.0752	0.0652	0.0767	0.0536	0.0671	0.0536	0.0547
chr3R	177	595	chr3R:178-595	FBgn0037213	CG12581	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2023	0.3091	0.1981	0.0876	0.3234	0.1937	0.4183	0.3837	0.3234	0.0386	0.3781	0.0386	0.1673	0.0253	0.2714	0.0253	0.0479
chr3R	687	1016	chr3R:688-1016	FBgn0037213	CG12581	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.176	0.2689	0.1652	0.0838	0.2704	0.1777	0.3568	0.3351	0.2704	0.032	0.3219	0.032	0.11	0.0184	0.2714	0.0184	0.0375
chr3R	1540	1726	chr3R:1541-1726	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0446	0.0685	0.0402	0.0226	0.0541	0.0364	0.1181	0.0746	0.0541	0.0133	0.0772	0.0133	0.0201	0.0061	0.069	0.0061	0.013
chr3R	6292	6620	chr3R:6293-6620	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0812	0.0889	0.1037	0.048	0.0498	0.0621	0.1315	0.1139	0.0498	0.0278	0.2244	0.0278	0.0279	0.0123	0.1792	0.0123	0.0141
chr3R	6886	7037	chr3R:6887-7037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0479	0.0217	0.0124	0.0604	0.016	0.0843	0.0506	0.0604	0.0048	0.0469	0.0048	0.007	0.0077	0.0413	0.0077	0.0047
chr3R	7156	7338	chr3R:7157-7338	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0496	0.0932	0.0325	0.0198	0.0901	0.0345	0.1773	0.0839	0.0901	0.0103	0.0653	0.0103	0.0155	0.0069	0.0683	0.0069	0.0073
chr3R	12545	12813	chr3R:12546-12813	FBgn0053294	CR33294	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0525	0.0364	0.0582	0.0329	0.034	0.0861	0.0573	0.0329	0.0193	0.0576	0.0193	0.0403	0.013	0.1135	0.013	0.0625
chr3R	12969	13267	chr3R:12970-13267	FBgn0053294	CR33294	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0593	0.0452	0.0336	0.103	0.0276	0.0345	0.0653	0.052	0.0276	0.0163	0.046	0.0163	0.0473	0.0245	0.1399	0.0245	0.1376
chr3R	21767	21932	chr3R:21768-21932	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0352	0.0449	0.0306	0.0295	0.0477	0.0413	0.0545	0.0446	0.0477	0.0308	0.0312	0.0308	0.0527	0.0436	0.0355	0.0436	0.0422
chr3R	22398	22625	chr3R:22399-22625	FBgn0037215	CG12582	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0611	0.0783	0.0518	0.0521	0.0647	0.0728	0.1051	0.0766	0.0647	0.0622	0.0566	0.0622	0.0852	0.0773	0.0625	0.0773	0.0792
chr3R	22810	23029	chr3R:22811-23029	FBgn0037215	CG12582	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1446	0.1327	0.1476	0.1544	0.0923	0.1422	0.1423	0.1619	0.0923	0.1528	0.1736	0.1528	0.2192	0.2106	0.1999	0.2106	0.2324
chr3R	23346	23589	chr3R:23347-23589	FBgn0037215	CG12582	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0443	0.037	0.0495	0.0467	0.017	0.0427	0.0446	0.0426	0.017	0.0447	0.0566	0.0447	0.0837	0.0628	0.0535	0.0628	0.0657
chr3R	28778	28929	chr3R:28779-28929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0199	0.033	0.0165	0.0091	0.017	0.0214	0.0549	0.0393	0.017	0.0157	0.0199	0.0157	0.0209	0.0038	0.0135	0.0038	0.012
chr3R	28962	29214	chr3R:28963-29214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0375	0.0231	0.0104	0.017	0.0218	0.0657	0.0386	0.017	0.0175	0.0325	0.0175	0.0271	0.0092	0.0155	0.0092	0.0115
chr3R	29625	29776	chr3R:29626-29776	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.016	0.0241	0.0129	0.0104	0.0159	0.018	0.0433	0.0207	0.0159	0.0127	0.0174	0.0127	0.0108	0.0069	0.0116	0.0069	0.0141
chr3R	29964	30191	chr3R:29965-30191	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.0847	0.0275	0.0153	0.0594	0.0388	0.1574	0.0826	0.0594	0.0187	0.0338	0.0187	0.0287	0.0138	0.0174	0.0138	0.0193
chr3R	39538	39689	chr3R:39539-39689	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0131	0.0101	0.0145	0.0149	0.0032	0.0092	0.0186	0.008	0.0032	0.0145	0.0199	0.0145	0.0147	0.0054	0.0374	0.0054	0.0135
chr3R	39917	40068	chr3R:39918-40068	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.011	0.0127	0.0156	0.0032	0.0107	0.0177	0.0133	0.0032	0.0145	0.0148	0.0145	0.0147	0.0092	0.0387	0.0092	0.013
chr3R	40519	40670	chr3R:40520-40670	FBgn0037217	CG14636	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0094	0.0092	0.0074	0.0117	0	0.0102	0.0138	0.0113	0	0.006	0.008	0.006	0.0116	0.0077	0.029	0.0077	0.0115
chr3R	41510	41661	chr3R:41511-41661	FBgn0037217	CG14636	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0159	0.0155	0.0171	0.0149	0.0064	0.0189	0.0212	0.0133	0.0064	0.0169	0.0225	0.0169	0.0186	0.01	0.02	0.01	0.0266
chr3R	45354	45505	chr3R:45355-45505	FBgn0051516	CG31516	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0289	0.0185	0.0092	0.0127	0.05	0.0346	0.0113	0.0127	0.0229	0.0193	0.0229	0.0263	0.01	0.009	0.01	0.013
chr3R	45985	46201	chr3R:45986-46201	FBgn0051516	CG31516	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0486	0.0444	0.0336	0.018	0.0626	0.0653	0.0326	0.018	0.0556	0.0482	0.0556	0.048	0.0253	0.0432	0.0253	0.0375
chr3R	46286	46460	chr3R:46287-46460	FBgn0051516	CG31516	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0728	0.0793	0.0802	0.0575	0.0382	0.1039	0.0861	0.0819	0.0382	0.0966	0.0878	0.0966	0.0922	0.0643	0.0619	0.0643	0.0657
chr3R	46582	46770	chr3R:46583-46770	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1621	0.1498	0.1893	0.1458	0.0954	0.1864	0.1484	0.1819	0.0954	0.2421	0.199	0.2421	0.2037	0.1631	0.1457	0.1631	0.1808
chr3R	47130	47281	chr3R:47131-47281	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0403	0.0383	0.0453	0.0372	0.018	0.0422	0.0407	0.0493	0.018	0.055	0.0367	0.055	0.0705	0.0283	0.0348	0.0283	0.0594
chr3R	47310	47514	chr3R:47311-47514	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0489	0.0419	0.0569	0.0479	0.0127	0.0461	0.0541	0.0473	0.0127	0.0676	0.0482	0.0676	0.096	0.0329	0.029	0.0329	0.0917
chr3R	48684	48835	chr3R:48685-48835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0227	0.032	0.0236	0.0114	0.0148	0.0228	0.0593	0.0253	0.0148	0.0229	0.0267	0.0229	0.0271	0.013	0.009	0.013	0.0208
chr3R	50467	50618	chr3R:50468-50618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0307	0.0506	0.025	0.0148	0.0339	0.0369	0.09	0.0386	0.0339	0.0217	0.0322	0.0217	0.0279	0.0176	0.0148	0.0176	0.0203
chr3R	54152	54303	chr3R:54153-54303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0346	0.0348	0.0372	0.0316	0.0127	0.0432	0.0398	0.042	0.0127	0.0417	0.0392	0.0417	0.0473	0.0253	0.0329	0.0253	0.0542
chr3R	54889	55066	chr3R:54890-55066	FBgn0261436	DhpD	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.08	0.0855	0.0845	0.0688	0.0636	0.0879	0.1012	0.0959	0.0636	0.0936	0.1016	0.0936	0.0968	0.0597	0.0993	0.0597	0.0933
chr3R	55201	55407	chr3R:55202-55407	FBgn0261436	DhpD	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0763	0.0895	0.0734	0.0649	0.0806	0.0859	0.1107	0.0893	0.0806	0.0821	0.0932	0.0821	0.0666	0.0651	0.0774	0.0651	0.0922
chr3R	60828	60979	chr3R:60829-60979	FBgn0010225	Gel	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0204	0.0156	0.0141	0.0327	0.0053	0.0112	0.0303	0.0113	0.0053	0.0121	0.0167	0.0121	0.0209	0.0138	0.0148	0.0138	0.0959
chr3R	63657	63808	chr3R:63658-63808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0157	0.0165	0.014	0.0167	0.0095	0.017	0.0247	0.0173	0.0095	0.0193	0.0119	0.0193	0.0225	0.0314	0.0116	0.0314	0.0255
chr3R	67306	67457	chr3R:67307-67457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0179	0.0173	0.0216	0.0064	0.0189	0.0272	0.0167	0.0064	0.0169	0.018	0.0169	0.0271	0.0115	0.0161	0.0115	0.0479
chr3R	67704	67923	chr3R:67705-67923	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0296	0.0211	0.0272	0.0418	0.0074	0.0252	0.0255	0.026	0.0074	0.0193	0.026	0.0193	0.0643	0.0207	0.0251	0.0207	0.1032
chr3R	68098	68249	chr3R:68099-68249	FBgn0037222	CG14642	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0239	0.0151	0.0206	0.0373	0.0042	0.0238	0.016	0.0153	0.0042	0.0145	0.0167	0.0145	0.0519	0.0245	0.0271	0.0245	0.0891
chr3R	68315	68477	chr3R:68316-68477	FBgn0037222,FBgn0085334	CG14642,CG34305	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0306	0.0194	0.0274	0.0465	0.0095	0.0248	0.0238	0.018	0.0095	0.0211	0.0135	0.0211	0.0852	0.0184	0.0174	0.0184	0.1318
chr3R	74250	74401	chr3R:74251-74401	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0121	0.0112	0.0121	0.0053	0.0112	0.0203	0.0113	0.0053	0.0048	0.0174	0.0048	0.0116	0.0061	0.0329	0.0061	0.0083
chr3R	82796	83095	chr3R:82797-83095	FBgn0041621	Or82a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0229	0.0375	0.0203	0.0093	0.018	0.0413	0.0493	0.0346	0.018	0.0248	0.0209	0.0248	0.0194	0.0077	0.0097	0.0077	0.0125
chr3R	83225	83452	chr3R:83226-83452	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0198	0.0303	0.0189	0.0092	0.0233	0.0325	0.0407	0.0213	0.0233	0.0229	0.0215	0.0229	0.0132	0.0092	0.0064	0.0092	0.013
chr3R	91838	91989	chr3R:91839-91989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0123	0.0126	0.0238	0.0085	0.0097	0.0212	0.01	0.0085	0.0121	0.0096	0.0121	0.0248	0.0153	0.0097	0.0153	0.0651
chr3R	92205	92356	chr3R:92206-92356	FBgn0037228	CG1092	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0133	0.0138	0.0129	0.013	0.0106	0.0092	0.0208	0.012	0.0106	0.0139	0.0119	0.0139	0.0201	0.0092	0.0077	0.0092	0.0292
chr3R	92597	92748	chr3R:92598-92748	FBgn0037228	CG1092	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0121	0.0154	0.0305	0.0021	0.0131	0.0221	0.0087	0.0021	0.0145	0.0132	0.0145	0.031	0.0123	0.009	0.0123	0.0855
chr3R	95641	95923	chr3R:95642-95923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.038	0.0166	0.0145	0.0148	0.0146	0.0476	0.0773	0.0148	0.0151	0.019	0.0151	0.0209	0.0145	0.0142	0.0145	0.0162
chr3R	105951	106102	chr3R:105952-106102	FBgn0041605	cpx	stage14	none	VT36266.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0107	0.0122	0.0291	0.0074	0.0097	0.0186	0.0073	0.0074	0.0091	0.0103	0.0091	0.0225	0.0084	0.009	0.0084	0.0193
chr3R	106853	107042	chr3R:106854-107042	distal	distal	stage14	stage14	VT36266.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0343	0.0201	0.0207	0.065	0.0074	0.0277	0.0255	0.0193	0.0074	0.0115	0.0119	0.0115	0.0488	0.0191	0.009	0.0191	0.0902
chr3R	107217	107466	chr3R:107218-107466	distal	distal	stage14	stage14	VT36266.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0208	0.0275	0.0749	0.0085	0.0277	0.0311	0.0133	0.0085	0.0205	0.0209	0.0205	0.0558	0.0222	0.0387	0.0222	0.1073
chr3R	107563	107766	chr3R:107564-107766	distal	distal	stage14	stage14	VT36266.1,VT36267.1	VT36267.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0191	0.0297	0.0567	0.0106	0.0204	0.0268	0.018	0.0106	0.0278	0.0251	0.0278	0.0511	0.0322	0.0284	0.0322	0.0792
chr3R	110223	110691	chr3R:110224-110691	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0583	0.03	0.0523	0.0966	0.0095	0.034	0.0437	0.03	0.0095	0.0429	0.0264	0.0429	0.0511	0.0199	0.0142	0.0199	0.0922
chr3R	114790	114941	chr3R:114791-114941	distal	distal	none	none	VT36271.1	VT36271.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0191	0.0218	0.0181	0.0171	0.0074	0.0228	0.0311	0.0247	0.0074	0.0151	0.0167	0.0151	0.0349	0.0168	0.0155	0.0168	0.0234
chr3R	115722	115873	chr3R:115723-115873	distal	distal	stage14	stage14	VT36271.1	VT36271.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0111	0.0126	0.0287	0.0032	0.0078	0.0199	0.0113	0.0032	0.0115	0.0109	0.0115	0.0132	0.0092	0.0052	0.0092	0.0156
chr3R	117121	117359	chr3R:117122-117359	distal	distal	stage14	stage14	VT36272.1	VT36272.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0171	0.0203	0.06	0.0064	0.0155	0.0294	0.0147	0.0064	0.0133	0.0167	0.0133	0.0132	0.0084	0.009	0.0084	0.0302
chr3R	117824	118106	chr3R:117825-118106	distal	distal	none	none	VT36272.1	VT36272.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0256	0.0189	0.0213	0.0379	0.0032	0.0175	0.0346	0.0153	0.0032	0.0193	0.0161	0.0193	0.0217	0.0092	0.0129	0.0092	0.0219
chr3R	118140	118291	chr3R:118141-118291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.013	0.0151	0.0206	0.0011	0.0112	0.0247	0.0093	0.0011	0.0091	0.0109	0.0091	0.0101	0.0038	0.0064	0.0038	0.0094
chr3R	120547	120698	chr3R:120548-120698	FBgn0037230,FBgn0262214	CG9780,mir-929	none	none	VT36274.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0142	0.0097	0.0105	0.0233	0.0064	0.0092	0.0138	0.012	0.0064	0.0072	0.0071	0.0072	0.0186	0.0046	0.0103	0.0046	0.0552
chr3R	122492	122643	chr3R:122493-122643	distal	distal	none	none	VT36274.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0247	0.0189	0.0182	0.0148	0.0252	0.0359	0.022	0.0148	0.0169	0.0196	0.0169	0.0333	0.0084	0.0064	0.0084	0.0422
chr3R	125004	125155	chr3R:125005-125155	distal	distal	stage5	stage5	VT36275.1	VT36275.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0287	0.0169	0.0132	0.0201	0.0316	0.0342	0.0346	0.0201	0.0193	0.0186	0.0193	0.0194	0.0077	0.011	0.0077	0.0162
chr3R	127357	127747	chr3R:127358-127747	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0686	0.1093	0.0551	0.038	0.0838	0.0869	0.1427	0.1359	0.0838	0.0411	0.0588	0.0411	0.1061	0.0368	0.029	0.0368	0.0526
chr3R	127825	128030	chr3R:127826-128030	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0344	0.05	0.0278	0.0241	0.0318	0.0481	0.0606	0.0566	0.0318	0.0205	0.0273	0.0205	0.0565	0.0299	0.02	0.0299	0.0287
chr3R	130600	130751	chr3R:130601-130751	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0237	0.0275	0.0194	0.024	0.0117	0.0214	0.0346	0.0413	0.0117	0.0163	0.0167	0.0163	0.0263	0.0214	0.0135	0.0214	0.0224
chr3R	131098	131348	chr3R:131099-131348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0302	0.0277	0.0266	0.037	0.0138	0.0257	0.0428	0.03	0.0138	0.0223	0.0273	0.0223	0.0418	0.0498	0.0239	0.0498	0.0438
chr3R	133483	133909	chr3R:133484-133909	FBgn0027930	MP1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.09	0.0494	0.0772	0.1494	0.0191	0.0607	0.0731	0.038	0.0191	0.0586	0.0749	0.0586	0.1232	0.0337	0.1754	0.0337	0.2783
chr3R	136343	136537	chr3R:136344-136537	FBgn0037231	vps24	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.073	0.0771	0.076	0.065	0.0573	0.0743	0.0921	0.0926	0.0573	0.0851	0.0855	0.0851	0.0829	0.0536	0.0638	0.0536	0.0917
chr3R	136585	136768	chr3R:136586-136768	FBgn0037231,FBgn0037232	CG9791,vps24	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.0886	0.0964	0.0933	0.0679	0.085	0.1051	0.1099	0.0679	0.1099	0.1116	0.1099	0.093	0.0835	0.0986	0.0835	0.1214
chr3R	136915	137066	chr3R:136916-137066	FBgn0037231,FBgn0037232	CG9791,vps24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.04	0.0466	0.0344	0.035	0.0354	0.0497	0.0486	0.035	0.064	0.0457	0.064	0.0403	0.0368	0.0348	0.0368	0.0448
chr3R	137180	137419	chr3R:137181-137419	FBgn0037232	CG9791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1297	0.1514	0.1245	0.1113	0.14	0.1369	0.1929	0.1606	0.14	0.1479	0.1363	0.1479	0.1425	0.1371	0.1096	0.1371	0.1365
chr3R	137459	137630	chr3R:137460-137630	FBgn0037232	CG9791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.087	0.0609	0.0414	0.0795	0.0636	0.1354	0.0813	0.0795	0.0707	0.0659	0.0707	0.0736	0.0521	0.0419	0.0521	0.0521
chr3R	144802	145148	chr3R:144803-145148	FBgn0037234,FBgn0261086	CG9795,Syt14	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0912	0.0796	0.1014	0.0929	0.053	0.0859	0.0952	0.0906	0.053	0.1033	0.1174	0.1033	0.0991	0.0559	0.1057	0.0559	0.0782
chr3R	145275	145461	chr3R:145276-145461	FBgn0037234,FBgn0261086	CG9795,Syt14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1597	0.1375	0.1863	0.1554	0.0859	0.1617	0.1388	0.1759	0.0859	0.2107	0.2051	0.2107	0.1898	0.1455	0.1651	0.1455	0.172
chr3R	145553	145704	chr3R:145554-145704	FBgn0037234	CG9795	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0562	0.0978	0.0759	0.0265	0.0743	0.061	0.066	0.0265	0.1214	0.0987	0.1214	0.0976	0.0743	0.0703	0.0743	0.086
chr3R	145807	145984	chr3R:145808-145984	FBgn0037234	CG9795	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0564	0.0338	0.0674	0.0698	0.0148	0.0398	0.042	0.0386	0.0148	0.0694	0.0643	0.0694	0.0519	0.0368	0.0587	0.0368	0.073
chr3R	146170	146321	chr3R:146171-146321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0156	0.0239	0.0274	0.0053	0.0175	0.0247	0.0153	0.0053	0.0278	0.027	0.0278	0.0124	0.0161	0.0309	0.0161	0.0266
chr3R	146594	146890	chr3R:146595-146890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.036	0.0365	0.0398	0.0311	0.0159	0.0291	0.0606	0.038	0.0159	0.0374	0.0543	0.0374	0.0318	0.0291	0.0484	0.0291	0.0307
chr3R	147512	147663	chr3R:147513-147663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0197	0.016	0.0213	0.022	0.0011	0.0189	0.0247	0.0167	0.0011	0.0248	0.0235	0.0248	0.0248	0.0176	0.011	0.0176	0.0427
chr3R	159735	159908	chr3R:159736-159908	FBgn0027866	CG9776	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1783	0.1787	0.2102	0.1429	0.1336	0.185	0.2003	0.2185	0.1336	0.2446	0.2328	0.2446	0.1929	0.1539	0.1483	0.1539	0.174
chr3R	160064	160261	chr3R:160065-160261	FBgn0027866	CG9776	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0865	0.0945	0.0557	0.0488	0.0908	0.1038	0.1079	0.0488	0.1014	0.1174	0.1014	0.0844	0.0597	0.0587	0.0597	0.0714
chr3R	163137	163288	chr3R:163138-163288	FBgn0037235	CG1103	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0807	0.0742	0.102	0.0646	0.0445	0.0874	0.0766	0.0946	0.0445	0.1196	0.1129	0.1196	0.1022	0.0574	0.0716	0.0574	0.0891
chr3R	163372	163538	chr3R:163373-163538	FBgn0037235	CG1103	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1672	0.172	0.1898	0.137	0.1166	0.1893	0.1903	0.2172	0.1166	0.2373	0.2035	0.2373	0.189	0.1447	0.1476	0.1447	0.1746
chr3R	163658	164007	chr3R:163659-164007	FBgn0037235	CG1103	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.1229	0.1489	0.0904	0.0657	0.1345	0.1488	0.1439	0.0657	0.1697	0.1659	0.1697	0.1394	0.0965	0.1032	0.0965	0.1042
chr3R	166031	166197	chr3R:166032-166197	distal	distal	stage5	stage5	hkb_distal_+6kb	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0411	0.0753	0.034	0.0107	0.0329	0.0762	0.0731	0.1186	0.0329	0.0254	0.0389	0.0254	0.0248	0.0077	0.0142	0.0077	0.0078
chr3R	166258	166425	chr3R:166259-166425	distal	distal	stage5	stage5	hkb_distal_+6kb	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.041	0.0738	0.0346	0.0113	0.0424	0.065	0.1094	0.0766	0.0424	0.029	0.0379	0.029	0.0318	0.0123	0.0097	0.0123	0.0068
chr3R	166969	167170	chr3R:166970-167170	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	hkb_distal_+6kb	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0996	0.122	0.1155	0.0571	0.0583	0.1296	0.09	0.2332	0.0583	0.1353	0.109	0.1353	0.0395	0.026	0.0213	0.026	0.0125
chr3R	169903	170054	chr3R:169904-170054	distal	distal	none	none	VT36298.1	VT36298.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0366	0.0573	0.0411	0.0086	0.0276	0.0481	0.074	0.0833	0.0276	0.0278	0.0633	0.0278	0.0225	0.0092	0.0084	0.0092	0.0104
chr3R	172360	172680	chr3R:172361-172680	FBgn0261434	hkb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2217	0.3295	0.2388	0.0823	0.2821	0.3112	0.4096	0.3811	0.2821	0.3104	0.2672	0.3104	0.1015	0.0322	0.0451	0.0322	0.036
chr3R	174047	174363	chr3R:174048-174363	distal	distal	stage5	stage5	hkb_ventral_element_plus_NR	hkb_ventral_element_plus_NR	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1058	0.2511	0.0429	0.0125	0.3563	0.1141	0.4511	0.1539	0.3563	0.029	0.0543	0.029	0.0318	0.0084	0.0174	0.0084	0.0099
chr3R	176016	176178	chr3R:176017-176178	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0374	0.0323	0.0518	0.0274	0.0159	0.0374	0.0484	0.0227	0.0159	0.0368	0.045	0.0368	0.0139	0.0084	0.0077	0.0084	0.0078
chr3R	178247	178514	chr3R:178248-178514	distal	distal	stage5	stage5	VT36301.1	VT36301.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0462	0.081	0.0406	0.0134	0.0668	0.0461	0.1215	0.1019	0.0668	0.0344	0.0521	0.0344	0.0225	0.0115	0.0064	0.0115	0.0146
chr3R	179387	179615	chr3R:179388-179615	distal	distal	stage11	stage11	VT36302.1	VT36302.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0569	0.0403	0.0732	0.0577	0.0117	0.0398	0.0484	0.0613	0.0117	0.0338	0.0691	0.0338	0.017	0.0077	0.0251	0.0077	0.0151
chr3R	179702	179932	chr3R:179703-179932	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT36302.1	VT36302.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0481	0.0952	0.0384	0.0201	0.0437	0.061	0.066	0.0201	0.0344	0.155	0.0344	0.0256	0.013	0.0619	0.013	0.0141
chr3R	184728	185010	chr3R:184729-185010	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0555	0.0293	0.0152	0.0276	0.0485	0.0644	0.0879	0.0276	0.0223	0.0383	0.0223	0.0263	0.0069	0.0148	0.0069	0.0109
chr3R	185410	185582	chr3R:185411-185582	FBgn0037238	CG1090	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0309	0.0218	0.0228	0.05	0.0085	0.0204	0.0311	0.0293	0.0085	0.0193	0.0177	0.0193	0.0372	0.0145	0.0135	0.0145	0.0532
chr3R	186406	186805	chr3R:186407-186805	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1119	0.0517	0.132	0.1572	0.0191	0.065	0.0657	0.0533	0.0191	0.1498	0.1293	0.1498	0.2045	0.1263	0.1451	0.1263	0.2491
chr3R	191464	191779	chr3R:191465-191779	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0312	0.0359	0.0378	0.0188	0.0106	0.0374	0.0446	0.0526	0.0106	0.0465	0.0521	0.0465	0.0186	0.0138	0.0219	0.0138	0.025
chr3R	201369	201520	chr3R:201370-201520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0289	0.022	0.011	0.0127	0.0282	0.0424	0.0306	0.0127	0.029	0.0254	0.029	0.0194	0.0069	0.0123	0.0069	0.0167
chr3R	201918	202069	chr3R:201919-202069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0269	0.0263	0.0117	0.0095	0.0223	0.0437	0.02	0.0095	0.0199	0.0338	0.0199	0.0287	0.0031	0.0116	0.0031	0.0167
chr3R	204535	204806	chr3R:204536-204806	FBgn0037239	CG11739	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0921	0.036	0.0683	0.181	0.0106	0.049	0.0415	0.038	0.0106	0.0236	0.0688	0.0236	0.182	0.1026	0.2244	0.1026	0.2866
chr3R	204890	205082	chr3R:204891-205082	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0678	0.0408	0.0669	0.0992	0.0106	0.0626	0.0433	0.0406	0.0106	0.038	0.0531	0.038	0.206	0.0352	0.1077	0.0352	0.21
chr3R	205337	205488	chr3R:205338-205488	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0332	0.0355	0.0334	0.0305	0.0095	0.0354	0.0588	0.0306	0.0095	0.0242	0.0283	0.0242	0.0806	0.0138	0.0258	0.0138	0.0589
chr3R	206894	207085	chr3R:206895-207085	FBgn0037240	Cont	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1478	0.139	0.1774	0.1251	0.0891	0.1524	0.1497	0.1732	0.0891	0.2053	0.2019	0.2053	0.1913	0.1018	0.1393	0.1018	0.172
chr3R	207173	207537	chr3R:207174-207537	FBgn0037240	Cont	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1448	0.1331	0.1829	0.116	0.087	0.1461	0.1531	0.1626	0.087	0.2264	0.2051	0.2264	0.1991	0.085	0.1515	0.085	0.1647
chr3R	207648	207799	chr3R:207649-207799	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0325	0.0543	0.0253	0.0127	0.0422	0.035	0.0406	0.0127	0.067	0.0595	0.067	0.0527	0.0253	0.0316	0.0253	0.036
chr3R	211742	211893	chr3R:211743-211893	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.0628	0.0365	0.0205	0.0498	0.0573	0.0921	0.0566	0.0498	0.0296	0.0482	0.0296	0.0387	0.013	0.029	0.013	0.0313
chr3R	212261	212412	chr3R:212262-212412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0349	0.048	0.0336	0.0216	0.0223	0.051	0.0614	0.0486	0.0223	0.0217	0.0508	0.0217	0.0395	0.0176	0.0232	0.0176	0.0318
chr3R	212816	212984	chr3R:212817-212984	FBgn0003882	tub	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0635	0.112	0.048	0.0263	0.0965	0.1039	0.1388	0.1266	0.0965	0.0326	0.072	0.0326	0.0511	0.026	0.029	0.026	0.0396
chr3R	213112	213276	chr3R:213113-213276	FBgn0003882	tub	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0653	0.1012	0.0486	0.0434	0.0806	0.1078	0.1142	0.1206	0.0806	0.0465	0.0637	0.0465	0.055	0.0498	0.0432	0.0498	0.0636
chr3R	213344	213518	chr3R:213345-213518	FBgn0003882	tub	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.121	0.1403	0.1081	0.1135	0.0976	0.1636	0.1432	0.1679	0.0976	0.119	0.119	0.119	0.1348	0.124	0.1122	0.124	0.1589
chr3R	214965	215116	chr3R:214966-215116	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0255	0.0261	0.0288	0.0138	0.0238	0.0372	0.0286	0.0138	0.0248	0.0244	0.0248	0.048	0.0222	0.0193	0.0222	0.0641
chr3R	215600	215868	chr3R:215601-215868	FBgn0037241	CG14646	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0784	0.0748	0.0878	0.0723	0.0403	0.0888	0.0843	0.0819	0.0403	0.1008	0.1016	0.1008	0.0999	0.0735	0.0754	0.0735	0.1047
chr3R	215968	216168	chr3R:215969-216168	FBgn0037241	CG14646	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.13	0.1218	0.1525	0.1143	0.0732	0.1432	0.1285	0.1486	0.0732	0.1763	0.173	0.1763	0.1627	0.1355	0.1154	0.1355	0.1548
chr3R	220816	220967	chr3R:220817-220967	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0242	0.0296	0.0373	0.0106	0.0248	0.035	0.026	0.0106	0.0229	0.0389	0.0229	0.0411	0.0191	0.0567	0.0191	0.0563
chr3R	221110	221261	chr3R:221111-221261	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0327	0.0254	0.0348	0.0384	0.0095	0.0335	0.0333	0.0227	0.0095	0.0254	0.0386	0.0254	0.0682	0.0237	0.0432	0.0237	0.0776
chr3R	223284	223483	chr3R:223285-223483	FBgn0037242	CG9855	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1059	0.1104	0.1308	0.0735	0.0509	0.1223	0.1362	0.1366	0.0509	0.1691	0.1415	0.1691	0.1263	0.0812	0.0606	0.0812	0.0881
chr3R	223562	223743	chr3R:223563-223743	FBgn0037242	CG9855	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1458	0.1457	0.1754	0.1134	0.0774	0.1728	0.1626	0.1785	0.0774	0.2222	0.1923	0.2222	0.1758	0.1286	0.098	0.1286	0.148
chr3R	223814	223965	chr3R:223815-223965	FBgn0037242	CG9855	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0685	0.0623	0.0871	0.055	0.0297	0.083	0.0597	0.0813	0.0297	0.1045	0.1016	0.1045	0.0829	0.0582	0.0529	0.0582	0.0672
chr3R	225413	225604	chr3R:225414-225604	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.1069	0.1187	0.0723	0.0626	0.1209	0.1099	0.1279	0.0626	0.1401	0.128	0.1401	0.1185	0.0735	0.0761	0.0735	0.0912
chr3R	225652	225840	chr3R:225653-225840	FBgn0037244	CG14647	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1553	0.1355	0.1931	0.1358	0.0764	0.1762	0.1168	0.1805	0.0764	0.2252	0.2174	0.2252	0.1967	0.1417	0.1464	0.1417	0.1626
chr3R	226121	226296	chr3R:226122-226296	FBgn0037244	CG14647	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1196	0.1846	0.1377	0.0806	0.1519	0.1016	0.1612	0.0806	0.2264	0.2032	0.2264	0.1805	0.1478	0.1373	0.1478	0.1709
chr3R	226355	226506	chr3R:226356-226506	FBgn0037244	CG14647	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0738	0.0656	0.0973	0.0571	0.0456	0.0864	0.0575	0.0893	0.0456	0.1153	0.1061	0.1153	0.0999	0.0574	0.0671	0.0574	0.0735
chr3R	228695	228897	chr3R:228696-228897	FBgn0263594	lost	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1501	0.1272	0.1863	0.1359	0.0848	0.1539	0.1176	0.1672	0.0848	0.2222	0.2103	0.2222	0.1944	0.1692	0.1399	0.1692	0.1636
chr3R	228899	229298	chr3R:228900-229298	FBgn0263594	lost	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1681	0.157	0.2044	0.1405	0.0933	0.1777	0.1721	0.1899	0.0933	0.2536	0.2232	0.2536	0.2084	0.173	0.1309	0.173	0.1662
chr3R	229364	229586	chr3R:229365-229586	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0998	0.1129	0.1088	0.0752	0.0923	0.1005	0.1458	0.1286	0.0923	0.1014	0.1209	0.1014	0.1193	0.0643	0.0683	0.0643	0.086
chr3R	229648	229799	chr3R:229649-229799	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.061	0.0729	0.0656	0.0428	0.053	0.0578	0.1025	0.0839	0.053	0.0574	0.0756	0.0574	0.0674	0.0368	0.0426	0.0368	0.0479
chr3R	233648	233912	chr3R:233649-233912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0344	0.0359	0.0437	0.0226	0.0117	0.049	0.0363	0.0493	0.0117	0.0531	0.0431	0.0531	0.055	0.0375	0.0148	0.0375	0.0344
chr3R	244360	244511	chr3R:244361-244511	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0184	0.0302	0.0255	0.0053	0.0209	0.0247	0.0227	0.0053	0.0411	0.0357	0.0411	0.0302	0.0498	0.0213	0.0498	0.0234
chr3R	244569	245018	chr3R:244570-245018	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0817	0.0861	0.0975	0.0596	0.0445	0.0874	0.0943	0.1252	0.0445	0.0942	0.1466	0.0942	0.0697	0.0658	0.0574	0.0658	0.049
chr3R	245055	245389	chr3R:245056-245389	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0806	0.0921	0.083	0.0652	0.0679	0.0825	0.093	0.1426	0.0679	0.0924	0.1084	0.0924	0.0604	0.0306	0.0361	0.0306	0.0334
chr3R	246727	247480	chr3R:246728-247480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1054	0.0895	0.1203	0.1068	0.0382	0.115	0.1107	0.0853	0.0382	0.1751	0.118	0.1751	0.1782	0.1133	0.0477	0.1133	0.2434
chr3R	254339	254554	chr3R:254340-254554	FBgn0037248	Spargel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.136	0.0923	0.178	0.1387	0.0297	0.1684	0.0731	0.0986	0.0297	0.2331	0.1977	0.2331	0.2006	0.1807	0.1844	0.1807	0.1569
chr3R	254762	254913	chr3R:254763-254913	FBgn0037248	Spargel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1229	0.0884	0.1522	0.1295	0.0498	0.1272	0.0783	0.1026	0.0498	0.2005	0.1656	0.2005	0.1658	0.1692	0.147	0.1692	0.1709
chr3R	254972	255148	chr3R:254973-255148	FBgn0037248	Spargel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1998	0.1722	0.2458	0.1802	0.1166	0.2107	0.1799	0.2032	0.1166	0.3207	0.2637	0.3207	0.2657	0.2198	0.1915	0.2198	0.2366
chr3R	259277	259457	chr3R:259278-259457	FBgn0037249,FBgn0037250	CG1074,eIF3-S10	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1264	0.1246	0.1405	0.1129	0.0838	0.1296	0.1639	0.1186	0.0838	0.1769	0.1508	0.1769	0.1603	0.1156	0.1135	0.1156	0.148
chr3R	259546	259740	chr3R:259547-259740	FBgn0037249,FBgn0037250	CG1074,eIF3-S10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2163	0.2076	0.2542	0.1844	0.176	0.2117	0.2461	0.2378	0.176	0.3231	0.2785	0.3231	0.2432	0.2075	0.1954	0.2075	0.2241
chr3R	260113	260273	chr3R:260114-260273	FBgn0037249,FBgn0037250	CG1074,eIF3-S10	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0622	0.0977	0.0528	0.0329	0.088	0.0641	0.1635	0.0839	0.088	0.0604	0.063	0.0604	0.0519	0.0475	0.038	0.0475	0.0328
chr3R	262824	262975	chr3R:262825-262975	FBgn0037251,FBgn0037252	CG14650,CG9804	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0761	0.0977	0.0707	0.053	0.0879	0.0861	0.0899	0.053	0.1208	0.1106	0.1208	0.1007	0.0865	0.0741	0.0865	0.0943
chr3R	262983	263174	chr3R:262984-263174	FBgn0037251,FBgn0037252	CG14650,CG9804	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.1165	0.158	0.1026	0.07	0.1316	0.1375	0.1319	0.07	0.1975	0.1669	0.1975	0.1836	0.1126	0.1012	0.1126	0.1334
chr3R	266329	266480	chr3R:266330-266480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0315	0.0272	0.0156	0.0095	0.0325	0.0476	0.0313	0.0095	0.0278	0.027	0.0278	0.0364	0.0222	0.011	0.0222	0.025
chr3R	269854	270111	chr3R:269855-270111	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0366	0.0373	0.0199	0.0095	0.0306	0.0554	0.0486	0.0095	0.0417	0.0457	0.0417	0.0434	0.023	0.0232	0.023	0.0261
chr3R	270437	270588	chr3R:270438-270588	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0212	0.0216	0.0287	0.0125	0.0085	0.0282	0.0251	0.022	0.0085	0.0248	0.0318	0.0248	0.0457	0.013	0.0129	0.013	0.0188
chr3R	270826	271115	chr3R:270827-271115	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0476	0.0499	0.0579	0.0337	0.0201	0.0728	0.0575	0.046	0.0201	0.029	0.0559	0.029	0.1456	0.0222	0.0316	0.0222	0.0651
chr3R	271236	271387	chr3R:271237-271387	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0279	0.0275	0.0329	0.0227	0.0106	0.0403	0.0342	0.022	0.0106	0.026	0.0286	0.026	0.0782	0.0138	0.0174	0.0138	0.0495
chr3R	271460	271611	chr3R:271461-271611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0235	0.0255	0.0298	0.0143	0.0095	0.0345	0.0337	0.0207	0.0095	0.0308	0.0212	0.0308	0.0759	0.01	0.0123	0.01	0.0261
chr3R	272624	272775	chr3R:272625-272775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0252	0.0286	0.0134	0.0042	0.034	0.0337	0.0227	0.0042	0.0175	0.0219	0.0175	0.0782	0.0123	0.0077	0.0123	0.0292
chr3R	276520	276696	chr3R:276521-276696	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0559	0.0317	0.0671	0.0707	0.0085	0.0495	0.0385	0.02	0.0085	0.0743	0.072	0.0743	0.1069	0.0276	0.1199	0.0276	0.1178
chr3R	278203	278436	chr3R:278204-278436	FBgn0263620	CR43629	stage11,stage14,stage5	none	VT36347.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1903	0.1653	0.2273	0.1777	0.088	0.2379	0.167	0.1639	0.088	0.2856	0.2408	0.2856	0.2734	0.2236	0.185	0.2236	0.2147
chr3R	278694	278869	chr3R:278695-278869	FBgn0263620	CR43629	stage11,stage14,stage5	none	VT36347.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1092	0.0871	0.1358	0.1046	0.0339	0.1301	0.0852	0.0966	0.0339	0.1612	0.1386	0.1612	0.1418	0.1179	0.0909	0.1179	0.1157
chr3R	279032	279235	chr3R:279033-279235	FBgn0263620	CR43629	stage11,stage14,stage5	none	VT36347.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2645	0.2354	0.3176	0.2387	0.1601	0.2888	0.2431	0.2811	0.1601	0.3955	0.3193	0.3955	0.3385	0.2534	0.2128	0.2534	0.2887
chr3R	279410	279795	chr3R:279411-279795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2143	0.1853	0.2546	0.2025	0.1007	0.2155	0.1873	0.2458	0.1007	0.256	0.2405	0.256	0.2897	0.1531	0.1812	0.1531	0.2084
chr3R	284109	284401	chr3R:284110-284401	distal	distal	stage5	stage5	VT36350.1	VT36350.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.1225	0.0217	0.012	0.106	0.0248	0.2457	0.1093	0.106	0.0145	0.0293	0.0145	0.0194	0.0061	0.0174	0.0061	0.0146
chr3R	287863	288281	chr3R:287864-288281	FBgn0051522	CG31522	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0541	0.0936	0.0426	0.0224	0.0668	0.084	0.1176	0.1139	0.0668	0.0411	0.0502	0.0411	0.0364	0.0161	0.0368	0.0161	0.0281
chr3R	289013	289164	chr3R:289014-289164	FBgn0051522	CG31522	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0379	0.0216	0.0106	0.0212	0.0354	0.0554	0.048	0.0212	0.0163	0.0277	0.0163	0.0248	0.0092	0.0155	0.0092	0.0115
chr3R	289543	289709	chr3R:289544-289709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0293	0.0246	0.0169	0.0159	0.0306	0.0411	0.0333	0.0159	0.0181	0.0347	0.0181	0.0248	0.0092	0.0258	0.0092	0.0229
chr3R	294786	294937	chr3R:294787-294937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0197	0.0237	0.0274	0.0064	0.0209	0.0264	0.026	0.0064	0.0169	0.0392	0.0169	0.0178	0.0123	0.0825	0.0123	0.0172
chr3R	295014	295165	chr3R:295015-295165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0226	0.0242	0.0233	0.0106	0.0218	0.0346	0.0253	0.0106	0.0145	0.0376	0.0145	0.0263	0.0092	0.0741	0.0092	0.012
chr3R	295300	295490	chr3R:295301-295490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0308	0.0289	0.0335	0.0301	0.0095	0.0272	0.0415	0.036	0.0095	0.0254	0.0534	0.0254	0.031	0.0115	0.0941	0.0115	0.0135
chr3R	296071	296222	chr3R:296072-296222	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0228	0.0264	0.0221	0.0195	0.0148	0.0194	0.0346	0.0386	0.0148	0.0205	0.0283	0.0205	0.0194	0.0046	0.0264	0.0046	0.0354
chr3R	296278	296429	chr3R:296279-296429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.022	0.0201	0.0213	0.0251	0.0117	0.017	0.0303	0.0273	0.0117	0.0229	0.0251	0.0229	0.0225	0.0092	0.0245	0.0092	0.0495
chr3R	297008	297351	chr3R:297009-297351	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0489	0.0547	0.0477	0.0437	0.0244	0.0413	0.099	0.0493	0.0244	0.0368	0.0666	0.0368	0.0596	0.0191	0.0986	0.0191	0.0542
chr3R	298436	298660	chr3R:298437-298660	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0506	0.099	0.026	0.0237	0.0838	0.0437	0.1635	0.1126	0.0838	0.0175	0.0392	0.0175	0.0209	0.0077	0.0709	0.0077	0.0146
chr3R	302661	302812	chr3R:302662-302812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0409	0.0501	0.0326	0.018	0.0451	0.0532	0.044	0.018	0.0374	0.0743	0.0374	0.0442	0.0138	0.0999	0.0138	0.0214
chr3R	303336	303531	chr3R:303337-303531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0533	0.0768	0.0519	0.0287	0.052	0.0621	0.112	0.0886	0.052	0.0411	0.0704	0.0411	0.0581	0.0245	0.0522	0.0245	0.0297
chr3R	303555	303751	chr3R:303556-303751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0605	0.0739	0.0685	0.0366	0.0456	0.0738	0.0934	0.0873	0.0456	0.0628	0.0923	0.0628	0.0651	0.0368	0.0561	0.0368	0.0422
chr3R	304035	304235	chr3R:304036-304235	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1577	0.1342	0.1999	0.1376	0.0785	0.1578	0.1319	0.1805	0.0785	0.2186	0.245	0.2186	0.1913	0.1524	0.1638	0.1524	0.1548
chr3R	304326	304671	chr3R:304327-304671	FBgn0051523	CG31523	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.187	0.1292	0.2388	0.1947	0.0827	0.1699	0.1107	0.1706	0.0827	0.2675	0.2859	0.2675	0.2579	0.2351	0.236	0.2351	0.2204
chr3R	304842	305028	chr3R:304843-305028	FBgn0051523	CG31523	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1987	0.1891	0.2316	0.1734	0.1474	0.2257	0.1998	0.2125	0.1474	0.2868	0.2556	0.2868	0.2463	0.1799	0.2121	0.1799	0.211
chr3R	305331	305516	chr3R:305332-305516	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1734	0.1746	0.1996	0.1434	0.1273	0.1917	0.1946	0.2099	0.1273	0.2464	0.2238	0.2464	0.1875	0.1753	0.1773	0.1753	0.1866
chr3R	310346	310542	chr3R:310347-310542	FBgn0037255	Fip1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0518	0.0675	0.0595	0.0276	0.051	0.0606	0.0726	0.0276	0.0797	0.0711	0.0797	0.0682	0.0605	0.0741	0.0605	0.0745
chr3R	310641	310870	chr3R:310642-310870	FBgn0037255	Fip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.077	0.0729	0.0892	0.0682	0.0583	0.0811	0.0792	0.0906	0.0583	0.1075	0.0984	0.1075	0.0922	0.072	0.0774	0.072	0.0912
chr3R	310876	311027	chr3R:310877-311027	FBgn0037255	Fip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0363	0.0514	0.0302	0.0255	0.0379	0.0471	0.038	0.0255	0.0598	0.0588	0.0598	0.0511	0.0299	0.0335	0.0299	0.0401
chr3R	312772	312929	chr3R:312773-312929	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0205	0.0391	0.0162	0.0045	0.0244	0.0286	0.0558	0.0553	0.0244	0.0211	0.019	0.0211	0.0116	0.0046	0.0071	0.0046	0.0031
chr3R	312931	313323	chr3R:312932-313323	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0314	0.0582	0.024	0.0097	0.0392	0.0534	0.0774	0.0646	0.0392	0.0314	0.0283	0.0314	0.0209	0.0054	0.0084	0.0054	0.0146
chr3R	340792	340943	chr3R:340793-340943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0175	0.0177	0.0232	0.0109	0.0095	0.0194	0.0242	0.02	0.0095	0.0423	0.026	0.0423	0.0132	0.0268	0.0071	0.0268	0.0057
chr3R	349974	350175	chr3R:349975-350175	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0351	0.0189	0.0482	0.0387	0.0042	0.0257	0.0247	0.0173	0.0042	0.035	0.0402	0.035	0.0349	0.0115	0.0187	0.0115	0.012
chr3R	356773	356939	chr3R:356774-356939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0168	0.027	0.0402	0.0042	0.0165	0.0255	0.0173	0.0042	0.0217	0.0209	0.0217	0.0604	0.0107	0.0219	0.0107	0.098
chr3R	370290	370480	chr3R:370291-370480	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.041	0.0274	0.0187	0.0286	0.0383	0.067	0.03	0.0286	0.0266	0.0312	0.0266	0.031	0.0138	0.0213	0.0138	0.0214
chr3R	370545	370761	chr3R:370546-370761	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0469	0.0208	0.0139	0.0255	0.0282	0.083	0.04	0.0255	0.0181	0.0222	0.0181	0.0155	0.0092	0.0064	0.0092	0.0151
chr3R	371474	371848	chr3R:371475-371848	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0353	0.0583	0.0312	0.0139	0.0276	0.0476	0.0826	0.0673	0.0276	0.0423	0.0318	0.0423	0.0209	0.0092	0.009	0.0092	0.0099
chr3R	375173	375423	chr3R:375174-375423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0365	0.0415	0.0453	0.0212	0.0233	0.0388	0.0623	0.04	0.0233	0.0459	0.0466	0.0459	0.0627	0.0168	0.0187	0.0168	0.0255
chr3R	377442	377593	chr3R:377443-377593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0123	0.0115	0.0146	0.0107	0.0042	0.0092	0.0216	0.0087	0.0042	0.0163	0.0132	0.0163	0.0139	0.0061	0.0064	0.0061	0.0099
chr3R	379471	379622	chr3R:379472-379622	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0085	0.0107	0.0242	0.0032	0.0058	0.0108	0.0147	0.0032	0.0091	0.0084	0.0091	0.007	0.0077	0.0058	0.0077	0.0135
chr3R	383716	383867	chr3R:383717-383867	FBgn0085386	CG34357	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0051	0.0039	0.0036	0.0081	0.0021	0.0024	0.0078	0.0027	0.0021	0.0036	0.0019	0.0036	0.0054	0	0.0013	0	0.0052
chr3R	384613	384797	chr3R:384614-384797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0108	0.0183	0.0114	0.0053	0.0107	0.0182	0.0073	0.0053	0.0151	0.0106	0.0151	0.0101	0.0038	0.0032	0.0038	0.0078
chr3R	390963	391214	chr3R:390964-391214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0406	0.0399	0.052	0.029	0.0191	0.0408	0.0446	0.0513	0.0191	0.0513	0.082	0.0513	0.0279	0.026	0.0567	0.026	0.0214
chr3R	392953	393104	chr3R:392954-393104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0096	0.0137	0.0121	0.0011	0.0107	0.0117	0.012	0.0011	0.0072	0.0225	0.0072	0.0147	0.0138	0.0303	0.0138	0.0083
chr3R	396929	397233	chr3R:396930-397233	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0329	0.0597	0.0181	0.0191	0.0657	0.0359	0.1029	0.0413	0.0657	0.0181	0.0177	0.0181	0.0201	0.0153	0.0161	0.0153	0.0167
chr3R	397630	397798	chr3R:397631-397798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0348	0.0138	0.0088	0.0308	0.0214	0.0519	0.0406	0.0308	0.0157	0.0164	0.0157	0.0163	0.0092	0.0135	0.0092	0.0073
chr3R	398288	398445	chr3R:398289-398445	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.035	0.0143	0.0072	0.0371	0.0112	0.0649	0.0333	0.0371	0.0109	0.017	0.0109	0.0178	0.01	0.0077	0.01	0.0057
chr3R	399102	399253	chr3R:399103-399253	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0153	0.0299	0.0108	0.004	0.017	0.017	0.0532	0.0293	0.017	0.0103	0.0129	0.0103	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0026
chr3R	399485	399782	chr3R:399486-399782	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0748	0.0201	0.0078	0.0848	0.0354	0.1168	0.0759	0.0848	0.0236	0.0264	0.0236	0.0147	0.01	0.0077	0.01	0.0042
chr3R	399973	400124	chr3R:399974-400124	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0163	0.0313	0.0114	0.0049	0.017	0.0243	0.0476	0.0313	0.017	0.0145	0.0109	0.0145	0.0108	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr3R	417446	417672	chr3R:417447-417672	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0622	0.0258	0.0109	0.0403	0.0403	0.096	0.0746	0.0403	0.0211	0.0363	0.0211	0.0271	0.0145	0.0097	0.0145	0.0141
chr3R	424126	424277	chr3R:424127-424277	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0178	0.0378	0.0085	0.0058	0.0329	0.0131	0.0471	0.0646	0.0329	0.0066	0.0135	0.0066	0.0031	0.0061	0.0064	0.0061	0.0073
chr3R	425435	425627	chr3R:425436-425627	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0705	0.0867	0.074	0.0485	0.0647	0.0791	0.0956	0.1139	0.0647	0.0767	0.0981	0.0767	0.0542	0.0452	0.0606	0.0452	0.038
chr3R	427052	427267	chr3R:427053-427267	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0577	0.0291	0.0109	0.0498	0.0437	0.0766	0.0746	0.0498	0.0175	0.0386	0.0175	0.038	0.0069	0.011	0.0069	0.0115
chr3R	427428	427675	chr3R:427429-427675	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.039	0.0604	0.0409	0.013	0.0339	0.0655	0.0705	0.0766	0.0339	0.0254	0.0457	0.0254	0.0426	0.0061	0.0077	0.0061	0.0083
chr3R	427945	428140	chr3R:427946-428140	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0473	0.0865	0.0372	0.0148	0.0679	0.0718	0.0973	0.1226	0.0679	0.0236	0.0469	0.0236	0.0279	0.0153	0.0071	0.0153	0.0135
chr3R	429077	429312	chr3R:429078-429312	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0755	0.0353	0.0132	0.0435	0.0699	0.1038	0.0933	0.0435	0.0254	0.0457	0.0254	0.0186	0.0077	0.0084	0.0077	0.012
chr3R	433512	433696	chr3R:433513-433696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0466	0.0844	0.0346	0.0175	0.0604	0.0825	0.0982	0.0993	0.0604	0.0254	0.0424	0.0254	0.0542	0.0161	0.0264	0.0161	0.0214
chr3R	433788	433962	chr3R:433789-433962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0492	0.0232	0.0089	0.0382	0.0485	0.0588	0.058	0.0382	0.0157	0.0315	0.0157	0.0256	0.0084	0.0116	0.0084	0.0094
chr3R	434215	434390	chr3R:434216-434390	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0203	0.0427	0.0105	0.0058	0.0318	0.0442	0.0619	0.034	0.0318	0.0085	0.0103	0.0085	0.0132	0.0061	0.0052	0.0061	0.0031
chr3R	434542	434774	chr3R:434543-434774	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0343	0.072	0.0169	0.0111	0.0541	0.068	0.0939	0.0726	0.0541	0.0133	0.0161	0.0133	0.0132	0.0077	0.0077	0.0077	0.0073
chr3R	434972	435217	chr3R:434973-435217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0558	0.0213	0.0171	0.0424	0.0505	0.0813	0.05	0.0424	0.0193	0.0232	0.0193	0.0248	0.0107	0.0206	0.0107	0.0162
chr3R	438434	438622	chr3R:438435-438622	FBgn0087012	5-HT2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0301	0.0364	0.0249	0.0287	0.0244	0.018	0.0411	0.066	0.0244	0.0169	0.0341	0.0169	0.0163	0.0184	0.0206	0.0184	0.0214
chr3R	439486	439664	chr3R:439487-439664	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0228	0.0526	0.0089	0.0049	0.0318	0.0267	0.0614	0.0959	0.0318	0.0091	0.0145	0.0091	0.0023	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr3R	441864	442031	chr3R:441865-442031	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0363	0.0147	0.0117	0.0191	0.0233	0.0515	0.0526	0.0191	0.0109	0.0161	0.0109	0.0186	0.0153	0.011	0.0153	0.0109
chr3R	442267	442437	chr3R:442268-442437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0197	0.0365	0.0137	0.0075	0.0265	0.0301	0.0458	0.046	0.0265	0.0109	0.018	0.0109	0.0132	0.0077	0.0058	0.0077	0.0089
chr3R	443084	443265	chr3R:443085-443265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0379	0.0136	0.0091	0.0318	0.0301	0.0554	0.0353	0.0318	0.0127	0.0174	0.0127	0.0139	0.0077	0.0071	0.0077	0.0089
chr3R	443347	443515	chr3R:443348-443515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0424	0.0117	0.0095	0.0477	0.0223	0.0696	0.0373	0.0477	0.0085	0.0109	0.0085	0.0209	0.0061	0.0058	0.0061	0.012
chr3R	446901	447052	chr3R:446902-447052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.0267	0.0099	0.004	0.017	0.0204	0.045	0.0233	0.017	0.0133	0.0125	0.0133	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chr3R	452670	452821	chr3R:452671-452821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.0249	0.0131	0.0072	0.0064	0.0199	0.045	0.0187	0.0064	0.0109	0.017	0.0109	0.0108	0.01	0.009	0.01	0.0057
chr3R	457586	457737	chr3R:457587-457737	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0323	0.0143	0.0097	0.0148	0.0155	0.0606	0.0326	0.0148	0.0145	0.0161	0.0145	0.0163	0.0138	0.0116	0.0138	0.0083
chr3R	458418	458595	chr3R:458419-458595	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0235	0.0447	0.0157	0.0082	0.0138	0.0379	0.0597	0.0653	0.0138	0.0254	0.0151	0.0254	0.0046	0.0092	0.0032	0.0092	0.0047
chr3R	460256	460456	chr3R:460257-460456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0334	0.067	0.0198	0.0106	0.0573	0.0228	0.1298	0.0613	0.0573	0.0169	0.0248	0.0169	0.0124	0.0061	0.011	0.0061	0.0109
chr3R	460704	460874	chr3R:460705-460874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0345	0.022	0.0171	0.0233	0.0277	0.0467	0.0386	0.0233	0.0205	0.0215	0.0205	0.0139	0.0092	0.0084	0.0092	0.0115
chr3R	460997	461148	chr3R:460998-461148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0291	0.0405	0.0279	0.0175	0.0201	0.033	0.061	0.0446	0.0201	0.0254	0.0299	0.0254	0.0225	0.0123	0.0142	0.0123	0.0182
chr3R	461160	461326	chr3R:461161-461326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.036	0.0476	0.0352	0.024	0.0308	0.0325	0.0774	0.052	0.0308	0.0362	0.0341	0.0362	0.031	0.0176	0.0161	0.0176	0.0292
chr3R	463474	463625	chr3R:463475-463625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.076	0.0317	0.0174	0.0626	0.0466	0.1315	0.0706	0.0626	0.0332	0.0408	0.0332	0.0287	0.0253	0.009	0.0253	0.025
chr3R	463728	463879	chr3R:463729-463879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.042	0.077	0.0297	0.0163	0.0626	0.0427	0.1414	0.0666	0.0626	0.0242	0.0405	0.0242	0.0294	0.0176	0.0148	0.0176	0.0224
chr3R	464105	464256	chr3R:464106-464256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0386	0.0697	0.0312	0.0118	0.0382	0.0272	0.1514	0.0533	0.0382	0.0362	0.0389	0.0362	0.0232	0.0107	0.0116	0.0107	0.0156
chr3R	464292	464443	chr3R:464293-464443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0426	0.0799	0.0291	0.0157	0.0594	0.0325	0.17	0.06	0.0594	0.0344	0.0367	0.0344	0.0201	0.0153	0.02	0.0153	0.0203
chr3R	464686	464880	chr3R:464687-464880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0869	0.0334	0.013	0.0912	0.0437	0.1726	0.0486	0.0912	0.0405	0.0399	0.0405	0.0217	0.0153	0.0103	0.0153	0.0156
chr3R	465249	465400	chr3R:465250-465400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0419	0.0808	0.0291	0.0125	0.0774	0.0359	0.1587	0.0493	0.0774	0.0356	0.0318	0.0356	0.024	0.01	0.0123	0.01	0.0177
chr3R	465931	466187	chr3R:465932-466187	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0948	0.208	0.0468	0.0209	0.1941	0.1097	0.3374	0.2179	0.1941	0.0495	0.0592	0.0495	0.0287	0.0214	0.0219	0.0214	0.0198
chr3R	466249	466400	chr3R:466250-466400	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0715	0.1302	0.0505	0.029	0.1039	0.0898	0.1972	0.1339	0.1039	0.0713	0.0498	0.0713	0.0395	0.0375	0.0316	0.0375	0.0339
chr3R	466478	466696	chr3R:466479-466696	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1097	0.1441	0.1181	0.0621	0.1007	0.1422	0.1812	0.1599	0.1007	0.1479	0.1238	0.1479	0.1115	0.0727	0.0709	0.0727	0.0745
chr3R	466771	466989	chr3R:466772-466989	FBgn0037261	CG9775	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1817	0.1925	0.201	0.1483	0.1421	0.2228	0.2215	0.1945	0.1421	0.2639	0.2051	0.2639	0.1983	0.1845	0.1348	0.1845	0.1949
chr3R	467220	467386	chr3R:467221-467386	FBgn0037261,FBgn0037262,FBgn0037263	CG9775,MED31,slx1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1836	0.1665	0.2157	0.1674	0.1103	0.2029	0.1708	0.1972	0.1103	0.2681	0.2325	0.2681	0.1967	0.1891	0.1541	0.1891	0.1954
chr3R	467553	467727	chr3R:467554-467727	FBgn0037261,FBgn0037262,FBgn0037263	CG9775,MED31,slx1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1695	0.1539	0.2027	0.1507	0.0944	0.184	0.17	0.1865	0.0944	0.2488	0.2219	0.2488	0.1898	0.1677	0.1431	0.1677	0.1923
chr3R	467863	468014	chr3R:467864-468014	FBgn0037262,FBgn0037263	MED31,slx1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0729	0.0828	0.0792	0.055	0.0467	0.0883	0.109	0.0859	0.0467	0.1057	0.0794	0.1057	0.079	0.0536	0.0593	0.0536	0.0724
chr3R	471310	471461	chr3R:471311-471461	FBgn0022981,FBgn0040466	Dip2,rpk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0857	0.0837	0.098	0.0744	0.0488	0.101	0.0813	0.1073	0.0488	0.1214	0.1129	0.1214	0.0953	0.0773	0.0748	0.0773	0.1047
chr3R	474967	475156	chr3R:474968-475156	FBgn0087013	Karybeta3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1467	0.1199	0.1887	0.1306	0.0562	0.1694	0.1003	0.1606	0.0562	0.221	0.2145	0.221	0.2037	0.1478	0.1328	0.1478	0.1829
chr3R	475210	475483	chr3R:475211-475483	FBgn0087013	Karybeta3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1566	0.1368	0.1943	0.1373	0.0636	0.1995	0.1198	0.1719	0.0636	0.2446	0.209	0.2446	0.1983	0.1692	0.1438	0.1692	0.1933
chr3R	475613	475826	chr3R:475614-475826	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1003	0.1351	0.1016	0.0599	0.0848	0.1689	0.1285	0.1699	0.0848	0.1244	0.0994	0.1244	0.1216	0.0658	0.0632	0.0658	0.0844
chr3R	480105	480284	chr3R:480106-480284	FBgn0037265	CG12001	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0468	0.0593	0.0468	0.0329	0.0488	0.0583	0.0813	0.058	0.0488	0.0447	0.0537	0.0447	0.0643	0.0475	0.0309	0.0475	0.0427
chr3R	480388	480568	chr3R:480389-480568	FBgn0037265	CG12001	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0725	0.0846	0.0668	0.0652	0.0573	0.082	0.1016	0.1079	0.0573	0.058	0.0756	0.058	0.0984	0.0681	0.0696	0.0681	0.0948
chr3R	484878	485076	chr3R:484879-485076	FBgn0263346	CG43427	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1228	0.1472	0.1139	0.087	0.1442	0.1246	0.1499	0.087	0.1757	0.1659	0.1757	0.151	0.1286	0.1418	0.1286	0.1579
chr3R	485191	485398	chr3R:485192-485398	FBgn0263346	CG43427	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2801	0.2794	0.3206	0.2363	0.2269	0.2947	0.301	0.3538	0.2269	0.3853	0.3531	0.3853	0.3176	0.2741	0.2727	0.2741	0.2777
chr3R	485731	485942	chr3R:485732-485942	FBgn0263346	CG43427	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1728	0.1963	0.1926	0.1246	0.1697	0.2005	0.2132	0.2465	0.1697	0.2107	0.246	0.2107	0.1797	0.1194	0.1812	0.1194	0.1282
chr3R	488553	488848	chr3R:488554-488848	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1095	0.1853	0.0984	0.0369	0.1463	0.0777	0.2578	0.2878	0.1463	0.0254	0.2042	0.0254	0.0372	0.0077	0.118	0.0077	0.0193
chr3R	489866	490037	chr3R:489867-490037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0489	0.0421	0.0542	0.0506	0.0308	0.0335	0.0549	0.048	0.0308	0.035	0.065	0.035	0.0426	0.0222	0.04	0.0222	0.0349
chr3R	490076	490227	chr3R:490077-490227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0392	0.0545	0.0341	0.0277	0.0382	0.0335	0.0869	0.0593	0.0382	0.0229	0.0441	0.0229	0.0194	0.0115	0.0309	0.0115	0.0287
chr3R	490727	490919	chr3R:490728-490919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0275	0.0283	0.0321	0.0216	0.0127	0.0223	0.0433	0.0353	0.0127	0.0157	0.0302	0.0157	0.0813	0.0138	0.029	0.0138	0.0349
chr3R	491398	491567	chr3R:491399-491567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0302	0.0224	0.0371	0.0315	0.0095	0.0189	0.0307	0.0313	0.0095	0.0199	0.0643	0.0199	0.0333	0.0138	0.0903	0.0138	0.0224
chr3R	492911	493062	chr3R:492912-493062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0173	0.0143	0.016	0.0074	0.0136	0.0277	0.02	0.0074	0.0163	0.0212	0.0163	0.0108	0.0276	0.0251	0.0276	0.0135
chr3R	493564	493715	chr3R:493565-493715	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0161	0.0242	0.028	0.0021	0.0112	0.0247	0.0273	0.0021	0.0103	0.0463	0.0103	0.0139	0.0237	0.0825	0.0237	0.0135
chr3R	497113	497389	chr3R:497114-497389	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0374	0.0422	0.0297	0.0404	0.0308	0.0369	0.067	0.0386	0.0308	0.0332	0.0418	0.0332	0.0201	0.1194	0.04	0.1194	0.0172
chr3R	497444	497595	chr3R:497445-497595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0214	0.026	0.0207	0.0169	0.0276	0.0189	0.0398	0.0273	0.0276	0.0115	0.0318	0.0115	0.0225	0.026	0.0277	0.026	0.0094
chr3R	497869	498020	chr3R:497870-498020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0199	0.0181	0.0142	0.0159	0.0131	0.032	0.0187	0.0159	0.0097	0.0331	0.0097	0.0093	0.0107	0.0387	0.0107	0.0073
chr3R	498418	498569	chr3R:498419-498569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0236	0.0223	0.0155	0.0085	0.0155	0.0372	0.0306	0.0085	0.0109	0.0383	0.0109	0.0225	0.0176	0.0335	0.0176	0.0115
chr3R	502870	503066	chr3R:502871-503066	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0334	0.0255	0.0195	0.018	0.0214	0.0523	0.038	0.018	0.0139	0.0405	0.0139	0.024	0.0123	0.0477	0.0123	0.0188
chr3R	503106	503398	chr3R:503107-503398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.0567	0.0316	0.0178	0.0477	0.032	0.0947	0.054	0.0477	0.0254	0.0476	0.0254	0.031	0.013	0.0387	0.013	0.0156
chr3R	505221	505372	chr3R:505222-505372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0269	0.0138	0.0091	0.0127	0.0204	0.0372	0.0366	0.0127	0.0157	0.018	0.0157	0.0108	0.0138	0.009	0.0138	0.0104
chr3R	506562	506853	chr3R:506563-506853	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0381	0.0485	0.0382	0.0263	0.0244	0.0379	0.0662	0.0653	0.0244	0.035	0.054	0.035	0.0325	0.0482	0.038	0.0482	0.0203
chr3R	506919	507134	chr3R:506920-507134	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0432	0.0377	0.0302	0.0297	0.0335	0.0601	0.0553	0.0297	0.0411	0.0508	0.0411	0.0333	0.0574	0.0419	0.0574	0.0261
chr3R	510609	510811	chr3R:510610-510811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.04	0.0579	0.0401	0.0297	0.035	0.0558	0.0426	0.0297	0.0719	0.064	0.0719	0.0689	0.0436	0.0535	0.0436	0.0589
chr3R	510939	511090	chr3R:510940-511090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0199	0.0237	0.0231	0.0121	0.0106	0.0243	0.032	0.024	0.0106	0.0211	0.0212	0.0211	0.0403	0.0107	0.02	0.0107	0.0156
chr3R	512820	512971	chr3R:512821-512971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0224	0.0181	0.011	0.0117	0.0136	0.0311	0.0346	0.0117	0.0121	0.0293	0.0121	0.0124	0.0077	0.0232	0.0077	0.0099
chr3R	514650	514849	chr3R:514651-514849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0298	0.0293	0.0297	0.0305	0.018	0.0204	0.0394	0.04	0.018	0.0169	0.0469	0.0169	0.0294	0.0077	0.087	0.0077	0.0229
chr3R	530092	530244	chr3R:530093-530244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0282	0.0275	0.0188	0.0117	0.0189	0.045	0.0346	0.0117	0.0272	0.0379	0.0272	0.024	0.0276	0.0206	0.0276	0.0234
chr3R	530291	530942	chr3R:530292-530942	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0888	0.0828	0.0966	0.0872	0.0551	0.0757	0.0969	0.1066	0.0551	0.0924	0.1293	0.0924	0.0883	0.0988	0.1057	0.0988	0.1126
chr3R	530998	531194	chr3R:530999-531194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1055	0.0885	0.1209	0.1076	0.0647	0.0947	0.09	0.1159	0.0647	0.1425	0.1399	0.1425	0.1193	0.1141	0.1238	0.1141	0.1423
chr3R	531287	531501	chr3R:531288-531501	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0742	0.0617	0.0817	0.0799	0.0361	0.0689	0.0679	0.0753	0.0361	0.0936	0.0855	0.0936	0.1069	0.0773	0.0948	0.0773	0.1152
chr3R	531623	531794	chr3R:531624-531794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0202	0.031	0.0308	0.0095	0.0228	0.0203	0.0273	0.0095	0.029	0.0379	0.029	0.0457	0.0191	0.0374	0.0191	0.0573
chr3R	536830	537080	chr3R:536831-537080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0393	0.0393	0.0364	0.0425	0.0255	0.0388	0.0489	0.0393	0.0255	0.032	0.0437	0.032	0.0488	0.0322	0.0335	0.0322	0.087
chr3R	537872	538088	chr3R:537873-538088	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0471	0.0363	0.051	0.055	0.0159	0.0374	0.0385	0.0466	0.0159	0.0441	0.065	0.0441	0.072	0.0567	0.0606	0.0567	0.1011
chr3R	538109	538340	chr3R:538110-538340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0406	0.034	0.0487	0.039	0.017	0.0369	0.0346	0.046	0.017	0.0477	0.0646	0.0477	0.0527	0.0544	0.0458	0.0544	0.0537
chr3R	538518	538744	chr3R:538519-538744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0366	0.0514	0.0318	0.0148	0.0388	0.0372	0.0526	0.0148	0.0531	0.0669	0.0531	0.0558	0.0337	0.038	0.0337	0.0469
chr3R	538975	539327	chr3R:538976-539327	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0508	0.0489	0.0631	0.0395	0.017	0.051	0.0545	0.0713	0.017	0.0598	0.0814	0.0598	0.0775	0.0421	0.0593	0.0421	0.0552
chr3R	539572	539723	chr3R:539573-539723	FBgn0037270	CG9769	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0505	0.0825	0.0539	0.0212	0.0539	0.0523	0.0726	0.0212	0.0906	0.0936	0.0906	0.0868	0.0559	0.0645	0.0559	0.0641
chr3R	539843	540030	chr3R:539844-540030	FBgn0037270	CG9769	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1306	0.1132	0.159	0.1188	0.0689	0.1398	0.1159	0.1366	0.0689	0.1842	0.1775	0.1842	0.1541	0.1263	0.1489	0.1263	0.1433
chr3R	540136	540350	chr3R:540137-540350	FBgn0037270	CG9769	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.058	0.0613	0.065	0.0465	0.0308	0.0718	0.0727	0.072	0.0308	0.067	0.0746	0.067	0.0682	0.0436	0.0683	0.0436	0.0516
chr3R	543439	543647	chr3R:543440-543647	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0116	0.0175	0.0436	0.0021	0.0141	0.0203	0.0073	0.0021	0.0097	0.0209	0.0097	0.0318	0.023	0.069	0.023	0.0766
chr3R	544702	544853	chr3R:544703-544853	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0162	0.0174	0.0206	0.0106	0.017	0.0238	0.0173	0.0106	0.0115	0.0254	0.0115	0.0186	0.0084	0.0554	0.0084	0.0141
chr3R	550724	550875	chr3R:550725-550875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0135	0.0209	0.0114	0.0075	0.0127	0.0121	0.042	0.0193	0.0127	0.0103	0.0125	0.0103	0.0147	0.0092	0.009	0.0092	0.0083
chr3R	556701	556884	chr3R:556702-556884	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0276	0.0224	0.0292	0.0318	0.0053	0.0243	0.0264	0.0333	0.0053	0.0175	0.0489	0.0175	0.0209	0.0145	0.1025	0.0145	0.012
chr3R	557004	557174	chr3R:557005-557174	FBgn0027570	Nep2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.0208	0.0279	0.0401	0.0064	0.0238	0.0285	0.022	0.0064	0.0193	0.0466	0.0193	0.0194	0.0199	0.1257	0.0199	0.0167
chr3R	557437	557710	chr3R:557438-557710	FBgn0027570	Nep2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0432	0.0322	0.0438	0.0549	0.0127	0.034	0.0415	0.0393	0.0127	0.0326	0.064	0.0326	0.0426	0.0444	0.1367	0.0444	0.0386
chr3R	557725	557931	chr3R:557726-557931	FBgn0027570	Nep2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0549	0.0552	0.0551	0.0543	0.0265	0.065	0.0636	0.0666	0.0265	0.0501	0.0797	0.0501	0.0457	0.0613	0.1103	0.0613	0.0438
chr3R	558082	558233	chr3R:558083-558233	FBgn0027570	Nep2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0232	0.0235	0.0245	0.0127	0.0262	0.0307	0.0233	0.0127	0.0217	0.0309	0.0217	0.0256	0.0452	0.0355	0.0452	0.0198
chr3R	558257	558460	chr3R:558258-558460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0413	0.0413	0.0393	0.0434	0.0201	0.0481	0.045	0.05	0.0201	0.0344	0.0537	0.0344	0.0418	0.059	0.0825	0.059	0.038
chr3R	564684	565052	chr3R:564685-565052	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1161	0.0834	0.1069	0.1628	0.0371	0.1053	0.0869	0.1053	0.0371	0.1014	0.1244	0.1014	0.1418	0.1822	0.1676	0.1822	0.1923
chr3R	565268	565528	chr3R:565269-565528	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1729	0.1	0.1731	0.2543	0.0329	0.1481	0.0908	0.1179	0.0329	0.1703	0.1977	0.1703	0.2254	0.2757	0.2714	0.2757	0.2876
chr3R	565730	565927	chr3R:565731-565927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.049	0.0292	0.0423	0.0787	0.0095	0.0388	0.0329	0.0353	0.0095	0.0471	0.0434	0.0471	0.062	0.1003	0.0729	0.1003	0.1001
chr3R	566036	566215	chr3R:566037-566215	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0941	0.0487	0.0798	0.1606	0.0233	0.0689	0.0446	0.0606	0.0233	0.0894	0.0849	0.0894	0.0984	0.173	0.1715	0.173	0.1876
chr3R	566361	566535	chr3R:566362-566535	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0694	0.041	0.0533	0.1186	0.0148	0.0612	0.035	0.054	0.0148	0.0562	0.0514	0.0562	0.0891	0.1325	0.1206	0.1325	0.1464
chr3R	566780	566931	chr3R:566781-566931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0202	0.0197	0.0362	0.0053	0.0238	0.0221	0.0313	0.0053	0.0242	0.0206	0.0242	0.024	0.0337	0.04	0.0337	0.0318
chr3R	571677	571828	chr3R:571678-571828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0213	0.0176	0.0217	0.0251	0.0053	0.0228	0.0225	0.0213	0.0053	0.0362	0.017	0.0362	0.0256	0.0643	0.0123	0.0643	0.024
chr3R	572176	572417	chr3R:572177-572417	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.0409	0.0711	0.1008	0.0042	0.0796	0.0333	0.038	0.0042	0.1745	0.0367	0.1745	0.0875	0.2366	0.0432	0.2366	0.1501
chr3R	572618	572769	chr3R:572619-572769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0233	0.0288	0.027	0.0074	0.0282	0.032	0.0193	0.0074	0.0634	0.0177	0.0634	0.0349	0.0582	0.009	0.0582	0.037
chr3R	573407	573558	chr3R:573408-573558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0263	0.0253	0.0324	0.0206	0.0095	0.0325	0.0311	0.0273	0.0095	0.0688	0.0238	0.0688	0.0318	0.0444	0.0129	0.0444	0.0188
chr3R	573684	573851	chr3R:573685-573851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0301	0.0327	0.0371	0.0196	0.0085	0.0495	0.0346	0.0333	0.0085	0.0888	0.0251	0.0888	0.0232	0.0436	0.0148	0.0436	0.0172
chr3R	574089	574240	chr3R:574090-574240	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0391	0.0439	0.048	0.0241	0.0244	0.0549	0.0532	0.0486	0.0244	0.0737	0.0505	0.0737	0.0279	0.0398	0.0239	0.0398	0.024
chr3R	574326	574566	chr3R:574327-574566	FBgn0026620	tacc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0924	0.1021	0.1082	0.0642	0.0488	0.1141	0.125	0.1153	0.0488	0.151	0.1122	0.151	0.0976	0.0942	0.0703	0.0942	0.0703
chr3R	574693	574880	chr3R:574694-574880	FBgn0026620	tacc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1663	0.162	0.1897	0.1452	0.1029	0.1893	0.1847	0.1805	0.1029	0.2258	0.2122	0.2258	0.1774	0.1501	0.167	0.1501	0.1735
chr3R	574975	575327	chr3R:574976-575327	FBgn0026620	tacc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1591	0.141	0.1741	0.1628	0.088	0.1607	0.1626	0.1672	0.088	0.1902	0.1965	0.1902	0.1789	0.1608	0.1825	0.1608	0.1892
chr3R	575469	575676	chr3R:575470-575676	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.0811	0.0576	0.0667	0.052	0.0767	0.1003	0.1066	0.052	0.055	0.0646	0.055	0.0612	0.0651	0.0799	0.0651	0.0615
chr3R	575759	575910	chr3R:575760-575910	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0383	0.0311	0.0283	0.018	0.034	0.0567	0.0386	0.018	0.0266	0.0344	0.0266	0.0411	0.0268	0.0393	0.0268	0.025
chr3R	586962	587477	chr3R:586963-587477	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0645	0.1102	0.0473	0.0322	0.0827	0.0757	0.1713	0.1166	0.0827	0.0459	0.0502	0.0459	0.0744	0.023	0.029	0.023	0.05
chr3R	593630	593781	chr3R:593631-593781	FBgn0037273	CG14654	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0087	0.0077	0.012	0.0021	0.0087	0.0156	0.008	0.0021	0.0048	0.0071	0.0048	0.0116	0.0084	0.0058	0.0084	0.0042
chr3R	594576	594727	chr3R:594577-594727	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0079	0.0065	0.0216	0.0011	0.0068	0.0143	0.008	0.0011	0.0048	0.0068	0.0048	0.007	0.0023	0.0045	0.0023	0.0068
chr3R	600331	600482	chr3R:600332-600482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0267	0.0353	0.0278	0.016	0.0212	0.034	0.0467	0.038	0.0212	0.0344	0.0344	0.0344	0.024	0.0237	0.0142	0.0237	0.0162
chr3R	600825	601097	chr3R:600826-601097	FBgn0010750	atms	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0538	0.0566	0.0627	0.0408	0.0414	0.0553	0.067	0.0646	0.0414	0.0713	0.0736	0.0713	0.0651	0.0475	0.0464	0.0475	0.0469
chr3R	601228	601407	chr3R:601229-601407	FBgn0010750	atms	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1372	0.1481	0.1553	0.1053	0.1357	0.1646	0.1626	0.1579	0.1357	0.1842	0.1746	0.1842	0.158	0.1371	0.1006	0.1371	0.1251
chr3R	601564	601715	chr3R:601565-601715	FBgn0010750	atms	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0433	0.045	0.0503	0.0338	0.0265	0.0456	0.0597	0.0466	0.0265	0.058	0.0563	0.058	0.0473	0.062	0.0316	0.062	0.0354
chr3R	606046	606197	chr3R:606047-606197	FBgn0037275	CG14655	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.0137	0.0162	0.0312	0.0042	0.0121	0.0216	0.014	0.0042	0.0223	0.0183	0.0223	0.0139	0.1286	0.0123	0.1286	0.0109
chr3R	606706	606860	chr3R:606707-606860	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0265	0.0209	0.0264	0.0329	0.0074	0.0223	0.032	0.0193	0.0074	0.0453	0.0248	0.0453	0.0232	0.1126	0.0155	0.1126	0.012
chr3R	611656	611834	chr3R:611657-611834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0335	0.03	0.0477	0.0219	0.0223	0.0301	0.029	0.042	0.0223	0.0531	0.0572	0.0531	0.0534	0.0452	0.0239	0.0452	0.0193
chr3R	614756	614974	chr3R:614757-614974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0398	0.0451	0.0238	0.0212	0.0461	0.042	0.048	0.0212	0.055	0.0498	0.055	0.0527	0.0306	0.0264	0.0306	0.0313
chr3R	615012	615171	chr3R:615013-615171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.035	0.0391	0.0212	0.0138	0.0393	0.0454	0.0373	0.0138	0.0483	0.0444	0.0483	0.0449	0.0268	0.0213	0.0268	0.0261
chr3R	617021	617172	chr3R:617022-617172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0292	0.0308	0.0379	0.0178	0.0127	0.0345	0.0298	0.0426	0.0127	0.0537	0.0437	0.0537	0.0349	0.026	0.0174	0.026	0.0162
chr3R	621432	621583	chr3R:621433-621583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0335	0.0301	0.0136	0.018	0.0291	0.0441	0.0446	0.018	0.0326	0.0392	0.0326	0.0263	0.0161	0.0155	0.0161	0.0156
chr3R	621595	621746	chr3R:621596-621746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0254	0.033	0.0284	0.0136	0.0201	0.0296	0.0497	0.034	0.0201	0.0338	0.035	0.0338	0.0256	0.0138	0.0187	0.0138	0.0151
chr3R	622595	622779	chr3R:622596-622779	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0351	0.0343	0.0199	0.0233	0.0335	0.0497	0.0366	0.0233	0.0332	0.0395	0.0332	0.038	0.023	0.0303	0.023	0.0156
chr3R	623033	623184	chr3R:623034-623184	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.038	0.0354	0.0216	0.017	0.0316	0.0528	0.0506	0.017	0.0453	0.0418	0.0453	0.0333	0.0283	0.0239	0.0283	0.0229
chr3R	623195	623346	chr3R:623196-623346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0307	0.0345	0.0349	0.0217	0.0148	0.034	0.0454	0.0433	0.0148	0.0399	0.0395	0.0399	0.0496	0.0222	0.0213	0.0222	0.0313
chr3R	623828	623979	chr3R:623829-623979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0365	0.0441	0.0387	0.0255	0.0201	0.0524	0.0554	0.046	0.0201	0.0447	0.0527	0.0447	0.0302	0.0391	0.0322	0.0391	0.0323
chr3R	627993	628337	chr3R:627994-628337	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1554	0.1766	0.2048	0.0774	0.1018	0.2189	0.1419	0.2751	0.1018	0.2132	0.2244	0.2132	0.2115	0.0773	0.0548	0.0773	0.1089
chr3R	629046	629295	chr3R:629047-629295	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3045	0.2955	0.356	0.2582	0.1994	0.3403	0.3084	0.3698	0.1994	0.4402	0.3939	0.4402	0.3145	0.2695	0.2979	0.2695	0.2876
chr3R	630176	630361	chr3R:630177-630361	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1556	0.1292	0.1966	0.1402	0.0668	0.1942	0.1181	0.1466	0.0668	0.2802	0.2096	0.2802	0.1967	0.1371	0.1805	0.1371	0.1996
chr3R	630697	631107	chr3R:630698-631107	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1902	0.1479	0.2429	0.1796	0.0721	0.2058	0.1527	0.1666	0.0721	0.3007	0.2707	0.3007	0.2711	0.1593	0.2476	0.1593	0.235
chr3R	631796	631967	chr3R:631797-631967	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.163	0.1785	0.1867	0.1199	0.1389	0.2121	0.1912	0.1939	0.1389	0.244	0.2103	0.244	0.1603	0.1386	0.138	0.1386	0.1251
chr3R	632131	632326	chr3R:632132-632326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2042	0.2122	0.2372	0.159	0.1782	0.2515	0.2085	0.2538	0.1782	0.2941	0.2646	0.2941	0.2146	0.1677	0.1941	0.1677	0.1751
chr3R	632406	632565	chr3R:632407-632565	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1203	0.1346	0.0897	0.0785	0.1379	0.1388	0.1312	0.0785	0.1612	0.1531	0.1612	0.1038	0.0972	0.1122	0.0972	0.0813
chr3R	632644	632862	chr3R:632645-632862	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1423	0.1948	0.149	0.0765	0.1644	0.1718	0.2388	0.2258	0.1644	0.1226	0.1878	0.1226	0.1588	0.0835	0.1154	0.0835	0.075
chr3R	635747	635984	chr3R:635748-635984	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1705	0.1407	0.2234	0.1458	0.0636	0.217	0.0843	0.2172	0.0636	0.282	0.2727	0.282	0.227	0.183	0.2173	0.183	0.1579
chr3R	636945	637144	chr3R:636946-637144	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1004	0.0771	0.1141	0.1114	0.0329	0.1005	0.0679	0.1053	0.0329	0.1419	0.1148	0.1419	0.1301	0.1753	0.0903	0.1753	0.1324
chr3R	637209	637360	chr3R:637210-637360	FBgn0026417,FBgn0260794	Hus1-like,ctrip	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0792	0.0592	0.1004	0.0783	0.0308	0.0752	0.0519	0.0833	0.0308	0.1238	0.11	0.1238	0.0922	0.1041	0.0799	0.1041	0.0917
chr3R	637472	637662	chr3R:637473-637662	FBgn0026417,FBgn0260794	Hus1-like,ctrip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1666	0.1496	0.1996	0.1494	0.1071	0.1772	0.157	0.1799	0.1071	0.2403	0.2322	0.2403	0.1836	0.1554	0.1709	0.1554	0.1746
chr3R	637744	637910	chr3R:637745-637910	FBgn0026417,FBgn0260794	Hus1-like,ctrip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1936	0.1771	0.2306	0.1714	0.1188	0.2165	0.1747	0.2199	0.1188	0.285	0.264	0.285	0.2184	0.173	0.1863	0.173	0.2079
chr3R	638957	639485	chr3R:638958-639485	FBgn0037279	CG1129	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1611	0.1437	0.1978	0.1401	0.0732	0.1869	0.1505	0.1765	0.0732	0.2114	0.2174	0.2114	0.2696	0.1332	0.1386	0.1332	0.2038
chr3R	646829	647026	chr3R:646830-647026	FBgn0037282	CG14657	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1705	0.1309	0.2185	0.162	0.0742	0.1816	0.1224	0.1579	0.0742	0.2591	0.2502	0.2591	0.2153	0.1784	0.1915	0.1784	0.1918
chr3R	647082	647263	chr3R:647083-647263	FBgn0037282	CG14657	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1957	0.1695	0.2386	0.1778	0.1166	0.2243	0.1717	0.1872	0.1166	0.2748	0.2711	0.2748	0.237	0.1838	0.2018	0.1838	0.2022
chr3R	647566	647717	chr3R:647567-647717	FBgn0037282	CG14657	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.05	0.0426	0.027	0.0339	0.05	0.0662	0.0513	0.0339	0.0447	0.054	0.0447	0.0356	0.0276	0.0348	0.0276	0.0307
chr3R	650821	651214	chr3R:650822-651214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0569	0.0324	0.0698	0.07	0.0148	0.035	0.0359	0.0446	0.0148	0.0525	0.1145	0.0525	0.0449	0.1508	0.0819	0.1508	0.0573
chr3R	652744	652895	chr3R:652745-652895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0132	0.0206	0.0077	0.0032	0.016	0.0186	0.0113	0.0032	0.0193	0.0212	0.0193	0.0124	0.0031	0.0045	0.0031	0.0047
chr3R	654079	654230	chr3R:654080-654230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0275	0.0287	0.0127	0.0074	0.0325	0.0324	0.0326	0.0074	0.0284	0.0395	0.0284	0.0194	0.0184	0.0148	0.0184	0.0162
chr3R	658928	659265	chr3R:658929-659265	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0502	0.0667	0.0524	0.0292	0.0212	0.0888	0.0558	0.0979	0.0212	0.0531	0.0605	0.0531	0.0403	0.0207	0.038	0.0207	0.0261
chr3R	659441	659657	chr3R:659442-659657	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.0962	0.1349	0.0539	0.052	0.1136	0.0999	0.1306	0.052	0.1721	0.155	0.1721	0.1146	0.0406	0.0671	0.0406	0.0464
chr3R	660476	660627	chr3R:660477-660627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0417	0.0294	0.0181	0.0233	0.0461	0.0471	0.0546	0.0233	0.0332	0.0325	0.0332	0.0217	0.0268	0.0187	0.0268	0.0193
chr3R	661101	661294	chr3R:661102-661294	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1937	0.1937	0.2387	0.1444	0.1442	0.2301	0.1933	0.2338	0.1442	0.3043	0.2492	0.3043	0.213	0.1417	0.1676	0.1417	0.1688
chr3R	664276	664427	chr3R:664277-664427	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0238	0.0221	0.0292	0.0198	0.0074	0.0218	0.026	0.0247	0.0074	0.0272	0.0421	0.0272	0.0225	0.0123	0.06	0.0123	0.0073
chr3R	664520	664686	chr3R:664521-664686	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0176	0.0378	0.0248	0.0117	0.0223	0.0208	0.018	0.0117	0.0314	0.065	0.0314	0.0186	0.0084	0.0838	0.0084	0.0094
chr3R	666551	666807	chr3R:666552-666807	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT36543.1	VT36543.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0775	0.098	0.0944	0.0362	0.0657	0.1218	0.0921	0.1239	0.0657	0.1286	0.0929	0.1286	0.1038	0.0268	0.0432	0.0268	0.0537
chr3R	667729	667880	chr3R:667730-667880	distal	distal	none	none	VT36543.1	VT36543.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0355	0.0542	0.0391	0.0107	0.0541	0.0413	0.0688	0.0653	0.0541	0.0217	0.0685	0.0217	0.031	0.0092	0.0187	0.0092	0.0125
chr3R	668410	668561	chr3R:668411-668561	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0234	0.0297	0.0213	0.017	0.0277	0.0307	0.0193	0.017	0.0368	0.0293	0.0368	0.0186	0.013	0.009	0.013	0.0182
chr3R	668631	668782	chr3R:668632-668782	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.021	0.0162	0.0235	0.0237	0.0053	0.0165	0.0225	0.0207	0.0053	0.0338	0.0232	0.0338	0.0124	0.0046	0.0084	0.0046	0.0057
chr3R	671142	671409	chr3R:671143-671409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.054	0.11	0.0354	0.0117	0.0976	0.0859	0.1172	0.1659	0.0976	0.0242	0.0395	0.0242	0.0186	0.0038	0.0071	0.0038	0.0104
chr3R	671873	672052	chr3R:671874-672052	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0605	0.1257	0.0392	0.011	0.1124	0.0699	0.1592	0.1905	0.1124	0.0356	0.0617	0.0356	0.0132	0.0092	0.0142	0.0092	0.0099
chr3R	672070	672407	chr3R:672071-672407	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0908	0.1691	0.0739	0.0217	0.1145	0.134	0.1877	0.2692	0.1145	0.0604	0.1209	0.0604	0.0271	0.0138	0.0406	0.0138	0.0182
chr3R	672452	672603	chr3R:672453-672603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0406	0.0528	0.0477	0.0192	0.035	0.0413	0.0666	0.0793	0.035	0.0356	0.0804	0.0356	0.0325	0.0107	0.0503	0.0107	0.0162
chr3R	672611	672965	chr3R:672612-672965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0558	0.0698	0.0631	0.0322	0.0414	0.0549	0.0891	0.0979	0.0414	0.0489	0.109	0.0489	0.0294	0.0176	0.0851	0.0176	0.0208
chr3R	673215	673449	chr3R:673216-673449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0468	0.0965	0.0288	0.011	0.0647	0.0791	0.08	0.1726	0.0647	0.0229	0.0434	0.0229	0.0201	0.0046	0.0193	0.0046	0.0057
chr3R	674705	674916	chr3R:674706-674916	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0958	0.2345	0.0349	0.0075	0.2609	0.1068	0.3469	0.2871	0.2609	0.0175	0.0605	0.0175	0.0108	0.0046	0.0142	0.0046	0.0052
chr3R	674982	675200	chr3R:674983-675200	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0962	0.2335	0.0364	0.0082	0.2704	0.1184	0.3296	0.2838	0.2704	0.0242	0.0556	0.0242	0.0178	0.0084	0.011	0.0084	0.0052
chr3R	678225	678435	chr3R:678226-678435	FBgn0003002	opa	stage11,stage14,stage5	none	opa_opa2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.3125	0.3304	0.3472	0.2544	0.3139	0.3398	0.3793	0.3638	0.3139	0.3992	0.3968	0.3992	0.2951	0.2519	0.3043	0.2519	0.2637
chr3R	680013	680225	chr3R:680014-680225	distal	distal	none	none	opa_opa2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0833	0.1721	0.051	0.0195	0.1803	0.0786	0.2907	0.1632	0.1803	0.0332	0.0823	0.0332	0.0356	0.013	0.0368	0.013	0.013
chr3R	681470	681621	chr3R:681471-681621	distal	distal	none	none	opa_opa2	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0483	0.0836	0.0397	0.0184	0.0848	0.0854	0.0943	0.0873	0.0848	0.0405	0.055	0.0405	0.024	0.0168	0.0161	0.0168	0.0219
chr3R	683759	683964	chr3R:683760-683964	distal	distal	stage5	stage5	opa_opa2	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.079	0.1641	0.0524	0.013	0.1718	0.1175	0.1644	0.2645	0.1718	0.0217	0.0939	0.0217	0.024	0.013	0.0219	0.013	0.0078
chr3R	684322	684535	chr3R:684323-684535	distal	distal	stage11	stage11	opa_opa2,opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0586	0.099	0.052	0.0206	0.1103	0.0743	0.1306	0.1053	0.1103	0.0568	0.0592	0.0568	0.0287	0.0191	0.0251	0.0191	0.013
chr3R	684625	684872	chr3R:684626-684872	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0701	0.0951	0.078	0.0334	0.1007	0.0723	0.1176	0.1119	0.1007	0.0719	0.0797	0.0719	0.0279	0.0115	0.0316	0.0115	0.0135
chr3R	686925	687304	chr3R:686926-687304	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0782	0.1196	0.0849	0.0246	0.105	0.1131	0.1181	0.1779	0.105	0.0725	0.1129	0.0725	0.0991	0.0253	0.0477	0.0253	0.0151
chr3R	688115	688266	chr3R:688116-688266	distal	distal	none	none	opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0563	0.0397	0.0245	0.0615	0.0495	0.0675	0.0653	0.0615	0.0368	0.0505	0.0368	0.0263	0.0337	0.029	0.0337	0.0198
chr3R	688445	688596	chr3R:688446-688596	distal	distal	none	none	opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0399	0.0556	0.0423	0.0199	0.0615	0.0383	0.0701	0.0633	0.0615	0.0302	0.0531	0.0302	0.0256	0.0115	0.0142	0.0115	0.0078
chr3R	688751	688915	chr3R:688752-688915	distal	distal	stage11	stage11	opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0507	0.0693	0.0566	0.0235	0.087	0.0471	0.0804	0.0886	0.087	0.0368	0.0514	0.0368	0.0178	0.0138	0.0116	0.0138	0.0099
chr3R	689282	689433	chr3R:689283-689433	distal	distal	none	none	opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0484	0.0712	0.0563	0.0143	0.0721	0.0617	0.074	0.0953	0.0721	0.058	0.0662	0.058	0.024	0.0092	0.0161	0.0092	0.0073
chr3R	689594	689910	chr3R:689595-689910	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	opa_opa3	opa_opa3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1118	0.1687	0.1277	0.0308	0.141	0.1777	0.1574	0.2352	0.141	0.154	0.1302	0.154	0.0689	0.0222	0.0219	0.0222	0.0151
chr3R	690974	691177	chr3R:690975-691177	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0734	0.0709	0.0923	0.0554	0.0827	0.0699	0.0744	0.0766	0.0827	0.1087	0.0865	0.1087	0.0511	0.0306	0.0251	0.0306	0.0328
chr3R	691675	691992	chr3R:691676-691992	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0883	0.1386	0.0931	0.0267	0.1506	0.1359	0.1397	0.1652	0.1506	0.1147	0.1151	0.1147	0.0372	0.0138	0.0322	0.0138	0.0182
chr3R	692164	692364	chr3R:692165-692364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0433	0.0675	0.0407	0.0191	0.106	0.0461	0.0692	0.0859	0.106	0.0338	0.0672	0.0338	0.0194	0.0123	0.038	0.0123	0.0146
chr3R	692645	692796	chr3R:692646-692796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0329	0.0464	0.0307	0.0202	0.0604	0.0209	0.0627	0.0533	0.0604	0.0127	0.0547	0.0127	0.0186	0.0084	0.0548	0.0084	0.0135
chr3R	693336	693487	chr3R:693337-693487	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0549	0.0661	0.0848	0.0097	0.0626	0.0417	0.08	0.0873	0.0626	0.0242	0.1772	0.0242	0.0232	0.0054	0.0219	0.0054	0.0036
chr3R	693584	693735	chr3R:693585-693735	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0709	0.0669	0.0089	0.071	0.0544	0.0904	0.0826	0.071	0.0236	0.1344	0.0236	0.024	0.0038	0.0174	0.0038	0.0063
chr3R	694097	694248	chr3R:694098-694248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0297	0.0558	0.0249	0.0057	0.0573	0.0335	0.0753	0.0686	0.0573	0.0145	0.0431	0.0145	0.0085	0.0069	0.009	0.0069	0.0031
chr3R	694650	694880	chr3R:694651-694880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0341	0.0607	0.0275	0.0116	0.0795	0.0335	0.0891	0.0546	0.0795	0.0187	0.0434	0.0187	0.0093	0.0123	0.0155	0.0123	0.0057
chr3R	695968	696154	chr3R:695969-696154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0432	0.0745	0.034	0.0182	0.0901	0.0427	0.099	0.0919	0.0901	0.032	0.0502	0.032	0.0225	0.0161	0.0335	0.0161	0.0141
chr3R	696769	696920	chr3R:696770-696920	distal	distal	none	none	opa_opa4	opa_opa4	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0279	0.0444	0.0273	0.0102	0.0467	0.0272	0.0619	0.0513	0.0467	0.0175	0.0412	0.0175	0.0139	0.0092	0.02	0.0092	0.0063
chr3R	700999	701150	chr3R:701000-701150	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	opa_opa4	opa_opa4	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0202	0.0246	0.0235	0.0118	0.0053	0.0282	0.0346	0.0213	0.0053	0.0278	0.0309	0.0278	0.0194	0.0383	0.0103	0.0383	0.0052
chr3R	703170	703321	chr3R:703171-703321	distal	distal	none	none	opa_opa4	opa_opa4	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0174	0.0208	0.0237	0.0065	0.0127	0.0209	0.0285	0.0253	0.0127	0.0223	0.0347	0.0223	0.0108	0.0054	0.0064	0.0054	0.0026
chr3R	704417	704761	chr3R:704418-704761	FBgn0020280	laf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0374	0.0243	0.0546	0.0331	0.0117	0.032	0.0329	0.022	0.0117	0.1304	0.0473	0.1304	0.0248	0.0858	0.0187	0.0858	0.0375
chr3R	706051	706202	chr3R:706052-706202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.017	0.0117	0.0286	0.0103	0	0.0112	0.0169	0.014	0	0.0193	0.0508	0.0193	0.0093	0.0145	0.0161	0.0145	0.0078
chr3R	710063	710231	chr3R:710064-710231	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0228	0.0374	0.0197	0.0099	0.0212	0.0369	0.0398	0.044	0.0212	0.0157	0.0228	0.0157	0.0163	0.0107	0.0077	0.0107	0.0115
chr3R	711056	711249	chr3R:711057-711249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0348	0.0327	0.018	0.0095	0.0451	0.0411	0.0393	0.0095	0.038	0.0389	0.038	0.0294	0.0268	0.0129	0.0268	0.013
chr3R	711576	711831	chr3R:711577-711831	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0293	0.0309	0.0315	0.0252	0.0148	0.0335	0.0407	0.0293	0.0148	0.0374	0.0302	0.0374	0.017	0.01	0.0084	0.01	0.0083
chr3R	711844	711995	chr3R:711845-711995	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0186	0.0236	0.0224	0.0117	0.0214	0.0238	0.0167	0.0117	0.0254	0.0235	0.0254	0.0077	0.0084	0.0077	0.0084	0.0047
chr3R	712067	712322	chr3R:712068-712322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0348	0.0294	0.0362	0.0394	0.0106	0.0398	0.0372	0.0213	0.0106	0.0435	0.0338	0.0435	0.017	0.0123	0.0135	0.0123	0.012
chr3R	712597	712805	chr3R:712598-712805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0198	0.0221	0.0198	0.0074	0.018	0.0333	0.0187	0.0074	0.0187	0.0203	0.0187	0.0124	0.0046	0.0064	0.0046	0.0068
chr3R	712962	713113	chr3R:712963-713113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0121	0.0115	0.0121	0.0064	0.0097	0.019	0.0113	0.0064	0.0121	0.009	0.0121	0.007	0.0015	0.0032	0.0015	0.0021
chr3R	721317	721509	chr3R:721318-721509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0267	0.0161	0.0376	0.0266	0.0074	0.0189	0.0186	0.0167	0.0074	0.0193	0.0659	0.0193	0.0225	0.01	0.0471	0.01	0.0167
chr3R	722554	722705	chr3R:722555-722705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0155	0.0096	0.0235	0.0134	0.0064	0.0146	0.0087	0.0107	0.0064	0.0314	0.028	0.0314	0.0201	0.026	0.0129	0.026	0.0109
chr3R	724573	724732	chr3R:724574-724732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0202	0.043	0.0219	0.0085	0.0184	0.0281	0.024	0.0085	0.0223	0.0846	0.0223	0.0147	0.0084	0.0651	0.0084	0.013
chr3R	725316	725544	chr3R:725317-725544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.026	0.051	0.0294	0.0085	0.0379	0.0294	0.024	0.0085	0.0175	0.1035	0.0175	0.0201	0.0176	0.0774	0.0176	0.0167
chr3R	725669	725859	chr3R:725670-725859	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.044	0.0228	0.0747	0.034	0.0095	0.0277	0.026	0.0273	0.0095	0.0169	0.1592	0.0169	0.0194	0.0138	0.1077	0.0138	0.0135
chr3R	725903	726091	chr3R:725904-726091	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0393	0.0178	0.0716	0.0279	0.0074	0.0175	0.0225	0.0266	0.0074	0.0205	0.1457	0.0205	0.0287	0.0084	0.0851	0.0084	0.0167
chr3R	726972	727198	chr3R:726973-727198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0188	0.0579	0.0366	0.0074	0.0233	0.026	0.018	0.0074	0.0622	0.0814	0.0622	0.0496	0.0383	0.0625	0.0383	0.0339
chr3R	728796	729064	chr3R:728797-729064	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0204	0.0284	0.0301	0.0064	0.0233	0.0255	0.0233	0.0064	0.0217	0.0235	0.0217	0.0155	0.0092	0.0077	0.0092	0.0162
chr3R	729393	729549	chr3R:729394-729549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0264	0.0113	0.0273	0.0422	0.0032	0.0107	0.0182	0.0107	0.0032	0.0151	0.0215	0.0151	0.0279	0.0046	0.0135	0.0046	0.025
chr3R	731649	731849	chr3R:731650-731849	FBgn0004913	Gnf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1576	0.1432	0.1872	0.1413	0.0891	0.1558	0.1756	0.1606	0.0891	0.2138	0.2084	0.2138	0.1836	0.1677	0.1438	0.1677	0.1615
chr3R	731902	732072	chr3R:731903-732072	FBgn0004913	Gnf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1033	0.0926	0.1183	0.0987	0.0615	0.1029	0.112	0.1039	0.0615	0.1365	0.1286	0.1365	0.117	0.0904	0.1057	0.0904	0.1266
chr3R	732224	732395	chr3R:732225-732395	FBgn0004913	Gnf1	stage11,stage14,stage5	none	Gnf1_35RFC140Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1578	0.1325	0.1805	0.1611	0.0901	0.1607	0.1315	0.1646	0.0901	0.2065	0.2029	0.2065	0.1797	0.1493	0.1721	0.1493	0.2095
chr3R	736188	736389	chr3R:736189-736389	FBgn0051536	Cdep	stage11,stage5	none	VT36575.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.177	0.1773	0.2027	0.1484	0.14	0.1903	0.2003	0.2032	0.14	0.2669	0.2174	0.2669	0.2169	0.1608	0.1476	0.1608	0.1954
chr3R	736401	736591	chr3R:736402-736591	FBgn0051536	Cdep	stage11,stage5	none	VT36575.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1446	0.1473	0.1652	0.1188	0.1092	0.1568	0.1864	0.1539	0.1092	0.192	0.1881	0.192	0.1774	0.1126	0.1341	0.1126	0.1584
chr3R	736688	736912	chr3R:736689-736912	FBgn0051536	Cdep	stage11,stage14,stage5	none	VT36575.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.154	0.1444	0.164	0.1539	0.0901	0.167	0.1696	0.1646	0.0901	0.195	0.1794	0.195	0.1673	0.1401	0.1554	0.1401	0.1824
chr3R	737836	737987	chr3R:737837-737987	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT36575.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0594	0.0587	0.0717	0.0467	0.0148	0.0898	0.0584	0.0593	0.0148	0.0839	0.0428	0.0839	0.1882	0.0322	0.0206	0.0322	0.1126
chr3R	738023	738271	chr3R:738024-738271	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT36575.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0966	0.0869	0.1146	0.0877	0.0286	0.1398	0.0783	0.0933	0.0286	0.1492	0.0794	0.1492	0.261	0.0528	0.0522	0.0528	0.2064
chr3R	739544	739763	chr3R:739545-739763	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0851	0.0849	0.1099	0.0581	0.0435	0.1379	0.0843	0.0759	0.0435	0.2277	0.0907	0.2277	0.1115	0.0842	0.0464	0.0842	0.0886
chr3R	740069	740335	chr3R:740070-740335	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0939	0.1089	0.1169	0.0518	0.0636	0.1689	0.1112	0.1013	0.0636	0.2826	0.0932	0.2826	0.0643	0.1248	0.0413	0.1248	0.05
chr3R	740387	740591	chr3R:740388-740591	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.081	0.0708	0.1081	0.0628	0.0297	0.1311	0.0614	0.0626	0.0297	0.3037	0.0778	0.3037	0.0426	0.1937	0.0516	0.1937	0.0422
chr3R	742019	742170	chr3R:742020-742170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0305	0.0304	0.0329	0.0281	0.0117	0.0549	0.029	0.024	0.0117	0.0489	0.0241	0.0489	0.0581	0.0207	0.0135	0.0207	0.0631
chr3R	742493	742663	chr3R:742494-742663	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0247	0.0189	0.0246	0.0312	0.0106	0.017	0.0281	0.0193	0.0106	0.0308	0.0257	0.0308	0.0341	0.0268	0.0406	0.0268	0.0563
chr3R	745729	745880	chr3R:745730-745880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0305	0.0185	0.0097	0.0127	0.0214	0.0407	0.0486	0.0127	0.0199	0.018	0.0199	0.0248	0.0107	0.0135	0.0107	0.0089
chr3R	748478	748629	chr3R:748479-748629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0338	0.0188	0.0118	0.0148	0.0272	0.0337	0.0646	0.0148	0.0236	0.0225	0.0236	0.0186	0.0145	0.011	0.0145	0.0156
chr3R	748661	748825	chr3R:748662-748825	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0486	0.0209	0.0124	0.0159	0.0437	0.0433	0.0959	0.0159	0.0302	0.0219	0.0302	0.0232	0.0153	0.0123	0.0153	0.0141
chr3R	764841	764992	chr3R:764842-764992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0319	0.0199	0.0125	0.0127	0.034	0.0415	0.0366	0.0127	0.0266	0.0235	0.0266	0.0232	0.0199	0.0097	0.0199	0.0172
chr3R	765375	765542	chr3R:765376-765542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0446	0.0291	0.0198	0.0329	0.0417	0.0614	0.0466	0.0329	0.0368	0.0334	0.0368	0.0256	0.026	0.0181	0.026	0.0255
chr3R	768459	768701	chr3R:768460-768701	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0334	0.054	0.0263	0.0181	0.0403	0.0398	0.0679	0.0826	0.0403	0.0411	0.027	0.0411	0.0263	0.0283	0.02	0.0283	0.0177
chr3R	769606	769757	chr3R:769607-769757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0184	0.0168	0.0171	0.0064	0.0223	0.0238	0.0207	0.0064	0.0223	0.0222	0.0223	0.0116	0.0168	0.0245	0.0168	0.0224
chr3R	769939	770090	chr3R:769940-770090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0246	0.0175	0.0188	0.0074	0.032	0.0238	0.0353	0.0074	0.0266	0.017	0.0266	0.0201	0.0161	0.0187	0.0161	0.0292
chr3R	770392	770543	chr3R:770393-770543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0271	0.0328	0.0278	0.0201	0.0117	0.0408	0.0324	0.044	0.0117	0.058	0.0203	0.058	0.031	0.0299	0.0116	0.0299	0.0307
chr3R	770735	770916	chr3R:770736-770916	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0376	0.0417	0.0444	0.0253	0.0117	0.0558	0.0433	0.058	0.0117	0.1159	0.0318	0.1159	0.0287	0.0636	0.0187	0.0636	0.0214
chr3R	773717	773941	chr3R:773718-773941	FBgn0004183	snRNA:U1:82Eb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1373	0.2329	0.117	0.0528	0.2216	0.216	0.279	0.2705	0.2216	0.1274	0.1238	0.1274	0.165	0.0544	0.0619	0.0544	0.0719
chr3R	774151	774321	chr3R:774152-774321	FBgn0004183	snRNA:U1:82Eb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0648	0.0353	0.0201	0.0594	0.0539	0.0939	0.062	0.0594	0.0386	0.0412	0.0386	0.0387	0.026	0.0213	0.026	0.0245
chr3R	777356	777507	chr3R:777357-777507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0371	0.04	0.0364	0.0347	0.018	0.0398	0.0532	0.0506	0.018	0.029	0.036	0.029	0.038	0.0299	0.0322	0.0299	0.0255
chr3R	777574	777757	chr3R:777575-777757	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0685	0.0765	0.0706	0.0574	0.0477	0.0762	0.0969	0.0939	0.0477	0.0694	0.0675	0.0694	0.0627	0.0521	0.0496	0.0521	0.0521
chr3R	777776	778059	chr3R:777777-778059	FBgn0004436	UbcD6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1535	0.1159	0.1788	0.1678	0.0679	0.1291	0.128	0.1432	0.0679	0.2077	0.1842	0.2077	0.1867	0.1608	0.1599	0.1608	0.1839
chr3R	778315	778510	chr3R:778316-778510	FBgn0004436	UbcD6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1804	0.1461	0.2307	0.1635	0.0891	0.1748	0.1596	0.1706	0.0891	0.2826	0.2402	0.2826	0.2355	0.1738	0.1586	0.1738	0.2001
chr3R	780233	780384	chr3R:780234-780384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0326	0.0272	0.0477	0.0221	0.0074	0.0243	0.0463	0.028	0.0074	0.0248	0.0386	0.0248	0.031	0.0107	0.0174	0.0107	0.024
chr3R	785302	785476	chr3R:785303-785476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0394	0.0795	0.0246	0.0107	0.0774	0.0417	0.1211	0.0953	0.0774	0.026	0.0289	0.026	0.0263	0.0084	0.0129	0.0084	0.0104
chr3R	785636	785823	chr3R:785637-785823	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.1707	0.036	0.0155	0.1463	0.0961	0.2608	0.2059	0.1463	0.0296	0.0463	0.0296	0.0294	0.0107	0.0239	0.0107	0.0162
chr3R	785965	786144	chr3R:785966-786144	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0456	0.0902	0.0319	0.0109	0.0594	0.0626	0.1241	0.1239	0.0594	0.0217	0.037	0.0217	0.017	0.0054	0.0213	0.0054	0.0115
chr3R	786185	786336	chr3R:786186-786336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0332	0.0618	0.0227	0.0127	0.0424	0.0515	0.0804	0.0806	0.0424	0.0145	0.0344	0.0145	0.0147	0.0069	0.0232	0.0069	0.0146
chr3R	786998	787149	chr3R:786999-787149	FBgn0250839	CG2016	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.016	0.0188	0.0267	0.0074	0.0126	0.0242	0.0213	0.0074	0.0115	0.0283	0.0115	0.0163	0.0077	0.087	0.0077	0.013
chr3R	787855	788006	chr3R:787856-788006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.0244	0.031	0.0206	0.0085	0.0252	0.0264	0.0366	0.0085	0.0248	0.0444	0.0248	0.0318	0.0145	0.0451	0.0145	0.0203
chr3R	788194	788345	chr3R:788195-788345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0335	0.0404	0.0262	0.0159	0.0345	0.0411	0.04	0.0159	0.0513	0.0418	0.0513	0.0426	0.0199	0.0426	0.0199	0.0375
chr3R	788475	788660	chr3R:788476-788660	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1469	0.1297	0.1841	0.1252	0.0742	0.1476	0.1237	0.1839	0.0742	0.2313	0.2096	0.2313	0.172	0.1524	0.1522	0.1524	0.1746
chr3R	788765	788952	chr3R:788766-788952	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.0871	0.1246	0.0854	0.0477	0.1053	0.0822	0.1173	0.0477	0.1588	0.1373	0.1588	0.1224	0.0988	0.1025	0.0988	0.1193
chr3R	789080	789288	chr3R:789081-789288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0399	0.0609	0.0344	0.0201	0.0461	0.0368	0.0626	0.0201	0.0628	0.0768	0.0628	0.0612	0.0268	0.0413	0.0268	0.0485
chr3R	789721	789959	chr3R:789722-789959	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0835	0.077	0.0414	0.035	0.0835	0.0657	0.1539	0.035	0.0604	0.0949	0.0604	0.1061	0.049	0.0484	0.049	0.0558
chr3R	795065	795258	chr3R:795066-795258	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1461	0.1408	0.1935	0.1	0.1039	0.1752	0.1397	0.1626	0.1039	0.2421	0.2125	0.2421	0.1557	0.0658	0.1264	0.0658	0.1219
chr3R	795437	795618	chr3R:795438-795618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.0961	0.1385	0.0758	0.0753	0.1218	0.0965	0.1153	0.0753	0.1775	0.155	0.1775	0.1286	0.0712	0.1064	0.0712	0.0974
chr3R	796497	796846	chr3R:796498-796846	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.314	0.2726	0.3808	0.287	0.1824	0.3345	0.2963	0.3165	0.1824	0.4746	0.4071	0.4746	0.3641	0.2917	0.2953	0.2917	0.322
chr3R	798821	798972	chr3R:798822-798972	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0718	0.0768	0.0312	0.0477	0.0883	0.0631	0.0966	0.0477	0.0912	0.0907	0.0912	0.0596	0.0391	0.0406	0.0391	0.037
chr3R	799008	799212	chr3R:799009-799212	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1174	0.1154	0.1593	0.0737	0.0636	0.1515	0.1086	0.1359	0.0636	0.224	0.1743	0.224	0.1263	0.1294	0.0832	0.1294	0.0886
chr3R	799414	799720	chr3R:799415-799720	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1147	0.1043	0.1764	0.0585	0.0339	0.1942	0.08	0.1073	0.0339	0.3901	0.1521	0.3901	0.0906	0.1332	0.0554	0.1332	0.0485
chr3R	800337	800488	chr3R:800338-800488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0524	0.0462	0.0744	0.0351	0.0148	0.0782	0.035	0.0553	0.0148	0.1171	0.073	0.1171	0.0883	0.0827	0.0419	0.0827	0.0245
chr3R	801285	801436	chr3R:801286-801436	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0397	0.0282	0.0572	0.0334	0.0148	0.032	0.0316	0.0366	0.0148	0.0616	0.0791	0.0616	0.055	0.0276	0.0729	0.0276	0.024
chr3R	801999	802274	chr3R:802000-802274	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0762	0.1013	0.0945	0.028	0.0732	0.0757	0.1246	0.1512	0.0732	0.0978	0.1347	0.0978	0.0426	0.0245	0.0503	0.0245	0.0219
chr3R	802517	802944	chr3R:802518-802944	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0966	0.1679	0.0853	0.0292	0.1644	0.1641	0.1869	0.1939	0.1644	0.1117	0.0891	0.1117	0.0604	0.0184	0.0239	0.0184	0.0245
chr3R	803694	803845	chr3R:803695-803845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.0216	0.0313	0.0251	0.0095	0.0248	0.0229	0.03	0.0095	0.0278	0.0318	0.0278	0.0209	0.0092	0.0071	0.0092	0.0115
chr3R	804026	804177	chr3R:804027-804177	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0414	0.026	0.0538	0.045	0.0085	0.0515	0.0208	0.0227	0.0085	0.0731	0.0457	0.0731	0.0364	0.0322	0.0161	0.0322	0.0245
chr3R	804197	804348	chr3R:804198-804348	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.047	0.0304	0.0626	0.0485	0.0064	0.0534	0.0268	0.032	0.0064	0.0954	0.0582	0.0954	0.0449	0.0306	0.0226	0.0306	0.0261
chr3R	804378	804530	chr3R:804379-804530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0504	0.0309	0.074	0.0464	0.018	0.0519	0.0298	0.026	0.018	0.1268	0.0678	0.1268	0.0573	0.0329	0.0271	0.0329	0.0443
chr3R	804729	804908	chr3R:804730-804908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0559	0.0385	0.086	0.0422	0.0117	0.0709	0.0337	0.032	0.0117	0.1232	0.0756	0.1232	0.1247	0.036	0.0303	0.036	0.0683
chr3R	804996	805315	chr3R:804997-805315	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0943	0.0722	0.1519	0.0558	0.017	0.1413	0.0523	0.072	0.017	0.282	0.1492	0.282	0.1239	0.0697	0.0458	0.0697	0.0672
chr3R	805328	805479	chr3R:805329-805479	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0611	0.0576	0.0957	0.027	0.0223	0.0995	0.0463	0.064	0.0223	0.186	0.0965	0.186	0.0511	0.0253	0.0245	0.0253	0.0245
chr3R	805970	806455	chr3R:805971-806455	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1307	0.0923	0.2077	0.0891	0.0233	0.1617	0.0701	0.1186	0.0233	0.2029	0.2289	0.2029	0.2029	0.0429	0.078	0.0429	0.0829
chr3R	806906	807057	chr3R:806907-807057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0237	0.0151	0.0269	0.0298	0.0021	0.0248	0.0169	0.0133	0.0021	0.038	0.0251	0.038	0.0163	0.013	0.0135	0.013	0.0151
chr3R	810507	810702	chr3R:810508-810702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0679	0.0502	0.0853	0.0687	0.0233	0.0583	0.0649	0.0546	0.0233	0.0447	0.0695	0.0447	0.0945	0.023	0.0284	0.023	0.1037
chr3R	811072	811223	chr3R:811073-811223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0311	0.0464	0.0298	0.0153	0.0308	0.0427	0.0575	0.0573	0.0308	0.0362	0.0302	0.0362	0.0256	0.0084	0.011	0.0084	0.0172
chr3R	811745	812082	chr3R:811746-812082	FBgn0263343	CR43424	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0486	0.0542	0.0537	0.0366	0.0244	0.0597	0.0817	0.0453	0.0244	0.0791	0.0585	0.0791	0.0434	0.0222	0.0348	0.0222	0.0568
chr3R	812174	812472	chr3R:812175-812472	FBgn0263343	CR43424	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0363	0.0317	0.0415	0.0356	0.0085	0.0296	0.0489	0.034	0.0085	0.0525	0.0389	0.0525	0.038	0.0107	0.0239	0.0107	0.0589
chr3R	813124	813329	chr3R:813125-813329	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.0398	0.0602	0.0315	0.018	0.0393	0.0523	0.0486	0.018	0.0568	0.0868	0.0568	0.0534	0.0276	0.0574	0.0276	0.0287
chr3R	813346	813497	chr3R:813347-813497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0378	0.0375	0.05	0.0248	0.0064	0.0393	0.0437	0.0606	0.0064	0.0513	0.0688	0.0513	0.0442	0.0283	0.0419	0.0283	0.0208
chr3R	814766	815320	chr3R:814767-815320	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1685	0.1731	0.2334	0.0922	0.1644	0.1942	0.1938	0.1726	0.1644	0.3496	0.2502	0.3496	0.1495	0.1723	0.0928	0.1723	0.0766
chr3R	815605	815847	chr3R:815606-815847	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.082	0.0744	0.1239	0.0446	0.0435	0.1044	0.0683	0.0886	0.0435	0.2041	0.1341	0.2041	0.0581	0.0697	0.0413	0.0697	0.0344
chr3R	817908	818402	chr3R:817909-818402	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1378	0.0851	0.2018	0.1266	0.0371	0.1403	0.0753	0.0886	0.0371	0.1558	0.2174	0.1558	0.3393	0.1593	0.1657	0.1593	0.1641
chr3R	819131	819338	chr3R:819132-819338	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0603	0.0338	0.0929	0.0543	0.0201	0.0481	0.0363	0.0313	0.0201	0.0664	0.0981	0.0664	0.1696	0.0337	0.0477	0.0337	0.1115
chr3R	819826	819977	chr3R:819827-819977	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0674	0.0485	0.0166	0.0467	0.0772	0.0644	0.0946	0.0467	0.0519	0.0572	0.0519	0.0256	0.0107	0.009	0.0107	0.0177
chr3R	820071	820285	chr3R:820072-820285	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0842	0.1338	0.0895	0.023	0.1188	0.1301	0.1285	0.1999	0.1188	0.0791	0.117	0.0791	0.038	0.013	0.0148	0.013	0.013
chr3R	820479	820826	chr3R:820480-820826	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0979	0.1307	0.1072	0.0508	0.0997	0.1335	0.1016	0.2219	0.0997	0.1027	0.1363	0.1027	0.0705	0.0528	0.04	0.0528	0.0464
chr3R	821300	821681	chr3R:821301-821681	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.0648	0.1388	0.1193	0.0191	0.1078	0.0515	0.0759	0.0191	0.1141	0.1119	0.1141	0.2301	0.1753	0.0671	0.1753	0.1506
chr3R	822281	822728	chr3R:822282-822728	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1586	0.1092	0.2275	0.1383	0.0371	0.1879	0.0848	0.1259	0.0371	0.2476	0.1785	0.2476	0.3207	0.0842	0.0935	0.0842	0.2413
chr3R	823374	823586	chr3R:823375-823586	distal	distal	stage14	stage14	VT36615.1	VT36615.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0581	0.0481	0.0768	0.0487	0.017	0.066	0.0446	0.0686	0.017	0.0719	0.064	0.0719	0.0705	0.0391	0.0303	0.0391	0.0584
chr3R	823597	823824	chr3R:823598-823824	distal	distal	stage14	stage14	VT36615.1	VT36615.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.057	0.0494	0.0768	0.0437	0.0117	0.0612	0.0471	0.0799	0.0117	0.0568	0.0794	0.0568	0.0604	0.0306	0.0361	0.0306	0.0474
chr3R	824566	824717	chr3R:824567-824717	distal	distal	none	none	VT36615.1	VT36615.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0137	0.0211	0.022	0.0095	0.015	0.016	0.02	0.0095	0.0169	0.0241	0.0169	0.017	0.0123	0.0103	0.0123	0.0177
chr3R	835764	835915	chr3R:835765-835915	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.016	0.0088	0.0175	0.0223	0.0032	0.0107	0.0143	0.008	0.0032	0.0091	0.0244	0.0091	0.0194	0.013	0.0593	0.013	0.0146
chr3R	836151	836403	chr3R:836152-836403	FBgn0037292	CG2022	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.021	0.013	0.0204	0.0306	0.0021	0.0141	0.0177	0.016	0.0021	0.0187	0.028	0.0187	0.0225	0.0268	0.0606	0.0268	0.0349
chr3R	840187	840338	chr3R:840188-840338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0093	0.0136	0.0113	0.0021	0.0087	0.0177	0.008	0.0021	0.0048	0.0148	0.0048	0.0116	0.0046	0.0064	0.0046	0.0068
chr3R	840497	840648	chr3R:840498-840648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0065	0.0094	0.0159	0	0.0044	0.0112	0.008	0	0.0048	0.009	0.0048	0.0147	0.0115	0.0206	0.0115	0.0047
chr3R	840682	840833	chr3R:840683-840833	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0112	0.0045	0.0127	0.0171	0.0011	0.0049	0.0065	0.0027	0.0011	0.0127	0.0138	0.0127	0.0147	0.0191	0.0277	0.0191	0.0109
chr3R	841983	842241	chr3R:841984-842241	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0406	0.0305	0.0633	0.027	0.0074	0.0456	0.035	0.032	0.0074	0.0296	0.082	0.0296	0.0922	0.0123	0.0342	0.0123	0.0354
chr3R	842242	842393	chr3R:842243-842393	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0212	0.0354	0.0181	0.0064	0.0306	0.026	0.0173	0.0064	0.0151	0.045	0.0151	0.0542	0.0061	0.0284	0.0061	0.0203
chr3R	842668	842819	chr3R:842669-842819	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0293	0.0226	0.01	0.0148	0.0364	0.0247	0.0453	0.0148	0.0139	0.0309	0.0139	0.0217	0.0069	0.0129	0.0069	0.0115
chr3R	842838	843029	chr3R:842839-843029	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0345	0.0466	0.0381	0.0171	0.018	0.0631	0.0385	0.0646	0.018	0.0278	0.0537	0.0278	0.0294	0.013	0.02	0.013	0.0229
chr3R	843761	843940	chr3R:843762-843940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0401	0.019	0.0136	0.0382	0.0369	0.0606	0.0313	0.0382	0.0151	0.0212	0.0151	0.0155	0.0138	0.011	0.0138	0.0109
chr3R	844278	844430	chr3R:844279-844430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0229	0.0241	0.0213	0.0117	0.0209	0.0333	0.0227	0.0117	0.0217	0.0312	0.0217	0.0217	0.0268	0.0213	0.0268	0.0266
chr3R	846060	846272	chr3R:846061-846272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.03	0.0343	0.0253	0.0304	0.0318	0.018	0.0649	0.0247	0.0318	0.0266	0.0251	0.0266	0.0201	0.0138	0.0193	0.0138	0.0245
chr3R	846861	847012	chr3R:846862-847012	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0362	0.0344	0.0344	0.0402	0.0159	0.0403	0.0346	0.0453	0.0159	0.0314	0.0415	0.0314	0.0225	0.026	0.0374	0.026	0.0219
chr3R	847091	847554	chr3R:847092-847554	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0976	0.1241	0.0811	0.0859	0.0753	0.1311	0.1332	0.1666	0.0753	0.0688	0.0923	0.0688	0.0589	0.075	0.0671	0.075	0.0511
chr3R	847647	847820	chr3R:847648-847820	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0315	0.0501	0.0261	0.0167	0.0382	0.0495	0.0558	0.0633	0.0382	0.0296	0.0267	0.0296	0.0263	0.0069	0.0142	0.0069	0.0141
chr3R	849286	849450	chr3R:849287-849450	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0518	0.0338	0.074	0.0476	0.0148	0.035	0.0359	0.0546	0.0148	0.0465	0.135	0.0465	0.0263	0.0191	0.1457	0.0191	0.0234
chr3R	849560	849711	chr3R:849561-849711	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0385	0.0213	0.0529	0.0418	0.0117	0.0282	0.0247	0.0247	0.0117	0.0338	0.1006	0.0338	0.0178	0.0191	0.1264	0.0191	0.0219
chr3R	850137	850375	chr3R:850138-850375	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0728	0.0586	0.1269	0.0294	0.0255	0.0646	0.0458	0.1173	0.0255	0.1498	0.2055	0.1498	0.0201	0.0161	0.0535	0.0161	0.0099
chr3R	850884	851154	chr3R:850885-851154	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0903	0.0739	0.1355	0.0589	0.035	0.0888	0.0666	0.1073	0.035	0.2011	0.192	0.2011	0.048	0.0827	0.0864	0.0827	0.0505
chr3R	851200	851872	chr3R:851201-851872	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1831	0.1538	0.2805	0.1089	0.0764	0.1981	0.1406	0.2099	0.0764	0.3895	0.3836	0.3895	0.1239	0.1233	0.1638	0.1233	0.111
chr3R	851919	852070	chr3R:851920-852070	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0433	0.0494	0.0599	0.0182	0.035	0.0505	0.0657	0.05	0.035	0.0827	0.0823	0.0827	0.0256	0.0107	0.0322	0.0107	0.025
chr3R	853111	853262	chr3R:853112-853262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0384	0.0284	0.0113	0.0286	0.0311	0.0402	0.0633	0.0286	0.0254	0.0431	0.0254	0.0178	0.0061	0.0174	0.0061	0.0146
chr3R	853519	853670	chr3R:853520-853670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0388	0.038	0.0589	0.0175	0.0201	0.0316	0.0402	0.0693	0.0201	0.0556	0.0916	0.0556	0.0232	0.0115	0.0258	0.0115	0.013
chr3R	853762	853994	chr3R:853763-853994	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0627	0.0877	0.0333	0.0456	0.0524	0.0865	0.072	0.0456	0.1159	0.1286	0.1159	0.0341	0.0314	0.0484	0.0314	0.0198
chr3R	854051	854449	chr3R:854052-854449	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.0638	0.1572	0.07	0.0286	0.0777	0.0774	0.068	0.0286	0.2307	0.208	0.2307	0.0891	0.0904	0.0974	0.0904	0.062
chr3R	856788	857200	chr3R:856789-857200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0779	0.0482	0.1114	0.0742	0.018	0.0505	0.061	0.0593	0.018	0.0743	0.1293	0.0743	0.1154	0.0444	0.0896	0.0444	0.099
chr3R	857542	857906	chr3R:857543-857906	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.036	0.1079	0.0873	0.0148	0.0495	0.0359	0.0433	0.0148	0.1075	0.1354	0.1075	0.11	0.1034	0.1206	0.1034	0.0771
chr3R	858155	858306	chr3R:858156-858306	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0079	0.0173	0.0377	0.0021	0.0121	0.0108	0.006	0.0021	0.0169	0.0129	0.0169	0.0194	0.0337	0.0193	0.0337	0.0245
chr3R	859056	859261	chr3R:859057-859261	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0324	0.0214	0.0386	0.0377	0.0085	0.0257	0.0307	0.018	0.0085	0.0278	0.0476	0.0278	0.0573	0.0214	0.0509	0.0214	0.0542
chr3R	859983	860134	chr3R:859984-860134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0336	0.0398	0.0447	0.0145	0.0201	0.0388	0.0363	0.068	0.0201	0.026	0.0508	0.026	0.031	0.0061	0.0193	0.0061	0.012
chr3R	860409	860560	chr3R:860410-860560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.033	0.0345	0.0463	0.0166	0.0223	0.032	0.0458	0.042	0.0223	0.0453	0.0511	0.0453	0.0418	0.01	0.0206	0.01	0.0115
chr3R	862943	863094	chr3R:862944-863094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0345	0.0303	0.0079	0.0053	0.0311	0.0528	0.048	0.0053	0.0199	0.0363	0.0199	0.0116	0.0031	0.0045	0.0031	0.0057
chr3R	864530	864830	chr3R:864531-864830	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1673	0.278	0.1759	0.0341	0.2513	0.2087	0.3655	0.3404	0.2513	0.093	0.3174	0.093	0.103	0.0107	0.0941	0.0107	0.0172
chr3R	864856	865078	chr3R:864857-865078	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1814	0.3012	0.1871	0.0414	0.2704	0.2621	0.3733	0.3664	0.2704	0.1202	0.3084	0.1202	0.1456	0.023	0.0961	0.023	0.0261
chr3R	867280	867664	chr3R:867281-867664	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.0639	0.1221	0.1085	0.0223	0.0922	0.0614	0.0753	0.0223	0.1806	0.0987	0.1806	0.1898	0.1302	0.0438	0.1302	0.1829
chr3R	867954	868210	chr3R:867955-868210	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0583	0.0547	0.0702	0.0492	0.0159	0.0578	0.0701	0.0773	0.0159	0.0592	0.0916	0.0592	0.0767	0.0291	0.0671	0.0291	0.0573
chr3R	868693	868888	chr3R:868694-868888	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0582	0.0351	0.0831	0.0567	0.0148	0.0369	0.0411	0.046	0.0148	0.0411	0.135	0.0411	0.0837	0.0421	0.1302	0.0421	0.0386
chr3R	868898	869165	chr3R:868899-869165	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0878	0.0948	0.1015	0.0648	0.052	0.1019	0.1038	0.1319	0.052	0.0507	0.1579	0.0507	0.1154	0.0421	0.1161	0.0421	0.0651
chr3R	869210	869480	chr3R:869211-869480	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0754	0.1083	0.0689	0.0457	0.0573	0.1136	0.1077	0.1679	0.0573	0.0525	0.0801	0.0525	0.079	0.0199	0.0509	0.0199	0.0552
chr3R	869718	869873	chr3R:869719-869873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0288	0.0218	0.0335	0.0315	0.0074	0.0316	0.026	0.0207	0.0074	0.026	0.0283	0.026	0.0201	0.01	0.0155	0.01	0.0151
chr3R	870538	870826	chr3R:870539-870826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0324	0.0436	0.0349	0.017	0.0191	0.0403	0.0588	0.0586	0.0191	0.0284	0.0395	0.0284	0.0333	0.01	0.0232	0.01	0.0188
chr3R	871116	871498	chr3R:871117-871498	FBgn0263626	CR43635	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0469	0.0424	0.0596	0.0379	0.0148	0.0427	0.0545	0.0546	0.0148	0.0501	0.0778	0.0501	0.0627	0.0184	0.0651	0.0184	0.0433
chr3R	878939	879280	chr3R:878940-879280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.0336	0.0445	0.0266	0.0138	0.0417	0.0424	0.0333	0.0138	0.0489	0.0441	0.0489	0.0728	0.0199	0.0226	0.0199	0.0526
chr3R	879345	879562	chr3R:879346-879562	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0496	0.0484	0.0572	0.0425	0.018	0.0743	0.0549	0.0413	0.018	0.0537	0.0447	0.0537	0.1387	0.0368	0.0135	0.0368	0.1053
chr3R	879563	879862	chr3R:879564-879862	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.081	0.0891	0.0907	0.0614	0.0382	0.1558	0.0908	0.0686	0.0382	0.0821	0.064	0.0821	0.2386	0.0498	0.0245	0.0498	0.1532
chr3R	880011	880233	chr3R:880012-880233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0383	0.0528	0.0407	0.0195	0.0286	0.0597	0.0722	0.054	0.0286	0.0417	0.0421	0.0417	0.0651	0.0184	0.0155	0.0184	0.0318
chr3R	880313	880471	chr3R:880314-880471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0272	0.0371	0.0294	0.0135	0.0106	0.035	0.0549	0.0453	0.0106	0.035	0.0318	0.035	0.038	0.0107	0.0116	0.0107	0.024
chr3R	880827	880979	chr3R:880828-880979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0259	0.0253	0.0245	0.0283	0.0127	0.0257	0.0372	0.0247	0.0127	0.029	0.0277	0.029	0.0186	0.0459	0.0322	0.0459	0.0297
chr3R	881323	881662	chr3R:881324-881662	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0907	0.1249	0.074	0.0709	0.123	0.0835	0.199	0.1186	0.123	0.0912	0.0875	0.0912	0.0542	0.0689	0.1122	0.0689	0.0787
chr3R	881746	882151	chr3R:881747-882151	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1095	0.2083	0.0718	0.0404	0.2131	0.0913	0.3638	0.2079	0.2131	0.061	0.0994	0.061	0.0465	0.023	0.0683	0.023	0.0344
chr3R	882417	882568	chr3R:882418-882568	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.028	0.0491	0.0217	0.0114	0.0308	0.0296	0.0817	0.054	0.0308	0.0151	0.0264	0.0151	0.017	0.0061	0.0187	0.0061	0.0094
chr3R	884868	885019	chr3R:884869-885019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0327	0.0332	0.0461	0.0175	0.017	0.0379	0.042	0.0393	0.017	0.0248	0.0662	0.0248	0.0488	0.0061	0.0213	0.0061	0.0255
chr3R	885346	885497	chr3R:885347-885497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0351	0.0426	0.0407	0.0206	0.0191	0.0602	0.048	0.0426	0.0191	0.0338	0.054	0.0338	0.0488	0.0092	0.0271	0.0092	0.0334
chr3R	886314	886762	chr3R:886315-886762	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1558	0.1691	0.1973	0.0954	0.07	0.2476	0.138	0.2258	0.07	0.3545	0.1926	0.3545	0.1549	0.1049	0.0838	0.1049	0.1678
chr3R	887171	887324	chr3R:887172-887324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0401	0.037	0.0586	0.0231	0.0095	0.0617	0.0402	0.0293	0.0095	0.1196	0.0537	0.1196	0.0349	0.0161	0.0277	0.0161	0.0391
chr3R	887326	887477	chr3R:887327-887477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.036	0.0344	0.0562	0.0155	0.0085	0.0558	0.035	0.0313	0.0085	0.0924	0.0627	0.0924	0.038	0.01	0.0219	0.01	0.0229
chr3R	887721	887884	chr3R:887722-887884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0428	0.0512	0.0548	0.0203	0.0106	0.0539	0.0588	0.0759	0.0106	0.0574	0.0814	0.0574	0.0364	0.0123	0.0271	0.0123	0.0302
chr3R	889231	889382	chr3R:889232-889382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0234	0.0166	0.0296	0.0244	0.0064	0.0194	0.0199	0.0187	0.0064	0.0181	0.0344	0.0181	0.0527	0.0107	0.0232	0.0107	0.0532
chr3R	890310	890461	chr3R:890311-890461	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0343	0.0226	0.0482	0.032	0.0074	0.032	0.0264	0.0213	0.0074	0.0495	0.0527	0.0495	0.0759	0.0107	0.038	0.0107	0.0683
chr3R	890655	890811	chr3R:890656-890811	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0393	0.0247	0.0513	0.0426	0.0064	0.0311	0.0307	0.026	0.0064	0.0537	0.0521	0.0537	0.086	0.013	0.0335	0.013	0.1058
chr3R	891200	891351	chr3R:891201-891351	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0433	0.029	0.0589	0.0421	0.0064	0.0364	0.0376	0.0313	0.0064	0.032	0.0939	0.032	0.0666	0.0123	0.0716	0.0123	0.0797
chr3R	891367	891891	chr3R:891368-891891	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0759	0.0533	0.0999	0.0746	0.0191	0.0714	0.0575	0.0646	0.0191	0.0513	0.1572	0.0513	0.1154	0.0299	0.136	0.0299	0.1261
chr3R	892325	892554	chr3R:892326-892554	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0393	0.0252	0.0442	0.0497	0.0085	0.0252	0.0363	0.03	0.0085	0.026	0.0743	0.026	0.031	0.0176	0.1373	0.0176	0.0302
chr3R	892954	893105	chr3R:892955-893105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0248	0.0202	0.0266	0.0279	0.0042	0.0214	0.0285	0.0173	0.0042	0.0223	0.0395	0.0223	0.0194	0.01	0.038	0.01	0.0422
chr3R	893223	893402	chr3R:893224-893402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0339	0.0218	0.0374	0.0434	0.0053	0.0282	0.0242	0.028	0.0053	0.0181	0.0585	0.0181	0.0395	0.0184	0.0825	0.0184	0.0599
chr3R	899462	899769	chr3R:899463-899769	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0445	0.0521	0.0528	0.027	0.0127	0.068	0.0636	0.06	0.0127	0.0471	0.0547	0.0471	0.086	0.0145	0.0316	0.0145	0.0464
chr3R	901096	901347	chr3R:901097-901347	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0522	0.0411	0.0766	0.0376	0.0106	0.0529	0.051	0.0486	0.0106	0.0604	0.1132	0.0604	0.0534	0.0337	0.0574	0.0337	0.0505
chr3R	901483	901791	chr3R:901484-901791	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.0668	0.1156	0.0625	0.0244	0.0782	0.0939	0.064	0.0244	0.1081	0.1386	0.1081	0.1193	0.0689	0.0787	0.0689	0.0797
chr3R	901838	902079	chr3R:901839-902079	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1001	0.0798	0.1415	0.0774	0.0424	0.0937	0.0952	0.0953	0.0424	0.18	0.1518	0.18	0.1557	0.1317	0.0858	0.1317	0.0896
chr3R	902216	902477	chr3R:902217-902477	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1541	0.1539	0.2029	0.1008	0.0583	0.2141	0.1133	0.2338	0.0583	0.32	0.2145	0.32	0.1782	0.1746	0.1309	0.1746	0.1016
chr3R	902561	902743	chr3R:902562-902743	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0926	0.0867	0.1178	0.0716	0.0339	0.1267	0.0813	0.1019	0.0339	0.2011	0.1135	0.2011	0.117	0.1279	0.0845	0.1279	0.0766
chr3R	902938	903089	chr3R:902939-903089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0366	0.025	0.0536	0.0311	0.0117	0.034	0.029	0.024	0.0117	0.0815	0.0559	0.0815	0.0511	0.0597	0.0342	0.0597	0.0349
chr3R	903258	903429	chr3R:903259-903429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0462	0.0279	0.0675	0.0432	0.0106	0.0447	0.0298	0.026	0.0106	0.0924	0.074	0.0924	0.0565	0.0505	0.0496	0.0505	0.0443
chr3R	906231	906382	chr3R:906232-906382	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0453	0.0208	0.0577	0.0589	0.0042	0.0286	0.0255	0.024	0.0042	0.0399	0.0961	0.0399	0.0349	0.0191	0.1567	0.0191	0.0568
chr3R	907517	907668	chr3R:907518-907668	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0475	0.0369	0.0528	0.0535	0.0223	0.0456	0.0372	0.0453	0.0223	0.0477	0.0698	0.0477	0.0542	0.0322	0.0458	0.0322	0.1162
chr3R	908927	909078	chr3R:908928-909078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0945	0.0751	0.0465	0.0721	0.0825	0.1207	0.1233	0.0721	0.0749	0.0916	0.0749	0.062	0.0413	0.0548	0.0413	0.0599
chr3R	909104	909280	chr3R:909105-909280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.1058	0.0966	0.0528	0.0944	0.0961	0.1211	0.1399	0.0944	0.096	0.1167	0.096	0.0736	0.0498	0.0574	0.0498	0.0636
chr3R	911583	911734	chr3R:911584-911734	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0894	0.1261	0.091	0.0467	0.0944	0.115	0.1587	0.1579	0.0944	0.1232	0.1016	0.1232	0.0689	0.0597	0.0496	0.0597	0.0479
chr3R	912360	912558	chr3R:912361-912558	FBgn0010313	corto	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2729	0.2656	0.3174	0.2323	0.2418	0.2786	0.3062	0.2778	0.2418	0.4028	0.3383	0.4028	0.3137	0.2504	0.2592	0.2504	0.2804
chr3R	912782	912983	chr3R:912783-912983	FBgn0010313	corto	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.3245	0.3234	0.3647	0.2814	0.2566	0.3515	0.3681	0.3678	0.2566	0.4378	0.391	0.4378	0.3408	0.2963	0.2998	0.2963	0.32
chr3R	913627	913838	chr3R:913628-913838	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2129	0.1492	0.2712	0.22	0.0933	0.2078	0.1484	0.1692	0.0933	0.3508	0.3048	0.3508	0.2881	0.2473	0.2515	0.2473	0.2705
chr3R	915332	915505	chr3R:915333-915505	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0861	0.112	0.1119	0.0287	0.0626	0.0985	0.1086	0.2052	0.0626	0.055	0.2039	0.055	0.0511	0.0138	0.0864	0.0138	0.0135
chr3R	915832	915983	chr3R:915833-915983	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0645	0.1059	0.0709	0.011	0.0742	0.0932	0.1436	0.1339	0.0742	0.0272	0.1228	0.0272	0.0558	0.0115	0.0271	0.0115	0.0047
chr3R	916111	916365	chr3R:916112-916365	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.1363	0.0931	0.0235	0.0774	0.1228	0.1613	0.2119	0.0774	0.0531	0.1373	0.0531	0.1077	0.0153	0.0335	0.0153	0.0349
chr3R	919506	919661	chr3R:919507-919661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.0255	0.0484	0.0256	0.0138	0.0286	0.0307	0.0293	0.0138	0.0236	0.035	0.0236	0.0333	0.0061	0.0116	0.0061	0.0172
chr3R	920198	920377	chr3R:920199-920377	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0609	0.1118	0.0473	0.0191	0.0976	0.0728	0.1665	0.1326	0.0976	0.0362	0.0569	0.0362	0.0372	0.0107	0.0155	0.0107	0.0141
chr3R	920565	920716	chr3R:920566-920716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.0484	0.0317	0.0153	0.0456	0.0267	0.0744	0.0466	0.0456	0.0296	0.0399	0.0296	0.0186	0.0084	0.0155	0.0084	0.0109
chr3R	921055	921306	chr3R:921056-921306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.029	0.0563	0.0384	0.0085	0.0388	0.0372	0.03	0.0085	0.0652	0.0678	0.0652	0.0457	0.0337	0.0535	0.0337	0.0433
chr3R	921457	921608	chr3R:921458-921608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0131	0.0322	0.0284	0.0053	0.0141	0.0177	0.0153	0.0053	0.0266	0.0283	0.0266	0.0263	0.0222	0.0174	0.0222	0.0224
chr3R	921743	921894	chr3R:921744-921894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0209	0.025	0.0178	0.0106	0.0233	0.0203	0.0313	0.0106	0.0109	0.0174	0.0109	0.0101	0.0069	0.0052	0.0069	0.0089
chr3R	922002	922233	chr3R:922003-922233	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0477	0.0501	0.0609	0.0305	0.0159	0.05	0.0536	0.0786	0.0159	0.0393	0.0588	0.0393	0.0248	0.0115	0.0193	0.0115	0.0135
chr3R	922347	922525	chr3R:922348-922525	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0346	0.0404	0.0454	0.0163	0.018	0.0301	0.0528	0.066	0.018	0.0236	0.0656	0.0236	0.0248	0.0092	0.0174	0.0092	0.0135
chr3R	923815	924024	chr3R:923816-924024	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1021	0.0887	0.1478	0.0668	0.0424	0.1379	0.0809	0.0926	0.0424	0.1467	0.2029	0.1467	0.1216	0.0436	0.1044	0.0436	0.0995
chr3R	924856	925007	chr3R:924857-925007	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0153	0.0206	0.0322	0.0064	0.0155	0.026	0.0133	0.0064	0.0163	0.0199	0.0163	0.0132	0.0061	0.0071	0.0061	0.0094
chr3R	926795	927079	chr3R:926796-927079	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0627	0.1108	0.0585	0.0136	0.0997	0.0709	0.1375	0.1699	0.0997	0.026	0.1051	0.026	0.0178	0.0038	0.011	0.0038	0.0073
chr3R	927902	928286	chr3R:927903-928286	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0667	0.0536	0.0845	0.0617	0.0191	0.0752	0.067	0.0486	0.0191	0.1141	0.0627	0.1141	0.0899	0.0329	0.0232	0.0329	0.0526
chr3R	928290	928500	chr3R:928291-928500	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0615	0.053	0.0758	0.0553	0.0223	0.0777	0.0601	0.0486	0.0223	0.1033	0.0492	0.1033	0.072	0.0436	0.0193	0.0436	0.0511
chr3R	928917	929129	chr3R:928918-929129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0375	0.0285	0.0513	0.0323	0.0106	0.0388	0.0311	0.0346	0.0106	0.0507	0.0617	0.0507	0.0488	0.0153	0.049	0.0153	0.0297
chr3R	929169	929375	chr3R:929170-929375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0384	0.0299	0.0508	0.0344	0.0064	0.0432	0.0355	0.0306	0.0064	0.0477	0.0627	0.0477	0.0403	0.0145	0.0413	0.0145	0.0292
chr3R	929691	929842	chr3R:929692-929842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0367	0.0348	0.0453	0.0294	0.0106	0.0505	0.035	0.0426	0.0106	0.0284	0.0476	0.0284	0.0682	0.0115	0.0277	0.0115	0.0344
chr3R	929881	930373	chr3R:929882-930373	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.1016	0.1057	0.1287	0.0674	0.0212	0.1767	0.0817	0.1426	0.0212	0.0851	0.1395	0.0851	0.227	0.0253	0.1148	0.0253	0.0709
chr3R	931157	931308	chr3R:931158-931308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0416	0.0563	0.0485	0.0175	0.0392	0.0553	0.0714	0.0633	0.0392	0.0622	0.0437	0.0622	0.031	0.0092	0.0097	0.0092	0.0167
chr3R	932682	932903	chr3R:932683-932903	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0584	0.0743	0.0609	0.0379	0.0445	0.0874	0.0882	0.0833	0.0445	0.1063	0.0489	0.1063	0.0713	0.098	0.0226	0.098	0.0318
chr3R	933832	933983	chr3R:933833-933983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0457	0.0516	0.061	0.0224	0.0308	0.0675	0.0597	0.052	0.0308	0.0598	0.0524	0.0598	0.1263	0.0352	0.0135	0.0352	0.0245
chr3R	935416	935567	chr3R:935417-935567	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.1117	0.1468	0.1438	0.0373	0.1082	0.1398	0.1912	0.1626	0.1082	0.1353	0.208	0.1353	0.0984	0.0582	0.0619	0.0582	0.0245
chr3R	935582	935804	chr3R:935583-935804	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2015	0.2748	0.2515	0.0646	0.2471	0.284	0.317	0.3091	0.2471	0.2458	0.3363	0.2458	0.1743	0.0827	0.118	0.0827	0.0443
chr3R	937730	937996	chr3R:937731-937996	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0776	0.0373	0.1414	0.0528	0.0064	0.0718	0.0324	0.036	0.0064	0.3031	0.1418	0.3031	0.0635	0.1263	0.0509	0.1263	0.0396
chr3R	938304	938455	chr3R:938305-938455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.047	0.0386	0.0717	0.0294	0.0191	0.0539	0.0407	0.044	0.0191	0.122	0.064	0.122	0.0372	0.0398	0.0258	0.0398	0.0281
chr3R	938704	938909	chr3R:938705-938909	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0911	0.0759	0.1115	0.0858	0.0286	0.1408	0.0575	0.07	0.0286	0.212	0.1016	0.212	0.0744	0.1049	0.0832	0.1049	0.1172
chr3R	939074	939282	chr3R:939075-939282	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.113	0.1208	0.1424	0.072	0.0424	0.2146	0.1107	0.1106	0.0424	0.2639	0.1325	0.2639	0.0837	0.0796	0.0832	0.0796	0.0954
chr3R	939341	939576	chr3R:939342-939576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1129	0.139	0.1409	0.0531	0.0817	0.1927	0.1501	0.1452	0.0817	0.2301	0.1457	0.2301	0.0945	0.0582	0.0548	0.0582	0.0693
chr3R	939621	939772	chr3R:939622-939772	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.1522	0.1033	0.0324	0.1442	0.1578	0.1708	0.1726	0.1442	0.1335	0.1248	0.1335	0.0682	0.0237	0.0432	0.0237	0.0307
chr3R	939790	940012	chr3R:939791-940012	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1527	0.2647	0.1405	0.0409	0.2386	0.2874	0.2889	0.3078	0.2386	0.1534	0.1839	0.1534	0.0837	0.023	0.0516	0.023	0.0401
chr3R	942323	942632	chr3R:942324-942632	distal	distal	stage14	stage14	VT36671.1	VT36671.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1083	0.0901	0.124	0.1113	0.0467	0.1107	0.0982	0.1059	0.0467	0.195	0.1447	0.195	0.0922	0.209	0.1625	0.209	0.0995
chr3R	943671	943963	chr3R:943672-943963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0999	0.1276	0.1234	0.0433	0.087	0.1272	0.1414	0.1706	0.087	0.1039	0.1775	0.1039	0.0465	0.0291	0.0535	0.0291	0.0386
chr3R	944217	944431	chr3R:944218-944431	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.084	0.1508	0.0728	0.0216	0.1198	0.1131	0.144	0.2831	0.1198	0.07	0.0968	0.07	0.0325	0.0115	0.0226	0.0115	0.0151
chr3R	944465	944748	chr3R:944466-944748	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1008	0.1535	0.1028	0.0397	0.1103	0.1126	0.1566	0.2791	0.1103	0.0984	0.1405	0.0984	0.0356	0.0253	0.0451	0.0253	0.0271
chr3R	944991	945169	chr3R:944992-945169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.07	0.0758	0.0915	0.04	0.0382	0.0772	0.0869	0.1059	0.0382	0.0556	0.1492	0.0556	0.0511	0.0237	0.0767	0.0237	0.036
chr3R	945707	945858	chr3R:945708-945858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0433	0.0531	0.0523	0.0226	0.0392	0.0519	0.0623	0.0666	0.0392	0.0368	0.0823	0.0368	0.0287	0.0107	0.0432	0.0107	0.0219
chr3R	945872	946023	chr3R:945873-946023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.058	0.0765	0.0647	0.0298	0.0551	0.0796	0.0882	0.0919	0.0551	0.0507	0.101	0.0507	0.0279	0.0123	0.0625	0.0123	0.025
chr3R	946274	946531	chr3R:946275-946531	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1519	0.2212	0.1632	0.062	0.1644	0.2471	0.1864	0.3371	0.1644	0.1359	0.255	0.1359	0.0713	0.0237	0.1212	0.0237	0.0438
chr3R	948518	948677	chr3R:948519-948677	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.046	0.0419	0.0533	0.0428	0.0233	0.0485	0.0502	0.05	0.0233	0.0254	0.0325	0.0254	0.0178	0.0077	0.011	0.0077	0.0083
chr3R	950828	951019	chr3R:950829-951019	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0673	0.1267	0.0558	0.0135	0.1262	0.0733	0.1808	0.1612	0.1262	0.0386	0.0775	0.0386	0.0132	0.0031	0.0084	0.0031	0.0089
chr3R	951580	951851	chr3R:951581-951851	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1	0.1669	0.0872	0.0394	0.1676	0.101	0.2266	0.2205	0.1676	0.0773	0.081	0.0773	0.0209	0.0092	0.0148	0.0092	0.012
chr3R	952416	952579	chr3R:952417-952579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0565	0.0664	0.0393	0.0329	0.0607	0.0761	0.0593	0.0329	0.087	0.0746	0.087	0.0418	0.0544	0.0335	0.0544	0.0365
chr3R	952720	952915	chr3R:952721-952915	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.142	0.1255	0.1706	0.1291	0.0891	0.134	0.1488	0.1466	0.0891	0.2114	0.192	0.2114	0.1363	0.1394	0.1315	0.1394	0.1532
chr3R	953030	953261	chr3R:953031-953261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0725	0.0764	0.075	0.0653	0.0594	0.0782	0.093	0.0933	0.0594	0.0876	0.083	0.0876	0.0689	0.0681	0.058	0.0681	0.0651
chr3R	953346	953577	chr3R:953347-953577	FBgn0037293	CG12007	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0555	0.057	0.0642	0.0443	0.0414	0.0626	0.0644	0.0693	0.0414	0.064	0.0733	0.064	0.0627	0.0444	0.0522	0.0444	0.0485
chr3R	953726	953899	chr3R:953727-953899	FBgn0037293	CG12007	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1256	0.1319	0.1425	0.1001	0.1029	0.149	0.1609	0.1379	0.1029	0.1636	0.1643	0.1636	0.1363	0.111	0.1032	0.111	0.1157
chr3R	958505	958656	chr3R:958506-958656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0127	0.0082	0.0117	0.0189	0.0032	0.0087	0.0091	0.0093	0.0032	0.0103	0.0125	0.0103	0.0201	0.0184	0.0084	0.0184	0.0469
chr3R	961636	961787	chr3R:961637-961787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0145	0.0165	0.0185	0.0079	0.0064	0.0189	0.0238	0.0187	0.0064	0.038	0.018	0.038	0.0116	0.0153	0.0103	0.0153	0.0063
chr3R	961804	961955	chr3R:961805-961955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0144	0.0146	0.0202	0.0078	0.0021	0.0194	0.0199	0.0167	0.0021	0.0465	0.017	0.0465	0.0108	0.0184	0.0097	0.0184	0.0052
chr3R	966026	966177	chr3R:966027-966177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0126	0.007	0.0092	0.0042	0.0102	0.0195	0.0127	0.0042	0.0066	0.0074	0.0066	0.0054	0.0038	0.0019	0.0038	0.0042
chr3R	966977	967128	chr3R:966978-967128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0112	0.0105	0.0124	0.0107	0.0021	0.0126	0.0147	0.012	0.0021	0.0242	0.0093	0.0242	0.0139	0.0237	0.0045	0.0237	0.0104
chr3R	967297	967448	chr3R:967298-967448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.016	0.0142	0.0159	0.0181	0.0053	0.0131	0.0234	0.0133	0.0053	0.0296	0.0125	0.0296	0.0194	0.0375	0.009	0.0375	0.0167
chr3R	976332	976593	chr3R:976333-976593	FBgn0037295	dpr16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1552	0.1785	0.2168	0.0616	0.14	0.2083	0.1561	0.2458	0.14	0.3019	0.2434	0.3019	0.0914	0.0168	0.0271	0.0168	0.0188
chr3R	976790	976941	chr3R:976791-976941	FBgn0037295	dpr16	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0332	0.028	0.0117	0.0212	0.0277	0.0433	0.0446	0.0212	0.0278	0.036	0.0278	0.0155	0.0054	0.0077	0.0054	0.0063
chr3R	993157	993308	chr3R:993158-993308	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0207	0.0335	0.0187	0.0088	0.0212	0.0112	0.0601	0.046	0.0212	0.0151	0.0283	0.0151	0.0155	0.0046	0.0168	0.0046	0.0073
chr3R	997596	997969	chr3R:997597-997969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0475	0.0301	0.0234	0.0318	0.0248	0.0783	0.0606	0.0318	0.0254	0.0402	0.0254	0.0209	0.0123	0.0232	0.0123	0.0115
chr3R	1001767	1001955	chr3R:1001768-1001955	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0309	0.0497	0.0207	0.0212	0.0371	0.0345	0.0783	0.054	0.0371	0.0163	0.0302	0.0163	0.0139	0.049	0.0168	0.049	0.0266
chr3R	1015062	1015256	chr3R:1015063-1015256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0279	0.0322	0.0274	0.0235	0.0223	0.0214	0.0463	0.04	0.0223	0.0163	0.0383	0.0163	0.0372	0.0138	0.0554	0.0138	0.0177
chr3R	1015342	1015565	chr3R:1015343-1015565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0296	0.0379	0.0294	0.0206	0.0286	0.0194	0.0567	0.0553	0.0286	0.0242	0.0383	0.0242	0.0349	0.01	0.0484	0.01	0.0156
chr3R	1015976	1016127	chr3R:1015977-1016127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0181	0.0128	0.0103	0.018	0.0102	0.0264	0.026	0.018	0.0097	0.0193	0.0097	0.007	0.0015	0.0071	0.0015	0.0068
chr3R	1020345	1020586	chr3R:1020346-1020586	FBgn0263018	snRNA:U4atac:82E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0476	0.0291	0.011	0.0286	0.0311	0.0757	0.0613	0.0286	0.0223	0.0405	0.0223	0.0186	0.0069	0.0148	0.0069	0.0099
chr3R	1020767	1020971	chr3R:1020768-1020971	FBgn0263018	snRNA:U4atac:82E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0327	0.0561	0.0293	0.0104	0.0414	0.0282	0.0878	0.0706	0.0414	0.0187	0.0373	0.0187	0.0201	0.0084	0.0129	0.0084	0.0125
chr3R	1020985	1021136	chr3R:1020986-1021136	FBgn0263018	snRNA:U4atac:82E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0413	0.0253	0.0085	0.0255	0.0243	0.0662	0.0486	0.0255	0.0151	0.0328	0.0151	0.0116	0.0054	0.0097	0.0054	0.0089
chr3R	1024015	1024166	chr3R:1024016-1024166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.0211	0.0161	0.016	0.0117	0.0175	0.0329	0.0207	0.0117	0.0097	0.0222	0.0097	0.017	0.0069	0.0097	0.0069	0.0094
chr3R	1024325	1024476	chr3R:1024326-1024476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0211	0.0143	0.013	0.0127	0.0117	0.0316	0.0306	0.0127	0.0085	0.0206	0.0085	0.0139	0.0031	0.0058	0.0031	0.0068
chr3R	1025735	1025886	chr3R:1025736-1025886	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0248	0.0292	0.0258	0.0188	0.0191	0.0257	0.0411	0.0346	0.0191	0.0187	0.0322	0.0187	0.0325	0.0077	0.0174	0.0077	0.0297
chr3R	1025935	1026367	chr3R:1025936-1026367	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0616	0.0799	0.0635	0.0393	0.0573	0.0592	0.1146	0.0906	0.0573	0.0531	0.0797	0.0531	0.0589	0.0375	0.029	0.0375	0.037
chr3R	1026474	1026670	chr3R:1026475-1026670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0644	0.0834	0.0698	0.0372	0.0657	0.0641	0.125	0.0859	0.0657	0.0767	0.082	0.0767	0.0573	0.0429	0.0193	0.0429	0.0276
chr3R	1026861	1027078	chr3R:1026862-1027078	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.035	0.0505	0.035	0.0177	0.0276	0.0422	0.0718	0.06	0.0276	0.0314	0.0479	0.0314	0.0256	0.013	0.0142	0.013	0.0224
chr3R	1029668	1029844	chr3R:1029669-1029844	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0357	0.0351	0.0434	0.028	0.0286	0.0316	0.045	0.038	0.0286	0.0181	0.0447	0.0181	0.0945	0.0115	0.0284	0.0115	0.0511
chr3R	1029949	1030100	chr3R:1029950-1030100	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0297	0.0326	0.0175	0.0244	0.0233	0.0411	0.034	0.0244	0.0097	0.0418	0.0097	0.0449	0.0023	0.0155	0.0023	0.0297
chr3R	1030191	1030402	chr3R:1030192-1030402	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.03	0.0361	0.0336	0.0191	0.0308	0.0228	0.0528	0.0413	0.0308	0.0181	0.0395	0.0181	0.0279	0.0046	0.0174	0.0046	0.0208
chr3R	1033453	1033604	chr3R:1033454-1033604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0406	0.0416	0.0267	0.0329	0.0325	0.0502	0.0566	0.0329	0.0175	0.0669	0.0175	0.0302	0.0191	0.0606	0.0191	0.0229
chr3R	1033802	1033953	chr3R:1033803-1033953	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.038	0.0296	0.0191	0.0276	0.0291	0.0515	0.0533	0.0276	0.0139	0.0428	0.0139	0.0318	0.0069	0.0451	0.0069	0.0156
chr3R	1037278	1037508	chr3R:1037279-1037508	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0977	0.1811	0.0813	0.0224	0.1739	0.115	0.2656	0.2045	0.1739	0.0465	0.1222	0.0465	0.0449	0.0107	0.0277	0.0107	0.0208
chr3R	1037789	1038038	chr3R:1037790-1038038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1808	0.2817	0.1951	0.0525	0.298	0.2049	0.3672	0.3298	0.298	0.0948	0.3039	0.0948	0.096	0.0237	0.0851	0.0237	0.0292
chr3R	1038242	1038448	chr3R:1038243-1038448	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1532	0.2116	0.1968	0.0401	0.1994	0.1646	0.2517	0.2851	0.1994	0.1063	0.3071	0.1063	0.0891	0.0176	0.0741	0.0176	0.0287
chr3R	1041112	1041430	chr3R:1041113-1041430	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0851	0.067	0.1234	0.0634	0.0318	0.0913	0.0718	0.0773	0.0318	0.0477	0.1614	0.0477	0.2579	0.0436	0.0799	0.0436	0.1188
chr3R	1041859	1042029	chr3R:1041860-1042029	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0889	0.0796	0.1159	0.0696	0.053	0.0811	0.0978	0.0973	0.053	0.1099	0.1463	0.1099	0.1472	0.075	0.1096	0.075	0.0954
chr3R	1042101	1042294	chr3R:1042102-1042294	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1465	0.1076	0.2113	0.1191	0.052	0.1282	0.1207	0.1372	0.052	0.2168	0.2907	0.2168	0.1983	0.1263	0.2218	0.1263	0.1303
chr3R	1042445	1042624	chr3R:1042446-1042624	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0745	0.0562	0.1046	0.062	0.0318	0.0636	0.0606	0.0759	0.0318	0.0966	0.1514	0.0966	0.086	0.0429	0.1122	0.0429	0.0662
chr3R	1043085	1043278	chr3R:1043086-1043278	FBgn0259212	cno	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.219	0.2193	0.2613	0.1721	0.1612	0.2354	0.2526	0.2545	0.1612	0.3194	0.2865	0.3194	0.2432	0.1577	0.1954	0.1577	0.2355
chr3R	1044994	1045193	chr3R:1044995-1045193	FBgn0037296,FBgn0037297	CG1116,Prosbeta2R2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0796	0.0872	0.0906	0.0589	0.0435	0.0951	0.0995	0.1119	0.0435	0.0833	0.1141	0.0833	0.0999	0.0613	0.0683	0.0613	0.0735
chr3R	1045258	1045452	chr3R:1045259-1045452	FBgn0037296,FBgn0037297	CG1116,Prosbeta2R2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1328	0.127	0.1621	0.1071	0.0753	0.1379	0.1466	0.1546	0.0753	0.1781	0.1875	0.1781	0.1689	0.1156	0.1199	0.1156	0.1266
chr3R	1049014	1049210	chr3R:1049015-1049210	FBgn0037298	CG2604	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0603	0.0694	0.0598	0.0507	0.0424	0.0655	0.0865	0.0866	0.0424	0.0362	0.0852	0.0362	0.079	0.0391	0.0716	0.0391	0.0688
chr3R	1051808	1051986	chr3R:1051809-1051986	FBgn0037299	CG1115	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0788	0.0723	0.09	0.0739	0.035	0.0854	0.0787	0.0853	0.035	0.1033	0.1061	0.1033	0.0976	0.0888	0.0761	0.0888	0.1053
chr3R	1057016	1057167	chr3R:1057017-1057167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0461	0.0287	0.0162	0.0329	0.0408	0.0709	0.0446	0.0329	0.0326	0.0322	0.0326	0.0318	0.0191	0.0239	0.0191	0.0198
chr3R	1057382	1057770	chr3R:1057383-1057770	FBgn0037301,FBgn0040208	Kat60,Mms19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1507	0.1403	0.1789	0.1313	0.1092	0.1495	0.1644	0.1572	0.1092	0.2204	0.1977	0.2204	0.1805	0.1401	0.1425	0.1401	0.1725
chr3R	1057840	1058036	chr3R:1057841-1058036	FBgn0037301,FBgn0040208	Kat60,Mms19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2311	0.2154	0.2676	0.2086	0.1591	0.2471	0.2513	0.2225	0.1591	0.3267	0.2891	0.3267	0.2727	0.2106	0.2141	0.2106	0.2548
chr3R	1058162	1058344	chr3R:1058163-1058344	FBgn0037301,FBgn0040208	Kat60,Mms19	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1966	0.1801	0.2296	0.1788	0.1241	0.2121	0.1951	0.2032	0.1241	0.2838	0.2466	0.2838	0.2316	0.17	0.185	0.17	0.2303
chr3R	1058505	1058692	chr3R:1058506-1058692	FBgn0037301	Mms19	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0581	0.0521	0.0718	0.0499	0.0286	0.0583	0.0562	0.0653	0.0286	0.093	0.0756	0.093	0.0744	0.059	0.0477	0.059	0.0683
chr3R	1066558	1066815	chr3R:1066559-1066815	FBgn0053293	CG33293	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0581	0.0228	0.0125	0.0509	0.0359	0.0891	0.0606	0.0509	0.0193	0.0318	0.0193	0.0116	0.01	0.0155	0.01	0.0109
chr3R	1071562	1071713	chr3R:1071563-1071713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0127	0.0162	0.0159	0.0053	0.0126	0.016	0.0187	0.0053	0.0199	0.019	0.0199	0.0194	0.0245	0.0206	0.0245	0.0151
chr3R	1072796	1072947	chr3R:1072797-1072947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.0162	0.0156	0.026	0.0021	0.0141	0.0238	0.0233	0.0021	0.0133	0.0203	0.0133	0.0163	0.0107	0.0716	0.0107	0.0156
chr3R	1076827	1077041	chr3R:1076828-1077041	FBgn0260462	CG12163	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.123	0.125	0.1453	0.0962	0.0785	0.1301	0.1393	0.1632	0.0785	0.1522	0.1791	0.1522	0.1131	0.1187	0.1122	0.1187	0.0813
chr3R	1077045	1077282	chr3R:1077046-1077282	FBgn0260462	CG12163	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1794	0.1415	0.2326	0.1635	0.0848	0.168	0.1458	0.1785	0.0848	0.2675	0.2695	0.2675	0.2161	0.2213	0.1902	0.2213	0.174
chr3R	1077370	1077554	chr3R:1077371-1077554	FBgn0260462	CG12163	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1981	0.1771	0.2381	0.1776	0.1304	0.1893	0.1977	0.2212	0.1304	0.2699	0.2727	0.2699	0.2448	0.2075	0.1754	0.2075	0.2048
chr3R	1082332	1082528	chr3R:1082333-1082528	FBgn0037305,FBgn0264652	CG12173,Hph	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1019	0.0957	0.1025	0.1081	0.087	0.1087	0.1051	0.1013	0.087	0.1159	0.1132	0.1159	0.11	0.1217	0.118	0.1217	0.1287
chr3R	1082656	1082822	chr3R:1082657-1082822	FBgn0037305,FBgn0264652	CG12173,Hph	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1642	0.1459	0.1869	0.1597	0.087	0.1699	0.1544	0.1839	0.087	0.2186	0.1936	0.2186	0.2169	0.1937	0.1644	0.1937	0.1834
chr3R	1082914	1083091	chr3R:1082915-1083091	FBgn0037305,FBgn0264652	CG12173,Hph	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0833	0.0745	0.0953	0.0801	0.035	0.0786	0.0861	0.0939	0.035	0.1081	0.1006	0.1081	0.1069	0.1026	0.0825	0.1026	0.0928
chr3R	1083155	1083449	chr3R:1083156-1083449	FBgn0264652	Hph	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0409	0.0635	0.0544	0.0244	0.0476	0.048	0.05	0.0244	0.0652	0.0698	0.0652	0.0806	0.0613	0.0554	0.0613	0.0604
chr3R	1087782	1087933	chr3R:1087783-1087933	FBgn0037307	Tim17a2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0326	0.039	0.0396	0.0177	0.0201	0.0534	0.0415	0.042	0.0201	0.0344	0.0412	0.0344	0.0798	0.0283	0.0213	0.0283	0.0167
chr3R	1089013	1089253	chr3R:1089014-1089253	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0702	0.0654	0.0902	0.0535	0.0191	0.0757	0.0843	0.0779	0.0191	0.0876	0.1096	0.0876	0.1317	0.0643	0.0851	0.0643	0.0563
chr3R	1089783	1090001	chr3R:1089784-1090001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1859	0.2025	0.2165	0.1337	0.158	0.232	0.2054	0.2412	0.158	0.2899	0.2453	0.2899	0.2107	0.1662	0.1625	0.1662	0.1751
chr3R	1090178	1090387	chr3R:1090179-1090387	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1689	0.1747	0.199	0.1295	0.1283	0.2005	0.1752	0.2205	0.1283	0.288	0.2344	0.288	0.1828	0.1845	0.1709	0.1845	0.1496
chr3R	1090512	1090720	chr3R:1090513-1090720	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1904	0.2164	0.2159	0.1334	0.176	0.2282	0.2435	0.2512	0.176	0.2995	0.2624	0.2995	0.1929	0.1922	0.1812	0.1922	0.1386
chr3R	1094327	1094478	chr3R:1094328-1094478	FBgn0037309	CR31541	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0522	0.0471	0.0376	0.0382	0.0578	0.0597	0.0593	0.0382	0.0616	0.0527	0.0616	0.055	0.0505	0.0361	0.0505	0.0599
chr3R	1096126	1096607	chr3R:1096127-1096607	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0971	0.1333	0.0982	0.0553	0.0933	0.1359	0.1648	0.1499	0.0933	0.1057	0.1135	0.1057	0.1224	0.0536	0.0529	0.0536	0.0698
chr3R	1096630	1096850	chr3R:1096631-1096850	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0927	0.1262	0.0882	0.0602	0.0901	0.1165	0.1505	0.1572	0.0901	0.0809	0.1061	0.0809	0.1193	0.0658	0.0496	0.0658	0.0714
chr3R	1096900	1097057	chr3R:1096901-1097057	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0533	0.0637	0.0584	0.0362	0.0382	0.0617	0.0753	0.0793	0.0382	0.0471	0.0794	0.0471	0.0643	0.0429	0.0284	0.0429	0.0464
chr3R	1097153	1097304	chr3R:1097154-1097304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0358	0.0352	0.0336	0.0265	0.0364	0.0411	0.044	0.0265	0.0223	0.0479	0.0223	0.0442	0.0352	0.0329	0.0352	0.0417
chr3R	1106937	1107124	chr3R:1106938-1107124	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0213	0.0232	0.0448	0.0148	0.017	0.0277	0.0273	0.0148	0.0145	0.0357	0.0145	0.0217	0.013	0.1554	0.013	0.0188
chr3R	1108674	1108941	chr3R:1108675-1108941	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0562	0.0183	0.0322	0.1249	0.0095	0.0223	0.019	0.02	0.0095	0.0157	0.036	0.0157	0.0736	0.1049	0.176	0.1049	0.1876
chr3R	1109061	1109242	chr3R:1109062-1109242	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0509	0.0188	0.0332	0.1061	0.0106	0.017	0.0242	0.0247	0.0106	0.0242	0.0376	0.0242	0.0682	0.1041	0.1547	0.1041	0.1496
chr3R	1109466	1109662	chr3R:1109467-1109662	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0565	0.0464	0.04	0.0859	0.0361	0.0447	0.0541	0.0606	0.0361	0.0272	0.0521	0.0272	0.0666	0.0873	0.118	0.0873	0.1214
chr3R	1113136	1113287	chr3R:1113137-1113287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0251	0.0232	0.0212	0.0316	0.0127	0.0238	0.0324	0.022	0.0127	0.0223	0.0232	0.0223	0.0356	0.0222	0.0451	0.0222	0.0552
chr3R	1114977	1115128	chr3R:1114978-1115128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.0146	0.0138	0.0178	0.0053	0.0146	0.0195	0.016	0.0053	0.0157	0.0148	0.0157	0.0209	0.0505	0.0103	0.0505	0.0156
chr3R	1116022	1116173	chr3R:1116023-1116173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0188	0.0145	0.0155	0.0148	0.015	0.0307	0.0187	0.0148	0.0097	0.0186	0.0097	0.0256	0.0138	0.0116	0.0138	0.0297
chr3R	1116662	1116813	chr3R:1116663-1116813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0188	0.0206	0.0162	0.0195	0.0127	0.018	0.0337	0.018	0.0127	0.0085	0.0244	0.0085	0.0225	0.0153	0.0451	0.0153	0.0162
chr3R	1122870	1123025	chr3R:1122871-1123025	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0591	0.0646	0.0429	0.0392	0.065	0.0701	0.068	0.0392	0.0755	0.0791	0.0755	0.0674	0.0521	0.049	0.0521	0.0479
chr3R	1123162	1123343	chr3R:1123163-1123343	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.132	0.1296	0.1466	0.1186	0.0859	0.1563	0.138	0.1472	0.0859	0.1588	0.1759	0.1588	0.1495	0.1363	0.1431	0.1363	0.1298
chr3R	1123446	1123599	chr3R:1123447-1123599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0516	0.0495	0.0544	0.0508	0.0255	0.0636	0.0558	0.0526	0.0255	0.0537	0.0688	0.0537	0.0449	0.0651	0.0509	0.0651	0.0657
chr3R	1124481	1124683	chr3R:1124482-1124683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0639	0.0485	0.073	0.071	0.0308	0.0553	0.0506	0.0626	0.0308	0.0652	0.0823	0.0652	0.093	0.0613	0.0761	0.0613	0.111
chr3R	1124807	1124994	chr3R:1124808-1124994	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1214	0.1093	0.1401	0.1143	0.0764	0.118	0.1207	0.1339	0.0764	0.1588	0.1585	0.1588	0.1363	0.121	0.1154	0.121	0.1475
chr3R	1125142	1125293	chr3R:1125143-1125293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.043	0.056	0.0383	0.0223	0.0417	0.0619	0.0446	0.0223	0.0694	0.0605	0.0694	0.0643	0.0352	0.0445	0.0352	0.0505
chr3R	1126434	1126640	chr3R:1126435-1126640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0517	0.0452	0.0557	0.0544	0.0297	0.0466	0.0601	0.0473	0.0297	0.0531	0.0627	0.0531	0.0728	0.0582	0.0503	0.0582	0.05
chr3R	1128701	1129000	chr3R:1128702-1129000	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0551	0.0761	0.0577	0.0288	0.0403	0.084	0.09	0.0866	0.0403	0.0429	0.0367	0.0429	0.1782	0.0115	0.0239	0.0115	0.0672
chr3R	1129674	1129873	chr3R:1129675-1129873	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0251	0.0492	0.0166	0.0075	0.0382	0.0204	0.0973	0.042	0.0382	0.0109	0.0183	0.0109	0.0302	0.0046	0.0064	0.0046	0.013
chr3R	1131804	1132131	chr3R:1131805-1132131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0397	0.0374	0.0423	0.0395	0.0276	0.0325	0.0554	0.0313	0.0276	0.026	0.0293	0.026	0.1332	0.0207	0.0239	0.0207	0.1016
chr3R	1133883	1134066	chr3R:1133884-1134066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0264	0.0344	0.0401	0.0117	0.0277	0.0428	0.0147	0.0117	0.0314	0.0222	0.0314	0.0976	0.0191	0.0161	0.0191	0.1136
chr3R	1134714	1134865	chr3R:1134715-1134865	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0234	0.0366	0.0203	0.0121	0.0191	0.0282	0.0675	0.0253	0.0191	0.0139	0.0232	0.0139	0.0403	0.0138	0.0142	0.0138	0.0203
chr3R	1134941	1135161	chr3R:1134942-1135161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0317	0.0491	0.0277	0.0167	0.0424	0.0311	0.0917	0.0273	0.0424	0.026	0.0318	0.026	0.0457	0.0138	0.0181	0.0138	0.0307
chr3R	1136108	1136259	chr3R:1136109-1136259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0227	0.0384	0.0207	0.0072	0.0265	0.0252	0.0679	0.0313	0.0265	0.0193	0.0241	0.0193	0.0356	0.0061	0.0077	0.0061	0.0099
chr3R	1140815	1141115	chr3R:1140816-1141115	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0543	0.0444	0.057	0.0624	0.018	0.0558	0.0554	0.042	0.018	0.0827	0.055	0.0827	0.0705	0.1103	0.0671	0.1103	0.0724
chr3R	1141576	1141891	chr3R:1141577-1141891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.041	0.0411	0.0425	0.0391	0.017	0.0714	0.0441	0.024	0.017	0.0501	0.0418	0.0501	0.072	0.036	0.0638	0.036	0.0532
chr3R	1142574	1142779	chr3R:1142575-1142779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0342	0.0305	0.0404	0.0316	0.0265	0.0359	0.0372	0.0233	0.0265	0.0604	0.028	0.0604	0.0844	0.0322	0.0174	0.0322	0.0724
chr3R	1143490	1143709	chr3R:1143491-1143709	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0646	0.0776	0.0745	0.0393	0.0541	0.0913	0.0921	0.0786	0.0541	0.125	0.0804	0.125	0.0643	0.085	0.0406	0.085	0.0323
chr3R	1144020	1144207	chr3R:1144021-1144207	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0392	0.0589	0.0385	0.0178	0.0371	0.0738	0.0675	0.06	0.0371	0.067	0.0367	0.067	0.0434	0.0329	0.0193	0.0329	0.0162
chr3R	1144837	1145031	chr3R:1144838-1145031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0449	0.0414	0.0633	0.0285	0.0244	0.0699	0.0394	0.036	0.0244	0.0767	0.0524	0.0767	0.1448	0.013	0.029	0.013	0.0599
chr3R	1145273	1145601	chr3R:1145274-1145601	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0702	0.073	0.0919	0.0432	0.0403	0.0782	0.0826	0.0953	0.0403	0.0888	0.1	0.0888	0.1627	0.0176	0.0735	0.0176	0.0589
chr3R	1146478	1146717	chr3R:1146479-1146717	distal	distal	stage5	stage5	VT36776.1	VT36776.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0592	0.1061	0.0476	0.0195	0.1273	0.0675	0.1648	0.0919	0.1273	0.0296	0.0543	0.0296	0.1038	0.0207	0.0316	0.0207	0.0214
chr3R	1147467	1147682	chr3R:1147468-1147682	distal	distal	none	none	VT36776.1	VT36776.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0267	0.0223	0.0247	0.0338	0.0117	0.0218	0.0272	0.032	0.0117	0.0211	0.037	0.0211	0.0271	0.0452	0.0806	0.0452	0.0219
chr3R	1147979	1148130	chr3R:1147980-1148130	distal	distal	stage14	stage14	VT36776.1,VT36777.1	VT36776.1,VT36777.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0289	0.0339	0.024	0.0287	0.018	0.034	0.0463	0.036	0.018	0.026	0.0299	0.026	0.0302	0.0207	0.0613	0.0207	0.0313
chr3R	1149522	1149794	chr3R:1149523-1149794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT36777.1	VT36777.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1629	0.1664	0.1747	0.1459	0.1071	0.2078	0.1687	0.1912	0.1071	0.1576	0.2277	0.1576	0.2262	0.1922	0.2405	0.1922	0.1647
chr3R	1152031	1152242	chr3R:1152032-1152242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0535	0.0598	0.0629	0.0362	0.0329	0.0738	0.0748	0.0626	0.0329	0.0882	0.0711	0.0882	0.0581	0.0636	0.0297	0.0636	0.0339
chr3R	1153728	1153941	chr3R:1153729-1153941	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0759	0.1603	0.044	0.0164	0.1622	0.1369	0.2253	0.1459	0.1622	0.0223	0.0376	0.0223	0.1177	0.0176	0.011	0.0176	0.024
chr3R	1154929	1155108	chr3R:1154930-1155108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0363	0.0646	0.0292	0.0124	0.0509	0.0612	0.0874	0.0626	0.0509	0.0362	0.0273	0.0362	0.0465	0.0207	0.0123	0.0207	0.0135
chr3R	1157800	1158018	chr3R:1157801-1158018	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT36782.1	VT36782.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0522	0.1022	0.0373	0.0127	0.088	0.0519	0.1484	0.1466	0.088	0.0085	0.073	0.0085	0.024	0.0069	0.029	0.0069	0.0104
chr3R	1172456	1172607	chr3R:1172457-1172607	distal	distal	stage14	stage14	VT36788.1	VT36788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0135	0.0125	0.0099	0.0185	0.0064	0.0102	0.0225	0.0093	0.0064	0.0079	0.0084	0.0079	0.0163	0.0107	0.0058	0.0107	0.0068
chr3R	1176390	1176541	chr3R:1176391-1176541	FBgn0013576	mtd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0133	0.0125	0.01	0.0177	0.0021	0.0107	0.0247	0.0113	0.0021	0.0115	0.0096	0.0115	0.0093	0.0084	0.0045	0.0084	0.0104
chr3R	1177761	1177912	chr3R:1177762-1177912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0206	0.0228	0.0153	0.0074	0.0204	0.029	0.0227	0.0074	0.0205	0.0286	0.0205	0.0155	0.0046	0.0058	0.0046	0.0094
chr3R	1180384	1180560	chr3R:1180385-1180560	FBgn0037312,FBgn0037313	CG1161,CG11999	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1133	0.0952	0.144	0.0997	0.0615	0.1204	0.093	0.1186	0.0615	0.1926	0.1495	0.1926	0.1572	0.1064	0.1057	0.1064	0.135
chr3R	1180722	1180892	chr3R:1180723-1180892	FBgn0037312,FBgn0037313	CG1161,CG11999	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1259	0.1125	0.1548	0.1092	0.0636	0.1481	0.112	0.1419	0.0636	0.1981	0.1691	0.1981	0.1681	0.1217	0.107	0.1217	0.1532
chr3R	1180949	1181132	chr3R:1180950-1181132	FBgn0037312,FBgn0037313	CG1161,CG11999	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0788	0.0666	0.1025	0.0663	0.0297	0.0816	0.077	0.0819	0.0297	0.125	0.1064	0.125	0.127	0.0743	0.0625	0.0743	0.0985
chr3R	1183566	1183717	chr3R:1183567-1183717	FBgn0250746	Prosbeta7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.063	0.0548	0.0761	0.0577	0.0308	0.067	0.0606	0.064	0.0308	0.0924	0.0862	0.0924	0.0682	0.0689	0.0671	0.0689	0.073
chr3R	1183834	1184012	chr3R:1183835-1184012	FBgn0250746	Prosbeta7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1363	0.1813	0.1373	0.0891	0.1699	0.1397	0.1592	0.0891	0.2271	0.1894	0.2271	0.1991	0.1462	0.158	0.1462	0.1735
chr3R	1187428	1187579	chr3R:1187429-1187579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0202	0.016	0.0234	0.0214	0.0095	0.0199	0.0208	0.0173	0.0095	0.0145	0.0383	0.0145	0.024	0.013	0.0561	0.013	0.012
chr3R	1187735	1187886	chr3R:1187736-1187886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0202	0.0146	0.026	0.0202	0.0074	0.0184	0.0182	0.0167	0.0074	0.0187	0.0395	0.0187	0.0271	0.013	0.0458	0.013	0.0182
chr3R	1189283	1189434	chr3R:1189284-1189434	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0116	0.0217	0.0355	0.0021	0.0112	0.019	0.0113	0.0021	0.0127	0.0379	0.0127	0.0116	0.0084	0.1173	0.0084	0.0229
chr3R	1190454	1190605	chr3R:1190455-1190605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0244	0.0236	0.0242	0.0256	0.0117	0.0189	0.042	0.0213	0.0117	0.0205	0.0241	0.0205	0.0418	0.0168	0.0148	0.0168	0.0584
chr3R	1190893	1191044	chr3R:1190894-1191044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0181	0.0228	0.037	0.0117	0.017	0.0277	0.018	0.0117	0.0193	0.0219	0.0193	0.0442	0.0306	0.0206	0.0306	0.0839
chr3R	1192762	1192930	chr3R:1192763-1192930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0409	0.0346	0.0495	0.0384	0.0159	0.0476	0.042	0.0313	0.0159	0.0556	0.0476	0.0556	0.0488	0.0398	0.0368	0.0398	0.038
chr3R	1193387	1193643	chr3R:1193388-1193643	FBgn0037315	Cerk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1717	0.1467	0.2223	0.144	0.0795	0.2267	0.138	0.1546	0.0795	0.2844	0.219	0.2844	0.2246	0.1317	0.118	0.1317	0.1944
chr3R	1193923	1194121	chr3R:1193924-1194121	FBgn0037315	Cerk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2307	0.2081	0.2655	0.2177	0.1463	0.2519	0.2262	0.2312	0.1463	0.3152	0.2868	0.3152	0.268	0.245	0.2257	0.245	0.2658
chr3R	1194239	1194444	chr3R:1194240-1194444	FBgn0037315	Cerk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.085	0.0839	0.098	0.072	0.052	0.0951	0.1051	0.0846	0.052	0.1135	0.1039	0.1135	0.1084	0.0858	0.0716	0.0858	0.0881
chr3R	1197402	1197574	chr3R:1197403-1197574	FBgn0003275	RpII18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1513	0.1373	0.1793	0.1362	0.0923	0.1534	0.1497	0.1659	0.0923	0.2162	0.1971	0.2162	0.1805	0.1654	0.127	0.1654	0.1652
chr3R	1200257	1200481	chr3R:1200258-1200481	FBgn0037317,FBgn0086695	CG14667,hd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.079	0.0811	0.0954	0.0586	0.0647	0.0825	0.083	0.1039	0.0647	0.1135	0.1045	0.1135	0.1015	0.0582	0.0516	0.0582	0.0881
chr3R	1200646	1200842	chr3R:1200647-1200842	FBgn0037317,FBgn0086695	CG14667,hd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1126	0.119	0.123	0.0941	0.0774	0.1228	0.1397	0.1459	0.0774	0.1492	0.1379	0.1492	0.1139	0.0873	0.1109	0.0873	0.1167
chr3R	1200867	1201125	chr3R:1200868-1201125	FBgn0037317	CG14667	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0721	0.0819	0.0751	0.0578	0.0477	0.0738	0.1107	0.0986	0.0477	0.0948	0.082	0.0948	0.0689	0.049	0.0703	0.049	0.0683
chr3R	1202390	1202541	chr3R:1202391-1202541	FBgn0041707	7B2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0246	0.0208	0.0225	0.0313	0.0085	0.0233	0.0272	0.022	0.0085	0.0242	0.0232	0.0242	0.0225	0.0115	0.0058	0.0115	0.0156
chr3R	1213789	1214076	chr3R:1213790-1214076	FBgn0011965,FBgn0037320	CG14668,tRNA:R:83AB	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.05	0.0633	0.0311	0.056	0.0414	0.0558	0.0787	0.0819	0.0414	0.0145	0.0408	0.0145	0.0093	0.0023	0.0251	0.0023	0.0125
chr3R	1214087	1214238	chr3R:1214088-1214238	FBgn0011965	tRNA:R:83AB	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0305	0.04	0.0287	0.0219	0.018	0.0403	0.0497	0.054	0.018	0.0115	0.0518	0.0115	0.0124	0.0023	0.0322	0.0023	0.0089
chr3R	1214851	1215048	chr3R:1214852-1215048	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0158	0.0405	0.0306	0.0032	0.015	0.0242	0.0227	0.0032	0.0223	0.0759	0.0223	0.0124	0.0092	0.1032	0.0092	0.0125
chr3R	1218046	1218197	chr3R:1218047-1218197	FBgn0001311	kkv	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0254	0.0221	0.0256	0.0148	0.0194	0.0385	0.03	0.0148	0.0151	0.0386	0.0151	0.0116	0.0054	0.0877	0.0054	0.0109
chr3R	1218446	1218651	chr3R:1218447-1218651	FBgn0001311	kkv	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0605	0.0699	0.065	0.0451	0.0361	0.0558	0.099	0.0893	0.0361	0.0296	0.1219	0.0296	0.0325	0.0138	0.136	0.0138	0.0151
chr3R	1219049	1219329	chr3R:1219050-1219329	FBgn0001311,FBgn0264712	CG1172,kkv	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0683	0.0698	0.0777	0.0564	0.0435	0.0641	0.1012	0.07	0.0435	0.0694	0.101	0.0694	0.072	0.0536	0.089	0.0536	0.061
chr3R	1219538	1219748	chr3R:1219539-1219748	FBgn0264712	CG1172	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1657	0.1716	0.1845	0.1384	0.1379	0.1738	0.2184	0.1819	0.1379	0.2295	0.2023	0.2295	0.165	0.1547	0.1618	0.1547	0.1532
chr3R	1219819	1219970	chr3R:1219820-1219970	FBgn0264712	CG1172	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0832	0.0922	0.0901	0.0656	0.0732	0.0888	0.125	0.0893	0.0732	0.1087	0.1029	0.1087	0.0821	0.0796	0.0735	0.0796	0.0808
chr3R	1229777	1229970	chr3R:1229778-1229970	FBgn0037323	CG2663	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0507	0.018	0.0201	0.0573	0.0262	0.0774	0.056	0.0573	0.0115	0.0328	0.0115	0.007	8e-04	0.069	8e-04	0.0135
chr3R	1238385	1238536	chr3R:1238386-1238536	FBgn0037324	Orco	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0199	0.0221	0.0178	0.0198	0.0138	0.0218	0.035	0.0173	0.0138	0.0236	0.019	0.0236	0.0116	0.0115	0.0097	0.0115	0.0083
chr3R	1239368	1239519	chr3R:1239369-1239519	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0178	0.0195	0.0263	0.0042	0.0175	0.0255	0.018	0.0042	0.0302	0.0186	0.0302	0.0062	0.0061	0.0103	0.0061	0.0063
chr3R	1239933	1240097	chr3R:1239934-1240097	FBgn0037326	CG14669	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0206	0.0268	0.0183	0.0162	0.0138	0.0223	0.0277	0.0426	0.0138	0.029	0.0215	0.029	0.0039	0.0023	0.0077	0.0023	0.0042
chr3R	1249919	1250070	chr3R:1249920-1250070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.008	0.0056	0.0117	0.0042	0.0058	0.016	0.004	0.0042	0.0048	0.0055	0.0048	0.0054	0.0046	0.0077	0.0046	0.0047
chr3R	1264589	1264787	chr3R:1264590-1264787	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0878	0.0897	0.0938	0.0791	0.0615	0.0917	0.112	0.0986	0.0615	0.0984	0.1071	0.0984	0.1131	0.075	0.1044	0.075	0.0886
chr3R	1289010	1289234	chr3R:1289011-1289234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1465	0.1365	0.1786	0.1225	0.0912	0.1505	0.1514	0.1626	0.0912	0.2186	0.2103	0.2186	0.1844	0.1815	0.1444	0.1815	0.1131
chr3R	1289399	1289630	chr3R:1289400-1289630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0687	0.0611	0.0853	0.0592	0.0318	0.0714	0.0683	0.072	0.0318	0.093	0.0952	0.093	0.1224	0.0636	0.0761	0.0636	0.0776
chr3R	1289790	1290032	chr3R:1289791-1290032	FBgn0037327	PEK	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0784	0.0677	0.0987	0.0681	0.0329	0.0806	0.0761	0.0793	0.0329	0.122	0.1132	0.122	0.1061	0.0674	0.0812	0.0674	0.0917
chr3R	1290117	1290294	chr3R:1290118-1290294	FBgn0037327	PEK	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0788	0.0631	0.1011	0.072	0.0382	0.0714	0.067	0.0786	0.0382	0.1298	0.1122	0.1298	0.0976	0.0766	0.0774	0.0766	0.1053
chr3R	1290387	1290552	chr3R:1290388-1290552	FBgn0037327	PEK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1473	0.1418	0.1707	0.1277	0.1039	0.1558	0.1587	0.1646	0.1039	0.2204	0.1817	0.2204	0.1882	0.1501	0.1451	0.1501	0.1668
chr3R	1290695	1291086	chr3R:1290696-1291086	FBgn0037327	PEK	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1111	0.1119	0.1331	0.0861	0.07	0.1354	0.1306	0.1213	0.07	0.186	0.1376	0.186	0.1534	0.1011	0.0909	0.1011	0.1199
chr3R	1292778	1292952	chr3R:1292779-1292952	FBgn0037328	RpL35A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1629	0.1454	0.1911	0.1514	0.122	0.1704	0.1544	0.1706	0.122	0.2494	0.2051	0.2494	0.1913	0.1753	0.1444	0.1753	0.1803
chr3R	1293180	1293382	chr3R:1293181-1293382	FBgn0037328,FBgn0037329	CG12162,RpL35A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0815	0.0642	0.1048	0.0753	0.0445	0.0942	0.0606	0.068	0.0445	0.1329	0.1209	0.1329	0.0968	0.075	0.0903	0.075	0.0912
chr3R	1293437	1293644	chr3R:1293438-1293644	FBgn0037329	CG12162	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0961	0.0808	0.114	0.0937	0.0488	0.1073	0.0748	0.0986	0.0488	0.1389	0.1244	0.1389	0.127	0.0972	0.1044	0.0972	0.1126
chr3R	1296083	1296234	chr3R:1296084-1296234	FBgn0011715,FBgn0037330	Snr1,mRpL44	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0562	0.0537	0.0669	0.0473	0.0382	0.0602	0.0597	0.0646	0.0382	0.0761	0.0749	0.0761	0.0705	0.0459	0.0458	0.0459	0.0631
chr3R	1296256	1296450	chr3R:1296257-1296450	FBgn0011715,FBgn0037330	Snr1,mRpL44	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1	0.0932	0.118	0.0877	0.0732	0.1049	0.0973	0.1219	0.0732	0.1492	0.1286	0.1492	0.1146	0.0911	0.0948	0.0911	0.1073
chr3R	1296558	1296748	chr3R:1296559-1296748	FBgn0011715,FBgn0037330	Snr1,mRpL44	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1316	0.1125	0.1654	0.1159	0.0774	0.1277	0.1142	0.1439	0.0774	0.2114	0.1836	0.2114	0.1518	0.1164	0.1225	0.1164	0.1417
chr3R	1296847	1296998	chr3R:1296848-1296998	FBgn0011715,FBgn0037330	Snr1,mRpL44	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0601	0.0482	0.0857	0.0454	0.0297	0.0587	0.051	0.0613	0.0297	0.0978	0.0955	0.0978	0.0852	0.0475	0.0432	0.0475	0.0594
chr3R	1299984	1300172	chr3R:1299985-1300172	FBgn0025825,FBgn0037332	Hcs,Hdac3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0611	0.0561	0.0783	0.0479	0.0286	0.068	0.0688	0.0573	0.0286	0.0954	0.0862	0.0954	0.0666	0.0643	0.0451	0.0643	0.0526
chr3R	1300256	1300437	chr3R:1300257-1300437	FBgn0025825,FBgn0037332	Hcs,Hdac3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1525	0.1371	0.1886	0.1301	0.0923	0.1772	0.1324	0.1659	0.0923	0.2343	0.2019	0.2343	0.1851	0.1531	0.1244	0.1531	0.1563
chr3R	1300523	1300728	chr3R:1300524-1300728	FBgn0025825,FBgn0037332	Hcs,Hdac3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1313	0.1292	0.1586	0.1035	0.0838	0.1626	0.1246	0.1599	0.0838	0.1806	0.172	0.1806	0.165	0.1164	0.1051	0.1164	0.1219
chr3R	1309134	1309431	chr3R:1309135-1309431	FBgn0015402	ksr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0658	0.0797	0.0526	0.0467	0.0689	0.0835	0.062	0.0467	0.1014	0.0833	0.1014	0.0852	0.062	0.0496	0.062	0.0625
chr3R	1309540	1309720	chr3R:1309541-1309720	FBgn0015402	ksr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1199	0.1264	0.134	0.0972	0.1177	0.1248	0.1497	0.1339	0.1177	0.1649	0.1415	0.1649	0.134	0.108	0.1006	0.108	0.1193
chr3R	1310169	1310407	chr3R:1310170-1310407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0633	0.06	0.033	0.0329	0.0728	0.0748	0.066	0.0329	0.0713	0.0701	0.0713	0.0612	0.0306	0.0297	0.0306	0.0474
chr3R	1310487	1310751	chr3R:1310488-1310751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.0789	0.0712	0.0408	0.0541	0.0908	0.0861	0.0906	0.0541	0.0857	0.0817	0.0857	0.0713	0.0459	0.0355	0.0459	0.049
chr3R	1310861	1311025	chr3R:1310862-1311025	FBgn0051550	CG31550	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0596	0.0774	0.0648	0.0341	0.0594	0.0801	0.0887	0.0893	0.0594	0.0773	0.0752	0.0773	0.0604	0.0345	0.0322	0.0345	0.0433
chr3R	1311197	1311368	chr3R:1311198-1311368	FBgn0051550	CG31550	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0961	0.1251	0.0929	0.0764	0.115	0.1034	0.1046	0.0764	0.157	0.1428	0.157	0.1077	0.1049	0.0877	0.1049	0.1199
chr3R	1323356	1323554	chr3R:1323357-1323554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0211	0.0169	0.0318	0.0064	0.0204	0.0363	0.0113	0.0064	0.0151	0.0161	0.0151	0.0356	0.0176	0.0271	0.0176	0.0683
chr3R	1328478	1328669	chr3R:1328479-1328669	FBgn0051547	CG31547	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0187	0.0258	0.0299	0.0085	0.0209	0.0285	0.0167	0.0085	0.0266	0.0305	0.0266	0.0333	0.0391	0.04	0.0391	0.0354
chr3R	1342300	1342473	chr3R:1342301-1342473	FBgn0010051	Itp-r83A	stage5	none	VT36871.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.117	0.1057	0.1484	0.0954	0.0732	0.1107	0.1233	0.1226	0.0732	0.1908	0.1685	0.1908	0.1549	0.1179	0.1367	0.1179	0.1298
chr3R	1342482	1342716	chr3R:1342483-1342716	FBgn0010051	Itp-r83A	stage11,stage5	none	VT36871.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1576	0.1388	0.1997	0.1324	0.0901	0.1563	0.1522	0.1639	0.0901	0.244	0.2302	0.244	0.2022	0.1654	0.1786	0.1654	0.1855
chr3R	1342761	1342957	chr3R:1342762-1342957	FBgn0010051	Itp-r83A	stage11,stage14,stage5	none	VT36871.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2221	0.1949	0.2773	0.192	0.1474	0.2155	0.1938	0.2525	0.1474	0.3068	0.3318	0.3068	0.3199	0.2098	0.2624	0.2098	0.2934
chr3R	1343109	1343393	chr3R:1343110-1343393	FBgn0010051	Itp-r83A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1174	0.0968	0.1466	0.1085	0.0721	0.1049	0.1025	0.1166	0.0721	0.1244	0.2039	0.1244	0.1875	0.072	0.1889	0.072	0.1626
chr3R	1343569	1343730	chr3R:1343570-1343730	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0305	0.0693	0.0468	0.0106	0.034	0.0359	0.0386	0.0106	0.035	0.1251	0.035	0.0511	0.0161	0.1212	0.0161	0.0474
chr3R	1344506	1344680	chr3R:1344507-1344680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0373	0.0162	0.0458	0.0514	0.0064	0.0194	0.0221	0.016	0.0064	0.0314	0.0756	0.0314	0.0411	0.0674	0.0999	0.0674	0.0479
chr3R	1348635	1348786	chr3R:1348636-1348786	FBgn0010399,FBgn0264427	CR43845,Nmdar1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0082	0.0096	0.0217	0.0021	0.0049	0.0156	0.0093	0.0021	0.0079	0.0096	0.0079	0.0139	0.01	0.0155	0.01	0.0151
chr3R	1349019	1349284	chr3R:1349020-1349284	FBgn0010399,FBgn0264427	CR43845,Nmdar1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0441	0.0162	0.0395	0.0804	0.0117	0.0204	0.0225	0.0133	0.0117	0.0423	0.0363	0.0423	0.0666	0.0337	0.0722	0.0337	0.0766
chr3R	1350611	1350762	chr3R:1350612-1350762	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0071	0.0076	0.0178	0.0032	0.0063	0.0112	0.0067	0.0032	0.0054	0.0093	0.0054	0.007	0.01	0.0142	0.01	0.0109
chr3R	1373139	1373340	chr3R:1373140-1373340	FBgn0037336	CG2519	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1687	0.1388	0.2006	0.1671	0.0901	0.1689	0.1497	0.1599	0.0901	0.2421	0.2228	0.2421	0.2153	0.1784	0.1889	0.1784	0.2204
chr3R	1373414	1373586	chr3R:1373415-1373586	FBgn0037336	CG2519	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1895	0.1636	0.2331	0.1706	0.1103	0.1903	0.1817	0.1865	0.1103	0.2862	0.2559	0.2862	0.2494	0.1815	0.1908	0.1815	0.2126
chr3R	1376296	1376497	chr3R:1376297-1376497	FBgn0014342	mia	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0899	0.0821	0.106	0.0809	0.0392	0.0869	0.0978	0.1033	0.0392	0.1522	0.1145	0.1522	0.0968	0.1057	0.0832	0.1057	0.0928
chr3R	1377459	1377610	chr3R:1377460-1377610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0269	0.041	0.0211	0.0175	0.0201	0.0403	0.0545	0.0393	0.0201	0.0266	0.0209	0.0266	0.0271	0.0145	0.0161	0.0145	0.0287
chr3R	1379688	1379874	chr3R:1379689-1379874	FBgn0086768	Pcmt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0479	0.0479	0.0524	0.0429	0.0212	0.05	0.0588	0.0646	0.0212	0.0694	0.0576	0.0694	0.0534	0.0781	0.0355	0.0781	0.0495
chr3R	1379941	1380141	chr3R:1379942-1380141	FBgn0086768	Pcmt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0852	0.0907	0.0939	0.0693	0.0615	0.0976	0.1008	0.1173	0.0615	0.1063	0.1167	0.1063	0.0945	0.0942	0.0638	0.0942	0.0907
chr3R	1380393	1380625	chr3R:1380394-1380625	FBgn0037338,FBgn0086768	Pcmt,Snm1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0458	0.0421	0.0527	0.0425	0.018	0.0573	0.0441	0.0453	0.018	0.0628	0.0653	0.0628	0.0457	0.0459	0.0471	0.0459	0.0615
chr3R	1380711	1380881	chr3R:1380712-1380881	FBgn0037338	Snm1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0408	0.0305	0.0452	0.0473	0.0159	0.0383	0.0333	0.036	0.0159	0.0362	0.0614	0.0362	0.0426	0.0628	0.0413	0.0628	0.0709
chr3R	1387818	1387969	chr3R:1387819-1387969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0283	0.0232	0.027	0.0355	0.0148	0.0204	0.0342	0.024	0.0148	0.0248	0.0257	0.0248	0.0473	0.013	0.0135	0.013	0.0995
chr3R	1388912	1389063	chr3R:1388913-1389063	FBgn0037339	Pi4KIIalpha	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0337	0.0304	0.0376	0.0333	0.0233	0.0257	0.0463	0.0273	0.0233	0.0362	0.0367	0.0362	0.0511	0.0168	0.0213	0.0168	0.0724
chr3R	1389301	1389476	chr3R:1389302-1389476	FBgn0037339	Pi4KIIalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.105	0.1019	0.1193	0.0926	0.07	0.1044	0.1358	0.1066	0.07	0.1341	0.1344	0.1341	0.1139	0.0904	0.0748	0.0904	0.1313
chr3R	1389997	1390368	chr3R:1389998-1390368	FBgn0037340,FBgn0037341	CG12746,CG14671	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.0877	0.1234	0.0902	0.0509	0.0971	0.1129	0.0906	0.0509	0.1504	0.1283	0.1504	0.1317	0.0919	0.087	0.0919	0.1183
chr3R	1390483	1390647	chr3R:1390484-1390647	FBgn0037340,FBgn0037341	CG12746,CG14671	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1511	0.1241	0.1834	0.1458	0.0785	0.1515	0.1354	0.1499	0.0785	0.2126	0.2058	0.2126	0.1805	0.1447	0.1489	0.1447	0.1709
chr3R	1390721	1390898	chr3R:1390722-1390898	FBgn0037340,FBgn0037341	CG12746,CG14671	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1203	0.0809	0.1519	0.1298	0.0456	0.1117	0.0861	0.0953	0.0456	0.189	0.1662	0.189	0.1572	0.1302	0.1296	0.1302	0.1496
chr3R	1394059	1394210	chr3R:1394060-1394210	FBgn0037342,FBgn0041191	CG2931,Rheb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0466	0.0751	0.0553	0.0223	0.0534	0.0519	0.0546	0.0223	0.0978	0.0791	0.0978	0.079	0.0712	0.06	0.0712	0.075
chr3R	1394252	1394471	chr3R:1394253-1394471	FBgn0037342,FBgn0041191	CG2931,Rheb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1397	0.128	0.1619	0.1284	0.088	0.1519	0.1311	0.1532	0.088	0.2234	0.1733	0.2234	0.1627	0.1493	0.1283	0.1493	0.1657
chr3R	1394528	1394698	chr3R:1394529-1394698	FBgn0037342,FBgn0041191	CG2931,Rheb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1839	0.1709	0.2194	0.1596	0.123	0.1922	0.1734	0.2132	0.123	0.2838	0.2431	0.2838	0.213	0.1746	0.1644	0.1746	0.2064
chr3R	1396433	1396606	chr3R:1396434-1396606	FBgn0023023	CRMP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1274	0.1274	0.148	0.1047	0.0817	0.1345	0.1453	0.1586	0.0817	0.2041	0.1627	0.2041	0.1216	0.1355	0.1367	0.1355	0.0933
chr3R	1396723	1396892	chr3R:1396724-1396892	FBgn0023023	CRMP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1999	0.1907	0.2254	0.1823	0.14	0.2155	0.2042	0.2252	0.14	0.3213	0.2367	0.3213	0.2091	0.2343	0.2089	0.2343	0.185
chr3R	1396987	1397398	chr3R:1396988-1397398	FBgn0023023	CRMP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1555	0.1515	0.1676	0.1466	0.105	0.1728	0.1661	0.1772	0.105	0.2391	0.1669	0.2391	0.1944	0.1899	0.1444	0.1899	0.1657
chr3R	1397536	1397687	chr3R:1397537-1397687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0379	0.0348	0.0381	0.0411	0.0148	0.0408	0.0424	0.0413	0.0148	0.0483	0.0344	0.0483	0.0534	0.0444	0.0303	0.0444	0.0464
chr3R	1399116	1399267	chr3R:1399117-1399267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.027	0.0236	0.0272	0.0308	0.0064	0.0223	0.0346	0.0247	0.0064	0.038	0.0289	0.038	0.0186	0.0306	0.029	0.0306	0.024
chr3R	1399725	1399977	chr3R:1399726-1399977	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0295	0.0447	0.0476	0.0095	0.0286	0.0463	0.0286	0.0095	0.058	0.0537	0.058	0.0364	0.0276	0.0683	0.0276	0.0391
chr3R	1413512	1413704	chr3R:1413513-1413704	FBgn0037344	CG2926	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0592	0.0588	0.0405	0.0201	0.0694	0.0753	0.0673	0.0201	0.0779	0.0569	0.0779	0.0635	0.0467	0.0393	0.0467	0.0532
chr3R	1413708	1413880	chr3R:1413709-1413880	FBgn0037344	CG2926	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0745	0.0729	0.0956	0.0532	0.0265	0.0801	0.0865	0.0953	0.0265	0.128	0.0994	0.128	0.0899	0.0628	0.0522	0.0628	0.0657
chr3R	1413999	1414177	chr3R:1414000-1414177	FBgn0037344,FBgn0037345	CG2926,rev7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1606	0.1494	0.1972	0.1329	0.0944	0.1757	0.1479	0.1992	0.0944	0.247	0.2177	0.247	0.1952	0.1302	0.1335	0.1302	0.1735
chr3R	1414452	1414654	chr3R:1414453-1414654	FBgn0037344,FBgn0037345	CG2926,rev7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0546	0.0452	0.0623	0.0567	0.017	0.0553	0.0497	0.062	0.017	0.0773	0.0678	0.0773	0.0658	0.0452	0.0438	0.0452	0.0891
chr3R	1417129	1417301	chr3R:1417130-1417301	FBgn0014366,FBgn0015324	Vha26,noi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1531	0.1335	0.1906	0.134	0.105	0.1485	0.1501	0.1606	0.105	0.2331	0.2125	0.2331	0.1782	0.1455	0.1373	0.1455	0.1678
chr3R	1417374	1417558	chr3R:1417375-1417558	FBgn0014366,FBgn0015324	Vha26,noi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2159	0.2023	0.258	0.1851	0.1601	0.218	0.2297	0.2505	0.1601	0.3134	0.2817	0.3134	0.2572	0.1991	0.1947	0.1991	0.2355
chr3R	1417672	1417966	chr3R:1417673-1417966	FBgn0014366,FBgn0015324	Vha26,noi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1303	0.1325	0.1553	0.1005	0.0965	0.132	0.1648	0.1539	0.0965	0.1957	0.1672	0.1957	0.1689	0.1172	0.0954	0.1172	0.1402
chr3R	1417975	1418197	chr3R:1417976-1418197	FBgn0015324	Vha26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1075	0.0666	0.1425	0.1149	0.0382	0.0893	0.0766	0.0633	0.0382	0.2095	0.1469	0.2095	0.1766	0.144	0.1044	0.144	0.1777
chr3R	1420656	1420847	chr3R:1420657-1420847	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.127	0.1281	0.1508	0.0996	0.0986	0.1466	0.1332	0.1532	0.0986	0.186	0.164	0.186	0.1758	0.0972	0.1193	0.0972	0.1579
chr3R	1420929	1421183	chr3R:1420930-1421183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1101	0.1066	0.1424	0.0787	0.0689	0.132	0.109	0.1226	0.0689	0.1763	0.1524	0.1763	0.1673	0.0965	0.0877	0.0965	0.1178
chr3R	1425338	1425540	chr3R:1425339-1425540	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1712	0.1736	0.1986	0.1386	0.1294	0.2049	0.1834	0.1985	0.1294	0.2572	0.226	0.2572	0.2029	0.1654	0.1657	0.1654	0.1939
chr3R	1425774	1426035	chr3R:1425775-1426035	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1822	0.1818	0.2057	0.1569	0.141	0.2199	0.1799	0.2139	0.141	0.2711	0.2251	0.2711	0.196	0.1616	0.1825	0.1616	0.197
chr3R	1426221	1426414	chr3R:1426222-1426414	FBgn0250753	exba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2511	0.2393	0.2948	0.2164	0.1877	0.2816	0.2565	0.2732	0.1877	0.3961	0.3193	0.3961	0.2463	0.2305	0.2224	0.2305	0.2606
chr3R	1426524	1426675	chr3R:1426525-1426675	FBgn0037347,FBgn0250753	CG1427,exba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.158	0.1633	0.1821	0.1256	0.1198	0.182	0.1951	0.1772	0.1198	0.2307	0.1949	0.2307	0.1704	0.1363	0.1289	0.1363	0.1584
chr3R	1426776	1426950	chr3R:1426777-1426950	FBgn0037347,FBgn0250753	CG1427,exba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2491	0.2364	0.2914	0.2168	0.1994	0.2738	0.263	0.2618	0.1994	0.3708	0.3051	0.3708	0.2835	0.2374	0.2315	0.2374	0.2579
chr3R	1427061	1427251	chr3R:1427062-1427251	FBgn0037347,FBgn0250753	CG1427,exba	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1324	0.1683	0.1206	0.0923	0.1481	0.157	0.1486	0.0923	0.2029	0.1875	0.2029	0.1549	0.121	0.1277	0.121	0.1428
chr3R	1431895	1432046	chr3R:1431896-1432046	FBgn0261004	asl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0498	0.0526	0.0614	0.034	0.0276	0.0544	0.0636	0.0633	0.0276	0.0791	0.0707	0.0791	0.0581	0.0444	0.038	0.0444	0.0386
chr3R	1432207	1432386	chr3R:1432208-1432386	FBgn0261004	asl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1775	0.1644	0.2102	0.1564	0.1209	0.1888	0.1821	0.1885	0.1209	0.2693	0.2254	0.2693	0.1983	0.1991	0.158	0.1991	0.1558
chr3R	1432466	1432671	chr3R:1432467-1432671	FBgn0261004	asl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1733	0.18	0.2037	0.1326	0.1368	0.1942	0.2067	0.2105	0.1368	0.2639	0.21	0.2639	0.1975	0.1677	0.1296	0.1677	0.1454
chr3R	1437560	1438048	chr3R:1437561-1438048	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.1648	0.2058	0.1807	0.1017	0.1389	0.2199	0.2383	0.2452	0.1389	0.2216	0.2	0.2216	0.172	0.0988	0.1309	0.0988	0.1053
chr3R	1438163	1438364	chr3R:1438164-1438364	FBgn0017550	Rga	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1925	0.2201	0.2348	0.1154	0.1676	0.2476	0.2452	0.2565	0.1676	0.3376	0.2479	0.3376	0.1936	0.1348	0.1167	0.1348	0.1068
chr3R	1438445	1438635	chr3R:1438446-1438635	FBgn0017550,FBgn0019637	Atu,Rga	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1974	0.1841	0.2475	0.1572	0.1262	0.2316	0.1799	0.2205	0.1262	0.3273	0.2723	0.3273	0.2107	0.1662	0.1586	0.1662	0.1876
chr3R	1438727	1438924	chr3R:1438728-1438924	FBgn0017550,FBgn0019637	Atu,Rga	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.178	0.167	0.2136	0.1512	0.1156	0.1995	0.1817	0.2012	0.1156	0.2705	0.2412	0.2705	0.1882	0.1585	0.1489	0.1585	0.1866
chr3R	1438961	1439143	chr3R:1438962-1439143	FBgn0017550,FBgn0019637	Atu,Rga	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1553	0.1545	0.175	0.1344	0.0997	0.185	0.1691	0.1719	0.0997	0.2198	0.1887	0.2198	0.1673	0.1332	0.1367	0.1332	0.1668
chr3R	1446568	1446719	chr3R:1446569-1446719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.043	0.0358	0.0486	0.0448	0.0127	0.0471	0.045	0.0353	0.0127	0.0362	0.0447	0.0362	0.1084	0.023	0.0548	0.023	0.0792
chr3R	1447600	1447751	chr3R:1447601-1447751	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.035	0.0209	0.0353	0.0503	0.0064	0.0204	0.0307	0.0233	0.0064	0.029	0.036	0.029	0.072	0.0299	0.0548	0.0299	0.1058
chr3R	1447931	1448096	chr3R:1447932-1448096	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.043	0.0243	0.0424	0.0645	0.0053	0.0286	0.0329	0.0213	0.0053	0.0465	0.0386	0.0465	0.0813	0.0268	0.0567	0.0268	0.1579
chr3R	1448822	1449023	chr3R:1448823-1449023	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1383	0.1201	0.178	0.1149	0.0848	0.1417	0.1246	0.1519	0.0848	0.2041	0.1897	0.2041	0.1751	0.1164	0.0954	0.1164	0.1464
chr3R	1449142	1449293	chr3R:1449143-1449293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0393	0.0671	0.0565	0.0159	0.05	0.0411	0.046	0.0159	0.0743	0.0723	0.0743	0.0713	0.0498	0.0638	0.0498	0.0677
chr3R	1449490	1449697	chr3R:1449491-1449697	FBgn0037350,FBgn0037351,FBgn0044823	CG2911,RpL13A,Spec2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0878	0.0597	0.0929	0.1136	0.0276	0.0704	0.0688	0.0673	0.0276	0.1021	0.1109	0.1021	0.0937	0.1118	0.0954	0.1118	0.1318
chr3R	1449763	1449980	chr3R:1449764-1449980	FBgn0037350,FBgn0037351,FBgn0044823	CG2911,RpL13A,Spec2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1757	0.1434	0.207	0.1774	0.0774	0.1767	0.17	0.1566	0.0774	0.2421	0.2277	0.2421	0.2099	0.1838	0.1702	0.1838	0.2194
chr3R	1450069	1450260	chr3R:1450070-1450260	FBgn0037350,FBgn0037351,FBgn0044823	CG2911,RpL13A,Spec2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2345	0.2222	0.2813	0.1968	0.1676	0.2495	0.2656	0.2405	0.1676	0.3448	0.3019	0.3448	0.2758	0.2129	0.1921	0.2129	0.247
chr3R	1450690	1450976	chr3R:1450691-1450976	FBgn0086051,FBgn0260002	snoRNA:Me28S-U2134a,snoRNA:Me28S-U2134b	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1096	0.1881	0.084	0.0499	0.1697	0.1141	0.3309	0.1546	0.1697	0.1147	0.0878	0.1147	0.0875	0.0727	0.0458	0.0727	0.0641
chr3R	1457958	1458116	chr3R:1457959-1458116	FBgn0051549	CG31549	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0215	0.0127	0.0174	0.0359	0.0053	0.0136	0.0212	0.0093	0.0053	0.0151	0.0151	0.0151	0.0333	0.0406	0.0393	0.0406	0.0578
chr3R	1459050	1459201	chr3R:1459051-1459201	FBgn0037354	CG12171	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0283	0.0275	0.0302	0.027	0.0127	0.0379	0.0277	0.0326	0.0127	0.0344	0.0309	0.0344	0.0434	0.0299	0.0271	0.0299	0.0443
chr3R	1459237	1459449	chr3R:1459238-1459449	FBgn0037354	CG12171	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0565	0.0598	0.0528	0.057	0.0361	0.067	0.0597	0.0826	0.0361	0.0399	0.0556	0.0399	0.0984	0.0567	0.0522	0.0567	0.11
chr3R	1462372	1462656	chr3R:1462373-1462656	FBgn0037356,FBgn0051548	CG12170,CG31548	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0669	0.0868	0.0751	0.0392	0.0704	0.083	0.0799	0.0392	0.0936	0.1006	0.0936	0.1022	0.0904	0.0767	0.0904	0.112
chr3R	1462868	1463082	chr3R:1462869-1463082	FBgn0037356,FBgn0051548	CG12170,CG31548	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1066	0.116	0.1122	0.0901	0.087	0.1238	0.138	0.1312	0.087	0.1159	0.1315	0.1159	0.1224	0.1041	0.0838	0.1041	0.1355
chr3R	1464999	1465150	chr3R:1465000-1465150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0317	0.0383	0.0319	0.0242	0.0318	0.0301	0.0532	0.0453	0.0318	0.0278	0.0386	0.0278	0.0403	0.0107	0.0181	0.0107	0.0521
chr3R	1465949	1466100	chr3R:1465950-1466100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.03	0.0449	0.0296	0.0139	0.0244	0.0379	0.0662	0.0453	0.0244	0.0326	0.036	0.0326	0.0232	0.01	0.0148	0.01	0.0203
chr3R	1470719	1470870	chr3R:1470720-1470870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0192	0.0145	0.0153	0.0191	0.016	0.0285	0.0193	0.0191	0.0109	0.0151	0.0109	0.017	0.0061	0.0084	0.0061	0.0104
chr3R	1472744	1472895	chr3R:1472745-1472895	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0483	0.0521	0.0629	0.028	0.0276	0.0495	0.0701	0.0666	0.0276	0.0399	0.1058	0.0399	0.0503	0.0268	0.049	0.0268	0.0297
chr3R	1472994	1473418	chr3R:1472995-1473418	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1313	0.1307	0.1721	0.0873	0.088	0.1311	0.1488	0.1779	0.088	0.1226	0.2707	0.1226	0.1487	0.1118	0.1515	0.1118	0.074
chr3R	1473500	1473696	chr3R:1473501-1473696	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0838	0.0781	0.094	0.079	0.0573	0.068	0.0926	0.1093	0.0573	0.0936	0.1203	0.0936	0.0945	0.1133	0.0954	0.1133	0.0834
chr3R	1473799	1473985	chr3R:1473800-1473985	FBgn0027951	MTA1-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1251	0.1104	0.1546	0.1093	0.0753	0.135	0.1138	0.1412	0.0753	0.1721	0.1891	0.1721	0.1673	0.1508	0.1212	0.1508	0.1355
chr3R	1474047	1474243	chr3R:1474048-1474243	FBgn0027951	MTA1-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2161	0.1923	0.2624	0.1918	0.141	0.2306	0.2124	0.2292	0.141	0.2989	0.3035	0.2989	0.2827	0.2113	0.2199	0.2113	0.2308
chr3R	1474383	1474550	chr3R:1474384-1474550	FBgn0027951,FBgn0262125	MTA1-like,sec23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2256	0.201	0.2718	0.2025	0.1421	0.2379	0.2253	0.2358	0.1421	0.3291	0.2977	0.3291	0.2556	0.1945	0.2244	0.1945	0.2371
chr3R	1474717	1474912	chr3R:1474718-1474912	FBgn0027951,FBgn0262125	MTA1-like,sec23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.148	0.13	0.1792	0.134	0.0986	0.1466	0.1453	0.1499	0.0986	0.2216	0.1994	0.2216	0.1751	0.1309	0.1573	0.1309	0.1537
chr3R	1474947	1475102	chr3R:1474948-1475102	FBgn0027951,FBgn0262125	MTA1-like,sec23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0833	0.0833	0.0997	0.0652	0.0626	0.0874	0.1055	0.0859	0.0626	0.1153	0.11	0.1153	0.1201	0.0574	0.0832	0.0574	0.0844
chr3R	1479740	1480142	chr3R:1479741-1480142	FBgn0037358	elm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0965	0.0733	0.1203	0.0964	0.035	0.084	0.0861	0.0799	0.035	0.1196	0.1354	0.1196	0.1689	0.0789	0.1083	0.0789	0.1709
chr3R	1480451	1480654	chr3R:1480452-1480654	FBgn0037358,FBgn0037359	MED27,elm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2045	0.1894	0.2447	0.1773	0.1379	0.218	0.199	0.2212	0.1379	0.2959	0.2688	0.2959	0.2417	0.2052	0.1844	0.2052	0.2361
chr3R	1480755	1480948	chr3R:1480756-1480948	FBgn0037358,FBgn0037359	MED27,elm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.135	0.1329	0.1591	0.1108	0.087	0.1568	0.1453	0.1559	0.087	0.1745	0.1749	0.1745	0.1495	0.1034	0.1173	0.1034	0.147
chr3R	1484748	1485001	chr3R:1484749-1485001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.152	0.2024	0.1487	0.0992	0.1877	0.1801	0.247	0.2465	0.1877	0.1594	0.1881	0.1594	0.1317	0.0904	0.1651	0.0904	0.1011
chr3R	1485081	1485255	chr3R:1485082-1485255	FBgn0037360	CG2182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1629	0.1681	0.1744	0.1445	0.1294	0.1772	0.2003	0.1899	0.1294	0.2107	0.2048	0.2107	0.1774	0.1899	0.1638	0.1899	0.1782
chr3R	1485522	1485730	chr3R:1485523-1485730	FBgn0037360	CG2182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1843	0.1852	0.218	0.1462	0.1538	0.2049	0.2141	0.2005	0.1538	0.2572	0.2415	0.2572	0.2262	0.1761	0.1754	0.1761	0.1824
chr3R	1486043	1486204	chr3R:1486044-1486204	FBgn0037360,FBgn0046222	CG1109,CG2182	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.161	0.1381	0.2042	0.1391	0.0817	0.1694	0.1579	0.1552	0.0817	0.2542	0.2277	0.2542	0.1789	0.1708	0.1651	0.1708	0.1605
chr3R	1486312	1486536	chr3R:1486313-1486536	FBgn0046222	CG1109	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1784	0.1762	0.2102	0.1461	0.123	0.1932	0.2102	0.1959	0.123	0.2669	0.2206	0.2669	0.2084	0.1593	0.1625	0.1593	0.1636
chr3R	1486746	1486897	chr3R:1486747-1486897	FBgn0046222	CG1109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.0659	0.066	0.0408	0.0382	0.0607	0.0926	0.0753	0.0382	0.0785	0.074	0.0785	0.0596	0.0345	0.0542	0.0345	0.0459
chr3R	1494722	1494887	chr3R:1494723-1494887	FBgn0010772	Xe7	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.086	0.0727	0.1076	0.0771	0.035	0.1005	0.061	0.0999	0.035	0.1407	0.1119	0.1407	0.1115	0.0789	0.0761	0.0789	0.0922
chr3R	1494977	1495143	chr3R:1494978-1495143	FBgn0010772,FBgn0037363	CG1347,Xe7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1857	0.1714	0.2122	0.1727	0.1198	0.1903	0.1843	0.2119	0.1198	0.2705	0.2331	0.2705	0.1929	0.1838	0.1747	0.1838	0.2017
chr3R	1495282	1495445	chr3R:1495283-1495445	FBgn0010772,FBgn0037363	CG1347,Xe7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2055	0.1924	0.2289	0.1943	0.1294	0.2189	0.2262	0.2065	0.1294	0.2742	0.2588	0.2742	0.213	0.2106	0.2128	0.2106	0.2282
chr3R	1495576	1495762	chr3R:1495577-1495762	FBgn0037363	CG1347	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1817	0.1904	0.1834	0.17	0.1676	0.1903	0.2413	0.2052	0.1676	0.212	0.201	0.212	0.213	0.1792	0.1747	0.1792	0.2319
chr3R	1495849	1496073	chr3R:1495850-1496073	FBgn0037363	CG1347	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1313	0.1569	0.1263	0.1081	0.122	0.1422	0.2067	0.1759	0.122	0.1232	0.1527	0.1232	0.1487	0.1194	0.1148	0.1194	0.1412
chr3R	1496122	1496309	chr3R:1496123-1496309	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1085	0.1321	0.1099	0.0806	0.1039	0.1243	0.167	0.1599	0.1039	0.1214	0.135	0.1214	0.1061	0.1057	0.0954	0.1057	0.0907
chr3R	1496370	1496521	chr3R:1496371-1496521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0767	0.0915	0.0893	0.0464	0.0604	0.0782	0.1202	0.1286	0.0604	0.1165	0.1048	0.1165	0.0713	0.0658	0.049	0.0658	0.0505
chr3R	1496658	1496842	chr3R:1496659-1496842	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1498	0.1833	0.1736	0.0863	0.1241	0.1956	0.2236	0.2192	0.1241	0.2772	0.1855	0.2772	0.1464	0.1554	0.0954	0.1554	0.0907
chr3R	1496930	1497285	chr3R:1496931-1497285	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1908	0.2016	0.2334	0.1319	0.141	0.2112	0.2435	0.2345	0.141	0.3967	0.2074	0.3967	0.2881	0.2221	0.0961	0.2221	0.2038
chr3R	1497558	1497814	chr3R:1497559-1497814	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1306	0.1719	0.1396	0.0746	0.1729	0.1529	0.2496	0.1366	0.1729	0.1721	0.1405	0.1721	0.2029	0.0942	0.0729	0.0942	0.123
chr3R	1497919	1498187	chr3R:1497920-1498187	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1392	0.2207	0.1269	0.0616	0.2598	0.1403	0.3646	0.1692	0.2598	0.1594	0.1527	0.1594	0.1394	0.0904	0.0683	0.0904	0.0865
chr3R	1498293	1498543	chr3R:1498294-1498543	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1931	0.237	0.2041	0.1319	0.2174	0.2097	0.3279	0.2292	0.2174	0.2488	0.2373	0.2488	0.2332	0.1884	0.1554	0.1884	0.1798
chr3R	1498735	1498899	chr3R:1498736-1498899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0822	0.1108	0.0779	0.0549	0.0976	0.0942	0.176	0.0913	0.0976	0.1057	0.0801	0.1057	0.1069	0.0674	0.058	0.0674	0.0917
chr3R	1503850	1504001	chr3R:1503851-1504001	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0545	0.0183	0.0096	0.0647	0.0243	0.1068	0.0313	0.0647	0.0157	0.0225	0.0157	0.0155	0.0084	0.0142	0.0084	0.0083
chr3R	1504133	1504463	chr3R:1504134-1504463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0941	0.0296	0.0159	0.122	0.0515	0.1717	0.0566	0.122	0.0326	0.0341	0.0326	0.0318	0.0176	0.0193	0.0176	0.0208
chr3R	1504598	1504749	chr3R:1504599-1504749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0591	0.0217	0.0116	0.0679	0.0267	0.1051	0.0466	0.0679	0.0199	0.0296	0.0199	0.0194	0.0123	0.0148	0.0123	0.0177
chr3R	1506004	1506181	chr3R:1506005-1506181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.074	0.0266	0.0178	0.088	0.0495	0.1155	0.0613	0.088	0.0284	0.0309	0.0284	0.031	0.0245	0.0213	0.0245	0.0234
chr3R	1506232	1506433	chr3R:1506233-1506433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0483	0.08	0.0355	0.027	0.1007	0.0495	0.1263	0.0706	0.1007	0.0374	0.0431	0.0374	0.0418	0.0398	0.0309	0.0398	0.0318
chr3R	1508591	1508742	chr3R:1508592-1508742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0137	0.0223	0.0235	0.0064	0.0121	0.0169	0.0187	0.0064	0.0115	0.0437	0.0115	0.007	0.0145	0.0671	0.0145	0.013
chr3R	1509017	1509179	chr3R:1509018-1509179	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0455	0.0303	0.0673	0.0387	0.0106	0.0306	0.0298	0.0553	0.0106	0.0133	0.1466	0.0133	0.0217	0.0054	0.1348	0.0054	0.0156
chr3R	1509363	1509514	chr3R:1509364-1509514	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0212	0.0313	0.0253	0.0106	0.0126	0.035	0.0247	0.0106	0.0211	0.0579	0.0211	0.017	0.0069	0.0812	0.0069	0.0125
chr3R	1509897	1510160	chr3R:1509898-1510160	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.08	0.1061	0.0849	0.0455	0.0742	0.0767	0.1414	0.1466	0.0742	0.0749	0.1405	0.0749	0.0565	0.0452	0.1141	0.0452	0.0313
chr3R	1510293	1510488	chr3R:1510294-1510488	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1327	0.1535	0.1632	0.0759	0.1262	0.1252	0.176	0.2312	0.1262	0.1975	0.2296	0.1975	0.1294	0.1095	0.1309	0.1095	0.0766
chr3R	1510631	1510933	chr3R:1510632-1510933	FBgn0037364	Rab23	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0776	0.0854	0.0966	0.048	0.0509	0.0752	0.0999	0.1233	0.0509	0.0918	0.1428	0.0918	0.0775	0.0475	0.0896	0.0475	0.0526
chr3R	1511091	1511303	chr3R:1511092-1511303	FBgn0037364	Rab23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1745	0.1771	0.2209	0.1207	0.1251	0.1675	0.2228	0.2219	0.1251	0.2313	0.2968	0.2313	0.189	0.075	0.2224	0.075	0.1407
chr3R	1511418	1511624	chr3R:1511419-1511624	FBgn0037364,FBgn0261261	Rab23,plx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1728	0.167	0.2019	0.1472	0.106	0.1854	0.1951	0.2012	0.106	0.2198	0.2402	0.2198	0.1952	0.1179	0.187	0.1179	0.1595
chr3R	1511715	1511962	chr3R:1511716-1511962	FBgn0261261	plx	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0851	0.0894	0.0921	0.0727	0.0573	0.0908	0.1086	0.1086	0.0573	0.1117	0.1061	0.1117	0.0666	0.0383	0.0561	0.0383	0.0422
chr3R	1512004	1512155	chr3R:1512005-1512155	FBgn0261261	plx	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0253	0.0286	0.0302	0.0117	0.0248	0.0329	0.0333	0.0117	0.029	0.0305	0.029	0.0271	0.01	0.0129	0.01	0.012
chr3R	1512432	1512583	chr3R:1512433-1512583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0135	0.0132	0.0177	0.0053	0.0126	0.0182	0.0153	0.0053	0.0109	0.017	0.0109	0.0124	0.0054	0.0064	0.0054	0.0078
chr3R	1516796	1516947	chr3R:1516797-1516947	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0101	0.0095	0.0118	0.0042	0.0107	0.0156	0.0093	0.0042	0.0103	0.008	0.0103	0.0077	0.0061	0.0064	0.0061	0.0063
chr3R	1517052	1517203	chr3R:1517053-1517203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0103	0.0085	0.0099	0.0011	0.0102	0.016	0.014	0.0011	0.0079	0.0093	0.0079	0.0085	0.0038	0.0071	0.0038	0.0063
chr3R	1522061	1522212	chr3R:1522062-1522212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0122	0.0099	0.0171	0.0053	0.0097	0.0186	0.01	0.0053	0.0066	0.009	0.0066	0.0093	0.0069	0.0071	0.0069	0.0068
chr3R	1526870	1527088	chr3R:1526871-1527088	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0313	0.0249	0.0412	0.0117	0.033	0.0411	0.0386	0.0117	0.0217	0.027	0.0217	0.0364	0.0628	0.0342	0.0628	0.0641
chr3R	1527836	1527987	chr3R:1527837-1527987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0267	0.0175	0.0124	0.0159	0.0223	0.0463	0.02	0.0159	0.0211	0.0177	0.0211	0.0178	0.0176	0.0142	0.0176	0.0156
chr3R	1531111	1531359	chr3R:1531112-1531359	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0436	0.033	0.0265	0.0382	0.0447	0.0619	0.038	0.0382	0.0423	0.0418	0.0423	0.0217	0.0375	0.0348	0.0375	0.0302
chr3R	1531458	1531639	chr3R:1531459-1531639	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0379	0.0403	0.0372	0.0359	0.0255	0.0442	0.0523	0.0426	0.0255	0.0537	0.0428	0.0537	0.0294	0.0689	0.04	0.0689	0.0427
chr3R	1531700	1531851	chr3R:1531701-1531851	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0234	0.0188	0.0199	0.0127	0.0272	0.0316	0.0233	0.0127	0.0236	0.0209	0.0236	0.0116	0.0237	0.0271	0.0237	0.0271
chr3R	1541994	1542178	chr3R:1541995-1542178	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0183	0.0188	0.0242	0.0113	0.0106	0.0131	0.0311	0.0227	0.0106	0.0223	0.0212	0.0223	0.0101	0.0054	0.0052	0.0054	0.0057
chr3R	1542493	1542979	chr3R:1542494-1542979	FBgn0004878	cas	stage11,stage14,stage5	none	cas_csc-8	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0976	0.119	0.1188	0.0506	0.1145	0.115	0.1211	0.1672	0.1145	0.1341	0.1164	0.1341	0.0349	0.01	0.0232	0.01	0.025
chr3R	1546518	1546805	chr3R:1546519-1546805	distal	distal	stage5	stage5	VT36980.1,cas_csc-5a,cas_csc-6	VT36980.1,cas_csc-5a,cas_csc-6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0387	0.0729	0.0321	0.0078	0.0456	0.0617	0.0727	0.1179	0.0456	0.0217	0.0466	0.0217	0.0139	0.0046	0.0071	0.0046	0.0021
chr3R	1548703	1548854	chr3R:1548704-1548854	distal	distal	stage11	stage11	VT36980.1,VT36981.1,cas_csc-5a	VT36980.1,VT36981.1,cas_csc-5a	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0216	0.0183	0.0106	0.0064	0.0199	0.0255	0.0346	0.0064	0.0115	0.0215	0.0115	0.0031	0.0031	0.009	0.0031	0.0036
chr3R	1549027	1549215	chr3R:1549028-1549215	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT36981.1,cas_csc-5a	VT36981.1,cas_csc-5a	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0276	0.0375	0.0334	0.01	0.0074	0.0374	0.0411	0.0673	0.0074	0.0266	0.0415	0.0266	0.0093	0.0031	0.0116	0.0031	0.0021
chr3R	1550430	1550581	chr3R:1550431-1550581	distal	distal	none	none	VT36981.1,cas_csc-4	VT36981.1,cas_csc-4	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.019	0.0289	0.0208	0.0058	0.0191	0.017	0.0428	0.04	0.0191	0.0103	0.017	0.0103	0.007	0.0061	0.0052	0.0061	0.0036
chr3R	1553423	1553620	chr3R:1553424-1553620	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT36983.1,cas_csc-2	VT36983.1,cas_csc-2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.039	0.0546	0.0385	0.0221	0.0382	0.0519	0.0705	0.0666	0.0382	0.0193	0.0254	0.0193	0.0139	0.0046	0.0155	0.0046	0.0031
chr3R	1553633	1554048	chr3R:1553634-1554048	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT36983.1,cas_csc-2	VT36983.1,cas_csc-2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0723	0.1123	0.0641	0.0366	0.0827	0.1097	0.1202	0.1559	0.0827	0.0308	0.0733	0.0308	0.0387	0.0123	0.0458	0.0123	0.0208
chr3R	1555254	1555405	chr3R:1555255-1555405	distal	distal	stage11	stage11	cas_csc-1	cas_csc-1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0237	0.0343	0.0077	0.0064	0.0243	0.0268	0.0373	0.0064	0.0205	0.0495	0.0205	0.0147	0.0046	0.0084	0.0046	0.0073
chr3R	1556719	1556870	chr3R:1556720-1556870	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0184	0.0284	0.0134	0.0127	0.0194	0.026	0.0167	0.0127	0.0175	0.028	0.0175	0.017	0.0115	0.0168	0.0115	0.0057
chr3R	1556959	1557166	chr3R:1556960-1557166	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0277	0.0264	0.0395	0.0163	0.0117	0.0262	0.0407	0.0266	0.0117	0.0193	0.0534	0.0193	0.0132	0.01	0.02	0.01	0.0036
chr3R	1558444	1558595	chr3R:1558445-1558595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0178	0.0143	0.0189	0.0203	0.0074	0.0218	0.0186	0.0073	0.0074	0.0248	0.0167	0.0248	0.0124	0.062	0.0116	0.062	0.0089
chr3R	1558859	1559072	chr3R:1558860-1559072	FBgn0037368	CG1239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0891	0.0857	0.1014	0.0795	0.0594	0.1049	0.0982	0.0846	0.0594	0.1329	0.1035	0.1329	0.1015	0.1057	0.0819	0.1057	0.0959
chr3R	1559118	1559564	chr3R:1559119-1559564	FBgn0037368	CG1239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1296	0.1376	0.1434	0.1056	0.0923	0.1451	0.1648	0.1672	0.0923	0.1775	0.1537	0.1775	0.1363	0.1164	0.1173	0.1164	0.1178
chr3R	1559577	1559735	chr3R:1559578-1559735	FBgn0037368	CG1239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0413	0.0489	0.0471	0.0265	0.0329	0.0461	0.0601	0.0646	0.0329	0.0586	0.0489	0.0586	0.0403	0.0207	0.0258	0.0207	0.0245
chr3R	1561770	1561955	chr3R:1561771-1561955	FBgn0037369	CG2100	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0408	0.0539	0.0414	0.0223	0.0447	0.0536	0.0493	0.0223	0.0477	0.0685	0.0477	0.0565	0.0544	0.0458	0.0544	0.0464
chr3R	1561958	1562154	chr3R:1561959-1562154	FBgn0037369,FBgn0037370	CG1236,CG2100	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0552	0.0727	0.0582	0.0329	0.0665	0.0593	0.0713	0.0329	0.0773	0.0878	0.0773	0.079	0.0727	0.0638	0.0727	0.0792
chr3R	1562354	1562566	chr3R:1562355-1562566	FBgn0037369,FBgn0037370	CG1236,CG2100	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1258	0.1382	0.1451	0.0908	0.1177	0.1296	0.1687	0.1686	0.1177	0.1449	0.1984	0.1449	0.1441	0.0972	0.1193	0.0972	0.1271
chr3R	1563071	1563222	chr3R:1563072-1563222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.028	0.0308	0.0288	0.024	0.0148	0.0296	0.0411	0.04	0.0148	0.029	0.0341	0.029	0.0387	0.0153	0.0161	0.0153	0.0521
chr3R	1567854	1568037	chr3R:1567855-1568037	FBgn0027497,FBgn0037371	Madm,Sym	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1713	0.1601	0.2009	0.1512	0.0838	0.1811	0.1864	0.2052	0.0838	0.2446	0.2222	0.2446	0.1921	0.1447	0.1483	0.1447	0.1996
chr3R	1568130	1568336	chr3R:1568131-1568336	FBgn0027497,FBgn0037371	Madm,Sym	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1875	0.1654	0.2301	0.1654	0.1039	0.1917	0.1834	0.2025	0.1039	0.2923	0.2514	0.2923	0.2231	0.1708	0.1547	0.1708	0.2105
chr3R	1568383	1568563	chr3R:1568384-1568563	FBgn0027497,FBgn0037371	Madm,Sym	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1292	0.0755	0.1761	0.1376	0.0403	0.1053	0.08	0.0793	0.0403	0.2337	0.1936	0.2337	0.1627	0.1485	0.1354	0.1485	0.1673
chr3R	1568773	1568946	chr3R:1568774-1568946	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0521	0.0295	0.0704	0.0572	0.0159	0.0282	0.0446	0.0293	0.0159	0.1021	0.074	0.1021	0.0697	0.0658	0.049	0.0658	0.075
chr3R	1579164	1579315	chr3R:1579165-1579315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0302	0.0302	0.0131	0.0159	0.032	0.0381	0.0366	0.0159	0.0284	0.036	0.0284	0.0341	0.0107	0.0161	0.0107	0.0162
chr3R	1579415	1579583	chr3R:1579416-1579583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0395	0.0308	0.0192	0.0276	0.0413	0.051	0.0406	0.0276	0.0314	0.036	0.0314	0.0318	0.0222	0.0187	0.0222	0.0261
chr3R	1579991	1580142	chr3R:1579992-1580142	FBgn0037372	CG2091	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0508	0.0508	0.0594	0.0412	0.0244	0.0515	0.0692	0.0566	0.0244	0.0719	0.0633	0.0719	0.0542	0.0505	0.0426	0.0505	0.0443
chr3R	1580455	1580641	chr3R:1580456-1580641	FBgn0037372	CG2091	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1566	0.1544	0.178	0.1356	0.1177	0.1782	0.1717	0.1752	0.1177	0.2174	0.1974	0.2174	0.1689	0.1417	0.1451	0.1417	0.1683
chr3R	1580714	1580945	chr3R:1580715-1580945	FBgn0037372	CG2091	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.0914	0.092	0.066	0.0742	0.0942	0.1081	0.1053	0.0742	0.0954	0.1093	0.0954	0.0883	0.0658	0.0754	0.0658	0.0776
chr3R	1581034	1581185	chr3R:1581035-1581185	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0355	0.0371	0.0416	0.0269	0.018	0.034	0.0454	0.0446	0.018	0.0417	0.0424	0.0417	0.0503	0.0276	0.0239	0.0276	0.0344
chr3R	1582334	1582603	chr3R:1582335-1582603	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.052	0.0795	0.0533	0.0198	0.0626	0.0762	0.1016	0.0846	0.0626	0.058	0.0656	0.058	0.0503	0.0207	0.0193	0.0207	0.0302
chr3R	1584250	1584463	chr3R:1584251-1584463	FBgn0262603	sec8	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0487	0.05	0.0538	0.0418	0.0223	0.0534	0.0735	0.052	0.0223	0.0682	0.0576	0.0682	0.0565	0.0444	0.0426	0.0444	0.0625
chr3R	1584618	1584802	chr3R:1584619-1584802	FBgn0262603	sec8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1247	0.1195	0.1462	0.1068	0.0817	0.1359	0.1445	0.1306	0.0817	0.1721	0.1547	0.1721	0.1619	0.1087	0.1148	0.1087	0.1376
chr3R	1584921	1585104	chr3R:1584922-1585104	FBgn0262603	sec8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0564	0.0555	0.0664	0.0465	0.0371	0.0573	0.0757	0.0526	0.0371	0.0713	0.0727	0.0713	0.079	0.0467	0.0516	0.0467	0.0573
chr3R	1587028	1587179	chr3R:1587029-1587179	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0175	0.0155	0.0239	0.013	0.0074	0.0141	0.0234	0.014	0.0074	0.0187	0.0129	0.0187	0.0736	0.013	0.0155	0.013	0.0188
chr3R	1597719	1597936	chr3R:1597720-1597936	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0172	0.0256	0.0302	0.0106	0.016	0.0285	0.0133	0.0106	0.0338	0.0212	0.0338	0.0318	0.0475	0.0168	0.0475	0.0281
chr3R	1598311	1598499	chr3R:1598312-1598499	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0741	0.0535	0.0977	0.0712	0.0233	0.0592	0.0813	0.046	0.0233	0.1455	0.0997	0.1455	0.1077	0.0965	0.0709	0.0965	0.1037
chr3R	1604294	1604445	chr3R:1604295-1604445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0417	0.0453	0.034	0.0223	0.0432	0.0497	0.0533	0.0223	0.0477	0.0585	0.0477	0.0411	0.0314	0.0432	0.0314	0.0354
chr3R	1604531	1604763	chr3R:1604532-1604763	FBgn0037374	jagn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1428	0.1295	0.161	0.1376	0.1007	0.1573	0.1354	0.1559	0.1007	0.2071	0.1701	0.2071	0.1603	0.1485	0.1483	0.1485	0.1485
chr3R	1604902	1605088	chr3R:1604903-1605088	FBgn0037374	jagn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1573	0.1228	0.1912	0.1586	0.0859	0.132	0.1362	0.1539	0.0859	0.2168	0.2145	0.2168	0.2169	0.1861	0.1644	0.1861	0.1939
chr3R	1605349	1605500	chr3R:1605350-1605500	FBgn0037374	jagn	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0232	0.0435	0.0454	0.0085	0.0252	0.0316	0.028	0.0085	0.0483	0.0476	0.0483	0.0573	0.0567	0.049	0.0567	0.0573
chr3R	1607322	1607473	chr3R:1607323-1607473	FBgn0037375	kat-60L1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0141	0.0169	0.0273	0.0042	0.016	0.0195	0.012	0.0042	0.0157	0.0161	0.0157	0.0225	0.0077	0.0103	0.0077	0.0078
chr3R	1607701	1607852	chr3R:1607702-1607852	FBgn0037375	kat-60L1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0238	0.0263	0.0306	0.0095	0.0204	0.0337	0.0293	0.0095	0.0223	0.0293	0.0223	0.0217	0.0123	0.0129	0.0123	0.0193
chr3R	1608628	1608870	chr3R:1608629-1608870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0297	0.0401	0.0246	0.0235	0.0212	0.035	0.0623	0.042	0.0212	0.0223	0.0238	0.0223	0.0186	0.013	0.0148	0.013	0.0151
chr3R	1614439	1614639	chr3R:1614440-1614639	FBgn0037376	CG2051	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0629	0.0626	0.0765	0.0485	0.0403	0.0689	0.0731	0.072	0.0403	0.0857	0.0865	0.0857	0.0782	0.0582	0.0419	0.0582	0.0495
chr3R	1614724	1614895	chr3R:1614725-1614895	FBgn0028690,FBgn0037376	CG2051,Rpn5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.164	0.1417	0.1943	0.1558	0.1071	0.165	0.1354	0.1779	0.1071	0.2301	0.2206	0.2301	0.1882	0.1639	0.1631	0.1639	0.1892
chr3R	1615124	1615313	chr3R:1615125-1615313	FBgn0028690,FBgn0037376	CG2051,Rpn5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1379	0.1196	0.1661	0.1274	0.0732	0.1481	0.1181	0.1519	0.0732	0.1914	0.181	0.1914	0.1658	0.1508	0.1431	0.1508	0.1428
chr3R	1617251	1617451	chr3R:1617252-1617451	FBgn0037377	CG1218	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1163	0.0962	0.1409	0.1117	0.0541	0.1112	0.1003	0.1292	0.0541	0.1649	0.1357	0.1649	0.1673	0.134	0.0761	0.134	0.1449
chr3R	1617499	1617698	chr3R:1617500-1617698	FBgn0037377	CG1218	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0773	0.0667	0.0929	0.072	0.0308	0.0709	0.077	0.0926	0.0308	0.0966	0.0981	0.0966	0.0991	0.072	0.0503	0.072	0.0886
chr3R	1619958	1620138	chr3R:1619959-1620138	FBgn0037378,FBgn0037379	CG10979,CG2046	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1152	0.115	0.1327	0.0961	0.0689	0.1277	0.1349	0.1392	0.0689	0.1715	0.1479	0.1715	0.1224	0.1187	0.1044	0.1187	0.1209
chr3R	1620326	1620537	chr3R:1620327-1620537	FBgn0037378,FBgn0037379	CG10979,CG2046	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1417	0.1471	0.1582	0.1174	0.0891	0.1699	0.1609	0.1899	0.0891	0.1793	0.1855	0.1793	0.1727	0.1233	0.1244	0.1233	0.1501
chr3R	1621267	1621692	chr3R:1621268-1621692	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0869	0.0419	0.0149	0.0477	0.0791	0.106	0.1179	0.0477	0.0495	0.0482	0.0495	0.038	0.0138	0.0155	0.0138	0.0224
chr3R	1627826	1627977	chr3R:1627827-1627977	FBgn0263353	CG11000	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0107	0.0102	0.007	0.0155	0.0053	0.0083	0.0208	0.0053	0.0053	0.0085	0.0064	0.0085	0.0023	0.0015	0.0045	0.0015	0.0036
chr3R	1646852	1647023	chr3R:1646853-1647023	FBgn0037382	Hpr1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0391	0.032	0.049	0.0361	0.0117	0.0432	0.0381	0.034	0.0117	0.058	0.0531	0.058	0.0519	0.0345	0.0348	0.0345	0.0479
chr3R	1647076	1647243	chr3R:1647077-1647243	FBgn0037382	Hpr1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.067	0.0464	0.0794	0.0765	0.0223	0.0612	0.0484	0.0573	0.0223	0.0882	0.0884	0.0882	0.0945	0.075	0.0671	0.075	0.1188
chr3R	1647543	1647852	chr3R:1647544-1647852	FBgn0037382	Hpr1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0613	0.0356	0.0699	0.0805	0.0148	0.0466	0.0385	0.0446	0.0148	0.067	0.0768	0.067	0.0999	0.0613	0.0542	0.0613	0.1709
chr3R	1649242	1649515	chr3R:1649243-1649515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0457	0.0424	0.0466	0.0485	0.018	0.0539	0.0463	0.0533	0.018	0.0495	0.0543	0.0495	0.0449	0.0475	0.0561	0.0475	0.0761
chr3R	1649855	1650048	chr3R:1649856-1650048	FBgn0037383,FBgn0037384	CG2023,dgrn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.046	0.0835	0.0563	0.0201	0.0573	0.0506	0.0566	0.0201	0.0978	0.101	0.0978	0.0837	0.0605	0.0638	0.0605	0.073
chr3R	1650182	1650367	chr3R:1650183-1650367	FBgn0037383,FBgn0037384	CG2023,dgrn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1326	0.1066	0.1638	0.1274	0.0604	0.1413	0.1038	0.1372	0.0604	0.2017	0.182	0.2017	0.1712	0.1539	0.1289	0.1539	0.1449
chr3R	1650398	1650608	chr3R:1650399-1650608	FBgn0037383,FBgn0037384	CG2023,dgrn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.0872	0.1268	0.0891	0.0573	0.1102	0.0792	0.1206	0.0573	0.1612	0.1405	0.1612	0.1332	0.1034	0.0916	0.1034	0.0954
chr3R	1650791	1651047	chr3R:1650792-1651047	FBgn0037384	dgrn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0366	0.0501	0.0363	0.0127	0.0427	0.0433	0.0453	0.0127	0.0556	0.0553	0.0556	0.0565	0.0391	0.0322	0.0391	0.0443
chr3R	1670310	1670461	chr3R:1670311-1670461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.011	0.009	0.0156	0.0082	0.0021	0.0121	0.0125	0.008	0.0021	0.0133	0.0116	0.0133	0.0426	0.0077	0.0077	0.0077	0.0135
chr3R	1672500	1672711	chr3R:1672501-1672711	FBgn0037388	CG14676	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0404	0.0536	0.0341	0.0326	0.0371	0.0544	0.061	0.064	0.0371	0.0441	0.0392	0.0441	0.0403	0.0329	0.0361	0.0329	0.0578
chr3R	1675146	1675297	chr3R:1675147-1675297	FBgn0037389	CR10991	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0267	0.015	0.0082	0.0095	0.0243	0.0411	0.026	0.0095	0.0181	0.0177	0.0181	0.0132	0.01	0.0064	0.01	0.0104
chr3R	1675504	1675655	chr3R:1675505-1675655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0315	0.0197	0.0107	0.017	0.0316	0.0489	0.028	0.017	0.0242	0.0206	0.0242	0.0287	0.0123	0.0103	0.0123	0.0135
chr3R	1675879	1676030	chr3R:1675880-1676030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0144	0.0206	0.0126	0.0095	0.0159	0.017	0.035	0.0153	0.0159	0.0139	0.0141	0.0139	0.0139	0.013	0.0077	0.013	0.0151
chr3R	1681636	1681875	chr3R:1681637-1681875	FBgn0028436,FBgn0029088	ECSIT,disp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0684	0.0623	0.0909	0.0507	0.0371	0.0675	0.0753	0.0759	0.0371	0.1202	0.0961	0.1202	0.0899	0.0628	0.0458	0.0628	0.0485
chr3R	1681955	1682131	chr3R:1681956-1682131	FBgn0028436,FBgn0029088	ECSIT,disp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1459	0.1306	0.1857	0.1192	0.0848	0.151	0.1328	0.1652	0.0848	0.2367	0.2042	0.2367	0.1665	0.1309	0.1264	0.1309	0.1261
chr3R	1682198	1682375	chr3R:1682199-1682375	FBgn0028436,FBgn0029088	ECSIT,disp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1051	0.1607	0.1115	0.0583	0.1257	0.0986	0.1486	0.0583	0.2053	0.1727	0.2053	0.1596	0.1156	0.1077	0.1156	0.1339
chr3R	1682482	1682753	chr3R:1682483-1682753	FBgn0028436,FBgn0029088	ECSIT,disp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0494	0.042	0.0643	0.0414	0.0286	0.0456	0.0493	0.0513	0.0286	0.0942	0.0588	0.0942	0.0689	0.0452	0.0355	0.0452	0.0485
chr3R	1686832	1687072	chr3R:1686833-1687072	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0282	0.0169	0.0273	0.0418	0.0053	0.016	0.0242	0.0147	0.0053	0.026	0.0267	0.026	0.0387	0.0498	0.0316	0.0498	0.0438
chr3R	1687588	1687753	chr3R:1687589-1687753	FBgn0037391	CG2017	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0536	0.0287	0.0642	0.0699	0.017	0.0364	0.0333	0.0313	0.017	0.0749	0.0669	0.0749	0.0767	0.062	0.0658	0.062	0.074
chr3R	1687842	1688014	chr3R:1687843-1688014	FBgn0037391	CG2017	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.067	0.1275	0.0989	0.0329	0.0981	0.0636	0.0766	0.0329	0.1546	0.1367	0.1546	0.1363	0.0988	0.1109	0.0988	0.1266
chr3R	1688070	1688244	chr3R:1688071-1688244	FBgn0037391	CG2017	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1478	0.1178	0.1863	0.1391	0.0583	0.1515	0.1246	0.1372	0.0583	0.2277	0.1987	0.2277	0.1929	0.1378	0.1567	0.1378	0.1683
chr3R	1714817	1714968	chr3R:1714818-1714968	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0064	0.009	0.0185	0.0011	0.0039	0.0121	0.0073	0.0011	0.0097	0.0055	0.0097	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0052
chr3R	1717487	1717638	chr3R:1717488-1717638	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0101	0.0059	0.0104	0.0145	0.0021	0.0049	0.0112	0.0047	0.0021	0.0127	0.008	0.0127	0.0194	0.013	0.0052	0.013	0.0302
chr3R	1717871	1718022	chr3R:1717872-1718022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0096	0.0131	0.0191	0.0021	0.0146	0.0143	0.0067	0.0021	0.0163	0.0119	0.0163	0.0232	0.0054	0.0052	0.0054	0.049
chr3R	1728288	1728498	chr3R:1728289-1728498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0193	0.0122	0.0135	0.0053	0.0233	0.026	0.018	0.0053	0.0121	0.0106	0.0121	0.0023	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chr3R	1730256	1730407	chr3R:1730257-1730407	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0082	0.0085	0.0216	0.0032	0.0073	0.0138	0.0067	0.0032	0.0036	0.0077	0.0036	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0057
chr3R	1774871	1775198	chr3R:1774872-1775198	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0193	0.0165	0.0181	0.0238	0.0064	0.0189	0.026	0.0113	0.0064	0.0103	0.0158	0.0103	0.0511	0.0077	0.0251	0.0077	0.0532
chr3R	1785280	1785431	chr3R:1785281-1785431	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0148	0.0077	0.0199	0.0117	0.0078	0.0264	0.0147	0.0117	0.0097	0.0064	0.0097	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chr3R	1785880	1786031	chr3R:1785881-1786031	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.0145	0.0176	0.0221	0.0148	0.0102	0.0242	0.0107	0.0148	0.0139	0.0186	0.0139	0.0217	0.0061	0.0142	0.0061	0.0141
chr3R	1787631	1787782	chr3R:1787632-1787782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0108	0.011	0.0091	0.0125	0.0042	0.0078	0.0242	0.0067	0.0042	0.0066	0.009	0.0066	0.0062	0.0038	0.0045	0.0038	0.0057
chr3R	1788628	1788779	chr3R:1788629-1788779	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0177	0.0109	0.0096	0.0095	0.0131	0.0329	0.0113	0.0095	0.0121	0.0116	0.0121	0.0085	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chr3R	1820063	1820214	chr3R:1820064-1820214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0131	0.008	0.013	0.0053	0.015	0.0177	0.0127	0.0053	0.0091	0.0093	0.0091	0.0054	0.0054	0.0045	0.0054	0.0063
chr3R	1820998	1821217	chr3R:1820999-1821217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0187	0.0129	0.013	0.0159	0.0189	0.0268	0.0153	0.0159	0.0103	0.0125	0.0103	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0078
chr3R	1823491	1823735	chr3R:1823492-1823735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0277	0.0162	0.0283	0.04	0.0074	0.0184	0.0238	0.0173	0.0074	0.0332	0.0209	0.0332	0.055	0.0214	0.0148	0.0214	0.0844
chr3R	1823958	1824109	chr3R:1823959-1824109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0267	0.0211	0.0305	0.0288	0.0117	0.0243	0.0255	0.024	0.0117	0.0429	0.0277	0.0429	0.0434	0.0191	0.0187	0.0191	0.0537
chr3R	1824339	1824507	chr3R:1824340-1824507	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0294	0.0216	0.0336	0.0334	0.0074	0.0277	0.0242	0.026	0.0074	0.0441	0.0357	0.0441	0.0387	0.0253	0.0361	0.0253	0.0547
chr3R	1824685	1824903	chr3R:1824686-1824903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0487	0.0504	0.0313	0.0212	0.049	0.0545	0.0759	0.0212	0.0489	0.064	0.0489	0.0511	0.0398	0.0368	0.0398	0.0417
chr3R	1825351	1825810	chr3R:1825352-1825810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.111	0.1194	0.0596	0.0594	0.1194	0.1263	0.1459	0.0594	0.1479	0.1415	0.1479	0.1154	0.0743	0.0542	0.0743	0.0688
chr3R	1825842	1826116	chr3R:1825843-1826116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0882	0.1098	0.1024	0.0485	0.0944	0.1092	0.1172	0.1399	0.0944	0.1184	0.1151	0.1184	0.1015	0.0574	0.0368	0.0574	0.061
chr3R	1826128	1826279	chr3R:1826129-1826279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0502	0.0649	0.0558	0.0277	0.0467	0.0704	0.0705	0.0779	0.0467	0.0676	0.0659	0.0676	0.0573	0.0345	0.02	0.0345	0.0375
chr3R	1826308	1826591	chr3R:1826309-1826591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0764	0.0679	0.0348	0.0615	0.0757	0.0869	0.0859	0.0615	0.0918	0.0749	0.0918	0.0666	0.0467	0.0264	0.0467	0.0485
chr3R	1827285	1827513	chr3R:1827286-1827513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.0646	0.0626	0.0272	0.0424	0.0689	0.0757	0.0813	0.0424	0.0815	0.0698	0.0815	0.0581	0.0322	0.0258	0.0322	0.0318
chr3R	1832478	1832650	chr3R:1832479-1832650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0671	0.0684	0.0813	0.0499	0.0562	0.0801	0.0813	0.072	0.0562	0.1051	0.082	0.1051	0.1139	0.1041	0.0419	0.1041	0.0537
chr3R	1833181	1833372	chr3R:1833182-1833372	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2628	0.2593	0.3038	0.2217	0.2333	0.2971	0.2824	0.2825	0.2333	0.401	0.3238	0.401	0.2912	0.2489	0.2321	0.2489	0.2642
chr3R	1833469	1833713	chr3R:1833470-1833713	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2204	0.2264	0.2594	0.171	0.1888	0.2621	0.2344	0.2745	0.1888	0.3249	0.283	0.3249	0.2363	0.1968	0.1799	0.1968	0.1798
chr3R	1833921	1834101	chr3R:1833922-1834101	FBgn0003261	Rm62	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1884	0.1726	0.2261	0.1647	0.106	0.2034	0.1977	0.1972	0.106	0.2971	0.2418	0.2971	0.2014	0.1799	0.1747	0.1799	0.1834
chr3R	1834188	1834373	chr3R:1834189-1834373	FBgn0003261	Rm62	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2394	0.2304	0.284	0.2004	0.1782	0.268	0.2608	0.2492	0.1782	0.3478	0.3061	0.3478	0.2634	0.2044	0.2237	0.2044	0.234
chr3R	1835285	1835716	chr3R:1835286-1835716	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1747	0.1982	0.1958	0.1252	0.1495	0.2058	0.2362	0.2312	0.1495	0.2464	0.2376	0.2464	0.1789	0.1363	0.1625	0.1363	0.1428
chr3R	1835839	1836014	chr3R:1835840-1836014	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0913	0.1257	0.0991	0.0443	0.1145	0.101	0.1726	0.1392	0.1145	0.1226	0.1341	0.1226	0.0728	0.0582	0.078	0.0582	0.0391
chr3R	1887267	1887418	chr3R:1887268-1887418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0361	0.0258	0.0107	0.0244	0.0311	0.0523	0.0393	0.0244	0.0338	0.0286	0.0338	0.0225	0.0084	0.0123	0.0084	0.0151
chr3R	1889215	1889366	chr3R:1889216-1889366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0065	0.007	0.0042	0.0086	0.0032	0.0034	0.0147	0.0047	0.0032	0.0066	0.0026	0.0066	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0031
chr3R	1907988	1908139	chr3R:1907989-1908139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0223	0.0177	0.0223	0.0274	0.0095	0.0136	0.0298	0.0147	0.0095	0.0278	0.0225	0.0278	0.0217	0.0069	0.0206	0.0069	0.0276
chr3R	1909052	1909203	chr3R:1909053-1909203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0096	0.0102	0.0132	0.005	0.0053	0.0087	0.0182	0.01	0.0053	0.0326	0.0084	0.0326	0.0116	8e-04	0.0026	8e-04	0.0057
chr3R	1922932	1923083	chr3R:1922933-1923083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0135	0.0107	0.0114	0.0188	0.0064	0.0068	0.0199	0.0087	0.0064	0.0072	0.0174	0.0072	0.0108	0.0015	0.0645	0.0015	0.0089
chr3R	1926621	1926954	chr3R:1926622-1926954	FBgn0026077	Gasp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0613	0.0604	0.0584	0.0653	0.0445	0.0403	0.1103	0.0453	0.0445	0.038	0.0884	0.038	0.0713	0.0153	0.2076	0.0153	0.0422
chr3R	1928476	1928627	chr3R:1928477-1928627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0121	0.0117	0.0112	0.0136	0.0074	0.0058	0.0221	0.0133	0.0074	0.0079	0.0167	0.0079	0.0155	0.0023	0.0445	0.0023	0.0078
chr3R	1929051	1929202	chr3R:1929052-1929202	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0144	0.026	0.0074	0.0092	0.0191	0.0107	0.0523	0.0147	0.0191	0.0097	0.0093	0.0097	0.0054	0.0054	0.02	0.0054	0.0073
chr3R	1932611	1932762	chr3R:1932612-1932762	distal	distal	none	none	Obp83cd_Obp83c_prom	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0149	0.0292	0.0084	0.006	0.0191	0.0204	0.0528	0.024	0.0191	0.0097	0.0109	0.0097	0.0046	0.0023	0.0123	0.0023	0.0052
chr3R	1936764	1936915	chr3R:1936765-1936915	FBgn0046876	Obp83ef	none	none	Obp83ef_Obp83f_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0106	0.0091	0.0115	0.0111	0.0053	0.0073	0.016	0.0047	0.0053	0.0145	0.0109	0.0145	0.0163	0.0038	0.0103	0.0038	0.0271
chr3R	1938015	1938166	chr3R:1938016-1938166	FBgn0046875	Obp83g	none	none	Obp83ef_Obp83f_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0137	0.0142	0.0167	0.0064	0.0131	0.0221	0.01	0.0064	0.0127	0.0215	0.0127	0.0077	0.0054	0.0542	0.0054	0.0083
chr3R	1938439	1938615	chr3R:1938440-1938615	FBgn0046875	Obp83g	stage14	none	Obp83ef_Obp83f_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0242	0.0316	0.0326	0.0106	0.0252	0.0333	0.0233	0.0106	0.0151	0.0563	0.0151	0.0201	0.0077	0.1148	0.0077	0.0099
chr3R	1943844	1943995	chr3R:1943845-1943995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.012	0.0101	0.0137	0.0124	0.0021	0.0097	0.0203	0.0067	0.0021	0.0127	0.019	0.0127	0.017	0.0038	0.0368	0.0038	0.0083
chr3R	1944451	1944602	chr3R:1944452-1944602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0078	0.0079	0.0071	0.0085	0.0021	0.0058	0.0186	0.0027	0.0021	0.006	0.01	0.006	0.007	0.0023	0.0264	0.0023	0.0042
chr3R	1946470	1946621	chr3R:1946471-1946621	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0098	0.0121	0.0188	0.0032	0.0102	0.0164	0.0067	0.0032	0.0133	0.018	0.0133	0.0093	0.0031	0.0683	0.0031	0.0042
chr3R	1967475	1967691	chr3R:1967476-1967691	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0151	0.0218	0.01	0.0132	0.017	0.0117	0.0381	0.022	0.017	0.0139	0.01	0.0139	0.0101	0.0276	0.0168	0.0276	0.0115
chr3R	1975465	1975658	chr3R:1975466-1975658	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0505	0.0259	0.0393	0.0318	0.0451	0.0666	0.0606	0.0318	0.0302	0.0289	0.0302	0.0333	0.0368	0.0722	0.0368	0.0537
chr3R	1977556	1977707	chr3R:1977557-1977707	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0244	0.0228	0.0141	0.0191	0.0214	0.0294	0.034	0.0191	0.0121	0.0424	0.0121	0.0116	0.0031	0.0438	0.0031	0.0089
chr3R	1979777	1979928	chr3R:1979778-1979928	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.01	0.0099	0.0205	0.0074	0.0073	0.0169	0.0073	0.0074	0.0085	0.0161	0.0085	0.0077	0.0046	0.0664	0.0046	0.012
chr3R	1980620	1980771	chr3R:1980621-1980771	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0079	0.0108	0.0191	0.0021	0.0073	0.0143	0.0073	0.0021	0.0072	0.0186	0.0072	0.007	0.0015	0.0709	0.0015	0.0047
chr3R	1981776	1981927	chr3R:1981777-1981927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0155	0.0138	0.0154	0.0175	0.0085	0.0112	0.0264	0.0093	0.0085	0.0205	0.0183	0.0205	0.0108	0.0061	0.0554	0.0061	0.0115
chr3R	1982890	1983066	chr3R:1982891-1983066	FBgn0051559	CG31559	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0303	0.0219	0.0287	0.0415	0.0095	0.0165	0.0333	0.028	0.0095	0.0121	0.0531	0.0121	0.0217	0.0138	0.147	0.0138	0.0162
chr3R	1996571	1996803	chr3R:1996572-1996803	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1249	0.1014	0.1259	0.1501	0.0668	0.1078	0.0965	0.1392	0.0668	0.1087	0.1608	0.1087	0.1735	0.1738	0.1896	0.1738	0.1923
chr3R	2024400	2024566	chr3R:2024401-2024566	FBgn0037409	Osi24	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0152	0.0254	0.035	0.0085	0.0141	0.0251	0.0133	0.0085	0.0103	0.0492	0.0103	0.0132	0.0107	0.1296	0.0107	0.0083
chr3R	2027171	2027322	chr3R:2027172-2027322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.012	0.0143	0.0191	0.0064	0.0073	0.019	0.0147	0.0064	0.0079	0.027	0.0079	0.007	0.0015	0.0722	0.0015	0.0057
chr3R	2034910	2035061	chr3R:2034911-2035061	FBgn0037410	Osi2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0113	0.0132	0.0102	0.0103	0.0053	0.0092	0.019	0.0167	0.0053	0.0115	0.0145	0.0115	0.0054	0.0054	0.0284	0.0054	0.0042
chr3R	2036025	2036191	chr3R:2036026-2036191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0188	0.009	0.0138	0.0354	0.0011	0.0107	0.0147	0.0067	0.0011	0.0097	0.017	0.0097	0.0232	0.0207	0.0703	0.0207	0.0495
chr3R	2036661	2036812	chr3R:2036662-2036812	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0119	0.0081	0.0113	0.0167	0.0042	0.0053	0.016	0.006	0.0042	0.0097	0.0174	0.0097	0.0077	0	0.0651	0	0.0052
chr3R	2037169	2037320	chr3R:2037170-2037320	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0085	0.0082	0.0075	0.0064	0.0053	0.0151	0.0087	0.0064	0.0109	0.0096	0.0109	0.0062	0.0023	0.0219	0.0023	0.0042
chr3R	2041068	2041257	chr3R:2041069-2041257	FBgn0037411	Osi3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0229	0.0366	0.0204	0.0103	0.017	0.0369	0.032	0.066	0.017	0.0254	0.027	0.0254	0.0186	0.0107	0.0206	0.0107	0.0047
chr3R	2051750	2051901	chr3R:2051751-2051901	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0088	0.0127	0.0221	0.0011	0.0102	0.0138	0.0073	0.0011	0.0211	0.018	0.0211	0.0039	0.0092	0.0683	0.0092	0.0135
chr3R	2055126	2055277	chr3R:2055127-2055277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.014	0.0123	0.0124	0.0175	0.0053	0.0092	0.0221	0.0093	0.0053	0.0145	0.018	0.0145	0.0093	0.0061	0.0567	0.0061	0.0063
chr3R	2055405	2055556	chr3R:2055406-2055556	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0135	0.0103	0.0141	0.0163	0.0064	0.0092	0.0182	0.008	0.0064	0.0133	0.0228	0.0133	0.0077	0.0054	0.0516	0.0054	0.0073
chr3R	2057243	2057394	chr3R:2057244-2057394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0101	0.0122	0.0207	0.0032	0.0117	0.0143	0.0107	0.0032	0.0193	0.0154	0.0193	0.0077	0.0061	0.0761	0.0061	0.0073
chr3R	2059880	2060132	chr3R:2059881-2060132	FBgn0027527	Osi6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0316	0.0127	0.0269	0.0579	0.0042	0.0204	0.019	0.0067	0.0042	0.032	0.0363	0.032	0.0271	0.0176	0.1741	0.0176	0.0485
chr3R	2064844	2064998	chr3R:2064845-2064998	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0192	0.0091	0.0123	0.0382	0.0064	0.0087	0.0156	0.006	0.0064	0.0085	0.0145	0.0085	0.024	0.0046	0.0864	0.0046	0.0604
chr3R	2065396	2065547	chr3R:2065397-2065547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.01	0.0086	0.015	0.0042	0.0063	0.0199	0.0087	0.0042	0.0072	0.0132	0.0072	0.0077	0.0038	0.0464	0.0038	0.0089
chr3R	2066784	2066935	chr3R:2066785-2066935	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0097	0.0128	0.0187	0.0074	0.0112	0.0156	0.0053	0.0074	0.0145	0.0177	0.0145	0.0132	0.0092	0.0632	0.0092	0.0073
chr3R	2074522	2074675	chr3R:2074523-2074675	FBgn0037414	Osi7	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0081	0.018	0.0411	0.0021	0.0126	0.0117	0.0033	0.0021	0.0072	0.0354	0.0072	0.0101	0.0023	0.1625	0.0023	0.0099
chr3R	2076656	2076807	chr3R:2076657-2076807	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0166	0.0165	0.0155	0.0181	0.0074	0.0209	0.0221	0.016	0.0074	0.0199	0.0215	0.0199	0.0116	0.0046	0.0625	0.0046	0.0089
chr3R	2076861	2077012	chr3R:2076862-2077012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0107	0.0119	0.0141	0.0053	0.0087	0.0177	0.0087	0.0053	0.0145	0.0164	0.0145	0.0093	0.0061	0.0477	0.0061	0.0052
chr3R	2077068	2077219	chr3R:2077069-2077219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0096	0.0115	0.0152	0.0064	0.0073	0.0143	0.008	0.0064	0.0109	0.0161	0.0109	0.0077	0.0038	0.0522	0.0038	0.0052
chr3R	2077600	2077751	chr3R:2077601-2077751	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0102	0.0075	0.0075	0.0162	0.0042	0.0083	0.0099	0.006	0.0042	0.0036	0.0135	0.0036	0.0046	0.0046	0.0593	0.0046	0.0057
chr3R	2080296	2080482	chr3R:2080297-2080482	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0484	0.0656	0.0509	0.0265	0.0371	0.0602	0.0779	0.0866	0.0371	0.029	0.0939	0.029	0.0217	0.0054	0.0909	0.0054	0.0125
chr3R	2085684	2085835	chr3R:2085685-2085835	FBgn0037416	Osi9	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0097	0.0128	0.018	0.0021	0.0102	0.0147	0.008	0.0021	0.0133	0.0161	0.0133	0.0163	0.0023	0.0645	0.0023	0.0073
chr3R	2088820	2088971	chr3R:2088821-2088971	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.022	0.0217	0.0214	0.0228	0.0117	0.0204	0.0247	0.032	0.0117	0.0205	0.0305	0.0205	0.024	0.0023	0.0677	0.0023	0.0214
chr3R	2103529	2103680	chr3R:2103530-2103680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0207	0.0242	0.0185	0.0192	0.0138	0.0189	0.0303	0.0333	0.0138	0.0223	0.028	0.0223	0.0093	0.0184	0.0567	0.0184	0.0047
chr3R	2104040	2104191	chr3R:2104041-2104191	FBgn0037419	Osi12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.021	0.0202	0.0228	0.0198	0.0085	0.0175	0.0303	0.0213	0.0085	0.0362	0.0277	0.0362	0.0163	0.0191	0.0554	0.0191	0.0089
chr3R	2112349	2112501	chr3R:2112350-2112501	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0173	0.0133	0.0135	0.0259	0.0053	0.0092	0.0238	0.012	0.0053	0.0127	0.0151	0.0127	0.0209	0.0061	0.0645	0.0061	0.0328
chr3R	2123051	2123202	chr3R:2123052-2123202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.0115	0.008	0.0093	0.0085	0.0063	0.0221	0.0067	0.0085	0.0079	0.0106	0.0079	0.007	0.0031	0.0245	0.0031	0.0057
chr3R	2127190	2127341	chr3R:2127191-2127341	FBgn0037424	Osi15	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0104	0.0138	0.0085	0.0086	0.0085	0.0063	0.0294	0.0093	0.0085	0.0066	0.0119	0.0066	0.0093	0.0031	0.0251	0.0031	0.0068
chr3R	2128316	2128467	chr3R:2128317-2128467	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0106	0.0093	0.008	0.0149	0.0085	0.0063	0.0173	0.004	0.0085	0.0091	0.009	0.0091	0.0085	0.0054	0.0329	0.0054	0.0219
chr3R	2137362	2137513	chr3R:2137363-2137513	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0241	0.0173	0.0308	0.0201	0.0131	0.0363	0.032	0.0201	0.0133	0.026	0.0133	0.0155	0.0138	0.098	0.0138	0.0167
chr3R	2137716	2137867	chr3R:2137717-2137867	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0124	0.0148	0.0115	0.0107	0.0085	0.0121	0.0225	0.014	0.0085	0.0115	0.0158	0.0115	0.0108	0.0023	0.0316	0.0023	0.0089
chr3R	2140899	2141126	chr3R:2140900-2141126	FBgn0037427	Osi17	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0491	0.0195	0.0249	0.0498	0.0218	0.083	0.0486	0.0498	0.0157	0.0315	0.0157	0.0124	0.0046	0.0883	0.0046	0.0094
chr3R	2142680	2142831	chr3R:2142681-2142831	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0084	0.0079	0.0082	0.0091	0.0042	0.0049	0.0164	0.0047	0.0042	0.003	0.0138	0.003	0.0101	0.0015	0.0226	0.0015	0.0104
chr3R	2165081	2165232	chr3R:2165082-2165232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0155	0.0117	0.0118	0.0032	0.0141	0.0277	0.0153	0.0032	0.0103	0.0138	0.0103	0.0116	0.0046	0.0284	0.0046	0.0094
chr3R	2169743	2169894	chr3R:2169744-2169894	FBgn0037433	CG17919	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0179	0.0157	0.0179	0.0205	0.0085	0.015	0.0177	0.024	0.0085	0.0236	0.0215	0.0236	0.0147	0.0054	0.0645	0.0054	0.0141
chr3R	2171010	2171206	chr3R:2171011-2171206	FBgn0261789	SmD2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.0388	0.0442	0.0313	0.0138	0.0398	0.0493	0.052	0.0138	0.0616	0.0498	0.0616	0.038	0.0314	0.0413	0.0314	0.0354
chr3R	2171259	2171474	chr3R:2171260-2171474	FBgn0037435,FBgn0261789	CG18048,SmD2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.069	0.0607	0.0844	0.0613	0.0276	0.066	0.064	0.0899	0.0276	0.1057	0.0878	0.1057	0.0852	0.0597	0.0709	0.0597	0.0735
chr3R	2171529	2171710	chr3R:2171530-2171710	FBgn0037435,FBgn0261789	CG18048,SmD2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1093	0.0916	0.133	0.103	0.0456	0.1092	0.0995	0.1166	0.0456	0.1673	0.137	0.1673	0.1441	0.1141	0.1032	0.1141	0.1381
chr3R	2171756	2171934	chr3R:2171757-2171934	FBgn0037435,FBgn0261789	CG18048,SmD2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.079	0.1192	0.0925	0.0414	0.0888	0.0917	0.1006	0.0414	0.1564	0.1212	0.1564	0.1425	0.0934	0.0954	0.0934	0.1115
chr3R	2176036	2176400	chr3R:2176037-2176400	FBgn0014001	Pak	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1105	0.1396	0.115	0.073	0.0774	0.1427	0.1739	0.1699	0.0774	0.1552	0.1222	0.1552	0.0945	0.085	0.0774	0.085	0.0797
chr3R	2176525	2176707	chr3R:2176526-2176707	FBgn0014001	Pak	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1382	0.13	0.1605	0.1228	0.0785	0.1612	0.1406	0.1499	0.0785	0.215	0.1788	0.215	0.1464	0.1501	0.1251	0.1501	0.1443
chr3R	2176872	2177340	chr3R:2176873-2177340	FBgn0014001	Pak	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1818	0.1557	0.2217	0.1674	0.0774	0.2146	0.1574	0.1819	0.0774	0.3261	0.2312	0.3261	0.2239	0.2167	0.1889	0.2167	0.1918
chr3R	2177448	2177781	chr3R:2177449-2177781	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0963	0.1287	0.0935	0.0631	0.0923	0.1267	0.1674	0.1332	0.0923	0.099	0.1006	0.099	0.1286	0.0712	0.0677	0.0712	0.0698
chr3R	2178970	2179274	chr3R:2178971-2179274	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0853	0.0629	0.0873	0.1079	0.0255	0.0825	0.0813	0.0533	0.0255	0.0978	0.0836	0.0978	0.1433	0.1769	0.0909	0.1769	0.1537
chr3R	2179715	2179898	chr3R:2179716-2179898	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0464	0.0294	0.043	0.0691	0.0127	0.0316	0.0433	0.024	0.0127	0.0586	0.0395	0.0586	0.062	0.1417	0.04	0.1417	0.1053
chr3R	2187032	2187183	chr3R:2187033-2187183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0202	0.0305	0.0193	0.0096	0.0191	0.0301	0.042	0.0293	0.0191	0.0205	0.0196	0.0205	0.0209	0.0115	0.0123	0.0115	0.0109
chr3R	2193600	2193751	chr3R:2193601-2193751	FBgn0261641	CG42724	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0725	0.0709	0.0901	0.055	0.0488	0.0796	0.0904	0.072	0.0488	0.1178	0.0913	0.1178	0.0852	0.062	0.0658	0.062	0.0625
chr3R	2193829	2194009	chr3R:2193830-2194009	FBgn0261641	CG42724	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1835	0.1744	0.2183	0.1555	0.1389	0.2073	0.199	0.1852	0.1389	0.2723	0.2305	0.2723	0.213	0.1807	0.1721	0.1807	0.174
chr3R	2194099	2194288	chr3R:2194100-2194288	FBgn0037439,FBgn0261641	CG10286,CG42724	stage11,stage14,stage5	none	CG10286_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2094	0.1898	0.2485	0.1883	0.1506	0.2301	0.2003	0.2219	0.1506	0.3213	0.2675	0.3213	0.2386	0.2182	0.1966	0.2182	0.2199
chr3R	2194535	2194735	chr3R:2194536-2194735	FBgn0037439	CG10286	stage11,stage14,stage5	none	CG10286_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1541	0.1407	0.1852	0.1351	0.0965	0.1626	0.1462	0.1765	0.0965	0.2488	0.1939	0.2488	0.2029	0.1585	0.1418	0.1585	0.1668
chr3R	2194848	2195075	chr3R:2194849-2195075	FBgn0037439	CG10286	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0824	0.0664	0.1119	0.0678	0.0318	0.082	0.0727	0.0779	0.0318	0.1793	0.1058	0.1793	0.1232	0.1149	0.06	0.1149	0.0787
chr3R	2199246	2199456	chr3R:2199247-2199456	FBgn0037440	CG1041	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0606	0.0396	0.0662	0.0777	0.018	0.0553	0.0376	0.0493	0.018	0.0586	0.0842	0.0586	0.0922	0.0505	0.127	0.0505	0.1172
chr3R	2199488	2199681	chr3R:2199489-2199681	FBgn0037440	CG1041	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.0546	0.0728	0.0724	0.0244	0.0694	0.0519	0.0726	0.0244	0.0749	0.0913	0.0749	0.0875	0.0689	0.1019	0.0689	0.1047
chr3R	2199715	2199933	chr3R:2199716-2199933	FBgn0037440,FBgn0260766	CG1041,CG42564	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0704	0.0599	0.0744	0.0777	0.0276	0.0767	0.0567	0.0793	0.0276	0.0809	0.0875	0.0809	0.1022	0.0842	0.1012	0.0842	0.1084
chr3R	2200118	2200410	chr3R:2200119-2200410	FBgn0037440,FBgn0260766	CG1041,CG42564	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.045	0.047	0.048	0.0395	0.018	0.0519	0.0619	0.052	0.018	0.0537	0.054	0.0537	0.0627	0.0452	0.0574	0.0452	0.0443
chr3R	2200793	2200944	chr3R:2200794-2200944	FBgn0261006	snoRNA:83E4-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0338	0.0296	0.0164	0.0138	0.0301	0.0528	0.0346	0.0138	0.0278	0.037	0.0278	0.0263	0.0123	0.0239	0.0123	0.0162
chr3R	2205685	2205845	chr3R:2205686-2205845	FBgn0010282,FBgn0027514	CG1024,TfIIFalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0618	0.0692	0.0718	0.0426	0.0371	0.0879	0.0779	0.0819	0.0371	0.0882	0.0804	0.0882	0.0705	0.049	0.0419	0.049	0.0526
chr3R	2205855	2206065	chr3R:2205856-2206065	FBgn0010282,FBgn0027514	CG1024,TfIIFalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1115	0.1142	0.1296	0.0888	0.0742	0.133	0.1367	0.1213	0.0742	0.1606	0.1447	0.1606	0.127	0.0942	0.0916	0.0942	0.1146
chr3R	2206088	2206332	chr3R:2206089-2206332	FBgn0010282,FBgn0027514	CG1024,TfIIFalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0891	0.0887	0.1058	0.0713	0.0477	0.1	0.0986	0.1099	0.0477	0.1316	0.1199	0.1316	0.1038	0.0727	0.0735	0.0727	0.099
chr3R	2208547	2208722	chr3R:2208548-2208722	FBgn0037442	CG10277	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1665	0.16	0.1957	0.1418	0.1082	0.1777	0.1903	0.1852	0.1082	0.2264	0.2215	0.2264	0.2029	0.1401	0.1567	0.1401	0.1746
chr3R	2208825	2209369	chr3R:2208826-2209369	FBgn0037442	CG10277	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.2026	0.1816	0.2423	0.1824	0.1198	0.1942	0.2197	0.2159	0.1198	0.2711	0.2691	0.2711	0.2448	0.1998	0.1947	0.1998	0.2064
chr3R	2214077	2214282	chr3R:2214078-2214282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0531	0.0363	0.0291	0.0403	0.0515	0.0701	0.058	0.0403	0.0362	0.045	0.0362	0.0426	0.0322	0.0355	0.0322	0.0422
chr3R	2214388	2214621	chr3R:2214389-2214621	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.1095	0.0879	0.0634	0.0923	0.1039	0.1358	0.1272	0.0923	0.0996	0.1006	0.0996	0.1061	0.0651	0.0864	0.0651	0.0969
chr3R	2219280	2219431	chr3R:2219281-2219431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0192	0.0209	0.0327	0.0117	0.0199	0.0247	0.0213	0.0117	0.0308	0.0196	0.0308	0.0232	0.0291	0.0148	0.0291	0.0761
chr3R	2219943	2220215	chr3R:2219944-2220215	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0641	0.0526	0.0703	0.07	0.017	0.0816	0.0666	0.036	0.017	0.1624	0.0444	0.1624	0.0728	0.1309	0.0387	0.1309	0.1183
chr3R	2220989	2221146	chr3R:2220990-2221146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0321	0.0319	0.0365	0.0273	0.018	0.0311	0.0407	0.0446	0.018	0.0507	0.035	0.0507	0.0511	0.0214	0.0297	0.0214	0.0453
chr3R	2221354	2221505	chr3R:2221355-2221505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0297	0.0301	0.0212	0.0106	0.0301	0.0385	0.036	0.0106	0.035	0.027	0.035	0.0542	0.0138	0.0187	0.0138	0.0438
chr3R	2221756	2221968	chr3R:2221757-2221968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0447	0.0417	0.0494	0.0429	0.018	0.0442	0.0597	0.0393	0.018	0.035	0.0518	0.035	0.0945	0.0138	0.0335	0.0138	0.1047
chr3R	2224927	2225078	chr3R:2224928-2225078	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0299	0.0471	0.0263	0.0148	0.0286	0.0563	0.0614	0.0446	0.0286	0.0272	0.026	0.0272	0.0418	0.0061	0.0181	0.0061	0.0266
chr3R	2225119	2225586	chr3R:2225120-2225586	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0803	0.1304	0.0665	0.0395	0.088	0.1568	0.1566	0.1259	0.088	0.0688	0.0727	0.0688	0.093	0.0398	0.0548	0.0398	0.0516
chr3R	2228651	2228802	chr3R:2228652-2228802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0561	0.0503	0.0701	0.0471	0.0191	0.0636	0.0623	0.0593	0.0191	0.0628	0.0743	0.0628	0.1022	0.0413	0.0393	0.0413	0.0735
chr3R	2230363	2230514	chr3R:2230364-2230514	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0577	0.0543	0.0692	0.0489	0.0329	0.0505	0.0722	0.0566	0.0329	0.061	0.0932	0.061	0.0713	0.0467	0.06	0.0467	0.086
chr3R	2231013	2231361	chr3R:2231014-2231361	FBgn0037443	CG1021	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2136	0.2612	0.2218	0.1515	0.2185	0.2456	0.3157	0.3191	0.2185	0.2192	0.2842	0.2192	0.1681	0.1317	0.2308	0.1317	0.1417
chr3R	2231527	2231705	chr3R:2231528-2231705	FBgn0037443	CG1021	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2481	0.2379	0.2892	0.2143	0.2089	0.2811	0.2452	0.2771	0.2089	0.3448	0.3235	0.3448	0.2711	0.2366	0.236	0.2366	0.2501
chr3R	2232015	2232187	chr3R:2232016-2232187	FBgn0037443,FBgn0264495	CG1021,gpp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1835	0.1686	0.2121	0.1688	0.1251	0.2049	0.1825	0.1899	0.1251	0.2651	0.2248	0.2651	0.2037	0.1776	0.1709	0.1776	0.1949
chr3R	2232507	2232689	chr3R:2232508-2232689	FBgn0264495	gpp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2265	0.2161	0.2629	0.198	0.1654	0.2617	0.2353	0.2592	0.1654	0.3146	0.2852	0.3146	0.2688	0.2136	0.2128	0.2136	0.2308
chr3R	2232813	2233165	chr3R:2232814-2233165	FBgn0264495	gpp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1994	0.2004	0.2365	0.1575	0.1379	0.2417	0.2176	0.2305	0.1379	0.3086	0.2605	0.3086	0.2316	0.1715	0.176	0.1715	0.1886
chr3R	2233285	2233504	chr3R:2233286-2233504	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1425	0.1582	0.157	0.109	0.1145	0.1777	0.1704	0.1959	0.1145	0.1709	0.1804	0.1709	0.1751	0.0681	0.1348	0.0681	0.1746
chr3R	2234920	2235172	chr3R:2234921-2235172	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1222	0.0875	0.126	0.1567	0.0318	0.133	0.0813	0.1099	0.0318	0.1171	0.1572	0.1171	0.1944	0.206	0.1966	0.206	0.2251
chr3R	2235536	2235687	chr3R:2235537-2235687	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0467	0.0284	0.0405	0.0738	0.0138	0.0335	0.032	0.0333	0.0138	0.0568	0.0331	0.0568	0.0705	0.183	0.0561	0.183	0.0724
chr3R	2235988	2236195	chr3R:2235989-2236195	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0708	0.0341	0.0602	0.1234	0.0138	0.049	0.0415	0.034	0.0138	0.0435	0.0682	0.0435	0.1177	0.1654	0.1573	0.1654	0.1782
chr3R	2236502	2236774	chr3R:2236503-2236774	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1204	0.0677	0.1211	0.1785	0.0286	0.1083	0.0597	0.0733	0.0286	0.1081	0.1357	0.1081	0.2076	0.2481	0.2205	0.2481	0.2423
chr3R	2237258	2237422	chr3R:2237259-2237422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0408	0.056	0.0693	0.0127	0.0481	0.048	0.0513	0.0127	0.0556	0.074	0.0556	0.0558	0.1041	0.0941	0.1041	0.0766
chr3R	2239678	2239829	chr3R:2239679-2239829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0233	0.0177	0.0228	0.0302	0.0064	0.0199	0.0234	0.024	0.0064	0.0302	0.0235	0.0302	0.0194	0.0291	0.0123	0.0291	0.0214
chr3R	2240132	2240480	chr3R:2240133-2240480	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0459	0.0219	0.0322	0.0876	0.0085	0.0277	0.0277	0.0273	0.0085	0.0211	0.0302	0.0211	0.0666	0.0896	0.02	0.0896	0.1266
chr3R	2242175	2242326	chr3R:2242176-2242326	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0162	0.0231	0.0235	0.0117	0.0146	0.0221	0.018	0.0117	0.0175	0.0241	0.0175	0.0124	0.013	0.009	0.013	0.0135
chr3R	2244855	2245013	chr3R:2244856-2245013	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0369	0.0177	0.0324	0.0632	0.0074	0.0223	0.0225	0.0207	0.0074	0.0193	0.0248	0.0193	0.0225	0.0299	0.0148	0.0299	0.0266
chr3R	2245630	2245843	chr3R:2245631-2245843	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0592	0.0363	0.0398	0.106	0.0191	0.0408	0.0467	0.0433	0.0191	0.0308	0.0415	0.0308	0.038	0.0949	0.0574	0.0949	0.0657
chr3R	2245943	2246094	chr3R:2245944-2246094	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0397	0.0288	0.0307	0.0617	0.0127	0.0296	0.042	0.0293	0.0127	0.0242	0.035	0.0242	0.0279	0.0582	0.0277	0.0582	0.0474
chr3R	2247041	2247304	chr3R:2247042-2247304	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0377	0.0511	0.0303	0.0308	0.0467	0.0364	0.0796	0.0493	0.0467	0.0217	0.0379	0.0217	0.0325	0.013	0.0258	0.013	0.0292
chr3R	2249577	2249784	chr3R:2249578-2249784	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0995	0.0852	0.1365	0.0746	0.0498	0.0917	0.09	0.1206	0.0498	0.1051	0.2164	0.1051	0.0852	0.0567	0.1264	0.0567	0.0443
chr3R	2249928	2250137	chr3R:2249929-2250137	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1955	0.1677	0.2438	0.1737	0.0954	0.1971	0.154	0.2552	0.0954	0.2488	0.3469	0.2488	0.172	0.2044	0.2186	0.2044	0.1313
chr3R	2250269	2250454	chr3R:2250270-2250454	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1183	0.0899	0.1579	0.1067	0.0329	0.1306	0.0623	0.1452	0.0329	0.1057	0.2579	0.1057	0.1069	0.1103	0.1702	0.1103	0.0568
chr3R	2251300	2251509	chr3R:2251301-2251509	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1245	0.095	0.1849	0.0914	0.0477	0.1005	0.0969	0.1586	0.0477	0.1679	0.3026	0.1679	0.1108	0.1172	0.1902	0.1172	0.0703
chr3R	2251834	2252166	chr3R:2251835-2252166	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1628	0.1499	0.2185	0.116	0.0891	0.1592	0.1652	0.2105	0.0891	0.1757	0.3662	0.1757	0.11	0.1064	0.2547	0.1064	0.0771
chr3R	2253243	2253462	chr3R:2253244-2253462	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0564	0.0396	0.0555	0.0763	0.0138	0.049	0.0437	0.0506	0.0138	0.0447	0.0675	0.0447	0.031	0.0498	0.0393	0.0498	0.0422
chr3R	2253682	2253913	chr3R:2253683-2253913	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0976	0.0769	0.1102	0.1069	0.0233	0.085	0.0696	0.1386	0.0233	0.0966	0.1296	0.0966	0.0434	0.0789	0.0787	0.0789	0.0532
chr3R	2253955	2254132	chr3R:2253956-2254132	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0761	0.0546	0.0819	0.0939	0.0223	0.0597	0.0593	0.0799	0.0223	0.0737	0.0974	0.0737	0.0488	0.1103	0.0799	0.1103	0.0464
chr3R	2256050	2256210	chr3R:2256051-2256210	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0322	0.0368	0.0563	0.017	0.0301	0.0385	0.0493	0.017	0.0181	0.0305	0.0181	0.0225	0.0191	0.0148	0.0191	0.0281
chr3R	2256300	2256536	chr3R:2256301-2256536	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0477	0.0333	0.0428	0.0692	0.018	0.0311	0.0407	0.0453	0.018	0.026	0.0383	0.026	0.0256	0.026	0.0284	0.026	0.049
chr3R	2258984	2259135	chr3R:2258985-2259135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0165	0.0166	0.0187	0.0074	0.016	0.0208	0.0207	0.0074	0.0121	0.0193	0.0121	0.0248	0.013	0.009	0.013	0.0391
chr3R	2259551	2259702	chr3R:2259552-2259702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0264	0.0184	0.016	0.0138	0.0204	0.0433	0.0253	0.0138	0.0187	0.0219	0.0187	0.0155	0.0123	0.0077	0.0123	0.0219
chr3R	2261108	2261402	chr3R:2261109-2261402	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0228	0.0383	0.0618	0.0117	0.0238	0.0277	0.028	0.0117	0.0386	0.0437	0.0386	0.0442	0.0858	0.0451	0.0858	0.062
chr3R	2261591	2261742	chr3R:2261592-2261742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0122	0.0161	0.028	0.0095	0.0131	0.0169	0.0087	0.0095	0.0145	0.0193	0.0145	0.0139	0.0153	0.0284	0.0153	0.0255
chr3R	2262463	2262637	chr3R:2262464-2262637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0329	0.0477	0.0307	0.0187	0.0361	0.0379	0.0804	0.0446	0.0361	0.0362	0.0299	0.0362	0.0356	0.0191	0.0181	0.0191	0.0151
chr3R	2262684	2262943	chr3R:2262685-2262943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0399	0.0263	0.0189	0.0286	0.0325	0.0657	0.0393	0.0286	0.0248	0.027	0.0248	0.0271	0.0191	0.02	0.0191	0.0224
chr3R	2263430	2263581	chr3R:2263431-2263581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0238	0.0307	0.0199	0.0095	0.0218	0.0333	0.0293	0.0095	0.0248	0.0428	0.0248	0.0256	0.0214	0.0226	0.0214	0.0229
chr3R	2264663	2264876	chr3R:2264664-2264876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0275	0.0294	0.0163	0.0138	0.0252	0.0342	0.0386	0.0138	0.0199	0.0373	0.0199	0.0403	0.0214	0.0193	0.0214	0.0177
chr3R	2271944	2272095	chr3R:2271945-2272095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0165	0.0198	0.0223	0.0085	0.0131	0.0255	0.018	0.0085	0.0193	0.0232	0.0193	0.0256	0.0176	0.0213	0.0176	0.0433
chr3R	2272150	2272301	chr3R:2272151-2272301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0196	0.0174	0.0204	0.0212	0.0042	0.0155	0.0272	0.0207	0.0042	0.0211	0.0251	0.0211	0.0201	0.0145	0.0187	0.0145	0.0427
chr3R	2274586	2274744	chr3R:2274587-2274744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0276	0.026	0.0268	0.0301	0.018	0.0311	0.0311	0.026	0.018	0.0193	0.037	0.0193	0.0287	0.0214	0.0309	0.0214	0.0563
chr3R	2274772	2274923	chr3R:2274773-2274923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.027	0.0257	0.0278	0.0277	0.0223	0.0252	0.0311	0.026	0.0223	0.0217	0.0383	0.0217	0.0248	0.0115	0.0342	0.0115	0.0495
chr3R	2281867	2282044	chr3R:2281868-2282044	FBgn0037445	CG9727	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0529	0.0355	0.0669	0.0571	0.0148	0.0495	0.0324	0.0446	0.0148	0.0761	0.0711	0.0761	0.0899	0.0551	0.0503	0.0551	0.0933
chr3R	2282111	2282511	chr3R:2282112-2282511	FBgn0037445,FBgn0037446	CG9727,Zif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1575	0.12	0.1923	0.1614	0.0626	0.1617	0.1159	0.1432	0.0626	0.2289	0.2087	0.2289	0.206	0.1753	0.1618	0.1753	0.2022
chr3R	2282789	2282970	chr3R:2282790-2282970	FBgn0037445,FBgn0037446	CG9727,Zif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1492	0.1234	0.1883	0.1352	0.0721	0.1563	0.1207	0.1592	0.0721	0.2337	0.2026	0.2337	0.1828	0.1616	0.1283	0.1616	0.1641
chr3R	2284666	2284840	chr3R:2284667-2284840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0343	0.0512	0.0297	0.0203	0.0318	0.0476	0.0601	0.0686	0.0318	0.0362	0.0289	0.0362	0.0341	0.0176	0.0161	0.0176	0.036
chr3R	2286178	2286369	chr3R:2286179-2286369	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.062	0.0651	0.0753	0.044	0.0445	0.0845	0.0679	0.066	0.0445	0.1492	0.0711	0.1492	0.0589	0.1126	0.0335	0.1126	0.0417
chr3R	2286484	2286677	chr3R:2286485-2286677	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0545	0.05	0.0643	0.0489	0.0371	0.0617	0.0515	0.0593	0.0371	0.1268	0.0588	0.1268	0.0565	0.1202	0.0413	0.1202	0.0558
chr3R	2293564	2293732	chr3R:2293565-2293732	FBgn0037447	Neurochondrin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0298	0.0163	0.0292	0.0457	0.0053	0.0218	0.0234	0.0147	0.0053	0.0779	0.0161	0.0779	0.0194	0.1753	0.0232	0.1753	0.0193
chr3R	2294120	2294312	chr3R:2294121-2294312	FBgn0037447	Neurochondrin	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0286	0.012	0.0227	0.0536	0.0042	0.015	0.0177	0.0127	0.0042	0.0543	0.0116	0.0543	0.0232	0.2328	0.0155	0.2328	0.012
chr3R	2299563	2299714	chr3R:2299564-2299714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0072	0.0082	0.0184	0.0032	0.0097	0.0125	0.0027	0.0032	0.0109	0.0064	0.0109	0.0085	0.01	0.0026	0.01	0.0109
chr3R	2299961	2300112	chr3R:2299962-2300112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.016	0.0113	0.0132	0.0244	0.0053	0.0141	0.0195	0.006	0.0053	0.0139	0.0151	0.0139	0.0116	0.0322	0.0161	0.0322	0.0214
chr3R	2300283	2300465	chr3R:2300284-2300465	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0445	0.0179	0.0315	0.0886	0.0074	0.0141	0.0333	0.014	0.0074	0.0266	0.0302	0.0266	0.0604	0.1202	0.0793	0.1202	0.1131
chr3R	2302284	2302435	chr3R:2302285-2302435	distal	distal	stage14	stage14	CG2330,Neurochondrin_VME	CG2330,Neurochondrin_VME	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0077	0.0051	0.0056	0.013	0.0021	0.0053	0.0087	0.004	0.0021	0.0097	0.0045	0.0097	0.0054	0.0337	0.0039	0.0337	0.0109
chr3R	2306715	2306866	chr3R:2306716-2306866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.0086	0.0104	0.0135	0.0042	0.0058	0.0147	0.0087	0.0042	0.0175	0.009	0.0175	0.0101	0.0436	0.009	0.0436	0.0078
chr3R	2307512	2307703	chr3R:2307513-2307703	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0233	0.0133	0.022	0.0359	0.0032	0.016	0.0203	0.012	0.0032	0.0459	0.0148	0.0459	0.0256	0.1233	0.02	0.1233	0.0177
chr3R	2308286	2308437	chr3R:2308287-2308437	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.0112	0.0123	0.0167	0.0032	0.0092	0.0182	0.0127	0.0032	0.0199	0.01	0.0199	0.0147	0.0398	0.009	0.0398	0.0146
chr3R	2310486	2310637	chr3R:2310487-2310637	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0105	0.0059	0.0093	0.0171	0.0032	0.0063	0.0108	0.004	0.0032	0.0079	0.008	0.0079	0.0217	0.0429	0.0123	0.0429	0.0193
chr3R	2321437	2321588	chr3R:2321438-2321588	FBgn0011919	tRNA:M2:83F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0127	0.0194	0.0128	0.005	0.0127	0.0155	0.0247	0.0207	0.0127	0.0193	0.0106	0.0193	0.0201	0.01	0.0045	0.01	0.0042
chr3R	2321737	2321939	chr3R:2321738-2321939	FBgn0011919	tRNA:M2:83F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0362	0.0584	0.0297	0.0185	0.0403	0.051	0.0744	0.0726	0.0403	0.0525	0.0212	0.0525	0.0449	0.0452	0.0103	0.0452	0.0167
chr3R	2330037	2330188	chr3R:2330038-2330188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0105	0.0115	0.0122	0.0075	0.0021	0.0146	0.0186	0.0093	0.0021	0.0097	0.0074	0.0097	0.0356	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chr3R	2330219	2330370	chr3R:2330220-2330370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0156	0.0166	0.0187	0.0111	0.0042	0.0238	0.0229	0.014	0.0042	0.0145	0.0135	0.0145	0.0496	0.0061	0.0077	0.0061	0.0068
chr3R	2359883	2360071	chr3R:2359884-2360071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0307	0.0469	0.0192	0.0252	0.0339	0.0379	0.0636	0.0546	0.0339	0.0169	0.0228	0.0169	0.0256	0.0329	0.0187	0.0329	0.0354
chr3R	2361849	2362000	chr3R:2361850-2362000	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0045	0.0039	0.0104	0.0042	0.0029	0.0091	0.0027	0.0042	0.0024	0.0032	0.0024	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.0026
chr3R	2400031	2400182	chr3R:2400032-2400182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0067	0.0061	0.0109	0.0042	0.0049	0.0125	0.004	0.0042	0.0091	0.0039	0.0091	0.0093	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chr3R	2406060	2406211	chr3R:2406061-2406211	FBgn0037455	CG2336	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0066	0.0075	0.0086	0.0032	0.0044	0.0112	0.0067	0.0032	0.0091	0.0051	0.0091	0.0085	0.0015	0.0045	0.0015	0.0036
chr3R	2412561	2412712	chr3R:2412562-2412712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.011	0.0146	0.0132	0.0032	0.0112	0.0164	0.0113	0.0032	0.0145	0.0135	0.0145	0.0155	0.0038	0.0064	0.0038	0.0042
chr3R	2419036	2419187	chr3R:2419037-2419187	FBgn0053202	dpr11	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0154	0.0096	0.0084	0.0297	0.0021	0.0087	0.0203	0.0027	0.0021	0.0079	0.008	0.0079	0.0054	0.0054	0.0052	0.0054	0.0068
chr3R	2428076	2428279	chr3R:2428077-2428279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0202	0.0452	0.0096	0.0038	0.0339	0.0243	0.0709	0.0526	0.0339	0.0121	0.0096	0.0121	0.0093	0.0054	0.0032	0.0054	0.0047
chr3R	2428443	2428594	chr3R:2428444-2428594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0134	0.0269	0.0075	0.0049	0.0212	0.0199	0.0407	0.0286	0.0212	0.0066	0.0106	0.0066	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0042
chr3R	2469403	2469554	chr3R:2469404-2469554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0174	0.0148	0.023	0.0141	0.0074	0.0155	0.0199	0.018	0.0074	0.0139	0.0254	0.0139	0.0511	0.0084	0.0271	0.0084	0.0198
chr3R	2470761	2470915	chr3R:2470762-2470915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0232	0.0424	0.0206	0.0053	0.0286	0.0316	0.0247	0.0053	0.0453	0.0521	0.0453	0.0558	0.0214	0.0322	0.0214	0.0255
chr3R	2471529	2471691	chr3R:2471530-2471691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0476	0.0563	0.0598	0.0245	0.0244	0.0626	0.0679	0.074	0.0244	0.0694	0.0717	0.0694	0.0573	0.0191	0.0226	0.0191	0.0224
chr3R	2472497	2472673	chr3R:2472498-2472673	FBgn0010355	Taf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1685	0.1448	0.2043	0.1555	0.1007	0.1777	0.1514	0.1726	0.1007	0.2476	0.2219	0.2476	0.2138	0.1646	0.1657	0.1646	0.1959
chr3R	2482689	2482947	chr3R:2482690-2482947	FBgn0026566	CG1307	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0872	0.0862	0.102	0.072	0.053	0.0932	0.1068	0.0966	0.053	0.122	0.1093	0.122	0.1084	0.085	0.0722	0.085	0.074
chr3R	2483072	2483259	chr3R:2483073-2483259	FBgn0026566,FBgn0262801	CG1307,twr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1762	0.1575	0.2077	0.1624	0.1071	0.184	0.1747	0.1859	0.1071	0.2621	0.2222	0.2621	0.1983	0.1761	0.1779	0.1761	0.1866
chr3R	2483515	2483702	chr3R:2483516-2483702	FBgn0026566,FBgn0262801	CG1307,twr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1645	0.154	0.1986	0.1387	0.0997	0.1947	0.1639	0.1799	0.0997	0.2536	0.2164	0.2536	0.2037	0.1302	0.1618	0.1302	0.1683
chr3R	2485331	2485649	chr3R:2485332-2485649	FBgn0024912	agt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.093	0.1162	0.0791	0.0551	0.1063	0.1155	0.1006	0.0551	0.1159	0.1434	0.1159	0.1185	0.0643	0.0877	0.0643	0.1068
chr3R	2485764	2485959	chr3R:2485765-2485959	FBgn0024912	agt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1385	0.1314	0.1622	0.1206	0.1039	0.1471	0.1449	0.1579	0.1039	0.1685	0.1894	0.1685	0.1673	0.1179	0.1335	0.1179	0.1501
chr3R	2488640	2488835	chr3R:2488641-2488835	distal	distal	none	none	VT37466.1	VT37466.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0518	0.0809	0.0605	0.0096	0.0424	0.0621	0.0874	0.1492	0.0424	0.0205	0.1122	0.0205	0.0333	0.0054	0.0123	0.0054	0.0099
chr3R	2488968	2489135	chr3R:2488969-2489135	distal	distal	stage5	stage5	VT37466.1	VT37466.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0566	0.0962	0.057	0.0118	0.0668	0.0762	0.1055	0.1672	0.0668	0.0278	0.0984	0.0278	0.0279	0.0123	0.0174	0.0123	0.0078
chr3R	2489163	2489383	chr3R:2489164-2489383	distal	distal	stage5	stage5	VT37466.1	VT37466.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.048	0.0775	0.0504	0.0124	0.0477	0.0612	0.0874	0.1279	0.0477	0.0181	0.0852	0.0181	0.0325	0.0077	0.0174	0.0077	0.0099
chr3R	2490033	2490454	chr3R:2490034-2490454	distal	distal	stage11	stage11	VT37466.1,VT37467.1	VT37466.1,VT37467.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0624	0.067	0.0792	0.0387	0.0255	0.0961	0.0696	0.0799	0.0255	0.0453	0.0801	0.0453	0.1844	0.0168	0.0451	0.0168	0.0709
chr3R	2490872	2491051	chr3R:2490873-2491051	distal	distal	stage11	stage11	VT37466.1,VT37467.1	VT37466.1,VT37467.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0173	0.0525	0.0418	0.0032	0.0209	0.0208	0.0247	0.0032	0.0266	0.0537	0.0266	0.127	0.0184	0.0619	0.0184	0.0813
chr3R	2491848	2492021	chr3R:2491849-2492021	distal	distal	none	none	VT37467.1,VT37468.1,lab_1.0	VT37467.1,VT37468.1,lab_1.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0245	0.0162	0.0326	0.0249	0.0064	0.015	0.0195	0.0193	0.0064	0.0284	0.0277	0.0284	0.072	0.0168	0.0226	0.0168	0.0558
chr3R	2492828	2493365	chr3R:2492829-2493365	distal	distal	stage11	stage11	VT37468.1,lab_0.5	VT37468.1,lab_0.5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0754	0.0824	0.0921	0.0493	0.0339	0.1034	0.1038	0.0893	0.0339	0.0731	0.0997	0.0731	0.1789	0.0322	0.098	0.0322	0.0563
chr3R	2494035	2494421	chr3R:2494036-2494421	distal	distal	stage5	stage5	VT37468.1	VT37468.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0589	0.0824	0.0655	0.0253	0.0498	0.0854	0.1008	0.1013	0.0498	0.0809	0.0672	0.0809	0.048	0.0245	0.0187	0.0245	0.0188
chr3R	2496816	2497093	chr3R:2496817-2497093	distal	distal	none	none	VT37470.1	VT37470.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0428	0.0395	0.0584	0.0292	0.0191	0.0539	0.0398	0.046	0.0191	0.0477	0.0559	0.0477	0.0875	0.0092	0.0258	0.0092	0.0151
chr3R	2497631	2497941	chr3R:2497632-2497941	distal	distal	stage11	stage11	VT37470.1,VT37471.1	VT37470.1,VT37471.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0591	0.0339	0.086	0.0577	0.0053	0.0447	0.0385	0.044	0.0053	0.0978	0.1222	0.0978	0.0627	0.0804	0.1277	0.0804	0.0417
chr3R	2498358	2498580	chr3R:2498359-2498580	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT37471.1	VT37471.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0719	0.0361	0.1107	0.0693	0.0074	0.0597	0.0277	0.0526	0.0074	0.119	0.1659	0.119	0.0868	0.0781	0.1593	0.0781	0.0563
chr3R	2500164	2500315	chr3R:2500165-2500315	distal	distal	none	none	VT37472.1	VT37472.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0034	0.0133	0.0202	0.0011	0.0063	0.0035	0.002	0.0011	0.0199	0.0158	0.0199	0.0139	0.026	0.0419	0.026	0.0151
chr3R	2500594	2500745	chr3R:2500595-2500745	distal	distal	none	none	VT37472.1	VT37472.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0107	0.0246	0.0267	0.0053	0.0131	0.013	0.0127	0.0053	0.0242	0.0312	0.0242	0.0294	0.0145	0.0735	0.0145	0.0229
chr3R	2504295	2504487	chr3R:2504296-2504487	FBgn0002522	lab	stage11,stage14,stage5	none	lab_-2.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.208	0.2087	0.2662	0.1433	0.1527	0.2597	0.1964	0.2751	0.1527	0.2645	0.3289	0.2645	0.2626	0.0865	0.1825	0.0865	0.1662
chr3R	2505510	2505661	chr3R:2505511-2505661	distal	distal	none	none	lab_-2.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0384	0.0302	0.0099	0.0148	0.049	0.0268	0.072	0.0148	0.0338	0.0395	0.0338	0.0163	0.0084	0.0142	0.0084	0.0094
chr3R	2509015	2509219	chr3R:2509016-2509219	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1667	0.1727	0.1968	0.127	0.1283	0.2005	0.1743	0.2219	0.1283	0.2572	0.2206	0.2572	0.1549	0.134	0.138	0.134	0.1245
chr3R	2509495	2509683	chr3R:2509496-2509683	FBgn0000552	Edg84A	stage11,stage5	none	Edg84A_EDG84LZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0925	0.0997	0.1137	0.0611	0.0848	0.117	0.1086	0.1119	0.0848	0.1316	0.1338	0.1316	0.0999	0.0727	0.0703	0.0727	0.0823
chr3R	2514323	2514474	chr3R:2514324-2514474	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0162	0.0135	0.019	0.0162	0.0074	0.0146	0.0203	0.0093	0.0074	0.0181	0.0238	0.0181	0.0194	0.0061	0.0374	0.0061	0.0167
chr3R	2523995	2524317	chr3R:2523996-2524317	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0383	0.0236	0.0104	0.018	0.0422	0.042	0.0533	0.018	0.0223	0.0325	0.0223	0.0139	0.0061	0.0161	0.0061	0.0063
chr3R	2532196	2532383	chr3R:2532197-2532383	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0888	0.0958	0.0909	0.0787	0.0657	0.0951	0.1155	0.1146	0.0657	0.1111	0.1	0.1111	0.0868	0.0965	0.0774	0.0965	0.0928
chr3R	2533656	2533811	chr3R:2533657-2533811	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0254	0.0413	0.0198	0.0139	0.0191	0.0403	0.0463	0.06	0.0191	0.0187	0.0267	0.0187	0.017	0.0115	0.0123	0.0115	0.0156
chr3R	2533844	2533995	chr3R:2533845-2533995	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0302	0.0361	0.0311	0.0226	0.0201	0.035	0.0437	0.0473	0.0201	0.0296	0.0437	0.0296	0.0201	0.0245	0.0258	0.0245	0.0198
chr3R	2534091	2534242	chr3R:2534092-2534242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0252	0.0232	0.0268	0.0258	0.0127	0.0238	0.0234	0.0353	0.0127	0.0278	0.0305	0.0278	0.0271	0.0253	0.0187	0.0253	0.0182
chr3R	2534278	2534429	chr3R:2534279-2534429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0222	0.0302	0.0256	0.017	0.0189	0.0281	0.026	0.017	0.0308	0.0383	0.0308	0.0248	0.0299	0.0219	0.0299	0.0245
chr3R	2534678	2534865	chr3R:2534679-2534865	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1185	0.1132	0.1395	0.1014	0.0573	0.1374	0.1311	0.1392	0.0573	0.1709	0.1611	0.1709	0.1208	0.1064	0.1103	0.1064	0.11
chr3R	2535325	2535744	chr3R:2535326-2535744	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.1066	0.1252	0.1235	0.0674	0.088	0.1248	0.1458	0.1546	0.088	0.131	0.1508	0.131	0.1309	0.0551	0.1264	0.0551	0.0657
chr3R	2540888	2541039	chr3R:2540889-2541039	distal	distal	none	none	VT37490.1,pb_13.0+HZR	VT37490.1,pb_13.0+HZR	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0191	0.0211	0.025	0.0106	0.0085	0.0194	0.0272	0.0313	0.0085	0.029	0.037	0.029	0.0108	0.0138	0.0064	0.0138	0.012
chr3R	2542526	2542723	chr3R:2542527-2542723	distal	distal	none	none	VT37491.1,pb_13.0+HZR	VT37491.1,pb_13.0+HZR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0105	0.0157	0.0142	0.0074	0.0097	0.0164	0.0113	0.0074	0.0121	0.0145	0.0121	0.0077	0.0054	0.0058	0.0054	0.0042
chr3R	2543747	2543935	chr3R:2543748-2543935	distal	distal	none	none	VT37492.1,pb_13.0+HZR	VT37492.1,pb_13.0+HZR	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.019	0.0196	0.0226	0.0143	0.0053	0.0223	0.0251	0.0253	0.0053	0.0175	0.0376	0.0175	0.0124	0.0191	0.0277	0.0191	0.0063
chr3R	2549370	2549590	chr3R:2549371-2549590	distal	distal	stage5	stage5	VT37495.1,pb_13.0+HZR	VT37495.1,pb_13.0+HZR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0561	0.1027	0.0424	0.0192	0.0647	0.1049	0.0817	0.1772	0.0647	0.0278	0.0502	0.0278	0.0271	0.0207	0.0129	0.0207	0.0109
chr3R	2549767	2550276	chr3R:2549768-2550276	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT37495.1,pb_13.0+HZR	VT37495.1,pb_13.0+HZR	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0997	0.1259	0.1094	0.0599	0.0785	0.1451	0.0943	0.2079	0.0785	0.1051	0.1354	0.1051	0.0875	0.0812	0.0767	0.0812	0.0334
chr3R	2551020	2551240	chr3R:2551021-2551240	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT37496.1,pb_13.0+HZR	VT37496.1,pb_13.0+HZR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0514	0.0715	0.0425	0.0386	0.0159	0.0956	0.0532	0.1219	0.0159	0.0236	0.0338	0.0236	0.017	0.0107	0.0206	0.0107	0.0125
chr3R	2551809	2552076	chr3R:2551810-2552076	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT37496.1,pb_13.0+HZR	VT37496.1,pb_13.0+HZR	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.043	0.0348	0.0468	0.048	0.0085	0.05	0.0268	0.0526	0.0085	0.032	0.0579	0.032	0.0426	0.0276	0.0819	0.0276	0.0229
chr3R	2556895	2557089	chr3R:2556896-2557089	distal	distal	stage14	stage14	VT37499.1	VT37499.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0182	0.0293	0.0228	0.0085	0.0184	0.0238	0.022	0.0085	0.0296	0.0212	0.0296	0.0116	0.0038	0.0039	0.0038	0.0104
chr3R	2557291	2557786	chr3R:2557292-2557786	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT37499.1,VT37500.1	VT37499.1,VT37500.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0447	0.0541	0.0503	0.0283	0.0159	0.085	0.0545	0.0633	0.0159	0.0652	0.0408	0.0652	0.0294	0.0084	0.0123	0.0084	0.0099
chr3R	2560687	2560838	chr3R:2560688-2560838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0182	0.0156	0.0156	0.0095	0.0228	0.0216	0.022	0.0095	0.0211	0.0145	0.0211	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr3R	2561604	2561859	chr3R:2561605-2561859	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0616	0.1043	0.0506	0.0259	0.0498	0.1291	0.093	0.1552	0.0498	0.0604	0.0585	0.0604	0.0318	0.013	0.0187	0.013	0.0109
chr3R	2561862	2562027	chr3R:2561863-2562027	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0385	0.0608	0.0354	0.017	0.0201	0.0854	0.0571	0.0873	0.0201	0.0477	0.0363	0.0477	0.0209	0.0069	0.0084	0.0069	0.0078
chr3R	2562629	2562780	chr3R:2562630-2562780	distal	distal	none	none	pb_0.8+pbZR	pb_0.8+pbZR	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0156	0.0181	0.0218	0.006	0.0042	0.018	0.0203	0.0286	0.0042	0.0163	0.0331	0.0163	0.0163	0.0092	0.0077	0.0092	0.0021
chr3R	2562791	2562942	chr3R:2562792-2562942	distal	distal	none	none	pb_0.8+pbZR	pb_0.8+pbZR	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0162	0.0228	0.0192	0.0057	0.0117	0.0272	0.0225	0.0326	0.0117	0.0121	0.0283	0.0121	0.0139	0.0084	0.0052	0.0084	0.0042
chr3R	2567388	2567562	chr3R:2567389-2567562	FBgn0051481	pb	stage11,stage14,stage5	none	pb_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.13	0.1079	0.1671	0.1141	0.0488	0.1539	0.0761	0.1699	0.0488	0.1141	0.2492	0.1141	0.1441	0.1072	0.1838	0.1072	0.1365
chr3R	2567826	2568051	chr3R:2567827-2568051	FBgn0051481	pb	stage11,stage14,stage5	none	pb_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1368	0.0971	0.1794	0.1344	0.0414	0.1335	0.0714	0.1526	0.0414	0.1051	0.2627	0.1051	0.158	0.1248	0.1941	0.1248	0.1094
chr3R	2569843	2570019	chr3R:2569844-2570019	FBgn0004054	zen2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0284	0.0652	0.0128	0.0043	0.0594	0.0291	0.1146	0.0606	0.0594	0.0121	0.0167	0.0121	0.0093	0.0038	0.0032	0.0038	0.0021
chr3R	2570509	2570718	chr3R:2570510-2570718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.05	0.1153	0.0237	0.006	0.1113	0.0466	0.2496	0.0546	0.1113	0.0151	0.0373	0.0151	0.0201	0.0023	0.0077	0.0023	0.0068
chr3R	2571808	2571959	chr3R:2571809-2571959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0169	0.0211	0.0202	0.0106	0.0184	0.0281	0.012	0.0106	0.0308	0.0183	0.0308	0.0147	0.0107	0.0084	0.0107	0.0162
chr3R	2572234	2572459	chr3R:2572235-2572459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0336	0.0404	0.0195	0.0127	0.0408	0.0502	0.0286	0.0127	0.0477	0.0386	0.0477	0.0318	0.0184	0.0103	0.0184	0.0115
chr3R	2577339	2577543	chr3R:2577340-2577543	distal	distal	none	none	VT37508.1	VT37508.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0358	0.0582	0.0294	0.0177	0.0244	0.0966	0.0614	0.0466	0.0244	0.0592	0.0212	0.0592	0.0093	0.0084	0.0064	0.0084	0.0063
chr3R	2577793	2577972	chr3R:2577794-2577972	distal	distal	none	none	VT37508.1	VT37508.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0397	0.0661	0.0322	0.0185	0.0445	0.0932	0.0722	0.0546	0.0445	0.0622	0.0232	0.0622	0.0124	0.0061	0.0039	0.0061	0.0031
chr3R	2579931	2580247	chr3R:2579932-2580247	FBgn0004053	zen	stage5	none	zen_0.7,zen_1.4_NR	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.078	0.205	0.0151	0.0052	0.2598	0.0617	0.3694	0.1779	0.2598	0.0139	0.0199	0.0139	0.0139	0.0046	0.0032	0.0046	0.0036
chr3R	2580329	2580536	chr3R:2580330-2580536	FBgn0004053	zen	stage5	none	zen_0.7,zen_1.4_NR	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0621	0.161	0.0136	0.0047	0.2153	0.0466	0.285	0.1312	0.2153	0.0133	0.0158	0.0133	0.0108	0.0061	0.0039	0.0061	0.0021
chr3R	2581216	2581441	chr3R:2581217-2581441	distal	distal	none	none	VT37509.1,zen_1.4_NR	VT37509.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0602	0.1478	0.0206	0.0058	0.1718	0.0534	0.3019	0.0899	0.1718	0.0205	0.0235	0.0205	0.0201	0.0061	0.0084	0.0061	0.0052
chr3R	2585327	2585507	chr3R:2585328-2585507	FBgn0000166	bcd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.13	0.1233	0.1602	0.1043	0.0742	0.1325	0.1574	0.1419	0.0742	0.1902	0.174	0.1902	0.151	0.1041	0.1083	0.1041	0.1277
chr3R	2585644	2585795	chr3R:2585645-2585795	FBgn0000166	bcd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0393	0.0408	0.0472	0.029	0.0212	0.0437	0.0584	0.0413	0.0212	0.0598	0.0502	0.0598	0.0457	0.0299	0.0245	0.0299	0.0412
chr3R	2586368	2586519	chr3R:2586369-2586519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0426	0.0413	0.0565	0.029	0.0159	0.0442	0.0437	0.0553	0.0159	0.0731	0.0588	0.0731	0.0271	0.0092	0.0226	0.0092	0.0151
chr3R	2586775	2587140	chr3R:2586776-2587140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1587	0.1908	0.2187	0.0571	0.1124	0.2573	0.1605	0.2692	0.1124	0.3128	0.2408	0.3128	0.0736	0.0268	0.0438	0.0268	0.0318
chr3R	2587961	2588232	chr3R:2587962-2588232	FBgn0000071	Ama	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1444	0.2166	0.1339	0.0752	0.2418	0.1981	0.2712	0.2172	0.2418	0.1697	0.1045	0.1697	0.0689	0.0214	0.0219	0.0214	0.0417
chr3R	2588504	2588677	chr3R:2588505-2588677	FBgn0000071	Ama	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0969	0.1019	0.1371	0.0472	0.0732	0.1345	0.0891	0.1239	0.0732	0.2023	0.1418	0.2023	0.1379	0.0314	0.0309	0.0314	0.086
chr3R	2588959	2589189	chr3R:2588960-2589189	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1571	0.1877	0.2166	0.0577	0.1909	0.2184	0.1808	0.2239	0.1909	0.3297	0.2328	0.3297	0.2053	0.0299	0.0638	0.0299	0.1105
chr3R	2590709	2590860	chr3R:2590710-2590860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.057	0.0515	0.022	0.0477	0.0558	0.0714	0.0646	0.0477	0.0483	0.045	0.0483	0.0689	0.01	0.0174	0.01	0.0318
chr3R	2591376	2591527	chr3R:2591377-2591527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0454	0.067	0.0468	0.0196	0.07	0.0592	0.0796	0.0786	0.07	0.0429	0.054	0.0429	0.0356	0.0046	0.009	0.0046	0.0182
chr3R	2591915	2592204	chr3R:2591916-2592204	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1037	0.1083	0.1128	0.0887	0.087	0.117	0.0965	0.1599	0.087	0.0785	0.0916	0.0785	0.0449	0.0038	0.0232	0.0038	0.0261
chr3R	2592745	2592896	chr3R:2592746-2592896	FBgn0261638	CR42721	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0327	0.0309	0.0341	0.0331	0.0138	0.035	0.0355	0.036	0.0138	0.0525	0.0315	0.0525	0.0178	0.0077	0.0135	0.0077	0.0146
chr3R	2594061	2594258	chr3R:2594062-2594258	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.0881	0.0973	0.0521	0.0604	0.084	0.1125	0.1166	0.0604	0.1226	0.1058	0.1226	0.0868	0.0636	0.0613	0.0636	0.0703
chr3R	2597641	2597792	chr3R:2597642-2597792	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0087	0.0104	0.0177	0.0042	0.0117	0.0125	0.0053	0.0042	0.0109	0.0074	0.0109	0.0077	0.0061	0.0019	0.0061	0.0083
chr3R	2600152	2600374	chr3R:2600153-2600374	distal	distal	stage5	stage5	VT37520.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0383	0.0414	0.053	0.0188	0.0127	0.0471	0.0467	0.0653	0.0127	0.035	0.0723	0.035	0.0139	0.0084	0.011	0.0084	0.0089
chr3R	2601967	2602118	chr3R:2601968-2602118	FBgn0262174	mir-993	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0122	0.0136	0.0223	0.0032	0.0087	0.0238	0.0113	0.0032	0.0109	0.0135	0.0109	0.0108	0.0077	0.0071	0.0077	0.0099
chr3R	2604360	2604511	chr3R:2604361-2604511	FBgn0263383	CR43435	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0087	0.0096	0.0029	0.0139	0.0074	0.0053	0.019	0.0067	0.0074	0.0018	0.0023	0.0018	0.0015	0.0046	0.0013	0.0046	0.0052
chr3R	2605905	2606115	chr3R:2605906-2606115	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1091	0.1194	0.1171	0.0887	0.0753	0.1311	0.1349	0.1466	0.0753	0.1431	0.1299	0.1431	0.1084	0.0926	0.0896	0.0926	0.0954
chr3R	2606537	2606848	chr3R:2606538-2606848	distal	distal	stage5	stage5	VT37524.1	VT37524.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0426	0.0737	0.0368	0.0143	0.0361	0.0689	0.0869	0.1006	0.0361	0.0411	0.0476	0.0411	0.0256	0.0115	0.0213	0.0115	0.0094
chr3R	2611271	2611422	chr3R:2611272-2611422	distal	distal	none	none	Dfd_EAE-A,VT37526.1	Dfd_EAE-A,VT37526.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0156	0.0204	0.0183	0.0074	0.0095	0.0262	0.0203	0.0313	0.0095	0.0097	0.0299	0.0097	0.0124	0.0061	0.0116	0.0061	0.0063
chr3R	2611911	2612062	chr3R:2611912-2612062	distal	distal	none	none	Dfd_EAE-C,VT37526.1	Dfd_EAE-C,VT37526.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0147	0.0189	0.0085	0.0032	0.0141	0.0208	0.0187	0.0032	0.0109	0.0309	0.0109	0.0116	0.0031	0.0168	0.0031	0.0073
chr3R	2616773	2616961	chr3R:2616774-2616961	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0542	0.0537	0.0402	0.0361	0.0524	0.0701	0.0626	0.0361	0.0543	0.0678	0.0543	0.038	0.0421	0.0496	0.0421	0.0406
chr3R	2617252	2617466	chr3R:2617253-2617466	FBgn0000439	Dfd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2303	0.2182	0.2706	0.1997	0.1591	0.2592	0.2253	0.2672	0.1591	0.2844	0.3322	0.2844	0.2417	0.1899	0.2695	0.1899	0.1819
chr3R	2623883	2624182	chr3R:2623884-2624182	distal	distal	stage5	stage5	VT37534.1	VT37534.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0408	0.0194	0.0117	0.0148	0.0549	0.0372	0.0573	0.0148	0.0181	0.0267	0.0181	0.0132	0.0061	0.0181	0.0061	0.0135
chr3R	2624797	2624948	chr3R:2624798-2624948	distal	distal	none	none	VT37534.1,VT37535.1	VT37534.1,VT37535.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0188	0.0147	0.0127	0.0117	0.0141	0.0255	0.0273	0.0117	0.0139	0.0186	0.0139	0.0093	0.0038	0.0123	0.0038	0.0068
chr3R	2627410	2627604	chr3R:2627411-2627604	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0258	0.0447	0.0211	0.0097	0.0223	0.0306	0.0597	0.074	0.0223	0.0193	0.0267	0.0193	0.0147	0.0061	0.0097	0.0061	0.0115
chr3R	2629615	2629766	chr3R:2629616-2629766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.026	0.0341	0.0352	0.007	0.0191	0.0345	0.0324	0.0633	0.0191	0.032	0.0524	0.032	0.0108	0.0077	0.0103	0.0077	0.0047
chr3R	2630440	2630642	chr3R:2630441-2630642	distal	distal	stage5	stage5	VT37537.1	VT37537.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.037	0.0849	0.0162	0.0063	0.0689	0.0456	0.1198	0.1206	0.0689	0.0163	0.0199	0.0163	0.0108	0.0046	0.0084	0.0046	0.0042
chr3R	2630662	2630847	chr3R:2630663-2630847	distal	distal	stage5	stage5	VT37537.1	VT37537.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0305	0.074	0.0102	0.004	0.0594	0.0311	0.1202	0.0953	0.0594	0.0103	0.0113	0.0103	0.0046	0.0031	0.0045	0.0031	0.0042
chr3R	2631769	2631939	chr3R:2631770-2631939	distal	distal	none	none	VT37537.1,VT37538.1	VT37537.1,VT37538.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0449	0.0411	0.049	0.0447	0.0148	0.0417	0.0536	0.05	0.0148	0.0356	0.037	0.0356	0.0225	0.0161	0.0116	0.0161	0.0135
chr3R	2632456	2632661	chr3R:2632457-2632661	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT37538.1	VT37538.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1444	0.1585	0.1687	0.1021	0.1209	0.1786	0.1674	0.2019	0.1209	0.215	0.1801	0.215	0.1278	0.1041	0.0941	0.1041	0.099
chr3R	2635647	2635824	chr3R:2635648-2635824	FBgn0262424	mir-10	stage11,stage14,stage5	none	VT37540.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0653	0.0846	0.0721	0.0362	0.0827	0.0733	0.1094	0.0906	0.0827	0.0483	0.0383	0.0483	0.2053	0.013	0.0264	0.013	0.0709
chr3R	2636339	2636656	chr3R:2636340-2636656	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT37540.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1817	0.2777	0.1764	0.0802	0.2566	0.2578	0.362	0.3091	0.2566	0.2258	0.1534	0.2258	0.1053	0.0245	0.0413	0.0245	0.0276
chr3R	2638284	2638499	chr3R:2638285-2638499	FBgn0261503	CG42651	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0787	0.1463	0.0546	0.0295	0.1612	0.0845	0.2318	0.1412	0.1612	0.0435	0.0579	0.0435	0.0519	0.023	0.0342	0.023	0.025
chr3R	2638500	2638793	chr3R:2638501-2638793	FBgn0261503	CG42651	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0926	0.1604	0.0725	0.0389	0.1665	0.1044	0.2388	0.1672	0.1665	0.067	0.0884	0.067	0.0565	0.0582	0.0355	0.0582	0.0271
chr3R	2639958	2640109	chr3R:2639959-2640109	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0437	0.0673	0.0305	0.0318	0.0679	0.0393	0.1142	0.0626	0.0679	0.026	0.0376	0.026	0.0287	0.0145	0.0625	0.0145	0.024
chr3R	2641204	2641580	chr3R:2641205-2641580	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1386	0.1213	0.1687	0.1251	0.0774	0.1597	0.1289	0.1392	0.0774	0.1793	0.1174	0.1793	0.196	0.0436	0.0529	0.0436	0.0834
chr3R	2642011	2642242	chr3R:2642012-2642242	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1712	0.1957	0.2029	0.1092	0.1559	0.217	0.2132	0.2305	0.1559	0.288	0.1733	0.288	0.1813	0.0222	0.1077	0.0222	0.0818
chr3R	2642866	2643031	chr3R:2642867-2643031	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.072	0.0804	0.0897	0.043	0.0626	0.1058	0.0714	0.1026	0.0626	0.1618	0.0868	0.1618	0.0503	0.0092	0.029	0.0092	0.0208
chr3R	2643854	2644041	chr3R:2643855-2644041	distal	distal	stage5	none	Scr_6.8XX	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0887	0.1778	0.0593	0.0213	0.1676	0.1204	0.2444	0.2278	0.1676	0.0477	0.0691	0.0477	0.0627	0.0214	0.0264	0.0214	0.0162
chr3R	2644201	2644422	chr3R:2644202-2644422	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	Scr_6.8XX	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0768	0.1092	0.0732	0.0444	0.0626	0.099	0.141	0.1372	0.0626	0.0791	0.0781	0.0791	0.0798	0.0383	0.0451	0.0383	0.0485
chr3R	2644597	2644867	chr3R:2644598-2644867	FBgn0051485	tRNA:CR31485:Psi	stage11,stage14,stage5	none	Scr_6.8XX	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1331	0.1615	0.133	0.1015	0.1485	0.1835	0.1869	0.1586	0.1485	0.1492	0.1379	0.1492	0.1634	0.1057	0.0922	0.1057	0.1178
chr3R	2644991	2645164	chr3R:2644992-2645164	FBgn0026162,FBgn0051485	tRNA:CR31485:Psi,tRNA:K5:84ABd	stage11,stage14,stage5	none	Scr_6.8XX	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1694	0.1739	0.1759	0.1572	0.1622	0.1854	0.2046	0.1819	0.1622	0.2095	0.174	0.2095	0.2037	0.1432	0.167	0.1432	0.1949
chr3R	2645503	2645672	chr3R:2645504-2645672	FBgn0026162,FBgn0051485,FBgn0261504	7SLRNA:CR42652,tRNA:CR31485:Psi,tRNA:K5:84ABd	none	none	Scr_6.8XX	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1479	0.1457	0.1612	0.1359	0.1241	0.1583	0.1734	0.1546	0.1241	0.2005	0.1653	0.2005	0.1727	0.1263	0.1425	0.1263	0.1704
chr3R	2648706	2648887	chr3R:2648707-2648887	FBgn0000003,FBgn0011904	7SLRNA:CR32864,tRNA:K5:84ABa	none	none	Scr_6.7BB,Scr_6.8XX	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0842	0.1137	0.0836	0.0518	0.1029	0.1189	0.1371	0.1159	0.1029	0.1117	0.0887	0.1117	0.0751	0.0544	0.0561	0.0544	0.0719
chr3R	2652042	2652224	chr3R:2652043-2652224	distal	distal	none	none	Scr_6.7BB	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0279	0.0208	0.0127	0.0117	0.0286	0.0329	0.0406	0.0117	0.0211	0.0212	0.0211	0.0178	0.013	0.011	0.013	0.0083
chr3R	2655982	2656209	chr3R:2655983-2656209	distal	distal	none	none	Scr_8.2XX	Scr_8.2XX	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0293	0.0252	0.0396	0.0227	0.0095	0.0233	0.0316	0.0406	0.0095	0.058	0.0527	0.058	0.0201	0.0398	0.0251	0.0398	0.0188
chr3R	2657645	2657796	chr3R:2657646-2657796	distal	distal	stage14	stage14	Scr_8.2XX	Scr_8.2XX	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0067	0.0099	0.0195	0.0032	0.0068	0.0121	0.0047	0.0032	0.0048	0.0129	0.0048	0.0062	0.0054	0.0097	0.0054	0.0089
chr3R	2658200	2658372	chr3R:2658201-2658372	distal	distal	none	none	Scr_8.2XX	Scr_8.2XX	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0157	0.0391	0.0146	0.0074	0.0155	0.0186	0.0213	0.0074	0.0284	0.0672	0.0284	0.0155	0.0084	0.0387	0.0084	0.0052
chr3R	2666283	2666617	chr3R:2666284-2666617	distal	distal	none	none	VT37556.1	VT37556.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0339	0.045	0.0296	0.0262	0.0392	0.0427	0.0601	0.044	0.0392	0.0386	0.0322	0.0386	0.0194	0.0674	0.0193	0.0674	0.0141
chr3R	2671387	2671801	chr3R:2671388-2671801	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Scr_BSR	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.146	0.2193	0.15	0.0597	0.2025	0.2068	0.2599	0.2565	0.2025	0.221	0.1601	0.221	0.1084	0.1034	0.0561	0.1034	0.0547
chr3R	2672569	2672720	chr3R:2672570-2672720	distal	distal	none	none	Scr_BSR,VT37560.1	VT37560.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0275	0.0449	0.0251	0.0107	0.0095	0.0942	0.0324	0.0393	0.0095	0.0314	0.0296	0.0314	0.0132	0.0107	0.0097	0.0107	0.0083
chr3R	2673814	2673967	chr3R:2673815-2673967	distal	distal	none	none	Scr_BSR,VT37560.1	VT37560.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0366	0.0632	0.0301	0.0141	0.07	0.0359	0.1055	0.0606	0.07	0.0248	0.0424	0.0248	0.017	0.0123	0.0206	0.0123	0.0104
chr3R	2674404	2674663	chr3R:2674405-2674663	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Scr_BSR	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.249	0.2264	0.3024	0.2157	0.1718	0.2568	0.2517	0.2831	0.1718	0.3225	0.3605	0.3225	0.275	0.2802	0.2766	0.2802	0.2392
chr3R	2675708	2675897	chr3R:2675709-2675897	FBgn0003339	Scr	stage11	none	Scr_BSR	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1378	0.0993	0.1826	0.1317	0.0604	0.1354	0.0839	0.1406	0.0604	0.2047	0.2212	0.2047	0.1301	0.1432	0.1515	0.1432	0.1193
chr3R	2678838	2678989	chr3R:2678839-2678989	distal	distal	none	none	Scr_BSR	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.015	0.0133	0.0265	0.0074	0.016	0.0177	0.0167	0.0074	0.0127	0.0135	0.0127	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chr3R	2679485	2679636	chr3R:2679486-2679636	distal	distal	stage5	stage5	Scr_BSR,VT37564.1	VT37564.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0259	0.0467	0.0204	0.0085	0.0212	0.0374	0.0497	0.0866	0.0212	0.0284	0.0232	0.0284	0.0093	0.0046	0.0045	0.0046	0.0042
chr3R	2680087	2680304	chr3R:2680088-2680304	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Scr_BSR,VT37564.1	VT37564.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1261	0.1726	0.1542	0.0433	0.1262	0.1811	0.2072	0.2072	0.1262	0.2138	0.1682	0.2138	0.086	0.0306	0.0219	0.0306	0.0234
chr3R	2680407	2680558	chr3R:2680408-2680558	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Scr_BSR,VT37564.1	VT37564.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0344	0.0385	0.0428	0.0206	0.0212	0.0403	0.0502	0.0426	0.0212	0.0495	0.0444	0.0495	0.0294	0.013	0.0084	0.013	0.0094
chr3R	2683383	2683607	chr3R:2683384-2683607	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0454	0.1088	0.017	0.0058	0.122	0.0383	0.2063	0.0779	0.122	0.0169	0.0183	0.0169	0.0124	0.0023	0.0026	0.0023	0.0078
chr3R	2684748	2684947	chr3R:2684749-2684947	distal	distal	stage5	stage5	VT37567.1,ftz_3B	VT37567.1,ftz_3B	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0636	0.1447	0.0299	0.0099	0.1866	0.0782	0.2275	0.1366	0.1866	0.029	0.0344	0.029	0.0132	0.0061	0.0064	0.0061	0.0078
chr3R	2685018	2685169	chr3R:2685019-2685169	distal	distal	stage5	stage5	VT37567.1,ftz_3B	VT37567.1,ftz_3B	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0462	0.1039	0.0225	0.0078	0.1442	0.0578	0.157	0.0873	0.1442	0.0199	0.0238	0.0199	0.0085	0.0046	0.0052	0.0046	0.0042
chr3R	2685851	2686042	chr3R:2685852-2686042	distal	distal	stage5	stage5	VT37567.1,VT37568.1,ftz_Prox-323	VT37567.1,VT37568.1,ftz_Prox-323	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0382	0.081	0.0241	0.0058	0.0657	0.0864	0.0792	0.1086	0.0657	0.0405	0.0203	0.0405	0.0062	0.0061	0.0039	0.0061	0.0031
chr3R	2686414	2686565	chr3R:2686415-2686565	distal	distal	none	none	Scr_0.8XH,VT37567.1,VT37568.1	Scr_0.8XH,VT37567.1,VT37568.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0241	0.0269	0.0305	0.0139	0.018	0.0272	0.0329	0.0326	0.018	0.0344	0.0338	0.0344	0.0186	0.0299	0.0129	0.0299	0.0099
chr3R	2687521	2687914	chr3R:2687522-2687914	distal	distal	stage11	stage11	VT37568.1	VT37568.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0483	0.0543	0.0609	0.0277	0.0371	0.0481	0.083	0.0546	0.0371	0.0326	0.0293	0.0326	0.0201	0.0092	0.0058	0.0092	0.0141
chr3R	2688443	2688601	chr3R:2688444-2688601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0423	0.0552	0.0434	0.0267	0.0414	0.0364	0.096	0.052	0.0414	0.0205	0.0299	0.0205	0.0124	0.0054	0.0064	0.0054	0.0083
chr3R	2689751	2690098	chr3R:2689752-2690098	FBgn0001077	ftz	stage11,stage5	none	ftz_zebra_element	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1248	0.2884	0.0546	0.0192	0.3659	0.1437	0.4745	0.2445	0.3659	0.0169	0.0257	0.0169	0.017	0.0046	0.0045	0.0046	0.0083
chr3R	2690320	2690471	chr3R:2690321-2690471	FBgn0001077	ftz	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0936	0.0245	0.0114	0.1251	0.0398	0.1566	0.0786	0.1251	0.0163	0.0132	0.0163	0.0108	0.0054	0.0064	0.0054	0.0057
chr3R	2690592	2690873	chr3R:2690593-2690873	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0567	0.1074	0.0447	0.0131	0.1453	0.0641	0.1687	0.0899	0.1453	0.0229	0.0389	0.0229	0.0186	0.0031	0.0097	0.0031	0.0089
chr3R	2691320	2691698	chr3R:2691321-2691698	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1102	0.2363	0.0676	0.0162	0.2312	0.215	0.276	0.2732	0.2312	0.0568	0.0614	0.0568	0.0217	0.0161	0.0168	0.0161	0.0089
chr3R	2692522	2692673	chr3R:2692523-2692673	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0388	0.0586	0.0401	0.0152	0.0647	0.035	0.0882	0.062	0.0647	0.0308	0.0244	0.0308	0.0147	0.0092	0.009	0.0092	0.0141
chr3R	2693994	2694170	chr3R:2693995-2694170	distal	distal	stage5	stage5	VT37571.1,ftz_CE8024_NR	VT37571.1,ftz_CE8024_NR	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0492	0.1243	0.0127	0.0053	0.1145	0.0379	0.2608	0.0919	0.1145	0.0085	0.0151	0.0085	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0052
chr3R	2694799	2694950	chr3R:2694800-2694950	distal	distal	none	none	VT37571.1	VT37571.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0235	0.0327	0.0253	0.0114	0.0255	0.0218	0.0593	0.0266	0.0255	0.0187	0.0415	0.0187	0.0124	0.0038	0.0309	0.0038	0.0063
chr3R	2694987	2695138	chr3R:2694988-2695138	distal	distal	none	none	VT37571.1	VT37571.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0304	0.025	0.0138	0.0191	0.0194	0.0515	0.0333	0.0191	0.0199	0.0379	0.0199	0.0132	0.0046	0.0316	0.0046	0.0115
chr3R	2695406	2695557	chr3R:2695407-2695557	distal	distal	none	none	VT37571.1,VT37572.1	VT37571.1,VT37572.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0221	0.0293	0.0235	0.0127	0.0223	0.018	0.0523	0.0266	0.0223	0.0266	0.0325	0.0266	0.0124	0.0061	0.0322	0.0061	0.0073
chr3R	2696130	2696281	chr3R:2696131-2696281	distal	distal	none	none	VT37572.1	VT37572.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0306	0.0408	0.0364	0.013	0.035	0.0369	0.0562	0.042	0.035	0.0465	0.037	0.0465	0.0186	0.0184	0.011	0.0184	0.013
chr3R	2696580	2696827	chr3R:2696581-2696827	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Scr_3.7HH,VT37572.1	Scr_3.7HH,VT37572.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1343	0.1641	0.1599	0.0728	0.1124	0.1607	0.2007	0.2025	0.1124	0.2053	0.174	0.2053	0.1053	0.0781	0.0787	0.0781	0.0568
chr3R	2696959	2697110	chr3R:2696960-2697110	distal	distal	none	none	Scr_3.7HH,VT37572.1	Scr_3.7HH,VT37572.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0373	0.033	0.0162	0.0223	0.035	0.0519	0.0473	0.0223	0.0453	0.037	0.0453	0.0132	0.0161	0.0219	0.0161	0.0109
chr3R	2697938	2698103	chr3R:2697939-2698103	distal	distal	none	none	Scr_3.7HH,VT37573.1	Scr_3.7HH,VT37573.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0161	0.0188	0.0217	0.0068	0.0064	0.0175	0.0268	0.026	0.0064	0.0278	0.0315	0.0278	0.0101	0.0077	0.0123	0.0077	0.0036
chr3R	2700296	2700447	chr3R:2700297-2700447	distal	distal	none	none	Scr_3.7HH,VT37574.1	Scr_3.7HH,VT37574.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0177	0.0159	0.0194	0.0085	0.0194	0.0229	0.024	0.0085	0.0115	0.0125	0.0115	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0057
chr3R	2701175	2701371	chr3R:2701176-2701371	distal	distal	stage5	stage5	Scr_3.7HH,VT37575.1	Scr_3.7HH,VT37575.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0373	0.0847	0.0187	0.0049	0.0721	0.0364	0.1531	0.0939	0.0721	0.0145	0.0289	0.0145	0.007	0.0054	0.0058	0.0054	0.001
chr3R	2704571	2704722	chr3R:2704572-2704722	distal	distal	none	none	Scr_3.7HH	Scr_3.7HH	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0198	0.0263	0.0242	0.0075	0.0159	0.0228	0.0368	0.034	0.0159	0.0199	0.0379	0.0199	0.0108	0.0092	0.009	0.0092	0.0026
chr3R	2705173	2705362	chr3R:2705174-2705362	distal	distal	stage11	stage11	Scr_3.7HH	Scr_3.7HH	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0249	0.0274	0.015	0.0064	0.0311	0.0337	0.0253	0.0064	0.0525	0.0309	0.0525	0.0085	0.0406	0.0135	0.0406	0.0094
chr3R	2706943	2707112	chr3R:2706944-2707112	distal	distal	none	none	Scr_3.7HH	Scr_3.7HH	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0257	0.0239	0.0191	0.0106	0.0248	0.0329	0.0353	0.0106	0.0223	0.0232	0.0223	0.0124	0.013	0.0077	0.013	0.0115
chr3R	2707278	2707488	chr3R:2707279-2707488	distal	distal	none	none	Scr_3.7HH	Scr_3.7HH	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0606	0.0713	0.0654	0.0434	0.0509	0.0791	0.0709	0.0926	0.0509	0.0707	0.0621	0.0707	0.0201	0.0283	0.0142	0.0283	0.0146
chr3R	2707610	2707785	chr3R:2707611-2707785	distal	distal	stage5	stage5	Scr_3.7HH,VT37579.1	Scr_3.7HH,VT37579.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0671	0.0759	0.0782	0.0453	0.0371	0.0845	0.0757	0.1086	0.0371	0.1087	0.0733	0.1087	0.0294	0.0513	0.0193	0.0513	0.0219
chr3R	2711078	2711385	chr3R:2711079-2711385	distal	distal	stage5	stage5	Scr_3.7HH,VT37580.1	Scr_3.7HH,VT37580.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0783	0.1898	0.0269	0.01	0.2163	0.1078	0.308	0.1699	0.2163	0.0236	0.0312	0.0236	0.0124	0.0061	0.0045	0.0061	0.0052
chr3R	2712080	2712258	chr3R:2712081-2712258	distal	distal	stage11	stage11	Scr_3.7HH	Scr_3.7HH	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0653	0.0821	0.0819	0.0284	0.0467	0.0515	0.106	0.1466	0.0467	0.0236	0.173	0.0236	0.0256	0.0069	0.0916	0.0069	0.0109
chr3R	2714615	2714807	chr3R:2714616-2714807	distal	distal	stage5	stage5	Scr_3.7HH,VT37582.1,VT37583.1	Scr_3.7HH,VT37582.1,VT37583.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0495	0.1142	0.0222	0.0071	0.1007	0.085	0.1544	0.1366	0.1007	0.0242	0.0264	0.0242	0.0147	0.0061	0.0039	0.0061	0.0016
chr3R	2718889	2719132	chr3R:2718890-2719132	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Scr_3.7HH,VT37585.1	Scr_3.7HH,VT37585.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2035	0.1822	0.2525	0.1735	0.1273	0.1956	0.1907	0.2512	0.1273	0.317	0.3225	0.317	0.2045	0.1792	0.2289	0.1792	0.1767
chr3R	2719165	2719445	chr3R:2719166-2719445	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Scr_3.7HH,VT37585.1	Scr_3.7HH,VT37585.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1927	0.2218	0.2202	0.1299	0.1718	0.1908	0.2695	0.2998	0.1718	0.189	0.3386	0.189	0.1263	0.075	0.2573	0.075	0.1001
chr3R	2724394	2724545	chr3R:2724395-2724545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0297	0.027	0.0113	0.0127	0.0354	0.0298	0.048	0.0127	0.0296	0.0354	0.0296	0.0124	0.0054	0.0174	0.0054	0.0057
chr3R	2724546	2724737	chr3R:2724547-2724737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0272	0.0345	0.033	0.0128	0.0074	0.0403	0.0394	0.0506	0.0074	0.0296	0.046	0.0296	0.017	0.0084	0.0245	0.0084	0.0063
chr3R	2728887	2729046	chr3R:2728888-2729046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.029	0.0416	0.0245	0.0117	0.0383	0.0251	0.0433	0.0117	0.0399	0.0579	0.0399	0.017	0.0314	0.0419	0.0314	0.012
chr3R	2729266	2729493	chr3R:2729267-2729493	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1195	0.11	0.167	0.078	0.0615	0.149	0.0926	0.1626	0.0615	0.2168	0.2055	0.2168	0.1108	0.0812	0.1077	0.0812	0.0542
chr3R	2730206	2730357	chr3R:2730207-2730357	FBgn0262897	CG43252	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0158	0.0155	0.022	0.0074	0.015	0.0199	0.02	0.0074	0.0133	0.0135	0.0133	0.007	0.0046	0.0045	0.0046	0.0042
chr3R	2733131	2733510	chr3R:2733132-2733510	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0654	0.1356	0.0382	0.0169	0.1156	0.0835	0.1925	0.1812	0.1156	0.0399	0.0424	0.0399	0.0294	0.0145	0.0129	0.0145	0.0146
chr3R	2733928	2734104	chr3R:2733929-2734104	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1126	0.1285	0.1374	0.0675	0.087	0.1451	0.1561	0.1459	0.087	0.1757	0.1585	0.1757	0.1162	0.075	0.0954	0.075	0.0865
chr3R	2738015	2738220	chr3R:2738016-2738220	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1947	0.1841	0.2385	0.1585	0.1156	0.218	0.1981	0.2265	0.1156	0.2923	0.264	0.2923	0.2084	0.1753	0.1676	0.1753	0.1683
chr3R	2738529	2738739	chr3R:2738530-2738739	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2205	0.2186	0.247	0.1936	0.1697	0.2369	0.25	0.2645	0.1697	0.3037	0.2817	0.3037	0.2246	0.2098	0.2315	0.2098	0.2084
chr3R	2738808	2739003	chr3R:2738809-2739003	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1623	0.1749	0.1807	0.1281	0.1251	0.1937	0.1925	0.2205	0.1251	0.2446	0.2074	0.2446	0.1441	0.17	0.118	0.17	0.1423
chr3R	2739991	2740189	chr3R:2739992-2740189	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0593	0.0948	0.0605	0.0181	0.1007	0.0578	0.1527	0.0899	0.1007	0.0405	0.0936	0.0405	0.0418	0.0084	0.0361	0.0084	0.0115
chr3R	2740225	2740499	chr3R:2740226-2740499	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0697	0.0988	0.0825	0.0231	0.0923	0.0723	0.1432	0.1126	0.0923	0.0465	0.1325	0.0465	0.0496	0.01	0.038	0.01	0.0177
chr3R	2742546	2742744	chr3R:2742547-2742744	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0852	0.0287	0.0096	0.052	0.0432	0.0926	0.1692	0.052	0.0217	0.0437	0.0217	0.0062	0.0061	0.0071	0.0061	0.0063
chr3R	2744177	2744328	chr3R:2744178-2744328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.012	0.0087	0.01	0.0178	0.0021	0.0073	0.0104	0.0127	0.0021	0.0079	0.01	0.0079	0.007	0.0245	0.009	0.0245	0.0083
chr3R	2745627	2745791	chr3R:2745628-2745791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0254	0.0322	0.0226	0.021	0.0148	0.0427	0.0355	0.0373	0.0148	0.0217	0.0254	0.0217	0.0155	0.0084	0.029	0.0084	0.0135
chr3R	2746115	2746266	chr3R:2746116-2746266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0287	0.0374	0.0299	0.0177	0.0308	0.0374	0.0489	0.0366	0.0308	0.032	0.0299	0.032	0.0124	0.0107	0.0187	0.0107	0.0099
chr3R	2746880	2747084	chr3R:2746881-2747084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.029	0.0363	0.0309	0.0148	0.034	0.0277	0.042	0.0148	0.0447	0.0296	0.0447	0.0085	0.0107	0.0084	0.0107	0.0115
chr3R	2747294	2747589	chr3R:2747295-2747589	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0742	0.0557	0.0953	0.0716	0.0148	0.0786	0.0394	0.0979	0.0148	0.0839	0.0707	0.0839	0.0225	0.0176	0.0187	0.0176	0.0261
chr3R	2748945	2749096	chr3R:2748946-2749096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.025	0.031	0.0212	0.0138	0.0223	0.0324	0.034	0.0138	0.0187	0.0315	0.0187	0.0132	0.0069	0.0142	0.0069	0.0208
chr3R	2749547	2749761	chr3R:2749548-2749761	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0444	0.0617	0.0424	0.0272	0.0308	0.05	0.0675	0.1086	0.0308	0.035	0.0521	0.035	0.0147	0.0115	0.04	0.0115	0.0141
chr3R	2750504	2750834	chr3R:2750505-2750834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0363	0.0457	0.0419	0.0195	0.018	0.0442	0.0619	0.056	0.018	0.0465	0.0479	0.0465	0.0186	0.0115	0.0142	0.0115	0.0146
chr3R	2751037	2751188	chr3R:2751038-2751188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0193	0.0286	0.0123	0.0064	0.0175	0.0247	0.03	0.0064	0.026	0.0379	0.026	0.0124	0.0054	0.0219	0.0054	0.0083
chr3R	2752951	2753123	chr3R:2752952-2753123	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0226	0.0282	0.0155	0.0085	0.0223	0.0272	0.0326	0.0085	0.0151	0.0466	0.0151	0.0124	0.0054	0.0355	0.0054	0.0078
chr3R	2756266	2756456	chr3R:2756267-2756456	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0392	0.0481	0.0464	0.0214	0.035	0.0422	0.0718	0.046	0.035	0.0411	0.0502	0.0411	0.0248	0.0276	0.02	0.0276	0.0162
chr3R	2758531	2758736	chr3R:2758532-2758736	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Antp_10d9,Antp_2d9	Antp_10d9,Antp_2d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1369	0.177	0.1444	0.084	0.1474	0.1927	0.2033	0.2019	0.1474	0.1697	0.1534	0.1697	0.0991	0.0804	0.0683	0.0804	0.0756
chr3R	2760599	2760750	chr3R:2760600-2760750	distal	distal	none	none	Antp_10d9,Antp_2d9	Antp_10d9,Antp_2d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.025	0.0202	0.0365	0.0177	0.0074	0.0296	0.0212	0.0227	0.0074	0.0302	0.0257	0.0302	0.0093	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr3R	2760888	2761076	chr3R:2760889-2761076	distal	distal	stage11	stage11	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.037	0.0308	0.0495	0.0302	0.018	0.0403	0.0307	0.0366	0.018	0.064	0.0399	0.064	0.0116	0.0237	0.0103	0.0237	0.0146
chr3R	2761350	2761882	chr3R:2761351-2761882	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1233	0.127	0.1406	0.1003	0.0573	0.1602	0.1267	0.1732	0.0573	0.1256	0.1331	0.1256	0.0465	0.0605	0.0587	0.0605	0.0287
chr3R	2762144	2762295	chr3R:2762145-2762295	distal	distal	none	none	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0146	0.0298	0.0263	0.0021	0.0238	0.0117	0.018	0.0021	0.0326	0.0289	0.0326	0.0132	0.0107	0.0284	0.0107	0.0068
chr3R	2762364	2762515	chr3R:2762365-2762515	distal	distal	none	none	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0241	0.0152	0.0294	0.0281	0.0042	0.0214	0.0182	0.0173	0.0042	0.0356	0.026	0.0356	0.0085	0.0046	0.02	0.0046	0.0068
chr3R	2762917	2763068	chr3R:2762918-2763068	distal	distal	stage11	stage11	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0272	0.0257	0.0392	0.0159	0.0053	0.0383	0.0177	0.042	0.0053	0.0525	0.0505	0.0525	0.0108	0.0161	0.0097	0.0161	0.0104
chr3R	2763174	2763644	chr3R:2763175-2763644	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0989	0.0958	0.1297	0.0687	0.0276	0.15	0.0614	0.1586	0.0276	0.2053	0.1383	0.2053	0.0333	0.062	0.0451	0.062	0.0224
chr3R	2767352	2767535	chr3R:2767353-2767535	distal	distal	stage5	stage5	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0506	0.0265	0.0159	0.0212	0.0422	0.0649	0.0726	0.0212	0.0223	0.028	0.0223	0.0108	0.0123	0.0161	0.0123	0.0109
chr3R	2767599	2767796	chr3R:2767600-2767796	distal	distal	stage5	stage5	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0276	0.0388	0.026	0.0169	0.0106	0.0325	0.0497	0.062	0.0106	0.0278	0.028	0.0278	0.0108	0.0115	0.0155	0.0115	0.0104
chr3R	2768165	2768316	chr3R:2768166-2768316	distal	distal	none	none	Antp_10d9	Antp_10d9	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0327	0.0279	0.015	0.0148	0.0262	0.0519	0.0366	0.0148	0.0399	0.0338	0.0399	0.017	0.0214	0.0161	0.0214	0.0078
chr3R	2770559	2770710	chr3R:2770560-2770710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0188	0.0242	0.0173	0.0064	0.018	0.0251	0.0227	0.0064	0.0181	0.0331	0.0181	0.0093	0.0061	0.0258	0.0061	0.0146
chr3R	2770766	2770977	chr3R:2770767-2770977	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0278	0.0358	0.0309	0.0106	0.0277	0.0381	0.034	0.0106	0.0284	0.0441	0.0284	0.0163	0.013	0.0251	0.013	0.0172
chr3R	2771029	2771180	chr3R:2771030-2771180	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0277	0.0237	0.023	0.0053	0.0282	0.0381	0.0366	0.0053	0.0223	0.0209	0.0223	0.0178	0.0084	0.0142	0.0084	0.0083
chr3R	2771694	2771887	chr3R:2771695-2771887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0169	0.0288	0.0274	0.0053	0.017	0.0143	0.0333	0.0053	0.0302	0.0312	0.0302	0.0054	0.0123	0.009	0.0123	0.0078
chr3R	2772202	2772353	chr3R:2772203-2772353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0174	0.0166	0.0135	0.0064	0.018	0.0221	0.026	0.0064	0.0127	0.0135	0.0127	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chr3R	2772742	2772893	chr3R:2772743-2772893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.019	0.0162	0.0208	0.0201	0.0042	0.0165	0.019	0.0233	0.0042	0.0314	0.0212	0.0314	0.0147	0.0214	0.0155	0.0214	0.0104
chr3R	2773399	2773550	chr3R:2773400-2773550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0148	0.0194	0.0074	0.0074	0.0155	0.0156	0.022	0.0074	0.0091	0.0138	0.0091	0.0039	0.0054	0.0045	0.0054	0.0052
chr3R	2774686	2774923	chr3R:2774687-2774923	distal	distal	stage5	stage5	Antp_4	Antp_4	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.056	0.1229	0.0305	0.0093	0.106	0.0811	0.1388	0.1959	0.106	0.0296	0.0373	0.0296	0.0093	0.0054	0.0058	0.0054	0.0089
chr3R	2774970	2775160	chr3R:2774971-2775160	distal	distal	stage5	stage5	Antp_4	Antp_4	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0608	0.1261	0.0414	0.0092	0.105	0.0869	0.1332	0.2192	0.105	0.0344	0.0656	0.0344	0.0101	0.0054	0.009	0.0054	0.0042
chr3R	2775336	2775535	chr3R:2775337-2775535	distal	distal	stage5	stage5	Antp_4	Antp_4	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0891	0.042	0.0117	0.0509	0.0845	0.0792	0.1592	0.0509	0.0586	0.0617	0.0586	0.0077	0.0084	0.0142	0.0084	0.0083
chr3R	2776315	2776510	chr3R:2776316-2776510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.0243	0.0376	0.0267	0.0064	0.0286	0.0264	0.0353	0.0064	0.0193	0.065	0.0193	0.0139	0.0046	0.0832	0.0046	0.0089
chr3R	2778556	2778792	chr3R:2778557-2778792	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0462	0.0471	0.0608	0.0291	0.0117	0.0583	0.0441	0.0746	0.0117	0.09	0.0543	0.09	0.0124	0.0138	0.0161	0.0138	0.0094
chr3R	2778895	2779080	chr3R:2778896-2779080	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0658	0.0751	0.0778	0.0421	0.0339	0.0888	0.0679	0.1173	0.0339	0.0912	0.0633	0.0912	0.0163	0.0115	0.0129	0.0115	0.0115
chr3R	2779272	2779458	chr3R:2779273-2779458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0381	0.038	0.0482	0.027	0.0138	0.0442	0.0398	0.058	0.0138	0.0423	0.046	0.0423	0.0163	0.0038	0.0142	0.0038	0.0109
chr3R	2782433	2782833	chr3R:2782434-2782833	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0748	0.1244	0.068	0.0267	0.1039	0.1131	0.1289	0.1885	0.1039	0.0459	0.0563	0.0459	0.0147	0.0123	0.0129	0.0123	0.0208
chr3R	2782911	2783146	chr3R:2782912-2783146	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0405	0.0677	0.0355	0.0156	0.0488	0.0597	0.067	0.1053	0.0488	0.035	0.028	0.035	0.0108	0.0115	0.0077	0.0115	0.0135
chr3R	2784406	2784608	chr3R:2784407-2784608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0322	0.0223	0.0388	0.0359	0.0106	0.0204	0.0303	0.0286	0.0106	0.0429	0.0431	0.0429	0.0232	0.0544	0.0187	0.0544	0.0255
chr3R	2785015	2785166	chr3R:2785016-2785166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0216	0.0293	0.0132	0.0053	0.0223	0.0238	0.036	0.0053	0.0332	0.0347	0.0332	0.0062	0.0145	0.009	0.0145	0.0109
chr3R	2785869	2786049	chr3R:2785870-2786049	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0378	0.0292	0.0082	0.0212	0.0481	0.0316	0.0606	0.0212	0.0278	0.0354	0.0278	0.0077	0.0077	0.0064	0.0077	0.0042
chr3R	2787452	2787603	chr3R:2787453-2787603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0242	0.0278	0.0146	0.0138	0.0316	0.0298	0.0247	0.0138	0.0236	0.0235	0.0236	0.0124	0.0069	0.0071	0.0069	0.0104
chr3R	2788752	2788903	chr3R:2788753-2788903	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0186	0.0206	0.0204	0.0143	0.0106	0.0218	0.0268	0.0233	0.0106	0.0326	0.0203	0.0326	0.0108	0.0245	0.0103	0.0245	0.0115
chr3R	2788949	2789106	chr3R:2788950-2789106	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0403	0.0495	0.0447	0.0253	0.0201	0.0748	0.0506	0.0513	0.0201	0.0864	0.0363	0.0864	0.0271	0.0391	0.0187	0.0391	0.0261
chr3R	2790883	2791118	chr3R:2790884-2791118	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0556	0.0874	0.0478	0.0285	0.0647	0.0515	0.1484	0.0933	0.0647	0.0344	0.0611	0.0344	0.0108	0.0145	0.0309	0.0145	0.0109
chr3R	2791159	2791391	chr3R:2791160-2791391	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0541	0.0606	0.0586	0.0421	0.0445	0.0481	0.0856	0.0673	0.0445	0.0682	0.0656	0.0682	0.0232	0.0283	0.0361	0.0283	0.0229
chr3R	2791548	2791699	chr3R:2791549-2791699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0303	0.0312	0.0359	0.0231	0.0223	0.0272	0.0372	0.0473	0.0223	0.0308	0.0473	0.0308	0.0139	0.0191	0.0258	0.0191	0.0177
chr3R	2792385	2792604	chr3R:2792386-2792604	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1398	0.1817	0.1617	0.0691	0.1262	0.1859	0.1877	0.2678	0.1262	0.1938	0.1881	0.1938	0.0356	0.0498	0.0322	0.0498	0.0198
chr3R	2795820	2795971	chr3R:2795821-2795971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0399	0.0429	0.0478	0.0279	0.018	0.0529	0.0428	0.0613	0.018	0.055	0.0585	0.055	0.0263	0.0207	0.0335	0.0207	0.0208
chr3R	2795976	2796127	chr3R:2795977-2796127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0336	0.0339	0.0201	0.017	0.0359	0.0372	0.048	0.017	0.0393	0.0453	0.0393	0.0209	0.0092	0.0258	0.0092	0.0208
chr3R	2799115	2799378	chr3R:2799116-2799378	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1235	0.1562	0.1495	0.0583	0.0976	0.1908	0.1475	0.2179	0.0976	0.2361	0.154	0.2361	0.0294	0.0176	0.0264	0.0176	0.012
chr3R	2801167	2801318	chr3R:2801168-2801318	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0415	0.0245	0.022	0.0191	0.0374	0.0446	0.0706	0.0191	0.0217	0.0251	0.0217	0.0147	0.0115	0.0123	0.0115	0.0172
chr3R	2802925	2803099	chr3R:2802926-2803099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0361	0.0241	0.0456	0.0393	0.0074	0.0252	0.032	0.0306	0.0074	0.0296	0.0302	0.0296	0.017	0.0077	0.0174	0.0077	0.0104
chr3R	2803174	2803325	chr3R:2803175-2803325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0318	0.0363	0.0349	0.0233	0.017	0.0383	0.0433	0.0446	0.017	0.035	0.0309	0.035	0.0093	0.0138	0.011	0.0138	0.0073
chr3R	2804081	2804410	chr3R:2804082-2804410	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1162	0.0875	0.1624	0.0975	0.0286	0.1374	0.0601	0.1246	0.0286	0.2337	0.163	0.2337	0.0356	0.0475	0.0529	0.0475	0.0417
chr3R	2807705	2807856	chr3R:2807706-2807856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0125	0.0138	0.0265	0.0032	0.0107	0.0186	0.0153	0.0032	0.0072	0.0125	0.0072	0.0039	0.0077	0.0045	0.0077	0.0068
chr3R	2809481	2809671	chr3R:2809482-2809671	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0545	0.078	0.0499	0.0334	0.0509	0.0714	0.0774	0.1272	0.0509	0.0308	0.0492	0.0308	0.0085	0.0023	0.0084	0.0023	0.0068
chr3R	2809902	2810053	chr3R:2809903-2810053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0231	0.029	0.0218	0.0178	0.0138	0.0248	0.0398	0.0373	0.0138	0.0193	0.0273	0.0193	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chr3R	2810426	2810577	chr3R:2810427-2810577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0145	0.0171	0.0135	0.0085	0.0121	0.0164	0.0233	0.0085	0.0139	0.0193	0.0139	0.0101	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chr3R	2812168	2812474	chr3R:2812169-2812474	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0426	0.0354	0.0631	0.0281	0.0159	0.0369	0.0463	0.04	0.0159	0.09	0.0865	0.09	0.0163	0.0613	0.0471	0.0613	0.0068
chr3R	2813898	2814112	chr3R:2813899-2814112	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0359	0.0666	0.0277	0.0107	0.0764	0.0316	0.099	0.0833	0.0764	0.0205	0.0437	0.0205	0.0108	0.0046	0.0116	0.0046	0.0057
chr3R	2814333	2814484	chr3R:2814334-2814484	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0277	0.0427	0.0254	0.0135	0.0403	0.0267	0.064	0.0526	0.0403	0.0199	0.0383	0.0199	0.0139	0.0084	0.0226	0.0084	0.0078
chr3R	2816728	2816893	chr3R:2816729-2816893	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0283	0.0209	0.034	0.0106	0.0282	0.035	0.0386	0.0106	0.0145	0.017	0.0145	0.0039	0.0077	0.0045	0.0077	0.0115
chr3R	2817399	2817588	chr3R:2817400-2817588	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1021	0.1127	0.1251	0.0652	0.07	0.1291	0.1233	0.1466	0.07	0.1377	0.174	0.1377	0.0411	0.1095	0.0677	0.1095	0.0198
chr3R	2817688	2817923	chr3R:2817689-2817923	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.178	0.1702	0.2317	0.1278	0.1166	0.2039	0.1756	0.2172	0.1166	0.2893	0.281	0.2893	0.0837	0.1792	0.1051	0.1792	0.0599
chr3R	2819464	2819615	chr3R:2819465-2819615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0272	0.047	0.0247	0.0077	0.0308	0.0354	0.0774	0.0486	0.0308	0.0284	0.0254	0.0284	0.0163	0.0107	0.0058	0.0107	0.0047
chr3R	2819677	2819828	chr3R:2819678-2819828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0375	0.0631	0.0346	0.012	0.0562	0.0403	0.0952	0.0713	0.0562	0.0338	0.0469	0.0338	0.0155	0.0123	0.0103	0.0123	0.0094
chr3R	2820207	2820609	chr3R:2820208-2820609	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1153	0.2107	0.0997	0.0258	0.2153	0.1223	0.2894	0.2685	0.2153	0.0562	0.1736	0.0562	0.0364	0.0084	0.049	0.0084	0.0198
chr3R	2820732	2820922	chr3R:2820733-2820922	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0495	0.1088	0.0277	0.0072	0.1262	0.0583	0.151	0.1339	0.1262	0.0145	0.0447	0.0145	0.0039	0.0023	0.0071	0.0023	0.0047
chr3R	2820926	2821077	chr3R:2820927-2821077	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0452	0.0861	0.0364	0.0092	0.0838	0.0534	0.1003	0.1352	0.0838	0.0193	0.0566	0.0193	0.0132	0.0038	0.011	0.0038	0.0057
chr3R	2822743	2822969	chr3R:2822744-2822969	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0681	0.141	0.0456	0.0113	0.122	0.1024	0.1648	0.2032	0.122	0.0314	0.0505	0.0314	0.0108	0.0031	0.0071	0.0031	0.0042
chr3R	2824780	2824931	chr3R:2824781-2824931	FBgn0260642	Antp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0485	0.058	0.0524	0.0337	0.0414	0.0544	0.0606	0.0886	0.0414	0.0477	0.0714	0.0477	0.0155	0.0199	0.0368	0.0199	0.0224
chr3R	2825011	2825290	chr3R:2825012-2825290	FBgn0260642	Antp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1026	0.1491	0.093	0.0613	0.1124	0.1248	0.1869	0.2019	0.1124	0.093	0.1135	0.093	0.0395	0.0467	0.0529	0.0467	0.0422
chr3R	2826396	2826809	chr3R:2826397-2826809	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3342	0.3472	0.3676	0.283	0.2884	0.3573	0.4109	0.3984	0.2884	0.4378	0.409	0.4378	0.2874	0.3377	0.2908	0.3377	0.2569
chr3R	2830323	2830589	chr3R:2830324-2830589	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0359	0.0258	0.034	0.0492	0.0095	0.0364	0.0277	0.032	0.0095	0.0386	0.036	0.0386	0.0263	0.0697	0.0206	0.0697	0.0396
chr3R	2832368	2832519	chr3R:2832369-2832519	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0169	0.0268	0.0161	0.0067	0.0064	0.0214	0.0363	0.0353	0.0064	0.0139	0.0206	0.0139	0.0132	0.0046	0.0064	0.0046	0.0047
chr3R	2832719	2833026	chr3R:2832720-2833026	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0474	0.082	0.0424	0.0142	0.0573	0.0553	0.1034	0.1252	0.0573	0.0272	0.0395	0.0272	0.0201	0.0046	0.009	0.0046	0.0115
chr3R	2836841	2837065	chr3R:2836842-2837065	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0336	0.0391	0.031	0.0302	0.0138	0.0447	0.0458	0.0506	0.0138	0.0302	0.0232	0.0302	0.0093	0.0123	0.0123	0.0123	0.0099
chr3R	2837642	2837793	chr3R:2837643-2837793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0156	0.0148	0.0134	0.0064	0.0155	0.0221	0.0207	0.0064	0.0236	0.0129	0.0236	0.0093	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chr3R	2839062	2839221	chr3R:2839063-2839221	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.0181	0.0306	0.0362	0.0085	0.0199	0.0255	0.0167	0.0085	0.0163	0.0212	0.0163	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0052
chr3R	2839280	2839431	chr3R:2839281-2839431	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0158	0.0322	0.0284	0.0095	0.0204	0.0199	0.0153	0.0095	0.0181	0.019	0.0181	0.0147	0.0138	0.0045	0.0138	0.0099
chr3R	2844313	2844464	chr3R:2844314-2844464	distal	distal	none	none	VT37654.1	VT37654.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0155	0.0123	0.0107	0.0021	0.017	0.0234	0.016	0.0021	0.0091	0.0109	0.0091	0.0124	0.0046	0.0032	0.0046	0.0057
chr3R	2845492	2845643	chr3R:2845493-2845643	distal	distal	none	none	VT37654.1	VT37654.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0102	0.0117	0.016	0.0064	0.0073	0.0151	0.0113	0.0064	0.0133	0.0109	0.0133	0.0077	0.0038	0.0071	0.0038	0.0083
chr3R	2847989	2848140	chr3R:2847990-2848140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.012	0.0094	0.01	0.0074	0.0078	0.0216	0.01	0.0074	0.0079	0.0071	0.0079	0.0116	0.0038	0.0013	0.0038	0.0047
chr3R	2849394	2849545	chr3R:2849395-2849545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0147	0.0112	0.0121	0.0074	0.0117	0.0247	0.018	0.0074	0.0127	0.0132	0.0127	0.0093	0.0069	0.0058	0.0069	0.0068
chr3R	2854423	2854584	chr3R:2854424-2854584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.039	0.0129	0.0118	0.0308	0.0218	0.0718	0.0306	0.0308	0.0133	0.0145	0.0133	0.0085	0.0031	0.0097	0.0031	0.0052
chr3R	2857349	2857531	chr3R:2857350-2857531	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.1245	0.0543	0.0178	0.0976	0.118	0.1631	0.1379	0.0976	0.0797	0.0572	0.0797	0.0163	0.0237	0.0155	0.0237	0.0156
chr3R	2859325	2859549	chr3R:2859326-2859549	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0534	0.1053	0.0379	0.0124	0.0923	0.0859	0.1484	0.1106	0.0923	0.0586	0.045	0.0586	0.0132	0.0069	0.0084	0.0069	0.0089
chr3R	2860397	2860552	chr3R:2860398-2860552	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0337	0.0262	0.041	0.0341	0.0074	0.0345	0.0363	0.0193	0.0074	0.0393	0.0569	0.0393	0.0248	0.0559	0.0426	0.0559	0.0229
chr3R	2861562	2861771	chr3R:2861563-2861771	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0531	0.1221	0.0203	0.012	0.123	0.0301	0.2452	0.1013	0.123	0.0157	0.0254	0.0157	0.0085	0.0069	0.0084	0.0069	0.0094
chr3R	2863110	2863372	chr3R:2863111-2863372	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2853	0.3166	0.3297	0.2015	0.2619	0.3243	0.3633	0.3797	0.2619	0.4028	0.3942	0.4028	0.2339	0.2481	0.1889	0.2481	0.1506
chr3R	2869072	2869256	chr3R:2869073-2869256	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0341	0.0319	0.0528	0.0162	0.0085	0.0296	0.0398	0.05	0.0085	0.038	0.0881	0.038	0.0155	0.0077	0.0206	0.0077	0.0094
chr3R	2869847	2870079	chr3R:2869848-2870079	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0585	0.1173	0.0438	0.0089	0.1262	0.0476	0.1773	0.1526	0.1262	0.0211	0.0797	0.0211	0.0124	0.0123	0.0064	0.0123	0.0057
chr3R	2870274	2870425	chr3R:2870275-2870425	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0276	0.0429	0.0287	0.0093	0.0276	0.0325	0.0619	0.0513	0.0276	0.0236	0.0466	0.0236	0.0101	0.01	0.0071	0.01	0.0078
chr3R	2870474	2870709	chr3R:2870475-2870709	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0366	0.0556	0.0388	0.0128	0.0265	0.0495	0.0748	0.0746	0.0265	0.029	0.0592	0.029	0.017	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr3R	2872149	2872300	chr3R:2872150-2872300	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0107	0.0113	0.0198	0.0032	0.0087	0.019	0.0107	0.0032	0.0133	0.0096	0.0133	0.0062	0.0069	0.0039	0.0069	0.0068
chr3R	2875089	2875240	chr3R:2875090-2875240	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0276	0.036	0.0317	0.0136	0.0233	0.034	0.0415	0.0446	0.0233	0.0374	0.0386	0.0374	0.024	0.0168	0.0181	0.0168	0.0214
chr3R	2878021	2878220	chr3R:2878022-2878220	FBgn0024289	Sodh-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0249	0.0274	0.0166	0.0106	0.0311	0.0316	0.0266	0.0106	0.0205	0.0286	0.0205	0.0573	0.0077	0.0077	0.0077	0.0391
chr3R	2892065	2892409	chr3R:2892066-2892409	FBgn0037465	CG1105	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0461	0.037	0.0551	0.0465	0.0159	0.0398	0.0515	0.038	0.0159	0.0616	0.0527	0.0616	0.0906	0.0574	0.0445	0.0574	0.0651
chr3R	2892752	2892957	chr3R:2892753-2892957	FBgn0037465,FBgn0037466	CG1105,CG1965	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1484	0.1228	0.1812	0.1409	0.1007	0.132	0.1324	0.1459	0.1007	0.224	0.1945	0.224	0.1727	0.1394	0.1502	0.1394	0.1678
chr3R	2893006	2893199	chr3R:2893007-2893199	FBgn0037465,FBgn0037466	CG1105,CG1965	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1513	0.1236	0.1891	0.1408	0.0997	0.1495	0.1263	0.1406	0.0997	0.2301	0.2077	0.2301	0.1828	0.1547	0.1457	0.1547	0.1569
chr3R	2893275	2893500	chr3R:2893276-2893500	FBgn0037465,FBgn0037466	CG1105,CG1965	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0581	0.0812	0.0533	0.0424	0.067	0.0709	0.0653	0.0424	0.1008	0.091	0.1008	0.079	0.062	0.0554	0.062	0.0594
chr3R	2900076	2900270	chr3R:2900077-2900270	FBgn0037467,FBgn0037468	CG1104,CG1943	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2258	0.2243	0.25	0.2009	0.1835	0.2544	0.2587	0.2438	0.1835	0.3098	0.2788	0.3098	0.2417	0.196	0.227	0.196	0.2267
chr3R	2900441	2900622	chr3R:2900442-2900622	FBgn0037467,FBgn0037468	CG1104,CG1943	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.259	0.249	0.283	0.2438	0.1919	0.2956	0.2703	0.2845	0.1919	0.3792	0.3035	0.3792	0.2486	0.2603	0.2573	0.2603	0.2767
chr3R	2900714	2900965	chr3R:2900715-2900965	FBgn0037468	CG1943	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1669	0.1547	0.1876	0.1578	0.0976	0.1932	0.1739	0.1706	0.0976	0.2488	0.2064	0.2488	0.1526	0.2167	0.1451	0.2167	0.1631
chr3R	2901301	2901503	chr3R:2901302-2901503	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1036	0.1218	0.1115	0.0746	0.1135	0.1282	0.144	0.1326	0.1135	0.0984	0.1257	0.0984	0.1557	0.0766	0.0845	0.0766	0.0917
chr3R	2901796	2901947	chr3R:2901797-2901947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0437	0.0393	0.0456	0.0467	0.0255	0.0379	0.0484	0.052	0.0255	0.0519	0.0434	0.0519	0.0527	0.0406	0.0239	0.0406	0.0563
chr3R	2904868	2905047	chr3R:2904869-2905047	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.1189	0.069	0.022	0.0954	0.0874	0.1678	0.1472	0.0954	0.0821	0.0839	0.0821	0.0627	0.0237	0.0277	0.0237	0.0266
chr3R	2905053	2905292	chr3R:2905054-2905292	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0911	0.1307	0.098	0.0391	0.0848	0.1078	0.1825	0.1712	0.0848	0.1165	0.1183	0.1165	0.0852	0.0452	0.0406	0.0452	0.049
chr3R	2905393	2905544	chr3R:2905394-2905544	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0791	0.0591	0.0281	0.0583	0.0728	0.099	0.1093	0.0583	0.0767	0.0678	0.0767	0.0503	0.0375	0.0219	0.0375	0.0318
chr3R	2906058	2906268	chr3R:2906059-2906268	FBgn0010774	Ref1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1162	0.1466	0.1106	0.0785	0.1393	0.122	0.1486	0.0785	0.1763	0.1553	0.1763	0.1603	0.1118	0.1257	0.1118	0.1298
chr3R	2907775	2907968	chr3R:2907776-2907968	FBgn0037469	Dpck	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1167	0.1009	0.1442	0.1042	0.0488	0.1194	0.1107	0.1286	0.0488	0.18	0.1588	0.18	0.1472	0.1118	0.1077	0.1118	0.1256
chr3R	2911708	2911862	chr3R:2911709-2911862	FBgn0003884,FBgn0037470	CG1091,alphaTub84B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0911	0.0755	0.1022	0.0965	0.0361	0.0879	0.0817	0.0993	0.0361	0.0918	0.119	0.0918	0.127	0.0819	0.1135	0.0819	0.1339
chr3R	2912202	2912507	chr3R:2912203-2912507	FBgn0003884,FBgn0037470	CG1091,alphaTub84B	stage11,stage14	none	alphaTub84B_alpha1-tubulin_TE1,alphaTub84B_alpha1-tubulin_TE2	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3579	0.3618	0.3982	0.3094	0.3287	0.3981	0.4061	0.3957	0.3287	0.494	0.4215	0.494	0.3772	0.3216	0.314	0.3216	0.3679
chr3R	2914642	2914977	chr3R:2914643-2914977	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2694	0.2736	0.2952	0.2366	0.1898	0.3073	0.3179	0.3025	0.1898	0.3671	0.2994	0.3671	0.306	0.34	0.2753	0.34	0.2574
chr3R	2915166	2915509	chr3R:2915167-2915509	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.3058	0.3234	0.3525	0.2349	0.2704	0.3811	0.349	0.3671	0.2704	0.4583	0.3688	0.4583	0.2874	0.3002	0.2444	0.3002	0.2246
chr3R	2915732	2915935	chr3R:2915733-2915935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1633	0.1793	0.1926	0.1132	0.1463	0.2063	0.2067	0.1912	0.1463	0.2687	0.1887	0.2687	0.1689	0.1478	0.1186	0.1478	0.1011
chr3R	2916072	2916247	chr3R:2916073-2916247	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1575	0.2136	0.1543	0.0983	0.1877	0.2121	0.2599	0.2372	0.1877	0.1981	0.146	0.1981	0.1185	0.0934	0.087	0.0934	0.0803
chr3R	2917720	2917921	chr3R:2917721-2917921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1696	0.176	0.1925	0.1374	0.14	0.1942	0.205	0.1965	0.14	0.2506	0.2029	0.2506	0.1689	0.1937	0.1264	0.1937	0.148
chr3R	2928658	2928866	chr3R:2928659-2928866	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1792	0.1564	0.2086	0.1724	0.0933	0.218	0.1635	0.1672	0.0933	0.2699	0.2148	0.2699	0.2107	0.1868	0.1786	0.1868	0.2538
chr3R	2929185	2929443	chr3R:2929186-2929443	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2347	0.1756	0.3011	0.2278	0.0997	0.251	0.1696	0.2025	0.0997	0.3816	0.3196	0.3816	0.2765	0.2389	0.2482	0.2389	0.2538
chr3R	2929932	2930088	chr3R:2929933-2930088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0611	0.056	0.0734	0.0533	0.0467	0.0539	0.0766	0.0606	0.0467	0.0773	0.0727	0.0773	0.0349	0.0276	0.0251	0.0276	0.0365
chr3R	2930148	2930299	chr3R:2930149-2930299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0665	0.0754	0.0727	0.0497	0.07	0.0704	0.1047	0.0746	0.07	0.0785	0.0666	0.0785	0.0434	0.026	0.0329	0.026	0.0313
chr3R	2931266	2931826	chr3R:2931267-2931826	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2003	0.3184	0.202	0.0666	0.2662	0.3189	0.3603	0.3991	0.2662	0.2772	0.2418	0.2772	0.0565	0.0605	0.06	0.0605	0.0474
chr3R	2933580	2933808	chr3R:2933581-2933808	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2125	0.177	0.2454	0.216	0.1357	0.2121	0.1864	0.2065	0.1357	0.2633	0.2871	0.2633	0.2355	0.2266	0.2547	0.2266	0.259
chr3R	2934108	2934325	chr3R:2934109-2934325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3111	0.3055	0.3569	0.2671	0.2545	0.3481	0.3356	0.3591	0.2545	0.4414	0.3897	0.4414	0.3354	0.2818	0.3024	0.2818	0.3116
chr3R	2934818	2934995	chr3R:2934819-2934995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1499	0.1382	0.1791	0.131	0.1029	0.1558	0.1497	0.1739	0.1029	0.224	0.209	0.224	0.1673	0.1508	0.156	0.1508	0.1839
chr3R	2935477	2935669	chr3R:2935478-2935669	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.199	0.2003	0.1536	0.1622	0.2092	0.2413	0.2265	0.1622	0.2428	0.218	0.2428	0.1921	0.1662	0.1612	0.1662	0.1897
chr3R	2937014	2937726	chr3R:2937015-2937726	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1555	0.2785	0.0929	0.0868	0.2641	0.2252	0.3949	0.2885	0.2641	0.0719	0.0801	0.0719	0.062	0.0291	0.0503	0.0291	0.0558
chr3R	2938935	2939086	chr3R:2938936-2939086	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0374	0.0499	0.027	0.0348	0.0297	0.0427	0.083	0.042	0.0297	0.0435	0.0238	0.0435	0.0194	0.1049	0.0187	0.1049	0.0203
chr3R	2942246	2942550	chr3R:2942247-2942550	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0512	0.0648	0.0445	0.0433	0.0424	0.0549	0.1038	0.0566	0.0424	0.0489	0.0601	0.0489	0.0325	0.1179	0.0361	0.1179	0.0255
chr3R	2947951	2948178	chr3R:2947952-2948178	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0709	0.0816	0.0736	0.056	0.053	0.0583	0.1259	0.0986	0.053	0.0827	0.0875	0.0827	0.0751	0.0689	0.0787	0.0689	0.0511
chr3R	2948310	2948524	chr3R:2948311-2948524	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0932	0.0991	0.1009	0.0781	0.0679	0.1024	0.1159	0.1259	0.0679	0.1238	0.118	0.1238	0.0868	0.1217	0.0993	0.1217	0.0693
chr3R	2948537	2948972	chr3R:2948538-2948972	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1516	0.1267	0.1622	0.1678	0.0626	0.1621	0.1289	0.1586	0.0626	0.1685	0.1875	0.1685	0.1727	0.1639	0.1941	0.1639	0.1605
chr3R	2949127	2949292	chr3R:2949128-2949292	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.068	0.0408	0.078	0.0873	0.0223	0.0505	0.0437	0.052	0.0223	0.0755	0.1023	0.0755	0.0713	0.072	0.1283	0.072	0.0823
chr3R	2949530	2949716	chr3R:2949531-2949716	FBgn0261238	Alh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2716	0.2385	0.3118	0.2644	0.1803	0.2888	0.2388	0.2938	0.1803	0.3678	0.3556	0.3678	0.2881	0.2672	0.2882	0.2672	0.3059
chr3R	2949845	2950036	chr3R:2949846-2950036	FBgn0037472,FBgn0261238	Alh,CG10098	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2199	0.1868	0.2746	0.1968	0.1294	0.2456	0.186	0.2239	0.1294	0.3237	0.3122	0.3237	0.2672	0.219	0.2057	0.219	0.223
chr3R	2950178	2950352	chr3R:2950179-2950352	FBgn0037472,FBgn0261238	Alh,CG10098	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1929	0.1633	0.2367	0.1778	0.1092	0.199	0.1743	0.2012	0.1092	0.2923	0.2579	0.2923	0.2169	0.1975	0.1908	0.1975	0.2053
chr3R	2953658	2953859	chr3R:2953659-2953859	FBgn0037473,FBgn0262149	CG10068,CR42875	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1321	0.1193	0.1556	0.1206	0.0764	0.1442	0.1241	0.1432	0.0764	0.2053	0.1659	0.2053	0.1572	0.1332	0.1167	0.1332	0.1527
chr3R	2953870	2954081	chr3R:2953871-2954081	FBgn0037473,FBgn0262149	CG10068,CR42875	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1256	0.1199	0.148	0.1074	0.088	0.135	0.1337	0.1366	0.088	0.1938	0.1608	0.1938	0.1487	0.0942	0.1077	0.0942	0.1261
chr3R	2955147	2955355	chr3R:2955148-2955355	FBgn0051248,FBgn0051494	CG31248,tRNA:CR31494	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0507	0.0449	0.052	0.0558	0.0244	0.0456	0.0558	0.06	0.0244	0.0543	0.0518	0.0543	0.0782	0.0368	0.0638	0.0368	0.0959
chr3R	2955494	2955678	chr3R:2955495-2955678	FBgn0051248,FBgn0051494	CG31248,tRNA:CR31494	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1403	0.1373	0.1582	0.1238	0.1209	0.1485	0.1544	0.1566	0.1209	0.195	0.1688	0.195	0.1658	0.1355	0.1335	0.1355	0.1631
chr3R	2956202	2956353	chr3R:2956203-2956353	FBgn0051491	tRNA:CR31491	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.046	0.0593	0.0313	0.0223	0.0515	0.0588	0.052	0.0223	0.0731	0.0627	0.0731	0.062	0.0329	0.0335	0.0329	0.0406
chr3R	2956661	2956853	chr3R:2956662-2956853	FBgn0051491,FBgn0051493	CG31493,tRNA:CR31491	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1757	0.1847	0.1945	0.1451	0.1495	0.1976	0.2167	0.2039	0.1495	0.2542	0.2148	0.2542	0.1689	0.1662	0.1341	0.1662	0.1886
chr3R	2959742	2959893	chr3R:2959743-2959893	distal	distal	none	none	VT37721.1	VT37721.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0282	0.037	0.0316	0.0148	0.0244	0.0301	0.0536	0.0393	0.0244	0.0217	0.0264	0.0217	0.017	0.0115	0.0097	0.0115	0.0109
chr3R	2960531	2960692	chr3R:2960532-2960692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0363	0.0426	0.0157	0.0117	0.0558	0.0294	0.0513	0.0117	0.0338	0.0315	0.0338	0.0186	0.0046	0.0064	0.0046	0.0115
chr3R	2961665	2961996	chr3R:2961666-2961996	FBgn0037475	Fer1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.062	0.0459	0.0622	0.0798	0.0233	0.0485	0.0623	0.0493	0.0233	0.032	0.0334	0.032	0.0411	0.0199	0.0271	0.0199	0.0448
chr3R	2963877	2964195	chr3R:2963878-2964195	distal	distal	stage5	stage5	VT37724.1	VT37724.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0394	0.0487	0.0445	0.0234	0.0255	0.049	0.0471	0.0833	0.0255	0.0272	0.0344	0.0272	0.0178	0.0038	0.011	0.0038	0.0104
chr3R	2965027	2965178	chr3R:2965028-2965178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0145	0.0245	0.0253	0.0074	0.0204	0.0186	0.012	0.0074	0.0121	0.0257	0.0121	0.0232	0.0084	0.0135	0.0084	0.0214
chr3R	2965446	2965688	chr3R:2965447-2965688	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0422	0.0432	0.0433	0.04	0.0085	0.0709	0.0268	0.06	0.0085	0.035	0.0232	0.035	0.0271	0.0038	0.0097	0.0038	0.0172
chr3R	2966856	2967007	chr3R:2966857-2967007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.02	0.0173	0.0289	0.0131	0.0085	0.0243	0.0199	0.0147	0.0085	0.0525	0.0302	0.0525	0.0163	0.0214	0.0155	0.0214	0.0156
chr3R	2970042	2970193	chr3R:2970043-2970193	FBgn0037477,FBgn0037478	CG14610,CG2656	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0288	0.0414	0.0255	0.0095	0.034	0.0337	0.0393	0.0095	0.0429	0.0469	0.0429	0.0418	0.0214	0.0361	0.0214	0.0307
chr3R	2970324	2970517	chr3R:2970325-2970517	FBgn0037477,FBgn0037478	CG14610,CG2656	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1229	0.1063	0.1584	0.1026	0.052	0.1277	0.1133	0.1446	0.052	0.1866	0.1752	0.1866	0.1596	0.1103	0.1161	0.1103	0.1225
chr3R	2970550	2970701	chr3R:2970551-2970701	FBgn0037478	CG2656	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0584	0.0492	0.0792	0.0458	0.0233	0.0534	0.0571	0.0673	0.0233	0.09	0.0887	0.09	0.0891	0.0551	0.0503	0.0551	0.049
chr3R	2970901	2971147	chr3R:2970902-2971147	FBgn0037478	CG2656	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.033	0.0407	0.0219	0.0127	0.0354	0.0407	0.042	0.0127	0.0453	0.0412	0.0453	0.0395	0.0138	0.0187	0.0138	0.0229
chr3R	2975874	2976055	chr3R:2975875-2976055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0484	0.0515	0.0624	0.0295	0.0233	0.068	0.0497	0.0726	0.0233	0.09	0.0633	0.09	0.0581	0.0283	0.0226	0.0283	0.0495
chr3R	2976203	2976530	chr3R:2976204-2976530	FBgn0250732	gfzf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1328	0.1279	0.1635	0.1046	0.0657	0.1549	0.138	0.1579	0.0657	0.2283	0.173	0.2283	0.1619	0.1263	0.1128	0.1263	0.1459
chr3R	2976594	2976793	chr3R:2976595-2976793	FBgn0011020,FBgn0250732	Sas-4,gfzf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1217	0.1148	0.1509	0.0973	0.0689	0.1369	0.1302	0.1286	0.0689	0.1999	0.1653	0.1999	0.1402	0.1133	0.107	0.1133	0.1245
chr3R	2976958	2977134	chr3R:2976959-2977134	FBgn0011020,FBgn0250732	Sas-4,gfzf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1306	0.1175	0.1631	0.1097	0.0657	0.1476	0.1272	0.1399	0.0657	0.2192	0.1823	0.2192	0.1433	0.1202	0.1199	0.1202	0.1344
chr3R	2977200	2977351	chr3R:2977201-2977351	FBgn0011020	Sas-4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0594	0.0542	0.0778	0.0451	0.0318	0.0646	0.0619	0.068	0.0318	0.0978	0.091	0.0978	0.0705	0.0528	0.049	0.0528	0.0537
chr3R	2980582	2980755	chr3R:2980583-2980755	FBgn0037481	MAGE	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0752	0.0803	0.0888	0.0547	0.0424	0.0883	0.09	0.1093	0.0424	0.1063	0.0968	0.1063	0.0914	0.0559	0.0574	0.0559	0.0651
chr3R	2980837	2981015	chr3R:2980838-2981015	FBgn0037481	MAGE	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1362	0.1458	0.1005	0.0859	0.1505	0.1514	0.1692	0.0859	0.1703	0.1576	0.1703	0.1572	0.0934	0.118	0.0934	0.1141
chr3R	2981077	2981267	chr3R:2981078-2981267	FBgn0037481	MAGE	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0616	0.0764	0.0664	0.0398	0.0456	0.0718	0.0939	0.0959	0.0456	0.0737	0.0752	0.0737	0.0666	0.0314	0.0516	0.0314	0.0479
chr3R	2981340	2981491	chr3R:2981341-2981491	FBgn0037481	MAGE	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0352	0.0507	0.0345	0.0187	0.0392	0.0476	0.0679	0.0533	0.0392	0.035	0.0428	0.035	0.0356	0.0168	0.0303	0.0168	0.0172
chr3R	2981506	2981678	chr3R:2981507-2981678	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0642	0.0317	0.0155	0.0562	0.0495	0.0999	0.0633	0.0562	0.029	0.0399	0.029	0.0333	0.0191	0.0239	0.0191	0.0167
chr3R	2985259	2985410	chr3R:2985260-2985410	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0224	0.0207	0.0298	0.0085	0.0238	0.0363	0.0187	0.0085	0.0145	0.0341	0.0145	0.017	0.0077	0.109	0.0077	0.012
chr3R	2987998	2988149	chr3R:2987999-2988149	FBgn0002306	sas	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0571	0.0643	0.0779	0.0263	0.0477	0.0544	0.0588	0.1113	0.0477	0.0145	0.164	0.0145	0.031	0.0031	0.0961	0.0031	0.0104
chr3R	2988378	2988656	chr3R:2988379-2988656	FBgn0002306	sas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1828	0.242	0.2096	0.0872	0.2206	0.1951	0.2366	0.3977	0.2206	0.0411	0.4164	0.0411	0.1185	0.0092	0.3082	0.0092	0.0365
chr3R	2988872	2989023	chr3R:2988873-2989023	FBgn0002306	sas	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0405	0.0496	0.0497	0.0203	0.0265	0.0471	0.0454	0.0953	0.0265	0.0091	0.0981	0.0091	0.0263	0.0023	0.0683	0.0023	0.0099
chr3R	2989144	2989295	chr3R:2989145-2989295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0446	0.0297	0.013	0.0244	0.0345	0.0402	0.0953	0.0244	0.006	0.0534	0.006	0.024	0.0038	0.0419	0.0038	0.0057
chr3R	2990523	2990683	chr3R:2990524-2990683	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0302	0.0232	0.0398	0.0276	0.0085	0.0238	0.0307	0.03	0.0085	0.0163	0.0826	0.0163	0.0124	0.0038	0.1051	0.0038	0.0083
chr3R	2997322	2997498	chr3R:2997323-2997498	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0278	0.0223	0.0301	0.0313	0.0074	0.0238	0.0294	0.0273	0.0074	0.0175	0.0569	0.0175	0.0132	0.0061	0.1122	0.0061	0.0125
chr3R	2997706	2997857	chr3R:2997707-2997857	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0173	0.0266	0.0238	0.0053	0.016	0.0251	0.0207	0.0053	0.0163	0.0514	0.0163	0.0054	0.0061	0.0819	0.0061	0.0109
chr3R	2997958	2998109	chr3R:2997959-2998109	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0184	0.0327	0.0205	0.0085	0.0136	0.0294	0.024	0.0085	0.0151	0.0611	0.0151	0.0147	0.0054	0.0664	0.0054	0.0094
chr3R	2998759	2998968	chr3R:2998760-2998968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0363	0.0217	0.024	0.0308	0.0214	0.051	0.0473	0.0308	0.0139	0.0379	0.0139	0.0132	0.0077	0.0735	0.0077	0.0141
chr3R	3000339	3000490	chr3R:3000340-3000490	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0211	0.0203	0.0092	0.0106	0.0204	0.0298	0.0227	0.0106	0.0109	0.037	0.0109	0.0093	0.0038	0.0251	0.0038	0.0068
chr3R	3000584	3000735	chr3R:3000585-3000735	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0158	0.0222	0.0079	0.0032	0.0189	0.0238	0.0153	0.0032	0.0169	0.0354	0.0169	0.0116	0.0054	0.0161	0.0054	0.0078
chr3R	3012076	3012283	chr3R:3012077-3012283	FBgn0037482,FBgn0086372	CG10055,lap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0896	0.0669	0.1128	0.0895	0.0286	0.0772	0.0718	0.0893	0.0286	0.1214	0.1267	0.1214	0.1162	0.0888	0.098	0.0888	0.1115
chr3R	3012304	3012483	chr3R:3012305-3012483	FBgn0037482,FBgn0086372	CG10055,lap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.129	0.0953	0.1506	0.1429	0.0541	0.1223	0.0965	0.1159	0.0541	0.1473	0.1868	0.1473	0.1526	0.1539	0.1509	0.1539	0.1735
chr3R	3012592	3012786	chr3R:3012593-3012786	FBgn0037482,FBgn0086372	CG10055,lap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1754	0.1228	0.2171	0.1884	0.0551	0.1723	0.1086	0.1666	0.0551	0.2047	0.2746	0.2047	0.1975	0.1799	0.2295	0.1799	0.2038
chr3R	3012906	3013082	chr3R:3012907-3013082	FBgn0086372	lap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1684	0.1421	0.1977	0.1656	0.0838	0.182	0.1375	0.1832	0.0838	0.1733	0.2736	0.1733	0.1472	0.1577	0.1979	0.1577	0.1824
chr3R	3013155	3013355	chr3R:3013156-3013355	FBgn0086372	lap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1099	0.1201	0.1209	0.0863	0.087	0.1413	0.1198	0.1586	0.087	0.0978	0.1704	0.0978	0.079	0.0605	0.0986	0.0605	0.0834
chr3R	3013737	3013951	chr3R:3013738-3013951	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.1046	0.1108	0.0944	0.0689	0.1131	0.1319	0.1213	0.0689	0.0918	0.1447	0.0918	0.0813	0.0544	0.1219	0.0544	0.1183
chr3R	3014169	3014330	chr3R:3014170-3014330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0431	0.046	0.0492	0.0331	0.0297	0.0447	0.0679	0.044	0.0297	0.0435	0.0756	0.0435	0.0302	0.0161	0.0567	0.0161	0.0375
chr3R	3015140	3015291	chr3R:3015141-3015291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0125	0.0181	0.0323	0.0074	0.0117	0.0186	0.014	0.0074	0.0211	0.0161	0.0211	0.0325	0.0084	0.0206	0.0084	0.0865
chr3R	3021338	3021489	chr3R:3021339-3021489	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0249	0.0255	0.0116	0.0127	0.0204	0.0402	0.0306	0.0127	0.0242	0.035	0.0242	0.0201	0.0069	0.011	0.0069	0.0162
chr3R	3022021	3022172	chr3R:3022022-3022172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0304	0.0168	0.0106	0.0201	0.0248	0.0497	0.0333	0.0201	0.0121	0.0244	0.0121	0.0124	0.0069	0.011	0.0069	0.0151
chr3R	3023200	3023351	chr3R:3023201-3023351	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0348	0.0135	0.0113	0.0286	0.0291	0.0567	0.0273	0.0286	0.0097	0.0186	0.0097	0.0139	0.01	0.0116	0.01	0.0104
chr3R	3025721	3025896	chr3R:3025722-3025896	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0336	0.0532	0.031	0.0146	0.0318	0.0553	0.0709	0.0586	0.0318	0.0417	0.0305	0.0417	0.031	0.0138	0.0129	0.0138	0.0266
chr3R	3026011	3026162	chr3R:3026012-3026162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0274	0.0154	0.0103	0.018	0.0257	0.0407	0.0247	0.018	0.0163	0.0193	0.0163	0.0108	0.01	0.0097	0.01	0.0151
chr3R	3031663	3031814	chr3R:3031664-3031814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0106	0.0105	0.0107	0.0106	0.0042	0.0092	0.0169	0.0107	0.0042	0.0091	0.0174	0.0091	0.0062	0.0046	0.0361	0.0046	0.0042
chr3R	3031954	3032105	chr3R:3031955-3032105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0108	0.0132	0.013	0.0064	0.0073	0.0177	0.012	0.0064	0.0079	0.0225	0.0079	0.0077	0.0046	0.0419	0.0046	0.0057
chr3R	3049725	3049914	chr3R:3049726-3049914	FBgn0037487	CG14608	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0143	0.0203	0.0439	0.0095	0.0165	0.0199	0.0127	0.0095	0.0127	0.0325	0.0127	0.0209	0.0421	0.1109	0.0421	0.038
chr3R	3072629	3072799	chr3R:3072630-3072799	FBgn0037489,FBgn0037490	CG10053,CG1234	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1593	0.1538	0.1835	0.139	0.1145	0.1675	0.1782	0.1839	0.1145	0.2349	0.2019	0.2349	0.1921	0.1432	0.1444	0.1432	0.172
chr3R	3072847	3073051	chr3R:3072848-3073051	FBgn0037489,FBgn0037490	CG10053,CG1234	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1317	0.141	0.1107	0.1135	0.1325	0.1531	0.1586	0.1135	0.1685	0.1656	0.1685	0.1456	0.1179	0.1083	0.1179	0.1329
chr3R	3074950	3075318	chr3R:3074951-3075318	FBgn0037491,FBgn0037492	CG10050,CG1227	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0811	0.0675	0.0953	0.0808	0.0403	0.0699	0.0783	0.0846	0.0403	0.1208	0.1048	0.1208	0.1139	0.0919	0.078	0.0919	0.1162
chr3R	3075396	3075590	chr3R:3075397-3075590	FBgn0037491,FBgn0037492	CG10050,CG1227	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1209	0.118	0.1348	0.1089	0.0859	0.1422	0.1237	0.1406	0.0859	0.1872	0.145	0.1872	0.141	0.1271	0.0935	0.1271	0.1438
chr3R	3075673	3075897	chr3R:3075674-3075897	FBgn0037491,FBgn0037492	CG10050,CG1227	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0793	0.0737	0.0499	0.0626	0.0816	0.0934	0.0906	0.0626	0.0978	0.0839	0.0978	0.0658	0.0567	0.0471	0.0567	0.0594
chr3R	3077528	3077679	chr3R:3077529-3077679	FBgn0011282	Pbprp4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0435	0.0183	0.01	0.0371	0.032	0.0662	0.0426	0.0371	0.0229	0.017	0.0229	0.0217	0.0161	0.009	0.0161	0.0099
chr3R	3088415	3088630	chr3R:3088416-3088630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0208	0.0466	0.0095	0.0043	0.0477	0.0277	0.0606	0.0586	0.0477	0.0097	0.0119	0.0097	0.0101	0.0038	0.0071	0.0038	0.0036
chr3R	3091358	3091550	chr3R:3091359-3091550	FBgn0001112,FBgn0028400	Gld,Syt4	stage14	none	VT37797.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0066	0.0105	0.0574	0.0021	0.0063	0.013	0.0053	0.0021	0.0054	0.0122	0.0054	0.0155	0.0054	0.0819	0.0054	0.0365
chr3R	3091624	3091775	chr3R:3091625-3091775	FBgn0001112,FBgn0028400	Gld,Syt4	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0072	0.006	0.0383	0.0032	0.0063	0.0134	0.0047	0.0032	0.0024	0.0058	0.0024	0.0039	0.0015	0.0219	0.0015	0.0068
chr3R	3092198	3092349	chr3R:3092199-3092349	FBgn0028400	Syt4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0191	0.0165	0.0095	0.0327	0.0127	0.0102	0.032	0.0147	0.0127	0.0115	0.0087	0.0115	0.007	0.0023	0.0058	0.0023	0.0073
chr3R	3107876	3108027	chr3R:3107877-3108027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0108	0.0102	0.018	0.0074	0.0102	0.0182	0.008	0.0074	0.0115	0.0096	0.0115	0.0101	0.0023	0.0045	0.0023	0.0083
chr3R	3108406	3108557	chr3R:3108407-3108557	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0047	0.0047	0.0139	0.0011	0.0039	0.0074	0.004	0.0011	0.003	0.0051	0.003	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0063
chr3R	3109064	3109215	chr3R:3109065-3109215	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0046	0.0067	0.0263	0.0011	0.0034	0.0082	0.0053	0.0011	0.0066	0.0035	0.0066	0.0046	8e-04	0.0026	8e-04	0.0068
chr3R	3132453	3132822	chr3R:3132454-3132822	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0347	0.0116	0.0241	0.0723	0.0053	0.0107	0.0225	0.0053	0.0053	0.0205	0.0273	0.0205	0.0194	0.0444	0.0812	0.0444	0.038
chr3R	3135435	3135635	chr3R:3135436-3135635	FBgn0259172	rn	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.031	0.0101	0.0275	0.0581	0.0032	0.0136	0.0151	0.0073	0.0032	0.0211	0.0379	0.0211	0.0256	0.0544	0.0909	0.0544	0.037
chr3R	3136414	3136591	chr3R:3136415-3136591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0201	0.0117	0.0152	0.0347	0.0053	0.0078	0.0255	0.0067	0.0053	0.0091	0.0193	0.0091	0.0201	0.0314	0.0574	0.0314	0.025
chr3R	3138837	3139057	chr3R:3138838-3139057	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0242	0.0122	0.0165	0.0461	0.0032	0.0107	0.0216	0.0107	0.0032	0.0072	0.0273	0.0072	0.0108	0.013	0.1225	0.013	0.012
chr3R	3158958	3159123	chr3R:3158959-3159123	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0092	0.0151	0.0178	0.0032	0.0049	0.016	0.0113	0.0032	0.0091	0.0145	0.0091	0.0046	0.0046	0.0064	0.0046	0.0047
chr3R	3159364	3159515	chr3R:3159365-3159515	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.0065	0.0071	0.0111	0.0053	0.0049	0.0104	0.006	0.0053	0.0042	0.0061	0.0042	0.0031	0.0023	0.0032	0.0023	0.0031
chr3R	3163161	3163312	chr3R:3163162-3163312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0113	0.015	0.0133	0.0052	0.0042	0.0107	0.0272	0.0167	0.0042	0.0103	0.008	0.0103	0.0085	0.0031	0.0032	0.0031	0.001
chr3R	3167919	3168070	chr3R:3167920-3168070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.012	0.0198	0.009	0.0067	0.0021	0.017	0.0173	0.0473	0.0021	0.0042	0.0129	0.0042	0.0015	0.0054	0.0039	0.0054	0.0026
chr3R	3172238	3172516	chr3R:3172239-3172516	FBgn0051501	nxf4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1098	0.0943	0.1379	0.0962	0.0467	0.116	0.0978	0.1246	0.0467	0.1594	0.1646	0.1594	0.1309	0.1126	0.1051	0.1126	0.1115
chr3R	3172612	3172803	chr3R:3172613-3172803	FBgn0051501	nxf4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0401	0.0376	0.0519	0.0298	0.0148	0.0447	0.0437	0.046	0.0148	0.0562	0.065	0.0562	0.0503	0.0352	0.029	0.0352	0.0313
chr3R	3189159	3189330	chr3R:3189160-3189330	FBgn0004175	Mst84Dd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0511	0.0481	0.0163	0.0286	0.0539	0.0705	0.0533	0.0286	0.0598	0.0605	0.0598	0.0279	0.0214	0.0168	0.0214	0.0146
chr3R	3190099	3190277	chr3R:3190100-3190277	FBgn0004174	Mst84Dc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0479	0.0634	0.0622	0.0148	0.0414	0.0709	0.077	0.0766	0.0414	0.0803	0.0717	0.0803	0.0449	0.0184	0.0161	0.0184	0.0104
chr3R	3219928	3220079	chr3R:3219929-3220079	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0106	0.0095	0.0177	0.0074	0.0092	0.0199	0.0053	0.0074	0.0115	0.008	0.0115	0.0015	8e-04	0.0052	8e-04	0.0042
chr3R	3220311	3220462	chr3R:3220312-3220462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0126	0.0095	0.0114	0.0174	0.0032	0.0068	0.0199	0.0073	0.0032	0.0145	0.0096	0.0145	0.007	0.0031	0.0071	0.0031	0.0052
chr3R	3223542	3223693	chr3R:3223543-3223693	distal	distal	none	none	VT37869.1	VT37869.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0088	0.0062	0.0104	0.0097	0.0011	0.0078	0.0095	0.004	0.0011	0.0272	0.0055	0.0272	0.0108	0.0452	0.0013	0.0452	0.0026
chr3R	3264594	3264745	chr3R:3264595-3264745	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0095	0.0103	0.0167	0.0032	0.0073	0.0173	0.0107	0.0032	0.006	0.0177	0.006	0.0077	0.0031	0.06	0.0031	0.0036
chr3R	3265295	3265446	chr3R:3265296-3265446	FBgn0037503	CG14598	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0084	0.0062	0.0077	0.0116	0.0032	0.0058	0.0104	0.0053	0.0032	0.0024	0.0141	0.0024	0.007	8e-04	0.0419	8e-04	0.0052
chr3R	3276954	3277105	chr3R:3276955-3277105	FBgn0011999,FBgn0263565	mir-4950,tRNA:V3b:84Db	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0209	0.0112	0.0175	0.0191	0.0155	0.0316	0.0227	0.0191	0.0054	0.0096	0.0054	0.0302	0.0168	0.0135	0.0168	0.0375
chr3R	3297539	3297690	chr3R:3297540-3297690	FBgn0012000	tRNA:V3b:84Dc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0644	0.0709	0.0703	0.0507	0.0604	0.0811	0.0709	0.0913	0.0604	0.0984	0.0727	0.0984	0.0651	0.0689	0.0574	0.0689	0.0766
chr3R	3297750	3297930	chr3R:3297751-3297930	FBgn0012000	tRNA:V3b:84Dc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0943	0.1152	0.0959	0.0691	0.0976	0.1282	0.122	0.1426	0.0976	0.1232	0.1048	0.1232	0.0968	0.1003	0.0799	0.1003	0.0974
chr3R	3298446	3298597	chr3R:3298447-3298597	FBgn0043853	snoRNA:MeU5-C46	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0434	0.0634	0.0439	0.0205	0.0456	0.0563	0.0792	0.0859	0.0456	0.0568	0.0437	0.0568	0.0364	0.026	0.0251	0.026	0.0198
chr3R	3298877	3299028	chr3R:3298878-3299028	FBgn0037504,FBgn0043853	CG1142,snoRNA:MeU5-C46	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0513	0.0642	0.0489	0.0397	0.0467	0.066	0.067	0.0913	0.0467	0.0731	0.0431	0.0731	0.0395	0.0306	0.0239	0.0306	0.0354
chr3R	3299176	3299327	chr3R:3299177-3299327	FBgn0037504,FBgn0043853	CG1142,snoRNA:MeU5-C46	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0804	0.086	0.0947	0.0583	0.0604	0.1019	0.0943	0.1033	0.0604	0.128	0.1	0.128	0.0806	0.0482	0.0509	0.0482	0.0688
chr3R	3299410	3299626	chr3R:3299411-3299626	FBgn0037504,FBgn0043853	CG1142,snoRNA:MeU5-C46	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2105	0.2287	0.2286	0.1704	0.2047	0.2553	0.2422	0.2771	0.2047	0.3068	0.2402	0.3068	0.2045	0.1845	0.1638	0.1845	0.209
chr3R	3299966	3300186	chr3R:3299967-3300186	FBgn0037504	CG1142	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.1145	0.1255	0.1072	0.0795	0.1359	0.122	0.1326	0.0795	0.1365	0.1428	0.1365	0.1255	0.1156	0.107	0.1156	0.1339
chr3R	3300421	3300654	chr3R:3300422-3300654	FBgn0065099	snRNA:7SK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3137	0.318	0.3508	0.2682	0.2937	0.3398	0.3586	0.3544	0.2937	0.407	0.3637	0.407	0.3563	0.3055	0.2605	0.3055	0.3205
chr3R	3300969	3301157	chr3R:3300970-3301157	FBgn0065099	snRNA:7SK	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.091	0.0895	0.1032	0.0792	0.0594	0.1029	0.0973	0.1106	0.0594	0.131	0.108	0.131	0.1131	0.0904	0.0748	0.0904	0.1053
chr3R	3301583	3301756	chr3R:3301584-3301756	FBgn0012001	tRNA:V3b:84Dd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1054	0.139	0.0985	0.0755	0.1177	0.1272	0.1804	0.1652	0.1177	0.1123	0.1019	0.1123	0.1255	0.0865	0.078	0.0865	0.1183
chr3R	3310743	3310894	chr3R:3310744-3310894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0191	0.0204	0.0251	0.0064	0.0184	0.0255	0.024	0.0064	0.0236	0.0212	0.0236	0.0302	0.023	0.0368	0.023	0.0422
chr3R	3317172	3317465	chr3R:3317173-3317465	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0596	0.0344	0.0475	0.101	0.0212	0.0408	0.0463	0.0293	0.0212	0.0543	0.0444	0.0543	0.0852	0.0605	0.2031	0.0605	0.1397
chr3R	3317859	3318183	chr3R:3317860-3318183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0158	0.026	0.0461	0.0074	0.017	0.0238	0.0173	0.0074	0.0405	0.0196	0.0405	0.0503	0.0505	0.0638	0.0505	0.075
chr3R	3325345	3325496	chr3R:3325346-3325496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.013	0.0072	0.0108	0.0217	0.0011	0.0063	0.0143	0.0047	0.0011	0.0085	0.008	0.0085	0.0287	0.0077	0.0045	0.0077	0.0641
chr3R	3330459	3330610	chr3R:3330460-3330610	FBgn0015577	alpha-Est9	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0055	0.0063	0.0153	0.0011	0.0049	0.0121	0.002	0.0011	0.0066	0.0042	0.0066	0.0093	0.0023	0.0026	0.0023	0.0094
chr3R	3330765	3330916	chr3R:3330766-3330916	FBgn0015577	alpha-Est9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0074	0.0072	0.0235	0.0042	0.0068	0.0117	0.006	0.0042	0.006	0.0042	0.006	0.0108	0.0061	0.0058	0.0061	0.0234
chr3R	3334237	3334398	chr3R:3334238-3334398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0273	0.0259	0.0308	0.018	0.0267	0.0385	0.0266	0.018	0.0308	0.0244	0.0308	0.0434	0.0337	0.0264	0.0337	0.0573
chr3R	3340408	3340559	chr3R:3340409-3340559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.0096	0.0082	0.0177	0.0021	0.0087	0.0173	0.0087	0.0021	0.0079	0.0071	0.0079	0.0194	0.0077	0.0045	0.0077	0.0521
chr3R	3341433	3341584	chr3R:3341434-3341584	FBgn0015576	alpha-Est8	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0225	0.013	0.0103	0.0465	0.0042	0.0097	0.0247	0.0107	0.0042	0.0079	0.0077	0.0079	0.0248	0.0176	0.0116	0.0176	0.1391
chr3R	3349374	3349533	chr3R:3349375-3349533	FBgn0015575	alpha-Est7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0158	0.0195	0.0318	0.0064	0.0165	0.0208	0.02	0.0064	0.0199	0.018	0.0199	0.0449	0.0168	0.0187	0.0168	0.0855
chr3R	3349601	3349752	chr3R:3349602-3349752	FBgn0015575	alpha-Est7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0174	0.016	0.0362	0.0053	0.0175	0.029	0.016	0.0053	0.0151	0.017	0.0151	0.0325	0.0161	0.0213	0.0161	0.0995
chr3R	3350103	3350261	chr3R:3350104-3350261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0115	0.0131	0.0379	0.0053	0.0121	0.0195	0.0093	0.0053	0.0079	0.0109	0.0079	0.0341	0.0444	0.02	0.0444	0.0865
chr3R	3356002	3356171	chr3R:3356003-3356171	FBgn0003885,FBgn0015831	Rtnl2,alphaTub84D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1437	0.1517	0.1584	0.1186	0.1103	0.1524	0.1968	0.1672	0.1103	0.2005	0.1768	0.2005	0.1394	0.1332	0.1135	0.1332	0.1459
chr3R	3356368	3356557	chr3R:3356369-3356557	FBgn0003885,FBgn0015831	Rtnl2,alphaTub84D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1627	0.1767	0.1728	0.1359	0.1474	0.1684	0.2236	0.2012	0.1474	0.2222	0.1852	0.2222	0.1665	0.1462	0.1367	0.1462	0.1668
chr3R	3356697	3357053	chr3R:3356698-3357053	FBgn0003885	alphaTub84D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.084	0.1021	0.0888	0.0585	0.0657	0.0976	0.1488	0.1039	0.0657	0.1135	0.0932	0.1135	0.0914	0.0567	0.0561	0.0567	0.0834
chr3R	3359106	3359257	chr3R:3359107-3359257	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0235	0.0503	0.0131	0.005	0.0392	0.0204	0.1034	0.04	0.0392	0.0121	0.0193	0.0121	0.0124	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chr3R	3359455	3359638	chr3R:3359456-3359638	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0464	0.0992	0.026	0.0099	0.1113	0.0374	0.1894	0.07	0.1113	0.0254	0.0383	0.0254	0.0225	0.0077	0.0123	0.0077	0.012
chr3R	3361512	3361663	chr3R:3361513-3361663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0213	0.0348	0.0155	0.0127	0.0212	0.017	0.0731	0.0293	0.0212	0.0133	0.0183	0.0133	0.0248	0.0092	0.0148	0.0092	0.0219
chr3R	3364271	3364422	chr3R:3364272-3364422	FBgn0015572	alpha-Est4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0111	0.0096	0.0113	0.0125	0.0042	0.0063	0.0186	0.008	0.0042	0.0121	0.0103	0.0121	0.0209	0.0046	0.0052	0.0046	0.0334
chr3R	3367028	3367227	chr3R:3367029-3367227	FBgn0015570,FBgn0015571	alpha-Est2,alpha-Est3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.0105	0.0128	0.0455	0.0032	0.0102	0.0164	0.0113	0.0032	0.0127	0.0096	0.0127	0.0302	0.0436	0.0464	0.0436	0.0912
chr3R	3374710	3375080	chr3R:3374711-3375080	FBgn0015568	alpha-Est1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0705	0.0672	0.0723	0.0721	0.0509	0.0709	0.0995	0.054	0.0509	0.0809	0.0566	0.0809	0.1487	0.0452	0.0284	0.0452	0.1985
chr3R	3375170	3375339	chr3R:3375171-3375339	FBgn0015568	alpha-Est1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.053	0.0628	0.0571	0.0376	0.0477	0.0529	0.0904	0.0666	0.0477	0.0857	0.0585	0.0857	0.0565	0.0567	0.0368	0.0567	0.0547
chr3R	3465183	3465352	chr3R:3465184-3465352	FBgn0083963	CG34127	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0172	0.0236	0.0086	0.0194	0.0106	0.0078	0.0562	0.014	0.0106	0.0072	0.0077	0.0072	0.0093	0.0084	0.0032	0.0084	0.0089
chr3R	3465762	3465913	chr3R:3465763-3465913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0131	0.0247	0.0072	0.0067	0.0106	0.0117	0.0571	0.0093	0.0106	0.0133	0.0068	0.0133	0.0031	0.0023	0.0097	0.0023	0.0026
chr3R	3466395	3466553	chr3R:3466396-3466553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.021	0.0454	0.0103	0.0056	0.0339	0.0238	0.1008	0.0193	0.0339	0.0127	0.009	0.0127	0.0116	0.0077	0.0052	0.0077	0.0036
chr3R	3466790	3467066	chr3R:3466791-3467066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0249	0.0522	0.0123	0.0082	0.0318	0.0209	0.122	0.0266	0.0318	0.0169	0.0135	0.0169	0.0124	0.0077	0.0129	0.0077	0.0078
chr3R	3469361	3469561	chr3R:3469362-3469561	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.046	0.0466	0.0312	0.0617	0.0276	0.032	0.0843	0.042	0.0276	0.0242	0.0299	0.0242	0.0604	0.0781	0.0548	0.0781	0.0886
chr3R	3470156	3470391	chr3R:3470157-3470391	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0304	0.0148	0.0152	0.0643	0.0106	0.0097	0.029	0.0087	0.0106	0.0127	0.0132	0.0127	0.0294	0.0674	0.0426	0.0674	0.0813
chr3R	3471737	3471962	chr3R:3471738-3471962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0242	0.0146	0.0227	0.0365	0.0064	0.017	0.0255	0.0073	0.0064	0.0525	0.0164	0.0525	0.0217	0.1271	0.0155	0.1271	0.0162
chr3R	3472263	3472414	chr3R:3472264-3472414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0174	0.0107	0.0137	0.0288	0.0011	0.0107	0.0177	0.0107	0.0011	0.0278	0.0106	0.0278	0.0139	0.1126	0.0123	0.1126	0.0083
chr3R	3476608	3476797	chr3R:3476609-3476797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0155	0.0102	0.0147	0.0223	0.0032	0.0058	0.0208	0.0093	0.0032	0.0399	0.0096	0.0399	0.0085	0.0926	0.0039	0.0926	0.0063
chr3R	3483959	3484110	chr3R:3483960-3484110	FBgn0051146	Nlg1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0137	0.0079	0.0118	0.0224	0.0053	0.0073	0.0143	0.0027	0.0053	0.0254	0.008	0.0254	0.0116	0.0842	0.0123	0.0842	0.0057
chr3R	3486952	3487103	chr3R:3486953-3487103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0121	0.0092	0.011	0.0166	0.0042	0.0107	0.0143	0.0073	0.0042	0.0169	0.0103	0.0169	0.0139	0.0574	0.0071	0.0574	0.0073
chr3R	3487456	3487607	chr3R:3487457-3487607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0117	0.009	0.0067	0.0201	0.0042	0.0063	0.0173	0.0067	0.0042	0.0133	0.0058	0.0133	0.0054	0.0804	0.0084	0.0804	0.0083
chr3R	3545778	3545929	chr3R:3545779-3545929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0116	0.01	0.0131	0.0074	0.0141	0.0195	0.0073	0.0074	0.0109	0.0064	0.0109	0.0054	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chr3R	3568444	3568668	chr3R:3568445-3568668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0166	0.0309	0.0128	0.0049	0.0095	0.032	0.0316	0.0446	0.0095	0.0169	0.018	0.0169	0.0054	0.0077	0.0019	0.0077	0.0057
chr3R	3571141	3571302	chr3R:3571142-3571302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0365	0.0203	0.0116	0.018	0.0398	0.0355	0.0566	0.018	0.0242	0.0286	0.0242	0.0101	0.0107	0.0097	0.0107	0.0109
chr3R	3575272	3575633	chr3R:3575273-3575633	FBgn0037513	pyd3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0441	0.0426	0.0418	0.0485	0.0255	0.051	0.0528	0.042	0.0255	0.0936	0.0363	0.0936	0.0349	0.1126	0.0329	0.1126	0.0584
chr3R	3575709	3575927	chr3R:3575710-3575927	FBgn0037513	pyd3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0589	0.0512	0.058	0.0685	0.0339	0.0767	0.0502	0.0526	0.0339	0.1365	0.0437	0.1365	0.0534	0.1462	0.0554	0.1462	0.0933
chr3R	3579391	3579542	chr3R:3579392-3579542	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0072	0.0102	0.0255	0.0042	0.0063	0.0104	0.0093	0.0042	0.0079	0.0113	0.0079	0.0116	0.0145	0.0155	0.0145	0.0224
chr3R	3581126	3581277	chr3R:3581127-3581277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0117	0.0203	0.0096	0.0043	0.018	0.0126	0.0389	0.014	0.018	0.0103	0.0125	0.0103	0.007	0.0046	0.0045	0.0046	0.0042
chr3R	3605160	3605311	chr3R:3605161-3605311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0307	0.0247	0.0406	0.0266	0.0074	0.0257	0.0342	0.026	0.0074	0.0477	0.0476	0.0477	0.0356	0.0306	0.0271	0.0306	0.0214
chr3R	3605497	3605786	chr3R:3605498-3605786	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1658	0.1277	0.1962	0.1749	0.0848	0.166	0.1064	0.1785	0.0848	0.2107	0.2341	0.2107	0.182	0.1845	0.1908	0.1845	0.2032
chr3R	3605961	3606298	chr3R:3605962-3606298	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1395	0.1076	0.1674	0.1447	0.0679	0.1388	0.0753	0.1632	0.0679	0.1473	0.2154	0.1473	0.158	0.1248	0.1805	0.1248	0.1501
chr3R	3606401	3606595	chr3R:3606402-3606595	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0789	0.0581	0.0956	0.084	0.0276	0.0801	0.0437	0.0819	0.0276	0.0948	0.1209	0.0948	0.0937	0.0773	0.0922	0.0773	0.0964
chr3R	3606763	3606914	chr3R:3606764-3606914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0202	0.0393	0.0279	0.0085	0.0214	0.0247	0.026	0.0085	0.0459	0.0482	0.0459	0.0395	0.0329	0.0251	0.0329	0.0344
chr3R	3609241	3609392	chr3R:3609242-3609392	FBgn0042104	CG18747	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0139	0.0126	0.014	0.0152	0.0042	0.0097	0.0242	0.01	0.0042	0.0109	0.0129	0.0109	0.0333	0.0046	0.0084	0.0046	0.0406
chr3R	3619633	3619842	chr3R:3619634-3619842	FBgn0037518	CG2641	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0118	0.0189	0.0795	0.0085	0.0146	0.0173	0.0047	0.0085	0.0091	0.0215	0.0091	0.0403	0.0636	0.0967	0.0636	0.1438
chr3R	3628065	3628216	chr3R:3628066-3628216	FBgn0037519	CG3014	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0074	0.0065	0.0089	0.0064	0.0053	0.013	0.0067	0.0064	0.0066	0.0077	0.0066	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr3R	3635569	3635796	chr3R:3635570-3635796	FBgn0037521,FBgn0051472	CG2993,CG31472	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.035	0.0231	0.0405	0.0423	0.017	0.0248	0.0277	0.0273	0.017	0.0411	0.0412	0.0411	0.0426	0.026	0.0348	0.026	0.0349
chr3R	3636002	3636306	chr3R:3636003-3636306	FBgn0037521,FBgn0051472	CG2993,CG31472	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.198	0.1443	0.2513	0.1996	0.0912	0.1888	0.1393	0.1865	0.0912	0.2645	0.2926	0.2645	0.2634	0.1891	0.2263	0.1891	0.2236
chr3R	3639403	3639666	chr3R:3639404-3639666	FBgn0085413	CG34384	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0492	0.0624	0.0428	0.0415	0.0445	0.0748	0.0606	0.0753	0.0445	0.0586	0.0434	0.0586	0.017	0.013	0.0135	0.013	0.0068
chr3R	3640006	3640201	chr3R:3640007-3640201	FBgn0085413	CG34384	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0386	0.0353	0.0425	0.038	0.017	0.0437	0.035	0.0453	0.017	0.07	0.036	0.07	0.0248	0.0176	0.0148	0.0176	0.012
chr3R	3647188	3647339	chr3R:3647189-3647339	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0064	0.0063	0.017	0.0053	0.0039	0.0134	0.004	0.0053	0.0079	0.0051	0.0079	0.0039	8e-04	0.0032	8e-04	0.0052
chr3R	3647606	3647757	chr3R:3647607-3647757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.0065	0.006	0.0128	0.0011	0.0039	0.0151	0.0027	0.0011	0.0042	0.0061	0.0042	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0031
chr3R	3676728	3676879	chr3R:3676729-3676879	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0139	0.0236	0.0114	0.0057	0.018	0.0131	0.0506	0.01	0.018	0.0139	0.0109	0.0139	0.0124	0.0061	0.0032	0.0061	0.0057
chr3R	3709982	3710133	chr3R:3709983-3710133	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0394	0.0195	0.015	0.0191	0.0553	0.042	0.0386	0.0191	0.0236	0.0186	0.0236	0.0217	0.0107	0.0058	0.0107	0.0109
chr3R	3710371	3710522	chr3R:3710372-3710522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0196	0.0285	0.0168	0.0127	0.0148	0.0476	0.0281	0.026	0.0148	0.0223	0.0161	0.0223	0.0147	0.0084	0.0064	0.0084	0.0109
chr3R	3711194	3711372	chr3R:3711195-3711372	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0649	0.1033	0.0401	0.0191	0.0913	0.0657	0.0786	0.0191	0.1473	0.0932	0.1473	0.11	0.0337	0.0342	0.0337	0.0547
chr3R	3711816	3712260	chr3R:3711817-3712260	FBgn0037525	CG17816	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1673	0.1266	0.2126	0.1631	0.0573	0.1636	0.1341	0.1606	0.0573	0.276	0.2283	0.276	0.2215	0.1639	0.1805	0.1639	0.2027
chr3R	3712382	3712556	chr3R:3712383-3712556	FBgn0037525,FBgn0037526	CG10092,CG17816	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1042	0.0552	0.125	0.1362	0.018	0.0801	0.0532	0.0673	0.018	0.1606	0.1299	0.1606	0.1472	0.1057	0.1541	0.1057	0.1527
chr3R	3712673	3712858	chr3R:3712674-3712858	FBgn0037525,FBgn0037526	CG10092,CG17816	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1412	0.1053	0.1684	0.1515	0.0657	0.1398	0.1064	0.1233	0.0657	0.2053	0.1878	0.2053	0.1789	0.1554	0.1709	0.1554	0.1803
chr3R	3712995	3713225	chr3R:3712996-3713225	FBgn0037526	CG10092	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0568	0.0799	0.0689	0.0339	0.0752	0.0614	0.0626	0.0339	0.0984	0.0833	0.0984	0.0953	0.0681	0.0741	0.0681	0.0829
chr3R	3717942	3718200	chr3R:3717943-3718200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.029	0.0309	0.028	0.0279	0.0106	0.0296	0.0519	0.0286	0.0106	0.0308	0.0238	0.0308	0.0581	0.0383	0.0193	0.0383	0.0516
chr3R	3721479	3721762	chr3R:3721480-3721762	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0192	0.0324	0.0156	0.0084	0.0244	0.0209	0.0523	0.0313	0.0244	0.0085	0.0232	0.0085	0.0178	0.0077	0.0135	0.0077	0.0094
chr3R	3728286	3728499	chr3R:3728287-3728499	FBgn0037529	mRpS9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.0419	0.0632	0.0564	0.0255	0.0534	0.0389	0.0613	0.0255	0.0707	0.0691	0.0707	0.0798	0.0559	0.0503	0.0559	0.0776
chr3R	3732770	3732944	chr3R:3732771-3732944	FBgn0024909,FBgn0037530	CG2943,Taf7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0592	0.09	0.0696	0.0371	0.0578	0.0787	0.0726	0.0371	0.1057	0.0942	0.1057	0.0968	0.0704	0.0767	0.0704	0.087
chr3R	3733019	3733206	chr3R:3733020-3733206	FBgn0024909,FBgn0037530	CG2943,Taf7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1473	0.114	0.1915	0.1359	0.0604	0.1408	0.1341	0.1299	0.0604	0.2355	0.2026	0.2355	0.1967	0.1447	0.1509	0.1447	0.1537
chr3R	3733262	3733439	chr3R:3733263-3733439	FBgn0024909,FBgn0037530	CG2943,Taf7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1466	0.1241	0.189	0.1253	0.0679	0.1558	0.144	0.1432	0.0679	0.2391	0.209	0.2391	0.1875	0.1271	0.1399	0.1271	0.1397
chr3R	3733534	3733710	chr3R:3733535-3733710	FBgn0024909,FBgn0037530	CG2943,Taf7	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0551	0.0731	0.0434	0.0255	0.0578	0.0731	0.0686	0.0255	0.0845	0.0842	0.0845	0.0782	0.0429	0.0432	0.0429	0.05
chr3R	3737234	3737385	chr3R:3737235-3737385	FBgn0004901	Prat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0788	0.079	0.0956	0.06	0.0414	0.082	0.0978	0.0979	0.0414	0.1335	0.1055	0.1335	0.1038	0.0758	0.0838	0.0758	0.0844
chr3R	3737390	3737587	chr3R:3737391-3737587	FBgn0004901	Prat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1196	0.1249	0.1459	0.0849	0.0859	0.133	0.1527	0.1379	0.0859	0.2017	0.1717	0.2017	0.1433	0.1018	0.1225	0.1018	0.1162
chr3R	3738168	3738319	chr3R:3738169-3738319	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.037	0.0362	0.0216	0.0223	0.0456	0.0467	0.0313	0.0223	0.0453	0.0389	0.0453	0.0457	0.0214	0.0213	0.0214	0.0313
chr3R	3738369	3738524	chr3R:3738370-3738524	FBgn0014930	CG2846	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0386	0.0465	0.0406	0.0277	0.0212	0.0529	0.0554	0.0573	0.0212	0.0399	0.0453	0.0399	0.0596	0.0283	0.0271	0.0283	0.0406
chr3R	3738728	3738879	chr3R:3738729-3738879	FBgn0014930	CG2846	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0622	0.0594	0.073	0.0536	0.0371	0.068	0.067	0.0759	0.0371	0.0797	0.0807	0.0797	0.0906	0.0444	0.0574	0.0444	0.086
chr3R	3738910	3739101	chr3R:3738911-3739101	FBgn0014930,FBgn0014931	CG2678,CG2846	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.1041	0.118	0.1017	0.071	0.117	0.1133	0.1299	0.071	0.1419	0.1309	0.1419	0.1387	0.1194	0.1167	0.1194	0.1365
chr3R	3739346	3739617	chr3R:3739347-3739617	FBgn0014930,FBgn0014931	CG2678,CG2846	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0538	0.0594	0.051	0.0265	0.0578	0.0562	0.0753	0.0265	0.0755	0.063	0.0755	0.072	0.0605	0.0632	0.0605	0.0672
chr3R	3745622	3745844	chr3R:3745623-3745844	FBgn0002542,FBgn0037531	CG10445,lds	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.056	0.0532	0.0725	0.0409	0.0329	0.0524	0.0675	0.06	0.0329	0.0936	0.0855	0.0936	0.0689	0.0391	0.058	0.0391	0.0589
chr3R	3746020	3746207	chr3R:3746021-3746207	FBgn0002542,FBgn0037531	CG10445,lds	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1492	0.1454	0.1891	0.1096	0.0997	0.1704	0.1609	0.1726	0.0997	0.2699	0.2096	0.2699	0.1867	0.1447	0.1438	0.1447	0.1428
chr3R	3746347	3746498	chr3R:3746348-3746498	FBgn0002542,FBgn0037531	CG10445,lds	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0573	0.0603	0.0741	0.0355	0.0339	0.0636	0.0731	0.0759	0.0339	0.1045	0.0833	0.1045	0.0728	0.0436	0.0393	0.0436	0.0485
chr3R	3750369	3750520	chr3R:3750370-3750520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0294	0.0225	0.0192	0.0138	0.0233	0.0376	0.048	0.0138	0.032	0.0222	0.032	0.0263	0.0253	0.0103	0.0253	0.0406
chr3R	3752358	3752531	chr3R:3752359-3752531	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0241	0.0189	0.0324	0.0207	0.0085	0.018	0.0298	0.0207	0.0085	0.0592	0.0334	0.0592	0.0217	0.0168	0.0335	0.0168	0.0198
chr3R	3754685	3754836	chr3R:3754686-3754836	distal	distal	none	none	VT38149.1	VT38149.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0123	0.0145	0.0159	0.0061	0.0021	0.0126	0.0251	0.0167	0.0021	0.0374	0.0122	0.0374	0.0085	0.01	0.0039	0.01	0.0073
chr3R	3754962	3755120	chr3R:3754963-3755120	distal	distal	stage5	stage5	VT38149.1	VT38149.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.037	0.0374	0.017	0.0138	0.0354	0.0554	0.042	0.0138	0.0507	0.0389	0.0507	0.0387	0.0237	0.0142	0.0237	0.0245
chr3R	3759385	3759604	chr3R:3759386-3759604	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0295	0.0526	0.0211	0.0131	0.0318	0.0335	0.0939	0.0506	0.0318	0.0175	0.0315	0.0175	0.0147	0.0199	0.0181	0.0199	0.0083
chr3R	3762607	3762840	chr3R:3762608-3762840	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1584	0.1417	0.2102	0.1202	0.0721	0.1854	0.1328	0.2012	0.0721	0.2615	0.2637	0.2615	0.1867	0.1654	0.1792	0.1654	0.1157
chr3R	3766822	3766973	chr3R:3766823-3766973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0217	0.0218	0.0332	0.0091	0.0064	0.0194	0.0311	0.0313	0.0064	0.0368	0.0502	0.0368	0.0194	0.0138	0.0103	0.0138	0.0089
chr3R	3770574	3770725	chr3R:3770575-3770725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.0197	0.0343	0.0141	0.0064	0.0238	0.0255	0.0253	0.0064	0.0266	0.027	0.0266	0.093	0.0123	0.0064	0.0123	0.0292
chr3R	3773132	3773502	chr3R:3773133-3773502	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0404	0.0721	0.0617	0.0138	0.0587	0.048	0.034	0.0138	0.1093	0.0621	0.1093	0.1201	0.0926	0.0458	0.0926	0.1068
chr3R	3777989	3778140	chr3R:3777990-3778140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.0095	0.0118	0.0102	0.0032	0.0102	0.0121	0.01	0.0032	0.0127	0.0161	0.0127	0.0116	0.0069	0.0245	0.0069	0.0083
chr3R	3779122	3779273	chr3R:3779123-3779273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0201	0.0247	0.0078	0.0064	0.018	0.0229	0.034	0.0064	0.0163	0.0415	0.0163	0.0108	0.0038	0.0168	0.0038	0.0068
chr3R	3780254	3780405	chr3R:3780255-3780405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0196	0.016	0.0289	0.0134	0.0064	0.0155	0.0208	0.022	0.0064	0.0688	0.0254	0.0688	0.0155	0.026	0.0155	0.026	0.0115
chr3R	3788547	3788807	chr3R:3788548-3788807	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1304	0.0673	0.1792	0.1473	0.0244	0.1049	0.0657	0.0779	0.0244	0.2621	0.1785	0.2621	0.2363	0.2136	0.1831	0.2136	0.2142
chr3R	3789240	3789479	chr3R:3789241-3789479	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.199	0.1563	0.2558	0.1842	0.0954	0.201	0.1527	0.1865	0.0954	0.3478	0.2836	0.3478	0.2881	0.2534	0.227	0.2534	0.2616
chr3R	3789598	3789786	chr3R:3789599-3789786	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT38168.1	VT38168.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0624	0.0572	0.0796	0.0493	0.0308	0.068	0.061	0.0693	0.0308	0.1051	0.083	0.1051	0.11	0.0574	0.0438	0.0574	0.0907
chr3R	3790577	3790753	chr3R:3790578-3790753	distal	distal	none	none	VT38168.1	VT38168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.026	0.0306	0.032	0.0095	0.0461	0.0208	0.0253	0.0095	0.029	0.0215	0.029	0.0852	0.0184	0.009	0.0184	0.0948
chr3R	3793555	3793731	chr3R:3793556-3793731	FBgn0000504	dsx	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0253	0.0123	0.0197	0.0461	0.0085	0.0175	0.0169	0.0087	0.0085	0.0187	0.0222	0.0187	0.0356	0.0444	0.0696	0.0444	0.0745
chr3R	3793739	3793890	chr3R:3793740-3793890	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.026	0.0122	0.0239	0.0437	0.0053	0.0102	0.0238	0.01	0.0053	0.0302	0.0238	0.0302	0.0395	0.0383	0.0716	0.0383	0.0683
chr3R	3795003	3795159	chr3R:3795004-3795159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0188	0.014	0.0266	0.0156	0.0042	0.0199	0.0208	0.01	0.0042	0.0773	0.0164	0.0773	0.0147	0.0544	0.009	0.0544	0.0078
chr3R	3798074	3798262	chr3R:3798075-3798262	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.028	0.0363	0.0351	0.0095	0.0296	0.0463	0.0247	0.0095	0.0314	0.0305	0.0314	0.0287	0.0283	0.0161	0.0283	0.0182
chr3R	3798897	3799072	chr3R:3798898-3799072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0929	0.0835	0.1121	0.0824	0.053	0.0869	0.096	0.0986	0.053	0.1075	0.1392	0.1075	0.1216	0.0613	0.0935	0.0613	0.1084
chr3R	3800309	3800531	chr3R:3800310-3800531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0473	0.0441	0.057	0.0402	0.0148	0.0495	0.0532	0.054	0.0148	0.0513	0.0666	0.0513	0.0697	0.0459	0.0329	0.0459	0.0693
chr3R	3802619	3802770	chr3R:3802620-3802770	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0458	0.037	0.0582	0.0419	0.018	0.0461	0.0446	0.038	0.018	0.0815	0.0608	0.0815	0.0635	0.0505	0.0361	0.0505	0.0703
chr3R	3802997	3803247	chr3R:3802998-3803247	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1127	0.1603	0.1406	0.0721	0.1461	0.1146	0.1219	0.0721	0.2017	0.1531	0.2017	0.2231	0.1593	0.1051	0.1593	0.2032
chr3R	3803336	3803555	chr3R:3803337-3803555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.188	0.1725	0.2188	0.1714	0.1463	0.2019	0.1834	0.1912	0.1463	0.288	0.2177	0.288	0.2463	0.1991	0.1644	0.1991	0.2277
chr3R	3804222	3804451	chr3R:3804223-3804451	FBgn0010401,FBgn0037533	CD98hc,Os-C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0382	0.0531	0.033	0.0272	0.0297	0.0262	0.1112	0.0346	0.0297	0.029	0.0469	0.029	0.0279	0.0107	0.0729	0.0107	0.025
chr3R	3807206	3807410	chr3R:3807207-3807410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0855	0.1006	0.0659	0.0498	0.0903	0.1163	0.0853	0.0498	0.1196	0.1222	0.1196	0.096	0.0735	0.0974	0.0735	0.0881
chr3R	3809743	3809894	chr3R:3809744-3809894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0119	0.0137	0.0112	0.0107	0.0095	0.0131	0.0225	0.0113	0.0095	0.006	0.018	0.006	0.0077	0.0023	0.0348	0.0023	0.0063
chr3R	3816223	3816423	chr3R:3816224-3816423	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0125	0.0247	0.0228	0.0064	0.0175	0.0138	0.0113	0.0064	0.0133	0.0476	0.0133	0.0116	0.0061	0.078	0.0061	0.0078
chr3R	3816723	3816880	chr3R:3816724-3816880	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0131	0.04	0.0358	0.0021	0.0184	0.0117	0.02	0.0021	0.0187	0.0804	0.0187	0.0139	0.0077	0.1231	0.0077	0.0182
chr3R	3817247	3817431	chr3R:3817248-3817431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0255	0.0255	0.0292	0.0214	0.0127	0.0189	0.0441	0.0247	0.0127	0.0284	0.0457	0.0284	0.0194	0.0168	0.0503	0.0168	0.0219
chr3R	3819152	3819303	chr3R:3819153-3819303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0091	0.0087	0.0104	0.0079	0.0032	0.0078	0.0151	0.008	0.0032	0.0072	0.009	0.0072	0.0287	8e-04	0.0019	8e-04	0.0229
chr3R	3819429	3819580	chr3R:3819430-3819580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0111	0.0146	0.0216	0.0064	0.0112	0.0186	0.008	0.0064	0.0091	0.0151	0.0091	0.0341	0.0107	0.0232	0.0107	0.0485
chr3R	3821651	3821802	chr3R:3821652-3821802	FBgn0037534	CG2781	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0189	0.0079	0.0162	0.0343	0.0021	0.0068	0.0143	0.0047	0.0021	0.0054	0.0289	0.0054	0.0108	0.0069	0.1173	0.0069	0.0172
chr3R	3822129	3822280	chr3R:3822130-3822280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0131	0.01	0.0088	0.0213	0.0011	0.0092	0.0173	0.0127	0.0011	0.0048	0.0161	0.0048	0.0023	0.0038	0.0767	0.0038	0.0083
chr3R	3825226	3825414	chr3R:3825227-3825414	FBgn0037535	CG14463	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1039	0.0877	0.1268	0.0969	0.0679	0.0976	0.0999	0.1033	0.0679	0.1467	0.1431	0.1467	0.1348	0.1187	0.1025	0.1187	0.1245
chr3R	3825445	3825596	chr3R:3825446-3825596	FBgn0037535	CG14463	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0769	0.0653	0.0892	0.0765	0.0467	0.0743	0.0696	0.0773	0.0467	0.099	0.1029	0.099	0.0984	0.1026	0.0645	0.1026	0.1073
chr3R	3825643	3825853	chr3R:3825644-3825853	FBgn0037535	CG14463	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0978	0.0826	0.1121	0.0992	0.0467	0.0981	0.0943	0.0919	0.0467	0.1069	0.1357	0.1069	0.1348	0.1041	0.1083	0.1041	0.1271
chr3R	3825910	3826102	chr3R:3825911-3826102	FBgn0037535	CG14463	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.059	0.0538	0.0703	0.0524	0.0191	0.068	0.061	0.0666	0.0191	0.0646	0.0842	0.0646	0.0922	0.0521	0.0503	0.0521	0.0719
chr3R	3826167	3826318	chr3R:3826168-3826318	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0355	0.0418	0.0255	0.0212	0.0364	0.0407	0.048	0.0212	0.0435	0.0502	0.0435	0.0449	0.0329	0.0251	0.0329	0.0328
chr3R	3826477	3826918	chr3R:3826478-3826918	FBgn0037536,FBgn0260723	CG2698,CG42550	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0968	0.0961	0.1141	0.0785	0.0626	0.1126	0.1016	0.1219	0.0626	0.1292	0.126	0.1292	0.1193	0.0934	0.0806	0.0934	0.1042
chr3R	3826943	3827159	chr3R:3826944-3827159	FBgn0037536,FBgn0260723	CG2698,CG42550	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.0948	0.1404	0.1132	0.0594	0.116	0.0908	0.1292	0.0594	0.1691	0.155	0.1691	0.1309	0.1225	0.1141	0.1225	0.1417
chr3R	3827215	3827383	chr3R:3827216-3827383	FBgn0037536,FBgn0260723	CG2698,CG42550	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1381	0.0997	0.174	0.1416	0.0636	0.1277	0.0926	0.1339	0.0636	0.2041	0.1907	0.2041	0.1789	0.17	0.1373	0.17	0.1746
chr3R	3833341	3833521	chr3R:3833342-3833521	FBgn0037537	CG2767	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0412	0.0204	0.0534	0.0511	0.0021	0.0325	0.0212	0.0227	0.0021	0.0272	0.0823	0.0272	0.0666	0.0375	0.1128	0.0375	0.0584
chr3R	3833708	3833939	chr3R:3833709-3833939	FBgn0037537	CG2767	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.07	0.0454	0.0802	0.0862	0.0223	0.0592	0.048	0.0533	0.0223	0.0664	0.1045	0.0664	0.1084	0.0735	0.1367	0.0735	0.1162
chr3R	3834321	3834472	chr3R:3834322-3834472	FBgn0037537	CG2767	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0388	0.0344	0.0486	0.033	0.0148	0.0388	0.045	0.0386	0.0148	0.0507	0.0576	0.0507	0.0527	0.026	0.0503	0.026	0.0313
chr3R	3834508	3834664	chr3R:3834509-3834664	FBgn0037538,FBgn0040524	CG11052,CG3223	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0425	0.0758	0.0471	0.0117	0.0553	0.0446	0.056	0.0117	0.087	0.0894	0.087	0.079	0.0452	0.0535	0.0452	0.0604
chr3R	3834719	3834917	chr3R:3834720-3834917	FBgn0037538,FBgn0040524	CG11052,CG3223	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0879	0.073	0.1126	0.0774	0.0308	0.0971	0.0813	0.0873	0.0308	0.1322	0.1305	0.1322	0.1185	0.0881	0.0851	0.0881	0.1021
chr3R	3834988	3835170	chr3R:3834989-3835170	FBgn0037538,FBgn0040524	CG11052,CG3223	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.169	0.1562	0.2066	0.1422	0.0986	0.1811	0.1665	0.2072	0.0986	0.2621	0.2222	0.2621	0.2138	0.1455	0.1605	0.1455	0.1892
chr3R	3835359	3835510	chr3R:3835360-3835510	FBgn0037538,FBgn0040524	CG11052,CG3223	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0533	0.0571	0.0432	0.0286	0.0539	0.0679	0.0686	0.0286	0.0604	0.0678	0.0604	0.0565	0.0429	0.0484	0.0429	0.0537
chr3R	3838868	3839048	chr3R:3838869-3839048	FBgn0037539,FBgn0037540	CG10435,Pbp95	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1397	0.138	0.1555	0.1244	0.1029	0.1612	0.1462	0.1706	0.1029	0.1926	0.1788	0.1926	0.1518	0.1302	0.1341	0.1302	0.1522
chr3R	3839410	3839585	chr3R:3839411-3839585	FBgn0037539,FBgn0037540	CG10435,Pbp95	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1167	0.1461	0.103	0.0689	0.1335	0.1189	0.1632	0.0689	0.1806	0.1617	0.1806	0.1495	0.1156	0.1025	0.1156	0.124
chr3R	3851370	3851547	chr3R:3851371-3851547	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0267	0.0191	0.0242	0.0379	0.0042	0.0155	0.0316	0.0207	0.0042	0.0229	0.0244	0.0229	0.0294	0.0406	0.0174	0.0406	0.0662
chr3R	3852302	3852469	chr3R:3852303-3852469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0107	0.0179	0.0265	0.0032	0.0102	0.0138	0.0173	0.0032	0.0091	0.01	0.0091	0.0062	0.0123	0.0064	0.0123	0.012
chr3R	3852827	3852988	chr3R:3852828-3852988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0418	0.029	0.0307	0.0684	0.0148	0.0282	0.035	0.04	0.0148	0.0217	0.0299	0.0217	0.0364	0.0528	0.0329	0.0528	0.0724
chr3R	3853206	3853645	chr3R:3853207-3853645	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.078	0.0631	0.0631	0.1111	0.0488	0.0558	0.0809	0.0799	0.0488	0.0586	0.055	0.0586	0.0697	0.0904	0.0709	0.0904	0.1136
chr3R	3855921	3856109	chr3R:3855922-3856109	FBgn0001255,FBgn0037541,FBgn0037543	CG10903,CG2747,ImpE3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0876	0.0596	0.1254	0.0774	0.017	0.0806	0.0584	0.0853	0.017	0.16	0.155	0.16	0.1224	0.0827	0.1128	0.0827	0.0891
chr3R	3856188	3856371	chr3R:3856189-3856371	FBgn0001255,FBgn0037541,FBgn0037543	CG10903,CG2747,ImpE3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1187	0.0896	0.1546	0.112	0.0456	0.1199	0.0843	0.1173	0.0456	0.186	0.1881	0.186	0.1642	0.1478	0.1309	0.1478	0.1287
chr3R	3856447	3856616	chr3R:3856448-3856616	FBgn0001255,FBgn0037541,FBgn0037543	CG10903,CG2747,ImpE3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1483	0.1225	0.1819	0.1402	0.087	0.1495	0.1172	0.1546	0.087	0.2325	0.2032	0.2325	0.1983	0.16	0.1567	0.16	0.1626
chr3R	3858230	3858464	chr3R:3858231-3858464	FBgn0037544	CG11035	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0454	0.0622	0.0391	0.0318	0.0529	0.0554	0.05	0.0318	0.0779	0.0765	0.0779	0.0573	0.0406	0.0432	0.0406	0.0516
chr3R	3858653	3858833	chr3R:3858654-3858833	FBgn0010812,FBgn0037544	CG11035,unc-45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1219	0.0926	0.141	0.1337	0.0604	0.1131	0.0895	0.1226	0.0604	0.1787	0.1643	0.1787	0.1394	0.1577	0.1476	0.1577	0.1542
chr3R	3858959	3859223	chr3R:3858960-3859223	FBgn0010812,FBgn0037544	CG11035,unc-45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1362	0.0972	0.1588	0.1551	0.0551	0.1359	0.0908	0.1173	0.0551	0.2409	0.1633	0.2409	0.1696	0.2573	0.1638	0.2573	0.1631
chr3R	3890262	3890413	chr3R:3890263-3890413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0098	0.0101	0.0157	0.0029	0.0053	0.0058	0.0195	0.0113	0.0053	0.0417	0.01	0.0417	0.0062	0.0015	0.0032	0.0015	0.0016
chr3R	3891117	3891268	chr3R:3891118-3891268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0181	0.0166	0.0256	0.0116	0.0106	0.017	0.0303	0.0053	0.0106	0.0749	0.0116	0.0749	0.0217	0.013	0.0084	0.013	0.0167
chr3R	3897585	3897736	chr3R:3897586-3897736	distal	distal	none	none	VT38221.1	VT38221.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0181	0.0156	0.0188	0.0201	0.0085	0.0126	0.0281	0.0127	0.0085	0.0399	0.0154	0.0399	0.017	0.0276	0.0123	0.0276	0.0292
chr3R	3897952	3898163	chr3R:3897953-3898163	distal	distal	stage14	stage14	VT38221.1	VT38221.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0263	0.0253	0.0297	0.0237	0.0085	0.0218	0.0489	0.0173	0.0085	0.058	0.0277	0.058	0.0217	0.0345	0.0187	0.0345	0.0271
chr3R	3902738	3902889	chr3R:3902739-3902889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.0268	0.0099	0.004	0.0148	0.0121	0.0593	0.0133	0.0148	0.0145	0.0106	0.0145	0.007	0.0038	0.0026	0.0038	0.0063
chr3R	3915377	3915528	chr3R:3915378-3915528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0277	0.014	0.0086	0.0265	0.0155	0.0549	0.0173	0.0265	0.0151	0.0145	0.0151	0.0201	0.0077	0.0071	0.0077	0.0151
chr3R	3916114	3916315	chr3R:3916115-3916315	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.033	0.0396	0.0207	0.0191	0.0359	0.0433	0.034	0.0191	0.0501	0.0447	0.0501	0.0496	0.0314	0.0168	0.0314	0.0334
chr3R	3919732	3919922	chr3R:3919733-3919922	FBgn0037548	CG7900	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0497	0.0445	0.0608	0.0434	0.0286	0.0578	0.0523	0.04	0.0286	0.07	0.0675	0.07	0.0883	0.075	0.0393	0.075	0.0688
chr3R	3926577	3926892	chr3R:3926578-3926892	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0518	0.0311	0.0152	0.0403	0.0316	0.0856	0.0553	0.0403	0.0356	0.0373	0.0356	0.0333	0.0145	0.02	0.0145	0.0167
chr3R	3930639	3930834	chr3R:3930640-3930834	FBgn0243512	puc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0955	0.0889	0.1055	0.092	0.07	0.0951	0.1029	0.1093	0.07	0.1395	0.1241	0.1395	0.086	0.1034	0.107	0.1034	0.1079
chr3R	3930947	3931140	chr3R:3930948-3931140	FBgn0243512	puc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2249	0.2107	0.25	0.2132	0.1707	0.2442	0.2327	0.2452	0.1707	0.2886	0.2846	0.2886	0.2696	0.2366	0.225	0.2366	0.26
chr3R	3931561	3931747	chr3R:3931562-3931747	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2252	0.1925	0.274	0.208	0.1474	0.2417	0.2059	0.2132	0.1474	0.3527	0.3061	0.3527	0.268	0.2289	0.2289	0.2289	0.271
chr3R	3931866	3932052	chr3R:3931867-3932052	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1634	0.1117	0.2227	0.1561	0.0626	0.151	0.1086	0.1406	0.0626	0.2736	0.2569	0.2736	0.2293	0.1531	0.205	0.1531	0.1793
chr3R	3932265	3932505	chr3R:3932266-3932505	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0896	0.0608	0.1226	0.0856	0.035	0.0699	0.0644	0.0773	0.035	0.0942	0.1775	0.0942	0.1301	0.0406	0.1612	0.0406	0.0912
chr3R	3934630	3934844	chr3R:3934631-3934844	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0653	0.1063	0.0447	0.0422	0.0647	0.0961	0.1471	0.1246	0.0647	0.0399	0.0389	0.0399	0.0697	0.0245	0.0213	0.0245	0.0683
chr3R	3934925	3935076	chr3R:3934926-3935076	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0441	0.0735	0.0298	0.0267	0.0573	0.0519	0.1155	0.0766	0.0573	0.0199	0.0318	0.0199	0.0372	0.0199	0.0155	0.0199	0.0328
chr3R	3935802	3935953	chr3R:3935803-3935953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0326	0.0216	0.0386	0.0383	0.0074	0.0238	0.0307	0.0213	0.0074	0.0296	0.0264	0.0296	0.0333	0.0345	0.0142	0.0345	0.0334
chr3R	3936127	3936404	chr3R:3936128-3936404	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0555	0.0272	0.0586	0.0838	0.0064	0.0379	0.0329	0.0266	0.0064	0.0628	0.0286	0.0628	0.0503	0.1462	0.0316	0.1462	0.0511
chr3R	3938555	3938804	chr3R:3938556-3938804	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1079	0.1274	0.1136	0.0798	0.0647	0.134	0.1566	0.1612	0.0647	0.1075	0.1341	0.1075	0.1263	0.0674	0.0593	0.0674	0.0578
chr3R	3939117	3939388	chr3R:3939118-3939388	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1351	0.1473	0.1306	0.1263	0.087	0.1592	0.1972	0.1679	0.087	0.1769	0.109	0.1769	0.0891	0.1478	0.0619	0.1478	0.0782
chr3R	3939446	3939662	chr3R:3939447-3939662	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.1543	0.0933	0.0812	0.123	0.1563	0.2106	0.1572	0.123	0.1522	0.083	0.1522	0.0542	0.1049	0.0329	0.1049	0.0375
chr3R	3939835	3940076	chr3R:3939836-3940076	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1265	0.1422	0.1201	0.116	0.0923	0.1583	0.1652	0.1712	0.0923	0.1492	0.1212	0.1492	0.1294	0.1876	0.0819	0.1876	0.073
chr3R	3940251	3940402	chr3R:3940252-3940402	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.014	0.0193	0.0416	0.0032	0.0141	0.0173	0.0227	0.0032	0.0205	0.0212	0.0205	0.0217	0.0322	0.04	0.0322	0.0573
chr3R	3941049	3941200	chr3R:3941050-3941200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0323	0.0339	0.0357	0.0269	0.0223	0.0379	0.048	0.0293	0.0223	0.0229	0.0331	0.0229	0.0736	0.0161	0.0226	0.0161	0.0479
chr3R	3941964	3942143	chr3R:3941965-3942143	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0892	0.0326	0.0201	0.0647	0.0466	0.1648	0.0813	0.0647	0.026	0.0386	0.026	0.0364	0.0176	0.0161	0.0176	0.0245
chr3R	3942231	3942382	chr3R:3942232-3942382	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0656	0.0374	0.0174	0.0435	0.0461	0.1021	0.0773	0.0435	0.0308	0.046	0.0308	0.0426	0.01	0.0129	0.01	0.0261
chr3R	3943955	3944106	chr3R:3943956-3944106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0492	0.0747	0.0445	0.0258	0.0488	0.066	0.1003	0.0939	0.0488	0.0374	0.0489	0.0374	0.0395	0.0253	0.0297	0.0253	0.0292
chr3R	3944527	3944678	chr3R:3944528-3944678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0285	0.0411	0.0253	0.0148	0.033	0.0381	0.0293	0.0148	0.0272	0.0325	0.0272	0.1015	0.0168	0.0142	0.0168	0.0521
chr3R	3945537	3945846	chr3R:3945538-3945846	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.125	0.1033	0.1037	0.1725	0.053	0.1422	0.1142	0.1113	0.053	0.0924	0.073	0.0924	0.2308	0.2711	0.1096	0.2711	0.2397
chr3R	3948054	3948251	chr3R:3948055-3948251	FBgn0037549	CG7878	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1207	0.1038	0.1279	0.1316	0.07	0.1039	0.1406	0.1099	0.07	0.122	0.1463	0.122	0.1379	0.1271	0.1444	0.1271	0.1537
chr3R	3948344	3948530	chr3R:3948345-3948530	FBgn0037549	CG7878	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1081	0.1037	0.122	0.0979	0.0774	0.1058	0.1293	0.1166	0.0774	0.1238	0.1392	0.1238	0.1216	0.075	0.1141	0.075	0.1047
chr3R	3951736	3951909	chr3R:3951737-3951909	FBgn0037550,FBgn0037551	CG9667,Gie	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0565	0.073	0.0423	0.0265	0.0544	0.077	0.0713	0.0265	0.0864	0.0801	0.0864	0.0713	0.049	0.0438	0.049	0.0505
chr3R	3951988	3952175	chr3R:3951989-3952175	FBgn0037550,FBgn0037551	CG9667,Gie	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1113	0.1007	0.1319	0.1005	0.07	0.1092	0.1189	0.1259	0.07	0.157	0.1531	0.157	0.117	0.1049	0.0967	0.1049	0.1251
chr3R	3952250	3952422	chr3R:3952251-3952422	FBgn0037550,FBgn0037551	CG9667,Gie	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1122	0.1022	0.134	0.0996	0.071	0.1175	0.1172	0.1239	0.071	0.1558	0.1441	0.1558	0.1239	0.0949	0.0948	0.0949	0.1188
chr3R	3952471	3952667	chr3R:3952472-3952667	FBgn0037550,FBgn0037551	CG9667,Gie	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0804	0.0739	0.0904	0.0767	0.0382	0.0811	0.093	0.0859	0.0382	0.0954	0.0855	0.0954	0.093	0.0551	0.0574	0.0551	0.0813
chr3R	3952876	3953080	chr3R:3952877-3953080	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0578	0.0502	0.0702	0.0528	0.0191	0.0646	0.0606	0.06	0.0191	0.0598	0.0659	0.0598	0.093	0.0406	0.0406	0.0406	0.0844
chr3R	3953105	3953256	chr3R:3953106-3953256	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0388	0.033	0.0459	0.0375	0.0106	0.0388	0.042	0.04	0.0106	0.0519	0.0434	0.0519	0.0558	0.0314	0.029	0.0314	0.073
chr3R	3953352	3953516	chr3R:3953353-3953516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.041	0.0491	0.0384	0.0286	0.0369	0.0515	0.0533	0.0286	0.0592	0.0553	0.0592	0.0457	0.0467	0.0406	0.0467	0.0584
chr3R	3953598	3953772	chr3R:3953599-3953772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0605	0.0543	0.0734	0.0532	0.0318	0.0476	0.0714	0.072	0.0318	0.0815	0.0852	0.0815	0.0821	0.0643	0.0638	0.0643	0.0813
chr3R	3955069	3955220	chr3R:3955070-3955220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0248	0.0279	0.0125	0.0085	0.0218	0.0398	0.0273	0.0085	0.0163	0.0437	0.0163	0.0194	0.0054	0.0219	0.0054	0.0104
chr3R	3960340	3960510	chr3R:3960341-3960510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0161	0.0266	0.0187	0.0085	0.0112	0.0264	0.0193	0.0085	0.0079	0.054	0.0079	0.0108	0.0061	0.058	0.0061	0.0078
chr3R	3960918	3961069	chr3R:3960919-3961069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0214	0.0208	0.0343	0.0079	0.0106	0.016	0.0307	0.028	0.0106	0.0187	0.065	0.0187	0.017	0.0107	0.011	0.0107	0.0078
chr3R	3963975	3964158	chr3R:3963976-3964158	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0306	0.0269	0.0437	0.0205	0.0095	0.0316	0.0234	0.0466	0.0095	0.0193	0.0685	0.0193	0.0248	0.0061	0.0503	0.0061	0.0115
chr3R	3964692	3964843	chr3R:3964693-3964843	FBgn0051583	tRNA:N5:84F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0261	0.0322	0.0307	0.0142	0.0138	0.0311	0.0415	0.0406	0.0138	0.035	0.0283	0.035	0.0225	0.0168	0.011	0.0168	0.0229
chr3R	3965219	3965405	chr3R:3965220-3965405	FBgn0011963,FBgn0051583	tRNA:N5:84F,tRNA:R2:84Fe	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1877	0.2178	0.2095	0.1299	0.1898	0.2252	0.2496	0.2518	0.1898	0.2862	0.217	0.2862	0.2053	0.1723	0.1605	0.1723	0.1746
chr3R	3965644	3965828	chr3R:3965645-3965828	FBgn0011961,FBgn0011962,FBgn0011963,FBgn0051583	tRNA:N5:84F,tRNA:R2:84Fc,tRNA:R2:84Fd,tRNA:R2:84Fe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1426	0.1684	0.1674	0.0865	0.1485	0.1854	0.1795	0.2019	0.1485	0.2246	0.1839	0.2246	0.1689	0.1248	0.0851	0.1248	0.1313
chr3R	3966170	3966384	chr3R:3966171-3966384	FBgn0011959,FBgn0011960,FBgn0011961,FBgn0011962,FBgn0011963	tRNA:R2:84Fa,tRNA:R2:84Fb,tRNA:R2:84Fc,tRNA:R2:84Fd,tRNA:R2:84Fe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0749	0.0962	0.0824	0.043	0.088	0.0893	0.1159	0.1033	0.088	0.1123	0.0878	0.1123	0.0852	0.075	0.0316	0.075	0.0672
chr3R	3966403	3966849	chr3R:3966404-3966849	FBgn0011959,FBgn0011960,FBgn0011961,FBgn0011962	tRNA:R2:84Fa,tRNA:R2:84Fb,tRNA:R2:84Fc,tRNA:R2:84Fd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1137	0.1439	0.1122	0.0815	0.1379	0.1432	0.1657	0.1532	0.1379	0.1757	0.1125	0.1757	0.1131	0.1409	0.0845	0.1409	0.1152
chr3R	3970845	3970996	chr3R:3970846-3970996	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0259	0.036	0.0125	0.0117	0.0209	0.0268	0.0466	0.0117	0.0187	0.0624	0.0187	0.031	0.0038	0.0264	0.0038	0.0078
chr3R	3971523	3971828	chr3R:3971524-3971828	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT38259.1	VT38259.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0466	0.0334	0.0659	0.0401	0.0053	0.0403	0.0402	0.048	0.0053	0.032	0.1029	0.032	0.0728	0.0191	0.0961	0.0191	0.0344
chr3R	3972390	3972541	chr3R:3972391-3972541	distal	distal	none	none	VT38259.1	VT38259.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0219	0.0238	0.0287	0.0124	0.0085	0.0243	0.0268	0.036	0.0085	0.0127	0.0502	0.0127	0.0248	0.0031	0.0174	0.0031	0.0151
chr3R	3972694	3972847	chr3R:3972695-3972847	distal	distal	none	none	VT38259.1	VT38259.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0277	0.0257	0.0385	0.0182	0.0117	0.0228	0.0247	0.052	0.0117	0.0139	0.0695	0.0139	0.0302	0.0015	0.0438	0.0015	0.0162
chr3R	3975716	3975902	chr3R:3975717-3975902	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT38260.1	VT38260.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0399	0.0532	0.0426	0.0219	0.0265	0.0607	0.0558	0.0766	0.0265	0.0193	0.0576	0.0193	0.0209	0.0092	0.0271	0.0092	0.0167
chr3R	3976043	3976238	chr3R:3976044-3976238	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT38260.1	VT38260.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0381	0.0441	0.0499	0.0184	0.0117	0.0456	0.0337	0.0919	0.0117	0.0223	0.0707	0.0223	0.0333	0.0054	0.0174	0.0054	0.0167
chr3R	3976272	3976423	chr3R:3976273-3976423	distal	distal	none	none	VT38260.1	VT38260.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0285	0.0329	0.0386	0.0125	0.0106	0.0359	0.0251	0.064	0.0106	0.0181	0.0527	0.0181	0.0356	0.0015	0.0168	0.0015	0.0094
chr3R	3976889	3977116	chr3R:3976890-3977116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0417	0.0664	0.0385	0.0175	0.0361	0.0621	0.0484	0.1412	0.0361	0.0205	0.0633	0.0205	0.0271	0.0061	0.0284	0.0061	0.0177
chr3R	3977503	3977654	chr3R:3977504-3977654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.026	0.0278	0.0322	0.0171	0.0138	0.0277	0.0277	0.0453	0.0138	0.0139	0.0505	0.0139	0.038	0.0061	0.0219	0.0061	0.0167
chr3R	3978484	3978649	chr3R:3978485-3978649	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0305	0.0226	0.0268	0.0433	0.0074	0.0267	0.0164	0.048	0.0074	0.0091	0.0318	0.0091	0.0232	0.0069	0.0187	0.0069	0.0292
chr3R	3979633	3979800	chr3R:3979634-3979800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0115	0.0331	0.0228	0.0021	0.0112	0.0156	0.0147	0.0021	0.0157	0.0608	0.0157	0.0194	0.0069	0.0638	0.0069	0.0141
chr3R	3979926	3980272	chr3R:3979927-3980272	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0381	0.0293	0.0486	0.0365	0.0085	0.0345	0.0255	0.0486	0.0085	0.026	0.0785	0.026	0.0457	0.0077	0.1038	0.0077	0.0219
chr3R	3981769	3981920	chr3R:3981770-3981920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0181	0.0145	0.0207	0.0194	0.0042	0.0136	0.019	0.0227	0.0042	0.0091	0.027	0.0091	0.0302	0.0061	0.0239	0.0061	0.0172
chr3R	3982035	3982186	chr3R:3982036-3982186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0156	0.0231	0.026	0	0.0136	0.0212	0.0273	0	0.0085	0.0315	0.0085	0.0271	0.01	0.0161	0.01	0.0193
chr3R	3984099	3984250	chr3R:3984100-3984250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0136	0.0279	0.0189	0.0042	0.0107	0.0177	0.0227	0.0042	0.0097	0.0489	0.0097	0.0279	0.0023	0.0606	0.0023	0.0089
chr3R	3986048	3986206	chr3R:3986049-3986206	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0384	0.0233	0.0563	0.0356	0.0106	0.0228	0.0229	0.0406	0.0106	0.0151	0.1138	0.0151	0.031	0.0023	0.1238	0.0023	0.0172
chr3R	3986577	3986728	chr3R:3986578-3986728	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0209	0.0401	0.0224	0.0117	0.0223	0.026	0.0266	0.0117	0.0139	0.0756	0.0139	0.0263	0.0054	0.0658	0.0054	0.0151
chr3R	3987057	3987208	chr3R:3987058-3987208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0301	0.0278	0.0386	0.0233	0.0106	0.0214	0.0342	0.052	0.0106	0.0248	0.0605	0.0248	0.0356	0.0069	0.0632	0.0069	0.0167
chr3R	3987337	3987520	chr3R:3987338-3987520	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0381	0.0307	0.0523	0.0308	0.017	0.0257	0.0333	0.0493	0.017	0.035	0.0842	0.035	0.0519	0.0046	0.0787	0.0046	0.0292
chr3R	3989139	3989290	chr3R:3989140-3989290	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0336	0.027	0.0548	0.0177	0.0064	0.0248	0.0268	0.0593	0.0064	0.0169	0.1103	0.0169	0.0201	0.0038	0.0496	0.0038	0.0115
chr3R	3989381	3989737	chr3R:3989382-3989737	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.072	0.0589	0.1165	0.0376	0.0223	0.0573	0.0489	0.1266	0.0223	0.026	0.2431	0.026	0.0356	0.0115	0.1225	0.0115	0.0167
chr3R	3990986	3991179	chr3R:3990987-3991179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0291	0.0348	0.0379	0.0131	0.0212	0.0243	0.035	0.0766	0.0212	0.0169	0.0563	0.0169	0.0364	0.0054	0.0187	0.0054	0.0151
chr3R	3991332	3991599	chr3R:3991333-3991599	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0388	0.0361	0.0548	0.0241	0.0212	0.0267	0.0411	0.064	0.0212	0.0223	0.081	0.0223	0.0442	0.01	0.0309	0.01	0.0172
chr3R	3991701	3991852	chr3R:3991702-3991852	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0228	0.0229	0.0302	0.0145	0.0064	0.018	0.0212	0.05	0.0064	0.0169	0.0457	0.0169	0.0225	0.0069	0.02	0.0069	0.0146
chr3R	3996054	3996205	chr3R:3996055-3996205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0201	0.0272	0.0224	0.0053	0.0214	0.029	0.0227	0.0053	0.0072	0.0482	0.0072	0.0263	0.0023	0.058	0.0023	0.0193
chr3R	3996607	3996790	chr3R:3996608-3996790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0257	0.0233	0.0376	0.0153	0.0074	0.0184	0.0242	0.05	0.0074	0.0115	0.0617	0.0115	0.0263	0.0038	0.0232	0.0038	0.0099
chr3R	3996820	3996972	chr3R:3996821-3996972	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0269	0.0231	0.0425	0.0141	0.0117	0.0165	0.0199	0.0486	0.0117	0.0121	0.0797	0.0121	0.0225	0.0031	0.0226	0.0031	0.0099
chr3R	3997147	3997375	chr3R:3997148-3997375	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0519	0.0542	0.0718	0.0276	0.0286	0.0374	0.0636	0.1026	0.0286	0.0199	0.1453	0.0199	0.0333	0.0123	0.0664	0.0123	0.0146
chr3R	3997557	3997899	chr3R:3997558-3997899	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0427	0.0455	0.0549	0.026	0.0223	0.0413	0.0541	0.0693	0.0223	0.0236	0.0881	0.0236	0.062	0.0107	0.0406	0.0107	0.0344
chr3R	4000395	4000569	chr3R:4000396-4000569	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0262	0.0366	0.0279	0.0127	0.0233	0.0267	0.0463	0.0526	0.0233	0.0175	0.0408	0.0175	0.0279	0.0069	0.0155	0.0069	0.0208
chr3R	4005907	4006058	chr3R:4005908-4006058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.042	0.0503	0.0528	0.0209	0.0201	0.049	0.0424	0.1006	0.0201	0.0163	0.0736	0.0163	0.0984	0.0084	0.0135	0.0084	0.0448
chr3R	4006133	4006503	chr3R:4006134-4006503	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0705	0.0683	0.0968	0.0441	0.0255	0.0845	0.0683	0.1026	0.0255	0.035	0.109	0.035	0.2363	0.0191	0.0368	0.0191	0.0912
chr3R	4006595	4006847	chr3R:4006596-4006847	FBgn0001138	grn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0515	0.0501	0.0651	0.038	0.0233	0.0583	0.0554	0.068	0.0233	0.0405	0.0727	0.0405	0.1263	0.0207	0.0348	0.0207	0.0667
chr3R	4007242	4007430	chr3R:4007243-4007430	FBgn0001138	grn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3197	0.3063	0.3779	0.2707	0.2428	0.3563	0.3287	0.3691	0.2428	0.4251	0.426	0.4251	0.3509	0.2902	0.3191	0.2902	0.2835
chr3R	4008802	4008953	chr3R:4008803-4008953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.036	0.0469	0.0445	0.0145	0.0159	0.0684	0.0454	0.06	0.0159	0.0272	0.0553	0.0272	0.0775	0.0123	0.0232	0.0123	0.0146
chr3R	4013352	4013775	chr3R:4013353-4013775	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0812	0.1113	0.0985	0.0285	0.0562	0.1311	0.0887	0.1885	0.0562	0.0839	0.0994	0.0839	0.0782	0.036	0.0206	0.036	0.0245
chr3R	4014817	4015058	chr3R:4014818-4015058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0351	0.0549	0.0181	0.0138	0.0393	0.0402	0.0513	0.0138	0.0368	0.091	0.0368	0.0364	0.01	0.0374	0.01	0.012
chr3R	4016657	4016844	chr3R:4016658-4016844	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1669	0.1664	0.2048	0.1257	0.1113	0.1777	0.189	0.2165	0.1113	0.2512	0.2206	0.2512	0.1782	0.1187	0.1096	0.1187	0.1245
chr3R	4018079	4018273	chr3R:4018080-4018273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0319	0.0196	0.0401	0.0366	0.0032	0.0296	0.0186	0.0213	0.0032	0.0139	0.0299	0.0139	0.0194	0.0046	0.011	0.0046	0.0135
chr3R	4018928	4019181	chr3R:4018929-4019181	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0395	0.0661	0.0343	0.0157	0.0403	0.0563	0.0869	0.0893	0.0403	0.0187	0.0293	0.0187	0.0232	0.0031	0.0064	0.0031	0.0052
chr3R	4020696	4020847	chr3R:4020697-4020847	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0091	0.011	0.0249	0.0032	0.0087	0.013	0.0113	0.0032	0.0048	0.0103	0.0048	0.0039	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chr3R	4022794	4023018	chr3R:4022795-4023018	FBgn0262994	CR43302	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0276	0.027	0.0414	0.0132	0.0117	0.0238	0.0402	0.034	0.0117	0.0181	0.0643	0.0181	0.0442	0.0046	0.0161	0.0046	0.0224
chr3R	4023132	4023338	chr3R:4023133-4023338	FBgn0262994	CR43302	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0385	0.0459	0.0138	0.0148	0.034	0.0606	0.0433	0.0148	0.0163	0.0781	0.0163	0.0341	0.0084	0.0232	0.0084	0.0125
chr3R	4023347	4023572	chr3R:4023348-4023572	FBgn0262994	CR43302	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0492	0.042	0.0164	0.0233	0.0422	0.0761	0.0566	0.0233	0.0217	0.0691	0.0217	0.0302	0.0123	0.0277	0.0123	0.0125
chr3R	4023833	4024078	chr3R:4023834-4024078	FBgn0262994	CR43302	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0505	0.0515	0.0687	0.0295	0.0148	0.0481	0.0714	0.0673	0.0148	0.0332	0.1254	0.0332	0.0465	0.0138	0.0903	0.0138	0.0146
chr3R	4024231	4024382	chr3R:4024232-4024382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0233	0.0353	0.021	0.0085	0.0199	0.0355	0.0286	0.0085	0.0187	0.0617	0.0187	0.0248	0.0092	0.0613	0.0092	0.0115
chr3R	4024689	4025024	chr3R:4024690-4025024	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0448	0.0678	0.0461	0.0177	0.0467	0.0417	0.1003	0.0973	0.0467	0.0236	0.0823	0.0236	0.0256	0.0092	0.0477	0.0092	0.0089
chr3R	4025067	4025218	chr3R:4025068-4025218	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0215	0.0288	0.0278	0.0064	0.0148	0.0257	0.0407	0.0366	0.0148	0.0103	0.0527	0.0103	0.0178	0.0023	0.0161	0.0023	0.0042
chr3R	4027524	4027675	chr3R:4027525-4027675	FBgn0262995	CR43303	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0163	0.0222	0.0143	0.012	0.0138	0.0141	0.0337	0.0306	0.0138	0.0121	0.019	0.0121	0.0101	0.0046	0.011	0.0046	0.0068
chr3R	4028041	4028192	chr3R:4028042-4028192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0191	0.0209	0.0102	0.0085	0.0238	0.0225	0.026	0.0085	0.0072	0.0251	0.0072	0.0132	0.0054	0.0084	0.0054	0.0073
chr3R	4028472	4028693	chr3R:4028473-4028693	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.027	0.047	0.0191	0.0159	0.0238	0.0329	0.0406	0.0159	0.035	0.0714	0.035	0.0457	0.0222	0.038	0.0222	0.0162
chr3R	4028945	4029098	chr3R:4028946-4029098	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0267	0.0526	0.0188	0.0065	0.0339	0.0257	0.0619	0.1086	0.0339	0.0133	0.0283	0.0133	0.0147	0.0077	0.0084	0.0077	0.0078
chr3R	4029248	4029420	chr3R:4029249-4029420	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0285	0.0581	0.0188	0.0061	0.035	0.0291	0.0701	0.1113	0.035	0.0133	0.0283	0.0133	0.0108	0.0038	0.0123	0.0038	0.0042
chr3R	4030967	4031187	chr3R:4030968-4031187	FBgn0261290	CheA84a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0787	0.162	0.0539	0.0128	0.175	0.0704	0.2158	0.2452	0.175	0.0236	0.0974	0.0236	0.0225	0.0092	0.0187	0.0092	0.0167
chr3R	4031258	4031531	chr3R:4031259-4031531	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0963	0.2	0.0669	0.0125	0.2131	0.0859	0.2574	0.3358	0.2131	0.0205	0.1338	0.0205	0.0271	0.01	0.0206	0.01	0.013
chr3R	4031866	4032017	chr3R:4031867-4032017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0241	0.0437	0.017	0.0099	0.0212	0.0456	0.0506	0.06	0.0212	0.0079	0.0241	0.0079	0.0155	0.0054	0.009	0.0054	0.0094
chr3R	4032139	4032290	chr3R:4032140-4032290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0239	0.0169	0.0163	0.0148	0.0233	0.0277	0.0326	0.0148	0.0115	0.0167	0.0115	0.0217	0.0038	0.0039	0.0038	0.012
chr3R	4032536	4032717	chr3R:4032537-4032717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0238	0.0344	0.0281	0.0138	0.0223	0.0247	0.04	0.0138	0.0205	0.0379	0.0205	0.0782	0.0084	0.0258	0.0084	0.0631
chr3R	4032953	4033110	chr3R:4032954-4033110	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0199	0.0381	0.0308	0.0042	0.0257	0.0225	0.0286	0.0042	0.0205	0.0395	0.0205	0.0945	0.0077	0.0258	0.0077	0.0761
chr3R	4034211	4034388	chr3R:4034212-4034388	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.033	0.0182	0.0497	0.0312	0.0053	0.0267	0.0169	0.0247	0.0053	0.0223	0.0582	0.0223	0.1038	0.0038	0.0284	0.0038	0.074
chr3R	4034672	4034857	chr3R:4034673-4034857	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0387	0.0267	0.0673	0.0209	0.0053	0.034	0.0251	0.0406	0.0053	0.0459	0.1113	0.0459	0.055	0.0115	0.0348	0.0115	0.0266
chr3R	4035633	4035852	chr3R:4035634-4035852	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0484	0.0543	0.0683	0.0201	0.0106	0.0641	0.0342	0.1186	0.0106	0.0193	0.0871	0.0193	0.0333	0.0061	0.0103	0.0061	0.0104
chr3R	4035972	4036128	chr3R:4035973-4036128	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0378	0.0505	0.0116	0.0053	0.0398	0.0294	0.0833	0.0053	0.0157	0.0801	0.0157	0.0279	0.0069	0.0097	0.0069	0.0109
chr3R	4036890	4037061	chr3R:4036891-4037061	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0219	0.0735	0.0231	0.0053	0.0272	0.0216	0.0346	0.0053	0.0205	0.1412	0.0205	0.0542	0.0061	0.0638	0.0061	0.0193
chr3R	4038245	4038472	chr3R:4038246-4038472	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.042	0.0343	0.0607	0.0301	0.0042	0.0592	0.0346	0.036	0.0042	0.0236	0.0559	0.0236	0.1828	0.0115	0.0271	0.0115	0.0641
chr3R	4038558	4038817	chr3R:4038559-4038817	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.053	0.0417	0.0805	0.0354	0.0117	0.0568	0.0458	0.052	0.0117	0.029	0.0932	0.029	0.1828	0.0092	0.038	0.0092	0.0719
chr3R	4041201	4041352	chr3R:4041202-4041352	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0253	0.0189	0.0411	0.015	0.0064	0.0223	0.0229	0.0266	0.0064	0.0229	0.0518	0.0229	0.0643	0.0054	0.0284	0.0054	0.0167
chr3R	4041453	4041621	chr3R:4041454-4041621	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0279	0.0197	0.0497	0.0131	0.0053	0.0257	0.0225	0.0293	0.0053	0.0199	0.0617	0.0199	0.0999	0.0061	0.0264	0.0061	0.0172
chr3R	4043590	4043759	chr3R:4043591-4043759	FBgn0037552	CG7800	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0919	0.1032	0.11	0.0595	0.0848	0.0913	0.128	0.1326	0.0848	0.1335	0.1325	0.1335	0.1224	0.0743	0.0703	0.0743	0.0928
chr3R	4044099	4044250	chr3R:4044100-4044250	FBgn0037552	CG7800	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0249	0.0278	0.0307	0.0152	0.0201	0.0257	0.035	0.0333	0.0201	0.0308	0.0405	0.0308	0.031	0.0123	0.0187	0.0123	0.0255
chr3R	4045678	4045829	chr3R:4045679-4045829	FBgn0037553	CG18249	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0198	0.0162	0.016	0.028	0.0095	0.0175	0.0225	0.0173	0.0095	0.0151	0.0203	0.0151	0.017	0.0046	0.0103	0.0046	0.0792
chr3R	4051412	4051675	chr3R:4051413-4051675	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0188	0.0345	0.045	0.0064	0.0214	0.0285	0.014	0.0064	0.0169	0.0206	0.0169	0.0116	0.0061	0.009	0.0061	0.0047
chr3R	4052003	4052181	chr3R:4052004-4052181	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0285	0.0234	0.0362	0.0256	0.0117	0.0209	0.0337	0.0293	0.0117	0.0151	0.0514	0.0151	0.0209	0.0061	0.0142	0.0061	0.0089
chr3R	4052277	4052428	chr3R:4052278-4052428	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0221	0.0169	0.0338	0.0152	0.0064	0.0184	0.0225	0.0193	0.0064	0.0169	0.0566	0.0169	0.0178	0.0046	0.0142	0.0046	0.0078
chr3R	4052807	4052959	chr3R:4052808-4052959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.013	0.0203	0.0142	0.0053	0.0126	0.0208	0.016	0.0053	0.0157	0.0293	0.0157	0.007	0.0038	0.0058	0.0038	0.0068
chr3R	4053200	4053351	chr3R:4053201-4053351	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0177	0.0187	0.0227	0.0111	0.0074	0.0146	0.0329	0.0233	0.0074	0.0169	0.0354	0.0169	0.0139	0.0023	0.0116	0.0023	0.0156
chr3R	4058743	4058894	chr3R:4058744-4058894	FBgn0037554	DNApol-iota	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.048	0.0445	0.0298	0.0201	0.0485	0.0718	0.05	0.0201	0.0477	0.0473	0.0477	0.0434	0.0276	0.029	0.0276	0.038
chr3R	4059104	4059274	chr3R:4059105-4059274	FBgn0037554	DNApol-iota	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.197	0.1924	0.2232	0.1732	0.1463	0.2097	0.2362	0.2099	0.1463	0.276	0.2421	0.276	0.2091	0.1753	0.2018	0.1753	0.1897
chr3R	4059454	4059782	chr3R:4059455-4059782	FBgn0037554	DNApol-iota	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1255	0.1256	0.144	0.1051	0.0901	0.116	0.1626	0.1459	0.0901	0.1727	0.1605	0.1727	0.1433	0.108	0.1296	0.108	0.1308
chr3R	4065367	4065556	chr3R:4065368-4065556	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1064	0.0927	0.1127	0.1149	0.0848	0.0951	0.1112	0.0999	0.0848	0.1528	0.1119	0.1528	0.1232	0.1378	0.098	0.1378	0.1464
chr3R	4065901	4066319	chr3R:4065902-4066319	FBgn0037555	Ada2b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2529	0.2387	0.2825	0.2363	0.1962	0.2714	0.2517	0.2851	0.1962	0.3502	0.2981	0.3502	0.2703	0.2542	0.2353	0.2542	0.2845
chr3R	4069443	4069626	chr3R:4069444-4069626	FBgn0037556,FBgn0042182,FBgn0064126	CG18749,CG33722,CG9636	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1223	0.1169	0.1448	0.1037	0.0817	0.1238	0.1436	0.1339	0.0817	0.1655	0.1695	0.1655	0.1371	0.1087	0.1122	0.1087	0.123
chr3R	4069691	4069877	chr3R:4069692-4069877	FBgn0037556,FBgn0042182,FBgn0064126	CG18749,CG33722,CG9636	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1163	0.1004	0.1402	0.1078	0.0721	0.1155	0.1073	0.1173	0.0721	0.1492	0.1682	0.1492	0.1387	0.1103	0.1173	0.1103	0.1292
chr3R	4076096	4076312	chr3R:4076097-4076312	FBgn0260386	mtg	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.027	0.0269	0.0272	0.027	0.0106	0.0243	0.042	0.0293	0.0106	0.0127	0.0331	0.0127	0.0465	0.0077	0.0703	0.0077	0.0281
chr3R	4076533	4076757	chr3R:4076534-4076757	FBgn0260386	mtg	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0345	0.0319	0.0442	0.0269	0.0127	0.0447	0.0381	0.032	0.0127	0.0266	0.0479	0.0266	0.096	0.0054	0.0509	0.0054	0.0412
chr3R	4077318	4077552	chr3R:4077319-4077552	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0583	0.0705	0.074	0.0276	0.0509	0.0573	0.1155	0.0646	0.0509	0.0501	0.1106	0.0501	0.0581	0.0092	0.0703	0.0092	0.0193
chr3R	4079036	4079187	chr3R:4079037-4079187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0155	0.016	0.018	0.0121	0.0042	0.0175	0.019	0.0227	0.0042	0.0133	0.0283	0.0133	0.0101	0.0038	0.0309	0.0038	0.0099
chr3R	4083974	4084163	chr3R:4083975-4084163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0153	0.0211	0.0125	0.0106	0.0107	0.0255	0.0133	0.0106	0.0091	0.0379	0.0091	0.0139	0.0077	0.0368	0.0077	0.0089
chr3R	4089803	4090026	chr3R:4089804-4090026	FBgn0010173	RpA-70	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0771	0.0833	0.0975	0.048	0.0435	0.1049	0.0852	0.1073	0.0435	0.1171	0.1	0.1171	0.0968	0.0482	0.0503	0.0482	0.0568
chr3R	4090123	4090298	chr3R:4090124-4090298	FBgn0010173,FBgn0014861	Mcm2,RpA-70	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1413	0.1322	0.1749	0.1146	0.087	0.1757	0.112	0.1825	0.087	0.215	0.1881	0.215	0.1774	0.1179	0.1251	0.1179	0.1459
chr3R	4090587	4090780	chr3R:4090588-4090780	FBgn0010173,FBgn0014861	Mcm2,RpA-70	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1506	0.1444	0.1796	0.1257	0.1029	0.1845	0.1185	0.2099	0.1029	0.2029	0.2013	0.2029	0.1774	0.1447	0.1244	0.1447	0.1605
chr3R	4095557	4095742	chr3R:4095558-4095742	FBgn0037561	CG9630	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1526	0.137	0.1879	0.1312	0.0827	0.1612	0.1393	0.1805	0.0827	0.2319	0.2109	0.2319	0.1813	0.1531	0.1302	0.1531	0.1657
chr3R	4096775	4096926	chr3R:4096776-4096926	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0235	0.0231	0.0365	0.0096	0.0074	0.0243	0.0268	0.036	0.0074	0.0236	0.0627	0.0236	0.0163	0.0061	0.0123	0.0061	0.0078
chr3R	4097690	4097841	chr3R:4097691-4097841	distal	distal	none	none	VT38329.1	VT38329.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0214	0.0299	0.0268	0.0061	0.0159	0.0272	0.0355	0.0493	0.0159	0.0091	0.0524	0.0091	0.0116	0.0054	0.0077	0.0054	0.0078
chr3R	4100849	4101008	chr3R:4100850-4101008	distal	distal	stage5	stage5	VT38331.1	VT38331.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0327	0.0639	0.0259	0.0054	0.0138	0.0699	0.0389	0.1426	0.0138	0.0115	0.0434	0.0115	0.0116	0.0069	0.0019	0.0069	0.0047
chr3R	4102490	4102666	chr3R:4102491-4102666	distal	distal	stage5	stage5	ato_5F2.6	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0414	0.0862	0.0283	0.0057	0.0583	0.0413	0.1401	0.1153	0.0583	0.0163	0.0418	0.0163	0.0116	0.0038	0.0045	0.0038	0.0036
chr3R	4103073	4103399	chr3R:4103074-4103399	FBgn0010433	ato	stage5	none	ato_5F2.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.07	0.1503	0.0412	0.012	0.1421	0.0718	0.2504	0.1719	0.1421	0.0169	0.0624	0.0169	0.0209	0.0038	0.0174	0.0038	0.0078
chr3R	4103567	4103771	chr3R:4103568-4103771	FBgn0010433	ato	stage11,stage14,stage5	none	ato_5F2.6	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1454	0.2397	0.1434	0.0423	0.2015	0.1733	0.3343	0.2985	0.2015	0.0338	0.2514	0.0338	0.0713	0.0092	0.0819	0.0092	0.0109
chr3R	4107898	4108052	chr3R:4107899-4108052	distal	distal	none	none	VT38334.1	VT38334.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0221	0.0508	0.0115	0.0017	0.0477	0.0228	0.0878	0.0593	0.0477	0.006	0.0174	0.006	0.0085	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr3R	4110042	4110249	chr3R:4110043-4110249	distal	distal	stage5	stage5	VT38335.1,ato_1.5EB	VT38335.1,ato_1.5EB	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0432	0.0803	0.04	0.0054	0.0255	0.1039	0.0502	0.1566	0.0255	0.0441	0.0595	0.0441	0.0093	0.0038	0.0077	0.0038	0.0052
chr3R	4110887	4111132	chr3R:4110888-4111132	distal	distal	stage11	stage11	ato_1.5EB	ato_1.5EB	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0349	0.0456	0.0492	0.0072	0.0127	0.0869	0.0411	0.042	0.0127	0.0767	0.0669	0.0767	0.0139	0.0077	0.0097	0.0077	0.0057
chr3R	4111246	4111437	chr3R:4111247-4111437	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0254	0.0351	0.0339	0.0052	0.0085	0.0621	0.0272	0.038	0.0085	0.0694	0.0367	0.0694	0.0139	0.0054	0.0064	0.0054	0.0026
chr3R	4111734	4112010	chr3R:4111735-4112010	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0566	0.0957	0.0584	0.011	0.0233	0.1903	0.0562	0.1073	0.0233	0.1274	0.0521	0.1274	0.0147	0.0038	0.009	0.0038	0.0078
chr3R	4113894	4114045	chr3R:4113895-4114045	FBgn0037562	CG11671	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0315	0.0315	0.0128	0.0117	0.0403	0.0359	0.0353	0.0117	0.0356	0.0415	0.0356	0.0271	0.0184	0.0148	0.0184	0.0162
chr3R	4114558	4114909	chr3R:4114559-4114909	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0851	0.1545	0.066	0.0285	0.1124	0.1927	0.1717	0.1566	0.1124	0.1196	0.0743	0.1196	0.0341	0.0398	0.0413	0.0398	0.0328
chr3R	4126027	4126178	chr3R:4126028-4126178	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0215	0.0141	0.0154	0.0365	0.0085	0.0228	0.0169	0.008	0.0085	0.0223	0.0132	0.0223	0.024	0.1271	0.0116	0.1271	0.0281
chr3R	4126643	4126797	chr3R:4126644-4126797	FBgn0037565,FBgn0037566	CG9626,mRpL1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.051	0.051	0.0437	0.0592	0.0255	0.0539	0.0774	0.046	0.0255	0.0664	0.0412	0.0664	0.0434	0.1738	0.029	0.1738	0.0495
chr3R	4127025	4127215	chr3R:4127026-4127215	FBgn0037565,FBgn0037566	CG9626,mRpL1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1572	0.1448	0.1835	0.142	0.0838	0.1558	0.1782	0.1706	0.0838	0.2397	0.199	0.2397	0.182	0.1937	0.1341	0.1937	0.173
chr3R	4129675	4129840	chr3R:4129676-4129840	FBgn0037567	Gfr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0872	0.0917	0.0978	0.0706	0.071	0.101	0.0986	0.1153	0.071	0.131	0.1029	0.131	0.1038	0.0926	0.058	0.0926	0.0818
chr3R	4130989	4131166	chr3R:4130990-4131166	FBgn0260939	Sgt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1718	0.1567	0.202	0.1554	0.1113	0.1723	0.1817	0.1832	0.1113	0.2512	0.2254	0.2512	0.1836	0.1616	0.1509	0.1616	0.1897
chr3R	4131424	4131575	chr3R:4131425-4131575	FBgn0260939	Sgt1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0454	0.0567	0.0461	0.0233	0.0461	0.0588	0.054	0.0233	0.0586	0.0691	0.0586	0.0457	0.0505	0.049	0.0505	0.05
chr3R	4131966	4132195	chr3R:4131967-4132195	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1907	0.1934	0.2145	0.1617	0.1389	0.217	0.2349	0.2085	0.1389	0.2808	0.228	0.2808	0.1921	0.16	0.1676	0.16	0.1866
chr3R	4132353	4132538	chr3R:4132354-4132538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0788	0.0685	0.089	0.079	0.052	0.0689	0.0917	0.0693	0.052	0.0918	0.0907	0.0918	0.1232	0.0582	0.0883	0.0582	0.1115
chr3R	4132904	4133055	chr3R:4132905-4133055	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0745	0.034	0.0192	0.0604	0.034	0.151	0.0566	0.0604	0.0393	0.0357	0.0393	0.0403	0.0092	0.0232	0.0092	0.0297
chr3R	4133246	4133530	chr3R:4133247-4133530	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.1343	0.0421	0.0217	0.1495	0.0578	0.2582	0.0979	0.1495	0.0471	0.0466	0.0471	0.0426	0.0214	0.0219	0.0214	0.0302
chr3R	4134270	4134490	chr3R:4134271-4134490	FBgn0037569,FBgn0263550	mir-4918,tex	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1331	0.1462	0.1486	0.1014	0.0923	0.1427	0.1907	0.1712	0.0923	0.1787	0.1701	0.1787	0.1572	0.1187	0.1083	0.1187	0.1292
chr3R	4134606	4134757	chr3R:4134607-4134757	FBgn0037569,FBgn0263550	mir-4918,tex	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0581	0.0542	0.0786	0.0401	0.0361	0.0558	0.0722	0.0586	0.0361	0.0906	0.0862	0.0906	0.1123	0.0383	0.0445	0.0383	0.0552
chr3R	4138559	4138710	chr3R:4138560-4138710	FBgn0037573	eIF4AIII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.046	0.0538	0.0302	0.0286	0.0485	0.0614	0.0486	0.0286	0.0676	0.0598	0.0676	0.0473	0.0322	0.0251	0.0322	0.0406
chr3R	4138797	4138998	chr3R:4138798-4138998	FBgn0037573	eIF4AIII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1321	0.1652	0.1124	0.0933	0.1524	0.1466	0.1646	0.0933	0.2035	0.1849	0.2035	0.158	0.1256	0.107	0.1256	0.1459
chr3R	4139083	4139258	chr3R:4139084-4139258	FBgn0037573	eIF4AIII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0886	0.0962	0.0682	0.0594	0.0927	0.1185	0.0966	0.0594	0.1105	0.11	0.1105	0.0945	0.0835	0.0677	0.0835	0.0771
chr3R	4139964	4140237	chr3R:4139965-4140237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0584	0.0548	0.0262	0.0467	0.0597	0.0753	0.0593	0.0467	0.0628	0.0614	0.0628	0.0658	0.0337	0.0187	0.0337	0.0334
chr3R	4140251	4140402	chr3R:4140252-4140402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0445	0.0396	0.018	0.035	0.0417	0.0536	0.0553	0.035	0.0441	0.046	0.0441	0.0403	0.0176	0.0168	0.0176	0.0255
chr3R	4141973	4142124	chr3R:4141974-4142124	FBgn0037574	Coq2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0573	0.0761	0.0503	0.0191	0.0728	0.0649	0.0726	0.0191	0.1021	0.0797	0.1021	0.0736	0.0605	0.0458	0.0605	0.0662
chr3R	4142177	4142346	chr3R:4142178-4142346	FBgn0037574	Coq2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.092	0.0847	0.109	0.0813	0.0297	0.1044	0.1042	0.0993	0.0297	0.1383	0.1132	0.1383	0.1193	0.0812	0.0799	0.0812	0.1027
chr3R	4142439	4142590	chr3R:4142440-4142590	FBgn0037574	Coq2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0239	0.0239	0.0241	0.0235	0.0138	0.0282	0.0329	0.0213	0.0138	0.029	0.0238	0.029	0.0279	0.0153	0.0219	0.0153	0.0261
chr3R	4143236	4143496	chr3R:4143237-4143496	FBgn0062412	Ctr1B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.041	0.035	0.0549	0.0323	0.0053	0.0485	0.0467	0.034	0.0053	0.0531	0.045	0.0531	0.1301	0.0199	0.0213	0.0199	0.0719
chr3R	4150852	4151182	chr3R:4150853-4151182	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0357	0.0248	0.0511	0.0311	0.0011	0.035	0.0311	0.0253	0.0011	0.1081	0.0363	0.1081	0.0643	0.0735	0.0116	0.0735	0.0464
chr3R	4151432	4151604	chr3R:4151433-4151604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0232	0.0186	0.0297	0.0212	0.0021	0.0282	0.0212	0.0187	0.0021	0.0586	0.0225	0.0586	0.0395	0.0314	0.0103	0.0314	0.0443
chr3R	4152228	4152470	chr3R:4152229-4152470	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.039	0.0371	0.0626	0.0152	0.0095	0.067	0.0324	0.0446	0.0095	0.0531	0.063	0.0531	0.1371	0.0222	0.0161	0.0222	0.0193
chr3R	4152511	4152996	chr3R:4152512-4152996	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0743	0.0707	0.0207	0.0233	0.1194	0.064	0.0873	0.0233	0.1014	0.0765	0.1014	0.0891	0.0268	0.0226	0.0268	0.0297
chr3R	4156191	4156394	chr3R:4156192-4156394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0408	0.0408	0.0602	0.0198	0.0127	0.0723	0.0368	0.0413	0.0127	0.1745	0.0399	0.1745	0.024	0.0513	0.011	0.0513	0.0224
chr3R	4156594	4156745	chr3R:4156595-4156745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.033	0.0259	0.0546	0.0171	0.0074	0.035	0.0294	0.036	0.0074	0.1389	0.0424	0.1389	0.031	0.0398	0.0084	0.0398	0.0219
chr3R	4159558	4159832	chr3R:4159559-4159832	FBgn0003129	Poxm	stage11,stage14,stage5	none	Poxm_upstreamCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1736	0.1287	0.2306	0.1611	0.0498	0.1883	0.1029	0.1772	0.0498	0.3913	0.2666	0.3913	0.1394	0.2979	0.2018	0.2979	0.2027
chr3R	4160148	4160358	chr3R:4160149-4160358	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1217	0.1057	0.1484	0.1104	0.0488	0.1427	0.0753	0.1726	0.0488	0.224	0.1736	0.224	0.117	0.183	0.1277	0.183	0.148
chr3R	4160483	4160634	chr3R:4160484-4160634	distal	distal	stage5	stage5	Poxm1.8	Poxm1.8	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0468	0.0497	0.0617	0.0272	0.0159	0.0568	0.0506	0.0773	0.0159	0.0966	0.0791	0.0966	0.0333	0.0436	0.0322	0.0436	0.0292
chr3R	4160761	4160946	chr3R:4160762-4160946	distal	distal	stage5	stage5	Poxm1.8	Poxm1.8	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0778	0.1331	0.0671	0.0279	0.1326	0.1058	0.1436	0.1992	0.1326	0.0719	0.1064	0.0719	0.0232	0.0429	0.0451	0.0429	0.0208
chr3R	4161760	4161911	chr3R:4161761-4161911	distal	distal	stage11	stage11	Poxm1.8	Poxm1.8	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0282	0.032	0.0409	0.0099	0.0053	0.0592	0.026	0.0346	0.0053	0.1171	0.026	0.1171	0.0186	0.0138	0.0084	0.0138	0.0089
chr3R	4162255	4162470	chr3R:4162256-4162470	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Poxm1.8	Poxm1.8	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0462	0.0581	0.065	0.0123	0.0308	0.1005	0.0519	0.0526	0.0308	0.1812	0.046	0.1812	0.0287	0.0184	0.0103	0.0184	0.0073
chr3R	4166390	4166852	chr3R:4166391-4166852	FBgn0004908,FBgn0040529	Arf84F,CG9603	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1623	0.1577	0.1956	0.131	0.0986	0.1854	0.1773	0.1839	0.0986	0.2289	0.2039	0.2289	0.2254	0.144	0.1341	0.144	0.1652
chr3R	4166936	4167188	chr3R:4166937-4167188	FBgn0004908,FBgn0040529	Arf84F,CG9603	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0829	0.0824	0.1005	0.0641	0.052	0.0859	0.1012	0.1019	0.052	0.1105	0.1135	0.1105	0.1077	0.0681	0.0716	0.0681	0.0792
chr3R	4169146	4169342	chr3R:4169147-4169342	FBgn0037578,FBgn0037579	CG18193,CG9601	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.0844	0.1048	0.0698	0.053	0.0951	0.0978	0.0993	0.053	0.1165	0.1183	0.1165	0.1061	0.0773	0.0619	0.0773	0.0829
chr3R	4169491	4169678	chr3R:4169492-4169678	FBgn0037578,FBgn0037579,FBgn0037580	CG18193,CG9601,DppIII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0648	0.0689	0.0759	0.0482	0.0392	0.0806	0.0757	0.0859	0.0392	0.0815	0.0859	0.0815	0.0713	0.0551	0.04	0.0551	0.0563
chr3R	4169758	4169952	chr3R:4169759-4169952	FBgn0037579,FBgn0037580	CG18193,DppIII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.0895	0.1024	0.0657	0.0657	0.1058	0.0956	0.1053	0.0657	0.1268	0.1096	0.1268	0.1022	0.0743	0.0638	0.0743	0.0766
chr3R	4170023	4170199	chr3R:4170024-4170199	FBgn0037580	DppIII	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1327	0.1546	0.1102	0.0891	0.1519	0.144	0.1632	0.0891	0.1975	0.165	0.1975	0.1572	0.1194	0.1167	0.1194	0.1298
chr3R	4170343	4170494	chr3R:4170344-4170494	FBgn0037580	DppIII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0506	0.0536	0.06	0.0368	0.0212	0.0578	0.064	0.0706	0.0212	0.0743	0.0637	0.0743	0.055	0.0429	0.0342	0.0429	0.0427
chr3R	4173196	4173359	chr3R:4173197-4173359	FBgn0037581	CG7352	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0723	0.0897	0.0389	0.0403	0.0917	0.08	0.0759	0.0403	0.131	0.1113	0.131	0.0411	0.0436	0.0387	0.0436	0.0427
chr3R	4174737	4174918	chr3R:4174738-4174918	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0682	0.0888	0.0471	0.0498	0.0733	0.0718	0.0919	0.0498	0.0996	0.1058	0.0996	0.0767	0.0513	0.0587	0.0513	0.0526
chr3R	4175000	4175179	chr3R:4175001-4175179	FBgn0261108	Atg13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1572	0.1385	0.1895	0.1426	0.0976	0.167	0.1393	0.1746	0.0976	0.2337	0.2203	0.2337	0.1596	0.1371	0.1676	0.1371	0.1735
chr3R	4175429	4175633	chr3R:4175430-4175633	FBgn0261108	Atg13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1837	0.1775	0.2118	0.1597	0.1569	0.201	0.1929	0.2079	0.1569	0.2476	0.2408	0.2476	0.2076	0.1623	0.1747	0.1623	0.198
chr3R	4181075	4181226	chr3R:4181076-4181226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0297	0.0208	0.0329	0.0362	0.0032	0.0267	0.0303	0.0153	0.0032	0.0525	0.0283	0.0525	0.038	0.059	0.0277	0.059	0.049
chr3R	4181243	4181394	chr3R:4181244-4181394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.033	0.0191	0.0336	0.0478	0.0032	0.0243	0.0221	0.0193	0.0032	0.0441	0.0293	0.0441	0.0473	0.0636	0.0368	0.0636	0.0516
chr3R	4181511	4181688	chr3R:4181512-4181688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0507	0.0308	0.0604	0.0624	0.0106	0.0408	0.0368	0.0313	0.0106	0.0767	0.0572	0.0767	0.0868	0.0743	0.0542	0.0743	0.0849
chr3R	4181734	4181885	chr3R:4181735-4181885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.035	0.0263	0.0401	0.0393	0.0148	0.032	0.0346	0.0266	0.0148	0.0543	0.0373	0.0543	0.055	0.0406	0.029	0.0406	0.0646
chr3R	4182575	4182749	chr3R:4182576-4182749	FBgn0020249	stck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.164	0.1537	0.1904	0.1468	0.1082	0.1762	0.1795	0.1812	0.1082	0.2319	0.2193	0.2319	0.1975	0.157	0.1786	0.157	0.1683
chr3R	4182884	4183060	chr3R:4182885-4183060	FBgn0020249	stck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1637	0.1547	0.1849	0.1505	0.1177	0.1665	0.183	0.1785	0.1177	0.2343	0.2109	0.2343	0.1944	0.1953	0.1838	0.1953	0.1569
chr3R	4183364	4183591	chr3R:4183365-4183591	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1121	0.0874	0.1277	0.1225	0.0488	0.1228	0.0869	0.1006	0.0488	0.2397	0.11	0.2397	0.1301	0.1914	0.1109	0.1914	0.1569
chr3R	4183892	4184043	chr3R:4183893-4184043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0276	0.0208	0.0226	0.0408	0.0042	0.0267	0.0264	0.0247	0.0042	0.0278	0.0254	0.0278	0.0263	0.0352	0.029	0.0352	0.0865
chr3R	4187655	4187924	chr3R:4187656-4187924	FBgn0037583	CG9684	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0599	0.0687	0.0591	0.0508	0.052	0.0655	0.0826	0.0906	0.052	0.0634	0.0617	0.0634	0.0713	0.0605	0.0484	0.0605	0.0563
chr3R	4187934	4188138	chr3R:4187935-4188138	FBgn0037583,FBgn0037584	CG7963,CG9684	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0714	0.0664	0.077	0.0707	0.0551	0.0748	0.0718	0.0826	0.0551	0.0809	0.0817	0.0809	0.1007	0.0613	0.06	0.0613	0.0875
chr3R	4188177	4188357	chr3R:4188178-4188357	FBgn0037583,FBgn0037584	CG7963,CG9684	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1032	0.1021	0.1066	0.1007	0.0732	0.1146	0.1051	0.1326	0.0732	0.1141	0.1228	0.1141	0.1425	0.111	0.0967	0.111	0.1386
chr3R	4188415	4188602	chr3R:4188416-4188602	FBgn0037583,FBgn0037584	CG7963,CG9684	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0653	0.0662	0.0646	0.065	0.0265	0.0694	0.0783	0.0913	0.0265	0.0773	0.0723	0.0773	0.0759	0.0735	0.06	0.0735	0.0823
chr3R	4190066	4190217	chr3R:4190067-4190217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0324	0.0181	0.0104	0.0223	0.018	0.0571	0.03	0.0223	0.0193	0.0219	0.0193	0.0139	0.0138	0.0116	0.0138	0.0115
chr3R	4194326	4194493	chr3R:4194327-4194493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0117	0.0189	0.0245	0.0021	0.0126	0.0195	0.0113	0.0021	0.0115	0.0138	0.0115	0.0186	0.0031	0.0097	0.0031	0.0229
chr3R	4215499	4215650	chr3R:4215500-4215650	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0196	0.0302	0.0166	0.011	0.0212	0.0136	0.0558	0.0293	0.0212	0.0187	0.018	0.0187	0.0139	0.023	0.0116	0.023	0.0068
chr3R	4270967	4271118	chr3R:4270968-4271118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0108	0.0086	0.0099	0.0032	0.0053	0.0177	0.016	0.0032	0.0103	0.0087	0.0103	0.0085	0.0023	0.0084	0.0023	0.0052
chr3R	4278757	4278908	chr3R:4278758-4278908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0083	0.0071	0.0092	0.0021	0.0063	0.0108	0.0133	0.0021	0.0066	0.0096	0.0066	0.007	0.0023	0.0052	0.0023	0.0068
chr3R	4282297	4282448	chr3R:4282298-4282448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0294	0.0204	0.0075	0.0148	0.0204	0.0489	0.032	0.0148	0.0217	0.0232	0.0217	0.0271	0.0077	0.0071	0.0077	0.0089
chr3R	4285628	4285779	chr3R:4285629-4285779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0093	0.0053	0.01	0.0095	0.0068	0.0156	0.008	0.0095	0.0036	0.0055	0.0036	0.007	0.0015	0.0032	0.0015	0.0057
chr3R	4285991	4286142	chr3R:4285992-4286142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0071	0.0049	0.0103	0.0032	0.0053	0.0104	0.0113	0.0032	0.0036	0.0071	0.0036	0.0031	0.0015	0.0039	0.0015	0.0047
chr3R	4286197	4286348	chr3R:4286198-4286348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0166	0.0077	0.0142	0.0106	0.0112	0.0221	0.0253	0.0106	0.0079	0.008	0.0079	0.0085	0.0069	0.009	0.0069	0.0094
chr3R	4289694	4289845	chr3R:4289695-4289845	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0205	0.0366	0.0166	0.0067	0.018	0.016	0.0489	0.0693	0.018	0.0121	0.0244	0.0121	0.0093	0.0046	0.0084	0.0046	0.0036
chr3R	4292227	4292378	chr3R:4292228-4292378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0388	0.0132	0.0078	0.0308	0.0131	0.0748	0.0446	0.0308	0.0079	0.017	0.0079	0.0139	0.0061	0.011	0.0061	0.0052
chr3R	4292816	4292967	chr3R:4292817-4292967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0265	0.0201	0.0086	0.0148	0.0214	0.0363	0.0366	0.0148	0.0036	0.0299	0.0036	0.0124	0.0023	0.011	0.0023	0.0057
chr3R	4293525	4294173	chr3R:4293526-4294173	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1426	0.2779	0.1052	0.0324	0.2715	0.1762	0.3893	0.3624	0.2715	0.0501	0.1508	0.0501	0.1363	0.0161	0.0413	0.0161	0.0474
chr3R	4294495	4295000	chr3R:4294496-4295000	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0875	0.1238	0.0966	0.0369	0.1039	0.0922	0.1657	0.1526	0.1039	0.0731	0.1537	0.0731	0.0635	0.0391	0.0716	0.0391	0.038
chr3R	4295164	4295494	chr3R:4295165-4295494	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0618	0.112	0.0428	0.0265	0.1113	0.0699	0.1795	0.1066	0.1113	0.0332	0.0675	0.0332	0.0263	0.0207	0.0554	0.0207	0.0287
chr3R	4295771	4295922	chr3R:4295772-4295922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0202	0.0201	0.0199	0.0206	0.0117	0.0141	0.035	0.0213	0.0117	0.0109	0.0289	0.0109	0.0263	0.0199	0.0393	0.0199	0.0214
chr3R	4296736	4296887	chr3R:4296737-4296887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.013	0.014	0.0151	0.0097	0.0074	0.0112	0.0199	0.0167	0.0074	0.0079	0.0148	0.0079	0.0364	8e-04	0.0097	8e-04	0.012
chr3R	4297530	4297783	chr3R:4297531-4297783	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0287	0.0433	0.0219	0.0159	0.0257	0.0355	0.0433	0.0159	0.0223	0.0788	0.0223	0.0279	0.0077	0.0645	0.0077	0.0162
chr3R	4298809	4299045	chr3R:4298810-4299045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0166	0.0179	0.015	0.0169	0.0095	0.0112	0.0307	0.0213	0.0095	0.0085	0.0228	0.0085	0.0124	0.01	0.0464	0.01	0.013
chr3R	4299400	4299551	chr3R:4299401-4299551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0162	0.0208	0.0205	0.0074	0.0141	0.0238	0.02	0.0074	0.0229	0.0241	0.0229	0.0263	0.0176	0.0361	0.0176	0.0287
chr3R	4302882	4303085	chr3R:4302883-4303085	FBgn0263416	CG43462	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.061	0.0889	0.0656	0.0248	0.0732	0.0786	0.1055	0.1206	0.0732	0.058	0.0855	0.058	0.0519	0.0145	0.0368	0.0145	0.0203
chr3R	4303305	4303503	chr3R:4303306-4303503	FBgn0263416	CG43462	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2087	0.265	0.2341	0.118	0.2513	0.2641	0.2976	0.3258	0.2513	0.1908	0.3225	0.1908	0.2192	0.0544	0.2147	0.0544	0.1021
chr3R	4308291	4308442	chr3R:4308292-4308442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0083	0.0098	0.016	0.0011	0.0087	0.0143	0.0073	0.0011	0.006	0.009	0.006	0.0046	0.0038	0.0142	0.0038	0.0094
chr3R	4308537	4308713	chr3R:4308538-4308713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0091	0.0104	0.0159	0.0053	0.0063	0.016	0.0107	0.0053	0.0066	0.0093	0.0066	0.007	0.0015	0.0193	0.0015	0.0068
chr3R	4343473	4343707	chr3R:4343474-4343707	FBgn0037592	CG11737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1111	0.0862	0.1364	0.111	0.0477	0.101	0.1003	0.1019	0.0477	0.1528	0.1482	0.1528	0.1712	0.1034	0.1257	0.1034	0.1558
chr3R	4343725	4343930	chr3R:4343726-4343930	FBgn0037592	CG11737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0862	0.0447	0.1077	0.1088	0.0201	0.0558	0.0532	0.05	0.0201	0.1033	0.127	0.1033	0.1464	0.0865	0.109	0.0865	0.1777
chr3R	4344058	4344296	chr3R:4344059-4344296	FBgn0037592	CG11737	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0402	0.0246	0.049	0.0479	0.0138	0.0291	0.0329	0.022	0.0138	0.0447	0.0556	0.0447	0.0697	0.0329	0.0535	0.0329	0.0834
chr3R	4349454	4349605	chr3R:4349455-4349605	FBgn0051259	CG31259	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0162	0.0088	0.0117	0.0292	0.0053	0.0068	0.0147	0.01	0.0053	0.0066	0.0106	0.0066	0.0302	0.01	0.0032	0.01	0.0938
chr3R	4349937	4350088	chr3R:4349938-4350088	FBgn0051259	CG31259	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0106	0.0076	0.0093	0.0153	0.0042	0.0058	0.0156	0.0047	0.0042	0.0066	0.0096	0.0066	0.0209	0.0031	0.0064	0.0031	0.0453
chr3R	4354645	4355076	chr3R:4354646-4355076	FBgn0040531	CG11741	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0476	0.0475	0.0562	0.0383	0.018	0.0524	0.0506	0.068	0.018	0.0417	0.0701	0.0417	0.0565	0.0084	0.0335	0.0084	0.0354
chr3R	4387157	4387308	chr3R:4387158-4387308	FBgn0051453	pch2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0339	0.0363	0.0368	0.0281	0.0201	0.0311	0.0454	0.05	0.0201	0.0362	0.0434	0.0362	0.0387	0.0421	0.0193	0.0421	0.0349
chr3R	4387387	4387554	chr3R:4387388-4387554	FBgn0051453	pch2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0445	0.0476	0.0551	0.0201	0.0524	0.0489	0.0573	0.0201	0.0525	0.0508	0.0525	0.0503	0.0643	0.0509	0.0643	0.0709
chr3R	4387666	4387969	chr3R:4387667-4387969	FBgn0051450,FBgn0051453	mRpS18A,pch2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0875	0.0796	0.0991	0.0836	0.0339	0.0922	0.1051	0.0926	0.0339	0.1123	0.1055	0.1123	0.1007	0.0758	0.0741	0.0758	0.1131
chr3R	4388230	4388400	chr3R:4388231-4388400	FBgn0051450,FBgn0051460	CG31460,mRpS18A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1559	0.1444	0.1834	0.1384	0.088	0.1646	0.1613	0.1825	0.088	0.2307	0.1955	0.2307	0.1851	0.147	0.1251	0.147	0.1647
chr3R	4388471	4388683	chr3R:4388472-4388683	FBgn0051450,FBgn0051460	CG31460,mRpS18A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1149	0.1054	0.1354	0.1029	0.053	0.1277	0.1207	0.1246	0.053	0.1745	0.1392	0.1745	0.1325	0.111	0.1044	0.111	0.1266
chr3R	4388707	4388863	chr3R:4388708-4388863	FBgn0051450,FBgn0051460	CG31460,mRpS18A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0602	0.0918	0.056	0.0255	0.0777	0.0597	0.0826	0.0255	0.1178	0.1	0.1178	0.0767	0.0712	0.06	0.0712	0.0552
chr3R	4388895	4389131	chr3R:4388896-4389131	FBgn0051460	CG31460	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0523	0.0834	0.0556	0.018	0.0655	0.0588	0.068	0.018	0.0948	0.0971	0.0948	0.0728	0.0674	0.0522	0.0674	0.0558
chr3R	4389169	4389436	chr3R:4389170-4389436	FBgn0086697	Cenp-C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0925	0.1006	0.1051	0.0698	0.0668	0.1117	0.1259	0.1126	0.0668	0.1286	0.1161	0.1286	0.1015	0.0827	0.0696	0.0827	0.0667
chr3R	4389493	4389665	chr3R:4389494-4389665	FBgn0086697	Cenp-C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1588	0.1609	0.1835	0.1292	0.1039	0.1932	0.1795	0.1912	0.1039	0.2349	0.1977	0.2349	0.1782	0.1417	0.1315	0.1417	0.1391
chr3R	4389736	4389899	chr3R:4389737-4389899	FBgn0086697	Cenp-C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1433	0.137	0.1711	0.1198	0.0774	0.1743	0.1458	0.1652	0.0774	0.2077	0.1833	0.2077	0.1611	0.1294	0.1219	0.1294	0.1433
chr3R	4403277	4403428	chr3R:4403278-4403428	FBgn0261929	CG42796	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0096	0.0072	0.0124	0.0064	0.0087	0.016	0.0073	0.0064	0.0085	0.0084	0.0085	0.0031	0.0084	0.0039	0.0084	0.0057
chr3R	4440065	4440216	chr3R:4440066-4440216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0085	0.0075	0.0081	0.0053	0.0083	0.0143	0.0067	0.0053	0.0054	0.0077	0.0054	0.0108	0.0046	0.0032	0.0046	0.0042
chr3R	4441740	4441891	chr3R:4441741-4441891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0118	0.0108	0.017	0.0072	0.0053	0.0102	0.0177	0.01	0.0053	0.0175	0.0119	0.0175	0.0434	0.0054	0.009	0.0054	0.0063
chr3R	4442046	4442197	chr3R:4442047-4442197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0147	0.0121	0.0232	0.0082	0.0032	0.0117	0.0216	0.0113	0.0032	0.0223	0.0158	0.0223	0.0596	0.0069	0.0071	0.0069	0.0099
chr3R	4442411	4442562	chr3R:4442412-4442562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0101	0.0116	0.0142	0.004	0.0042	0.017	0.019	0.004	0.0042	0.0066	0.0125	0.0066	0.0434	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr3R	4466057	4466262	chr3R:4466058-4466262	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0232	0.0515	0.0107	0.0054	0.052	0.0194	0.0934	0.0493	0.052	0.0079	0.0135	0.0079	0.007	0.0023	0.0058	0.0023	0.0057
chr3R	4467575	4467726	chr3R:4467576-4467726	FBgn0012028	tRNA:Y1:85Ae	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0257	0.026	0.034	0.0162	0.0064	0.0316	0.0307	0.0353	0.0064	0.0574	0.0334	0.0574	0.0349	0.0168	0.0142	0.0168	0.0287
chr3R	4468105	4468274	chr3R:4468106-4468274	FBgn0012027,FBgn0012028	tRNA:Y1:85Ad,tRNA:Y1:85Ae	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.06	0.0373	0.0645	0.0805	0.0223	0.0417	0.0411	0.0486	0.0223	0.0682	0.0637	0.0682	0.127	0.1049	0.089	0.1049	0.136
chr3R	4468429	4468611	chr3R:4468430-4468611	FBgn0012027,FBgn0012028	tRNA:Y1:85Ad,tRNA:Y1:85Ae	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0832	0.0669	0.092	0.0916	0.0498	0.067	0.0878	0.0673	0.0498	0.1008	0.1	0.1008	0.1379	0.1194	0.1154	0.1194	0.1381
chr3R	4476189	4476359	chr3R:4476190-4476359	FBgn0024326,FBgn0037602	CG8021,Mkk4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0771	0.0735	0.0468	0.0583	0.0801	0.0973	0.0879	0.0583	0.0924	0.0814	0.0924	0.0666	0.0413	0.0516	0.0413	0.0547
chr3R	4476449	4476643	chr3R:4476450-4476643	FBgn0024326,FBgn0037602	CG8021,Mkk4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1511	0.1373	0.1793	0.1356	0.0848	0.1563	0.1644	0.1566	0.0848	0.2283	0.1932	0.2283	0.172	0.1386	0.1573	0.1386	0.1605
chr3R	4476708	4477049	chr3R:4476709-4477049	FBgn0024326,FBgn0037602	CG8021,Mkk4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1426	0.1144	0.1753	0.1384	0.0679	0.134	0.1272	0.1332	0.0679	0.224	0.1897	0.224	0.1774	0.1401	0.1573	0.1401	0.1668
chr3R	4478181	4478332	chr3R:4478182-4478332	FBgn0000447,FBgn0037603	CG11753,Dhod	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0468	0.0497	0.0594	0.0298	0.0223	0.0558	0.0593	0.0646	0.0223	0.0743	0.0601	0.0743	0.0713	0.0276	0.0329	0.0276	0.038
chr3R	4478418	4478602	chr3R:4478419-4478602	FBgn0000447,FBgn0037603	CG11753,Dhod	stage11,stage5	none	Dhod_ds1-del975	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1065	0.1078	0.132	0.0771	0.071	0.1413	0.1073	0.1372	0.071	0.1673	0.1457	0.1673	0.1379	0.0896	0.0735	0.0896	0.1042
chr3R	4478657	4478834	chr3R:4478658-4478834	FBgn0000447,FBgn0037603	CG11753,Dhod	stage11,stage14,stage5	none	Dhod_ds1-del975	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1203	0.1118	0.1494	0.098	0.0721	0.1422	0.1094	0.1412	0.0721	0.2023	0.1656	0.2023	0.1379	0.1126	0.1135	0.1126	0.123
chr3R	4478868	4479117	chr3R:4478869-4479117	FBgn0000447,FBgn0037603	CG11753,Dhod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0791	0.1066	0.0661	0.0424	0.1	0.0792	0.0979	0.0424	0.128	0.1206	0.128	0.1046	0.0636	0.0845	0.0636	0.0839
chr3R	4480024	4480175	chr3R:4480025-4480175	FBgn0259992	CG42489	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0396	0.038	0.0497	0.0302	0.0212	0.051	0.0342	0.0546	0.0212	0.0634	0.0469	0.0634	0.055	0.0329	0.0193	0.0329	0.0526
chr3R	4484572	4484813	chr3R:4484573-4484813	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1158	0.1241	0.0937	0.1309	0.0764	0.1466	0.1475	0.1406	0.0764	0.0827	0.0916	0.0827	0.1325	0.1064	0.1289	0.1064	0.198
chr3R	4485208	4485402	chr3R:4485209-4485402	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2152	0.2084	0.2353	0.2008	0.14	0.2515	0.2392	0.2405	0.14	0.2917	0.2415	0.2917	0.2107	0.1998	0.2018	0.1998	0.2423
chr3R	4485501	4485686	chr3R:4485502-4485686	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1484	0.1361	0.1657	0.143	0.1018	0.1573	0.1531	0.1566	0.1018	0.2059	0.172	0.2059	0.1557	0.1531	0.1431	0.1531	0.1678
chr3R	4486097	4486287	chr3R:4486098-4486287	FBgn0263231	bel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2237	0.2095	0.2645	0.1947	0.1389	0.2515	0.2457	0.2325	0.1389	0.3237	0.2916	0.3237	0.2525	0.2106	0.2044	0.2106	0.2256
chr3R	4488807	4488958	chr3R:4488808-4488958	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0669	0.0274	0.0145	0.0636	0.0359	0.1293	0.0546	0.0636	0.0386	0.028	0.0386	0.0256	0.0153	0.0142	0.0153	0.0188
chr3R	4489271	4489422	chr3R:4489272-4489422	FBgn0086679	p	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0808	0.0782	0.0606	0.0541	0.0782	0.1133	0.0839	0.0541	0.0845	0.0862	0.0845	0.093	0.0658	0.0677	0.0658	0.0776
chr3R	4489527	4489718	chr3R:4489528-4489718	FBgn0037606,FBgn0086679	CG8032,p	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1508	0.1422	0.1732	0.1359	0.0954	0.1694	0.1579	0.1659	0.0954	0.2029	0.1936	0.2029	0.1898	0.1539	0.1431	0.1539	0.1694
chr3R	4489726	4489927	chr3R:4489727-4489927	FBgn0037606,FBgn0086679	CG8032,p	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1261	0.1699	0.1351	0.0795	0.1524	0.1319	0.1579	0.0795	0.1993	0.1881	0.1993	0.1828	0.157	0.138	0.157	0.1626
chr3R	4489941	4490115	chr3R:4489942-4490115	FBgn0037606,FBgn0086679	CG8032,p	stage14	none	VT38531.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1086	0.0839	0.1289	0.1141	0.0424	0.1175	0.0761	0.1073	0.0424	0.1588	0.1347	0.1588	0.1425	0.1286	0.1064	0.1286	0.1449
chr3R	4490188	4490339	chr3R:4490189-4490339	FBgn0037606	CG8032	none	none	VT38531.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0572	0.0422	0.0651	0.0652	0.0276	0.0519	0.0502	0.0413	0.0276	0.064	0.0727	0.064	0.0759	0.0704	0.0535	0.0704	0.0797
chr3R	4493837	4494033	chr3R:4493838-4494033	FBgn0012025,FBgn0012026,FBgn0037607	CG8036,tRNA:Y1:85Ab,tRNA:Y1:85Ac	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1372	0.1407	0.1423	0.1277	0.1209	0.167	0.1484	0.1586	0.1209	0.1667	0.1453	0.1667	0.1875	0.147	0.1431	0.147	0.1699
chr3R	4494331	4494525	chr3R:4494332-4494525	FBgn0012024,FBgn0012025,FBgn0012026	tRNA:Y1:85Aa,tRNA:Y1:85Ab,tRNA:Y1:85Ac	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2049	0.1994	0.2207	0.1937	0.1538	0.2252	0.2128	0.2392	0.1538	0.2772	0.2296	0.2772	0.2363	0.2221	0.1986	0.2221	0.247
chr3R	4494809	4494995	chr3R:4494810-4494995	FBgn0012024,FBgn0012025	tRNA:Y1:85Aa,tRNA:Y1:85Ab	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2338	0.2152	0.2605	0.2253	0.1898	0.249	0.2184	0.2685	0.1898	0.3484	0.2633	0.3484	0.275	0.2381	0.2115	0.2381	0.2835
chr3R	4495120	4495391	chr3R:4495121-4495391	FBgn0012024	tRNA:Y1:85Aa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1976	0.1412	0.2209	0.2349	0.0827	0.201	0.1349	0.1726	0.0827	0.2995	0.1923	0.2995	0.3338	0.245	0.1844	0.245	0.3382
chr3R	4496195	4496376	chr3R:4496196-4496376	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0812	0.0659	0.0836	0.0957	0.0414	0.0816	0.0817	0.064	0.0414	0.0676	0.0746	0.0676	0.1805	0.0743	0.0748	0.0743	0.1933
chr3R	4496556	4496712	chr3R:4496557-4496712	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0528	0.0373	0.0621	0.0602	0.0159	0.0617	0.0398	0.03	0.0159	0.0459	0.045	0.0459	0.1766	0.0413	0.0297	0.0413	0.1516
chr3R	4499729	4499943	chr3R:4499730-4499943	FBgn0037608	mRpL19	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1096	0.1032	0.1291	0.0955	0.0721	0.1117	0.1263	0.1219	0.0721	0.163	0.1434	0.163	0.1309	0.0988	0.0986	0.0988	0.1277
chr3R	4501950	4502160	chr3R:4501951-4502160	FBgn0037609,FBgn0037610	CG8043,CG9773	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0635	0.0526	0.0803	0.0572	0.0371	0.0612	0.0528	0.0673	0.0371	0.1045	0.0875	0.1045	0.0775	0.0643	0.0548	0.0643	0.0797
chr3R	4502231	4502445	chr3R:4502232-4502445	FBgn0037609,FBgn0037610	CG8043,CG9773	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1436	0.1132	0.1791	0.1387	0.07	0.1529	0.1073	0.1459	0.07	0.244	0.1977	0.244	0.1642	0.16	0.1425	0.16	0.1772
chr3R	4502534	4502727	chr3R:4502535-4502727	FBgn0037609,FBgn0037610	CG8043,CG9773	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1159	0.0826	0.1543	0.111	0.0509	0.1107	0.0709	0.1146	0.0509	0.2114	0.1608	0.2114	0.158	0.1378	0.1135	0.1378	0.1397
chr3R	4502810	4502961	chr3R:4502811-4502961	FBgn0037609,FBgn0037610	CG8043,CG9773	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0349	0.0679	0.0457	0.018	0.0437	0.0359	0.0486	0.018	0.087	0.0682	0.087	0.0744	0.0651	0.0374	0.0651	0.0662
chr3R	4506321	4506651	chr3R:4506322-4506651	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0895	0.1043	0.135	0.0231	0.0297	0.1529	0.0623	0.1945	0.0297	0.2053	0.1569	0.2053	0.0418	0.0337	0.0187	0.0337	0.0177
chr3R	4506977	4507128	chr3R:4506978-4507128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0265	0.0304	0.0409	0.0063	0.0095	0.0524	0.0303	0.028	0.0095	0.1033	0.0334	0.1033	0.0124	0.013	0.0058	0.013	0.0031
chr3R	4507798	4508152	chr3R:4507799-4508152	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0628	0.0503	0.1162	0.018	0.0074	0.0874	0.0415	0.0626	0.0074	0.2844	0.0897	0.2844	0.0279	0.0176	0.0219	0.0176	0.0089
chr3R	4508936	4509094	chr3R:4508937-4509094	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.028	0.0434	0.0317	0.0068	0.0106	0.0631	0.0346	0.0726	0.0106	0.0441	0.0357	0.0441	0.0132	0.0077	0.0039	0.0077	0.0078
chr3R	4510057	4510304	chr3R:4510058-4510304	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0587	0.033	0.1034	0.0384	0.0074	0.0534	0.0281	0.0493	0.0074	0.128	0.1051	0.128	0.0534	0.026	0.0271	0.026	0.0229
chr3R	4510338	4511017	chr3R:4510339-4511017	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1222	0.0572	0.2217	0.0855	0.0117	0.0961	0.0489	0.0759	0.0117	0.3249	0.2733	0.3249	0.0705	0.1508	0.0812	0.1508	0.038
chr3R	4511944	4512376	chr3R:4511945-4512376	distal	distal	stage5	stage5	VT38543.1	VT38543.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0628	0.0847	0.0637	0.0373	0.0424	0.0874	0.0753	0.1652	0.0424	0.0459	0.0543	0.0459	0.0163	0.0145	0.0174	0.0145	0.0125
chr3R	4512940	4513179	chr3R:4512941-4513179	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT38543.1	VT38543.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0661	0.0923	0.0788	0.0227	0.0265	0.1549	0.0662	0.1339	0.0265	0.0984	0.0756	0.0984	0.0186	0.0115	0.0135	0.0115	0.0083
chr3R	4514694	4514907	chr3R:4514695-4514907	distal	distal	none	none	VT38544.1	VT38544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0398	0.0431	0.0477	0.0273	0.0127	0.0689	0.0381	0.0546	0.0127	0.0628	0.0315	0.0628	0.024	0.0345	0.0097	0.0345	0.0109
chr3R	4515418	4515645	chr3R:4515419-4515645	distal	distal	none	none	VT38545.1	VT38545.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0359	0.0669	0.0313	0.0063	0.0191	0.0621	0.0541	0.1499	0.0191	0.0344	0.0367	0.0344	0.0108	0.0054	0.0032	0.0054	0.0031
chr3R	4516007	4516158	chr3R:4516008-4516158	distal	distal	none	none	VT38545.1	VT38545.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0244	0.0292	0.0354	0.007	0.0117	0.0311	0.0368	0.038	0.0117	0.0731	0.0273	0.0731	0.0108	0.0138	0.0064	0.0138	0.0052
chr3R	4517636	4517787	chr3R:4517637-4517787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0675	0.0284	0.0072	0.0604	0.0432	0.1289	0.0473	0.0604	0.0483	0.0238	0.0483	0.0116	0.0092	0.0077	0.0092	0.0068
chr3R	4517951	4518378	chr3R:4517952-4518378	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0476	0.1013	0.0289	0.0079	0.0997	0.0369	0.2158	0.0593	0.0997	0.0338	0.0264	0.0338	0.0186	0.0084	0.0052	0.0084	0.0031
chr3R	4518446	4518648	chr3R:4518447-4518648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0324	0.071	0.0188	0.004	0.0732	0.0209	0.1505	0.048	0.0732	0.0211	0.0161	0.0211	0.0093	0.0031	0.0026	0.0031	0.0047
chr3R	4518757	4518974	chr3R:4518758-4518974	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0357	0.0747	0.0216	0.0075	0.087	0.0252	0.1527	0.0433	0.087	0.0266	0.0215	0.0266	0.0077	0.0054	0.0071	0.0054	0.0047
chr3R	4519096	4519271	chr3R:4519097-4519271	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0327	0.0699	0.0176	0.0078	0.0732	0.0272	0.1401	0.0513	0.0732	0.0211	0.0174	0.0211	0.0077	0.01	0.0077	0.01	0.0057
chr3R	4519515	4519825	chr3R:4519516-4519825	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0507	0.0985	0.0313	0.0185	0.0944	0.0374	0.2093	0.064	0.0944	0.0356	0.0277	0.0356	0.0217	0.0153	0.0103	0.0153	0.0141
chr3R	4520001	4520453	chr3R:4520002-4520453	distal	distal	stage5	stage5	hb_1.2,hb_pThb3	hb_1.2,hb_pThb3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0949	0.1906	0.0515	0.0355	0.2142	0.0801	0.3659	0.1406	0.2142	0.0465	0.0392	0.0465	0.0186	0.0115	0.0077	0.0115	0.0151
chr3R	4520523	4520674	chr3R:4520524-4520674	distal	distal	stage5	stage5	hb_1.2,hb_pThb3	hb_1.2,hb_pThb3	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0386	0.0856	0.0198	0.0067	0.0764	0.0291	0.1804	0.0646	0.0764	0.0223	0.0183	0.0223	0.0101	0.0031	0.0013	0.0031	0.0052
chr3R	4523568	4523856	chr3R:4523569-4523856	FBgn0001180	hb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1487	0.1605	0.1966	0.083	0.088	0.2218	0.1016	0.2751	0.088	0.3726	0.1756	0.3726	0.0697	0.1447	0.0374	0.1447	0.0568
chr3R	4524860	4525040	chr3R:4524861-4525040	distal	distal	stage5	stage5	hb_distal_minimal	hb_distal_minimal	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0425	0.1029	0.0156	0.0046	0.105	0.0379	0.2037	0.0859	0.105	0.0133	0.0215	0.0133	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chr3R	4525193	4525533	chr3R:4525194-4525533	distal	distal	stage5	stage5	hb_distal_minimal	hb_distal_minimal	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0599	0.14	0.0268	0.0067	0.1516	0.0563	0.2539	0.1379	0.1516	0.0284	0.0293	0.0284	0.0194	0.0077	0.0032	0.0077	0.0073
chr3R	4525634	4525785	chr3R:4525635-4525785	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0264	0.057	0.0152	0.0046	0.0392	0.0325	0.0731	0.1006	0.0392	0.0151	0.0154	0.0151	0.0093	0.0054	0.0032	0.0054	0.0036
chr3R	4526255	4526406	chr3R:4526256-4526406	FBgn0037612	CG8112	stage5	none	hb_lateDm1.0-lacZ	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0339	0.0854	0.0094	0.0032	0.0923	0.0316	0.1561	0.0826	0.0923	0.0066	0.0087	0.0066	0.007	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chr3R	4526452	4526603	chr3R:4526453-4526603	FBgn0037612	CG8112	stage5	none	hb_lateDm1.0-lacZ	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0515	0.1294	0.0143	0.0053	0.1718	0.0447	0.2232	0.1279	0.1718	0.0139	0.0164	0.0139	0.0077	0.0046	0.0026	0.0046	0.0042
chr3R	4526619	4526844	chr3R:4526620-4526844	FBgn0037612	CG8112	stage5	none	VT38550.1,hb_lateDm1.0-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0679	0.1639	0.0231	0.0097	0.245	0.0636	0.2656	0.1566	0.245	0.0236	0.0273	0.0236	0.0108	0.0069	0.0039	0.0069	0.0073
chr3R	4526977	4527159	chr3R:4526978-4527159	FBgn0037612	CG8112	stage5	none	VT38550.1,hb_lateDm1.0-lacZ	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0494	0.1169	0.0201	0.0063	0.1304	0.0519	0.202	0.1106	0.1304	0.0163	0.0225	0.0163	0.0147	0.0031	0.0026	0.0031	0.0052
chr3R	4527997	4528199	chr3R:4527998-4528199	distal	distal	none	none	VT38550.1,hb_HG4-7	hb_HG4-7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0329	0.0479	0.0355	0.0134	0.017	0.065	0.0463	0.0653	0.017	0.0199	0.0264	0.0199	0.0108	0.0023	0.0064	0.0023	0.0063
chr3R	4528264	4528415	chr3R:4528265-4528415	distal	distal	none	none	VT38550.1,hb_HG4-7	hb_HG4-7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0339	0.0284	0.0124	0.0095	0.0403	0.0415	0.0466	0.0095	0.0145	0.0219	0.0145	0.0093	0.0031	0.0045	0.0031	0.0026
chr3R	4529690	4529881	chr3R:4529691-4529881	distal	distal	none	none	hb_HG4-6	hb_HG4-6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0241	0.0233	0.0218	0.0276	0.0064	0.0228	0.0355	0.028	0.0064	0.0139	0.0148	0.0139	0.0209	0.01	0.0052	0.01	0.0104
chr3R	4530612	4530763	chr3R:4530613-4530763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0172	0.0189	0.0213	0.0107	0.0053	0.0233	0.0285	0.0173	0.0053	0.0121	0.0138	0.0121	0.0635	0.0069	0.0071	0.0069	0.0141
chr3R	4530933	4531093	chr3R:4530934-4531093	distal	distal	stage14	stage14	hb_HG4-5	hb_HG4-5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0325	0.0299	0.0401	0.027	0.0117	0.0228	0.0458	0.0386	0.0117	0.0236	0.027	0.0236	0.0488	0.0115	0.0077	0.0115	0.0302
chr3R	4531176	4531403	chr3R:4531177-4531403	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	hb_HG4-5	hb_HG4-5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0511	0.0363	0.0538	0.0646	0.0085	0.0388	0.0458	0.0453	0.0085	0.0181	0.0238	0.0181	0.0573	0.013	0.0161	0.013	0.0344
chr3R	4531409	4531560	chr3R:4531410-4531560	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	hb_HG4-5	hb_HG4-5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0324	0.0335	0.0429	0.0191	0.0291	0.0411	0.0426	0.0191	0.0085	0.0183	0.0085	0.0263	0.0123	0.011	0.0123	0.0162
chr3R	4532954	4533126	chr3R:4532955-4533126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0184	0.0209	0.0126	0.022	0.0074	0.018	0.0398	0.014	0.0074	0.0109	0.0096	0.0109	0.0225	0.0299	0.0084	0.0299	0.0375
chr3R	4537953	4538135	chr3R:4537954-4538135	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0203	0.0359	0.0526	0.0085	0.0199	0.0324	0.0193	0.0085	0.032	0.026	0.032	0.0899	0.0368	0.0168	0.0368	0.1449
chr3R	4541127	4541466	chr3R:4541128-4541466	FBgn0037614	CG8116	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1021	0.0948	0.1164	0.0944	0.0573	0.0976	0.1263	0.1079	0.0573	0.1316	0.1186	0.1316	0.1425	0.0919	0.0767	0.0919	0.1313
chr3R	4541558	4541741	chr3R:4541559-4541741	FBgn0037614	CG8116	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.198	0.1887	0.225	0.1787	0.1474	0.217	0.2163	0.2125	0.1474	0.2669	0.2402	0.2669	0.2285	0.2029	0.1825	0.2029	0.209
chr3R	4541864	4542040	chr3R:4541865-4542040	FBgn0037614	CG8116	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2292	0.2217	0.2605	0.203	0.1676	0.2631	0.2478	0.2545	0.1676	0.3098	0.2846	0.3098	0.2634	0.242	0.1992	0.242	0.2381
chr3R	4544903	4545054	chr3R:4544904-4545054	FBgn0037615	CG11760	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0222	0.0218	0.0203	0.0246	0.0148	0.0218	0.0303	0.0233	0.0148	0.029	0.0241	0.029	0.017	0.0972	0.0084	0.0972	0.0109
chr3R	4548519	4548736	chr3R:4548520-4548736	FBgn0037617	CG8145	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.028	0.0605	0.033	0.0138	0.0311	0.0376	0.0286	0.0138	0.0664	0.073	0.0664	0.0635	0.0452	0.0271	0.0452	0.0453
chr3R	4548800	4548974	chr3R:4548801-4548974	FBgn0037617	CG8145	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.0551	0.1141	0.0767	0.0244	0.0733	0.0636	0.0593	0.0244	0.1232	0.1386	0.1232	0.1232	0.1087	0.0709	0.1087	0.1016
chr3R	4549111	4549273	chr3R:4549112-4549273	FBgn0037617	CG8145	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0242	0.0519	0.0341	0.0127	0.0277	0.0311	0.0273	0.0127	0.055	0.063	0.055	0.055	0.0459	0.0284	0.0459	0.0469
chr3R	4552468	4552646	chr3R:4552469-4552646	FBgn0037619	CG8159	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0647	0.0542	0.075	0.0652	0.0276	0.0728	0.0497	0.0686	0.0276	0.0845	0.0862	0.0845	0.0891	0.0681	0.0761	0.0681	0.086
chr3R	4555380	4555557	chr3R:4555381-4555557	FBgn0037620	ranshi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0473	0.0405	0.049	0.0529	0.0233	0.0408	0.0593	0.0446	0.0233	0.0513	0.0553	0.0513	0.062	0.0413	0.0509	0.0413	0.0756
chr3R	4556017	4556238	chr3R:4556018-4556238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0458	0.0692	0.041	0.0249	0.0647	0.082	0.0882	0.0613	0.0647	0.0525	0.0437	0.0525	0.0395	0.0222	0.0219	0.0222	0.038
chr3R	4556874	4557025	chr3R:4556875-4557025	FBgn0037621	CG9797	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0492	0.0562	0.0387	0.0308	0.0481	0.0657	0.0533	0.0308	0.0634	0.0643	0.0634	0.0565	0.0337	0.0355	0.0337	0.0537
chr3R	4557052	4557255	chr3R:4557053-4557255	FBgn0037621	CG9797	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0714	0.0978	0.0609	0.053	0.0845	0.0865	0.0733	0.053	0.1214	0.1061	0.1214	0.0953	0.062	0.0625	0.062	0.0787
chr3R	4557331	4557510	chr3R:4557332-4557510	FBgn0037621,FBgn0037622	CG8202,CG9797	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1298	0.1142	0.1543	0.1203	0.0795	0.1408	0.1207	0.1432	0.0795	0.1969	0.1605	0.1969	0.1557	0.1248	0.1154	0.1248	0.1558
chr3R	4557718	4557919	chr3R:4557719-4557919	FBgn0037621,FBgn0037622	CG8202,CG9797	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1166	0.0936	0.1485	0.1072	0.0583	0.1311	0.0848	0.1179	0.0583	0.18	0.1514	0.18	0.1495	0.1133	0.0999	0.1133	0.1308
chr3R	4557938	4558123	chr3R:4557939-4558123	FBgn0037622	CG8202	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0788	0.0639	0.1091	0.0621	0.0265	0.101	0.0588	0.0786	0.0265	0.1202	0.1055	0.1202	0.1077	0.0551	0.0625	0.0551	0.0703
chr3R	4565045	4565196	chr3R:4565046-4565196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0215	0.0178	0.024	0.023	0.0106	0.015	0.0277	0.0187	0.0106	0.029	0.028	0.029	0.0108	0.0069	0.0193	0.0069	0.0162
chr3R	4565436	4565730	chr3R:4565437-4565730	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0447	0.0378	0.0582	0.0375	0.018	0.0374	0.0584	0.0353	0.018	0.0501	0.0804	0.0501	0.0387	0.0107	0.0361	0.0107	0.0386
chr3R	4566009	4566160	chr3R:4566010-4566160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0259	0.0348	0.0268	0.0149	0.0148	0.0306	0.0619	0.0313	0.0148	0.0386	0.026	0.0386	0.0201	0.0092	0.0187	0.0092	0.0198
chr3R	4566337	4566563	chr3R:4566338-4566563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0248	0.0377	0.0281	0.0053	0.0311	0.0376	0.0207	0.0053	0.0513	0.0402	0.0513	0.0403	0.0352	0.038	0.0352	0.0349
chr3R	4566608	4566776	chr3R:4566609-4566776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0182	0.0288	0.0267	0.0021	0.0228	0.0225	0.022	0.0021	0.0411	0.0325	0.0411	0.0294	0.0421	0.0226	0.0421	0.0412
chr3R	4567020	4567628	chr3R:4567021-4567628	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0659	0.0371	0.0801	0.0826	0.0223	0.0549	0.0437	0.032	0.0223	0.1492	0.0698	0.1492	0.0744	0.1708	0.0722	0.1708	0.1016
chr3R	4567647	4567919	chr3R:4567648-4567919	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0336	0.0238	0.0439	0.0333	0.0095	0.032	0.0294	0.024	0.0095	0.0845	0.0437	0.0845	0.0279	0.0421	0.0458	0.0421	0.037
chr3R	4571654	4571805	chr3R:4571655-4571805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0239	0.0213	0.0206	0.0305	0.0106	0.0204	0.0346	0.0213	0.0106	0.026	0.0186	0.026	0.0225	0.026	0.0123	0.026	0.0297
chr3R	4571951	4572102	chr3R:4571952-4572102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0196	0.0155	0.0237	0.0053	0.0165	0.0298	0.0247	0.0053	0.0217	0.0145	0.0217	0.0132	0.0138	0.0129	0.0138	0.013
chr3R	4573077	4573228	chr3R:4573078-4573228	FBgn0037623,FBgn0037624	CG8223,CG9801	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0915	0.0667	0.1023	0.1075	0.0339	0.0883	0.0809	0.0646	0.0339	0.1395	0.0926	0.1395	0.1317	0.098	0.0838	0.098	0.1584
chr3R	4573342	4573559	chr3R:4573343-4573559	FBgn0037623,FBgn0037624	CG8223,CG9801	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1967	0.1883	0.2132	0.188	0.1538	0.2078	0.2163	0.2099	0.1538	0.2681	0.2219	0.2681	0.227	0.1907	0.1728	0.1907	0.2303
chr3R	4573896	4574078	chr3R:4573897-4574078	FBgn0037624	CG8223	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.06	0.0833	0.0533	0.0412	0.0647	0.0709	0.1042	0.1159	0.0647	0.0465	0.0572	0.0465	0.0418	0.0329	0.0226	0.0329	0.0354
chr3R	4574334	4574543	chr3R:4574335-4574543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0318	0.0523	0.023	0.0185	0.0488	0.0515	0.0666	0.0546	0.0488	0.0229	0.0254	0.0229	0.0209	0.0184	0.0142	0.0184	0.0141
chr3R	4610927	4611078	chr3R:4610928-4611078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0166	0.022	0.011	0.0095	0.0102	0.0272	0.0193	0.0095	0.0109	0.0367	0.0109	0.0147	0.0077	0.0251	0.0077	0.0063
chr3R	4611276	4611496	chr3R:4611277-4611496	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT38600.1	VT38600.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0313	0.0288	0.0425	0.0217	0.0042	0.0296	0.0251	0.058	0.0042	0.0151	0.0781	0.0151	0.0163	0.0061	0.0638	0.0061	0.0036
chr3R	4612636	4612820	chr3R:4612637-4612820	distal	distal	stage11	stage11	VT38600.1,VT38601.1	VT38600.1,VT38601.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.0153	0.0397	0.0292	0.0021	0.0155	0.0221	0.022	0.0021	0.0145	0.0736	0.0145	0.024	0.0115	0.0858	0.0115	0.0188
chr3R	4614511	4614719	chr3R:4614512-4614719	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT38601.1,VT38602.1	VT38601.1,VT38602.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0356	0.0273	0.0467	0.0327	0.0085	0.0369	0.0303	0.0326	0.0085	0.0634	0.0518	0.0634	0.055	0.0459	0.0709	0.0459	0.0203
chr3R	4618236	4618441	chr3R:4618237-4618441	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1062	0.0783	0.1728	0.0642	0.0318	0.0854	0.0675	0.1492	0.0318	0.0876	0.2981	0.0876	0.1565	0.0199	0.1915	0.0199	0.0474
chr3R	4618629	4618780	chr3R:4618630-4618780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.027	0.0505	0.0238	0.0074	0.0262	0.0324	0.0446	0.0074	0.0356	0.0846	0.0356	0.0465	0.01	0.0671	0.01	0.0182
chr3R	4624086	4624237	chr3R:4624087-4624237	distal	distal	none	none	VT38607.1	VT38607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.0161	0.0178	0.0267	0.0042	0.0199	0.0238	0.0127	0.0042	0.0242	0.0183	0.0242	0.0225	0.0475	0.0219	0.0475	0.0292
chr3R	4624415	4624566	chr3R:4624416-4624566	distal	distal	stage14	stage14	VT38607.1	VT38607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0229	0.0187	0.0197	0.0311	0.0064	0.0248	0.0251	0.0193	0.0064	0.0266	0.0196	0.0266	0.0201	0.0681	0.0213	0.0681	0.037
chr3R	4625732	4625883	chr3R:4625733-4625883	distal	distal	none	none	VT38607.1	VT38607.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0112	0.0142	0.0266	0.0032	0.0117	0.0195	0.0093	0.0032	0.0175	0.0151	0.0175	0.0155	0.0306	0.0155	0.0306	0.0313
chr3R	4626888	4627145	chr3R:4626889-4627145	FBgn0037632,FBgn0046874,FBgn0261015	Pif1A,Pif1B,Tcp-1eta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1036	0.0842	0.1244	0.1025	0.0541	0.1044	0.0904	0.0939	0.0541	0.1606	0.1363	0.1606	0.1325	0.1378	0.1122	0.1378	0.1219
chr3R	4627166	4627358	chr3R:4627167-4627358	FBgn0037632,FBgn0046874,FBgn0261015	Pif1A,Pif1B,Tcp-1eta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.0938	0.1352	0.103	0.0562	0.1155	0.0973	0.1199	0.0562	0.1709	0.1495	0.1709	0.1665	0.1064	0.1128	0.1064	0.136
chr3R	4631278	4631446	chr3R:4631279-4631446	FBgn0037633	CG9839	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1387	0.1377	0.1656	0.1102	0.1018	0.1733	0.1375	0.1699	0.1018	0.1999	0.1836	0.1999	0.1619	0.1095	0.1231	0.1095	0.1266
chr3R	4631627	4631778	chr3R:4631628-4631778	FBgn0037633,FBgn0037634	CG8359,CG9839	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0785	0.0916	0.0597	0.0604	0.0956	0.0921	0.0799	0.0604	0.1069	0.1103	0.1069	0.0798	0.0613	0.0554	0.0613	0.0698
chr3R	4631930	4632099	chr3R:4631931-4632099	FBgn0037634	CG8359	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1398	0.134	0.1656	0.1181	0.0817	0.1544	0.1613	0.1519	0.0817	0.1902	0.1891	0.1902	0.1379	0.1394	0.1115	0.1394	0.1308
chr3R	4633591	4633742	chr3R:4633592-4633742	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1111	0.1115	0.1537	0.0638	0.052	0.1466	0.1047	0.1632	0.052	0.1492	0.2254	0.1492	0.0705	0.0383	0.1451	0.0383	0.0396
chr3R	4633916	4634235	chr3R:4633917-4634235	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2365	0.2955	0.3057	0.0947	0.2206	0.3466	0.298	0.3904	0.2206	0.3593	0.3749	0.3593	0.117	0.0582	0.1315	0.0582	0.0631
chr3R	4634484	4634677	chr3R:4634485-4634677	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1537	0.2236	0.1887	0.0372	0.193	0.2155	0.2478	0.3051	0.193	0.1812	0.254	0.1812	0.0767	0.0145	0.0484	0.0145	0.0281
chr3R	4636218	4636385	chr3R:4636219-4636385	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0681	0.0614	0.0789	0.0638	0.0329	0.085	0.0614	0.0726	0.0329	0.0592	0.0791	0.0592	0.1208	0.036	0.0322	0.036	0.1261
chr3R	4637038	4637292	chr3R:4637039-4637292	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.13	0.0796	0.1499	0.1645	0.0308	0.1238	0.0735	0.1026	0.0308	0.1806	0.1662	0.1806	0.1774	0.245	0.1786	0.245	0.1824
chr3R	4637748	4637929	chr3R:4637749-4637929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0711	0.0597	0.0793	0.0748	0.0297	0.0772	0.0554	0.0873	0.0297	0.0851	0.0887	0.0851	0.0891	0.108	0.0896	0.108	0.0714
chr3R	4637982	4638180	chr3R:4637983-4638180	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0901	0.0856	0.0976	0.087	0.0371	0.1092	0.09	0.1113	0.0371	0.0978	0.1113	0.0978	0.1069	0.1172	0.0909	0.1172	0.0875
chr3R	4638211	4638419	chr3R:4638212-4638419	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1136	0.1113	0.1381	0.0893	0.0467	0.1461	0.1138	0.1479	0.0467	0.1208	0.1749	0.1208	0.1387	0.1064	0.1257	0.1064	0.0886
chr3R	4638542	4638693	chr3R:4638543-4638693	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0626	0.0918	0.0585	0.0148	0.0864	0.0536	0.0999	0.0148	0.0574	0.1264	0.0574	0.1077	0.0674	0.1044	0.0674	0.0532
chr3R	4639268	4639441	chr3R:4639269-4639441	FBgn0037635	CG9837	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0744	0.0593	0.0957	0.0678	0.0265	0.0796	0.0606	0.0753	0.0265	0.099	0.1125	0.099	0.1294	0.1172	0.0651	0.1172	0.0823
chr3R	4639777	4640195	chr3R:4639778-4640195	FBgn0037635	CG9837	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1264	0.1254	0.1532	0.098	0.0668	0.1854	0.1103	0.1599	0.0668	0.2162	0.1653	0.2162	0.1518	0.1325	0.0986	0.1325	0.149
chr3R	4644736	4644887	chr3R:4644737-4644887	FBgn0262604	CG43130	none	none	VT38617.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0704	0.0849	0.0821	0.0415	0.0498	0.0917	0.0943	0.1186	0.0498	0.0803	0.1029	0.0803	0.0875	0.0391	0.0503	0.0391	0.0631
chr3R	4645273	4645739	chr3R:4645274-4645739	FBgn0262604	CG43130	stage11,stage14,stage5	none	VT38617.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2273	0.265	0.2621	0.1471	0.2153	0.266	0.3075	0.3304	0.2153	0.2736	0.3135	0.2736	0.2595	0.1348	0.1986	0.1348	0.1459
chr3R	4645816	4646091	chr3R:4645817-4646091	FBgn0037636,FBgn0262604	CG43130,CG9821	stage11,stage14,stage5	none	VT38617.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.166	0.1687	0.1868	0.14	0.1326	0.1816	0.2016	0.1879	0.1326	0.2403	0.199	0.2403	0.1696	0.1202	0.1431	0.1202	0.1548
chr3R	4646304	4646520	chr3R:4646305-4646520	FBgn0037636	CG9821	stage11,stage14,stage5	none	VT38617.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2664	0.2561	0.3142	0.2255	0.1866	0.2985	0.3006	0.2732	0.1866	0.3557	0.3431	0.3557	0.3036	0.2289	0.2366	0.2289	0.2647
chr3R	4649561	4649720	chr3R:4649562-4649720	FBgn0037637,FBgn0037638	CG8379,CG9836	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0774	0.0758	0.0911	0.0642	0.053	0.082	0.0956	0.0819	0.053	0.1087	0.0939	0.1087	0.1239	0.0536	0.0561	0.0536	0.1105
chr3R	4649802	4649976	chr3R:4649803-4649976	FBgn0037637,FBgn0037638	CG8379,CG9836	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1293	0.1162	0.15	0.1212	0.1039	0.1214	0.1449	0.1213	0.1039	0.18	0.164	0.18	0.1603	0.1194	0.1264	0.1194	0.1678
chr3R	4650060	4650227	chr3R:4650061-4650227	FBgn0037637,FBgn0037638	CG8379,CG9836	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1085	0.0992	0.1239	0.1019	0.0848	0.1039	0.1233	0.1093	0.0848	0.151	0.1392	0.151	0.1278	0.111	0.1161	0.111	0.1266
chr3R	4651556	4651707	chr3R:4651557-4651707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0447	0.0525	0.0537	0.0263	0.0382	0.0456	0.077	0.0513	0.0382	0.0374	0.0833	0.0374	0.0457	0.0176	0.0329	0.0176	0.0417
chr3R	4652016	4652180	chr3R:4652017-4652180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0522	0.0683	0.0561	0.0299	0.0615	0.0626	0.09	0.0766	0.0615	0.038	0.0862	0.038	0.0527	0.0237	0.0426	0.0237	0.0474
chr3R	4652205	4652356	chr3R:4652206-4652356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0507	0.0702	0.0537	0.0258	0.071	0.0573	0.096	0.0753	0.071	0.0386	0.0833	0.0386	0.0465	0.0145	0.0406	0.0145	0.0339
chr3R	4652391	4652762	chr3R:4652392-4652762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0844	0.1259	0.0862	0.0362	0.1188	0.1087	0.1743	0.1252	0.1188	0.0586	0.1386	0.0586	0.0728	0.0245	0.0554	0.0245	0.0547
chr3R	4653834	4654187	chr3R:4653835-4654187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0723	0.1023	0.0749	0.0359	0.0986	0.0864	0.1488	0.0966	0.0986	0.0513	0.1077	0.0513	0.0736	0.0459	0.0451	0.0459	0.0427
chr3R	4657856	4658190	chr3R:4657857-4658190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0609	0.0914	0.0618	0.0259	0.0827	0.0728	0.1289	0.1006	0.0827	0.0399	0.1023	0.0399	0.0449	0.026	0.0271	0.026	0.036
chr3R	4659212	4659363	chr3R:4659213-4659363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0348	0.0577	0.0311	0.0132	0.0562	0.0417	0.0908	0.0553	0.0562	0.0187	0.0473	0.0187	0.031	0.0046	0.0213	0.0046	0.0214
chr3R	4666243	4666601	chr3R:4666244-4666601	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0876	0.1515	0.0732	0.0319	0.1569	0.0951	0.2249	0.1639	0.1569	0.0447	0.126	0.0447	0.0473	0.0207	0.06	0.0207	0.0427
chr3R	4666851	4667140	chr3R:4666852-4667140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1073	0.1874	0.0919	0.0347	0.1972	0.1311	0.2751	0.1999	0.1972	0.0562	0.1534	0.0562	0.079	0.0176	0.0722	0.0176	0.0401
chr3R	4667197	4667500	chr3R:4667198-4667500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1044	0.1742	0.0902	0.0418	0.1845	0.1369	0.2539	0.1825	0.1845	0.0495	0.1511	0.0495	0.0713	0.023	0.0883	0.023	0.0469
chr3R	4667715	4667992	chr3R:4667716-4667992	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1136	0.1847	0.1058	0.0426	0.1845	0.135	0.2643	0.2105	0.1845	0.0537	0.1875	0.0537	0.0852	0.0314	0.0716	0.0314	0.0573
chr3R	4671451	4671602	chr3R:4671452-4671602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0831	0.1074	0.0938	0.0443	0.088	0.1063	0.1458	0.1139	0.088	0.0942	0.1151	0.0942	0.0782	0.0436	0.0554	0.0436	0.0542
chr3R	4671957	4672202	chr3R:4671958-4672202	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.328	0.3492	0.3794	0.248	0.2948	0.382	0.3858	0.4071	0.2948	0.4632	0.4164	0.4632	0.3416	0.2243	0.3153	0.2243	0.3054
chr3R	4672629	4672792	chr3R:4672630-4672792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0798	0.0844	0.1024	0.0499	0.0583	0.0864	0.1094	0.0906	0.0583	0.0827	0.1511	0.0827	0.0736	0.0368	0.0754	0.0368	0.0756
chr3R	4673921	4674168	chr3R:4673922-4674168	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1624	0.2	0.2094	0.0688	0.1591	0.216	0.237	0.2452	0.1591	0.2156	0.2852	0.2156	0.1301	0.0743	0.0858	0.0743	0.0839
chr3R	4675624	4675878	chr3R:4675625-4675878	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1145	0.1251	0.1562	0.0568	0.0604	0.2272	0.1029	0.1226	0.0604	0.282	0.1817	0.282	0.0782	0.059	0.0677	0.059	0.0813
chr3R	4676232	4676383	chr3R:4676233-4676383	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0591	0.083	0.0736	0.0166	0.0435	0.1083	0.0934	0.0939	0.0435	0.0996	0.1048	0.0996	0.0434	0.0115	0.0193	0.0115	0.0234
chr3R	4676404	4676669	chr3R:4676405-4676669	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0737	0.1114	0.0868	0.0173	0.0498	0.1587	0.1168	0.1246	0.0498	0.1123	0.1093	0.1123	0.0891	0.0145	0.0206	0.0145	0.0203
chr3R	4680221	4680465	chr3R:4680222-4680465	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0733	0.0619	0.0959	0.0611	0.0477	0.0607	0.09	0.0626	0.0477	0.0737	0.1685	0.0737	0.0565	0.0628	0.1438	0.0628	0.0479
chr3R	4680514	4680941	chr3R:4680515-4680941	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1468	0.1489	0.1964	0.09	0.1177	0.1515	0.1808	0.1785	0.1177	0.1286	0.363	0.1286	0.096	0.0781	0.245	0.0781	0.0573
chr3R	4682716	4682942	chr3R:4682717-4682942	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0694	0.1352	0.0504	0.0167	0.1304	0.0908	0.208	0.1592	0.1304	0.0278	0.09	0.0278	0.0279	0.0054	0.038	0.0054	0.0167
chr3R	4683029	4683180	chr3R:4683030-4683180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0837	0.0463	0.017	0.071	0.0553	0.1345	0.0893	0.071	0.0199	0.0862	0.0199	0.0263	0.0031	0.0464	0.0031	0.0146
chr3R	4683386	4683656	chr3R:4683387-4683656	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1977	0.2844	0.2003	0.0979	0.3065	0.1932	0.3776	0.3598	0.3065	0.0495	0.3804	0.0495	0.1611	0.0375	0.2643	0.0375	0.0604
chr3R	4684184	4684344	chr3R:4684185-4684344	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.055	0.1133	0.0331	0.0138	0.1103	0.0427	0.1925	0.1359	0.1103	0.0181	0.0556	0.0181	0.0256	0.0077	0.0251	0.0077	0.0151
chr3R	4687516	4687699	chr3R:4687517-4687699	FBgn0011966	tRNA:R:85Ca	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.078	0.1144	0.081	0.0341	0.0764	0.1005	0.1592	0.1366	0.0764	0.0948	0.0871	0.0948	0.0922	0.0291	0.0432	0.0291	0.0459
chr3R	4688542	4688734	chr3R:4688543-4688734	FBgn0053551	tRNA:R:85Cb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1756	0.1907	0.2044	0.127	0.1463	0.2141	0.2102	0.2325	0.1463	0.2428	0.2141	0.2428	0.1921	0.1194	0.1109	0.1194	0.1725
chr3R	4688977	4689194	chr3R:4688978-4689194	FBgn0053551	tRNA:R:85Cb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1411	0.1513	0.1641	0.1044	0.1198	0.1621	0.167	0.1919	0.1198	0.2071	0.1897	0.2071	0.1565	0.1041	0.1244	0.1041	0.161
chr3R	4689313	4689487	chr3R:4689314-4689487	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0662	0.0799	0.0741	0.0423	0.0594	0.0743	0.0913	0.1106	0.0594	0.0773	0.0961	0.0773	0.0767	0.0314	0.0484	0.0314	0.0698
chr3R	4689912	4690211	chr3R:4689913-4690211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0482	0.0363	0.056	0.0531	0.0212	0.0413	0.0402	0.0413	0.0212	0.0531	0.0656	0.0531	0.0744	0.0283	0.0509	0.0283	0.1167
chr3R	4693149	4693462	chr3R:4693150-4693462	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0544	0.0315	0.0582	0.0756	0.0095	0.0461	0.035	0.0373	0.0095	0.0815	0.0582	0.0815	0.0581	0.16	0.0561	0.16	0.0834
chr3R	4693726	4693877	chr3R:4693727-4693877	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0281	0.0187	0.0268	0.04	0.0085	0.0248	0.0225	0.0213	0.0085	0.0405	0.0251	0.0405	0.0325	0.0934	0.0316	0.0934	0.0401
chr3R	4694005	4694230	chr3R:4694006-4694230	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0337	0.0258	0.0334	0.0428	0.0085	0.0286	0.0337	0.0353	0.0085	0.0405	0.0392	0.0405	0.0287	0.0827	0.0316	0.0827	0.0532
chr3R	4699381	4699532	chr3R:4699382-4699532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0169	0.0165	0.0146	0.0198	0.0011	0.0228	0.0182	0.0213	0.0011	0.0145	0.017	0.0145	0.0201	0.0528	0.0129	0.0528	0.0162
chr3R	4699865	4700073	chr3R:4699866-4700073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.0376	0.0202	0.015	0.0127	0.0592	0.0285	0.0513	0.0127	0.0181	0.0238	0.0181	0.0201	0.0115	0.0277	0.0115	0.0156
chr3R	4704237	4704404	chr3R:4704238-4704404	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.014	0.0237	0.0255	0.0032	0.0155	0.0182	0.0153	0.0032	0.0121	0.0405	0.0121	0.0178	0.01	0.0806	0.01	0.013
chr3R	4704854	4705005	chr3R:4704855-4705005	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.0112	0.015	0.0152	0.0011	0.0141	0.0143	0.012	0.0011	0.0072	0.0257	0.0072	0.0147	0.0038	0.0522	0.0038	0.0078
chr3R	4705082	4705233	chr3R:4705083-4705233	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0128	0.0189	0.0163	0.0032	0.016	0.0177	0.0093	0.0032	0.0133	0.0283	0.0133	0.0194	0.0115	0.0432	0.0115	0.0125
chr3R	4707492	4707709	chr3R:4707493-4707709	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0316	0.0274	0.0462	0.0202	0.0127	0.0369	0.0316	0.0313	0.0127	0.0284	0.046	0.0284	0.1084	0.0291	0.0123	0.0291	0.0339
chr3R	4707778	4708139	chr3R:4707779-4708139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0382	0.0404	0.0476	0.0256	0.0201	0.0476	0.0515	0.044	0.0201	0.0308	0.0572	0.0308	0.072	0.0245	0.0174	0.0245	0.0479
chr3R	4709438	4709598	chr3R:4709439-4709598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0328	0.0249	0.0106	0.0138	0.035	0.0363	0.0513	0.0138	0.0205	0.0347	0.0205	0.0194	0.0077	0.0161	0.0077	0.0151
chr3R	4710922	4711073	chr3R:4710923-4711073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0181	0.0171	0.0183	0.0191	0.0032	0.0267	0.0195	0.0173	0.0032	0.0121	0.0251	0.0121	0.0201	0.0184	0.0219	0.0184	0.0271
chr3R	4711441	4711592	chr3R:4711442-4711592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0211	0.0219	0.023	0.0181	0.0032	0.0335	0.0225	0.0273	0.0032	0.0266	0.0302	0.0266	0.0186	0.0214	0.0168	0.0214	0.025
chr3R	4712474	4712625	chr3R:4712475-4712625	distal	distal	none	none	VT38652.1	VT38652.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0122	0.0103	0.0142	0.0021	0.0117	0.0169	0.0167	0.0021	0.0042	0.0093	0.0042	0.0023	0.0038	0.0045	0.0038	0.0052
chr3R	4712807	4713011	chr3R:4712808-4713011	distal	distal	none	none	VT38652.1	VT38652.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0255	0.023	0.0242	0.0064	0.0238	0.0333	0.042	0.0064	0.0181	0.0277	0.0181	0.0147	0.0145	0.0135	0.0145	0.0151
chr3R	4714494	4714645	chr3R:4714495-4714645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0213	0.0231	0.0232	0.0171	0.0117	0.0218	0.0268	0.0313	0.0117	0.0193	0.0289	0.0193	0.0232	0.0092	0.0155	0.0092	0.0302
chr3R	4715205	4715356	chr3R:4715206-4715356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0233	0.0244	0.0135	0.0095	0.018	0.0324	0.036	0.0095	0.0151	0.0418	0.0151	0.0155	0.0092	0.0251	0.0092	0.0125
chr3R	4716043	4716194	chr3R:4716044-4716194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0275	0.0218	0.0141	0.0095	0.0248	0.0376	0.036	0.0095	0.0169	0.0254	0.0169	0.0302	0.0161	0.0148	0.0161	0.0208
chr3R	4716252	4716444	chr3R:4716253-4716444	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.035	0.0454	0.0404	0.0177	0.0297	0.0393	0.0649	0.0513	0.0297	0.0302	0.046	0.0302	0.0612	0.0145	0.0232	0.0145	0.0219
chr3R	4717064	4717215	chr3R:4717065-4717215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.009	0.0159	0.0178	0.0032	0.0063	0.0138	0.012	0.0032	0.0103	0.0199	0.0103	0.0217	0.0092	0.0419	0.0092	0.0177
chr3R	4721627	4721778	chr3R:4721628-4721778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0211	0.0278	0.017	0.0053	0.0218	0.0234	0.0313	0.0053	0.0217	0.0357	0.0217	0.0341	0.0145	0.0251	0.0145	0.0146
chr3R	4722418	4722569	chr3R:4722419-4722569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0167	0.0203	0.017	0.0053	0.0175	0.0195	0.0253	0.0053	0.0157	0.0312	0.0157	0.0155	0.0084	0.0432	0.0084	0.0109
chr3R	4722754	4722905	chr3R:4722755-4722905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0157	0.0183	0.0173	0.011	0.0053	0.0141	0.0234	0.03	0.0053	0.0121	0.0238	0.0121	0.0139	0.0069	0.0264	0.0069	0.0052
chr3R	4723247	4723528	chr3R:4723248-4723528	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0344	0.0299	0.0431	0.0299	0.0074	0.0427	0.0285	0.0426	0.0074	0.061	0.0489	0.061	0.0403	0.0597	0.0277	0.0597	0.0287
chr3R	4739568	4739924	chr3R:4739569-4739924	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0501	0.049	0.0567	0.044	0.0297	0.0684	0.0601	0.0413	0.0297	0.0664	0.046	0.0664	0.0217	0.023	0.0232	0.023	0.0328
chr3R	4740117	4740282	chr3R:4740118-4740282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.03	0.0253	0.0169	0.0148	0.0403	0.0324	0.0346	0.0148	0.0223	0.0283	0.0223	0.0124	0.0168	0.0129	0.0168	0.0162
chr3R	4741619	4742144	chr3R:4741620-4742144	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0498	0.0442	0.052	0.0536	0.0201	0.0597	0.0532	0.0466	0.0201	0.0598	0.0531	0.0598	0.0705	0.1179	0.0419	0.1179	0.0521
chr3R	4746209	4746423	chr3R:4746210-4746423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.025	0.0367	0.0269	0.0106	0.0272	0.0372	0.0253	0.0106	0.0278	0.0531	0.0278	0.0341	0.0207	0.0587	0.0207	0.025
chr3R	4746609	4746760	chr3R:4746610-4746760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0222	0.0246	0.0269	0.0143	0.0138	0.018	0.0407	0.0286	0.0138	0.0163	0.0315	0.0163	0.0256	0.0084	0.0187	0.0084	0.0182
chr3R	4747101	4747297	chr3R:4747102-4747297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0283	0.0309	0.0364	0.0164	0.018	0.0296	0.0411	0.0366	0.018	0.0139	0.0264	0.0139	0.0248	0.0084	0.0045	0.0084	0.0089
chr3R	4748469	4748639	chr3R:4748470-4748639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0394	0.0239	0.0605	0.0334	0.0064	0.0325	0.0303	0.0247	0.0064	0.0338	0.1064	0.0338	0.0403	0.0237	0.0838	0.0237	0.0297
chr3R	4749765	4750095	chr3R:4749766-4750095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0502	0.032	0.0676	0.0512	0.0042	0.0451	0.0385	0.0386	0.0042	0.0254	0.0929	0.0254	0.1185	0.0253	0.0677	0.0253	0.0855
chr3R	4751628	4751779	chr3R:4751629-4751779	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0572	0.0439	0.0775	0.0499	0.0255	0.0534	0.0415	0.064	0.0255	0.0278	0.1505	0.0278	0.0457	0.0176	0.1651	0.0176	0.025
chr3R	4751897	4752249	chr3R:4751898-4752249	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1102	0.0905	0.1527	0.0858	0.0488	0.085	0.1077	0.1352	0.0488	0.0525	0.2961	0.0525	0.086	0.026	0.2921	0.026	0.0375
chr3R	4752913	4753088	chr3R:4752914-4753088	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1306	0.1514	0.1813	0.0515	0.1166	0.1583	0.1518	0.2212	0.1166	0.1781	0.2698	0.1781	0.1379	0.023	0.0896	0.023	0.0703
chr3R	4753159	4753586	chr3R:4753160-4753586	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2089	0.2266	0.2902	0.0998	0.1856	0.2277	0.2401	0.3231	0.1856	0.2446	0.408	0.2446	0.3083	0.0551	0.1541	0.0551	0.1548
chr3R	4753669	4754273	chr3R:4753670-4754273	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2496	0.2576	0.3478	0.133	0.2057	0.2568	0.285	0.3584	0.2057	0.2494	0.5035	0.2494	0.4136	0.1041	0.2463	0.1041	0.1579
chr3R	4755598	4755749	chr3R:4755599-4755749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0363	0.0289	0.0485	0.0312	0.0074	0.0466	0.0277	0.0326	0.0074	0.0453	0.0505	0.0453	0.1007	0.0176	0.0226	0.0176	0.0761
chr3R	4757540	4757726	chr3R:4757541-4757726	FBgn0262614	pyd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.236	0.2193	0.2821	0.204	0.1697	0.2539	0.2124	0.3011	0.1697	0.3213	0.3235	0.3213	0.2758	0.1799	0.2205	0.1799	0.2527
chr3R	4757837	4758057	chr3R:4757838-4758057	FBgn0262614	pyd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.12	0.1155	0.1424	0.1005	0.0923	0.1325	0.1194	0.1432	0.0923	0.1576	0.1656	0.1576	0.1472	0.0674	0.109	0.0674	0.1334
chr3R	4764308	4764490	chr3R:4764309-4764490	FBgn0037643	skap	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0535	0.0263	0.0344	0.105	0.017	0.0272	0.0424	0.0173	0.017	0.0133	0.0373	0.0133	0.079	0.111	0.1122	0.111	0.1537
chr3R	4764567	4764802	chr3R:4764568-4764802	FBgn0037643	skap	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.05	0.034	0.0332	0.0863	0.0212	0.0311	0.0532	0.0353	0.0212	0.0163	0.0389	0.0163	0.0643	0.0904	0.098	0.0904	0.135
chr3R	4764826	4765034	chr3R:4764827-4765034	FBgn0037643	skap	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0366	0.0194	0.0294	0.0638	0.0095	0.0238	0.0199	0.026	0.0095	0.0163	0.0344	0.0163	0.0596	0.049	0.0574	0.049	0.1245
chr3R	4770174	4770325	chr3R:4770175-4770325	FBgn0037644	CG11964	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0248	0.0279	0.0163	0.0095	0.0252	0.0394	0.0247	0.0095	0.0314	0.0286	0.0314	0.0287	0.0138	0.0219	0.0138	0.0219
chr3R	4770675	4770866	chr3R:4770676-4770866	FBgn0037644	CG11964	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1148	0.1051	0.1397	0.0983	0.0668	0.1267	0.1176	0.1219	0.0668	0.1643	0.1556	0.1643	0.1394	0.0911	0.1199	0.0911	0.1178
chr3R	4771414	4771611	chr3R:4771415-4771611	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0242	0.039	0.0493	0.0106	0.0267	0.0324	0.024	0.0106	0.0193	0.0646	0.0193	0.0294	0.01	0.1767	0.01	0.0151
chr3R	4771903	4772054	chr3R:4771904-4772054	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0146	0.022	0.0324	0.0074	0.0121	0.0203	0.0187	0.0074	0.0115	0.0392	0.0115	0.0163	0.0069	0.1161	0.0069	0.0125
chr3R	4775099	4775275	chr3R:4775100-4775275	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0233	0.0307	0.0476	0.0095	0.0233	0.0298	0.03	0.0095	0.0181	0.0531	0.0181	0.0186	0.0077	0.1767	0.0077	0.0188
chr3R	4775370	4775521	chr3R:4775371-4775521	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0317	0.0203	0.0296	0.0467	0.0095	0.015	0.0298	0.022	0.0095	0.0163	0.0505	0.0163	0.0225	0.0107	0.1696	0.0107	0.0162
chr3R	4775613	4775764	chr3R:4775614-4775764	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0121	0.0192	0.0337	0.0053	0.0112	0.0143	0.0167	0.0053	0.0115	0.0315	0.0115	0.0178	0.0054	0.1309	0.0054	0.0068
chr3R	4780500	4780664	chr3R:4780501-4780664	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0239	0.0168	0.0214	0.0344	0.0085	0.0146	0.0272	0.0153	0.0085	0.0109	0.0412	0.0109	0.0093	0.0031	0.1315	0.0031	0.0104
chr3R	4781142	4781391	chr3R:4781143-4781391	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.105	0.1167	0.1168	0.079	0.0795	0.1165	0.1436	0.1412	0.0795	0.1117	0.1576	0.1117	0.1232	0.0191	0.2115	0.0191	0.0844
chr3R	4788713	4788918	chr3R:4788714-4788918	FBgn0037645	CG11966	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1975	0.2222	0.2514	0.1108	0.1686	0.2471	0.2366	0.2838	0.1686	0.3134	0.2932	0.3134	0.2324	0.0658	0.2134	0.0658	0.1318
chr3R	4789217	4789386	chr3R:4789218-4789386	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0996	0.1154	0.1117	0.0688	0.0636	0.1296	0.1315	0.1519	0.0636	0.1341	0.1405	0.1341	0.0891	0.0567	0.1103	0.0567	0.0844
chr3R	4791343	4791627	chr3R:4791344-4791627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0397	0.0833	0.0214	0.011	0.0403	0.0476	0.0644	0.2045	0.0403	0.0169	0.0341	0.0169	0.0132	0.0054	0.0309	0.0054	0.0052
chr3R	4794952	4795103	chr3R:4794953-4795103	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0135	0.0101	0.0108	0.0202	0.0021	0.0063	0.0177	0.0127	0.0021	0.0072	0.019	0.0072	0.007	0.0038	0.0735	0.0038	0.0089
chr3R	4795315	4795466	chr3R:4795316-4795466	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0124	0.0097	0.0075	0.0207	0.0021	0.0073	0.0156	0.0113	0.0021	0.0042	0.0119	0.0042	0.0046	0.0038	0.0761	0.0038	0.0089
chr3R	4795592	4795743	chr3R:4795593-4795743	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0176	0.0257	0.01	0.017	0.0159	0.017	0.0376	0.0313	0.0159	0.0085	0.0154	0.0085	0.007	0.0038	0.0574	0.0038	0.0063
chr3R	4796540	4796774	chr3R:4796541-4796774	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0449	0.0242	0.0195	0.0371	0.0296	0.0619	0.0666	0.0371	0.0133	0.046	0.0133	0.0085	0.0061	0.0606	0.0061	0.0104
chr3R	4797648	4797799	chr3R:4797649-4797799	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0213	0.0405	0.0161	0.0056	0.0233	0.034	0.0562	0.056	0.0233	0.0079	0.0309	0.0079	0.0054	8e-04	0.0193	8e-04	0.001
chr3R	4797823	4797974	chr3R:4797824-4797974	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0172	0.0353	0.0096	0.0052	0.0255	0.0233	0.0523	0.046	0.0255	0.0048	0.0186	0.0048	0.0046	8e-04	0.0161	8e-04	0.0016
chr3R	4801419	4801571	chr3R:4801420-4801571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.029	0.0601	0.0165	0.0079	0.0424	0.0456	0.0947	0.066	0.0424	0.0109	0.0212	0.0109	0.0108	0.0069	0.0097	0.0069	0.0073
chr3R	4801853	4802178	chr3R:4801854-4802178	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0737	0.1782	0.0256	0.0097	0.2015	0.1005	0.2993	0.1546	0.2015	0.0236	0.0315	0.0236	0.0186	0.0061	0.0148	0.0061	0.0109
chr3R	4804168	4804323	chr3R:4804169-4804323	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0261	0.0248	0.0239	0.0301	0.0138	0.0228	0.0307	0.0326	0.0138	0.0405	0.027	0.0405	0.0178	0.0391	0.06	0.0391	0.0229
chr3R	4805049	4805200	chr3R:4805050-4805200	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0192	0.0231	0.0189	0.0148	0.0146	0.0277	0.0207	0.0148	0.029	0.0251	0.029	0.0232	0.0138	0.038	0.0138	0.0172
chr3R	4805685	4805856	chr3R:4805686-4805856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0765	0.0843	0.0783	0.0467	0.0879	0.0917	0.0919	0.0467	0.099	0.0942	0.099	0.0837	0.1041	0.0825	0.1041	0.1021
chr3R	4806075	4806311	chr3R:4806076-4806311	FBgn0037646	CAHbeta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0573	0.0408	0.0511	0.0824	0.018	0.049	0.0523	0.0453	0.018	0.0471	0.0556	0.0471	0.0759	0.1271	0.0683	0.1271	0.1334
chr3R	4806437	4806613	chr3R:4806438-4806613	FBgn0037646	CAHbeta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0581	0.0236	0.047	0.1089	0.0127	0.033	0.0285	0.02	0.0127	0.0459	0.0492	0.0459	0.0891	0.157	0.1077	0.157	0.1756
chr3R	4806719	4807121	chr3R:4806720-4807121	FBgn0037646	CAHbeta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0587	0.0349	0.0579	0.0862	0.0212	0.035	0.0497	0.0353	0.0212	0.0489	0.0621	0.0489	0.1084	0.1103	0.1051	0.1103	0.1256
chr3R	4809724	4809881	chr3R:4809725-4809881	FBgn0037647	RagA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.051	0.0674	0.0492	0.0339	0.0553	0.0722	0.0453	0.0339	0.0803	0.0723	0.0803	0.0635	0.0482	0.0471	0.0482	0.0667
chr3R	4809940	4810136	chr3R:4809941-4810136	FBgn0037647	RagA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1057	0.0952	0.1298	0.0911	0.0573	0.115	0.1172	0.0953	0.0573	0.1534	0.1412	0.1534	0.1224	0.0934	0.0858	0.0934	0.1167
chr3R	4810334	4810731	chr3R:4810335-4810731	FBgn0027503,FBgn0037647	CG11970,RagA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1692	0.1376	0.2115	0.1581	0.0933	0.167	0.1453	0.1672	0.0933	0.2385	0.2293	0.2385	0.2045	0.1639	0.1586	0.1639	0.1793
chr3R	4810766	4810917	chr3R:4810767-4810917	FBgn0027503	CG11970	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0509	0.0411	0.0671	0.044	0.0297	0.0466	0.051	0.04	0.0297	0.087	0.072	0.087	0.0573	0.0521	0.0471	0.0521	0.0537
chr3R	4818310	4818461	chr3R:4818311-4818461	FBgn0260243	E(var)3-9	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.0481	0.056	0.039	0.0361	0.0583	0.0506	0.0593	0.0361	0.064	0.0633	0.064	0.0658	0.0482	0.0406	0.0482	0.0495
chr3R	4818627	4818802	chr3R:4818628-4818802	FBgn0037648,FBgn0260243	CG11975,E(var)3-9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1851	0.1705	0.215	0.1686	0.1198	0.2126	0.1674	0.2105	0.1198	0.2687	0.2309	0.2687	0.2215	0.1876	0.1754	0.1876	0.197
chr3R	4818879	4819077	chr3R:4818880-4819077	FBgn0037648,FBgn0260243	CG11975,E(var)3-9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1791	0.1659	0.2102	0.1599	0.105	0.2073	0.1609	0.2232	0.105	0.2615	0.2322	0.2615	0.2169	0.1639	0.1689	0.1639	0.1975
chr3R	4819103	4819269	chr3R:4819104-4819269	FBgn0037648,FBgn0260243	CG11975,E(var)3-9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.0956	0.1198	0.0868	0.0509	0.1141	0.1099	0.1199	0.0509	0.1431	0.1347	0.1431	0.1332	0.0819	0.098	0.0819	0.1079
chr3R	4827721	4827872	chr3R:4827722-4827872	FBgn0051100	CG31100	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0157	0.0306	0.0323	0.0032	0.015	0.0238	0.0147	0.0032	0.0175	0.0531	0.0175	0.0217	0.0054	0.0948	0.0054	0.0203
chr3R	4829646	4829821	chr3R:4829647-4829821	FBgn0037652	CG11980	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1016	0.0918	0.1249	0.087	0.0573	0.1068	0.1003	0.1233	0.0573	0.1473	0.1431	0.1473	0.1263	0.0842	0.0935	0.0842	0.111
chr3R	4829972	4830284	chr3R:4829973-4830284	FBgn0037652	CG11980	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0705	0.0744	0.0863	0.0489	0.0403	0.0801	0.0965	0.0893	0.0403	0.1014	0.0965	0.1014	0.0829	0.0429	0.0445	0.0429	0.0703
chr3R	4831247	4831787	chr3R:4831248-4831787	FBgn0026380,FBgn0037653	CG11982,Prosbeta3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1037	0.1473	0.0893	0.0573	0.1146	0.1194	0.1319	0.0573	0.1812	0.155	0.1812	0.1549	0.1087	0.0832	0.1087	0.123
chr3R	4831841	4832015	chr3R:4831842-4832015	FBgn0026380,FBgn0037653	CG11982,Prosbeta3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1573	0.1383	0.1898	0.1427	0.0891	0.1621	0.1466	0.1852	0.0891	0.2319	0.2048	0.2319	0.1867	0.1669	0.1302	0.1669	0.1819
chr3R	4832093	4832272	chr3R:4832094-4832272	FBgn0026380,FBgn0037653	CG11982,Prosbeta3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1462	0.1254	0.1778	0.1349	0.0753	0.149	0.138	0.1606	0.0753	0.2367	0.1923	0.2367	0.1658	0.1662	0.1244	0.1662	0.1688
chr3R	4833795	4833946	chr3R:4833796-4833946	FBgn0037654	CG11983	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0372	0.0333	0.0288	0.0508	0.0138	0.0393	0.0454	0.0353	0.0138	0.0242	0.0334	0.0242	0.0465	0.0482	0.0477	0.0482	0.0558
chr3R	4834048	4834243	chr3R:4834049-4834243	FBgn0037654	CG11983	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0784	0.0627	0.0679	0.1075	0.0456	0.0602	0.083	0.0733	0.0456	0.0537	0.0749	0.0537	0.1046	0.1057	0.1109	0.1057	0.1298
chr3R	4839635	4839846	chr3R:4839636-4839846	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0644	0.0415	0.0615	0.093	0.0255	0.0544	0.0471	0.0486	0.0255	0.0556	0.0653	0.0556	0.0813	0.0949	0.0761	0.0949	0.1334
chr3R	4839889	4840092	chr3R:4839890-4840092	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.096	0.0527	0.0923	0.1486	0.0265	0.0675	0.0597	0.0626	0.0265	0.093	0.0952	0.093	0.1232	0.1455	0.1431	0.1455	0.1949
chr3R	4840192	4840418	chr3R:4840193-4840418	FBgn0037655	CG11984	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0965	0.0644	0.1127	0.1145	0.0212	0.0879	0.0675	0.0826	0.0212	0.1202	0.1267	0.1202	0.1239	0.1348	0.1238	0.1348	0.1339
chr3R	4840531	4840712	chr3R:4840532-4840712	FBgn0037655,FBgn0037656,FBgn0040534	CG11984,CG11985,CG11986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1606	0.1201	0.1836	0.1805	0.0604	0.1607	0.1181	0.1572	0.0604	0.215	0.1907	0.215	0.1905	0.2006	0.1921	0.2006	0.2105
chr3R	4840781	4840988	chr3R:4840782-4840988	FBgn0037655,FBgn0037656,FBgn0040534	CG11984,CG11985,CG11986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1368	0.1058	0.1727	0.1319	0.0626	0.1272	0.1103	0.1379	0.0626	0.2186	0.1836	0.2186	0.1627	0.1332	0.1354	0.1332	0.1589
chr3R	4840998	4841173	chr3R:4840999-4841173	FBgn0037655,FBgn0037656,FBgn0040534	CG11984,CG11985,CG11986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1606	0.1432	0.1923	0.1454	0.1092	0.1743	0.1466	0.1772	0.1092	0.2452	0.2096	0.2452	0.1774	0.1593	0.1496	0.1593	0.1641
chr3R	4845437	4845594	chr3R:4845438-4845594	FBgn0264075	tgo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0884	0.133	0.0927	0.0477	0.1019	0.0943	0.1206	0.0477	0.154	0.1502	0.154	0.1255	0.0957	0.1038	0.0957	0.1094
chr3R	4845678	4845851	chr3R:4845679-4845851	FBgn0264075	tgo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1756	0.1732	0.2036	0.1475	0.1368	0.1956	0.1972	0.2039	0.1368	0.2506	0.2283	0.2506	0.1875	0.1669	0.1502	0.1669	0.1751
chr3R	4849819	4850129	chr3R:4849820-4850129	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1274	0.1704	0.1655	0.0376	0.1622	0.2019	0.1972	0.1672	0.1622	0.3025	0.1929	0.3025	0.0573	0.0551	0.0606	0.0551	0.0276
chr3R	4850737	4850977	chr3R:4850738-4850977	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	neur_809bp_CRM	neur_809bp_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1902	0.2714	0.2237	0.0627	0.2015	0.2922	0.3093	0.3458	0.2015	0.3424	0.2412	0.3424	0.062	0.0383	0.0355	0.0383	0.0281
chr3R	4854550	4854897	chr3R:4854551-4854897	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1235	0.1259	0.114	0.1315	0.106	0.1272	0.1618	0.1419	0.106	0.2132	0.101	0.2132	0.0875	0.3124	0.0896	0.3124	0.1308
chr3R	4855193	4855412	chr3R:4855194-4855412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0957	0.1071	0.0951	0.0838	0.0976	0.0893	0.1436	0.1279	0.0976	0.1202	0.0997	0.1202	0.0914	0.1417	0.0587	0.1417	0.124
chr3R	4855775	4856121	chr3R:4855776-4856121	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1731	0.2924	0.1467	0.0689	0.3054	0.1835	0.404	0.3678	0.3054	0.1057	0.2325	0.1057	0.093	0.0858	0.1264	0.0858	0.0558
chr3R	4857394	4857672	chr3R:4857395-4857672	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1207	0.1791	0.106	0.0716	0.1803	0.1398	0.2535	0.1905	0.1803	0.0918	0.136	0.0918	0.0798	0.0643	0.1283	0.0643	0.0615
chr3R	4859057	4859231	chr3R:4859058-4859231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0963	0.1267	0.098	0.0606	0.1018	0.1257	0.1587	0.1492	0.1018	0.1262	0.1154	0.1262	0.0534	0.1026	0.0613	0.1026	0.0615
chr3R	4859398	4859584	chr3R:4859399-4859584	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2446	0.2449	0.2777	0.2079	0.1951	0.2913	0.2634	0.2838	0.1951	0.3617	0.2997	0.3617	0.2479	0.242	0.2186	0.242	0.2256
chr3R	4859800	4860149	chr3R:4859801-4860149	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2703	0.298	0.3112	0.1944	0.2704	0.3102	0.3274	0.3698	0.2704	0.3587	0.3695	0.3587	0.2502	0.2221	0.2315	0.2221	0.1944
chr3R	4862859	4863041	chr3R:4862860-4863041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0735	0.1008	0.0962	0.018	0.0467	0.1617	0.0921	0.1113	0.0467	0.2041	0.0968	0.2041	0.0395	0.0276	0.0226	0.0276	0.0188
chr3R	4863693	4863911	chr3R:4863694-4863911	FBgn0037657	hyx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1126	0.1989	0.1108	0.0181	0.1516	0.1927	0.2054	0.2958	0.1516	0.0954	0.1752	0.0954	0.024	0.0107	0.0206	0.0107	0.0162
chr3R	4864548	4864719	chr3R:4864549-4864719	FBgn0002932	neur	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0959	0.1056	0.0924	0.0891	0.07	0.1189	0.1202	0.1312	0.07	0.1063	0.1138	0.1063	0.0852	0.0881	0.0948	0.0881	0.1006
chr3R	4865107	4865301	chr3R:4865108-4865301	FBgn0002932	neur	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1576	0.1296	0.1834	0.1607	0.0721	0.1524	0.1527	0.1559	0.0721	0.2283	0.1984	0.2283	0.1875	0.1646	0.176	0.1646	0.1954
chr3R	4865382	4865565	chr3R:4865383-4865565	FBgn0002932	neur	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1684	0.1567	0.2018	0.1448	0.0923	0.1757	0.1847	0.1892	0.0923	0.2482	0.2148	0.2482	0.2045	0.1585	0.1586	0.1585	0.1725
chr3R	4865645	4865809	chr3R:4865646-4865809	FBgn0002932	neur	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0771	0.0897	0.0874	0.0517	0.0604	0.0869	0.1133	0.1086	0.0604	0.1178	0.0939	0.1178	0.0829	0.0528	0.0664	0.0528	0.0631
chr3R	4869496	4869647	chr3R:4869497-4869647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.035	0.0257	0.043	0.0366	0.0106	0.032	0.0324	0.032	0.0106	0.055	0.0392	0.055	0.0744	0.0383	0.029	0.0383	0.0735
chr3R	4872854	4873028	chr3R:4872855-4873028	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1127	0.1064	0.14	0.0898	0.0615	0.1228	0.1302	0.1226	0.0615	0.1751	0.1563	0.1751	0.1348	0.0965	0.0883	0.0965	0.1079
chr3R	4873145	4873565	chr3R:4873146-4873565	FBgn0014018	Rel	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1361	0.1243	0.1646	0.118	0.0774	0.1383	0.1605	0.1386	0.0774	0.1957	0.1823	0.1957	0.1859	0.1233	0.1367	0.1233	0.1548
chr3R	4873658	4873844	chr3R:4873659-4873844	FBgn0014018	Rel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1382	0.1103	0.1683	0.1365	0.0636	0.1354	0.1254	0.1279	0.0636	0.1963	0.1814	0.1963	0.1766	0.1332	0.1773	0.1332	0.1553
chr3R	4874069	4874277	chr3R:4874070-4874277	FBgn0014018	Rel	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1324	0.1236	0.153	0.1195	0.0954	0.1301	0.1475	0.1526	0.0954	0.1787	0.1752	0.1787	0.1526	0.1217	0.1354	0.1217	0.1464
chr3R	4874343	4874553	chr3R:4874344-4874553	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1675	0.1783	0.1858	0.1354	0.1294	0.1951	0.2085	0.2239	0.1294	0.2566	0.1932	0.2566	0.1751	0.1516	0.1644	0.1516	0.1595
chr3R	4876220	4876416	chr3R:4876221-4876416	FBgn0010222,FBgn0028708	Mst85C,Nmdmc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1385	0.1329	0.1683	0.1121	0.087	0.1592	0.1514	0.1552	0.087	0.2138	0.182	0.2138	0.1541	0.121	0.1206	0.121	0.1438
chr3R	4876454	4876668	chr3R:4876455-4876668	FBgn0010222,FBgn0028708	Mst85C,Nmdmc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1562	0.1557	0.1864	0.1235	0.1177	0.1811	0.1817	0.1772	0.1177	0.2337	0.1958	0.2337	0.189	0.1332	0.1373	0.1332	0.1464
chr3R	4878144	4878319	chr3R:4878145-4878319	FBgn0037659	Kdm2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2099	0.1934	0.2473	0.1873	0.1569	0.2364	0.1985	0.2272	0.1569	0.311	0.2723	0.311	0.2432	0.1991	0.207	0.1991	0.2293
chr3R	4878445	4878623	chr3R:4878446-4878623	FBgn0037659	Kdm2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.1067	0.1717	0.1232	0.071	0.1291	0.1055	0.1439	0.071	0.2162	0.1849	0.2162	0.1665	0.1363	0.1231	0.1363	0.1485
chr3R	4878639	4879058	chr3R:4878640-4879058	FBgn0037659	Kdm2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2852	0.1498	0.3871	0.3247	0.0806	0.2306	0.1241	0.1772	0.0806	0.5103	0.4222	0.5103	0.4671	0.3767	0.3894	0.3767	0.4377
chr3R	4879965	4880116	chr3R:4879966-4880116	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.071	0.0469	0.0723	0.0964	0.0223	0.0675	0.0571	0.0393	0.0223	0.0658	0.0711	0.0658	0.1309	0.111	0.0858	0.111	0.1683
chr3R	4880197	4880411	chr3R:4880198-4880411	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.163	0.1335	0.1783	0.1791	0.1039	0.1942	0.1458	0.1173	0.1039	0.2464	0.1714	0.2464	0.2618	0.2044	0.1934	0.2044	0.2866
chr3R	4880762	4880913	chr3R:4880763-4880913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0613	0.0284	0.0703	0.0881	0.0106	0.0422	0.032	0.0247	0.0106	0.1316	0.0553	0.1316	0.1038	0.1401	0.0567	0.1401	0.1652
chr3R	4881137	4881288	chr3R:4881138-4881288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.06	0.0263	0.0648	0.0922	0.0095	0.0403	0.0298	0.0227	0.0095	0.125	0.0469	0.125	0.0945	0.1868	0.0625	0.1868	0.1402
chr3R	4882315	4882493	chr3R:4882316-4882493	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1058	0.092	0.1093	0.1174	0.052	0.099	0.1103	0.1126	0.052	0.1534	0.0974	0.1534	0.1193	0.1753	0.0548	0.1753	0.1063
chr3R	4882843	4883073	chr3R:4882844-4883073	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG11033_2700	CG11033_2700	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1869	0.1586	0.2231	0.1788	0.105	0.1956	0.1618	0.2032	0.105	0.3327	0.2338	0.3327	0.237	0.2565	0.1889	0.2565	0.2173
chr3R	4883380	4883610	chr3R:4883381-4883610	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1795	0.1337	0.2192	0.187	0.0785	0.1845	0.1181	0.1819	0.0785	0.3243	0.2325	0.3243	0.2424	0.2458	0.1934	0.2458	0.2308
chr3R	4883688	4883839	chr3R:4883689-4883839	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0629	0.0449	0.0662	0.0792	0.0223	0.0495	0.0567	0.056	0.0223	0.0839	0.0688	0.0839	0.0798	0.1309	0.0735	0.1309	0.0677
chr3R	4890412	4890563	chr3R:4890413-4890563	FBgn0037660,FBgn0037661	Ada,CG18005	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0428	0.0394	0.0539	0.0345	0.0286	0.0417	0.0497	0.0393	0.0286	0.0785	0.0579	0.0785	0.0511	0.0551	0.0335	0.0551	0.0417
chr3R	4890744	4890945	chr3R:4890745-4890945	FBgn0037660,FBgn0037661	Ada,CG18005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.148	0.1395	0.1797	0.1228	0.122	0.1578	0.1557	0.1706	0.122	0.2319	0.2048	0.2319	0.1766	0.1616	0.1231	0.1616	0.1454
chr3R	4894098	4894287	chr3R:4894099-4894287	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1152	0.1001	0.1338	0.1118	0.0424	0.1252	0.112	0.1299	0.0424	0.1467	0.1457	0.1467	0.1348	0.1348	0.1135	0.1348	0.1219
chr3R	4894366	4894539	chr3R:4894367-4894539	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1324	0.1159	0.1522	0.1291	0.0626	0.1456	0.128	0.1386	0.0626	0.1733	0.1672	0.1733	0.1596	0.1554	0.1322	0.1554	0.1454
chr3R	4894649	4894851	chr3R:4894650-4894851	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0726	0.0707	0.0773	0.0698	0.0339	0.0932	0.0757	0.0906	0.0339	0.0924	0.082	0.0924	0.0875	0.0812	0.0703	0.0812	0.0907
chr3R	4894896	4895223	chr3R:4894897-4895223	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0884	0.0717	0.0943	0.0308	0.1209	0.0856	0.1179	0.0308	0.09	0.0807	0.09	0.0744	0.1095	0.1109	0.1095	0.1167
chr3R	4895339	4895498	chr3R:4895340-4895498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0504	0.0482	0.0456	0.0581	0.0191	0.0534	0.0528	0.0713	0.0191	0.0477	0.0563	0.0477	0.0457	0.0643	0.069	0.0643	0.0808
chr3R	4895645	4896016	chr3R:4895646-4896016	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1121	0.0895	0.1117	0.1377	0.0445	0.1262	0.0787	0.1226	0.0445	0.1208	0.1283	0.1208	0.1216	0.1593	0.1444	0.1593	0.1855
chr3R	4899286	4899437	chr3R:4899287-4899437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0162	0.0162	0.0207	0.0117	0.0141	0.0238	0.02	0.0117	0.0187	0.0141	0.0187	0.0124	0.0069	0.0123	0.0069	0.0177
chr3R	4901036	4901187	chr3R:4901037-4901187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0074	0.0138	0.017	0.0021	0.0112	0.0104	0.0053	0.0021	0.0151	0.0138	0.0151	0.0186	0.0138	0.0077	0.0138	0.0188
chr3R	4902268	4902419	chr3R:4902269-4902419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0083	0.0107	0.0146	0.0032	0.0087	0.016	0.004	0.0032	0.0127	0.009	0.0127	0.0163	0.0061	0.009	0.0061	0.0135
chr3R	4908220	4908371	chr3R:4908221-4908371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0135	0.0174	0.0199	0.0021	0.0136	0.0229	0.0113	0.0021	0.0217	0.0151	0.0217	0.0217	0.0084	0.0123	0.0084	0.0208
chr3R	4908445	4908611	chr3R:4908446-4908611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0125	0.0175	0.0214	0.0053	0.0141	0.0182	0.0113	0.0053	0.0229	0.0154	0.0229	0.0256	0.0061	0.0142	0.0061	0.0307
chr3R	4909078	4909229	chr3R:4909079-4909229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0118	0.0161	0.0231	0.0021	0.0117	0.019	0.012	0.0021	0.0133	0.0138	0.0133	0.0225	0.0145	0.0123	0.0145	0.0266
chr3R	4909447	4909598	chr3R:4909448-4909598	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0096	0.0142	0.0258	0.0011	0.0126	0.0138	0.01	0.0011	0.0133	0.0154	0.0133	0.0147	0.0176	0.0168	0.0176	0.0234
chr3R	4910655	4910914	chr3R:4910656-4910914	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0222	0.0141	0.0221	0.0315	0.0032	0.017	0.019	0.016	0.0032	0.0229	0.0215	0.0229	0.0279	0.0153	0.0161	0.0153	0.0401
chr3R	4918929	4919080	chr3R:4918930-4919080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.011	0.0156	0.016	0	0.0117	0.0164	0.0147	0	0.0127	0.0154	0.0127	0.0287	0.0138	0.0123	0.0138	0.0307
chr3R	4923494	4923645	chr3R:4923495-4923645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0126	0.0141	0.0173	0.0064	0.0102	0.0199	0.016	0.0064	0.0139	0.0109	0.0139	0.0194	0.0084	0.0064	0.0084	0.0229
chr3R	4923767	4923918	chr3R:4923768-4923918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0166	0.0108	0.0187	0.0207	0.0011	0.0112	0.0169	0.0127	0.0011	0.0157	0.0183	0.0157	0.024	0.0077	0.0142	0.0077	0.0292
chr3R	4924888	4925039	chr3R:4924889-4925039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.018	0.0117	0.0199	0.0228	0.0032	0.0078	0.0203	0.01	0.0032	0.0199	0.0232	0.0199	0.0201	0.0092	0.0168	0.0092	0.0234
chr3R	4925674	4925825	chr3R:4925675-4925825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0095	0.0138	0.0182	0.0021	0.0087	0.0156	0.0113	0.0021	0.0127	0.0138	0.0127	0.0124	0.0084	0.0103	0.0084	0.0146
chr3R	4926203	4926358	chr3R:4926204-4926358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0116	0.0156	0.0177	0.0053	0.0131	0.016	0.0133	0.0053	0.0133	0.0148	0.0133	0.0139	0.0046	0.0064	0.0046	0.0193
chr3R	4931480	4931685	chr3R:4931481-4931685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0241	0.0254	0.0284	0.0064	0.0267	0.0329	0.0306	0.0064	0.0145	0.0215	0.0145	0.0232	0.0145	0.0103	0.0145	0.0266
chr3R	4931790	4931941	chr3R:4931791-4931941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.012	0.0201	0.0217	0.0021	0.0121	0.0177	0.0147	0.0021	0.0163	0.017	0.0163	0.0271	0.0145	0.0123	0.0145	0.0193
chr3R	4933565	4933716	chr3R:4933566-4933716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0204	0.0182	0.0234	0.0195	0.0074	0.0243	0.0203	0.018	0.0074	0.0236	0.0212	0.0236	0.0325	0.013	0.0135	0.013	0.0318
chr3R	4935207	4935358	chr3R:4935208-4935358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0148	0.0096	0.0157	0.0196	0.0011	0.0107	0.0134	0.012	0.0011	0.0145	0.0161	0.0145	0.0201	0.0061	0.0155	0.0061	0.0292
chr3R	4939130	4939281	chr3R:4939131-4939281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0134	0.0115	0.0173	0.0113	0.0032	0.0175	0.0121	0.0113	0.0032	0.0133	0.0158	0.0133	0.0085	0.0054	0.0077	0.0054	0.0162
chr3R	4940170	4940340	chr3R:4940171-4940340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0288	0.0228	0.031	0.0331	0.0085	0.0257	0.026	0.028	0.0085	0.0399	0.0257	0.0399	0.0387	0.0276	0.0245	0.0276	0.0505
chr3R	4945523	4945674	chr3R:4945524-4945674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0147	0.009	0.0138	0.022	0.0021	0.0073	0.0121	0.0107	0.0021	0.0085	0.0119	0.0085	0.0341	0.0061	0.011	0.0061	0.05
chr3R	4946822	4946975	chr3R:4946823-4946975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0241	0.0172	0.024	0.0319	0.0042	0.0209	0.0225	0.0213	0.0042	0.0145	0.018	0.0145	0.0635	0.013	0.009	0.013	0.0849
chr3R	4947743	4948060	chr3R:4947744-4948060	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0167	0.0339	0.0776	0.0064	0.0233	0.0212	0.0173	0.0064	0.0344	0.0267	0.0344	0.0527	0.0467	0.049	0.0467	0.0995
chr3R	4948132	4948283	chr3R:4948133-4948283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.013	0.0208	0.0333	0.0053	0.015	0.0143	0.0187	0.0053	0.0217	0.0151	0.0217	0.0287	0.0176	0.0271	0.0176	0.0459
chr3R	4948424	4948683	chr3R:4948425-4948683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0156	0.0284	0.0418	0.0074	0.017	0.0186	0.018	0.0074	0.0229	0.0254	0.0229	0.0418	0.0253	0.0335	0.0253	0.0615
chr3R	4952074	4952225	chr3R:4952075-4952225	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0166	0.0214	0.035	0.0021	0.0175	0.0277	0.0167	0.0021	0.0145	0.018	0.0145	0.0395	0.013	0.0187	0.013	0.0334
chr3R	4952415	4952566	chr3R:4952416-4952566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0186	0.0126	0.0202	0.0235	0.0032	0.018	0.0177	0.01	0.0032	0.0091	0.0158	0.0091	0.0565	0.0115	0.0155	0.0115	0.0365
chr3R	4952802	4953023	chr3R:4952803-4953023	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.046	0.031	0.053	0.0551	0.0095	0.0573	0.0316	0.024	0.0095	0.0272	0.0354	0.0272	0.1766	0.0398	0.0309	0.0398	0.1146
chr3R	4953039	4953296	chr3R:4953040-4953296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.026	0.0546	0.0558	0.0074	0.0466	0.0298	0.0133	0.0074	0.029	0.0347	0.029	0.1813	0.0383	0.0413	0.0383	0.1063
chr3R	4953661	4953846	chr3R:4953662-4953846	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0343	0.0373	0.0291	0.0368	0.0201	0.05	0.0471	0.0306	0.0201	0.0217	0.0277	0.0217	0.0403	0.013	0.0174	0.013	0.0271
chr3R	4954495	4954683	chr3R:4954496-4954683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0194	0.0272	0.0281	0.0085	0.0194	0.0255	0.0227	0.0085	0.0223	0.0331	0.0223	0.0318	0.0161	0.0355	0.0161	0.0386
chr3R	4954758	4954909	chr3R:4954759-4954909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0222	0.0168	0.0247	0.0255	0.0117	0.017	0.0238	0.0153	0.0117	0.0151	0.0251	0.0151	0.0364	0.013	0.0258	0.013	0.0453
chr3R	4956014	4956165	chr3R:4956015-4956165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.024	0.0192	0.0239	0.0294	0.0074	0.0194	0.0225	0.03	0.0074	0.0223	0.0251	0.0223	0.0403	0.062	0.0245	0.062	0.0287
chr3R	4957351	4957540	chr3R:4957352-4957540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0305	0.0148	0.0311	0.0473	0.0042	0.0218	0.0147	0.0187	0.0042	0.0429	0.036	0.0429	0.0318	0.1202	0.04	0.1202	0.0276
chr3R	4958474	4958625	chr3R:4958475-4958625	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.015	0.0174	0.0258	0.0032	0.0189	0.0208	0.016	0.0032	0.0163	0.0154	0.0163	0.017	0.01	0.0129	0.01	0.0188
chr3R	4959022	4959173	chr3R:4959023-4959173	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0137	0.0259	0.0262	0.0032	0.0165	0.0156	0.0213	0.0032	0.0229	0.0244	0.0229	0.038	0.0145	0.0251	0.0145	0.0224
chr3R	4960942	4961093	chr3R:4960943-4961093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0179	0.0203	0.0273	0.0053	0.0184	0.0247	0.0247	0.0053	0.0139	0.0238	0.0139	0.0302	0.0054	0.0471	0.0054	0.0433
chr3R	4961185	4961336	chr3R:4961186-4961336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0195	0.0126	0.0179	0.0291	0.0042	0.015	0.0177	0.0127	0.0042	0.0091	0.0219	0.0091	0.0287	0.01	0.0542	0.01	0.0464
chr3R	4961347	4961498	chr3R:4961348-4961498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0145	0.0184	0.0284	0.0074	0.017	0.0182	0.0153	0.0074	0.0103	0.0235	0.0103	0.0256	0.0176	0.06	0.0176	0.0313
chr3R	4961610	4961761	chr3R:4961611-4961761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0153	0.0194	0.0322	0.0074	0.016	0.0199	0.0187	0.0074	0.0097	0.0299	0.0097	0.0209	0.0222	0.0729	0.0222	0.0302
chr3R	4962620	4962771	chr3R:4962621-4962771	distal	distal	none	none	VT38776.1	VT38776.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0201	0.0131	0.0213	0.0267	0.0042	0.0184	0.0117	0.0147	0.0042	0.0133	0.0235	0.0133	0.0364	0.0299	0.0419	0.0299	0.0287
chr3R	4964059	4964380	chr3R:4964060-4964380	distal	distal	stage14	stage14	VT38776.1,VT38777.1	VT38776.1,VT38777.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0405	0.0203	0.0461	0.057	0.0053	0.0238	0.0238	0.03	0.0053	0.0242	0.0707	0.0242	0.0503	0.0176	0.1528	0.0176	0.0479
chr3R	4966248	4966399	chr3R:4966249-4966399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0163	0.013	0.0137	0.0228	0.0053	0.0107	0.0186	0.0193	0.0053	0.0151	0.0148	0.0151	0.0178	0.0406	0.0251	0.0406	0.0229
chr3R	4966946	4967104	chr3R:4966947-4967104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.031	0.0237	0.0162	0.0074	0.0257	0.0515	0.0373	0.0074	0.026	0.0273	0.026	0.0217	0.0145	0.02	0.0145	0.0156
chr3R	4967277	4967428	chr3R:4967278-4967428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0161	0.0208	0.0154	0.0116	0.0064	0.018	0.0303	0.032	0.0064	0.0145	0.0183	0.0145	0.0163	0.0115	0.0045	0.0115	0.0146
chr3R	4967796	4967947	chr3R:4967797-4967947	distal	distal	none	none	VT38779.1	VT38779.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0121	0.017	0.0348	0.0032	0.015	0.0147	0.0147	0.0032	0.0127	0.0141	0.0127	0.0209	0.0145	0.0123	0.0145	0.0224
chr3R	4970057	4970458	chr3R:4970058-4970458	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT38780.1	VT38780.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0844	0.0426	0.0939	0.1206	0.0127	0.0757	0.0394	0.0413	0.0127	0.16	0.0887	0.16	0.0837	0.2136	0.0909	0.2136	0.0834
chr3R	4970658	4971197	chr3R:4970659-4971197	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT38780.1,VT38781.1	VT38780.1,VT38781.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0823	0.0643	0.0909	0.0932	0.0297	0.0961	0.0606	0.072	0.0297	0.1232	0.0817	0.1232	0.1084	0.0873	0.0477	0.0873	0.0803
chr3R	4972426	4972636	chr3R:4972427-4972636	distal	distal	stage5	stage5	VT38781.1	VT38781.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.035	0.0387	0.0238	0.0106	0.05	0.0329	0.0433	0.0106	0.0368	0.0466	0.0368	0.0387	0.0207	0.0277	0.0207	0.025
chr3R	4975505	4975656	chr3R:4975506-4975656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0217	0.0169	0.0213	0.0276	0.0053	0.016	0.0229	0.0207	0.0053	0.0187	0.0251	0.0187	0.0294	0.0138	0.0683	0.0138	0.0198
chr3R	4976382	4976533	chr3R:4976383-4976533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.0121	0.0141	0.0224	0.0053	0.0136	0.0151	0.0153	0.0053	0.0163	0.0129	0.0163	0.0108	0.0368	0.0142	0.0368	0.0255
chr3R	4983650	4984081	chr3R:4983651-4984081	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT38788.1	VT38788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.2712	0.2399	0.2713	0.3061	0.1972	0.25	0.2712	0.2951	0.1972	0.2669	0.3	0.2669	0.3377	0.2749	0.3411	0.2749	0.3715
chr3R	4985830	4985981	chr3R:4985831-4985981	distal	distal	none	none	VT38789.1	VT38789.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0451	0.0451	0.0466	0.0433	0.0308	0.0505	0.0541	0.058	0.0308	0.0429	0.0643	0.0429	0.0318	0.0329	0.0864	0.0329	0.0438
chr3R	4986154	4986315	chr3R:4986155-4986315	distal	distal	none	none	VT38789.1	VT38789.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.0226	0.0331	0.0487	0.0127	0.0262	0.0238	0.0326	0.0127	0.0217	0.0543	0.0217	0.0263	0.0237	0.1534	0.0237	0.0234
chr3R	4989748	4989899	chr3R:4989749-4989899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0184	0.0185	0.0142	0.0021	0.0199	0.0251	0.0207	0.0021	0.0127	0.0209	0.0127	0.0186	0.013	0.0142	0.013	0.0094
chr3R	4993624	4993811	chr3R:4993625-4993811	distal	distal	none	none	VT38793.1	VT38793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0253	0.0221	0.0227	0.0106	0.0223	0.0337	0.036	0.0106	0.0242	0.0161	0.0242	0.0217	0.0145	0.0116	0.0145	0.025
chr3R	4994277	4994472	chr3R:4994278-4994472	distal	distal	none	none	VT38793.1	VT38793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0304	0.0161	0.0272	0.0499	0.0095	0.0194	0.0182	0.02	0.0095	0.0356	0.0225	0.0356	0.0372	0.0459	0.0426	0.0459	0.0761
chr3R	4995823	4995979	chr3R:4995824-4995979	distal	distal	none	none	VT38795.1	VT38795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0146	0.0187	0.0164	0.0085	0.015	0.0177	0.0187	0.0085	0.0187	0.0164	0.0187	0.0108	0.0115	0.0052	0.0115	0.0094
chr3R	4996935	4997143	chr3R:4996936-4997143	distal	distal	stage14	stage14	VT38795.1	VT38795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0238	0.0123	0.0225	0.038	0.0085	0.0117	0.0147	0.018	0.0085	0.0145	0.0257	0.0145	0.0395	0.026	0.0845	0.026	0.0297
chr3R	4997229	4997395	chr3R:4997230-4997395	distal	distal	stage14	stage14	VT38795.1	VT38795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0254	0.0168	0.0239	0.0366	0.0085	0.016	0.0234	0.0213	0.0085	0.0217	0.0267	0.0217	0.0333	0.0214	0.0741	0.0214	0.0401
chr3R	4997962	4998141	chr3R:4997963-4998141	distal	distal	none	none	VT38795.1	VT38795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0265	0.0298	0.0259	0.0234	0.0223	0.0301	0.035	0.0346	0.0223	0.0302	0.0215	0.0302	0.0387	0.0199	0.0193	0.0199	0.0214
chr3R	5000320	5000473	chr3R:5000321-5000473	distal	distal	none	none	VT38797.1	VT38797.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0207	0.0232	0.0237	0.0148	0.015	0.0298	0.0273	0.0148	0.0066	0.0392	0.0066	0.0248	0.0077	0.0664	0.0077	0.0162
chr3R	5000583	5000812	chr3R:5000584-5000812	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT38797.1	VT38797.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0433	0.0419	0.0419	0.0465	0.0308	0.0379	0.0489	0.0546	0.0308	0.0332	0.0588	0.0332	0.0372	0.013	0.0986	0.013	0.0349
chr3R	5000912	5001063	chr3R:5000913-5001063	distal	distal	none	none	VT38797.1	VT38797.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0216	0.0264	0.023	0.0146	0.0106	0.0277	0.0311	0.0346	0.0106	0.0254	0.0286	0.0254	0.0225	0.0077	0.0226	0.0077	0.0115
chr3R	5004970	5005154	chr3R:5004971-5005154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0171	0.0198	0.0159	0.0032	0.0141	0.026	0.0193	0.0032	0.0175	0.019	0.0175	0.0155	0.0107	0.0077	0.0107	0.0162
chr3R	5008325	5008761	chr3R:5008326-5008761	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0415	0.0308	0.0504	0.0437	0.0074	0.0427	0.0329	0.0346	0.0074	0.0465	0.028	0.0465	0.0968	0.0291	0.009	0.0291	0.1032
chr3R	5010559	5010710	chr3R:5010560-5010710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0127	0.0109	0.0095	0.0053	0.0117	0.0186	0.018	0.0053	0.0121	0.0096	0.0121	0.0077	0.0061	0.0019	0.0061	0.0057
chr3R	5010909	5011060	chr3R:5010910-5011060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0179	0.0133	0.0109	0.0064	0.015	0.0307	0.02	0.0064	0.0133	0.0122	0.0133	0.0093	0.0077	0.0019	0.0077	0.0063
chr3R	5024544	5024695	chr3R:5024545-5024695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0105	0.0074	0.0116	0.0064	0.0097	0.0182	0.0093	0.0064	0.0072	0.0077	0.0072	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0083
chr3R	5025280	5025431	chr3R:5025281-5025431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0115	0.0076	0.0182	0.0042	0.0087	0.0156	0.0193	0.0042	0.0048	0.0087	0.0048	0.0054	0.0084	0.0064	0.0084	0.0063
chr3R	5025555	5025706	chr3R:5025556-5025706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0135	0.0098	0.0205	0.0074	0.0107	0.0195	0.018	0.0074	0.006	0.0087	0.006	0.0116	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chr3R	5034304	5034557	chr3R:5034305-5034557	distal	distal	stage14	stage14	VT38815.1	VT38815.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0171	0.0211	0.0336	0.0085	0.017	0.0247	0.0187	0.0085	0.0145	0.0183	0.0145	0.0217	0.0138	0.0148	0.0138	0.0297
chr3R	5039782	5039970	chr3R:5039783-5039970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0323	0.0443	0.0228	0.0106	0.034	0.0381	0.0466	0.0106	0.0531	0.0492	0.0531	0.0434	0.0184	0.0206	0.0184	0.0281
chr3R	5040056	5040247	chr3R:5040057-5040247	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.1003	0.1207	0.0827	0.0594	0.1102	0.1099	0.1312	0.0594	0.1395	0.1363	0.1395	0.1146	0.0904	0.0903	0.0904	0.0787
chr3R	5040289	5040550	chr3R:5040290-5040550	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.064	0.0581	0.0759	0.0577	0.0265	0.0583	0.0731	0.0799	0.0265	0.0857	0.0904	0.0857	0.0713	0.0582	0.0671	0.0582	0.05
chr3R	5040589	5040740	chr3R:5040590-5040740	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.028	0.031	0.0312	0.0212	0.0138	0.0267	0.0402	0.0466	0.0138	0.0302	0.0412	0.0302	0.0209	0.0184	0.0355	0.0184	0.0193
chr3R	5041481	5041635	chr3R:5041482-5041635	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.032	0.0229	0.0508	0.0214	0.0085	0.0209	0.0208	0.048	0.0085	0.0139	0.1068	0.0139	0.0209	0.0069	0.0587	0.0069	0.0135
chr3R	5043578	5043735	chr3R:5043579-5043735	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0362	0.0294	0.0541	0.0242	0.0085	0.0282	0.0316	0.05	0.0085	0.0272	0.1032	0.0272	0.0217	0.0084	0.0729	0.0084	0.0135
chr3R	5046120	5046439	chr3R:5046121-5046439	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT38822.1	VT38822.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1615	0.1821	0.174	0.1248	0.1092	0.2282	0.1501	0.2965	0.1092	0.1564	0.21	0.1564	0.1565	0.1409	0.1154	0.1409	0.0917
chr3R	5050212	5050363	chr3R:5050213-5050363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0244	0.0141	0.0315	0.0283	0.0042	0.0165	0.0177	0.0167	0.0042	0.0205	0.0383	0.0205	0.0411	0.0184	0.0335	0.0184	0.0453
chr3R	5050408	5050559	chr3R:5050409-5050559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0108	0.0188	0.0312	0.0032	0.0141	0.0151	0.0087	0.0032	0.0169	0.0183	0.0169	0.0341	0.0145	0.0277	0.0145	0.0657
chr3R	5050748	5050899	chr3R:5050749-5050899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0269	0.0188	0.0286	0.0341	0.0053	0.0277	0.0221	0.0193	0.0053	0.0332	0.0225	0.0332	0.055	0.026	0.0239	0.026	0.0688
chr3R	5051978	5052163	chr3R:5051979-5052163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0702	0.0638	0.0943	0.051	0.0255	0.0757	0.0571	0.1093	0.0255	0.0839	0.1318	0.0839	0.0837	0.0628	0.0851	0.0628	0.0406
chr3R	5052560	5052957	chr3R:5052561-5052957	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1265	0.0851	0.1374	0.1608	0.0318	0.1078	0.0804	0.1272	0.0318	0.1353	0.1434	0.1353	0.1356	0.1409	0.1902	0.1409	0.1579
chr3R	5054652	5054803	chr3R:5054653-5054803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0347	0.0233	0.0327	0.0494	0.0064	0.0282	0.0221	0.04	0.0064	0.0344	0.0338	0.0344	0.0465	0.0689	0.049	0.0689	0.0719
chr3R	5055225	5055465	chr3R:5055226-5055465	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2078	0.192	0.2508	0.1784	0.1039	0.2306	0.1972	0.2665	0.1039	0.3364	0.2958	0.3364	0.2022	0.2427	0.1715	0.2427	0.2084
chr3R	5055795	5055989	chr3R:5055796-5055989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0849	0.082	0.1065	0.0643	0.0361	0.0908	0.1025	0.1073	0.0361	0.1274	0.1334	0.1274	0.0852	0.0819	0.069	0.0819	0.0683
chr3R	5056193	5056363	chr3R:5056194-5056363	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0421	0.0471	0.0539	0.0234	0.0159	0.0413	0.0593	0.0819	0.0159	0.0393	0.0852	0.0393	0.0356	0.0276	0.0245	0.0276	0.0313
chr3R	5061505	5061656	chr3R:5061506-5061656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0341	0.0254	0.0286	0.05	0.0148	0.0248	0.0355	0.0293	0.0148	0.038	0.0232	0.038	0.0395	0.1172	0.029	0.1172	0.0448
chr3R	5061789	5061941	chr3R:5061790-5061941	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0529	0.0288	0.0594	0.0727	0.0127	0.0359	0.0363	0.0333	0.0127	0.0719	0.0559	0.0719	0.0837	0.144	0.038	0.144	0.0552
chr3R	5062047	5062231	chr3R:5062048-5062231	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1094	0.0656	0.1543	0.1092	0.0276	0.0951	0.0627	0.0759	0.0276	0.2011	0.1768	0.2011	0.1472	0.1554	0.0716	0.1554	0.0902
chr3R	5062410	5062566	chr3R:5062411-5062566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0744	0.0632	0.0953	0.0641	0.0308	0.0796	0.064	0.0893	0.0308	0.128	0.1029	0.128	0.079	0.0842	0.0554	0.0842	0.0615
chr3R	5062710	5062907	chr3R:5062711-5062907	FBgn0003165	pum	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2016	0.1752	0.2454	0.1828	0.1018	0.2233	0.1825	0.2258	0.1018	0.3225	0.2569	0.3225	0.237	0.2075	0.1663	0.2075	0.2043
chr3R	5063030	5063217	chr3R:5063031-5063217	FBgn0003165	pum	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.198	0.1729	0.2369	0.1834	0.105	0.218	0.1873	0.2005	0.105	0.314	0.2405	0.314	0.2161	0.2044	0.1721	0.2044	0.1923
chr3R	5063333	5063501	chr3R:5063334-5063501	FBgn0003165	pum	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2332	0.2221	0.2652	0.2104	0.1654	0.2631	0.2504	0.2505	0.1654	0.337	0.2778	0.337	0.251	0.2213	0.2199	0.2213	0.2397
chr3R	5063578	5063764	chr3R:5063579-5063764	FBgn0003165	pum	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.131	0.1403	0.1409	0.1099	0.1135	0.1587	0.1639	0.1532	0.1135	0.1673	0.1511	0.1673	0.141	0.121	0.1148	0.121	0.1423
chr3R	5063941	5064117	chr3R:5063942-5064117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0617	0.0791	0.0664	0.037	0.0498	0.0859	0.0978	0.0946	0.0498	0.0785	0.0685	0.0785	0.0627	0.0406	0.0393	0.0406	0.0474
chr3R	5065637	5065843	chr3R:5065638-5065843	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1442	0.1343	0.1787	0.1174	0.0976	0.15	0.1622	0.1472	0.0976	0.221	0.1971	0.221	0.1828	0.1156	0.1096	0.1156	0.1313
chr3R	5065916	5066105	chr3R:5065917-5066105	FBgn0000412	D1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.169	0.1689	0.1963	0.1393	0.122	0.168	0.2128	0.2039	0.122	0.2409	0.2186	0.2409	0.196	0.1623	0.147	0.1623	0.1563
chr3R	5071232	5071383	chr3R:5071233-5071383	FBgn0260935	ird1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0532	0.0482	0.0351	0.0403	0.0485	0.0722	0.064	0.0403	0.0543	0.055	0.0543	0.0542	0.0406	0.0361	0.0406	0.0474
chr3R	5071500	5071683	chr3R:5071501-5071683	FBgn0260935	ird1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.1153	0.1237	0.1083	0.071	0.1282	0.1401	0.1446	0.071	0.1419	0.1405	0.1419	0.1263	0.121	0.1096	0.121	0.1376
chr3R	5071722	5071908	chr3R:5071723-5071908	FBgn0037664,FBgn0260935	CG8420,ird1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1192	0.1229	0.1315	0.1015	0.0742	0.1359	0.1561	0.1452	0.0742	0.1504	0.1508	0.1504	0.1278	0.108	0.0974	0.108	0.1344
chr3R	5071951	5072211	chr3R:5071952-5072211	FBgn0037664,FBgn0260935	CG8420,ird1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0883	0.0945	0.0872	0.0826	0.0541	0.0888	0.1332	0.1079	0.0541	0.0876	0.109	0.0876	0.0775	0.0613	0.1425	0.0613	0.0891
chr3R	5072523	5072720	chr3R:5072524-5072720	FBgn0037664	CG8420	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0444	0.0283	0.039	0.0682	0.0138	0.0238	0.0458	0.03	0.0138	0.0199	0.0582	0.0199	0.0465	0.0245	0.1818	0.0245	0.0625
chr3R	5072936	5073153	chr3R:5072937-5073153	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0626	0.027	0.0692	0.095	0.0085	0.0359	0.0363	0.0286	0.0085	0.0441	0.1087	0.0441	0.0782	0.0796	0.2199	0.0796	0.0922
chr3R	5074616	5074767	chr3R:5074617-5074767	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0341	0.048	0.0301	0.023	0.0329	0.0252	0.0891	0.0466	0.0329	0.0157	0.0514	0.0157	0.0201	0.0092	0.0671	0.0092	0.0125
chr3R	5074827	5075123	chr3R:5074828-5075123	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.066	0.0806	0.065	0.0508	0.0562	0.0568	0.1138	0.1159	0.0562	0.0242	0.1219	0.0242	0.0418	0.0168	0.1476	0.0168	0.0302
chr3R	5076446	5076597	chr3R:5076447-5076597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0218	0.0293	0.0205	0.0064	0.0175	0.0316	0.0306	0.0064	0.0236	0.0463	0.0236	0.0232	0.01	0.0664	0.01	0.013
chr3R	5083885	5084050	chr3R:5083886-5084050	FBgn0037668,FBgn0037669	CG16736,CG9740	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0852	0.1032	0.0671	0.052	0.1049	0.0934	0.1039	0.052	0.1256	0.1148	0.1256	0.1007	0.0781	0.0632	0.0781	0.0844
chr3R	5084108	5084289	chr3R:5084109-5084289	FBgn0037669,FBgn0037670	CG8436,CG9740	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1468	0.1261	0.1849	0.1283	0.0838	0.1519	0.138	0.1546	0.0838	0.2228	0.209	0.2228	0.1751	0.1263	0.1393	0.1263	0.1511
chr3R	5084329	5084480	chr3R:5084330-5084480	FBgn0037669,FBgn0037670	CG8436,CG9740	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0888	0.074	0.1096	0.0824	0.0477	0.0985	0.0779	0.0846	0.0477	0.1389	0.1203	0.1389	0.0953	0.0743	0.0793	0.0743	0.112
chr3R	5084584	5084768	chr3R:5084585-5084768	FBgn0037669,FBgn0037670	CG8436,CG9740	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1833	0.1631	0.2168	0.1691	0.1156	0.2097	0.1648	0.2012	0.1156	0.2645	0.2418	0.2645	0.2115	0.1654	0.185	0.1654	0.198
chr3R	5084864	5085032	chr3R:5084865-5085032	FBgn0037670	CG8436	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1459	0.1148	0.1865	0.1359	0.0848	0.1447	0.1151	0.1472	0.0848	0.2258	0.2109	0.2258	0.1805	0.1386	0.1599	0.1386	0.1464
chr3R	5085765	5086057	chr3R:5085766-5086057	FBgn0037671	VhaM8.9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0849	0.0946	0.093	0.0653	0.0742	0.0976	0.1168	0.1086	0.0742	0.1105	0.1077	0.1105	0.0899	0.0605	0.0696	0.0605	0.0902
chr3R	5086255	5086432	chr3R:5086256-5086432	FBgn0037671	VhaM8.9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1396	0.1707	0.1309	0.1113	0.1568	0.1458	0.1812	0.1113	0.2132	0.1797	0.2132	0.189	0.1317	0.1296	0.1317	0.1615
chr3R	5086510	5086661	chr3R:5086511-5086661	FBgn0037671	VhaM8.9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0729	0.056	0.094	0.0685	0.0286	0.0714	0.0562	0.074	0.0286	0.1075	0.0984	0.1075	0.1185	0.0735	0.0574	0.0735	0.0818
chr3R	5092576	5092777	chr3R:5092577-5092777	FBgn0010803,FBgn0261241	Aats-trp,Vps16A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.144	0.1319	0.1698	0.1294	0.0933	0.168	0.1289	0.1639	0.0933	0.2168	0.1823	0.2168	0.1751	0.1585	0.1309	0.1585	0.161
chr3R	5092877	5093028	chr3R:5092878-5093028	FBgn0010803,FBgn0261241	Aats-trp,Vps16A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0623	0.0751	0.0543	0.0403	0.0733	0.0688	0.0799	0.0403	0.0888	0.0852	0.0888	0.0744	0.0567	0.0651	0.0567	0.0631
chr3R	5102170	5102321	chr3R:5102171-5102321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0277	0.01	0.0039	0.018	0.0223	0.0476	0.0227	0.018	0.0109	0.0122	0.0109	0.007	0.0015	0.0039	0.0015	0.0036
chr3R	5153364	5153515	chr3R:5153365-5153515	distal	distal	none	none	VT38877.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0108	0.0098	0.0103	0.0124	0.0042	0.0073	0.016	0.01	0.0042	0.0097	0.0125	0.0097	0.0101	0.0329	0.0071	0.0329	0.0104
chr3R	5154288	5154456	chr3R:5154289-5154456	FBgn0037676	CG8861	none	none	VT38877.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0396	0.0383	0.0309	0.0191	0.0388	0.0493	0.0533	0.0191	0.0453	0.0444	0.0453	0.0364	0.0299	0.029	0.0299	0.0443
chr3R	5154647	5154819	chr3R:5154648-5154819	FBgn0037676	CG8861	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0642	0.1006	0.0628	0.0318	0.0689	0.08	0.0853	0.0318	0.119	0.1125	0.119	0.0999	0.0804	0.0709	0.0804	0.0787
chr3R	5154971	5155135	chr3R:5154972-5155135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0303	0.0447	0.0251	0.0127	0.0306	0.0424	0.0366	0.0127	0.0477	0.0531	0.0477	0.0488	0.0276	0.0309	0.0276	0.0313
chr3R	5159892	5160043	chr3R:5159893-5160043	FBgn0037679	CG8866	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0477	0.0492	0.0348	0.0233	0.051	0.0627	0.058	0.0233	0.0658	0.0531	0.0658	0.0573	0.0337	0.0309	0.0337	0.0479
chr3R	5160095	5160291	chr3R:5160096-5160291	FBgn0037679	CG8866	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0807	0.0758	0.0933	0.0726	0.0435	0.0864	0.0921	0.0893	0.0435	0.1135	0.1087	0.1135	0.0891	0.0743	0.0709	0.0743	0.0974
chr3R	5160344	5160523	chr3R:5160345-5160523	FBgn0037679,FBgn0037680	CG8121,CG8866	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1447	0.1294	0.1698	0.1342	0.0912	0.1519	0.1462	0.1486	0.0912	0.2101	0.199	0.2101	0.1549	0.1302	0.138	0.1302	0.1714
chr3R	5160766	5160977	chr3R:5160767-5160977	FBgn0037679,FBgn0037680	CG8121,CG8866	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1587	0.1395	0.1901	0.1458	0.0817	0.1573	0.167	0.1699	0.0817	0.2482	0.2113	0.2482	0.1936	0.1401	0.147	0.1401	0.1918
chr3R	5161044	5161229	chr3R:5161045-5161229	FBgn0037680	CG8121	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.074	0.0699	0.0896	0.0614	0.0445	0.0757	0.0861	0.0813	0.0445	0.1286	0.0968	0.1286	0.0922	0.0498	0.0658	0.0498	0.0886
chr3R	5161441	5161592	chr3R:5161442-5161592	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.0563	0.0453	0.0274	0.0339	0.0524	0.074	0.072	0.0339	0.0646	0.054	0.0646	0.0256	0.023	0.0297	0.023	0.0297
chr3R	5163490	5163641	chr3R:5163491-5163641	distal	distal	none	none	VT38884.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0405	0.0226	0.0401	0.061	0.0032	0.033	0.0272	0.0193	0.0032	0.0368	0.0399	0.0368	0.0728	0.0436	0.0239	0.0436	0.1141
chr3R	5164791	5164986	chr3R:5164792-5164986	distal	distal	stage11	stage11	VT38884.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0938	0.0759	0.1306	0.0734	0.0276	0.1097	0.0545	0.1246	0.0276	0.2234	0.1363	0.2234	0.1123	0.1332	0.0645	0.1332	0.0865
chr3R	5165379	5165595	chr3R:5165380-5165595	FBgn0262993,FBgn0263749	CG43674,CR43301	stage11,stage14,stage5	none	VT38884.1,VT38885.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1655	0.1411	0.2091	0.1448	0.087	0.1874	0.1168	0.2145	0.087	0.2639	0.246	0.2639	0.2022	0.2106	0.1818	0.2106	0.1475
chr3R	5166442	5166635	chr3R:5166443-5166635	distal	distal	stage11,stage14	none	VT38885.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1581	0.1256	0.2094	0.1381	0.0679	0.1733	0.1228	0.1612	0.0679	0.2536	0.2325	0.2536	0.1998	0.1417	0.1547	0.1417	0.161
chr3R	5166672	5166876	chr3R:5166673-5166876	distal	distal	stage11,stage14	none	VT38885.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1734	0.1289	0.2218	0.1702	0.0573	0.1893	0.1086	0.1779	0.0573	0.2693	0.2543	0.2693	0.2006	0.1953	0.1734	0.1953	0.1944
chr3R	5166929	5167308	chr3R:5166930-5167308	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT38885.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3017	0.2478	0.3659	0.2915	0.1495	0.3481	0.2176	0.3311	0.1495	0.4589	0.4068	0.4589	0.3331	0.3147	0.2979	0.3147	0.3351
chr3R	5167473	5167647	chr3R:5167474-5167647	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	VT38885.1,VT38886.1	VT38886.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2408	0.1962	0.293	0.2335	0.1379	0.2748	0.154	0.2732	0.1379	0.3708	0.3154	0.3708	0.2905	0.2427	0.2463	0.2427	0.2699
chr3R	5167836	5168100	chr3R:5167837-5168100	distal	distal	stage11,stage5	stage5	VT38886.1	VT38886.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1246	0.1139	0.1623	0.0953	0.0657	0.1481	0.106	0.1679	0.0657	0.2041	0.1849	0.2041	0.141	0.0942	0.0986	0.0942	0.1079
chr3R	5168246	5168420	chr3R:5168247-5168420	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT38886.1	VT38886.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1764	0.1606	0.2122	0.1549	0.1092	0.1966	0.1808	0.1805	0.1092	0.2693	0.2386	0.2693	0.189	0.1516	0.1689	0.1516	0.1876
chr3R	5168752	5168945	chr3R:5168753-5168945	distal	distal	stage5	stage5	VT38886.1	VT38886.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0893	0.0962	0.1041	0.0653	0.0456	0.1359	0.099	0.1126	0.0456	0.131	0.0968	0.131	0.158	0.0498	0.0535	0.0498	0.112
chr3R	5170249	5170522	chr3R:5170250-5170522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1115	0.1299	0.114	0.0881	0.0795	0.2141	0.1384	0.0899	0.0795	0.1667	0.1016	0.1667	0.1766	0.1302	0.0806	0.1302	0.1303
chr3R	5173004	5173155	chr3R:5173005-5173155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0612	0.054	0.0895	0.0383	0.0117	0.0796	0.0454	0.0799	0.0117	0.1473	0.1	0.1473	0.0589	0.0459	0.0374	0.0459	0.0542
chr3R	5173509	5173766	chr3R:5173510-5173766	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.135	0.1043	0.2119	0.0849	0.0212	0.2029	0.0528	0.1459	0.0212	0.3798	0.2457	0.3798	0.1115	0.1317	0.1193	0.1317	0.0902
chr3R	5174813	5174964	chr3R:5174814-5174964	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0563	0.0641	0.0755	0.0266	0.0435	0.0854	0.0666	0.0759	0.0435	0.1184	0.0907	0.1184	0.0604	0.0337	0.0374	0.0337	0.0281
chr3R	5175025	5175347	chr3R:5175026-5175347	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1171	0.1137	0.1798	0.0521	0.0435	0.183	0.0874	0.1619	0.0435	0.2446	0.2235	0.2446	0.1495	0.0536	0.0819	0.0536	0.0485
chr3R	5175454	5175720	chr3R:5175455-5175720	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0922	0.094	0.1311	0.0476	0.0477	0.135	0.0766	0.1439	0.0477	0.18	0.1476	0.18	0.0899	0.0329	0.0619	0.0329	0.0375
chr3R	5176381	5176532	chr3R:5176382-5176532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0527	0.041	0.0665	0.0506	0.018	0.0519	0.045	0.0553	0.018	0.0839	0.0855	0.0839	0.0581	0.0253	0.1122	0.0253	0.0485
chr3R	5176633	5176784	chr3R:5176634-5176784	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0465	0.0354	0.0651	0.0384	0.0117	0.0534	0.0359	0.038	0.0117	0.067	0.0994	0.067	0.0356	0.0214	0.087	0.0214	0.0396
chr3R	5178393	5178609	chr3R:5178394-5178609	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1339	0.0643	0.156	0.1873	0.0233	0.0971	0.0619	0.0773	0.0233	0.1824	0.1682	0.1824	0.1936	0.1937	0.1863	0.1937	0.2355
chr3R	5178675	5179032	chr3R:5178676-5179032	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1978	0.1134	0.2216	0.266	0.053	0.1597	0.1077	0.1512	0.053	0.2107	0.2582	0.2107	0.2672	0.2159	0.323	0.2159	0.3132
chr3R	5179310	5179461	chr3R:5179311-5179461	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0523	0.0405	0.0615	0.0553	0.0212	0.0544	0.0363	0.058	0.0212	0.0393	0.1026	0.0393	0.0411	0.0345	0.1161	0.0345	0.0485
chr3R	5179576	5179775	chr3R:5179577-5179775	FBgn0086053	snoRNA:Me18S-G1358a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0703	0.0629	0.0813	0.0666	0.0308	0.0723	0.0666	0.0946	0.0308	0.0646	0.1296	0.0646	0.055	0.0383	0.1676	0.0383	0.049
chr3R	5184155	5184306	chr3R:5184156-5184306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0346	0.0335	0.0425	0.0272	0.0117	0.0442	0.0407	0.038	0.0117	0.0525	0.0498	0.0525	0.0411	0.026	0.0297	0.026	0.0401
chr3R	5184431	5184677	chr3R:5184432-5184677	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0479	0.0511	0.0536	0.038	0.0265	0.0607	0.0571	0.064	0.0265	0.0755	0.0617	0.0755	0.0449	0.0459	0.04	0.0459	0.0505
chr3R	5185214	5185395	chr3R:5185215-5185395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0499	0.032	0.058	0.061	0.017	0.0481	0.032	0.036	0.017	0.0833	0.0659	0.0833	0.0596	0.1156	0.0464	0.1156	0.0886
chr3R	5186171	5186394	chr3R:5186172-5186394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0445	0.0475	0.0541	0.0308	0.0223	0.0646	0.0467	0.062	0.0223	0.0773	0.0627	0.0773	0.0418	0.0413	0.0329	0.0413	0.0334
chr3R	5188868	5189214	chr3R:5188869-5189214	FBgn0037683	CG18473	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0381	0.0596	0.0439	0.0074	0.0519	0.0424	0.05	0.0074	0.0839	0.063	0.0839	0.072	0.0605	0.0458	0.0605	0.062
chr3R	5192139	5192290	chr3R:5192140-5192290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0242	0.0221	0.0139	0.0074	0.0218	0.0381	0.0273	0.0074	0.0193	0.0293	0.0193	0.0279	0.0138	0.0168	0.0138	0.0219
chr3R	5202557	5202708	chr3R:5202558-5202708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.02	0.0208	0.0212	0.0178	0.0085	0.0218	0.0372	0.012	0.0085	0.0109	0.0376	0.0109	0.0132	0.0069	0.0477	0.0069	0.0115
chr3R	5204105	5204256	chr3R:5204106-5204256	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0214	0.0552	0.0231	0.0042	0.0316	0.0212	0.0306	0.0042	0.0163	0.118	0.0163	0.0186	0.0077	0.0819	0.0077	0.0057
chr3R	5204490	5204726	chr3R:5204491-5204726	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0837	0.057	0.1368	0.0554	0.018	0.0752	0.0497	0.0953	0.018	0.0314	0.2955	0.0314	0.0325	0.0191	0.1818	0.0191	0.025
chr3R	5205013	5205231	chr3R:5205014-5205231	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0858	0.0857	0.1268	0.0408	0.0424	0.1184	0.0843	0.1093	0.0424	0.0332	0.2653	0.0332	0.0387	0.0092	0.1212	0.0092	0.0182
chr3R	5209555	5209706	chr3R:5209556-5209706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0128	0.0123	0.0134	0.0117	0.0112	0.0182	0.0127	0.0117	0.0097	0.017	0.0097	0.0093	0.0031	0.0116	0.0031	0.0099
chr3R	5212220	5212436	chr3R:5212221-5212436	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0125	0.0184	0.0237	0.0021	0.0131	0.0203	0.014	0.0021	0.0115	0.0232	0.0115	0.0256	0.0054	0.0142	0.0054	0.0344
chr3R	5212764	5212915	chr3R:5212765-5212915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0103	0.0162	0.0219	0.0095	0.0092	0.0151	0.0093	0.0095	0.0157	0.0167	0.0157	0.0217	0.0138	0.0103	0.0138	0.0287
chr3R	5213171	5213322	chr3R:5213172-5213322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0197	0.0133	0.0192	0.0274	0.0042	0.015	0.0225	0.012	0.0042	0.0109	0.019	0.0109	0.0411	0.0123	0.0123	0.0123	0.0307
chr3R	5213357	5213579	chr3R:5213358-5213579	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0326	0.0214	0.0305	0.0475	0.0064	0.0252	0.0342	0.018	0.0064	0.0181	0.0248	0.0181	0.0883	0.0306	0.0168	0.0306	0.0938
chr3R	5213698	5213849	chr3R:5213699-5213849	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0211	0.0169	0.0198	0.0273	0.0064	0.0184	0.0225	0.0207	0.0064	0.0169	0.0206	0.0169	0.0372	0.013	0.0103	0.013	0.049
chr3R	5217863	5218125	chr3R:5217864-5218125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0517	0.0476	0.0604	0.0468	0.0212	0.0544	0.0588	0.0606	0.0212	0.0483	0.064	0.0483	0.0883	0.0245	0.0303	0.0245	0.0792
chr3R	5218660	5218811	chr3R:5218661-5218811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0389	0.0376	0.044	0.0347	0.0276	0.0437	0.0458	0.0393	0.0276	0.0562	0.0495	0.0562	0.0511	0.0406	0.0258	0.0406	0.0688
chr3R	5219296	5219527	chr3R:5219297-5219527	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0781	0.0358	0.1143	0.0858	0.017	0.0558	0.0346	0.0406	0.017	0.1371	0.1421	0.1371	0.1487	0.1853	0.1154	0.1853	0.0688
chr3R	5219639	5219970	chr3R:5219640-5219970	FBgn0000723	Fps85D	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.0642	0.1207	0.0769	0.0329	0.0782	0.0709	0.0806	0.0329	0.1473	0.1524	0.1473	0.1224	0.1386	0.1109	0.1386	0.0703
chr3R	5220178	5220386	chr3R:5220179-5220386	FBgn0000723	Fps85D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2174	0.2039	0.2541	0.1922	0.1368	0.2505	0.2072	0.2545	0.1368	0.2917	0.3167	0.2917	0.2502	0.2175	0.2334	0.2175	0.2439
chr3R	5220921	5221094	chr3R:5220922-5221094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.0487	0.05	0.0407	0.0339	0.049	0.0567	0.068	0.0339	0.0393	0.0444	0.0393	0.0411	0.013	0.0245	0.013	0.0245
chr3R	5221745	5221896	chr3R:5221746-5221896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0336	0.036	0.0398	0.024	0.0138	0.0417	0.0415	0.046	0.0138	0.0393	0.0463	0.0393	0.0325	0.0191	0.0142	0.0191	0.0151
chr3R	5224865	5225150	chr3R:5224866-5225150	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.1978	0.0486	0.0246	0.2142	0.0709	0.3663	0.1812	0.2142	0.0489	0.0624	0.0489	0.0534	0.0306	0.0277	0.0306	0.0334
chr3R	5225380	5225609	chr3R:5225381-5225609	FBgn0083953	CG34117	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0921	0.1107	0.0958	0.0673	0.0785	0.0791	0.1713	0.1259	0.0785	0.1214	0.11	0.1214	0.0922	0.075	0.0703	0.075	0.0714
chr3R	5225687	5225865	chr3R:5225688-5225865	FBgn0083953	CG34117	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1308	0.1239	0.1607	0.1057	0.088	0.1398	0.1453	0.1459	0.088	0.2071	0.1881	0.2071	0.1379	0.1317	0.1025	0.1317	0.1251
chr3R	5225959	5226143	chr3R:5225960-5226143	FBgn0083953	CG34117	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1029	0.1113	0.1354	0.0579	0.0636	0.1272	0.1384	0.1306	0.0636	0.1866	0.1556	0.1866	0.1177	0.0597	0.0613	0.0597	0.073
chr3R	5226205	5226356	chr3R:5226206-5226356	FBgn0083953	CG34117	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0584	0.054	0.0824	0.0372	0.0297	0.0665	0.0675	0.062	0.0297	0.1111	0.0965	0.1111	0.0767	0.0505	0.0413	0.0505	0.0417
chr3R	5226426	5226577	chr3R:5226427-5226577	FBgn0037686	RpL34b	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0456	0.0769	0.0497	0.0191	0.0519	0.0558	0.0553	0.0191	0.1045	0.0836	0.1045	0.0697	0.0613	0.0471	0.0613	0.0568
chr3R	5226584	5226774	chr3R:5226585-5226774	FBgn0037686,FBgn0037687	CG8132,RpL34b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0872	0.0768	0.1058	0.0784	0.0382	0.0937	0.0913	0.0899	0.0382	0.1341	0.1145	0.1341	0.1053	0.1011	0.0787	0.1011	0.0912
chr3R	5226895	5227060	chr3R:5226896-5227060	FBgn0037686,FBgn0037687	CG8132,RpL34b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1936	0.1644	0.2349	0.181	0.0976	0.2039	0.1812	0.1959	0.0976	0.288	0.2505	0.288	0.2363	0.2021	0.185	0.2021	0.2152
chr3R	5227181	5227332	chr3R:5227182-5227332	FBgn0037686,FBgn0037687	CG8132,RpL34b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0976	0.0831	0.1209	0.088	0.0541	0.0913	0.0934	0.1086	0.0541	0.1576	0.1383	0.1576	0.1146	0.0865	0.089	0.0865	0.1183
chr3R	5229551	5229702	chr3R:5229552-5229702	FBgn0037688,FBgn0037689,FBgn0260237	CG42511,CG8135,CG9356	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.048	0.0421	0.0603	0.0412	0.0308	0.0466	0.051	0.048	0.0308	0.0809	0.0695	0.0809	0.0527	0.0413	0.038	0.0413	0.062
chr3R	5229985	5230162	chr3R:5229986-5230162	FBgn0037688,FBgn0037689,FBgn0260237	CG42511,CG8135,CG9356	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1613	0.1494	0.1852	0.1484	0.1029	0.1718	0.1661	0.1779	0.1029	0.2295	0.2093	0.2295	0.1727	0.1455	0.1528	0.1455	0.186
chr3R	5237971	5238153	chr3R:5237972-5238153	FBgn0011740,FBgn0037690	Task7,alpha-Man-II	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.0877	0.1146	0.0957	0.0636	0.099	0.1025	0.0979	0.0636	0.1371	0.1238	0.1371	0.1201	0.108	0.0909	0.108	0.1042
chr3R	5238185	5238372	chr3R:5238186-5238372	FBgn0011740,FBgn0037690	Task7,alpha-Man-II	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.106	0.0916	0.123	0.1033	0.0626	0.1053	0.1129	0.0959	0.0626	0.1618	0.1328	0.1618	0.127	0.1279	0.1064	0.1279	0.1146
chr3R	5243437	5243718	chr3R:5243438-5243718	FBgn0261552	ps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2119	0.1547	0.2614	0.2216	0.1018	0.1927	0.1466	0.2025	0.1018	0.2917	0.3074	0.2917	0.3052	0.1493	0.2618	0.1493	0.3184
chr3R	5243989	5244311	chr3R:5243990-5244311	FBgn0261552	ps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1596	0.1331	0.175	0.1723	0.0933	0.1529	0.1198	0.1972	0.0933	0.1057	0.2395	0.1057	0.2479	0.1026	0.2482	0.1026	0.2366
chr3R	5244438	5244638	chr3R:5244439-5244638	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1154	0.0602	0.1225	0.1692	0.0339	0.0801	0.0619	0.07	0.0339	0.0906	0.1498	0.0906	0.2045	0.1478	0.2192	0.1478	0.2324
chr3R	5244928	5245219	chr3R:5244929-5245219	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2033	0.1322	0.2586	0.222	0.0817	0.1908	0.1129	0.1679	0.0817	0.3237	0.2955	0.3237	0.3261	0.2098	0.2553	0.2098	0.2929
chr3R	5248389	5248540	chr3R:5248390-5248540	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0287	0.0405	0.0298	0.0143	0.0201	0.0345	0.0571	0.0513	0.0201	0.0272	0.0315	0.0272	0.0503	0.0115	0.0155	0.0115	0.0214
chr3R	5251265	5251416	chr3R:5251266-5251416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0085	0.0115	0.017	0.0053	0.0107	0.0134	0.0053	0.0053	0.0066	0.0119	0.0066	0.0201	0.0061	0.0116	0.0061	0.0162
chr3R	5252823	5252974	chr3R:5252824-5252974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.03	0.027	0.043	0.0191	0.0117	0.0325	0.0389	0.0247	0.0117	0.038	0.0486	0.038	0.0744	0.0207	0.0206	0.0207	0.0287
chr3R	5253044	5253195	chr3R:5253045-5253195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0342	0.0351	0.0481	0.018	0.0117	0.0529	0.0329	0.0446	0.0117	0.0423	0.0576	0.0423	0.0868	0.0138	0.0251	0.0138	0.0255
chr3R	5253296	5253531	chr3R:5253297-5253531	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0551	0.0594	0.0727	0.0309	0.0339	0.0835	0.0536	0.0726	0.0339	0.067	0.0797	0.067	0.1371	0.0184	0.0245	0.0184	0.0646
chr3R	5254033	5254253	chr3R:5254034-5254253	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2	0.1843	0.2392	0.1746	0.1283	0.2383	0.1851	0.2252	0.1283	0.3551	0.2447	0.3551	0.3199	0.219	0.1418	0.219	0.284
chr3R	5254460	5254676	chr3R:5254461-5254676	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0954	0.0562	0.1227	0.1092	0.0244	0.0874	0.0519	0.064	0.0244	0.1884	0.0881	0.1884	0.2494	0.1026	0.0671	0.1026	0.2408
chr3R	5254741	5255109	chr3R:5254742-5255109	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1064	0.0596	0.1312	0.1315	0.0127	0.116	0.0571	0.046	0.0127	0.1594	0.0868	0.1594	0.3408	0.0712	0.0883	0.0712	0.322
chr3R	5260959	5261137	chr3R:5260960-5261137	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0316	0.0208	0.031	0.0444	0.0042	0.0286	0.0333	0.0133	0.0042	0.0242	0.028	0.0242	0.0542	0.0337	0.0239	0.0337	0.0703
chr3R	5262100	5262303	chr3R:5262101-5262303	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.057	0.0206	0.0489	0.1067	0.0053	0.034	0.0311	0.0107	0.0053	0.0435	0.0392	0.0435	0.1309	0.147	0.0858	0.147	0.1975
chr3R	5262348	5262591	chr3R:5262349-5262591	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0792	0.0232	0.0723	0.1493	0.0106	0.0393	0.032	0.0113	0.0106	0.0682	0.0543	0.0682	0.2045	0.2136	0.1522	0.2136	0.2595
chr3R	5262761	5262912	chr3R:5262762-5262912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0118	0.0213	0.0345	0.0042	0.015	0.0169	0.0107	0.0042	0.0121	0.0199	0.0121	0.0627	0.0383	0.029	0.0383	0.0677
chr3R	5263617	5263768	chr3R:5263618-5263768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.0147	0.019	0.0412	0.0032	0.016	0.0238	0.0113	0.0032	0.0181	0.018	0.0181	0.0372	0.0804	0.0361	0.0804	0.0568
chr3R	5265855	5266006	chr3R:5265856-5266006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0155	0.0198	0.0145	0.0117	0.0095	0.0136	0.0411	0.0133	0.0095	0.0163	0.0148	0.0163	0.0248	0.0084	0.0084	0.0084	0.024
chr3R	5266167	5266318	chr3R:5266168-5266318	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0252	0.0378	0.0207	0.016	0.0255	0.0301	0.0666	0.0253	0.0255	0.0229	0.0222	0.0229	0.0372	0.0115	0.0129	0.0115	0.0328
chr3R	5267707	5267858	chr3R:5267708-5267858	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0139	0.0103	0.0119	0.0202	0.0042	0.0136	0.0156	0.0047	0.0042	0.0066	0.0122	0.0066	0.0294	0.0345	0.0206	0.0345	0.0287
chr3R	5269157	5269308	chr3R:5269158-5269308	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0163	0.012	0.016	0.0214	0.0042	0.0112	0.0199	0.0127	0.0042	0.0163	0.0151	0.0163	0.0302	0.0505	0.0129	0.0505	0.0245
chr3R	5276580	5276852	chr3R:5276581-5276852	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0321	0.0292	0.0331	0.0341	0.0148	0.0393	0.0402	0.02	0.0148	0.0272	0.0344	0.0272	0.0705	0.0214	0.0348	0.0214	0.0719
chr3R	5281984	5282141	chr3R:5281985-5282141	FBgn0037696	CG9362	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0459	0.0457	0.0458	0.0461	0.018	0.0519	0.0627	0.05	0.018	0.0465	0.0514	0.0465	0.079	0.0268	0.0619	0.0268	0.0797
chr3R	5282220	5282406	chr3R:5282221-5282406	FBgn0037696	CG9362	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0796	0.0905	0.0773	0.0699	0.0551	0.0981	0.1155	0.1059	0.0551	0.0876	0.0929	0.0876	0.1061	0.0505	0.0999	0.0505	0.1136
chr3R	5282569	5282874	chr3R:5282570-5282874	FBgn0037696	CG9362	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0543	0.0667	0.0511	0.044	0.0403	0.0665	0.0878	0.0806	0.0403	0.0537	0.055	0.0537	0.0782	0.0391	0.0567	0.0391	0.0641
chr3R	5284582	5284733	chr3R:5284583-5284733	distal	distal	none	none	CG9363_CG9363CRM1	CG9363_CG9363CRM1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0162	0.0133	0.0169	0.0187	0.0074	0.018	0.0164	0.0127	0.0074	0.0109	0.0215	0.0109	0.031	0.0046	0.0361	0.0046	0.0245
chr3R	5285410	5285561	chr3R:5285411-5285561	distal	distal	none	none	CG9363_CG9363CRM1	CG9363_CG9363CRM1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0098	0.0117	0.0313	0.0042	0.0078	0.0186	0.008	0.0042	0.0079	0.0116	0.0079	0.0132	0.0023	0.0097	0.0023	0.0094
chr3R	5285767	5285918	chr3R:5285768-5285918	FBgn0037697	CG9363	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0093	0.0095	0.0377	0.0032	0.0073	0.0164	0.0087	0.0032	0.0054	0.0068	0.0054	0.0093	0.0077	0.0058	0.0077	0.0094
chr3R	5286411	5286562	chr3R:5286412-5286562	FBgn0037697	CG9363	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0116	0.0121	0.0361	0.0106	0.0078	0.0182	0.012	0.0106	0.0079	0.0119	0.0079	0.0124	0.0092	0.0123	0.0092	0.0109
chr3R	5305900	5306051	chr3R:5305901-5306051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0089	0.0071	0.0094	0.0103	0.0032	0.0083	0.0125	0.0047	0.0032	0.0109	0.0106	0.0109	0.0147	0.0314	0.0084	0.0314	0.0063
chr3R	5310316	5310467	chr3R:5310317-5310467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0102	0.0115	0.0077	0.0114	0.0032	0.0102	0.026	0.0033	0.0032	0.0115	0.0074	0.0115	0.0101	0.0268	0.0064	0.0268	0.0109
chr3R	5313501	5313652	chr3R:5313502-5313652	distal	distal	none	none	VT38964.1	VT38964.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0081	0.006	0.0141	0.0032	0.0083	0.0147	0.0067	0.0032	0.0048	0.0064	0.0048	0.0085	0.0046	0.0052	0.0046	0.0068
chr3R	5314301	5314611	chr3R:5314302-5314611	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.038	0.0156	0.029	0.0297	0.0184	0.0813	0.0193	0.0297	0.0127	0.0151	0.0127	0.0186	0.0077	0.009	0.0077	0.012
chr3R	5317059	5317210	chr3R:5317060-5317210	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0106	0.009	0.0262	0.0032	0.0131	0.0173	0.0087	0.0032	0.0097	0.0077	0.0097	0.0132	0.0123	0.0045	0.0123	0.0219
chr3R	5318024	5318175	chr3R:5318025-5318175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.0176	0.0093	0.0191	0.0106	0.0175	0.0311	0.0133	0.0106	0.0109	0.0109	0.0109	0.0093	0.0061	0.0052	0.0061	0.0063
chr3R	5319503	5319745	chr3R:5319504-5319745	FBgn0037698	CG16779	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0808	0.0651	0.0753	0.1046	0.0477	0.0757	0.096	0.044	0.0477	0.1987	0.0383	0.1987	0.0782	0.2037	0.0355	0.2037	0.1219
chr3R	5319757	5320121	chr3R:5319758-5320121	FBgn0037698,FBgn0043791	CG16779,CG8147	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.101	0.117	0.0981	0.0863	0.1113	0.1155	0.183	0.0733	0.1113	0.2216	0.0521	0.2216	0.1588	0.0965	0.0329	0.0965	0.1866
chr3R	5320333	5320666	chr3R:5320334-5320666	FBgn0043791	CG8147	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0874	0.1051	0.0953	0.0589	0.1103	0.1155	0.1514	0.07	0.1103	0.2114	0.0566	0.2114	0.1433	0.062	0.0342	0.062	0.1329
chr3R	5322103	5322420	chr3R:5322104-5322420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.078	0.0824	0.0843	0.0661	0.0467	0.0908	0.109	0.0853	0.0467	0.1238	0.0762	0.1238	0.1108	0.0681	0.0548	0.0681	0.1131
chr3R	5322532	5322738	chr3R:5322533-5322738	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1339	0.1329	0.1494	0.1182	0.0954	0.151	0.1639	0.1432	0.0954	0.2126	0.1592	0.2126	0.1487	0.121	0.1167	0.121	0.1709
chr3R	5325027	5325178	chr3R:5325028-5325178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.02	0.0151	0.0198	0.0258	0.0064	0.0165	0.0199	0.016	0.0064	0.0163	0.0257	0.0163	0.0248	0.0054	0.0613	0.0054	0.0297
chr3R	5326470	5326621	chr3R:5326471-5326621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.03	0.0419	0.0579	0.0127	0.051	0.0268	0.028	0.0127	0.0465	0.0395	0.0465	0.0821	0.023	0.049	0.023	0.1402
chr3R	5327572	5327785	chr3R:5327573-5327785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0397	0.0158	0.048	0.0572	0.0042	0.0272	0.0177	0.0113	0.0042	0.0568	0.0556	0.0568	0.0736	0.0605	0.0883	0.0605	0.0865
chr3R	5327896	5328047	chr3R:5327897-5328047	FBgn0014380	RhoL	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0263	0.0624	0.0497	0.0074	0.0413	0.0264	0.0247	0.0074	0.0797	0.0688	0.0797	0.0844	0.0689	0.0716	0.0689	0.0709
chr3R	5328201	5328403	chr3R:5328202-5328403	FBgn0014380	RhoL	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1616	0.124	0.2103	0.1501	0.071	0.1883	0.1151	0.1359	0.071	0.3194	0.2254	0.3194	0.2455	0.2052	0.207	0.2052	0.2241
chr3R	5329177	5329468	chr3R:5329178-5329468	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	RhoL	RhoL	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0876	0.0891	0.1119	0.0592	0.035	0.1752	0.0727	0.0733	0.035	0.224	0.0891	0.224	0.1208	0.0743	0.0496	0.0743	0.0938
chr3R	5329480	5329770	chr3R:5329481-5329770	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	RhoL	RhoL	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.103	0.0849	0.1359	0.087	0.0392	0.1403	0.0744	0.0939	0.0392	0.2035	0.1219	0.2035	0.1983	0.1057	0.0722	0.1057	0.1428
chr3R	5330041	5330229	chr3R:5330042-5330229	FBgn0037700	CG8149	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1144	0.1078	0.1341	0.1001	0.0764	0.1262	0.1198	0.1312	0.0764	0.1866	0.1463	0.1866	0.1394	0.1141	0.0922	0.1141	0.1511
chr3R	5330280	5330464	chr3R:5330281-5330464	FBgn0037700	CG8149	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1394	0.1317	0.1685	0.1161	0.0912	0.1539	0.1432	0.1606	0.0912	0.2204	0.1868	0.2204	0.1766	0.1309	0.1167	0.1309	0.1605
chr3R	5330542	5330698	chr3R:5330543-5330698	FBgn0037700	CG8149	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0721	0.071	0.0911	0.0524	0.0445	0.084	0.083	0.0853	0.0445	0.1341	0.0971	0.1341	0.0782	0.062	0.0529	0.062	0.0703
chr3R	5331177	5331424	chr3R:5331178-5331424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0617	0.0897	0.0675	0.0241	0.0679	0.0937	0.1025	0.1119	0.0679	0.0851	0.0688	0.0851	0.0558	0.0337	0.0187	0.0337	0.0255
chr3R	5335726	5335926	chr3R:5335727-5335926	FBgn0260010	rump	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1249	0.1403	0.1451	0.0856	0.1177	0.151	0.1661	0.1592	0.1177	0.183	0.1489	0.183	0.127	0.0766	0.0838	0.0766	0.0964
chr3R	5335966	5336173	chr3R:5335967-5336173	FBgn0260010	rump	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1896	0.2011	0.2145	0.1494	0.1665	0.233	0.2171	0.2418	0.1665	0.2705	0.2257	0.2705	0.2099	0.1447	0.1451	0.1447	0.1902
chr3R	5338038	5338381	chr3R:5338039-5338381	FBgn0003205	Ras85D	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1299	0.1224	0.1544	0.1113	0.0827	0.1447	0.1423	0.1386	0.0827	0.192	0.1788	0.192	0.1549	0.1225	0.1186	0.1225	0.1668
chr3R	5338479	5338869	chr3R:5338480-5338869	FBgn0003205,FBgn0014022	Ras85D,Rlb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2449	0.2316	0.2867	0.214	0.2036	0.2621	0.2621	0.2638	0.2036	0.3514	0.3145	0.3514	0.2781	0.2611	0.2121	0.2611	0.2741
chr3R	5338955	5339163	chr3R:5338956-5339163	FBgn0003205,FBgn0014022	Ras85D,Rlb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1254	0.1092	0.1525	0.1136	0.0817	0.1335	0.1181	0.1306	0.0817	0.1932	0.1653	0.1932	0.1503	0.1309	0.1122	0.1309	0.1438
chr3R	5341278	5341490	chr3R:5341279-5341490	FBgn0014023,FBgn0037702,FBgn0037703	CG8176,JHDM2,Rlc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0949	0.094	0.111	0.0783	0.0647	0.0966	0.1125	0.1153	0.0647	0.1467	0.117	0.1467	0.1131	0.0904	0.0754	0.0904	0.1037
chr3R	5341635	5341837	chr3R:5341636-5341837	FBgn0014023,FBgn0037702,FBgn0037703	CG8176,JHDM2,Rlc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2008	0.1821	0.2381	0.1808	0.1357	0.2131	0.1994	0.2179	0.1357	0.3068	0.2505	0.3068	0.2517	0.2021	0.1754	0.2021	0.2366
chr3R	5341901	5342072	chr3R:5341902-5342072	FBgn0014023,FBgn0037702,FBgn0037703	CG8176,JHDM2,Rlc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1618	0.1336	0.1929	0.1593	0.0944	0.182	0.1298	0.1559	0.0944	0.2428	0.2132	0.2428	0.2014	0.1692	0.1567	0.1692	0.2267
chr3R	5342206	5342401	chr3R:5342207-5342401	FBgn0014023,FBgn0037702,FBgn0037703	CG8176,JHDM2,Rlc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1332	0.1061	0.1595	0.1347	0.07	0.149	0.1086	0.1159	0.07	0.1963	0.164	0.1963	0.2076	0.1363	0.1328	0.1363	0.1959
chr3R	5342550	5342703	chr3R:5342551-5342703	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0576	0.0457	0.0652	0.0625	0.0223	0.0558	0.0532	0.0626	0.0223	0.0676	0.0633	0.0676	0.1108	0.0559	0.0593	0.0559	0.0995
chr3R	5342924	5343075	chr3R:5342925-5343075	FBgn0262180	mir-2283	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0404	0.0395	0.0429	0.0387	0.017	0.0563	0.0519	0.034	0.017	0.0531	0.0334	0.0531	0.0829	0.026	0.0206	0.026	0.0855
chr3R	5353000	5353151	chr3R:5353001-5353151	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0233	0.0234	0.0225	0.0242	0.0085	0.0277	0.0316	0.0266	0.0085	0.0229	0.0283	0.0229	0.0201	0.0214	0.0471	0.0214	0.0276
chr3R	5355323	5355603	chr3R:5355324-5355603	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0388	0.028	0.0467	0.0422	0.0117	0.0325	0.0407	0.026	0.0117	0.0471	0.0418	0.0471	0.1022	0.0773	0.0342	0.0773	0.0641
chr3R	5355729	5355960	chr3R:5355730-5355960	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0263	0.0443	0.0386	0.0106	0.0316	0.0372	0.0253	0.0106	0.0598	0.0322	0.0598	0.0984	0.0704	0.0277	0.0704	0.0547
chr3R	5358641	5358956	chr3R:5358642-5358956	FBgn0000244	by	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0524	0.0282	0.0391	0.0941	0.0117	0.0325	0.0337	0.0286	0.0117	0.0362	0.055	0.0362	0.0488	0.1608	0.1825	0.1608	0.0625
chr3R	5359262	5359467	chr3R:5359263-5359467	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0594	0.0196	0.053	0.1108	0.0053	0.0306	0.0225	0.016	0.0053	0.0362	0.072	0.0362	0.086	0.196	0.1844	0.196	0.1073
chr3R	5359791	5359942	chr3R:5359792-5359942	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0281	0.0097	0.0251	0.0518	0.0021	0.0097	0.0164	0.008	0.0021	0.0223	0.0296	0.0223	0.0418	0.0819	0.089	0.0819	0.0516
chr3R	5360102	5360253	chr3R:5360103-5360253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0118	0.0189	0.0377	0.0053	0.0165	0.0156	0.01	0.0053	0.0169	0.026	0.0169	0.0248	0.0505	0.078	0.0505	0.0307
chr3R	5360418	5360594	chr3R:5360419-5360594	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0409	0.0186	0.0411	0.0656	0.0095	0.0223	0.0251	0.018	0.0095	0.0314	0.0572	0.0314	0.0573	0.0896	0.1219	0.0896	0.0511
chr3R	5363145	5363296	chr3R:5363146-5363296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0235	0.0324	0.0225	0.0146	0.0201	0.0272	0.0484	0.0366	0.0201	0.0254	0.0293	0.0254	0.0263	0.0092	0.0142	0.0092	0.025
chr3R	5364103	5364254	chr3R:5364104-5364254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0252	0.0184	0.0113	0.017	0.0223	0.0372	0.0286	0.017	0.0157	0.0215	0.0157	0.0271	0.0115	0.0084	0.0115	0.0167
chr3R	5365739	5365897	chr3R:5365740-5365897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0242	0.0334	0.0251	0.013	0.0212	0.0291	0.0428	0.0433	0.0212	0.0205	0.0293	0.0205	0.038	0.0084	0.0161	0.0084	0.0208
chr3R	5368382	5368574	chr3R:5368383-5368574	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0561	0.0515	0.0604	0.0564	0.0244	0.0665	0.0597	0.062	0.0244	0.0399	0.0624	0.0399	0.1115	0.0245	0.0503	0.0245	0.0933
chr3R	5369314	5369516	chr3R:5369315-5369516	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0613	0.0533	0.0577	0.0741	0.0286	0.0553	0.0787	0.0506	0.0286	0.0676	0.0605	0.0676	0.086	0.0567	0.0986	0.0567	0.1157
chr3R	5371367	5371518	chr3R:5371368-5371518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0312	0.0315	0.0363	0.0252	0.017	0.0306	0.0489	0.0306	0.017	0.0362	0.0441	0.0362	0.0457	0.0161	0.0155	0.0161	0.0313
chr3R	5372577	5372846	chr3R:5372578-5372846	distal	distal	stage5	stage5	VT38991.1	VT38991.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0707	0.1104	0.0576	0.0408	0.0848	0.0869	0.1622	0.1252	0.0848	0.0489	0.0659	0.0489	0.0767	0.0199	0.0496	0.0199	0.0761
chr3R	5374570	5374807	chr3R:5374571-5374807	distal	distal	none	none	VT38991.1	VT38991.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0631	0.0712	0.0626	0.0547	0.0414	0.1049	0.0809	0.0653	0.0414	0.0453	0.0457	0.0453	0.1882	0.0299	0.0316	0.0299	0.1355
chr3R	5376225	5376376	chr3R:5376226-5376376	distal	distal	stage11,stage14	none	VT38993.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0957	0.0769	0.1236	0.0861	0.0562	0.1107	0.0688	0.0853	0.0562	0.151	0.1315	0.151	0.1813	0.0965	0.0845	0.0965	0.1313
chr3R	5376507	5376697	chr3R:5376508-5376697	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT38993.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2237	0.1934	0.2754	0.2007	0.1538	0.2515	0.1765	0.2558	0.1538	0.3563	0.3148	0.3563	0.2758	0.2412	0.2186	0.2412	0.259
chr3R	5377051	5377260	chr3R:5377052-5377260	FBgn0037705,FBgn0260722	CR42549,mura	stage11,stage14,stage5	none	VT38993.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.275	0.2248	0.3343	0.266	0.1644	0.2879	0.2249	0.2652	0.1644	0.4432	0.3608	0.4432	0.3106	0.2971	0.2985	0.2971	0.308
chr3R	5377411	5377593	chr3R:5377412-5377593	FBgn0037705,FBgn0037707,FBgn0260722	CR42549,RnpS1,mura	stage11,stage14,stage5	none	VT38993.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2105	0.1954	0.2406	0.1943	0.1495	0.2359	0.2167	0.2239	0.1495	0.3194	0.2502	0.3194	0.2471	0.2213	0.1915	0.2213	0.2371
chr3R	5377647	5377872	chr3R:5377648-5377872	FBgn0037705,FBgn0037707,FBgn0260722	CR42549,RnpS1,mura	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1246	0.1302	0.1352	0.1067	0.0944	0.133	0.1674	0.1459	0.0944	0.1733	0.1457	0.1733	0.141	0.1087	0.0993	0.1087	0.1245
chr3R	5377912	5378233	chr3R:5377913-5378233	FBgn0037705,FBgn0037707,FBgn0260722	CR42549,RnpS1,mura	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1252	0.1599	0.1254	0.0862	0.1548	0.1456	0.2331	0.1392	0.1548	0.1413	0.135	0.1413	0.134	0.0865	0.0709	0.0865	0.0891
chr3R	5381063	5381214	chr3R:5381064-5381214	FBgn0037708,FBgn0037709	CG8199,CG9386	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0962	0.0803	0.1188	0.0891	0.0329	0.1092	0.0774	0.1093	0.0329	0.1413	0.1341	0.1413	0.1379	0.1248	0.0896	0.1248	0.1287
chr3R	5381437	5381589	chr3R:5381438-5381589	FBgn0037708,FBgn0037709	CG8199,CG9386	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0945	0.0821	0.1192	0.0813	0.0541	0.1024	0.0826	0.0986	0.0541	0.1347	0.1447	0.1347	0.1325	0.1202	0.1025	0.1202	0.1047
chr3R	5384924	5385111	chr3R:5384925-5385111	FBgn0024833,FBgn0027950	AP-47,MBD-like	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0857	0.0901	0.0503	0.0414	0.0961	0.0978	0.1146	0.0414	0.1075	0.1061	0.1075	0.0806	0.049	0.0509	0.049	0.0662
chr3R	5385181	5385371	chr3R:5385182-5385371	FBgn0024833,FBgn0027950	AP-47,MBD-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.163	0.1481	0.2014	0.1376	0.1029	0.1791	0.1553	0.1939	0.1029	0.2476	0.2219	0.2476	0.1898	0.1363	0.1496	0.1363	0.1678
chr3R	5385412	5385580	chr3R:5385413-5385580	FBgn0024833,FBgn0027950	AP-47,MBD-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1861	0.1623	0.2261	0.1686	0.0954	0.2039	0.17	0.2112	0.0954	0.2488	0.2563	0.2488	0.2215	0.1708	0.1747	0.1708	0.21
chr3R	5385649	5385826	chr3R:5385650-5385826	FBgn0024833,FBgn0027950	AP-47,MBD-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1219	0.109	0.1414	0.1149	0.07	0.1291	0.1237	0.1326	0.07	0.1528	0.1621	0.1528	0.1472	0.1187	0.1238	0.1187	0.1397
chr3R	5385827	5385996	chr3R:5385828-5385996	FBgn0027950	MBD-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1008	0.0828	0.1221	0.0978	0.0414	0.1053	0.0887	0.1079	0.0414	0.1359	0.1309	0.1359	0.1309	0.0942	0.0916	0.0942	0.11
chr3R	5388827	5388978	chr3R:5388828-5388978	FBgn0037710	CG9393	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0349	0.0292	0.0398	0.0358	0.0074	0.0369	0.0324	0.0386	0.0074	0.0423	0.0466	0.0423	0.0434	0.0766	0.029	0.0766	0.0349
chr3R	5389307	5389485	chr3R:5389308-5389485	FBgn0037710,FBgn0261049	CG9393,Vps45	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1444	0.1093	0.1805	0.144	0.0689	0.1456	0.1021	0.1339	0.0689	0.2168	0.2023	0.2168	0.1898	0.16	0.136	0.16	0.1886
chr3R	5389550	5389739	chr3R:5389551-5389739	FBgn0037710,FBgn0261049	CG9393,Vps45	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1317	0.1054	0.1624	0.1273	0.0668	0.1379	0.0978	0.1352	0.0668	0.2023	0.1891	0.2023	0.1596	0.1325	0.1277	0.1325	0.1527
chr3R	5399340	5399566	chr3R:5399341-5399566	FBgn0037715	CG9399	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.112	0.0833	0.1268	0.128	0.0414	0.1073	0.0843	0.1119	0.0414	0.1389	0.1489	0.1389	0.141	0.1202	0.1541	0.1202	0.147
chr3R	5399597	5399808	chr3R:5399598-5399808	FBgn0037715	CG9399	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1279	0.1099	0.151	0.1225	0.0626	0.1214	0.1198	0.1579	0.0626	0.212	0.1707	0.212	0.1371	0.1562	0.1386	0.1562	0.1433
chr3R	5399900	5400266	chr3R:5399901-5400266	FBgn0037715	CG9399	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2463	0.2245	0.281	0.2327	0.1718	0.2612	0.2405	0.2672	0.1718	0.3508	0.3071	0.3508	0.2905	0.2588	0.2411	0.2588	0.2809
chr3R	5400377	5400604	chr3R:5400378-5400604	FBgn0037715	CG9399	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1154	0.1285	0.1292	0.0856	0.1092	0.1252	0.1652	0.1399	0.1092	0.1467	0.1415	0.1467	0.1572	0.1141	0.1057	0.1141	0.1001
chr3R	5403117	5403306	chr3R:5403118-5403306	FBgn0027338,FBgn0037716	CG8273,Kap-alpha3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0954	0.0837	0.118	0.0836	0.0467	0.0976	0.0917	0.1106	0.0467	0.1419	0.1302	0.1419	0.1247	0.0949	0.0832	0.0949	0.1021
chr3R	5403389	5403558	chr3R:5403390-5403558	FBgn0027338,FBgn0037716	CG8273,Kap-alpha3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1744	0.1481	0.2135	0.161	0.1039	0.1816	0.1492	0.1799	0.1039	0.285	0.2267	0.285	0.2099	0.1845	0.1547	0.1845	0.2038
chr3R	5403650	5403821	chr3R:5403651-5403821	FBgn0027338,FBgn0037716	CG8273,Kap-alpha3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1653	0.1444	0.2046	0.1454	0.0965	0.1684	0.1501	0.1772	0.0965	0.2536	0.2248	0.2536	0.1991	0.157	0.1373	0.157	0.1829
chr3R	5406971	5407122	chr3R:5406972-5407122	FBgn0037717	CG8301	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0202	0.0132	0.0183	0.0301	0.0032	0.0146	0.019	0.016	0.0032	0.0121	0.0219	0.0121	0.024	0.0046	0.0155	0.0046	0.0276
chr3R	5412067	5412218	chr3R:5412068-5412218	FBgn0037718	P58IPK	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0382	0.0309	0.041	0.0432	0.0085	0.0316	0.0415	0.04	0.0085	0.0429	0.045	0.0429	0.0573	0.0375	0.0393	0.0375	0.0703
chr3R	5412541	5412721	chr3R:5412542-5412721	FBgn0037718	P58IPK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1319	0.0845	0.1737	0.139	0.0488	0.1083	0.0774	0.1199	0.0488	0.1902	0.2058	0.1902	0.1975	0.1501	0.1476	0.1501	0.1928
chr3R	5412859	5413114	chr3R:5412860-5413114	FBgn0037718	P58IPK	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0661	0.0424	0.0841	0.0728	0.0138	0.0612	0.0437	0.0533	0.0138	0.0839	0.1042	0.0839	0.1053	0.0781	0.0709	0.0781	0.1115
chr3R	5416626	5416806	chr3R:5416627-5416806	FBgn0037719,FBgn0037720	CG8312,bocksbeutel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1722	0.172	0.1985	0.1436	0.1304	0.1869	0.2119	0.1992	0.1304	0.2379	0.2196	0.2379	0.2037	0.1631	0.1522	0.1631	0.1694
chr3R	5416899	5417096	chr3R:5416900-5417096	FBgn0037719,FBgn0037720	CG8312,bocksbeutel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2372	0.2382	0.2754	0.1941	0.193	0.2573	0.2811	0.2898	0.193	0.3279	0.3225	0.3279	0.2603	0.2006	0.227	0.2006	0.2157
chr3R	5417188	5417339	chr3R:5417189-5417339	FBgn0037719,FBgn0037720	CG8312,bocksbeutel	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0789	0.0798	0.0945	0.0609	0.0594	0.0917	0.0952	0.0926	0.0594	0.1081	0.128	0.1081	0.0775	0.0398	0.078	0.0398	0.0573
chr3R	5417398	5417656	chr3R:5417399-5417656	FBgn0037720	CG8312	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1022	0.1013	0.1325	0.0699	0.0477	0.115	0.1068	0.1626	0.0477	0.1033	0.1955	0.1033	0.1441	0.0276	0.1431	0.0276	0.0829
chr3R	5417745	5417983	chr3R:5417746-5417983	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0789	0.095	0.0982	0.0397	0.0774	0.0772	0.1328	0.1166	0.0774	0.0592	0.1441	0.0592	0.1247	0.0222	0.058	0.0222	0.061
chr3R	5421297	5421458	chr3R:5421298-5421458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0733	0.0302	0.0135	0.0965	0.0383	0.1341	0.0586	0.0965	0.0175	0.0469	0.0175	0.038	0.0069	0.0206	0.0069	0.0229
chr3R	5421632	5421918	chr3R:5421633-5421918	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0796	0.0753	0.0326	0.0689	0.067	0.1289	0.0686	0.0689	0.0405	0.1077	0.0405	0.1263	0.0237	0.0445	0.0237	0.0589
chr3R	5423727	5423878	chr3R:5423728-5423878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0256	0.025	0.0308	0.0205	0.0127	0.0184	0.0398	0.0326	0.0127	0.0157	0.0547	0.0157	0.0248	0.0168	0.0342	0.0168	0.0302
chr3R	5424307	5424458	chr3R:5424308-5424458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0325	0.0348	0.0382	0.0238	0.0244	0.0262	0.0571	0.036	0.0244	0.0236	0.0666	0.0236	0.0318	0.0077	0.0632	0.0077	0.0229
chr3R	5428635	5429060	chr3R:5428636-5429060	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1009	0.0556	0.169	0.0767	0.018	0.065	0.0554	0.0939	0.018	0.032	0.3701	0.032	0.0449	0.0291	0.2469	0.0291	0.0406
chr3R	5429469	5429632	chr3R:5429470-5429632	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0362	0.0208	0.0584	0.0291	0.0117	0.0194	0.026	0.0293	0.0117	0.0242	0.1003	0.0242	0.0635	0.0153	0.0645	0.0153	0.038
chr3R	5430281	5430716	chr3R:5430282-5430716	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1475	0.2031	0.1793	0.0503	0.1824	0.1306	0.3006	0.2478	0.1824	0.0688	0.3489	0.0688	0.0883	0.0306	0.1244	0.0306	0.0412
chr3R	5430957	5431414	chr3R:5430958-5431414	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.105	0.0845	0.1594	0.0681	0.053	0.0942	0.1008	0.1066	0.053	0.0664	0.2923	0.0664	0.1216	0.0176	0.1715	0.0176	0.0766
chr3R	5434262	5434413	chr3R:5434263-5434413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0385	0.0246	0.0093	0.0255	0.0248	0.0601	0.0513	0.0255	0.0169	0.0441	0.0169	0.0178	0.0084	0.0193	0.0084	0.0052
chr3R	5434482	5434693	chr3R:5434483-5434693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0522	0.0301	0.0118	0.0318	0.0286	0.0813	0.0786	0.0318	0.0175	0.0569	0.0175	0.0147	0.0069	0.0277	0.0069	0.0078
chr3R	5440526	5440677	chr3R:5440527-5440677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0206	0.026	0.0103	0.0138	0.018	0.0311	0.0233	0.0138	0.0121	0.0453	0.0121	0.0194	0.0084	0.0245	0.0084	0.0068
chr3R	5441141	5441312	chr3R:5441142-5441312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0241	0.0339	0.0171	0.0117	0.0228	0.0337	0.026	0.0117	0.0187	0.0585	0.0187	0.024	0.01	0.0458	0.01	0.012
chr3R	5451279	5451430	chr3R:5451280-5451430	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0401	0.056	0.0434	0.0187	0.0382	0.0447	0.0956	0.046	0.0382	0.0199	0.0746	0.0199	0.0403	0.0069	0.0438	0.0069	0.0198
chr3R	5452729	5452889	chr3R:5452730-5452889	FBgn0037722	CG8319	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0971	0.0829	0.1181	0.0898	0.0615	0.0859	0.0986	0.1019	0.0615	0.1232	0.1489	0.1232	0.1162	0.0904	0.1044	0.0904	0.111
chr3R	5452944	5453133	chr3R:5452945-5453133	FBgn0037722	CG8319	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0908	0.0649	0.1061	0.103	0.0403	0.0704	0.0809	0.0773	0.0403	0.1033	0.1322	0.1033	0.1247	0.0972	0.1199	0.0972	0.1443
chr3R	5454010	5454322	chr3R:5454011-5454322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1315	0.1255	0.1623	0.1043	0.0657	0.1529	0.1293	0.1699	0.0657	0.186	0.19	0.186	0.1844	0.0689	0.1193	0.0689	0.1694
chr3R	5454467	5454665	chr3R:5454468-5454665	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1537	0.162	0.1849	0.1103	0.0923	0.1932	0.1782	0.2025	0.0923	0.2409	0.2023	0.2409	0.1727	0.1187	0.1038	0.1187	0.1355
chr3R	5454985	5455136	chr3R:5454986-5455136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0679	0.0661	0.089	0.0469	0.0318	0.0786	0.0744	0.0879	0.0318	0.0996	0.1138	0.0996	0.0767	0.036	0.0529	0.036	0.0709
chr3R	5455338	5455489	chr3R:5455339-5455489	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0637	0.052	0.089	0.0492	0.0223	0.0626	0.0562	0.0779	0.0223	0.0857	0.1238	0.0857	0.0798	0.0245	0.0838	0.0245	0.0625
chr3R	5455947	5456274	chr3R:5455948-5456274	FBgn0005585	Crc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2385	0.199	0.2995	0.2157	0.1304	0.2646	0.189	0.2538	0.1304	0.3762	0.3334	0.3762	0.2943	0.209	0.2289	0.209	0.2694
chr3R	5456458	5456687	chr3R:5456459-5456687	FBgn0005585	Crc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2907	0.2699	0.3363	0.2638	0.2142	0.3233	0.2673	0.3371	0.2142	0.4161	0.365	0.4161	0.3246	0.2779	0.2798	0.2779	0.3153
chr3R	5456909	5457060	chr3R:5456910-5457060	FBgn0005585,FBgn0037723	Crc,SpdS	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.068	0.0501	0.0698	0.0861	0.0339	0.0583	0.0606	0.0513	0.0339	0.0694	0.083	0.0694	0.079	0.0559	0.0812	0.0559	0.1303
chr3R	5457330	5457575	chr3R:5457331-5457575	FBgn0037723	SpdS	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0667	0.0454	0.0692	0.0877	0.0223	0.0592	0.0593	0.0446	0.0223	0.0471	0.0666	0.0471	0.1642	0.0391	0.109	0.0391	0.1454
chr3R	5457894	5458045	chr3R:5457895-5458045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0448	0.0416	0.0566	0.0354	0.017	0.0684	0.0415	0.0373	0.017	0.0459	0.0502	0.0459	0.1356	0.0214	0.0258	0.0214	0.0719
chr3R	5463041	5463192	chr3R:5463042-5463192	FBgn0003334	Scm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0598	0.074	0.0448	0.0308	0.066	0.0804	0.0646	0.0308	0.087	0.082	0.087	0.0744	0.0475	0.0567	0.0475	0.049
chr3R	5463265	5463436	chr3R:5463266-5463436	FBgn0003334,FBgn0012344	Dh44,Scm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.109	0.1104	0.1298	0.0845	0.071	0.117	0.1397	0.1246	0.071	0.1479	0.145	0.1479	0.1239	0.0789	0.1012	0.0789	0.098
chr3R	5463572	5463765	chr3R:5463573-5463765	FBgn0003334,FBgn0012344	Dh44,Scm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0403	0.04	0.0233	0.0233	0.0417	0.0575	0.0393	0.0233	0.0465	0.0392	0.0465	0.0457	0.026	0.0284	0.026	0.0266
chr3R	5470414	5470584	chr3R:5470415-5470584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0203	0.0204	0.0162	0.0106	0.0228	0.035	0.01	0.0106	0.0151	0.0193	0.0151	0.0434	0.0107	0.0103	0.0107	0.0328
chr3R	5500750	5500945	chr3R:5500751-5500945	FBgn0037726,FBgn0037727	CG8358,CG9492	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0751	0.1024	0.0803	0.0387	0.087	0.0612	0.1354	0.1626	0.087	0.0429	0.1347	0.0429	0.086	0.01	0.1006	0.01	0.0313
chr3R	5503243	5503406	chr3R:5503244-5503406	FBgn0037728	CG16817	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0547	0.0747	0.0457	0.0276	0.0738	0.061	0.0593	0.0276	0.0918	0.083	0.0918	0.0767	0.0498	0.0464	0.0498	0.0558
chr3R	5503534	5503724	chr3R:5503535-5503724	FBgn0037728	CG16817	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1741	0.1601	0.2084	0.1522	0.1071	0.1927	0.1756	0.1985	0.1071	0.256	0.2167	0.256	0.237	0.1715	0.1412	0.1715	0.1965
chr3R	5503913	5504145	chr3R:5503914-5504145	FBgn0037728	CG16817	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0943	0.0798	0.1154	0.0876	0.0414	0.0932	0.0934	0.1019	0.0414	0.1431	0.1222	0.1431	0.127	0.1049	0.0825	0.1049	0.1146
chr3R	5505581	5505959	chr3R:5505582-5505959	FBgn0028997	nmdyn-D7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1064	0.1063	0.1284	0.0823	0.0615	0.1214	0.112	0.1506	0.0615	0.1486	0.1489	0.1486	0.1557	0.0873	0.0935	0.0873	0.1256
chr3R	5509235	5509386	chr3R:5509236-5509386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0236	0.0272	0.016	0.0064	0.0291	0.0329	0.0207	0.0064	0.0223	0.0238	0.0223	0.0627	0.0115	0.0181	0.0115	0.0261
chr3R	5509472	5510130	chr3R:5509473-5510130	FBgn0037730	CG9444	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.07	0.0568	0.0821	0.0713	0.0201	0.0699	0.0779	0.0566	0.0201	0.0586	0.0865	0.0586	0.1751	0.0329	0.0651	0.0329	0.161
chr3R	5525977	5526141	chr3R:5525978-5526141	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0314	0.0292	0.0357	0.0292	0.0138	0.0335	0.0407	0.0293	0.0138	0.029	0.0402	0.029	0.0612	0.0375	0.0348	0.0375	0.0422
chr3R	5526360	5526511	chr3R:5526361-5526511	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0305	0.0236	0.0273	0.0419	0.0095	0.035	0.0251	0.0233	0.0095	0.0254	0.0248	0.0254	0.0511	0.0528	0.0542	0.0528	0.061
chr3R	5528368	5528519	chr3R:5528369-5528519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0326	0.0312	0.0287	0.0384	0.0117	0.051	0.0307	0.036	0.0117	0.0344	0.0286	0.0344	0.0457	0.1064	0.0335	0.1064	0.0281
chr3R	5528671	5528822	chr3R:5528672-5528822	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0283	0.0173	0.0239	0.0455	0.0074	0.0286	0.019	0.0127	0.0074	0.0278	0.0241	0.0278	0.0333	0.134	0.0348	0.134	0.0349
chr3R	5528983	5529134	chr3R:5528984-5529134	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.021	0.0072	0.0156	0.0422	0.0011	0.0112	0.0117	0.004	0.0011	0.0223	0.0141	0.0223	0.0163	0.1179	0.0277	0.1179	0.038
chr3R	5529967	5530210	chr3R:5529968-5530210	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0902	0.0834	0.0939	0.0937	0.035	0.1102	0.0636	0.1319	0.035	0.0894	0.1068	0.0894	0.1077	0.0636	0.1534	0.0636	0.1037
chr3R	5530298	5530449	chr3R:5530299-5530449	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0952	0.0692	0.107	0.1113	0.0297	0.0985	0.0619	0.0926	0.0297	0.087	0.1235	0.087	0.1247	0.0911	0.1496	0.0911	0.1209
chr3R	5530588	5530807	chr3R:5530589-5530807	FBgn0051352	Unc-115a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2228	0.1983	0.2437	0.2273	0.1771	0.2102	0.2228	0.2352	0.1771	0.2464	0.2527	0.2464	0.2665	0.2741	0.2328	0.2741	0.2241
chr3R	5531072	5531278	chr3R:5531073-5531278	FBgn0051352	Unc-115a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2572	0.2266	0.3039	0.2402	0.1856	0.268	0.2379	0.2718	0.1856	0.372	0.3302	0.372	0.3083	0.258	0.2618	0.258	0.2705
chr3R	5536052	5536256	chr3R:5536053-5536256	FBgn0037734	trbd	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0643	0.0789	0.0654	0.0468	0.0647	0.0883	0.0865	0.0979	0.0647	0.0646	0.0672	0.0646	0.0682	0.0345	0.0451	0.0345	0.0495
chr3R	5536280	5536543	chr3R:5536281-5536543	FBgn0016792,FBgn0037734	dmt,trbd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0938	0.0986	0.1027	0.0787	0.0774	0.1092	0.1129	0.1233	0.0774	0.122	0.1109	0.122	0.1053	0.0835	0.0774	0.0835	0.0959
chr3R	5536723	5536910	chr3R:5536724-5536910	FBgn0016792,FBgn0037734	dmt,trbd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1954	0.1964	0.2202	0.1671	0.1569	0.2257	0.2301	0.2199	0.1569	0.2693	0.2354	0.2693	0.22	0.1753	0.1825	0.1753	0.2032
chr3R	5537002	5537174	chr3R:5537003-5537174	FBgn0016792,FBgn0037734	dmt,trbd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.088	0.0951	0.0984	0.0688	0.071	0.1005	0.128	0.0966	0.071	0.1135	0.109	0.1135	0.1084	0.0613	0.0741	0.0613	0.1006
chr3R	5550811	5551184	chr3R:5550812-5551184	FBgn0002431	hyd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1842	0.1881	0.2046	0.1575	0.1527	0.2097	0.218	0.2099	0.1527	0.2579	0.2116	0.2579	0.2115	0.1792	0.1618	0.1792	0.2011
chr3R	5551238	5551418	chr3R:5551239-5551418	FBgn0002431	hyd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2056	0.1969	0.2344	0.1838	0.1527	0.2277	0.2284	0.2099	0.1527	0.3031	0.2469	0.3031	0.2215	0.1907	0.1999	0.1907	0.2199
chr3R	5551515	5551697	chr3R:5551516-5551697	FBgn0002431	hyd	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1328	0.1301	0.1373	0.1308	0.105	0.1413	0.1544	0.1472	0.105	0.1661	0.1444	0.1661	0.1425	0.1332	0.1425	0.1332	0.1626
chr3R	5552251	5552465	chr3R:5552252-5552465	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0757	0.1023	0.0787	0.0428	0.087	0.1005	0.1207	0.1233	0.087	0.0894	0.0881	0.0894	0.0844	0.0391	0.0387	0.0391	0.0547
chr3R	5556578	5556729	chr3R:5556579-5556729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0205	0.0247	0.0132	0.024	0.0106	0.0223	0.0337	0.03	0.0106	0.0145	0.0125	0.0145	0.0139	0.0207	0.0084	0.0207	0.0078
chr3R	5558932	5559117	chr3R:5558933-5559117	FBgn0003886	alphaTub85E	stage14	none	VT39096.1,alphaTub85E_lacZ.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0296	0.0198	0.0264	0.0441	0.0148	0.0272	0.0255	0.0167	0.0148	0.0411	0.0273	0.0411	0.024	0.1332	0.0232	0.1332	0.0339
chr3R	5565137	5565333	chr3R:5565138-5565333	FBgn0037736	CG12950	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0677	0.068	0.0425	0.0414	0.067	0.0761	0.0966	0.0414	0.0791	0.0871	0.0791	0.0457	0.0551	0.0419	0.0551	0.0281
chr3R	5565364	5565556	chr3R:5565365-5565556	FBgn0037736	CG12950	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0555	0.0627	0.0574	0.0454	0.0361	0.0743	0.0657	0.0853	0.0361	0.0682	0.0704	0.0682	0.0364	0.0444	0.0374	0.0444	0.0266
chr3R	5565679	5565845	chr3R:5565680-5565845	FBgn0037736	CG12950	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.049	0.0378	0.0453	0.0657	0.0159	0.0476	0.0407	0.0446	0.0159	0.0429	0.0566	0.0429	0.0302	0.0651	0.0277	0.0651	0.0307
chr3R	5565907	5566310	chr3R:5565908-5566310	FBgn0037736,FBgn0037737	CG12950,Pnn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1027	0.0835	0.1184	0.1069	0.0403	0.1068	0.0783	0.1159	0.0403	0.1383	0.1373	0.1383	0.1007	0.1103	0.0799	0.1103	0.086
chr3R	5566509	5566681	chr3R:5566510-5566681	FBgn0037737	Pnn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1026	0.0909	0.1213	0.0953	0.0488	0.117	0.0913	0.1199	0.0488	0.1534	0.1363	0.1534	0.1216	0.1103	0.0993	0.1103	0.1068
chr3R	5566793	5566961	chr3R:5566794-5566961	FBgn0037737	Pnn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0452	0.0385	0.0576	0.039	0.0138	0.0461	0.0437	0.0533	0.0138	0.0628	0.0685	0.0628	0.0511	0.0551	0.0355	0.0551	0.0391
chr3R	5571360	5571554	chr3R:5571361-5571554	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.034	0.0535	0.0283	0.0184	0.0318	0.0568	0.0532	0.0813	0.0318	0.038	0.0334	0.038	0.0287	0.013	0.0374	0.013	0.0146
chr3R	5571780	5571931	chr3R:5571781-5571931	FBgn0085438	CG34409	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0299	0.0385	0.0275	0.023	0.0212	0.0383	0.0454	0.0526	0.0212	0.0284	0.0379	0.0284	0.0209	0.0115	0.0651	0.0115	0.0141
chr3R	5571999	5572150	chr3R:5572000-5572150	FBgn0085438	CG34409	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0247	0.026	0.0217	0.0106	0.0257	0.0329	0.0306	0.0106	0.026	0.0363	0.026	0.0201	0.0107	0.0561	0.0107	0.0182
chr3R	5572928	5573326	chr3R:5572929-5573326	FBgn0005777,FBgn0037739	CG12948,PpD3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1699	0.1353	0.2174	0.1564	0.0891	0.1641	0.1354	0.1785	0.0891	0.2415	0.2878	0.2415	0.2029	0.0934	0.2669	0.0934	0.1892
chr3R	5573369	5573562	chr3R:5573370-5573562	FBgn0005777,FBgn0037739	CG12948,PpD3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.149	0.1285	0.1813	0.1365	0.0774	0.1641	0.1272	0.1626	0.0774	0.2331	0.2093	0.2331	0.1797	0.108	0.1741	0.108	0.1704
chr3R	5573768	5573950	chr3R:5573769-5573950	FBgn0005777	PpD3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1092	0.1348	0.111	0.0551	0.1408	0.1181	0.1352	0.0551	0.1715	0.1556	0.1715	0.1387	0.1194	0.1231	0.1194	0.1402
chr3R	5574041	5574297	chr3R:5574042-5574297	FBgn0005777	PpD3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0738	0.0692	0.0859	0.0657	0.0339	0.083	0.0839	0.0799	0.0339	0.1069	0.0997	0.1069	0.0914	0.0804	0.0619	0.0804	0.0823
chr3R	5580307	5580498	chr3R:5580308-5580498	FBgn0037741	CG16908	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.1064	0.1426	0.0933	0.0583	0.1243	0.1211	0.1366	0.0583	0.1685	0.1656	0.1685	0.1301	0.1049	0.0993	0.1049	0.1094
chr3R	5580584	5580760	chr3R:5580585-5580760	FBgn0037741	CG16908	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0479	0.0489	0.0613	0.0322	0.017	0.049	0.0701	0.0566	0.017	0.0749	0.0707	0.0749	0.0496	0.026	0.0322	0.026	0.0323
chr3R	5581872	5582070	chr3R:5581873-5582070	FBgn0037742,FBgn0037743	CG8412,Rpt3R	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0954	0.0916	0.1107	0.0829	0.0551	0.1097	0.1003	0.1146	0.0551	0.1522	0.1254	0.1522	0.1108	0.1103	0.0709	0.1103	0.0928
chr3R	5582121	5582332	chr3R:5582122-5582332	FBgn0037742,FBgn0037743	CG8412,Rpt3R	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1026	0.0869	0.1189	0.1022	0.0615	0.1136	0.0835	0.1086	0.0615	0.1679	0.1289	0.1679	0.1278	0.1654	0.089	0.1654	0.111
chr3R	5585250	5585417	chr3R:5585251-5585417	FBgn0037744	CG8417	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.0702	0.1055	0.088	0.035	0.0932	0.0774	0.0726	0.035	0.1359	0.1174	0.1359	0.1131	0.1103	0.0909	0.1103	0.1251
chr3R	5585473	5585659	chr3R:5585474-5585659	FBgn0037744	CG8417	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0766	0.0592	0.0944	0.0766	0.0371	0.0714	0.0701	0.0586	0.0371	0.1123	0.101	0.1123	0.1208	0.0858	0.0683	0.0858	0.1261
chr3R	5588801	5588997	chr3R:5588802-5588997	FBgn0028401,FBgn0037746	CG8478,Snap24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1195	0.1077	0.1451	0.1047	0.053	0.1252	0.1211	0.1426	0.053	0.1721	0.1608	0.1721	0.1487	0.111	0.0903	0.111	0.1266
chr3R	5589157	5589342	chr3R:5589158-5589342	FBgn0028401,FBgn0037746	CG8478,Snap24	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1073	0.0918	0.1414	0.0872	0.0498	0.1223	0.0917	0.1126	0.0498	0.1745	0.1473	0.1745	0.1425	0.0934	0.0825	0.0934	0.098
chr3R	5589383	5589600	chr3R:5589384-5589600	FBgn0037746	CG8478	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1458	0.1316	0.1895	0.1136	0.0817	0.1709	0.1237	0.1759	0.0817	0.2458	0.1974	0.2458	0.1952	0.1187	0.1193	0.1187	0.1303
chr3R	5593440	5593626	chr3R:5593441-5593626	FBgn0037747	CG8481	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1489	0.1209	0.1885	0.1367	0.07	0.151	0.1233	0.1546	0.07	0.218	0.1977	0.218	0.196	0.1677	0.1335	0.1677	0.1574
chr3R	5593734	5594319	chr3R:5593735-5594319	FBgn0024330,FBgn0037747	CG8481,MED6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1815	0.1729	0.2313	0.1363	0.0923	0.2058	0.186	0.2312	0.0923	0.2597	0.2576	0.2597	0.237	0.1217	0.1612	0.1217	0.161
chr3R	5595951	5596102	chr3R:5595952-5596102	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0224	0.0197	0.0234	0.0245	0.0106	0.0199	0.0255	0.026	0.0106	0.0266	0.0238	0.0266	0.0302	0.0666	0.0148	0.0666	0.0219
chr3R	5597557	5597751	chr3R:5597558-5597751	FBgn0037749	CG9471	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0537	0.0464	0.0585	0.0567	0.017	0.0534	0.0549	0.0606	0.017	0.055	0.0637	0.055	0.0883	0.072	0.0651	0.072	0.0719
chr3R	5603354	5603525	chr3R:5603355-5603525	FBgn0261599	RpS29	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0548	0.0775	0.0453	0.0371	0.066	0.0653	0.0606	0.0371	0.0864	0.0904	0.0864	0.0875	0.0597	0.0516	0.0597	0.0532
chr3R	5603679	5603896	chr3R:5603680-5603896	FBgn0086663,FBgn0261599	RpS29,snoRNA:Psi18S-1275	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1915	0.1675	0.2377	0.1677	0.1145	0.1937	0.1782	0.2172	0.1145	0.3068	0.2489	0.3068	0.2463	0.1876	0.1805	0.1876	0.2069
chr3R	5604231	5604426	chr3R:5604232-5604426	FBgn0086663,FBgn0261599	RpS29,snoRNA:Psi18S-1275	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0512	0.0746	0.0496	0.0255	0.0544	0.0554	0.0759	0.0255	0.0978	0.0781	0.0978	0.0751	0.0551	0.0632	0.0551	0.0594
chr3R	5604526	5604677	chr3R:5604527-5604677	FBgn0086663	snoRNA:Psi18S-1275	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0299	0.0442	0.0255	0.0117	0.032	0.0372	0.0386	0.0117	0.0634	0.0511	0.0634	0.0387	0.0314	0.0329	0.0314	0.0334
chr3R	5604862	5605047	chr3R:5604863-5605047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0431	0.0398	0.0527	0.0363	0.017	0.0427	0.0446	0.0586	0.017	0.0604	0.0666	0.0604	0.0581	0.0214	0.0851	0.0214	0.0365
chr3R	5608551	5608709	chr3R:5608552-5608709	FBgn0051514	CR31514	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0332	0.0255	0.0415	0.0326	0.0085	0.0306	0.0337	0.0313	0.0085	0.032	0.0315	0.032	0.1162	0.0222	0.0219	0.0222	0.0792
chr3R	5609216	5609367	chr3R:5609217-5609367	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0307	0.0223	0.0312	0.0394	0.0106	0.0267	0.0307	0.02	0.0106	0.0386	0.028	0.0386	0.0604	0.0276	0.0335	0.0276	0.087
chr3R	5610174	5610378	chr3R:5610175-5610378	FBgn0002868,FBgn0037754	CG8500,MtnA	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0466	0.014	0.0305	0.1007	0.0064	0.0204	0.0186	0.01	0.0064	0.0187	0.027	0.0187	0.0759	0.1256	0.04	0.1256	0.1621
chr3R	5610758	5610909	chr3R:5610759-5610909	FBgn0037754	CG8500	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0198	0.015	0.0212	0.0238	0.0021	0.0146	0.0264	0.014	0.0021	0.0223	0.0235	0.0223	0.0217	0.0283	0.0058	0.0283	0.0271
chr3R	5613414	5613565	chr3R:5613415-5613565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0269	0.0202	0.0136	0.018	0.0248	0.0355	0.0313	0.018	0.0242	0.0232	0.0242	0.024	0.0107	0.0135	0.0107	0.0156
chr3R	5616525	5616720	chr3R:5616526-5616720	FBgn0037755,FBgn0037756	CG12945,CG8507	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.048	0.069	0.05	0.0329	0.0549	0.051	0.062	0.0329	0.0803	0.0814	0.0803	0.0767	0.0613	0.0567	0.0613	0.0604
chr3R	5616835	5617012	chr3R:5616836-5617012	FBgn0037755,FBgn0037756	CG12945,CG8507	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1163	0.0925	0.1303	0.1274	0.0498	0.1184	0.0978	0.1139	0.0498	0.1377	0.1492	0.1377	0.1603	0.1409	0.1373	0.1409	0.1694
chr3R	5617111	5617297	chr3R:5617112-5617297	FBgn0037755,FBgn0037756	CG12945,CG8507	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0853	0.0586	0.086	0.1143	0.0297	0.0733	0.0679	0.0673	0.0297	0.0743	0.1016	0.0743	0.1232	0.1087	0.1277	0.1087	0.1714
chr3R	5618906	5619069	chr3R:5618907-5619069	FBgn0037757	CG8516	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1169	0.1538	0.1134	0.0721	0.134	0.1393	0.1339	0.0721	0.1824	0.1669	0.1824	0.1619	0.1256	0.127	0.1256	0.1412
chr3R	5619196	5619347	chr3R:5619197-5619347	FBgn0037757	CG8516	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0479	0.0735	0.049	0.0233	0.0534	0.0623	0.0533	0.0233	0.0936	0.0801	0.0936	0.0829	0.0513	0.0509	0.0513	0.0672
chr3R	5622893	5623044	chr3R:5622894-5623044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0299	0.0274	0.0294	0.0331	0.018	0.0257	0.035	0.0326	0.018	0.0296	0.0312	0.0296	0.0387	0.0161	0.0219	0.0161	0.0771
chr3R	5626381	5626554	chr3R:5626382-5626554	FBgn0037758,FBgn0037759	CG8526,CG9467	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.056	0.038	0.0695	0.0613	0.017	0.0461	0.0398	0.054	0.017	0.0821	0.0749	0.0821	0.0852	0.0597	0.0542	0.0597	0.0969
chr3R	5626628	5626808	chr3R:5626629-5626808	FBgn0037758,FBgn0037759	CG8526,CG9467	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1298	0.0998	0.1641	0.1256	0.0615	0.1277	0.1073	0.1133	0.0615	0.2077	0.1752	0.2077	0.1696	0.1539	0.1115	0.1539	0.1636
chr3R	5626905	5627079	chr3R:5626906-5627079	FBgn0037758,FBgn0037759	CG8526,CG9467	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1242	0.1019	0.1572	0.1128	0.0657	0.1335	0.1051	0.1146	0.0657	0.2041	0.1695	0.2041	0.1526	0.1455	0.1012	0.1455	0.1407
chr3R	5627204	5627355	chr3R:5627205-5627355	FBgn0037758,FBgn0037759	CG8526,CG9467	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0442	0.0618	0.0356	0.0212	0.051	0.0584	0.0486	0.0212	0.0857	0.065	0.0857	0.0527	0.0398	0.0361	0.0398	0.0396
chr3R	5628810	5628961	chr3R:5628811-5628961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0328	0.0339	0.0167	0.0148	0.0393	0.0376	0.042	0.0148	0.035	0.0408	0.035	0.0364	0.0138	0.0148	0.0138	0.024
chr3R	5634438	5634615	chr3R:5634439-5634615	FBgn0037760	FBX011	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1048	0.0879	0.1363	0.0891	0.0562	0.1053	0.0956	0.1106	0.0562	0.1818	0.1386	0.1818	0.1317	0.0949	0.0845	0.0949	0.0959
chr3R	5634725	5634893	chr3R:5634726-5634893	FBgn0037760	FBX011	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2269	0.207	0.2732	0.1984	0.1559	0.2408	0.2327	0.2425	0.1559	0.3502	0.2862	0.3502	0.2479	0.1907	0.1908	0.1907	0.2277
chr3R	5635012	5635187	chr3R:5635013-5635187	FBgn0037760	FBX011	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1861	0.1751	0.2202	0.1608	0.1273	0.1913	0.205	0.2072	0.1273	0.2844	0.2344	0.2844	0.1921	0.1761	0.1651	0.1761	0.1756
chr3R	5635341	5635540	chr3R:5635342-5635540	FBgn0037760	FBX011	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0595	0.0612	0.0698	0.0462	0.0308	0.0743	0.0774	0.068	0.0308	0.0876	0.0788	0.0876	0.0635	0.0658	0.049	0.0658	0.0427
chr3R	5677495	5677646	chr3R:5677496-5677646	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0036	0.0041	0.0099	0.0011	0.0034	0.0061	0.0047	0.0011	0.003	0.0039	0.003	0.0031	0.0015	0	0.0015	0.0063
chr3R	5677982	5678133	chr3R:5677983-5678133	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0123	0.0074	0.0131	0.0053	0.0102	0.0221	0.0087	0.0053	0.0042	0.0071	0.0042	0.007	8e-04	0.0045	8e-04	0.0104
chr3R	5691723	5691960	chr3R:5691724-5691960	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0398	0.0227	0.0296	0.0702	0.0053	0.0233	0.0389	0.02	0.0053	0.0266	0.0309	0.0266	0.0457	0.0429	0.0496	0.0429	0.0902
chr3R	5692167	5692318	chr3R:5692168-5692318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0125	0.0121	0.029	0.0021	0.0131	0.0208	0.0133	0.0021	0.0103	0.0119	0.0103	0.0147	0.0054	0.0168	0.0054	0.0266
chr3R	5693999	5694150	chr3R:5694000-5694150	FBgn0037766	Teh1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.034	0.0236	0.0327	0.0469	0.0106	0.0228	0.0324	0.0313	0.0106	0.0374	0.0322	0.0374	0.0263	0.023	0.0309	0.023	0.0266
chr3R	5694342	5694642	chr3R:5694343-5694642	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2052	0.1797	0.2359	0.2	0.1092	0.2398	0.1752	0.2338	0.1092	0.2893	0.2701	0.2893	0.2324	0.2144	0.2224	0.2144	0.2314
chr3R	5694832	5695042	chr3R:5694833-5695042	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1583	0.1569	0.1839	0.1319	0.1029	0.1951	0.1678	0.1892	0.1029	0.212	0.2135	0.212	0.1743	0.1432	0.1444	0.1432	0.1579
chr3R	5698122	5698326	chr3R:5698123-5698326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39168.1	VT39168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2013	0.1912	0.225	0.1867	0.1654	0.2194	0.1998	0.2345	0.1654	0.2675	0.273	0.2675	0.2014	0.1738	0.2166	0.1738	0.2366
chr3R	5698705	5698856	chr3R:5698706-5698856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0663	0.0422	0.0869	0.0705	0.0212	0.0602	0.0441	0.05	0.0212	0.0809	0.1013	0.0809	0.1038	0.0436	0.0606	0.0436	0.111
chr3R	5698880	5699031	chr3R:5698881-5699031	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0658	0.035	0.0921	0.0713	0.0085	0.0539	0.0311	0.0493	0.0085	0.0864	0.1138	0.0864	0.0837	0.0521	0.0651	0.0521	0.0829
chr3R	5699307	5699551	chr3R:5699308-5699551	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.277	0.2398	0.3296	0.2608	0.1824	0.2985	0.2392	0.3018	0.1824	0.3973	0.3894	0.3973	0.3013	0.2757	0.3011	0.2757	0.2934
chr3R	5699826	5700000	chr3R:5699827-5700000	FBgn0263097	Glut4EF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2315	0.2202	0.2638	0.2086	0.1707	0.2597	0.2327	0.2738	0.1707	0.337	0.299	0.337	0.2533	0.2335	0.2289	0.2335	0.2355
chr3R	5700232	5700419	chr3R:5700233-5700419	FBgn0263097	Glut4EF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2563	0.2549	0.2829	0.2287	0.1941	0.2995	0.2777	0.3031	0.1941	0.3261	0.3434	0.3261	0.2541	0.2335	0.2482	0.2335	0.2694
chr3R	5700636	5700787	chr3R:5700637-5700787	FBgn0263097	Glut4EF	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.0973	0.0912	0.07	0.0668	0.1068	0.1055	0.1306	0.0668	0.1014	0.1145	0.1014	0.0813	0.075	0.0787	0.075	0.0829
chr3R	5703475	5703664	chr3R:5703476-5703664	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.176	0.2105	0.2154	0.0943	0.1622	0.2461	0.2279	0.2518	0.1622	0.2603	0.2701	0.2603	0.1658	0.0796	0.1728	0.0796	0.0933
chr3R	5703934	5704113	chr3R:5703935-5704113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1075	0.0892	0.1514	0.0797	0.0382	0.1291	0.0843	0.1166	0.0382	0.1963	0.1984	0.1963	0.1177	0.0628	0.1644	0.0628	0.0797
chr3R	5705578	5705769	chr3R:5705579-5705769	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1101	0.2136	0.0855	0.0213	0.176	0.2155	0.2331	0.2931	0.176	0.0465	0.1592	0.0465	0.0294	0.0138	0.0413	0.0138	0.0135
chr3R	5705795	5706016	chr3R:5705796-5706016	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1076	0.2029	0.0888	0.0217	0.1548	0.2058	0.218	0.2945	0.1548	0.0495	0.1707	0.0495	0.0294	0.01	0.0438	0.01	0.0156
chr3R	5707208	5707468	chr3R:5707209-5707468	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1961	0.1822	0.214	0.1919	0.1007	0.2466	0.151	0.2718	0.1007	0.1286	0.3148	0.1286	0.2603	0.1455	0.2689	0.1455	0.1954
chr3R	5707601	5707767	chr3R:5707602-5707767	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0907	0.0841	0.0977	0.0902	0.0424	0.1199	0.0597	0.1392	0.0424	0.0399	0.1633	0.0399	0.0899	0.0406	0.1309	0.0406	0.0865
chr3R	5707807	5707958	chr3R:5707808-5707958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0441	0.0349	0.0425	0.0563	0.0106	0.0553	0.0216	0.056	0.0106	0.0211	0.0614	0.0211	0.0411	0.0222	0.0464	0.0222	0.0573
chr3R	5709348	5709567	chr3R:5709349-5709567	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0465	0.0204	0.0358	0.0873	0.0064	0.0262	0.026	0.0213	0.0064	0.0308	0.0469	0.0308	0.0457	0.1156	0.1348	0.1156	0.0969
chr3R	5710266	5710417	chr3R:5710267-5710417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0308	0.0242	0.0307	0.0383	0.0074	0.033	0.0268	0.03	0.0074	0.0308	0.0373	0.0308	0.0356	0.0191	0.0426	0.0191	0.0433
chr3R	5710697	5710851	chr3R:5710698-5710851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0329	0.0224	0.0335	0.044	0.0064	0.0286	0.0307	0.02	0.0064	0.0616	0.0299	0.0616	0.0209	0.0743	0.0232	0.0743	0.0328
chr3R	5711241	5711481	chr3R:5711242-5711481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0413	0.0602	0.07	0.0127	0.0539	0.0476	0.0466	0.0127	0.0773	0.0746	0.0773	0.048	0.0911	0.0903	0.0911	0.0761
chr3R	5711681	5711884	chr3R:5711682-5711884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.064	0.0333	0.0829	0.0777	0.0064	0.0485	0.0381	0.04	0.0064	0.1165	0.1167	0.1165	0.0473	0.134	0.1399	0.134	0.0563
chr3R	5712319	5712616	chr3R:5712320-5712616	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1044	0.0533	0.1683	0.0912	0.0244	0.0762	0.0519	0.0693	0.0244	0.192	0.2672	0.192	0.0689	0.1424	0.1773	0.1424	0.0521
chr3R	5712863	5713014	chr3R:5712864-5713014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0196	0.0428	0.0322	0.0117	0.0214	0.0255	0.0213	0.0117	0.029	0.0743	0.029	0.0263	0.0161	0.0851	0.0161	0.0224
chr3R	5714926	5715077	chr3R:5714927-5715077	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0187	0.0232	0.0398	0.0106	0.0214	0.0208	0.024	0.0106	0.0229	0.0289	0.0229	0.0364	0.0214	0.0329	0.0214	0.1006
chr3R	5717007	5717158	chr3R:5717008-5717158	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0203	0.015	0.0165	0.0305	0.0095	0.0184	0.019	0.014	0.0095	0.0072	0.0264	0.0072	0.0232	0.0138	0.0716	0.0138	0.0365
chr3R	5717410	5717583	chr3R:5717411-5717583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0213	0.0106	0.0165	0.0386	0.0064	0.0141	0.0151	0.0073	0.0064	0.0115	0.0148	0.0115	0.0442	0.023	0.029	0.023	0.0943
chr3R	5717662	5717813	chr3R:5717663-5717813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0223	0.0183	0.0375	0.0106	0.0248	0.032	0.024	0.0106	0.0151	0.0203	0.0151	0.0333	0.0145	0.0271	0.0145	0.0948
chr3R	5722647	5722815	chr3R:5722648-5722815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0253	0.026	0.0266	0.0106	0.0272	0.0355	0.028	0.0106	0.0236	0.0328	0.0236	0.0349	0.0145	0.0451	0.0145	0.0354
chr3R	5723001	5723251	chr3R:5723002-5723251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0227	0.0246	0.0352	0.0074	0.0286	0.0281	0.024	0.0074	0.0157	0.0408	0.0157	0.0209	0.0237	0.0851	0.0237	0.0266
chr3R	5723428	5723687	chr3R:5723429-5723687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0166	0.0148	0.0291	0.0095	0.0228	0.016	0.0213	0.0095	0.0139	0.0215	0.0139	0.0155	0.0107	0.0587	0.0107	0.0443
chr3R	5727626	5727943	chr3R:5727627-5727943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0378	0.0278	0.0317	0.0556	0.0191	0.0301	0.0329	0.034	0.0191	0.0272	0.0367	0.0272	0.0457	0.0337	0.0548	0.0337	0.1016
chr3R	5729090	5729271	chr3R:5729091-5729271	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.014	0.0206	0.0341	0.0032	0.0136	0.0212	0.0193	0.0032	0.0121	0.0367	0.0121	0.0147	0.0214	0.0993	0.0214	0.0219
chr3R	5731417	5731838	chr3R:5731418-5731838	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.06	0.0414	0.0596	0.081	0.0148	0.051	0.0541	0.04	0.0148	0.035	0.1035	0.035	0.0434	0.0873	0.2057	0.0873	0.0448
chr3R	5731925	5732160	chr3R:5731926-5732160	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0408	0.0244	0.0344	0.0663	0.0042	0.0262	0.0342	0.0306	0.0042	0.0236	0.0601	0.0236	0.0209	0.0949	0.1464	0.0949	0.0412
chr3R	5733387	5733538	chr3R:5733388-5733538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0207	0.0171	0.0173	0.0285	0.0106	0.0194	0.0229	0.0167	0.0106	0.0187	0.0203	0.0187	0.0194	0.0191	0.0322	0.0191	0.0568
chr3R	5738919	5739153	chr3R:5738920-5739153	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0261	0.0424	0.0193	0.0155	0.0286	0.0282	0.0593	0.0646	0.0286	0.0145	0.0344	0.0145	0.0085	0.0153	0.0271	0.0153	0.013
chr3R	5741077	5741228	chr3R:5741078-5741228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0233	0.0153	0.0241	0.0315	0.0074	0.0141	0.0208	0.02	0.0074	0.026	0.0328	0.026	0.024	0.0276	0.0793	0.0276	0.0214
chr3R	5741531	5741887	chr3R:5741532-5741887	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0434	0.0224	0.0424	0.068	0.018	0.0262	0.029	0.0207	0.018	0.0411	0.0675	0.0411	0.0294	0.0934	0.1464	0.0934	0.0433
chr3R	5742000	5742151	chr3R:5742001-5742151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0146	0.0228	0.0238	0.0095	0.0165	0.0199	0.016	0.0095	0.0266	0.0312	0.0266	0.0178	0.0329	0.0471	0.0329	0.0177
chr3R	5743294	5743445	chr3R:5743295-5743445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0221	0.0172	0.025	0.0245	0.0053	0.0248	0.0195	0.0233	0.0053	0.0344	0.0302	0.0344	0.0279	0.0398	0.0297	0.0398	0.0307
chr3R	5743802	5744070	chr3R:5743803-5744070	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0888	0.0398	0.1307	0.0978	0.0064	0.0757	0.0381	0.036	0.0064	0.2645	0.1502	0.2645	0.0573	0.2136	0.158	0.2136	0.0604
chr3R	5744169	5744392	chr3R:5744170-5744392	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0578	0.0312	0.0865	0.056	0.0138	0.0442	0.0277	0.046	0.0138	0.099	0.1344	0.099	0.0418	0.0904	0.1238	0.0904	0.0302
chr3R	5748635	5748786	chr3R:5748636-5748786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0152	0.0188	0.0248	0.0074	0.0136	0.0208	0.018	0.0074	0.0163	0.0289	0.0163	0.0147	0.0161	0.0593	0.0161	0.0193
chr3R	5752181	5752332	chr3R:5752182-5752332	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0129	0.0121	0.0156	0.0107	0.0032	0.018	0.0125	0.0167	0.0032	0.0079	0.0141	0.0079	0.0163	0.0084	0.011	0.0084	0.012
chr3R	5752805	5753454	chr3R:5752806-5753454	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0868	0.0899	0.0954	0.0739	0.0361	0.132	0.0956	0.0913	0.0361	0.0598	0.0849	0.0598	0.2355	0.0391	0.0909	0.0391	0.1407
chr3R	5754297	5754612	chr3R:5754298-5754612	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.098	0.1357	0.0788	0.0769	0.1007	0.116	0.1726	0.1799	0.1007	0.0556	0.0752	0.0556	0.0914	0.0398	0.0535	0.0398	0.0495
chr3R	5754929	5755155	chr3R:5754930-5755155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.031	0.0388	0.0253	0.0285	0.0265	0.0325	0.0601	0.0386	0.0265	0.032	0.0273	0.032	0.0256	0.0299	0.0303	0.0299	0.0234
chr3R	5756882	5757033	chr3R:5756883-5757033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0197	0.0182	0.0188	0.0224	0.0106	0.0199	0.0238	0.02	0.0106	0.0157	0.0241	0.0157	0.0209	0.0145	0.0193	0.0145	0.0464
chr3R	5757171	5757322	chr3R:5757172-5757322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0172	0.0159	0.0262	0.0064	0.017	0.0234	0.0187	0.0064	0.0199	0.0186	0.0199	0.0163	0.0161	0.0258	0.0161	0.0552
chr3R	5757506	5757657	chr3R:5757507-5757657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0196	0.0181	0.0184	0.0226	0.0064	0.0204	0.0238	0.018	0.0064	0.0157	0.0186	0.0157	0.0263	0.0176	0.0213	0.0176	0.0401
chr3R	5757816	5757967	chr3R:5757817-5757967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0217	0.0183	0.0208	0.0265	0.0074	0.0184	0.0251	0.0213	0.0074	0.0187	0.0244	0.0187	0.0271	0.0184	0.0264	0.0184	0.05
chr3R	5758177	5758369	chr3R:5758178-5758369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0258	0.016	0.024	0.0387	0.0085	0.0228	0.0177	0.014	0.0085	0.0151	0.0248	0.0151	0.0558	0.0268	0.0264	0.0268	0.0766
chr3R	5763489	5763640	chr3R:5763490-5763640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0162	0.0227	0.0223	0.0074	0.0223	0.0134	0.0247	0.0074	0.0139	0.0341	0.0139	0.0217	0.0115	0.0451	0.0115	0.0255
chr3R	5763887	5764038	chr3R:5763888-5764038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0182	0.0207	0.0164	0.0053	0.0155	0.0251	0.0233	0.0053	0.0103	0.0354	0.0103	0.0163	0.01	0.0342	0.01	0.0141
chr3R	5764043	5764194	chr3R:5764044-5764194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0177	0.0194	0.0174	0.0085	0.0165	0.0195	0.028	0.0085	0.0133	0.0302	0.0133	0.0163	0.0161	0.0361	0.0161	0.0146
chr3R	5766647	5766798	chr3R:5766648-5766798	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0136	0.0125	0.0112	0.0174	0.0095	0.0121	0.0151	0.0173	0.0095	0.0103	0.0135	0.0103	0.0155	0.0123	0.0206	0.0123	0.0307
chr3R	5770080	5770231	chr3R:5770081-5770231	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0166	0.0123	0.0141	0.0242	0.0074	0.0136	0.0121	0.014	0.0074	0.0097	0.0196	0.0097	0.0163	0.0268	0.0303	0.0268	0.0313
chr3R	5770236	5770477	chr3R:5770237-5770477	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0145	0.0164	0.0315	0.0064	0.016	0.0199	0.0113	0.0064	0.0145	0.0196	0.0145	0.0248	0.0337	0.0477	0.0337	0.038
chr3R	5775684	5775950	chr3R:5775685-5775950	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0339	0.0282	0.0283	0.0464	0.017	0.033	0.032	0.03	0.017	0.0205	0.0257	0.0205	0.0449	0.0444	0.0284	0.0444	0.0438
chr3R	5778422	5778583	chr3R:5778423-5778583	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0211	0.0234	0.0446	0.0095	0.0223	0.029	0.0207	0.0095	0.0139	0.0267	0.0139	0.0147	0.0184	0.0174	0.0184	0.0229
chr3R	5781493	5781644	chr3R:5781494-5781644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0244	0.0203	0.0141	0.0117	0.0184	0.0355	0.034	0.0117	0.0109	0.0325	0.0109	0.0116	0.0069	0.0322	0.0069	0.012
chr3R	5785085	5785236	chr3R:5785086-5785236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0157	0.0273	0.0203	0.0053	0.0175	0.0173	0.0247	0.0053	0.0278	0.0389	0.0278	0.0194	0.0161	0.0355	0.0161	0.0151
chr3R	5785255	5785428	chr3R:5785256-5785428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0191	0.0242	0.0205	0.0085	0.0257	0.0177	0.028	0.0085	0.0199	0.0399	0.0199	0.0139	0.013	0.0413	0.013	0.0198
chr3R	5785707	5785858	chr3R:5785708-5785858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0192	0.0216	0.0194	0.0053	0.0262	0.0225	0.0207	0.0053	0.0145	0.0338	0.0145	0.0163	0.0138	0.0374	0.0138	0.0208
chr3R	5786814	5786983	chr3R:5786815-5786983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0298	0.0288	0.0277	0.0334	0.0095	0.0359	0.0329	0.0393	0.0095	0.0254	0.0408	0.0254	0.0256	0.0245	0.0458	0.0245	0.0589
chr3R	5787052	5787286	chr3R:5787053-5787286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0352	0.0259	0.0338	0.0471	0.0106	0.0291	0.0277	0.0333	0.0106	0.0374	0.0476	0.0374	0.0287	0.036	0.0787	0.036	0.0631
chr3R	5787690	5787841	chr3R:5787691-5787841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0243	0.0204	0.0275	0.0249	0.0117	0.0228	0.0199	0.032	0.0117	0.0272	0.0399	0.0272	0.0217	0.0253	0.0342	0.0253	0.0271
chr3R	5789773	5789924	chr3R:5789774-5789924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0212	0.0161	0.0187	0.0297	0.0032	0.0204	0.016	0.0233	0.0032	0.0248	0.0238	0.0248	0.0163	0.0253	0.0277	0.0253	0.0599
chr3R	5790397	5790648	chr3R:5790398-5790648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0274	0.0163	0.0234	0.0443	0.0064	0.0189	0.0199	0.0213	0.0064	0.026	0.0254	0.026	0.0256	0.0674	0.0471	0.0674	0.0479
chr3R	5794009	5794198	chr3R:5794010-5794198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0207	0.0214	0.0206	0.0085	0.0272	0.0229	0.028	0.0085	0.0115	0.0267	0.0115	0.0364	0.0176	0.0226	0.0176	0.0344
chr3R	5794368	5794519	chr3R:5794369-5794519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0197	0.0159	0.0202	0.0085	0.0243	0.0251	0.022	0.0085	0.0079	0.018	0.0079	0.0248	0.0092	0.0206	0.0092	0.0365
chr3R	5795046	5795197	chr3R:5795047-5795197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0288	0.0156	0.0118	0.018	0.0296	0.0329	0.042	0.018	0.0133	0.0196	0.0133	0.0139	0.0069	0.0193	0.0069	0.0115
chr3R	5795203	5795381	chr3R:5795204-5795381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0254	0.0376	0.0181	0.0196	0.0223	0.0398	0.0428	0.0566	0.0223	0.0187	0.0264	0.0187	0.0124	0.0168	0.0232	0.0168	0.0219
chr3R	5795523	5795767	chr3R:5795524-5795767	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0486	0.0209	0.0234	0.0308	0.0519	0.0415	0.0799	0.0308	0.0199	0.0283	0.0199	0.0178	0.0138	0.0264	0.0138	0.025
chr3R	5797697	5797848	chr3R:5797698-5797848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.016	0.0159	0.0202	0.0074	0.015	0.0221	0.0193	0.0074	0.0091	0.0219	0.0091	0.0163	0.0084	0.0219	0.0084	0.0182
chr3R	5801269	5801420	chr3R:5801270-5801420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0153	0.0117	0.018	0.0164	0.0032	0.0121	0.0151	0.0167	0.0032	0.0332	0.0193	0.0332	0.0132	0.0184	0.02	0.0184	0.013
chr3R	5802751	5803153	chr3R:5802752-5803153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0609	0.0634	0.0618	0.057	0.0212	0.0786	0.074	0.0799	0.0212	0.0737	0.0791	0.0737	0.0434	0.0421	0.0451	0.0421	0.0459
chr3R	5804147	5804298	chr3R:5804148-5804298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0199	0.0214	0.0301	0.0095	0.0243	0.0242	0.0247	0.0095	0.0296	0.0203	0.0296	0.0147	0.023	0.0148	0.023	0.0182
chr3R	5804805	5805369	chr3R:5804806-5805369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0984	0.0626	0.1008	0.1358	0.017	0.085	0.0623	0.0906	0.017	0.0864	0.1103	0.0864	0.0682	0.1011	0.0954	0.1011	0.0599
chr3R	5805692	5805953	chr3R:5805693-5805953	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0411	0.0429	0.0355	0.0453	0.0191	0.0505	0.0381	0.0713	0.0191	0.035	0.0386	0.035	0.0194	0.0176	0.02	0.0176	0.0219
chr3R	5811457	5811635	chr3R:5811458-5811635	FBgn0037770	Art4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1052	0.1159	0.1223	0.0744	0.0742	0.1248	0.1285	0.1592	0.0742	0.1769	0.1087	0.1769	0.1146	0.0766	0.0548	0.0766	0.0698
chr3R	5811698	5811876	chr3R:5811699-5811876	FBgn0037770	Art4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.173	0.1781	0.2013	0.1362	0.1442	0.199	0.1912	0.2219	0.1442	0.2742	0.1952	0.2742	0.2045	0.1363	0.1148	0.1363	0.1569
chr3R	5811968	5812144	chr3R:5811969-5812144	FBgn0037770	Art4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1751	0.1712	0.2107	0.1405	0.1082	0.2049	0.1894	0.2045	0.1082	0.2832	0.2064	0.2832	0.2107	0.1424	0.1225	0.1424	0.1709
chr3R	5812294	5812445	chr3R:5812295-5812445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.054	0.0576	0.0662	0.0365	0.0286	0.065	0.061	0.0746	0.0286	0.0888	0.0653	0.0888	0.0542	0.036	0.0368	0.036	0.0339
chr3R	5817137	5817288	chr3R:5817138-5817288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0191	0.0197	0.0212	0.0074	0.0175	0.0264	0.0266	0.0074	0.0199	0.0232	0.0199	0.0225	0.0299	0.0232	0.0299	0.025
chr3R	5821593	5821744	chr3R:5821594-5821744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0191	0.0285	0.0185	0.0091	0.0085	0.0223	0.0402	0.042	0.0085	0.0169	0.0283	0.0169	0.0101	0.0107	0.0129	0.0107	0.0057
chr3R	5821746	5821950	chr3R:5821747-5821950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.03	0.0195	0.0099	0.0085	0.0257	0.0398	0.0473	0.0085	0.0151	0.028	0.0151	0.0116	0.0107	0.011	0.0107	0.0073
chr3R	5826528	5826869	chr3R:5826529-5826869	FBgn0037773	CG5359	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0758	0.0764	0.0878	0.062	0.0435	0.0752	0.0921	0.1033	0.0435	0.096	0.1058	0.096	0.0937	0.0651	0.0613	0.0651	0.0839
chr3R	5826967	5827163	chr3R:5826968-5827163	FBgn0037773	CG5359	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1295	0.125	0.1454	0.117	0.0923	0.1417	0.1358	0.1506	0.0923	0.1649	0.1656	0.1649	0.1541	0.1485	0.1225	0.1485	0.1532
chr3R	5827368	5827593	chr3R:5827369-5827593	FBgn0037773	CG5359	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.046	0.046	0.047	0.0448	0.0297	0.0515	0.0584	0.0506	0.0297	0.0513	0.055	0.0513	0.0488	0.0636	0.0509	0.0636	0.0547
chr3R	5827611	5827762	chr3R:5827612-5827762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0308	0.0346	0.0317	0.0253	0.017	0.0388	0.0411	0.0406	0.017	0.035	0.0386	0.035	0.0302	0.0413	0.0277	0.0413	0.0297
chr3R	5849816	5849967	chr3R:5849817-5849967	FBgn0051407	CG31407	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0097	0.0114	0.0202	0.0064	0.0102	0.0151	0.0087	0.0064	0.0115	0.01	0.0115	0.0147	0.013	0.0116	0.013	0.0203
chr3R	5850051	5850322	chr3R:5850052-5850322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.014	0.0174	0.0379	0.0053	0.0121	0.0242	0.0133	0.0053	0.0157	0.0158	0.0157	0.017	0.0176	0.0174	0.0176	0.0438
chr3R	5850935	5851101	chr3R:5850936-5851101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0226	0.0208	0.0206	0.0269	0.0085	0.0223	0.0316	0.0207	0.0085	0.0266	0.0225	0.0266	0.0155	0.049	0.0297	0.049	0.0193
chr3R	5855820	5856190	chr3R:5855821-5856190	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0479	0.0308	0.0467	0.0684	0.0074	0.0466	0.0337	0.0326	0.0074	0.0833	0.0357	0.0833	0.0488	0.2129	0.0387	0.2129	0.0558
chr3R	5858447	5858598	chr3R:5858448-5858598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0163	0.015	0.0322	0.0064	0.015	0.0285	0.014	0.0064	0.0175	0.0183	0.0175	0.017	0.0368	0.0348	0.0368	0.0532
chr3R	5858971	5859166	chr3R:5858972-5859166	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0168	0.0156	0.0383	0.0064	0.0155	0.026	0.0187	0.0064	0.0175	0.0177	0.0175	0.017	0.0544	0.0368	0.0544	0.061
chr3R	5860911	5861173	chr3R:5860912-5861173	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.0238	0.049	0.0614	0.0106	0.0291	0.0316	0.024	0.0106	0.0302	0.0743	0.0302	0.0503	0.0505	0.1212	0.0505	0.0662
chr3R	5861597	5861773	chr3R:5861598-5861773	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0206	0.0275	0.0245	0.0095	0.0194	0.0251	0.0273	0.0095	0.0266	0.028	0.0266	0.0426	0.023	0.0271	0.023	0.0417
chr3R	5862206	5862357	chr3R:5862207-5862357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0209	0.015	0.0194	0.0292	0.0095	0.0155	0.0199	0.0167	0.0095	0.0278	0.0215	0.0278	0.0194	0.0827	0.0232	0.0827	0.0208
chr3R	5862650	5862801	chr3R:5862651-5862801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0164	0.0106	0.0113	0.0284	0.0021	0.0107	0.019	0.004	0.0021	0.0181	0.0103	0.0181	0.0101	0.0919	0.0181	0.0919	0.0193
chr3R	5867804	5868045	chr3R:5867805-5868045	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0515	0.0701	0.0522	0.035	0.0587	0.0597	0.064	0.035	0.0749	0.0682	0.0749	0.0813	0.0574	0.0567	0.0574	0.0584
chr3R	5868139	5868359	chr3R:5868140-5868359	FBgn0053208	Mical	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1007	0.0806	0.1187	0.1035	0.052	0.1063	0.0809	0.0953	0.052	0.163	0.1267	0.163	0.1154	0.1654	0.1064	0.1654	0.1063
chr3R	5868530	5868706	chr3R:5868531-5868706	FBgn0027524,FBgn0053208	CG3909,Mical	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1918	0.1667	0.2278	0.1803	0.1326	0.1898	0.1756	0.2139	0.1326	0.2772	0.2469	0.2772	0.2378	0.219	0.1799	0.219	0.2204
chr3R	5868894	5869070	chr3R:5868895-5869070	FBgn0027524,FBgn0053208	CG3909,Mical	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.0914	0.115	0.0966	0.0647	0.1083	0.0986	0.1126	0.0647	0.1365	0.1267	0.1365	0.1208	0.1003	0.1025	0.1003	0.1204
chr3R	5871193	5871367	chr3R:5871194-5871367	FBgn0037777,FBgn0037778	CG11722,mtTFB2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0986	0.1117	0.0968	0.0859	0.0848	0.115	0.1298	0.1426	0.0848	0.0652	0.1219	0.0652	0.1162	0.0536	0.0935	0.0536	0.1136
chr3R	5873979	5874192	chr3R:5873980-5874192	FBgn0037779	CG12811	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0715	0.0811	0.0806	0.0507	0.0424	0.0961	0.0943	0.1019	0.0424	0.0652	0.1042	0.0652	0.0891	0.0352	0.0645	0.0352	0.0959
chr3R	5874230	5874381	chr3R:5874231-5874381	FBgn0037779	CG12811	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0809	0.0854	0.059	0.0435	0.1053	0.083	0.0999	0.0435	0.0888	0.1055	0.0888	0.0837	0.062	0.0812	0.062	0.0912
chr3R	5874396	5874613	chr3R:5874397-5874613	FBgn0037779,FBgn0037780	CG12811,CG3925	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1333	0.1584	0.1497	0.0873	0.0954	0.184	0.1631	0.2179	0.0954	0.1582	0.1859	0.1582	0.1371	0.1026	0.1012	0.1026	0.1381
chr3R	5874784	5874971	chr3R:5874785-5874971	FBgn0037779,FBgn0037780	CG12811,CG3925	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1101	0.1094	0.1236	0.0961	0.0626	0.133	0.1099	0.1432	0.0626	0.1178	0.1457	0.1178	0.1487	0.0949	0.1006	0.0949	0.1412
chr3R	5878324	5878482	chr3R:5878325-5878482	FBgn0037781	Fancl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0459	0.0437	0.058	0.035	0.0106	0.0597	0.0528	0.048	0.0106	0.058	0.0717	0.058	0.0666	0.0482	0.04	0.0482	0.05
chr3R	5878522	5878706	chr3R:5878523-5878706	FBgn0037781,FBgn0051410	Fancl,Npc2e	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0769	0.0776	0.092	0.0596	0.0297	0.0981	0.0856	0.0986	0.0297	0.0809	0.1177	0.0809	0.1069	0.0758	0.0748	0.0758	0.087
chr3R	5878826	5878993	chr3R:5878827-5878993	FBgn0037781,FBgn0051410	Fancl,Npc2e	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.0381	0.0485	0.0318	0.018	0.0422	0.0493	0.04	0.018	0.0386	0.063	0.0386	0.0674	0.0383	0.038	0.0383	0.0438
chr3R	5879327	5879545	chr3R:5879328-5879545	FBgn0051410	Npc2e	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0664	0.0409	0.0272	0.0403	0.0709	0.0887	0.0746	0.0403	0.0332	0.0537	0.0332	0.055	0.0268	0.04	0.0268	0.0334
chr3R	5879669	5879847	chr3R:5879670-5879847	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0332	0.0189	0.0107	0.0117	0.0398	0.0506	0.026	0.0117	0.0181	0.0241	0.0181	0.0263	0.0123	0.0103	0.0123	0.0162
chr3R	5882547	5882729	chr3R:5882548-5882729	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0178	0.0142	0.0301	0.0064	0.017	0.0285	0.0193	0.0064	0.0085	0.0068	0.0085	0.0077	0.0015	0.0019	0.0015	0.0078
chr3R	5890365	5890559	chr3R:5890366-5890559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0203	0.0222	0.0134	0.0117	0.0131	0.0307	0.0266	0.0117	0.0145	0.0167	0.0145	0.0279	0.0038	0.0052	0.0038	0.0104
chr3R	5890806	5890957	chr3R:5890807-5890957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0096	0.0095	0.0128	0.0063	0.0032	0.0058	0.0169	0.0093	0.0032	0.0097	0.0096	0.0097	0.0132	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chr3R	5894670	5894823	chr3R:5894671-5894823	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0107	0.0259	0.0223	0.0032	0.0117	0.0156	0.0107	0.0032	0.026	0.0177	0.026	0.0155	0.0084	0.009	0.0084	0.012
chr3R	5896087	5896246	chr3R:5896088-5896246	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0252	0.0103	0.0185	0.049	0.0085	0.0083	0.0186	0.008	0.0085	0.0085	0.0119	0.0085	0.0101	0.01	0.0052	0.01	0.013
chr3R	5902506	5902671	chr3R:5902507-5902671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0233	0.0069	0.0113	0.0547	0.0021	0.0107	0.0074	0.0073	0.0021	0.0097	0.0096	0.0097	0.0248	0.0582	0.0458	0.0582	0.074
chr3R	5904795	5904987	chr3R:5904796-5904987	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0231	0.0254	0.0372	0.0191	0.0233	0.0307	0.022	0.0191	0.0314	0.0212	0.0314	0.0503	0.0383	0.0251	0.0383	0.0719
chr3R	5905087	5905291	chr3R:5905088-5905291	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0598	0.0535	0.0591	0.0677	0.0403	0.0485	0.0748	0.0526	0.0403	0.0719	0.0482	0.0719	0.1077	0.0789	0.0535	0.0789	0.111
chr3R	5906582	5906733	chr3R:5906583-5906733	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0108	0.0107	0.0334	0.0032	0.0102	0.0216	0.0053	0.0032	0.0085	0.0087	0.0085	0.0101	0.0222	0.0142	0.0222	0.0234
chr3R	5907379	5907580	chr3R:5907380-5907580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0254	0.0115	0.0187	0.0483	0.0042	0.0112	0.019	0.01	0.0042	0.0169	0.0167	0.0169	0.0418	0.0758	0.0361	0.0758	0.0823
chr3R	5908497	5908648	chr3R:5908498-5908648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0205	0.0138	0.0216	0.0267	0.0074	0.0097	0.0264	0.01	0.0074	0.0302	0.0158	0.0302	0.0256	0.0383	0.0264	0.0383	0.0261
chr3R	5910013	5910325	chr3R:5910014-5910325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0295	0.0108	0.0211	0.0597	0.0042	0.0083	0.0208	0.008	0.0042	0.0169	0.0203	0.0169	0.0356	0.0544	0.0787	0.0544	0.0615
chr3R	5912983	5913215	chr3R:5912984-5913215	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0748	0.0197	0.0561	0.1569	0.0127	0.032	0.0229	0.0127	0.0127	0.0217	0.0675	0.0217	0.1092	0.1256	0.2199	0.1256	0.1939
chr3R	5915059	5915342	chr3R:5915060-5915342	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0605	0.0198	0.0341	0.1349	0.0085	0.0272	0.0264	0.018	0.0085	0.0199	0.0283	0.0199	0.0798	0.1263	0.1328	0.1263	0.1626
chr3R	5919273	5919472	chr3R:5919274-5919472	FBgn0263413	CR43459	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0552	0.0161	0.0274	0.1294	0.0085	0.0218	0.0212	0.0147	0.0085	0.0127	0.028	0.0127	0.0651	0.1417	0.1393	0.1417	0.1939
chr3R	5919774	5919925	chr3R:5919775-5919925	FBgn0263413	CR43459	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0188	0.0077	0.0137	0.0368	0.0011	0.0078	0.0147	0.0053	0.0011	0.0085	0.017	0.0085	0.024	0.0467	0.0761	0.0467	0.0328
chr3R	5923128	5923279	chr3R:5923129-5923279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0156	0.0095	0.0079	0.0309	0.0021	0.0141	0.0151	0.006	0.0021	0.0079	0.0068	0.0079	0.0178	0.0559	0.0264	0.0559	0.0505
chr3R	5923506	5923724	chr3R:5923507-5923724	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0273	0.0143	0.015	0.0553	0.0074	0.0155	0.0212	0.0153	0.0074	0.0109	0.0093	0.0109	0.0449	0.0544	0.0348	0.0544	0.1287
chr3R	5924422	5924573	chr3R:5924423-5924573	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0102	0.0091	0.0287	0.0021	0.0112	0.0138	0.0133	0.0021	0.0048	0.0109	0.0048	0.017	0.0138	0.0168	0.0138	0.0714
chr3R	5925316	5925467	chr3R:5925317-5925467	FBgn0262419	mir-277	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0155	0.0235	0.0354	0.0042	0.0141	0.0229	0.0213	0.0042	0.0151	0.0158	0.0151	0.0736	0.0191	0.0206	0.0191	0.0917
chr3R	5926361	5926542	chr3R:5926362-5926542	FBgn0262459	mir-34	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0543	0.0143	0.0324	0.1231	0.0042	0.0189	0.0195	0.0153	0.0042	0.0133	0.0296	0.0133	0.0868	0.147	0.1244	0.147	0.1751
chr3R	5928876	5929336	chr3R:5928877-5929336	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0558	0.1072	0.0341	0.022	0.0435	0.1214	0.1086	0.1599	0.0435	0.0441	0.0367	0.0441	0.0294	0.0345	0.0206	0.0345	0.0219
chr3R	5934070	5934261	chr3R:5934071-5934261	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1033	0.0558	0.1358	0.1207	0.0191	0.0845	0.0554	0.0633	0.0191	0.2428	0.1164	0.2428	0.1301	0.2113	0.1006	0.2113	0.1449
chr3R	5934495	5934797	chr3R:5934496-5934797	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1033	0.0646	0.1254	0.1223	0.0276	0.0879	0.0727	0.0759	0.0276	0.2186	0.1026	0.2186	0.1247	0.2489	0.0845	0.2489	0.1355
chr3R	5934982	5935189	chr3R:5934983-5935189	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2347	0.2091	0.2759	0.2179	0.141	0.2427	0.2396	0.2578	0.141	0.3436	0.2836	0.3436	0.2827	0.2665	0.2115	0.2665	0.247
chr3R	5935246	5935468	chr3R:5935247-5935468	FBgn0028734	Fmr1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1588	0.1367	0.1864	0.153	0.088	0.1636	0.1453	0.1765	0.088	0.2053	0.1855	0.2053	0.2068	0.1853	0.1406	0.1853	0.1694
chr3R	5935593	5935772	chr3R:5935594-5935772	FBgn0028734	Fmr1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1862	0.1669	0.2152	0.176	0.0986	0.1971	0.1847	0.2099	0.0986	0.2379	0.2315	0.2379	0.2161	0.1868	0.1709	0.1868	0.209
chr3R	5935857	5936031	chr3R:5935858-5936031	FBgn0028734	Fmr1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1594	0.14	0.1897	0.1478	0.0933	0.1631	0.1631	0.1639	0.0933	0.1993	0.208	0.1993	0.1975	0.1738	0.1438	0.1738	0.1819
chr3R	5936933	5937084	chr3R:5936934-5937084	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0293	0.0319	0.0364	0.0187	0.0191	0.0214	0.0489	0.0393	0.0191	0.0121	0.0177	0.0121	0.0194	0.0107	0.0084	0.0107	0.0125
chr3R	5937104	5937255	chr3R:5937105-5937255	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0411	0.0269	0.0136	0.0223	0.0243	0.0727	0.0413	0.0223	0.0145	0.0145	0.0145	0.0155	0.01	0.0058	0.01	0.0115
chr3R	5937856	5938007	chr3R:5937857-5938007	FBgn0037788	CG3940	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0419	0.0644	0.0377	0.0213	0.0498	0.0427	0.1008	0.0693	0.0498	0.0326	0.0328	0.0326	0.0527	0.0107	0.0142	0.0107	0.0401
chr3R	5938100	5938300	chr3R:5938101-5938300	FBgn0037788	CG3940	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0843	0.1186	0.0792	0.0517	0.087	0.115	0.1605	0.1366	0.087	0.0815	0.0778	0.0815	0.1046	0.0383	0.0445	0.0383	0.0995
chr3R	5939398	5939549	chr3R:5939399-5939549	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0291	0.0335	0.0286	0.0248	0.0191	0.0383	0.0463	0.0306	0.0191	0.0193	0.0222	0.0193	0.0674	0.0115	0.0213	0.0115	0.0537
chr3R	5940959	5941110	chr3R:5940960-5941110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0162	0.0156	0.016	0.0173	0.0042	0.016	0.0255	0.014	0.0042	0.0103	0.0138	0.0103	0.0333	0.0115	0.0097	0.0115	0.0406
chr3R	5945574	5945750	chr3R:5945575-5945750	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0223	0.028	0.0221	0.0138	0.0277	0.0234	0.0273	0.0138	0.029	0.0325	0.029	0.038	0.0199	0.0303	0.0199	0.0386
chr3R	5945905	5946056	chr3R:5945906-5946056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0288	0.0355	0.035	0.018	0.0369	0.0281	0.0393	0.018	0.0453	0.0402	0.0453	0.0411	0.0345	0.0496	0.0345	0.0547
chr3R	5947100	5947251	chr3R:5947101-5947251	FBgn0037789,FBgn0051477	CG31477,CG6208	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0285	0.0189	0.0242	0.018	0.0257	0.0376	0.0366	0.018	0.0181	0.0148	0.0181	0.0333	0.0245	0.0206	0.0245	0.0261
chr3R	5950654	5950805	chr3R:5950655-5950805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0187	0.0181	0.024	0.0085	0.0194	0.0285	0.0193	0.0085	0.0072	0.0305	0.0072	0.0155	0.0092	0.0832	0.0092	0.0078
chr3R	5951293	5951463	chr3R:5951294-5951463	FBgn0001321	knk	stage11,stage14	none	VT39304.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0229	0.0289	0.0468	0.017	0.0223	0.0316	0.0233	0.017	0.0145	0.0489	0.0145	0.0248	0.0077	0.1676	0.0077	0.0188
chr3R	5958801	5958952	chr3R:5958802-5958952	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39307.1	VT39307.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0613	0.0972	0.0748	0.0255	0.0733	0.058	0.1039	0.0255	0.0851	0.1174	0.0851	0.0999	0.0819	0.0954	0.0819	0.0766
chr3R	5958957	5959185	chr3R:5958958-5959185	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39307.1	VT39307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1316	0.1154	0.1602	0.1182	0.0594	0.134	0.1042	0.1912	0.0594	0.1775	0.1781	0.1775	0.1286	0.1164	0.1296	0.1164	0.1047
chr3R	5959301	5959489	chr3R:5959302-5959489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39307.1	VT39307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1155	0.1008	0.1527	0.0911	0.0414	0.1306	0.0817	0.1619	0.0414	0.1649	0.1524	0.1649	0.1433	0.0858	0.0851	0.0858	0.0933
chr3R	5959595	5959782	chr3R:5959596-5959782	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39307.1	VT39307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0578	0.0566	0.0702	0.0457	0.0201	0.0694	0.0493	0.0959	0.0201	0.067	0.0659	0.067	0.0596	0.0337	0.0284	0.0337	0.0516
chr3R	5959843	5960030	chr3R:5959844-5960030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39307.1	VT39307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0849	0.0751	0.1001	0.0791	0.0329	0.0937	0.0701	0.1126	0.0329	0.1051	0.0958	0.1051	0.103	0.0559	0.0638	0.0559	0.0964
chr3R	5960144	5960322	chr3R:5960145-5960322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39307.1,VT39308.1	VT39307.1,VT39308.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1577	0.1346	0.1897	0.1484	0.0626	0.1777	0.1367	0.1732	0.0626	0.2107	0.2035	0.2107	0.1983	0.1386	0.1509	0.1386	0.1813
chr3R	5963464	5963615	chr3R:5963465-5963615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0142	0.009	0.0152	0.0188	0.0021	0.0107	0.0138	0.0093	0.0021	0.0199	0.0145	0.0199	0.0139	0.0521	0.011	0.0521	0.0115
chr3R	5965236	5965622	chr3R:5965237-5965622	FBgn0004889	tws	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.0774	0.1024	0.1231	0.0498	0.0917	0.0934	0.0886	0.0498	0.1359	0.1039	0.1359	0.1464	0.2343	0.1186	0.2343	0.1537
chr3R	5965856	5966045	chr3R:5965857-5966045	FBgn0004889	tws	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.062	0.0305	0.0698	0.0886	0.0201	0.0359	0.0372	0.0346	0.0201	0.0857	0.0756	0.0857	0.1069	0.121	0.0993	0.121	0.1292
chr3R	5969834	5970011	chr3R:5969835-5970011	FBgn0037792,FBgn0086359	CG6241,Invadolysin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1613	0.1423	0.1885	0.1526	0.0753	0.1704	0.1626	0.1726	0.0753	0.2307	0.2177	0.2307	0.1735	0.1738	0.1593	0.1738	0.1808
chr3R	5970261	5970484	chr3R:5970262-5970484	FBgn0037792,FBgn0086359	CG6241,Invadolysin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.2527	0.2333	0.2865	0.2373	0.1803	0.2786	0.253	0.2785	0.1803	0.3309	0.3032	0.3309	0.282	0.2282	0.254	0.2282	0.2793
chr3R	5970711	5970927	chr3R:5970712-5970927	FBgn0086359	Invadolysin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1	0.0867	0.1308	0.0809	0.0679	0.1019	0.0848	0.1173	0.0679	0.1473	0.1479	0.1473	0.1069	0.0766	0.0845	0.0766	0.0745
chr3R	5971002	5971153	chr3R:5971003-5971153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0355	0.0345	0.0471	0.024	0.0138	0.033	0.0415	0.0533	0.0138	0.0562	0.0495	0.0562	0.0318	0.023	0.02	0.023	0.0151
chr3R	5974327	5974478	chr3R:5974328-5974478	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0439	0.0202	0.0107	0.0223	0.0316	0.0675	0.058	0.0223	0.0151	0.028	0.0151	0.017	0.0107	0.0123	0.0107	0.0099
chr3R	5981490	5981750	chr3R:5981491-5981750	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0399	0.0161	0.0121	0.0361	0.0155	0.0666	0.0546	0.0361	0.0139	0.0186	0.0139	0.0201	0.0123	0.0084	0.0123	0.0156
chr3R	5981806	5981957	chr3R:5981807-5981957	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0267	0.0117	0.0075	0.0255	0.017	0.0407	0.0346	0.0255	0.0091	0.0154	0.0091	0.0108	0.01	0.0071	0.01	0.0094
chr3R	5986738	5986889	chr3R:5986739-5986889	FBgn0037794	CG6254	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0478	0.0537	0.0522	0.0365	0.0467	0.0495	0.0649	0.0706	0.0467	0.067	0.0611	0.067	0.0473	0.0253	0.04	0.0253	0.0563
chr3R	5986990	5987163	chr3R:5986991-5987163	FBgn0037794	CG6254	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1007	0.1027	0.1176	0.0798	0.087	0.1078	0.1116	0.1372	0.087	0.1419	0.1402	0.1419	0.1185	0.0758	0.0748	0.0758	0.1235
chr3R	5990814	5991132	chr3R:5990815-5991132	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0577	0.135	0.0231	0.0095	0.1548	0.0413	0.2435	0.1359	0.1548	0.0242	0.0273	0.0242	0.0186	0.0184	0.0116	0.0184	0.0063
chr3R	5991853	5992004	chr3R:5991854-5992004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0302	0.0209	0.018	0.0255	0.0189	0.0458	0.038	0.0255	0.0145	0.0318	0.0145	0.017	0.0115	0.049	0.0115	0.0146
chr3R	5993497	5993648	chr3R:5993498-5993648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0193	0.0216	0.0188	0.0173	0.0148	0.0121	0.0316	0.0326	0.0148	0.0248	0.017	0.0248	0.0302	0.0406	0.0148	0.0406	0.0141
chr3R	5994467	5994618	chr3R:5994468-5994618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0305	0.0251	0.0109	0.0286	0.0194	0.0484	0.034	0.0286	0.0133	0.0228	0.0133	0.038	0.013	0.0071	0.013	0.0146
chr3R	5994786	5994980	chr3R:5994787-5994980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0387	0.0482	0.047	0.0189	0.0403	0.0354	0.067	0.0646	0.0403	0.0254	0.0395	0.0254	0.0519	0.0145	0.0148	0.0145	0.0151
chr3R	5995105	5995353	chr3R:5995106-5995353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.036	0.0497	0.0362	0.0205	0.0361	0.033	0.077	0.0633	0.0361	0.0205	0.0338	0.0205	0.0418	0.0191	0.0213	0.0191	0.0208
chr3R	5995680	5995939	chr3R:5995681-5995939	FBgn0040238	Best1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0766	0.1094	0.0695	0.0478	0.0901	0.0806	0.1471	0.1439	0.0901	0.0435	0.0833	0.0435	0.0744	0.0322	0.0432	0.0322	0.0521
chr3R	5996063	5996301	chr3R:5996064-5996301	FBgn0040238	Best1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1856	0.2273	0.1812	0.1437	0.2185	0.1966	0.2794	0.2885	0.2185	0.1268	0.217	0.1268	0.1936	0.1103	0.1812	0.1103	0.1381
chr3R	5996456	5996661	chr3R:5996457-5996661	FBgn0040238	Best1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0613	0.0629	0.0713	0.0483	0.0477	0.0549	0.0787	0.0819	0.0477	0.0568	0.0961	0.0568	0.0744	0.0482	0.0812	0.0482	0.0438
chr3R	6008262	6008413	chr3R:6008263-6008413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0109	0.0081	0.0105	0.0145	0.0021	0.0078	0.0164	0.006	0.0021	0.0085	0.017	0.0085	0.007	0.0038	0.0464	0.0038	0.0083
chr3R	6014775	6014926	chr3R:6014776-6014926	FBgn0037796	CG12814	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.008	0.0095	0.0205	0.0021	0.0053	0.0156	0.006	0.0021	0.003	0.0161	0.003	0.0054	0.0061	0.0619	0.0061	0.0047
chr3R	6015312	6015577	chr3R:6015313-6015577	FBgn0037796	CG12814	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0482	0.0282	0.0395	0.0802	0.0117	0.0267	0.045	0.03	0.0117	0.0115	0.0736	0.0115	0.017	0.0092	0.1999	0.0092	0.0208
chr3R	6015954	6016128	chr3R:6015955-6016128	FBgn0004575	Syn	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0171	0.0217	0.0588	0.0095	0.018	0.0225	0.018	0.0095	0.0127	0.0241	0.0127	0.0147	0.0138	0.0471	0.0138	0.0245
chr3R	6016310	6016461	chr3R:6016311-6016461	FBgn0004575	Syn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0111	0.0164	0.0409	0.0074	0.0117	0.0143	0.01	0.0074	0.0109	0.0154	0.0109	0.0163	0.0092	0.0213	0.0092	0.024
chr3R	6016678	6016843	chr3R:6016679-6016843	FBgn0004575	Syn	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0177	0.0108	0.0121	0.0315	0.0053	0.0087	0.0221	0.0053	0.0053	0.0079	0.0116	0.0079	0.0217	0.0077	0.0135	0.0077	0.0406
chr3R	6029086	6029237	chr3R:6029087-6029237	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0244	0.0247	0.0173	0.0095	0.0243	0.0329	0.0326	0.0095	0.029	0.0289	0.029	0.0217	0.0161	0.0219	0.0161	0.0261
chr3R	6029367	6029580	chr3R:6029368-6029580	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0585	0.0582	0.067	0.0494	0.0244	0.0617	0.0748	0.072	0.0244	0.0767	0.082	0.0767	0.0635	0.0475	0.0658	0.0475	0.075
chr3R	6033203	6033354	chr3R:6033204-6033354	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.011	0.0082	0.0105	0.0148	0.0011	0.0087	0.0169	0.0033	0.0011	0.0175	0.0077	0.0175	0.0147	0.0107	0.0129	0.0107	0.0276
chr3R	6038653	6038864	chr3R:6038654-6038864	FBgn0025879	Timp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0282	0.016	0.0213	0.0494	0.0085	0.0131	0.0303	0.0107	0.0085	0.0193	0.018	0.0193	0.0527	0.072	0.0671	0.072	0.0698
chr3R	6039133	6039284	chr3R:6039134-6039284	FBgn0025879	Timp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0091	0.0104	0.0169	0.0011	0.0063	0.0169	0.01	0.0011	0.0175	0.0087	0.0175	0.0124	0.0329	0.0155	0.0329	0.0162
chr3R	6039428	6039579	chr3R:6039429-6039579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0118	0.0147	0.0185	0.0032	0.0117	0.0195	0.0113	0.0032	0.0199	0.0154	0.0199	0.0139	0.0299	0.0245	0.0299	0.0182
chr3R	6039604	6039755	chr3R:6039605-6039755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0137	0.0113	0.0127	0.0175	0.0064	0.0087	0.0195	0.0107	0.0064	0.0127	0.0145	0.0127	0.0132	0.0329	0.0226	0.0329	0.0141
chr3R	6048197	6048518	chr3R:6048198-6048518	FBgn0037797	CG12420	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.07	0.1732	0.0185	0.0111	0.2015	0.0602	0.311	0.1586	0.2015	0.0205	0.0212	0.0205	0.0225	0.0107	0.0123	0.0107	0.0083
chr3R	6049537	6049701	chr3R:6049538-6049701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0437	0.0088	0.0088	0.0445	0.0184	0.0917	0.0273	0.0445	0.0091	0.0109	0.0091	0.007	0.0061	0.0045	0.0061	0.0047
chr3R	6049869	6050144	chr3R:6049870-6050144	FBgn0037798,FBgn0083943	CG12817,CG34107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.028	0.0522	0.0135	0.017	0.0456	0.0214	0.1016	0.0426	0.0456	0.0193	0.0141	0.0193	0.0077	0.01	0.0097	0.01	0.0099
chr3R	6050418	6050569	chr3R:6050419-6050569	FBgn0037798,FBgn0083943	CG12817,CG34107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.027	0.015	0.0302	0.0276	0.015	0.0493	0.0187	0.0276	0.0091	0.0135	0.0091	0.0178	0.0107	0.0071	0.0107	0.0104
chr3R	6050715	6050866	chr3R:6050716-6050866	FBgn0037798,FBgn0083943	CG12817,CG34107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0242	0.0118	0.0195	0.0138	0.015	0.0454	0.0193	0.0138	0.0079	0.0125	0.0079	0.0101	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chr3R	6052187	6052338	chr3R:6052188-6052338	distal	distal	stage14	stage14	VT39356.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0233	0.0165	0.0136	0.0416	0.0074	0.0126	0.032	0.012	0.0074	0.0151	0.0096	0.0151	0.0132	0.013	0.0064	0.013	0.0135
chr3R	6052383	6052534	chr3R:6052384-6052534	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39356.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0196	0.0168	0.0305	0.0127	0.017	0.0333	0.0153	0.0127	0.0187	0.0129	0.0187	0.0194	0.0054	0.0064	0.0054	0.0125
chr3R	6054543	6054697	chr3R:6054544-6054697	distal	distal	stage5	stage5	VT39357.1	VT39357.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0305	0.0389	0.0277	0.0242	0.0148	0.0277	0.0727	0.0346	0.0148	0.0302	0.0305	0.0302	0.0403	0.0115	0.0348	0.0115	0.0406
chr3R	6077175	6077326	chr3R:6077176-6077326	FBgn0037801	CG3999	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0146	0.013	0.0113	0.0202	0.0064	0.0112	0.0242	0.008	0.0064	0.0109	0.0077	0.0109	0.0287	0.01	0.0064	0.01	0.0578
chr3R	6077677	6077828	chr3R:6077678-6077828	FBgn0037801	CG3999	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0163	0.0113	0.0142	0.0021	0.0184	0.026	0.0147	0.0021	0.0145	0.0093	0.0145	0.0232	0.0038	0.0052	0.0038	0.0396
chr3R	6087503	6087703	chr3R:6087504-6087703	FBgn0037802,FBgn0040078	Sirt6,pont	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.1021	0.1255	0.0951	0.0817	0.1083	0.1116	0.1339	0.0817	0.1606	0.1383	0.1606	0.1046	0.1064	0.087	0.1064	0.1225
chr3R	6087750	6087947	chr3R:6087751-6087947	FBgn0037802,FBgn0040078	Sirt6,pont	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1176	0.1068	0.1387	0.1065	0.0668	0.1306	0.1172	0.1312	0.0668	0.1872	0.1511	0.1872	0.1239	0.1194	0.0999	0.1194	0.1423
chr3R	6088058	6088209	chr3R:6088059-6088209	FBgn0040078	pont	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.044	0.0609	0.0337	0.0148	0.0485	0.0554	0.058	0.0148	0.0827	0.0614	0.0827	0.062	0.0398	0.0329	0.0398	0.0453
chr3R	6089367	6089552	chr3R:6089368-6089552	FBgn0262617	CG43143	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0658	0.0792	0.0345	0.0212	0.0748	0.0921	0.0713	0.0212	0.1039	0.0791	0.1039	0.086	0.0375	0.0316	0.0375	0.0401
chr3R	6089621	6089788	chr3R:6089622-6089788	FBgn0262617	CG43143	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.1275	0.1584	0.1159	0.0689	0.1471	0.1561	0.1539	0.0689	0.2011	0.1701	0.2011	0.1596	0.1286	0.1244	0.1286	0.1355
chr3R	6089911	6090333	chr3R:6089912-6090333	FBgn0262617	CG43143	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.3039	0.2233	0.3697	0.3218	0.123	0.2786	0.2608	0.2612	0.123	0.5036	0.3865	0.5036	0.3803	0.3821	0.3378	0.3821	0.3861
chr3R	6090480	6090681	chr3R:6090481-6090681	FBgn0262617	CG43143	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1763	0.1659	0.2042	0.1574	0.0817	0.1995	0.1817	0.2192	0.0817	0.2494	0.2415	0.2494	0.2053	0.2021	0.1767	0.2021	0.1944
chr3R	6090816	6091097	chr3R:6090817-6091097	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.1385	0.125	0.0933	0.0827	0.1519	0.1596	0.1819	0.0827	0.1262	0.1553	0.1262	0.1232	0.1325	0.0928	0.1325	0.1308
chr3R	6091437	6091588	chr3R:6091438-6091588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0718	0.0274	0.0145	0.0541	0.05	0.106	0.0979	0.0541	0.0272	0.0309	0.0272	0.0217	0.0107	0.02	0.0107	0.0172
chr3R	6092869	6093034	chr3R:6092870-6093034	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0335	0.0386	0.0783	0.0138	0.0316	0.0523	0.036	0.0138	0.0314	0.0444	0.0314	0.0519	0.0544	0.1051	0.0544	0.1089
chr3R	6093949	6094100	chr3R:6093950-6094100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0272	0.0252	0.0265	0.0302	0.0148	0.0252	0.0359	0.0306	0.0148	0.0223	0.0293	0.0223	0.0403	0.023	0.058	0.023	0.0297
chr3R	6103748	6103899	chr3R:6103749-6103899	FBgn0011970	tRNA:S2b:86A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0165	0.0258	0.0123	0.0109	0.0212	0.0155	0.0471	0.0193	0.0212	0.0151	0.0145	0.0151	0.0124	0.0176	0.0045	0.0176	0.0172
chr3R	6109377	6109528	chr3R:6109378-6109528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0187	0.0189	0.0195	0.0175	0.0021	0.0194	0.0376	0.0113	0.0021	0.035	0.0199	0.035	0.0147	0.0337	0.0264	0.0337	0.0094
chr3R	6109881	6110749	chr3R:6109882-6110749	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1323	0.1006	0.167	0.1298	0.0562	0.1466	0.1246	0.0666	0.0562	0.4209	0.1125	0.4209	0.1224	0.4364	0.0735	0.4364	0.0844
chr3R	6110869	6111020	chr3R:6110870-6111020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0086	0.0217	0.0221	0.0032	0.0097	0.0143	0.006	0.0032	0.061	0.0138	0.061	0.0116	0.0858	0.011	0.0858	0.0109
chr3R	6112789	6112940	chr3R:6112790-6112940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0171	0.0145	0.0187	0.0074	0.016	0.0281	0.0133	0.0074	0.0163	0.018	0.0163	0.0124	0.0222	0.0322	0.0222	0.012
chr3R	6115567	6115848	chr3R:6115568-6115848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0202	0.0105	0.0268	0.0238	0.0042	0.0146	0.0151	0.0067	0.0042	0.0501	0.0161	0.0501	0.0434	0.0291	0.0116	0.0291	0.0479
chr3R	6137176	6137419	chr3R:6137177-6137419	FBgn0037807	CG6293	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0441	0.0432	0.0395	0.05	0.0276	0.0383	0.0636	0.0486	0.0276	0.0519	0.0363	0.0519	0.0689	0.0643	0.0284	0.0643	0.1001
chr3R	6137619	6137818	chr3R:6137620-6137818	FBgn0037807	CG6293	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0496	0.0548	0.0475	0.046	0.0276	0.0534	0.0753	0.0693	0.0276	0.0543	0.0508	0.0543	0.0674	0.0551	0.0426	0.0551	0.0855
chr3R	6137954	6138154	chr3R:6137955-6138154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0327	0.0378	0.0346	0.0251	0.0159	0.0408	0.0532	0.042	0.0159	0.0447	0.0399	0.0447	0.0372	0.0276	0.0213	0.0276	0.0412
chr3R	6150671	6150822	chr3R:6150672-6150822	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.031	0.0207	0.0095	0.0127	0.0296	0.0389	0.0466	0.0127	0.0266	0.0228	0.0266	0.0178	0.0123	0.0097	0.0123	0.0109
chr3R	6150970	6151121	chr3R:6150971-6151121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0254	0.0164	0.0081	0.0127	0.0204	0.0337	0.038	0.0127	0.0266	0.0158	0.0266	0.0163	0.0123	0.0064	0.0123	0.012
chr3R	6155857	6156008	chr3R:6155858-6156008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0216	0.0239	0.027	0.0085	0.0199	0.0324	0.0233	0.0085	0.0266	0.0235	0.0266	0.0333	0.0161	0.0103	0.0161	0.0677
chr3R	6156540	6156886	chr3R:6156541-6156886	FBgn0037808,FBgn0037809	Bruce,CG12818	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1162	0.1459	0.0969	0.0636	0.1243	0.1401	0.1526	0.0636	0.1751	0.1588	0.1751	0.1387	0.0896	0.0909	0.0896	0.1261
chr3R	6156968	6157149	chr3R:6156969-6157149	FBgn0037808,FBgn0037809	Bruce,CG12818	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1584	0.1385	0.1997	0.1354	0.0848	0.1709	0.1544	0.1746	0.0848	0.2512	0.2215	0.2512	0.1936	0.1371	0.1328	0.1371	0.1641
chr3R	6157191	6157402	chr3R:6157192-6157402	FBgn0037808,FBgn0037809	Bruce,CG12818	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1149	0.1024	0.1451	0.0957	0.053	0.1277	0.1181	0.1219	0.053	0.1878	0.1608	0.1878	0.134	0.1095	0.0864	0.1095	0.1115
chr3R	6157582	6157827	chr3R:6157583-6157827	FBgn0037809	CG12818	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0474	0.0674	0.043	0.0212	0.0583	0.0562	0.0566	0.0212	0.0821	0.0775	0.0821	0.062	0.0444	0.0464	0.0444	0.05
chr3R	6158497	6158689	chr3R:6158498-6158689	FBgn0037810	sle	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1269	0.1064	0.1628	0.1104	0.0753	0.1379	0.1077	0.1292	0.0753	0.2156	0.1775	0.2156	0.1658	0.121	0.1148	0.121	0.1386
chr3R	6158746	6158920	chr3R:6158747-6158920	FBgn0037810	sle	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1377	0.115	0.1801	0.1166	0.0668	0.151	0.1064	0.1599	0.0668	0.2446	0.1891	0.2446	0.1859	0.124	0.1251	0.124	0.1407
chr3R	6158970	6159157	chr3R:6158971-6159157	FBgn0037810	sle	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0566	0.0445	0.0792	0.0454	0.0159	0.0592	0.0428	0.0613	0.0159	0.1051	0.0842	0.1051	0.0914	0.0391	0.0393	0.0391	0.073
chr3R	6175804	6176017	chr3R:6175805-6176017	FBgn0015396	jumu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2421	0.239	0.2926	0.1901	0.1866	0.2854	0.269	0.2738	0.1866	0.3684	0.3154	0.3684	0.2696	0.1876	0.1928	0.1876	0.2246
chr3R	6176427	6176638	chr3R:6176428-6176638	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2451	0.1918	0.3058	0.238	0.1188	0.2485	0.199	0.2372	0.1188	0.3345	0.3334	0.3345	0.3191	0.2251	0.2379	0.2251	0.2819
chr3R	6176720	6176977	chr3R:6176721-6176977	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1308	0.1195	0.1532	0.1189	0.0753	0.1282	0.1349	0.1672	0.0753	0.1467	0.155	0.1467	0.1696	0.0835	0.1115	0.0835	0.147
chr3R	6177736	6177931	chr3R:6177737-6177931	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0725	0.0705	0.0529	0.0961	0.0636	0.0539	0.096	0.0906	0.0636	0.0441	0.055	0.0441	0.0682	0.0544	0.0748	0.0544	0.1329
chr3R	6177995	6178210	chr3R:6177996-6178210	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0834	0.0837	0.0754	0.0919	0.0806	0.0757	0.1064	0.0999	0.0806	0.0725	0.09	0.0725	0.079	0.0681	0.0741	0.0681	0.11
chr3R	6178715	6179018	chr3R:6178716-6179018	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_2000	Unspecified_2000	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1434	0.2625	0.128	0.0272	0.2906	0.217	0.3382	0.2958	0.2906	0.1014	0.1955	0.1014	0.0589	0.0138	0.0264	0.0138	0.0214
chr3R	6179947	6180131	chr3R:6179948-6180131	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1744	0.2299	0.0865	0.1347	0.215	0.1756	0.2225	0.1347	0.2784	0.2659	0.2784	0.1487	0.0406	0.0561	0.0406	0.111
chr3R	6180877	6181028	chr3R:6180878-6181028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0767	0.087	0.1102	0.0284	0.0541	0.0874	0.1034	0.1199	0.0541	0.1298	0.1592	0.1298	0.0403	0.0337	0.029	0.0337	0.0276
chr3R	6181791	6182014	chr3R:6181792-6182014	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1627	0.1557	0.2118	0.1166	0.1273	0.1917	0.1618	0.1905	0.1273	0.2796	0.2299	0.2796	0.1673	0.1233	0.089	0.1233	0.0902
chr3R	6182128	6182349	chr3R:6182129-6182349	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.255	0.2541	0.3044	0.2018	0.1962	0.3068	0.263	0.3165	0.1962	0.3684	0.3424	0.3684	0.2432	0.2098	0.2018	0.2098	0.1845
chr3R	6182567	6182832	chr3R:6182568-6182832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1321	0.1378	0.1726	0.0813	0.0933	0.1782	0.1414	0.1686	0.0933	0.2186	0.2071	0.2186	0.1185	0.0942	0.0825	0.0942	0.0542
chr3R	6182909	6183248	chr3R:6182910-6183248	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.224	0.2408	0.3132	0.1072	0.1644	0.3218	0.218	0.3185	0.1644	0.4245	0.3756	0.4245	0.1967	0.1417	0.1238	0.1417	0.0657
chr3R	6186353	6186504	chr3R:6186354-6186504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0323	0.0536	0.0306	0.0103	0.0361	0.0393	0.0887	0.0546	0.0361	0.035	0.037	0.035	0.0232	0.0107	0.0064	0.0107	0.0177
chr3R	6186563	6186714	chr3R:6186564-6186714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0566	0.0329	0.0103	0.0424	0.0471	0.0856	0.0626	0.0424	0.0374	0.0379	0.0374	0.0318	0.01	0.0103	0.01	0.0146
chr3R	6186850	6187001	chr3R:6186851-6187001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0611	0.0345	0.0118	0.0477	0.0529	0.09	0.0673	0.0477	0.0362	0.0418	0.0362	0.0271	0.0115	0.0123	0.0115	0.0167
chr3R	6188083	6188235	chr3R:6188084-6188235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.052	0.0381	0.0155	0.0403	0.0466	0.0688	0.056	0.0403	0.0453	0.0482	0.0453	0.0217	0.0199	0.0077	0.0199	0.0177
chr3R	6190130	6190281	chr3R:6190131-6190281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0166	0.0169	0.0224	0.0064	0.0141	0.0303	0.0167	0.0064	0.0163	0.0177	0.0163	0.0132	0.0168	0.0032	0.0168	0.0115
chr3R	6194100	6194315	chr3R:6194101-6194315	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1011	0.1031	0.1251	0.0727	0.053	0.1136	0.0835	0.1965	0.053	0.1733	0.1161	0.1733	0.0108	0.0077	0.0239	0.0077	0.0115
chr3R	6194641	6194792	chr3R:6194642-6194792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.019	0.0192	0.0263	0.0107	0.0127	0.0194	0.0234	0.0273	0.0127	0.0435	0.0264	0.0435	0.007	0.0084	0.0077	0.0084	0.0094
chr3R	6196527	6196715	chr3R:6196528-6196715	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.0317	0.0264	0.0162	0.0032	0.0471	0.0221	0.0546	0.0032	0.0127	0.0164	0.0127	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0078
chr3R	6196721	6197011	chr3R:6196722-6197011	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.038	0.0464	0.0421	0.0241	0.0138	0.0476	0.0467	0.0846	0.0138	0.0272	0.026	0.0272	0.0186	0.0084	0.0077	0.0084	0.0125
chr3R	6201020	6201266	chr3R:6201021-6201266	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0621	0.0362	0.0178	0.0318	0.0524	0.0895	0.0779	0.0318	0.0272	0.0537	0.0272	0.0178	0.0138	0.0277	0.0138	0.0146
chr3R	6202528	6202679	chr3R:6202529-6202679	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0176	0.0206	0.0138	0.0095	0.0165	0.0242	0.024	0.0095	0.0187	0.0241	0.0187	0.0093	0.0038	0.0084	0.0038	0.0063
chr3R	6202948	6203140	chr3R:6202949-6203140	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0264	0.0222	0.0338	0.0231	0.0085	0.0252	0.0333	0.0233	0.0085	0.035	0.0347	0.035	0.0256	0.0123	0.0187	0.0123	0.0078
chr3R	6203488	6203727	chr3R:6203489-6203727	FBgn0020379	Rfx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.0836	0.0958	0.0795	0.0467	0.0898	0.1034	0.1059	0.0467	0.1171	0.109	0.1171	0.0991	0.0865	0.0903	0.0865	0.0974
chr3R	6203774	6203970	chr3R:6203775-6203970	FBgn0020379	Rfx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1452	0.1275	0.1671	0.1408	0.0923	0.1451	0.1419	0.1592	0.0923	0.192	0.1904	0.192	0.1751	0.1478	0.158	0.1478	0.1751
chr3R	6204113	6204324	chr3R:6204114-6204324	FBgn0020379	Rfx	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0541	0.0489	0.0666	0.0464	0.018	0.0558	0.061	0.0653	0.018	0.0713	0.0717	0.0713	0.0868	0.0429	0.0619	0.0429	0.0604
chr3R	6205279	6205466	chr3R:6205280-6205466	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0167	0.0165	0.0322	0.0032	0.0146	0.0285	0.0187	0.0032	0.0187	0.0141	0.0187	0.0349	0.0191	0.0284	0.0191	0.0688
chr3R	6206768	6206919	chr3R:6206769-6206919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0131	0.0135	0.0166	0.0074	0.0136	0.0212	0.0113	0.0074	0.0151	0.0087	0.0151	0.0325	0.0161	0.0084	0.0161	0.037
chr3R	6210301	6210602	chr3R:6210302-6210602	distal	distal	none	none	VT39428.1,VT39429.1	VT39428.1,VT39429.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.0113	0.0081	0.0568	0.0042	0.0165	0.016	0.0067	0.0042	0.0085	0.0061	0.0085	0.017	0.0735	0.0355	0.0735	0.1172
chr3R	6213929	6214110	chr3R:6213930-6214110	FBgn0259938	cwo	stage11,stage14	none	VT39431.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0894	0.0295	0.1098	0.1338	0.0042	0.0617	0.026	0.0173	0.0042	0.1268	0.1087	0.1268	0.2037	0.1623	0.1444	0.1623	0.2058
chr3R	6214155	6214346	chr3R:6214156-6214346	FBgn0259938	cwo	stage11,stage14	none	VT39431.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0697	0.0283	0.0879	0.0958	0.0042	0.0534	0.0281	0.0207	0.0042	0.0876	0.09	0.0876	0.172	0.1194	0.1032	0.1194	0.149
chr3R	6214485	6214897	chr3R:6214486-6214897	FBgn0259938	cwo	stage11,stage14,stage5	stage5	VT39431.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1127	0.0597	0.1543	0.1262	0.0201	0.1063	0.0644	0.048	0.0201	0.1419	0.1605	0.1419	0.3114	0.0881	0.1534	0.0881	0.2209
chr3R	6216819	6217049	chr3R:6216820-6217049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0312	0.0188	0.0377	0.0379	0.0095	0.0291	0.0225	0.0133	0.0095	0.0254	0.0212	0.0254	0.127	0.026	0.0206	0.026	0.0917
chr3R	6217618	6217873	chr3R:6217619-6217873	distal	distal	stage11	stage11	VT39433.1	VT39433.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0338	0.0247	0.0447	0.032	0.0074	0.0335	0.0355	0.0187	0.0074	0.0302	0.0315	0.0302	0.1146	0.0245	0.0348	0.0245	0.0604
chr3R	6219222	6219431	chr3R:6219223-6219431	distal	distal	none	none	VT39433.1,VT39434.1	VT39433.1,VT39434.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0315	0.0177	0.0291	0.0496	0.0053	0.0262	0.0229	0.0153	0.0053	0.0242	0.0273	0.0242	0.062	0.0345	0.06	0.0345	0.0995
chr3R	6219759	6219910	chr3R:6219760-6219910	distal	distal	none	none	VT39434.1	VT39434.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0153	0.0199	0.0312	0.0032	0.0194	0.0221	0.0127	0.0032	0.0157	0.0219	0.0157	0.0434	0.0161	0.0309	0.0161	0.0688
chr3R	6220198	6220387	chr3R:6220199-6220387	distal	distal	none	none	VT39434.1	VT39434.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0138	0.0249	0.0323	0.0053	0.0155	0.0234	0.0107	0.0053	0.0169	0.0244	0.0169	0.0604	0.0184	0.0251	0.0184	0.0745
chr3R	6226849	6227105	chr3R:6226850-6227105	FBgn0045443	mthl11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0243	0.0221	0.0278	0.0228	0.0053	0.0209	0.0342	0.0247	0.0053	0.0296	0.0248	0.0296	0.055	0.0222	0.0239	0.0222	0.0344
chr3R	6232513	6232804	chr3R:6232514-6232804	FBgn0037814	CG6325	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.0702	0.0836	0.0543	0.0339	0.0738	0.0926	0.0879	0.0339	0.1039	0.0904	0.1039	0.079	0.0674	0.0484	0.0674	0.0615
chr3R	6232933	6233137	chr3R:6232934-6233137	FBgn0037814	CG6325	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1142	0.1088	0.1345	0.0979	0.0795	0.1175	0.1306	0.1326	0.0795	0.1618	0.1511	0.1618	0.1371	0.1141	0.0967	0.1141	0.1172
chr3R	6233197	6233537	chr3R:6233198-6233537	FBgn0037814,FBgn0262223,FBgn0262420	CG6325,mir-318,mir-994	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0533	0.065	0.0492	0.0308	0.0534	0.0709	0.06	0.0308	0.0803	0.0714	0.0803	0.072	0.0452	0.058	0.0452	0.0651
chr3R	6237976	6238127	chr3R:6237977-6238127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0152	0.0185	0.0241	0.0074	0.0117	0.0229	0.0207	0.0074	0.0181	0.0219	0.0181	0.0248	0.0168	0.0232	0.0168	0.0511
chr3R	6238532	6238724	chr3R:6238533-6238724	FBgn0024957,FBgn0037815	Irp-1B,Rrp46	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.1015	0.1074	0.1082	0.0876	0.087	0.1019	0.1393	0.1319	0.087	0.1075	0.1309	0.1075	0.1263	0.075	0.1006	0.075	0.1412
chr3R	6238906	6239078	chr3R:6238907-6239078	FBgn0024957,FBgn0037815	Irp-1B,Rrp46	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.1069	0.133	0.0943	0.0848	0.1155	0.1302	0.1226	0.0848	0.1655	0.1492	0.1655	0.1332	0.1126	0.0961	0.1126	0.1256
chr3R	6239190	6239342	chr3R:6239191-6239342	FBgn0037815	Rrp46	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0532	0.0615	0.0372	0.0488	0.0524	0.0588	0.07	0.0488	0.07	0.0743	0.07	0.0596	0.0436	0.049	0.0436	0.0396
chr3R	6239593	6239744	chr3R:6239594-6239744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0324	0.0382	0.018	0.0297	0.0345	0.0398	0.0353	0.0297	0.055	0.0399	0.055	0.0442	0.0222	0.0155	0.0222	0.0255
chr3R	6239982	6240189	chr3R:6239983-6240189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0338	0.0393	0.0402	0.0207	0.0265	0.0413	0.0497	0.046	0.0265	0.0574	0.0386	0.0574	0.0573	0.0222	0.0245	0.0222	0.0328
chr3R	6240525	6240676	chr3R:6240526-6240676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0253	0.0317	0.0117	0.0138	0.0228	0.0333	0.0353	0.0138	0.0459	0.0305	0.0459	0.0426	0.0115	0.0116	0.0115	0.0167
chr3R	6241267	6241443	chr3R:6241268-6241443	FBgn0037816	CG6345	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.029	0.0405	0.0238	0.0127	0.0359	0.0307	0.0386	0.0127	0.0568	0.0428	0.0568	0.0418	0.0314	0.0187	0.0314	0.0266
chr3R	6241469	6241627	chr3R:6241470-6241627	FBgn0037816	CG6345	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0394	0.0333	0.0478	0.0369	0.017	0.0388	0.0385	0.0386	0.017	0.0586	0.0531	0.0586	0.0627	0.0352	0.0361	0.0352	0.0438
chr3R	6241727	6241912	chr3R:6241728-6241912	FBgn0037816	CG6345	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0839	0.1184	0.0922	0.0392	0.0937	0.0952	0.1186	0.0392	0.151	0.1363	0.151	0.1208	0.0919	0.1025	0.0919	0.0995
chr3R	6242064	6242215	chr3R:6242065-6242215	FBgn0037816	CG6345	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0328	0.0378	0.0256	0.0201	0.0335	0.042	0.0406	0.0201	0.0483	0.0441	0.0483	0.0333	0.0268	0.0322	0.0268	0.0297
chr3R	6243752	6243903	chr3R:6243753-6243903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0088	0.0088	0.0155	0.0064	0.0083	0.0147	0.008	0.0064	0.0066	0.009	0.0066	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0063
chr3R	6245163	6245314	chr3R:6245164-6245314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0102	0.0111	0.0096	0.0097	0.0021	0.0107	0.0216	0.0067	0.0021	0.0145	0.0103	0.0145	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0042
chr3R	6246940	6247091	chr3R:6246941-6247091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0095	0.0077	0.0075	0.0136	0.0021	0.0039	0.0169	0.0067	0.0021	0.0091	0.0058	0.0091	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.0057
chr3R	6249579	6249730	chr3R:6249580-6249730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.011	0.0105	0.0098	0.0128	0.0032	0.0073	0.0221	0.0073	0.0032	0.0121	0.0093	0.0121	0.0062	0.0031	0.0064	0.0031	0.0057
chr3R	6258035	6258186	chr3R:6258036-6258186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.017	0.0197	0.0104	0.0212	0.0106	0.0117	0.0376	0.016	0.0106	0.0097	0.0077	0.0097	0.0116	0.0023	0.0039	0.0023	0.0089
chr3R	6258382	6258544	chr3R:6258383-6258544	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0224	0.0136	0.0156	0.0395	0.0074	0.0078	0.026	0.0113	0.0074	0.0085	0.0064	0.0085	0.0077	0.0069	0.0052	0.0069	0.0089
chr3R	6259090	6259447	chr3R:6259091-6259447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0464	0.0587	0.0272	0.0538	0.0573	0.0335	0.1081	0.04	0.0573	0.0278	0.0273	0.0278	0.0108	0.0176	0.0213	0.0176	0.0224
chr3R	6259648	6259799	chr3R:6259649-6259799	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0231	0.0243	0.0169	0.0285	0.0212	0.0238	0.0376	0.016	0.0212	0.0145	0.0164	0.0145	0.007	0.0054	0.0129	0.0054	0.0125
chr3R	6262568	6262719	chr3R:6262569-6262719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0303	0.0319	0.0373	0.0209	0.0191	0.0374	0.0437	0.0306	0.0191	0.0507	0.0392	0.0507	0.0325	0.0337	0.02	0.0337	0.0276
chr3R	6262828	6263015	chr3R:6262829-6263015	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0761	0.073	0.0971	0.0564	0.0392	0.0786	0.0908	0.0879	0.0392	0.1262	0.1035	0.1262	0.0999	0.0842	0.0658	0.0842	0.074
chr3R	6264817	6264968	chr3R:6264818-6264968	distal	distal	none	none	VT39457.1	VT39457.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.004	0.008	0.0175	0.0011	0.0034	0.0091	0.0013	0.0011	0.0054	0.0061	0.0054	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0042
chr3R	6266160	6266311	chr3R:6266161-6266311	distal	distal	stage14	stage14	VT39457.1	VT39457.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.008	0.0091	0.0177	0.0021	0.0078	0.0138	0.0073	0.0021	0.0066	0.0074	0.0066	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0026
chr3R	6266486	6266637	chr3R:6266487-6266637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0062	0.0095	0.0173	0.0032	0.0044	0.0112	0.0047	0.0032	0.0072	0.0064	0.0072	0.0085	0.0015	0.0013	0.0015	0.0057
chr3R	6266809	6267084	chr3R:6266810-6267084	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0177	0.0126	0.0168	0.0244	0.0053	0.0126	0.0225	0.0087	0.0053	0.0127	0.0122	0.0127	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0078
chr3R	6270468	6270696	chr3R:6270469-6270696	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39460.1	VT39460.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0133	0.0151	0.0305	0.0085	0.0083	0.0216	0.0193	0.0085	0.0109	0.0113	0.0109	0.007	0.0031	0.0077	0.0031	0.0042
chr3R	6273487	6273716	chr3R:6273488-6273716	distal	distal	none	none	VT39462.1	VT39462.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0193	0.0162	0.024	0.0095	0.016	0.0324	0.0187	0.0095	0.0091	0.0119	0.0091	0.0023	0.0054	0.0032	0.0054	0.0068
chr3R	6274525	6274689	chr3R:6274526-6274689	distal	distal	stage11	stage11	VT39462.1	VT39462.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0122	0.0198	0.0324	0.0053	0.0146	0.0143	0.0167	0.0053	0.0127	0.0113	0.0127	0.0077	0.0069	0.0039	0.0069	0.0078
chr3R	6275027	6275279	chr3R:6275028-6275279	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39462.1,VT39463.1	VT39462.1,VT39463.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0239	0.0194	0.0394	0.0042	0.0316	0.0268	0.0313	0.0042	0.0103	0.0113	0.0103	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0073
chr3R	6276823	6276974	chr3R:6276824-6276974	distal	distal	none	none	VT39463.1	VT39463.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0105	0.0159	0.0116	0.0032	0.0087	0.0186	0.01	0.0032	0.0193	0.0177	0.0193	0.0132	0.0038	0.0335	0.0038	0.0042
chr3R	6278729	6278880	chr3R:6278730-6278880	distal	distal	none	none	VT39465.1	VT39465.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0107	0.0161	0.0184	0.0042	0.0102	0.0164	0.0113	0.0042	0.0187	0.0106	0.0187	0.0116	0.01	0.0084	0.01	0.0083
chr3R	6282176	6282376	chr3R:6282177-6282376	distal	distal	stage14	stage14	VT39467.1	VT39467.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0143	0.0185	0.0134	0.0064	0.0121	0.0195	0.022	0.0064	0.0085	0.0129	0.0085	0.0023	0.0061	0.0052	0.0061	0.0042
chr3R	6282993	6283144	chr3R:6282994-6283144	distal	distal	none	none	VT39467.1	VT39467.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0092	0.0079	0.01	0.0053	0.0102	0.0121	0.012	0.0053	0.006	0.0071	0.006	0.0046	0.0023	0.0052	0.0023	0.0047
chr3R	6286068	6286219	chr3R:6286069-6286219	distal	distal	none	none	VT39469.1	VT39469.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.0327	0.0412	0.0199	0.0148	0.0335	0.048	0.0366	0.0148	0.0513	0.0498	0.0513	0.0387	0.0222	0.0232	0.0222	0.0292
chr3R	6286620	6286925	chr3R:6286621-6286925	distal	distal	stage5	stage5	VT39469.1	VT39469.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0342	0.0416	0.0411	0.0184	0.0201	0.0442	0.0597	0.0493	0.0201	0.0338	0.0685	0.0338	0.0186	0.0176	0.0438	0.0176	0.0078
chr3R	6286949	6287305	chr3R:6286950-6287305	distal	distal	none	none	VT39469.1,VT39470.1	VT39469.1,VT39470.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.042	0.048	0.0237	0.0212	0.0437	0.0606	0.0486	0.0212	0.0435	0.072	0.0435	0.0201	0.0245	0.0458	0.0245	0.0162
chr3R	6287440	6287681	chr3R:6287441-6287681	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39469.1,VT39470.1	VT39469.1,VT39470.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0253	0.0349	0.0286	0.011	0.0127	0.0252	0.0545	0.0473	0.0127	0.0278	0.0428	0.0278	0.0116	0.0084	0.0181	0.0084	0.0094
chr3R	6287751	6287918	chr3R:6287752-6287918	distal	distal	stage11	stage11	VT39470.1	VT39470.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0217	0.0291	0.0096	0.0064	0.0189	0.0281	0.0346	0.0064	0.0368	0.0392	0.0368	0.017	0.0107	0.0116	0.0107	0.0099
chr3R	6288640	6288871	chr3R:6288641-6288871	distal	distal	none	none	VT39470.1	VT39470.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0304	0.05	0.0292	0.0097	0.0233	0.0369	0.0688	0.0806	0.0233	0.0187	0.0457	0.0187	0.0209	0.0046	0.0181	0.0046	0.0073
chr3R	6289744	6289920	chr3R:6289745-6289920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0236	0.0247	0.0338	0.0111	0.0106	0.0286	0.0346	0.026	0.0106	0.0507	0.0392	0.0507	0.0147	0.0161	0.0084	0.0161	0.0068
chr3R	6291192	6291343	chr3R:6291193-6291343	distal	distal	none	none	VT39472.1	VT39472.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0167	0.0296	0.0077	0.0085	0.0155	0.0203	0.0253	0.0085	0.0308	0.0489	0.0308	0.0077	0.0069	0.0174	0.0069	0.0047
chr3R	6291465	6291616	chr3R:6291466-6291616	distal	distal	none	none	VT39472.1	VT39472.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0152	0.013	0.0251	0.0068	0.0074	0.0117	0.0169	0.0193	0.0074	0.0266	0.0405	0.0266	0.0077	0.0054	0.0155	0.0054	0.0042
chr3R	6298011	6298162	chr3R:6298012-6298162	distal	distal	none	none	VT39475.1	VT39475.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0137	0.0239	0.0109	0.0053	0.0095	0.0136	0.0441	0.024	0.0095	0.003	0.018	0.003	0.0054	0.0038	0.0071	0.0038	0.0042
chr3R	6309143	6309303	chr3R:6309144-6309303	distal	distal	none	none	VT39482.1	VT39482.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0126	0.0132	0.012	0.0053	0.0136	0.0195	0.0133	0.0053	0.0115	0.0103	0.0115	0.0077	0.0023	0.0052	0.0023	0.0099
chr3R	6309414	6309578	chr3R:6309415-6309578	distal	distal	none	none	VT39482.1	VT39482.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0131	0.0141	0.0089	0.0032	0.0184	0.0203	0.0107	0.0032	0.0145	0.0116	0.0145	0.0108	0	0.0026	0	0.0073
chr3R	6310393	6310544	chr3R:6310394-6310544	distal	distal	none	none	VT39482.1	VT39482.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0102	0.0091	0.0093	0.0042	0.0107	0.0164	0.0107	0.0042	0.0121	0.0096	0.0121	0.007	0.0038	0.0071	0.0038	0.0042
chr3R	6310880	6311031	chr3R:6310881-6311031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0088	0.0104	0.011	0.0011	0.0083	0.0173	0.0067	0.0011	0.0139	0.008	0.0139	0.0077	0.0054	0.0058	0.0054	0.0042
chr3R	6316398	6316658	chr3R:6316399-6316658	distal	distal	stage11	stage11	VT39486.1	VT39486.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0244	0.0411	0.0244	0.0053	0.0282	0.0255	0.0366	0.0053	0.0205	0.0363	0.0205	0.0232	0.0038	0.0148	0.0038	0.0099
chr3R	6316661	6316812	chr3R:6316662-6316812	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39486.1	VT39486.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0166	0.0264	0.0207	0.0053	0.0214	0.016	0.0227	0.0053	0.0151	0.0238	0.0151	0.0132	0.0031	0.0103	0.0031	0.0078
chr3R	6316886	6317146	chr3R:6316887-6317146	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39486.1	VT39486.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0188	0.0259	0.0302	0.0074	0.0243	0.0203	0.0233	0.0074	0.0151	0.0219	0.0151	0.0163	0.0046	0.0052	0.0046	0.0052
chr3R	6317874	6318027	chr3R:6317875-6318027	distal	distal	none	none	VT39487.1	VT39487.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0258	0.0214	0.0118	0.0032	0.017	0.0234	0.0646	0.0032	0.0127	0.0232	0.0127	0.0108	0.0031	0.0116	0.0031	0.0031
chr3R	6318531	6318771	chr3R:6318532-6318771	distal	distal	none	none	VT39487.1	VT39487.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0345	0.0362	0.0166	0.0148	0.0364	0.029	0.0646	0.0148	0.0326	0.0428	0.0326	0.0155	0.0084	0.0187	0.0084	0.0078
chr3R	6318837	6318988	chr3R:6318838-6318988	distal	distal	none	none	VT39487.1	VT39487.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0213	0.0212	0.0084	0.0042	0.0252	0.0216	0.0346	0.0042	0.0205	0.026	0.0205	0.007	0.0069	0.0077	0.0069	0.0036
chr3R	6319651	6319802	chr3R:6319652-6319802	distal	distal	none	none	VT39488.1	VT39488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0102	0.0147	0.0202	0.0032	0.0141	0.0095	0.0147	0.0032	0.0127	0.0161	0.0127	0.0155	0.0092	0.0116	0.0092	0.0146
chr3R	6320201	6320582	chr3R:6320202-6320582	distal	distal	stage14	stage14	VT39488.1	VT39488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0457	0.0356	0.0435	0.0593	0.0074	0.0495	0.0316	0.0606	0.0074	0.0399	0.0447	0.0399	0.0232	0.0168	0.0303	0.0168	0.024
chr3R	6322819	6322970	chr3R:6322820-6322970	distal	distal	none	none	VT39490.1	VT39490.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0062	0.0076	0.0141	0.0053	0.0058	0.0078	0.008	0.0053	0.0079	0.0087	0.0079	0.0054	0.0038	0.0026	0.0038	0.0052
chr3R	6324199	6324350	chr3R:6324200-6324350	distal	distal	none	none	VT39490.1	VT39490.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.011	0.0098	0.0258	0.0053	0.0107	0.0173	0.0113	0.0053	0.0091	0.0061	0.0091	0.0039	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr3R	6325375	6325528	chr3R:6325376-6325528	distal	distal	none	none	VT39491.1	VT39491.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0166	0.0201	0.0195	0.0095	0.0064	0.0345	0.0186	0.02	0.0064	0.0399	0.0151	0.0399	0.0108	0.013	0.009	0.013	0.0052
chr3R	6327478	6327629	chr3R:6327479-6327629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0151	0.0212	0.0117	0.0053	0.017	0.0164	0.0227	0.0053	0.0199	0.0167	0.0199	0.0116	0.0069	0.0032	0.0069	0.0099
chr3R	6328085	6328341	chr3R:6328086-6328341	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39493.1	VT39493.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0383	0.0334	0.0434	0.0382	0.0095	0.0461	0.0359	0.042	0.0095	0.067	0.035	0.067	0.017	0.0467	0.0219	0.0467	0.0323
chr3R	6329430	6329581	chr3R:6329431-6329581	distal	distal	none	none	VT39493.1	VT39493.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0152	0.0108	0.0173	0.018	0.0032	0.0083	0.0195	0.0127	0.0032	0.0157	0.0151	0.0157	0.0201	0.0138	0.0116	0.0138	0.0287
chr3R	6330079	6330230	chr3R:6330080-6330230	distal	distal	none	none	VT39493.1,VT39494.1	VT39493.1,VT39494.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0221	0.0191	0.0241	0.0233	0.0074	0.0218	0.0264	0.024	0.0074	0.0248	0.0257	0.0248	0.0201	0.0168	0.0148	0.0168	0.0448
chr3R	6330360	6330511	chr3R:6330361-6330511	distal	distal	none	none	VT39494.1	VT39494.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.0112	0.0166	0.0212	0.0011	0.0087	0.0177	0.0127	0.0011	0.0145	0.0199	0.0145	0.0178	0.0153	0.0103	0.0153	0.0438
chr3R	6331375	6331527	chr3R:6331376-6331527	distal	distal	none	none	VT39494.1	VT39494.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.0224	0.0324	0.0298	0.0085	0.017	0.0307	0.0373	0.0085	0.032	0.0328	0.032	0.0178	0.0222	0.0193	0.0222	0.0182
chr3R	6331718	6331898	chr3R:6331719-6331898	distal	distal	none	none	VT39494.1	VT39494.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0151	0.0312	0.0274	0.0074	0.0189	0.0186	0.0187	0.0074	0.0278	0.028	0.0278	0.0201	0.0191	0.0155	0.0191	0.0135
chr3R	6332866	6333248	chr3R:6332867-6333248	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0536	0.0511	0.0309	0.0255	0.0684	0.0463	0.0853	0.0255	0.0477	0.0691	0.0477	0.0271	0.026	0.0393	0.026	0.0328
chr3R	6333655	6333889	chr3R:6333656-6333889	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0494	0.0638	0.0523	0.0302	0.0445	0.0602	0.0779	0.0819	0.0445	0.0652	0.0672	0.0652	0.0364	0.0482	0.0297	0.0482	0.0245
chr3R	6334424	6334575	chr3R:6334425-6334575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0243	0.0239	0.025	0.0241	0.0053	0.0233	0.026	0.0413	0.0053	0.0308	0.0312	0.0308	0.0209	0.0329	0.0258	0.0329	0.0323
chr3R	6338905	6339252	chr3R:6338906-6339252	FBgn0263547	mir-4944	none	none	VT39497.1,VT39498.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0331	0.0322	0.0371	0.0297	0.0106	0.0311	0.0355	0.056	0.0106	0.0308	0.045	0.0308	0.0256	0.0191	0.0181	0.0191	0.0172
chr3R	6340349	6340523	chr3R:6340350-6340523	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39498.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0394	0.0267	0.0558	0.0355	0.0053	0.0432	0.0173	0.042	0.0053	0.0356	0.0415	0.0356	0.1665	0.0168	0.0219	0.0168	0.0823
chr3R	6341288	6341481	chr3R:6341289-6341481	distal	distal	stage5	stage5	VT39499.1	VT39499.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0437	0.0423	0.0207	0.017	0.0481	0.0368	0.0786	0.017	0.0489	0.0447	0.0489	0.0411	0.0237	0.0226	0.0237	0.025
chr3R	6341964	6342115	chr3R:6341965-6342115	distal	distal	stage5	stage5	VT39499.1	VT39499.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0272	0.0294	0.0312	0.0205	0.0106	0.0282	0.0272	0.0573	0.0106	0.0368	0.0373	0.0368	0.0333	0.0345	0.0258	0.0345	0.0193
chr3R	6342737	6342896	chr3R:6342738-6342896	distal	distal	none	none	VT39499.1	VT39499.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0334	0.0268	0.0419	0.0315	0.0042	0.0388	0.0195	0.044	0.0042	0.0616	0.045	0.0616	0.0449	0.0704	0.0309	0.0704	0.0271
chr3R	6343008	6343223	chr3R:6343009-6343223	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0386	0.0275	0.0504	0.0379	0.0042	0.035	0.0242	0.0493	0.0042	0.0785	0.054	0.0785	0.0496	0.075	0.0445	0.075	0.0339
chr3R	6343959	6344110	chr3R:6343960-6344110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0186	0.0294	0.0162	0.0053	0.0218	0.0134	0.036	0.0053	0.0254	0.0215	0.0254	0.0294	0.013	0.0129	0.013	0.0115
chr3R	6345155	6345306	chr3R:6345156-6345306	distal	distal	none	none	VT39501.1	VT39501.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0148	0.0217	0.0216	0.0053	0.016	0.0143	0.0253	0.0053	0.0187	0.0232	0.0187	0.0194	0.0092	0.0161	0.0092	0.0156
chr3R	6345535	6345686	chr3R:6345536-6345686	distal	distal	none	none	VT39501.1	VT39501.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0202	0.0177	0.0217	0.0213	0.0042	0.0189	0.019	0.0247	0.0042	0.0181	0.0264	0.0181	0.0279	0.0138	0.0232	0.0138	0.0172
chr3R	6346057	6346317	chr3R:6346058-6346317	distal	distal	none	none	VT39501.1,VT39502.1	VT39501.1,VT39502.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0479	0.034	0.0595	0.0506	0.0053	0.049	0.0277	0.0533	0.0053	0.0429	0.0624	0.0429	0.1162	0.0368	0.04	0.0368	0.0818
chr3R	6346572	6346878	chr3R:6346573-6346878	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39502.1	VT39502.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0534	0.0406	0.0708	0.0486	0.018	0.0563	0.0337	0.0626	0.018	0.0592	0.0752	0.0592	0.1363	0.026	0.0496	0.026	0.0782
chr3R	6346959	6347208	chr3R:6346960-6347208	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39502.1	VT39502.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0551	0.0409	0.0773	0.0468	0.0201	0.0553	0.0329	0.0606	0.0201	0.0682	0.0881	0.0682	0.1363	0.0375	0.0948	0.0375	0.0412
chr3R	6347973	6348124	chr3R:6347974-6348124	distal	distal	none	none	VT39502.1	VT39502.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0192	0.0283	0.0221	0.0064	0.0218	0.0199	0.0313	0.0064	0.026	0.0392	0.026	0.0225	0.0107	0.0587	0.0107	0.013
chr3R	6348491	6348996	chr3R:6348492-6348996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0481	0.034	0.0575	0.0535	0.0159	0.0403	0.0221	0.0653	0.0159	0.0652	0.082	0.0652	0.0426	0.0582	0.1038	0.0582	0.0495
chr3R	6353803	6353954	chr3R:6353804-6353954	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0253	0.0721	0.046	0.0074	0.0417	0.0177	0.036	0.0074	0.1304	0.0884	0.1304	0.0256	0.0689	0.0819	0.0689	0.0396
chr3R	6353972	6354123	chr3R:6353973-6354123	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0645	0.032	0.0975	0.0648	0.0064	0.0558	0.0203	0.0486	0.0064	0.1896	0.1141	0.1896	0.0364	0.1118	0.1141	0.1118	0.0532
chr3R	6354258	6354525	chr3R:6354259-6354525	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1262	0.0639	0.1897	0.1262	0.0127	0.1209	0.0333	0.0866	0.0127	0.3533	0.2151	0.3533	0.0968	0.2435	0.1915	0.2435	0.0902
chr3R	6354612	6354962	chr3R:6354613-6354962	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0914	0.0476	0.1297	0.0983	0.018	0.0757	0.0294	0.0786	0.018	0.2222	0.1524	0.2222	0.0798	0.1554	0.1367	0.1554	0.1089
chr3R	6356103	6356275	chr3R:6356104-6356275	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0401	0.0358	0.0567	0.0266	0.0085	0.0413	0.0346	0.0566	0.0085	0.0924	0.0688	0.0924	0.0256	0.0352	0.0458	0.0352	0.0198
chr3R	6360569	6360720	chr3R:6360570-6360720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0261	0.0158	0.0293	0.034	0.0085	0.0209	0.0134	0.0227	0.0085	0.0229	0.0457	0.0229	0.024	0.013	0.0741	0.013	0.0094
chr3R	6360738	6360889	chr3R:6360739-6360889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0179	0.0237	0.0327	0.0074	0.0218	0.016	0.026	0.0074	0.0169	0.0289	0.0169	0.024	0.0153	0.0496	0.0153	0.0172
chr3R	6361548	6361737	chr3R:6361549-6361737	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1559	0.1301	0.1887	0.1487	0.0806	0.1699	0.1207	0.1719	0.0806	0.2663	0.1881	0.2663	0.1851	0.1753	0.1457	0.1753	0.1892
chr3R	6362495	6362848	chr3R:6362496-6362848	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39511.1	VT39511.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0858	0.0295	0.0949	0.1386	0.0074	0.0505	0.0182	0.0393	0.0074	0.1395	0.0788	0.1395	0.1619	0.2634	0.0825	0.2634	0.2053
chr3R	6363095	6363261	chr3R:6363096-6363261	distal	distal	stage14	stage14	VT39511.1	VT39511.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0447	0.0173	0.0495	0.0702	0.0032	0.0248	0.0147	0.0247	0.0032	0.055	0.0389	0.055	0.1084	0.1202	0.038	0.1202	0.1032
chr3R	6365637	6365788	chr3R:6365638-6365788	distal	distal	none	none	VT39513.1	VT39513.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0338	0.0245	0.0166	0.0233	0.0228	0.0515	0.0433	0.0233	0.0211	0.027	0.0211	0.0225	0.0176	0.0161	0.0176	0.0078
chr3R	6366125	6366279	chr3R:6366126-6366279	distal	distal	none	none	VT39513.1	VT39513.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0346	0.0336	0.0368	0.0333	0.0117	0.0345	0.0324	0.062	0.0117	0.0344	0.0376	0.0344	0.0178	0.0107	0.0155	0.0107	0.0167
chr3R	6366634	6366785	chr3R:6366635-6366785	distal	distal	none	none	VT39513.1	VT39513.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0327	0.0315	0.0326	0.0341	0.0148	0.032	0.029	0.0566	0.0148	0.038	0.0386	0.038	0.024	0.026	0.0316	0.026	0.0391
chr3R	6366922	6367112	chr3R:6366923-6367112	distal	distal	stage5	stage5	VT39513.1	VT39513.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0434	0.0427	0.0503	0.0368	0.0159	0.0524	0.0398	0.0613	0.0159	0.0682	0.0614	0.0682	0.0349	0.0237	0.038	0.0237	0.0375
chr3R	6367770	6367921	chr3R:6367771-6367921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0236	0.0198	0.0218	0.0298	0.0085	0.0194	0.0173	0.038	0.0085	0.026	0.0244	0.026	0.0147	0.0168	0.0187	0.0168	0.0188
chr3R	6369890	6370051	chr3R:6369891-6370051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0351	0.0388	0.0419	0.0235	0.017	0.033	0.0415	0.062	0.017	0.0519	0.0531	0.0519	0.0349	0.0207	0.0535	0.0207	0.0193
chr3R	6370772	6370923	chr3R:6370773-6370923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0278	0.0285	0.0336	0.0205	0.0074	0.032	0.0285	0.048	0.0074	0.0362	0.0341	0.0362	0.0225	0.0115	0.0148	0.0115	0.0146
chr3R	6372079	6372268	chr3R:6372080-6372268	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0371	0.0409	0.0371	0.033	0.0201	0.0432	0.0476	0.052	0.0201	0.0417	0.0434	0.0417	0.031	0.0413	0.0335	0.0413	0.0287
chr3R	6372290	6372533	chr3R:6372291-6372533	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.0619	0.0704	0.0648	0.0329	0.0728	0.0627	0.0853	0.0329	0.0779	0.083	0.0779	0.0604	0.075	0.0658	0.075	0.0505
chr3R	6372547	6372783	chr3R:6372548-6372783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0618	0.0587	0.0642	0.0627	0.0308	0.0646	0.0584	0.0899	0.0308	0.0725	0.0662	0.0725	0.062	0.062	0.0451	0.062	0.0453
chr3R	6376849	6377000	chr3R:6376850-6377000	distal	distal	none	none	VT39519.1	VT39519.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0246	0.0315	0.0195	0.0106	0.0286	0.0247	0.0333	0.0106	0.0248	0.0476	0.0248	0.0263	0.013	0.0445	0.013	0.0141
chr3R	6378993	6379144	chr3R:6378994-6379144	distal	distal	none	none	VT39520.1	VT39520.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0302	0.0351	0.0373	0.017	0.018	0.0383	0.035	0.0513	0.018	0.0326	0.0518	0.0326	0.0302	0.0184	0.0284	0.0184	0.0125
chr3R	6379278	6379567	chr3R:6379279-6379567	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39520.1	VT39520.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0735	0.0806	0.0957	0.0411	0.0583	0.0947	0.077	0.1113	0.0583	0.0664	0.137	0.0664	0.1069	0.0337	0.069	0.0337	0.0412
chr3R	6379633	6380194	chr3R:6379634-6380194	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39520.1,VT39521.1	VT39520.1,VT39521.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.091	0.1037	0.0994	0.0677	0.0774	0.1005	0.1116	0.1499	0.0774	0.1063	0.1312	0.1063	0.0782	0.0712	0.0961	0.0712	0.049
chr3R	6380218	6380369	chr3R:6380219-6380369	distal	distal	none	none	VT39521.1	VT39521.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0372	0.0435	0.0376	0.0297	0.0297	0.0369	0.0614	0.0513	0.0297	0.0447	0.045	0.0447	0.0194	0.0337	0.029	0.0337	0.0167
chr3R	6380502	6380653	chr3R:6380503-6380653	distal	distal	none	none	VT39521.1	VT39521.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.033	0.0303	0.0291	0.0212	0.0262	0.0441	0.0473	0.0212	0.032	0.0283	0.032	0.0225	0.0222	0.0168	0.0222	0.012
chr3R	6382690	6382841	chr3R:6382691-6382841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0335	0.0333	0.0353	0.0318	0.0191	0.034	0.0376	0.048	0.0191	0.0453	0.0357	0.0453	0.0403	0.0222	0.0174	0.0222	0.0641
chr3R	6382981	6383148	chr3R:6382982-6383148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0476	0.0527	0.0518	0.0372	0.035	0.05	0.0662	0.0713	0.035	0.0592	0.0566	0.0592	0.0465	0.0245	0.0297	0.0245	0.061
chr3R	6383206	6384041	chr3R:6383207-6384041	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39523.1	VT39523.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1539	0.1451	0.1723	0.1434	0.0923	0.1728	0.1527	0.1832	0.0923	0.189	0.1389	0.189	0.1061	0.062	0.0787	0.062	0.1219
chr3R	6384838	6385157	chr3R:6384839-6385157	distal	distal	none	none	VT39523.1,VT39524.1	VT39523.1,VT39524.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0555	0.0558	0.0603	0.05	0.0265	0.0544	0.0554	0.0966	0.0265	0.0405	0.0495	0.0405	0.0318	0.0283	0.0258	0.0283	0.0266
chr3R	6386253	6386404	chr3R:6386254-6386404	distal	distal	stage14	stage14	VT39524.1	VT39524.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0208	0.0211	0.0188	0.0227	0.0085	0.0291	0.0234	0.026	0.0085	0.0217	0.0235	0.0217	0.0139	0.0452	0.0219	0.0452	0.0177
chr3R	6387610	6387761	chr3R:6387611-6387761	distal	distal	none	none	VT39525.1	VT39525.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0332	0.0411	0.0206	0.0201	0.0345	0.0346	0.0513	0.0201	0.0423	0.0537	0.0423	0.0294	0.0168	0.0213	0.0168	0.024
chr3R	6390159	6390310	chr3R:6390160-6390310	distal	distal	none	none	VT39527.1	VT39527.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.0406	0.035	0.0231	0.0255	0.0345	0.0493	0.0606	0.0255	0.0248	0.0476	0.0248	0.0271	0.0191	0.0232	0.0191	0.0219
chr3R	6390335	6390486	chr3R:6390336-6390486	distal	distal	none	none	VT39527.1	VT39527.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.0375	0.0364	0.0252	0.0255	0.032	0.0471	0.0566	0.0255	0.0217	0.046	0.0217	0.0263	0.0138	0.0213	0.0138	0.0188
chr3R	6390656	6390855	chr3R:6390657-6390855	distal	distal	none	none	VT39527.1	VT39527.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0488	0.0547	0.0563	0.034	0.0467	0.0539	0.0657	0.0693	0.0467	0.0399	0.055	0.0399	0.0271	0.0176	0.0258	0.0176	0.0109
chr3R	6391181	6391332	chr3R:6391182-6391332	distal	distal	none	none	VT39527.1	VT39527.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0275	0.0256	0.0169	0.0286	0.0204	0.029	0.0466	0.0286	0.026	0.0244	0.026	0.0186	0.0115	0.0129	0.0115	0.0104
chr3R	6391586	6391737	chr3R:6391587-6391737	distal	distal	none	none	VT39527.1	VT39527.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0225	0.0239	0.026	0.017	0.0223	0.0189	0.0272	0.034	0.0223	0.0248	0.0296	0.0248	0.0232	0.0084	0.0168	0.0084	0.0109
chr3R	6392426	6392619	chr3R:6392427-6392619	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0441	0.0405	0.0571	0.0337	0.018	0.0466	0.0394	0.058	0.018	0.0393	0.0518	0.0393	0.1387	0.0222	0.0316	0.0222	0.0651
chr3R	6392717	6392894	chr3R:6392718-6392894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.038	0.0346	0.0501	0.0285	0.0138	0.0388	0.0376	0.05	0.0138	0.0205	0.0424	0.0205	0.1418	0.0168	0.029	0.0168	0.0547
chr3R	6394077	6394228	chr3R:6394078-6394228	distal	distal	none	none	VT39529.1	VT39529.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0382	0.0461	0.0454	0.0216	0.0244	0.0447	0.048	0.0833	0.0244	0.0374	0.0608	0.0374	0.0372	0.0168	0.0355	0.0168	0.0188
chr3R	6395427	6395578	chr3R:6395428-6395578	distal	distal	none	none	VT39529.1,VT39530.1	VT39529.1,VT39530.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0283	0.0292	0.0319	0.0235	0.0191	0.0267	0.0307	0.0493	0.0191	0.0332	0.0367	0.0332	0.024	0.0191	0.0413	0.0191	0.0156
chr3R	6395643	6395794	chr3R:6395644-6395794	distal	distal	none	none	VT39529.1,VT39530.1	VT39529.1,VT39530.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0294	0.0325	0.0317	0.0233	0.0201	0.0296	0.0363	0.0506	0.0201	0.029	0.0402	0.029	0.024	0.0199	0.0477	0.0199	0.0177
chr3R	6396361	6396639	chr3R:6396362-6396639	distal	distal	stage5	stage5	VT39530.1	VT39530.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0658	0.0884	0.0751	0.0304	0.07	0.0782	0.0947	0.1406	0.07	0.055	0.108	0.055	0.0372	0.0268	0.0387	0.0268	0.0224
chr3R	6396947	6397265	chr3R:6396948-6397265	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39530.1	VT39530.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1377	0.1588	0.1657	0.0833	0.122	0.1597	0.1514	0.2545	0.122	0.1407	0.1846	0.1407	0.0442	0.0306	0.0567	0.0306	0.0396
chr3R	6397832	6398020	chr3R:6397833-6398020	distal	distal	none	none	VT39531.1	VT39531.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0656	0.0613	0.0763	0.0586	0.0382	0.0757	0.0627	0.0859	0.0382	0.087	0.081	0.087	0.0573	0.1149	0.0419	0.1149	0.0709
chr3R	6398024	6398230	chr3R:6398025-6398230	distal	distal	none	none	VT39531.1	VT39531.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0714	0.0553	0.0945	0.0639	0.035	0.0641	0.0567	0.0759	0.035	0.1141	0.108	0.1141	0.0728	0.1577	0.0464	0.1577	0.061
chr3R	6398294	6398607	chr3R:6398295-6398607	distal	distal	none	none	VT39531.1	VT39531.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0768	0.0641	0.0914	0.0749	0.0435	0.0718	0.0662	0.0853	0.0435	0.1171	0.1006	0.1171	0.079	0.1998	0.0593	0.1998	0.05
chr3R	6399090	6399241	chr3R:6399091-6399241	distal	distal	none	none	VT39531.1	VT39531.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0305	0.0265	0.0322	0.033	0.0244	0.0267	0.0294	0.0346	0.0244	0.0501	0.0408	0.0501	0.0132	0.1103	0.0271	0.1103	0.0135
chr3R	6399412	6399563	chr3R:6399413-6399563	distal	distal	none	none	VT39531.1	VT39531.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.035	0.0348	0.0371	0.033	0.0286	0.0388	0.0376	0.0413	0.0286	0.038	0.0473	0.038	0.0186	0.0766	0.0322	0.0766	0.0141
chr3R	6399982	6400133	chr3R:6399983-6400133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0286	0.0299	0.0284	0.0273	0.018	0.0325	0.0342	0.04	0.018	0.029	0.0386	0.029	0.0147	0.0567	0.0264	0.0567	0.0208
chr3R	6402114	6402265	chr3R:6402115-6402265	distal	distal	stage14	stage14	VT39533.1	VT39533.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0379	0.0363	0.0338	0.0444	0.0265	0.033	0.0506	0.0426	0.0265	0.0314	0.0383	0.0314	0.0256	0.0253	0.0232	0.0253	0.0271
chr3R	6402573	6402724	chr3R:6402574-6402724	distal	distal	none	none	VT39533.1	VT39533.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0346	0.041	0.0275	0.0351	0.0392	0.0403	0.0484	0.0466	0.0392	0.0199	0.0325	0.0199	0.0209	0.0184	0.0232	0.0184	0.0135
chr3R	6403162	6403313	chr3R:6403163-6403313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0296	0.0338	0.028	0.0266	0.0233	0.0311	0.0368	0.052	0.0233	0.0229	0.0395	0.0229	0.0147	0.0191	0.0168	0.0191	0.0115
chr3R	6403377	6403528	chr3R:6403378-6403528	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0339	0.0444	0.0297	0.0267	0.0318	0.0413	0.0519	0.0606	0.0318	0.026	0.0431	0.026	0.0116	0.023	0.0161	0.023	0.0099
chr3R	6404654	6404824	chr3R:6404655-6404824	distal	distal	none	none	VT39535.1	VT39535.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0623	0.0292	0.0153	0.0583	0.0398	0.0843	0.0813	0.0583	0.0284	0.0389	0.0284	0.0178	0.0168	0.02	0.0168	0.0125
chr3R	6405188	6405373	chr3R:6405189-6405373	distal	distal	none	none	VT39535.1	VT39535.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0628	0.0409	0.0245	0.0498	0.0495	0.0744	0.0846	0.0498	0.0399	0.0531	0.0399	0.0163	0.0207	0.0329	0.0207	0.0219
chr3R	6405667	6405818	chr3R:6405668-6405818	distal	distal	none	none	VT39535.1	VT39535.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0334	0.047	0.0319	0.0198	0.0435	0.0403	0.0541	0.066	0.0435	0.0254	0.0524	0.0254	0.0124	0.0176	0.0309	0.0176	0.0167
chr3R	6405944	6406095	chr3R:6405945-6406095	distal	distal	none	none	VT39535.1	VT39535.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0439	0.0557	0.0482	0.0259	0.0509	0.0461	0.0571	0.0873	0.0509	0.0465	0.0756	0.0465	0.017	0.0245	0.0413	0.0245	0.0188
chr3R	6406253	6406560	chr3R:6406254-6406560	distal	distal	stage11	stage11	VT39535.1,VT39536.1	VT39535.1,VT39536.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0861	0.1	0.1117	0.0426	0.087	0.101	0.1029	0.1392	0.087	0.189	0.1193	0.189	0.0589	0.0467	0.0632	0.0467	0.0281
chr3R	6406974	6407125	chr3R:6406975-6407125	distal	distal	none	none	VT39536.1	VT39536.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.0621	0.0509	0.024	0.0615	0.0553	0.0718	0.0793	0.0615	0.0719	0.0637	0.0719	0.0341	0.0345	0.0284	0.0345	0.0182
chr3R	6410479	6410902	chr3R:6410480-6410902	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0973	0.1282	0.0805	0.0812	0.1113	0.1155	0.1561	0.1659	0.1113	0.0688	0.1035	0.0688	0.0844	0.1172	0.0877	0.1172	0.0776
chr3R	6411554	6411716	chr3R:6411555-6411716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0548	0.0884	0.0497	0.023	0.0774	0.0694	0.1168	0.1073	0.0774	0.0531	0.0675	0.0531	0.0349	0.0322	0.0335	0.0322	0.0172
chr3R	6412400	6412628	chr3R:6412401-6412628	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0609	0.0881	0.0619	0.0292	0.0859	0.0738	0.0969	0.1312	0.0859	0.0411	0.1064	0.0411	0.0318	0.0322	0.0484	0.0322	0.0234
chr3R	6413169	6413444	chr3R:6413170-6413444	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1014	0.1307	0.1071	0.0622	0.1421	0.1296	0.141	0.1566	0.1421	0.093	0.1235	0.093	0.1448	0.0559	0.0567	0.0559	0.1053
chr3R	6414356	6414547	chr3R:6414357-6414547	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0674	0.0803	0.0721	0.0479	0.07	0.0777	0.0869	0.1039	0.07	0.0918	0.1026	0.0918	0.0364	0.0368	0.1244	0.0368	0.0281
chr3R	6414663	6414814	chr3R:6414664-6414814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0446	0.0508	0.047	0.0351	0.0467	0.0461	0.0532	0.0793	0.0467	0.0507	0.073	0.0507	0.0271	0.0253	0.1044	0.0253	0.0151
chr3R	6415820	6415977	chr3R:6415821-6415977	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39540.1	VT39540.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0536	0.0659	0.0551	0.0383	0.0689	0.0592	0.0744	0.0846	0.0689	0.0616	0.0814	0.0616	0.0256	0.0168	0.1051	0.0168	0.0214
chr3R	6419933	6420380	chr3R:6419934-6420380	distal	distal	stage5	stage5	VT39542.1,VT39543.1	VT39542.1,VT39543.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.1462	0.252	0.1237	0.0525	0.2365	0.2437	0.2548	0.3698	0.2365	0.1371	0.1605	0.1371	0.1069	0.0766	0.0638	0.0766	0.0479
chr3R	6420498	6420768	chr3R:6420499-6420768	distal	distal	stage5	stage5	VT39542.1,VT39543.1	VT39542.1,VT39543.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0991	0.1499	0.0926	0.0494	0.1262	0.1476	0.1548	0.2125	0.1262	0.1002	0.1154	0.1002	0.0821	0.0781	0.0554	0.0781	0.0526
chr3R	6421195	6421346	chr3R:6421196-6421346	distal	distal	none	none	VT39543.1	VT39543.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0503	0.0586	0.0485	0.0432	0.0573	0.0534	0.0657	0.0786	0.0573	0.0773	0.0547	0.0773	0.0302	0.144	0.0316	0.144	0.0188
chr3R	6422181	6422332	chr3R:6422182-6422332	distal	distal	none	none	VT39543.1,VT39544.1	VT39543.1,VT39544.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0828	0.1291	0.0749	0.0397	0.1135	0.1131	0.1825	0.1359	0.1135	0.0876	0.1013	0.0876	0.0457	0.0666	0.058	0.0666	0.0271
chr3R	6422893	6423075	chr3R:6422894-6423075	distal	distal	none	none	VT39544.1	VT39544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0742	0.0973	0.0786	0.0434	0.0817	0.0947	0.1081	0.1319	0.0817	0.0864	0.0897	0.0864	0.0945	0.0689	0.049	0.0689	0.0479
chr3R	6423727	6424176	chr3R:6423728-6424176	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39544.1	VT39544.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1678	0.1968	0.1879	0.1132	0.1983	0.1786	0.2513	0.2125	0.1983	0.2089	0.2026	0.2089	0.2874	0.1815	0.1367	0.1815	0.1324
chr3R	6424353	6424504	chr3R:6424354-6424504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0623	0.0759	0.0641	0.0453	0.0636	0.0728	0.0952	0.0899	0.0636	0.0568	0.0775	0.0568	0.0868	0.0919	0.0484	0.0919	0.0464
chr3R	6424743	6424902	chr3R:6424744-6424902	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.087	0.1124	0.1016	0.0426	0.0838	0.1136	0.1332	0.1466	0.0838	0.096	0.1277	0.096	0.1108	0.0689	0.0516	0.0689	0.0417
chr3R	6425008	6425211	chr3R:6425009-6425211	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.1133	0.1008	0.0414	0.1018	0.1019	0.1306	0.1546	0.1018	0.0882	0.1293	0.0882	0.0798	0.0528	0.0458	0.0528	0.024
chr3R	6425306	6425531	chr3R:6425307-6425531	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1271	0.1706	0.1556	0.0471	0.1516	0.1408	0.199	0.2545	0.1516	0.1184	0.2421	0.1184	0.0697	0.0467	0.0767	0.0467	0.0292
chr3R	6425649	6425866	chr3R:6425650-6425866	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39546.1	VT39546.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1634	0.2362	0.1887	0.0544	0.2206	0.1859	0.2829	0.3404	0.2206	0.1727	0.3023	0.1727	0.0596	0.062	0.1103	0.062	0.0208
chr3R	6425898	6426103	chr3R:6425899-6426103	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39546.1	VT39546.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1515	0.2448	0.159	0.039	0.2503	0.1631	0.314	0.3424	0.2503	0.1196	0.2701	0.1196	0.0465	0.0413	0.0825	0.0413	0.0193
chr3R	6426648	6426799	chr3R:6426649-6426799	distal	distal	stage14	stage14	VT39546.1	VT39546.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0624	0.0708	0.0685	0.0462	0.0583	0.068	0.0839	0.0939	0.0583	0.1196	0.0814	0.1196	0.0279	0.1524	0.0374	0.1524	0.0208
chr3R	6426820	6427018	chr3R:6426821-6427018	distal	distal	stage14	stage14	VT39546.1	VT39546.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0762	0.0871	0.0796	0.0602	0.0668	0.0845	0.1055	0.1166	0.0668	0.1316	0.0926	0.1316	0.0418	0.1991	0.0368	0.1991	0.0328
chr3R	6428020	6428270	chr3R:6428021-6428270	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39547.1	VT39547.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.093	0.1163	0.1138	0.0443	0.0764	0.1646	0.1202	0.1193	0.0764	0.2681	0.1061	0.2681	0.0442	0.1064	0.0445	0.1064	0.0318
chr3R	6429066	6429405	chr3R:6429067-6429405	distal	distal	stage11	stage11	VT39547.1	VT39547.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1062	0.158	0.1192	0.0341	0.1241	0.151	0.1795	0.2245	0.1241	0.0996	0.1929	0.0996	0.0527	0.0322	0.0671	0.0322	0.0208
chr3R	6430025	6430176	chr3R:6430026-6430176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0641	0.1067	0.0581	0.0231	0.0944	0.0728	0.1207	0.1805	0.0944	0.058	0.0817	0.058	0.0356	0.0253	0.0329	0.0253	0.0203
chr3R	6430738	6431108	chr3R:6430739-6431108	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT39549.1	VT39549.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1462	0.1577	0.1815	0.0947	0.123	0.1786	0.1765	0.2019	0.123	0.1878	0.1965	0.1878	0.2827	0.0896	0.1051	0.0896	0.1542
chr3R	6431805	6432044	chr3R:6431806-6432044	distal	distal	stage11	stage11	VT39549.1	VT39549.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0879	0.0928	0.1082	0.06	0.0689	0.1087	0.1086	0.0999	0.0689	0.1389	0.1225	0.1389	0.1123	0.0796	0.0703	0.0796	0.0589
chr3R	6432885	6433036	chr3R:6432886-6433036	distal	distal	none	none	VT39549.1,VT39550.1	VT39549.1,VT39550.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0448	0.0591	0.0467	0.0269	0.0477	0.0466	0.0852	0.07	0.0477	0.0477	0.0669	0.0477	0.0302	0.0253	0.0516	0.0253	0.0167
chr3R	6440049	6440307	chr3R:6440050-6440307	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3718	0.3815	0.4225	0.3054	0.3669	0.4359	0.4087	0.4317	0.3669	0.5242	0.4457	0.5242	0.4098	0.3178	0.3211	0.3178	0.3246
chr3R	6442504	6442755	chr3R:6442505-6442755	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2091	0.1965	0.2275	0.2029	0.1612	0.216	0.2024	0.2632	0.1612	0.2893	0.2395	0.2893	0.2881	0.242	0.2179	0.242	0.2392
chr3R	6442894	6443077	chr3R:6442895-6443077	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT39556.1	VT39556.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2347	0.2505	0.2694	0.1791	0.1972	0.2728	0.2911	0.2998	0.1972	0.3418	0.2987	0.3418	0.2494	0.2083	0.1883	0.2083	0.1923
chr3R	6443464	6443646	chr3R:6443465-6443646	distal	distal	stage5	stage5	VT39556.1	VT39556.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0661	0.1348	0.0447	0.0128	0.1432	0.0573	0.2206	0.1699	0.1432	0.0411	0.074	0.0411	0.0147	0.0107	0.0116	0.0107	0.0146
chr3R	6444395	6444812	chr3R:6444396-6444812	distal	distal	none	none	VT39556.1	VT39556.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1135	0.1675	0.1339	0.0308	0.123	0.1908	0.2158	0.1772	0.123	0.2699	0.137	0.2699	0.0674	0.0766	0.0271	0.0766	0.0141
chr3R	6445419	6445570	chr3R:6445420-6445570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0264	0.0262	0.0382	0.0138	0.0064	0.0383	0.0337	0.0227	0.0064	0.0399	0.0357	0.0399	0.0782	0.0092	0.0174	0.0092	0.0177
chr3R	6447953	6448156	chr3R:6447954-6448156	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1108	0.0467	0.1273	0.1642	0.0201	0.0646	0.0588	0.0413	0.0201	0.0688	0.1103	0.0688	0.1712	0.1501	0.1638	0.1501	0.174
chr3R	6449028	6449179	chr3R:6449029-6449179	distal	distal	none	none	VT39559.1	VT39559.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0452	0.0391	0.0758	0.0185	0.0339	0.0427	0.0489	0.038	0.0339	0.0827	0.1148	0.0827	0.038	0.0168	0.0226	0.0168	0.0151
chr3R	6449243	6449394	chr3R:6449244-6449394	distal	distal	stage5	stage5	VT39559.1	VT39559.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0464	0.0466	0.0707	0.0196	0.0456	0.0442	0.0584	0.0533	0.0456	0.0755	0.0955	0.0755	0.0589	0.0138	0.029	0.0138	0.0177
chr3R	6449533	6449684	chr3R:6449534-6449684	distal	distal	stage5	stage5	VT39559.1	VT39559.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.037	0.0573	0.0397	0.0111	0.0445	0.033	0.0952	0.0593	0.0445	0.0362	0.0566	0.0362	0.0287	0.01	0.0155	0.01	0.0063
chr3R	6451501	6451652	chr3R:6451502-6451652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0472	0.0617	0.0155	0.0191	0.0403	0.0701	0.0606	0.0191	0.0972	0.0846	0.0972	0.0209	0.0214	0.0219	0.0214	0.0146
chr3R	6451708	6451905	chr3R:6451709-6451905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0726	0.0904	0.1091	0.0128	0.0488	0.0835	0.1112	0.1332	0.0488	0.1866	0.1447	0.1866	0.031	0.0214	0.02	0.0214	0.0104
chr3R	6452035	6452243	chr3R:6452036-6452243	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1238	0.169	0.1761	0.0157	0.1177	0.1913	0.1713	0.2352	0.1177	0.2923	0.2376	0.2923	0.0395	0.0161	0.0309	0.0161	0.0068
chr3R	6452338	6452543	chr3R:6452339-6452543	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_2045	Unspecified_2045	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1679	0.2739	0.1939	0.021	0.2333	0.2811	0.3235	0.3438	0.2333	0.288	0.263	0.288	0.0573	0.0123	0.0297	0.0123	0.013
chr3R	6453725	6453876	chr3R:6453726-6453876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0337	0.0567	0.0312	0.0106	0.0424	0.0379	0.0982	0.058	0.0424	0.0471	0.0354	0.0471	0.0178	0.0054	0.0123	0.0054	0.0125
chr3R	6456833	6457083	chr3R:6456834-6457083	distal	distal	stage11	stage11	VT39563.1	VT39563.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0619	0.0384	0.116	0.0287	0.0127	0.0612	0.035	0.052	0.0127	0.1504	0.1508	0.1504	0.0984	0.0168	0.0619	0.0168	0.024
chr3R	6457277	6457663	chr3R:6457278-6457663	distal	distal	none	none	VT39563.1	VT39563.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0465	0.0338	0.0765	0.0279	0.0138	0.0447	0.0337	0.0453	0.0138	0.0972	0.083	0.0972	0.0751	0.0368	0.0348	0.0368	0.0162
chr3R	6461358	6461605	chr3R:6461359-6461605	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0329	0.0198	0.0425	0.0369	0.0085	0.0291	0.0225	0.0227	0.0085	0.0356	0.074	0.0356	0.0178	0.0145	0.1077	0.0145	0.0297
chr3R	6461649	6461800	chr3R:6461650-6461800	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0162	0.0326	0.0284	0.0064	0.0243	0.0177	0.018	0.0064	0.0332	0.0537	0.0332	0.0132	0.0191	0.0683	0.0191	0.0255
chr3R	6462006	6462157	chr3R:6462007-6462157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0183	0.025	0.0191	0.0042	0.0218	0.0277	0.0173	0.0042	0.026	0.0392	0.026	0.0132	0.0138	0.0451	0.0138	0.0099
chr3R	6464564	6464745	chr3R:6464565-6464745	FBgn0001235	hth	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0556	0.0556	0.0787	0.0304	0.0201	0.0767	0.0463	0.0879	0.0201	0.1624	0.0756	0.1624	0.0225	0.0084	0.0135	0.0084	0.0099
chr3R	6465321	6465472	chr3R:6465322-6465472	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0091	0.0108	0.0191	0.0053	0.0107	0.0138	0.0067	0.0053	0.0175	0.009	0.0175	0.0093	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr3R	6466163	6466314	chr3R:6466164-6466314	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0204	0.0192	0.0246	0.0106	0.0248	0.026	0.0233	0.0106	0.0169	0.019	0.0169	0.0124	0.0069	0.0103	0.0069	0.0073
chr3R	6466426	6466577	chr3R:6466427-6466577	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.0197	0.0225	0.0301	0.0053	0.0223	0.029	0.0207	0.0053	0.0302	0.0228	0.0302	0.0093	0.0061	0.0071	0.0061	0.0047
chr3R	6466879	6467030	chr3R:6466880-6467030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0187	0.0319	0.0141	0.0064	0.0214	0.0216	0.0266	0.0064	0.0314	0.0344	0.0314	0.031	0.0092	0.0071	0.0092	0.0083
chr3R	6467349	6467500	chr3R:6467350-6467500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.029	0.0279	0.0085	0.0106	0.0272	0.0411	0.0366	0.0106	0.0211	0.0373	0.0211	0.0085	0	0.0123	0	0.0109
chr3R	6468803	6468954	chr3R:6468804-6468954	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0277	0.0183	0.043	0.0213	0.0042	0.0374	0.0143	0.0167	0.0042	0.0356	0.0302	0.0356	0.1247	0.0115	0.0168	0.0115	0.0511
chr3R	6469021	6469311	chr3R:6469022-6469311	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0603	0.0599	0.0865	0.032	0.0148	0.1063	0.0502	0.0606	0.0148	0.1002	0.0675	0.1002	0.2006	0.0214	0.0226	0.0214	0.0662
chr3R	6471303	6471688	chr3R:6471304-6471688	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39571.1	VT39571.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1471	0.1722	0.1992	0.0617	0.0732	0.2272	0.1328	0.2918	0.0732	0.3291	0.2486	0.3291	0.0689	0.0904	0.0574	0.0904	0.036
chr3R	6472131	6472340	chr3R:6472132-6472340	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.054	0.0609	0.0745	0.0237	0.0286	0.0694	0.0567	0.1013	0.0286	0.1045	0.0884	0.1045	0.0325	0.0222	0.0206	0.0222	0.0162
chr3R	6472438	6472606	chr3R:6472439-6472606	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0509	0.0616	0.0706	0.0175	0.0414	0.0699	0.0614	0.0873	0.0414	0.0954	0.0797	0.0954	0.0294	0.0115	0.0187	0.0115	0.0125
chr3R	6472755	6472943	chr3R:6472756-6472943	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0458	0.0536	0.0651	0.0159	0.0265	0.0621	0.0567	0.0706	0.0265	0.0773	0.072	0.0773	0.0201	0.0084	0.0148	0.0084	0.0099
chr3R	6473329	6473480	chr3R:6473330-6473480	distal	distal	none	none	VT39573.1	VT39573.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0219	0.0302	0.0159	0.0117	0.0257	0.0303	0.0227	0.0117	0.0229	0.0476	0.0229	0.0108	0.0046	0.0445	0.0046	0.0104
chr3R	6474287	6474438	chr3R:6474288-6474438	distal	distal	stage14	stage14	VT39573.1	VT39573.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0147	0.0241	0.0139	0.0032	0.0155	0.0225	0.0147	0.0032	0.0211	0.0389	0.0211	0.0093	0.0084	0.0445	0.0084	0.0068
chr3R	6476088	6476239	chr3R:6476089-6476239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0226	0.0232	0.0284	0.0155	0.0064	0.0364	0.0216	0.0286	0.0064	0.0423	0.0309	0.0423	0.0139	0.0283	0.0103	0.0283	0.0083
chr3R	6476420	6476629	chr3R:6476421-6476629	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT39575.1	VT39575.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0552	0.0616	0.065	0.0373	0.0201	0.1068	0.0428	0.0879	0.0201	0.1045	0.054	0.1045	0.0256	0.0383	0.0213	0.0383	0.0198
chr3R	6476730	6476881	chr3R:6476731-6476881	distal	distal	stage11	stage11	VT39575.1	VT39575.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0289	0.0302	0.0358	0.0199	0.0138	0.0481	0.0268	0.034	0.0138	0.0586	0.0322	0.0586	0.0186	0.0299	0.0129	0.0299	0.0115
chr3R	6476945	6477179	chr3R:6476946-6477179	distal	distal	none	none	VT39575.1	VT39575.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0414	0.0444	0.0497	0.0288	0.0159	0.0859	0.0355	0.0446	0.0159	0.0725	0.0482	0.0725	0.0263	0.0482	0.02	0.0482	0.0214
chr3R	6477200	6477351	chr3R:6477201-6477351	distal	distal	none	none	VT39575.1	VT39575.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0289	0.0309	0.0377	0.0171	0.0127	0.0563	0.0307	0.0253	0.0127	0.0513	0.0395	0.0513	0.0209	0.0276	0.0123	0.0276	0.0151
chr3R	6478019	6478170	chr3R:6478020-6478170	distal	distal	none	none	VT39575.1	VT39575.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0214	0.0199	0.028	0.0156	0.0032	0.032	0.0195	0.0233	0.0032	0.0411	0.0318	0.0411	0.0163	0.0153	0.0213	0.0153	0.0229
chr3R	6478884	6479047	chr3R:6478885-6479047	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0321	0.0288	0.0495	0.0166	0.0095	0.0413	0.0281	0.0413	0.0095	0.0556	0.082	0.0556	0.007	0.0115	0.0419	0.0115	0.0146
chr3R	6482237	6482423	chr3R:6482238-6482423	FBgn0085333	CG34304	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.056	0.026	0.0933	0.0485	0.0127	0.0364	0.0255	0.0393	0.0127	0.0429	0.1772	0.0429	0.0573	0.0115	0.1573	0.0115	0.0292
chr3R	6482593	6482928	chr3R:6482594-6482928	FBgn0085333	CG34304	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0956	0.0612	0.1582	0.0653	0.017	0.0757	0.0467	0.1199	0.017	0.0773	0.3132	0.0773	0.0503	0.0306	0.2076	0.0306	0.0292
chr3R	6483028	6483256	chr3R:6483029-6483256	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0629	0.0359	0.1091	0.0423	0.0042	0.0519	0.0307	0.0593	0.0042	0.0658	0.2093	0.0658	0.0503	0.026	0.1167	0.026	0.0297
chr3R	6484253	6484541	chr3R:6484254-6484541	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0507	0.0702	0.0562	0.0228	0.0117	0.1073	0.0541	0.1119	0.0117	0.0344	0.0945	0.0344	0.0442	0.0145	0.0484	0.0145	0.0203
chr3R	6484765	6484967	chr3R:6484766-6484967	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0409	0.0618	0.0373	0.0216	0.018	0.1136	0.0307	0.0939	0.018	0.0296	0.0576	0.0296	0.0325	0.01	0.0426	0.01	0.025
chr3R	6485131	6485767	chr3R:6485132-6485767	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0893	0.0573	0.108	0.1044	0.018	0.0966	0.0467	0.068	0.018	0.0803	0.1704	0.0803	0.1108	0.062	0.2037	0.062	0.1522
chr3R	6490755	6490992	chr3R:6490756-6490992	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1582	0.0933	0.2278	0.1543	0.0382	0.1442	0.0761	0.1266	0.0382	0.3086	0.2563	0.3086	0.2014	0.1822	0.1721	0.1822	0.16
chr3R	6492339	6492490	chr3R:6492340-6492490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0215	0.0198	0.0286	0.0156	0.0042	0.0267	0.0212	0.026	0.0042	0.0477	0.0309	0.0477	0.0209	0.0345	0.0193	0.0345	0.012
chr3R	6492614	6492765	chr3R:6492615-6492765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.016	0.015	0.0174	0.0157	0.0021	0.0204	0.0195	0.0167	0.0021	0.0302	0.018	0.0302	0.0124	0.0421	0.0129	0.0421	0.0115
chr3R	6493591	6494271	chr3R:6493592-6494271	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0857	0.1544	0.074	0.0219	0.0933	0.1806	0.1332	0.2512	0.0933	0.1395	0.0781	0.1395	0.0465	0.0352	0.0271	0.0352	0.0188
chr3R	6500959	6501138	chr3R:6500960-6501138	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1581	0.1461	0.1905	0.1359	0.0923	0.1718	0.1765	0.1666	0.0923	0.2397	0.2029	0.2397	0.1859	0.1623	0.1231	0.1623	0.1542
chr3R	6501278	6501437	chr3R:6501279-6501437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0576	0.0692	0.0448	0.0371	0.0626	0.0761	0.0633	0.0371	0.0882	0.0723	0.0882	0.0813	0.0597	0.0574	0.0597	0.0469
chr3R	6502813	6503202	chr3R:6502814-6503202	FBgn0037818	CG6465	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.098	0.0874	0.1236	0.0819	0.0414	0.1194	0.0999	0.1013	0.0414	0.1443	0.1347	0.1443	0.1712	0.0628	0.1161	0.0628	0.1225
chr3R	6503340	6503550	chr3R:6503341-6503550	FBgn0037818	CG6465	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.165	0.1555	0.2086	0.1276	0.0838	0.2005	0.1648	0.2005	0.0838	0.282	0.2289	0.282	0.1975	0.124	0.1593	0.124	0.1657
chr3R	6505562	6505713	chr3R:6505563-6505713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0357	0.0313	0.0405	0.0355	0.0148	0.0461	0.0337	0.03	0.0148	0.0797	0.0328	0.0797	0.0418	0.0888	0.0284	0.0888	0.0375
chr3R	6506295	6506446	chr3R:6506296-6506446	FBgn0037819	CG14688	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0464	0.0406	0.0563	0.0421	0.0127	0.0646	0.0476	0.0326	0.0127	0.1377	0.0395	0.1377	0.0511	0.0965	0.0316	0.0965	0.0474
chr3R	6506662	6506866	chr3R:6506663-6506866	FBgn0037819	CG14688	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1455	0.1213	0.1766	0.1383	0.0509	0.2199	0.1042	0.1119	0.0509	0.3623	0.1379	0.3623	0.2068	0.2343	0.1135	0.2343	0.2116
chr3R	6506974	6507156	chr3R:6506975-6507156	FBgn0037819	CG14688	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0843	0.0657	0.1044	0.0829	0.0329	0.1282	0.0489	0.0546	0.0329	0.1781	0.0862	0.1781	0.1658	0.1018	0.0729	0.1018	0.1464
chr3R	6507167	6507348	chr3R:6507168-6507348	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0629	0.0636	0.072	0.0522	0.0191	0.1345	0.0515	0.0446	0.0191	0.1552	0.0514	0.1552	0.0937	0.085	0.0542	0.085	0.0766
chr3R	6512036	6512317	chr3R:6512037-6512317	FBgn0262717	Skeletor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0973	0.0923	0.1053	0.094	0.0679	0.1053	0.0986	0.1139	0.0679	0.0338	0.1762	0.0338	0.0991	0.0184	0.205	0.0184	0.0792
chr3R	6512422	6512647	chr3R:6512423-6512647	FBgn0262717	Skeletor	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0652	0.049	0.0777	0.0695	0.0244	0.0587	0.0593	0.06	0.0244	0.0278	0.1402	0.0278	0.0643	0.0199	0.2128	0.0199	0.0427
chr3R	6520328	6520479	chr3R:6520329-6520479	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0136	0.0223	0.0105	0.0074	0.0053	0.0481	0.0203	0.0147	0.0053	0.0139	0.0096	0.0139	0.0124	0.0061	0.009	0.0061	0.0078
chr3R	6521770	6521921	chr3R:6521771-6521921	FBgn0020385,FBgn0037822	CG14683,pug	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.034	0.0334	0.0415	0.0265	0.0148	0.0437	0.0368	0.0393	0.0148	0.0411	0.0498	0.0411	0.0449	0.0253	0.0284	0.0253	0.0386
chr3R	6522062	6522520	chr3R:6522063-6522520	FBgn0020385,FBgn0037822	CG14683,pug	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1438	0.1348	0.1702	0.1248	0.0721	0.1684	0.138	0.1839	0.0721	0.2144	0.2003	0.2144	0.1619	0.1187	0.1328	0.1187	0.1662
chr3R	6522673	6522866	chr3R:6522674-6522866	FBgn0020385,FBgn0037822	CG14683,pug	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0815	0.0654	0.1033	0.0756	0.0382	0.0825	0.0714	0.0846	0.0382	0.122	0.1264	0.122	0.0976	0.0842	0.089	0.0842	0.0902
chr3R	6524632	6524905	chr3R:6524633-6524905	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.04	0.0409	0.0496	0.0284	0.0191	0.0689	0.0372	0.0386	0.0191	0.0236	0.0334	0.0236	0.172	0.0199	0.0142	0.0199	0.0703
chr3R	6525258	6525425	chr3R:6525259-6525425	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0329	0.0275	0.0398	0.0312	0.0117	0.0476	0.026	0.0233	0.0117	0.0266	0.0222	0.0266	0.1433	0.0184	0.009	0.0184	0.0912
chr3R	6533718	6533869	chr3R:6533719-6533869	FBgn0051278	CG31278	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0335	0.0487	0.0308	0.0212	0.0374	0.0394	0.0413	0.0212	0.0543	0.0576	0.0543	0.0534	0.0383	0.0284	0.0383	0.0438
chr3R	6533964	6534166	chr3R:6533965-6534166	FBgn0051278	CG31278	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0948	0.0859	0.114	0.0837	0.0551	0.1078	0.0926	0.1053	0.0551	0.1365	0.1315	0.1365	0.1224	0.1011	0.0935	0.1011	0.1084
chr3R	6534270	6534479	chr3R:6534271-6534479	FBgn0051278	CG31278	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0284	0.0464	0.0283	0.0233	0.0301	0.0346	0.0353	0.0233	0.0537	0.0514	0.0537	0.0565	0.0291	0.0309	0.0291	0.0318
chr3R	6565491	6565642	chr3R:6565492-6565642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0118	0.0209	0.0089	0.0047	0.0085	0.0068	0.0489	0.016	0.0085	0.0085	0.0141	0.0085	0.0039	0.0038	0.0071	0.0038	0.0042
chr3R	6576856	6577067	chr3R:6576857-6577067	FBgn0004841	Takr86C	stage5	none	Takr86C_NKD-180-beta-gal,VT39626.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0432	0.0728	0.0379	0.016	0.052	0.0602	0.0822	0.1133	0.052	0.0568	0.0405	0.0568	0.0364	0.0145	0.0116	0.0145	0.0078
chr3R	6580969	6581120	chr3R:6580970-6581120	FBgn0037829	CG14691	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.012	0.0204	0.0108	0.0039	0.0042	0.0291	0.0229	0.0227	0.0042	0.0103	0.0129	0.0103	0.0116	0.0015	0.0039	0.0015	0.0047
chr3R	6586420	6586608	chr3R:6586421-6586608	FBgn0037831,FBgn0051390	Cap-H2,MED7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.064	0.055	0.0796	0.057	0.0308	0.0704	0.0705	0.0533	0.0308	0.1093	0.0817	0.1093	0.0674	0.0551	0.0561	0.0551	0.0636
chr3R	6586646	6586839	chr3R:6586647-6586839	FBgn0037831,FBgn0051390	Cap-H2,MED7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.128	0.1108	0.1547	0.118	0.0817	0.1408	0.1198	0.1239	0.0817	0.1999	0.1756	0.1999	0.1363	0.1325	0.1141	0.1325	0.1365
chr3R	6586886	6587104	chr3R:6586887-6587104	FBgn0037831,FBgn0051390	Cap-H2,MED7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1799	0.1543	0.2156	0.1692	0.0912	0.1927	0.1622	0.1905	0.0912	0.2729	0.2373	0.2729	0.2037	0.1784	0.1825	0.1784	0.2095
chr3R	6587115	6587266	chr3R:6587116-6587266	FBgn0037831,FBgn0051390	Cap-H2,MED7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0911	0.0679	0.1192	0.0863	0.0297	0.0908	0.0631	0.0906	0.0297	0.1437	0.1331	0.1437	0.1177	0.0819	0.0864	0.0819	0.1261
chr3R	6587340	6587510	chr3R:6587341-6587510	FBgn0037831	Cap-H2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0866	0.0667	0.1098	0.0834	0.0297	0.0917	0.0571	0.0953	0.0297	0.1159	0.1209	0.1159	0.1286	0.0896	0.0806	0.0896	0.1339
chr3R	6588198	6588349	chr3R:6588199-6588349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0211	0.0165	0.0227	0.0245	0.0064	0.0214	0.0221	0.014	0.0064	0.0211	0.0222	0.0211	0.0465	0.0061	0.0123	0.0061	0.0693
chr3R	6592600	6592826	chr3R:6592601-6592826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0324	0.0353	0.0433	0.0171	0.017	0.0471	0.0389	0.044	0.017	0.0519	0.0482	0.0519	0.0488	0.0191	0.0219	0.0191	0.0162
chr3R	6592899	6593099	chr3R:6592900-6593099	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.03	0.0485	0.0256	0.0117	0.0369	0.0402	0.0353	0.0117	0.0592	0.0473	0.0592	0.0627	0.0314	0.0329	0.0314	0.024
chr3R	6593186	6593407	chr3R:6593187-6593407	FBgn0010421	TfIIFbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0553	0.0778	0.0467	0.0371	0.0689	0.0601	0.062	0.0371	0.1008	0.0814	0.1008	0.0744	0.0582	0.0484	0.0582	0.049
chr3R	6593456	6593627	chr3R:6593457-6593627	FBgn0010421	TfIIFbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1057	0.1062	0.1208	0.0886	0.0774	0.1136	0.1138	0.1392	0.0774	0.1546	0.1331	0.1546	0.1146	0.0926	0.0903	0.0926	0.111
chr3R	6601738	6601889	chr3R:6601739-6601889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0148	0.0161	0.0118	0.0166	0.0085	0.0199	0.019	0.0147	0.0085	0.0181	0.0119	0.0181	0.0108	0.0605	0.0058	0.0605	0.0068
chr3R	6602277	6602428	chr3R:6602278-6602428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.0247	0.0175	0.0118	0.0085	0.016	0.0428	0.032	0.0085	0.026	0.0186	0.026	0.0163	0.0352	0.0071	0.0352	0.0078
chr3R	6603058	6603209	chr3R:6603059-6603209	FBgn0020439	fau	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0187	0.0202	0.0129	0.0233	0.0042	0.0243	0.0329	0.0153	0.0042	0.0199	0.0141	0.0199	0.0116	0.0812	0.0142	0.0812	0.0109
chr3R	6603369	6603520	chr3R:6603370-6603520	FBgn0020439	fau	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0132	0.0166	0.0103	0.0127	0.0074	0.0141	0.0264	0.0173	0.0074	0.0133	0.0103	0.0133	0.0139	0.0345	0.0071	0.0345	0.0109
chr3R	6603856	6604007	chr3R:6603857-6604007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0113	0.0132	0.008	0.0127	0.0074	0.0102	0.0221	0.0153	0.0074	0.0115	0.009	0.0115	0.0085	0.0398	0.0064	0.0398	0.0094
chr3R	6609510	6609661	chr3R:6609511-6609661	FBgn0260944,FBgn0261380	Rbp1,mRpL37	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0545	0.0547	0.0655	0.0423	0.0318	0.0694	0.0675	0.0573	0.0318	0.0779	0.0723	0.0779	0.0697	0.0444	0.0432	0.0444	0.0479
chr3R	6609730	6609914	chr3R:6609731-6609914	FBgn0260944,FBgn0261380	Rbp1,mRpL37	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1477	0.1352	0.1761	0.1303	0.0923	0.1607	0.1479	0.1666	0.0923	0.2029	0.1968	0.2029	0.1929	0.1371	0.1522	0.1371	0.1428
chr3R	6610018	6610187	chr3R:6610019-6610187	FBgn0260944,FBgn0261380	Rbp1,mRpL37	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1407	0.1277	0.1666	0.1266	0.0764	0.149	0.1445	0.1686	0.0764	0.2005	0.1859	0.2005	0.1565	0.1348	0.1431	0.1348	0.1496
chr3R	6610240	6610425	chr3R:6610241-6610425	FBgn0260944,FBgn0261380	Rbp1,mRpL37	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0854	0.0796	0.1065	0.0688	0.0371	0.0917	0.0986	0.1019	0.0371	0.1298	0.1174	0.1298	0.1015	0.0804	0.0838	0.0804	0.0834
chr3R	6613608	6613771	chr3R:6613609-6613771	FBgn0017577,FBgn0037834	Art1,Mcm5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0566	0.0499	0.0681	0.0514	0.0223	0.0714	0.0476	0.068	0.0223	0.0833	0.0743	0.0833	0.0713	0.0704	0.0451	0.0704	0.0631
chr3R	6613879	6614070	chr3R:6613880-6614070	FBgn0017577,FBgn0037834	Art1,Mcm5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1682	0.1477	0.2042	0.1517	0.0817	0.1985	0.1466	0.1879	0.0817	0.2609	0.2212	0.2609	0.1991	0.1685	0.147	0.1685	0.1777
chr3R	6614140	6614346	chr3R:6614141-6614346	FBgn0017577,FBgn0037834	Art1,Mcm5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1388	0.1361	0.1648	0.1132	0.0795	0.1621	0.1488	0.1739	0.0795	0.2101	0.1759	0.2101	0.1611	0.1271	0.1206	0.1271	0.1292
chr3R	6617316	6617467	chr3R:6617317-6617467	distal	distal	none	none	CG14687	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0266	0.0399	0.023	0.0157	0.0233	0.0383	0.0467	0.0513	0.0233	0.038	0.0222	0.038	0.0217	0.0421	0.0103	0.0421	0.0151
chr3R	6618030	6618220	chr3R:6618031-6618220	FBgn0037835	CG14687	none	none	CG14687	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0361	0.0358	0.035	0.0376	0.0191	0.0442	0.0411	0.0433	0.0191	0.0743	0.0299	0.0743	0.0271	0.1271	0.0239	0.1271	0.0219
chr3R	6618466	6618696	chr3R:6618467-6618696	FBgn0037835	CG14687	stage11,stage14	none	CG14687	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0505	0.0333	0.0585	0.0609	0.018	0.0495	0.0376	0.0286	0.018	0.1751	0.0318	0.1751	0.0287	0.2358	0.0245	0.2358	0.0307
chr3R	6619125	6619463	chr3R:6619126-6619463	FBgn0037835	CG14687	none	none	CG14687_SVM,CG14687_downtreamCRM	CG14687_SVM,CG14687_downtreamCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0476	0.0462	0.0537	0.0426	0.0265	0.0602	0.0549	0.048	0.0265	0.1329	0.0392	0.1329	0.0302	0.134	0.0297	0.134	0.0276
chr3R	6640886	6641071	chr3R:6640887-6641071	FBgn0037837,FBgn0037838	CG14693,CG4089	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.0669	0.0975	0.0695	0.0361	0.0777	0.0748	0.0939	0.0361	0.1111	0.118	0.1111	0.1007	0.0873	0.0806	0.0873	0.0938
chr3R	6643481	6643632	chr3R:6643482-6643632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.0255	0.0194	0.0149	0.0117	0.0228	0.0385	0.0286	0.0117	0.0157	0.0199	0.0157	0.0325	0.0123	0.0219	0.0123	0.0214
chr3R	6649144	6649295	chr3R:6649145-6649295	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0197	0.0277	0.0203	0.0102	0.017	0.0209	0.048	0.0247	0.017	0.0157	0.0322	0.0157	0.0132	0.01	0.0135	0.01	0.0047
chr3R	6651262	6651550	chr3R:6651263-6651550	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0554	0.045	0.0868	0.0327	0.0138	0.0451	0.0714	0.0506	0.0138	0.0236	0.183	0.0236	0.0263	0.0123	0.1083	0.0123	0.0125
chr3R	6651858	6652009	chr3R:6651859-6652009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0197	0.026	0.0223	0.0097	0.0117	0.0126	0.0571	0.0193	0.0117	0.0079	0.0428	0.0079	0.0116	0.0054	0.0251	0.0054	0.0068
chr3R	6652546	6652813	chr3R:6652547-6652813	FBgn0261053	Cad86C	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0904	0.045	0.1256	0.1025	0.0117	0.0597	0.0493	0.06	0.0117	0.0338	0.2338	0.0338	0.1208	0.0406	0.2405	0.0406	0.1344
chr3R	6653240	6653391	chr3R:6653241-6653391	FBgn0261053	Cad86C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.015	0.0338	0.0163	0.0053	0.0146	0.0216	0.02	0.0053	0.0109	0.0695	0.0109	0.0132	0.0023	0.0587	0.0023	0.0083
chr3R	6654319	6654570	chr3R:6654320-6654570	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0464	0.0773	0.0391	0.0198	0.0477	0.0461	0.1358	0.0866	0.0477	0.0199	0.0733	0.0199	0.0116	0.0061	0.0632	0.0061	0.0068
chr3R	6654648	6654799	chr3R:6654649-6654799	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.027	0.0373	0.0244	0.0185	0.0117	0.0238	0.074	0.034	0.0117	0.0115	0.0453	0.0115	0.0077	0.0054	0.0658	0.0054	0.0042
chr3R	6656618	6656769	chr3R:6656619-6656769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0097	0.0223	0.0187	0.0032	0.0087	0.0169	0.0113	0.0032	0.0079	0.0441	0.0079	0.0085	0.0046	0.0671	0.0046	0.0036
chr3R	6661779	6661930	chr3R:6661780-6661930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0193	0.0175	0.0085	0.0053	0.0136	0.0337	0.022	0.0053	0.0127	0.0312	0.0127	0.0101	0.0031	0.0271	0.0031	0.0026
chr3R	6662859	6663010	chr3R:6662860-6663010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0165	0.0161	0.0084	0.0074	0.0141	0.0272	0.0167	0.0074	0.0097	0.0267	0.0097	0.0132	0.0054	0.0219	0.0054	0.0063
chr3R	6675031	6675224	chr3R:6675032-6675224	FBgn0259740	CG42394	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0857	0.0608	0.0885	0.1106	0.0392	0.0709	0.0597	0.0873	0.0392	0.0876	0.1206	0.0876	0.086	0.1485	0.1231	0.1485	0.1292
chr3R	6675431	6675631	chr3R:6675432-6675631	FBgn0259740	CG42394	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1038	0.0879	0.1034	0.122	0.0477	0.0913	0.0986	0.1312	0.0477	0.0948	0.1373	0.0948	0.1123	0.1447	0.1328	0.1447	0.1563
chr3R	6675736	6675887	chr3R:6675737-6675887	FBgn0259740	CG42394	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.057	0.053	0.0533	0.035	0.0563	0.0688	0.0799	0.035	0.0441	0.0682	0.0441	0.0705	0.0505	0.0509	0.0505	0.075
chr3R	6676028	6676301	chr3R:6676029-6676301	FBgn0259740	CG42394	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0855	0.1279	0.0689	0.0564	0.1018	0.1019	0.1687	0.1772	0.1018	0.0465	0.0968	0.0465	0.0635	0.0444	0.0632	0.0444	0.0505
chr3R	6676618	6676776	chr3R:6676619-6676776	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0377	0.0471	0.035	0.0301	0.035	0.0403	0.0593	0.066	0.035	0.0272	0.0402	0.0272	0.0201	0.0161	0.0174	0.0161	0.0198
chr3R	6678061	6678407	chr3R:6678062-6678407	FBgn0037841	CG4565	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1606	0.12	0.1924	0.1711	0.053	0.1476	0.1462	0.1379	0.053	0.2349	0.2267	0.2349	0.2215	0.2282	0.1734	0.2282	0.2017
chr3R	6679014	6679165	chr3R:6679015-6679165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0423	0.0697	0.0334	0.0214	0.0498	0.0403	0.1345	0.05	0.0498	0.0459	0.0357	0.0459	0.0318	0.0276	0.02	0.0276	0.025
chr3R	6679822	6679973	chr3R:6679823-6679973	FBgn0037842,FBgn0037843	CG4511,CG6567	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0528	0.0802	0.0592	0.0308	0.0612	0.058	0.0693	0.0308	0.0936	0.0865	0.0936	0.0922	0.0636	0.0619	0.0636	0.0771
chr3R	6680085	6680274	chr3R:6680086-6680274	FBgn0037842,FBgn0037843	CG4511,CG6567	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1715	0.1519	0.2049	0.1565	0.0838	0.1869	0.176	0.1805	0.0838	0.2669	0.2203	0.2669	0.189	0.1953	0.1586	0.1953	0.1813
chr3R	6680375	6680566	chr3R:6680376-6680566	FBgn0037842,FBgn0037843	CG4511,CG6567	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1089	0.0799	0.1445	0.1024	0.0382	0.0961	0.0913	0.1126	0.0382	0.2144	0.1556	0.2144	0.1247	0.1493	0.0993	0.1493	0.1094
chr3R	6682415	6682850	chr3R:6682416-6682850	FBgn0037844	CG4570	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.1533	0.2279	0.1628	0.0596	0.141	0.1874	0.3564	0.2438	0.141	0.2415	0.1662	0.2415	0.0953	0.0574	0.0413	0.0574	0.0443
chr3R	6685252	6685414	chr3R:6685253-6685414	FBgn0037845	CG14694	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0784	0.0194	0.0088	0.0689	0.0267	0.1799	0.036	0.0689	0.0223	0.0215	0.0223	0.0201	0.0061	0.011	0.0061	0.0125
chr3R	6685643	6685794	chr3R:6685644-6685794	FBgn0037845	CG14694	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0597	0.0195	0.0111	0.0477	0.032	0.125	0.0326	0.0477	0.0181	0.0219	0.0181	0.0279	0.013	0.0135	0.013	0.0109
chr3R	6688292	6688473	chr3R:6688293-6688473	FBgn0037846	CG6574	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0813	0.0842	0.0886	0.0699	0.0562	0.0631	0.1246	0.1073	0.0562	0.0821	0.118	0.0821	0.0821	0.0865	0.0941	0.0865	0.0594
chr3R	6688596	6688747	chr3R:6688597-6688747	FBgn0037846	CG6574	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0577	0.0628	0.049	0.0329	0.0481	0.0792	0.0773	0.0329	0.0682	0.0756	0.0682	0.0697	0.0613	0.0651	0.0613	0.0433
chr3R	6688870	6689050	chr3R:6688871-6689050	FBgn0037846	CG6574	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1243	0.1272	0.14	0.1039	0.0827	0.1218	0.1531	0.1785	0.0827	0.1594	0.1666	0.1594	0.1371	0.1302	0.1367	0.1302	0.0933
chr3R	6692718	6692869	chr3R:6692719-6692869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0213	0.0178	0.0199	0.0266	0.0021	0.0194	0.0298	0.0167	0.0021	0.0163	0.0232	0.0163	0.0302	0.026	0.0206	0.026	0.0558
chr3R	6693264	6693433	chr3R:6693265-6693433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0293	0.0199	0.0279	0.0412	0.0074	0.0238	0.0294	0.0187	0.0074	0.0399	0.0322	0.0399	0.0263	0.1003	0.0438	0.1003	0.0307
chr3R	6693826	6694105	chr3R:6693827-6694105	FBgn0037847,FBgn0037848	SelR,Tsp86D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0716	0.058	0.0803	0.0774	0.0308	0.0515	0.0848	0.0693	0.0308	0.0779	0.091	0.0779	0.1022	0.0972	0.0819	0.0972	0.0829
chr3R	6694297	6694502	chr3R:6694298-6694502	FBgn0037847,FBgn0037848	SelR,Tsp86D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1268	0.1001	0.1522	0.1288	0.052	0.116	0.1207	0.1252	0.052	0.1636	0.1723	0.1636	0.1665	0.1432	0.1431	0.1432	0.1485
chr3R	6694613	6694793	chr3R:6694614-6694793	FBgn0037847,FBgn0037848	SelR,Tsp86D	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0703	0.05	0.0925	0.0685	0.0117	0.0524	0.0666	0.0706	0.0117	0.1335	0.0887	0.1335	0.0999	0.0904	0.0696	0.0904	0.0709
chr3R	6698029	6698217	chr3R:6698030-6698217	FBgn0011768	Fdh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1199	0.1009	0.1449	0.1138	0.0626	0.1117	0.1146	0.1312	0.0626	0.1673	0.1605	0.1673	0.1782	0.1363	0.1302	0.1363	0.1443
chr3R	6698332	6698514	chr3R:6698333-6698514	FBgn0011768,FBgn0037849	CG4596,Fdh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1064	0.086	0.1306	0.1026	0.0477	0.1049	0.0978	0.1073	0.0477	0.1564	0.1441	0.1564	0.1317	0.1087	0.0928	0.1087	0.1047
chr3R	6698640	6698791	chr3R:6698641-6698791	FBgn0037849	CG4596	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.029	0.0189	0.0288	0.0404	0.0042	0.0243	0.0281	0.0167	0.0042	0.0254	0.0331	0.0254	0.0287	0.0161	0.02	0.0161	0.0276
chr3R	6701663	6701841	chr3R:6701664-6701841	FBgn0022359	Sodh-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0335	0.0358	0.0604	0.0106	0.0369	0.0433	0.0426	0.0106	0.0332	0.0373	0.0332	0.0426	0.0758	0.0355	0.0758	0.061
chr3R	6702027	6702212	chr3R:6702028-6702212	FBgn0022359	Sodh-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0318	0.0234	0.0394	0.0201	0.0277	0.0428	0.0366	0.0201	0.0229	0.0232	0.0229	0.031	0.0528	0.0297	0.0528	0.0453
chr3R	6703628	6703801	chr3R:6703629-6703801	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0181	0.0364	0.0326	0.0053	0.0238	0.0212	0.0207	0.0053	0.0338	0.0257	0.0338	0.1053	0.0283	0.0193	0.0283	0.0745
chr3R	6705051	6705202	chr3R:6705052-6705202	FBgn0037850	CG14695	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0245	0.0152	0.0175	0.0425	0.0138	0.0155	0.0221	0.014	0.0138	0.0066	0.0219	0.0066	0.0333	0.0345	0.0471	0.0345	0.0599
chr3R	6707576	6707737	chr3R:6707577-6707737	FBgn0037852	Tpc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0703	0.0417	0.0806	0.0909	0.0255	0.0476	0.0437	0.0633	0.0255	0.0543	0.1206	0.0543	0.0945	0.0766	0.1702	0.0766	0.1006
chr3R	6707742	6708025	chr3R:6707743-6708025	FBgn0037852	Tpc1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1559	0.1097	0.1779	0.1834	0.0806	0.1291	0.1086	0.1459	0.0806	0.1232	0.2498	0.1232	0.2084	0.1807	0.2482	0.1807	0.2314
chr3R	6708081	6708281	chr3R:6708082-6708281	FBgn0037852	Tpc1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1096	0.0905	0.1198	0.1199	0.0594	0.1058	0.0934	0.1193	0.0594	0.0996	0.1527	0.0996	0.1479	0.1133	0.1341	0.1133	0.1657
chr3R	6708401	6708552	chr3R:6708402-6708552	FBgn0037852	Tpc1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.031	0.0352	0.0276	0.0117	0.0335	0.0372	0.04	0.0117	0.0308	0.0457	0.0308	0.0341	0.026	0.0297	0.026	0.0339
chr3R	6710254	6710511	chr3R:6710255-6710511	FBgn0037853	CG14696	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0606	0.0459	0.0558	0.0823	0.0191	0.0617	0.058	0.0413	0.0191	0.0495	0.0566	0.0495	0.1131	0.0521	0.1257	0.0521	0.1225
chr3R	6710635	6710885	chr3R:6710636-6710885	FBgn0037853,FBgn0037856	CG14696,CG4674	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0727	0.0464	0.067	0.1083	0.0244	0.051	0.0597	0.056	0.0244	0.0531	0.0778	0.0531	0.1077	0.0597	0.1689	0.0597	0.1626
chr3R	6711143	6711325	chr3R:6711144-6711325	FBgn0037853,FBgn0037856	CG14696,CG4674	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1142	0.0875	0.1242	0.1331	0.0477	0.1015	0.1068	0.1019	0.0477	0.1178	0.1402	0.1178	0.1619	0.1478	0.1393	0.1478	0.1636
chr3R	6711400	6711606	chr3R:6711401-6711606	FBgn0037856	CG4674	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0682	0.0452	0.0702	0.0916	0.0201	0.0553	0.051	0.0533	0.0201	0.0725	0.073	0.0725	0.0976	0.1087	0.0883	0.1087	0.1277
chr3R	6712399	6712574	chr3R:6712400-6712574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0774	0.0366	0.091	0.1081	0.0148	0.0524	0.045	0.0353	0.0148	0.0616	0.1264	0.0616	0.134	0.1233	0.1689	0.1233	0.11
chr3R	6712734	6712911	chr3R:6712735-6712911	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0961	0.0515	0.1157	0.1245	0.0286	0.0709	0.0562	0.06	0.0286	0.1008	0.1543	0.1008	0.1634	0.1708	0.1863	0.1708	0.1339
chr3R	6714460	6714631	chr3R:6714461-6714631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0481	0.0264	0.0438	0.0771	0.0127	0.0296	0.0359	0.0293	0.0127	0.0332	0.0463	0.0332	0.0868	0.0505	0.1238	0.0505	0.1271
chr3R	6715026	6715241	chr3R:6715027-6715241	FBgn0042094	Adk3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0868	0.0325	0.0918	0.1419	0.0159	0.0485	0.0389	0.0247	0.0159	0.0634	0.0897	0.0634	0.2208	0.1485	0.1831	0.1485	0.223
chr3R	6719188	6719374	chr3R:6719189-6719374	FBgn0037855	CG6621	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1576	0.1494	0.1799	0.1423	0.1103	0.1641	0.1929	0.1652	0.1103	0.2234	0.1965	0.2234	0.1921	0.1516	0.1618	0.1516	0.1704
chr3R	6719510	6719724	chr3R:6719511-6719724	FBgn0037855	CG6621	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0558	0.0753	0.0446	0.0255	0.0607	0.077	0.0586	0.0255	0.093	0.0823	0.093	0.0744	0.0391	0.0561	0.0391	0.0505
chr3R	6746170	6746321	chr3R:6746171-6746321	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0183	0.0273	0.018	0.0085	0.0148	0.0306	0.0376	0.026	0.0148	0.0248	0.0161	0.0248	0.031	0.0069	0.0064	0.0069	0.0104
chr3R	6767551	6767702	chr3R:6767552-6767702	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0059	0.0061	0.0096	0.0021	0.0049	0.0121	0.0027	0.0021	0.0042	0.008	0.0042	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.0073
chr3R	6770189	6770340	chr3R:6770190-6770340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0066	0.0049	0.0077	0.0042	0.0068	0.0095	0.006	0.0042	0.0036	0.0061	0.0036	0.0077	0.0015	0.0013	0.0015	0.0021
chr3R	6796736	6796887	chr3R:6796737-6796887	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0057	0.0046	0.0123	0.0042	0.0039	0.0125	0.0027	0.0042	0.0054	0.0035	0.0054	0.0015	0	0.0013	0	0.0026
chr3R	6797323	6797474	chr3R:6797324-6797474	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.006	0.0057	0.0114	0.0032	0.0044	0.0108	0.0053	0.0032	0.0066	0.0055	0.0066	0.0031	0.0023	0.0045	0.0023	0.0031
chr3R	6797931	6798082	chr3R:6797932-6798082	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0083	0.0056	0.0189	0.0074	0.0039	0.0195	0.002	0.0074	0.0054	0.0042	0.0054	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0073
chr3R	6808584	6808735	chr3R:6808585-6808735	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.005	0.0045	0.0041	0.0067	0.0021	0.0029	0.0082	0.006	0.0021	0.003	0.0058	0.003	0.0039	0.0038	6e-04	0.0038	0.0021
chr3R	6809575	6809726	chr3R:6809576-6809726	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0051	0.0051	0.0033	0.0071	0	0.0024	0.0117	0.0033	0	0.003	0.0048	0.003	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0016
chr3R	6809751	6809902	chr3R:6809752-6809902	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0056	0.0048	0.0075	0.0011	0.0039	0.0108	0.0053	0.0011	0.0072	0.0042	0.0072	0.0046	0.0015	0.0045	0.0015	0.0036
chr3R	6821779	6821930	chr3R:6821780-6821930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0085	0.0077	0.0123	0.0042	0.0058	0.0151	0.0073	0.0042	0.0097	0.0087	0.0097	0.0023	0.0031	0.0032	0.0031	0.0078
chr3R	6840053	6840204	chr3R:6840054-6840204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0086	0.0088	0.0066	0.0106	0.0064	0.0063	0.0177	0.0053	0.0064	0.006	0.0087	0.006	0.0046	0.0038	0.0032	0.0038	0.0109
chr3R	6850362	6850513	chr3R:6850363-6850513	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.006	0.007	0.0079	0.0042	0.0049	0.0121	0.002	0.0042	0.0048	0.0068	0.0048	0.0124	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr3R	6907351	6907502	chr3R:6907352-6907502	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0108	0.0082	0.0082	0.0166	0.0032	0.0073	0.0164	0.0047	0.0032	0.0072	0.0096	0.0072	0.0039	0.0031	0.0064	0.0031	0.0047
chr3R	6982644	6982860	chr3R:6982645-6982860	FBgn0040259	Ugt86Da	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.0247	0.0481	0.0732	0.0095	0.0301	0.032	0.0273	0.0095	0.0302	0.074	0.0302	0.0573	0.0858	0.1399	0.0858	0.0844
chr3R	6998267	6998418	chr3R:6998268-6998418	FBgn0026315	Ugt35a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.0065	0.0102	0.0136	0.0011	0.0063	0.0117	0.0047	0.0011	0.0085	0.0093	0.0085	0.024	0.0046	0.0097	0.0046	0.0334
chr3R	6998628	6998815	chr3R:6998629-6998815	FBgn0026315	Ugt35a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0093	0.0133	0.0312	0.0074	0.0092	0.0151	0.008	0.0074	0.0103	0.0148	0.0103	0.0248	0.0207	0.0348	0.0207	0.0604
chr3R	7015898	7016049	chr3R:7015899-7016049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0074	0.0107	0.0265	0.0053	0.0073	0.0125	0.0047	0.0053	0.0085	0.008	0.0085	0.0054	0.0031	0.0103	0.0031	0.0125
chr3R	7016784	7016935	chr3R:7016785-7016935	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.014	0.025	0.0082	0.0081	0.0127	0.0146	0.0528	0.018	0.0127	0.0103	0.0071	0.0103	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0063
chr3R	7017361	7017512	chr3R:7017362-7017512	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0114	0.0171	0.0088	0.0079	0.0117	0.0107	0.0363	0.008	0.0117	0.0109	0.0103	0.0109	0.0054	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chr3R	7018026	7018177	chr3R:7018027-7018177	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0126	0.0122	0.0103	0.0157	0.0053	0.0063	0.0251	0.0113	0.0053	0.0133	0.0093	0.0133	0.0093	0.0069	0.0032	0.0069	0.0089
chr3R	7022687	7022856	chr3R:7022688-7022856	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0621	0.012	0.0278	0.1557	0.0053	0.0204	0.0156	0.0067	0.0053	0.0109	0.0267	0.0109	0.0705	0.1003	0.1779	0.1003	0.2345
chr3R	7023089	7023281	chr3R:7023090-7023281	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0592	0.0135	0.0327	0.1394	0.0032	0.0194	0.0199	0.0113	0.0032	0.0085	0.0354	0.0085	0.0767	0.1018	0.1496	0.1018	0.2157
chr3R	7023850	7024032	chr3R:7023851-7024032	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0528	0.0136	0.0359	0.115	0	0.0189	0.0221	0.0107	0	0.0284	0.0299	0.0284	0.093	0.1164	0.0993	0.1164	0.1939
chr3R	7025094	7025245	chr3R:7025095-7025245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0123	0.0115	0.0213	0.0074	0.0155	0.0195	0.0093	0.0074	0.0109	0.0058	0.0109	0.0318	0.0054	0.0084	0.0054	0.0631
chr3R	7025971	7026133	chr3R:7025972-7026133	FBgn0261808	cu	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0294	0.0137	0.0193	0.0581	0.0064	0.015	0.0203	0.0113	0.0064	0.0109	0.0125	0.0109	0.0666	0.0123	0.0239	0.0123	0.174
chr3R	7026404	7026555	chr3R:7026405-7026555	FBgn0261808	cu	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0125	0.0142	0.0433	0.0042	0.0126	0.0225	0.01	0.0042	0.0133	0.01	0.0133	0.0356	0.0077	0.0206	0.0077	0.1324
chr3R	7026720	7026871	chr3R:7026721-7026871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0128	0.0128	0.032	0.0011	0.0136	0.0229	0.0107	0.0011	0.0109	0.008	0.0109	0.0372	0.0077	0.0116	0.0077	0.099
chr3R	7034556	7034707	chr3R:7034557-7034707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.055	0.0541	0.0581	0.0526	0.0255	0.0641	0.0644	0.064	0.0255	0.0719	0.0643	0.0719	0.0767	0.0666	0.0548	0.0666	0.0902
chr3R	7035269	7035420	chr3R:7035270-7035420	FBgn0037873	SdhC	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0506	0.048	0.0623	0.0405	0.0265	0.0534	0.0623	0.0533	0.0265	0.0827	0.0669	0.0827	0.062	0.0444	0.0348	0.0444	0.0589
chr3R	7035488	7035659	chr3R:7035489-7035659	FBgn0037873,FBgn0037874	SdhC,Tctp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.145	0.1255	0.1712	0.1381	0.0838	0.1524	0.1341	0.1646	0.0838	0.2228	0.1846	0.2228	0.1712	0.1608	0.1457	0.1608	0.1714
chr3R	7035867	7036062	chr3R:7035868-7036062	FBgn0037873,FBgn0037874	SdhC,Tctp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2073	0.2026	0.2415	0.1749	0.1601	0.2369	0.2124	0.2578	0.1601	0.3219	0.2518	0.3219	0.2634	0.1975	0.1876	0.1975	0.2142
chr3R	7036179	7036330	chr3R:7036180-7036330	FBgn0037874	Tctp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0738	0.0743	0.09	0.0554	0.0583	0.0816	0.0796	0.1039	0.0583	0.1087	0.1003	0.1087	0.1007	0.0544	0.0625	0.0544	0.074
chr3R	7036457	7036672	chr3R:7036458-7036672	FBgn0037874	Tctp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0739	0.0886	0.0508	0.0435	0.0835	0.0809	0.1013	0.0435	0.1165	0.0878	0.1165	0.1053	0.059	0.0522	0.059	0.0657
chr3R	7036973	7037323	chr3R:7036974-7037323	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1728	0.1689	0.1931	0.1549	0.1209	0.1908	0.2024	0.1999	0.1209	0.2415	0.2071	0.2415	0.2262	0.1753	0.1328	0.1753	0.1886
chr3R	7037337	7037530	chr3R:7037338-7037530	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1022	0.1008	0.1108	0.0943	0.0795	0.1218	0.112	0.1179	0.0795	0.1377	0.1241	0.1377	0.1278	0.1332	0.089	0.1332	0.1032
chr3R	7040202	7040384	chr3R:7040203-7040384	FBgn0037875	CG6672	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1543	0.1353	0.169	0.1594	0.0986	0.1631	0.1449	0.1632	0.0986	0.1944	0.1871	0.1944	0.2029	0.1708	0.1818	0.1708	0.2178
chr3R	7040520	7040714	chr3R:7040521-7040714	FBgn0037875	CG6672	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1227	0.1236	0.1264	0.1175	0.1018	0.135	0.1423	0.1406	0.1018	0.1534	0.1379	0.1534	0.1472	0.1309	0.1161	0.1309	0.1751
chr3R	7041028	7041287	chr3R:7041029-7041287	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0932	0.0906	0.1131	0.0744	0.0647	0.0971	0.1068	0.1106	0.0647	0.1576	0.1167	0.1576	0.1193	0.0789	0.0825	0.0789	0.099
chr3R	7041464	7041615	chr3R:7041465-7041615	FBgn0086472	RpS25	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0572	0.0522	0.0703	0.0483	0.0276	0.0621	0.061	0.0613	0.0276	0.0984	0.0711	0.0984	0.079	0.0544	0.0503	0.0544	0.0651
chr3R	7041709	7041860	chr3R:7041710-7041860	FBgn0037876,FBgn0086472	CG4820,RpS25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0621	0.092	0.0642	0.0361	0.0748	0.0701	0.0773	0.0361	0.1238	0.092	0.1238	0.1046	0.0689	0.0664	0.0689	0.0855
chr3R	7041949	7042119	chr3R:7041950-7042119	FBgn0037876,FBgn0086472	CG4820,RpS25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1762	0.1513	0.2214	0.1543	0.0827	0.1883	0.1687	0.1919	0.0827	0.285	0.2392	0.285	0.2161	0.17	0.1534	0.17	0.1912
chr3R	7042153	7042321	chr3R:7042154-7042321	FBgn0037876,FBgn0086472	CG4820,RpS25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1418	0.1292	0.1728	0.1217	0.0626	0.1529	0.157	0.1559	0.0626	0.2162	0.1849	0.2162	0.1727	0.1355	0.1161	0.1355	0.1595
chr3R	7045721	7045896	chr3R:7045722-7045896	FBgn0037877	CG6689	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1142	0.1114	0.133	0.0968	0.0742	0.1204	0.1319	0.1439	0.0742	0.1842	0.1405	0.1842	0.1146	0.1133	0.0961	0.1133	0.1136
chr3R	7047089	7047309	chr3R:7047090-7047309	FBgn0020910,FBgn0037878	CG6693,RpL3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1545	0.1315	0.1838	0.1482	0.0954	0.151	0.1453	0.1579	0.0954	0.2446	0.1977	0.2446	0.1851	0.1799	0.1528	0.1799	0.1793
chr3R	7047449	7047650	chr3R:7047450-7047650	FBgn0020910,FBgn0037878,FBgn0086055	CG6693,RpL3,snoRNA:Me18S-C1096	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2898	0.288	0.3241	0.2543	0.2269	0.3301	0.3244	0.3358	0.2269	0.4058	0.3492	0.4058	0.3052	0.2611	0.2772	0.2611	0.2908
chr3R	7047840	7048212	chr3R:7047841-7048212	FBgn0020910,FBgn0037878,FBgn0086055,FBgn0086056	CG6693,RpL3,snoRNA:Me18S-A425,snoRNA:Me18S-C1096	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1858	0.192	0.2226	0.1384	0.1357	0.2413	0.1938	0.2405	0.1357	0.3056	0.2232	0.3056	0.2448	0.1516	0.1335	0.1516	0.1933
chr3R	7048305	7048556	chr3R:7048306-7048556	FBgn0051144,FBgn0086055,FBgn0086056	CR31144,snoRNA:Me18S-A425,snoRNA:Me18S-C1096	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1336	0.1724	0.1539	0.068	0.1135	0.2277	0.1613	0.2292	0.1135	0.2373	0.1486	0.2373	0.1689	0.0789	0.0645	0.0789	0.1037
chr3R	7050193	7050400	chr3R:7050194-7050400	FBgn0086057	snoRNA:Me28S-G2017	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0581	0.0964	0.04	0.0435	0.0709	0.0619	0.066	0.0435	0.1492	0.0916	0.1492	0.1402	0.0613	0.0348	0.0613	0.0662
chr3R	7050436	7050587	chr3R:7050437-7050587	FBgn0086057	snoRNA:Me28S-G2017	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0613	0.0545	0.0893	0.0383	0.0286	0.0767	0.0541	0.0653	0.0286	0.1347	0.0871	0.1347	0.1263	0.0551	0.029	0.0551	0.0688
chr3R	7050960	7051149	chr3R:7050961-7051149	FBgn0037879	scpr-C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0986	0.0948	0.1362	0.0617	0.0594	0.1301	0.096	0.0999	0.0594	0.2077	0.1389	0.2077	0.1712	0.0926	0.058	0.0926	0.0974
chr3R	7052168	7052334	chr3R:7052169-7052334	FBgn0037880	CG17726	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1391	0.1085	0.1778	0.1308	0.071	0.132	0.1086	0.1432	0.071	0.2252	0.191	0.2252	0.1851	0.1508	0.1328	0.1508	0.1626
chr3R	7052443	7052594	chr3R:7052444-7052594	FBgn0037880	CG17726	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.077	0.0598	0.1001	0.0709	0.0308	0.0709	0.0666	0.0773	0.0308	0.1286	0.1074	0.1286	0.1115	0.098	0.0632	0.098	0.0917
chr3R	7057289	7057440	chr3R:7057290-7057440	FBgn0037882,FBgn0037883	CG14701,CG17187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0503	0.0758	0.0482	0.0212	0.0607	0.0571	0.0613	0.0212	0.09	0.0859	0.09	0.079	0.0398	0.0529	0.0398	0.0646
chr3R	7057526	7057699	chr3R:7057527-7057699	FBgn0037882,FBgn0037883	CG14701,CG17187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1259	0.1082	0.1626	0.1054	0.0562	0.1364	0.1185	0.1366	0.0562	0.2126	0.183	0.2126	0.1487	0.1263	0.1051	0.1263	0.1329
chr3R	7057789	7057940	chr3R:7057790-7057940	FBgn0037882,FBgn0037883	CG14701,CG17187	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.073	0.0662	0.0959	0.0556	0.0371	0.0786	0.0822	0.0786	0.0371	0.1262	0.1058	0.1262	0.086	0.0712	0.0613	0.0712	0.0709
chr3R	7060413	7060564	chr3R:7060414-7060564	FBgn0037884,FBgn0037885	CG17184,CG17721	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.058	0.0784	0.0451	0.0361	0.0612	0.0744	0.0673	0.0361	0.1057	0.0775	0.1057	0.086	0.0429	0.0509	0.0429	0.0537
chr3R	7060703	7060886	chr3R:7060704-7060886	FBgn0037884,FBgn0037885	CG17184,CG17721	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.185	0.1778	0.225	0.1491	0.141	0.2063	0.1856	0.2225	0.141	0.2905	0.2441	0.2905	0.2332	0.1562	0.1541	0.1562	0.1985
chr3R	7061137	7061754	chr3R:7061138-7061754	FBgn0037884,FBgn0037885,FBgn0051441	CG17184,CG17721,CG31441	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.187	0.1851	0.2283	0.1437	0.1209	0.2049	0.2137	0.2372	0.1209	0.2748	0.2457	0.2748	0.2734	0.1524	0.1554	0.1524	0.1714
chr3R	7061883	7062054	chr3R:7061884-7062054	FBgn0051441	CG31441	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1558	0.1484	0.1806	0.1367	0.122	0.168	0.151	0.1979	0.122	0.2361	0.1971	0.2361	0.1743	0.1355	0.1554	0.1355	0.1626
chr3R	7063095	7063323	chr3R:7063096-7063323	FBgn0051388	CG31388	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0682	0.0669	0.0857	0.0506	0.0286	0.0791	0.0822	0.0819	0.0286	0.1238	0.0929	0.1238	0.0782	0.0551	0.0542	0.0551	0.062
chr3R	7063404	7063600	chr3R:7063405-7063600	FBgn0051388	CG31388	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1116	0.1069	0.1368	0.0891	0.0742	0.1223	0.1189	0.1306	0.0742	0.1775	0.1527	0.1775	0.1278	0.0988	0.0974	0.0988	0.1115
chr3R	7068688	7068918	chr3R:7068689-7068918	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0532	0.0613	0.0501	0.0476	0.0318	0.0626	0.074	0.0793	0.0318	0.0586	0.0531	0.0586	0.0666	0.0582	0.0554	0.0582	0.0657
chr3R	7069045	7069228	chr3R:7069046-7069228	FBgn0037890	CG17734	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0726	0.0683	0.0687	0.0819	0.0488	0.0752	0.0735	0.0899	0.0488	0.0839	0.0695	0.0839	0.1069	0.1049	0.0967	0.1049	0.11
chr3R	7069286	7069506	chr3R:7069287-7069506	FBgn0037890	CG17734	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0559	0.0417	0.0482	0.0802	0.0191	0.0529	0.0467	0.0506	0.0191	0.0417	0.0521	0.0417	0.0837	0.0766	0.0767	0.0766	0.0974
chr3R	7069554	7069808	chr3R:7069555-7069808	FBgn0037890,FBgn0037891	CG17734,CG5214	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0643	0.0393	0.0468	0.1115	0.0286	0.0354	0.0484	0.0506	0.0286	0.026	0.0514	0.026	0.0821	0.1103	0.1225	0.1103	0.1053
chr3R	7069875	7070042	chr3R:7069876-7070042	FBgn0037890,FBgn0037891	CG17734,CG5214	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0642	0.0278	0.0467	0.1241	0.018	0.0291	0.0381	0.0293	0.018	0.0284	0.0508	0.0284	0.0875	0.1447	0.138	0.1447	0.1219
chr3R	7070186	7070385	chr3R:7070187-7070385	FBgn0037890,FBgn0037891	CG17734,CG5214	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0344	0.0202	0.0275	0.0579	0.0074	0.0165	0.0372	0.0207	0.0074	0.0175	0.0315	0.0175	0.0534	0.0896	0.0613	0.0896	0.062
chr3R	7071582	7071733	chr3R:7071583-7071733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0172	0.0168	0.0181	0.0164	0.0032	0.0238	0.0203	0.02	0.0032	0.0121	0.0135	0.0121	0.0457	0.0115	0.0103	0.0115	0.036
chr3R	7079623	7079783	chr3R:7079624-7079783	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0287	0.0268	0.0249	0.035	0.0085	0.0296	0.0381	0.0326	0.0085	0.0199	0.0113	0.0199	0.007	0.013	0.0052	0.013	0.0099
chr3R	7080283	7080482	chr3R:7080284-7080482	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0573	0.0598	0.061	0.0504	0.0403	0.0515	0.0701	0.0959	0.0403	0.0465	0.0511	0.0465	0.0217	0.0138	0.0142	0.0138	0.0109
chr3R	7084717	7084868	chr3R:7084718-7084868	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0212	0.0161	0.0206	0.0127	0.0282	0.0225	0.028	0.0127	0.0157	0.017	0.0157	0.0077	0.0077	0.0058	0.0077	0.0109
chr3R	7086811	7087231	chr3R:7086812-7087231	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0816	0.0947	0.0882	0.0597	0.0562	0.0893	0.1003	0.1646	0.0562	0.0525	0.083	0.0525	0.0217	0.0084	0.0206	0.0084	0.0099
chr3R	7089388	7089583	chr3R:7089389-7089583	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.012	0.0152	0.0414	0.0032	0.0073	0.0195	0.0167	0.0032	0.0091	0.0087	0.0091	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0115
chr3R	7091345	7091496	chr3R:7091346-7091496	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0131	0.0233	0.0127	0.0021	0.0053	0.0214	0.0238	0.044	0.0053	0.0157	0.0145	0.0157	0.0031	0.0031	0.0013	0.0031	0.001
chr3R	7094502	7094703	chr3R:7094503-7094703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0262	0.0284	0.0317	0.0175	0.0053	0.0272	0.0346	0.048	0.0053	0.0278	0.0341	0.0278	0.0248	0.0138	0.011	0.0138	0.0151
chr3R	7094834	7095031	chr3R:7094835-7095031	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0708	0.0773	0.0841	0.049	0.0445	0.0874	0.0861	0.0999	0.0445	0.0906	0.0894	0.0906	0.072	0.0544	0.0445	0.0544	0.0318
chr3R	7095597	7095748	chr3R:7095598-7095748	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0139	0.0273	0.011	0.0021	0.0138	0.0238	0.0368	0.0406	0.0138	0.0151	0.01	0.0151	0.0046	0	0.0013	0	0
chr3R	7095805	7095979	chr3R:7095806-7095979	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0165	0.033	0.0127	0.0022	0.0095	0.0393	0.0359	0.0486	0.0095	0.0151	0.0138	0.0151	0.0031	8e-04	0.0019	8e-04	0.001
chr3R	7096435	7096586	chr3R:7096436-7096586	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0151	0.0284	0.0117	0.0039	0.0117	0.0374	0.0311	0.0353	0.0117	0.0109	0.0148	0.0109	0.0046	8e-04	0.0032	8e-04	0.0031
chr3R	7098533	7098684	chr3R:7098534-7098684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0122	0.0223	0.0216	0.0042	0.0146	0.0151	0.018	0.0042	0.0175	0.0132	0.0175	8e-04	0.0031	0.0019	0.0031	0.0021
chr3R	7104494	7104662	chr3R:7104495-7104662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0082	0.0143	0.0131	0.0053	0.0053	0.0147	0.0093	0.0053	0.0054	0.0068	0.0054	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.0031
chr3R	7107346	7107534	chr3R:7107347-7107534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0332	0.0128	0.0132	0.018	0.0296	0.048	0.0413	0.018	0.0079	0.0116	0.0079	0.0039	0.0031	0.0026	0.0031	0.0021
chr3R	7107662	7107839	chr3R:7107663-7107839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0183	0.0239	0.0156	0.0149	0.0106	0.0209	0.035	0.032	0.0106	0.0085	0.0167	0.0085	0.0093	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr3R	7111066	7111229	chr3R:7111067-7111229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0236	0.028	0.0249	0.0106	0.0214	0.0342	0.0293	0.0106	0.0217	0.0277	0.0217	0.0101	0.0061	0.0103	0.0061	0.0198
chr3R	7112758	7112909	chr3R:7112759-7112909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0125	0.0108	0.0088	0.0185	0.0032	0.0078	0.0221	0.0087	0.0032	0.0054	0.0048	0.0054	0.0054	0.01	0.0052	0.01	0.0052
chr3R	7128270	7128498	chr3R:7128271-7128498	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0565	0.1052	0.0453	0.0143	0.0626	0.1248	0.096	0.1612	0.0626	0.0857	0.0402	0.0857	0.0085	0.01	0.0071	0.01	0.0052
chr3R	7128666	7128888	chr3R:7128667-7128888	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1056	0.164	0.0931	0.0539	0.1018	0.2063	0.1462	0.2398	0.1018	0.1335	0.0807	0.1335	0.0178	0.0115	0.0232	0.0115	0.0141
chr3R	7129079	7129230	chr3R:7129080-7129230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0363	0.0235	0.0118	0.0191	0.0476	0.0298	0.058	0.0191	0.026	0.0228	0.026	0.0046	0.0031	0.0064	0.0031	0.0021
chr3R	7129442	7129593	chr3R:7129443-7129593	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0157	0.0322	0.0108	0.0026	0.018	0.0393	0.0268	0.056	0.018	0.0115	0.0096	0.0115	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0016
chr3R	7131781	7131940	chr3R:7131782-7131940	FBgn0051386	CR31386	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0265	0.0167	0.0306	0.0329	0.0021	0.0155	0.0251	0.0233	0.0021	0.0193	0.0196	0.0193	0.0077	0.0061	0.0084	0.0061	0.0057
chr3R	7136500	7136659	chr3R:7136501-7136659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0115	0.0203	0.0297	0.0042	0.0117	0.0195	0.012	0.0042	0.0079	0.0077	0.0079	0.0031	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr3R	7137357	7137560	chr3R:7137358-7137560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0207	0.0349	0.0189	0.0067	0.0191	0.0393	0.0303	0.0586	0.0191	0.0193	0.0235	0.0193	0.0124	0.0054	0.0052	0.0054	0.0063
chr3R	7138098	7138388	chr3R:7138099-7138388	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0838	0.0942	0.0808	0.0755	0.0488	0.1107	0.093	0.1366	0.0488	0.0743	0.0701	0.0743	0.0387	0.0191	0.0213	0.0191	0.0349
chr3R	7161523	7161708	chr3R:7161524-7161708	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0173	0.0284	0.0121	0.0107	0.0138	0.0184	0.0588	0.0193	0.0138	0.0169	0.0106	0.0169	0.0093	0.0061	0.0032	0.0061	0.0036
chr3R	7167224	7167375	chr3R:7167225-7167375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0199	0.0184	0.0146	0.0274	0.0053	0.0175	0.0316	0.0173	0.0053	0.0151	0.0141	0.0151	0.0194	0.013	0.011	0.013	0.0766
chr3R	7167709	7167860	chr3R:7167710-7167860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0201	0.0176	0.014	0.0297	0.0095	0.015	0.0268	0.0187	0.0095	0.0121	0.0151	0.0121	0.0155	0.0123	0.0135	0.0123	0.0776
chr3R	7168557	7168708	chr3R:7168558-7168708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0173	0.0141	0.0182	0.0074	0.0121	0.0272	0.0207	0.0074	0.0103	0.0186	0.0103	0.0147	0.0115	0.0271	0.0115	0.0156
chr3R	7168779	7168930	chr3R:7168780-7168930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0184	0.0226	0.0171	0.0152	0.0085	0.0146	0.0433	0.02	0.0085	0.0133	0.0235	0.0133	0.0201	0.0077	0.0258	0.0077	0.0172
chr3R	7169821	7169988	chr3R:7169822-7169988	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0518	0.0823	0.0586	0.0102	0.0308	0.0883	0.1064	0.1033	0.0308	0.07	0.0685	0.07	0.0263	0.0084	0.0097	0.0084	0.0083
chr3R	7170472	7170623	chr3R:7170473-7170623	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0362	0.0451	0.0385	0.0237	0.0233	0.0471	0.0636	0.054	0.0233	0.0477	0.0399	0.0477	0.0256	0.0184	0.0071	0.0184	0.0094
chr3R	7170752	7170946	chr3R:7170753-7170946	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0891	0.1388	0.0935	0.0287	0.0965	0.1393	0.1661	0.1865	0.0965	0.131	0.1013	0.131	0.0457	0.0329	0.0155	0.0329	0.0255
chr3R	7171093	7171585	chr3R:7171094-7171585	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1024	0.1781	0.0803	0.0422	0.1495	0.1534	0.231	0.2252	0.1495	0.0743	0.0746	0.0743	0.0751	0.0636	0.0297	0.0636	0.0386
chr3R	7171649	7171879	chr3R:7171650-7171879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0504	0.0833	0.0371	0.0283	0.0806	0.0592	0.1211	0.0913	0.0806	0.0393	0.0309	0.0393	0.0333	0.0467	0.0161	0.0467	0.0281
chr3R	7176563	7176714	chr3R:7176564-7176714	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0563	0.0886	0.0599	0.0162	0.0498	0.0704	0.1228	0.1206	0.0498	0.0646	0.0463	0.0646	0.0364	0.0237	0.0084	0.0237	0.0151
chr3R	7176718	7176903	chr3R:7176719-7176903	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0711	0.1127	0.0768	0.0184	0.0774	0.1058	0.1367	0.1592	0.0774	0.0888	0.0637	0.0888	0.038	0.0222	0.0148	0.0222	0.0135
chr3R	7177558	7177828	chr3R:7177559-7177828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.2007	0.3325	0.2019	0.0521	0.3224	0.3209	0.4027	0.3811	0.3224	0.3086	0.2312	0.3086	0.0573	0.0597	0.0606	0.0597	0.0208
chr3R	7178102	7178484	chr3R:7178103-7178484	FBgn0026063,FBgn0026064	KP78a,KP78b	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.188	0.1785	0.2421	0.1394	0.1156	0.2223	0.1903	0.2225	0.1156	0.3678	0.2855	0.3678	0.1929	0.2266	0.1773	0.2266	0.1647
chr3R	7178499	7178655	chr3R:7178500-7178655	FBgn0026063,FBgn0026064	KP78a,KP78b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1253	0.1168	0.1619	0.0946	0.0689	0.1388	0.1401	0.1332	0.0689	0.2337	0.2003	0.2337	0.1433	0.1355	0.118	0.1355	0.1381
chr3R	7178777	7178979	chr3R:7178778-7178979	FBgn0026063,FBgn0026064	KP78a,KP78b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2593	0.2853	0.3043	0.1808	0.2344	0.3097	0.33	0.3431	0.2344	0.4221	0.3698	0.4221	0.2889	0.2381	0.2592	0.2381	0.2449
chr3R	7179253	7179458	chr3R:7179254-7179458	FBgn0026063,FBgn0026064	KP78a,KP78b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2334	0.2349	0.2681	0.1936	0.1771	0.2587	0.2768	0.2818	0.1771	0.3635	0.3164	0.3635	0.2719	0.242	0.2224	0.242	0.2392
chr3R	7189030	7189181	chr3R:7189031-7189181	distal	distal	none	none	VT39963.1,pros_eye	VT39963.1,pros_eye	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0215	0.0206	0.0282	0.0153	0.0074	0.0194	0.0251	0.0326	0.0074	0.0236	0.0415	0.0236	0.0155	0.0168	0.011	0.0168	0.0297
chr3R	7189356	7189540	chr3R:7189357-7189540	distal	distal	stage11	stage11	VT39963.1,pros_eye	VT39963.1,pros_eye	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0372	0.0319	0.0633	0.0145	0.0053	0.0379	0.0281	0.064	0.0053	0.0441	0.1129	0.0441	0.0186	0.0138	0.0148	0.0138	0.0198
chr3R	7192109	7192333	chr3R:7192110-7192333	distal	distal	none	none	pros_6.8	pros_6.8	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0298	0.0435	0.0325	0.0117	0.0223	0.0524	0.0536	0.0486	0.0223	0.0266	0.0344	0.0266	0.0186	0.01	0.011	0.01	0.012
chr3R	7194370	7194521	chr3R:7194371-7194521	distal	distal	none	none	VT39966.1,pros_6.8	VT39966.1,pros_6.8	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0321	0.0262	0.0553	0.0131	0.0053	0.035	0.035	0.0293	0.0053	0.0374	0.0637	0.0374	0.0349	0.0138	0.0193	0.0138	0.0073
chr3R	7196098	7196249	chr3R:7196099-7196249	distal	distal	stage11	stage11	pros_6.8	pros_6.8	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0274	0.0501	0.018	0.0085	0.0335	0.0346	0.0293	0.0085	0.0417	0.0405	0.0417	0.0225	0.0145	0.0123	0.0145	0.0109
chr3R	7196713	7196864	chr3R:7196714-7196864	distal	distal	none	none	pros_6.8	pros_6.8	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.0111	0.0241	0.0447	0.0064	0.0155	0.0125	0.012	0.0064	0.0163	0.0167	0.0163	0.0178	0.0207	0.0187	0.0207	0.0208
chr3R	7203653	7203843	chr3R:7203654-7203843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0306	0.0521	0.0244	0.0134	0.0498	0.0364	0.08	0.058	0.0498	0.0205	0.0277	0.0205	0.0116	0.0084	0.0103	0.0084	0.0172
chr3R	7204416	7204749	chr3R:7204417-7204749	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1259	0.2197	0.0991	0.0506	0.211	0.1612	0.2747	0.3058	0.211	0.1286	0.1215	0.1286	0.0325	0.0123	0.0155	0.0123	0.0198
chr3R	7214470	7214621	chr3R:7214471-7214621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0239	0.0183	0.0071	0.0117	0.0218	0.0324	0.034	0.0117	0.029	0.018	0.029	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0068
chr3R	7214733	7214940	chr3R:7214734-7214940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0439	0.0192	0.0084	0.0265	0.0442	0.0567	0.058	0.0265	0.0229	0.0206	0.0229	0.0108	0.0038	0.0026	0.0038	0.0094
chr3R	7215062	7215213	chr3R:7215063-7215213	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0492	0.0258	0.0104	0.0414	0.0524	0.0575	0.058	0.0414	0.0344	0.0264	0.0344	0.0116	0.0115	0.0045	0.0115	0.0115
chr3R	7215288	7215636	chr3R:7215289-7215636	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0642	0.1002	0.0618	0.0266	0.0806	0.0971	0.1181	0.1366	0.0806	0.0894	0.0688	0.0894	0.0263	0.0222	0.0142	0.0222	0.0214
chr3R	7216842	7217061	chr3R:7216843-7217061	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.052	0.0702	0.0542	0.0294	0.0445	0.0767	0.0792	0.0893	0.0445	0.0537	0.0547	0.0537	0.0349	0.0237	0.0309	0.0237	0.0485
chr3R	7218584	7218807	chr3R:7218585-7218807	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0611	0.0805	0.0661	0.0338	0.0679	0.0631	0.1099	0.1019	0.0679	0.0719	0.0598	0.0719	0.0627	0.0237	0.0297	0.0237	0.0459
chr3R	7219726	7219899	chr3R:7219727-7219899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.0568	0.0372	0.011	0.0392	0.0476	0.0822	0.0686	0.0392	0.0181	0.0482	0.0181	0.0201	0.0061	0.011	0.0061	0.0167
chr3R	7221760	7221937	chr3R:7221761-7221937	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0285	0.0537	0.0194	0.0104	0.0498	0.0306	0.0878	0.0533	0.0498	0.0217	0.019	0.0217	0.0108	0.0069	0.0123	0.0069	0.0125
chr3R	7227386	7227537	chr3R:7227387-7227537	distal	distal	none	none	VT39975.1	VT39975.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0149	0.0243	0.0133	0.0061	0.0212	0.016	0.0316	0.0326	0.0212	0.0133	0.0167	0.0133	0.0108	0.0069	0.0077	0.0069	0.0052
chr3R	7228738	7228893	chr3R:7228739-7228893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0439	0.0369	0.0256	0.0244	0.0427	0.0627	0.048	0.0244	0.0411	0.0437	0.0411	0.0364	0.0314	0.0232	0.0314	0.0261
chr3R	7233515	7233691	chr3R:7233516-7233691	FBgn0037892	mRpL40	stage11,stage14,stage5	none	VT39979.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.1191	0.1316	0.1076	0.0732	0.1325	0.138	0.1439	0.0732	0.1661	0.1428	0.1661	0.1301	0.1172	0.1006	0.1172	0.1381
chr3R	7233762	7234002	chr3R:7233763-7234002	FBgn0037892	mRpL40	stage11,stage14,stage5	none	VT39979.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0742	0.069	0.0879	0.0648	0.0488	0.0723	0.0865	0.0786	0.0488	0.1117	0.0994	0.1117	0.086	0.072	0.0606	0.072	0.0907
chr3R	7234013	7234164	chr3R:7234014-7234164	FBgn0037892	mRpL40	stage11,stage5	none	VT39979.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.0366	0.0527	0.0288	0.0244	0.0306	0.0463	0.052	0.0244	0.0664	0.0605	0.0664	0.0519	0.0375	0.0219	0.0375	0.0438
chr3R	7235396	7235902	chr3R:7235397-7235902	FBgn0011774,FBgn0264694	Irbp,mgr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1099	0.0953	0.1345	0.099	0.0668	0.1087	0.0943	0.1346	0.0668	0.1624	0.1421	0.1624	0.1549	0.124	0.0928	0.124	0.1277
chr3R	7235906	7236085	chr3R:7235907-7236085	FBgn0011774,FBgn0263480,FBgn0264694	Irbp,mgr,snoRNA:Irbp-a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0304	0.0449	0.0361	0.0127	0.035	0.0355	0.042	0.0127	0.0525	0.0476	0.0525	0.0488	0.0383	0.0374	0.0383	0.0495
chr3R	7238206	7238400	chr3R:7238207-7238400	FBgn0037894	Ranbp9	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0837	0.113	0.0882	0.046	0.0944	0.1252	0.1202	0.1332	0.0944	0.0924	0.0932	0.0924	0.0775	0.0459	0.0322	0.0459	0.0469
chr3R	7238480	7238631	chr3R:7238481-7238631	FBgn0037894	Ranbp9	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0416	0.0555	0.0459	0.0213	0.0371	0.0524	0.0692	0.0653	0.0371	0.0423	0.0531	0.0423	0.0372	0.0222	0.0193	0.0222	0.0214
chr3R	7247091	7247242	chr3R:7247092-7247242	FBgn0037896	ninaG	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0293	0.0395	0.0246	0.0106	0.0369	0.0359	0.034	0.0106	0.0507	0.0431	0.0507	0.0473	0.0268	0.0277	0.0268	0.0302
chr3R	7247433	7247615	chr3R:7247434-7247615	FBgn0037896,FBgn0037897	CG5270,ninaG	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1132	0.0926	0.1401	0.1067	0.052	0.1257	0.0869	0.1166	0.052	0.1769	0.1566	0.1769	0.1425	0.1302	0.1103	0.1302	0.135
chr3R	7247668	7247907	chr3R:7247669-7247907	FBgn0037896,FBgn0037897	CG5270,ninaG	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1341	0.1081	0.1632	0.1312	0.0636	0.1335	0.1012	0.1466	0.0636	0.2101	0.1704	0.2101	0.1952	0.1309	0.1289	0.1309	0.2163
chr3R	7248042	7248193	chr3R:7248043-7248193	FBgn0037897	CG5270	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.031	0.0241	0.0388	0.0301	0.0032	0.0252	0.0307	0.0353	0.0032	0.0362	0.0395	0.0362	0.0643	0.0161	0.0135	0.0161	0.075
chr3R	7255670	7255821	chr3R:7255671-7255821	FBgn0037898	CG18643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0407	0.043	0.0419	0.0369	0.0297	0.0379	0.0588	0.0473	0.0297	0.0519	0.0418	0.0519	0.0651	0.0444	0.0335	0.0444	0.0615
chr3R	7256069	7256301	chr3R:7256070-7256301	FBgn0037898	CG18643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0474	0.0535	0.0566	0.0306	0.0265	0.0655	0.0666	0.056	0.0265	0.0682	0.0605	0.0682	0.079	0.0329	0.029	0.0329	0.0479
chr3R	7257200	7257399	chr3R:7257201-7257399	FBgn0037899,FBgn0037900	CG5276,RpL24-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1906	0.1808	0.2239	0.165	0.14	0.2	0.2042	0.2239	0.14	0.2766	0.2498	0.2766	0.2177	0.1738	0.1786	0.1738	0.1923
chr3R	7257503	7257702	chr3R:7257504-7257702	FBgn0037899,FBgn0037900	CG5276,RpL24-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2073	0.2011	0.2404	0.1778	0.1591	0.2194	0.2275	0.2512	0.1591	0.285	0.2733	0.285	0.2393	0.1761	0.2012	0.1761	0.2163
chr3R	7261216	7261415	chr3R:7261217-7261415	FBgn0037901,FBgn0037902	CG5281,CG6744	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.1013	0.1231	0.0844	0.0668	0.117	0.1103	0.1272	0.0668	0.1353	0.1518	0.1353	0.1038	0.1026	0.0825	0.1026	0.0974
chr3R	7261465	7261637	chr3R:7261466-7261637	FBgn0037901,FBgn0037902	CG5281,CG6744	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1049	0.0988	0.1275	0.0869	0.0668	0.1146	0.1086	0.1306	0.0668	0.1486	0.1457	0.1486	0.1216	0.0965	0.0845	0.0965	0.1021
chr3R	7261717	7261868	chr3R:7261718-7261868	FBgn0037901,FBgn0037902	CG5281,CG6744	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0467	0.0602	0.0375	0.0265	0.049	0.0519	0.0693	0.0265	0.0682	0.0682	0.0682	0.0627	0.0436	0.0342	0.0436	0.0427
chr3R	7263066	7263255	chr3R:7263067-7263255	FBgn0046225	CG17230	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0567	0.0551	0.0678	0.0462	0.0371	0.0641	0.067	0.0606	0.0371	0.0954	0.0717	0.0954	0.0651	0.0582	0.0496	0.0582	0.0594
chr3R	7263340	7263549	chr3R:7263341-7263549	FBgn0046225	CG17230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0946	0.0923	0.1148	0.0748	0.053	0.1015	0.1038	0.1272	0.053	0.1479	0.1257	0.1479	0.1092	0.098	0.0735	0.098	0.0917
chr3R	7263647	7263839	chr3R:7263648-7263839	FBgn0046225	CG17230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.049	0.0582	0.0276	0.0223	0.0471	0.0636	0.0693	0.0223	0.0616	0.0707	0.0616	0.0519	0.0375	0.0258	0.0375	0.0255
chr3R	7275363	7275514	chr3R:7275364-7275514	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT40001.1	VT40001.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0163	0.0136	0.0297	0.0064	0.016	0.026	0.0133	0.0064	0.0193	0.0148	0.0193	0.017	0.0789	0.029	0.0789	0.0172
chr3R	7276738	7276927	chr3R:7276739-7276927	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.016	0.0122	0.0352	0.0021	0.017	0.0221	0.0213	0.0021	0.0163	0.0119	0.0163	0.0139	0.1294	0.0084	0.1294	0.0276
chr3R	7277883	7278034	chr3R:7277884-7278034	FBgn0051374	sals	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0261	0.025	0.0265	0.0269	0.0201	0.0291	0.0272	0.0266	0.0201	0.029	0.0299	0.029	0.0457	0.0352	0.0264	0.0352	0.0417
chr3R	7283172	7283341	chr3R:7283173-7283341	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0143	0.0187	0.0284	0.0159	0.0078	0.026	0.012	0.0159	0.0151	0.0148	0.0151	0.0511	0.0184	0.0045	0.0184	0.073
chr3R	7283904	7284097	chr3R:7283905-7284097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0167	0.0102	0.0156	0.0252	0.0032	0.0097	0.0156	0.0133	0.0032	0.0139	0.0064	0.0139	0.0527	0.0092	0.0077	0.0092	0.0714
chr3R	7284555	7284772	chr3R:7284556-7284772	distal	distal	none	none	VT40007.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0221	0.0201	0.0244	0.0148	0.0199	0.0346	0.0207	0.0148	0.0145	0.0158	0.0145	0.0527	0.0161	0.0116	0.0161	0.0631
chr3R	7293939	7294090	chr3R:7293940-7294090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0187	0.015	0.0131	0.0117	0.0146	0.0316	0.0187	0.0117	0.0139	0.0199	0.0139	0.0101	0.0069	0.0039	0.0069	0.0099
chr3R	7294352	7294503	chr3R:7294353-7294503	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0259	0.0207	0.0138	0.0148	0.0267	0.0316	0.0293	0.0148	0.0242	0.0238	0.0242	0.0155	0.0145	0.0097	0.0145	0.0083
chr3R	7294915	7295066	chr3R:7294916-7295066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0189	0.0167	0.0227	0.0171	0.0117	0.0175	0.0229	0.018	0.0117	0.0236	0.0273	0.0236	0.0271	0.0123	0.02	0.0123	0.0281
chr3R	7309238	7309407	chr3R:7309239-7309407	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0263	0.0124	0.0192	0.0106	0.0199	0.0381	0.0326	0.0106	0.0072	0.0148	0.0072	0.0116	0.0092	0.0058	0.0092	0.0073
chr3R	7315848	7315999	chr3R:7315849-7315999	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0057	0.006	0.01	0.0032	0.0063	0.0099	0.0033	0.0032	0.0066	0.0064	0.0066	0.0046	0.0031	6e-04	0.0031	0.001
chr3R	7325082	7325233	chr3R:7325083-7325233	FBgn0037908	dpr5	none	none	VT40028.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0116	0.0095	0.01	0.0053	0.0083	0.0199	0.012	0.0053	0.0072	0.01	0.0072	0.0085	0.0038	0.0032	0.0038	0.0021
chr3R	7325593	7325760	chr3R:7325594-7325760	FBgn0037908	dpr5	stage14	none	VT40028.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0193	0.0138	0.0277	0.0138	0.0126	0.032	0.0193	0.0138	0.0121	0.0122	0.0121	0.0046	0.0015	0.0026	0.0015	0.0052
chr3R	7336176	7336327	chr3R:7336177-7336327	distal	distal	stage14	stage14	VT40034.1	VT40034.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0061	0.0057	0.017	0.0042	0.0049	0.0108	0.0033	0.0042	0.0036	0.0035	0.0036	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0052
chr3R	7367606	7367757	chr3R:7367607-7367757	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0099	0.0171	0.0076	0.0045	0.0244	0.0117	0.0247	0.0167	0.0244	0.0048	0.0071	0.0048	0.0085	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chr3R	7368296	7368447	chr3R:7368297-7368447	FBgn0053512	dpr4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0189	0.0102	0.0121	0.0064	0.0146	0.032	0.0207	0.0064	0.0097	0.01	0.0097	0.007	0.0046	0.0052	0.0046	0.0021
chr3R	7368629	7368780	chr3R:7368630-7368780	FBgn0053512	dpr4	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0109	0.0106	0.0058	0.0167	0.0032	0.0073	0.0225	0.0087	0.0032	0.0042	0.0058	0.0042	0.0023	0.0015	0.0019	0.0015	0.0042
chr3R	7369003	7369154	chr3R:7369004-7369154	FBgn0053512	dpr4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0189	0.0096	0.0198	0.0138	0.015	0.0311	0.018	0.0138	0.0066	0.0084	0.0066	0.0101	0.0023	0.0026	0.0023	0.0094
chr3R	7369657	7369808	chr3R:7369658-7369808	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0105	0.012	0.007	0.0128	0.0064	0.0058	0.026	0.0087	0.0064	0.0085	0.0064	0.0085	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0063
chr3R	7380960	7381111	chr3R:7380961-7381111	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0177	0.0217	0.0159	0.0152	0.0064	0.0155	0.0411	0.0193	0.0064	0.0193	0.0158	0.0193	0.017	0.0115	0.009	0.0115	0.0083
chr3R	7382685	7382856	chr3R:7382686-7382856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0226	0.0247	0.0217	0.0212	0.0095	0.0184	0.0471	0.024	0.0095	0.0223	0.0222	0.0223	0.0209	0.0184	0.0161	0.0184	0.0172
chr3R	7382927	7383078	chr3R:7382928-7383078	FBgn0037911	CG10898	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0294	0.0362	0.0288	0.0095	0.034	0.0411	0.0333	0.0095	0.0441	0.037	0.0441	0.0411	0.0352	0.0232	0.0352	0.0339
chr3R	7383181	7383365	chr3R:7383182-7383365	FBgn0037911	CG10898	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1283	0.1149	0.1523	0.117	0.0573	0.1306	0.1362	0.1486	0.0573	0.1787	0.1788	0.1787	0.1526	0.1225	0.1341	0.1225	0.1381
chr3R	7383379	7383579	chr3R:7383380-7383579	FBgn0037911	CG10898	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.163	0.1452	0.1878	0.1557	0.0774	0.1675	0.1596	0.1972	0.0774	0.2168	0.2257	0.2168	0.1875	0.1685	0.1999	0.1685	0.1787
chr3R	7383636	7383961	chr3R:7383637-7383961	FBgn0037911	CG10898	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0989	0.0855	0.1161	0.0948	0.0467	0.085	0.0965	0.1266	0.0467	0.1045	0.1588	0.1045	0.103	0.0712	0.1973	0.0712	0.0886
chr3R	7387935	7388100	chr3R:7387936-7388100	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0403	0.013	0.0307	0.0813	0.0042	0.018	0.0186	0.0133	0.0042	0.0187	0.0299	0.0187	0.0782	0.0567	0.1367	0.0567	0.1334
chr3R	7388199	7388357	chr3R:7388200-7388357	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0528	0.0155	0.0429	0.1056	0.0042	0.0218	0.0186	0.0167	0.0042	0.0302	0.0408	0.0302	0.1061	0.0743	0.1734	0.0743	0.1694
chr3R	7388532	7388751	chr3R:7388533-7388751	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0628	0.0196	0.0457	0.1298	0.0095	0.0267	0.0212	0.022	0.0095	0.0242	0.0463	0.0242	0.1201	0.0919	0.1728	0.0919	0.2194
chr3R	7388986	7389144	chr3R:7388987-7389144	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0305	0.0153	0.0218	0.0568	0.0138	0.0204	0.0203	0.0113	0.0138	0.0121	0.0206	0.0121	0.0519	0.0291	0.0438	0.0291	0.086
chr3R	7392719	7392903	chr3R:7392720-7392903	FBgn0037912,FBgn0037913	fabp,sea	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0495	0.0188	0.0324	0.1026	0.0074	0.0243	0.0281	0.0173	0.0074	0.0236	0.0302	0.0236	0.0674	0.0957	0.1115	0.0957	0.1443
chr3R	7394311	7394506	chr3R:7394312-7394506	FBgn0263316	Mrp4	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0473	0.0267	0.0537	0.0634	0.0127	0.0301	0.035	0.0326	0.0127	0.0586	0.0595	0.0586	0.0914	0.0582	0.0858	0.0582	0.1136
chr3R	7394733	7395049	chr3R:7394734-7395049	FBgn0263316	Mrp4	stage11,stage14,stage5	none	VT40065.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1471	0.0779	0.1806	0.1877	0.0308	0.1063	0.0813	0.0986	0.0308	0.1836	0.2132	0.1836	0.282	0.2259	0.2405	0.2259	0.3022
chr3R	7395370	7395533	chr3R:7395371-7395533	FBgn0263316	Mrp4	none	none	VT40065.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0299	0.0156	0.0327	0.0428	0.0011	0.015	0.026	0.0173	0.0011	0.0326	0.0312	0.0326	0.0604	0.0597	0.0464	0.0597	0.0761
chr3R	7396677	7396828	chr3R:7396678-7396828	distal	distal	none	none	VT40065.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0173	0.0253	0.016	0.0099	0.017	0.0131	0.0476	0.0286	0.017	0.0127	0.0196	0.0127	0.0217	0.0084	0.0058	0.0084	0.0219
chr3R	7397290	7397472	chr3R:7397291-7397472	distal	distal	stage5	stage5	VT40065.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0707	0.0138	0.0138	0.0615	0.0248	0.1406	0.066	0.0615	0.0115	0.0183	0.0115	0.0155	0.0092	0.0142	0.0092	0.0224
chr3R	7407185	7407372	chr3R:7407186-7407372	FBgn0037917	wkd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1115	0.0779	0.1187	0.1413	0.0424	0.1034	0.0869	0.0973	0.0424	0.1292	0.127	0.1292	0.1557	0.1608	0.1476	0.1608	0.1657
chr3R	7407470	7407673	chr3R:7407471-7407673	FBgn0037917	wkd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0693	0.042	0.0708	0.0982	0.017	0.0597	0.0428	0.0533	0.017	0.0719	0.074	0.0719	0.1077	0.1026	0.1064	0.1026	0.1188
chr3R	7407793	7408039	chr3R:7407794-7408039	FBgn0037917	wkd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0297	0.0183	0.0335	0.0383	0.0085	0.0262	0.0238	0.0147	0.0085	0.0296	0.0309	0.0296	0.0751	0.0444	0.0219	0.0444	0.0829
chr3R	7408369	7408520	chr3R:7408370-7408520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0161	0.0227	0.0221	0.0064	0.0199	0.0216	0.0187	0.0064	0.0229	0.0244	0.0229	0.0372	0.0237	0.0155	0.0237	0.0417
chr3R	7410250	7410477	chr3R:7410251-7410477	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.039	0.0263	0.0141	0.0095	0.0568	0.0372	0.0526	0.0095	0.0254	0.0325	0.0254	0.0302	0.01	0.0135	0.01	0.0224
chr3R	7415469	7415701	chr3R:7415470-7415701	FBgn0037918	CG6791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0705	0.0986	0.0714	0.0329	0.0864	0.0817	0.0846	0.0329	0.1039	0.1154	0.1039	0.1046	0.0658	0.0845	0.0658	0.0865
chr3R	7415758	7415987	chr3R:7415759-7415987	FBgn0037918	CG6791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1555	0.1365	0.1862	0.143	0.0742	0.1655	0.1548	0.1765	0.0742	0.2101	0.2135	0.2101	0.196	0.1302	0.1451	0.1302	0.1881
chr3R	7416111	7416338	chr3R:7416112-7416338	FBgn0037918	CG6791	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0663	0.0624	0.0773	0.0586	0.0265	0.0718	0.074	0.0866	0.0265	0.0785	0.0849	0.0785	0.0829	0.0536	0.0619	0.0536	0.0792
chr3R	7425552	7425703	chr3R:7425553-7425703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0151	0.0183	0.0174	0.0064	0.0199	0.0156	0.0227	0.0064	0.0151	0.0235	0.0151	0.0139	0.0107	0.0335	0.0107	0.0224
chr3R	7426215	7426383	chr3R:7426216-7426383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0399	0.0381	0.0231	0.0286	0.0403	0.0619	0.0353	0.0286	0.0344	0.0505	0.0344	0.0287	0.0253	0.0335	0.0253	0.0276
chr3R	7427427	7427578	chr3R:7427428-7427578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0243	0.0305	0.0217	0.0117	0.0277	0.032	0.0293	0.0117	0.0217	0.0402	0.0217	0.0287	0.0123	0.0309	0.0123	0.0328
chr3R	7427747	7427901	chr3R:7427748-7427901	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0341	0.0258	0.0209	0.0201	0.033	0.0532	0.0306	0.0201	0.0133	0.0322	0.0133	0.0325	0.01	0.0303	0.01	0.0313
chr3R	7430051	7430202	chr3R:7430052-7430202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0142	0.0255	0.0241	0.0021	0.0194	0.0216	0.012	0.0021	0.0302	0.0286	0.0302	0.0271	0.0123	0.0206	0.0123	0.0245
chr3R	7430438	7430741	chr3R:7430439-7430741	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1224	0.0417	0.1297	0.2044	0.0095	0.0621	0.0506	0.038	0.0095	0.1498	0.1357	0.1498	0.2153	0.2328	0.2495	0.2328	0.2725
chr3R	7432361	7432512	chr3R:7432362-7432512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0162	0.0097	0.0157	0.024	0.0053	0.0126	0.0117	0.0113	0.0053	0.0169	0.0138	0.0169	0.0279	0.0597	0.0142	0.0597	0.0281
chr3R	7438951	7439170	chr3R:7438952-7439170	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1234	0.1133	0.1451	0.111	0.0604	0.1267	0.1475	0.1346	0.0604	0.1715	0.1666	0.1715	0.1317	0.1087	0.1173	0.1087	0.1574
chr3R	7439227	7439446	chr3R:7439228-7439446	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0782	0.0672	0.094	0.0731	0.0286	0.0888	0.0839	0.0706	0.0286	0.0864	0.0961	0.0864	0.1541	0.0383	0.0561	0.0383	0.1688
chr3R	7441057	7441298	chr3R:7441058-7441298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0368	0.0424	0.0448	0.017	0.0374	0.048	0.0486	0.017	0.0302	0.0277	0.0302	0.0263	0.0077	0.0168	0.0077	0.0302
chr3R	7441307	7441458	chr3R:7441308-7441458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0292	0.0298	0.0285	0.0106	0.034	0.0346	0.0366	0.0106	0.0133	0.0215	0.0133	0.0139	0.0084	0.0123	0.0084	0.0214
chr3R	7443540	7443691	chr3R:7443541-7443691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0371	0.0275	0.0434	0.0408	0.0106	0.0427	0.0285	0.03	0.0106	0.0284	0.0585	0.0284	0.031	0.036	0.078	0.036	0.0422
chr3R	7444767	7445035	chr3R:7444768-7445035	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1237	0.1351	0.1541	0.0777	0.0583	0.2092	0.1125	0.1832	0.0583	0.1709	0.1601	0.1709	0.1286	0.0574	0.0845	0.0574	0.099
chr3R	7445262	7445429	chr3R:7445263-7445429	FBgn0037920,FBgn0051363	CG14710,Jupiter	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1168	0.112	0.1405	0.0962	0.0689	0.1432	0.1246	0.1406	0.0689	0.1703	0.1518	0.1703	0.1146	0.0988	0.1077	0.0988	0.1115
chr3R	7445575	7445786	chr3R:7445576-7445786	FBgn0037920,FBgn0051363	CG14710,Jupiter	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2519	0.2524	0.2838	0.2164	0.2036	0.2791	0.2881	0.3031	0.2036	0.3364	0.2977	0.3364	0.2711	0.2328	0.2192	0.2328	0.2543
chr3R	7446040	7446191	chr3R:7446041-7446191	FBgn0037920,FBgn0051363	CG14710,Jupiter	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0601	0.058	0.0722	0.0492	0.0329	0.0684	0.077	0.0546	0.0329	0.0894	0.0826	0.0894	0.072	0.049	0.0529	0.049	0.0578
chr3R	7447499	7447714	chr3R:7447500-7447714	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0854	0.0376	0.0237	0.0562	0.0883	0.128	0.0753	0.0562	0.0459	0.0428	0.0459	0.0426	0.0214	0.029	0.0214	0.0292
chr3R	7448015	7448166	chr3R:7448016-7448166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.042	0.0592	0.0424	0.0223	0.0403	0.0471	0.0887	0.068	0.0403	0.055	0.0453	0.055	0.0457	0.0283	0.0251	0.0283	0.0276
chr3R	7448755	7448923	chr3R:7448756-7448923	FBgn0037922	CG14711	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0636	0.0512	0.0811	0.0582	0.0318	0.0617	0.0627	0.0553	0.0318	0.0912	0.099	0.0912	0.0782	0.0651	0.0638	0.0651	0.0776
chr3R	7448974	7449144	chr3R:7448975-7449144	FBgn0037922	CG14711	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1002	0.0876	0.1209	0.0914	0.0509	0.0981	0.1094	0.1059	0.0509	0.1437	0.1383	0.1437	0.1146	0.098	0.0909	0.098	0.124
chr3R	7452193	7452501	chr3R:7452194-7452501	FBgn0037923,FBgn0042205	CG18764,CG6813	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0685	0.0704	0.0764	0.0577	0.0382	0.0665	0.0887	0.0939	0.0382	0.0906	0.083	0.0906	0.0821	0.0827	0.0484	0.0827	0.0677
chr3R	7452513	7452682	chr3R:7452514-7452682	FBgn0037923,FBgn0042205	CG18764,CG6813	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0921	0.0918	0.1069	0.0763	0.053	0.0976	0.1133	0.1193	0.053	0.1359	0.1109	0.1359	0.1216	0.0934	0.0722	0.0934	0.0974
chr3R	7453528	7453679	chr3R:7453529-7453679	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0466	0.0395	0.0206	0.0297	0.0388	0.0619	0.0653	0.0297	0.0417	0.0482	0.0417	0.0403	0.0222	0.0174	0.0222	0.0271
chr3R	7453794	7454098	chr3R:7453795-7454098	FBgn0037924	CG14712	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0784	0.0861	0.0892	0.0579	0.0456	0.0976	0.1081	0.1086	0.0456	0.1135	0.0949	0.1135	0.086	0.0666	0.0477	0.0666	0.0714
chr3R	7454163	7454552	chr3R:7454164-7454552	FBgn0037924	CG14712	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1507	0.1292	0.183	0.1391	0.07	0.1602	0.1501	0.1579	0.07	0.2204	0.1971	0.2204	0.2146	0.1677	0.1348	0.1677	0.1688
chr3R	7460000	7460156	chr3R:7460001-7460156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0278	0.0236	0.0135	0.0148	0.0214	0.0428	0.0286	0.0148	0.0242	0.0267	0.0242	0.0263	0.0153	0.0135	0.0153	0.0167
chr3R	7460457	7460608	chr3R:7460458-7460608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0253	0.0225	0.0093	0.0117	0.0218	0.0372	0.032	0.0117	0.0211	0.0277	0.0211	0.024	0.0077	0.0103	0.0077	0.012
chr3R	7465490	7465702	chr3R:7465491-7465702	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.034	0.0538	0.0332	0.0128	0.0467	0.0316	0.0895	0.0633	0.0467	0.0217	0.0498	0.0217	0.0372	0.013	0.0129	0.013	0.0141
chr3R	7466042	7466290	chr3R:7466043-7466290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.028	0.0465	0.0255	0.0102	0.0435	0.035	0.0679	0.054	0.0435	0.0229	0.0286	0.0229	0.0318	0.0123	0.0116	0.0123	0.0089
chr3R	7466491	7466743	chr3R:7466492-7466743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0393	0.0277	0.015	0.018	0.0296	0.0593	0.054	0.018	0.0229	0.035	0.0229	0.031	0.0153	0.0168	0.0153	0.0141
chr3R	7470105	7470256	chr3R:7470106-7470256	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0167	0.0197	0.0141	0.0106	0.0155	0.0247	0.0207	0.0106	0.0193	0.0264	0.0193	0.0194	0.0077	0.0329	0.0077	0.0109
chr3R	7472726	7472914	chr3R:7472727-7472914	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0363	0.0319	0.0319	0.0462	0.017	0.0238	0.0489	0.0373	0.017	0.0223	0.0395	0.0223	0.0496	0.0145	0.1012	0.0145	0.0667
chr3R	7474326	7474497	chr3R:7474327-7474497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0385	0.0668	0.0308	0.0153	0.0308	0.0636	0.0856	0.0933	0.0308	0.0254	0.035	0.0254	0.0232	0.0123	0.0148	0.0123	0.0229
chr3R	7474585	7474790	chr3R:7474586-7474790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0482	0.0509	0.0508	0.0223	0.0573	0.0523	0.07	0.0223	0.0423	0.0637	0.0423	0.0565	0.0467	0.0542	0.0467	0.0636
chr3R	7475620	7475834	chr3R:7475621-7475834	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0619	0.0765	0.0614	0.0462	0.053	0.0718	0.0895	0.1046	0.053	0.0688	0.0682	0.0688	0.0666	0.0352	0.0374	0.0352	0.0406
chr3R	7475844	7475995	chr3R:7475845-7475995	FBgn0262081	Csk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0685	0.0745	0.0568	0.052	0.0748	0.0817	0.0793	0.052	0.0924	0.081	0.0924	0.0782	0.0536	0.0606	0.0536	0.0615
chr3R	7476070	7476250	chr3R:7476071-7476250	FBgn0037926,FBgn0262081	Csk,Elp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1343	0.1211	0.1599	0.1209	0.0838	0.1495	0.1263	0.1459	0.0838	0.2095	0.1723	0.2095	0.158	0.1217	0.1431	0.1217	0.1324
chr3R	7476340	7476507	chr3R:7476341-7476507	FBgn0037926,FBgn0262081	Csk,Elp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2048	0.1793	0.2444	0.1898	0.1166	0.2078	0.2029	0.2278	0.1166	0.3122	0.2605	0.3122	0.2254	0.196	0.1973	0.196	0.2293
chr3R	7476623	7476794	chr3R:7476624-7476794	FBgn0037926,FBgn0262081	Csk,Elp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1252	0.1064	0.1486	0.1205	0.0626	0.1243	0.1146	0.1506	0.0626	0.1969	0.1572	0.1969	0.141	0.1156	0.1283	0.1156	0.1542
chr3R	7481258	7481419	chr3R:7481259-7481419	FBgn0259227	CG42327	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.058	0.0497	0.0825	0.0404	0.0127	0.0626	0.0463	0.0893	0.0127	0.0525	0.1325	0.0525	0.0751	0.0306	0.0903	0.0306	0.0396
chr3R	7481470	7481648	chr3R:7481471-7481648	FBgn0259227	CG42327	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.0789	0.1164	0.0996	0.035	0.0947	0.0804	0.1179	0.035	0.1316	0.1434	0.1316	0.1232	0.121	0.1328	0.121	0.1042
chr3R	7481748	7481941	chr3R:7481749-7481941	FBgn0259227	CG42327	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1154	0.0732	0.1464	0.1284	0.0308	0.1107	0.0649	0.0953	0.0308	0.1576	0.1929	0.1576	0.1418	0.1753	0.1676	0.1753	0.1397
chr3R	7482322	7482473	chr3R:7482323-7482473	FBgn0259227	CG42327	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0177	0.0336	0.0365	0.0106	0.0228	0.026	0.0133	0.0106	0.0157	0.0543	0.0157	0.031	0.0176	0.0851	0.0176	0.0349
chr3R	7482578	7482729	chr3R:7482579-7482729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0155	0.0306	0.0313	0.0064	0.0194	0.0195	0.016	0.0064	0.0163	0.0476	0.0163	0.0279	0.0092	0.0774	0.0092	0.0318
chr3R	7483689	7483843	chr3R:7483690-7483843	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0416	0.0224	0.0612	0.0416	0.0064	0.0316	0.026	0.0273	0.0064	0.026	0.1193	0.026	0.0341	0.0153	0.1399	0.0153	0.0245
chr3R	7485583	7485734	chr3R:7485584-7485734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0318	0.0393	0.0249	0.0127	0.0354	0.0411	0.0346	0.0127	0.0489	0.0476	0.0489	0.0372	0.0299	0.0348	0.0299	0.0255
chr3R	7485788	7485969	chr3R:7485789-7485969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.035	0.0346	0.0439	0.0258	0.0117	0.0417	0.0441	0.042	0.0117	0.0604	0.0469	0.0604	0.0534	0.0444	0.0303	0.0444	0.0255
chr3R	7488701	7488852	chr3R:7488702-7488852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0299	0.0194	0.0131	0.0244	0.032	0.0476	0.018	0.0244	0.0187	0.0222	0.0187	0.0256	0.0077	0.0123	0.0077	0.0167
chr3R	7489552	7489703	chr3R:7489553-7489703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.026	0.0249	0.0247	0.0285	0.0085	0.0296	0.0355	0.0273	0.0085	0.0205	0.0315	0.0205	0.0349	0.0184	0.0348	0.0184	0.0563
chr3R	7491041	7491192	chr3R:7491042-7491192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0378	0.0279	0.0484	0.0373	0.0138	0.035	0.0329	0.0353	0.0138	0.0598	0.0559	0.0598	0.0604	0.0383	0.0303	0.0383	0.075
chr3R	7491326	7491498	chr3R:7491327-7491498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0792	0.0713	0.0995	0.0657	0.052	0.0825	0.0783	0.0879	0.052	0.1244	0.1148	0.1244	0.1162	0.0643	0.078	0.0643	0.1011
chr3R	7492113	7492419	chr3R:7492114-7492419	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0379	0.0228	0.0437	0.0483	0.0042	0.0252	0.0372	0.0227	0.0042	0.0229	0.0399	0.0229	0.1077	0.0276	0.0297	0.0276	0.0902
chr3R	7499445	7499607	chr3R:7499446-7499607	FBgn0037930	CG14715	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0447	0.052	0.0327	0.018	0.0471	0.0657	0.044	0.018	0.0664	0.0572	0.0664	0.0496	0.0345	0.0277	0.0345	0.0438
chr3R	7499653	7500069	chr3R:7499654-7500069	FBgn0037930	CG14715	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1312	0.1079	0.1646	0.1205	0.0615	0.1282	0.1276	0.1246	0.0615	0.1975	0.1778	0.1975	0.1813	0.1355	0.1135	0.1355	0.1735
chr3R	7500162	7500313	chr3R:7500163-7500313	FBgn0037930	CG14715	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0349	0.0501	0.0415	0.0148	0.0437	0.0415	0.0393	0.0148	0.0471	0.0563	0.0471	0.0705	0.0375	0.0374	0.0375	0.0688
chr3R	7503532	7503684	chr3R:7503533-7503684	FBgn0037931	CG18476	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0467	0.0364	0.0576	0.0464	0.0148	0.0476	0.0458	0.0373	0.0148	0.0676	0.0637	0.0676	0.0581	0.049	0.049	0.049	0.0636
chr3R	7503764	7503944	chr3R:7503765-7503944	FBgn0037931	CG18476	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1082	0.0922	0.1308	0.1011	0.0626	0.1034	0.1064	0.1066	0.0626	0.1546	0.1399	0.1546	0.1309	0.1034	0.107	0.1034	0.1334
chr3R	7504041	7504385	chr3R:7504042-7504385	FBgn0037931	CG18476	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0878	0.0764	0.1118	0.0741	0.0498	0.085	0.0943	0.0819	0.0498	0.1425	0.1212	0.1425	0.1038	0.0743	0.0858	0.0743	0.0933
chr3R	7504569	7504720	chr3R:7504570-7504720	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0284	0.0428	0.0235	0.017	0.0218	0.0428	0.032	0.017	0.0562	0.0502	0.0562	0.0341	0.026	0.0219	0.026	0.0287
chr3R	7505054	7505252	chr3R:7505055-7505252	FBgn0011290,FBgn0037933	Ho,Taf12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0751	0.0715	0.0835	0.0698	0.0414	0.083	0.0852	0.0779	0.0414	0.0942	0.0894	0.0942	0.11	0.0613	0.0664	0.0613	0.0974
chr3R	7505349	7505520	chr3R:7505350-7505520	FBgn0011290,FBgn0037933	Ho,Taf12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1491	0.141	0.1684	0.137	0.0923	0.1665	0.1622	0.1599	0.0923	0.2065	0.1801	0.2065	0.1851	0.1409	0.1335	0.1409	0.1761
chr3R	7505608	7505786	chr3R:7505609-7505786	FBgn0011290,FBgn0037933	Ho,Taf12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0725	0.082	0.0649	0.0488	0.0859	0.0835	0.0826	0.0488	0.0936	0.0894	0.0936	0.0953	0.0689	0.0703	0.0689	0.0766
chr3R	7513897	7514059	chr3R:7513898-7514059	FBgn0037935	CG6834	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0106	0.0156	0.0201	0.0032	0.0102	0.0164	0.0133	0.0032	0.0103	0.0113	0.0103	0.0442	0.0061	0.009	0.0061	0.0558
chr3R	7516799	7517026	chr3R:7516800-7517026	FBgn0042110	CG18765	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0161	0.0179	0.0262	0.0053	0.0175	0.0251	0.016	0.0053	0.0091	0.0177	0.0091	0.038	0.01	0.0155	0.01	0.0651
chr3R	7518224	7518572	chr3R:7518225-7518572	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.034	0.0305	0.0424	0.0288	0.0138	0.0325	0.048	0.0273	0.0138	0.026	0.0238	0.026	0.017	0.0046	0.0045	0.0046	0.0109
chr3R	7520013	7520235	chr3R:7520014-7520235	FBgn0037937	Fer3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0872	0.1259	0.0867	0.0444	0.0764	0.1301	0.1367	0.1859	0.0764	0.0791	0.0881	0.0791	0.0256	0.026	0.0239	0.026	0.0182
chr3R	7520257	7520408	chr3R:7520258-7520408	FBgn0037937	Fer3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0439	0.047	0.0541	0.0294	0.017	0.0544	0.0571	0.0633	0.017	0.0525	0.065	0.0525	0.0387	0.0222	0.0348	0.0222	0.0276
chr3R	7520521	7520705	chr3R:7520522-7520705	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0946	0.0884	0.1135	0.0809	0.0626	0.0947	0.0995	0.1166	0.0626	0.1316	0.1232	0.1316	0.0937	0.0827	0.0812	0.0827	0.0735
chr3R	7520822	7521012	chr3R:7520823-7521012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0393	0.04	0.0415	0.0361	0.0233	0.034	0.0627	0.0433	0.0233	0.0495	0.0508	0.0495	0.0217	0.0337	0.0245	0.0337	0.0234
chr3R	7524648	7524799	chr3R:7524649-7524799	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0188	0.0267	0.0201	0.0085	0.017	0.0165	0.0446	0.0333	0.017	0.0145	0.0299	0.0145	0.017	0.0069	0.0097	0.0069	0.0109
chr3R	7547397	7547548	chr3R:7547398-7547548	FBgn0037941	CG12594	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0072	0.0048	0.0184	0.0021	0.0053	0.0108	0.01	0.0021	0.0042	0.0045	0.0042	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr3R	7561024	7561194	chr3R:7561025-7561194	FBgn0037942	CG14721	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0755	0.0651	0.0815	0.0805	0.035	0.0743	0.0653	0.0979	0.035	0.0882	0.0923	0.0882	0.103	0.0949	0.0806	0.0949	0.1089
chr3R	7561259	7561442	chr3R:7561260-7561442	FBgn0037942	CG14721	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0824	0.0719	0.0843	0.0922	0.0467	0.084	0.0662	0.1086	0.0467	0.0827	0.0926	0.0827	0.1131	0.1095	0.087	0.1095	0.124
chr3R	7561573	7561724	chr3R:7561574-7561724	FBgn0037942	CG14721	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0292	0.0289	0.0308	0.0279	0.0148	0.0335	0.0311	0.0426	0.0148	0.0266	0.0334	0.0266	0.0457	0.0237	0.0322	0.0237	0.038
chr3R	7561853	7562004	chr3R:7561854-7562004	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0204	0.0214	0.0102	0.0053	0.0209	0.0285	0.0247	0.0053	0.0193	0.0254	0.0193	0.0302	0.0092	0.0097	0.0092	0.0135
chr3R	7567150	7567301	chr3R:7567151-7567301	FBgn0002906,FBgn0037943	CG14722,mus309	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0389	0.0348	0.0509	0.0305	0.0138	0.0495	0.0363	0.042	0.0138	0.064	0.0563	0.064	0.0534	0.0368	0.0316	0.0368	0.0344
chr3R	7567446	7567615	chr3R:7567447-7567615	FBgn0002906,FBgn0037943	CG14722,mus309	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1276	0.1099	0.1519	0.1207	0.0689	0.1388	0.112	0.1446	0.0689	0.1806	0.1698	0.1806	0.1634	0.1417	0.127	0.1417	0.1459
chr3R	7567675	7567869	chr3R:7567676-7567869	FBgn0002906,FBgn0037943	CG14722,mus309	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1003	0.0824	0.1222	0.0962	0.0562	0.115	0.0753	0.1073	0.0562	0.1419	0.1434	0.1419	0.1239	0.1126	0.0948	0.1126	0.1183
chr3R	7567955	7568139	chr3R:7567956-7568139	FBgn0002906,FBgn0037943	CG14722,mus309	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0364	0.0565	0.0408	0.0233	0.0471	0.0415	0.0433	0.0233	0.0646	0.0678	0.0646	0.0542	0.0436	0.0484	0.0436	0.0448
chr3R	7574819	7574999	chr3R:7574820-7574999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0391	0.0269	0.048	0.043	0.0127	0.0335	0.0329	0.0313	0.0127	0.0453	0.0566	0.0453	0.0658	0.0413	0.0471	0.0413	0.062
chr3R	7575089	7575337	chr3R:7575090-7575337	FBgn0037944	CG6923	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.0653	0.1118	0.1147	0.0435	0.0825	0.0696	0.0733	0.0435	0.1069	0.1341	0.1069	0.1247	0.1217	0.1212	0.1217	0.1428
chr3R	7575361	7575694	chr3R:7575362-7575694	FBgn0037944,FBgn0262364	CG43062,CG6923	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1335	0.0813	0.1524	0.1711	0.053	0.1078	0.0804	0.0986	0.053	0.1582	0.1659	0.1582	0.1704	0.1723	0.158	0.1723	0.198
chr3R	7575758	7575943	chr3R:7575759-7575943	FBgn0037944,FBgn0262364	CG43062,CG6923	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1167	0.0836	0.1334	0.1354	0.0435	0.1165	0.0839	0.1066	0.0435	0.1413	0.1514	0.1413	0.1448	0.1409	0.1399	0.1409	0.1542
chr3R	7576059	7576232	chr3R:7576060-7576232	FBgn0037944,FBgn0262364	CG43062,CG6923	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0419	0.0599	0.0522	0.0233	0.0485	0.048	0.0533	0.0233	0.0592	0.0733	0.0592	0.0573	0.0521	0.0496	0.0521	0.0599
chr3R	7576433	7576584	chr3R:7576434-7576584	FBgn0262364	CG43062	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0345	0.0292	0.0461	0.0279	0.0095	0.034	0.0389	0.0333	0.0095	0.0399	0.0624	0.0399	0.0403	0.0283	0.0355	0.0283	0.0318
chr3R	7584674	7584854	chr3R:7584675-7584854	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1629	0.1458	0.1228	0.123	0.1767	0.1769	0.2205	0.123	0.2047	0.1418	0.2047	0.165	0.1708	0.0903	0.1708	0.1256
chr3R	7585135	7585305	chr3R:7585136-7585305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1475	0.1802	0.1495	0.1089	0.1569	0.1888	0.2042	0.2298	0.1569	0.2059	0.1627	0.2059	0.1394	0.1424	0.1173	0.1424	0.1042
chr3R	7585816	7586044	chr3R:7585817-7586044	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1901	0.159	0.2391	0.171	0.0965	0.2097	0.1648	0.1932	0.0965	0.2778	0.2698	0.2778	0.2355	0.1746	0.1799	0.1746	0.1959
chr3R	7586331	7586725	chr3R:7586332-7586725	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2859	0.246	0.3533	0.2564	0.1485	0.3029	0.2349	0.3571	0.1485	0.3412	0.4614	0.3412	0.3277	0.2557	0.3295	0.2557	0.2814
chr3R	7586824	7586999	chr3R:7586825-7586999	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.192	0.122	0.2595	0.1961	0.0562	0.1903	0.0852	0.1812	0.0562	0.3333	0.3071	0.3333	0.244	0.2213	0.2224	0.2213	0.2267
chr3R	7587097	7587289	chr3R:7587098-7587289	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1644	0.1331	0.1989	0.1615	0.087	0.1704	0.1432	0.1566	0.087	0.2603	0.2402	0.2603	0.1588	0.2228	0.2037	0.2228	0.1897
chr3R	7587566	7587743	chr3R:7587567-7587743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.104	0.0744	0.1313	0.1069	0.0371	0.0981	0.0817	0.0906	0.0371	0.1353	0.1685	0.1353	0.1139	0.1516	0.1231	0.1516	0.1303
chr3R	7589270	7589534	chr3R:7589271-7589534	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT40156.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.172	0.1181	0.2418	0.1555	0.0689	0.1675	0.1081	0.1566	0.0689	0.3043	0.2772	0.3043	0.189	0.1432	0.1651	0.1432	0.161
chr3R	7589541	7589748	chr3R:7589542-7589748	FBgn0017581	Lk6	stage11,stage14,stage5	stage5	VT40156.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.157	0.1162	0.2032	0.1521	0.0604	0.1655	0.112	0.1506	0.0604	0.2488	0.2331	0.2488	0.1634	0.1554	0.1696	0.1554	0.1647
chr3R	7590141	7590368	chr3R:7590142-7590368	FBgn0017581	Lk6	stage11,stage14,stage5	none	VT40156.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2711	0.2444	0.3204	0.2468	0.1898	0.2927	0.2669	0.2931	0.1898	0.3792	0.3518	0.3792	0.3036	0.2366	0.2637	0.2366	0.3054
chr3R	7597313	7597464	chr3R:7597314-7597464	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0881	0.0486	0.0195	0.0679	0.0971	0.1276	0.07	0.0679	0.0501	0.0592	0.0501	0.0496	0.023	0.0161	0.023	0.0219
chr3R	7599457	7599716	chr3R:7599458-7599716	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.3008	0.2995	0.3688	0.2278	0.2312	0.3573	0.3175	0.3671	0.2312	0.4559	0.3977	0.4559	0.3284	0.2266	0.2444	0.2266	0.2048
chr3R	7600929	7601265	chr3R:7600930-7601265	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2272	0.34	0.2513	0.0746	0.3245	0.2937	0.4416	0.4057	0.3245	0.1914	0.3537	0.1914	0.2448	0.0498	0.1057	0.0498	0.073
chr3R	7601754	7601905	chr3R:7601755-7601905	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1298	0.1474	0.1558	0.0815	0.1092	0.1573	0.1752	0.1812	0.1092	0.1769	0.1537	0.1769	0.1146	0.0467	0.0561	0.0467	0.0532
chr3R	7601979	7602130	chr3R:7601980-7602130	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.103	0.1046	0.114	0.0891	0.071	0.1291	0.1151	0.1233	0.071	0.1202	0.1084	0.1202	0.093	0.0352	0.0484	0.0352	0.0516
chr3R	7602903	7603216	chr3R:7602904-7603216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1772	0.1231	0.2195	0.1912	0.0901	0.1922	0.1198	0.1233	0.0901	0.3394	0.1949	0.3394	0.2455	0.3025	0.1032	0.3025	0.2074
chr3R	7603689	7604172	chr3R:7603690-7604172	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.4062	0.3548	0.4796	0.3832	0.3266	0.4296	0.3798	0.3884	0.3266	0.5978	0.4891	0.5978	0.4245	0.4165	0.3669	0.4165	0.4216
chr3R	7604559	7605079	chr3R:7604560-7605079	FBgn0086910	l(3)neo38	stage11,stage14,stage5	none	VT40165.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.3569	0.3473	0.4254	0.2923	0.281	0.4136	0.3382	0.4564	0.281	0.442	0.5061	0.442	0.3912	0.2703	0.3598	0.2703	0.3142
chr3R	7605456	7605699	chr3R:7605457-7605699	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT40165.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3031	0.2774	0.3673	0.2614	0.2291	0.3456	0.2747	0.3418	0.2291	0.4952	0.3981	0.4952	0.3517	0.3009	0.2901	0.3009	0.321
chr3R	7606144	7606322	chr3R:7606145-7606322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT40165.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2198	0.2049	0.26	0.1922	0.1601	0.2539	0.2063	0.2578	0.1601	0.3339	0.3084	0.3339	0.2393	0.2106	0.2257	0.2106	0.2449
chr3R	7606490	7606709	chr3R:7606491-7606709	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT40165.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.154	0.1643	0.1831	0.1106	0.1304	0.1922	0.1782	0.2039	0.1304	0.2385	0.2203	0.2385	0.1805	0.1332	0.1354	0.1332	0.1308
chr3R	7612207	7612365	chr3R:7612208-7612365	FBgn0037949	CG17360	stage5	none	VT40167.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0592	0.0601	0.0694	0.0471	0.035	0.0587	0.0874	0.066	0.035	0.0688	0.0862	0.0688	0.0651	0.049	0.0471	0.049	0.0459
chr3R	7612449	7612627	chr3R:7612450-7612627	FBgn0037949,FBgn0037950	CG17360,HisCl1	stage11,stage14,stage5	none	VT40167.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.135	0.1267	0.1604	0.1163	0.0859	0.1442	0.1531	0.1506	0.0859	0.1854	0.1842	0.1854	0.1557	0.1294	0.1115	0.1294	0.1313
chr3R	7612724	7612943	chr3R:7612725-7612943	FBgn0037949,FBgn0037950	CG17360,HisCl1	none	none	VT40167.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0878	0.0783	0.1102	0.0741	0.0456	0.0903	0.0943	0.0939	0.0456	0.1341	0.1235	0.1341	0.1139	0.0674	0.0716	0.0674	0.1016
chr3R	7613135	7613360	chr3R:7613136-7613360	FBgn0037949,FBgn0037950	CG17360,HisCl1	none	none	VT40167.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.047	0.0495	0.0323	0.0318	0.0481	0.0636	0.0553	0.0318	0.0592	0.0582	0.0592	0.0581	0.0314	0.0303	0.0314	0.0427
chr3R	7621988	7622209	chr3R:7621989-7622209	FBgn0025802	Sbf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0385	0.036	0.0418	0.0376	0.0212	0.0422	0.0467	0.036	0.0212	0.0453	0.0421	0.0453	0.0457	0.0345	0.0277	0.0345	0.0719
chr3R	7622368	7622538	chr3R:7622369-7622538	FBgn0025802	Sbf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0681	0.0591	0.0782	0.067	0.0297	0.0709	0.0709	0.066	0.0297	0.0972	0.0884	0.0972	0.0728	0.0712	0.0799	0.0712	0.0875
chr3R	7622622	7622795	chr3R:7622623-7622795	FBgn0025802	Sbf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.0947	0.1315	0.1072	0.0679	0.1121	0.1064	0.1113	0.0679	0.1612	0.1521	0.1612	0.1232	0.1187	0.1199	0.1187	0.1355
chr3R	7623058	7623306	chr3R:7623059-7623306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0341	0.0404	0.0295	0.0201	0.0345	0.0484	0.0366	0.0201	0.0423	0.0399	0.0423	0.0534	0.0314	0.0322	0.0314	0.037
chr3R	7633463	7633614	chr3R:7633464-7633614	distal	distal	none	none	VT40176.1,VT40177.1	VT40176.1,VT40177.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0167	0.0141	0.0148	0.0217	0.0064	0.0141	0.0234	0.0147	0.0064	0.0139	0.0183	0.0139	0.0232	0.0184	0.0232	0.0184	0.0401
chr3R	7636429	7636580	chr3R:7636430-7636580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0161	0.0155	0.0166	0.0021	0.0141	0.0247	0.024	0.0021	0.0193	0.0148	0.0193	0.0263	0.0084	0.0129	0.0084	0.0365
chr3R	7639013	7639164	chr3R:7639014-7639164	FBgn0051116	ClC-a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.025	0.0257	0.0266	0.0224	0.0042	0.0374	0.0324	0.0273	0.0042	0.0302	0.0318	0.0302	0.0256	0.0191	0.0239	0.0191	0.0396
chr3R	7643616	7643768	chr3R:7643617-7643768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.051	0.0382	0.0149	0.0329	0.0549	0.0619	0.0706	0.0329	0.0465	0.0418	0.0465	0.0341	0.0138	0.0187	0.0138	0.0141
chr3R	7644242	7644435	chr3R:7644243-7644435	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0516	0.0616	0.0646	0.0263	0.0308	0.0709	0.077	0.0786	0.0308	0.0743	0.0672	0.0743	0.0565	0.0168	0.0264	0.0168	0.0292
chr3R	7644450	7644648	chr3R:7644451-7644648	FBgn0019624,FBgn0259139	CoVa,glo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0669	0.072	0.0845	0.0419	0.0488	0.0748	0.0874	0.0933	0.0488	0.1045	0.0904	0.1045	0.0596	0.0352	0.0322	0.0352	0.049
chr3R	7644763	7645145	chr3R:7644764-7645145	FBgn0019624,FBgn0259139	CoVa,glo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.214	0.1993	0.2579	0.1824	0.1421	0.2184	0.2357	0.2432	0.1421	0.3122	0.272	0.3122	0.2378	0.1953	0.1605	0.1953	0.2053
chr3R	7645231	7645407	chr3R:7645232-7645407	FBgn0019624,FBgn0259139	CoVa,glo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1702	0.1478	0.2053	0.1565	0.087	0.1723	0.1756	0.1765	0.087	0.2591	0.2167	0.2591	0.2076	0.1616	0.1663	0.1616	0.1819
chr3R	7645494	7645660	chr3R:7645495-7645660	FBgn0019624,FBgn0259139	CoVa,glo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0634	0.0495	0.0806	0.06	0.017	0.0573	0.0614	0.0613	0.017	0.1014	0.0814	0.1014	0.0937	0.0628	0.0632	0.0628	0.0844
chr3R	7645745	7645934	chr3R:7645746-7645934	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0443	0.0408	0.053	0.0386	0.018	0.0481	0.0536	0.0466	0.018	0.061	0.0559	0.061	0.0705	0.036	0.0309	0.036	0.0594
chr3R	7645981	7646132	chr3R:7645982-7646132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0303	0.0386	0.0318	0.017	0.0354	0.0381	0.038	0.017	0.0362	0.0399	0.0362	0.0596	0.036	0.0271	0.036	0.0532
chr3R	7647534	7647812	chr3R:7647535-7647812	FBgn0037955	CG6950	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0627	0.0425	0.0727	0.0744	0.0191	0.0461	0.0571	0.0513	0.0191	0.0749	0.0778	0.0749	0.1084	0.0674	0.0774	0.0674	0.1251
chr3R	7648135	7648328	chr3R:7648136-7648328	FBgn0037955	CG6950	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1023	0.0815	0.1193	0.1069	0.035	0.0913	0.1042	0.1019	0.035	0.1473	0.1315	0.1473	0.1301	0.1034	0.1083	0.1034	0.1454
chr3R	7675136	7675553	chr3R:7675137-7675553	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0486	0.0179	0.0334	0.0997	0.0074	0.0199	0.0311	0.012	0.0074	0.0308	0.0399	0.0308	0.0527	0.2159	0.1657	0.2159	0.0667
chr3R	7675616	7675812	chr3R:7675617-7675812	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0336	0.0132	0.023	0.0681	0.0042	0.0189	0.019	0.0107	0.0042	0.0187	0.028	0.0187	0.038	0.1524	0.1128	0.1524	0.0406
chr3R	7676875	7677049	chr3R:7676876-7677049	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.053	0.0163	0.0445	0.1032	0.0085	0.0184	0.0272	0.0087	0.0085	0.0356	0.0441	0.0356	0.1139	0.1868	0.1528	0.1868	0.111
chr3R	7677365	7677648	chr3R:7677366-7677648	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0735	0.0207	0.0615	0.1457	0.0074	0.0345	0.0225	0.0147	0.0074	0.067	0.0537	0.067	0.1387	0.2642	0.1896	0.2642	0.1761
chr3R	7681349	7681500	chr3R:7681350-7681500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0065	0.0076	0.018	0.0053	0.0053	0.0104	0.0053	0.0053	0.0036	0.0106	0.0036	0.0077	0.0138	0.0187	0.0138	0.0104
chr3R	7687586	7687737	chr3R:7687587-7687737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.009	0.007	0.0088	0.0116	0.0011	0.0034	0.0156	0.006	0.0011	0.0109	0.0103	0.0109	0.0085	0.0077	0.0129	0.0077	0.0073
chr3R	7694448	7694688	chr3R:7694449-7694688	FBgn0037956	CG6959	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0562	0.028	0.0707	0.0719	0.0074	0.0335	0.0342	0.0393	0.0074	0.029	0.1193	0.029	0.0736	0.0322	0.1702	0.0322	0.0724
chr3R	7695131	7695317	chr3R:7695132-7695317	FBgn0037956	CG6959	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1104	0.0278	0.1406	0.1695	0.0074	0.0519	0.0225	0.0273	0.0074	0.1588	0.1743	0.1588	0.189	0.2152	0.2031	0.2152	0.2517
chr3R	7695660	7695840	chr3R:7695661-7695840	FBgn0037956	CG6959	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0624	0.0183	0.0761	0.0966	0.0074	0.0257	0.0225	0.0153	0.0074	0.0857	0.0936	0.0857	0.1061	0.1394	0.1335	0.1394	0.1266
chr3R	7695929	7696129	chr3R:7695930-7696129	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0239	0.0537	0.0698	0.0074	0.0282	0.032	0.0286	0.0074	0.0525	0.0752	0.0525	0.0643	0.0758	0.1219	0.0758	0.0881
chr3R	7702866	7703090	chr3R:7702867-7703090	FBgn0003312	sad	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0717	0.1469	0.0506	0.0109	0.1304	0.068	0.2197	0.2185	0.1304	0.0193	0.1013	0.0193	0.0209	0.0084	0.0264	0.0084	0.0099
chr3R	7707927	7708121	chr3R:7707928-7708121	FBgn0037958,FBgn0051368	CG31368,CG6962	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.074	0.074	0.0882	0.0583	0.0498	0.0772	0.0982	0.0873	0.0498	0.122	0.1023	0.122	0.0697	0.059	0.0606	0.059	0.0771
chr3R	7708173	7708376	chr3R:7708174-7708376	FBgn0037958,FBgn0051368	CG31368,CG6962	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1251	0.113	0.1462	0.1154	0.0732	0.1175	0.1458	0.1379	0.0732	0.1842	0.1723	0.1842	0.1348	0.1187	0.1289	0.1187	0.1417
chr3R	7708402	7708611	chr3R:7708403-7708611	FBgn0037958,FBgn0051368	CG31368,CG6962	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1286	0.1223	0.1503	0.112	0.0806	0.1136	0.1717	0.1426	0.0806	0.1745	0.1752	0.1745	0.1456	0.1256	0.127	0.1256	0.1334
chr3R	7708642	7708810	chr3R:7708643-7708810	FBgn0037958,FBgn0051368	CG31368,CG6962	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0644	0.0741	0.0458	0.0414	0.0592	0.0939	0.0733	0.0414	0.0936	0.0801	0.0936	0.0728	0.0574	0.0535	0.0574	0.05
chr3R	7712163	7712314	chr3R:7712164-7712314	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.0374	0.0387	0.0313	0.0297	0.035	0.0536	0.0386	0.0297	0.0374	0.0559	0.0374	0.0271	0.026	0.0574	0.026	0.0255
chr3R	7712373	7712666	chr3R:7712374-7712666	FBgn0037960	mthl5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0822	0.0886	0.0961	0.0599	0.0573	0.0689	0.1207	0.1286	0.0573	0.0737	0.1547	0.0737	0.0837	0.0391	0.107	0.0391	0.0651
chr3R	7712867	7713036	chr3R:7712868-7713036	FBgn0037960	mthl5	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1306	0.0578	0.2034	0.132	0.0127	0.0908	0.0467	0.0853	0.0127	0.2107	0.273	0.2107	0.1975	0.0911	0.2115	0.0911	0.1699
chr3R	7713240	7713588	chr3R:7713241-7713588	FBgn0037960	mthl5	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1365	0.0773	0.2208	0.1103	0.0255	0.1209	0.0718	0.0973	0.0255	0.2476	0.2971	0.2476	0.1975	0.0597	0.196	0.0597	0.1433
chr3R	7713852	7714085	chr3R:7713853-7714085	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1307	0.1282	0.1789	0.0806	0.0838	0.117	0.154	0.1939	0.0838	0.0942	0.301	0.0942	0.1627	0.0276	0.2186	0.0276	0.0709
chr3R	7760287	7760438	chr3R:7760288-7760438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0129	0.0181	0.0096	0.0106	0.0085	0.0184	0.0294	0.0173	0.0085	0.0066	0.0132	0.0066	0.0139	0.0046	0.0077	0.0046	0.0255
chr3R	7763640	7763808	chr3R:7763641-7763808	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0181	0.0297	0.0331	0.0095	0.0218	0.0199	0.0266	0.0095	0.0091	0.0605	0.0091	0.0132	0.0031	0.1186	0.0031	0.0089
chr3R	7764677	7764828	chr3R:7764678-7764828	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.019	0.0244	0.0184	0.0136	0.0127	0.018	0.0272	0.0446	0.0127	0.0199	0.0212	0.0199	0.0194	0.0046	0.0187	0.0046	0.0151
chr3R	7764883	7765034	chr3R:7764884-7765034	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0292	0.0148	0.0113	0.017	0.0209	0.0424	0.0386	0.017	0.0217	0.0174	0.0217	0.0108	0.0054	0.0155	0.0054	0.0109
chr3R	7766909	7767060	chr3R:7766910-7767060	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0153	0.0141	0.0174	0.0064	0.0078	0.0234	0.0253	0.0064	0.0079	0.027	0.0079	0.0085	0.0031	0.0638	0.0031	0.0073
chr3R	7771695	7771846	chr3R:7771696-7771846	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0204	0.0247	0.0281	0.0117	0.0204	0.032	0.02	0.0117	0.0229	0.0357	0.0229	0.0163	0.0084	0.0928	0.0084	0.0135
chr3R	7772537	7772688	chr3R:7772538-7772688	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.015	0.0169	0.0227	0.0095	0.0146	0.0225	0.0167	0.0095	0.0145	0.0228	0.0145	0.0194	0.0115	0.0516	0.0115	0.0281
chr3R	7773248	7773468	chr3R:7773249-7773468	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0543	0.0788	0.0537	0.0277	0.0477	0.0806	0.0683	0.1459	0.0477	0.0604	0.0711	0.0604	0.0558	0.0199	0.0671	0.0199	0.0224
chr3R	7774385	7774588	chr3R:7774386-7774588	FBgn0037963	Cad87A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1359	0.1319	0.1716	0.1012	0.0933	0.151	0.1449	0.1692	0.0933	0.215	0.2158	0.215	0.1627	0.0919	0.1412	0.0919	0.1428
chr3R	7774786	7774994	chr3R:7774787-7774994	FBgn0037963,FBgn0051211	CG31211,Cad87A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2499	0.2443	0.2845	0.2184	0.2089	0.2811	0.2625	0.2925	0.2089	0.3599	0.3164	0.3599	0.2781	0.2511	0.236	0.2511	0.2658
chr3R	7775289	7775481	chr3R:7775290-7775481	FBgn0037963,FBgn0051211	CG31211,Cad87A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1751	0.1616	0.2081	0.1539	0.1262	0.1937	0.1661	0.2012	0.1262	0.2403	0.2357	0.2403	0.1929	0.1746	0.1528	0.1746	0.1813
chr3R	7775526	7775677	chr3R:7775527-7775677	FBgn0051211	CG31211	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0763	0.068	0.0952	0.0649	0.0424	0.0845	0.0701	0.0886	0.0424	0.1238	0.1016	0.1238	0.0991	0.0704	0.0516	0.0704	0.0891
chr3R	7782571	7782758	chr3R:7782572-7782758	FBgn0013275	Hsp70Aa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.029	0.048	0.0228	0.0159	0.0359	0.0303	0.0373	0.0159	0.0501	0.0543	0.0501	0.0511	0.0253	0.0329	0.0253	0.0261
chr3R	7783126	7783277	chr3R:7783127-7783277	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0386	0.0371	0.0184	0.0223	0.0422	0.0471	0.048	0.0223	0.0399	0.0473	0.0399	0.031	0.0207	0.0277	0.0207	0.0156
chr3R	7783286	7783552	chr3R:7783287-7783552	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0646	0.0642	0.0334	0.0456	0.0791	0.0761	0.0746	0.0456	0.0694	0.0814	0.0694	0.0542	0.0421	0.0464	0.0421	0.0349
chr3R	7783822	7784005	chr3R:7783823-7784005	FBgn0013276	Hsp70Ab	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0432	0.0546	0.0345	0.035	0.0515	0.0489	0.0533	0.035	0.0737	0.0601	0.0737	0.048	0.0436	0.0374	0.0436	0.0417
chr3R	7784068	7784219	chr3R:7784069-7784219	FBgn0013276	Hsp70Ab	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0262	0.0379	0.0241	0.0244	0.0286	0.029	0.0333	0.0244	0.0531	0.0418	0.0531	0.0263	0.0245	0.02	0.0245	0.0328
chr3R	7788440	7788627	chr3R:7788441-7788627	FBgn0000147,FBgn0260741	CG3281,aur	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1539	0.141	0.1868	0.1322	0.087	0.1704	0.1497	0.1792	0.087	0.2301	0.2113	0.2301	0.1704	0.1378	0.1528	0.1378	0.1433
chr3R	7788754	7788923	chr3R:7788755-7788923	FBgn0000147,FBgn0260741	CG3281,aur	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1715	0.1596	0.2084	0.1441	0.1113	0.1806	0.1812	0.1979	0.1113	0.247	0.2325	0.247	0.1991	0.1539	0.1612	0.1539	0.1563
chr3R	7789034	7789185	chr3R:7789035-7789185	FBgn0000147	aur	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0597	0.0679	0.0683	0.0412	0.0488	0.0636	0.0917	0.0813	0.0488	0.0713	0.0772	0.0713	0.0705	0.0498	0.0426	0.0498	0.0443
chr3R	7792869	7793020	chr3R:7792870-7793020	FBgn0260742,FBgn0260743	CG12213,CG18347	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0692	0.0666	0.0831	0.057	0.0286	0.0748	0.08	0.0886	0.0286	0.1014	0.0887	0.1014	0.0829	0.0643	0.0574	0.0643	0.0714
chr3R	7793074	7793287	chr3R:7793075-7793287	FBgn0260742,FBgn0260743	CG12213,CG18347	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1222	0.1074	0.1485	0.11	0.0414	0.1311	0.1233	0.1432	0.0414	0.1926	0.1576	0.1926	0.1278	0.1248	0.118	0.1248	0.1303
chr3R	7793331	7793519	chr3R:7793332-7793519	FBgn0260742,FBgn0260743	CG12213,CG18347	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1768	0.1505	0.2192	0.1596	0.087	0.1903	0.1514	0.1992	0.087	0.2657	0.2473	0.2657	0.2045	0.1616	0.1754	0.1616	0.2001
chr3R	7793621	7793827	chr3R:7793622-7793827	FBgn0260742,FBgn0260743	CG12213,CG18347	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0807	0.0662	0.0984	0.0774	0.0265	0.0791	0.0783	0.0833	0.0265	0.1165	0.1138	0.1165	0.0953	0.0835	0.0858	0.0835	0.1032
chr3R	7793850	7794001	chr3R:7793851-7794001	FBgn0260743	CG18347	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0439	0.0371	0.0523	0.0422	0.018	0.0456	0.0385	0.056	0.018	0.0483	0.0637	0.0483	0.072	0.036	0.0477	0.036	0.0568
chr3R	7794064	7794234	chr3R:7794065-7794234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0395	0.0317	0.0468	0.0402	0.0127	0.035	0.0407	0.0426	0.0127	0.0405	0.0556	0.0405	0.0651	0.0276	0.04	0.0276	0.0672
chr3R	7794420	7794571	chr3R:7794421-7794571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.028	0.0222	0.0343	0.0277	0.0148	0.0204	0.0298	0.028	0.0148	0.0272	0.0389	0.0272	0.0558	0.0184	0.0187	0.0184	0.0589
chr3R	7795593	7795744	chr3R:7795594-7795744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0415	0.0213	0.011	0.0286	0.0306	0.0662	0.0453	0.0286	0.0169	0.0273	0.0169	0.0209	0.013	0.0135	0.013	0.0109
chr3R	7800108	7800259	chr3R:7800109-7800259	FBgn0260744	Tango9	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0334	0.0379	0.0262	0.0148	0.0359	0.0497	0.0366	0.0148	0.0405	0.045	0.0405	0.0318	0.0237	0.0251	0.0237	0.0375
chr3R	7800362	7800523	chr3R:7800363-7800523	FBgn0260744	Tango9	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0547	0.0522	0.0645	0.0468	0.0255	0.0568	0.0709	0.0586	0.0255	0.07	0.0723	0.07	0.0697	0.0383	0.04	0.0383	0.0578
chr3R	7800578	7800754	chr3R:7800579-7800754	FBgn0260744	Tango9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.1042	0.1173	0.0883	0.0594	0.1248	0.1198	0.1226	0.0594	0.1479	0.1331	0.1479	0.103	0.0888	0.0935	0.0888	0.1115
chr3R	7802516	7802721	chr3R:7802517-7802721	FBgn0037972	CG10005	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0715	0.0413	0.1185	0.0538	0.0148	0.0505	0.0363	0.0733	0.0148	0.0374	0.2402	0.0374	0.0604	0.0115	0.1838	0.0115	0.024
chr3R	7802852	7803047	chr3R:7802853-7803047	FBgn0037972	CG10005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0913	0.0589	0.1453	0.0682	0.0223	0.0728	0.0493	0.1013	0.0223	0.0628	0.2666	0.0628	0.1038	0.0092	0.196	0.0092	0.0651
chr3R	7805933	7806231	chr3R:7805934-7806231	FBgn0037973	CG18547	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0395	0.0756	0.0635	0.018	0.049	0.0506	0.0426	0.018	0.0489	0.1119	0.0489	0.0945	0.0574	0.1096	0.0574	0.087
chr3R	7815099	7815250	chr3R:7815100-7815250	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0134	0.013	0.0147	0.0124	0.0064	0.0102	0.0221	0.0107	0.0064	0.0163	0.0186	0.0163	0.0147	0.023	0.0168	0.023	0.012
chr3R	7815997	7816148	chr3R:7815998-7816148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0207	0.0258	0.0205	0.0106	0.0146	0.0311	0.03	0.0106	0.0157	0.0466	0.0157	0.0147	0.0061	0.0619	0.0061	0.0125
chr3R	7818313	7818549	chr3R:7818314-7818549	FBgn0260745	mfas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0432	0.0635	0.049	0.0223	0.05	0.048	0.06	0.0223	0.0302	0.1042	0.0302	0.0759	0.0161	0.1038	0.0161	0.0761
chr3R	7818562	7818830	chr3R:7818563-7818830	FBgn0260745	mfas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0891	0.0649	0.1231	0.079	0.0361	0.066	0.0709	0.1066	0.0361	0.0453	0.226	0.0453	0.1185	0.0222	0.205	0.0222	0.0964
chr3R	7818944	7819331	chr3R:7818945-7819331	FBgn0260745	mfas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1107	0.0886	0.1188	0.1264	0.0615	0.0816	0.1094	0.1259	0.0615	0.0344	0.2151	0.0344	0.1332	0.0467	0.2682	0.0467	0.198
chr3R	7819398	7819669	chr3R:7819399-7819669	FBgn0260745	mfas	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0553	0.0907	0.0466	0.0252	0.07	0.0442	0.1345	0.1379	0.07	0.0223	0.0826	0.0223	0.0395	0.0168	0.0542	0.0168	0.0271
chr3R	7823941	7824163	chr3R:7823942-7824163	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0331	0.072	0.0162	0.0082	0.0467	0.0447	0.0843	0.1392	0.0467	0.0127	0.0225	0.0127	0.0077	0.0023	0.0071	0.0023	0.0078
chr3R	7824850	7825056	chr3R:7824851-7825056	FBgn0260746	Ect3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0852	0.1046	0.0829	0.0661	0.0785	0.1039	0.1311	0.1286	0.0785	0.0743	0.0868	0.0743	0.1309	0.0406	0.0471	0.0406	0.1532
chr3R	7825331	7825482	chr3R:7825332-7825482	FBgn0260746	Ect3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0285	0.0241	0.0207	0.018	0.0228	0.0415	0.0346	0.018	0.0193	0.0257	0.0193	0.0418	0.0069	0.0084	0.0069	0.0558
chr3R	7825598	7825749	chr3R:7825599-7825749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.0165	0.0133	0.0123	0.0053	0.0141	0.0251	0.0213	0.0053	0.0091	0.0151	0.0091	0.0248	0.0054	0.0071	0.0054	0.0287
chr3R	7826041	7826452	chr3R:7826042-7826452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0383	0.0298	0.0377	0.0486	0.0106	0.0296	0.0437	0.03	0.0106	0.0284	0.0344	0.0284	0.0914	0.0237	0.0258	0.0237	0.124
chr3R	7831160	7831414	chr3R:7831161-7831414	FBgn0037976	Tk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0775	0.134	0.0548	0.0391	0.1071	0.0985	0.173	0.1865	0.1071	0.0429	0.0772	0.0429	0.0418	0.023	0.0277	0.023	0.0297
chr3R	7835816	7835989	chr3R:7835817-7835989	FBgn0037978	KLHL18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0698	0.0628	0.0841	0.0618	0.0361	0.0738	0.0744	0.0766	0.0361	0.1214	0.0852	0.1214	0.0852	0.0888	0.0638	0.0888	0.0761
chr3R	7836080	7836266	chr3R:7836081-7836266	FBgn0037978,FBgn0037979	CG3532,KLHL18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1614	0.1471	0.1892	0.1469	0.1071	0.1752	0.16	0.1772	0.1071	0.2403	0.2042	0.2403	0.1898	0.1738	0.1509	0.1738	0.1793
chr3R	7836401	7836615	chr3R:7836402-7836615	FBgn0037978,FBgn0037979	CG3532,KLHL18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1355	0.1262	0.1565	0.123	0.071	0.1427	0.1566	0.1512	0.071	0.1878	0.1727	0.1878	0.1596	0.1263	0.1309	0.1263	0.1615
chr3R	7842259	7842422	chr3R:7842260-7842422	FBgn0037980,FBgn0037981	CG3313,Spt3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0455	0.0381	0.0563	0.0418	0.0201	0.0485	0.0415	0.0513	0.0201	0.0713	0.0653	0.0713	0.0558	0.0452	0.0438	0.0452	0.05
chr3R	7842507	7842711	chr3R:7842508-7842711	FBgn0037980,FBgn0037981	CG3313,Spt3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0905	0.0712	0.109	0.0918	0.0382	0.0883	0.0753	0.0906	0.0382	0.1347	0.1186	0.1347	0.1046	0.0904	0.0903	0.0904	0.1152
chr3R	7842775	7842976	chr3R:7842776-7842976	FBgn0037980,FBgn0037981	CG3313,Spt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1032	0.0815	0.1286	0.0997	0.0615	0.0864	0.0939	0.1046	0.0615	0.157	0.1402	0.157	0.1294	0.0988	0.0961	0.0988	0.1245
chr3R	7846772	7846983	chr3R:7846773-7846983	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0412	0.0567	0.0306	0.0356	0.0456	0.0549	0.0753	0.06	0.0456	0.032	0.0373	0.032	0.024	0.0421	0.0142	0.0421	0.0177
chr3R	7885168	7885319	chr3R:7885169-7885319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0105	0.009	0.0104	0.0124	0.0042	0.0053	0.0169	0.0073	0.0042	0.0187	0.0084	0.0187	0.0108	0.0084	0.0058	0.0084	0.0073
chr3R	7904660	7904811	chr3R:7904661-7904811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0103	0.0072	0.0066	0.0177	0.0064	0.0029	0.0156	0.0053	0.0064	0.0085	0.0064	0.0085	0.0039	0.0084	0.0039	0.0084	0.0089
chr3R	7904978	7905129	chr3R:7904979-7905129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0112	0.0081	0.015	0.0053	0.0073	0.019	0.0113	0.0053	0.0091	0.008	0.0091	0.0077	0.01	0.0052	0.01	0.0042
chr3R	7916326	7916494	chr3R:7916327-7916494	FBgn0037989	CG14741	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0154	0.0072	0.0137	0.0263	0.0042	0.0087	0.0121	0.004	0.0042	0.0103	0.0145	0.0103	0.0248	0.0077	0.0484	0.0077	0.0401
chr3R	7920371	7920592	chr3R:7920372-7920592	FBgn0051361	dpr17	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0343	0.0324	0.0274	0.0439	0.0255	0.0262	0.045	0.04	0.0255	0.0308	0.0267	0.0308	0.0287	0.0245	0.0161	0.0245	0.0156
chr3R	7925379	7925605	chr3R:7925380-7925605	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.026	0.0502	0.0162	0.0097	0.0467	0.0311	0.0644	0.0799	0.0467	0.0175	0.0225	0.0175	0.0085	0.0046	0.0039	0.0046	0.0057
chr3R	7944268	7944419	chr3R:7944269-7944419	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0126	0.0246	0.0088	0.0036	0.0032	0.0252	0.0199	0.052	0.0032	0.0097	0.0096	0.0097	0.0077	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chr3R	7946997	7947227	chr3R:7946998-7947227	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0451	0.0413	0.036	0.0592	0.0244	0.0282	0.0714	0.0453	0.0244	0.0217	0.0492	0.0217	0.0534	0.049	0.0729	0.049	0.0829
chr3R	7949059	7949210	chr3R:7949060-7949210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0181	0.0282	0.0129	0.0124	0.0138	0.0121	0.0636	0.0213	0.0138	0.0072	0.0209	0.0072	0.0147	0.0115	0.0329	0.0115	0.0063
chr3R	7949461	7949612	chr3R:7949462-7949612	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0226	0.0429	0.0131	0.0104	0.0329	0.0136	0.074	0.0653	0.0329	0.0091	0.0193	0.0091	0.0124	0.0038	0.0316	0.0038	0.0068
chr3R	7952733	7952927	chr3R:7952734-7952927	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0282	0.0222	0.0291	0.0318	0.0097	0.0549	0.0253	0.0318	0.0103	0.0434	0.0103	0.0108	0.0069	0.1083	0.0069	0.0089
chr3R	7953826	7954101	chr3R:7953827-7954101	FBgn0037992	CG4702	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1262	0.1781	0.1253	0.0693	0.2004	0.1131	0.2682	0.1845	0.2004	0.1033	0.1891	0.1033	0.1216	0.0237	0.2031	0.0237	0.0625
chr3R	7954237	7954482	chr3R:7954238-7954482	FBgn0037992	CG4702	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1536	0.2226	0.1575	0.0721	0.2216	0.1646	0.3279	0.2365	0.2216	0.1534	0.2248	0.1534	0.1371	0.0276	0.207	0.0276	0.0636
chr3R	7968473	7968624	chr3R:7968474-7968624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0112	0.0236	0.0066	0.0024	0.0159	0.0092	0.0415	0.0313	0.0159	0.0066	0.0084	0.0066	0.0054	0	0.0026	0	0.0026
chr3R	8008196	8008347	chr3R:8008197-8008347	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0169	0.0095	0.0103	0.0074	0.0126	0.0216	0.03	0.0074	0.0109	0.0116	0.0109	0.0015	8e-04	0.0071	8e-04	5e-04
chr3R	8012561	8012712	chr3R:8012562-8012712	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0111	0.0076	0.0088	0.0074	0.0117	0.0177	0.008	0.0074	0.0054	0.0096	0.0054	0.007	0	0.0019	0	0.0047
chr3R	8037375	8037526	chr3R:8037376-8037526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.011	0.0091	0.0115	0.0125	0.0074	0.0073	0.0173	0.006	0.0074	0.0133	0.009	0.0133	0.0256	0.0023	0.0077	0.0023	0.0313
chr3R	8045074	8045295	chr3R:8045075-8045295	FBgn0037998	CG4848	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0562	0.0681	0.0539	0.0456	0.0612	0.0696	0.064	0.0456	0.0876	0.0714	0.0876	0.0689	0.0559	0.0651	0.0559	0.0714
chr3R	8045370	8045535	chr3R:8045371-8045535	FBgn0037998	CG4848	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.098	0.0945	0.1096	0.0891	0.07	0.1146	0.1012	0.1146	0.07	0.1486	0.1151	0.1486	0.1123	0.098	0.0935	0.098	0.123
chr3R	8047173	8047344	chr3R:8047174-8047344	FBgn0037999	CG4860	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0245	0.009	0.0165	0.0507	0.0064	0.0078	0.0134	0.008	0.0064	0.0133	0.0167	0.0133	0.0318	0.0551	0.0709	0.0551	0.0823
chr3R	8047491	8047758	chr3R:8047492-8047758	FBgn0037999,FBgn0038000	CG10014,CG4860	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.036	0.0473	0.0674	0.0286	0.0388	0.0424	0.0406	0.0286	0.0483	0.0585	0.0483	0.0573	0.0781	0.0806	0.0781	0.0907
chr3R	8047912	8048114	chr3R:8047913-8048114	FBgn0038000	CG10014	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1217	0.1048	0.141	0.1193	0.0827	0.115	0.1125	0.1426	0.0827	0.1413	0.1836	0.1413	0.1379	0.1378	0.1444	0.1378	0.1355
chr3R	8048215	8048446	chr3R:8048216-8048446	FBgn0038000	CG10014	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0852	0.0794	0.1091	0.0653	0.0541	0.0835	0.08	0.1219	0.0541	0.1051	0.1579	0.1051	0.0891	0.0827	0.118	0.0827	0.0552
chr3R	8069357	8069519	chr3R:8069358-8069519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0182	0.0234	0.011	0.0011	0.018	0.0238	0.032	0.0011	0.0302	0.0183	0.0302	0.0132	0.0046	0.0052	0.0046	0.0052
chr3R	8069810	8069961	chr3R:8069811-8069961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.0238	0.0208	0.0113	0.0138	0.0277	0.0285	0.0306	0.0138	0.032	0.0177	0.032	0.0147	0.0077	0.0084	0.0077	0.013
chr3R	8070117	8070376	chr3R:8070118-8070376	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1515	0.0912	0.2129	0.1514	0.0329	0.1563	0.0593	0.1339	0.0329	0.2886	0.2379	0.2886	0.1921	0.1715	0.1554	0.1715	0.1933
chr3R	8071805	8071956	chr3R:8071806-8071956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.018	0.0221	0.0242	0.0065	0.0138	0.0184	0.035	0.0253	0.0138	0.029	0.0145	0.029	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.0063
chr3R	8073717	8073868	chr3R:8073718-8073868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0217	0.0265	0.0283	0.0091	0.0159	0.0165	0.0368	0.0453	0.0159	0.0356	0.0244	0.0356	0.0108	0.0023	0.0045	0.0023	0.0057
chr3R	8074066	8074302	chr3R:8074067-8074302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0531	0.1057	0.0398	0.0089	0.1156	0.0558	0.1151	0.1992	0.1156	0.0393	0.0608	0.0393	0.0155	0.0084	0.0084	0.0084	0.0063
chr3R	8076063	8076214	chr3R:8076064-8076214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0198	0.0198	0.0259	0.0132	0.0064	0.0286	0.0247	0.018	0.0064	0.038	0.0212	0.038	0.0418	0.0191	0.0097	0.0191	0.0208
chr3R	8076834	8077091	chr3R:8076835-8077091	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0352	0.0222	0.0572	0.0256	0.0032	0.033	0.0277	0.0227	0.0032	0.1467	0.0309	0.1467	0.0496	0.0123	0.0077	0.0123	0.0636
chr3R	8077335	8077513	chr3R:8077336-8077513	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0466	0.0358	0.0858	0.0156	0.0095	0.0752	0.0294	0.0207	0.0095	0.2657	0.0479	0.2657	0.0294	0.0115	0.011	0.0115	0.0281
chr3R	8078322	8078618	chr3R:8078323-8078618	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0914	0.1954	0.057	0.0128	0.176	0.1898	0.2288	0.2465	0.176	0.0984	0.0704	0.0984	0.017	0.0138	0.009	0.0138	0.0135
chr3R	8079009	8079294	chr3R:8079010-8079294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0301	0.0255	0.0458	0.0181	0.0117	0.032	0.029	0.0326	0.0117	0.1045	0.0415	0.1045	0.0209	0.0459	0.0181	0.0459	0.0104
chr3R	8082412	8082563	chr3R:8082413-8082563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0153	0.0211	0.0123	0.0123	0.0064	0.0194	0.0234	0.0373	0.0064	0.0109	0.0093	0.0109	0.0108	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr3R	8082586	8082749	chr3R:8082587-8082749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0231	0.0375	0.0164	0.0145	0.0148	0.0364	0.0355	0.0653	0.0148	0.0151	0.0161	0.0151	0.0093	0.0023	0.0026	0.0023	0.0089
chr3R	8083795	8083956	chr3R:8083796-8083956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.021	0.0336	0.0198	0.0082	0.0159	0.0248	0.0407	0.0626	0.0159	0.0151	0.028	0.0151	0.0124	0.0015	0.0071	0.0015	0.0068
chr3R	8084646	8084864	chr3R:8084647-8084864	FBgn0003651	svp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0267	0.0369	0.0444	0.0159	0.0228	0.0398	0.0313	0.0159	0.035	0.0309	0.035	0.0852	0.0123	0.0168	0.0123	0.1344
chr3R	8085011	8085218	chr3R:8085012-8085218	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0305	0.0297	0.0346	0.0267	0.0148	0.0306	0.0359	0.0406	0.0148	0.0477	0.0296	0.0477	0.0496	0.0138	0.0064	0.0138	0.0735
chr3R	8085567	8085881	chr3R:8085568-8085881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0395	0.0437	0.0575	0.015	0.0127	0.0485	0.0303	0.0986	0.0127	0.087	0.0736	0.087	0.0271	0.0115	0.0161	0.0115	0.024
chr3R	8086717	8087373	chr3R:8086718-8087373	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0627	0.1027	0.0579	0.0233	0.0615	0.0694	0.1388	0.1646	0.0615	0.055	0.0666	0.055	0.0225	0.0145	0.0187	0.0145	0.0182
chr3R	8089306	8089457	chr3R:8089307-8089457	distal	distal	none	none	VT40416.1	VT40416.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0183	0.0286	0.0106	0.0106	0.0184	0.0251	0.024	0.0106	0.0374	0.0331	0.0374	0.0139	0.01	0.0077	0.01	0.0109
chr3R	8091378	8091529	chr3R:8091379-8091529	distal	distal	none	none	VT40417.1,VT40418.1	VT40417.1,VT40418.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0145	0.0167	0.0199	0.0061	0.0042	0.0175	0.0199	0.0233	0.0042	0.0223	0.0132	0.0223	0.0101	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr3R	8092475	8092693	chr3R:8092476-8092693	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT40418.1,svp_SCE	VT40418.1,svp_SCE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0206	0.0153	0.0291	0.0171	0.0021	0.0243	0.0195	0.014	0.0021	0.0725	0.0209	0.0725	0.017	0.0398	0.0071	0.0398	0.0177
chr3R	8095534	8095730	chr3R:8095535-8095730	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0207	0.0138	0.0216	0.0274	0.0074	0.0175	0.0216	0.0093	0.0074	0.0393	0.0177	0.0393	0.0217	0.0559	0.0116	0.0559	0.0448
chr3R	8097137	8097361	chr3R:8097138-8097361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.023	0.0162	0.0283	0.0246	0.0064	0.0218	0.0195	0.0193	0.0064	0.0562	0.0225	0.0562	0.0201	0.0758	0.0071	0.0758	0.0245
chr3R	8097987	8098162	chr3R:8097988-8098162	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0238	0.0128	0.0263	0.0334	0.0042	0.0184	0.0177	0.008	0.0042	0.0127	0.0164	0.0127	0.0163	0.0084	0.0058	0.0084	0.0162
chr3R	8099650	8099801	chr3R:8099651-8099801	distal	distal	none	none	VT40422.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0106	0.0193	0.0113	0.0074	0.0102	0.0143	0.012	0.0074	0.0163	0.0305	0.0163	0.0132	0.0069	0.0213	0.0069	0.0104
chr3R	8101879	8102116	chr3R:8101880-8102116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.037	0.0594	0.0374	0.0114	0.0339	0.0408	0.08	0.0959	0.0339	0.0296	0.0531	0.0296	0.0147	0.0092	0.0064	0.0092	0.0104
chr3R	8104798	8105057	chr3R:8104799-8105057	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1738	0.1079	0.2345	0.1809	0.0329	0.1757	0.0804	0.1566	0.0329	0.2717	0.2402	0.2717	0.2378	0.1807	0.1747	0.1807	0.2105
chr3R	8106571	8106810	chr3R:8106572-8106810	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2769	0.2252	0.3522	0.2521	0.1591	0.2956	0.1985	0.2978	0.1591	0.4287	0.3897	0.4287	0.2928	0.255	0.2753	0.255	0.283
chr3R	8109697	8109872	chr3R:8109698-8109872	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT40427.1	VT40427.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0428	0.0429	0.0669	0.0163	0.0223	0.0563	0.0337	0.068	0.0223	0.0749	0.0968	0.0749	0.0364	0.0107	0.0161	0.0107	0.024
chr3R	8113587	8113738	chr3R:8113588-8113738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0081	0.0131	0.0103	0.0032	0.0087	0.013	0.0073	0.0032	0.0169	0.0148	0.0169	0.0077	0.0046	0.0052	0.0046	0.0219
chr3R	8114102	8114278	chr3R:8114103-8114278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0201	0.0367	0.0219	0.0074	0.0214	0.0247	0.0273	0.0074	0.0477	0.0322	0.0477	0.0225	0.01	0.0206	0.01	0.0266
chr3R	8115452	8115603	chr3R:8115453-8115603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0143	0.0187	0.0159	0	0.0136	0.0251	0.016	0	0.0169	0.0248	0.0169	0.0093	0.0061	0.0309	0.0061	0.0188
chr3R	8118355	8118506	chr3R:8118356-8118506	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT40433.1	VT40433.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0169	0.0221	0.0202	0.0074	0.0117	0.018	0.0346	0.0293	0.0117	0.0254	0.0164	0.0254	0.0108	0.0031	0.0064	0.0031	0.0104
chr3R	8119230	8119381	chr3R:8119231-8119381	distal	distal	none	none	VT40433.1	VT40433.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0174	0.0189	0.0185	0.0145	0.0053	0.0184	0.0238	0.028	0.0053	0.0254	0.0154	0.0254	0.0108	0.0061	0.0058	0.0061	0.0167
chr3R	8125747	8125898	chr3R:8125748-8125898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0108	0.0087	0.0123	0.0114	0.0021	0.0087	0.0156	0.0087	0.0021	0.0205	0.0119	0.0205	0.0077	0.0046	0.0052	0.0046	0.0234
chr3R	8139341	8139781	chr3R:8139342-8139781	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0412	0.0502	0.0572	0.0135	0.0138	0.051	0.0411	0.1086	0.0138	0.0236	0.1113	0.0236	0.0178	0.0046	0.0232	0.0046	0.0162
chr3R	8139786	8139937	chr3R:8139787-8139937	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0204	0.0228	0.0282	0.0093	0.0064	0.0243	0.0151	0.0513	0.0064	0.0115	0.0547	0.0115	0.0085	0.0023	0.0135	0.0023	0.0125
chr3R	8140276	8140427	chr3R:8140277-8140427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0169	0.0221	0.017	0.0111	0.0053	0.0218	0.016	0.052	0.0053	0.0109	0.027	0.0109	0.0054	0.0054	0.0135	0.0054	0.0083
chr3R	8144797	8145052	chr3R:8144798-8145052	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0492	0.0192	0.0086	0.0095	0.0383	0.0329	0.1359	0.0095	0.0121	0.0241	0.0121	0.0062	0.0031	0.0077	0.0031	0.0083
chr3R	8145254	8145405	chr3R:8145255-8145405	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0126	0.0181	0.0122	0.0068	0.0032	0.017	0.0199	0.0353	0.0032	0.0079	0.017	0.0079	0.007	0.0031	0.0064	0.0031	0.0089
chr3R	8148092	8148243	chr3R:8148093-8148243	FBgn0051432	tRNA:CR31432	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0131	0.0239	0.008	0.0067	0.0138	0.0204	0.0251	0.0446	0.0138	0.0048	0.01	0.0048	0.0108	0.0046	0.0045	0.0046	0.0042
chr3R	8148254	8148435	chr3R:8148255-8148435	FBgn0051432	tRNA:CR31432	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0165	0.0299	0.0117	0.0068	0.0191	0.0257	0.0316	0.0453	0.0191	0.0103	0.0135	0.0103	0.0139	0.0046	0.0052	0.0046	0.0089
chr3R	8155040	8155244	chr3R:8155041-8155244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0303	0.0247	0.0315	0.0354	0.0127	0.0282	0.0303	0.0293	0.0127	0.0266	0.0341	0.0266	0.0457	0.0337	0.0251	0.0337	0.0448
chr3R	8155415	8155611	chr3R:8155416-8155611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0142	0.0239	0.0453	0.0064	0.0126	0.0225	0.0153	0.0064	0.0115	0.0113	0.0115	0.0108	0.0069	0.0103	0.0069	0.013
chr3R	8155731	8155902	chr3R:8155732-8155902	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0137	0.0245	0.0515	0.0032	0.0112	0.0247	0.0147	0.0032	0.0079	0.0119	0.0079	0.0062	0.0084	0.011	0.0084	0.0115
chr3R	8156474	8156753	chr3R:8156475-8156753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0291	0.0292	0.0294	0.0287	0.0064	0.0228	0.0298	0.0606	0.0064	0.0103	0.0344	0.0103	0.0132	0.0023	0.0168	0.0023	0.0193
chr3R	8162748	8162907	chr3R:8162749-8162907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0173	0.0198	0.0114	0.0085	0.0126	0.0268	0.022	0.0085	0.0103	0.0132	0.0103	0.007	0.0061	0.0039	0.0061	0.0057
chr3R	8162999	8163263	chr3R:8163000-8163263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0155	0.017	0.011	0.0053	0.0087	0.0285	0.0153	0.0053	0.0163	0.0113	0.0163	0.0046	0.0046	0.0032	0.0046	0.0057
chr3R	8168998	8169149	chr3R:8168999-8169149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0095	0.0069	0.0127	0.0042	0.0053	0.0156	0.016	0.0042	0.0048	0.0071	0.0048	0.0077	0.0023	0.0039	0.0023	0.0016
chr3R	8171568	8171719	chr3R:8171569-8171719	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0174	0.0112	0.0127	0.0117	0.0112	0.0307	0.0167	0.0117	0.0109	0.0129	0.0109	0.007	0.0046	0.0026	0.0046	0.0042
chr3R	8173522	8173673	chr3R:8173523-8173673	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.011	0.0105	0.0159	0.0042	0.0121	0.0177	0.01	0.0042	0.0145	0.0096	0.0145	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0083
chr3R	8174879	8175030	chr3R:8174880-8175030	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0236	0.0353	0.0183	0.0163	0.0148	0.0218	0.0688	0.034	0.0148	0.0242	0.0164	0.0242	0.0124	0.0115	0.0077	0.0115	0.0162
chr3R	8176305	8176475	chr3R:8176306-8176475	FBgn0038013	CG10038	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0764	0.0567	0.0846	0.0893	0.0223	0.0612	0.0748	0.07	0.0223	0.0707	0.0926	0.0707	0.1255	0.0965	0.0819	0.0965	0.1105
chr3R	8176585	8176750	chr3R:8176586-8176750	FBgn0038013	CG10038	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0332	0.04	0.0324	0.0159	0.0359	0.0476	0.0326	0.0159	0.0356	0.0447	0.0356	0.0449	0.0383	0.0264	0.0383	0.0427
chr3R	8181696	8181851	chr3R:8181697-8181851	FBgn0038016	MBD-R2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0601	0.055	0.076	0.0485	0.0308	0.0641	0.0714	0.0553	0.0308	0.0978	0.0852	0.0978	0.0728	0.0582	0.0509	0.0582	0.0563
chr3R	8181874	8182093	chr3R:8181875-8182093	FBgn0038016	MBD-R2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.0976	0.124	0.0876	0.0583	0.1126	0.1207	0.1039	0.0583	0.1516	0.1344	0.1516	0.1193	0.0888	0.0993	0.0888	0.1079
chr3R	8182341	8182492	chr3R:8182342-8182492	FBgn0038016	MBD-R2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0163	0.0261	0.0196	0.0053	0.0136	0.026	0.018	0.0053	0.026	0.0315	0.026	0.0318	0.0138	0.0258	0.0138	0.0261
chr3R	8185668	8185854	chr3R:8185669-8185854	FBgn0038017	CG4115	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.024	0.0098	0.0227	0.0412	0.0011	0.0121	0.016	0.0073	0.0011	0.0169	0.0325	0.0169	0.0294	0.013	0.1283	0.013	0.0323
chr3R	8187882	8188034	chr3R:8187883-8188034	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0133	0.0269	0.0311	0.0074	0.0121	0.0234	0.01	0.0074	0.0109	0.0511	0.0109	0.0201	0.0069	0.1083	0.0069	0.0135
chr3R	8191859	8192010	chr3R:8191860-8192010	FBgn0042206	GstD10	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0183	0.0214	0.0124	0.0053	0.0223	0.026	0.0207	0.0053	0.0133	0.0203	0.0133	0.055	0.0069	0.0174	0.0069	0.0234
chr3R	8194525	8194741	chr3R:8194526-8194741	FBgn0001149	GstD1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0354	0.0173	0.0307	0.0609	0.0053	0.0248	0.0225	0.014	0.0053	0.0217	0.0318	0.0217	0.0682	0.0773	0.087	0.0773	0.0896
chr3R	8194955	8195182	chr3R:8194956-8195182	FBgn0001149	GstD1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0971	0.0339	0.1034	0.1608	0.0106	0.0665	0.0277	0.0333	0.0106	0.0682	0.1148	0.0682	0.2246	0.2052	0.2173	0.2052	0.2402
chr3R	8195616	8195823	chr3R:8195617-8195823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0461	0.0461	0.0515	0.0402	0.0223	0.0592	0.0623	0.04	0.0223	0.0386	0.0376	0.0386	0.151	0.0337	0.0438	0.0337	0.0771
chr3R	8195893	8196044	chr3R:8195894-8196044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.028	0.0339	0.027	0.0224	0.0233	0.0403	0.0497	0.0253	0.0233	0.0229	0.0241	0.0229	0.0604	0.0176	0.0271	0.0176	0.0328
chr3R	8196315	8196753	chr3R:8196316-8196753	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0753	0.0507	0.0868	0.0902	0.017	0.0587	0.0649	0.064	0.017	0.0682	0.1331	0.0682	0.0798	0.1317	0.1883	0.1317	0.0688
chr3R	8198588	8198802	chr3R:8198589-8198802	FBgn0010039	GstD3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0279	0.0179	0.0226	0.045	0.0074	0.016	0.0285	0.0207	0.0074	0.0284	0.0219	0.0284	0.0356	0.0681	0.0529	0.0681	0.0657
chr3R	8200938	8201101	chr3R:8200939-8201101	FBgn0010041	GstD5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0307	0.0517	0.0245	0.0141	0.0424	0.0383	0.0757	0.0626	0.0424	0.0229	0.0244	0.0229	0.0488	0.0168	0.011	0.0168	0.0255
chr3R	8201169	8201397	chr3R:8201170-8201397	FBgn0010041	GstD5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0445	0.0656	0.0393	0.0266	0.0488	0.0602	0.0921	0.0759	0.0488	0.032	0.0373	0.032	0.0914	0.0168	0.0168	0.0168	0.0646
chr3R	8206978	8207188	chr3R:8206979-8207188	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0558	0.1259	0.0211	0.0157	0.1379	0.0432	0.2137	0.1486	0.1379	0.0109	0.0286	0.0109	0.0263	0.01	0.0148	0.01	0.0313
chr3R	8207433	8207731	chr3R:8207434-8207731	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0566	0.1356	0.0193	0.0093	0.1824	0.0432	0.2292	0.1466	0.1824	0.0115	0.0305	0.0115	0.0116	0.0031	0.0123	0.0031	0.0162
chr3R	8207829	8208191	chr3R:8207830-8208191	FBgn0038028	CG10035	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0833	0.2006	0.0307	0.0097	0.2524	0.0801	0.3235	0.2252	0.2524	0.0211	0.0502	0.0211	0.0147	0.0054	0.0129	0.0054	0.0104
chr3R	8208213	8208430	chr3R:8208214-8208430	FBgn0038028	CG10035	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0918	0.2323	0.0264	0.0067	0.3022	0.0976	0.3512	0.2891	0.3022	0.0115	0.0511	0.0115	0.0093	0.0038	0.009	0.0038	0.0073
chr3R	8208498	8208682	chr3R:8208499-8208682	FBgn0038028,FBgn0038029	CG10035,CG17639	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.089	0.2175	0.0348	0.0049	0.2503	0.1073	0.3201	0.2825	0.2503	0.0181	0.0669	0.0181	0.0101	0.0031	0.0077	0.0031	0.0042
chr3R	8208927	8209078	chr3R:8208928-8209078	FBgn0038029	CG17639	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0405	0.0705	0.034	0.0139	0.052	0.0451	0.1003	0.1006	0.052	0.0181	0.0543	0.0181	0.0271	0.0092	0.0181	0.0092	0.0172
chr3R	8209094	8209455	chr3R:8209095-8209455	FBgn0038029	CG17639	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0894	0.1228	0.0902	0.0511	0.0806	0.0971	0.1765	0.1552	0.0806	0.0845	0.117	0.0845	0.0899	0.0413	0.0516	0.0413	0.0865
chr3R	8209566	8209761	chr3R:8209567-8209761	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0953	0.1176	0.099	0.0661	0.0891	0.1034	0.16	0.1419	0.0891	0.1002	0.1164	0.1002	0.1193	0.0689	0.0799	0.0689	0.098
chr3R	8210006	8210194	chr3R:8210007-8210194	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0481	0.0714	0.039	0.032	0.0445	0.0481	0.1146	0.0866	0.0445	0.0374	0.0502	0.0374	0.0364	0.0299	0.0619	0.0299	0.0328
chr3R	8223568	8223719	chr3R:8223569-8223719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0135	0.0131	0.0209	0.0032	0.0112	0.0212	0.018	0.0032	0.0121	0.0125	0.0121	0.024	0.0084	0.0097	0.0084	0.0589
chr3R	8224034	8224185	chr3R:8224035-8224185	FBgn0038034	Cyp9f3Psi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0177	0.0212	0.0308	0.0053	0.0194	0.0277	0.0187	0.0053	0.0223	0.0193	0.0223	0.0403	0.0138	0.0148	0.0138	0.0855
chr3R	8224591	8224742	chr3R:8224592-8224742	FBgn0038034	Cyp9f3Psi	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0138	0.0192	0.0426	0.0095	0.015	0.0199	0.014	0.0095	0.0163	0.0196	0.0163	0.0333	0.0168	0.0123	0.0168	0.1287
chr3R	8227475	8227676	chr3R:8227476-8227676	FBgn0038035	lig3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1115	0.0723	0.1494	0.1139	0.0318	0.1024	0.0688	0.0926	0.0318	0.186	0.1675	0.186	0.1774	0.1187	0.1296	0.1187	0.1542
chr3R	8227767	8227918	chr3R:8227768-8227918	FBgn0038035	lig3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0456	0.0798	0.0522	0.0148	0.0529	0.0506	0.0666	0.0148	0.1051	0.0936	0.1051	0.0775	0.0505	0.0606	0.0505	0.0693
chr3R	8228695	8229056	chr3R:8228696-8229056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1019	0.0935	0.1188	0.0927	0.0795	0.0985	0.0969	0.1332	0.0795	0.1341	0.1453	0.1341	0.1356	0.121	0.1341	0.121	0.1266
chr3R	8231629	8231780	chr3R:8231630-8231780	FBgn0038037,FBgn0038038	CG5167,Cyp9f2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.0287	0.0376	0.0398	0.0212	0.0272	0.0376	0.0326	0.0212	0.0465	0.0415	0.0465	0.0519	0.0383	0.0258	0.0383	0.0881
chr3R	8231965	8232129	chr3R:8231966-8232129	FBgn0038037,FBgn0038038	CG5167,Cyp9f2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0713	0.0697	0.0821	0.0614	0.0488	0.0733	0.0804	0.0899	0.0488	0.1202	0.0897	0.1202	0.0899	0.0704	0.0748	0.0704	0.0969
chr3R	8232219	8232435	chr3R:8232220-8232435	FBgn0038037,FBgn0038038	CG5167,Cyp9f2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0779	0.0831	0.0888	0.0602	0.0562	0.0767	0.1051	0.1119	0.0562	0.1153	0.1029	0.1153	0.1015	0.0605	0.0793	0.0605	0.0985
chr3R	8232543	8232712	chr3R:8232544-8232712	FBgn0038038	CG5167	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0465	0.0417	0.0557	0.0418	0.0191	0.0461	0.0532	0.0506	0.0191	0.0743	0.0595	0.0743	0.0744	0.0398	0.0413	0.0398	0.0792
chr3R	8233500	8233651	chr3R:8233501-8233651	FBgn0038039	CG5196	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.042	0.0358	0.0551	0.0345	0.0148	0.0442	0.0441	0.0426	0.0148	0.0682	0.064	0.0682	0.0581	0.0352	0.038	0.0352	0.0563
chr3R	8233955	8234145	chr3R:8233956-8234145	FBgn0038039	CG5196	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1593	0.1539	0.1943	0.127	0.105	0.1976	0.1596	0.1925	0.105	0.2591	0.2158	0.2591	0.1944	0.1348	0.1393	0.1348	0.1563
chr3R	8234461	8234618	chr3R:8234462-8234618	FBgn0038039	CG5196	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0463	0.0479	0.0576	0.032	0.0265	0.0558	0.0601	0.0566	0.0265	0.0664	0.0601	0.0664	0.0534	0.0283	0.0309	0.0283	0.0375
chr3R	8235229	8235380	chr3R:8235230-8235380	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0242	0.0346	0.0228	0.0139	0.0148	0.0233	0.0636	0.0346	0.0148	0.0223	0.0277	0.0223	0.0209	0.0115	0.0084	0.0115	0.0214
chr3R	8239043	8239291	chr3R:8239044-8239291	FBgn0000455,FBgn0065087,FBgn0082831	Dip-C,pps,snmRNA:649	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0705	0.0594	0.0876	0.0641	0.0201	0.083	0.0696	0.068	0.0201	0.0996	0.0887	0.0996	0.1139	0.0482	0.0574	0.0482	0.1047
chr3R	8239390	8239578	chr3R:8239391-8239578	FBgn0000455,FBgn0065087,FBgn0082831	Dip-C,pps,snmRNA:649	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.131	0.1154	0.1666	0.1095	0.0668	0.1471	0.1319	0.1326	0.0668	0.2041	0.1788	0.2041	0.1797	0.1133	0.1096	0.1133	0.1475
chr3R	8239624	8239845	chr3R:8239625-8239845	FBgn0000455,FBgn0065087,FBgn0082831	Dip-C,pps,snmRNA:649	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0664	0.0642	0.0803	0.0536	0.0329	0.0748	0.077	0.0786	0.0329	0.1099	0.083	0.1099	0.0883	0.0544	0.0503	0.0544	0.0745
chr3R	8248086	8248251	chr3R:8248087-8248251	FBgn0038042,FBgn0038043	CG17202,Scgbeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0493	0.0361	0.0513	0.0618	0.018	0.0383	0.0389	0.0586	0.018	0.0592	0.0543	0.0592	0.0434	0.1011	0.0277	0.1011	0.0464
chr3R	8248433	8248605	chr3R:8248434-8248605	FBgn0038042,FBgn0038043	CG17202,Scgbeta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1197	0.0952	0.1518	0.1118	0.0573	0.1223	0.1034	0.1139	0.0573	0.1932	0.1669	0.1932	0.1294	0.1256	0.0974	0.1256	0.1245
chr3R	8251263	8251459	chr3R:8251264-8251459	FBgn0004103	Pp1-87B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.099	0.097	0.1212	0.077	0.0562	0.1068	0.1159	0.1286	0.0562	0.154	0.1305	0.154	0.1046	0.0835	0.0722	0.0835	0.099
chr3R	8251545	8251718	chr3R:8251546-8251718	FBgn0004103	Pp1-87B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2324	0.2064	0.2778	0.2118	0.1453	0.2476	0.2258	0.2458	0.1453	0.3533	0.309	0.3533	0.2417	0.2106	0.2134	0.2106	0.2553
chr3R	8251874	8252049	chr3R:8251875-8252049	FBgn0004103,FBgn0038045	Pp1-87B,Sas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.263	0.2288	0.3051	0.2551	0.1665	0.2874	0.2357	0.2758	0.1665	0.3871	0.3453	0.3871	0.2618	0.2565	0.2618	0.2565	0.3054
chr3R	8252144	8252323	chr3R:8252145-8252323	FBgn0038045	Sas	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1033	0.0644	0.126	0.1218	0.0329	0.0854	0.0662	0.0799	0.0329	0.1594	0.1354	0.1594	0.1379	0.1302	0.1212	0.1302	0.1574
chr3R	8254929	8255101	chr3R:8254930-8255101	FBgn0038046,FBgn0038047	CG5245,CG5641	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1389	0.1317	0.166	0.1171	0.0859	0.1505	0.1471	0.1672	0.0859	0.2204	0.1746	0.2204	0.1526	0.1332	0.1206	0.1332	0.1339
chr3R	8255853	8256019	chr3R:8255854-8256019	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0717	0.0874	0.0846	0.04	0.0604	0.0917	0.1146	0.0966	0.0604	0.128	0.0807	0.128	0.0906	0.0306	0.0413	0.0306	0.0568
chr3R	8256232	8256409	chr3R:8256233-8256409	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0985	0.0953	0.1303	0.0673	0.0647	0.1121	0.1129	0.1106	0.0647	0.1938	0.1322	0.1938	0.1464	0.0704	0.0754	0.0704	0.0849
chr3R	8256460	8256649	chr3R:8256461-8256649	FBgn0086134	Pros25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0982	0.0945	0.1297	0.068	0.0626	0.1126	0.1073	0.1166	0.0626	0.1763	0.1479	0.1763	0.1309	0.0674	0.0832	0.0674	0.0813
chr3R	8256695	8256870	chr3R:8256696-8256870	FBgn0086134	Pros25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1458	0.1366	0.178	0.1206	0.0986	0.1694	0.1466	0.1672	0.0986	0.2319	0.1984	0.2319	0.1844	0.1271	0.1412	0.1271	0.1365
chr3R	8256963	8257127	chr3R:8256964-8257127	FBgn0086134	Pros25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1452	0.1353	0.1699	0.129	0.0901	0.1655	0.1462	0.1785	0.0901	0.2144	0.1894	0.2144	0.1642	0.1371	0.1335	0.1371	0.1537
chr3R	8257204	8257356	chr3R:8257205-8257356	FBgn0086134	Pros25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0692	0.0834	0.0497	0.0467	0.0801	0.0779	0.0873	0.0467	0.1081	0.0904	0.1081	0.0775	0.0475	0.0477	0.0475	0.0688
chr3R	8259475	8259655	chr3R:8259476-8259655	FBgn0029512,FBgn0038049	Aos1,CG5844	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1013	0.1449	0.1088	0.0689	0.1252	0.1025	0.1352	0.0689	0.1775	0.165	0.1775	0.1541	0.121	0.0993	0.121	0.1407
chr3R	8259716	8259905	chr3R:8259717-8259905	FBgn0029512,FBgn0038049	Aos1,CG5844	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1176	0.0992	0.1419	0.1114	0.0498	0.1335	0.1034	0.1259	0.0498	0.1546	0.1662	0.1546	0.1534	0.1179	0.1161	0.1179	0.1365
chr3R	8259991	8260148	chr3R:8259992-8260148	FBgn0029512,FBgn0038049	Aos1,CG5844	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0496	0.0404	0.0619	0.0462	0.0233	0.05	0.0415	0.0513	0.0233	0.0598	0.072	0.0598	0.0813	0.0391	0.0509	0.0391	0.0604
chr3R	8265228	8265413	chr3R:8265229-8265413	FBgn0038051,FBgn0086687	CG17207,desat1	stage11,stage5	none	desat1_pPRR(RA)	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1161	0.1117	0.1321	0.1036	0.0753	0.1228	0.1332	0.1372	0.0753	0.1606	0.1489	0.1606	0.1193	0.111	0.1057	0.111	0.1386
chr3R	8265424	8265804	chr3R:8265425-8265804	FBgn0086687	desat1	stage11,stage5	none	desat1_pPRR(RA),desat1_pPRR(RC)	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1165	0.119	0.1355	0.0927	0.0838	0.1248	0.1427	0.1546	0.0838	0.1546	0.1486	0.1546	0.1332	0.0835	0.0851	0.0835	0.1423
chr3R	8265863	8266088	chr3R:8265864-8266088	distal	distal	none	none	desat1_pPRR(RC)	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.0417	0.0359	0.0384	0.0212	0.0408	0.0584	0.0466	0.0212	0.0453	0.0395	0.0453	0.0418	0.0337	0.0451	0.0337	0.0485
chr3R	8267298	8267449	chr3R:8267299-8267449	distal	distal	none	none	desat1_pPRR(RC),desat1_pPRR(RE)	desat1_pPRR(RE)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0176	0.0166	0.0192	0.017	0.0053	0.0209	0.0234	0.0153	0.0053	0.0187	0.0257	0.0187	0.0178	0.0168	0.0342	0.0168	0.0151
chr3R	8268519	8268732	chr3R:8268520-8268732	distal	distal	stage14	stage14	desat1_pPRR(RB)	desat1_pPRR(RB)	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0315	0.0259	0.025	0.045	0.0127	0.0257	0.0381	0.0266	0.0127	0.0236	0.0286	0.0236	0.038	0.0214	0.0619	0.0214	0.0693
chr3R	8268733	8268958	chr3R:8268734-8268958	distal	distal	stage14	stage14	desat1_pPRR(RB)	desat1_pPRR(RB)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0294	0.0242	0.0237	0.0415	0.0159	0.0238	0.0346	0.026	0.0159	0.0193	0.0309	0.0193	0.031	0.0199	0.0671	0.0199	0.0505
chr3R	8269593	8269744	chr3R:8269594-8269744	distal	distal	stage14	stage14	desat1_pPRR(-1102),desat1_pPRR(-1367),desat1_pPRR(RD)	desat1_pPRR(-1102),desat1_pPRR(-1367),desat1_pPRR(RD)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0213	0.0145	0.0292	0.0191	0.0184	0.032	0.0227	0.0191	0.0139	0.0145	0.0139	0.0232	0.0168	0.0239	0.0168	0.0281
chr3R	8273478	8273629	chr3R:8273479-8273629	FBgn0038052	CG5538	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.038	0.0214	0.0166	0.0318	0.0277	0.0649	0.0333	0.0318	0.0175	0.0293	0.0175	0.0287	0.013	0.0239	0.013	0.0224
chr3R	8274389	8274608	chr3R:8274390-8274608	FBgn0038053	CG18549	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0539	0.0494	0.0651	0.0467	0.035	0.049	0.0631	0.0566	0.035	0.0767	0.0714	0.0767	0.0759	0.0475	0.0419	0.0475	0.0714
chr3R	8274664	8274861	chr3R:8274665-8274861	FBgn0038053	CG18549	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1242	0.1058	0.1476	0.1191	0.0626	0.1248	0.1194	0.1326	0.0626	0.1938	0.1572	0.1938	0.1541	0.1263	0.1302	0.1263	0.1589
chr3R	8274905	8275310	chr3R:8274906-8275310	FBgn0038053	CG18549	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1852	0.1655	0.2123	0.1776	0.1018	0.2044	0.1765	0.2152	0.1018	0.2796	0.2196	0.2796	0.2293	0.1861	0.1709	0.1861	0.2507
chr3R	8275360	8275613	chr3R:8275361-8275613	FBgn0038053	CG18549	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1117	0.1213	0.1157	0.0965	0.0859	0.1388	0.1337	0.1639	0.0859	0.1443	0.1212	0.1443	0.1162	0.0812	0.0754	0.0812	0.1105
chr3R	8275678	8275875	chr3R:8275679-8275875	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0511	0.0434	0.0537	0.057	0.0201	0.0544	0.0532	0.0526	0.0201	0.0562	0.0547	0.0562	0.0759	0.0306	0.0393	0.0306	0.1157
chr3R	8277719	8277870	chr3R:8277720-8277870	FBgn0038054	CG5509	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0225	0.0217	0.0197	0.0265	0.0053	0.0204	0.035	0.024	0.0053	0.0175	0.0244	0.0175	0.0139	0.0161	0.0335	0.0161	0.0151
chr3R	8280349	8280568	chr3R:8280350-8280568	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0457	0.0466	0.0632	0.0255	0.0223	0.0471	0.064	0.056	0.0223	0.0302	0.1196	0.0302	0.0287	0.0084	0.0741	0.0084	0.0214
chr3R	8282170	8282353	chr3R:8282171-8282353	FBgn0038055	trus	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.0897	0.1025	0.0744	0.0583	0.1029	0.1116	0.1013	0.0583	0.1232	0.1215	0.1232	0.1046	0.0812	0.0729	0.0812	0.0928
chr3R	8285802	8285997	chr3R:8285803-8285997	FBgn0038056,FBgn0038057	CG12267,CG5961	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1002	0.093	0.1102	0.0973	0.0477	0.115	0.0952	0.1186	0.0477	0.1322	0.126	0.1322	0.1356	0.124	0.0948	0.124	0.1428
chr3R	8286018	8286206	chr3R:8286019-8286206	FBgn0038056,FBgn0038057	CG12267,CG5961	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0897	0.0857	0.103	0.0795	0.0541	0.1087	0.0878	0.1033	0.0541	0.1341	0.1199	0.1341	0.1077	0.0873	0.0858	0.0873	0.1079
chr3R	8288528	8288679	chr3R:8288529-8288679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0279	0.0199	0.0134	0.0191	0.0282	0.0446	0.024	0.0191	0.0193	0.0283	0.0193	0.0178	0.0161	0.0161	0.0161	0.0135
chr3R	8290699	8290850	chr3R:8290700-8290850	FBgn0038058	CG5608	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0192	0.0156	0.0162	0.0265	0.0138	0.0136	0.0216	0.018	0.0138	0.0163	0.0177	0.0163	0.024	0.0283	0.0284	0.0283	0.0417
chr3R	8290895	8291096	chr3R:8290896-8291096	FBgn0038058	CG5608	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0143	0.0184	0.0377	0.0095	0.0155	0.019	0.0147	0.0095	0.0151	0.0203	0.0151	0.0341	0.0352	0.0426	0.0352	0.0599
chr3R	8303136	8303287	chr3R:8303137-8303287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0329	0.0457	0.0333	0.0329	0.0374	0.032	0.04	0.0329	0.0411	0.0582	0.0411	0.0372	0.0283	0.0438	0.0283	0.0354
chr3R	8340814	8340965	chr3R:8340815-8340965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.013	0.0214	0.0166	0.0064	0.015	0.0169	0.0133	0.0064	0.0181	0.0296	0.0181	0.0194	0.0046	0.0419	0.0046	0.0177
chr3R	8373913	8374064	chr3R:8373914-8374064	FBgn0250910	Octbeta3R	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0088	0.0065	0.0233	0.0106	0.0044	0.0156	0.0053	0.0106	0.0109	0.0045	0.0109	0.0023	0.0031	0.0013	0.0031	0.0026
chr3R	8374233	8374384	chr3R:8374234-8374384	FBgn0250910	Octbeta3R	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0045	0.007	0.021	0.0042	0.0015	0.0087	0.0053	0.0042	0.0079	0.0051	0.0079	0.0046	8e-04	0.0032	8e-04	0.0036
chr3R	8387017	8387168	chr3R:8387018-8387168	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0068	0.0049	0.0053	0.0104	0.0021	0.0029	0.0108	0.0033	0.0021	0.0066	0.0064	0.0066	0.0039	0.0352	0.0052	0.0352	0.0036
chr3R	8387369	8387520	chr3R:8387370-8387520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.0062	0.0075	0.0191	0.0074	0.0044	0.0117	0.0047	0.0074	0.0072	0.0068	0.0072	0.0116	0.0796	0.0032	0.0796	0.0052
chr3R	8387676	8387827	chr3R:8387677-8387827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0102	0.0064	0.0084	0.0166	0.0042	0.0039	0.0125	0.0053	0.0042	0.0085	0.0064	0.0085	0.0163	0.0513	0.0077	0.0513	0.0083
chr3R	8391935	8392086	chr3R:8391936-8392086	distal	distal	none	none	VT40567.1	VT40567.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0052	0.0069	0.0093	0.0032	0.0039	0.0104	0.0033	0.0032	0.0054	0.0077	0.0054	0.0077	0.0077	6e-04	0.0077	0.0021
chr3R	8410762	8410913	chr3R:8410763-8410913	distal	distal	stage14	stage14	VT40578.1	VT40578.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0126	0.008	0.0076	0.0233	0.0042	0.0078	0.013	0.0053	0.0042	0.0121	0.0077	0.0121	0.0062	0.0827	0.0103	0.0827	0.0099
chr3R	8419653	8419804	chr3R:8419654-8419804	distal	distal	none	none	VT40583.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.011	0.0087	0.0082	0.0167	0.0032	0.0044	0.0186	0.0053	0.0032	0.0072	0.01	0.0072	0.0077	0.0069	0.0058	0.0069	0.0349
chr3R	8420339	8420490	chr3R:8420340-8420490	distal	distal	none	none	VT40583.1	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0077	0.0057	0.0048	0.013	0.0032	0.0049	0.0121	0.0013	0.0032	0.006	0.0048	0.006	0.007	0.0038	0.0013	0.0038	0.0365
chr3R	8421160	8421311	chr3R:8421161-8421311	FBgn0038063	Octbeta2R	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0085	0.0057	0.0051	0.0153	0.0042	0.0034	0.0108	0.006	0.0042	0.0042	0.0055	0.0042	0.0046	0.0061	0.0052	0.0061	0.0328
chr3R	8421661	8421880	chr3R:8421662-8421880	FBgn0038063	Octbeta2R	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.0133	0.0199	0.0659	0.0117	0.0092	0.0242	0.01	0.0117	0.0169	0.0186	0.0169	0.0356	0.0452	0.0561	0.0452	0.1209
chr3R	8437792	8437943	chr3R:8437793-8437943	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0133	0.015	0.0209	0.0074	0.018	0.0182	0.0113	0.0074	0.0133	0.0199	0.0133	0.0101	0.0145	0.0232	0.0145	0.0193
chr3R	8443197	8443348	chr3R:8443198-8443348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0067	0.0049	0.0079	0	0.0053	0.0138	0.0053	0	0.0066	0.0032	0.0066	0.0054	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chr3R	8452409	8452583	chr3R:8452410-8452583	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1015	0.0977	0.1296	0.0751	0.035	0.135	0.1051	0.1226	0.035	0.1039	0.1688	0.1039	0.1286	0.0368	0.1199	0.0368	0.0834
chr3R	8452715	8453287	chr3R:8452716-8453287	FBgn0005671,FBgn0038065	Snx3,Vha55	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.2109	0.1806	0.2513	0.2005	0.1029	0.2335	0.1899	0.2212	0.1029	0.285	0.274	0.285	0.261	0.1769	0.2263	0.1769	0.2178
chr3R	8453516	8453742	chr3R:8453517-8453742	FBgn0005671,FBgn0038065	Snx3,Vha55	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.3026	0.2727	0.3577	0.2754	0.2036	0.3175	0.308	0.3178	0.2036	0.4396	0.3817	0.4396	0.3548	0.3124	0.276	0.3124	0.3137
chr3R	8453928	8454122	chr3R:8453929-8454122	FBgn0005671,FBgn0038065	Snx3,Vha55	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1167	0.0956	0.1466	0.1075	0.053	0.1204	0.1042	0.1226	0.053	0.1624	0.164	0.1624	0.1665	0.1126	0.1386	0.1126	0.1386
chr3R	8454296	8454496	chr3R:8454297-8454496	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1128	0.0958	0.1376	0.1047	0.0657	0.1189	0.1077	0.1113	0.0657	0.1727	0.1405	0.1727	0.1844	0.1118	0.1064	0.1118	0.1787
chr3R	8456064	8456235	chr3R:8456065-8456235	FBgn0260444	CG18616	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0669	0.0862	0.0755	0.0498	0.0767	0.0766	0.0779	0.0498	0.1008	0.0942	0.1008	0.1061	0.0758	0.0748	0.0758	0.0985
chr3R	8456299	8456459	chr3R:8456300-8456459	FBgn0260444	CG18616	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0799	0.067	0.0985	0.0739	0.0509	0.0752	0.0839	0.0753	0.0509	0.1214	0.1029	0.1214	0.1092	0.0789	0.069	0.0789	0.0954
chr3R	8463322	8463643	chr3R:8463323-8463643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.0654	0.0803	0.0465	0.0339	0.0782	0.0783	0.0766	0.0339	0.0912	0.0942	0.0912	0.0922	0.062	0.0451	0.062	0.0636
chr3R	8463770	8464070	chr3R:8463771-8464070	FBgn0038069	CG11608	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.107	0.1164	0.126	0.0758	0.0923	0.1238	0.1189	0.1652	0.0923	0.1341	0.1617	0.1341	0.1286	0.1064	0.087	0.1064	0.099
chr3R	8464197	8464378	chr3R:8464198-8464378	FBgn0038069	CG11608	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.042	0.0398	0.017	0.0265	0.0456	0.051	0.052	0.0265	0.0531	0.0495	0.0531	0.031	0.0222	0.0174	0.0222	0.0214
chr3R	8464867	8465018	chr3R:8464868-8465018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0219	0.0162	0.0078	0.0064	0.0199	0.0346	0.0253	0.0064	0.0236	0.0193	0.0236	0.0093	0.0092	0.009	0.0092	0.0063
chr3R	8467471	8467622	chr3R:8467472-8467622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0159	0.0161	0.025	0.0058	0.0032	0.0121	0.0311	0.0147	0.0032	0.0139	0.0444	0.0139	0.0163	0.0069	0.0116	0.0069	0.0052
chr3R	8470985	8471185	chr3R:8470986-8471185	distal	distal	none	none	VT40610.1	VT40610.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0517	0.0542	0.056	0.0441	0.0276	0.0573	0.0856	0.0506	0.0276	0.0447	0.0582	0.0447	0.1216	0.023	0.0548	0.023	0.0985
chr3R	8471651	8471864	chr3R:8471652-8471864	distal	distal	stage5	stage5	VT40610.1,VT40611.1	VT40610.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0919	0.1912	0.0547	0.0219	0.1856	0.1117	0.298	0.2205	0.1856	0.032	0.0891	0.032	0.0465	0.0161	0.0342	0.0161	0.0307
chr3R	8472396	8472558	chr3R:8472397-8472558	distal	distal	none	none	VT40611.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0659	0.0928	0.0632	0.0387	0.0498	0.0995	0.1133	0.1252	0.0498	0.0562	0.0974	0.0562	0.0473	0.0391	0.0587	0.0391	0.0339
chr3R	8473119	8473309	chr3R:8473120-8473309	FBgn0038071	CG6234	stage11	none	VT40611.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0971	0.0806	0.1464	0.0614	0.0297	0.1034	0.0874	0.1013	0.0297	0.1395	0.2125	0.1395	0.1348	0.0704	0.1064	0.0704	0.073
chr3R	8473637	8473934	chr3R:8473638-8473934	FBgn0038071	CG6234	stage11,stage14,stage5	none	VT40611.1,VT40612.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.282	0.3341	0.3234	0.1784	0.3012	0.3602	0.391	0.3811	0.3012	0.4094	0.3929	0.4094	0.2796	0.2175	0.256	0.2175	0.2595
chr3R	8474161	8474330	chr3R:8474162-8474330	FBgn0038071	CG6234	stage11,stage5	none	VT40612.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0988	0.0981	0.1203	0.0759	0.0689	0.1053	0.1215	0.1073	0.0689	0.1667	0.1521	0.1667	0.0868	0.0819	0.089	0.0819	0.1266
chr3R	8474665	8474827	chr3R:8474666-8474827	distal	distal	stage5	stage5	VT40612.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0734	0.0833	0.0858	0.0487	0.053	0.0927	0.0934	0.1086	0.053	0.122	0.0984	0.122	0.0806	0.0521	0.0438	0.0521	0.0839
chr3R	8474896	8475109	chr3R:8474897-8475109	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT40612.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1376	0.1859	0.1506	0.0692	0.1442	0.2325	0.176	0.2505	0.1442	0.2699	0.1714	0.2699	0.0775	0.1187	0.0799	0.1187	0.0735
chr3R	8475146	8475730	chr3R:8475147-8475730	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT40612.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2483	0.2461	0.3173	0.175	0.158	0.3345	0.2271	0.3171	0.158	0.5151	0.4113	0.5151	0.1464	0.3507	0.2315	0.3507	0.1595
chr3R	8476369	8476584	chr3R:8476370-8476584	distal	distal	none	none	VT40612.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.1229	0.1103	0.0663	0.088	0.1311	0.1514	0.1466	0.088	0.1371	0.1277	0.1371	0.0991	0.0681	0.0729	0.0681	0.0771
chr3R	8479497	8479648	chr3R:8479498-8479648	distal	distal	stage14	stage14	VT40613.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.027	0.025	0.0218	0.0348	0.0138	0.0194	0.0415	0.0247	0.0138	0.0278	0.0241	0.0278	0.0271	0.0337	0.0309	0.0337	0.0724
chr3R	8480096	8480255	chr3R:8480097-8480255	FBgn0038072	CG6225	stage14	none	VT40613.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0273	0.0221	0.0451	0.018	0.0238	0.0411	0.028	0.018	0.0223	0.0244	0.0223	0.0341	0.0681	0.0277	0.0681	0.0808
chr3R	8486395	8486570	chr3R:8486396-8486570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0388	0.0464	0.0263	0.0265	0.034	0.048	0.0553	0.0265	0.0628	0.0569	0.0628	0.0426	0.0329	0.0316	0.0329	0.0344
chr3R	8486660	8486839	chr3R:8486661-8486839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0634	0.0611	0.0735	0.0549	0.0498	0.066	0.0701	0.0753	0.0498	0.1008	0.0865	0.1008	0.072	0.0651	0.0683	0.0651	0.0761
chr3R	8486903	8487107	chr3R:8486904-8487107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.035	0.0344	0.0397	0.0306	0.0244	0.0325	0.0484	0.04	0.0244	0.0586	0.0437	0.0586	0.0449	0.0291	0.0458	0.0291	0.0391
chr3R	8488417	8488568	chr3R:8488418-8488568	FBgn0038073	CG14395	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.0147	0.0124	0.0141	0.0053	0.0146	0.0277	0.012	0.0053	0.0079	0.0209	0.0079	0.007	0.0069	0.0374	0.0069	0.0073
chr3R	8492133	8492375	chr3R:8492134-8492375	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0107	0.0093	0.0113	0.0117	0.0032	0.0073	0.0195	0.008	0.0032	0.0103	0.0164	0.0103	0.0101	0.0046	0.0335	0.0046	0.0078
chr3R	8493500	8493651	chr3R:8493501-8493651	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0183	0.0117	0.0146	0.0117	0.0146	0.0225	0.0253	0.0117	0.0066	0.0193	0.0066	0.0108	0.0054	0.049	0.0054	0.0052
chr3R	8495096	8495247	chr3R:8495097-8495247	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.008	0.0113	0.017	0.0011	0.0092	0.0104	0.01	0.0011	0.0103	0.0161	0.0103	0.0108	0.0061	0.0509	0.0061	0.013
chr3R	8500064	8500215	chr3R:8500065-8500215	FBgn0038074	CG6188	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0154	0.0135	0.0114	0.022	0.0053	0.0112	0.0234	0.0147	0.0053	0.0121	0.0132	0.0121	0.0163	0.01	0.0116	0.01	0.0599
chr3R	8504665	8504871	chr3R:8504666-8504871	FBgn0026207	mbo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0749	0.078	0.0549	0.0403	0.0869	0.0839	0.0973	0.0403	0.0918	0.0945	0.0918	0.0713	0.0628	0.0574	0.0628	0.0709
chr3R	8511244	8511395	chr3R:8511245-8511395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0204	0.0169	0.0155	0.0297	0.0095	0.0175	0.0272	0.0147	0.0095	0.0163	0.0154	0.0163	0.0271	0.0184	0.0058	0.0184	0.0844
chr3R	8514772	8514923	chr3R:8514773-8514923	FBgn0001296	kar	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0184	0.0185	0.0187	0.0117	0.018	0.0281	0.018	0.0117	0.0163	0.0225	0.0163	0.0256	0.0107	0.011	0.0107	0.0412
chr3R	8517113	8517298	chr3R:8517114-8517298	FBgn0005355,FBgn0011745	Arp87C,Su(fu)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1394	0.1221	0.1615	0.1344	0.0954	0.1413	0.1349	0.1512	0.0954	0.2017	0.183	0.2017	0.1448	0.1631	0.1412	0.1631	0.161
chr3R	8517347	8517541	chr3R:8517348-8517541	FBgn0005355,FBgn0011745	Arp87C,Su(fu)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1268	0.1132	0.1429	0.1244	0.1018	0.1345	0.1185	0.1326	0.1018	0.1763	0.1605	0.1763	0.1371	0.1248	0.1348	0.1248	0.1563
chr3R	8517637	8517788	chr3R:8517638-8517788	FBgn0005355,FBgn0011745	Arp87C,Su(fu)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0525	0.0424	0.0631	0.0524	0.0265	0.049	0.0515	0.0533	0.0265	0.0676	0.0736	0.0676	0.0573	0.0413	0.0542	0.0413	0.0709
chr3R	8523219	8523405	chr3R:8523220-8523405	FBgn0016693	Past1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1216	0.1053	0.1494	0.1092	0.0583	0.1155	0.1319	0.1252	0.0583	0.1975	0.1563	0.1975	0.1588	0.1202	0.1173	0.1202	0.135
chr3R	8523478	8523680	chr3R:8523479-8523680	FBgn0016693	Past1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1659	0.1329	0.198	0.1677	0.0806	0.1631	0.141	0.1752	0.0806	0.2566	0.2035	0.2566	0.2424	0.2175	0.1586	0.2175	0.2069
chr3R	8525908	8526059	chr3R:8525909-8526059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.0171	0.0289	0.034	0.0085	0.0199	0.0234	0.018	0.0085	0.0278	0.026	0.0278	0.0612	0.0214	0.0226	0.0214	0.075
chr3R	8526418	8526569	chr3R:8526419-8526569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0241	0.0296	0.0397	0.0053	0.0267	0.0346	0.024	0.0053	0.026	0.0293	0.026	0.0612	0.0207	0.0303	0.0207	0.0855
chr3R	8527136	8527568	chr3R:8527137-8527568	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0526	0.0351	0.0481	0.0771	0.0201	0.0432	0.0458	0.036	0.0201	0.0393	0.0498	0.0393	0.093	0.0704	0.0838	0.0704	0.1501
chr3R	8527826	8528130	chr3R:8527827-8528130	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0577	0.0257	0.0505	0.1015	0.0074	0.0325	0.0337	0.0266	0.0074	0.0465	0.0444	0.0465	0.1162	0.1317	0.0683	0.1317	0.21
chr3R	8530709	8530970	chr3R:8530710-8530970	FBgn0038080	CG12279	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0595	0.0637	0.058	0.0565	0.0371	0.066	0.0822	0.0746	0.0371	0.0628	0.0691	0.0628	0.0767	0.0628	0.0613	0.0628	0.0829
chr3R	8530978	8531129	chr3R:8530979-8531129	FBgn0038080	CG12279	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0364	0.04	0.039	0.0297	0.0297	0.0422	0.0493	0.0466	0.0297	0.0344	0.0476	0.0344	0.0542	0.0283	0.0329	0.0283	0.0438
chr3R	8539246	8539397	chr3R:8539247-8539397	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0317	0.032	0.0171	0.0148	0.0383	0.0424	0.0293	0.0148	0.0435	0.0331	0.0435	0.0364	0.013	0.0187	0.013	0.0193
chr3R	8540497	8540648	chr3R:8540498-8540648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0198	0.0254	0.0212	0.0118	0.0117	0.0257	0.0458	0.0173	0.0117	0.0169	0.0244	0.0169	0.0349	0.0084	0.0077	0.0084	0.0214
chr3R	8542294	8542445	chr3R:8542295-8542445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0106	0.0122	0.0262	0.0032	0.0102	0.0182	0.01	0.0032	0.0066	0.0106	0.0066	0.0263	0.0115	0.0213	0.0115	0.061
chr3R	8542822	8542973	chr3R:8542823-8542973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0102	0.0151	0.0322	0.0042	0.0107	0.013	0.0127	0.0042	0.0127	0.0125	0.0127	0.0349	0.0084	0.0297	0.0084	0.0818
chr3R	8543507	8543934	chr3R:8543508-8543934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0366	0.0197	0.0291	0.0638	0.0106	0.0165	0.029	0.0266	0.0106	0.0217	0.0225	0.0217	0.0775	0.0505	0.0181	0.0505	0.1511
chr3R	8544126	8544294	chr3R:8544127-8544294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0107	0.0135	0.0446	0.0074	0.0126	0.0147	0.008	0.0074	0.0157	0.0087	0.0157	0.0209	0.0636	0.0161	0.0636	0.0406
chr3R	8544500	8544651	chr3R:8544501-8544651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0117	0.0128	0.0333	0.0064	0.0092	0.0186	0.0113	0.0064	0.0115	0.0077	0.0115	0.0163	0.026	0.0129	0.026	0.0198
chr3R	8544988	8545178	chr3R:8544989-8545178	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0182	0.0208	0.0324	0.017	0.0155	0.0251	0.018	0.017	0.0169	0.0161	0.0169	0.0209	0.0054	0.0084	0.0054	0.0245
chr3R	8545530	8545779	chr3R:8545531-8545779	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0751	0.1024	0.0475	0.0748	0.1039	0.0718	0.1362	0.1286	0.1039	0.0344	0.0305	0.0344	0.0713	0.036	0.0219	0.036	0.0589
chr3R	8546115	8546276	chr3R:8546116-8546276	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0186	0.0232	0.0294	0.0117	0.0218	0.0225	0.0187	0.0117	0.0127	0.0141	0.0127	0.0349	0.0092	0.009	0.0092	0.0391
chr3R	8546465	8546694	chr3R:8546466-8546694	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0255	0.0179	0.0268	0.0324	0.0095	0.0204	0.0242	0.02	0.0095	0.0242	0.0151	0.0242	0.0457	0.0123	0.0084	0.0123	0.0417
chr3R	8549600	8549781	chr3R:8549601-8549781	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0376	0.0123	0.023	0.0819	0.0106	0.0112	0.0203	0.0087	0.0106	0.0127	0.0183	0.0127	0.0604	0.0658	0.069	0.0658	0.1199
chr3R	8608910	8609061	chr3R:8608911-8609061	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0091	0.008	0.012	0.0064	0.0068	0.0177	0.006	0.0064	0.0085	0.009	0.0085	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr3R	8609123	8609274	chr3R:8609124-8609274	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0101	0.011	0.0131	0.0042	0.0073	0.0177	0.0093	0.0042	0.0133	0.0125	0.0133	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0073
chr3R	8609480	8609691	chr3R:8609481-8609691	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0406	0.0436	0.0382	0.0398	0.0265	0.0437	0.0558	0.0526	0.0265	0.0356	0.0434	0.0356	0.0519	0.0283	0.0426	0.0283	0.038
chr3R	8642723	8642874	chr3R:8642724-8642874	FBgn0051345	CG31345	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.006	0.0072	0.013	0.0032	0.0034	0.0117	0.006	0.0032	0.0066	0.0084	0.0066	0.0039	0.0061	0.0039	0.0061	0.0104
chr3R	8643108	8643259	chr3R:8643109-8643259	FBgn0051345	CG31345	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0052	0.0041	0.0102	0.0042	0.0024	0.0125	0.002	0.0042	0.0036	0.0045	0.0036	0.0039	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr3R	8674168	8674319	chr3R:8674169-8674319	FBgn0038087	beat-Va	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.011	0.0119	0.0132	0.0053	0.0083	0.0177	0.012	0.0053	0.0163	0.0103	0.0163	0.0116	8e-04	0.0032	8e-04	0.0047
chr3R	8683418	8683569	chr3R:8683419-8683569	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0145	0.0059	0.01	0.0291	0.0021	0.0053	0.0104	0.006	0.0021	0.006	0.0125	0.006	0.0155	0.0046	0.0645	0.0046	0.0339
chr3R	8701853	8702004	chr3R:8701854-8702004	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0074	0.006	0.0091	0.0085	0.0073	0.0095	0.0047	0.0085	0.0054	0.0058	0.0054	0.0046	0.0077	0.0058	0.0077	0.0026
chr3R	8741411	8741591	chr3R:8741412-8741591	FBgn0038092	beat-Vb	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.0543	0.0543	0.056	0.0361	0.0573	0.0614	0.072	0.0361	0.07	0.0614	0.07	0.0565	0.0536	0.0638	0.0536	0.0657
chr3R	8786098	8786296	chr3R:8786099-8786296	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0342	0.0198	0.0423	0.0415	0.0095	0.0301	0.0216	0.0173	0.0095	0.0338	0.0241	0.0338	0.1325	0.0214	0.0129	0.0214	0.1188
chr3R	8786795	8787065	chr3R:8786796-8787065	FBgn0087021	Spc25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0448	0.0442	0.0466	0.0436	0.0308	0.0403	0.061	0.054	0.0308	0.055	0.0531	0.055	0.0473	0.0291	0.029	0.0291	0.0787
chr3R	8787334	8787529	chr3R:8787335-8787529	FBgn0087021	Spc25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1401	0.1332	0.1617	0.1242	0.0827	0.1461	0.16	0.1639	0.0827	0.189	0.1791	0.189	0.1611	0.1057	0.1193	0.1057	0.1449
chr3R	8787677	8787828	chr3R:8787678-8787828	FBgn0087021	Spc25	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.042	0.044	0.0494	0.0316	0.018	0.0481	0.0575	0.052	0.018	0.0513	0.0588	0.0513	0.0473	0.0345	0.029	0.0345	0.0401
chr3R	8806382	8806584	chr3R:8806383-8806584	FBgn0038100	Paip2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1867	0.1745	0.2203	0.1633	0.1251	0.2005	0.1903	0.2165	0.1251	0.282	0.2447	0.282	0.1983	0.1608	0.1812	0.1608	0.1824
chr3R	8806669	8806875	chr3R:8806670-8806875	FBgn0038100	Paip2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1809	0.1716	0.2142	0.1549	0.1177	0.2015	0.1907	0.2072	0.1177	0.2615	0.2473	0.2615	0.2184	0.1593	0.1657	0.1593	0.1751
chr3R	8807027	8807504	chr3R:8807028-8807504	FBgn0038100	Paip2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1154	0.1085	0.1348	0.1019	0.0657	0.1252	0.1272	0.1412	0.0657	0.1624	0.1547	0.1624	0.1239	0.1003	0.118	0.1003	0.1167
chr3R	8807730	8807909	chr3R:8807731-8807909	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1258	0.1254	0.1447	0.1057	0.0976	0.1364	0.141	0.1586	0.0976	0.1836	0.1559	0.1836	0.1588	0.1156	0.1167	0.1156	0.1428
chr3R	8807955	8808133	chr3R:8807956-8808133	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.1098	0.1211	0.0939	0.0827	0.1136	0.1367	0.1319	0.0827	0.1546	0.1248	0.1546	0.1518	0.1126	0.0954	0.1126	0.1344
chr3R	8808238	8808402	chr3R:8808239-8808402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0636	0.0689	0.0641	0.0572	0.0488	0.0684	0.0861	0.0833	0.0488	0.0833	0.0643	0.0833	0.0821	0.0628	0.0593	0.0628	0.086
chr3R	8808677	8808828	chr3R:8808678-8808828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0466	0.0492	0.0522	0.0375	0.0201	0.0481	0.0631	0.0726	0.0201	0.0374	0.0727	0.0374	0.0635	0.0352	0.0574	0.0352	0.0464
chr3R	8808942	8809125	chr3R:8808943-8809125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0459	0.0435	0.0605	0.0326	0.0106	0.0505	0.0433	0.0786	0.0106	0.0296	0.1055	0.0296	0.0542	0.0161	0.0793	0.0161	0.0297
chr3R	8811664	8811840	chr3R:8811665-8811840	FBgn0051342	CG31342	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1042	0.1058	0.1236	0.081	0.0785	0.1068	0.128	0.1352	0.0785	0.1727	0.137	0.1727	0.117	0.0957	0.0806	0.0957	0.1006
chr3R	8820973	8821124	chr3R:8820974-8821124	FBgn0038105,FBgn0038106	CG7488,yellow-f2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.027	0.036	0.0362	0.0159	0.0301	0.0298	0.038	0.0159	0.038	0.0402	0.038	0.0457	0.0314	0.0503	0.0314	0.0401
chr3R	8821266	8821446	chr3R:8821267-8821446	FBgn0038105,FBgn0038106	CG7488,yellow-f2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0814	0.0743	0.099	0.0702	0.0414	0.084	0.0856	0.0999	0.0414	0.1129	0.109	0.1129	0.1146	0.0735	0.0716	0.0735	0.0875
chr3R	8822986	8823137	chr3R:8822987-8823137	FBgn0038107	CG17327	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0462	0.035	0.0633	0.04	0.0159	0.0432	0.0428	0.0406	0.0159	0.0815	0.0675	0.0815	0.0736	0.0498	0.0406	0.0498	0.0453
chr3R	8823198	8823406	chr3R:8823199-8823406	FBgn0038107,FBgn0038108	CG17327,CG7518	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1201	0.0972	0.1456	0.1177	0.0604	0.1189	0.0952	0.1366	0.0604	0.1963	0.1633	0.1963	0.1472	0.1371	0.1115	0.1371	0.1605
chr3R	8823673	8823860	chr3R:8823674-8823860	FBgn0038107,FBgn0038108	CG17327,CG7518	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.18	0.1583	0.2155	0.1653	0.1209	0.1917	0.1587	0.2132	0.1209	0.2766	0.2334	0.2766	0.2231	0.2021	0.1631	0.2021	0.2183
chr3R	8823994	8824175	chr3R:8823995-8824175	FBgn0038108	CG7518	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1241	0.1052	0.1504	0.1166	0.0583	0.1272	0.1129	0.1386	0.0583	0.2023	0.154	0.2023	0.1658	0.1455	0.1277	0.1455	0.1589
chr3R	8827743	8827894	chr3R:8827744-8827894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0208	0.0383	0.0178	0.0046	0.0308	0.0267	0.0636	0.04	0.0308	0.0193	0.0174	0.0193	0.0155	0.0054	0.0058	0.0054	0.0063
chr3R	8828053	8828204	chr3R:8828054-8828204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.04	0.0188	0.0071	0.0403	0.0243	0.0657	0.042	0.0403	0.0254	0.0203	0.0254	0.0139	0.0038	0.0103	0.0038	0.0052
chr3R	8836693	8836879	chr3R:8836694-8836879	FBgn0038110	CG8031	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1532	0.1385	0.1794	0.1409	0.0838	0.1597	0.1734	0.1586	0.0838	0.215	0.2051	0.215	0.1735	0.1539	0.158	0.1539	0.1709
chr3R	8836925	8837126	chr3R:8836926-8837126	FBgn0020496,FBgn0038110	CG8031,CtBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2237	0.2097	0.2563	0.2036	0.1453	0.2413	0.2465	0.2538	0.1453	0.3182	0.283	0.3182	0.2347	0.2129	0.2173	0.2129	0.2387
chr3R	8837279	8837440	chr3R:8837280-8837440	FBgn0020496,FBgn0038110	CG8031,CtBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2169	0.197	0.2584	0.1937	0.1421	0.2189	0.2279	0.2558	0.1421	0.3279	0.2781	0.3279	0.2424	0.2098	0.2102	0.2098	0.2236
chr3R	8837813	8838121	chr3R:8837814-8838121	FBgn0020496	CtBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2189	0.2307	0.242	0.1803	0.1665	0.2568	0.2842	0.2778	0.1665	0.2947	0.2646	0.2947	0.2324	0.1922	0.1792	0.1922	0.1991
chr3R	8838246	8838432	chr3R:8838247-8838432	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2088	0.1795	0.2433	0.2036	0.0965	0.2189	0.2033	0.2305	0.0965	0.305	0.2576	0.305	0.2386	0.1899	0.2192	0.1899	0.2178
chr3R	8838745	8838956	chr3R:8838746-8838956	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2038	0.1847	0.2405	0.1848	0.0848	0.2437	0.1734	0.2632	0.0848	0.305	0.254	0.305	0.2409	0.1975	0.1876	0.1975	0.2163
chr3R	8841491	8841642	chr3R:8841492-8841642	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0646	0.0474	0.0797	0.0673	0.0191	0.0578	0.042	0.0813	0.0191	0.035	0.1206	0.035	0.0751	0.0153	0.0993	0.0153	0.0469
chr3R	8841813	8842008	chr3R:8841814-8842008	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1501	0.1333	0.1949	0.1198	0.0445	0.1636	0.1034	0.2518	0.0445	0.0773	0.3151	0.0773	0.1867	0.0245	0.2186	0.0245	0.1454
chr3R	8842357	8842572	chr3R:8842358-8842572	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1272	0.1625	0.1447	0.0687	0.1166	0.1553	0.2059	0.2199	0.1166	0.0592	0.2328	0.0592	0.1541	0.0214	0.1618	0.0214	0.062
chr3R	8844305	8844501	chr3R:8844306-8844501	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0637	0.055	0.0827	0.0526	0.0255	0.0767	0.058	0.0673	0.0255	0.0531	0.0682	0.0531	0.2208	0.0138	0.04	0.0138	0.1235
chr3R	8846590	8846741	chr3R:8846591-8846741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0382	0.0618	0.0368	0.0134	0.035	0.0539	0.0956	0.0673	0.035	0.0417	0.0486	0.0417	0.0256	0.0107	0.0097	0.0107	0.024
chr3R	8849445	8849596	chr3R:8849446-8849596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0521	0.0334	0.0189	0.0361	0.0442	0.0774	0.054	0.0361	0.0393	0.0341	0.0393	0.0387	0.0199	0.0213	0.0199	0.0234
chr3R	8850138	8850289	chr3R:8850139-8850289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0416	0.0376	0.0146	0.017	0.0466	0.0532	0.052	0.017	0.0374	0.0434	0.0374	0.0364	0.0107	0.0206	0.0107	0.0172
chr3R	8850502	8850694	chr3R:8850503-8850694	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0437	0.0563	0.048	0.0248	0.0191	0.065	0.0619	0.0866	0.0191	0.0453	0.0582	0.0453	0.0473	0.0191	0.0316	0.0191	0.0323
chr3R	8851057	8851208	chr3R:8851058-8851208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0333	0.0396	0.018	0.0308	0.0345	0.0346	0.048	0.0308	0.038	0.0505	0.038	0.0349	0.0168	0.0219	0.0168	0.0208
chr3R	8852047	8852198	chr3R:8852048-8852198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0548	0.0513	0.0279	0.0308	0.0553	0.0692	0.0693	0.0308	0.0556	0.0601	0.0556	0.0527	0.0214	0.0258	0.0214	0.0365
chr3R	8852303	8852454	chr3R:8852304-8852454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0481	0.0458	0.0255	0.0392	0.05	0.0614	0.0513	0.0392	0.0501	0.0508	0.0501	0.0519	0.0237	0.0258	0.0237	0.0328
chr3R	8856296	8856468	chr3R:8856297-8856468	FBgn0002354,FBgn0038111	CG12360,l(3)87Df	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1597	0.1575	0.1825	0.137	0.1113	0.1927	0.1886	0.1679	0.1113	0.2035	0.2032	0.2035	0.1975	0.1256	0.1451	0.1256	0.1808
chr3R	8856538	8856739	chr3R:8856539-8856739	FBgn0002354,FBgn0038111	CG12360,l(3)87Df	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1627	0.1674	0.1817	0.1366	0.1113	0.1981	0.2072	0.1839	0.1113	0.2065	0.201	0.2065	0.1975	0.1286	0.1431	0.1286	0.1793
chr3R	8856787	8856949	chr3R:8856788-8856949	FBgn0002354,FBgn0038111	CG12360,l(3)87Df	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0659	0.073	0.0722	0.051	0.0286	0.0743	0.1047	0.0813	0.0286	0.0833	0.0733	0.0833	0.0984	0.0467	0.0509	0.0467	0.0724
chr3R	8857008	8857212	chr3R:8857009-8857212	FBgn0002354	l(3)87Df	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0541	0.0773	0.047	0.0359	0.0424	0.067	0.1289	0.0706	0.0424	0.0513	0.054	0.0513	0.0565	0.0345	0.0503	0.0345	0.05
chr3R	8858077	8858321	chr3R:8858078-8858321	FBgn0003308	ry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0954	0.1467	0.0819	0.0531	0.1241	0.1602	0.1946	0.1319	0.1241	0.0761	0.074	0.0761	0.1921	0.0421	0.0613	0.0421	0.1006
chr3R	8858354	8858505	chr3R:8858355-8858505	FBgn0003308	ry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0602	0.085	0.0553	0.0377	0.0509	0.0932	0.1172	0.0839	0.0509	0.0543	0.0531	0.0543	0.117	0.0214	0.049	0.0214	0.0709
chr3R	8858602	8858947	chr3R:8858603-8858947	FBgn0003308	ry	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.071	0.0821	0.0755	0.0538	0.0477	0.1083	0.1116	0.0633	0.0477	0.0719	0.0598	0.0719	0.1967	0.0314	0.0509	0.0314	0.1188
chr3R	8861799	8862044	chr3R:8861800-8862044	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0283	0.0557	0.0179	0.0091	0.0509	0.0981	0.0588	0.024	0.0509	0.0254	0.0174	0.0254	0.0147	0.0107	0.0071	0.0107	0.013
chr3R	8871877	8872028	chr3R:8871878-8872028	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0313	0.0302	0.0074	0.0106	0.0291	0.0497	0.0353	0.0106	0.0399	0.0315	0.0399	0.0279	0.0077	0.0077	0.0077	0.0078
chr3R	8877120	8877383	chr3R:8877121-8877383	FBgn0038115	CG7966	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.0776	0.1405	0.1376	0.0498	0.0917	0.0934	0.0953	0.0498	0.1014	0.1691	0.1014	0.2409	0.0582	0.2689	0.0582	0.1902
chr3R	8877644	8877824	chr3R:8877645-8877824	FBgn0038115,FBgn0260962	CG7966,pic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2625	0.2304	0.325	0.2298	0.1771	0.2728	0.2426	0.2845	0.1771	0.4034	0.3518	0.4034	0.3393	0.2274	0.2534	0.2274	0.2882
chr3R	8877907	8878273	chr3R:8877908-8878273	FBgn0260962	pic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3298	0.3169	0.3956	0.2721	0.2418	0.3646	0.3452	0.3957	0.2418	0.494	0.4238	0.494	0.4191	0.3132	0.2766	0.3132	0.3455
chr3R	8878423	8878574	chr3R:8878424-8878574	FBgn0260962	pic	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0616	0.0694	0.0718	0.0415	0.0435	0.0689	0.0926	0.0926	0.0435	0.0906	0.0833	0.0906	0.0674	0.0651	0.0355	0.0651	0.0521
chr3R	8883127	8883376	chr3R:8883128-8883376	FBgn0004666	sim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1045	0.0507	0.1407	0.1249	0.0148	0.0752	0.0519	0.0666	0.0148	0.2228	0.1386	0.2228	0.0899	0.1761	0.0961	0.1761	0.0875
chr3R	8884091	8884242	chr3R:8884092-8884242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0217	0.0179	0.0327	0.0138	0.0106	0.0243	0.0238	0.0187	0.0106	0.0713	0.0296	0.0713	0.0186	0.0138	0.0129	0.0138	0.0188
chr3R	8889472	8889642	chr3R:8889473-8889642	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0742	0.0763	0.0968	0.0469	0.0488	0.0908	0.08	0.1053	0.0488	0.1244	0.1206	0.1244	0.0767	0.0636	0.0522	0.0636	0.0453
chr3R	8889948	8890171	chr3R:8889949-8890171	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT40840.1	VT40840.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3146	0.2549	0.3957	0.2924	0.1782	0.3374	0.2375	0.3271	0.1782	0.4921	0.4383	0.4921	0.3447	0.3132	0.3172	0.3132	0.3038
chr3R	8890993	8891199	chr3R:8890994-8891199	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT40840.1	VT40840.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.143	0.126	0.2019	0.0973	0.088	0.1665	0.1133	0.1805	0.088	0.253	0.2469	0.253	0.1696	0.1524	0.1457	0.1524	0.0584
chr3R	8891312	8891484	chr3R:8891313-8891484	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT40840.1	VT40840.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.0593	0.0947	0.0432	0.0297	0.0723	0.0562	0.0953	0.0297	0.122	0.1199	0.122	0.0635	0.0628	0.06	0.0628	0.0276
chr3R	8894968	8895156	chr3R:8894969-8895156	distal	distal	none	none	VT40842.1	VT40842.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.033	0.0258	0.0189	0.0191	0.0398	0.0446	0.034	0.0191	0.0193	0.0212	0.0193	0.0194	0.0031	0.0097	0.0031	0.0146
chr3R	8895825	8896225	chr3R:8895826-8896225	distal	distal	stage5	stage5	sim_mesectoderm	sim_mesectoderm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0661	0.1458	0.0331	0.0134	0.1326	0.1524	0.2059	0.1219	0.1326	0.0405	0.037	0.0405	0.0256	0.0115	0.0077	0.0115	0.0135
chr3R	8896929	8897184	chr3R:8896930-8897184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0373	0.0567	0.0388	0.0138	0.0339	0.0553	0.0921	0.0513	0.0339	0.0356	0.0383	0.0356	0.017	0.0069	0.0155	0.0069	0.0141
chr3R	8897708	8897859	chr3R:8897709-8897859	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0496	0.11	0.026	0.0078	0.0997	0.0621	0.157	0.1552	0.0997	0.0326	0.0293	0.0326	0.0163	0.0069	0.0071	0.0069	0.0047
chr3R	8897934	8898137	chr3R:8897935-8898137	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0662	0.1643	0.0207	0.0067	0.1665	0.0607	0.2465	0.2458	0.1665	0.0187	0.0302	0.0187	0.0085	0.0069	0.0097	0.0069	0.0042
chr3R	8899032	8899240	chr3R:8899033-8899240	distal	distal	none	none	VT40845.1	VT40845.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0335	0.0189	0.0367	0.0462	0.0085	0.0223	0.0216	0.03	0.0085	0.058	0.0312	0.058	0.0279	0.0337	0.0226	0.0337	0.0354
chr3R	8900394	8900573	chr3R:8900395-8900573	distal	distal	stage5	stage5	VT40845.1	VT40845.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0627	0.096	0.0742	0.0128	0.0498	0.1136	0.0783	0.1732	0.0498	0.1147	0.0868	0.1147	0.0209	0.0199	0.0142	0.0199	0.0089
chr3R	8901499	8901704	chr3R:8901500-8901704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0509	0.0304	0.0689	0.054	0.0085	0.0413	0.0303	0.0426	0.0085	0.0586	0.0453	0.0586	0.0341	0.0153	0.0226	0.0153	0.0266
chr3R	8903094	8903336	chr3R:8903095-8903336	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0538	0.0957	0.0528	0.0223	0.0762	0.0446	0.0853	0.0223	0.1268	0.0981	0.1268	0.0821	0.0368	0.0606	0.0368	0.0683
chr3R	8903592	8903794	chr3R:8903593-8903794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0546	0.0469	0.0661	0.0507	0.0138	0.0602	0.045	0.0706	0.0138	0.1008	0.0669	0.1008	0.0627	0.0398	0.0419	0.0398	0.0855
chr3R	8904106	8904293	chr3R:8904107-8904293	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1315	0.1285	0.1425	0.1228	0.0795	0.1495	0.1484	0.1552	0.0795	0.1703	0.1614	0.1703	0.1433	0.1409	0.1302	0.1409	0.1433
chr3R	8909388	8909539	chr3R:8909389-8909539	distal	distal	none	none	VT40850.1	VT40850.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0133	0.0122	0.0118	0.0074	0.0102	0.0199	0.0173	0.0074	0.0175	0.0122	0.0175	0.0101	0.0077	0.0039	0.0077	0.0047
chr3R	8909918	8910069	chr3R:8909919-8910069	distal	distal	none	none	VT40850.1	VT40850.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0095	0.011	0.0131	0.0011	0.0092	0.0151	0.012	0.0011	0.0127	0.0087	0.0127	0.0054	0.0069	0.0013	0.0069	0.0057
chr3R	8912257	8912408	chr3R:8912258-8912408	FBgn0262365	CG43063	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0162	0.0206	0.0188	0.0084	0.0053	0.0238	0.0285	0.024	0.0053	0.0399	0.0164	0.0399	0.0116	0.0153	0.0039	0.0153	0.0089
chr3R	8913884	8914035	chr3R:8913885-8914035	FBgn0038118	timeout	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0236	0.0225	0.0177	0.0117	0.0282	0.0277	0.03	0.0117	0.026	0.0248	0.026	0.0178	0.0145	0.0213	0.0145	0.0198
chr3R	8914228	8914430	chr3R:8914229-8914430	FBgn0038118	timeout	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1004	0.0915	0.1194	0.0894	0.0488	0.1097	0.0986	0.1219	0.0488	0.128	0.1463	0.128	0.1108	0.0904	0.0986	0.0904	0.1219
chr3R	8947177	8947328	chr3R:8947178-8947328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.013	0.0071	0.0113	0.0042	0.0112	0.0177	0.022	0.0042	0.0085	0.0071	0.0085	0.0046	0.0054	0.0032	0.0054	0.0036
chr3R	8949396	8949547	chr3R:8949397-8949547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0091	0.0076	0.0148	0.0053	0.0049	0.0164	0.012	0.0053	0.0085	0.0087	0.0085	0.0031	0.0038	0.0039	0.0038	0.0073
chr3R	8950037	8950188	chr3R:8950038-8950188	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0131	0.0094	0.0167	0.0085	0.0141	0.0169	0.016	0.0085	0.0103	0.0074	0.0103	0.0093	0.0046	0.0026	0.0046	0.0068
chr3R	8950250	8950401	chr3R:8950251-8950401	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0103	0.0089	0.0192	0.0074	0.0117	0.0112	0.0127	0.0074	0.0079	0.0074	0.0079	0.0101	0.0061	0.0045	0.0061	0.0073
chr3R	8959272	8959423	chr3R:8959273-8959423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0064	0.0047	0.0089	0.0042	0.0073	0.0095	0.0047	0.0042	0.003	0.0061	0.003	0.0054	0.0031	6e-04	0.0031	0.0052
chr3R	8960097	8960248	chr3R:8960098-8960248	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0066	0.0052	0.0131	0.0032	0.0039	0.0099	0.0107	0.0032	0.0042	0.0045	0.0042	0.0054	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr3R	8964598	8964749	chr3R:8964599-8964749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.007	0.0041	0.0072	0.0042	0.0044	0.0108	0.0087	0.0042	0.006	0.0029	0.006	0.0015	0.0038	0.0026	0.0038	0.0016
chr3R	8966974	8967125	chr3R:8966975-8967125	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0062	0.0061	0.0121	0.0042	0.0063	0.0099	0.0033	0.0042	0.0036	0.0061	0.0036	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0031
chr3R	8967295	8967446	chr3R:8967296-8967446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0086	0.0071	0.0132	0.0032	0.0087	0.0125	0.0093	0.0032	0.0079	0.0042	0.0079	0.0046	0.0015	0.0026	0.0015	0.0026
chr3R	8975707	8975858	chr3R:8975708-8975858	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0085	0.0063	0.0138	0.0021	0.0102	0.0108	0.0093	0.0021	0.0054	0.0058	0.0054	0.0031	0.0015	6e-04	0.0015	0.0047
chr3R	8977693	8977844	chr3R:8977694-8977844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0074	0.0043	0.0099	0.0032	0.0039	0.0151	0.0067	0.0032	0.0036	0.0032	0.0036	0.0054	0.0031	0.0013	0.0031	0.0057
chr3R	8981355	8981506	chr3R:8981356-8981506	FBgn0260793	2mit	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.011	0.0093	0.0267	0.0053	0.0073	0.0186	0.0107	0.0053	0.0091	0.0077	0.0091	0.0039	0.0038	0.0045	0.0038	0.0073
chr3R	8993248	8993399	chr3R:8993249-8993399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0076	0.0082	0.0143	0.0042	0.0044	0.0138	0.0087	0.0042	0.0079	0.0058	0.0079	0.007	0.0046	0.0058	0.0046	0.0042
chr3R	8998778	8998929	chr3R:8998779-8998929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0076	0.0065	0.0099	0.0021	0.0073	0.0112	0.0113	0.0021	0.0066	0.0071	0.0066	0.0031	0.0046	0.0052	0.0046	0.0042
chr3R	9000576	9000727	chr3R:9000577-9000727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0069	0.007	0.0082	0.0042	0.0049	0.0104	0.0087	0.0042	0.0072	0.0074	0.0072	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0026
chr3R	9001232	9001383	chr3R:9001233-9001383	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0055	0.006	0.0106	0.0011	0.0019	0.0121	0.004	0.0011	0.0072	0.0051	0.0072	0.0062	8e-04	0.0026	8e-04	0.0042
chr3R	9008296	9008447	chr3R:9008297-9008447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0075	0.0071	0.0118	0.0064	0.0053	0.0143	0.0053	0.0064	0.0091	0.0055	0.0091	0.0093	0	0.0019	0	0.0089
chr3R	9025922	9026073	chr3R:9025923-9026073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0077	0.0065	0.0107	0.0042	0.0058	0.0138	0.006	0.0042	0.0072	0.0074	0.0072	0.0023	0.0046	0.0039	0.0046	0.0021
chr3R	9026491	9026642	chr3R:9026492-9026642	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0059	0.007	0.0086	0.0042	0.0024	0.0099	0.006	0.0042	0.0079	0.0093	0.0079	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0031
chr3R	9034151	9034408	chr3R:9034152-9034408	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0131	0.014	0.0426	0.0032	0.0136	0.0225	0.012	0.0032	0.0115	0.0145	0.0115	0.0178	0.0375	0.0567	0.0375	0.0292
chr3R	9037095	9037246	chr3R:9037096-9037246	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0077	0.0055	0.0086	0.0091	0.0064	0.0034	0.0082	0.0053	0.0064	0.0054	0.0158	0.0054	0.0046	0.0038	0.0316	0.0038	0.0031
chr3R	9040227	9040464	chr3R:9040228-9040464	FBgn0038126	CG8483	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0533	0.0495	0.0668	0.0428	0.0371	0.0427	0.0727	0.0566	0.0371	0.0393	0.1145	0.0393	0.0596	0.0107	0.1212	0.0107	0.0276
chr3R	9043588	9043739	chr3R:9043589-9043739	distal	distal	stage14	stage14	VT40917.1	VT40917.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0085	0.0044	0.0077	0.0139	0.0053	0.0044	0.0065	0.002	0.0053	0.006	0.0132	0.006	0.0062	0.0023	0.049	0.0023	0.0073
chr3R	9048047	9048226	chr3R:9048048-9048226	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0132	0.0241	0.0274	0.0064	0.0141	0.0212	0.0113	0.0064	0.0181	0.0421	0.0181	0.0116	0.0031	0.1025	0.0031	0.0099
chr3R	9056551	9056702	chr3R:9056552-9056702	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0117	0.0122	0.0128	0.0074	0.0083	0.0208	0.0107	0.0074	0.0199	0.0141	0.0199	0.0077	0.0054	0.0355	0.0054	0.0047
chr3R	9056893	9057044	chr3R:9056894-9057044	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0087	0.0108	0.0139	0.0085	0.0078	0.0134	0.0067	0.0085	0.0145	0.0135	0.0145	0.0062	0.0015	0.0445	0.0015	0.0083
chr3R	9057136	9057287	chr3R:9057137-9057287	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.009	0.007	0.0069	0.0135	0.0021	0.0058	0.0121	0.0067	0.0021	0.0072	0.0109	0.0072	0.0054	0.0031	0.0413	0.0031	0.0083
chr3R	9058600	9058760	chr3R:9058601-9058760	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0098	0.0121	0.0305	0.0074	0.0097	0.0173	0.008	0.0074	0.0097	0.0135	0.0097	0.017	0.0115	0.0516	0.0115	0.0208
chr3R	9066252	9066403	chr3R:9066253-9066403	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.011	0.0069	0.0162	0.0042	0.0073	0.0203	0.0113	0.0042	0.0066	0.0064	0.0066	0.007	0.0046	0.0032	0.0046	0.0047
chr3R	9066494	9066645	chr3R:9066495-9066645	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.009	0.007	0.0053	0.0152	0.0032	0.0015	0.0147	0.008	0.0032	0.0036	0.0055	0.0036	0.0054	0.0046	0.0032	0.0046	0.0057
chr3R	9067539	9067690	chr3R:9067540-9067690	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0061	0.0052	0.0113	0.0032	0.0024	0.0134	0.0053	0.0032	0.0085	0.0042	0.0085	0.0023	0.0054	0.0032	0.0054	0.0094
chr3R	9077400	9077551	chr3R:9077401-9077551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0088	0.0058	0.0085	0.0011	0.0073	0.0164	0.01	0.0011	0.0079	0.0068	0.0079	8e-04	0.0046	0.0026	0.0046	0.0068
chr3R	9082671	9082822	chr3R:9082672-9082822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0132	0.0126	0.0112	0.0162	0.0032	0.0126	0.0216	0.0113	0.0032	0.0145	0.0109	0.0145	0.0108	0.0038	0.0148	0.0038	0.0406
chr3R	9084471	9084701	chr3R:9084472-9084701	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.033	0.0165	0.0199	0.0657	0.0095	0.0209	0.0186	0.018	0.0095	0.0109	0.0167	0.0109	0.0349	0.0475	0.0587	0.0475	0.0677
chr3R	9084917	9085077	chr3R:9084918-9085077	FBgn0000024	Ace	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0243	0.0306	0.0596	0.0117	0.0301	0.0337	0.024	0.0117	0.0254	0.0318	0.0254	0.0426	0.0391	0.0529	0.0391	0.0844
chr3R	9085279	9085527	chr3R:9085280-9085527	FBgn0000024	Ace	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0276	0.0116	0.0166	0.0577	0.0064	0.0131	0.0195	0.008	0.0064	0.0133	0.017	0.0133	0.0248	0.0207	0.0574	0.0207	0.0532
chr3R	9085944	9086158	chr3R:9085945-9086158	FBgn0040551	CG11686	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.052	0.0156	0.0346	0.1117	0.0053	0.0204	0.0216	0.014	0.0053	0.0211	0.0347	0.0211	0.0759	0.0697	0.1489	0.0697	0.1824
chr3R	9087607	9087758	chr3R:9087608-9087758	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0167	0.0136	0.0157	0.0213	0.0085	0.0194	0.0169	0.008	0.0085	0.0121	0.0132	0.0121	0.038	0.0092	0.0148	0.0092	0.0526
chr3R	9089699	9089871	chr3R:9089700-9089871	FBgn0003598,FBgn0038128	Ravus,Su(var)3-7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.156	0.1537	0.1745	0.1383	0.1304	0.1684	0.1678	0.1985	0.1304	0.2271	0.1897	0.2271	0.1774	0.147	0.1457	0.147	0.1662
chr3R	9089972	9090147	chr3R:9089973-9090147	FBgn0003598,FBgn0038128	Ravus,Su(var)3-7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1776	0.1701	0.2062	0.1547	0.1463	0.1879	0.183	0.2239	0.1463	0.2542	0.2289	0.2542	0.2107	0.1792	0.1418	0.1792	0.1912
chr3R	9090250	9090401	chr3R:9090251-9090401	FBgn0003598,FBgn0038128	Ravus,Su(var)3-7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0606	0.0862	0.0571	0.0371	0.0718	0.0662	0.0773	0.0371	0.0948	0.0923	0.0948	0.0922	0.0597	0.0529	0.0597	0.0719
chr3R	9095117	9095531	chr3R:9095118-9095531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0545	0.0647	0.0613	0.0355	0.0371	0.0689	0.0757	0.0953	0.0371	0.0676	0.0669	0.0676	0.0651	0.0329	0.0297	0.0329	0.0573
chr3R	9096125	9096276	chr3R:9096126-9096276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0284	0.0275	0.0308	0.0267	0.018	0.0296	0.035	0.0326	0.018	0.0296	0.0309	0.0296	0.0534	0.0184	0.0142	0.0184	0.062
chr3R	9096572	9096728	chr3R:9096573-9096728	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0335	0.0232	0.0369	0.0412	0.0127	0.0243	0.0272	0.0313	0.0127	0.0332	0.0302	0.0332	0.0906	0.0168	0.0135	0.0168	0.1152
chr3R	9097207	9097410	chr3R:9097208-9097410	FBgn0038129	CG8449	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.0324	0.0355	0.0343	0.0127	0.0379	0.042	0.0386	0.0127	0.0447	0.0331	0.0447	0.0527	0.0329	0.0181	0.0329	0.0672
chr3R	9097629	9097835	chr3R:9097630-9097835	FBgn0038129	CG8449	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1152	0.1072	0.127	0.1113	0.07	0.1233	0.1272	0.1299	0.07	0.163	0.1322	0.163	0.1456	0.1072	0.0974	0.1072	0.1621
chr3R	9099455	9099606	chr3R:9099456-9099606	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0115	0.0122	0.0216	0.0064	0.0092	0.019	0.0107	0.0064	0.0066	0.0183	0.0066	0.0116	0.0092	0.0613	0.0092	0.0167
chr3R	9099958	9100109	chr3R:9099959-9100109	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0135	0.0119	0.0157	0.0064	0.0121	0.0216	0.0113	0.0064	0.0133	0.0145	0.0133	0.0139	0.0038	0.0432	0.0038	0.0135
chr3R	9102960	9103111	chr3R:9102961-9103111	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0125	0.0244	0.0071	0.0052	0.018	0.0146	0.0346	0.0346	0.018	0.0079	0.0071	0.0079	0.0093	0.0061	0.0058	0.0061	0.0057
chr3R	9111988	9112144	chr3R:9111989-9112144	FBgn0038131	CG15888	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0304	0.034	0.0266	0.0304	0.0138	0.0335	0.0454	0.0406	0.0138	0.0223	0.0354	0.0223	0.0294	0.0345	0.038	0.0345	0.0459
chr3R	9119171	9119356	chr3R:9119172-9119356	FBgn0038134	wntD	stage5	none	WntD	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0744	0.1927	0.0175	0.0047	0.1729	0.1325	0.2803	0.2365	0.1729	0.0133	0.0286	0.0133	0.0101	0.0054	0.0052	0.0054	0.0052
chr3R	9119833	9120125	chr3R:9119834-9120125	FBgn0038135	CG8773	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0425	0.0993	0.0175	0.0064	0.0732	0.0825	0.144	0.1153	0.0732	0.0205	0.0267	0.0205	0.007	0.0061	0.0077	0.0061	0.0083
chr3R	9130379	9130559	chr3R:9130380-9130559	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0283	0.0121	0.0159	0.0602	0.0064	0.0107	0.019	0.012	0.0064	0.0072	0.0238	0.0072	0.0232	0.0077	0.1231	0.0077	0.1053
chr3R	9131045	9131202	chr3R:9131046-9131202	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0091	0.0245	0.038	0.0011	0.0131	0.0138	0.0073	0.0011	0.0103	0.0466	0.0103	0.0163	0.0038	0.1418	0.0038	0.0141
chr3R	9131564	9131715	chr3R:9131565-9131715	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0057	0.0127	0.0245	0.0011	0.0039	0.0134	0.0013	0.0011	0.0066	0.0238	0.0066	0.0077	0.0023	0.0909	0.0023	0.0078
chr3R	9134687	9134841	chr3R:9134688-9134841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0309	0.0352	0.0301	0.018	0.0325	0.0411	0.034	0.018	0.0302	0.046	0.0302	0.0457	0.0352	0.0413	0.0352	0.0323
chr3R	9134939	9135124	chr3R:9134940-9135124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.084	0.0735	0.0883	0.0908	0.0403	0.0854	0.0887	0.0873	0.0403	0.0894	0.1042	0.0894	0.1046	0.0942	0.1025	0.0942	0.1256
chr3R	9135227	9135398	chr3R:9135228-9135398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0228	0.0332	0.0422	0.0085	0.0267	0.0294	0.0293	0.0085	0.0278	0.0373	0.0278	0.0473	0.0398	0.0451	0.0398	0.0657
chr3R	9137198	9137349	chr3R:9137199-9137349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0133	0.0187	0.0113	0.0093	0.0085	0.0102	0.0398	0.016	0.0085	0.0169	0.0129	0.0169	0.0101	0.0077	0.0155	0.0077	0.0104
chr3R	9137469	9137620	chr3R:9137470-9137620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0163	0.0234	0.0151	0.0096	0.0106	0.0141	0.0458	0.0266	0.0106	0.0254	0.0151	0.0254	0.0155	0.0123	0.0135	0.0123	0.0125
chr3R	9137678	9137829	chr3R:9137679-9137829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0154	0.0217	0.014	0.01	0.0074	0.0121	0.0415	0.0273	0.0074	0.0193	0.0145	0.0193	0.0186	0.0107	0.0142	0.0107	0.0109
chr3R	9159001	9159152	chr3R:9159002-9159152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0088	0.0081	0.0066	0.0118	0.0032	0.0083	0.0134	0.0073	0.0032	0.0079	0.0084	0.0079	0.0062	0.0046	0.0406	0.0046	0.0031
chr3R	9159873	9160024	chr3R:9159874-9160024	FBgn0038139	CG8795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0083	0.0109	0.0162	0.0074	0.0073	0.0134	0.0067	0.0074	0.006	0.0196	0.006	0.0054	0.0054	0.0471	0.0054	0.0047
chr3R	9190072	9190249	chr3R:9190073-9190249	FBgn0027610	Dic1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0545	0.0211	0.0503	0.0964	0.0117	0.032	0.0212	0.0213	0.0117	0.0242	0.0531	0.0242	0.1332	0.0306	0.1438	0.0306	0.2006
chr3R	9190633	9190865	chr3R:9190634-9190865	FBgn0027610	Dic1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1009	0.0703	0.1132	0.1216	0.0212	0.1044	0.0636	0.0993	0.0212	0.0537	0.1482	0.0537	0.2208	0.0605	0.1883	0.0605	0.2293
chr3R	9191096	9191263	chr3R:9191097-9191263	FBgn0027610	Dic1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0297	0.0392	0.0365	0.0127	0.0427	0.0329	0.0326	0.0127	0.0308	0.0405	0.0308	0.0829	0.0253	0.0464	0.0253	0.0714
chr3R	9191498	9191700	chr3R:9191499-9191700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.0398	0.0504	0.038	0.0191	0.067	0.0428	0.0306	0.0191	0.0296	0.0482	0.0296	0.1317	0.023	0.0438	0.023	0.0735
chr3R	9192259	9192410	chr3R:9192260-9192410	FBgn0086371	poly	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0396	0.0384	0.0454	0.0347	0.0191	0.0481	0.0467	0.046	0.0191	0.0501	0.0511	0.0501	0.0612	0.0314	0.0309	0.0314	0.0542
chr3R	9192560	9192744	chr3R:9192561-9192744	FBgn0086371	poly	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1074	0.1056	0.1217	0.0939	0.0795	0.1228	0.1138	0.1379	0.0795	0.1498	0.1389	0.1498	0.1247	0.0743	0.0922	0.0743	0.1355
chr3R	9193161	9193312	chr3R:9193162-9193312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0221	0.0138	0.0173	0.0368	0.0106	0.0155	0.0177	0.0153	0.0106	0.0175	0.0145	0.0175	0.0256	0.0123	0.0316	0.0123	0.0422
chr3R	9198007	9198182	chr3R:9198008-9198182	FBgn0023495,FBgn0259831	CG34309,Lip3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0492	0.0283	0.0171	0.0286	0.0476	0.0761	0.05	0.0286	0.0248	0.0357	0.0248	0.0294	0.0168	0.02	0.0168	0.0182
chr3R	9200654	9200856	chr3R:9200655-9200856	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.051	0.0503	0.048	0.055	0.0212	0.0636	0.0506	0.0726	0.0212	0.0417	0.0614	0.0417	0.0511	0.0482	0.0941	0.0482	0.0756
chr3R	9205461	9205612	chr3R:9205462-9205612	FBgn0038143,FBgn0038144	CG8870,CG9813	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0251	0.0163	0.0176	0.0432	0.0032	0.0141	0.0285	0.0153	0.0032	0.0223	0.017	0.0223	0.0194	0.0306	0.038	0.0306	0.0547
chr3R	9207182	9207347	chr3R:9207183-9207347	FBgn0038145,FBgn0044511	Droj2,mRpS21	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0532	0.0496	0.0608	0.049	0.0265	0.051	0.064	0.056	0.0265	0.0761	0.0675	0.0761	0.0581	0.0505	0.0554	0.0505	0.0485
chr3R	9207457	9207635	chr3R:9207458-9207635	FBgn0038145,FBgn0044511	Droj2,mRpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1579	0.1439	0.1841	0.1445	0.0997	0.1684	0.1622	0.1719	0.0997	0.224	0.2048	0.224	0.1805	0.1455	0.1431	0.1455	0.1688
chr3R	9207737	9207911	chr3R:9207738-9207911	FBgn0038145,FBgn0044511	Droj2,mRpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2207	0.1973	0.2562	0.2078	0.1389	0.2442	0.2007	0.2545	0.1389	0.3207	0.281	0.3207	0.244	0.2221	0.2089	0.2221	0.2548
chr3R	9208200	9208381	chr3R:9208201-9208381	FBgn0038145	Droj2	stage11,stage14,stage5	none	GJ3071	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1475	0.127	0.174	0.1412	0.0657	0.1636	0.1233	0.1739	0.0657	0.2301	0.1945	0.2301	0.1526	0.1531	0.1464	0.1531	0.16
chr3R	9208422	9208605	chr3R:9208423-9208605	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	GJ3071	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1782	0.1634	0.2074	0.1628	0.1007	0.2083	0.1678	0.2025	0.1007	0.2693	0.2315	0.2693	0.1851	0.1455	0.1863	0.1455	0.1834
chr3R	9214106	9214294	chr3R:9214107-9214294	FBgn0038146	CG9799	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0626	0.0586	0.0775	0.0508	0.0286	0.0709	0.064	0.0839	0.0286	0.1117	0.0768	0.1117	0.0806	0.0628	0.04	0.0628	0.0683
chr3R	9214358	9214538	chr3R:9214359-9214538	FBgn0038146	CG9799	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1004	0.0922	0.122	0.0858	0.0456	0.1097	0.1047	0.1206	0.0456	0.1667	0.1312	0.1667	0.1208	0.0842	0.0864	0.0842	0.1178
chr3R	9220985	9221156	chr3R:9220986-9221156	FBgn0038147	CCHa2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0259	0.0284	0.0255	0.0234	0.0127	0.0223	0.0506	0.028	0.0127	0.0229	0.0334	0.0229	0.0271	0.0092	0.0264	0.0092	0.0188
chr3R	9226524	9226696	chr3R:9226525-9226696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0581	0.0253	0.0839	0.0664	0.0064	0.0383	0.0277	0.0306	0.0064	0.0368	0.1566	0.0368	0.0635	0.0498	0.1302	0.0498	0.0896
chr3R	9226939	9227157	chr3R:9226940-9227157	FBgn0038149	CG9796	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1159	0.0444	0.167	0.1397	0.0117	0.0631	0.0446	0.0633	0.0117	0.0755	0.2994	0.0755	0.1402	0.1087	0.2489	0.1087	0.185
chr3R	9227470	9227657	chr3R:9227471-9227657	FBgn0038149	CG9796	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0784	0.035	0.0937	0.11	0.0159	0.0437	0.048	0.0326	0.0159	0.0338	0.1672	0.0338	0.0875	0.0368	0.2115	0.0368	0.1537
chr3R	9227733	9227884	chr3R:9227734-9227884	FBgn0038149	CG9796	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0363	0.0193	0.0377	0.0539	0.0085	0.0223	0.0277	0.018	0.0085	0.0193	0.0611	0.0193	0.0372	0.0283	0.1103	0.0283	0.0693
chr3R	9228786	9229070	chr3R:9228787-9229070	FBgn0053977	CG33977	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1994	0.1892	0.2492	0.1561	0.1241	0.2126	0.2184	0.2412	0.1241	0.2941	0.2923	0.2941	0.2146	0.1432	0.1863	0.1432	0.1902
chr3R	9230481	9230649	chr3R:9230482-9230649	FBgn0038150	yellow-e3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0892	0.1488	0.092	0.0195	0.1591	0.0879	0.1933	0.2252	0.1591	0.0296	0.1974	0.0296	0.0217	0.0054	0.0645	0.0054	0.0047
chr3R	9230869	9231058	chr3R:9230870-9231058	FBgn0038150	yellow-e3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0937	0.1595	0.0944	0.0195	0.1644	0.0801	0.2223	0.2358	0.1644	0.0236	0.2084	0.0236	0.0194	0.0115	0.06	0.0115	0.0109
chr3R	9232446	9232597	chr3R:9232447-9232597	FBgn0038151	yellow-e2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0427	0.0249	0.0099	0.0382	0.017	0.0792	0.0453	0.0382	0.0187	0.0463	0.0187	0.0062	0.0054	0.0219	0.0054	0.0068
chr3R	9232661	9232812	chr3R:9232662-9232812	FBgn0038151	yellow-e2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0335	0.0431	0.015	0.0148	0.0252	0.0484	0.052	0.0148	0.0308	0.0814	0.0308	0.0132	0.0092	0.0393	0.0092	0.0115
chr3R	9247841	9248034	chr3R:9247842-9248034	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.021	0.0385	0.0162	0.0065	0.0201	0.0461	0.0454	0.0433	0.0201	0.0229	0.0167	0.0229	0.0147	0.0084	0.0077	0.0084	0.0073
chr3R	9248098	9248275	chr3R:9248099-9248275	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0225	0.0435	0.0155	0.0067	0.0233	0.0578	0.0454	0.052	0.0233	0.0217	0.018	0.0217	0.0116	0.01	0.0103	0.01	0.0052
chr3R	9251029	9251197	chr3R:9251030-9251197	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0486	0.0343	0.0661	0.0453	0.0095	0.0772	0.0221	0.0233	0.0095	0.2325	0.0289	0.2325	0.0186	0.1861	0.0116	0.1861	0.0203
chr3R	9251499	9251709	chr3R:9251500-9251709	FBgn0000046	Act87E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0659	0.0594	0.0862	0.0508	0.017	0.1408	0.0407	0.0326	0.017	0.2947	0.0392	0.2947	0.0279	0.1723	0.0303	0.1723	0.0313
chr3R	9253480	9253631	chr3R:9253481-9253631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0315	0.0314	0.0421	0.0201	0.0074	0.0602	0.0298	0.0273	0.0074	0.1341	0.0235	0.1341	0.0178	0.0712	0.0103	0.0712	0.0104
chr3R	9253984	9254135	chr3R:9253985-9254135	distal	distal	stage11	stage11	VT41025.1	VT41025.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0409	0.0351	0.0582	0.0284	0.0085	0.0816	0.0247	0.0247	0.0085	0.2101	0.0222	0.2101	0.0147	0.1087	0.0142	0.1087	0.0099
chr3R	9254227	9254570	chr3R:9254228-9254570	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT41025.1	VT41025.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0795	0.0685	0.1141	0.0539	0.0255	0.1534	0.0519	0.0373	0.0255	0.3961	0.0457	0.3961	0.0318	0.1891	0.0342	0.1891	0.0261
chr3R	9254729	9254880	chr3R:9254730-9254880	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0367	0.0345	0.0522	0.0223	0.0159	0.0602	0.0359	0.0273	0.0159	0.1673	0.0267	0.1673	0.0194	0.0544	0.0135	0.0544	0.0229
chr3R	9258844	9259056	chr3R:9258845-9259056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0378	0.0617	0.0354	0.0136	0.0382	0.0379	0.106	0.0673	0.0382	0.0495	0.045	0.0495	0.0209	0.0176	0.02	0.0176	0.0125
chr3R	9259274	9259458	chr3R:9259275-9259458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.053	0.0551	0.0358	0.0382	0.0534	0.0714	0.062	0.0382	0.0725	0.0669	0.0725	0.0496	0.0467	0.0554	0.0467	0.037
chr3R	9259536	9259811	chr3R:9259537-9259811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0593	0.0584	0.0714	0.0469	0.0382	0.0621	0.0826	0.0593	0.0382	0.0749	0.0977	0.0749	0.0697	0.0482	0.0812	0.0482	0.0469
chr3R	9260121	9260320	chr3R:9260122-9260320	FBgn0004049	yrt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0996	0.0824	0.1312	0.0843	0.0509	0.0816	0.0926	0.1252	0.0509	0.1081	0.2003	0.1081	0.0922	0.0835	0.1489	0.0835	0.0604
chr3R	9260360	9260539	chr3R:9260361-9260539	FBgn0004049	yrt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.101	0.0921	0.1225	0.0873	0.0636	0.1024	0.1051	0.1199	0.0636	0.1178	0.1624	0.1178	0.1015	0.0842	0.127	0.0842	0.0787
chr3R	9260607	9260821	chr3R:9260608-9260821	FBgn0004049	yrt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1982	0.1894	0.2288	0.1743	0.1294	0.2233	0.2132	0.2298	0.1294	0.2826	0.2595	0.2826	0.1975	0.173	0.1883	0.173	0.1928
chr3R	9260982	9261139	chr3R:9260983-9261139	FBgn0004049	yrt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0431	0.0421	0.0478	0.0389	0.0244	0.0456	0.0554	0.0486	0.0244	0.0713	0.0527	0.0713	0.0356	0.0375	0.0426	0.0375	0.0417
chr3R	9265939	9266090	chr3R:9265940-9266090	distal	distal	stage5	stage5	VT41032.1	VT41032.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0148	0.0269	0.0099	0.0065	0.018	0.0379	0.0346	0.018	0.018	0.0115	0.0109	0.0115	0.0085	0.0054	0.0064	0.0054	0.0063
chr3R	9272045	9272227	chr3R:9272046-9272227	distal	distal	none	none	VT41035.1	VT41035.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0196	0.0107	0.0184	0.0308	0.0032	0.018	0.0156	0.0053	0.0032	0.0187	0.018	0.0187	0.0263	0.0214	0.0658	0.0214	0.0318
chr3R	9273756	9274195	chr3R:9273757-9274195	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0408	0.0237	0.0411	0.0596	0.0138	0.0306	0.035	0.0153	0.0138	0.1057	0.0264	0.1057	0.0248	0.2182	0.0329	0.2182	0.0266
chr3R	9274411	9274604	chr3R:9274412-9274604	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT41037.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0234	0.0127	0.0223	0.0365	0.0042	0.015	0.0216	0.0067	0.0042	0.0519	0.017	0.0519	0.0147	0.1348	0.0219	0.1348	0.0063
chr3R	9276073	9276454	chr3R:9276074-9276454	FBgn0038156	CG14372	stage11,stage14,stage5	none	VT41037.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1224	0.0958	0.1355	0.1376	0.0753	0.132	0.1029	0.0986	0.0753	0.2572	0.1232	0.2572	0.1286	0.1914	0.1702	0.1914	0.1475
chr3R	9278362	9278575	chr3R:9278363-9278575	distal	distal	none	none	VT41039.1	VT41039.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0171	0.0277	0.0276	0.0085	0.018	0.0238	0.02	0.0085	0.0181	0.0489	0.0181	0.0163	0.0168	0.0812	0.0168	0.0146
chr3R	9278892	9279070	chr3R:9278893-9279070	distal	distal	none	none	VT41039.1	VT41039.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0088	0.0198	0.0235	0.0074	0.0097	0.013	0.008	0.0074	0.0115	0.0373	0.0115	0.0101	0.0092	0.0838	0.0092	0.0083
chr3R	9279658	9279809	chr3R:9279659-9279809	distal	distal	none	none	VT41039.1	VT41039.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0096	0.0118	0.0213	0.0053	0.0068	0.0173	0.0087	0.0053	0.0036	0.0212	0.0036	0.0093	0.0077	0.0741	0.0077	0.0063
chr3R	9286131	9286282	chr3R:9286132-9286282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0116	0.0096	0.0113	0.0141	0.0042	0.0097	0.0151	0.0073	0.0042	0.0079	0.0116	0.0079	0.0155	0.01	0.0045	0.01	0.0339
chr3R	9289312	9289463	chr3R:9289313-9289463	distal	distal	stage11	none	VT41045.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0163	0.0216	0.0196	0.0053	0.0218	0.0242	0.0127	0.0053	0.0368	0.0164	0.0368	0.0155	0.0184	0.0135	0.0184	0.0375
chr3R	9289584	9289735	chr3R:9289585-9289735	FBgn0262323	mir-252	stage11	none	VT41045.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0212	0.0192	0.0291	0.0148	0.0053	0.0296	0.0264	0.012	0.0053	0.0537	0.019	0.0537	0.0201	0.0168	0.0084	0.0168	0.0271
chr3R	9289917	9290068	chr3R:9289918-9290068	FBgn0262323	mir-252	none	none	VT41045.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0196	0.0169	0.0241	0.0177	0.0085	0.0267	0.0242	0.01	0.0085	0.0435	0.017	0.0435	0.0194	0.0161	0.0097	0.0161	0.0297
chr3R	9290228	9290572	chr3R:9290229-9290572	FBgn0262323	mir-252	none	none	VT41045.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0357	0.0194	0.0437	0.045	0.0074	0.0267	0.0251	0.0167	0.0074	0.0628	0.028	0.0628	0.0372	0.0505	0.0258	0.0505	0.0766
chr3R	9290622	9290794	chr3R:9290623-9290794	distal	distal	none	none	VT41045.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0224	0.0121	0.0232	0.0329	0.0021	0.016	0.0177	0.012	0.0021	0.0236	0.018	0.0236	0.0287	0.0283	0.0135	0.0283	0.0693
chr3R	9291442	9291603	chr3R:9291443-9291603	FBgn0040554	CR17025	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0287	0.0179	0.0241	0.0457	0.0095	0.0228	0.0255	0.014	0.0095	0.0205	0.0116	0.0205	0.0503	0.0268	0.0142	0.0268	0.1303
chr3R	9291795	9292084	chr3R:9291796-9292084	FBgn0040554	CR17025	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0657	0.0557	0.0685	0.0737	0.0604	0.0558	0.0787	0.0413	0.0604	0.0423	0.0325	0.0423	0.093	0.0276	0.0271	0.0276	0.1756
chr3R	9292288	9292439	chr3R:9292289-9292439	FBgn0040554	CR17025	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0081	0.0184	0.0301	0.0053	0.0102	0.0112	0.0073	0.0053	0.0121	0.0068	0.0121	0.0279	0.0084	0.009	0.0084	0.0641
chr3R	9294900	9295097	chr3R:9294901-9295097	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0361	0.0313	0.0468	0.0297	0.0106	0.0485	0.0316	0.0333	0.0106	0.0248	0.0254	0.0248	0.0232	0.0069	0.0129	0.0069	0.0349
chr3R	9295251	9295402	chr3R:9295252-9295402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.018	0.0177	0.0223	0.0135	0.0042	0.0291	0.019	0.0213	0.0042	0.0151	0.0138	0.0151	0.0132	0.0054	0.0071	0.0054	0.0167
chr3R	9296782	9296933	chr3R:9296783-9296933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0207	0.0176	0.0226	0.0223	0.0074	0.0117	0.0285	0.0207	0.0074	0.0236	0.0235	0.0236	0.0194	0.0138	0.0239	0.0138	0.0365
chr3R	9297183	9297360	chr3R:9297184-9297360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0545	0.047	0.0674	0.0487	0.0286	0.0534	0.0593	0.0526	0.0286	0.067	0.0752	0.067	0.0689	0.0452	0.0464	0.0452	0.0766
chr3R	9302450	9302601	chr3R:9302451-9302601	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0103	0.009	0.0117	0.0064	0.0083	0.0173	0.0107	0.0064	0.0066	0.0109	0.0066	0.0062	0.0023	0.0045	0.0023	0.0052
chr3R	9302878	9303029	chr3R:9302879-9303029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0062	0.01	0.0142	0.0021	0.0039	0.0112	0.0087	0.0021	0.0121	0.009	0.0121	0.0054	0.0023	0.0019	0.0023	0.0047
chr3R	9303752	9303903	chr3R:9303753-9303903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0111	0.0127	0.0097	0.0042	0.0126	0.0138	0.014	0.0042	0.0121	0.0106	0.0121	0.0139	0.0061	0.0039	0.0061	0.0057
chr3R	9304142	9304341	chr3R:9304143-9304341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0152	0.0253	0.0207	0.0074	0.0175	0.0225	0.0133	0.0074	0.0374	0.0203	0.0374	0.0147	0.0123	0.011	0.0123	0.0083
chr3R	9304709	9304860	chr3R:9304710-9304860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0069	0.0109	0.0124	0.0042	0.0063	0.0125	0.004	0.0042	0.0145	0.0106	0.0145	0.0062	0.0046	0.0071	0.0046	0.0047
chr3R	9309591	9309742	chr3R:9309592-9309742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.0098	0.0058	0.0093	0.0064	0.0068	0.0199	0.0073	0.0064	0.0012	0.0068	0.0012	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0042
chr3R	9309788	9309939	chr3R:9309789-9309939	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0055	0.0044	0.0089	0.0053	0.0053	0.0091	0.0047	0.0053	0.003	0.0048	0.003	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0094
chr3R	9363725	9363876	chr3R:9363726-9363876	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0083	0.0066	0.0077	0.0109	0.0042	0.0063	0.0134	0.0033	0.0042	0.0054	0.0141	0.0054	0.0023	0.0015	0.0355	0.0015	0.0052
chr3R	9364556	9364752	chr3R:9364557-9364752	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0158	0.0367	0.078	0.0042	0.0199	0.0195	0.018	0.0042	0.055	0.0354	0.055	0.0449	0.0942	0.0909	0.0942	0.0839
chr3R	9368805	9368956	chr3R:9368806-9368956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0113	0.007	0.0084	0.0192	0.0011	0.0068	0.0125	0.0047	0.0011	0.0109	0.0103	0.0109	0.0085	0.0536	0.0181	0.0536	0.012
chr3R	9371115	9371266	chr3R:9371116-9371266	FBgn0051337	CG31337	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0092	0.0135	0.039	0.0085	0.0073	0.0151	0.0087	0.0085	0.0133	0.0109	0.0133	0.0341	0.026	0.0226	0.026	0.0912
chr3R	9371326	9371477	chr3R:9371327-9371477	FBgn0051337	CG31337	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0182	0.008	0.0128	0.0355	0.0064	0.0083	0.0134	0.004	0.0064	0.0145	0.0106	0.0145	0.0294	0.0429	0.0271	0.0429	0.0657
chr3R	9373410	9373561	chr3R:9373411-9373561	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.008	0.0155	0.0305	0.0032	0.0107	0.013	0.0053	0.0032	0.0187	0.0113	0.0187	0.0318	0.0337	0.0297	0.0337	0.0485
chr3R	9373621	9373827	chr3R:9373622-9373827	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0239	0.0086	0.0157	0.05	0.0042	0.0155	0.0099	0.0067	0.0042	0.0163	0.0113	0.0163	0.0364	0.0459	0.0587	0.0459	0.0886
chr3R	9374276	9374427	chr3R:9374277-9374427	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0126	0.0056	0.0077	0.0256	0.0021	0.0063	0.0087	0.0047	0.0021	0.0091	0.0061	0.0091	0.0186	0.0467	0.0161	0.0467	0.0443
chr3R	9374633	9374827	chr3R:9374634-9374827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.017	0.0069	0.0122	0.0337	0.0042	0.0083	0.0112	0.0047	0.0042	0.0103	0.009	0.0103	0.0356	0.0436	0.0206	0.0436	0.0714
chr3R	9375617	9375768	chr3R:9375618-9375768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0136	0.009	0.011	0.0216	0.0053	0.0068	0.0156	0.0073	0.0053	0.0072	0.0161	0.0072	0.0132	0.0184	0.0413	0.0184	0.0297
chr3R	9379866	9380046	chr3R:9379867-9380046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0257	0.0074	0.0195	0.0531	0.0042	0.0097	0.0121	0.004	0.0042	0.0175	0.0215	0.0175	0.0387	0.049	0.0922	0.049	0.0735
chr3R	9420555	9420738	chr3R:9420556-9420738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0173	0.0146	0.0168	0.021	0.0095	0.0131	0.0247	0.012	0.0095	0.0145	0.0116	0.0145	0.0465	0.0138	0.0071	0.0138	0.038
chr3R	9424070	9424221	chr3R:9424071-9424221	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0087	0.0081	0.0096	0.0053	0.0073	0.0164	0.0073	0.0053	0.0103	0.0077	0.0103	0.0077	0.0038	0.0032	0.0038	0.0057
chr3R	9425974	9426125	chr3R:9425975-9426125	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0057	0.0051	0.0081	0.0032	0.0049	0.0091	0.004	0.0032	0.0066	0.0048	0.0066	0.0031	0.0023	0.0052	0.0023	0.0031
chr3R	9454206	9454396	chr3R:9454207-9454396	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.072	0.1133	0.0701	0.0279	0.0912	0.1078	0.1635	0.1113	0.0912	0.1153	0.0707	0.1153	0.0426	0.0253	0.0206	0.0253	0.0292
chr3R	9454661	9454812	chr3R:9454662-9454812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0308	0.0138	0.007	0.0159	0.0296	0.0502	0.0266	0.0159	0.0217	0.0138	0.0217	0.0077	0.0069	0.0064	0.0069	0.0104
chr3R	9455050	9455241	chr3R:9455051-9455241	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0186	0.0346	0.0138	0.0058	0.018	0.0374	0.0523	0.0333	0.018	0.0175	0.0151	0.0175	0.0163	0.0046	0.0039	0.0046	0.0063
chr3R	9459844	9459995	chr3R:9459845-9459995	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.035	0.0325	0.0121	0.018	0.0393	0.0471	0.038	0.018	0.0531	0.0277	0.0531	0.0287	0.0176	0.011	0.0176	0.0151
chr3R	9460285	9460461	chr3R:9460286-9460461	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0334	0.0465	0.0388	0.0128	0.0286	0.0476	0.0631	0.0546	0.0286	0.0616	0.0402	0.0616	0.0325	0.0191	0.0077	0.0191	0.0151
chr3R	9460759	9461269	chr3R:9460760-9461269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0795	0.121	0.0723	0.0409	0.1039	0.1073	0.1726	0.1319	0.1039	0.0972	0.0691	0.0972	0.0767	0.0582	0.0213	0.0582	0.0552
chr3R	9461413	9461701	chr3R:9461414-9461701	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0601	0.1013	0.0494	0.0258	0.1018	0.0908	0.1362	0.1179	0.1018	0.0773	0.045	0.0773	0.0426	0.0352	0.0142	0.0352	0.0412
chr3R	9461722	9462371	chr3R:9461723-9462371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0932	0.1535	0.0819	0.0383	0.1463	0.1413	0.1994	0.1819	0.1463	0.119	0.0788	0.119	0.0782	0.0429	0.0277	0.0429	0.0578
chr3R	9462683	9462865	chr3R:9462684-9462865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.043	0.0714	0.0397	0.0148	0.0573	0.065	0.0943	0.0873	0.0573	0.0616	0.0415	0.0616	0.0325	0.0153	0.0148	0.0153	0.0188
chr3R	9464687	9464838	chr3R:9464688-9464838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0714	0.0349	0.0156	0.0541	0.0573	0.1029	0.0873	0.0541	0.0477	0.0344	0.0477	0.0302	0.0138	0.0142	0.0138	0.0229
chr3R	9468587	9468738	chr3R:9468588-9468738	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0823	0.0367	0.0125	0.0764	0.0558	0.1267	0.0973	0.0764	0.0501	0.0389	0.0501	0.031	0.0176	0.0064	0.0176	0.0177
chr3R	9470679	9470856	chr3R:9470680-9470856	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1882	0.1935	0.2176	0.15	0.1495	0.2121	0.2215	0.2458	0.1495	0.2748	0.2209	0.2748	0.2324	0.1639	0.1618	0.1639	0.1694
chr3R	9470937	9471093	chr3R:9470938-9471093	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1182	0.1046	0.151	0.0975	0.07	0.1311	0.1077	0.1412	0.07	0.186	0.1553	0.186	0.1603	0.1217	0.1115	0.1217	0.1068
chr3R	9471135	9471343	chr3R:9471136-9471343	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.178	0.1616	0.2179	0.1523	0.1071	0.1966	0.1838	0.1992	0.1071	0.276	0.2305	0.276	0.2115	0.1677	0.185	0.1677	0.1615
chr3R	9471681	9471873	chr3R:9471682-9471873	FBgn0263396	sqd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.221	0.2221	0.2579	0.1792	0.1835	0.2442	0.2556	0.2618	0.1835	0.3339	0.2714	0.3339	0.2502	0.1968	0.1844	0.1968	0.197
chr3R	9471940	9472110	chr3R:9471941-9472110	FBgn0263396	sqd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1575	0.1545	0.1784	0.1377	0.1166	0.1617	0.1916	0.1819	0.1166	0.2186	0.1926	0.2186	0.1743	0.1708	0.1277	0.1708	0.1522
chr3R	9472615	9472787	chr3R:9472616-9472787	FBgn0015778	rin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2134	0.2066	0.2459	0.1852	0.1612	0.2388	0.2362	0.2452	0.1612	0.3188	0.2486	0.3188	0.2223	0.2044	0.1779	0.2044	0.2053
chr3R	9472905	9473074	chr3R:9472906-9473074	FBgn0015778	rin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1543	0.1479	0.186	0.1264	0.0901	0.1684	0.1743	0.1825	0.0901	0.2591	0.1794	0.2591	0.172	0.1363	0.1257	0.1363	0.1626
chr3R	9473179	9473361	chr3R:9473180-9473361	FBgn0015778	rin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0885	0.0882	0.1098	0.0656	0.0541	0.0947	0.0969	0.1279	0.0541	0.1443	0.109	0.1443	0.1038	0.0666	0.0613	0.0666	0.0724
chr3R	9473491	9473664	chr3R:9473492-9473664	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.128	0.118	0.1538	0.1107	0.0753	0.1369	0.1263	0.1559	0.0753	0.2077	0.1576	0.2077	0.1642	0.1378	0.1109	0.1378	0.1371
chr3R	9473771	9473922	chr3R:9473772-9473922	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0794	0.0722	0.1011	0.0638	0.0392	0.0908	0.08	0.0866	0.0392	0.1365	0.1045	0.1365	0.1061	0.0819	0.0554	0.0819	0.0787
chr3R	9476077	9476258	chr3R:9476078-9476258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.0403	0.0461	0.0356	0.0244	0.0388	0.0562	0.048	0.0244	0.0405	0.0286	0.0405	0.0325	0.0138	0.0116	0.0138	0.0151
chr3R	9485732	9485973	chr3R:9485733-9485973	FBgn0004237	Hrb87F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1033	0.1162	0.1201	0.0706	0.07	0.1262	0.1401	0.1506	0.07	0.1486	0.1193	0.1486	0.117	0.0873	0.0671	0.0873	0.0771
chr3R	9486181	9486373	chr3R:9486182-9486373	FBgn0004237	Hrb87F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2266	0.2254	0.2567	0.1948	0.1729	0.2437	0.2729	0.2598	0.1729	0.3158	0.282	0.3158	0.2301	0.1983	0.2083	0.1983	0.2324
chr3R	9486524	9486699	chr3R:9486525-9486699	FBgn0004237,FBgn0004587	B52,Hrb87F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.1115	0.108	0.0863	0.0827	0.1165	0.1501	0.1186	0.0827	0.1329	0.119	0.1329	0.0991	0.0727	0.0954	0.0727	0.0959
chr3R	9486892	9487067	chr3R:9486893-9487067	FBgn0004587	B52	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2188	0.2085	0.2567	0.1888	0.1622	0.2282	0.253	0.2392	0.1622	0.3225	0.2749	0.3225	0.2401	0.1784	0.1941	0.1784	0.2157
chr3R	9487186	9487403	chr3R:9487187-9487403	FBgn0004587	B52	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.197	0.1873	0.242	0.1583	0.1432	0.2063	0.234	0.2139	0.1432	0.3025	0.2614	0.3025	0.2107	0.1631	0.1605	0.1631	0.1631
chr3R	9493204	9493527	chr3R:9493205-9493527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0539	0.075	0.0547	0.0295	0.0477	0.0767	0.0995	0.0866	0.0477	0.0694	0.0595	0.0694	0.0488	0.0314	0.02	0.0314	0.0469
chr3R	9493568	9494477	chr3R:9493569-9494477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1018	0.128	0.1168	0.056	0.0901	0.1354	0.1592	0.1586	0.0901	0.1546	0.108	0.1546	0.1208	0.0613	0.0355	0.0613	0.0787
chr3R	9499060	9499211	chr3R:9499061-9499211	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0272	0.0432	0.0185	0.0187	0.0286	0.0456	0.0502	0.0593	0.0286	0.0217	0.0209	0.0217	0.0124	0.01	0.0064	0.01	0.0052
chr3R	9499425	9499669	chr3R:9499426-9499669	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0339	0.0257	0.0301	0.0473	0.0085	0.034	0.0303	0.0306	0.0085	0.0332	0.0273	0.0332	0.0163	0.0123	0.0123	0.0123	0.0141
chr3R	9499962	9500113	chr3R:9499963-9500113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0205	0.0182	0.0202	0.0234	0.0064	0.0184	0.0285	0.0173	0.0064	0.0199	0.0209	0.0199	0.0124	0.0092	0.0103	0.0092	0.0057
chr3R	9500296	9500486	chr3R:9500297-9500486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1053	0.0975	0.125	0.0925	0.0403	0.1078	0.1176	0.1286	0.0403	0.16	0.1312	0.16	0.1084	0.0712	0.0787	0.0712	0.073
chr3R	9500576	9500751	chr3R:9500577-9500751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1083	0.0982	0.1332	0.092	0.0541	0.116	0.1138	0.1272	0.0541	0.1624	0.1463	0.1624	0.1232	0.0919	0.0851	0.0919	0.0933
chr3R	9501954	9502219	chr3R:9501955-9502219	FBgn0038166,FBgn0038167	CG9588,lkb1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.0917	0.1247	0.071	0.0509	0.1034	0.1189	0.1086	0.0509	0.157	0.136	0.157	0.1239	0.0835	0.0703	0.0835	0.0834
chr3R	9502306	9502479	chr3R:9502307-9502479	FBgn0038166,FBgn0038167	CG9588,lkb1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1138	0.1538	0.0978	0.0732	0.1311	0.1436	0.1306	0.0732	0.1969	0.174	0.1969	0.1371	0.1141	0.0999	0.1141	0.1178
chr3R	9502607	9502803	chr3R:9502608-9502803	FBgn0038166,FBgn0038167	CG9588,lkb1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0449	0.0621	0.0411	0.0223	0.0529	0.0545	0.0593	0.0223	0.0761	0.0675	0.0761	0.062	0.0544	0.0348	0.0544	0.0537
chr3R	9508825	9509022	chr3R:9508826-9509022	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2092	0.1919	0.2533	0.1801	0.1506	0.2175	0.2253	0.2252	0.1506	0.308	0.2891	0.308	0.2347	0.1945	0.1844	0.1945	0.2381
chr3R	9509307	9509497	chr3R:9509308-9509497	FBgn0024555	flfl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1793	0.1579	0.2114	0.1681	0.1113	0.183	0.1843	0.1746	0.1113	0.2518	0.2331	0.2518	0.2022	0.1792	0.1805	0.1792	0.1975
chr3R	9509540	9509713	chr3R:9509541-9509713	FBgn0024555	flfl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2482	0.2306	0.2916	0.2203	0.1601	0.2646	0.2729	0.2632	0.1601	0.349	0.3129	0.349	0.2742	0.219	0.2353	0.219	0.2538
chr3R	9509866	9510050	chr3R:9509867-9510050	FBgn0024555	flfl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2666	0.2541	0.3105	0.2323	0.1888	0.3083	0.2894	0.2918	0.1888	0.3816	0.3302	0.3816	0.3013	0.2466	0.2424	0.2466	0.26
chr3R	9510119	9510304	chr3R:9510120-9510304	FBgn0024555	flfl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1712	0.1744	0.1886	0.1484	0.1188	0.1966	0.2184	0.2032	0.1188	0.2452	0.2045	0.2452	0.1696	0.1424	0.1728	0.1424	0.1761
chr3R	9510389	9510607	chr3R:9510390-9510607	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.128	0.1599	0.126	0.0944	0.1474	0.1485	0.2011	0.1945	0.1474	0.1371	0.1273	0.1371	0.1247	0.0904	0.087	0.0904	0.1063
chr3R	9510779	9510959	chr3R:9510780-9510959	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0727	0.1026	0.0651	0.0476	0.106	0.0903	0.1289	0.1299	0.106	0.0459	0.0521	0.0459	0.0449	0.0283	0.0361	0.0283	0.0344
chr3R	9512111	9512262	chr3R:9512112-9512262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0384	0.0398	0.0406	0.0344	0.0392	0.0369	0.0588	0.0346	0.0392	0.0284	0.0305	0.0284	0.1092	0.0199	0.0187	0.0199	0.075
chr3R	9512419	9512587	chr3R:9512420-9512587	FBgn0038168	omd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0554	0.0454	0.0617	0.0597	0.0265	0.0515	0.0631	0.0466	0.0265	0.0489	0.0421	0.0489	0.172	0.036	0.0426	0.036	0.1339
chr3R	9519076	9519272	chr3R:9519077-9519272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0537	0.0349	0.0207	0.0456	0.0432	0.0787	0.0606	0.0456	0.0417	0.0421	0.0417	0.0279	0.0207	0.02	0.0207	0.0271
chr3R	9524983	9525134	chr3R:9524984-9525134	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0495	0.0628	0.0389	0.0382	0.0602	0.0575	0.058	0.0382	0.0658	0.0768	0.0658	0.0596	0.036	0.0432	0.036	0.0474
chr3R	9525179	9525364	chr3R:9525180-9525364	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0808	0.0803	0.0957	0.0652	0.0583	0.0908	0.0891	0.1066	0.0583	0.1081	0.1154	0.1081	0.0891	0.0773	0.0729	0.0773	0.074
chr3R	9526619	9526770	chr3R:9526620-9526770	FBgn0002937,FBgn0028487	f-cup,ninaB	none	none	Unspecified_HC_49	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0144	0.0277	0.0093	0.0052	0.0127	0.0189	0.0549	0.0253	0.0127	0.0103	0.0113	0.0103	0.0101	0.0046	0.0052	0.0046	0.0042
chr3R	9536243	9536413	chr3R:9536244-9536413	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0517	0.0452	0.0646	0.0447	0.017	0.0549	0.0536	0.0566	0.017	0.093	0.0723	0.093	0.0573	0.0567	0.0438	0.0567	0.0521
chr3R	9536513	9536688	chr3R:9536514-9536688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1068	0.1006	0.1301	0.0883	0.0636	0.1238	0.1151	0.1259	0.0636	0.1757	0.1473	0.1757	0.1154	0.098	0.1012	0.098	0.1063
chr3R	9539923	9540127	chr3R:9539924-9540127	FBgn0054044	CR34044	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0525	0.0577	0.0605	0.0377	0.0244	0.0699	0.0813	0.058	0.0244	0.0519	0.0621	0.0519	0.0914	0.0245	0.029	0.0245	0.0532
chr3R	9540708	9541084	chr3R:9540709-9541084	FBgn0085412	CG34383	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.3338	0.3534	0.3848	0.2558	0.2948	0.3767	0.4139	0.4171	0.2948	0.4354	0.464	0.4354	0.3765	0.1662	0.3488	0.1662	0.2929
chr3R	9541327	9541843	chr3R:9541328-9541843	FBgn0085412	CG34383	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.2463	0.3244	0.2838	0.1178	0.2428	0.3019	0.4282	0.4024	0.2428	0.2077	0.472	0.2077	0.1882	0.0436	0.3275	0.0436	0.075
chr3R	9544906	9545108	chr3R:9544907-9545108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0551	0.0766	0.052	0.0345	0.0233	0.1427	0.0761	0.064	0.0233	0.0954	0.0534	0.0954	0.0418	0.0528	0.0587	0.0528	0.0266
chr3R	9545748	9545941	chr3R:9545749-9545941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0395	0.04	0.0443	0.0338	0.0127	0.0544	0.0549	0.036	0.0127	0.067	0.0505	0.067	0.0325	0.0337	0.0426	0.0337	0.0313
chr3R	9547825	9547976	chr3R:9547826-9547976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0328	0.0255	0.0201	0.0201	0.032	0.0428	0.0426	0.0201	0.0133	0.0434	0.0133	0.0225	0.0107	0.0445	0.0107	0.0214
chr3R	9549672	9549924	chr3R:9549673-9549924	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0411	0.0577	0.041	0.0227	0.0223	0.0417	0.1034	0.06	0.0223	0.0139	0.0814	0.0139	0.0194	0.0084	0.0754	0.0084	0.0052
chr3R	9549950	9550319	chr3R:9549951-9550319	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0725	0.1006	0.0728	0.0408	0.07	0.0874	0.1462	0.1186	0.07	0.026	0.1412	0.026	0.0426	0.01	0.1302	0.01	0.0219
chr3R	9550461	9550693	chr3R:9550462-9550693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0322	0.0452	0.0341	0.0155	0.0233	0.0388	0.0709	0.052	0.0233	0.0163	0.0653	0.0163	0.0194	0.0023	0.04	0.0023	0.013
chr3R	9553721	9553872	chr3R:9553722-9553872	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0172	0.0178	0.0179	0.0157	0.0074	0.0155	0.0303	0.018	0.0074	0.0121	0.027	0.0121	0.0139	0.0054	0.0161	0.0054	0.0313
chr3R	9556839	9557034	chr3R:9556840-9557034	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0608	0.0336	0.0142	0.053	0.0359	0.0973	0.072	0.053	0.0332	0.0543	0.0332	0.0139	0.0138	0.0251	0.0138	0.013
chr3R	9557268	9557419	chr3R:9557269-9557419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0262	0.0427	0.0234	0.0109	0.0392	0.0301	0.0683	0.0446	0.0392	0.0157	0.0395	0.0157	0.0124	0.0061	0.0168	0.0061	0.0115
chr3R	9557502	9557653	chr3R:9557503-9557653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0205	0.0334	0.0195	0.0072	0.018	0.0243	0.0601	0.0293	0.018	0.0115	0.035	0.0115	0.0108	0.0031	0.0129	0.0031	0.0068
chr3R	9558079	9558232	chr3R:9558080-9558232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0319	0.0427	0.0379	0.0132	0.0191	0.033	0.0636	0.06	0.0191	0.0254	0.0621	0.0254	0.0271	0.0069	0.0271	0.0069	0.0083
chr3R	9559942	9560132	chr3R:9559943-9560132	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0244	0.0273	0.0268	0.0185	0.0201	0.0199	0.0467	0.026	0.0201	0.0115	0.0495	0.0115	0.0209	0.0061	0.0438	0.0061	0.0151
chr3R	9560191	9560352	chr3R:9560192-9560352	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0274	0.0258	0.0173	0.0191	0.0204	0.0433	0.0313	0.0191	0.0169	0.0437	0.0169	0.0139	0.0069	0.0374	0.0069	0.0115
chr3R	9560620	9560771	chr3R:9560621-9560771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0174	0.0171	0.0148	0.0206	0.0064	0.0117	0.035	0.0133	0.0064	0.0097	0.0225	0.0097	0.0085	0.0023	0.0232	0.0023	0.0063
chr3R	9561062	9561213	chr3R:9561063-9561213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0171	0.0173	0.0122	0.0223	0.0064	0.015	0.032	0.01	0.0064	0.0066	0.0177	0.0066	0.0077	0.0015	0.0148	0.0015	0.0057
chr3R	9561484	9561635	chr3R:9561485-9561635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0152	0.0179	0.0154	0.0121	0.0085	0.0146	0.0303	0.0173	0.0085	0.0091	0.026	0.0091	0.0077	0.0023	0.0116	0.0023	0.0063
chr3R	9565256	9565407	chr3R:9565257-9565407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0193	0.0299	0.0193	0.0075	0.017	0.0199	0.048	0.038	0.017	0.0175	0.0277	0.0175	0.007	0.0038	0.0077	0.0038	0.0031
chr3R	9567152	9567303	chr3R:9567153-9567303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.02	0.0369	0.014	0.0078	0.0233	0.0257	0.0653	0.0386	0.0233	0.0079	0.0244	0.0079	0.0054	0.0023	0.0142	0.0023	0.0063
chr3R	9572470	9572621	chr3R:9572471-9572621	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0298	0.016	0.0085	0.0223	0.0214	0.0502	0.0346	0.0223	0.0145	0.0228	0.0145	0.0108	0.0031	0.0168	0.0031	0.0094
chr3R	9577146	9577358	chr3R:9577147-9577358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0456	0.0678	0.0392	0.0279	0.0371	0.0544	0.099	0.0933	0.0371	0.0386	0.0559	0.0386	0.0387	0.0406	0.0419	0.0406	0.0307
chr3R	9588971	9589122	chr3R:9588972-9589122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0181	0.0267	0.0179	0.0088	0.0308	0.0155	0.0398	0.0313	0.0308	0.0133	0.0283	0.0133	0.0139	0.0061	0.0142	0.0061	0.0073
chr3R	9590183	9590334	chr3R:9590184-9590334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0255	0.0195	0.0128	0.0148	0.0165	0.0411	0.0286	0.0148	0.0163	0.0257	0.0163	0.0256	0.0054	0.0135	0.0054	0.024
chr3R	9590571	9590722	chr3R:9590572-9590722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0254	0.0218	0.0156	0.0212	0.0165	0.0389	0.0313	0.0212	0.0193	0.0315	0.0193	0.0232	0.0069	0.0277	0.0069	0.0188
chr3R	9591351	9591502	chr3R:9591352-9591502	FBgn0038179	CG9312	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.017	0.0189	0.0218	0.0096	0.0106	0.0155	0.029	0.0227	0.0106	0.0157	0.0347	0.0157	0.0201	0.0038	0.0155	0.0038	0.013
chr3R	9593239	9593390	chr3R:9593240-9593390	FBgn0038180	Cht5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0114	0.011	0.0133	0.0097	0.0064	0.0058	0.0212	0.0113	0.0064	0.0085	0.0212	0.0085	0.0108	0.0023	0.0251	0.0023	0.0089
chr3R	9604885	9605074	chr3R:9604886-9605074	FBgn0259721,FBgn0260464	CG42375,CG9288	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0587	0.0608	0.0571	0.0582	0.0339	0.0733	0.0683	0.0813	0.0339	0.0688	0.0675	0.0688	0.0573	0.0651	0.0554	0.0651	0.0943
chr3R	9605211	9605408	chr3R:9605212-9605408	FBgn0259721,FBgn0260464	CG42375,CG9288	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0895	0.0958	0.0904	0.0815	0.0679	0.1073	0.1016	0.1319	0.0679	0.1184	0.0997	0.1184	0.0922	0.0934	0.0799	0.0934	0.1105
chr3R	9605778	9605929	chr3R:9605779-9605929	FBgn0259721,FBgn0260464	CG42375,CG9288	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.028	0.0357	0.0227	0.0085	0.0296	0.0407	0.034	0.0085	0.0465	0.0424	0.0465	0.0395	0.026	0.0232	0.026	0.0349
chr3R	9606056	9606417	chr3R:9606057-9606417	FBgn0038183	CG9286	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0646	0.0666	0.0506	0.0308	0.0718	0.074	0.0946	0.0308	0.0845	0.0785	0.0845	0.0767	0.0605	0.0593	0.0605	0.0651
chr3R	9606582	9607099	chr3R:9606583-9607099	FBgn0038183	CG9286	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.1085	0.1171	0.1108	0.0962	0.0689	0.1267	0.1276	0.1746	0.0689	0.154	0.1222	0.154	0.117	0.1202	0.1057	0.1202	0.1178
chr3R	9607907	9608071	chr3R:9607908-9608071	FBgn0000454	Dip-B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0161	0.0189	0.0382	0.0064	0.0155	0.0199	0.022	0.0064	0.0175	0.0186	0.0175	0.0325	0.036	0.0297	0.036	0.0526
chr3R	9608396	9608547	chr3R:9608397-9608547	FBgn0000454	Dip-B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0166	0.0133	0.0142	0.0228	0.0106	0.017	0.0143	0.0153	0.0106	0.0157	0.0154	0.0157	0.0217	0.0168	0.0116	0.0168	0.0542
chr3R	9608915	9609066	chr3R:9608916-9609066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0169	0.0148	0.0165	0.0196	0.0085	0.0131	0.019	0.0193	0.0085	0.0175	0.0177	0.0175	0.024	0.013	0.0129	0.013	0.0375
chr3R	9611748	9611899	chr3R:9611749-9611899	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0125	0.0143	0.0284	0.0053	0.0121	0.0177	0.0167	0.0053	0.0097	0.0232	0.0097	0.0116	0.0061	0.0948	0.0061	0.0146
chr3R	9613779	9613930	chr3R:9613780-9613930	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0315	0.0117	0.007	0.0191	0.0282	0.029	0.06	0.0191	0.0145	0.0154	0.0145	0.0085	0.0069	0.0129	0.0069	0.0063
chr3R	9614164	9614760	chr3R:9614165-9614760	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0739	0.1487	0.0419	0.0255	0.1113	0.1272	0.1337	0.2791	0.1113	0.0362	0.0621	0.0362	0.0263	0.0207	0.0567	0.0207	0.0198
chr3R	9615523	9615724	chr3R:9615524-9615724	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0342	0.0218	0.0365	0.0454	0.0053	0.0218	0.029	0.0313	0.0053	0.0109	0.074	0.0109	0.0201	0.0023	0.1799	0.0023	0.0104
chr3R	9616161	9616312	chr3R:9616162-9616312	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0152	0.0212	0.0361	0.0053	0.015	0.0234	0.018	0.0053	0.0133	0.0373	0.0133	0.0155	0.0069	0.1277	0.0069	0.0182
chr3R	9616625	9616776	chr3R:9616626-9616776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0228	0.0203	0.0213	0.0273	0.0106	0.0223	0.0251	0.0266	0.0106	0.0211	0.0244	0.0211	0.0333	0.0168	0.0419	0.0168	0.0469
chr3R	9619556	9619707	chr3R:9619557-9619707	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.0198	0.0258	0.0512	0.0042	0.0243	0.0277	0.0227	0.0042	0.0169	0.0405	0.0169	0.0201	0.0061	0.1825	0.0061	0.0208
chr3R	9620142	9620293	chr3R:9620143-9620293	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0655	0.0561	0.0726	0.0684	0.0435	0.0704	0.0558	0.068	0.0435	0.0507	0.1051	0.0507	0.0821	0.0207	0.1741	0.0207	0.0756
chr3R	9620355	9620558	chr3R:9620356-9620558	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1166	0.1184	0.1343	0.0953	0.0923	0.1422	0.106	0.1699	0.0923	0.1407	0.1836	0.1407	0.1263	0.0911	0.1651	0.0911	0.1329
chr3R	9620611	9620876	chr3R:9620612-9620876	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0958	0.0818	0.1141	0.0914	0.035	0.1034	0.074	0.1286	0.035	0.1141	0.1608	0.1141	0.1022	0.0712	0.1754	0.0712	0.1225
chr3R	9622514	9622783	chr3R:9622515-9622783	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0747	0.0409	0.0769	0.11	0.0265	0.0393	0.0484	0.0553	0.0265	0.0465	0.1225	0.0465	0.0775	0.0475	0.2566	0.0475	0.1141
chr3R	9622838	9622991	chr3R:9622839-9622991	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0525	0.0247	0.052	0.084	0.0074	0.0364	0.0264	0.0273	0.0074	0.0399	0.0814	0.0399	0.0457	0.0413	0.1979	0.0413	0.0917
chr3R	9623543	9623754	chr3R:9623544-9623754	FBgn0051331,FBgn0051588	tRNA:CR31331,tRNA:CR31588	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1001	0.1445	0.1349	0.0838	0.1209	0.0939	0.1399	0.0838	0.2174	0.1379	0.2174	0.1944	0.1623	0.1373	0.1623	0.2225
chr3R	9623881	9624099	chr3R:9623882-9624099	FBgn0051331,FBgn0051588	tRNA:CR31331,tRNA:CR31588	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0911	0.0713	0.1022	0.1012	0.0551	0.1015	0.0679	0.0806	0.0551	0.1564	0.1016	0.1564	0.1255	0.1455	0.1019	0.1455	0.1605
chr3R	9624317	9624479	chr3R:9624318-9624479	FBgn0051331	tRNA:CR31331	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0339	0.0582	0.0225	0.0194	0.0414	0.0393	0.0718	0.1039	0.0414	0.0254	0.0267	0.0254	0.0194	0.0276	0.0187	0.0276	0.0214
chr3R	9624527	9624741	chr3R:9624528-9624741	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0692	0.0251	0.0123	0.071	0.0422	0.0861	0.1126	0.071	0.0374	0.0302	0.0374	0.0139	0.0138	0.0135	0.0138	0.0094
chr3R	9625624	9625917	chr3R:9625625-9625917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0641	0.0376	0.0879	0.0675	0.018	0.0495	0.0437	0.0473	0.018	0.1618	0.0839	0.1618	0.0318	0.0291	0.0309	0.0291	0.0474
chr3R	9625930	9626150	chr3R:9625931-9626150	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0525	0.0233	0.0664	0.0698	0.0064	0.035	0.0311	0.02	0.0064	0.1401	0.0489	0.1401	0.0349	0.0421	0.0277	0.0421	0.0469
chr3R	9626784	9626935	chr3R:9626785-9626935	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0272	0.0174	0.0209	0.0448	0.0095	0.0165	0.0238	0.0227	0.0095	0.0386	0.0138	0.0386	0.0093	0.0084	0.0135	0.0084	0.0177
chr3R	9627859	9628010	chr3R:9627860-9628010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0227	0.0166	0.0455	0.0064	0.0252	0.0342	0.022	0.0064	0.0205	0.0148	0.0205	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0156
chr3R	9628073	9628224	chr3R:9628074-9628224	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0286	0.0211	0.0214	0.0448	0.0117	0.0252	0.0255	0.0227	0.0117	0.0284	0.0199	0.0284	0.0124	0.0054	0.0032	0.0054	0.0198
chr3R	9628445	9628690	chr3R:9628446-9628690	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0392	0.0228	0.0313	0.066	0.0095	0.0316	0.0255	0.0266	0.0095	0.0326	0.028	0.0326	0.0186	0.0123	0.011	0.0123	0.0261
chr3R	9628749	9628956	chr3R:9628750-9628956	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0399	0.0364	0.028	0.0567	0.017	0.0655	0.0333	0.034	0.017	0.0266	0.0244	0.0266	0.0186	0.0115	0.0077	0.0115	0.0208
chr3R	9629346	9629504	chr3R:9629347-9629504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0288	0.0165	0.0221	0.0501	0.0042	0.0243	0.0212	0.014	0.0042	0.026	0.0135	0.026	0.017	0.0077	0.009	0.0077	0.0177
chr3R	9630143	9630294	chr3R:9630144-9630294	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0265	0.0187	0.0188	0.0436	0.0042	0.0243	0.0242	0.0187	0.0042	0.0187	0.0193	0.0187	0.017	0.0031	0.0071	0.0031	0.0193
chr3R	9630522	9630693	chr3R:9630523-9630693	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0321	0.0297	0.0261	0.0415	0.0064	0.0529	0.0264	0.028	0.0064	0.0374	0.0228	0.0374	0.0124	0.0123	0.0116	0.0123	0.0167
chr3R	9630827	9631130	chr3R:9630828-9631130	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0455	0.0257	0.0472	0.0659	0.0085	0.0408	0.0242	0.0313	0.0085	0.0682	0.0289	0.0682	0.0248	0.0138	0.0245	0.0138	0.0266
chr3R	9631971	9632421	chr3R:9631972-9632421	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0845	0.0609	0.044	0.0541	0.0951	0.0982	0.1073	0.0541	0.0821	0.063	0.0821	0.0612	0.0436	0.0445	0.0436	0.0604
chr3R	9635119	9635270	chr3R:9635120-9635270	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0469	0.0212	0.0132	0.0233	0.0485	0.067	0.05	0.0233	0.0242	0.0238	0.0242	0.0225	0.0138	0.0148	0.0138	0.0182
chr3R	9637587	9637774	chr3R:9637588-9637774	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0709	0.1639	0.032	0.0096	0.1813	0.0714	0.2621	0.2072	0.1813	0.0254	0.0482	0.0254	0.0225	0.01	0.0142	0.01	0.0083
chr3R	9638389	9638841	chr3R:9638390-9638841	FBgn0259730,FBgn0259731,FBgn0259732,FBgn0259733	tal-1A,tal-2A,tal-3A,tal-AA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2428	0.3113	0.2383	0.171	0.3192	0.1927	0.4503	0.3951	0.3192	0.1298	0.392	0.1298	0.2277	0.2611	0.2869	0.2611	0.1855
chr3R	9640198	9640349	chr3R:9640199-9640349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0244	0.0217	0.0433	0.0138	0.0131	0.0389	0.0393	0.0138	0.029	0.0273	0.029	0.0186	0.0988	0.058	0.0988	0.0349
chr3R	9640433	9640638	chr3R:9640434-9640638	FBgn0263650	CR43641	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0376	0.0249	0.0258	0.0648	0.0159	0.0189	0.0381	0.0346	0.0159	0.026	0.0363	0.026	0.0256	0.1011	0.1006	0.1011	0.0756
chr3R	9640867	9641136	chr3R:9640868-9641136	FBgn0263650	CR43641	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0723	0.0333	0.0457	0.145	0.0191	0.0306	0.0458	0.0486	0.0191	0.0338	0.054	0.0338	0.0852	0.2159	0.205	0.2159	0.1902
chr3R	9641957	9642118	chr3R:9641958-9642118	FBgn0263651	CR43642	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0192	0.0288	0.0707	0.0074	0.0209	0.0238	0.0247	0.0074	0.0236	0.0373	0.0236	0.0449	0.0926	0.1122	0.0926	0.0881
chr3R	9643165	9643316	chr3R:9643166-9643316	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0188	0.0106	0.0151	0.0319	0.0064	0.0126	0.0151	0.0093	0.0064	0.0109	0.0186	0.0109	0.0271	0.026	0.0561	0.026	0.0479
chr3R	9645708	9645859	chr3R:9645709-9645859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0138	0.0176	0.0311	0.0053	0.0121	0.0229	0.014	0.0053	0.0109	0.0293	0.0109	0.0186	0.023	0.0819	0.023	0.024
chr3R	9646103	9646254	chr3R:9646104-9646254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0249	0.0123	0.0185	0.0458	0.0021	0.0097	0.0203	0.0153	0.0021	0.0091	0.0305	0.0091	0.0201	0.0658	0.0916	0.0658	0.0391
chr3R	9646358	9646544	chr3R:9646359-9646544	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0379	0.0145	0.0249	0.0785	0.0021	0.0165	0.0234	0.0133	0.0021	0.0157	0.0312	0.0157	0.0442	0.1156	0.1186	0.1156	0.0954
chr3R	9650332	9650483	chr3R:9650333-9650483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0146	0.016	0.0152	0.0085	0.0117	0.026	0.0147	0.0085	0.0175	0.0222	0.0175	0.0139	0.0123	0.0348	0.0123	0.0141
chr3R	9653685	9653882	chr3R:9653686-9653882	FBgn0002862,FBgn0262992	CR43300,Mst87F	none	none	Mst87F_-607/+21	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0177	0.0208	0.032	0.0095	0.0189	0.026	0.0193	0.0095	0.0211	0.0199	0.0211	0.0387	0.0176	0.0174	0.0176	0.0886
chr3R	9658923	9659146	chr3R:9658924-9659146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0507	0.0453	0.0312	0.0329	0.0485	0.0718	0.0526	0.0329	0.0483	0.0572	0.0483	0.0496	0.0398	0.0413	0.0398	0.0453
chr3R	9659353	9659543	chr3R:9659354-9659543	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0759	0.0763	0.09	0.0602	0.0583	0.0801	0.0848	0.1106	0.0583	0.1135	0.1084	0.1135	0.0937	0.0835	0.0819	0.0835	0.0855
chr3R	9663380	9663531	chr3R:9663381-9663531	FBgn0013998	Nsf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0658	0.0602	0.0798	0.0565	0.0467	0.0607	0.0722	0.0806	0.0467	0.0924	0.0894	0.0924	0.0891	0.0636	0.0722	0.0636	0.0657
chr3R	9663628	9663802	chr3R:9663629-9663802	FBgn0013998	Nsf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.1152	0.1336	0.0979	0.088	0.1248	0.1315	0.1479	0.088	0.1492	0.145	0.1492	0.1534	0.1095	0.0999	0.1095	0.1225
chr3R	9665271	9665422	chr3R:9665272-9665422	FBgn0051495	CG31495	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.043	0.0372	0.023	0.0223	0.0393	0.0614	0.054	0.0223	0.0429	0.0437	0.0429	0.0349	0.0253	0.0316	0.0253	0.0297
chr3R	9665526	9665723	chr3R:9665527-9665723	FBgn0051495	CG31495	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0922	0.0957	0.1046	0.0748	0.052	0.1053	0.1207	0.1233	0.052	0.1081	0.126	0.1081	0.1092	0.085	0.0916	0.085	0.1079
chr3R	9665751	9665933	chr3R:9665752-9665933	FBgn0051495	CG31495	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.0818	0.0962	0.0771	0.0467	0.0864	0.1042	0.1059	0.0467	0.0936	0.1177	0.0936	0.1053	0.0896	0.0812	0.0896	0.1094
chr3R	9666017	9666191	chr3R:9666018-9666191	FBgn0051495	CG31495	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0823	0.0869	0.0896	0.0692	0.0573	0.0922	0.1064	0.1106	0.0573	0.0918	0.1106	0.0918	0.0922	0.0766	0.0748	0.0766	0.0964
chr3R	9666265	9666416	chr3R:9666266-9666416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0431	0.0379	0.0259	0.0191	0.0359	0.061	0.06	0.0191	0.0393	0.0502	0.0393	0.0349	0.0299	0.0277	0.0299	0.0375
chr3R	9668350	9668517	chr3R:9668351-9668517	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0537	0.0283	0.0103	0.0361	0.0461	0.0666	0.0799	0.0361	0.0163	0.0521	0.0163	0.0116	0.0069	0.0232	0.0069	0.0104
chr3R	9684198	9684349	chr3R:9684199-9684349	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0131	0.0231	0.0118	0.0042	0.0141	0.0199	0.0147	0.0042	0.0151	0.0437	0.0151	0.0015	0.0031	0.0406	0.0031	0.0052
chr3R	9684364	9684515	chr3R:9684365-9684515	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0155	0.0128	0.023	0.0102	0.0053	0.0126	0.0212	0.012	0.0053	0.0193	0.0412	0.0193	0.0046	0.0038	0.0297	0.0038	0.0063
chr3R	9685025	9685181	chr3R:9685026-9685181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0174	0.0221	0.0107	0.0053	0.0131	0.0264	0.0273	0.0053	0.0127	0.0418	0.0127	0.0085	0.0069	0.0309	0.0069	0.0073
chr3R	9685946	9686097	chr3R:9685947-9686097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0194	0.0259	0.0079	0.0095	0.0131	0.0333	0.022	0.0095	0.0181	0.0434	0.0181	0.0116	0.0046	0.0181	0.0046	0.0042
chr3R	9687471	9687622	chr3R:9687472-9687622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0111	0.0091	0.0187	0.0052	0.0011	0.0102	0.0134	0.0093	0.0011	0.0042	0.0141	0.0042	0.0101	0.0015	0.0026	0.0015	0.0052
chr3R	9694029	9694180	chr3R:9694030-9694180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0118	0.0138	0.0109	0.0042	0.0102	0.0212	0.012	0.0042	0.0163	0.017	0.0163	0.0124	0.0054	0.0052	0.0054	0.0073
chr3R	9695926	9696077	chr3R:9695927-9696077	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0219	0.0261	0.0096	0.0064	0.0204	0.0316	0.03	0.0064	0.0296	0.037	0.0296	0.0077	0.0077	0.0135	0.0077	0.0078
chr3R	9696138	9696289	chr3R:9696139-9696289	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.021	0.0219	0.0298	0.0102	0.0053	0.0223	0.0242	0.0353	0.0053	0.0356	0.0434	0.0356	0.0101	0.0115	0.0148	0.0115	0.0078
chr3R	9696582	9696778	chr3R:9696583-9696778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0242	0.0307	0.031	0.0096	0.017	0.034	0.0333	0.0493	0.017	0.0254	0.0383	0.0254	0.0132	0.0107	0.0129	0.0107	0.0073
chr3R	9696822	9696973	chr3R:9696823-9696973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0186	0.0222	0.0246	0.0079	0.0074	0.0248	0.0298	0.0286	0.0074	0.0127	0.0312	0.0127	0.0108	0.0115	0.0123	0.0115	0.0042
chr3R	9700837	9701012	chr3R:9700838-9701012	FBgn0008646	E5	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1051	0.0279	0.14	0.1532	0.0064	0.0558	0.0247	0.026	0.0064	0.1606	0.1727	0.1606	0.1805	0.1799	0.2141	0.1799	0.1886
chr3R	9702927	9703116	chr3R:9702928-9703116	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.223	0.1987	0.2709	0.1975	0.1485	0.25	0.1994	0.2558	0.1485	0.3466	0.2913	0.3466	0.2448	0.2251	0.2018	0.2251	0.2157
chr3R	9703795	9703946	chr3R:9703796-9703946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0216	0.0373	0.021	0.0117	0.0199	0.0303	0.0253	0.0117	0.0356	0.0408	0.0356	0.0349	0.0168	0.0181	0.0168	0.0193
chr3R	9704460	9704611	chr3R:9704461-9704611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.021	0.0413	0.0147	0.0052	0.0308	0.0155	0.0878	0.0306	0.0308	0.0133	0.0206	0.0133	0.0093	0.0046	0.009	0.0046	0.0057
chr3R	9705278	9705586	chr3R:9705279-9705586	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_25,VT41273.1	Unspecified_HC_25,VT41273.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0376	0.0905	0.015	0.0032	0.0817	0.0461	0.1531	0.1073	0.0817	0.0151	0.0203	0.0151	0.0085	0	0.0045	0	0.0031
chr3R	9706415	9706696	chr3R:9706416-9706696	distal	distal	none	none	VT41273.1	VT41273.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0386	0.0282	0.0656	0.0205	0.0042	0.0476	0.0307	0.028	0.0042	0.1395	0.0678	0.1395	0.0325	0.0498	0.0193	0.0498	0.0141
chr3R	9708125	9708335	chr3R:9708126-9708335	distal	distal	stage5	stage5	VT41274.1	VT41274.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.035	0.0604	0.0346	0.0071	0.0626	0.0388	0.0779	0.0906	0.0626	0.0417	0.0514	0.0417	0.0124	0.0061	0.0148	0.0061	0.0052
chr3R	9710642	9710809	chr3R:9710643-9710809	distal	distal	none	none	VT41276.1	VT41276.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0156	0.0284	0.0173	0.0117	0.016	0.0199	0.0173	0.0117	0.0157	0.0508	0.0157	0.0124	0.0092	0.0471	0.0092	0.0115
chr3R	9710980	9711131	chr3R:9710981-9711131	distal	distal	none	none	VT41276.1	VT41276.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.013	0.0203	0.0138	0.0095	0.0136	0.0203	0.0113	0.0095	0.0127	0.0354	0.0127	0.0116	0.0077	0.0387	0.0077	0.0078
chr3R	9711150	9711301	chr3R:9711151-9711301	distal	distal	none	none	VT41276.1	VT41276.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.016	0.0194	0.0123	0.0032	0.018	0.0234	0.0193	0.0032	0.0121	0.0318	0.0121	0.0147	0.0069	0.0322	0.0069	0.0089
chr3R	9711623	9711774	chr3R:9711624-9711774	distal	distal	stage11	stage11	VT41276.1	VT41276.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0163	0.0289	0.0091	0.0032	0.0194	0.0221	0.0207	0.0032	0.0145	0.0527	0.0145	0.0124	0.0054	0.0213	0.0054	0.0063
chr3R	9713866	9714048	chr3R:9713867-9714048	distal	distal	stage11	stage11	VT41277.1	VT41277.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0246	0.0424	0.0169	0.0085	0.0301	0.0342	0.0253	0.0085	0.0296	0.0727	0.0296	0.0209	0.0054	0.0503	0.0054	0.012
chr3R	9717133	9717284	chr3R:9717134-9717284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.013	0.0098	0.0165	0.0128	0.0021	0.0117	0.0147	0.0093	0.0021	0.032	0.0183	0.032	0.0093	0.0352	0.0142	0.0352	0.0063
chr3R	9717631	9717817	chr3R:9717632-9717817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0266	0.0315	0.0332	0.0139	0.0085	0.0529	0.0303	0.032	0.0085	0.0616	0.0386	0.0616	0.0093	0.013	0.0206	0.013	0.0135
chr3R	9718050	9718207	chr3R:9718051-9718207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0268	0.0234	0.0349	0.0217	0.0053	0.0291	0.0294	0.0313	0.0053	0.0344	0.0476	0.0344	0.017	0.0115	0.0484	0.0115	0.0188
chr3R	9718236	9718613	chr3R:9718237-9718613	distal	distal	stage14	stage14	VT41281.1	VT41281.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.037	0.028	0.0506	0.032	0.0064	0.034	0.0402	0.0293	0.0064	0.0447	0.0743	0.0447	0.0263	0.013	0.0535	0.013	0.0479
chr3R	9718828	9718979	chr3R:9718829-9718979	distal	distal	none	none	VT41281.1	VT41281.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0222	0.0213	0.0258	0.0194	0.0095	0.0335	0.0251	0.0187	0.0095	0.0314	0.0347	0.0314	0.0201	0.0138	0.0277	0.0138	0.0334
chr3R	9719008	9719159	chr3R:9719009-9719159	distal	distal	none	none	VT41281.1	VT41281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0218	0.0257	0.0245	0.0145	0.0085	0.0427	0.0264	0.0247	0.0085	0.0272	0.0312	0.0272	0.0194	0.0115	0.0174	0.0115	0.0281
chr3R	9719326	9719554	chr3R:9719327-9719554	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT41281.1,ems_5-fragmentVII	VT41281.1,ems_5-fragmentVII	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0386	0.0613	0.0415	0.0099	0.0212	0.1034	0.0502	0.0759	0.0212	0.067	0.0521	0.067	0.0139	0.0077	0.0148	0.0077	0.0135
chr3R	9719729	9719913	chr3R:9719730-9719913	distal	distal	stage11	stage11	VT41281.1,ems_5-fragmentVII	VT41281.1,ems_5-fragmentVII	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0324	0.0365	0.0464	0.0125	0.0138	0.0597	0.0337	0.0406	0.0138	0.0598	0.0688	0.0598	0.0139	0.013	0.0213	0.013	0.0115
chr3R	9720515	9720825	chr3R:9720516-9720825	distal	distal	stage5	stage5	VT41281.1,ems_5-fragmentVII,ems_elementIV	VT41281.1,ems_5-fragmentVII,ems_elementIV	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0489	0.084	0.0428	0.0163	0.053	0.0816	0.0943	0.1332	0.053	0.0338	0.0685	0.0338	0.017	0.013	0.0329	0.013	0.0104
chr3R	9721514	9721667	chr3R:9721515-9721667	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	ems_5-fragmentVII	ems_5-fragmentVII	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0409	0.0226	0.0528	0.0485	0.0074	0.0282	0.0268	0.0266	0.0074	0.0296	0.027	0.0296	0.0194	0.0084	0.0155	0.0084	0.0099
chr3R	9721969	9722120	chr3R:9721970-9722120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.016	0.0197	0.0121	0.0064	0.0175	0.019	0.0247	0.0064	0.0163	0.0158	0.0163	0.0155	0.0046	0.0064	0.0046	0.0052
chr3R	9722679	9722876	chr3R:9722680-9722876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0397	0.0345	0.0538	0.0301	0.0106	0.0587	0.0268	0.0466	0.0106	0.038	0.0402	0.038	0.0147	0.0153	0.0155	0.0153	0.0172
chr3R	9723123	9723274	chr3R:9723124-9723274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0302	0.0187	0.0444	0.0276	0.0042	0.0291	0.0186	0.02	0.0042	0.0501	0.0511	0.0501	0.031	0.0375	0.0219	0.0375	0.0276
chr3R	9724685	9724836	chr3R:9724686-9724836	distal	distal	stage11	stage11	VT41284.1,ems_ARFE	VT41284.1,ems_ARFE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0283	0.0232	0.0508	0.0093	0.0117	0.0267	0.0264	0.0306	0.0117	0.0266	0.0968	0.0266	0.0163	0.0084	0.0245	0.0084	0.0036
chr3R	9725443	9725845	chr3R:9725444-9725845	distal	distal	stage5	stage5	VT41284.1	VT41284.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0564	0.1095	0.0452	0.0095	0.0403	0.116	0.064	0.2598	0.0403	0.035	0.0672	0.035	0.0248	0.0069	0.0168	0.0069	0.0073
chr3R	9727346	9727556	chr3R:9727347-9727556	FBgn0000576	ems	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.2778	0.2841	0.3381	0.2044	0.2259	0.3083	0.2967	0.3931	0.2259	0.3949	0.4109	0.3949	0.2603	0.1983	0.2895	0.1983	0.185
chr3R	9731509	9731660	chr3R:9731510-9731660	distal	distal	none	none	VT41286.1	VT41286.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0168	0.0421	0.0177	0.0074	0.0238	0.019	0.0207	0.0074	0.0145	0.0842	0.0145	0.017	0.0046	0.058	0.0046	0.0115
chr3R	9731715	9731866	chr3R:9731716-9731866	distal	distal	none	none	VT41286.1	VT41286.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0191	0.0372	0.0174	0.0117	0.0214	0.0238	0.022	0.0117	0.0211	0.0711	0.0211	0.0163	0.0038	0.0554	0.0038	0.0099
chr3R	9732377	9732528	chr3R:9732378-9732528	distal	distal	none	none	VT41286.1,VT41287.1	VT41286.1,VT41287.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0183	0.0296	0.0131	0.0053	0.0233	0.0238	0.024	0.0053	0.0163	0.0605	0.0163	0.0062	0.0015	0.0451	0.0015	0.0036
chr3R	9732841	9732992	chr3R:9732842-9732992	distal	distal	none	none	VT41287.1	VT41287.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0191	0.0277	0.017	0.0053	0.0189	0.0238	0.0293	0.0053	0.0181	0.0502	0.0181	0.0093	0.0077	0.0522	0.0077	0.0094
chr3R	9733096	9733492	chr3R:9733097-9733492	distal	distal	stage14	stage14	VT41287.1	VT41287.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.027	0.0504	0.029	0.0064	0.0325	0.0294	0.0433	0.0064	0.0242	0.0984	0.0242	0.0178	0.0084	0.0961	0.0084	0.0115
chr3R	9734970	9735121	chr3R:9734971-9735121	distal	distal	none	none	VT41288.1	VT41288.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0287	0.0241	0.0463	0.0146	0.0117	0.0252	0.0234	0.0466	0.0117	0.0127	0.0965	0.0127	0.0163	0.0061	0.0419	0.0061	0.0115
chr3R	9735393	9735728	chr3R:9735394-9735728	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT41288.1,VT41289.1	VT41288.1,VT41289.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0511	0.0765	0.0638	0.0088	0.0244	0.0718	0.0567	0.1779	0.0244	0.0169	0.1376	0.0169	0.0116	0.0061	0.0206	0.0061	0.0057
chr3R	9735781	9736051	chr3R:9735782-9736051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT41288.1,VT41289.1	VT41288.1,VT41289.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0489	0.0911	0.0454	0.0056	0.0339	0.0932	0.0523	0.2132	0.0339	0.0169	0.0936	0.0169	0.0101	0.0031	0.0103	0.0031	0.0063
chr3R	9736672	9736843	chr3R:9736673-9736843	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_18,VT41289.1	Unspecified_HC_18,VT41289.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0224	0.0399	0.0202	0.0052	0.0255	0.0262	0.0476	0.0733	0.0255	0.0085	0.0357	0.0085	0.0077	0.0031	0.0129	0.0031	0.0031
chr3R	9737047	9737391	chr3R:9737048-9737391	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_18,VT41289.1,VT41290.1	Unspecified_HC_18,VT41289.1,VT41290.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0923	0.0306	0.0106	0.0689	0.0471	0.1531	0.1219	0.0689	0.0181	0.0582	0.0181	0.007	0.0061	0.0277	0.0061	0.0063
chr3R	9737954	9738105	chr3R:9737955-9738105	distal	distal	stage14	stage14	VT41290.1	VT41290.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0174	0.0212	0.0195	0.0053	0.0175	0.0277	0.0213	0.0053	0.0091	0.0431	0.0091	0.0046	0.0031	0.069	0.0031	0.0068
chr3R	9739479	9739671	chr3R:9739480-9739671	distal	distal	stage11	stage11	VT41291.1	VT41291.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0272	0.0209	0.0409	0.0194	0.0053	0.0218	0.0234	0.0366	0.0053	0.0193	0.0804	0.0193	0.0124	0.0107	0.0606	0.0107	0.0078
chr3R	9740821	9740972	chr3R:9740822-9740972	distal	distal	stage14	stage14	VT41291.1,VT41292.1	VT41291.1,VT41292.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0212	0.027	0.0198	0.0095	0.017	0.029	0.032	0.0095	0.0151	0.0534	0.0151	0.0046	0.0084	0.0613	0.0084	0.0089
chr3R	9741246	9741475	chr3R:9741247-9741475	distal	distal	stage11	stage11	VT41292.1	VT41292.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0379	0.0264	0.0582	0.0285	0.0095	0.0316	0.0316	0.0353	0.0095	0.0356	0.1106	0.0356	0.017	0.036	0.0735	0.036	0.012
chr3R	9741682	9741833	chr3R:9741683-9741833	distal	distal	none	none	VT41292.1	VT41292.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0146	0.0308	0.0123	0.0011	0.0165	0.0156	0.0247	0.0011	0.0145	0.0627	0.0145	0.007	0.0069	0.0316	0.0069	0.0104
chr3R	9747484	9747635	chr3R:9747485-9747635	distal	distal	none	none	VT41295.1	VT41295.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0183	0.0121	0.0189	0.0246	0.0042	0.0112	0.0182	0.0133	0.0042	0.0163	0.0264	0.0163	0.0155	0.0038	0.0703	0.0038	0.0229
chr3R	9747782	9748115	chr3R:9747783-9748115	distal	distal	stage5	stage5	VT41295.1,VT41296.1	VT41295.1,VT41296.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0417	0.0388	0.0284	0.0297	0.0354	0.0536	0.0573	0.0297	0.0356	0.063	0.0356	0.0147	0.0092	0.0741	0.0092	0.0208
chr3R	9748143	9748294	chr3R:9748144-9748294	distal	distal	stage5	stage5	VT41296.1	VT41296.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0269	0.0236	0.0117	0.0191	0.0257	0.0285	0.0413	0.0191	0.0211	0.0392	0.0211	0.0085	0.0046	0.0277	0.0046	0.0078
chr3R	9749121	9749320	chr3R:9749122-9749320	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT41296.1	VT41296.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0231	0.0247	0.0315	0.0121	0.0106	0.0296	0.0268	0.0346	0.0106	0.0223	0.0293	0.0223	0.0101	0.0015	0.0052	0.0015	0.0036
chr3R	9749497	9749684	chr3R:9749498-9749684	distal	distal	none	none	VT41296.1,VT41297.1	VT41296.1,VT41297.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0141	0.025	0.032	0.0053	0.0117	0.0195	0.0193	0.0053	0.0163	0.018	0.0163	0.0108	0.0038	0.0039	0.0038	0.0073
chr3R	9750011	9750162	chr3R:9750012-9750162	distal	distal	stage14	stage14	VT41297.1	VT41297.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0133	0.0157	0.0106	0.0032	0.016	0.0186	0.0167	0.0032	0.0133	0.017	0.0133	0.0054	0	0.0058	0	0.0031
chr3R	9751640	9751871	chr3R:9751641-9751871	distal	distal	stage11	stage11	VT41298.1	VT41298.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0255	0.0322	0.0327	0.01	0.0085	0.0694	0.0285	0.0213	0.0085	0.0797	0.0293	0.0797	0.0077	0.0077	0.0142	0.0077	0.0073
chr3R	9753611	9753762	chr3R:9753612-9753762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0147	0.0188	0.0131	0.0127	0.016	0.0208	0.0133	0.0127	0.0223	0.0257	0.0223	0.0077	0.0092	0.0322	0.0092	0.0083
chr3R	9754345	9754548	chr3R:9754346-9754548	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0261	0.0249	0.0379	0.0145	0.0074	0.0286	0.0242	0.0453	0.0074	0.0284	0.0312	0.0284	0.0155	0.0061	0.011	0.0061	0.0104
chr3R	9754883	9755034	chr3R:9754884-9755034	distal	distal	none	none	VT41300.1	VT41300.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0191	0.0145	0.0292	0.0132	0.0011	0.0184	0.016	0.0193	0.0011	0.061	0.0244	0.061	0.0139	0.0161	0.0161	0.0161	0.0146
chr3R	9755817	9755968	chr3R:9755818-9755968	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT41300.1	VT41300.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0538	0.0309	0.0909	0.0387	0.0127	0.0592	0.0221	0.034	0.0127	0.128	0.0849	0.128	0.0364	0.0176	0.0174	0.0176	0.0386
chr3R	9755988	9756241	chr3R:9755989-9756241	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT41300.1	VT41300.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0984	0.0662	0.1539	0.0734	0.0201	0.1214	0.0458	0.0846	0.0201	0.2566	0.1248	0.2566	0.0573	0.0375	0.0322	0.0375	0.0709
chr3R	9758986	9759137	chr3R:9758987-9759137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0146	0.0172	0.0216	0.0039	0.0032	0.0189	0.0199	0.0266	0.0032	0.0187	0.018	0.0187	0.0077	0	0.0032	0	0.0057
chr3R	9761639	9761805	chr3R:9761640-9761805	distal	distal	stage5	stage5	VT41304.1	VT41304.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0255	0.0332	0.0343	0.0072	0.0127	0.0335	0.0337	0.062	0.0127	0.0199	0.0553	0.0199	0.0139	0.0031	0.0142	0.0031	0.0068
chr3R	9762087	9762321	chr3R:9762088-9762321	distal	distal	stage5	stage5	VT41304.1	VT41304.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0534	0.1107	0.036	0.0085	0.0604	0.1447	0.0722	0.2039	0.0604	0.0254	0.0469	0.0254	0.0139	0.0054	0.009	0.0054	0.0068
chr3R	9766981	9767132	chr3R:9766982-9767132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0137	0.0268	0.0107	0.0024	0.0255	0.0136	0.0471	0.0266	0.0255	0.0109	0.0132	0.0109	0.007	0.0031	0.0058	0.0031	0.0021
chr3R	9767670	9767918	chr3R:9767671-9767918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0203	0.0315	0.0163	0.017	0.017	0.032	0.0187	0.017	0.0193	0.0547	0.0193	0.0139	0.0077	0.0535	0.0077	0.0042
chr3R	9768515	9768666	chr3R:9768516-9768666	FBgn0038188	Art9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0167	0.0204	0.0211	0.0078	0.0127	0.0131	0.0398	0.0207	0.0127	0.0272	0.0232	0.0272	0.0116	0.0092	0.0071	0.0092	0.0073
chr3R	9769512	9769860	chr3R:9769513-9769860	FBgn0038188	Art9	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.0204	0.0643	0.0217	0.0085	0.0277	0.0234	0.022	0.0085	0.0616	0.1116	0.0616	0.0209	0.0077	0.0535	0.0077	0.0193
chr3R	9770007	9770158	chr3R:9770008-9770158	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0126	0.0319	0.0167	0.0085	0.015	0.0177	0.012	0.0085	0.0163	0.0624	0.0163	0.0077	0.01	0.0471	0.01	0.0099
chr3R	9773217	9773443	chr3R:9773218-9773443	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0453	0.0249	0.0683	0.0428	0.0053	0.0286	0.0342	0.028	0.0053	0.0284	0.065	0.0284	0.0248	0.0153	0.0174	0.0153	0.0292
chr3R	9774441	9774592	chr3R:9774442-9774592	FBgn0047199	CG31517	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0223	0.0418	0.0106	0.0106	0.0223	0.0298	0.0266	0.0106	0.029	0.0768	0.029	0.0124	0.0054	0.0226	0.0054	0.0094
chr3R	9775426	9775627	chr3R:9775427-9775627	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0128	0.0245	0.0203	0	0.0141	0.0195	0.0167	0	0.0151	0.0254	0.0151	0.0077	0.0038	0.0071	0.0038	0.013
chr3R	9782656	9782827	chr3R:9782657-9782827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0118	0.0327	0.0246	0.0032	0.0131	0.019	0.012	0.0032	0.0163	0.0646	0.0163	0.0093	0.0038	0.087	0.0038	0.0099
chr3R	9784104	9784290	chr3R:9784105-9784290	FBgn0016672	Ipp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0327	0.0346	0.039	0.0235	0.0212	0.0316	0.0415	0.05	0.0212	0.0393	0.0476	0.0393	0.0372	0.0191	0.0374	0.0191	0.0245
chr3R	9784396	9784569	chr3R:9784397-9784569	FBgn0016672	Ipp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1067	0.0951	0.1369	0.0865	0.053	0.1068	0.0982	0.1539	0.053	0.1691	0.1566	0.1691	0.1208	0.1018	0.0974	0.1018	0.0954
chr3R	9784597	9784748	chr3R:9784598-9784748	FBgn0016672	Ipp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0479	0.0409	0.067	0.0348	0.017	0.0481	0.0433	0.0646	0.017	0.087	0.0772	0.087	0.0596	0.0406	0.0426	0.0406	0.0396
chr3R	9789801	9789991	chr3R:9789802-9789991	FBgn0038191	CG9925	none	none	Orc2_p5-764dORC2Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0473	0.0496	0.0524	0.0393	0.0318	0.0583	0.0606	0.0606	0.0318	0.0453	0.0672	0.0453	0.0565	0.0268	0.0651	0.0268	0.0396
chr3R	9790038	9790189	chr3R:9790039-9790189	FBgn0015270,FBgn0038191	CG9925,Orc2	none	none	Orc2_p5-764dORC2Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0507	0.0565	0.0372	0.0339	0.0534	0.0597	0.0693	0.0339	0.0604	0.0698	0.0604	0.0473	0.0268	0.0458	0.0268	0.0443
chr3R	9790272	9790462	chr3R:9790273-9790462	FBgn0015270,FBgn0038191	CG9925,Orc2	stage11	none	Orc2_p5-764dORC2Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.1021	0.1258	0.0979	0.0583	0.1204	0.1194	0.1266	0.0583	0.1389	0.1502	0.1389	0.1216	0.0819	0.1206	0.0819	0.1084
chr3R	9790529	9790715	chr3R:9790530-9790715	FBgn0015270	Orc2	stage11,stage14,stage5	none	Orc2_p5-764dORC2Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1127	0.1052	0.1379	0.0934	0.071	0.1291	0.1172	0.1266	0.071	0.1624	0.1646	0.1624	0.1247	0.0858	0.1096	0.0858	0.1073
chr3R	9790757	9790908	chr3R:9790758-9790908	FBgn0015270	Orc2	stage11,stage14,stage5	none	Orc2_p5-764dORC2Luc	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.0586	0.0713	0.0354	0.0318	0.0752	0.0619	0.0706	0.0318	0.0845	0.0846	0.0845	0.0658	0.0268	0.0445	0.0268	0.0459
chr3R	9792271	9792422	chr3R:9792272-9792422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0417	0.042	0.022	0.0148	0.0476	0.048	0.0606	0.0148	0.0441	0.055	0.0441	0.0372	0.0145	0.0251	0.0145	0.0276
chr3R	9795597	9795774	chr3R:9795598-9795774	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0525	0.0961	0.0392	0.0182	0.0679	0.0626	0.1172	0.1632	0.0679	0.0399	0.0531	0.0399	0.0263	0.0176	0.0297	0.0176	0.0198
chr3R	9796588	9796775	chr3R:9796589-9796775	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0628	0.1234	0.0452	0.0145	0.1135	0.0699	0.1708	0.1879	0.1135	0.0362	0.0662	0.0362	0.0271	0.0191	0.0226	0.0191	0.0104
chr3R	9797592	9797930	chr3R:9797593-9797930	FBgn0263414	CR43460	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1249	0.2316	0.1077	0.0245	0.2428	0.1801	0.2405	0.3844	0.2428	0.0598	0.1839	0.0598	0.0279	0.013	0.0413	0.013	0.0203
chr3R	9798112	9798398	chr3R:9798113-9798398	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0882	0.1565	0.0768	0.0245	0.1304	0.1238	0.1734	0.2598	0.1304	0.064	0.1244	0.064	0.0271	0.0138	0.0393	0.0138	0.0214
chr3R	9798519	9798670	chr3R:9798520-9798670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0412	0.0452	0.0485	0.0288	0.0255	0.0505	0.045	0.0746	0.0255	0.0447	0.0765	0.0447	0.031	0.0222	0.0464	0.0222	0.0417
chr3R	9798933	9799232	chr3R:9798934-9799232	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0646	0.0892	0.078	0.0223	0.0233	0.1053	0.0631	0.1885	0.0233	0.0634	0.1296	0.0634	0.0325	0.0214	0.0419	0.0214	0.0193
chr3R	9800582	9800739	chr3R:9800583-9800739	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0308	0.026	0.0301	0.0369	0.0095	0.0296	0.0311	0.0393	0.0095	0.0236	0.0476	0.0236	0.0194	0.049	0.0722	0.049	0.0287
chr3R	9801913	9802117	chr3R:9801914-9802117	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0763	0.0598	0.0802	0.0905	0.0286	0.0602	0.0792	0.0819	0.0286	0.0568	0.1141	0.0568	0.0968	0.0145	0.205	0.0145	0.1188
chr3R	9802897	9803144	chr3R:9802898-9803144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0765	0.069	0.0906	0.0695	0.0329	0.0835	0.0709	0.0999	0.0329	0.0936	0.1045	0.0936	0.0976	0.0513	0.0845	0.0513	0.1021
chr3R	9803397	9803576	chr3R:9803398-9803576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0454	0.0366	0.0522	0.0476	0.0138	0.0466	0.0346	0.058	0.0138	0.0495	0.0633	0.0495	0.0751	0.0191	0.0464	0.0191	0.0938
chr3R	9803689	9803950	chr3R:9803690-9803950	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0534	0.038	0.0646	0.0582	0.0117	0.0568	0.0337	0.052	0.0117	0.0519	0.0849	0.0519	0.0806	0.0383	0.0825	0.0383	0.0782
chr3R	9803985	9804243	chr3R:9803986-9804243	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0704	0.0487	0.085	0.0787	0.0148	0.0728	0.0437	0.0653	0.0148	0.0761	0.0949	0.0761	0.1356	0.0567	0.089	0.0567	0.1058
chr3R	9808401	9808588	chr3R:9808402-9808588	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0732	0.0755	0.1001	0.0411	0.0467	0.1024	0.067	0.1086	0.0467	0.1661	0.1061	0.1661	0.0798	0.0544	0.0464	0.0544	0.0516
chr3R	9808997	9809288	chr3R:9808998-9809288	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.271	0.2348	0.324	0.2534	0.1548	0.3204	0.2206	0.3058	0.1548	0.4245	0.3453	0.4245	0.3393	0.2825	0.2592	0.2825	0.3283
chr3R	9809460	9809694	chr3R:9809461-9809694	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2387	0.1934	0.3001	0.2218	0.1029	0.2874	0.16	0.2678	0.1029	0.4124	0.3215	0.4124	0.3191	0.2879	0.2031	0.2879	0.2616
chr3R	9810396	9810683	chr3R:9810397-9810683	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0707	0.0649	0.1051	0.0393	0.0201	0.1175	0.0463	0.0766	0.0201	0.2452	0.0971	0.2452	0.0511	0.0873	0.0297	0.0873	0.0234
chr3R	9811060	9811254	chr3R:9811061-9811254	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0952	0.1509	0.0967	0.0312	0.0806	0.1951	0.1423	0.2232	0.0806	0.163	0.119	0.163	0.0534	0.0352	0.0361	0.0352	0.036
chr3R	9814392	9814929	chr3R:9814393-9814929	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0948	0.1884	0.0697	0.0178	0.14	0.1481	0.1587	0.4037	0.14	0.0731	0.1	0.0731	0.0473	0.0161	0.0297	0.0161	0.0141
chr3R	9815045	9815459	chr3R:9815046-9815459	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.087	0.1147	0.1143	0.026	0.0498	0.1267	0.0701	0.2525	0.0498	0.125	0.1775	0.125	0.0589	0.0337	0.0445	0.0337	0.0208
chr3R	9815620	9815771	chr3R:9815621-9815771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0319	0.033	0.0477	0.0132	0.0085	0.0403	0.0272	0.0633	0.0085	0.0586	0.0691	0.0586	0.0287	0.0145	0.0258	0.0145	0.0068
chr3R	9815891	9816281	chr3R:9815892-9816281	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1136	0.1138	0.1641	0.0581	0.0456	0.1743	0.0921	0.1652	0.0456	0.2035	0.228	0.2035	0.1247	0.0368	0.1251	0.0368	0.0427
chr3R	9816388	9816606	chr3R:9816389-9816606	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0489	0.0582	0.0636	0.0226	0.0308	0.0524	0.0649	0.1039	0.0308	0.0459	0.109	0.0459	0.038	0.0107	0.0554	0.0107	0.0162
chr3R	9816608	9816851	chr3R:9816609-9816851	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0537	0.0674	0.0668	0.024	0.0435	0.0592	0.0627	0.1299	0.0435	0.0513	0.1148	0.0513	0.0387	0.0153	0.0535	0.0153	0.0162
chr3R	9817880	9818031	chr3R:9817881-9818031	distal	distal	stage14	stage14	VT41331.1	VT41331.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0103	0.0164	0.0153	0.0064	0.0126	0.013	0.0113	0.0064	0.0139	0.0251	0.0139	0.0147	0.0054	0.0426	0.0054	0.0135
chr3R	9818119	9818270	chr3R:9818120-9818270	distal	distal	stage14	stage14	VT41331.1	VT41331.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0157	0.0103	0.0184	0.0187	0.0053	0.0136	0.0108	0.014	0.0053	0.0193	0.0254	0.0193	0.0155	0.0123	0.0445	0.0123	0.0125
chr3R	9822580	9822731	chr3R:9822581-9822731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0155	0.0226	0.0139	0.0053	0.015	0.0234	0.0187	0.0053	0.0139	0.0395	0.0139	0.0124	0.013	0.0355	0.013	0.0109
chr3R	9823113	9823264	chr3R:9823114-9823264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0151	0.0273	0.0169	0.0032	0.017	0.0186	0.02	0.0032	0.0145	0.0489	0.0145	0.0201	0.0077	0.0542	0.0077	0.0073
chr3R	9823476	9823636	chr3R:9823477-9823636	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0287	0.0179	0.043	0.0251	0.0064	0.0218	0.0216	0.0247	0.0064	0.0242	0.0707	0.0242	0.0411	0.0138	0.0651	0.0138	0.0198
chr3R	9823702	9823853	chr3R:9823703-9823853	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0155	0.0392	0.0292	0.0042	0.018	0.019	0.022	0.0042	0.0314	0.0627	0.0314	0.0294	0.0145	0.0722	0.0145	0.0229
chr3R	9824380	9824531	chr3R:9824381-9824531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0201	0.0245	0.0155	0.0085	0.0209	0.0212	0.0346	0.0085	0.0181	0.0408	0.0181	0.0163	0.0123	0.0368	0.0123	0.0099
chr3R	9824560	9824711	chr3R:9824561-9824711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0208	0.0246	0.0244	0.0128	0.0117	0.0272	0.0242	0.0426	0.0117	0.0242	0.0341	0.0242	0.0186	0.0153	0.0213	0.0153	0.0109
chr3R	9825192	9825343	chr3R:9825193-9825343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0267	0.0159	0.0106	0.0085	0.0189	0.0458	0.034	0.0085	0.0139	0.019	0.0139	0.017	0.0115	0.0161	0.0115	0.012
chr3R	9828287	9828447	chr3R:9828288-9828447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0186	0.0311	0.0174	0.0117	0.0218	0.0212	0.0247	0.0117	0.0308	0.0492	0.0308	0.017	0.0138	0.0355	0.0138	0.0156
chr3R	9830958	9831219	chr3R:9830959-9831219	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0455	0.047	0.0575	0.0308	0.0244	0.0592	0.0506	0.0613	0.0244	0.0314	0.0846	0.0314	0.0821	0.0207	0.0722	0.0207	0.0229
chr3R	9831686	9831855	chr3R:9831687-9831855	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0298	0.0247	0.0478	0.0156	0.0085	0.0291	0.032	0.028	0.0085	0.0332	0.055	0.0332	0.0914	0.0054	0.0251	0.0054	0.024
chr3R	9832436	9832587	chr3R:9832437-9832587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.014	0.023	0.0206	0.0064	0.0155	0.0203	0.0153	0.0064	0.0187	0.0312	0.0187	0.0225	0.0145	0.0245	0.0145	0.0214
chr3R	9833127	9833295	chr3R:9833128-9833295	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0405	0.0308	0.0685	0.0207	0.0095	0.0466	0.0264	0.0473	0.0095	0.0519	0.1135	0.0519	0.0372	0.0123	0.0374	0.0123	0.0162
chr3R	9835990	9836141	chr3R:9835991-9836141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.016	0.0226	0.0216	0.0074	0.0175	0.0203	0.018	0.0074	0.035	0.0273	0.035	0.0124	0.0528	0.0213	0.0528	0.0182
chr3R	9837192	9837419	chr3R:9837193-9837419	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0666	0.0431	0.0945	0.0622	0.018	0.0553	0.0536	0.0473	0.018	0.1002	0.1508	0.1002	0.0542	0.0551	0.1586	0.0551	0.0427
chr3R	9837602	9838151	chr3R:9837603-9838151	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1376	0.0761	0.202	0.1356	0.0329	0.1233	0.0869	0.066	0.0329	0.3225	0.2582	0.3225	0.1286	0.2136	0.2386	0.2136	0.1308
chr3R	9838196	9838426	chr3R:9838197-9838426	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0716	0.0462	0.1006	0.0682	0.0159	0.084	0.0428	0.0426	0.0159	0.1673	0.1135	0.1673	0.0852	0.0995	0.0954	0.0995	0.086
chr3R	9838542	9838693	chr3R:9838543-9838693	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0451	0.0365	0.0648	0.033	0.0095	0.0738	0.0307	0.0333	0.0095	0.1087	0.063	0.1087	0.0689	0.0436	0.0451	0.0436	0.0427
chr3R	9838696	9838933	chr3R:9838697-9838933	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0666	0.0527	0.0975	0.0482	0.0095	0.1029	0.0437	0.052	0.0095	0.1425	0.0907	0.1425	0.1425	0.0574	0.0477	0.0574	0.0683
chr3R	9839674	9839868	chr3R:9839675-9839868	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0512	0.0521	0.0698	0.0299	0.017	0.0602	0.0476	0.0959	0.017	0.0399	0.1151	0.0399	0.0542	0.0123	0.0638	0.0123	0.0245
chr3R	9843429	9843640	chr3R:9843430-9843640	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1751	0.1594	0.2189	0.1445	0.0965	0.201	0.1644	0.2172	0.0965	0.2651	0.2582	0.2651	0.244	0.1455	0.185	0.1455	0.1959
chr3R	9844167	9844370	chr3R:9844168-9844370	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0623	0.0318	0.0749	0.0826	0.0085	0.0534	0.0264	0.0446	0.0085	0.064	0.1006	0.064	0.093	0.1011	0.118	0.1011	0.0995
chr3R	9845222	9845451	chr3R:9845223-9845451	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0603	0.0633	0.0679	0.0485	0.035	0.0757	0.0692	0.0846	0.035	0.055	0.0965	0.055	0.0744	0.0345	0.0664	0.0345	0.0709
chr3R	9846437	9846645	chr3R:9846438-9846645	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0559	0.0808	0.0459	0.0391	0.07	0.0597	0.125	0.0906	0.07	0.0519	0.0527	0.0519	0.0581	0.0459	0.0309	0.0459	0.0594
chr3R	9846749	9846900	chr3R:9846750-9846900	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0324	0.046	0.0265	0.0237	0.0265	0.0374	0.0757	0.0526	0.0265	0.0284	0.0331	0.0284	0.0279	0.0268	0.0219	0.0268	0.0344
chr3R	9847054	9847205	chr3R:9847055-9847205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0268	0.0401	0.0244	0.0145	0.0318	0.033	0.0662	0.0386	0.0318	0.0217	0.0322	0.0217	0.0186	0.0115	0.0097	0.0115	0.0271
chr3R	9850634	9850810	chr3R:9850635-9850810	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.068	0.0224	0.042	0.1473	0.0095	0.0335	0.0268	0.024	0.0095	0.0217	0.0424	0.0217	0.0837	0.1149	0.1244	0.1149	0.2277
chr3R	9851043	9851280	chr3R:9851044-9851280	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0228	0.0365	0.0964	0.0085	0.0286	0.029	0.026	0.0085	0.029	0.035	0.029	0.055	0.0636	0.0754	0.0636	0.1355
chr3R	9851637	9851827	chr3R:9851638-9851827	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0648	0.0343	0.0415	0.1244	0.0127	0.0413	0.045	0.0393	0.0127	0.0429	0.0466	0.0429	0.0542	0.0934	0.1103	0.0934	0.1834
chr3R	9851999	9852174	chr3R:9852000-9852174	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0821	0.1067	0.0896	0.0464	0.0753	0.1141	0.128	0.1379	0.0753	0.1178	0.1045	0.1178	0.079	0.0322	0.0419	0.0322	0.0735
chr3R	9852273	9852460	chr3R:9852274-9852460	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0745	0.0634	0.0633	0.0992	0.0318	0.0675	0.0848	0.0766	0.0318	0.064	0.0698	0.064	0.0829	0.0773	0.0638	0.0773	0.1496
chr3R	9853069	9853239	chr3R:9853070-9853239	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0558	0.0856	0.0428	0.0366	0.0976	0.0631	0.1112	0.1073	0.0976	0.0344	0.0576	0.0344	0.0558	0.0291	0.0522	0.0291	0.0558
chr3R	9853753	9853904	chr3R:9853754-9853904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0315	0.0621	0.0197	0.0103	0.0392	0.0374	0.1081	0.0726	0.0392	0.0181	0.026	0.0181	0.017	0.0077	0.0174	0.0077	0.0125
chr3R	9854649	9854869	chr3R:9854650-9854869	FBgn0038194	Cyp6d5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0513	0.0813	0.0439	0.026	0.0414	0.0704	0.1008	0.1266	0.0414	0.0399	0.054	0.0399	0.0573	0.0253	0.0297	0.0253	0.038
chr3R	9857197	9857384	chr3R:9857198-9857384	FBgn0264493	rdx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.124	0.1063	0.1628	0.1012	0.0583	0.1311	0.1151	0.1366	0.0583	0.1987	0.1894	0.1987	0.1526	0.1156	0.1167	0.1156	0.123
chr3R	9857434	9857625	chr3R:9857435-9857625	FBgn0038195,FBgn0264493	CG3061,rdx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1863	0.1529	0.2338	0.1714	0.087	0.185	0.1704	0.2005	0.087	0.3056	0.2569	0.3056	0.2169	0.1876	0.196	0.1876	0.1954
chr3R	9857715	9857887	chr3R:9857716-9857887	FBgn0038195,FBgn0264493	CG3061,rdx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2217	0.1929	0.2569	0.2153	0.1379	0.2267	0.2167	0.2418	0.1379	0.3364	0.2801	0.3364	0.227	0.2259	0.2263	0.2259	0.2553
chr3R	9858018	9858200	chr3R:9858019-9858200	FBgn0038195,FBgn0264493	CG3061,rdx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1467	0.1329	0.1709	0.1355	0.0986	0.165	0.1475	0.1539	0.0986	0.221	0.1817	0.221	0.1681	0.1485	0.1522	0.1485	0.1704
chr3R	9858208	9858412	chr3R:9858209-9858412	FBgn0038195,FBgn0264493	CG3061,rdx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1087	0.0982	0.1379	0.0883	0.07	0.118	0.1155	0.1126	0.07	0.157	0.154	0.157	0.1557	0.0858	0.1109	0.0858	0.1199
chr3R	9861632	9862044	chr3R:9861633-9862044	FBgn0038196	CG9922	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1304	0.1276	0.1499	0.1122	0.0806	0.15	0.1505	0.1552	0.0806	0.192	0.1682	0.192	0.1541	0.1348	0.1193	0.1348	0.1313
chr3R	9863189	9863402	chr3R:9863190-9863402	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0384	0.0664	0.0357	0.01	0.0403	0.067	0.0779	0.1039	0.0403	0.026	0.0341	0.026	0.0201	0.0077	0.0097	0.0077	0.0052
chr3R	9866680	9866923	chr3R:9866681-9866923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0532	0.0839	0.0542	0.0178	0.0562	0.0888	0.0921	0.1153	0.0562	0.0924	0.0605	0.0924	0.0186	0.013	0.0161	0.013	0.0083
chr3R	9869412	9869563	chr3R:9869413-9869563	distal	distal	none	none	VT41362.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0103	0.0075	0.0143	0.0042	0.0083	0.0151	0.016	0.0042	0.0079	0.0068	0.0079	0.0054	0.0145	0.0032	0.0145	0.0047
chr3R	9870212	9870402	chr3R:9870213-9870402	FBgn0011971	tRNA:S2b:88A	stage5	none	VT41362.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0577	0.0998	0.043	0.0269	0.0997	0.0854	0.1272	0.1239	0.0997	0.0211	0.0498	0.0211	0.0883	0.0168	0.0232	0.0168	0.0464
chr3R	9873697	9873848	chr3R:9873698-9873848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0132	0.015	0.0123	0.0123	0.0074	0.0131	0.0251	0.0173	0.0074	0.0193	0.009	0.0193	0.0201	0.0069	0.0071	0.0069	0.0276
chr3R	9874886	9875037	chr3R:9874887-9875037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.0079	0.0079	0.015	0.0042	0.0058	0.0125	0.01	0.0042	0.0036	0.0074	0.0036	0.0124	0.0054	0.0064	0.0054	0.0151
chr3R	9876358	9876624	chr3R:9876359-9876624	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0423	0.0441	0.034	0.0494	0.0233	0.0335	0.077	0.0473	0.0233	0.026	0.0338	0.026	0.024	0.0115	0.0174	0.0115	0.0146
chr3R	9876648	9876799	chr3R:9876649-9876799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.0298	0.0204	0.0345	0.0095	0.0262	0.0411	0.0413	0.0095	0.0169	0.017	0.0169	0.0163	0.0123	0.0161	0.0123	0.0135
chr3R	9877154	9877334	chr3R:9877155-9877334	distal	distal	stage14	stage14	VT41367.1	VT41367.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0256	0.0102	0.0198	0.0493	0.0032	0.0136	0.016	0.0073	0.0032	0.0157	0.0222	0.0157	0.0395	0.049	0.0838	0.049	0.0578
chr3R	9877353	9877546	chr3R:9877354-9877546	distal	distal	stage14	stage14	VT41367.1	VT41367.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0372	0.0123	0.0316	0.0712	0.0011	0.0165	0.0177	0.012	0.0011	0.026	0.0383	0.026	0.0573	0.0789	0.1044	0.0789	0.0902
chr3R	9878296	9878530	chr3R:9878297-9878530	distal	distal	stage14	stage14	VT41367.1	VT41367.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0404	0.0168	0.0293	0.0788	0.0127	0.0189	0.0251	0.01	0.0127	0.0205	0.0315	0.0205	0.0627	0.1248	0.107	0.1248	0.0974
chr3R	9881796	9881961	chr3R:9881797-9881961	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.0079	0.026	0.072	0.0021	0.0102	0.0121	0.0053	0.0021	0.0133	0.0161	0.0133	0.0891	0.0413	0.04	0.0413	0.1839
chr3R	9882501	9882707	chr3R:9882502-9882707	FBgn0038197	foxo	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.087	0.0264	0.0712	0.1721	0.0148	0.0354	0.0355	0.02	0.0148	0.0459	0.0752	0.0459	0.1557	0.1708	0.2063	0.1708	0.2632
chr3R	9882990	9883187	chr3R:9882991-9883187	FBgn0038197	foxo	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0553	0.0383	0.0471	0.0834	0.018	0.0427	0.0506	0.0446	0.018	0.0308	0.0534	0.0308	0.0883	0.098	0.118	0.098	0.1261
chr3R	9883246	9883417	chr3R:9883247-9883417	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0819	0.0685	0.0756	0.1036	0.0424	0.084	0.0761	0.0826	0.0424	0.058	0.0907	0.058	0.1348	0.1133	0.1502	0.1133	0.1631
chr3R	9884367	9884528	chr3R:9884368-9884528	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.028	0.01	0.0244	0.0521	0.0032	0.0117	0.0156	0.0087	0.0032	0.0211	0.019	0.0211	0.0689	0.0253	0.0406	0.0253	0.1355
chr3R	9886287	9886444	chr3R:9886288-9886444	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.037	0.011	0.0415	0.061	0.0021	0.0199	0.0138	0.0053	0.0021	0.026	0.035	0.026	0.1263	0.0291	0.0522	0.0291	0.1522
chr3R	9886839	9887064	chr3R:9886840-9887064	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0571	0.0394	0.0615	0.0719	0.0212	0.0311	0.0662	0.0406	0.0212	0.0393	0.0881	0.0393	0.0914	0.0299	0.1464	0.0299	0.1094
chr3R	9887080	9887251	chr3R:9887081-9887251	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0497	0.0302	0.0579	0.0625	0.0255	0.0238	0.0489	0.03	0.0255	0.0356	0.0971	0.0356	0.0473	0.0283	0.1715	0.0283	0.0573
chr3R	9887385	9887536	chr3R:9887386-9887536	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0354	0.0239	0.0406	0.0425	0.0159	0.0223	0.0368	0.0247	0.0159	0.0115	0.081	0.0115	0.0186	0.0214	0.1296	0.0214	0.0287
chr3R	9888025	9888317	chr3R:9888026-9888317	distal	distal	none	none	VT41373.1	VT41373.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0222	0.0442	0.0717	0.0117	0.0252	0.0355	0.0147	0.0117	0.0296	0.0553	0.0296	0.0798	0.0796	0.0928	0.0796	0.1209
chr3R	9888471	9888622	chr3R:9888472-9888622	distal	distal	none	none	VT41373.1	VT41373.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0074	0.016	0.0292	0.0032	0.0078	0.013	0.0053	0.0032	0.0151	0.0186	0.0151	0.0256	0.0597	0.0335	0.0597	0.0328
chr3R	9889771	9889922	chr3R:9889772-9889922	distal	distal	none	none	VT41373.1	VT41373.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0186	0.0169	0.0157	0.0237	0.018	0.0087	0.0294	0.0187	0.018	0.0157	0.0186	0.0157	0.0225	0.0283	0.0445	0.0283	0.0229
chr3R	9890018	9890169	chr3R:9890019-9890169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0217	0.0314	0.0145	0.0189	0.0467	0.0136	0.0567	0.024	0.0467	0.0109	0.0177	0.0109	0.0263	0.0199	0.0342	0.0199	0.0208
chr3R	9890275	9890605	chr3R:9890276-9890605	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0323	0.0479	0.0183	0.0302	0.0604	0.0233	0.0882	0.038	0.0604	0.0133	0.0232	0.0133	0.0318	0.0383	0.0438	0.0383	0.0412
chr3R	9891507	9891679	chr3R:9891508-9891679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0169	0.0203	0.0227	0.0106	0.0126	0.0277	0.0193	0.0106	0.0127	0.0199	0.0127	0.0473	0.0168	0.0161	0.0168	0.0542
chr3R	9895788	9895939	chr3R:9895789-9895939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0127	0.0116	0.0124	0.0143	0.0106	0.0078	0.0212	0.01	0.0106	0.0133	0.0113	0.0133	0.0232	0.0084	0.011	0.0084	0.0318
chr3R	9898757	9898908	chr3R:9898758-9898908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0086	0.0065	0.0057	0.0141	0.0032	0.0039	0.0156	0.0027	0.0032	0.0042	0.0061	0.0042	0.0077	0.0038	0.0071	0.0038	0.012
chr3R	9902230	9902396	chr3R:9902231-9902396	distal	distal	none	none	VT41381.1	VT41381.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0172	0.009	0.0129	0.0312	0.0042	0.0073	0.0182	0.006	0.0042	0.0091	0.0129	0.0091	0.0225	0.0123	0.0142	0.0123	0.0657
chr3R	9906789	9906993	chr3R:9906790-9906993	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0195	0.0172	0.0231	0.0181	0.0106	0.0165	0.0316	0.0087	0.0106	0.0229	0.0232	0.0229	0.0449	0.01	0.0129	0.01	0.0406
chr3R	9911319	9911470	chr3R:9911320-9911470	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0091	0.0085	0.0177	0.0042	0.0107	0.013	0.0093	0.0042	0.0097	0.0071	0.0097	0.0062	0.0038	0.0071	0.0038	0.0094
chr3R	9911891	9912042	chr3R:9911892-9912042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0106	0.0117	0.0085	0.0117	0.0021	0.0097	0.0234	0.01	0.0021	0.0121	0.0071	0.0121	0.0101	0.0046	0.0077	0.0046	0.0083
chr3R	9913862	9914076	chr3R:9913863-9914076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0346	0.0226	0.0324	0.0506	0.0127	0.0121	0.0484	0.0153	0.0127	0.0338	0.0264	0.0338	0.0705	0.0329	0.038	0.0329	0.1209
chr3R	9914138	9914543	chr3R:9914139-9914543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0628	0.0461	0.0648	0.0792	0.0233	0.0403	0.0796	0.0393	0.0233	0.0779	0.0659	0.0779	0.0937	0.0528	0.0793	0.0528	0.1496
chr3R	9914622	9914804	chr3R:9914623-9914804	FBgn0038198	Npc2b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0778	0.0622	0.0891	0.0829	0.0414	0.0694	0.0882	0.0553	0.0414	0.1063	0.1013	0.1063	0.0937	0.0712	0.0967	0.0712	0.1193
chr3R	9915016	9915167	chr3R:9915017-9915167	FBgn0038198	Npc2b	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0252	0.0187	0.0265	0.0311	0.0148	0.0155	0.0333	0.0133	0.0148	0.0248	0.0328	0.0248	0.0279	0.0214	0.0554	0.0214	0.0365
chr3R	9916253	9916404	chr3R:9916254-9916404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0123	0.0142	0.0174	0.0053	0.0107	0.0203	0.0147	0.0053	0.0121	0.0196	0.0121	0.017	0.0061	0.0432	0.0061	0.0188
chr3R	9924382	9924565	chr3R:9924383-9924565	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0174	0.0093	0.0123	0.0319	0.0064	0.0112	0.0147	0.006	0.0064	0.0097	0.0119	0.0097	0.0232	0.0482	0.0387	0.0482	0.0323
chr3R	9926063	9926214	chr3R:9926064-9926214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0129	0.0096	0.014	0.0155	0.0042	0.0073	0.0177	0.008	0.0042	0.0139	0.0193	0.0139	0.0116	0.013	0.0322	0.013	0.0151
chr3R	9926372	9926523	chr3R:9926373-9926523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0165	0.0103	0.0198	0.0198	0.0064	0.0097	0.0182	0.008	0.0064	0.0181	0.0238	0.0181	0.0302	0.0176	0.0393	0.0176	0.0214
chr3R	9928668	9928819	chr3R:9928669-9928819	FBgn0038201	Pk1r	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0098	0.0088	0.0081	0.0128	0.0042	0.0087	0.0121	0.0113	0.0042	0.006	0.0113	0.006	0.0093	0.0015	0.0284	0.0015	0.0141
chr3R	9933432	9933869	chr3R:9933433-9933869	FBgn0038202	CG12402	stage11	none	Or88a_GAL4	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0945	0.058	0.1367	0.0891	0.0276	0.0777	0.0554	0.0859	0.0276	0.1649	0.1781	0.1649	0.1007	0.0674	0.1283	0.0674	0.086
chr3R	9934131	9934384	chr3R:9934132-9934384	FBgn0038202	CG12402	stage11,stage14,stage5	none	Or88a_GAL4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2216	0.1486	0.2886	0.2296	0.0901	0.217	0.1107	0.2165	0.0901	0.3847	0.3016	0.3847	0.2672	0.2358	0.2276	0.2358	0.2574
chr3R	9942581	9942732	chr3R:9942582-9942732	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0136	0.0128	0.0131	0.0053	0.0126	0.0208	0.016	0.0053	0.0175	0.0129	0.0175	0.0139	0.0069	0.0135	0.0069	0.012
chr3R	9947816	9947993	chr3R:9947817-9947993	FBgn0020510,FBgn0038206	Abi,twf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0404	0.0766	0.0635	0.017	0.049	0.048	0.052	0.017	0.093	0.0836	0.093	0.0837	0.0689	0.0625	0.0689	0.0818
chr3R	9948064	9948233	chr3R:9948065-9948233	FBgn0020510,FBgn0038206	Abi,twf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1251	0.0953	0.1544	0.126	0.0604	0.1175	0.0999	0.1312	0.0604	0.1944	0.1656	0.1944	0.1572	0.1462	0.1348	0.1462	0.1558
chr3R	9948288	9948456	chr3R:9948289-9948456	FBgn0020510,FBgn0038206	Abi,twf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.1079	0.1529	0.1305	0.0806	0.1204	0.1211	0.1439	0.0806	0.1902	0.164	0.1902	0.1681	0.1593	0.1264	0.1593	0.1787
chr3R	9948576	9948745	chr3R:9948577-9948745	FBgn0020510,FBgn0038206	Abi,twf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0542	0.0436	0.0657	0.0533	0.0244	0.0534	0.0502	0.0586	0.0244	0.0743	0.0688	0.0743	0.0759	0.059	0.0438	0.059	0.087
chr3R	9950851	9951102	chr3R:9950852-9951102	FBgn0010340,FBgn0262955	140up,RpII140	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0626	0.0956	0.0684	0.0456	0.0684	0.0787	0.0706	0.0456	0.1081	0.1077	0.1081	0.0999	0.0712	0.0664	0.0712	0.0891
chr3R	9951182	9951350	chr3R:9951183-9951350	FBgn0010340,FBgn0262955	140up,RpII140	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1157	0.1011	0.1398	0.1057	0.0721	0.1248	0.1163	0.1166	0.0721	0.1612	0.1453	0.1612	0.1611	0.1133	0.1135	0.1133	0.1329
chr3R	9951421	9951615	chr3R:9951422-9951615	FBgn0010340,FBgn0262955	140up,RpII140	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1047	0.0923	0.1283	0.0927	0.0594	0.1194	0.1021	0.1126	0.0594	0.1582	0.1328	0.1582	0.1294	0.0896	0.0986	0.0896	0.1178
chr3R	9951654	9951846	chr3R:9951655-9951846	FBgn0010340,FBgn0262955	140up,RpII140	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0527	0.0497	0.0684	0.0389	0.0297	0.0641	0.058	0.0573	0.0297	0.0876	0.072	0.0876	0.0643	0.0375	0.0438	0.0375	0.0453
chr3R	9966782	9966933	chr3R:9966783-9966933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0079	0.009	0.0121	0.0021	0.0058	0.0164	0.0067	0.0021	0.0103	0.0116	0.0103	0.0062	0.0069	0.009	0.0069	0.0031
chr3R	10040512	10040663	chr3R:10040513-10040663	FBgn0011582	DopR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0116	0.0104	0.0117	0.0106	0.0126	0.0195	0.0073	0.0106	0.0175	0.008	0.0175	0.0139	0.0046	0.0064	0.0046	0.0099
chr3R	10085402	10085588	chr3R:10085403-10085588	FBgn0027083	Aats-met	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0482	0.0437	0.0391	0.0339	0.0578	0.0597	0.048	0.0339	0.0574	0.0498	0.0574	0.0403	0.0482	0.038	0.0482	0.049
chr3R	10085659	10085827	chr3R:10085660-10085827	FBgn0027083	Aats-met	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0773	0.0815	0.0801	0.0695	0.0615	0.101	0.0865	0.0926	0.0615	0.0936	0.0926	0.0936	0.0837	0.0819	0.0729	0.0819	0.0912
chr3R	10088691	10088842	chr3R:10088692-10088842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0304	0.0204	0.0093	0.0308	0.0243	0.0476	0.0253	0.0308	0.0217	0.0244	0.0217	0.0178	0.0069	0.0084	0.0069	0.0104
chr3R	10090715	10090866	chr3R:10090716-10090866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.022	0.0335	0.0209	0.0104	0.0244	0.0189	0.0627	0.0333	0.0244	0.0187	0.0248	0.0187	0.0194	0.01	0.0084	0.01	0.0068
chr3R	10091208	10091359	chr3R:10091209-10091359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0323	0.0218	0.0106	0.0308	0.0155	0.0567	0.0393	0.0308	0.0217	0.0277	0.0217	0.0132	0.0123	0.0123	0.0123	0.0068
chr3R	10096598	10096749	chr3R:10096599-10096749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0322	0.0232	0.0114	0.0191	0.0233	0.0515	0.0393	0.0191	0.0217	0.0293	0.0217	0.0147	0.0153	0.0155	0.0153	0.0089
chr3R	10103533	10103771	chr3R:10103534-10103771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0807	0.1252	0.0761	0.0361	0.1103	0.1083	0.1462	0.1865	0.1103	0.0731	0.1084	0.0731	0.0349	0.0138	0.0245	0.0138	0.013
chr3R	10103881	10104069	chr3R:10103882-10104069	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1137	0.1514	0.1353	0.0479	0.1071	0.1432	0.1721	0.2365	0.1071	0.1504	0.1894	0.1504	0.0651	0.0222	0.0554	0.0222	0.0182
chr3R	10104347	10104709	chr3R:10104348-10104709	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.257	0.2957	0.3135	0.1517	0.2344	0.3549	0.3002	0.3904	0.2344	0.4118	0.4039	0.4118	0.1681	0.1608	0.1921	0.1608	0.0693
chr3R	10104801	10104962	chr3R:10104802-10104962	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1267	0.1486	0.1489	0.0778	0.123	0.1573	0.1605	0.2079	0.123	0.1697	0.2032	0.1697	0.0705	0.0536	0.1012	0.0536	0.0271
chr3R	10105084	10105267	chr3R:10105085-10105267	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0628	0.0709	0.0685	0.0473	0.0562	0.0748	0.0843	0.0893	0.0562	0.0664	0.0852	0.0664	0.0372	0.026	0.0438	0.026	0.024
chr3R	10108470	10108654	chr3R:10108471-10108654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0616	0.053	0.0789	0.0521	0.0339	0.0597	0.0636	0.0666	0.0339	0.064	0.1286	0.064	0.0287	0.0658	0.0883	0.0658	0.0323
chr3R	10109176	10109428	chr3R:10109177-10109428	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0874	0.1193	0.0662	0.0749	0.1071	0.0782	0.1886	0.1366	0.1071	0.0423	0.0936	0.0423	0.0658	0.0965	0.1464	0.0965	0.0505
chr3R	10109685	10110162	chr3R:10109686-10110162	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1216	0.1395	0.1171	0.1067	0.1039	0.1291	0.1739	0.1932	0.1039	0.0912	0.165	0.0912	0.0922	0.1547	0.176	0.1547	0.0651
chr3R	10111001	10111152	chr3R:10111002-10111152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0836	0.0647	0.0522	0.0604	0.0893	0.1112	0.0919	0.0604	0.0586	0.0698	0.0586	0.0782	0.0429	0.0651	0.0429	0.0683
chr3R	10112186	10112393	chr3R:10112187-10112393	FBgn0003862	trx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.28	0.2758	0.3212	0.2395	0.2089	0.3296	0.3162	0.3158	0.2089	0.3822	0.3399	0.3822	0.2982	0.2534	0.2469	0.2534	0.2579
chr3R	10112541	10112731	chr3R:10112542-10112731	FBgn0003862	trx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1939	0.1842	0.2266	0.1689	0.14	0.199	0.2292	0.2052	0.14	0.2729	0.2415	0.2729	0.213	0.1792	0.1773	0.1792	0.1907
chr3R	10114798	10115027	chr3R:10114799-10115027	FBgn0038220	CG12207	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0511	0.0193	0.0425	0.0959	0.0021	0.0277	0.026	0.018	0.0021	0.0296	0.0444	0.0296	0.0945	0.036	0.1257	0.036	0.2142
chr3R	10115997	10116148	chr3R:10115998-10116148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0227	0.0212	0.0201	0.0274	0.0064	0.0146	0.0376	0.0247	0.0064	0.0157	0.0206	0.0157	0.0356	0.0168	0.0155	0.0168	0.0662
chr3R	10123524	10123743	chr3R:10123525-10123743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.063	0.0481	0.0786	0.0627	0.0308	0.0583	0.0567	0.0573	0.0308	0.0833	0.092	0.0833	0.0829	0.0651	0.0761	0.0651	0.0803
chr3R	10123828	10124003	chr3R:10123829-10124003	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.16	0.1257	0.1982	0.1564	0.0785	0.1583	0.1311	0.1592	0.0785	0.2337	0.2338	0.2337	0.1952	0.1708	0.1831	0.1708	0.1871
chr3R	10124083	10124262	chr3R:10124084-10124262	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1269	0.0677	0.182	0.1327	0.0255	0.1073	0.0588	0.0873	0.0255	0.221	0.2148	0.221	0.1882	0.1539	0.1554	0.1539	0.1595
chr3R	10124303	10124467	chr3R:10124304-10124467	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0661	0.0384	0.0904	0.0706	0.017	0.0519	0.0372	0.0573	0.017	0.122	0.1023	0.122	0.0844	0.0965	0.0812	0.0965	0.0787
chr3R	10125631	10125782	chr3R:10125632-10125782	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0161	0.0275	0.0152	0.0064	0.0136	0.0238	0.0207	0.0064	0.0199	0.0232	0.0199	0.0689	0.0115	0.0135	0.0115	0.0255
chr3R	10133782	10134153	chr3R:10133783-10134153	FBgn0003567	su(Hw)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1919	0.1732	0.252	0.1466	0.1124	0.216	0.1894	0.2258	0.1124	0.3068	0.2814	0.3068	0.268	0.1769	0.1728	0.1769	0.1996
chr3R	10134221	10134415	chr3R:10134222-10134415	FBgn0003567,FBgn0004855	RpII15,su(Hw)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.177	0.1623	0.2099	0.1575	0.1283	0.1956	0.1778	0.2025	0.1283	0.2663	0.2312	0.2663	0.2053	0.1784	0.158	0.1784	0.2064
chr3R	10134689	10134866	chr3R:10134690-10134866	FBgn0003567,FBgn0004855	RpII15,su(Hw)	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1415	0.128	0.1652	0.1305	0.0806	0.1515	0.1518	0.1606	0.0806	0.2089	0.1868	0.2089	0.1503	0.16	0.1167	0.16	0.1615
chr3R	10134951	10135102	chr3R:10134952-10135102	FBgn0004855	RpII15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0565	0.0597	0.0709	0.0372	0.0265	0.066	0.0817	0.0693	0.0265	0.0942	0.0804	0.0942	0.0511	0.0368	0.0393	0.0368	0.0453
chr3R	10137187	10137338	chr3R:10137188-10137338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0171	0.0299	0.0262	0.0042	0.0214	0.0203	0.0247	0.0042	0.0248	0.0447	0.0248	0.0263	0.0222	0.0671	0.0222	0.0193
chr3R	10141174	10141406	chr3R:10141175-10141406	FBgn0011474	pr-set7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0416	0.061	0.0398	0.0212	0.0476	0.0519	0.046	0.0212	0.0821	0.0682	0.0821	0.0612	0.049	0.0458	0.049	0.0495
chr3R	10141664	10141835	chr3R:10141665-10141835	FBgn0011474	pr-set7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1649	0.171	0.19	0.1306	0.1315	0.1811	0.215	0.1999	0.1315	0.2373	0.2109	0.2373	0.1627	0.1478	0.1386	0.1478	0.1563
chr3R	10141938	10142117	chr3R:10141939-10142117	FBgn0011474	pr-set7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1622	0.1793	0.1821	0.1212	0.1474	0.1874	0.2327	0.2012	0.1474	0.2373	0.1875	0.2373	0.1805	0.1248	0.136	0.1248	0.1506
chr3R	10145590	10145811	chr3R:10145591-10145811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0619	0.0529	0.0248	0.0276	0.0621	0.0787	0.0813	0.0276	0.0519	0.0608	0.0519	0.0596	0.0214	0.0232	0.0214	0.0339
chr3R	10146445	10146639	chr3R:10146446-10146639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0433	0.0551	0.0467	0.0265	0.0456	0.0655	0.0619	0.0673	0.0456	0.0525	0.0511	0.0525	0.0263	0.0184	0.0116	0.0184	0.0245
chr3R	10152062	10152253	chr3R:10152063-10152253	FBgn0038223,FBgn0038224	Afti,CG3321	stage11,stage14,stage5	none	VT41498.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1519	0.1314	0.1919	0.131	0.0785	0.1646	0.1285	0.1885	0.0785	0.2005	0.236	0.2005	0.1766	0.1462	0.1683	0.1462	0.1235
chr3R	10152294	10152472	chr3R:10152295-10152472	FBgn0038223,FBgn0038224	Afti,CG3321	stage11,stage14,stage5	none	VT41498.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1371	0.1215	0.164	0.1251	0.0827	0.1592	0.1168	0.1632	0.0827	0.1733	0.2013	0.1733	0.151	0.1386	0.1509	0.1386	0.1214
chr3R	10152684	10152861	chr3R:10152685-10152861	FBgn0038223,FBgn0038224	Afti,CG3321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1434	0.1142	0.1775	0.1387	0.07	0.1461	0.1293	0.1339	0.07	0.2168	0.1977	0.2168	0.1689	0.1432	0.1509	0.1432	0.1694
chr3R	10153022	10153199	chr3R:10153023-10153199	FBgn0038224	CG3321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0741	0.058	0.097	0.067	0.0201	0.0718	0.064	0.0813	0.0201	0.1159	0.1087	0.1159	0.1038	0.0704	0.0651	0.0704	0.0938
chr3R	10153272	10153453	chr3R:10153273-10153453	FBgn0003480	spn-B	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0938	0.0652	0.127	0.0894	0.035	0.0811	0.0696	0.0899	0.035	0.1679	0.1386	0.1679	0.1332	0.1103	0.0838	0.1103	0.1277
chr3R	10153646	10153839	chr3R:10153647-10153839	FBgn0003480	spn-B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0541	0.1023	0.0721	0.0286	0.067	0.0545	0.0799	0.0286	0.1437	0.0997	0.1437	0.1294	0.0835	0.0722	0.0835	0.1047
chr3R	10157329	10157480	chr3R:10157330-10157480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.015	0.0112	0.0114	0.0233	0.0032	0.0121	0.0169	0.0113	0.0032	0.0223	0.0077	0.0223	0.0116	0.0796	0.009	0.0796	0.0104
chr3R	10157974	10158125	chr3R:10157975-10158125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0224	0.0172	0.0228	0.0276	0.0074	0.0209	0.0234	0.0193	0.0074	0.0308	0.028	0.0308	0.0108	0.0873	0.0174	0.0873	0.0162
chr3R	10158381	10158532	chr3R:10158382-10158532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0254	0.0161	0.0239	0.0375	0.0053	0.0252	0.0208	0.012	0.0053	0.0537	0.0161	0.0537	0.0186	0.1462	0.0168	0.1462	0.0146
chr3R	10158766	10158917	chr3R:10158767-10158917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0191	0.015	0.0146	0.0288	0.0064	0.018	0.0199	0.0133	0.0064	0.0217	0.0148	0.0217	0.0077	0.098	0.0097	0.098	0.0135
chr3R	10163818	10163969	chr3R:10163819-10163969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0129	0.0103	0.0105	0.0184	0.0032	0.0107	0.0182	0.0053	0.0032	0.0181	0.0093	0.0181	0.0124	0.059	0.0084	0.059	0.012
chr3R	10172635	10172817	chr3R:10172636-10172817	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0986	0.0719	0.1086	0.1175	0.0424	0.0883	0.0869	0.0799	0.0424	0.128	0.1119	0.128	0.1325	0.1332	0.0716	0.1332	0.1266
chr3R	10172840	10172991	chr3R:10172841-10172991	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0512	0.033	0.0485	0.0744	0.0212	0.0388	0.0454	0.032	0.0212	0.0592	0.0453	0.0592	0.0519	0.0766	0.0297	0.0766	0.0526
chr3R	10177080	10177231	chr3R:10177081-10177231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.018	0.0092	0.0183	0.0274	0.0053	0.0092	0.0143	0.008	0.0053	0.0266	0.0141	0.0266	0.0108	0.0253	0.0064	0.0253	0.0094
chr3R	10177531	10177717	chr3R:10177532-10177717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.015	0.0315	0.0324	0.0032	0.0184	0.019	0.014	0.0032	0.0266	0.0232	0.0266	0.0132	0.0161	0.0084	0.0161	0.0125
chr3R	10180000	10180155	chr3R:10180001-10180155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0144	0.0093	0.0099	0.0251	0	0.0092	0.0182	0.0053	0	0.0127	0.0087	0.0127	0.0093	0.0467	0.0129	0.0467	0.0224
chr3R	10187378	10187937	chr3R:10187379-10187937	FBgn0051320	CG31320	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0537	0.0852	0.0971	0.017	0.0762	0.0744	0.0413	0.017	0.0513	0.0598	0.0513	0.2618	0.0482	0.0774	0.0482	0.2157
chr3R	10188596	10189237	chr3R:10188597-10189237	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0869	0.0955	0.0973	0.0659	0.0562	0.0961	0.1527	0.0853	0.0562	0.0592	0.1225	0.0592	0.1177	0.0521	0.0909	0.0521	0.0677
chr3R	10189304	10189466	chr3R:10189305-10189466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0285	0.0188	0.0171	0.0138	0.0325	0.0458	0.0233	0.0138	0.0223	0.0209	0.0223	0.0186	0.0168	0.0226	0.0168	0.0214
chr3R	10190068	10190219	chr3R:10190069-10190219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.011	0.017	0.028	0.0032	0.0126	0.0195	0.008	0.0032	0.0169	0.0161	0.0169	0.0287	0.0176	0.0251	0.0176	0.0604
chr3R	10195222	10195511	chr3R:10195223-10195511	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.075	0.0705	0.0688	0.0869	0.0467	0.0971	0.0852	0.064	0.0467	0.1027	0.0637	0.1027	0.0775	0.1485	0.0838	0.1485	0.0844
chr3R	10195692	10196331	chr3R:10195693-10196331	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1972	0.1609	0.2022	0.2323	0.1389	0.166	0.2301	0.1439	0.1389	0.2488	0.1675	0.2488	0.2703	0.33	0.1915	0.33	0.2423
chr3R	10198436	10198587	chr3R:10198437-10198587	FBgn0024321	NK7.1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.045	0.0444	0.0467	0.0439	0.018	0.0534	0.0519	0.058	0.018	0.0809	0.0453	0.0809	0.0411	0.1018	0.0316	0.1018	0.0365
chr3R	10198640	10198937	chr3R:10198641-10198937	FBgn0024321	NK7.1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1092	0.0923	0.1052	0.1324	0.0467	0.1068	0.1142	0.1059	0.0467	0.151	0.1045	0.151	0.11	0.245	0.0974	0.245	0.1355
chr3R	10199173	10199582	chr3R:10199174-10199582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.161	0.1276	0.1699	0.1886	0.0933	0.1374	0.1696	0.1359	0.0933	0.1987	0.1891	0.1987	0.189	0.2917	0.1657	0.2917	0.2006
chr3R	10203298	10203449	chr3R:10203299-10203449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0163	0.0155	0.016	0.0177	0	0.0252	0.0182	0.0127	0	0.026	0.0141	0.026	0.0108	0.0191	0.0045	0.0191	0.012
chr3R	10207767	10207918	chr3R:10207768-10207918	FBgn0038225	soti	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0163	0.0083	0.0159	0.0258	0	0.0121	0.0121	0.0087	0	0.0278	0.0125	0.0278	0.0155	0.0413	0.009	0.0413	0.0224
chr3R	10208130	10208386	chr3R:10208131-10208386	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0712	0.0408	0.0898	0.0847	0.0127	0.0592	0.0446	0.05	0.0127	0.1045	0.0855	0.1045	0.1139	0.1279	0.0361	0.1279	0.0787
chr3R	10208782	10208933	chr3R:10208783-10208933	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0169	0.0168	0.0355	0.0117	0.0155	0.0264	0.016	0.0117	0.0115	0.0196	0.0115	0.0155	0.0291	0.0077	0.0291	0.0156
chr3R	10209942	10210163	chr3R:10209943-10210163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0262	0.0142	0.0225	0.0436	0.0021	0.0286	0.0143	0.0093	0.0021	0.0465	0.0196	0.0465	0.0178	0.1769	0.0155	0.1769	0.0125
chr3R	10210774	10210925	chr3R:10210775-10210925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.015	0.0225	0.0284	0.0053	0.018	0.0229	0.0133	0.0053	0.032	0.0225	0.032	0.0232	0.0551	0.0438	0.0551	0.0229
chr3R	10211088	10211298	chr3R:10211089-10211298	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0133	0.027	0.0365	0.0064	0.015	0.019	0.0147	0.0064	0.0362	0.0318	0.0362	0.0194	0.0658	0.0522	0.0658	0.0318
chr3R	10211580	10211837	chr3R:10211581-10211837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0385	0.0189	0.043	0.0554	0.0053	0.0296	0.0238	0.018	0.0053	0.0719	0.0402	0.0719	0.0287	0.1585	0.0438	0.1585	0.0386
chr3R	10212201	10212428	chr3R:10212202-10212428	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0398	0.0147	0.0385	0.0692	0.0032	0.0296	0.016	0.008	0.0032	0.0664	0.0376	0.0664	0.0302	0.2029	0.0535	0.2029	0.0563
chr3R	10216775	10216956	chr3R:10216776-10216956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0306	0.0207	0.0349	0.0369	0.0074	0.0252	0.0294	0.022	0.0074	0.0429	0.0383	0.0429	0.0387	0.0513	0.0406	0.0513	0.0448
chr3R	10217060	10217241	chr3R:10217061-10217241	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1225	0.0839	0.1591	0.1253	0.0445	0.1102	0.0956	0.1046	0.0445	0.2023	0.1685	0.2023	0.165	0.1608	0.1264	0.1608	0.1574
chr3R	10217471	10217798	chr3R:10217472-10217798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0417	0.0333	0.0486	0.0436	0.0212	0.0485	0.0437	0.0227	0.0212	0.0598	0.0547	0.0598	0.0457	0.049	0.0529	0.049	0.0651
chr3R	10218575	10218726	chr3R:10218576-10218726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0256	0.0204	0.0324	0.0238	0.0074	0.0296	0.0247	0.02	0.0074	0.0374	0.036	0.0374	0.0442	0.0253	0.0309	0.0253	0.0365
chr3R	10222371	10222522	chr3R:10222372-10222522	FBgn0262327	mir-2281	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0171	0.012	0.0168	0.0231	0.0032	0.0184	0.0156	0.0107	0.0032	0.0187	0.0164	0.0187	0.0225	0.059	0.0193	0.059	0.0224
chr3R	10231206	10231357	chr3R:10231207-10231357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0118	0.0162	0.0167	0.0064	0.0146	0.0177	0.01	0.0064	0.0205	0.0206	0.0205	0.0163	0.0276	0.0129	0.0276	0.0219
chr3R	10237732	10238083	chr3R:10237733-10238083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0367	0.025	0.0445	0.0411	0.0074	0.0408	0.0285	0.0233	0.0074	0.0658	0.0556	0.0658	0.0325	0.0329	0.0741	0.0329	0.061
chr3R	10238183	10238449	chr3R:10238184-10238449	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0317	0.0165	0.0336	0.0465	0.0074	0.0243	0.0208	0.0153	0.0074	0.038	0.0492	0.038	0.0294	0.0398	0.078	0.0398	0.0724
chr3R	10238493	10238644	chr3R:10238494-10238644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0101	0.0194	0.0263	0.0021	0.0146	0.0134	0.01	0.0021	0.029	0.0235	0.029	0.0201	0.0214	0.0355	0.0214	0.0495
chr3R	10238848	10238999	chr3R:10238849-10238999	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0134	0.0087	0.0151	0.0167	0.0011	0.016	0.0074	0.0093	0.0011	0.0181	0.0177	0.0181	0.0232	0.01	0.0193	0.01	0.0354
chr3R	10239408	10239573	chr3R:10239409-10239573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0237	0.014	0.0307	0.027	0.0085	0.0199	0.0147	0.016	0.0085	0.0513	0.0312	0.0513	0.0279	0.0467	0.0335	0.0467	0.0339
chr3R	10240609	10240760	chr3R:10240610-10240760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0173	0.0115	0.0214	0.0194	0.0042	0.017	0.0112	0.012	0.0042	0.029	0.0232	0.029	0.0256	0.0153	0.0374	0.0153	0.0214
chr3R	10241441	10241776	chr3R:10241442-10241776	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0526	0.027	0.0534	0.0804	0.0095	0.0485	0.0255	0.0233	0.0095	0.087	0.0505	0.087	0.0689	0.1708	0.0703	0.1708	0.098
chr3R	10243691	10243842	chr3R:10243692-10243842	FBgn0085417	CG34388	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0215	0.0128	0.035	0.0164	0.0021	0.0189	0.0151	0.0147	0.0021	0.0302	0.0534	0.0302	0.0294	0.0237	0.0206	0.0237	0.0188
chr3R	10248022	10248275	chr3R:10248023-10248275	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT41550.1	VT41550.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0209	0.0443	0.0362	0.0064	0.0306	0.0247	0.022	0.0064	0.0447	0.0608	0.0447	0.0395	0.0199	0.0825	0.0199	0.0453
chr3R	10248447	10248598	chr3R:10248448-10248598	distal	distal	none	none	VT41550.1	VT41550.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0162	0.0277	0.0258	0.0053	0.0228	0.0238	0.01	0.0053	0.0223	0.0395	0.0223	0.0256	0.0207	0.0651	0.0207	0.0224
chr3R	10252096	10252247	chr3R:10252097-10252247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0167	0.0121	0.0178	0.0207	0.0021	0.0209	0.0134	0.0113	0.0021	0.0205	0.0228	0.0205	0.0209	0.0176	0.0309	0.0176	0.0323
chr3R	10257145	10257386	chr3R:10257146-10257386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0278	0.0234	0.0359	0.0237	0.0021	0.035	0.0333	0.0187	0.0021	0.0411	0.0421	0.0411	0.0473	0.0184	0.0277	0.0184	0.0459
chr3R	10257551	10257952	chr3R:10257552-10257952	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0481	0.036	0.0586	0.0501	0.0148	0.0597	0.0411	0.0286	0.0148	0.09	0.0553	0.09	0.0829	0.0452	0.0651	0.0452	0.0902
chr3R	10258628	10258779	chr3R:10258629-10258779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.019	0.0127	0.0266	0.0177	0.0032	0.018	0.0125	0.018	0.0032	0.0332	0.0312	0.0332	0.0318	0.0168	0.02	0.0168	0.0281
chr3R	10260907	10261121	chr3R:10260908-10261121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0193	0.0266	0.0343	0.0021	0.0267	0.026	0.02	0.0021	0.0308	0.0312	0.0308	0.0333	0.0536	0.0406	0.0536	0.0474
chr3R	10261132	10261283	chr3R:10261133-10261283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0143	0.022	0.0226	0.0042	0.0194	0.0195	0.0133	0.0042	0.0296	0.0254	0.0296	0.0263	0.0352	0.0277	0.0352	0.0302
chr3R	10265641	10265792	chr3R:10265642-10265792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.017	0.0146	0.0187	0.018	0.0032	0.0218	0.0164	0.0167	0.0032	0.0266	0.0225	0.0266	0.0155	0.0329	0.0181	0.0329	0.0255
chr3R	10265800	10266305	chr3R:10265801-10266305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0455	0.0328	0.0525	0.0521	0.0117	0.0485	0.035	0.0393	0.0117	0.0694	0.0662	0.0694	0.0473	0.0773	0.0787	0.0773	0.0599
chr3R	10269635	10269786	chr3R:10269636-10269786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0163	0.0209	0.0203	0.0074	0.0262	0.0164	0.0147	0.0074	0.026	0.0225	0.026	0.0279	0.013	0.0077	0.013	0.0521
chr3R	10270050	10270201	chr3R:10270051-10270201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0259	0.0388	0.0246	0.0128	0.0117	0.0549	0.0454	0.0433	0.0117	0.0248	0.0302	0.0248	0.0271	0.013	0.0116	0.013	0.0214
chr3R	10270905	10271198	chr3R:10270906-10271198	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0369	0.0551	0.0363	0.0127	0.0602	0.0277	0.0573	0.0127	0.0423	0.0881	0.0423	0.0364	0.0191	0.0916	0.0191	0.0334
chr3R	10273095	10273341	chr3R:10273096-10273341	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0405	0.0237	0.0443	0.055	0.0095	0.0364	0.0221	0.0253	0.0095	0.0405	0.0511	0.0405	0.0782	0.0459	0.0683	0.0459	0.1084
chr3R	10273353	10273544	chr3R:10273354-10273544	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0362	0.0202	0.035	0.0554	0.0064	0.0311	0.0221	0.0193	0.0064	0.0344	0.0402	0.0344	0.0635	0.0368	0.0677	0.0368	0.1157
chr3R	10273918	10274200	chr3R:10273919-10274200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0413	0.0223	0.0448	0.0586	0.0085	0.0345	0.0242	0.0247	0.0085	0.0483	0.0572	0.0483	0.0534	0.0352	0.0799	0.0352	0.1152
chr3R	10279826	10280021	chr3R:10279827-10280021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0283	0.0174	0.0359	0.0322	0.0064	0.0286	0.0117	0.0233	0.0064	0.0338	0.055	0.0338	0.0263	0.0329	0.0593	0.0329	0.0391
chr3R	10280200	10280534	chr3R:10280201-10280534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0357	0.0288	0.0406	0.0382	0.0106	0.0364	0.0324	0.04	0.0106	0.0411	0.0569	0.0411	0.0333	0.0207	0.0735	0.0207	0.0563
chr3R	10280757	10280908	chr3R:10280758-10280908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0212	0.0284	0.0217	0.0125	0.0095	0.0325	0.0195	0.064	0.0095	0.0217	0.0293	0.0217	0.0155	0.0054	0.0232	0.0054	0.0193
chr3R	10281045	10281196	chr3R:10281046-10281196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0155	0.0204	0.017	0.0082	0.0053	0.0194	0.0134	0.054	0.0053	0.0193	0.0199	0.0193	0.0132	0.0084	0.0123	0.0084	0.012
chr3R	10281947	10282319	chr3R:10281948-10282319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0561	0.0506	0.0753	0.0412	0.0159	0.0888	0.0441	0.06	0.0159	0.1117	0.0804	0.1117	0.0651	0.0536	0.0632	0.0536	0.0479
chr3R	10282448	10282645	chr3R:10282449-10282645	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0461	0.0476	0.0661	0.0226	0.0191	0.084	0.0372	0.06	0.0191	0.1075	0.0643	0.1075	0.0666	0.0214	0.0387	0.0214	0.0307
chr3R	10282752	10283051	chr3R:10282753-10283051	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.08	0.0722	0.1181	0.0468	0.0159	0.1515	0.0476	0.0753	0.0159	0.1914	0.1122	0.1914	0.1441	0.0467	0.0722	0.0467	0.0615
chr3R	10283056	10283346	chr3R:10283057-10283346	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0582	0.04	0.0987	0.034	0.0053	0.0888	0.0251	0.0426	0.0053	0.1353	0.1151	0.1353	0.0821	0.0268	0.0567	0.0268	0.038
chr3R	10283448	10283599	chr3R:10283449-10283599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0214	0.0127	0.0393	0.0113	0	0.0282	0.0099	0.01	0	0.0755	0.0421	0.0755	0.0263	0.0092	0.0206	0.0092	0.0141
chr3R	10283832	10284096	chr3R:10283833-10284096	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0604	0.0328	0.1058	0.0414	0.0053	0.0752	0.0229	0.0266	0.0053	0.2609	0.0849	0.2609	0.072	0.0712	0.0458	0.0712	0.0552
chr3R	10284186	10284451	chr3R:10284187-10284451	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0567	0.0329	0.0929	0.0436	0.0064	0.0655	0.0251	0.038	0.0064	0.1624	0.0884	0.1624	0.1015	0.0544	0.0606	0.0544	0.0651
chr3R	10286706	10286857	chr3R:10286707-10286857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0184	0.0128	0.024	0.0185	0.0011	0.016	0.0173	0.014	0.0011	0.0296	0.0322	0.0296	0.0209	0.0145	0.0374	0.0145	0.0203
chr3R	10287929	10288089	chr3R:10287930-10288089	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0293	0.0431	0.0303	0.0128	0.0191	0.0607	0.0411	0.0593	0.0191	0.0338	0.0376	0.0338	0.0279	0.0092	0.0239	0.0092	0.0193
chr3R	10289307	10289458	chr3R:10289308-10289458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0193	0.016	0.0225	0.0195	0.0064	0.0257	0.0147	0.018	0.0064	0.0284	0.0228	0.0284	0.0287	0.0345	0.0193	0.0345	0.0271
chr3R	10290021	10290172	chr3R:10290022-10290172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0142	0.0202	0.0255	0.0032	0.0189	0.0177	0.014	0.0032	0.0223	0.019	0.0223	0.0395	0.0077	0.02	0.0077	0.0683
chr3R	10290278	10290429	chr3R:10290279-10290429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0189	0.0146	0.0222	0.0202	0.0032	0.0228	0.0169	0.0133	0.0032	0.0332	0.0167	0.0332	0.0372	0.0092	0.0135	0.0092	0.0516
chr3R	10291311	10291462	chr3R:10291312-10291462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0225	0.0147	0.0277	0.0255	0.0053	0.0243	0.0147	0.0153	0.0053	0.0326	0.0244	0.0326	0.0519	0.013	0.029	0.013	0.0558
chr3R	10291545	10291770	chr3R:10291546-10291770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0227	0.044	0.0376	0.0138	0.0388	0.0212	0.022	0.0138	0.0507	0.0405	0.0507	0.0658	0.0268	0.0387	0.0268	0.0771
chr3R	10292104	10292399	chr3R:10292105-10292399	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0624	0.0587	0.0942	0.0316	0.0223	0.1083	0.0446	0.0633	0.0223	0.1769	0.0688	0.1769	0.0488	0.0322	0.0264	0.0322	0.05
chr3R	10293020	10293262	chr3R:10293021-10293262	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0805	0.0829	0.1071	0.0486	0.0382	0.168	0.0532	0.0879	0.0382	0.2325	0.0833	0.2325	0.0674	0.0873	0.0451	0.0873	0.0641
chr3R	10293320	10293618	chr3R:10293321-10293618	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0574	0.0651	0.0728	0.0319	0.0297	0.1078	0.0523	0.0799	0.0297	0.1455	0.0678	0.1455	0.0434	0.0521	0.0355	0.0521	0.0386
chr3R	10293839	10293990	chr3R:10293840-10293990	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0322	0.0409	0.0376	0.0166	0.0085	0.0733	0.0368	0.0433	0.0085	0.0586	0.0389	0.0586	0.0364	0.0184	0.0193	0.0184	0.0208
chr3R	10294033	10294184	chr3R:10294034-10294184	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0396	0.0362	0.0157	0.0138	0.0607	0.032	0.0593	0.0138	0.0483	0.0431	0.0483	0.0279	0.0184	0.0226	0.0184	0.0182
chr3R	10294649	10294924	chr3R:10294650-10294924	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0463	0.0343	0.0651	0.039	0.0106	0.0553	0.0277	0.0473	0.0106	0.0954	0.0775	0.0954	0.0573	0.0406	0.0819	0.0406	0.0406
chr3R	10295003	10295154	chr3R:10295004-10295154	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.031	0.0213	0.0418	0.0301	0.0021	0.0335	0.0212	0.0293	0.0021	0.0598	0.0428	0.0598	0.0534	0.0429	0.049	0.0429	0.037
chr3R	10295404	10295573	chr3R:10295405-10295573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0469	0.0338	0.0713	0.0347	0.0053	0.0704	0.0272	0.03	0.0053	0.1455	0.0678	0.1455	0.0519	0.062	0.0451	0.062	0.0365
chr3R	10295720	10295935	chr3R:10295721-10295935	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0599	0.0548	0.0836	0.0394	0.0106	0.1029	0.042	0.0606	0.0106	0.1709	0.073	0.1709	0.0596	0.0727	0.0471	0.0727	0.0349
chr3R	10296019	10296170	chr3R:10296020-10296170	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.031	0.0344	0.04	0.0173	0.0095	0.0529	0.026	0.0473	0.0095	0.0592	0.0376	0.0592	0.0403	0.0176	0.0245	0.0176	0.0255
chr3R	10297007	10297158	chr3R:10297008-10297158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0208	0.0181	0.0236	0.0209	0.0032	0.0286	0.0177	0.022	0.0032	0.0223	0.0257	0.0223	0.0341	0.0092	0.0155	0.0092	0.0505
chr3R	10298806	10298969	chr3R:10298807-10298969	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0357	0.0277	0.0472	0.0322	0.0074	0.0442	0.0316	0.0247	0.0074	0.0429	0.0492	0.0429	0.1046	0.0153	0.0342	0.0153	0.0771
chr3R	10299209	10299360	chr3R:10299210-10299360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0287	0.041	0.0343	0.0085	0.0461	0.0294	0.0293	0.0085	0.0495	0.0424	0.0495	0.0666	0.0237	0.029	0.0237	0.0803
chr3R	10299889	10300064	chr3R:10299890-10300064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0439	0.0325	0.0577	0.0414	0.0042	0.0558	0.0333	0.0306	0.0042	0.0694	0.0508	0.0694	0.1208	0.0222	0.04	0.0222	0.0964
chr3R	10303141	10303292	chr3R:10303142-10303292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0415	0.0346	0.0613	0.0274	0.0127	0.0617	0.0268	0.0373	0.0127	0.0731	0.0614	0.0731	0.103	0.0314	0.0335	0.0314	0.0344
chr3R	10303365	10303516	chr3R:10303366-10303516	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0547	0.0572	0.0713	0.0337	0.018	0.0956	0.035	0.0859	0.018	0.0882	0.0791	0.0882	0.0906	0.0452	0.0387	0.0452	0.0479
chr3R	10303675	10303883	chr3R:10303676-10303883	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.1135	0.1279	0.0485	0.0361	0.1718	0.0683	0.2019	0.0361	0.1709	0.1859	0.1709	0.0666	0.0681	0.098	0.0681	0.0459
chr3R	10304053	10304410	chr3R:10304054-10304410	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1618	0.1109	0.2336	0.14	0.0361	0.2034	0.0809	0.1339	0.0361	0.4656	0.2463	0.4656	0.1518	0.3002	0.1844	0.3002	0.135
chr3R	10304659	10304876	chr3R:10304660-10304876	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0841	0.0327	0.1263	0.0954	0.0095	0.0621	0.0251	0.0353	0.0095	0.2802	0.1254	0.2802	0.0643	0.2067	0.1141	0.2067	0.1047
chr3R	10305613	10305764	chr3R:10305614-10305764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0483	0.0409	0.0694	0.0336	0.0159	0.0563	0.0458	0.052	0.0159	0.0664	0.0926	0.0664	0.0581	0.0283	0.0613	0.0283	0.0375
chr3R	10306056	10306279	chr3R:10306057-10306279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0497	0.0451	0.0646	0.0386	0.0159	0.0636	0.0458	0.06	0.0159	0.0688	0.0723	0.0688	0.0976	0.0391	0.0426	0.0391	0.0709
chr3R	10306653	10306804	chr3R:10306654-10306804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0729	0.0481	0.1018	0.0691	0.0138	0.0733	0.0484	0.0646	0.0138	0.1316	0.1154	0.1316	0.103	0.0812	0.0632	0.0812	0.1199
chr3R	10307034	10307236	chr3R:10307035-10307236	FBgn0086901	cv-c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0891	0.0708	0.1152	0.081	0.0371	0.1024	0.0718	0.0786	0.0371	0.1534	0.1244	0.1534	0.1255	0.0842	0.0754	0.0842	0.1475
chr3R	10307426	10307623	chr3R:10307427-10307623	FBgn0086901	cv-c	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2745	0.2757	0.3287	0.2136	0.2206	0.35	0.2721	0.3411	0.2206	0.4136	0.3566	0.4136	0.3168	0.2534	0.2585	0.2534	0.2913
chr3R	10308793	10308971	chr3R:10308794-10308971	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.072	0.0751	0.1114	0.0252	0.0392	0.0772	0.0709	0.1379	0.0392	0.0332	0.2206	0.0332	0.0658	0.0084	0.0787	0.0084	0.0141
chr3R	10310286	10310616	chr3R:10310287-10310616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0856	0.1415	0.0977	0.01	0.0944	0.118	0.1756	0.2239	0.0944	0.0242	0.1695	0.0242	0.127	0.0077	0.0219	0.0077	0.0073
chr3R	10318161	10318312	chr3R:10318162-10318312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0145	0.0115	0.0161	0.016	0.0021	0.0175	0.0138	0.012	0.0021	0.0199	0.0145	0.0199	0.0209	0.01	0.0168	0.01	0.0302
chr3R	10324027	10324266	chr3R:10324028-10324266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0263	0.0491	0.0203	0.0074	0.0382	0.033	0.0783	0.0553	0.0382	0.0169	0.0302	0.0169	0.0132	0.01	0.0064	0.01	0.0109
chr3R	10330352	10330503	chr3R:10330353-10330503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.014	0.025	0.0107	0.0054	0.0138	0.0097	0.0575	0.0167	0.0138	0.0079	0.017	0.0079	0.0093	0.0038	0.0129	0.0038	0.0052
chr3R	10336263	10336414	chr3R:10336264-10336414	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0273	0.0496	0.0207	0.0097	0.0329	0.0272	0.0973	0.046	0.0329	0.0229	0.0257	0.0229	0.0147	0.01	0.0103	0.01	0.0089
chr3R	10336568	10336719	chr3R:10336569-10336719	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0295	0.0424	0.0298	0.0148	0.0201	0.0262	0.0757	0.0526	0.0201	0.0296	0.0357	0.0296	0.0256	0.0207	0.0148	0.0207	0.0125
chr3R	10337179	10337347	chr3R:10337180-10337347	FBgn0038233,FBgn0038234	HtrA2,mRpL11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1919	0.16	0.243	0.1714	0.0976	0.1859	0.1886	0.1992	0.0976	0.3146	0.2682	0.3146	0.2239	0.1891	0.1831	0.1891	0.2038
chr3R	10337461	10337648	chr3R:10337462-10337648	FBgn0038233,FBgn0038234	HtrA2,mRpL11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.1213	0.193	0.1235	0.0817	0.132	0.1561	0.1419	0.0817	0.2331	0.2215	0.2331	0.1913	0.1286	0.1341	0.1286	0.148
chr3R	10339032	10339209	chr3R:10339033-10339209	FBgn0038235	CG8461	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.051	0.0703	0.0428	0.0339	0.0515	0.0688	0.0586	0.0339	0.0833	0.0765	0.0833	0.0852	0.0513	0.0374	0.0513	0.0578
chr3R	10339259	10339460	chr3R:10339260-10339460	FBgn0038235	CG8461	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.0977	0.1207	0.088	0.0626	0.1083	0.122	0.1199	0.0626	0.1461	0.1331	0.1461	0.1239	0.1011	0.0799	0.1011	0.1209
chr3R	10383128	10383306	chr3R:10383129-10383306	FBgn0038237	Pde6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0101	0.0212	0.0299	0.0011	0.0097	0.0164	0.0127	0.0011	0.0248	0.0177	0.0248	0.0403	0.023	0.0187	0.023	0.0625
chr3R	10383749	10384138	chr3R:10383750-10384138	FBgn0038237	Pde6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0453	0.0147	0.0298	0.0964	0.0053	0.0155	0.0251	0.014	0.0053	0.0229	0.0286	0.0229	0.0596	0.0812	0.078	0.0812	0.1496
chr3R	10384364	10384620	chr3R:10384365-10384620	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0253	0.0112	0.0176	0.0496	0.0032	0.0112	0.0212	0.0093	0.0032	0.0157	0.0183	0.0157	0.0256	0.0222	0.0574	0.0222	0.0761
chr3R	10393371	10393522	chr3R:10393372-10393522	FBgn0051313	CG31313	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0364	0.0485	0.036	0.0233	0.0286	0.0335	0.09	0.0473	0.0286	0.0205	0.0489	0.0205	0.0651	0.0214	0.0342	0.0214	0.037
chr3R	10393833	10394242	chr3R:10393834-10394242	FBgn0038243	CG8066	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.1157	0.1815	0.1091	0.0494	0.1251	0.1194	0.2963	0.2112	0.1251	0.0423	0.1785	0.0423	0.1394	0.0574	0.0787	0.0574	0.0615
chr3R	10394252	10394676	chr3R:10394253-10394676	FBgn0038243	CG8066	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.1428	0.0777	0.0804	0.1273	0.0845	0.2422	0.1546	0.1273	0.0386	0.1199	0.0386	0.11	0.0689	0.0999	0.0689	0.1475
chr3R	10394873	10395024	chr3R:10394874-10395024	FBgn0004629,FBgn0038243	CG8066,Cys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0523	0.078	0.0405	0.0365	0.0573	0.049	0.1311	0.0859	0.0573	0.0296	0.0637	0.0296	0.0449	0.0467	0.0561	0.0467	0.0464
chr3R	10395103	10395454	chr3R:10395104-10395454	FBgn0004629	Cys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.149	0.2106	0.1296	0.1015	0.1941	0.1568	0.295	0.2705	0.1941	0.096	0.2106	0.096	0.1224	0.1937	0.1618	0.1937	0.0886
chr3R	10395893	10396044	chr3R:10395894-10396044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0448	0.0588	0.0387	0.0359	0.0392	0.0529	0.0874	0.0633	0.0392	0.0429	0.0431	0.0429	0.062	0.0436	0.0329	0.0436	0.0646
chr3R	10396342	10397000	chr3R:10396343-10397000	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.116	0.2263	0.074	0.0389	0.2248	0.1311	0.3711	0.2438	0.2248	0.0918	0.0833	0.0918	0.0945	0.0605	0.0329	0.0605	0.0552
chr3R	10400614	10400817	chr3R:10400615-10400817	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1394	0.1216	0.1655	0.1305	0.0944	0.1427	0.1432	0.1426	0.0944	0.2458	0.1746	0.2458	0.1696	0.1876	0.1412	0.1876	0.1569
chr3R	10401042	10401216	chr3R:10401043-10401216	FBgn0038244	CG7987	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1532	0.1238	0.1774	0.1596	0.0848	0.1476	0.1341	0.1546	0.0848	0.2506	0.181	0.2506	0.2014	0.1907	0.1844	0.1907	0.1886
chr3R	10401276	10401473	chr3R:10401277-10401473	FBgn0038244	CG7987	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1011	0.0811	0.1227	0.0996	0.0488	0.1024	0.0913	0.0959	0.0488	0.1787	0.1264	0.1787	0.1549	0.1233	0.1148	0.1233	0.1115
chr3R	10401564	10401749	chr3R:10401565-10401749	FBgn0038244	CG7987	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1597	0.1413	0.1956	0.1408	0.0827	0.1709	0.16	0.1805	0.0827	0.2681	0.2109	0.2681	0.2231	0.1799	0.156	0.1799	0.1673
chr3R	10401851	10402074	chr3R:10401852-10402074	FBgn0038244	CG7987	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0425	0.0596	0.0383	0.0212	0.0505	0.0506	0.0546	0.0212	0.0773	0.0669	0.0773	0.072	0.0467	0.0522	0.0467	0.0422
chr3R	10402702	10403197	chr3R:10402703-10403197	FBgn0020299	stumps	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0884	0.0541	0.1085	0.1047	0.0201	0.0636	0.0792	0.0546	0.0201	0.1232	0.1103	0.1232	0.1836	0.2205	0.0941	0.2205	0.1308
chr3R	10405809	10405960	chr3R:10405810-10405960	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0219	0.0244	0.0301	0.0127	0.0301	0.0281	0.0167	0.0127	0.0441	0.0196	0.0441	0.0325	0.0758	0.0155	0.0758	0.0417
chr3R	10409392	10409605	chr3R:10409393-10409605	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0361	0.0277	0.0565	0.0231	0.0117	0.0558	0.0225	0.022	0.0117	0.1582	0.0338	0.1582	0.0364	0.0306	0.0142	0.0306	0.0448
chr3R	10409702	10409853	chr3R:10409703-10409853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0224	0.0177	0.032	0.0173	0.0032	0.032	0.0186	0.016	0.0032	0.0761	0.0196	0.0761	0.0302	0.0153	0.0077	0.0153	0.0386
chr3R	10411828	10411979	chr3R:10411829-10411979	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0359	0.0327	0.0551	0.0184	0.0064	0.0646	0.0316	0.0247	0.0064	0.1576	0.0357	0.1576	0.024	0.0429	0.0187	0.0429	0.0203
chr3R	10412731	10412882	chr3R:10412732-10412882	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0499	0.0941	0.0425	0.0088	0.0604	0.1243	0.1142	0.0919	0.0604	0.0761	0.0463	0.0761	0.0287	0.0199	0.0103	0.0199	0.0068
chr3R	10412959	10413150	chr3R:10412960-10413150	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0871	0.1715	0.0706	0.011	0.1442	0.1733	0.2253	0.1899	0.1442	0.0912	0.0916	0.0912	0.0442	0.026	0.0135	0.026	0.0083
chr3R	10415135	10415286	chr3R:10415136-10415286	distal	distal	stage11	stage11	stumps_ventralblastoderm	stumps_ventralblastoderm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0471	0.052	0.0704	0.0162	0.017	0.118	0.0298	0.0446	0.017	0.2089	0.0402	0.2089	0.0263	0.0299	0.0181	0.0299	0.0146
chr3R	10415467	10415718	chr3R:10415468-10415718	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	stumps_ventralblastoderm	stumps_ventralblastoderm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0856	0.12	0.1094	0.0212	0.053	0.2461	0.0813	0.1099	0.053	0.2808	0.0768	0.2808	0.0325	0.0452	0.0226	0.0452	0.0188
chr3R	10416281	10416526	chr3R:10416282-10416526	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	stumps_ventralblastoderm	stumps_ventralblastoderm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0777	0.0658	0.1053	0.0606	0.0265	0.1325	0.0536	0.0533	0.0265	0.1963	0.108	0.1963	0.0837	0.1708	0.0658	0.1708	0.038
chr3R	10416703	10416903	chr3R:10416704-10416903	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1491	0.1438	0.1895	0.1108	0.0785	0.249	0.138	0.1233	0.0785	0.3635	0.1791	0.3635	0.1611	0.2649	0.109	0.2649	0.1261
chr3R	10417172	10417393	chr3R:10417173-10417393	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1509	0.1504	0.1849	0.1142	0.1241	0.2529	0.1328	0.1352	0.1241	0.3539	0.1707	0.3539	0.172	0.2274	0.109	0.2274	0.1563
chr3R	10421306	10421458	chr3R:10421307-10421458	distal	distal	stage11	stage11	stumps_hbr_DME,stumps_hbr_Tracheal	stumps_hbr_DME,stumps_hbr_Tracheal	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.041	0.0375	0.0665	0.017	0.0223	0.0791	0.029	0.0193	0.0223	0.1938	0.0473	0.1938	0.0178	0.0345	0.0103	0.0345	0.0229
chr3R	10422267	10422463	chr3R:10422268-10422463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0413	0.0404	0.0453	0.038	0.0308	0.0767	0.0428	0.0167	0.0308	0.0658	0.0579	0.0658	0.0302	0.0283	0.0703	0.0283	0.0552
chr3R	10422557	10422708	chr3R:10422558-10422708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0318	0.0353	0.0393	0.0195	0.0276	0.0762	0.0298	0.01	0.0276	0.0833	0.0386	0.0833	0.0225	0.0161	0.0335	0.0161	0.0261
chr3R	10422740	10422891	chr3R:10422741-10422891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0314	0.0327	0.0434	0.017	0.017	0.0767	0.0247	0.0093	0.017	0.1099	0.037	0.1099	0.0209	0.0153	0.0239	0.0153	0.0281
chr3R	10423141	10423292	chr3R:10423142-10423292	distal	distal	none	none	stumps_hbr_early	stumps_hbr_early	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0293	0.0269	0.044	0.0159	0.0095	0.0694	0.019	0.008	0.0095	0.1618	0.0177	0.1618	0.0093	0.0283	0.0135	0.0283	0.025
chr3R	10423304	10423530	chr3R:10423305-10423530	distal	distal	none	none	stumps_hbr_early	stumps_hbr_early	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0422	0.0431	0.0557	0.0263	0.018	0.1053	0.0329	0.016	0.018	0.1751	0.0277	0.1751	0.0279	0.0544	0.0155	0.0544	0.036
chr3R	10423953	10424150	chr3R:10423954-10424150	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	stumps_hbr_early	stumps_hbr_early	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.079	0.076	0.089	0.0713	0.0509	0.1345	0.0792	0.0473	0.0509	0.163	0.0662	0.163	0.1123	0.0919	0.04	0.0919	0.1464
chr3R	10424639	10424790	chr3R:10424640-10424790	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0292	0.0288	0.0297	0.0291	0.0064	0.0689	0.0225	0.0133	0.0064	0.0519	0.0206	0.0519	0.048	0.0712	0.0181	0.0712	0.0354
chr3R	10425058	10425209	chr3R:10425059-10425209	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0298	0.0291	0.0263	0.0117	0.0646	0.0251	0.0173	0.0117	0.0731	0.0193	0.0731	0.0256	0.0735	0.0181	0.0735	0.0229
chr3R	10425581	10425732	chr3R:10425582-10425732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0261	0.0293	0.0265	0.022	0.0138	0.0641	0.0268	0.0147	0.0138	0.058	0.0164	0.058	0.0302	0.0551	0.0129	0.0551	0.0255
chr3R	10426099	10426250	chr3R:10426100-10426250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0229	0.0288	0.0217	0.0175	0.0201	0.065	0.0234	0.0067	0.0201	0.0332	0.0158	0.0332	0.031	0.01	0.0103	0.01	0.0438
chr3R	10427774	10427925	chr3R:10427775-10427925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.025	0.028	0.0236	0.0231	0.0117	0.0607	0.0225	0.0153	0.0117	0.0374	0.0209	0.0374	0.0325	0.0138	0.0174	0.0138	0.0594
chr3R	10429005	10429156	chr3R:10429006-10429156	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0247	0.0289	0.0284	0.016	0.0117	0.065	0.0225	0.014	0.0117	0.058	0.0222	0.058	0.0372	0.0237	0.0103	0.0237	0.0292
chr3R	10429791	10430065	chr3R:10429792-10430065	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.0495	0.0556	0.0214	0.0138	0.1155	0.0385	0.0266	0.0138	0.0447	0.0408	0.0447	0.1658	0.013	0.011	0.013	0.0532
chr3R	10434361	10434933	chr3R:10434362-10434933	FBgn0038246	CG14853	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0746	0.0742	0.0628	0.0879	0.0255	0.15	0.0683	0.0446	0.0255	0.0942	0.0624	0.0942	0.0775	0.0827	0.0503	0.0827	0.1371
chr3R	10435191	10435367	chr3R:10435192-10435367	FBgn0038246	CG14853	stage14	none	VT41655.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0241	0.0135	0.0176	0.0432	0.0011	0.0257	0.0169	0.0073	0.0011	0.0284	0.0138	0.0284	0.024	0.0413	0.0187	0.0413	0.0578
chr3R	10443906	10444057	chr3R:10443907-10444057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0184	0.0216	0.0231	0.0096	0.0085	0.0262	0.029	0.024	0.0085	0.0362	0.0215	0.0362	0.0209	0.0138	0.0097	0.0138	0.0125
chr3R	10449714	10449865	chr3R:10449715-10449865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0479	0.0349	0.0716	0.0363	0.0212	0.05	0.0389	0.0353	0.0212	0.1214	0.0723	0.1214	0.0658	0.0513	0.0471	0.0513	0.0349
chr3R	10450051	10450403	chr3R:10450052-10450403	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1876	0.1302	0.2726	0.1583	0.0636	0.217	0.1276	0.1239	0.0636	0.3901	0.3386	0.3901	0.2091	0.2228	0.2347	0.2228	0.1417
chr3R	10450606	10450757	chr3R:10450607-10450757	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0652	0.0419	0.0816	0.0734	0.0201	0.0534	0.0471	0.0566	0.0201	0.1105	0.099	0.1105	0.0767	0.0812	0.1051	0.0812	0.0839
chr3R	10450812	10451226	chr3R:10450813-10451226	FBgn0003169,FBgn0013981	His4r,put	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2096	0.1722	0.2539	0.2026	0.1103	0.2155	0.1791	0.2185	0.1103	0.3364	0.2801	0.3364	0.2672	0.2305	0.2321	0.2305	0.2616
chr3R	10451346	10451529	chr3R:10451347-10451529	FBgn0003169,FBgn0013981	His4r,put	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2039	0.1839	0.2386	0.1883	0.1283	0.2146	0.2016	0.2392	0.1283	0.2923	0.2688	0.2923	0.2184	0.2014	0.2192	0.2014	0.2251
chr3R	10451662	10452153	chr3R:10451663-10452153	FBgn0003169,FBgn0013981	His4r,put	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1545	0.1487	0.1829	0.1299	0.0954	0.1592	0.1856	0.1892	0.0954	0.2258	0.2119	0.2258	0.1619	0.121	0.1554	0.121	0.1303
chr3R	10454844	10455021	chr3R:10454845-10455021	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.034	0.0689	0.022	0.0082	0.0361	0.0447	0.0956	0.1126	0.0361	0.026	0.026	0.026	0.0132	0.0046	0.0077	0.0046	0.012
chr3R	10456014	10456210	chr3R:10456015-10456210	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0334	0.0548	0.0251	0.0185	0.0562	0.0364	0.0835	0.0626	0.0562	0.0199	0.035	0.0199	0.0163	0.01	0.0406	0.01	0.0109
chr3R	10467841	10468256	chr3R:10467842-10468256	FBgn0038248	CG7886	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0465	0.07	0.042	0.0251	0.0626	0.0636	0.1012	0.0653	0.0626	0.0501	0.0511	0.0501	0.0349	0.0199	0.0264	0.0199	0.0287
chr3R	10469073	10469224	chr3R:10469074-10469224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0251	0.0295	0.0232	0.0223	0.0308	0.0209	0.0398	0.0366	0.0308	0.0314	0.0244	0.0314	0.0209	0.0145	0.0142	0.0145	0.0505
chr3R	10471323	10471474	chr3R:10471324-10471474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0464	0.025	0.0155	0.0371	0.0393	0.0649	0.0606	0.0371	0.0254	0.0309	0.0254	0.0271	0.0123	0.0174	0.0123	0.0219
chr3R	10474696	10474885	chr3R:10474697-10474885	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0778	0.0283	0.015	0.0551	0.0597	0.1155	0.1019	0.0551	0.0284	0.0312	0.0284	0.0356	0.013	0.0142	0.013	0.0198
chr3R	10475144	10475449	chr3R:10475145-10475449	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1013	0.1423	0.0921	0.0656	0.1124	0.1097	0.2024	0.1865	0.1124	0.0622	0.1103	0.0622	0.1487	0.0482	0.098	0.0482	0.0985
chr3R	10475887	10476080	chr3R:10475888-10476080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0457	0.0363	0.0394	0.0361	0.0335	0.0597	0.0666	0.0361	0.026	0.0447	0.026	0.0473	0.0398	0.0251	0.0398	0.0568
chr3R	10476245	10476514	chr3R:10476246-10476514	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0807	0.0852	0.0806	0.0759	0.071	0.082	0.1116	0.1066	0.071	0.0707	0.1051	0.0707	0.0914	0.0858	0.0941	0.0858	0.0964
chr3R	10477189	10477340	chr3R:10477190-10477340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0527	0.0587	0.0538	0.0447	0.0339	0.0451	0.0744	0.0959	0.0339	0.0296	0.1003	0.0296	0.0294	0.026	0.1115	0.026	0.0453
chr3R	10478138	10478333	chr3R:10478139-10478333	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1418	0.2299	0.1377	0.0478	0.2471	0.1607	0.298	0.3158	0.2471	0.055	0.2463	0.055	0.0914	0.0199	0.1322	0.0199	0.0307
chr3R	10480444	10480669	chr3R:10480445-10480669	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.107	0.0608	0.1225	0.1415	0.0382	0.0757	0.0714	0.07	0.0382	0.1304	0.1395	0.1304	0.1596	0.1317	0.1541	0.1317	0.1709
chr3R	10480813	10480988	chr3R:10480814-10480988	FBgn0086686	l(3)L1231	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.214	0.1676	0.267	0.2078	0.1209	0.2136	0.1605	0.2278	0.1209	0.3303	0.299	0.3303	0.2703	0.2021	0.2295	0.2021	0.2475
chr3R	10481080	10481258	chr3R:10481081-10481258	FBgn0086686	l(3)L1231	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1992	0.1699	0.2482	0.1781	0.122	0.216	0.1786	0.2125	0.122	0.3128	0.2685	0.3128	0.2417	0.1677	0.2018	0.1677	0.2105
chr3R	10481341	10481514	chr3R:10481342-10481514	FBgn0086686	l(3)L1231	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1815	0.161	0.226	0.1554	0.1039	0.1951	0.186	0.1972	0.1039	0.2663	0.2511	0.2663	0.2231	0.1585	0.1605	0.1585	0.1787
chr3R	10481670	10481849	chr3R:10481671-10481849	FBgn0086686	l(3)L1231	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1152	0.1494	0.0883	0.0392	0.1456	0.1207	0.1666	0.0392	0.1437	0.1852	0.1437	0.1216	0.0827	0.1057	0.0827	0.0912
chr3R	10481994	10482192	chr3R:10481995-10482192	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.154	0.158	0.1808	0.1199	0.0827	0.2058	0.1548	0.2305	0.0827	0.1105	0.2598	0.1105	0.1425	0.0559	0.1792	0.0559	0.0724
chr3R	10482276	10482461	chr3R:10482277-10482461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0987	0.08	0.1302	0.0849	0.0371	0.1117	0.0826	0.0966	0.0371	0.1256	0.1611	0.1256	0.117	0.0735	0.1122	0.0735	0.0813
chr3R	10482569	10482746	chr3R:10482570-10482746	FBgn0038250	CG3505	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1537	0.1194	0.1916	0.1505	0.0583	0.1553	0.1341	0.1506	0.0583	0.2313	0.2164	0.2313	0.1789	0.1493	0.1734	0.1493	0.1845
chr3R	10483061	10483212	chr3R:10483062-10483212	FBgn0038250	CG3505	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0443	0.0307	0.0443	0.0596	0.0074	0.035	0.0407	0.038	0.0074	0.0477	0.0424	0.0477	0.0775	0.0322	0.0464	0.0322	0.1449
chr3R	10485042	10485222	chr3R:10485043-10485222	FBgn0038251	CG3508	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1043	0.1676	0.1278	0.0647	0.1354	0.0952	0.1452	0.0647	0.2029	0.1942	0.2029	0.1627	0.1531	0.1257	0.1531	0.1673
chr3R	10485301	10485480	chr3R:10485302-10485480	FBgn0038251	CG3508	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.0946	0.1358	0.1088	0.0657	0.1238	0.0839	0.1286	0.0657	0.1655	0.1576	0.1655	0.134	0.1455	0.1038	0.1455	0.1386
chr3R	10488597	10488999	chr3R:10488598-10488999	FBgn0025808,FBgn0038252	CG3509,Rad17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0638	0.072	0.0624	0.035	0.068	0.0727	0.0939	0.035	0.0821	0.0823	0.0821	0.0759	0.0674	0.0703	0.0674	0.0844
chr3R	10490983	10491134	chr3R:10490984-10491134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0258	0.0312	0.0287	0.0166	0.0127	0.0277	0.0441	0.04	0.0127	0.0356	0.0286	0.0356	0.0411	0.0191	0.02	0.0191	0.0261
chr3R	10491238	10491389	chr3R:10491239-10491389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0313	0.0245	0.0138	0.0117	0.0296	0.0428	0.0433	0.0117	0.0296	0.026	0.0296	0.0287	0.0161	0.0142	0.0161	0.0203
chr3R	10496665	10496912	chr3R:10496666-10496912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0401	0.0435	0.0565	0.0184	0.0148	0.065	0.0433	0.0553	0.0148	0.0374	0.0431	0.0374	0.1689	0.0084	0.0168	0.0084	0.0354
chr3R	10497425	10497826	chr3R:10497426-10497826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0424	0.0649	0.0365	0.0235	0.0392	0.065	0.08	0.0839	0.0392	0.035	0.0334	0.035	0.0372	0.0123	0.0174	0.0123	0.0182
chr3R	10498355	10498506	chr3R:10498356-10498506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0307	0.0354	0.0249	0.0138	0.0311	0.0381	0.0426	0.0138	0.0501	0.0415	0.0501	0.0294	0.023	0.0277	0.023	0.0313
chr3R	10498630	10498787	chr3R:10498631-10498787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0359	0.0327	0.0423	0.0324	0.0127	0.0379	0.0346	0.0493	0.0127	0.0779	0.0421	0.0779	0.0341	0.0436	0.0187	0.0436	0.0433
chr3R	10500444	10500606	chr3R:10500445-10500606	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0517	0.058	0.073	0.0214	0.0276	0.1073	0.048	0.0526	0.0276	0.2138	0.0395	0.2138	0.0411	0.0245	0.0142	0.0245	0.0292
chr3R	10500753	10501140	chr3R:10500754-10501140	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0958	0.1112	0.1154	0.0572	0.0636	0.1762	0.1064	0.1186	0.0636	0.2566	0.0949	0.2566	0.0682	0.1049	0.0458	0.1049	0.049
chr3R	10501214	10501397	chr3R:10501215-10501397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0421	0.0369	0.0444	0.0455	0.018	0.0447	0.0424	0.0453	0.018	0.087	0.0392	0.087	0.0372	0.108	0.0464	0.108	0.0339
chr3R	10501691	10501914	chr3R:10501692-10501914	distal	distal	stage14	stage14	VT41685.1	VT41685.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0528	0.0346	0.0571	0.0685	0.0117	0.0379	0.0446	0.046	0.0117	0.0972	0.0621	0.0972	0.048	0.1776	0.0632	0.1776	0.0677
chr3R	10503508	10503659	chr3R:10503509-10503659	distal	distal	stage11	stage11	VT41685.1	VT41685.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0223	0.0368	0.0295	0.0117	0.0238	0.0255	0.034	0.0117	0.0556	0.0482	0.0556	0.0232	0.0743	0.0387	0.0743	0.0156
chr3R	10503758	10504047	chr3R:10503759-10504047	distal	distal	stage11	stage11	VT41685.1	VT41685.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0523	0.0341	0.0735	0.0493	0.0085	0.0369	0.0433	0.05	0.0085	0.0664	0.1286	0.0664	0.0263	0.1041	0.0703	0.1041	0.0302
chr3R	10504336	10504487	chr3R:10504337-10504487	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0327	0.0297	0.0419	0.026	0.018	0.0272	0.0398	0.0406	0.018	0.0411	0.0669	0.0411	0.0186	0.0681	0.0297	0.0681	0.0146
chr3R	10505096	10505247	chr3R:10505097-10505247	distal	distal	stage5	stage5	VT41687.1	VT41687.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.1103	0.0194	0.0082	0.1092	0.0733	0.1099	0.2132	0.1092	0.0115	0.0283	0.0115	0.0101	0.0061	0.009	0.0061	0.0063
chr3R	10505320	10505585	chr3R:10505321-10505585	distal	distal	stage5	stage5	VT41687.1	VT41687.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0859	0.2096	0.0301	0.0088	0.2291	0.1417	0.2279	0.3598	0.2291	0.0229	0.0447	0.0229	0.0155	0.0069	0.0084	0.0069	0.0083
chr3R	10505813	10505980	chr3R:10505814-10505980	distal	distal	stage5	stage5	VT41687.1	VT41687.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.1016	0.0282	0.0072	0.0976	0.0714	0.1345	0.1446	0.0976	0.0199	0.0357	0.0199	0.0403	0.0038	0.0084	0.0038	0.0099
chr3R	10506041	10506283	chr3R:10506042-10506283	distal	distal	stage5	stage5	VT41687.1	VT41687.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0612	0.1081	0.0505	0.0205	0.0954	0.084	0.1362	0.1599	0.0954	0.0266	0.0559	0.0266	0.11	0.0145	0.02	0.0145	0.0334
chr3R	10506548	10506699	chr3R:10506549-10506699	distal	distal	none	none	VT41687.1	VT41687.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.036	0.0249	0.0135	0.0244	0.0228	0.045	0.0626	0.0244	0.0187	0.0264	0.0187	0.0511	0.0123	0.0116	0.0123	0.0255
chr3R	10507524	10507675	chr3R:10507525-10507675	distal	distal	none	none	VT41688.1	VT41688.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0251	0.0523	0.0159	0.0047	0.0424	0.0277	0.0593	0.1059	0.0424	0.0193	0.0222	0.0193	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr3R	10509401	10509662	chr3R:10509402-10509662	distal	distal	none	none	VT41689.1	VT41689.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0614	0.0321	0.0143	0.0467	0.0345	0.1016	0.0733	0.0467	0.0362	0.0441	0.0362	0.0217	0.0168	0.0135	0.0168	0.0188
chr3R	10511848	10512184	chr3R:10511849-10512184	distal	distal	stage5	stage5	VT41690.1	VT41690.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0538	0.08	0.0596	0.0181	0.0509	0.0796	0.0817	0.1266	0.0509	0.0924	0.0723	0.0924	0.0302	0.0145	0.0161	0.0145	0.0255
chr3R	10515100	10515251	chr3R:10515101-10515251	distal	distal	none	none	VT41692.1	VT41692.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0169	0.0155	0.0131	0.0227	0.0064	0.0146	0.0225	0.0167	0.0064	0.0169	0.0158	0.0169	0.0116	0.0168	0.0129	0.0168	0.0532
chr3R	10515897	10516214	chr3R:10515898-10516214	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT41692.1,VT41693.1	VT41692.1,VT41693.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.06	0.0379	0.0593	0.0855	0.0138	0.049	0.0428	0.046	0.0138	0.087	0.064	0.087	0.0674	0.1194	0.0606	0.1194	0.1709
chr3R	10517707	10517858	chr3R:10517708-10517858	distal	distal	none	none	VT41693.1,VT41694.1	VT41693.1,VT41694.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.0217	0.0259	0.0263	0.0148	0.0175	0.029	0.0286	0.0148	0.0326	0.0334	0.0326	0.0163	0.0314	0.0548	0.0314	0.0151
chr3R	10518280	10518624	chr3R:10518281-10518624	distal	distal	stage14	stage14	VT41694.1	VT41694.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0492	0.0749	0.0815	0.0392	0.0515	0.0623	0.058	0.0392	0.0954	0.0614	0.0954	0.0457	0.0957	0.0613	0.0957	0.0401
chr3R	10518632	10518783	chr3R:10518633-10518783	distal	distal	stage14	stage14	VT41694.1	VT41694.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0436	0.0353	0.0504	0.0455	0.0255	0.0301	0.0489	0.0446	0.0255	0.0471	0.0405	0.0471	0.0287	0.036	0.0303	0.036	0.0229
chr3R	10519216	10519392	chr3R:10519217-10519392	distal	distal	none	none	VT41694.1	VT41694.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0309	0.0468	0.0434	0.017	0.032	0.0359	0.0453	0.017	0.0459	0.0707	0.0459	0.0271	0.0168	0.1044	0.0168	0.036
chr3R	10522206	10522357	chr3R:10522207-10522357	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.057	0.0514	0.0283	0.0329	0.0675	0.0558	0.0873	0.0329	0.0707	0.055	0.0707	0.0442	0.0322	0.0284	0.0322	0.0339
chr3R	10522363	10522527	chr3R:10522364-10522527	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0553	0.0586	0.0628	0.0434	0.0286	0.0757	0.0619	0.0786	0.0286	0.0821	0.0643	0.0821	0.0503	0.0314	0.0406	0.0314	0.0537
chr3R	10522624	10522810	chr3R:10522625-10522810	FBgn0051314	Neu3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1476	0.1529	0.1685	0.1188	0.0997	0.1966	0.1535	0.1985	0.0997	0.1902	0.1923	0.1902	0.1441	0.1011	0.1231	0.1011	0.1391
chr3R	10522949	10523121	chr3R:10522950-10523121	FBgn0051314	Neu3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.26	0.243	0.3038	0.2307	0.1877	0.2908	0.2695	0.2911	0.1877	0.3671	0.3399	0.3671	0.282	0.2305	0.2521	0.2305	0.2621
chr3R	10523346	10523618	chr3R:10523347-10523618	FBgn0051314	Neu3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0804	0.0727	0.0975	0.0702	0.0361	0.1039	0.083	0.0733	0.0361	0.1322	0.1068	0.1322	0.0922	0.0605	0.0838	0.0605	0.0875
chr3R	10523766	10523917	chr3R:10523767-10523917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0308	0.0358	0.0294	0.0201	0.0413	0.0368	0.0306	0.0201	0.0562	0.035	0.0562	0.0387	0.0291	0.0348	0.0291	0.0448
chr3R	10529120	10529271	chr3R:10529121-10529271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0274	0.0209	0.012	0.0127	0.0398	0.0285	0.026	0.0127	0.0236	0.0209	0.0236	0.0263	0.0123	0.0135	0.0123	0.0188
chr3R	10531079	10531230	chr3R:10531080-10531230	distal	distal	none	none	VT41701.1	VT41701.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.022	0.016	0.023	0.0276	0.0095	0.0209	0.0186	0.0173	0.0095	0.0338	0.0219	0.0338	0.0318	0.0184	0.0303	0.0184	0.0578
chr3R	10532965	10533116	chr3R:10532966-10533116	distal	distal	none	none	VT41702.1	VT41702.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0229	0.0239	0.0274	0.0169	0.0138	0.0345	0.0264	0.024	0.0138	0.0393	0.0322	0.0393	0.0279	0.01	0.0361	0.01	0.0193
chr3R	10533426	10533577	chr3R:10533427-10533577	distal	distal	none	none	VT41702.1	VT41702.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0217	0.0216	0.0237	0.0196	0.0095	0.0296	0.0238	0.0227	0.0095	0.0332	0.0305	0.0332	0.0201	0.013	0.0419	0.013	0.0255
chr3R	10533606	10533861	chr3R:10533607-10533861	distal	distal	none	none	VT41702.1	VT41702.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0344	0.0325	0.0381	0.0323	0.0159	0.0471	0.0368	0.0333	0.0159	0.0441	0.0469	0.0441	0.038	0.0207	0.0741	0.0207	0.0386
chr3R	10533980	10534131	chr3R:10533981-10534131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0233	0.0246	0.0265	0.0185	0.0085	0.0316	0.0298	0.0286	0.0085	0.0356	0.0338	0.0356	0.0232	0.0123	0.0355	0.0123	0.0234
chr3R	10534907	10535125	chr3R:10534908-10535125	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0502	0.0299	0.0627	0.0592	0.0117	0.0485	0.0333	0.026	0.0117	0.0543	0.055	0.0543	0.1565	0.0283	0.0516	0.0283	0.1371
chr3R	10535291	10535475	chr3R:10535292-10535475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0233	0.0435	0.0648	0.0095	0.0374	0.0311	0.014	0.0095	0.0465	0.0322	0.0465	0.1115	0.0283	0.0619	0.0283	0.1412
chr3R	10539770	10540278	chr3R:10539771-10540278	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.3239	0.2621	0.4353	0.2707	0.1739	0.3893	0.2409	0.3065	0.1739	0.5779	0.4984	0.5779	0.4562	0.3836	0.3707	0.3836	0.359
chr3R	10540607	10540808	chr3R:10540608-10540808	distal	distal	stage14	stage14	VT41707.1	VT41707.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0707	0.0253	0.0924	0.0975	0.0095	0.0544	0.0199	0.022	0.0095	0.1473	0.0859	0.1473	0.1332	0.1623	0.0916	0.1623	0.1631
chr3R	10541564	10541807	chr3R:10541565-10541807	distal	distal	none	none	VT41707.1	VT41707.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0731	0.0846	0.0871	0.045	0.0583	0.1301	0.0874	0.0853	0.0583	0.1685	0.0907	0.1685	0.0558	0.0689	0.0671	0.0689	0.0485
chr3R	10541899	10542343	chr3R:10541900-10542343	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT41707.1	VT41707.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1664	0.1562	0.2089	0.1313	0.0891	0.2752	0.1492	0.1233	0.0891	0.3816	0.236	0.3816	0.1278	0.219	0.2482	0.219	0.1053
chr3R	10542629	10542794	chr3R:10542630-10542794	distal	distal	stage11	stage11	VT41707.1,VT41708.1	VT41707.1,VT41708.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0731	0.0507	0.1076	0.0603	0.0286	0.0835	0.045	0.0533	0.0286	0.2162	0.1196	0.2162	0.0496	0.0819	0.0986	0.0819	0.0615
chr3R	10542811	10543038	chr3R:10542812-10543038	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT41707.1,VT41708.1	VT41707.1,VT41708.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1111	0.1185	0.1362	0.0752	0.0944	0.1845	0.1155	0.1066	0.0944	0.2355	0.1614	0.2355	0.0821	0.0758	0.1348	0.0758	0.0912
chr3R	10543151	10543333	chr3R:10543152-10543333	distal	distal	stage5	stage5	VT41708.1	VT41708.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0772	0.1061	0.086	0.0352	0.0806	0.1801	0.1055	0.0799	0.0806	0.1667	0.0891	0.1667	0.0519	0.0421	0.0567	0.0421	0.0433
chr3R	10543509	10543660	chr3R:10543510-10543660	distal	distal	none	none	VT41708.1	VT41708.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0349	0.0586	0.0322	0.0114	0.0456	0.0675	0.0787	0.048	0.0456	0.064	0.0299	0.064	0.0209	0.0168	0.009	0.0168	0.0172
chr3R	10547523	10547674	chr3R:10547524-10547674	distal	distal	none	none	VT41710.1	VT41710.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0466	0.0622	0.0449	0.0311	0.0371	0.0956	0.0623	0.0666	0.0371	0.0809	0.036	0.0809	0.0418	0.0391	0.0387	0.0391	0.0365
chr3R	10548046	10548244	chr3R:10548047-10548244	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT41710.1,VT41711.1	VT41710.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1391	0.1499	0.1551	0.1096	0.1135	0.1743	0.17	0.1852	0.1135	0.2035	0.1688	0.2035	0.1433	0.1838	0.1515	0.1838	0.1261
chr3R	10549103	10549254	chr3R:10549104-10549254	distal	distal	stage11	none	VT41711.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0532	0.052	0.0704	0.0358	0.0276	0.0675	0.0541	0.07	0.0276	0.1165	0.0733	0.1165	0.0627	0.0521	0.0477	0.0521	0.0344
chr3R	10549509	10549699	chr3R:10549510-10549699	FBgn0262127	kibra	stage11,stage14,stage5	none	VT41711.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2198	0.1793	0.2923	0.1855	0.123	0.2466	0.1445	0.2578	0.123	0.3696	0.317	0.3696	0.3052	0.2228	0.2115	0.2228	0.2392
chr3R	10549883	10550076	chr3R:10549884-10550076	FBgn0262127	kibra	stage11,stage14,stage5	none	VT41711.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.2519	0.2242	0.3136	0.2152	0.141	0.3044	0.2154	0.2838	0.141	0.3883	0.3453	0.3883	0.3106	0.2343	0.2631	0.2343	0.2507
chr3R	10550153	10550344	chr3R:10550154-10550344	FBgn0262127	kibra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1354	0.1309	0.1674	0.1053	0.0848	0.165	0.1388	0.1592	0.0848	0.2198	0.1788	0.2198	0.1549	0.1003	0.136	0.1003	0.1152
chr3R	10556543	10556697	chr3R:10556544-10556697	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0237	0.014	0.0223	0.0359	0.0053	0.0189	0.0195	0.014	0.0053	0.0217	0.0225	0.0217	0.0325	0.023	0.0426	0.023	0.0683
chr3R	10556814	10556965	chr3R:10556815-10556965	FBgn0038256	CG7530	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0243	0.0199	0.0259	0.0273	0.0074	0.0311	0.0186	0.0247	0.0074	0.0284	0.0273	0.0284	0.0325	0.0337	0.0284	0.0337	0.0391
chr3R	10557027	10557222	chr3R:10557028-10557222	FBgn0038256	CG7530	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0348	0.0303	0.035	0.0395	0.0138	0.0476	0.0234	0.0406	0.0138	0.0332	0.0354	0.0332	0.0511	0.0322	0.0484	0.0322	0.0651
chr3R	10557255	10557441	chr3R:10557256-10557441	FBgn0038256	CG7530	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0352	0.027	0.033	0.0468	0.0148	0.0432	0.0281	0.0253	0.0148	0.0314	0.0389	0.0314	0.0449	0.0467	0.049	0.0467	0.0844
chr3R	10557617	10557937	chr3R:10557618-10557937	FBgn0038256	CG7530	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0447	0.0467	0.0518	0.0347	0.0244	0.0553	0.058	0.056	0.0244	0.055	0.0576	0.055	0.062	0.0276	0.0348	0.0276	0.0578
chr3R	10558910	10559130	chr3R:10558911-10559130	distal	distal	stage5	stage5	VT41717.1	VT41717.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0412	0.0462	0.0447	0.0318	0.0297	0.0413	0.0675	0.0513	0.0297	0.0453	0.0444	0.0453	0.0674	0.0214	0.0245	0.0214	0.0677
chr3R	10563737	10563936	chr3R:10563738-10563936	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT41720.1	VT41720.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1154	0.0385	0.1609	0.1512	0.0148	0.0704	0.0337	0.0346	0.0148	0.2162	0.1826	0.2162	0.1913	0.2159	0.1966	0.2159	0.186
chr3R	10564682	10564833	chr3R:10564683-10564833	distal	distal	none	none	VT41720.1	VT41720.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0778	0.045	0.1062	0.0831	0.0201	0.0752	0.0376	0.0553	0.0201	0.1341	0.126	0.1341	0.1046	0.098	0.0974	0.098	0.1058
chr3R	10564950	10565125	chr3R:10564951-10565125	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT41720.1	VT41720.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1935	0.13	0.2532	0.1991	0.0721	0.2005	0.1047	0.1779	0.0721	0.3188	0.2752	0.3188	0.2696	0.2221	0.205	0.2221	0.2465
chr3R	10565464	10566003	chr3R:10565465-10566003	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT41720.1	VT41720.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2256	0.2208	0.2673	0.1852	0.1697	0.2607	0.2426	0.2811	0.1697	0.3339	0.2949	0.3339	0.244	0.1891	0.196	0.1891	0.2298
chr3R	10566164	10566316	chr3R:10566165-10566316	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1416	0.1294	0.1708	0.1232	0.1018	0.1587	0.1328	0.1606	0.1018	0.2089	0.1971	0.2089	0.1433	0.1302	0.1425	0.1302	0.147
chr3R	10566470	10566657	chr3R:10566471-10566657	FBgn0011217	eff	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2886	0.2797	0.3232	0.2605	0.2333	0.3306	0.3041	0.3304	0.2333	0.4058	0.3373	0.4058	0.2936	0.2596	0.2489	0.2596	0.3121
chr3R	10566953	10567131	chr3R:10566954-10567131	FBgn0011217,FBgn0263929	eff,jvl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1955	0.1729	0.231	0.1817	0.123	0.2073	0.1894	0.2125	0.123	0.2693	0.2508	0.2693	0.2308	0.1708	0.1902	0.1708	0.2027
chr3R	10567221	10567423	chr3R:10567222-10567423	FBgn0011217,FBgn0263929	eff,jvl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1576	0.1423	0.1896	0.1397	0.1029	0.1597	0.167	0.1732	0.1029	0.212	0.2113	0.212	0.1782	0.1524	0.1412	0.1524	0.1615
chr3R	10567437	10567621	chr3R:10567438-10567621	FBgn0263929	jvl	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1176	0.1152	0.142	0.0936	0.07	0.1335	0.1302	0.1472	0.07	0.1721	0.1592	0.1721	0.1216	0.1003	0.0954	0.1003	0.1027
chr3R	10567734	10567929	chr3R:10567735-10567929	FBgn0263929	jvl	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0934	0.111	0.1027	0.0636	0.0541	0.118	0.1337	0.1512	0.0541	0.1371	0.1087	0.1371	0.0868	0.072	0.0651	0.072	0.0714
chr3R	10567952	10568130	chr3R:10567953-10568130	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0834	0.1134	0.0824	0.0511	0.0774	0.1175	0.1371	0.1486	0.0774	0.1039	0.091	0.1039	0.0767	0.049	0.0561	0.049	0.0688
chr3R	10573692	10573891	chr3R:10573693-10573891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0562	0.0364	0.0687	0.0648	0.017	0.0553	0.0407	0.038	0.017	0.0839	0.074	0.0839	0.0984	0.0406	0.0606	0.0406	0.1308
chr3R	10574385	10574572	chr3R:10574386-10574572	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.0737	0.1053	0.0659	0.0382	0.099	0.0709	0.0986	0.0382	0.1341	0.1334	0.1341	0.079	0.0896	0.0877	0.0896	0.0849
chr3R	10574657	10574848	chr3R:10574658-10574848	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1564	0.1422	0.186	0.1398	0.1113	0.1835	0.1285	0.1932	0.1113	0.2186	0.226	0.2186	0.1534	0.1861	0.1657	0.1861	0.1683
chr3R	10575022	10575204	chr3R:10575023-10575204	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2207	0.2036	0.2671	0.189	0.1601	0.2617	0.189	0.2672	0.1601	0.3388	0.2952	0.3388	0.2417	0.2236	0.2018	0.2236	0.2355
chr3R	10580345	10580496	chr3R:10580346-10580496	FBgn0038258	CG7362	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0272	0.0198	0.0117	0.017	0.035	0.0333	0.0266	0.017	0.0223	0.0219	0.0223	0.0279	0.0153	0.0097	0.0153	0.0151
chr3R	10580638	10580789	chr3R:10580639-10580789	FBgn0038258	CG7362	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0285	0.0189	0.0102	0.0191	0.0369	0.0329	0.0346	0.0191	0.0229	0.018	0.0229	0.0232	0.0077	0.0077	0.0077	0.013
chr3R	10584515	10584666	chr3R:10584516-10584666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0241	0.0284	0.0289	0.0141	0.0201	0.0223	0.0372	0.0406	0.0201	0.0495	0.0296	0.0495	0.0209	0.0214	0.0148	0.0214	0.0156
chr3R	10598753	10598998	chr3R:10598754-10598998	distal	distal	stage5	stage5	VT41739.1	VT41739.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0528	0.019	0.0131	0.0477	0.0291	0.0973	0.042	0.0477	0.0205	0.026	0.0205	0.0178	0.0191	0.0226	0.0191	0.0109
chr3R	10599573	10599724	chr3R:10599574-10599724	distal	distal	stage5	stage5	VT41739.1	VT41739.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0202	0.0349	0.016	0.0084	0.0233	0.0209	0.0653	0.0326	0.0233	0.0175	0.0196	0.0175	0.0139	0.013	0.0103	0.013	0.0083
chr3R	10612701	10613257	chr3R:10612702-10613257	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0497	0.051	0.0402	0.0191	0.0631	0.0631	0.0566	0.0191	0.0507	0.0633	0.0507	0.0527	0.0207	0.0748	0.0207	0.0526
chr3R	10621960	10622225	chr3R:10621961-10622225	FBgn0038260	CG14855	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0412	0.0336	0.0462	0.044	0.0212	0.0383	0.0437	0.036	0.0212	0.0435	0.0505	0.0435	0.0759	0.0222	0.0522	0.0222	0.0912
chr3R	10624550	10624812	chr3R:10624551-10624812	FBgn0038261	CG14856	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0303	0.0557	0.0655	0.0074	0.0354	0.045	0.03	0.0074	0.0296	0.0678	0.0296	0.1131	0.0276	0.0967	0.0276	0.1303
chr3R	10625028	10625179	chr3R:10625029-10625179	FBgn0038261	CG14856	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0217	0.0189	0.0217	0.0246	0.0042	0.0126	0.0381	0.018	0.0042	0.0115	0.026	0.0115	0.0418	0.0184	0.0348	0.0184	0.0417
chr3R	10627206	10627437	chr3R:10627207-10627437	FBgn0038262	CG14857	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0247	0.0246	0.0234	0.0265	0.0064	0.018	0.0407	0.032	0.0064	0.0181	0.0196	0.0181	0.0581	0.013	0.0116	0.013	0.0672
chr3R	10627486	10627637	chr3R:10627487-10627637	FBgn0038262	CG14857	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0219	0.0192	0.017	0.0074	0.0175	0.0368	0.028	0.0074	0.0193	0.0177	0.0193	0.0395	0.0092	0.0077	0.0092	0.0417
chr3R	10630332	10630483	chr3R:10630333-10630483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0541	0.0247	0.0146	0.0498	0.0277	0.0982	0.0566	0.0498	0.0181	0.0341	0.0181	0.031	0.0153	0.0219	0.0153	0.0177
chr3R	10630662	10630813	chr3R:10630663-10630813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.032	0.054	0.026	0.0139	0.0435	0.0257	0.0986	0.0566	0.0435	0.0248	0.0357	0.0248	0.0287	0.0084	0.0239	0.0084	0.0162
chr3R	10630814	10631649	chr3R:10630815-10631649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0963	0.1667	0.0749	0.0409	0.175	0.0869	0.2855	0.1706	0.175	0.0791	0.0961	0.0791	0.0821	0.0314	0.0716	0.0314	0.0474
chr3R	10631654	10631805	chr3R:10631655-10631805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0546	0.0165	0.0114	0.053	0.0262	0.1042	0.0466	0.053	0.0163	0.0235	0.0163	0.0147	0.013	0.0155	0.013	0.0156
chr3R	10632030	10632306	chr3R:10632031-10632306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0775	0.0244	0.0149	0.07	0.0257	0.1522	0.0726	0.07	0.0199	0.0334	0.0199	0.0263	0.0107	0.0206	0.0107	0.0208
chr3R	10632370	10632521	chr3R:10632371-10632521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0589	0.0166	0.0075	0.0636	0.0218	0.1155	0.052	0.0636	0.0187	0.0196	0.0187	0.0186	0.0046	0.0129	0.0046	0.0089
chr3R	10632611	10632762	chr3R:10632612-10632762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0571	0.0155	0.0075	0.0689	0.0228	0.1099	0.0486	0.0689	0.0133	0.0215	0.0133	0.0163	0.01	0.011	0.01	0.0063
chr3R	10638593	10638744	chr3R:10638594-10638744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0232	0.041	0.015	0.0123	0.0276	0.0233	0.0869	0.022	0.0276	0.0169	0.0174	0.0169	0.0178	0.0077	0.0071	0.0077	0.0297
chr3R	10643277	10643428	chr3R:10643278-10643428	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.059	0.1097	0.0431	0.0196	0.1262	0.0563	0.1691	0.1272	0.1262	0.0163	0.0733	0.0163	0.0511	0.0107	0.0484	0.0107	0.0167
chr3R	10643577	10644032	chr3R:10643578-10644032	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2363	0.372	0.2202	0.1025	0.4093	0.2228	0.526	0.4757	0.4093	0.0664	0.4013	0.0664	0.2277	0.0766	0.2766	0.0766	0.075
chr3R	10645332	10645807	chr3R:10645333-10645807	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.2602	0.1618	0.1322	0.2672	0.1816	0.3499	0.3444	0.2672	0.0598	0.254	0.0598	0.2277	0.0505	0.2534	0.0505	0.197
chr3R	10645971	10646130	chr3R:10645972-10646130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0503	0.0649	0.0407	0.0446	0.0498	0.0563	0.0757	0.1019	0.0498	0.0115	0.0617	0.0115	0.0604	0.0184	0.0832	0.0184	0.062
chr3R	10647006	10647201	chr3R:10647007-10647201	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.049	0.0486	0.0509	0.0475	0.0403	0.0383	0.0593	0.0779	0.0403	0.0199	0.0846	0.0199	0.0333	0.0077	0.0832	0.0077	0.0313
chr3R	10648773	10648955	chr3R:10648774-10648955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0617	0.0679	0.0646	0.0515	0.0424	0.0699	0.0835	0.0893	0.0424	0.0489	0.0897	0.0489	0.0945	0.0544	0.0761	0.0544	0.0808
chr3R	10656210	10656361	chr3R:10656211-10656361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0149	0.0217	0.0128	0.0097	0.0106	0.0141	0.0398	0.0253	0.0106	0.0109	0.017	0.0109	0.0116	0.0046	0.0103	0.0046	0.0109
chr3R	10670215	10670366	chr3R:10670216-10670366	FBgn0038266	CG3610	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0117	0.0131	0.0149	0.0064	0.0058	0.0182	0.0187	0.0064	0.0085	0.0206	0.0085	0.0132	0.0069	0.0445	0.0069	0.0099
chr3R	10673931	10674136	chr3R:10673932-10674136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.019	0.0174	0.0249	0.0143	0.0085	0.0121	0.0281	0.024	0.0085	0.0109	0.0457	0.0109	0.0139	0.0061	0.0406	0.0061	0.0073
chr3R	10676800	10676951	chr3R:10676801-10676951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0165	0.0138	0.0195	0.0162	0.0095	0.0097	0.0225	0.0147	0.0095	0.0097	0.0248	0.0097	0.0395	0.0107	0.0284	0.0107	0.0261
chr3R	10678191	10678342	chr3R:10678192-10678342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0219	0.0222	0.0287	0.0141	0.017	0.0194	0.0247	0.0333	0.017	0.0139	0.0476	0.0139	0.0287	0.0084	0.029	0.0084	0.0162
chr3R	10678531	10678688	chr3R:10678532-10678688	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0265	0.0216	0.0377	0.0196	0.0148	0.0223	0.0285	0.0233	0.0148	0.0181	0.0653	0.0181	0.0387	0.0084	0.0451	0.0084	0.0219
chr3R	10679513	10679722	chr3R:10679514-10679722	FBgn0053555	btsz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1247	0.141	0.16	0.0677	0.1506	0.1243	0.157	0.1952	0.1506	0.0386	0.2833	0.0386	0.2037	0.0092	0.1992	0.0092	0.0688
chr3R	10689772	10689923	chr3R:10689773-10689923	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0077	0.0082	0.0103	0.0042	0.0063	0.0134	0.0087	0.0042	0.0066	0.009	0.0066	0.0085	0.0054	0.0039	0.0054	0.0073
chr3R	10699201	10699352	chr3R:10699202-10699352	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0136	0.0147	0.0075	0.0191	0.0074	0.0073	0.0337	0.008	0.0074	0.0079	0.0087	0.0079	8e-04	0.0023	0.0019	0.0023	0.0047
chr3R	10699926	10700077	chr3R:10699927-10700077	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0097	0.008	0.0084	0.0132	0.0021	0.0078	0.0169	0.004	0.0021	0.0048	0.0087	0.0048	0.0124	0.0046	0.0045	0.0046	0.0089
chr3R	10701800	10701951	chr3R:10701801-10701951	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0122	0.0117	0.0297	0.0032	0.0097	0.0199	0.0147	0.0032	0.0127	0.0113	0.0127	0.0139	0.0084	0.011	0.0084	0.012
chr3R	10704815	10704966	chr3R:10704816-10704966	FBgn0038268	CG3631	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0353	0.043	0.0301	0.017	0.0417	0.0381	0.0453	0.017	0.0423	0.0508	0.0423	0.0503	0.0306	0.0277	0.0306	0.0365
chr3R	10705051	10705232	chr3R:10705052-10705232	FBgn0038268	CG3631	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.101	0.0825	0.119	0.1018	0.0477	0.0961	0.083	0.1213	0.0477	0.1341	0.1357	0.1341	0.1441	0.1286	0.1044	0.1286	0.1172
chr3R	10705309	10705692	chr3R:10705310-10705692	FBgn0038268	CG3631	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0714	0.0617	0.0845	0.068	0.0467	0.0665	0.0631	0.0933	0.0467	0.096	0.0939	0.096	0.103	0.085	0.0716	0.085	0.0761
chr3R	10711441	10711604	chr3R:10711442-10711604	FBgn0038269	Rrp6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0561	0.069	0.0471	0.0403	0.0646	0.0649	0.072	0.0403	0.0912	0.0727	0.0912	0.0697	0.0574	0.0426	0.0574	0.061
chr3R	10711749	10711919	chr3R:10711750-10711919	FBgn0038269,FBgn0067628,FBgn0067629	CG33331,CG33332,Rrp6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1385	0.1169	0.1671	0.1313	0.0817	0.1437	0.1194	0.1532	0.0817	0.212	0.1836	0.212	0.172	0.144	0.1199	0.144	0.161
chr3R	10712070	10712243	chr3R:10712071-10712243	FBgn0038269,FBgn0067628,FBgn0067629	CG33331,CG33332,Rrp6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1395	0.1073	0.1735	0.1381	0.0615	0.1417	0.1003	0.1552	0.0615	0.2174	0.1894	0.2174	0.1751	0.1478	0.1367	0.1478	0.1699
chr3R	10712363	10712522	chr3R:10712364-10712522	FBgn0038269,FBgn0067628,FBgn0067629	CG33331,CG33332,Rrp6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0374	0.0604	0.0375	0.0138	0.0447	0.0454	0.0493	0.0138	0.0694	0.0707	0.0694	0.0596	0.0421	0.0322	0.0421	0.0464
chr3R	10715629	10715786	chr3R:10715630-10715786	FBgn0004597,FBgn0038271	CG3731,CycC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0587	0.0769	0.0467	0.0265	0.065	0.0675	0.0859	0.0265	0.087	0.0846	0.087	0.0728	0.0528	0.0496	0.0528	0.0563
chr3R	10715873	10716049	chr3R:10715874-10716049	FBgn0004597,FBgn0038271	CG3731,CycC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1601	0.1385	0.202	0.1384	0.0954	0.1699	0.1535	0.1726	0.0954	0.2579	0.2158	0.2579	0.2076	0.147	0.1348	0.147	0.1897
chr3R	10716263	10716424	chr3R:10716264-10716424	FBgn0004597,FBgn0038271	CG3731,CycC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0583	0.0552	0.0718	0.0469	0.0403	0.0631	0.0606	0.0753	0.0403	0.1075	0.0717	0.1075	0.0728	0.0505	0.0458	0.0505	0.0693
chr3R	10719396	10719798	chr3R:10719397-10719798	FBgn0038272	CG7265	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.161	0.162	0.1822	0.1366	0.1283	0.1859	0.1933	0.1839	0.1283	0.2192	0.1977	0.2192	0.1603	0.1363	0.1412	0.1363	0.1725
chr3R	10720141	10720332	chr3R:10720142-10720332	FBgn0038272,FBgn0038273	CG14860,CG7265	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1311	0.1256	0.1621	0.1033	0.0806	0.1461	0.1397	0.1672	0.0806	0.1957	0.191	0.1957	0.1448	0.1034	0.1277	0.1034	0.1188
chr3R	10720416	10720604	chr3R:10720417-10720604	FBgn0038273	CG14860	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1228	0.1352	0.1511	0.0777	0.0923	0.1515	0.1527	0.1805	0.0923	0.1455	0.1984	0.1455	0.1534	0.0544	0.1277	0.0544	0.0928
chr3R	10720673	10720824	chr3R:10720674-10720824	FBgn0038273	CG14860	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0562	0.0643	0.0693	0.0327	0.0403	0.0617	0.0783	0.0926	0.0403	0.07	0.0913	0.07	0.0751	0.0222	0.058	0.0222	0.0401
chr3R	10723979	10724162	chr3R:10723980-10724162	FBgn0038274,FBgn0038275	CG3817,CG7262	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1178	0.1153	0.1431	0.0927	0.0753	0.1311	0.1388	0.1372	0.0753	0.1697	0.164	0.1697	0.1387	0.1034	0.0941	0.1034	0.1131
chr3R	10724334	10724521	chr3R:10724335-10724521	FBgn0038274,FBgn0038275	CG3817,CG7262	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0587	0.0835	0.0503	0.0339	0.0718	0.0679	0.0773	0.0339	0.1075	0.0936	0.1075	0.0798	0.062	0.049	0.062	0.0662
chr3R	10728469	10728620	chr3R:10728470-10728620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0291	0.0249	0.0341	0.0281	0.0106	0.0238	0.0316	0.0386	0.0106	0.0399	0.0347	0.0399	0.0473	0.0245	0.0213	0.0245	0.0584
chr3R	10729402	10729553	chr3R:10729403-10729553	FBgn0028662	VhaPPA1-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0468	0.045	0.0576	0.037	0.0255	0.0451	0.0631	0.0526	0.0255	0.0743	0.0605	0.0743	0.0651	0.0444	0.0419	0.0444	0.0433
chr3R	10729689	10729898	chr3R:10729690-10729898	FBgn0028662	VhaPPA1-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1898	0.1641	0.2296	0.1748	0.1156	0.1976	0.1912	0.1979	0.1156	0.2856	0.2495	0.2856	0.2293	0.193	0.1767	0.193	0.2038
chr3R	10729987	10730178	chr3R:10729988-10730178	FBgn0028662	VhaPPA1-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1149	0.173	0.1404	0.0795	0.135	0.1324	0.1472	0.0795	0.2035	0.1923	0.2035	0.1751	0.1455	0.1431	0.1455	0.1652
chr3R	10744295	10744446	chr3R:10744296-10744446	FBgn0038279	CG3837	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0101	0.0071	0.0072	0.0166	0.0032	0.0063	0.0121	0.0033	0.0032	0.0072	0.0106	0.0072	0.007	0.0345	0.0258	0.0345	0.0125
chr3R	10756671	10756822	chr3R:10756672-10756822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0097	0.0109	0.0123	0.0042	0.0058	0.016	0.0127	0.0042	0.0121	0.0103	0.0121	0.0085	0.0054	0.0039	0.0054	0.0141
chr3R	10811911	10812062	chr3R:10811912-10812062	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0111	0.0086	0.0086	0.0167	0.0064	0.0078	0.0147	0.0053	0.0064	0.0085	0.008	0.0085	0.0163	0.0115	0.0071	0.0115	0.0125
chr3R	10862461	10862612	chr3R:10862462-10862612	FBgn0038281	RpL10Aa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0109	0.0202	0.0074	0.0043	0.0159	0.0107	0.0415	0.0147	0.0159	0.0079	0.0074	0.0079	0.0062	8e-04	0.0064	8e-04	0.0031
chr3R	10865248	10865399	chr3R:10865249-10865399	distal	distal	stage14	stage14	VT41876.1	VT41876.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0158	0.0102	0.0288	0.0117	0.0184	0.0277	0.0067	0.0117	0.0097	0.0068	0.0097	0.0108	0.0061	0.0071	0.0061	0.0057
chr3R	10865778	10865929	chr3R:10865779-10865929	distal	distal	none	none	VT41876.1	VT41876.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.01	0.0112	0.01	0.0032	0.0117	0.0164	0.0053	0.0032	0.0133	0.0106	0.0133	0.0155	0.0031	0.0013	0.0031	0.0063
chr3R	10871087	10871238	chr3R:10871088-10871238	distal	distal	stage14	stage14	VT41878.1	VT41878.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0082	0.0104	0.0219	0.0021	0.0087	0.013	0.008	0.0021	0.0133	0.0093	0.0133	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.012
chr3R	10872634	10872785	chr3R:10872635-10872785	distal	distal	none	none	VT41878.1	VT41878.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0071	0.0059	0.0066	0.0092	0.0042	0.0063	0.0087	0.004	0.0042	0.0072	0.0055	0.0072	0.0054	8e-04	6e-04	8e-04	0.0042
chr3R	10876630	10876781	chr3R:10876631-10876781	distal	distal	stage14	stage14	VT41881.1	VT41881.1	FALSE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0063	0.0057	0.0063	0.0068	0	0.0058	0.0134	0.002	0	0.0079	0.0051	0.0079	0.0046	8e-04	0.0032	8e-04	0.0036
chr3R	10902929	10903080	chr3R:10902930-10903080	FBgn0038282	dpr9	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0087	0.009	0.0319	0.0021	0.0092	0.0143	0.0087	0.0021	0.0109	0.0061	0.0109	0.0101	0.0038	0.0058	0.0038	0.0151
chr3R	10913615	10913766	chr3R:10913616-10913766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.0133	0.0207	0.0408	0.0011	0.016	0.0186	0.0153	0.0011	0.0193	0.0196	0.0193	0.048	0.0207	0.0561	0.0207	0.0792
chr3R	10915333	10915490	chr3R:10915334-10915490	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0438	0.0216	0.0461	0.0661	0.0074	0.0383	0.0247	0.0133	0.0074	0.0314	0.0334	0.0314	0.1325	0.0421	0.0413	0.0421	0.1647
chr3R	10915886	10916037	chr3R:10915887-10916037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.014	0.0269	0.0446	0.0011	0.0155	0.0229	0.0113	0.0011	0.0175	0.0209	0.0175	0.0782	0.0299	0.0419	0.0299	0.1006
chr3R	10917389	10917546	chr3R:10917390-10917546	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_2343	Unspecified_2343	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0603	0.0188	0.0676	0.0986	0.0074	0.0316	0.0195	0.0207	0.0074	0.064	0.0717	0.064	0.1371	0.1845	0.1541	0.1845	0.0902
chr3R	10917624	10917860	chr3R:10917625-10917860	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_2343	Unspecified_2343	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0843	0.0248	0.0854	0.1496	0.0064	0.0476	0.0238	0.02	0.0064	0.09	0.0878	0.09	0.158	0.2672	0.2192	0.2672	0.1662
chr3R	10919800	10920006	chr3R:10919801-10920006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1172	0.0909	0.1294	0.1333	0.0753	0.116	0.0982	0.0973	0.0753	0.1528	0.1389	0.1528	0.1751	0.1462	0.1406	0.1462	0.1866
chr3R	10920283	10920501	chr3R:10920284-10920501	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1888	0.1591	0.2213	0.1863	0.1241	0.199	0.1678	0.1885	0.1241	0.2669	0.2508	0.2669	0.2463	0.1868	0.2018	0.1868	0.2251
chr3R	10920656	10920870	chr3R:10920657-10920870	FBgn0038286	CG6966	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.1229	0.14	0.095	0.0806	0.1442	0.1311	0.1759	0.0806	0.1709	0.1653	0.1709	0.1162	0.0911	0.1012	0.0911	0.1006
chr3R	10920979	10921134	chr3R:10920980-10921134	FBgn0038286	CG6966	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0745	0.0732	0.0487	0.052	0.0825	0.0774	0.1066	0.052	0.1002	0.0772	0.1002	0.0658	0.0482	0.0484	0.0482	0.0558
chr3R	10921357	10921573	chr3R:10921358-10921573	FBgn0038286	CG6966	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2531	0.2403	0.2858	0.2316	0.1972	0.2767	0.2755	0.2765	0.1972	0.3653	0.3051	0.3653	0.2897	0.2289	0.2521	0.2289	0.2678
chr3R	10940362	10940567	chr3R:10940363-10940567	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0282	0.0141	0.0378	0.0336	0.0053	0.018	0.0212	0.012	0.0053	0.0362	0.0325	0.0362	0.0899	0.0544	0.0471	0.0544	0.0401
chr3R	10941990	10942241	chr3R:10941991-10942241	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0227	0.0123	0.0227	0.0344	0.0053	0.0131	0.0242	0.004	0.0053	0.0127	0.0212	0.0127	0.0558	0.0168	0.0393	0.0168	0.0667
chr3R	10943177	10943328	chr3R:10943178-10943328	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.0065	0.0118	0.0106	0.0011	0.0058	0.0108	0.0087	0.0011	0.0139	0.0145	0.0139	0.0147	0.0031	0.0213	0.0031	0.0099
chr3R	10943380	10943531	chr3R:10943381-10943531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0127	0.0077	0.0146	0.0163	0.0021	0.0073	0.013	0.0093	0.0021	0.0091	0.0212	0.0091	0.0186	0.0107	0.0284	0.0107	0.0141
chr3R	10943758	10943909	chr3R:10943759-10943909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0148	0.0115	0.0133	0.0201	0.0042	0.0126	0.016	0.0127	0.0042	0.0139	0.0164	0.0139	0.0155	0.0161	0.0342	0.0161	0.0162
chr3R	10947803	10948051	chr3R:10947804-10948051	distal	distal	stage14	stage14	Unspecified_2347	Unspecified_2347	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0217	0.0071	0.0194	0.0405	0.0011	0.0092	0.0108	0.006	0.0011	0.0217	0.0254	0.0217	0.0248	0.1194	0.0413	0.1194	0.0146
chr3R	10948387	10948575	chr3R:10948388-10948575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.0111	0.0209	0.0219	0.0053	0.0117	0.0195	0.008	0.0053	0.0109	0.036	0.0109	0.0194	0.0345	0.0451	0.0345	0.0135
chr3R	10948817	10949109	chr3R:10948818-10949109	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0356	0.0246	0.0482	0.0341	0.0127	0.034	0.0294	0.0233	0.0127	0.0236	0.0563	0.0236	0.1084	0.0544	0.0619	0.0544	0.0281
chr3R	10950401	10950552	chr3R:10950402-10950552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0126	0.0087	0.0091	0.0206	0.0053	0.0073	0.0164	0.0053	0.0053	0.0091	0.0106	0.0091	0.0178	0.0666	0.0193	0.0666	0.0089
chr3R	10950974	10951125	chr3R:10950975-10951125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.014	0.0083	0.011	0.0235	0.0064	0.0083	0.0134	0.0053	0.0064	0.0121	0.0103	0.0121	0.0186	0.0689	0.0161	0.0689	0.0162
chr3R	10951419	10951669	chr3R:10951420-10951669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0137	0.0225	0.0366	0.0106	0.0146	0.0195	0.0127	0.0106	0.0157	0.0209	0.0157	0.048	0.0329	0.0406	0.0329	0.0547
chr3R	10951703	10951854	chr3R:10951704-10951854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0174	0.0209	0.0277	0.0106	0.0189	0.0242	0.0207	0.0106	0.0163	0.0254	0.0163	0.031	0.0253	0.0368	0.0253	0.0349
chr3R	10954400	10954561	chr3R:10954401-10954561	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.025	0.0152	0.0232	0.038	0.0074	0.0155	0.0225	0.0147	0.0074	0.0193	0.0257	0.0193	0.0403	0.0276	0.038	0.0276	0.0495
chr3R	10955726	10955877	chr3R:10955727-10955877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0163	0.013	0.0141	0.0224	0.0064	0.0126	0.0225	0.0107	0.0064	0.0139	0.0138	0.0139	0.0248	0.0237	0.0161	0.0237	0.024
chr3R	10956538	10956996	chr3R:10956539-10956996	FBgn0262315	mir-2493	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0593	0.0318	0.064	0.0849	0.0159	0.0364	0.0376	0.0386	0.0159	0.0574	0.0678	0.0574	0.0775	0.108	0.0741	0.108	0.0985
chr3R	10957260	10957461	chr3R:10957261-10957461	FBgn0261859	CG42788	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.0841	0.1881	0.1184	0.0541	0.1015	0.0882	0.1166	0.0541	0.212	0.2135	0.212	0.2184	0.1432	0.1315	0.1432	0.1449
chr3R	10957543	10957767	chr3R:10957544-10957767	FBgn0261859	CG42788	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2486	0.1792	0.3388	0.227	0.1209	0.2214	0.1808	0.2438	0.1209	0.3684	0.3884	0.3684	0.3726	0.2626	0.2431	0.2626	0.259
chr3R	10965028	10965205	chr3R:10965029-10965205	FBgn0038292	CG3987	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0228	0.0172	0.0249	0.0267	0.0106	0.0218	0.0182	0.0233	0.0106	0.0193	0.0251	0.0193	0.0496	0.0161	0.0168	0.0161	0.0589
chr3R	10965596	10965758	chr3R:10965597-10965758	FBgn0038292	CG3987	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0219	0.0156	0.0264	0.0241	0.0011	0.0189	0.0247	0.016	0.0011	0.0223	0.0254	0.0223	0.0558	0.0168	0.0135	0.0168	0.062
chr3R	10971485	10971639	chr3R:10971486-10971639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.031	0.0252	0.0358	0.0322	0.0095	0.0359	0.0285	0.0286	0.0095	0.0302	0.0367	0.0302	0.0728	0.0245	0.029	0.0245	0.0683
chr3R	10972197	10972373	chr3R:10972198-10972373	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0713	0.0844	0.055	0.0361	0.0801	0.0766	0.1039	0.0361	0.1081	0.0942	0.1081	0.0991	0.0758	0.0503	0.0758	0.0761
chr3R	10972515	10972725	chr3R:10972516-10972725	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1839	0.1646	0.2214	0.1643	0.087	0.2243	0.1548	0.2199	0.087	0.2772	0.2418	0.2772	0.2905	0.2175	0.1702	0.2175	0.2392
chr3R	10972786	10973085	chr3R:10972787-10973085	FBgn0038293	CG6904	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1468	0.1152	0.1797	0.1459	0.052	0.1617	0.1094	0.1546	0.052	0.1944	0.1968	0.1944	0.2626	0.1539	0.1625	0.1539	0.2303
chr3R	10973237	10973445	chr3R:10973238-10973445	FBgn0038293	CG6904	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.172	0.1326	0.2027	0.1823	0.0859	0.1762	0.1241	0.1819	0.0859	0.2101	0.2302	0.2101	0.2641	0.2351	0.1902	0.2351	0.2241
chr3R	10973705	10973899	chr3R:10973706-10973899	FBgn0038293	CG6904	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0739	0.0594	0.0831	0.0798	0.0308	0.0782	0.0688	0.0693	0.0308	0.0845	0.0968	0.0845	0.11	0.098	0.0741	0.098	0.1068
chr3R	10975722	10975873	chr3R:10975723-10975873	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0202	0.0199	0.0176	0.0233	0.0085	0.0165	0.0324	0.024	0.0085	0.0205	0.0148	0.0205	0.0263	0.0061	0.0058	0.0061	0.0156
chr3R	10975931	10976082	chr3R:10975932-10976082	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0147	0.0098	0.0198	0.0053	0.0136	0.0255	0.0153	0.0053	0.0109	0.0077	0.0109	0.017	0.0061	0.0019	0.0061	0.0115
chr3R	10986965	10987116	chr3R:10986966-10987116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0148	0.0146	0.0131	0.0053	0.0184	0.0182	0.016	0.0053	0.0175	0.0129	0.0175	0.0093	0.0077	0.011	0.0077	0.0063
chr3R	10994207	10994371	chr3R:10994208-10994371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0096	0.0119	0.0142	0.0053	0.0058	0.0182	0.0093	0.0053	0.0091	0.008	0.0091	0.0031	0.0077	0.0045	0.0077	0.0057
chr3R	11005249	11005400	chr3R:11005250-11005400	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0104	0.0083	0.0096	0.0135	0.0032	0.0063	0.0151	0.008	0.0032	0.0121	0.0103	0.0121	0.0085	0.0475	0.0071	0.0475	0.0042
chr3R	11006922	11007073	chr3R:11006923-11007073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0072	0.0076	0.0056	0.0085	0.0032	0.0058	0.0164	0.004	0.0032	0.0072	0.0051	0.0072	0.0077	0.0322	0.0039	0.0322	0.0026
chr3R	11008263	11008414	chr3R:11008264-11008414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0083	0.0092	0.0058	0.0099	0.0053	0.0058	0.0156	0.0107	0.0053	0.0091	0.0045	0.0091	0.0085	0.0375	0.0052	0.0375	0.0036
chr3R	11021109	11021260	chr3R:11021110-11021260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0256	0.0207	0.0327	0.0234	0.0095	0.0238	0.0281	0.0227	0.0095	0.0278	0.0334	0.0278	0.0442	0.0077	0.0187	0.0077	0.0219
chr3R	11021783	11021961	chr3R:11021784-11021961	FBgn0038296,FBgn0260659	CG42542,CG6752	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1431	0.1411	0.1801	0.1047	0.0912	0.1733	0.1375	0.2032	0.0912	0.2216	0.2003	0.2216	0.1712	0.0949	0.0967	0.0949	0.099
chr3R	11022182	11022355	chr3R:11022183-11022355	FBgn0038296,FBgn0260659	CG42542,CG6752	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2352	0.223	0.2726	0.2078	0.1792	0.2602	0.2418	0.2791	0.1792	0.3285	0.2942	0.3285	0.2579	0.2044	0.2095	0.2044	0.2293
chr3R	11022449	11022639	chr3R:11022450-11022639	FBgn0260659	CG42542	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1391	0.138	0.1562	0.1214	0.1103	0.1583	0.1548	0.1712	0.1103	0.1836	0.1653	0.1836	0.1603	0.1172	0.1257	0.1172	0.1423
chr3R	11023098	11023356	chr3R:11023099-11023356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0483	0.0506	0.0543	0.039	0.0308	0.0597	0.0523	0.0666	0.0308	0.0519	0.0556	0.0519	0.0736	0.0268	0.0335	0.0268	0.0448
chr3R	11024375	11024526	chr3R:11024376-11024526	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0219	0.0288	0.0238	0.0095	0.0199	0.0355	0.0247	0.0095	0.0205	0.0302	0.0205	0.0534	0.0168	0.0232	0.0168	0.0469
chr3R	11031113	11031264	chr3R:11031114-11031264	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0173	0.0163	0.0155	0.0205	0.0021	0.0175	0.0251	0.0187	0.0021	0.0097	0.0215	0.0097	0.0217	0.0015	0.0593	0.0015	0.0177
chr3R	11032098	11032278	chr3R:11032099-11032278	FBgn0028984	Spn5	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0467	0.0239	0.0415	0.0777	0.0074	0.0262	0.0337	0.0293	0.0074	0.0266	0.0476	0.0266	0.0759	0.0077	0.1502	0.0077	0.1308
chr3R	11034814	11035000	chr3R:11034815-11035000	FBgn0038299,FBgn0038300	CG4203,Spn88Eb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1031	0.1593	0.1365	0.0657	0.1218	0.1185	0.1292	0.0657	0.1715	0.174	0.1715	0.1782	0.147	0.1399	0.147	0.1746
chr3R	11035073	11035276	chr3R:11035074-11035276	FBgn0038300	CG4203	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0709	0.0987	0.0688	0.0339	0.0694	0.0939	0.0913	0.0339	0.1129	0.1061	0.1129	0.1007	0.085	0.0722	0.085	0.0808
chr3R	11035628	11035779	chr3R:11035629-11035779	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0248	0.0408	0.0208	0.0113	0.0244	0.0199	0.0826	0.0353	0.0244	0.0248	0.0228	0.0248	0.0163	0.0161	0.0103	0.0161	0.0104
chr3R	11039290	11039494	chr3R:11039291-11039494	FBgn0038301,FBgn0038302	CG4210,CG6654	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1404	0.1461	0.1533	0.1199	0.1113	0.1563	0.1691	0.1885	0.1113	0.1763	0.172	0.1763	0.172	0.1302	0.1354	0.1302	0.1579
chr3R	11039558	11039767	chr3R:11039559-11039767	FBgn0038301,FBgn0038302	CG4210,CG6654	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0954	0.0977	0.1051	0.0822	0.088	0.1107	0.1064	0.1219	0.088	0.1075	0.1215	0.1075	0.1263	0.0858	0.0922	0.0858	0.1225
chr3R	11039857	11040008	chr3R:11039858-11040008	FBgn0038301,FBgn0038302	CG4210,CG6654	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0401	0.0474	0.0444	0.0272	0.0339	0.049	0.0588	0.06	0.0339	0.0405	0.0511	0.0405	0.0565	0.0207	0.0348	0.0207	0.0417
chr3R	11044225	11044376	chr3R:11044226-11044376	FBgn0038303	SIDL	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0409	0.0385	0.0491	0.0347	0.0233	0.0442	0.0506	0.0426	0.0233	0.064	0.0498	0.064	0.0573	0.0406	0.0368	0.0406	0.038
chr3R	11044490	11044681	chr3R:11044491-11044681	FBgn0038303,FBgn0038304	CG12241,SIDL	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1054	0.1008	0.1207	0.0937	0.07	0.116	0.1159	0.1266	0.07	0.1492	0.1379	0.1492	0.1301	0.1049	0.0941	0.1049	0.1136
chr3R	11044853	11045035	chr3R:11044854-11045035	FBgn0038303,FBgn0038304	CG12241,SIDL	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1083	0.1038	0.1245	0.0955	0.0838	0.132	0.1202	0.1093	0.0838	0.1504	0.1331	0.1504	0.1433	0.1172	0.1044	0.1172	0.1068
chr3R	11045150	11045301	chr3R:11045151-11045301	FBgn0038304	CG12241	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0464	0.0465	0.0503	0.0421	0.0233	0.0612	0.0554	0.0553	0.0233	0.0562	0.0556	0.0562	0.0534	0.0475	0.0432	0.0475	0.0558
chr3R	11048341	11048758	chr3R:11048342-11048758	FBgn0051155	Rpb7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0953	0.1122	0.1013	0.0698	0.0848	0.1141	0.1267	0.1506	0.0848	0.1208	0.1138	0.1208	0.1077	0.0681	0.0709	0.0681	0.1011
chr3R	11048801	11049003	chr3R:11048802-11049003	FBgn0051155	Rpb7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0898	0.0957	0.1014	0.0705	0.0626	0.1063	0.1081	0.1292	0.0626	0.125	0.1103	0.125	0.1108	0.0766	0.0787	0.0766	0.0902
chr3R	11050707	11050858	chr3R:11050708-11050858	FBgn0051344,FBgn0263979	CG31344,Caf1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0361	0.0288	0.04	0.04	0.0191	0.0267	0.0372	0.0393	0.0191	0.0423	0.0498	0.0423	0.0403	0.0207	0.0716	0.0207	0.0438
chr3R	11051132	11051322	chr3R:11051133-11051322	FBgn0051344,FBgn0263979	CG31344,Caf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1626	0.1685	0.1737	0.1439	0.1103	0.1859	0.1972	0.2165	0.1103	0.2035	0.1887	0.2035	0.165	0.134	0.158	0.134	0.173
chr3R	11051481	11051632	chr3R:11051482-11051632	FBgn0051344,FBgn0263979	CG31344,Caf1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0575	0.053	0.072	0.0468	0.0223	0.0587	0.067	0.0706	0.0223	0.0839	0.0768	0.0839	0.0775	0.0521	0.0522	0.0521	0.0568
chr3R	11054815	11054987	chr3R:11054816-11054987	FBgn0038306,FBgn0038307	Art3,mRpS10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.05	0.0812	0.0524	0.0265	0.0704	0.0471	0.0626	0.0265	0.0966	0.0887	0.0966	0.0883	0.0605	0.0561	0.0605	0.0667
chr3R	11055054	11055467	chr3R:11055055-11055467	FBgn0038306,FBgn0038307	Art3,mRpS10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2274	0.1913	0.283	0.2068	0.1315	0.2515	0.1808	0.2565	0.1315	0.3605	0.3003	0.3605	0.3114	0.2473	0.2134	0.2473	0.2621
chr3R	11059401	11059675	chr3R:11059402-11059675	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0446	0.0886	0.0312	0.0102	0.0594	0.0558	0.0986	0.1805	0.0594	0.0236	0.0331	0.0236	0.0271	0.0161	0.0129	0.0161	0.0083
chr3R	11067914	11068094	chr3R:11067915-11068094	FBgn0001219,FBgn0045035	Hsc70-4,tefu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1395	0.1188	0.1749	0.1238	0.0785	0.1471	0.1375	0.1452	0.0785	0.2216	0.191	0.2216	0.1572	0.1531	0.127	0.1531	0.1673
chr3R	11068271	11068496	chr3R:11068272-11068496	FBgn0001219,FBgn0045035	Hsc70-4,tefu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2454	0.2267	0.2853	0.2224	0.1739	0.2612	0.2435	0.3005	0.1739	0.3575	0.2987	0.3575	0.2843	0.2343	0.2224	0.2343	0.2757
chr3R	11068511	11068933	chr3R:11068512-11068933	FBgn0001219	Hsc70-4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2031	0.1897	0.2263	0.1926	0.1474	0.2209	0.2029	0.2412	0.1474	0.2868	0.2302	0.2868	0.2324	0.209	0.1896	0.209	0.2439
chr3R	11069302	11069490	chr3R:11069303-11069490	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2047	0.2114	0.2264	0.1734	0.1835	0.2398	0.2435	0.2525	0.1835	0.3068	0.236	0.3068	0.1805	0.1708	0.1631	0.1708	0.1923
chr3R	11072432	11072673	chr3R:11072433-11072673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0796	0.0932	0.0893	0.0536	0.0668	0.118	0.0869	0.1352	0.0668	0.1256	0.0759	0.1256	0.1534	0.0482	0.0284	0.0482	0.1178
chr3R	11075552	11075760	chr3R:11075553-11075760	FBgn0259823	CG42404	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0935	0.1251	0.0784	0.0748	0.0976	0.135	0.1328	0.1772	0.0976	0.0725	0.064	0.0725	0.0612	0.0345	0.049	0.0345	0.0698
chr3R	11075839	11076016	chr3R:11075840-11076016	FBgn0259823	CG42404	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0707	0.1022	0.0582	0.0493	0.0689	0.1063	0.1107	0.1486	0.0689	0.0562	0.0412	0.0562	0.0488	0.0161	0.0226	0.0161	0.0297
chr3R	11076080	11076276	chr3R:11076081-11076276	FBgn0259823	CG42404	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0836	0.1133	0.0635	0.0724	0.0817	0.1097	0.106	0.1939	0.0817	0.0568	0.0405	0.0568	0.062	0.0222	0.0206	0.0222	0.0391
chr3R	11076502	11076695	chr3R:11076503-11076695	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0572	0.0709	0.047	0.0531	0.0551	0.0743	0.08	0.0979	0.0551	0.0507	0.0395	0.0507	0.0434	0.0199	0.009	0.0199	0.0219
chr3R	11076774	11076935	chr3R:11076775-11076935	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0434	0.0583	0.0423	0.0281	0.0339	0.067	0.0657	0.0839	0.0339	0.0628	0.0389	0.0628	0.0333	0.0145	0.009	0.0145	0.0135
chr3R	11076978	11077140	chr3R:11076979-11077140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0364	0.0455	0.0409	0.0214	0.0223	0.0476	0.0601	0.0586	0.0223	0.0562	0.045	0.0562	0.024	0.0168	0.0045	0.0168	0.0141
chr3R	11082002	11082267	chr3R:11082003-11082267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0379	0.045	0.048	0.0189	0.0223	0.0495	0.0627	0.0506	0.0223	0.1002	0.0421	0.1002	0.0333	0.0245	0.0148	0.0245	0.0261
chr3R	11082411	11082562	chr3R:11082412-11082562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0278	0.0335	0.0338	0.0149	0.0138	0.0383	0.0476	0.038	0.0138	0.061	0.0293	0.061	0.0271	0.0115	0.0129	0.0115	0.024
chr3R	11083803	11083954	chr3R:11083804-11083954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0343	0.0306	0.0159	0.0308	0.0379	0.035	0.0453	0.0308	0.0423	0.0312	0.0423	0.0387	0.013	0.0174	0.013	0.025
chr3R	11088489	11088687	chr3R:11088490-11088687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.1321	0.1089	0.0567	0.1082	0.151	0.1661	0.1386	0.1082	0.1377	0.1055	0.1377	0.1053	0.062	0.0496	0.062	0.073
chr3R	11088728	11088993	chr3R:11088729-11088993	FBgn0014879,FBgn0263740,FBgn0263755	Set,Su(var)3-9,eIF-2gamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1549	0.1863	0.1704	0.1026	0.1622	0.2136	0.2236	0.2019	0.1622	0.2138	0.1794	0.2138	0.1704	0.0988	0.1077	0.0988	0.1329
chr3R	11089142	11089315	chr3R:11089143-11089315	FBgn0014879,FBgn0263740,FBgn0263755	Set,Su(var)3-9,eIF-2gamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2154	0.2182	0.249	0.1753	0.1813	0.2442	0.2336	0.2798	0.1813	0.3092	0.2637	0.3092	0.2432	0.1815	0.1786	0.1815	0.2011
chr3R	11089473	11089680	chr3R:11089474-11089680	FBgn0014879,FBgn0263740,FBgn0263755	Set,Su(var)3-9,eIF-2gamma	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1118	0.1039	0.141	0.0887	0.0689	0.1316	0.1142	0.1193	0.0689	0.1793	0.145	0.1793	0.1596	0.0949	0.0935	0.0949	0.1084
chr3R	11089786	11089999	chr3R:11089787-11089999	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1193	0.0996	0.1546	0.1025	0.0742	0.1189	0.1185	0.1106	0.0742	0.1842	0.1675	0.1842	0.1673	0.1057	0.1032	0.1057	0.1219
chr3R	11090067	11090228	chr3R:11090068-11090228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0694	0.0923	0.0503	0.0435	0.0762	0.0939	0.0833	0.0435	0.1039	0.0997	0.1039	0.093	0.0452	0.0516	0.0452	0.0552
chr3R	11091225	11091410	chr3R:11091226-11091410	FBgn0016691	Oscp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1494	0.1496	0.1768	0.1191	0.1357	0.1583	0.1704	0.1872	0.1357	0.2162	0.1923	0.2162	0.1805	0.1302	0.1193	0.1302	0.149
chr3R	11091490	11091641	chr3R:11091491-11091641	FBgn0016691	Oscp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0745	0.0856	0.0838	0.0518	0.0626	0.0893	0.1094	0.0999	0.0626	0.1033	0.0836	0.1033	0.0976	0.0597	0.0503	0.0597	0.0724
chr3R	11094279	11094446	chr3R:11094280-11094446	FBgn0038311,FBgn0038312	CG14864,CG4334	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0885	0.075	0.1113	0.0784	0.0583	0.0888	0.0757	0.1073	0.0583	0.1371	0.1277	0.1371	0.1193	0.0919	0.0716	0.0919	0.1094
chr3R	11094600	11094751	chr3R:11094601-11094751	FBgn0038311,FBgn0038312	CG14864,CG4334	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0389	0.059	0.0331	0.0244	0.0442	0.0476	0.054	0.0244	0.0773	0.063	0.0773	0.0643	0.0368	0.0322	0.0368	0.0469
chr3R	11100249	11100410	chr3R:11100250-11100410	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0718	0.0804	0.0906	0.0415	0.0414	0.0845	0.096	0.1126	0.0414	0.1304	0.0907	0.1304	0.0829	0.0406	0.0368	0.0406	0.0511
chr3R	11100442	11100699	chr3R:11100443-11100699	FBgn0000283	Cp190	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1237	0.1274	0.1476	0.0933	0.0817	0.1451	0.144	0.1666	0.0817	0.1999	0.1444	0.1999	0.1627	0.0904	0.0832	0.0904	0.1183
chr3R	11100878	11101046	chr3R:11100879-11101046	FBgn0000283,FBgn0038313	CG4338,Cp190	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1686	0.1464	0.2044	0.1542	0.0997	0.1767	0.1635	0.1825	0.0997	0.2518	0.2289	0.2518	0.1875	0.1623	0.1515	0.1623	0.1866
chr3R	11101160	11101346	chr3R:11101161-11101346	FBgn0000283,FBgn0038313	CG4338,Cp190	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1204	0.0961	0.1542	0.1104	0.071	0.1175	0.1029	0.1252	0.071	0.2065	0.164	0.2065	0.1472	0.1194	0.109	0.1194	0.1318
chr3R	11103479	11103655	chr3R:11103480-11103655	FBgn0027378	MRG15	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.086	0.087	0.1062	0.0628	0.0626	0.084	0.1112	0.1113	0.0626	0.1347	0.1145	0.1347	0.0976	0.0712	0.0613	0.0712	0.0823
chr3R	11103739	11103903	chr3R:11103740-11103903	FBgn0011476,FBgn0027378	MRG15,l(3)neo43	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1586	0.1589	0.1855	0.1288	0.1188	0.166	0.1977	0.1952	0.1188	0.2428	0.1949	0.2428	0.1905	0.1485	0.1251	0.1485	0.161
chr3R	11104023	11104236	chr3R:11104024-11104236	FBgn0011476,FBgn0027378	MRG15,l(3)neo43	stage11,stage14,stage5	none	VT41993.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1138	0.1186	0.1362	0.0837	0.0626	0.1252	0.1501	0.1472	0.0626	0.1757	0.1473	0.1757	0.1309	0.1064	0.0748	0.1064	0.1021
chr3R	11104292	11104491	chr3R:11104293-11104491	FBgn0011476,FBgn0027378	MRG15,l(3)neo43	stage11,stage5	none	VT41993.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1215	0.129	0.135	0.0983	0.0742	0.1393	0.1596	0.1586	0.0742	0.1812	0.1495	0.1812	0.127	0.1164	0.1006	0.1164	0.1251
chr3R	11106466	11106661	chr3R:11106467-11106661	FBgn0003721	Tm1	stage11,stage14	none	VT41993.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0662	0.0568	0.067	0.0758	0.0403	0.0481	0.0783	0.074	0.0403	0.0707	0.0881	0.0707	0.0666	0.2144	0.0806	0.2144	0.0406
chr3R	11107012	11107272	chr3R:11107013-11107272	FBgn0003721	Tm1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0933	0.0823	0.0925	0.1065	0.0477	0.0825	0.1142	0.0913	0.0477	0.0707	0.1354	0.0707	0.0844	0.281	0.136	0.281	0.0526
chr3R	11108180	11108331	chr3R:11108181-11108331	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0353	0.0269	0.0336	0.0467	0.0148	0.033	0.0333	0.034	0.0148	0.0562	0.0328	0.0562	0.0356	0.1715	0.0284	0.1715	0.0188
chr3R	11111848	11112027	chr3R:11111849-11112027	distal	distal	none	none	VT41997.1	VT41997.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.105	0.0865	0.1247	0.1042	0.0456	0.1068	0.1008	0.1039	0.0456	0.2011	0.126	0.2011	0.1255	0.1669	0.0941	0.1669	0.1449
chr3R	11112515	11112695	chr3R:11112516-11112695	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT41997.1	VT41997.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1081	0.0376	0.1317	0.161	0.0159	0.0621	0.0394	0.034	0.0159	0.2089	0.1222	0.2089	0.189	0.232	0.1696	0.232	0.2611
chr3R	11113308	11113500	chr3R:11113309-11113500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1141	0.1158	0.1336	0.0909	0.0838	0.1204	0.1324	0.1646	0.0838	0.1655	0.1424	0.1655	0.1363	0.0812	0.1257	0.0812	0.1178
chr3R	11113600	11113782	chr3R:11113601-11113782	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.199	0.1944	0.2425	0.1562	0.1389	0.2189	0.2215	0.2505	0.1389	0.308	0.2569	0.308	0.2432	0.111	0.1889	0.111	0.2022
chr3R	11116194	11116394	chr3R:11116195-11116394	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1287	0.1204	0.1556	0.1086	0.0827	0.1335	0.1427	0.1559	0.0827	0.1359	0.1968	0.1359	0.1774	0.049	0.1483	0.049	0.1371
chr3R	11116510	11116699	chr3R:11116511-11116699	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2257	0.2109	0.2764	0.1867	0.1527	0.2442	0.2245	0.2938	0.1527	0.3104	0.326	0.3104	0.2626	0.1064	0.2218	0.1064	0.2434
chr3R	11116797	11116984	chr3R:11116798-11116984	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42000.1	VT42000.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1541	0.1383	0.1925	0.1295	0.0901	0.1782	0.1436	0.1825	0.0901	0.2228	0.2248	0.2228	0.1673	0.0904	0.1502	0.0904	0.1657
chr3R	11117086	11117292	chr3R:11117087-11117292	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42000.1	VT42000.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1676	0.1481	0.2108	0.142	0.087	0.1801	0.1657	0.1932	0.087	0.2524	0.2424	0.2524	0.2006	0.1286	0.1547	0.1286	0.1542
chr3R	11117326	11117759	chr3R:11117327-11117759	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42000.1	VT42000.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2645	0.244	0.3131	0.2341	0.1654	0.2835	0.253	0.3351	0.1654	0.3623	0.355	0.3623	0.2974	0.2305	0.2747	0.2305	0.2595
chr3R	11118018	11118191	chr3R:11118019-11118191	distal	distal	none	none	VT42000.1	VT42000.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0786	0.0599	0.0882	0.089	0.0276	0.0694	0.0692	0.0833	0.0276	0.0948	0.101	0.0948	0.103	0.0873	0.1167	0.0873	0.1032
chr3R	11118213	11118364	chr3R:11118214-11118364	distal	distal	none	none	VT42000.1	VT42000.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0392	0.0227	0.0364	0.0607	0.0053	0.0325	0.0264	0.0233	0.0053	0.0399	0.0395	0.0399	0.0511	0.0781	0.058	0.0781	0.0849
chr3R	11118388	11118594	chr3R:11118389-11118594	distal	distal	none	none	VT42000.1	VT42000.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0492	0.0244	0.0453	0.081	0.0095	0.0316	0.0307	0.0227	0.0095	0.0483	0.0437	0.0483	0.0798	0.0919	0.0735	0.0919	0.135
chr3R	11119117	11119285	chr3R:11119118-11119285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0462	0.0349	0.0565	0.0476	0.0159	0.0393	0.0359	0.054	0.0159	0.0374	0.09	0.0374	0.0511	0.0222	0.1212	0.0222	0.0391
chr3R	11119703	11119919	chr3R:11119704-11119919	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0444	0.0285	0.0451	0.0614	0.0074	0.0335	0.035	0.0406	0.0074	0.029	0.0444	0.029	0.0883	0.036	0.0928	0.036	0.0974
chr3R	11122823	11122974	chr3R:11122824-11122974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0319	0.0258	0.0181	0.0138	0.032	0.0446	0.0433	0.0138	0.0254	0.0299	0.0254	0.0356	0.0237	0.0135	0.0237	0.0255
chr3R	11128033	11128184	chr3R:11128034-11128184	distal	distal	stage5	stage5	VT42005.1	VT42005.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0213	0.0323	0.0187	0.012	0.0138	0.0277	0.0493	0.0386	0.0138	0.0193	0.0212	0.0193	0.0232	0.0237	0.011	0.0237	0.012
chr3R	11129752	11129903	chr3R:11129753-11129903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0161	0.0234	0.0131	0.0111	0.0138	0.0141	0.0441	0.0207	0.0138	0.0145	0.0141	0.0145	0.0155	0.0168	0.0084	0.0168	0.0146
chr3R	11130700	11130922	chr3R:11130701-11130922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.0168	0.0282	0.0207	0.0064	0.017	0.0221	0.0253	0.0064	0.026	0.0251	0.026	0.0411	0.0314	0.0161	0.0314	0.0328
chr3R	11135540	11135995	chr3R:11135541-11135995	FBgn0004117	Tm2	stage14	none	VT42009.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0652	0.0315	0.052	0.1174	0.0064	0.0476	0.0368	0.0313	0.0064	0.0912	0.0437	0.0912	0.0643	0.366	0.0741	0.366	0.087
chr3R	11136158	11136309	chr3R:11136159-11136309	FBgn0004117	Tm2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0111	0.0121	0.0223	0.0064	0.0112	0.0143	0.0147	0.0064	0.0169	0.0116	0.0169	0.0155	0.0704	0.0181	0.0704	0.0135
chr3R	11136500	11136680	chr3R:11136501-11136680	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0271	0.0173	0.0164	0.0499	0.0074	0.0199	0.0285	0.0093	0.0074	0.0223	0.0151	0.0223	0.0287	0.1677	0.0264	0.1677	0.0334
chr3R	11137363	11137514	chr3R:11137364-11137514	distal	distal	stage14	stage14	Tm2_intronID	Tm2_intronID	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0176	0.0122	0.0152	0.0263	0.0021	0.0131	0.0169	0.0167	0.0021	0.0217	0.0154	0.0217	0.0201	0.0957	0.0123	0.0957	0.0135
chr3R	11139750	11139919	chr3R:11139751-11139919	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0376	0.0349	0.0191	0.017	0.0325	0.0523	0.054	0.017	0.026	0.0476	0.026	0.0434	0.0276	0.0309	0.0276	0.0214
chr3R	11145712	11146037	chr3R:11145713-11146037	FBgn0026441,FBgn0038316	CG6276,ear	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0767	0.0555	0.0745	0.1028	0.0233	0.0733	0.0653	0.0613	0.0233	0.0791	0.074	0.0791	0.117	0.1263	0.1025	0.1263	0.1287
chr3R	11146108	11146331	chr3R:11146109-11146331	FBgn0026441,FBgn0038316	CG6276,ear	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0821	0.0573	0.1029	0.0869	0.0201	0.0772	0.0619	0.0746	0.0201	0.1262	0.1096	0.1262	0.1146	0.0957	0.0793	0.0957	0.1068
chr3R	11146374	11146560	chr3R:11146375-11146560	FBgn0026441	ear	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.0936	0.1418	0.1171	0.0477	0.1194	0.1047	0.1213	0.0477	0.1715	0.1572	0.1715	0.1448	0.1179	0.1302	0.1179	0.1449
chr3R	11146660	11146951	chr3R:11146661-11146951	FBgn0026441	ear	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.064	0.0527	0.0761	0.0634	0.017	0.067	0.0614	0.0706	0.017	0.0864	0.0797	0.0864	0.093	0.0651	0.0632	0.0651	0.0745
chr3R	11153536	11153866	chr3R:11153537-11153866	FBgn0038318	CG6236	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0615	0.0646	0.0665	0.0526	0.0339	0.0816	0.0714	0.0833	0.0339	0.0731	0.064	0.0731	0.0728	0.0605	0.0419	0.0605	0.0537
chr3R	11153922	11154102	chr3R:11153923-11154102	FBgn0000533,FBgn0038318	CG6236,ea	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0665	0.0775	0.0631	0.0581	0.0445	0.0898	0.0787	0.1226	0.0445	0.0658	0.0608	0.0658	0.0751	0.0559	0.0374	0.0559	0.0662
chr3R	11154405	11154556	chr3R:11154406-11154556	FBgn0000533,FBgn0038318	CG6236,ea	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.025	0.0196	0.0254	0.0305	0.0074	0.0194	0.0264	0.024	0.0074	0.0242	0.0296	0.0242	0.031	0.0115	0.0509	0.0115	0.0391
chr3R	11154711	11154862	chr3R:11154712-11154862	FBgn0000533	ea	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0227	0.0204	0.0263	0.0213	0.0032	0.0223	0.0281	0.028	0.0032	0.0242	0.0325	0.0242	0.0271	0.0084	0.0516	0.0084	0.0162
chr3R	11156045	11156251	chr3R:11156046-11156251	FBgn0038319	mRpL9	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0678	0.0886	0.0564	0.0308	0.0869	0.0735	0.0919	0.0308	0.1087	0.0965	0.1087	0.093	0.0689	0.0529	0.0689	0.0646
chr3R	11156359	11156530	chr3R:11156360-11156530	FBgn0038319	mRpL9	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.109	0.1031	0.1317	0.0908	0.0498	0.1282	0.1107	0.1466	0.0498	0.1769	0.1389	0.1769	0.1309	0.1026	0.0922	0.1026	0.1089
chr3R	11156730	11157269	chr3R:11156731-11157269	FBgn0038319	mRpL9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0943	0.1043	0.1223	0.0525	0.0615	0.1354	0.1016	0.1486	0.0615	0.1757	0.1241	0.1757	0.1356	0.0597	0.038	0.0597	0.0839
chr3R	11158354	11158505	chr3R:11158355-11158505	FBgn0013269,FBgn0038320	FK506-bp1,Sra-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0501	0.0462	0.0681	0.0347	0.0308	0.0583	0.051	0.0573	0.0308	0.0785	0.0781	0.0785	0.0689	0.0398	0.029	0.0398	0.049
chr3R	11158827	11159018	chr3R:11158828-11159018	FBgn0013269,FBgn0038320	FK506-bp1,Sra-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1996	0.1796	0.2372	0.1806	0.1092	0.218	0.1981	0.2425	0.1092	0.2959	0.2428	0.2959	0.2572	0.1968	0.1683	0.1968	0.2303
chr3R	11166024	11166186	chr3R:11166025-11166186	FBgn0021750	Aats-ser	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0448	0.0257	0.0423	0.0689	0.0053	0.0359	0.0324	0.0266	0.0053	0.0338	0.0457	0.0338	0.0689	0.0482	0.0735	0.0482	0.1079
chr3R	11166269	11166431	chr3R:11166270-11166431	FBgn0021750	Aats-ser	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0587	0.0292	0.0533	0.0976	0.0095	0.0383	0.0372	0.0293	0.0095	0.0356	0.0582	0.0356	0.0868	0.0858	0.1006	0.0858	0.1402
chr3R	11166555	11166706	chr3R:11166556-11166706	FBgn0021750	Aats-ser	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0333	0.015	0.0335	0.0536	0.0032	0.017	0.0195	0.018	0.0032	0.0223	0.0405	0.0223	0.048	0.0551	0.0554	0.0551	0.0771
chr3R	11168674	11168862	chr3R:11168675-11168862	FBgn0038321	CG6218	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1237	0.0789	0.1492	0.1458	0.0382	0.1039	0.0917	0.0939	0.0382	0.131	0.1672	0.131	0.1789	0.1424	0.147	0.1424	0.2095
chr3R	11169199	11169368	chr3R:11169200-11169368	FBgn0038321	CG6218	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0971	0.0601	0.1099	0.1244	0.0371	0.0762	0.0718	0.0666	0.0371	0.099	0.1209	0.099	0.1557	0.1386	0.1302	0.1386	0.1631
chr3R	11171196	11171440	chr3R:11171197-11171440	FBgn0019925	Surf4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1282	0.1412	0.1538	0.0856	0.0912	0.1456	0.1592	0.2052	0.0912	0.1486	0.2026	0.1486	0.1557	0.1057	0.1193	0.1057	0.0959
chr3R	11171559	11171744	chr3R:11171560-11171744	FBgn0019925,FBgn0051301	CG31301,Surf4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0813	0.0739	0.1027	0.066	0.0467	0.0966	0.0718	0.1006	0.0467	0.1129	0.1318	0.1129	0.0914	0.0643	0.0748	0.0643	0.0922
chr3R	11171824	11171992	chr3R:11171825-11171992	FBgn0019925,FBgn0051301	CG31301,Surf4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1406	0.123	0.1755	0.1218	0.07	0.1534	0.1358	0.1606	0.07	0.2017	0.2045	0.2017	0.1774	0.134	0.1289	0.134	0.1579
chr3R	11172046	11172205	chr3R:11172047-11172205	FBgn0019925,FBgn0051301	CG31301,Surf4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0709	0.0616	0.0911	0.0592	0.0244	0.0689	0.0822	0.0713	0.0244	0.1226	0.1023	0.1226	0.0891	0.0727	0.0535	0.0727	0.0761
chr3R	11173426	11173587	chr3R:11173427-11173587	FBgn0261679,FBgn0261680	CG42726,CG42727	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0593	0.0675	0.0295	0.0361	0.0714	0.0753	0.0633	0.0361	0.0864	0.0746	0.0864	0.0612	0.0299	0.0335	0.0299	0.0328
chr3R	11173678	11173847	chr3R:11173679-11173847	FBgn0261679,FBgn0261680	CG42726,CG42727	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0945	0.1021	0.1179	0.0604	0.087	0.1097	0.1189	0.1239	0.087	0.1522	0.1328	0.1522	0.1053	0.0651	0.0587	0.0651	0.0808
chr3R	11173916	11174108	chr3R:11173917-11174108	FBgn0261679,FBgn0261680	CG42726,CG42727	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0654	0.0829	0.0765	0.0336	0.0721	0.083	0.1047	0.1046	0.0721	0.1008	0.0887	0.1008	0.0573	0.0291	0.0335	0.0291	0.0443
chr3R	11176413	11176564	chr3R:11176414-11176564	FBgn0038323,FBgn0038324	CG5038,CG6196	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0422	0.0536	0.0318	0.018	0.0515	0.0502	0.052	0.018	0.0688	0.0572	0.0688	0.0534	0.0276	0.0309	0.0276	0.0386
chr3R	11176639	11177033	chr3R:11176640-11177033	FBgn0038323,FBgn0038324	CG5038,CG6196	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.1179	0.1627	0.1218	0.0657	0.1432	0.1302	0.1586	0.0657	0.1938	0.1775	0.1938	0.172	0.1118	0.1309	0.1118	0.1595
chr3R	11179835	11179986	chr3R:11179836-11179986	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0263	0.0339	0.0259	0.0182	0.0159	0.0422	0.0398	0.0386	0.0159	0.0284	0.0293	0.0284	0.0364	0.01	0.02	0.01	0.0334
chr3R	11182352	11182717	chr3R:11182353-11182717	FBgn0038325,FBgn0038326	CG5044,CG6194	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0653	0.0661	0.0662	0.0634	0.0456	0.083	0.0813	0.0713	0.0456	0.0779	0.0691	0.0779	0.079	0.0697	0.0451	0.0697	0.0818
chr3R	11182835	11183037	chr3R:11182836-11183037	FBgn0038325,FBgn0038326	CG5044,CG6194	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0838	0.0835	0.0829	0.0851	0.0626	0.1049	0.0995	0.0946	0.0626	0.1014	0.083	0.1014	0.093	0.0896	0.0651	0.0896	0.0959
chr3R	11187089	11187276	chr3R:11187090-11187276	FBgn0026634,FBgn0038327	Trax,ldlCp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0478	0.0398	0.0613	0.0421	0.0148	0.0553	0.0476	0.044	0.0148	0.0688	0.0688	0.0688	0.072	0.0391	0.0432	0.0391	0.0578
chr3R	11187315	11187488	chr3R:11187316-11187488	FBgn0026634,FBgn0038327	Trax,ldlCp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0658	0.0853	0.0613	0.0255	0.0801	0.0787	0.0846	0.0255	0.1111	0.0875	0.1111	0.0899	0.0528	0.0651	0.0528	0.0844
chr3R	11187542	11187758	chr3R:11187543-11187758	FBgn0026634,FBgn0038327	Trax,ldlCp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0484	0.0618	0.0366	0.0191	0.0505	0.064	0.0633	0.0191	0.0773	0.0691	0.0773	0.0558	0.0322	0.0387	0.0322	0.0521
chr3R	11187779	11187930	chr3R:11187780-11187930	FBgn0026634,FBgn0038327	Trax,ldlCp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0348	0.0485	0.0216	0.018	0.0393	0.0402	0.048	0.018	0.058	0.0598	0.058	0.0426	0.0176	0.0232	0.0176	0.025
chr3R	11189490	11189707	chr3R:11189491-11189707	FBgn0026737	CG6171	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0831	0.0712	0.1072	0.07	0.052	0.0956	0.0779	0.0753	0.052	0.1159	0.1299	0.1159	0.1139	0.0789	0.0703	0.0789	0.0948
chr3R	11189725	11189972	chr3R:11189726-11189972	FBgn0026737	CG6171	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0588	0.0507	0.0725	0.0529	0.0361	0.0655	0.0606	0.0526	0.0361	0.0809	0.0823	0.0809	0.0837	0.0674	0.0509	0.0674	0.0667
chr3R	11193006	11193220	chr3R:11193007-11193220	FBgn0085433	CG34404	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0395	0.0607	0.0473	0.0201	0.0485	0.0458	0.0466	0.0201	0.0586	0.0723	0.0586	0.0651	0.0475	0.0496	0.0475	0.0537
chr3R	11193327	11193500	chr3R:11193328-11193500	FBgn0085433	CG34404	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0982	0.1156	0.0852	0.0657	0.1068	0.1142	0.1339	0.0657	0.1341	0.1344	0.1341	0.1193	0.0896	0.0858	0.0896	0.1006
chr3R	11195348	11195499	chr3R:11195349-11195499	FBgn0038330	CG14868	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0226	0.028	0.0305	0.0095	0.0243	0.0329	0.026	0.0095	0.026	0.0325	0.026	0.0209	0.0222	0.0064	0.0222	0.0162
chr3R	11195591	11195742	chr3R:11195592-11195742	FBgn0038330	CG14868	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.0241	0.0247	0.0363	0.0127	0.0218	0.0329	0.0333	0.0127	0.0266	0.0241	0.0266	0.024	0.0314	0.0077	0.0314	0.0167
chr3R	11197300	11197451	chr3R:11197301-11197451	FBgn0038331,FBgn0038332	CG5073,CG6136	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0591	0.0632	0.0669	0.046	0.0414	0.0602	0.0735	0.0946	0.0414	0.0761	0.0743	0.0761	0.0674	0.0467	0.0438	0.0467	0.0615
chr3R	11197568	11197760	chr3R:11197569-11197760	FBgn0038331,FBgn0038332	CG5073,CG6136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1482	0.1471	0.1693	0.1263	0.1188	0.1597	0.1756	0.1785	0.1188	0.192	0.1887	0.192	0.1797	0.1294	0.1425	0.1294	0.1464
chr3R	11197777	11198069	chr3R:11197778-11198069	FBgn0038331,FBgn0038332	CG5073,CG6136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1454	0.1299	0.0886	0.106	0.135	0.1977	0.1805	0.106	0.1516	0.1476	0.1516	0.1433	0.075	0.1109	0.075	0.1032
chr3R	11200079	11200408	chr3R:11200080-11200408	FBgn0262483	Rbp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1254	0.0985	0.1621	0.1152	0.0488	0.1257	0.0934	0.1472	0.0488	0.1993	0.1682	0.1993	0.1216	0.0704	0.0664	0.0704	0.099
chr3R	11200831	11200982	chr3R:11200832-11200982	FBgn0262483	Rbp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0093	0.0148	0.0302	0.0053	0.0092	0.0151	0.008	0.0053	0.0109	0.0135	0.0109	0.017	0.0084	0.0077	0.0084	0.024
chr3R	11201057	11201208	chr3R:11201058-11201208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0151	0.0211	0.0487	0.0053	0.0141	0.0264	0.0127	0.0053	0.0211	0.0193	0.0211	0.0248	0.0191	0.0142	0.0191	0.036
chr3R	11201380	11201654	chr3R:11201381-11201654	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.042	0.0226	0.0305	0.0765	0.0032	0.0243	0.0398	0.0193	0.0032	0.0175	0.027	0.0175	0.0287	0.0306	0.0226	0.0306	0.0474
chr3R	11204767	11205064	chr3R:11204768-11205064	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1637	0.1782	0.1931	0.1153	0.1368	0.1927	0.2063	0.2239	0.1368	0.2077	0.228	0.2077	0.1619	0.0658	0.0935	0.0658	0.0948
chr3R	11222403	11222636	chr3R:11222404-11222636	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0301	0.0471	0.023	0.0191	0.0361	0.0267	0.0822	0.044	0.0361	0.029	0.0244	0.029	0.024	0.0191	0.0187	0.0191	0.024
chr3R	11233718	11233869	chr3R:11233719-11233869	FBgn0041188	Atx2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0511	0.0454	0.0645	0.0428	0.0159	0.0563	0.0575	0.0526	0.0159	0.0688	0.0714	0.0688	0.0751	0.0398	0.0374	0.0398	0.0563
chr3R	11234025	11234198	chr3R:11234026-11234198	FBgn0041188	Atx2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1896	0.1583	0.2396	0.1699	0.0965	0.2024	0.1782	0.1919	0.0965	0.2844	0.2572	0.2844	0.2316	0.1669	0.1838	0.1669	0.1886
chr3R	11234270	11234469	chr3R:11234271-11234469	FBgn0041188	Atx2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1434	0.119	0.1802	0.1302	0.0817	0.1519	0.1267	0.1499	0.0817	0.2174	0.1907	0.2174	0.1844	0.1424	0.1438	0.1424	0.1397
chr3R	11234550	11234718	chr3R:11234551-11234718	FBgn0041188	Atx2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0692	0.0566	0.0846	0.0664	0.0318	0.0786	0.0619	0.068	0.0318	0.096	0.091	0.096	0.0922	0.0704	0.0716	0.0704	0.0797
chr3R	11234855	11235067	chr3R:11234856-11235067	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0438	0.0278	0.0529	0.0518	0.0127	0.0369	0.0359	0.0313	0.0127	0.0622	0.0524	0.0622	0.0596	0.0605	0.0561	0.0605	0.0719
chr3R	11235373	11235593	chr3R:11235374-11235593	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.035	0.0646	0.0664	0.0233	0.0388	0.0363	0.0553	0.0233	0.0833	0.0563	0.0833	0.0821	0.0881	0.0754	0.0881	0.0855
chr3R	11235637	11235788	chr3R:11235638-11235788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0421	0.0288	0.0462	0.0526	0.0095	0.0398	0.0285	0.04	0.0095	0.0525	0.0412	0.0525	0.0627	0.0544	0.0567	0.0544	0.0818
chr3R	11236254	11236405	chr3R:11236255-11236405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0325	0.0273	0.0344	0.0362	0.0127	0.0296	0.035	0.0373	0.0127	0.0332	0.0354	0.0332	0.048	0.0268	0.0251	0.0268	0.0667
chr3R	11237062	11237219	chr3R:11237063-11237219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0326	0.0204	0.0385	0.0397	0.0074	0.0214	0.0255	0.0293	0.0074	0.0356	0.0254	0.0356	0.0287	0.023	0.0116	0.023	0.0203
chr3R	11243565	11243981	chr3R:11243566-11243981	FBgn0262367,FBgn0262397,FBgn0262429	mir-13a,mir-13b-1,mir-2c	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2423	0.3025	0.2675	0.1473	0.263	0.3553	0.2984	0.4077	0.263	0.3527	0.2756	0.3527	0.1425	0.0505	0.1186	0.0505	0.0995
chr3R	11244085	11244396	chr3R:11244086-11244396	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2348	0.3142	0.2463	0.1335	0.2874	0.3782	0.2803	0.4524	0.2874	0.372	0.2363	0.372	0.0674	0.0482	0.0761	0.0482	0.0448
chr3R	11244946	11245172	chr3R:11244947-11245172	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1962	0.2372	0.2206	0.1237	0.1792	0.2825	0.2223	0.3404	0.1792	0.314	0.2186	0.314	0.0852	0.0766	0.0709	0.0766	0.0594
chr3R	11245669	11245898	chr3R:11245670-11245898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0867	0.1074	0.0975	0.0517	0.0753	0.1267	0.1142	0.1519	0.0753	0.1202	0.0939	0.1202	0.0434	0.0214	0.0393	0.0214	0.0156
chr3R	11246106	11246278	chr3R:11246107-11246278	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1552	0.2055	0.1648	0.0884	0.1718	0.234	0.2132	0.2825	0.1718	0.2319	0.1621	0.2319	0.0426	0.0283	0.0503	0.0283	0.0193
chr3R	11246340	11246565	chr3R:11246341-11246565	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1953	0.2365	0.2256	0.116	0.1845	0.2757	0.2444	0.3271	0.1845	0.3261	0.2354	0.3261	0.0922	0.072	0.109	0.072	0.0521
chr3R	11251991	11252142	chr3R:11251992-11252142	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0137	0.0087	0.0095	0.0238	0.0042	0.0049	0.0182	0.008	0.0042	0.003	0.0164	0.003	0.0108	0.0054	0.0864	0.0054	0.0099
chr3R	11253093	11253305	chr3R:11253094-11253305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0143	0.0225	0.0492	0.0042	0.0141	0.0216	0.018	0.0042	0.0157	0.0344	0.0157	0.017	0.0153	0.1618	0.0153	0.0214
chr3R	11253472	11253626	chr3R:11253473-11253626	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0082	0.0208	0.0437	0.0011	0.0102	0.0125	0.0087	0.0011	0.0079	0.0383	0.0079	0.017	0.0046	0.1612	0.0046	0.0193
chr3R	11253840	11253991	chr3R:11253841-11253991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0173	0.0083	0.0133	0.0318	0	0.0068	0.0156	0.01	0	0.0066	0.0228	0.0066	0.0116	0.0054	0.1212	0.0054	0.0099
chr3R	11254365	11254516	chr3R:11254366-11254516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0155	0.0101	0.0132	0.024	0.0032	0.0083	0.0177	0.01	0.0032	0.0085	0.0215	0.0085	0.0077	0.0031	0.0845	0.0031	0.0073
chr3R	11259331	11259482	chr3R:11259332-11259482	FBgn0038339	CG6118	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.012	0.0123	0.0322	0.0053	0.0078	0.0216	0.014	0.0053	0.0097	0.0196	0.0097	0.0101	0.0115	0.1154	0.0115	0.0078
chr3R	11260595	11260746	chr3R:11260596-11260746	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0217	0.0085	0.0171	0.0414	0.0042	0.0087	0.0177	0.002	0.0042	0.0048	0.0309	0.0048	0.0186	0.0023	0.1657	0.0023	0.0104
chr3R	11262668	11262819	chr3R:11262669-11262819	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0108	0.015	0.0295	0.0042	0.0121	0.0164	0.0093	0.0042	0.0042	0.0277	0.0042	0.0101	0.0038	0.1135	0.0038	0.0068
chr3R	11263293	11263763	chr3R:11263294-11263763	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0836	0.0525	0.0953	0.1054	0.0233	0.0612	0.0688	0.062	0.0233	0.0574	0.1633	0.0574	0.0596	0.0314	0.3398	0.0314	0.0537
chr3R	11263875	11264055	chr3R:11263876-11264055	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0781	0.067	0.0956	0.0713	0.0424	0.0772	0.0835	0.0813	0.0424	0.0996	0.127	0.0996	0.0821	0.072	0.1064	0.072	0.0688
chr3R	11277350	11277501	chr3R:11277351-11277501	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0106	0.0069	0.0079	0.0177	0.0042	0.0068	0.0108	0.006	0.0042	0.0066	0.0122	0.0066	0.0054	0.0077	0.0574	0.0077	0.0089
chr3R	11277611	11277762	chr3R:11277612-11277762	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0102	0.0066	0.0086	0.016	0.0021	0.0058	0.0134	0.0047	0.0021	0.0042	0.0145	0.0042	0.0062	0.0061	0.0529	0.0061	0.0068
chr3R	11284000	11284151	chr3R:11284001-11284151	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0095	0.0057	0.0086	0.0146	0.0021	0.0053	0.0117	0.0033	0.0021	0.0085	0.0096	0.0085	0.0124	0.0084	0.0116	0.0084	0.0349
chr3R	11296603	11296754	chr3R:11296604-11296754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0138	0.009	0.0123	0.0207	0.0011	0.0087	0.0169	0.0073	0.0011	0.0133	0.0158	0.0133	0.0132	0.0054	0.0683	0.0054	0.0109
chr3R	11296871	11297022	chr3R:11296872-11297022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0086	0.0138	0.0181	0.0032	0.0097	0.0112	0.0093	0.0032	0.0121	0.0209	0.0121	0.0147	0.0077	0.0477	0.0077	0.0141
chr3R	11299073	11299584	chr3R:11299074-11299584	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0632	0.0922	0.0602	0.0343	0.0541	0.0922	0.1116	0.1252	0.0541	0.0598	0.0785	0.0598	0.0573	0.0222	0.0703	0.0222	0.0401
chr3R	11299720	11300081	chr3R:11299721-11300081	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0466	0.0583	0.0466	0.0336	0.0297	0.0607	0.0696	0.0819	0.0297	0.0399	0.0569	0.0399	0.062	0.036	0.0574	0.036	0.0386
chr3R	11301854	11302293	chr3R:11301855-11302293	FBgn0038341	CG14869	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1381	0.1724	0.1363	0.1017	0.1569	0.1922	0.1903	0.2132	0.1569	0.1492	0.1408	0.1492	0.189	0.1103	0.1322	0.1103	0.1542
chr3R	11303477	11303628	chr3R:11303478-11303628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0146	0.0145	0.0157	0.0134	0.0042	0.0184	0.0212	0.0147	0.0042	0.0199	0.0177	0.0199	0.017	0.0352	0.0155	0.0352	0.0104
chr3R	11304113	11304264	chr3R:11304114-11304264	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0219	0.0273	0.0221	0.0156	0.0148	0.0316	0.0368	0.03	0.0148	0.0405	0.0196	0.0405	0.0201	0.0413	0.0181	0.0413	0.0094
chr3R	11304784	11304935	chr3R:11304785-11304935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0122	0.0132	0.0093	0.0142	0.0053	0.0136	0.0247	0.0073	0.0053	0.0139	0.0103	0.0139	0.0077	0.0421	0.0097	0.0421	0.0115
chr3R	11311659	11311835	chr3R:11311660-11311835	FBgn0038344	CG5205	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1214	0.1104	0.1425	0.1106	0.0774	0.1277	0.1198	0.1432	0.0774	0.18	0.1566	0.18	0.1441	0.111	0.1219	0.111	0.1381
chr3R	11311956	11312107	chr3R:11311957-11312107	FBgn0038344	CG5205	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0487	0.0391	0.0605	0.0464	0.0233	0.0427	0.0454	0.0506	0.0233	0.0719	0.0643	0.0719	0.0604	0.0429	0.0548	0.0429	0.0552
chr3R	11318768	11318948	chr3R:11318769-11318948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.0467	0.0548	0.0425	0.018	0.0544	0.0653	0.0526	0.018	0.0719	0.0627	0.0719	0.0496	0.049	0.0451	0.049	0.05
chr3R	11319060	11319238	chr3R:11319061-11319238	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1308	0.1269	0.135	0.1306	0.0764	0.1539	0.144	0.1572	0.0764	0.1624	0.1518	0.1624	0.1332	0.1455	0.1528	0.1455	0.1475
chr3R	11319371	11319529	chr3R:11319372-11319529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0412	0.0373	0.0431	0.0436	0.0191	0.051	0.0372	0.0513	0.0191	0.0477	0.0511	0.0477	0.0426	0.0582	0.0413	0.0582	0.0417
chr3R	11323886	11324040	chr3R:11323887-11324040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0092	0.0123	0.017	0.0053	0.0102	0.0117	0.0113	0.0053	0.0127	0.0113	0.0127	0.0046	0.0084	0.0071	0.0084	0.0089
chr3R	11326892	11327043	chr3R:11326893-11327043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0196	0.0211	0.0127	0.0064	0.0257	0.0329	0.01	0.0064	0.0085	0.0238	0.0085	0.0101	0.0054	0.011	0.0054	0.0073
chr3R	11327169	11327320	chr3R:11327170-11327320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0132	0.0155	0.0145	0.0093	0.0042	0.0155	0.0294	0.0107	0.0042	0.0115	0.0154	0.0115	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0031
chr3R	11327833	11327984	chr3R:11327834-11327984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0141	0.0214	0.0112	0.0092	0.0117	0.0136	0.0415	0.0187	0.0117	0.0066	0.0122	0.0066	0.0101	0.0031	0.009	0.0031	0.0047
chr3R	11329352	11329526	chr3R:11329353-11329526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0098	0.0107	0.0148	0.0021	0.0073	0.0186	0.01	0.0021	0.0042	0.0087	0.0042	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.001
chr3R	11332207	11332392	chr3R:11332208-11332392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0146	0.0263	0.0155	0.0053	0.018	0.0203	0.0133	0.0053	0.0115	0.0453	0.0115	0.0163	0.0061	0.0387	0.0061	0.0083
chr3R	11337976	11338164	chr3R:11337977-11338164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0283	0.0111	0.0289	0.0469	0.0042	0.0141	0.0156	0.0107	0.0042	0.0187	0.0203	0.0187	0.0108	0.0054	0.011	0.0054	0.0094
chr3R	11338230	11338389	chr3R:11338231-11338389	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0116	0.0277	0.043	0.0053	0.0141	0.013	0.0167	0.0053	0.0157	0.0148	0.0157	0.0085	0.0038	0.0071	0.0038	0.0104
chr3R	11339021	11339194	chr3R:11339022-11339194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0101	0.0174	0.0302	0.0074	0.0097	0.0147	0.0127	0.0074	0.0091	0.0103	0.0091	0.0054	0.0061	0.0052	0.0061	0.0104
chr3R	11339526	11339779	chr3R:11339527-11339779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0128	0.0211	0.0267	0.0053	0.0141	0.0221	0.0073	0.0053	0.0139	0.0145	0.0139	0.0093	0.0061	0.0052	0.0061	0.0073
chr3R	11342976	11343127	chr3R:11342977-11343127	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.006	0.0082	0.017	0.0042	0.0034	0.0134	0.004	0.0042	0.0048	0.0068	0.0048	0.007	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chr3R	11344206	11344361	chr3R:11344207-11344361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0111	0.0203	0.035	0.0074	0.0141	0.0138	0.0087	0.0074	0.0103	0.0113	0.0103	0.0046	0.0054	0.0045	0.0054	0.0063
chr3R	11344549	11344700	chr3R:11344550-11344700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0101	0.0115	0.0182	0.0042	0.0053	0.0195	0.0107	0.0042	0.0121	0.0087	0.0121	0.0023	0.0015	0.0039	0.0015	0.0036
chr3R	11363012	11363277	chr3R:11363013-11363277	FBgn0038347	CG18522	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0168	0.0275	0.0291	0.0064	0.0155	0.0294	0.0147	0.0064	0.0151	0.0305	0.0151	0.0573	0.0168	0.0277	0.0168	0.0599
chr3R	11379156	11379307	chr3R:11379157-11379307	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.0141	0.0477	0.0191	0.0053	0.0155	0.016	0.0213	0.0053	0.0121	0.1023	0.0121	0.0077	0.0023	0.0593	0.0023	0.0094
chr3R	11379394	11379554	chr3R:11379395-11379554	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0323	0.0133	0.0609	0.0221	0.0042	0.0199	0.0147	0.0173	0.0042	0.0151	0.1318	0.0151	0.0093	0.0038	0.0722	0.0038	0.0099
chr3R	11380220	11380452	chr3R:11380221-11380452	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.015	0.05	0.0201	0.0053	0.0165	0.0251	0.0133	0.0053	0.0229	0.0913	0.0229	0.0147	0.0061	0.0426	0.0061	0.013
chr3R	11385910	11386199	chr3R:11385911-11386199	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0118	0.0195	0.0255	0.0032	0.0126	0.019	0.0127	0.0032	0.0163	0.0193	0.0163	0.0108	0.0077	0.0071	0.0077	0.0104
chr3R	11388630	11388781	chr3R:11388631-11388781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0109	0.0143	0.0108	0.0071	0.0074	0.0126	0.0242	0.014	0.0074	0.0097	0.0129	0.0097	0.0039	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr3R	11388854	11389005	chr3R:11388855-11389005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0108	0.0126	0.0093	0.0021	0.0092	0.0195	0.0093	0.0021	0.0133	0.0135	0.0133	0.0031	0.0031	6e-04	0.0031	0.0042
chr3R	11400787	11401018	chr3R:11400788-11401018	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0318	0.0461	0.0411	0.0056	0.0308	0.0296	0.0727	0.0673	0.0308	0.0332	0.0521	0.0332	0.0062	0.0046	0.0103	0.0046	0.0026
chr3R	11401166	11401317	chr3R:11401167-11401317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0268	0.0236	0.0071	0.0148	0.0238	0.0437	0.0306	0.0148	0.0193	0.0315	0.0193	0.0108	0.0046	0.0206	0.0046	0.0021
chr3R	11401571	11401722	chr3R:11401572-11401722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0203	0.0324	0.0149	0.0085	0.0184	0.032	0.0266	0.0085	0.0127	0.0608	0.0127	0.0116	0.0145	0.0368	0.0145	0.0057
chr3R	11401798	11402208	chr3R:11401799-11402208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0364	0.0302	0.0544	0.0235	0.0095	0.0267	0.0411	0.0506	0.0095	0.0284	0.1061	0.0284	0.0155	0.0184	0.0632	0.0184	0.0094
chr3R	11403542	11404241	chr3R:11403543-11404241	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0761	0.0769	0.1036	0.0451	0.0276	0.1107	0.074	0.1033	0.0276	0.1304	0.1032	0.1304	0.0318	0.0107	0.029	0.0107	0.0109
chr3R	11404298	11404449	chr3R:11404299-11404449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0318	0.0335	0.0437	0.0167	0.0138	0.0417	0.0428	0.0413	0.0138	0.0423	0.0569	0.0423	0.0101	0.0061	0.0161	0.0061	0.0089
chr3R	11405185	11405438	chr3R:11405186-11405438	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0621	0.0643	0.1011	0.0169	0.0255	0.0951	0.0614	0.0879	0.0255	0.0906	0.1537	0.0906	0.0488	0.0061	0.0271	0.0061	0.0078
chr3R	11405456	11405607	chr3R:11405457-11405607	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.046	0.042	0.078	0.0153	0.018	0.0578	0.045	0.0533	0.018	0.0586	0.1132	0.0586	0.0496	0.0061	0.0168	0.0061	0.0109
chr3R	11405706	11405896	chr3R:11405707-11405896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0417	0.0465	0.0566	0.0199	0.0255	0.0544	0.0623	0.0493	0.0255	0.0435	0.0608	0.0435	0.0341	0.0077	0.0071	0.0077	0.0125
chr3R	11406256	11406415	chr3R:11406257-11406415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0268	0.0406	0.0221	0.017	0.032	0.0307	0.032	0.017	0.0254	0.0251	0.0254	0.0147	8e-04	0.0058	8e-04	0.0104
chr3R	11406723	11406964	chr3R:11406724-11406964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0422	0.0514	0.0213	0.0138	0.0437	0.0536	0.0586	0.0138	0.0429	0.0418	0.0429	0.0201	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr3R	11408271	11408422	chr3R:11408272-11408422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.03	0.0385	0.021	0.0223	0.0282	0.0428	0.036	0.0223	0.0266	0.0659	0.0266	0.0201	0.013	0.0638	0.013	0.0052
chr3R	11408485	11408636	chr3R:11408486-11408636	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0432	0.0411	0.0551	0.0326	0.0201	0.0383	0.067	0.0426	0.0201	0.0393	0.1	0.0393	0.0217	0.026	0.0986	0.026	0.0135
chr3R	11408696	11409019	chr3R:11408697-11409019	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0607	0.0421	0.0835	0.0564	0.0233	0.0422	0.0631	0.05	0.0233	0.0598	0.1576	0.0598	0.0232	0.0605	0.1715	0.0605	0.0141
chr3R	11409263	11409453	chr3R:11409264-11409453	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0373	0.0672	0.0277	0.0145	0.0636	0.035	0.1073	0.0886	0.0636	0.0284	0.0424	0.0284	0.0062	0.0069	0.0368	0.0069	0.0073
chr3R	11410353	11410560	chr3R:11410354-11410560	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0701	0.1085	0.0874	0.0082	0.0265	0.1864	0.064	0.1739	0.0265	0.1655	0.1029	0.1655	0.007	0.0092	0.0103	0.0092	0.0031
chr3R	11411970	11412121	chr3R:11411971-11412121	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0264	0.0272	0.035	0.0162	0.0117	0.0325	0.0242	0.0473	0.0117	0.0465	0.0476	0.0465	0.0054	0.0038	0.0026	0.0038	0.0021
chr3R	11412335	11412514	chr3R:11412336-11412514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0319	0.033	0.0405	0.0212	0.0064	0.0612	0.0329	0.03	0.0064	0.0749	0.0357	0.0749	0.0108	0.0054	0.009	0.0054	0.0052
chr3R	11412816	11412967	chr3R:11412817-11412967	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_BN58-sm	Unspecified_BN58-sm	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.037	0.035	0.0617	0.0121	0.0064	0.068	0.0307	0.0346	0.0064	0.1957	0.0399	0.1957	0.0108	0.0161	0.0064	0.0161	0.0031
chr3R	11413055	11413386	chr3R:11413056-11413386	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN58-sm	Unspecified_BN58-sm	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.081	0.0774	0.1418	0.0185	0.0318	0.151	0.064	0.0646	0.0318	0.4136	0.1023	0.4136	0.0271	0.0368	0.0148	0.0368	0.0063
chr3R	11413439	11413590	chr3R:11413440-11413590	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN58-sm	Unspecified_BN58-sm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0467	0.0491	0.0782	0.0093	0.0127	0.1039	0.0311	0.0466	0.0127	0.2579	0.0408	0.2579	0.0085	0.01	0.0071	0.01	0.0031
chr3R	11414726	11414896	chr3R:11414727-11414896	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0515	0.0516	0.0761	0.0242	0.0201	0.0684	0.0398	0.0959	0.0201	0.09	0.1148	0.09	0.0217	0.0168	0.058	0.0168	0.0099
chr3R	11418198	11418349	chr3R:11418199-11418349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0138	0.0184	0.0111	0.0085	0.017	0.0182	0.0147	0.0085	0.0211	0.0206	0.0211	0.0093	0.0077	0.0077	0.0077	0.0068
chr3R	11423870	11424150	chr3R:11423871-11424150	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0184	0.0239	0.0166	0.0142	0.0106	0.0301	0.0298	0.0266	0.0106	0.026	0.0164	0.026	0.0015	0.0046	6e-04	0.0046	0.0026
chr3R	11425949	11426100	chr3R:11425950-11426100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0103	0.0188	0.0125	0.0042	0.0083	0.0177	0.0113	0.0042	0.0097	0.0129	0.0097	0.0077	0.0023	0.0064	0.0023	0.0047
chr3R	11426151	11426302	chr3R:11426152-11426302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0106	0.024	0.0153	0.0032	0.0112	0.0151	0.0127	0.0032	0.0091	0.0141	0.0091	0.0031	0.0061	0.0084	0.0061	0.0063
chr3R	11426348	11426499	chr3R:11426349-11426499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0148	0.0287	0.0228	0.0053	0.0141	0.0251	0.0147	0.0053	0.0199	0.0228	0.0199	0.0062	0.01	0.0129	0.01	0.0078
chr3R	11435040	11435334	chr3R:11435041-11435334	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0196	0.0504	0.0177	0.0117	0.0233	0.0268	0.02	0.0117	0.0229	0.0225	0.0229	0.0077	0.0054	0.0064	0.0054	0.0042
chr3R	11436959	11437143	chr3R:11436960-11437143	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0136	0.0288	0.0287	0.0064	0.0126	0.0208	0.0173	0.0064	0.0103	0.0138	0.0103	0.0085	0.0038	0.0032	0.0038	0.0063
chr3R	11437276	11437427	chr3R:11437277-11437427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0118	0.0176	0.0277	0.0032	0.0117	0.0173	0.016	0.0032	0.0145	0.0122	0.0145	0.0039	0.0092	0.0032	0.0092	0.0042
chr3R	11437737	11437888	chr3R:11437738-11437888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0133	0.0178	0.0203	0.0085	0.0136	0.0212	0.0133	0.0085	0.0103	0.0167	0.0103	0.0054	0.0031	0.0058	0.0031	0.0052
chr3R	11438225	11438376	chr3R:11438226-11438376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0106	0.0162	0.0199	0.0042	0.0073	0.0186	0.0113	0.0042	0.0151	0.0148	0.0151	0.0124	0.0061	0.0052	0.0061	0.0078
chr3R	11439654	11439940	chr3R:11439655-11439940	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0309	0.0511	0.0187	0.0095	0.05	0.0294	0.0393	0.0095	0.061	0.0743	0.061	0.0108	0.01	0.0322	0.01	0.0094
chr3R	11441804	11441955	chr3R:11441805-11441955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0135	0.0102	0.0195	0.0106	0.0021	0.0117	0.0164	0.01	0.0021	0.0386	0.019	0.0386	0.0085	0.023	0.0097	0.023	0.0094
chr3R	11442564	11442759	chr3R:11442565-11442759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.024	0.0135	0.036	0.0227	0.0042	0.0146	0.0186	0.018	0.0042	0.1008	0.0254	0.1008	0.0139	0.0743	0.0123	0.0743	0.0104
chr3R	11443676	11443917	chr3R:11443677-11443917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0415	0.0233	0.0509	0.0515	0.0053	0.0335	0.0294	0.0253	0.0053	0.0731	0.0376	0.0731	0.0844	0.0904	0.0297	0.0904	0.0646
chr3R	11452085	11452236	chr3R:11452086-11452236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0188	0.0128	0.0313	0.0118	0.0032	0.0121	0.0212	0.0147	0.0032	0.0229	0.0547	0.0229	0.017	0.0168	0.0193	0.0168	0.0094
chr3R	11453580	11453770	chr3R:11453581-11453770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0266	0.0189	0.0329	0.0281	0.0053	0.0233	0.0281	0.0173	0.0053	0.0531	0.037	0.0531	0.0209	0.0888	0.0142	0.0888	0.0208
chr3R	11454009	11454160	chr3R:11454010-11454160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.0115	0.0203	0.0163	0.0053	0.0126	0.0177	0.0087	0.0053	0.0314	0.0232	0.0314	0.0155	0.0505	0.0097	0.0505	0.012
chr3R	11454440	11454631	chr3R:11454441-11454631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0265	0.0162	0.0321	0.0318	0.0064	0.0189	0.0229	0.0173	0.0064	0.0562	0.0389	0.0562	0.0194	0.0888	0.0355	0.0888	0.0188
chr3R	11458284	11458435	chr3R:11458285-11458435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0204	0.0318	0.0185	0.0096	0.018	0.0267	0.0454	0.0413	0.018	0.0127	0.0296	0.0127	0.0108	0.0138	0.0161	0.0138	0.0036
chr3R	11460182	11460375	chr3R:11460183-11460375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0195	0.0351	0.0174	0.0043	0.0138	0.0403	0.032	0.064	0.0138	0.0163	0.026	0.0163	0.0054	0.0046	0.0097	0.0046	0.0016
chr3R	11465793	11466039	chr3R:11465794-11466039	distal	distal	stage5	stage5	VT42167.1	VT42167.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0861	0.0753	0.0099	0.017	0.1379	0.0454	0.1632	0.017	0.1014	0.1129	0.1014	0.0256	0.0123	0.0084	0.0123	0.0115
chr3R	11466627	11466778	chr3R:11466628-11466778	distal	distal	none	none	VT42167.1	VT42167.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0233	0.0173	0.0354	0.0167	0.0042	0.0286	0.016	0.0213	0.0042	0.0562	0.0408	0.0562	0.0294	0.013	0.0116	0.013	0.0344
chr3R	11468475	11468679	chr3R:11468476-11468679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0391	0.0801	0.0097	0.0095	0.0655	0.0294	0.056	0.0095	0.1039	0.0868	0.1039	0.1131	0.0092	0.0168	0.0092	0.0115
chr3R	11468834	11469151	chr3R:11468835-11469151	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0805	0.0684	0.1539	0.0134	0.0201	0.1228	0.0402	0.1066	0.0201	0.2011	0.1817	0.2011	0.1797	0.0107	0.0174	0.0107	0.0193
chr3R	11469172	11469460	chr3R:11469173-11469460	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0729	0.0702	0.1289	0.0143	0.0318	0.1194	0.0575	0.0866	0.0318	0.1473	0.1624	0.1473	0.1603	0.0115	0.0226	0.0115	0.0203
chr3R	11469821	11470016	chr3R:11469822-11470016	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0391	0.0248	0.0763	0.0142	0.0032	0.0379	0.026	0.034	0.0032	0.1135	0.0939	0.1135	0.0658	0.0245	0.0303	0.0245	0.0057
chr3R	11470073	11470224	chr3R:11470074-11470224	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0233	0.0706	0.0128	0.0042	0.0311	0.026	0.0346	0.0042	0.0894	0.0984	0.0894	0.0565	0.0168	0.0258	0.0168	0.0083
chr3R	11470253	11470517	chr3R:11470254-11470517	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0496	0.0374	0.0938	0.0146	0.0064	0.0524	0.0368	0.0566	0.0064	0.0827	0.1492	0.0827	0.0775	0.01	0.0277	0.01	0.0151
chr3R	11472708	11472859	chr3R:11472709-11472859	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.037	0.0644	0.0373	0.0058	0.0117	0.0782	0.0446	0.1406	0.0117	0.038	0.0592	0.038	0.0186	0.0061	0.0084	0.0061	0.0078
chr3R	11472983	11473190	chr3R:11472984-11473190	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0561	0.089	0.0669	0.0074	0.018	0.1209	0.0493	0.1905	0.018	0.0731	0.1129	0.0731	0.0163	0.0077	0.0103	0.0077	0.0068
chr3R	11473437	11473744	chr3R:11473438-11473744	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.07	0.0776	0.1085	0.0192	0.0148	0.1252	0.0506	0.1352	0.0148	0.1196	0.1878	0.1196	0.0217	0.0237	0.0387	0.0237	0.0125
chr3R	11474477	11474628	chr3R:11474478-11474628	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0404	0.0487	0.0549	0.0152	0.0191	0.0617	0.0415	0.0846	0.0191	0.1087	0.0566	0.1087	0.0271	0.0322	0.0097	0.0322	0.0146
chr3R	11474638	11475068	chr3R:11474639-11475068	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0841	0.1408	0.0853	0.0194	0.0785	0.117	0.1691	0.2378	0.0785	0.157	0.082	0.157	0.0542	0.0482	0.011	0.0482	0.012
chr3R	11475354	11475681	chr3R:11475355-11475681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0647	0.0935	0.0808	0.0148	0.0573	0.1238	0.109	0.1053	0.0573	0.183	0.083	0.183	0.0225	0.0283	0.0148	0.0283	0.0162
chr3R	11475969	11476120	chr3R:11475970-11476120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0301	0.0272	0.0335	0.0295	0.0138	0.034	0.0337	0.0306	0.0138	0.0664	0.0251	0.0664	0.0341	0.0904	0.0135	0.0904	0.0287
chr3R	11476486	11476697	chr3R:11476487-11476697	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0316	0.013	0.0344	0.0493	0.0053	0.0218	0.0112	0.0173	0.0053	0.0888	0.0215	0.0888	0.024	0.1394	0.0193	0.1394	0.0526
chr3R	11477397	11477619	chr3R:11477398-11477619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0443	0.0393	0.0522	0.0412	0.0191	0.0442	0.0484	0.0553	0.0191	0.0598	0.0588	0.0598	0.0728	0.0674	0.0438	0.0674	0.0537
chr3R	11477743	11477894	chr3R:11477744-11477894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0272	0.0259	0.0363	0.0187	0.0074	0.035	0.0268	0.038	0.0074	0.0417	0.0399	0.0417	0.0496	0.0291	0.0181	0.0291	0.0271
chr3R	11478666	11478876	chr3R:11478667-11478876	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0522	0.0399	0.0739	0.0422	0.018	0.0544	0.0424	0.0486	0.018	0.0803	0.0897	0.0803	0.0682	0.0513	0.029	0.0513	0.0829
chr3R	11479700	11479973	chr3R:11479701-11479973	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0906	0.1797	0.0584	0.0263	0.2153	0.1189	0.2223	0.2585	0.2153	0.0622	0.0862	0.0622	0.0263	0.0276	0.0361	0.0276	0.0323
chr3R	11480000	11480151	chr3R:11480001-11480151	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0528	0.0916	0.0424	0.021	0.1177	0.0612	0.1133	0.1279	0.1177	0.0525	0.0588	0.0525	0.0178	0.0299	0.0271	0.0299	0.0261
chr3R	11480661	11480875	chr3R:11480662-11480875	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0619	0.1396	0.0312	0.0086	0.122	0.1282	0.1726	0.1832	0.122	0.0266	0.0495	0.0266	0.0116	0.0077	0.0097	0.0077	0.0063
chr3R	11481914	11482204	chr3R:11481915-11482204	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0485	0.077	0.0552	0.0093	0.0361	0.0549	0.0843	0.1592	0.0361	0.0368	0.0984	0.0368	0.0186	0.0077	0.0148	0.0077	0.0063
chr3R	11482223	11482418	chr3R:11482224-11482418	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0492	0.0589	0.0727	0.0124	0.0191	0.0495	0.0541	0.1359	0.0191	0.0272	0.1511	0.0272	0.0139	0.0084	0.0251	0.0084	0.0089
chr3R	11484483	11484672	chr3R:11484484-11484672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0151	0.0104	0.0192	0.0095	0.018	0.019	0.016	0.0095	0.0054	0.0084	0.0054	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chr3R	11486045	11486260	chr3R:11486046-11486260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0157	0.0223	0.0304	0.0042	0.0175	0.0199	0.02	0.0042	0.0109	0.0244	0.0109	0.0139	0.0061	0.0084	0.0061	0.0109
chr3R	11486327	11486478	chr3R:11486328-11486478	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.013	0.015	0.0195	0.0074	0.0136	0.0156	0.018	0.0074	0.0103	0.0151	0.0103	0.0093	0.0046	0.0032	0.0046	0.0073
chr3R	11490314	11490465	chr3R:11490315-11490465	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.049	0.0388	0.068	0.0395	0.018	0.0505	0.0411	0.0486	0.018	0.1069	0.0646	0.1069	0.0589	0.0597	0.0251	0.0597	0.0412
chr3R	11490564	11490776	chr3R:11490565-11490776	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1522	0.164	0.1764	0.1125	0.122	0.1883	0.1756	0.2292	0.122	0.2228	0.1797	0.2228	0.158	0.1011	0.107	0.1011	0.1376
chr3R	11491787	11491980	chr3R:11491788-11491980	FBgn0053207	pxb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.21	0.202	0.2532	0.1714	0.1548	0.2364	0.2219	0.2552	0.1548	0.3219	0.2643	0.3219	0.2316	0.1991	0.1928	0.1991	0.1918
chr3R	11492560	11492711	chr3R:11492561-11492711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0434	0.0444	0.0558	0.0285	0.0244	0.0587	0.0437	0.0593	0.0244	0.0731	0.0611	0.0731	0.0558	0.0253	0.0368	0.0253	0.037
chr3R	11492744	11492895	chr3R:11492745-11492895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0502	0.0742	0.0377	0.0286	0.0612	0.0545	0.0693	0.0286	0.087	0.0926	0.087	0.0697	0.0368	0.0535	0.0368	0.0443
chr3R	11494789	11495197	chr3R:11494790-11495197	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1804	0.2433	0.2343	0.051	0.1845	0.2408	0.2569	0.3864	0.1845	0.1371	0.355	0.1371	0.1495	0.0207	0.0961	0.0207	0.0406
chr3R	11496409	11496600	chr3R:11496410-11496600	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.077	0.0644	0.1216	0.0421	0.0223	0.1024	0.0493	0.0939	0.0223	0.0888	0.1672	0.0888	0.1487	0.0222	0.069	0.0222	0.0443
chr3R	11496745	11497004	chr3R:11496746-11497004	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0876	0.0804	0.1344	0.0443	0.0392	0.1325	0.0554	0.1186	0.0392	0.1051	0.1868	0.1051	0.0945	0.0253	0.0535	0.0253	0.0307
chr3R	11497032	11497232	chr3R:11497033-11497232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0525	0.0557	0.0747	0.0245	0.0265	0.0898	0.0402	0.0806	0.0265	0.0707	0.0887	0.0707	0.0387	0.0168	0.0213	0.0168	0.0141
chr3R	11497357	11497541	chr3R:11497358-11497541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0486	0.0661	0.0575	0.0194	0.0212	0.1	0.0437	0.1139	0.0212	0.0411	0.0637	0.0411	0.0356	0.0084	0.0142	0.0084	0.0141
chr3R	11498118	11498272	chr3R:11498119-11498272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.039	0.0358	0.0511	0.0294	0.0127	0.049	0.0311	0.0593	0.0127	0.0344	0.0437	0.0344	0.0403	0.0176	0.0161	0.0176	0.0162
chr3R	11498909	11499147	chr3R:11498910-11499147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0746	0.0844	0.0956	0.0408	0.0265	0.1699	0.0489	0.1033	0.0265	0.122	0.0929	0.122	0.0806	0.0199	0.0277	0.0199	0.0302
chr3R	11499169	11499400	chr3R:11499170-11499400	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0767	0.0677	0.1108	0.0494	0.0201	0.1383	0.0407	0.0793	0.0201	0.1721	0.0977	0.1721	0.1541	0.0528	0.0496	0.0528	0.0651
chr3R	11499421	11499573	chr3R:11499422-11499573	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0544	0.0376	0.0811	0.0437	0.0106	0.0728	0.0229	0.048	0.0106	0.1534	0.0704	0.1534	0.0937	0.0712	0.0548	0.0712	0.0433
chr3R	11501843	11501994	chr3R:11501844-11501994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0187	0.0327	0.0283	0.0042	0.0218	0.0199	0.0313	0.0042	0.0272	0.0293	0.0272	0.0775	0.0145	0.0251	0.0145	0.0573
chr3R	11502284	11502508	chr3R:11502285-11502508	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0671	0.0513	0.09	0.0596	0.0223	0.0791	0.0519	0.0586	0.0223	0.0737	0.0765	0.0737	0.2099	0.026	0.0342	0.026	0.1402
chr3R	11502564	11502775	chr3R:11502565-11502775	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0641	0.0464	0.0872	0.0586	0.0244	0.0655	0.045	0.06	0.0244	0.0833	0.0775	0.0833	0.1929	0.0306	0.0348	0.0306	0.1271
chr3R	11503091	11503270	chr3R:11503092-11503270	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0193	0.0371	0.0376	0.0095	0.0248	0.0216	0.0233	0.0095	0.0368	0.0415	0.0368	0.0565	0.0352	0.0226	0.0352	0.0787
chr3R	11503473	11503624	chr3R:11503474-11503624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0208	0.0156	0.0237	0.0234	0.0042	0.0296	0.0151	0.0127	0.0042	0.0205	0.0241	0.0205	0.048	0.0153	0.0103	0.0153	0.0563
chr3R	11504807	11504958	chr3R:11504808-11504958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0305	0.0367	0.0185	0.0085	0.0422	0.0268	0.0513	0.0085	0.0483	0.0437	0.0483	0.0294	0.0107	0.0232	0.0107	0.0203
chr3R	11505514	11505665	chr3R:11505515-11505665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0329	0.0405	0.0134	0.0138	0.0393	0.0355	0.0453	0.0138	0.0411	0.0514	0.0411	0.0449	0.01	0.0187	0.01	0.0141
chr3R	11505792	11505980	chr3R:11505793-11505980	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.07	0.0685	0.0905	0.049	0.0361	0.0864	0.0714	0.0966	0.0361	0.1014	0.1048	0.1014	0.1061	0.0452	0.0542	0.0452	0.0771
chr3R	11506846	11506997	chr3R:11506847-11506997	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0287	0.0346	0.0301	0.0205	0.0212	0.0379	0.0385	0.0466	0.0212	0.0284	0.0328	0.0284	0.0325	0.0138	0.0097	0.0138	0.0219
chr3R	11508884	11509163	chr3R:11508885-11509163	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0389	0.041	0.0447	0.0301	0.018	0.0447	0.0411	0.0706	0.018	0.0459	0.0534	0.0459	0.0333	0.013	0.0219	0.013	0.0135
chr3R	11510967	11511213	chr3R:11510968-11511213	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0444	0.0553	0.0566	0.0187	0.0244	0.0684	0.0558	0.0839	0.0244	0.0839	0.0605	0.0839	0.0364	0.013	0.0174	0.013	0.0078
chr3R	11511279	11511450	chr3R:11511280-11511450	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0382	0.0462	0.0476	0.0189	0.0212	0.0524	0.0458	0.0746	0.0212	0.0682	0.0514	0.0682	0.031	0.0077	0.0187	0.0077	0.0151
chr3R	11511900	11512070	chr3R:11511901-11512070	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0371	0.0368	0.0456	0.0281	0.0117	0.0403	0.0346	0.0653	0.0117	0.0417	0.0514	0.0417	0.0387	0.0115	0.0116	0.0115	0.0162
chr3R	11513090	11513241	chr3R:11513091-11513241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.032	0.0351	0.0444	0.0148	0.0148	0.0427	0.0363	0.0526	0.0148	0.055	0.0514	0.055	0.0473	0.0123	0.0168	0.0123	0.0109
chr3R	11513346	11513590	chr3R:11513347-11513590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0422	0.0527	0.0192	0.0223	0.051	0.0446	0.0613	0.0223	0.0592	0.0646	0.0592	0.0442	0.0161	0.02	0.0161	0.0214
chr3R	11513808	11514066	chr3R:11513809-11514066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0442	0.047	0.0527	0.0319	0.0201	0.0607	0.0394	0.074	0.0201	0.0652	0.0643	0.0652	0.0449	0.0283	0.0355	0.0283	0.0511
chr3R	11514269	11514455	chr3R:11514270-11514455	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0885	0.088	0.107	0.0688	0.053	0.1097	0.0856	0.1246	0.053	0.1377	0.1257	0.1377	0.1007	0.075	0.0761	0.075	0.1115
chr3R	11514565	11514893	chr3R:11514566-11514893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0785	0.0975	0.0501	0.0467	0.0937	0.0783	0.1139	0.0467	0.1141	0.1148	0.1141	0.0906	0.0544	0.0522	0.0544	0.0631
chr3R	11520042	11520193	chr3R:11520043-11520193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.0112	0.0123	0.0162	0.0032	0.0141	0.0151	0.0127	0.0032	0.0115	0.0122	0.0115	0.0263	0.0069	0.0084	0.0069	0.0417
chr3R	11522211	11522362	chr3R:11522212-11522362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0119	0.012	0.0115	0.0121	0.0042	0.0117	0.0195	0.0133	0.0042	0.006	0.0106	0.006	0.0294	0.0031	0.0071	0.0031	0.0297
chr3R	11537326	11537477	chr3R:11537327-11537477	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0074	0.0081	0.0235	0.0042	0.0058	0.0117	0.0087	0.0042	0.0048	0.0058	0.0048	0.0077	0.0023	0.0019	0.0023	0.0063
chr3R	11537698	11537849	chr3R:11537699-11537849	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0101	0.01	0.0182	0.0032	0.0092	0.0164	0.012	0.0032	0.0072	0.0106	0.0072	0.0108	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr3R	11543585	11543736	chr3R:11543586-11543736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.007	0.0069	0.0081	0.0021	0.0053	0.0138	0.0067	0.0021	0.006	0.0077	0.006	0.0062	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chr3R	11555636	11555857	chr3R:11555637-11555857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0141	0.0142	0.0189	0.0064	0.0141	0.0242	0.014	0.0064	0.0091	0.0129	0.0091	0.0108	0.0015	0.0026	0.0015	0.0021
chr3R	11556362	11556597	chr3R:11556363-11556597	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0265	0.0303	0.0289	0.0196	0.0223	0.0233	0.0519	0.028	0.0223	0.0308	0.0244	0.0308	0.0201	0.0092	0.011	0.0092	0.0135
chr3R	11583427	11583578	chr3R:11583428-11583578	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	none	0.0081	0.0054	0.0159	0.0025	0.0042	0.0049	0.0095	0.004	0.0042	0.0374	0.0071	0.0374	0.0294	0.0023	0	0.0023	0.0036
chr3R	11583822	11583973	chr3R:11583823-11583973	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	none	0.0092	0.0054	0.0189	0.0028	0.0032	0.0019	0.0121	0.0027	0.0032	0.0501	0.0077	0.0501	0.0263	0.0023	6e-04	0.0023	0.0042
chr3R	11585441	11585592	chr3R:11585442-11585592	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0104	0.006	0.0108	0.0149	0.0011	0.0034	0.0138	0.0033	0.0011	0.0175	0.0071	0.0175	0.0147	0.0031	0.0026	0.0031	0.0229
chr3R	11599910	11600061	chr3R:11599911-11600061	FBgn0038358	CG4525	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0107	0.0132	0.0138	0.0042	0.0102	0.019	0.01	0.0042	0.0175	0.0109	0.0175	0.0077	0.0054	0.0071	0.0054	0.0042
chr3R	11609677	11609828	chr3R:11609678-11609828	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0092	0.0094	0.0109	0.0032	0.0097	0.016	0.0087	0.0032	0.0079	0.0096	0.0079	0.0062	0.0023	0.0052	0.0023	0.0063
chr3R	11612317	11612491	chr3R:11612318-11612491	FBgn0038360	CG9590	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0716	0.0654	0.0826	0.0663	0.0477	0.0733	0.0753	0.0819	0.0477	0.0978	0.0968	0.0978	0.0775	0.0758	0.0735	0.0758	0.0792
chr3R	11612569	11612720	chr3R:11612570-11612720	FBgn0038360	CG9590	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0241	0.036	0.0256	0.0138	0.0228	0.0329	0.0286	0.0138	0.0423	0.0392	0.0423	0.0488	0.0268	0.0322	0.0268	0.0276
chr3R	11618288	11618464	chr3R:11618289-11618464	FBgn0000246,FBgn0038363	Acyp2,c(3)G	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1583	0.1548	0.1783	0.1402	0.1135	0.1791	0.1851	0.1799	0.1135	0.2264	0.1932	0.2264	0.165	0.1539	0.1554	0.1539	0.1511
chr3R	11618532	11618922	chr3R:11618533-11618922	FBgn0000246,FBgn0038363	Acyp2,c(3)G	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1691	0.1745	0.2008	0.1283	0.1124	0.2019	0.2093	0.2165	0.1124	0.2856	0.2116	0.2856	0.1619	0.134	0.1399	0.134	0.1511
chr3R	11619051	11619233	chr3R:11619052-11619233	FBgn0262527	wah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1691	0.1649	0.2001	0.1397	0.1113	0.1869	0.1977	0.2032	0.1113	0.2711	0.2183	0.2711	0.1565	0.1309	0.158	0.1309	0.1579
chr3R	11619328	11619511	chr3R:11619329-11619511	FBgn0262527	wah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2868	0.2631	0.3402	0.2547	0.1994	0.2976	0.3119	0.3058	0.1994	0.4167	0.3659	0.4167	0.3215	0.2489	0.2669	0.2489	0.3007
chr3R	11619686	11619852	chr3R:11619687-11619852	FBgn0262527	wah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.162	0.1482	0.1937	0.1426	0.0954	0.1786	0.1808	0.1699	0.0954	0.2524	0.2093	0.2524	0.1805	0.1485	0.1496	0.1485	0.1631
chr3R	11619867	11620057	chr3R:11619868-11620057	FBgn0262527	wah	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1981	0.1795	0.2444	0.1682	0.1241	0.2301	0.192	0.2099	0.1241	0.3092	0.2624	0.3092	0.2324	0.1991	0.1683	0.1991	0.2027
chr3R	11620149	11620335	chr3R:11620150-11620335	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2296	0.2182	0.266	0.2025	0.1601	0.282	0.2318	0.2592	0.1601	0.3309	0.2839	0.3309	0.2618	0.2343	0.1979	0.2343	0.2496
chr3R	11626987	11627138	chr3R:11626988-11627138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0345	0.0375	0.036	0.0295	0.0191	0.0413	0.0484	0.044	0.0191	0.038	0.035	0.038	0.0534	0.0176	0.02	0.0176	0.0683
chr3R	11627857	11628008	chr3R:11627858-11628008	FBgn0038365	CG9593	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0424	0.0586	0.0415	0.0253	0.0265	0.0893	0.0675	0.056	0.0265	0.0531	0.0428	0.0531	0.0434	0.026	0.0232	0.026	0.0412
chr3R	11628221	11628372	chr3R:11628222-11628372	FBgn0038365	CG9593	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0444	0.043	0.0209	0.0233	0.0529	0.0601	0.0486	0.0233	0.0568	0.046	0.0568	0.038	0.023	0.0181	0.023	0.0307
chr3R	11629162	11629622	chr3R:11629163-11629622	FBgn0026616	alpha-Man-IIb	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1219	0.1038	0.1449	0.1168	0.071	0.1184	0.1163	0.1372	0.071	0.1679	0.1707	0.1679	0.1387	0.1217	0.1122	0.1217	0.1496
chr3R	11629878	11630069	chr3R:11629879-11630069	FBgn0026616	alpha-Man-IIb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1845	0.1756	0.2156	0.1603	0.1421	0.216	0.1873	0.2205	0.1421	0.2542	0.2502	0.2542	0.2006	0.1784	0.1721	0.1784	0.1834
chr3R	11630184	11630530	chr3R:11630185-11630530	FBgn0026616	alpha-Man-IIb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1317	0.121	0.1643	0.1078	0.0954	0.1403	0.1254	0.1619	0.0954	0.16	0.208	0.16	0.1325	0.0965	0.1296	0.0965	0.0881
chr3R	11630573	11630724	chr3R:11630574-11630724	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0401	0.0315	0.051	0.0377	0.017	0.035	0.0363	0.0413	0.017	0.0386	0.0778	0.0386	0.0318	0.0322	0.0606	0.0322	0.0276
chr3R	11636173	11636393	chr3R:11636174-11636393	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0947	0.1626	0.0892	0.0249	0.1294	0.1752	0.1933	0.2005	0.1294	0.1957	0.0756	0.1957	0.038	0.0413	0.0142	0.0413	0.0109
chr3R	11636547	11636735	chr3R:11636548-11636735	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0394	0.0632	0.0359	0.0167	0.0498	0.0646	0.0792	0.0793	0.0498	0.0634	0.0273	0.0634	0.0132	0.0168	0.0077	0.0168	0.0078
chr3R	11637232	11637394	chr3R:11637233-11637394	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0157	0.0137	0.0223	0.0107	0.0064	0.0102	0.0221	0.0173	0.0064	0.0519	0.018	0.0519	0.0124	0.0306	0.0084	0.0306	0.0036
chr3R	11637428	11637590	chr3R:11637429-11637590	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0159	0.0157	0.0202	0.0116	0.0032	0.0107	0.0255	0.024	0.0032	0.0441	0.019	0.0441	0.0093	0.0291	0.0135	0.0291	0.0083
chr3R	11639758	11639909	chr3R:11639759-11639909	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0133	0.0152	0.0185	0.0011	0.0141	0.0195	0.018	0.0011	0.0211	0.0138	0.0211	0.0139	0.0337	0.0219	0.0337	0.0156
chr3R	11640157	11640308	chr3R:11640158-11640308	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0122	0.0085	0.0098	0.0191	0.0021	0.0112	0.0104	0.0087	0.0021	0.0127	0.0141	0.0127	0.0039	0.0605	0.0161	0.0605	0.0089
chr3R	11651399	11651617	chr3R:11651400-11651617	FBgn0038366	CG4576	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.051	0.0289	0.0766	0.0475	0.0138	0.0345	0.0376	0.032	0.0138	0.0284	0.1508	0.0284	0.0194	0.013	0.1728	0.013	0.0151
chr3R	11651633	11651784	chr3R:11651634-11651784	FBgn0038366	CG4576	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0221	0.0419	0.0227	0.0095	0.0238	0.0294	0.0266	0.0095	0.0175	0.0778	0.0175	0.0132	0.0077	0.0677	0.0077	0.0109
chr3R	11653250	11653401	chr3R:11653251-11653401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0148	0.0187	0.0136	0.0074	0.0136	0.0247	0.0153	0.0074	0.0133	0.0299	0.0133	0.0155	0.0023	0.0432	0.0023	0.0109
chr3R	11658349	11658500	chr3R:11658350-11658500	FBgn0003227	rec	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0377	0.036	0.0411	0.0358	0.018	0.0383	0.0446	0.0466	0.018	0.0284	0.0489	0.0284	0.0581	0.0352	0.0387	0.0352	0.05
chr3R	11658598	11658749	chr3R:11658599-11658749	FBgn0003227,FBgn0263023	CG43318,rec	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0334	0.032	0.0381	0.0299	0.018	0.0364	0.0342	0.0466	0.018	0.0266	0.0482	0.0266	0.0519	0.0306	0.0361	0.0306	0.038
chr3R	11660276	11660450	chr3R:11660277-11660450	FBgn0038369,FBgn0263022	Arpc3A,CG43317	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.069	0.0697	0.0787	0.0575	0.0308	0.0757	0.0869	0.0939	0.0308	0.1045	0.0932	0.1045	0.0728	0.0881	0.0535	0.0881	0.0724
chr3R	11660466	11660806	chr3R:11660467-11660806	FBgn0038369,FBgn0263022	Arpc3A,CG43317	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0693	0.0784	0.0772	0.0506	0.0339	0.0757	0.093	0.1246	0.0339	0.1063	0.0849	0.1063	0.0736	0.0842	0.0445	0.0842	0.0641
chr3R	11660951	11661102	chr3R:11660952-11661102	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0378	0.0386	0.0219	0.0212	0.0345	0.0441	0.0566	0.0212	0.0453	0.0437	0.0453	0.0457	0.0306	0.0193	0.0306	0.0292
chr3R	11662366	11662708	chr3R:11662367-11662708	FBgn0003483,FBgn0017567,FBgn0263525	ND23,mir-4911,spn-E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0955	0.0764	0.119	0.0911	0.0392	0.084	0.0947	0.1013	0.0392	0.1576	0.1254	0.1576	0.1356	0.1072	0.0916	0.1072	0.1115
chr3R	11662744	11662923	chr3R:11662745-11662923	FBgn0003483,FBgn0017567	ND23,spn-E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0901	0.0732	0.1049	0.0926	0.0551	0.084	0.08	0.0926	0.0551	0.1353	0.1103	0.1353	0.1232	0.1018	0.0851	0.1018	0.123
chr3R	11663012	11663196	chr3R:11663013-11663196	FBgn0003483,FBgn0017567	ND23,spn-E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.0704	0.1003	0.1004	0.053	0.0801	0.0761	0.0946	0.053	0.1087	0.1135	0.1087	0.1146	0.1126	0.098	0.1126	0.1298
chr3R	11663232	11663383	chr3R:11663233-11663383	FBgn0003483,FBgn0017567	ND23,spn-E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0391	0.0575	0.0465	0.0233	0.0417	0.051	0.0513	0.0233	0.0664	0.0621	0.0664	0.0658	0.0567	0.0374	0.0567	0.062
chr3R	11665142	11665325	chr3R:11665143-11665325	FBgn0038371	Pbp45	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0573	0.0474	0.0589	0.0666	0.0308	0.0612	0.0489	0.0626	0.0308	0.0501	0.0707	0.0501	0.0751	0.0796	0.0651	0.0796	0.0948
chr3R	11665427	11665598	chr3R:11665428-11665598	FBgn0038371	Pbp45	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0354	0.0307	0.0404	0.0352	0.0148	0.034	0.0407	0.0353	0.0148	0.032	0.0502	0.032	0.0534	0.036	0.0413	0.036	0.0542
chr3R	11668271	11668422	chr3R:11668272-11668422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0182	0.0222	0.0199	0.012	0.0064	0.033	0.0281	0.0187	0.0064	0.0254	0.019	0.0254	0.031	0.0138	0.0084	0.0138	0.0203
chr3R	11677725	11677966	chr3R:11677726-11677966	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0388	0.0344	0.0411	0.0412	0.0138	0.0519	0.0437	0.026	0.0138	0.038	0.0309	0.038	0.103	0.0176	0.0084	0.0176	0.1282
chr3R	11679208	11679435	chr3R:11679209-11679435	FBgn0051150	CG31150	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.048	0.0356	0.0557	0.0533	0.0212	0.0573	0.0381	0.0333	0.0212	0.1232	0.0315	0.1232	0.0821	0.0421	0.0181	0.0421	0.1449
chr3R	11683109	11683283	chr3R:11683110-11683283	FBgn0038376	Hmt-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.142	0.1388	0.1671	0.118	0.0923	0.1738	0.1458	0.1785	0.0923	0.1926	0.1894	0.1926	0.1905	0.1371	0.1238	0.1371	0.1558
chr3R	11683359	11683562	chr3R:11683360-11683562	FBgn0038376	Hmt-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1333	0.1395	0.157	0.1004	0.087	0.1757	0.151	0.1792	0.087	0.1896	0.1756	0.1896	0.1627	0.1072	0.0961	0.1072	0.1365
chr3R	11690529	11690680	chr3R:11690530-11690680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0127	0.0129	0.0177	0.0053	0.0136	0.0182	0.014	0.0053	0.0121	0.0141	0.0121	0.0232	0.0107	0.0103	0.0107	0.0427
chr3R	11690945	11691096	chr3R:11690946-11691096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0142	0.0098	0.01	0.0237	0.0042	0.0121	0.016	0.0053	0.0042	0.0097	0.008	0.0097	0.0209	0.023	0.0071	0.023	0.062
chr3R	11691451	11691749	chr3R:11691452-11691749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0212	0.0157	0.0185	0.0302	0.0074	0.016	0.026	0.016	0.0074	0.0163	0.0161	0.0163	0.0411	0.0153	0.0135	0.0153	0.0823
chr3R	11696904	11697055	chr3R:11696905-11697055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0095	0.0071	0.0056	0.0166	0.0042	0.0107	0.0095	0.0033	0.0042	0.0103	0.0051	0.0103	0.0046	0.0567	0.0155	0.0567	0.0047
chr3R	11698749	11698900	chr3R:11698750-11698900	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0103	0.0083	0.008	0.0149	0.0021	0.0083	0.0147	0.0073	0.0021	0.0054	0.0125	0.0054	0.0093	0.013	0.0432	0.013	0.0083
chr3R	11714780	11714953	chr3R:11714781-11714953	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0458	0.0425	0.0494	0.0457	0.0191	0.0466	0.0619	0.044	0.0191	0.0483	0.054	0.0483	0.0736	0.0559	0.0535	0.0559	0.0584
chr3R	11721824	11721975	chr3R:11721825-11721975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0155	0.022	0.0341	0.0085	0.016	0.0229	0.0167	0.0085	0.0223	0.0228	0.0223	0.0372	0.0291	0.0258	0.0291	0.0641
chr3R	11722167	11722318	chr3R:11722168-11722318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0099	0.0074	0.01	0.0125	0.0064	0.0058	0.013	0.006	0.0064	0.0127	0.0084	0.0127	0.0186	0.0138	0.0077	0.0138	0.0276
chr3R	11722482	11722633	chr3R:11722483-11722633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0096	0.0069	0.009	0.0132	0.0042	0.0049	0.013	0.0053	0.0042	0.0097	0.0084	0.0097	0.017	0.0115	0.0058	0.0115	0.0281
chr3R	11722693	11722844	chr3R:11722694-11722844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0109	0.0085	0.01	0.0145	0.0032	0.0049	0.0164	0.008	0.0032	0.0072	0.0125	0.0072	0.0132	0.0123	0.0084	0.0123	0.0302
chr3R	11739041	11739234	chr3R:11739042-11739234	FBgn0085304	CG34275	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0752	0.0771	0.0886	0.0582	0.0435	0.0917	0.0878	0.1066	0.0435	0.1184	0.1225	0.1184	0.0534	0.0781	0.1032	0.0781	0.0594
chr3R	11745436	11745745	chr3R:11745437-11745745	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1407	0.1811	0.1651	0.0688	0.1601	0.1767	0.2003	0.2545	0.1601	0.0574	0.3331	0.0574	0.0542	0.0153	0.2534	0.0153	0.0167
chr3R	11745779	11746136	chr3R:11745780-11746136	FBgn0038385	CG4221	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1826	0.2556	0.1989	0.0831	0.2142	0.2592	0.2842	0.3584	0.2142	0.0791	0.3736	0.0791	0.0852	0.0138	0.2869	0.0138	0.0255
chr3R	11746579	11746830	chr3R:11746580-11746830	FBgn0038385	CG4221	stage11,stage14,stage5	none	CG4221	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2407	0.3167	0.2807	0.1118	0.3043	0.2981	0.3746	0.4151	0.3043	0.2283	0.4158	0.2283	0.2045	0.1394	0.2856	0.1394	0.0406
chr3R	11747034	11747185	chr3R:11747035-11747185	FBgn0038385	CG4221	stage5	none	CG4221	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0698	0.0996	0.078	0.0274	0.0647	0.0947	0.1289	0.1432	0.0647	0.0562	0.1244	0.0562	0.0442	0.0253	0.0754	0.0253	0.0109
chr3R	11747271	11747422	chr3R:11747272-11747422	distal	distal	stage5	stage5	CG4221	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0452	0.0733	0.0434	0.0157	0.0435	0.0816	0.0761	0.1139	0.0435	0.035	0.0637	0.035	0.0287	0.0115	0.0445	0.0115	0.0057
chr3R	11747569	11747824	chr3R:11747570-11747824	distal	distal	stage5	stage5	CG4221	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0662	0.1333	0.0435	0.016	0.1273	0.185	0.1241	0.1532	0.1273	0.0519	0.0598	0.0519	0.0225	0.0123	0.04	0.0123	0.0094
chr3R	11753199	11753350	chr3R:11753200-11753350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0364	0.0168	0.0121	0.0265	0.0602	0.0385	0.0293	0.0265	0.0181	0.0254	0.0181	0.0093	0.0061	0.0232	0.0061	0.0162
chr3R	11754023	11754174	chr3R:11754024-11754174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0206	0.0089	0.0169	0.0159	0.0248	0.0311	0.0153	0.0159	0.0072	0.0154	0.0072	0.0039	0.0054	0.0548	0.0054	0.0094
chr3R	11754325	11754476	chr3R:11754326-11754476	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0169	0.0113	0.016	0.0159	0.0214	0.0212	0.0147	0.0159	0.0085	0.0183	0.0085	0.0077	0.0061	0.0471	0.0061	0.0115
chr3R	11754625	11754776	chr3R:11754626-11754776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0156	0.0094	0.0152	0.0127	0.018	0.0182	0.0167	0.0127	0.0066	0.0151	0.0066	0.0101	0.0069	0.0484	0.0069	0.0078
chr3R	11754912	11755063	chr3R:11754913-11755063	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0197	0.0112	0.0184	0.0159	0.0248	0.026	0.018	0.0159	0.0085	0.0186	0.0085	0.0085	0.0038	0.0587	0.0038	0.0104
chr3R	11759162	11759317	chr3R:11759163-11759317	FBgn0038386,FBgn0038387	CG5478,blp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0464	0.0495	0.035	0.0286	0.0519	0.0571	0.0586	0.0286	0.0556	0.0617	0.0556	0.0457	0.0421	0.0503	0.0421	0.0417
chr3R	11759425	11759652	chr3R:11759426-11759652	FBgn0038386,FBgn0038387	CG5478,blp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1158	0.1105	0.1298	0.1064	0.0689	0.115	0.1397	0.1412	0.0689	0.1546	0.154	0.1546	0.134	0.1164	0.1199	0.1164	0.1303
chr3R	11759999	11760396	chr3R:11760000-11760396	FBgn0013334,FBgn0038387	Sap47,blp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.0678	0.0707	0.055	0.0498	0.0655	0.0861	0.0866	0.0498	0.0924	0.0756	0.0924	0.0837	0.0597	0.0593	0.0597	0.0677
chr3R	11760737	11760975	chr3R:11760738-11760975	FBgn0013334	Sap47	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.1331	0.1089	0.15	0.1415	0.0933	0.1228	0.1311	0.1239	0.0933	0.1751	0.1621	0.1751	0.1766	0.1447	0.1244	0.1447	0.1605
chr3R	11761020	11761171	chr3R:11761021-11761171	FBgn0013334	Sap47	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0551	0.0364	0.0615	0.0689	0.0265	0.0388	0.0437	0.0413	0.0265	0.0707	0.0704	0.0707	0.0604	0.062	0.0542	0.062	0.0667
chr3R	11761329	11761480	chr3R:11761330-11761480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0265	0.0216	0.027	0.0315	0.0127	0.0248	0.0281	0.0227	0.0127	0.0296	0.0273	0.0296	0.0349	0.0222	0.02	0.0222	0.0307
chr3R	11761674	11761825	chr3R:11761675-11761825	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0198	0.0197	0.0267	0.0117	0.0228	0.0277	0.0187	0.0117	0.0199	0.0199	0.0199	0.0163	0.0084	0.0058	0.0084	0.0151
chr3R	11763516	11763667	chr3R:11763517-11763667	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0138	0.0124	0.0253	0.0021	0.0146	0.0234	0.012	0.0021	0.0103	0.0125	0.0103	0.007	0.0054	0.0064	0.0054	0.0052
chr3R	11789216	11789411	chr3R:11789217-11789411	FBgn0038388,FBgn0038389	CG4287,CG5516	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0686	0.0764	0.0741	0.0538	0.0488	0.0767	0.1081	0.0839	0.0488	0.0827	0.0881	0.0827	0.0689	0.0482	0.0438	0.0482	0.0787
chr3R	11789493	11789669	chr3R:11789494-11789669	FBgn0038388,FBgn0038389	CG4287,CG5516	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1152	0.128	0.1249	0.0904	0.0912	0.1388	0.154	0.1619	0.0912	0.16	0.1373	0.16	0.117	0.1026	0.0787	0.1026	0.1183
chr3R	11789762	11789970	chr3R:11789763-11789970	FBgn0038388,FBgn0038389	CG4287,CG5516	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.0689	0.0751	0.0518	0.0424	0.082	0.0822	0.0806	0.0424	0.0966	0.0797	0.0966	0.0782	0.062	0.0503	0.062	0.0589
chr3R	11790623	11790980	chr3R:11790624-11790980	FBgn0038390,FBgn0052856	CG32856,Rbf2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.1129	0.122	0.0859	0.0848	0.117	0.1427	0.1392	0.0848	0.1377	0.1402	0.1377	0.1317	0.0995	0.0858	0.0995	0.112
chr3R	11791080	11791256	chr3R:11791081-11791256	FBgn0038390,FBgn0052856	CG32856,Rbf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1354	0.1427	0.1562	0.1044	0.105	0.1549	0.1553	0.1972	0.105	0.192	0.1666	0.192	0.1658	0.1072	0.1025	0.1072	0.136
chr3R	11791378	11791529	chr3R:11791379-11791529	FBgn0038390,FBgn0052856	CG32856,Rbf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0642	0.0716	0.0373	0.035	0.0723	0.0735	0.0893	0.035	0.0851	0.0814	0.0851	0.0666	0.0391	0.0368	0.0391	0.0505
chr3R	11798092	11798491	chr3R:11798093-11798491	FBgn0002783	mor	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1796	0.1623	0.2216	0.1528	0.0965	0.2136	0.1786	0.2032	0.0965	0.2663	0.2502	0.2663	0.2161	0.1623	0.147	0.1623	0.1944
chr3R	11798556	11798748	chr3R:11798557-11798748	FBgn0002783,FBgn0022787	Hel89B,mor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1673	0.1471	0.2009	0.1529	0.105	0.1777	0.1648	0.1839	0.105	0.2434	0.2235	0.2434	0.1952	0.1524	0.1605	0.1524	0.1819
chr3R	11798854	11799031	chr3R:11798855-11799031	FBgn0002783,FBgn0022787	Hel89B,mor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2558	0.2242	0.3028	0.2394	0.1771	0.2621	0.2375	0.2891	0.1771	0.3853	0.3148	0.3853	0.3036	0.258	0.245	0.258	0.2866
chr3R	11799097	11799301	chr3R:11799098-11799301	FBgn0002783,FBgn0022787	Hel89B,mor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1859	0.1528	0.2298	0.1748	0.1039	0.1971	0.1557	0.1925	0.1039	0.279	0.2466	0.279	0.2184	0.1907	0.1786	0.1907	0.1991
chr3R	11799363	11799566	chr3R:11799364-11799566	FBgn0022787	Hel89B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2332	0.2025	0.2895	0.2058	0.1283	0.2646	0.2054	0.2698	0.1283	0.3436	0.3199	0.3436	0.2851	0.2205	0.2025	0.2205	0.2543
chr3R	11799687	11799838	chr3R:11799688-11799838	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1115	0.0801	0.1405	0.1147	0.0255	0.118	0.0826	0.1019	0.0255	0.1594	0.1524	0.1594	0.1813	0.134	0.1051	0.134	0.147
chr3R	11800970	11801121	chr3R:11800971-11801121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0199	0.0211	0.0302	0.0095	0.0233	0.0242	0.0266	0.0095	0.0157	0.0193	0.0157	0.0395	0.0138	0.009	0.0138	0.0813
chr3R	11809707	11809858	chr3R:11809708-11809858	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.043	0.0278	0.0528	0.0493	0.0117	0.0466	0.0216	0.034	0.0117	0.0598	0.0418	0.0598	0.11	0.0237	0.0181	0.0237	0.1397
chr3R	11809861	11810102	chr3R:11809862-11810102	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0614	0.0429	0.0745	0.0677	0.0159	0.0689	0.042	0.048	0.0159	0.0827	0.054	0.0827	0.1681	0.0199	0.0245	0.0199	0.2001
chr3R	11810475	11810741	chr3R:11810476-11810741	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0635	0.0485	0.0679	0.0755	0.0201	0.085	0.0484	0.0406	0.0201	0.058	0.0402	0.058	0.2037	0.0184	0.009	0.0184	0.248
chr3R	11811482	11811682	chr3R:11811483-11811682	FBgn0003507	srp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.044	0.0297	0.0552	0.0478	0.0074	0.0451	0.035	0.0313	0.0074	0.0441	0.0405	0.0441	0.1565	0.0176	0.009	0.0176	0.1459
chr3R	11812961	11813184	chr3R:11812962-11813184	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42349.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0465	0.0273	0.0588	0.0546	0.0117	0.0379	0.0359	0.0233	0.0117	0.0779	0.0386	0.0779	0.1402	0.0245	0.0258	0.0245	0.1548
chr3R	11813899	11814287	chr3R:11813900-11814287	distal	distal	stage5	stage5	VT42349.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0976	0.1837	0.0751	0.0262	0.2068	0.1034	0.285	0.2232	0.2068	0.0773	0.0958	0.0773	0.0868	0.0161	0.0206	0.0161	0.0589
chr3R	11815000	11815231	chr3R:11815001-11815231	distal	distal	stage5	stage5	VT42351.1	VT42351.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.1069	0.2267	0.0761	0.0068	0.1951	0.1709	0.3231	0.2838	0.1951	0.0543	0.1119	0.0543	0.0449	0.0046	0.0071	0.0046	0.012
chr3R	11816158	11816309	chr3R:11816159-11816309	distal	distal	stage11	stage11	VT42351.1	VT42351.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0373	0.0307	0.0642	0.015	0.0095	0.0417	0.0385	0.0346	0.0095	0.1528	0.0373	0.1528	0.086	0.0138	0.0084	0.0138	0.037
chr3R	11816505	11816656	chr3R:11816506-11816656	distal	distal	none	none	VT42351.1	VT42351.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0222	0.0182	0.0385	0.0088	0.0053	0.0238	0.0251	0.0193	0.0053	0.1008	0.0225	0.1008	0.0364	0.0054	0.0052	0.0054	0.0198
chr3R	11818035	11818186	chr3R:11818036-11818186	distal	distal	none	none	VT42353.1,srp_A7.1EB_NR	VT42353.1,srp_A7.1EB_NR	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0231	0.0216	0.0365	0.0102	0.0106	0.032	0.0221	0.024	0.0106	0.0924	0.0222	0.0924	0.038	0.0069	0.0097	0.0069	0.0177
chr3R	11818915	11819144	chr3R:11818916-11819144	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42353.1	VT42353.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1314	0.0586	0.1784	0.1611	0.017	0.1005	0.0597	0.0553	0.017	0.2035	0.1849	0.2035	0.2796	0.1884	0.1799	0.1884	0.272
chr3R	11819677	11819889	chr3R:11819678-11819889	distal	distal	stage14	stage14	VT42353.1	VT42353.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.047	0.0411	0.0476	0.0529	0.0191	0.0549	0.0502	0.0433	0.0191	0.0803	0.0296	0.0803	0.0953	0.0444	0.011	0.0444	0.1485
chr3R	11820124	11820373	chr3R:11820125-11820373	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1397	0.1935	0.1497	0.0684	0.1729	0.2218	0.2115	0.2332	0.1729	0.2204	0.1379	0.2204	0.2355	0.0498	0.0393	0.0498	0.1793
chr3R	11824692	11824880	chr3R:11824693-11824880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0687	0.0882	0.0722	0.0432	0.0573	0.1015	0.1047	0.1066	0.0573	0.0912	0.0727	0.0912	0.0984	0.0436	0.0368	0.0436	0.0683
chr3R	11826334	11826503	chr3R:11826335-11826503	distal	distal	none	none	VT42356.1	VT42356.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.027	0.0348	0.0244	0.0148	0.0345	0.0372	0.0233	0.0148	0.0296	0.017	0.0296	0.0705	0.0084	0.0032	0.0084	0.0427
chr3R	11829865	11830049	chr3R:11829866-11830049	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42357.1	VT42357.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0846	0.0833	0.097	0.0724	0.0509	0.1073	0.099	0.0886	0.0509	0.1057	0.0939	0.1057	0.1565	0.0697	0.0567	0.0697	0.1438
chr3R	11830247	11830398	chr3R:11830248-11830398	distal	distal	none	none	VT42357.1	VT42357.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0298	0.0287	0.0343	0.0263	0.0117	0.0393	0.035	0.0286	0.0117	0.0374	0.0315	0.0374	0.0658	0.0184	0.0193	0.0184	0.062
chr3R	11830679	11830864	chr3R:11830680-11830864	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42357.1	VT42357.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.054	0.0369	0.0651	0.0609	0.0106	0.0583	0.0424	0.03	0.0106	0.058	0.0363	0.058	0.2115	0.0368	0.0213	0.0368	0.1678
chr3R	11832973	11833227	chr3R:11832974-11833227	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42358.1,VT42359.1	VT42358.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0454	0.0353	0.0629	0.0373	0.0138	0.0752	0.0268	0.0247	0.0138	0.0308	0.0392	0.0308	0.2169	0.0084	0.0135	0.0084	0.1146
chr3R	11833951	11834102	chr3R:11833952-11834102	FBgn0262028	CR42839	stage11	none	VT42359.1,VT42360.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0258	0.0162	0.0393	0.0217	0.0021	0.0316	0.0138	0.0153	0.0021	0.0127	0.0225	0.0127	0.1557	0.0046	0.0116	0.0046	0.062
chr3R	11834136	11834333	chr3R:11834137-11834333	FBgn0038391,FBgn0262028	CR42839,GATAe	stage11	none	VT42359.1,VT42360.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0311	0.0183	0.0463	0.0285	0.0032	0.033	0.0216	0.0147	0.0032	0.0193	0.0254	0.0193	0.1758	0.0084	0.0116	0.0084	0.0829
chr3R	11834461	11834612	chr3R:11834462-11834612	FBgn0038391	GATAe	none	none	VT42359.1,VT42360.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0263	0.0163	0.036	0.0266	0.0053	0.0257	0.0216	0.0107	0.0053	0.0157	0.0238	0.0157	0.1208	0.0077	0.0148	0.0077	0.0771
chr3R	11834786	11834937	chr3R:11834787-11834937	FBgn0038391	GATAe	stage14	none	VT42360.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0278	0.0168	0.0407	0.0258	0.0021	0.0301	0.019	0.0153	0.0021	0.0163	0.0312	0.0163	0.1255	0.0061	0.0193	0.0061	0.0646
chr3R	11835784	11835950	chr3R:11835785-11835950	distal	distal	none	none	VT42360.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0146	0.0481	0.0401	0.0021	0.0204	0.0182	0.0167	0.0021	0.0374	0.0415	0.0374	0.0627	0.0574	0.0155	0.0574	0.0526
chr3R	11837329	11837480	chr3R:11837330-11837480	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.016	0.0395	0.0201	0.0064	0.0194	0.0229	0.014	0.0064	0.0242	0.0305	0.0242	0.1201	0.01	0.0116	0.01	0.0505
chr3R	11837781	11838011	chr3R:11837782-11838011	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0496	0.0404	0.0708	0.0368	0.0053	0.0767	0.0324	0.048	0.0053	0.032	0.0524	0.032	0.237	0.023	0.0123	0.023	0.0928
chr3R	11839116	11839298	chr3R:11839117-11839298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0267	0.0459	0.0163	0.0053	0.0325	0.0234	0.052	0.0053	0.026	0.0656	0.026	0.055	0.0038	0.0245	0.0038	0.0203
chr3R	11839396	11839590	chr3R:11839397-11839590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0497	0.0386	0.074	0.0355	0.0095	0.0597	0.0285	0.0633	0.0095	0.0435	0.0791	0.0435	0.0697	0.0077	0.0161	0.0077	0.0208
chr3R	11840437	11840593	chr3R:11840438-11840593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0235	0.0186	0.035	0.0164	0.0021	0.0267	0.0238	0.0213	0.0021	0.0169	0.0305	0.0169	0.1046	0.0054	0.0103	0.0054	0.0438
chr3R	11841625	11841776	chr3R:11841626-11841776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0206	0.0191	0.0316	0.0103	0.0064	0.0301	0.0225	0.0193	0.0064	0.0211	0.0264	0.0211	0.0906	0.0023	0.0142	0.0023	0.0219
chr3R	11846164	11846315	chr3R:11846165-11846315	distal	distal	none	none	pnr_ae21	pnr_ae21	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0218	0.0193	0.0288	0.0169	0.0021	0.0277	0.0238	0.0233	0.0021	0.0175	0.0309	0.0175	0.0596	0.0046	0.0219	0.0046	0.036
chr3R	11846772	11847016	chr3R:11846773-11847016	distal	distal	none	none	pnr_ae21	pnr_ae21	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0202	0.0418	0.0234	0.0032	0.0277	0.0238	0.0247	0.0032	0.0169	0.0666	0.0169	0.0542	0.0084	0.0438	0.0084	0.038
chr3R	11847765	11848017	chr3R:11847766-11848017	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	pnr_ae21	pnr_ae21	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0466	0.034	0.0687	0.0365	0.0106	0.0442	0.0394	0.046	0.0106	0.0743	0.092	0.0743	0.0767	0.0337	0.0574	0.0337	0.0584
chr3R	11849829	11850020	chr3R:11849830-11850020	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.033	0.0171	0.0539	0.0279	0.0021	0.0262	0.013	0.0326	0.0021	0.0199	0.0994	0.0199	0.0426	0.0077	0.0741	0.0077	0.0281
chr3R	11851586	11851860	chr3R:11851587-11851860	FBgn0003117	pnr	stage11,stage14,stage5	none	pnr	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1914	0.1193	0.2594	0.1975	0.0551	0.166	0.1133	0.1692	0.0551	0.2095	0.3412	0.2095	0.3308	0.1577	0.2663	0.1577	0.2668
chr3R	11854382	11854752	chr3R:11854383-11854752	distal	distal	stage5	stage5	VT42370.1,pnr_P4,pnr_dorsalectoderm	VT42370.1,pnr_P4,pnr_dorsalectoderm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0741	0.1654	0.0354	0.0146	0.1591	0.0748	0.2413	0.2525	0.1591	0.0217	0.0502	0.0217	0.048	0.0138	0.0123	0.0138	0.0276
chr3R	11855204	11855467	chr3R:11855205-11855467	distal	distal	stage5	stage5	VT42370.1,VT42371.1,pnr_P4	VT42370.1,VT42371.1,pnr_P4	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0609	0.126	0.0378	0.0136	0.1156	0.0602	0.1886	0.1939	0.1156	0.0254	0.0595	0.0254	0.0364	0.0054	0.0142	0.0054	0.0208
chr3R	11855474	11855625	chr3R:11855475-11855625	distal	distal	stage5	stage5	VT42370.1,VT42371.1	VT42370.1,VT42371.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.039	0.0775	0.0264	0.0097	0.0583	0.0393	0.1016	0.1426	0.0583	0.0139	0.0405	0.0139	0.031	0.0061	0.0116	0.0061	0.0146
chr3R	11855998	11856149	chr3R:11855999-11856149	distal	distal	none	none	VT42371.1	VT42371.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.016	0.0234	0.0212	0.0074	0.015	0.019	0.0253	0.0074	0.0169	0.026	0.0169	0.0434	0.0038	0.0193	0.0038	0.0563
chr3R	11856999	11857222	chr3R:11857000-11857222	distal	distal	stage11	stage11	VT42371.1,VT42372.1	VT42371.1,VT42372.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0315	0.0218	0.0461	0.0263	0.0064	0.0282	0.0255	0.028	0.0064	0.0543	0.0469	0.0543	0.079	0.0046	0.0239	0.0046	0.0698
chr3R	11857910	11858316	chr3R:11857911-11858316	distal	distal	stage11	stage11	VT42372.1	VT42372.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0472	0.0348	0.0759	0.0295	0.0138	0.0345	0.0402	0.0573	0.0138	0.0737	0.1203	0.0737	0.0496	0.0199	0.0632	0.0199	0.0412
chr3R	11859423	11859574	chr3R:11859424-11859574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0381	0.057	0.0456	0.0088	0.0392	0.0549	0.0588	0.0979	0.0392	0.0405	0.0778	0.0405	0.0217	0.0046	0.0148	0.0046	0.0125
chr3R	11859961	11860325	chr3R:11859962-11860325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1403	0.1761	0.1862	0.05	0.1432	0.1354	0.2202	0.2738	0.1432	0.1395	0.3064	0.1395	0.1596	0.0283	0.1283	0.0283	0.0448
chr3R	11861474	11861625	chr3R:11861475-11861625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0183	0.0395	0.0075	0.0064	0.0243	0.016	0.0313	0.0064	0.0664	0.0521	0.0664	0.0155	0.0046	0.0142	0.0046	0.0104
chr3R	11863793	11864059	chr3R:11863794-11864059	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.0487	0.1879	0.0529	0.0095	0.084	0.0234	0.0953	0.0095	0.2343	0.2788	0.2343	0.0519	0.0475	0.0935	0.0475	0.0266
chr3R	11866433	11866624	chr3R:11866434-11866624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0595	0.0598	0.0708	0.0468	0.0329	0.0626	0.0649	0.0926	0.0329	0.0791	0.0833	0.0791	0.0806	0.059	0.0464	0.059	0.0688
chr3R	11866747	11866936	chr3R:11866748-11866936	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1237	0.118	0.1496	0.1017	0.0912	0.1393	0.1259	0.1506	0.0912	0.192	0.173	0.192	0.1495	0.1386	0.1277	0.1386	0.1329
chr3R	11867091	11867242	chr3R:11867092-11867242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.047	0.0402	0.0245	0.0297	0.0471	0.0549	0.0713	0.0297	0.0471	0.0502	0.0471	0.0387	0.0283	0.0309	0.0283	0.0297
chr3R	11868342	11868672	chr3R:11868343-11868672	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0648	0.0375	0.072	0.0873	0.017	0.0495	0.0385	0.052	0.017	0.0809	0.0855	0.0809	0.0922	0.134	0.1354	0.134	0.0922
chr3R	11868828	11868984	chr3R:11868829-11868984	FBgn0038394	CG10264	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0499	0.0385	0.061	0.0504	0.0233	0.0534	0.0368	0.0506	0.0233	0.0731	0.0775	0.0731	0.0666	0.0804	0.0651	0.0804	0.0677
chr3R	11874617	11874807	chr3R:11874618-11874807	FBgn0024222	ird5	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0555	0.0484	0.0666	0.0512	0.0233	0.0602	0.0536	0.0613	0.0233	0.0773	0.0733	0.0773	0.0713	0.0467	0.0587	0.0467	0.0823
chr3R	11875052	11875242	chr3R:11875053-11875242	FBgn0024222,FBgn0038396	CG5013,ird5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1159	0.1552	0.1032	0.0647	0.1296	0.1375	0.1572	0.0647	0.1926	0.1833	0.1926	0.1503	0.1126	0.1283	0.1126	0.149
chr3R	11875318	11875497	chr3R:11875319-11875497	FBgn0024222,FBgn0038396	CG5013,ird5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.131	0.1265	0.1642	0.0997	0.0732	0.1481	0.1479	0.1759	0.0732	0.2023	0.1862	0.2023	0.1603	0.1072	0.1096	0.1072	0.1371
chr3R	11876414	11876603	chr3R:11876415-11876603	FBgn0027948	msps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1476	0.1578	0.167	0.1149	0.1156	0.1583	0.1981	0.1939	0.1156	0.2029	0.1826	0.2029	0.1658	0.1233	0.1135	0.1233	0.1402
chr3R	11876670	11876860	chr3R:11876671-11876860	FBgn0027948	msps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1238	0.1244	0.1378	0.1078	0.0774	0.1248	0.1492	0.1752	0.0774	0.1661	0.155	0.1661	0.1255	0.1072	0.1277	0.1072	0.1271
chr3R	11877026	11877275	chr3R:11877027-11877275	FBgn0027948	msps	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0945	0.1015	0.1049	0.0583	0.1015	0.1272	0.1073	0.0583	0.1039	0.1167	0.1039	0.1146	0.1003	0.1315	0.1003	0.1501
chr3R	11881703	11881854	chr3R:11881704-11881854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0185	0.0318	0.0156	0.0067	0.0148	0.0194	0.0644	0.0266	0.0148	0.0139	0.0244	0.0139	0.0077	0.0084	0.0064	0.0084	0.0068
chr3R	11882035	11882186	chr3R:11882036-11882186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0172	0.0268	0.0173	0.0063	0.0085	0.0248	0.0493	0.0227	0.0085	0.0175	0.0219	0.0175	0.0101	0.0084	0.0058	0.0084	0.0047
chr3R	11882480	11882631	chr3R:11882481-11882631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0189	0.0112	0.0116	0.0053	0.0175	0.029	0.026	0.0053	0.0139	0.0132	0.0139	0.0039	0.0038	0.0052	0.0038	0.0099
chr3R	11887405	11887600	chr3R:11887406-11887600	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0229	0.0413	0.0198	0.0057	0.018	0.0413	0.0515	0.064	0.018	0.0205	0.027	0.0205	0.0108	0.0115	0.0058	0.0115	0.0026
chr3R	11894056	11894223	chr3R:11894057-11894223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0541	0.074	0.0467	0.0233	0.0655	0.0644	0.0713	0.0233	0.0876	0.0887	0.0876	0.0806	0.0513	0.0703	0.0513	0.0641
chr3R	11894972	11895215	chr3R:11894973-11895215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0505	0.0401	0.0631	0.0483	0.0286	0.0427	0.0532	0.05	0.0286	0.058	0.0817	0.058	0.0821	0.0253	0.0806	0.0253	0.0792
chr3R	11895359	11895624	chr3R:11895360-11895624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0376	0.033	0.0471	0.0322	0.0223	0.033	0.0372	0.05	0.0223	0.0513	0.0534	0.0513	0.0682	0.0176	0.0355	0.0176	0.0662
chr3R	11897744	11898133	chr3R:11897745-11898133	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2782	0.3379	0.3308	0.1539	0.3107	0.3607	0.3798	0.4204	0.3107	0.3979	0.4469	0.3979	0.3013	0.0919	0.3082	0.0919	0.2163
chr3R	11898282	11898473	chr3R:11898283-11898473	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1165	0.1332	0.1464	0.065	0.0933	0.1442	0.1587	0.1726	0.0933	0.1914	0.191	0.1914	0.1177	0.0544	0.1032	0.0544	0.0974
chr3R	11899893	11900044	chr3R:11899894-11900044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0259	0.0184	0.0239	0.0366	0.0053	0.0252	0.0238	0.0227	0.0053	0.0344	0.027	0.0344	0.0201	0.1394	0.0219	0.1394	0.0104
chr3R	11906667	11906818	chr3R:11906668-11906818	FBgn0052855	CG32855	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0179	0.023	0.017	0.0042	0.0209	0.0281	0.0207	0.0042	0.0097	0.0383	0.0097	0.0217	0.0138	0.0355	0.0138	0.0125
chr3R	11906938	11907284	chr3R:11906939-11907284	FBgn0052855	CG32855	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0343	0.0274	0.0477	0.0273	0.0053	0.035	0.0337	0.036	0.0053	0.0272	0.0727	0.0272	0.0558	0.0245	0.0561	0.0245	0.0271
chr3R	11907908	11908059	chr3R:11907909-11908059	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0174	0.012	0.017	0.024	0.0032	0.0146	0.0221	0.0067	0.0032	0.0169	0.0228	0.0169	0.0194	0.0153	0.0683	0.0153	0.0162
chr3R	11908189	11908358	chr3R:11908190-11908358	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0151	0.0261	0.0323	0.0085	0.017	0.0212	0.0147	0.0085	0.0199	0.0392	0.0199	0.031	0.0214	0.0935	0.0214	0.0234
chr3R	11909627	11909778	chr3R:11909628-11909778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0168	0.0212	0.0106	0.0053	0.0175	0.0251	0.0193	0.0053	0.0121	0.0373	0.0121	0.0116	0.0077	0.0239	0.0077	0.0068
chr3R	11916923	11917088	chr3R:11916924-11917088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0271	0.0132	0.0289	0.0405	0.0021	0.0199	0.0173	0.014	0.0021	0.0713	0.0215	0.0713	0.0201	0.1378	0.02	0.1378	0.0255
chr3R	11917121	11917272	chr3R:11917122-11917272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0292	0.0173	0.0293	0.0422	0.0095	0.0233	0.0238	0.0147	0.0095	0.0646	0.0238	0.0646	0.0225	0.1378	0.0277	0.1378	0.0261
chr3R	11917754	11917934	chr3R:11917755-11917934	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0419	0.0214	0.0485	0.0577	0.0064	0.0316	0.0268	0.0207	0.0064	0.0791	0.0508	0.0791	0.048	0.1118	0.0864	0.1118	0.05
chr3R	11917965	11918245	chr3R:11917966-11918245	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0489	0.03	0.0491	0.0696	0.0095	0.035	0.0446	0.0293	0.0095	0.058	0.0672	0.058	0.0503	0.0911	0.1341	0.0911	0.0714
chr3R	11919798	11920005	chr3R:11919799-11920005	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0679	0.0254	0.0698	0.1132	0.0095	0.0422	0.0333	0.0167	0.0095	0.1347	0.0588	0.1347	0.0852	0.2289	0.1644	0.2289	0.11
chr3R	11920282	11920464	chr3R:11920283-11920464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0648	0.0369	0.0694	0.0911	0.0159	0.0485	0.0463	0.0426	0.0159	0.1407	0.0598	0.1407	0.0728	0.1991	0.1161	0.1991	0.0886
chr3R	11923596	11923776	chr3R:11923597-11923776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0996	0.1021	0.119	0.0756	0.0488	0.1209	0.1081	0.1552	0.0488	0.1721	0.109	0.1721	0.11	0.0926	0.0671	0.0926	0.0928
chr3R	11923887	11924320	chr3R:11923888-11924320	FBgn0026059	Mhcl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1746	0.1491	0.2066	0.1681	0.0806	0.1816	0.1708	0.1979	0.0806	0.2488	0.228	0.2488	0.206	0.2006	0.196	0.2006	0.2053
chr3R	11924406	11924592	chr3R:11924407-11924592	FBgn0010379,FBgn0026059	Akt1,Mhcl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1859	0.1676	0.2143	0.175	0.123	0.1976	0.1886	0.2112	0.123	0.2621	0.2318	0.2621	0.2239	0.2044	0.1986	0.2044	0.2032
chr3R	11924843	11925027	chr3R:11924844-11925027	FBgn0010379,FBgn0026059	Akt1,Mhcl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2021	0.1802	0.2414	0.1835	0.1474	0.2131	0.1998	0.2199	0.1474	0.3013	0.2662	0.3013	0.2363	0.1845	0.2153	0.1845	0.2183
chr3R	11925107	11925301	chr3R:11925108-11925301	FBgn0010379	Akt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2145	0.1943	0.251	0.197	0.1506	0.2301	0.2102	0.2478	0.1506	0.3176	0.2733	0.3176	0.244	0.206	0.2199	0.206	0.2371
chr3R	11925482	11925681	chr3R:11925483-11925681	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3036	0.3104	0.3341	0.2624	0.2863	0.3374	0.3698	0.3504	0.2863	0.4318	0.3646	0.4318	0.3036	0.2925	0.2843	0.2925	0.3028
chr3R	11930713	11930864	chr3R:11930714-11930864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0322	0.026	0.0123	0.0244	0.0267	0.0489	0.0353	0.0244	0.0248	0.0357	0.0248	0.0217	0.0145	0.0181	0.0145	0.0135
chr3R	11932990	11933141	chr3R:11932991-11933141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0162	0.015	0.0183	0.0152	0.0042	0.0146	0.0251	0.0127	0.0042	0.0163	0.0254	0.0163	0.0147	0.0199	0.0309	0.0199	0.0089
chr3R	11933372	11933523	chr3R:11933373-11933523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0129	0.0157	0.0113	0.0116	0.0085	0.0165	0.0238	0.0147	0.0085	0.006	0.0154	0.006	0.0093	0.0069	0.0303	0.0069	0.0057
chr3R	11941519	11941670	chr3R:11941520-11941670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.009	0.011	0.0117	0.0032	0.0068	0.0147	0.0113	0.0032	0.0145	0.0125	0.0145	0.0132	0.0023	0.0342	0.0023	0.0083
chr3R	11947523	11947674	chr3R:11947524-11947674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0103	0.0135	0.0117	0.0032	0.0049	0.0182	0.016	0.0032	0.0072	0.0251	0.0072	0.0077	0.0038	0.0348	0.0038	0.0073
chr3R	11951004	11951155	chr3R:11951005-11951155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0148	0.0113	0.0139	0.0138	0.0131	0.0242	0.012	0.0138	0.0079	0.0193	0.0079	0.0077	0.0038	0.0426	0.0038	0.0078
chr3R	11954348	11954499	chr3R:11954349-11954499	FBgn0003319	Sb	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0087	0.0121	0.0244	0.0032	0.0087	0.0143	0.008	0.0032	0.0066	0.0212	0.0066	0.0077	0.0061	0.0928	0.0061	0.0078
chr3R	11954779	11954930	chr3R:11954780-11954930	FBgn0003319	Sb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.008	0.0076	0.0097	0.0053	0.0044	0.0151	0.0093	0.0053	0.0048	0.0109	0.0048	0.0093	0.0015	0.0368	0.0015	0.0036
chr3R	11961441	11961594	chr3R:11961442-11961594	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0086	0.0161	0.0272	0.0021	0.0087	0.0125	0.0113	0.0021	0.0079	0.027	0.0079	0.0155	0.0092	0.0961	0.0092	0.0094
chr3R	11962572	11962723	chr3R:11962573-11962723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0128	0.0154	0.0148	0.0021	0.0141	0.0225	0.012	0.0021	0.0133	0.0219	0.0133	0.017	0.0077	0.04	0.0077	0.0099
chr3R	11972386	11972561	chr3R:11972387-11972561	FBgn0038400,FBgn0038401	CG5903,CG5916	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1641	0.1319	0.2022	0.1585	0.0965	0.1811	0.1207	0.1699	0.0965	0.2597	0.2219	0.2597	0.2076	0.1861	0.1638	0.1861	0.1975
chr3R	11972654	11972852	chr3R:11972655-11972852	FBgn0038400,FBgn0038401	CG5903,CG5916	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1556	0.1243	0.1906	0.1522	0.0742	0.1583	0.1237	0.1686	0.0742	0.2506	0.1965	0.2506	0.2006	0.1692	0.158	0.1692	0.1819
chr3R	11972877	11973146	chr3R:11972878-11973146	FBgn0038400,FBgn0038401	CG5903,CG5916	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0887	0.0629	0.1117	0.0922	0.0255	0.0888	0.0675	0.0753	0.0255	0.1322	0.1177	0.1322	0.1332	0.0988	0.0948	0.0988	0.1157
chr3R	11973172	11973386	chr3R:11973173-11973386	FBgn0038401	CG5916	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.031	0.057	0.0402	0.0127	0.0335	0.0389	0.0433	0.0127	0.0725	0.0659	0.0725	0.0573	0.0521	0.0426	0.0521	0.0464
chr3R	11977086	11977262	chr3R:11977087-11977262	FBgn0038402	Fer2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.032	0.0282	0.0362	0.0318	0.017	0.0252	0.0355	0.0413	0.017	0.0121	0.0254	0.0121	0.0101	0.0061	0.0064	0.0061	0.0052
chr3R	11978187	11978385	chr3R:11978188-11978385	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0208	0.0326	0.021	0.0138	0.0184	0.0272	0.0306	0.0138	0.0175	0.0199	0.0175	0.0039	0.0069	0.0052	0.0069	0.0094
chr3R	11979267	11979564	chr3R:11979268-11979564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0158	0.026	0.0288	0.0064	0.0126	0.0251	0.0213	0.0064	0.0169	0.018	0.0169	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr3R	11983731	11983955	chr3R:11983732-11983955	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0341	0.0136	0.0221	0.0703	0.0053	0.0131	0.0212	0.0167	0.0053	0.0187	0.0186	0.0187	0.0449	0.036	0.0838	0.036	0.1214
chr3R	11999391	11999542	chr3R:11999392-11999542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0125	0.0126	0.0118	0.0064	0.0146	0.0208	0.0067	0.0064	0.0072	0.0122	0.0072	0.0279	0.0061	0.0116	0.0061	0.0245
chr3R	11999594	11999745	chr3R:11999595-11999745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0128	0.0118	0.0127	0.0141	0.0032	0.0117	0.0221	0.008	0.0032	0.0103	0.0135	0.0103	0.0225	0.0054	0.0219	0.0054	0.0245
chr3R	11999863	12000014	chr3R:11999864-12000014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0097	0.0115	0.0121	0.0053	0.0097	0.0164	0.0087	0.0053	0.0097	0.0161	0.0097	0.0132	0.0023	0.0264	0.0023	0.0125
chr3R	12006246	12006453	chr3R:12006247-12006453	FBgn0038405	CG8927	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0545	0.0419	0.056	0.0671	0.0201	0.0481	0.0558	0.044	0.0201	0.0525	0.0656	0.0525	0.0643	0.0597	0.0722	0.0597	0.1001
chr3R	12009967	12010118	chr3R:12009968-12010118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0226	0.0235	0.0184	0.017	0.0184	0.0272	0.034	0.017	0.0157	0.0341	0.0157	0.0194	0.01	0.0393	0.01	0.0146
chr3R	12012209	12012457	chr3R:12012210-12012457	FBgn0024491,FBgn0086370	Bin1,sra	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0758	0.0735	0.0863	0.0667	0.052	0.0879	0.0874	0.0873	0.052	0.1027	0.0949	0.1027	0.0852	0.0628	0.0677	0.0628	0.0865
chr3R	12012594	12012775	chr3R:12012595-12012775	FBgn0024491,FBgn0086370	Bin1,sra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1896	0.1692	0.2187	0.1806	0.1347	0.1981	0.1838	0.2172	0.1347	0.2566	0.2309	0.2566	0.2347	0.1776	0.1741	0.1776	0.2189
chr3R	12013061	12013237	chr3R:12013062-12013237	FBgn0024491,FBgn0086370	Bin1,sra	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0519	0.0457	0.0588	0.0511	0.035	0.0403	0.0623	0.0526	0.035	0.0417	0.0453	0.0417	0.0457	0.0314	0.0239	0.0314	0.0422
chr3R	12013348	12013499	chr3R:12013349-12013499	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0242	0.0305	0.0287	0.018	0.0223	0.035	0.026	0.018	0.026	0.0254	0.026	0.0194	0.0253	0.0161	0.0253	0.0245
chr3R	12013808	12013985	chr3R:12013809-12013985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0189	0.0405	0.0301	0.0106	0.0223	0.0247	0.0227	0.0106	0.0248	0.0399	0.0248	0.0232	0.0176	0.0187	0.0176	0.013
chr3R	12016534	12016685	chr3R:12016535-12016685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0169	0.0174	0.0163	0.0074	0.016	0.0268	0.018	0.0074	0.0157	0.018	0.0157	0.0279	0.0069	0.0077	0.0069	0.0391
chr3R	12018119	12018329	chr3R:12018120-12018329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0319	0.0355	0.0326	0.0272	0.0244	0.0374	0.0476	0.0406	0.0244	0.0386	0.0354	0.0386	0.0318	0.0237	0.0445	0.0237	0.0365
chr3R	12023535	12023686	chr3R:12023536-12023686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0291	0.0298	0.0284	0.0291	0.0138	0.033	0.0398	0.038	0.0138	0.0314	0.0293	0.0314	0.0411	0.0329	0.0322	0.0329	0.0511
chr3R	12030895	12031095	chr3R:12030896-12031095	FBgn0010438	mtSSB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1086	0.0892	0.1317	0.105	0.0488	0.1131	0.0978	0.1153	0.0488	0.1697	0.135	0.1697	0.1402	0.1156	0.1077	0.1156	0.123
chr3R	12031194	12031376	chr3R:12031195-12031376	FBgn0010438	mtSSB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2065	0.1883	0.2346	0.1958	0.1442	0.2432	0.1877	0.2385	0.1442	0.308	0.236	0.308	0.2479	0.2228	0.1954	0.2228	0.2303
chr3R	12032129	12032280	chr3R:12032130-12032280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0484	0.0297	0.0655	0.0506	0.0085	0.0417	0.0333	0.036	0.0085	0.1008	0.0695	0.1008	0.0604	0.0536	0.0496	0.0536	0.0662
chr3R	12032829	12033032	chr3R:12032830-12033032	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2083	0.1297	0.2747	0.2232	0.0657	0.2136	0.1151	0.1419	0.0657	0.375	0.3042	0.375	0.2998	0.2734	0.2489	0.2734	0.2804
chr3R	12033126	12033277	chr3R:12033127-12033277	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1203	0.0776	0.1561	0.1285	0.0339	0.1058	0.0809	0.1046	0.0339	0.1781	0.1958	0.1781	0.1479	0.1363	0.156	0.1363	0.1402
chr3R	12033797	12034036	chr3R:12033798-12034036	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0963	0.0222	0.116	0.1575	0.0053	0.0427	0.0177	0.0213	0.0053	0.1027	0.1447	0.1027	0.1797	0.2044	0.2083	0.2044	0.1714
chr3R	12034081	12034232	chr3R:12034082-12034232	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0562	0.0082	0.0643	0.1008	0	0.0189	0.0056	0.0067	0	0.0543	0.0855	0.0543	0.0976	0.1508	0.1399	0.1508	0.0954
chr3R	12034249	12034425	chr3R:12034250-12034425	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0679	0.016	0.0854	0.1067	0.0021	0.0311	0.0173	0.01	0.0021	0.0785	0.1267	0.0785	0.0891	0.1279	0.2031	0.1279	0.0709
chr3R	12035119	12035274	chr3R:12035120-12035274	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.058	0.0287	0.0764	0.0707	0.0085	0.0374	0.0316	0.036	0.0085	0.0646	0.1158	0.0646	0.0697	0.0214	0.1464	0.0214	0.0568
chr3R	12037795	12037946	chr3R:12037796-12037946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0304	0.0199	0.0214	0.0265	0.0189	0.0528	0.0313	0.0265	0.026	0.0209	0.026	0.0186	0.01	0.0284	0.01	0.0208
chr3R	12038431	12038593	chr3R:12038432-12038593	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0098	0.0146	0.0439	0.0064	0.0092	0.0138	0.0127	0.0064	0.0103	0.0122	0.0103	0.0077	0.0069	0.0064	0.0069	0.0115
chr3R	12039059	12039468	chr3R:12039060-12039468	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0438	0.014	0.0242	0.0986	0.0032	0.018	0.0186	0.016	0.0032	0.0205	0.0151	0.0205	0.0132	0.0168	0.0142	0.0168	0.0375
chr3R	12039947	12040098	chr3R:12039948-12040098	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0273	0.0177	0.0152	0.0514	0.0053	0.0141	0.0316	0.018	0.0053	0.0169	0.0164	0.0169	0.0108	0.0168	0.02	0.0168	0.0182
chr3R	12040326	12040477	chr3R:12040327-12040477	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0203	0.0175	0.0322	0.0148	0.016	0.0324	0.022	0.0148	0.0121	0.0158	0.0121	0.0093	0.0038	0.0064	0.0038	0.0094
chr3R	12042196	12042439	chr3R:12042197-12042439	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0303	0.0187	0.0171	0.0138	0.0199	0.0497	0.0426	0.0138	0.0223	0.0161	0.0223	0.017	0.0107	0.0116	0.0107	0.0078
chr3R	12042508	12042727	chr3R:12042509-12042727	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0299	0.0356	0.0305	0.0228	0.0127	0.0383	0.0502	0.044	0.0127	0.0465	0.0299	0.0465	0.0225	0.0168	0.0155	0.0168	0.0172
chr3R	12047135	12047555	chr3R:12047136-12047555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42475.1	VT42475.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1811	0.1	0.173	0.2806	0.052	0.15	0.1047	0.1106	0.052	0.163	0.1453	0.163	0.2843	0.2611	0.2424	0.2611	0.3611
chr3R	12047935	12048129	chr3R:12047936-12048129	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42475.1	VT42475.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1161	0.0644	0.1131	0.1771	0.0255	0.1087	0.0532	0.0733	0.0255	0.1256	0.082	0.1256	0.1882	0.1853	0.156	0.1853	0.2319
chr3R	12048234	12048475	chr3R:12048235-12048475	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42475.1	VT42475.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1289	0.0536	0.1423	0.1984	0.0148	0.085	0.0562	0.0513	0.0148	0.1329	0.101	0.1329	0.1944	0.1776	0.1522	0.1776	0.26
chr3R	12049057	12049304	chr3R:12049058-12049304	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42475.1	VT42475.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0909	0.0388	0.0944	0.1452	0.018	0.0597	0.0376	0.0473	0.018	0.0628	0.1138	0.0628	0.1022	0.0406	0.1966	0.0406	0.1496
chr3R	12049971	12050148	chr3R:12049972-12050148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0494	0.0186	0.0414	0.0926	0.0053	0.0262	0.0225	0.0213	0.0053	0.0193	0.0431	0.0193	0.0473	0.0168	0.138	0.0168	0.0756
chr3R	12050379	12050589	chr3R:12050380-12050589	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1027	0.0379	0.0962	0.1823	0.0191	0.0549	0.0428	0.0393	0.0191	0.0386	0.073	0.0386	0.2138	0.0559	0.2128	0.0559	0.2533
chr3R	12052785	12052936	chr3R:12052786-12052936	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0384	0.0126	0.0416	0.0636	0.0042	0.0204	0.0151	0.0107	0.0042	0.0417	0.0386	0.0417	0.0844	0.0567	0.0832	0.0567	0.1058
chr3R	12053001	12053152	chr3R:12053002-12053152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.0088	0.0268	0.0617	0.0011	0.0141	0.0108	0.0107	0.0011	0.0217	0.0254	0.0217	0.0503	0.0436	0.0587	0.0436	0.1058
chr3R	12053865	12054116	chr3R:12053866-12054116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0387	0.0481	0.0431	0.0233	0.0223	0.0636	0.0714	0.0366	0.0223	0.0574	0.046	0.0574	0.0325	0.0145	0.0226	0.0145	0.0162
chr3R	12054526	12054677	chr3R:12054527-12054677	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0429	0.0451	0.0453	0.0377	0.0212	0.0641	0.0467	0.0546	0.0212	0.058	0.0579	0.058	0.0356	0.0368	0.0413	0.0368	0.0323
chr3R	12054739	12055033	chr3R:12054740-12055033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1234	0.0928	0.1471	0.1316	0.0382	0.1519	0.0757	0.1179	0.0382	0.1709	0.1807	0.1709	0.1681	0.1256	0.1547	0.1256	0.1626
chr3R	12055211	12055362	chr3R:12055212-12055362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0488	0.0356	0.0549	0.0568	0.0159	0.0476	0.0372	0.0473	0.0159	0.0495	0.0711	0.0495	0.0736	0.0391	0.0722	0.0391	0.075
chr3R	12056137	12056288	chr3R:12056138-12056288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0422	0.0294	0.0572	0.04	0.0095	0.0413	0.0333	0.0333	0.0095	0.058	0.0688	0.058	0.0674	0.0299	0.0496	0.0299	0.0584
chr3R	12056883	12057034	chr3R:12056884-12057034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0483	0.0204	0.0698	0.056	0.0032	0.0316	0.0285	0.0173	0.0032	0.0984	0.073	0.0984	0.0736	0.0758	0.0554	0.0758	0.0735
chr3R	12057099	12057289	chr3R:12057100-12057289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0716	0.0259	0.1025	0.0888	0.0053	0.0447	0.0316	0.02	0.0053	0.1178	0.1196	0.1178	0.1224	0.1034	0.0819	0.1034	0.1417
chr3R	12057321	12057644	chr3R:12057322-12057644	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1096	0.084	0.1234	0.1231	0.0456	0.0966	0.122	0.0819	0.0456	0.1624	0.1077	0.1624	0.1828	0.144	0.0793	0.144	0.1975
chr3R	12058002	12058153	chr3R:12058003-12058153	distal	distal	stage5	stage5	VT42481.1	VT42481.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0524	0.0496	0.0549	0.0526	0.0265	0.0539	0.0705	0.052	0.0265	0.061	0.0572	0.061	0.0837	0.0467	0.0619	0.0467	0.0756
chr3R	12060202	12060435	chr3R:12060203-12060435	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42481.1	VT42481.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0901	0.033	0.1103	0.1319	0.0032	0.0631	0.0281	0.038	0.0032	0.2071	0.1148	0.2071	0.0666	0.2098	0.176	0.2098	0.1397
chr3R	12060953	12061752	chr3R:12060954-12061752	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.4177	0.2648	0.5098	0.4874	0.1007	0.4388	0.221	0.3364	0.1007	0.6371	0.5569	0.6371	0.4617	0.4992	0.5132	0.4992	0.5618
chr3R	12062042	12062456	chr3R:12062043-12062456	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2941	0.1539	0.3702	0.3674	0.0594	0.2738	0.1263	0.1772	0.0594	0.5115	0.39	0.5115	0.3749	0.4173	0.3881	0.4173	0.4283
chr3R	12062771	12062952	chr3R:12062772-12062952	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1688	0.0884	0.1952	0.2298	0.0339	0.1505	0.0787	0.1046	0.0339	0.1944	0.2225	0.1944	0.1882	0.2458	0.2405	0.2458	0.2668
chr3R	12063078	12063229	chr3R:12063079-12063229	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1195	0.0938	0.1392	0.1264	0.0498	0.1223	0.0986	0.1246	0.0498	0.1256	0.181	0.1256	0.1309	0.1164	0.1631	0.1164	0.1542
chr3R	12063364	12063542	chr3R:12063365-12063542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1131	0.1162	0.135	0.0856	0.0764	0.1199	0.1492	0.1466	0.0764	0.1407	0.1695	0.1407	0.141	0.1049	0.1122	0.1049	0.1042
chr3R	12065162	12065313	chr3R:12065163-12065313	distal	distal	none	none	VT42485.1	VT42485.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0429	0.0207	0.0421	0.0687	0.0138	0.0223	0.0272	0.0227	0.0138	0.029	0.0379	0.029	0.0248	0.0352	0.0335	0.0352	0.0349
chr3R	12066497	12066705	chr3R:12066498-12066705	distal	distal	none	none	VT42485.1	VT42485.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1271	0.1643	0.1345	0.0773	0.1135	0.1908	0.1713	0.2385	0.1135	0.1178	0.1531	0.1178	0.1022	0.0406	0.0651	0.0406	0.0651
chr3R	12067020	12067382	chr3R:12067021-12067382	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42485.1,VT42486.1	VT42485.1,VT42486.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.394	0.3776	0.4443	0.3571	0.3351	0.4544	0.3949	0.457	0.3351	0.5175	0.4849	0.5175	0.3865	0.3836	0.3585	0.3836	0.4018
chr3R	12067515	12067666	chr3R:12067516-12067666	distal	distal	none	none	VT42486.1	VT42486.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1114	0.1138	0.1315	0.0868	0.0806	0.1364	0.1358	0.1299	0.0806	0.1546	0.1473	0.1546	0.1154	0.0842	0.098	0.0842	0.1068
chr3R	12068272	12068501	chr3R:12068273-12068501	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42486.1	VT42486.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3572	0.3446	0.3977	0.3268	0.3054	0.4141	0.3798	0.3891	0.3054	0.474	0.4289	0.474	0.3416	0.34	0.3546	0.34	0.3616
chr3R	12073331	12073482	chr3R:12073332-12073482	distal	distal	none	none	VT42489.1	VT42489.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0392	0.027	0.0401	0.0517	0.0117	0.0364	0.0247	0.0413	0.0117	0.0362	0.036	0.0362	0.0186	0.0161	0.02	0.0161	0.0229
chr3R	12073776	12073941	chr3R:12073777-12073941	distal	distal	stage14	stage14	VT42489.1,VT42490.1	VT42489.1,VT42490.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0955	0.0823	0.1066	0.0982	0.0467	0.0883	0.0934	0.1199	0.0467	0.1081	0.0923	0.1081	0.0473	0.0436	0.0535	0.0436	0.05
chr3R	12074148	12074299	chr3R:12074149-12074299	distal	distal	stage14	stage14	VT42490.1	VT42490.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0612	0.0424	0.0631	0.0801	0.0138	0.05	0.0575	0.0493	0.0138	0.0562	0.0511	0.0562	0.0418	0.0337	0.0277	0.0337	0.0386
chr3R	12074514	12074665	chr3R:12074515-12074665	distal	distal	none	none	VT42490.1	VT42490.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0587	0.0369	0.0632	0.0781	0.0095	0.0568	0.0385	0.0426	0.0095	0.0713	0.063	0.0713	0.0527	0.0712	0.0426	0.0712	0.0578
chr3R	12075254	12075565	chr3R:12075255-12075565	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42490.1,VT42491.1	VT42490.1,VT42491.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.216	0.2126	0.231	0.2033	0.1591	0.2354	0.2474	0.2778	0.1591	0.2832	0.235	0.2832	0.2246	0.1815	0.1734	0.1815	0.2517
chr3R	12075798	12076181	chr3R:12075799-12076181	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42490.1,VT42491.1	VT42490.1,VT42491.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.4018	0.4035	0.4307	0.3682	0.3627	0.4704	0.439	0.469	0.3627	0.5229	0.4621	0.5229	0.3974	0.3874	0.3772	0.3874	0.4237
chr3R	12077127	12077304	chr3R:12077128-12077304	distal	distal	stage5	stage5	VT42491.1,VT42492.1	VT42491.1,VT42492.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1622	0.2516	0.1749	0.0483	0.2089	0.2568	0.3162	0.3045	0.2089	0.1534	0.2469	0.1534	0.0612	0.0138	0.0677	0.0138	0.0271
chr3R	12078660	12078811	chr3R:12078661-12078811	distal	distal	none	none	VT42492.1,VT42493.1	VT42492.1,VT42493.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0295	0.0626	0.0597	0.0053	0.0476	0.0247	0.04	0.0053	0.0537	0.0949	0.0537	0.0302	0.0214	0.1522	0.0214	0.0433
chr3R	12079008	12079159	chr3R:12079009-12079159	distal	distal	stage14	stage14	VT42492.1,VT42493.1	VT42492.1,VT42493.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0573	0.0343	0.072	0.067	0.0127	0.0583	0.0298	0.0433	0.0127	0.0562	0.1125	0.0562	0.038	0.0161	0.1934	0.0161	0.0292
chr3R	12079708	12079859	chr3R:12079709-12079859	distal	distal	stage14	stage14	VT42493.1	VT42493.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0621	0.0376	0.0755	0.0746	0.0085	0.0602	0.0346	0.0513	0.0085	0.0652	0.1093	0.0652	0.0403	0.0475	0.2018	0.0475	0.0349
chr3R	12079980	12080131	chr3R:12079981-12080131	distal	distal	stage14	stage14	VT42493.1	VT42493.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0691	0.0425	0.0915	0.0742	0.0201	0.0602	0.0402	0.062	0.0201	0.0737	0.1357	0.0737	0.038	0.0505	0.1773	0.0505	0.0412
chr3R	12080441	12080592	chr3R:12080442-12080592	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42493.1,VT42494.1	VT42493.1,VT42494.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0985	0.0717	0.122	0.1026	0.0159	0.1199	0.0541	0.1046	0.0159	0.1649	0.1251	0.1649	0.0744	0.0743	0.0825	0.0743	0.1001
chr3R	12080716	12081182	chr3R:12080717-12081182	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42493.1,VT42494.1	VT42493.1,VT42494.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3009	0.2496	0.3797	0.2718	0.0976	0.4311	0.1626	0.3638	0.0976	0.5833	0.3283	0.5833	0.2285	0.307	0.1625	0.307	0.2194
chr3R	12081813	12082159	chr3R:12081814-12082159	distal	distal	none	none	VT42494.1	VT42494.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.094	0.0464	0.0951	0.1459	0.0117	0.084	0.0385	0.048	0.0117	0.1479	0.073	0.1479	0.0581	0.245	0.0606	0.245	0.098
chr3R	12086171	12086404	chr3R:12086172-12086404	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1767	0.1644	0.1959	0.1692	0.1103	0.1971	0.1739	0.2272	0.1103	0.2482	0.21	0.2482	0.1727	0.1884	0.1767	0.1884	0.1808
chr3R	12086665	12086870	chr3R:12086666-12086870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1826	0.1593	0.2069	0.1821	0.1113	0.1951	0.1791	0.1999	0.1113	0.2621	0.2264	0.2621	0.1859	0.1845	0.187	0.1845	0.223
chr3R	12089459	12089610	chr3R:12089460-12089610	FBgn0020407,FBgn0040237	asun,bor	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0413	0.0236	0.0543	0.0468	0.0042	0.0316	0.0303	0.028	0.0042	0.0634	0.0563	0.0634	0.0728	0.0582	0.0451	0.0582	0.0625
chr3R	12089739	12090064	chr3R:12089740-12090064	FBgn0020407,FBgn0040237	asun,bor	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1156	0.0651	0.1353	0.1505	0.0223	0.0874	0.0688	0.0866	0.0223	0.1618	0.1498	0.1618	0.1611	0.173	0.1522	0.173	0.1834
chr3R	12094361	12094534	chr3R:12094362-12094534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0584	0.0288	0.0131	0.0488	0.0403	0.1021	0.052	0.0488	0.0405	0.0293	0.0405	0.038	0.0123	0.0123	0.0123	0.0193
chr3R	12098066	12098233	chr3R:12098067-12098233	FBgn0250823,FBgn0261286	Mat89Ba,gish	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1277	0.1148	0.1467	0.1213	0.0636	0.15	0.1202	0.1546	0.0636	0.2065	0.1553	0.2065	0.1441	0.1179	0.1251	0.1179	0.1548
chr3R	12098416	12098579	chr3R:12098417-12098579	FBgn0250823,FBgn0261286	Mat89Ba,gish	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0973	0.0902	0.1146	0.0862	0.0657	0.1029	0.0999	0.1239	0.0657	0.1582	0.1222	0.1582	0.0984	0.0743	0.0883	0.0743	0.1063
chr3R	12098643	12098818	chr3R:12098644-12098818	FBgn0250823,FBgn0261286	Mat89Ba,gish	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1852	0.1689	0.2183	0.1671	0.1421	0.2083	0.1773	0.2032	0.1421	0.2947	0.236	0.2947	0.1828	0.1654	0.1586	0.1654	0.2058
chr3R	12098896	12099073	chr3R:12098897-12099073	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1734	0.1453	0.216	0.1579	0.0997	0.1976	0.1522	0.1699	0.0997	0.2784	0.235	0.2784	0.1929	0.1692	0.1676	0.1692	0.1787
chr3R	12099127	12099298	chr3R:12099128-12099298	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1222	0.0997	0.1496	0.1173	0.0467	0.1306	0.1034	0.1379	0.0467	0.1787	0.173	0.1787	0.1325	0.1332	0.1257	0.1332	0.124
chr3R	12099538	12099716	chr3R:12099539-12099716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1196	0.1083	0.141	0.1088	0.0604	0.116	0.1362	0.1359	0.0604	0.1576	0.1659	0.1576	0.1387	0.1202	0.1219	0.1202	0.1303
chr3R	12100137	12100289	chr3R:12100138-12100289	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0694	0.0652	0.0368	0.0477	0.0631	0.0921	0.0953	0.0477	0.0797	0.081	0.0797	0.0527	0.0352	0.0451	0.0352	0.0459
chr3R	12100428	12100617	chr3R:12100429-12100617	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1114	0.1309	0.1222	0.0778	0.1039	0.1058	0.1786	0.1726	0.1039	0.1286	0.1633	0.1286	0.1108	0.0712	0.1025	0.0712	0.0672
chr3R	12101980	12102225	chr3R:12101981-12102225	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.079	0.0703	0.0986	0.0671	0.0223	0.1248	0.0683	0.0626	0.0223	0.1117	0.1096	0.1117	0.1642	0.0651	0.1193	0.0651	0.0844
chr3R	12105255	12105406	chr3R:12105256-12105406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.067	0.0401	0.0945	0.0668	0.0191	0.0471	0.0398	0.066	0.0191	0.1153	0.1219	0.1153	0.0883	0.0544	0.0799	0.0544	0.1282
chr3R	12105776	12106322	chr3R:12105777-12106322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3561	0.3066	0.4537	0.3043	0.2598	0.3612	0.2997	0.425	0.2598	0.5598	0.5514	0.5598	0.4841	0.356	0.4159	0.356	0.4184
chr3R	12106532	12106724	chr3R:12106533-12106724	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1874	0.1629	0.2345	0.1631	0.1273	0.183	0.154	0.2538	0.1273	0.3128	0.2833	0.3128	0.2301	0.2113	0.2186	0.2113	0.2387
chr3R	12106920	12107400	chr3R:12106921-12107400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2206	0.202	0.2717	0.1854	0.1188	0.2481	0.189	0.3205	0.1188	0.2832	0.3794	0.2832	0.2618	0.2542	0.3127	0.2542	0.1907
chr3R	12107927	12108113	chr3R:12107928-12108113	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1325	0.1223	0.184	0.0873	0.0594	0.1675	0.122	0.1619	0.0594	0.2935	0.2016	0.2935	0.1603	0.1041	0.1309	0.1041	0.1131
chr3R	12110703	12110907	chr3R:12110704-12110907	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0904	0.0502	0.1099	0.1138	0.0191	0.0699	0.058	0.0606	0.0191	0.1129	0.1032	0.1129	0.2347	0.1026	0.1038	0.1026	0.235
chr3R	12111521	12111716	chr3R:12111522-12111716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0419	0.0368	0.0511	0.0376	0.018	0.05	0.0376	0.0466	0.018	0.0489	0.0405	0.0489	0.1332	0.0176	0.0213	0.0176	0.0985
chr3R	12112230	12112381	chr3R:12112231-12112381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0301	0.027	0.036	0.0269	0.0106	0.0316	0.0333	0.0346	0.0106	0.0477	0.0354	0.0477	0.0511	0.0689	0.0258	0.0689	0.0203
chr3R	12113027	12113256	chr3R:12113028-12113256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0417	0.0329	0.0558	0.0361	0.0117	0.0364	0.0376	0.0513	0.0117	0.0537	0.0749	0.0537	0.0604	0.023	0.0787	0.023	0.0313
chr3R	12113477	12113628	chr3R:12113478-12113628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0322	0.0308	0.0367	0.029	0.0095	0.0388	0.0394	0.038	0.0095	0.0356	0.0441	0.0356	0.0465	0.0207	0.0464	0.0207	0.037
chr3R	12114639	12114790	chr3R:12114640-12114790	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.035	0.0368	0.0181	0.0138	0.0379	0.0424	0.052	0.0138	0.0374	0.0463	0.0374	0.0387	0.0214	0.0258	0.0214	0.0146
chr3R	12116314	12116532	chr3R:12116315-12116532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0469	0.0652	0.049	0.0241	0.0414	0.0612	0.0761	0.1006	0.0414	0.0489	0.0624	0.0489	0.0503	0.0268	0.0496	0.0268	0.0172
chr3R	12117588	12117749	chr3R:12117589-12117749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0327	0.0315	0.0248	0.0212	0.0379	0.0389	0.0406	0.0212	0.0284	0.0302	0.0284	0.0604	0.0138	0.0161	0.0138	0.0552
chr3R	12118165	12118343	chr3R:12118166-12118343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0313	0.0382	0.0178	0.0127	0.0374	0.0389	0.0393	0.0127	0.0338	0.037	0.0338	0.0775	0.0107	0.0135	0.0107	0.0354
chr3R	12119487	12119638	chr3R:12119488-12119638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0284	0.0336	0.0346	0.0157	0.0265	0.033	0.0415	0.0426	0.0265	0.0308	0.0357	0.0308	0.0596	0.0123	0.0142	0.0123	0.0281
chr3R	12119652	12119803	chr3R:12119653-12119803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0272	0.0328	0.0332	0.0142	0.0148	0.0383	0.0437	0.0353	0.0148	0.032	0.0354	0.032	0.055	0.01	0.0174	0.01	0.0219
chr3R	12120654	12120898	chr3R:12120655-12120898	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0525	0.0369	0.0191	0.0392	0.0612	0.0631	0.062	0.0392	0.038	0.0453	0.038	0.0442	0.0245	0.0251	0.0245	0.0188
chr3R	12121303	12121501	chr3R:12121304-12121501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0471	0.0303	0.0135	0.0212	0.0456	0.0675	0.062	0.0212	0.0344	0.036	0.0344	0.0302	0.0191	0.0077	0.0191	0.0172
chr3R	12121568	12121719	chr3R:12121569-12121719	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0271	0.044	0.0239	0.0117	0.017	0.0437	0.0662	0.0526	0.017	0.0308	0.0222	0.0308	0.0287	0.0176	0.0097	0.0176	0.0141
chr3R	12122592	12122743	chr3R:12122593-12122743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0308	0.0336	0.0212	0.0127	0.0291	0.0398	0.0446	0.0127	0.0459	0.0334	0.0459	0.0387	0.0299	0.0251	0.0299	0.0271
chr3R	12125260	12125518	chr3R:12125261-12125518	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0506	0.0663	0.0539	0.0294	0.0424	0.0563	0.099	0.0806	0.0424	0.058	0.0563	0.058	0.0473	0.0237	0.0387	0.0237	0.0334
chr3R	12126991	12127181	chr3R:12126992-12127181	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0486	0.0794	0.0416	0.0217	0.0541	0.0782	0.1112	0.0839	0.0541	0.0646	0.0441	0.0646	0.0403	0.0306	0.0251	0.0306	0.025
chr3R	12127259	12127670	chr3R:12127260-12127670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0598	0.0862	0.0588	0.0315	0.0467	0.0942	0.1142	0.0953	0.0467	0.0936	0.0588	0.0936	0.0542	0.0345	0.0297	0.0345	0.0433
chr3R	12130107	12130298	chr3R:12130108-12130298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0422	0.0512	0.0382	0.0366	0.0308	0.0451	0.0735	0.0646	0.0308	0.0302	0.0527	0.0302	0.0341	0.0191	0.0613	0.0191	0.0339
chr3R	12130926	12131146	chr3R:12130927-12131146	FBgn0038412	Zip3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0768	0.0806	0.0674	0.083	0.0467	0.0728	0.1138	0.1073	0.0467	0.0531	0.0868	0.0531	0.0751	0.0628	0.1554	0.0628	0.061
chr3R	12131308	12131501	chr3R:12131309-12131501	FBgn0038412	Zip3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0389	0.028	0.035	0.0553	0.017	0.0316	0.0329	0.0366	0.017	0.0211	0.0492	0.0211	0.0488	0.0283	0.1367	0.0283	0.0479
chr3R	12134005	12134156	chr3R:12134006-12134156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0264	0.0291	0.0185	0.017	0.0248	0.032	0.04	0.017	0.029	0.028	0.029	0.0434	0.0115	0.0232	0.0115	0.0318
chr3R	12135248	12135470	chr3R:12135249-12135470	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0326	0.0212	0.0364	0.0411	0.0106	0.0209	0.0294	0.026	0.0106	0.0242	0.0418	0.0242	0.0697	0.0145	0.0767	0.0145	0.0756
chr3R	12135601	12136040	chr3R:12135602-12136040	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0664	0.0608	0.0756	0.0625	0.035	0.0597	0.0813	0.0773	0.035	0.064	0.0788	0.064	0.1472	0.0421	0.0812	0.0421	0.1204
chr3R	12136101	12136309	chr3R:12136102-12136309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0447	0.0429	0.0477	0.0434	0.0276	0.0447	0.0562	0.0533	0.0276	0.0489	0.0524	0.0489	0.0813	0.0383	0.0606	0.0383	0.0771
chr3R	12142542	12142702	chr3R:12142543-12142702	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0143	0.0378	0.0155	0.0074	0.017	0.0199	0.0173	0.0074	0.0151	0.0765	0.0151	0.0124	0.0138	0.0432	0.0138	0.0068
chr3R	12146640	12146890	chr3R:12146641-12146890	FBgn0011858	tRNA:F2:89BC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0465	0.0244	0.0139	0.0233	0.0301	0.0709	0.0706	0.0233	0.035	0.0222	0.035	0.0263	0.0145	0.011	0.0145	0.0198
chr3R	12147002	12147205	chr3R:12147003-12147205	FBgn0011858,FBgn0012011	tRNA:F2:89BC,tRNA:V4:89BC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0324	0.0614	0.0197	0.0139	0.0541	0.0437	0.0908	0.0799	0.0541	0.0236	0.0138	0.0236	0.0287	0.0138	0.0058	0.0138	0.0261
chr3R	12147367	12147522	chr3R:12147368-12147522	FBgn0011858,FBgn0012011	tRNA:F2:89BC,tRNA:V4:89BC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0214	0.0336	0.0154	0.0142	0.0318	0.0272	0.058	0.0286	0.0318	0.0109	0.0161	0.0109	0.0256	0.0245	0.0052	0.0245	0.0214
chr3R	12155585	12155736	chr3R:12155586-12155736	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0181	0.0146	0.0265	0.0074	0.0165	0.026	0.0227	0.0074	0.0145	0.017	0.0145	0.0201	0.0819	0.0239	0.0819	0.0156
chr3R	12157709	12157882	chr3R:12157710-12157882	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0181	0.027	0.0269	0.0064	0.0223	0.0242	0.0213	0.0064	0.0103	0.0225	0.0103	0.0868	0.0115	0.0174	0.0115	0.0667
chr3R	12158018	12158169	chr3R:12158019-12158169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0123	0.0161	0.0113	0.0042	0.0092	0.0186	0.0173	0.0042	0.0072	0.017	0.0072	0.0395	0.01	0.0064	0.01	0.024
chr3R	12161733	12162021	chr3R:12161734-12162021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0373	0.033	0.0503	0.0279	0.0095	0.0379	0.042	0.0466	0.0095	0.0332	0.0884	0.0332	0.0248	0.0115	0.069	0.0115	0.0188
chr3R	12162568	12162719	chr3R:12162569-12162719	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0726	0.0789	0.1008	0.0348	0.0424	0.0689	0.0826	0.1479	0.0424	0.0676	0.1875	0.0676	0.0356	0.0153	0.0845	0.0153	0.025
chr3R	12162731	12163253	chr3R:12162732-12163253	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1624	0.207	0.2061	0.0645	0.1294	0.1782	0.205	0.3937	0.1294	0.1594	0.3588	0.1594	0.0906	0.0421	0.1509	0.0421	0.0568
chr3R	12163740	12163909	chr3R:12163741-12163909	FBgn0040271	Sulf1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0703	0.0649	0.0909	0.0539	0.0467	0.0636	0.0774	0.0926	0.0467	0.0984	0.1074	0.0984	0.0999	0.0551	0.0593	0.0551	0.0865
chr3R	12164220	12164406	chr3R:12164221-12164406	FBgn0040271	Sulf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1987	0.1994	0.2316	0.1618	0.1442	0.235	0.2141	0.2518	0.1442	0.2693	0.2633	0.2693	0.2409	0.1738	0.1799	0.1738	0.1939
chr3R	12167386	12167591	chr3R:12167387-12167591	FBgn0038418,FBgn0040284	SF2,pad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1125	0.1195	0.1316	0.0837	0.0827	0.1316	0.1445	0.1479	0.0827	0.1498	0.1479	0.1498	0.1239	0.0704	0.0774	0.0704	0.0912
chr3R	12167638	12167817	chr3R:12167639-12167817	FBgn0038418,FBgn0040284	SF2,pad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.215	0.2176	0.244	0.1803	0.175	0.2466	0.2452	0.2685	0.175	0.2874	0.2717	0.2874	0.2448	0.1761	0.1902	0.1761	0.2043
chr3R	12167924	12168116	chr3R:12167925-12168116	FBgn0038418,FBgn0040284	SF2,pad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1759	0.1739	0.2042	0.1472	0.1198	0.1947	0.199	0.2165	0.1198	0.2385	0.2283	0.2385	0.22	0.1539	0.1618	0.1539	0.1756
chr3R	12173507	12173662	chr3R:12173508-12173662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0386	0.0253	0.0492	0.0418	0.0117	0.0379	0.0324	0.02	0.0117	0.0543	0.0498	0.0543	0.0883	0.0459	0.0393	0.0459	0.0662
chr3R	12173905	12174056	chr3R:12173906-12174056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0362	0.0317	0.0429	0.0338	0.0127	0.0383	0.0381	0.036	0.0127	0.0435	0.0486	0.0435	0.0565	0.0245	0.0348	0.0245	0.0625
chr3R	12174953	12175158	chr3R:12174954-12175158	FBgn0027095,FBgn0038419	CG14879,Manf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1822	0.1487	0.2379	0.1585	0.087	0.1917	0.1388	0.2172	0.087	0.2899	0.2868	0.2899	0.2355	0.1876	0.205	0.1876	0.1871
chr3R	12175469	12175699	chr3R:12175470-12175699	FBgn0027095	Manf	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0718	0.0614	0.0925	0.0607	0.0297	0.0767	0.0606	0.0899	0.0297	0.1063	0.1093	0.1063	0.1046	0.0605	0.0767	0.0605	0.0818
chr3R	12176193	12176435	chr3R:12176194-12176435	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0816	0.0963	0.0855	0.0607	0.0647	0.1112	0.109	0.1213	0.0647	0.0857	0.1035	0.0857	0.093	0.0513	0.0683	0.0513	0.0948
chr3R	12176837	12177039	chr3R:12176838-12177039	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1483	0.1492	0.174	0.1191	0.106	0.1767	0.1574	0.2045	0.106	0.224	0.1926	0.224	0.1844	0.1309	0.1438	0.1309	0.174
chr3R	12181184	12181335	chr3R:12181185-12181335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.0121	0.0142	0.0224	0.0021	0.0117	0.0177	0.0153	0.0021	0.0127	0.0164	0.0127	0.0209	0.0536	0.0245	0.0536	0.0167
chr3R	12182222	12182373	chr3R:12182223-12182373	FBgn0038420	CG10311	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.0199	0.023	0.023	0.0085	0.0218	0.0285	0.0227	0.0085	0.0223	0.0289	0.0223	0.0279	0.0245	0.0464	0.0245	0.0271
chr3R	12182639	12182790	chr3R:12182640-12182790	FBgn0038420	CG10311	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0434	0.0363	0.0263	0.0223	0.0461	0.0532	0.0593	0.0223	0.0417	0.0431	0.0417	0.038	0.0253	0.0393	0.0253	0.0427
chr3R	12182864	12183015	chr3R:12182865-12183015	FBgn0038420	CG10311	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0266	0.0305	0.0274	0.0213	0.0085	0.0345	0.0389	0.0406	0.0085	0.0223	0.0347	0.0223	0.0271	0.0191	0.0413	0.0191	0.0219
chr3R	12184049	12184287	chr3R:12184050-12184287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.048	0.0443	0.026	0.0308	0.0393	0.0675	0.0633	0.0308	0.0562	0.0495	0.0562	0.0418	0.0291	0.0277	0.0291	0.0313
chr3R	12184292	12184465	chr3R:12184293-12184465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0348	0.0405	0.0255	0.0244	0.034	0.0437	0.0473	0.0244	0.0562	0.0415	0.0562	0.0387	0.0283	0.029	0.0283	0.0287
chr3R	12184493	12184644	chr3R:12184494-12184644	FBgn0038421	CG17931	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0451	0.0569	0.0318	0.0276	0.0495	0.0584	0.0533	0.0276	0.0749	0.0559	0.0749	0.0674	0.0375	0.0309	0.0375	0.0365
chr3R	12184732	12184906	chr3R:12184733-12184906	FBgn0038421	CG17931	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0819	0.0682	0.1061	0.0706	0.0424	0.0811	0.0748	0.0919	0.0424	0.1413	0.1116	0.1413	0.0821	0.075	0.0664	0.075	0.0834
chr3R	12184966	12185145	chr3R:12184967-12185145	FBgn0038421	CG17931	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1408	0.1145	0.1782	0.1291	0.0795	0.1456	0.1133	0.1532	0.0795	0.2307	0.1939	0.2307	0.1627	0.1401	0.1096	0.1401	0.1631
chr3R	12185245	12185846	chr3R:12185246-12185846	FBgn0038421,FBgn0259917	CG17931,CG42446	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.0819	0.1019	0.0758	0.0392	0.0971	0.1016	0.1019	0.0392	0.119	0.1132	0.119	0.1007	0.0789	0.0709	0.0789	0.0943
chr3R	12189760	12189964	chr3R:12189761-12189964	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.023	0.0369	0.0201	0.0106	0.0276	0.0316	0.0398	0.07	0.0276	0.0242	0.0225	0.0242	0.0201	0.0092	0.0142	0.0092	0.0094
chr3R	12199192	12199343	chr3R:12199193-12199343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0178	0.0226	0.0132	0.0106	0.0184	0.026	0.0213	0.0106	0.0199	0.0302	0.0199	0.0248	0.0123	0.0206	0.0123	0.0177
chr3R	12199615	12199766	chr3R:12199616-12199766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0201	0.0268	0.0181	0.0074	0.0175	0.0277	0.0266	0.0074	0.0266	0.0376	0.0266	0.0263	0.0214	0.0245	0.0214	0.0245
chr3R	12199919	12200114	chr3R:12199920-12200114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0571	0.0808	0.0499	0.0467	0.0636	0.0588	0.0813	0.0467	0.0918	0.1051	0.0918	0.0906	0.059	0.069	0.059	0.0735
chr3R	12205329	12205480	chr3R:12205330-12205480	distal	distal	none	none	VT42562.1	VT42562.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0134	0.014	0.0192	0.0064	0.0064	0.015	0.0216	0.0133	0.0064	0.0151	0.0338	0.0151	0.0062	0.0038	0.0148	0.0038	0.0057
chr3R	12205937	12206088	chr3R:12205938-12206088	distal	distal	none	none	VT42562.1,VT42563.1	VT42562.1,VT42563.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0165	0.0181	0.0213	0.0095	0.0117	0.0194	0.0251	0.0207	0.0117	0.0127	0.0347	0.0127	0.0139	0.0069	0.0148	0.0069	0.0099
chr3R	12207541	12207692	chr3R:12207542-12207692	distal	distal	none	none	VT42563.1	VT42563.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0122	0.0092	0.0137	0.0138	0.0032	0.0078	0.0143	0.012	0.0032	0.0145	0.0196	0.0145	0.0101	0.0337	0.0148	0.0337	0.0109
chr3R	12211394	12211687	chr3R:12211395-12211687	distal	distal	none	none	VT42565.1,ss_X8.2	VT42565.1,ss_X8.2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0442	0.0179	0.0565	0.0602	0.0053	0.0238	0.0238	0.0173	0.0053	0.0441	0.0617	0.0441	0.0263	0.0383	0.0516	0.0383	0.0307
chr3R	12214918	12215225	chr3R:12214919-12215225	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42567.1,VT42568.1,ss_X8.2	VT42567.1,VT42568.1,ss_X8.2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0384	0.0533	0.0485	0.0106	0.0095	0.0621	0.0363	0.1199	0.0095	0.0393	0.0675	0.0393	0.007	8e-04	0.0084	8e-04	0.0057
chr3R	12216129	12216537	chr3R:12216130-12216537	distal	distal	stage5	stage5	VT42568.1	VT42568.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.055	0.0459	0.0195	0.0159	0.0782	0.0441	0.0919	0.0159	0.0344	0.054	0.0344	0.0232	0.0184	0.0187	0.0184	0.0104
chr3R	12216784	12216948	chr3R:12216785-12216948	distal	distal	none	none	VT42568.1	VT42568.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0181	0.0236	0.0138	0.0074	0.0204	0.0234	0.0227	0.0074	0.0145	0.0228	0.0145	0.0093	0.0092	0.0045	0.0092	0.0063
chr3R	12222321	12222534	chr3R:12222322-12222534	distal	distal	stage11	stage11	VT42572.1	VT42572.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0208	0.0174	0.022	0.0233	0.0064	0.0252	0.0186	0.0233	0.0064	0.0199	0.0257	0.0199	0.0108	0.0054	0.0077	0.0054	0.0089
chr3R	12223351	12223502	chr3R:12223352-12223502	distal	distal	none	none	VT42572.1	VT42572.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0116	0.0138	0.011	0.0053	0.0107	0.0186	0.0133	0.0053	0.0139	0.0154	0.0139	0.0085	0.0054	0.009	0.0054	0.0042
chr3R	12224347	12224660	chr3R:12224348-12224660	distal	distal	none	none	VT42573.1	VT42573.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0306	0.0292	0.0298	0.033	0.0064	0.0573	0.0311	0.02	0.0064	0.0236	0.0244	0.0236	0.0116	0.0054	0.0161	0.0054	0.0115
chr3R	12228869	12229061	chr3R:12228870-12229061	FBgn0003513	ss	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0618	0.0491	0.0178	0.0424	0.0549	0.0856	0.0813	0.0424	0.0622	0.0559	0.0622	0.0434	0.0161	0.0245	0.0161	0.0214
chr3R	12229281	12229703	chr3R:12229282-12229703	FBgn0003513	ss	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2816	0.2684	0.3886	0.1788	0.1771	0.3282	0.2976	0.3258	0.1771	0.5127	0.4621	0.5127	0.3532	0.2052	0.2444	0.2052	0.222
chr3R	12230013	12230187	chr3R:12230014-12230187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0424	0.0537	0.0549	0.0159	0.0201	0.0791	0.0597	0.0626	0.0201	0.0543	0.0804	0.0543	0.0356	0.0153	0.0213	0.0153	0.0156
chr3R	12232475	12232647	chr3R:12232476-12232647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0161	0.0362	0.0368	0.0064	0.0165	0.0234	0.0147	0.0064	0.0248	0.0235	0.0248	0.0232	0.0168	0.0181	0.0168	0.0229
chr3R	12235566	12235763	chr3R:12235567-12235763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0172	0.036	0.0136	0.0085	0.0189	0.0238	0.02	0.0085	0.0211	0.0669	0.0211	0.017	0.0153	0.0348	0.0153	0.0063
chr3R	12236321	12236670	chr3R:12236322-12236670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0437	0.0466	0.0536	0.0297	0.0297	0.0587	0.0428	0.0686	0.0297	0.0459	0.0514	0.0459	0.0287	0.0115	0.0226	0.0115	0.0167
chr3R	12239566	12239771	chr3R:12239567-12239771	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1033	0.0942	0.139	0.0742	0.0541	0.1184	0.0874	0.1452	0.0541	0.1812	0.1685	0.1812	0.1363	0.1003	0.0909	0.1003	0.087
chr3R	12243899	12244067	chr3R:12243900-12244067	distal	distal	none	none	ss_E2.0_531	ss_E2.0_531	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0258	0.0133	0.042	0.022	0.0064	0.0175	0.0177	0.014	0.0064	0.0628	0.0627	0.0628	0.0147	0.0628	0.02	0.0628	0.0135
chr3R	12244199	12244353	chr3R:12244200-12244353	distal	distal	none	none	ss_E2.0_531	ss_E2.0_531	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0174	0.0123	0.0283	0.011	0.0011	0.0165	0.016	0.0147	0.0011	0.0368	0.0434	0.0368	0.007	0.0237	0.0174	0.0237	0.0052
chr3R	12249076	12249321	chr3R:12249077-12249321	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42587.1,ss_EX8.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1103	0.1047	0.152	0.0709	0.0339	0.1597	0.0675	0.1825	0.0339	0.1787	0.1955	0.1787	0.1185	0.1003	0.0638	0.1003	0.0563
chr3R	12250665	12250855	chr3R:12250666-12250855	FBgn0051497	tRNA:CR31497	none	none	VT42587.1,ss_EX8.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0476	0.0697	0.0478	0.0227	0.0668	0.0631	0.0792	0.0979	0.0668	0.07	0.0453	0.07	0.0627	0.0276	0.011	0.0276	0.0479
chr3R	12253419	12253570	chr3R:12253420-12253570	distal	distal	none	none	ss_EX8.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0125	0.0128	0.018	0.0042	0.0121	0.0169	0.016	0.0042	0.0145	0.0125	0.0145	0.0108	0.0069	0.0071	0.0069	0.0078
chr3R	12257191	12257375	chr3R:12257192-12257375	FBgn0051282	tRNA:CR31282	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0449	0.0548	0.0359	0.0286	0.049	0.0549	0.056	0.0286	0.0688	0.063	0.0688	0.055	0.0406	0.0348	0.0406	0.0448
chr3R	12257539	12257774	chr3R:12257540-12257774	FBgn0051282	tRNA:CR31282	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1996	0.1735	0.2406	0.1837	0.1188	0.2136	0.1778	0.2285	0.1188	0.308	0.2595	0.308	0.2448	0.2021	0.1857	0.2021	0.2277
chr3R	12258078	12258229	chr3R:12258079-12258229	FBgn0038424,FBgn0051282	CG17565,tRNA:CR31282	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0363	0.0529	0.0412	0.0159	0.0437	0.042	0.0473	0.0159	0.0604	0.0605	0.0604	0.0581	0.0521	0.0432	0.0521	0.0625
chr3R	12258323	12258513	chr3R:12258324-12258513	FBgn0038424	CG17565	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0562	0.0403	0.0633	0.0663	0.017	0.0427	0.0471	0.058	0.017	0.0725	0.0707	0.0725	0.0782	0.0758	0.0664	0.0758	0.1016
chr3R	12258601	12258801	chr3R:12258602-12258801	FBgn0038424	CG17565	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0684	0.0497	0.0778	0.0788	0.0212	0.0592	0.0515	0.0726	0.0212	0.0972	0.0842	0.0972	0.0914	0.0934	0.0806	0.0934	0.1172
chr3R	12258813	12258977	chr3R:12258814-12258977	FBgn0038424	CG17565	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.042	0.0333	0.049	0.0441	0.0064	0.0427	0.0376	0.0433	0.0064	0.0586	0.0521	0.0586	0.0682	0.0567	0.049	0.0567	0.0563
chr3R	12261975	12262126	chr3R:12261976-12262126	FBgn0038426	mRpS33	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.0404	0.0635	0.0402	0.0233	0.0427	0.0536	0.0546	0.0233	0.0713	0.072	0.0713	0.0744	0.0521	0.0393	0.0521	0.05
chr3R	12262229	12262406	chr3R:12262230-12262406	FBgn0038426	mRpS33	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0666	0.0984	0.0638	0.0467	0.0704	0.0804	0.0893	0.0467	0.1093	0.1174	0.1093	0.1084	0.0804	0.0664	0.0804	0.0787
chr3R	12267061	12267271	chr3R:12267062-12267271	FBgn0038427	ema	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0609	0.076	0.0467	0.0339	0.0612	0.0822	0.0753	0.0339	0.093	0.0939	0.093	0.0728	0.0551	0.0426	0.0551	0.0589
chr3R	12267338	12267510	chr3R:12267339-12267510	FBgn0038427	ema	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1212	0.1186	0.1409	0.1024	0.0732	0.1301	0.144	0.1552	0.0732	0.1866	0.1633	0.1866	0.1425	0.1156	0.1044	0.1156	0.1287
chr3R	12267582	12267733	chr3R:12267583-12267733	FBgn0038427	ema	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0472	0.0589	0.0377	0.0212	0.0456	0.0614	0.0673	0.0212	0.0743	0.073	0.0743	0.062	0.0391	0.0387	0.0391	0.0495
chr3R	12268656	12268832	chr3R:12268657-12268832	FBgn0038428,FBgn0038429	CG14882,CG14894	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0672	0.0521	0.0717	0.0791	0.0276	0.0529	0.0657	0.074	0.0276	0.0767	0.0842	0.0767	0.0914	0.0781	0.089	0.0781	0.1183
chr3R	12268890	12269078	chr3R:12268891-12269078	FBgn0038428,FBgn0038429	CG14882,CG14894	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0525	0.0417	0.0563	0.0603	0.0276	0.0432	0.0562	0.048	0.0276	0.0586	0.0653	0.0586	0.079	0.0651	0.0761	0.0651	0.0829
chr3R	12269122	12269273	chr3R:12269123-12269273	FBgn0038428,FBgn0038429	CG14882,CG14894	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0359	0.0293	0.0383	0.0405	0.0233	0.0296	0.0363	0.036	0.0233	0.0362	0.0453	0.0362	0.0527	0.0413	0.049	0.0413	0.0604
chr3R	12273320	12273471	chr3R:12273321-12273471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0272	0.0297	0.0273	0.0148	0.0277	0.0463	0.0193	0.0148	0.0272	0.0251	0.0272	0.0674	0.026	0.0135	0.026	0.0651
chr3R	12273526	12273727	chr3R:12273527-12273727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0347	0.0322	0.0338	0.0384	0.0223	0.0257	0.0571	0.0293	0.0223	0.0272	0.0286	0.0272	0.0829	0.026	0.02	0.026	0.0974
chr3R	12274433	12274588	chr3R:12274434-12274588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0469	0.0369	0.0481	0.0568	0.018	0.0364	0.0506	0.0473	0.018	0.0857	0.0415	0.0857	0.0558	0.1164	0.0484	0.1164	0.075
chr3R	12275225	12275498	chr3R:12275226-12275498	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1467	0.0945	0.1561	0.1948	0.0551	0.1267	0.1034	0.1053	0.0551	0.2325	0.1331	0.2325	0.2122	0.3224	0.1599	0.3224	0.2923
chr3R	12276641	12276804	chr3R:12276642-12276804	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0813	0.0274	0.0146	0.0954	0.0437	0.1267	0.0893	0.0954	0.0248	0.0338	0.0248	0.0333	0.0168	0.0181	0.0168	0.0167
chr3R	12278740	12278928	chr3R:12278741-12278928	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.201	0.194	0.2269	0.1805	0.1368	0.2252	0.2288	0.2345	0.1368	0.2989	0.2373	0.2989	0.2401	0.1631	0.1954	0.1631	0.2413
chr3R	12279041	12279222	chr3R:12279042-12279222	FBgn0044826	Pak3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1734	0.1727	0.2019	0.143	0.1145	0.1879	0.2111	0.2172	0.1145	0.2633	0.2235	0.2633	0.1836	0.1417	0.1689	0.1417	0.1532
chr3R	12279454	12279633	chr3R:12279455-12279633	FBgn0044826	Pak3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1954	0.1925	0.2244	0.1668	0.1474	0.199	0.234	0.2418	0.1474	0.2808	0.2405	0.2808	0.2277	0.1715	0.176	0.1715	0.2032
chr3R	12281293	12281444	chr3R:12281294-12281444	FBgn0038432	CG14883	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.052	0.0591	0.0405	0.0255	0.0578	0.0636	0.0706	0.0255	0.07	0.0685	0.07	0.0503	0.0498	0.0355	0.0498	0.0474
chr3R	12281663	12281845	chr3R:12281664-12281845	FBgn0038432	CG14883	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1092	0.096	0.1225	0.1095	0.0615	0.1165	0.1133	0.1126	0.0615	0.1383	0.136	0.1383	0.1247	0.1248	0.1019	0.1248	0.1225
chr3R	12281917	12282101	chr3R:12281918-12282101	FBgn0038432	CG14883	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0798	0.0616	0.0918	0.087	0.0339	0.0738	0.0731	0.0759	0.0339	0.1033	0.0897	0.1033	0.0976	0.0904	0.0664	0.0904	0.0813
chr3R	12282396	12282554	chr3R:12282397-12282554	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0367	0.025	0.0383	0.048	0.0127	0.0262	0.0277	0.038	0.0127	0.0332	0.0264	0.0332	0.0263	0.0123	0.0187	0.0123	0.0203
chr3R	12287264	12287415	chr3R:12287265-12287415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0201	0.0376	0.0154	0.0057	0.0233	0.0354	0.0554	0.0393	0.0233	0.0139	0.017	0.0139	0.0178	0.0046	0.0052	0.0046	0.0068
chr3R	12294389	12294584	chr3R:12294390-12294584	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0882	0.1736	0.0666	0.0164	0.141	0.1714	0.2245	0.2032	0.141	0.07	0.0807	0.07	0.0364	0.0145	0.0193	0.0145	0.0172
chr3R	12294680	12294959	chr3R:12294681-12294959	FBgn0250754	CG42232	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0755	0.1267	0.0702	0.024	0.071	0.1398	0.1605	0.1586	0.071	0.0743	0.0801	0.0743	0.0496	0.0176	0.0239	0.0176	0.0214
chr3R	12295100	12295254	chr3R:12295101-12295254	FBgn0250754	CG42232	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.064	0.0791	0.075	0.035	0.0445	0.0956	0.0956	0.1006	0.0445	0.0978	0.0823	0.0978	0.0635	0.0383	0.0361	0.0383	0.0339
chr3R	12295299	12295498	chr3R:12295300-12295498	FBgn0027053,FBgn0250754	CG42232,CSN5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1172	0.1265	0.1346	0.0877	0.1018	0.133	0.1566	0.1566	0.1018	0.1745	0.1431	0.1745	0.1278	0.1011	0.0793	0.1011	0.0896
chr3R	12295725	12296200	chr3R:12295726-12296200	FBgn0027053,FBgn0250754	CG42232,CSN5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.1036	0.1091	0.0767	0.0753	0.1112	0.1241	0.1319	0.0753	0.1413	0.1199	0.1413	0.093	0.0773	0.0729	0.0773	0.0881
chr3R	12297612	12297763	chr3R:12297613-12297763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0227	0.0234	0.0291	0.0149	0.0191	0.0252	0.0294	0.0286	0.0191	0.0205	0.0309	0.0205	0.0558	0.0145	0.0129	0.0145	0.0156
chr3R	12302167	12302318	chr3R:12302168-12302318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0242	0.0322	0.0221	0.0175	0.0191	0.0301	0.0441	0.0366	0.0191	0.0242	0.0244	0.0242	0.0155	0.0107	0.011	0.0107	0.0104
chr3R	12302501	12302652	chr3R:12302502-12302652	FBgn0038436	Gyc-89Db	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0215	0.0247	0.0202	0.0194	0.0159	0.0272	0.035	0.0247	0.0159	0.0266	0.0219	0.0266	0.0054	0.0161	0.0058	0.0161	0.0094
chr3R	12302941	12303190	chr3R:12302942-12303190	FBgn0038436	Gyc-89Db	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0274	0.0212	0.0228	0.0394	0.0085	0.0272	0.029	0.018	0.0085	0.0477	0.0174	0.0477	0.0132	0.1164	0.011	0.1164	0.0172
chr3R	12306801	12306993	chr3R:12306802-12306993	FBgn0004087	Dhfr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0366	0.0413	0.0355	0.0324	0.0244	0.0456	0.0489	0.0533	0.0244	0.029	0.0473	0.029	0.0496	0.0398	0.0413	0.0398	0.0505
chr3R	12308101	12308271	chr3R:12308102-12308271	FBgn0038437	CG14898	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0703	0.0557	0.076	0.0802	0.0297	0.0636	0.061	0.0866	0.0297	0.0725	0.0942	0.0725	0.1069	0.0858	0.0819	0.0858	0.1089
chr3R	12308382	12308543	chr3R:12308383-12308543	FBgn0038437	CG14898	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.025	0.0322	0.0351	0.0106	0.0233	0.035	0.036	0.0106	0.0405	0.0347	0.0405	0.0434	0.0276	0.04	0.0276	0.0469
chr3R	12308608	12308759	chr3R:12308609-12308759	FBgn0038437	CG14898	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0206	0.0204	0.0216	0.0196	0.0106	0.0199	0.0307	0.0253	0.0106	0.026	0.0267	0.026	0.0271	0.0184	0.0258	0.0184	0.0292
chr3R	12309577	12309781	chr3R:12309578-12309781	FBgn0038438	Der-2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0356	0.0285	0.0346	0.0444	0.0127	0.033	0.0359	0.038	0.0127	0.0278	0.0431	0.0278	0.0449	0.0398	0.0529	0.0398	0.0636
chr3R	12309851	12310019	chr3R:12309852-12310019	FBgn0038438	Der-2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.047	0.0328	0.0464	0.0634	0.0138	0.0364	0.0389	0.048	0.0138	0.0338	0.0521	0.0338	0.0767	0.0559	0.0735	0.0559	0.0875
chr3R	12321226	12321377	chr3R:12321227-12321377	FBgn0038439	Cad89D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0128	0.0164	0.0216	0	0.0136	0.0208	0.014	0	0.0097	0.0289	0.0097	0.0093	0.0054	0.0683	0.0054	0.0083
chr3R	12321480	12321631	chr3R:12321481-12321631	FBgn0038439	Cad89D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0105	0.0159	0.023	0.0021	0.0097	0.0164	0.014	0.0021	0.0121	0.0251	0.0121	0.0155	0.0107	0.0735	0.0107	0.0104
chr3R	12321816	12321967	chr3R:12321817-12321967	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.014	0.0194	0.0287	0.0074	0.0117	0.0221	0.0167	0.0074	0.0097	0.0305	0.0097	0.017	0.0061	0.1077	0.0061	0.0089
chr3R	12322348	12322499	chr3R:12322349-12322499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.0146	0.014	0.0163	0.0042	0.0131	0.0234	0.0147	0.0042	0.0109	0.0203	0.0109	0.0093	0.0077	0.0471	0.0077	0.0083
chr3R	12323128	12323340	chr3R:12323129-12323340	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0622	0.0915	0.0771	0.0403	0.0641	0.0826	0.0733	0.0403	0.0984	0.1035	0.0984	0.093	0.0819	0.0916	0.0819	0.0933
chr3R	12326772	12326923	chr3R:12326773-12326923	FBgn0028381	decay	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0144	0.011	0.0131	0.0198	0.0032	0.0092	0.0186	0.0113	0.0032	0.0079	0.0113	0.0079	0.0263	0.0046	0.011	0.0046	0.0505
chr3R	12327624	12327835	chr3R:12327625-12327835	FBgn0028381	decay	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0322	0.015	0.0411	0.0416	0.0032	0.0184	0.0229	0.014	0.0032	0.0374	0.0653	0.0374	0.0279	0.0452	0.0825	0.0452	0.0406
chr3R	12328066	12328228	chr3R:12328067-12328228	FBgn0259244	CG42342	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0234	0.0385	0.0324	0.0117	0.0223	0.0303	0.036	0.0117	0.0338	0.0469	0.0338	0.0403	0.0391	0.04	0.0391	0.0386
chr3R	12328369	12328555	chr3R:12328370-12328555	FBgn0259244	CG42342	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1388	0.1357	0.1595	0.1195	0.0944	0.1578	0.1393	0.1972	0.0944	0.1588	0.1875	0.1588	0.134	0.1286	0.1341	0.1286	0.1417
chr3R	12328777	12329103	chr3R:12328778-12329103	FBgn0259244	CG42342	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0773	0.0813	0.091	0.0578	0.0361	0.0714	0.0904	0.1512	0.0361	0.064	0.1122	0.064	0.0596	0.0329	0.0671	0.0329	0.0453
chr3R	12330328	12330564	chr3R:12330329-12330564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0254	0.0226	0.0223	0.0117	0.0218	0.0346	0.0386	0.0117	0.0223	0.026	0.0223	0.0093	0.01	0.0161	0.01	0.0234
chr3R	12331982	12332141	chr3R:12331983-12332141	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0356	0.0161	0.0077	0.0191	0.0223	0.0523	0.0526	0.0191	0.0139	0.0215	0.0139	0.0116	0.0015	0.0077	0.0015	0.0068
chr3R	12332811	12332962	chr3R:12332812-12332962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0159	0.0273	0.0121	0.0075	0.0148	0.0112	0.0506	0.0353	0.0148	0.0079	0.0196	0.0079	0.0054	0.0069	0.0116	0.0069	0.0078
chr3R	12334328	12334626	chr3R:12334329-12334626	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0282	0.0414	0.0274	0.0142	0.0212	0.0325	0.0554	0.0633	0.0212	0.0139	0.0418	0.0139	0.017	0.0061	0.0116	0.0061	0.0104
chr3R	12335829	12335980	chr3R:12335830-12335980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0156	0.016	0.0202	0.0053	0.015	0.0221	0.0227	0.0053	0.0054	0.0264	0.0054	0.0054	0.0107	0.0168	0.0107	0.0078
chr3R	12336435	12336586	chr3R:12336436-12336586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0166	0.0146	0.0178	0.0064	0.0107	0.0242	0.0273	0.0064	0.0079	0.0154	0.0079	0.0101	0.0046	0.009	0.0046	0.0094
chr3R	12336786	12337047	chr3R:12336787-12337047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0296	0.0364	0.0265	0.0255	0.0106	0.0311	0.048	0.0646	0.0106	0.0211	0.0318	0.0211	0.0201	0.0168	0.0193	0.0168	0.0266
chr3R	12337075	12337226	chr3R:12337076-12337226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0183	0.0193	0.0146	0.0212	0.0085	0.0121	0.0337	0.0247	0.0085	0.0091	0.017	0.0091	0.0101	0.0115	0.0071	0.0115	0.0234
chr3R	12337241	12337479	chr3R:12337242-12337479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0199	0.0208	0.0297	0.0106	0.0126	0.0307	0.03	0.0106	0.0139	0.0241	0.0139	0.0101	0.0107	0.0213	0.0107	0.0245
chr3R	12340235	12340407	chr3R:12340236-12340407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0294	0.0395	0.0313	0.0159	0.018	0.0383	0.0433	0.0666	0.018	0.0157	0.0553	0.0157	0.0147	0.01	0.0239	0.01	0.0094
chr3R	12342375	12342686	chr3R:12342376-12342686	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0454	0.044	0.0652	0.0251	0.0148	0.0471	0.0515	0.072	0.0148	0.0332	0.054	0.0332	0.0178	0.0077	0.0206	0.0077	0.0115
chr3R	12342925	12343076	chr3R:12342926-12343076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.0242	0.0292	0.0178	0.0053	0.0243	0.0316	0.0373	0.0053	0.0145	0.0331	0.0145	0.007	0.0061	0.0142	0.0061	0.0104
chr3R	12343529	12343929	chr3R:12343530-12343929	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0645	0.0965	0.0659	0.0274	0.0668	0.0646	0.1042	0.1845	0.0668	0.0248	0.1042	0.0248	0.0248	0.0107	0.0245	0.0107	0.0073
chr3R	12343999	12344221	chr3R:12344000-12344221	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0381	0.0448	0.034	0.0265	0.0325	0.0385	0.066	0.0265	0.0326	0.0592	0.0326	0.0209	0.0482	0.0206	0.0482	0.0109
chr3R	12347276	12347427	chr3R:12347277-12347427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0148	0.0282	0.0212	0.0064	0.0146	0.0156	0.0266	0.0064	0.0127	0.0524	0.0127	0.017	0.01	0.0496	0.01	0.0151
chr3R	12347700	12347851	chr3R:12347701-12347851	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0299	0.0174	0.042	0.0306	0.0064	0.016	0.0182	0.034	0.0064	0.0236	0.0772	0.0236	0.0178	0.0237	0.0677	0.0237	0.0245
chr3R	12347900	12348051	chr3R:12347901-12348051	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0343	0.0186	0.0537	0.0305	0.0032	0.0199	0.0203	0.0346	0.0032	0.0326	0.0929	0.0326	0.0302	0.023	0.0522	0.023	0.0203
chr3R	12349657	12349808	chr3R:12349658-12349808	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0121	0.0223	0.0287	0.0064	0.0136	0.0147	0.0173	0.0064	0.0121	0.0386	0.0121	0.0147	0.0077	0.0716	0.0077	0.0302
chr3R	12350179	12350497	chr3R:12350180-12350497	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0681	0.0353	0.0808	0.0909	0.0138	0.0437	0.0385	0.0533	0.0138	0.0513	0.1164	0.0513	0.1061	0.0827	0.1792	0.0827	0.1073
chr3R	12350605	12351023	chr3R:12350606-12351023	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.0411	0.148	0.1164	0.0117	0.0573	0.045	0.058	0.0117	0.0622	0.236	0.0622	0.1867	0.0574	0.2366	0.0574	0.1636
chr3R	12351041	12351192	chr3R:12351042-12351192	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0495	0.0282	0.0773	0.0429	0.0095	0.033	0.0311	0.0413	0.0095	0.0284	0.1408	0.0284	0.0534	0.0214	0.1044	0.0214	0.0453
chr3R	12352084	12352427	chr3R:12352085-12352427	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0789	0.1422	0.0647	0.0237	0.1071	0.083	0.1933	0.2405	0.1071	0.029	0.1019	0.029	0.0271	0.013	0.0464	0.013	0.0182
chr3R	12352649	12352888	chr3R:12352650-12352888	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0537	0.0867	0.0506	0.0201	0.0488	0.0519	0.1202	0.1452	0.0488	0.0326	0.0775	0.0326	0.0248	0.0107	0.0322	0.0107	0.0182
chr3R	12352934	12353118	chr3R:12352935-12353118	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0408	0.0609	0.0419	0.0171	0.0329	0.0456	0.0804	0.1019	0.0329	0.0284	0.054	0.0284	0.0217	0.0061	0.0226	0.0061	0.0115
chr3R	12354022	12354261	chr3R:12354023-12354261	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0576	0.0682	0.0798	0.0214	0.0308	0.0767	0.0796	0.0973	0.0308	0.16	0.0855	0.16	0.0217	0.0184	0.0406	0.0184	0.0177
chr3R	12354284	12354509	chr3R:12354285-12354509	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.057	0.0852	0.0659	0.0157	0.0509	0.101	0.1047	0.1019	0.0509	0.1371	0.0711	0.1371	0.0163	0.0168	0.0297	0.0168	0.0104
chr3R	12355827	12355978	chr3R:12355828-12355978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0288	0.0327	0.0368	0.0156	0.0117	0.0262	0.0389	0.0673	0.0117	0.0193	0.0688	0.0193	0.0124	0.0069	0.0322	0.0069	0.0104
chr3R	12356264	12356436	chr3R:12356265-12356436	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0516	0.0678	0.0566	0.028	0.0265	0.0583	0.0913	0.1106	0.0265	0.0411	0.0936	0.0411	0.0271	0.0123	0.0516	0.0123	0.0198
chr3R	12356739	12356890	chr3R:12356740-12356890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0304	0.033	0.0155	0.0117	0.0252	0.0424	0.0466	0.0117	0.0157	0.0588	0.0157	0.0139	0.0115	0.0251	0.0115	0.012
chr3R	12357174	12357362	chr3R:12357175-12357362	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.025	0.0217	0.0339	0.0191	0.0095	0.0204	0.0234	0.0393	0.0095	0.0193	0.0621	0.0193	0.0139	0.0092	0.029	0.0092	0.0104
chr3R	12357476	12357731	chr3R:12357477-12357731	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0295	0.0223	0.0358	0.0308	0.0117	0.0243	0.0238	0.036	0.0117	0.0205	0.0611	0.0205	0.0155	0.0115	0.038	0.0115	0.0182
chr3R	12358548	12358699	chr3R:12358549-12358699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0169	0.0152	0.0178	0.0178	0.0042	0.0112	0.019	0.026	0.0042	0.0127	0.0309	0.0127	0.007	0.0061	0.0174	0.0061	0.0089
chr3R	12359706	12359922	chr3R:12359707-12359922	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0466	0.0319	0.021	0.0223	0.0544	0.0376	0.0886	0.0223	0.0344	0.0415	0.0344	0.0217	0.0176	0.0226	0.0176	0.0224
chr3R	12364973	12365136	chr3R:12364974-12365136	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0248	0.0237	0.0184	0.0064	0.0228	0.0342	0.0373	0.0064	0.0133	0.0395	0.0133	0.0178	0.0107	0.0496	0.0107	0.0109
chr3R	12368058	12368451	chr3R:12368059-12368451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0397	0.0537	0.0415	0.0221	0.0308	0.0403	0.0662	0.0926	0.0308	0.0223	0.0666	0.0223	0.0217	0.0168	0.0368	0.0168	0.0177
chr3R	12370932	12371207	chr3R:12370933-12371207	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0304	0.044	0.0305	0.0152	0.0159	0.0359	0.0428	0.0973	0.0159	0.0205	0.0498	0.0205	0.0077	0.0107	0.02	0.0107	0.0125
chr3R	12371424	12371841	chr3R:12371425-12371841	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0487	0.0499	0.0679	0.0265	0.0074	0.0481	0.045	0.1133	0.0074	0.0272	0.1228	0.0272	0.0302	0.01	0.0574	0.01	0.0182
chr3R	12373389	12373540	chr3R:12373390-12373540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.015	0.0135	0.017	0.0145	0.0074	0.0121	0.0143	0.026	0.0074	0.0109	0.0241	0.0109	0.0108	0.0069	0.011	0.0069	0.0083
chr3R	12374238	12374389	chr3R:12374239-12374389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0141	0.0133	0.0154	0.0135	0.0074	0.0083	0.0151	0.0286	0.0074	0.0103	0.0257	0.0103	0.0085	0.0107	0.0084	0.0107	0.0109
chr3R	12377397	12377548	chr3R:12377398-12377548	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0351	0.0532	0.0426	0.0065	0.0212	0.0456	0.0208	0.1599	0.0212	0.0242	0.074	0.0242	0.0046	0.0015	0.0084	0.0015	0.0036
chr3R	12377592	12377877	chr3R:12377593-12377877	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG42342_3436	CG42342_3436	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0771	0.0991	0.1053	0.0216	0.0286	0.1121	0.0441	0.2552	0.0286	0.0767	0.1759	0.0767	0.0279	0.0123	0.0335	0.0123	0.0182
chr3R	12377908	12378413	chr3R:12377909-12378413	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG42342_3436	CG42342_3436	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1466	0.1355	0.2198	0.0787	0.0435	0.1981	0.0787	0.2558	0.0435	0.2452	0.3206	0.2452	0.0658	0.1164	0.1193	0.1164	0.0667
chr3R	12378627	12378778	chr3R:12378628-12378778	distal	distal	stage14	stage14	CG42342_3436	CG42342_3436	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0265	0.0183	0.0359	0.0252	0.0053	0.0223	0.019	0.0293	0.0053	0.0302	0.055	0.0302	0.0225	0.026	0.0355	0.026	0.0339
chr3R	12378966	12379164	chr3R:12378967-12379164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0383	0.0233	0.0439	0.049	0.0085	0.0272	0.0242	0.0386	0.0085	0.0332	0.0601	0.0332	0.0488	0.0413	0.058	0.0413	0.0839
chr3R	12379693	12379986	chr3R:12379694-12379986	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0167	0.0316	0.0322	0.0074	0.0243	0.0156	0.0227	0.0074	0.0223	0.0363	0.0223	0.0465	0.0168	0.0232	0.0168	0.0735
chr3R	12380096	12380357	chr3R:12380097-12380357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0332	0.0323	0.0397	0.027	0.0148	0.0359	0.0294	0.0626	0.0148	0.026	0.0547	0.026	0.0434	0.0138	0.0206	0.0138	0.0547
chr3R	12381642	12381793	chr3R:12381643-12381793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0315	0.026	0.0123	0.0159	0.0432	0.0281	0.0506	0.0159	0.0127	0.0379	0.0127	0.0186	0.0107	0.0168	0.0107	0.013
chr3R	12382649	12382800	chr3R:12382650-12382800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0161	0.0125	0.0185	0.0175	0.0042	0.0121	0.0143	0.0193	0.0042	0.0175	0.0254	0.0175	0.0132	0.0084	0.0135	0.0084	0.0099
chr3R	12385309	12385460	chr3R:12385310-12385460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0187	0.0199	0.0147	0.0216	0.0085	0.0155	0.0247	0.0346	0.0085	0.0085	0.0199	0.0085	0.0124	0.0054	0.0161	0.0054	0.0146
chr3R	12385485	12385636	chr3R:12385486-12385636	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.0196	0.0146	0.0228	0.0138	0.015	0.0247	0.0313	0.0138	0.0127	0.0174	0.0127	0.0116	0.0054	0.0206	0.0054	0.0135
chr3R	12385892	12386062	chr3R:12385893-12386062	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0199	0.0155	0.0237	0.0074	0.0199	0.0216	0.0346	0.0074	0.0139	0.0158	0.0139	0.0101	0.0023	0.0058	0.0023	0.0052
chr3R	12386174	12386325	chr3R:12386175-12386325	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0161	0.0117	0.0136	0.0237	0	0.0107	0.0177	0.018	0	0.0133	0.017	0.0133	0.0085	0.0084	0.009	0.0084	0.0089
chr3R	12387430	12387581	chr3R:12387431-12387581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0145	0.0135	0.0189	0.0053	0.0092	0.026	0.0167	0.0053	0.0127	0.0177	0.0127	0.0054	0.0107	0.009	0.0107	0.012
chr3R	12389111	12389262	chr3R:12389112-12389262	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0173	0.029	0.0138	0.0081	0.0095	0.0233	0.0368	0.052	0.0095	0.0103	0.0199	0.0103	0.0054	0.0069	0.0026	0.0069	0.0073
chr3R	12390461	12390612	chr3R:12390462-12390612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0116	0.0133	0.0203	0.0053	0.0117	0.0125	0.0193	0.0053	0.0091	0.0141	0.0091	0.0085	0.0077	0.0135	0.0077	0.012
chr3R	12394746	12394909	chr3R:12394747-12394909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0245	0.0455	0.0185	0.0077	0.0403	0.033	0.0567	0.068	0.0403	0.0121	0.0235	0.0121	0.0085	0.0046	0.0064	0.0046	0.0078
chr3R	12395903	12396068	chr3R:12395904-12396068	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0469	0.0947	0.0273	0.0149	0.0976	0.0655	0.099	0.1739	0.0976	0.0169	0.0334	0.0169	0.0054	0.0023	0.0097	0.0023	0.0078
chr3R	12396130	12396371	chr3R:12396131-12396371	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0744	0.1432	0.0466	0.028	0.1294	0.1083	0.1635	0.2412	0.1294	0.0326	0.0566	0.0326	0.0116	0.0031	0.0129	0.0031	0.0094
chr3R	12396386	12396566	chr3R:12396387-12396566	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0577	0.1122	0.0355	0.021	0.1071	0.0777	0.125	0.1979	0.1071	0.026	0.0466	0.026	0.0108	0.0046	0.011	0.0046	0.0068
chr3R	12398986	12399174	chr3R:12398987-12399174	FBgn0038446	CG14903	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0317	0.0424	0.0355	0.0212	0.035	0.0389	0.0433	0.0212	0.0489	0.0505	0.0489	0.0442	0.0375	0.0419	0.0375	0.0412
chr3R	12399333	12399563	chr3R:12399334-12399563	FBgn0038446	CG14903	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1088	0.0973	0.1279	0.1005	0.0583	0.1223	0.0904	0.1479	0.0583	0.1546	0.135	0.1546	0.1402	0.1286	0.1057	0.1286	0.1329
chr3R	12399671	12399894	chr3R:12399672-12399894	FBgn0038446	CG14903	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1559	0.1448	0.1815	0.1402	0.0891	0.1767	0.1497	0.2032	0.0891	0.2216	0.1971	0.2216	0.182	0.1562	0.1599	0.1562	0.1767
chr3R	12399951	12400178	chr3R:12399952-12400178	FBgn0038446	CG14903	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0536	0.0584	0.0395	0.0265	0.0563	0.0666	0.074	0.0265	0.0586	0.0662	0.0586	0.062	0.0398	0.0438	0.0398	0.0479
chr3R	12409421	12409627	chr3R:12409422-12409627	FBgn0020907	Scp2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0413	0.0166	0.043	0.0671	0.0095	0.0209	0.0247	0.0133	0.0095	0.0284	0.0334	0.0284	0.1278	0.0498	0.0683	0.0498	0.1344
chr3R	12414930	12415081	chr3R:12414931-12415081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0097	0.0071	0.0151	0.0067	0.0032	0.0053	0.0121	0.0073	0.0032	0.0091	0.0116	0.0091	0.0449	0.0015	0.0019	0.0015	0.0182
chr3R	12419908	12420059	chr3R:12419909-12420059	FBgn0038447	CG14892	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0164	0.011	0.0213	0.0171	0.0032	0.0117	0.0177	0.01	0.0032	0.026	0.0293	0.026	0.0178	0.0145	0.0342	0.0145	0.0094
chr3R	12425461	12425612	chr3R:12425462-12425612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0155	0.0123	0.0203	0.0136	0.0053	0.0131	0.0203	0.0107	0.0053	0.0127	0.0347	0.0127	0.0139	0.0054	0.0451	0.0054	0.0057
chr3R	12426581	12426732	chr3R:12426582-12426732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0155	0.0153	0.0201	0.0107	0.0032	0.0126	0.0247	0.02	0.0032	0.0115	0.0322	0.0115	0.0186	0.0038	0.0226	0.0038	0.0115
chr3R	12437110	12437305	chr3R:12437111-12437305	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42697.1	VT42697.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0468	0.0432	0.0544	0.0423	0.0244	0.0417	0.0484	0.072	0.0244	0.0568	0.0704	0.0568	0.0604	0.0513	0.0542	0.0513	0.0641
chr3R	12437564	12437724	chr3R:12437565-12437724	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0287	0.0334	0.0327	0.0191	0.0148	0.0262	0.0428	0.0573	0.0148	0.0368	0.0441	0.0368	0.0302	0.0207	0.0219	0.0207	0.0271
chr3R	12439807	12439961	chr3R:12439808-12439961	FBgn0022344	CG10340	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0449	0.0349	0.0589	0.0408	0.0138	0.0466	0.0415	0.046	0.0138	0.0707	0.0666	0.0707	0.0682	0.0421	0.0368	0.0421	0.0552
chr3R	12440055	12440252	chr3R:12440056-12440252	FBgn0022344	CG10340	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0997	0.0783	0.1179	0.1037	0.0371	0.0976	0.0869	0.1059	0.0371	0.1419	0.135	0.1419	0.1294	0.111	0.1103	0.111	0.1235
chr3R	12440322	12440512	chr3R:12440323-12440512	FBgn0022344	CG10340	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0501	0.0368	0.0607	0.0533	0.018	0.0408	0.0407	0.0566	0.018	0.0646	0.0701	0.0646	0.0744	0.0643	0.0554	0.0643	0.0709
chr3R	12445255	12445512	chr3R:12445256-12445512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0303	0.0335	0.017	0.018	0.0379	0.0381	0.0286	0.018	0.0477	0.0354	0.0477	0.0287	0.0237	0.0187	0.0237	0.0203
chr3R	12445705	12445944	chr3R:12445706-12445944	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0663	0.0541	0.0897	0.0543	0.0276	0.0718	0.0545	0.0693	0.0276	0.1027	0.117	0.1027	0.086	0.0911	0.0632	0.0911	0.0688
chr3R	12450535	12450715	chr3R:12450536-12450715	FBgn0038452,FBgn0262742	CG14905,Fas1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1916	0.177	0.2204	0.1763	0.122	0.1985	0.2007	0.2372	0.122	0.279	0.2453	0.279	0.2014	0.1953	0.205	0.1953	0.1886
chr3R	12450865	12451110	chr3R:12450866-12451110	FBgn0038452,FBgn0262742	CG14905,Fas1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2391	0.2069	0.294	0.2149	0.1357	0.2408	0.2236	0.2858	0.1357	0.3575	0.3495	0.3575	0.237	0.196	0.2682	0.196	0.211
chr3R	12451444	12451598	chr3R:12451445-12451598	FBgn0262742	Fas1	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0515	0.0505	0.0622	0.0409	0.0318	0.05	0.0545	0.0833	0.0318	0.0791	0.0704	0.0791	0.0527	0.0299	0.0451	0.0299	0.0365
chr3R	12451643	12451850	chr3R:12451644-12451850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0659	0.0675	0.0802	0.0483	0.0361	0.0665	0.08	0.1039	0.0361	0.1153	0.0814	0.1153	0.0775	0.049	0.0432	0.049	0.0396
chr3R	12453689	12453840	chr3R:12453690-12453840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0302	0.0244	0.0315	0.0354	0.0095	0.0218	0.0355	0.03	0.0095	0.029	0.035	0.029	0.0256	0.0145	0.0193	0.0145	0.0276
chr3R	12454727	12454878	chr3R:12454728-12454878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0266	0.0177	0.0311	0.0315	0.0032	0.0204	0.0221	0.028	0.0032	0.0356	0.0373	0.0356	0.0201	0.0314	0.0219	0.0314	0.0526
chr3R	12455499	12455669	chr3R:12455500-12455669	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0448	0.0341	0.051	0.05	0.0085	0.0398	0.0359	0.0613	0.0085	0.0405	0.0495	0.0405	0.0178	0.0337	0.0239	0.0337	0.036
chr3R	12455805	12455956	chr3R:12455806-12455956	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0386	0.0413	0.047	0.0266	0.0127	0.0461	0.032	0.0879	0.0127	0.0338	0.0563	0.0338	0.0108	0.0092	0.0077	0.0092	0.0151
chr3R	12456131	12456366	chr3R:12456132-12456366	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0825	0.1148	0.0947	0.0331	0.0435	0.1437	0.0796	0.2285	0.0435	0.0978	0.1338	0.0978	0.0178	0.0145	0.0206	0.0145	0.0115
chr3R	12456561	12456751	chr3R:12456562-12456751	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0882	0.132	0.0909	0.0362	0.0657	0.1641	0.0978	0.2412	0.0657	0.1129	0.1196	0.1129	0.0178	0.0092	0.0187	0.0092	0.0188
chr3R	12456827	12457057	chr3R:12456828-12457057	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0707	0.0861	0.0704	0.0539	0.0286	0.1073	0.0601	0.1752	0.0286	0.0604	0.0794	0.0604	0.0178	0.0123	0.02	0.0123	0.0219
chr3R	12458483	12458725	chr3R:12458484-12458725	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0588	0.0607	0.0698	0.0446	0.0148	0.0772	0.0619	0.0899	0.0148	0.0634	0.0592	0.0634	0.1619	0.0191	0.0174	0.0191	0.1136
chr3R	12463911	12464062	chr3R:12463912-12464062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0282	0.0297	0.0305	0.0241	0.0106	0.033	0.0372	0.0366	0.0106	0.0302	0.0328	0.0302	0.0341	0.0176	0.0116	0.0176	0.049
chr3R	12465459	12465618	chr3R:12465460-12465618	FBgn0015520	nonA-l	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0673	0.0649	0.0794	0.0565	0.0308	0.0728	0.0757	0.0953	0.0308	0.0942	0.0865	0.0942	0.086	0.0559	0.0625	0.0559	0.0631
chr3R	12465756	12465974	chr3R:12465757-12465974	FBgn0015520	nonA-l	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1315	0.1326	0.1496	0.1104	0.0817	0.1529	0.1479	0.1852	0.0817	0.1715	0.1711	0.1715	0.1456	0.1202	0.1257	0.1202	0.1193
chr3R	12469350	12469538	chr3R:12469351-12469538	FBgn0038453	CG10326	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1067	0.0973	0.1166	0.1064	0.0774	0.1073	0.1163	0.1233	0.0774	0.1292	0.1302	0.1292	0.1263	0.0919	0.1006	0.0919	0.1433
chr3R	12472664	12472858	chr3R:12472665-12472858	FBgn0015019,FBgn0038454	CG10324,Cctgamma	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.088	0.1113	0.0914	0.0626	0.0937	0.1021	0.1179	0.0626	0.1425	0.1238	0.1425	0.1022	0.0965	0.087	0.0965	0.1193
chr3R	12473229	12473401	chr3R:12473230-12473401	FBgn0015019	Cctgamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1342	0.1071	0.1636	0.1324	0.0541	0.135	0.1129	0.1466	0.0541	0.1981	0.1814	0.1981	0.1859	0.1394	0.1277	0.1394	0.1787
chr3R	12473446	12473618	chr3R:12473447-12473618	FBgn0015019	Cctgamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1179	0.0967	0.1487	0.1076	0.0477	0.1272	0.0956	0.1352	0.0477	0.186	0.1659	0.186	0.1735	0.1233	0.1038	0.1233	0.149
chr3R	12473682	12473935	chr3R:12473683-12473935	FBgn0015019	Cctgamma	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.077	0.0647	0.098	0.0677	0.0414	0.0825	0.0631	0.0893	0.0414	0.1196	0.1064	0.1196	0.1263	0.0789	0.069	0.0789	0.098
chr3R	12477763	12477923	chr3R:12477764-12477923	FBgn0015351,FBgn0038455	CG14906,CG14907	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0627	0.0538	0.0735	0.0609	0.0233	0.0612	0.0636	0.07	0.0233	0.1039	0.0704	0.1039	0.1015	0.0911	0.0548	0.0911	0.0875
chr3R	12477957	12478146	chr3R:12477958-12478146	FBgn0015351,FBgn0038455	CG14906,CG14907	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0935	0.0829	0.1023	0.0957	0.0541	0.1034	0.0947	0.0966	0.0541	0.1232	0.1096	0.1232	0.1379	0.121	0.0903	0.121	0.1381
chr3R	12481203	12481468	chr3R:12481204-12481468	FBgn0051217	modSP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1027	0.0998	0.1084	0.0996	0.0583	0.1131	0.1285	0.1146	0.0583	0.1359	0.119	0.1359	0.1232	0.0896	0.1625	0.0896	0.1084
chr3R	12481531	12481733	chr3R:12481532-12481733	FBgn0051217	modSP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1516	0.1478	0.1656	0.1405	0.105	0.1617	0.173	0.1919	0.105	0.2156	0.1807	0.2156	0.1611	0.1669	0.1696	0.1669	0.1516
chr3R	12481939	12482166	chr3R:12481940-12482166	FBgn0051217	modSP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1678	0.1577	0.1947	0.1496	0.0997	0.1816	0.1869	0.2019	0.0997	0.2603	0.2103	0.2603	0.1712	0.1662	0.1663	0.1662	0.1615
chr3R	12482458	12482609	chr3R:12482459-12482609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0464	0.059	0.0318	0.0191	0.0529	0.0575	0.06	0.0191	0.0779	0.0746	0.0779	0.038	0.0314	0.0309	0.0314	0.0386
chr3R	12487547	12487743	chr3R:12487548-12487743	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42724.1	VT42724.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0761	0.0621	0.1016	0.0638	0.0255	0.0767	0.0666	0.0886	0.0255	0.1244	0.108	0.1244	0.0767	0.1248	0.0509	0.1248	0.0469
chr3R	12489256	12489579	chr3R:12489257-12489579	distal	distal	none	none	VT42726.1	VT42726.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.038	0.0442	0.0461	0.0221	0.0148	0.0359	0.0619	0.072	0.0148	0.0562	0.0711	0.0562	0.0085	0.0145	0.0355	0.0145	0.0188
chr3R	12490088	12490577	chr3R:12490089-12490577	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42726.1	VT42726.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0697	0.0454	0.0798	0.0858	0.0159	0.0578	0.0532	0.054	0.0159	0.1051	0.1087	0.1051	0.0434	0.0988	0.1386	0.0988	0.0782
chr3R	12490591	12490742	chr3R:12490592-12490742	distal	distal	stage14	stage14	VT42726.1	VT42726.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0256	0.0196	0.0312	0.0262	0.0064	0.0218	0.0277	0.0247	0.0064	0.0453	0.0399	0.0453	0.0155	0.0184	0.0413	0.0184	0.0266
chr3R	12492068	12492219	chr3R:12492069-12492219	distal	distal	none	none	VT42727.1	VT42727.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0223	0.0213	0.0274	0.0178	0.0095	0.0209	0.026	0.0366	0.0095	0.0399	0.0302	0.0399	0.0101	0.0069	0.0129	0.0069	0.0109
chr3R	12492395	12492546	chr3R:12492396-12492546	distal	distal	none	none	VT42727.1	VT42727.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.0181	0.0278	0.022	0.0053	0.0194	0.0216	0.0293	0.0053	0.035	0.0331	0.035	0.0077	0.0077	0.011	0.0077	0.0089
chr3R	12498126	12498296	chr3R:12498127-12498296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.034	0.0227	0.0343	0.0465	0.0074	0.0291	0.0294	0.024	0.0074	0.0405	0.0219	0.0405	0.0116	0.0153	0.009	0.0153	0.0172
chr3R	12503860	12504068	chr3R:12503861-12504068	distal	distal	stage5	stage5	VT42733.1,VT42734.1	VT42733.1,VT42734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0882	0.1502	0.082	0.0259	0.1336	0.0859	0.2132	0.2132	0.1336	0.0495	0.1576	0.0495	0.017	0.01	0.0812	0.01	0.0089
chr3R	12504995	12505146	chr3R:12504996-12505146	distal	distal	none	none	VT42734.1	VT42734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0238	0.0263	0.0272	0.0174	0.0074	0.0223	0.0441	0.028	0.0074	0.035	0.0296	0.035	0.007	0.0061	0.0123	0.0061	0.0109
chr3R	12505227	12505401	chr3R:12505228-12505401	distal	distal	none	none	VT42734.1	VT42734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0253	0.0241	0.0283	0.0234	0.0127	0.0218	0.0389	0.0233	0.0127	0.0386	0.0273	0.0386	0.007	0.0092	0.0084	0.0092	0.0083
chr3R	12508731	12508929	chr3R:12508732-12508929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0373	0.0351	0.0523	0.0234	0.0106	0.0476	0.0428	0.0426	0.0106	0.0646	0.0447	0.0646	0.0155	0.01	0.0084	0.01	0.0167
chr3R	12509429	12509618	chr3R:12509430-12509618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0374	0.0553	0.036	0.0188	0.0509	0.0442	0.0817	0.0633	0.0509	0.0453	0.0408	0.0453	0.0124	0.0115	0.0129	0.0115	0.0078
chr3R	12509889	12510040	chr3R:12509890-12510040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0262	0.0211	0.016	0.017	0.0214	0.0376	0.0313	0.017	0.026	0.0209	0.026	0.0062	0.0084	0.0058	0.0084	0.0094
chr3R	12510783	12511101	chr3R:12510784-12511101	distal	distal	stage5	stage5	Ubx_ABX_enhancer,Ubx_abx1.7	Ubx_ABX_enhancer,Ubx_abx1.7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0434	0.0962	0.022	0.0079	0.0848	0.0398	0.1631	0.1279	0.0848	0.0308	0.0235	0.0308	0.0046	0.0015	0.0071	0.0015	0.0094
chr3R	12511858	12512009	chr3R:12511859-12512009	distal	distal	stage5	stage5	Ubx_abx1.7	Ubx_abx1.7	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0263	0.0381	0.0274	0.0118	0.0212	0.0286	0.0467	0.064	0.0212	0.0393	0.0286	0.0393	0.0163	0.0168	0.0123	0.0168	0.013
chr3R	12512876	12513027	chr3R:12512877-12513027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0229	0.0305	0.0272	0.0097	0.0159	0.0233	0.0363	0.0546	0.0159	0.0272	0.0412	0.0272	0.0085	0.0107	0.0103	0.0107	0.0078
chr3R	12513322	12513523	chr3R:12513323-12513523	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0431	0.0499	0.0598	0.0171	0.0233	0.065	0.0402	0.0819	0.0233	0.0851	0.0865	0.0851	0.007	0.013	0.0213	0.013	0.012
chr3R	12513546	12513711	chr3R:12513547-12513711	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0329	0.0379	0.047	0.012	0.0106	0.0602	0.0247	0.0646	0.0106	0.07	0.0669	0.07	0.0062	0.0115	0.0084	0.0115	0.0073
chr3R	12517162	12517388	chr3R:12517163-12517388	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42741.1	VT42741.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0653	0.075	0.0854	0.0323	0.0286	0.1408	0.0493	0.0946	0.0286	0.2283	0.055	0.2283	0.024	0.0513	0.0181	0.0513	0.0276
chr3R	12521350	12521524	chr3R:12521351-12521524	distal	distal	none	none	VT42743.1	VT42743.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0278	0.0313	0.0203	0.0159	0.0335	0.0359	0.0286	0.0159	0.0453	0.0277	0.0453	0.0132	0.0291	0.0129	0.0291	0.012
chr3R	12525297	12525448	chr3R:12525298-12525448	distal	distal	stage14	stage14	VT42746.1	VT42746.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0283	0.0272	0.0195	0.0223	0.0248	0.0381	0.038	0.0223	0.0236	0.0428	0.0236	0.0116	0.0069	0.0471	0.0069	0.0099
chr3R	12526584	12526827	chr3R:12526585-12526827	distal	distal	stage5	stage5	Ubx_BRE,Ubx_R4,VT42746.1,VT42747.1	Ubx_BRE,Ubx_R4,VT42746.1,VT42747.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0639	0.1468	0.0282	0.0103	0.1559	0.0767	0.2383	0.1726	0.1559	0.0344	0.0338	0.0344	0.0062	0.0084	0.0077	0.0084	0.0068
chr3R	12528604	12528864	chr3R:12528605-12528864	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42747.1	VT42747.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2436	0.2682	0.259	0.1993	0.2291	0.266	0.3322	0.3271	0.2291	0.3074	0.2833	0.3074	0.2355	0.2136	0.2044	0.2136	0.2058
chr3R	12529669	12529820	chr3R:12529670-12529820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0359	0.0374	0.0276	0.0117	0.0432	0.0389	0.056	0.0117	0.0556	0.0473	0.0556	0.0163	0.0207	0.0239	0.0207	0.0401
chr3R	12533914	12534065	chr3R:12533915-12534065	distal	distal	none	none	VT42750.1,VT42751.1	VT42750.1,VT42751.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0185	0.0184	0.0228	0.0136	0.0127	0.0189	0.0221	0.026	0.0127	0.032	0.026	0.032	0.017	0.0314	0.0103	0.0314	0.0104
chr3R	12534549	12535055	chr3R:12534550-12535055	distal	distal	none	none	VT42751.1	VT42751.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0515	0.067	0.0609	0.0237	0.0382	0.066	0.0804	0.0953	0.0382	0.0876	0.0743	0.0876	0.0147	0.0214	0.0142	0.0214	0.0109
chr3R	12535099	12535274	chr3R:12535100-12535274	distal	distal	none	none	VT42751.1	VT42751.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0419	0.0315	0.0139	0.0159	0.0461	0.0571	0.0506	0.0159	0.0405	0.0334	0.0405	0.0155	0.0153	0.0116	0.0153	0.0094
chr3R	12535418	12535606	chr3R:12535419-12535606	distal	distal	none	none	VT42751.1	VT42751.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0415	0.0282	0.0113	0.0308	0.0335	0.0649	0.048	0.0308	0.0356	0.0289	0.0356	0.0186	0.0138	0.0052	0.0138	0.0083
chr3R	12538392	12538575	chr3R:12538393-12538575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0222	0.034	0.0163	0.0148	0.0204	0.0303	0.0273	0.0148	0.0399	0.0338	0.0399	0.0116	0.0077	0.0032	0.0077	0.012
chr3R	12541390	12541604	chr3R:12541391-12541604	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1356	0.2071	0.1286	0.0635	0.1718	0.2005	0.2491	0.2918	0.1718	0.1419	0.1328	0.1419	0.0356	0.0199	0.0335	0.0199	0.0198
chr3R	12544333	12544543	chr3R:12544334-12544543	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT42756.1,VT42757.1	VT42756.1,VT42757.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0689	0.0885	0.0859	0.0284	0.0414	0.0845	0.0965	0.1512	0.0414	0.1226	0.1158	0.1226	0.031	0.0383	0.0496	0.0383	0.0203
chr3R	12544648	12544897	chr3R:12544649-12544897	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42757.1	VT42757.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0849	0.1204	0.0987	0.0299	0.0859	0.0772	0.1471	0.2239	0.0859	0.0797	0.1659	0.0797	0.0364	0.0214	0.0709	0.0214	0.0193
chr3R	12545038	12545189	chr3R:12545039-12545189	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42757.1	VT42757.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0437	0.0537	0.0563	0.0187	0.035	0.0481	0.0627	0.0859	0.035	0.0344	0.0965	0.0344	0.0271	0.013	0.0458	0.013	0.0099
chr3R	12545524	12545898	chr3R:12545525-12545898	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42757.1,VT42758.1	VT42757.1,VT42758.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1968	0.3	0.2096	0.0674	0.2884	0.2068	0.3884	0.447	0.2884	0.0725	0.3691	0.0725	0.1627	0.026	0.2089	0.026	0.0292
chr3R	12552267	12552517	chr3R:12552268-12552517	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0393	0.0413	0.0456	0.0302	0.0201	0.0422	0.0536	0.0566	0.0201	0.0543	0.0633	0.0543	0.0139	0.0368	0.0503	0.0368	0.0229
chr3R	12552533	12552684	chr3R:12552534-12552684	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0303	0.033	0.0262	0.0148	0.0277	0.0428	0.0406	0.0148	0.035	0.0495	0.035	0.0124	0.0199	0.0535	0.0199	0.0198
chr3R	12553746	12553897	chr3R:12553747-12553897	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0288	0.0307	0.0364	0.0185	0.0085	0.034	0.0437	0.0353	0.0085	0.0537	0.0453	0.0537	0.0201	0.0237	0.0271	0.0237	0.0141
chr3R	12553911	12554137	chr3R:12553912-12554137	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0473	0.0582	0.0584	0.0231	0.0265	0.0631	0.0748	0.0726	0.0265	0.0894	0.0714	0.0894	0.0279	0.0299	0.0239	0.0299	0.0188
chr3R	12555303	12555468	chr3R:12555304-12555468	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0505	0.1138	0.0234	0.0095	0.1039	0.0903	0.1484	0.1606	0.1039	0.0278	0.0312	0.0278	0.0085	0.01	0.011	0.01	0.0083
chr3R	12555915	12556082	chr3R:12555916-12556082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0538	0.0234	0.0117	0.0477	0.0417	0.0714	0.0746	0.0477	0.0266	0.0334	0.0266	0.0085	0.0115	0.0155	0.0115	0.0078
chr3R	12556138	12556289	chr3R:12556139-12556289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.032	0.0482	0.0326	0.0132	0.0371	0.0364	0.067	0.0653	0.0371	0.0338	0.0453	0.0338	0.0178	0.0153	0.0251	0.0153	0.0099
chr3R	12556555	12556756	chr3R:12556556-12556756	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0789	0.1371	0.0716	0.0219	0.1039	0.0893	0.1907	0.2139	0.1039	0.038	0.1267	0.038	0.0434	0.0191	0.0529	0.0191	0.0078
chr3R	12557129	12557310	chr3R:12557130-12557310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0376	0.0687	0.0316	0.0093	0.0318	0.051	0.0766	0.1359	0.0318	0.035	0.0476	0.035	0.0155	0.0077	0.0161	0.0077	0.0031
chr3R	12560143	12560425	chr3R:12560144-12560425	FBgn0003944	Ubx	stage11,stage14,stage5	none	Ubx_basal_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1885	0.1879	0.2263	0.1478	0.1474	0.2243	0.1972	0.2352	0.1474	0.2693	0.264	0.2693	0.1348	0.1462	0.167	0.1462	0.1225
chr3R	12562984	12563135	chr3R:12562985-12563135	distal	distal	none	none	VT42767.1	VT42767.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0226	0.0274	0.0256	0.0139	0.0159	0.034	0.0329	0.0353	0.0159	0.032	0.035	0.032	0.0124	0.0345	0.0071	0.0345	0.013
chr3R	12568088	12568335	chr3R:12568089-12568335	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0561	0.1235	0.0278	0.0118	0.1389	0.0646	0.205	0.1339	0.1389	0.0308	0.0318	0.0308	0.017	0.01	0.0116	0.01	0.0109
chr3R	12568855	12569518	chr3R:12568856-12569518	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1239	0.159	0.1431	0.0635	0.123	0.185	0.192	0.1792	0.123	0.2748	0.1447	0.2748	0.0426	0.0819	0.0677	0.0819	0.0412
chr3R	12570148	12570301	chr3R:12570149-12570301	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0421	0.0531	0.0574	0.0132	0.0191	0.1024	0.0441	0.0486	0.0191	0.1618	0.0415	0.1618	0.0132	0.0268	0.0123	0.0268	0.0089
chr3R	12570758	12571241	chr3R:12570759-12571241	distal	distal	stage5	stage5	Ubx_2218S	Ubx_2218S	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0776	0.1583	0.0541	0.0132	0.1665	0.1131	0.2305	0.1819	0.1665	0.0888	0.0598	0.0888	0.0194	0.0276	0.0129	0.0276	0.0068
chr3R	12574339	12574522	chr3R:12574340-12574522	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1423	0.1285	0.1777	0.1188	0.0944	0.1549	0.1354	0.1686	0.0944	0.2216	0.2023	0.2216	0.1317	0.1248	0.136	0.1248	0.1146
chr3R	12574660	12574840	chr3R:12574661-12574840	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Ubx_BXD-A	Ubx_BXD-A	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1084	0.0804	0.1438	0.1008	0.0498	0.1121	0.0701	0.1139	0.0498	0.1981	0.1691	0.1981	0.0643	0.1041	0.1161	0.1041	0.087
chr3R	12575812	12576111	chr3R:12575813-12576111	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Ubx_2218R6,Ubx_BXD-B,Ubx_BXD-C	Ubx_2218R6,Ubx_BXD-B,Ubx_BXD-C	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1186	0.1371	0.1457	0.0682	0.0891	0.1626	0.1432	0.1892	0.0891	0.2083	0.1627	0.2083	0.0232	0.0482	0.0316	0.0482	0.0276
chr3R	12577478	12577629	chr3R:12577479-12577629	FBgn0063261	CG31275	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0234	0.0229	0.022	0.0256	0.017	0.0223	0.0316	0.022	0.017	0.0266	0.0251	0.0266	0.0201	0.0291	0.0155	0.0291	0.0464
chr3R	12578199	12578350	chr3R:12578200-12578350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0338	0.0241	0.0124	0.0201	0.0345	0.0515	0.034	0.0201	0.0362	0.0277	0.0362	0.0139	0.013	0.0129	0.013	0.0104
chr3R	12578722	12578873	chr3R:12578723-12578873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0267	0.0307	0.0325	0.016	0.018	0.0257	0.0437	0.0413	0.018	0.0242	0.035	0.0242	0.0085	0.01	0.0129	0.01	0.0104
chr3R	12578988	12579461	chr3R:12578989-12579461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0761	0.0797	0.0347	0.0435	0.0917	0.0986	0.0826	0.0435	0.0773	0.1119	0.0773	0.0194	0.0161	0.0458	0.0161	0.0156
chr3R	12580823	12580974	chr3R:12580824-12580974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0193	0.0191	0.0206	0.0181	0.0138	0.0165	0.0285	0.022	0.0138	0.0296	0.0244	0.0296	0.0093	0.0191	0.0387	0.0191	0.0135
chr3R	12581016	12581169	chr3R:12581017-12581169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0227	0.0227	0.0274	0.0177	0.018	0.0218	0.0316	0.0253	0.018	0.0411	0.0347	0.0411	0.0101	0.0222	0.029	0.0222	0.0177
chr3R	12581687	12582013	chr3R:12581688-12582013	distal	distal	stage5	stage5	Ubx_pair_rule_(zebra)_like_S1_enhancer	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0386	0.0729	0.0331	0.0061	0.0414	0.0898	0.0709	0.1046	0.0414	0.0616	0.036	0.0616	0.0062	8e-04	0.0052	8e-04	0.0031
chr3R	12589413	12589624	chr3R:12589414-12589624	FBgn0084245	tre-3	stage11,stage14,stage5	none	Ubx_PRE_polycomb_response_element	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1177	0.1028	0.1235	0.128	0.0817	0.1155	0.1272	0.1206	0.0817	0.1455	0.1572	0.1455	0.0782	0.1394	0.1451	0.1394	0.1318
chr3R	12589822	12590048	chr3R:12589823-12590048	FBgn0084245,FBgn0084688	tre-2,tre-3	stage11,stage14,stage5	none	Ubx_PRE_polycomb_response_element	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2931	0.2929	0.3371	0.2451	0.2269	0.3146	0.3516	0.3604	0.2269	0.4179	0.3672	0.4179	0.3067	0.2542	0.2592	0.2542	0.283
chr3R	12590983	12591134	chr3R:12590984-12591134	FBgn0084688	tre-2	none	none	Ubx_pair-rule_(zebra)_like_S2	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0252	0.0468	0.0223	0.017	0.0214	0.0342	0.0366	0.017	0.061	0.0701	0.061	0.0124	0.0283	0.0309	0.0283	0.0219
chr3R	12591520	12591763	chr3R:12591521-12591763	FBgn0085056	tre-1	stage11,stage5	none	Ubx_pair-rule_(zebra)_like_S2	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0611	0.067	0.0819	0.0318	0.07	0.0553	0.0792	0.0953	0.07	0.1407	0.1106	0.1407	0.0116	0.0735	0.0438	0.0735	0.0177
chr3R	12591775	12592003	chr3R:12591776-12592003	FBgn0085056	tre-1	stage11,stage5	none	Ubx_pair-rule_(zebra)_like_S2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0621	0.0891	0.0702	0.0231	0.0848	0.0578	0.1163	0.1332	0.0848	0.1117	0.0961	0.1117	0.0124	0.0505	0.0297	0.0505	0.0135
chr3R	12596455	12596854	chr3R:12596456-12596854	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0861	0.0836	0.0401	0.0551	0.0621	0.1414	0.0906	0.0551	0.125	0.1061	0.125	0.0248	0.0505	0.0458	0.0505	0.0219
chr3R	12597263	12597451	chr3R:12597264-12597451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0445	0.0511	0.057	0.0235	0.0392	0.0345	0.0779	0.0666	0.0392	0.0326	0.1074	0.0326	0.0139	0.0115	0.069	0.0115	0.0089
chr3R	12597656	12598199	chr3R:12597657-12598199	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1556	0.2266	0.1721	0.0583	0.1951	0.1976	0.2824	0.3111	0.1951	0.1498	0.2968	0.1498	0.0457	0.0391	0.1457	0.0391	0.024
chr3R	12598890	12599263	chr3R:12598891-12599263	FBgn0020556	bxd	stage5	none	Ubx_pbxAS,Ubx_pbxPB	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.1517	0.0386	0.0109	0.1707	0.1053	0.2271	0.1626	0.1707	0.0362	0.055	0.0362	0.007	0.0107	0.0135	0.0107	0.0068
chr3R	12599443	12599594	chr3R:12599444-12599594	distal	distal	none	none	Ubx_pbxAS	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0238	0.0414	0.0222	0.0058	0.0329	0.0282	0.067	0.0513	0.0329	0.0187	0.026	0.0187	0.0031	0.0054	0.0071	0.0054	0.0021
chr3R	12602985	12603136	chr3R:12602986-12603136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0131	0.0157	0.0102	0.0042	0.0131	0.0208	0.0127	0.0042	0.0169	0.0164	0.0169	0.0077	0.0069	0.0071	0.0069	0.0052
chr3R	12608275	12608428	chr3R:12608276-12608428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0303	0.0151	0.0435	0.0329	0.0032	0.0204	0.0173	0.0207	0.0032	0.0205	0.0823	0.0205	0.0132	0.013	0.087	0.013	0.0099
chr3R	12608916	12609425	chr3R:12608917-12609425	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0794	0.0556	0.1168	0.0649	0.0074	0.0927	0.0489	0.0766	0.0074	0.1618	0.1119	0.1618	0.0294	0.0237	0.0335	0.0237	0.0224
chr3R	12609626	12609777	chr3R:12609627-12609777	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0142	0.028	0.0318	0.0042	0.0194	0.0195	0.0127	0.0042	0.0266	0.0241	0.0266	0.0101	0.0077	0.0071	0.0077	0.0078
chr3R	12609817	12610027	chr3R:12609818-12610027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.0153	0.0308	0.0531	0.0064	0.018	0.0212	0.0173	0.0064	0.0254	0.026	0.0254	0.007	0.0069	0.0064	0.0069	0.0109
chr3R	12610825	12610976	chr3R:12610826-12610976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0167	0.0208	0.0178	0.0032	0.0223	0.0212	0.0227	0.0032	0.0217	0.0193	0.0217	0.0054	0.0069	0.0077	0.0069	0.0057
chr3R	12615343	12615494	chr3R:12615344-12615494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.0232	0.0214	0.0078	0.0117	0.0146	0.0381	0.0306	0.0117	0.0181	0.0328	0.0181	0.0124	0.0061	0.0123	0.0061	0.0057
chr3R	12616343	12616494	chr3R:12616344-12616494	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0212	0.0272	0.0278	0.0072	0.0191	0.0165	0.0506	0.0293	0.0191	0.0133	0.0469	0.0133	0.0077	0.0054	0.0129	0.0054	0.0042
chr3R	12616609	12616760	chr3R:12616610-12616760	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0202	0.0168	0.0331	0.0097	0.0117	0.0131	0.0281	0.0187	0.0117	0.0157	0.0627	0.0157	0.007	0.0077	0.0155	0.0077	0.0052
chr3R	12618396	12618547	chr3R:12618397-12618547	distal	distal	stage5	stage5	VT42781.1	VT42781.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0155	0.0088	0.0102	0.0117	0.0117	0.0221	0.0213	0.0117	0.0079	0.0087	0.0079	0.0046	0.0054	6e-04	0.0054	0.0047
chr3R	12618746	12618926	chr3R:12618747-12618926	distal	distal	stage5	stage5	VT42781.1	VT42781.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0259	0.054	0.0145	0.0071	0.0541	0.0257	0.0774	0.0746	0.0541	0.0205	0.0158	0.0205	0.0046	0.0015	0.0045	0.0015	0.0026
chr3R	12619819	12619970	chr3R:12619820-12619970	distal	distal	none	none	VT42782.1	VT42782.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0153	0.0145	0.0245	0.0074	0.015	0.0255	0.0147	0.0074	0.0157	0.0138	0.0157	0.0077	0.0107	0.0071	0.0107	0.0094
chr3R	12620307	12620471	chr3R:12620308-12620471	distal	distal	none	none	VT42782.1	VT42782.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0197	0.0312	0.0311	0.0095	0.0223	0.0234	0.0266	0.0095	0.0236	0.0257	0.0236	0.0093	0.0069	0.0064	0.0069	0.0078
chr3R	12623540	12623762	chr3R:12623541-12623762	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0632	0.0737	0.0779	0.0352	0.052	0.0539	0.1077	0.0966	0.052	0.0429	0.1457	0.0429	0.0325	0.0191	0.0928	0.0191	0.0198
chr3R	12623807	12624044	chr3R:12623808-12624044	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1099	0.1336	0.1239	0.0682	0.1166	0.1102	0.1799	0.1712	0.1166	0.1111	0.1785	0.1111	0.096	0.059	0.1173	0.059	0.0532
chr3R	12624248	12624614	chr3R:12624249-12624614	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2813	0.2511	0.3466	0.2433	0.1676	0.2947	0.2881	0.3125	0.1676	0.4155	0.3701	0.4155	0.3338	0.2703	0.2592	0.2703	0.272
chr3R	12626639	12626827	chr3R:12626640-12626827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0345	0.0158	0.0585	0.029	0.0053	0.0204	0.0195	0.02	0.0053	0.0622	0.099	0.0622	0.0163	0.0145	0.0645	0.0145	0.0229
chr3R	12627108	12627289	chr3R:12627109-12627289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0393	0.0333	0.0576	0.0259	0.0095	0.0408	0.0428	0.0413	0.0095	0.0616	0.0987	0.0616	0.0101	0.0153	0.0651	0.0153	0.0146
chr3R	12627469	12627620	chr3R:12627470-12627620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0249	0.0352	0.0198	0.0106	0.0218	0.0376	0.03	0.0106	0.0362	0.0547	0.0362	0.0132	0.01	0.0484	0.01	0.0109
chr3R	12628430	12628881	chr3R:12628431-12628881	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42787.1	VT42787.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0883	0.1164	0.1141	0.0285	0.0954	0.1	0.157	0.1532	0.0954	0.1027	0.1772	0.1027	0.0271	0.0084	0.0438	0.0084	0.0083
chr3R	12629952	12630143	chr3R:12629953-12630143	distal	distal	none	none	VT42787.1,VT42788.1	VT42787.1,VT42788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0339	0.0329	0.0402	0.0281	0.017	0.033	0.0441	0.0446	0.017	0.035	0.0486	0.035	0.0132	0.0077	0.0116	0.0077	0.0125
chr3R	12630816	12631176	chr3R:12630817-12631176	distal	distal	none	none	VT42788.1	VT42788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0313	0.0299	0.0352	0.0287	0.0148	0.0243	0.0502	0.0326	0.0148	0.0356	0.0328	0.0356	0.0116	0.0023	0.0148	0.0023	0.0099
chr3R	12634921	12635083	chr3R:12634922-12635083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0363	0.0309	0.0452	0.0327	0.0106	0.033	0.0437	0.042	0.0106	0.0471	0.045	0.0471	0.0101	0.0115	0.0174	0.0115	0.0146
chr3R	12636521	12636867	chr3R:12636522-12636867	distal	distal	stage5	stage5	VT42790.1,abd-A_iab-2(1.7)	VT42790.1,abd-A_iab-2(1.7)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0559	0.1037	0.0412	0.0187	0.105	0.0505	0.1531	0.1539	0.105	0.0447	0.0518	0.0447	0.0132	0.0107	0.0226	0.0107	0.0094
chr3R	12637604	12637790	chr3R:12637605-12637790	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42790.1,abd-A_iab-2(1.7)	VT42790.1,abd-A_iab-2(1.7)	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.2178	0.223	0.2731	0.1515	0.1644	0.2422	0.2548	0.2951	0.1644	0.3345	0.327	0.3345	0.1495	0.1853	0.1818	0.1853	0.0599
chr3R	12638809	12638960	chr3R:12638810-12638960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0319	0.0242	0.0424	0.0291	0.0095	0.0257	0.0316	0.034	0.0095	0.0574	0.0553	0.0574	0.0232	0.0429	0.0316	0.0429	0.0292
chr3R	12639103	12639277	chr3R:12639104-12639277	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0581	0.032	0.0766	0.067	0.0106	0.0485	0.0316	0.044	0.0106	0.1141	0.0952	0.1141	0.0496	0.0949	0.0677	0.0949	0.0808
chr3R	12641474	12641698	chr3R:12641475-12641698	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT42793.1	VT42793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0688	0.0947	0.0561	0.0538	0.071	0.0777	0.1237	0.1439	0.071	0.0477	0.055	0.0477	0.0248	0.0107	0.0206	0.0107	0.0151
chr3R	12642806	12642957	chr3R:12642807-12642957	distal	distal	none	none	VT42793.1	VT42793.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0263	0.0243	0.039	0.0146	0.0138	0.0233	0.0268	0.0413	0.0138	0.0229	0.073	0.0229	0.007	0.0107	0.0226	0.0107	0.0068
chr3R	12643052	12643219	chr3R:12643053-12643219	distal	distal	stage11	stage11	VT42793.1,abd-A_PRE_iab-2	VT42793.1,abd-A_PRE_iab-2	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0315	0.0246	0.0463	0.023	0.0106	0.0272	0.0303	0.0353	0.0106	0.032	0.09	0.032	0.0046	0.0306	0.0368	0.0306	0.0115
chr3R	12643272	12643453	chr3R:12643273-12643453	distal	distal	stage11	stage11	abd-A_PRE_iab-2	abd-A_PRE_iab-2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0325	0.0216	0.0499	0.0256	0.0117	0.0296	0.0199	0.0333	0.0117	0.0429	0.0884	0.0429	0.0101	0.0383	0.0329	0.0383	0.0182
chr3R	12643522	12643759	chr3R:12643523-12643759	distal	distal	stage11	stage11	abd-A_PRE_iab-2	abd-A_PRE_iab-2	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0485	0.0421	0.0747	0.0269	0.0201	0.0398	0.0476	0.0713	0.0201	0.061	0.1322	0.061	0.0147	0.0368	0.0355	0.0368	0.0151
chr3R	12645285	12645504	chr3R:12645286-12645504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT42795.1	VT42795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0492	0.0299	0.0709	0.0469	0.0106	0.0393	0.035	0.04	0.0106	0.0803	0.091	0.0803	0.0488	0.0329	0.0355	0.0329	0.0808
chr3R	12647179	12647694	chr3R:12647180-12647694	distal	distal	stage5	stage5	VT42796.1	VT42796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.066	0.0886	0.0703	0.0359	0.0604	0.0714	0.1289	0.1133	0.0604	0.0622	0.0987	0.0622	0.0364	0.023	0.0529	0.023	0.0396
chr3R	12647848	12648120	chr3R:12647849-12648120	distal	distal	stage5	stage5	VT42796.1	VT42796.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0542	0.1098	0.0338	0.0146	0.106	0.0743	0.1592	0.1386	0.106	0.0386	0.0486	0.0386	0.0085	0.0061	0.0213	0.0061	0.0115
chr3R	12648218	12648369	chr3R:12648219-12648369	distal	distal	stage5	stage5	VT42796.1	VT42796.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0276	0.0469	0.0228	0.0111	0.0382	0.0417	0.058	0.0606	0.0382	0.0284	0.0334	0.0284	0.007	0.0061	0.0155	0.0061	0.0078
chr3R	12648415	12648566	chr3R:12648416-12648566	distal	distal	none	none	VT42796.1	VT42796.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0288	0.0263	0.018	0.0095	0.0374	0.0324	0.042	0.0095	0.0254	0.0418	0.0254	0.0108	0.0092	0.0329	0.0092	0.0156
chr3R	12651866	12652276	chr3R:12651867-12652276	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1042	0.211	0.066	0.0267	0.2216	0.1097	0.3659	0.2205	0.2216	0.0731	0.1003	0.0731	0.0225	0.0245	0.0361	0.0245	0.0214
chr3R	12652998	12653239	chr3R:12652999-12653239	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0392	0.0408	0.0523	0.0231	0.0244	0.0432	0.0484	0.0606	0.0244	0.0876	0.0566	0.0876	0.0217	0.0207	0.0316	0.0207	0.0162
chr3R	12654973	12655214	chr3R:12654974-12655214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0692	0.0505	0.0309	0.0657	0.0485	0.1099	0.0706	0.0657	0.0749	0.0659	0.0749	0.0163	0.0337	0.0393	0.0337	0.0261
chr3R	12655351	12655502	chr3R:12655352-12655502	FBgn0000014	abd-A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0401	0.067	0.0501	0.0191	0.0466	0.0476	0.0533	0.0191	0.0984	0.09	0.0984	0.0178	0.0559	0.058	0.0559	0.049
chr3R	12655821	12656074	chr3R:12655822-12656074	FBgn0000014	abd-A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2034	0.1702	0.2548	0.184	0.0986	0.2058	0.1838	0.2445	0.0986	0.3188	0.2994	0.3188	0.1921	0.2221	0.2141	0.2221	0.1907
chr3R	12658793	12659065	chr3R:12658794-12659065	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42802.1	VT42802.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1025	0.1246	0.1217	0.0567	0.087	0.1325	0.1319	0.1905	0.087	0.1498	0.1534	0.1498	0.0333	0.036	0.0671	0.036	0.0526
chr3R	12660485	12660668	chr3R:12660486-12660668	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0662	0.0704	0.0817	0.0446	0.0403	0.0811	0.0856	0.0853	0.0403	0.093	0.0939	0.093	0.0643	0.0368	0.0529	0.0368	0.036
chr3R	12661637	12661788	chr3R:12661638-12661788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.025	0.0328	0.0298	0.0111	0.0223	0.0257	0.0437	0.048	0.0223	0.0278	0.045	0.0278	0.0108	0.013	0.0155	0.013	0.0089
chr3R	12663345	12663626	chr3R:12663346-12663626	distal	distal	none	none	VT42805.1	VT42805.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0587	0.0506	0.0799	0.0444	0.0286	0.0597	0.0467	0.0799	0.0286	0.0652	0.1106	0.0652	0.0217	0.023	0.0554	0.023	0.0188
chr3R	12663812	12663977	chr3R:12663813-12663977	distal	distal	none	none	VT42805.1	VT42805.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0273	0.0273	0.0379	0.0156	0.0117	0.0364	0.0238	0.046	0.0117	0.0332	0.0563	0.0332	0.0132	0.0061	0.0193	0.0061	0.0078
chr3R	12665321	12665672	chr3R:12665322-12665672	distal	distal	stage5	stage5	VT42806.1	VT42806.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0607	0.1292	0.034	0.0134	0.1516	0.0723	0.2111	0.1319	0.1516	0.0399	0.0376	0.0399	0.0124	0.0046	0.0116	0.0046	0.0078
chr3R	12665904	12666141	chr3R:12665905-12666141	distal	distal	stage5	stage5	VT42806.1	VT42806.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0349	0.0717	0.0226	0.0072	0.0668	0.0422	0.1163	0.0813	0.0668	0.0308	0.0254	0.0308	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0047
chr3R	12667752	12667952	chr3R:12667753-12667952	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0258	0.0341	0.0255	0.0169	0.018	0.0505	0.0311	0.044	0.018	0.0302	0.0338	0.0302	0.0093	0.0283	0.02	0.0283	0.0167
chr3R	12668548	12668718	chr3R:12668549-12668718	distal	distal	stage11	stage11	VT42808.1	VT42808.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0265	0.0199	0.0382	0.0209	0.0095	0.0243	0.0242	0.024	0.0095	0.0435	0.064	0.0435	0.0077	0.0077	0.0548	0.0077	0.0146
chr3R	12673022	12673219	chr3R:12673023-12673219	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1689	0.1353	0.2123	0.1588	0.0795	0.1699	0.1324	0.1905	0.0795	0.2621	0.2601	0.2621	0.151	0.1746	0.1941	0.1746	0.1668
chr3R	12674512	12674694	chr3R:12674513-12674694	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42811.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0921	0.1497	0.0849	0.0355	0.1421	0.1184	0.1812	0.2252	0.1421	0.0845	0.0778	0.0845	0.0225	0.0061	0.0213	0.0061	0.0156
chr3R	12675688	12675909	chr3R:12675689-12675909	FBgn0020546	iab-4	stage11,stage14,stage5	none	VT42811.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1034	0.1078	0.1179	0.0826	0.07	0.1117	0.109	0.1752	0.07	0.1479	0.1521	0.1479	0.0519	0.0812	0.0883	0.0812	0.0703
chr3R	12676179	12676330	chr3R:12676180-12676330	FBgn0020546	iab-4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0376	0.0354	0.0471	0.0297	0.0201	0.0408	0.0329	0.0586	0.0201	0.0574	0.0601	0.0574	0.0225	0.026	0.0458	0.026	0.024
chr3R	12676453	12676711	chr3R:12676454-12676711	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.052	0.0366	0.0612	0.0592	0.0244	0.0408	0.0398	0.0526	0.0244	0.0966	0.0743	0.0966	0.0279	0.0758	0.0729	0.0758	0.0558
chr3R	12677734	12677987	chr3R:12677735-12677987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0535	0.0659	0.0579	0.0348	0.0445	0.0568	0.0956	0.0813	0.0445	0.0447	0.0424	0.0447	0.0178	0.0092	0.0129	0.0092	0.0141
chr3R	12681614	12681877	chr3R:12681615-12681877	FBgn0262290,FBgn0262462	mir-iab-4,mir-iab-8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.075	0.1249	0.0652	0.0299	0.0933	0.1243	0.1497	0.1672	0.0933	0.093	0.0678	0.093	0.017	0.0031	0.009	0.0031	0.0172
chr3R	12682852	12683065	chr3R:12682853-12683065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0918	0.1144	0.0954	0.0625	0.0827	0.1218	0.1349	0.1532	0.0827	0.1063	0.1026	0.1063	0.0751	0.0567	0.0438	0.0567	0.0516
chr3R	12683404	12683668	chr3R:12683405-12683668	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2073	0.2378	0.2221	0.1569	0.2047	0.2383	0.2734	0.3191	0.2047	0.2609	0.2659	0.2609	0.1479	0.1424	0.1702	0.1424	0.1548
chr3R	12685370	12685521	chr3R:12685371-12685521	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0557	0.0305	0.0093	0.0414	0.0442	0.0861	0.0626	0.0414	0.0459	0.0389	0.0459	0.0062	0.01	0.0123	0.01	0.0104
chr3R	12685748	12685921	chr3R:12685749-12685921	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.0753	0.0278	0.0086	0.052	0.0689	0.109	0.0819	0.052	0.0477	0.0267	0.0477	0.0101	0.0038	0.0116	0.0038	0.0078
chr3R	12690598	12691006	chr3R:12690599-12691006	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0615	0.135	0.0299	0.0139	0.1347	0.0461	0.263	0.1352	0.1347	0.0356	0.035	0.0356	0.0116	0.0077	0.011	0.0077	0.0063
chr3R	12691086	12691255	chr3R:12691087-12691255	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0327	0.0591	0.0201	0.017	0.0509	0.0238	0.1172	0.0573	0.0509	0.0187	0.0232	0.0187	0.0046	0.0061	0.0084	0.0061	0.0057
chr3R	12691843	12692179	chr3R:12691844-12692179	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0525	0.0512	0.0763	0.0279	0.0286	0.0684	0.061	0.054	0.0286	0.1304	0.0974	0.1304	0.024	0.0276	0.0477	0.0276	0.0292
chr3R	12692225	12692376	chr3R:12692226-12692376	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0327	0.0274	0.0501	0.0195	0.0106	0.0485	0.0268	0.0253	0.0106	0.0912	0.0595	0.0912	0.0186	0.0237	0.0309	0.0237	0.0198
chr3R	12692404	12692680	chr3R:12692405-12692680	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0501	0.0487	0.0685	0.0315	0.0255	0.0791	0.0515	0.044	0.0255	0.125	0.0781	0.125	0.0302	0.0513	0.0432	0.0513	0.0292
chr3R	12692698	12692849	chr3R:12692699-12692849	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.032	0.0272	0.047	0.0209	0.0138	0.0359	0.0355	0.0273	0.0138	0.0839	0.0547	0.0839	0.017	0.0253	0.0245	0.0253	0.025
chr3R	12694751	12694922	chr3R:12694752-12694922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0315	0.0181	0.026	0.0525	0.0159	0.0214	0.0229	0.0173	0.0159	0.0326	0.0241	0.0326	0.0325	0.036	0.0522	0.036	0.0537
chr3R	12695153	12695345	chr3R:12695154-12695345	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1922	0.1732	0.2214	0.1815	0.1389	0.1995	0.183	0.2265	0.1389	0.2947	0.2334	0.2947	0.196	0.1907	0.1773	0.1907	0.1965
chr3R	12696785	12696936	chr3R:12696786-12696936	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0265	0.0334	0.0302	0.0146	0.018	0.0243	0.0554	0.038	0.018	0.0411	0.0412	0.0411	0.0116	0.01	0.0258	0.01	0.0109
chr3R	12698252	12698409	chr3R:12698253-12698409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0291	0.0268	0.0376	0.0224	0.0053	0.0447	0.0333	0.0213	0.0053	0.0797	0.0379	0.0797	0.0108	0.0459	0.0226	0.0459	0.0177
chr3R	12699134	12699323	chr3R:12699135-12699323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0231	0.0355	0.0235	0.0085	0.0223	0.035	0.0273	0.0085	0.032	0.0582	0.032	0.0085	0.0214	0.0548	0.0214	0.0099
chr3R	12701318	12701472	chr3R:12701319-12701472	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0193	0.0299	0.0276	0.0106	0.0214	0.0272	0.0213	0.0106	0.0284	0.0183	0.0284	0.0124	0.0061	0.0064	0.0061	0.0089
chr3R	12702532	12702744	chr3R:12702533-12702744	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0577	0.0401	0.0779	0.055	0.0159	0.065	0.0363	0.0466	0.0159	0.1039	0.0772	0.1039	0.0287	0.0482	0.0387	0.0482	0.0245
chr3R	12704280	12704472	chr3R:12704281-12704472	distal	distal	stage5	stage5	Abd-B_R15	Abd-B_R15	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0755	0.136	0.0643	0.0202	0.1357	0.1112	0.1894	0.1566	0.1357	0.1021	0.0836	0.1021	0.0155	0.0145	0.0232	0.0145	0.0125
chr3R	12708218	12708598	chr3R:12708219-12708598	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.275	0.3124	0.3235	0.1801	0.246	0.3539	0.3689	0.3658	0.246	0.4221	0.3961	0.4221	0.1658	0.1838	0.2153	0.1838	0.135
chr3R	12712085	12712236	chr3R:12712086-12712236	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0593	0.053	0.0839	0.0393	0.0191	0.0743	0.0575	0.068	0.0191	0.1256	0.0984	0.1256	0.0473	0.0498	0.0464	0.0498	0.0245
chr3R	12712308	12712500	chr3R:12712309-12712500	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1264	0.1886	0.1001	0.0721	0.1738	0.125	0.1686	0.0721	0.2403	0.2305	0.2403	0.1092	0.1348	0.1115	0.1348	0.0505
chr3R	12715148	12715299	chr3R:12715149-12715299	distal	distal	none	none	VT42830.1	VT42830.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0162	0.0131	0.0124	0.0074	0.0097	0.0298	0.0193	0.0074	0.0169	0.0113	0.0169	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr3R	12717412	12717563	chr3R:12717413-12717563	distal	distal	none	none	VT42831.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0189	0.034	0.015	0.0063	0.0244	0.0286	0.0554	0.0253	0.0244	0.0272	0.0148	0.0272	0.0093	0.0069	0.0077	0.0069	0.0073
chr3R	12717695	12717872	chr3R:12717696-12717872	FBgn0263595	CR43617	stage5	none	VT42831.1,VT42832.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0951	0.0221	0.0071	0.0774	0.0757	0.1505	0.0966	0.0774	0.0326	0.0277	0.0326	0.0015	0.0069	0.0077	0.0069	0.0057
chr3R	12717903	12718233	chr3R:12717904-12718233	FBgn0263595	CR43617	stage5	none	VT42831.1,VT42832.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.1353	0.0395	0.0123	0.1135	0.1126	0.2085	0.1306	0.1135	0.0586	0.0437	0.0586	0.0139	0.0138	0.0116	0.0138	0.012
chr3R	12719151	12719457	chr3R:12719152-12719457	distal	distal	none	none	VT42832.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0425	0.046	0.0386	0.043	0.0201	0.0583	0.0597	0.05	0.0201	0.0519	0.0379	0.0519	0.0209	0.0513	0.0148	0.0513	0.0261
chr3R	12723957	12724108	chr3R:12723958-12724108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0375	0.0578	0.0426	0.0092	0.035	0.0602	0.0809	0.064	0.035	0.0682	0.0495	0.0682	0.0201	0.0115	0.0135	0.0115	0.0063
chr3R	12724219	12724414	chr3R:12724220-12724414	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0877	0.1291	0.1065	0.0209	0.0838	0.1374	0.1557	0.1746	0.0838	0.1292	0.1334	0.1292	0.0465	0.0207	0.0219	0.0207	0.0146
chr3R	12724618	12724785	chr3R:12724619-12724785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1039	0.1097	0.1259	0.0732	0.0647	0.1078	0.1466	0.1419	0.0647	0.1329	0.1688	0.1329	0.0806	0.0965	0.0858	0.0965	0.0443
chr3R	12724800	12725050	chr3R:12724801-12725050	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2031	0.1984	0.2471	0.1601	0.1113	0.2277	0.2349	0.2598	0.1113	0.2935	0.2952	0.2935	0.182	0.1746	0.1696	0.1746	0.1136
chr3R	12725181	12725409	chr3R:12725182-12725409	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1831	0.2059	0.2146	0.1231	0.1474	0.2228	0.2366	0.2811	0.1474	0.2814	0.2389	0.2814	0.0999	0.1087	0.1103	0.1087	0.0709
chr3R	12725499	12725721	chr3R:12725500-12725721	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1822	0.1751	0.2329	0.1345	0.1103	0.1903	0.192	0.2665	0.1103	0.3031	0.2871	0.3031	0.1348	0.1692	0.1651	0.1692	0.0974
chr3R	12727870	12728075	chr3R:12727871-12728075	distal	distal	stage5	stage5	VT42837.1	VT42837.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0669	0.0268	0.0072	0.0583	0.0417	0.1125	0.0693	0.0583	0.0308	0.036	0.0308	0.0077	0.0061	0.0103	0.0061	0.0063
chr3R	12730570	12730791	chr3R:12730571-12730791	distal	distal	none	none	VT42839.1	VT42839.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0233	0.0238	0.032	0.0131	0.0085	0.0257	0.0355	0.0273	0.0085	0.0537	0.0277	0.0537	0.0372	0.013	0.0174	0.013	0.0146
chr3R	12733782	12733960	chr3R:12733783-12733960	distal	distal	none	none	VT42840.1	VT42840.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.021	0.0194	0.0264	0.0167	0.0064	0.0199	0.0298	0.024	0.0064	0.0471	0.0267	0.0471	0.0132	0.0406	0.0129	0.0406	0.0094
chr3R	12739316	12739544	chr3R:12739317-12739544	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42844.1	VT42844.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1259	0.1056	0.1683	0.1021	0.0382	0.1282	0.112	0.1626	0.0382	0.2687	0.1833	0.2687	0.0395	0.1585	0.0967	0.1585	0.0406
chr3R	12739731	12739883	chr3R:12739732-12739883	distal	distal	none	none	VT42844.1	VT42844.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.029	0.0339	0.0336	0.0185	0.0127	0.0296	0.0571	0.0353	0.0127	0.0646	0.0334	0.0646	0.0062	0.0283	0.0206	0.0283	0.0109
chr3R	12741354	12741546	chr3R:12741355-12741546	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0707	0.022	0.0078	0.0562	0.032	0.1436	0.062	0.0562	0.026	0.0293	0.026	0.0085	0.01	0.011	0.01	0.0078
chr3R	12744760	12745087	chr3R:12744761-12745087	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1927	0.2222	0.2056	0.1457	0.158	0.2432	0.2565	0.2931	0.158	0.2512	0.2341	0.2512	0.1882	0.1524	0.1605	0.1524	0.1683
chr3R	12746164	12746376	chr3R:12746165-12746376	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42848.1	VT42848.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1387	0.1609	0.1697	0.0798	0.1304	0.1539	0.2176	0.1932	0.1304	0.2325	0.1884	0.2325	0.1084	0.0605	0.0825	0.0605	0.0469
chr3R	12747204	12747411	chr3R:12747205-12747411	distal	distal	stage5	stage5	Abd-B_EK,Abd-B_R20,VT42848.1,VT42849.1	Abd-B_EK,Abd-B_R20,VT42848.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.1477	0.027	0.0116	0.1697	0.0607	0.2734	0.1306	0.1697	0.0405	0.0328	0.0405	0.0124	0.0077	0.0168	0.0077	0.0094
chr3R	12748990	12749300	chr3R:12748991-12749300	FBgn0263610	msa	stage11,stage14,stage5	none	VT42849.1,VT42850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0643	0.0805	0.0759	0.0334	0.0509	0.084	0.1029	0.1026	0.0509	0.1039	0.0907	0.1039	0.031	0.0337	0.0316	0.0337	0.0162
chr3R	12749355	12749567	chr3R:12749356-12749567	FBgn0263610	msa	stage11,stage14,stage5	none	VT42849.1,VT42850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1048	0.1226	0.1217	0.0664	0.0912	0.116	0.1691	0.1426	0.0912	0.1304	0.1463	0.1304	0.0604	0.0406	0.0438	0.0406	0.0422
chr3R	12749636	12749857	chr3R:12749637-12749857	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT42850.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0564	0.0551	0.0708	0.0421	0.0329	0.0544	0.0766	0.068	0.0329	0.0646	0.0842	0.0646	0.0263	0.0084	0.0193	0.0084	0.025
chr3R	12751753	12751904	chr3R:12751754-12751904	distal	distal	none	none	VT42851.1	VT42851.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0182	0.0179	0.0204	0.016	0.0095	0.0165	0.0229	0.0233	0.0095	0.0278	0.0196	0.0278	0.0108	0.01	0.0071	0.01	0.0104
chr3R	12754375	12754526	chr3R:12754376-12754526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.028	0.0216	0.0093	0.0127	0.033	0.032	0.0406	0.0127	0.0302	0.0283	0.0302	0.0139	0.0069	0.0116	0.0069	0.0068
chr3R	12759166	12759357	chr3R:12759167-12759357	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0891	0.0813	0.109	0.0759	0.0445	0.0917	0.0904	0.1206	0.0445	0.1437	0.1277	0.1437	0.0782	0.0972	0.0806	0.0972	0.074
chr3R	12759980	12760290	chr3R:12759981-12760290	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2613	0.1649	0.3426	0.2796	0.0838	0.267	0.1324	0.2125	0.0838	0.4384	0.3958	0.4384	0.2967	0.3308	0.3172	0.3308	0.2767
chr3R	12760432	12760655	chr3R:12760433-12760655	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.123	0.0437	0.1787	0.1505	0.0064	0.0825	0.0359	0.0506	0.0064	0.2403	0.2158	0.2403	0.1665	0.1815	0.1799	0.1815	0.1412
chr3R	12761982	12762155	chr3R:12761983-12762155	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade5	0.0444	0.1059	0.018	0.0046	0.1188	0.065	0.1535	0.1339	0.1188	0.0223	0.0238	0.0223	0.0077	0.0046	0.0064	0.0046	0.001
chr3R	12763694	12763845	chr3R:12763695-12763845	distal	distal	stage11	stage11	VT42855.1	VT42855.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0209	0.0326	0.0219	0.0085	0.0238	0.0238	0.0293	0.0085	0.0399	0.0518	0.0399	0.007	0.0268	0.0567	0.0268	0.0083
chr3R	12763887	12764038	chr3R:12763888-12764038	distal	distal	stage11	stage11	VT42855.1,VT42856.1	VT42855.1,VT42856.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0283	0.0467	0.029	0.0106	0.0345	0.0251	0.0473	0.0106	0.0773	0.0595	0.0773	0.0155	0.0743	0.0445	0.0743	0.0109
chr3R	12766407	12766585	chr3R:12766408-12766585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0153	0.0217	0.0476	0.0074	0.0165	0.0208	0.0173	0.0074	0.0175	0.019	0.0175	0.007	0.0069	0.0077	0.0069	0.0109
chr3R	12767373	12767972	chr3R:12767374-12767972	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42858.1	VT42858.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0748	0.1063	0.0835	0.0299	0.0785	0.0786	0.1631	0.1419	0.0785	0.0815	0.1267	0.0815	0.0434	0.0176	0.0561	0.0176	0.0234
chr3R	12769991	12770248	chr3R:12769992-12770248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0204	0.0112	0.0227	0.028	0.0064	0.015	0.0125	0.0133	0.0064	0.0435	0.019	0.0435	0.024	0.0658	0.0239	0.0658	0.0313
chr3R	12770417	12770568	chr3R:12770418-12770568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0232	0.0252	0.0261	0.0178	0.0148	0.0248	0.0372	0.028	0.0148	0.0435	0.0248	0.0435	0.0217	0.0391	0.0123	0.0391	0.0208
chr3R	12772957	12773108	chr3R:12772958-12773108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0252	0.0236	0.0116	0.018	0.017	0.0402	0.032	0.018	0.0217	0.0248	0.0217	0.0225	0.0077	0.0103	0.0077	0.0083
chr3R	12774362	12774555	chr3R:12774363-12774555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1998	0.2135	0.232	0.1491	0.158	0.2359	0.2807	0.2358	0.158	0.3019	0.264	0.3019	0.2053	0.183	0.1838	0.183	0.1939
chr3R	12774873	12775024	chr3R:12774874-12775024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0462	0.0298	0.0152	0.0255	0.0422	0.0744	0.0486	0.0255	0.0399	0.037	0.0399	0.0194	0.0176	0.0193	0.0176	0.0193
chr3R	12776742	12776893	chr3R:12776743-12776893	distal	distal	stage5	stage5	VT42863.1	VT42863.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0296	0.0516	0.0239	0.0114	0.0297	0.0388	0.0878	0.0526	0.0297	0.0393	0.0225	0.0393	0.0186	0.0046	0.0232	0.0046	0.0083
chr3R	12776966	12777165	chr3R:12776967-12777165	distal	distal	stage5	stage5	VT42863.1	VT42863.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0505	0.0308	0.0145	0.0371	0.0476	0.0748	0.0506	0.0371	0.0471	0.0305	0.0471	0.0201	0.0123	0.0232	0.0123	0.0094
chr3R	12777258	12777521	chr3R:12777259-12777521	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42863.1	VT42863.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0442	0.0708	0.0402	0.0188	0.0467	0.0553	0.1103	0.0799	0.0467	0.0767	0.0363	0.0767	0.0186	0.0107	0.0271	0.0107	0.0177
chr3R	12778721	12778872	chr3R:12778722-12778872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0239	0.0288	0.0113	0.0064	0.0296	0.0307	0.0326	0.0064	0.0284	0.027	0.0284	0.0132	0.0038	0.011	0.0038	0.0047
chr3R	12780280	12780431	chr3R:12780281-12780431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0162	0.0264	0.0159	0.0042	0.0184	0.0242	0.0173	0.0042	0.0205	0.0412	0.0205	0.017	0.0092	0.0445	0.0092	0.0104
chr3R	12782871	12783022	chr3R:12782872-12783022	distal	distal	none	none	VT42866.1	VT42866.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.024	0.0204	0.0329	0.0184	0.0074	0.0286	0.0221	0.0293	0.0074	0.0543	0.0309	0.0543	0.0349	0.01	0.0116	0.01	0.0334
chr3R	12783604	12783813	chr3R:12783605-12783813	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42866.1,VT42867.1	VT42866.1,VT42867.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1467	0.1469	0.1765	0.1138	0.1018	0.1757	0.1674	0.1825	0.1018	0.1679	0.2248	0.1679	0.1665	0.0781	0.1483	0.0781	0.1199
chr3R	12784139	12784313	chr3R:12784140-12784313	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT42867.1	VT42867.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.111	0.1077	0.135	0.0883	0.0785	0.1223	0.1086	0.1606	0.0785	0.1129	0.1945	0.1129	0.0891	0.0743	0.1457	0.0743	0.0479
chr3R	12786034	12786277	chr3R:12786035-12786277	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1399	0.1535	0.1615	0.101	0.1124	0.1655	0.1691	0.2112	0.1124	0.2228	0.1852	0.2228	0.1007	0.1478	0.0793	0.1478	0.0756
chr3R	12787197	12787348	chr3R:12787198-12787348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0133	0.0126	0.0164	0.0042	0.015	0.0182	0.0187	0.0042	0.0139	0.0141	0.0139	0.0101	0.0031	0.0077	0.0031	0.0104
chr3R	12789355	12789512	chr3R:12789356-12789512	distal	distal	none	none	VT42870.1	VT42870.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0251	0.0247	0.033	0.017	0.0127	0.0335	0.0264	0.0326	0.0127	0.0435	0.0408	0.0435	0.0271	0.0138	0.0322	0.0138	0.0141
chr3R	12795306	12795503	chr3R:12795307-12795503	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2161	0.1842	0.2643	0.1989	0.1209	0.2427	0.1959	0.2245	0.1209	0.3394	0.2852	0.3394	0.2525	0.2297	0.2063	0.2297	0.2147
chr3R	12795769	12796006	chr3R:12795770-12796006	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT42874.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2171	0.1888	0.2529	0.2094	0.1463	0.2403	0.1886	0.2432	0.1463	0.3207	0.2666	0.3207	0.2579	0.2435	0.1844	0.2435	0.2387
chr3R	12798329	12798559	chr3R:12798330-12798559	FBgn0000015	Abd-B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0366	0.0288	0.0379	0.0439	0.0053	0.0316	0.0337	0.0486	0.0053	0.0483	0.0341	0.0483	0.0217	0.026	0.0161	0.026	0.0198
chr3R	12801907	12802058	chr3R:12801908-12802058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0192	0.0294	0.0175	0.0097	0.0127	0.0165	0.0536	0.0366	0.0127	0.0181	0.0212	0.0181	0.0124	0.0069	0.0116	0.0069	0.0156
chr3R	12803428	12803608	chr3R:12803429-12803608	FBgn0015008	Actn3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.0586	0.0608	0.0372	0.0392	0.0626	0.0675	0.0806	0.0392	0.07	0.0749	0.07	0.0534	0.0429	0.0413	0.0429	0.0459
chr3R	12803705	12803942	chr3R:12803706-12803942	FBgn0015008	Actn3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1101	0.1069	0.1275	0.0946	0.07	0.1233	0.1241	0.1406	0.07	0.1606	0.1399	0.1606	0.1247	0.1011	0.1025	0.1011	0.1199
chr3R	12804719	12804870	chr3R:12804720-12804870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0179	0.0231	0.0199	0.0099	0.0032	0.0413	0.0281	0.0167	0.0032	0.0248	0.0244	0.0248	0.0155	0.0054	0.0084	0.0054	0.0188
chr3R	12807368	12807519	chr3R:12807369-12807519	FBgn0015011	Ahcy89E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0213	0.0287	0.0202	0.0074	0.0248	0.0303	0.022	0.0074	0.0217	0.0286	0.0217	0.062	0.01	0.0258	0.01	0.0396
chr3R	12807525	12807676	chr3R:12807526-12807676	FBgn0015011	Ahcy89E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0191	0.0338	0.0269	0.0085	0.0204	0.0303	0.0193	0.0085	0.0254	0.0354	0.0254	0.0775	0.0123	0.0329	0.0123	0.0537
chr3R	12807831	12807999	chr3R:12807832-12807999	FBgn0015011	Ahcy89E	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0327	0.0153	0.0416	0.0425	0.0064	0.0228	0.0177	0.0147	0.0064	0.029	0.0264	0.029	0.1371	0.0153	0.0271	0.0153	0.1162
chr3R	12808044	12808236	chr3R:12808045-12808236	FBgn0015011	Ahcy89E	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0316	0.0161	0.0398	0.0398	0.0053	0.0238	0.0208	0.0147	0.0053	0.0266	0.0193	0.0266	0.1394	0.013	0.0135	0.013	0.1172
chr3R	12808838	12809168	chr3R:12808839-12809168	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0653	0.0389	0.0883	0.0695	0.0085	0.0495	0.048	0.052	0.0085	0.0568	0.0752	0.0568	0.0457	0.0123	0.02	0.0123	0.0438
chr3R	12810071	12810240	chr3R:12810072-12810240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0373	0.0341	0.0459	0.0315	0.0212	0.049	0.0342	0.0413	0.0212	0.0568	0.0559	0.0568	0.0473	0.0413	0.0387	0.0413	0.049
chr3R	12810303	12810513	chr3R:12810304-12810513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0359	0.04	0.024	0.0201	0.0442	0.0407	0.05	0.0201	0.0441	0.0534	0.0441	0.0333	0.0276	0.0316	0.0276	0.0328
chr3R	12810574	12810725	chr3R:12810575-12810725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0234	0.0249	0.0149	0.0148	0.018	0.0355	0.0306	0.0148	0.0272	0.0305	0.0272	0.0287	0.0191	0.0161	0.0191	0.0208
chr3R	12812154	12812305	chr3R:12812155-12812305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0127	0.0156	0.0238	0.0053	0.0175	0.0186	0.0107	0.0053	0.0121	0.0167	0.0121	0.0302	0.0115	0.0142	0.0115	0.0646
chr3R	12812573	12812724	chr3R:12812574-12812724	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0171	0.0178	0.0238	0.0064	0.0204	0.0234	0.0187	0.0064	0.0157	0.0199	0.0157	0.0318	0.01	0.0161	0.01	0.0636
chr3R	12813340	12813569	chr3R:12813341-12813569	FBgn0038460	CG18622	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0386	0.0182	0.0334	0.0671	0.0085	0.0209	0.0281	0.018	0.0085	0.029	0.0322	0.029	0.0658	0.0276	0.0793	0.0276	0.1475
chr3R	12821717	12821910	chr3R:12821718-12821910	FBgn0038462,FBgn0038463	CG17556,CG3534	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1094	0.0881	0.1325	0.1079	0.0467	0.118	0.0943	0.1153	0.0467	0.1624	0.1479	0.1624	0.1239	0.1018	0.1077	0.1018	0.1454
chr3R	12822079	12822286	chr3R:12822080-12822286	FBgn0038462,FBgn0038463	CG17556,CG3534	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1331	0.0902	0.1749	0.1351	0.035	0.1379	0.0843	0.1186	0.035	0.1769	0.2077	0.1769	0.206	0.108	0.1567	0.108	0.1923
chr3R	12822684	12822835	chr3R:12822685-12822835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0212	0.043	0.0287	0.0085	0.0248	0.0316	0.02	0.0085	0.0447	0.0486	0.0447	0.0558	0.0283	0.0271	0.0283	0.0427
chr3R	12822908	12823059	chr3R:12822909-12823059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0254	0.0203	0.033	0.0228	0.0095	0.0257	0.0264	0.024	0.0095	0.0326	0.0354	0.0326	0.0503	0.023	0.0161	0.023	0.0401
chr3R	12828060	12828246	chr3R:12828061-12828246	FBgn0038464,FBgn0038465	CG16941,Irc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1592	0.1487	0.181	0.1469	0.106	0.1699	0.1657	0.1999	0.106	0.2192	0.1984	0.2192	0.1805	0.1332	0.1534	0.1332	0.2064
chr3R	12828381	12828656	chr3R:12828382-12828656	FBgn0038464,FBgn0038465	CG16941,Irc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0966	0.0723	0.1088	0.1106	0.0541	0.0811	0.0904	0.0846	0.0541	0.1443	0.1006	0.1443	0.1627	0.0697	0.1064	0.0697	0.2256
chr3R	12833797	12833986	chr3R:12833798-12833986	FBgn0038466	CG8907	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0234	0.0209	0.0329	0.0159	0.0053	0.0335	0.0294	0.014	0.0053	0.0133	0.0264	0.0133	0.1084	0.0069	0.0103	0.0069	0.036
chr3R	12834447	12834676	chr3R:12834448-12834676	FBgn0038466	CG8907	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0289	0.0355	0.0348	0.015	0.0159	0.035	0.0558	0.038	0.0159	0.0187	0.0318	0.0187	0.096	0.0107	0.0174	0.0107	0.024
chr3R	12842219	12842370	chr3R:12842220-12842370	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0178	0.0285	0.015	0.0091	0.0148	0.015	0.0593	0.0247	0.0148	0.0157	0.0193	0.0157	0.0132	0.0092	0.0161	0.0092	0.0078
chr3R	12846761	12846948	chr3R:12846762-12846948	FBgn0038467	CG3590	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.116	0.1398	0.1054	0.0753	0.1345	0.138	0.1472	0.0753	0.1661	0.1598	0.1661	0.1658	0.1179	0.127	0.1179	0.1397
chr3R	12855612	12855857	chr3R:12855613-12855857	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0413	0.0208	0.0376	0.0684	0.0053	0.0248	0.0333	0.018	0.0053	0.0284	0.0209	0.0284	0.0132	0.0092	0.0148	0.0092	0.0177
chr3R	12857488	12857639	chr3R:12857489-12857639	FBgn0051268	CG31268	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0132	0.0236	0.0105	0.0045	0.0127	0.0112	0.042	0.0346	0.0127	0.0121	0.0145	0.0121	0.0046	0.0046	0.0064	0.0046	0.0042
chr3R	12865808	12866006	chr3R:12865809-12866006	FBgn0038470,FBgn0038471	CG18213,CG5220	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1188	0.1223	0.1358	0.0964	0.1103	0.1311	0.1501	0.1386	0.1103	0.1673	0.1476	0.1673	0.1332	0.1064	0.0928	0.1064	0.1136
chr3R	12866274	12866462	chr3R:12866275-12866462	FBgn0038470,FBgn0038471	CG18213,CG5220	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.1249	0.1844	0.1259	0.0827	0.1534	0.1332	0.1599	0.0827	0.2325	0.1958	0.2325	0.1952	0.1516	0.118	0.1516	0.148
chr3R	12866595	12866746	chr3R:12866596-12866746	FBgn0038471	CG5220	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0715	0.0664	0.0897	0.0571	0.0276	0.0879	0.074	0.0826	0.0276	0.1304	0.0884	0.1304	0.0953	0.0658	0.0516	0.0658	0.0688
chr3R	12868756	12868962	chr3R:12868757-12868962	FBgn0028470,FBgn0038472	CG3995,Patr-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1686	0.1562	0.207	0.1404	0.1198	0.1879	0.1652	0.2025	0.1198	0.2796	0.2241	0.2796	0.1991	0.1478	0.1457	0.1478	0.1673
chr3R	12869196	12869367	chr3R:12869197-12869367	FBgn0028470,FBgn0038472	CG3995,Patr-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1493	0.1361	0.1789	0.1316	0.0965	0.1617	0.1488	0.1779	0.0965	0.2246	0.1965	0.2246	0.1758	0.1462	0.127	0.1462	0.1605
chr3R	12878350	12878522	chr3R:12878351-12878522	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0992	0.0664	0.182	0.045	0.0159	0.1252	0.0333	0.1073	0.0159	0.3043	0.2251	0.3043	0.1162	0.0919	0.0722	0.0919	0.0271
chr3R	12878762	12878936	chr3R:12878763-12878936	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1103	0.0774	0.1887	0.0611	0.0223	0.135	0.0554	0.1053	0.0223	0.2923	0.2341	0.2923	0.1433	0.1087	0.0729	0.1087	0.0625
chr3R	12879291	12879465	chr3R:12879292-12879465	FBgn0020493	Dad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1819	0.1286	0.2387	0.1791	0.07	0.1811	0.1241	0.1692	0.07	0.3297	0.283	0.3297	0.2393	0.2106	0.2025	0.2106	0.2157
chr3R	12879594	12879802	chr3R:12879595-12879802	FBgn0020493	Dad	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1741	0.09	0.2449	0.1905	0.0382	0.1325	0.0796	0.1239	0.0382	0.3605	0.2871	0.3605	0.2316	0.2266	0.2018	0.2266	0.2355
chr3R	12879986	12880143	chr3R:12879987-12880143	FBgn0020493	Dad	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0794	0.0703	0.1001	0.0668	0.0403	0.0893	0.0666	0.1013	0.0403	0.16	0.1045	0.16	0.1038	0.0881	0.0703	0.0881	0.0823
chr3R	12880381	12880565	chr3R:12880382-12880565	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.071	0.0775	0.0891	0.0437	0.0414	0.0908	0.0804	0.1186	0.0414	0.1014	0.108	0.1014	0.0875	0.0383	0.0645	0.0383	0.0469
chr3R	12881883	12882355	chr3R:12881884-12882355	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Dad,Dad_3525,Dad_dad13	Dad,Dad_3525,Dad_dad13	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3218	0.211	0.4289	0.3281	0.0976	0.3131	0.1946	0.2718	0.0976	0.5314	0.5084	0.5314	0.4469	0.3461	0.4146	0.3461	0.3955
chr3R	12882433	12882622	chr3R:12882434-12882622	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Dad,Dad_3525,Dad_dad13	Dad,Dad_3525,Dad_dad13	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1387	0.0678	0.2038	0.1465	0.017	0.132	0.045	0.0859	0.017	0.3406	0.2235	0.3406	0.1665	0.2098	0.156	0.2098	0.185
chr3R	12885549	12885713	chr3R:12885550-12885713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0578	0.0277	0.0692	0.0791	0.0053	0.0374	0.0333	0.0326	0.0053	0.0634	0.0785	0.0634	0.1208	0.1187	0.0722	0.1187	0.1245
chr3R	12886349	12886512	chr3R:12886350-12886512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0501	0.0482	0.0628	0.0383	0.0233	0.0573	0.0584	0.058	0.0233	0.1165	0.0643	0.1165	0.0488	0.0942	0.0277	0.0942	0.0417
chr3R	12887368	12887636	chr3R:12887369-12887636	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0997	0.1419	0.116	0.0347	0.1135	0.0888	0.1994	0.2252	0.1135	0.0429	0.2383	0.0429	0.038	0.0237	0.0928	0.0237	0.0224
chr3R	12887702	12887853	chr3R:12887703-12887853	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0559	0.0604	0.0821	0.0221	0.0318	0.0515	0.0766	0.0999	0.0318	0.0344	0.1669	0.0344	0.0263	0.0123	0.0671	0.0123	0.0135
chr3R	12887899	12888081	chr3R:12887900-12888081	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0447	0.0451	0.0654	0.0216	0.0255	0.0286	0.0623	0.0799	0.0255	0.0284	0.128	0.0284	0.0263	0.0145	0.0542	0.0145	0.0172
chr3R	12888465	12888711	chr3R:12888466-12888711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0464	0.0365	0.0612	0.0412	0.0223	0.0345	0.0489	0.0513	0.0223	0.0441	0.1026	0.0441	0.048	0.0222	0.1044	0.0222	0.0386
chr3R	12890618	12890779	chr3R:12890619-12890779	distal	distal	stage14	stage14	dad_DadInt52	dad_DadInt52	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0469	0.0238	0.0618	0.0563	0.0085	0.0374	0.026	0.0266	0.0085	0.0441	0.0791	0.0441	0.1139	0.0406	0.0935	0.0406	0.0792
chr3R	12890939	12891124	chr3R:12890940-12891124	distal	distal	stage14	stage14	dad_DadInt52	dad_DadInt52	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0693	0.0319	0.0806	0.0986	0.0095	0.0398	0.0394	0.0446	0.0095	0.0598	0.0945	0.0598	0.1603	0.1072	0.1418	0.1072	0.1386
chr3R	12891161	12891432	chr3R:12891162-12891432	distal	distal	stage14	stage14	dad_DadInt52	dad_DadInt52	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0626	0.0317	0.0688	0.0905	0.0074	0.0408	0.0381	0.0406	0.0074	0.0513	0.0807	0.0513	0.1332	0.1141	0.1399	0.1141	0.1073
chr3R	12891887	12892191	chr3R:12891888-12892191	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0551	0.068	0.0486	0.0479	0.0308	0.0762	0.0939	0.072	0.0308	0.0743	0.0563	0.0743	0.0442	0.1378	0.0348	0.1378	0.0328
chr3R	12893563	12893714	chr3R:12893564-12893714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0418	0.0513	0.0395	0.0337	0.0339	0.0529	0.0731	0.0526	0.0339	0.0604	0.0447	0.0604	0.0426	0.0536	0.0297	0.0536	0.0401
chr3R	12897873	12898024	chr3R:12897874-12898024	FBgn0038473,FBgn0038474	mRpS11,ns1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0308	0.0467	0.0269	0.0117	0.033	0.0467	0.0306	0.0117	0.0598	0.0579	0.0598	0.031	0.0268	0.0322	0.0268	0.0271
chr3R	12898354	12898525	chr3R:12898355-12898525	FBgn0038473,FBgn0038474	mRpS11,ns1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1589	0.1476	0.1893	0.1383	0.0986	0.1748	0.1799	0.1772	0.0986	0.2355	0.2106	0.2355	0.1905	0.1424	0.1451	0.1424	0.1694
chr3R	12898606	12898785	chr3R:12898607-12898785	FBgn0038473,FBgn0038474	mRpS11,ns1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0922	0.0917	0.1076	0.0759	0.0562	0.1126	0.1176	0.0979	0.0562	0.1304	0.1228	0.1304	0.1108	0.0773	0.0858	0.0773	0.0948
chr3R	12898858	12899080	chr3R:12898859-12899080	FBgn0038473,FBgn0038474	mRpS11,ns1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0753	0.0834	0.0848	0.056	0.0594	0.0835	0.1116	0.0979	0.0594	0.1014	0.1013	0.1014	0.0728	0.0475	0.0709	0.0475	0.0703
chr3R	12903790	12903980	chr3R:12903791-12903980	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0987	0.0892	0.1244	0.0812	0.0467	0.1345	0.0878	0.1073	0.0467	0.1069	0.1203	0.1069	0.227	0.0459	0.0812	0.0459	0.1647
chr3R	12905103	12905296	chr3R:12905104-12905296	FBgn0038475	Keap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2169	0.2377	0.2321	0.177	0.1909	0.2641	0.298	0.2585	0.1909	0.3243	0.2331	0.3243	0.2393	0.1815	0.1683	0.1815	0.222
chr3R	12905569	12905753	chr3R:12905570-12905753	FBgn0038475,FBgn0038476	Keap1,kuk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.205	0.1989	0.2345	0.1794	0.1463	0.2296	0.2357	0.2465	0.1463	0.2947	0.255	0.2947	0.2316	0.1845	0.1947	0.1845	0.2022
chr3R	12905855	12906042	chr3R:12905856-12906042	FBgn0038475,FBgn0038476	Keap1,kuk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2258	0.225	0.2511	0.199	0.1676	0.2646	0.2656	0.2632	0.1676	0.3207	0.2717	0.3207	0.2192	0.2213	0.2218	0.2213	0.209
chr3R	12906074	12906225	chr3R:12906075-12906225	FBgn0038475,FBgn0038476	Keap1,kuk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1346	0.1345	0.1552	0.1121	0.0976	0.1403	0.1799	0.1492	0.0976	0.2101	0.1666	0.2101	0.1247	0.1286	0.1096	0.1286	0.1162
chr3R	12906326	12906499	chr3R:12906327-12906499	FBgn0038476	kuk	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1481	0.1534	0.1711	0.117	0.1018	0.1825	0.1964	0.1619	0.1018	0.2337	0.1678	0.2337	0.1782	0.1462	0.109	0.1462	0.1371
chr3R	12906656	12906826	chr3R:12906657-12906826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1045	0.1193	0.1088	0.0833	0.07	0.1515	0.1388	0.1386	0.07	0.1341	0.1058	0.1341	0.1348	0.1026	0.0793	0.1026	0.1063
chr3R	12907965	12908235	chr3R:12907966-12908235	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1051	0.2177	0.0622	0.0265	0.2322	0.1277	0.3741	0.2052	0.2322	0.0906	0.0637	0.0906	0.0573	0.0314	0.0335	0.0314	0.0234
chr3R	12908644	12908795	chr3R:12908645-12908795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0561	0.1149	0.0367	0.0118	0.1039	0.0612	0.2379	0.0686	0.1039	0.0531	0.0354	0.0531	0.0333	0.0222	0.0103	0.0222	0.0109
chr3R	12909055	12909206	chr3R:12909056-12909206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.1028	0.0297	0.0085	0.0859	0.0481	0.215	0.0673	0.0859	0.0477	0.027	0.0477	0.0209	0.0115	0.0097	0.0115	0.0073
chr3R	12909342	12909493	chr3R:12909343-12909493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.1061	0.035	0.0093	0.0848	0.0519	0.2193	0.0759	0.0848	0.0513	0.0341	0.0513	0.024	0.0107	0.009	0.0107	0.0094
chr3R	12909603	12909754	chr3R:12909604-12909754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.1056	0.0405	0.0136	0.0827	0.0519	0.2167	0.0759	0.0827	0.055	0.0463	0.055	0.024	0.0123	0.0148	0.0123	0.0167
chr3R	12910057	12910252	chr3R:12910058-12910252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0767	0.1331	0.066	0.0253	0.1198	0.0874	0.2323	0.1233	0.1198	0.0845	0.074	0.0845	0.0542	0.0245	0.0303	0.0245	0.0302
chr3R	12910381	12910654	chr3R:12910382-12910654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0855	0.1481	0.0694	0.0333	0.1453	0.1019	0.2396	0.1519	0.1453	0.0797	0.0804	0.0797	0.0581	0.0329	0.0335	0.0329	0.0412
chr3R	12910728	12910969	chr3R:12910729-12910969	FBgn0086736	GckIII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1055	0.1408	0.1042	0.0675	0.1209	0.1146	0.2132	0.1572	0.1209	0.1214	0.1203	0.1214	0.103	0.0628	0.0683	0.0628	0.0891
chr3R	12911177	12911360	chr3R:12911178-12911360	FBgn0086736	GckIII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1008	0.0961	0.1214	0.0836	0.0827	0.1034	0.109	0.1219	0.0827	0.1329	0.1408	0.1329	0.1239	0.1011	0.0877	0.1011	0.1027
chr3R	12913444	12913595	chr3R:12913445-12913595	FBgn0038478	cal1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0525	0.0506	0.0627	0.0433	0.0191	0.0631	0.0584	0.0673	0.0191	0.0815	0.0704	0.0815	0.0565	0.0521	0.038	0.0521	0.061
chr3R	12913659	12913826	chr3R:12913660-12913826	FBgn0038478	cal1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0987	0.087	0.1206	0.0879	0.0414	0.1131	0.0969	0.1059	0.0414	0.151	0.137	0.151	0.1069	0.0988	0.0896	0.0988	0.11
chr3R	12913924	12914140	chr3R:12913925-12914140	FBgn0038478	cal1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0955	0.0861	0.1184	0.0808	0.0551	0.0995	0.1016	0.1066	0.0551	0.1395	0.1331	0.1395	0.1123	0.0804	0.0858	0.0804	0.1053
chr3R	12914157	12914308	chr3R:12914158-12914308	FBgn0038478	cal1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.0606	0.0704	0.0418	0.035	0.0704	0.0735	0.0726	0.035	0.0864	0.0768	0.0864	0.0713	0.0413	0.049	0.0413	0.0537
chr3R	12921164	12921315	chr3R:12921165-12921315	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0187	0.0236	0.0151	0.0173	0.0064	0.0272	0.0337	0.0233	0.0064	0.0199	0.018	0.0199	0.0147	0.0551	0.0103	0.0551	0.0078
chr3R	12921530	12921681	chr3R:12921531-12921681	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0202	0.018	0.0228	0.0095	0.0184	0.0324	0.02	0.0095	0.0254	0.019	0.0254	0.0232	0.0727	0.0142	0.0727	0.0151
chr3R	12924858	12925009	chr3R:12924859-12925009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0159	0.0268	0.0119	0.0082	0.0138	0.0204	0.0463	0.026	0.0138	0.0115	0.0183	0.0115	0.0077	0.013	0.0097	0.013	0.0073
chr3R	12928240	12928391	chr3R:12928241-12928391	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0144	0.0141	0.0094	0.0203	0.0021	0.0141	0.0268	0.0093	0.0021	0.0085	0.0116	0.0085	0.0124	0.0536	0.0213	0.0536	0.0146
chr3R	12931884	12932112	chr3R:12931885-12932112	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0325	0.0408	0.041	0.0139	0.0223	0.0432	0.0489	0.06	0.0223	0.0248	0.0685	0.0248	0.0364	0.0115	0.0342	0.0115	0.0078
chr3R	12934462	12934664	chr3R:12934463-12934664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0353	0.0349	0.0157	0.0148	0.0325	0.058	0.0326	0.0148	0.0423	0.0441	0.0423	0.0372	0.0207	0.0251	0.0207	0.0182
chr3R	12934712	12934886	chr3R:12934713-12934886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0563	0.0544	0.0377	0.0339	0.0568	0.077	0.062	0.0339	0.0664	0.0675	0.0664	0.0573	0.0528	0.0542	0.0528	0.0495
chr3R	12936796	12936947	chr3R:12936797-12936947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0177	0.0127	0.0189	0.022	0.0011	0.0126	0.0242	0.01	0.0011	0.0103	0.0309	0.0103	0.0209	0.0046	0.0761	0.0046	0.0115
chr3R	12938945	12939152	chr3R:12938946-12939152	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0326	0.0207	0.0378	0.0401	0.0106	0.0262	0.0251	0.024	0.0106	0.0187	0.0669	0.0187	0.0318	0.0199	0.1186	0.0199	0.0328
chr3R	12941587	12941824	chr3R:12941588-12941824	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0382	0.0267	0.0462	0.0422	0.0085	0.032	0.0411	0.0253	0.0085	0.0211	0.0421	0.0211	0.1348	0.013	0.0303	0.013	0.1126
chr3R	12943226	12943377	chr3R:12943227-12943377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0283	0.011	0.0338	0.0416	0.0021	0.0126	0.019	0.0053	0.0021	0.0151	0.0463	0.0151	0.0658	0.0061	0.1154	0.0061	0.0469
chr3R	12943672	12943887	chr3R:12943673-12943887	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0572	0.0161	0.0807	0.0774	0.0064	0.0238	0.0225	0.0127	0.0064	0.0236	0.1334	0.0236	0.1154	0.036	0.2057	0.036	0.0782
chr3R	12944398	12944584	chr3R:12944399-12944584	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0377	0.0325	0.0464	0.034	0.018	0.0359	0.0428	0.038	0.018	0.0229	0.0707	0.0229	0.0612	0.0161	0.069	0.0161	0.0412
chr3R	12944724	12945030	chr3R:12944725-12945030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.0829	0.132	0.1067	0.0445	0.1005	0.0947	0.1086	0.0445	0.0815	0.191	0.0815	0.1882	0.0796	0.1741	0.0796	0.1657
chr3R	12948128	12948279	chr3R:12948129-12948279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0115	0.0098	0.0115	0.0134	0.0053	0.0068	0.019	0.0087	0.0053	0.0139	0.0138	0.0139	0.0155	0.0329	0.0161	0.0329	0.0083
chr3R	12950517	12950668	chr3R:12950518-12950668	FBgn0014141	cher	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0097	0.01	0.0098	0.0095	0.0042	0.0092	0.019	0.008	0.0042	0.0187	0.0077	0.0187	0.0085	0.0329	0.0058	0.0329	0.0057
chr3R	12951075	12951226	chr3R:12951076-12951226	FBgn0014141	cher	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0084	0.0087	0.0063	0.0102	0.0021	0.0083	0.016	0.0073	0.0021	0.0169	0.0055	0.0169	0.0015	0.0337	0.0052	0.0337	0.0047
chr3R	12957986	12958137	chr3R:12957987-12958137	FBgn0038482,FBgn0051266	CG31266,CG4053	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0106	0.0201	0.0069	0.004	0.0106	0.0083	0.0446	0.0153	0.0106	0.0072	0.0087	0.0072	0.0093	8e-04	0.0058	8e-04	0.0057
chr3R	12968173	12968324	chr3R:12968174-12968324	FBgn0038487	TwdlW	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0116	0.0127	0.0123	0.0064	0.0097	0.0221	0.01	0.0064	0.0091	0.0174	0.0091	0.0124	0.0084	0.0277	0.0084	0.0094
chr3R	12974815	12974966	chr3R:12974816-12974966	FBgn0038488,FBgn0264291	Det,m-cup	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0608	0.0775	0.0645	0.0445	0.0655	0.0766	0.07	0.0445	0.0906	0.0804	0.0906	0.0837	0.0613	0.0625	0.0613	0.0776
chr3R	12975057	12975230	chr3R:12975058-12975230	FBgn0038488,FBgn0264291	Det,m-cup	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.187	0.1747	0.2143	0.1707	0.14	0.2019	0.1977	0.2152	0.14	0.2488	0.2431	0.2488	0.2068	0.1899	0.1812	0.1899	0.1834
chr3R	12975292	12975474	chr3R:12975293-12975474	FBgn0038488,FBgn0264291	Det,m-cup	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1397	0.1343	0.1651	0.1178	0.0965	0.1694	0.1488	0.1552	0.0965	0.2077	0.1865	0.2077	0.1448	0.134	0.1244	0.134	0.1251
chr3R	12975610	12975761	chr3R:12975611-12975761	FBgn0038488,FBgn0264291	Det,m-cup	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0446	0.0444	0.0563	0.0319	0.0265	0.0549	0.0532	0.0513	0.0265	0.0803	0.0579	0.0803	0.0496	0.0299	0.04	0.0299	0.0354
chr3R	12976252	12976587	chr3R:12976253-12976587	FBgn0038490	CG5285	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0671	0.0697	0.0714	0.0596	0.0308	0.0757	0.0917	0.0953	0.0308	0.0773	0.0878	0.0773	0.0635	0.0528	0.0554	0.0528	0.0683
chr3R	12976626	12976777	chr3R:12976627-12976777	FBgn0038490	CG5285	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0375	0.0368	0.0439	0.0313	0.0127	0.0485	0.0446	0.0466	0.0127	0.0537	0.0495	0.0537	0.0403	0.0291	0.0335	0.0291	0.0375
chr3R	12977125	12977343	chr3R:12977126-12977343	FBgn0038491	CG5292	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0705	0.0583	0.0831	0.0702	0.035	0.0694	0.0662	0.0773	0.035	0.0984	0.0949	0.0984	0.0821	0.0789	0.0703	0.0789	0.0782
chr3R	12977477	12977673	chr3R:12977478-12977673	FBgn0038491	CG5292	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1438	0.118	0.1775	0.1356	0.0721	0.1495	0.1202	0.1612	0.0721	0.1969	0.2019	0.1969	0.189	0.1616	0.147	0.1616	0.1511
chr3R	12984544	12984695	chr3R:12984545-12984695	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0056	0.0056	0.0099	0.0021	0.0049	0.0099	0.006	0.0021	0.0054	0.0071	0.0054	0.0031	0.0023	0.0045	0.0023	0.0031
chr3R	13057516	13057710	chr3R:13057517-13057710	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.057	0.0684	0.0508	0.0445	0.051	0.077	0.068	0.0445	0.09	0.0756	0.09	0.0798	0.0727	0.0561	0.0727	0.0782
chr3R	13063045	13063196	chr3R:13063046-13063196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0109	0.015	0.0085	0.0089	0.0095	0.0107	0.0281	0.0133	0.0095	0.0139	0.0074	0.0139	0.0062	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chr3R	13073106	13073257	chr3R:13073107-13073257	FBgn0038494	beat-IIb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0218	0.0237	0.0259	0.0153	0.0191	0.0243	0.0324	0.0233	0.0191	0.0399	0.0238	0.0399	0.0263	0.0268	0.0052	0.0268	0.0198
chr3R	13073536	13073725	chr3R:13073537-13073725	FBgn0038494	beat-IIb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0519	0.0479	0.0556	0.0522	0.0392	0.0476	0.0657	0.0506	0.0392	0.0936	0.0486	0.0936	0.0658	0.1141	0.0258	0.1141	0.0516
chr3R	13074767	13075007	chr3R:13074768-13075007	distal	distal	none	none	Unspecified_2565	Unspecified_2565	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0431	0.0229	0.0516	0.0564	0.0064	0.0374	0.0242	0.0233	0.0064	0.1256	0.0248	0.1256	0.038	0.1646	0.0232	0.1646	0.0412
chr3R	13075079	13075262	chr3R:13075080-13075262	distal	distal	none	none	Unspecified_2565	Unspecified_2565	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0415	0.0252	0.0492	0.0514	0.0074	0.0413	0.0238	0.0273	0.0074	0.1147	0.027	0.1147	0.0395	0.157	0.0226	0.157	0.0349
chr3R	13108170	13108321	chr3R:13108171-13108321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0091	0.0082	0.0085	0.0095	0.0073	0.0164	0.004	0.0095	0.0133	0.008	0.0133	0.0039	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chr3R	13143932	13144083	chr3R:13143933-13144083	distal	distal	none	none	VT43061.1	VT43061.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0071	0.0069	0.0103	0.0038	0.0021	0.0053	0.013	0.006	0.0021	0.006	0.0087	0.006	0.0023	0.0015	0.0026	0.0015	0.001
chr3R	13169305	13169486	chr3R:13169306-13169486	distal	distal	stage14	stage14	VT43075.1	VT43075.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.023	0.0096	0.0231	0.038	0.0032	0.016	0.0147	0.0027	0.0032	0.0634	0.0148	0.0634	0.0093	0.1508	0.0084	0.1508	0.0146
chr3R	13169809	13170088	chr3R:13169810-13170088	distal	distal	none	none	VT43075.1	VT43075.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0231	0.0102	0.0246	0.0358	0.0053	0.016	0.0112	0.0087	0.0053	0.0713	0.0125	0.0713	0.0132	0.134	0.011	0.134	0.0151
chr3R	13170701	13170852	chr3R:13170702-13170852	distal	distal	none	none	VT43075.1	VT43075.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0096	0.0075	0.0121	0.0093	0.0053	0.0078	0.0117	0.0053	0.0053	0.0332	0.0071	0.0332	0.0054	0.0253	0.0039	0.0253	0.0042
chr3R	13172017	13172235	chr3R:13172018-13172235	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0487	0.0368	0.0652	0.044	0.0106	0.0481	0.045	0.0453	0.0106	0.151	0.0421	0.151	0.0612	0.1103	0.0148	0.1103	0.0208
chr3R	13174514	13174665	chr3R:13174515-13174665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0088	0.0067	0.0062	0.0138	0.0032	0.0068	0.0134	0.0027	0.0032	0.0079	0.0058	0.0079	0.0101	0.0406	0.0064	0.0406	0.0073
chr3R	13174984	13175135	chr3R:13174985-13175135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.01	0.0074	0.0093	0.0136	0.0042	0.0039	0.0143	0.008	0.0042	0.0187	0.0064	0.0187	0.0124	0.0383	0.0129	0.0383	0.0063
chr3R	13177892	13178043	chr3R:13177893-13178043	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0059	0.0056	0.0177	0.0021	0.0063	0.0108	0.0027	0.0021	0.006	0.0051	0.006	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chr3R	13180292	13180443	chr3R:13180293-13180443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0065	0.009	0.0146	0.0021	0.0068	0.0108	0.0047	0.0021	0.0103	0.0084	0.0103	0.0085	0.0107	0.0026	0.0107	0.0036
chr3R	13192070	13192221	chr3R:13192071-13192221	FBgn0038498	beat-IIa	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.013	0.0072	0.0162	0.0106	0.0068	0.0216	0.0147	0.0106	0.0097	0.0058	0.0097	0.0046	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr3R	13203360	13203511	chr3R:13203361-13203511	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0177	0.0146	0.0135	0.0259	0.0053	0.0126	0.0285	0.0087	0.0053	0.0115	0.0161	0.0115	0.0163	0.0061	0.0819	0.0061	0.0177
chr3R	13205575	13205726	chr3R:13205576-13205726	FBgn0262871	lute	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0175	0.0176	0.0135	0.0217	0.0095	0.0184	0.0277	0.0167	0.0095	0.0127	0.0193	0.0127	0.0116	0.0046	0.0683	0.0046	0.0104
chr3R	13210818	13210969	chr3R:13210819-13210969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0218	0.0198	0.022	0.0238	0.0053	0.0204	0.0307	0.022	0.0053	0.0199	0.0296	0.0199	0.0194	0.01	0.06	0.01	0.0188
chr3R	13211174	13211325	chr3R:13211175-13211325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0405	0.0415	0.0435	0.0361	0.0233	0.034	0.0649	0.0506	0.0233	0.0435	0.0547	0.0435	0.0418	0.0383	0.0542	0.0383	0.038
chr3R	13211487	13211670	chr3R:13211488-13211670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1643	0.1512	0.1816	0.1599	0.1156	0.1718	0.1786	0.1872	0.1156	0.215	0.2113	0.215	0.158	0.1876	0.1715	0.1876	0.185
chr3R	13211810	13211985	chr3R:13211811-13211985	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0738	0.0568	0.0885	0.0766	0.0329	0.0694	0.0662	0.0713	0.0329	0.1057	0.1013	0.1057	0.086	0.1049	0.0606	0.1049	0.0891
chr3R	13212073	13212224	chr3R:13212074-13212224	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0236	0.0112	0.0231	0.0379	0.0074	0.015	0.0125	0.0127	0.0074	0.0278	0.0248	0.0278	0.0318	0.0957	0.0239	0.0957	0.0323
chr3R	13212377	13212528	chr3R:13212378-13212528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0255	0.0196	0.0242	0.0334	0.0138	0.0233	0.0242	0.022	0.0138	0.0338	0.0206	0.0338	0.0341	0.0904	0.0213	0.0904	0.0261
chr3R	13216745	13216896	chr3R:13216746-13216896	FBgn0028992,FBgn0038499	Brf,sds22	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0403	0.0462	0.0329	0.0233	0.0417	0.0528	0.052	0.0233	0.0556	0.0582	0.0556	0.0372	0.0345	0.0329	0.0345	0.0417
chr3R	13217005	13217176	chr3R:13217006-13217176	FBgn0028992,FBgn0038499	Brf,sds22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1267	0.11	0.1503	0.1196	0.071	0.1325	0.1142	0.1512	0.071	0.1793	0.1723	0.1793	0.1619	0.1394	0.1309	0.1394	0.1412
chr3R	13217229	13217403	chr3R:13217230-13217403	FBgn0028992,FBgn0038499	Brf,sds22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.121	0.0992	0.1418	0.1227	0.0573	0.1311	0.1008	0.1259	0.0573	0.1685	0.1553	0.1685	0.1665	0.1493	0.1322	0.1493	0.1449
chr3R	13220200	13220478	chr3R:13220201-13220478	FBgn0025456	CREG	stage11,stage5	none	Unspecified_HC_19	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1332	0.224	0.109	0.0582	0.2121	0.1451	0.3253	0.3031	0.2121	0.1135	0.1469	0.1135	0.1123	0.0544	0.0928	0.0544	0.0766
chr3R	13220768	13220946	chr3R:13220769-13220946	FBgn0025456	CREG	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1022	0.1333	0.109	0.06	0.122	0.1117	0.1769	0.1805	0.122	0.1093	0.1505	0.1093	0.0968	0.0528	0.1083	0.0528	0.0808
chr3R	13221059	13221215	chr3R:13221060-13221215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0468	0.0684	0.0467	0.0228	0.0573	0.0495	0.0986	0.0933	0.0573	0.0471	0.0598	0.0471	0.0496	0.0107	0.0335	0.0107	0.0412
chr3R	13225253	13225600	chr3R:13225254-13225600	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0356	0.0294	0.0334	0.045	0.0117	0.0301	0.0467	0.0293	0.0117	0.0223	0.0264	0.0223	0.0922	0.0191	0.0206	0.0191	0.1271
chr3R	13226018	13226169	chr3R:13226019-13226169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0248	0.024	0.023	0.0074	0.0218	0.0394	0.0306	0.0074	0.0211	0.0206	0.0211	0.0488	0.0107	0.0148	0.0107	0.0433
chr3R	13226176	13226538	chr3R:13226177-13226538	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0597	0.072	0.0546	0.0517	0.0403	0.0874	0.0887	0.0866	0.0403	0.0592	0.0518	0.0592	0.086	0.0383	0.0374	0.0383	0.0823
chr3R	13226823	13226974	chr3R:13226824-13226974	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0933	0.1022	0.0957	0.0806	0.0679	0.1102	0.125	0.1266	0.0679	0.1021	0.1035	0.1021	0.1278	0.0942	0.0877	0.0942	0.1032
chr3R	13227037	13227251	chr3R:13227038-13227251	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.1408	0.1594	0.1379	0.1231	0.1474	0.1752	0.1812	0.1959	0.1474	0.157	0.1505	0.157	0.1727	0.1202	0.1289	0.1202	0.1673
chr3R	13227467	13227618	chr3R:13227468-13227618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0303	0.028	0.0259	0.0376	0.0159	0.0252	0.0411	0.0333	0.0159	0.0211	0.0299	0.0211	0.0279	0.0237	0.0342	0.0237	0.0485
chr3R	13227652	13227803	chr3R:13227653-13227803	FBgn0038504	Sur-8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.026	0.0237	0.0284	0.0095	0.0243	0.0363	0.0373	0.0095	0.0205	0.0302	0.0205	0.024	0.0222	0.0335	0.0222	0.0406
chr3R	13227816	13227967	chr3R:13227817-13227967	FBgn0038504	Sur-8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0244	0.0184	0.0217	0.0095	0.0277	0.0368	0.02	0.0095	0.0163	0.0264	0.0163	0.0139	0.0145	0.0232	0.0145	0.0266
chr3R	13228265	13228442	chr3R:13228266-13228442	FBgn0038504	Sur-8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0492	0.05	0.0449	0.0529	0.0255	0.0568	0.0653	0.0526	0.0255	0.0483	0.0431	0.0483	0.0674	0.0544	0.0471	0.0544	0.0698
chr3R	13238054	13238205	chr3R:13238055-13238205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.011	0.0111	0.0098	0.0121	0.0085	0.0087	0.0216	0.0067	0.0085	0.0048	0.0167	0.0048	0.0062	0.0031	0.0413	0.0031	0.0042
chr3R	13251319	13251493	chr3R:13251320-13251493	FBgn0038511	CG5873	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.026	0.011	0.0247	0.0441	0.0064	0.0107	0.0195	0.006	0.0064	0.0097	0.0441	0.0097	0.0225	0	0.1747	0	0.0146
chr3R	13251996	13252147	chr3R:13251997-13252147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0109	0.0075	0.0089	0.0169	0.0053	0.0092	0.0087	0.01	0.0053	0.0048	0.0141	0.0048	0.0077	0.0046	0.0619	0.0046	0.0052
chr3R	13252352	13252503	chr3R:13252353-13252503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0103	0.0083	0.0102	0.0125	0.0095	0.0068	0.0108	0.012	0.0095	0.0103	0.0148	0.0103	0.0046	0.0015	0.0458	0.0015	0.0052
chr3R	13275241	13275432	chr3R:13275242-13275432	FBgn0000564	Eh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0526	0.0707	0.0648	0.0361	0.0495	0.0683	0.0706	0.0361	0.0851	0.0849	0.0851	0.0728	0.0681	0.0677	0.0681	0.0808
chr3R	13331403	13331682	chr3R:13331404-13331682	FBgn0261046	Dscam3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0122	0.0093	0.0299	0.0085	0.0097	0.0208	0.0113	0.0085	0.0085	0.0077	0.0085	0.007	0.0023	0.0058	0.0023	0.0078
chr3R	13332587	13332738	chr3R:13332588-13332738	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0061	0.0067	0.0221	0	0.0034	0.0117	0.0087	0	0.0097	0.0035	0.0097	0.0054	0.0069	0.0032	0.0069	0.0073
chr3R	13355918	13356077	chr3R:13355919-13356077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0435	0.0245	0.0181	0.0403	0.0359	0.0644	0.0433	0.0403	0.0326	0.0248	0.0326	0.0232	0.0084	0.0123	0.0084	0.0276
chr3R	13359757	13359978	chr3R:13359758-13359978	FBgn0038515	CG5823	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.0598	0.0615	0.0465	0.0424	0.066	0.0787	0.0633	0.0424	0.0737	0.0698	0.0737	0.0651	0.0513	0.0522	0.0513	0.061
chr3R	13360021	13360191	chr3R:13360022-13360191	FBgn0038515,FBgn0038516	CG5823,CG5840	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.0995	0.1504	0.1096	0.0668	0.1184	0.1086	0.1392	0.0668	0.1781	0.1727	0.1781	0.1441	0.1172	0.1199	0.1172	0.1365
chr3R	13360253	13360431	chr3R:13360254-13360431	FBgn0038515,FBgn0038516	CG5823,CG5840	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2048	0.1807	0.2431	0.1895	0.1251	0.2218	0.1912	0.2405	0.1251	0.2856	0.2701	0.2856	0.2316	0.1876	0.2031	0.1876	0.2293
chr3R	13360537	13360713	chr3R:13360538-13360713	FBgn0038515,FBgn0038516	CG5823,CG5840	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.104	0.0912	0.1207	0.0998	0.0488	0.1296	0.0891	0.1193	0.0488	0.1371	0.128	0.1371	0.1425	0.0988	0.0961	0.0988	0.1381
chr3R	13361281	13361450	chr3R:13361282-13361450	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0518	0.0328	0.0579	0.0664	0.017	0.0485	0.0324	0.038	0.017	0.0489	0.0408	0.0489	0.1487	0.0421	0.0303	0.0421	0.1662
chr3R	13365610	13365782	chr3R:13365611-13365782	FBgn0010926,FBgn0025571	SF1,l(3)07882	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1547	0.1406	0.1873	0.1347	0.0891	0.1806	0.1319	0.2012	0.0891	0.2373	0.1965	0.2373	0.2006	0.1508	0.1341	0.1508	0.1584
chr3R	13366075	13366250	chr3R:13366076-13366250	FBgn0010926,FBgn0025571	SF1,l(3)07882	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1672	0.1457	0.2034	0.1515	0.087	0.1893	0.1328	0.2039	0.087	0.2603	0.2161	0.2603	0.2053	0.144	0.1483	0.144	0.1949
chr3R	13366337	13366552	chr3R:13366338-13366552	FBgn0025571	SF1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0859	0.0729	0.1104	0.0734	0.0403	0.0922	0.0709	0.1059	0.0403	0.1473	0.1106	0.1473	0.1108	0.072	0.0709	0.072	0.1053
chr3R	13371589	13371753	chr3R:13371590-13371753	FBgn0038519	Prx3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0232	0.0202	0.0261	0.0234	0.0085	0.0214	0.0216	0.0346	0.0085	0.026	0.0257	0.026	0.0411	0.0268	0.0148	0.0268	0.0344
chr3R	13371933	13372084	chr3R:13371934-13372084	FBgn0038519	Prx3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0343	0.0267	0.0349	0.0422	0.018	0.0306	0.0285	0.0366	0.018	0.032	0.0289	0.032	0.0697	0.0574	0.0342	0.0574	0.0604
chr3R	13372153	13372323	chr3R:13372154-13372323	FBgn0038519	Prx3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0495	0.0385	0.0431	0.0688	0.0308	0.0524	0.0411	0.044	0.0308	0.0314	0.0434	0.0314	0.0945	0.0972	0.0613	0.0972	0.0938
chr3R	13372653	13372926	chr3R:13372654-13372926	FBgn0038519	Prx3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0571	0.0325	0.0152	0.0414	0.0544	0.0701	0.0846	0.0414	0.0338	0.0344	0.0338	0.0318	0.013	0.0161	0.013	0.0141
chr3R	13373815	13374228	chr3R:13373816-13374228	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0567	0.0249	0.0106	0.0488	0.0403	0.0835	0.0759	0.0488	0.0248	0.0264	0.0248	0.0163	0.0115	0.0084	0.0115	0.0083
chr3R	13376595	13376932	chr3R:13376596-13376932	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT43180.1	VT43180.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0335	0.0361	0.0307	0.0337	0.0127	0.0485	0.0428	0.0413	0.0127	0.0157	0.018	0.0157	0.0186	0.013	0.0103	0.013	0.0156
chr3R	13377056	13377207	chr3R:13377057-13377207	distal	distal	none	none	VT43180.1	VT43180.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0243	0.0192	0.0163	0.0148	0.0277	0.0255	0.036	0.0148	0.0151	0.0167	0.0151	0.0124	0.0054	0.0019	0.0054	0.0052
chr3R	13377544	13377717	chr3R:13377545-13377717	distal	distal	stage5	stage5	VT43180.1	VT43180.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0228	0.0391	0.0198	0.0078	0.018	0.035	0.0493	0.0626	0.018	0.0127	0.0154	0.0127	0.0093	0.0038	0.0045	0.0038	0.0052
chr3R	13377851	13378002	chr3R:13377852-13378002	distal	distal	none	none	VT43180.1	VT43180.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0191	0.0142	0.0078	0.0106	0.018	0.0229	0.0286	0.0106	0.0085	0.0109	0.0085	0.0093	0.0054	0.0052	0.0054	0.0068
chr3R	13378718	13378869	chr3R:13378719-13378869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0135	0.0143	0.0194	0.0042	0.0112	0.0182	0.0227	0.0042	0.0109	0.0113	0.0109	0.0108	0.0031	0.0039	0.0031	0.0073
chr3R	13379230	13379381	chr3R:13379231-13379381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0097	0.0081	0.0139	0.0021	0.0063	0.013	0.0187	0.0021	0.0072	0.009	0.0072	0.0031	0.0015	0.0039	0.0015	0.0021
chr3R	13382887	13383038	chr3R:13382888-13383038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0157	0.0126	0.0154	0.0196	0.0032	0.0146	0.0125	0.0213	0.0032	0.0193	0.0138	0.0193	0.017	0.0567	0.009	0.0567	0.0104
chr3R	13383264	13383468	chr3R:13383265-13383468	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0672	0.0636	0.0751	0.0627	0.0371	0.0845	0.0523	0.1033	0.0371	0.0864	0.0643	0.0864	0.0697	0.0697	0.0316	0.0697	0.0443
chr3R	13383501	13383652	chr3R:13383502-13383652	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0383	0.032	0.0412	0.0422	0.0148	0.0359	0.0363	0.0473	0.0148	0.0417	0.0293	0.0417	0.038	0.0253	0.0142	0.0253	0.0208
chr3R	13384482	13384793	chr3R:13384483-13384793	FBgn0264005	Hmx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1306	0.1838	0.1292	0.0727	0.1622	0.1908	0.1812	0.2798	0.1622	0.1335	0.0997	0.1335	0.048	0.0237	0.0329	0.0237	0.0328
chr3R	13386328	13386588	chr3R:13386329-13386588	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.036	0.0623	0.0325	0.0103	0.0382	0.0456	0.0766	0.1053	0.0382	0.0332	0.0431	0.0332	0.0186	0.0069	0.0084	0.0069	0.0078
chr3R	13392439	13392822	chr3R:13392440-13392822	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0926	0.0952	0.0756	0.1083	0.071	0.101	0.106	0.1352	0.071	0.0634	0.0553	0.0634	0.0387	0.0513	0.0535	0.0513	0.0641
chr3R	13397831	13398052	chr3R:13397832-13398052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0212	0.033	0.0225	0.0065	0.0233	0.0379	0.0363	0.044	0.0233	0.0103	0.0161	0.0103	0.007	0	0.0032	0	0.0026
chr3R	13398959	13399110	chr3R:13398960-13399110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0172	0.0238	0.0207	0.006	0.0074	0.0262	0.0311	0.0353	0.0074	0.026	0.0186	0.026	0.0046	0.0031	0.0071	0.0031	0.0021
chr3R	13399936	13400087	chr3R:13399937-13400087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.015	0.0128	0.0072	0.0106	0.0146	0.019	0.0213	0.0106	0.0121	0.0087	0.0121	0.0054	0.0061	0	0.0061	0.0083
chr3R	13400151	13400302	chr3R:13400152-13400302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0107	0.013	0.0133	0.0053	0.0053	0.0126	0.019	0.0167	0.0053	0.0145	0.0119	0.0145	0.0046	0.01	0.0019	0.01	0.0021
chr3R	13400905	13401077	chr3R:13400906-13401077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0127	0.0147	0.0194	0.0021	0.0146	0.016	0.0193	0.0021	0.0085	0.0106	0.0085	0.0046	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr3R	13408707	13408896	chr3R:13408708-13408896	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0294	0.0203	0.0336	0.0348	0.0127	0.0214	0.019	0.0366	0.0127	0.0187	0.0199	0.0187	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0125
chr3R	13409480	13409718	chr3R:13409481-13409718	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0552	0.0456	0.0637	0.0567	0.017	0.05	0.0376	0.0953	0.017	0.0332	0.0492	0.0332	0.0124	0.01	0.0142	0.01	0.0115
chr3R	13410137	13410289	chr3R:13410138-13410289	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0166	0.0272	0.0305	0.0053	0.0189	0.0242	0.018	0.0053	0.0163	0.0209	0.0163	0.0116	0.0061	0.0071	0.0061	0.0089
chr3R	13414629	13414849	chr3R:13414630-13414849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0234	0.0221	0.0273	0.0207	0.0085	0.035	0.0251	0.0187	0.0085	0.0483	0.017	0.0483	0.0155	0.0107	0.0103	0.0107	0.0146
chr3R	13419288	13419465	chr3R:13419289-13419465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0259	0.0344	0.0132	0.0117	0.0252	0.0324	0.0346	0.0117	0.0151	0.035	0.0151	0.0054	0.0046	0.0071	0.0046	0.0063
chr3R	13423665	13423816	chr3R:13423666-13423816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0182	0.0192	0.0091	0.0127	0.015	0.0255	0.0266	0.0127	0.0145	0.0199	0.0145	0.0101	0.0031	0.0077	0.0031	0.0052
chr3R	13428818	13428969	chr3R:13428819-13428969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.041	0.0282	0.0132	0.0159	0.0345	0.0225	0.1093	0.0159	0.0272	0.0328	0.0272	0.0101	0.0038	0.0052	0.0038	0.0094
chr3R	13429466	13429649	chr3R:13429467-13429649	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1324	0.1398	0.1424	0.1131	0.1082	0.1854	0.1263	0.1859	0.1082	0.1993	0.1277	0.1993	0.0689	0.0758	0.0522	0.0758	0.1084
chr3R	13429659	13429887	chr3R:13429660-13429887	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1793	0.2097	0.207	0.1149	0.1697	0.2723	0.1817	0.2951	0.1697	0.343	0.1746	0.343	0.0751	0.0551	0.0484	0.0551	0.0745
chr3R	13430275	13430892	chr3R:13430276-13430892	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2933	0.3521	0.3287	0.1888	0.3043	0.4422	0.3123	0.4883	0.3043	0.5072	0.301	0.5072	0.1061	0.0398	0.0864	0.0398	0.0849
chr3R	13431119	13431299	chr3R:13431120-13431299	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1591	0.2016	0.1775	0.0912	0.1856	0.2272	0.2003	0.2858	0.1856	0.2736	0.1672	0.2736	0.0604	0.0191	0.0458	0.0191	0.0453
chr3R	13431485	13431640	chr3R:13431486-13431640	FBgn0038524	sll	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.069	0.0871	0.0711	0.0464	0.0742	0.0879	0.0908	0.1319	0.0742	0.0924	0.0704	0.0924	0.0527	0.0345	0.0309	0.0345	0.0422
chr3R	13431721	13431904	chr3R:13431722-13431904	FBgn0038524	sll	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1343	0.1426	0.1515	0.1063	0.1082	0.1714	0.1548	0.1785	0.1082	0.1709	0.164	0.1709	0.1325	0.108	0.0974	0.108	0.1094
chr3R	13440901	13441108	chr3R:13440902-13441108	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0738	0.0561	0.1028	0.0617	0.0244	0.0879	0.0554	0.0673	0.0244	0.1208	0.1309	0.1208	0.0976	0.0597	0.0903	0.0597	0.0959
chr3R	13442367	13442559	chr3R:13442368-13442559	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1564	0.1316	0.1827	0.1553	0.0923	0.151	0.1497	0.1672	0.0923	0.2234	0.1987	0.2234	0.1766	0.157	0.1818	0.157	0.1855
chr3R	13442924	13443166	chr3R:13442925-13443166	FBgn0012002	tRNA:V3b:90BC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2241	0.1999	0.2659	0.2054	0.1559	0.2461	0.2067	0.2578	0.1559	0.3448	0.272	0.3448	0.2649	0.2358	0.2057	0.2358	0.2335
chr3R	13443374	13443578	chr3R:13443375-13443578	FBgn0011944,FBgn0012002	tRNA:P:90Ca,tRNA:V3b:90BC	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2136	0.2168	0.2513	0.1686	0.1951	0.2573	0.2279	0.2705	0.1951	0.3309	0.2759	0.3309	0.2223	0.2144	0.1605	0.2144	0.197
chr3R	13443783	13443972	chr3R:13443784-13443972	FBgn0011944,FBgn0012002	tRNA:P:90Ca,tRNA:V3b:90BC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1941	0.1977	0.2235	0.1579	0.1845	0.2189	0.2215	0.2432	0.1845	0.279	0.2444	0.279	0.2099	0.183	0.1612	0.183	0.2064
chr3R	13445554	13445790	chr3R:13445555-13445790	FBgn0011840,FBgn0011945,FBgn0051570	tRNA:A:90C,tRNA:CR31570,tRNA:P:90Cb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1807	0.1952	0.1968	0.1468	0.175	0.2214	0.2171	0.2418	0.175	0.2572	0.2029	0.2572	0.2122	0.1807	0.1373	0.1807	0.1954
chr3R	13445833	13445984	chr3R:13445834-13445984	FBgn0011840,FBgn0011945,FBgn0051570	tRNA:A:90C,tRNA:CR31570,tRNA:P:90Cb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.1269	0.1371	0.1003	0.1113	0.1335	0.1488	0.1632	0.1113	0.1757	0.1479	0.1757	0.1356	0.1179	0.0961	0.1179	0.1271
chr3R	13448222	13448382	chr3R:13448223-13448382	FBgn0038529,FBgn0053534	CG14323,tRNA:CR33534	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0706	0.0914	0.0703	0.0478	0.0615	0.0898	0.1224	0.1133	0.0615	0.0972	0.0762	0.0972	0.0751	0.0727	0.0464	0.0727	0.0667
chr3R	13450269	13450659	chr3R:13450270-13450659	FBgn0011993,FBgn0011994,FBgn0038530	AttD,tRNA:T:90Ca,tRNA:T:90Cb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1835	0.2134	0.199	0.1331	0.1972	0.2311	0.2396	0.2732	0.1972	0.2609	0.2061	0.2609	0.2355	0.219	0.1238	0.219	0.198
chr3R	13454761	13454924	chr3R:13454762-13454924	FBgn0051591	tRNA:V4:90C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0485	0.0226	0.0181	0.0403	0.0388	0.0657	0.0673	0.0403	0.026	0.0232	0.026	0.0271	0.026	0.0239	0.026	0.0198
chr3R	13456754	13456922	chr3R:13456755-13456922	FBgn0051569,FBgn0051573	tRNA:CR31569,tRNA:CR31573	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.0304	0.0394	0.0284	0.0226	0.0424	0.0325	0.0558	0.044	0.0424	0.0254	0.0367	0.0254	0.0318	0.0207	0.0426	0.0207	0.024
chr3R	13457267	13457564	chr3R:13457268-13457564	FBgn0051569,FBgn0051573	tRNA:CR31569,tRNA:CR31573	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0416	0.0636	0.0321	0.0276	0.0615	0.05	0.0813	0.0893	0.0615	0.0356	0.0322	0.0356	0.0302	0.0245	0.0516	0.0245	0.0276
chr3R	13460163	13460314	chr3R:13460164-13460314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0172	0.0091	0.0111	0.0095	0.0097	0.0272	0.0227	0.0095	0.0079	0.0122	0.0079	0.0046	0.0015	0.0058	0.0015	0.0026
chr3R	13470995	13471212	chr3R:13470996-13471212	FBgn0051568,FBgn0051578	tRNA:CR31568,tRNA:CR31578	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0752	0.1058	0.0641	0.0531	0.1188	0.1005	0.1371	0.1133	0.1188	0.0761	0.0624	0.0761	0.0868	0.0766	0.0387	0.0766	0.0891
chr3R	13471252	13471448	chr3R:13471253-13471448	FBgn0051568,FBgn0051578	tRNA:CR31568,tRNA:CR31578	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.1005	0.1403	0.0883	0.0695	0.1442	0.1272	0.1786	0.1686	0.1442	0.1033	0.09	0.1033	0.1193	0.1003	0.0645	0.1003	0.1115
chr3R	13471588	13471866	chr3R:13471589-13471866	FBgn0051568,FBgn0051578,FBgn0051579	tRNA:CR31568,tRNA:CR31578,tRNA:CR31579	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0611	0.0829	0.0562	0.0422	0.0594	0.0748	0.1103	0.1099	0.0594	0.0537	0.0685	0.0537	0.0573	0.049	0.0645	0.049	0.0563
chr3R	13472020	13472198	chr3R:13472021-13472198	FBgn0051579,FBgn0051580	tRNA:CR31579,tRNA:CR31580	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1141	0.1635	0.1058	0.068	0.1697	0.1772	0.1769	0.1919	0.1697	0.1516	0.1006	0.1516	0.117	0.0942	0.0761	0.0942	0.1068
chr3R	13472359	13472560	chr3R:13472360-13472560	FBgn0051579,FBgn0051580	tRNA:CR31579,tRNA:CR31580	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1604	0.2111	0.1626	0.1014	0.211	0.2218	0.2426	0.2565	0.211	0.2373	0.163	0.2373	0.1658	0.1662	0.0986	0.1662	0.1516
chr3R	13472712	13473004	chr3R:13472713-13473004	FBgn0038532,FBgn0051580	CG14322,tRNA:CR31580	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.08	0.1061	0.0868	0.0434	0.0859	0.1053	0.1332	0.1366	0.0859	0.1214	0.09	0.1214	0.0922	0.0505	0.0471	0.0505	0.0646
chr3R	13473243	13473426	chr3R:13473244-13473426	FBgn0038532	CG14322	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.124	0.136	0.1368	0.0965	0.0976	0.1558	0.1583	0.1666	0.0976	0.1793	0.1514	0.1793	0.141	0.1087	0.1019	0.1087	0.1245
chr3R	13473489	13473697	chr3R:13473490-13473697	FBgn0038532	CG14322	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.0672	0.0675	0.0377	0.0339	0.0704	0.0843	0.0906	0.0339	0.0845	0.0746	0.0845	0.0682	0.0398	0.0368	0.0398	0.0443
chr3R	13478893	13479067	chr3R:13478894-13479067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.039	0.0608	0.0401	0.0135	0.0339	0.0558	0.0982	0.06	0.0339	0.0537	0.0399	0.0537	0.0225	0.0107	0.0123	0.0107	0.0125
chr3R	13479386	13479802	chr3R:13479387-13479802	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0995	0.1218	0.1123	0.0604	0.0753	0.1345	0.1475	0.1579	0.0753	0.1793	0.0846	0.1793	0.0333	0.0322	0.0219	0.0322	0.0323
chr3R	13479857	13480083	chr3R:13479858-13480083	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0501	0.058	0.0603	0.0302	0.0414	0.0519	0.0748	0.0853	0.0414	0.0948	0.0312	0.0948	0.0139	0.0138	0.0135	0.0138	0.0162
chr3R	13480897	13481090	chr3R:13480898-13481090	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.055	0.043	0.0302	0.0414	0.0544	0.0744	0.0633	0.0414	0.0592	0.036	0.0592	0.048	0.0391	0.0193	0.0391	0.0412
chr3R	13484060	13484349	chr3R:13484061-13484349	FBgn0051575	tRNA:CR31575	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0353	0.046	0.0302	0.0291	0.0414	0.0369	0.074	0.0466	0.0414	0.0272	0.0354	0.0272	0.0341	0.0115	0.0625	0.0115	0.0219
chr3R	13491796	13492033	chr3R:13491797-13492033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.1656	0.116	0.0847	0.1336	0.165	0.1907	0.2325	0.1336	0.1914	0.1035	0.1914	0.0418	0.1103	0.0503	0.1103	0.0375
chr3R	13492178	13492523	chr3R:13492179-13492523	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1368	0.1898	0.1193	0.0969	0.1506	0.1893	0.2158	0.2732	0.1506	0.1612	0.1283	0.1612	0.0488	0.0888	0.0664	0.0888	0.0344
chr3R	13492653	13492804	chr3R:13492654-13492804	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0441	0.0604	0.042	0.028	0.0297	0.0641	0.0727	0.0866	0.0297	0.0616	0.0392	0.0616	0.0248	0.0352	0.0135	0.0352	0.0146
chr3R	13493596	13493747	chr3R:13493597-13493747	FBgn0051576	tRNA:CR31576	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0306	0.037	0.0247	0.0299	0.018	0.0417	0.0558	0.0386	0.018	0.0229	0.0318	0.0229	0.0294	0.1011	0.0187	0.1011	0.0182
chr3R	13493800	13493993	chr3R:13493801-13493993	FBgn0051576	tRNA:CR31576	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0535	0.0789	0.0421	0.0377	0.071	0.0748	0.1116	0.0866	0.071	0.0344	0.0511	0.0344	0.0565	0.0858	0.0322	0.0858	0.0334
chr3R	13496287	13496470	chr3R:13496288-13496470	FBgn0038533	CG7523	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0747	0.1133	0.0872	0.0477	0.0932	0.0779	0.1066	0.0477	0.1335	0.1164	0.1335	0.1325	0.0965	0.0819	0.0965	0.1089
chr3R	13496530	13496712	chr3R:13496531-13496712	FBgn0000063,FBgn0038533	CG7523,ald	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1492	0.1215	0.176	0.1508	0.088	0.1495	0.1289	0.1592	0.088	0.2361	0.181	0.2361	0.1673	0.1845	0.1406	0.1845	0.1803
chr3R	13496903	13497066	chr3R:13496904-13497066	FBgn0000063,FBgn0038533	CG7523,ald	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1006	0.08	0.1239	0.098	0.052	0.0922	0.0995	0.0939	0.052	0.16	0.1315	0.16	0.1201	0.1087	0.0967	0.1087	0.1225
chr3R	13497129	13497314	chr3R:13497130-13497314	FBgn0000063	ald	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0549	0.0422	0.074	0.048	0.0127	0.0544	0.0523	0.0533	0.0127	0.0888	0.0826	0.0888	0.0627	0.0429	0.0387	0.0429	0.0714
chr3R	13500915	13501066	chr3R:13500916-13501066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0341	0.0386	0.0159	0.0201	0.033	0.0484	0.042	0.0201	0.0302	0.0444	0.0302	0.0434	0.0145	0.0135	0.0145	0.0245
chr3R	13504321	13504472	chr3R:13504322-13504472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.027	0.0291	0.0384	0.0117	0.0257	0.0381	0.0393	0.0117	0.0217	0.0309	0.0217	0.055	0.0191	0.0168	0.0191	0.1006
chr3R	13506092	13506266	chr3R:13506093-13506266	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0532	0.0355	0.0506	0.0758	0.0138	0.0505	0.0389	0.0433	0.0138	0.0429	0.0614	0.0429	0.0658	0.0536	0.1012	0.0536	0.1073
chr3R	13506455	13506632	chr3R:13506456-13506632	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1002	0.0732	0.1113	0.1184	0.0233	0.116	0.0649	0.0993	0.0233	0.1576	0.1132	0.1576	0.11	0.1669	0.1354	0.1669	0.1344
chr3R	13506897	13507305	chr3R:13506898-13507305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1387	0.1184	0.1499	0.149	0.0647	0.1568	0.1211	0.1592	0.0647	0.2349	0.1553	0.2349	0.1425	0.2642	0.1476	0.2642	0.1772
chr3R	13507392	13507586	chr3R:13507393-13507586	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1272	0.1341	0.1392	0.1064	0.1082	0.1466	0.1579	0.1706	0.1082	0.1612	0.1608	0.1612	0.1619	0.1026	0.1225	0.1026	0.1631
chr3R	13507718	13507881	chr3R:13507719-13507881	FBgn0038535	alt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.1193	0.1326	0.0985	0.0774	0.135	0.1384	0.1572	0.0774	0.1582	0.1441	0.1582	0.1309	0.1103	0.0993	0.1103	0.1251
chr3R	13507946	13508097	chr3R:13507947-13508097	FBgn0038535,FBgn0038536	CG7655,alt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1511	0.1478	0.1746	0.1291	0.1039	0.1728	0.1778	0.1785	0.1039	0.212	0.1984	0.212	0.1681	0.134	0.156	0.134	0.1595
chr3R	13508191	13508410	chr3R:13508192-13508410	FBgn0038535,FBgn0038536	CG7655,alt	stage11,stage14,stage5	none	VT43253.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2383	0.2245	0.2788	0.2094	0.158	0.2568	0.2716	0.2745	0.158	0.3466	0.2936	0.3466	0.2812	0.2305	0.2282	0.2305	0.2428
chr3R	13508608	13508912	chr3R:13508609-13508912	FBgn0038535,FBgn0038536	CG7655,alt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1044	0.1	0.1175	0.0951	0.0467	0.1199	0.1211	0.1246	0.0467	0.16	0.119	0.16	0.1077	0.1646	0.0845	0.1646	0.0954
chr3R	13510737	13510925	chr3R:13510738-13510925	FBgn0051251,FBgn0051360	CG31251,CG31360	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0824	0.1108	0.0851	0.0361	0.099	0.0904	0.1219	0.0361	0.1341	0.1215	0.1341	0.1208	0.0881	0.0864	0.0881	0.0974
chr3R	13512463	13512653	chr3R:13512464-13512653	FBgn0051249	CG31249	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.064	0.0592	0.085	0.0464	0.0297	0.0714	0.0718	0.0733	0.0297	0.1081	0.0865	0.1081	0.0821	0.0605	0.0445	0.0605	0.0474
chr3R	13512712	13512897	chr3R:13512713-13512897	FBgn0051249	CG31249	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1092	0.1068	0.1202	0.0998	0.0668	0.1204	0.1241	0.1426	0.0668	0.1455	0.1309	0.1455	0.1108	0.1095	0.1019	0.1095	0.1126
chr3R	13514646	13514809	chr3R:13514647-13514809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0537	0.0336	0.0221	0.0403	0.0481	0.0787	0.06	0.0403	0.0356	0.0373	0.0356	0.031	0.0222	0.0226	0.0222	0.0234
chr3R	13515541	13515692	chr3R:13515542-13515692	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0253	0.0391	0.0228	0.0125	0.0265	0.0325	0.0692	0.034	0.0265	0.0242	0.0267	0.0242	0.0147	0.0145	0.0097	0.0145	0.0151
chr3R	13519740	13519891	chr3R:13519741-13519891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0368	0.0336	0.0142	0.0255	0.0272	0.0575	0.0446	0.0255	0.0423	0.035	0.0423	0.0294	0.0199	0.0123	0.0199	0.0156
chr3R	13526015	13526209	chr3R:13526016-13526209	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0835	0.0325	0.0669	0.1588	0.0223	0.0403	0.0441	0.0266	0.0223	0.0537	0.065	0.0537	0.1317	0.1669	0.176	0.1669	0.211
chr3R	13526475	13526864	chr3R:13526476-13526864	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1979	0.0895	0.1975	0.3195	0.0551	0.1432	0.0943	0.0813	0.0551	0.1335	0.2148	0.1335	0.3354	0.242	0.3475	0.242	0.3992
chr3R	13527185	13527344	chr3R:13527186-13527344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0523	0.0333	0.0495	0.0766	0.017	0.0427	0.0458	0.032	0.017	0.0308	0.0508	0.0308	0.079	0.0505	0.0793	0.0505	0.0849
chr3R	13527967	13528222	chr3R:13527968-13528222	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.0606	0.0727	0.0721	0.0345	0.0732	0.0733	0.1038	0.0606	0.0732	0.0574	0.0904	0.0574	0.0643	0.0283	0.0567	0.0283	0.0292
chr3R	13528548	13528802	chr3R:13528549-13528802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0561	0.0474	0.0692	0.0515	0.0318	0.0505	0.0606	0.058	0.0318	0.0694	0.0666	0.0694	0.0612	0.0429	0.0413	0.0429	0.0558
chr3R	13529497	13529648	chr3R:13529498-13529648	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0567	0.0416	0.0627	0.067	0.0276	0.0447	0.0571	0.0446	0.0276	0.0362	0.0887	0.0362	0.0589	0.0237	0.1425	0.0237	0.0516
chr3R	13529730	13529927	chr3R:13529731-13529927	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0815	0.054	0.0949	0.0976	0.0318	0.0631	0.0636	0.0673	0.0318	0.0592	0.1473	0.0592	0.0596	0.0467	0.2005	0.0467	0.0771
chr3R	13531605	13531902	chr3R:13531606-13531902	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0816	0.067	0.1038	0.0735	0.0414	0.083	0.0809	0.0799	0.0414	0.1165	0.1479	0.1165	0.0565	0.134	0.0935	0.134	0.0344
chr3R	13532679	13532991	chr3R:13532680-13532991	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0998	0.0895	0.1123	0.0978	0.0541	0.0961	0.1414	0.0746	0.0541	0.087	0.1498	0.087	0.1061	0.108	0.1425	0.108	0.0834
chr3R	13532998	13533149	chr3R:13532999-13533149	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0499	0.0584	0.0493	0.035	0.049	0.077	0.0493	0.035	0.0447	0.0701	0.0447	0.0658	0.0444	0.0542	0.0444	0.0584
chr3R	13533831	13533982	chr3R:13533832-13533982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0434	0.0769	0.0379	0.012	0.0668	0.0505	0.1466	0.0593	0.0668	0.029	0.0489	0.029	0.0225	0.0084	0.0142	0.0084	0.0068
chr3R	13534420	13534571	chr3R:13534421-13534571	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0478	0.0496	0.0619	0.0302	0.0424	0.0476	0.0718	0.052	0.0424	0.0556	0.064	0.0556	0.0294	0.0168	0.0213	0.0168	0.013
chr3R	13535828	13536064	chr3R:13535829-13536064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.0581	0.1265	0.0771	0.0361	0.0631	0.0675	0.0766	0.0361	0.1014	0.1878	0.1014	0.0534	0.0842	0.1038	0.0842	0.0302
chr3R	13536574	13536799	chr3R:13536575-13536799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2008	0.1896	0.2598	0.1486	0.1485	0.2063	0.199	0.2798	0.1485	0.2234	0.3579	0.2234	0.0953	0.1057	0.1934	0.1057	0.0537
chr3R	13536857	13537062	chr3R:13536858-13537062	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1967	0.2011	0.2373	0.1472	0.1792	0.2228	0.2111	0.2758	0.1792	0.1618	0.3354	0.1618	0.0953	0.0559	0.2005	0.0559	0.0651
chr3R	13537164	13537400	chr3R:13537165-13537400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1496	0.1533	0.1825	0.1093	0.1357	0.15	0.1782	0.2105	0.1357	0.0954	0.2428	0.0954	0.0527	0.0245	0.0864	0.0245	0.0354
chr3R	13538588	13538876	chr3R:13538589-13538876	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.158	0.1003	0.2352	0.1377	0.0488	0.1471	0.0965	0.1306	0.0488	0.2778	0.2865	0.2778	0.189	0.1401	0.1779	0.1401	0.1751
chr3R	13540711	13540887	chr3R:13540712-13540887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0678	0.0436	0.0645	0.0985	0.0159	0.0568	0.0575	0.0473	0.0159	0.0767	0.0566	0.0767	0.1092	0.1118	0.0683	0.1118	0.1761
chr3R	13542904	13543094	chr3R:13542905-13543094	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.277	0.2566	0.3225	0.25	0.211	0.3092	0.2785	0.3185	0.211	0.3895	0.3395	0.3895	0.3044	0.2642	0.2605	0.2642	0.2814
chr3R	13543358	13543646	chr3R:13543359-13543646	FBgn0261885	osa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1679	0.156	0.2016	0.1441	0.1209	0.168	0.1851	0.2099	0.1209	0.2838	0.2138	0.2838	0.1828	0.1577	0.1489	0.1577	0.1704
chr3R	13543657	13543859	chr3R:13543658-13543859	FBgn0261885	osa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1727	0.1533	0.2049	0.1589	0.1273	0.1772	0.1817	0.1779	0.1273	0.285	0.2209	0.285	0.1766	0.1853	0.1522	0.1853	0.1819
chr3R	13543909	13544143	chr3R:13543910-13544143	FBgn0261885	osa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1856	0.1695	0.2227	0.1629	0.1283	0.1942	0.2106	0.1959	0.1283	0.2597	0.2611	0.2597	0.1998	0.1539	0.1612	0.1539	0.2001
chr3R	13544237	13544432	chr3R:13544238-13544432	FBgn0261885	osa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1129	0.091	0.1477	0.0993	0.0626	0.1078	0.1138	0.1026	0.0626	0.1655	0.1717	0.1655	0.1317	0.0796	0.1219	0.0796	0.1146
chr3R	13544598	13544768	chr3R:13544599-13544768	FBgn0261987	Pxt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0973	0.0733	0.1203	0.0989	0.0541	0.0854	0.0895	0.0839	0.0541	0.1244	0.1434	0.1244	0.1185	0.0697	0.1122	0.0697	0.1214
chr3R	13545041	13545211	chr3R:13545042-13545211	FBgn0261987	Pxt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1024	0.0957	0.1081	0.1035	0.0615	0.0942	0.1237	0.1279	0.0615	0.099	0.1344	0.099	0.1069	0.0689	0.1141	0.0689	0.1397
chr3R	13551571	13551722	chr3R:13551572-13551722	FBgn0016650	Lgr1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0166	0.0238	0.0157	0.0095	0.0117	0.0073	0.0493	0.0273	0.0117	0.0085	0.0238	0.0085	0.0178	0.013	0.0129	0.013	0.0078
chr3R	13551846	13551997	chr3R:13551847-13551997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0115	0.0199	0.0098	0.0039	0.0148	0.0102	0.0398	0.0207	0.0148	0.0079	0.0135	0.0079	0.0132	0.0061	0.0045	0.0061	0.0036
chr3R	13552027	13552178	chr3R:13552028-13552178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0138	0.0233	0.0107	0.0067	0.017	0.0092	0.0441	0.0286	0.017	0.0085	0.0148	0.0085	0.0124	0.01	0.0103	0.01	0.0063
chr3R	13557139	13557290	chr3R:13557140-13557290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0112	0.0166	0.0114	0.0049	0.0074	0.0078	0.0372	0.012	0.0074	0.0085	0.0164	0.0085	0.0093	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chr3R	13557358	13557509	chr3R:13557359-13557509	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0147	0.0208	0.0154	0.0072	0.0095	0.0112	0.0433	0.0167	0.0095	0.0145	0.0177	0.0145	0.0124	0.0092	0.0039	0.0092	0.0063
chr3R	13558494	13558686	chr3R:13558495-13558686	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0301	0.0441	0.0287	0.016	0.0265	0.034	0.0679	0.0513	0.0265	0.0386	0.0286	0.0386	0.0139	0.0115	0.0129	0.0115	0.0135
chr3R	13558753	13558904	chr3R:13558754-13558904	FBgn0038540	CG14321	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0314	0.0277	0.0148	0.0148	0.0272	0.048	0.0373	0.0148	0.038	0.0309	0.038	0.0155	0.0191	0.0142	0.0191	0.0141
chr3R	13559171	13559386	chr3R:13559172-13559386	FBgn0038540	CG14321	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0865	0.0876	0.1076	0.062	0.0562	0.0956	0.1073	0.1086	0.0562	0.151	0.1164	0.151	0.0728	0.0628	0.0464	0.0628	0.0558
chr3R	13559559	13559851	chr3R:13559560-13559851	FBgn0038540	CG14321	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0386	0.0411	0.0452	0.0285	0.0233	0.0432	0.0567	0.0526	0.0233	0.061	0.0476	0.061	0.0364	0.0207	0.0219	0.0207	0.0219
chr3R	13568205	13568356	chr3R:13568206-13568356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0236	0.0295	0.0258	0.0146	0.0127	0.0277	0.0515	0.0273	0.0127	0.0308	0.0277	0.0308	0.0217	0.023	0.0135	0.023	0.0162
chr3R	13584846	13584997	chr3R:13584847-13584997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0148	0.015	0.011	0.0085	0.016	0.0221	0.0147	0.0085	0.0181	0.0141	0.0181	0.024	0.0069	0.0052	0.0069	0.0224
chr3R	13585642	13585799	chr3R:13585643-13585799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.0101	0.0102	0.0099	0.0064	0.0092	0.0151	0.012	0.0064	0.0085	0.0077	0.0085	0.0302	0.0061	0.0039	0.0061	0.0245
chr3R	13601148	13601433	chr3R:13601149-13601433	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0378	0.0567	0.0208	0.0352	0.0339	0.0277	0.1215	0.0413	0.0339	0.0223	0.0203	0.0223	0.0201	0.0207	0.009	0.0207	0.0125
chr3R	13601975	13602260	chr3R:13601976-13602260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0422	0.0273	0.0241	0.0788	0.0148	0.018	0.0541	0.024	0.0148	0.0296	0.0148	0.0296	0.0279	0.0559	0.0174	0.0559	0.0542
chr3R	13602279	13602524	chr3R:13602280-13602524	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0343	0.0223	0.0232	0.0599	0.0095	0.0117	0.0467	0.0227	0.0095	0.029	0.0177	0.029	0.031	0.0498	0.0219	0.0498	0.0469
chr3R	13602804	13603091	chr3R:13602805-13603091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0567	0.0349	0.0431	0.0959	0.0159	0.0272	0.0657	0.0293	0.0159	0.0694	0.035	0.0694	0.0465	0.1685	0.0297	0.1685	0.0677
chr3R	13606953	13607104	chr3R:13606954-13607104	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0149	0.0147	0.0084	0.0221	0.0042	0.0092	0.0294	0.0153	0.0042	0.0127	0.0071	0.0127	0.0093	0.0926	0.0039	0.0926	0.012
chr3R	13607418	13607569	chr3R:13607419-13607569	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.0138	0.0124	0.0223	0.0042	0.0102	0.0242	0.0173	0.0042	0.0181	0.0103	0.0181	0.0132	0.0812	0.0077	0.0812	0.0125
chr3R	13608903	13609054	chr3R:13608904-13609054	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0079	0.0091	0.0196	0.0011	0.0068	0.0138	0.0093	0.0011	0.0133	0.0093	0.0133	0.0093	0.0796	0.0045	0.0796	0.0052
chr3R	13611636	13611787	chr3R:13611637-13611787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0138	0.01	0.0115	0.0206	0.0064	0.0102	0.0151	0.01	0.0064	0.0133	0.0145	0.0133	0.0116	0.072	0.009	0.072	0.0115
chr3R	13611895	13612046	chr3R:13611896-13612046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0126	0.0126	0.0093	0.0163	0.0032	0.017	0.0195	0.008	0.0032	0.0133	0.0103	0.0133	0.007	0.0544	0.009	0.0544	0.0068
chr3R	13619774	13619925	chr3R:13619775-13619925	FBgn0262562	CG43102	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0466	0.0391	0.0251	0.0265	0.0451	0.0623	0.0633	0.0265	0.0368	0.0514	0.0368	0.038	0.0199	0.0348	0.0199	0.038
chr3R	13620176	13620370	chr3R:13620177-13620370	FBgn0038545,FBgn0262562	CG43102,CG7713	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1168	0.1243	0.1266	0.0978	0.0901	0.1413	0.1375	0.1612	0.0901	0.1516	0.1518	0.1516	0.1348	0.0972	0.1393	0.0972	0.1516
chr3R	13620510	13620682	chr3R:13620511-13620682	FBgn0038545,FBgn0262562	CG43102,CG7713	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.049	0.0703	0.061	0.0445	0.0485	0.0601	0.0633	0.0445	0.0906	0.0759	0.0906	0.0728	0.0681	0.0703	0.0681	0.075
chr3R	13620723	13620902	chr3R:13620724-13620902	FBgn0038545,FBgn0262562	CG43102,CG7713	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0791	0.1115	0.0841	0.0636	0.0917	0.0947	0.0933	0.0636	0.1407	0.1228	0.1407	0.1061	0.0949	0.0948	0.0949	0.1105
chr3R	13620967	13621582	chr3R:13620968-13621582	FBgn0038545	CG7713	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1534	0.1696	0.1827	0.103	0.1166	0.1947	0.2063	0.2065	0.1166	0.2095	0.2064	0.2095	0.1642	0.1011	0.1096	0.1011	0.1376
chr3R	13621668	13622087	chr3R:13621669-13622087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0865	0.1017	0.1034	0.0511	0.0615	0.115	0.1259	0.1266	0.0615	0.1147	0.1225	0.1147	0.0759	0.0505	0.049	0.0505	0.0646
chr3R	13623969	13624142	chr3R:13623970-13624142	FBgn0038546	CG7379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1775	0.1635	0.2043	0.1638	0.1166	0.1942	0.192	0.1959	0.1166	0.2579	0.2125	0.2579	0.2006	0.1776	0.158	0.1776	0.1902
chr3R	13624266	13624430	chr3R:13624267-13624430	FBgn0038546	CG7379	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1129	0.0993	0.1319	0.1074	0.0732	0.1126	0.1112	0.1339	0.0732	0.1691	0.1383	0.1691	0.1232	0.1072	0.1032	0.1072	0.1329
chr3R	13627026	13627177	chr3R:13627027-13627177	FBgn0038547	CG17803	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0223	0.0201	0.0203	0.0269	0.0032	0.0184	0.0277	0.0353	0.0032	0.0151	0.0193	0.0151	0.0201	0.0092	0.0103	0.0092	0.0073
chr3R	13628908	13629075	chr3R:13628909-13629075	FBgn0038548	CG17806	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0602	0.0378	0.0742	0.0699	0.017	0.0495	0.0398	0.054	0.017	0.1014	0.0762	0.1014	0.0922	0.0888	0.0696	0.0888	0.1021
chr3R	13629151	13629339	chr3R:13629152-13629339	FBgn0038548	CG17806	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0324	0.0603	0.0575	0.0138	0.0374	0.0389	0.0453	0.0138	0.0839	0.0621	0.0839	0.0666	0.0827	0.0529	0.0827	0.0849
chr3R	13630897	13631091	chr3R:13630898-13631091	FBgn0038549	CG17802	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.1002	0.1416	0.1014	0.053	0.1286	0.106	0.1326	0.053	0.1685	0.1592	0.1685	0.1263	0.1095	0.098	0.1095	0.1188
chr3R	13634879	13635065	chr3R:13634880-13635065	FBgn0038551	CG7357	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.133	0.1378	0.0927	0.0785	0.1437	0.1691	0.1626	0.0785	0.1522	0.1569	0.1522	0.1433	0.0888	0.0974	0.0888	0.1167
chr3R	13636519	13636670	chr3R:13636520-13636670	FBgn0038552	CG18012	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.0719	0.076	0.0455	0.0435	0.0709	0.1034	0.0859	0.0435	0.099	0.0785	0.099	0.0744	0.0398	0.0438	0.0398	0.0604
chr3R	13636776	13636959	chr3R:13636777-13636959	FBgn0038552,FBgn0261649	CG18012,tinc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2089	0.2157	0.2291	0.1791	0.1888	0.2335	0.2543	0.2698	0.1888	0.285	0.2421	0.285	0.2316	0.1983	0.1857	0.1983	0.2038
chr3R	13637138	13637346	chr3R:13637139-13637346	FBgn0038552,FBgn0261649	CG18012,tinc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2558	0.2679	0.2692	0.2275	0.2757	0.2854	0.3088	0.3171	0.2757	0.3122	0.3	0.3122	0.2703	0.2282	0.2192	0.2282	0.2652
chr3R	13637548	13637744	chr3R:13637549-13637744	FBgn0261649	tinc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0798	0.0748	0.0832	0.0816	0.0488	0.0748	0.1008	0.0879	0.0488	0.0888	0.0936	0.0888	0.0767	0.0658	0.0535	0.0658	0.0719
chr3R	13638272	13638444	chr3R:13638273-13638444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0345	0.0287	0.0264	0.05	0.0148	0.0204	0.0476	0.0326	0.0148	0.0229	0.0215	0.0229	0.0147	0.0123	0.009	0.0123	0.0151
chr3R	13639749	13639915	chr3R:13639750-13639915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0522	0.0543	0.057	0.0446	0.0361	0.0549	0.0856	0.0433	0.0361	0.0797	0.0566	0.0797	0.0798	0.0972	0.0329	0.0972	0.0459
chr3R	13640232	13640614	chr3R:13640233-13640614	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.073	0.0698	0.0888	0.0593	0.035	0.0927	0.0913	0.0673	0.035	0.1341	0.0968	0.1341	0.1069	0.0942	0.0516	0.0942	0.0735
chr3R	13642217	13642376	chr3R:13642218-13642376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0259	0.048	0.018	0.0097	0.0286	0.0466	0.0584	0.072	0.0286	0.0151	0.0254	0.0151	0.0147	0.0077	0.0084	0.0077	0.0052
chr3R	13644226	13644377	chr3R:13644227-13644377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0124	0.0169	0.0079	0.0123	0.0127	0.0107	0.0311	0.0167	0.0127	0.006	0.0093	0.006	0.0085	0.0084	0.0032	0.0084	0.0078
chr3R	13650384	13650566	chr3R:13650385-13650566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0332	0.0128	0.0241	0.0212	0.0194	0.0554	0.0413	0.0212	0.0079	0.0138	0.0079	0.0062	0.0061	0.0058	0.0061	0.0214
chr3R	13651422	13651614	chr3R:13651423-13651614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0503	0.1012	0.0378	0.0072	0.0689	0.0437	0.1756	0.1352	0.0689	0.0169	0.0759	0.0169	0.0139	0.0023	0.0116	0.0023	0.0078
chr3R	13651937	13652215	chr3R:13651938-13652215	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1191	0.2798	0.0529	0.0123	0.3054	0.1442	0.4234	0.3771	0.3054	0.0199	0.1035	0.0199	0.0217	0.0054	0.009	0.0054	0.0083
chr3R	13652845	13653074	chr3R:13652846-13653074	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0365	0.0401	0.0247	0.0453	0.0318	0.0228	0.0714	0.0413	0.0318	0.0109	0.0257	0.0109	0.0411	0.0191	0.009	0.0191	0.0459
chr3R	13654575	13654728	chr3R:13654576-13654728	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0335	0.0272	0.0246	0.0212	0.0238	0.0562	0.038	0.0212	0.0127	0.0199	0.0127	0.0852	0.0077	0.009	0.0077	0.0568
chr3R	13655788	13655939	chr3R:13655789-13655939	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0197	0.0242	0.0142	0.0207	0.0191	0.0141	0.0446	0.0247	0.0191	0.0091	0.017	0.0091	0.0116	0.0015	0.0052	0.0015	0.0094
chr3R	13656039	13656190	chr3R:13656040-13656190	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0192	0.0227	0.0131	0.022	0.0106	0.0121	0.0458	0.022	0.0106	0.0109	0.0154	0.0109	0.0085	0.0038	0.0026	0.0038	0.0099
chr3R	13656737	13656888	chr3R:13656738-13656888	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0452	0.011	0.0121	0.0424	0.0282	0.0657	0.0673	0.0424	0.0072	0.0138	0.0072	0.0085	0.0031	0.0039	0.0031	0.0068
chr3R	13658595	13658746	chr3R:13658596-13658746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0145	0.0057	0.012	0.0106	0.0092	0.029	0.0113	0.0106	0.0085	0.0068	0.0085	0.0031	0.0015	0.0026	0.0015	0.0063
chr3R	13659734	13659914	chr3R:13659735-13659914	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0219	0.0409	0.0135	0.0099	0.0382	0.0214	0.0757	0.0386	0.0382	0.0097	0.0206	0.0097	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0078
chr3R	13662779	13662930	chr3R:13662780-13662930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0211	0.0071	0.0113	0.0255	0.0083	0.0385	0.022	0.0255	0.0036	0.0103	0.0036	0.0046	0.0015	0.0026	0.0015	0.0063
chr3R	13663299	13663484	chr3R:13663300-13663484	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0212	0.0351	0.0117	0.016	0.0265	0.0199	0.0541	0.0486	0.0265	0.0103	0.017	0.0103	0.0054	0.0031	0.009	0.0031	0.0063
chr3R	13663592	13663743	chr3R:13663593-13663743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0182	0.0072	0.0091	0.0127	0.0107	0.0285	0.0233	0.0127	0.0079	0.0087	0.0079	0.0054	0.0015	6e-04	0.0015	0.0042
chr3R	13664225	13664376	chr3R:13664226-13664376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0111	0.0162	0.0063	0.0107	0.0191	0.0092	0.0247	0.0193	0.0191	0.0048	0.0084	0.0048	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0057
chr3R	13666831	13666982	chr3R:13666832-13666982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0156	0.0067	0.0103	0.0117	0.0083	0.0272	0.018	0.0117	0.0091	0.0068	0.0091	0.0031	0.0015	0.0026	0.0015	0.0068
chr3R	13667089	13667240	chr3R:13667090-13667240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0122	0.0167	0.0066	0.0134	0.0095	0.0078	0.032	0.0187	0.0095	0.0091	0.0077	0.0091	0.0046	0.0046	0.0039	0.0046	0.0073
chr3R	13671072	13671223	chr3R:13671073-13671223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0222	0.0055	0.0074	0.0212	0.0087	0.0428	0.0207	0.0212	0.006	0.0074	0.006	0.0031	0.0038	0.0039	0.0038	0.0057
chr3R	13671435	13671586	chr3R:13671436-13671586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0161	0.0253	0.0107	0.0117	0.017	0.0121	0.0497	0.0253	0.017	0.0085	0.0135	0.0085	0.0101	0.0054	0.0052	0.0054	0.0078
chr3R	13672245	13672396	chr3R:13672246-13672396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0193	0.0082	0.0132	0.0201	0.0097	0.0381	0.0147	0.0201	0.0066	0.01	0.0066	0.007	0.0023	0.0039	0.0023	0.0089
chr3R	13672583	13672734	chr3R:13672584-13672734	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0155	0.008	0.0237	0.0106	0.0097	0.0277	0.016	0.0106	0.0042	0.0106	0.0042	0.0062	0.0031	0.0019	0.0031	0.0109
chr3R	13672962	13673113	chr3R:13672963-13673113	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.011	0.0067	0.0292	0.0095	0.0058	0.019	0.0127	0.0095	0.0042	0.0051	0.0042	0.0062	0.0031	0.0026	0.0031	0.0104
chr3R	13674630	13674781	chr3R:13674631-13674781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0116	0.0115	0.0066	0.0173	0.0053	0.0044	0.0221	0.0153	0.0053	0.0036	0.0074	0.0036	0.0077	0.0069	0.0039	0.0069	0.0078
chr3R	13675221	13675372	chr3R:13675222-13675372	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0132	0.0131	0.0066	0.0206	0.0095	0.0058	0.0264	0.012	0.0095	0.0054	0.0068	0.0054	0.007	0.0069	0.0032	0.0069	0.0078
chr3R	13675461	13675612	chr3R:13675462-13675612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0163	0.0085	0.0194	0.0148	0.0102	0.0294	0.0147	0.0148	0.0054	0.0096	0.0054	0.0062	0.0031	0.0026	0.0031	0.0089
chr3R	13685752	13685917	chr3R:13685753-13685917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0156	0.0308	0.0079	0.007	0.0233	0.0204	0.0454	0.0433	0.0233	0.0091	0.0103	0.0091	0.0039	0.0015	0.0058	0.0015	0.0068
chr3R	13687901	13688052	chr3R:13687902-13688052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0152	0.0131	0.0076	0.0259	0.0085	0.0092	0.0225	0.0127	0.0085	0.0042	0.0096	0.0042	0.0077	0.0054	0.0148	0.0054	0.0401
chr3R	13688130	13688281	chr3R:13688131-13688281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0133	0.0074	0.0192	0.0095	0.0092	0.0203	0.0167	0.0095	0.0054	0.0096	0.0054	0.007	0.0031	0.009	0.0031	0.013
chr3R	13690133	13690284	chr3R:13690134-13690284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0145	0.0071	0.0104	0.0085	0.0068	0.0268	0.0173	0.0085	0.0054	0.0103	0.0054	0.0031	0.0015	0.0058	0.0015	0.0078
chr3R	13697428	13697602	chr3R:13697429-13697602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0219	0.0218	0.0234	0.0138	0.015	0.0324	0.0326	0.0138	0.0211	0.0212	0.0211	0.0411	0.01	0.0103	0.01	0.0464
chr3R	13706078	13706229	chr3R:13706079-13706229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.0088	0.0091	0.0127	0.0032	0.0063	0.016	0.0107	0.0032	0.0097	0.0064	0.0097	0.0132	0.0031	0.0039	0.0031	0.0083
chr3R	13706452	13706603	chr3R:13706453-13706603	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0085	0.0053	0.0201	0.0042	0.0083	0.0151	0.0047	0.0042	0.0018	0.0055	0.0018	0.0054	0.0023	0.0039	0.0023	0.0063
chr3R	13710651	13710897	chr3R:13710652-13710897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0336	0.0404	0.0396	0.0195	0.0265	0.0432	0.0567	0.0393	0.0265	0.0568	0.0399	0.0568	0.0387	0.0138	0.0206	0.0138	0.0354
chr3R	13714478	13714629	chr3R:13714479-13714629	distal	distal	none	none	VT43361.1	VT43361.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0139	0.0088	0.0104	0.0234	0.0042	0.0092	0.0164	0.006	0.0042	0.0091	0.01	0.0091	0.0155	0.0115	0.0077	0.0115	0.0584
chr3R	13714835	13714986	chr3R:13714836-13714986	distal	distal	none	none	VT43361.1	VT43361.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0152	0.0095	0.011	0.0263	0.0053	0.0068	0.019	0.006	0.0053	0.0127	0.0084	0.0127	0.017	0.0123	0.009	0.0123	0.0589
chr3R	13715113	13715264	chr3R:13715114-13715264	distal	distal	none	none	VT43361.1	VT43361.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0104	0.01	0.0084	0.013	0.0095	0.0053	0.0216	0.006	0.0095	0.0091	0.0087	0.0091	0.0077	0.0092	0.0058	0.0092	0.0271
chr3R	13722793	13722944	chr3R:13722794-13722944	distal	distal	none	none	VT43366.1	VT43366.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0092	0.0082	0.0113	0.0053	0.0049	0.0156	0.014	0.0053	0.006	0.0113	0.006	0.007	0.0061	0.0077	0.0061	0.0083
chr3R	13723682	13723833	chr3R:13723683-13723833	distal	distal	none	none	VT43366.1	VT43366.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0069	0.0103	0.0191	0.0042	0.0092	0.0091	0.0033	0.0042	0.0169	0.0068	0.0169	0.0077	0.01	0.0013	0.01	0.0089
chr3R	13726936	13727087	chr3R:13726937-13727087	distal	distal	stage14	stage14	VT43368.1	VT43368.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0144	0.0113	0.0085	0.0244	0.0064	0.0058	0.0229	0.0093	0.0064	0.0085	0.0055	0.0085	0.0108	0.0176	0.0058	0.0176	0.0094
chr3R	13728037	13728188	chr3R:13728038-13728188	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.005	0.0072	0.023	0.0021	0.001	0.0138	0.002	0.0021	0.0085	0.0051	0.0085	0.0116	0.0077	0.0026	0.0077	0.0078
chr3R	13737831	13737982	chr3R:13737832-13737982	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0074	0.0065	0.013	0.0032	0.0058	0.013	0.0087	0.0032	0.0042	0.0061	0.0042	0.0077	8e-04	0.0032	8e-04	0.0063
chr3R	13742381	13742532	chr3R:13742382-13742532	FBgn0053547	Rim	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0095	0.0108	0.0194	0.0064	0.0078	0.0173	0.0087	0.0064	0.0079	0.0113	0.0079	0.0116	0.0023	0.0026	0.0023	0.0068
chr3R	13743844	13743995	chr3R:13743845-13743995	distal	distal	stage14	stage14	VT43378.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0077	0.0113	0.0251	0.0064	0.0083	0.0125	0.0047	0.0064	0.0151	0.009	0.0151	0.0124	0.0061	0.0071	0.0061	0.0083
chr3R	13744139	13744290	chr3R:13744140-13744290	distal	distal	stage14	stage14	VT43378.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0064	0.0103	0.0195	0.0011	0.0083	0.0087	0.0053	0.0011	0.0121	0.0087	0.0121	0.0139	0.0061	0.0064	0.0061	0.0094
chr3R	13744840	13745013	chr3R:13744841-13745013	distal	distal	stage11,stage14	none	VT43378.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0869	0.0538	0.1058	0.1029	0.0255	0.065	0.0593	0.0799	0.0255	0.1214	0.1129	0.1214	0.1007	0.1011	0.0774	0.1011	0.1079
chr3R	13745053	13745204	chr3R:13745054-13745204	FBgn0263995	cpo	stage11,stage14	none	VT43378.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0449	0.0169	0.0478	0.073	0.0064	0.0184	0.0195	0.0273	0.0064	0.0435	0.0447	0.0435	0.0434	0.0398	0.0342	0.0398	0.0417
chr3R	13745240	13745391	chr3R:13745241-13745391	FBgn0263995	cpo	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0338	0.0147	0.0284	0.061	0.0106	0.016	0.0199	0.0153	0.0106	0.0278	0.0257	0.0278	0.0248	0.0207	0.0213	0.0207	0.0255
chr3R	13746082	13746268	chr3R:13746083-13746268	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0318	0.0086	0.0311	0.0586	0.0064	0.0087	0.0151	0.004	0.0064	0.026	0.0286	0.026	0.048	0.0421	0.0309	0.0421	0.0422
chr3R	13754542	13754693	chr3R:13754543-13754693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.013	0.0098	0.0096	0.0074	0.0136	0.0203	0.012	0.0074	0.0121	0.0119	0.0121	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0052
chr3R	13757369	13757520	chr3R:13757370-13757520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0087	0.009	0.0091	0.0032	0.0078	0.0169	0.006	0.0032	0.0103	0.0113	0.0103	0.0054	8e-04	0.0045	8e-04	0.0016
chr3R	13764547	13764698	chr3R:13764548-13764698	distal	distal	stage11	stage11	VT43389.1	VT43389.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0171	0.014	0.0217	0.0156	0.0085	0.0102	0.0221	0.0153	0.0085	0.0079	0.0347	0.0079	0.0225	0.0061	0.029	0.0061	0.0094
chr3R	13766717	13766892	chr3R:13766718-13766892	distal	distal	none	none	VT43389.1,VT43390.1	VT43389.1,VT43390.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0391	0.0298	0.067	0.0189	0.0064	0.0374	0.0195	0.0653	0.0064	0.0157	0.1309	0.0157	0.048	0.0145	0.0239	0.0145	0.0172
chr3R	13767037	13767212	chr3R:13767038-13767212	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT43390.1	VT43390.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0555	0.0527	0.0905	0.0202	0.0148	0.0626	0.0402	0.1166	0.0148	0.0163	0.1836	0.0163	0.0581	0.0061	0.0503	0.0061	0.0141
chr3R	13768989	13769186	chr3R:13768990-13769186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0306	0.0228	0.0406	0.0283	0.0064	0.0316	0.0238	0.0306	0.0064	0.0489	0.0357	0.0489	0.0302	0.0299	0.02	0.0299	0.0208
chr3R	13769550	13769854	chr3R:13769551-13769854	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2038	0.1239	0.2706	0.2197	0.0573	0.1704	0.1267	0.1606	0.0573	0.3309	0.2994	0.3309	0.3005	0.1914	0.2495	0.1914	0.2887
chr3R	13771788	13771939	chr3R:13771789-13771939	distal	distal	stage14	stage14	VT43393.1	VT43393.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0277	0.0123	0.0324	0.0397	0.0085	0.015	0.016	0.014	0.0085	0.0139	0.0534	0.0139	0.0271	0.0092	0.1148	0.0092	0.0255
chr3R	13772181	13772332	chr3R:13772182-13772332	distal	distal	none	none	VT43393.1	VT43393.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0112	0.0302	0.0255	0.0032	0.0121	0.0156	0.0167	0.0032	0.0139	0.0518	0.0139	0.0271	0.0031	0.0709	0.0031	0.0167
chr3R	13772595	13772746	chr3R:13772596-13772746	distal	distal	none	none	VT43393.1	VT43393.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.014	0.0321	0.0277	0.0064	0.015	0.0186	0.0173	0.0064	0.0133	0.0595	0.0133	0.017	0.0054	0.078	0.0054	0.0141
chr3R	13774184	13774431	chr3R:13774185-13774431	distal	distal	none	none	VT43394.1	VT43394.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0351	0.0209	0.0471	0.0379	0.0127	0.0218	0.0303	0.0227	0.0127	0.0248	0.0421	0.0248	0.1216	0.0123	0.0374	0.0123	0.074
chr3R	13774974	13775125	chr3R:13774975-13775125	distal	distal	none	none	VT43394.1	VT43394.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0267	0.0113	0.0287	0.0416	0.0021	0.016	0.0169	0.0093	0.0021	0.0157	0.0199	0.0157	0.086	0.0207	0.0509	0.0207	0.0797
chr3R	13775390	13775596	chr3R:13775391-13775596	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT43394.1	VT43394.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0313	0.0108	0.0372	0.0476	0.0021	0.0199	0.0121	0.0087	0.0021	0.0242	0.026	0.0242	0.1123	0.0306	0.0413	0.0306	0.0995
chr3R	13775711	13775862	chr3R:13775712-13775862	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT43394.1	VT43394.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.021	0.0098	0.0287	0.0249	0.0053	0.018	0.0091	0.0093	0.0053	0.0115	0.018	0.0115	0.0984	0.0145	0.0181	0.0145	0.0558
chr3R	13775890	13776147	chr3R:13775891-13776147	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0309	0.0152	0.0442	0.034	0.0074	0.0223	0.0203	0.0127	0.0074	0.0205	0.0338	0.0205	0.1216	0.0145	0.0374	0.0145	0.0677
chr3R	13776319	13776519	chr3R:13776320-13776519	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0318	0.0166	0.0475	0.0316	0.0032	0.0262	0.0195	0.0173	0.0032	0.0163	0.0547	0.0163	0.0837	0.0061	0.0484	0.0061	0.0537
chr3R	13777039	13777212	chr3R:13777040-13777212	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0333	0.0218	0.0482	0.0297	0.0095	0.0218	0.0324	0.0233	0.0095	0.0223	0.0553	0.0223	0.0813	0.0092	0.0387	0.0092	0.0328
chr3R	13777256	13777513	chr3R:13777257-13777513	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT43396.1	VT43396.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0398	0.0727	0.0387	0.0201	0.049	0.0476	0.05	0.0201	0.0423	0.0788	0.0423	0.0891	0.0107	0.0535	0.0107	0.0354
chr3R	13777771	13778020	chr3R:13777772-13778020	distal	distal	stage11	stage11	VT43396.1,cpo_cpoCRM6	VT43396.1,cpo_cpoCRM6	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0346	0.0299	0.0424	0.0313	0.0191	0.032	0.0402	0.036	0.0191	0.0284	0.0524	0.0284	0.0318	0.0107	0.0516	0.0107	0.0297
chr3R	13778089	13778521	chr3R:13778090-13778521	distal	distal	stage11	stage11	VT43396.1,cpo_cpoCRM6	VT43396.1,cpo_cpoCRM6	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0471	0.0398	0.0607	0.0405	0.0159	0.0466	0.0476	0.0553	0.0159	0.0308	0.0605	0.0308	0.0511	0.013	0.0509	0.013	0.0386
chr3R	13780082	13780233	chr3R:13780083-13780233	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.01	0.016	0.021	0.0053	0.0131	0.0143	0.0087	0.0053	0.0145	0.0203	0.0145	0.0163	0.01	0.0484	0.01	0.0146
chr3R	13781180	13781352	chr3R:13781181-13781352	distal	distal	none	none	VT43398.1	VT43398.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0138	0.026	0.0308	0.0074	0.0199	0.0164	0.0147	0.0074	0.0139	0.0434	0.0139	0.0194	0.0077	0.0851	0.0077	0.0214
chr3R	13781430	13781581	chr3R:13781431-13781581	distal	distal	none	none	VT43398.1	VT43398.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0082	0.0209	0.0221	0.0053	0.0097	0.013	0.006	0.0053	0.0157	0.0325	0.0157	0.0186	0.0046	0.0587	0.0046	0.0146
chr3R	13781807	13781958	chr3R:13781808-13781958	distal	distal	none	none	VT43398.1	VT43398.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.009	0.0206	0.0216	0.0032	0.0073	0.0151	0.0093	0.0032	0.0187	0.026	0.0187	0.0232	0.0069	0.0426	0.0069	0.0115
chr3R	13781991	13782142	chr3R:13781992-13782142	distal	distal	none	none	VT43398.1	VT43398.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0141	0.0067	0.0146	0.0219	0.0032	0.0087	0.0108	0.0053	0.0032	0.0127	0.017	0.0127	0.0163	0.0069	0.0309	0.0069	0.0109
chr3R	13782441	13782592	chr3R:13782442-13782592	distal	distal	none	none	VT43398.1	VT43398.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0071	0.0084	0.0136	0.0074	0.0063	0.0125	0.0033	0.0074	0.0066	0.0077	0.0066	0.0108	8e-04	0.009	8e-04	0.0099
chr3R	13783257	13783616	chr3R:13783258-13783616	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0317	0.0524	0.0358	0.0074	0.0403	0.0346	0.046	0.0074	0.0344	0.0598	0.0344	0.0736	0.0077	0.0477	0.0077	0.0245
chr3R	13785598	13785749	chr3R:13785599-13785749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0131	0.0113	0.0124	0.0159	0.0011	0.0126	0.0186	0.012	0.0011	0.0163	0.0135	0.0163	0.0077	0.0077	0.0168	0.0077	0.0234
chr3R	13791037	13791188	chr3R:13791038-13791188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0149	0.0097	0.017	0.0184	0.0053	0.0112	0.0151	0.0067	0.0053	0.0175	0.0145	0.0175	0.0287	0.0061	0.009	0.0061	0.0313
chr3R	13791293	13791481	chr3R:13791294-13791481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0207	0.0167	0.0212	0.0245	0.0064	0.0218	0.0229	0.016	0.0064	0.0217	0.0161	0.0217	0.0449	0.013	0.0187	0.013	0.0307
chr3R	13794441	13794640	chr3R:13794442-13794640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0215	0.0111	0.0209	0.0338	0.0032	0.0126	0.019	0.0093	0.0032	0.0145	0.0164	0.0145	0.0279	0.0092	0.0142	0.0092	0.0302
chr3R	13799023	13799174	chr3R:13799024-13799174	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0059	0.0091	0.0174	0.0032	0.0044	0.0082	0.0087	0.0032	0.0091	0.0055	0.0091	0.0108	0.0069	0.0052	0.0069	0.0083
chr3R	13800243	13800394	chr3R:13800244-13800394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.0077	0.0118	0.0131	0.0021	0.0078	0.0147	0.006	0.0021	0.0133	0.0096	0.0133	0.017	0.0038	0.0077	0.0038	0.0073
chr3R	13801190	13801341	chr3R:13801191-13801341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.0118	0.0152	0.0132	0.0042	0.0146	0.0173	0.0107	0.0042	0.0169	0.0138	0.0169	0.0163	0.0038	0.0129	0.0038	0.0146
chr3R	13807763	13807914	chr3R:13807764-13807914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0132	0.0124	0.0103	0.0042	0.0117	0.0247	0.0113	0.0042	0.0163	0.0093	0.0163	0.0194	0.0046	0.0064	0.0046	0.0089
chr3R	13813954	13814105	chr3R:13813955-13814105	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0051	0.0079	0.0136	0.0032	0.0044	0.0087	0.0053	0.0032	0.0079	0.0074	0.0079	0.0101	0.0023	0.009	0.0023	0.0094
chr3R	13814680	13814831	chr3R:13814681-13814831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0092	0.0105	0.0127	0.0011	0.0068	0.0212	0.006	0.0011	0.0109	0.0106	0.0109	0.0116	0.0031	0.0064	0.0031	0.0083
chr3R	13816132	13816283	chr3R:13816133-13816283	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0055	0.0065	0.0082	0.0021	0.0039	0.0117	0.0033	0.0021	0.0018	0.0064	0.0018	0.0093	0.0023	0.0052	0.0023	0.0052
chr3R	13823402	13823553	chr3R:13823403-13823553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0131	0.0212	0.0184	0.0053	0.0126	0.0225	0.0113	0.0053	0.0187	0.0235	0.0187	0.0279	0.013	0.0284	0.013	0.0099
chr3R	13833445	13833626	chr3R:13833446-13833626	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0252	0.0373	0.0206	0.0169	0.0286	0.0388	0.0398	0.0526	0.0286	0.0199	0.0186	0.0199	0.031	0.0092	0.0193	0.0092	0.0141
chr3R	13841580	13841731	chr3R:13841581-13841731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0249	0.0254	0.0279	0.0209	0.0095	0.0228	0.0446	0.024	0.0095	0.0344	0.0254	0.0344	0.0434	0.013	0.0239	0.013	0.0323
chr3R	13841847	13842002	chr3R:13841848-13842002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0366	0.0388	0.0392	0.0312	0.0265	0.0442	0.0567	0.0326	0.0265	0.0429	0.035	0.0429	0.0728	0.0184	0.038	0.0184	0.0537
chr3R	13844422	13844573	chr3R:13844423-13844573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0181	0.0161	0.0237	0.0142	0.0074	0.0204	0.0225	0.0147	0.0074	0.0133	0.0174	0.0133	0.0736	0.0054	0.0116	0.0054	0.0276
chr3R	13844795	13844950	chr3R:13844796-13844950	FBgn0000477	DNaseII	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0313	0.03	0.0402	0.0228	0.0085	0.0437	0.0407	0.024	0.0085	0.0217	0.027	0.0217	0.1371	0.01	0.0142	0.01	0.0511
chr3R	13844983	13845168	chr3R:13844984-13845168	FBgn0000477	DNaseII	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0406	0.0469	0.049	0.0244	0.0255	0.0626	0.0657	0.0326	0.0255	0.0278	0.0357	0.0278	0.1572	0.01	0.0174	0.01	0.0459
chr3R	13846505	13846656	chr3R:13846506-13846656	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0253	0.0209	0.0338	0.021	0.0064	0.0286	0.0277	0.02	0.0064	0.0374	0.0318	0.0374	0.0635	0.0222	0.0206	0.0222	0.0281
chr3R	13846708	13846874	chr3R:13846709-13846874	FBgn0038564	CG7785	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0332	0.0459	0.0344	0.0127	0.0451	0.0411	0.0353	0.0127	0.0543	0.0434	0.0543	0.0759	0.0421	0.0342	0.0421	0.0396
chr3R	13846959	13847150	chr3R:13846960-13847150	FBgn0038564	CG7785	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1144	0.0942	0.1423	0.1064	0.052	0.1267	0.1029	0.1206	0.052	0.1751	0.1569	0.1751	0.1441	0.1026	0.1238	0.1026	0.1292
chr3R	13847179	13847390	chr3R:13847180-13847390	FBgn0038564	CG7785	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1394	0.1243	0.1695	0.1231	0.0732	0.1587	0.1423	0.1566	0.0732	0.2035	0.1855	0.2035	0.1774	0.1194	0.1289	0.1194	0.147
chr3R	13847433	13847645	chr3R:13847434-13847645	FBgn0038564	CG7785	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0673	0.068	0.0822	0.05	0.0541	0.0796	0.083	0.0813	0.0541	0.1027	0.0842	0.1027	0.0883	0.0521	0.0438	0.0521	0.061
chr3R	13853450	13853601	chr3R:13853451-13853601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.0128	0.0165	0.0171	0.0011	0.0189	0.0199	0.0107	0.0011	0.0205	0.0161	0.0205	0.0209	0.023	0.0103	0.023	0.0323
chr3R	13853659	13853810	chr3R:13853660-13853810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0138	0.0106	0.0161	0.0148	0.0053	0.017	0.0147	0.006	0.0053	0.0229	0.0177	0.0229	0.0201	0.0077	0.0039	0.0077	0.0417
chr3R	13870705	13870856	chr3R:13870706-13870856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0217	0.0237	0.0226	0.0184	0.0117	0.0476	0.0242	0.012	0.0117	0.0405	0.0212	0.0405	0.0256	0.0145	0.0277	0.0145	0.0302
chr3R	13873616	13873801	chr3R:13873617-13873801	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0367	0.0399	0.0477	0.021	0.0148	0.0908	0.0311	0.0227	0.0148	0.1552	0.0232	0.1552	0.0124	0.0666	0.0123	0.0666	0.0188
chr3R	13875126	13875326	chr3R:13875127-13875326	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1221	0.162	0.1332	0.0653	0.123	0.2277	0.1821	0.1512	0.123	0.2717	0.108	0.2717	0.1061	0.1876	0.0342	0.1876	0.0667
chr3R	13875665	13876175	chr3R:13875666-13876175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	htl	htl	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1394	0.1671	0.1468	0.1001	0.0997	0.3092	0.1484	0.1359	0.0997	0.3925	0.0884	0.3925	0.0937	0.2856	0.0542	0.2856	0.0974
chr3R	13878942	13879234	chr3R:13878943-13879234	FBgn0010389	htl	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1307	0.0886	0.1877	0.1152	0.0339	0.1529	0.0865	0.0853	0.0339	0.3641	0.1498	0.3641	0.1952	0.2243	0.0767	0.2243	0.1793
chr3R	13879593	13879744	chr3R:13879594-13879744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0213	0.0216	0.0181	0.0064	0.0248	0.0272	0.03	0.0064	0.0314	0.0264	0.0314	0.0139	0.0184	0.0348	0.0184	0.0167
chr3R	13881326	13881477	chr3R:13881327-13881477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0127	0.0159	0.0116	0.0042	0.0146	0.0199	0.0127	0.0042	0.0175	0.0209	0.0175	0.0147	0.0054	0.0297	0.0054	0.0115
chr3R	13883969	13884120	chr3R:13883970-13884120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.011	0.0322	0.011	0.0021	0.017	0.0151	0.008	0.0021	0.035	0.054	0.035	0.0116	0.0176	0.0161	0.0176	0.0125
chr3R	13885353	13885504	chr3R:13885354-13885504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0118	0.0324	0.0178	0.0032	0.0131	0.0212	0.0093	0.0032	0.0236	0.0576	0.0236	0.0155	0.0069	0.0477	0.0069	0.0162
chr3R	13885697	13885907	chr3R:13885698-13885907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0173	0.0463	0.0164	0.0074	0.0238	0.0221	0.0167	0.0074	0.0308	0.0785	0.0308	0.0356	0.0084	0.0361	0.0084	0.0214
chr3R	13886072	13886258	chr3R:13886073-13886258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0305	0.0226	0.0472	0.0212	0.0042	0.0316	0.0281	0.0213	0.0042	0.0465	0.0588	0.0465	0.0542	0.01	0.0258	0.01	0.0422
chr3R	13886552	13886792	chr3R:13886553-13886792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0189	0.0409	0.0185	0.0042	0.0223	0.0229	0.028	0.0042	0.0507	0.0441	0.0507	0.0503	0.0176	0.0258	0.0176	0.0307
chr3R	13888989	13889183	chr3R:13888990-13889183	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1038	0.0971	0.1371	0.0748	0.0604	0.1068	0.1194	0.1266	0.0604	0.1685	0.1743	0.1685	0.1301	0.0796	0.1264	0.0796	0.0995
chr3R	13889929	13890080	chr3R:13889930-13890080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0072	0.0113	0.0107	0.0011	0.0063	0.0104	0.0107	0.0011	0.0121	0.0154	0.0121	0.0085	0.0038	0.0329	0.0038	0.0073
chr3R	13897871	13898022	chr3R:13897872-13898022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.0232	0.0124	0.0109	0.0191	0.0083	0.0528	0.016	0.0191	0.0079	0.0199	0.0079	0.0116	0.0038	0.0329	0.0038	0.0052
chr3R	13898035	13898255	chr3R:13898036-13898255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0241	0.0437	0.0155	0.0116	0.0318	0.016	0.0999	0.0266	0.0318	0.0091	0.0248	0.0091	0.0139	0.0069	0.0322	0.0069	0.0083
chr3R	13898825	13898990	chr3R:13898826-13898990	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0166	0.0166	0.0202	0.0127	0.0064	0.0068	0.0368	0.0153	0.0064	0.0133	0.0376	0.0133	0.0108	0.0123	0.0348	0.0123	0.0063
chr3R	13900470	13900621	chr3R:13900471-13900621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0202	0.0292	0.0221	0.0082	0.0148	0.015	0.0575	0.0313	0.0148	0.0163	0.0379	0.0163	0.0124	0.0084	0.0232	0.0084	0.0036
chr3R	13901015	13901231	chr3R:13901016-13901231	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0396	0.0748	0.0322	0.0085	0.0467	0.0369	0.1622	0.0566	0.0467	0.0278	0.0543	0.0278	0.0186	0.0077	0.0181	0.0077	0.0089
chr3R	13901686	13901881	chr3R:13901687-13901881	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0266	0.034	0.0326	0.0117	0.0159	0.0286	0.0631	0.0313	0.0159	0.0217	0.045	0.0217	0.0503	0.0054	0.0206	0.0054	0.0203
chr3R	13902169	13902320	chr3R:13902170-13902320	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0218	0.035	0.015	0.0053	0.0199	0.0381	0.0233	0.0053	0.0254	0.0566	0.0254	0.0325	0.0115	0.0277	0.0115	0.0162
chr3R	13902344	13902495	chr3R:13902345-13902495	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.021	0.0213	0.0289	0.0118	0.0053	0.0214	0.0381	0.02	0.0053	0.0217	0.0466	0.0217	0.0256	0.01	0.0245	0.01	0.0125
chr3R	13904246	13904440	chr3R:13904247-13904440	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0353	0.0799	0.0162	0.0064	0.0806	0.0335	0.1622	0.0613	0.0806	0.0151	0.026	0.0151	0.0093	0.0061	0.0103	0.0061	0.0052
chr3R	13904795	13904970	chr3R:13904796-13904970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0395	0.0928	0.0157	0.0061	0.0806	0.0291	0.2128	0.0593	0.0806	0.0133	0.0267	0.0133	0.0093	0.0046	0.0123	0.0046	0.0047
chr3R	13905179	13905398	chr3R:13905180-13905398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0384	0.0612	0.0327	0.0191	0.0286	0.0286	0.1306	0.0566	0.0286	0.0217	0.055	0.0217	0.0271	0.0069	0.0516	0.0069	0.0172
chr3R	13905567	13905757	chr3R:13905568-13905757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0302	0.0381	0.0312	0.0202	0.0212	0.0155	0.0792	0.038	0.0212	0.0151	0.0566	0.0151	0.0194	0.01	0.0561	0.01	0.0141
chr3R	13906155	13906315	chr3R:13906156-13906315	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0692	0.0198	0.0143	0.0615	0.0272	0.1553	0.0373	0.0615	0.0115	0.0379	0.0115	0.0093	0.013	0.0335	0.013	0.0135
chr3R	13906379	13906705	chr3R:13906380-13906705	FBgn0038566	CG14317	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.078	0.1877	0.0247	0.0139	0.2238	0.0485	0.417	0.1033	0.2238	0.0151	0.0395	0.0151	0.0225	0.0145	0.0335	0.0145	0.0094
chr3R	13906741	13907005	chr3R:13906742-13907005	FBgn0038566	CG14317	stage5	none	htl_shadow	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0672	0.166	0.0201	0.0085	0.1739	0.0325	0.3642	0.1193	0.1739	0.0217	0.028	0.0217	0.0155	0.0069	0.0181	0.0069	0.0063
chr3R	13907175	13907326	chr3R:13907176-13907326	FBgn0038566	CG14317	stage5	none	htl_shadow	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0351	0.0865	0.0117	0.0035	0.0901	0.0189	0.2085	0.038	0.0901	0.0097	0.0161	0.0097	0.0139	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr3R	13907399	13907606	chr3R:13907400-13907606	distal	distal	stage5	none	htl_shadow	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0393	0.0965	0.0122	0.0052	0.0901	0.0252	0.2362	0.0346	0.0901	0.0133	0.0158	0.0133	0.0124	0.0023	0.0077	0.0023	0.0068
chr3R	13908483	13908634	chr3R:13908484-13908634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0263	0.0633	0.0088	0.004	0.0435	0.0117	0.1587	0.0286	0.0435	0.006	0.0145	0.006	0.0054	0.0031	0.0077	0.0031	0.0036
chr3R	13911719	13911870	chr3R:13911720-13911870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0094	0.0115	0.0077	0.0088	0.0053	0.0097	0.0199	0.01	0.0053	0.0079	0.0138	0.0079	0.0015	0.0023	0.0297	0.0023	0.0031
chr3R	13911886	13912037	chr3R:13911887-13912037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0095	0.0116	0.0085	0.0082	0.0064	0.0087	0.0208	0.0127	0.0064	0.0085	0.0148	0.0085	0.0015	0.0023	0.0258	0.0023	0.0052
chr3R	13915013	13915164	chr3R:13915014-13915164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0112	0.0125	0.0086	0.0125	0.0042	0.0083	0.0268	0.0093	0.0042	0.006	0.0132	0.006	0.0077	0.0061	0.0284	0.0061	0.0073
chr3R	13915380	13915531	chr3R:13915381-13915531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0065	0.0056	0.0167	0.0085	0.0034	0.0091	0.0087	0.0085	0.0036	0.0074	0.0036	0.0077	0.0107	0.0181	0.0107	0.0135
chr3R	13916167	13916318	chr3R:13916168-13916318	FBgn0003499	sr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0158	0.0183	0.0156	0.0132	0.0095	0.0073	0.0346	0.024	0.0095	0.0223	0.0209	0.0223	0.007	0.0191	0.0316	0.0191	0.0052
chr3R	13920489	13920663	chr3R:13920490-13920663	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0126	0.0072	0.0091	0.0223	0.0021	0.0039	0.0169	0.0047	0.0021	0.0115	0.0116	0.0115	0.007	0.0352	0.0174	0.0352	0.0162
chr3R	13930127	13930278	chr3R:13930128-13930278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0088	0.0066	0.0076	0.0127	0.0064	0.0063	0.0104	0.006	0.0064	0.0091	0.01	0.0091	0.0054	0.0046	0.0368	0.0046	0.0057
chr3R	13932027	13932178	chr3R:13932028-13932178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.007	0.0086	0.015	0.0032	0.0073	0.0117	0.0047	0.0032	0.0048	0.0116	0.0048	0.0116	0.01	0.0426	0.01	0.0057
chr3R	13933086	13933237	chr3R:13933087-13933237	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0131	0.0143	0.0115	0.0134	0.0095	0.0141	0.0203	0.0173	0.0095	0.0163	0.0154	0.0163	0.0062	0.0115	0.0258	0.0115	0.0146
chr3R	13933927	13934078	chr3R:13933928-13934078	FBgn0051242	tRNA:CR31242	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0231	0.0221	0.0192	0.017	0.0257	0.0247	0.034	0.017	0.0248	0.0257	0.0248	0.0287	0.0237	0.02	0.0237	0.0287
chr3R	13934249	13934458	chr3R:13934250-13934458	FBgn0051242,FBgn0051518	tRNA:CR31242,tRNA:CR31518	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0705	0.087	0.0685	0.0543	0.0817	0.0864	0.099	0.1173	0.0817	0.1021	0.0691	0.1021	0.0767	0.0781	0.0438	0.0781	0.0917
chr3R	13934635	13934818	chr3R:13934636-13934818	FBgn0051242,FBgn0051518	tRNA:CR31242,tRNA:CR31518	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.049	0.0459	0.032	0.035	0.0495	0.061	0.068	0.035	0.0688	0.0434	0.0688	0.0581	0.0444	0.0277	0.0444	0.0563
chr3R	13935012	13935289	chr3R:13935013-13935289	FBgn0051518	tRNA:CR31518	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0283	0.0252	0.0329	0.0269	0.0106	0.0199	0.0407	0.0293	0.0106	0.0513	0.0331	0.0513	0.0294	0.0352	0.0348	0.0352	0.0412
chr3R	13937552	13937763	chr3R:13937553-13937763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0246	0.0181	0.0166	0.0407	0.0085	0.0121	0.0346	0.016	0.0085	0.0115	0.0148	0.0115	0.0186	0.0107	0.0135	0.0107	0.0141
chr3R	13940255	13940430	chr3R:13940256-13940430	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0175	0.0131	0.0202	0.0195	0.0032	0.0136	0.0234	0.0127	0.0032	0.0417	0.019	0.0417	0.0116	0.0597	0.0161	0.0597	0.0078
chr3R	13940565	13940716	chr3R:13940566-13940716	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.014	0.0118	0.0152	0.0152	0.0021	0.0165	0.0151	0.0133	0.0021	0.026	0.0148	0.026	0.0116	0.0406	0.0206	0.0406	0.0047
chr3R	13944477	13944628	chr3R:13944478-13944628	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0275	0.0317	0.0307	0.0192	0.017	0.0524	0.0307	0.0313	0.017	0.0393	0.0305	0.0393	0.0403	0.0161	0.0264	0.0161	0.0203
chr3R	13947412	13947640	chr3R:13947413-13947640	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.2786	0.2026	0.3541	0.2806	0.1495	0.2782	0.1613	0.2958	0.1495	0.43	0.3926	0.43	0.3641	0.3055	0.3346	0.3055	0.2949
chr3R	13950744	13950895	chr3R:13950745-13950895	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0249	0.0199	0.0288	0.0262	0.0085	0.0204	0.0225	0.032	0.0085	0.0229	0.046	0.0229	0.0209	0.0115	0.0774	0.0115	0.0208
chr3R	13951106	13951295	chr3R:13951107-13951295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.033	0.0226	0.0454	0.0311	0.0127	0.0243	0.0247	0.0353	0.0127	0.0229	0.0884	0.0229	0.0132	0.0084	0.1051	0.0084	0.0146
chr3R	13953905	13954056	chr3R:13953906-13954056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0164	0.0126	0.0197	0.017	0.0032	0.0126	0.0203	0.0133	0.0032	0.0248	0.0254	0.0248	0.017	0.0153	0.0355	0.0153	0.0141
chr3R	13956458	13956717	chr3R:13956459-13956717	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0263	0.038	0.0242	0.0155	0.0297	0.0422	0.0554	0.036	0.0297	0.0368	0.0283	0.0368	0.0108	0.0077	0.0271	0.0077	0.0146
chr3R	13959820	13959971	chr3R:13959821-13959971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0154	0.0162	0.0161	0.0136	0.0032	0.016	0.0268	0.018	0.0032	0.0121	0.0219	0.0121	0.0178	0.0092	0.0264	0.0092	0.0146
chr3R	13970451	13970646	chr3R:13970452-13970646	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0135	0.0274	0.0216	0.0042	0.0102	0.0247	0.0133	0.0042	0.0181	0.0508	0.0181	0.0046	0.0092	0.0741	0.0092	0.0083
chr3R	13971580	13971731	chr3R:13971581-13971731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0123	0.014	0.0105	0.0123	0.0064	0.0087	0.0242	0.0167	0.0064	0.0127	0.0148	0.0127	0.007	0.0054	0.0348	0.0054	0.0042
chr3R	13973356	13973507	chr3R:13973357-13973507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0108	0.0086	0.0124	0.0116	0.0042	0.0068	0.0173	0.0073	0.0042	0.0079	0.0193	0.0079	0.0093	0.0046	0.0406	0.0046	0.0036
chr3R	13977411	13977562	chr3R:13977412-13977562	FBgn0038567	CG14316	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.01	0.0133	0.0127	0.0032	0.0097	0.016	0.0127	0.0032	0.0103	0.0215	0.0103	0.0093	0.013	0.0329	0.013	0.0063
chr3R	13982429	13982594	chr3R:13982430-13982594	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.049	0.028	0.0074	0.0276	0.0432	0.0696	0.0653	0.0276	0.038	0.0334	0.038	0.0139	0.0084	0.0064	0.0084	0.0063
chr3R	13982670	13982842	chr3R:13982671-13982842	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0446	0.0221	0.0086	0.0212	0.0393	0.074	0.0486	0.0212	0.0296	0.0251	0.0296	0.0139	0.0061	0.011	0.0061	0.0078
chr3R	13985346	13985525	chr3R:13985347-13985525	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0193	0.0189	0.0467	0.0085	0.0184	0.0337	0.0187	0.0085	0.0181	0.0183	0.0181	0.0186	0.0406	0.0232	0.0406	0.0302
chr3R	13986090	13986241	chr3R:13986091-13986241	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0133	0.0102	0.0334	0.0064	0.0126	0.0195	0.0147	0.0064	0.006	0.0109	0.006	0.0046	0.0084	0.0071	0.0084	0.0104
chr3R	13989807	13989993	chr3R:13989808-13989993	FBgn0022943,FBgn0038569	CG7218,Cbp20	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1115	0.0922	0.1504	0.0905	0.052	0.1248	0.0952	0.1193	0.052	0.186	0.1637	0.186	0.1433	0.0888	0.1083	0.0888	0.1021
chr3R	13990039	13990221	chr3R:13990040-13990221	FBgn0022943,FBgn0038569	CG7218,Cbp20	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1604	0.137	0.1949	0.1486	0.0976	0.1733	0.1397	0.1839	0.0976	0.2391	0.2135	0.2391	0.1782	0.1639	0.1683	0.1639	0.1678
chr3R	13990272	13990464	chr3R:13990273-13990464	FBgn0022943,FBgn0038569	CG7218,Cbp20	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.131	0.1107	0.1524	0.1303	0.0795	0.1383	0.1086	0.1566	0.0795	0.1854	0.1682	0.1854	0.1518	0.1516	0.1393	0.1516	0.1574
chr3R	13990593	13990744	chr3R:13990594-13990744	FBgn0022943,FBgn0038569	CG7218,Cbp20	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0706	0.0623	0.0827	0.0666	0.0361	0.082	0.0683	0.0793	0.0361	0.0996	0.0904	0.0996	0.0922	0.0781	0.0613	0.0781	0.0902
chr3R	13992136	13992315	chr3R:13992137-13992315	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1229	0.1772	0.1164	0.0647	0.1573	0.1341	0.1646	0.0647	0.2264	0.1952	0.2264	0.1844	0.1355	0.1251	0.1355	0.1522
chr3R	13992423	13992574	chr3R:13992424-13992574	FBgn0038570,FBgn0038571	CG7215,Prx5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0741	0.0614	0.0977	0.0624	0.0265	0.0816	0.0735	0.0726	0.0265	0.1377	0.1096	0.1377	0.0829	0.0613	0.0735	0.0613	0.0766
chr3R	13992922	13993086	chr3R:13992923-13993086	FBgn0038570,FBgn0038571,FBgn0042693	CG7215,PP2A-B',Prx5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0983	0.0744	0.118	0.1035	0.0445	0.0971	0.0783	0.0953	0.0445	0.1473	0.1408	0.1473	0.103	0.1141	0.1206	0.1141	0.124
chr3R	13993385	13993565	chr3R:13993386-13993565	FBgn0038570,FBgn0038571,FBgn0042693	CG7215,PP2A-B',Prx5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1436	0.1175	0.1669	0.1471	0.0806	0.1476	0.1168	0.1579	0.0806	0.1715	0.1926	0.1715	0.1975	0.1325	0.1663	0.1325	0.1793
chr3R	13993684	13993835	chr3R:13993685-13993835	FBgn0042693	PP2A-B'	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0858	0.0727	0.1001	0.0848	0.0382	0.0806	0.0783	0.1079	0.0382	0.0833	0.1129	0.0833	0.1247	0.0773	0.0787	0.0773	0.1105
chr3R	13994274	13994479	chr3R:13994275-13994479	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1671	0.1353	0.2057	0.1603	0.0817	0.1718	0.1445	0.1799	0.0817	0.2403	0.2395	0.2403	0.2037	0.1577	0.1928	0.1577	0.1881
chr3R	13994584	13994871	chr3R:13994585-13994871	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1442	0.1271	0.1857	0.1178	0.0689	0.1587	0.1388	0.1779	0.0689	0.1848	0.245	0.1848	0.158	0.0865	0.2205	0.0865	0.1131
chr3R	13995011	13995162	chr3R:13995012-13995162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0467	0.061	0.0423	0.0201	0.0583	0.0541	0.0646	0.0201	0.0598	0.0849	0.0598	0.0418	0.026	0.0787	0.026	0.0438
chr3R	13995715	13996199	chr3R:13995716-13996199	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1174	0.1267	0.1214	0.1026	0.0732	0.1282	0.1397	0.1959	0.0732	0.0797	0.1611	0.0797	0.1495	0.0406	0.196	0.0406	0.1146
chr3R	13997884	13998070	chr3R:13997885-13998070	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0931	0.1129	0.0802	0.0851	0.0838	0.1233	0.1449	0.1379	0.0838	0.099	0.0868	0.099	0.0728	0.0796	0.0851	0.0796	0.0735
chr3R	13998322	13998549	chr3R:13998323-13998549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0711	0.0837	0.0579	0.0716	0.0594	0.0835	0.1125	0.0959	0.0594	0.0682	0.0592	0.0682	0.0612	0.0582	0.0619	0.0582	0.0719
chr3R	14009091	14009309	chr3R:14009092-14009309	FBgn0261532	cdm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.0915	0.1367	0.1177	0.0509	0.1049	0.0943	0.1399	0.0509	0.1262	0.1511	0.1262	0.1518	0.1547	0.0941	0.1547	0.1271
chr3R	14011108	14011299	chr3R:14011109-14011299	FBgn0038575,FBgn0038576	Arp5,CG7208	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0651	0.0491	0.0656	0.0824	0.0318	0.0689	0.0506	0.0586	0.0318	0.0664	0.0698	0.0664	0.0914	0.0819	0.0741	0.0819	0.1178
chr3R	14011332	14011517	chr3R:14011333-14011517	FBgn0038575,FBgn0038576	Arp5,CG7208	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0798	0.0642	0.0947	0.0809	0.0371	0.0922	0.0601	0.0826	0.0371	0.1141	0.1035	0.1141	0.1038	0.0911	0.0761	0.0911	0.1079
chr3R	14011600	14011764	chr3R:14011601-14011764	FBgn0038575,FBgn0038576	Arp5,CG7208	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0354	0.0319	0.0499	0.0234	0.0117	0.0442	0.0363	0.0373	0.0117	0.0634	0.0572	0.0634	0.0418	0.0207	0.0219	0.0207	0.0281
chr3R	14014053	14014274	chr3R:14014054-14014274	FBgn0038577	CG12321	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0469	0.0671	0.048	0.0318	0.0539	0.0558	0.0593	0.0318	0.0767	0.0749	0.0767	0.0581	0.0528	0.0509	0.0528	0.0578
chr3R	14014316	14014510	chr3R:14014317-14014510	FBgn0038577,FBgn0038578	CG12321,MED17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0826	0.0682	0.0907	0.0897	0.0392	0.083	0.0757	0.0913	0.0392	0.1099	0.1013	0.1099	0.0922	0.1034	0.0999	0.1034	0.1115
chr3R	14014696	14014889	chr3R:14014697-14014889	FBgn0038577,FBgn0038578	CG12321,MED17	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.104	0.0988	0.1129	0.0998	0.0647	0.1165	0.109	0.1392	0.0647	0.1431	0.1251	0.1431	0.1139	0.1103	0.1064	0.1103	0.1277
chr3R	14014944	14015155	chr3R:14014945-14015155	FBgn0038578	MED17	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0485	0.051	0.057	0.0363	0.0223	0.0539	0.0714	0.064	0.0223	0.0809	0.0598	0.0809	0.0565	0.0398	0.0303	0.0398	0.0448
chr3R	14022413	14022619	chr3R:14022414-14022619	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0712	0.0708	0.0766	0.0657	0.0329	0.0689	0.0891	0.1079	0.0329	0.0616	0.1113	0.0616	0.0527	0.049	0.1341	0.049	0.0443
chr3R	14022859	14023050	chr3R:14022860-14023050	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.1718	0.1739	0.1931	0.1461	0.1262	0.1864	0.2011	0.2365	0.1262	0.2107	0.2174	0.2107	0.1743	0.1432	0.1663	0.1432	0.1214
chr3R	14023566	14023717	chr3R:14023567-14023717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0532	0.0589	0.0509	0.0493	0.0318	0.0456	0.0735	0.1026	0.0318	0.0356	0.0727	0.0356	0.0449	0.0314	0.0928	0.0314	0.0386
chr3R	14024202	14024425	chr3R:14024203-14024425	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1776	0.1787	0.1893	0.1635	0.1326	0.1947	0.2067	0.2338	0.1326	0.2138	0.2203	0.2138	0.1572	0.17	0.1979	0.17	0.1782
chr3R	14024520	14024699	chr3R:14024521-14024699	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1732	0.165	0.2046	0.1479	0.1177	0.1888	0.1903	0.2152	0.1177	0.2591	0.226	0.2591	0.1758	0.1478	0.1438	0.1478	0.1704
chr3R	14024810	14025098	chr3R:14024811-14025098	FBgn0011481	Ssdp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1693	0.1523	0.2004	0.1542	0.1039	0.1752	0.1765	0.1979	0.1039	0.2367	0.2305	0.2367	0.1805	0.1501	0.1605	0.1501	0.1871
chr3R	14025182	14025375	chr3R:14025183-14025375	FBgn0011481	Ssdp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1676	0.1347	0.1971	0.1721	0.0944	0.1617	0.1449	0.1865	0.0944	0.2301	0.2273	0.2301	0.1905	0.1646	0.196	0.1646	0.2043
chr3R	14025474	14025640	chr3R:14025475-14025640	FBgn0011481,FBgn0028499	CG7985,Ssdp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.0995	0.1728	0.1919	0.0657	0.1199	0.1133	0.1319	0.0657	0.1649	0.1987	0.1649	0.1983	0.1769	0.2237	0.1769	0.2293
chr3R	14025754	14025924	chr3R:14025755-14025924	FBgn0011481,FBgn0028499	CG7985,Ssdp	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.157	0.1082	0.1949	0.17	0.0626	0.1422	0.1099	0.1459	0.0626	0.2246	0.2241	0.2246	0.1875	0.1524	0.1966	0.1524	0.1923
chr3R	14040864	14041015	chr3R:14040865-14041015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0269	0.0319	0.0255	0.0148	0.032	0.0294	0.0386	0.0148	0.0284	0.0405	0.0284	0.0333	0.0191	0.0239	0.0191	0.0297
chr3R	14041085	14041256	chr3R:14041086-14041256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0571	0.052	0.0629	0.0565	0.035	0.0626	0.0575	0.0653	0.035	0.058	0.0707	0.058	0.0899	0.0636	0.0484	0.0636	0.0615
chr3R	14041614	14041890	chr3R:14041615-14041890	FBgn0038581	CG14314	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.03	0.0269	0.0379	0.0159	0.0267	0.0476	0.0313	0.0159	0.0205	0.0273	0.0205	0.031	0.0138	0.0155	0.0138	0.0146
chr3R	14045900	14046084	chr3R:14045901-14046084	FBgn0038582,FBgn0038583	CG7183,CG7988	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1018	0.0847	0.1211	0.0997	0.0541	0.0985	0.0943	0.1133	0.0541	0.1467	0.1418	0.1467	0.1146	0.1041	0.1096	0.1041	0.1428
chr3R	14046143	14046358	chr3R:14046144-14046358	FBgn0038582,FBgn0038583	CG7183,CG7988	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1085	0.093	0.135	0.0966	0.0732	0.1073	0.1034	0.1186	0.0732	0.1649	0.1608	0.1649	0.1325	0.1118	0.1096	0.1118	0.1261
chr3R	14046449	14046600	chr3R:14046450-14046600	FBgn0038582,FBgn0038583	CG7183,CG7988	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0454	0.0543	0.0288	0.0255	0.0553	0.0549	0.0573	0.0255	0.0694	0.0669	0.0694	0.0473	0.0375	0.0316	0.0375	0.038
chr3R	14049124	14049336	chr3R:14049125-14049336	FBgn0038584,FBgn0038585	CG7175,CG7993	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.079	0.1247	0.0969	0.0498	0.1	0.0796	0.1133	0.0498	0.16	0.136	0.16	0.1294	0.1133	0.0986	0.1133	0.1324
chr3R	14049338	14049550	chr3R:14049339-14049550	FBgn0038584,FBgn0038585	CG7175,CG7993	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1199	0.098	0.1459	0.1159	0.0647	0.116	0.1038	0.1399	0.0647	0.1963	0.163	0.1963	0.141	0.1302	0.1154	0.1302	0.1579
chr3R	14049585	14049790	chr3R:14049586-14049790	FBgn0038584,FBgn0038585	CG7175,CG7993	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0755	0.0694	0.0957	0.06	0.0414	0.0738	0.0852	0.0953	0.0414	0.1268	0.1074	0.1268	0.0899	0.0636	0.0542	0.0636	0.0834
chr3R	14050326	14050477	chr3R:14050327-14050477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0302	0.0426	0.0332	0.0131	0.0201	0.0461	0.0558	0.0493	0.0201	0.0519	0.0341	0.0519	0.0356	0.0145	0.0129	0.0145	0.0193
chr3R	14051234	14051561	chr3R:14051235-14051561	FBgn0038586	CG7168	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0733	0.0748	0.0939	0.0492	0.0445	0.0743	0.1012	0.0999	0.0445	0.128	0.0984	0.128	0.0937	0.0498	0.0477	0.0498	0.0714
chr3R	14051702	14051891	chr3R:14051703-14051891	FBgn0038586,FBgn0262559	CG7168,Mdh2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1007	0.0895	0.1082	0.1049	0.053	0.1107	0.1051	0.1079	0.053	0.1341	0.1106	0.1341	0.1286	0.0835	0.0967	0.0835	0.1423
chr3R	14052003	14052185	chr3R:14052004-14052185	FBgn0038586,FBgn0262559	CG7168,Mdh2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0602	0.0353	0.0449	0.1049	0.0138	0.0495	0.0407	0.0426	0.0138	0.0459	0.0373	0.0459	0.0751	0.0789	0.0903	0.0789	0.1412
chr3R	14052596	14052755	chr3R:14052597-14052755	FBgn0262559	Mdh2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0337	0.0255	0.0377	0.0383	0.0127	0.0277	0.0355	0.032	0.0127	0.0411	0.027	0.0411	0.0465	0.0306	0.0245	0.0306	0.0693
chr3R	14054573	14054724	chr3R:14054574-14054724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0201	0.0143	0.0214	0.0252	0	0.0117	0.0255	0.0173	0	0.0205	0.0206	0.0205	0.024	0.0138	0.0161	0.0138	0.0594
chr3R	14056108	14056274	chr3R:14056109-14056274	distal	distal	none	none	VT43543.1	VT43543.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0335	0.0317	0.0345	0.0344	0.0148	0.0345	0.0454	0.0373	0.0148	0.029	0.0367	0.029	0.0581	0.0268	0.0348	0.0268	0.0641
chr3R	14058087	14058279	chr3R:14058088-14058279	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT43543.1,VT43544.1,repo_-4.3/-2.3	VT43543.1,VT43544.1,repo_-4.3/-2.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0382	0.0492	0.0386	0.0256	0.0265	0.0471	0.0774	0.048	0.0265	0.0513	0.0363	0.0513	0.0395	0.0184	0.0226	0.0184	0.0495
chr3R	14059673	14059824	chr3R:14059674-14059824	distal	distal	none	none	VT43544.1,repo_pBJ-145	VT43544.1,repo_pBJ-145	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0148	0.0135	0.0207	0.0097	0.0074	0.0136	0.0195	0.014	0.0074	0.0181	0.0164	0.0181	0.0132	0.0069	0.0084	0.0069	0.0167
chr3R	14060632	14060883	chr3R:14060633-14060883	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	repo_-1.9_NR,repo_pBJ-164	repo_pBJ-164	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0631	0.0747	0.0759	0.0361	0.0456	0.0806	0.0852	0.1026	0.0456	0.0761	0.0691	0.0761	0.0434	0.0207	0.0206	0.0207	0.0313
chr3R	14061734	14061972	chr3R:14061735-14061972	FBgn0011701	repo	stage11,stage5	none	repo_-1.9_NR	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1388	0.1319	0.1906	0.0898	0.0742	0.1665	0.1453	0.1726	0.0742	0.224	0.217	0.224	0.1681	0.1026	0.0793	0.1026	0.1042
chr3R	14067768	14067947	chr3R:14067769-14067947	FBgn0020238,FBgn0038588	14-3-3epsilon,CG7156	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0915	0.069	0.1161	0.0897	0.0467	0.0811	0.0796	0.0879	0.0467	0.1437	0.127	0.1437	0.1123	0.1026	0.0954	0.1026	0.11
chr3R	14068029	14068203	chr3R:14068030-14068203	FBgn0020238,FBgn0038588	14-3-3epsilon,CG7156	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1732	0.1503	0.2084	0.1601	0.0933	0.182	0.1747	0.1899	0.0933	0.2572	0.2206	0.2572	0.196	0.1562	0.1883	0.1562	0.1787
chr3R	14068342	14068545	chr3R:14068343-14068545	FBgn0020238,FBgn0038588	14-3-3epsilon,CG7156	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2394	0.2147	0.2846	0.2172	0.1633	0.2573	0.2504	0.2532	0.1633	0.349	0.3093	0.349	0.2696	0.219	0.2553	0.219	0.2496
chr3R	14068616	14068800	chr3R:14068617-14068800	FBgn0020238	14-3-3epsilon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1307	0.1125	0.1676	0.1104	0.0795	0.1257	0.1354	0.1372	0.0795	0.2017	0.1891	0.2017	0.1758	0.1011	0.1399	0.1011	0.1292
chr3R	14068883	14069095	chr3R:14068884-14069095	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1356	0.1474	0.1566	0.0994	0.1071	0.1597	0.1717	0.1932	0.1071	0.18	0.1817	0.18	0.1479	0.0949	0.098	0.0949	0.1042
chr3R	14069129	14069325	chr3R:14069130-14069325	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0879	0.0993	0.0956	0.0668	0.07	0.1083	0.1051	0.1432	0.07	0.1153	0.0945	0.1153	0.0806	0.0651	0.0393	0.0651	0.0646
chr3R	14069386	14069828	chr3R:14069387-14069828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1548	0.156	0.1456	0.1636	0.1018	0.1893	0.1752	0.1992	0.1018	0.163	0.1331	0.163	0.1596	0.17	0.1115	0.17	0.1615
chr3R	14069880	14070046	chr3R:14069881-14070046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0943	0.0745	0.085	0.1266	0.0509	0.0903	0.0761	0.1026	0.0509	0.0924	0.0727	0.0924	0.1162	0.1501	0.098	0.1501	0.1454
chr3R	14070217	14070411	chr3R:14070218-14070411	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1092	0.055	0.1108	0.1679	0.0255	0.0811	0.0562	0.0673	0.0255	0.1425	0.1032	0.1425	0.1619	0.2152	0.1567	0.2152	0.2131
chr3R	14070806	14071013	chr3R:14070807-14071013	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.068	0.0898	0.1064	0.0424	0.0782	0.08	0.0899	0.0424	0.1153	0.0614	0.1153	0.0999	0.1317	0.0458	0.1317	0.0839
chr3R	14075003	14075250	chr3R:14075004-14075250	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.09	0.1081	0.0796	0.0813	0.1103	0.1078	0.1176	0.1419	0.1103	0.0851	0.0794	0.0851	0.0953	0.0789	0.0613	0.0789	0.1006
chr3R	14075436	14075722	chr3R:14075437-14075722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.064	0.0871	0.0556	0.0475	0.0965	0.0835	0.0908	0.1279	0.0965	0.0519	0.0627	0.0519	0.0519	0.0398	0.0361	0.0398	0.0568
chr3R	14075894	14076064	chr3R:14075895-14076064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0406	0.0622	0.0345	0.0231	0.0467	0.0592	0.0679	0.1033	0.0467	0.0296	0.0415	0.0296	0.0318	0.0168	0.0181	0.0168	0.0334
chr3R	14076119	14076384	chr3R:14076120-14076384	FBgn0038589	CG18598	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0602	0.0879	0.0537	0.0365	0.0668	0.0874	0.0969	0.1346	0.0668	0.0483	0.0695	0.0483	0.048	0.023	0.029	0.023	0.0537
chr3R	14076544	14076762	chr3R:14076545-14076762	FBgn0038589	CG18598	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0582	0.0823	0.0536	0.0365	0.0435	0.0951	0.09	0.1186	0.0435	0.0435	0.0672	0.0435	0.0519	0.0299	0.0264	0.0299	0.0438
chr3R	14078431	14078600	chr3R:14078432-14078600	FBgn0038590	CG12320	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.088	0.0862	0.1006	0.076	0.052	0.0995	0.1055	0.1066	0.052	0.1159	0.1158	0.1159	0.1061	0.0758	0.0787	0.0758	0.0964
chr3R	14078665	14078846	chr3R:14078666-14078846	FBgn0038590	CG12320	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0521	0.0607	0.0416	0.0339	0.0636	0.0649	0.0593	0.0339	0.0707	0.0704	0.0707	0.0658	0.0391	0.0438	0.0391	0.05
chr3R	14080898	14081054	chr3R:14080899-14081054	FBgn0260241,FBgn0261019,FBgn0263738,FBgn0263757	Ada2a,Rpb4,moi,tatl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0405	0.0628	0.0411	0.018	0.0466	0.0471	0.058	0.018	0.0876	0.0675	0.0876	0.0658	0.0436	0.0419	0.0436	0.049
chr3R	14081148	14081320	chr3R:14081149-14081320	FBgn0260241,FBgn0261019,FBgn0263738,FBgn0263757	Ada2a,Rpb4,moi,tatl	stage11,stage14,stage5	none	tatl_pPd141/32	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1279	0.116	0.1571	0.109	0.0742	0.1354	0.1324	0.1492	0.0742	0.1963	0.1711	0.1963	0.1557	0.1248	0.1038	0.1248	0.1339
chr3R	14081396	14081575	chr3R:14081397-14081575	FBgn0260241,FBgn0261019,FBgn0263738,FBgn0263757	Ada2a,Rpb4,moi,tatl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0733	0.0684	0.0923	0.0578	0.0403	0.0811	0.0809	0.0873	0.0403	0.1244	0.0968	0.1244	0.0852	0.0567	0.0625	0.0567	0.0677
chr3R	14085843	14086014	chr3R:14085844-14086014	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0135	0.0261	0.0227	0.0042	0.0102	0.0216	0.0167	0.0042	0.0097	0.0129	0.0097	0.0077	0.0061	0.0052	0.0061	0.0078
chr3R	14087252	14087552	chr3R:14087253-14087552	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0421	0.0464	0.0461	0.033	0.0371	0.0432	0.0666	0.0493	0.0371	0.0314	0.0244	0.0314	0.0201	0.0207	0.0155	0.0207	0.0323
chr3R	14090928	14091079	chr3R:14090929-14091079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0248	0.0123	0.0181	0.046	0.0064	0.0131	0.0156	0.016	0.0064	0.0157	0.0193	0.0157	0.0232	0.0368	0.0277	0.0368	0.036
chr3R	14091195	14091352	chr3R:14091196-14091352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0127	0.0227	0.0355	0.0074	0.0146	0.0173	0.014	0.0074	0.026	0.0203	0.026	0.0217	0.023	0.02	0.023	0.0224
chr3R	14092537	14092699	chr3R:14092538-14092699	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0145	0.0223	0.0382	0.0042	0.0121	0.0255	0.0167	0.0042	0.0115	0.01	0.0115	0.0132	0.0084	0.0097	0.0084	0.0224
chr3R	14093414	14093565	chr3R:14093415-14093565	FBgn0038592	CG18599	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.0155	0.0195	0.0188	0.0064	0.0155	0.0247	0.0187	0.0064	0.0151	0.0148	0.0151	0.0279	0.0115	0.0116	0.0115	0.0198
chr3R	14095636	14095813	chr3R:14095637-14095813	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0151	0.0275	0.0497	0.0064	0.0146	0.0238	0.0167	0.0064	0.0175	0.0148	0.0175	0.0155	0.01	0.0129	0.01	0.0151
chr3R	14100085	14100269	chr3R:14100086-14100269	FBgn0026250,FBgn0038593	CG7146,eIF-1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.11	0.0886	0.1217	0.1212	0.0615	0.1058	0.1025	0.1173	0.0615	0.1401	0.1328	0.1401	0.1394	0.1547	0.1193	0.1547	0.1381
chr3R	14100319	14100493	chr3R:14100320-14100493	FBgn0026250,FBgn0038593	CG7146,eIF-1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.153	0.1299	0.1749	0.1547	0.0848	0.1573	0.1419	0.1719	0.0848	0.218	0.1855	0.218	0.189	0.1784	0.1586	0.1784	0.1782
chr3R	14100569	14100744	chr3R:14100570-14100744	FBgn0026250,FBgn0038593	CG7146,eIF-1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0997	0.0897	0.114	0.0953	0.0488	0.115	0.0965	0.1179	0.0488	0.1365	0.1254	0.1365	0.1301	0.1064	0.1032	0.1064	0.1152
chr3R	14100785	14100991	chr3R:14100786-14100991	FBgn0026250	eIF-1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1008	0.1358	0.1415	0.0604	0.1204	0.1003	0.1519	0.0604	0.1691	0.1399	0.1691	0.1472	0.1455	0.1348	0.1455	0.1605
chr3R	14101074	14101254	chr3R:14101075-14101254	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0499	0.0541	0.0463	0.0493	0.0308	0.0612	0.0657	0.0673	0.0308	0.0562	0.046	0.0562	0.0449	0.0475	0.0406	0.0475	0.0516
chr3R	14101725	14101876	chr3R:14101726-14101876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0244	0.0429	0.018	0.0107	0.0382	0.0359	0.0649	0.0413	0.0382	0.0205	0.0235	0.0205	0.0139	0.0077	0.0097	0.0077	0.0146
chr3R	14108799	14109119	chr3R:14108800-14109119	FBgn0038596,FBgn0038597	CG14312,CG8064	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.078	0.0703	0.0878	0.0759	0.0435	0.0811	0.09	0.0813	0.0435	0.1008	0.0907	0.1008	0.1061	0.0735	0.0516	0.0735	0.0839
chr3R	14109246	14109451	chr3R:14109247-14109451	FBgn0038596,FBgn0038597	CG14312,CG8064	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1326	0.1153	0.1558	0.1264	0.0795	0.1383	0.1324	0.1419	0.0795	0.1908	0.1617	0.1908	0.1712	0.1485	0.1109	0.1485	0.1292
chr3R	14109582	14109733	chr3R:14109583-14109733	FBgn0038596,FBgn0038597	CG14312,CG8064	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0506	0.0477	0.0643	0.0389	0.0244	0.0607	0.0575	0.0586	0.0244	0.0827	0.0701	0.0827	0.0565	0.0482	0.038	0.0482	0.0417
chr3R	14114448	14114599	chr3R:14114449-14114599	FBgn0038598	CG7131	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0215	0.0325	0.0194	0.0116	0.0212	0.0291	0.0545	0.0266	0.0212	0.0205	0.0212	0.0205	0.0186	0.0054	0.0116	0.0054	0.0229
chr3R	14117818	14117969	chr3R:14117819-14117969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.021	0.0209	0.0221	0.0199	0.0106	0.016	0.0372	0.02	0.0106	0.0242	0.0232	0.0242	0.0333	0.0115	0.0084	0.0115	0.0495
chr3R	14118239	14118468	chr3R:14118240-14118468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0323	0.0332	0.0308	0.033	0.0148	0.0383	0.0558	0.0233	0.0148	0.0314	0.0312	0.0314	0.0511	0.0199	0.0123	0.0199	0.0902
chr3R	14120335	14120486	chr3R:14120336-14120486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0239	0.0236	0.0214	0.027	0.0148	0.0194	0.0394	0.0227	0.0148	0.0169	0.0302	0.0169	0.0263	0.0153	0.0561	0.0153	0.0344
chr3R	14123037	14123331	chr3R:14123038-14123331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0622	0.0774	0.0628	0.0447	0.0488	0.0932	0.0995	0.0826	0.0488	0.055	0.0598	0.055	0.1108	0.0322	0.0316	0.0322	0.0917
chr3R	14123455	14123627	chr3R:14123456-14123627	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.054	0.0604	0.06	0.0401	0.0414	0.0709	0.0779	0.062	0.0414	0.0495	0.0492	0.0495	0.1239	0.01	0.0303	0.01	0.0891
chr3R	14124031	14124244	chr3R:14124032-14124244	FBgn0010877	l(3)05822	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.1977	0.2159	0.2226	0.15	0.1951	0.2136	0.2755	0.2578	0.1951	0.2077	0.2563	0.2077	0.2192	0.1279	0.1812	0.1279	0.1428
chr3R	14124516	14124707	chr3R:14124517-14124707	FBgn0010877,FBgn0024432	Dlc90F,l(3)05822	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2251	0.205	0.273	0.1951	0.1654	0.2262	0.2444	0.2565	0.1654	0.3261	0.2961	0.3261	0.2727	0.196	0.1934	0.196	0.2308
chr3R	14124833	14125016	chr3R:14124834-14125016	FBgn0010877,FBgn0024432	Dlc90F,l(3)05822	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1893	0.1656	0.2311	0.1699	0.1357	0.1942	0.1825	0.2065	0.1357	0.2911	0.2453	0.2911	0.2432	0.196	0.167	0.196	0.1928
chr3R	14125083	14125345	chr3R:14125084-14125345	FBgn0010877,FBgn0024432	Dlc90F,l(3)05822	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0875	0.0747	0.1076	0.0798	0.0424	0.0927	0.0891	0.0913	0.0424	0.131	0.1158	0.131	0.1162	0.0819	0.089	0.0819	0.0985
chr3R	14127120	14127363	chr3R:14127121-14127363	FBgn0038601	CG18600	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0677	0.0835	0.0535	0.0414	0.0757	0.0869	0.0806	0.0414	0.1075	0.0897	0.1075	0.0883	0.0605	0.0632	0.0605	0.0615
chr3R	14127377	14127559	chr3R:14127378-14127559	FBgn0038601	CG18600	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0927	0.1077	0.0769	0.0594	0.1029	0.1163	0.1113	0.0594	0.1407	0.1238	0.1407	0.1046	0.0835	0.0993	0.0835	0.0865
chr3R	14135779	14136030	chr3R:14135780-14136030	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0169	0.0396	0.046	0.0064	0.0252	0.0212	0.016	0.0064	0.0254	0.0714	0.0254	0.0232	0.0184	0.1476	0.0184	0.0214
chr3R	14136613	14136853	chr3R:14136614-14136853	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0535	0.0182	0.0692	0.0758	0.0053	0.032	0.0169	0.0207	0.0053	0.0169	0.1302	0.0169	0.0612	0.0092	0.2411	0.0092	0.0307
chr3R	14137293	14137570	chr3R:14137294-14137570	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0821	0.0348	0.1081	0.1065	0.0064	0.0539	0.0428	0.0373	0.0064	0.0447	0.1614	0.0447	0.1402	0.0429	0.2334	0.0429	0.0724
chr3R	14140060	14140211	chr3R:14140061-14140211	FBgn0038603	PKD	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0045	0.0047	0.0171	0.0021	0.0058	0.0061	0.0047	0.0021	0.0042	0.0045	0.0042	0.0077	0.0061	0.0077	0.0061	0.012
chr3R	14140502	14140653	chr3R:14140503-14140653	FBgn0038603	PKD	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.004	0.0063	0.0189	0	0.0049	0.0069	0.0033	0	0.0042	0.0077	0.0042	0.0077	0.0092	0.0174	0.0092	0.0125
chr3R	14141061	14141212	chr3R:14141062-14141212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.006	0.0074	0.0221	0	0.0063	0.0108	0.006	0	0.0066	0.0048	0.0066	0.0108	0.0069	0.0142	0.0069	0.0177
chr3R	14141336	14141487	chr3R:14141337-14141487	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0049	0.0044	0.0185	0	0.0053	0.0108	0.0013	0	0.003	0.0032	0.003	0.0023	0.0046	0.0058	0.0046	0.0135
chr3R	14154636	14154787	chr3R:14154637-14154787	FBgn0051235	CG31235	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.0132	0.0123	0.0138	0.0074	0.0184	0.0156	0.0107	0.0074	0.0163	0.0087	0.0163	0.0232	0.0092	0.0045	0.0092	0.0339
chr3R	14155081	14155232	chr3R:14155082-14155232	FBgn0051235	CG31235	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0118	0.0076	0.0105	0.018	0.0011	0.0102	0.0121	0.0067	0.0011	0.0079	0.0093	0.0079	0.024	0.0061	0.0077	0.0061	0.0505
chr3R	14156209	14156360	chr3R:14156210-14156360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.011	0.0092	0.0117	0.0121	0.0074	0.0073	0.0177	0.0073	0.0074	0.0163	0.0061	0.0163	0.0217	0.0123	0.0084	0.0123	0.025
chr3R	14161980	14162131	chr3R:14161981-14162131	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0089	0.0105	0.0071	0.0092	0.0064	0.0068	0.0186	0.0107	0.0064	0.0139	0.0051	0.0139	0.007	8e-04	0.0026	8e-04	0.0052
chr3R	14164443	14164594	chr3R:14164444-14164594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0092	0.0071	0.0127	0.0077	0.0032	0.0083	0.0134	0.004	0.0032	0.0356	0.0061	0.0356	0.0132	0.0069	0.0052	0.0069	0.0099
chr3R	14184333	14184484	chr3R:14184334-14184484	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0085	0.0096	0.0113	0.0032	0.0087	0.0138	0.01	0.0032	0.0097	0.0141	0.0097	0.0077	0.0115	0.0129	0.0115	0.0052
chr3R	14186433	14186630	chr3R:14186434-14186630	FBgn0038606	CG15803	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0071	0.0096	0.0319	0.0064	0.0073	0.0099	0.0087	0.0064	0.0115	0.0074	0.0115	0.0101	0.0314	0.0064	0.0314	0.0089
chr3R	14191485	14191667	chr3R:14191486-14191667	FBgn0038608	WRNexo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0351	0.0411	0.0281	0.0127	0.0417	0.0333	0.0546	0.0127	0.032	0.0492	0.032	0.0496	0.0214	0.0271	0.0214	0.0344
chr3R	14191828	14192012	chr3R:14191829-14192012	FBgn0038608,FBgn0038609	Nup43,WRNexo	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.112	0.0925	0.1401	0.103	0.0477	0.1286	0.0757	0.1446	0.0477	0.1329	0.1666	0.1329	0.1448	0.0972	0.1012	0.0972	0.1371
chr3R	14192244	14192440	chr3R:14192245-14192440	FBgn0038608,FBgn0038609	Nup43,WRNexo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.146	0.1204	0.1801	0.1373	0.0859	0.1505	0.1163	0.1739	0.0859	0.1963	0.2003	0.1963	0.189	0.1562	0.1328	0.1562	0.1699
chr3R	14192502	14192674	chr3R:14192503-14192674	FBgn0038609	Nup43	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0604	0.0484	0.0765	0.0563	0.0212	0.0578	0.0554	0.0693	0.0212	0.0972	0.0797	0.0972	0.0705	0.0567	0.058	0.0567	0.0646
chr3R	14194434	14194585	chr3R:14194435-14194585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0167	0.0214	0.0266	0.0032	0.0194	0.0186	0.0273	0.0032	0.0169	0.0222	0.0169	0.0225	0.0077	0.0045	0.0077	0.0115
chr3R	14197238	14197424	chr3R:14197239-14197424	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0792	0.0661	0.1015	0.0693	0.0265	0.1005	0.061	0.0873	0.0265	0.1359	0.1055	0.1359	0.0658	0.0888	0.0709	0.0888	0.0599
chr3R	14198688	14198985	chr3R:14198689-14198985	FBgn0004618	gl	stage11,stage14,stage5	none	gl_multimer_2b	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0943	0.0594	0.1409	0.0822	0.0106	0.1053	0.0398	0.0866	0.0106	0.1341	0.1559	0.1341	0.048	0.0513	0.0593	0.0513	0.0354
chr3R	14199573	14199800	chr3R:14199574-14199800	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0424	0.0376	0.061	0.0272	0.0159	0.0398	0.0329	0.0726	0.0159	0.0399	0.0965	0.0399	0.0194	0.0207	0.0509	0.0207	0.0188
chr3R	14202537	14202810	chr3R:14202538-14202810	distal	distal	none	none	VT43613.1	VT43613.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.021	0.0199	0.0241	0.0188	0.0095	0.0194	0.0264	0.028	0.0095	0.0163	0.0248	0.0163	0.0132	0.0077	0.0251	0.0077	0.0109
chr3R	14206118	14206269	chr3R:14206119-14206269	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0108	0.0148	0.0241	0.0032	0.0117	0.016	0.0127	0.0032	0.0103	0.0235	0.0103	0.0132	0.0031	0.0864	0.0031	0.0089
chr3R	14206511	14206670	chr3R:14206512-14206670	FBgn0038610	CG7675	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0237	0.0088	0.0212	0.0429	0.0032	0.0078	0.0138	0.0107	0.0032	0.0085	0.0344	0.0085	0.0287	0.0054	0.1534	0.0054	0.0188
chr3R	14206866	14207055	chr3R:14206867-14207055	FBgn0038610	CG7675	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0116	0.0286	0.0571	0.0042	0.0131	0.0164	0.014	0.0042	0.0121	0.0502	0.0121	0.0248	0.0046	0.2224	0.0046	0.0193
chr3R	14215858	14216024	chr3R:14215859-14216024	FBgn0038613	Vha100-4	stage14	none	VT43620.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0423	0.0366	0.0444	0.0462	0.017	0.0485	0.0454	0.0373	0.017	0.0495	0.0447	0.0495	0.0728	0.0567	0.0445	0.0567	0.086
chr3R	14216150	14216442	chr3R:14216151-14216442	distal	distal	none	none	VT43620.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0298	0.0373	0.0358	0.0159	0.0282	0.0428	0.036	0.0159	0.0447	0.0367	0.0447	0.0488	0.0513	0.0329	0.0513	0.0599
chr3R	14216589	14216740	chr3R:14216590-14216740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.0172	0.0193	0.0184	0.0095	0.0146	0.0229	0.0266	0.0095	0.0211	0.019	0.0211	0.0294	0.0145	0.0148	0.0145	0.0391
chr3R	14222622	14222845	chr3R:14222623-14222845	FBgn0051232	koko	stage11,stage14,stage5	none	VT43624.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1213	0.1609	0.1303	0.0795	0.1471	0.1259	0.1672	0.0795	0.0574	0.2617	0.0574	0.1967	0.0597	0.2308	0.0597	0.2027
chr3R	14223007	14223299	chr3R:14223008-14223299	FBgn0051232	koko	stage11,stage14	none	VT43624.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1248	0.0682	0.1444	0.1664	0.0265	0.1015	0.0666	0.0899	0.0265	0.0737	0.1887	0.0737	0.2424	0.1302	0.205	0.1302	0.2981
chr3R	14224258	14224468	chr3R:14224259-14224468	FBgn0028670	Vha100-2	stage11,stage14,stage5	none	VT43625.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0879	0.0759	0.1129	0.0739	0.0647	0.0743	0.0939	0.0979	0.0647	0.0525	0.1579	0.0525	0.1836	0.0559	0.138	0.0559	0.0985
chr3R	14224807	14225061	chr3R:14224808-14225061	FBgn0028670	Vha100-2	stage11,stage14,stage5	none	VT43625.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1294	0.095	0.1633	0.1308	0.0721	0.1092	0.1081	0.1166	0.0721	0.1492	0.1907	0.1492	0.2696	0.2083	0.167	0.2083	0.1756
chr3R	14225315	14225485	chr3R:14225316-14225485	FBgn0028670	Vha100-2	stage11,stage5	none	VT43625.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1449	0.1266	0.175	0.1323	0.0944	0.1408	0.1445	0.1646	0.0944	0.2162	0.1994	0.2162	0.2076	0.1508	0.1464	0.1508	0.1746
chr3R	14228367	14228553	chr3R:14228368-14228553	FBgn0038617	CG12333	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1298	0.1194	0.1463	0.1232	0.0986	0.1398	0.1306	0.1592	0.0986	0.18	0.1666	0.18	0.1603	0.1294	0.1335	0.1294	0.1376
chr3R	14228673	14228841	chr3R:14228674-14228841	FBgn0038617	CG12333	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1164	0.1012	0.1395	0.1079	0.0774	0.1296	0.1012	0.1399	0.0774	0.1806	0.1534	0.1806	0.1433	0.1095	0.1231	0.1095	0.1339
chr3R	14228871	14229112	chr3R:14228872-14229112	FBgn0038617	CG12333	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1647	0.1593	0.1926	0.14	0.1379	0.1801	0.1726	0.2199	0.1379	0.2162	0.2354	0.2162	0.2014	0.1401	0.1838	0.1401	0.1641
chr3R	14229218	14229369	chr3R:14229219-14229369	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.059	0.0546	0.0708	0.0511	0.0361	0.0641	0.0549	0.0833	0.0361	0.0749	0.0891	0.0749	0.0767	0.0551	0.0787	0.0551	0.0584
chr3R	14230327	14230479	chr3R:14230328-14230479	FBgn0038619	CG7685	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0558	0.055	0.0675	0.044	0.0308	0.0592	0.0796	0.0593	0.0308	0.0791	0.0768	0.0791	0.0651	0.0452	0.0451	0.0452	0.0667
chr3R	14230580	14230745	chr3R:14230581-14230745	FBgn0038619	CG7685	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1087	0.1047	0.1283	0.0918	0.0742	0.1233	0.1298	0.1226	0.0742	0.1528	0.1347	0.1528	0.1441	0.1011	0.0799	0.1011	0.1308
chr3R	14230830	14230981	chr3R:14230831-14230981	FBgn0038619	CG7685	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0494	0.05	0.0596	0.0376	0.0382	0.0558	0.0619	0.056	0.0382	0.0676	0.0605	0.0676	0.0744	0.0444	0.0309	0.0444	0.0526
chr3R	14232161	14232392	chr3R:14232162-14232392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0349	0.0525	0.0293	0.0214	0.0308	0.0451	0.0809	0.0653	0.0308	0.032	0.0293	0.032	0.0271	0.0184	0.0155	0.0184	0.0271
chr3R	14237232	14237383	chr3R:14237233-14237383	FBgn0038621	CG10864	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0269	0.026	0.0275	0.0273	0.0191	0.0238	0.035	0.0353	0.0191	0.038	0.027	0.038	0.0271	0.0743	0.0187	0.0743	0.025
chr3R	14237918	14238069	chr3R:14237919-14238069	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0571	0.0449	0.0589	0.0688	0.0276	0.0568	0.0571	0.044	0.0276	0.0676	0.054	0.0676	0.0713	0.0942	0.0522	0.0942	0.0917
chr3R	14238205	14238393	chr3R:14238206-14238393	FBgn0051122	CG31122	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1963	0.1771	0.2249	0.1865	0.1336	0.2102	0.2029	0.2179	0.1336	0.2886	0.2222	0.2886	0.2177	0.1884	0.1618	0.1884	0.2246
chr3R	14238466	14238682	chr3R:14238467-14238682	FBgn0051122	CG31122	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1809	0.1671	0.2223	0.1508	0.1135	0.1985	0.2003	0.1979	0.1135	0.2566	0.2402	0.2566	0.213	0.1508	0.1451	0.1508	0.1767
chr3R	14238780	14238951	chr3R:14238781-14238951	FBgn0051122	CG31122	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1718	0.1532	0.2058	0.1554	0.1029	0.1738	0.1903	0.1792	0.1029	0.2252	0.2199	0.2252	0.2169	0.1585	0.1605	0.1585	0.1871
chr3R	14248317	14248468	chr3R:14248318-14248468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.01	0.0127	0.0077	0.0096	0.0064	0.0078	0.026	0.0127	0.0064	0.0109	0.0058	0.0109	0.0108	0.0222	0.0058	0.0222	0.0104
chr3R	14250182	14250333	chr3R:14250183-14250333	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0182	0.0307	0.0147	0.0082	0.018	0.0218	0.0575	0.0293	0.018	0.0302	0.0125	0.0302	0.0124	0.0222	0.0052	0.0222	0.0052
chr3R	14262775	14262956	chr3R:14262776-14262956	distal	distal	stage14	stage14	VT43643.1,VT43644.1	VT43643.1,VT43644.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0125	0.0236	0.0298	0.0053	0.015	0.019	0.01	0.0053	0.0236	0.018	0.0236	0.0534	0.0391	0.0181	0.0391	0.0542
chr3R	14265009	14265192	chr3R:14265010-14265192	distal	distal	stage14	stage14	VT43645.1	VT43645.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.011	0.0148	0.0299	0.0064	0.0112	0.0173	0.0093	0.0064	0.0127	0.0106	0.0127	0.0434	0.0283	0.0155	0.0283	0.0719
chr3R	14275993	14276280	chr3R:14275994-14276280	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0432	0.0745	0.0307	0.0219	0.0764	0.0471	0.1285	0.068	0.0764	0.0302	0.0305	0.0302	0.0589	0.0245	0.0155	0.0245	0.0443
chr3R	14299727	14299931	chr3R:14299728-14299931	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0311	0.0415	0.0234	0.028	0.0297	0.0432	0.0506	0.0526	0.0297	0.0266	0.0248	0.0266	0.0263	0.0467	0.0129	0.0467	0.0313
chr3R	14300113	14300264	chr3R:14300114-14300264	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0152	0.0262	0.009	0.0099	0.0244	0.0199	0.0471	0.02	0.0244	0.0091	0.01	0.0091	0.0085	0.0168	0.0097	0.0168	0.0094
chr3R	14333543	14333715	chr3R:14333544-14333715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0265	0.0172	0.0265	0.0369	0.0106	0.016	0.0329	0.008	0.0106	0.0356	0.0244	0.0356	0.0434	0.0322	0.0484	0.0322	0.0631
chr3R	14333953	14334104	chr3R:14333954-14334104	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0032	0.0041	0.0173	0.0011	0.0029	0.0069	0.002	0.0011	0.003	0.0023	0.003	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0068
chr3R	14334283	14334434	chr3R:14334284-14334434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0067	0.0062	0.0156	0.0032	0.0078	0.0112	0.006	0.0032	0.0115	0.0039	0.0115	0.0054	0.0023	0.0019	0.0023	0.0068
chr3R	14371108	14371358	chr3R:14371109-14371358	FBgn0004652	fru	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0306	0.0542	0.0241	0.0113	0.0403	0.0398	0.0709	0.0833	0.0403	0.0193	0.037	0.0193	0.0093	0.0061	0.009	0.0061	0.0031
chr3R	14371375	14371752	chr3R:14371376-14371752	FBgn0004652	fru	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0461	0.0815	0.039	0.0143	0.0657	0.068	0.0943	0.1312	0.0657	0.0356	0.0576	0.0356	0.0139	0.0069	0.009	0.0069	0.0052
chr3R	14372510	14372710	chr3R:14372511-14372710	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0477	0.0228	0.0182	0.0329	0.0393	0.0623	0.0706	0.0329	0.0187	0.0289	0.0187	0.0147	0.0054	0.0129	0.0054	0.0078
chr3R	14372766	14372943	chr3R:14372767-14372943	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0328	0.0505	0.0278	0.0185	0.0286	0.0442	0.0588	0.0853	0.0286	0.0229	0.0338	0.0229	0.0209	0.0092	0.0123	0.0092	0.0052
chr3R	14384775	14384926	chr3R:14384776-14384926	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0098	0.0202	0.0039	0.0047	0.0212	0.0102	0.0428	0.0093	0.0212	0.0042	0.0058	0.0042	0.0015	0.0054	6e-04	0.0054	0.0042
chr3R	14392669	14392820	chr3R:14392670-14392820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0216	0.0172	0.0249	0.0228	0.0095	0.0165	0.0298	0.016	0.0095	0.029	0.0277	0.029	0.0364	0.0253	0.0232	0.0253	0.0438
chr3R	14398205	14398368	chr3R:14398206-14398368	FBgn0023083,FBgn0038627	CG7694,fray	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0074	0.0143	0.0384	0.0053	0.0073	0.0117	0.0067	0.0053	0.0085	0.0138	0.0085	0.031	0.0161	0.0419	0.0161	0.0584
chr3R	14398697	14398854	chr3R:14398698-14398854	FBgn0023083,FBgn0038627	CG7694,fray	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0525	0.0278	0.0407	0.093	0.017	0.0272	0.0389	0.036	0.017	0.0284	0.0434	0.0284	0.0813	0.0926	0.0941	0.0926	0.135
chr3R	14399077	14399322	chr3R:14399078-14399322	FBgn0023083,FBgn0038627	CG7694,fray	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0456	0.032	0.0415	0.0653	0.018	0.0311	0.0471	0.0406	0.018	0.0229	0.0463	0.0229	0.0844	0.0528	0.0928	0.0528	0.0813
chr3R	14399430	14399599	chr3R:14399431-14399599	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0877	0.0742	0.0933	0.0966	0.0435	0.0757	0.0895	0.1073	0.0435	0.0682	0.1125	0.0682	0.1503	0.0881	0.1335	0.0881	0.1292
chr3R	14399759	14399943	chr3R:14399760-14399943	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0641	0.0503	0.0754	0.067	0.0329	0.0602	0.0575	0.0653	0.0329	0.0743	0.0846	0.0743	0.127	0.0773	0.0819	0.0773	0.1063
chr3R	14409262	14409547	chr3R:14409263-14409547	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0642	0.0214	0.0617	0.1146	0.0074	0.0311	0.0303	0.014	0.0074	0.0459	0.0379	0.0459	0.2053	0.1194	0.1277	0.1194	0.2199
chr3R	14409728	14409889	chr3R:14409729-14409889	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0639	0.011	0.0569	0.1308	0.0011	0.018	0.0138	0.01	0.0011	0.0556	0.0367	0.0556	0.172	0.1616	0.1651	0.1616	0.2142
chr3R	14410064	14410260	chr3R:14410065-14410260	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0831	0.0193	0.0698	0.1691	0.0064	0.035	0.0203	0.0167	0.0064	0.0562	0.0511	0.0562	0.2076	0.255	0.2044	0.255	0.2606
chr3R	14410338	14410544	chr3R:14410339-14410544	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0547	0.0191	0.05	0.0997	0.0085	0.0272	0.0238	0.018	0.0085	0.0429	0.0379	0.0429	0.1441	0.1202	0.1231	0.1202	0.1694
chr3R	14411023	14411174	chr3R:14411024-14411174	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0243	0.043	0.061	0.0191	0.0316	0.032	0.02	0.0191	0.0368	0.0379	0.0368	0.1108	0.0636	0.0703	0.0636	0.1115
chr3R	14411258	14411487	chr3R:14411259-14411487	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0981	0.0528	0.1095	0.1362	0.0255	0.0767	0.0666	0.0433	0.0255	0.1473	0.0913	0.1473	0.2169	0.1746	0.1515	0.1746	0.2371
chr3R	14416540	14416737	chr3R:14416541-14416737	FBgn0263974	qin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0694	0.0473	0.0372	0.0498	0.0723	0.0982	0.0706	0.0498	0.061	0.0482	0.061	0.0736	0.0544	0.0316	0.0544	0.0677
chr3R	14447098	14447249	chr3R:14447099-14447249	FBgn0038629	CG14304	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0239	0.0231	0.0241	0.0245	0.0085	0.0175	0.0394	0.028	0.0085	0.0205	0.0363	0.0205	0.0201	0.0054	0.0832	0.0054	0.0104
chr3R	14454107	14454368	chr3R:14454108-14454368	FBgn0051228	tRNA:CR31228	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0691	0.0761	0.0549	0.0767	0.0732	0.0665	0.0869	0.1186	0.0732	0.0338	0.0749	0.0338	0.0775	0.023	0.185	0.023	0.1021
chr3R	14467199	14467350	chr3R:14467200-14467350	FBgn0038632	CG14301	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0108	0.0112	0.0203	0.0032	0.016	0.0134	0.0107	0.0032	0.0072	0.018	0.0072	0.0139	0.0046	0.0613	0.0046	0.0177
chr3R	14470056	14470207	chr3R:14470057-14470207	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0122	0.0262	0.0067	0.0025	0.0265	0.0165	0.0359	0.036	0.0265	0.006	0.0084	0.006	0.0085	0.0023	0.0058	0.0023	5e-04
chr3R	14470323	14470474	chr3R:14470324-14470474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0144	0.028	0.0102	0.0038	0.0212	0.015	0.0502	0.034	0.0212	0.0085	0.0141	0.0085	0.0108	0.0038	0.0058	0.0038	0.0047
chr3R	14484023	14484321	chr3R:14484024-14484321	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0662	0.0878	0.0525	0.0276	0.0869	0.0714	0.0939	0.0276	0.1008	0.1045	0.1008	0.0806	0.0406	0.0625	0.0406	0.0584
chr3R	14484422	14484621	chr3R:14484423-14484621	FBgn0027841,FBgn0051224	CG31224,CstF-64	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1112	0.0961	0.1529	0.0824	0.0551	0.1209	0.0891	0.1546	0.0551	0.1999	0.1778	0.1999	0.1193	0.0827	0.1044	0.0827	0.086
chr3R	14484663	14484854	chr3R:14484664-14484854	FBgn0027841,FBgn0051224	CG31224,CstF-64	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.1356	0.2349	0.1912	0.0732	0.1859	0.1241	0.1979	0.0732	0.2899	0.2637	0.2899	0.2293	0.1884	0.2224	0.1884	0.2397
chr3R	14484966	14485130	chr3R:14484967-14485130	FBgn0027841,FBgn0051224	CG31224,CstF-64	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2161	0.1846	0.2619	0.2011	0.1145	0.2422	0.1873	0.2578	0.1145	0.3237	0.2916	0.3237	0.2355	0.206	0.2205	0.206	0.2355
chr3R	14485227	14485394	chr3R:14485228-14485394	FBgn0027841,FBgn0051224	CG31224,CstF-64	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.1291	0.1801	0.129	0.0827	0.1612	0.1393	0.1732	0.0827	0.2156	0.2029	0.2156	0.1727	0.1179	0.1412	0.1179	0.1652
chr3R	14485494	14485709	chr3R:14485495-14485709	FBgn0027841	CstF-64	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0702	0.0617	0.0872	0.061	0.035	0.0728	0.0701	0.0826	0.035	0.1178	0.0891	0.1178	0.0852	0.0674	0.0793	0.0674	0.0672
chr3R	14489160	14489555	chr3R:14489161-14489555	FBgn0044871,FBgn0261065	Cpsf73,Gos28	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1467	0.1386	0.1701	0.1301	0.0827	0.1684	0.1544	0.1852	0.0827	0.2107	0.1939	0.2107	0.1603	0.1508	0.1412	0.1508	0.1673
chr3R	14493208	14493359	chr3R:14493209-14493359	FBgn0051229	CG31229	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0315	0.0388	0.0311	0.0138	0.033	0.0424	0.0433	0.0138	0.0441	0.046	0.0441	0.0418	0.0314	0.0335	0.0314	0.036
chr3R	14493479	14493654	chr3R:14493480-14493654	FBgn0051229	CG31229	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0964	0.0796	0.1152	0.0946	0.0541	0.0874	0.0943	0.1059	0.0541	0.1461	0.1302	0.1461	0.1193	0.1011	0.098	0.1011	0.1199
chr3R	14493743	14493970	chr3R:14493744-14493970	FBgn0051229	CG31229	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0537	0.081	0.0575	0.0297	0.0592	0.0696	0.0686	0.0297	0.099	0.0842	0.099	0.0976	0.0567	0.0664	0.0567	0.0761
chr3R	14494974	14495211	chr3R:14494975-14495211	FBgn0038638	CG7702	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.058	0.0252	0.0711	0.0805	0.0138	0.0282	0.0359	0.024	0.0138	0.0302	0.1283	0.0302	0.0612	0.0383	0.2263	0.0383	0.0662
chr3R	14495414	14495565	chr3R:14495415-14495565	FBgn0038638	CG7702	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0315	0.0188	0.0341	0.0428	0.0127	0.0214	0.0272	0.0173	0.0127	0.0211	0.0505	0.0211	0.038	0.0268	0.0941	0.0268	0.0521
chr3R	14495749	14495908	chr3R:14495750-14495908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0224	0.0407	0.0473	0.0095	0.0286	0.0298	0.024	0.0095	0.0314	0.0563	0.0314	0.0589	0.0314	0.0832	0.0314	0.0782
chr3R	14496118	14496270	chr3R:14496119-14496270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0384	0.0267	0.0416	0.048	0.0106	0.0374	0.032	0.0313	0.0106	0.0362	0.0453	0.0362	0.0891	0.0444	0.0432	0.0444	0.0974
chr3R	14496453	14496604	chr3R:14496454-14496604	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0581	0.0405	0.0742	0.06	0.0244	0.0485	0.0458	0.054	0.0244	0.0682	0.0849	0.0682	0.1332	0.0842	0.0535	0.0842	0.1053
chr3R	14496629	14496902	chr3R:14496630-14496902	FBgn0051230	CG31230	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1021	0.0578	0.1393	0.1107	0.0244	0.0816	0.0567	0.0793	0.0244	0.1316	0.1521	0.1316	0.251	0.1447	0.1186	0.1447	0.186
chr3R	14497015	14497166	chr3R:14497016-14497166	FBgn0051230	CG31230	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0422	0.0265	0.0527	0.0482	0.0032	0.0364	0.0324	0.0366	0.0032	0.0495	0.0531	0.0495	0.1046	0.0482	0.0464	0.0482	0.0933
chr3R	14502857	14503008	chr3R:14502858-14503008	FBgn0038639	CG7705	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.03	0.0372	0.028	0.0159	0.0306	0.0437	0.034	0.0159	0.0459	0.0469	0.0459	0.0349	0.0306	0.0284	0.0306	0.0391
chr3R	14503182	14503373	chr3R:14503183-14503373	FBgn0038639,FBgn0038640	CG7705,CG7706	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1296	0.1194	0.1454	0.1237	0.0827	0.1403	0.1319	0.1559	0.0827	0.1872	0.1656	0.1872	0.1387	0.1348	0.1289	0.1348	0.1563
chr3R	14503447	14503643	chr3R:14503448-14503643	FBgn0038639,FBgn0038640	CG7705,CG7706	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1004	0.0961	0.1133	0.0909	0.0753	0.1131	0.1116	0.1213	0.0753	0.1377	0.1296	0.1377	0.1154	0.108	0.0909	0.108	0.1193
chr3R	14506150	14506301	chr3R:14506151-14506301	FBgn0038641	CG7708	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.0157	0.014	0.028	0.0127	0.0121	0.0264	0.0153	0.0127	0.0091	0.0167	0.0091	0.0139	0.0046	0.0071	0.0046	0.0172
chr3R	14506718	14506869	chr3R:14506719-14506869	FBgn0038641	CG7708	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.0194	0.0178	0.0195	0.0159	0.016	0.0316	0.0207	0.0159	0.0139	0.0193	0.0139	0.0248	0.0138	0.0148	0.0138	0.0193
chr3R	14507035	14507186	chr3R:14507036-14507186	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.016	0.0173	0.0201	0.0106	0.0126	0.0251	0.0187	0.0106	0.0187	0.018	0.0187	0.0178	0.0138	0.0103	0.0138	0.013
chr3R	14524760	14524977	chr3R:14524761-14524977	distal	distal	stage14	stage14	VT43782.1	VT43782.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0136	0.0159	0.0318	0.0085	0.0121	0.0229	0.0113	0.0085	0.0151	0.0125	0.0151	0.0077	0.0077	0.0071	0.0077	0.013
chr3R	14527635	14527786	chr3R:14527636-14527786	distal	distal	none	none	VT43784.1	VT43784.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0095	0.0085	0.0149	0.0032	0.0102	0.016	0.008	0.0032	0.0048	0.0068	0.0048	0.0085	0.0031	0.0058	0.0031	0.0042
chr3R	14528041	14528192	chr3R:14528042-14528192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0093	0.0086	0.0223	0.0042	0.0058	0.0177	0.01	0.0042	0.003	0.008	0.003	0.0054	0.0061	0.0026	0.0061	0.0052
chr3R	14531057	14531227	chr3R:14531058-14531227	FBgn0000303,FBgn0015323	Cha,VAChT	stage14	none	VT43787.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0069	0.0098	0.0284	0.0032	0.0053	0.0125	0.0067	0.0032	0.0072	0.0068	0.0072	0.007	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chr3R	14533356	14533544	chr3R:14533357-14533544	distal	distal	stage14	stage14	VT43788.1	VT43788.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0117	0.0156	0.0408	0.0042	0.0112	0.0221	0.0093	0.0042	0.0066	0.0087	0.0066	0.0116	0.0061	0.0039	0.0061	0.0089
chr3R	14534908	14535059	chr3R:14534909-14535059	distal	distal	none	none	VT43789.1	VT43789.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0076	0.0096	0.0209	0.0032	0.0053	0.0147	0.008	0.0032	0.0079	0.0068	0.0079	0.0062	0.0015	0.0045	0.0015	0.0068
chr3R	14535457	14535608	chr3R:14535458-14535608	distal	distal	stage14	stage14	VT43789.1	VT43789.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0079	0.0061	0.0184	0.0021	0.0063	0.0156	0.0047	0.0021	0.0054	0.0045	0.0054	0.0031	0.0023	0.0045	0.0023	0.0063
chr3R	14536589	14536740	chr3R:14536590-14536740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0076	0.0112	0.026	0.0032	0.0068	0.0138	0.0053	0.0032	0.0054	0.009	0.0054	0.0116	0.0092	0.0039	0.0092	0.0167
chr3R	14536983	14537134	chr3R:14536984-14537134	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0088	0.0124	0.0249	0.0021	0.0092	0.0138	0.01	0.0021	0.0127	0.0071	0.0127	0.024	0.0069	0.009	0.0069	0.0162
chr3R	14544982	14545133	chr3R:14544983-14545133	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0095	0.011	0.0244	0.0032	0.0087	0.0151	0.01	0.0032	0.0145	0.0077	0.0145	0.0101	0.0077	0.0058	0.0077	0.0125
chr3R	14545429	14545611	chr3R:14545430-14545611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0126	0.0184	0.0414	0.0032	0.0126	0.0199	0.014	0.0032	0.0169	0.0158	0.0169	0.0093	0.0054	0.0064	0.0054	0.0099
chr3R	14545789	14545952	chr3R:14545790-14545952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0113	0.0168	0.0407	0	0.0117	0.0203	0.0093	0	0.0127	0.0116	0.0127	0.007	0.0023	0.0039	0.0023	0.0094
chr3R	14547125	14547276	chr3R:14547126-14547276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0085	0.011	0.017	0.0064	0.0087	0.0143	0.0067	0.0064	0.0115	0.0093	0.0115	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0052
chr3R	14550056	14550207	chr3R:14550057-14550207	distal	distal	none	none	VT43794.1	VT43794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0064	0.0074	0.0178	0.0011	0.0039	0.0121	0.008	0.0011	0.0066	0.0071	0.0066	0.0062	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chr3R	14550437	14550588	chr3R:14550438-14550588	distal	distal	none	none	VT43794.1	VT43794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.007	0.0094	0.0178	0.0053	0.0053	0.0117	0.006	0.0053	0.0048	0.0096	0.0048	0.0046	0.0046	0.0032	0.0046	0.0063
chr3R	14550693	14550844	chr3R:14550694-14550844	distal	distal	none	none	VT43794.1	VT43794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0075	0.0074	0.012	0.0064	0.0039	0.0134	0.008	0.0064	0.0091	0.0074	0.0091	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0089
chr3R	14550863	14551014	chr3R:14550864-14551014	distal	distal	none	none	VT43794.1	VT43794.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0081	0.0069	0.0109	0.0032	0.0044	0.016	0.0093	0.0032	0.0079	0.008	0.0079	0.0039	0.0031	0.0013	0.0031	0.0052
chr3R	14557113	14557275	chr3R:14557114-14557275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.0278	0.0258	0.0433	0.0138	0.0296	0.0355	0.0366	0.0138	0.0223	0.0286	0.0223	0.0403	0.0398	0.0496	0.0398	0.0771
chr3R	14563925	14564106	chr3R:14563926-14564106	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0775	0.0872	0.0989	0.0433	0.0435	0.1117	0.1034	0.1019	0.0435	0.1329	0.1035	0.1329	0.1092	0.0643	0.0361	0.0643	0.0578
chr3R	14565091	14565242	chr3R:14565092-14565242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.0152	0.0335	0.0393	0.0042	0.0199	0.0182	0.02	0.0042	0.032	0.0357	0.032	0.0604	0.0268	0.0438	0.0268	0.0808
chr3R	14565323	14565585	chr3R:14565324-14565585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0452	0.0259	0.0495	0.0621	0.0085	0.0306	0.0381	0.028	0.0085	0.0459	0.0479	0.0459	0.0899	0.0613	0.0683	0.0613	0.1152
chr3R	14565767	14565969	chr3R:14565768-14565969	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1107	0.0682	0.1169	0.1515	0.0265	0.1068	0.0614	0.0953	0.0265	0.1292	0.1251	0.1292	0.1735	0.1991	0.1522	0.1991	0.2517
chr3R	14566065	14566253	chr3R:14566066-14566253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0914	0.0582	0.0945	0.1249	0.0233	0.0786	0.0627	0.0799	0.0233	0.1057	0.1077	0.1057	0.1232	0.1685	0.1567	0.1685	0.1845
chr3R	14566395	14566546	chr3R:14566396-14566546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0451	0.0368	0.0448	0.0546	0.017	0.0413	0.0476	0.0493	0.017	0.0399	0.0534	0.0399	0.0643	0.0559	0.0851	0.0559	0.0766
chr3R	14566976	14567127	chr3R:14566977-14567127	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0146	0.0268	0.0525	0.0042	0.015	0.0247	0.012	0.0042	0.0115	0.0357	0.0115	0.0519	0.0299	0.1019	0.0299	0.0787
chr3R	14567191	14567355	chr3R:14567192-14567355	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0345	0.0157	0.0331	0.0571	0.0042	0.0199	0.0212	0.0167	0.0042	0.0139	0.0489	0.0139	0.055	0.0184	0.156	0.0184	0.0594
chr3R	14568530	14568777	chr3R:14568531-14568777	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0491	0.0425	0.0388	0.0677	0.0265	0.0408	0.0523	0.0593	0.0265	0.0229	0.0424	0.0229	0.0782	0.0582	0.1109	0.0582	0.0756
chr3R	14569201	14569393	chr3R:14569202-14569393	FBgn0024329	Mekk1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.064	0.0259	0.0447	0.1278	0.0127	0.0335	0.0316	0.032	0.0127	0.0254	0.0421	0.0254	0.1092	0.1018	0.1767	0.1018	0.1798
chr3R	14569512	14569668	chr3R:14569513-14569668	FBgn0024329	Mekk1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0583	0.0354	0.0437	0.1001	0.0286	0.0403	0.042	0.0433	0.0286	0.029	0.0463	0.029	0.093	0.0827	0.1154	0.0827	0.1678
chr3R	14571225	14571376	chr3R:14571226-14571376	FBgn0038649	CG7718	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.033	0.031	0.0205	0.0212	0.0403	0.0433	0.03	0.0212	0.0362	0.0363	0.0362	0.0333	0.0207	0.0213	0.0207	0.0266
chr3R	14571407	14571583	chr3R:14571408-14571583	FBgn0038649	CG7718	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0414	0.058	0.0383	0.0265	0.0466	0.048	0.052	0.0265	0.067	0.065	0.067	0.0697	0.0452	0.0374	0.0452	0.0547
chr3R	14571657	14571830	chr3R:14571658-14571830	FBgn0038649,FBgn0260399	CG7718,gwl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.0744	0.1028	0.083	0.0541	0.0922	0.0878	0.0839	0.0541	0.1286	0.117	0.1286	0.1046	0.0888	0.0961	0.0888	0.1032
chr3R	14572023	14572200	chr3R:14572024-14572200	FBgn0038649,FBgn0260399	CG7718,gwl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0897	0.0779	0.1063	0.0847	0.053	0.0981	0.083	0.1026	0.053	0.1268	0.1167	0.1268	0.1131	0.0881	0.0935	0.0881	0.1001
chr3R	14572240	14572510	chr3R:14572241-14572510	FBgn0038649,FBgn0260399	CG7718,gwl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.0713	0.0926	0.0611	0.0392	0.0811	0.0839	0.1006	0.0392	0.1063	0.1026	0.1063	0.0968	0.0666	0.0671	0.0666	0.073
chr3R	14584286	14584459	chr3R:14584287-14584459	FBgn0038651	CG14299	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0272	0.0544	0.0453	0.0106	0.0325	0.0264	0.0433	0.0106	0.0682	0.0543	0.0682	0.0713	0.0383	0.0458	0.0383	0.0683
chr3R	14584517	14584698	chr3R:14584518-14584698	FBgn0038651	CG14299	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.0626	0.1378	0.1085	0.0265	0.0903	0.0545	0.0906	0.0265	0.1751	0.1595	0.1751	0.1394	0.1064	0.1219	0.1064	0.1371
chr3R	14584724	14584924	chr3R:14584725-14584924	FBgn0038651	CG14299	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1123	0.072	0.1449	0.1214	0.0361	0.0976	0.0774	0.0933	0.0361	0.1781	0.1656	0.1781	0.151	0.1164	0.1373	0.1164	0.1511
chr3R	14608127	14608278	chr3R:14608128-14608278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0102	0.0075	0.0151	0.0079	0.0011	0.0083	0.0151	0.0033	0.0011	0.0151	0.008	0.0151	0.0426	0.0061	0.0077	0.0061	0.0141
chr3R	14619855	14620006	chr3R:14619856-14620006	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0051	0.0074	0.0121	0.0021	0.0053	0.0095	0.0033	0.0021	0.0085	0.0106	0.0085	0.0039	8e-04	0.0393	8e-04	0.0057
chr3R	14620935	14621129	chr3R:14620936-14621129	FBgn0038652	CG7720	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.022	0.0116	0.0211	0.0345	0.0064	0.0141	0.0147	0.0133	0.0064	0.0223	0.0299	0.0223	0.0209	0.0123	0.089	0.0123	0.0391
chr3R	14621484	14621635	chr3R:14621485-14621635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.0092	0.0102	0.0167	0.0032	0.0102	0.0151	0.0073	0.0032	0.0072	0.0154	0.0072	0.0101	8e-04	0.0567	8e-04	0.0078
chr3R	14624536	14624734	chr3R:14624537-14624734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0314	0.0252	0.0288	0.0412	0.0148	0.0277	0.0311	0.0326	0.0148	0.0284	0.0357	0.0284	0.0403	0.0391	0.0451	0.0391	0.0714
chr3R	14646353	14646504	chr3R:14646354-14646504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0066	0.0065	0.0049	0.0086	0.0032	0.0024	0.0143	0.0053	0.0032	0.0066	0.0035	0.0066	0.0062	0.0023	0.0045	0.0023	0.0057
chr3R	14646541	14646692	chr3R:14646542-14646692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.007	0.007	0.006	0.0082	0.0032	0.0039	0.0177	0.002	0.0032	0.0091	0.0051	0.0091	0.0031	0.0023	6e-04	0.0023	0.0042
chr3R	14652588	14652872	chr3R:14652589-14652872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.009	0.0071	0.0127	0.0042	0.0068	0.0173	0.0087	0.0042	0.0115	0.0051	0.0115	0.0046	0.0031	0.0077	0.0031	0.0052
chr3R	14675051	14675282	chr3R:14675052-14675282	FBgn0038653	CG18208	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.047	0.0265	0.051	0.0655	0.0191	0.0257	0.0381	0.0273	0.0191	0.055	0.0547	0.055	0.0899	0.0995	0.0613	0.0995	0.0641
chr3R	14675792	14675985	chr3R:14675793-14675985	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.023	0.0107	0.0277	0.0315	0.0053	0.0102	0.0199	0.0093	0.0053	0.0254	0.0299	0.0254	0.0457	0.0429	0.0387	0.0429	0.0323
chr3R	14731824	14732007	chr3R:14731825-14732007	FBgn0038658,FBgn0038659	CG14292,endoA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1027	0.0955	0.1119	0.1007	0.0657	0.1092	0.109	0.1233	0.0657	0.1268	0.1283	0.1268	0.0991	0.0988	0.0916	0.0988	0.1334
chr3R	14732225	14732401	chr3R:14732226-14732401	FBgn0038659	endoA	stage11,stage14,stage5	none	VT43898.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1751	0.1525	0.2008	0.1723	0.1092	0.1845	0.157	0.2079	0.1092	0.2476	0.21	0.2476	0.2006	0.183	0.1702	0.183	0.1959
chr3R	14732514	14732773	chr3R:14732515-14732773	FBgn0038659	endoA	stage11,stage14,stage5	none	VT43898.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0851	0.0703	0.1023	0.0827	0.0467	0.0913	0.0787	0.0839	0.0467	0.1618	0.0977	0.1618	0.0891	0.1187	0.0741	0.1187	0.0928
chr3R	14736287	14736438	chr3R:14736288-14736438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0361	0.0259	0.0391	0.0441	0.0106	0.0335	0.0281	0.038	0.0106	0.0441	0.0379	0.0441	0.0287	0.0391	0.0264	0.0391	0.0302
chr3R	14738646	14738824	chr3R:14738647-14738824	FBgn0038660	CG14291	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0612	0.0592	0.0632	0.0611	0.0201	0.0743	0.0441	0.1206	0.0201	0.0386	0.1068	0.0386	0.0442	0.0191	0.1483	0.0191	0.0677
chr3R	14739594	14739815	chr3R:14739595-14739815	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1707	0.179	0.1848	0.1459	0.1368	0.1947	0.1964	0.2558	0.1368	0.1866	0.2402	0.1866	0.0883	0.1669	0.1767	0.1669	0.0834
chr3R	14740461	14740709	chr3R:14740462-14740709	FBgn0261113	Xrp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0852	0.0547	0.1055	0.0969	0.0339	0.0607	0.0562	0.0899	0.0339	0.0936	0.145	0.0936	0.0449	0.1026	0.1019	0.1026	0.0651
chr3R	14741228	14741417	chr3R:14741229-14741417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0632	0.0561	0.0737	0.0595	0.0435	0.0592	0.0692	0.0746	0.0435	0.0719	0.1026	0.0719	0.0527	0.0727	0.0832	0.0727	0.0584
chr3R	14741605	14741800	chr3R:14741606-14741800	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0896	0.0768	0.1025	0.0898	0.0467	0.0869	0.0869	0.1093	0.0467	0.0948	0.1328	0.0948	0.1069	0.1034	0.1231	0.1034	0.1001
chr3R	14742733	14742924	chr3R:14742734-14742924	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0576	0.0138	0.0315	0.1352	0.0021	0.0243	0.0147	0.0153	0.0021	0.0193	0.0315	0.0193	0.0658	0.1156	0.1457	0.1156	0.2027
chr3R	14743742	14744004	chr3R:14743743-14744004	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1121	0.0521	0.0981	0.1944	0.0244	0.0709	0.067	0.0453	0.0244	0.0839	0.1122	0.0839	0.1689	0.1815	0.2211	0.1815	0.284
chr3R	14744364	14744572	chr3R:14744365-14744572	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0822	0.0436	0.0784	0.1295	0.017	0.0597	0.0614	0.0366	0.017	0.0851	0.0871	0.0851	0.1077	0.1034	0.1406	0.1034	0.2131
chr3R	14749012	14749234	chr3R:14749013-14749234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1513	0.1431	0.1766	0.1327	0.0859	0.1592	0.1674	0.1999	0.0859	0.1661	0.2431	0.1661	0.206	0.1776	0.176	0.1776	0.186
chr3R	14749577	14749760	chr3R:14749578-14749760	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1761	0.1605	0.2131	0.153	0.1166	0.1845	0.1817	0.2132	0.1166	0.2446	0.2768	0.2446	0.2177	0.1608	0.2257	0.1608	0.2178
chr3R	14750078	14750261	chr3R:14750079-14750261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1193	0.1155	0.1518	0.088	0.0742	0.1451	0.1267	0.1506	0.0742	0.192	0.1932	0.192	0.1309	0.0873	0.1154	0.0873	0.1251
chr3R	14754035	14754248	chr3R:14754036-14754248	FBgn0038662	CG14290	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1056	0.1476	0.1107	0.0668	0.118	0.1237	0.1372	0.0668	0.186	0.1672	0.186	0.1456	0.1072	0.118	0.1072	0.1329
chr3R	14754309	14754486	chr3R:14754310-14754486	FBgn0038662,FBgn0261262	CG14290,CG42613	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1658	0.1412	0.2009	0.1549	0.0817	0.1602	0.1587	0.1965	0.0817	0.2464	0.2199	0.2464	0.2068	0.1516	0.1702	0.1516	0.1892
chr3R	14754776	14754964	chr3R:14754777-14754964	FBgn0038662,FBgn0261262	CG14290,CG42613	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1159	0.0981	0.141	0.1082	0.0488	0.1083	0.1311	0.1186	0.0488	0.1733	0.1543	0.1733	0.1387	0.1118	0.1193	0.1118	0.1407
chr3R	14755075	14755226	chr3R:14755076-14755226	FBgn0261262	CG42613	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0428	0.037	0.0433	0.0489	0.018	0.0413	0.0523	0.042	0.018	0.0562	0.0418	0.0562	0.031	0.0207	0.0251	0.0207	0.0224
chr3R	14755379	14755530	chr3R:14755380-14755530	FBgn0261262	CG42613	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0322	0.0283	0.0319	0.0369	0.0117	0.0277	0.0458	0.0273	0.0117	0.0393	0.0312	0.0393	0.0279	0.0115	0.0181	0.0115	0.0208
chr3R	14757206	14757357	chr3R:14757207-14757357	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0156	0.0131	0.0284	0.0085	0.0126	0.0277	0.0127	0.0085	0.0103	0.0132	0.0103	0.0147	0.0046	0.0019	0.0046	0.0063
chr3R	14757483	14757676	chr3R:14757484-14757676	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0307	0.0218	0.0376	0.0191	0.0296	0.0441	0.0366	0.0191	0.0163	0.0183	0.0163	0.024	0.0069	0.011	0.0069	0.0135
chr3R	14761057	14761208	chr3R:14761058-14761208	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0095	0.0084	0.0265	0.0011	0.0078	0.0177	0.0107	0.0011	0.0097	0.0074	0.0097	0.0062	0.0031	0.0039	0.0031	0.0052
chr3R	14771872	14772023	chr3R:14771873-14772023	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0056	0.0056	0.0096	0.0032	0.0044	0.0091	0.006	0.0032	0.0066	0.0051	0.0066	0.0062	0.0031	0.0039	0.0031	0.0057
chr3R	14772190	14772341	chr3R:14772191-14772341	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0064	0.0046	0.0175	0.0042	0.0058	0.0134	0.002	0.0042	0.006	0.0042	0.006	0.0031	0.0046	0.0019	0.0046	0.0063
chr3R	14774932	14775083	chr3R:14774933-14775083	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0111	0.0072	0.008	0.0189	0.0021	0.0029	0.0164	0.0053	0.0021	0.006	0.0058	0.006	0.017	0.0038	0.0032	0.0038	0.0255
chr3R	14775829	14775980	chr3R:14775830-14775980	FBgn0263983	CG43732	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0057	0.0057	0.0141	0	0.0063	0.0112	0.0033	0	0.0048	0.0055	0.0048	0.0062	0.0069	0.0052	0.0069	0.0083
chr3R	14783691	14783842	chr3R:14783692-14783842	distal	distal	none	none	VT43923.1	VT43923.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0079	0.0065	0.0063	0.0113	0.0021	0.0024	0.0151	0.0067	0.0021	0.0066	0.0061	0.0066	0.0039	0.0031	0.0026	0.0031	0.0052
chr3R	14794008	14794159	chr3R:14794009-14794159	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0056	0.0074	0.0142	0.0042	0.0039	0.0078	0.0093	0.0042	0.0072	0.0084	0.0072	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0104
chr3R	14794303	14794454	chr3R:14794304-14794454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0112	0.0077	0.0156	0.0053	0.0092	0.0212	0.01	0.0053	0.0042	0.0087	0.0042	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0078
chr3R	14806621	14806800	chr3R:14806622-14806800	FBgn0022338,FBgn0038666	CG5451,dnk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1158	0.1249	0.1317	0.0881	0.0923	0.134	0.1475	0.1659	0.0923	0.1643	0.1328	0.1643	0.1479	0.0812	0.0851	0.0812	0.1141
chr3R	14806957	14807230	chr3R:14806958-14807230	FBgn0022338,FBgn0038666	CG5451,dnk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.149	0.2253	0.122	0.0934	0.2142	0.2398	0.2375	0.3071	0.2142	0.1184	0.1312	0.1184	0.1425	0.0773	0.109	0.0773	0.136
chr3R	14808144	14808296	chr3R:14808145-14808296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.0806	0.0542	0.0246	0.0764	0.0689	0.1047	0.1086	0.0764	0.0501	0.0579	0.0501	0.0666	0.0207	0.0245	0.0207	0.0354
chr3R	14808524	14808747	chr3R:14808525-14808747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0772	0.118	0.0694	0.0402	0.105	0.1058	0.1401	0.1646	0.105	0.0694	0.0794	0.0694	0.0751	0.0291	0.038	0.0291	0.0667
chr3R	14808778	14808929	chr3R:14808779-14808929	FBgn0261792	snRNP-U1-C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0598	0.0896	0.0575	0.0291	0.0795	0.0791	0.1155	0.1113	0.0795	0.0604	0.0617	0.0604	0.0581	0.0314	0.0251	0.0314	0.0417
chr3R	14809038	14809220	chr3R:14809039-14809220	FBgn0261792	snRNP-U1-C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.08	0.0813	0.0976	0.0592	0.0551	0.0879	0.0973	0.1019	0.0551	0.1008	0.1109	0.1008	0.103	0.0613	0.0548	0.0613	0.0776
chr3R	14809280	14809469	chr3R:14809281-14809469	FBgn0026239,FBgn0261792	gukh,snRNP-U1-C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1574	0.159	0.1755	0.1356	0.1241	0.1859	0.1821	0.1919	0.1241	0.2083	0.1955	0.2083	0.1572	0.1401	0.1348	0.1401	0.1652
chr3R	14809549	14809886	chr3R:14809550-14809886	FBgn0026239,FBgn0261792	gukh,snRNP-U1-C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2571	0.2586	0.2947	0.2142	0.2259	0.2845	0.2984	0.3198	0.2259	0.3508	0.3386	0.3508	0.2486	0.2129	0.2489	0.2129	0.2428
chr3R	14809948	14810124	chr3R:14809949-14810124	FBgn0026239	gukh	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0986	0.1018	0.133	0.0574	0.07	0.1078	0.1099	0.1566	0.07	0.1027	0.1977	0.1027	0.1007	0.0475	0.0935	0.0475	0.0584
chr3R	14812238	14812389	chr3R:14812239-14812389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.075	0.0371	0.0134	0.0594	0.0578	0.1155	0.0899	0.0594	0.035	0.0514	0.035	0.0232	0.0161	0.0181	0.0161	0.0151
chr3R	14813134	14813914	chr3R:14813135-14813914	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1993	0.2286	0.2489	0.1122	0.1357	0.3092	0.1916	0.3604	0.1357	0.1987	0.383	0.1987	0.1704	0.1118	0.2108	0.1118	0.0881
chr3R	14813934	14814085	chr3R:14813935-14814085	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0496	0.0893	0.0454	0.0233	0.0723	0.0454	0.0753	0.0233	0.1153	0.1177	0.1153	0.0806	0.0743	0.0658	0.0743	0.049
chr3R	14814135	14814346	chr3R:14814136-14814346	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0875	0.0803	0.1269	0.0525	0.0318	0.1141	0.0683	0.1279	0.0318	0.1558	0.1704	0.1558	0.1046	0.075	0.0935	0.075	0.0406
chr3R	14815205	14815602	chr3R:14815206-14815602	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0962	0.0609	0.1108	0.1196	0.0371	0.0743	0.0709	0.0786	0.0371	0.0773	0.1711	0.0773	0.1092	0.1118	0.2592	0.1118	0.1219
chr3R	14815883	14816134	chr3R:14815884-14816134	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0711	0.1011	0.0693	0.0397	0.0732	0.0791	0.1181	0.1785	0.0732	0.0332	0.1125	0.0332	0.0473	0.0314	0.0793	0.0314	0.0354
chr3R	14816792	14817254	chr3R:14816793-14817254	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1213	0.2156	0.0934	0.0465	0.2025	0.1714	0.2548	0.3398	0.2025	0.0568	0.1006	0.0568	0.0449	0.0237	0.0509	0.0237	0.0313
chr3R	14817575	14817726	chr3R:14817576-14817726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0463	0.0525	0.0536	0.0313	0.0308	0.0626	0.0688	0.0546	0.0308	0.0399	0.0508	0.0399	0.1038	0.0237	0.0348	0.0237	0.0406
chr3R	14818967	14819118	chr3R:14818968-14819118	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0316	0.0232	0.0289	0.044	0.0095	0.032	0.0337	0.0167	0.0095	0.0362	0.0383	0.0362	0.0147	0.0107	0.1289	0.0107	0.0323
chr3R	14819491	14819704	chr3R:14819492-14819704	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0652	0.0677	0.0919	0.0331	0.0265	0.1379	0.0493	0.0593	0.0265	0.2041	0.0624	0.2041	0.0256	0.0176	0.0625	0.0176	0.0234
chr3R	14819970	14820121	chr3R:14819971-14820121	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0366	0.0314	0.0406	0.0382	0.0201	0.0587	0.026	0.0286	0.0201	0.0513	0.0466	0.0513	0.017	0.0207	0.0793	0.0207	0.0297
chr3R	14820582	14820934	chr3R:14820583-14820934	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0727	0.0644	0.1032	0.0486	0.0244	0.0825	0.0705	0.0913	0.0244	0.0996	0.0752	0.0996	0.048	0.0436	0.0522	0.0436	0.0459
chr3R	14821388	14821539	chr3R:14821389-14821539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0294	0.0203	0.0324	0.0362	0.0106	0.0184	0.0285	0.03	0.0106	0.0453	0.0302	0.0453	0.0256	0.0681	0.0374	0.0681	0.0354
chr3R	14821715	14821895	chr3R:14821716-14821895	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0386	0.0226	0.0418	0.0529	0.0085	0.0286	0.0316	0.022	0.0085	0.0755	0.0315	0.0755	0.0426	0.1371	0.0387	0.1371	0.0521
chr3R	14822705	14822889	chr3R:14822706-14822889	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0403	0.032	0.0562	0.0322	0.0148	0.0495	0.0363	0.032	0.0148	0.0984	0.0489	0.0984	0.0589	0.0283	0.0335	0.0283	0.0459
chr3R	14823205	14823420	chr3R:14823206-14823420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0493	0.0348	0.0633	0.05	0.017	0.0432	0.0428	0.038	0.017	0.0531	0.0605	0.0531	0.134	0.0237	0.0613	0.0237	0.0933
chr3R	14823471	14823818	chr3R:14823472-14823818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.083	0.0555	0.1129	0.0809	0.0159	0.0913	0.0584	0.06	0.0159	0.1274	0.0984	0.1274	0.2254	0.0383	0.0961	0.0383	0.1636
chr3R	14825766	14826224	chr3R:14825767-14826224	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1299	0.2078	0.1302	0.0425	0.1601	0.2534	0.2245	0.2632	0.1601	0.1781	0.1405	0.1781	0.062	0.023	0.0458	0.023	0.0323
chr3R	14827550	14827793	chr3R:14827551-14827793	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0676	0.0821	0.0723	0.0462	0.0297	0.1277	0.0497	0.1499	0.0297	0.0918	0.0923	0.0918	0.0279	0.0299	0.1025	0.0299	0.0417
chr3R	14827859	14828010	chr3R:14827860-14828010	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0372	0.0384	0.0391	0.0337	0.017	0.0626	0.0285	0.0546	0.017	0.0531	0.0476	0.0531	0.0139	0.0306	0.0638	0.0306	0.0261
chr3R	14828094	14828658	chr3R:14828095-14828658	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.106	0.0861	0.1373	0.0937	0.0551	0.1286	0.0861	0.0986	0.0551	0.2657	0.1087	0.2657	0.0612	0.1861	0.0825	0.1861	0.0761
chr3R	14829674	14829847	chr3R:14829675-14829847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0364	0.0459	0.0364	0.0259	0.0339	0.0306	0.0774	0.0533	0.0339	0.0362	0.0367	0.0362	0.024	0.0145	0.02	0.0145	0.0177
chr3R	14830085	14830236	chr3R:14830086-14830236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0264	0.0209	0.0216	0.0148	0.0301	0.0389	0.0253	0.0148	0.0181	0.0225	0.0181	0.0194	0.0092	0.0123	0.0092	0.0156
chr3R	14830327	14830478	chr3R:14830328-14830478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0209	0.0213	0.0228	0.0201	0.0199	0.032	0.0173	0.0201	0.0217	0.0209	0.0217	0.0194	0.0107	0.0161	0.0107	0.0188
chr3R	14830564	14830715	chr3R:14830565-14830715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0172	0.0174	0.024	0.0148	0.0165	0.0229	0.0207	0.0148	0.0163	0.0215	0.0163	0.0186	0.0168	0.0174	0.0168	0.038
chr3R	14832312	14832469	chr3R:14832313-14832469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0355	0.0245	0.0159	0.0212	0.0388	0.0454	0.0493	0.0212	0.0211	0.0344	0.0211	0.017	0.0092	0.0239	0.0092	0.0156
chr3R	14832523	14832674	chr3R:14832524-14832674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.035	0.0253	0.0164	0.0201	0.035	0.0454	0.0506	0.0201	0.0229	0.0302	0.0229	0.0248	0.013	0.02	0.013	0.0198
chr3R	14836411	14836562	chr3R:14836412-14836562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0214	0.0234	0.0202	0.017	0.0233	0.0298	0.024	0.017	0.026	0.0257	0.026	0.024	0.013	0.0181	0.013	0.0182
chr3R	14837474	14837638	chr3R:14837475-14837638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0363	0.0416	0.0272	0.0318	0.0364	0.0467	0.0453	0.0318	0.0447	0.0453	0.0447	0.0457	0.0276	0.0284	0.0276	0.0375
chr3R	14837693	14837857	chr3R:14837694-14837857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.049	0.0575	0.0398	0.0339	0.0549	0.0571	0.0626	0.0339	0.0707	0.0627	0.0707	0.0542	0.0467	0.0451	0.0467	0.0485
chr3R	14838110	14838301	chr3R:14838111-14838301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0321	0.0278	0.0396	0.0285	0.0085	0.0359	0.0376	0.032	0.0085	0.0592	0.0428	0.0592	0.0333	0.0444	0.0309	0.0444	0.0318
chr3R	14839880	14840071	chr3R:14839881-14840071	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1084	0.1034	0.1234	0.0976	0.071	0.1223	0.122	0.1292	0.071	0.1479	0.1463	0.1479	0.1007	0.1348	0.1012	0.1348	0.1162
chr3R	14840371	14840590	chr3R:14840372-14840590	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0661	0.0464	0.0737	0.0797	0.0223	0.0592	0.0554	0.0546	0.0223	0.1027	0.073	0.1027	0.0705	0.1447	0.0567	0.1447	0.1126
chr3R	14840858	14841014	chr3R:14840859-14841014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0192	0.023	0.0526	0.0117	0.0204	0.0264	0.0233	0.0117	0.029	0.0186	0.029	0.031	0.0727	0.0348	0.0727	0.1053
chr3R	14843342	14843627	chr3R:14843343-14843627	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0764	0.0434	0.0831	0.1058	0.0329	0.0524	0.0519	0.044	0.0329	0.0495	0.0447	0.0495	0.0302	0.0283	0.0393	0.0283	0.0422
chr3R	14844379	14844530	chr3R:14844380-14844530	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0132	0.0244	0.0301	0.0064	0.0146	0.0186	0.0147	0.0064	0.0181	0.0235	0.0181	0.0147	0.0069	0.0129	0.0069	0.0177
chr3R	14849411	14849628	chr3R:14849412-14849628	FBgn0038672,FBgn0038673	CG14286,CG6005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0702	0.0541	0.0857	0.0712	0.0339	0.067	0.0619	0.0673	0.0339	0.1039	0.0965	0.1039	0.093	0.0712	0.0845	0.0712	0.0808
chr3R	14849696	14849869	chr3R:14849697-14849869	FBgn0038672,FBgn0038673	CG14286,CG6005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1106	0.0806	0.1319	0.1209	0.0488	0.1019	0.0895	0.1033	0.0488	0.1552	0.1514	0.1552	0.1495	0.1302	0.1412	0.1302	0.1454
chr3R	14849912	14850173	chr3R:14849913-14850173	FBgn0038672,FBgn0038673	CG14286,CG6005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0661	0.0487	0.0825	0.0675	0.0244	0.0578	0.0593	0.0646	0.0244	0.0948	0.092	0.0948	0.1007	0.0881	0.0748	0.0881	0.0829
chr3R	14850729	14850880	chr3R:14850730-14850880	FBgn0038674	CG14285	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0308	0.0249	0.0335	0.0345	0.0064	0.032	0.0359	0.0247	0.0064	0.0537	0.0357	0.0537	0.0217	0.1011	0.0206	0.1011	0.0224
chr3R	14852684	14852880	chr3R:14852685-14852880	FBgn0027785	NP15.6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0698	0.0562	0.0878	0.0652	0.0265	0.0636	0.0701	0.0753	0.0265	0.1153	0.0958	0.1153	0.086	0.0911	0.0709	0.0911	0.0724
chr3R	14852972	14853152	chr3R:14852973-14853152	FBgn0027785	NP15.6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1425	0.1225	0.172	0.1326	0.0901	0.1403	0.1406	0.1572	0.0901	0.218	0.1952	0.218	0.1689	0.1623	0.1412	0.1623	0.1553
chr3R	14853247	14853398	chr3R:14853248-14853398	FBgn0027785	NP15.6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0537	0.0741	0.0535	0.0318	0.0583	0.064	0.0773	0.0318	0.09	0.0791	0.09	0.0837	0.0689	0.0574	0.0689	0.0558
chr3R	14854311	14854462	chr3R:14854312-14854462	FBgn0015781,FBgn0260779	P5cr,gatA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0286	0.0242	0.0265	0.0358	0.0127	0.0199	0.0376	0.028	0.0127	0.0254	0.0328	0.0254	0.0287	0.0245	0.0355	0.0245	0.0631
chr3R	14854582	14854735	chr3R:14854583-14854735	FBgn0015781,FBgn0260779	P5cr,gatA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0368	0.0236	0.0275	0.0618	0.0127	0.0204	0.0376	0.0253	0.0127	0.0199	0.0283	0.0199	0.0473	0.0521	0.049	0.0521	0.1079
chr3R	14857143	14857322	chr3R:14857144-14857322	FBgn0027784,FBgn0038675	CG6013,Prp18	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0882	0.0834	0.1077	0.0721	0.0445	0.1087	0.0856	0.1219	0.0445	0.1353	0.1186	0.1353	0.0968	0.0743	0.0761	0.0743	0.0818
chr3R	14859089	14859297	chr3R:14859090-14859297	FBgn0038676	CG6026	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0562	0.0628	0.0552	0.0499	0.0509	0.0602	0.0809	0.0839	0.0509	0.029	0.0949	0.029	0.0473	0.0214	0.1534	0.0214	0.025
chr3R	14859652	14859803	chr3R:14859653-14859803	FBgn0038676	CG6026	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0229	0.0151	0.0138	0.0159	0.0218	0.0324	0.0266	0.0159	0.0115	0.0235	0.0115	0.0085	0.0038	0.0464	0.0038	0.0047
chr3R	14862247	14862398	chr3R:14862248-14862398	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.0152	0.0138	0.0163	0.0074	0.0146	0.0234	0.0173	0.0074	0.0097	0.0209	0.0097	0.0163	0.0077	0.0509	0.0077	0.0083
chr3R	14862552	14862703	chr3R:14862553-14862703	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0132	0.014	0.0188	0.0032	0.0107	0.0221	0.0173	0.0032	0.0103	0.0199	0.0103	0.0085	0.0054	0.0593	0.0054	0.0078
chr3R	14870133	14870364	chr3R:14870134-14870364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0365	0.0315	0.0457	0.0319	0.0085	0.0427	0.0476	0.0273	0.0085	0.0598	0.0514	0.0598	0.0473	0.0383	0.0438	0.0383	0.0459
chr3R	14870451	14870626	chr3R:14870452-14870626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0719	0.0673	0.0857	0.062	0.0456	0.084	0.0779	0.0826	0.0456	0.1147	0.092	0.1147	0.0852	0.0697	0.0832	0.0697	0.0922
chr3R	14870718	14870893	chr3R:14870719-14870893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0422	0.0408	0.0487	0.0366	0.0244	0.0476	0.0467	0.052	0.0244	0.0622	0.0524	0.0622	0.048	0.0383	0.04	0.0383	0.0646
chr3R	14877987	14878200	chr3R:14877988-14878200	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0155	0.035	0.0185	0.0053	0.0136	0.0255	0.018	0.0053	0.0193	0.0643	0.0193	0.0132	0.013	0.0426	0.013	0.0135
chr3R	14878348	14878499	chr3R:14878349-14878499	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0173	0.0116	0.026	0.0141	0.0021	0.0121	0.0151	0.018	0.0021	0.0157	0.0473	0.0157	0.0108	0.0084	0.0329	0.0084	0.0078
chr3R	14880652	14880813	chr3R:14880653-14880813	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0288	0.0353	0.0324	0.0175	0.0138	0.0587	0.0337	0.042	0.0138	0.0779	0.0273	0.0779	0.0116	0.0322	0.0213	0.0322	0.0172
chr3R	14881916	14882067	chr3R:14881917-14882067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0181	0.0151	0.0249	0.0139	0.0064	0.0204	0.0156	0.02	0.0064	0.0284	0.026	0.0284	0.0132	0.0069	0.0168	0.0069	0.0203
chr3R	14882097	14882288	chr3R:14882098-14882288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0272	0.0242	0.0341	0.0228	0.0127	0.0262	0.0303	0.0326	0.0127	0.035	0.0386	0.035	0.0248	0.0161	0.0309	0.0161	0.0344
chr3R	14882761	14882912	chr3R:14882762-14882912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0214	0.0172	0.0283	0.0185	0.0042	0.0218	0.0216	0.0227	0.0042	0.0465	0.0325	0.0465	0.0186	0.0237	0.0245	0.0237	0.024
chr3R	14883691	14883842	chr3R:14883692-14883842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0168	0.0162	0.0183	0.0159	0.0095	0.017	0.0221	0.022	0.0095	0.0205	0.0219	0.0205	0.0163	0.0145	0.0277	0.0145	0.0188
chr3R	14884506	14884657	chr3R:14884507-14884657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0185	0.0241	0.0175	0.0134	0.0117	0.0107	0.0411	0.0393	0.0117	0.0163	0.0244	0.0163	0.0093	0.0299	0.0174	0.0299	0.0099
chr3R	14884785	14885005	chr3R:14884786-14885005	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0312	0.0573	0.0223	0.0118	0.0477	0.0335	0.0792	0.1006	0.0477	0.0181	0.0302	0.0181	0.0077	0.0115	0.02	0.0115	0.0089
chr3R	14886654	14886805	chr3R:14886655-14886805	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.017	0.0275	0.0145	0.0079	0.0191	0.0136	0.0428	0.0406	0.0191	0.0097	0.0206	0.0097	0.0101	0.0046	0.0135	0.0046	0.0089
chr3R	14890491	14890676	chr3R:14890492-14890676	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0211	0.0277	0.0181	0.0064	0.0252	0.0225	0.0353	0.0064	0.026	0.0392	0.026	0.0209	0.0069	0.0471	0.0069	0.0109
chr3R	14891432	14891583	chr3R:14891433-14891583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0149	0.0148	0.0151	0.0148	0.0042	0.015	0.0229	0.0187	0.0042	0.0175	0.0161	0.0175	0.0116	0.0107	0.0135	0.0107	0.025
chr3R	14893109	14893468	chr3R:14893110-14893468	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0501	0.0355	0.0703	0.0441	0.0117	0.0544	0.0363	0.042	0.0117	0.0797	0.0884	0.0797	0.0736	0.0375	0.107	0.0375	0.0344
chr3R	14893578	14893729	chr3R:14893579-14893729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0252	0.0213	0.0331	0.0209	0.0095	0.0257	0.0307	0.0213	0.0095	0.0423	0.0331	0.0423	0.0442	0.0184	0.0374	0.0184	0.0203
chr3R	14893793	14893944	chr3R:14893794-14893944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.023	0.0171	0.0315	0.0203	0.0085	0.0214	0.0212	0.0193	0.0085	0.0296	0.0344	0.0296	0.0503	0.0191	0.0297	0.0191	0.0245
chr3R	14894797	14894948	chr3R:14894798-14894948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0136	0.0098	0.0189	0.012	0.0021	0.0097	0.0147	0.0133	0.0021	0.0115	0.0219	0.0115	0.0093	0.0115	0.0084	0.0115	0.013
chr3R	14895022	14895187	chr3R:14895023-14895187	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0232	0.0166	0.0331	0.0198	0.0053	0.0155	0.0216	0.0253	0.0053	0.0248	0.0424	0.0248	0.0217	0.0184	0.02	0.0184	0.0167
chr3R	14895269	14895435	chr3R:14895270-14895435	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0178	0.0317	0.0198	0.0042	0.0248	0.0195	0.0266	0.0042	0.0248	0.0424	0.0248	0.017	0.0199	0.0193	0.0199	0.0182
chr3R	14895999	14896225	chr3R:14896000-14896225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0282	0.0243	0.0371	0.023	0.0064	0.0573	0.0182	0.0147	0.0064	0.0598	0.0376	0.0598	0.024	0.0222	0.0355	0.0222	0.0208
chr3R	14897733	14897928	chr3R:14897734-14897928	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0345	0.0285	0.05	0.0241	0.0138	0.0403	0.0381	0.0253	0.0138	0.0954	0.045	0.0954	0.0341	0.0352	0.0251	0.0352	0.0261
chr3R	14898551	14898702	chr3R:14898552-14898702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0251	0.0172	0.026	0.0329	0.0085	0.0248	0.0199	0.018	0.0085	0.0489	0.0257	0.0489	0.0178	0.0191	0.0348	0.0191	0.0683
chr3R	14898713	14898879	chr3R:14898714-14898879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.032	0.0229	0.0321	0.0421	0.0148	0.0272	0.0272	0.0266	0.0148	0.0507	0.0302	0.0507	0.0395	0.036	0.0342	0.036	0.0902
chr3R	14899041	14899200	chr3R:14899042-14899200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0308	0.0212	0.0303	0.0421	0.0127	0.0262	0.0247	0.0233	0.0127	0.0411	0.0315	0.0411	0.0411	0.0398	0.0335	0.0398	0.086
chr3R	14900827	14900978	chr3R:14900828-14900978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0126	0.0244	0.022	0.0042	0.0136	0.019	0.0167	0.0042	0.0338	0.0225	0.0338	0.0271	0.0153	0.0155	0.0153	0.0511
chr3R	14901199	14901767	chr3R:14901200-14901767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0514	0.0288	0.065	0.0618	0.0095	0.0408	0.0394	0.0273	0.0095	0.1057	0.0659	0.1057	0.0511	0.0697	0.0542	0.0697	0.1141
chr3R	14901952	14902109	chr3R:14901953-14902109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0266	0.0176	0.0381	0.024	0.0064	0.0306	0.019	0.014	0.0064	0.0948	0.0228	0.0948	0.0225	0.036	0.0226	0.036	0.0307
chr3R	14902472	14902697	chr3R:14902473-14902697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0282	0.0176	0.0402	0.027	0.0106	0.0204	0.0234	0.0167	0.0106	0.061	0.0389	0.061	0.0449	0.0345	0.0368	0.0345	0.037
chr3R	14902748	14903161	chr3R:14902749-14903161	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0468	0.0294	0.0605	0.0512	0.0127	0.0476	0.0298	0.0313	0.0127	0.0737	0.065	0.0737	0.072	0.0643	0.0671	0.0643	0.0745
chr3R	14909366	14909517	chr3R:14909367-14909517	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0181	0.027	0.0181	0.0079	0.0201	0.033	0.0298	0.0366	0.0201	0.0193	0.019	0.0193	0.0116	0.013	0.0071	0.013	0.0104
chr3R	14910884	14911098	chr3R:14910885-14911098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0226	0.0166	0.0216	0.0305	0.0053	0.0189	0.0247	0.02	0.0053	0.0302	0.0257	0.0302	0.0132	0.085	0.0155	0.085	0.0307
chr3R	14916876	14917091	chr3R:14916877-14917091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0483	0.0263	0.0728	0.0461	0.0085	0.0388	0.0333	0.0247	0.0085	0.1377	0.0736	0.1377	0.038	0.0459	0.0935	0.0459	0.0438
chr3R	14917374	14917575	chr3R:14917375-14917575	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0719	0.0363	0.0978	0.0831	0.0138	0.0505	0.0381	0.0526	0.0138	0.1715	0.1106	0.1715	0.0658	0.147	0.1257	0.147	0.0808
chr3R	14918331	14918612	chr3R:14918332-14918612	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0924	0.0624	0.1373	0.0766	0.0286	0.0922	0.0696	0.0686	0.0286	0.2397	0.1077	0.2397	0.062	0.1011	0.0748	0.1011	0.073
chr3R	14918668	14918860	chr3R:14918669-14918860	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0706	0.0399	0.1019	0.0706	0.0191	0.0704	0.0359	0.0406	0.0191	0.189	0.0961	0.189	0.0573	0.1026	0.0793	0.1026	0.0578
chr3R	14919270	14919421	chr3R:14919271-14919421	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0592	0.0459	0.076	0.0557	0.0265	0.0626	0.0471	0.0573	0.0265	0.1014	0.0743	0.1014	0.0658	0.0452	0.0529	0.0452	0.062
chr3R	14919433	14919760	chr3R:14919434-14919760	FBgn0004876	cdi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1336	0.1254	0.1604	0.1134	0.0859	0.149	0.1328	0.1759	0.0859	0.2138	0.1508	0.2138	0.1518	0.1409	0.1032	0.1409	0.123
chr3R	14919905	14920087	chr3R:14919906-14920087	FBgn0004876	cdi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.218	0.1823	0.2687	0.2022	0.1262	0.235	0.1929	0.2358	0.1262	0.3424	0.2781	0.3424	0.251	0.2113	0.2115	0.2113	0.2397
chr3R	14920227	14920471	chr3R:14920228-14920471	FBgn0004876,FBgn0016120,FBgn0038678	ATPsyn-d,cdi,mRpL55	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1454	0.1248	0.1841	0.1259	0.0753	0.151	0.1393	0.1672	0.0753	0.2192	0.2026	0.2192	0.1828	0.1233	0.1322	0.1233	0.1542
chr3R	14920583	14920761	chr3R:14920584-14920761	FBgn0016120,FBgn0038678	ATPsyn-d,mRpL55	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1822	0.1623	0.215	0.1684	0.106	0.199	0.1795	0.2085	0.106	0.2657	0.2315	0.2657	0.2153	0.1685	0.1644	0.1685	0.2173
chr3R	14921006	14921180	chr3R:14921007-14921180	FBgn0016120,FBgn0038678	ATPsyn-d,mRpL55	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0659	0.0556	0.0784	0.0636	0.0276	0.0675	0.0606	0.0826	0.0276	0.0882	0.0817	0.0882	0.0945	0.0605	0.0658	0.0605	0.0896
chr3R	14922015	14922215	chr3R:14922016-14922215	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0964	0.0763	0.1137	0.0998	0.0361	0.1029	0.0804	0.1033	0.0361	0.1419	0.118	0.1419	0.1208	0.111	0.0999	0.111	0.1204
chr3R	14922266	14922475	chr3R:14922267-14922475	FBgn0038679	CG6040	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1464	0.113	0.1736	0.1537	0.0647	0.134	0.1401	0.1379	0.0647	0.1914	0.1965	0.1914	0.1828	0.1432	0.1928	0.1432	0.1975
chr3R	14922524	14922724	chr3R:14922525-14922724	FBgn0038679	CG6040	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0791	0.0499	0.0831	0.1075	0.0308	0.0476	0.0701	0.06	0.0308	0.0767	0.1013	0.0767	0.103	0.0812	0.2037	0.0812	0.1313
chr3R	14927341	14927536	chr3R:14927342-14927536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0146	0.0239	0.0448	0.0064	0.0141	0.0221	0.0167	0.0064	0.035	0.018	0.035	0.0403	0.0689	0.0213	0.0689	0.0948
chr3R	14928234	14928385	chr3R:14928235-14928385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0161	0.0108	0.0169	0.021	0.0074	0.0083	0.0182	0.0127	0.0074	0.0181	0.0203	0.0181	0.0178	0.0191	0.0342	0.0191	0.0276
chr3R	14931223	14931390	chr3R:14931224-14931390	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0143	0.0239	0.04	0.0042	0.0165	0.0216	0.0153	0.0042	0.0278	0.0186	0.0278	0.0457	0.0268	0.0393	0.0268	0.0896
chr3R	14932734	14932909	chr3R:14932735-14932909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0406	0.0406	0.0351	0.0212	0.0432	0.0489	0.0566	0.0212	0.0393	0.054	0.0393	0.0395	0.0444	0.0529	0.0444	0.0307
chr3R	14933736	14933953	chr3R:14933737-14933953	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0369	0.0155	0.0348	0.0631	0.0021	0.0296	0.0143	0.0153	0.0021	0.0743	0.028	0.0743	0.0279	0.1975	0.0503	0.1975	0.0464
chr3R	14934388	14934577	chr3R:14934389-14934577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0148	0.0227	0.0343	0.0064	0.0131	0.0234	0.0173	0.0064	0.029	0.0264	0.029	0.0256	0.0605	0.0554	0.0605	0.0292
chr3R	14935739	14935890	chr3R:14935740-14935890	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0083	0.0147	0.0267	0.0053	0.0078	0.013	0.0107	0.0053	0.0121	0.0225	0.0121	0.0155	0.0092	0.0948	0.0092	0.0099
chr3R	14937067	14937218	chr3R:14937068-14937218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0066	0.0137	0.0231	0.0021	0.0063	0.0117	0.0067	0.0021	0.0079	0.0248	0.0079	0.0062	0.0031	0.0845	0.0031	0.0068
chr3R	14973307	14973673	chr3R:14973308-14973673	FBgn0261285	Ppcs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2394	0.1846	0.2863	0.2493	0.1336	0.235	0.1916	0.2392	0.1336	0.3412	0.3103	0.3412	0.299	0.2726	0.2392	0.2726	0.2788
chr3R	14973771	14973944	chr3R:14973772-14973944	FBgn0261285	Ppcs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1496	0.1239	0.1789	0.1462	0.0912	0.1602	0.1254	0.1652	0.0912	0.2234	0.2039	0.2234	0.1565	0.1616	0.1573	0.1616	0.172
chr3R	14974029	14974180	chr3R:14974030-14974180	FBgn0261285	Ppcs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0393	0.0562	0.0401	0.0265	0.0451	0.0415	0.0526	0.0265	0.0616	0.0662	0.0616	0.0511	0.0475	0.0438	0.0475	0.0453
chr3R	14976589	14976740	chr3R:14976590-14976740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0093	0.0136	0.0234	0.0064	0.0107	0.0134	0.008	0.0064	0.0066	0.0209	0.0066	0.0132	0.0161	0.0606	0.0161	0.0172
chr3R	14978942	14979103	chr3R:14978943-14979103	FBgn0038682	CG5835	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0387	0.0267	0.039	0.0518	0.0127	0.0311	0.0359	0.03	0.0127	0.0386	0.0492	0.0386	0.0496	0.0283	0.1257	0.0283	0.0495
chr3R	14979314	14979549	chr3R:14979315-14979549	FBgn0038682	CG5835	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0757	0.0494	0.0675	0.1142	0.0286	0.0539	0.0666	0.0593	0.0286	0.0525	0.0743	0.0525	0.1185	0.0582	0.2012	0.0582	0.1829
chr3R	14982434	14982657	chr3R:14982435-14982657	FBgn0002962	nos	stage11,stage14,stage5	none	nos_-85/+97	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1563	0.1094	0.1995	0.1613	0.0679	0.1277	0.125	0.1512	0.0679	0.244	0.2093	0.244	0.2223	0.1662	0.1657	0.1662	0.2053
chr3R	14982839	14983038	chr3R:14982840-14983038	FBgn0002962	nos	none	none	nos_-85/+97	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.0525	0.0765	0.0652	0.0361	0.0563	0.0679	0.068	0.0361	0.0972	0.0752	0.0972	0.0937	0.062	0.0671	0.062	0.0766
chr3R	14987909	14988090	chr3R:14987910-14988090	FBgn0259704,FBgn0259705	CG42358,CG42359	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1708	0.1348	0.2151	0.1624	0.0817	0.1845	0.1272	0.1885	0.0817	0.2572	0.2421	0.2572	0.2169	0.1991	0.1683	0.1991	0.1923
chr3R	14988159	14988328	chr3R:14988160-14988328	FBgn0259704,FBgn0259705	CG42358,CG42359	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1339	0.1052	0.165	0.132	0.0615	0.1398	0.1003	0.1499	0.0615	0.2041	0.1804	0.2041	0.1596	0.1462	0.1406	0.1462	0.1631
chr3R	14989782	14990064	chr3R:14989783-14990064	FBgn0010768	sqz	stage11,stage14,stage5	none	VT44030.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1678	0.0921	0.2249	0.1898	0.0318	0.1592	0.0631	0.1332	0.0318	0.2603	0.2614	0.2603	0.2393	0.2213	0.1921	0.2213	0.2199
chr3R	14990184	14990767	chr3R:14990185-14990767	FBgn0010768	sqz	stage14	none	VT44030.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1057	0.0742	0.1173	0.1283	0.035	0.1063	0.0774	0.0899	0.035	0.0936	0.1325	0.0936	0.1735	0.1462	0.1057	0.1462	0.1511
chr3R	14991454	14991691	chr3R:14991455-14991691	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT44030.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.0986	0.1879	0.1483	0.0318	0.1529	0.0822	0.1532	0.0318	0.2095	0.226	0.2095	0.1743	0.1547	0.1741	0.1547	0.1647
chr3R	14991793	14992142	chr3R:14991794-14992142	distal	distal	stage14	stage14	VT44030.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0924	0.0725	0.1208	0.0834	0.0212	0.0976	0.0549	0.1386	0.0212	0.0984	0.1788	0.0984	0.0829	0.059	0.1509	0.059	0.0756
chr3R	14996485	14996636	chr3R:14996486-14996636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.022	0.0214	0.0278	0.0162	0.0053	0.0194	0.0324	0.03	0.0053	0.0248	0.0347	0.0248	0.0201	0.0138	0.0329	0.0138	0.0094
chr3R	14996877	14997028	chr3R:14996878-14997028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0187	0.0222	0.0149	0.0042	0.0189	0.0247	0.0293	0.0042	0.0163	0.0315	0.0163	0.0124	0.0153	0.02	0.0153	0.0115
chr3R	14997421	14997575	chr3R:14997422-14997575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.015	0.0221	0.017	0.0049	0.0064	0.016	0.0264	0.0433	0.0064	0.0103	0.0199	0.0103	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0021
chr3R	14997783	14997934	chr3R:14997784-14997934	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.012	0.0146	0.0151	0.0058	0.0042	0.0136	0.0199	0.02	0.0042	0.0109	0.0161	0.0109	0.0046	0.0046	0.0077	0.0046	0.0031
chr3R	14997996	14998147	chr3R:14997997-14998147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0103	0.0146	0.0081	0.0021	0.0092	0.0186	0.0093	0.0021	0.0103	0.0148	0.0103	0.0101	0.0069	0.0077	0.0069	0.0036
chr3R	14998744	14998895	chr3R:14998745-14998895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0193	0.0255	0.0113	0.0085	0.017	0.0272	0.0286	0.0085	0.0133	0.0299	0.0133	0.0054	0.0046	0.0129	0.0046	0.0042
chr3R	15000679	15000830	chr3R:15000680-15000830	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	sqz_CE8027,sqz_sqz-11	sqz_CE8027,sqz_sqz-11	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0096	0.0084	0.0082	0.0032	0.0063	0.0138	0.0147	0.0032	0.0085	0.0077	0.0085	0.0023	0.0015	0.0058	0.0015	0.0021
chr3R	15005544	15005849	chr3R:15005545-15005849	FBgn0038686	CG5555	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.046	0.0593	0.0419	0.0212	0.0515	0.0653	0.0546	0.0212	0.0815	0.064	0.0815	0.0573	0.0413	0.0496	0.0413	0.0563
chr3R	15005973	15006149	chr3R:15005974-15006149	FBgn0038686,FBgn0051475	CG31475,CG5555	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.0875	0.114	0.0908	0.0435	0.0947	0.1099	0.1179	0.0435	0.1274	0.136	0.1274	0.1046	0.0972	0.1122	0.0972	0.1089
chr3R	15006235	15006462	chr3R:15006236-15006462	FBgn0038686,FBgn0051475	CG31475,CG5555	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0588	0.0471	0.0618	0.0687	0.017	0.0374	0.074	0.062	0.017	0.0483	0.0859	0.0483	0.055	0.0345	0.156	0.0345	0.0438
chr3R	15033528	15033716	chr3R:15033529-15033716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.014	0.0196	0.0084	0.0141	0.0074	0.0136	0.0454	0.0067	0.0074	0.0121	0.0058	0.0121	0.0062	0.0138	0.0084	0.0138	0.0115
chr3R	15037301	15037516	chr3R:15037302-15037516	FBgn0025680	cry	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0122	0.0235	0.0395	0.0053	0.015	0.0186	0.012	0.0053	0.026	0.0225	0.026	0.0403	0.0421	0.0426	0.0421	0.0505
chr3R	15045833	15045984	chr3R:15045834-15045984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.025	0.0219	0.0277	0.0255	0.0095	0.0228	0.0307	0.026	0.0095	0.0193	0.0395	0.0193	0.0302	0.0237	0.0322	0.0237	0.0433
chr3R	15049123	15049322	chr3R:15049124-15049322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0204	0.013	0.0221	0.0269	0.0053	0.0117	0.0234	0.0107	0.0053	0.0175	0.019	0.0175	0.0558	0.0092	0.0161	0.0092	0.0599
chr3R	15051112	15051345	chr3R:15051113-15051345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.036	0.0209	0.0429	0.0451	0.0106	0.0282	0.0251	0.0247	0.0106	0.0236	0.0479	0.0236	0.0868	0.0184	0.0464	0.0184	0.0646
chr3R	15051461	15051658	chr3R:15051462-15051658	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0574	0.0356	0.0609	0.0777	0.018	0.051	0.035	0.048	0.018	0.0477	0.0595	0.0477	0.0937	0.0391	0.0658	0.0391	0.0954
chr3R	15051991	15052194	chr3R:15051992-15052194	FBgn0262468	vib	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0996	0.0859	0.1155	0.0975	0.0573	0.0976	0.1029	0.1073	0.0573	0.1268	0.1244	0.1268	0.134	0.0919	0.0974	0.0919	0.1245
chr3R	15052278	15052475	chr3R:15052279-15052475	FBgn0262468	vib	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1736	0.1491	0.206	0.1654	0.0986	0.1801	0.1708	0.1832	0.0986	0.2434	0.2286	0.2434	0.2107	0.1746	0.1663	0.1746	0.1991
chr3R	15054759	15054996	chr3R:15054760-15054996	FBgn0038691,FBgn0038692	CG3773,CG5250	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0579	0.0464	0.0793	0.0473	0.0339	0.0495	0.0528	0.0673	0.0339	0.0857	0.0839	0.0857	0.1108	0.0452	0.058	0.0452	0.0584
chr3R	15055051	15055232	chr3R:15055052-15055232	FBgn0038691,FBgn0038692	CG3773,CG5250	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1277	0.1139	0.156	0.1122	0.0838	0.1413	0.1272	0.1426	0.0838	0.1715	0.172	0.1715	0.151	0.1256	0.1103	0.1256	0.1386
chr3R	15055329	15055480	chr3R:15055330-15055480	FBgn0038691,FBgn0038692	CG3773,CG5250	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0441	0.0403	0.0538	0.0377	0.018	0.0519	0.048	0.0466	0.018	0.0543	0.0601	0.0543	0.0527	0.0498	0.0329	0.0498	0.0406
chr3R	15061594	15061778	chr3R:15061595-15061778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.027	0.0287	0.0306	0.0212	0.0201	0.0359	0.0311	0.0346	0.0201	0.0356	0.0405	0.0356	0.0248	0.0176	0.0458	0.0176	0.0224
chr3R	15064499	15064650	chr3R:15064500-15064650	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0345	0.0542	0.0279	0.0201	0.0437	0.0415	0.0426	0.0201	0.0543	0.0656	0.0543	0.0635	0.0314	0.0387	0.0314	0.0292
chr3R	15064775	15064970	chr3R:15064776-15064970	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1204	0.1105	0.1492	0.0998	0.0668	0.135	0.1151	0.1526	0.0668	0.1534	0.182	0.1534	0.1743	0.1271	0.118	0.1271	0.1136
chr3R	15065088	15065285	chr3R:15065089-15065285	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0594	0.0568	0.0734	0.0471	0.0276	0.0684	0.058	0.0839	0.0276	0.0622	0.0955	0.0622	0.093	0.0681	0.0658	0.0681	0.0495
chr3R	15066717	15066868	chr3R:15066718-15066868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0185	0.0259	0.0217	0.0065	0.0085	0.0252	0.0337	0.038	0.0085	0.0205	0.0257	0.0205	0.0294	0.0038	0.0084	0.0038	0.0073
chr3R	15066871	15067022	chr3R:15066872-15067022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.027	0.0251	0.0096	0.0106	0.0262	0.0363	0.0366	0.0106	0.0217	0.0325	0.0217	0.0287	0.0077	0.0129	0.0077	0.012
chr3R	15067052	15067203	chr3R:15067053-15067203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0263	0.0328	0.0302	0.0146	0.0138	0.035	0.0493	0.036	0.0138	0.0248	0.0334	0.0248	0.0488	0.013	0.0193	0.013	0.0193
chr3R	15067491	15067712	chr3R:15067492-15067712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0574	0.0764	0.0679	0.0246	0.052	0.0971	0.093	0.0826	0.052	0.0888	0.0666	0.0888	0.0999	0.0406	0.0258	0.0406	0.0292
chr3R	15067822	15067973	chr3R:15067823-15067973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0211	0.0287	0.0244	0.0092	0.0127	0.0369	0.0407	0.0253	0.0127	0.0217	0.0232	0.0217	0.0503	0.0123	0.0097	0.0123	0.0099
chr3R	15072081	15072351	chr3R:15072082-15072351	FBgn0038693	unc79	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0408	0.0353	0.0442	0.0433	0.0127	0.0626	0.0372	0.0286	0.0127	0.0296	0.0305	0.0296	0.1185	0.0069	0.0097	0.0069	0.0172
chr3R	15072709	15073051	chr3R:15072710-15073051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0287	0.0289	0.0419	0.0141	0.0085	0.05	0.032	0.0213	0.0085	0.0205	0.0373	0.0205	0.1208	0.01	0.0168	0.01	0.0151
chr3R	15075624	15076046	chr3R:15075625-15076046	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0456	0.0399	0.0657	0.0298	0.018	0.0738	0.0398	0.0333	0.018	0.035	0.0447	0.035	0.2231	0.0191	0.0342	0.0191	0.0589
chr3R	15076192	15076343	chr3R:15076193-15076343	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0221	0.0208	0.0326	0.0121	0.0085	0.0413	0.0242	0.0087	0.0085	0.0133	0.0219	0.0133	0.1193	0.0084	0.011	0.0084	0.025
chr3R	15078598	15078749	chr3R:15078599-15078749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0118	0.0116	0.0193	0.0038	0.0042	0.0136	0.0182	0.0113	0.0042	0.0157	0.0161	0.0157	0.0534	0.0031	0.0032	0.0031	0.0068
chr3R	15095928	15096079	chr3R:15095929-15096079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0167	0.0157	0.0188	0.0155	0.0032	0.0165	0.0251	0.0147	0.0032	0.0217	0.0199	0.0217	0.0194	0.0345	0.0168	0.0345	0.0125
chr3R	15098939	15099090	chr3R:15098940-15099090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0198	0.0207	0.0072	0.0053	0.0218	0.0281	0.0253	0.0053	0.0097	0.036	0.0097	0.017	0.0031	0.0206	0.0031	0.0052
chr3R	15099606	15099806	chr3R:15099607-15099806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0132	0.0282	0.0148	0.0032	0.015	0.0169	0.0167	0.0032	0.0187	0.0502	0.0187	0.017	0.0123	0.0413	0.0123	0.0057
chr3R	15101704	15101867	chr3R:15101705-15101867	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0091	0.0207	0.0132	0.0021	0.0117	0.013	0.0087	0.0021	0.0115	0.0383	0.0115	0.0093	0.0031	0.0458	0.0031	0.0063
chr3R	15106006	15106169	chr3R:15106007-15106169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0085	0.0223	0.0141	0.0021	0.0092	0.0099	0.0133	0.0021	0.0109	0.0428	0.0109	0.0093	0.0061	0.049	0.0061	0.0063
chr3R	15113504	15113655	chr3R:15113505-15113655	FBgn0263405	CR43451	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0125	0.0125	0.0138	0.0111	0.0032	0.0146	0.0225	0.0087	0.0032	0.0169	0.0177	0.0169	0.0116	0.0306	0.0135	0.0306	0.0057
chr3R	15114777	15114928	chr3R:15114778-15114928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.016	0.0242	0.0109	0.0032	0.0146	0.0277	0.016	0.0032	0.0187	0.0373	0.0187	0.0232	0.0054	0.0277	0.0054	0.0078
chr3R	15118906	15119066	chr3R:15118907-15119066	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0265	0.0321	0.0198	0.018	0.0218	0.0467	0.0247	0.018	0.0127	0.0633	0.0127	0.0116	0.0046	0.06	0.0046	0.0125
chr3R	15119538	15119689	chr3R:15119539-15119689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0153	0.0121	0.0169	0.0173	0.0117	0.0131	0.0173	0.012	0.0117	0.0079	0.0289	0.0079	0.0132	0.01	0.0522	0.01	0.0063
chr3R	15124029	15124227	chr3R:15124030-15124227	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0457	0.0497	0.0614	0.0241	0.0286	0.0782	0.051	0.0526	0.0286	0.0272	0.0939	0.0272	0.0837	0.0276	0.058	0.0276	0.0162
chr3R	15124239	15124457	chr3R:15124240-15124457	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0381	0.042	0.0477	0.0233	0.0308	0.0549	0.0433	0.0526	0.0308	0.026	0.0756	0.026	0.0589	0.0176	0.0593	0.0176	0.0193
chr3R	15124498	15124649	chr3R:15124499-15124649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0245	0.0218	0.0303	0.0212	0.0095	0.0228	0.0264	0.0333	0.0095	0.0175	0.0521	0.0175	0.0232	0.01	0.0529	0.01	0.0229
chr3R	15124903	15125124	chr3R:15124904-15125124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0477	0.0283	0.0632	0.0524	0.0138	0.0379	0.0359	0.0293	0.0138	0.0393	0.0945	0.0393	0.0806	0.0245	0.1283	0.0245	0.0604
chr3R	15125379	15125566	chr3R:15125380-15125566	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0537	0.0233	0.0844	0.054	0.0064	0.0379	0.0268	0.022	0.0064	0.0278	0.1405	0.0278	0.1069	0.0268	0.1476	0.0268	0.0485
chr3R	15126095	15126283	chr3R:15126096-15126283	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0239	0.0451	0.0241	0.0127	0.032	0.0234	0.034	0.0127	0.0254	0.0775	0.0254	0.0364	0.0161	0.0703	0.0161	0.0141
chr3R	15126386	15126662	chr3R:15126387-15126662	distal	distal	stage11	stage11	VT44101.1	VT44101.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0446	0.0341	0.0641	0.0348	0.0201	0.0403	0.032	0.0573	0.0201	0.0501	0.1068	0.0501	0.0496	0.0368	0.0986	0.0368	0.0125
chr3R	15126667	15126818	chr3R:15126668-15126818	distal	distal	none	none	VT44101.1	VT44101.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0183	0.0368	0.0169	0.0095	0.0272	0.0125	0.0306	0.0095	0.0368	0.0566	0.0368	0.0302	0.0207	0.0458	0.0207	0.0078
chr3R	15126877	15127059	chr3R:15126878-15127059	distal	distal	none	none	VT44101.1	VT44101.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.036	0.0318	0.0522	0.0228	0.018	0.0476	0.0242	0.05	0.018	0.0344	0.0836	0.0344	0.048	0.0283	0.0574	0.0283	0.0094
chr3R	15127277	15127501	chr3R:15127278-15127501	distal	distal	none	none	VT44101.1	VT44101.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0515	0.0641	0.0662	0.0214	0.0456	0.0665	0.0562	0.1206	0.0456	0.0501	0.1016	0.0501	0.0527	0.026	0.0413	0.026	0.012
chr3R	15127581	15127732	chr3R:15127582-15127732	distal	distal	none	none	VT44101.1	VT44101.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.037	0.0507	0.0453	0.0124	0.0392	0.0544	0.0411	0.0946	0.0392	0.0441	0.0624	0.0441	0.0418	0.0138	0.0187	0.0138	0.0115
chr3R	15129903	15130054	chr3R:15129904-15130054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0646	0.0395	0.0114	0.0594	0.065	0.0649	0.1013	0.0594	0.0254	0.0588	0.0254	0.0403	0.0061	0.0251	0.0061	0.0083
chr3R	15130629	15130780	chr3R:15130630-15130780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0332	0.0565	0.0345	0.0058	0.035	0.0617	0.0502	0.0966	0.035	0.0236	0.0582	0.0236	0.0279	0.0046	0.0129	0.0046	0.0036
chr3R	15130888	15131165	chr3R:15130889-15131165	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0505	0.082	0.0549	0.0104	0.053	0.0864	0.0727	0.1459	0.053	0.0362	0.0801	0.0362	0.0534	0.0046	0.0226	0.0046	0.0052
chr3R	15131191	15131417	chr3R:15131192-15131417	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0465	0.0818	0.0445	0.0092	0.0541	0.0796	0.0766	0.1546	0.0541	0.0296	0.0695	0.0296	0.0426	0.0092	0.0161	0.0092	0.0052
chr3R	15131826	15131977	chr3R:15131827-15131977	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0413	0.0769	0.0374	0.0058	0.07	0.0675	0.0696	0.1466	0.07	0.0296	0.0563	0.0296	0.0294	0.0015	0.0116	0.0015	0.0052
chr3R	15132094	15132245	chr3R:15132095-15132245	distal	distal	stage5	stage5	VT44102.1	VT44102.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0383	0.0707	0.0357	0.0052	0.0456	0.0631	0.0644	0.1446	0.0456	0.0211	0.0527	0.0211	0.0364	8e-04	0.0103	8e-04	0.0036
chr3R	15132961	15133309	chr3R:15132962-15133309	distal	distal	stage5	stage5	VT44102.1	VT44102.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0786	0.1325	0.0758	0.0214	0.1092	0.117	0.1484	0.2219	0.1092	0.0562	0.1167	0.0562	0.0689	0.0161	0.0432	0.0161	0.0229
chr3R	15133313	15133464	chr3R:15133314-15133464	distal	distal	stage5	stage5	VT44102.1	VT44102.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.045	0.0799	0.0418	0.0095	0.052	0.0733	0.08	0.1486	0.052	0.029	0.065	0.029	0.0287	0.0069	0.0187	0.0069	0.0083
chr3R	15136398	15136634	chr3R:15136399-15136634	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1169	0.1472	0.1567	0.0393	0.1177	0.1461	0.1531	0.2392	0.1177	0.1002	0.2865	0.1002	0.0751	0.0123	0.1283	0.0123	0.0167
chr3R	15137557	15137708	chr3R:15137558-15137708	distal	distal	stage11	stage11	VT44105.1	VT44105.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0533	0.0796	0.0617	0.0146	0.0467	0.0854	0.0813	0.1386	0.0467	0.0356	0.109	0.0356	0.0387	0.0069	0.0393	0.0069	0.013
chr3R	15137712	15137900	chr3R:15137713-15137900	distal	distal	stage11	stage11	VT44105.1	VT44105.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0703	0.0966	0.0887	0.0207	0.07	0.0942	0.0999	0.1672	0.07	0.0586	0.1576	0.0586	0.0565	0.0077	0.058	0.0077	0.0167
chr3R	15137984	15138393	chr3R:15137985-15138393	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT44105.1	VT44105.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1328	0.1879	0.1524	0.0497	0.1432	0.1801	0.2007	0.3111	0.1432	0.1075	0.2601	0.1075	0.0953	0.0184	0.1528	0.0184	0.0271
chr3R	15139828	15140129	chr3R:15139829-15140129	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0775	0.1238	0.082	0.0207	0.0912	0.0971	0.138	0.2292	0.0912	0.0405	0.1511	0.0405	0.0442	0.0161	0.0535	0.0161	0.012
chr3R	15140749	15141145	chr3R:15140750-15141145	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT44107.1	VT44107.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1307	0.2024	0.1555	0.0234	0.1665	0.1602	0.2392	0.3344	0.1665	0.0761	0.3035	0.0761	0.0651	0.023	0.0567	0.023	0.0115
chr3R	15143100	15143287	chr3R:15143101-15143287	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT44108.1	VT44108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0733	0.085	0.0788	0.054	0.0573	0.0879	0.0861	0.1446	0.0573	0.1057	0.1019	0.1057	0.0527	0.1845	0.0471	0.1845	0.0234
chr3R	15143299	15143450	chr3R:15143300-15143450	distal	distal	stage14	stage14	VT44108.1	VT44108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0486	0.0565	0.0494	0.039	0.0371	0.0563	0.0636	0.0946	0.0371	0.064	0.0656	0.064	0.0256	0.1394	0.0245	0.1394	0.0188
chr3R	15144052	15144281	chr3R:15144053-15144281	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0751	0.1032	0.0799	0.0383	0.0668	0.1112	0.1107	0.1606	0.0668	0.0519	0.0868	0.0519	0.0503	0.0214	0.0277	0.0214	0.0349
chr3R	15144439	15144623	chr3R:15144440-15144623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0628	0.0875	0.0665	0.0312	0.0509	0.0917	0.0969	0.1379	0.0509	0.0399	0.0746	0.0399	0.0356	0.0084	0.0284	0.0084	0.0203
chr3R	15144872	15145069	chr3R:15144873-15145069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0978	0.1216	0.116	0.0511	0.1124	0.1146	0.1311	0.1839	0.1124	0.0785	0.1039	0.0785	0.0751	0.0207	0.0484	0.0207	0.0318
chr3R	15147535	15147940	chr3R:15147536-15147940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1831	0.1977	0.2246	0.1213	0.141	0.2034	0.2128	0.3165	0.141	0.0918	0.3585	0.0918	0.206	0.026	0.3288	0.026	0.099
chr3R	15148182	15148333	chr3R:15148183-15148333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0547	0.0833	0.0508	0.027	0.0636	0.0879	0.09	0.1312	0.0636	0.0314	0.0794	0.0314	0.0442	0.0084	0.0625	0.0084	0.0245
chr3R	15150307	15150473	chr3R:15150308-15150473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0575	0.086	0.0617	0.0212	0.0679	0.0951	0.0822	0.1432	0.0679	0.0743	0.0682	0.0743	0.0511	0.0207	0.0297	0.0207	0.0151
chr3R	15150772	15150923	chr3R:15150773-15150923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0582	0.0674	0.0773	0.027	0.0562	0.0607	0.0722	0.1126	0.0562	0.0725	0.0884	0.0725	0.0442	0.0184	0.0303	0.0184	0.0188
chr3R	15150970	15151131	chr3R:15150971-15151131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0579	0.0694	0.0717	0.0298	0.0445	0.0752	0.0709	0.1133	0.0445	0.0791	0.0785	0.0791	0.0496	0.0145	0.029	0.0145	0.0255
chr3R	15151826	15152052	chr3R:15151827-15152052	FBgn0000463	Dl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2168	0.2233	0.2631	0.1588	0.176	0.2568	0.234	0.3165	0.176	0.3225	0.2958	0.3225	0.2401	0.1761	0.1896	0.1761	0.1683
chr3R	15152326	15152504	chr3R:15152327-15152504	FBgn0000463,FBgn0262262	Dl,mir-997	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1127	0.1033	0.1368	0.0966	0.0764	0.1272	0.1055	0.1399	0.0764	0.1806	0.1511	0.1806	0.1162	0.1003	0.1141	0.1003	0.1063
chr3R	15155682	15155882	chr3R:15155683-15155882	FBgn0262903	CR43258	stage5	none	VT44116.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0488	0.1043	0.0335	0.0035	0.0594	0.1146	0.106	0.1752	0.0594	0.0592	0.0418	0.0592	0.0085	0.0038	0.0032	0.0038	0.0016
chr3R	15157387	15157603	chr3R:15157388-15157603	distal	distal	stage5	stage5	VT44116.1,VT44117.1	VT44117.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.041	0.091	0.0236	0.0042	0.0636	0.0714	0.1228	0.1426	0.0636	0.0362	0.0309	0.0362	0.0077	0.0046	0.0064	0.0046	0.0021
chr3R	15157957	15158139	chr3R:15157958-15158139	distal	distal	stage5	stage5	VT44117.1	VT44117.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0529	0.1238	0.0247	0.0046	0.1092	0.0806	0.1488	0.2265	0.1092	0.0326	0.0347	0.0326	0.0116	0.0038	0.0064	0.0038	0.0031
chr3R	15158240	15158580	chr3R:15158241-15158580	distal	distal	stage5	stage5	VT44117.1	VT44117.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0784	0.1499	0.0679	0.01	0.0795	0.1947	0.1397	0.2332	0.0795	0.1159	0.0826	0.1159	0.0387	0.0092	0.0129	0.0092	0.0146
chr3R	15158826	15158977	chr3R:15158827-15158977	distal	distal	none	none	VT44117.1	VT44117.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0186	0.0238	0.0241	0.0067	0.0085	0.0345	0.0272	0.0293	0.0085	0.0374	0.0296	0.0374	0.0132	0.0038	0.0077	0.0038	0.0135
chr3R	15159028	15159179	chr3R:15159029-15159179	distal	distal	none	none	VT44117.1,VT44118.1	VT44117.1,VT44118.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0317	0.0317	0.0134	0.0127	0.0398	0.0398	0.0406	0.0127	0.0417	0.0431	0.0417	0.0248	0.0107	0.0226	0.0107	0.0198
chr3R	15159194	15159345	chr3R:15159195-15159345	distal	distal	stage11	stage11	VT44117.1,VT44118.1	VT44117.1,VT44118.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0259	0.0268	0.0354	0.0143	0.0148	0.032	0.032	0.0333	0.0148	0.0332	0.0563	0.0332	0.0225	0.0107	0.0232	0.0107	0.0214
chr3R	15161073	15161486	chr3R:15161074-15161486	distal	distal	none	none	VT44118.1,VT44119.1	VT44118.1,VT44119.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0594	0.098	0.0541	0.0221	0.0785	0.0985	0.1488	0.0826	0.0785	0.0435	0.0444	0.0435	0.1394	0.0161	0.0193	0.0161	0.0479
chr3R	15161957	15162217	chr3R:15161958-15162217	distal	distal	stage11	stage11	VT44119.1	VT44119.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0495	0.0606	0.0751	0.0089	0.0265	0.0733	0.0601	0.1059	0.0265	0.0447	0.1312	0.0447	0.0473	0.0077	0.0174	0.0077	0.0089
chr3R	15164762	15164963	chr3R:15164763-15164963	distal	distal	stage5	stage5	VT44120.1	VT44120.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0584	0.1452	0.0204	0.0031	0.0923	0.151	0.1233	0.2771	0.0923	0.0254	0.0277	0.0254	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chr3R	15165211	15165368	chr3R:15165212-15165368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.035	0.0813	0.0168	0.0033	0.053	0.1005	0.0614	0.1506	0.053	0.0145	0.0277	0.0145	0.0116	0.0023	0.0084	0.0023	0.0021
chr3R	15165916	15166067	chr3R:15165917-15166067	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.04	0.0516	0.0088	0.0233	0.0485	0.0385	0.0673	0.0233	0.0248	0.1045	0.0248	0.0178	0.0023	0.0258	0.0023	0.0057
chr3R	15166448	15166722	chr3R:15166449-15166722	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT44122.1	VT44122.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0801	0.163	0.0629	0.0064	0.1432	0.1738	0.1522	0.2745	0.1432	0.0719	0.1029	0.0719	0.0124	0.0046	0.0123	0.0046	0.0036
chr3R	15167543	15167874	chr3R:15167544-15167874	distal	distal	stage5	stage5	VT44122.1	VT44122.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0816	0.194	0.0344	0.0077	0.1994	0.1316	0.2483	0.3031	0.1994	0.0302	0.0534	0.0302	0.024	0.0061	0.0123	0.0061	0.0036
chr3R	15169118	15169300	chr3R:15169119-15169300	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.065	0.1008	0.0815	0.007	0.0435	0.1408	0.0748	0.1739	0.0435	0.1534	0.1113	0.1534	0.0085	0.0038	0.0103	0.0038	0.0073
chr3R	15169664	15169896	chr3R:15169665-15169896	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.056	0.0899	0.069	0.0038	0.0286	0.1408	0.0792	0.1272	0.0286	0.1679	0.072	0.1679	0.007	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chr3R	15170972	15171182	chr3R:15170973-15171182	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0807	0.1826	0.0462	0.0046	0.1676	0.1155	0.2405	0.3031	0.1676	0.0386	0.0836	0.0386	0.0093	0.0038	0.009	0.0038	0.001
chr3R	15172040	15172318	chr3R:15172041-15172318	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0604	0.1256	0.0433	0.0063	0.0944	0.115	0.1717	0.1552	0.0944	0.067	0.0572	0.067	0.0116	0.0084	0.0084	0.0084	0.0047
chr3R	15172390	15172541	chr3R:15172391-15172541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0664	0.0395	0.0074	0.0467	0.0801	0.0796	0.0793	0.0467	0.0797	0.0502	0.0797	0.007	0.0123	0.0129	0.0123	0.0052
chr3R	15173889	15174040	chr3R:15173890-15174040	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0249	0.0344	0.0275	0.0114	0.0127	0.032	0.0471	0.0513	0.0127	0.0187	0.0502	0.0187	0.0116	0.0038	0.0309	0.0038	0.0078
chr3R	15176217	15176414	chr3R:15176218-15176414	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1122	0.2357	0.0817	0.0078	0.2068	0.2019	0.2954	0.3364	0.2068	0.099	0.1386	0.099	0.0132	0.0092	0.0129	0.0092	0.0068
chr3R	15177959	15178298	chr3R:15177960-15178298	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0476	0.0791	0.0497	0.01	0.0255	0.0791	0.0714	0.1672	0.0255	0.0791	0.0598	0.0791	0.0116	0.0038	0.011	0.0038	0.0052
chr3R	15178731	15178958	chr3R:15178732-15178958	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0556	0.0637	0.084	0.0153	0.0148	0.0879	0.0623	0.1006	0.0148	0.1969	0.0897	0.1969	0.0201	0.0276	0.0245	0.0276	0.0083
chr3R	15180246	15180397	chr3R:15180247-15180397	FBgn0262839	CG43203	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0276	0.0309	0.039	0.0114	0.0106	0.0296	0.035	0.054	0.0106	0.029	0.0707	0.029	0.0124	0.0061	0.0226	0.0061	0.0036
chr3R	15182382	15182595	chr3R:15182383-15182595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.041	0.0709	0.0416	0.0068	0.0403	0.0481	0.0761	0.1539	0.0403	0.0266	0.0788	0.0266	0.0124	0.0046	0.0181	0.0046	0.0031
chr3R	15183691	15183842	chr3R:15183692-15183842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0166	0.0206	0.0189	0.0097	0.0095	0.017	0.0251	0.0366	0.0095	0.0139	0.0328	0.0139	0.007	0.0031	0.0361	0.0031	0.0021
chr3R	15185655	15185945	chr3R:15185656-15185945	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0334	0.0704	0.0209	0.0056	0.0201	0.0699	0.0471	0.1739	0.0201	0.0199	0.0264	0.0199	0.0132	0.0038	0.011	0.0038	0.0068
chr3R	15186559	15186797	chr3R:15186560-15186797	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0356	0.0661	0.031	0.0067	0.0297	0.0655	0.0575	0.1339	0.0297	0.0115	0.0553	0.0115	0.0124	0.0046	0.0181	0.0046	0.0036
chr3R	15187268	15187422	chr3R:15187269-15187422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0158	0.0206	0.0097	0.0032	0.0126	0.0247	0.0247	0.0032	0.0109	0.0373	0.0109	0.0085	0.0023	0.0297	0.0023	0.0052
chr3R	15192312	15192517	chr3R:15192313-15192517	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0348	0.0338	0.0628	0.0052	0.0117	0.0461	0.0394	0.0426	0.0117	0.0996	0.0871	0.0996	0.0163	0.0031	0.0084	0.0031	0.0042
chr3R	15192553	15192791	chr3R:15192554-15192791	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0339	0.0393	0.0534	0.0065	0.0191	0.0379	0.0506	0.0586	0.0191	0.0803	0.0749	0.0803	0.0139	0.0023	0.0161	0.0023	0.0026
chr3R	15192803	15192974	chr3R:15192804-15192974	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.021	0.0322	0.0247	0.0045	0.0159	0.0272	0.0471	0.046	0.0159	0.029	0.037	0.029	0.0093	0.0015	0.0103	0.0015	0.0031
chr3R	15196178	15196461	chr3R:15196179-15196461	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0353	0.0238	0.0638	0.0167	0.0074	0.0296	0.0268	0.034	0.0074	0.0568	0.0579	0.0568	0.1464	0.0138	0.0103	0.0138	0.0271
chr3R	15196718	15196953	chr3R:15196719-15196953	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.036	0.0323	0.0627	0.0107	0.0095	0.0345	0.0407	0.0506	0.0095	0.0604	0.0717	0.0604	0.093	0.0123	0.0135	0.0123	0.0104
chr3R	15197830	15197995	chr3R:15197831-15197995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0224	0.0239	0.0294	0.0131	0.0117	0.0218	0.0311	0.038	0.0117	0.0211	0.0469	0.0211	0.0209	0.0207	0.0226	0.0207	0.0115
chr3R	15203472	15203623	chr3R:15203473-15203623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.014	0.0289	0.0097	0.0064	0.0126	0.0177	0.0233	0.0064	0.0302	0.0434	0.0302	0.0124	0.0077	0.02	0.0077	0.0063
chr3R	15203911	15204062	chr3R:15203912-15204062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0191	0.0192	0.0308	0.0063	0.0053	0.0214	0.0242	0.0286	0.0053	0.0737	0.026	0.0737	0.0124	0.0046	0.0045	0.0046	0.0036
chr3R	15208507	15208658	chr3R:15208508-15208658	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0175	0.0151	0.022	0.0153	0.0042	0.0141	0.0221	0.0187	0.0042	0.0465	0.0222	0.0465	0.0077	0.0184	0.0239	0.0184	0.0109
chr3R	15208794	15209089	chr3R:15208795-15209089	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0421	0.0389	0.0588	0.0276	0.0085	0.0583	0.045	0.0426	0.0085	0.1208	0.0582	0.1208	0.0318	0.0459	0.0393	0.0459	0.0219
chr3R	15209303	15209454	chr3R:15209304-15209454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.022	0.0227	0.028	0.0145	0.0095	0.0306	0.0268	0.028	0.0095	0.0441	0.0338	0.0441	0.0186	0.0214	0.02	0.0214	0.0104
chr3R	15209457	15209608	chr3R:15209458-15209608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0216	0.0254	0.0255	0.0131	0.0159	0.0262	0.032	0.0353	0.0159	0.0332	0.0341	0.0332	0.0139	0.0145	0.0251	0.0145	0.0094
chr3R	15211088	15211239	chr3R:15211089-15211239	FBgn0085314	CR34285	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0201	0.0214	0.0299	0.0079	0.0064	0.0233	0.0251	0.034	0.0064	0.0332	0.0457	0.0332	0.0147	0.0054	0.0103	0.0054	0.0083
chr3R	15228298	15228659	chr3R:15228299-15228659	FBgn0086613	Ino80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0683	0.0598	0.0869	0.0572	0.0318	0.0646	0.0761	0.0813	0.0318	0.1051	0.0968	0.1051	0.0798	0.0459	0.0638	0.0459	0.0724
chr3R	15228744	15228924	chr3R:15228745-15228924	FBgn0038704,FBgn0086613	CG5316,Ino80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1757	0.1522	0.2122	0.1621	0.1113	0.1976	0.1635	0.1839	0.1113	0.2609	0.2395	0.2609	0.1983	0.1677	0.1696	0.1677	0.1923
chr3R	15229037	15229207	chr3R:15229038-15229207	FBgn0038704,FBgn0086613	CG5316,Ino80	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1883	0.1591	0.2237	0.182	0.1103	0.199	0.17	0.2079	0.1103	0.2736	0.2489	0.2736	0.2022	0.1876	0.1863	0.1876	0.2163
chr3R	15230131	15230292	chr3R:15230132-15230292	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0285	0.0386	0.0288	0.0148	0.0267	0.0363	0.038	0.0148	0.0537	0.0405	0.0537	0.0473	0.0291	0.0335	0.0291	0.0417
chr3R	15232807	15232958	chr3R:15232808-15232958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0102	0.0137	0.0174	0.0032	0.0073	0.0164	0.0147	0.0032	0.0121	0.018	0.0121	0.0101	0.0061	0.0058	0.0061	0.0089
chr3R	15237236	15237387	chr3R:15237237-15237387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0069	0.0055	0.0116	0.0032	0.0053	0.0108	0.0087	0.0032	0.0048	0.0064	0.0048	0.007	0.0031	0.0045	0.0031	0.0047
chr3R	15238267	15238418	chr3R:15238268-15238418	FBgn0051221	CG31221	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0057	0.0066	0.0149	0.0021	0.0063	0.0087	0.0053	0.0021	0.0054	0.0071	0.0054	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0068
chr3R	15238841	15238992	chr3R:15238842-15238992	FBgn0051221	CG31221	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0077	0.0067	0.0082	0.0011	0.0049	0.0156	0.0087	0.0011	0.0066	0.0068	0.0066	0.0077	0.0015	0.0039	0.0015	0.0031
chr3R	15262932	15263083	chr3R:15262933-15263083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0075	0.0065	0.007	0.0091	0.0021	0.0024	0.0151	0.0047	0.0021	0.0097	0.0051	0.0097	0.0108	0.0038	0.0064	0.0038	0.0042
chr3R	15286314	15286501	chr3R:15286315-15286501	FBgn0260003	Dys	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.0401	0.0497	0.0319	0.0244	0.0466	0.058	0.0353	0.0244	0.0248	0.0373	0.0248	0.1627	0.01	0.0232	0.01	0.0776
chr3R	15286692	15287032	chr3R:15286693-15287032	FBgn0260003	Dys	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0448	0.0451	0.0524	0.0361	0.0265	0.0495	0.0554	0.0613	0.0265	0.0302	0.0447	0.0302	0.1495	0.0107	0.038	0.0107	0.0849
chr3R	15289084	15289321	chr3R:15289085-15289321	FBgn0038708	CG6255	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.139	0.1104	0.1836	0.122	0.0573	0.149	0.1138	0.1486	0.0573	0.1558	0.246	0.1558	0.2363	0.0574	0.1947	0.0574	0.2204
chr3R	15289723	15289915	chr3R:15289724-15289915	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1407	0.1275	0.1831	0.109	0.088	0.1524	0.1341	0.1719	0.088	0.1697	0.2441	0.1697	0.2076	0.0559	0.1747	0.0559	0.1881
chr3R	15289983	15290196	chr3R:15289984-15290196	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0934	0.1019	0.1165	0.0583	0.0721	0.116	0.1176	0.1366	0.0721	0.1093	0.1505	0.1093	0.1356	0.0306	0.0877	0.0306	0.0938
chr3R	15290900	15291103	chr3R:15290901-15291103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0274	0.0147	0.0329	0.0356	0.0011	0.0252	0.0169	0.0153	0.0011	0.0646	0.0264	0.0646	0.0411	0.0322	0.0426	0.0322	0.0646
chr3R	15291337	15291545	chr3R:15291338-15291545	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0413	0.0239	0.0523	0.0486	0.0085	0.0403	0.0294	0.0167	0.0085	0.0936	0.0402	0.0936	0.0643	0.0391	0.0606	0.0391	0.0839
chr3R	15296437	15296606	chr3R:15296438-15296606	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0342	0.0147	0.0489	0.0398	0.0021	0.0223	0.0112	0.0273	0.0021	0.0115	0.0923	0.0115	0.0356	0.0084	0.1283	0.0084	0.0219
chr3R	15297348	15297506	chr3R:15297349-15297506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0129	0.0079	0.0151	0.016	0.0032	0.0073	0.0125	0.0067	0.0032	0.0072	0.0154	0.0072	0.0426	0.01	0.0271	0.01	0.0255
chr3R	15298084	15298336	chr3R:15298085-15298336	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0581	0.0268	0.0761	0.0734	0.0074	0.0592	0.0285	0.0093	0.0074	0.0483	0.045	0.0483	0.2626	0.062	0.0451	0.062	0.1772
chr3R	15311921	15312169	chr3R:15311922-15312169	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.03	0.0172	0.0275	0.0469	0.0053	0.0204	0.0277	0.0153	0.0053	0.0501	0.0228	0.0501	0.0318	0.1478	0.0309	0.1478	0.0313
chr3R	15312595	15312746	chr3R:15312596-15312746	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0157	0.007	0.0103	0.0315	0.0032	0.0097	0.0108	0.0047	0.0032	0.0175	0.0074	0.0175	0.0155	0.1126	0.0193	0.1126	0.0146
chr3R	15315777	15316003	chr3R:15315778-15316003	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0406	0.0217	0.0117	0.0286	0.0257	0.0562	0.0666	0.0286	0.0217	0.0283	0.0217	0.0186	0.0092	0.0142	0.0092	0.0135
chr3R	15316525	15316698	chr3R:15316526-15316698	FBgn0038709	CG15025	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0291	0.0305	0.0308	0.0255	0.0095	0.0291	0.0428	0.044	0.0095	0.0254	0.0441	0.0254	0.0248	0.0253	0.0264	0.0253	0.0292
chr3R	15316822	15317011	chr3R:15316823-15317011	FBgn0038709	CG15025	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0647	0.0536	0.0717	0.0693	0.0276	0.0578	0.0627	0.0759	0.0276	0.0707	0.0852	0.0707	0.0806	0.0559	0.069	0.0559	0.073
chr3R	15317122	15317273	chr3R:15317123-15317273	FBgn0038709	CG15025	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.0113	0.018	0.0283	0.0064	0.0126	0.0151	0.0127	0.0064	0.0127	0.0219	0.0127	0.0209	0.0145	0.0181	0.0145	0.0146
chr3R	15318025	15318177	chr3R:15318026-15318177	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0218	0.0365	0.019	0.0085	0.0286	0.0238	0.0476	0.066	0.0286	0.0091	0.0315	0.0091	0.0186	0.0046	0.0161	0.0046	0.0089
chr3R	15319481	15319648	chr3R:15319482-15319648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0336	0.0154	0.0136	0.0212	0.035	0.0381	0.05	0.0212	0.0163	0.019	0.0163	0.0132	0.0054	0.0155	0.0054	0.0141
chr3R	15319825	15320096	chr3R:15319826-15320096	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0311	0.0593	0.017	0.015	0.0382	0.0481	0.0696	0.1013	0.0382	0.0157	0.0199	0.0157	0.0124	0.0123	0.0155	0.0123	0.0109
chr3R	15320964	15321173	chr3R:15320965-15321173	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0433	0.0613	0.0307	0.0369	0.0424	0.0524	0.0787	0.0966	0.0424	0.0374	0.0286	0.0374	0.0194	0.0123	0.0148	0.0123	0.0162
chr3R	15324494	15324765	chr3R:15324495-15324765	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0208	0.0202	0.0639	0.0138	0.0257	0.0316	0.0127	0.0138	0.0236	0.0106	0.0236	0.0279	0.0306	0.0155	0.0306	0.0365
chr3R	15325074	15325288	chr3R:15325075-15325288	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0336	0.0096	0.0283	0.0661	0.0011	0.015	0.0143	0.0047	0.0011	0.035	0.0209	0.035	0.0449	0.0513	0.0251	0.0513	0.049
chr3R	15325592	15325743	chr3R:15325593-15325743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0198	0.0093	0.0145	0.0372	0.0032	0.0078	0.0173	0.0073	0.0032	0.0163	0.01	0.0163	0.0263	0.0207	0.0155	0.0207	0.0203
chr3R	15327157	15327308	chr3R:15327158-15327308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0166	0.0125	0.0166	0.0212	0.0053	0.0097	0.0234	0.01	0.0053	0.0181	0.0151	0.0181	0.0294	0.0452	0.0135	0.0452	0.024
chr3R	15328993	15329180	chr3R:15328994-15329180	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.0284	0.0226	0.0506	0.0148	0.0316	0.0437	0.0253	0.0148	0.026	0.0219	0.026	0.0263	0.0528	0.0226	0.0528	0.0396
chr3R	15331973	15332145	chr3R:15331974-15332145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0227	0.0335	0.0168	0.017	0.0159	0.0447	0.0298	0.0546	0.0159	0.0163	0.0174	0.0163	0.017	0.013	0.0135	0.013	0.0146
chr3R	15333599	15333755	chr3R:15333600-15333755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0145	0.0087	0.0112	0.0246	0.0042	0.0155	0.0095	0.006	0.0042	0.0175	0.0071	0.0175	0.0178	0.0582	0.0129	0.0582	0.0276
chr3R	15334231	15334382	chr3R:15334232-15334382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0111	0.0075	0.0311	0.0064	0.0107	0.0151	0.0153	0.0064	0.0036	0.0074	0.0036	0.0108	0.0237	0.0155	0.0237	0.0156
chr3R	15334690	15334983	chr3R:15334691-15334983	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0672	0.0638	0.0283	0.1136	0.0583	0.0417	0.1107	0.0586	0.0583	0.0157	0.035	0.0157	0.0403	0.16	0.1341	0.16	0.0959
chr3R	15335303	15335454	chr3R:15335304-15335454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0175	0.0239	0.0102	0.0182	0.0148	0.0175	0.0437	0.0193	0.0148	0.0091	0.0138	0.0091	0.0093	0.0168	0.029	0.0168	0.0234
chr3R	15336370	15336521	chr3R:15336371-15336521	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0187	0.0132	0.0121	0.032	0.0117	0.0083	0.0238	0.012	0.0117	0.006	0.0167	0.006	0.0147	0.0107	0.087	0.0107	0.0234
chr3R	15340494	15340694	chr3R:15340495-15340694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0184	0.0156	0.0164	0.0238	0.0106	0.0165	0.0234	0.0147	0.0106	0.0109	0.01	0.0109	0.0527	0.0077	0.0155	0.0077	0.0532
chr3R	15342941	15343092	chr3R:15342942-15343092	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0111	0.0076	0.0128	0.0053	0.0102	0.0177	0.0133	0.0053	0.006	0.0077	0.006	0.0108	0.0054	0.0077	0.0054	0.0094
chr3R	15343225	15343376	chr3R:15343226-15343376	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.012	0.0128	0.009	0.0145	0.0032	0.0107	0.0251	0.0093	0.0032	0.006	0.01	0.006	0.0147	0.0061	0.011	0.0061	0.0115
chr3R	15349145	15349296	chr3R:15349146-15349296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0167	0.0218	0.0138	0.0141	0.0191	0.0204	0.0368	0.016	0.0191	0.0121	0.0116	0.0121	0.0209	0.0061	0.0123	0.0061	0.0135
chr3R	15349416	15349567	chr3R:15349417-15349567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0162	0.0177	0.0137	0.0173	0.0095	0.0117	0.0346	0.0147	0.0095	0.0091	0.0103	0.0091	0.0186	0.0092	0.0187	0.0092	0.0104
chr3R	15356914	15357088	chr3R:15356915-15357088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0323	0.0138	0.017	0.035	0.0238	0.0558	0.0273	0.035	0.0151	0.0151	0.0151	0.0194	0.0138	0.0219	0.0138	0.0203
chr3R	15391793	15391944	chr3R:15391794-15391944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0241	0.0346	0.0272	0.0117	0.0214	0.0385	0.0286	0.0117	0.0362	0.0392	0.0362	0.0449	0.0237	0.0368	0.0237	0.0401
chr3R	15392040	15392237	chr3R:15392041-15392237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0567	0.0484	0.0654	0.0564	0.0255	0.0461	0.0748	0.056	0.0255	0.0773	0.0714	0.0773	0.0906	0.0658	0.0638	0.0658	0.0886
chr3R	15394627	15394840	chr3R:15394628-15394840	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.0248	0.0732	0.1546	0.0064	0.0379	0.0225	0.036	0.0064	0.0459	0.0971	0.0459	0.1232	0.1953	0.2031	0.1953	0.2256
chr3R	15397105	15397313	chr3R:15397106-15397313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0126	0.0256	0.0432	0.0064	0.017	0.0186	0.01	0.0064	0.0278	0.0228	0.0278	0.0503	0.0337	0.0426	0.0337	0.0902
chr3R	15407559	15407710	chr3R:15407560-15407710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0121	0.0171	0.0258	0.0085	0.0102	0.016	0.016	0.0085	0.0097	0.0257	0.0097	0.0194	0.0107	0.0632	0.0107	0.0276
chr3R	15407841	15407992	chr3R:15407842-15407992	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0126	0.0178	0.0235	0.0106	0.0068	0.0203	0.016	0.0106	0.0097	0.0309	0.0097	0.0155	0.01	0.0606	0.01	0.0203
chr3R	15408273	15408424	chr3R:15408274-15408424	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0242	0.0175	0.0163	0.0138	0.0146	0.0368	0.0386	0.0138	0.0127	0.0273	0.0127	0.0147	0.0107	0.0393	0.0107	0.0115
chr3R	15409482	15409743	chr3R:15409483-15409743	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0254	0.0197	0.0258	0.0315	0.0064	0.017	0.0324	0.02	0.0064	0.0103	0.0421	0.0103	0.0318	0.0054	0.0909	0.0054	0.0208
chr3R	15410429	15410751	chr3R:15410430-15410751	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0546	0.0471	0.0838	0.0311	0.0212	0.0573	0.0532	0.062	0.0212	0.0362	0.0965	0.0362	0.206	0.0123	0.0535	0.0123	0.0438
chr3R	15412137	15412288	chr3R:15412138-15412288	FBgn0065080	snoRNA:Me18S-A1374	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0233	0.0348	0.0226	0.0127	0.0277	0.0281	0.0306	0.0127	0.0338	0.0392	0.0338	0.0596	0.0168	0.0277	0.0168	0.0344
chr3R	15445620	15445771	chr3R:15445621-15445771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0108	0.0105	0.0122	0.0096	0.0106	0.0092	0.0156	0.012	0.0106	0.0072	0.0084	0.0072	0.0387	0.0069	0.0084	0.0069	0.0208
chr3R	15446815	15446966	chr3R:15446816-15446966	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0129	0.009	0.0107	0.0196	0.0032	0.0073	0.0186	0.0067	0.0032	0.0048	0.0161	0.0048	0.0124	0.0107	0.0535	0.0107	0.0146
chr3R	15449818	15449969	chr3R:15449819-15449969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0102	0.0079	0.0085	0.0148	0.0053	0.0087	0.0117	0.0067	0.0053	0.0066	0.009	0.0066	0.0085	0.0138	0.0155	0.0138	0.0276
chr3R	15450295	15450446	chr3R:15450296-15450446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0093	0.0064	0.0075	0.0145	0.0011	0.0053	0.0121	0.0067	0.0011	0.006	0.009	0.006	0.0093	0.0084	0.0155	0.0084	0.0255
chr3R	15451120	15451380	chr3R:15451121-15451380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0151	0.0097	0.0143	0.0219	0.0064	0.0083	0.0156	0.0107	0.0064	0.0079	0.018	0.0079	0.0225	0.0123	0.0432	0.0123	0.0339
chr3R	15453429	15453612	chr3R:15453430-15453612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0372	0.0385	0.044	0.0281	0.0233	0.0403	0.0394	0.066	0.0233	0.0362	0.0527	0.0362	0.0248	0.0283	0.0374	0.0283	0.025
chr3R	15453820	15454053	chr3R:15453821-15454053	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.063	0.0553	0.082	0.0508	0.0382	0.0636	0.0554	0.0846	0.0382	0.0682	0.0916	0.0682	0.0364	0.0383	0.0638	0.0383	0.0401
chr3R	15454260	15454411	chr3R:15454261-15454411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0178	0.0131	0.0212	0.0192	0.0021	0.018	0.0169	0.0153	0.0021	0.0163	0.0251	0.0163	0.0139	0.0092	0.0342	0.0092	0.0162
chr3R	15458444	15458651	chr3R:15458445-15458651	FBgn0038720	CG6231	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0495	0.0115	0.0311	0.1121	0.0053	0.0131	0.0177	0.012	0.0053	0.032	0.0215	0.032	0.072	0.1447	0.0619	0.1447	0.1204
chr3R	15466897	15467105	chr3R:15466898-15467105	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0646	0.025	0.0703	0.1026	0.0053	0.0451	0.0277	0.0227	0.0053	0.1467	0.0492	0.1467	0.0837	0.1669	0.1128	0.1669	0.1271
chr3R	15468132	15468295	chr3R:15468133-15468295	FBgn0038721	CG16718	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0421	0.0222	0.0398	0.067	0.0117	0.0223	0.0324	0.0253	0.0117	0.0513	0.0347	0.0513	0.062	0.0827	0.0542	0.0827	0.099
chr3R	15468364	15468577	chr3R:15468365-15468577	FBgn0038721	CG16718	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1106	0.0764	0.1174	0.1413	0.0498	0.0956	0.0839	0.0986	0.0498	0.128	0.1193	0.128	0.1867	0.1547	0.1367	0.1547	0.1871
chr3R	15468808	15468977	chr3R:15468809-15468977	FBgn0038721	CG16718	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1125	0.0914	0.1348	0.1118	0.0604	0.1112	0.0969	0.1259	0.0604	0.1679	0.1457	0.1679	0.1673	0.1126	0.1122	0.1126	0.148
chr3R	15469052	15469586	chr3R:15469053-15469586	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1091	0.0952	0.1317	0.0998	0.0573	0.1223	0.1073	0.1213	0.0573	0.1667	0.137	0.1667	0.1518	0.0911	0.1032	0.0911	0.1397
chr3R	15469771	15469952	chr3R:15469772-15469952	FBgn0026753	Vha13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.1228	0.1443	0.1063	0.0774	0.1476	0.1289	0.1746	0.0774	0.1105	0.1772	0.1105	0.1603	0.0697	0.1135	0.0697	0.1365
chr3R	15470056	15470263	chr3R:15470057-15470263	FBgn0026753,FBgn0038722	Nup58,Vha13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1933	0.1496	0.2358	0.1957	0.1082	0.185	0.1609	0.1939	0.1082	0.2591	0.2537	0.2591	0.2711	0.2029	0.1805	0.2029	0.2371
chr3R	15470505	15470810	chr3R:15470506-15470810	FBgn0026753,FBgn0038722	Nup58,Vha13	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1039	0.0791	0.1268	0.1065	0.0414	0.0937	0.0787	0.1266	0.0414	0.1443	0.1444	0.1443	0.1301	0.1064	0.1173	0.1064	0.1397
chr3R	15474019	15474242	chr3R:15474020-15474242	FBgn0038723,FBgn0051220	CG31220,CG6195	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.0778	0.1047	0.1078	0.0488	0.0893	0.0817	0.1126	0.0488	0.1178	0.1183	0.1178	0.1239	0.1026	0.1199	0.1026	0.1402
chr3R	15474463	15474635	chr3R:15474464-15474635	FBgn0038723,FBgn0051220	CG31220,CG6195	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0668	0.0416	0.0628	0.0993	0.0276	0.0544	0.0484	0.0493	0.0276	0.0598	0.0675	0.0598	0.093	0.0888	0.1012	0.0888	0.1443
chr3R	15474821	15474972	chr3R:15474822-15474972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0239	0.0209	0.0241	0.027	0.0127	0.0209	0.032	0.0207	0.0127	0.0205	0.0267	0.0205	0.031	0.0184	0.0335	0.0184	0.05
chr3R	15476099	15476326	chr3R:15476100-15476326	FBgn0051219	CG31219	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0364	0.0246	0.0149	0.0223	0.0369	0.0467	0.0506	0.0223	0.0296	0.0286	0.0296	0.0225	0.0153	0.009	0.0153	0.0167
chr3R	15481798	15481949	chr3R:15481799-15481949	distal	distal	stage14	stage14	VT44293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0082	0.008	0.0124	0.0053	0.0058	0.0151	0.008	0.0053	0.0127	0.0064	0.0127	0.0062	0.0061	0.0032	0.0061	0.0052
chr3R	15482287	15482545	chr3R:15482288-15482545	distal	distal	stage14	stage14	VT44293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0379	0.0265	0.0253	0.0645	0.018	0.0272	0.0402	0.022	0.018	0.0163	0.0203	0.0163	0.0178	0.0092	0.0155	0.0092	0.0313
chr3R	15490610	15490761	chr3R:15490611-15490761	FBgn0038727	CG7432	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0093	0.0076	0.0082	0.0123	0.0021	0.0049	0.0169	0.0067	0.0021	0.0072	0.0113	0.0072	0.007	0.0023	0.0335	0.0023	0.012
chr3R	15497129	15497286	chr3R:15497130-15497286	FBgn0051216	Naam	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.009	0.0157	0.0539	0.0042	0.0117	0.0134	0.0067	0.0042	0.0085	0.0138	0.0085	0.0411	0.0299	0.0413	0.0299	0.1027
chr3R	15497337	15497793	chr3R:15497338-15497793	FBgn0012003,FBgn0051216	Naam,tRNA:V3b:92Ba	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0638	0.0278	0.0343	0.1363	0.017	0.0383	0.0337	0.0253	0.017	0.0242	0.0341	0.0242	0.0658	0.0858	0.1322	0.0858	0.2408
chr3R	15497964	15498167	chr3R:15497965-15498167	FBgn0012003	tRNA:V3b:92Ba	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0705	0.0831	0.058	0.07	0.0827	0.0893	0.09	0.1059	0.0827	0.0894	0.054	0.0894	0.0782	0.0835	0.0671	0.0835	0.1188
chr3R	15509922	15510073	chr3R:15509923-15510073	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0034	0.0051	0.01	0.0011	0.0039	0.0061	0.0027	0.0011	0.0048	0.0045	0.0048	0.0039	0.0015	0.0019	0.0015	0.0031
chr3R	15514360	15514511	chr3R:15514361-15514511	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.008	0.0109	0.0135	0.0064	0.0073	0.0156	0.0047	0.0064	0.0127	0.0074	0.0127	0.0139	0.0031	0.0045	0.0031	0.0115
chr3R	15514560	15514742	chr3R:15514561-15514742	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0194	0.0163	0.0197	0.0227	0.0117	0.0136	0.0324	0.0093	0.0117	0.0254	0.0119	0.0254	0.0364	0.0092	0.0123	0.0092	0.0287
chr3R	15545252	15545403	chr3R:15545253-15545403	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.0107	0.0115	0.0194	0.0053	0.0063	0.0212	0.01	0.0053	0.0097	0.017	0.0097	0.0054	0.0115	0.0258	0.0115	0.0057
chr3R	15553535	15553686	chr3R:15553536-15553686	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0101	0.0063	0.0134	0.0053	0.0097	0.0156	0.0113	0.0053	0.0103	0.0048	0.0103	8e-04	0.0015	0.0013	0.0015	0.0042
chr3R	15556327	15556517	chr3R:15556328-15556517	FBgn0024963	GluClalpha	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0096	0.018	0.0318	0.0053	0.0121	0.016	0.0053	0.0053	0.0411	0.0096	0.0411	0.0132	0.0322	0.0135	0.0322	0.0083
chr3R	15556750	15557150	chr3R:15556751-15557150	FBgn0024963	GluClalpha	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.037	0.0234	0.0388	0.0503	0.017	0.0233	0.0381	0.0173	0.017	0.0815	0.0273	0.0815	0.0201	0.0314	0.011	0.0314	0.012
chr3R	15559000	15559151	chr3R:15559001-15559151	distal	distal	none	none	VT44330.1	VT44330.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0037	0.0052	0.0103	0.0011	0.001	0.0082	0.004	0.0011	0.0018	0.0055	0.0018	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chr3R	15566414	15566565	chr3R:15566415-15566565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0123	0.0148	0.0099	0.0085	0.0107	0.0203	0.01	0.0085	0.0199	0.0167	0.0199	0.0077	0.0077	0.0045	0.0077	0.0063
chr3R	15568692	15568843	chr3R:15568693-15568843	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0108	0.0086	0.01	0.0142	0.0032	0.0097	0.016	0.006	0.0032	0.0115	0.0068	0.0115	0.0225	0.0023	0.0052	0.0023	0.0412
chr3R	15575477	15575652	chr3R:15575478-15575652	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0165	0.0116	0.0164	0.0221	0.0074	0.0092	0.0182	0.0127	0.0074	0.0205	0.0138	0.0205	0.031	0.0123	0.0045	0.0123	0.0375
chr3R	15590268	15590419	chr3R:15590269-15590419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0184	0.0231	0.0148	0.0171	0.017	0.0223	0.0337	0.0247	0.017	0.0133	0.0148	0.0133	0.0279	0.0092	0.0142	0.0092	0.0365
chr3R	15590664	15590837	chr3R:15590665-15590837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.034	0.018	0.0149	0.0297	0.0311	0.0523	0.0306	0.0297	0.0133	0.0228	0.0133	0.031	0.0054	0.0168	0.0054	0.0276
chr3R	15596673	15596908	chr3R:15596674-15596908	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0371	0.0193	0.0103	0.0308	0.0408	0.051	0.0326	0.0308	0.0223	0.0212	0.0223	0.0271	0.01	0.0123	0.01	0.0141
chr3R	15599672	15599861	chr3R:15599673-15599861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0361	0.0546	0.035	0.017	0.0345	0.0528	0.0426	0.017	0.055	0.0695	0.055	0.0581	0.0413	0.0432	0.0413	0.0349
chr3R	15599976	15600185	chr3R:15599977-15600185	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.1	0.1307	0.0916	0.0615	0.1112	0.1194	0.1332	0.0615	0.1582	0.1457	0.1582	0.1332	0.108	0.0954	0.108	0.1131
chr3R	15603335	15603486	chr3R:15603336-15603486	FBgn0038731	CG11659	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0232	0.0241	0.0266	0.0184	0.0117	0.0243	0.0368	0.026	0.0117	0.0278	0.0299	0.0278	0.0318	0.0145	0.0309	0.0145	0.0219
chr3R	15603889	15604072	chr3R:15603890-15604072	FBgn0038732	CG11391	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0759	0.0773	0.0879	0.0611	0.0541	0.085	0.0943	0.0973	0.0541	0.1208	0.0916	0.1208	0.0984	0.0758	0.069	0.0758	0.0709
chr3R	15606860	15607011	chr3R:15606861-15607011	FBgn0038733	CG11407	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.019	0.0204	0.0198	0.0164	0.0053	0.0233	0.0264	0.0306	0.0053	0.0278	0.0209	0.0278	0.0225	0.0168	0.011	0.0168	0.0323
chr3R	15609169	15609355	chr3R:15609170-15609355	FBgn0038734	CG11453	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0133	0.0199	0.0159	0.0021	0.0136	0.0225	0.0147	0.0021	0.0248	0.0151	0.0248	0.0411	0.0084	0.011	0.0084	0.0406
chr3R	15611993	15612283	chr3R:15611994-15612283	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0316	0.0243	0.0509	0.0185	0.0074	0.0383	0.0251	0.0306	0.0074	0.1057	0.0569	0.1057	0.0186	0.0421	0.0206	0.0421	0.0188
chr3R	15613536	15613812	chr3R:15613537-15613812	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0323	0.0188	0.0494	0.0287	0.0053	0.0291	0.0238	0.018	0.0053	0.0936	0.0553	0.0936	0.0256	0.0452	0.0393	0.0452	0.0349
chr3R	15615754	15615945	chr3R:15615755-15615945	FBgn0012004	tRNA:V3b:92Bb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1219	0.1326	0.134	0.0966	0.1082	0.1432	0.1639	0.1606	0.1082	0.1969	0.1405	0.1969	0.1216	0.1317	0.1057	0.1317	0.1162
chr3R	15616042	15616456	chr3R:15616043-15616456	FBgn0012004,FBgn0051215	tRNA:CR31215,tRNA:V3b:92Bb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0988	0.1066	0.1089	0.079	0.0657	0.1461	0.1172	0.1219	0.0657	0.1691	0.1183	0.1691	0.0806	0.1172	0.0916	0.1172	0.0886
chr3R	15616612	15616791	chr3R:15616613-15616791	FBgn0051215	tRNA:CR31215	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1128	0.1052	0.1289	0.1036	0.0668	0.1311	0.1224	0.1259	0.0668	0.1679	0.1424	0.1679	0.1286	0.1141	0.1225	0.1141	0.1391
chr3R	15616904	15617182	chr3R:15616905-15617182	FBgn0051215	tRNA:CR31215	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0496	0.0692	0.0546	0.0244	0.0558	0.0619	0.0686	0.0244	0.0755	0.0778	0.0755	0.0682	0.0398	0.0703	0.0398	0.0829
chr3R	15618590	15618776	chr3R:15618591-15618776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0254	0.0137	0.0254	0.0384	0.0042	0.0141	0.0186	0.02	0.0042	0.0211	0.0251	0.0211	0.0465	0.0222	0.0393	0.0222	0.0844
chr3R	15620997	15621326	chr3R:15620998-15621326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0466	0.0363	0.0525	0.0515	0.0148	0.0495	0.0471	0.0366	0.0148	0.0894	0.0582	0.0894	0.0418	0.0727	0.06	0.0727	0.0771
chr3R	15623104	15623255	chr3R:15623105-15623255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0272	0.0331	0.0084	0.0085	0.0291	0.0307	0.044	0.0085	0.029	0.0585	0.029	0.0093	0.0115	0.0161	0.0115	0.0078
chr3R	15623617	15623804	chr3R:15623618-15623804	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0403	0.0446	0.0647	0.0086	0.0148	0.0539	0.0346	0.0939	0.0148	0.0314	0.1312	0.0314	0.0155	0.0107	0.0142	0.0107	0.0047
chr3R	15624055	15624206	chr3R:15624056-15624206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0301	0.0319	0.0439	0.0131	0.0106	0.0451	0.032	0.048	0.0106	0.0423	0.0736	0.0423	0.0132	0.0214	0.0181	0.0214	0.0099
chr3R	15624322	15624506	chr3R:15624323-15624506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0347	0.0376	0.0477	0.017	0.0064	0.0631	0.0294	0.0606	0.0064	0.0507	0.0772	0.0507	0.0178	0.0245	0.0316	0.0245	0.0125
chr3R	15625403	15625778	chr3R:15625404-15625778	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	bnl_3728	bnl_3728	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0951	0.1311	0.134	0.0121	0.0361	0.2029	0.0718	0.2525	0.0361	0.2065	0.1814	0.2065	0.0186	0.0138	0.0155	0.0138	0.0115
chr3R	15626728	15626879	chr3R:15626729-15626879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0263	0.0268	0.032	0.0196	0.0053	0.0451	0.0285	0.0306	0.0053	0.067	0.0322	0.067	0.0116	0.0444	0.0155	0.0444	0.0198
chr3R	15627925	15628123	chr3R:15627926-15628123	FBgn0051471	tRNA:CR31471	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0482	0.0338	0.0582	0.0533	0.0148	0.0578	0.029	0.0366	0.0148	0.122	0.0418	0.122	0.0658	0.0842	0.0522	0.0842	0.073
chr3R	15628309	15628513	chr3R:15628310-15628513	FBgn0051471	tRNA:CR31471	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1601	0.1508	0.1923	0.1351	0.1294	0.184	0.1592	0.1845	0.1294	0.2784	0.1897	0.2784	0.2006	0.1792	0.1238	0.1792	0.1902
chr3R	15628791	15629080	chr3R:15628792-15629080	FBgn0051471	tRNA:CR31471	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.043	0.034	0.0528	0.0422	0.0138	0.0393	0.0398	0.0466	0.0138	0.0622	0.0678	0.0622	0.0387	0.0452	0.0664	0.0452	0.0542
chr3R	15629157	15629308	chr3R:15629158-15629308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0157	0.0287	0.0198	0.0011	0.018	0.0216	0.0227	0.0011	0.0266	0.0421	0.0266	0.0155	0.013	0.0438	0.013	0.0172
chr3R	15630188	15630370	chr3R:15630189-15630370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0234	0.028	0.0175	0.0032	0.0238	0.0281	0.0393	0.0032	0.0163	0.0273	0.0163	0.0108	0.0015	0.0116	0.0015	0.0042
chr3R	15630726	15630877	chr3R:15630727-15630877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0164	0.0148	0.0166	0.0178	0.0032	0.0209	0.019	0.016	0.0032	0.0145	0.0215	0.0145	0.0077	0.0077	0.0406	0.0077	0.0109
chr3R	15631200	15631351	chr3R:15631201-15631351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0096	0.0185	0.0152	0.0021	0.0107	0.0151	0.0107	0.0021	0.0169	0.0296	0.0169	0.0116	0.0084	0.0419	0.0084	0.0078
chr3R	15633098	15633249	chr3R:15633099-15633249	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.022	0.0178	0.0213	0.0274	0.0106	0.0223	0.0199	0.0173	0.0106	0.0356	0.0174	0.0356	0.0302	0.0681	0.0155	0.0681	0.0276
chr3R	15634212	15634419	chr3R:15634213-15634419	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0342	0.0568	0.0274	0.0164	0.0668	0.0471	0.0705	0.0779	0.0668	0.0236	0.0312	0.0236	0.0232	0.0168	0.0148	0.0168	0.0172
chr3R	15634611	15634762	chr3R:15634612-15634762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0213	0.0247	0.0232	0.0153	0.0138	0.0252	0.035	0.0313	0.0138	0.0302	0.0315	0.0302	0.0124	0.0176	0.0271	0.0176	0.0109
chr3R	15634856	15635045	chr3R:15634857-15635045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0202	0.0282	0.0263	0.0095	0.0243	0.0242	0.026	0.0095	0.0405	0.0376	0.0405	0.0163	0.0521	0.0393	0.0521	0.0193
chr3R	15635157	15635437	chr3R:15635158-15635437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0273	0.0182	0.0305	0.0341	0.0074	0.0199	0.0229	0.0247	0.0074	0.0399	0.0418	0.0399	0.0225	0.0827	0.0438	0.0827	0.0224
chr3R	15639082	15639233	chr3R:15639083-15639233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0132	0.0225	0.0077	0.0053	0.0155	0.0151	0.018	0.0053	0.0266	0.0309	0.0266	0.0163	0.0069	0.0148	0.0069	0.0047
chr3R	15644391	15644690	chr3R:15644392-15644690	distal	distal	stage5	stage5	VT44369.1	VT44369.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0327	0.0416	0.0354	0.0199	0.0329	0.0413	0.0562	0.0526	0.0329	0.0622	0.0379	0.0622	0.0248	0.0352	0.0174	0.0352	0.0229
chr3R	15644739	15644905	chr3R:15644740-15644905	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0237	0.0447	0.0165	0.0082	0.0318	0.0359	0.0714	0.0526	0.0318	0.0344	0.0141	0.0344	0.0178	0.0176	0.0045	0.0176	0.0104
chr3R	15644915	15645210	chr3R:15644916-15645210	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0277	0.0467	0.0247	0.0096	0.0265	0.0481	0.0614	0.0613	0.0265	0.0368	0.028	0.0368	0.0201	0.0184	0.0071	0.0184	0.0089
chr3R	15647039	15647190	chr3R:15647040-15647190	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0134	0.0086	0.0199	0.0116	0.0021	0.0136	0.0082	0.0127	0.0021	0.0483	0.0148	0.0483	0.0139	0.0199	0.009	0.0199	0.0167
chr3R	15648021	15648172	chr3R:15648022-15648172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0139	0.0111	0.0211	0.0093	0.0053	0.0126	0.0143	0.014	0.0053	0.0242	0.0199	0.0242	0.0403	0.013	0.0103	0.013	0.0109
chr3R	15648196	15648347	chr3R:15648197-15648347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0141	0.0125	0.0204	0.0089	0.0064	0.0117	0.0208	0.012	0.0064	0.026	0.017	0.026	0.0395	0.0176	0.0071	0.0176	0.0109
chr3R	15649940	15650091	chr3R:15649941-15650091	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0132	0.012	0.0142	0.0135	0.0085	0.0131	0.016	0.0147	0.0085	0.0175	0.0161	0.0175	0.0139	0.0268	0.0116	0.0268	0.0146
chr3R	15652813	15652964	chr3R:15652814-15652964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0158	0.0141	0.0157	0.0177	0.0064	0.0112	0.0203	0.0213	0.0064	0.0229	0.0174	0.0229	0.0178	0.0452	0.0097	0.0452	0.0188
chr3R	15653532	15653683	chr3R:15653533-15653683	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.0207	0.0225	0.0114	0.0117	0.0267	0.026	0.0207	0.0117	0.0272	0.0289	0.0272	0.0132	0.0161	0.0116	0.0161	0.0141
chr3R	15654025	15654176	chr3R:15654026-15654176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0141	0.0148	0.0192	0.0077	0.0074	0.0165	0.0225	0.0147	0.0074	0.0344	0.0206	0.0344	0.0093	0.0077	0.0116	0.0077	0.0094
chr3R	15656099	15656250	chr3R:15656100-15656250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0092	0.0093	0.0072	0.0111	0.0042	0.0083	0.0156	0.01	0.0042	0.0115	0.0084	0.0115	0.0046	0.0314	0.0116	0.0314	0.0057
chr3R	15658674	15658904	chr3R:15658675-15658904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.026	0.0209	0.035	0.0219	0.0085	0.0267	0.029	0.022	0.0085	0.0682	0.0344	0.0682	0.0279	0.075	0.0123	0.075	0.0141
chr3R	15659555	15659706	chr3R:15659556-15659706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0169	0.0146	0.0194	0.0169	0.0011	0.018	0.0216	0.0167	0.0011	0.0229	0.0238	0.0229	0.0139	0.0337	0.0155	0.0337	0.0203
chr3R	15662534	15662743	chr3R:15662535-15662743	FBgn0014135	bnl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1844	0.1801	0.2324	0.1367	0.1654	0.1908	0.2262	0.2039	0.1654	0.3176	0.2601	0.3176	0.2239	0.1248	0.1838	0.1248	0.1631
chr3R	15664696	15664873	chr3R:15664697-15664873	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0269	0.0312	0.0402	0.0074	0.0095	0.0374	0.0324	0.0533	0.0095	0.0483	0.0585	0.0483	0.0108	0.0046	0.0097	0.0046	0.0052
chr3R	15664900	15665051	chr3R:15664901-15665051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0244	0.0287	0.0369	0.006	0.0201	0.0286	0.0363	0.0393	0.0201	0.0254	0.0656	0.0254	0.0116	0.0046	0.0097	0.0046	0.0031
chr3R	15670256	15670407	chr3R:15670257-15670407	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0156	0.032	0.0104	0.0021	0.015	0.0229	0.0227	0.0021	0.0187	0.0595	0.0187	0.0139	0.0061	0.0251	0.0061	0.0073
chr3R	15672599	15672773	chr3R:15672600-15672773	FBgn0038735	CG4662	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1054	0.0895	0.1221	0.1049	0.0594	0.1146	0.0921	0.1213	0.0594	0.1292	0.1486	0.1292	0.1363	0.1118	0.1103	0.1118	0.1391
chr3R	15672928	15673093	chr3R:15672929-15673093	FBgn0038735	CG4662	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.177	0.1504	0.2133	0.1668	0.1018	0.1898	0.1618	0.1899	0.1018	0.2705	0.2318	0.2705	0.2231	0.1891	0.1838	0.1891	0.1949
chr3R	15673181	15673591	chr3R:15673182-15673591	FBgn0038735	CG4662	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2147	0.1856	0.2612	0.1962	0.1209	0.2257	0.2063	0.2432	0.1209	0.3339	0.2817	0.3339	0.2866	0.2159	0.2179	0.2159	0.2507
chr3R	15673735	15673893	chr3R:15673736-15673893	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0441	0.0399	0.0553	0.0366	0.0244	0.0578	0.0446	0.0413	0.0244	0.0519	0.0473	0.0519	0.1232	0.0291	0.0374	0.0291	0.0599
chr3R	15679099	15679250	chr3R:15679100-15679250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0228	0.0195	0.0139	0.0053	0.0296	0.0316	0.0253	0.0053	0.0151	0.0219	0.0151	0.0364	0.01	0.0135	0.01	0.024
chr3R	15679305	15679456	chr3R:15679306-15679456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0181	0.0197	0.0185	0.0159	0.0074	0.0209	0.0238	0.0293	0.0074	0.0151	0.0183	0.0151	0.0349	0.013	0.011	0.013	0.0307
chr3R	15684017	15684193	chr3R:15684018-15684193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0347	0.0277	0.0442	0.0323	0.0095	0.0456	0.0298	0.028	0.0095	0.0393	0.0328	0.0393	0.1177	0.0237	0.0181	0.0237	0.0766
chr3R	15684739	15684901	chr3R:15684740-15684901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0373	0.0457	0.035	0.0302	0.017	0.1015	0.0316	0.0346	0.017	0.0453	0.0312	0.0453	0.0573	0.026	0.0219	0.026	0.0672
chr3R	15685549	15685764	chr3R:15685550-15685764	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0567	0.0557	0.0561	0.0585	0.0223	0.1024	0.0532	0.0493	0.0223	0.0592	0.0399	0.0592	0.1278	0.0337	0.0206	0.0337	0.1496
chr3R	15686263	15686506	chr3R:15686264-15686506	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0648	0.0715	0.0759	0.0453	0.0308	0.1257	0.074	0.0593	0.0308	0.087	0.0608	0.087	0.1123	0.0291	0.0348	0.0291	0.0714
chr3R	15686509	15686660	chr3R:15686510-15686660	FBgn0261984	Ire1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0655	0.0633	0.0779	0.0543	0.0265	0.0976	0.0627	0.0806	0.0265	0.0864	0.0733	0.0864	0.096	0.0398	0.0445	0.0398	0.075
chr3R	15686673	15686864	chr3R:15686674-15686864	FBgn0038737,FBgn0261984	CG11447,Ire1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1194	0.1152	0.1382	0.1035	0.0753	0.135	0.1293	0.1592	0.0753	0.1479	0.1469	0.1479	0.1402	0.0926	0.0993	0.0926	0.1157
chr3R	15686969	15687144	chr3R:15686970-15687144	FBgn0038737,FBgn0261984	CG11447,Ire1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2256	0.1954	0.277	0.203	0.1273	0.2529	0.2085	0.2538	0.1273	0.3297	0.3074	0.3297	0.2618	0.219	0.1999	0.219	0.2454
chr3R	15687213	15687420	chr3R:15687214-15687420	FBgn0038737,FBgn0261984	CG11447,Ire1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1432	0.1189	0.1849	0.1246	0.0594	0.1573	0.1233	0.1672	0.0594	0.2228	0.201	0.2228	0.1867	0.1409	0.1167	0.1409	0.1631
chr3R	15690049	15690230	chr3R:15690050-15690230	FBgn0038738,FBgn0038739	CG4572,CG4686	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.109	0.0996	0.1254	0.1017	0.0721	0.1311	0.1016	0.1279	0.0721	0.151	0.1373	0.151	0.1549	0.1263	0.098	0.1263	0.1511
chr3R	15690359	15690529	chr3R:15690360-15690529	FBgn0038738,FBgn0038739	CG4572,CG4686	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1008	0.0926	0.1168	0.0926	0.0424	0.1228	0.093	0.1286	0.0424	0.131	0.1357	0.131	0.1503	0.1172	0.0928	0.1172	0.135
chr3R	15698970	15699121	chr3R:15698971-15699121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.016	0.0188	0.0184	0.0053	0.017	0.0234	0.018	0.0053	0.0157	0.0177	0.0157	0.0395	0.013	0.009	0.013	0.0417
chr3R	15700927	15701112	chr3R:15700928-15701112	FBgn0038740	CG4562	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0709	0.1018	0.0894	0.0382	0.0845	0.0779	0.0999	0.0382	0.0906	0.1399	0.0906	0.127	0.183	0.1154	0.183	0.0714
chr3R	15701212	15701513	chr3R:15701213-15701513	FBgn0038740	CG4562	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0624	0.0546	0.0684	0.0645	0.0276	0.0767	0.051	0.0779	0.0276	0.0731	0.0839	0.0731	0.0713	0.1179	0.0574	0.1179	0.0526
chr3R	15703097	15703301	chr3R:15703098-15703301	FBgn0038741,FBgn0038742	Arc42,CG17186	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1095	0.0963	0.131	0.1007	0.0742	0.1199	0.1068	0.1146	0.0742	0.1781	0.1508	0.1781	0.1247	0.1256	0.107	0.1256	0.1318
chr3R	15703364	15703535	chr3R:15703365-15703535	FBgn0038741,FBgn0038742	Arc42,CG17186	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1148	0.0996	0.1374	0.1071	0.0647	0.1189	0.1125	0.1372	0.0647	0.1884	0.1534	0.1884	0.1394	0.1317	0.1096	0.1317	0.1475
chr3R	15703628	15703779	chr3R:15703629-15703779	FBgn0038741,FBgn0038742	Arc42,CG17186	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0476	0.0454	0.0563	0.0407	0.0276	0.0573	0.0567	0.0513	0.0276	0.07	0.0588	0.07	0.072	0.049	0.038	0.049	0.0646
chr3R	15705316	15705486	chr3R:15705317-15705486	FBgn0014006	Pk92B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1064	0.0856	0.1321	0.1014	0.052	0.0913	0.0952	0.1279	0.052	0.1655	0.1447	0.1655	0.1448	0.1194	0.1038	0.1194	0.1313
chr3R	15705500	15705767	chr3R:15705501-15705767	FBgn0014006	Pk92B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0811	0.0606	0.1015	0.0816	0.0371	0.0665	0.0714	0.0879	0.0371	0.1359	0.1055	0.1359	0.1224	0.111	0.0774	0.111	0.1053
chr3R	15706027	15706178	chr3R:15706028-15706178	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0368	0.0356	0.0393	0.0352	0.018	0.0345	0.0558	0.0373	0.018	0.0543	0.0386	0.0543	0.0488	0.062	0.0335	0.062	0.0438
chr3R	15706403	15706620	chr3R:15706404-15706620	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0763	0.0718	0.0779	0.0797	0.0551	0.0748	0.0969	0.0833	0.0551	0.1316	0.0727	0.1316	0.0875	0.1585	0.0858	0.1585	0.0875
chr3R	15715746	15715923	chr3R:15715747-15715923	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1169	0.0254	0.1769	0.1533	0.0032	0.0515	0.0216	0.0266	0.0032	0.3043	0.1884	0.3043	0.1828	0.2312	0.1728	0.2312	0.2209
chr3R	15716310	15716553	chr3R:15716311-15716553	FBgn0038744	CG4733	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1306	0.033	0.1808	0.1847	0.0095	0.0602	0.0333	0.0306	0.0095	0.3678	0.1682	0.3678	0.1681	0.3369	0.2128	0.3369	0.2507
chr3R	15716960	15717272	chr3R:15716961-15717272	FBgn0038744	CG4733	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0819	0.0313	0.0999	0.1186	0.0159	0.0466	0.0355	0.0313	0.0159	0.2693	0.0556	0.2693	0.086	0.3055	0.0748	0.3055	0.1438
chr3R	15718021	15718190	chr3R:15718022-15718190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0193	0.0443	0.0526	0.0074	0.0209	0.0285	0.022	0.0074	0.1262	0.0241	0.1262	0.0294	0.173	0.0193	0.173	0.0433
chr3R	15728650	15728801	chr3R:15728651-15728801	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0429	0.0608	0.0426	0.0297	0.0495	0.0528	0.0566	0.0297	0.0924	0.0534	0.0924	0.0767	0.0521	0.0374	0.0521	0.0615
chr3R	15728860	15729011	chr3R:15728861-15729011	FBgn0038745	CG4538	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0416	0.0779	0.0585	0.0223	0.0481	0.0502	0.0546	0.0223	0.0942	0.0839	0.0942	0.093	0.0697	0.0509	0.0697	0.0875
chr3R	15729122	15729299	chr3R:15729123-15729299	FBgn0038745	CG4538	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1632	0.1473	0.1902	0.1514	0.0997	0.1723	0.1769	0.1872	0.0997	0.2343	0.2023	0.2343	0.2177	0.1639	0.136	0.1639	0.2011
chr3R	15730524	15730699	chr3R:15730525-15730699	FBgn0038746,FBgn0038747	RhoGAP92B,Surf6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1897	0.1732	0.2236	0.1709	0.1262	0.2073	0.1912	0.2199	0.1262	0.2911	0.237	0.2911	0.2324	0.1899	0.1728	0.1899	0.2048
chr3R	15730774	15730947	chr3R:15730775-15730947	FBgn0038746,FBgn0038747	RhoGAP92B,Surf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1952	0.1767	0.2325	0.1749	0.1294	0.2078	0.2011	0.2219	0.1294	0.2983	0.2457	0.2983	0.2494	0.1922	0.1966	0.1922	0.2147
chr3R	15731031	15731182	chr3R:15731032-15731182	FBgn0038746,FBgn0038747	RhoGAP92B,Surf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0855	0.0761	0.1041	0.0755	0.0371	0.0854	0.096	0.1033	0.0371	0.1214	0.1193	0.1214	0.1193	0.0934	0.0941	0.0934	0.0933
chr3R	15731819	15731994	chr3R:15731820-15731994	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0532	0.0309	0.0615	0.0689	0.0106	0.0471	0.0402	0.0273	0.0106	0.0682	0.0428	0.0682	0.1518	0.0398	0.0387	0.0398	0.1709
chr3R	15733444	15733606	chr3R:15733445-15733606	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0372	0.0193	0.0412	0.0526	0.0032	0.0267	0.026	0.0207	0.0032	0.0417	0.0325	0.0417	0.0968	0.0207	0.0309	0.0207	0.1402
chr3R	15734956	15735136	chr3R:15734957-15735136	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0464	0.0218	0.0435	0.0771	0.0042	0.0286	0.0298	0.0207	0.0042	0.0338	0.0437	0.0338	0.0991	0.0429	0.0754	0.0429	0.1746
chr3R	15735801	15736005	chr3R:15735802-15736005	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0165	0.032	0.0377	0.0042	0.0204	0.0229	0.0193	0.0042	0.0465	0.0206	0.0465	0.0558	0.0597	0.0148	0.0597	0.0677
chr3R	15736244	15736449	chr3R:15736245-15736449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0176	0.0301	0.0486	0.0053	0.0238	0.0264	0.0133	0.0053	0.0429	0.0244	0.0429	0.0527	0.0888	0.0142	0.0888	0.0964
chr3R	15741484	15741635	chr3R:15741485-15741635	FBgn0038749,FBgn0260234	CG42508,Xport	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.019	0.0166	0.0173	0.0237	0.0117	0.016	0.0238	0.0207	0.0117	0.0133	0.0199	0.0133	0.0318	0.0245	0.0258	0.0245	0.0422
chr3R	15756738	15757183	chr3R:15756739-15757183	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1544	0.3189	0.0943	0.0365	0.3892	0.1917	0.4697	0.3784	0.3892	0.0737	0.1177	0.0737	0.0534	0.0153	0.0361	0.0153	0.0203
chr3R	15760658	15760846	chr3R:15760659-15760846	FBgn0021776	mira	stage11,stage5	none	mira_PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1699	0.2511	0.2107	0.0345	0.2248	0.2602	0.2859	0.3384	0.2248	0.2766	0.2186	0.2766	0.1216	0.0153	0.0368	0.0153	0.0219
chr3R	15761307	15761529	chr3R:15761308-15761529	FBgn0021776	mira	stage11,stage14,stage5	none	mira_PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1026	0.1432	0.1338	0.0231	0.07	0.201	0.1302	0.2085	0.07	0.215	0.1196	0.215	0.1038	0.013	0.0174	0.013	0.0203
chr3R	15761707	15761858	chr3R:15761708-15761858	distal	distal	stage11	none	mira_PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0438	0.0616	0.0557	0.011	0.0244	0.0801	0.0662	0.0913	0.0244	0.0821	0.0492	0.0821	0.031	0.0077	0.009	0.0077	0.0078
chr3R	15761915	15762068	chr3R:15761916-15762068	distal	distal	none	none	mira_PE	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0469	0.0814	0.0458	0.0095	0.0392	0.0942	0.0753	0.1466	0.0392	0.0543	0.0486	0.0543	0.017	0.0077	0.0103	0.0077	0.0089
chr3R	15764793	15764966	chr3R:15764794-15764966	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0629	0.0742	0.0127	0.0488	0.0684	0.083	0.0726	0.0488	0.1099	0.0788	0.1099	0.0442	0.013	0.0097	0.013	0.012
chr3R	15811103	15811254	chr3R:15811104-15811254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0081	0.0096	0.0135	0.0011	0.0112	0.0117	0.0093	0.0011	0.0066	0.0113	0.0066	0.0124	0.0031	0.0045	0.0031	0.0177
chr3R	15821234	15821503	chr3R:15821235-15821503	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Hs6st_3748	Hs6st_3748	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1064	0.1783	0.1053	0.0273	0.1389	0.185	0.1704	0.3005	0.1389	0.0676	0.1727	0.0676	0.0589	0.013	0.0329	0.013	0.0182
chr3R	15823244	15823843	chr3R:15823245-15823843	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1122	0.1174	0.141	0.0746	0.0424	0.2427	0.0869	0.1026	0.0424	0.3508	0.1164	0.3508	0.0565	0.1639	0.0748	0.1639	0.0604
chr3R	15824063	15824214	chr3R:15824064-15824214	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0287	0.0217	0.0405	0.0237	0.0117	0.0354	0.026	0.014	0.0117	0.0755	0.0486	0.0755	0.0139	0.0436	0.0258	0.0436	0.0193
chr3R	15824353	15824564	chr3R:15824354-15824564	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0301	0.0209	0.0343	0.0356	0.0138	0.034	0.0212	0.018	0.0138	0.0568	0.0357	0.0568	0.017	0.0636	0.0206	0.0636	0.0245
chr3R	15825122	15825273	chr3R:15825123-15825273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0216	0.0244	0.0214	0.0187	0.0095	0.0369	0.0311	0.024	0.0095	0.0362	0.0248	0.0362	0.0124	0.0123	0.0187	0.0123	0.013
chr3R	15825503	15825654	chr3R:15825504-15825654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0174	0.0204	0.0129	0.0188	0.0064	0.0311	0.0251	0.0213	0.0064	0.0187	0.0119	0.0187	0.0054	0.013	0.0103	0.013	0.0094
chr3R	15827231	15827382	chr3R:15827232-15827382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0127	0.0098	0.021	0.0064	0.0112	0.0199	0.014	0.0064	0.0109	0.0148	0.0109	0.007	0.0069	0.0658	0.0069	0.013
chr3R	15827679	15827830	chr3R:15827680-15827830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0088	0.0118	0.0298	0.0042	0.0107	0.0117	0.01	0.0042	0.0066	0.0183	0.0066	0.0132	0.01	0.0922	0.01	0.0146
chr3R	15828073	15828224	chr3R:15828074-15828224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0083	0.0105	0.0178	0.0032	0.0121	0.0108	0.0087	0.0032	0.0133	0.0129	0.0133	0.0101	0.01	0.04	0.01	0.0156
chr3R	15832329	15832564	chr3R:15832330-15832564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0352	0.0264	0.0336	0.0468	0.0117	0.0408	0.032	0.0227	0.0117	0.0266	0.0354	0.0266	0.072	0.0153	0.0316	0.0153	0.1183
chr3R	15833461	15833908	chr3R:15833462-15833908	FBgn0038755	Hs6st	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.128	0.1153	0.1485	0.1198	0.0541	0.168	0.1189	0.1412	0.0541	0.192	0.1579	0.192	0.1348	0.1248	0.1225	0.1248	0.1339
chr3R	15834166	15834348	chr3R:15834167-15834348	FBgn0038755,FBgn0038760	Hs6st,MED25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2114	0.1727	0.2588	0.2028	0.106	0.216	0.1894	0.2252	0.106	0.3273	0.2752	0.3273	0.2711	0.2083	0.2025	0.2083	0.2392
chr3R	15834565	15834734	chr3R:15834566-15834734	FBgn0038755,FBgn0038760	Hs6st,MED25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1343	0.1066	0.1702	0.126	0.0668	0.1316	0.125	0.1332	0.0668	0.2301	0.1801	0.2301	0.1681	0.134	0.1212	0.134	0.1548
chr3R	15834884	15835035	chr3R:15834885-15835035	FBgn0038760	MED25	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.031	0.0445	0.0299	0.0148	0.032	0.045	0.0366	0.0148	0.0592	0.0511	0.0592	0.048	0.0322	0.0309	0.0322	0.0365
chr3R	15846463	15846649	chr3R:15846464-15846649	FBgn0038763	CG4433	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0198	0.0449	0.0358	0.0032	0.0248	0.0234	0.0286	0.0032	0.0537	0.0453	0.0537	0.0635	0.0306	0.0309	0.0306	0.0563
chr3R	15846787	15847157	chr3R:15846788-15847157	FBgn0038763,FBgn0243511	CG4433,psidin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1462	0.0813	0.2108	0.1478	0.0414	0.1126	0.0809	0.1073	0.0414	0.2446	0.2389	0.2446	0.2339	0.1516	0.1573	0.1516	0.1912
chr3R	15847338	15847523	chr3R:15847339-15847523	FBgn0038763,FBgn0243511	CG4433,psidin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1002	0.0816	0.1367	0.0808	0.0615	0.0961	0.0965	0.0946	0.0615	0.18	0.1492	0.18	0.1317	0.0904	0.0825	0.0904	0.1068
chr3R	15847583	15847821	chr3R:15847584-15847821	FBgn0243511	psidin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0755	0.0623	0.0991	0.0643	0.0361	0.0714	0.08	0.0706	0.0361	0.1304	0.1016	0.1304	0.1162	0.0666	0.0587	0.0666	0.099
chr3R	15847933	15848084	chr3R:15847934-15848084	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0238	0.0329	0.0149	0.0042	0.0238	0.0411	0.0207	0.0042	0.0374	0.0354	0.0374	0.0395	0.0168	0.0116	0.0168	0.0234
chr3R	15853665	15853845	chr3R:15853666-15853845	FBgn0038765,FBgn0038766	CG4424,CG4854	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0895	0.0885	0.1107	0.0673	0.0541	0.1078	0.1012	0.1093	0.0541	0.1413	0.1305	0.1413	0.0968	0.0904	0.0754	0.0904	0.0766
chr3R	15853947	15854098	chr3R:15853948-15854098	FBgn0038765,FBgn0038766	CG4424,CG4854	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0479	0.0531	0.0548	0.0344	0.0318	0.0476	0.0744	0.0706	0.0318	0.0713	0.0617	0.0713	0.0473	0.0459	0.0393	0.0459	0.0386
chr3R	15856930	15857119	chr3R:15856931-15857119	FBgn0038767,FBgn0038768	CG4936,trem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1606	0.1319	0.1942	0.1558	0.088	0.1626	0.1384	0.1765	0.088	0.2482	0.1987	0.2482	0.1998	0.157	0.1663	0.157	0.1777
chr3R	15857421	15857591	chr3R:15857422-15857591	FBgn0038767,FBgn0038768	CG4936,trem	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1549	0.1358	0.1898	0.1379	0.0806	0.1728	0.1527	0.1712	0.0806	0.2542	0.1974	0.2542	0.172	0.1417	0.1335	0.1417	0.186
chr3R	15861464	15861627	chr3R:15861465-15861627	FBgn0038769	CG10889	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0617	0.049	0.0747	0.0616	0.0223	0.0583	0.064	0.0533	0.0223	0.093	0.0804	0.093	0.0798	0.0613	0.0748	0.0613	0.0709
chr3R	15861706	15861902	chr3R:15861707-15861902	FBgn0038769	CG10889	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1451	0.1274	0.173	0.1342	0.0721	0.1573	0.1375	0.1772	0.0721	0.2126	0.1942	0.2126	0.1758	0.1325	0.1547	0.1325	0.1668
chr3R	15881785	15881936	chr3R:15881786-15881936	FBgn0040571	CG17193	none	none	VT44501.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0067	0.0069	0.0113	0.0021	0.0078	0.0108	0.006	0.0021	0.0054	0.0064	0.0054	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0031
chr3R	15882917	15883068	chr3R:15882918-15883068	FBgn0038772	CG4973	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0241	0.0177	0.0242	0.0311	0.0085	0.0199	0.0264	0.0173	0.0085	0.0272	0.0264	0.0272	0.0279	0.0299	0.0226	0.0299	0.0516
chr3R	15883118	15883311	chr3R:15883119-15883311	FBgn0038772	CG4973	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0457	0.0269	0.0425	0.0702	0.0127	0.0359	0.0316	0.032	0.0127	0.0453	0.0479	0.0453	0.0442	0.0727	0.0645	0.0727	0.1006
chr3R	15883372	15883568	chr3R:15883373-15883568	FBgn0038772	CG4973	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0611	0.089	0.0872	0.0424	0.0806	0.0623	0.0866	0.0424	0.1069	0.0926	0.1069	0.1022	0.0926	0.0961	0.0926	0.1089
chr3R	15883605	15884010	chr3R:15883606-15884010	FBgn0038772	CG4973	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0599	0.0496	0.0727	0.0574	0.0265	0.0553	0.0644	0.0653	0.0265	0.0851	0.0768	0.0851	0.0852	0.0482	0.0703	0.0482	0.0745
chr3R	15884504	15884731	chr3R:15884505-15884731	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.045	0.0555	0.0453	0.0276	0.0466	0.058	0.0573	0.0276	0.0562	0.0707	0.0562	0.0581	0.0505	0.0451	0.0505	0.0615
chr3R	15884778	15884971	chr3R:15884779-15884971	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.075	0.0653	0.0836	0.0763	0.0414	0.0733	0.0714	0.0933	0.0414	0.0912	0.1026	0.0912	0.0868	0.0888	0.0787	0.0888	0.0969
chr3R	15906080	15906231	chr3R:15906081-15906231	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0069	0.0052	0.0155	0.0074	0.0058	0.0125	0.004	0.0074	0.003	0.0048	0.003	0.007	0.0031	0.0013	0.0031	0.0042
chr3R	15924490	15924731	chr3R:15924491-15924731	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0181	0.0309	0.0115	0.011	0.0276	0.035	0.0381	0.0313	0.0276	0.0151	0.0109	0.0151	0.0101	0.01	0.0064	0.01	0.0099
chr3R	15979701	15979852	chr3R:15979702-15979852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0091	0.0081	0.0084	0.011	0.0042	0.0044	0.0173	0.0067	0.0042	0.0091	0.0093	0.0091	0.0101	0.0031	0.0271	0.0031	0.0104
chr3R	15980440	15980654	chr3R:15980441-15980654	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0476	0.042	0.0534	0.0476	0.0255	0.0422	0.0636	0.0413	0.0255	0.0616	0.0637	0.0616	0.0697	0.0513	0.0645	0.0513	0.0719
chr3R	16030450	16030601	chr3R:16030451-16030601	FBgn0083975	CG34139	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.013	0.0074	0.0081	0.0246	0.0074	0.0039	0.016	0.0033	0.0074	0.0127	0.0068	0.0127	0.007	0.0061	0.0064	0.0061	0.0083
chr3R	16078145	16078318	chr3R:16078146-16078318	FBgn0262582	cic	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1243	0.1003	0.1539	0.1185	0.0604	0.1316	0.0978	0.1419	0.0604	0.1999	0.1768	0.1999	0.1658	0.1332	0.1309	0.1332	0.1397
chr3R	16078389	16078568	chr3R:16078390-16078568	FBgn0262582	cic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2286	0.1608	0.2981	0.2282	0.0742	0.2218	0.1458	0.2405	0.0742	0.3678	0.3367	0.3678	0.33	0.2511	0.2508	0.2511	0.2595
chr3R	16078829	16079240	chr3R:16078830-16079240	FBgn0262582	cic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.265	0.1798	0.3396	0.2782	0.0923	0.2558	0.1544	0.2745	0.0923	0.3925	0.39	0.3925	0.3586	0.2757	0.3146	0.2757	0.3528
chr3R	16079571	16079863	chr3R:16079572-16079863	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1885	0.1282	0.2223	0.2186	0.0647	0.1869	0.1168	0.1739	0.0647	0.2325	0.2495	0.2325	0.2603	0.2006	0.2179	0.2006	0.2668
chr3R	16080386	16080588	chr3R:16080387-16080588	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0769	0.0479	0.0843	0.1012	0.0191	0.0641	0.0502	0.0653	0.0191	0.087	0.0897	0.087	0.1239	0.121	0.0741	0.121	0.1699
chr3R	16083004	16083210	chr3R:16083005-16083210	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0958	0.0444	0.1159	0.1312	0.0159	0.0699	0.0394	0.0626	0.0159	0.0453	0.1688	0.0453	0.2045	0.1225	0.2147	0.1225	0.1975
chr3R	16083393	16083632	chr3R:16083394-16083632	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0985	0.0507	0.1319	0.1152	0.0138	0.0816	0.032	0.0913	0.0138	0.0592	0.2235	0.0592	0.1441	0.1493	0.2063	0.1493	0.1355
chr3R	16083981	16084147	chr3R:16083982-16084147	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0637	0.0429	0.0959	0.0517	0.0106	0.0515	0.035	0.0893	0.0106	0.0254	0.1968	0.0254	0.0473	0.0176	0.1709	0.0176	0.025
chr3R	16084663	16084820	chr3R:16084664-16084820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.051	0.0279	0.0803	0.0446	0.0064	0.0437	0.0272	0.038	0.0064	0.0266	0.1605	0.0266	0.0558	0.0199	0.1386	0.0199	0.0276
chr3R	16085439	16085709	chr3R:16085440-16085709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0563	0.0455	0.0693	0.054	0.0212	0.0767	0.0441	0.0486	0.0212	0.0447	0.0842	0.0447	0.1379	0.0413	0.0593	0.0413	0.1016
chr3R	16085810	16086000	chr3R:16085811-16086000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0451	0.0354	0.0538	0.0465	0.0159	0.05	0.0363	0.0453	0.0159	0.0447	0.0688	0.0447	0.0852	0.0758	0.0529	0.0758	0.0594
chr3R	16087446	16087597	chr3R:16087447-16087597	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0317	0.0211	0.0365	0.0382	0.0127	0.0262	0.0281	0.0213	0.0127	0.0278	0.0447	0.0278	0.0682	0.0214	0.0387	0.0214	0.0844
chr3R	16088259	16088410	chr3R:16088260-16088410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0248	0.0152	0.0376	0.0216	0.0042	0.0194	0.0199	0.0173	0.0042	0.0181	0.0418	0.0181	0.0945	0.0268	0.0232	0.0268	0.0307
chr3R	16088745	16088896	chr3R:16088746-16088896	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0313	0.0214	0.0476	0.0244	0.0064	0.0301	0.0268	0.0253	0.0064	0.0272	0.0476	0.0272	0.1317	0.0306	0.0206	0.0306	0.0391
chr3R	16089524	16089810	chr3R:16089525-16089810	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0488	0.0252	0.0674	0.0547	0.0127	0.0374	0.026	0.03	0.0127	0.038	0.0846	0.038	0.1317	0.0827	0.0819	0.0827	0.0573
chr3R	16090531	16090738	chr3R:16090532-16090738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0186	0.0421	0.0393	0.0042	0.0238	0.0247	0.022	0.0042	0.0217	0.0473	0.0217	0.0991	0.0237	0.0387	0.0237	0.0808
chr3R	16091441	16091592	chr3R:16091442-16091592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0224	0.0193	0.0228	0.0255	0.0032	0.0214	0.0316	0.018	0.0032	0.0151	0.0273	0.0151	0.048	0.0436	0.0245	0.0436	0.0344
chr3R	16091820	16092042	chr3R:16091821-16092042	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0293	0.0216	0.0289	0.0384	0.0064	0.0325	0.029	0.0173	0.0064	0.0193	0.0251	0.0193	0.0782	0.0658	0.0284	0.0658	0.0495
chr3R	16099372	16099523	chr3R:16099373-16099523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0181	0.0135	0.0239	0.017	0.0032	0.0194	0.0169	0.014	0.0032	0.0193	0.0273	0.0193	0.0434	0.0153	0.0277	0.0153	0.0193
chr3R	16100392	16100937	chr3R:16100393-16100937	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0479	0.0421	0.057	0.0443	0.0106	0.0568	0.0562	0.044	0.0106	0.0374	0.0749	0.0374	0.0953	0.0291	0.0883	0.0291	0.0532
chr3R	16101628	16101996	chr3R:16101629-16101996	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0575	0.0462	0.0924	0.0318	0.0138	0.0966	0.0385	0.0393	0.0138	0.055	0.1035	0.055	0.2223	0.013	0.0787	0.013	0.0318
chr3R	16102567	16102803	chr3R:16102568-16102803	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0424	0.0319	0.0687	0.0252	0.0053	0.0655	0.0285	0.0286	0.0053	0.0314	0.0714	0.0314	0.1851	0.0138	0.0387	0.0138	0.0422
chr3R	16106007	16106291	chr3R:16106008-16106291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.032	0.0254	0.0344	0.0368	0.0085	0.0471	0.0186	0.0313	0.0085	0.0326	0.0424	0.0326	0.0558	0.072	0.0632	0.072	0.0198
chr3R	16109461	16109850	chr3R:16109462-16109850	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0867	0.0623	0.0957	0.104	0.0223	0.1	0.0528	0.0846	0.0223	0.1769	0.0987	0.1769	0.0906	0.219	0.0825	0.219	0.1443
chr3R	16109983	16110167	chr3R:16109984-16110167	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0563	0.0282	0.0652	0.078	0.0064	0.0476	0.0251	0.036	0.0064	0.1165	0.0611	0.1165	0.0751	0.1524	0.0567	0.1524	0.1204
chr3R	16110181	16110332	chr3R:16110182-16110332	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0299	0.0181	0.0313	0.0415	0.0032	0.0291	0.0203	0.0193	0.0032	0.0411	0.0318	0.0411	0.0442	0.0689	0.0361	0.0689	0.0693
chr3R	16111513	16111664	chr3R:16111514-16111664	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0102	0.0138	0.0313	0.0021	0.0136	0.0134	0.0107	0.0021	0.0115	0.0145	0.0115	0.0263	0.0383	0.0245	0.0383	0.0558
chr3R	16112425	16112599	chr3R:16112426-16112599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0485	0.0497	0.0594	0.0351	0.0201	0.0568	0.0731	0.05	0.0201	0.0682	0.0785	0.0682	0.0643	0.0421	0.0413	0.0421	0.0589
chr3R	16112668	16112834	chr3R:16112669-16112834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0758	0.1032	0.0482	0.0424	0.0845	0.0973	0.0946	0.0424	0.1413	0.1264	0.1413	0.11	0.0628	0.0625	0.0628	0.074
chr3R	16113061	16113212	chr3R:16113062-16113212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0344	0.0378	0.0449	0.0191	0.0223	0.0374	0.0528	0.0493	0.0223	0.0713	0.054	0.0713	0.0372	0.0291	0.0219	0.0291	0.0261
chr3R	16113763	16113914	chr3R:16113764-16113914	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0357	0.0446	0.0374	0.0237	0.0191	0.0607	0.0536	0.0526	0.0191	0.0574	0.0457	0.0574	0.0325	0.0245	0.0464	0.0245	0.0271
chr3R	16114209	16114531	chr3R:16114210-16114531	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0859	0.1068	0.0857	0.0628	0.0891	0.1039	0.1285	0.1399	0.0891	0.0851	0.1257	0.0851	0.0713	0.0544	0.1128	0.0544	0.0849
chr3R	16116852	16117157	chr3R:16116853-16117157	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1458	0.1893	0.1657	0.0753	0.1866	0.1194	0.282	0.2405	0.1866	0.0767	0.3206	0.0767	0.0914	0.0222	0.2328	0.0222	0.0521
chr3R	16117887	16118162	chr3R:16117888-16118162	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2088	0.2706	0.2418	0.1037	0.2322	0.2126	0.375	0.3691	0.2322	0.2023	0.3817	0.2023	0.2091	0.0528	0.2637	0.0528	0.0933
chr3R	16118593	16118925	chr3R:16118594-16118925	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2447	0.2893	0.2975	0.1372	0.2492	0.2621	0.3776	0.3804	0.2492	0.3569	0.4209	0.3569	0.2417	0.1914	0.2727	0.1914	0.1183
chr3R	16119687	16119838	chr3R:16119688-16119838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0241	0.0247	0.0283	0.0188	0.017	0.0199	0.0359	0.0333	0.017	0.0272	0.0424	0.0272	0.024	0.0322	0.0284	0.0322	0.0193
chr3R	16124890	16125041	chr3R:16124891-16125041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0239	0.0218	0.0123	0.0127	0.0214	0.0398	0.0266	0.0127	0.0199	0.0315	0.0199	0.0263	0.0107	0.0232	0.0107	0.012
chr3R	16125143	16125344	chr3R:16125144-16125344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0225	0.029	0.0239	0.0136	0.0106	0.0175	0.0528	0.032	0.0106	0.0217	0.0341	0.0217	0.0263	0.01	0.0239	0.01	0.0156
chr3R	16125419	16125570	chr3R:16125420-16125570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0202	0.0243	0.0242	0.0113	0.0127	0.0175	0.0415	0.0293	0.0127	0.0157	0.0389	0.0157	0.0279	0.0046	0.0187	0.0046	0.012
chr3R	16125810	16125961	chr3R:16125811-16125961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0192	0.0207	0.0239	0.0125	0.0064	0.017	0.0381	0.0193	0.0064	0.0175	0.035	0.0175	0.0263	0.0107	0.0213	0.0107	0.013
chr3R	16134601	16134801	chr3R:16134602-16134801	FBgn0261550	CG42668	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0551	0.0496	0.0496	0.0674	0.0286	0.0587	0.0545	0.0686	0.0286	0.0393	0.0617	0.0393	0.0782	0.0697	0.0883	0.0697	0.0803
chr3R	16134906	16135585	chr3R:16134907-16135585	FBgn0261550	CG42668	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1838	0.1469	0.1527	0.2592	0.0859	0.1665	0.1678	0.2045	0.0859	0.1057	0.1878	0.1057	0.2548	0.2044	0.3411	0.2044	0.345
chr3R	16135665	16135849	chr3R:16135666-16135849	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.047	0.0303	0.0353	0.0787	0.0159	0.0277	0.0441	0.0406	0.0159	0.0217	0.0386	0.0217	0.0689	0.0567	0.0961	0.0567	0.123
chr3R	16135924	16136132	chr3R:16135925-16136132	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0359	0.0196	0.0307	0.0599	0.0032	0.0238	0.0303	0.0207	0.0032	0.0278	0.0251	0.0278	0.0612	0.0689	0.0587	0.0689	0.0849
chr3R	16136203	16136354	chr3R:16136204-16136354	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0117	0.018	0.0345	0.0011	0.0087	0.0221	0.0133	0.0011	0.0133	0.0209	0.0133	0.0271	0.0452	0.0361	0.0452	0.0573
chr3R	16137165	16137348	chr3R:16137166-16137348	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0354	0.0198	0.0353	0.0531	0.0085	0.0233	0.0281	0.0173	0.0085	0.0175	0.0318	0.0175	0.0906	0.0176	0.0484	0.0176	0.1277
chr3R	16142440	16142591	chr3R:16142441-16142591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0095	0.0127	0.0156	0.0032	0.0087	0.0173	0.0067	0.0032	0.006	0.0141	0.006	0.0302	0.0046	0.0084	0.0046	0.0391
chr3R	16142639	16142790	chr3R:16142640-16142790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0145	0.0138	0.0136	0.0163	0.0042	0.0121	0.0238	0.0153	0.0042	0.0072	0.0145	0.0072	0.031	0.0092	0.0142	0.0092	0.0334
chr3R	16143273	16143509	chr3R:16143274-16143509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0091	0.0147	0.0217	0.0011	0.0112	0.0143	0.0093	0.0011	0.0079	0.0116	0.0079	0.0442	0.0153	0.011	0.0153	0.0542
chr3R	16143631	16143782	chr3R:16143632-16143782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0106	0.0069	0.0093	0.0163	0	0.0092	0.0121	0.0053	0	0.006	0.0074	0.006	0.0263	0.0107	0.0077	0.0107	0.0391
chr3R	16144724	16144950	chr3R:16144725-16144950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0184	0.0178	0.0179	0.0195	0.0053	0.0141	0.032	0.0193	0.0053	0.0103	0.0158	0.0103	0.0465	0.0061	0.0103	0.0061	0.0469
chr3R	16151078	16151229	chr3R:16151079-16151229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.034	0.0329	0.0188	0.0265	0.0306	0.0541	0.0366	0.0265	0.0314	0.0392	0.0314	0.0496	0.0145	0.0206	0.0145	0.0318
chr3R	16153651	16153825	chr3R:16153652-16153825	FBgn0038787,FBgn0038788	CG4360,Sirt2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1999	0.1729	0.2372	0.1891	0.1177	0.2102	0.1907	0.2252	0.1177	0.2838	0.2582	0.2838	0.2301	0.1998	0.1986	0.1998	0.2121
chr3R	16154099	16154472	chr3R:16154100-16154472	FBgn0038787,FBgn0038788	CG4360,Sirt2	stage11,stage5	none	VT44636.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.147	0.1356	0.1708	0.1337	0.0976	0.1578	0.1622	0.1679	0.0976	0.2065	0.1968	0.2065	0.1619	0.1401	0.147	0.1401	0.1475
chr3R	16158540	16158756	chr3R:16158541-16158756	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0243	0.0331	0.0429	0.0042	0.0252	0.0368	0.0273	0.0042	0.0326	0.0331	0.0326	0.0488	0.0314	0.0335	0.0314	0.073
chr3R	16247679	16247830	chr3R:16247680-16247830	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0036	0.0053	0.0091	0.0032	0.0034	0.0061	0.002	0.0032	0.0048	0.0055	0.0048	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.001
chr3R	16248217	16248368	chr3R:16248218-16248368	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0054	0.005	0.0038	0.0077	0.0074	0.0019	0.0091	0.0047	0.0074	0.0042	0.0026	0.0042	0.0039	8e-04	6e-04	8e-04	0.001
chr3R	16275446	16275597	chr3R:16275447-16275597	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0127	0.0181	0.0077	0.0121	0.0233	0.0131	0.0255	0.0207	0.0233	0.0097	0.0077	0.0097	0.0046	8e-04	0.0013	8e-04	0.0026
chr3R	16290007	16290452	chr3R:16290008-16290452	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0669	0.0915	0.0431	0.0655	0.0689	0.0816	0.1094	0.1346	0.0689	0.0483	0.0405	0.0483	0.0449	0.0291	0.0284	0.0291	0.0516
chr3R	16310266	16310417	chr3R:16310267-16310417	FBgn0262869	mun	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0088	0.0072	0.0093	0.0042	0.0058	0.016	0.008	0.0042	0.0072	0.0087	0.0072	0.0085	0.0046	0.0026	0.0046	0.0031
chr3R	16348134	16348285	chr3R:16348135-16348285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0074	0.0058	0.0132	0.0053	0.0049	0.013	0.0087	0.0053	0.0072	0.0048	0.0072	0.0039	0.0031	0.0045	0.0031	0.0042
chr3R	16366541	16366692	chr3R:16366542-16366692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0233	0.0217	0.0268	0.0213	0.0064	0.0175	0.0355	0.0293	0.0064	0.0169	0.0434	0.0169	0.0225	0.0191	0.0148	0.0191	0.0464
chr3R	16367972	16368123	chr3R:16367973-16368123	distal	distal	none	none	VT44756.1	VT44756.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0304	0.0339	0.0435	0.012	0.0201	0.0359	0.042	0.046	0.0201	0.0266	0.0514	0.0266	0.0945	0.0054	0.0123	0.0054	0.0172
chr3R	16368511	16368754	chr3R:16368512-16368754	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT44756.1	VT44756.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1064	0.1613	0.1137	0.0372	0.1559	0.1063	0.2228	0.2372	0.1559	0.0278	0.217	0.0278	0.0945	0.0184	0.0993	0.0184	0.0255
chr3R	16368911	16369306	chr3R:16368912-16369306	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT44756.1,VT44757.1	VT44756.1,VT44757.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2039	0.3154	0.2228	0.0585	0.3086	0.2233	0.4126	0.4664	0.3086	0.067	0.4289	0.067	0.1433	0.023	0.1715	0.023	0.0261
chr3R	16369586	16369737	chr3R:16369587-16369737	distal	distal	none	none	VT44757.1	VT44757.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0438	0.0565	0.0506	0.0223	0.0276	0.0383	0.0839	0.0893	0.0276	0.0248	0.0961	0.0248	0.0333	0.0176	0.0484	0.0176	0.0219
chr3R	16374735	16374886	chr3R:16374736-16374886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0302	0.0248	0.0354	0.0306	0.0127	0.032	0.0337	0.022	0.0127	0.0296	0.0415	0.0296	0.0666	0.0161	0.0084	0.0161	0.086
chr3R	16374961	16375112	chr3R:16374962-16375112	distal	distal	none	none	Stat92E_Mesos	Stat92E_Mesos	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0321	0.0274	0.0373	0.0315	0.0138	0.033	0.0381	0.024	0.0138	0.0314	0.0534	0.0314	0.0434	0.0245	0.0258	0.0245	0.0709
chr3R	16375590	16375816	chr3R:16375591-16375816	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Stat92E_Mesos	Stat92E_Mesos	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1002	0.0561	0.1495	0.0954	0.0159	0.085	0.058	0.0666	0.0159	0.1522	0.2286	0.1522	0.117	0.1003	0.1547	0.1003	0.1225
chr3R	16376009	16376339	chr3R:16376010-16376339	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Stat92E_Mesos	Stat92E_Mesos	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1546	0.1572	0.1882	0.115	0.0933	0.2291	0.1626	0.1759	0.0933	0.2693	0.2344	0.2693	0.1565	0.1799	0.1399	0.1799	0.1428
chr3R	16376394	16376948	chr3R:16376395-16376948	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Stat92E_Mesos	Stat92E_Mesos	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.326	0.3061	0.3859	0.2824	0.246	0.3801	0.317	0.3964	0.246	0.5459	0.4113	0.5459	0.3734	0.3576	0.3217	0.3576	0.3434
chr3R	16377224	16377409	chr3R:16377225-16377409	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1585	0.1594	0.1739	0.1406	0.1177	0.1777	0.1873	0.2032	0.1177	0.212	0.201	0.212	0.1673	0.1616	0.1393	0.1616	0.1631
chr3R	16377488	16377854	chr3R:16377489-16377854	FBgn0016917	Stat92E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1469	0.1699	0.1576	0.1095	0.1029	0.1597	0.2236	0.2412	0.1029	0.195	0.1894	0.195	0.1371	0.1225	0.1044	0.1225	0.1027
chr3R	16377924	16378119	chr3R:16377925-16378119	FBgn0016917	Stat92E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.1164	0.1333	0.1245	0.0884	0.088	0.1272	0.1726	0.1859	0.088	0.1606	0.1469	0.1606	0.1255	0.1179	0.0838	0.1179	0.1016
chr3R	16385514	16385707	chr3R:16385515-16385707	FBgn0040575	CG15922	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0867	0.0837	0.1039	0.0712	0.0583	0.0927	0.099	0.1153	0.0583	0.1021	0.1251	0.1021	0.1325	0.0796	0.0774	0.0796	0.1063
chr3R	16385795	16385964	chr3R:16385796-16385964	FBgn0040575	CG15922	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1175	0.0906	0.1487	0.1132	0.0657	0.116	0.1003	0.1046	0.0657	0.1546	0.1859	0.1546	0.1673	0.1325	0.1219	0.1325	0.1678
chr3R	16386493	16386691	chr3R:16386494-16386691	FBgn0038803	CG5191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1045	0.1094	0.1181	0.084	0.0891	0.0981	0.1384	0.1566	0.0891	0.1244	0.1473	0.1244	0.1363	0.0781	0.0999	0.0781	0.1136
chr3R	16386720	16386996	chr3R:16386721-16386996	FBgn0038803	CG5191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1266	0.1747	0.1284	0.0707	0.1622	0.1306	0.2223	0.2625	0.1622	0.1111	0.1749	0.1111	0.1472	0.0735	0.0903	0.0735	0.0855
chr3R	16389558	16389709	chr3R:16389559-16389709	FBgn0038804	CG10877	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0157	0.0201	0.0359	0.0138	0.0097	0.0272	0.0167	0.0138	0.0109	0.0177	0.0109	0.0565	0.0138	0.0316	0.0138	0.0933
chr3R	16389712	16389914	chr3R:16389713-16389914	FBgn0038804	CG10877	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0328	0.0201	0.0261	0.0544	0.018	0.017	0.0342	0.0167	0.018	0.0157	0.0296	0.0157	0.0581	0.013	0.0683	0.013	0.1287
chr3R	16391420	16391580	chr3R:16391421-16391580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0351	0.0234	0.0259	0.0583	0.018	0.018	0.0389	0.024	0.018	0.0175	0.0405	0.0175	0.0271	0.0054	0.1296	0.0054	0.099
chr3R	16393716	16393897	chr3R:16393717-16393897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0323	0.0351	0.0291	0.0326	0.0127	0.0379	0.0437	0.052	0.0127	0.0272	0.0299	0.0272	0.0511	0.0191	0.0187	0.0191	0.0797
chr3R	16394516	16394833	chr3R:16394517-16394833	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0385	0.0589	0.0311	0.0238	0.0318	0.0558	0.0774	0.0846	0.0318	0.038	0.0379	0.038	0.024	0.0237	0.0226	0.0237	0.0438
chr3R	16399367	16399572	chr3R:16399368-16399572	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0778	0.1286	0.0704	0.0291	0.1135	0.0932	0.1968	0.1532	0.1135	0.0429	0.1154	0.0429	0.0565	0.013	0.0625	0.013	0.0339
chr3R	16399860	16400055	chr3R:16399861-16400055	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1199	0.1924	0.1185	0.0404	0.1676	0.1369	0.2725	0.2658	0.1676	0.0399	0.2068	0.0399	0.1084	0.0107	0.1206	0.0107	0.0339
chr3R	16400407	16400602	chr3R:16400408-16400602	FBgn0083039	snoRNA:Psi18S-301	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1917	0.2569	0.2096	0.0993	0.2439	0.2369	0.3274	0.3284	0.2439	0.0996	0.3257	0.0996	0.2208	0.0299	0.2392	0.0299	0.123
chr3R	16400741	16400945	chr3R:16400742-16400945	FBgn0083039	snoRNA:Psi18S-301	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1139	0.1408	0.1348	0.061	0.1177	0.1437	0.1782	0.1785	0.1177	0.0676	0.2029	0.0676	0.1565	0.0222	0.1451	0.0222	0.0782
chr3R	16401058	16401314	chr3R:16401059-16401314	FBgn0083039	snoRNA:Psi18S-301	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.1243	0.1203	0.0446	0.1007	0.1146	0.1553	0.1752	0.1007	0.0616	0.1807	0.0616	0.1572	0.0184	0.0916	0.0184	0.0636
chr3R	16402407	16402580	chr3R:16402408-16402580	FBgn0038805,FBgn0038806	CG5412,TFAM	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0635	0.05	0.089	0.0506	0.018	0.0558	0.0614	0.068	0.018	0.0876	0.117	0.0876	0.0906	0.0513	0.0645	0.0513	0.0662
chr3R	16402660	16402832	chr3R:16402661-16402832	FBgn0038805,FBgn0038806	CG5412,TFAM	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.119	0.1006	0.1543	0.1007	0.0488	0.1073	0.1211	0.1452	0.0488	0.1769	0.1965	0.1769	0.1363	0.1026	0.1025	0.1026	0.1292
chr3R	16405495	16405677	chr3R:16405496-16405677	FBgn0023212,FBgn0038808	Elongin-B,Srp14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1614	0.1386	0.203	0.1412	0.0785	0.1748	0.1548	0.1779	0.0785	0.2591	0.2248	0.2591	0.2006	0.1639	0.1515	0.1639	0.1626
chr3R	16405720	16405911	chr3R:16405721-16405911	FBgn0023212,FBgn0038808	Elongin-B,Srp14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1429	0.1211	0.1808	0.1256	0.0594	0.1539	0.1276	0.1726	0.0594	0.218	0.2087	0.218	0.172	0.1539	0.127	0.1539	0.1548
chr3R	16405957	16406125	chr3R:16405958-16406125	FBgn0023212,FBgn0038808	Elongin-B,Srp14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0731	0.0639	0.0911	0.0635	0.017	0.0825	0.0766	0.0853	0.017	0.1051	0.1074	0.1051	0.0798	0.072	0.0625	0.072	0.0797
chr3R	16406978	16407385	chr3R:16406979-16407385	FBgn0054008	CG34008	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0998	0.1118	0.1179	0.0666	0.0647	0.1277	0.1328	0.1506	0.0647	0.1443	0.137	0.1443	0.11	0.0873	0.0619	0.0873	0.0813
chr3R	16411146	16411335	chr3R:16411147-16411335	FBgn0038809	CG16953	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.0608	0.0782	0.0596	0.0233	0.0893	0.0562	0.0893	0.0233	0.0924	0.0849	0.0924	0.0782	0.0559	0.0625	0.0559	0.0803
chr3R	16411444	16411632	chr3R:16411445-16411632	FBgn0038809	CG16953	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.1018	0.141	0.1056	0.0445	0.1364	0.1021	0.1486	0.0445	0.1649	0.1621	0.1649	0.1418	0.1011	0.1096	0.1011	0.1303
chr3R	16413349	16413504	chr3R:16413350-16413504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0566	0.043	0.0726	0.0543	0.0138	0.0646	0.0389	0.0606	0.0138	0.0888	0.0698	0.0888	0.1053	0.0459	0.0464	0.0459	0.1037
chr3R	16413750	16413941	chr3R:16413751-16413941	FBgn0014029,FBgn0038810	Sep2,Srp72	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1535	0.1072	0.2036	0.1504	0.0318	0.167	0.0943	0.1546	0.0318	0.2452	0.2238	0.2452	0.22	0.144	0.1502	0.144	0.2074
chr3R	16413955	16414150	chr3R:16413956-16414150	FBgn0014029,FBgn0038810	Sep2,Srp72	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1774	0.1451	0.2283	0.1578	0.0764	0.1908	0.157	0.1892	0.0764	0.2723	0.2614	0.2723	0.2161	0.1332	0.1741	0.1332	0.2084
chr3R	16414341	16414513	chr3R:16414342-16414513	FBgn0014029,FBgn0038810	Sep2,Srp72	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1086	0.0835	0.1401	0.1021	0.0562	0.1015	0.0995	0.1013	0.0562	0.1636	0.1633	0.1636	0.1301	0.0888	0.1193	0.0888	0.1402
chr3R	16418312	16418492	chr3R:16418313-16418492	FBgn0023097,FBgn0038811	CG4159,bon	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1329	0.1165	0.1608	0.1206	0.0827	0.1495	0.128	0.1466	0.0827	0.1999	0.1817	0.1999	0.1526	0.1156	0.1296	0.1156	0.1454
chr3R	16418736	16418927	chr3R:16418737-16418927	FBgn0023097,FBgn0038811	CG4159,bon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2363	0.2215	0.2773	0.2079	0.1644	0.2684	0.2582	0.2652	0.1644	0.3442	0.3048	0.3442	0.2579	0.2266	0.2321	0.2266	0.2324
chr3R	16419000	16419196	chr3R:16419001-16419196	FBgn0023097	bon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1227	0.115	0.1515	0.0997	0.0764	0.1316	0.1488	0.1399	0.0764	0.1842	0.1643	0.1842	0.1425	0.0965	0.1148	0.0965	0.1167
chr3R	16419221	16419407	chr3R:16419222-16419407	FBgn0023097	bon	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.121	0.1282	0.1397	0.0925	0.0933	0.1354	0.1696	0.1572	0.0933	0.183	0.1421	0.183	0.1448	0.1026	0.0935	0.1026	0.1126
chr3R	16419722	16420178	chr3R:16419723-16420178	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1602	0.1608	0.1798	0.1381	0.1177	0.2029	0.1799	0.1952	0.1177	0.221	0.181	0.221	0.2579	0.1409	0.1431	0.1409	0.2428
chr3R	16420444	16420647	chr3R:16420445-16420647	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1641	0.1711	0.184	0.1344	0.1559	0.183	0.2007	0.2112	0.1559	0.2627	0.2158	0.2627	0.1464	0.1631	0.1934	0.1631	0.1902
chr3R	16422172	16422392	chr3R:16422173-16422392	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0726	0.069	0.0978	0.0489	0.0477	0.0757	0.09	0.0779	0.0477	0.1667	0.1061	0.1667	0.0457	0.0972	0.0554	0.0972	0.0438
chr3R	16423296	16423480	chr3R:16423297-16423480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0529	0.0799	0.0532	0.0224	0.0583	0.0646	0.1202	0.0966	0.0583	0.067	0.0714	0.067	0.0178	0.0306	0.0322	0.0306	0.0177
chr3R	16423757	16423977	chr3R:16423758-16423977	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.061	0.0788	0.0718	0.0294	0.0276	0.1019	0.0731	0.1292	0.0276	0.1069	0.0865	0.1069	0.0356	0.0268	0.0509	0.0268	0.0198
chr3R	16424144	16424295	chr3R:16424145-16424295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0353	0.0335	0.0494	0.022	0.0117	0.0413	0.0381	0.048	0.0117	0.0694	0.0617	0.0694	0.0271	0.0268	0.0361	0.0268	0.0214
chr3R	16428679	16428830	chr3R:16428680-16428830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0225	0.0223	0.0237	0.0214	0.0106	0.0252	0.0311	0.024	0.0106	0.0217	0.0299	0.0217	0.0294	0.0222	0.0419	0.0222	0.0167
chr3R	16429761	16430026	chr3R:16429762-16430026	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0471	0.0632	0.0496	0.0265	0.0318	0.0767	0.0874	0.068	0.0318	0.0507	0.0614	0.0507	0.0465	0.0222	0.0445	0.0222	0.0261
chr3R	16430185	16430336	chr3R:16430186-16430336	FBgn0051506	tRNA:CR31506	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0293	0.0365	0.0321	0.0181	0.0233	0.034	0.0532	0.0453	0.0233	0.0393	0.0322	0.0393	0.0496	0.013	0.0277	0.013	0.0219
chr3R	16430432	16430699	chr3R:16430433-16430699	FBgn0051506	tRNA:CR31506	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0412	0.054	0.0406	0.0277	0.0371	0.0476	0.0796	0.07	0.0371	0.0441	0.0412	0.0441	0.0689	0.0207	0.0284	0.0207	0.0433
chr3R	16431152	16431362	chr3R:16431153-16431362	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0327	0.0258	0.0421	0.0299	0.0159	0.0296	0.0342	0.032	0.0159	0.0326	0.0328	0.0326	0.1108	0.0153	0.0297	0.0153	0.0662
chr3R	16431634	16431839	chr3R:16431635-16431839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0335	0.0473	0.0255	0.0233	0.0403	0.0407	0.042	0.0233	0.0308	0.0428	0.0308	0.1131	0.013	0.0168	0.013	0.0584
chr3R	16431949	16432210	chr3R:16431950-16432210	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0362	0.0421	0.0439	0.021	0.017	0.0505	0.0575	0.0513	0.017	0.0399	0.0486	0.0399	0.0658	0.0168	0.0161	0.0168	0.038
chr3R	16436699	16436850	chr3R:16436700-16436850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0284	0.0213	0.0089	0.0117	0.0277	0.0415	0.034	0.0117	0.0242	0.0273	0.0242	0.017	0.0077	0.0058	0.0077	0.0146
chr3R	16437503	16437654	chr3R:16437504-16437654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0312	0.0247	0.0099	0.0148	0.0272	0.0467	0.0393	0.0148	0.029	0.0267	0.029	0.0279	0.01	0.011	0.01	0.0115
chr3R	16443556	16443707	chr3R:16443557-16443707	FBgn0038815	CG5466	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0286	0.0229	0.026	0.0377	0.0074	0.0277	0.0324	0.0266	0.0074	0.0266	0.0334	0.0266	0.0217	0.0322	0.0271	0.0322	0.0245
chr3R	16447552	16447732	chr3R:16447553-16447732	FBgn0001169	H	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1627	0.1345	0.1961	0.1578	0.0774	0.1612	0.1579	0.1772	0.0774	0.2258	0.2257	0.2258	0.1867	0.1669	0.1638	0.1669	0.185
chr3R	16447814	16448212	chr3R:16447815-16448212	FBgn0001169	H	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1947	0.159	0.2396	0.1854	0.0901	0.2092	0.1747	0.2005	0.0901	0.2917	0.264	0.2917	0.2378	0.2006	0.2076	0.2006	0.2303
chr3R	16448251	16448500	chr3R:16448252-16448500	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0925	0.0918	0.1	0.0851	0.0509	0.1126	0.1151	0.1093	0.0509	0.0948	0.1206	0.0948	0.1038	0.0498	0.1257	0.0498	0.1146
chr3R	16459704	16459895	chr3R:16459705-16459895	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0742	0.0399	0.0944	0.0902	0.0159	0.0641	0.0385	0.0473	0.0159	0.1135	0.1032	0.1135	0.1232	0.1018	0.1103	0.1018	0.1178
chr3R	16459950	16460224	chr3R:16459951-16460224	FBgn0015279	Pi3K92E	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1169	0.087	0.1477	0.1166	0.0456	0.1112	0.0978	0.1139	0.0456	0.1963	0.1637	0.1963	0.1464	0.1371	0.1289	0.1371	0.1438
chr3R	16460376	16460562	chr3R:16460377-16460562	FBgn0015279	Pi3K92E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.21	0.1795	0.2461	0.2046	0.1092	0.2243	0.1964	0.2312	0.1092	0.2995	0.2714	0.2995	0.2393	0.2266	0.2153	0.2266	0.2241
chr3R	16460700	16460869	chr3R:16460701-16460869	FBgn0015279	Pi3K92E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1764	0.1491	0.2077	0.1725	0.1082	0.1738	0.17	0.1912	0.1082	0.2488	0.237	0.2488	0.189	0.1792	0.1818	0.1792	0.1959
chr3R	16461051	16461237	chr3R:16461052-16461237	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1515	0.13	0.172	0.153	0.0986	0.1544	0.151	0.1579	0.0986	0.2138	0.1833	0.2138	0.1867	0.1715	0.147	0.1715	0.1965
chr3R	16461466	16461701	chr3R:16461467-16461701	FBgn0038816	Lrrk	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0967	0.0661	0.1081	0.1185	0.0382	0.0908	0.0675	0.0859	0.0382	0.1087	0.1158	0.1087	0.1224	0.1164	0.0851	0.1164	0.1235
chr3R	16474024	16474175	chr3R:16474025-16474175	FBgn0051201	GluRIIE	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0077	0.0056	0.0056	0.0124	0.0011	0.0049	0.0117	0.004	0.0011	0.0079	0.0055	0.0079	0.0062	0.0452	0.0071	0.0452	0.0036
chr3R	16477730	16477881	chr3R:16477731-16477881	FBgn0028422	KaiRIA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.0133	0.0108	0.0194	0.0085	0.0136	0.0182	0.018	0.0085	0.0163	0.0087	0.0163	0.0155	0.0674	0.0103	0.0674	0.012
chr3R	16478027	16478178	chr3R:16478028-16478178	FBgn0028422	KaiRIA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0105	0.0098	0.0244	0.0053	0.0112	0.0156	0.0107	0.0053	0.0199	0.0061	0.0199	0.0116	0.0919	0.011	0.0919	0.0146
chr3R	16478452	16478603	chr3R:16478453-16478603	FBgn0028422	KaiRIA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0113	0.0088	0.0096	0.016	0.0042	0.0068	0.0164	0.0087	0.0042	0.0163	0.0084	0.0163	0.0101	0.0444	0.0052	0.0444	0.0182
chr3R	16482519	16482670	chr3R:16482520-16482670	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0094	0.0057	0.0075	0.0155	0.0021	0.0049	0.0108	0.0053	0.0021	0.0091	0.0064	0.0091	0.0147	0.0061	0.0039	0.0061	0.0448
chr3R	16483353	16483504	chr3R:16483354-16483504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0099	0.009	0.0077	0.0132	0.0032	0.0073	0.0134	0.014	0.0032	0.0066	0.0106	0.0066	0.007	0.0061	0.0123	0.0061	0.0297
chr3R	16483651	16483802	chr3R:16483652-16483802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0111	0.012	0.0089	0.0127	0.0064	0.0117	0.0221	0.0073	0.0064	0.0103	0.0106	0.0103	0.0093	0.013	0.0103	0.013	0.0219
chr3R	16488091	16488242	chr3R:16488092-16488242	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0293	0.0124	0.0107	0.0117	0.0199	0.0441	0.0453	0.0117	0.0127	0.0141	0.0127	0.0101	0.0069	0.0135	0.0069	0.0115
chr3R	16494866	16495044	chr3R:16494867-16495044	FBgn0038819	Cpr92F	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.0387	0.0394	0.0426	0.0336	0.0382	0.0359	0.0502	0.0466	0.0382	0.0489	0.0569	0.0489	0.0434	0.0191	0.0806	0.0191	0.0349
chr3R	16501611	16501770	chr3R:16501612-16501770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.0115	0.0194	0.0228	0.0117	0.0136	0.0173	0.0067	0.0117	0.0193	0.0164	0.0193	0.0449	0.0214	0.0239	0.0214	0.0427
chr3R	16503960	16504111	chr3R:16503961-16504111	FBgn0263406	CR43452	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0097	0.0091	0.0071	0.0131	0.0064	0.0083	0.0147	0.0087	0.0064	0.0048	0.0096	0.0048	0.0101	0.0015	0.0297	0.0015	0.0057
chr3R	16526625	16526776	chr3R:16526626-16526776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0106	0.0096	0.0089	0.0136	0.0064	0.0092	0.0177	0.006	0.0064	0.0163	0.01	0.0163	0.0054	0.0368	0.0071	0.0368	0.0104
chr3R	16540138	16540438	chr3R:16540139-16540438	FBgn0024944	Oamb	stage14,stage5	none	VT44847.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.047	0.0687	0.0355	0.0354	0.0753	0.0447	0.1081	0.0726	0.0753	0.0465	0.035	0.0465	0.0333	0.0207	0.0251	0.0207	0.0323
chr3R	16553731	16553882	chr3R:16553732-16553882	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0106	0.0091	0.0131	0.0074	0.0063	0.0182	0.0127	0.0074	0.0066	0.0103	0.0066	0.007	0.0038	0.0058	0.0038	0.0021
chr3R	16560661	16560978	chr3R:16560662-16560978	FBgn0004107,FBgn0261857	CR42786,cdc2c	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0571	0.0501	0.0772	0.0429	0.0233	0.0519	0.0644	0.0746	0.0233	0.087	0.0907	0.087	0.0596	0.0329	0.0471	0.0329	0.037
chr3R	16561205	16561411	chr3R:16561206-16561411	FBgn0004107,FBgn0262185	cdc2c,mir-995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1439	0.1407	0.1746	0.1139	0.105	0.1602	0.1661	0.1792	0.105	0.2107	0.1926	0.2107	0.1611	0.1164	0.1115	0.1164	0.1318
chr3R	16561484	16561767	chr3R:16561485-16561767	FBgn0004107,FBgn0262185	cdc2c,mir-995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0957	0.1064	0.1156	0.062	0.0647	0.1204	0.1285	0.1359	0.0647	0.128	0.1305	0.128	0.0976	0.0651	0.0542	0.0651	0.0615
chr3R	16561773	16561924	chr3R:16561774-16561924	FBgn0004107,FBgn0262185	cdc2c,mir-995	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.049	0.0459	0.0246	0.0265	0.0495	0.0631	0.0653	0.0265	0.0513	0.0534	0.0513	0.0403	0.0268	0.0193	0.0268	0.0292
chr3R	16561991	16562162	chr3R:16561992-16562162	FBgn0262185	mir-995	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.044	0.0355	0.0196	0.0201	0.049	0.0549	0.0593	0.0201	0.0362	0.0412	0.0362	0.0325	0.0222	0.0213	0.0222	0.0198
chr3R	16563143	16563294	chr3R:16563144-16563294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0216	0.0282	0.0189	0.0173	0.0201	0.0325	0.0333	0.0346	0.0201	0.0229	0.0215	0.0229	0.0132	0.0352	0.0084	0.0352	0.0156
chr3R	16564282	16564433	chr3R:16564283-16564433	FBgn0038821	CG17267	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0202	0.0343	0.0181	0.0068	0.0191	0.0325	0.0389	0.0593	0.0191	0.0175	0.0235	0.0175	0.0147	0.0069	0.0058	0.0069	0.0078
chr3R	16565845	16565996	chr3R:16565846-16565996	FBgn0259222	CG42322	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0127	0.0145	0.022	0.0011	0.0126	0.0186	0.0193	0.0011	0.0157	0.0164	0.0157	0.007	0.0023	0.0071	0.0023	0.0057
chr3R	16567183	16567334	chr3R:16567184-16567334	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.0117	0.0079	0.0173	0.0011	0.0117	0.0195	0.0147	0.0011	0.0042	0.009	0.0042	0.0077	0.01	0.011	0.01	0.0104
chr3R	16573513	16573724	chr3R:16573514-16573724	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0183	0.0379	0.009	0.0065	0.0265	0.0228	0.0696	0.0386	0.0265	0.0139	0.009	0.0139	0.0116	0.0069	0.0045	0.0069	0.0063
chr3R	16575185	16575389	chr3R:16575186-16575389	FBgn0017557	Pros28.1A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.03	0.0176	0.0077	0.0074	0.0233	0.0493	0.0433	0.0074	0.0223	0.0167	0.0223	0.0186	0.0054	0.0058	0.0054	0.0094
chr3R	16578948	16579348	chr3R:16578949-16579348	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0873	0.1211	0.0947	0.0414	0.0817	0.1165	0.1453	0.1825	0.0817	0.0694	0.1553	0.0694	0.0596	0.0245	0.0812	0.0245	0.0307
chr3R	16579517	16579668	chr3R:16579518-16579668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0322	0.0346	0.0114	0.0159	0.0345	0.0411	0.046	0.0159	0.0193	0.0617	0.0193	0.0116	0.0069	0.0181	0.0069	0.0083
chr3R	16583796	16583988	chr3R:16583797-16583988	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0336	0.0535	0.0303	0.015	0.035	0.0364	0.0891	0.06	0.035	0.0254	0.0383	0.0254	0.0279	0.0038	0.0129	0.0038	0.0224
chr3R	16587497	16587648	chr3R:16587498-16587648	FBgn0051195	CG31195	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0257	0.0325	0.0201	0.0064	0.0282	0.032	0.036	0.0064	0.0417	0.0354	0.0417	0.0442	0.0161	0.0258	0.0161	0.0287
chr3R	16587741	16587892	chr3R:16587742-16587892	FBgn0051195	CG31195	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0592	0.0474	0.0765	0.0533	0.0276	0.0539	0.0593	0.0606	0.0276	0.0809	0.0846	0.0809	0.0953	0.0413	0.0645	0.0413	0.0771
chr3R	16587961	16588142	chr3R:16587962-16588142	FBgn0051195	CG31195	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1323	0.1148	0.1695	0.111	0.0817	0.134	0.1246	0.1599	0.0817	0.1902	0.1923	0.1902	0.1758	0.1026	0.1386	0.1026	0.1381
chr3R	16588329	16588518	chr3R:16588330-16588518	FBgn0051195	CG31195	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.103	0.0925	0.1363	0.0781	0.0689	0.0927	0.109	0.1259	0.0689	0.1787	0.1511	0.1787	0.1317	0.0697	0.0941	0.0697	0.0954
chr3R	16589670	16589821	chr3R:16589671-16589821	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0249	0.0421	0.0231	0.0075	0.0265	0.0311	0.0458	0.0853	0.0265	0.0266	0.0264	0.0266	0.0287	0.01	0.0077	0.01	0.0115
chr3R	16590738	16590889	chr3R:16590739-16590889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0113	0.0098	0.0109	0.0135	0.0042	0.0092	0.016	0.0113	0.0042	0.0079	0.0103	0.0079	0.0256	0.0077	0.0045	0.0077	0.036
chr3R	16591807	16591980	chr3R:16591808-16591980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0303	0.0203	0.0145	0.0117	0.0374	0.0346	0.0453	0.0117	0.0145	0.0183	0.0145	0.0465	0.0107	0.0084	0.0107	0.0287
chr3R	16594758	16594909	chr3R:16594759-16594909	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0119	0.0199	0.0107	0.0043	0.0064	0.0311	0.0229	0.0207	0.0064	0.0193	0.009	0.0193	0.0062	0.0054	0.0019	0.0054	0.0068
chr3R	16602413	16602571	chr3R:16602414-16602571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0183	0.0408	0.0081	0.0045	0.0297	0.0243	0.067	0.0513	0.0297	0.0048	0.01	0.0048	0.0054	0.0054	0.0058	0.0054	0.0042
chr3R	16604267	16604496	chr3R:16604268-16604496	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0355	0.0246	0.0259	0.0583	0.0085	0.0257	0.0324	0.0373	0.0085	0.0139	0.0209	0.0139	0.0248	0.0199	0.029	0.0199	0.0693
chr3R	16605802	16606099	chr3R:16605803-16606099	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0422	0.0354	0.047	0.0446	0.0148	0.0398	0.0424	0.054	0.0148	0.0296	0.0691	0.0296	0.0496	0.0283	0.0735	0.0283	0.0776
chr3R	16608447	16608673	chr3R:16608448-16608673	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0151	0.0138	0.0363	0.0042	0.0126	0.0247	0.02	0.0042	0.0085	0.0135	0.0085	0.0124	0.0191	0.0284	0.0191	0.036
chr3R	16609396	16609547	chr3R:16609397-16609547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0163	0.0131	0.0203	0.0042	0.0141	0.0251	0.024	0.0042	0.0109	0.0148	0.0109	0.0186	0.0276	0.0129	0.0276	0.0349
chr3R	16609853	16610004	chr3R:16609854-16610004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.014	0.0226	0.0221	0.0064	0.0146	0.0225	0.0153	0.0064	0.032	0.0228	0.032	0.0325	0.0283	0.0226	0.0283	0.0344
chr3R	16614476	16614706	chr3R:16614477-16614706	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0157	0.0194	0.0301	0.0042	0.018	0.0264	0.0127	0.0042	0.0103	0.0119	0.0103	0.0124	0.0031	0.0097	0.0031	0.0109
chr3R	16619647	16619798	chr3R:16619648-16619798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0116	0.0217	0.007	0.0053	0.0138	0.0097	0.0437	0.0207	0.0138	0.0085	0.0077	0.0085	0.0054	0.0054	0.0039	0.0054	0.0089
chr3R	16629982	16630133	chr3R:16629983-16630133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0109	0.011	0.0105	0.0113	0.0011	0.0087	0.0238	0.0087	0.0011	0.0072	0.0109	0.0072	0.0085	0.0061	0.0052	0.0061	0.0078
chr3R	16641555	16641760	chr3R:16641556-16641760	FBgn0038827	Fancd2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0455	0.0654	0.0377	0.0255	0.0558	0.0506	0.0626	0.0255	0.0864	0.0695	0.0864	0.0573	0.0391	0.0374	0.0391	0.0433
chr3R	16641851	16642027	chr3R:16641852-16642027	FBgn0038827	Fancd2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0915	0.0803	0.1123	0.0812	0.0562	0.0961	0.0878	0.1133	0.0562	0.1492	0.1222	0.1492	0.0945	0.0781	0.0903	0.0781	0.11
chr3R	16644038	16644189	chr3R:16644039-16644189	FBgn0038828	CG17270	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0281	0.0224	0.0282	0.0344	0.0138	0.0209	0.0303	0.0326	0.0138	0.0199	0.0347	0.0199	0.0302	0.0138	0.0232	0.0138	0.0365
chr3R	16644555	16644706	chr3R:16644556-16644706	FBgn0038828	CG17270	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0243	0.0153	0.0216	0.0373	0.0074	0.0218	0.0208	0.014	0.0074	0.0103	0.027	0.0103	0.0372	0.0299	0.0219	0.0299	0.0391
chr3R	16647508	16647688	chr3R:16647509-16647688	FBgn0019936,FBgn0038829	CG17271,RpS20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2394	0.2111	0.2855	0.2203	0.1538	0.251	0.2388	0.2672	0.1538	0.349	0.3154	0.349	0.2881	0.2427	0.2244	0.2427	0.2449
chr3R	16647795	16647975	chr3R:16647796-16647975	FBgn0019936,FBgn0038829,FBgn0083055	CG17271,RpS20,snoRNA:Psi18S-1295	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2231	0.2048	0.2675	0.195	0.1622	0.2534	0.2193	0.2638	0.1622	0.3364	0.2891	0.3364	0.2587	0.2152	0.2025	0.2152	0.2183
chr3R	16649194	16649353	chr3R:16649195-16649353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0545	0.0444	0.0751	0.0433	0.0191	0.0728	0.0398	0.0533	0.0191	0.0924	0.0823	0.0924	0.1046	0.0475	0.0496	0.0475	0.0662
chr3R	16649414	16649811	chr3R:16649415-16649811	FBgn0038830	CG17272	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1312	0.1037	0.1708	0.1185	0.0562	0.1335	0.112	0.1439	0.0562	0.2011	0.1862	0.2011	0.2239	0.1141	0.1386	0.1141	0.172
chr3R	16649884	16650055	chr3R:16649885-16650055	FBgn0038830	CG17272	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1358	0.1307	0.1657	0.1085	0.0933	0.1578	0.1518	0.1686	0.0933	0.1981	0.1871	0.1981	0.1851	0.1049	0.1309	0.1049	0.1412
chr3R	16654912	16655093	chr3R:16654913-16655093	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2051	0.192	0.2383	0.1833	0.1251	0.2476	0.2037	0.2518	0.1251	0.2971	0.2588	0.2971	0.2618	0.1838	0.196	0.1838	0.2371
chr3R	16655567	16655784	chr3R:16655568-16655784	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2731	0.2425	0.322	0.2537	0.1654	0.35	0.2193	0.3131	0.1654	0.4106	0.3469	0.4106	0.3284	0.2856	0.2714	0.2856	0.2871
chr3R	16655937	16656088	chr3R:16655938-16656088	FBgn0027493	CG17273	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1166	0.1071	0.1473	0.0936	0.0626	0.1505	0.1086	0.1312	0.0626	0.2053	0.1537	0.2053	0.1441	0.108	0.0961	0.108	0.1037
chr3R	16656219	16656408	chr3R:16656220-16656408	FBgn0027493	CG17273	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2329	0.2126	0.2722	0.2124	0.1463	0.2728	0.2327	0.2625	0.1463	0.3816	0.2797	0.3816	0.2812	0.245	0.205	0.245	0.2595
chr3R	16656784	16657056	chr3R:16656785-16657056	FBgn0027493,FBgn0051223	CG17273,CG31223	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1366	0.1301	0.1683	0.1092	0.0965	0.1485	0.1605	0.1452	0.0965	0.2132	0.1839	0.2132	0.1549	0.1348	0.1122	0.1348	0.1266
chr3R	16658415	16658593	chr3R:16658416-16658593	FBgn0053094	Synd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2008	0.1886	0.2376	0.1741	0.1495	0.2316	0.2072	0.2345	0.1495	0.2953	0.2701	0.2953	0.2277	0.2136	0.2044	0.2136	0.1965
chr3R	16658669	16658903	chr3R:16658670-16658903	FBgn0053094	Synd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1834	0.1608	0.2254	0.1625	0.1177	0.1966	0.1721	0.2099	0.1177	0.2748	0.2605	0.2748	0.2239	0.1998	0.196	0.1998	0.1787
chr3R	16658975	16659157	chr3R:16658976-16659157	FBgn0053094	Synd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1254	0.0902	0.1664	0.1196	0.0477	0.1393	0.0848	0.1133	0.0477	0.1763	0.2045	0.1763	0.1944	0.1279	0.1663	0.1279	0.16
chr3R	16659380	16659531	chr3R:16659381-16659531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0512	0.0415	0.0621	0.0503	0.0201	0.0665	0.0398	0.0506	0.0201	0.0501	0.0627	0.0501	0.1208	0.023	0.0638	0.023	0.0922
chr3R	16662786	16662937	chr3R:16662787-16662937	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0242	0.0213	0.0259	0.0256	0.0064	0.0262	0.0298	0.024	0.0064	0.0199	0.0341	0.0199	0.0372	0.0115	0.0496	0.0115	0.0339
chr3R	16663104	16663255	chr3R:16663105-16663255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0283	0.0268	0.0357	0.0219	0.0074	0.0379	0.0368	0.0253	0.0074	0.0254	0.0277	0.0254	0.0999	0.0092	0.0219	0.0092	0.0485
chr3R	16664981	16665172	chr3R:16664982-16665172	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0303	0.0349	0.0182	0.0106	0.032	0.0441	0.0366	0.0106	0.0338	0.0415	0.0338	0.0442	0.0153	0.0277	0.0153	0.0261
chr3R	16665369	16665767	chr3R:16665370-16665767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0613	0.0631	0.0422	0.0329	0.065	0.0887	0.068	0.0329	0.0628	0.0743	0.0628	0.0798	0.0322	0.0561	0.0322	0.0698
chr3R	16665859	16666064	chr3R:16665860-16666064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0456	0.0603	0.0432	0.0255	0.0544	0.0631	0.0493	0.0255	0.0646	0.0749	0.0646	0.0713	0.0337	0.0625	0.0337	0.075
chr3R	16667729	16667885	chr3R:16667730-16667885	FBgn0038832	CG15695	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0136	0.0264	0.0304	0.0074	0.018	0.0169	0.012	0.0074	0.0229	0.0251	0.0229	0.0534	0.0092	0.0129	0.0092	0.0891
chr3R	16671088	16671239	chr3R:16671089-16671239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0187	0.0179	0.0194	0.0159	0.0131	0.0285	0.024	0.0159	0.0151	0.0167	0.0151	0.0318	0.0084	0.0064	0.0084	0.0505
chr3R	16671352	16671529	chr3R:16671353-16671529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0236	0.0231	0.0232	0.0245	0.0201	0.0233	0.0294	0.0286	0.0201	0.0163	0.0209	0.0163	0.0503	0.01	0.0071	0.01	0.0651
chr3R	16671983	16672163	chr3R:16671984-16672163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0401	0.0415	0.0477	0.0302	0.0255	0.0442	0.0519	0.0566	0.0255	0.0368	0.0521	0.0368	0.038	0.0191	0.02	0.0191	0.0485
chr3R	16672572	16672757	chr3R:16672573-16672757	FBgn0038833	CG15696	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0815	0.1749	0.0496	0.0123	0.1569	0.115	0.2729	0.2165	0.1569	0.0465	0.0605	0.0465	0.0217	0.0077	0.011	0.0077	0.012
chr3R	16675366	16675641	chr3R:16675367-16675641	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.044	0.076	0.033	0.0203	0.0636	0.0563	0.1211	0.0853	0.0636	0.0344	0.0354	0.0344	0.0279	0.0222	0.0142	0.0222	0.0198
chr3R	16676149	16676348	chr3R:16676150-16676348	FBgn0038834	RpS30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1891	0.1777	0.2187	0.1693	0.1273	0.2005	0.2202	0.2165	0.1273	0.2609	0.2399	0.2609	0.2223	0.1876	0.1541	0.1876	0.1939
chr3R	16676476	16676693	chr3R:16676477-16676693	FBgn0038834	RpS30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0974	0.0886	0.1183	0.0844	0.0551	0.1	0.1129	0.1059	0.0551	0.1522	0.1299	0.1522	0.1139	0.1034	0.0729	0.1034	0.1047
chr3R	16676886	16677037	chr3R:16676887-16677037	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0333	0.0463	0.0284	0.0138	0.0403	0.0489	0.0286	0.0138	0.067	0.0482	0.067	0.0542	0.0352	0.0219	0.0352	0.0453
chr3R	16677950	16678101	chr3R:16677951-16678101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.027	0.0338	0.0149	0.017	0.0257	0.0441	0.0253	0.017	0.0411	0.0383	0.0411	0.0411	0.0199	0.0135	0.0199	0.0203
chr3R	16678271	16678713	chr3R:16678272-16678713	FBgn0262422	mir-1011	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0552	0.0586	0.0722	0.0329	0.0361	0.0675	0.0783	0.0626	0.0361	0.099	0.0768	0.099	0.0883	0.049	0.0213	0.049	0.0406
chr3R	16678829	16679037	chr3R:16678830-16679037	FBgn0262422	mir-1011	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0279	0.0282	0.0402	0.0141	0.0201	0.032	0.0363	0.0293	0.0201	0.0646	0.0412	0.0646	0.0465	0.0161	0.0129	0.0161	0.0162
chr3R	16690213	16690364	chr3R:16690214-16690364	distal	distal	none	none	VT44929.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0137	0.0264	0.0091	0.0046	0.0191	0.018	0.0446	0.03	0.0191	0.0103	0.0096	0.0103	0.0116	0.0031	0.0032	0.0031	0.0026
chr3R	16691403	16691554	chr3R:16691404-16691554	FBgn0038837	CG3822	none	none	VT44929.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0092	0.0127	0.018	0.0011	0.0092	0.0151	0.0113	0.0011	0.0115	0.0135	0.0115	0.0124	0.0031	0.0032	0.0031	0.0073
chr3R	16691946	16692097	chr3R:16691947-16692097	FBgn0038837	CG3822	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0088	0.0103	0.0344	0.0021	0.0092	0.0177	0.0047	0.0021	0.0103	0.008	0.0103	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.0073
chr3R	16705620	16705771	chr3R:16705621-16705771	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.016	0.0239	0.0161	0.0071	0.0138	0.0248	0.0294	0.0333	0.0138	0.0417	0.0116	0.0417	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0068
chr3R	16705861	16706012	chr3R:16705862-16706012	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0156	0.0244	0.0161	0.005	0.0191	0.0257	0.0316	0.0293	0.0191	0.0393	0.0141	0.0393	0.007	0.0023	0.0026	0.0023	0.0031
chr3R	16716333	16716541	chr3R:16716334-16716541	FBgn0051334,FBgn0051480	tRNA:CR31334,tRNA:CR31480	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1462	0.141	0.1741	0.1214	0.1273	0.1587	0.1492	0.1765	0.1273	0.2234	0.1891	0.2234	0.1603	0.1202	0.1225	0.1202	0.1516
chr3R	16716750	16716938	chr3R:16716751-16716938	FBgn0051333,FBgn0051334,FBgn0051480	tRNA:CR31333,tRNA:CR31334,tRNA:CR31480	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1585	0.1655	0.1831	0.1238	0.1389	0.1864	0.1782	0.2112	0.1389	0.2168	0.1994	0.2168	0.1882	0.1562	0.147	0.1562	0.1636
chr3R	16717264	16717444	chr3R:16717265-16717444	FBgn0051333,FBgn0051334	tRNA:CR31333,tRNA:CR31334	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1758	0.179	0.1937	0.1528	0.1654	0.1888	0.2007	0.2305	0.1654	0.2289	0.2119	0.2289	0.1983	0.16	0.1586	0.16	0.1939
chr3R	16717558	16717730	chr3R:16717559-16717730	FBgn0051333	tRNA:CR31333	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0652	0.0574	0.0479	0.0541	0.0704	0.0748	0.0873	0.0541	0.064	0.0617	0.064	0.0643	0.0498	0.0451	0.0498	0.0636
chr3R	16717752	16717903	chr3R:16717753-16717903	FBgn0051333	tRNA:CR31333	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0398	0.0388	0.032	0.0265	0.0388	0.0536	0.0506	0.0265	0.0441	0.0405	0.0441	0.0434	0.036	0.0232	0.036	0.0443
chr3R	16722983	16723134	chr3R:16722984-16723134	FBgn0038839	CG10830	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0065	0.0055	0.0125	0.0011	0.0063	0.0125	0.0047	0.0011	0.0024	0.0055	0.0024	0.0062	0.0092	0.0064	0.0092	0.0063
chr3R	16724641	16724792	chr3R:16724642-16724792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0096	0.0095	0.007	0.0127	0.0032	0.0073	0.0186	0.008	0.0032	0.0097	0.0048	0.0097	0.0093	0.0069	0.0039	0.0069	0.0078
chr3R	16734480	16734733	chr3R:16734481-16734733	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0668	0.0303	0.06	0.115	0.0106	0.0403	0.0394	0.032	0.0106	0.0368	0.0707	0.0368	0.103	0.1126	0.1315	0.1126	0.1464
chr3R	16738238	16738389	chr3R:16738239-16738389	FBgn0263460	snoRNA:CG31191-a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0201	0.0172	0.0239	0.0191	0.0106	0.0175	0.0199	0.0233	0.0106	0.0386	0.0219	0.0386	0.0287	0.0391	0.0135	0.0391	0.0245
chr3R	16738469	16738774	chr3R:16738470-16738774	FBgn0263460	snoRNA:CG31191-a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0723	0.0629	0.094	0.059	0.052	0.0587	0.0761	0.0866	0.052	0.1449	0.081	0.1449	0.1224	0.1041	0.0542	0.1041	0.0813
chr3R	16739654	16739805	chr3R:16739655-16739805	FBgn0038842	CG5630	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.018	0.0257	0.0174	0.0102	0.0064	0.0383	0.0277	0.0326	0.0064	0.0181	0.0145	0.0181	0.031	0.0084	0.0071	0.0084	0.0188
chr3R	16739916	16740067	chr3R:16739917-16740067	FBgn0038842	CG5630	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0153	0.014	0.017	0.0149	0.0106	0.0189	0.0169	0.0133	0.0106	0.0205	0.0129	0.0205	0.0325	0.0222	0.0103	0.0222	0.0266
chr3R	16764650	16764801	chr3R:16764651-16764801	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0051	0.0055	0.0095	0.0021	0.0034	0.0121	0.0027	0.0021	0.006	0.0058	0.006	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0026
chr3R	16767113	16767264	chr3R:16767114-16767264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0075	0.0043	0.0104	0.0011	0.0068	0.0143	0.008	0.0011	0.0036	0.0045	0.0036	0.0015	0.0031	0.0032	0.0031	0.0047
chr3R	16767305	16767456	chr3R:16767306-16767456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0065	0.0056	0.0086	0.0011	0.0058	0.0117	0.008	0.0011	0.006	0.0061	0.006	0.0031	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr3R	16773874	16774112	chr3R:16773875-16774112	FBgn0002921	Atpalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.1653	0.2157	0.1743	0.1209	0.1874	0.2011	0.2079	0.1209	0.2415	0.2389	0.2415	0.2192	0.1669	0.1947	0.1669	0.2084
chr3R	16774372	16774580	chr3R:16774373-16774580	FBgn0002921	Atpalpha	stage11,stage14,stage5	none	VT44975.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1839	0.1619	0.2176	0.1714	0.1103	0.1947	0.1838	0.2085	0.1103	0.2277	0.255	0.2277	0.2285	0.1539	0.185	0.1539	0.2137
chr3R	16774637	16774839	chr3R:16774638-16774839	FBgn0002921	Atpalpha	stage11,stage14,stage5	none	VT44975.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.1173	0.1631	0.131	0.0721	0.1466	0.1211	0.1686	0.0721	0.1425	0.1977	0.1425	0.182	0.0835	0.1683	0.0835	0.1694
chr3R	16774932	16775435	chr3R:16774933-16775435	FBgn0002921	Atpalpha	stage11,stage14,stage5	none	VT44975.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1363	0.1042	0.15	0.1572	0.0562	0.1126	0.138	0.1359	0.0562	0.1141	0.1894	0.1141	0.1518	0.0643	0.2141	0.0643	0.1454
chr3R	16775572	16775817	chr3R:16775573-16775817	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT44975.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0924	0.0617	0.118	0.0985	0.0308	0.0864	0.0623	0.0786	0.0308	0.125	0.1389	0.125	0.1387	0.0689	0.1199	0.0689	0.1433
chr3R	16776258	16776409	chr3R:16776259-16776409	distal	distal	stage14	stage14	VT44975.1,VT44976.1	VT44976.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0375	0.0244	0.0387	0.0508	0.0127	0.0262	0.0368	0.0266	0.0127	0.029	0.0428	0.029	0.062	0.0222	0.0393	0.0222	0.112
chr3R	16777150	16777635	chr3R:16777151-16777635	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT44976.1	VT44976.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1095	0.1464	0.1292	0.0467	0.0626	0.1136	0.192	0.2565	0.0626	0.0568	0.1849	0.0568	0.1441	0.0168	0.0438	0.0168	0.0677
chr3R	16782291	16782442	chr3R:16782292-16782442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0107	0.0199	0.0262	0.0021	0.0112	0.0147	0.0153	0.0021	0.0145	0.0219	0.0145	0.0155	0.01	0.0135	0.01	0.0198
chr3R	16782501	16782702	chr3R:16782502-16782702	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0128	0.0258	0.0574	0.0042	0.0155	0.0186	0.0133	0.0042	0.0193	0.028	0.0193	0.0256	0.026	0.0245	0.026	0.0615
chr3R	16782733	16782933	chr3R:16782734-16782933	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0132	0.0258	0.0876	0.0032	0.017	0.0173	0.0167	0.0032	0.0115	0.028	0.0115	0.0349	0.0482	0.0368	0.0482	0.1261
chr3R	16783359	16783535	chr3R:16783360-16783535	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0108	0.0199	0.0785	0.0011	0.017	0.0147	0.0113	0.0011	0.0091	0.0225	0.0091	0.0318	0.0329	0.0516	0.0329	0.123
chr3R	16784654	16784805	chr3R:16784655-16784805	distal	distal	none	none	VT44981.1	VT44981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0113	0.0194	0.0284	0.0021	0.0097	0.0169	0.0173	0.0021	0.0145	0.0232	0.0145	0.0194	0.0069	0.0245	0.0069	0.0172
chr3R	16785514	16785730	chr3R:16785515-16785730	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT44981.1	VT44981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0274	0.0746	0.0444	0.0042	0.0369	0.0281	0.0486	0.0042	0.0157	0.1492	0.0157	0.0418	0.0069	0.1328	0.0069	0.0297
chr3R	16786425	16786576	chr3R:16786426-16786576	distal	distal	none	none	VT44981.1	VT44981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0261	0.0176	0.0315	0.0298	0.0074	0.0223	0.0225	0.0187	0.0074	0.0127	0.0576	0.0127	0.0217	0.0115	0.0793	0.0115	0.0182
chr3R	16786701	16786964	chr3R:16786702-16786964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.044	0.0274	0.0516	0.0542	0.0127	0.0374	0.0311	0.0353	0.0127	0.0217	0.0875	0.0217	0.0565	0.0207	0.1251	0.0207	0.0521
chr3R	16786981	16787132	chr3R:16786982-16787132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0212	0.032	0.0326	0.0085	0.0291	0.0247	0.0266	0.0085	0.0145	0.0486	0.0145	0.0426	0.0115	0.0574	0.0115	0.0459
chr3R	16787843	16788012	chr3R:16787844-16788012	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0383	0.0282	0.0431	0.0443	0.0223	0.032	0.0385	0.0286	0.0223	0.0254	0.0463	0.0254	0.0821	0.0107	0.0542	0.0107	0.0625
chr3R	16800719	16800925	chr3R:16800720-16800925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0133	0.0187	0.0267	0.0053	0.0121	0.0208	0.018	0.0053	0.0151	0.0203	0.0151	0.024	0.0145	0.0419	0.0145	0.0386
chr3R	16801045	16801213	chr3R:16801046-16801213	distal	distal	none	none	VT44989.1	VT44989.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0213	0.0122	0.0226	0.0301	0.0042	0.0184	0.0147	0.0127	0.0042	0.0139	0.0264	0.0139	0.0387	0.0153	0.0503	0.0153	0.0396
chr3R	16802376	16802527	chr3R:16802377-16802527	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0097	0.0123	0.0213	0.0095	0.0078	0.013	0.0147	0.0095	0.0079	0.0158	0.0079	0.0124	0.0084	0.0174	0.0084	0.0208
chr3R	16803646	16803939	chr3R:16803647-16803939	FBgn0013995	Calx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0488	0.0386	0.0437	0.0657	0.0276	0.0481	0.0463	0.042	0.0276	0.0417	0.0315	0.0417	0.0937	0.0276	0.0239	0.0276	0.0683
chr3R	16803960	16804111	chr3R:16803961-16804111	FBgn0013995	Calx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0256	0.0236	0.0226	0.0312	0.0191	0.0228	0.0342	0.0233	0.0191	0.0163	0.0193	0.0163	0.0488	0.0306	0.0193	0.0306	0.0307
chr3R	16808961	16809112	chr3R:16808962-16809112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0115	0.0096	0.0099	0.0153	0.0064	0.0063	0.0199	0.008	0.0064	0.0109	0.0068	0.0109	0.0132	0.0023	0.0084	0.0023	0.0057
chr3R	16809948	16810099	chr3R:16809949-16810099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0098	0.0131	0.0244	0.0042	0.0092	0.0186	0.0067	0.0042	0.0115	0.0113	0.0115	0.0248	0.0214	0.0206	0.0214	0.0453
chr3R	16810579	16810730	chr3R:16810580-16810730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0135	0.0112	0.0121	0.0064	0.0131	0.0199	0.0167	0.0064	0.0121	0.0109	0.0121	0.0124	0.0054	0.0052	0.0054	0.0052
chr3R	16810836	16810987	chr3R:16810837-16810987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0161	0.0112	0.0145	0.0085	0.0126	0.0216	0.0273	0.0085	0.0091	0.0138	0.0091	0.0124	0.0031	0.0058	0.0031	0.0078
chr3R	16816167	16816318	chr3R:16816168-16816318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0185	0.0137	0.0159	0.0269	0.0053	0.0131	0.0247	0.0107	0.0053	0.0248	0.0132	0.0248	0.0201	0.0781	0.0174	0.0781	0.0219
chr3R	16820994	16821145	chr3R:16820995-16821145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0085	0.009	0.01	0.0085	0.0068	0.0138	0.008	0.0085	0.0085	0.0093	0.0085	0.0077	0.0038	0.0013	0.0038	0.0057
chr3R	16826797	16826971	chr3R:16826798-16826971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0162	0.0142	0.0194	0.0148	0.0042	0.016	0.0203	0.0173	0.0042	0.0139	0.0167	0.0139	0.0457	0.0031	0.0077	0.0031	0.0318
chr3R	16841006	16841157	chr3R:16841007-16841157	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0247	0.0275	0.0236	0.0227	0.018	0.0282	0.0368	0.032	0.018	0.0266	0.0235	0.0266	0.0349	0.0191	0.0226	0.0191	0.0417
chr3R	16841471	16841622	chr3R:16841472-16841622	FBgn0038846	CG5697	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0125	0.0125	0.0121	0.013	0.0053	0.0117	0.0169	0.0153	0.0053	0.0085	0.0132	0.0085	0.0194	0.0069	0.0116	0.0069	0.0234
chr3R	16843309	16843492	chr3R:16843310-16843492	FBgn0026056	Rlip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.081	0.0764	0.0928	0.0732	0.0361	0.0951	0.09	0.0966	0.0361	0.1069	0.1048	0.1069	0.093	0.0926	0.0722	0.0926	0.086
chr3R	16847437	16847725	chr3R:16847438-16847725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0238	0.0393	0.0366	0.0074	0.0301	0.0272	0.0306	0.0074	0.0332	0.0392	0.0332	0.0589	0.0329	0.0348	0.0329	0.0558
chr3R	16848827	16849498	chr3R:16848828-16849498	FBgn0046763	CG17278	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0755	0.0693	0.0874	0.0692	0.0308	0.0966	0.0796	0.0813	0.0308	0.0779	0.1177	0.0779	0.0868	0.0567	0.0941	0.0567	0.1037
chr3R	16849565	16849768	chr3R:16849566-16849768	FBgn0046763	CG17278	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.0323	0.0421	0.032	0.0106	0.0417	0.0433	0.0346	0.0106	0.0411	0.0588	0.0411	0.0356	0.0337	0.04	0.0337	0.0526
chr3R	16849867	16850198	chr3R:16849868-16850198	FBgn0046763	CG17278	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0461	0.0354	0.0518	0.0519	0.0117	0.0524	0.0411	0.0386	0.0117	0.067	0.0508	0.067	0.0806	0.0628	0.0406	0.0628	0.1016
chr3R	16851307	16851458	chr3R:16851308-16851458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0133	0.0173	0.0299	0.0032	0.018	0.0221	0.01	0.0032	0.0205	0.0177	0.0205	0.0232	0.0567	0.0258	0.0567	0.0406
chr3R	16851516	16851667	chr3R:16851517-16851667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0196	0.0161	0.018	0.0252	0.0074	0.0248	0.0195	0.014	0.0074	0.0248	0.0174	0.0248	0.0225	0.0421	0.0142	0.0421	0.0459
chr3R	16869426	16869577	chr3R:16869427-16869577	FBgn0038847	CG12278	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0137	0.0122	0.0114	0.0064	0.0117	0.026	0.0107	0.0064	0.0109	0.0161	0.0109	0.0116	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chr3R	16879908	16880070	chr3R:16879909-16880070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0271	0.0379	0.0254	0.017	0.0371	0.0359	0.0545	0.0386	0.0371	0.0344	0.0254	0.0344	0.0294	0.0207	0.0142	0.0207	0.0281
chr3R	16885816	16886001	chr3R:16885817-16886001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1371	0.1437	0.1471	0.1188	0.0986	0.1437	0.1838	0.1952	0.0986	0.1558	0.173	0.1558	0.1487	0.1187	0.1354	0.1187	0.123
chr3R	16886329	16886527	chr3R:16886330-16886527	FBgn0011672	Mvl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2421	0.2129	0.2945	0.2174	0.1686	0.251	0.2305	0.2811	0.1686	0.3889	0.328	0.3889	0.2897	0.2305	0.2418	0.2305	0.2777
chr3R	16887089	16887240	chr3R:16887090-16887240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0463	0.0406	0.0569	0.0409	0.0286	0.0515	0.0394	0.056	0.0286	0.0531	0.0614	0.0531	0.103	0.0322	0.0342	0.0322	0.0813
chr3R	16889877	16890036	chr3R:16889878-16890036	FBgn0025865	Cortactin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0806	0.0618	0.1013	0.0788	0.0244	0.083	0.0623	0.0873	0.0244	0.1087	0.1003	0.1087	0.1611	0.0704	0.0864	0.0704	0.1329
chr3R	16890084	16890320	chr3R:16890085-16890320	FBgn0025865	Cortactin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.166	0.1449	0.1978	0.1547	0.0976	0.1767	0.1579	0.1952	0.0976	0.2379	0.2186	0.2379	0.22	0.1616	0.1573	0.1616	0.2126
chr3R	16890818	16891019	chr3R:16890819-16891019	FBgn0000083	AnnIX	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.178	0.1482	0.203	0.1837	0.1092	0.1864	0.1458	0.2145	0.1092	0.2409	0.2283	0.2409	0.2215	0.2052	0.2108	0.2052	0.2329
chr3R	16891210	16891642	chr3R:16891211-16891642	FBgn0000083	AnnIX	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0901	0.0517	0.091	0.1319	0.0329	0.066	0.061	0.0626	0.0329	0.096	0.1	0.096	0.1402	0.173	0.1638	0.173	0.1808
chr3R	16892290	16892441	chr3R:16892291-16892441	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0218	0.0112	0.0239	0.0315	0.0064	0.0121	0.0138	0.0153	0.0064	0.0217	0.0331	0.0217	0.024	0.0222	0.069	0.0222	0.0328
chr3R	16895210	16895361	chr3R:16895211-16895361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0447	0.043	0.0519	0.0386	0.0265	0.0515	0.0541	0.0506	0.0265	0.0586	0.0569	0.0586	0.0658	0.0314	0.0426	0.0314	0.061
chr3R	16895452	16895651	chr3R:16895453-16895651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.1037	0.1296	0.0978	0.0573	0.1204	0.1233	0.1452	0.0573	0.1643	0.1463	0.1643	0.1356	0.1087	0.1064	0.1087	0.1261
chr3R	16895677	16895864	chr3R:16895678-16895864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1149	0.1032	0.136	0.1049	0.0636	0.1248	0.1107	0.1492	0.0636	0.1727	0.1505	0.1727	0.134	0.1103	0.1096	0.1103	0.1371
chr3R	16895940	16896115	chr3R:16895941-16896115	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0607	0.077	0.0486	0.0318	0.0733	0.0683	0.0846	0.0318	0.0906	0.0852	0.0906	0.0945	0.0567	0.0554	0.0567	0.0558
chr3R	16897768	16897939	chr3R:16897769-16897939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0284	0.0181	0.0357	0.0319	0.0032	0.0272	0.0199	0.022	0.0032	0.0272	0.0457	0.0272	0.0565	0.0168	0.0542	0.0168	0.05
chr3R	16897970	16898132	chr3R:16897971-16898132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0187	0.0321	0.0302	0.0064	0.0248	0.0229	0.0207	0.0064	0.0236	0.0347	0.0236	0.0643	0.0184	0.0406	0.0184	0.0558
chr3R	16898953	16899159	chr3R:16898954-16899159	FBgn0003257	r-l	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1056	0.0867	0.1305	0.0994	0.0445	0.1136	0.096	0.1126	0.0445	0.1546	0.1473	0.1546	0.1627	0.1072	0.1032	0.1072	0.1459
chr3R	16899403	16899554	chr3R:16899404-16899554	FBgn0003257,FBgn0038851	dmrt93B,r-l	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0181	0.0112	0.0187	0.0251	0.0053	0.015	0.0138	0.014	0.0053	0.0205	0.0164	0.0205	0.0287	0.0176	0.0135	0.0176	0.0234
chr3R	16904074	16904256	chr3R:16904075-16904256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0199	0.0298	0.0205	0.0106	0.018	0.0333	0.0213	0.0106	0.0151	0.0177	0.0151	0.1077	0.0092	0.0103	0.0092	0.0542
chr3R	16904733	16904923	chr3R:16904734-16904923	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0167	0.0363	0.0318	0.0085	0.017	0.0234	0.0227	0.0085	0.0223	0.028	0.0223	0.1022	0.0222	0.0142	0.0222	0.0782
chr3R	16906613	16906808	chr3R:16906614-16906808	FBgn0038852	CG7056	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0183	0.0269	0.0241	0.0095	0.0199	0.0277	0.0207	0.0095	0.0199	0.0183	0.0199	0.0728	0.0145	0.0129	0.0145	0.0568
chr3R	16907179	16907367	chr3R:16907180-16907367	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0214	0.0454	0.0241	0.0127	0.0257	0.0303	0.0193	0.0127	0.0229	0.0357	0.0229	0.1418	0.0153	0.0232	0.0153	0.0542
chr3R	16907372	16907523	chr3R:16907373-16907523	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0237	0.0218	0.0327	0.0157	0.0106	0.0257	0.032	0.0213	0.0106	0.0145	0.0283	0.0145	0.0984	0.0092	0.0116	0.0092	0.0391
chr3R	16907974	16908125	chr3R:16907975-16908125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0339	0.0239	0.018	0.0244	0.0291	0.0528	0.034	0.0244	0.0229	0.0232	0.0229	0.0411	0.0069	0.0135	0.0069	0.0334
chr3R	16909264	16909415	chr3R:16909265-16909415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0151	0.0241	0.0118	0.0088	0.0201	0.0184	0.0415	0.022	0.0201	0.0133	0.0113	0.0133	0.0132	0.0077	0.0071	0.0077	0.0125
chr3R	16909495	16909646	chr3R:16909496-16909646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0172	0.0258	0.0169	0.0079	0.0159	0.018	0.0493	0.0213	0.0159	0.0187	0.0206	0.0187	0.0116	0.0069	0.0052	0.0069	0.013
chr3R	16909696	16909847	chr3R:16909697-16909847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0157	0.0269	0.0129	0.0063	0.0201	0.0214	0.045	0.0293	0.0201	0.0139	0.0135	0.0139	0.0108	0.0092	0.0045	0.0092	0.0104
chr3R	16915156	16915307	chr3R:16915157-16915307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.02	0.0232	0.0151	0.0217	0.0138	0.0199	0.0415	0.02	0.0138	0.0133	0.0132	0.0133	0.0271	0.0115	0.0077	0.0115	0.0563
chr3R	16917353	16917504	chr3R:16917354-16917504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0215	0.0198	0.0184	0.0269	0.0085	0.0218	0.0311	0.018	0.0085	0.0181	0.0193	0.0181	0.0256	0.0222	0.0135	0.0222	0.0641
chr3R	16919464	16919615	chr3R:16919465-16919615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0277	0.0289	0.0252	0.017	0.0238	0.0441	0.0333	0.017	0.0163	0.0328	0.0163	0.0256	0.0107	0.0148	0.0107	0.0156
chr3R	16920150	16920376	chr3R:16920151-16920376	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.083	0.1011	0.0768	0.0695	0.0891	0.1019	0.141	0.1059	0.0891	0.0652	0.0788	0.0652	0.0984	0.0666	0.0393	0.0666	0.0771
chr3R	16920747	16920938	chr3R:16920748-16920938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0377	0.0577	0.0362	0.017	0.0286	0.0723	0.0657	0.0806	0.0286	0.0223	0.0399	0.0223	0.0209	0.0092	0.0052	0.0092	0.0109
chr3R	16922270	16922487	chr3R:16922271-16922487	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0783	0.1171	0.0508	0.0652	0.1166	0.1053	0.1652	0.1272	0.1166	0.0495	0.0437	0.0495	0.038	0.0567	0.0322	0.0567	0.0448
chr3R	16922525	16922751	chr3R:16922526-16922751	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1035	0.15	0.0758	0.082	0.1474	0.1257	0.2223	0.1619	0.1474	0.0682	0.0707	0.0682	0.0759	0.0965	0.0471	0.0965	0.0714
chr3R	16922976	16923212	chr3R:16922977-16923212	FBgn0038853	RhoGAP93B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1108	0.122	0.115	0.0936	0.1029	0.1272	0.1427	0.1586	0.1029	0.1437	0.1068	0.1437	0.1131	0.1202	0.0754	0.1202	0.0917
chr3R	16923371	16923609	chr3R:16923372-16923609	FBgn0038853	RhoGAP93B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2038	0.1998	0.236	0.173	0.1485	0.2383	0.2219	0.2578	0.1485	0.2965	0.2486	0.2965	0.227	0.2044	0.1651	0.2044	0.2225
chr3R	16923672	16923897	chr3R:16923673-16923897	FBgn0038853	RhoGAP93B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1606	0.1529	0.1862	0.1411	0.105	0.1908	0.1743	0.1892	0.105	0.2307	0.1977	0.2307	0.1844	0.1462	0.1483	0.1462	0.1751
chr3R	16927376	16927567	chr3R:16927377-16927567	FBgn0038854,FBgn0038855	CG5745,CG7044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1661	0.1462	0.1902	0.1618	0.1103	0.1617	0.1704	0.1945	0.1103	0.2331	0.2141	0.2331	0.1913	0.1662	0.156	0.1662	0.2152
chr3R	16927818	16927986	chr3R:16927819-16927986	FBgn0038854,FBgn0038855	CG5745,CG7044	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1634	0.1459	0.1964	0.1465	0.105	0.1626	0.167	0.2012	0.105	0.2409	0.2186	0.2409	0.1991	0.1639	0.1425	0.1639	0.1813
chr3R	16933395	16933546	chr3R:16933396-16933546	FBgn0038856	sec15	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0485	0.0565	0.0372	0.0286	0.0481	0.0679	0.0606	0.0286	0.0694	0.0621	0.0694	0.0581	0.0398	0.0426	0.0398	0.0443
chr3R	16933614	16933787	chr3R:16933615-16933787	FBgn0028468,FBgn0038856	rtet,sec15	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0869	0.0775	0.0999	0.0831	0.053	0.0893	0.0947	0.0953	0.053	0.1208	0.1135	0.1208	0.1015	0.0934	0.0999	0.0934	0.0891
chr3R	16934102	16934272	chr3R:16934103-16934272	FBgn0028468,FBgn0038856	rtet,sec15	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0764	0.0495	0.0881	0.0936	0.0244	0.065	0.0631	0.0493	0.0244	0.0906	0.1045	0.0906	0.0984	0.0865	0.1328	0.0865	0.099
chr3R	16936740	16936909	chr3R:16936741-16936909	FBgn0015790	Rab11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1452	0.1214	0.1692	0.1457	0.0753	0.1393	0.1453	0.1572	0.0753	0.2246	0.1807	0.2246	0.1689	0.1485	0.1586	0.1485	0.173
chr3R	16937034	16937217	chr3R:16937035-16937217	FBgn0015790	Rab11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1718	0.1441	0.2052	0.1661	0.0848	0.1636	0.1713	0.1952	0.0848	0.2585	0.2315	0.2585	0.1875	0.1753	0.1709	0.1753	0.211
chr3R	16937278	16937551	chr3R:16937279-16937551	FBgn0015790	Rab11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1374	0.1142	0.1623	0.1362	0.0583	0.1413	0.1349	0.1452	0.0583	0.2083	0.1772	0.2083	0.1619	0.1639	0.1373	0.1639	0.1824
chr3R	16937561	16937729	chr3R:16937562-16937729	FBgn0015790	Rab11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0924	0.0631	0.1114	0.1043	0.0244	0.0777	0.0774	0.0793	0.0244	0.1389	0.119	0.1389	0.1332	0.1263	0.1186	0.1263	0.1511
chr3R	16937782	16937979	chr3R:16937783-16937979	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1101	0.0556	0.1278	0.1515	0.0265	0.0796	0.064	0.0613	0.0265	0.1606	0.1338	0.1606	0.1766	0.1953	0.1483	0.1953	0.2371
chr3R	16938069	16938305	chr3R:16938070-16938305	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0935	0.0654	0.0958	0.1224	0.0371	0.0786	0.0891	0.0693	0.0371	0.0876	0.1013	0.0876	0.1665	0.1355	0.147	0.1355	0.1714
chr3R	16938548	16938699	chr3R:16938549-16938699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0446	0.0325	0.0478	0.0546	0.0159	0.0413	0.042	0.0346	0.0159	0.0362	0.0518	0.0362	0.096	0.0337	0.0548	0.0337	0.1126
chr3R	16939059	16939210	chr3R:16939060-16939210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0357	0.0309	0.0429	0.033	0.0095	0.0432	0.0394	0.034	0.0095	0.0296	0.0428	0.0296	0.1069	0.0138	0.0309	0.0138	0.0693
chr3R	16939340	16939491	chr3R:16939341-16939491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0351	0.025	0.0464	0.0338	0.0074	0.0403	0.0294	0.0233	0.0074	0.029	0.0424	0.029	0.1278	0.0207	0.0232	0.0207	0.0667
chr3R	16941875	16942061	chr3R:16941876-16942061	FBgn0010770	ppan	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1313	0.1238	0.1576	0.1107	0.088	0.1485	0.1475	0.1519	0.088	0.1957	0.1736	0.1957	0.1673	0.1355	0.1115	0.1355	0.1443
chr3R	16944336	16944487	chr3R:16944337-16944487	FBgn0038857	CG17282	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0424	0.0476	0.0499	0.0284	0.0297	0.0524	0.061	0.0633	0.0297	0.0562	0.054	0.0562	0.0612	0.0283	0.0193	0.0283	0.0438
chr3R	16944525	16944751	chr3R:16944526-16944751	FBgn0038857	CG17282	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0752	0.0967	0.0732	0.0533	0.071	0.099	0.1194	0.1319	0.071	0.0839	0.074	0.0839	0.0968	0.0459	0.0303	0.0459	0.0922
chr3R	16944999	16945168	chr3R:16945000-16945168	FBgn0038857	CG17282	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0395	0.0525	0.0374	0.0273	0.0255	0.0563	0.064	0.0806	0.0255	0.0483	0.0392	0.0483	0.0411	0.0237	0.0277	0.0237	0.0427
chr3R	16950190	16950341	chr3R:16950191-16950341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0357	0.0403	0.0385	0.0277	0.0223	0.0422	0.0567	0.0493	0.0223	0.0278	0.0553	0.0278	0.0426	0.0168	0.0625	0.0168	0.0214
chr3R	16952436	16952656	chr3R:16952437-16952656	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1393	0.1497	0.1565	0.1089	0.1082	0.1626	0.1834	0.1945	0.1082	0.2095	0.1656	0.2095	0.1472	0.1371	0.1161	0.1371	0.1219
chr3R	16952675	16952839	chr3R:16952676-16952839	FBgn0023423,FBgn0038858	CG5793,slmb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.1371	0.1391	0.1004	0.0986	0.1456	0.1717	0.1805	0.0986	0.1643	0.1576	0.1643	0.1317	0.0942	0.1128	0.0942	0.124
chr3R	16952870	16953056	chr3R:16952871-16953056	FBgn0023423,FBgn0038858	CG5793,slmb	stage11,stage14,stage5	none	GJ3828	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1628	0.1549	0.1935	0.1379	0.1135	0.1767	0.1825	0.1992	0.1135	0.2488	0.2154	0.2488	0.1712	0.1516	0.138	0.1516	0.1694
chr3R	16953134	16953318	chr3R:16953135-16953318	FBgn0023423,FBgn0038858	CG5793,slmb	stage11,stage14,stage5	none	GJ3828	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1965	0.1761	0.232	0.1805	0.122	0.2058	0.2067	0.2245	0.122	0.2736	0.2566	0.2736	0.2324	0.1845	0.1805	0.1845	0.2303
chr3R	16953372	16953574	chr3R:16953373-16953574	FBgn0023423,FBgn0038858	CG5793,slmb	stage11,stage14,stage5	none	GJ3828	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0901	0.0656	0.0942	0.1131	0.0361	0.0801	0.0766	0.0846	0.0361	0.1153	0.0994	0.1153	0.1232	0.1164	0.1231	0.1164	0.1714
chr3R	16953707	16953858	chr3R:16953708-16953858	FBgn0038858	CG5793	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0366	0.0371	0.0395	0.033	0.0233	0.0359	0.0515	0.046	0.0233	0.038	0.0437	0.038	0.0534	0.0352	0.0284	0.0352	0.0464
chr3R	16955853	16956018	chr3R:16955854-16956018	FBgn0038859,FBgn0038860	Ice2,Obp93a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0505	0.1058	0.0804	0.017	0.0646	0.0554	0.0766	0.017	0.1322	0.1141	0.1322	0.1193	0.0972	0.0838	0.0972	0.1001
chr3R	16959290	16959441	chr3R:16959291-16959441	FBgn0038861	CG7009	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0583	0.0542	0.0352	0.0329	0.0597	0.0796	0.072	0.0329	0.0664	0.0585	0.0664	0.0534	0.0345	0.04	0.0345	0.0443
chr3R	16959500	16959696	chr3R:16959501-16959696	FBgn0038861,FBgn0038862	CG7009,Ubpy	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0891	0.0906	0.0977	0.0781	0.0573	0.1102	0.1038	0.1199	0.0573	0.1268	0.1048	0.1268	0.0891	0.0881	0.078	0.0881	0.0928
chr3R	16959892	16960086	chr3R:16959893-16960086	FBgn0038861,FBgn0038862	CG7009,Ubpy	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0891	0.0955	0.0972	0.0732	0.0795	0.1019	0.1185	0.1193	0.0795	0.1214	0.1096	0.1214	0.0868	0.0926	0.0593	0.0926	0.0922
chr3R	16963732	16963942	chr3R:16963733-16963942	FBgn0250820	CG5802	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0619	0.0575	0.0746	0.0528	0.0308	0.068	0.0701	0.0713	0.0308	0.0719	0.0926	0.0719	0.0883	0.0467	0.0561	0.0467	0.0818
chr3R	16964061	16964240	chr3R:16964062-16964240	FBgn0250820	CG5802	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1458	0.1284	0.1728	0.1355	0.0976	0.1602	0.1406	0.1639	0.0976	0.2083	0.2048	0.2083	0.1673	0.1286	0.1457	0.1286	0.1709
chr3R	16964322	16964545	chr3R:16964323-16964545	FBgn0250820	CG5802	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1568	0.1419	0.1815	0.1464	0.1018	0.1777	0.1613	0.1739	0.1018	0.2077	0.2151	0.2077	0.1875	0.157	0.1728	0.157	0.1787
chr3R	16965933	16966108	chr3R:16965934-16966108	FBgn0264357	SNF4Agamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0512	0.0439	0.0641	0.0451	0.017	0.0466	0.0575	0.06	0.017	0.0664	0.0707	0.0664	0.0844	0.0352	0.0445	0.0352	0.0714
chr3R	16966162	16966535	chr3R:16966163-16966535	FBgn0264357	SNF4Agamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1164	0.1392	0.123	0.07	0.1262	0.1419	0.1592	0.07	0.1576	0.1524	0.1576	0.1472	0.1126	0.0928	0.1126	0.1709
chr3R	16966781	16966996	chr3R:16966782-16966996	FBgn0264357	SNF4Agamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0889	0.092	0.082	0.0932	0.07	0.0947	0.1228	0.1119	0.07	0.087	0.0746	0.087	0.0852	0.0812	0.0406	0.0812	0.1136
chr3R	16967036	16967280	chr3R:16967037-16967280	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0716	0.0476	0.0685	0.1019	0.0244	0.0485	0.0696	0.0546	0.0244	0.0586	0.0473	0.0586	0.0837	0.0597	0.0419	0.0597	0.1423
chr3R	16975924	16976112	chr3R:16975925-16976112	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0219	0.0231	0.0256	0.0106	0.0223	0.0342	0.0213	0.0106	0.0139	0.0164	0.0139	0.0581	0.01	0.0103	0.01	0.0631
chr3R	16978295	16978446	chr3R:16978296-16978446	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0215	0.0092	0.0154	0.0421	0.0042	0.0097	0.0147	0.0087	0.0042	0.0115	0.0164	0.0115	0.0333	0.0329	0.0432	0.0329	0.0829
chr3R	16978626	16978796	chr3R:16978627-16978796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.041	0.0176	0.0331	0.0758	0.0085	0.0209	0.0268	0.0167	0.0085	0.0199	0.0302	0.0199	0.0883	0.0873	0.078	0.0873	0.1355
chr3R	16978880	16979031	chr3R:16978881-16979031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.013	0.0216	0.045	0.0053	0.0141	0.0225	0.01	0.0053	0.0145	0.0206	0.0145	0.055	0.049	0.0406	0.049	0.0839
chr3R	16981642	16981821	chr3R:16981643-16981821	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1418	0.0987	0.1887	0.1386	0.0414	0.1228	0.1138	0.1332	0.0414	0.2192	0.2061	0.2192	0.2022	0.1723	0.1399	0.1723	0.1704
chr3R	16981951	16982122	chr3R:16981952-16982122	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1938	0.1574	0.2438	0.1796	0.0965	0.1961	0.17	0.2159	0.0965	0.2971	0.2682	0.2971	0.2401	0.2113	0.1973	0.2113	0.2319
chr3R	16982422	16982640	chr3R:16982423-16982640	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1378	0.1225	0.1817	0.1065	0.0764	0.1655	0.125	0.1559	0.0764	0.2174	0.2087	0.2174	0.1619	0.1309	0.1373	0.1309	0.1438
chr3R	16982675	16982884	chr3R:16982676-16982884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0994	0.0958	0.1326	0.067	0.0467	0.1301	0.0999	0.1219	0.0467	0.1467	0.155	0.1467	0.127	0.0827	0.0928	0.0827	0.0875
chr3R	16987555	16987706	chr3R:16987556-16987706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.015	0.0125	0.017	0.0156	0.0064	0.0146	0.0177	0.012	0.0064	0.0133	0.0174	0.0133	0.0356	0.0145	0.0071	0.0145	0.0344
chr3R	16995424	16995575	chr3R:16995425-16995575	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0247	0.0353	0.0173	0.0148	0.0291	0.0307	0.0333	0.0148	0.038	0.0399	0.038	0.0465	0.0138	0.0277	0.0138	0.0193
chr3R	17001607	17001762	chr3R:17001608-17001762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0128	0.0231	0.0235	0.0085	0.0126	0.0182	0.0167	0.0085	0.0217	0.019	0.0217	0.0542	0.0168	0.0103	0.0168	0.0584
chr3R	17002136	17002391	chr3R:17002137-17002391	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0325	0.0202	0.0345	0.044	0.0095	0.0209	0.0307	0.0207	0.0095	0.0205	0.0235	0.0205	0.1146	0.0773	0.0239	0.0773	0.0782
chr3R	17002417	17002577	chr3R:17002418-17002577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0237	0.0155	0.0305	0.0253	0.0074	0.0204	0.0203	0.014	0.0074	0.0193	0.0238	0.0193	0.0922	0.0322	0.0181	0.0322	0.0433
chr3R	17005406	17005601	chr3R:17005407-17005601	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0735	0.06	0.0727	0.052	0.0748	0.0904	0.0999	0.052	0.0628	0.0714	0.0628	0.0635	0.0773	0.0832	0.0773	0.0761
chr3R	17005840	17006009	chr3R:17005841-17006009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0256	0.0229	0.0242	0.0299	0.0095	0.0282	0.029	0.0273	0.0095	0.0223	0.0241	0.0223	0.0395	0.0413	0.0245	0.0413	0.0474
chr3R	17006338	17006489	chr3R:17006339-17006489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0201	0.0211	0.0151	0.0244	0.0117	0.0204	0.0316	0.0247	0.0117	0.0121	0.0122	0.0121	0.0341	0.0467	0.0232	0.0467	0.0271
chr3R	17008405	17008556	chr3R:17008406-17008556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0143	0.016	0.0252	0.0064	0.0121	0.0212	0.0187	0.0064	0.0169	0.0151	0.0169	0.0232	0.0597	0.0123	0.0597	0.0339
chr3R	17010564	17010715	chr3R:17010565-17010715	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0516	0.0713	0.0588	0.0276	0.0602	0.0614	0.0693	0.0276	0.0598	0.0875	0.0598	0.086	0.0727	0.0664	0.0727	0.0683
chr3R	17011323	17011474	chr3R:17011324-17011474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.034	0.0165	0.0109	0.0297	0.0223	0.0593	0.0373	0.0297	0.0151	0.0232	0.0151	0.0132	0.0077	0.0123	0.0077	0.0182
chr3R	17012425	17012820	chr3R:17012426-17012820	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45097.1	VT45097.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1555	0.1358	0.2028	0.1256	0.0827	0.1728	0.1423	0.1859	0.0827	0.2041	0.2653	0.2041	0.2068	0.1026	0.1973	0.1026	0.1626
chr3R	17013064	17013299	chr3R:17013065-17013299	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45097.1	VT45097.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1299	0.0833	0.1561	0.1532	0.0435	0.1218	0.0852	0.1073	0.0435	0.1528	0.2035	0.1528	0.1844	0.1508	0.1928	0.1508	0.2335
chr3R	17013312	17013547	chr3R:17013313-17013547	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45097.1	VT45097.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1047	0.0613	0.1216	0.1345	0.0255	0.0932	0.0627	0.0786	0.0255	0.1202	0.1466	0.1202	0.1549	0.1462	0.1554	0.1462	0.197
chr3R	17014356	17014618	chr3R:17014357-17014618	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2362	0.2193	0.2863	0.2	0.1707	0.2777	0.2128	0.3098	0.1707	0.3448	0.3524	0.3448	0.2564	0.2749	0.2701	0.2749	0.247
chr3R	17016673	17016824	chr3R:17016674-17016824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0315	0.0315	0.0317	0.0313	0.0127	0.0325	0.0402	0.0493	0.0127	0.0284	0.035	0.0284	0.0364	0.0253	0.0335	0.0253	0.0266
chr3R	17019480	17019713	chr3R:17019481-17019713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.024	0.0264	0.0282	0.0166	0.0095	0.0403	0.026	0.0366	0.0095	0.0302	0.0209	0.0302	0.072	0.0184	0.0064	0.0184	0.0344
chr3R	17019735	17019886	chr3R:17019736-17019886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0202	0.0244	0.0237	0.0116	0.0095	0.0316	0.0285	0.0333	0.0095	0.0272	0.0206	0.0272	0.0496	0.0153	0.0084	0.0153	0.0188
chr3R	17024301	17024452	chr3R:17024302-17024452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0269	0.0172	0.0218	0.0434	0.0064	0.0223	0.0238	0.0173	0.0064	0.0229	0.0196	0.0229	0.038	0.0498	0.0213	0.0498	0.0438
chr3R	17024756	17024981	chr3R:17024757-17024981	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1008	0.054	0.1133	0.1393	0.0233	0.0888	0.0484	0.0673	0.0233	0.1437	0.1186	0.1437	0.1696	0.2067	0.1025	0.2067	0.1845
chr3R	17025240	17025452	chr3R:17025241-17025452	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0499	0.0184	0.0335	0.1032	0.0074	0.0306	0.0234	0.0147	0.0074	0.0254	0.0283	0.0254	0.0922	0.1493	0.058	0.1493	0.2074
chr3R	17026329	17026480	chr3R:17026330-17026480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0285	0.0135	0.0199	0.0546	0.0074	0.0126	0.0208	0.014	0.0074	0.0163	0.0199	0.0163	0.0434	0.0467	0.0297	0.0467	0.1329
chr3R	17028751	17028936	chr3R:17028752-17028936	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45105.1	VT45105.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0504	0.0318	0.0553	0.0657	0.0148	0.0383	0.0402	0.038	0.0148	0.0652	0.0489	0.0652	0.1015	0.1041	0.0587	0.1041	0.11
chr3R	17028954	17029160	chr3R:17028955-17029160	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45105.1,VT45106.1	VT45105.1,VT45106.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0649	0.0486	0.0727	0.0746	0.0223	0.0631	0.0519	0.0653	0.0223	0.0882	0.0714	0.0882	0.1162	0.0957	0.0748	0.0957	0.1355
chr3R	17029791	17029968	chr3R:17029792-17029968	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45105.1,VT45106.1	VT45105.1,VT45106.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0472	0.0226	0.0412	0.0812	0.0117	0.0306	0.0298	0.02	0.0117	0.0242	0.035	0.0242	0.1185	0.0375	0.069	0.0375	0.2022
chr3R	17029970	17030189	chr3R:17029971-17030189	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45105.1,VT45106.1	VT45105.1,VT45106.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0545	0.0283	0.0412	0.0985	0.0148	0.0374	0.0368	0.0266	0.0148	0.0236	0.0334	0.0236	0.1232	0.049	0.0967	0.049	0.2387
chr3R	17030492	17030708	chr3R:17030493-17030708	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45106.1	VT45106.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0489	0.0221	0.0355	0.0936	0.0117	0.0282	0.0303	0.02	0.0117	0.0187	0.0309	0.0187	0.0999	0.0613	0.0896	0.0613	0.2131
chr3R	17031581	17031756	chr3R:17031582-17031756	distal	distal	stage14	stage14	VT45107.1	VT45107.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0415	0.0163	0.0341	0.0777	0.0032	0.0233	0.0195	0.0193	0.0032	0.026	0.026	0.026	0.0906	0.0567	0.0509	0.0567	0.1907
chr3R	17031983	17032134	chr3R:17031984-17032134	distal	distal	none	none	VT45107.1	VT45107.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0143	0.015	0.0419	0.0032	0.0131	0.0242	0.016	0.0032	0.0133	0.0106	0.0133	0.0372	0.0306	0.0226	0.0306	0.1021
chr3R	17032348	17032512	chr3R:17032349-17032512	distal	distal	none	none	VT45107.1	VT45107.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0216	0.0272	0.0462	0.0117	0.0184	0.0389	0.018	0.0117	0.0272	0.0241	0.0272	0.0627	0.0391	0.0245	0.0391	0.098
chr3R	17039154	17039305	chr3R:17039155-17039305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0294	0.0272	0.0331	0.0279	0.0148	0.0311	0.0381	0.032	0.0148	0.0386	0.0379	0.0386	0.0418	0.0299	0.0187	0.0299	0.0438
chr3R	17040674	17040842	chr3R:17040675-17040842	FBgn0038868	CG5862	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1203	0.1211	0.1364	0.1015	0.0795	0.1345	0.1587	0.1419	0.0795	0.1643	0.1518	0.1643	0.141	0.108	0.1019	0.108	0.1391
chr3R	17044410	17044580	chr3R:17044411-17044580	FBgn0038869,FBgn0038870	CG3353,Oga	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.13	0.1147	0.1605	0.1138	0.0806	0.132	0.1388	0.1459	0.0806	0.2101	0.1746	0.2101	0.1596	0.1355	0.1199	0.1355	0.1402
chr3R	17044702	17044887	chr3R:17044703-17044887	FBgn0038869,FBgn0038870	CG3353,Oga	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1679	0.152	0.2047	0.1454	0.1177	0.1748	0.1786	0.1892	0.1177	0.2615	0.226	0.2615	0.1975	0.1616	0.1534	0.1616	0.1678
chr3R	17048780	17049070	chr3R:17048781-17049070	FBgn0038871,FBgn0038872	CG3337,Nelf-A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0898	0.0899	0.1066	0.0713	0.0615	0.1063	0.1142	0.0986	0.0615	0.1347	0.1138	0.1347	0.1053	0.0796	0.0683	0.0796	0.0886
chr3R	17049277	17049442	chr3R:17049278-17049442	FBgn0038871,FBgn0038872	CG3337,Nelf-A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1985	0.1899	0.2308	0.1725	0.1273	0.2262	0.2124	0.2485	0.1273	0.2983	0.2405	0.2983	0.2254	0.1861	0.1825	0.1861	0.209
chr3R	17049558	17049942	chr3R:17049559-17049942	FBgn0038871,FBgn0038872	CG3337,Nelf-A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2128	0.2031	0.2405	0.1931	0.1389	0.2388	0.2331	0.2678	0.1389	0.3043	0.2543	0.3043	0.2595	0.2259	0.1825	0.2259	0.2434
chr3R	17050023	17050220	chr3R:17050024-17050220	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1037	0.1038	0.1065	0.1007	0.07	0.1117	0.1272	0.1332	0.07	0.1268	0.1116	0.1268	0.1309	0.1179	0.0799	0.1179	0.1277
chr3R	17054765	17054996	chr3R:17054766-17054996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0485	0.033	0.0181	0.0329	0.0432	0.0679	0.0646	0.0329	0.0386	0.0363	0.0386	0.0325	0.0191	0.0174	0.0191	0.0224
chr3R	17055160	17055311	chr3R:17055161-17055311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0344	0.0189	0.0114	0.0265	0.0316	0.0476	0.042	0.0265	0.0236	0.0209	0.0236	0.017	0.013	0.0123	0.013	0.0151
chr3R	17055383	17055756	chr3R:17055384-17055756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0558	0.0471	0.0213	0.0456	0.0587	0.0683	0.07	0.0456	0.0598	0.0505	0.0598	0.0488	0.0207	0.0251	0.0207	0.0219
chr3R	17062892	17063062	chr3R:17062893-17063062	FBgn0000527	e	none	none	e_C	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0231	0.0157	0.025	0.0294	0.0074	0.0155	0.0264	0.0153	0.0074	0.0121	0.0367	0.0121	0.0318	0.0145	0.0632	0.0145	0.0354
chr3R	17072438	17072653	chr3R:17072439-17072653	FBgn0038874	ETHR	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0176	0.0095	0.014	0.0306	0.0021	0.0131	0.0147	0.0067	0.0021	0.0097	0.0148	0.0097	0.0194	0.0283	0.0232	0.0283	0.0323
chr3R	17076529	17076680	chr3R:17076530-17076680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0092	0.0075	0.0069	0.0138	0.0021	0.0063	0.0147	0.0067	0.0021	0.0072	0.0077	0.0072	0.007	0.0337	0.0116	0.0337	0.0125
chr3R	17081910	17082230	chr3R:17081911-17082230	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0475	0.0341	0.0553	0.0539	0.0148	0.0374	0.0428	0.048	0.0148	0.0731	0.0572	0.0731	0.0705	0.0613	0.0535	0.0613	0.0756
chr3R	17082301	17082472	chr3R:17082302-17082472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0307	0.047	0.0372	0.0148	0.033	0.0398	0.0426	0.0148	0.07	0.0476	0.07	0.062	0.0559	0.0374	0.0559	0.0547
chr3R	17089009	17089160	chr3R:17089010-17089160	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0167	0.0153	0.0169	0.0181	0.0074	0.0136	0.0264	0.016	0.0074	0.0151	0.0196	0.0151	0.0263	0.0191	0.0187	0.0191	0.0318
chr3R	17093784	17094181	chr3R:17093785-17094181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0938	0.0697	0.1283	0.0829	0.0403	0.0869	0.0813	0.0839	0.0403	0.1014	0.1434	0.1014	0.1712	0.0605	0.0999	0.0605	0.1141
chr3R	17094187	17094417	chr3R:17094188-17094417	FBgn0016700	Rab1	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0716	0.0565	0.0929	0.0653	0.035	0.0772	0.0649	0.062	0.035	0.1045	0.0981	0.1045	0.103	0.0681	0.0716	0.0681	0.0839
chr3R	17094475	17094662	chr3R:17094476-17094662	FBgn0016700	Rab1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0802	0.0705	0.1	0.0692	0.0477	0.0772	0.0826	0.0986	0.0477	0.1153	0.1122	0.1153	0.1077	0.0704	0.0683	0.0704	0.0907
chr3R	17094736	17094924	chr3R:17094737-17094924	FBgn0016700	Rab1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1696	0.1483	0.2141	0.1447	0.0954	0.1786	0.1626	0.2045	0.0954	0.2651	0.2267	0.2651	0.22	0.1455	0.1567	0.1455	0.1793
chr3R	17095006	17095396	chr3R:17095007-17095396	FBgn0016700,FBgn0038876,FBgn0043012	AP-2sigma,CG5919,Rab1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1492	0.1309	0.1868	0.1285	0.0795	0.1631	0.144	0.1752	0.0795	0.2379	0.1949	0.2379	0.1921	0.134	0.1425	0.134	0.1605
chr3R	17095415	17095629	chr3R:17095416-17095629	FBgn0038876,FBgn0043012	AP-2sigma,CG5919	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1057	0.0962	0.1284	0.0915	0.0551	0.116	0.1146	0.1219	0.0551	0.151	0.1322	0.151	0.1464	0.0881	0.1032	0.0881	0.1219
chr3R	17095722	17095925	chr3R:17095723-17095925	FBgn0038876,FBgn0043012	AP-2sigma,CG5919	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1725	0.1539	0.2091	0.153	0.106	0.1893	0.1717	0.2012	0.106	0.2403	0.2299	0.2403	0.2122	0.1631	0.1631	0.1631	0.1923
chr3R	17099039	17099190	chr3R:17099040-17099190	FBgn0038877	CG3308	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0507	0.047	0.059	0.0458	0.0223	0.0597	0.0597	0.0573	0.0223	0.0743	0.0682	0.0743	0.0596	0.0459	0.0477	0.0459	0.0657
chr3R	17099235	17099405	chr3R:17099236-17099405	FBgn0038877	CG3308	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0704	0.0535	0.0877	0.0705	0.0286	0.0733	0.0601	0.064	0.0286	0.1093	0.0968	0.1093	0.1038	0.1011	0.0677	0.1011	0.1016
chr3R	17099464	17099629	chr3R:17099465-17099629	FBgn0038877	CG3308	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1154	0.1021	0.1345	0.1095	0.0732	0.1243	0.1081	0.1346	0.0732	0.1691	0.1473	0.1691	0.1572	0.121	0.1251	0.121	0.1464
chr3R	17102175	17102326	chr3R:17102176-17102326	FBgn0038878	CG3301	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0121	0.0148	0.0206	0.0053	0.0126	0.0164	0.016	0.0053	0.0181	0.0161	0.0181	0.0201	0.0161	0.0309	0.0161	0.0323
chr3R	17103568	17103719	chr3R:17103569-17103719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0175	0.0237	0.0148	0.0134	0.0106	0.015	0.0493	0.0173	0.0106	0.0169	0.0141	0.0169	0.0232	0.0138	0.0123	0.0138	0.0162
chr3R	17113801	17113952	chr3R:17113802-17113952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0135	0.0142	0.0233	0.0064	0.0117	0.0242	0.0113	0.0064	0.0133	0.0145	0.0133	0.0077	0.0084	0.0058	0.0084	0.0104
chr3R	17114113	17114264	chr3R:17114114-17114264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.013	0.0123	0.0123	0.0143	0.0011	0.0112	0.0247	0.0093	0.0011	0.0139	0.0109	0.0139	0.0077	0.0054	0.0058	0.0054	0.0135
chr3R	17114968	17115192	chr3R:17114969-17115192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0515	0.0432	0.0497	0.0628	0.0286	0.0374	0.0593	0.062	0.0286	0.0537	0.0334	0.0537	0.0333	0.0398	0.02	0.0398	0.0313
chr3R	17120839	17121056	chr3R:17120840-17121056	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT45155.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.1216	0.1928	0.0928	0.0738	0.1676	0.1913	0.2465	0.2345	0.1676	0.0682	0.0778	0.0682	0.0612	0.0337	0.0361	0.0337	0.0313
chr3R	17121481	17121660	chr3R:17121482-17121660	FBgn0001234	Hsromega	stage11,stage5	none	VT45155.1,VT45156.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1755	0.1702	0.2011	0.1532	0.1145	0.2097	0.1821	0.2245	0.1145	0.2452	0.2174	0.2452	0.1774	0.1455	0.1573	0.1455	0.1626
chr3R	17121752	17121955	chr3R:17121753-17121955	FBgn0001234	Hsromega	stage11,stage14,stage5	none	VT45155.1,VT45156.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.249	0.2236	0.2897	0.2327	0.1782	0.2757	0.2405	0.2798	0.1782	0.3527	0.3077	0.3527	0.2897	0.2351	0.245	0.2351	0.2689
chr3R	17122142	17122337	chr3R:17122143-17122337	FBgn0001234	Hsromega	stage11,stage14,stage5	none	VT45155.1,VT45156.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2988	0.2858	0.3341	0.2745	0.2344	0.3553	0.3045	0.3498	0.2344	0.4082	0.3505	0.4082	0.3184	0.2879	0.2863	0.2879	0.3147
chr3R	17122709	17123320	chr3R:17122710-17123320	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.3466	0.2946	0.411	0.3341	0.2216	0.3903	0.3006	0.3651	0.2216	0.497	0.4061	0.497	0.426	0.3476	0.3269	0.3476	0.3486
chr3R	17123364	17123801	chr3R:17123365-17123801	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.2019	0.1844	0.2325	0.188	0.1612	0.2277	0.1972	0.2258	0.1612	0.2736	0.2299	0.2736	0.2773	0.1953	0.1979	0.1953	0.2215
chr3R	17135784	17136080	chr3R:17135785-17136080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0542	0.0541	0.0359	0.0488	0.0505	0.0701	0.066	0.0488	0.0459	0.0643	0.0459	0.0682	0.0505	0.0258	0.0505	0.0521
chr3R	17136136	17136507	chr3R:17136137-17136507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0497	0.0582	0.0523	0.0373	0.052	0.0563	0.0714	0.0773	0.052	0.0399	0.0653	0.0399	0.0666	0.0559	0.0322	0.0559	0.0505
chr3R	17136584	17137328	chr3R:17136585-17137328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0885	0.0983	0.0951	0.0702	0.0838	0.0995	0.1215	0.1246	0.0838	0.061	0.1183	0.061	0.1115	0.1064	0.0703	0.1064	0.0849
chr3R	17137426	17137594	chr3R:17137427-17137594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.041	0.045	0.0439	0.0333	0.0403	0.0544	0.0523	0.052	0.0403	0.0314	0.0508	0.0314	0.0604	0.0521	0.0309	0.0521	0.0422
chr3R	17137733	17138089	chr3R:17137734-17138089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0707	0.0699	0.049	0.0615	0.0738	0.0852	0.0906	0.0615	0.0543	0.0842	0.0543	0.086	0.0689	0.0355	0.0689	0.0657
chr3R	17138231	17138417	chr3R:17138232-17138417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0427	0.047	0.0448	0.0356	0.0456	0.0549	0.0554	0.0506	0.0456	0.035	0.0556	0.035	0.0503	0.0528	0.0322	0.0528	0.0438
chr3R	17138545	17138796	chr3R:17138546-17138796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0489	0.05	0.0384	0.0445	0.0578	0.0554	0.0566	0.0445	0.0477	0.0563	0.0477	0.0573	0.0498	0.0303	0.0498	0.0547
chr3R	17142418	17142752	chr3R:17142419-17142752	FBgn0263537	mir-4951	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0801	0.0697	0.0489	0.0764	0.0772	0.0956	0.1086	0.0764	0.0507	0.0807	0.0507	0.0883	0.0613	0.0387	0.0613	0.0594
chr3R	17142925	17143376	chr3R:17142926-17143376	FBgn0263537	mir-4951	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0839	0.0879	0.0871	0.0759	0.0785	0.084	0.1051	0.1246	0.0785	0.0767	0.0958	0.0767	0.0976	0.1149	0.0645	0.1149	0.0829
chr3R	17144125	17144377	chr3R:17144126-17144377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0516	0.0694	0.0514	0.0233	0.0539	0.067	0.0713	0.0233	0.058	0.0768	0.058	0.093	0.062	0.0464	0.062	0.0672
chr3R	17144394	17144637	chr3R:17144395-17144637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0609	0.0607	0.0688	0.0526	0.0445	0.0602	0.0783	0.0806	0.0445	0.0531	0.0756	0.0531	0.0999	0.0743	0.0445	0.0743	0.0631
chr3R	17144838	17145037	chr3R:17144839-17145037	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0658	0.0737	0.0717	0.0506	0.0445	0.0733	0.0956	0.0999	0.0445	0.0574	0.0781	0.0574	0.0945	0.0758	0.0426	0.0758	0.0563
chr3R	17145129	17145327	chr3R:17145130-17145327	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0622	0.0658	0.0718	0.0475	0.0414	0.0655	0.0921	0.0806	0.0414	0.064	0.0801	0.064	0.079	0.0628	0.0432	0.0628	0.05
chr3R	17145392	17145649	chr3R:17145393-17145649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0666	0.0673	0.077	0.0543	0.0435	0.0694	0.0887	0.0886	0.0435	0.0658	0.0855	0.0658	0.0945	0.0658	0.0554	0.0658	0.0578
chr3R	17146505	17146656	chr3R:17146506-17146656	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.0416	0.0456	0.0376	0.0233	0.049	0.0584	0.0426	0.0233	0.0453	0.0466	0.0453	0.0581	0.0475	0.0309	0.0475	0.0396
chr3R	17148367	17148525	chr3R:17148368-17148525	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0357	0.0254	0.036	0.0469	0.0127	0.0277	0.0316	0.032	0.0127	0.0326	0.0354	0.0326	0.0442	0.0398	0.0368	0.0398	0.0485
chr3R	17150778	17150929	chr3R:17150779-17150929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0203	0.0266	0.0313	0.0085	0.0248	0.0277	0.0213	0.0085	0.0217	0.0315	0.0217	0.0318	0.0199	0.0438	0.0199	0.0328
chr3R	17152614	17152964	chr3R:17152615-17152964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0501	0.0476	0.0652	0.0362	0.0308	0.0515	0.0571	0.066	0.0308	0.0537	0.0781	0.0537	0.0635	0.0214	0.0335	0.0214	0.0406
chr3R	17154860	17155040	chr3R:17154861-17155040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0238	0.0236	0.0196	0.0191	0.0223	0.035	0.0273	0.0191	0.0217	0.017	0.0217	0.0248	0.0107	0.0097	0.0107	0.0135
chr3R	17155210	17155361	chr3R:17155211-17155361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0172	0.0185	0.0256	0.0085	0.0165	0.0251	0.0227	0.0085	0.0133	0.0148	0.0133	0.0209	0.0123	0.0064	0.0123	0.0151
chr3R	17158110	17158261	chr3R:17158111-17158261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0252	0.0177	0.0312	0.027	0.0095	0.0214	0.0242	0.02	0.0095	0.0254	0.0415	0.0254	0.0294	0.0214	0.0516	0.0214	0.0224
chr3R	17160550	17160812	chr3R:17160551-17160812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0435	0.0446	0.0556	0.029	0.0318	0.0403	0.0575	0.064	0.0318	0.0483	0.0685	0.0483	0.0581	0.026	0.0264	0.026	0.0302
chr3R	17162166	17162317	chr3R:17162167-17162317	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0442	0.0285	0.0666	0.0372	0.0117	0.0359	0.0333	0.0386	0.0117	0.0453	0.0932	0.0453	0.0682	0.0145	0.058	0.0145	0.0349
chr3R	17162330	17162528	chr3R:17162331-17162528	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0642	0.0356	0.1052	0.0511	0.0085	0.0524	0.0385	0.0473	0.0085	0.0592	0.1678	0.0592	0.093	0.0176	0.0948	0.0176	0.0386
chr3R	17162855	17163097	chr3R:17162856-17163097	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0594	0.041	0.0905	0.046	0.0148	0.0573	0.0458	0.052	0.0148	0.0471	0.145	0.0471	0.0666	0.0176	0.078	0.0176	0.036
chr3R	17163645	17163796	chr3R:17163646-17163796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.0253	0.0341	0.0336	0.018	0.0286	0.0389	0.0207	0.018	0.0284	0.0302	0.0284	0.0279	0.0222	0.0148	0.0222	0.038
chr3R	17163926	17164192	chr3R:17163927-17164192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0624	0.0594	0.0604	0.068	0.053	0.05	0.093	0.0553	0.053	0.0314	0.0408	0.0314	0.0349	0.0184	0.0181	0.0184	0.0443
chr3R	17164245	17164494	chr3R:17164246-17164494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.073	0.0471	0.0811	0.0932	0.0382	0.0466	0.0575	0.0593	0.0382	0.0393	0.0556	0.0393	0.0387	0.0199	0.0387	0.0199	0.0401
chr3R	17165408	17165715	chr3R:17165409-17165715	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.084	0.0552	0.0984	0.1003	0.0223	0.0636	0.0826	0.056	0.0223	0.0658	0.0714	0.0658	0.0767	0.036	0.0509	0.036	0.0709
chr3R	17165772	17165923	chr3R:17165773-17165923	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0424	0.0187	0.0497	0.0609	0.0085	0.0238	0.0251	0.018	0.0085	0.0223	0.0302	0.0223	0.0434	0.0268	0.0271	0.0268	0.0391
chr3R	17166716	17166960	chr3R:17166717-17166960	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0515	0.0297	0.0708	0.0546	0.0148	0.0374	0.0407	0.0286	0.0148	0.0525	0.0431	0.0525	0.0434	0.0237	0.0335	0.0237	0.0328
chr3R	17169088	17169239	chr3R:17169089-17169239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0237	0.0125	0.0264	0.0334	0.0021	0.016	0.0164	0.0147	0.0021	0.0338	0.0248	0.0338	0.0349	0.0605	0.0303	0.0605	0.0401
chr3R	17171710	17171861	chr3R:17171711-17171861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.025	0.0177	0.0334	0.0238	0.0064	0.0296	0.0199	0.0133	0.0064	0.0223	0.027	0.0223	0.0232	0.0207	0.0148	0.0207	0.0182
chr3R	17172998	17173188	chr3R:17172999-17173188	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0538	0.0283	0.0681	0.0666	0.0064	0.0476	0.0316	0.0286	0.0064	0.0568	0.046	0.0568	0.1642	0.0559	0.0458	0.0559	0.1146
chr3R	17173214	17173572	chr3R:17173215-17173572	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0785	0.0317	0.0958	0.1118	0.0064	0.0592	0.0307	0.032	0.0064	0.1105	0.0678	0.1105	0.1998	0.1202	0.1051	0.1202	0.1506
chr3R	17174155	17174323	chr3R:17174156-17174323	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0704	0.0297	0.0985	0.0851	0.0085	0.0481	0.029	0.0386	0.0085	0.1141	0.1341	0.1141	0.0837	0.0949	0.1476	0.0949	0.0766
chr3R	17174667	17174859	chr3R:17174668-17174859	FBgn0038881	CG16791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1571	0.1154	0.1957	0.1613	0.0498	0.1461	0.1176	0.1752	0.0498	0.2367	0.209	0.2367	0.1751	0.1708	0.1638	0.1708	0.1381
chr3R	17175237	17175409	chr3R:17175238-17175409	FBgn0038881	CG16791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2486	0.2218	0.2938	0.2289	0.175	0.2665	0.2396	0.2878	0.175	0.378	0.3064	0.378	0.2696	0.245	0.2237	0.245	0.2705
chr3R	17175646	17175863	chr3R:17175647-17175863	FBgn0038881	CG16791	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0828	0.0694	0.0982	0.0809	0.0456	0.0869	0.0843	0.0773	0.0456	0.1292	0.1093	0.1292	0.0899	0.1034	0.0819	0.1034	0.0969
chr3R	17184881	17185107	chr3R:17184882-17185107	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0708	0.0845	0.0468	0.0456	0.0704	0.093	0.0973	0.0456	0.1081	0.0942	0.1081	0.0798	0.0528	0.0477	0.0528	0.0438
chr3R	17185176	17185370	chr3R:17185177-17185370	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1256	0.1589	0.0909	0.0933	0.1354	0.1566	0.1519	0.0933	0.189	0.1852	0.189	0.1418	0.0858	0.1057	0.0858	0.0938
chr3R	17185420	17185596	chr3R:17185421-17185596	FBgn0261837,FBgn0261838	pre-mod(mdg4)-T,pre-mod(mdg4)-Z	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1625	0.161	0.1933	0.1305	0.1071	0.1908	0.1912	0.1959	0.1071	0.2343	0.2096	0.2343	0.1851	0.134	0.1425	0.134	0.1443
chr3R	17185792	17185980	chr3R:17185793-17185980	FBgn0261837,FBgn0261838	pre-mod(mdg4)-T,pre-mod(mdg4)-Z	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1316	0.1307	0.1484	0.1142	0.0785	0.1553	0.1579	0.1646	0.0785	0.1896	0.1569	0.1896	0.1495	0.1141	0.1122	0.1141	0.1386
chr3R	17186094	17186247	chr3R:17186095-17186247	FBgn0261837,FBgn0261838	pre-mod(mdg4)-T,pre-mod(mdg4)-Z	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0512	0.0489	0.0659	0.0379	0.0244	0.0621	0.0601	0.058	0.0244	0.0791	0.074	0.0791	0.0651	0.0329	0.04	0.0329	0.0532
chr3R	17190517	17190768	chr3R:17190518-17190768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0673	0.0592	0.0832	0.0589	0.0286	0.0767	0.0722	0.072	0.0286	0.1008	0.0904	0.1008	0.0852	0.0643	0.0619	0.0643	0.0724
chr3R	17190924	17191103	chr3R:17190925-17191103	FBgn0261839,FBgn0261840,FBgn0261841,FBgn0261842,FBgn0261843	pre-mod(mdg4)-AD,pre-mod(mdg4)-AE,pre-mod(mdg4)-W,pre-mod(mdg4)-X,pre-mod(mdg4)-Y	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1556	0.133	0.1853	0.1483	0.0954	0.1728	0.1367	0.1719	0.0954	0.2434	0.2006	0.2434	0.1751	0.1631	0.1348	0.1631	0.1866
chr3R	17191187	17191363	chr3R:17191188-17191363	FBgn0261839,FBgn0261840,FBgn0261841,FBgn0261842,FBgn0261843	pre-mod(mdg4)-AD,pre-mod(mdg4)-AE,pre-mod(mdg4)-W,pre-mod(mdg4)-X,pre-mod(mdg4)-Y	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1798	0.1644	0.2136	0.1599	0.1135	0.1927	0.1899	0.2112	0.1135	0.2639	0.2312	0.2639	0.2014	0.1708	0.1573	0.1708	0.1939
chr3R	17191468	17191744	chr3R:17191469-17191744	FBgn0261839,FBgn0261840,FBgn0261841,FBgn0261842,FBgn0261843	pre-mod(mdg4)-AD,pre-mod(mdg4)-AE,pre-mod(mdg4)-W,pre-mod(mdg4)-X,pre-mod(mdg4)-Y	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0816	0.1115	0.062	0.052	0.0942	0.1003	0.1046	0.052	0.1389	0.117	0.1389	0.1061	0.0628	0.0651	0.0628	0.0719
chr3R	17192741	17192944	chr3R:17192742-17192944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0629	0.0368	0.0143	0.0551	0.0471	0.1112	0.056	0.0551	0.0477	0.0395	0.0477	0.0349	0.0138	0.0181	0.0138	0.0141
chr3R	17199000	17199179	chr3R:17199001-17199179	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1102	0.1069	0.1335	0.0884	0.0753	0.1383	0.1163	0.1359	0.0753	0.1534	0.1444	0.1534	0.1247	0.0911	0.0851	0.0911	0.1011
chr3R	17199255	17199445	chr3R:17199256-17199445	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1968	0.2074	0.2239	0.1551	0.193	0.2544	0.2176	0.2498	0.193	0.285	0.2363	0.285	0.1921	0.147	0.1599	0.147	0.1767
chr3R	17199575	17199973	chr3R:17199576-17199973	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2467	0.2896	0.2952	0.1457	0.3086	0.3442	0.2885	0.3591	0.3086	0.3533	0.3264	0.3533	0.2533	0.1279	0.1431	0.1279	0.1631
chr3R	17200065	17200217	chr3R:17200066-17200217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1046	0.1154	0.1335	0.0609	0.0806	0.1451	0.1254	0.1459	0.0806	0.1564	0.1479	0.1564	0.11	0.0574	0.0638	0.0574	0.0589
chr3R	17200252	17200510	chr3R:17200253-17200510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1302	0.1458	0.1722	0.0666	0.0933	0.1748	0.167	0.1912	0.0933	0.2186	0.1807	0.2186	0.1472	0.0559	0.0748	0.0559	0.075
chr3R	17202115	17202322	chr3R:17202116-17202322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT45189.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2757	0.256	0.3284	0.2398	0.2025	0.3068	0.2751	0.3318	0.2025	0.4179	0.3457	0.4179	0.3129	0.2274	0.2456	0.2274	0.2751
chr3R	17202452	17202791	chr3R:17202453-17202791	FBgn0002781	mod(mdg4)	stage11,stage14,stage5	none	VT45189.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2264	0.2198	0.2741	0.1815	0.1739	0.2553	0.2595	0.2658	0.1739	0.3629	0.2865	0.3629	0.2486	0.1861	0.187	0.1861	0.198
chr3R	17202986	17203193	chr3R:17202987-17203193	FBgn0002781	mod(mdg4)	stage11,stage14,stage5	none	VT45189.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1851	0.1828	0.2226	0.1466	0.1474	0.201	0.2305	0.2092	0.1474	0.2905	0.2453	0.2905	0.1991	0.144	0.1528	0.144	0.1829
chr3R	17204524	17204714	chr3R:17204525-17204714	FBgn0004110	tin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1987	0.205	0.2425	0.1436	0.1527	0.2587	0.2331	0.2312	0.1527	0.3545	0.254	0.3545	0.1867	0.1792	0.1335	0.1792	0.1459
chr3R	17205733	17205884	chr3R:17205734-17205884	distal	distal	stage5	stage5	tin_tinB-180	tin_tinB-180	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0511	0.095	0.0428	0.0113	0.0604	0.1597	0.0882	0.0939	0.0604	0.0622	0.0495	0.0622	0.0256	0.0145	0.0155	0.0145	0.012
chr3R	17208388	17208567	chr3R:17208389-17208567	distal	distal	none	none	tin_tin103B	tin_tin103B	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.042	0.0344	0.0622	0.0284	0.017	0.0699	0.0272	0.0273	0.017	0.1461	0.0476	0.1461	0.0418	0.0429	0.0168	0.0429	0.0469
chr3R	17209475	17209626	chr3R:17209476-17209626	distal	distal	none	none	VT45194.1,tin_D-A,tin_tinD	VT45194.1,tin_D-A,tin_tinD	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0273	0.0282	0.044	0.0081	0.0053	0.0524	0.0311	0.024	0.0053	0.1329	0.0257	0.1329	0.0124	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chr3R	17211570	17211721	chr3R:17211571-17211721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0294	0.0322	0.0357	0.0195	0.018	0.0364	0.0458	0.032	0.018	0.0562	0.0357	0.0562	0.0263	0.0299	0.0181	0.0299	0.0177
chr3R	17211908	17212116	chr3R:17211909-17212116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1149	0.1265	0.128	0.0875	0.0657	0.1597	0.151	0.1472	0.0657	0.1957	0.1302	0.1957	0.1077	0.1126	0.087	0.1126	0.1021
chr3R	17212221	17212372	chr3R:17212222-17212372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0325	0.0359	0.0233	0.0201	0.0408	0.0394	0.034	0.0201	0.0495	0.0379	0.0495	0.031	0.0283	0.0174	0.0283	0.0292
chr3R	17212802	17212953	chr3R:17212803-17212953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0187	0.0264	0.0166	0.0011	0.0243	0.0199	0.0313	0.0011	0.0278	0.0235	0.0278	0.0163	0.0191	0.009	0.0191	0.0104
chr3R	17213351	17213569	chr3R:17213352-17213569	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.0889	0.1716	0.105	0.0191	0.1573	0.0567	0.1386	0.0191	0.2657	0.1794	0.2657	0.0596	0.1501	0.078	0.1501	0.0719
chr3R	17214398	17214619	chr3R:17214399-17214619	FBgn0004862	bap	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0974	0.0742	0.152	0.0635	0.0223	0.1476	0.0437	0.0959	0.0223	0.3007	0.1376	0.3007	0.0697	0.1325	0.0335	0.1325	0.0328
chr3R	17216830	17216981	chr3R:17216831-17216981	distal	distal	stage5	stage5	VT45197.1,bap_bap3_NR	VT45197.1,bap_bap3_NR	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0225	0.0391	0.0198	0.007	0.0148	0.0864	0.0255	0.034	0.0148	0.0405	0.018	0.0405	0.0101	0.0092	0.0045	0.0092	0.0083
chr3R	17218087	17218260	chr3R:17218088-17218260	distal	distal	stage11	stage11	VT45197.1,VT45198.1,bap_FHVME	VT45197.1,VT45198.1,bap_FHVME	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0473	0.0394	0.0772	0.0233	0.0095	0.0801	0.0277	0.0466	0.0095	0.1793	0.0595	0.1793	0.0372	0.0398	0.0168	0.0398	0.0115
chr3R	17218837	17219074	chr3R:17218838-17219074	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT45198.1,VT45199.1,bap_FHVME	VT45198.1,VT45199.1,bap_FHVME	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0463	0.0485	0.0697	0.0181	0.0127	0.1053	0.0346	0.0413	0.0127	0.189	0.0489	0.189	0.0256	0.0413	0.0148	0.0413	0.0125
chr3R	17219372	17219523	chr3R:17219373-17219523	distal	distal	none	none	VT45198.1,VT45199.1,bap_FHVME	VT45198.1,VT45199.1,bap_FHVME	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0224	0.0198	0.0344	0.012	0.0032	0.0286	0.0277	0.0173	0.0032	0.096	0.0199	0.096	0.0209	0.0268	0.0103	0.0268	0.0099
chr3R	17219592	17219743	chr3R:17219593-17219743	distal	distal	none	none	VT45199.1,bap_FHVME	VT45199.1,bap_FHVME	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0175	0.0167	0.0258	0.0092	0.0042	0.0218	0.0234	0.0187	0.0042	0.0707	0.0154	0.0707	0.0124	0.0253	0.0058	0.0253	0.0073
chr3R	17221669	17221820	chr3R:17221670-17221820	distal	distal	none	none	VT45200.1,VT45201.1	VT45200.1,VT45201.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0138	0.013	0.0157	0.0125	0.0074	0.0136	0.0173	0.0167	0.0074	0.0284	0.0135	0.0284	0.0132	0.0092	0.0052	0.0092	0.0036
chr3R	17222626	17222779	chr3R:17222627-17222779	distal	distal	none	none	Unspecified_2819,VT45201.1	Unspecified_2819,VT45201.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0174	0.0125	0.0258	0.0138	0.0021	0.0146	0.0225	0.01	0.0021	0.0598	0.0183	0.0598	0.0217	0.0383	0.0123	0.0383	0.0109
chr3R	17227657	17227808	chr3R:17227658-17227808	FBgn0263003	CG43311	none	none	lbl	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0126	0.0167	0.0159	0.0043	0.0042	0.0301	0.0169	0.0127	0.0042	0.0386	0.0113	0.0386	0.0077	0.0069	0.0026	0.0069	0.0031
chr3R	17228273	17228424	chr3R:17228274-17228424	distal	distal	none	none	lbl	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0161	0.0133	0.0231	0.0116	0.0011	0.0209	0.019	0.0087	0.0011	0.0405	0.0248	0.0405	0.0124	0.0337	0.0077	0.0337	0.0078
chr3R	17228592	17228831	chr3R:17228593-17228831	distal	distal	none	none	lbl	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0189	0.0294	0.0194	0.0106	0.018	0.0268	0.0247	0.0106	0.0604	0.0267	0.0604	0.0163	0.0391	0.0129	0.0391	0.0167
chr3R	17232609	17232815	chr3R:17232610-17232815	FBgn0038888	CheB93a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1338	0.1377	0.1418	0.1206	0.1198	0.168	0.1449	0.1672	0.1198	0.1769	0.1559	0.1769	0.134	0.1378	0.1289	0.1378	0.1355
chr3R	17232935	17233234	chr3R:17232936-17233234	FBgn0038888	CheB93a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.0911	0.0799	0.0528	0.0689	0.1073	0.0982	0.1166	0.0689	0.1063	0.0852	0.1063	0.0627	0.0643	0.0522	0.0643	0.0631
chr3R	17234194	17234553	chr3R:17234195-17234553	FBgn0051438	CheB93b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1209	0.1144	0.1642	0.0808	0.0636	0.1325	0.1449	0.1392	0.0636	0.1981	0.1842	0.1981	0.1503	0.1018	0.0903	0.1018	0.0803
chr3R	17237758	17238208	chr3R:17237759-17238208	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0574	0.053	0.0896	0.0272	0.0095	0.0641	0.0575	0.0913	0.0095	0.0658	0.108	0.0658	0.0356	0.0176	0.0219	0.0176	0.0125
chr3R	17238996	17239239	chr3R:17238997-17239239	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0276	0.0454	0.0261	0.0093	0.0265	0.0359	0.0398	0.1033	0.0265	0.0223	0.0373	0.0223	0.0124	0.0069	0.0129	0.0069	0.0089
chr3R	17240071	17240247	chr3R:17240072-17240247	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.05	0.0663	0.0654	0.0149	0.0223	0.0626	0.0783	0.1179	0.0223	0.0332	0.127	0.0332	0.017	0.01	0.0426	0.01	0.0089
chr3R	17241070	17241394	chr3R:17241071-17241394	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0504	0.0317	0.0835	0.0351	0.0064	0.0403	0.0359	0.05	0.0064	0.0616	0.1614	0.0616	0.0178	0.0199	0.1128	0.0199	0.013
chr3R	17242752	17242903	chr3R:17242753-17242903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0108	0.024	0.017	0.0032	0.0112	0.016	0.014	0.0032	0.0157	0.0434	0.0157	0.0101	0.0115	0.0451	0.0115	0.013
chr3R	17244309	17244460	chr3R:17244310-17244460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0122	0.026	0.0156	0.0032	0.0131	0.0173	0.0187	0.0032	0.0145	0.0492	0.0145	0.0101	0.0084	0.0471	0.0084	0.0104
chr3R	17245189	17245367	chr3R:17245190-17245367	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0375	0.0323	0.0673	0.0106	0.0095	0.0306	0.0454	0.05	0.0095	0.0368	0.1331	0.0368	0.0155	0.0054	0.0316	0.0054	0.0063
chr3R	17245381	17245548	chr3R:17245382-17245548	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0357	0.039	0.0551	0.0107	0.0095	0.0325	0.061	0.0573	0.0095	0.0386	0.1003	0.0386	0.0124	0.0054	0.0245	0.0054	0.0104
chr3R	17245912	17246063	chr3R:17245913-17246063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.022	0.025	0.0306	0.0092	0.0064	0.0209	0.0458	0.0247	0.0064	0.0175	0.054	0.0175	0.0163	0.0069	0.0193	0.0069	0.0073
chr3R	17246233	17246384	chr3R:17246234-17246384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.034	0.032	0.01	0.0148	0.0311	0.0571	0.0353	0.0148	0.026	0.0469	0.026	0.0279	0.0077	0.0232	0.0077	0.0073
chr3R	17246394	17246545	chr3R:17246395-17246545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0238	0.03	0.0278	0.0124	0.0074	0.0296	0.0394	0.0433	0.0074	0.0223	0.037	0.0223	0.031	0.0077	0.0232	0.0077	0.0125
chr3R	17249422	17249573	chr3R:17249423-17249573	distal	distal	none	none	lbl_heart	lbl_heart	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0224	0.0227	0.0312	0.0124	0.0085	0.0252	0.0229	0.042	0.0085	0.0308	0.0424	0.0308	0.017	0.0161	0.0206	0.0161	0.0068
chr3R	17249638	17249789	chr3R:17249639-17249789	distal	distal	none	none	lbl_heart	lbl_heart	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0191	0.0286	0.0071	0.0053	0.0189	0.0251	0.0326	0.0053	0.0405	0.0322	0.0405	0.0101	0.0107	0.011	0.0107	0.0063
chr3R	17249944	17250095	chr3R:17249945-17250095	distal	distal	none	none	lbl_heart	lbl_heart	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0142	0.0127	0.0218	0.0074	0.0032	0.0189	0.0151	0.0153	0.0032	0.0483	0.0186	0.0483	0.0085	0.0115	0.0116	0.0115	0.0083
chr3R	17251318	17251469	chr3R:17251319-17251469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0174	0.0127	0.0292	0.0096	0.0032	0.0121	0.0156	0.0213	0.0032	0.0242	0.0447	0.0242	0.0163	0.0061	0.011	0.0061	0.0073
chr3R	17252470	17252823	chr3R:17252471-17252823	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	lbl_SBM	lbl_SBM	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0561	0.0857	0.0728	0.0148	0.0791	0.051	0.0899	0.0148	0.1214	0.0875	0.1214	0.0473	0.1593	0.0322	0.1593	0.0334
chr3R	17254965	17255163	chr3R:17254966-17255163	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0229	0.0315	0.0264	0.0093	0.0106	0.0214	0.048	0.0533	0.0106	0.0236	0.0331	0.0236	0.0232	0.0107	0.0155	0.0107	0.0083
chr3R	17256711	17256886	chr3R:17256712-17256886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0342	0.0309	0.051	0.0194	0.0095	0.0354	0.0294	0.0613	0.0095	0.0616	0.0566	0.0616	0.0666	0.0199	0.0264	0.0199	0.0261
chr3R	17259959	17260241	chr3R:17259960-17260241	FBgn0008651	lbl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.16	0.0885	0.2402	0.1519	0.0244	0.1374	0.0783	0.1299	0.0244	0.2071	0.3399	0.2071	0.172	0.1386	0.2386	0.1386	0.1225
chr3R	17261944	17262126	chr3R:17261945-17262126	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45223.1	VT45223.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0359	0.0404	0.051	0.0143	0.0117	0.0529	0.0376	0.0706	0.0117	0.0682	0.0476	0.0682	0.0186	0.0115	0.02	0.0115	0.0115
chr3R	17262270	17262421	chr3R:17262271-17262421	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45223.1	VT45223.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0214	0.028	0.0274	0.0072	0.0032	0.033	0.0238	0.0573	0.0032	0.0374	0.0257	0.0374	0.0147	0.0077	0.0142	0.0077	0.0042
chr3R	17263261	17263412	chr3R:17263262-17263412	distal	distal	stage14	stage14	VT45223.1	VT45223.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0112	0.0187	0.018	0.0042	0.0112	0.0156	0.0147	0.0042	0.0181	0.0283	0.0181	0.0116	0.0115	0.0542	0.0115	0.0115
chr3R	17265946	17266163	chr3R:17265947-17266163	distal	distal	stage14	stage14	VT45225.1	VT45225.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0141	0.0354	0.0283	0.0042	0.015	0.0186	0.0207	0.0042	0.0296	0.0598	0.0296	0.0209	0.0061	0.0864	0.0061	0.0214
chr3R	17269071	17269302	chr3R:17269072-17269302	distal	distal	stage11	stage11	lbe/lbl	lbe/lbl	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0541	0.0396	0.1039	0.0155	0.0042	0.0762	0.0311	0.0493	0.0042	0.1981	0.1312	0.1981	0.0279	0.0084	0.0368	0.0084	0.013
chr3R	17269592	17269743	chr3R:17269593-17269743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0267	0.0147	0.0513	0.0131	0.0032	0.0209	0.0173	0.018	0.0032	0.1153	0.046	0.1153	0.0263	0.0176	0.0168	0.0176	0.0156
chr3R	17269761	17269912	chr3R:17269762-17269912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0274	0.0152	0.0459	0.0206	0.0064	0.0175	0.0173	0.0247	0.0064	0.0942	0.0418	0.0942	0.0287	0.0176	0.0245	0.0176	0.0354
chr3R	17272125	17272358	chr3R:17272126-17272358	FBgn0011278	lbe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2328	0.2161	0.2934	0.1851	0.1421	0.2607	0.2167	0.3171	0.1421	0.3774	0.3312	0.3774	0.2587	0.2083	0.2315	0.2083	0.2074
chr3R	17273385	17273736	chr3R:17273386-17273736	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0835	0.1407	0.0907	0.0116	0.0742	0.1257	0.1349	0.2898	0.0742	0.0483	0.1666	0.0483	0.0372	0.0115	0.0148	0.0115	0.0104
chr3R	17276169	17276497	chr3R:17276170-17276497	distal	distal	none	none	VT45229.1	VT45229.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0257	0.0569	0.0277	0.0064	0.035	0.032	0.034	0.0064	0.0489	0.0952	0.0489	0.0287	0.0375	0.0606	0.0375	0.0135
chr3R	17278462	17278640	chr3R:17278463-17278640	distal	distal	stage11	stage11	VT45230.1	VT45230.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0231	0.041	0.0136	0.0042	0.0277	0.0221	0.042	0.0042	0.0326	0.0344	0.0326	0.0101	0.0061	0.0064	0.0061	0.0073
chr3R	17280864	17281136	chr3R:17280865-17281136	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0409	0.047	0.059	0.0143	0.0085	0.0927	0.0363	0.0513	0.0085	0.0906	0.0785	0.0906	0.0263	0.026	0.02	0.026	0.0099
chr3R	17282656	17282848	chr3R:17282657-17282848	distal	distal	stage11	stage11	VT45233.1	VT45233.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0349	0.0227	0.0558	0.0255	0.0095	0.0286	0.0229	0.0366	0.0095	0.0374	0.1019	0.0374	0.0256	0.013	0.0774	0.013	0.0115
chr3R	17283219	17283370	chr3R:17283220-17283370	distal	distal	none	none	VT45233.1	VT45233.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0145	0.0197	0.0143	0.0064	0.016	0.019	0.0193	0.0064	0.0127	0.0244	0.0127	0.0155	0.0084	0.0135	0.0084	0.0094
chr3R	17283440	17283591	chr3R:17283441-17283591	distal	distal	none	none	VT45233.1	VT45233.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0176	0.0211	0.0089	0.0085	0.0189	0.0225	0.0247	0.0085	0.0199	0.0238	0.0199	0.0116	0.0061	0.009	0.0061	0.0063
chr3R	17284216	17284505	chr3R:17284217-17284505	distal	distal	stage5	stage5	VT45233.1	VT45233.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0554	0.1167	0.0363	0.0078	0.0732	0.0714	0.122	0.2638	0.0732	0.0296	0.0627	0.0296	0.0147	0.0054	0.0123	0.0054	0.0047
chr3R	17285788	17285973	chr3R:17285789-17285973	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.133	0.1282	0.178	0.089	0.0742	0.1534	0.141	0.1845	0.0742	0.2289	0.2203	0.2289	0.1294	0.0881	0.1109	0.0881	0.0589
chr3R	17291775	17292157	chr3R:17291776-17292157	FBgn0263407	CR43453	none	none	VT45238.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0398	0.0658	0.0424	0.0078	0.0392	0.0466	0.0761	0.1306	0.0392	0.0272	0.0698	0.0272	0.0155	0.0054	0.0097	0.0054	0.0057
chr3R	17292705	17292856	chr3R:17292706-17292856	distal	distal	stage11	stage11	VT45238.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0249	0.0209	0.0419	0.0106	0.0064	0.0272	0.0272	0.0253	0.0064	0.0308	0.0736	0.0308	0.0155	0.01	0.0232	0.01	0.0068
chr3R	17292921	17293072	chr3R:17292922-17293072	distal	distal	stage11	stage11	VT45238.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0143	0.0234	0.0097	0.0064	0.0136	0.0225	0.0173	0.0064	0.0175	0.0399	0.0175	0.0132	0.0054	0.0245	0.0054	0.0068
chr3R	17294379	17294530	chr3R:17294380-17294530	distal	distal	none	none	VT45239.1	VT45239.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0215	0.0176	0.0365	0.0093	0.0021	0.0194	0.0208	0.032	0.0021	0.0121	0.0749	0.0121	0.0101	0.0107	0.0129	0.0107	0.0115
chr3R	17294819	17294970	chr3R:17294820-17294970	distal	distal	none	none	VT45239.1	VT45239.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0167	0.0142	0.0206	0.0152	0.0042	0.017	0.019	0.0167	0.0042	0.0236	0.0296	0.0236	0.0132	0.0391	0.0187	0.0391	0.0089
chr3R	17295082	17295233	chr3R:17295083-17295233	distal	distal	none	none	VT45239.1,VT45240.1	VT45239.1,VT45240.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0192	0.0183	0.0222	0.0169	0.0074	0.0238	0.026	0.018	0.0074	0.0242	0.0318	0.0242	0.017	0.0329	0.0213	0.0329	0.0109
chr3R	17296121	17296500	chr3R:17296122-17296500	distal	distal	none	none	VT45240.1	VT45240.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0535	0.0485	0.0621	0.0499	0.0159	0.0646	0.0528	0.0666	0.0159	0.0326	0.0537	0.0326	0.0232	0.013	0.0135	0.013	0.0151
chr3R	17296823	17296988	chr3R:17296824-17296988	distal	distal	none	none	VT45240.1	VT45240.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0278	0.0273	0.0244	0.0095	0.0301	0.0311	0.0433	0.0095	0.0145	0.0241	0.0145	0.0093	0.0207	0.0097	0.0207	0.0141
chr3R	17297064	17297250	chr3R:17297065-17297250	distal	distal	none	none	VT45240.1	VT45240.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0193	0.0132	0.0195	0.0258	0.0053	0.0165	0.0108	0.0213	0.0053	0.0163	0.0167	0.0163	0.0085	0.0436	0.0084	0.0436	0.0141
chr3R	17300181	17300332	chr3R:17300182-17300332	distal	distal	none	none	VT45242.1	VT45242.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0165	0.0166	0.0103	0.0021	0.0189	0.0234	0.0233	0.0021	0.0127	0.0235	0.0127	0.0147	0.0061	0.0303	0.0061	0.0042
chr3R	17302363	17302514	chr3R:17302364-17302514	distal	distal	none	none	VT45243.1,VT45244.1	VT45243.1,VT45244.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.018	0.0319	0.0154	0.0053	0.018	0.017	0.0545	0.0433	0.018	0.0085	0.0267	0.0085	0.0108	0.0038	0.0097	0.0038	0.0042
chr3R	17303806	17304008	chr3R:17303807-17304008	distal	distal	stage5	stage5	VT45244.1	VT45244.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0408	0.0894	0.0217	0.0074	0.0912	0.0573	0.1151	0.1452	0.0912	0.0163	0.0354	0.0163	0.0116	0.01	0.0097	0.01	0.0057
chr3R	17304239	17304390	chr3R:17304240-17304390	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45244.1	VT45244.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0244	0.0285	0.0352	0.0081	0.0095	0.0282	0.0355	0.0493	0.0095	0.0223	0.065	0.0223	0.0124	0.0123	0.0103	0.0123	0.0068
chr3R	17306606	17306757	chr3R:17306607-17306757	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.013	0.0138	0.0276	0.0053	0.0102	0.0208	0.0173	0.0053	0.0169	0.0138	0.0169	0.017	0.0881	0.0155	0.0881	0.0219
chr3R	17307399	17307550	chr3R:17307400-17307550	FBgn0038889	CG7922	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0412	0.03	0.0518	0.0422	0.0148	0.0369	0.0337	0.0433	0.0148	0.0562	0.0582	0.0562	0.0589	0.0758	0.0432	0.0758	0.037
chr3R	17307693	17307881	chr3R:17307694-17307881	FBgn0038889	CG7922	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1562	0.1175	0.2102	0.1401	0.0817	0.1597	0.112	0.1599	0.0817	0.256	0.2254	0.256	0.2262	0.1677	0.1296	0.1677	0.1751
chr3R	17307883	17308094	chr3R:17307884-17308094	FBgn0038889	CG7922	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1387	0.1081	0.1796	0.1281	0.0657	0.1505	0.0978	0.1579	0.0657	0.2228	0.1955	0.2228	0.1844	0.1493	0.1348	0.1493	0.1558
chr3R	17308246	17308469	chr3R:17308247-17308469	FBgn0038889	CG7922	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0355	0.0551	0.0329	0.0127	0.0427	0.042	0.0486	0.0127	0.0731	0.0614	0.0731	0.0542	0.0337	0.0438	0.0337	0.038
chr3R	17313237	17313420	chr3R:17313238-17313420	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0466	0.0694	0.0426	0.0308	0.0563	0.0554	0.054	0.0308	0.0864	0.0797	0.0864	0.0674	0.0421	0.0393	0.0421	0.0558
chr3R	17313544	17313797	chr3R:17313545-17313797	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1449	0.1322	0.174	0.1271	0.0965	0.1597	0.1423	0.1712	0.0965	0.1993	0.1945	0.1993	0.1634	0.1325	0.127	0.1325	0.1428
chr3R	17313907	17314103	chr3R:17313908-17314103	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0529	0.046	0.0695	0.0425	0.0308	0.0544	0.0467	0.072	0.0308	0.0525	0.0923	0.0525	0.0751	0.0368	0.0464	0.0368	0.0505
chr3R	17314191	17314342	chr3R:17314192-17314342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0248	0.0292	0.0152	0.0159	0.0262	0.0281	0.0386	0.0159	0.0248	0.0402	0.0248	0.0263	0.0153	0.0174	0.0153	0.0162
chr3R	17319198	17319349	chr3R:17319199-17319349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0195	0.0178	0.0199	0.0209	0.017	0.0165	0.0229	0.0213	0.017	0.0145	0.0318	0.0145	0.0155	0.013	0.04	0.013	0.0313
chr3R	17319563	17320024	chr3R:17319564-17320024	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.072	0.1266	0.0511	0.0338	0.1347	0.067	0.2236	0.1319	0.1347	0.0453	0.0768	0.0453	0.0403	0.0207	0.0464	0.0207	0.0615
chr3R	17324982	17325188	chr3R:17324983-17325188	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.1128	0.1203	0.1335	0.0819	0.0859	0.1257	0.1397	0.1812	0.0859	0.1582	0.1514	0.1582	0.0999	0.1126	0.0954	0.1126	0.0448
chr3R	17325257	17325505	chr3R:17325258-17325505	FBgn0004863	C15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2019	0.1812	0.2551	0.1666	0.105	0.2233	0.1678	0.3058	0.105	0.2597	0.3486	0.2597	0.1921	0.1838	0.2424	0.1838	0.0886
chr3R	17326960	17327111	chr3R:17326961-17327111	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	C15	C15	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0152	0.0313	0.0182	0.0074	0.0146	0.0173	0.026	0.0074	0.0193	0.0547	0.0193	0.0178	0.0092	0.0535	0.0092	0.0099
chr3R	17327159	17327310	chr3R:17327160-17327310	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	C15	C15	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0148	0.0269	0.0209	0.0085	0.0126	0.0182	0.0227	0.0085	0.0193	0.0444	0.0193	0.0194	0.0092	0.0645	0.0092	0.0099
chr3R	17329779	17329930	chr3R:17329780-17329930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.015	0.0203	0.0187	0.0064	0.016	0.0186	0.0213	0.0064	0.0151	0.0322	0.0151	0.0163	0.0046	0.0477	0.0046	0.0177
chr3R	17331762	17331941	chr3R:17331763-17331941	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	C15_350-2	C15_350-2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0472	0.0365	0.0092	0.0414	0.0306	0.0506	0.0913	0.0414	0.0181	0.0617	0.0181	0.0333	0.0031	0.0187	0.0031	0.0089
chr3R	17332067	17332344	chr3R:17332068-17332344	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	C15_350-2	C15_350-2	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0451	0.0758	0.048	0.0075	0.0488	0.0549	0.0839	0.1519	0.0488	0.0181	0.0884	0.0181	0.0287	0.0038	0.0135	0.0038	0.0057
chr3R	17336742	17336965	chr3R:17336743-17336965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0436	0.0206	0.0623	0.0489	0.0042	0.0277	0.0234	0.0286	0.0042	0.1075	0.0495	0.1075	0.0201	0.0222	0.0161	0.0222	0.024
chr3R	17338767	17338918	chr3R:17338768-17338918	distal	distal	none	none	VT45262.1	VT45262.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.0163	0.0274	0.0124	0.0032	0.0155	0.0234	0.022	0.0032	0.0145	0.0405	0.0145	0.0163	0.0061	0.0103	0.0061	0.0078
chr3R	17341875	17342026	chr3R:17341876-17342026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0373	0.0265	0.0124	0.0276	0.0277	0.0627	0.0413	0.0276	0.0163	0.0322	0.0163	0.0155	0.0077	0.011	0.0077	0.0063
chr3R	17342105	17342256	chr3R:17342106-17342256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0174	0.0264	0.0168	0.0079	0.0138	0.018	0.0493	0.0273	0.0138	0.0139	0.0209	0.0139	0.0124	0.0054	0.009	0.0054	0.0047
chr3R	17343009	17343160	chr3R:17343010-17343160	distal	distal	stage14	stage14	VT45265.1	VT45265.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0173	0.0195	0.0213	0.0074	0.0141	0.029	0.0227	0.0074	0.0151	0.0135	0.0151	0.0139	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr3R	17343167	17343318	chr3R:17343168-17343318	distal	distal	stage14	stage14	VT45265.1	VT45265.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0142	0.0223	0.021	0.0011	0.0141	0.0234	0.0167	0.0011	0.0121	0.0119	0.0121	0.0155	0.0084	0.0064	0.0084	0.0099
chr3R	17346066	17346257	chr3R:17346067-17346257	FBgn0038890	CG7956	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1195	0.1759	0.1383	0.0742	0.1364	0.1315	0.1752	0.0742	0.2089	0.1932	0.2089	0.1774	0.1378	0.1438	0.1378	0.1558
chr3R	17346544	17346754	chr3R:17346545-17346754	FBgn0038890	CG7956	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1783	0.1742	0.2016	0.1571	0.1506	0.1869	0.2085	0.2298	0.1506	0.25	0.2148	0.25	0.1952	0.1616	0.1593	0.1616	0.1657
chr3R	17346994	17347154	chr3R:17346995-17347154	FBgn0038890	CG7956	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.06	0.0604	0.069	0.0497	0.0329	0.0675	0.0709	0.0926	0.0329	0.0912	0.0743	0.0912	0.0674	0.0521	0.058	0.0521	0.0505
chr3R	17353937	17354088	chr3R:17353938-17354088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0197	0.0259	0.0188	0.0138	0.0127	0.0369	0.032	0.0247	0.0127	0.0266	0.0206	0.0266	0.0116	0.0176	0.0084	0.0176	0.0109
chr3R	17354342	17354620	chr3R:17354343-17354620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0341	0.0329	0.0398	0.0291	0.0074	0.0505	0.042	0.0313	0.0074	0.0568	0.0322	0.0568	0.0294	0.0199	0.0129	0.0199	0.0167
chr3R	17356548	17356866	chr3R:17356549-17356866	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0504	0.0894	0.0401	0.0182	0.0594	0.0937	0.0986	0.1372	0.0594	0.0399	0.0399	0.0399	0.0209	0.0092	0.0116	0.0092	0.0156
chr3R	17357199	17357350	chr3R:17357200-17357350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.015	0.0166	0.0178	0.0011	0.0136	0.0229	0.024	0.0011	0.0127	0.008	0.0127	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0026
chr3R	17358839	17358990	chr3R:17358840-17358990	FBgn0263130	CR43372	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0159	0.0155	0.0211	0.0109	0.0053	0.0218	0.0173	0.0207	0.0053	0.0513	0.0141	0.0513	0.0077	0.01	0.0116	0.01	0.0104
chr3R	17359471	17359622	chr3R:17359472-17359622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.0126	0.0181	0.0114	0.0021	0.0155	0.0212	0.0113	0.0021	0.0254	0.018	0.0254	0.0132	0.023	0.009	0.023	0.0083
chr3R	17360061	17360254	chr3R:17360062-17360254	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.0214	0.041	0.0393	0.0042	0.0291	0.0221	0.0326	0.0042	0.0519	0.0215	0.0519	0.0101	0.0138	0.0084	0.0138	0.013
chr3R	17360720	17360986	chr3R:17360721-17360986	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0677	0.0951	0.0791	0.0245	0.017	0.1461	0.0385	0.2132	0.017	0.1153	0.0505	0.1153	0.0178	0.0123	0.0148	0.0123	0.0078
chr3R	17361346	17361497	chr3R:17361347-17361497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0282	0.0212	0.0104	0.0095	0.035	0.0208	0.0593	0.0095	0.0314	0.0164	0.0314	0.0039	0.0031	0.0071	0.0031	0.001
chr3R	17361618	17361769	chr3R:17361619-17361769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0176	0.026	0.0155	0.0106	0.0209	0.0212	0.0227	0.0106	0.0217	0.0151	0.0217	0.0085	0.0054	0.0052	0.0054	0.0052
chr3R	17361776	17361927	chr3R:17361777-17361927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0138	0.0237	0.0164	0.0074	0.0165	0.0195	0.0147	0.0074	0.0223	0.0135	0.0223	0.0085	0.0046	0.0064	0.0046	0.0042
chr3R	17363904	17364055	chr3R:17363905-17364055	distal	distal	none	none	VT45276.1	VT45276.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0142	0.0202	0.0071	0.0021	0.015	0.0212	0.018	0.0021	0.0169	0.0138	0.0169	0.007	0.0069	0.0032	0.0069	0.0063
chr3R	17365432	17365583	chr3R:17365433-17365583	distal	distal	none	none	VT45276.1	VT45276.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0194	0.0285	0.0208	0.0078	0.0117	0.0573	0.0234	0.0266	0.0117	0.0223	0.018	0.0223	0.0155	0.0038	0.0058	0.0038	0.0042
chr3R	17367446	17367610	chr3R:17367447-17367610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0218	0.0325	0.0235	0.0079	0.018	0.0257	0.0394	0.064	0.018	0.0121	0.0277	0.0121	0.007	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chr3R	17368020	17368171	chr3R:17368021-17368171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0222	0.0175	0.0085	0.0106	0.0209	0.029	0.0326	0.0106	0.0091	0.0161	0.0091	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0094
chr3R	17369984	17370143	chr3R:17369985-17370143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0096	0.0141	0.0207	0.0042	0.0044	0.0182	0.014	0.0042	0.0079	0.0071	0.0079	0.007	0.0046	0.0039	0.0046	0.0089
chr3R	17370427	17370578	chr3R:17370428-17370578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.012	0.017	0.0132	0.0064	0.0146	0.016	0.0113	0.0064	0.0103	0.0109	0.0103	0.0054	0.0046	0.0052	0.0046	0.0104
chr3R	17371198	17371365	chr3R:17371199-17371365	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.008	0.0143	0.0274	0.0032	0.0126	0.0078	0.0107	0.0032	0.0054	0.0068	0.0054	0.0101	0.0031	0.0032	0.0031	0.0073
chr3R	17371887	17372038	chr3R:17371888-17372038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0125	0.0176	0.0191	0.0053	0.0107	0.0199	0.0153	0.0053	0.0145	0.0122	0.0145	0.0124	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chr3R	17372227	17372378	chr3R:17372228-17372378	distal	distal	none	none	VT45281.1	VT45281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0088	0.0133	0.0146	0.0095	0.0073	0.013	0.0093	0.0095	0.0109	0.0129	0.0109	0.0116	0.0054	0.0077	0.0054	0.0068
chr3R	17374019	17374281	chr3R:17374020-17374281	distal	distal	stage5	stage5	VT45281.1	VT45281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0229	0.0313	0.0266	0.0095	0.0212	0.0286	0.0337	0.0533	0.0212	0.0278	0.0241	0.0278	0.0101	0.0084	0.0052	0.0084	0.0036
chr3R	17377400	17377551	chr3R:17377401-17377551	distal	distal	stage14	stage14	VT45283.1	VT45283.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0062	0.0114	0.0265	0	0.0083	0.0087	0.0067	0	0.0133	0.0087	0.0133	0.0062	0.0054	0.0039	0.0054	0.0078
chr3R	17382784	17383101	chr3R:17382785-17383101	FBgn0002941	slou	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.12	0.109	0.1618	0.0865	0.0562	0.1447	0.0965	0.1726	0.0562	0.2264	0.1643	0.2264	0.0565	0.0712	0.0322	0.0712	0.049
chr3R	17383173	17383344	chr3R:17383174-17383344	FBgn0002941	slou	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0476	0.0545	0.0613	0.0251	0.0308	0.0757	0.0484	0.0813	0.0308	0.0845	0.0656	0.0845	0.0155	0.0153	0.0123	0.0153	0.013
chr3R	17383732	17383883	chr3R:17383733-17383883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0354	0.0369	0.0445	0.0237	0.0233	0.0471	0.0407	0.0453	0.0233	0.067	0.0498	0.067	0.0116	0.0276	0.011	0.0276	0.012
chr3R	17387037	17387282	chr3R:17387038-17387282	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0593	0.0648	0.066	0.0458	0.0308	0.0767	0.0761	0.0859	0.0308	0.0876	0.055	0.0876	0.0488	0.0268	0.0174	0.0268	0.0318
chr3R	17387387	17387598	chr3R:17387388-17387598	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1161	0.1208	0.1368	0.0883	0.052	0.1694	0.1159	0.1746	0.052	0.1914	0.1212	0.1914	0.0713	0.072	0.0335	0.072	0.0552
chr3R	17387724	17387907	chr3R:17387725-17387907	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0377	0.0454	0.0475	0.0185	0.0148	0.0612	0.0489	0.0626	0.0148	0.0749	0.0405	0.0749	0.0225	0.0184	0.0064	0.0184	0.0068
chr3R	17391163	17391314	chr3R:17391164-17391314	distal	distal	none	none	slou_SK16	slou_SK16	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0165	0.01	0.0226	0.017	0.0021	0.0126	0.013	0.012	0.0021	0.0483	0.018	0.0483	0.0132	0.0513	0.0084	0.0513	0.0057
chr3R	17392150	17392470	chr3R:17392151-17392470	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0652	0.0607	0.0901	0.0428	0.0085	0.1199	0.0415	0.0766	0.0085	0.2536	0.0505	0.2536	0.0534	0.0995	0.0284	0.0995	0.0412
chr3R	17392822	17392996	chr3R:17392823-17392996	distal	distal	stage14	stage14	slou_SK10	slou_SK10	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0272	0.0178	0.0392	0.0245	0.0064	0.0311	0.0203	0.0147	0.0064	0.119	0.0219	0.119	0.0178	0.0459	0.0168	0.0459	0.036
chr3R	17393145	17393296	chr3R:17393146-17393296	distal	distal	stage14	stage14	slou_SK10	slou_SK10	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0184	0.0125	0.0242	0.0187	0.0021	0.0117	0.0195	0.018	0.0021	0.0652	0.0177	0.0652	0.0108	0.0406	0.0226	0.0406	0.0167
chr3R	17395414	17395565	chr3R:17395415-17395565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0186	0.0147	0.0236	0.0175	0.0074	0.0165	0.0169	0.0233	0.0074	0.0507	0.0219	0.0507	0.0124	0.0276	0.0148	0.0276	0.0198
chr3R	17405548	17405699	chr3R:17405549-17405699	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0363	0.0459	0.0252	0.017	0.0432	0.0458	0.0493	0.017	0.0507	0.055	0.0507	0.0403	0.0345	0.0355	0.0345	0.0214
chr3R	17405921	17406115	chr3R:17405922-17406115	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1695	0.1706	0.1951	0.1404	0.1007	0.1966	0.199	0.2272	0.1007	0.2234	0.2209	0.2234	0.1967	0.1654	0.1464	0.1654	0.1563
chr3R	17406225	17406418	chr3R:17406226-17406418	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0751	0.0856	0.0827	0.055	0.0647	0.0801	0.1068	0.1186	0.0647	0.0864	0.0939	0.0864	0.0829	0.0727	0.0529	0.0727	0.0537
chr3R	17406439	17406611	chr3R:17406440-17406611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0715	0.048	0.0269	0.053	0.0524	0.0973	0.1079	0.053	0.0417	0.0576	0.0417	0.0511	0.0237	0.0329	0.0237	0.0287
chr3R	17407418	17407630	chr3R:17407419-17407630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0579	0.0702	0.0552	0.0472	0.0445	0.0752	0.0843	0.0959	0.0445	0.055	0.0614	0.055	0.0449	0.0245	0.0458	0.0245	0.0292
chr3R	17407706	17407898	chr3R:17407707-17407898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0524	0.0614	0.0536	0.0409	0.0456	0.0612	0.0718	0.0913	0.0456	0.0628	0.0662	0.0628	0.031	0.0429	0.0464	0.0429	0.0276
chr3R	17407963	17408145	chr3R:17407964-17408145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0767	0.08	0.0848	0.0642	0.0541	0.0845	0.0882	0.1146	0.0541	0.099	0.1061	0.099	0.0573	0.062	0.0922	0.062	0.0391
chr3R	17408478	17408656	chr3R:17408479-17408656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0377	0.0366	0.0398	0.0366	0.0148	0.05	0.0398	0.044	0.0148	0.032	0.0441	0.032	0.0627	0.0161	0.0613	0.0161	0.0558
chr3R	17409348	17409499	chr3R:17409349-17409499	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0229	0.0319	0.0437	0.0117	0.0316	0.0272	0.0253	0.0117	0.0272	0.0511	0.0272	0.0194	0.0092	0.1515	0.0092	0.0219
chr3R	17409713	17409864	chr3R:17409714-17409864	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0204	0.0223	0.0253	0.0095	0.0214	0.0303	0.0233	0.0095	0.0175	0.0328	0.0175	0.0163	0.0069	0.0799	0.0069	0.0146
chr3R	17412088	17412239	chr3R:17412089-17412239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0202	0.0141	0.0239	0.023	0.0042	0.0214	0.0173	0.0147	0.0042	0.0163	0.0341	0.0163	0.024	0.01	0.0606	0.01	0.0167
chr3R	17412853	17413004	chr3R:17412854-17413004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0302	0.0346	0.0341	0.0209	0.0191	0.0427	0.045	0.038	0.0191	0.0272	0.0405	0.0272	0.0496	0.013	0.0284	0.013	0.0318
chr3R	17415644	17415927	chr3R:17415645-17415927	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	InR_P3_1322bp	InR_P3_1322bp	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1543	0.1371	0.189	0.1356	0.0753	0.2039	0.138	0.1606	0.0753	0.2929	0.172	0.2929	0.261	0.1715	0.109	0.1715	0.2548
chr3R	17416274	17416425	chr3R:17416275-17416425	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	InR_P3_1322bp	InR_P3_1322bp	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0377	0.0315	0.0468	0.0345	0.0106	0.0427	0.0376	0.036	0.0106	0.0411	0.0312	0.0411	0.1356	0.0222	0.0181	0.0222	0.0771
chr3R	17416641	17416948	chr3R:17416642-17416948	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	InR_P3_1322bp	InR_P3_1322bp	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0669	0.0476	0.083	0.0707	0.0212	0.0854	0.0441	0.046	0.0212	0.0803	0.0576	0.0803	0.2231	0.0383	0.0393	0.0383	0.1694
chr3R	17417165	17417316	chr3R:17417166-17417316	distal	distal	none	none	InR_P3_1322bp	InR_P3_1322bp	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0376	0.0292	0.0476	0.0359	0.0159	0.0417	0.0298	0.0346	0.0159	0.0543	0.0424	0.0543	0.0852	0.0268	0.0219	0.0268	0.0792
chr3R	17419401	17419552	chr3R:17419402-17419552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0365	0.0396	0.021	0.0212	0.0379	0.0554	0.0373	0.0212	0.0543	0.0293	0.0543	0.0457	0.0191	0.0187	0.0191	0.0271
chr3R	17419568	17419800	chr3R:17419569-17419800	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0597	0.0699	0.0366	0.035	0.065	0.0817	0.0673	0.035	0.0936	0.0653	0.0936	0.0751	0.036	0.04	0.036	0.0469
chr3R	17419833	17420017	chr3R:17419834-17420017	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0633	0.0699	0.0726	0.0457	0.0445	0.0908	0.0865	0.074	0.0445	0.1081	0.065	0.1081	0.0891	0.0666	0.0451	0.0666	0.0589
chr3R	17420443	17420594	chr3R:17420444-17420594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0374	0.0396	0.0331	0.0395	0.0297	0.0442	0.0549	0.04	0.0297	0.0501	0.028	0.0501	0.0232	0.0865	0.0342	0.0865	0.0401
chr3R	17423927	17424166	chr3R:17423928-17424166	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0476	0.0383	0.0539	0.051	0.0191	0.0558	0.0463	0.0373	0.0191	0.0851	0.0553	0.0851	0.0387	0.0613	0.0838	0.0613	0.0558
chr3R	17424399	17424624	chr3R:17424400-17424624	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1327	0.125	0.1836	0.0854	0.0785	0.1718	0.1107	0.1825	0.0785	0.2434	0.1865	0.2434	0.1751	0.0827	0.118	0.0827	0.0985
chr3R	17424912	17425063	chr3R:17424913-17425063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0348	0.0324	0.0456	0.0258	0.0191	0.0461	0.0342	0.0386	0.0191	0.055	0.0543	0.055	0.0356	0.0191	0.0426	0.0191	0.0276
chr3R	17425393	17425819	chr3R:17425394-17425819	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1096	0.0904	0.1508	0.0861	0.0445	0.1442	0.0796	0.1146	0.0445	0.2107	0.1865	0.2107	0.0736	0.0544	0.136	0.0544	0.1084
chr3R	17427339	17427490	chr3R:17427340-17427490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0451	0.0376	0.0681	0.0281	0.0148	0.0617	0.0376	0.0426	0.0148	0.1528	0.0473	0.1528	0.0674	0.0513	0.0219	0.0513	0.0406
chr3R	17430367	17430518	chr3R:17430368-17430518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0165	0.0317	0.0624	0.0106	0.0184	0.0229	0.0173	0.0106	0.0332	0.0344	0.0332	0.0442	0.0704	0.0696	0.0704	0.0651
chr3R	17431148	17431624	chr3R:17431149-17431624	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.3747	0.3605	0.4443	0.314	0.2789	0.4539	0.3867	0.4557	0.2789	0.5507	0.4727	0.5507	0.4067	0.33	0.2927	0.33	0.3215
chr3R	17432180	17432331	chr3R:17432181-17432331	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0587	0.0707	0.0548	0.0497	0.0414	0.0772	0.0826	0.1033	0.0414	0.0568	0.0424	0.0568	0.0426	0.0375	0.0219	0.0375	0.0349
chr3R	17432455	17432770	chr3R:17432456-17432770	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2002	0.2526	0.2018	0.14	0.2227	0.2927	0.2915	0.3118	0.2227	0.2518	0.1765	0.2518	0.1867	0.1409	0.0883	0.1409	0.1084
chr3R	17437562	17437791	chr3R:17437563-17437791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1146	0.1922	0.1079	0.0354	0.1792	0.2044	0.2448	0.2192	0.1792	0.2023	0.109	0.2023	0.062	0.0222	0.0387	0.0222	0.0427
chr3R	17439024	17439345	chr3R:17439025-17439345	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2252	0.2177	0.2547	0.2012	0.1813	0.2917	0.2435	0.2252	0.1813	0.343	0.2527	0.343	0.3362	0.2305	0.176	0.2305	0.3121
chr3R	17440880	17441066	chr3R:17440881-17441066	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0314	0.0537	0.0756	0.0159	0.0413	0.0407	0.032	0.0159	0.0894	0.0418	0.0894	0.0821	0.1072	0.0464	0.1072	0.1449
chr3R	17441760	17441975	chr3R:17441761-17441975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1185	0.13	0.1231	0.1005	0.0976	0.1592	0.1497	0.1592	0.0976	0.1383	0.1206	0.1383	0.189	0.1309	0.0735	0.1309	0.1506
chr3R	17442015	17442226	chr3R:17442016-17442226	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1864	0.2268	0.1944	0.1326	0.1813	0.2675	0.253	0.2945	0.1813	0.2126	0.219	0.2126	0.2471	0.1371	0.1231	0.1371	0.1824
chr3R	17442484	17442635	chr3R:17442485-17442635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0726	0.0879	0.0702	0.0581	0.0371	0.115	0.093	0.1272	0.0371	0.1129	0.0685	0.1129	0.0658	0.1485	0.0432	0.1485	0.0516
chr3R	17444126	17444348	chr3R:17444127-17444348	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.2082	0.2035	0.2386	0.1801	0.1506	0.2451	0.234	0.2478	0.1506	0.2826	0.2678	0.2826	0.244	0.1746	0.1728	0.1746	0.2079
chr3R	17444612	17444830	chr3R:17444613-17444830	FBgn0013984	InR	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1559	0.1452	0.1815	0.14	0.1029	0.1816	0.1696	0.1619	0.1029	0.2343	0.1897	0.2343	0.1774	0.1531	0.1277	0.1531	0.1746
chr3R	17444966	17445209	chr3R:17444967-17445209	FBgn0013984	InR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3036	0.2814	0.3541	0.2731	0.2259	0.3563	0.2924	0.3604	0.2259	0.4378	0.3714	0.4378	0.3486	0.2994	0.2824	0.2994	0.3111
chr3R	17445573	17445787	chr3R:17445574-17445787	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1585	0.1398	0.1882	0.1468	0.106	0.166	0.1548	0.1845	0.106	0.2216	0.2087	0.2216	0.1828	0.1363	0.1593	0.1363	0.1886
chr3R	17447328	17447623	chr3R:17447329-17447623	FBgn0262405	mir-998	stage14,stage5	none	VT45319.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0908	0.1191	0.0849	0.0657	0.1166	0.1175	0.1587	0.1292	0.1166	0.1184	0.0791	0.1184	0.0821	0.0896	0.0484	0.0896	0.1199
chr3R	17450427	17450578	chr3R:17450428-17450578	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0232	0.0242	0.0189	0.0269	0.017	0.0199	0.0311	0.0373	0.017	0.0181	0.0193	0.0181	0.0209	0.0827	0.0148	0.0827	0.0172
chr3R	17451988	17452194	chr3R:17451989-17452194	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0673	0.0703	0.0779	0.0524	0.0414	0.0733	0.0835	0.1033	0.0414	0.1214	0.0736	0.1214	0.0844	0.0965	0.0529	0.0965	0.0651
chr3R	17452304	17452499	chr3R:17452305-17452499	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1257	0.1385	0.1359	0.1003	0.0827	0.166	0.157	0.1879	0.0827	0.2264	0.1199	0.2264	0.1565	0.1845	0.0986	0.1845	0.135
chr3R	17454550	17454701	chr3R:17454551-17454701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0487	0.082	0.0374	0.0238	0.07	0.0578	0.1211	0.1059	0.07	0.0242	0.0441	0.0242	0.0434	0.0123	0.038	0.0123	0.0318
chr3R	17455421	17455729	chr3R:17455422-17455729	distal	distal	none	none	VT45323.1	VT45323.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0634	0.0413	0.0631	0.0884	0.0297	0.0587	0.035	0.0586	0.0297	0.0356	0.0617	0.0356	0.1565	0.0345	0.1096	0.0345	0.1636
chr3R	17456102	17456298	chr3R:17456103-17456298	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT45323.1	VT45323.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.0991	0.1157	0.1099	0.07	0.1058	0.122	0.1319	0.07	0.1498	0.1293	0.1498	0.0999	0.1248	0.1251	0.1248	0.1152
chr3R	17456401	17456572	chr3R:17456402-17456572	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT45323.1	VT45323.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1655	0.1466	0.191	0.1588	0.1092	0.1767	0.151	0.2112	0.1092	0.247	0.2315	0.247	0.11	0.1914	0.1644	0.1914	0.1381
chr3R	17457554	17457705	chr3R:17457555-17457705	distal	distal	none	none	VT45323.1	VT45323.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0587	0.0459	0.0761	0.0538	0.0297	0.0563	0.0497	0.0633	0.0297	0.0851	0.0704	0.0851	0.1348	0.0712	0.0516	0.0712	0.0771
chr3R	17458067	17458265	chr3R:17458068-17458265	distal	distal	none	none	E2f_p-440E2Fbluc	E2f_p-440E2Fbluc	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1043	0.0806	0.1169	0.117	0.0594	0.0947	0.0856	0.1199	0.0594	0.122	0.1264	0.122	0.1441	0.1141	0.1212	0.1141	0.1553
chr3R	17458402	17458615	chr3R:17458403-17458615	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	E2f_p-440E2Fbluc	E2f_p-440E2Fbluc	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.185	0.1479	0.2364	0.17	0.0795	0.2034	0.141	0.2172	0.0795	0.2585	0.2514	0.2585	0.2804	0.1746	0.1792	0.1746	0.2001
chr3R	17458758	17458967	chr3R:17458759-17458967	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	E2f_DRE-Eb,E2f_p-440E2Fbluc	E2f_DRE-Eb,E2f_p-440E2Fbluc	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2228	0.1888	0.2749	0.2037	0.1294	0.2388	0.2059	0.2412	0.1294	0.3285	0.2871	0.3285	0.2827	0.1914	0.2121	0.1914	0.2548
chr3R	17459268	17459523	chr3R:17459269-17459523	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45325.1	VT45325.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1695	0.0996	0.2119	0.2012	0.0562	0.1563	0.0861	0.1292	0.0562	0.1957	0.209	0.1957	0.2959	0.1256	0.1889	0.1256	0.2856
chr3R	17462933	17463172	chr3R:17462934-17463172	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1092	0.1345	0.1282	0.0603	0.106	0.1374	0.1596	0.1885	0.106	0.0586	0.1952	0.0586	0.127	0.0314	0.1309	0.0314	0.0636
chr3R	17464174	17464492	chr3R:17464175-17464492	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.2571	0.2357	0.0499	0.2291	0.2733	0.2872	0.3531	0.2291	0.2633	0.2736	0.2633	0.1139	0.0345	0.0613	0.0345	0.0219
chr3R	17466099	17466499	chr3R:17466100-17466499	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT45329.1	VT45329.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1491	0.2221	0.1791	0.0347	0.158	0.25	0.2223	0.3531	0.158	0.1473	0.2566	0.1473	0.0705	0.0176	0.0438	0.0176	0.0234
chr3R	17466957	17467273	chr3R:17466958-17467273	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45329.1	VT45329.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1825	0.2885	0.199	0.046	0.2969	0.2044	0.3702	0.4297	0.2969	0.0809	0.3836	0.0809	0.0558	0.0161	0.1328	0.0161	0.0177
chr3R	17467499	17467709	chr3R:17467500-17467709	distal	distal	stage5	stage5	VT45329.1	VT45329.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1202	0.1987	0.1247	0.0276	0.1941	0.1515	0.2535	0.2918	0.1941	0.0435	0.2418	0.0435	0.0271	0.0092	0.0767	0.0092	0.0115
chr3R	17467975	17468326	chr3R:17467976-17468326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	E2f,VT45329.1	E2f,VT45329.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1486	0.2188	0.1584	0.0593	0.193	0.1932	0.2604	0.3331	0.193	0.0894	0.235	0.0894	0.0829	0.0214	0.0516	0.0214	0.0214
chr3R	17468747	17468939	chr3R:17468748-17468939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0653	0.0951	0.0769	0.0192	0.053	0.0995	0.1055	0.1586	0.053	0.0797	0.0859	0.0797	0.0232	0.0077	0.0181	0.0077	0.0073
chr3R	17469238	17469395	chr3R:17469239-17469395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0483	0.0456	0.0712	0.0263	0.0244	0.0519	0.0489	0.0726	0.0244	0.0453	0.0572	0.0453	0.0256	0.0123	0.011	0.0123	0.0109
chr3R	17469893	17470140	chr3R:17469894-17470140	distal	distal	stage11	stage11	VT45331.1	VT45331.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0941	0.1638	0.089	0.022	0.1071	0.1432	0.2413	0.2072	0.1071	0.0803	0.09	0.0803	0.0302	0.0077	0.0213	0.0077	0.0115
chr3R	17470167	17470404	chr3R:17470168-17470404	distal	distal	none	none	VT45331.1	VT45331.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0826	0.1589	0.0661	0.0153	0.1315	0.1204	0.2591	0.1699	0.1315	0.0423	0.0656	0.0423	0.0248	0.0069	0.02	0.0069	0.0073
chr3R	17471503	17471654	chr3R:17471504-17471654	distal	distal	none	none	VT45331.1	VT45331.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.0426	0.0336	0.0097	0.0138	0.05	0.0528	0.06	0.0138	0.0151	0.0473	0.0151	0.0434	0.0092	0.0148	0.0092	0.0125
chr3R	17476470	17476857	chr3R:17476471-17476857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0223	0.0302	0.0356	0.0106	0.0223	0.0333	0.0286	0.0106	0.0362	0.0296	0.0362	0.0271	0.059	0.0264	0.059	0.0271
chr3R	17477144	17477383	chr3R:17477145-17477383	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0589	0.0332	0.0772	0.0677	0.0095	0.0374	0.0381	0.056	0.0095	0.1057	0.0923	0.1057	0.0488	0.1378	0.0509	0.1378	0.0667
chr3R	17477528	17477679	chr3R:17477529-17477679	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0203	0.0327	0.0281	0.0117	0.0184	0.0247	0.034	0.0117	0.0308	0.0379	0.0308	0.0279	0.036	0.0245	0.036	0.0276
chr3R	17477767	17477918	chr3R:17477768-17477918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0188	0.0187	0.0237	0.0136	0.0053	0.0184	0.0234	0.0306	0.0053	0.0151	0.0283	0.0151	0.0194	0.0115	0.0103	0.0115	0.0167
chr3R	17478523	17478806	chr3R:17478524-17478806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0356	0.025	0.0392	0.0433	0.0064	0.0262	0.0363	0.034	0.0064	0.0362	0.0444	0.0362	0.055	0.0628	0.0329	0.0628	0.0709
chr3R	17479979	17480241	chr3R:17479980-17480241	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0619	0.1013	0.0651	0.0143	0.0997	0.0476	0.1254	0.1932	0.0997	0.0405	0.108	0.0405	0.0232	0.0199	0.0161	0.0199	0.0109
chr3R	17480287	17480438	chr3R:17480288-17480438	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0376	0.0661	0.0367	0.0068	0.0541	0.0374	0.0796	0.1252	0.0541	0.0193	0.0569	0.0193	0.0147	0.0069	0.0097	0.0069	0.0063
chr3R	17480584	17480735	chr3R:17480585-17480735	distal	distal	none	none	VT45337.1	VT45337.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0237	0.0292	0.0322	0.0082	0.017	0.0194	0.0355	0.0566	0.017	0.0181	0.0389	0.0181	0.0116	0.01	0.0058	0.01	0.0094
chr3R	17482288	17482466	chr3R:17482289-17482466	distal	distal	stage14	stage14	VT45337.1,VT45338.1	VT45337.1,VT45338.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0393	0.0172	0.0324	0.0716	0.0138	0.018	0.0242	0.018	0.0138	0.0344	0.0354	0.0344	0.0442	0.1394	0.0554	0.1394	0.1058
chr3R	17482860	17483235	chr3R:17482861-17483235	distal	distal	stage14	stage14	VT45338.1	VT45338.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0365	0.0754	0.1058	0.0117	0.0388	0.051	0.048	0.0117	0.0435	0.0926	0.0435	0.1317	0.1348	0.1038	0.1348	0.186
chr3R	17483244	17483395	chr3R:17483245-17483395	distal	distal	stage14	stage14	VT45338.1	VT45338.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0376	0.0211	0.0458	0.0469	0.0095	0.0272	0.0294	0.022	0.0095	0.0296	0.0624	0.0296	0.0643	0.0452	0.0522	0.0452	0.0875
chr3R	17485542	17485729	chr3R:17485543-17485729	FBgn0011766	E2f	stage5	none	VT45339.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0584	0.0859	0.0525	0.0343	0.0594	0.0631	0.1311	0.1139	0.0594	0.0507	0.0643	0.0507	0.0635	0.0368	0.0297	0.0368	0.0474
chr3R	17485811	17485993	chr3R:17485812-17485993	FBgn0011766	E2f	stage11,stage14,stage5	none	VT45339.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1176	0.1189	0.1362	0.0958	0.0806	0.1466	0.128	0.1632	0.0806	0.1588	0.1482	0.1588	0.1549	0.1072	0.0961	0.1072	0.1313
chr3R	17486109	17486292	chr3R:17486110-17486292	FBgn0011766	E2f	stage11,stage14,stage5	none	VT45339.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1628	0.1549	0.1874	0.1447	0.1124	0.2005	0.1657	0.2005	0.1124	0.2156	0.2	0.2156	0.2138	0.1516	0.1534	0.1516	0.2038
chr3R	17486596	17486796	chr3R:17486597-17486796	FBgn0011766	E2f	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1877	0.1839	0.2157	0.161	0.1389	0.2155	0.2007	0.2505	0.1389	0.2844	0.2421	0.2844	0.2153	0.1876	0.1612	0.1876	0.2178
chr3R	17488334	17488508	chr3R:17488335-17488508	FBgn0038893	CG6353	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1657	0.1608	0.201	0.1324	0.1071	0.1947	0.1756	0.2145	0.1071	0.2379	0.2277	0.2379	0.1991	0.1516	0.1425	0.1516	0.1699
chr3R	17488587	17488762	chr3R:17488588-17488762	FBgn0038893	CG6353	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1576	0.1544	0.1858	0.1303	0.1071	0.1874	0.1713	0.2019	0.1071	0.2216	0.2113	0.2216	0.1797	0.1363	0.1457	0.1363	0.1688
chr3R	17491243	17491405	chr3R:17491244-17491405	FBgn0038894	CG15497	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0513	0.0677	0.0567	0.0272	0.0435	0.0524	0.093	0.1026	0.0435	0.0495	0.0791	0.0495	0.0503	0.026	0.0451	0.026	0.024
chr3R	17492826	17493142	chr3R:17492827-17493142	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0597	0.1243	0.0332	0.0167	0.0785	0.0966	0.1401	0.2332	0.0785	0.0296	0.0431	0.0296	0.0364	0.013	0.0245	0.013	0.0193
chr3R	17497113	17497275	chr3R:17497114-17497275	FBgn0259113	DNApol-alpha180	stage5	none	DNApol-alpha180_-233/+45	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.0679	0.077	0.0462	0.0371	0.0689	0.0956	0.0826	0.0371	0.0785	0.0868	0.0785	0.0751	0.0505	0.0496	0.0505	0.0505
chr3R	17497389	17497579	chr3R:17497390-17497579	FBgn0259113	DNApol-alpha180	stage11,stage14,stage5	none	DNApol-alpha180_-233/+45	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1682	0.1704	0.1977	0.1334	0.1251	0.183	0.2106	0.2212	0.1251	0.1957	0.2315	0.1957	0.1929	0.1133	0.1476	0.1133	0.1631
chr3R	17497610	17497808	chr3R:17497611-17497808	FBgn0259113	DNApol-alpha180	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1549	0.1676	0.1717	0.1221	0.1283	0.1796	0.2067	0.2145	0.1283	0.1479	0.208	0.1479	0.1696	0.0995	0.158	0.0995	0.1407
chr3R	17497947	17498098	chr3R:17497948-17498098	FBgn0259113	DNApol-alpha180	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0437	0.0358	0.0227	0.0445	0.0408	0.0541	0.0546	0.0445	0.0326	0.0399	0.0326	0.0403	0.0191	0.0309	0.0191	0.0276
chr3R	17526280	17526431	chr3R:17526281-17526431	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.01	0.006	0.0114	0.0131	0.0042	0.0049	0.0112	0.0047	0.0042	0.0103	0.018	0.0103	0.0101	0.0145	0.0322	0.0145	0.0083
chr3R	17540049	17540200	chr3R:17540050-17540200	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0198	0.0274	0.0234	0.0075	0.0191	0.0252	0.0376	0.0346	0.0191	0.0205	0.0248	0.0205	0.0124	0.0015	0.0129	0.0015	0.0052
chr3R	17545352	17545519	chr3R:17545353-17545519	FBgn0051176	CG31176	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0322	0.0151	0.0207	0.0639	0.0042	0.018	0.0234	0.0153	0.0042	0.0097	0.0267	0.0097	0.0364	0.0299	0.1277	0.0299	0.0735
chr3R	17545864	17546045	chr3R:17545865-17546045	FBgn0051176	CG31176	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0241	0.0093	0.0168	0.0487	0.0064	0.0117	0.0143	0.006	0.0064	0.0054	0.0235	0.0054	0.0302	0.0161	0.1173	0.0161	0.0584
chr3R	17565534	17565875	chr3R:17565535-17565875	FBgn0038897	CG5849	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0517	0.0285	0.0807	0.0458	0.0106	0.0413	0.0381	0.022	0.0106	0.1039	0.065	0.1039	0.1464	0.0283	0.0432	0.0283	0.0922
chr3R	17566111	17566262	chr3R:17566112-17566262	FBgn0038897	CG5849	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0138	0.0122	0.0178	0.0113	0.0053	0.0141	0.019	0.012	0.0053	0.0205	0.0148	0.0205	0.0356	0.0092	0.0077	0.0092	0.025
chr3R	17566816	17566967	chr3R:17566817-17566967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0131	0.0156	0.0171	0.0074	0.0141	0.0203	0.0107	0.0074	0.0151	0.0141	0.0151	0.0287	0.0084	0.009	0.0084	0.0459
chr3R	17584333	17584484	chr3R:17584334-17584484	FBgn0259237	CG42335	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0104	0.0086	0.0117	0.0111	0.0021	0.0083	0.0117	0.0153	0.0021	0.0091	0.0122	0.0091	0.0263	0.0031	0.0103	0.0031	0.0255
chr3R	17601110	17601261	chr3R:17601111-17601261	FBgn0027575	GABA-B-R2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0179	0.0179	0.0204	0.0152	0.0053	0.0117	0.0346	0.0213	0.0053	0.0284	0.0199	0.0284	0.024	0.0168	0.0116	0.0168	0.012
chr3R	17601593	17601744	chr3R:17601594-17601744	FBgn0027575,FBgn0038902	CG6800,GABA-B-R2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0264	0.016	0.0245	0.0401	0.0053	0.016	0.0229	0.0233	0.0053	0.0284	0.0225	0.0284	0.0248	0.0123	0.0058	0.0123	0.0167
chr3R	17603138	17603353	chr3R:17603139-17603353	FBgn0038903	RpI12	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0472	0.0494	0.0576	0.0334	0.0255	0.0529	0.0735	0.0526	0.0255	0.0876	0.0556	0.0876	0.055	0.0337	0.0419	0.0337	0.0459
chr3R	17603506	17603700	chr3R:17603507-17603700	FBgn0038903	RpI12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1164	0.1216	0.1244	0.1019	0.071	0.1325	0.1613	0.1479	0.071	0.1691	0.1373	0.1691	0.1053	0.1057	0.1115	0.1057	0.1334
chr3R	17603907	17604058	chr3R:17603908-17604058	FBgn0038903	RpI12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0341	0.0385	0.0256	0.0138	0.032	0.0502	0.0433	0.0138	0.0386	0.0518	0.0386	0.0325	0.0306	0.0309	0.0306	0.0349
chr3R	17606335	17606486	chr3R:17606336-17606486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.015	0.0213	0.0214	0.0064	0.0126	0.0203	0.0253	0.0064	0.0127	0.0389	0.0127	0.0101	0.0023	0.0638	0.0023	0.013
chr3R	17607465	17607616	chr3R:17607466-17607616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.013	0.028	0.0245	0.0042	0.015	0.0156	0.016	0.0042	0.0242	0.0444	0.0242	0.0248	0.0107	0.06	0.0107	0.0224
chr3R	17608006	17608157	chr3R:17608007-17608157	FBgn0003867	tsl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0376	0.0508	0.0434	0.0159	0.0524	0.0389	0.054	0.0159	0.0707	0.0624	0.0707	0.0503	0.0299	0.0748	0.0299	0.0589
chr3R	17608192	17608473	chr3R:17608193-17608473	FBgn0003867	tsl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1079	0.0955	0.1321	0.0954	0.0668	0.1286	0.0856	0.1446	0.0668	0.1413	0.1865	0.1413	0.1115	0.0636	0.1992	0.0636	0.1058
chr3R	17610192	17610343	chr3R:17610193-17610343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0212	0.0264	0.0209	0.0157	0.0127	0.0267	0.032	0.0453	0.0127	0.0236	0.027	0.0236	0.0194	0.0107	0.0168	0.0107	0.0229
chr3R	17615333	17615484	chr3R:17615334-17615484	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0148	0.029	0.0086	0.0056	0.0138	0.0165	0.0571	0.0266	0.0138	0.0072	0.0113	0.0072	0.0085	0.0031	0.0052	0.0031	0.0057
chr3R	17618481	17618632	chr3R:17618482-17618632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.009	0.0095	0.0117	0.0053	0.0107	0.0091	0.0113	0.0053	0.0109	0.0113	0.0109	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0057
chr3R	17619543	17619983	chr3R:17619544-17619983	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0408	0.0364	0.0387	0.048	0.0127	0.0456	0.0398	0.0513	0.0127	0.0435	0.0392	0.0435	0.0426	0.0268	0.0284	0.0268	0.0313
chr3R	17633091	17633242	chr3R:17633092-17633242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.0115	0.0151	0.028	0.0021	0.0146	0.0138	0.016	0.0021	0.0145	0.0161	0.0145	0.0147	0.0222	0.009	0.0222	0.024
chr3R	17633717	17633877	chr3R:17633718-17633877	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0262	0.0209	0.026	0.0322	0.0085	0.0189	0.0234	0.0386	0.0085	0.029	0.0267	0.029	0.0124	0.0115	0.0045	0.0115	0.0109
chr3R	17634287	17634704	chr3R:17634288-17634704	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0809	0.0601	0.1004	0.0829	0.0159	0.0762	0.058	0.0973	0.0159	0.1679	0.1019	0.1679	0.0271	0.0375	0.02	0.0375	0.0224
chr3R	17647488	17647639	chr3R:17647489-17647639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0312	0.0247	0.0299	0.0398	0.0053	0.0257	0.0329	0.0386	0.0053	0.032	0.0367	0.032	0.0217	0.0314	0.0103	0.0314	0.0214
chr3R	17647800	17647951	chr3R:17647801-17647951	FBgn0013759	CASK	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0394	0.0303	0.0457	0.0426	0.0074	0.0388	0.0329	0.0433	0.0074	0.0531	0.0531	0.0531	0.0395	0.0452	0.0271	0.0452	0.0261
chr3R	17648046	17648231	chr3R:17648047-17648231	FBgn0013759	CASK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0907	0.0682	0.116	0.088	0.018	0.0917	0.0692	0.1033	0.018	0.1389	0.1357	0.1389	0.1123	0.1156	0.0658	0.1156	0.0813
chr3R	17648329	17648494	chr3R:17648330-17648494	FBgn0013759	CASK	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1334	0.0942	0.1655	0.1419	0.0371	0.1316	0.0913	0.1419	0.0371	0.1878	0.199	0.1878	0.172	0.1708	0.1431	0.1708	0.1589
chr3R	17648556	17648752	chr3R:17648557-17648752	FBgn0013759	CASK	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0824	0.0454	0.0951	0.11	0.0127	0.0568	0.0454	0.0746	0.0127	0.0839	0.1199	0.0839	0.1247	0.1302	0.1167	0.1302	0.1371
chr3R	17649419	17649661	chr3R:17649420-17649661	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0824	0.0474	0.1466	0.0512	0.0085	0.0811	0.0372	0.0693	0.0085	0.0978	0.2412	0.0978	0.1301	0.0475	0.0877	0.0475	0.0641
chr3R	17650384	17650616	chr3R:17650385-17650616	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0924	0.0714	0.1706	0.0302	0.0191	0.1019	0.0528	0.1326	0.0191	0.093	0.3135	0.093	0.0891	0.023	0.0735	0.023	0.0224
chr3R	17650678	17650977	chr3R:17650679-17650977	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1009	0.1028	0.1643	0.0291	0.0265	0.1335	0.077	0.2125	0.0265	0.0851	0.2833	0.0851	0.1356	0.0253	0.058	0.0253	0.0292
chr3R	17651373	17651601	chr3R:17651374-17651601	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.059	0.0751	0.074	0.0245	0.035	0.0951	0.0882	0.1026	0.035	0.0821	0.0958	0.0821	0.0395	0.0291	0.0419	0.0291	0.0229
chr3R	17651630	17651843	chr3R:17651631-17651843	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0559	0.0774	0.0676	0.0191	0.0488	0.0937	0.0926	0.1019	0.0488	0.0797	0.0814	0.0797	0.0294	0.0191	0.0342	0.0191	0.0135
chr3R	17652268	17652419	chr3R:17652269-17652419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0268	0.0211	0.0433	0.015	0.0053	0.0364	0.0173	0.0286	0.0053	0.0501	0.0508	0.0501	0.0225	0.0276	0.0193	0.0276	0.012
chr3R	17653625	17653893	chr3R:17653626-17653893	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0774	0.0268	0.1265	0.0801	0.0032	0.0519	0.0277	0.024	0.0032	0.128	0.2055	0.128	0.0658	0.1248	0.1734	0.1248	0.037
chr3R	17654149	17654300	chr3R:17654150-17654300	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0528	0.0165	0.0772	0.0668	0.0011	0.0325	0.0164	0.0153	0.0011	0.125	0.1016	0.125	0.0395	0.1432	0.1154	0.1432	0.0349
chr3R	17654359	17654650	chr3R:17654360-17654650	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0772	0.0189	0.1081	0.1085	0.0042	0.0393	0.0169	0.014	0.0042	0.2373	0.1148	0.2373	0.0488	0.2734	0.1444	0.2734	0.0625
chr3R	17654832	17655366	chr3R:17654833-17655366	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1736	0.0783	0.2396	0.2078	0.0318	0.1587	0.0636	0.0653	0.0318	0.4034	0.2723	0.4034	0.1673	0.3331	0.2508	0.3331	0.198
chr3R	17655376	17655625	chr3R:17655377-17655625	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1066	0.0611	0.1411	0.1198	0.0244	0.1117	0.0571	0.0593	0.0244	0.1993	0.154	0.1993	0.1325	0.1394	0.1206	0.1394	0.1449
chr3R	17655841	17655992	chr3R:17655842-17655992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0297	0.0152	0.0359	0.0391	0.0064	0.0223	0.0169	0.0167	0.0064	0.0489	0.0457	0.0489	0.0256	0.0452	0.0561	0.0452	0.0521
chr3R	17656408	17656559	chr3R:17656409-17656559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0125	0.0372	0.0351	0.0021	0.0155	0.0186	0.0107	0.0021	0.0356	0.0595	0.0356	0.0248	0.0276	0.0741	0.0276	0.0406
chr3R	17656585	17656988	chr3R:17656586-17656988	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0465	0.0223	0.0716	0.0461	0.0085	0.0277	0.0303	0.022	0.0085	0.0429	0.1289	0.0429	0.0387	0.0368	0.1244	0.0368	0.0297
chr3R	17659012	17659163	chr3R:17659013-17659163	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0206	0.0317	0.0216	0.0071	0.0138	0.0641	0.0294	0.024	0.0138	0.0338	0.0222	0.0338	0.0147	0.0077	0.0071	0.0077	0.0052
chr3R	17660233	17660586	chr3R:17660234-17660586	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0489	0.0233	0.0712	0.0529	0.0064	0.0359	0.0264	0.0233	0.0064	0.0912	0.0859	0.0912	0.0635	0.0727	0.0625	0.0727	0.0735
chr3R	17661064	17661228	chr3R:17661065-17661228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0211	0.0132	0.0253	0.0253	0.0053	0.0209	0.0134	0.016	0.0053	0.026	0.0212	0.026	0.0612	0.0168	0.0187	0.0168	0.0589
chr3R	17661430	17661611	chr3R:17661431-17661611	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0548	0.0327	0.0726	0.06	0.0148	0.0718	0.0229	0.0213	0.0148	0.0851	0.0592	0.0851	0.1673	0.0505	0.0419	0.0505	0.1391
chr3R	17661725	17661908	chr3R:17661726-17661908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0371	0.0236	0.0447	0.044	0.0064	0.0476	0.0234	0.0173	0.0064	0.0513	0.0431	0.0513	0.0775	0.0352	0.0522	0.0352	0.0902
chr3R	17662346	17662724	chr3R:17662347-17662724	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0523	0.0451	0.066	0.0454	0.0191	0.068	0.0484	0.0533	0.0191	0.0568	0.0765	0.0568	0.0844	0.0544	0.049	0.0544	0.0693
chr3R	17663170	17663321	chr3R:17663171-17663321	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0217	0.0206	0.0287	0.0085	0.0272	0.0298	0.0227	0.0085	0.0242	0.0251	0.0242	0.0186	0.0398	0.049	0.0398	0.025
chr3R	17663348	17663544	chr3R:17663349-17663544	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0229	0.0158	0.0218	0.032	0.0074	0.0199	0.0216	0.0153	0.0074	0.0223	0.0296	0.0223	0.0163	0.0345	0.0651	0.0345	0.0281
chr3R	17666246	17666397	chr3R:17666247-17666397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0162	0.0288	0.015	0.0064	0.0204	0.0234	0.014	0.0064	0.0211	0.0379	0.0211	0.0434	0.0092	0.0277	0.0092	0.0203
chr3R	17666825	17666976	chr3R:17666826-17666976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0148	0.0106	0.0187	0.0152	0.0032	0.0092	0.0212	0.0073	0.0032	0.0139	0.0309	0.0139	0.0108	0.0046	0.049	0.0046	0.0099
chr3R	17667508	17667664	chr3R:17667509-17667664	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0291	0.0161	0.0505	0.0201	0.0032	0.0223	0.0216	0.0173	0.0032	0.0326	0.0926	0.0326	0.0325	0.0115	0.0445	0.0115	0.0198
chr3R	17667734	17667885	chr3R:17667735-17667885	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0118	0.0411	0.0188	0.0032	0.0175	0.0147	0.012	0.0032	0.0229	0.0768	0.0229	0.0225	0.0161	0.0393	0.0161	0.0167
chr3R	17673209	17673442	chr3R:17673210-17673442	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0545	0.0293	0.0739	0.0616	0.0064	0.0471	0.0281	0.0406	0.0064	0.0978	0.1042	0.0978	0.0364	0.1378	0.0729	0.1378	0.0568
chr3R	17674307	17674458	chr3R:17674308-17674458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0282	0.0282	0.0311	0.0251	0.017	0.0369	0.0342	0.0313	0.017	0.0229	0.0347	0.0229	0.0248	0.0329	0.029	0.0329	0.0281
chr3R	17674641	17674801	chr3R:17674642-17674801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0523	0.0544	0.0344	0.0329	0.066	0.0554	0.0733	0.0329	0.0592	0.0585	0.0592	0.0581	0.0459	0.0342	0.0459	0.0417
chr3R	17675030	17675189	chr3R:17675031-17675189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0601	0.0687	0.0441	0.0329	0.0786	0.0623	0.0839	0.0329	0.0803	0.074	0.0803	0.0682	0.0567	0.0426	0.0567	0.0636
chr3R	17675706	17675915	chr3R:17675707-17675915	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0773	0.0535	0.0876	0.0926	0.0127	0.1102	0.0381	0.0546	0.0127	0.128	0.0859	0.128	0.103	0.1064	0.0761	0.1064	0.186
chr3R	17676075	17676271	chr3R:17676076-17676271	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0348	0.0848	0.0734	0.0064	0.0631	0.0242	0.0486	0.0064	0.1226	0.0839	0.1226	0.0976	0.0628	0.1044	0.0628	0.1235
chr3R	17678798	17678949	chr3R:17678799-17678949	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0457	0.0239	0.0525	0.0627	0.0053	0.0345	0.0242	0.0326	0.0053	0.0719	0.0572	0.0719	0.0612	0.0505	0.1096	0.0505	0.0803
chr3R	17679611	17679798	chr3R:17679612-17679798	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1786	0.1391	0.2164	0.1812	0.071	0.2121	0.1125	0.2039	0.071	0.2995	0.2225	0.2995	0.2347	0.1776	0.1638	0.1776	0.2423
chr3R	17680075	17680226	chr3R:17680076-17680226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0687	0.0537	0.0904	0.0618	0.0117	0.0961	0.042	0.068	0.0117	0.125	0.0958	0.125	0.0682	0.0613	0.0561	0.0613	0.073
chr3R	17680630	17680827	chr3R:17680631-17680827	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1243	0.1275	0.1641	0.0771	0.0848	0.1544	0.1176	0.2019	0.0848	0.2228	0.1839	0.2228	0.0899	0.0352	0.0722	0.0352	0.0485
chr3R	17681253	17681665	chr3R:17681254-17681665	FBgn0015229	glec	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.1152	0.0775	0.1603	0.1078	0.0286	0.1117	0.0783	0.1053	0.0286	0.2373	0.1794	0.2373	0.1015	0.1041	0.1386	0.1041	0.111
chr3R	17681915	17682109	chr3R:17681916-17682109	FBgn0015229	glec	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2582	0.2147	0.3132	0.2463	0.1336	0.2655	0.2396	0.2798	0.1336	0.4064	0.3293	0.4064	0.2897	0.2688	0.2508	0.2688	0.2892
chr3R	17682255	17682442	chr3R:17682256-17682442	FBgn0015229	glec	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.095	0.0799	0.1199	0.0845	0.0361	0.1029	0.0904	0.1106	0.0361	0.1486	0.1405	0.1486	0.1177	0.1172	0.0864	0.1172	0.1115
chr3R	17683642	17683812	chr3R:17683643-17683812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.046	0.0652	0.0525	0.0173	0.0382	0.0529	0.0908	0.0939	0.0382	0.032	0.0469	0.032	0.0294	0.0123	0.0142	0.0123	0.012
chr3R	17683923	17684074	chr3R:17683924-17684074	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0405	0.0479	0.0522	0.0196	0.0212	0.0539	0.0528	0.0773	0.0212	0.0429	0.0543	0.0429	0.031	0.01	0.0155	0.01	0.0203
chr3R	17684137	17684288	chr3R:17684138-17684288	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0489	0.0508	0.0619	0.0323	0.0138	0.0675	0.0441	0.0906	0.0138	0.0495	0.0714	0.0495	0.0473	0.0207	0.0303	0.0207	0.0406
chr3R	17687800	17687951	chr3R:17687801-17687951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0279	0.0208	0.0339	0.0294	0.0032	0.032	0.0216	0.03	0.0032	0.0248	0.0444	0.0248	0.0356	0.0138	0.0703	0.0138	0.0281
chr3R	17688151	17688907	chr3R:17688152-17688907	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1379	0.0818	0.1824	0.1518	0.035	0.1398	0.0796	0.0846	0.035	0.1534	0.2614	0.1534	0.1332	0.1593	0.2876	0.1593	0.149
chr3R	17688971	17689346	chr3R:17688972-17689346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0904	0.0849	0.1052	0.0802	0.0403	0.1306	0.0813	0.1073	0.0403	0.186	0.09	0.186	0.0844	0.1945	0.0632	0.1945	0.0505
chr3R	17690425	17690591	chr3R:17690426-17690591	FBgn0260940	lsn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0389	0.0335	0.0481	0.035	0.0148	0.0461	0.0376	0.0393	0.0148	0.0604	0.0473	0.0604	0.0434	0.0314	0.0355	0.0314	0.0443
chr3R	17690795	17690967	chr3R:17690796-17690967	FBgn0260940	lsn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0814	0.0685	0.1023	0.0728	0.0551	0.083	0.0727	0.0893	0.0551	0.1123	0.1164	0.1123	0.0953	0.0812	0.0703	0.0812	0.0839
chr3R	17693855	17694015	chr3R:17693856-17694015	FBgn0038909,FBgn0067317	CG6569,Cby	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0259	0.0374	0.0269	0.0118	0.0191	0.0291	0.0484	0.0633	0.0191	0.0217	0.0363	0.0217	0.0248	0.0077	0.0103	0.0077	0.0141
chr3R	17695742	17695951	chr3R:17695743-17695951	FBgn0051431	CG31431	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0392	0.0197	0.0456	0.0542	0.0032	0.0335	0.0216	0.0187	0.0032	0.0236	0.0277	0.0236	0.1665	0.0191	0.0155	0.0191	0.1657
chr3R	17696013	17696164	chr3R:17696014-17696164	FBgn0051431	CG31431	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0363	0.0243	0.0435	0.0416	0.0095	0.0417	0.0242	0.024	0.0095	0.029	0.027	0.029	0.1394	0.0222	0.0155	0.0222	0.1172
chr3R	17696318	17696503	chr3R:17696319-17696503	FBgn0051431	CG31431	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0404	0.0268	0.0461	0.0494	0.0117	0.0447	0.0255	0.028	0.0117	0.0248	0.0277	0.0248	0.1588	0.0306	0.0187	0.0306	0.1412
chr3R	17697190	17697341	chr3R:17697191-17697341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0254	0.0253	0.0219	0.0117	0.0296	0.0346	0.0273	0.0117	0.0205	0.0174	0.0205	0.0728	0.0207	0.0142	0.0207	0.0505
chr3R	17697394	17697545	chr3R:17697395-17697545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0225	0.0217	0.0282	0.0171	0.0042	0.0364	0.0216	0.0213	0.0042	0.0229	0.0232	0.0229	0.0697	0.0245	0.0155	0.0245	0.0266
chr3R	17697655	17697806	chr3R:17697656-17697806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0214	0.0191	0.0269	0.0181	0.0032	0.033	0.0195	0.0213	0.0032	0.0272	0.0225	0.0272	0.0565	0.0222	0.0155	0.0222	0.0297
chr3R	17700869	17701065	chr3R:17700870-17701065	FBgn0038912	CG6656	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0692	0.0527	0.0911	0.0636	0.018	0.0738	0.064	0.0566	0.018	0.0694	0.1296	0.0694	0.1084	0.0513	0.1135	0.0513	0.0855
chr3R	17701212	17701416	chr3R:17701213-17701416	FBgn0038912	CG6656	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0268	0.0508	0.0382	0.0117	0.0306	0.0346	0.0333	0.0117	0.0501	0.063	0.0501	0.0612	0.0406	0.0522	0.0406	0.0563
chr3R	17702151	17702302	chr3R:17702152-17702302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0206	0.0307	0.0226	0.0138	0.0233	0.0264	0.0247	0.0138	0.032	0.0312	0.032	0.0519	0.0268	0.0155	0.0268	0.0323
chr3R	17703735	17703886	chr3R:17703736-17703886	FBgn0053092	P5CDh2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0211	0.026	0.0232	0.0131	0.017	0.0262	0.0463	0.0187	0.017	0.0302	0.027	0.0302	0.0194	0.01	0.0123	0.01	0.0198
chr3R	17703960	17704243	chr3R:17703961-17704243	FBgn0053092,FBgn0083984	CG34148,P5CDh2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0583	0.0542	0.0742	0.0453	0.0286	0.065	0.0727	0.06	0.0286	0.0864	0.09	0.0864	0.072	0.049	0.0426	0.049	0.0657
chr3R	17704345	17704518	chr3R:17704346-17704518	FBgn0083984	CG34148	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0748	0.0724	0.0907	0.0599	0.0339	0.0913	0.093	0.0779	0.0339	0.0996	0.1064	0.0996	0.0976	0.0605	0.0664	0.0605	0.0886
chr3R	17704596	17704751	chr3R:17704597-17704751	FBgn0083984	CG34148	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0339	0.0423	0.0231	0.0148	0.0369	0.0493	0.0346	0.0148	0.0531	0.0466	0.0531	0.0488	0.0214	0.0239	0.0214	0.0302
chr3R	17712678	17712837	chr3R:17712679-17712837	FBgn0038916,FBgn0038917	CG6678,dnd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0314	0.0201	0.0237	0.0524	0.0095	0.0214	0.0247	0.0306	0.0095	0.0139	0.0264	0.0139	0.0457	0.0452	0.0812	0.0452	0.0761
chr3R	17712941	17713092	chr3R:17712942-17713092	FBgn0038916,FBgn0038917	CG6678,dnd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0173	0.0303	0.0423	0.0074	0.0175	0.0255	0.0207	0.0074	0.0217	0.0424	0.0217	0.0294	0.0299	0.0819	0.0299	0.0469
chr3R	17713123	17713348	chr3R:17713124-17713348	FBgn0038916,FBgn0038917	CG6678,dnd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0411	0.0221	0.0467	0.0561	0.0074	0.0277	0.0234	0.032	0.0074	0.026	0.0756	0.026	0.0411	0.0406	0.127	0.0406	0.0584
chr3R	17713747	17713898	chr3R:17713748-17713898	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0117	0.0216	0.0226	0.0064	0.0146	0.0151	0.0133	0.0064	0.0133	0.0344	0.0133	0.0232	0.0145	0.0516	0.0145	0.0255
chr3R	17714988	17715382	chr3R:17714989-17715382	FBgn0264426	CR43844	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1485	0.1391	0.1756	0.1294	0.0944	0.1636	0.1488	0.1959	0.0944	0.2095	0.2016	0.2095	0.1867	0.1194	0.156	0.1194	0.1641
chr3R	17715458	17715609	chr3R:17715459-17715609	FBgn0264426	CR43844	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0328	0.0416	0.0252	0.0191	0.0393	0.0411	0.0393	0.0191	0.0423	0.0495	0.0423	0.0511	0.0214	0.0348	0.0214	0.0349
chr3R	17739397	17739565	chr3R:17739398-17739565	FBgn0038919	CG17843	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0246	0.0093	0.0315	0.0343	0.0053	0.0063	0.0186	0.0087	0.0053	0.0085	0.0646	0.0085	0.0163	0.0054	0.1257	0.0054	0.0094
chr3R	17746969	17747120	chr3R:17746970-17747120	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0059	0.0055	0.0057	0.0065	0.0021	0.0053	0.0112	0.0033	0.0021	0.0079	0.0071	0.0079	0.0046	0.0276	0.0019	0.0276	0.0021
chr3R	17747336	17747487	chr3R:17747337-17747487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0088	0.0131	0.0226	0.0064	0.0107	0.0134	0.006	0.0064	0.0242	0.0138	0.0242	0.0093	0.0934	0.011	0.0934	0.0057
chr3R	17747784	17747935	chr3R:17747785-17747935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.008	0.0065	0.0071	0.0107	0.0021	0.0102	0.0108	0.002	0.0021	0.0109	0.0084	0.0109	0.0062	0.0452	0.0064	0.0452	0.0026
chr3R	17754075	17754226	chr3R:17754076-17754226	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0167	0.012	0.0198	0.0187	0.0074	0.0102	0.0164	0.0173	0.0074	0.0139	0.0257	0.0139	0.0217	0.0199	0.0271	0.0199	0.0177
chr3R	17764939	17765090	chr3R:17764940-17765090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0087	0.0133	0.0099	0.0032	0.0087	0.0143	0.01	0.0032	0.0115	0.0235	0.0115	0.0054	0.0069	0.0342	0.0069	0.0036
chr3R	17766759	17766910	chr3R:17766760-17766910	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.012	0.0102	0.0113	0.0148	0.0074	0.0073	0.0182	0.0093	0.0074	0.0115	0.0138	0.0115	0.0132	0.01	0.0226	0.01	0.0229
chr3R	17771657	17771850	chr3R:17771658-17771850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0154	0.0137	0.0194	0.013	0.0085	0.0117	0.0212	0.0147	0.0085	0.0477	0.0119	0.0477	0.0124	0.0368	0.0084	0.0368	0.0083
chr3R	17774333	17774484	chr3R:17774334-17774484	FBgn0264490	Eip93F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0244	0.0142	0.0116	0.0255	0.0165	0.0402	0.0253	0.0255	0.0127	0.0151	0.0127	0.0178	0.0107	0.0239	0.0107	0.0089
chr3R	17774596	17774847	chr3R:17774597-17774847	FBgn0264490	Eip93F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0475	0.0511	0.048	0.0429	0.0361	0.0383	0.0822	0.054	0.0361	0.0423	0.0559	0.0423	0.0604	0.036	0.0954	0.036	0.0417
chr3R	17775132	17775283	chr3R:17775133-17775283	FBgn0264490	Eip93F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0172	0.0259	0.0129	0.012	0.0201	0.0155	0.0497	0.022	0.0201	0.0139	0.0148	0.0139	0.0116	0.0084	0.02	0.0084	0.0167
chr3R	17777174	17777325	chr3R:17777175-17777325	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0134	0.011	0.0164	0.0128	0.0032	0.0073	0.0221	0.0113	0.0032	0.0103	0.0277	0.0103	0.0108	0.0061	0.04	0.0061	0.0052
chr3R	17787931	17788082	chr3R:17787932-17788082	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0075	0.0072	0.0072	0.0042	0.0058	0.0143	0.0067	0.0042	0.0072	0.0068	0.0072	0.007	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr3R	17790245	17790396	chr3R:17790246-17790396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0075	0.0072	0.0086	0.0042	0.0063	0.0125	0.006	0.0042	0.0072	0.008	0.0072	0.0062	0.0015	0.0032	0.0015	0.0047
chr3R	17793714	17793865	chr3R:17793715-17793865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0115	0.0094	0.0127	0.0085	0.0112	0.0216	0.0067	0.0085	0.0145	0.008	0.0145	0.0085	0.0084	0.0052	0.0084	0.0109
chr3R	17793926	17794077	chr3R:17793927-17794077	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0061	0.0077	0.0104	0.0021	0.0053	0.0121	0.004	0.0021	0.0115	0.0077	0.0115	0.0031	0.0069	0.0019	0.0069	0.0078
chr3R	17796468	17796619	chr3R:17796469-17796619	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0172	0.013	0.016	0.0234	0.0095	0.0092	0.0251	0.012	0.0095	0.0181	0.0154	0.0181	0.024	0.0207	0.0187	0.0207	0.0412
chr3R	17797071	17797225	chr3R:17797072-17797225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0245	0.0143	0.0231	0.0375	0.0064	0.0155	0.0216	0.0147	0.0064	0.0296	0.0203	0.0296	0.0418	0.0352	0.0368	0.0352	0.0672
chr3R	17797511	17797688	chr3R:17797512-17797688	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0162	0.0311	0.0551	0.0117	0.0155	0.0199	0.02	0.0117	0.0332	0.0244	0.0332	0.0651	0.0551	0.0613	0.0551	0.0917
chr3R	17797781	17797954	chr3R:17797782-17797954	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0214	0.0245	0.0451	0.0127	0.0175	0.0324	0.0233	0.0127	0.026	0.0203	0.026	0.0442	0.0406	0.0458	0.0406	0.073
chr3R	17802367	17802518	chr3R:17802368-17802518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0089	0.0072	0.0075	0.0124	0.0021	0.0063	0.013	0.0073	0.0021	0.0066	0.0055	0.0066	0.0147	0.0077	0.0013	0.0077	0.036
chr3R	17844831	17845025	chr3R:17844832-17845025	FBgn0038922	CG6439	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.146	0.1165	0.1845	0.1367	0.0679	0.1558	0.1138	0.1632	0.0679	0.2156	0.2016	0.2156	0.1875	0.1501	0.1367	0.1501	0.1641
chr3R	17848459	17848651	chr3R:17848460-17848651	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0868	0.0467	0.123	0.0919	0.0138	0.0694	0.045	0.0666	0.0138	0.1685	0.1373	0.1685	0.1193	0.1156	0.1103	0.1156	0.1115
chr3R	17848723	17848943	chr3R:17848724-17848943	FBgn0019960,FBgn0038923	CG6455,mRpL35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1905	0.1524	0.2481	0.1699	0.0848	0.201	0.157	0.2119	0.0848	0.3484	0.2598	0.3484	0.2339	0.1953	0.1825	0.1953	0.1918
chr3R	17849123	17849311	chr3R:17849124-17849311	FBgn0019960,FBgn0038923	CG6455,mRpL35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1902	0.1716	0.2319	0.1653	0.1124	0.2063	0.189	0.2385	0.1124	0.2935	0.2518	0.2935	0.227	0.1937	0.1754	0.1937	0.1897
chr3R	17851141	17851310	chr3R:17851142-17851310	FBgn0038924	CG6028	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0752	0.0667	0.0886	0.07	0.0435	0.082	0.0792	0.0806	0.0435	0.1196	0.0968	0.1196	0.0844	0.0865	0.0664	0.0865	0.0985
chr3R	17852946	17853229	chr3R:17852947-17853229	FBgn0019957,FBgn0038925	Cchl,ND42	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1441	0.1229	0.1783	0.1302	0.0933	0.1437	0.1358	0.1672	0.0933	0.2271	0.1949	0.2271	0.1844	0.1508	0.1451	0.1508	0.1621
chr3R	17853354	17853536	chr3R:17853355-17853536	FBgn0019957,FBgn0038925	Cchl,ND42	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.0958	0.1372	0.0975	0.0551	0.1155	0.1086	0.1346	0.0551	0.1685	0.1537	0.1685	0.1394	0.1018	0.109	0.1018	0.124
chr3R	17857599	17857750	chr3R:17857600-17857750	FBgn0038926	CG13409	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0294	0.0246	0.0277	0.0366	0.018	0.0199	0.0368	0.03	0.018	0.0284	0.0241	0.0284	0.0294	0.0145	0.0116	0.0145	0.0188
chr3R	17859677	17859828	chr3R:17859678-17859828	FBgn0025140,FBgn0038927,FBgn0038928	BG4,CG6015,pit	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0553	0.0633	0.0532	0.0329	0.0549	0.077	0.0733	0.0329	0.0809	0.065	0.0809	0.072	0.0513	0.0516	0.0513	0.073
chr3R	17859912	17860106	chr3R:17859913-17860106	FBgn0025140,FBgn0038927,FBgn0038928	BG4,CG6015,pit	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1213	0.1231	0.1251	0.1152	0.0785	0.1383	0.151	0.1632	0.0785	0.1606	0.1383	0.1606	0.1177	0.1179	0.1096	0.1179	0.1548
chr3R	17860107	17860315	chr3R:17860108-17860315	FBgn0025140,FBgn0038927,FBgn0038928	BG4,CG6015,pit	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1167	0.1134	0.1218	0.1149	0.0795	0.134	0.125	0.1586	0.0795	0.1643	0.1334	0.1643	0.117	0.1263	0.118	0.1263	0.147
chr3R	17860743	17860991	chr3R:17860744-17860991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0634	0.055	0.0843	0.0499	0.0361	0.068	0.0718	0.0626	0.0361	0.1184	0.0855	0.1184	0.0844	0.059	0.0509	0.059	0.0677
chr3R	17861100	17861251	chr3R:17861101-17861251	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0289	0.069	0.0226	0.018	0.0325	0.0346	0.0406	0.018	0.0827	0.0772	0.0827	0.0666	0.0253	0.0258	0.0253	0.0276
chr3R	17861342	17861519	chr3R:17861343-17861519	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1104	0.1017	0.1378	0.09	0.0785	0.1146	0.1237	0.1259	0.0785	0.1655	0.1537	0.1655	0.1348	0.098	0.0986	0.098	0.1053
chr3R	17861627	17861778	chr3R:17861628-17861778	FBgn0261455	scaRNA:mgU5-38	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.056	0.0596	0.0646	0.0426	0.0339	0.0767	0.0692	0.0753	0.0339	0.0676	0.0727	0.0676	0.0736	0.0421	0.0496	0.0421	0.049
chr3R	17867251	17867444	chr3R:17867252-17867444	FBgn0264491	how	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1171	0.1024	0.1575	0.0893	0.071	0.1325	0.1176	0.1206	0.071	0.2059	0.1752	0.2059	0.1472	0.1179	0.1148	0.1179	0.124
chr3R	17867499	17867673	chr3R:17867500-17867673	FBgn0264491	how	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1912	0.1762	0.2448	0.149	0.1166	0.2243	0.1869	0.2345	0.1166	0.3128	0.2849	0.3128	0.2293	0.193	0.205	0.193	0.2084
chr3R	17867824	17867996	chr3R:17867825-17867996	FBgn0264491	how	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2256	0.2233	0.2798	0.1685	0.1898	0.2757	0.2362	0.2878	0.1898	0.3496	0.3125	0.3496	0.2703	0.2144	0.236	0.2144	0.2355
chr3R	17868345	17868549	chr3R:17868346-17868549	FBgn0264491	how	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.203	0.2	0.2433	0.1622	0.1697	0.2379	0.2189	0.2512	0.1697	0.337	0.2727	0.337	0.2254	0.2243	0.2186	0.2243	0.2272
chr3R	17868708	17868962	chr3R:17868709-17868962	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0962	0.0978	0.1133	0.0756	0.0806	0.1136	0.1194	0.1039	0.0806	0.1878	0.1222	0.1878	0.0922	0.0995	0.1103	0.0995	0.0995
chr3R	17869798	17869988	chr3R:17869799-17869988	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1024	0.079	0.159	0.0664	0.0488	0.1257	0.0701	0.0959	0.0488	0.3068	0.1875	0.3068	0.0829	0.1524	0.0974	0.1524	0.0495
chr3R	17870402	17870578	chr3R:17870403-17870578	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0586	0.1044	0.0449	0.0223	0.1018	0.1476	0.1138	0.0899	0.1018	0.1105	0.0299	0.1105	0.0256	0.0436	0.0309	0.0436	0.0141
chr3R	17871243	17871394	chr3R:17871244-17871394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0219	0.0264	0.0201	0.0188	0.0117	0.0345	0.032	0.028	0.0117	0.0362	0.0193	0.0362	0.0124	0.0222	0.0168	0.0222	0.0146
chr3R	17873079	17873388	chr3R:17873080-17873388	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0746	0.0839	0.0812	0.0568	0.0657	0.1306	0.0917	0.07	0.0657	0.2391	0.0463	0.2391	0.0418	0.2014	0.0361	0.2014	0.025
chr3R	17873871	17874022	chr3R:17873872-17874022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0292	0.0313	0.0353	0.0202	0.0191	0.0451	0.0372	0.0266	0.0191	0.0616	0.0331	0.0616	0.0201	0.0268	0.0264	0.0268	0.0261
chr3R	17875108	17875416	chr3R:17875109-17875416	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0771	0.069	0.086	0.0762	0.0392	0.1413	0.0636	0.0386	0.0392	0.2107	0.0453	0.2107	0.0798	0.1279	0.0374	0.1279	0.1225
chr3R	17875511	17875662	chr3R:17875512-17875662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0257	0.0299	0.0293	0.017	0.0265	0.0447	0.0307	0.0273	0.0265	0.0598	0.0199	0.0598	0.0139	0.0299	0.0103	0.0299	0.0214
chr3R	17876067	17876243	chr3R:17876068-17876243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0357	0.0364	0.0391	0.0313	0.0244	0.051	0.0424	0.0353	0.0244	0.0604	0.0408	0.0604	0.0325	0.059	0.0277	0.059	0.0422
chr3R	17876520	17876719	chr3R:17876521-17876719	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0458	0.07	0.0385	0.0267	0.052	0.0782	0.0826	0.0959	0.052	0.0719	0.0376	0.0719	0.031	0.075	0.0232	0.075	0.0156
chr3R	17876947	17877098	chr3R:17876948-17877098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.019	0.0283	0.0128	0.0155	0.018	0.0311	0.0298	0.0446	0.018	0.0272	0.0093	0.0272	0.0062	0.0413	0.0187	0.0413	0.0083
chr3R	17877963	17878461	chr3R:17877964-17878461	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0632	0.0819	0.0443	0.0629	0.0838	0.0782	0.1034	0.1059	0.0838	0.0749	0.0473	0.0749	0.031	0.1462	0.098	0.1462	0.0344
chr3R	17878782	17878933	chr3R:17878783-17878933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0229	0.0207	0.0193	0.0294	0.0159	0.0223	0.0255	0.026	0.0159	0.038	0.0154	0.038	0.0232	0.1087	0.0174	0.1087	0.0115
chr3R	17879065	17879285	chr3R:17879066-17879285	distal	distal	stage14	stage14	Unspecified_2893	Unspecified_2893	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0487	0.0344	0.042	0.072	0.0223	0.0456	0.0454	0.032	0.0223	0.0809	0.0367	0.0809	0.0426	0.2052	0.0658	0.2052	0.0526
chr3R	17879601	17879770	chr3R:17879602-17879770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.035	0.0301	0.0309	0.0244	0.0408	0.0471	0.034	0.0244	0.0459	0.0257	0.0459	0.0519	0.0544	0.0258	0.0544	0.0459
chr3R	17886686	17886837	chr3R:17886687-17886837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0187	0.0222	0.0197	0.0138	0.0191	0.0257	0.0242	0.028	0.0191	0.0356	0.0215	0.0356	0.0124	0.0299	0.0174	0.0299	0.0099
chr3R	17888465	17888616	chr3R:17888466-17888616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0259	0.0334	0.0291	0.0141	0.0297	0.0369	0.0415	0.034	0.0297	0.0568	0.0283	0.0568	0.0155	0.0214	0.0181	0.0214	0.0156
chr3R	17889024	17889175	chr3R:17889025-17889175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0195	0.0237	0.0188	0.0156	0.018	0.0248	0.0229	0.0366	0.018	0.0254	0.0209	0.0254	0.0186	0.0153	0.0316	0.0153	0.0162
chr3R	17891865	17892016	chr3R:17891866-17892016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0278	0.0388	0.0254	0.0182	0.0297	0.0481	0.0502	0.0373	0.0297	0.0429	0.0209	0.0429	0.0318	0.0322	0.0161	0.0322	0.0214
chr3R	17892305	17892661	chr3R:17892306-17892661	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0562	0.0659	0.0629	0.0379	0.052	0.0883	0.0714	0.0726	0.052	0.0966	0.055	0.0966	0.0937	0.0804	0.0335	0.0804	0.0349
chr3R	17897675	17898121	chr3R:17897676-17898121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0482	0.0517	0.052	0.04	0.0361	0.0626	0.0619	0.0606	0.0361	0.0924	0.0531	0.0924	0.0403	0.0735	0.0484	0.0735	0.0474
chr3R	17898397	17898548	chr3R:17898398-17898548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0307	0.0392	0.0306	0.0265	0.0393	0.0272	0.044	0.0265	0.0543	0.0486	0.0543	0.0387	0.0413	0.0342	0.0413	0.05
chr3R	17899849	17900262	chr3R:17899850-17900262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0474	0.0627	0.0509	0.0266	0.0445	0.0757	0.0709	0.0813	0.0445	0.0996	0.046	0.0996	0.0364	0.0444	0.0368	0.0444	0.0203
chr3R	17901570	17901721	chr3R:17901571-17901721	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0355	0.0242	0.0138	0.0297	0.0408	0.0433	0.04	0.0297	0.0326	0.0248	0.0326	0.0232	0.0214	0.0206	0.0214	0.0083
chr3R	17905635	17905882	chr3R:17905636-17905882	FBgn0038929	CG13408	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0344	0.0419	0.0372	0.0228	0.035	0.0495	0.0433	0.0593	0.035	0.0568	0.0424	0.0568	0.0232	0.0375	0.0206	0.0375	0.0115
chr3R	17905898	17906158	chr3R:17905899-17906158	FBgn0038929	CG13408	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0499	0.0571	0.0565	0.0348	0.0562	0.0612	0.064	0.0786	0.0562	0.0882	0.0598	0.0882	0.0341	0.0352	0.0168	0.0352	0.0188
chr3R	17906279	17906430	chr3R:17906280-17906430	FBgn0038929	CG13408	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0223	0.0304	0.0217	0.0138	0.017	0.0354	0.0368	0.042	0.017	0.0441	0.0196	0.0441	0.0101	0.026	0.0103	0.026	0.0068
chr3R	17917733	17917902	chr3R:17917734-17917902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0147	0.0103	0.0206	0.0131	0.0064	0.0136	0.0147	0.0093	0.0064	0.0489	0.0141	0.0489	0.0163	0.0352	0.0052	0.0352	0.0094
chr3R	17918004	17918180	chr3R:17918005-17918180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0144	0.0117	0.0192	0.0121	0.0053	0.0155	0.016	0.0127	0.0053	0.0441	0.0161	0.0441	0.0116	0.0268	0.0064	0.0268	0.0094
chr3R	17919783	17919955	chr3R:17919784-17919955	distal	distal	stage5	stage5	VT45571.1	VT45571.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0388	0.0212	0.0487	0.0475	0.0244	0.0218	0.0221	0.0306	0.0244	0.0628	0.0527	0.0628	0.055	0.0559	0.0451	0.0559	0.0573
chr3R	17920704	17920855	chr3R:17920705-17920855	distal	distal	stage5	stage5	VT45571.1	VT45571.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0135	0.0106	0.0217	0.0077	0.0053	0.0155	0.0134	0.0093	0.0053	0.055	0.0125	0.055	0.0186	0.0145	0.0045	0.0145	0.0078
chr3R	17933907	17934058	chr3R:17933908-17934058	distal	distal	none	none	VT45579.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0122	0.0099	0.0123	0.0064	0.0146	0.0208	0.008	0.0064	0.0121	0.0068	0.0121	0.0085	0.0023	0.0039	0.0023	0.0057
chr3R	17934352	17934503	chr3R:17934353-17934503	distal	distal	none	none	VT45579.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0113	0.0124	0.0143	0.0021	0.0097	0.0208	0.012	0.0021	0.0163	0.0122	0.0163	0.0085	0.0054	0.0045	0.0054	0.0068
chr3R	17948587	17948816	chr3R:17948588-17948816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0258	0.0213	0.0297	0.0265	0.0064	0.0282	0.0311	0.0213	0.0064	0.0676	0.0238	0.0676	0.0201	0.0804	0.0135	0.0804	0.0203
chr3R	17949921	17950074	chr3R:17949922-17950074	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0244	0.0152	0.0221	0.0373	0.0064	0.0199	0.0173	0.0207	0.0064	0.0495	0.0164	0.0495	0.0163	0.1485	0.0187	0.1485	0.0177
chr3R	17950612	17950839	chr3R:17950613-17950839	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0652	0.0354	0.0873	0.0744	0.018	0.0602	0.0281	0.0426	0.018	0.2107	0.0762	0.2107	0.0465	0.2412	0.0761	0.2412	0.0334
chr3R	17959106	17959284	chr3R:17959107-17959284	FBgn0051163	SKIP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1209	0.158	0.133	0.0827	0.1432	0.1337	0.1692	0.0827	0.1938	0.1695	0.1938	0.1387	0.1585	0.1328	0.1585	0.1417
chr3R	17959435	17959616	chr3R:17959436-17959616	FBgn0051163	SKIP	stage11,stage14,stage5	none	VT45591.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2341	0.214	0.2773	0.2092	0.1771	0.2515	0.2206	0.2978	0.1771	0.346	0.2929	0.346	0.268	0.2489	0.216	0.2489	0.2163
chr3R	17959902	17960103	chr3R:17959903-17960103	FBgn0051163	SKIP	stage11,stage14,stage5	none	VT45591.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.12	0.1519	0.1388	0.0638	0.1113	0.1811	0.1531	0.2278	0.1113	0.2252	0.1576	0.2252	0.0565	0.0804	0.0613	0.0804	0.0511
chr3R	17960157	17960505	chr3R:17960158-17960505	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT45591.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2116	0.2698	0.2495	0.1049	0.211	0.3286	0.2509	0.4011	0.211	0.3774	0.2781	0.3774	0.0953	0.1072	0.098	0.1072	0.0558
chr3R	17965638	17965994	chr3R:17965639-17965994	distal	distal	stage5	stage5	VT45594.1	VT45594.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0536	0.0674	0.0594	0.0318	0.0339	0.0743	0.0817	0.0946	0.0339	0.0785	0.0666	0.0785	0.0465	0.0429	0.04	0.0429	0.0334
chr3R	17965995	17966212	chr3R:17965996-17966212	distal	distal	none	none	VT45594.1	VT45594.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0404	0.0492	0.0301	0.0159	0.0461	0.0437	0.0626	0.0159	0.055	0.0566	0.055	0.0527	0.0352	0.0335	0.0352	0.0386
chr3R	17968231	17968451	chr3R:17968232-17968451	distal	distal	stage11	stage11	VT45596.1	VT45596.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0742	0.0513	0.1161	0.0539	0.0127	0.0922	0.0476	0.056	0.0127	0.192	0.1386	0.192	0.0782	0.0567	0.098	0.0567	0.0542
chr3R	17968656	17968807	chr3R:17968657-17968807	distal	distal	none	none	VT45596.1	VT45596.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0338	0.031	0.0472	0.0221	0.0223	0.0335	0.0381	0.0393	0.0223	0.0568	0.0617	0.0568	0.0318	0.013	0.0419	0.013	0.0203
chr3R	17971055	17971632	chr3R:17971056-17971632	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT45597.1	VT45597.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1655	0.133	0.2217	0.1401	0.0551	0.2233	0.1189	0.1579	0.0551	0.3448	0.1826	0.3448	0.3486	0.2351	0.1051	0.2351	0.2194
chr3R	17971808	17971977	chr3R:17971809-17971977	distal	distal	stage14	stage14	VT45597.1,VT45598.1	VT45597.1,VT45598.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0537	0.0314	0.0766	0.0535	0.0095	0.0578	0.0281	0.0333	0.0095	0.0761	0.0579	0.0761	0.1882	0.0467	0.038	0.0467	0.1157
chr3R	17972103	17972254	chr3R:17972104-17972254	distal	distal	stage14	stage14	VT45597.1,VT45598.1	VT45597.1,VT45598.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0169	0.0463	0.0382	0.0106	0.0184	0.0186	0.0266	0.0106	0.0344	0.0328	0.0344	0.1317	0.0245	0.0271	0.0245	0.0839
chr3R	17973159	17973365	chr3R:17973160-17973365	distal	distal	stage5	stage5	VT45598.1	VT45598.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0646	0.0647	0.0181	0.0138	0.1102	0.0402	0.1079	0.0138	0.0773	0.0707	0.0773	0.0713	0.0153	0.0135	0.0153	0.0208
chr3R	17973380	17973635	chr3R:17973381-17973635	distal	distal	stage5	stage5	VT45598.1	VT45598.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0633	0.0885	0.0784	0.0185	0.018	0.1383	0.0545	0.1679	0.018	0.0827	0.0974	0.0827	0.0759	0.0138	0.0161	0.0138	0.0146
chr3R	17976068	17976219	chr3R:17976069-17976219	distal	distal	none	none	VT45600.1	VT45600.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0243	0.039	0.0414	0.0085	0.0296	0.0281	0.0366	0.0085	0.0519	0.046	0.0519	0.0341	0.1003	0.06	0.1003	0.0214
chr3R	17976345	17976537	chr3R:17976346-17976537	distal	distal	stage11	stage11	VT45600.1	VT45600.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0498	0.0278	0.0585	0.0648	0.0148	0.034	0.0268	0.0473	0.0148	0.0912	0.0633	0.0912	0.0503	0.1669	0.0961	0.1669	0.0271
chr3R	17978322	17978508	chr3R:17978323-17978508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0506	0.0588	0.0529	0.0389	0.0318	0.0476	0.083	0.0866	0.0318	0.0393	0.0357	0.0393	0.0217	0.0161	0.0213	0.0161	0.0141
chr3R	17978962	17979234	chr3R:17978963-17979234	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45602.1	VT45602.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1123	0.2097	0.0952	0.0221	0.1951	0.1466	0.2729	0.3351	0.1951	0.0658	0.1296	0.0658	0.031	0.0199	0.0297	0.0199	0.012
chr3R	17979284	17979435	chr3R:17979285-17979435	distal	distal	stage5	stage5	VT45602.1	VT45602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0615	0.1059	0.0552	0.0187	0.0806	0.0704	0.1384	0.1799	0.0806	0.0368	0.0817	0.0368	0.0225	0.01	0.0329	0.01	0.0151
chr3R	17979514	17979665	chr3R:17979515-17979665	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT45602.1	VT45602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0457	0.0596	0.0491	0.0263	0.0477	0.0471	0.0735	0.0979	0.0477	0.0399	0.0646	0.0399	0.0318	0.0199	0.0503	0.0199	0.0188
chr3R	17980889	17981099	chr3R:17980890-17981099	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT45603.1	VT45603.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0369	0.0525	0.0421	0.0138	0.018	0.0757	0.0476	0.0799	0.018	0.0845	0.0325	0.0845	0.0209	0.0092	0.0116	0.0092	0.0057
chr3R	17984788	17984985	chr3R:17984789-17984985	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45605.1	VT45605.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0369	0.0432	0.0453	0.0205	0.0201	0.0563	0.0476	0.0566	0.0201	0.0737	0.0479	0.0737	0.0271	0.0214	0.0277	0.0214	0.0198
chr3R	17987471	17987622	chr3R:17987472-17987622	distal	distal	none	none	VT45606.1,VT45607.1	VT45606.1,VT45607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0354	0.0374	0.0452	0.0226	0.0255	0.0451	0.0424	0.0533	0.0255	0.0308	0.0402	0.0308	0.0457	0.0138	0.0206	0.0138	0.013
chr3R	17987798	17988165	chr3R:17987799-17988165	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45606.1,VT45607.1	VT45606.1,VT45607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0882	0.0976	0.1096	0.0542	0.0785	0.0942	0.1172	0.1426	0.0785	0.0803	0.0887	0.0803	0.0465	0.0184	0.0206	0.0184	0.0261
chr3R	17988363	17988610	chr3R:17988364-17988610	distal	distal	none	none	VT45607.1	VT45607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0468	0.0594	0.0544	0.0244	0.0276	0.0617	0.061	0.1113	0.0276	0.0465	0.0495	0.0465	0.0209	0.0092	0.0148	0.0092	0.0135
chr3R	17988850	17989100	chr3R:17988851-17989100	distal	distal	none	none	VT45607.1	VT45607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0601	0.0719	0.0836	0.021	0.0414	0.0913	0.0666	0.1153	0.0414	0.1008	0.0826	0.1008	0.0318	0.0145	0.0206	0.0145	0.0109
chr3R	17989425	17989807	chr3R:17989426-17989807	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45607.1,VT45608.1	VT45607.1,VT45608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1281	0.205	0.128	0.0422	0.176	0.1796	0.2552	0.3011	0.176	0.1818	0.1267	0.1818	0.0465	0.0436	0.0374	0.0436	0.0224
chr3R	17989942	17990317	chr3R:17989943-17990317	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45608.1	VT45608.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1101	0.132	0.1534	0.038	0.0774	0.1626	0.138	0.1925	0.0774	0.2585	0.1862	0.2585	0.0364	0.0559	0.0496	0.0559	0.0224
chr3R	17990334	17990688	chr3R:17990335-17990688	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45608.1	VT45608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1285	0.1783	0.1665	0.0312	0.1463	0.168	0.2098	0.2625	0.1463	0.1793	0.2624	0.1793	0.0349	0.0306	0.0638	0.0306	0.0151
chr3R	17990822	17991056	chr3R:17990823-17991056	distal	distal	stage11	stage11	VT45608.1,VT45609.1	VT45608.1,VT45609.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0752	0.0839	0.1076	0.0298	0.0573	0.0874	0.0999	0.1206	0.0573	0.1039	0.1707	0.1039	0.0341	0.0145	0.0677	0.0145	0.0229
chr3R	17991992	17992143	chr3R:17991993-17992143	distal	distal	none	none	VT45609.1	VT45609.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0223	0.0198	0.0274	0.0195	0.0117	0.0252	0.0255	0.022	0.0117	0.032	0.0354	0.032	0.017	0.0138	0.0387	0.0138	0.0162
chr3R	17994057	17994301	chr3R:17994058-17994301	distal	distal	stage5	stage5	VT45610.1	VT45610.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0417	0.0626	0.0393	0.021	0.035	0.0573	0.0727	0.1099	0.035	0.038	0.0392	0.038	0.0294	0.0145	0.0142	0.0145	0.0141
chr3R	17994415	17994566	chr3R:17994416-17994566	distal	distal	none	none	VT45610.1,VT45611.1	VT45610.1,VT45611.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0293	0.0274	0.0171	0.0191	0.0262	0.0372	0.0473	0.0191	0.0248	0.0322	0.0248	0.0194	0.0092	0.011	0.0092	0.0141
chr3R	17996319	17996513	chr3R:17996320-17996513	distal	distal	none	none	VT45611.1,VT45612.1	VT45611.1,VT45612.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0266	0.026	0.0329	0.0202	0.0064	0.0282	0.0285	0.0493	0.0064	0.0248	0.0495	0.0248	0.0178	0.0107	0.0368	0.0107	0.0193
chr3R	17998225	17998575	chr3R:17998226-17998575	distal	distal	none	none	VT45612.1	VT45612.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0544	0.05	0.0547	0.0589	0.0148	0.0626	0.0567	0.0733	0.0148	0.0356	0.0669	0.0356	0.0534	0.0597	0.058	0.0597	0.0771
chr3R	17998860	17999192	chr3R:17998861-17999192	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0488	0.028	0.0452	0.0759	0.0064	0.0398	0.029	0.0373	0.0064	0.032	0.036	0.032	0.0837	0.0636	0.0329	0.0636	0.1683
chr3R	17999213	17999449	chr3R:17999214-17999449	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0337	0.0232	0.0368	0.0419	0.0053	0.032	0.026	0.0313	0.0053	0.0278	0.0318	0.0278	0.0511	0.0299	0.0181	0.0299	0.0896
chr3R	18005516	18005701	chr3R:18005517-18005701	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0304	0.0399	0.0348	0.015	0.0255	0.0447	0.0536	0.0446	0.0255	0.0399	0.0379	0.0399	0.0333	0.0145	0.0181	0.0145	0.0099
chr3R	18005875	18006026	chr3R:18005876-18006026	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0395	0.028	0.0135	0.0265	0.0345	0.0644	0.0406	0.0265	0.0338	0.0299	0.0338	0.0318	0.0184	0.0116	0.0184	0.0109
chr3R	18006287	18006443	chr3R:18006288-18006443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0309	0.0346	0.0173	0.0106	0.0282	0.0428	0.046	0.0106	0.0453	0.0347	0.0453	0.0271	0.0237	0.0155	0.0237	0.0203
chr3R	18007704	18007855	chr3R:18007705-18007855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0228	0.0213	0.0288	0.018	0.0064	0.0248	0.026	0.0293	0.0064	0.026	0.0367	0.026	0.0271	0.0176	0.02	0.0176	0.0125
chr3R	18009653	18009804	chr3R:18009654-18009804	distal	distal	none	none	VT45619.1	VT45619.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0206	0.0268	0.0228	0.0111	0.0138	0.0209	0.0337	0.05	0.0138	0.0229	0.0222	0.0229	0.0194	0.0138	0.0129	0.0138	0.0078
chr3R	18010307	18010482	chr3R:18010308-18010482	distal	distal	stage5	stage5	VT45619.1	VT45619.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0269	0.0293	0.0355	0.0146	0.018	0.0291	0.029	0.054	0.018	0.0399	0.0405	0.0399	0.0411	0.0107	0.0226	0.0107	0.0146
chr3R	18010562	18010713	chr3R:18010563-18010713	distal	distal	none	none	VT45619.1	VT45619.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0272	0.0307	0.0127	0.0138	0.0296	0.0303	0.0426	0.0138	0.0326	0.0293	0.0326	0.0426	0.0138	0.0181	0.0138	0.0141
chr3R	18011833	18011984	chr3R:18011834-18011984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0171	0.0167	0.0212	0.0131	0.0032	0.0194	0.0156	0.036	0.0032	0.0272	0.0264	0.0272	0.0108	0.0214	0.0187	0.0214	0.0104
chr3R	18012007	18012224	chr3R:18012008-18012224	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.026	0.0243	0.0334	0.0199	0.0032	0.0262	0.0268	0.0446	0.0032	0.0423	0.0363	0.0423	0.0194	0.023	0.0387	0.023	0.0151
chr3R	18012255	18012406	chr3R:18012256-18012406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0202	0.0184	0.0235	0.0185	0.0095	0.0223	0.0186	0.0306	0.0095	0.0254	0.0283	0.0254	0.0186	0.0191	0.0355	0.0191	0.0151
chr3R	18012940	18013325	chr3R:18012941-18013325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0336	0.0424	0.0351	0.017	0.0403	0.0342	0.0513	0.017	0.0531	0.0457	0.0531	0.0387	0.0467	0.0438	0.0467	0.0271
chr3R	18017084	18017235	chr3R:18017085-18017235	distal	distal	stage14	stage14	VT45623.1	VT45623.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0177	0.0275	0.0251	0.0095	0.0209	0.0177	0.0273	0.0095	0.0272	0.0325	0.0272	0.0232	0.0352	0.0258	0.0352	0.0208
chr3R	18020055	18020206	chr3R:18020056-18020206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0219	0.0287	0.0173	0.0053	0.0267	0.0225	0.038	0.0053	0.0217	0.0418	0.0217	0.0232	0.0207	0.029	0.0207	0.0151
chr3R	18020366	18020517	chr3R:18020367-18020517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0302	0.0354	0.0181	0.0127	0.0345	0.0329	0.0486	0.0127	0.0199	0.0569	0.0199	0.0248	0.013	0.038	0.013	0.013
chr3R	18020732	18020941	chr3R:18020733-18020941	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0393	0.0519	0.0302	0.0106	0.0515	0.0363	0.0646	0.0106	0.0374	0.0801	0.0374	0.0349	0.026	0.0651	0.026	0.0208
chr3R	18020951	18021146	chr3R:18020952-18021146	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0421	0.0383	0.0491	0.0387	0.0138	0.0529	0.0359	0.0593	0.0138	0.0519	0.0669	0.0519	0.0325	0.0345	0.0793	0.0345	0.0313
chr3R	18021244	18021612	chr3R:18021245-18021612	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0894	0.0972	0.0973	0.072	0.0382	0.1214	0.0796	0.1832	0.0382	0.0942	0.1125	0.0942	0.1092	0.0444	0.1315	0.0444	0.0766
chr3R	18021725	18021876	chr3R:18021726-18021876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0351	0.0446	0.0354	0.0241	0.0138	0.0529	0.0424	0.0826	0.0138	0.0332	0.0408	0.0332	0.0356	0.0191	0.0413	0.0191	0.024
chr3R	18021925	18022076	chr3R:18021926-18022076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0253	0.0359	0.022	0.0171	0.0148	0.0442	0.0368	0.058	0.0148	0.0217	0.0228	0.0217	0.024	0.0184	0.0303	0.0184	0.0135
chr3R	18022268	18022633	chr3R:18022269-18022633	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0383	0.0683	0.0706	0.0127	0.0549	0.035	0.056	0.0127	0.0803	0.074	0.0803	0.0705	0.1064	0.0974	0.1064	0.0756
chr3R	18022641	18022838	chr3R:18022642-18022838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0408	0.027	0.0471	0.0492	0.0106	0.0393	0.0251	0.0373	0.0106	0.0574	0.0511	0.0574	0.0434	0.0743	0.0703	0.0743	0.0526
chr3R	18023566	18023837	chr3R:18023567-18023837	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0613	0.0294	0.0811	0.0751	0.0085	0.0515	0.0247	0.0386	0.0085	0.0393	0.0923	0.0393	0.1743	0.0513	0.1335	0.0513	0.1141
chr3R	18023838	18023989	chr3R:18023839-18023989	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0332	0.0155	0.0402	0.0453	0.0042	0.0257	0.0151	0.0187	0.0042	0.0236	0.0463	0.0236	0.0813	0.0505	0.0812	0.0505	0.0568
chr3R	18024824	18025080	chr3R:18024825-18025080	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0381	0.0224	0.0505	0.0419	0.0064	0.0335	0.0173	0.0346	0.0064	0.0429	0.0672	0.0429	0.0558	0.0421	0.1057	0.0421	0.0219
chr3R	18028395	18028546	chr3R:18028396-18028546	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0211	0.0259	0.0253	0.0113	0.0159	0.0257	0.0247	0.0506	0.0159	0.0236	0.0312	0.0236	0.0186	0.0092	0.0155	0.0092	0.0115
chr3R	18029955	18030106	chr3R:18029956-18030106	distal	distal	none	none	VT45630.1	VT45630.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0209	0.0288	0.0121	0.0074	0.0262	0.019	0.0346	0.0074	0.026	0.0254	0.026	0.0163	0.0107	0.009	0.0107	0.0094
chr3R	18030434	18030660	chr3R:18030435-18030660	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45630.1	VT45630.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0457	0.0414	0.0623	0.0322	0.0148	0.0461	0.042	0.0733	0.0148	0.0362	0.0508	0.0362	0.0318	0.0214	0.0161	0.0214	0.0151
chr3R	18030667	18030818	chr3R:18030668-18030818	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45630.1	VT45630.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0271	0.0284	0.0344	0.0177	0.0074	0.0345	0.0298	0.046	0.0074	0.0242	0.0302	0.0242	0.0217	0.01	0.0148	0.01	0.0094
chr3R	18030842	18030999	chr3R:18030843-18030999	distal	distal	none	none	VT45630.1	VT45630.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0231	0.0306	0.0152	0.0064	0.0282	0.0238	0.0393	0.0064	0.0217	0.026	0.0217	0.0248	0.01	0.0135	0.01	0.0094
chr3R	18031248	18031399	chr3R:18031249-18031399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0203	0.0185	0.0164	0.0085	0.0223	0.0242	0.032	0.0085	0.0133	0.0215	0.0133	0.0201	0.0115	0.0316	0.0115	0.0083
chr3R	18035572	18035723	chr3R:18035573-18035723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0214	0.0287	0.0134	0.0064	0.0218	0.0294	0.03	0.0064	0.0229	0.027	0.0229	0.0217	0.0069	0.0077	0.0069	0.0078
chr3R	18035956	18036190	chr3R:18035957-18036190	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0385	0.0391	0.0404	0.0358	0.0138	0.0442	0.0558	0.046	0.0138	0.035	0.0344	0.035	0.0225	0.0061	0.011	0.0061	0.0146
chr3R	18036337	18036495	chr3R:18036338-18036495	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0253	0.0284	0.0248	0.0095	0.0291	0.0337	0.0306	0.0095	0.0248	0.0235	0.0248	0.0209	0.0054	0.0084	0.0054	0.0135
chr3R	18037359	18037529	chr3R:18037360-18037529	FBgn0038934	Gld2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0287	0.0492	0.0223	0.0127	0.0403	0.0422	0.0709	0.0606	0.0403	0.0229	0.0222	0.0229	0.0201	0.0145	0.009	0.0145	0.0115
chr3R	18037862	18038013	chr3R:18037863-18038013	FBgn0038934	Gld2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0303	0.0296	0.0157	0.0106	0.0374	0.0381	0.04	0.0106	0.026	0.0318	0.026	0.0364	0.0222	0.0148	0.0222	0.0156
chr3R	18043321	18043536	chr3R:18043322-18043536	distal	distal	stage11	stage11	VT45636.1	VT45636.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0278	0.0212	0.0391	0.0227	0.0032	0.0301	0.0234	0.0273	0.0032	0.0248	0.0315	0.0248	0.031	0.0168	0.0206	0.0168	0.0109
chr3R	18043785	18043982	chr3R:18043786-18043982	distal	distal	stage11	stage11	VT45636.1	VT45636.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0226	0.0425	0.022	0.0021	0.0296	0.0208	0.0406	0.0021	0.0254	0.0238	0.0254	0.0225	0.0084	0.0116	0.0084	0.0099
chr3R	18044183	18044334	chr3R:18044184-18044334	distal	distal	stage11	stage11	VT45636.1,VT45637.1	VT45636.1,VT45637.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0197	0.0275	0.0142	0.0053	0.0243	0.0199	0.0346	0.0053	0.0151	0.019	0.0151	0.0209	0.01	0.0077	0.01	0.0115
chr3R	18044887	18045047	chr3R:18044888-18045047	distal	distal	stage5	stage5	VT45637.1	VT45637.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0276	0.033	0.0396	0.0085	0.017	0.0257	0.0234	0.0873	0.017	0.0211	0.0624	0.0211	0.0232	0.0069	0.0071	0.0069	0.0078
chr3R	18046250	18046429	chr3R:18046251-18046429	distal	distal	none	none	VT45637.1	VT45637.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0373	0.0532	0.0393	0.0174	0.0339	0.0539	0.0597	0.0866	0.0339	0.0338	0.0405	0.0338	0.0473	0.0153	0.0142	0.0153	0.0193
chr3R	18046496	18046681	chr3R:18046497-18046681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.041	0.0251	0.013	0.0255	0.049	0.048	0.0526	0.0255	0.0236	0.0235	0.0236	0.0356	0.0092	0.0103	0.0092	0.0151
chr3R	18046713	18046864	chr3R:18046714-18046864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0222	0.0292	0.0231	0.0134	0.0042	0.0422	0.0311	0.042	0.0042	0.0242	0.0251	0.0242	0.0318	0.0061	0.0116	0.0061	0.0182
chr3R	18046991	18047150	chr3R:18046992-18047150	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0284	0.036	0.0288	0.0194	0.0148	0.0466	0.0376	0.0533	0.0148	0.0278	0.0296	0.0278	0.0449	0.0184	0.0161	0.0184	0.0271
chr3R	18047235	18047474	chr3R:18047236-18047474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0315	0.0578	0.0235	0.011	0.0329	0.0573	0.0683	0.0893	0.0329	0.0248	0.0264	0.0248	0.0225	0.0115	0.009	0.0115	0.0109
chr3R	18048331	18048482	chr3R:18048332-18048482	distal	distal	none	none	VT45639.1	VT45639.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0237	0.0379	0.0237	0.0077	0.0117	0.035	0.0407	0.072	0.0117	0.0296	0.0228	0.0296	0.0108	0.0069	0.0039	0.0069	0.0063
chr3R	18049143	18049350	chr3R:18049144-18049350	distal	distal	stage5	stage5	VT45639.1	VT45639.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0409	0.0599	0.0397	0.021	0.0233	0.0636	0.0523	0.1226	0.0233	0.0435	0.0392	0.0435	0.0263	0.0145	0.0116	0.0145	0.0094
chr3R	18052604	18052868	chr3R:18052605-18052868	distal	distal	none	none	VT45641.1	VT45641.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0298	0.0254	0.0352	0.0288	0.0074	0.0267	0.0281	0.0466	0.0074	0.038	0.0408	0.038	0.0395	0.0207	0.0361	0.0207	0.0276
chr3R	18061996	18062179	chr3R:18061997-18062179	distal	distal	stage14	stage14	VT45646.1	VT45646.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0313	0.0241	0.0219	0.0064	0.0481	0.0221	0.056	0.0064	0.0199	0.0225	0.0199	0.0263	0.0145	0.0123	0.0145	0.012
chr3R	18062206	18062485	chr3R:18062207-18062485	distal	distal	stage14	stage14	VT45646.1	VT45646.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0339	0.032	0.027	0.0434	0.0064	0.0466	0.0247	0.0593	0.0064	0.0248	0.0267	0.0248	0.0186	0.0245	0.0219	0.0245	0.0193
chr3R	18062718	18062888	chr3R:18062719-18062888	distal	distal	none	none	VT45646.1	VT45646.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.021	0.0171	0.0188	0.0277	0.0053	0.0189	0.0182	0.0306	0.0053	0.0181	0.0145	0.0181	0.0155	0.0168	0.0142	0.0168	0.0073
chr3R	18077097	18077248	chr3R:18077098-18077248	distal	distal	none	none	VT45649.1	VT45649.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0103	0.007	0.0071	0.0175	0	0.0049	0.0082	0.0167	0	0.0054	0.0048	0.0054	0.0031	0.0061	0.0039	0.0061	0.0068
chr3R	18077413	18077564	chr3R:18077414-18077564	distal	distal	none	none	VT45649.1	VT45649.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0079	0.0123	0.0163	0.0053	0.0083	0.0099	0.0113	0.0053	0.0085	0.0087	0.0085	0.0062	0.0054	0.0071	0.0054	0.0036
chr3R	18077973	18078173	chr3R:18077974-18078173	distal	distal	stage14	stage14	VT45649.1	VT45649.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0193	0.0288	0.0322	0.0053	0.0277	0.0177	0.0293	0.0053	0.0145	0.0199	0.0145	0.017	0.0145	0.0103	0.0145	0.0099
chr3R	18080988	18081139	chr3R:18080989-18081139	distal	distal	none	none	VT45651.1	VT45651.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0134	0.0157	0.0157	0.0082	0	0.018	0.013	0.036	0	0.0157	0.019	0.0157	0.007	0.0061	0.009	0.0061	0.0047
chr3R	18081192	18081343	chr3R:18081193-18081343	distal	distal	none	none	VT45651.1	VT45651.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0178	0.0208	0.0209	0.0109	0.0064	0.0228	0.0173	0.0453	0.0064	0.0223	0.0219	0.0223	0.0116	0.0038	0.0142	0.0038	0.0068
chr3R	18082112	18082263	chr3R:18082113-18082263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.01	0.0142	0.0205	0.0011	0.0146	0.0104	0.0153	0.0011	0.0181	0.0109	0.0181	0.0108	0.0084	0.0097	0.0084	0.0089
chr3R	18082853	18083004	chr3R:18082854-18083004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0168	0.0183	0.0205	0.0021	0.0204	0.0199	0.0273	0.0021	0.0205	0.0148	0.0205	0.0201	0.0069	0.0077	0.0069	0.0078
chr3R	18085881	18086050	chr3R:18085882-18086050	distal	distal	none	none	VT45654.1	VT45654.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0281	0.0189	0.0379	0.0274	0.0064	0.0228	0.0147	0.0386	0.0064	0.0326	0.0241	0.0326	0.0163	0.0115	0.0148	0.0115	0.0125
chr3R	18086164	18086348	chr3R:18086165-18086348	distal	distal	none	none	VT45654.1	VT45654.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0237	0.0343	0.0221	0.0074	0.0291	0.0238	0.0406	0.0074	0.0368	0.0222	0.0368	0.0178	0.0092	0.0135	0.0092	0.0167
chr3R	18086653	18086817	chr3R:18086654-18086817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0137	0.0216	0.0315	0.0021	0.016	0.0173	0.0213	0.0021	0.0151	0.0164	0.0151	0.0139	0.0115	0.009	0.0115	0.0177
chr3R	18087280	18087431	chr3R:18087281-18087431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0152	0.0122	0.015	0.0188	0.0032	0.0131	0.0112	0.024	0.0032	0.0115	0.0138	0.0115	0.0116	0.01	0.0064	0.01	0.0089
chr3R	18094622	18094835	chr3R:18094623-18094835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.0217	0.026	0.0279	0.0053	0.0311	0.0208	0.032	0.0053	0.0278	0.0219	0.0278	0.024	0.0123	0.0155	0.0123	0.0109
chr3R	18095274	18095425	chr3R:18095275-18095425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0152	0.018	0.0226	0.0053	0.0175	0.016	0.0253	0.0053	0.0199	0.019	0.0199	0.0093	0.01	0.0097	0.01	0.0089
chr3R	18095958	18096198	chr3R:18095959-18096198	distal	distal	stage14	stage14	VT45661.1	VT45661.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.0198	0.0301	0.0443	0.0042	0.0248	0.0225	0.0313	0.0042	0.0296	0.0264	0.0296	0.0263	0.0199	0.0129	0.0199	0.0125
chr3R	18096908	18097059	chr3R:18096909-18097059	distal	distal	none	none	VT45661.1	VT45661.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.015	0.0173	0.0141	0.0011	0.0214	0.0138	0.0253	0.0011	0.0127	0.0154	0.0127	0.017	0.0077	0.009	0.0077	0.0099
chr3R	18098924	18099075	chr3R:18098925-18099075	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.0152	0.0184	0.0205	0.0074	0.018	0.0147	0.026	0.0074	0.0181	0.0212	0.0181	0.0093	0.01	0.0135	0.01	0.0162
chr3R	18105512	18105663	chr3R:18105513-18105663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0097	0.0124	0.0106	0.0064	0.0117	0.0125	0.0113	0.0064	0.0169	0.0125	0.0169	0.0093	0.0038	0.0077	0.0038	0.0063
chr3R	18113522	18113736	chr3R:18113523-18113736	distal	distal	none	none	VT45670.1	VT45670.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0207	0.0272	0.0226	0.0032	0.0291	0.0203	0.0346	0.0032	0.0308	0.0289	0.0308	0.0279	0.0283	0.0187	0.0283	0.0193
chr3R	18114080	18114231	chr3R:18114081-18114231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.013	0.0212	0.0136	0	0.016	0.0138	0.0233	0	0.0217	0.0235	0.0217	0.0178	0.0092	0.0142	0.0092	0.0083
chr3R	18131780	18131931	chr3R:18131781-18131931	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0068	0.0051	0.0069	0.0085	0.0021	0.0044	0.0099	0.0033	0.0021	0.0036	0.0074	0.0036	8e-04	0.0015	0.0013	0.0015	0.0042
chr3R	18136475	18136626	chr3R:18136476-18136626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0189	0.0212	0.0207	0.0138	0.0146	0.0298	0.022	0.0138	0.0332	0.019	0.0332	0.0194	0.0406	0.0142	0.0406	0.0234
chr3R	18149887	18150104	chr3R:18149888-18150104	FBgn0263117	CG34377	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.031	0.0158	0.0316	0.0472	0.0085	0.0262	0.0173	0.0127	0.0085	0.0845	0.0193	0.0845	0.0124	0.1669	0.0226	0.1669	0.0146
chr3R	18150231	18150478	chr3R:18150232-18150478	FBgn0263117	CG34377	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0407	0.0153	0.0515	0.0572	0.0021	0.0277	0.0151	0.016	0.0021	0.1612	0.0222	0.1612	0.0201	0.2159	0.0297	0.2159	0.0141
chr3R	18150684	18150892	chr3R:18150685-18150892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0182	0.0076	0.0209	0.0269	0.0011	0.0063	0.0134	0.008	0.0011	0.0634	0.009	0.0634	0.0108	0.1041	0.0097	0.1041	0.0083
chr3R	18150922	18151073	chr3R:18150923-18151073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0129	0.0064	0.0148	0.0181	0	0.0078	0.0117	0.0053	0	0.038	0.0087	0.038	0.0093	0.072	0.0052	0.072	0.0052
chr3R	18154908	18155059	chr3R:18154909-18155059	FBgn0038941	CG7080	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0111	0.0173	0.0199	0.0106	0.0068	0.0186	0.012	0.0106	0.0169	0.026	0.0169	0.0093	0.0084	0.0574	0.0084	0.0083
chr3R	18161325	18161476	chr3R:18161326-18161476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0115	0.0082	0.0112	0.0155	0.0032	0.0112	0.0125	0.0067	0.0032	0.0193	0.0087	0.0193	0.0101	0.0551	0.009	0.0551	0.0068
chr3R	18166854	18167005	chr3R:18166855-18167005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0194	0.0306	0.0227	0.0064	0.0165	0.0359	0.0193	0.0064	0.0471	0.0283	0.0471	0.0372	0.0375	0.0226	0.0375	0.0328
chr3R	18173023	18173174	chr3R:18173024-18173174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.013	0.0111	0.0236	0.0036	0.0064	0.0146	0.0134	0.012	0.0064	0.0634	0.009	0.0634	0.031	0.0077	0.0019	0.0077	0.0031
chr3R	18173200	18173351	chr3R:18173201-18173351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.015	0.0121	0.0266	0.0056	0.0021	0.0136	0.019	0.0127	0.0021	0.0616	0.0161	0.0616	0.0364	0.0077	0.0039	0.0077	0.0078
chr3R	18173363	18173541	chr3R:18173364-18173541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.015	0.0116	0.0265	0.0061	0.0042	0.0146	0.016	0.0133	0.0042	0.0634	0.0141	0.0634	0.0333	0.0107	0.0052	0.0107	0.0047
chr3R	18173766	18174025	chr3R:18173767-18174025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.021	0.0182	0.0345	0.0093	0.0064	0.0209	0.0324	0.0113	0.0064	0.0851	0.0186	0.0851	0.0426	0.0107	0.0084	0.0107	0.012
chr3R	18174300	18174451	chr3R:18174301-18174451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0152	0.01	0.0277	0.0074	0.0032	0.0107	0.0173	0.0067	0.0032	0.0779	0.0125	0.0779	0.0263	0.0153	0.0058	0.0153	0.0068
chr3R	18174604	18174854	chr3R:18174605-18174854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0192	0.0133	0.034	0.0096	0.0032	0.0184	0.0195	0.0107	0.0032	0.0984	0.0122	0.0984	0.0395	0.0153	0.0103	0.0153	0.0104
chr3R	18182187	18182411	chr3R:18182188-18182411	FBgn0038947	sar1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2336	0.2014	0.2878	0.21	0.122	0.2519	0.2301	0.2512	0.122	0.3623	0.3029	0.3623	0.282	0.2374	0.2121	0.2374	0.2449
chr3R	18182763	18182948	chr3R:18182764-18182948	FBgn0038947	sar1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1547	0.1115	0.2056	0.1471	0.0488	0.1718	0.0969	0.1566	0.0488	0.2361	0.2312	0.2361	0.2022	0.1493	0.1857	0.1493	0.1714
chr3R	18183041	18183192	chr3R:18183042-18183192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0673	0.0565	0.0871	0.0578	0.0265	0.0922	0.0506	0.0673	0.0265	0.1081	0.0945	0.1081	0.0937	0.0413	0.0748	0.0413	0.0787
chr3R	18187999	18188185	chr3R:18188000-18188185	FBgn0038948,FBgn0083967,FBgn0260467	CG7071,PSR,muted	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1805	0.1544	0.2268	0.1588	0.0901	0.2005	0.1605	0.2179	0.0901	0.2772	0.2437	0.2772	0.2262	0.1662	0.1605	0.1662	0.1839
chr3R	18188261	18188437	chr3R:18188262-18188437	FBgn0038948,FBgn0083967,FBgn0260467	CG7071,PSR,muted	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2124	0.1724	0.2657	0.1986	0.1304	0.2175	0.1713	0.2412	0.1304	0.3188	0.2875	0.3188	0.2517	0.1998	0.2076	0.1998	0.2392
chr3R	18188493	18188693	chr3R:18188494-18188693	FBgn0038948,FBgn0083967,FBgn0260467	CG7071,PSR,muted	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1407	0.1105	0.1758	0.1358	0.0817	0.1451	0.1068	0.1526	0.0817	0.2132	0.1833	0.2132	0.1851	0.147	0.1386	0.147	0.1798
chr3R	18191374	18191525	chr3R:18191375-18191525	FBgn0038950	CG5382	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0522	0.0813	0.0514	0.0265	0.0592	0.0614	0.0779	0.0265	0.0906	0.0974	0.0906	0.079	0.062	0.0522	0.062	0.0667
chr3R	18191645	18191808	chr3R:18191646-18191808	FBgn0038950	CG5382	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.106	0.0885	0.1374	0.0912	0.0604	0.1097	0.0904	0.1239	0.0604	0.1703	0.1505	0.1703	0.1425	0.0972	0.089	0.0972	0.1167
chr3R	18192683	18192834	chr3R:18192684-18192834	FBgn0003178,FBgn0038951	CG5380,PyK	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0379	0.0749	0.0501	0.017	0.0466	0.0454	0.0493	0.017	0.09	0.0746	0.09	0.0813	0.0605	0.0529	0.0605	0.0589
chr3R	18192876	18193050	chr3R:18192877-18193050	FBgn0003178,FBgn0038951	CG5380,PyK	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1072	0.0786	0.1404	0.1028	0.0498	0.1039	0.0822	0.1006	0.0498	0.1721	0.1482	0.1721	0.1472	0.111	0.1103	0.111	0.1251
chr3R	18193112	18193312	chr3R:18193113-18193312	FBgn0003178,FBgn0038951	CG5380,PyK	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1449	0.1265	0.1712	0.1365	0.0827	0.1626	0.1319	0.1659	0.0827	0.2005	0.1904	0.2005	0.1743	0.1547	0.1444	0.1547	0.1694
chr3R	18193464	18193616	chr3R:18193465-18193616	FBgn0003178,FBgn0038951	CG5380,PyK	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0489	0.0562	0.0459	0.044	0.0392	0.0597	0.061	0.0866	0.0392	0.0477	0.0463	0.0477	0.0558	0.0406	0.0471	0.0406	0.0547
chr3R	18194068	18194324	chr3R:18194069-18194324	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0596	0.0675	0.1395	0.0392	0.084	0.0554	0.0826	0.0392	0.055	0.0572	0.055	0.1278	0.157	0.0729	0.157	0.1793
chr3R	18194464	18194615	chr3R:18194465-18194615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0366	0.0317	0.0319	0.0473	0.018	0.0306	0.0394	0.0466	0.018	0.0296	0.028	0.0296	0.0465	0.0306	0.0258	0.0306	0.037
chr3R	18194778	18194944	chr3R:18194779-18194944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0697	0.0673	0.0701	0.0721	0.0276	0.0835	0.0666	0.1113	0.0276	0.0562	0.0669	0.0562	0.0806	0.0743	0.0387	0.0743	0.0594
chr3R	18195513	18195664	chr3R:18195514-18195664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0358	0.038	0.0353	0.0338	0.017	0.0519	0.0437	0.044	0.017	0.0296	0.0373	0.0296	0.0503	0.0345	0.0232	0.0345	0.0229
chr3R	18200891	18201081	chr3R:18200892-18201081	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0504	0.0621	0.0598	0.0272	0.0414	0.0592	0.0631	0.1086	0.0414	0.0459	0.1003	0.0459	0.038	0.0184	0.0748	0.0184	0.0135
chr3R	18201295	18201471	chr3R:18201296-18201471	FBgn0038953	CG18596	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.0805	0.1121	0.0742	0.0583	0.0927	0.0895	0.1079	0.0583	0.1268	0.1305	0.1268	0.1193	0.0766	0.0877	0.0766	0.0855
chr3R	18201546	18201726	chr3R:18201547-18201726	FBgn0038953	CG18596	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.1143	0.1491	0.1021	0.0806	0.134	0.1228	0.1572	0.0806	0.1751	0.1714	0.1751	0.1487	0.1072	0.1122	0.1072	0.1073
chr3R	18205731	18205907	chr3R:18205732-18205907	FBgn0083985	CG34149	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0913	0.081	0.1036	0.0893	0.053	0.0932	0.0882	0.1206	0.053	0.1099	0.1264	0.1099	0.1139	0.085	0.0941	0.085	0.1183
chr3R	18206043	18206194	chr3R:18206044-18206194	FBgn0083985	CG34149	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0379	0.0514	0.0338	0.0244	0.0427	0.0428	0.0546	0.0244	0.0586	0.064	0.0586	0.0534	0.0245	0.0335	0.0245	0.0469
chr3R	18206219	18206480	chr3R:18206220-18206480	FBgn0083985	CG34149	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0415	0.0598	0.0351	0.0255	0.0466	0.0506	0.0566	0.0255	0.067	0.073	0.067	0.0682	0.0345	0.0419	0.0345	0.0464
chr3R	18206648	18206857	chr3R:18206649-18206857	FBgn0263047	CG43342	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.042	0.0603	0.0422	0.0308	0.0476	0.0489	0.052	0.0308	0.0743	0.0656	0.0743	0.0705	0.0528	0.0522	0.0528	0.0532
chr3R	18206935	18207117	chr3R:18206936-18207117	FBgn0263047	CG43342	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.086	0.076	0.1027	0.079	0.0445	0.0956	0.0843	0.1006	0.0445	0.119	0.1177	0.119	0.1123	0.0888	0.0922	0.0888	0.1094
chr3R	18207246	18207397	chr3R:18207247-18207397	FBgn0263047,FBgn0263048	CG43342,CG43343	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.041	0.0393	0.0495	0.0337	0.0286	0.0515	0.0437	0.0473	0.0286	0.0592	0.0566	0.0592	0.0542	0.0299	0.0361	0.0299	0.0542
chr3R	18207679	18207830	chr3R:18207680-18207830	FBgn0263048	CG43343	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0228	0.0269	0.0184	0.0085	0.0223	0.0298	0.0366	0.0085	0.0248	0.0315	0.0248	0.0318	0.0145	0.0232	0.0145	0.0219
chr3R	18215445	18215596	chr3R:18215446-18215596	FBgn0038957	CG7059	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0298	0.0143	0.0124	0.0255	0.0262	0.0385	0.0406	0.0255	0.0103	0.018	0.0103	0.017	0.0038	0.0052	0.0038	0.0083
chr3R	18215653	18216045	chr3R:18215654-18216045	FBgn0038957	CG7059	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0542	0.1017	0.0343	0.023	0.0901	0.084	0.1375	0.1319	0.0901	0.0157	0.046	0.0157	0.0356	0.0107	0.0213	0.0107	0.0177
chr3R	18216101	18216252	chr3R:18216102-18216252	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0324	0.0184	0.0152	0.0329	0.0291	0.0415	0.042	0.0329	0.0115	0.0215	0.0115	0.0163	0.0046	0.0129	0.0046	0.0099
chr3R	18222183	18222361	chr3R:18222184-18222361	FBgn0051162,FBgn0051165	tRNA:CR31162,tRNA:CR31165	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.068	0.1089	0.0642	0.0263	0.0965	0.1049	0.1488	0.1252	0.0965	0.0966	0.0685	0.0966	0.0635	0.0245	0.0174	0.0245	0.0469
chr3R	18222517	18222710	chr3R:18222518-18222710	FBgn0051162,FBgn0051165,FBgn0051167	tRNA:CR31162,tRNA:CR31165,tRNA:CR31167	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1162	0.1508	0.1232	0.0699	0.1389	0.1524	0.1847	0.1845	0.1389	0.1649	0.1228	0.1649	0.1317	0.0789	0.0658	0.0789	0.0948
chr3R	18222902	18223080	chr3R:18222903-18223080	FBgn0051162,FBgn0051166,FBgn0051167	tRNA:CR31162,tRNA:CR31166,tRNA:CR31167	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2254	0.2321	0.2538	0.1867	0.1813	0.2612	0.279	0.2751	0.1813	0.3086	0.2804	0.3086	0.2502	0.1899	0.1973	0.1899	0.2366
chr3R	18223195	18223371	chr3R:18223196-18223371	FBgn0051166,FBgn0051167	tRNA:CR31166,tRNA:CR31167	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1932	0.1969	0.2201	0.1596	0.1421	0.2184	0.2357	0.2598	0.1421	0.282	0.2395	0.282	0.2099	0.157	0.1741	0.157	0.1902
chr3R	18223499	18223650	chr3R:18223500-18223650	FBgn0051166	tRNA:CR31166	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.045	0.0508	0.0273	0.0339	0.0466	0.0597	0.0566	0.0339	0.0616	0.0633	0.0616	0.0372	0.0253	0.0335	0.0253	0.036
chr3R	18236332	18236483	chr3R:18236333-18236483	FBgn0038961	CG13850	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0315	0.056	0.0421	0.0127	0.0422	0.0372	0.036	0.0127	0.0719	0.0585	0.0719	0.0713	0.0544	0.0413	0.0544	0.0594
chr3R	18236569	18236746	chr3R:18236570-18236746	FBgn0038961,FBgn0261279	CG13850,lqfR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1374	0.0933	0.1675	0.1536	0.052	0.1252	0.0908	0.1286	0.052	0.1975	0.1939	0.1975	0.1844	0.1708	0.1683	0.1708	0.2006
chr3R	18236933	18237107	chr3R:18236934-18237107	FBgn0038961,FBgn0261279	CG13850,lqfR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1183	0.0761	0.1476	0.1333	0.0361	0.1063	0.0766	0.1073	0.0361	0.1624	0.1666	0.1624	0.1735	0.1279	0.1502	0.1279	0.1834
chr3R	18237199	18237476	chr3R:18237200-18237476	FBgn0261279	lqfR	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0816	0.0528	0.0991	0.0944	0.018	0.082	0.0493	0.07	0.018	0.1123	0.1061	0.1123	0.1379	0.0911	0.109	0.0911	0.1277
chr3R	18237579	18237768	chr3R:18237580-18237768	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0446	0.0238	0.0494	0.0627	0.0064	0.0383	0.0208	0.0306	0.0064	0.0344	0.0514	0.0344	0.1046	0.0513	0.069	0.0513	0.1006
chr3R	18237904	18238064	chr3R:18237905-18238064	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0243	0.0358	0.0326	0.0064	0.0311	0.0303	0.0333	0.0064	0.0254	0.0328	0.0254	0.0852	0.0222	0.0245	0.0222	0.0688
chr3R	18244434	18244693	chr3R:18244435-18244693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0435	0.0553	0.0281	0.0159	0.0636	0.0428	0.062	0.0159	0.0749	0.0598	0.0749	0.0775	0.0406	0.0251	0.0406	0.0433
chr3R	18244869	18245083	chr3R:18244870-18245083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0349	0.035	0.0464	0.022	0.0127	0.0553	0.0363	0.0413	0.0127	0.0592	0.0482	0.0592	0.0751	0.0329	0.0174	0.0329	0.0339
chr3R	18246444	18246644	chr3R:18246445-18246644	FBgn0038964,FBgn0038965	Nop56,mats	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0824	0.0639	0.1028	0.0808	0.0297	0.0888	0.0653	0.0906	0.0297	0.1389	0.1109	0.1389	0.1139	0.0819	0.0909	0.0819	0.111
chr3R	18246740	18246920	chr3R:18246741-18246920	FBgn0038964,FBgn0038965	Nop56,mats	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1778	0.1528	0.2088	0.1717	0.1166	0.1956	0.1587	0.1979	0.1166	0.2663	0.2293	0.2663	0.2192	0.1715	0.1805	0.1715	0.211
chr3R	18247244	18247411	chr3R:18247245-18247411	FBgn0038964,FBgn0038965	Nop56,mats	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0431	0.0319	0.0542	0.0433	0.0074	0.0476	0.0333	0.044	0.0074	0.0713	0.0598	0.0713	0.0658	0.0459	0.0426	0.0459	0.0636
chr3R	18249222	18249373	chr3R:18249223-18249373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0184	0.0286	0.0304	0.0042	0.0252	0.0238	0.0193	0.0042	0.0236	0.028	0.0236	0.0589	0.0214	0.0142	0.0214	0.075
chr3R	18250676	18250862	chr3R:18250677-18250862	FBgn0038966	pinta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0558	0.0492	0.0669	0.051	0.0329	0.0573	0.0571	0.068	0.0329	0.0574	0.0884	0.0574	0.0736	0.0498	0.058	0.0498	0.0683
chr3R	18257425	18257576	chr3R:18257426-18257576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0089	0.0083	0.009	0.0095	0.0064	0.0092	0.0112	0.01	0.0064	0.0048	0.0158	0.0048	0.007	0.0069	0.0251	0.0069	0.0063
chr3R	18257913	18258064	chr3R:18257914-18258064	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0141	0.008	0.0141	0.021	0.0011	0.0092	0.0117	0.0107	0.0011	0.0097	0.0251	0.0097	0.0085	0.0069	0.078	0.0069	0.0047
chr3R	18264450	18264601	chr3R:18264451-18264601	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.0122	0.018	0.0164	0.0021	0.0136	0.0199	0.014	0.0021	0.0205	0.0196	0.0205	0.0248	0.0138	0.0387	0.0138	0.0141
chr3R	18272035	18272186	chr3R:18272036-18272186	FBgn0038968	CG12499	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.04	0.0563	0.0366	0.0223	0.0417	0.0523	0.056	0.0223	0.0688	0.0643	0.0688	0.055	0.0398	0.038	0.0398	0.0443
chr3R	18272286	18272480	chr3R:18272287-18272480	FBgn0038968	CG12499	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0892	0.0861	0.1048	0.0756	0.0551	0.1112	0.0913	0.1133	0.0551	0.1226	0.1232	0.1226	0.0984	0.0827	0.0812	0.0827	0.1042
chr3R	18272821	18273145	chr3R:18272822-18273145	FBgn0085317	CG34288	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.066	0.0608	0.0813	0.055	0.0297	0.0718	0.0856	0.0666	0.0297	0.0845	0.0884	0.0845	0.1154	0.0459	0.0503	0.0459	0.098
chr3R	18273192	18273438	chr3R:18273193-18273438	FBgn0085317,FBgn0085405	CG34288,CG34376	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1023	0.082	0.1183	0.1075	0.0488	0.099	0.099	0.0973	0.0488	0.1353	0.1219	0.1353	0.1789	0.0926	0.1012	0.0926	0.1673
chr3R	18273644	18273876	chr3R:18273645-18273876	FBgn0085405	CG34376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1296	0.0876	0.1647	0.138	0.0467	0.1345	0.0934	0.0979	0.0467	0.1902	0.1695	0.1902	0.2277	0.1355	0.1212	0.1355	0.2048
chr3R	18274169	18274460	chr3R:18274170-18274460	FBgn0085405	CG34376	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0561	0.0359	0.0681	0.0653	0.0138	0.0471	0.0424	0.0486	0.0138	0.0773	0.0704	0.0773	0.0968	0.0299	0.0542	0.0299	0.1318
chr3R	18274751	18274952	chr3R:18274752-18274952	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0384	0.0279	0.0472	0.0404	0.0106	0.0442	0.032	0.0233	0.0106	0.0393	0.0341	0.0393	0.1278	0.0222	0.0271	0.0222	0.0948
chr3R	18275373	18275588	chr3R:18275374-18275588	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0476	0.032	0.0656	0.0454	0.0095	0.0544	0.0381	0.0247	0.0095	0.0368	0.0376	0.0368	0.2308	0.0207	0.0181	0.0207	0.124
chr3R	18275683	18275900	chr3R:18275684-18275900	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0461	0.0421	0.0551	0.0407	0.0138	0.0568	0.0688	0.0293	0.0138	0.0362	0.0392	0.0362	0.1665	0.0191	0.0258	0.0191	0.1053
chr3R	18280116	18281166	chr3R:18280117-18281166	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1243	0.0829	0.1378	0.1558	0.0223	0.1214	0.1103	0.074	0.0223	0.1238	0.1006	0.1238	0.3834	0.0865	0.0993	0.0865	0.3992
chr3R	18281249	18281400	chr3R:18281250-18281400	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0219	0.0297	0.0333	0.0074	0.0282	0.0303	0.0227	0.0074	0.0344	0.0225	0.0344	0.0643	0.0184	0.0097	0.0184	0.0948
chr3R	18281680	18281888	chr3R:18281681-18281888	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0315	0.0197	0.0367	0.039	0.0074	0.0277	0.0264	0.018	0.0074	0.0417	0.0293	0.0417	0.0868	0.0322	0.0123	0.0322	0.1053
chr3R	18287045	18287196	chr3R:18287046-18287196	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0267	0.0247	0.017	0.0127	0.0316	0.0389	0.0247	0.0127	0.0211	0.0257	0.0211	0.0434	0.0069	0.0103	0.0069	0.0422
chr3R	18287449	18287605	chr3R:18287450-18287605	FBgn0028688	Rpn7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0561	0.051	0.0659	0.051	0.0382	0.0563	0.0636	0.062	0.0382	0.0743	0.0691	0.0743	0.0844	0.0413	0.0458	0.0413	0.0823
chr3R	18287708	18287883	chr3R:18287709-18287883	FBgn0028688,FBgn0263351	AP-50,Rpn7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1518	0.1356	0.1768	0.1425	0.1018	0.1529	0.1592	0.1699	0.1018	0.2168	0.1926	0.2168	0.1642	0.1501	0.1509	0.1501	0.1699
chr3R	18288053	18288245	chr3R:18288054-18288245	FBgn0028688,FBgn0263351	AP-50,Rpn7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1391	0.1243	0.1595	0.1334	0.0912	0.1432	0.1479	0.1512	0.0912	0.1908	0.1839	0.1908	0.1387	0.1271	0.1406	0.1271	0.1756
chr3R	18288309	18288460	chr3R:18288310-18288460	FBgn0263351	AP-50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0533	0.0464	0.0645	0.0489	0.0255	0.0524	0.064	0.0513	0.0255	0.0803	0.0666	0.0803	0.062	0.0421	0.0471	0.0421	0.0724
chr3R	18290394	18290545	chr3R:18290395-18290545	FBgn0038972	CG7054	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0267	0.0242	0.0265	0.0298	0.0106	0.0204	0.0316	0.0406	0.0106	0.0278	0.0277	0.0278	0.0395	0.0123	0.0542	0.0123	0.0485
chr3R	18293777	18293972	chr3R:18293778-18293972	FBgn0038974,FBgn0038975	CG5377,Nrx-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0791	0.068	0.0924	0.0767	0.0509	0.0811	0.0796	0.0846	0.0509	0.1117	0.0987	0.1117	0.1216	0.0674	0.0909	0.0674	0.1183
chr3R	18294059	18294210	chr3R:18294060-18294210	FBgn0038974,FBgn0038975	CG5377,Nrx-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0194	0.0302	0.0376	0.0074	0.0218	0.0225	0.0273	0.0074	0.0308	0.0315	0.0308	0.0457	0.0268	0.049	0.0268	0.0532
chr3R	18294362	18294513	chr3R:18294363-18294513	FBgn0038975	Nrx-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0242	0.0244	0.0201	0.0127	0.0325	0.0242	0.036	0.0127	0.0368	0.0244	0.0368	0.0225	0.0123	0.0168	0.0123	0.0151
chr3R	18294625	18294852	chr3R:18294626-18294852	FBgn0038975	Nrx-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0427	0.0348	0.0392	0.0553	0.0191	0.0374	0.0437	0.0426	0.0191	0.0543	0.0376	0.0543	0.0256	0.0168	0.0206	0.0168	0.0214
chr3R	18295614	18295765	chr3R:18295615-18295765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.02	0.0117	0.0109	0.0391	0.0042	0.0102	0.0221	0.0113	0.0042	0.0091	0.0084	0.0091	0.017	0.023	0.0181	0.023	0.0255
chr3R	18295960	18296154	chr3R:18295961-18296154	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.031	0.0322	0.017	0.0451	0.0297	0.0238	0.0515	0.0326	0.0297	0.0175	0.0161	0.0175	0.0147	0.0199	0.0193	0.0199	0.0234
chr3R	18302524	18302716	chr3R:18302525-18302716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.023	0.0294	0.0164	0.023	0.017	0.0243	0.0532	0.0247	0.017	0.0151	0.0186	0.0151	0.0256	0.0222	0.0181	0.0222	0.0323
chr3R	18312815	18313015	chr3R:18312816-18313015	FBgn0038976	CG7048	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1337	0.1139	0.1548	0.1327	0.071	0.1369	0.1406	0.1339	0.071	0.2204	0.1505	0.2204	0.1611	0.1646	0.1354	0.1646	0.1657
chr3R	18313931	18314082	chr3R:18313932-18314082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0276	0.0236	0.0331	0.0259	0.0085	0.0257	0.0359	0.024	0.0085	0.0453	0.035	0.0453	0.0418	0.0567	0.0193	0.0567	0.0266
chr3R	18316727	18317005	chr3R:18316728-18317005	FBgn0003676	T-cp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0751	0.0614	0.0933	0.0703	0.0424	0.0782	0.0709	0.0786	0.0424	0.1165	0.0997	0.1165	0.1154	0.0926	0.0722	0.0926	0.0891
chr3R	18317047	18317239	chr3R:18317048-18317239	FBgn0003676,FBgn0038978	CG7045,T-cp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1036	0.0794	0.1293	0.1025	0.0361	0.1	0.0835	0.1193	0.0361	0.1769	0.1395	0.1769	0.1286	0.1202	0.1109	0.1202	0.1282
chr3R	18317275	18317440	chr3R:18317276-18317440	FBgn0003676,FBgn0038978	CG7045,T-cp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0761	0.0593	0.0924	0.077	0.0191	0.0714	0.0718	0.0833	0.0191	0.1256	0.0987	0.1256	0.0852	0.0881	0.0845	0.0881	0.0896
chr3R	18318616	18318792	chr3R:18318617-18318792	FBgn0038979	CG7046	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0477	0.0412	0.0422	0.0371	0.0393	0.0731	0.056	0.0371	0.0302	0.055	0.0302	0.0511	0.0329	0.0503	0.0329	0.0537
chr3R	18319780	18320350	chr3R:18319781-18320350	distal	distal	stage14	stage14	VT45783.1	VT45783.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0643	0.0687	0.0449	0.0806	0.0361	0.0655	0.1172	0.0606	0.0361	0.035	0.0479	0.035	0.0806	0.1087	0.127	0.1087	0.073
chr3R	18320596	18320813	chr3R:18320597-18320813	distal	distal	stage14	stage14	VT45783.1	VT45783.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0468	0.0305	0.0364	0.0765	0.0085	0.0374	0.0433	0.0326	0.0085	0.038	0.0389	0.038	0.0627	0.1164	0.1225	0.1164	0.074
chr3R	18322899	18323058	chr3R:18322900-18323058	FBgn0038980	oa2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0206	0.0456	0.0079	0.0067	0.0371	0.0228	0.0796	0.0553	0.0371	0.0079	0.0071	0.0079	0.0093	0.0084	0.0032	0.0084	0.0021
chr3R	18324118	18324269	chr3R:18324119-18324269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0158	0.0295	0.0077	0.0092	0.0138	0.0422	0.0376	0.0273	0.0138	0.0139	0.0071	0.0139	0.0046	0.0207	0.009	0.0207	0.0036
chr3R	18324379	18324530	chr3R:18324380-18324530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.0198	0.0079	0.0146	0.0106	0.0248	0.026	0.0207	0.0106	0.0145	0.0064	0.0145	0.0101	0.0406	0.0084	0.0406	0.0047
chr3R	18325717	18325868	chr3R:18325718-18325868	distal	distal	none	none	oa2_R20E11	oa2_R20E11	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0173	0.0039	0.0118	0.0095	0.0155	0.026	0.0233	0.0095	0.0042	0.0045	0.0042	0.0046	0.0291	0.0052	0.0291	0.0083
chr3R	18341459	18341610	chr3R:18341460-18341610	distal	distal	none	none	oa2_R19H07	oa2_R19H07	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0126	0.0121	0.008	0.0181	0.0011	0.0121	0.0216	0.0127	0.0011	0.0079	0.0071	0.0079	0.0139	0.0145	0.0058	0.0145	0.0354
chr3R	18344490	18344641	chr3R:18344491-18344641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0102	0.0138	0.0063	0.0104	0.0095	0.0126	0.0182	0.0193	0.0095	0.0085	0.0064	0.0085	0.007	0.0291	0.0071	0.0291	0.0083
chr3R	18350234	18350385	chr3R:18350235-18350385	distal	distal	stage14	stage14	VT45799.1	VT45799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.0148	0.0157	0.0207	0.0053	0.0126	0.0247	0.0167	0.0053	0.0079	0.0232	0.0079	0.0232	0.0153	0.0522	0.0153	0.0177
chr3R	18350748	18351014	chr3R:18350749-18351014	distal	distal	stage14	stage14	VT45799.1,VT45800.1	VT45799.1,VT45800.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0314	0.0207	0.0303	0.0447	0.017	0.0184	0.0208	0.036	0.017	0.0217	0.0392	0.0217	0.0488	0.0383	0.0825	0.0383	0.061
chr3R	18351739	18351890	chr3R:18351740-18351890	distal	distal	none	none	VT45800.1	VT45800.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0309	0.0221	0.0284	0.0434	0.0127	0.0194	0.0272	0.0346	0.0127	0.029	0.0305	0.029	0.0503	0.0613	0.0342	0.0613	0.0756
chr3R	18352022	18352173	chr3R:18352023-18352173	distal	distal	none	none	VT45800.1	VT45800.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0187	0.0183	0.0415	0.0074	0.018	0.0247	0.0273	0.0074	0.0181	0.0209	0.0181	0.0279	0.0674	0.0387	0.0674	0.0667
chr3R	18352432	18352633	chr3R:18352433-18352633	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT45800.1,VT45801.1	VT45800.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0531	0.0273	0.0412	0.0948	0.0095	0.0306	0.0333	0.0386	0.0095	0.0459	0.0395	0.0459	0.079	0.1907	0.0651	0.1907	0.1506
chr3R	18353112	18353263	chr3R:18353113-18353263	distal	distal	none	none	VT45801.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0425	0.0203	0.0234	0.0318	0.0311	0.0571	0.0673	0.0318	0.0187	0.0177	0.0187	0.0302	0.0406	0.0193	0.0406	0.0334
chr3R	18353528	18353740	chr3R:18353529-18353740	distal	distal	stage11,stage5	none	VT45801.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0807	0.1477	0.0538	0.0355	0.1283	0.0942	0.183	0.2712	0.1283	0.0435	0.0624	0.0435	0.0473	0.0582	0.0393	0.0582	0.0354
chr3R	18353758	18353941	chr3R:18353759-18353941	FBgn0038981	CG5346	stage11,stage5	none	VT45801.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0505	0.0847	0.0395	0.0244	0.0551	0.0583	0.1029	0.1632	0.0551	0.032	0.0418	0.032	0.0318	0.0237	0.0277	0.0237	0.0271
chr3R	18354225	18354477	chr3R:18354226-18354477	FBgn0038981	CG5346	stage11,stage5	none	VT45801.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1033	0.1282	0.1107	0.0674	0.1188	0.1218	0.1419	0.1952	0.1188	0.1268	0.1296	0.1268	0.1038	0.0995	0.0838	0.0995	0.0912
chr3R	18354691	18354896	chr3R:18354692-18354896	FBgn0038981	CG5346	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0507	0.05	0.0629	0.0382	0.0318	0.0529	0.0601	0.0673	0.0318	0.0694	0.073	0.0694	0.0837	0.0413	0.0484	0.0413	0.0641
chr3R	18355801	18355952	chr3R:18355802-18355952	FBgn0053099	CG33099	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0302	0.0353	0.0346	0.0196	0.017	0.0422	0.0402	0.0486	0.017	0.0248	0.0363	0.0248	0.0759	0.013	0.0271	0.013	0.0318
chr3R	18356162	18356397	chr3R:18356163-18356397	FBgn0053099	CG33099	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0811	0.0947	0.0849	0.0617	0.0626	0.115	0.0978	0.1352	0.0626	0.067	0.0826	0.067	0.1913	0.0521	0.0632	0.0521	0.1277
chr3R	18362147	18362298	chr3R:18362148-18362298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0103	0.0117	0.0076	0.0117	0.0032	0.0087	0.0186	0.018	0.0032	0.0066	0.0096	0.0066	0.0108	0.0038	0.0368	0.0038	0.0073
chr3R	18362510	18362661	chr3R:18362511-18362661	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0123	0.0118	0.0107	0.0146	0.0053	0.0087	0.0212	0.0127	0.0053	0.0103	0.0125	0.0103	0.0147	0.0038	0.0464	0.0038	0.012
chr3R	18367856	18368007	chr3R:18367857-18368007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.0171	0.0165	0.0135	0.0053	0.0146	0.029	0.0187	0.0053	0.0193	0.0209	0.0193	0.0124	0.0061	0.0245	0.0061	0.0135
chr3R	18372022	18372173	chr3R:18372023-18372173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0193	0.0165	0.013	0.0117	0.0175	0.029	0.022	0.0117	0.0211	0.0151	0.0211	0.0263	0.0054	0.0071	0.0054	0.0334
chr3R	18373227	18373378	chr3R:18373228-18373378	FBgn0038984	CG5315	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.0666	0.0921	0.0756	0.0509	0.0743	0.0813	0.0813	0.0509	0.1033	0.1068	0.1033	0.1077	0.0835	0.0819	0.0835	0.0896
chr3R	18373503	18373699	chr3R:18373504-18373699	FBgn0038984	CG5315	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1797	0.1669	0.2052	0.1661	0.141	0.1854	0.1916	0.2092	0.141	0.256	0.2302	0.256	0.1975	0.1708	0.1721	0.1708	0.2225
chr3R	18373895	18374111	chr3R:18373896-18374111	FBgn0038984	CG5315	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0525	0.0528	0.0492	0.0392	0.0519	0.0718	0.0593	0.0392	0.0652	0.0566	0.0652	0.0558	0.0521	0.0458	0.0521	0.0667
chr3R	18379539	18379690	chr3R:18379540-18379690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.008	0.0066	0.0084	0.0091	0.0011	0.0073	0.0108	0.0067	0.0011	0.0103	0.0109	0.0103	0.0062	0.0054	0.0245	0.0054	0.0057
chr3R	18386464	18386615	chr3R:18386465-18386615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0128	0.0118	0.0173	0.0091	0.0021	0.0117	0.0195	0.0127	0.0021	0.0399	0.0135	0.0399	0.0147	0.0084	0.0187	0.0084	0.0083
chr3R	18398468	18398619	chr3R:18398469-18398619	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0135	0.0106	0.0122	0.0181	0.0032	0.0102	0.0169	0.012	0.0032	0.0109	0.0174	0.0109	0.0124	0.0054	0.0632	0.0054	0.0078
chr3R	18402768	18403000	chr3R:18402769-18403000	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.034	0.0228	0.0191	0.0159	0.0306	0.0463	0.0466	0.0159	0.0103	0.0367	0.0103	0.0279	0.0077	0.0587	0.0077	0.0109
chr3R	18406359	18406527	chr3R:18406360-18406527	FBgn0028837	CSN6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1568	0.1408	0.1887	0.1395	0.088	0.165	0.1678	0.1839	0.088	0.2482	0.2006	0.2482	0.1913	0.1424	0.1534	0.1424	0.1704
chr3R	18406628	18406865	chr3R:18406629-18406865	FBgn0028837	CSN6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.085	0.0751	0.1098	0.0688	0.0414	0.0898	0.0921	0.0906	0.0414	0.1467	0.1141	0.1467	0.1177	0.0674	0.078	0.0674	0.0902
chr3R	18408656	18408807	chr3R:18408657-18408807	FBgn0024558	Dph5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0648	0.0567	0.0864	0.05	0.0329	0.0748	0.0653	0.0666	0.0329	0.1244	0.0859	0.1244	0.1046	0.0613	0.0438	0.0613	0.0599
chr3R	18408825	18409043	chr3R:18408826-18409043	FBgn0024558	Dph5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.12	0.0992	0.153	0.1069	0.0668	0.132	0.106	0.1199	0.0668	0.2107	0.1576	0.2107	0.1867	0.1332	0.1025	0.1332	0.1355
chr3R	18410376	18410549	chr3R:18410377-18410549	FBgn0038989,FBgn0053107	CG33107,CG6937	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.132	0.1209	0.1615	0.1121	0.0774	0.1388	0.1475	0.1559	0.0774	0.2071	0.1772	0.2071	0.1689	0.1172	0.1128	0.1172	0.1459
chr3R	18412469	18412620	chr3R:18412470-18412620	FBgn0014949	btn	stage5	none	btn_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0561	0.0707	0.0628	0.0326	0.0297	0.135	0.0692	0.0573	0.0297	0.0821	0.0691	0.0821	0.0813	0.036	0.0264	0.036	0.0563
chr3R	18413066	18413244	chr3R:18413067-18413244	FBgn0051158	Efa6	stage11,stage5	none	btn_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1579	0.1559	0.1786	0.1376	0.1209	0.1932	0.1696	0.1892	0.1209	0.2228	0.1971	0.2228	0.1642	0.1447	0.1489	0.1447	0.1595
chr3R	18413325	18413568	chr3R:18413326-18413568	FBgn0051158	Efa6	stage11,stage5	none	btn_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1935	0.1911	0.2236	0.1631	0.1601	0.2316	0.2163	0.2292	0.1601	0.2935	0.236	0.2935	0.2138	0.1539	0.1838	0.1539	0.1813
chr3R	18413604	18413892	chr3R:18413605-18413892	FBgn0051158	Efa6	stage5	none	btn_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1155	0.1211	0.1312	0.0919	0.0817	0.1417	0.1345	0.1692	0.0817	0.1727	0.1399	0.1727	0.1317	0.0873	0.1083	0.0873	0.0954
chr3R	18413969	18414120	chr3R:18413970-18414120	FBgn0051158	Efa6	stage5	none	btn_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0488	0.0657	0.0495	0.0292	0.0255	0.0981	0.0627	0.0859	0.0255	0.064	0.0543	0.064	0.0488	0.023	0.0284	0.023	0.0271
chr3R	18414230	18414381	chr3R:18414231-18414381	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0409	0.0421	0.0485	0.0313	0.0212	0.0568	0.0502	0.0493	0.0212	0.0489	0.0524	0.0489	0.0558	0.0283	0.0161	0.0283	0.0375
chr3R	18414855	18415056	chr3R:18414856-18415056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0419	0.0366	0.0511	0.0377	0.017	0.0539	0.0441	0.0353	0.017	0.0519	0.0434	0.0519	0.117	0.0191	0.0213	0.0191	0.0912
chr3R	18416233	18416426	chr3R:18416234-18416426	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1251	0.0729	0.1624	0.1423	0.0371	0.1194	0.0804	0.0633	0.0371	0.2041	0.1852	0.2041	0.2184	0.2228	0.1683	0.2228	0.2079
chr3R	18416798	18417038	chr3R:18416799-18417038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1324	0.0775	0.1852	0.1358	0.0265	0.1364	0.0709	0.0873	0.0265	0.2228	0.218	0.2228	0.244	0.2052	0.1715	0.2052	0.1876
chr3R	18419326	18419477	chr3R:18419327-18419477	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.034	0.0446	0.034	0.0221	0.035	0.0437	0.0627	0.0506	0.035	0.038	0.0402	0.038	0.0294	0.036	0.0245	0.036	0.0245
chr3R	18421909	18422105	chr3R:18421910-18422105	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0314	0.0228	0.0415	0.0298	0.0085	0.034	0.0277	0.0247	0.0085	0.0423	0.046	0.0423	0.0674	0.023	0.0432	0.023	0.0406
chr3R	18422226	18422407	chr3R:18422227-18422407	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0294	0.0198	0.0406	0.0279	0.0074	0.0311	0.0242	0.0173	0.0074	0.0338	0.0418	0.0338	0.0868	0.0207	0.0264	0.0207	0.0552
chr3R	18423229	18423380	chr3R:18423230-18423380	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0219	0.0137	0.0227	0.0302	0.0085	0.0131	0.0234	0.012	0.0085	0.0199	0.0251	0.0199	0.0341	0.013	0.0406	0.013	0.0532
chr3R	18423552	18423720	chr3R:18423553-18423720	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0187	0.0277	0.0404	0.0117	0.0223	0.0247	0.0233	0.0117	0.0266	0.0325	0.0266	0.0333	0.0337	0.0464	0.0337	0.0745
chr3R	18427614	18427765	chr3R:18427615-18427765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.026	0.0181	0.0123	0.018	0.0189	0.045	0.0306	0.018	0.0139	0.0251	0.0139	0.0225	0.0145	0.0232	0.0145	0.0141
chr3R	18439044	18439236	chr3R:18439045-18439236	FBgn0051156,FBgn0051159	CG31156,EF-G2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0409	0.0579	0.0352	0.0244	0.0476	0.048	0.0573	0.0244	0.0682	0.0685	0.0682	0.0534	0.0314	0.0393	0.0314	0.0479
chr3R	18439295	18439468	chr3R:18439296-18439468	FBgn0051156,FBgn0051159	CG31156,EF-G2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.0742	0.0982	0.0667	0.0392	0.0903	0.0839	0.1053	0.0392	0.1057	0.1164	0.1057	0.1053	0.0643	0.0761	0.0643	0.0881
chr3R	18439550	18439772	chr3R:18439551-18439772	FBgn0051156,FBgn0051159	CG31156,EF-G2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.049	0.0744	0.0379	0.0233	0.0607	0.058	0.066	0.0233	0.0779	0.0865	0.0779	0.093	0.0383	0.04	0.0383	0.0547
chr3R	18444103	18444281	chr3R:18444104-18444281	FBgn0263863	mRpL45	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0689	0.0926	0.0674	0.0477	0.0743	0.0835	0.0946	0.0477	0.1159	0.0974	0.1159	0.1177	0.0858	0.0638	0.0858	0.0881
chr3R	18447018	18447169	chr3R:18447019-18447169	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0167	0.0208	0.0161	0.0128	0.0095	0.018	0.0381	0.02	0.0095	0.0157	0.018	0.0157	0.0217	0.0069	0.0142	0.0069	0.0255
chr3R	18449036	18449245	chr3R:18449037-18449245	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0444	0.0246	0.0482	0.0622	0.0064	0.0306	0.0307	0.0366	0.0064	0.0525	0.0424	0.0525	0.0953	0.0421	0.0496	0.0421	0.1454
chr3R	18451249	18451428	chr3R:18451250-18451428	distal	distal	none	none	loco_9.6	loco_9.6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0363	0.0229	0.0397	0.0475	0.0085	0.032	0.0298	0.024	0.0085	0.0284	0.0318	0.0284	0.0945	0.0322	0.0213	0.0322	0.1162
chr3R	18451827	18451996	chr3R:18451828-18451996	distal	distal	none	none	loco_9.6	loco_9.6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.049	0.0275	0.0603	0.0607	0.0106	0.0335	0.0303	0.0393	0.0106	0.038	0.0479	0.038	0.1278	0.0406	0.0322	0.0406	0.135
chr3R	18452274	18452481	chr3R:18452275-18452481	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1247	0.0921	0.1503	0.133	0.0498	0.1277	0.0926	0.1233	0.0498	0.1516	0.1727	0.1516	0.1875	0.1493	0.147	0.1493	0.2157
chr3R	18452632	18452877	chr3R:18452633-18452877	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	loco_Rrk-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1867	0.1457	0.2329	0.1819	0.0827	0.1956	0.1302	0.2212	0.0827	0.256	0.2785	0.256	0.2301	0.2243	0.2147	0.2243	0.2652
chr3R	18453111	18453262	chr3R:18453112-18453262	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	loco_Rrk-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0355	0.031	0.0456	0.0295	0.0159	0.0393	0.035	0.042	0.0159	0.0459	0.0473	0.0459	0.0534	0.0352	0.0271	0.0352	0.0448
chr3R	18458796	18459029	chr3R:18458797-18459029	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0601	0.0764	0.0684	0.0329	0.0509	0.0597	0.1064	0.1159	0.0509	0.0417	0.1006	0.0417	0.0573	0.0038	0.0832	0.0038	0.0234
chr3R	18460302	18460488	chr3R:18460303-18460488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0366	0.0445	0.0457	0.0178	0.035	0.0403	0.0554	0.068	0.035	0.0217	0.0695	0.0217	0.0542	0.0092	0.0206	0.0092	0.0141
chr3R	18460828	18460979	chr3R:18460829-18460979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0259	0.0294	0.0118	0.0148	0.0272	0.0376	0.0273	0.0148	0.0133	0.0312	0.0133	0.0658	0.0054	0.0129	0.0054	0.0219
chr3R	18462049	18462283	chr3R:18462050-18462283	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0341	0.0237	0.039	0.0404	0.0159	0.0248	0.0368	0.0253	0.0159	0.0308	0.0286	0.0308	0.103	0.0115	0.0129	0.0115	0.1199
chr3R	18464773	18464962	chr3R:18464774-18464962	FBgn0020278	loco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1292	0.1195	0.168	0.0975	0.071	0.1534	0.1324	0.1512	0.071	0.2035	0.1932	0.2035	0.1448	0.0574	0.1528	0.0574	0.1188
chr3R	18464991	18465188	chr3R:18464992-18465188	FBgn0020278,FBgn0261572	CG42686,loco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1579	0.1453	0.1943	0.132	0.0933	0.1757	0.1605	0.1965	0.0933	0.2421	0.219	0.2421	0.172	0.1133	0.1767	0.1133	0.1496
chr3R	18465235	18465448	chr3R:18465236-18465448	FBgn0020278,FBgn0261572	CG42686,loco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1188	0.1004	0.1454	0.1102	0.0604	0.117	0.1172	0.1386	0.0604	0.1957	0.1585	0.1957	0.1309	0.0949	0.1244	0.0949	0.1126
chr3R	18488769	18488920	chr3R:18488770-18488920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0107	0.01	0.0163	0.0032	0.0097	0.0195	0.0107	0.0032	0.0145	0.0084	0.0145	0.0108	0.0038	0.0058	0.0038	0.0068
chr3R	18491768	18491919	chr3R:18491769-18491919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0217	0.0157	0.0214	0.0285	0.0053	0.016	0.0255	0.0153	0.0053	0.0199	0.0267	0.0199	0.0263	0.0061	0.0355	0.0061	0.0646
chr3R	18492127	18492278	chr3R:18492128-18492278	FBgn0039000	CG6954	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0424	0.0252	0.0449	0.0588	0.0212	0.0262	0.0307	0.0293	0.0212	0.0169	0.063	0.0169	0.0852	0.0176	0.0974	0.0176	0.1178
chr3R	18492363	18492617	chr3R:18492364-18492617	FBgn0039000	CG6954	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1358	0.119	0.1753	0.1113	0.0817	0.1214	0.1319	0.1899	0.0817	0.0441	0.3026	0.0441	0.2293	0.0268	0.2515	0.0268	0.1662
chr3R	18492692	18492904	chr3R:18492693-18492904	FBgn0039000	CG6954	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1433	0.1583	0.1747	0.0922	0.1304	0.1325	0.1938	0.2405	0.1304	0.0713	0.3016	0.0713	0.1898	0.0444	0.2211	0.0444	0.0912
chr3R	18493141	18493343	chr3R:18493142-18493343	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0806	0.0739	0.1024	0.0641	0.0647	0.067	0.0817	0.1226	0.0647	0.0453	0.173	0.0453	0.0991	0.0413	0.1341	0.0413	0.0688
chr3R	18493678	18493863	chr3R:18493679-18493863	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0481	0.0609	0.0538	0.0274	0.0488	0.0442	0.0804	0.0979	0.0488	0.0302	0.0904	0.0302	0.0434	0.0214	0.0548	0.0214	0.0318
chr3R	18495689	18495968	chr3R:18495690-18495968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0335	0.0237	0.0329	0.0453	0.0106	0.0233	0.0411	0.0213	0.0106	0.0266	0.0495	0.0266	0.0356	0.0329	0.0741	0.0329	0.0589
chr3R	18498407	18498577	chr3R:18498408-18498577	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0367	0.0323	0.0552	0.0213	0.0212	0.0437	0.0372	0.04	0.0212	0.119	0.0624	0.119	0.0116	0.0352	0.0264	0.0352	0.0182
chr3R	18498825	18499321	chr3R:18498826-18499321	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.228	0.3537	0.2576	0.055	0.3627	0.3442	0.4247	0.4364	0.3627	0.4221	0.2772	0.4221	0.0976	0.0498	0.0683	0.0498	0.037
chr3R	18499555	18499729	chr3R:18499556-18499729	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1576	0.2257	0.1971	0.0383	0.2036	0.2456	0.2617	0.2838	0.2036	0.3086	0.2061	0.3086	0.055	0.0268	0.0348	0.0268	0.024
chr3R	18499926	18500084	chr3R:18499927-18500084	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0764	0.1152	0.0877	0.0207	0.0848	0.1306	0.1345	0.1506	0.0848	0.1226	0.0765	0.1226	0.0302	0.0084	0.0193	0.0084	0.0151
chr3R	18500403	18500582	chr3R:18500404-18500582	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0567	0.1043	0.0454	0.0159	0.1135	0.0733	0.1475	0.1339	0.1135	0.0616	0.0547	0.0616	0.0178	0.0115	0.0219	0.0115	0.0198
chr3R	18501315	18501945	chr3R:18501316-18501945	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1051	0.1524	0.0902	0.0687	0.1729	0.1301	0.2271	0.1412	0.1729	0.1196	0.1055	0.1196	0.0596	0.0651	0.127	0.0651	0.0646
chr3R	18510016	18510292	chr3R:18510017-18510292	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0725	0.0415	0.0763	0.103	0.0223	0.0524	0.0597	0.034	0.0223	0.1039	0.0566	0.1039	0.1596	0.2136	0.0458	0.2136	0.1688
chr3R	18510681	18510832	chr3R:18510682-18510832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0296	0.0207	0.0324	0.0365	0.0138	0.0218	0.0311	0.0193	0.0138	0.0374	0.0318	0.0374	0.0558	0.0551	0.0245	0.0551	0.0672
chr3R	18512108	18512324	chr3R:18512109-18512324	FBgn0039002,FBgn0046114	CG17625,Gclm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1867	0.1862	0.2051	0.167	0.1665	0.2097	0.2154	0.2258	0.1665	0.2681	0.2158	0.2681	0.2347	0.1945	0.1573	0.1945	0.2272
chr3R	18512510	18512689	chr3R:18512511-18512689	FBgn0039002,FBgn0046114	CG17625,Gclm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0716	0.0689	0.0871	0.0575	0.0509	0.0801	0.0839	0.0846	0.0509	0.1002	0.0987	0.1002	0.0976	0.0643	0.0716	0.0643	0.0667
chr3R	18515801	18515961	chr3R:18515802-18515961	FBgn0039003,FBgn0039004	Nup133,wfs1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0638	0.0578	0.0783	0.0546	0.0371	0.066	0.0722	0.0726	0.0371	0.096	0.09	0.096	0.079	0.0651	0.0529	0.0651	0.0672
chr3R	18515965	18516170	chr3R:18515966-18516170	FBgn0039003,FBgn0039004	Nup133,wfs1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0764	0.0999	0.0766	0.0488	0.0883	0.0843	0.1066	0.0488	0.1286	0.1093	0.1286	0.093	0.0835	0.0748	0.0835	0.0954
chr3R	18516230	18516412	chr3R:18516231-18516412	FBgn0039003,FBgn0039004	Nup133,wfs1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.075	0.0639	0.0919	0.0688	0.0445	0.0806	0.0714	0.0779	0.0445	0.1184	0.0994	0.1184	0.0837	0.0812	0.069	0.0812	0.087
chr3R	18516501	18516721	chr3R:18516502-18516721	FBgn0039003,FBgn0039004	Nup133,wfs1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0469	0.0666	0.0457	0.0297	0.0534	0.0567	0.0626	0.0297	0.0791	0.074	0.0791	0.0666	0.0559	0.04	0.0559	0.0589
chr3R	18523948	18524099	chr3R:18523949-18524099	FBgn0039006	Cyp6d4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0118	0.0075	0.0107	0.018	0.0021	0.0053	0.0151	0.0053	0.0021	0.0085	0.0116	0.0085	0.0194	0.0115	0.0148	0.0115	0.038
chr3R	18524190	18524341	chr3R:18524191-18524341	FBgn0039006	Cyp6d4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0117	0.0091	0.0112	0.0153	0.0011	0.0073	0.019	0.0067	0.0011	0.0121	0.0106	0.0121	0.0201	0.0145	0.0084	0.0145	0.0334
chr3R	18526310	18526483	chr3R:18526311-18526483	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0182	0.0343	0.0126	0.0065	0.0339	0.0228	0.0528	0.0393	0.0339	0.0139	0.0154	0.0139	0.0139	0.0077	0.0097	0.0077	0.0078
chr3R	18527257	18527408	chr3R:18527258-18527408	FBgn0039007,FBgn0039008	CG6972,Ccap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0165	0.0176	0.014	0.0181	0.0042	0.017	0.0303	0.018	0.0042	0.0217	0.0148	0.0217	0.0085	0.0674	0.0077	0.0674	0.0073
chr3R	18527631	18527782	chr3R:18527632-18527782	FBgn0039007,FBgn0039008	CG6972,Ccap	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0223	0.0151	0.0118	0.0418	0.0032	0.0165	0.0238	0.0173	0.0032	0.0193	0.0103	0.0193	0.0139	0.1776	0.0097	0.1776	0.013
chr3R	18528156	18528307	chr3R:18528157-18528307	FBgn0039007,FBgn0039008	CG6972,Ccap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0178	0.0143	0.0129	0.0269	0.0053	0.0175	0.0238	0.0107	0.0053	0.0308	0.0074	0.0308	0.0132	0.0949	0.0129	0.0949	0.013
chr3R	18538045	18538235	chr3R:18538046-18538235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0219	0.0329	0.0281	0.0095	0.0228	0.0316	0.024	0.0095	0.0272	0.0273	0.0272	0.0186	0.0153	0.009	0.0153	0.0141
chr3R	18543390	18543837	chr3R:18543391-18543837	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0753	0.0491	0.0904	0.0881	0.0201	0.0854	0.0549	0.04	0.0201	0.1679	0.0412	0.1679	0.0287	0.0559	0.0187	0.0559	0.038
chr3R	18544584	18544735	chr3R:18544585-18544735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0287	0.0207	0.0311	0.035	0.0042	0.0301	0.0285	0.0187	0.0042	0.0447	0.0161	0.0447	0.0209	0.0153	0.0103	0.0153	0.0396
chr3R	18544803	18545251	chr3R:18544804-18545251	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0831	0.0508	0.0926	0.1086	0.0148	0.0879	0.051	0.0513	0.0148	0.119	0.0476	0.119	0.0426	0.0482	0.0232	0.0482	0.0631
chr3R	18545535	18545686	chr3R:18545536-18545686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0345	0.0243	0.0438	0.0356	0.0095	0.0354	0.0294	0.0286	0.0095	0.0634	0.0309	0.0634	0.0263	0.0214	0.0148	0.0214	0.0172
chr3R	18546329	18546566	chr3R:18546330-18546566	FBgn0051151	wge	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0943	0.0759	0.1235	0.0827	0.0467	0.1	0.0748	0.1106	0.0467	0.1443	0.1405	0.1443	0.1146	0.1026	0.0993	0.1026	0.0803
chr3R	18546813	18547006	chr3R:18546814-18547006	FBgn0051151	wge	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1642	0.1518	0.1978	0.1412	0.1103	0.1806	0.1613	0.2132	0.1103	0.2415	0.2167	0.2415	0.1936	0.1662	0.1386	0.1662	0.1589
chr3R	18547148	18547345	chr3R:18547149-18547345	FBgn0051151	wge	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0668	0.0901	0.0557	0.0382	0.0738	0.0809	0.0933	0.0382	0.1093	0.0932	0.1093	0.0984	0.0559	0.069	0.0559	0.0625
chr3R	18550227	18550415	chr3R:18550228-18550415	FBgn0024958	Irp-1A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1231	0.1173	0.1447	0.106	0.0817	0.1379	0.1406	0.1492	0.0817	0.1824	0.1559	0.1824	0.1371	0.098	0.1057	0.098	0.1433
chr3R	18552032	18552231	chr3R:18552033-18552231	FBgn0039013,FBgn0039014,FBgn0040587	CG17618,CG4813,CG6982	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1579	0.138	0.2001	0.134	0.0923	0.1748	0.1548	0.1772	0.0923	0.2512	0.2141	0.2512	0.1898	0.1447	0.1386	0.1447	0.1751
chr3R	18552364	18552522	chr3R:18552365-18552522	FBgn0039013,FBgn0039014,FBgn0040587	CG17618,CG4813,CG6982	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0922	0.0793	0.119	0.0773	0.0488	0.0951	0.093	0.1026	0.0488	0.1516	0.136	0.1516	0.0984	0.0735	0.0903	0.0735	0.0974
chr3R	18552589	18552763	chr3R:18552590-18552763	FBgn0039013,FBgn0039014,FBgn0040587	CG17618,CG4813,CG6982	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1425	0.1265	0.1758	0.1239	0.0732	0.1519	0.1427	0.1739	0.0732	0.2162	0.1926	0.2162	0.1673	0.1394	0.1367	0.1394	0.1459
chr3R	18552834	18553509	chr3R:18552835-18553509	FBgn0039014,FBgn0040587	CG17618,CG6982	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1991	0.2355	0.2066	0.1503	0.2004	0.2398	0.2872	0.3078	0.2004	0.2579	0.2241	0.2579	0.2068	0.1738	0.156	0.1738	0.1881
chr3R	18558352	18558520	chr3R:18558353-18558520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0355	0.032	0.0231	0.0212	0.034	0.0532	0.0386	0.0212	0.0338	0.0338	0.0338	0.0403	0.0237	0.0258	0.0237	0.0313
chr3R	18558736	18559004	chr3R:18558737-18559004	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0871	0.1105	0.0893	0.0583	0.0785	0.1131	0.1453	0.1386	0.0785	0.1008	0.0955	0.1008	0.103	0.0758	0.0567	0.0758	0.0787
chr3R	18559179	18559330	chr3R:18559180-18559330	FBgn0039015	Takl2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0408	0.0291	0.0131	0.0233	0.0408	0.0627	0.0433	0.0233	0.0272	0.0318	0.0272	0.031	0.0153	0.0116	0.0153	0.0172
chr3R	18566493	18566696	chr3R:18566494-18566696	FBgn0039016,FBgn0039017	CG6985,Dcr-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0391	0.0566	0.0308	0.0159	0.05	0.0446	0.056	0.0159	0.0731	0.0585	0.0731	0.0573	0.0345	0.0264	0.0345	0.0427
chr3R	18566759	18566935	chr3R:18566760-18566935	FBgn0039016,FBgn0039017	CG6985,Dcr-1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0674	0.0957	0.0698	0.0223	0.1	0.0692	0.0939	0.0223	0.1268	0.0977	0.1268	0.0999	0.0827	0.0651	0.0827	0.0891
chr3R	18567020	18567179	chr3R:18567021-18567179	FBgn0039016,FBgn0039017	CG6985,Dcr-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0344	0.0275	0.0464	0.0288	0.0053	0.0388	0.0316	0.038	0.0053	0.0616	0.046	0.0616	0.0488	0.0398	0.029	0.0398	0.0344
chr3R	18571255	18571436	chr3R:18571256-18571436	FBgn0039019,FBgn0263143	HP1c,vret	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1036	0.1013	0.1239	0.0838	0.0562	0.1209	0.1211	0.1359	0.0562	0.1498	0.1415	0.1498	0.1185	0.0827	0.078	0.0827	0.1042
chr3R	18573248	18573415	chr3R:18573249-18573415	FBgn0039020	CG17141	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1065	0.0784	0.1419	0.099	0.0456	0.1034	0.0822	0.1073	0.0456	0.1848	0.154	0.1848	0.1634	0.1225	0.098	0.1225	0.1271
chr3R	18576223	18576392	chr3R:18576224-18576392	FBgn0039025,FBgn0039026,FBgn0086253	CG7023,CG7029,rumi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1063	0.0987	0.1287	0.0902	0.0721	0.1121	0.1025	0.1539	0.0721	0.1268	0.1553	0.1268	0.1255	0.0704	0.1044	0.0704	0.1209
chr3R	18576489	18576665	chr3R:18576490-18576665	FBgn0039025,FBgn0039026,FBgn0086253	CG7023,CG7029,rumi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2091	0.2084	0.2391	0.177	0.1644	0.2447	0.2163	0.2951	0.1644	0.2089	0.2884	0.2089	0.244	0.1041	0.2018	0.1041	0.2215
chr3R	18576780	18576947	chr3R:18576781-18576947	FBgn0039025,FBgn0039026,FBgn0086253	CG7023,CG7029,rumi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0943	0.0906	0.1099	0.0813	0.052	0.1044	0.0969	0.1386	0.052	0.1069	0.1151	0.1069	0.1022	0.0498	0.0793	0.0498	0.087
chr3R	18577531	18577682	chr3R:18577532-18577682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0251	0.0189	0.0275	0.0292	0.0085	0.0194	0.0303	0.0207	0.0085	0.0229	0.0354	0.0229	0.0287	0.0145	0.058	0.0145	0.0307
chr3R	18578079	18578230	chr3R:18578080-18578230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0145	0.0192	0.0312	0.0021	0.0136	0.0242	0.018	0.0021	0.0151	0.028	0.0151	0.0155	0.0115	0.0658	0.0115	0.0271
chr3R	18578676	18578850	chr3R:18578677-18578850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0457	0.0247	0.0383	0.0771	0.0117	0.035	0.0285	0.03	0.0117	0.0399	0.0341	0.0399	0.038	0.0934	0.0329	0.0934	0.0563
chr3R	18579551	18579723	chr3R:18579552-18579723	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0555	0.0246	0.056	0.0895	0.0085	0.0369	0.0307	0.022	0.0085	0.038	0.0482	0.038	0.1495	0.0812	0.0484	0.0812	0.2038
chr3R	18580190	18580410	chr3R:18580191-18580410	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1293	0.0687	0.1287	0.1976	0.0265	0.1019	0.0766	0.0853	0.0265	0.1353	0.1225	0.1353	0.2169	0.2366	0.1206	0.2366	0.2804
chr3R	18580558	18580796	chr3R:18580559-18580796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0605	0.0323	0.0557	0.0972	0.0127	0.0471	0.0454	0.0247	0.0127	0.058	0.0463	0.058	0.1022	0.0881	0.0445	0.0881	0.1506
chr3R	18581123	18581364	chr3R:18581124-18581364	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0425	0.0196	0.0308	0.081	0.0148	0.0282	0.0247	0.018	0.0148	0.0187	0.0238	0.0187	0.038	0.0299	0.0206	0.0299	0.0865
chr3R	18582050	18582312	chr3R:18582051-18582312	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0408	0.0348	0.0496	0.0377	0.0117	0.0379	0.0471	0.0453	0.0117	0.0525	0.0588	0.0525	0.0666	0.049	0.0374	0.049	0.0433
chr3R	18582350	18582501	chr3R:18582351-18582501	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.025	0.0186	0.0312	0.0252	0.0064	0.0189	0.0272	0.022	0.0064	0.0314	0.0344	0.0314	0.0496	0.0368	0.0303	0.0368	0.0261
chr3R	18589406	18589557	chr3R:18589407-18589557	FBgn0039023	CG4723	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0118	0.0132	0.0301	0.0053	0.0131	0.0156	0.0167	0.0053	0.0103	0.0119	0.0103	0.0287	0.0107	0.011	0.0107	0.0813
chr3R	18604044	18604195	chr3R:18604045-18604195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0243	0.0278	0.0264	0.0182	0.0074	0.0573	0.0225	0.026	0.0074	0.0616	0.0212	0.0616	0.0178	0.0352	0.0168	0.0352	0.0172
chr3R	18605526	18605695	chr3R:18605527-18605695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0563	0.0397	0.0256	0.0361	0.0617	0.0675	0.0726	0.0361	0.0755	0.0305	0.0755	0.0511	0.0368	0.0116	0.0368	0.0469
chr3R	18605812	18606060	chr3R:18605813-18606060	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0676	0.0667	0.0766	0.0586	0.0371	0.0835	0.0852	0.0713	0.0371	0.1588	0.0576	0.1588	0.086	0.0712	0.0355	0.0712	0.1136
chr3R	18606133	18606409	chr3R:18606134-18606409	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0666	0.0435	0.0985	0.0574	0.0138	0.0782	0.0484	0.0306	0.0138	0.2446	0.0695	0.2446	0.0759	0.075	0.0322	0.075	0.1131
chr3R	18607214	18607492	chr3R:18607215-18607492	FBgn0263663	CR43654	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.1444	0.1684	0.1514	0.1273	0.1825	0.1665	0.1526	0.1273	0.3092	0.127	0.3092	0.2254	0.2856	0.0883	0.2856	0.2256
chr3R	18609015	18609236	chr3R:18609016-18609236	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0411	0.0563	0.0324	0.0336	0.0456	0.0709	0.0679	0.0626	0.0456	0.0682	0.0273	0.0682	0.0225	0.0697	0.0135	0.0697	0.0349
chr3R	18610292	18610750	chr3R:18610293-18610750	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0889	0.086	0.0703	0.1125	0.071	0.0981	0.1202	0.0819	0.071	0.1769	0.0473	0.1769	0.0496	0.3683	0.0522	0.3683	0.0756
chr3R	18610863	18611014	chr3R:18610864-18611014	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0374	0.0516	0.0239	0.0363	0.0509	0.0359	0.0882	0.0473	0.0509	0.0531	0.0186	0.0531	0.0225	0.108	0.0181	0.108	0.0328
chr3R	18611463	18611655	chr3R:18611464-18611655	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0208	0.0202	0.0585	0.0148	0.0209	0.0337	0.0167	0.0148	0.0284	0.0183	0.0284	0.0217	0.1133	0.0251	0.1133	0.1073
chr3R	18611733	18611925	chr3R:18611734-18611925	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0135	0.0173	0.0579	0.0042	0.0184	0.0203	0.0087	0.0042	0.0242	0.018	0.0242	0.0201	0.1371	0.0174	0.1371	0.0954
chr3R	18612033	18612184	chr3R:18612034-18612184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0212	0.0185	0.0472	0.0095	0.0228	0.0359	0.0187	0.0095	0.0278	0.0183	0.0278	0.0201	0.1141	0.0161	0.1141	0.0672
chr3R	18612240	18612514	chr3R:18612241-18612514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0363	0.0273	0.0279	0.0557	0.0138	0.032	0.0424	0.022	0.0138	0.0441	0.0296	0.0441	0.0279	0.1554	0.029	0.1554	0.0646
chr3R	18614908	18615284	chr3R:18614909-18615284	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1011	0.221	0.0449	0.0287	0.2365	0.1214	0.3828	0.2185	0.2365	0.0386	0.0669	0.0386	0.0294	0.0406	0.0187	0.0406	0.0391
chr3R	18619474	18619667	chr3R:18619475-18619667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0647	0.0573	0.0683	0.0691	0.0477	0.0617	0.0714	0.0686	0.0477	0.0906	0.072	0.0906	0.0674	0.0911	0.0561	0.0911	0.0855
chr3R	18619798	18620012	chr3R:18619799-18620012	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1499	0.1422	0.1678	0.1388	0.1166	0.1471	0.1756	0.1819	0.1166	0.2162	0.182	0.2162	0.1518	0.1723	0.1257	0.1723	0.1699
chr3R	18620100	18620495	chr3R:18620101-18620495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0639	0.0699	0.0687	0.0519	0.0509	0.0748	0.0978	0.0706	0.0509	0.0984	0.0727	0.0984	0.055	0.0712	0.0451	0.0712	0.0552
chr3R	18622210	18622361	chr3R:18622211-18622361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.017	0.0236	0.0112	0.016	0.0159	0.0131	0.0484	0.0193	0.0159	0.0115	0.0138	0.0115	0.0085	0.0069	0.0058	0.0069	0.0104
chr3R	18648864	18649015	chr3R:18648865-18649015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0076	0.0058	0.0092	0.0064	0.0034	0.0143	0.0073	0.0064	0.0097	0.0061	0.0097	8e-04	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chr3R	18657142	18657293	chr3R:18657143-18657293	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0056	0.0084	0.013	0.0011	0.0039	0.0112	0.0053	0.0011	0.0072	0.0077	0.0072	0.0062	0.0031	0.0064	0.0031	0.0026
chr3R	18665090	18665243	chr3R:18665091-18665243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0207	0.0164	0.0175	0.0138	0.017	0.0281	0.0286	0.0138	0.0133	0.0132	0.0133	0.0023	0.0046	0.0019	0.0046	0.0047
chr3R	18673561	18673712	chr3R:18673562-18673712	distal	distal	none	none	VT45961.1	VT45961.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0104	0.0093	0.0067	0.0157	0.0042	0.0063	0.0234	0.0027	0.0042	0.0048	0.0064	0.0048	0.0039	0	0.0032	0	0.0104
chr3R	18673772	18673923	chr3R:18673773-18673923	distal	distal	none	none	VT45961.1	VT45961.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0086	0.0067	0.0051	0.0145	0.0042	0.0024	0.0169	0.0033	0.0042	0.0072	0.0035	0.0072	0.0015	0.0015	0.0019	0.0015	0.0057
chr3R	18674364	18674515	chr3R:18674365-18674515	distal	distal	none	none	VT45961.1	VT45961.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0062	0.0042	0.0091	0.0032	0.0019	0.0117	0.0093	0.0032	0.003	0.0035	0.003	0.0023	8e-04	0.0013	8e-04	0.0021
chr3R	18674948	18675099	chr3R:18674949-18675099	distal	distal	none	none	VT45961.1	VT45961.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0068	0.0066	0.0055	0.0085	0	0.0044	0.0151	0.0047	0	0.0066	0.0035	0.0066	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0016
chr3R	18675154	18675305	chr3R:18675155-18675305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0076	0.0061	0.0093	0	0.0049	0.0125	0.0127	0	0.006	0.0032	0.006	0.0054	8e-04	0.0013	8e-04	0.0036
chr3R	18687686	18687837	chr3R:18687687-18687837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0066	0.0055	0.0187	0.0032	0.0044	0.013	0.004	0.0032	0.0042	0.0061	0.0042	0.0039	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chr3R	18688019	18688170	chr3R:18688020-18688170	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0054	0.0038	0.0121	0.0011	0.0039	0.0087	0.008	0.0011	0.0036	0.0042	0.0036	0.0023	0.0015	0.0039	0.0015	0.0021
chr3R	18688334	18688485	chr3R:18688335-18688485	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0055	0.0041	0.0043	0.0085	0.0011	0.0029	0.0061	0.0067	0.0011	0.0054	0.0032	0.0054	0.0046	0.0077	6e-04	0.0077	0.0031
chr3R	18694841	18694992	chr3R:18694842-18694992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0153	0.0282	0.0076	0.0093	0.0106	0.0417	0.029	0.036	0.0106	0.0079	0.0071	0.0079	0.0046	0.0077	0.0045	0.0077	0.0052
chr3R	18695380	18695622	chr3R:18695381-18695622	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0403	0.0095	0.0117	0.0308	0.0379	0.0484	0.06	0.0308	0.0109	0.0093	0.0109	0.0085	0.0168	0.0077	0.0168	0.0052
chr3R	18696838	18697035	chr3R:18696839-18697035	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0215	0.0485	0.0077	0.0064	0.0435	0.0282	0.0761	0.066	0.0435	0.0085	0.0071	0.0085	0.0054	0.0038	0.0019	0.0038	0.0068
chr3R	18698578	18698729	chr3R:18698579-18698729	distal	distal	none	none	VT45975.1	VT45975.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.036	0.0103	0.0091	0.0212	0.0461	0.0441	0.038	0.0212	0.0103	0.0113	0.0103	0.0093	0.0069	0.009	0.0069	0.0057
chr3R	18699380	18699531	chr3R:18699381-18699531	distal	distal	stage5	stage5	VT45975.1	VT45975.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0221	0.0109	0.0124	0.0117	0.0238	0.0277	0.032	0.0117	0.0085	0.0096	0.0085	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0016
chr3R	18699613	18699952	chr3R:18699614-18699952	distal	distal	stage5	stage5	VT45975.1,VT45976.1	VT45975.1,VT45976.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0325	0.0506	0.0216	0.0244	0.0233	0.0587	0.0541	0.0819	0.0233	0.0157	0.0135	0.0157	0.0093	0.0054	0.0077	0.0054	0.0094
chr3R	18700322	18700473	chr3R:18700323-18700473	distal	distal	none	none	VT45976.1	VT45976.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0182	0.0388	0.0088	0.0057	0.0191	0.032	0.0454	0.0713	0.0191	0.0085	0.0061	0.0085	0.0062	8e-04	0.0013	8e-04	0.0031
chr3R	18702313	18702464	chr3R:18702314-18702464	distal	distal	none	none	VT45977.1	VT45977.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0217	0.0145	0.0155	0.017	0.0223	0.0333	0.0213	0.017	0.0151	0.0084	0.0151	0.0046	0.0069	0.0019	0.0069	0.0063
chr3R	18703380	18703634	chr3R:18703381-18703634	distal	distal	stage5	stage5	VT45977.1,VT45978.1	VT45977.1,VT45978.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0432	0.0804	0.0256	0.021	0.0742	0.0476	0.1436	0.0806	0.0742	0.0157	0.0186	0.0157	0.0085	0.0069	0.0123	0.0069	0.0047
chr3R	18703636	18703787	chr3R:18703637-18703787	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT45978.1	VT45978.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0297	0.044	0.0247	0.0192	0.0329	0.0311	0.0718	0.052	0.0329	0.0145	0.0151	0.0145	0.007	0.0061	0.0123	0.0061	0.0036
chr3R	18703805	18703994	chr3R:18703806-18703994	distal	distal	stage11	stage11	VT45978.1	VT45978.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.0254	0.0273	0.0221	0.018	0.0214	0.0385	0.0293	0.018	0.0109	0.0135	0.0109	0.007	0.0054	0.0135	0.0054	0.0036
chr3R	18704457	18704617	chr3R:18704458-18704617	distal	distal	none	none	VT45978.1	VT45978.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0205	0.0219	0.0188	0.0209	0.0117	0.0277	0.0247	0.0286	0.0117	0.0109	0.0113	0.0109	0.0046	0.0191	0.0052	0.0191	0.0047
chr3R	18704929	18705080	chr3R:18704930-18705080	distal	distal	none	none	VT45978.1	VT45978.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0153	0.0228	0.009	0.0139	0.0106	0.032	0.0247	0.03	0.0106	0.0079	0.0061	0.0079	8e-04	0.0138	0.0019	0.0138	0.0057
chr3R	18705089	18705480	chr3R:18705090-18705480	distal	distal	none	none	VT45978.1	VT45978.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0391	0.0735	0.0176	0.0241	0.0424	0.0966	0.08	0.0966	0.0424	0.0181	0.0135	0.0181	0.0093	0.0444	0.0045	0.0444	0.0104
chr3R	18705965	18706309	chr3R:18705966-18706309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0753	0.0195	0.0187	0.0604	0.0456	0.1168	0.1059	0.0604	0.0127	0.0141	0.0127	0.0077	0.0092	0.0039	0.0092	0.0057
chr3R	18711993	18712234	chr3R:18711994-18712234	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0181	0.0133	0.0216	0.0106	0.018	0.0216	0.028	0.0106	0.0103	0.009	0.0103	0.0085	0.0069	0.0058	0.0069	0.0036
chr3R	18712394	18712596	chr3R:18712395-18712596	distal	distal	none	none	VT45981.1	VT45981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0344	0.0511	0.0194	0.0322	0.0276	0.0621	0.0458	0.0906	0.0276	0.0157	0.01	0.0157	0.0046	0.0107	0.0052	0.0107	0.0073
chr3R	18712744	18713045	chr3R:18712745-18713045	distal	distal	stage5	stage5	VT45981.1	VT45981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0483	0.0804	0.0235	0.0395	0.0371	0.1078	0.0666	0.1366	0.0371	0.0193	0.0167	0.0193	0.0054	0.0153	0.0097	0.0153	0.0135
chr3R	18713573	18713794	chr3R:18713574-18713794	distal	distal	none	none	VT45981.1	VT45981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0199	0.0222	0.0379	0.0074	0.0184	0.0333	0.0227	0.0074	0.0115	0.0071	0.0115	0.0132	0.0046	0.009	0.0046	0.0141
chr3R	18715163	18715314	chr3R:18715164-18715314	distal	distal	none	none	VT45982.1	VT45982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.0237	0.0251	0.0295	0.0148	0.0277	0.0303	0.026	0.0148	0.0163	0.019	0.0163	0.0116	0.0092	0.0142	0.0092	0.0188
chr3R	18715612	18715763	chr3R:18715613-18715763	distal	distal	none	none	VT45982.1	VT45982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0258	0.0201	0.0173	0.0201	0.0267	0.0333	0.0313	0.0201	0.0169	0.0125	0.0169	0.0108	0.0038	0.0097	0.0038	0.0078
chr3R	18716848	18717072	chr3R:18716849-18717072	distal	distal	none	none	VT45983.1	VT45983.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0167	0.0209	0.0267	0.0064	0.0189	0.0186	0.028	0.0064	0.0066	0.0103	0.0066	0.0085	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chr3R	18720321	18720472	chr3R:18720322-18720472	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0206	0.0354	0.0142	0.011	0.017	0.0374	0.0277	0.0746	0.017	0.0091	0.0087	0.0091	0.0039	0.0046	0.0032	0.0046	0.0031
chr3R	18721121	18721325	chr3R:18721122-18721325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0396	0.0334	0.0444	0.0414	0.0191	0.0379	0.0316	0.0586	0.0191	0.0145	0.0215	0.0145	0.0085	0.0031	0.0064	0.0031	0.0052
chr3R	18722318	18722469	chr3R:18722319-18722469	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0186	0.0201	0.0191	0.0064	0.0189	0.0285	0.0233	0.0064	0.0121	0.0109	0.0121	0.0039	0.0046	0.0039	0.0046	0.0099
chr3R	18724178	18724389	chr3R:18724179-18724389	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0775	0.1017	0.0761	0.0521	0.0626	0.1117	0.1267	0.1379	0.0626	0.1135	0.064	0.1135	0.0256	0.0352	0.0213	0.0352	0.0162
chr3R	18724789	18725054	chr3R:18724790-18725054	FBgn0017590	klg	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1647	0.2228	0.1584	0.1067	0.1676	0.2301	0.2625	0.3158	0.1676	0.2536	0.1424	0.2536	0.0627	0.1172	0.0522	0.1172	0.0344
chr3R	18758128	18758279	chr3R:18758129-18758279	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0101	0.0107	0.023	0.0085	0.0121	0.0147	0.008	0.0085	0.0091	0.0064	0.0091	0.0116	0.0031	0.0039	0.0031	0.0089
chr3R	18761633	18761828	chr3R:18761634-18761828	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0158	0.0122	0.0129	0.0228	0.0064	0.0083	0.0238	0.0107	0.0064	0.0115	0.0068	0.0115	0.0116	0.0069	0.0032	0.0069	0.0063
chr3R	18762526	18762677	chr3R:18762527-18762677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0132	0.0209	0.0127	0.0032	0.0126	0.0208	0.018	0.0032	0.0248	0.0177	0.0248	0.0085	0.0138	0.0103	0.0138	0.0099
chr3R	18762814	18762965	chr3R:18762815-18762965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0132	0.019	0.0111	0.0074	0.0126	0.0203	0.016	0.0074	0.0211	0.0167	0.0211	0.0139	0.0077	0.0071	0.0077	0.0089
chr3R	18773566	18773717	chr3R:18773567-18773717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0116	0.0089	0.0088	0.0074	0.0063	0.0199	0.016	0.0074	0.0121	0.0074	0.0121	0.0023	8e-04	0.0058	8e-04	0.0026
chr3R	18824602	18824753	chr3R:18824603-18824753	FBgn0263390	Nha2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0101	0.0065	0.01	0.0143	0.0032	0.0087	0.0078	0.0073	0.0032	0.0145	0.0071	0.0145	0.0155	0.0329	0.0058	0.0329	0.0208
chr3R	18837703	18837854	chr3R:18837704-18837854	FBgn0039038	CG6688	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.0065	0.0084	0.0107	0.0021	0.0068	0.0121	0.004	0.0021	0.0103	0.0096	0.0103	0.0054	0.0061	0.029	0.0061	0.0057
chr3R	18837965	18838116	chr3R:18837966-18838116	FBgn0039038	CG6688	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.0061	0.0079	0.0114	0.0032	0.0049	0.0134	0.0027	0.0032	0.0085	0.0106	0.0085	0.007	0.0038	0.0335	0.0038	0.0047
chr3R	18839340	18839514	chr3R:18839341-18839514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0426	0.0452	0.0301	0.0201	0.0485	0.0597	0.0486	0.0201	0.058	0.0563	0.058	0.0411	0.0452	0.0419	0.0452	0.0261
chr3R	18846330	18846551	chr3R:18846331-18846551	distal	distal	none	none	VT46052.1	VT46052.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0233	0.0163	0.0368	0.0162	0.0074	0.0189	0.0255	0.014	0.0074	0.1238	0.0196	0.1238	0.0077	0.0628	0.0032	0.0628	0.0078
chr3R	18848228	18848379	chr3R:18848229-18848379	distal	distal	none	none	VT46053.1	VT46053.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0225	0.0167	0.0368	0.0134	0.0117	0.0267	0.0212	0.0107	0.0117	0.1316	0.0148	0.1316	0.0101	0.0452	0.0058	0.0452	0.0073
chr3R	18850185	18850354	chr3R:18850186-18850354	distal	distal	none	none	VT46053.1	VT46053.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.034	0.0236	0.0572	0.0202	0.0095	0.05	0.0203	0.0173	0.0095	0.192	0.0277	0.192	0.0209	0.0674	0.0084	0.0674	0.0083
chr3R	18852360	18852769	chr3R:18852361-18852769	FBgn0039039	lmd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0964	0.0542	0.1426	0.0929	0.0191	0.1296	0.0437	0.022	0.0191	0.5097	0.0489	0.5097	0.0565	0.3775	0.0277	0.3775	0.0427
chr3R	18853180	18853409	chr3R:18853181-18853409	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0575	0.071	0.0623	0.037	0.0403	0.1398	0.0614	0.05	0.0403	0.2083	0.026	0.2083	0.0287	0.1516	0.0161	0.1516	0.013
chr3R	18855288	18855618	chr3R:18855289-18855618	distal	distal	stage11	stage11	VT46056.1,lmd	VT46056.1,lmd	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0512	0.0285	0.0844	0.0401	0.0138	0.0626	0.0255	0.014	0.0138	0.2476	0.0338	0.2476	0.0852	0.1233	0.0155	0.1233	0.0391
chr3R	18856011	18856162	chr3R:18856012-18856162	distal	distal	stage11	stage11	VT46056.1	VT46056.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0272	0.0178	0.0482	0.0145	0.0074	0.0383	0.0177	0.0087	0.0074	0.1709	0.018	0.1709	0.0194	0.0398	0.0084	0.0398	0.0125
chr3R	18856164	18856315	chr3R:18856165-18856315	distal	distal	stage11	stage11	VT46056.1	VT46056.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0287	0.0189	0.0497	0.0164	0.0074	0.0442	0.016	0.008	0.0074	0.1673	0.0212	0.1673	0.0263	0.0551	0.0077	0.0551	0.0099
chr3R	18861489	18861644	chr3R:18861490-18861644	FBgn0039040	CG13833	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0283	0.0115	0.0404	0.034	0.0032	0.0204	0.0143	0.006	0.0032	0.1407	0.0151	0.1407	0.0186	0.1386	0.0174	0.1386	0.0073
chr3R	18861835	18861986	chr3R:18861836-18861986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0156	0.0072	0.0195	0.0205	0.0011	0.0117	0.0099	0.006	0.0011	0.0664	0.0077	0.0664	0.0085	0.0873	0.0071	0.0873	0.0042
chr3R	18862378	18862529	chr3R:18862379-18862529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0218	0.0115	0.0246	0.0304	0.0053	0.0131	0.0182	0.0113	0.0053	0.0713	0.0138	0.0713	0.0101	0.1179	0.0077	0.1179	0.0052
chr3R	18863049	18863200	chr3R:18863050-18863200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0198	0.0106	0.0369	0.0113	0.0064	0.0136	0.0156	0.0093	0.0064	0.1262	0.018	0.1262	0.007	0.0398	0.0045	0.0398	0.0047
chr3R	18863548	18863699	chr3R:18863549-18863699	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0288	0.0241	0.0501	0.0109	0.0117	0.035	0.0324	0.0187	0.0117	0.1745	0.0225	0.1745	0.0077	0.0337	0.0058	0.0337	0.0063
chr3R	18864089	18864242	chr3R:18864090-18864242	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0365	0.0304	0.0706	0.0058	0.0042	0.0733	0.026	0.016	0.0042	0.2802	0.0196	0.2802	0.0062	0.0153	0.0039	0.0153	0.0047
chr3R	18864467	18864618	chr3R:18864468-18864618	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0302	0.0229	0.0542	0.012	0.0074	0.0442	0.0229	0.0167	0.0074	0.2053	0.0183	0.2053	0.0046	0.0398	0.0071	0.0398	0.0047
chr3R	18864912	18865091	chr3R:18864913-18865091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0318	0.0386	0.0468	0.0078	0.018	0.0563	0.0415	0.0473	0.018	0.1492	0.0241	0.1492	0.0186	0.0168	0.0103	0.0168	0.0036
chr3R	18865191	18865416	chr3R:18865192-18865416	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.028	0.0442	0.0273	0.0106	0.017	0.0621	0.0515	0.0546	0.017	0.0815	0.0141	0.0815	0.0124	0.0184	0.0148	0.0184	0.0026
chr3R	18865418	18865569	chr3R:18865419-18865569	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0216	0.0335	0.0214	0.0084	0.018	0.0505	0.0368	0.0353	0.018	0.0622	0.0119	0.0622	0.0077	0.0138	0.0058	0.0138	0.0047
chr3R	18867105	18867256	chr3R:18867106-18867256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0227	0.0093	0.0307	0.0288	0	0.0199	0.0087	0.0087	0	0.1123	0.01	0.1123	0.0093	0.124	0.0142	0.124	0.0052
chr3R	18868509	18868869	chr3R:18868510-18868869	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0629	0.0431	0.0997	0.0446	0.0106	0.0888	0.0394	0.0326	0.0106	0.3671	0.0354	0.3671	0.031	0.1386	0.0316	0.1386	0.0307
chr3R	18872477	18872628	chr3R:18872478-18872628	distal	distal	none	none	VT46064.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0146	0.0095	0.0169	0.0177	0.0011	0.0117	0.0151	0.008	0.0011	0.0344	0.0138	0.0344	0.0155	0.0253	0.0426	0.0253	0.0089
chr3R	18874021	18874172	chr3R:18874022-18874172	FBgn0039043	CG17121	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0218	0.0126	0.022	0.032	0.0042	0.0146	0.0186	0.014	0.0042	0.032	0.0293	0.032	0.0139	0.0176	0.1064	0.0176	0.0146
chr3R	18874335	18874486	chr3R:18874336-18874486	FBgn0039043	CG17121	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0177	0.0112	0.0187	0.024	0.0074	0.0175	0.013	0.01	0.0074	0.0308	0.0215	0.0308	0.0139	0.01	0.0716	0.01	0.0177
chr3R	18874675	18874826	chr3R:18874676-18874826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0259	0.0162	0.0277	0.0347	0.0032	0.0267	0.0186	0.016	0.0032	0.0489	0.0328	0.0489	0.0194	0.0245	0.0986	0.0245	0.0224
chr3R	18878909	18879108	chr3R:18878910-18879108	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	VT46068.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0576	0.0424	0.0782	0.0521	0.0265	0.0549	0.0463	0.052	0.0265	0.1123	0.083	0.1123	0.0782	0.0544	0.0619	0.0544	0.0589
chr3R	18879168	18879343	chr3R:18879169-18879343	FBgn0039044	p53	stage11,stage14,stage5	stage14	VT46068.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0994	0.0705	0.1294	0.0986	0.0424	0.1029	0.0644	0.0899	0.0424	0.1872	0.1354	0.1872	0.1317	0.124	0.1019	0.124	0.1136
chr3R	18879452	18879653	chr3R:18879453-18879653	FBgn0039044	p53	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0557	0.0403	0.0713	0.0557	0.0276	0.0524	0.0433	0.0466	0.0276	0.0936	0.0756	0.0936	0.0697	0.0681	0.0535	0.0681	0.0636
chr3R	18879767	18879956	chr3R:18879768-18879956	FBgn0039044	p53	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0964	0.0793	0.116	0.094	0.0424	0.1097	0.0895	0.0953	0.0424	0.1618	0.1228	0.1618	0.11	0.1202	0.0909	0.1202	0.11
chr3R	18881503	18881654	chr3R:18881504-18881654	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0153	0.0221	0.0145	0.0086	0.0212	0.0267	0.0303	0.0207	0.0212	0.0151	0.0148	0.0151	0.0209	0.0107	0.0103	0.0107	0.0078
chr3R	18883199	18883372	chr3R:18883200-18883372	FBgn0039045	CG17119	none	none	CG17119_NRE	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0221	0.032	0.0334	0.0106	0.0223	0.0316	0.0253	0.0106	0.0483	0.0283	0.0483	0.0465	0.0459	0.0438	0.0459	0.0479
chr3R	18886901	18887097	chr3R:18886902-18887097	FBgn0027526,FBgn0053193	Ublcp1,sav	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0633	0.0464	0.0821	0.0616	0.0233	0.0583	0.0515	0.0653	0.0233	0.1075	0.0878	0.1075	0.0937	0.075	0.0632	0.075	0.0855
chr3R	18887139	18887331	chr3R:18887140-18887331	FBgn0027526,FBgn0053193	Ublcp1,sav	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.075	0.0581	0.0987	0.068	0.0308	0.0728	0.0597	0.0893	0.0308	0.1292	0.1077	0.1292	0.1007	0.0804	0.0683	0.0804	0.0886
chr3R	18887359	18887510	chr3R:18887360-18887510	FBgn0027526,FBgn0053193	Ublcp1,sav	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0425	0.034	0.057	0.0362	0.0159	0.0403	0.0407	0.048	0.0159	0.0749	0.063	0.0749	0.0565	0.0521	0.0342	0.0521	0.0406
chr3R	18913963	18914114	chr3R:18913964-18914114	distal	distal	none	none	VT46088.1	VT46088.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0053	0.0051	0.0034	0.0075	0.0021	0.0024	0.0108	0.0047	0.0021	0.0048	0.0029	0.0048	0.0031	0.0015	6e-04	0.0015	0.0016
chr3R	18917385	18917557	chr3R:18917386-18917557	FBgn0039049	CG6726	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0401	0.0411	0.0383	0.0408	0.0318	0.0466	0.0519	0.048	0.0318	0.0411	0.0367	0.0411	0.0643	0.059	0.0451	0.059	0.0636
chr3R	18923264	18923415	chr3R:18923265-18923415	FBgn0039052	CG6733	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0103	0.01	0.0095	0.0116	0.0053	0.0087	0.0182	0.0087	0.0053	0.0145	0.009	0.0145	0.0093	0.0061	0.0071	0.0061	0.0281
chr3R	18936266	18936417	chr3R:18936267-18936417	distal	distal	none	none	VT46101.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0116	0.0075	0.013	0.0042	0.0107	0.0173	0.0153	0.0042	0.0066	0.008	0.0066	0.007	0.0046	0.0019	0.0046	0.0031
chr3R	18936889	18937040	chr3R:18936890-18937040	distal	distal	stage14	stage14	VT46101.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.0071	0.0081	0.022	0.0011	0.0102	0.0121	0.0033	0.0011	0.0072	0.0096	0.0072	0.0054	0.0077	0.0052	0.0077	0.0146
chr3R	18938414	18938565	chr3R:18938415-18938565	FBgn0039054	CG13830	stage14	none	VT46101.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0115	0.0114	0.0274	0.0042	0.0121	0.013	0.02	0.0042	0.0151	0.0116	0.0151	0.0101	0.0092	0.0064	0.0092	0.0109
chr3R	18938756	18938907	chr3R:18938757-18938907	FBgn0039054	CG13830	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0123	0.0141	0.0322	0.0032	0.0117	0.0169	0.02	0.0032	0.0175	0.0125	0.0175	0.0101	0.0107	0.0058	0.0107	0.0099
chr3R	18943326	18943505	chr3R:18943327-18943505	FBgn0039055	Rassf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0842	0.0684	0.0984	0.0863	0.0329	0.084	0.0856	0.0879	0.0329	0.1184	0.1084	0.1184	0.1061	0.1072	0.0993	0.1072	0.0985
chr3R	18943581	18943775	chr3R:18943582-18943775	FBgn0039055,FBgn0039056	Rassf,cenB1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1927	0.1767	0.2261	0.1738	0.1421	0.2146	0.1916	0.2278	0.1421	0.2699	0.2524	0.2699	0.2231	0.2075	0.1966	0.2075	0.1939
chr3R	18944037	18944227	chr3R:18944038-18944227	FBgn0039055,FBgn0039056	Rassf,cenB1A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1583	0.1482	0.1937	0.1309	0.0954	0.1699	0.1773	0.2005	0.0954	0.2349	0.2206	0.2349	0.1859	0.1432	0.136	0.1432	0.1574
chr3R	18944289	18944496	chr3R:18944290-18944496	FBgn0039056	cenB1A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0639	0.0588	0.0783	0.0538	0.0265	0.0617	0.0731	0.0919	0.0265	0.093	0.0913	0.093	0.0689	0.0636	0.06	0.0636	0.0547
chr3R	18946360	18946516	chr3R:18946361-18946516	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0501	0.0223	0.0109	0.0435	0.032	0.0774	0.0686	0.0435	0.0187	0.0325	0.0187	0.0147	0.0046	0.0155	0.0046	0.0115
chr3R	18946760	18946911	chr3R:18946761-18946911	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.034	0.0317	0.017	0.0148	0.0301	0.0489	0.0493	0.0148	0.0181	0.0315	0.0181	0.0697	0.0092	0.0161	0.0092	0.0354
chr3R	18952041	18952231	chr3R:18952042-18952231	FBgn0051365	CG31365	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1168	0.1214	0.1298	0.0973	0.0764	0.1495	0.1406	0.1552	0.0764	0.1775	0.1421	0.1775	0.1084	0.1202	0.1044	0.1202	0.1084
chr3R	18952420	18952692	chr3R:18952421-18952692	FBgn0051365	CG31365	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0733	0.0678	0.0841	0.0675	0.0329	0.0854	0.0796	0.0859	0.0329	0.09	0.099	0.09	0.0906	0.0628	0.0806	0.0628	0.0813
chr3R	18952865	18953114	chr3R:18952866-18953114	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0613	0.0517	0.0716	0.0606	0.0159	0.0655	0.0683	0.0673	0.0159	0.0821	0.0852	0.0821	0.0666	0.0582	0.0509	0.0582	0.0542
chr3R	18953177	18953328	chr3R:18953178-18953328	FBgn0051457	CG31457	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0403	0.0624	0.038	0.0159	0.0456	0.0519	0.0566	0.0159	0.0857	0.0736	0.0857	0.0473	0.0291	0.0393	0.0291	0.05
chr3R	18953339	18953506	chr3R:18953340-18953506	FBgn0051457	CG31457	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0708	0.0642	0.0924	0.0544	0.0329	0.0757	0.0817	0.0773	0.0329	0.1232	0.1077	0.1232	0.0666	0.0544	0.0638	0.0544	0.0677
chr3R	18953658	18953833	chr3R:18953659-18953833	FBgn0051457	CG31457	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1398	0.173	0.1157	0.0891	0.1646	0.1605	0.1885	0.0891	0.2138	0.2026	0.2138	0.134	0.1363	0.1193	0.1363	0.1397
chr3R	18954029	18954180	chr3R:18954030-18954180	FBgn0051457	CG31457	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.042	0.057	0.047	0.0198	0.0223	0.0636	0.0744	0.0779	0.0223	0.0519	0.0621	0.0519	0.0333	0.0184	0.0322	0.0184	0.0193
chr3R	18955439	18955661	chr3R:18955440-18955661	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0548	0.1047	0.0463	0.0085	0.0774	0.0646	0.1553	0.1506	0.0774	0.0302	0.0804	0.0302	0.0147	0.0031	0.0245	0.0031	0.0052
chr3R	18955678	18955829	chr3R:18955679-18955829	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0447	0.0795	0.0402	0.0106	0.0583	0.0471	0.1306	0.0999	0.0583	0.0254	0.0704	0.0254	0.0155	0.0015	0.0329	0.0015	0.0063
chr3R	18955990	18956200	chr3R:18955991-18956200	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0649	0.0761	0.0826	0.033	0.0647	0.049	0.1349	0.0813	0.0647	0.0308	0.1695	0.0308	0.0225	0.0084	0.1193	0.0084	0.0099
chr3R	18956230	18956452	chr3R:18956231-18956452	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0728	0.0661	0.1095	0.0401	0.0445	0.0583	0.0908	0.0893	0.0445	0.035	0.2325	0.035	0.0256	0.0107	0.1457	0.0107	0.012
chr3R	18956632	18956848	chr3R:18956633-18956848	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0678	0.0729	0.0928	0.0347	0.0361	0.0811	0.0813	0.1173	0.0361	0.0411	0.1894	0.0411	0.0217	0.0023	0.1296	0.0023	0.0115
chr3R	18957109	18957308	chr3R:18957110-18957308	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0651	0.1076	0.0673	0.0152	0.0265	0.1597	0.096	0.1686	0.0265	0.0459	0.1293	0.0459	0.0132	0.0046	0.0522	0.0046	0.0057
chr3R	18957705	18957856	chr3R:18957706-18957856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0345	0.0338	0.0459	0.0228	0.0148	0.0417	0.0298	0.0633	0.0148	0.0199	0.0929	0.0199	0.0108	0.0069	0.0812	0.0069	0.0063
chr3R	18958992	18959177	chr3R:18958993-18959177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0877	0.0661	0.1409	0.0536	0.0191	0.1155	0.0385	0.1119	0.0191	0.1486	0.2096	0.1486	0.1069	0.0743	0.0954	0.0743	0.0542
chr3R	18959425	18959660	chr3R:18959426-18959660	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0576	0.0847	0.0679	0.0159	0.0339	0.0976	0.0744	0.1619	0.0339	0.0501	0.1087	0.0501	0.0465	0.0161	0.0309	0.0161	0.0135
chr3R	18959688	18959839	chr3R:18959689-18959839	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0644	0.041	0.0113	0.0233	0.0922	0.051	0.1066	0.0233	0.0278	0.0621	0.0278	0.038	0.0092	0.0193	0.0092	0.0073
chr3R	18959874	18960025	chr3R:18959875-18960025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0381	0.0631	0.0385	0.0099	0.0148	0.083	0.0467	0.1272	0.0148	0.0314	0.0617	0.0314	0.024	0.01	0.0219	0.01	0.0042
chr3R	18960425	18960670	chr3R:18960426-18960670	distal	distal	none	none	hh-PR	hh-PR	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0433	0.05	0.0548	0.0231	0.0159	0.0777	0.0372	0.0799	0.0159	0.0495	0.0797	0.0495	0.0534	0.0283	0.0548	0.0283	0.012
chr3R	18964250	18964463	chr3R:18964251-18964463	distal	distal	stage5	stage5	hh_hhf4F	hh_hhf4F	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0891	0.039	0.0097	0.0806	0.083	0.0908	0.1559	0.0806	0.038	0.0559	0.038	0.0132	0.0084	0.0168	0.0084	0.0057
chr3R	18967647	18967929	chr3R:18967648-18967929	FBgn0004644	hh	stage11,stage14,stage5	none	hh_modA	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2501	0.2732	0.3076	0.1611	0.2163	0.3306	0.2638	0.4084	0.2163	0.3617	0.3704	0.3617	0.261	0.183	0.2334	0.183	0.1954
chr3R	18969215	18969417	chr3R:18969216-18969417	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	hh_4075,hh_modA	hh_4075	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1127	0.0732	0.1766	0.0866	0.017	0.1456	0.0372	0.1093	0.017	0.2518	0.2588	0.2518	0.0596	0.1516	0.1418	0.1516	0.0797
chr3R	18971158	18971309	chr3R:18971159-18971309	distal	distal	none	none	hh_gamma1mF4	hh_gamma1mF4	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0513	0.0423	0.0139	0.0138	0.065	0.0398	0.1046	0.0138	0.0296	0.0762	0.0296	0.0085	0.0069	0.0368	0.0069	0.0068
chr3R	18971537	18971720	chr3R:18971538-18971720	distal	distal	stage5	stage5	hh_gamma1mF4	hh_gamma1mF4	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.044	0.0695	0.0478	0.0113	0.0148	0.0782	0.0407	0.1805	0.0148	0.0217	0.092	0.0217	0.0163	0.0054	0.029	0.0054	0.0104
chr3R	18972819	18972988	chr3R:18972820-18972988	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0351	0.0356	0.0496	0.0187	0.0042	0.0597	0.0311	0.0486	0.0042	0.0399	0.083	0.0399	0.0294	0.0092	0.0567	0.0092	0.013
chr3R	18974494	18974804	chr3R:18974495-18974804	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0642	0.0442	0.116	0.0297	0.0127	0.0573	0.0484	0.068	0.0127	0.0429	0.2453	0.0429	0.0139	0.0107	0.0812	0.0107	0.0198
chr3R	18975035	18975219	chr3R:18975036-18975219	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0532	0.048	0.0824	0.0272	0.0159	0.0539	0.0536	0.0813	0.0159	0.0205	0.1797	0.0205	0.0116	0.0031	0.0877	0.0031	0.0125
chr3R	18976252	18976403	chr3R:18976253-18976403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0391	0.0414	0.0217	0.0159	0.034	0.0584	0.054	0.0159	0.0423	0.0521	0.0423	0.0325	0.0161	0.0316	0.0161	0.025
chr3R	18982624	18982895	chr3R:18982625-18982895	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1668	0.1459	0.177	0.1789	0.1092	0.1704	0.1721	0.1885	0.1092	0.1884	0.1961	0.1884	0.1673	0.1531	0.1799	0.1531	0.2011
chr3R	18982983	18983431	chr3R:18982984-18983431	FBgn0004395	unk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2099	0.1598	0.2622	0.2086	0.0827	0.2209	0.1687	0.2099	0.0827	0.3025	0.3013	0.3025	0.2525	0.2067	0.2211	0.2067	0.2397
chr3R	18983497	18983700	chr3R:18983498-18983700	FBgn0004395	unk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1795	0.1618	0.2147	0.1606	0.1018	0.2005	0.1812	0.2105	0.1018	0.2566	0.2386	0.2566	0.1952	0.1639	0.1825	0.1639	0.1798
chr3R	18983851	18984002	chr3R:18983852-18984002	FBgn0004395	unk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0566	0.0727	0.0402	0.0286	0.0641	0.0688	0.0793	0.0286	0.0924	0.0759	0.0924	0.0666	0.049	0.038	0.049	0.036
chr3R	18984787	18984938	chr3R:18984788-18984938	FBgn0039058	VhaAC39-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0301	0.0442	0.031	0.0135	0.0191	0.0296	0.0779	0.0513	0.0191	0.038	0.0363	0.038	0.0217	0.0168	0.0135	0.0168	0.0135
chr3R	18985131	18985297	chr3R:18985132-18985297	FBgn0039058	VhaAC39-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.06	0.0738	0.0712	0.0324	0.0361	0.0728	0.0952	0.1086	0.0361	0.0888	0.0859	0.0888	0.0465	0.0199	0.0245	0.0199	0.0193
chr3R	18985399	18985550	chr3R:18985400-18985550	FBgn0039058	VhaAC39-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.041	0.0521	0.0428	0.0267	0.0286	0.05	0.0735	0.066	0.0286	0.0531	0.0527	0.0531	0.0263	0.0123	0.0135	0.0123	0.0151
chr3R	18993746	18993897	chr3R:18993747-18993897	FBgn0039060	CG13836	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0114	0.0066	0.0082	0.0202	0.0021	0.0083	0.0104	0.0053	0.0021	0.0036	0.0125	0.0036	0.0093	0.0123	0.0232	0.0123	0.0375
chr3R	18999395	18999746	chr3R:18999396-18999746	FBgn0039061	Ir	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0435	0.0172	0.036	0.0812	0.0074	0.0165	0.026	0.02	0.0074	0.0284	0.0437	0.0284	0.0635	0.1179	0.1386	0.1179	0.0907
chr3R	19000465	19000616	chr3R:19000466-19000616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0206	0.0125	0.0245	0.0253	0.0032	0.0102	0.0208	0.0167	0.0032	0.0374	0.0289	0.0374	0.0178	0.0245	0.06	0.0245	0.0208
chr3R	19000955	19001234	chr3R:19000956-19001234	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46134.1	VT46134.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0885	0.0285	0.1161	0.1252	0.0106	0.0451	0.0298	0.03	0.0106	0.1818	0.1341	0.1818	0.0829	0.1616	0.1896	0.1616	0.1506
chr3R	19007323	19007474	chr3R:19007324-19007474	distal	distal	stage11	stage11	VT46138.1	VT46138.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0131	0.013	0.0114	0.015	0.0074	0.0131	0.0182	0.018	0.0074	0.0091	0.0125	0.0091	0.0178	0.0084	0.0097	0.0084	0.0386
chr3R	19008603	19008754	chr3R:19008604-19008754	distal	distal	stage5	stage5	VT46138.1	VT46138.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0191	0.0264	0.0175	0.0127	0.0138	0.0175	0.035	0.0486	0.0138	0.0163	0.0232	0.0163	0.0201	0.0184	0.0148	0.0184	0.0162
chr3R	19015243	19015398	chr3R:19015244-19015398	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0237	0.039	0.0299	0.0074	0.0267	0.0298	0.0366	0.0074	0.0229	0.0315	0.0229	0.1201	0.0092	0.0174	0.0092	0.0834
chr3R	19015603	19015754	chr3R:19015604-19015754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0251	0.0171	0.0261	0.0329	0.0117	0.0155	0.0268	0.02	0.0117	0.0151	0.0238	0.0151	0.0744	0.0092	0.0193	0.0092	0.0948
chr3R	19015808	19015983	chr3R:19015809-19015983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0281	0.0196	0.0287	0.037	0.0106	0.0233	0.0264	0.024	0.0106	0.0205	0.0228	0.0205	0.0806	0.0054	0.0219	0.0054	0.1037
chr3R	19016244	19016401	chr3R:19016245-19016401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0187	0.026	0.0338	0.0117	0.017	0.0255	0.028	0.0117	0.0181	0.0273	0.0181	0.0558	0.026	0.0219	0.026	0.0818
chr3R	19017054	19017250	chr3R:19017055-19017250	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0274	0.0156	0.0154	0.0538	0.0117	0.0146	0.0225	0.02	0.0117	0.0072	0.0154	0.0072	0.0318	0.0636	0.0264	0.0636	0.1188
chr3R	19019024	19019459	chr3R:19019025-19019459	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT46141.1	VT46141.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1693	0.2502	0.1907	0.0554	0.2185	0.2019	0.3114	0.3771	0.2185	0.0864	0.3418	0.0864	0.1557	0.0421	0.1328	0.0421	0.0391
chr3R	19021573	19021765	chr3R:19021574-19021765	distal	distal	stage5	stage5	VT46142.1,cnc_+5_construct	VT46142.1,cnc_+5_construct	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0513	0.1108	0.0277	0.0107	0.122	0.0495	0.1717	0.1559	0.122	0.0236	0.0428	0.0236	0.0217	0.0107	0.0155	0.0107	0.0146
chr3R	19022860	19023197	chr3R:19022861-19023197	distal	distal	none	none	VT46142.1,VT46143.1	VT46142.1,VT46143.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0462	0.0413	0.0656	0.0305	0.017	0.0607	0.0437	0.0506	0.017	0.1087	0.0746	0.1087	0.0364	0.0582	0.0322	0.0582	0.0198
chr3R	19024767	19024990	chr3R:19024768-19024990	distal	distal	stage11	stage11	VT46144.1	VT46144.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0307	0.0448	0.0188	0.0117	0.0374	0.0324	0.05	0.0117	0.0229	0.0849	0.0229	0.0194	0.0107	0.0464	0.0107	0.0115
chr3R	19026876	19027064	chr3R:19026877-19027064	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1814	0.1366	0.2538	0.1521	0.07	0.1791	0.1168	0.2245	0.07	0.2983	0.2932	0.2983	0.2223	0.1095	0.1863	0.1095	0.1636
chr3R	19032425	19032576	chr3R:19032426-19032576	distal	distal	none	none	VT46147.1	VT46147.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0194	0.0263	0.0225	0.0084	0.0095	0.0427	0.0242	0.0346	0.0095	0.0211	0.0315	0.0211	0.0139	0.0069	0.011	0.0069	0.0063
chr3R	19032725	19032876	chr3R:19032726-19032876	distal	distal	stage11	stage11	VT46147.1	VT46147.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0194	0.0165	0.0303	0.0109	0.0032	0.0209	0.0147	0.032	0.0032	0.0254	0.0447	0.0254	0.0178	0.0038	0.0181	0.0038	0.0089
chr3R	19032980	19033263	chr3R:19032981-19033263	distal	distal	stage11	stage11	VT46147.1	VT46147.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0599	0.044	0.0817	0.0536	0.0159	0.0602	0.0463	0.0666	0.0159	0.0773	0.0817	0.0773	0.0488	0.0253	0.0335	0.0253	0.0266
chr3R	19036490	19036656	chr3R:19036491-19036656	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0203	0.0312	0.0294	0.0064	0.0243	0.0221	0.0353	0.0064	0.0248	0.027	0.0248	0.0682	0.0084	0.009	0.0084	0.0782
chr3R	19037447	19037644	chr3R:19037448-19037644	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1001	0.0571	0.1595	0.083	0.017	0.0913	0.0363	0.1013	0.017	0.2071	0.1807	0.2071	0.1208	0.0988	0.0735	0.0988	0.0808
chr3R	19037864	19038052	chr3R:19037865-19038052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0465	0.0257	0.0707	0.0432	0.0042	0.0403	0.0208	0.0433	0.0042	0.0924	0.074	0.0924	0.0457	0.036	0.0251	0.036	0.0406
chr3R	19038640	19038791	chr3R:19038641-19038791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.016	0.0306	0.0213	0.0053	0.0165	0.0212	0.024	0.0053	0.0356	0.0296	0.0356	0.0465	0.0092	0.0142	0.0092	0.05
chr3R	19039227	19039378	chr3R:19039228-19039378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0221	0.0212	0.0317	0.0127	0.0042	0.0199	0.0247	0.0426	0.0042	0.0284	0.0469	0.0284	0.0232	0.0077	0.0155	0.0077	0.0141
chr3R	19040607	19040820	chr3R:19040608-19040820	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1522	0.1186	0.1844	0.1544	0.0594	0.1515	0.1289	0.1659	0.0594	0.2156	0.1961	0.2156	0.2122	0.1662	0.1476	0.1662	0.1923
chr3R	19041208	19041359	chr3R:19041209-19041359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0242	0.0298	0.0295	0.0106	0.0277	0.032	0.0273	0.0106	0.0193	0.0395	0.0193	0.0426	0.0184	0.0387	0.0184	0.0469
chr3R	19041431	19041621	chr3R:19041432-19041621	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0363	0.0416	0.0407	0.0253	0.0127	0.0383	0.0541	0.068	0.0127	0.0236	0.0643	0.0236	0.0372	0.0145	0.0561	0.0145	0.0229
chr3R	19046037	19046239	chr3R:19046038-19046239	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT46154.1	VT46154.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0457	0.0523	0.0717	0.0265	0.0471	0.0554	0.0673	0.0265	0.0471	0.0576	0.0471	0.0674	0.1072	0.0993	0.1072	0.0719
chr3R	19046470	19046690	chr3R:19046471-19046690	distal	distal	none	none	VT46154.1	VT46154.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.035	0.0371	0.0483	0.0191	0.035	0.0437	0.0513	0.0191	0.0368	0.0412	0.0368	0.048	0.0544	0.0567	0.0544	0.0573
chr3R	19046733	19046945	chr3R:19046734-19046945	distal	distal	none	none	VT46154.1	VT46154.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0376	0.0304	0.0349	0.0485	0.0138	0.0388	0.0359	0.04	0.0138	0.0332	0.0318	0.0332	0.0689	0.0444	0.0496	0.0444	0.0735
chr3R	19047130	19047336	chr3R:19047131-19047336	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.08	0.0459	0.0754	0.1231	0.0212	0.0631	0.0484	0.0606	0.0212	0.0622	0.0656	0.0622	0.1371	0.1034	0.1077	0.1034	0.1798
chr3R	19047605	19047828	chr3R:19047606-19047828	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0615	0.0147	0.0382	0.1393	0.0053	0.0223	0.0182	0.0127	0.0053	0.0193	0.0267	0.0193	0.0984	0.1294	0.1354	0.1294	0.1991
chr3R	19052412	19052631	chr3R:19052413-19052631	FBgn0262975	cnc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0679	0.0213	0.0646	0.1235	0.0042	0.0374	0.0229	0.02	0.0042	0.0453	0.0592	0.0453	0.1658	0.098	0.1431	0.098	0.2392
chr3R	19054227	19054378	chr3R:19054228-19054378	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0173	0.0127	0.0136	0.0266	0.0064	0.0155	0.0156	0.0147	0.0064	0.0091	0.0161	0.0091	0.0209	0.0092	0.049	0.0092	0.0328
chr3R	19063699	19063850	chr3R:19063700-19063850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0086	0.0072	0.0306	0.0021	0.0097	0.013	0.0087	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0054	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr3R	19064962	19065181	chr3R:19064963-19065181	distal	distal	stage14	stage14	VT46165.1	VT46165.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0123	0.0108	0.0565	0.0032	0.0102	0.0225	0.0127	0.0032	0.0042	0.0093	0.0042	0.0062	0.0176	0.0213	0.0176	0.0261
chr3R	19065696	19065886	chr3R:19065697-19065886	distal	distal	stage14	stage14	VT46165.1	VT46165.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0145	0.0104	0.0579	0.0042	0.0131	0.0242	0.0187	0.0042	0.0048	0.0048	0.0048	0.0062	0.0345	0.0174	0.0345	0.0125
chr3R	19066251	19066402	chr3R:19066252-19066402	distal	distal	none	none	VT46165.1	VT46165.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0086	0.0081	0.0408	0.0032	0.0049	0.0156	0.012	0.0032	0.006	0.0051	0.006	0.0046	0.0061	0.0039	0.0061	0.013
chr3R	19066850	19067001	chr3R:19066851-19067001	distal	distal	stage14	stage14	VT46165.1	VT46165.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0093	0.007	0.0355	0	0.0097	0.0164	0.0107	0	0.006	0.0051	0.006	0.0054	0.0038	0.0064	0.0038	0.0073
chr3R	19067516	19067667	chr3R:19067517-19067667	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0103	0.0094	0.0214	0.0042	0.0092	0.0186	0.0107	0.0042	0.0072	0.0106	0.0072	0.0046	0.0061	0.0071	0.0061	0.0078
chr3R	19074761	19074942	chr3R:19074762-19074942	FBgn0039064	CG4467	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0696	0.0577	0.0857	0.0652	0.0233	0.068	0.0662	0.0839	0.0233	0.1027	0.0804	0.1027	0.0186	0.0237	0.0264	0.0237	0.0182
chr3R	19076411	19076562	chr3R:19076412-19076562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.033	0.0374	0.0203	0.0159	0.0311	0.0493	0.0413	0.0159	0.0519	0.0428	0.0519	0.031	0.0291	0.0174	0.0291	0.0177
chr3R	19076629	19076815	chr3R:19076630-19076815	FBgn0039065,FBgn0039066	CG4449,EloA	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0453	0.0437	0.059	0.0319	0.0233	0.0466	0.0614	0.0513	0.0233	0.0839	0.0601	0.0839	0.0596	0.0314	0.0284	0.0314	0.0339
chr3R	19076981	19077164	chr3R:19076982-19077164	FBgn0039065,FBgn0039066	CG4449,EloA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.1307	0.1602	0.109	0.0891	0.1432	0.1622	0.1732	0.0891	0.1884	0.182	0.1884	0.1472	0.1003	0.1135	0.1003	0.1271
chr3R	19077183	19077409	chr3R:19077184-19077409	FBgn0039065,FBgn0039066	CG4449,EloA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1745	0.1853	0.1909	0.1445	0.1654	0.1917	0.2323	0.2345	0.1654	0.2228	0.2164	0.2228	0.1758	0.1309	0.1593	0.1309	0.1787
chr3R	19077588	19077766	chr3R:19077589-19077766	FBgn0039065,FBgn0039066	CG4449,EloA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0602	0.0906	0.057	0.0297	0.071	0.0534	0.1665	0.0939	0.071	0.0652	0.0624	0.0652	0.0527	0.0306	0.0303	0.0306	0.0255
chr3R	19077768	19078046	chr3R:19077769-19078046	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.1244	0.034	0.0194	0.1166	0.0427	0.2461	0.1292	0.1166	0.0368	0.036	0.0368	0.0341	0.023	0.0161	0.023	0.0193
chr3R	19083227	19083378	chr3R:19083228-19083378	FBgn0039067	wda	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0368	0.0331	0.0177	0.0223	0.0282	0.0554	0.052	0.0223	0.0453	0.0376	0.0453	0.0256	0.0207	0.0181	0.0207	0.0193
chr3R	19083696	19083910	chr3R:19083697-19083910	FBgn0039067,FBgn0039068	CG13827,wda	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.1596	0.1558	0.1096	0.1241	0.1631	0.2011	0.2079	0.1241	0.195	0.1736	0.195	0.1495	0.1026	0.1251	0.1026	0.1271
chr3R	19084024	19084247	chr3R:19084025-19084247	FBgn0039067,FBgn0039068	CG13827,wda	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1341	0.1412	0.1486	0.1103	0.1113	0.1432	0.1665	0.1959	0.1113	0.1576	0.1945	0.1576	0.134	0.1103	0.1638	0.1103	0.1235
chr3R	19084332	19084817	chr3R:19084333-19084817	FBgn0039068	CG13827	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1135	0.1229	0.1365	0.0776	0.071	0.1199	0.1574	0.1792	0.071	0.1268	0.1772	0.1268	0.127	0.0597	0.136	0.0597	0.075
chr3R	19089525	19089817	chr3R:19089526-19089817	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0781	0.0273	0.0156	0.0636	0.0408	0.1535	0.066	0.0636	0.0302	0.0379	0.0302	0.0232	0.013	0.0232	0.013	0.0193
chr3R	19089988	19090139	chr3R:19089989-19090139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0207	0.0368	0.0147	0.0093	0.0201	0.0204	0.0735	0.0366	0.0201	0.0145	0.0183	0.0145	0.0163	0.0084	0.0097	0.0084	0.0135
chr3R	19104573	19104760	chr3R:19104574-19104760	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0605	0.0837	0.0621	0.0327	0.0636	0.0718	0.1189	0.1053	0.0636	0.064	0.0852	0.064	0.0256	0.023	0.0271	0.023	0.0146
chr3R	19104867	19105101	chr3R:19104868-19105101	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.154	0.1406	0.2108	0.1065	0.0742	0.1621	0.173	0.1792	0.0742	0.2935	0.2424	0.2935	0.1239	0.0842	0.0986	0.0842	0.062
chr3R	19105350	19105501	chr3R:19105351-19105501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0375	0.0341	0.0508	0.0267	0.0095	0.0408	0.0493	0.04	0.0095	0.0797	0.0566	0.0797	0.0302	0.0291	0.0297	0.0291	0.0198
chr3R	19105576	19105735	chr3R:19105577-19105735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0404	0.0284	0.0561	0.0366	0.0127	0.0437	0.032	0.0313	0.0127	0.0779	0.0669	0.0779	0.0449	0.0375	0.0464	0.0375	0.0302
chr3R	19106255	19106406	chr3R:19106256-19106406	FBgn0004882	orb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0331	0.0328	0.0334	0.033	0.0106	0.0301	0.0497	0.0446	0.0106	0.0332	0.0437	0.0332	0.0271	0.0268	0.0271	0.0268	0.0255
chr3R	19106557	19106741	chr3R:19106558-19106741	FBgn0004882,FBgn0025781	cdc16,orb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0825	0.045	0.0987	0.1065	0.018	0.0583	0.0536	0.062	0.018	0.0936	0.1228	0.0936	0.1007	0.1126	0.1148	0.1126	0.1131
chr3R	19106822	19106997	chr3R:19106823-19106997	FBgn0004882,FBgn0025781	cdc16,orb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.093	0.1343	0.1189	0.0626	0.1083	0.1146	0.1159	0.0626	0.1685	0.1457	0.1685	0.1294	0.1371	0.1186	0.1371	0.1412
chr3R	19107105	19107345	chr3R:19107106-19107345	FBgn0025781	cdc16	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0691	0.0637	0.0835	0.0593	0.0392	0.0772	0.0839	0.072	0.0392	0.1027	0.0894	0.1027	0.0844	0.0643	0.0522	0.0643	0.0776
chr3R	19107513	19107664	chr3R:19107514-19107664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0332	0.032	0.021	0.0191	0.0306	0.0536	0.0353	0.0191	0.0423	0.0347	0.0423	0.0279	0.0207	0.0206	0.0207	0.0261
chr3R	19115112	19115263	chr3R:19115113-19115263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0239	0.0241	0.0329	0.0138	0.0064	0.0316	0.0277	0.0346	0.0064	0.0592	0.035	0.0592	0.0217	0.0138	0.0142	0.0138	0.0261
chr3R	19115484	19115635	chr3R:19115485-19115635	FBgn0039071	CG4434	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0227	0.0228	0.0302	0.0143	0.0053	0.0311	0.0225	0.038	0.0053	0.0495	0.0338	0.0495	0.0248	0.0084	0.011	0.0084	0.0281
chr3R	19118216	19118372	chr3R:19118217-19118372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0459	0.0431	0.0515	0.0428	0.0201	0.0549	0.0415	0.0686	0.0201	0.0568	0.0553	0.0568	0.0705	0.0398	0.0368	0.0398	0.0902
chr3R	19118731	19119200	chr3R:19118732-19119200	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1432	0.113	0.144	0.176	0.0742	0.134	0.1324	0.1479	0.0742	0.1335	0.1833	0.1335	0.1379	0.242	0.2444	0.242	0.1897
chr3R	19121099	19121307	chr3R:19121100-19121307	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2353	0.2246	0.2766	0.2019	0.1622	0.2709	0.25	0.2938	0.1622	0.3635	0.3061	0.3635	0.2796	0.2534	0.1986	0.2534	0.271
chr3R	19122986	19123166	chr3R:19122987-19123166	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.056	0.0469	0.0801	0.0398	0.0138	0.0636	0.0441	0.0773	0.0138	0.0876	0.0997	0.0876	0.0604	0.0237	0.0374	0.0237	0.0542
chr3R	19124547	19124698	chr3R:19124548-19124698	distal	distal	stage11	stage11	VT46196.1	VT46196.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0545	0.0591	0.0783	0.0233	0.0201	0.0927	0.0558	0.0786	0.0201	0.131	0.0897	0.131	0.0596	0.0283	0.0348	0.0283	0.0302
chr3R	19125872	19126404	chr3R:19125873-19126404	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1618	0.2444	0.176	0.054	0.1792	0.2971	0.2219	0.3877	0.1792	0.2343	0.254	0.2343	0.0891	0.0636	0.0896	0.0636	0.0547
chr3R	19126582	19127169	chr3R:19126583-19127169	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.165	0.2625	0.1882	0.0305	0.1516	0.3316	0.2305	0.435	0.1516	0.2083	0.2984	0.2083	0.0759	0.0337	0.0458	0.0337	0.036
chr3R	19128918	19129199	chr3R:19128919-19129199	distal	distal	none	none	VT46198.1	VT46198.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0526	0.0648	0.0659	0.0244	0.0212	0.0898	0.0597	0.1019	0.0212	0.0791	0.0701	0.0791	0.0387	0.0107	0.0355	0.0107	0.0224
chr3R	19129242	19129408	chr3R:19129243-19129408	distal	distal	none	none	VT46198.1	VT46198.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0422	0.0547	0.0503	0.0194	0.0233	0.0718	0.0493	0.0959	0.0233	0.0682	0.0466	0.0682	0.0294	0.0061	0.0251	0.0061	0.0172
chr3R	19130530	19130780	chr3R:19130531-19130780	distal	distal	stage14	stage14	VT46200.1	VT46200.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0328	0.0478	0.037	0.018	0.0466	0.0329	0.0426	0.018	0.0453	0.0685	0.0453	0.0349	0.0191	0.0651	0.0191	0.0563
chr3R	19133730	19134051	chr3R:19133731-19134051	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0481	0.046	0.0602	0.0372	0.0117	0.0811	0.0411	0.0546	0.0117	0.0803	0.0765	0.0803	0.0519	0.026	0.0671	0.026	0.0485
chr3R	19134579	19134730	chr3R:19134580-19134730	distal	distal	none	none	VT46202.1	VT46202.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0314	0.034	0.0166	0.0064	0.0398	0.0355	0.048	0.0064	0.0417	0.0418	0.0417	0.0279	0.0107	0.0232	0.0107	0.0229
chr3R	19135631	19135872	chr3R:19135632-19135872	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46202.1	VT46202.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0254	0.0586	0.0383	0.0106	0.0374	0.0272	0.0313	0.0106	0.0465	0.0788	0.0465	0.0589	0.0191	0.0683	0.0191	0.0631
chr3R	19140047	19140263	chr3R:19140048-19140263	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT46205.1	VT46205.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.1776	0.2379	0.1362	0.1273	0.2408	0.1704	0.2345	0.1273	0.3074	0.2785	0.3074	0.2254	0.1876	0.1625	0.1876	0.1892
chr3R	19141012	19141235	chr3R:19141013-19141235	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT46205.1,VT46206.1	VT46205.1,VT46206.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1659	0.198	0.2014	0.0909	0.1665	0.2515	0.2054	0.2512	0.1665	0.2524	0.2437	0.2524	0.2037	0.1172	0.1393	0.1172	0.1235
chr3R	19144475	19144626	chr3R:19144476-19144626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0249	0.0213	0.0306	0.0226	0.0021	0.0398	0.016	0.0286	0.0021	0.0477	0.0322	0.0477	0.0294	0.062	0.0135	0.062	0.0234
chr3R	19144967	19145118	chr3R:19144968-19145118	distal	distal	none	none	VT46208.1	VT46208.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0324	0.0363	0.0409	0.0188	0.0191	0.0466	0.0415	0.0453	0.0191	0.0622	0.0469	0.0622	0.0279	0.0352	0.0129	0.0352	0.0255
chr3R	19146378	19146529	chr3R:19146379-19146529	distal	distal	none	none	VT46208.1,VT46209.1	VT46208.1,VT46209.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0212	0.0242	0.022	0.017	0.0095	0.0325	0.0272	0.032	0.0095	0.0326	0.0222	0.0326	0.0263	0.013	0.0129	0.013	0.0391
chr3R	19147203	19147354	chr3R:19147204-19147354	distal	distal	none	none	VT46209.1	VT46209.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0389	0.0315	0.0167	0.0201	0.0432	0.0528	0.05	0.0201	0.0435	0.0357	0.0435	0.0287	0.0207	0.0187	0.0207	0.0224
chr3R	19149416	19149567	chr3R:19149417-19149567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0245	0.0202	0.0303	0.0228	0.0095	0.0267	0.0216	0.0253	0.0095	0.0368	0.0431	0.0368	0.024	0.0184	0.0593	0.0184	0.0167
chr3R	19151541	19152097	chr3R:19151542-19152097	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT46212.1	VT46212.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1122	0.05	0.1499	0.1405	0.0095	0.0903	0.048	0.0506	0.0095	0.1975	0.1984	0.1975	0.1402	0.0835	0.2179	0.0835	0.2606
chr3R	19152256	19152498	chr3R:19152257-19152498	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46212.1	VT46212.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.055	0.0309	0.0656	0.0702	0.0085	0.0583	0.0247	0.0346	0.0085	0.0954	0.063	0.0954	0.1015	0.0191	0.069	0.0191	0.174
chr3R	19157094	19157292	chr3R:19157095-19157292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0947	0.0786	0.1206	0.0843	0.0371	0.1039	0.0947	0.0946	0.0371	0.1425	0.1363	0.1425	0.1464	0.0888	0.1025	0.0888	0.1287
chr3R	19157413	19157992	chr3R:19157414-19157992	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1044	0.0734	0.1269	0.1142	0.0371	0.1068	0.0826	0.0786	0.0371	0.128	0.1322	0.128	0.2223	0.0658	0.0974	0.0658	0.2579
chr3R	19158195	19158346	chr3R:19158196-19158346	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0354	0.0242	0.0405	0.0425	0.0085	0.0398	0.0242	0.0266	0.0085	0.0386	0.0376	0.0386	0.0899	0.023	0.038	0.023	0.1001
chr3R	19158670	19158821	chr3R:19158671-19158821	distal	distal	none	none	VT46216.1	VT46216.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0254	0.0148	0.0265	0.0361	0.0053	0.0243	0.0182	0.012	0.0053	0.032	0.0299	0.032	0.0387	0.0253	0.0445	0.0253	0.0745
chr3R	19158899	19159121	chr3R:19158900-19159121	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46216.1	VT46216.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0553	0.0314	0.0614	0.0753	0.0138	0.0515	0.0359	0.0293	0.0138	0.0785	0.0714	0.0785	0.0844	0.0881	0.1257	0.0881	0.1016
chr3R	19159193	19159364	chr3R:19159194-19159364	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46216.1	VT46216.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0428	0.0173	0.0489	0.0646	0.0042	0.0316	0.0169	0.0167	0.0042	0.07	0.0585	0.07	0.0558	0.0911	0.1219	0.0911	0.0641
chr3R	19159733	19159905	chr3R:19159734-19159905	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46216.1	VT46216.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0165	0.0552	0.0684	0.0064	0.0248	0.0212	0.0113	0.0064	0.0688	0.0765	0.0688	0.0503	0.0567	0.1315	0.0567	0.0964
chr3R	19160009	19160160	chr3R:19160010-19160160	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46216.1	VT46216.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0572	0.0161	0.0683	0.0911	0.0021	0.0306	0.0173	0.0093	0.0021	0.0857	0.0884	0.0857	0.0759	0.1164	0.1528	0.1164	0.1251
chr3R	19160246	19160441	chr3R:19160247-19160441	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT46216.1	VT46216.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0883	0.0216	0.1175	0.1308	0.0032	0.0442	0.0221	0.0133	0.0032	0.1721	0.1283	0.1721	0.165	0.1646	0.1792	0.1646	0.2027
chr3R	19161588	19161739	chr3R:19161589-19161739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0273	0.0171	0.0385	0.0266	0.0074	0.0262	0.0177	0.0213	0.0074	0.058	0.0206	0.058	0.0968	0.0513	0.0181	0.0513	0.0438
chr3R	19164104	19164369	chr3R:19164105-19164369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0581	0.035	0.0678	0.0732	0.0138	0.0544	0.0385	0.04	0.0138	0.1184	0.0621	0.1184	0.096	0.0773	0.0567	0.0773	0.1569
chr3R	19167089	19167240	chr3R:19167090-19167240	distal	distal	none	none	VT46220.1	VT46220.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0259	0.0243	0.0294	0.0238	0.0042	0.0432	0.0268	0.0213	0.0042	0.035	0.027	0.035	0.0627	0.013	0.009	0.013	0.0683
chr3R	19167636	19167808	chr3R:19167637-19167808	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT46220.1	VT46220.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0535	0.0628	0.0594	0.0368	0.035	0.0981	0.0727	0.0533	0.035	0.0906	0.0486	0.0906	0.0991	0.0245	0.0335	0.0245	0.0792
chr3R	19169475	19169755	chr3R:19169476-19169755	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT46221.1,pnt_4105	VT46221.1,pnt_4105	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1764	0.2486	0.222	0.0458	0.1877	0.3277	0.231	0.3424	0.1877	0.4722	0.2357	0.4722	0.0899	0.0727	0.058	0.0727	0.0578
chr3R	19170681	19170847	chr3R:19170682-19170847	distal	distal	stage11	stage11	VT46222.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.069	0.052	0.1178	0.0345	0.0201	0.0728	0.0567	0.066	0.0201	0.0876	0.2241	0.0876	0.0302	0.0107	0.1103	0.0107	0.0208
chr3R	19171104	19171255	chr3R:19171105-19171255	distal	distal	stage11	none	VT46222.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0683	0.0577	0.1085	0.0361	0.0255	0.0786	0.0601	0.0799	0.0255	0.1093	0.181	0.1093	0.0589	0.0191	0.0948	0.0191	0.0339
chr3R	19171395	19171635	chr3R:19171396-19171635	FBgn0003118	pnt	stage11,stage5	none	VT46222.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1658	0.1974	0.2231	0.0677	0.1283	0.2296	0.2305	0.2585	0.1283	0.3037	0.3032	0.3037	0.1789	0.0613	0.1341	0.0613	0.0797
chr3R	19171773	19172003	chr3R:19171774-19172003	FBgn0003118	pnt	stage11,stage14,stage5	none	VT46222.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1864	0.1939	0.2505	0.1075	0.1092	0.2466	0.1955	0.2851	0.1092	0.346	0.3064	0.346	0.2641	0.1057	0.1605	0.1057	0.174
chr3R	19172138	19172289	chr3R:19172139-19172289	FBgn0003118	pnt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0835	0.1005	0.0362	0.0339	0.1078	0.0917	0.1199	0.0339	0.1329	0.128	0.1329	0.096	0.036	0.0529	0.036	0.0568
chr3R	19172814	19172985	chr3R:19172815-19172985	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1194	0.1224	0.1565	0.0753	0.0509	0.1471	0.1371	0.1799	0.0509	0.1745	0.2039	0.1745	0.1363	0.0368	0.1418	0.0368	0.0808
chr3R	19173246	19173483	chr3R:19173247-19173483	FBgn0264326	DNApol-epsilon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1718	0.1741	0.2287	0.1069	0.1007	0.2495	0.1609	0.2432	0.1007	0.3086	0.2723	0.3086	0.2022	0.0758	0.1773	0.0758	0.1428
chr3R	19173718	19173885	chr3R:19173719-19173885	FBgn0264326	DNApol-epsilon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1212	0.112	0.1548	0.0946	0.0615	0.1646	0.099	0.1619	0.0615	0.2114	0.1711	0.2114	0.1503	0.0949	0.1225	0.0949	0.1308
chr3R	19173975	19174126	chr3R:19173976-19174126	FBgn0264326	DNApol-epsilon	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.051	0.0513	0.0622	0.0383	0.0276	0.0636	0.0549	0.0779	0.0276	0.0809	0.0672	0.0809	0.0697	0.0375	0.0438	0.0375	0.0552
chr3R	19181447	19181598	chr3R:19181448-19181598	FBgn0016119	ATPsyn-Cf6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0444	0.072	0.0603	0.0318	0.0549	0.0506	0.0586	0.0318	0.0851	0.0804	0.0851	0.086	0.0697	0.06	0.0697	0.0724
chr3R	19181725	19181889	chr3R:19181726-19181889	FBgn0016119,FBgn0024509	ATPsyn-Cf6,sec13	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1319	0.09	0.1556	0.1528	0.0573	0.1223	0.0947	0.1166	0.0573	0.1667	0.1791	0.1667	0.1805	0.1807	0.1489	0.1807	0.1834
chr3R	19181934	19182085	chr3R:19181935-19182085	FBgn0016119,FBgn0024509	ATPsyn-Cf6,sec13	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0906	0.0616	0.1147	0.0965	0.0339	0.0864	0.0649	0.0806	0.0339	0.1449	0.1296	0.1449	0.1177	0.1018	0.098	0.1018	0.1256
chr3R	19182180	19182356	chr3R:19182181-19182356	FBgn0016119,FBgn0024509	ATPsyn-Cf6,sec13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1389	0.1031	0.1708	0.144	0.0817	0.1325	0.1125	0.1239	0.0817	0.2162	0.1891	0.2162	0.1844	0.1531	0.1528	0.1531	0.1912
chr3R	19182464	19182755	chr3R:19182465-19182755	FBgn0024509	sec13	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0976	0.0771	0.1188	0.0971	0.053	0.1049	0.0809	0.0926	0.053	0.1643	0.1315	0.1643	0.1201	0.0957	0.109	0.0957	0.1428
chr3R	19183019	19183170	chr3R:19183020-19183170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0395	0.0283	0.0449	0.0461	0.0159	0.0388	0.0298	0.0346	0.0159	0.058	0.0428	0.058	0.0612	0.0383	0.0355	0.0383	0.0969
chr3R	19184243	19184604	chr3R:19184244-19184604	FBgn0002622	RpS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1939	0.1666	0.2357	0.1785	0.1135	0.2029	0.1977	0.2039	0.1135	0.3104	0.2502	0.3104	0.2363	0.1884	0.1973	0.1884	0.2215
chr3R	19184667	19184860	chr3R:19184668-19184860	FBgn0002622	RpS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0992	0.0837	0.1259	0.0872	0.0414	0.1053	0.1008	0.1086	0.0414	0.1685	0.1283	0.1685	0.1425	0.1072	0.0916	0.1072	0.1079
chr3R	19187094	19187277	chr3R:19187095-19187277	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0477	0.0612	0.0495	0.0308	0.0435	0.0723	0.067	0.0913	0.0435	0.0622	0.0579	0.0622	0.0581	0.0406	0.0322	0.0406	0.0443
chr3R	19200121	19200330	chr3R:19200122-19200330	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0061	0.006	0.0287	0.0011	0.0068	0.0108	0.0047	0.0011	0.0024	0.009	0.0024	0.0039	0.0199	0.0284	0.0199	0.0125
chr3R	19209552	19209703	chr3R:19209553-19209703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.0086	0.0121	0.028	0.0064	0.0092	0.0121	0.008	0.0064	0.0097	0.0122	0.0097	0.0085	0.0092	0.0058	0.0092	0.0094
chr3R	19210510	19211130	chr3R:19210511-19211130	FBgn0039075	CG4393	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0935	0.0368	0.0765	0.1756	0.0148	0.0481	0.0593	0.0227	0.0148	0.0851	0.0547	0.0851	0.1557	0.2848	0.0903	0.2848	0.246
chr3R	19211912	19212113	chr3R:19211913-19212113	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0297	0.0102	0.0151	0.0675	0.0042	0.0107	0.0173	0.0087	0.0042	0.0121	0.0148	0.0121	0.0263	0.0283	0.0426	0.0283	0.1079
chr3R	19214935	19215086	chr3R:19214936-19215086	FBgn0051515	CG31515	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0101	0.0129	0.0131	0.0032	0.0097	0.0143	0.0127	0.0032	0.0103	0.0206	0.0103	0.0093	0.0054	0.0264	0.0054	0.0146
chr3R	19251594	19251745	chr3R:19251595-19251745	FBgn0263777	CG43694	none	none	VT46261.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0098	0.0093	0.011	0.0089	0.0011	0.0087	0.0156	0.0107	0.0011	0.0103	0.017	0.0103	0.0093	0.0061	0.0232	0.0061	0.0047
chr3R	19257151	19257302	chr3R:19257152-19257302	distal	distal	stage14	stage14	VT46264.1	VT46264.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0074	0.015	0.0228	0.0053	0.0053	0.0112	0.0087	0.0053	0.006	0.0283	0.006	0.0101	0	0.0922	0	0.0036
chr3R	19258254	19258405	chr3R:19258255-19258405	distal	distal	stage14	stage14	VT46265.1	VT46265.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0062	0.0136	0.0219	0.0021	0.0024	0.0134	0.006	0.0021	0.006	0.0251	0.006	0.0093	8e-04	0.087	8e-04	0.0078
chr3R	19258752	19258903	chr3R:19258753-19258903	distal	distal	none	none	VT46265.1	VT46265.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0096	0.0049	0.01	0.0143	0.0042	0.0029	0.0104	0.002	0.0042	0.0085	0.0174	0.0085	0.0039	0.0015	0.0593	0.0015	0.0021
chr3R	19259082	19259233	chr3R:19259083-19259233	distal	distal	none	none	VT46265.1	VT46265.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0083	0.0055	0.009	0.0106	0.0011	0.0058	0.0095	0.0053	0.0011	0.0091	0.0116	0.0091	0.0077	0.0038	0.0348	0.0038	0.0047
chr3R	19264154	19264305	chr3R:19264155-19264305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0098	0.0093	0.0132	0.0042	0.0058	0.0173	0.012	0.0042	0.0048	0.0167	0.0048	0.0039	0.0077	0.0451	0.0077	0.0036
chr3R	19264472	19264623	chr3R:19264473-19264623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0115	0.0156	0.013	0.0106	0.0087	0.016	0.0147	0.0106	0.0127	0.0264	0.0127	0.007	0.0038	0.0393	0.0038	0.0063
chr3R	19271554	19271705	chr3R:19271555-19271705	distal	distal	none	none	VT46272.1	VT46272.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0106	0.0095	0.0123	0.01	0	0.0097	0.0177	0.0087	0	0.0042	0.0225	0.0042	0.0108	0.0038	0.0309	0.0038	0.0036
chr3R	19286510	19286661	chr3R:19286511-19286661	distal	distal	none	none	VT46281.1	VT46281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0105	0.0142	0.0173	0.0032	0.0112	0.0182	0.0107	0.0032	0.0036	0.0273	0.0036	0.0085	0.0031	0.06	0.0031	0.0068
chr3R	19289405	19289556	chr3R:19289406-19289556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0129	0.0098	0.0147	0.0142	0.0053	0.0087	0.0186	0.0067	0.0053	0.0103	0.0248	0.0103	0.0124	0.0023	0.0522	0.0023	0.0047
chr3R	19297919	19298206	chr3R:19297920-19298206	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT46287.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0193	0.034	0.0136	0.0091	0.0212	0.0209	0.0519	0.048	0.0212	0.0115	0.0199	0.0115	0.0124	0.0015	0.0303	0.0015	0.0031
chr3R	19298326	19298515	chr3R:19298327-19298515	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT46287.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0192	0.0225	0.0366	0.0148	0.0155	0.0264	0.0266	0.0148	0.0085	0.0415	0.0085	0.0132	0.0046	0.1412	0.0046	0.0089
chr3R	19323251	19323402	chr3R:19323252-19323402	distal	distal	none	none	VT46299.1	VT46299.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0099	0.0083	0.0114	0.01	0.0021	0.0087	0.0125	0.01	0.0021	0.0199	0.0145	0.0199	0.0046	0.026	0.0142	0.026	0.0031
chr3R	19333750	19333901	chr3R:19333751-19333901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0077	0.0088	0.0109	0.0042	0.0092	0.013	0.0047	0.0042	0.006	0.0132	0.006	0.007	0.0015	0.0361	0.0015	0.0042
chr3R	19347824	19348005	chr3R:19347825-19348005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0435	0.042	0.0565	0.0309	0.0339	0.0451	0.0458	0.056	0.0339	0.0773	0.0653	0.0773	0.0581	0.0459	0.04	0.0459	0.0318
chr3R	19348098	19348317	chr3R:19348099-19348317	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.135	0.1642	0.0997	0.1018	0.1476	0.1609	0.1759	0.1018	0.2029	0.1949	0.2029	0.1418	0.1049	0.1264	0.1049	0.0995
chr3R	19348434	19348603	chr3R:19348435-19348603	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0949	0.0972	0.1204	0.0643	0.0753	0.1049	0.1103	0.1412	0.0753	0.1274	0.155	0.1274	0.1201	0.0536	0.1025	0.0536	0.062
chr3R	19356579	19356730	chr3R:19356580-19356730	FBgn0039084	CG10175	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0131	0.0112	0.0119	0.0166	0.0064	0.0097	0.0203	0.01	0.0064	0.0109	0.0164	0.0109	0.0116	0.0092	0.0419	0.0092	0.013
chr3R	19360286	19360585	chr3R:19360287-19360585	FBgn0039085	CG10170	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0238	0.026	0.026	0.0188	0.0138	0.0228	0.0476	0.0207	0.0138	0.0254	0.0248	0.0254	0.0496	0.0115	0.0097	0.0115	0.0448
chr3R	19364657	19364871	chr3R:19364658-19364871	FBgn0039087	CG10168	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0361	0.0411	0.0244	0.0434	0.0255	0.0374	0.0528	0.0613	0.0255	0.0236	0.0244	0.0236	0.0217	0.0138	0.0116	0.0138	0.0511
chr3R	19364998	19365209	chr3R:19364999-19365209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0322	0.0399	0.0265	0.0299	0.0223	0.0374	0.0502	0.062	0.0223	0.0248	0.0293	0.0248	0.0364	0.0138	0.0206	0.0138	0.0578
chr3R	19383057	19383208	chr3R:19383058-19383208	FBgn0039089	beat-IV	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0072	0.0089	0.0174	0.0021	0.0083	0.0108	0.0073	0.0021	0.0091	0.0061	0.0091	0.0077	0.0046	0.0039	0.0046	0.0057
chr3R	19427069	19427272	chr3R:19427070-19427272	FBgn0051143	tRNA:CR31143	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0598	0.0416	0.0588	0.0812	0.0297	0.0495	0.042	0.062	0.0297	0.0864	0.0572	0.0864	0.0775	0.1256	0.0516	0.1256	0.1277
chr3R	19427324	19427504	chr3R:19427325-19427504	FBgn0051143	tRNA:CR31143	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0402	0.0152	0.0296	0.0798	0.0074	0.0243	0.0169	0.014	0.0074	0.0489	0.0254	0.0489	0.0403	0.1348	0.0638	0.1348	0.1146
chr3R	19431172	19431340	chr3R:19431173-19431340	FBgn0039094	CG10184	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0189	0.0265	0.0123	0.0177	0.0159	0.0267	0.0294	0.0426	0.0159	0.0169	0.0129	0.0169	0.0163	0.0322	0.0155	0.0322	0.024
chr3R	19455332	19455483	chr3R:19455333-19455483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0097	0.0121	0.0188	0.0042	0.0092	0.016	0.0087	0.0042	0.0163	0.008	0.0163	0.0256	0.0077	0.009	0.0077	0.0422
chr3R	19479553	19479704	chr3R:19479554-19479704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.0077	0.0091	0.0121	0.0032	0.0049	0.0147	0.0073	0.0032	0.0042	0.0132	0.0042	0.0155	0.0038	0.0322	0.0038	0.0094
chr3R	19483537	19483784	chr3R:19483538-19483784	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0579	0.0391	0.0791	0.0556	0.0117	0.0646	0.0454	0.038	0.0117	0.0453	0.0611	0.0453	0.2223	0.0666	0.0516	0.0666	0.0803
chr3R	19483912	19484084	chr3R:19483913-19484084	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0347	0.0219	0.0497	0.0326	0.0095	0.035	0.0242	0.022	0.0095	0.0278	0.0402	0.0278	0.141	0.0276	0.0284	0.0276	0.0547
chr3R	19485265	19485416	chr3R:19485266-19485416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.009	0.0067	0.0095	0.0109	0.0042	0.0083	0.0099	0.0047	0.0042	0.0115	0.008	0.0115	0.0132	0.0268	0.0097	0.0268	0.0078
chr3R	19487556	19487861	chr3R:19487557-19487861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0329	0.0189	0.0335	0.0478	0.0053	0.0189	0.0372	0.0127	0.0053	0.0223	0.0444	0.0223	0.0457	0.0268	0.1103	0.0268	0.0354
chr3R	19488560	19488715	chr3R:19488561-19488715	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.021	0.0115	0.0255	0.0267	0.0042	0.0102	0.0177	0.0153	0.0042	0.0139	0.0399	0.0139	0.0333	0.0138	0.0748	0.0138	0.0182
chr3R	19490275	19490426	chr3R:19490276-19490426	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0045	0.0079	0.0178	0.0011	0.0034	0.0087	0.0053	0.0011	0.0097	0.0077	0.0097	0.0101	0.01	0.0097	0.01	0.0109
chr3R	19492614	19492765	chr3R:19492615-19492765	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0066	0.0094	0.0352	0.0021	0.0053	0.0095	0.0093	0.0021	0.006	0.0087	0.006	0.0132	0.0077	0.0142	0.0077	0.0167
chr3R	19493020	19493171	chr3R:19493021-19493171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0087	0.0074	0.0174	0.0011	0.0131	0.0108	0.01	0.0011	0.0091	0.0074	0.0091	0.0077	0.0084	0.009	0.0084	0.0099
chr3R	19493570	19493721	chr3R:19493571-19493721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0135	0.0082	0.0095	0.0237	0.0011	0.0044	0.0177	0.0053	0.0011	0.0085	0.0071	0.0085	0.0108	0.0069	0.0135	0.0069	0.0162
chr3R	19494358	19494555	chr3R:19494359-19494555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0155	0.0236	0.024	0.0074	0.0194	0.0247	0.012	0.0074	0.0163	0.0186	0.0163	0.0666	0.0107	0.0174	0.0107	0.0474
chr3R	19494987	19495140	chr3R:19494988-19495140	FBgn0051145	CG31145	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0122	0.0192	0.0499	0.0032	0.0141	0.0182	0.01	0.0032	0.0079	0.018	0.0079	0.0581	0.0368	0.049	0.0368	0.0808
chr3R	19495266	19495460	chr3R:19495267-19495460	FBgn0051145	CG31145	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0686	0.0334	0.0471	0.1316	0.0191	0.0398	0.0407	0.038	0.0191	0.0242	0.0354	0.0242	0.1456	0.0949	0.1373	0.0949	0.21
chr3R	19495678	19495897	chr3R:19495679-19495897	FBgn0051145	CG31145	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0596	0.0435	0.0364	0.1029	0.0297	0.0461	0.0562	0.0513	0.0297	0.029	0.028	0.029	0.0829	0.0582	0.1173	0.0582	0.1516
chr3R	19502945	19503202	chr3R:19502946-19503202	FBgn0039098	CG13822	stage5	none	VT46400.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0369	0.0384	0.0344	0.038	0.018	0.0626	0.0355	0.0446	0.018	0.0386	0.0254	0.0386	0.0705	0.0421	0.009	0.0421	0.086
chr3R	19503591	19503752	chr3R:19503592-19503752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0284	0.0363	0.0291	0.0189	0.0148	0.0466	0.0385	0.054	0.0148	0.0368	0.0296	0.0368	0.0395	0.0161	0.0161	0.0161	0.0391
chr3R	19504186	19504405	chr3R:19504187-19504405	FBgn0039099	CG10157	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0465	0.042	0.0472	0.0507	0.0191	0.0602	0.0549	0.0393	0.0191	0.0604	0.0289	0.0604	0.1139	0.0253	0.0348	0.0253	0.1178
chr3R	19504552	19504723	chr3R:19504553-19504723	FBgn0039099	CG10157	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0404	0.0294	0.0421	0.0507	0.0095	0.0417	0.0394	0.0273	0.0095	0.0429	0.0283	0.0429	0.1084	0.0222	0.0355	0.0222	0.136
chr3R	19505668	19506234	chr3R:19505669-19506234	FBgn0040227	eIF-3p66	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1769	0.174	0.2022	0.1523	0.1453	0.1864	0.2284	0.1985	0.1453	0.2421	0.2148	0.2421	0.2254	0.1685	0.1534	0.1685	0.1965
chr3R	19511869	19512108	chr3R:19511870-19512108	FBgn0039102	SPE	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.023	0.0191	0.023	0.0273	0.0053	0.0228	0.0285	0.0187	0.0053	0.0169	0.0296	0.0169	0.0333	0.0168	0.0503	0.0168	0.0339
chr3R	19512376	19512529	chr3R:19512377-19512529	FBgn0039102	SPE	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0148	0.0246	0.0238	0.0074	0.017	0.0195	0.0173	0.0074	0.0175	0.0441	0.0175	0.0147	0.0115	0.0703	0.0115	0.0141
chr3R	19520111	19520324	chr3R:19520112-19520324	FBgn0027512,FBgn0264504	CG10254,CR43903	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0535	0.047	0.0661	0.0471	0.0212	0.0631	0.0523	0.06	0.0212	0.0731	0.072	0.0731	0.0829	0.0628	0.0451	0.0628	0.0625
chr3R	19520411	19520601	chr3R:19520412-19520601	FBgn0027512	CG10254	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1134	0.1044	0.1325	0.1024	0.053	0.1427	0.1038	0.1452	0.053	0.1715	0.1415	0.1715	0.1418	0.124	0.1109	0.124	0.1282
chr3R	19520678	19520870	chr3R:19520679-19520870	FBgn0027512	CG10254	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0521	0.0547	0.0542	0.0468	0.0371	0.068	0.0631	0.0706	0.0371	0.0731	0.0601	0.0731	0.0527	0.0521	0.0542	0.0521	0.0547
chr3R	19530557	19530722	chr3R:19530558-19530722	FBgn0051414	CG31414	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0366	0.0682	0.0289	0.0097	0.0488	0.0505	0.08	0.1272	0.0488	0.0145	0.0524	0.0145	0.0263	0.0069	0.0155	0.0069	0.0141
chr3R	19533684	19533835	chr3R:19533685-19533835	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0131	0.0289	0.0093	0.0032	0.018	0.013	0.0193	0.0032	0.0719	0.0167	0.0719	0.0302	0.0168	0.0064	0.0168	0.012
chr3R	19534006	19534173	chr3R:19534007-19534173	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0125	0.0332	0.0265	0.0042	0.0146	0.0177	0.014	0.0042	0.0682	0.0167	0.0682	0.0596	0.0528	0.0116	0.0528	0.0448
chr3R	19534728	19534978	chr3R:19534729-19534978	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0384	0.0285	0.0561	0.0301	0.0053	0.0544	0.0272	0.0207	0.0053	0.151	0.0228	0.151	0.0674	0.0505	0.0116	0.0505	0.061
chr3R	19535001	19535154	chr3R:19535002-19535154	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0289	0.0217	0.0439	0.0206	0.0042	0.0408	0.0251	0.0113	0.0042	0.1322	0.0196	0.1322	0.0349	0.0505	0.0129	0.0505	0.0281
chr3R	19535178	19535359	chr3R:19535179-19535359	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0307	0.0246	0.0463	0.0203	0.0042	0.0466	0.0247	0.0227	0.0042	0.1413	0.0199	0.1413	0.0372	0.036	0.0123	0.036	0.0318
chr3R	19535531	19535804	chr3R:19535532-19535804	FBgn0039106	CG10301	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0349	0.0294	0.0492	0.0252	0.0064	0.049	0.0355	0.0227	0.0064	0.1202	0.0241	0.1202	0.0689	0.0237	0.0116	0.0237	0.0568
chr3R	19537081	19537291	chr3R:19537082-19537291	FBgn0039107	CG10300	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0196	0.0165	0.0247	0.0174	0.0053	0.0199	0.0277	0.0127	0.0053	0.0338	0.0164	0.0338	0.0612	0.0168	0.0155	0.0168	0.0323
chr3R	19539569	19539720	chr3R:19539570-19539720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0187	0.015	0.023	0.0181	0.0053	0.0238	0.0195	0.0127	0.0053	0.0525	0.0158	0.0525	0.0287	0.0413	0.0052	0.0413	0.0292
chr3R	19541793	19541944	chr3R:19541794-19541944	distal	distal	stage14	stage14	nau_323	nau_323	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0137	0.0102	0.0148	0.0163	0.0042	0.0126	0.0147	0.0107	0.0042	0.0272	0.0148	0.0272	0.0124	0.0436	0.0155	0.0436	0.0141
chr3R	19542538	19542689	chr3R:19542539-19542689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0128	0.0148	0.0163	0.0042	0.016	0.0221	0.008	0.0042	0.0356	0.009	0.0356	0.0194	0.0368	0.0097	0.0368	0.0188
chr3R	19544058	19544243	chr3R:19544059-19544243	FBgn0002922	nau	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0301	0.0179	0.0453	0.0269	0.0011	0.0408	0.0143	0.0113	0.0011	0.1643	0.0177	0.1643	0.017	0.0972	0.0135	0.0972	0.0172
chr3R	19544641	19544825	chr3R:19544642-19544825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.022	0.0155	0.0284	0.0224	0.0053	0.0243	0.0156	0.018	0.0053	0.058	0.0277	0.058	0.0225	0.0605	0.0219	0.0605	0.0172
chr3R	19547774	19547955	chr3R:19547775-19547955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0631	0.0482	0.0692	0.073	0.0201	0.0592	0.0549	0.064	0.0201	0.0864	0.0778	0.0864	0.0868	0.1003	0.0664	0.1003	0.1011
chr3R	19548413	19548595	chr3R:19548414-19548595	FBgn0039109	CG10365	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0324	0.0167	0.0273	0.0554	0.0042	0.0184	0.0277	0.0167	0.0042	0.0386	0.026	0.0386	0.0426	0.0988	0.0329	0.0988	0.0615
chr3R	19549022	19549245	chr3R:19549023-19549245	FBgn0039109	CG10365	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0448	0.0396	0.0401	0.0557	0.0212	0.0447	0.0549	0.0453	0.0212	0.0368	0.0318	0.0368	0.0984	0.0628	0.0258	0.0628	0.0928
chr3R	19549499	19549693	chr3R:19549500-19549693	FBgn0039109	CG10365	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0518	0.0632	0.0395	0.0525	0.0414	0.0592	0.0861	0.0806	0.0414	0.0393	0.0318	0.0393	0.0829	0.0911	0.029	0.0911	0.0651
chr3R	19551513	19551711	chr3R:19551514-19551711	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.0189	0.0301	0.0465	0.0064	0.0228	0.0303	0.0167	0.0064	0.0229	0.0206	0.0229	0.0906	0.0214	0.0213	0.0214	0.1105
chr3R	19554759	19554961	chr3R:19554760-19554961	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.028	0.0462	0.0273	0.0085	0.052	0.0573	0.0597	0.0333	0.052	0.0242	0.0238	0.0242	0.0612	0.0092	0.0058	0.0092	0.013
chr3R	19555797	19555948	chr3R:19555798-19555948	FBgn0065098	RNaseMRP:RNA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1023	0.1107	0.116	0.078	0.0732	0.1282	0.138	0.1246	0.0732	0.151	0.1186	0.151	0.1456	0.1286	0.0729	0.1286	0.0964
chr3R	19556051	19556268	chr3R:19556052-19556268	FBgn0065098	RNaseMRP:RNA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1748	0.1714	0.2069	0.1436	0.1548	0.2073	0.1938	0.1912	0.1548	0.2995	0.201	0.2995	0.2339	0.1937	0.156	0.1937	0.1944
chr3R	19556408	19556559	chr3R:19556409-19556559	FBgn0065098	RNaseMRP:RNA	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0491	0.0714	0.0482	0.0414	0.0587	0.0554	0.0593	0.0414	0.0978	0.0701	0.0978	0.0899	0.0712	0.0426	0.0712	0.0641
chr3R	19558638	19558831	chr3R:19558639-19558831	FBgn0028691,FBgn0263782	Hmgcr,Rpn9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1111	0.1147	0.117	0.1005	0.0817	0.1301	0.1332	0.1492	0.0817	0.1461	0.1293	0.1461	0.1224	0.1041	0.1077	0.1041	0.1266
chr3R	19558915	19559182	chr3R:19558916-19559182	FBgn0028691,FBgn0263782	Hmgcr,Rpn9	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.142	0.164	0.1286	0.1322	0.1209	0.201	0.192	0.1952	0.1209	0.1721	0.1399	0.1721	0.1394	0.1447	0.1451	0.1447	0.149
chr3R	19559345	19559535	chr3R:19559346-19559535	FBgn0028691,FBgn0263782	Hmgcr,Rpn9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.0429	0.0525	0.0437	0.018	0.0558	0.0467	0.0633	0.018	0.0658	0.0608	0.0658	0.0612	0.0613	0.0451	0.0613	0.0584
chr3R	19559596	19559747	chr3R:19559597-19559747	FBgn0028691	Rpn9	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0402	0.0374	0.0424	0.0408	0.0117	0.0558	0.0389	0.0453	0.0117	0.061	0.045	0.061	0.0565	0.0513	0.0484	0.0513	0.0578
chr3R	19560053	19560204	chr3R:19560054-19560204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0282	0.0359	0.0294	0.0184	0.0074	0.0723	0.0307	0.0333	0.0074	0.0562	0.0293	0.0562	0.0232	0.0337	0.0219	0.0337	0.0141
chr3R	19560399	19560550	chr3R:19560400-19560550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.026	0.0229	0.0301	0.0249	0.0095	0.0437	0.0173	0.0266	0.0095	0.0483	0.0386	0.0483	0.017	0.0613	0.0316	0.0613	0.0167
chr3R	19561415	19561658	chr3R:19561416-19561658	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0436	0.0657	0.0415	0.0213	0.0424	0.0631	0.0952	0.0773	0.0424	0.0411	0.0614	0.0411	0.0248	0.0123	0.0406	0.0123	0.0229
chr3R	19563817	19564123	chr3R:19563818-19564123	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0384	0.0521	0.0414	0.0198	0.0265	0.0782	0.0571	0.058	0.0265	0.032	0.0441	0.032	0.0829	0.0084	0.0213	0.0084	0.0323
chr3R	19564294	19564445	chr3R:19564295-19564445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0175	0.0214	0.0211	0.0093	0.0127	0.0262	0.0294	0.0233	0.0127	0.0242	0.0183	0.0242	0.0411	0.0054	0.0103	0.0054	0.012
chr3R	19566444	19566690	chr3R:19566445-19566690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.023	0.0279	0.0247	0.0155	0.0127	0.0398	0.0363	0.0253	0.0127	0.029	0.0235	0.029	0.0449	0.0138	0.0271	0.0138	0.0203
chr3R	19566937	19567088	chr3R:19566938-19567088	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.0148	0.0171	0.0153	0.0053	0.0175	0.0242	0.0133	0.0053	0.0163	0.0232	0.0163	0.017	0.0077	0.0348	0.0077	0.0167
chr3R	19571455	19571606	chr3R:19571456-19571606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0183	0.0213	0.0212	0.0118	0.0021	0.0345	0.0272	0.0193	0.0021	0.0435	0.0212	0.0435	0.0116	0.026	0.0168	0.026	0.0068
chr3R	19571821	19572007	chr3R:19571822-19572007	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0259	0.0248	0.036	0.016	0.0053	0.0364	0.0346	0.0213	0.0053	0.093	0.026	0.093	0.024	0.0314	0.0193	0.0314	0.0162
chr3R	19574964	19575199	chr3R:19574965-19575199	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0516	0.0266	0.013	0.0148	0.0733	0.0363	0.0946	0.0148	0.0356	0.0302	0.0356	0.0178	0.0214	0.0161	0.0214	0.0109
chr3R	19578158	19578355	chr3R:19578159-19578355	FBgn0028684,FBgn0039110	RanBP3,Tbp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0583	0.0608	0.0683	0.0447	0.0467	0.0772	0.0714	0.0686	0.0467	0.087	0.074	0.087	0.072	0.0559	0.0503	0.0559	0.0427
chr3R	19578480	19578654	chr3R:19578481-19578654	FBgn0028684,FBgn0039110	RanBP3,Tbp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1417	0.1357	0.1725	0.1147	0.0923	0.165	0.1518	0.1799	0.0923	0.2144	0.1942	0.2144	0.1696	0.1325	0.1186	0.1325	0.1376
chr3R	19578759	19578929	chr3R:19578760-19578929	FBgn0028684,FBgn0039110	RanBP3,Tbp-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0633	0.0775	0.0408	0.0318	0.0709	0.0779	0.0879	0.0318	0.093	0.0842	0.093	0.0821	0.0429	0.0413	0.0429	0.0505
chr3R	19583602	19583775	chr3R:19583603-19583775	FBgn0039111	Plip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.122	0.0938	0.1575	0.1146	0.0679	0.1291	0.0869	0.1319	0.0679	0.1902	0.1707	0.1902	0.1565	0.124	0.1206	0.124	0.1496
chr3R	19583949	19584136	chr3R:19583950-19584136	FBgn0028475,FBgn0039111	Hrd3,Plip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1138	0.0859	0.1547	0.1001	0.0424	0.1228	0.0813	0.1259	0.0424	0.1854	0.1791	0.1854	0.1456	0.0957	0.1315	0.0957	0.1245
chr3R	19584218	19584420	chr3R:19584219-19584420	FBgn0028475,FBgn0039111	Hrd3,Plip	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0846	0.0677	0.1119	0.0735	0.0329	0.0864	0.0696	0.1066	0.0329	0.0978	0.154	0.0978	0.0991	0.0452	0.1502	0.0452	0.0735
chr3R	19585978	19586142	chr3R:19585979-19586142	FBgn0039112	CG10219	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0544	0.0528	0.0661	0.0433	0.0339	0.0631	0.064	0.066	0.0339	0.07	0.0785	0.07	0.0643	0.049	0.0464	0.049	0.0542
chr3R	19586247	19586445	chr3R:19586248-19586445	FBgn0039112	CG10219	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1241	0.1482	0.1019	0.1039	0.1432	0.1427	0.1566	0.1039	0.1667	0.1743	0.1667	0.1433	0.1103	0.1141	0.1103	0.1172
chr3R	19588904	19589086	chr3R:19588905-19589086	FBgn0039113,FBgn0039114	CG10217,Lsd-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0878	0.0774	0.1114	0.0735	0.0551	0.1015	0.077	0.1059	0.0551	0.1365	0.1267	0.1365	0.1154	0.0421	0.0787	0.0421	0.1193
chr3R	19589797	19589948	chr3R:19589798-19589948	FBgn0039114	Lsd-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0157	0.0202	0.0251	0.0095	0.0141	0.0251	0.0173	0.0095	0.0181	0.0209	0.0181	0.0349	0.0161	0.0077	0.0161	0.0693
chr3R	19592691	19592842	chr3R:19592692-19592842	FBgn0039115	CG10214	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.047	0.0476	0.0555	0.037	0.0361	0.0539	0.0614	0.058	0.0361	0.0658	0.0569	0.0658	0.0728	0.0345	0.0471	0.0345	0.0505
chr3R	19593095	19593292	chr3R:19593096-19593292	FBgn0039115,FBgn0039116	CG10214,CG10375	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1749	0.1689	0.2066	0.1468	0.105	0.1917	0.2102	0.2119	0.105	0.2621	0.2235	0.2621	0.1998	0.1669	0.1464	0.1669	0.1688
chr3R	19593365	19593581	chr3R:19593366-19593581	FBgn0039115,FBgn0039116	CG10214,CG10375	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1623	0.1557	0.1928	0.1363	0.1071	0.1806	0.1951	0.1845	0.1071	0.2428	0.2116	0.2428	0.1774	0.1447	0.1335	0.1447	0.1683
chr3R	19598286	19598458	chr3R:19598287-19598458	FBgn0039117	tst	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0394	0.0353	0.0509	0.0313	0.018	0.0417	0.0376	0.0573	0.018	0.0743	0.0576	0.0743	0.0403	0.0337	0.0335	0.0337	0.0448
chr3R	19598490	19598663	chr3R:19598491-19598663	FBgn0039117	tst	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0668	0.0526	0.0878	0.0596	0.0265	0.0694	0.0484	0.0873	0.0265	0.1232	0.0958	0.1232	0.0875	0.0781	0.0632	0.0781	0.0813
chr3R	19598725	19598975	chr3R:19598726-19598975	FBgn0039117	tst	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0621	0.1029	0.068	0.0361	0.085	0.0571	0.0966	0.0361	0.1298	0.1109	0.1298	0.1309	0.0804	0.0658	0.0804	0.1084
chr3R	19598985	19599275	chr3R:19598986-19599275	FBgn0039117	tst	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0521	0.0741	0.0436	0.0223	0.0631	0.0549	0.0826	0.0223	0.0894	0.0855	0.0894	0.0875	0.0536	0.0445	0.0536	0.0651
chr3R	19599337	19599635	chr3R:19599338-19599635	FBgn0039118	CG10208	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0434	0.0454	0.0533	0.0302	0.018	0.0524	0.051	0.0726	0.018	0.0592	0.0592	0.0592	0.0697	0.0306	0.0419	0.0306	0.0438
chr3R	19599678	19599888	chr3R:19599679-19599888	FBgn0039118	CG10208	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0411	0.038	0.0496	0.0351	0.017	0.0393	0.0463	0.062	0.017	0.0393	0.0614	0.0393	0.0635	0.0291	0.0606	0.0291	0.0479
chr3R	19607085	19607272	chr3R:19607086-19607272	FBgn0015513,FBgn0039120	Nup98-96,mbc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1812	0.1775	0.2141	0.1491	0.106	0.2063	0.2124	0.2352	0.106	0.279	0.2277	0.279	0.2022	0.1677	0.147	0.1677	0.1829
chr3R	19607420	19607602	chr3R:19607421-19607602	FBgn0015513,FBgn0039120	Nup98-96,mbc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2392	0.2363	0.278	0.1998	0.1771	0.2723	0.2599	0.3225	0.1771	0.349	0.3064	0.349	0.2634	0.2243	0.2121	0.2243	0.2408
chr3R	19607941	19608095	chr3R:19607942-19608095	FBgn0015513	mbc	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1065	0.117	0.1336	0.0649	0.088	0.134	0.1393	0.1539	0.088	0.1691	0.1585	0.1691	0.1022	0.0865	0.0935	0.0865	0.0589
chr3R	19608232	19608607	chr3R:19608233-19608607	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2814	0.2894	0.3603	0.186	0.2386	0.3403	0.2963	0.4084	0.2386	0.4469	0.4347	0.4469	0.2634	0.2841	0.2882	0.2841	0.1376
chr3R	19608696	19609106	chr3R:19608697-19609106	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2	0.2157	0.2562	0.1209	0.1707	0.2053	0.2582	0.3165	0.1707	0.212	0.3518	0.212	0.3036	0.1623	0.1831	0.1623	0.1329
chr3R	19609561	19609741	chr3R:19609562-19609741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0849	0.0931	0.0864	0.0739	0.0636	0.0767	0.1276	0.1339	0.0636	0.1232	0.1051	0.1232	0.0806	0.1907	0.0613	0.1907	0.0563
chr3R	19609972	19610123	chr3R:19609973-19610123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0538	0.0385	0.0529	0.0717	0.017	0.0383	0.0541	0.0513	0.017	0.0713	0.0624	0.0713	0.0612	0.196	0.0613	0.196	0.049
chr3R	19610740	19610891	chr3R:19610741-19610891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0574	0.0345	0.0728	0.066	0.018	0.0495	0.0359	0.042	0.018	0.1051	0.0791	0.1051	0.0767	0.1026	0.049	0.1026	0.0724
chr3R	19613331	19613732	chr3R:19613332-19613732	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1135	0.1153	0.1476	0.0741	0.087	0.1097	0.1518	0.1559	0.087	0.1002	0.2486	0.1002	0.1239	0.0758	0.1496	0.0758	0.0756
chr3R	19614520	19614775	chr3R:19614521-19614775	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0812	0.0394	0.099	0.1083	0.0106	0.0592	0.045	0.0466	0.0106	0.1479	0.0949	0.1479	0.1394	0.183	0.0806	0.183	0.1636
chr3R	19615168	19615324	chr3R:19615169-19615324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0372	0.0293	0.044	0.0386	0.0148	0.0413	0.0329	0.034	0.0148	0.0423	0.0415	0.0423	0.093	0.0459	0.0251	0.0459	0.075
chr3R	19616046	19616456	chr3R:19616047-19616456	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1103	0.0986	0.1378	0.0933	0.0467	0.1607	0.0956	0.1106	0.0467	0.1528	0.1572	0.1528	0.2254	0.1026	0.0993	0.1026	0.1579
chr3R	19616478	19616779	chr3R:19616479-19616779	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0877	0.0535	0.1213	0.0891	0.0201	0.099	0.045	0.0586	0.0201	0.099	0.1441	0.099	0.2332	0.0406	0.1219	0.0406	0.1798
chr3R	19617134	19617285	chr3R:19617135-19617285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0178	0.0353	0.032	0.0106	0.0199	0.026	0.0187	0.0106	0.0266	0.0421	0.0266	0.0651	0.0322	0.0245	0.0322	0.0698
chr3R	19617518	19617669	chr3R:19617519-19617669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0217	0.0325	0.039	0.0085	0.0277	0.0294	0.0253	0.0085	0.0356	0.036	0.0356	0.0488	0.0444	0.0277	0.0444	0.0829
chr3R	19618765	19618916	chr3R:19618766-19618916	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0303	0.0297	0.012	0.0233	0.0209	0.0493	0.0393	0.0233	0.035	0.037	0.035	0.0364	0.0184	0.0084	0.0184	0.0172
chr3R	19626293	19626444	chr3R:19626294-19626444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.028	0.0305	0.0334	0.0194	0.0095	0.0267	0.0411	0.0513	0.0095	0.0356	0.0402	0.0356	0.0426	0.0337	0.0174	0.0337	0.0229
chr3R	19626887	19627038	chr3R:19626888-19627038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0338	0.0332	0.0185	0.0233	0.0291	0.0476	0.044	0.0233	0.0362	0.0399	0.0362	0.0473	0.0299	0.0155	0.0299	0.0276
chr3R	19627637	19628348	chr3R:19627638-19628348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0775	0.0874	0.0834	0.0602	0.0541	0.0748	0.1103	0.1399	0.0541	0.1039	0.0981	0.1039	0.0984	0.098	0.0471	0.098	0.0844
chr3R	19628350	19628501	chr3R:19628351-19628501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0273	0.0284	0.0194	0.0127	0.0262	0.0381	0.0406	0.0127	0.0332	0.0363	0.0332	0.0279	0.0306	0.0142	0.0306	0.0261
chr3R	19628890	19629102	chr3R:19628891-19629102	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0355	0.0396	0.0348	0.0316	0.0212	0.0379	0.0515	0.0626	0.0212	0.0386	0.0415	0.0386	0.0387	0.0337	0.0309	0.0337	0.0422
chr3R	19629499	19629695	chr3R:19629500-19629695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0316	0.0273	0.0349	0.0327	0.0085	0.032	0.0372	0.0333	0.0085	0.0356	0.0367	0.0356	0.0558	0.0436	0.0245	0.0436	0.0521
chr3R	19629751	19629986	chr3R:19629752-19629986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0309	0.0283	0.0371	0.0272	0.018	0.0282	0.042	0.0293	0.018	0.0308	0.0376	0.0308	0.0627	0.0322	0.0213	0.0322	0.0459
chr3R	19643258	19643422	chr3R:19643259-19643422	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0438	0.0336	0.0623	0.035	0.0127	0.0447	0.0376	0.0473	0.0127	0.0368	0.1074	0.0368	0.0372	0.0222	0.0986	0.0222	0.0208
chr3R	19643567	19643832	chr3R:19643568-19643832	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0839	0.0611	0.1235	0.066	0.0159	0.0752	0.0692	0.0913	0.0159	0.0598	0.2299	0.0598	0.0689	0.0406	0.1908	0.0406	0.0417
chr3R	19644133	19644284	chr3R:19644134-19644284	FBgn0260634	eIF4G2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0473	0.0461	0.059	0.0359	0.0276	0.051	0.0571	0.0606	0.0276	0.0634	0.0791	0.0634	0.0457	0.0544	0.0426	0.0544	0.0396
chr3R	19644385	19644546	chr3R:19644386-19644546	FBgn0053111,FBgn0260634	CG33111,eIF4G2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0761	0.0742	0.0923	0.0604	0.0498	0.0796	0.0887	0.1079	0.0498	0.1117	0.1084	0.1117	0.079	0.072	0.0548	0.072	0.074
chr3R	19644632	19644810	chr3R:19644633-19644810	FBgn0053111,FBgn0260634	CG33111,eIF4G2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.181	0.1574	0.226	0.1581	0.088	0.1796	0.1864	0.2252	0.088	0.2868	0.2402	0.2868	0.2053	0.1799	0.1502	0.1799	0.1881
chr3R	19644884	19645083	chr3R:19644885-19645083	FBgn0053111	CG33111	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2188	0.1924	0.2648	0.1979	0.1262	0.2257	0.2249	0.2525	0.1262	0.3376	0.2791	0.3376	0.2517	0.2144	0.1999	0.2144	0.2335
chr3R	19645317	19645609	chr3R:19645318-19645609	FBgn0053111	CG33111	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0716	0.0667	0.0736	0.0748	0.0297	0.0762	0.0939	0.072	0.0297	0.0851	0.0727	0.0851	0.0751	0.0544	0.0535	0.0544	0.0474
chr3R	19645904	19646062	chr3R:19645905-19646062	FBgn0085384	CG34355	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0572	0.0496	0.0671	0.0549	0.0318	0.0583	0.0619	0.0613	0.0318	0.0664	0.0778	0.0664	0.0674	0.0597	0.0542	0.0597	0.0547
chr3R	19646177	19646362	chr3R:19646178-19646362	FBgn0085384	CG34355	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.0988	0.1482	0.1361	0.0647	0.1107	0.1276	0.1206	0.0647	0.1751	0.1553	0.1751	0.1619	0.1485	0.1464	0.1485	0.1459
chr3R	19649372	19649523	chr3R:19649373-19649523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0183	0.0236	0.0306	0.0095	0.015	0.0324	0.0187	0.0095	0.0187	0.036	0.0187	0.0178	0.0107	0.0999	0.0107	0.0094
chr3R	19651468	19651619	chr3R:19651469-19651619	FBgn0004187,FBgn0262974	CG43285,snRNA:U1:95Cc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0239	0.0166	0.0175	0.0085	0.0291	0.0337	0.0293	0.0085	0.0217	0.0129	0.0217	0.0132	0.0077	0.0045	0.0077	0.0057
chr3R	19651964	19652396	chr3R:19651965-19652396	FBgn0004187,FBgn0262974	CG43285,snRNA:U1:95Cc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0889	0.1838	0.0577	0.0171	0.1665	0.1665	0.237	0.2445	0.1665	0.087	0.0537	0.087	0.0457	0.0107	0.0084	0.0107	0.0099
chr3R	19652542	19652693	chr3R:19652543-19652693	FBgn0004187	snRNA:U1:95Cc	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0702	0.0289	0.0224	0.0467	0.065	0.0939	0.0933	0.0467	0.0278	0.0277	0.0278	0.0163	0.0069	0.0032	0.0069	0.0073
chr3R	19652828	19653040	chr3R:19652829-19653040	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0661	0.074	0.0654	0.0579	0.0403	0.0816	0.0826	0.1139	0.0403	0.0688	0.0547	0.0688	0.0279	0.013	0.0123	0.013	0.0109
chr3R	19653165	19653316	chr3R:19653166-19653316	FBgn0004186	snRNA:U1:95Cb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0571	0.0756	0.0595	0.0336	0.0435	0.0786	0.0878	0.1213	0.0435	0.0604	0.055	0.0604	0.0256	0.0038	0.0084	0.0038	0.0089
chr3R	19653433	19653636	chr3R:19653434-19653636	FBgn0004186	snRNA:U1:95Cb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1288	0.203	0.1379	0.0358	0.1824	0.1917	0.2491	0.2765	0.1824	0.1908	0.1344	0.1908	0.0666	0.0237	0.0219	0.0237	0.0208
chr3R	19653787	19654197	chr3R:19653788-19654197	FBgn0004186	snRNA:U1:95Cb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0984	0.1686	0.0789	0.0412	0.1601	0.1471	0.231	0.1992	0.1601	0.09	0.0749	0.09	0.0558	0.0191	0.0181	0.0191	0.0193
chr3R	19654658	19654809	chr3R:19654659-19654809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0228	0.0204	0.0279	0.0095	0.0277	0.035	0.0233	0.0095	0.0211	0.0167	0.0211	0.0116	0.0077	0.0058	0.0077	0.0073
chr3R	19657406	19657557	chr3R:19657407-19657557	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0176	0.014	0.0319	0.0074	0.0141	0.032	0.0193	0.0074	0.0157	0.0109	0.0157	0.0093	0.0054	0.0077	0.0054	0.0089
chr3R	19657669	19657820	chr3R:19657670-19657820	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0152	0.0164	0.0359	0.0053	0.0102	0.0264	0.0187	0.0053	0.0133	0.0138	0.0133	0.017	0.0084	0.011	0.0084	0.0156
chr3R	19659563	19659714	chr3R:19659564-19659714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0141	0.0146	0.0295	0.0042	0.0155	0.0251	0.012	0.0042	0.0121	0.0141	0.0121	0.0124	0.0283	0.0097	0.0283	0.0214
chr3R	19659724	19659878	chr3R:19659725-19659878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0151	0.0168	0.0327	0.0021	0.018	0.0255	0.014	0.0021	0.0133	0.0151	0.0133	0.0077	0.0207	0.0103	0.0207	0.0182
chr3R	19660296	19660504	chr3R:19660297-19660504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0233	0.0242	0.027	0.0074	0.0194	0.0337	0.034	0.0074	0.0278	0.0222	0.0278	0.0132	0.0077	0.0103	0.0077	0.0146
chr3R	19671074	19671270	chr3R:19671075-19671270	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0246	0.0371	0.0199	0.0157	0.0201	0.0282	0.0446	0.0686	0.0201	0.0236	0.0193	0.0236	0.0155	0.0061	0.0052	0.0061	0.0094
chr3R	19671930	19672162	chr3R:19671931-19672162	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.074	0.0356	0.1042	0.0837	0.0106	0.0495	0.045	0.0413	0.0106	0.1594	0.1055	0.1594	0.0999	0.0904	0.0264	0.0904	0.0776
chr3R	19672228	19672445	chr3R:19672229-19672445	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0533	0.0346	0.0763	0.049	0.0127	0.0388	0.0471	0.0446	0.0127	0.09	0.0904	0.09	0.0775	0.0536	0.0406	0.0536	0.0459
chr3R	19672511	19672725	chr3R:19672512-19672725	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0439	0.0378	0.0662	0.0263	0.0201	0.0369	0.051	0.0553	0.0201	0.0731	0.0875	0.0731	0.0589	0.0176	0.0361	0.0176	0.0255
chr3R	19672792	19673015	chr3R:19672793-19673015	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0489	0.048	0.0678	0.0294	0.0276	0.0481	0.061	0.0706	0.0276	0.0815	0.0842	0.0815	0.0643	0.0161	0.0529	0.0161	0.0328
chr3R	19673240	19673391	chr3R:19673241-19673391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0279	0.0258	0.013	0.018	0.0267	0.0363	0.0366	0.018	0.0308	0.0277	0.0308	0.0287	0.0115	0.0129	0.0115	0.0162
chr3R	19675027	19675178	chr3R:19675028-19675178	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0346	0.0316	0.0182	0.0106	0.0335	0.0502	0.0466	0.0106	0.0362	0.0405	0.0362	0.0217	0.0176	0.0239	0.0176	0.0177
chr3R	19675216	19675403	chr3R:19675217-19675403	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0459	0.0452	0.0561	0.0355	0.017	0.0505	0.0536	0.068	0.017	0.061	0.0762	0.061	0.0434	0.0391	0.0426	0.0391	0.0339
chr3R	19675443	19675654	chr3R:19675444-19675654	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0725	0.0599	0.0902	0.0671	0.0212	0.0748	0.0657	0.0919	0.0212	0.1069	0.11	0.1069	0.0829	0.0674	0.089	0.0674	0.0646
chr3R	19675728	19675879	chr3R:19675729-19675879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0299	0.0414	0.0276	0.018	0.0286	0.042	0.0393	0.018	0.0537	0.0486	0.0537	0.0318	0.0352	0.0329	0.0352	0.0266
chr3R	19684658	19684809	chr3R:19684659-19684809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.05	0.0434	0.0277	0.0403	0.0471	0.0696	0.0606	0.0403	0.058	0.0463	0.058	0.038	0.0222	0.0348	0.0222	0.0292
chr3R	19685282	19685492	chr3R:19685283-19685492	FBgn0004185	snRNA:U1:95Ca	stage11,stage14,stage5	none	snRNA:U1:95Ca_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2493	0.255	0.2713	0.2188	0.228	0.2903	0.3067	0.2885	0.228	0.3412	0.2942	0.3412	0.2626	0.2381	0.2224	0.2381	0.2418
chr3R	19685604	19685755	chr3R:19685605-19685755	FBgn0004185	snRNA:U1:95Ca	stage11,stage5	none	snRNA:U1:95Ca_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0536	0.0543	0.0594	0.0464	0.0467	0.0578	0.0636	0.0646	0.0467	0.0743	0.0723	0.0743	0.0542	0.0643	0.0438	0.0643	0.0521
chr3R	19685966	19686165	chr3R:19685967-19686165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0491	0.0476	0.043	0.0276	0.0519	0.0614	0.064	0.0276	0.0592	0.055	0.0592	0.0442	0.0597	0.0438	0.0597	0.0568
chr3R	19688610	19688761	chr3R:19688611-19688761	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0267	0.0192	0.0388	0.0217	0.0064	0.0272	0.0229	0.0227	0.0064	0.0368	0.0457	0.0368	0.0589	0.0214	0.0168	0.0214	0.036
chr3R	19688882	19689033	chr3R:19688883-19689033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0293	0.0199	0.0346	0.0338	0.0085	0.0233	0.0268	0.0233	0.0085	0.0405	0.0338	0.0405	0.0542	0.0237	0.0284	0.0237	0.0719
chr3R	19689774	19689932	chr3R:19689775-19689932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0313	0.026	0.0401	0.0276	0.0106	0.0272	0.0346	0.0353	0.0106	0.029	0.064	0.029	0.0287	0.0161	0.0542	0.0161	0.0323
chr3R	19690128	19690279	chr3R:19690129-19690279	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.035	0.0257	0.0459	0.0334	0.0085	0.0364	0.0294	0.0306	0.0085	0.038	0.0682	0.038	0.038	0.0176	0.0696	0.0176	0.0396
chr3R	19690311	19690462	chr3R:19690312-19690462	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0194	0.0435	0.0347	0.0021	0.0277	0.0238	0.0233	0.0021	0.0374	0.0723	0.0374	0.0225	0.0214	0.0838	0.0214	0.0297
chr3R	19693465	19693663	chr3R:19693466-19693663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0379	0.0353	0.0482	0.0294	0.0127	0.051	0.0368	0.046	0.0127	0.0688	0.0444	0.0688	0.0651	0.0467	0.0226	0.0467	0.0427
chr3R	19694691	19694915	chr3R:19694692-19694915	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0577	0.0839	0.0536	0.0331	0.0456	0.0587	0.1142	0.1426	0.0456	0.0942	0.0518	0.0942	0.0511	0.0658	0.0342	0.0658	0.0313
chr3R	19695124	19695328	chr3R:19695125-19695328	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0708	0.1405	0.044	0.0224	0.14	0.0704	0.1994	0.2292	0.14	0.0393	0.0617	0.0393	0.0395	0.0345	0.0277	0.0345	0.0208
chr3R	19695501	19695652	chr3R:19695502-19695652	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0352	0.0589	0.0279	0.0166	0.0392	0.0442	0.0843	0.0893	0.0392	0.0308	0.0402	0.0308	0.0163	0.0222	0.0226	0.0222	0.0188
chr3R	19696638	19696789	chr3R:19696639-19696789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0187	0.0153	0.0156	0.0258	0.0074	0.0146	0.0216	0.0193	0.0074	0.0157	0.0212	0.0157	0.0163	0.0743	0.0258	0.0743	0.0167
chr3R	19698410	19698617	chr3R:19698411-19698617	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.0379	0.0764	0.0507	0.0201	0.049	0.045	0.0453	0.0201	0.064	0.1006	0.064	0.1038	0.0681	0.0619	0.0681	0.0782
chr3R	19698775	19699148	chr3R:19698776-19699148	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.089	0.0593	0.1209	0.0872	0.017	0.085	0.0631	0.0793	0.017	0.1431	0.1486	0.1431	0.1356	0.2067	0.098	0.2067	0.0776
chr3R	19699455	19699606	chr3R:19699456-19699606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0253	0.0272	0.0311	0.0169	0.0117	0.0277	0.032	0.046	0.0117	0.0314	0.0376	0.0314	0.0225	0.0184	0.0187	0.0184	0.0193
chr3R	19703593	19703744	chr3R:19703594-19703744	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0255	0.0184	0.0279	0.0308	0.0074	0.0233	0.0277	0.0153	0.0074	0.0471	0.0318	0.0471	0.0271	0.0597	0.0387	0.0597	0.0261
chr3R	19703776	19704026	chr3R:19703777-19704026	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.044	0.0285	0.0553	0.0487	0.0106	0.0345	0.0372	0.0373	0.0106	0.1045	0.0511	0.1045	0.062	0.0865	0.0593	0.0865	0.0521
chr3R	19705818	19705989	chr3R:19705819-19705989	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0563	0.0221	0.011	0.0456	0.0291	0.1042	0.0593	0.0456	0.0302	0.0267	0.0302	0.0217	0.0107	0.0123	0.0107	0.013
chr3R	19706031	19706273	chr3R:19706032-19706273	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0415	0.0718	0.0315	0.0185	0.053	0.05	0.1185	0.0826	0.053	0.0344	0.0344	0.0344	0.0488	0.023	0.0161	0.023	0.0281
chr3R	19711895	19712069	chr3R:19711896-19712069	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1489	0.1583	0.1888	0.0947	0.1315	0.1772	0.1756	0.2165	0.1315	0.2283	0.2601	0.2283	0.158	0.1516	0.1431	0.1516	0.0954
chr3R	19712230	19712668	chr3R:19712231-19712668	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3169	0.3755	0.3703	0.1927	0.3234	0.3917	0.4563	0.4737	0.3234	0.4644	0.4852	0.4644	0.2998	0.2917	0.3411	0.2917	0.1397
chr3R	19712672	19712830	chr3R:19712673-19712830	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1596	0.1721	0.1888	0.1136	0.1368	0.1913	0.1972	0.2232	0.1368	0.2482	0.2592	0.2482	0.1232	0.1738	0.2025	0.1738	0.0912
chr3R	19712971	19713200	chr3R:19712972-19713200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1415	0.1059	0.1799	0.139	0.0573	0.1485	0.1129	0.1312	0.0573	0.2452	0.2318	0.2452	0.1479	0.2067	0.1857	0.2067	0.1308
chr3R	19713242	19713393	chr3R:19713243-19713393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0953	0.0725	0.1154	0.0989	0.0361	0.0942	0.0813	0.0953	0.0361	0.1697	0.146	0.1697	0.0736	0.1248	0.0967	0.1248	0.0688
chr3R	19714055	19714411	chr3R:19714056-19714411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0995	0.0608	0.1202	0.1199	0.018	0.0777	0.0796	0.074	0.018	0.1969	0.1145	0.1969	0.0953	0.1531	0.0819	0.1531	0.0985
chr3R	19715352	19715503	chr3R:19715353-19715503	FBgn0025574	Pli	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0733	0.0679	0.0868	0.0646	0.0424	0.0709	0.0869	0.0953	0.0424	0.1147	0.0939	0.1147	0.0852	0.0904	0.0638	0.0904	0.0683
chr3R	19715707	19715900	chr3R:19715708-19715900	FBgn0025574	Pli	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1974	0.1988	0.2084	0.184	0.1527	0.2301	0.231	0.2552	0.1527	0.2572	0.2341	0.2572	0.2099	0.2052	0.1921	0.2052	0.2131
chr3R	19716052	19716398	chr3R:19716053-19716398	FBgn0013347,FBgn0025574	Pli,TfIIA-S	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2097	0.199	0.253	0.1742	0.141	0.2325	0.2215	0.2738	0.141	0.3122	0.2788	0.3122	0.2541	0.1531	0.1999	0.1531	0.2189
chr3R	19716471	19716622	chr3R:19716472-19716622	FBgn0013347	TfIIA-S	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1033	0.1	0.1324	0.0752	0.0689	0.115	0.1211	0.1246	0.0689	0.1655	0.1543	0.1655	0.1185	0.0735	0.0787	0.0735	0.0985
chr3R	19716740	19716923	chr3R:19716741-19716923	FBgn0013347	TfIIA-S	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2029	0.2004	0.2398	0.1652	0.1495	0.2272	0.2401	0.2525	0.1495	0.288	0.2704	0.288	0.2285	0.1784	0.1779	0.1784	0.1949
chr3R	19734863	19735014	chr3R:19734864-19735014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0221	0.0171	0.0178	0.0042	0.0257	0.0316	0.0266	0.0042	0.0163	0.0219	0.0163	0.0201	0.026	0.0168	0.026	0.0255
chr3R	19736749	19736900	chr3R:19736750-19736900	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.0138	0.0135	0.0178	0.0032	0.0141	0.0199	0.0193	0.0032	0.0115	0.0167	0.0115	0.0132	0.0061	0.0471	0.0061	0.0125
chr3R	19737138	19737289	chr3R:19737139-19737289	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0156	0.0138	0.0223	0.0064	0.015	0.0212	0.022	0.0064	0.0115	0.0183	0.0115	0.0124	0.0107	0.0638	0.0107	0.0141
chr3R	19738332	19738483	chr3R:19738333-19738483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0148	0.0147	0.0105	0.0196	0.0032	0.0131	0.0182	0.0266	0.0032	0.006	0.0164	0.006	0.0108	0.01	0.0496	0.01	0.0089
chr3R	19738750	19738913	chr3R:19738751-19738913	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0141	0.0222	0.0246	0.0032	0.0146	0.0195	0.02	0.0032	0.0091	0.0367	0.0091	0.0225	0.0054	0.0735	0.0054	0.012
chr3R	19740422	19740580	chr3R:19740423-19740580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0208	0.0194	0.0225	0.0205	0.0053	0.0184	0.0234	0.0346	0.0053	0.0115	0.0203	0.0115	0.0209	0.0061	0.0129	0.0061	0.0115
chr3R	19743309	19743545	chr3R:19743310-19743545	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.1158	0.0586	0.022	0.0297	0.1617	0.0709	0.2418	0.0297	0.0374	0.0765	0.0374	0.031	0.0153	0.0361	0.0153	0.0146
chr3R	19745105	19745256	chr3R:19745106-19745256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0207	0.0167	0.031	0.0141	0.0064	0.0257	0.0173	0.0213	0.0064	0.0157	0.0238	0.0157	0.0852	0.0153	0.0103	0.0153	0.0156
chr3R	19747760	19747936	chr3R:19747761-19747936	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0906	0.0644	0.1041	0.1051	0.0286	0.1019	0.0545	0.0926	0.0286	0.0966	0.1074	0.0966	0.1255	0.1103	0.0961	0.1103	0.1402
chr3R	19747942	19748295	chr3R:19747943-19748295	FBgn0016754	sba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2156	0.169	0.2598	0.2193	0.0806	0.2631	0.1475	0.2358	0.0806	0.2548	0.2746	0.2548	0.3145	0.1853	0.2482	0.1853	0.3022
chr3R	19748380	19748539	chr3R:19748381-19748539	FBgn0016754,FBgn0051141	CG31141,sba	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1299	0.0976	0.1657	0.1266	0.0498	0.1393	0.1003	0.1272	0.0498	0.1878	0.1759	0.1878	0.1813	0.1149	0.1509	0.1149	0.1626
chr3R	19748647	19748857	chr3R:19748648-19748857	FBgn0016754,FBgn0051141	CG31141,sba	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2359	0.2154	0.2812	0.2092	0.1527	0.2515	0.2599	0.2705	0.1527	0.3243	0.3109	0.3243	0.2742	0.1998	0.2353	0.1998	0.246
chr3R	19749172	19749323	chr3R:19749173-19749323	FBgn0016754,FBgn0051141	CG31141,sba	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0591	0.0604	0.0387	0.0382	0.0684	0.0813	0.0606	0.0382	0.0694	0.065	0.0694	0.0674	0.0421	0.0477	0.0421	0.0433
chr3R	19749759	19749910	chr3R:19749760-19749910	FBgn0039125	CG5857	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0674	0.082	0.0514	0.0403	0.0767	0.0809	0.0893	0.0403	0.09	0.0981	0.09	0.0868	0.0521	0.0516	0.0521	0.0662
chr3R	19750018	19750198	chr3R:19750019-19750198	FBgn0039125	CG5857	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.1233	0.1652	0.1129	0.0721	0.1495	0.1453	0.1646	0.0721	0.2053	0.1756	0.2053	0.1789	0.1149	0.1141	0.1149	0.1391
chr3R	19753303	19753487	chr3R:19753304-19753487	FBgn0039126	CG13601	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.0611	0.1086	0.0784	0.0329	0.0762	0.0627	0.0946	0.0329	0.1226	0.1277	0.1226	0.1123	0.0819	0.0671	0.0819	0.0969
chr3R	19753738	19753889	chr3R:19753739-19753889	FBgn0039126	CG13601	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0426	0.0324	0.048	0.048	0.0085	0.0383	0.0359	0.0513	0.0085	0.0429	0.0508	0.0429	0.0589	0.0391	0.0445	0.0391	0.0552
chr3R	19754884	19755064	chr3R:19754885-19755064	FBgn0039127,FBgn0047114	CG13602,CG31142	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0593	0.0522	0.0557	0.071	0.0435	0.0602	0.0588	0.07	0.0435	0.0519	0.0682	0.0519	0.0751	0.0827	0.0922	0.0827	0.0855
chr3R	19755117	19755287	chr3R:19755118-19755287	FBgn0039127,FBgn0047114	CG13602,CG31142	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.056	0.0396	0.0506	0.0802	0.0244	0.0485	0.0441	0.0546	0.0244	0.0423	0.0614	0.0423	0.0806	0.0804	0.1122	0.0804	0.11
chr3R	19757070	19757247	chr3R:19757071-19757247	FBgn0015282,FBgn0039128	CG13599,Pros26.4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1219	0.1098	0.1412	0.1141	0.07	0.133	0.1211	0.1579	0.07	0.1842	0.1511	0.1842	0.141	0.1225	0.1283	0.1225	0.1397
chr3R	19757254	19757464	chr3R:19757255-19757464	FBgn0015282,FBgn0039128	CG13599,Pros26.4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1143	0.1062	0.1319	0.1042	0.0774	0.1301	0.1151	0.1426	0.0774	0.1691	0.1379	0.1691	0.1348	0.1103	0.1122	0.1103	0.1313
chr3R	19759227	19759434	chr3R:19759228-19759434	FBgn0039129,FBgn0039130	CG5854,RpS19b	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0814	0.0745	0.0959	0.0732	0.0477	0.0879	0.0895	0.0973	0.0477	0.1002	0.1122	0.1002	0.1061	0.0888	0.0671	0.0888	0.1053
chr3R	19759518	19759715	chr3R:19759519-19759715	FBgn0039129,FBgn0039130	CG5854,RpS19b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1494	0.1343	0.1773	0.1356	0.0997	0.1791	0.1371	0.1779	0.0997	0.212	0.1887	0.212	0.1944	0.1325	0.1373	0.1325	0.209
chr3R	19759737	19759944	chr3R:19759738-19759944	FBgn0039129,FBgn0039130	CG5854,RpS19b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1136	0.0885	0.1448	0.1075	0.0435	0.1194	0.0921	0.1239	0.0435	0.1685	0.1399	0.1685	0.1859	0.072	0.089	0.072	0.2137
chr3R	19760107	19760338	chr3R:19760108-19760338	FBgn0039130	CG5854	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0568	0.0442	0.0716	0.0546	0.0191	0.0612	0.0502	0.056	0.0191	0.055	0.0727	0.055	0.0883	0.023	0.0645	0.023	0.0938
chr3R	19765775	19765998	chr3R:19765776-19765998	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0425	0.0232	0.047	0.059	0.0042	0.0325	0.0298	0.0233	0.0042	0.0302	0.065	0.0302	0.0705	0.0421	0.0941	0.0421	0.0954
chr3R	19766183	19766568	chr3R:19766184-19766568	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0523	0.0345	0.0579	0.066	0.0074	0.0534	0.0458	0.0313	0.0074	0.0368	0.0643	0.0368	0.1201	0.0314	0.0696	0.0314	0.148
chr3R	19766690	19766907	chr3R:19766691-19766907	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0365	0.0222	0.0437	0.0446	0.0064	0.0296	0.0234	0.0353	0.0064	0.0278	0.0502	0.0278	0.0635	0.0191	0.0535	0.0191	0.0896
chr3R	19767588	19767739	chr3R:19767589-19767739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0187	0.0143	0.0168	0.0258	0.0021	0.0233	0.016	0.016	0.0021	0.0175	0.0151	0.0175	0.0294	0.036	0.0116	0.036	0.0459
chr3R	19767895	19768046	chr3R:19767896-19768046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0125	0.0183	0.0358	0.0032	0.0131	0.0138	0.0233	0.0032	0.0127	0.0203	0.0127	0.0271	0.0245	0.02	0.0245	0.0386
chr3R	19768356	19768526	chr3R:19768357-19768526	FBgn0001098	Gdh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0138	0.0154	0.0274	0.0042	0.016	0.0212	0.016	0.0042	0.0133	0.0148	0.0133	0.0271	0.013	0.0206	0.013	0.0542
chr3R	19768724	19768941	chr3R:19768725-19768941	FBgn0001098	Gdh	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0584	0.0197	0.0365	0.1257	0.0053	0.0262	0.0285	0.0187	0.0053	0.0169	0.0312	0.0169	0.0914	0.085	0.1167	0.085	0.2329
chr3R	19774173	19774324	chr3R:19774174-19774324	FBgn0039131	CG12268	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0233	0.0251	0.0095	0.0085	0.017	0.0376	0.034	0.0085	0.0133	0.046	0.0133	0.0139	0.0023	0.0284	0.0023	0.0047
chr3R	19781134	19781285	chr3R:19781135-19781285	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0339	0.0326	0.04	0.0265	0.034	0.0463	0.0413	0.0265	0.0248	0.0473	0.0248	0.0387	0.0176	0.1122	0.0176	0.0334
chr3R	19783798	19783972	chr3R:19783799-19783972	FBgn0005674,FBgn0039132	AP-1sigma,Aats-glupro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0897	0.0705	0.1162	0.082	0.0403	0.099	0.0804	0.0806	0.0403	0.1486	0.1228	0.1486	0.1177	0.1256	0.0748	0.1256	0.0969
chr3R	19784012	19784188	chr3R:19784013-19784188	FBgn0005674,FBgn0039132	AP-1sigma,Aats-glupro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1289	0.0986	0.1736	0.1138	0.0679	0.1345	0.096	0.1352	0.0679	0.2095	0.1842	0.2095	0.1805	0.1531	0.1064	0.1531	0.1402
chr3R	19784293	19784467	chr3R:19784294-19784467	FBgn0005674,FBgn0039132	AP-1sigma,Aats-glupro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1288	0.0844	0.1775	0.1249	0.0477	0.1189	0.0744	0.1206	0.0477	0.2289	0.1942	0.2289	0.1851	0.1447	0.1322	0.1447	0.1584
chr3R	19784527	19784692	chr3R:19784528-19784692	FBgn0005674,FBgn0039132	AP-1sigma,Aats-glupro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0926	0.0515	0.1307	0.0968	0.0201	0.0689	0.0506	0.0773	0.0201	0.1564	0.1463	0.1564	0.1518	0.1202	0.1103	0.1202	0.1183
chr3R	19786293	19786444	chr3R:19786294-19786444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0261	0.0299	0.0297	0.018	0.0201	0.0252	0.0476	0.034	0.0201	0.0308	0.0302	0.0308	0.0325	0.0283	0.0123	0.0283	0.0182
chr3R	19786478	19786629	chr3R:19786479-19786629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0325	0.0302	0.0142	0.0286	0.0243	0.0484	0.042	0.0286	0.0308	0.0325	0.0308	0.0403	0.0161	0.0148	0.0161	0.013
chr3R	19786665	19786872	chr3R:19786666-19786872	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.054	0.0449	0.024	0.0435	0.0515	0.0783	0.058	0.0435	0.0459	0.0453	0.0459	0.0542	0.0199	0.0232	0.0199	0.0255
chr3R	19788652	19788864	chr3R:19788653-19788864	FBgn0051140	CG31140	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0764	0.0186	0.0873	0.1291	0.0053	0.0316	0.0199	0.018	0.0053	0.131	0.0797	0.131	0.1232	0.2427	0.087	0.2427	0.1021
chr3R	19789201	19789352	chr3R:19789202-19789352	FBgn0051140	CG31140	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.017	0.0105	0.0128	0.0288	0.0042	0.0117	0.016	0.0113	0.0042	0.0169	0.0119	0.0169	0.0139	0.0322	0.0142	0.0322	0.0151
chr3R	19789504	19789655	chr3R:19789505-19789655	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0055	0.0076	0.029	0.0064	0.0053	0.0087	0.0047	0.0064	0.0079	0.008	0.0079	0.007	0.0268	0.0084	0.0268	0.0156
chr3R	19789989	19790140	chr3R:19789990-19790140	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.0264	0.0234	0.0441	0.0159	0.0311	0.0372	0.028	0.0159	0.0296	0.0183	0.0296	0.0232	0.0368	0.0097	0.0368	0.0135
chr3R	19790721	19790872	chr3R:19790722-19790872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0246	0.0193	0.0179	0.0379	0.0127	0.0214	0.0298	0.0173	0.0127	0.0145	0.0183	0.0145	0.0178	0.059	0.0161	0.059	0.0292
chr3R	19791050	19791330	chr3R:19791051-19791330	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0587	0.0237	0.053	0.104	0.0117	0.033	0.0294	0.0227	0.0117	0.0664	0.0437	0.0664	0.0837	0.2075	0.0458	0.2075	0.0714
chr3R	19793240	19793391	chr3R:19793241-19793391	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0163	0.0075	0.0141	0.0287	0.0011	0.0058	0.0151	0.0073	0.0011	0.0157	0.0154	0.0157	0.0186	0.0812	0.0161	0.0812	0.0219
chr3R	19795101	19795252	chr3R:19795102-19795252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0132	0.0071	0.01	0.0234	0.0021	0.0049	0.0151	0.006	0.0021	0.0151	0.0087	0.0151	0.0139	0.0299	0.0071	0.0299	0.0479
chr3R	19795478	19795629	chr3R:19795479-19795629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0138	0.0096	0.0086	0.0241	0.0021	0.0083	0.0186	0.0093	0.0021	0.0085	0.0077	0.0085	0.0155	0.0283	0.009	0.0283	0.0516
chr3R	19796401	19796666	chr3R:19796402-19796666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0321	0.0163	0.0189	0.0641	0.0085	0.016	0.0298	0.0113	0.0085	0.0139	0.0129	0.0139	0.048	0.1386	0.0239	0.1386	0.0667
chr3R	19796745	19796896	chr3R:19796746-19796896	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0215	0.0117	0.0133	0.0414	0.0042	0.0092	0.0247	0.0073	0.0042	0.0145	0.0106	0.0145	0.0287	0.098	0.0206	0.098	0.0453
chr3R	19796949	19797197	chr3R:19796950-19797197	distal	distal	stage14	stage14	VT46560.1	VT46560.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0118	0.0175	0.0693	0.0032	0.015	0.0182	0.01	0.0032	0.0254	0.01	0.0254	0.0411	0.1723	0.0329	0.1723	0.0954
chr3R	19797540	19797734	chr3R:19797541-19797734	distal	distal	none	none	VT46560.1	VT46560.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.017	0.0107	0.0102	0.0315	0.0032	0.0126	0.0182	0.0067	0.0032	0.0109	0.0071	0.0109	0.0178	0.0727	0.011	0.0727	0.0443
chr3R	19806820	19806987	chr3R:19806821-19806987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0265	0.0206	0.0324	0.0074	0.0272	0.0407	0.034	0.0074	0.0205	0.0219	0.0205	0.0271	0.0375	0.0226	0.0375	0.0438
chr3R	19808495	19808663	chr3R:19808496-19808663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0417	0.025	0.0194	0.0201	0.0369	0.0619	0.0526	0.0201	0.0211	0.0283	0.0211	0.0349	0.0168	0.0193	0.0168	0.0245
chr3R	19811866	19812108	chr3R:19811867-19812108	FBgn0039135,FBgn0039136	CG13603,CG5902	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0848	0.0667	0.1043	0.0836	0.0339	0.0791	0.0783	0.0953	0.0339	0.1202	0.1183	0.1202	0.1115	0.0988	0.078	0.0988	0.0948
chr3R	19812223	19812402	chr3R:19812224-19812402	FBgn0039135,FBgn0039136	CG13603,CG5902	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1518	0.1267	0.1819	0.1468	0.0774	0.167	0.1341	0.1732	0.0774	0.2289	0.2039	0.2289	0.1813	0.1623	0.1547	0.1623	0.174
chr3R	19812497	19812672	chr3R:19812498-19812672	FBgn0039135,FBgn0039136	CG13603,CG5902	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0656	0.04	0.0877	0.07	0.0106	0.0617	0.0342	0.062	0.0106	0.1111	0.0997	0.1111	0.0937	0.0835	0.0748	0.0835	0.0902
chr3R	19818339	19818522	chr3R:19818340-19818522	FBgn0015795,FBgn0039137	CG13604,Rab7	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0685	0.0538	0.089	0.0625	0.0159	0.0709	0.0666	0.0673	0.0159	0.1051	0.0987	0.1051	0.0914	0.0613	0.069	0.0613	0.0855
chr3R	19818627	19818808	chr3R:19818628-19818808	FBgn0015795,FBgn0039137	CG13604,Rab7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1709	0.1382	0.21	0.1645	0.0806	0.1796	0.1471	0.1872	0.0806	0.244	0.2357	0.244	0.2231	0.1723	0.1947	0.1723	0.2027
chr3R	19818905	19819087	chr3R:19818906-19819087	FBgn0015795,FBgn0039137	CG13604,Rab7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1324	0.0783	0.1681	0.1536	0.0276	0.1092	0.0861	0.1039	0.0276	0.1969	0.1862	0.1969	0.2107	0.1593	0.1734	0.1593	0.2194
chr3R	19819227	19819378	chr3R:19819228-19819378	FBgn0015795	Rab7	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0601	0.0416	0.0706	0.0693	0.0138	0.0587	0.045	0.052	0.0138	0.0652	0.0691	0.0652	0.1216	0.049	0.0638	0.049	0.1464
chr3R	19821031	19821215	chr3R:19821032-19821215	FBgn0053108	CG33108	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0752	0.0744	0.0813	0.0693	0.0445	0.0786	0.0817	0.1179	0.0445	0.0936	0.0926	0.0936	0.0953	0.0689	0.0819	0.0689	0.0782
chr3R	19821300	19821491	chr3R:19821301-19821491	FBgn0051184,FBgn0053108	CG33108,LSm3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1505	0.1423	0.1759	0.1319	0.0923	0.166	0.1561	0.1979	0.0923	0.2246	0.1952	0.2246	0.1588	0.1401	0.1406	0.1401	0.136
chr3R	19821606	19821910	chr3R:19821607-19821910	FBgn0051184,FBgn0053108	CG33108,LSm3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1505	0.1562	0.1848	0.1067	0.0965	0.1903	0.1683	0.2212	0.0965	0.2379	0.2096	0.2379	0.1433	0.1026	0.1167	0.1026	0.1245
chr3R	19822017	19822190	chr3R:19822018-19822190	FBgn0051184	LSm3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1588	0.1578	0.1921	0.1232	0.1103	0.1903	0.1626	0.2352	0.1103	0.2421	0.2206	0.2421	0.1766	0.1233	0.1341	0.1233	0.1438
chr3R	19826730	19826932	chr3R:19826731-19826932	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0382	0.0209	0.0463	0.0486	0.0064	0.0393	0.0242	0.0147	0.0064	0.1232	0.0277	0.1232	0.0403	0.1462	0.0264	0.1462	0.0328
chr3R	19827013	19827290	chr3R:19827014-19827290	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0583	0.0378	0.0826	0.0547	0.0095	0.0922	0.0281	0.0187	0.0095	0.2343	0.0431	0.2343	0.0697	0.1424	0.0213	0.1424	0.0636
chr3R	19827452	19827660	chr3R:19827453-19827660	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0484	0.0421	0.0685	0.0334	0.0117	0.0777	0.045	0.032	0.0117	0.1673	0.0482	0.1673	0.0565	0.0812	0.0245	0.0812	0.0281
chr3R	19832261	19832443	chr3R:19832262-19832443	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0506	0.0289	0.0624	0.0618	0.017	0.0451	0.035	0.0247	0.017	0.09	0.0476	0.09	0.1294	0.0911	0.0471	0.0911	0.1089
chr3R	19832633	19832859	chr3R:19832634-19832859	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0372	0.0213	0.0448	0.0465	0.0106	0.0233	0.0294	0.0266	0.0106	0.0537	0.0386	0.0537	0.0906	0.0758	0.0309	0.0758	0.0792
chr3R	19833332	19833483	chr3R:19833333-19833483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0155	0.0225	0.0324	0.0053	0.016	0.0238	0.018	0.0053	0.0296	0.0196	0.0296	0.0418	0.0283	0.0271	0.0283	0.0693
chr3R	19833887	19834091	chr3R:19833888-19834091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0309	0.0204	0.0263	0.0478	0.0106	0.0248	0.0316	0.0187	0.0106	0.0193	0.0206	0.0193	0.0705	0.0475	0.0471	0.0475	0.0881
chr3R	19837861	19838052	chr3R:19837862-19838052	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.025	0.0231	0.036	0.0149	0.0021	0.0587	0.0147	0.0147	0.0021	0.1014	0.0183	0.1014	0.024	0.0337	0.009	0.0337	0.0167
chr3R	19838060	19838211	chr3R:19838061-19838211	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0201	0.0136	0.0291	0.0177	0.0032	0.0291	0.0138	0.0093	0.0032	0.0785	0.0161	0.0785	0.0225	0.0391	0.0135	0.0391	0.0219
chr3R	19840100	19840348	chr3R:19840101-19840348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0247	0.0198	0.0251	0.0297	0.0053	0.0223	0.029	0.0193	0.0053	0.0272	0.0267	0.0272	0.0372	0.0222	0.0271	0.0222	0.0631
chr3R	19844064	19844215	chr3R:19844065-19844215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0105	0.0152	0.0195	0.0053	0.0097	0.0156	0.0127	0.0053	0.0139	0.019	0.0139	0.0163	0.0191	0.0297	0.0191	0.0307
chr3R	19844294	19844445	chr3R:19844295-19844445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0144	0.0102	0.0155	0.0178	0.0032	0.0107	0.0169	0.0113	0.0032	0.0145	0.0206	0.0145	0.0194	0.0184	0.0181	0.0184	0.0344
chr3R	19844864	19845118	chr3R:19844865-19845118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0283	0.0248	0.0287	0.0318	0.0042	0.0267	0.0355	0.0326	0.0042	0.0272	0.028	0.0272	0.0519	0.036	0.0361	0.036	0.0396
chr3R	19846700	19846851	chr3R:19846701-19846851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0112	0.0098	0.0142	0.0064	0.0131	0.0117	0.018	0.0064	0.0109	0.0093	0.0109	0.0163	0.0268	0.0193	0.0268	0.0115
chr3R	19849642	19849793	chr3R:19849643-19849793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0146	0.0188	0.0226	0.0064	0.0155	0.0216	0.016	0.0064	0.0181	0.0267	0.0181	0.0186	0.0168	0.0516	0.0168	0.0172
chr3R	19850506	19850657	chr3R:19850507-19850657	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0211	0.0169	0.0312	0.0146	0.0042	0.0267	0.0195	0.016	0.0042	0.0163	0.0235	0.0163	0.0976	0.01	0.0245	0.01	0.0162
chr3R	19851191	19851402	chr3R:19851192-19851402	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0416	0.0279	0.0596	0.0372	0.0095	0.034	0.0407	0.0266	0.0095	0.0707	0.0759	0.0707	0.0465	0.0176	0.0883	0.0176	0.0354
chr3R	19852157	19852314	chr3R:19852158-19852314	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0347	0.0489	0.0355	0.0178	0.0265	0.0442	0.08	0.0526	0.0265	0.0556	0.0402	0.0556	0.0318	0.0268	0.0297	0.0268	0.012
chr3R	19852393	19852544	chr3R:19852394-19852544	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0391	0.0363	0.0189	0.0286	0.0354	0.0588	0.046	0.0286	0.0489	0.0386	0.0489	0.0503	0.0337	0.029	0.0337	0.0141
chr3R	19853020	19853192	chr3R:19853021-19853192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0333	0.0363	0.0473	0.0146	0.0159	0.0578	0.0407	0.0346	0.0159	0.0447	0.0296	0.0447	0.1394	0.0123	0.0155	0.0123	0.0188
chr3R	19856725	19856944	chr3R:19856726-19856944	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0819	0.0593	0.0987	0.0886	0.0223	0.0709	0.0753	0.0733	0.0223	0.1171	0.1048	0.1171	0.1115	0.1041	0.0903	0.1041	0.1001
chr3R	19857114	19857308	chr3R:19857115-19857308	FBgn0020647	KrT95D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.15	0.1205	0.1704	0.1606	0.0848	0.1466	0.1328	0.1619	0.0848	0.195	0.1778	0.195	0.1704	0.1432	0.1322	0.1432	0.1819
chr3R	19857467	19857649	chr3R:19857468-19857649	FBgn0020647,FBgn0039139	Ime4,KrT95D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2317	0.2107	0.2737	0.209	0.1591	0.2456	0.2392	0.2791	0.1591	0.3424	0.2823	0.3424	0.2773	0.2251	0.2205	0.2251	0.2387
chr3R	19857730	19857911	chr3R:19857731-19857911	FBgn0020647,FBgn0039139	Ime4,KrT95D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1754	0.1676	0.2029	0.154	0.1262	0.1917	0.1925	0.2192	0.1262	0.2476	0.2135	0.2476	0.2076	0.173	0.1618	0.173	0.1767
chr3R	19863333	19863517	chr3R:19863334-19863517	FBgn0039141	spas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1438	0.1257	0.1821	0.1218	0.0838	0.1485	0.1393	0.1746	0.0838	0.2264	0.2029	0.2264	0.1541	0.1233	0.1302	0.1233	0.1449
chr3R	19863584	19863766	chr3R:19863585-19863766	FBgn0039141	spas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1686	0.1467	0.2102	0.1475	0.1103	0.1801	0.1605	0.1939	0.1103	0.2428	0.2421	0.2428	0.1952	0.1577	0.1599	0.1577	0.1688
chr3R	19863838	19864020	chr3R:19863839-19864020	FBgn0039141	spas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1614	0.1509	0.1939	0.1373	0.1188	0.1859	0.151	0.2185	0.1188	0.218	0.2183	0.218	0.2006	0.1309	0.1438	0.1309	0.1652
chr3R	19864084	19864242	chr3R:19864085-19864242	FBgn0039140,FBgn0039141	Miro,spas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0536	0.0471	0.0674	0.0457	0.0244	0.0583	0.0554	0.0593	0.0244	0.0749	0.0704	0.0749	0.0775	0.0337	0.0348	0.0337	0.0584
chr3R	19872330	19872522	chr3R:19872331-19872522	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1446	0.1542	0.16	0.1168	0.1166	0.1757	0.1773	0.2132	0.1166	0.1902	0.1531	0.1902	0.1634	0.1662	0.0851	0.1662	0.1141
chr3R	19872638	19872851	chr3R:19872639-19872851	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1358	0.1582	0.1392	0.1071	0.1251	0.1728	0.1799	0.2225	0.1251	0.1715	0.1357	0.1715	0.1479	0.1095	0.0741	0.1095	0.1126
chr3R	19872977	19873171	chr3R:19872978-19873171	FBgn0043455	CG5986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1705	0.1651	0.1895	0.1555	0.1082	0.216	0.173	0.2139	0.1082	0.2409	0.1817	0.2409	0.1921	0.1631	0.1289	0.1631	0.1735
chr3R	19873217	19873428	chr3R:19873218-19873428	FBgn0043455	CG5986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1583	0.1356	0.194	0.1444	0.0806	0.1874	0.1458	0.1706	0.0806	0.253	0.2006	0.253	0.1681	0.1547	0.1438	0.1547	0.1589
chr3R	19873633	19873823	chr3R:19873634-19873823	FBgn0005649,FBgn0043455	CG5986,Rox8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1601	0.1513	0.1956	0.131	0.105	0.1859	0.1713	0.1979	0.105	0.256	0.2093	0.256	0.172	0.1478	0.138	0.1478	0.1381
chr3R	19873896	19874057	chr3R:19873897-19874057	FBgn0005649,FBgn0043455	CG5986,Rox8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1909	0.1756	0.2261	0.1692	0.1156	0.2194	0.1981	0.2245	0.1156	0.2868	0.2492	0.2868	0.2029	0.1776	0.1663	0.1776	0.1944
chr3R	19874167	19874318	chr3R:19874168-19874318	FBgn0005649	Rox8	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0773	0.0768	0.0874	0.0668	0.0456	0.0854	0.0999	0.0933	0.0456	0.1075	0.0913	0.1075	0.0906	0.0628	0.0574	0.0628	0.0917
chr3R	19876397	19876795	chr3R:19876398-19876795	FBgn0026576,FBgn0264325	Atg6,CG5991	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2243	0.2	0.2662	0.2053	0.1559	0.2267	0.2392	0.2605	0.1559	0.3164	0.2981	0.3164	0.2641	0.1937	0.2444	0.1937	0.247
chr3R	19877304	19877482	chr3R:19877305-19877482	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0831	0.0479	0.0728	0.1337	0.0255	0.0617	0.0644	0.05	0.0255	0.0646	0.0701	0.0646	0.134	0.1279	0.1328	0.1279	0.2293
chr3R	19882683	19882834	chr3R:19882684-19882834	FBgn0001230	Hsp68	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0556	0.0744	0.0471	0.0371	0.0607	0.0705	0.0746	0.0371	0.0749	0.0878	0.0749	0.0751	0.0559	0.0522	0.0559	0.0485
chr3R	19883024	19883194	chr3R:19883025-19883194	FBgn0001230	Hsp68	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2223	0.2162	0.2604	0.1873	0.1782	0.2636	0.2431	0.2592	0.1782	0.3116	0.2949	0.3116	0.2339	0.2167	0.2115	0.2167	0.173
chr3R	19883356	19883753	chr3R:19883357-19883753	FBgn0001230,FBgn0040283	Hsp68,SMC1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1679	0.1555	0.2015	0.145	0.1071	0.1879	0.1903	0.1885	0.1071	0.2379	0.228	0.2379	0.1805	0.1784	0.1657	0.1784	0.148
chr3R	19883907	19884089	chr3R:19883908-19884089	FBgn0040283	SMC1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1568	0.1391	0.1956	0.134	0.0933	0.1617	0.1652	0.1825	0.0933	0.2319	0.2138	0.2319	0.1882	0.1508	0.1141	0.1508	0.1683
chr3R	19884166	19884324	chr3R:19884167-19884324	FBgn0040283	SMC1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0741	0.0657	0.093	0.0627	0.0435	0.0786	0.0804	0.0819	0.0435	0.1111	0.1026	0.1111	0.0806	0.0636	0.0529	0.0636	0.0803
chr3R	19888972	19889123	chr3R:19888973-19889123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0265	0.0333	0.0291	0.0162	0.0191	0.0417	0.0415	0.0366	0.0191	0.029	0.0264	0.029	0.0411	0.0115	0.0103	0.0115	0.0344
chr3R	19889929	19890080	chr3R:19889930-19890080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0373	0.0357	0.0166	0.018	0.0379	0.051	0.052	0.018	0.035	0.0431	0.035	0.0387	0.0153	0.0181	0.0153	0.0167
chr3R	19891250	19891407	chr3R:19891251-19891407	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0328	0.0562	0.0273	0.0127	0.0308	0.0728	0.0631	0.0733	0.0308	0.0332	0.0309	0.0332	0.0186	0.0107	0.0084	0.0107	0.0151
chr3R	19891553	19891727	chr3R:19891554-19891727	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.059	0.0916	0.053	0.029	0.0509	0.1102	0.1138	0.1133	0.0509	0.0713	0.0505	0.0713	0.0573	0.026	0.0322	0.026	0.0354
chr3R	19894282	19894433	chr3R:19894283-19894433	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0193	0.0267	0.0179	0.0127	0.0106	0.0374	0.0342	0.028	0.0106	0.0199	0.0193	0.0199	0.0194	0.0092	0.009	0.0092	0.0167
chr3R	19898791	19898942	chr3R:19898792-19898942	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.018	0.0188	0.0174	0.0178	0.0085	0.0252	0.0203	0.026	0.0085	0.0151	0.018	0.0151	0.0248	0.0153	0.011	0.0153	0.0193
chr3R	19898958	19899109	chr3R:19898959-19899109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0202	0.0146	0.0163	0.0053	0.0243	0.0272	0.026	0.0053	0.0169	0.0167	0.0169	0.0132	0.0145	0.0135	0.0145	0.0172
chr3R	19899325	19899476	chr3R:19899326-19899476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0173	0.0199	0.0141	0.018	0.0117	0.0238	0.0229	0.0266	0.0117	0.0157	0.017	0.0157	0.0132	0.036	0.0123	0.036	0.012
chr3R	19908379	19908552	chr3R:19908380-19908552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0269	0.0415	0.0261	0.0116	0.0201	0.0408	0.0523	0.0633	0.0201	0.0338	0.0267	0.0338	0.0232	0.0061	0.0045	0.0061	0.0125
chr3R	19916039	19916190	chr3R:19916040-19916190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0165	0.0178	0.0141	0.0175	0.0064	0.017	0.0208	0.0326	0.0064	0.0066	0.0193	0.0066	0.0178	0.0084	0.0297	0.0084	0.0167
chr3R	19917890	19918041	chr3R:19917891-19918041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0162	0.0189	0.0127	0.0171	0.0042	0.0175	0.0346	0.0193	0.0042	0.0079	0.0138	0.0079	0.0163	0.0061	0.009	0.0061	0.0193
chr3R	19918166	19918317	chr3R:19918167-19918317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0334	0.016	0.023	0.0191	0.0354	0.0502	0.0373	0.0191	0.0145	0.0138	0.0145	0.0209	0.0061	0.0058	0.0061	0.0167
chr3R	19918455	19918684	chr3R:19918456-19918684	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.055	0.0606	0.0386	0.0668	0.0392	0.0723	0.0714	0.0759	0.0392	0.0483	0.0325	0.0483	0.0387	0.026	0.0245	0.026	0.0453
chr3R	19918758	19919042	chr3R:19918759-19919042	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0451	0.0245	0.0479	0.0286	0.0505	0.0502	0.0646	0.0286	0.0278	0.0225	0.0278	0.024	0.0145	0.0193	0.0145	0.0255
chr3R	19924964	19925330	chr3R:19924965-19925330	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0528	0.0481	0.0532	0.0575	0.0233	0.0553	0.061	0.0613	0.0233	0.0507	0.0514	0.0507	0.0953	0.0337	0.0445	0.0337	0.1204
chr3R	19925618	19925836	chr3R:19925619-19925836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0387	0.0293	0.0377	0.0503	0.017	0.0306	0.0424	0.0326	0.017	0.0272	0.0357	0.0272	0.0728	0.0199	0.0322	0.0199	0.1141
chr3R	19926272	19926423	chr3R:19926273-19926423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.022	0.0207	0.0197	0.0262	0.0106	0.0238	0.0324	0.02	0.0106	0.0169	0.0219	0.0169	0.0263	0.0184	0.0123	0.0184	0.0631
chr3R	19926528	19926679	chr3R:19926529-19926679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0188	0.0222	0.0295	0.0117	0.0243	0.0216	0.0207	0.0117	0.0205	0.0206	0.0205	0.038	0.0161	0.0161	0.0161	0.0745
chr3R	19930643	19930836	chr3R:19930644-19930836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1047	0.0993	0.1091	0.1057	0.0636	0.1189	0.1034	0.1472	0.0636	0.1141	0.1225	0.1141	0.1162	0.1325	0.1032	0.1325	0.1084
chr3R	19930905	19931056	chr3R:19930906-19931056	FBgn0013343	Syx1A	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0964	0.0921	0.1062	0.0904	0.0615	0.1015	0.1016	0.1359	0.0615	0.1365	0.108	0.1365	0.1038	0.0881	0.0819	0.0881	0.0943
chr3R	19931076	19931312	chr3R:19931077-19931312	FBgn0013343	Syx1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2113	0.1841	0.2503	0.199	0.1368	0.2146	0.2106	0.2352	0.1368	0.3025	0.2595	0.3025	0.2525	0.2052	0.2031	0.2052	0.2189
chr3R	19931430	19931664	chr3R:19931431-19931664	FBgn0013343	Syx1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2781	0.2657	0.3126	0.2543	0.2206	0.3015	0.3023	0.3344	0.2206	0.3629	0.3341	0.3629	0.2936	0.2573	0.2637	0.2573	0.284
chr3R	19931908	19932081	chr3R:19931909-19932081	FBgn0013343	Syx1A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1689	0.156	0.1973	0.1521	0.1124	0.1864	0.1791	0.2025	0.1124	0.2403	0.2084	0.2403	0.1882	0.1478	0.1534	0.1478	0.1657
chr3R	19932145	19932296	chr3R:19932146-19932296	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1069	0.1017	0.1293	0.0881	0.0604	0.1218	0.125	0.1319	0.0604	0.1685	0.1363	0.1685	0.1239	0.0858	0.0851	0.0858	0.1068
chr3R	19934333	19934512	chr3R:19934334-19934512	FBgn0053100	4EHP	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0902	0.0751	0.117	0.0777	0.0403	0.0956	0.077	0.1119	0.0403	0.1449	0.1309	0.1449	0.1139	0.0919	0.0806	0.0919	0.0907
chr3R	19934643	19934808	chr3R:19934644-19934808	FBgn0039149,FBgn0053100	4EHP,CG18428	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1966	0.1653	0.2319	0.1929	0.1273	0.2107	0.1708	0.2179	0.1273	0.2784	0.2518	0.2784	0.2308	0.2167	0.2095	0.2167	0.21
chr3R	19934960	19935118	chr3R:19934961-19935118	FBgn0039149,FBgn0053100	4EHP,CG18428	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1204	0.0991	0.1431	0.1193	0.087	0.1257	0.0956	0.1326	0.087	0.1812	0.1592	0.1812	0.1356	0.1355	0.1199	0.1355	0.1433
chr3R	19938020	19938210	chr3R:19938021-19938210	FBgn0039150,FBgn0053536	CG13605,tRNA:CR33536	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1403	0.1173	0.1756	0.1271	0.0647	0.1655	0.1172	0.1566	0.0647	0.2307	0.1987	0.2307	0.1689	0.1317	0.1244	0.1317	0.1782
chr3R	19938287	19938463	chr3R:19938288-19938463	FBgn0039150,FBgn0053536	CG13605,tRNA:CR33536	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1514	0.1332	0.1825	0.1374	0.0891	0.1733	0.1445	0.1686	0.0891	0.2192	0.2125	0.2192	0.1727	0.1325	0.1605	0.1325	0.1746
chr3R	19938608	19938790	chr3R:19938609-19938790	FBgn0039150,FBgn0053536	CG13605,tRNA:CR33536	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.122	0.1199	0.1406	0.1039	0.1018	0.1379	0.1414	0.1492	0.1018	0.1727	0.1614	0.1727	0.1464	0.1118	0.1193	0.1118	0.123
chr3R	19939117	19939314	chr3R:19939118-19939314	FBgn0039152,FBgn0053536	Rootletin,tRNA:CR33536	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0559	0.0707	0.0567	0.0384	0.0498	0.0641	0.099	0.0926	0.0498	0.0556	0.0682	0.0556	0.0341	0.0245	0.0406	0.0245	0.0292
chr3R	19942789	19942940	chr3R:19942790-19942940	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0165	0.0173	0.0178	0.0143	0.0106	0.0194	0.026	0.0167	0.0106	0.0109	0.0235	0.0109	0.0225	0.0061	0.0097	0.0061	0.0354
chr3R	19955580	19955770	chr3R:19955581-19955770	FBgn0026317,FBgn0039153	CG5463,Tsc1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0403	0.0308	0.0504	0.04	0.0138	0.0311	0.0424	0.044	0.0138	0.0562	0.0505	0.0562	0.0674	0.0513	0.0342	0.0513	0.0542
chr3R	19955913	19956089	chr3R:19955914-19956089	FBgn0026317,FBgn0039153	CG5463,Tsc1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0823	0.0597	0.1008	0.0872	0.0255	0.066	0.0692	0.0953	0.0255	0.099	0.108	0.099	0.1534	0.0972	0.0716	0.0972	0.1178
chr3R	19956174	19956368	chr3R:19956175-19956368	FBgn0026317,FBgn0039153	CG5463,Tsc1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0277	0.0448	0.0375	0.0106	0.0262	0.0368	0.044	0.0106	0.0411	0.0521	0.0411	0.0589	0.0398	0.0342	0.0398	0.0495
chr3R	19960424	19960595	chr3R:19960425-19960595	FBgn0027103	sec10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0991	0.0842	0.1202	0.0926	0.0467	0.115	0.0939	0.1026	0.0467	0.1582	0.1296	0.1582	0.1433	0.1172	0.0916	0.1172	0.1105
chr3R	19960667	19960832	chr3R:19960668-19960832	FBgn0027103	sec10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0501	0.0435	0.0618	0.0447	0.0191	0.0558	0.058	0.0493	0.0191	0.0839	0.0675	0.0839	0.0682	0.0551	0.0464	0.0551	0.0542
chr3R	19964956	19965137	chr3R:19964957-19965137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0178	0.0211	0.0219	0.0053	0.0194	0.029	0.016	0.0053	0.0217	0.0212	0.0217	0.0364	0.0207	0.0135	0.0207	0.05
chr3R	19966714	19966891	chr3R:19966715-19966891	FBgn0039155	Kal1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.034	0.0163	0.032	0.0561	0.0074	0.0184	0.0264	0.0127	0.0074	0.0531	0.0338	0.0531	0.0364	0.1386	0.0484	0.1386	0.0631
chr3R	19967026	19967198	chr3R:19967027-19967198	FBgn0039155	Kal1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0087	0.0298	0.0625	0.0021	0.0136	0.013	0.0053	0.0021	0.0537	0.026	0.0537	0.0418	0.1447	0.0342	0.1447	0.0917
chr3R	19970302	19970453	chr3R:19970303-19970453	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0137	0.0233	0.01	0.0071	0.0233	0.015	0.0398	0.0233	0.0233	0.0115	0.0125	0.0115	0.0093	0.0107	0.0058	0.0107	0.0073
chr3R	19974590	19974769	chr3R:19974591-19974769	FBgn0051133	Slimp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0875	0.0824	0.1022	0.0773	0.0615	0.0888	0.1068	0.0986	0.0615	0.131	0.1119	0.131	0.1046	0.0949	0.0851	0.0949	0.0776
chr3R	19974855	19975061	chr3R:19974856-19975061	FBgn0051133	Slimp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.072	0.0812	0.0507	0.0562	0.065	0.0986	0.0919	0.0562	0.0948	0.0974	0.0948	0.0821	0.0613	0.0632	0.0613	0.0495
chr3R	19975118	19975269	chr3R:19975119-19975269	FBgn0051133	Slimp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0391	0.053	0.0418	0.0206	0.0382	0.0408	0.0878	0.0586	0.0382	0.0374	0.0543	0.0374	0.0442	0.0161	0.029	0.0161	0.0245
chr3R	19975377	19975576	chr3R:19975378-19975576	FBgn0046322	p38c	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0685	0.0371	0.0203	0.0573	0.0354	0.1324	0.0586	0.0573	0.0356	0.0463	0.0356	0.0395	0.023	0.0193	0.023	0.0214
chr3R	19977511	19977765	chr3R:19977512-19977765	FBgn0015765,FBgn0039156	CG6178,Mpk2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0537	0.033	0.0643	0.0652	0.0095	0.0413	0.0463	0.036	0.0095	0.0809	0.0666	0.0809	0.086	0.0735	0.0716	0.0735	0.0954
chr3R	19977957	19978344	chr3R:19977958-19978344	FBgn0015765,FBgn0039156	CG6178,Mpk2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1349	0.0821	0.1595	0.1668	0.0297	0.1121	0.0891	0.1106	0.0297	0.1896	0.1572	0.1896	0.1836	0.1784	0.1302	0.1784	0.1756
chr3R	19978451	19978696	chr3R:19978452-19978696	FBgn0015765,FBgn0039156	CG6178,Mpk2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0506	0.0305	0.0585	0.0643	0.0159	0.0388	0.0389	0.0353	0.0159	0.0604	0.0569	0.0604	0.0596	0.0475	0.04	0.0475	0.0578
chr3R	19986914	19987065	chr3R:19986915-19987065	FBgn0039157,FBgn0039158	CG6182,Myo95E	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0343	0.0489	0.0372	0.0159	0.0432	0.0437	0.04	0.0159	0.0574	0.0502	0.0574	0.0643	0.0291	0.0303	0.0291	0.0532
chr3R	19987123	19987301	chr3R:19987124-19987301	FBgn0039157,FBgn0039158	CG6182,Myo95E	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0934	0.0816	0.1049	0.0939	0.0467	0.099	0.0965	0.1059	0.0467	0.122	0.1119	0.122	0.1185	0.0942	0.0922	0.0942	0.1146
chr3R	19987370	19987548	chr3R:19987371-19987548	FBgn0039157,FBgn0039158	CG6182,Myo95E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.102	0.0891	0.1178	0.0992	0.0668	0.1141	0.0978	0.1073	0.0668	0.1274	0.1283	0.1274	0.1487	0.0942	0.109	0.0942	0.1204
chr3R	19987620	19987792	chr3R:19987621-19987792	FBgn0039157,FBgn0039158	CG6182,Myo95E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0608	0.0597	0.0725	0.0493	0.0445	0.0689	0.0774	0.0673	0.0445	0.0821	0.0759	0.0821	0.0968	0.0544	0.0503	0.0544	0.0631
chr3R	19988622	19988895	chr3R:19988623-19988895	FBgn0039159	mRpS24	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0622	0.0795	0.0689	0.0355	0.0615	0.0752	0.1112	0.0919	0.0615	0.0773	0.0749	0.0773	0.0604	0.0322	0.0361	0.0322	0.0448
chr3R	19988951	19989136	chr3R:19988952-19989136	FBgn0039159	mRpS24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.0662	0.0916	0.0588	0.0477	0.0738	0.0852	0.0779	0.0477	0.1002	0.1061	0.1002	0.0953	0.0605	0.06	0.0605	0.0771
chr3R	19989175	19989361	chr3R:19989176-19989361	FBgn0026598,FBgn0039159	Apc2,mRpS24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1237	0.1103	0.1506	0.109	0.0732	0.133	0.1241	0.1452	0.0732	0.1787	0.1695	0.1787	0.1642	0.1164	0.1141	0.1164	0.1417
chr3R	19989590	19989829	chr3R:19989591-19989829	FBgn0026598,FBgn0039159	Apc2,mRpS24	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.131	0.1383	0.1552	0.0962	0.1188	0.1359	0.17	0.1919	0.1188	0.1824	0.1836	0.1824	0.1518	0.1049	0.1077	0.1049	0.1303
chr3R	19994742	19994904	chr3R:19994743-19994904	FBgn0039160	CG5510	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.054	0.0546	0.0305	0.0276	0.0553	0.0692	0.0779	0.0276	0.0616	0.0659	0.0616	0.0473	0.0352	0.0342	0.0352	0.0344
chr3R	19994934	19995129	chr3R:19994935-19995129	FBgn0039160	CG5510	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0681	0.0703	0.0803	0.0521	0.052	0.068	0.0887	0.0993	0.052	0.0857	0.0907	0.0857	0.0736	0.0551	0.0651	0.0551	0.0516
chr3R	19995196	19995388	chr3R:19995197-19995388	FBgn0039160	CG5510	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1236	0.1494	0.1108	0.088	0.1296	0.1557	0.1646	0.088	0.1661	0.1559	0.1661	0.1727	0.108	0.1231	0.108	0.1277
chr3R	19995509	19995660	chr3R:19995510-19995660	FBgn0039160	CG5510	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0432	0.0425	0.0312	0.0223	0.0476	0.0593	0.054	0.0223	0.0423	0.0457	0.0423	0.0527	0.0268	0.0368	0.0268	0.0386
chr3R	19995757	19995930	chr3R:19995758-19995930	FBgn0039160	CG5510	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0279	0.0367	0.0219	0.0159	0.0316	0.0372	0.036	0.0159	0.0278	0.054	0.0278	0.0325	0.0176	0.0406	0.0176	0.0198
chr3R	19998167	19998364	chr3R:19998168-19998364	FBgn0039161	CG13606	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0308	0.0272	0.0374	0.0276	0.0117	0.0272	0.0329	0.0426	0.0117	0.0133	0.0608	0.0133	0.0287	0.0077	0.0916	0.0077	0.012
chr3R	20011957	20012150	chr3R:20011958-20012150	FBgn0029503	CHORD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1168	0.1109	0.1401	0.0979	0.0636	0.1379	0.1276	0.1412	0.0636	0.16	0.1543	0.16	0.1541	0.124	0.0993	0.124	0.1214
chr3R	20012226	20012377	chr3R:20012227-20012377	FBgn0029503	CHORD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.062	0.0548	0.0764	0.0542	0.0308	0.065	0.0636	0.0766	0.0308	0.0797	0.083	0.0797	0.0775	0.072	0.0503	0.072	0.0657
chr3R	20014099	20014258	chr3R:20014100-20014258	FBgn0039163	CG5515	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0469	0.0467	0.0309	0.0212	0.0451	0.0679	0.0593	0.0212	0.0586	0.0511	0.0586	0.0527	0.0337	0.0297	0.0337	0.0438
chr3R	20014523	20014693	chr3R:20014524-20014693	FBgn0039163	CG5515	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1218	0.1213	0.1368	0.1058	0.0891	0.1388	0.1527	0.1472	0.0891	0.1528	0.1511	0.1528	0.1425	0.1263	0.1019	0.1263	0.1271
chr3R	20018818	20019012	chr3R:20018819-20019012	FBgn0039164	CG5524	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0636	0.0581	0.0805	0.0512	0.0329	0.0777	0.0623	0.0779	0.0329	0.099	0.091	0.099	0.0728	0.0597	0.0509	0.0597	0.061
chr3R	20019107	20019285	chr3R:20019108-20019285	FBgn0039164,FBgn0039165	CG5524,CG6204	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1299	0.1307	0.153	0.1035	0.0848	0.1626	0.1401	0.1859	0.0848	0.1975	0.1614	0.1975	0.1495	0.1332	0.0961	0.1332	0.1193
chr3R	20019368	20019564	chr3R:20019369-20019564	FBgn0039164,FBgn0039165	CG5524,CG6204	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0964	0.0971	0.1113	0.0794	0.0562	0.1223	0.1016	0.1419	0.0562	0.1558	0.1132	0.1558	0.1139	0.1156	0.0632	0.1156	0.0917
chr3R	20019595	20019839	chr3R:20019596-20019839	FBgn0039164,FBgn0039165	CG5524,CG6204	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0515	0.0624	0.0454	0.0212	0.0689	0.0541	0.072	0.0212	0.0821	0.0698	0.0821	0.0604	0.0597	0.0387	0.0597	0.0511
chr3R	20025723	20025874	chr3R:20025724-20025874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.0174	0.0185	0.0178	0.0064	0.017	0.0242	0.024	0.0064	0.0151	0.0212	0.0151	0.0294	0.013	0.0123	0.013	0.0375
chr3R	20028443	20028594	chr3R:20028444-20028594	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0127	0.0126	0.0124	0.0064	0.0126	0.016	0.018	0.0064	0.0072	0.019	0.0072	0.0124	0.0077	0.0316	0.0077	0.0083
chr3R	20028668	20028835	chr3R:20028669-20028835	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0176	0.0234	0.015	0.0095	0.0204	0.0216	0.022	0.0095	0.0145	0.0421	0.0145	0.0116	0.0123	0.0368	0.0123	0.0109
chr3R	20029118	20029269	chr3R:20029119-20029269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0174	0.0306	0.0227	0.0042	0.0204	0.0277	0.0167	0.0042	0.0205	0.0521	0.0205	0.024	0.0199	0.058	0.0199	0.0167
chr3R	20029432	20029677	chr3R:20029433-20029677	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0401	0.0243	0.0553	0.0409	0.0074	0.0301	0.0307	0.032	0.0074	0.0459	0.0929	0.0459	0.0333	0.0436	0.109	0.0436	0.0234
chr3R	20030074	20030254	chr3R:20030075-20030254	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0287	0.0277	0.0212	0.0106	0.0311	0.0359	0.0426	0.0106	0.0362	0.0344	0.0362	0.0186	0.0398	0.0387	0.0398	0.0089
chr3R	20032345	20032496	chr3R:20032346-20032496	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0218	0.0255	0.0214	0.018	0.018	0.0267	0.0372	0.0273	0.018	0.0169	0.0283	0.0169	0.0155	0.0092	0.0496	0.0092	0.0135
chr3R	20039468	20039737	chr3R:20039469-20039737	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0375	0.0294	0.0241	0.0159	0.0316	0.0614	0.0453	0.0159	0.0266	0.0434	0.0266	0.017	0.0176	0.0606	0.0176	0.0162
chr3R	20042032	20042183	chr3R:20042033-20042183	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0171	0.0195	0.0251	0.0095	0.0146	0.0225	0.0273	0.0095	0.0121	0.0325	0.0121	0.0155	0.0069	0.0877	0.0069	0.012
chr3R	20044395	20044654	chr3R:20044396-20044654	FBgn0039167	CG17786	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1032	0.1353	0.0999	0.071	0.1145	0.1063	0.1977	0.1819	0.1145	0.0411	0.1881	0.0411	0.055	0.0245	0.2308	0.0245	0.0396
chr3R	20045739	20045906	chr3R:20045740-20045906	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.043	0.0874	0.0274	0.0104	0.0859	0.065	0.1445	0.0839	0.0859	0.0254	0.0412	0.0254	0.0194	0.0092	0.0161	0.0092	0.012
chr3R	20046644	20047143	chr3R:20046645-20047143	FBgn0026257	cav	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.175	0.2455	0.1704	0.1014	0.2312	0.2131	0.3196	0.3291	0.2312	0.2029	0.2103	0.2029	0.1634	0.1064	0.1199	0.1064	0.1355
chr3R	20047154	20047541	chr3R:20047155-20047541	FBgn0011725,FBgn0026257	cav,twin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2207	0.2146	0.2594	0.1849	0.1474	0.2621	0.2275	0.2971	0.1474	0.3182	0.2839	0.3182	0.2703	0.1907	0.196	0.1907	0.247
chr3R	20047626	20047795	chr3R:20047627-20047795	FBgn0011725	twin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1888	0.1631	0.2287	0.1738	0.1071	0.2005	0.1708	0.2305	0.1071	0.2911	0.2498	0.2911	0.2223	0.1914	0.1741	0.1914	0.2074
chr3R	20047860	20048039	chr3R:20047861-20048039	FBgn0011725	twin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.124	0.1125	0.1487	0.1096	0.0838	0.1291	0.1228	0.1599	0.0838	0.1884	0.1682	0.1884	0.1394	0.1225	0.1103	0.1225	0.1308
chr3R	20052603	20052779	chr3R:20052604-20052779	FBgn0039169,FBgn0039170	CG13609,Spps	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1328	0.1176	0.1674	0.1118	0.0764	0.1379	0.1445	0.1512	0.0764	0.2071	0.1932	0.2071	0.1565	0.1049	0.1219	0.1049	0.1417
chr3R	20055662	20055881	chr3R:20055663-20055881	FBgn0039172,FBgn0043884	Spase22-23,mask	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1407	0.1859	0.1273	0.0944	0.1597	0.1782	0.1712	0.0944	0.2174	0.2039	0.2174	0.1913	0.1271	0.1322	0.1271	0.1537
chr3R	20056152	20056325	chr3R:20056153-20056325	FBgn0039172,FBgn0043884	Spase22-23,mask	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2442	0.224	0.2857	0.2214	0.1707	0.2641	0.2599	0.2818	0.1707	0.3508	0.3048	0.3508	0.2812	0.2182	0.2456	0.2182	0.2621
chr3R	20056464	20056649	chr3R:20056465-20056649	FBgn0043884	mask	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2435	0.2102	0.2935	0.2259	0.1548	0.2646	0.2314	0.2645	0.1548	0.3708	0.3061	0.3708	0.2765	0.2213	0.2398	0.2213	0.2606
chr3R	20056971	20057143	chr3R:20056972-20057143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1793	0.1651	0.2123	0.159	0.1039	0.2005	0.1955	0.2099	0.1039	0.2748	0.228	0.2748	0.2076	0.1692	0.1908	0.1692	0.1839
chr3R	20059390	20059565	chr3R:20059391-20059565	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1374	0.175	0.1419	0.0907	0.141	0.1694	0.2124	0.2458	0.141	0.1437	0.155	0.1437	0.1526	0.0965	0.1025	0.0965	0.1167
chr3R	20059728	20059912	chr3R:20059729-20059912	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1426	0.1758	0.1491	0.0982	0.1156	0.1782	0.2184	0.2472	0.1156	0.1793	0.1669	0.1793	0.141	0.0988	0.1264	0.0988	0.1115
chr3R	20060024	20060196	chr3R:20060025-20060196	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1467	0.171	0.1579	0.1072	0.1177	0.1893	0.1985	0.2378	0.1177	0.2035	0.1897	0.2035	0.1193	0.1225	0.1367	0.1225	0.1402
chr3R	20060276	20060473	chr3R:20060277-20060473	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1074	0.1365	0.1156	0.066	0.0997	0.1451	0.1579	0.1939	0.0997	0.1486	0.1373	0.1486	0.1084	0.0827	0.0896	0.0827	0.0766
chr3R	20060560	20060758	chr3R:20060561-20060758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.1267	0.1108	0.0642	0.0817	0.1252	0.1657	0.1706	0.0817	0.1335	0.1325	0.1335	0.1053	0.0789	0.0832	0.0789	0.0724
chr3R	20078335	20078515	chr3R:20078336-20078515	FBgn0039175	CG5706	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1422	0.1451	0.16	0.1195	0.1071	0.1646	0.1717	0.1985	0.1071	0.1993	0.1691	0.1993	0.1627	0.1317	0.1193	0.1317	0.1501
chr3R	20084051	20084346	chr3R:20084052-20084346	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0873	0.1499	0.0805	0.0249	0.1262	0.1209	0.199	0.2165	0.1262	0.0368	0.1338	0.0368	0.0565	0.0123	0.049	0.0123	0.0281
chr3R	20085153	20085637	chr3R:20085154-20085637	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2031	0.2439	0.2475	0.1089	0.1972	0.2359	0.2349	0.4384	0.1972	0.0906	0.4244	0.0906	0.2378	0.0222	0.2734	0.0222	0.1172
chr3R	20085773	20086211	chr3R:20085774-20086211	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1179	0.1338	0.1458	0.0695	0.0753	0.1515	0.1189	0.2578	0.0753	0.0864	0.2331	0.0864	0.1108	0.0482	0.1399	0.0482	0.0855
chr3R	20086300	20086466	chr3R:20086301-20086466	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0628	0.086	0.0676	0.0316	0.0467	0.0966	0.0817	0.1512	0.0467	0.0592	0.1113	0.0592	0.0294	0.026	0.0651	0.026	0.0344
chr3R	20088893	20089051	chr3R:20088894-20089051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.0313	0.0371	0.0318	0.0191	0.0359	0.0372	0.0433	0.0191	0.029	0.0296	0.029	0.0217	0.0107	0.0148	0.0107	0.0141
chr3R	20089443	20089717	chr3R:20089444-20089717	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0741	0.0657	0.0817	0.0751	0.0329	0.082	0.0783	0.0866	0.0329	0.1087	0.064	0.1087	0.0449	0.0383	0.0271	0.0383	0.0412
chr3R	20089867	20090018	chr3R:20089868-20090018	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0426	0.0424	0.0453	0.0398	0.017	0.051	0.0554	0.0546	0.017	0.0568	0.0412	0.0568	0.0356	0.0199	0.0174	0.0199	0.0375
chr3R	20090351	20090502	chr3R:20090352-20090502	FBgn0051130	tRNA:CR31130	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.0182	0.0231	0.0345	0.0074	0.0209	0.0242	0.0233	0.0074	0.0223	0.0225	0.0223	0.0201	0.0092	0.0142	0.0092	0.024
chr3R	20090875	20091122	chr3R:20090876-20091122	FBgn0051130	tRNA:CR31130	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0578	0.0637	0.0476	0.0624	0.0445	0.0529	0.1081	0.0593	0.0445	0.0441	0.0421	0.0441	0.0573	0.0528	0.0239	0.0528	0.0646
chr3R	20091263	20091414	chr3R:20091264-20091414	FBgn0051130	tRNA:CR31130	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0326	0.0375	0.0353	0.0242	0.0191	0.0403	0.0528	0.0466	0.0191	0.0362	0.0363	0.0362	0.0534	0.0161	0.0206	0.0161	0.0391
chr3R	20091478	20091629	chr3R:20091479-20091629	FBgn0051130	tRNA:CR31130	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0238	0.0254	0.0287	0.0167	0.0106	0.0286	0.0333	0.0353	0.0106	0.026	0.0341	0.026	0.0364	0.0123	0.0368	0.0123	0.0167
chr3R	20095918	20096185	chr3R:20095919-20096185	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1384	0.1178	0.2155	0.0767	0.0392	0.2243	0.0874	0.1406	0.0392	0.3539	0.1868	0.3539	0.2076	0.1417	0.0587	0.1417	0.0719
chr3R	20096377	20096546	chr3R:20096378-20096546	FBgn0011225	jar	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0806	0.0963	0.0387	0.052	0.1049	0.0826	0.1133	0.052	0.1461	0.0936	0.1461	0.0666	0.0498	0.038	0.0498	0.0401
chr3R	20096551	20096746	chr3R:20096552-20096746	FBgn0011225	jar	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1027	0.0936	0.148	0.0632	0.0647	0.1214	0.0952	0.1299	0.0647	0.1999	0.1656	0.1999	0.1139	0.0758	0.0787	0.0758	0.0688
chr3R	20096860	20097112	chr3R:20096861-20097112	FBgn0011225	jar	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2486	0.213	0.3259	0.2036	0.1697	0.2743	0.224	0.2765	0.1697	0.3822	0.3585	0.3822	0.3075	0.2343	0.2257	0.2343	0.2736
chr3R	20097293	20097444	chr3R:20097294-20097444	FBgn0011225	jar	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0537	0.0485	0.0681	0.0437	0.0148	0.0617	0.0597	0.0653	0.0148	0.0749	0.0646	0.0749	0.0627	0.0582	0.0361	0.0582	0.0547
chr3R	20098298	20098449	chr3R:20098299-20098449	FBgn0086365	Orct2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0718	0.0914	0.0836	0.0369	0.0392	0.1131	0.0796	0.1726	0.0392	0.0459	0.0785	0.0459	0.0798	0.0138	0.0342	0.0138	0.0401
chr3R	20098553	20098833	chr3R:20098554-20098833	FBgn0086365	Orct2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1291	0.1429	0.1439	0.0973	0.07	0.2112	0.1012	0.2532	0.07	0.0773	0.1145	0.0773	0.1627	0.0406	0.0593	0.0406	0.1157
chr3R	20101733	20101884	chr3R:20101734-20101884	FBgn0019952	Orct	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0392	0.0204	0.047	0.0515	0.0085	0.0238	0.0268	0.0227	0.0085	0.0332	0.0338	0.0332	0.086	0.023	0.0193	0.023	0.1433
chr3R	20102156	20102394	chr3R:20102157-20102394	FBgn0019952	Orct	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0787	0.0363	0.1098	0.0919	0.0095	0.0626	0.0359	0.0373	0.0095	0.0694	0.0714	0.0694	0.151	0.0306	0.0342	0.0306	0.2678
chr3R	20104722	20104898	chr3R:20104723-20104898	FBgn0039177	CG13611	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0388	0.0267	0.0451	0.0454	0.0095	0.0335	0.0368	0.0306	0.0095	0.0417	0.0386	0.0417	0.0689	0.0253	0.0271	0.0253	0.1058
chr3R	20105134	20105334	chr3R:20105135-20105334	FBgn0039177	CG13611	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1031	0.0864	0.1348	0.0869	0.0403	0.1117	0.1034	0.1066	0.0403	0.1679	0.135	0.1679	0.1534	0.0858	0.0838	0.0858	0.1558
chr3R	20105441	20105592	chr3R:20105442-20105592	FBgn0039177	CG13611	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0468	0.0427	0.0657	0.0305	0.017	0.0495	0.0554	0.0573	0.017	0.0912	0.0672	0.0912	0.0651	0.0383	0.0226	0.0383	0.0532
chr3R	20108191	20108342	chr3R:20108192-20108342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0368	0.0275	0.0504	0.0322	0.0127	0.0432	0.035	0.0247	0.0127	0.1111	0.0379	0.1111	0.0426	0.0421	0.0264	0.0421	0.0558
chr3R	20108770	20108976	chr3R:20108771-20108976	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0837	0.0516	0.1146	0.0856	0.0138	0.0951	0.0567	0.0433	0.0138	0.2651	0.0949	0.2651	0.0868	0.1531	0.069	0.1531	0.1282
chr3R	20109390	20109562	chr3R:20109391-20109562	FBgn0039178	CG6356	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0344	0.0141	0.0451	0.0454	0.0032	0.0218	0.0164	0.0147	0.0032	0.0978	0.0309	0.0978	0.0643	0.0896	0.0284	0.0896	0.074
chr3R	20109581	20109984	chr3R:20109582-20109984	FBgn0039178	CG6356	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0658	0.0267	0.103	0.0688	0	0.0558	0.0251	0.0227	0	0.2391	0.0656	0.2391	0.1309	0.1769	0.0458	0.1769	0.0834
chr3R	20110260	20110426	chr3R:20110261-20110426	FBgn0039178	CG6356	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0308	0.0226	0.0452	0.0242	0.0074	0.0335	0.0316	0.0187	0.0074	0.1153	0.0325	0.1153	0.0325	0.0658	0.0155	0.0658	0.025
chr3R	20115010	20115161	chr3R:20115011-20115161	FBgn0085319	CG34290	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0266	0.0249	0.0346	0.0198	0.0085	0.0277	0.0407	0.022	0.0085	0.0676	0.0305	0.0676	0.0349	0.0306	0.0193	0.0306	0.0266
chr3R	20115318	20115469	chr3R:20115319-20115469	FBgn0085319,FBgn0263398	CG34290,CG6364	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.03	0.0259	0.0354	0.0285	0.0138	0.0252	0.042	0.0286	0.0138	0.0616	0.0334	0.0616	0.0356	0.0513	0.0297	0.0513	0.0334
chr3R	20115519	20115670	chr3R:20115520-20115670	FBgn0085319,FBgn0263398	CG34290,CG6364	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0381	0.0332	0.0445	0.0366	0.0138	0.0335	0.0489	0.0413	0.0138	0.0646	0.0463	0.0646	0.0488	0.0498	0.0342	0.0498	0.0469
chr3R	20115785	20115972	chr3R:20115786-20115972	FBgn0085319,FBgn0263398	CG34290,CG6364	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1417	0.128	0.169	0.1269	0.088	0.1456	0.1605	0.1619	0.088	0.2126	0.1881	0.2126	0.1766	0.1516	0.1309	0.1516	0.1532
chr3R	20116115	20116346	chr3R:20116116-20116346	FBgn0263398	CG6364	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.067	0.0952	0.0636	0.0392	0.0733	0.093	0.0833	0.0392	0.1135	0.109	0.1135	0.1061	0.0743	0.0619	0.0743	0.0902
chr3R	20120346	20120497	chr3R:20120347-20120497	FBgn0039180,FBgn0259685	CG5715,crb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.046	0.0475	0.0527	0.0372	0.035	0.0427	0.0683	0.0553	0.035	0.0483	0.0711	0.0483	0.0589	0.0391	0.038	0.0391	0.0584
chr3R	20120633	20121028	chr3R:20120634-20121028	FBgn0259685	crb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.243	0.275	0.2726	0.1748	0.2704	0.2456	0.3521	0.3678	0.2704	0.2174	0.3952	0.2174	0.2324	0.1363	0.285	0.1363	0.1871
chr3R	20121115	20121337	chr3R:20121116-20121337	FBgn0259685	crb	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0952	0.113	0.1148	0.0536	0.1092	0.0971	0.1466	0.1566	0.1092	0.067	0.1904	0.067	0.0837	0.0222	0.1212	0.0222	0.0521
chr3R	20121496	20121713	chr3R:20121497-20121713	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1089	0.1215	0.1475	0.0526	0.0923	0.0951	0.1765	0.1619	0.0923	0.093	0.2412	0.093	0.1162	0.0253	0.1406	0.0253	0.0349
chr3R	20121986	20122150	chr3R:20121987-20122150	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0607	0.0582	0.0846	0.0372	0.052	0.0408	0.0913	0.0773	0.052	0.0254	0.1672	0.0254	0.0449	0.0092	0.1199	0.0092	0.0198
chr3R	20123339	20123667	chr3R:20123340-20123667	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	crb	crb	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1536	0.2498	0.1429	0.0579	0.2895	0.1291	0.4282	0.2598	0.2895	0.0326	0.2862	0.0326	0.0829	0.0207	0.176	0.0207	0.0318
chr3R	20124902	20125091	chr3R:20124903-20125091	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.055	0.0477	0.0627	0.0546	0.0456	0.033	0.0753	0.0586	0.0456	0.0193	0.1122	0.0193	0.0527	0.0115	0.176	0.0115	0.0318
chr3R	20133181	20133332	chr3R:20133182-20133332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0189	0.0249	0.0226	0.0082	0.0223	0.0175	0.0463	0.022	0.0223	0.0211	0.0341	0.0211	0.0132	0.01	0.009	0.01	0.0109
chr3R	20135167	20135338	chr3R:20135168-20135338	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0256	0.0487	0.0193	0.0065	0.0541	0.0189	0.0999	0.0326	0.0541	0.0187	0.0296	0.0187	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chr3R	20138476	20138627	chr3R:20138477-20138627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0253	0.0419	0.0222	0.0102	0.0361	0.0214	0.0908	0.0266	0.0361	0.0151	0.0363	0.0151	0.0124	0.0153	0.0129	0.0153	0.0089
chr3R	20138677	20138828	chr3R:20138678-20138828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.025	0.0431	0.0212	0.0091	0.0403	0.0189	0.0852	0.038	0.0403	0.0199	0.0315	0.0199	0.0147	0.0107	0.0135	0.0107	0.0068
chr3R	20138846	20138997	chr3R:20138847-20138997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0486	0.0256	0.0082	0.0498	0.0233	0.096	0.0406	0.0498	0.0217	0.0379	0.0217	0.0178	0.0077	0.0155	0.0077	0.0057
chr3R	20139114	20139265	chr3R:20139115-20139265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0496	0.0231	0.0079	0.0361	0.0238	0.099	0.048	0.0361	0.0187	0.0331	0.0187	0.0209	0.0061	0.0135	0.0061	0.0073
chr3R	20139623	20139774	chr3R:20139624-20139774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0289	0.0461	0.0279	0.0109	0.0456	0.0252	0.0869	0.0406	0.0456	0.0151	0.0431	0.0151	0.0256	0.01	0.0123	0.01	0.0125
chr3R	20140584	20140735	chr3R:20140585-20140735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0457	0.0223	0.0099	0.0498	0.0325	0.0761	0.0413	0.0498	0.0175	0.0341	0.0175	0.0155	0.0092	0.0155	0.0092	0.0073
chr3R	20140746	20140897	chr3R:20140747-20140897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0273	0.0466	0.0247	0.0085	0.053	0.0204	0.0887	0.04	0.053	0.0199	0.0347	0.0199	0.0201	0.0069	0.0193	0.0069	0.0047
chr3R	20144064	20144231	chr3R:20144065-20144231	FBgn0028471	Nab2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1271	0.1171	0.1528	0.11	0.0848	0.1417	0.138	0.1446	0.0848	0.1993	0.1711	0.1993	0.1425	0.1294	0.1128	0.1294	0.1313
chr3R	20144352	20144532	chr3R:20144353-20144532	FBgn0011785,FBgn0028471	BRWD3,Nab2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0569	0.0638	0.0681	0.0369	0.0414	0.083	0.0705	0.0846	0.0414	0.0827	0.0814	0.0827	0.0627	0.0421	0.0426	0.0421	0.0422
chr3R	20144625	20144797	chr3R:20144626-20144797	FBgn0011785,FBgn0028471	BRWD3,Nab2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1703	0.1553	0.2022	0.1522	0.1082	0.1947	0.1778	0.1892	0.1082	0.2307	0.235	0.2307	0.1875	0.1593	0.1605	0.1593	0.1808
chr3R	20144863	20145066	chr3R:20144864-20145066	FBgn0011785	BRWD3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1245	0.1115	0.1513	0.1095	0.0742	0.1369	0.1285	0.1399	0.0742	0.1842	0.1608	0.1842	0.1549	0.1118	0.1057	0.1118	0.1277
chr3R	20145092	20145295	chr3R:20145093-20145295	FBgn0011785	BRWD3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.0795	0.1218	0.0911	0.0498	0.0922	0.0908	0.1119	0.0498	0.1335	0.1389	0.1335	0.1216	0.1103	0.0974	0.1103	0.0943
chr3R	20145361	20145538	chr3R:20145362-20145538	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0903	0.0652	0.1117	0.095	0.0382	0.0811	0.0714	0.0919	0.0382	0.1431	0.1209	0.1431	0.1216	0.1202	0.0967	0.1202	0.112
chr3R	20145607	20146035	chr3R:20145608-20146035	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1987	0.1471	0.24	0.2113	0.0838	0.1864	0.1618	0.1959	0.0838	0.2832	0.2627	0.2832	0.2711	0.2672	0.205	0.2672	0.2663
chr3R	20146193	20146361	chr3R:20146194-20146361	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.164	0.138	0.2018	0.1517	0.088	0.1782	0.1553	0.1712	0.088	0.253	0.2212	0.253	0.1944	0.1723	0.1509	0.1723	0.1803
chr3R	20146491	20146642	chr3R:20146492-20146642	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0417	0.0618	0.0305	0.017	0.0495	0.0532	0.054	0.017	0.0845	0.065	0.0845	0.0542	0.0329	0.0251	0.0329	0.0386
chr3R	20153389	20153639	chr3R:20153390-20153639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0356	0.0395	0.0182	0.0191	0.0398	0.0506	0.0393	0.0191	0.058	0.0383	0.058	0.0558	0.0237	0.0129	0.0237	0.0266
chr3R	20153727	20153878	chr3R:20153728-20153878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.025	0.029	0.0334	0.0113	0.018	0.0335	0.0389	0.032	0.018	0.0356	0.0341	0.0356	0.0581	0.013	0.009	0.013	0.0172
chr3R	20158678	20158873	chr3R:20158679-20158873	FBgn0039182,FBgn0039183	CG5728,Dis3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0628	0.0541	0.0825	0.051	0.0265	0.0689	0.0679	0.064	0.0265	0.0936	0.0929	0.0936	0.0883	0.0567	0.0548	0.0567	0.0677
chr3R	20159018	20159191	chr3R:20159019-20159191	FBgn0039182,FBgn0039183	CG5728,Dis3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1686	0.1497	0.2088	0.1458	0.1135	0.1714	0.1756	0.1925	0.1135	0.2633	0.2273	0.2633	0.2223	0.1669	0.1528	0.1669	0.186
chr3R	20172351	20172502	chr3R:20172352-20172502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0404	0.0336	0.017	0.0265	0.0422	0.0541	0.0526	0.0265	0.0441	0.0331	0.0441	0.0325	0.023	0.009	0.023	0.0156
chr3R	20172581	20172750	chr3R:20172582-20172750	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0312	0.042	0.0353	0.0148	0.0318	0.0495	0.0506	0.0553	0.0318	0.0459	0.0318	0.0459	0.0349	0.0145	0.0071	0.0145	0.0162
chr3R	20172845	20172996	chr3R:20172846-20172996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0263	0.0346	0.031	0.012	0.0233	0.0461	0.0402	0.044	0.0233	0.0441	0.0322	0.0441	0.0256	0.0123	0.0071	0.0123	0.0115
chr3R	20174207	20174389	chr3R:20174208-20174389	FBgn0039186	CG5746	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0827	0.0714	0.1063	0.0695	0.0435	0.0864	0.077	0.1053	0.0435	0.1401	0.1109	0.1401	0.1038	0.0896	0.0632	0.0896	0.0829
chr3R	20174447	20174626	chr3R:20174448-20174626	FBgn0039186,FBgn0039187	CG5746,CG6454	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1517	0.13	0.1944	0.1291	0.0923	0.1675	0.1367	0.1666	0.0923	0.2542	0.2055	0.2542	0.1867	0.1455	0.1231	0.1455	0.1631
chr3R	20174807	20174985	chr3R:20174808-20174985	FBgn0039186,FBgn0039187	CG5746,CG6454	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1225	0.1123	0.1524	0.1012	0.0764	0.1403	0.1237	0.1472	0.0764	0.2101	0.1627	0.2101	0.1472	0.1156	0.0877	0.1156	0.136
chr3R	20175128	20175279	chr3R:20175129-20175279	FBgn0039187	CG6454	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.039	0.0561	0.0369	0.0201	0.0413	0.0562	0.0473	0.0201	0.0755	0.0608	0.0755	0.0511	0.0398	0.0329	0.0398	0.0495
chr3R	20183362	20183514	chr3R:20183363-20183514	FBgn0039188	Golgin84	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.05	0.0439	0.0648	0.0407	0.0244	0.0558	0.0554	0.05	0.0244	0.0809	0.073	0.0809	0.072	0.0421	0.0477	0.0421	0.0594
chr3R	20183586	20183751	chr3R:20183587-20183751	FBgn0039188	Golgin84	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.095	0.0942	0.1156	0.0731	0.0689	0.1141	0.1116	0.1133	0.0689	0.1504	0.1296	0.1504	0.1224	0.0704	0.0793	0.0704	0.1053
chr3R	20183842	20184013	chr3R:20183843-20184013	FBgn0039188	Golgin84	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0592	0.0586	0.0351	0.0435	0.0646	0.0779	0.0713	0.0435	0.0713	0.0675	0.0713	0.0635	0.0368	0.0355	0.0368	0.0448
chr3R	20185811	20185998	chr3R:20185812-20185998	FBgn0039189	CG18528	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1433	0.129	0.1697	0.1302	0.0933	0.1597	0.1332	0.1812	0.0933	0.2029	0.1971	0.2029	0.1782	0.1332	0.1386	0.1332	0.1704
chr3R	20261705	20261856	chr3R:20261706-20261856	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0041	0.0057	0.0155	0.0042	5e-04	0.0078	0.004	0.0042	0.0048	0.0064	0.0048	0.0046	0.0031	0.009	0.0031	0.0078
chr3R	20272548	20272699	chr3R:20272549-20272699	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0092	0.0102	0.0287	0.0064	0.0044	0.0169	0.01	0.0064	0.0079	0.0074	0.0079	0.007	0.0038	0.0013	0.0038	0.0052
chr3R	20282918	20283069	chr3R:20282919-20283069	FBgn0000036	nAcRalpha-96Aa	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0075	0.0095	0.0323	0.0021	0.0073	0.013	0.0067	0.0021	0.0121	0.0077	0.0121	0.0062	0.0038	0.0032	0.0038	0.0063
chr3R	20283439	20283590	chr3R:20283440-20283590	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0112	0.0074	0.0306	0.0053	0.0087	0.0164	0.016	0.0053	0.0097	0.0061	0.0097	8e-04	0.0061	0.0039	0.0061	0.0031
chr3R	20310880	20311031	chr3R:20310881-20311031	FBgn0000039	nAcRalpha-96Ab	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0075	0.006	0.026	0.0021	0.0073	0.0138	0.006	0.0021	0.0054	0.0055	0.0054	8e-04	0	0.0039	0	0.0052
chr3R	20311374	20311525	chr3R:20311375-20311525	FBgn0000039	nAcRalpha-96Ab	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0074	0.0062	0.0044	0.012	0.0021	0.0029	0.0147	0.0053	0.0021	0.0042	0.0042	0.0042	0.0039	0	0.0013	0	0.0042
chr3R	20332609	20332760	chr3R:20332610-20332760	distal	distal	none	none	VT46830.1	VT46830.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0106	0.0103	0.0136	0.0042	0.0087	0.0182	0.0113	0.0042	0.0103	0.0113	0.0103	0.0093	0.0061	0.0052	0.0061	0.0042
chr3R	20338335	20338526	chr3R:20338336-20338526	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0531	0.0206	0.0121	0.0414	0.0267	0.0908	0.074	0.0414	0.0187	0.0286	0.0187	0.0201	0.0115	0.0129	0.0115	0.0141
chr3R	20338606	20338757	chr3R:20338607-20338757	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.016	0.0295	0.0096	0.0079	0.0276	0.0189	0.0463	0.038	0.0276	0.0091	0.0106	0.0091	0.0116	0.0077	0.009	0.0077	0.0099
chr3R	20340345	20340613	chr3R:20340346-20340613	FBgn0004118	nAcRbeta-96A	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0578	0.0705	0.0529	0.049	0.0456	0.066	0.0861	0.1153	0.0456	0.0737	0.0608	0.0737	0.024	0.0459	0.0181	0.0459	0.0224
chr3R	20340720	20340911	chr3R:20340721-20340911	FBgn0004118,FBgn0039201	CG13617,nAcRbeta-96A	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0441	0.0627	0.0395	0.0283	0.0509	0.0704	0.0636	0.0993	0.0509	0.0477	0.0514	0.0477	0.0163	0.0245	0.0129	0.0245	0.0115
chr3R	20343891	20344064	chr3R:20343892-20344064	FBgn0003134	Pp1alpha-96A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1448	0.1355	0.1731	0.1242	0.1007	0.1709	0.1497	0.1732	0.1007	0.215	0.1862	0.215	0.1875	0.1424	0.1244	0.1424	0.1589
chr3R	20344123	20344319	chr3R:20344124-20344319	FBgn0003134	Pp1alpha-96A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1169	0.1073	0.1391	0.1033	0.0891	0.1218	0.1259	0.1386	0.0891	0.1661	0.1524	0.1661	0.1596	0.1003	0.1148	0.1003	0.1324
chr3R	20345716	20345867	chr3R:20345717-20345867	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0222	0.0334	0.0236	0.0081	0.0212	0.0272	0.0593	0.03	0.0212	0.0254	0.0273	0.0254	0.0333	0.0061	0.011	0.0061	0.0099
chr3R	20346152	20346353	chr3R:20346153-20346353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0295	0.046	0.0277	0.0131	0.0276	0.0534	0.0701	0.04	0.0276	0.0242	0.0302	0.0242	0.0519	0.01	0.0161	0.01	0.0208
chr3R	20346588	20346739	chr3R:20346589-20346739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0523	0.0363	0.0194	0.0392	0.0466	0.0813	0.0553	0.0392	0.0284	0.0489	0.0284	0.048	0.013	0.029	0.013	0.0302
chr3R	20347444	20347770	chr3R:20347445-20347770	distal	distal	none	none	VT46838.1	VT46838.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.048	0.0634	0.0468	0.032	0.0456	0.0485	0.1003	0.0799	0.0456	0.0447	0.0553	0.0447	0.0527	0.0199	0.0471	0.0199	0.0354
chr3R	20349238	20349401	chr3R:20349239-20349401	FBgn0039202	CG13622	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0277	0.0316	0.0228	0.017	0.0345	0.0389	0.0266	0.017	0.0254	0.0524	0.0254	0.0201	0.0168	0.0703	0.0168	0.0083
chr3R	20349522	20349673	chr3R:20349523-20349673	FBgn0039202	CG13622	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0304	0.0258	0.0157	0.017	0.034	0.0389	0.0406	0.017	0.0181	0.0424	0.0181	0.0194	0.0084	0.0426	0.0084	0.0109
chr3R	20353678	20353849	chr3R:20353679-20353849	FBgn0039204	CG6607	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0975	0.0866	0.1203	0.0847	0.0583	0.1005	0.1103	0.1026	0.0583	0.1455	0.128	0.1455	0.1348	0.0827	0.087	0.0827	0.1183
chr3R	20355830	20355981	chr3R:20355831-20355981	FBgn0039205,FBgn0262167	CG13623,ana1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0484	0.0557	0.0369	0.0212	0.0495	0.0718	0.06	0.0212	0.0646	0.0601	0.0646	0.0589	0.0391	0.0355	0.0391	0.0479
chr3R	20356042	20356242	chr3R:20356043-20356242	FBgn0039205,FBgn0262167	CG13623,ana1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1286	0.121	0.1523	0.1111	0.0774	0.1359	0.1522	0.1526	0.0774	0.2035	0.1595	0.2035	0.1526	0.1049	0.1309	0.1049	0.1298
chr3R	20356276	20356480	chr3R:20356277-20356480	FBgn0039205,FBgn0262167	CG13623,ana1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1417	0.1381	0.1655	0.1196	0.0901	0.1568	0.1708	0.1792	0.0901	0.1981	0.182	0.1981	0.1689	0.1103	0.1534	0.1103	0.1433
chr3R	20356510	20356669	chr3R:20356511-20356669	FBgn0039205,FBgn0262167	CG13623,ana1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0718	0.0788	0.0811	0.0539	0.0467	0.0752	0.1125	0.1039	0.0467	0.0845	0.0977	0.0845	0.0821	0.0436	0.0845	0.0436	0.062
chr3R	20364428	20364579	chr3R:20364429-20364579	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0156	0.0259	0.014	0.006	0.0095	0.0393	0.0329	0.0233	0.0095	0.0163	0.019	0.0163	0.0101	0.0077	0.0097	0.0077	0.0073
chr3R	20365875	20366066	chr3R:20365876-20366066	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.018	0.0343	0.0113	0.0071	0.0265	0.0189	0.0683	0.0293	0.0265	0.0133	0.0138	0.0133	0.0124	0.0054	0.0084	0.0054	0.0083
chr3R	20369052	20369203	chr3R:20369053-20369203	FBgn0039207	CG5789	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.0137	0.0119	0.0226	0.0064	0.017	0.0203	0.0127	0.0064	0.0103	0.0132	0.0103	0.0225	0.013	0.0219	0.013	0.0417
chr3R	20369517	20369723	chr3R:20369518-20369723	FBgn0039207	CG5789	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.044	0.0192	0.0222	0.0955	0.0064	0.0184	0.032	0.0173	0.0064	0.0163	0.0167	0.0163	0.0558	0.0835	0.0999	0.0835	0.1464
chr3R	20369882	20370058	chr3R:20369883-20370058	FBgn0039207,FBgn0039208	CG5789,Esyt2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0105	0.0113	0.0387	0.0053	0.0117	0.0156	0.012	0.0053	0.003	0.0148	0.003	0.0225	0.0283	0.0361	0.0283	0.0693
chr3R	20370241	20370496	chr3R:20370242-20370496	FBgn0039208	Esyt2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0213	0.0147	0.0147	0.0359	0.0053	0.0136	0.0298	0.0087	0.0053	0.0109	0.017	0.0109	0.0186	0.0337	0.0245	0.0337	0.0505
chr3R	20374671	20374822	chr3R:20374672-20374822	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0126	0.0083	0.0074	0.023	0	0.0083	0.0156	0.006	0	0.0091	0.0058	0.0091	0.0116	0.0253	0.0181	0.0253	0.037
chr3R	20375749	20375900	chr3R:20375750-20375900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0115	0.0093	0.0112	0.0142	0.0064	0.0063	0.0164	0.0107	0.0064	0.0103	0.0135	0.0103	0.0139	0.0107	0.0251	0.0107	0.0125
chr3R	20380956	20381138	chr3R:20380957-20381138	FBgn0011845	tRNA:D:96A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1011	0.1613	0.0973	0.038	0.1315	0.1534	0.2158	0.2052	0.1315	0.1377	0.0997	0.1377	0.093	0.0559	0.0271	0.0559	0.0542
chr3R	20381261	20381412	chr3R:20381262-20381412	FBgn0004188,FBgn0011845	snRNA:U6:96Aa,tRNA:D:96A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0759	0.1286	0.0713	0.022	0.0933	0.1286	0.1717	0.1652	0.0933	0.1111	0.0707	0.1111	0.0519	0.0222	0.0193	0.0222	0.0261
chr3R	20381517	20382128	chr3R:20381518-20382128	FBgn0004188,FBgn0004189,FBgn0011845	snRNA:U6:96Aa,snRNA:U6:96Ab,tRNA:D:96A	stage11,stage14,stage5	none	snRNA:U6:96Ab_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2494	0.3948	0.2577	0.0777	0.3754	0.3869	0.4909	0.4903	0.3754	0.3593	0.2762	0.3593	0.1588	0.1034	0.0509	0.1034	0.0578
chr3R	20382251	20382470	chr3R:20382252-20382470	FBgn0004188,FBgn0004189,FBgn0004190	snRNA:U6:96Aa,snRNA:U6:96Ab,snRNA:U6:96Ac	stage11,stage5	none	snRNA:U6:96Ab_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.106	0.1515	0.1074	0.0536	0.1389	0.1476	0.1959	0.1872	0.1389	0.1661	0.1103	0.1661	0.0767	0.072	0.0432	0.072	0.0521
chr3R	20382735	20382942	chr3R:20382736-20382942	FBgn0004189,FBgn0004190	snRNA:U6:96Ab,snRNA:U6:96Ac	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1562	0.1486	0.1996	0.1173	0.1177	0.1602	0.1847	0.1879	0.1177	0.2434	0.2138	0.2434	0.1991	0.134	0.1135	0.134	0.1365
chr3R	20388475	20388626	chr3R:20388476-20388626	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0198	0.017	0.0249	0.0053	0.0165	0.0281	0.034	0.0053	0.0145	0.0203	0.0145	0.0209	0.0145	0.0419	0.0145	0.0245
chr3R	20389998	20390177	chr3R:20389999-20390177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0296	0.0199	0.0343	0.0354	0.0021	0.0238	0.0277	0.0253	0.0021	0.0266	0.0215	0.0266	0.0976	0.0237	0.0219	0.0237	0.0724
chr3R	20390657	20390856	chr3R:20390658-20390856	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0335	0.0161	0.0346	0.0518	0.0053	0.0194	0.0212	0.02	0.0053	0.0308	0.0331	0.0308	0.0705	0.0735	0.0484	0.0735	0.0745
chr3R	20391506	20391692	chr3R:20391507-20391692	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0648	0.0212	0.0425	0.1381	0.0032	0.0311	0.0247	0.0273	0.0032	0.0229	0.036	0.0229	0.103	0.1225	0.1289	0.1225	0.2183
chr3R	20394329	20394532	chr3R:20394330-20394532	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0315	0.0234	0.036	0.0356	0.0085	0.034	0.0281	0.026	0.0085	0.0254	0.0238	0.0254	0.1007	0.0176	0.0148	0.0176	0.0818
chr3R	20396291	20396502	chr3R:20396292-20396502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0358	0.0197	0.0253	0.0653	0.0085	0.018	0.0303	0.0247	0.0085	0.0181	0.0286	0.0181	0.0426	0.0413	0.0825	0.0413	0.1172
chr3R	20397318	20397522	chr3R:20397319-20397522	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0424	0.0196	0.0322	0.079	0.0064	0.0267	0.0264	0.0187	0.0064	0.0133	0.0315	0.0133	0.0821	0.0796	0.0774	0.0796	0.1537
chr3R	20397611	20397805	chr3R:20397612-20397805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0569	0.0208	0.0405	0.1152	0.0106	0.0277	0.0251	0.0247	0.0106	0.0236	0.035	0.0236	0.1046	0.1554	0.1219	0.1554	0.1892
chr3R	20398086	20398295	chr3R:20398087-20398295	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0553	0.0148	0.0286	0.1299	0.0042	0.0243	0.0177	0.012	0.0042	0.0133	0.027	0.0133	0.0697	0.1141	0.1335	0.1141	0.2147
chr3R	20398408	20398586	chr3R:20398409-20398586	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0571	0.0155	0.027	0.1366	0.0011	0.0301	0.0156	0.0153	0.0011	0.0121	0.027	0.0121	0.0589	0.1271	0.1231	0.1271	0.2017
chr3R	20400817	20400968	chr3R:20400818-20400968	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0106	0.0151	0.0336	0.0042	0.0126	0.0134	0.0153	0.0042	0.0151	0.0119	0.0151	0.007	0.0038	0.0071	0.0038	0.0089
chr3R	20403107	20403366	chr3R:20403108-20403366	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0669	0.044	0.0718	0.0872	0.0148	0.0451	0.0523	0.074	0.0148	0.0664	0.0598	0.0664	0.0225	0.0123	0.0245	0.0123	0.0172
chr3R	20405590	20405741	chr3R:20405591-20405741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0246	0.0287	0.0272	0.0173	0.0085	0.0243	0.0234	0.0733	0.0085	0.0229	0.037	0.0229	0.0116	0.0046	0.0181	0.0046	0.0109
chr3R	20406717	20406942	chr3R:20406718-20406942	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0474	0.0229	0.0485	0.0735	0.0053	0.035	0.0229	0.0326	0.0053	0.0308	0.0309	0.0308	0.0155	0.0123	0.0187	0.0123	0.0266
chr3R	20407743	20407917	chr3R:20407744-20407917	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0803	0.0699	0.0846	0.0872	0.0382	0.0917	0.0839	0.0833	0.0382	0.0882	0.0823	0.0882	0.093	0.0827	0.0651	0.0827	0.0844
chr3R	20408214	20408448	chr3R:20408215-20408448	FBgn0039209	CG13624	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1705	0.1326	0.1972	0.1834	0.087	0.1748	0.1298	0.1885	0.087	0.2228	0.245	0.2228	0.1929	0.2129	0.2244	0.2129	0.1975
chr3R	20408506	20408689	chr3R:20408507-20408689	FBgn0039209	CG13624	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.175	0.151	0.2121	0.1613	0.0997	0.1864	0.1622	0.2132	0.0997	0.2651	0.2524	0.2651	0.206	0.1845	0.1805	0.1845	0.1902
chr3R	20410825	20410997	chr3R:20410826-20410997	FBgn0039210,FBgn0263490	CG13625,mld	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1883	0.1663	0.2212	0.1767	0.1124	0.1922	0.2046	0.2139	0.1124	0.2736	0.2379	0.2736	0.206	0.1776	0.1812	0.1776	0.2064
chr3R	20411086	20411271	chr3R:20411087-20411271	FBgn0039210,FBgn0263490	CG13625,mld	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1354	0.1073	0.1632	0.1363	0.0647	0.1267	0.1276	0.1432	0.0647	0.1866	0.1791	0.1866	0.1836	0.1325	0.1534	0.1325	0.1595
chr3R	20412341	20412622	chr3R:20412342-20412622	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2362	0.2044	0.276	0.228	0.14	0.2476	0.2405	0.2552	0.14	0.3357	0.2974	0.3357	0.282	0.2366	0.2218	0.2366	0.2595
chr3R	20414430	20414581	chr3R:20414431-20414581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0613	0.0747	0.049	0.0371	0.0694	0.0779	0.0779	0.0371	0.09	0.0823	0.09	0.0767	0.0544	0.0606	0.0544	0.0443
chr3R	20414715	20414914	chr3R:20414716-20414914	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2101	0.1919	0.2476	0.1892	0.1241	0.215	0.237	0.2532	0.1241	0.2693	0.272	0.2693	0.2719	0.2381	0.2057	0.2381	0.2272
chr3R	20415182	20415333	chr3R:20415183-20415333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0579	0.0456	0.0646	0.0642	0.0212	0.0626	0.0558	0.0513	0.0212	0.0755	0.0723	0.0755	0.0782	0.0995	0.0748	0.0995	0.0771
chr3R	20416105	20416286	chr3R:20416106-20416286	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0586	0.0515	0.0802	0.0428	0.0244	0.0534	0.0558	0.0906	0.0244	0.032	0.1534	0.032	0.0395	0.0115	0.1476	0.0115	0.0224
chr3R	20421120	20421472	chr3R:20421121-20421472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0737	0.0557	0.11	0.0539	0.0106	0.099	0.0571	0.058	0.0106	0.1178	0.1453	0.1178	0.1154	0.0429	0.0671	0.0429	0.0969
chr3R	20421530	20421791	chr3R:20421531-20421791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0636	0.0396	0.0975	0.0533	0.0159	0.0752	0.0337	0.042	0.0159	0.0851	0.1193	0.0851	0.1596	0.0413	0.0587	0.0413	0.1037
chr3R	20421958	20422140	chr3R:20421959-20422140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0337	0.0207	0.0503	0.0302	0.0074	0.035	0.0238	0.0173	0.0074	0.0399	0.0563	0.0399	0.093	0.0207	0.0322	0.0207	0.0631
chr3R	20422771	20423174	chr3R:20422772-20423174	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0733	0.0464	0.1094	0.0639	0.017	0.067	0.048	0.0633	0.017	0.0725	0.1161	0.0725	0.1177	0.059	0.0496	0.059	0.0917
chr3R	20423326	20423534	chr3R:20423327-20423534	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0668	0.0329	0.1019	0.0663	0.0106	0.0544	0.035	0.0333	0.0106	0.0815	0.136	0.0815	0.0682	0.124	0.0587	0.124	0.0459
chr3R	20425884	20426035	chr3R:20425885-20426035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0292	0.0282	0.0341	0.0248	0.0011	0.0515	0.0359	0.0213	0.0011	0.038	0.0334	0.038	0.0488	0.0176	0.0232	0.0176	0.0459
chr3R	20426340	20426491	chr3R:20426341-20426491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0305	0.0341	0.0376	0.0187	0.0138	0.0451	0.0489	0.0313	0.0138	0.0356	0.045	0.0356	0.0395	0.023	0.0187	0.023	0.0245
chr3R	20429007	20429158	chr3R:20429008-20429158	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0168	0.0635	0.0409	0.0021	0.0282	0.0173	0.0213	0.0021	0.0242	0.1222	0.0242	0.0356	0.0199	0.1354	0.0199	0.0193
chr3R	20429305	20429556	chr3R:20429306-20429556	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0812	0.0388	0.1437	0.06	0.0053	0.0646	0.0381	0.0513	0.0053	0.0779	0.2518	0.0779	0.1263	0.0436	0.1593	0.0436	0.0417
chr3R	20429592	20429840	chr3R:20429593-20429840	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0855	0.0449	0.1562	0.0532	0.0042	0.0835	0.042	0.0493	0.0042	0.0894	0.2582	0.0894	0.1712	0.049	0.1225	0.049	0.0427
chr3R	20429864	20430091	chr3R:20429865-20430091	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0694	0.0427	0.1171	0.0467	0.0095	0.0806	0.0402	0.0433	0.0095	0.0658	0.1778	0.0658	0.1549	0.0475	0.0767	0.0475	0.0532
chr3R	20431286	20431437	chr3R:20431287-20431437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0243	0.0269	0.0291	0.0163	0.017	0.0252	0.0415	0.0293	0.017	0.0272	0.0338	0.0272	0.0349	0.01	0.0148	0.01	0.0125
chr3R	20432291	20432442	chr3R:20432292-20432442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0155	0.0242	0.0142	0.0071	0.018	0.0214	0.0415	0.022	0.018	0.0085	0.0196	0.0085	0.0139	0.0061	0.0097	0.0061	0.0057
chr3R	20432860	20433056	chr3R:20432861-20433056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0177	0.0393	0.0354	0.0053	0.0223	0.0272	0.0153	0.0053	0.0199	0.0373	0.0199	0.0287	0.0245	0.0161	0.0245	0.0281
chr3R	20434694	20435219	chr3R:20434695-20435219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0651	0.047	0.0789	0.07	0.0159	0.0646	0.0541	0.0553	0.0159	0.0707	0.0865	0.0707	0.127	0.1776	0.0413	0.1776	0.0563
chr3R	20435452	20435603	chr3R:20435453-20435603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0197	0.0136	0.0206	0.0255	0.0064	0.016	0.0182	0.0153	0.0064	0.0217	0.019	0.0217	0.0194	0.0605	0.009	0.0605	0.012
chr3R	20435904	20436055	chr3R:20435905-20436055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.016	0.0115	0.0156	0.0216	0.0053	0.0107	0.0221	0.008	0.0053	0.0157	0.0151	0.0157	0.0201	0.036	0.0077	0.036	0.0109
chr3R	20438430	20438581	chr3R:20438431-20438581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0126	0.0178	0.0167	0.0032	0.0141	0.0203	0.012	0.0032	0.0145	0.0225	0.0145	0.0248	0.0054	0.0342	0.0054	0.024
chr3R	20440342	20440504	chr3R:20440343-20440504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0117	0.0332	0.0196	0.0011	0.017	0.0169	0.012	0.0011	0.0266	0.0524	0.0266	0.024	0.0107	0.0342	0.0107	0.0188
chr3R	20444970	20445157	chr3R:20444971-20445157	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0162	0.0272	0.0501	0.0064	0.0233	0.019	0.0187	0.0064	0.0211	0.0241	0.0211	0.0612	0.0245	0.0187	0.0245	0.1433
chr3R	20445834	20445985	chr3R:20445835-20445985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0202	0.0156	0.0234	0.0219	0.0053	0.0199	0.0225	0.014	0.0053	0.0157	0.0309	0.0157	0.0349	0.0253	0.0174	0.0253	0.0453
chr3R	20446088	20446239	chr3R:20446089-20446239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0235	0.0182	0.0296	0.0228	0.0117	0.0214	0.0238	0.02	0.0117	0.0272	0.0322	0.0272	0.0449	0.0352	0.0168	0.0352	0.0406
chr3R	20446270	20446421	chr3R:20446271-20446421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0179	0.0299	0.0226	0.0074	0.0204	0.0247	0.0207	0.0074	0.0326	0.0331	0.0326	0.0387	0.0329	0.0187	0.0329	0.0396
chr3R	20451288	20451475	chr3R:20451289-20451475	FBgn0039212,FBgn0039213	Syx18,atl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2217	0.2178	0.2485	0.1966	0.1782	0.234	0.2669	0.2751	0.1782	0.2929	0.2733	0.2929	0.2494	0.2106	0.2179	0.2106	0.2319
chr3R	20451551	20451728	chr3R:20451552-20451728	FBgn0039212,FBgn0039213	Syx18,atl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1425	0.1296	0.1695	0.1273	0.1092	0.151	0.1527	0.1606	0.1092	0.1884	0.1923	0.1884	0.1766	0.134	0.1631	0.134	0.149
chr3R	20451911	20452135	chr3R:20451912-20452135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0705	0.0646	0.0835	0.0628	0.035	0.0772	0.0826	0.0753	0.035	0.0888	0.0833	0.0888	0.1402	0.0436	0.0729	0.0436	0.1126
chr3R	20452652	20452803	chr3R:20452653-20452803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0186	0.0338	0.0295	0.0074	0.0233	0.0234	0.0227	0.0074	0.0248	0.0373	0.0248	0.0604	0.0199	0.0348	0.0199	0.0578
chr3R	20455844	20456041	chr3R:20455845-20456041	FBgn0046685	Wsck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1946	0.1925	0.2541	0.1316	0.1495	0.2121	0.2102	0.2765	0.1495	0.2554	0.354	0.2554	0.227	0.0835	0.2663	0.0835	0.1699
chr3R	20456173	20456376	chr3R:20456174-20456376	FBgn0046685	Wsck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1011	0.0966	0.1287	0.0759	0.071	0.1063	0.1125	0.1372	0.071	0.1111	0.1875	0.1111	0.1185	0.0735	0.1644	0.0735	0.0792
chr3R	20456397	20456548	chr3R:20456398-20456548	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0488	0.0521	0.0562	0.0369	0.0329	0.0631	0.0584	0.0706	0.0329	0.0417	0.082	0.0417	0.0627	0.0306	0.0767	0.0306	0.0412
chr3R	20456777	20456928	chr3R:20456778-20456928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0198	0.0272	0.0224	0.0042	0.0204	0.0294	0.0253	0.0042	0.0193	0.0386	0.0193	0.031	0.01	0.0625	0.01	0.0177
chr3R	20460788	20460939	chr3R:20460789-20460939	FBgn0262858	CG43222	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.023	0.0227	0.0254	0.0207	0.017	0.0209	0.032	0.0273	0.017	0.0217	0.0289	0.0217	0.038	0.0077	0.0219	0.0077	0.0229
chr3R	20475711	20475896	chr3R:20475712-20475896	FBgn0000139,FBgn0039214	CG5794,ash2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.158	0.1503	0.1874	0.1342	0.1039	0.166	0.1743	0.2092	0.1039	0.2349	0.2023	0.2349	0.2076	0.1539	0.1341	0.1539	0.1735
chr3R	20480474	20480661	chr3R:20480475-20480661	FBgn0039215,FBgn0051125	CG31125,CG6695	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1552	0.16	0.1799	0.1227	0.1569	0.183	0.1704	0.2185	0.1569	0.2343	0.2042	0.2343	0.1418	0.1126	0.1277	0.1126	0.1167
chr3R	20480778	20481058	chr3R:20480779-20481058	FBgn0039215,FBgn0051125	CG31125,CG6695	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2133	0.2415	0.2325	0.1606	0.2301	0.2665	0.2721	0.3205	0.2301	0.3062	0.2473	0.3062	0.2022	0.1662	0.1657	0.1662	0.1751
chr3R	20484983	20485149	chr3R:20484984-20485149	FBgn0051126	CG31126	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0375	0.0462	0.0402	0.0255	0.0427	0.048	0.0446	0.0255	0.0543	0.0495	0.0543	0.0558	0.0513	0.0419	0.0513	0.05
chr3R	20485246	20485430	chr3R:20485247-20485430	FBgn0051126	CG31126	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1045	0.0938	0.1164	0.1033	0.0679	0.1155	0.1016	0.1279	0.0679	0.1335	0.1286	0.1335	0.1402	0.1095	0.1109	0.1095	0.1412
chr3R	20487491	20487662	chr3R:20487492-20487662	FBgn0020018	Ppox	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0285	0.0167	0.0203	0.0508	0.0064	0.017	0.0277	0.0153	0.0064	0.0151	0.0209	0.0151	0.0434	0.0498	0.0645	0.0498	0.074
chr3R	20487865	20488025	chr3R:20487866-20488025	FBgn0003429,FBgn0020018	Ppox,slo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0247	0.0258	0.0366	0.0053	0.0243	0.0402	0.0293	0.0053	0.0217	0.026	0.0217	0.0465	0.023	0.0464	0.023	0.0641
chr3R	20488162	20488313	chr3R:20488163-20488313	FBgn0003429	slo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0173	0.015	0.0182	0.0042	0.0146	0.0307	0.02	0.0042	0.0133	0.0141	0.0133	0.0194	0.0107	0.0129	0.0107	0.0156
chr3R	20488837	20488988	chr3R:20488838-20488988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0132	0.0128	0.0135	0.0053	0.0092	0.0221	0.018	0.0053	0.0133	0.0154	0.0133	0.0101	0.0038	0.0032	0.0038	0.0094
chr3R	20493781	20493932	chr3R:20493782-20493932	distal	distal	stage14	stage14	slo_P5,slo_P7	slo_P5,slo_P7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0091	0.0095	0.008	0.0097	0.0053	0.0087	0.0186	0.006	0.0053	0.0109	0.0084	0.0109	0.0062	0.0276	0.0058	0.0276	0.0078
chr3R	20494343	20494494	chr3R:20494344-20494494	distal	distal	none	none	slo_P5,slo_P7	slo_P5,slo_P7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0094	0.0108	0.007	0.0103	0.0064	0.0087	0.0182	0.0107	0.0064	0.0079	0.0074	0.0079	0.0085	0.0352	0.0064	0.0352	0.0052
chr3R	20497572	20497723	chr3R:20497573-20497723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.008	0.0055	0.0095	0.0011	0.0063	0.0151	0.0087	0.0011	0.0042	0.0042	0.0042	0.0054	0.0038	0.0032	0.0038	0.0047
chr3R	20504695	20504846	chr3R:20504696-20504846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0151	0.0136	0.0123	0.0198	0.0117	0.0092	0.026	0.0087	0.0117	0.0145	0.0132	0.0145	0.017	0.0184	0.0064	0.0184	0.0516
chr3R	20525113	20525282	chr3R:20525114-20525282	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0256	0.0422	0.0199	0.0132	0.0371	0.0291	0.0709	0.0453	0.0371	0.0205	0.0225	0.0205	0.0302	0.0084	0.0148	0.0084	0.0177
chr3R	20525670	20525821	chr3R:20525671-20525821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0204	0.0238	0.0211	0.016	0.0148	0.0238	0.0359	0.024	0.0148	0.0169	0.0228	0.0169	0.0403	0.0077	0.0174	0.0077	0.0224
chr3R	20527919	20528138	chr3R:20527920-20528138	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0226	0.0178	0.0322	0.0173	0.0053	0.0228	0.0298	0.0127	0.0053	0.0248	0.0264	0.0248	0.0899	0.0115	0.0161	0.0115	0.0302
chr3R	20538142	20538293	chr3R:20538143-20538293	FBgn0039217	CG13627	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0113	0.0087	0.0127	0.0128	0.0011	0.0068	0.0195	0.0047	0.0011	0.0066	0.0219	0.0066	0.0085	0.0069	0.0342	0.0069	0.0068
chr3R	20542900	20543053	chr3R:20542901-20543053	FBgn0039218	Rpb10	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0399	0.0585	0.0428	0.0201	0.0461	0.0545	0.048	0.0201	0.0676	0.0704	0.0676	0.0596	0.0352	0.0561	0.0352	0.0516
chr3R	20543140	20543315	chr3R:20543141-20543315	FBgn0039218	Rpb10	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.095	0.1113	0.0926	0.0562	0.1092	0.1198	0.1153	0.0562	0.1329	0.1277	0.1329	0.1177	0.0934	0.1064	0.0934	0.1136
chr3R	20543355	20543536	chr3R:20543356-20543536	FBgn0039218	Rpb10	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0548	0.0711	0.0564	0.0329	0.0617	0.0696	0.0666	0.0329	0.0851	0.0759	0.0851	0.0868	0.0613	0.0587	0.0613	0.0745
chr3R	20544736	20544924	chr3R:20544737-20544924	FBgn0004885,FBgn0039219	CG13630,tok	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0424	0.052	0.0382	0.0201	0.0534	0.061	0.0413	0.0201	0.0634	0.0569	0.0634	0.062	0.0482	0.0355	0.0482	0.049
chr3R	20544998	20545190	chr3R:20544999-20545190	FBgn0004885,FBgn0039219	CG13630,tok	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0941	0.0791	0.1093	0.0943	0.0456	0.0985	0.1029	0.0873	0.0456	0.1329	0.1206	0.1329	0.1247	0.1355	0.0916	0.1355	0.1053
chr3R	20545248	20545419	chr3R:20545249-20545419	FBgn0004885,FBgn0039219	CG13630,tok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1618	0.1438	0.1791	0.1629	0.0997	0.1655	0.1825	0.1666	0.0997	0.2349	0.1945	0.2349	0.1859	0.2266	0.1586	0.2266	0.1813
chr3R	20545634	20545821	chr3R:20545635-20545821	FBgn0004885	tok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1177	0.1162	0.1028	0.1359	0.1018	0.0995	0.1687	0.1372	0.1018	0.1335	0.108	0.1335	0.1239	0.219	0.1167	0.219	0.1438
chr3R	20545895	20546046	chr3R:20545896-20546046	FBgn0004885	tok	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0484	0.067	0.0414	0.0354	0.053	0.0451	0.1099	0.0759	0.053	0.058	0.0457	0.058	0.0395	0.0597	0.0303	0.0597	0.0386
chr3R	20546322	20546593	chr3R:20546323-20546593	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1152	0.1262	0.1104	0.1081	0.0806	0.1519	0.1596	0.1426	0.0806	0.244	0.0994	0.244	0.0713	0.2481	0.0967	0.2481	0.0865
chr3R	20546996	20547147	chr3R:20546997-20547147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0283	0.045	0.023	0.0156	0.0318	0.033	0.0744	0.054	0.0318	0.0399	0.0296	0.0399	0.0077	0.0436	0.0123	0.0436	0.0104
chr3R	20551926	20552077	chr3R:20551927-20552077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0104	0.0234	0.0038	0.0031	0.0255	0.0083	0.0536	0.012	0.0255	0.0042	0.0035	0.0042	0.0039	0.0023	6e-04	0.0023	0
chr3R	20552218	20552438	chr3R:20552219-20552438	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0335	0.0818	0.0094	0.0061	0.0647	0.0218	0.1981	0.0433	0.0647	0.0175	0.0084	0.0175	0.0077	0.0092	0.0052	0.0092	0.0052
chr3R	20552939	20553090	chr3R:20552940-20553090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0156	0.0239	0.0108	0.0117	0.0095	0.0102	0.0601	0.01	0.0095	0.0145	0.0096	0.0145	0.0163	0.0107	0.0084	0.0107	0.0224
chr3R	20554495	20554646	chr3R:20554496-20554646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0102	0.0093	0.0069	0.0149	0.0011	0.0063	0.0208	0.0067	0.0011	0.0091	0.0061	0.0091	0.0085	0.0337	0.0026	0.0337	0.0115
chr3R	20574902	20575364	chr3R:20574903-20575364	FBgn0003719	tld	stage11,stage5	none	VT46946.1,tld_promoterfusion	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1612	0.3084	0.1346	0.0259	0.316	0.1306	0.4991	0.4304	0.316	0.0296	0.2916	0.0296	0.0279	0.0138	0.0683	0.0138	0.0156
chr3R	20575784	20575968	chr3R:20575785-20575968	FBgn0003719	tld	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0386	0.0662	0.0339	0.0128	0.0467	0.0267	0.1228	0.0879	0.0467	0.0139	0.0659	0.0139	0.0085	0.0138	0.0181	0.0138	0.0063
chr3R	20579006	20579157	chr3R:20579007-20579157	FBgn0000140	asp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0581	0.0553	0.0318	0.0488	0.0461	0.0856	0.072	0.0488	0.058	0.0701	0.058	0.0473	0.0391	0.0335	0.0391	0.0339
chr3R	20579235	20579420	chr3R:20579236-20579420	FBgn0000140	asp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1021	0.1004	0.1197	0.0848	0.0806	0.1019	0.1332	0.1213	0.0806	0.1395	0.1463	0.1395	0.1046	0.1003	0.0916	0.1003	0.1047
chr3R	20579449	20579649	chr3R:20579450-20579649	FBgn0000140	asp	stage11,stage5	none	VT46950.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.1398	0.1494	0.1638	0.1028	0.1262	0.1573	0.199	0.1726	0.1262	0.2017	0.192	0.2017	0.1379	0.1256	0.1006	0.1256	0.1172
chr3R	20579669	20579862	chr3R:20579670-20579862	FBgn0000140	asp	stage11,stage5	none	VT46950.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0733	0.098	0.0783	0.0401	0.07	0.0825	0.1505	0.1206	0.07	0.0942	0.091	0.0942	0.0705	0.0551	0.0387	0.0551	0.0406
chr3R	20579916	20580081	chr3R:20579917-20580081	FBgn0000140	asp	stage5	none	VT46950.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.0829	0.0541	0.0249	0.071	0.0587	0.1345	0.0953	0.071	0.067	0.0605	0.067	0.0457	0.0245	0.0271	0.0245	0.0234
chr3R	20580259	20580412	chr3R:20580260-20580412	distal	distal	stage5	none	VT46950.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0798	0.0258	0.0086	0.0636	0.0345	0.1501	0.0933	0.0636	0.0151	0.0338	0.0151	0.0248	0.0084	0.0064	0.0084	0.0089
chr3R	20584245	20584396	chr3R:20584246-20584396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0234	0.0426	0.0199	0.0057	0.0414	0.0272	0.0718	0.0473	0.0414	0.0187	0.0244	0.0187	0.0201	0.0077	0.0064	0.0077	0.0057
chr3R	20584478	20584687	chr3R:20584479-20584687	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0622	0.0223	0.0086	0.0541	0.0325	0.1133	0.0686	0.0541	0.0272	0.0254	0.0272	0.017	0.0092	0.0071	0.0092	0.0115
chr3R	20584709	20584860	chr3R:20584710-20584860	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_33	Unspecified_HC_33	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0236	0.047	0.0169	0.0047	0.0424	0.0155	0.0913	0.0553	0.0424	0.0181	0.0222	0.0181	0.0101	0.0046	0.0026	0.0046	0.0063
chr3R	20585294	20585559	chr3R:20585295-20585559	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_33	Unspecified_HC_33	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0677	0.0266	0.0088	0.0551	0.0383	0.1289	0.0653	0.0551	0.0332	0.0312	0.0332	0.0178	0.0069	0.0084	0.0069	0.0109
chr3R	20585672	20585823	chr3R:20585673-20585823	distal	distal	none	none	Unspecified_HC_33	Unspecified_HC_33	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0206	0.0389	0.0164	0.0047	0.0308	0.0252	0.0709	0.038	0.0308	0.0199	0.0199	0.0199	0.0077	0.0054	0.0045	0.0054	0.0052
chr3R	20593513	20593831	chr3R:20593514-20593831	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.082	0.0308	0.0805	0.1408	0.0106	0.0364	0.0554	0.02	0.0106	0.0465	0.1225	0.0465	0.1115	0.2037	0.2411	0.2037	0.1641
chr3R	20594432	20594625	chr3R:20594433-20594625	FBgn0040600	CG13631	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0532	0.0142	0.0364	0.115	0.0021	0.0209	0.0225	0.008	0.0021	0.0163	0.0421	0.0163	0.0821	0.1279	0.1715	0.1279	0.1824
chr3R	20594883	20595087	chr3R:20594884-20595087	FBgn0040600	CG13631	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0595	0.0143	0.0425	0.1287	0.0042	0.018	0.0247	0.0087	0.0042	0.0242	0.0511	0.0242	0.0945	0.157	0.1741	0.157	0.21
chr3R	20596960	20597163	chr3R:20596961-20597163	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0293	0.008	0.019	0.0645	0.0011	0.0097	0.016	0.004	0.0011	0.0091	0.0196	0.0091	0.0511	0.0253	0.0638	0.0253	0.1558
chr3R	20599197	20599348	chr3R:20599198-20599348	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0135	0.0062	0.0065	0.0294	0.0011	0.0049	0.013	0.0053	0.0011	0.0048	0.0084	0.0048	0.0101	0.0077	0.0355	0.0077	0.073
chr3R	20604020	20604171	chr3R:20604021-20604171	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0118	0.0059	0.0081	0.0226	0.0011	0.0083	0.0091	0.0047	0.0011	0.0066	0.0096	0.0066	0.0108	0.0031	0.0284	0.0031	0.0568
chr3R	20612804	20613242	chr3R:20612805-20613242	FBgn0039223	CG5805	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0897	0.0688	0.1038	0.0975	0.0403	0.0961	0.0675	0.0879	0.0403	0.0996	0.1199	0.0996	0.1472	0.111	0.0832	0.111	0.1277
chr3R	20613622	20613797	chr3R:20613623-20613797	FBgn0039223	CG5805	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0143	0.0218	0.0319	0.0042	0.018	0.0212	0.0147	0.0042	0.0223	0.0215	0.0223	0.0155	0.013	0.011	0.013	0.0146
chr3R	20621060	20621211	chr3R:20621061-20621211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0097	0.0086	0.0107	0.0074	0.0097	0.0147	0.01	0.0074	0.0133	0.0074	0.0133	0.0101	0.0054	0.0039	0.0054	0.0057
chr3R	20625318	20625558	chr3R:20625319-20625558	FBgn0039226	Ude	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0506	0.0314	0.0694	0.0515	0.0085	0.0422	0.0294	0.052	0.0085	0.0278	0.1158	0.0278	0.0767	0.0145	0.1122	0.0145	0.0683
chr3R	20625725	20625876	chr3R:20625726-20625876	FBgn0039226	Ude	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0183	0.026	0.0178	0.0064	0.0218	0.0242	0.0227	0.0064	0.0181	0.0354	0.0181	0.0349	0.0077	0.0368	0.0077	0.0172
chr3R	20630671	20630850	chr3R:20630672-20630850	FBgn0039227	polybromo	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0643	0.0522	0.0838	0.0564	0.0233	0.068	0.0679	0.0606	0.0233	0.0954	0.0887	0.0954	0.0829	0.0551	0.0522	0.0551	0.0776
chr3R	20630952	20631126	chr3R:20630953-20631126	FBgn0039227	polybromo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1381	0.1246	0.1695	0.1186	0.0753	0.15	0.1514	0.1592	0.0753	0.2011	0.1804	0.2011	0.1673	0.1118	0.1167	0.1118	0.1527
chr3R	20631321	20631528	chr3R:20631322-20631528	FBgn0039227	polybromo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.049	0.0521	0.0542	0.0398	0.0286	0.0597	0.0631	0.072	0.0286	0.0556	0.0579	0.0556	0.0627	0.0413	0.0368	0.0413	0.061
chr3R	20636722	20636966	chr3R:20636723-20636966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0325	0.0263	0.0339	0.038	0.0053	0.0354	0.032	0.0353	0.0053	0.0405	0.0309	0.0405	0.0465	0.0643	0.0174	0.0643	0.073
chr3R	20637118	20637269	chr3R:20637119-20637269	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0256	0.0212	0.0275	0.0285	0.0053	0.033	0.0208	0.0313	0.0053	0.0441	0.027	0.0441	0.0248	0.0766	0.0245	0.0766	0.0281
chr3R	20639044	20639550	chr3R:20639045-20639550	FBgn0027539,FBgn0083986	CG34150,CG5807	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2125	0.1853	0.2348	0.2185	0.1135	0.2592	0.1998	0.2205	0.1135	0.2693	0.218	0.2693	0.2765	0.1899	0.1709	0.1899	0.3095
chr3R	20639627	20639800	chr3R:20639628-20639800	FBgn0027539,FBgn0083986	CG34150,CG5807	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1817	0.1567	0.2128	0.1755	0.1029	0.2019	0.1799	0.1879	0.1029	0.244	0.2273	0.244	0.2324	0.1876	0.1754	0.1876	0.2282
chr3R	20639876	20640057	chr3R:20639877-20640057	FBgn0027539,FBgn0083986	CG34150,CG5807	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.1064	0.147	0.117	0.0732	0.1194	0.1349	0.1332	0.0732	0.1781	0.1585	0.1781	0.1541	0.1348	0.1283	0.1348	0.1412
chr3R	20642664	20642843	chr3R:20642665-20642843	FBgn0027617,FBgn0039229	CG5808,Saf-B	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.1167	0.1397	0.1049	0.088	0.1204	0.1518	0.1452	0.088	0.157	0.1534	0.157	0.1425	0.1034	0.1193	0.1034	0.1245
chr3R	20643078	20643267	chr3R:20643079-20643267	FBgn0027617,FBgn0039229	CG5808,Saf-B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1494	0.1327	0.1806	0.134	0.1018	0.1544	0.1561	0.1699	0.1018	0.2337	0.1929	0.2337	0.1859	0.1348	0.1476	0.1348	0.16
chr3R	20643332	20643489	chr3R:20643333-20643489	FBgn0039229	Saf-B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0728	0.0594	0.0931	0.0655	0.0318	0.0665	0.0761	0.0746	0.0318	0.1184	0.1071	0.1184	0.0914	0.0681	0.0722	0.0681	0.0813
chr3R	20648372	20648602	chr3R:20648373-20648602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0318	0.0386	0.0374	0.0181	0.0233	0.0282	0.0666	0.0466	0.0233	0.0423	0.0457	0.0423	0.0426	0.0199	0.0148	0.0199	0.024
chr3R	20653755	20653911	chr3R:20653756-20653911	FBgn0051118	RabX4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0429	0.0278	0.0466	0.0557	0.0117	0.0311	0.0433	0.026	0.0117	0.0242	0.0299	0.0242	0.0194	0.0115	0.0187	0.0115	0.0297
chr3R	20654049	20654225	chr3R:20654050-20654225	FBgn0051118	RabX4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0234	0.0365	0.0567	0.0191	0.0257	0.0329	0.0233	0.0191	0.029	0.0283	0.029	0.0163	0.0168	0.0135	0.0168	0.0318
chr3R	20655343	20655530	chr3R:20655344-20655530	FBgn0051357,FBgn0262962	CG31357,CG43273	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0465	0.0664	0.0365	0.017	0.0553	0.0597	0.06	0.017	0.0785	0.0788	0.0785	0.062	0.0375	0.0348	0.0375	0.05
chr3R	20655624	20655841	chr3R:20655625-20655841	FBgn0051357,FBgn0262962	CG31357,CG43273	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1462	0.1236	0.1765	0.1381	0.0954	0.1417	0.138	0.1719	0.0954	0.218	0.1994	0.218	0.1665	0.1501	0.1431	0.1501	0.1668
chr3R	20655856	20656033	chr3R:20655857-20656033	FBgn0051357,FBgn0262962	CG31357,CG43273	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1378	0.115	0.1664	0.132	0.0933	0.1398	0.1267	0.1479	0.0933	0.1987	0.1897	0.1987	0.1696	0.1409	0.1341	0.1409	0.1579
chr3R	20656122	20656289	chr3R:20656123-20656289	FBgn0051357,FBgn0262962	CG31357,CG43273	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0399	0.0623	0.043	0.0339	0.0432	0.048	0.052	0.0339	0.07	0.0685	0.07	0.0705	0.0436	0.0445	0.0436	0.049
chr3R	20661177	20661347	chr3R:20661178-20661347	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0288	0.0401	0.0289	0.0159	0.0233	0.0296	0.0631	0.0573	0.0233	0.0236	0.0431	0.0236	0.0263	0.0184	0.0226	0.0184	0.0162
chr3R	20667528	20667743	chr3R:20667529-20667743	FBgn0013953	Esp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0164	0.0101	0.0132	0.0269	0.0032	0.0087	0.0173	0.01	0.0032	0.0091	0.0164	0.0091	0.0225	0.0153	0.0477	0.0153	0.0427
chr3R	20671904	20672380	chr3R:20671905-20672380	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.117	0.1028	0.166	0.079	0.0509	0.0854	0.0839	0.2532	0.0509	0.064	0.327	0.064	0.0627	0.0773	0.2012	0.0773	0.0532
chr3R	20672458	20672689	chr3R:20672459-20672689	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0662	0.0413	0.0999	0.0571	0.0127	0.0495	0.0385	0.0786	0.0127	0.0338	0.1949	0.0338	0.0596	0.0352	0.1438	0.0352	0.0594
chr3R	20675958	20676133	chr3R:20675959-20676133	FBgn0039233	CG7006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0561	0.0784	0.0521	0.035	0.0568	0.0696	0.0779	0.035	0.0888	0.0981	0.0888	0.079	0.0536	0.06	0.0536	0.0641
chr3R	20676234	20676434	chr3R:20676235-20676434	FBgn0039233	CG7006	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.1422	0.1801	0.137	0.1082	0.1694	0.1527	0.1865	0.1082	0.2174	0.201	0.2174	0.1936	0.1501	0.1348	0.1501	0.1688
chr3R	20676512	20676953	chr3R:20676513-20676953	FBgn0039233,FBgn0039234	CG7006,nct	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1361	0.1214	0.1732	0.112	0.0742	0.1408	0.138	0.1659	0.0742	0.2162	0.1936	0.2162	0.1689	0.1432	0.1219	0.1432	0.1266
chr3R	20677234	20677478	chr3R:20677235-20677478	FBgn0039234	nct	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.1087	0.1346	0.0943	0.0923	0.1136	0.1224	0.1539	0.0923	0.1673	0.1588	0.1673	0.1162	0.1041	0.1032	0.1041	0.1141
chr3R	20677556	20677787	chr3R:20677557-20677787	FBgn0039234	nct	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0464	0.0467	0.0522	0.0395	0.0286	0.0422	0.0619	0.072	0.0286	0.0713	0.0563	0.0713	0.0372	0.0436	0.04	0.0436	0.0516
chr3R	20682946	20683097	chr3R:20682947-20683097	FBgn0039235	CG10899	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0262	0.0216	0.0082	0.0085	0.0238	0.0398	0.0346	0.0085	0.0211	0.0305	0.0211	0.0186	0.0107	0.0077	0.0107	0.0115
chr3R	20688496	20688688	chr3R:20688497-20688688	FBgn0039238	CG7016	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0208	0.0288	0.0277	0.0106	0.0252	0.0264	0.0273	0.0106	0.0157	0.0524	0.0157	0.017	0.0107	0.0838	0.0107	0.0198
chr3R	20692666	20692890	chr3R:20692667-20692890	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1125	0.2095	0.0958	0.0223	0.1506	0.1956	0.2171	0.3817	0.1506	0.038	0.1627	0.038	0.0279	0.0092	0.0219	0.0092	0.0063
chr3R	20692955	20693264	chr3R:20692956-20693264	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1265	0.2281	0.1118	0.0291	0.2036	0.2005	0.2349	0.4091	0.2036	0.064	0.1743	0.064	0.0387	0.0123	0.029	0.0123	0.0203
chr3R	20693789	20694078	chr3R:20693790-20694078	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0898	0.11	0.1181	0.0359	0.0583	0.1354	0.1012	0.1885	0.0583	0.0948	0.1328	0.0948	0.0689	0.0084	0.0258	0.0084	0.0214
chr3R	20696202	20696372	chr3R:20696203-20696372	FBgn0015625	CycB3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1053	0.1158	0.1451	0.05	0.0795	0.149	0.1081	0.1779	0.0795	0.2053	0.155	0.2053	0.1278	0.0536	0.0613	0.0536	0.061
chr3R	20696458	20696688	chr3R:20696459-20696688	FBgn0015625	CycB3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.215	0.2183	0.2782	0.1419	0.175	0.2646	0.2275	0.3005	0.175	0.3726	0.3045	0.3726	0.2355	0.1723	0.1625	0.1723	0.1678
chr3R	20701801	20702197	chr3R:20701802-20702197	FBgn0039240	CG3744	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1968	0.1882	0.2259	0.1745	0.1432	0.2073	0.2232	0.2525	0.1432	0.2687	0.2524	0.2687	0.2386	0.2044	0.2031	0.2044	0.2006
chr3R	20702262	20702448	chr3R:20702263-20702448	FBgn0039240,FBgn0039241,FBgn0043799	CG11089,CG31381,CG3744	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1911	0.1701	0.2266	0.1756	0.1421	0.1917	0.199	0.2199	0.1421	0.2874	0.2466	0.2874	0.2022	0.1907	0.1812	0.1907	0.1985
chr3R	20702670	20702873	chr3R:20702671-20702873	FBgn0039240,FBgn0039241,FBgn0043799	CG11089,CG31381,CG3744	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1504	0.1243	0.1882	0.1381	0.0901	0.1524	0.1432	0.1532	0.0901	0.2301	0.2003	0.2301	0.189	0.1424	0.1425	0.1424	0.1772
chr3R	20702902	20703104	chr3R:20702903-20703104	FBgn0039241,FBgn0043799	CG11089,CG31381	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0807	0.0644	0.1069	0.0703	0.0286	0.0811	0.074	0.0839	0.0286	0.1455	0.1119	0.1455	0.0953	0.0781	0.0793	0.0781	0.0808
chr3R	20717632	20717793	chr3R:20717633-20717793	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0161	0.0447	0.0405	0.0042	0.0184	0.0212	0.022	0.0042	0.0097	0.0984	0.0097	0.007	0.0046	0.1586	0.0046	0.0125
chr3R	20718934	20719094	chr3R:20718935-20719094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0492	0.0258	0.0821	0.0391	0.0085	0.0325	0.0247	0.0426	0.0085	0.0205	0.1675	0.0205	0.0411	0.0069	0.1457	0.0069	0.013
chr3R	20719424	20719696	chr3R:20719425-20719696	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0974	0.0472	0.1754	0.0678	0.0106	0.0636	0.0376	0.0919	0.0106	0.0507	0.3553	0.0507	0.0844	0.0092	0.2534	0.0092	0.0219
chr3R	20720286	20720480	chr3R:20720287-20720480	FBgn0039244,FBgn0051121	CG11069,CG31121	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0865	0.046	0.1495	0.0627	0.0148	0.0495	0.0368	0.1013	0.0148	0.0229	0.3312	0.0229	0.0356	0.0015	0.2405	0.0015	0.012
chr3R	20720694	20720858	chr3R:20720695-20720858	FBgn0039244,FBgn0051121	CG11069,CG31121	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0701	0.0421	0.1183	0.0486	0.0095	0.0471	0.0281	0.1039	0.0095	0.0199	0.2524	0.0199	0.0426	0.0107	0.1728	0.0107	0.0172
chr3R	20740545	20740696	chr3R:20740546-20740696	FBgn0051382,FBgn0051416	tRNA:CR31382,tRNA:CR31416	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.05	0.0278	0.0096	0.0477	0.0383	0.0748	0.0606	0.0477	0.0248	0.0338	0.0248	0.0356	0.0145	0.0064	0.0145	0.0172
chr3R	20740772	20740989	chr3R:20740773-20740989	FBgn0051382,FBgn0051416	tRNA:CR31382,tRNA:CR31416	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0513	0.0811	0.0472	0.0224	0.0721	0.0607	0.1233	0.0993	0.0721	0.0447	0.0511	0.0447	0.072	0.0314	0.0168	0.0314	0.037
chr3R	20743264	20743439	chr3R:20743265-20743439	FBgn0039249,FBgn0051120	CG11168,CG31120	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0618	0.0508	0.0807	0.0532	0.0297	0.0704	0.0502	0.07	0.0297	0.0948	0.0884	0.0948	0.0999	0.0643	0.0522	0.0643	0.075
chr3R	20743517	20743703	chr3R:20743518-20743703	FBgn0039249,FBgn0051120	CG11168,CG31120	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.0855	0.148	0.111	0.0626	0.1248	0.0731	0.1186	0.0626	0.1745	0.1688	0.1745	0.1642	0.1355	0.1212	0.1355	0.1433
chr3R	20743722	20743915	chr3R:20743723-20743915	FBgn0039249,FBgn0051120	CG11168,CG31120	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1112	0.0672	0.1471	0.1212	0.0445	0.1039	0.058	0.0879	0.0445	0.1739	0.172	0.1739	0.158	0.1417	0.1322	0.1417	0.1756
chr3R	20744077	20744282	chr3R:20744078-20744282	FBgn0039249,FBgn0051120	CG11168,CG31120	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0597	0.0289	0.0793	0.0727	0.0074	0.0408	0.0311	0.0413	0.0074	0.1051	0.0916	0.1051	0.086	0.098	0.0812	0.098	0.0969
chr3R	20745795	20745946	chr3R:20745796-20745946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0194	0.0173	0.0213	0.0195	0.0042	0.0218	0.0229	0.024	0.0042	0.0145	0.0203	0.0145	0.0232	0.013	0.0135	0.013	0.0391
chr3R	20747683	20747904	chr3R:20747684-20747904	FBgn0039250	CG11120	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0453	0.0485	0.056	0.0299	0.0201	0.0621	0.0619	0.0553	0.0201	0.0676	0.0595	0.0676	0.048	0.0199	0.0316	0.0199	0.038
chr3R	20748093	20748269	chr3R:20748094-20748269	FBgn0039250	CG11120	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0814	0.0829	0.0944	0.0655	0.0435	0.0976	0.099	0.1133	0.0435	0.122	0.0997	0.122	0.1007	0.0704	0.0683	0.0704	0.0912
chr3R	20748355	20748661	chr3R:20748356-20748661	FBgn0039250	CG11120	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0552	0.0707	0.0422	0.0265	0.0602	0.0744	0.0759	0.0265	0.0888	0.0756	0.0888	0.086	0.0567	0.0413	0.0567	0.061
chr3R	20750837	20751022	chr3R:20750838-20751022	FBgn0039251	Trf4-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.03	0.028	0.0283	0.0117	0.0296	0.0458	0.0353	0.0117	0.0308	0.0322	0.0308	0.031	0.0352	0.0219	0.0352	0.0464
chr3R	20752301	20752692	chr3R:20752302-20752692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0277	0.0542	0.0421	0.0095	0.0354	0.0333	0.0386	0.0095	0.0604	0.0675	0.0604	0.0643	0.0513	0.0548	0.0513	0.0589
chr3R	20757633	20757812	chr3R:20757634-20757812	FBgn0039252	CG11771	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.066	0.0364	0.0966	0.0655	0.0159	0.0646	0.0247	0.0513	0.0159	0.1292	0.108	0.1292	0.1092	0.0919	0.0645	0.0919	0.0907
chr3R	20757855	20758006	chr3R:20757856-20758006	FBgn0039252	CG11771	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.039	0.0265	0.0544	0.0361	0.0074	0.0408	0.0242	0.0353	0.0074	0.0694	0.0579	0.0694	0.0666	0.0459	0.0374	0.0459	0.0547
chr3R	20759962	20760113	chr3R:20759963-20760113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0216	0.0176	0.0319	0.0148	0.0042	0.0204	0.0208	0.028	0.0042	0.0254	0.0309	0.0254	0.0658	0.0115	0.0174	0.0115	0.025
chr3R	20763586	20763800	chr3R:20763587-20763800	FBgn0020626	Osbp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0628	0.0512	0.0819	0.0549	0.0233	0.0646	0.0575	0.0706	0.0233	0.0918	0.0981	0.0918	0.0868	0.0574	0.0632	0.0574	0.074
chr3R	20763889	20764067	chr3R:20763890-20764067	FBgn0020626	Osbp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1314	0.1104	0.1628	0.1203	0.0742	0.1359	0.1155	0.1566	0.0742	0.2011	0.1904	0.2011	0.1634	0.1294	0.1206	0.1294	0.1662
chr3R	20764304	20764772	chr3R:20764305-20764772	FBgn0020626	Osbp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0548	0.068	0.05	0.0392	0.0607	0.0709	0.0693	0.0392	0.0755	0.0801	0.0755	0.0713	0.059	0.0535	0.059	0.0589
chr3R	20770302	20770497	chr3R:20770303-20770497	FBgn0029157,FBgn0039254	Nmnat,ssh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.0652	0.1038	0.0823	0.0477	0.0752	0.0774	0.0806	0.0477	0.1232	0.1183	0.1232	0.103	0.0896	0.0922	0.0896	0.0948
chr3R	20770571	20770762	chr3R:20770572-20770762	FBgn0029157,FBgn0039254	Nmnat,ssh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1814	0.1534	0.2241	0.1657	0.1103	0.1694	0.183	0.1965	0.1103	0.2585	0.2479	0.2585	0.2215	0.1761	0.1857	0.1761	0.1855
chr3R	20770866	20771039	chr3R:20770867-20771039	FBgn0029157,FBgn0039254	Nmnat,ssh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1903	0.1699	0.2301	0.1696	0.1326	0.2019	0.1804	0.2258	0.1326	0.2693	0.2502	0.2693	0.2192	0.1577	0.2005	0.1577	0.1902
chr3R	20771181	20771432	chr3R:20771182-20771432	FBgn0039254	Nmnat	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0725	0.0747	0.0867	0.0546	0.0414	0.0951	0.0813	0.1026	0.0414	0.0984	0.0997	0.0984	0.0767	0.0482	0.0567	0.0482	0.0683
chr3R	20780232	20780383	chr3R:20780233-20780383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0132	0.0159	0.0227	0.0106	0.0155	0.0203	0.008	0.0106	0.0157	0.0228	0.0157	0.0124	0.0046	0.0677	0.0046	0.0125
chr3R	20780651	20780802	chr3R:20780652-20780802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0147	0.012	0.0161	0.0163	0.0021	0.0087	0.0242	0.01	0.0021	0.0097	0.0215	0.0097	0.0093	0.0038	0.0419	0.0038	0.012
chr3R	20794269	20794420	chr3R:20794270-20794420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.01	0.0107	0.0098	0.0093	0.0053	0.0092	0.0195	0.0087	0.0053	0.0091	0.0158	0.0091	0.007	0.0015	0.0297	0.0015	0.0036
chr3R	20795920	20796071	chr3R:20795921-20796071	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0147	0.0262	0.0105	0.0065	0.0117	0.0189	0.051	0.022	0.0117	0.0048	0.0174	0.0048	0.0101	0.0054	0.0135	0.0054	0.0047
chr3R	20799052	20799203	chr3R:20799053-20799203	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0051	0.0099	0.0187	0.0021	0.0063	0.0078	0.0047	0.0021	0.0097	0.0103	0.0097	0.0085	0.0107	0.0071	0.0107	0.0052
chr3R	20807439	20807621	chr3R:20807440-20807621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0123	0.0175	0.0217	0.0053	0.0131	0.0186	0.0147	0.0053	0.0121	0.0148	0.0121	0.0155	0.0046	0.0077	0.0046	0.0078
chr3R	20809112	20809263	chr3R:20809113-20809263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0097	0.0076	0.0136	0.0042	0.0092	0.0169	0.0093	0.0042	0.006	0.0084	0.006	0.0031	0.0046	0.0052	0.0046	0.0036
chr3R	20809375	20809597	chr3R:20809376-20809597	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0232	0.0185	0.033	0.0159	0.0199	0.0376	0.0247	0.0159	0.0103	0.0212	0.0103	0.0093	0.0046	0.0116	0.0046	0.0068
chr3R	20809843	20810072	chr3R:20809844-20810072	FBgn0039257	tnc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0189	0.0221	0.046	0.0138	0.017	0.0264	0.026	0.0138	0.0139	0.0222	0.0139	0.0132	0.0092	0.0103	0.0092	0.0109
chr3R	20811012	20811223	chr3R:20811013-20811223	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0436	0.0148	0.0492	0.0696	0.0064	0.0209	0.0199	0.0147	0.0064	0.0272	0.0868	0.0272	0.0333	0.0406	0.196	0.0406	0.036
chr3R	20817473	20817624	chr3R:20817474-20817624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.0086	0.0124	0.015	0.0074	0.0092	0.013	0.0073	0.0074	0.0085	0.0193	0.0085	0.0085	0.0023	0.0464	0.0023	0.0094
chr3R	20826032	20826183	chr3R:20826033-20826183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0093	0.0122	0.0166	0.0021	0.0078	0.0169	0.0093	0.0021	0.0079	0.0106	0.0079	0.0108	0.0038	0.0084	0.0038	0.0068
chr3R	20826623	20826780	chr3R:20826624-20826780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0176	0.0245	0.0217	0.0064	0.0243	0.019	0.0253	0.0064	0.0121	0.0138	0.0121	0.0039	0.0015	0.0064	0.0015	0.0042
chr3R	20827356	20827507	chr3R:20827357-20827507	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0145	0.027	0.0109	0.0053	0.0175	0.0212	0.0153	0.0053	0.0115	0.0212	0.0115	0.0132	0.0038	0.0155	0.0038	0.0026
chr3R	20827761	20827912	chr3R:20827762-20827912	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0209	0.0178	0.0278	0.0169	0.0064	0.0306	0.0182	0.0187	0.0064	0.0145	0.0395	0.0145	0.0139	0.0046	0.0464	0.0046	0.0063
chr3R	20828010	20828264	chr3R:20828011-20828264	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0426	0.0365	0.0524	0.0387	0.017	0.0558	0.0368	0.0446	0.017	0.0236	0.0952	0.0236	0.0194	0.0084	0.127	0.0084	0.013
chr3R	20828267	20828495	chr3R:20828268-20828495	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0351	0.0503	0.0318	0.0148	0.0563	0.0303	0.0493	0.0148	0.0187	0.0891	0.0187	0.0225	0.0069	0.1019	0.0069	0.0109
chr3R	20837950	20838127	chr3R:20837951-20838127	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0219	0.0131	0.0311	0.0216	0.0032	0.0136	0.0212	0.014	0.0032	0.0169	0.0543	0.0169	0.0201	0.0061	0.0683	0.0061	0.0115
chr3R	20848229	20848380	chr3R:20848230-20848380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0255	0.0226	0.0121	0.0085	0.0204	0.042	0.0313	0.0085	0.0266	0.0238	0.0266	0.0248	0.0069	0.0142	0.0069	0.0198
chr3R	20848889	20849085	chr3R:20848890-20849085	FBgn0039258	beta4GalT7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.092	0.0826	0.1095	0.0833	0.0551	0.1083	0.0882	0.1099	0.0551	0.1316	0.1232	0.1316	0.134	0.111	0.0864	0.111	0.1131
chr3R	20850213	20850406	chr3R:20850214-20850406	FBgn0039259	CG11781	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.044	0.0464	0.0295	0.0212	0.0485	0.0567	0.0546	0.0212	0.0471	0.0569	0.0471	0.0473	0.0283	0.0342	0.0283	0.0417
chr3R	20850639	20850843	chr3R:20850640-20850843	FBgn0015240,FBgn0039259	CG11781,Hr96	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1152	0.0931	0.1382	0.1146	0.053	0.1218	0.0969	0.1279	0.053	0.1721	0.1508	0.1721	0.1441	0.1202	0.1122	0.1202	0.147
chr3R	20850876	20851055	chr3R:20850877-20851055	FBgn0015240,FBgn0039259	CG11781,Hr96	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1174	0.0847	0.1506	0.1175	0.053	0.116	0.0804	0.1206	0.053	0.1709	0.1717	0.1709	0.1619	0.1325	0.1283	0.1325	0.1449
chr3R	20858533	20858684	chr3R:20858534-20858684	FBgn0039260	Smg6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.0292	0.0299	0.0327	0.0064	0.0243	0.0467	0.0413	0.0064	0.0296	0.0312	0.0296	0.0349	0.0222	0.0097	0.0222	0.0214
chr3R	20858757	20859040	chr3R:20858758-20859040	FBgn0039260	Smg6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0828	0.0719	0.1008	0.0753	0.0297	0.082	0.0947	0.0933	0.0297	0.1316	0.1026	0.1316	0.1069	0.0926	0.078	0.0926	0.0787
chr3R	20859124	20859298	chr3R:20859125-20859298	FBgn0039260	Smg6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1462	0.134	0.176	0.1271	0.0848	0.1602	0.1592	0.1732	0.0848	0.2162	0.1942	0.2162	0.1727	0.1401	0.1373	0.1401	0.1542
chr3R	20859367	20859588	chr3R:20859368-20859588	FBgn0039260	Smg6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0706	0.0722	0.0836	0.0546	0.0403	0.0859	0.0895	0.0913	0.0403	0.1081	0.0904	0.1081	0.0744	0.059	0.0567	0.059	0.0714
chr3R	20864380	20864634	chr3R:20864381-20864634	FBgn0039261,FBgn0045866	CG6422,bai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1289	0.1218	0.1549	0.1082	0.1007	0.134	0.1514	0.1479	0.1007	0.1842	0.1688	0.1842	0.1534	0.121	0.1238	0.121	0.1131
chr3R	20864726	20864897	chr3R:20864727-20864897	FBgn0039261,FBgn0045866	CG6422,bai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1919	0.1554	0.2364	0.1837	0.1177	0.1961	0.1652	0.2032	0.1177	0.311	0.2453	0.311	0.2301	0.1853	0.2037	0.1853	0.211
chr3R	20864995	20865174	chr3R:20864996-20865174	FBgn0039261,FBgn0045866	CG6422,bai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1659	0.1383	0.1999	0.1593	0.1029	0.1694	0.1488	0.1872	0.1029	0.2415	0.2196	0.2415	0.1905	0.1531	0.1863	0.1531	0.1892
chr3R	20865269	20865629	chr3R:20865270-20865629	FBgn0039261,FBgn0045866	CG6422,bai	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1033	0.091	0.1293	0.0884	0.0467	0.1102	0.1151	0.1126	0.0467	0.151	0.1373	0.151	0.1487	0.0827	0.0974	0.0827	0.1084
chr3R	20870523	20870715	chr3R:20870524-20870715	FBgn0259178	5PtaseI	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0681	0.0487	0.0723	0.0849	0.0286	0.0617	0.0623	0.054	0.0286	0.0797	0.0768	0.0797	0.096	0.1233	0.078	0.1233	0.1042
chr3R	20870779	20870988	chr3R:20870780-20870988	FBgn0259178	5PtaseI	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.093	0.0705	0.1011	0.1093	0.0392	0.0854	0.09	0.0833	0.0392	0.1147	0.1048	0.1147	0.1394	0.1225	0.1012	0.1225	0.1506
chr3R	20873308	20873498	chr3R:20873309-20873498	FBgn0039265	CG11790	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0779	0.0573	0.0883	0.0894	0.0329	0.068	0.0683	0.0773	0.0329	0.0797	0.1096	0.0797	0.1131	0.0919	0.1122	0.0919	0.1329
chr3R	20875237	20875571	chr3R:20875238-20875571	FBgn0039266	CG11791	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.135	0.1533	0.1551	0.0926	0.1177	0.1617	0.1773	0.2225	0.1177	0.1582	0.1688	0.1582	0.1433	0.1126	0.0903	0.1126	0.1032
chr3R	20875750	20876149	chr3R:20875751-20876149	FBgn0039266	CG11791	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3057	0.3031	0.3379	0.2734	0.2577	0.3714	0.3101	0.4137	0.2577	0.3871	0.3592	0.3871	0.3765	0.3078	0.2779	0.3078	0.3893
chr3R	20876383	20876673	chr3R:20876384-20876673	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.1153	0.1269	0.1225	0.0944	0.0933	0.1398	0.1479	0.1779	0.0933	0.1347	0.1334	0.1347	0.1193	0.0904	0.0864	0.0904	0.1308
chr3R	20880072	20880231	chr3R:20880073-20880231	FBgn0051109	CG31109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.0896	0.0909	0.0657	0.0689	0.0947	0.1112	0.1206	0.0689	0.1123	0.0961	0.1123	0.0968	0.0658	0.0716	0.0658	0.0776
chr3R	20880318	20880485	chr3R:20880319-20880485	FBgn0051109	CG31109	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1488	0.1661	0.1609	0.1161	0.1241	0.1864	0.186	0.2352	0.1241	0.218	0.1772	0.218	0.1433	0.1225	0.1141	0.1225	0.1381
chr3R	20880595	20880801	chr3R:20880596-20880801	FBgn0051109	CG31109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1173	0.1431	0.1325	0.0719	0.1092	0.1626	0.1717	0.1812	0.1092	0.1787	0.1412	0.1787	0.1115	0.0781	0.0658	0.0781	0.0782
chr3R	20881233	20881384	chr3R:20881234-20881384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.0546	0.0558	0.0274	0.0403	0.0568	0.0748	0.0633	0.0403	0.0664	0.0627	0.0664	0.0573	0.0314	0.0251	0.0314	0.0386
chr3R	20881501	20881738	chr3R:20881502-20881738	FBgn0051111	CG31111	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0947	0.1022	0.1104	0.0689	0.0764	0.1015	0.1345	0.1292	0.0764	0.1359	0.1199	0.1359	0.1108	0.075	0.0799	0.075	0.0875
chr3R	20881842	20882014	chr3R:20881843-20882014	FBgn0051111	CG31111	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1438	0.1706	0.1171	0.1103	0.1578	0.1804	0.1746	0.1103	0.1987	0.1971	0.1987	0.1557	0.1179	0.1367	0.1179	0.1371
chr3R	20882258	20882691	chr3R:20882259-20882691	FBgn0051111,FBgn0085378	CG31111,CG34349	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1444	0.1452	0.1651	0.1209	0.1156	0.1427	0.1756	0.2105	0.1156	0.1419	0.2199	0.1419	0.172	0.1064	0.187	0.1064	0.1141
chr3R	20884413	20884564	chr3R:20884414-20884564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0255	0.0247	0.0238	0.0095	0.0272	0.0411	0.0253	0.0095	0.026	0.028	0.026	0.0341	0.0513	0.0181	0.0513	0.0229
chr3R	20886162	20886313	chr3R:20886163-20886313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0211	0.0262	0.0232	0.0131	0.0201	0.0316	0.0363	0.0227	0.0201	0.0187	0.0206	0.0187	0.0596	0.0092	0.0058	0.0092	0.0255
chr3R	20886346	20886497	chr3R:20886347-20886497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0205	0.0248	0.0213	0.0148	0.0201	0.033	0.0333	0.0173	0.0201	0.0175	0.0164	0.0175	0.0627	0.0123	0.009	0.0123	0.0297
chr3R	20891019	20891170	chr3R:20891020-20891170	FBgn0039269,FBgn0039270	PQBP1,veli	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0461	0.0716	0.0543	0.0201	0.0485	0.0662	0.0553	0.0201	0.0851	0.0817	0.0851	0.0798	0.0559	0.0651	0.0559	0.0662
chr3R	20891186	20891372	chr3R:20891187-20891372	FBgn0039269,FBgn0039270	PQBP1,veli	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0921	0.0854	0.1034	0.0872	0.0541	0.0854	0.1159	0.1133	0.0541	0.1208	0.1148	0.1208	0.1092	0.0949	0.0903	0.0949	0.1172
chr3R	20891452	20891628	chr3R:20891453-20891628	FBgn0039269,FBgn0039270	PQBP1,veli	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0859	0.092	0.094	0.07	0.0732	0.0903	0.125	0.1146	0.0732	0.1105	0.0994	0.1105	0.1015	0.0781	0.0606	0.0781	0.1047
chr3R	20891672	20891920	chr3R:20891673-20891920	FBgn0039269,FBgn0039270	PQBP1,veli	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0724	0.0938	0.0773	0.043	0.0795	0.0816	0.1332	0.1159	0.0795	0.1045	0.081	0.1045	0.0736	0.0352	0.0419	0.0352	0.0662
chr3R	20891956	20892107	chr3R:20891957-20892107	FBgn0039270	PQBP1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0404	0.0614	0.0355	0.0223	0.0604	0.0422	0.0952	0.0773	0.0604	0.0374	0.0418	0.0374	0.0302	0.0199	0.0187	0.0199	0.0344
chr3R	20892868	20893125	chr3R:20892869-20893125	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.1882	0.0379	0.018	0.2545	0.0709	0.3439	0.1726	0.2545	0.0459	0.0434	0.0459	0.0356	0.0138	0.0193	0.0138	0.0287
chr3R	20895027	20895207	chr3R:20895028-20895207	FBgn0011336,FBgn0039271	CG11839,OstStt3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.0842	0.0689	0.043	0.0827	0.0631	0.1319	0.0919	0.0827	0.0797	0.0759	0.0797	0.0666	0.0436	0.0406	0.0436	0.0604
chr3R	20895279	20895473	chr3R:20895280-20895473	FBgn0011336,FBgn0039271	CG11839,OstStt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1464	0.157	0.1666	0.1124	0.1283	0.1524	0.2189	0.1792	0.1283	0.1878	0.1968	0.1878	0.1658	0.1187	0.1231	0.1187	0.1397
chr3R	20895498	20895736	chr3R:20895499-20895736	FBgn0011336,FBgn0039271	CG11839,OstStt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.129	0.1406	0.0901	0.0954	0.1383	0.1644	0.1652	0.0954	0.1673	0.1614	0.1673	0.1325	0.0911	0.0974	0.0911	0.1136
chr3R	20896486	20896637	chr3R:20896487-20896637	FBgn0039272	CG11836	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0385	0.0449	0.0409	0.0288	0.0339	0.0451	0.0614	0.0546	0.0339	0.0211	0.0701	0.0211	0.0349	0.0191	0.0606	0.0191	0.0261
chr3R	20896765	20896922	chr3R:20896766-20896922	FBgn0039272	CG11836	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0716	0.0946	0.0732	0.044	0.0785	0.0748	0.1319	0.1312	0.0785	0.0435	0.1196	0.0435	0.0596	0.0191	0.1103	0.0191	0.0354
chr3R	20899910	20900061	chr3R:20899911-20900061	FBgn0039273	CG9996	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0523	0.053	0.0395	0.0265	0.0563	0.0722	0.0686	0.0265	0.0688	0.0566	0.0688	0.048	0.0467	0.0284	0.0467	0.0573
chr3R	20900270	20900450	chr3R:20900271-20900450	FBgn0039273,FBgn0039274	CG11920,CG9996	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1172	0.1134	0.1354	0.1014	0.0774	0.1277	0.1401	0.1452	0.0774	0.1721	0.1508	0.1721	0.1325	0.1126	0.0928	0.1126	0.1308
chr3R	20900480	20900663	chr3R:20900481-20900663	FBgn0039273,FBgn0039274	CG11920,CG9996	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1445	0.134	0.1698	0.1285	0.088	0.1519	0.1626	0.1746	0.088	0.195	0.1913	0.195	0.1727	0.1409	0.1335	0.1409	0.1506
chr3R	20900739	20901028	chr3R:20900740-20901028	FBgn0039273,FBgn0039274	CG11920,CG9996	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0788	0.0753	0.0958	0.0641	0.0382	0.0922	0.0995	0.0873	0.0382	0.1033	0.1164	0.1033	0.0852	0.0536	0.0851	0.0536	0.0688
chr3R	20903036	20903236	chr3R:20903037-20903236	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0828	0.1006	0.1148	0.0279	0.0244	0.0966	0.0835	0.2385	0.0244	0.0519	0.2113	0.0519	0.0496	0.0161	0.0671	0.0161	0.0182
chr3R	20904450	20904601	chr3R:20904451-20904601	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0342	0.0417	0.0426	0.0166	0.0201	0.0466	0.0428	0.0753	0.0201	0.0284	0.0447	0.0284	0.0225	0.0115	0.0161	0.0115	0.012
chr3R	20906226	20906422	chr3R:20906227-20906422	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1557	0.0975	0.2254	0.1444	0.0244	0.1592	0.0891	0.1326	0.0244	0.2856	0.2579	0.2856	0.1828	0.1386	0.1651	0.1386	0.1553
chr3R	20907419	20907576	chr3R:20907420-20907576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0234	0.0442	0.0359	0.0032	0.0277	0.0281	0.0353	0.0032	0.0284	0.0662	0.0284	0.0217	0.0283	0.0593	0.0283	0.0203
chr3R	20908184	20908407	chr3R:20908185-20908407	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.079	0.0351	0.1213	0.0816	0.0064	0.0519	0.0381	0.048	0.0064	0.0658	0.1518	0.0658	0.0658	0.0559	0.0948	0.0559	0.0448
chr3R	20908688	20908839	chr3R:20908689-20908839	FBgn0004897	fd96Ca	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0102	0.0209	0.0272	0.0032	0.0102	0.0147	0.0153	0.0032	0.0121	0.0235	0.0121	0.0232	0.01	0.0161	0.01	0.0229
chr3R	20911518	20911669	chr3R:20911519-20911669	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0299	0.0312	0.0072	0.0117	0.033	0.0381	0.042	0.0117	0.032	0.0428	0.032	0.017	0.0077	0.0071	0.0077	0.0078
chr3R	20914356	20914592	chr3R:20914357-20914592	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0371	0.0335	0.0541	0.0224	0.0085	0.0398	0.0342	0.0626	0.0085	0.0332	0.092	0.0332	0.024	0.0115	0.058	0.0115	0.0109
chr3R	20914967	20915219	chr3R:20914968-20915219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0341	0.031	0.0431	0.0276	0.0095	0.0422	0.0346	0.044	0.0095	0.0278	0.0505	0.0278	0.0232	0.0115	0.0213	0.0115	0.0125
chr3R	20916468	20916619	chr3R:20916469-20916619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0263	0.0284	0.0363	0.0131	0.018	0.0243	0.0307	0.0546	0.018	0.026	0.0531	0.026	0.0271	0.01	0.0226	0.01	0.0052
chr3R	20917615	20917857	chr3R:20917616-20917857	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0448	0.0637	0.0553	0.0123	0.0276	0.0723	0.077	0.0966	0.0276	0.0411	0.0887	0.0411	0.0256	0.013	0.0148	0.013	0.0104
chr3R	20920402	20920647	chr3R:20920403-20920647	FBgn0004898	fd96Cb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1712	0.1243	0.2425	0.1452	0.0583	0.1762	0.0939	0.2179	0.0583	0.1884	0.3531	0.1884	0.165	0.0796	0.2444	0.0796	0.0839
chr3R	20922230	20922381	chr3R:20922231-20922381	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0441	0.0462	0.0544	0.0304	0.017	0.0592	0.0623	0.052	0.017	0.0501	0.0698	0.0501	0.0403	0.0245	0.0329	0.0245	0.0234
chr3R	20922878	20923046	chr3R:20922879-20923046	FBgn0053096	CG33096	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.0589	0.0349	0.0299	0.0392	0.065	0.0731	0.0759	0.0392	0.035	0.0466	0.035	0.0271	0.0306	0.0316	0.0306	0.0307
chr3R	20923257	20923435	chr3R:20923258-20923435	FBgn0053096	CG33096	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1533	0.1443	0.1858	0.1277	0.0912	0.1748	0.173	0.1792	0.0912	0.2204	0.2177	0.2204	0.1689	0.1501	0.1251	0.1501	0.148
chr3R	20928132	20928283	chr3R:20928133-20928283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0165	0.0153	0.0145	0.0201	0.0064	0.0194	0.0216	0.0153	0.0064	0.0121	0.0164	0.0121	0.0163	0.0092	0.0161	0.0092	0.049
chr3R	20935375	20935555	chr3R:20935376-20935555	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.033	0.0245	0.0143	0.0159	0.034	0.0519	0.0346	0.0159	0.0193	0.0305	0.0193	0.0232	0.0161	0.0187	0.0161	0.012
chr3R	20937793	20937944	chr3R:20937794-20937944	FBgn0039277	CG13650	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0152	0.0146	0.0191	0.0032	0.0189	0.0225	0.016	0.0032	0.0115	0.0158	0.0115	0.0178	0.0115	0.0123	0.0115	0.0182
chr3R	20938213	20938378	chr3R:20938214-20938378	FBgn0039277	CG13650	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.021	0.0161	0.0165	0.0315	0.0021	0.016	0.0247	0.0213	0.0021	0.0145	0.0167	0.0145	0.0201	0.0184	0.0123	0.0184	0.0287
chr3R	20947666	20947856	chr3R:20947667-20947856	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0583	0.0649	0.0584	0.0507	0.0286	0.0772	0.0843	0.0859	0.0286	0.0501	0.0534	0.0501	0.0457	0.0222	0.0271	0.0222	0.038
chr3R	20948224	20948470	chr3R:20948225-20948470	FBgn0051108,FBgn0051510	CG31108,CG31510	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1203	0.0867	0.1523	0.1227	0.0498	0.1204	0.0904	0.1106	0.0498	0.1908	0.1588	0.1908	0.1704	0.1271	0.1128	0.1271	0.1376
chr3R	20948518	20948710	chr3R:20948519-20948710	FBgn0046214,FBgn0051108,FBgn0051510	CG31108,CG31510,vig2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1728	0.1321	0.2117	0.1756	0.0742	0.184	0.1337	0.1746	0.0742	0.2681	0.2318	0.2681	0.2099	0.1807	0.1825	0.1807	0.2069
chr3R	20948759	20948944	chr3R:20948760-20948944	FBgn0046214,FBgn0051108,FBgn0051510	CG31108,CG31510,vig2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1207	0.1004	0.1404	0.1218	0.0615	0.1286	0.1029	0.1406	0.0615	0.1763	0.1585	0.1763	0.1216	0.1095	0.1373	0.1095	0.1391
chr3R	20949055	20949236	chr3R:20949056-20949236	FBgn0046214,FBgn0051108,FBgn0051510	CG31108,CG31510,vig2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1546	0.1254	0.1909	0.1473	0.0838	0.1529	0.1349	0.1739	0.0838	0.2355	0.2174	0.2355	0.1735	0.134	0.1554	0.134	0.1761
chr3R	20949474	20949625	chr3R:20949475-20949625	FBgn0046214	vig2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.044	0.0676	0.0395	0.0212	0.0529	0.0489	0.0653	0.0212	0.0894	0.0682	0.0894	0.0697	0.0421	0.0361	0.0421	0.0537
chr3R	20952542	20952693	chr3R:20952543-20952693	FBgn0039280,FBgn0260229	CG42503,Mocs2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0469	0.0475	0.0277	0.0244	0.0476	0.0597	0.0686	0.0244	0.0568	0.0524	0.0568	0.0596	0.0322	0.0239	0.0322	0.0412
chr3R	20952738	20952914	chr3R:20952739-20952914	FBgn0039280,FBgn0259152,FBgn0260229	CG42503,Clbn,Mocs2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.068	0.0919	0.0589	0.0329	0.0777	0.0809	0.0993	0.0329	0.119	0.0997	0.119	0.0999	0.0674	0.0574	0.0674	0.0787
chr3R	20952998	20953176	chr3R:20952999-20953176	FBgn0039280,FBgn0259152,FBgn0260229	CG42503,Clbn,Mocs2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1481	0.1297	0.1822	0.131	0.0817	0.1636	0.1393	0.1779	0.0817	0.2252	0.2023	0.2252	0.1851	0.1577	0.1341	0.1577	0.1652
chr3R	20953316	20953467	chr3R:20953317-20953467	FBgn0039280,FBgn0259152,FBgn0260229	CG42503,Clbn,Mocs2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.0558	0.0813	0.0553	0.0286	0.0646	0.0619	0.0853	0.0286	0.1027	0.0875	0.1027	0.0914	0.0666	0.06	0.0666	0.0714
chr3R	20956943	20957094	chr3R:20956944-20957094	FBgn0039282	Bili	stage14	none	VT47146.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0172	0.0132	0.0283	0.0064	0.0165	0.0247	0.0253	0.0064	0.0097	0.0132	0.0097	0.0147	0.0107	0.0064	0.0107	0.0193
chr3R	20957435	20957611	chr3R:20957436-20957611	FBgn0039282	Bili	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0575	0.0988	0.0353	0.0356	0.0838	0.0699	0.1414	0.1452	0.0838	0.0302	0.037	0.0302	0.0163	0.0115	0.0097	0.0115	0.0099
chr3R	20957688	20957868	chr3R:20957689-20957868	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0392	0.072	0.0256	0.0173	0.071	0.0422	0.1151	0.0939	0.071	0.0236	0.0267	0.0236	0.0101	0.0046	0.0071	0.0046	0.0073
chr3R	20963497	20963914	chr3R:20963498-20963914	FBgn0039283	danr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2068	0.3053	0.1901	0.115	0.3171	0.2728	0.3741	0.4237	0.3171	0.1359	0.2232	0.1359	0.0968	0.0597	0.0793	0.0597	0.0485
chr3R	20970902	20971148	chr3R:20970903-20971148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0302	0.0255	0.0153	0.0106	0.0262	0.0476	0.042	0.0106	0.0254	0.027	0.0254	0.0116	0.0061	0.0064	0.0061	0.0078
chr3R	20972568	20972719	chr3R:20972569-20972719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0233	0.0164	0.0107	0.0085	0.0228	0.0359	0.0293	0.0085	0.0205	0.0148	0.0205	0.0085	0.0038	0.0052	0.0038	0.0057
chr3R	20972806	20972957	chr3R:20972807-20972957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0148	0.0165	0.0127	0.0032	0.0146	0.0238	0.0187	0.0032	0.0139	0.0167	0.0139	0.0093	0.0038	0.0084	0.0038	0.0042
chr3R	20973309	20973543	chr3R:20973310-20973543	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0359	0.0383	0.0376	0.0315	0.0191	0.0393	0.0532	0.048	0.0191	0.0211	0.0318	0.0211	0.0093	0.0061	0.0097	0.0061	0.0078
chr3R	20973602	20973753	chr3R:20973603-20973753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0226	0.0135	0.0121	0.0095	0.0267	0.032	0.02	0.0095	0.0121	0.0129	0.0121	0.0039	0.0046	0.0071	0.0046	0.0047
chr3R	20977985	20978136	chr3R:20977986-20978136	distal	distal	stage14	stage14	VT47156.1	VT47156.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.012	0.0106	0.0086	0.0173	0.0021	0.0068	0.0234	0.0073	0.0021	0.0109	0.0058	0.0109	0.0085	0.0031	0.0039	0.0031	0.0068
chr3R	20978792	20978943	chr3R:20978793-20978943	distal	distal	stage14	stage14	VT47156.1	VT47156.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0101	0.0077	0.0206	0.0021	0.0078	0.0186	0.0113	0.0021	0.0085	0.0068	0.0085	0.0077	0.0015	0.0026	0.0015	0.0036
chr3R	20981162	20981313	chr3R:20981163-20981313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0148	0.0216	0.0124	0.0097	0.0032	0.034	0.029	0.0193	0.0032	0.0139	0.0141	0.0139	0.0093	0.0077	0.0077	0.0077	0.0151
chr3R	20983213	20983364	chr3R:20983214-20983364	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0127	0.0229	0.0089	0.0056	0.0021	0.05	0.0216	0.016	0.0021	0.0115	0.01	0.0115	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chr3R	20986359	20986510	chr3R:20986360-20986510	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0155	0.0107	0.011	0.0106	0.0155	0.0229	0.018	0.0106	0.0139	0.0125	0.0139	0.0077	0.0015	0.0039	0.0015	0.0063
chr3R	20989428	20989591	chr3R:20989429-20989591	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.0637	0.0175	0.0075	0.0488	0.0641	0.0787	0.0893	0.0488	0.0248	0.0177	0.0248	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0042
chr3R	20989607	20989803	chr3R:20989608-20989803	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0361	0.0778	0.0194	0.0079	0.0636	0.0752	0.0965	0.1073	0.0636	0.0229	0.0186	0.0229	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0078
chr3R	20990746	20990897	chr3R:20990747-20990897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.0167	0.0146	0.0145	0.0127	0.0184	0.0221	0.0187	0.0127	0.0145	0.0164	0.0145	0.017	0.0253	0.0161	0.0253	0.0099
chr3R	20992516	20992667	chr3R:20992517-20992667	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT47164.1	VT47164.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0217	0.0176	0.0312	0.0106	0.0238	0.0316	0.026	0.0106	0.0211	0.0116	0.0211	0.0039	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chr3R	20992819	20992973	chr3R:20992820-20992973	distal	distal	stage14	stage14	VT47164.1	VT47164.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0209	0.0171	0.0394	0.0117	0.0214	0.0333	0.0207	0.0117	0.0121	0.0093	0.0121	0.0046	0.0061	0.0039	0.0061	0.0068
chr3R	20993546	20993766	chr3R:20993547-20993766	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT47164.1,VT47165.1	VT47164.1,VT47165.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0498	0.057	0.0437	0.0485	0.0212	0.0786	0.0666	0.0646	0.0212	0.0374	0.0286	0.0374	0.0147	0.0084	0.0045	0.0084	0.0068
chr3R	20994434	20994637	chr3R:20994435-20994637	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT47165.1	VT47165.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0573	0.0688	0.0491	0.0533	0.0265	0.1078	0.0692	0.0893	0.0265	0.0242	0.027	0.0242	0.0201	0.0038	0.0097	0.0038	0.0135
chr3R	20997463	20997614	chr3R:20997464-20997614	distal	distal	none	none	Unspecified_HC_35	Unspecified_HC_35	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0243	0.0547	0.0124	0.0035	0.0456	0.0354	0.0921	0.0613	0.0456	0.0091	0.017	0.0091	0.007	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chr3R	20998164	20998396	chr3R:20998165-20998396	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_35,VT47167.1	Unspecified_HC_35,VT47167.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0848	0.1909	0.0456	0.0092	0.1941	0.115	0.2543	0.3051	0.1941	0.0205	0.0749	0.0205	0.0178	0.0054	0.009	0.0054	0.0068
chr3R	20998716	20999053	chr3R:20998717-20999053	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT47167.1	VT47167.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1127	0.2398	0.0759	0.0111	0.2322	0.1466	0.3235	0.3864	0.2322	0.0362	0.1264	0.0362	0.0201	0.0077	0.0116	0.0077	0.0073
chr3R	20999447	20999976	chr3R:20999448-20999976	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT47167.1,VT47168.1	VT47167.1,VT47168.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1282	0.194	0.1475	0.0334	0.1877	0.1481	0.2353	0.3185	0.1877	0.1413	0.228	0.1413	0.0318	0.0115	0.0451	0.0115	0.012
chr3R	21000138	21000289	chr3R:21000139-21000289	distal	distal	none	none	VT47168.1	VT47168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0403	0.0456	0.0529	0.0206	0.0201	0.0524	0.0489	0.0759	0.0201	0.067	0.0669	0.067	0.0062	0.0038	0.0071	0.0038	0.0052
chr3R	21000376	21000548	chr3R:21000377-21000548	distal	distal	stage14	stage14	VT47168.1	VT47168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0516	0.0667	0.0489	0.0377	0.0424	0.0694	0.0683	0.1173	0.0424	0.0465	0.045	0.0465	0.0093	0.0046	0.011	0.0046	0.0047
chr3R	21000944	21001095	chr3R:21000945-21001095	distal	distal	stage14	stage14	VT47168.1	VT47168.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0249	0.0159	0.0185	0.0138	0.0218	0.0329	0.0386	0.0138	0.0169	0.0132	0.0169	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0052
chr3R	21003499	21003650	chr3R:21003500-21003650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0271	0.0313	0.0348	0.0141	0.018	0.0335	0.0329	0.0526	0.018	0.0205	0.0267	0.0205	0.0108	0.0077	0.0064	0.0077	0.0031
chr3R	21005616	21005837	chr3R:21005617-21005837	distal	distal	stage5	stage5	VT47171.1	VT47171.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0441	0.1044	0.0175	0.0057	0.0679	0.1049	0.1073	0.1832	0.0679	0.0103	0.0206	0.0103	0.0085	0.0015	0.0032	0.0015	0.0021
chr3R	21006432	21006626	chr3R:21006433-21006626	distal	distal	stage5	stage5	VT47171.1,VT47172.1	VT47171.1,VT47172.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0566	0.1322	0.0221	0.0099	0.1188	0.0937	0.1548	0.2385	0.1188	0.0199	0.0215	0.0199	0.0116	0.0015	0.0026	0.0015	0.0063
chr3R	21007111	21007417	chr3R:21007112-21007417	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT47172.1	VT47172.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0746	0.1442	0.043	0.0316	0.1421	0.1325	0.1574	0.2318	0.1421	0.032	0.0405	0.032	0.0132	0.0077	0.0071	0.0077	0.0068
chr3R	21007422	21007573	chr3R:21007423-21007573	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT47172.1	VT47172.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.039	0.0644	0.0232	0.0279	0.0467	0.0587	0.074	0.1093	0.0467	0.0139	0.0151	0.0139	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0063
chr3R	21008014	21008468	chr3R:21008015-21008468	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT47172.1,VT47173.1	VT47172.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1093	0.2352	0.0485	0.0354	0.1962	0.25	0.2383	0.3811	0.1962	0.0356	0.0617	0.0356	0.0147	0.0084	0.009	0.0084	0.0109
chr3R	21009353	21009597	chr3R:21009354-21009597	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT47173.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0898	0.1717	0.0585	0.0326	0.1538	0.1573	0.1981	0.2678	0.1538	0.0302	0.0579	0.0302	0.0248	0.01	0.011	0.01	0.0057
chr3R	21009640	21009805	chr3R:21009641-21009805	FBgn0039286	dan	stage11,stage5	none	VT47173.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0632	0.132	0.0344	0.018	0.1188	0.1359	0.1289	0.2172	0.1188	0.0266	0.0312	0.0266	0.0124	0.0061	0.0064	0.0061	0.0031
chr3R	21010111	21010340	chr3R:21010112-21010340	FBgn0039286	dan	stage11,stage14,stage5	none	VT47173.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1216	0.2273	0.0797	0.0494	0.2163	0.2194	0.2504	0.3398	0.2163	0.0471	0.0968	0.0471	0.024	0.0084	0.02	0.0084	0.0135
chr3R	21010468	21010882	chr3R:21010469-21010882	FBgn0039286	dan	stage11,stage14,stage5	none	VT47173.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1917	0.3243	0.1509	0.0883	0.3266	0.3063	0.3927	0.4231	0.3266	0.0821	0.1643	0.0821	0.0658	0.0207	0.0477	0.0207	0.0271
chr3R	21018997	21019446	chr3R:21018998-21019446	FBgn0083946	lobo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0796	0.1296	0.065	0.0397	0.1103	0.117	0.1397	0.2139	0.1103	0.0531	0.074	0.0531	0.0596	0.0145	0.0426	0.0145	0.0391
chr3R	21019552	21019919	chr3R:21019553-21019919	FBgn0083946	lobo	stage11,stage14,stage5	none	VT47178.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1348	0.1513	0.1581	0.0909	0.1283	0.1549	0.1782	0.2039	0.1283	0.128	0.1994	0.128	0.158	0.0168	0.1328	0.0168	0.11
chr3R	21020669	21020957	chr3R:21020670-21020957	FBgn0039288	CG13653	stage5	none	VT47178.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0555	0.1302	0.0193	0.0117	0.1485	0.049	0.2651	0.0973	0.1485	0.0163	0.0225	0.0163	0.0132	0.0077	0.0142	0.0077	0.0078
chr3R	21022296	21022447	chr3R:21022297-21022447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0167	0.009	0.018	0.0191	0.0102	0.0281	0.016	0.0191	0.0085	0.0113	0.0085	0.0054	0.0031	0.0123	0.0031	0.0042
chr3R	21022630	21022781	chr3R:21022631-21022781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0202	0.0242	0.0154	0.021	0.0201	0.0199	0.0368	0.028	0.0201	0.0296	0.0122	0.0296	0.0132	0.0061	0.0103	0.0061	0.0068
chr3R	21025275	21025426	chr3R:21025276-21025426	FBgn0039290	CG13654	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0312	0.0164	0.0226	0.0244	0.018	0.0463	0.0493	0.0244	0.0254	0.0186	0.0254	0.0023	8e-04	0.0058	8e-04	0.0036
chr3R	21025500	21025651	chr3R:21025501-21025651	FBgn0039290	CG13654	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0206	0.0305	0.0142	0.0166	0.018	0.0214	0.0389	0.0566	0.018	0.0223	0.0158	0.0223	0.0031	0.0015	0.0052	0.0015	0.0042
chr3R	21031390	21031541	chr3R:21031391-21031541	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0176	0.0189	0.0155	0.0184	0.0106	0.0194	0.0277	0.0207	0.0106	0.0109	0.0225	0.0109	0.0077	0.0107	0.0426	0.0107	0.0109
chr3R	21033143	21033294	chr3R:21033144-21033294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0285	0.0194	0.034	0.0326	0.0042	0.0238	0.026	0.026	0.0042	0.035	0.0463	0.035	0.0294	0.0153	0.0793	0.0153	0.0266
chr3R	21033448	21033613	chr3R:21033449-21033613	FBgn0022800	Cad96Ca	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0199	0.0362	0.0401	0.0042	0.0267	0.0229	0.028	0.0042	0.0314	0.054	0.0314	0.0294	0.0123	0.1167	0.0123	0.0287
chr3R	21033929	21034226	chr3R:21033930-21034226	FBgn0022800	Cad96Ca	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0706	0.0295	0.0948	0.09	0.017	0.0398	0.0311	0.042	0.017	0.0513	0.1514	0.0513	0.1046	0.0207	0.2302	0.0207	0.1115
chr3R	21034335	21034518	chr3R:21034336-21034518	FBgn0022800	Cad96Ca	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0308	0.0153	0.033	0.0455	0.0074	0.018	0.019	0.0207	0.0074	0.0254	0.0466	0.0254	0.038	0.0092	0.0787	0.0092	0.0849
chr3R	21035024	21035207	chr3R:21035025-21035207	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0222	0.0236	0.0419	0.0011	0.0286	0.0359	0.0193	0.0011	0.0115	0.0232	0.0115	0.0589	0.0138	0.02	0.0138	0.1178
chr3R	21040217	21040556	chr3R:21040218-21040556	FBgn0039291	CG13663	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0508	0.0602	0.0416	0.0276	0.0539	0.0649	0.064	0.0276	0.0713	0.0669	0.0713	0.0651	0.0314	0.0477	0.0314	0.0532
chr3R	21040625	21040776	chr3R:21040626-21040776	FBgn0039291	CG13663	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0555	0.0702	0.0475	0.0297	0.0583	0.0709	0.0773	0.0297	0.0851	0.0778	0.0851	0.0689	0.0482	0.0522	0.0482	0.0516
chr3R	21040846	21041025	chr3R:21040847-21041025	FBgn0039291	CG13663	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0995	0.0966	0.1199	0.0802	0.0403	0.1097	0.1263	0.1272	0.0403	0.1365	0.1424	0.1365	0.1131	0.085	0.0954	0.085	0.0933
chr3R	21041151	21041408	chr3R:21041152-21041408	FBgn0039291	CG13663	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0548	0.051	0.0697	0.0428	0.0297	0.0583	0.0649	0.0646	0.0297	0.09	0.082	0.09	0.0651	0.0475	0.0522	0.0475	0.049
chr3R	21044899	21045050	chr3R:21044900-21045050	FBgn0051103	CG31103	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0125	0.0169	0.0135	0.0011	0.0121	0.0177	0.0187	0.0011	0.0121	0.0286	0.0121	0.0108	0.0038	0.038	0.0038	0.0094
chr3R	21045205	21045459	chr3R:21045206-21045459	FBgn0051103	CG31103	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0302	0.0439	0.0287	0.0166	0.0212	0.0267	0.0735	0.0653	0.0212	0.0163	0.0415	0.0163	0.0217	0.01	0.0387	0.01	0.0125
chr3R	21046933	21047084	chr3R:21046934-21047084	FBgn0039293	CG11851	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0336	0.0344	0.0352	0.0311	0.018	0.0417	0.0441	0.0426	0.018	0.0272	0.0389	0.0272	0.0457	0.0207	0.029	0.0207	0.0474
chr3R	21047202	21047383	chr3R:21047203-21047383	FBgn0039293	CG11851	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1152	0.1063	0.1294	0.1096	0.0594	0.1277	0.1319	0.1299	0.0594	0.1304	0.1566	0.1304	0.1332	0.1049	0.109	0.1049	0.148
chr3R	21047570	21047836	chr3R:21047571-21047836	FBgn0039293	CG11851	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0404	0.0528	0.0411	0.0212	0.0451	0.0549	0.048	0.0212	0.0622	0.0543	0.0622	0.0674	0.0383	0.0387	0.0383	0.0485
chr3R	21058042	21058230	chr3R:21058043-21058230	FBgn0039294	Cad96Cb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0456	0.0241	0.057	0.0572	0.0064	0.0369	0.0311	0.0207	0.0064	0.0531	0.0759	0.0531	0.0589	0.0368	0.1077	0.0368	0.062
chr3R	21058465	21058860	chr3R:21058466-21058860	FBgn0039294	Cad96Cb	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.075	0.035	0.0909	0.1024	0.0148	0.0515	0.0441	0.036	0.0148	0.096	0.1029	0.096	0.1216	0.0391	0.1792	0.0391	0.0943
chr3R	21059061	21059212	chr3R:21059062-21059212	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0209	0.0174	0.0231	0.0223	0.0095	0.0214	0.0242	0.0193	0.0095	0.0242	0.0241	0.0242	0.0349	0.0115	0.0264	0.0115	0.0198
chr3R	21060826	21061102	chr3R:21060827-21061102	FBgn0039296	CG10420	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0579	0.0531	0.0728	0.0468	0.0361	0.0597	0.067	0.0653	0.0361	0.0864	0.0797	0.0864	0.0922	0.0467	0.0542	0.0467	0.0683
chr3R	21061180	21061357	chr3R:21061181-21061357	FBgn0039296	CG10420	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0896	0.078	0.1112	0.079	0.052	0.0917	0.0913	0.1026	0.052	0.1504	0.119	0.1504	0.1131	0.0789	0.0806	0.0789	0.1105
chr3R	21071246	21071425	chr3R:21071247-21071425	FBgn0000158	bam	stage14	none	bam_-799-+4	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1099	0.0902	0.1373	0.1017	0.0456	0.1199	0.1034	0.1139	0.0456	0.1667	0.1444	0.1667	0.1472	0.1018	0.1006	0.1018	0.1298
chr3R	21071484	21071882	chr3R:21071485-21071882	distal	distal	none	none	bam_-799-+4	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0976	0.0675	0.1374	0.0876	0.035	0.0927	0.0731	0.0853	0.035	0.1842	0.1415	0.1842	0.1611	0.1041	0.087	0.1041	0.1167
chr3R	21072852	21073054	chr3R:21072853-21073054	FBgn0039300,FBgn0039301	CG11875,RpS27	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.0679	0.1274	0.0822	0.0318	0.1058	0.061	0.0953	0.0318	0.16	0.1334	0.16	0.1379	0.0758	0.0812	0.0758	0.1058
chr3R	21073161	21073368	chr3R:21073162-21073368	FBgn0039300,FBgn0039301	CG11875,RpS27	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2013	0.1626	0.2529	0.188	0.1018	0.2204	0.1696	0.2205	0.1018	0.3164	0.2733	0.3164	0.2455	0.1922	0.1915	0.1922	0.2236
chr3R	21073490	21073675	chr3R:21073491-21073675	FBgn0039300,FBgn0039301	CG11875,RpS27	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1131	0.0996	0.1397	0.0989	0.071	0.1257	0.1103	0.1299	0.071	0.1854	0.1508	0.1854	0.1402	0.1072	0.1038	0.1072	0.1157
chr3R	21074950	21075131	chr3R:21074951-21075131	FBgn0039302	Nup358	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1086	0.0965	0.1291	0.0998	0.0615	0.1136	0.109	0.1306	0.0615	0.154	0.1395	0.154	0.1371	0.1057	0.0986	0.1057	0.1266
chr3R	21075192	21075398	chr3R:21075193-21075398	FBgn0039302	Nup358	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0919	0.0796	0.1057	0.0905	0.0498	0.0854	0.0895	0.1193	0.0498	0.1123	0.1161	0.1123	0.1208	0.0965	0.089	0.0965	0.1199
chr3R	21075405	21075620	chr3R:21075406-21075620	FBgn0039302	Nup358	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0713	0.0992	0.0916	0.0318	0.084	0.0744	0.1166	0.0318	0.1069	0.0932	0.1069	0.1325	0.108	0.0903	0.108	0.1047
chr3R	21077345	21077496	chr3R:21077346-21077496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0216	0.037	0.0188	0.0075	0.0106	0.0238	0.0761	0.036	0.0106	0.0248	0.0167	0.0248	0.0194	0.0107	0.0077	0.0107	0.0068
chr3R	21084113	21084295	chr3R:21084114-21084295	FBgn0039303	CG11857	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0724	0.068	0.0904	0.0575	0.0329	0.0816	0.0792	0.0979	0.0329	0.1008	0.1064	0.1008	0.1038	0.0674	0.0606	0.0674	0.0745
chr3R	21084374	21084709	chr3R:21084375-21084709	FBgn0039303	CG11857	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1747	0.1601	0.2089	0.1535	0.1135	0.1947	0.1773	0.2125	0.1135	0.244	0.2354	0.244	0.2355	0.1776	0.1541	0.1776	0.198
chr3R	21084977	21085223	chr3R:21084978-21085223	FBgn0039303	CG11857	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0567	0.0537	0.0657	0.05	0.0276	0.0534	0.0796	0.064	0.0276	0.0761	0.0698	0.0761	0.0806	0.049	0.0426	0.049	0.075
chr3R	21088130	21088352	chr3R:21088131-21088352	FBgn0039304,FBgn0039305	CG10425,CG11858	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0883	0.0607	0.0862	0.1214	0.0403	0.0723	0.0631	0.0899	0.0403	0.0598	0.0926	0.0598	0.1727	0.1194	0.1057	0.1194	0.1959
chr3R	21088366	21088543	chr3R:21088367-21088543	FBgn0039304,FBgn0039305	CG10425,CG11858	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0661	0.0484	0.0699	0.0816	0.0339	0.0573	0.0476	0.0753	0.0339	0.0562	0.0826	0.0562	0.1154	0.0865	0.0722	0.0865	0.1266
chr3R	21091384	21091571	chr3R:21091385-21091571	FBgn0027090,FBgn0039306	Aats-gln,CG11859	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1468	0.1383	0.1784	0.1217	0.071	0.1801	0.1484	0.1872	0.071	0.2307	0.1961	0.2307	0.189	0.1309	0.1296	0.1309	0.1589
chr3R	21091779	21091931	chr3R:21091780-21091931	FBgn0027090,FBgn0039306	Aats-gln,CG11859	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0427	0.0508	0.033	0.017	0.0519	0.0562	0.052	0.017	0.067	0.0563	0.067	0.0519	0.0314	0.0374	0.0314	0.0448
chr3R	21109296	21109447	chr3R:21109297-21109447	FBgn0051300	CG31300	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0113	0.0102	0.0114	0.0124	0.0032	0.0107	0.0169	0.0113	0.0032	0.0097	0.0132	0.0097	0.0163	0.0107	0.0058	0.0107	0.0271
chr3R	21118670	21118854	chr3R:21118671-21118854	FBgn0051098	CG31098	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0337	0.0116	0.0201	0.0734	0.0021	0.0121	0.0186	0.0147	0.0021	0.0091	0.0203	0.0091	0.0488	0.0161	0.1064	0.0161	0.1407
chr3R	21119250	21119401	chr3R:21119251-21119401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0116	0.007	0.0107	0.0177	0.0053	0.0068	0.0125	0.004	0.0053	0.0109	0.0116	0.0109	0.0163	0.0092	0.0232	0.0092	0.0328
chr3R	21121333	21121484	chr3R:21121334-21121484	FBgn0051102	CG31102	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0129	0.009	0.0127	0.0174	0.0074	0.0063	0.0156	0.0093	0.0074	0.0097	0.0135	0.0097	0.0248	0.0107	0.0135	0.0107	0.0391
chr3R	21129764	21129948	chr3R:21129765-21129948	FBgn0051436	CG31436	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0208	0.0111	0.0128	0.0405	0.0042	0.0126	0.0182	0.01	0.0042	0.0091	0.0154	0.0091	0.0232	0.0153	0.0625	0.0153	0.0787
chr3R	21134051	21134253	chr3R:21134052-21134253	FBgn0039321	CG10550	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0254	0.035	0.0354	0.0127	0.0354	0.0311	0.0247	0.0127	0.0242	0.0508	0.0242	0.0411	0.0077	0.0735	0.0077	0.0547
chr3R	21154442	21154780	chr3R:21154443-21154780	FBgn0045761	CHKov1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.059	0.0307	0.0442	0.1069	0.017	0.0471	0.0333	0.032	0.017	0.0374	0.0502	0.0374	0.0596	0.1064	0.1476	0.1064	0.1595
chr3R	21154957	21155124	chr3R:21154958-21155124	FBgn0045761	CHKov1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0459	0.0206	0.0209	0.1017	0.0064	0.0257	0.0311	0.0187	0.0064	0.0157	0.0244	0.0157	0.0333	0.1041	0.1328	0.1041	0.1678
chr3R	21155316	21155655	chr3R:21155317-21155655	FBgn0045761	CHKov1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0335	0.0247	0.0231	0.0549	0.0138	0.0257	0.0385	0.0253	0.0138	0.0211	0.0264	0.0211	0.0333	0.0628	0.0819	0.0628	0.0818
chr3R	21156824	21156975	chr3R:21156825-21156975	FBgn0039328	CHKov2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0141	0.015	0.0214	0.0085	0.016	0.0216	0.0107	0.0085	0.0121	0.0209	0.0121	0.0155	0.0161	0.0406	0.0161	0.0245
chr3R	21160403	21160568	chr3R:21160404-21160568	FBgn0028647,FBgn0039329	CG10669,CG11902	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0258	0.0343	0.0256	0.0148	0.0316	0.029	0.0333	0.0148	0.0344	0.0463	0.0344	0.0256	0.0268	0.0187	0.0268	0.0328
chr3R	21160630	21160827	chr3R:21160631-21160827	FBgn0028647,FBgn0039329	CG10669,CG11902	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0467	0.0426	0.0532	0.044	0.0244	0.0524	0.0506	0.0513	0.0244	0.0616	0.0598	0.0616	0.0542	0.0467	0.04	0.0467	0.0631
chr3R	21160866	21161065	chr3R:21160867-21161065	FBgn0028647,FBgn0039329	CG10669,CG11902	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.091	0.0801	0.1082	0.0841	0.052	0.0966	0.0843	0.1186	0.052	0.1268	0.1222	0.1268	0.1092	0.0819	0.0864	0.0819	0.1042
chr3R	21161153	21161565	chr3R:21161154-21161565	FBgn0028647,FBgn0039329	CG10669,CG11902	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0677	0.0642	0.0794	0.0589	0.0308	0.0738	0.0779	0.0913	0.0308	0.0942	0.0881	0.0942	0.0868	0.0658	0.0548	0.0658	0.0756
chr3R	21172629	21172780	chr3R:21172630-21172780	FBgn0261575	tobi	stage11,stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0113	0.0054	0.0241	0.004	0.0021	0.0058	0.0091	0.0047	0.0021	0.0127	0.0219	0.0127	0.0689	0.0031	0.0064	0.0031	0.0052
chr3R	21189613	21189923	chr3R:21189614-21189923	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0269	0.0303	0.0401	0.0148	0.0243	0.0372	0.038	0.0148	0.0266	0.0235	0.0266	0.0132	0.0031	0.0116	0.0031	0.0094
chr3R	21191576	21191727	chr3R:21191577-21191727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0137	0.0111	0.0218	0.0078	0.0032	0.0121	0.0121	0.02	0.0032	0.0489	0.019	0.0489	0.0116	0.0054	0.0058	0.0054	0.0078
chr3R	21192882	21193033	chr3R:21192883-21193033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0081	0.0129	0.018	0.0032	0.0092	0.0125	0.008	0.0032	0.0151	0.0119	0.0151	0.0093	0.0138	0.0071	0.0138	0.0115
chr3R	21193901	21194131	chr3R:21193902-21194131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0333	0.0199	0.0549	0.0245	0.0085	0.0233	0.0229	0.0313	0.0085	0.119	0.0322	0.119	0.0116	0.0115	0.0097	0.0115	0.0104
chr3R	21195016	21195167	chr3R:21195017-21195167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.0096	0.0188	0.0127	0.0042	0.0121	0.0108	0.0127	0.0042	0.0302	0.0154	0.0302	0.0163	0.0046	0.0064	0.0046	0.0063
chr3R	21195209	21195360	chr3R:21195210-21195360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.016	0.0145	0.0213	0.0118	0.0064	0.0175	0.0156	0.0213	0.0064	0.0338	0.0196	0.0338	0.017	0.0046	0.0064	0.0046	0.0083
chr3R	21201025	21201176	chr3R:21201026-21201176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0085	0.0076	0.0111	0.0032	0.0083	0.013	0.0093	0.0032	0.0054	0.0113	0.0054	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0042
chr3R	21201508	21201659	chr3R:21201509-21201659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.008	0.0081	0.0117	0.0021	0.0053	0.0138	0.0113	0.0021	0.0072	0.009	0.0072	0.0085	0.0038	0.0103	0.0038	0.0083
chr3R	21210524	21210675	chr3R:21210525-21210675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0155	0.0152	0.0159	0.0153	0.0095	0.0165	0.0199	0.022	0.0095	0.0163	0.0161	0.0163	0.0225	0.0054	0.0077	0.0054	0.0302
chr3R	21212694	21212845	chr3R:21212695-21212845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0129	0.0248	0.0079	0.0052	0.0127	0.015	0.0528	0.016	0.0127	0.0042	0.0109	0.0042	0.0116	0.0054	0.0039	0.0054	0.0042
chr3R	21213046	21213197	chr3R:21213047-21213197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0169	0.0312	0.0118	0.0064	0.018	0.0155	0.0597	0.038	0.018	0.0139	0.0145	0.0139	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr3R	21214224	21214375	chr3R:21214225-21214375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0206	0.0158	0.0217	0.0246	0.017	0.0155	0.0199	0.018	0.017	0.0248	0.027	0.0248	0.0256	0.0214	0.0284	0.0214	0.0438
chr3R	21238439	21238590	chr3R:21238440-21238590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0098	0.0084	0.0116	0.0021	0.0131	0.013	0.01	0.0021	0.0097	0.0084	0.0097	0.0077	0.0023	0.0052	0.0023	0.0063
chr3R	21242174	21242325	chr3R:21242175-21242325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0094	0.0107	0.0067	0.0109	0.0053	0.0107	0.0134	0.0153	0.0053	0.0072	0.0058	0.0072	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0083
chr3R	21260837	21260988	chr3R:21260838-21260988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0118	0.0099	0.0111	0.0064	0.0121	0.0173	0.0147	0.0064	0.0072	0.0113	0.0072	0.0054	0.0023	0.0071	0.0023	0.0089
chr3R	21263122	21263273	chr3R:21263123-21263273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0102	0.0119	0.0185	0.0042	0.0131	0.0147	0.0107	0.0042	0.0109	0.0135	0.0109	0.0163	0.0176	0.0161	0.0176	0.0339
chr3R	21264174	21264325	chr3R:21264175-21264325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.014	0.0127	0.015	0.0095	0.015	0.019	0.0173	0.0095	0.0072	0.0122	0.0072	0.0302	0.0107	0.011	0.0107	0.0281
chr3R	21271071	21271222	chr3R:21271072-21271222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0265	0.0161	0.0412	0.022	0.0106	0.0184	0.0225	0.0147	0.0106	0.1063	0.0264	0.1063	0.0294	0.0299	0.0155	0.0299	0.0349
chr3R	21271313	21271464	chr3R:21271314-21271464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0278	0.0173	0.0374	0.029	0.0138	0.0233	0.0164	0.02	0.0138	0.0851	0.026	0.0851	0.0302	0.0459	0.0239	0.0459	0.05
chr3R	21271637	21271872	chr3R:21271638-21271872	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1411	0.0932	0.1982	0.132	0.0445	0.151	0.0874	0.1113	0.0445	0.3629	0.182	0.3629	0.1859	0.2106	0.1225	0.2106	0.2121
chr3R	21272105	21272672	chr3R:21272106-21272672	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1741	0.1008	0.2558	0.1663	0.0424	0.1563	0.1025	0.1199	0.0424	0.4318	0.2714	0.4318	0.1967	0.2443	0.2237	0.2443	0.2194
chr3R	21272680	21272831	chr3R:21272681-21272831	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0309	0.0633	0.0486	0.0191	0.0393	0.0381	0.0326	0.0191	0.0918	0.0794	0.0918	0.0403	0.0712	0.0658	0.0712	0.0594
chr3R	21273168	21273352	chr3R:21273169-21273352	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0228	0.0383	0.0409	0.0127	0.0296	0.0316	0.0233	0.0127	0.0543	0.0457	0.0543	0.0333	0.0689	0.0677	0.0689	0.0302
chr3R	21273365	21273615	chr3R:21273366-21273615	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0279	0.0416	0.0434	0.0191	0.0345	0.0363	0.0273	0.0191	0.0556	0.0531	0.0556	0.0302	0.0735	0.0735	0.0735	0.0334
chr3R	21273993	21274144	chr3R:21273994-21274144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0274	0.0225	0.0148	0.0159	0.0286	0.0415	0.0286	0.0159	0.0308	0.0228	0.0308	0.0178	0.0184	0.0239	0.0184	0.013
chr3R	21275348	21275499	chr3R:21275349-21275499	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0153	0.0258	0.01	0.0093	0.0286	0.0184	0.0415	0.0247	0.0286	0.0085	0.0103	0.0085	0.0085	0.0069	0.0103	0.0069	0.0109
chr3R	21278856	21279007	chr3R:21278857-21279007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.018	0.0121	0.0283	0.0132	0.0021	0.0223	0.0112	0.0147	0.0021	0.0115	0.0164	0.0115	0.1038	0.0023	0.0155	0.0023	0.0266
chr3R	21279030	21279181	chr3R:21279031-21279181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.02	0.0158	0.0293	0.0143	0.0053	0.0257	0.016	0.0193	0.0053	0.0127	0.0186	0.0127	0.096	0.0061	0.0123	0.0061	0.0287
chr3R	21280488	21280639	chr3R:21280489-21280639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0148	0.0203	0.0235	0.0095	0.0189	0.0221	0.0113	0.0095	0.0242	0.0174	0.0242	0.017	0.0115	0.0129	0.0115	0.0156
chr3R	21281247	21281398	chr3R:21281248-21281398	distal	distal	none	none	VT47317.1	VT47317.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0184	0.0155	0.0152	0.0085	0.018	0.0225	0.03	0.0085	0.0139	0.0158	0.0139	0.0132	0.0123	0.0155	0.0123	0.0073
chr3R	21282374	21282793	chr3R:21282375-21282793	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT47317.1,VT47318.1	VT47317.1,VT47318.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0538	0.0742	0.0449	0.0409	0.0594	0.0927	0.0826	0.0913	0.0594	0.0254	0.0299	0.0254	0.0287	0.01	0.0135	0.01	0.0162
chr3R	21282868	21283087	chr3R:21282869-21283087	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT47317.1,VT47318.1	VT47317.1,VT47318.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.0505	0.0369	0.0344	0.0233	0.0617	0.0545	0.0806	0.0233	0.0217	0.019	0.0217	0.024	0.0084	0.0097	0.0084	0.0198
chr3R	21288667	21288818	chr3R:21288668-21288818	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0142	0.0268	0.0297	0.0042	0.0155	0.0195	0.0193	0.0042	0.0109	0.0537	0.0109	0.0108	0.0061	0.107	0.0061	0.0089
chr3R	21289877	21290028	chr3R:21289878-21290028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.016	0.0132	0.0189	0.0074	0.0146	0.0234	0.0233	0.0074	0.0103	0.0167	0.0103	0.0124	0.0061	0.0554	0.0061	0.0104
chr3R	21292334	21292485	chr3R:21292335-21292485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0192	0.0216	0.0161	0.0199	0.0159	0.0233	0.0268	0.03	0.0159	0.0079	0.0228	0.0079	0.017	0.0237	0.0406	0.0237	0.0146
chr3R	21294986	21295277	chr3R:21294987-21295277	distal	distal	none	none	VT47324.1,VT47325.1	VT47324.1,VT47325.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0378	0.0607	0.0346	0.0157	0.0594	0.0684	0.0817	0.0593	0.0594	0.0254	0.0524	0.0254	0.0341	0.0084	0.0271	0.0084	0.0109
chr3R	21297756	21298027	chr3R:21297757-21298027	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1508	0.1758	0.1723	0.0992	0.1018	0.2015	0.1691	0.2978	0.1018	0.2041	0.2476	0.2041	0.1348	0.1041	0.1715	0.1041	0.1105
chr3R	21298314	21298505	chr3R:21298315-21298505	FBgn0004509	Fur1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1731	0.1736	0.1995	0.1437	0.1145	0.2209	0.1743	0.2505	0.1145	0.253	0.2338	0.253	0.2091	0.1524	0.1696	0.1524	0.1923
chr3R	21298701	21298887	chr3R:21298702-21298887	FBgn0004509,FBgn0039335	Fur1,Vps33B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2324	0.2045	0.2761	0.2154	0.1495	0.2689	0.1834	0.3078	0.1495	0.3364	0.3116	0.3364	0.2789	0.2113	0.2353	0.2113	0.2668
chr3R	21299095	21299291	chr3R:21299096-21299291	FBgn0004509,FBgn0039335	Fur1,Vps33B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1026	0.082	0.1232	0.1029	0.0509	0.1112	0.0757	0.1226	0.0509	0.1486	0.1367	0.1486	0.1232	0.1095	0.1231	0.1095	0.1245
chr3R	21302600	21302773	chr3R:21302601-21302773	FBgn0039336,FBgn0039337	CG4553,MED28	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.088	0.097	0.0643	0.0604	0.1136	0.0947	0.1153	0.0604	0.1178	0.1084	0.1178	0.0883	0.0758	0.0574	0.0758	0.0766
chr3R	21303619	21304029	chr3R:21303620-21304029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.061	0.0904	0.0561	0.0336	0.0721	0.083	0.1233	0.1226	0.0721	0.0676	0.0572	0.0676	0.0527	0.0291	0.0297	0.0291	0.0427
chr3R	21308210	21308403	chr3R:21308211-21308403	FBgn0039338,FBgn0259991	CG42488,XNP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1124	0.1174	0.1245	0.0934	0.0838	0.1296	0.1479	0.1472	0.0838	0.1552	0.126	0.1552	0.127	0.1026	0.0767	0.1026	0.1032
chr3R	21308416	21308640	chr3R:21308417-21308640	FBgn0039338,FBgn0039339,FBgn0259991	CG42488,CG5116,XNP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1777	0.1691	0.2069	0.1554	0.1273	0.1976	0.2042	0.2092	0.1273	0.2639	0.2183	0.2639	0.2037	0.173	0.1438	0.173	0.1813
chr3R	21308707	21308905	chr3R:21308708-21308905	FBgn0039338,FBgn0039339,FBgn0259991	CG42488,CG5116,XNP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.117	0.1117	0.1367	0.1012	0.0721	0.1316	0.1349	0.1452	0.0721	0.1715	0.1447	0.1715	0.134	0.1103	0.1025	0.1103	0.1193
chr3R	21309101	21309252	chr3R:21309102-21309252	FBgn0039339,FBgn0259991	CG42488,CG5116	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0351	0.037	0.0429	0.0244	0.0223	0.0359	0.0506	0.0506	0.0223	0.055	0.0408	0.055	0.0442	0.0184	0.0232	0.0184	0.0281
chr3R	21314809	21314960	chr3R:21314810-21314960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0256	0.0155	0.0401	0.0209	0.0042	0.0282	0.016	0.014	0.0042	0.0326	0.0273	0.0326	0.1208	0.0207	0.029	0.0207	0.0344
chr3R	21315569	21316455	chr3R:21315570-21316455	FBgn0040212	Dhap-at	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1571	0.154	0.1711	0.1451	0.1135	0.1752	0.1812	0.2019	0.1135	0.1612	0.1891	0.1612	0.2254	0.1409	0.1586	0.1409	0.1772
chr3R	21316559	21316729	chr3R:21316560-21316729	FBgn0039341,FBgn0040212	CG5112,Dhap-at	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1686	0.1504	0.1885	0.167	0.1007	0.1811	0.1631	0.2085	0.1007	0.2283	0.1974	0.2283	0.1859	0.1715	0.1509	0.1715	0.2095
chr3R	21317058	21317250	chr3R:21317059-21317250	FBgn0039341,FBgn0040212	CG5112,Dhap-at	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0642	0.0437	0.0594	0.0923	0.0138	0.0515	0.0545	0.058	0.0138	0.0543	0.0682	0.0543	0.0775	0.049	0.1257	0.049	0.1397
chr3R	21319094	21319262	chr3R:21319095-21319262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0654	0.0582	0.0659	0.073	0.0382	0.0723	0.061	0.0839	0.0382	0.0719	0.0768	0.0719	0.079	0.0988	0.0638	0.0988	0.1027
chr3R	21319604	21319755	chr3R:21319605-21319755	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0344	0.0353	0.0283	0.04	0.0201	0.0383	0.0454	0.0446	0.0201	0.0356	0.0305	0.0356	0.0341	0.0322	0.0232	0.0322	0.0886
chr3R	21320849	21321038	chr3R:21320850-21321038	FBgn0053494	CG33494	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.049	0.0669	0.035	0.0444	0.0498	0.0563	0.0882	0.1046	0.0498	0.038	0.0373	0.038	0.0488	0.0436	0.0322	0.0436	0.0922
chr3R	21321422	21321573	chr3R:21321423-21321573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0439	0.0226	0.0241	0.0233	0.049	0.058	0.058	0.0233	0.0223	0.0215	0.0223	0.0333	0.0184	0.0251	0.0184	0.0433
chr3R	21326259	21326554	chr3R:21326260-21326554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0462	0.0151	0.0142	0.0382	0.0379	0.0731	0.0506	0.0382	0.0199	0.0174	0.0199	0.0046	0.026	0.0097	0.026	0.0099
chr3R	21327188	21327403	chr3R:21327189-21327403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0294	0.0124	0.0177	0.0148	0.0272	0.0385	0.0446	0.0148	0.0175	0.0106	0.0175	0.0062	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chr3R	21327716	21327867	chr3R:21327717-21327867	FBgn0263410	CR43456	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0201	0.0093	0.0128	0.017	0.0165	0.0268	0.028	0.017	0.0115	0.0077	0.0115	0.0031	0.0046	0.0019	0.0046	0.0042
chr3R	21327926	21328146	chr3R:21327927-21328146	FBgn0263410,FBgn0263411	CR43456,CR43457	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.043	0.0107	0.0155	0.0498	0.0311	0.0502	0.0726	0.0498	0.0103	0.0061	0.0103	0.0062	0.0092	0.0064	0.0092	0.0036
chr3R	21329106	21329257	chr3R:21329107-21329257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0161	0.0145	0.0134	0.0053	0.015	0.0247	0.0233	0.0053	0.0109	0.0109	0.0109	0.007	0.0077	0.0032	0.0077	0.0031
chr3R	21329495	21329646	chr3R:21329496-21329646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0244	0.0091	0.0125	0.0138	0.0262	0.035	0.028	0.0138	0.0139	0.0074	0.0139	0.0039	0.0069	0.0026	0.0069	0.0036
chr3R	21330138	21330327	chr3R:21330139-21330327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0327	0.0599	0.0157	0.0209	0.0795	0.0345	0.106	0.0493	0.0795	0.0133	0.0199	0.0133	0.0132	0.01	0.0077	0.01	0.0068
chr3R	21330344	21330495	chr3R:21330345-21330495	FBgn0039342	CG5107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.0399	0.0118	0.0128	0.0361	0.0257	0.0679	0.0426	0.0361	0.0079	0.017	0.0079	0.0077	0.0054	0.0045	0.0054	0.0057
chr3R	21339210	21339361	chr3R:21339211-21339361	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0189	0.032	0.0131	0.0107	0.017	0.0311	0.0497	0.0346	0.017	0.0169	0.0122	0.0169	0.0147	0.0092	0.0077	0.0092	0.0094
chr3R	21341236	21341474	chr3R:21341237-21341474	FBgn0011666	msi	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1461	0.0487	0.1624	0.2369	0.0085	0.0883	0.0402	0.0593	0.0085	0.1969	0.1601	0.1969	0.2239	0.2534	0.245	0.2534	0.2918
chr3R	21341698	21341893	chr3R:21341699-21341893	FBgn0011666	msi	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0965	0.0272	0.0832	0.1884	0.0053	0.0403	0.0363	0.026	0.0053	0.055	0.0814	0.055	0.1634	0.2098	0.2134	0.2098	0.2282
chr3R	21342728	21342879	chr3R:21342729-21342879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0136	0.0161	0.028	0.0042	0.015	0.0247	0.008	0.0042	0.0072	0.0125	0.0072	0.0473	0.0107	0.0181	0.0107	0.0615
chr3R	21343646	21343797	chr3R:21343647-21343797	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0288	0.0207	0.0234	0.0439	0.0095	0.0252	0.029	0.0227	0.0095	0.0211	0.0222	0.0211	0.0318	0.0191	0.0387	0.0191	0.0568
chr3R	21343845	21344125	chr3R:21343846-21344125	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0698	0.0565	0.0542	0.1018	0.0339	0.0583	0.0731	0.0773	0.0339	0.0531	0.0489	0.0531	0.0503	0.0521	0.0793	0.0521	0.0797
chr3R	21344504	21344655	chr3R:21344505-21344655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.031	0.0237	0.0222	0.0489	0.0255	0.0252	0.0324	0.0233	0.0255	0.0139	0.0167	0.0139	0.0356	0.0237	0.0219	0.0237	0.0401
chr3R	21345241	21345431	chr3R:21345242-21345431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.033	0.016	0.0284	0.0571	0.0053	0.018	0.0242	0.0187	0.0053	0.0236	0.0183	0.0236	0.0248	0.0191	0.02	0.0191	0.024
chr3R	21352663	21352814	chr3R:21352664-21352814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0166	0.0121	0.0245	0.013	0.0032	0.0175	0.0108	0.0207	0.0032	0.0127	0.045	0.0127	0.0108	0.0176	0.0193	0.0176	0.0115
chr3R	21357989	21358169	chr3R:21357990-21358169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.0081	0.0213	0.0277	0.0032	0.0097	0.0125	0.0067	0.0032	0.0133	0.0379	0.0133	0.0132	0.0046	0.0845	0.0046	0.0193
chr3R	21358570	21358731	chr3R:21358571-21358731	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0259	0.0121	0.0338	0.0329	0.0053	0.0073	0.0225	0.0153	0.0053	0.0121	0.0659	0.0121	0.0194	0.0023	0.1051	0.0023	0.0156
chr3R	21365119	21365270	chr3R:21365120-21365270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0111	0.0117	0.0155	0.0032	0.0112	0.0164	0.0147	0.0032	0.0145	0.0125	0.0145	0.0101	0.0054	0.0032	0.0054	0.0083
chr3R	21365872	21366023	chr3R:21365873-21366023	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0057	0.0048	0.0091	0.0042	0.0044	0.0104	0.0053	0.0042	0.006	0.0051	0.006	0.0054	0.0054	0.0026	0.0054	0.0078
chr3R	21369371	21369522	chr3R:21369372-21369522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0171	0.0143	0.018	0.0191	0.0064	0.0155	0.0242	0.0093	0.0064	0.0121	0.0222	0.0121	0.0294	0.0077	0.0232	0.0077	0.0271
chr3R	21369823	21369974	chr3R:21369824-21369974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0096	0.0145	0.0162	0.0053	0.0083	0.0156	0.0107	0.0053	0.0079	0.0141	0.0079	0.0349	0.0061	0.011	0.0061	0.0318
chr3R	21372747	21372898	chr3R:21372748-21372898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0126	0.0098	0.0117	0.0167	0.0042	0.0141	0.013	0.008	0.0042	0.0193	0.01	0.0193	0.0116	0.0276	0.0135	0.0276	0.0193
chr3R	21375566	21375717	chr3R:21375567-21375717	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.011	0.0103	0.0146	0.0064	0.0102	0.0177	0.0107	0.0064	0.0079	0.0138	0.0079	0.0085	0.0069	0.0322	0.0069	0.013
chr3R	21376202	21376353	chr3R:21376203-21376353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0119	0.0101	0.009	0.0171	0.0021	0.0092	0.0195	0.0093	0.0021	0.0091	0.0125	0.0091	0.0039	0.0069	0.0393	0.0069	0.0099
chr3R	21378341	21378501	chr3R:21378342-21378501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.037	0.0126	0.0106	0.0265	0.0189	0.058	0.0566	0.0265	0.0157	0.0151	0.0157	0.0077	0.0061	0.0123	0.0061	0.0104
chr3R	21381423	21381574	chr3R:21381424-21381574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0071	0.0102	0.0121	0.0021	0.0078	0.0112	0.0067	0.0021	0.0127	0.0129	0.0127	0.007	0.0084	0.0258	0.0084	0.0089
chr3R	21384350	21384501	chr3R:21384351-21384501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0152	0.0096	0.0123	0.0053	0.0126	0.026	0.0187	0.0053	0.0109	0.008	0.0109	0.0101	0.0107	0.0071	0.0107	0.0073
chr3R	21385092	21385252	chr3R:21385093-21385252	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0183	0.0135	0.0117	0.0311	0.0117	0.0097	0.0199	0.0173	0.0117	0.0103	0.0113	0.0103	0.0163	0.026	0.0155	0.026	0.0292
chr3R	21385282	21385433	chr3R:21385283-21385433	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.0116	0.0108	0.0259	0.0074	0.0112	0.0182	0.0127	0.0074	0.0109	0.0109	0.0109	0.0139	0.0276	0.0135	0.0276	0.0266
chr3R	21395829	21396081	chr3R:21395830-21396081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0253	0.0227	0.0368	0.0156	0.0085	0.0214	0.0333	0.0326	0.0085	0.0598	0.0373	0.0598	0.024	0.0145	0.0103	0.0145	0.0083
chr3R	21396272	21396425	chr3R:21396273-21396425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0221	0.0378	0.0141	0.0074	0.0228	0.0298	0.0306	0.0074	0.0477	0.0479	0.0477	0.0271	0.013	0.0155	0.013	0.0193
chr3R	21396836	21396987	chr3R:21396837-21396987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0147	0.0196	0.0155	0.0084	0.0085	0.0087	0.0441	0.0133	0.0085	0.0211	0.0183	0.0211	0.0062	0.0069	0.0077	0.0069	0.0052
chr3R	21404192	21404343	chr3R:21404193-21404343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0145	0.0214	0.0122	0.0093	0.0011	0.0199	0.0177	0.0566	0.0011	0.0097	0.0164	0.0097	0.0085	0.0023	0.009	0.0023	0.0094
chr3R	21404904	21405055	chr3R:21404905-21405055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.01	0.0074	0.0139	0.0011	0.0126	0.0151	0.0093	0.0011	0.006	0.0077	0.006	0.0054	0.0046	0.0064	0.0046	0.0063
chr3R	21411156	21411307	chr3R:21411157-21411307	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0071	0.01	0.0326	0	0.0112	0.0082	0.01	0	0.0048	0.0071	0.0048	0.0039	0.0023	0.0058	0.0023	0.0057
chr3R	21412537	21412688	chr3R:21412538-21412688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0252	0.0315	0.0294	0.0135	0.0127	0.0282	0.0355	0.0593	0.0127	0.0169	0.0322	0.0169	0.007	0.0015	0.0039	0.0015	0.0036
chr3R	21413441	21413862	chr3R:21413442-21413862	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0794	0.0543	0.0994	0.0855	0.0074	0.0592	0.0467	0.1219	0.0074	0.0411	0.0659	0.0411	0.0178	0.0176	0.0258	0.0176	0.0208
chr3R	21414222	21414441	chr3R:21414223-21414441	FBgn0262319	mir-1000	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.072	0.0712	0.0779	0.0664	0.0286	0.0684	0.0861	0.1239	0.0286	0.0386	0.0656	0.0386	0.0139	0.0061	0.0174	0.0061	0.0141
chr3R	21414857	21415255	chr3R:21414858-21415255	FBgn0262319	mir-1000	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1063	0.0606	0.1253	0.1367	0.0286	0.067	0.0714	0.0893	0.0286	0.0755	0.0768	0.0755	0.0534	0.0322	0.0484	0.0322	0.0604
chr3R	21416545	21416696	chr3R:21416546-21416696	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.0162	0.0249	0.0446	0.0085	0.018	0.0203	0.024	0.0085	0.0187	0.0177	0.0187	0.0108	0.0107	0.009	0.0107	0.0125
chr3R	21416851	21417002	chr3R:21416852-21417002	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0436	0.0348	0.0426	0.0544	0.017	0.0398	0.0433	0.0493	0.017	0.0266	0.0395	0.0266	0.0178	0.0168	0.0077	0.0168	0.0167
chr3R	21417310	21417472	chr3R:21417311-21417472	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0729	0.0815	0.0907	0.0436	0.0371	0.0947	0.0982	0.1186	0.0371	0.1008	0.1077	0.1008	0.048	0.0168	0.0245	0.0168	0.0234
chr3R	21419993	21420249	chr3R:21419994-21420249	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1619	0.201	0.2095	0.0659	0.1559	0.2121	0.2457	0.2738	0.1559	0.2319	0.2457	0.2319	0.1456	0.062	0.0619	0.062	0.0485
chr3R	21421300	21421844	chr3R:21421301-21421844	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1393	0.2344	0.1345	0.0383	0.2227	0.1534	0.33	0.3511	0.2227	0.0725	0.1794	0.0725	0.0736	0.0222	0.0561	0.0222	0.0292
chr3R	21421921	21422489	chr3R:21421922-21422489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1609	0.1887	0.224	0.0606	0.1432	0.1743	0.2483	0.2632	0.1432	0.1486	0.2913	0.1486	0.1162	0.0253	0.0761	0.0253	0.0354
chr3R	21422529	21422750	chr3R:21422530-21422750	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0824	0.1009	0.1145	0.0265	0.0583	0.0888	0.1306	0.1626	0.0583	0.0495	0.19	0.0495	0.0581	0.0092	0.0484	0.0092	0.0162
chr3R	21422754	21422905	chr3R:21422755-21422905	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.0811	0.0602	0.0135	0.0573	0.0602	0.1267	0.1059	0.0573	0.0344	0.092	0.0344	0.0271	0.0054	0.0142	0.0054	0.0146
chr3R	21427675	21427927	chr3R:21427676-21427927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0327	0.0578	0.0269	0.0111	0.0573	0.032	0.0926	0.0799	0.0573	0.0266	0.0277	0.0266	0.0155	0.0077	0.011	0.0077	0.0115
chr3R	21428294	21428445	chr3R:21428295-21428445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0263	0.0432	0.024	0.0099	0.0435	0.0257	0.0657	0.0573	0.0435	0.0127	0.0264	0.0127	0.0271	0.0077	0.0077	0.0077	0.0099
chr3R	21429471	21429622	chr3R:21429472-21429622	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0257	0.0441	0.0216	0.0097	0.0435	0.0311	0.0662	0.0573	0.0435	0.0205	0.0209	0.0205	0.0139	0.0061	0.0084	0.0061	0.0099
chr3R	21429686	21429876	chr3R:21429687-21429876	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0341	0.0578	0.0298	0.0124	0.0498	0.0413	0.0774	0.0919	0.0498	0.0248	0.0341	0.0248	0.0186	0.0046	0.0064	0.0046	0.0146
chr3R	21430623	21430774	chr3R:21430624-21430774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0267	0.0297	0.0344	0.0149	0.0127	0.0238	0.0428	0.046	0.0127	0.0302	0.0392	0.0302	0.0372	0.0092	0.011	0.0092	0.025
chr3R	21432177	21432328	chr3R:21432178-21432328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.03	0.0217	0.0107	0.0159	0.0223	0.0471	0.0426	0.0159	0.0193	0.0264	0.0193	0.0155	0.0061	0.0097	0.0061	0.0115
chr3R	21437800	21437951	chr3R:21437801-21437951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0167	0.0135	0.0134	0.0064	0.015	0.0242	0.0233	0.0064	0.0145	0.0122	0.0145	0.0124	0.0061	0.0097	0.0061	0.0109
chr3R	21439254	21439405	chr3R:21439255-21439405	FBgn0039346	CG5079	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0113	0.0109	0.01	0.0032	0.0083	0.0177	0.0167	0.0032	0.0133	0.0106	0.0133	0.0062	0.0046	0.0019	0.0046	0.0063
chr3R	21441267	21441418	chr3R:21441268-21441418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0138	0.0231	0.0103	0.0072	0.0117	0.015	0.0476	0.0173	0.0117	0.0072	0.0103	0.0072	0.0132	0.0046	0.0045	0.0046	0.0042
chr3R	21449297	21449448	chr3R:21449298-21449448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0133	0.0138	0.0171	0.0042	0.0141	0.0199	0.0147	0.0042	0.0109	0.0135	0.0109	0.0132	0.0077	0.0077	0.0077	0.0125
chr3R	21449907	21450215	chr3R:21449908-21450215	FBgn0039348	Npl4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1015	0.0881	0.1246	0.0911	0.0435	0.1117	0.1042	0.1153	0.0435	0.1437	0.1495	0.1437	0.11	0.0957	0.0916	0.0957	0.1115
chr3R	21450280	21450495	chr3R:21450281-21450495	FBgn0039348	Npl4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.154	0.1463	0.1777	0.1367	0.0965	0.1791	0.1739	0.1805	0.0965	0.2071	0.2055	0.2071	0.1572	0.1424	0.1412	0.1424	0.172
chr3R	21450632	21450802	chr3R:21450633-21450802	FBgn0039348	Npl4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0588	0.0775	0.0503	0.0276	0.0631	0.077	0.0819	0.0276	0.0912	0.0913	0.0912	0.0705	0.0513	0.0542	0.0513	0.0631
chr3R	21451861	21452042	chr3R:21451862-21452042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0317	0.0297	0.041	0.0237	0.0191	0.0296	0.0433	0.036	0.0191	0.0374	0.0328	0.0374	0.0875	0.0161	0.0097	0.0161	0.0526
chr3R	21452323	21452474	chr3R:21452324-21452474	FBgn0039349	Ssadh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0539	0.0502	0.0683	0.0422	0.0255	0.0529	0.0675	0.07	0.0255	0.0833	0.0704	0.0833	0.0813	0.0383	0.0368	0.0383	0.0667
chr3R	21452559	21452989	chr3R:21452560-21452989	FBgn0039349	Ssadh	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1705	0.1502	0.2157	0.1437	0.088	0.1791	0.1817	0.1985	0.088	0.2639	0.2376	0.2639	0.2091	0.16	0.1586	0.16	0.1923
chr3R	21454311	21454634	chr3R:21454312-21454634	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT47406.1	VT47406.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0915	0.1053	0.1234	0.0411	0.0382	0.1252	0.1038	0.1845	0.0382	0.0833	0.2174	0.0833	0.0256	0.0245	0.1096	0.0245	0.0219
chr3R	21455357	21455508	chr3R:21455358-21455508	distal	distal	stage11	stage11	VT47406.1	VT47406.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0282	0.0332	0.0424	0.0071	0.0138	0.0427	0.0311	0.0593	0.0138	0.0229	0.0704	0.0229	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0016
chr3R	21455611	21455762	chr3R:21455612-21455762	distal	distal	none	none	VT47406.1	VT47406.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0244	0.0292	0.0335	0.0092	0.0148	0.0277	0.0311	0.056	0.0148	0.0157	0.0482	0.0157	0.0039	0.0038	0.0097	0.0038	0.0026
chr3R	21456267	21456418	chr3R:21456268-21456418	distal	distal	none	none	VT47406.1,VT47407.1	VT47406.1,VT47407.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.016	0.0122	0.0162	0.0106	0.015	0.0247	0.0187	0.0106	0.0103	0.0125	0.0103	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr3R	21456749	21456900	chr3R:21456750-21456900	distal	distal	stage14	stage14	VT47407.1	VT47407.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0244	0.0255	0.0405	0.0138	0.0257	0.0376	0.026	0.0138	0.0121	0.0244	0.0121	0.0101	0.0046	0.0077	0.0046	0.013
chr3R	21457105	21457370	chr3R:21457106-21457370	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT47407.1	VT47407.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0567	0.1034	0.0355	0.0279	0.1018	0.0767	0.1419	0.1499	0.1018	0.0284	0.0453	0.0284	0.0093	0.0038	0.009	0.0038	0.0073
chr3R	21458644	21458905	chr3R:21458645-21458905	distal	distal	stage5	stage5	VT47408.1	VT47408.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0617	0.1355	0.0385	0.0047	0.1389	0.0879	0.1696	0.2312	0.1389	0.0223	0.0569	0.0223	0.0062	0.0031	0.0071	0.0031	0.0042
chr3R	21459024	21459317	chr3R:21459025-21459317	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT47408.1	VT47408.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.092	0.168	0.0885	0.011	0.1771	0.0942	0.263	0.2205	0.1771	0.0386	0.1781	0.0386	0.0147	0.0092	0.0226	0.0092	0.0083
chr3R	21461074	21461225	chr3R:21461075-21461225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0453	0.0679	0.0482	0.0169	0.0424	0.0568	0.0856	0.1146	0.0424	0.0356	0.0556	0.0356	0.0263	0.0084	0.0206	0.0084	0.0203
chr3R	21461342	21461514	chr3R:21461343-21461514	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0552	0.1119	0.0402	0.0084	0.0838	0.0738	0.1367	0.2132	0.0838	0.0338	0.0556	0.0338	0.0139	0.0023	0.011	0.0023	0.0068
chr3R	21462500	21462651	chr3R:21462501-21462651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.07	0.0462	0.0075	0.053	0.0578	0.106	0.0899	0.053	0.0628	0.065	0.0628	0.017	0.0084	0.0077	0.0084	0.0068
chr3R	21463120	21463307	chr3R:21463121-21463307	FBgn0039350	jigr1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1143	0.1549	0.1543	0.0249	0.1262	0.1704	0.1652	0.2305	0.1262	0.2421	0.1932	0.2421	0.0403	0.0199	0.02	0.0199	0.0099
chr3R	21463436	21463751	chr3R:21463437-21463751	FBgn0039350	jigr1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2071	0.2835	0.2642	0.0589	0.2481	0.299	0.3261	0.3851	0.2481	0.3744	0.3289	0.3744	0.1263	0.0429	0.0606	0.0429	0.0271
chr3R	21463914	21464123	chr3R:21463915-21464123	FBgn0039350	jigr1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0722	0.1072	0.0862	0.0178	0.0774	0.0951	0.1358	0.1599	0.0774	0.1558	0.0987	0.1558	0.0302	0.0214	0.0239	0.0214	0.0099
chr3R	21471886	21472089	chr3R:21471887-21472089	FBgn0262411	mir-92a	stage5	none	VT47416.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.072	0.1499	0.0471	0.0124	0.1166	0.1039	0.2266	0.2085	0.1166	0.0405	0.0656	0.0405	0.0256	0.0115	0.0161	0.0115	0.0094
chr3R	21472538	21472743	chr3R:21472539-21472743	FBgn0262411	mir-92a	stage11,stage14,stage5	none	VT47416.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2108	0.1972	0.2532	0.1795	0.1569	0.2194	0.2327	0.2545	0.1569	0.3001	0.283	0.3001	0.2277	0.1899	0.1844	0.1899	0.2058
chr3R	21472842	21473038	chr3R:21472843-21473038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT47416.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2644	0.2392	0.3193	0.2324	0.1898	0.2864	0.2807	0.2871	0.1898	0.4052	0.3473	0.4052	0.3029	0.2489	0.2282	0.2489	0.2585
chr3R	21473157	21473308	chr3R:21473158-21473308	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT47416.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1277	0.1195	0.1547	0.1072	0.0806	0.1335	0.1566	0.1412	0.0806	0.2126	0.163	0.2126	0.1418	0.1217	0.1154	0.1217	0.1136
chr3R	21473717	21473938	chr3R:21473718-21473938	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2363	0.2292	0.2883	0.187	0.1782	0.2704	0.266	0.2851	0.1782	0.375	0.3296	0.375	0.2308	0.2328	0.2211	0.2328	0.2178
chr3R	21474059	21474267	chr3R:21474060-21474267	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.1487	0.1621	0.0751	0.1177	0.1505	0.1877	0.1979	0.1177	0.1999	0.2026	0.1999	0.1015	0.0904	0.1251	0.0904	0.075
chr3R	21477961	21478122	chr3R:21477962-21478122	distal	distal	stage14	stage14	VT47418.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0389	0.0278	0.0529	0.0297	0.0296	0.0584	0.054	0.0297	0.0229	0.0334	0.0229	0.0318	0.0314	0.0484	0.0314	0.0714
chr3R	21478550	21478701	chr3R:21478551-21478701	distal	distal	none	none	VT47418.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.035	0.0396	0.0299	0.0352	0.0297	0.0364	0.0502	0.0566	0.0297	0.0441	0.0322	0.0441	0.024	0.0827	0.0226	0.0827	0.038
chr3R	21479021	21479172	chr3R:21479022-21479172	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0349	0.0403	0.0307	0.0334	0.0286	0.033	0.0562	0.0533	0.0286	0.0399	0.0344	0.0399	0.0256	0.0965	0.0181	0.0965	0.0266
chr3R	21479240	21479468	chr3R:21479241-21479468	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0488	0.0537	0.041	0.0519	0.035	0.0408	0.0839	0.068	0.035	0.0652	0.0415	0.0652	0.0271	0.1447	0.0245	0.1447	0.0516
chr3R	21479676	21479827	chr3R:21479677-21479827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.025	0.0358	0.0206	0.018	0.0244	0.0243	0.0554	0.05	0.0244	0.0157	0.0286	0.0157	0.0147	0.049	0.0116	0.049	0.0141
chr3R	21485885	21486069	chr3R:21485886-21486069	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0338	0.0208	0.0335	0.0486	0.0053	0.0311	0.0242	0.024	0.0053	0.0393	0.0379	0.0393	0.0364	0.0758	0.0484	0.0758	0.0599
chr3R	21486493	21486644	chr3R:21486494-21486644	FBgn0027508	tankyrase	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0288	0.0404	0.0393	0.0127	0.032	0.0381	0.0406	0.0127	0.0459	0.0505	0.0459	0.0333	0.0459	0.049	0.0459	0.0448
chr3R	21486942	21487110	chr3R:21486943-21487110	FBgn0027508,FBgn0261986	RASSF8,tankyrase	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1584	0.1407	0.1789	0.1557	0.0933	0.1646	0.1561	0.2105	0.0933	0.2077	0.2103	0.2077	0.1851	0.1685	0.1696	0.1685	0.1923
chr3R	21487423	21487592	chr3R:21487424-21487592	FBgn0027508,FBgn0261986	RASSF8,tankyrase	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1578	0.1388	0.178	0.1567	0.1039	0.1612	0.1592	0.1865	0.1039	0.2216	0.2087	0.2216	0.1929	0.1753	0.1734	0.1753	0.2006
chr3R	21487686	21487879	chr3R:21487687-21487879	FBgn0261986	RASSF8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1425	0.13	0.1693	0.1271	0.0817	0.166	0.1419	0.1712	0.0817	0.2283	0.1984	0.2283	0.182	0.1478	0.1367	0.1478	0.1714
chr3R	21488023	21488282	chr3R:21488024-21488282	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0618	0.0594	0.0718	0.0535	0.0276	0.0762	0.0675	0.0833	0.0276	0.0797	0.0887	0.0797	0.0813	0.0567	0.0683	0.0567	0.0636
chr3R	21504323	21504501	chr3R:21504324-21504501	FBgn0039355,FBgn0039356	CG4730,CG5039	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0807	0.0718	0.0887	0.0819	0.0424	0.0893	0.0856	0.0919	0.0424	0.0972	0.0997	0.0972	0.1177	0.0804	0.098	0.0804	0.1058
chr3R	21504539	21504691	chr3R:21504540-21504691	FBgn0039355,FBgn0039356	CG4730,CG5039	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0465	0.0414	0.0513	0.0471	0.0308	0.0544	0.0441	0.0526	0.0308	0.0489	0.0579	0.0489	0.0806	0.0459	0.0516	0.0459	0.0641
chr3R	21506261	21506449	chr3R:21506262-21506449	FBgn0039357,FBgn0039358	CG4743,CG5028	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1265	0.1069	0.1534	0.1188	0.0636	0.1398	0.1159	0.1426	0.0636	0.1872	0.1685	0.1872	0.1642	0.1455	0.1199	0.1455	0.1433
chr3R	21506469	21506659	chr3R:21506470-21506659	FBgn0039357,FBgn0039358	CG4743,CG5028	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1018	0.0809	0.1256	0.099	0.0445	0.1049	0.0822	0.1193	0.0445	0.1461	0.1408	0.1461	0.141	0.124	0.1019	0.124	0.1178
chr3R	21510394	21510601	chr3R:21510395-21510601	FBgn0039359	RpL27	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0896	0.081	0.1072	0.0798	0.0488	0.1024	0.0904	0.1106	0.0488	0.1365	0.1129	0.1365	0.1162	0.0972	0.0748	0.0972	0.0959
chr3R	21510719	21510898	chr3R:21510720-21510898	FBgn0039359	RpL27	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1659	0.1463	0.1928	0.1582	0.0986	0.1825	0.1657	0.1852	0.0986	0.247	0.2103	0.247	0.172	0.2044	0.1541	0.2044	0.1772
chr3R	21511017	21511220	chr3R:21511018-21511220	FBgn0039359	RpL27	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0646	0.0608	0.0699	0.0629	0.0297	0.0816	0.0744	0.0686	0.0297	0.0966	0.0727	0.0966	0.0689	0.1003	0.0606	0.1003	0.0683
chr3R	21512555	21512779	chr3R:21512556-21512779	FBgn0039360	CLS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0644	0.0841	0.0585	0.0318	0.0714	0.0817	0.0893	0.0318	0.1075	0.0907	0.1075	0.0906	0.0628	0.0554	0.0628	0.0808
chr3R	21512809	21512991	chr3R:21512810-21512991	FBgn0039360	CLS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1058	0.0988	0.1246	0.0929	0.0615	0.1223	0.1086	0.1366	0.0615	0.1661	0.1296	0.1661	0.1418	0.0995	0.0883	0.0995	0.123
chr3R	21545357	21545508	chr3R:21545358-21545508	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.0032	0.0041	0.0116	0.0042	0.0019	0.0056	0.0033	0.0042	0.0024	0.0055	0.0024	0.0023	0.0046	0.0013	0.0046	0.0036
chr3R	21545762	21545989	chr3R:21545763-21545989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0145	0.0079	0.0075	0.0297	0.0064	0.0068	0.0143	0.0053	0.0064	0.0091	0.0074	0.0091	0.007	0.01	0.0071	0.01	0.0532
chr3R	21546133	21546284	chr3R:21546134-21546284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0135	0.0093	0.0063	0.026	0.0085	0.0112	0.0138	0.0073	0.0085	0.0091	0.0039	0.0091	0.0124	0.0061	0.0077	0.0061	0.073
chr3R	21546556	21546707	chr3R:21546557-21546707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.01	0.007	0.0052	0.0185	0.0021	0.0049	0.0143	0.0067	0.0021	0.0018	0.0068	0.0018	0.0077	0.0077	0.0103	0.0077	0.0505
chr3R	21546866	21547017	chr3R:21546867-21547017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0218	0.0133	0.0204	0.0329	0.0032	0.0146	0.0229	0.0133	0.0032	0.026	0.0209	0.026	0.0294	0.0276	0.0297	0.0276	0.0683
chr3R	21561292	21561443	chr3R:21561293-21561443	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.012	0.0093	0.0108	0.0163	0.0095	0.0053	0.0186	0.006	0.0095	0.0109	0.0096	0.0109	0.0248	0.0069	0.0251	0.0069	0.0287
chr3R	21563649	21563829	chr3R:21563650-21563829	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0321	0.013	0.0269	0.059	0.0053	0.0194	0.0164	0.0093	0.0053	0.026	0.0357	0.026	0.0364	0.0322	0.1206	0.0322	0.0813
chr3R	21563981	21564132	chr3R:21563982-21564132	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.008	0.0174	0.0408	0.0064	0.0087	0.0121	0.0047	0.0064	0.0115	0.0244	0.0115	0.0256	0.013	0.0916	0.013	0.0552
chr3R	21566162	21566362	chr3R:21566163-21566362	FBgn0051092	LpR2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0497	0.0143	0.0372	0.103	0.0064	0.0165	0.0225	0.0107	0.0064	0.0338	0.0392	0.0338	0.0759	0.1149	0.1431	0.1149	0.1615
chr3R	21578711	21578862	chr3R:21578712-21578862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0077	0.0047	0.013	0.0032	0.0068	0.0125	0.0067	0.0032	0.0036	0.0035	0.0036	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chr3R	21579738	21579889	chr3R:21579739-21579889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0225	0.016	0.0232	0.0291	0.0085	0.0141	0.0268	0.0167	0.0085	0.0296	0.0228	0.0296	0.0341	0.0368	0.0329	0.0368	0.0469
chr3R	21589330	21589530	chr3R:21589331-21589530	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0778	0.0653	0.0853	0.0836	0.0329	0.0767	0.0856	0.0766	0.0329	0.0851	0.0875	0.0851	0.1108	0.075	0.0741	0.075	0.11
chr3R	21591853	21592004	chr3R:21591854-21592004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0076	0.0089	0.0111	0.0011	0.0078	0.0147	0.006	0.0011	0.0109	0.0061	0.0109	0.007	0.0031	0.0013	0.0031	0.0042
chr3R	21596609	21596783	chr3R:21596610-21596783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0246	0.0258	0.0285	0.0117	0.0218	0.0424	0.02	0.0117	0.0139	0.0129	0.0139	0.0085	0.0077	0.0052	0.0077	0.0083
chr3R	21597048	21597374	chr3R:21597049-21597374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.028	0.0393	0.0414	0.0201	0.0252	0.0372	0.0433	0.0201	0.0368	0.0299	0.0368	0.017	0.0237	0.009	0.0237	0.0146
chr3R	21597786	21597937	chr3R:21597787-21597937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.009	0.0107	0.0078	0.0042	0.0092	0.0143	0.01	0.0042	0.0072	0.009	0.0072	0.0054	0.0023	6e-04	0.0023	0.0021
chr3R	21608741	21608892	chr3R:21608742-21608892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.011	0.0071	0.0132	0.0074	0.0073	0.0212	0.0093	0.0074	0.0115	0.0071	0.0115	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0042
chr3R	21676713	21676872	chr3R:21676714-21676872	FBgn0040602	CG14545	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0421	0.0527	0.0362	0.018	0.0456	0.0549	0.0573	0.018	0.0622	0.0624	0.0622	0.0511	0.0383	0.0432	0.0383	0.0459
chr3R	21676968	21677155	chr3R:21676969-21677155	FBgn0039379,FBgn0040602	CG14545,CG5886	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1692	0.1562	0.2008	0.1491	0.1262	0.1675	0.1894	0.2045	0.1262	0.2621	0.2119	0.2621	0.2138	0.1685	0.1554	0.1685	0.1761
chr3R	21677227	21677423	chr3R:21677228-21677423	FBgn0039379,FBgn0040602	CG14545,CG5886	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1714	0.1582	0.1963	0.1589	0.122	0.1699	0.1933	0.2039	0.122	0.2645	0.21	0.2645	0.2006	0.1945	0.1541	0.1945	0.1912
chr3R	21678004	21678157	chr3R:21678005-21678157	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0265	0.0203	0.0302	0.0292	0.0053	0.0238	0.0316	0.0207	0.0053	0.0731	0.0215	0.0731	0.0225	0.1064	0.0123	0.1064	0.0125
chr3R	21680920	21681302	chr3R:21680921-21681302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0395	0.0489	0.0435	0.0245	0.0255	0.0777	0.0549	0.046	0.0255	0.1027	0.0318	0.1027	0.0232	0.0352	0.0058	0.0352	0.0135
chr3R	21681711	21681949	chr3R:21681712-21681949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0418	0.0568	0.0393	0.0279	0.0318	0.066	0.0753	0.0706	0.0318	0.096	0.0232	0.096	0.0302	0.0299	0.0058	0.0299	0.012
chr3R	21682144	21682295	chr3R:21682145-21682295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0212	0.0327	0.0193	0.0106	0.017	0.0393	0.0446	0.036	0.017	0.0393	0.0167	0.0393	0.0124	0.013	0.0032	0.013	0.0052
chr3R	21684191	21684342	chr3R:21684192-21684342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0127	0.0036	0.0195	0.0064	0.0083	0.0212	0.018	0.0064	0.0066	0.0032	0.0066	0.0023	0.0689	0.0071	0.0689	0.0078
chr3R	21687704	21687855	chr3R:21687705-21687855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0164	0.0148	0.0254	0.0082	0.0085	0.0126	0.0247	0.0187	0.0085	0.0423	0.0277	0.0423	0.0132	0.0145	0.0032	0.0145	0.0078
chr3R	21700369	21700629	chr3R:21700370-21700629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0238	0.0335	0.0223	0.0146	0.0308	0.0291	0.0562	0.0273	0.0308	0.0266	0.027	0.0266	0.0225	0.0253	0.0123	0.0253	0.0188
chr3R	21705177	21705328	chr3R:21705178-21705328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0308	0.0211	0.0254	0.0476	0.0138	0.0267	0.0303	0.018	0.0138	0.0429	0.0209	0.0429	0.0294	0.1294	0.0226	0.1294	0.0532
chr3R	21705404	21705555	chr3R:21705405-21705555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.03	0.0177	0.0245	0.0497	0.0095	0.0189	0.0242	0.0207	0.0095	0.0374	0.0209	0.0374	0.0302	0.1424	0.0284	0.1424	0.0459
chr3R	21705969	21706154	chr3R:21705970-21706154	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0725	0.0384	0.0807	0.1015	0.0106	0.0675	0.0385	0.042	0.0106	0.119	0.083	0.119	0.0891	0.1685	0.1161	0.1685	0.1292
chr3R	21706523	21706760	chr3R:21706524-21706760	FBgn0027865	Tsp96F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1468	0.1109	0.1943	0.1349	0.0742	0.1573	0.1103	0.1386	0.0742	0.2844	0.217	0.2844	0.1844	0.2312	0.1651	0.2312	0.1371
chr3R	21707081	21707284	chr3R:21707082-21707284	FBgn0027865,FBgn0039381	Sppl,Tsp96F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2253	0.1999	0.2652	0.2099	0.1453	0.2471	0.2262	0.2498	0.1453	0.3394	0.2849	0.3394	0.2665	0.2427	0.2244	0.2427	0.2413
chr3R	21707618	21707801	chr3R:21707619-21707801	FBgn0027865,FBgn0039381	Sppl,Tsp96F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1852	0.157	0.219	0.1795	0.0954	0.1898	0.1886	0.2025	0.0954	0.256	0.2431	0.256	0.227	0.196	0.1779	0.196	0.2121
chr3R	21707912	21708087	chr3R:21707913-21708087	FBgn0039381	Sppl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0916	0.0658	0.1135	0.0964	0.0361	0.0874	0.0735	0.0866	0.0361	0.1268	0.1212	0.1268	0.1363	0.1034	0.0993	0.1034	0.1183
chr3R	21708092	21708243	chr3R:21708093-21708243	FBgn0039381	Sppl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0681	0.0425	0.0844	0.0788	0.018	0.0626	0.0411	0.0593	0.018	0.1008	0.0929	0.1008	0.0922	0.072	0.1019	0.072	0.0995
chr3R	21708708	21708859	chr3R:21708709-21708859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.034	0.0232	0.039	0.0407	0.0042	0.0291	0.026	0.036	0.0042	0.0338	0.0412	0.0338	0.0581	0.0406	0.0322	0.0406	0.0474
chr3R	21709738	21709921	chr3R:21709739-21709921	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1014	0.1009	0.1175	0.0841	0.0541	0.1131	0.1228	0.1459	0.0541	0.1564	0.1241	0.1564	0.1239	0.0988	0.1057	0.0988	0.1178
chr3R	21710868	21711019	chr3R:21710869-21711019	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0233	0.0492	0.0273	0.0064	0.049	0.0195	0.0207	0.0064	0.0284	0.035	0.0284	0.1565	0.0153	0.0232	0.0153	0.0589
chr3R	21711093	21711244	chr3R:21711094-21711244	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0282	0.0197	0.0419	0.0228	0.0042	0.0451	0.0151	0.016	0.0042	0.0272	0.0296	0.0272	0.1309	0.01	0.0155	0.01	0.0537
chr3R	21713743	21713894	chr3R:21713744-21713894	FBgn0028717	Lnk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0507	0.0476	0.0612	0.0428	0.0286	0.0515	0.0679	0.056	0.0286	0.0694	0.0669	0.0694	0.0635	0.0429	0.0393	0.0429	0.0631
chr3R	21714105	21714311	chr3R:21714106-21714311	FBgn0028717	Lnk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2118	0.1994	0.2406	0.1941	0.1262	0.2388	0.2327	0.2592	0.1262	0.2886	0.2621	0.2886	0.2432	0.1983	0.1876	0.1983	0.2288
chr3R	21714340	21714595	chr3R:21714341-21714595	FBgn0028717	Lnk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1861	0.1755	0.2152	0.1659	0.1336	0.2039	0.1998	0.2272	0.1336	0.2542	0.236	0.2542	0.2223	0.1669	0.1709	0.1669	0.1985
chr3R	21714656	21714827	chr3R:21714657-21714827	FBgn0028717	Lnk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1136	0.1078	0.127	0.1054	0.0721	0.1218	0.1289	0.1472	0.0721	0.1479	0.1367	0.1479	0.1356	0.121	0.0993	0.121	0.1162
chr3R	21719106	21719285	chr3R:21719107-21719285	FBgn0039385	CG5913	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1102	0.1024	0.126	0.1015	0.0541	0.1083	0.1384	0.1292	0.0541	0.1473	0.1473	0.1473	0.1387	0.1194	0.1032	0.1194	0.1329
chr3R	21719464	21719615	chr3R:21719465-21719615	FBgn0039385	CG5913	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.033	0.0418	0.027	0.0117	0.032	0.0502	0.0426	0.0117	0.0374	0.0473	0.0374	0.0542	0.0268	0.0271	0.0268	0.037
chr3R	21744228	21744379	chr3R:21744229-21744379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0179	0.0238	0.0225	0.0063	0.0117	0.0209	0.0376	0.03	0.0117	0.0121	0.0431	0.0121	0.0085	0.0038	0.0064	0.0038	0.0089
chr3R	21745722	21745873	chr3R:21745723-21745873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0092	0.0099	0.0166	0.0053	0.0087	0.0164	0.008	0.0053	0.006	0.0113	0.006	0.0039	0.0038	0	0.0038	0.0073
chr3R	21781974	21782125	chr3R:21781975-21782125	FBgn0039396	CcapR	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0095	0.0081	0.0163	0.0053	0.0049	0.019	0.0087	0.0053	0.0091	0.009	0.0091	0.0085	0.0061	0.0116	0.0061	0.0099
chr3R	21792815	21792966	chr3R:21792816-21792966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.007	0.007	0.0053	0.0089	0.0032	0.0049	0.0156	0.004	0.0032	0.0024	0.0068	0.0024	0.0031	8e-04	0.0026	8e-04	0.0021
chr3R	21794778	21794929	chr3R:21794779-21794929	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0055	0.0063	0.0167	0.0032	0.0049	0.0087	0.006	0.0032	0.0048	0.008	0.0048	0.0023	0.0069	6e-04	0.0069	0.0057
chr3R	21795651	21795802	chr3R:21795652-21795802	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0074	0.0051	0.0156	0.0053	0.0058	0.013	0.008	0.0053	0.006	0.0058	0.006	0.0015	0.0061	0.0013	0.0061	0.0063
chr3R	21808281	21808468	chr3R:21808282-21808468	FBgn0015269	Nf1	none	none	VT47599.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0457	0.0613	0.0447	0.0276	0.0539	0.0558	0.0566	0.0276	0.0797	0.0621	0.0797	0.0713	0.0521	0.0451	0.0521	0.0573
chr3R	21808591	21808792	chr3R:21808592-21808792	FBgn0015269	Nf1	stage11,stage14,stage5	none	VT47599.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1495	0.1375	0.1676	0.1432	0.1071	0.1539	0.1626	0.1779	0.1071	0.2107	0.1826	0.2107	0.1766	0.1685	0.1451	0.1685	0.173
chr3R	21808873	21809024	chr3R:21808874-21809024	FBgn0015269	Nf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0631	0.0731	0.0641	0.0371	0.067	0.0817	0.0859	0.0371	0.0918	0.0842	0.0918	0.0821	0.0689	0.0741	0.0689	0.0771
chr3R	21809087	21809279	chr3R:21809088-21809279	FBgn0015269	Nf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.1196	0.1251	0.1203	0.1127	0.0817	0.1204	0.1639	0.1785	0.0817	0.1329	0.1421	0.1329	0.1495	0.1271	0.1109	0.1271	0.1397
chr3R	21822007	21822243	chr3R:21822008-21822243	FBgn0262576	CG43116	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1507	0.0891	0.2458	0.1152	0.0223	0.149	0.064	0.1446	0.0223	0.4058	0.2701	0.4058	0.1727	0.1708	0.1225	0.1708	0.1251
chr3R	21822495	21822813	chr3R:21822496-21822813	FBgn0262576	CG43116	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2228	0.1299	0.3614	0.1745	0.0414	0.199	0.0947	0.2285	0.0414	0.5423	0.4363	0.5423	0.2672	0.2282	0.2985	0.2282	0.1761
chr3R	21823076	21823389	chr3R:21823077-21823389	FBgn0002734,FBgn0262576	CG43116,HLHmdelta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1572	0.1246	0.2582	0.0829	0.0732	0.1413	0.1112	0.2312	0.0732	0.4034	0.3395	0.4034	0.1278	0.1064	0.156	0.1064	0.0855
chr3R	21825010	21825161	chr3R:21825011-21825161	FBgn0002735	HLHmgamma	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.0477	0.1284	0.0152	0.0053	0.066	0.0272	0.1113	0.0053	0.212	0.1669	0.212	0.0271	0.0138	0.0239	0.0138	0.0057
chr3R	21825386	21825667	chr3R:21825387-21825667	FBgn0002735	HLHmgamma	stage11,stage5	none	HLHmgamma_HZmgammaKX	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1685	0.1289	0.309	0.0585	0.0361	0.183	0.0835	0.2625	0.0361	0.4384	0.374	0.4384	0.1464	0.0413	0.0999	0.0413	0.0334
chr3R	21826662	21826904	chr3R:21826663-21826904	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1323	0.1022	0.2217	0.068	0.0233	0.133	0.0424	0.2645	0.0233	0.1938	0.3524	0.1938	0.1549	0.0299	0.1715	0.0299	0.0631
chr3R	21827033	21827184	chr3R:21827034-21827184	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0901	0.0688	0.1609	0.0361	0.017	0.0782	0.035	0.1825	0.017	0.1341	0.2791	0.1341	0.0581	0.0207	0.0967	0.0207	0.0208
chr3R	21827910	21828111	chr3R:21827911-21828111	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT47606.1	VT47606.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1152	0.1053	0.1892	0.045	0.0414	0.1282	0.0869	0.2065	0.0414	0.1643	0.308	0.1643	0.1069	0.013	0.1315	0.013	0.0307
chr3R	21828178	21828556	chr3R:21828179-21828556	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT47606.1	VT47606.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2184	0.1874	0.3391	0.1206	0.0817	0.2432	0.1427	0.3698	0.0817	0.3502	0.5016	0.3502	0.2463	0.0459	0.3462	0.0459	0.0896
chr3R	21830487	21830667	chr3R:21830488-21830667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0789	0.0391	0.1259	0.0719	0.0064	0.0587	0.035	0.0646	0.0064	0.1594	0.1447	0.1594	0.1387	0.0391	0.0896	0.0391	0.1391
chr3R	21831741	21832152	chr3R:21831742-21832152	FBgn0002733	HLHmbeta	stage11,stage14,stage5	none	HLHmbeta	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3481	0.2293	0.4902	0.325	0.158	0.3238	0.2167	0.2918	0.158	0.5978	0.5386	0.5978	0.4872	0.2175	0.4442	0.2175	0.4435
chr3R	21834380	21834531	chr3R:21834381-21834531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0659	0.0219	0.0989	0.079	0.0053	0.0379	0.0216	0.026	0.0053	0.1341	0.1125	0.1341	0.1201	0.0582	0.1625	0.0582	0.1016
chr3R	21834555	21834706	chr3R:21834556-21834706	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0502	0.0196	0.0671	0.0659	0.0053	0.0316	0.019	0.0273	0.0053	0.0857	0.0859	0.0857	0.0705	0.0605	0.1289	0.0605	0.0761
chr3R	21834945	21835278	chr3R:21834946-21835278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0928	0.0368	0.1402	0.1033	0.0106	0.0631	0.0342	0.0433	0.0106	0.2391	0.1531	0.2391	0.1255	0.0888	0.2083	0.0888	0.1152
chr3R	21835530	21835845	chr3R:21835531-21835845	distal	distal	stage11	none	malpha_PNC	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1418	0.083	0.2492	0.0897	0.0297	0.133	0.0597	0.1306	0.0297	0.3563	0.3016	0.3563	0.1967	0.0888	0.0838	0.0888	0.1235
chr3R	21835859	21836069	chr3R:21835860-21836069	distal	distal	stage11,stage5	none	malpha_PNC	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.1078	0.1934	0.0478	0.0467	0.1398	0.0856	0.2032	0.0467	0.305	0.2434	0.305	0.0968	0.0498	0.0484	0.0498	0.0532
chr3R	21836196	21836347	chr3R:21836197-21836347	FBgn0002732	malpha	stage11,stage5	none	malpha_PNC	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1371	0.1777	0.1864	0.0376	0.1336	0.2068	0.1773	0.2758	0.1336	0.2826	0.2363	0.2826	0.11	0.0368	0.0606	0.0368	0.0334
chr3R	21836379	21836609	chr3R:21836380-21836609	FBgn0002732	malpha	stage11,stage5	none	malpha_PNC	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2335	0.2711	0.3185	0.0983	0.2068	0.3141	0.2747	0.4144	0.2068	0.4487	0.3801	0.4487	0.2401	0.1118	0.167	0.1118	0.0844
chr3R	21837363	21837544	chr3R:21837364-21837544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0674	0.1457	0.0553	0.017	0.1034	0.0506	0.1213	0.017	0.1999	0.1752	0.1999	0.1448	0.0421	0.0767	0.0421	0.0714
chr3R	21839037	21839188	chr3R:21839038-21839188	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0684	0.0424	0.1077	0.0542	0.017	0.0519	0.0484	0.064	0.017	0.087	0.1932	0.087	0.0457	0.0283	0.1534	0.0283	0.038
chr3R	21839223	21839390	chr3R:21839224-21839390	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0771	0.0501	0.1239	0.0561	0.017	0.0665	0.0523	0.0793	0.017	0.1051	0.219	0.1051	0.0534	0.0375	0.1612	0.0375	0.0354
chr3R	21840260	21840411	chr3R:21840261-21840411	FBgn0002578	m1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0432	0.0333	0.0591	0.0369	0.0095	0.0456	0.0368	0.0486	0.0095	0.0628	0.0672	0.0628	0.0991	0.0199	0.0567	0.0199	0.0693
chr3R	21840932	21841083	chr3R:21840933-21841083	FBgn0002578	m1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0502	0.0602	0.067	0.0206	0.0159	0.0544	0.0415	0.1612	0.0159	0.0785	0.101	0.0785	0.0403	0.0168	0.0355	0.0168	0.0219
chr3R	21843177	21843604	chr3R:21843178-21843604	FBgn0002592	m2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2172	0.1902	0.3242	0.1298	0.0912	0.2529	0.1497	0.3431	0.0912	0.3798	0.4637	0.3798	0.2386	0.085	0.334	0.085	0.1094
chr3R	21843804	21844237	chr3R:21843805-21844237	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.223	0.1927	0.3596	0.1069	0.0785	0.2578	0.1397	0.3698	0.0785	0.3895	0.5296	0.3895	0.2959	0.0605	0.3237	0.0605	0.0516
chr3R	21846562	21846895	chr3R:21846563-21846895	FBgn0263653	CR43644	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2203	0.0647	0.3443	0.2582	0.0085	0.1267	0.0441	0.0866	0.0085	0.5278	0.3981	0.5278	0.3338	0.3469	0.3662	0.3469	0.358
chr3R	21847256	21847602	chr3R:21847257-21847602	FBgn0002609,FBgn0263653	CR43644,HLHm3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1956	0.0677	0.3051	0.2184	0.0233	0.1189	0.0493	0.0986	0.0233	0.4541	0.3775	0.4541	0.2533	0.2779	0.3449	0.2779	0.2934
chr3R	21849089	21849261	chr3R:21849090-21849261	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1349	0.1846	0.176	0.0343	0.1453	0.1505	0.2362	0.2911	0.1453	0.2095	0.2794	0.2095	0.0635	0.0268	0.0838	0.0268	0.025
chr3R	21850240	21850556	chr3R:21850241-21850556	FBgn0002629	m4	stage11,stage5	none	m4_HZm4	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2272	0.3407	0.2813	0.0409	0.298	0.2869	0.4256	0.4923	0.298	0.4614	0.3958	0.4614	0.072	0.0536	0.0858	0.0536	0.0208
chr3R	21850694	21850882	chr3R:21850695-21850882	FBgn0002629	m4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1299	0.1329	0.2131	0.0352	0.0488	0.1728	0.1077	0.2518	0.0488	0.3822	0.2817	0.3822	0.0612	0.0735	0.0587	0.0735	0.0172
chr3R	21852355	21852506	chr3R:21852356-21852506	distal	distal	none	none	VT47619.1	VT47619.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0815	0.0728	0.1424	0.0244	0.0201	0.0791	0.0407	0.1919	0.0201	0.1775	0.2212	0.1775	0.0682	0.023	0.0625	0.023	0.0167
chr3R	21852558	21853011	chr3R:21852559-21853011	distal	distal	stage5	stage5	VT47619.1	VT47619.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1408	0.1798	0.1945	0.0382	0.1007	0.2282	0.1484	0.3304	0.1007	0.2476	0.272	0.2476	0.1309	0.0383	0.0799	0.0383	0.0287
chr3R	21853616	21853877	chr3R:21853617-21853877	distal	distal	stage11	stage11	VT47619.1	VT47619.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1007	0.0914	0.1751	0.0294	0.018	0.1515	0.0623	0.1539	0.018	0.4004	0.1762	0.4004	0.0565	0.0528	0.0368	0.0528	0.0229
chr3R	21853907	21854058	chr3R:21853908-21854058	distal	distal	stage11	stage11	VT47619.1	VT47619.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0818	0.0766	0.1382	0.0256	0.0255	0.1131	0.0506	0.1446	0.0255	0.3116	0.1412	0.3116	0.0449	0.0528	0.0309	0.0528	0.0162
chr3R	21855333	21855632	chr3R:21855334-21855632	FBgn0002631	HLHm5	stage11,stage5	none	HLHm5_m5-0.13	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1391	0.202	0.1862	0.0173	0.1506	0.1995	0.205	0.3578	0.1506	0.3448	0.2553	0.3448	0.0318	0.0222	0.0355	0.0222	0.013
chr3R	21856220	21856636	chr3R:21856221-21856636	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	m5_DE	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1562	0.1233	0.2562	0.0833	0.071	0.1495	0.1367	0.1785	0.071	0.3756	0.3228	0.3756	0.2091	0.0835	0.1128	0.0835	0.1178
chr3R	21858119	21858307	chr3R:21858120-21858307	FBgn0002632	m6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1105	0.08	0.1803	0.0681	0.0106	0.1495	0.035	0.1446	0.0106	0.285	0.1836	0.285	0.062	0.0314	0.0342	0.0314	0.037
chr3R	21858440	21858591	chr3R:21858441-21858591	FBgn0002632	m6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0644	0.0426	0.0923	0.0582	0.0106	0.0825	0.029	0.0573	0.0106	0.1582	0.0929	0.1582	0.0287	0.0176	0.0181	0.0176	0.0234
chr3R	21860600	21860838	chr3R:21860601-21860838	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1525	0.1167	0.2514	0.0841	0.0286	0.1879	0.0822	0.2039	0.0286	0.3412	0.3119	0.3412	0.1487	0.0789	0.1289	0.0789	0.073
chr3R	21860868	21861131	chr3R:21860869-21861131	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1922	0.1692	0.2985	0.1014	0.0721	0.2296	0.1375	0.3051	0.0721	0.4016	0.3756	0.4016	0.1782	0.1072	0.1631	0.1072	0.0662
chr3R	21861611	21861762	chr3R:21861612-21861762	distal	distal	stage5	none	E(spl)_m8_dl_mel,m5/m8	m5/m8	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0591	0.0773	0.0734	0.0233	0.0583	0.0689	0.096	0.1233	0.0583	0.0996	0.0894	0.0996	0.0503	0.0245	0.0329	0.0245	0.0146
chr3R	21862010	21862263	chr3R:21862011-21862263	FBgn0002633	HLHm7	stage11,stage14,stage5	stage14	E(spl)_m8_dl_mel,m5/m8	m5/m8	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2755	0.2627	0.3541	0.2036	0.2195	0.3282	0.2565	0.3664	0.2195	0.462	0.4135	0.462	0.2595	0.2588	0.2231	0.2588	0.1516
chr3R	21862473	21862727	chr3R:21862474-21862727	FBgn0002633	HLHm7	stage11,stage14,stage5	none	E(spl)_m8_dl_mel,HLHm7_m7-0.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2935	0.2859	0.3735	0.2143	0.2365	0.334	0.3023	0.4017	0.2365	0.4861	0.4415	0.4861	0.2874	0.2496	0.2998	0.2496	0.1735
chr3R	21862728	21862879	chr3R:21862729-21862879	FBgn0002633	HLHm7	stage11,stage14,stage5	none	HLHm7_m7-0.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1999	0.2036	0.2666	0.1225	0.1676	0.2393	0.2115	0.2945	0.1676	0.375	0.3212	0.375	0.1859	0.121	0.1954	0.121	0.1027
chr3R	21865424	21865649	chr3R:21865425-21865649	FBgn0000591	E(spl)	stage11,stage14,stage5	none	E(spl)_PNC,E(spl)_WT_SF-SR,E(spl)_m8-0.46,m8.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1355	0.1361	0.2231	0.0387	0.0626	0.2044	0.0904	0.2478	0.0626	0.3315	0.2508	0.3315	0.0705	0.0222	0.0368	0.0222	0.0177
chr3R	21865753	21865990	chr3R:21865754-21865990	FBgn0000591	E(spl)	stage11,stage14,stage5	none	E(spl)_PNC,E(spl)_WT_SF-SR,E(spl)_m8-0.46,m8.2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2185	0.2531	0.3084	0.0812	0.2089	0.2908	0.2543	0.3864	0.2089	0.4179	0.3486	0.4179	0.1348	0.0375	0.0806	0.0375	0.0323
chr3R	21867347	21867523	chr3R:21867348-21867523	FBgn0001139	gro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2541	0.2181	0.3137	0.2289	0.1548	0.265	0.2435	0.2851	0.1548	0.3877	0.3482	0.3877	0.2703	0.2381	0.2424	0.2381	0.2548
chr3R	21867673	21867848	chr3R:21867674-21867848	FBgn0001139	gro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2588	0.2322	0.316	0.2257	0.1792	0.2665	0.2708	0.2958	0.1792	0.372	0.3434	0.372	0.3145	0.2259	0.2328	0.2259	0.26
chr3R	21867995	21868188	chr3R:21867996-21868188	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2114	0.1876	0.2524	0.1931	0.1092	0.2403	0.2154	0.2385	0.1092	0.3176	0.2698	0.3176	0.2541	0.2106	0.1889	0.2106	0.2303
chr3R	21868247	21868449	chr3R:21868248-21868449	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1452	0.1282	0.1787	0.1276	0.0774	0.1563	0.1587	0.1619	0.0774	0.2295	0.1878	0.2295	0.1991	0.1355	0.1167	0.1355	0.1657
chr3R	21868487	21868657	chr3R:21868488-21868657	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.1333	0.1948	0.1299	0.071	0.1718	0.1548	0.1746	0.071	0.2385	0.2096	0.2385	0.2045	0.1302	0.1219	0.1302	0.1641
chr3R	21877648	21877875	chr3R:21877649-21877875	FBgn0260946	exo84	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0543	0.0867	0.0581	0.0286	0.0694	0.0614	0.074	0.0286	0.1093	0.0961	0.1093	0.0767	0.0697	0.0645	0.0697	0.0641
chr3R	21877914	21878105	chr3R:21877915-21878105	FBgn0039402,FBgn0260946	exo84,vps2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1756	0.1402	0.2197	0.1668	0.1071	0.1786	0.1557	0.1712	0.1071	0.2705	0.2408	0.2705	0.1998	0.1639	0.1889	0.1639	0.1876
chr3R	21878410	21878575	chr3R:21878411-21878575	FBgn0039402,FBgn0260946	exo84,vps2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.178	0.1474	0.2212	0.1646	0.123	0.184	0.1522	0.1979	0.123	0.2736	0.2505	0.2736	0.2037	0.1623	0.185	0.1623	0.1803
chr3R	21881045	21881251	chr3R:21881046-21881251	FBgn0028833	Dak1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1613	0.1229	0.2065	0.1546	0.0774	0.1728	0.1215	0.1679	0.0774	0.2506	0.2119	0.2506	0.2246	0.1631	0.1483	0.1631	0.1886
chr3R	21882228	21882410	chr3R:21882229-21882410	FBgn0039403,FBgn0039404	CG14543,Sld5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1229	0.0976	0.1622	0.1082	0.0838	0.133	0.0921	0.1272	0.0838	0.2023	0.1791	0.2023	0.1774	0.111	0.1122	0.111	0.1365
chr3R	21882489	21882640	chr3R:21882490-21882640	FBgn0039403,FBgn0039404	CG14543,Sld5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0642	0.0545	0.0849	0.0522	0.0297	0.0723	0.0593	0.0726	0.0297	0.1014	0.0949	0.1014	0.0899	0.0521	0.0567	0.0521	0.0698
chr3R	21883629	21883851	chr3R:21883630-21883851	FBgn0039405,FBgn0260224	CG14550,CG42498	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0559	0.047	0.0717	0.0486	0.0265	0.0539	0.058	0.058	0.0265	0.0954	0.0772	0.0954	0.072	0.0666	0.0451	0.0666	0.0578
chr3R	21883888	21884061	chr3R:21883889-21884061	FBgn0039405,FBgn0260224	CG14550,CG42498	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1027	0.0837	0.1261	0.0982	0.0541	0.1015	0.0973	0.1046	0.0541	0.1582	0.1386	0.1582	0.1325	0.1141	0.0993	0.1141	0.1162
chr3R	21884299	21884450	chr3R:21884300-21884450	FBgn0039405,FBgn0260224	CG14550,CG42498	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0502	0.0449	0.0621	0.0432	0.0233	0.0602	0.0523	0.0573	0.0233	0.0797	0.0678	0.0797	0.0651	0.0413	0.0471	0.0413	0.0568
chr3R	21884486	21884823	chr3R:21884487-21884823	FBgn0039406,FBgn0039407	CG14544,RpL34a	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0976	0.0813	0.1232	0.0876	0.0382	0.1126	0.0856	0.1113	0.0382	0.1558	0.1399	0.1558	0.1177	0.0842	0.0954	0.0842	0.1204
chr3R	21884884	21885077	chr3R:21884885-21885077	FBgn0039406,FBgn0039407	CG14544,RpL34a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1186	0.0993	0.1511	0.1046	0.0509	0.132	0.1172	0.1193	0.0509	0.192	0.164	0.192	0.165	0.1141	0.1122	0.1141	0.1407
chr3R	21885115	21885281	chr3R:21885116-21885281	FBgn0039406,FBgn0039407	CG14544,RpL34a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1189	0.1028	0.1516	0.101	0.0562	0.1252	0.125	0.1332	0.0562	0.1914	0.1688	0.1914	0.1534	0.111	0.1186	0.111	0.1235
chr3R	21906050	21906239	chr3R:21906051-21906239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0086	0.0202	0.0173	0.0042	0.0092	0.0156	0.006	0.0042	0.0097	0.0412	0.0097	0.0085	0.0015	0.0535	0.0015	0.0135
chr3R	21907157	21907358	chr3R:21907158-21907358	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.0143	0.0311	0.0369	0.0053	0.0155	0.0208	0.0187	0.0053	0.0157	0.0592	0.0157	0.0186	0.0038	0.127	0.0038	0.0182
chr3R	21907567	21907718	chr3R:21907568-21907718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0125	0.0076	0.0155	0.0148	0.0053	0.0078	0.013	0.0067	0.0053	0.0115	0.0248	0.0115	0.0093	0.0046	0.0471	0.0046	0.0052
chr3R	21924331	21924568	chr3R:21924332-21924568	FBgn0039411	dys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0654	0.0545	0.0949	0.0453	0.0361	0.0442	0.0554	0.1146	0.0361	0.0133	0.2135	0.0133	0.0263	0.0069	0.1779	0.0069	0.0089
chr3R	21924878	21925042	chr3R:21924879-21925042	FBgn0039411	dys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0739	0.0719	0.0989	0.0486	0.0445	0.0704	0.0558	0.1606	0.0445	0.0193	0.2167	0.0193	0.0256	0.0077	0.1792	0.0077	0.0172
chr3R	21925187	21925401	chr3R:21925188-21925401	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0787	0.08	0.1029	0.0507	0.0414	0.0786	0.0718	0.1692	0.0414	0.0278	0.2222	0.0278	0.0256	0.0069	0.1799	0.0069	0.0208
chr3R	21929277	21929449	chr3R:21929278-21929449	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0179	0.0057	0.0105	0.0395	0	0.0039	0.0125	0.0053	0	0.0054	0.01	0.0054	0.0225	0.0352	0.0535	0.0352	0.0573
chr3R	21931538	21931689	chr3R:21931539-21931689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0123	0.0091	0.0108	0.0177	0.0032	0.0058	0.0156	0.014	0.0032	0.0103	0.0135	0.0103	0.0085	0.0184	0.0213	0.0184	0.0156
chr3R	21932011	21932220	chr3R:21932012-21932220	FBgn0051324	CG31324	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0375	0.0211	0.0369	0.0565	0.0085	0.0257	0.0272	0.0253	0.0085	0.032	0.0511	0.032	0.0302	0.0498	0.0774	0.0498	0.0662
chr3R	21932538	21932729	chr3R:21932539-21932729	FBgn0051324	CG31324	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0272	0.0087	0.0174	0.0586	0.0074	0.0107	0.0112	0.0087	0.0074	0.0133	0.0238	0.0133	0.0248	0.0176	0.0703	0.0176	0.1037
chr3R	21934249	21934400	chr3R:21934250-21934400	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0107	0.0057	0.0077	0.0195	0.0042	0.0034	0.0099	0.0067	0.0042	0.0054	0.0071	0.0054	0.0194	0.0123	0.0174	0.0123	0.0422
chr3R	21943275	21943454	chr3R:21943276-21943454	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0067	0.011	0.0691	0.0021	0.0083	0.0117	0.0053	0.0021	0.0036	0.0125	0.0036	0.0302	0.0337	0.078	0.0337	0.147
chr3R	21943713	21943864	chr3R:21943714-21943864	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.011	0.0046	0.0062	0.0235	0	0.0053	0.0087	0.004	0	0.0054	0.0071	0.0054	0.0101	0.0038	0.0258	0.0038	0.0552
chr3R	21949812	21949963	chr3R:21949813-21949963	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0076	0.0052	0.0047	0.0134	0.0021	0.0029	0.0091	0.008	0.0021	0.0048	0.0045	0.0048	0.0085	0.0054	0.0097	0.0054	0.0323
chr3R	21955470	21955634	chr3R:21955471-21955634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0391	0.0537	0.05	0.0233	0.0456	0.0411	0.06	0.0233	0.0525	0.0678	0.0525	0.062	0.0505	0.0664	0.0505	0.0667
chr3R	21958764	21958915	chr3R:21958765-21958915	FBgn0039415	CG6142	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0095	0.0076	0.0086	0.0125	0.0021	0.0068	0.0143	0.0067	0.0021	0.0054	0.0138	0.0054	0.0077	0.0038	0.0393	0.0038	0.0057
chr3R	21959585	21959736	chr3R:21959586-21959736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0122	0.0069	0.0135	0.0169	0.0021	0.0044	0.0134	0.0087	0.0021	0.006	0.0251	0.006	0.0077	0.0015	0.0606	0.0015	0.0078
chr3R	21963101	21963271	chr3R:21963102-21963271	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0412	0.0125	0.0424	0.072	0.0053	0.0184	0.0173	0.0107	0.0053	0.0217	0.0556	0.0217	0.0651	0.0743	0.087	0.0743	0.1063
chr3R	21996143	21996294	chr3R:21996144-21996294	FBgn0051323	CG31323	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	none	0.008	0.0062	0.0062	0.0118	0.0021	0.0073	0.0078	0.0067	0.0021	0.0115	0.0042	0.0115	0.007	0.0268	0.0039	0.0268	0.0057
chr3R	21996472	21996632	chr3R:21996473-21996632	FBgn0051323	CG31323	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.0115	0.0049	0.0058	0.0251	0.0011	0.0078	0.0078	0.0027	0.0011	0.006	0.0042	0.006	0.0046	0.049	0.0019	0.049	0.0047
chr3R	22010270	22010421	chr3R:22010271-22010421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0133	0.0237	0.0102	0.0053	0.0085	0.0073	0.0614	0.0133	0.0085	0.0085	0.0125	0.0085	0.0132	0.0054	0.0071	0.0054	0.0047
chr3R	22013962	22014113	chr3R:22013963-22014113	FBgn0039417	CG6073	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0178	0.0247	0.0171	0.0106	0.017	0.0277	0.0193	0.0106	0.0254	0.0331	0.0254	0.0232	0.0184	0.02	0.0184	0.0172
chr3R	22014189	22014381	chr3R:22014190-22014381	FBgn0039417	CG6073	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0591	0.0486	0.0697	0.0592	0.0308	0.0597	0.0549	0.064	0.0308	0.0803	0.0788	0.0803	0.0821	0.0674	0.0561	0.0674	0.0766
chr3R	22014468	22014662	chr3R:22014469-22014662	FBgn0039417	CG6073	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.1128	0.156	0.131	0.0848	0.1369	0.1233	0.1499	0.0848	0.1679	0.1807	0.1679	0.1805	0.144	0.1315	0.144	0.1641
chr3R	22020322	22020473	chr3R:22020323-22020473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0115	0.0126	0.0169	0.0053	0.0058	0.0212	0.0153	0.0053	0.0091	0.0087	0.0091	0.0124	0.0046	0.0058	0.0046	0.0104
chr3R	22020732	22020883	chr3R:22020733-22020883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0116	0.0102	0.0143	0.0106	0.0063	0.0212	0.0127	0.0106	0.0066	0.0093	0.0066	0.0023	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chr3R	22041330	22041481	chr3R:22041331-22041481	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0069	0.0049	0.0055	0.0107	0.0021	0.0044	0.0091	0.0027	0.0021	0.0103	0.0064	0.0103	0.0031	0.0291	0.0064	0.0291	0.0104
chr3R	22048042	22048234	chr3R:22048043-22048234	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0158	0.0079	0.0152	0.0253	0.0032	0.0083	0.0156	0.004	0.0032	0.0115	0.0087	0.0115	0.0488	0.0138	0.0097	0.0138	0.0709
chr3R	22052629	22052780	chr3R:22052630-22052780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0072	0.01	0.0187	0.0021	0.0063	0.0138	0.0053	0.0021	0.0079	0.0148	0.0079	0.0124	0.0061	0.0548	0.0061	0.0125
chr3R	22053906	22054088	chr3R:22053907-22054088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0168	0.0131	0.0175	0.0202	0.0095	0.0107	0.0221	0.0127	0.0095	0.0145	0.0125	0.0145	0.048	0.01	0.0116	0.01	0.0495
chr3R	22055277	22055428	chr3R:22055278-22055428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.0116	0.0151	0.0216	0.0095	0.0107	0.0199	0.0087	0.0095	0.0199	0.0119	0.0199	0.0325	0.0207	0.0161	0.0207	0.0474
chr3R	22055834	22056041	chr3R:22055835-22056041	FBgn0039419	CG12290	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0628	0.0168	0.0636	0.1134	0.0074	0.0228	0.0242	0.0133	0.0074	0.0749	0.0463	0.0749	0.1557	0.1761	0.1154	0.1761	0.1871
chr3R	22060548	22060785	chr3R:22060549-22060785	FBgn0261708	CR42745	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0191	0.0106	0.0165	0.0315	0.0106	0.0112	0.0182	0.0053	0.0106	0.0163	0.017	0.0163	0.0294	0.0291	0.0484	0.0291	0.0438
chr3R	22061038	22061189	chr3R:22061039-22061189	FBgn0261708	CR42745	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0127	0.0077	0.011	0.0202	0.0085	0.0063	0.0138	0.0047	0.0085	0.0121	0.0119	0.0121	0.0186	0.0168	0.0251	0.0168	0.0349
chr3R	22061499	22061650	chr3R:22061500-22061650	FBgn0261708	CR42745	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0136	0.009	0.0131	0.0194	0.0042	0.0068	0.0177	0.0067	0.0042	0.0121	0.0164	0.0121	0.017	0.0107	0.0232	0.0107	0.0375
chr3R	22079634	22079829	chr3R:22079635-22079829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0324	0.026	0.0266	0.0458	0.0159	0.0257	0.0402	0.0293	0.0159	0.0248	0.027	0.0248	0.0519	0.0551	0.0406	0.0551	0.0886
chr3R	22079891	22080117	chr3R:22079892-22080117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0241	0.0184	0.0181	0.0369	0.0106	0.0155	0.0333	0.016	0.0106	0.0151	0.018	0.0151	0.0395	0.0528	0.0206	0.0528	0.0698
chr3R	22080126	22080277	chr3R:22080127-22080277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0115	0.0159	0.0324	0.0085	0.0102	0.0203	0.0093	0.0085	0.0091	0.0177	0.0091	0.0341	0.0337	0.0213	0.0337	0.0703
chr3R	22081887	22082038	chr3R:22081888-22082038	distal	distal	none	none	Unspecified_HC_46	Unspecified_HC_46	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0187	0.0265	0.0113	0.0181	0.017	0.0107	0.0554	0.026	0.017	0.0121	0.0116	0.0121	0.0163	0.0199	0.0116	0.0199	0.0334
chr3R	22084323	22084514	chr3R:22084324-22084514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0492	0.0206	0.032	0.1	0.0085	0.0228	0.0342	0.0187	0.0085	0.0236	0.0238	0.0236	0.0875	0.134	0.0645	0.134	0.1339
chr3R	22084773	22085071	chr3R:22084774-22085071	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1018	0.0682	0.0807	0.1627	0.0286	0.0689	0.0982	0.0826	0.0286	0.0543	0.0627	0.0543	0.2169	0.2159	0.1032	0.2159	0.211
chr3R	22085489	22085646	chr3R:22085490-22085646	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.029	0.0121	0.0168	0.0613	0.0064	0.017	0.016	0.0113	0.0064	0.0133	0.0116	0.0133	0.0496	0.1179	0.02	0.1179	0.1021
chr3R	22085751	22085962	chr3R:22085752-22085962	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.034	0.014	0.0263	0.0649	0.0095	0.017	0.0229	0.008	0.0095	0.0097	0.0186	0.0097	0.0844	0.0712	0.0309	0.0712	0.1412
chr3R	22086679	22086864	chr3R:22086680-22086864	FBgn0000064	Ald	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0468	0.013	0.0449	0.0866	0.0021	0.0223	0.0151	0.0093	0.0021	0.0211	0.0299	0.0211	0.1588	0.0651	0.0619	0.0651	0.2011
chr3R	22087125	22087402	chr3R:22087126-22087402	FBgn0000064	Ald	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0657	0.0102	0.041	0.1547	0.0053	0.0141	0.0138	0.0073	0.0053	0.0248	0.0318	0.0248	0.1247	0.1677	0.1767	0.1677	0.247
chr3R	22087918	22088069	chr3R:22087919-22088069	FBgn0039420	CG6154	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0067	0.0084	0.021	0.0042	0.0044	0.0134	0.0047	0.0042	0.0091	0.0071	0.0091	0.007	0.0038	0.0103	0.0038	0.0089
chr3R	22088275	22088426	chr3R:22088276-22088426	FBgn0039420	CG6154	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.01	0.0082	0.0194	0.0095	0.0073	0.0177	0.0087	0.0095	0.0085	0.0074	0.0085	0.0077	0.0023	0.0058	0.0023	0.0083
chr3R	22110295	22110460	chr3R:22110296-22110460	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0171	0.0268	0.0185	0.0047	0.0138	0.0107	0.0372	0.0593	0.0138	0.0115	0.035	0.0115	0.0046	0	0.0071	0	0.0021
chr3R	22117460	22117611	chr3R:22117461-22117611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0157	0.0213	0.0124	0.013	0.0106	0.0165	0.0389	0.0233	0.0106	0.0145	0.0093	0.0145	0.0139	8e-04	0.0039	8e-04	0.0052
chr3R	22143752	22143971	chr3R:22143753-22143971	FBgn0053970	CG33970	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0158	0.0269	0.0526	0.0148	0.016	0.0234	0.0153	0.0148	0.0187	0.0376	0.0187	0.038	0.0168	0.1206	0.0168	0.0735
chr3R	22144048	22144199	chr3R:22144049-22144199	FBgn0053970	CG33970	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0141	0.0074	0.0121	0.024	0.0042	0.0063	0.0138	0.0053	0.0042	0.0066	0.0199	0.0066	0.0116	0.0023	0.0638	0.0023	0.0281
chr3R	22158109	22158289	chr3R:22158110-22158289	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0374	0.0302	0.0496	0.032	0.0148	0.0296	0.0433	0.038	0.0148	0.0296	0.0916	0.0296	0.0248	0.0123	0.0974	0.0123	0.0193
chr3R	22215833	22215984	chr3R:22215834-22215984	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0056	0.007	0.0145	0.0021	0.0063	0.0087	0.0053	0.0021	0.0072	0.0074	0.0072	0.0062	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr3R	22261779	22261930	chr3R:22261780-22261930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0137	0.0096	0.01	0.0224	0.0032	0.0121	0.0164	0.0067	0.0032	0.0151	0.0106	0.0151	0.0124	0.0674	0.0219	0.0674	0.0104
chr3R	22264080	22264231	chr3R:22264081-22264231	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.0067	0.0112	0.0242	0.0021	0.0058	0.0134	0.0033	0.0021	0.0109	0.018	0.0109	0.0093	0.0123	0.078	0.0123	0.0057
chr3R	22266253	22266467	chr3R:22266254-22266467	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0668	0.0212	0.0768	0.1067	0.0074	0.0335	0.0225	0.024	0.0074	0.1401	0.0865	0.1401	0.0534	0.2435	0.1657	0.2435	0.0782
chr3R	22266745	22266987	chr3R:22266746-22266987	FBgn0263118	tx	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0469	0.0201	0.0541	0.0689	0.0159	0.0311	0.0247	0.0127	0.0159	0.1558	0.0312	0.1558	0.0364	0.2251	0.0729	0.2251	0.0255
chr3R	22268770	22268982	chr3R:22268771-22268982	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0294	0.0118	0.0206	0.0588	0.0117	0.0136	0.0195	0.006	0.0117	0.0435	0.0167	0.0435	0.0139	0.2052	0.0509	0.2052	0.0208
chr3R	22269059	22269212	chr3R:22269060-22269212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0083	0.0137	0.0436	0.0064	0.0117	0.0104	0.0067	0.0064	0.026	0.0138	0.026	0.0116	0.1417	0.049	0.1417	0.012
chr3R	22269609	22269760	chr3R:22269610-22269760	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0132	0.0054	0.0079	0.0279	0.0064	0.0068	0.0074	0.004	0.0064	0.0163	0.0051	0.0163	0.0093	0.1003	0.0213	0.1003	0.0099
chr3R	22277821	22278008	chr3R:22277822-22278008	FBgn0039427	CG5447	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0298	0.0443	0.0301	0.0148	0.0345	0.0376	0.0406	0.0148	0.0604	0.0489	0.0604	0.0465	0.0406	0.0284	0.0406	0.0318
chr3R	22278122	22278298	chr3R:22278123-22278298	FBgn0039427	CG5447	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.095	0.0759	0.1181	0.0908	0.0594	0.0942	0.0848	0.0993	0.0594	0.1618	0.1241	0.1618	0.1162	0.1041	0.0806	0.1041	0.1172
chr3R	22278425	22278630	chr3R:22278426-22278630	FBgn0039427	CG5447	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0564	0.0401	0.074	0.0551	0.0286	0.0461	0.0493	0.0513	0.0286	0.1014	0.0788	0.1014	0.0689	0.0636	0.0548	0.0636	0.0683
chr3R	22283180	22283331	chr3R:22283181-22283331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0071	0.0088	0.0106	0.0042	0.0053	0.0143	0.006	0.0042	0.0097	0.009	0.0097	0.0062	0.0069	0.0064	0.0069	0.0057
chr3R	22287164	22287369	chr3R:22287165-22287369	FBgn0039430	CG5455	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0446	0.0081	0.0195	0.1129	0.0032	0.0112	0.0104	0.006	0.0032	0.0121	0.0186	0.0121	0.0449	0.144	0.087	0.144	0.1725
chr3R	22288175	22288349	chr3R:22288176-22288349	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0324	0.0057	0.0169	0.0794	0.0021	0.0092	0.0087	0.002	0.0021	0.0133	0.0186	0.0133	0.031	0.1118	0.107	0.1118	0.0928
chr3R	22288985	22289228	chr3R:22288986-22289228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.013	0.0181	0.0441	0.0074	0.0146	0.0212	0.0113	0.0074	0.0115	0.0209	0.0115	0.0372	0.0168	0.0671	0.0168	0.0818
chr3R	22289414	22289565	chr3R:22289415-22289565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0102	0.0102	0.0242	0.0074	0.0087	0.019	0.006	0.0074	0.0097	0.0087	0.0097	0.0217	0.0061	0.0129	0.0061	0.0662
chr3R	22298081	22298232	chr3R:22298082-22298232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0262	0.0241	0.0306	0.0212	0.0199	0.0441	0.028	0.0212	0.0236	0.0277	0.0236	0.0418	0.0276	0.0316	0.0276	0.0589
chr3R	22298304	22298455	chr3R:22298305-22298455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0257	0.0254	0.024	0.028	0.0127	0.0248	0.042	0.026	0.0127	0.0278	0.0286	0.0278	0.0325	0.026	0.0297	0.026	0.0521
chr3R	22324805	22324956	chr3R:22324806-22324956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0104	0.01	0.0096	0.0117	0.0064	0.0078	0.0195	0.0067	0.0064	0.0097	0.0074	0.0097	0.0031	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chr3R	22329205	22329356	chr3R:22329206-22329356	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.01	0.0086	0.0081	0.0136	0.0053	0.0058	0.0186	0.0047	0.0053	0.0079	0.0087	0.0079	0.0101	0.0038	0.0103	0.0038	0.0141
chr3R	22347710	22347861	chr3R:22347711-22347861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0116	0.0082	0.0114	0.0155	0.0042	0.0063	0.0147	0.0087	0.0042	0.0085	0.0199	0.0085	0.0046	0.0038	0.0496	0.0038	0.0042
chr3R	22355352	22355583	chr3R:22355353-22355583	distal	distal	none	none	VT47882.1	VT47882.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0307	0.0293	0.0292	0.0338	0.0127	0.0325	0.0489	0.026	0.0127	0.0314	0.0302	0.0314	0.0372	0.0199	0.0342	0.0199	0.0412
chr3R	22356250	22356401	chr3R:22356251-22356401	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0086	0.0057	0.0124	0.0042	0.0083	0.0164	0.0067	0.0042	0.0079	0.0045	0.0079	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0057
chr3R	22357096	22357247	chr3R:22357097-22357247	distal	distal	none	none	VT47884.1	VT47884.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0112	0.0075	0.0075	0.0194	0.0032	0.0063	0.016	0.004	0.0032	0.0115	0.0077	0.0115	0.0031	0.0046	0.0058	0.0046	0.0099
chr3R	22359815	22359966	chr3R:22359816-22359966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0127	0.0099	0.0177	0.0021	0.0112	0.0221	0.0153	0.0021	0.0072	0.008	0.0072	0.0023	0.0054	0.0058	0.0054	0.0036
chr3R	22360888	22361090	chr3R:22360889-22361090	FBgn0039431	CG6490	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.068	0.0237	0.0471	0.1405	0.0042	0.035	0.0268	0.0313	0.0042	0.0266	0.0479	0.0266	0.0922	0.1049	0.1567	0.1049	0.1985
chr3R	22361367	22361533	chr3R:22361368-22361533	FBgn0039431	CG6490	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0616	0.0267	0.0471	0.1167	0.0127	0.0359	0.0277	0.0366	0.0127	0.038	0.0505	0.038	0.0837	0.0758	0.1322	0.0758	0.1756
chr3R	22361948	22362159	chr3R:22361949-22362159	FBgn0263289	scrib	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2315	0.2087	0.2706	0.2142	0.1601	0.2413	0.2336	0.2765	0.1601	0.3261	0.2955	0.3261	0.2711	0.2167	0.2463	0.2167	0.2527
chr3R	22362369	22362615	chr3R:22362370-22362615	FBgn0263289	scrib	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1845	0.1831	0.2279	0.1386	0.1495	0.2165	0.1873	0.2645	0.1495	0.282	0.2479	0.282	0.1998	0.1355	0.1335	0.1355	0.1501
chr3R	22362771	22362985	chr3R:22362772-22362985	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1148	0.112	0.1416	0.0886	0.0594	0.1325	0.1034	0.2025	0.0594	0.1582	0.1592	0.1582	0.1294	0.0972	0.0819	0.0972	0.0969
chr3R	22363183	22363334	chr3R:22363184-22363334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0279	0.0424	0.0192	0.0106	0.0345	0.0337	0.0413	0.0106	0.0525	0.0543	0.0525	0.0302	0.0184	0.0277	0.0184	0.0188
chr3R	22367152	22367308	chr3R:22367153-22367308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0305	0.0233	0.0343	0.0343	0.0064	0.0233	0.0281	0.0406	0.0064	0.0242	0.0579	0.0242	0.0232	0.0123	0.1083	0.0123	0.0193
chr3R	22368225	22368475	chr3R:22368226-22368475	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0344	0.0442	0.0362	0.0216	0.0191	0.0466	0.0394	0.0913	0.0191	0.0314	0.0569	0.0314	0.0232	0.0138	0.0438	0.0138	0.0193
chr3R	22368798	22369105	chr3R:22368799-22369105	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.046	0.0646	0.0416	0.0302	0.0403	0.0485	0.0666	0.1379	0.0403	0.0254	0.0704	0.0254	0.0256	0.0153	0.0632	0.0153	0.0271
chr3R	22370218	22370369	chr3R:22370219-22370369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0192	0.0199	0.0194	0.0117	0.0194	0.0272	0.0233	0.0117	0.0157	0.0293	0.0157	0.0225	0.0168	0.0355	0.0168	0.0177
chr3R	22371753	22371904	chr3R:22371754-22371904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0159	0.0151	0.0156	0.017	0.0074	0.0204	0.0221	0.012	0.0074	0.0242	0.0138	0.0242	0.0194	0.0153	0.0174	0.0153	0.0307
chr3R	22373249	22373483	chr3R:22373250-22373483	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0416	0.0518	0.04	0.032	0.0297	0.0641	0.0515	0.0819	0.0297	0.0761	0.0334	0.0761	0.0372	0.0643	0.0232	0.0643	0.0427
chr3R	22378029	22378224	chr3R:22378030-22378224	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0466	0.0374	0.0475	0.0558	0.0106	0.0709	0.0281	0.05	0.0106	0.0749	0.0608	0.0749	0.0325	0.0873	0.0883	0.0873	0.0568
chr3R	22382069	22382220	chr3R:22382070-22382220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0179	0.0284	0.0189	0.0074	0.0189	0.0251	0.0227	0.0074	0.0205	0.0486	0.0205	0.0139	0.0069	0.0438	0.0069	0.0146
chr3R	22382475	22382635	chr3R:22382476-22382635	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.0216	0.0665	0.0446	0.0085	0.0277	0.0247	0.0306	0.0085	0.0175	0.1415	0.0175	0.0186	0.013	0.1457	0.013	0.0203
chr3R	22382874	22383025	chr3R:22382875-22383025	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0261	0.016	0.0363	0.0262	0.0064	0.0175	0.0203	0.0253	0.0064	0.0163	0.0656	0.0163	0.0271	0.0207	0.0696	0.0207	0.0146
chr3R	22383216	22383367	chr3R:22383217-22383367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0202	0.0372	0.0279	0.0053	0.0243	0.0277	0.026	0.0053	0.0139	0.0688	0.0139	0.024	0.0191	0.0735	0.0191	0.0162
chr3R	22383510	22383691	chr3R:22383511-22383691	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0171	0.0302	0.0251	0.0074	0.0165	0.0238	0.0233	0.0074	0.0157	0.0547	0.0157	0.0139	0.0092	0.069	0.0092	0.0156
chr3R	22391611	22391762	chr3R:22391612-22391762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0171	0.0151	0.0197	0.0166	0.0106	0.0204	0.0195	0.0133	0.0106	0.0223	0.0267	0.0223	0.0116	0.0168	0.0251	0.0168	0.0151
chr3R	22392193	22392383	chr3R:22392194-22392383	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0465	0.0541	0.0361	0.0276	0.0553	0.0532	0.0573	0.0276	0.0676	0.0666	0.0676	0.0457	0.0283	0.0503	0.0283	0.0448
chr3R	22392539	22392785	chr3R:22392540-22392785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1789	0.1498	0.2161	0.1707	0.1092	0.1801	0.1713	0.1912	0.1092	0.2488	0.2572	0.2488	0.2099	0.1746	0.1928	0.1746	0.2121
chr3R	22393910	22394084	chr3R:22393911-22394084	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0293	0.0183	0.0192	0.0159	0.0369	0.0389	0.032	0.0159	0.0187	0.0154	0.0187	0.0364	0.0077	0.0251	0.0077	0.0307
chr3R	22394098	22394321	chr3R:22394099-22394321	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0316	0.0461	0.0259	0.0216	0.0255	0.0597	0.0584	0.0513	0.0255	0.0199	0.0267	0.0199	0.0519	0.0176	0.0303	0.0176	0.0261
chr3R	22396247	22396465	chr3R:22396248-22396465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0146	0.0197	0.0237	0.0053	0.017	0.0186	0.0193	0.0053	0.0139	0.0167	0.0139	0.048	0.0123	0.0174	0.0123	0.0604
chr3R	22414143	22414294	chr3R:22414144-22414294	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.0127	0.0099	0.0124	0.0117	0.0083	0.0208	0.016	0.0117	0.0054	0.0106	0.0054	0.0217	0.0031	0.0142	0.0031	0.0255
chr3R	22419028	22419179	chr3R:22419029-22419179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0121	0.0114	0.0182	0.0074	0.0141	0.016	0.0153	0.0074	0.0048	0.0206	0.0048	0.0077	0.0107	0.0413	0.0107	0.0156
chr3R	22419611	22419762	chr3R:22419612-22419762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0148	0.0137	0.0152	0.0095	0.0165	0.0169	0.024	0.0095	0.0151	0.0174	0.0151	0.0124	0.0153	0.0335	0.0153	0.0146
chr3R	22419971	22420122	chr3R:22419972-22420122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0086	0.0084	0.0124	0.0053	0.0107	0.0117	0.0087	0.0053	0.0115	0.0116	0.0115	0.0062	0.0054	0.0335	0.0054	0.0104
chr3R	22432368	22432519	chr3R:22432369-22432519	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0091	0.0121	0.0216	0.0021	0.0102	0.0143	0.0093	0.0021	0.0139	0.0138	0.0139	0.0046	0.0046	0.0135	0.0046	0.0089
chr3R	22441234	22441385	chr3R:22441235-22441385	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0106	0.0075	0.0143	0.0085	0.0083	0.0186	0.0107	0.0085	0.006	0.0122	0.006	0.0015	0.0015	0.049	0.0015	0.0042
chr3R	22443118	22443269	chr3R:22443119-22443269	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0075	0.0049	0.0066	0.0116	0.0011	0.0049	0.0078	0.0053	0.0011	0.003	0.0116	0.003	0.0039	0.0077	0.0361	0.0077	0.0036
chr3R	22452823	22452974	chr3R:22452824-22452974	FBgn0039438	TwdlO	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0088	0.0074	0.0086	0.0106	0.0053	0.0053	0.013	0.008	0.0053	0.0103	0.0113	0.0103	0.0046	0.0069	0.0277	0.0069	0.0073
chr3R	22481293	22481444	chr3R:22481294-22481444	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0269	0.0237	0.0317	0.0252	0.017	0.0243	0.035	0.0266	0.017	0.0308	0.0395	0.0308	0.0364	0.0253	0.0413	0.0253	0.0339
chr3R	22497328	22497479	chr3R:22497329-22497479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0151	0.0107	0.0152	0.0064	0.0126	0.026	0.0193	0.0064	0.0121	0.0113	0.0121	0.0085	0.0038	0.0058	0.0038	0.0047
chr3R	22507704	22507855	chr3R:22507705-22507855	FBgn0250908	beat-VII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0076	0.0082	0.016	0.0021	0.0092	0.0138	0.0027	0.0021	0.0115	0.0061	0.0115	0.0093	8e-04	0.0084	8e-04	0.0031
chr3R	22515129	22515280	chr3R:22515130-22515280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0074	0.0066	0.0095	0.0053	0.0058	0.0125	0.0067	0.0053	0.0066	0.0093	0.0066	0.0046	0.0054	0.0013	0.0054	0.0047
chr3R	22515442	22515593	chr3R:22515443-22515593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0074	0.0067	0.0066	0.0089	0.0053	0.0049	0.0125	0.004	0.0053	0.006	0.0074	0.006	0.0031	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr3R	22531956	22532107	chr3R:22531957-22532107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0087	0.0044	0.0078	0.0021	0.0049	0.0177	0.0107	0.0021	0.0054	0.0048	0.0054	0.0031	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chr3R	22539861	22540028	chr3R:22539862-22540028	FBgn0023179	amon	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0087	0.0094	0.0401	0.0011	0.0112	0.0121	0.0093	0.0011	0.0066	0.0071	0.0066	0.0163	0.0031	0.009	0.0031	0.0662
chr3R	22540038	22540339	chr3R:22540039-22540339	FBgn0023179	amon	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0148	0.018	0.0475	0.0021	0.016	0.0225	0.018	0.0021	0.0169	0.0177	0.0169	0.024	0.01	0.0148	0.01	0.0756
chr3R	22542706	22542923	chr3R:22542707-22542923	FBgn0039449	CG6425	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0533	0.0756	0.0461	0.0265	0.0602	0.0701	0.07	0.0265	0.0966	0.0849	0.0966	0.0682	0.0322	0.0496	0.0322	0.0594
chr3R	22543017	22543204	chr3R:22543018-22543204	FBgn0039449,FBgn0039450	CG5484,CG6425	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.0881	0.1398	0.1032	0.053	0.1039	0.1051	0.1193	0.053	0.1727	0.1531	0.1727	0.1371	0.1003	0.1141	0.1003	0.124
chr3R	22543280	22543463	chr3R:22543281-22543463	FBgn0039449,FBgn0039450	CG5484,CG6425	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0598	0.0482	0.0734	0.0579	0.0329	0.0573	0.0606	0.0586	0.0329	0.0924	0.0791	0.0924	0.0658	0.0658	0.0613	0.0658	0.0709
chr3R	22543525	22543699	chr3R:22543526-22543699	FBgn0039449,FBgn0039450	CG5484,CG6425	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.0753	0.1269	0.1028	0.0371	0.1005	0.0792	0.1059	0.0371	0.1461	0.1402	0.1461	0.127	0.1095	0.0999	0.1095	0.1318
chr3R	22543767	22543918	chr3R:22543768-22543918	FBgn0039450	CG5484	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0346	0.0661	0.054	0.0148	0.0481	0.0359	0.0493	0.0148	0.0809	0.0704	0.0809	0.072	0.0597	0.0477	0.0597	0.0719
chr3R	22550826	22551022	chr3R:22550827-22551022	FBgn0039451	CG6420	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0916	0.0698	0.1118	0.0937	0.052	0.085	0.0817	0.0839	0.052	0.131	0.1289	0.131	0.1131	0.0911	0.0974	0.0911	0.1199
chr3R	22551045	22551234	chr3R:22551046-22551234	FBgn0039451	CG6420	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0617	0.0497	0.0769	0.0583	0.0308	0.0607	0.0541	0.072	0.0308	0.09	0.0887	0.09	0.0767	0.0597	0.0529	0.0597	0.0745
chr3R	22573822	22573973	chr3R:22573823-22573973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0111	0.0114	0.0187	0.0064	0.0107	0.0151	0.0133	0.0064	0.0145	0.0132	0.0145	0.0023	0.0123	0.0058	0.0123	0.0031
chr3R	22584005	22584156	chr3R:22584006-22584156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.007	0.006	0.0074	0.0064	0.0049	0.0134	0.0053	0.0064	0.0066	0.0051	0.0066	0.0077	8e-04	0.0026	8e-04	0.0042
chr3R	22610295	22610446	chr3R:22610296-22610446	FBgn0261860,FBgn0261861	CG42789,CG42790	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0115	0.0129	0.0088	0.0064	0.0121	0.0169	0.014	0.0064	0.0193	0.0154	0.0193	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0021
chr3R	22617604	22617938	chr3R:22617605-22617938	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0493	0.072	0.0486	0.0246	0.0276	0.1262	0.0571	0.0926	0.0276	0.1033	0.0415	0.1033	0.0186	0.0368	0.0116	0.0368	0.0125
chr3R	22618334	22618485	chr3R:22618335-22618485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0247	0.0221	0.0354	0.0159	0.0064	0.033	0.0298	0.0207	0.0064	0.0864	0.0296	0.0864	0.0155	0.0268	0.0135	0.0268	0.0151
chr3R	22619478	22619699	chr3R:22619479-22619699	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0329	0.0565	0.0306	0.0091	0.0467	0.0602	0.0627	0.0833	0.0467	0.0272	0.0457	0.0272	0.0186	0.0176	0.0103	0.0176	0.0078
chr3R	22620085	22620305	chr3R:22620086-22620305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0441	0.0226	0.0576	0.0535	0.0106	0.0359	0.0251	0.0233	0.0106	0.1214	0.0508	0.1214	0.0542	0.1371	0.0361	0.1371	0.0558
chr3R	22620347	22620638	chr3R:22620348-22620638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0437	0.0254	0.0645	0.0414	0.0074	0.0481	0.0264	0.0207	0.0074	0.151	0.0514	0.151	0.0496	0.1233	0.0316	0.1233	0.0323
chr3R	22621301	22621452	chr3R:22621302-22621452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0376	0.0451	0.0456	0.0203	0.0148	0.0932	0.0407	0.0333	0.0148	0.0827	0.0508	0.0827	0.0341	0.036	0.0322	0.036	0.0167
chr3R	22621883	22622034	chr3R:22621884-22622034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0494	0.04	0.0782	0.0283	0.0117	0.0578	0.0433	0.0546	0.0117	0.0568	0.1203	0.0568	0.0875	0.0191	0.0709	0.0191	0.0224
chr3R	22622200	22622538	chr3R:22622201-22622538	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Tl_320Rd,Tl_600Rd	Tl_320Rd,Tl_600Rd	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1306	0.1223	0.2018	0.0618	0.0753	0.1417	0.1168	0.2172	0.0753	0.0906	0.3466	0.0906	0.2153	0.0283	0.1638	0.0283	0.0464
chr3R	22622735	22622886	chr3R:22622736-22622886	distal	distal	stage11	stage11	Tl_320Rd	Tl_320Rd	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0645	0.0608	0.0991	0.0305	0.0329	0.0917	0.0584	0.0786	0.0329	0.07	0.1717	0.07	0.0666	0.0283	0.0671	0.0283	0.0214
chr3R	22623590	22623785	chr3R:22623591-22623785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Tl_1.7RS	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.137	0.1062	0.1873	0.1163	0.0562	0.1563	0.0947	0.1546	0.0562	0.25	0.2154	0.25	0.1944	0.1508	0.1277	0.1508	0.1381
chr3R	22623929	22624126	chr3R:22623930-22624126	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Tl_1.7RS	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1832	0.1595	0.2251	0.1638	0.1029	0.2112	0.154	0.2298	0.1029	0.2935	0.2698	0.2935	0.2215	0.1868	0.2211	0.1868	0.1641
chr3R	22624680	22624867	chr3R:22624681-22624867	FBgn0262473	Tl	stage14,stage5	none	Tl_1.7RS	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1509	0.1152	0.1855	0.1529	0.0764	0.1631	0.0986	0.1732	0.0764	0.2409	0.2334	0.2409	0.1712	0.1623	0.187	0.1623	0.2011
chr3R	22625192	22625343	chr3R:22625193-22625343	FBgn0262473	Tl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0489	0.0366	0.0613	0.0492	0.0223	0.0553	0.0342	0.0486	0.0223	0.0531	0.0823	0.0531	0.0829	0.0214	0.0703	0.0214	0.0865
chr3R	22627621	22627970	chr3R:22627622-22627970	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.106	0.0789	0.165	0.0714	0.0233	0.1277	0.0541	0.1386	0.0233	0.0978	0.281	0.0978	0.1309	0.0513	0.1219	0.0513	0.0808
chr3R	22628862	22629081	chr3R:22628863-22629081	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.04	0.0786	0.0304	0.0085	0.0597	0.0346	0.0673	0.0085	0.0296	0.1367	0.0296	0.0852	0.0084	0.0658	0.0084	0.0349
chr3R	22629130	22629281	chr3R:22629131-22629281	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0224	0.0539	0.018	0.0064	0.0364	0.0186	0.036	0.0064	0.0242	0.0945	0.0242	0.0496	0.0054	0.0368	0.0054	0.0229
chr3R	22629731	22629991	chr3R:22629732-22629991	FBgn0086060	snoRNA:Me28S-U1554	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0663	0.0335	0.0918	0.0749	0.0106	0.0553	0.0329	0.0413	0.0106	0.0447	0.1373	0.0447	0.1371	0.0306	0.1322	0.0306	0.1251
chr3R	22630001	22630152	chr3R:22630002-22630152	FBgn0086060	snoRNA:Me28S-U1554	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0449	0.0209	0.0581	0.0571	0.0085	0.0388	0.0182	0.0233	0.0085	0.0308	0.0936	0.0308	0.0635	0.0191	0.118	0.0191	0.0855
chr3R	22630374	22630525	chr3R:22630375-22630525	FBgn0086060	snoRNA:Me28S-U1554	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0281	0.0167	0.0317	0.0369	0.0074	0.0252	0.0169	0.0213	0.0074	0.0181	0.0463	0.0181	0.0411	0.0123	0.0709	0.0123	0.0542
chr3R	22634926	22635077	chr3R:22634927-22635077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0156	0.0136	0.0195	0.0134	0.0032	0.0184	0.0177	0.0153	0.0032	0.0133	0.0286	0.0133	0.0186	0.0038	0.0161	0.0038	0.0104
chr3R	22638631	22638782	chr3R:22638632-22638782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0173	0.014	0.0227	0.015	0.0011	0.0189	0.0164	0.0213	0.0011	0.0127	0.0354	0.0127	0.0248	0.0015	0.0239	0.0015	0.0255
chr3R	22638812	22638963	chr3R:22638813-22638963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0161	0.0147	0.0214	0.0118	0.0042	0.017	0.0199	0.02	0.0042	0.0103	0.035	0.0103	0.0209	0.0077	0.02	0.0077	0.0156
chr3R	22639446	22639597	chr3R:22639447-22639597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0135	0.0083	0.0137	0.0189	0.0011	0.0107	0.0099	0.0127	0.0011	0.0091	0.0212	0.0091	0.0163	0.0061	0.0232	0.0061	0.0386
chr3R	22640068	22640219	chr3R:22640069-22640219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0201	0.014	0.0206	0.0263	0.0064	0.0199	0.0164	0.0167	0.0064	0.0145	0.0302	0.0145	0.024	0.0092	0.0193	0.0092	0.0662
chr3R	22643565	22643821	chr3R:22643566-22643821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0363	0.0415	0.0212	0.0223	0.0519	0.0428	0.038	0.0223	0.035	0.0617	0.035	0.0341	0.0077	0.0226	0.0077	0.0287
chr3R	22649392	22649579	chr3R:22649393-22649579	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0174	0.047	0.0366	0.0064	0.0238	0.0151	0.0293	0.0064	0.0175	0.0878	0.0175	0.0248	0.0077	0.1135	0.0077	0.0245
chr3R	22649798	22649949	chr3R:22649799-22649949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0153	0.0258	0.0163	0.0053	0.0199	0.0199	0.02	0.0053	0.0157	0.0421	0.0157	0.0194	0.01	0.0342	0.01	0.0214
chr3R	22650460	22650611	chr3R:22650461-22650611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0158	0.0293	0.0145	0.0085	0.0267	0.0147	0.0193	0.0085	0.0193	0.0447	0.0193	0.0287	0.0061	0.0232	0.0061	0.0224
chr3R	22651932	22652083	chr3R:22651933-22652083	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0192	0.028	0.0132	0.0074	0.0282	0.0208	0.024	0.0074	0.0193	0.0437	0.0193	0.0256	0.0084	0.0239	0.0084	0.0177
chr3R	22657144	22657394	chr3R:22657145-22657394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0181	0.031	0.029	0.0064	0.0306	0.0195	0.0207	0.0064	0.0211	0.0482	0.0211	0.0325	0.0283	0.0413	0.0283	0.0354
chr3R	22657438	22657589	chr3R:22657439-22657589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0133	0.0279	0.0167	0.0053	0.0218	0.016	0.0133	0.0053	0.0193	0.0418	0.0193	0.031	0.0168	0.0239	0.0168	0.0177
chr3R	22658149	22658300	chr3R:22658150-22658300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0116	0.0203	0.0136	0.0011	0.0184	0.0138	0.0133	0.0011	0.0127	0.0299	0.0127	0.0232	0.0054	0.0264	0.0054	0.0172
chr3R	22659753	22659904	chr3R:22659754-22659904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0125	0.0202	0.0145	0.0011	0.0155	0.019	0.0153	0.0011	0.0175	0.0264	0.0175	0.024	0.0107	0.0129	0.0107	0.0141
chr3R	22662526	22662677	chr3R:22662527-22662677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0186	0.024	0.0117	0.0106	0.0282	0.0216	0.0167	0.0106	0.0139	0.0395	0.0139	0.0194	0.0038	0.0123	0.0038	0.0162
chr3R	22667438	22667589	chr3R:22667439-22667589	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0177	0.0253	0.0134	0.0106	0.0199	0.0238	0.0187	0.0106	0.0139	0.0376	0.0139	0.0325	0.0046	0.0174	0.0046	0.0162
chr3R	22668637	22668788	chr3R:22668638-22668788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0173	0.015	0.0235	0.0132	0.0032	0.0136	0.0247	0.0187	0.0032	0.0127	0.035	0.0127	0.0263	0.0077	0.02	0.0077	0.0172
chr3R	22669261	22669412	chr3R:22669262-22669412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0167	0.0116	0.0259	0.0123	0.0053	0.015	0.0112	0.0193	0.0053	0.0157	0.0376	0.0157	0.0201	0.0023	0.0148	0.0023	0.0135
chr3R	22672028	22672179	chr3R:22672029-22672179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0103	0.0108	0.0085	0.0116	0.0085	0.0053	0.0238	0.0087	0.0085	0.0066	0.0106	0.0066	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0099
chr3R	22688113	22688264	chr3R:22688114-22688264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0307	0.0221	0.0311	0.04	0.0095	0.0218	0.0355	0.024	0.0095	0.0242	0.0341	0.0242	0.0449	0.0352	0.0387	0.0352	0.0354
chr3R	22688793	22688961	chr3R:22688794-22688961	FBgn0039459,FBgn0051072	IntS12,Lerp	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1763	0.1585	0.201	0.1691	0.1039	0.1951	0.186	0.1979	0.1039	0.2391	0.2248	0.2391	0.1944	0.1662	0.1767	0.1662	0.1855
chr3R	22689003	22689207	chr3R:22689004-22689207	FBgn0039459,FBgn0051072	IntS12,Lerp	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.157	0.1287	0.1883	0.1542	0.0859	0.1757	0.1475	0.1486	0.0859	0.2234	0.2061	0.2234	0.196	0.1554	0.1567	0.1554	0.186
chr3R	22692287	22692438	chr3R:22692288-22692438	FBgn0001197,FBgn0027889	His2Av,ball	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1304	0.1157	0.169	0.1046	0.0689	0.1461	0.122	0.1719	0.0689	0.2041	0.1846	0.2041	0.1712	0.1179	0.0961	0.1179	0.1271
chr3R	22692506	22692702	chr3R:22692507-22692702	FBgn0001197,FBgn0027889	His2Av,ball	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2306	0.2109	0.2904	0.1872	0.1633	0.2621	0.2292	0.2798	0.1633	0.3647	0.3061	0.3647	0.2641	0.193	0.1838	0.193	0.2095
chr3R	22692880	22693081	chr3R:22692881-22693081	FBgn0001197,FBgn0027889	His2Av,ball	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1276	0.1016	0.1747	0.105	0.0498	0.1451	0.0973	0.1472	0.0498	0.2234	0.1994	0.2234	0.1487	0.1041	0.0986	0.1041	0.1397
chr3R	22693136	22693345	chr3R:22693137-22693345	FBgn0001197	His2Av	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1607	0.1178	0.2249	0.1381	0.0604	0.1718	0.1077	0.1732	0.0604	0.2681	0.2621	0.2681	0.2246	0.1478	0.1567	0.1478	0.1813
chr3R	22693501	22693689	chr3R:22693502-22693689	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0811	0.0859	0.0991	0.056	0.0477	0.1112	0.0917	0.1226	0.0477	0.1063	0.1148	0.1063	0.103	0.0605	0.0619	0.0605	0.0735
chr3R	22696240	22696391	chr3R:22696241-22696391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0437	0.0447	0.0572	0.0277	0.0148	0.0641	0.0497	0.06	0.0148	0.0743	0.0479	0.0743	0.0449	0.023	0.0135	0.023	0.0417
chr3R	22696940	22697091	chr3R:22696941-22697091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.045	0.0312	0.0491	0.056	0.0117	0.0447	0.0359	0.036	0.0117	0.0622	0.0431	0.0622	0.0744	0.0413	0.02	0.0413	0.1381
chr3R	22697653	22697826	chr3R:22697654-22697826	FBgn0026562	BM-40-SPARC	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0546	0.0315	0.0561	0.0787	0.0074	0.0461	0.0376	0.04	0.0074	0.0622	0.0598	0.0622	0.0813	0.0904	0.0451	0.0904	0.173
chr3R	22700850	22701001	chr3R:22700851-22701001	FBgn0004903	Rb97D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0502	0.0437	0.0584	0.0485	0.0244	0.0583	0.0593	0.0433	0.0244	0.0833	0.0572	0.0833	0.0612	0.1248	0.0374	0.1248	0.0396
chr3R	22701124	22701335	chr3R:22701125-22701335	FBgn0002838,FBgn0004903	Rb97D,ms(3)K81	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1125	0.1041	0.1311	0.1017	0.0817	0.1243	0.1259	0.1206	0.0817	0.163	0.1331	0.163	0.1201	0.1524	0.1012	0.1524	0.1068
chr3R	22701388	22701577	chr3R:22701389-22701577	FBgn0002838,FBgn0004903	Rb97D,ms(3)K81	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1833	0.1776	0.2123	0.1578	0.1442	0.2141	0.2042	0.2179	0.1442	0.2717	0.2228	0.2717	0.2068	0.1953	0.1638	0.1953	0.173
chr3R	22701702	22701896	chr3R:22701703-22701896	FBgn0002838,FBgn0004903,FBgn0039461	CG5500,Rb97D,ms(3)K81	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1267	0.1102	0.1656	0.1024	0.071	0.1447	0.128	0.1279	0.071	0.2204	0.1804	0.2204	0.1712	0.1217	0.1115	0.1217	0.1193
chr3R	22701938	22702143	chr3R:22701939-22702143	FBgn0002838,FBgn0004903,FBgn0039461	CG5500,Rb97D,ms(3)K81	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1199	0.1073	0.153	0.0976	0.0732	0.1364	0.1077	0.1579	0.0732	0.195	0.1704	0.195	0.1394	0.1141	0.1161	0.1141	0.111
chr3R	22702244	22702414	chr3R:22702245-22702414	FBgn0039461	CG5500	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1587	0.1402	0.198	0.1363	0.0997	0.1709	0.1466	0.2019	0.0997	0.2488	0.2158	0.2488	0.1774	0.1554	0.1277	0.1554	0.1699
chr3R	22702576	22702840	chr3R:22702577-22702840	FBgn0039461	CG5500	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.084	0.081	0.1056	0.0635	0.0509	0.0908	0.0926	0.1213	0.0509	0.1395	0.1164	0.1395	0.0651	0.0551	0.0613	0.0551	0.0672
chr3R	22707177	22707487	chr3R:22707178-22707487	FBgn0003267,FBgn0004359	T48,ro	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2931	0.2647	0.3574	0.2544	0.1845	0.3282	0.301	0.3358	0.1845	0.4444	0.3666	0.4444	0.3462	0.2764	0.2489	0.2764	0.2876
chr3R	22708509	22708703	chr3R:22708510-22708703	distal	distal	stage5	stage5	T48	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1071	0.1333	0.1306	0.0519	0.1166	0.1607	0.1618	0.1486	0.1166	0.2198	0.1225	0.2198	0.1053	0.072	0.0535	0.072	0.0636
chr3R	22708775	22708926	chr3R:22708776-22708926	distal	distal	stage5	stage5	T48	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.062	0.0869	0.0664	0.0294	0.0647	0.1243	0.1008	0.0839	0.0647	0.1087	0.065	0.1087	0.0503	0.0237	0.0432	0.0237	0.0344
chr3R	22710130	22710453	chr3R:22710131-22710453	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0808	0.0532	0.1412	0.0453	0.017	0.0951	0.0454	0.0653	0.017	0.2669	0.1338	0.2669	0.1479	0.0436	0.0613	0.0436	0.0782
chr3R	22711936	22712118	chr3R:22711937-22712118	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0814	0.0555	0.1232	0.0643	0.0265	0.0869	0.0437	0.0826	0.0265	0.2572	0.1257	0.2572	0.0806	0.1478	0.06	0.1478	0.0745
chr3R	22712283	22712838	chr3R:22712284-22712838	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1675	0.2252	0.1799	0.0893	0.1941	0.2175	0.2336	0.3831	0.1941	0.3146	0.2042	0.3146	0.141	0.1953	0.0974	0.1953	0.1001
chr3R	22712950	22713101	chr3R:22712951-22713101	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0473	0.0916	0.031	0.0156	0.0668	0.0597	0.1081	0.1772	0.0668	0.0356	0.0424	0.0356	0.0271	0.0345	0.0226	0.0345	0.0115
chr3R	22713902	22714119	chr3R:22713903-22714119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0453	0.0568	0.0395	0.0387	0.0562	0.0466	0.0835	0.066	0.0562	0.0737	0.0441	0.0737	0.0232	0.0766	0.0484	0.0766	0.0433
chr3R	22714436	22714738	chr3R:22714437-22714738	distal	distal	stage14	stage14	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0469	0.0332	0.0388	0.071	0.0244	0.0408	0.042	0.036	0.0244	0.0719	0.0363	0.0719	0.0411	0.1631	0.0703	0.1631	0.0771
chr3R	22717244	22717395	chr3R:22717245-22717395	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0168	0.0138	0.0166	0.0203	0.0095	0.015	0.0147	0.0233	0.0095	0.0248	0.0206	0.0248	0.0139	0.0084	0.0632	0.0084	0.012
chr3R	22717797	22718047	chr3R:22717798-22718047	distal	distal	stage14	stage14	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0404	0.035	0.0421	0.0444	0.0117	0.0398	0.0463	0.0486	0.0117	0.0417	0.0611	0.0417	0.0403	0.0406	0.1128	0.0406	0.0344
chr3R	22718275	22718652	chr3R:22718276-22718652	distal	distal	stage11	stage11	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0608	0.0563	0.0722	0.0532	0.0223	0.0689	0.0722	0.0726	0.0223	0.0876	0.0823	0.0876	0.0976	0.0505	0.1115	0.0505	0.0599
chr3R	22718768	22719135	chr3R:22718769-22719135	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0543	0.0516	0.0633	0.0475	0.0255	0.0626	0.067	0.064	0.0255	0.0924	0.0714	0.0924	0.0744	0.0459	0.0896	0.0459	0.0599
chr3R	22719349	22719500	chr3R:22719350-22719500	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0222	0.0237	0.0263	0.0162	0.0233	0.0248	0.0277	0.0306	0.0233	0.0435	0.0305	0.0435	0.0178	0.0138	0.0342	0.0138	0.0146
chr3R	22719523	22719674	chr3R:22719524-22719674	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0203	0.0239	0.0242	0.0118	0.0085	0.0296	0.0307	0.032	0.0085	0.0362	0.0315	0.0362	0.0155	0.013	0.0219	0.013	0.0104
chr3R	22722004	22722155	chr3R:22722005-22722155	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0187	0.0253	0.0189	0.0111	0.0159	0.034	0.0333	0.0247	0.0159	0.0272	0.0206	0.0272	0.0209	0.0168	0.0155	0.0168	0.013
chr3R	22725303	22725454	chr3R:22725304-22725454	distal	distal	stage14	stage14	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0215	0.0247	0.0211	0.0184	0.0127	0.0306	0.0255	0.038	0.0127	0.0338	0.0193	0.0338	0.0232	0.0276	0.0342	0.0276	0.0167
chr3R	22726085	22726236	chr3R:22726086-22726236	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0144	0.0122	0.0165	0.0146	0.0042	0.0102	0.0177	0.0207	0.0042	0.0187	0.0225	0.0187	0.0116	0.013	0.0348	0.013	0.0094
chr3R	22726450	22726601	chr3R:22726451-22726601	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0154	0.0133	0.0164	0.0167	0.0085	0.0141	0.0177	0.0173	0.0085	0.0242	0.0183	0.0242	0.0124	0.0207	0.0322	0.0207	0.0135
chr3R	22732765	22732916	chr3R:22732766-22732916	distal	distal	none	none	T48_D5E	T48_D5E	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0167	0.0157	0.0175	0.0169	0.0064	0.0189	0.0212	0.0193	0.0064	0.0278	0.0225	0.0278	0.0101	0.0184	0.0264	0.0184	0.0255
chr3R	22733225	22733376	chr3R:22733226-22733376	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.0146	0.019	0.0139	0.0042	0.0126	0.0229	0.0193	0.0042	0.0284	0.0248	0.0284	0.0116	0.0245	0.0232	0.0245	0.0135
chr3R	22735808	22735959	chr3R:22735809-22735959	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0195	0.0246	0.0228	0.0103	0.0064	0.0282	0.0234	0.0453	0.0064	0.0374	0.0264	0.0374	0.0201	0.0161	0.0161	0.0161	0.012
chr3R	22738264	22738415	chr3R:22738265-22738415	FBgn0004510	Ets97D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0586	0.0538	0.0728	0.0482	0.0361	0.0592	0.0627	0.0793	0.0361	0.1002	0.0749	0.1002	0.0736	0.0559	0.0516	0.0559	0.0651
chr3R	22738522	22738689	chr3R:22738523-22738689	FBgn0004510	Ets97D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1159	0.1	0.1434	0.1036	0.0583	0.1131	0.1181	0.1459	0.0583	0.1775	0.1559	0.1775	0.1433	0.1256	0.1128	0.1256	0.1298
chr3R	22741387	22741581	chr3R:22741388-22741581	FBgn0015541	sda	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1122	0.0971	0.1313	0.1082	0.0806	0.1019	0.1129	0.1359	0.0806	0.1661	0.1408	0.1661	0.1255	0.1187	0.098	0.1187	0.1381
chr3R	22742495	22742646	chr3R:22742496-22742646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0132	0.0247	0.0214	0.0064	0.0126	0.0195	0.018	0.0064	0.0242	0.0251	0.0242	0.0201	0.0245	0.0148	0.0245	0.0094
chr3R	22743491	22743736	chr3R:22743492-22743736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0224	0.0412	0.0237	0.0085	0.0257	0.0333	0.0266	0.0085	0.0205	0.0283	0.0205	0.0318	0.0054	0.011	0.0054	0.0266
chr3R	22744351	22744502	chr3R:22744352-22744502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0127	0.0096	0.0121	0.0169	0.0032	0.0131	0.0147	0.0073	0.0032	0.006	0.0103	0.006	0.024	0.0123	0.0071	0.0123	0.038
chr3R	22748642	22748993	chr3R:22748643-22748993	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0202	0.0181	0.0209	0.0219	0.0064	0.018	0.0342	0.0127	0.0064	0.0205	0.019	0.0205	0.0356	0.0145	0.0181	0.0145	0.0422
chr3R	22759565	22759829	chr3R:22759566-22759829	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0131	0.0376	0.0338	0.0032	0.0141	0.0203	0.0153	0.0032	0.029	0.0322	0.029	0.0999	0.013	0.0413	0.013	0.0703
chr3R	22761240	22761391	chr3R:22761241-22761391	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0059	0.0113	0.0106	0.0042	0.0044	0.0108	0.0053	0.0042	0.0091	0.0071	0.0091	0.0093	0.0115	0.0052	0.0115	0.0078
chr3R	22761633	22761784	chr3R:22761634-22761784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0103	0.01	0.0119	0.0088	0.0032	0.0107	0.0151	0.0107	0.0032	0.0091	0.009	0.0091	0.0085	0.0069	0.0084	0.0069	0.0094
chr3R	22762383	22762534	chr3R:22762384-22762534	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0128	0.0076	0.0118	0.0196	0.0032	0.0083	0.0104	0.0107	0.0032	0.0109	0.0167	0.0109	0.0093	0.0214	0.038	0.0214	0.0203
chr3R	22762626	22762777	chr3R:22762627-22762777	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0118	0.0075	0.0105	0.0181	0.0042	0.0073	0.0112	0.01	0.0042	0.0097	0.0119	0.0097	0.0101	0.0276	0.0258	0.0276	0.0182
chr3R	22770785	22770993	chr3R:22770786-22770993	FBgn0039462	CG14252	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0607	0.0754	0.0503	0.0424	0.0534	0.0843	0.0826	0.0424	0.0864	0.0817	0.0864	0.0837	0.0513	0.0451	0.0513	0.0625
chr3R	22771097	22771289	chr3R:22771098-22771289	FBgn0039462	CG14252	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1024	0.1004	0.1141	0.0916	0.0838	0.0961	0.1367	0.1226	0.0838	0.1335	0.126	0.1335	0.1077	0.1172	0.0883	0.1172	0.1058
chr3R	22771432	22771647	chr3R:22771433-22771647	FBgn0039462	CG14252	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0575	0.0627	0.0448	0.0318	0.0602	0.08	0.072	0.0318	0.0791	0.0682	0.0791	0.0565	0.0475	0.049	0.0475	0.0505
chr3R	22772208	22772359	chr3R:22772209-22772359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0283	0.0351	0.0298	0.0189	0.0233	0.0257	0.0636	0.036	0.0233	0.0374	0.0341	0.0374	0.024	0.0145	0.02	0.0145	0.0245
chr3R	22772415	22772566	chr3R:22772416-22772566	FBgn0051071	tRNA:CR31071	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.036	0.0321	0.0194	0.0212	0.0267	0.058	0.0453	0.0212	0.0356	0.0363	0.0356	0.031	0.0184	0.0213	0.0184	0.0255
chr3R	22772627	22772845	chr3R:22772628-22772845	FBgn0051070,FBgn0051071	tRNA:CR31070,tRNA:CR31071	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0467	0.0536	0.0511	0.0341	0.035	0.0466	0.074	0.0786	0.035	0.058	0.0621	0.058	0.0434	0.0306	0.0329	0.0306	0.05
chr3R	22772962	22773161	chr3R:22772963-22773161	FBgn0039463,FBgn0051070,FBgn0051071	CG18472,tRNA:CR31070,tRNA:CR31071	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1268	0.1159	0.1475	0.1164	0.0891	0.1354	0.1302	0.1526	0.0891	0.1866	0.1608	0.1866	0.1363	0.1317	0.1103	0.1317	0.1506
chr3R	22773223	22773399	chr3R:22773224-22773399	FBgn0039463,FBgn0051070,FBgn0051071	CG18472,tRNA:CR31070,tRNA:CR31071	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1737	0.1643	0.2019	0.1535	0.1453	0.1743	0.1894	0.2212	0.1453	0.2705	0.2113	0.2705	0.1782	0.1577	0.1451	0.1577	0.2006
chr3R	22778043	22778249	chr3R:22778044-22778249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0309	0.0214	0.0385	0.0331	0.0042	0.0277	0.0177	0.042	0.0042	0.035	0.0447	0.035	0.0341	0.0452	0.0239	0.0452	0.0412
chr3R	22778345	22778496	chr3R:22778346-22778496	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.0282	0.0387	0.0272	0.0064	0.0354	0.0216	0.0586	0.0064	0.0266	0.0402	0.0266	0.0248	0.0184	0.02	0.0184	0.0234
chr3R	22778674	22779098	chr3R:22778675-22779098	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0933	0.0856	0.1168	0.076	0.0255	0.0947	0.0657	0.1945	0.0255	0.0507	0.1608	0.0507	0.0612	0.026	0.0645	0.026	0.0375
chr3R	22779623	22779839	chr3R:22779624-22779839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.029	0.0211	0.0359	0.0302	0.0074	0.0209	0.0268	0.0333	0.0074	0.0157	0.0441	0.0157	0.0527	0.0153	0.0554	0.0153	0.0292
chr3R	22780050	22780250	chr3R:22780051-22780250	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.025	0.0456	0.0506	0.0074	0.0272	0.0363	0.034	0.0074	0.0205	0.0624	0.0205	0.0488	0.0184	0.0941	0.0184	0.0433
chr3R	22780544	22780695	chr3R:22780545-22780695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.0098	0.0171	0.0182	0.0011	0.0102	0.0156	0.0127	0.0011	0.0109	0.0238	0.0109	0.0186	0.0061	0.0335	0.0061	0.0167
chr3R	22781817	22781980	chr3R:22781818-22781980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0288	0.0551	0.0429	0.018	0.0432	0.0221	0.0433	0.018	0.0646	0.0614	0.0646	0.0643	0.0452	0.0548	0.0452	0.0646
chr3R	22782178	22782359	chr3R:22782179-22782359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0172	0.0415	0.0309	0.0064	0.0233	0.019	0.0233	0.0064	0.0435	0.0476	0.0435	0.0565	0.0368	0.0322	0.0368	0.0474
chr3R	22782878	22783029	chr3R:22782879-22783029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0183	0.0123	0.0183	0.0249	0.0042	0.0107	0.0216	0.014	0.0042	0.0199	0.0235	0.0199	0.0155	0.0184	0.0181	0.0184	0.0459
chr3R	22783121	22783272	chr3R:22783122-22783272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0163	0.0244	0.022	0.0064	0.018	0.0234	0.0207	0.0064	0.0338	0.0277	0.0338	0.0225	0.0237	0.0206	0.0237	0.037
chr3R	22784124	22784275	chr3R:22784125-22784275	FBgn0039464	CG6330	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0107	0.0107	0.0195	0.0074	0.0107	0.0138	0.0153	0.0074	0.0072	0.0093	0.0072	0.0101	0.013	0.0097	0.013	0.0115
chr3R	22786408	22786559	chr3R:22786409-22786559	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.0172	0.0226	0.0344	0.0106	0.0165	0.0221	0.0247	0.0106	0.0157	0.0273	0.0157	0.0209	0.0322	0.0135	0.0322	0.0177
chr3R	22786871	22787022	chr3R:22786872-22787022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.0259	0.0249	0.0178	0.0148	0.0218	0.0424	0.0306	0.0148	0.029	0.0283	0.029	0.0194	0.0138	0.0174	0.0138	0.0167
chr3R	22789804	22789955	chr3R:22789805-22789955	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0361	0.046	0.0409	0.0199	0.0212	0.0519	0.0562	0.0686	0.0212	0.0676	0.0437	0.0676	0.024	0.0222	0.0148	0.0222	0.0229
chr3R	22790023	22790399	chr3R:22790024-22790399	FBgn0039465	Tsp97E	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1171	0.1316	0.1263	0.0909	0.0997	0.15	0.1328	0.2132	0.0997	0.1594	0.1463	0.1594	0.1131	0.1095	0.0877	0.1095	0.11
chr3R	22790438	22790636	chr3R:22790439-22790636	FBgn0039465	Tsp97E	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.103	0.0911	0.1221	0.0953	0.0594	0.116	0.0882	0.1419	0.0594	0.1407	0.1431	0.1407	0.1146	0.108	0.0954	0.108	0.1183
chr3R	22790676	22790845	chr3R:22790677-22790845	FBgn0039465	Tsp97E	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0786	0.0577	0.1001	0.0783	0.0255	0.0728	0.0584	0.0933	0.0255	0.1027	0.1238	0.1027	0.1131	0.072	0.0838	0.072	0.0995
chr3R	22790902	22791123	chr3R:22790903-22791123	FBgn0039465	Tsp97E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0525	0.043	0.0651	0.0492	0.0308	0.0539	0.0458	0.058	0.0308	0.0725	0.0807	0.0725	0.0635	0.049	0.0477	0.049	0.0636
chr3R	22791995	22792196	chr3R:22791996-22792196	FBgn0039466,FBgn0041224	CG5521,Gr97a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0693	0.0754	0.0766	0.0543	0.0488	0.0888	0.09	0.0973	0.0488	0.0827	0.09	0.0827	0.0767	0.0498	0.0561	0.0498	0.086
chr3R	22792239	22792391	chr3R:22792240-22792391	FBgn0039466,FBgn0041224	CG5521,Gr97a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0456	0.0525	0.0345	0.0318	0.0495	0.0614	0.0493	0.0318	0.0646	0.0556	0.0646	0.0442	0.0268	0.0406	0.0268	0.0479
chr3R	22792529	22792708	chr3R:22792530-22792708	FBgn0039466,FBgn0041224	CG5521,Gr97a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1257	0.1112	0.1527	0.1124	0.07	0.1393	0.1228	0.1486	0.07	0.1842	0.1785	0.1842	0.1464	0.1256	0.1128	0.1256	0.1417
chr3R	22792783	22793238	chr3R:22792784-22793238	FBgn0039466	CG5521	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1094	0.0988	0.1265	0.1025	0.0657	0.1218	0.1038	0.1432	0.0657	0.1582	0.1347	0.1582	0.1418	0.1118	0.1096	0.1118	0.1204
chr3R	22794284	22794435	chr3R:22794285-22794435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0224	0.0208	0.0214	0.0251	0.0095	0.0194	0.0208	0.044	0.0095	0.0151	0.0299	0.0151	0.0248	0.0115	0.0613	0.0115	0.0203
chr3R	22794715	22794866	chr3R:22794716-22794866	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0145	0.0211	0.0305	0.0032	0.015	0.0182	0.0253	0.0032	0.0097	0.037	0.0097	0.0147	0.0046	0.0864	0.0046	0.0198
chr3R	22803757	22803961	chr3R:22803758-22803961	FBgn0039467	CG14253	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0206	0.0226	0.023	0.0064	0.0286	0.0247	0.0253	0.0064	0.0223	0.0193	0.0223	0.017	0.0084	0.02	0.0084	0.0151
chr3R	22804108	22804302	chr3R:22804109-22804302	FBgn0039467	CG14253	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0196	0.0247	0.028	0.0117	0.0194	0.0277	0.0273	0.0117	0.0236	0.027	0.0236	0.0163	0.0207	0.0206	0.0207	0.0245
chr3R	22806114	22806294	chr3R:22806115-22806294	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0321	0.0083	0.0192	0.0727	0.0042	0.0121	0.0125	0.004	0.0042	0.0127	0.0222	0.0127	0.0356	0.062	0.0935	0.062	0.1251
chr3R	22813365	22813516	chr3R:22813366-22813516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0096	0.0072	0.0077	0.0142	0.0021	0.0063	0.0138	0.0067	0.0021	0.0085	0.0084	0.0085	0.0108	0.0054	0.0084	0.0054	0.0365
chr3R	22814160	22814412	chr3R:22814161-22814412	FBgn0051075	CG31075	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0312	0.0223	0.0307	0.0418	0.0127	0.0233	0.0376	0.02	0.0127	0.0386	0.0341	0.0386	0.0372	0.0368	0.0297	0.0368	0.0688
chr3R	22814531	22814699	chr3R:22814532-22814699	FBgn0051075	CG31075	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0467	0.0302	0.0486	0.0631	0.017	0.0364	0.0385	0.0373	0.017	0.061	0.0556	0.061	0.0542	0.0674	0.0651	0.0674	0.0917
chr3R	22815889	22816082	chr3R:22815890-22816082	FBgn0051076	CG31076	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0237	0.0194	0.0193	0.0331	0.0117	0.0146	0.035	0.0193	0.0117	0.0127	0.0212	0.0127	0.0318	0.013	0.0419	0.013	0.0651
chr3R	22818090	22818241	chr3R:22818091-22818241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0102	0.0075	0.0079	0.0159	0.0064	0.0083	0.0099	0.008	0.0064	0.0127	0.0077	0.0127	0.0108	0.0528	0.0129	0.0528	0.0052
chr3R	22852280	22852431	chr3R:22852281-22852431	FBgn0039476	CG6271	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0128	0.0082	0.0123	0.0185	0.0042	0.0097	0.0117	0.01	0.0042	0.0169	0.0125	0.0169	0.0186	0.0161	0.0239	0.0161	0.0344
chr3R	22853490	22853641	chr3R:22853491-22853641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0158	0.0126	0.0155	0.0198	0.0032	0.0092	0.0251	0.012	0.0032	0.0187	0.0154	0.0187	0.024	0.0214	0.0219	0.0214	0.036
chr3R	22861550	22861701	chr3R:22861551-22861701	distal	distal	stage14	stage14	VT48143.1	VT48143.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0091	0.0098	0.0086	0.0088	0.0021	0.0092	0.019	0.0073	0.0021	0.0072	0.0116	0.0072	0.007	0.0038	0.0297	0.0038	0.0047
chr3R	22882008	22882182	chr3R:22882009-22882182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0383	0.039	0.0363	0.0339	0.0359	0.0523	0.0466	0.0339	0.0435	0.0453	0.0435	0.0457	0.049	0.0451	0.049	0.0532
chr3R	22883672	22883823	chr3R:22883673-22883823	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0151	0.0195	0.0214	0.017	0.0165	0.0169	0.0187	0.017	0.0187	0.0257	0.0187	0.024	0.0084	0.0303	0.0084	0.0443
chr3R	22893195	22893499	chr3R:22893196-22893499	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0271	0.041	0.0232	0.0159	0.0308	0.0432	0.0493	0.0546	0.0308	0.0236	0.0257	0.0236	0.0294	0.0092	0.0181	0.0092	0.0177
chr3R	22895364	22895515	chr3R:22895365-22895515	FBgn0003495	spz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0122	0.0064	0.0096	0.0216	0.0011	0.0087	0.0108	0.004	0.0011	0.0103	0.0093	0.0103	0.0186	0.0092	0.0297	0.0092	0.0448
chr3R	22895817	22895975	chr3R:22895818-22895975	FBgn0003495	spz	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0385	0.0095	0.023	0.0879	0.0085	0.015	0.0121	0.006	0.0085	0.0115	0.0254	0.0115	0.055	0.0191	0.1057	0.0191	0.2168
chr3R	22896370	22896521	chr3R:22896371-22896521	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0121	0.006	0.0063	0.0253	0.0053	0.0053	0.0121	0.002	0.0053	0.0054	0.0068	0.0054	0.0116	0.0092	0.011	0.0092	0.0745
chr3R	22896861	22897036	chr3R:22896862-22897036	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0184	0.0066	0.0135	0.0369	0.0021	0.0092	0.0117	0.0033	0.0021	0.0097	0.0158	0.0097	0.0248	0.0061	0.0516	0.0061	0.0839
chr3R	22897240	22897391	chr3R:22897241-22897391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.014	0.0088	0.0136	0.0202	0.0064	0.0092	0.0138	0.008	0.0064	0.0115	0.0183	0.0115	0.0178	0.0077	0.0251	0.0077	0.0464
chr3R	22901524	22901675	chr3R:22901525-22901675	FBgn0039479	CG14257	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0129	0.0075	0.0118	0.0202	0.0021	0.0068	0.0138	0.006	0.0021	0.0115	0.0186	0.0115	0.007	0.0077	0.0729	0.0077	0.0063
chr3R	22902423	22902574	chr3R:22902424-22902574	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0133	0.0096	0.0141	0.0167	0.0074	0.0083	0.0164	0.008	0.0074	0.0072	0.0248	0.0072	0.0093	0.0023	0.0619	0.0023	0.0063
chr3R	22908293	22908444	chr3R:22908294-22908444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0179	0.0272	0.0227	0.0127	0.018	0.0229	0.0253	0.0127	0.032	0.0309	0.032	0.0325	0.0383	0.0316	0.0383	0.0287
chr3R	22908541	22908758	chr3R:22908542-22908758	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0481	0.0395	0.0489	0.057	0.018	0.0466	0.0437	0.0573	0.018	0.055	0.0595	0.055	0.0604	0.0812	0.0819	0.0812	0.0803
chr3R	22937610	22937843	chr3R:22937611-22937843	FBgn0027574,FBgn0039487	CG5815,gb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.165	0.1563	0.1971	0.1394	0.1007	0.1874	0.1834	0.2032	0.1007	0.2228	0.1994	0.2228	0.2293	0.1271	0.0999	0.1271	0.2194
chr3R	22937896	22938070	chr3R:22937897-22938070	FBgn0027574,FBgn0039487	CG5815,gb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1805	0.1518	0.232	0.156	0.0944	0.1913	0.1683	0.2019	0.0944	0.2772	0.2424	0.2772	0.2339	0.1539	0.1335	0.1539	0.2048
chr3R	22938174	22938373	chr3R:22938175-22938373	FBgn0027574,FBgn0039487	CG5815,gb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1467	0.1252	0.19	0.1231	0.0827	0.1665	0.1215	0.1825	0.0827	0.2403	0.1965	0.2403	0.1836	0.1424	0.1231	0.1424	0.1438
chr3R	22942139	22942297	chr3R:22942140-22942297	FBgn0039488,FBgn0039489	CG5880,CG6066	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0582	0.0482	0.0774	0.0483	0.0297	0.0602	0.0571	0.0613	0.0297	0.0894	0.0878	0.0894	0.0782	0.0521	0.0432	0.0521	0.0578
chr3R	22942302	22942527	chr3R:22942303-22942527	FBgn0039488,FBgn0039489	CG5880,CG6066	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0989	0.0791	0.119	0.0989	0.0488	0.0917	0.0969	0.1046	0.0488	0.1359	0.1331	0.1359	0.134	0.1156	0.0986	0.1156	0.1256
chr3R	22942643	22942934	chr3R:22942644-22942934	FBgn0039488,FBgn0039489	CG5880,CG6066	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0562	0.0406	0.0579	0.0719	0.018	0.0432	0.0562	0.0533	0.018	0.0622	0.0617	0.0622	0.0844	0.0743	0.0838	0.0743	0.0933
chr3R	22955333	22955486	chr3R:22955334-22955486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0155	0.024	0.0219	0.0021	0.0214	0.0208	0.0193	0.0021	0.0211	0.0302	0.0211	0.0302	0.013	0.0471	0.013	0.0245
chr3R	22960725	22961025	chr3R:22960726-22961025	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.0269	0.0542	0.048	0.0042	0.0481	0.0316	0.026	0.0042	0.0423	0.0495	0.0423	0.1317	0.0214	0.0258	0.0214	0.1282
chr3R	22961455	22961620	chr3R:22961456-22961620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0287	0.0227	0.0363	0.027	0.0042	0.0485	0.016	0.0227	0.0042	0.0223	0.0264	0.0223	0.1123	0.0107	0.0148	0.0107	0.0745
chr3R	22961728	22962035	chr3R:22961729-22962035	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.045	0.0325	0.0602	0.0422	0.0117	0.0534	0.0359	0.0306	0.0117	0.0537	0.0402	0.0537	0.1797	0.0207	0.0284	0.0207	0.1042
chr3R	22963047	22963198	chr3R:22963048-22963198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0162	0.022	0.0212	0.0053	0.015	0.0255	0.02	0.0053	0.0181	0.0225	0.0181	0.0465	0.01	0.0168	0.01	0.0453
chr3R	22963373	22963524	chr3R:22963374-22963524	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0279	0.0191	0.0306	0.0347	0.0042	0.0301	0.0242	0.0187	0.0042	0.0211	0.0334	0.0211	0.0682	0.0191	0.0587	0.0191	0.0584
chr3R	22963614	22963830	chr3R:22963615-22963830	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0502	0.0364	0.0566	0.0588	0.0138	0.0549	0.0407	0.044	0.0138	0.0386	0.0678	0.0386	0.1053	0.0551	0.1161	0.0551	0.0698
chr3R	22965562	22965720	chr3R:22965563-22965720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0235	0.0198	0.0266	0.0242	0.0032	0.0223	0.0298	0.024	0.0032	0.038	0.027	0.038	0.0349	0.0383	0.0309	0.0383	0.0313
chr3R	22965931	22966179	chr3R:22965932-22966179	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.064	0.0441	0.0858	0.0622	0.017	0.0709	0.0489	0.0473	0.017	0.1377	0.0884	0.1377	0.1053	0.1225	0.0754	0.1225	0.0641
chr3R	22974615	22974971	chr3R:22974616-22974971	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0855	0.0461	0.1091	0.1036	0.0159	0.0791	0.051	0.0413	0.0159	0.1763	0.0801	0.1763	0.2076	0.2458	0.1051	0.2458	0.0985
chr3R	22974976	22975177	chr3R:22974977-22975177	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0659	0.0249	0.0829	0.093	0.0032	0.0456	0.0255	0.0233	0.0032	0.1636	0.0534	0.1636	0.1309	0.232	0.089	0.232	0.087
chr3R	22975357	22975537	chr3R:22975358-22975537	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0566	0.0292	0.0633	0.0798	0.0117	0.0359	0.0381	0.0346	0.0117	0.1184	0.0508	0.1184	0.0728	0.2029	0.0729	0.2029	0.0662
chr3R	22975538	22975703	chr3R:22975539-22975703	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0663	0.0563	0.0832	0.0589	0.0371	0.0655	0.0679	0.0753	0.0371	0.1105	0.1026	0.1105	0.0604	0.1149	0.0658	0.1149	0.0479
chr3R	22975829	22976020	chr3R:22975830-22976020	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1334	0.1145	0.1791	0.1044	0.0594	0.1422	0.1259	0.1692	0.0594	0.2101	0.2379	0.2101	0.117	0.1248	0.1464	0.1248	0.0928
chr3R	22976187	22976402	chr3R:22976188-22976402	FBgn0039492	CG6051	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1611	0.1434	0.2241	0.1118	0.0827	0.1942	0.138	0.2152	0.0827	0.3122	0.2659	0.3122	0.1634	0.1118	0.1386	0.1118	0.0875
chr3R	22976695	22976875	chr3R:22976696-22976875	FBgn0029155,FBgn0039492	CG6051,Men-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2143	0.1749	0.2629	0.2051	0.1188	0.2262	0.1899	0.2239	0.1188	0.32	0.2884	0.32	0.2657	0.196	0.2205	0.196	0.2397
chr3R	22977205	22977396	chr3R:22977206-22977396	FBgn0029155,FBgn0039492	CG6051,Men-b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1742	0.1246	0.2124	0.1877	0.0689	0.1607	0.1436	0.1572	0.0689	0.2361	0.2283	0.2361	0.2324	0.1746	0.1902	0.1746	0.2142
chr3R	22977835	22978042	chr3R:22977836-22978042	FBgn0029155	Men-b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0626	0.0744	0.041	0.073	0.0456	0.0748	0.1025	0.0939	0.0456	0.0368	0.0402	0.0368	0.0473	0.0605	0.0554	0.0605	0.0604
chr3R	22982582	22982733	chr3R:22982583-22982733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0191	0.0184	0.0234	0.0153	0.0064	0.0189	0.0316	0.0167	0.0064	0.0217	0.0222	0.0217	0.0473	0.01	0.0181	0.01	0.0224
chr3R	22983352	22983549	chr3R:22983353-22983549	FBgn0039494	grass	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0225	0.0151	0.0209	0.0326	0.0095	0.0141	0.0234	0.018	0.0095	0.0133	0.0305	0.0133	0.0263	0.0061	0.0799	0.0061	0.0438
chr3R	22983596	22983798	chr3R:22983597-22983798	FBgn0039494	grass	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0131	0.0228	0.039	0.0011	0.0136	0.0208	0.0167	0.0011	0.0157	0.0322	0.0157	0.0318	0.0077	0.0928	0.0077	0.0537
chr3R	22990949	22991219	chr3R:22990950-22991219	FBgn0003482,FBgn0085322	CG34293,spn-D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.061	0.0562	0.0726	0.0538	0.0233	0.065	0.0705	0.0799	0.0233	0.0737	0.0868	0.0737	0.0728	0.059	0.058	0.059	0.0683
chr3R	22991287	22991467	chr3R:22991288-22991467	FBgn0003482,FBgn0085322	CG34293,spn-D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.087	0.0972	0.0771	0.0541	0.1039	0.1042	0.1159	0.0541	0.1135	0.1161	0.1135	0.096	0.0827	0.0909	0.0827	0.087
chr3R	22991566	22991779	chr3R:22991567-22991779	FBgn0003482,FBgn0085322	CG34293,spn-D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0479	0.0473	0.0301	0.0276	0.0573	0.0567	0.0653	0.0276	0.0525	0.0605	0.0525	0.0434	0.0306	0.0413	0.0306	0.0339
chr3R	22997189	22997340	chr3R:22997190-22997340	distal	distal	none	none	Ser_minimal_wing	Ser_minimal_wing	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.014	0.0146	0.0088	0.0032	0.0146	0.0208	0.018	0.0032	0.0054	0.026	0.0054	0.0116	0.0023	0.0277	0.0023	0.0057
chr3R	23004234	23004385	chr3R:23004235-23004385	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0165	0.0255	0.0159	0.007	0.017	0.018	0.0359	0.0426	0.017	0.0079	0.0244	0.0079	0.0132	0.0054	0.0155	0.0054	0.0047
chr3R	23004613	23004764	chr3R:23004614-23004764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0151	0.0202	0.0071	0.0053	0.0141	0.0242	0.0187	0.0053	0.0072	0.0354	0.0072	0.0132	0.0092	0.0142	0.0092	0.0042
chr3R	23011203	23011354	chr3R:23011204-23011354	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0179	0.0277	0.0171	0.0085	0.0204	0.0242	0.02	0.0085	0.0205	0.0495	0.0205	0.0108	0.0107	0.0471	0.0107	0.012
chr3R	23011702	23011985	chr3R:23011703-23011985	distal	distal	stage14	stage14	Ser_V-1.9	Ser_V-1.9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0115	0.0354	0.0416	0.0021	0.0121	0.0208	0.0113	0.0021	0.0175	0.065	0.0175	0.0209	0.0046	0.1541	0.0046	0.012
chr3R	23013110	23013296	chr3R:23013111-23013296	distal	distal	stage14	stage14	Ser_V-1.9	Ser_V-1.9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0266	0.0122	0.0265	0.0426	0.0011	0.017	0.0216	0.0047	0.0011	0.0097	0.0341	0.0097	0.0534	0.0107	0.0535	0.0107	0.0959
chr3R	23014371	23014522	chr3R:23014372-23014522	distal	distal	none	none	Ser_IV-3.0	Ser_IV-3.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0097	0.0264	0.0249	0.0021	0.0092	0.0147	0.012	0.0021	0.0079	0.0486	0.0079	0.0108	0.0077	0.0858	0.0077	0.0083
chr3R	23014544	23014695	chr3R:23014545-23014695	distal	distal	none	none	Ser_IV-3.0	Ser_IV-3.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0086	0.0242	0.0207	0.0032	0.0083	0.0156	0.006	0.0032	0.0085	0.0453	0.0085	0.0101	0.0061	0.0722	0.0061	0.0083
chr3R	23015279	23015445	chr3R:23015280-23015445	distal	distal	stage11	stage11	Ser_IV-3.0	Ser_IV-3.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0289	0.0117	0.052	0.0228	0.0021	0.015	0.0164	0.0127	0.0021	0.0115	0.1132	0.0115	0.0147	0.0069	0.0845	0.0069	0.0057
chr3R	23016289	23016442	chr3R:23016290-23016442	distal	distal	stage11	stage11	Ser_IV-3.0	Ser_IV-3.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0132	0.0513	0.0246	0.0053	0.0141	0.0169	0.02	0.0053	0.0169	0.1068	0.0169	0.0163	0.0077	0.0845	0.0077	0.0099
chr3R	23017683	23017834	chr3R:23017684-23017834	distal	distal	none	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0142	0.0108	0.0141	0.018	0.0042	0.0102	0.019	0.01	0.0042	0.0097	0.0215	0.0097	0.0147	0.0038	0.0187	0.0038	0.0448
chr3R	23018335	23018486	chr3R:23018336-23018486	distal	distal	none	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0092	0.0155	0.0157	0.0011	0.0073	0.0164	0.012	0.0011	0.006	0.0241	0.006	0.0077	0.0038	0.0174	0.0038	0.0365
chr3R	23018760	23018911	chr3R:23018761-23018911	distal	distal	none	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0215	0.0147	0.0249	0.0255	0.0042	0.0126	0.0285	0.0133	0.0042	0.0085	0.0392	0.0085	0.0248	0.0084	0.029	0.0084	0.0552
chr3R	23019085	23019236	chr3R:23019086-23019236	FBgn0004197	Ser	none	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0232	0.0166	0.0269	0.0266	0.0053	0.0184	0.0264	0.0167	0.0053	0.0139	0.0421	0.0139	0.0256	0.01	0.0271	0.01	0.0584
chr3R	23019752	23020112	chr3R:23019753-23020112	FBgn0004197	Ser	stage11,stage14,stage5	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1794	0.121	0.2584	0.1581	0.0817	0.1243	0.1401	0.1852	0.0817	0.1105	0.4225	0.1105	0.0844	0.0345	0.3436	0.0345	0.1397
chr3R	23020558	23020709	chr3R:23020559-23020709	distal	distal	stage5	stage5	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0268	0.0363	0.0159	0.0127	0.0282	0.0372	0.0353	0.0127	0.0157	0.0659	0.0157	0.0085	0.0084	0.0419	0.0084	0.0073
chr3R	23021511	23021662	chr3R:23021512-23021662	distal	distal	none	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0187	0.0207	0.0204	0.0145	0.0148	0.018	0.0402	0.0113	0.0148	0.0091	0.0209	0.0091	0.0085	0.0054	0.009	0.0054	0.0042
chr3R	23022589	23022740	chr3R:23022590-23022740	distal	distal	none	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0166	0.0294	0.0138	0.0064	0.0117	0.0272	0.0227	0.0064	0.006	0.0248	0.006	0.0077	0.0031	0.0116	0.0031	0.0036
chr3R	23022801	23022966	chr3R:23022802-23022966	distal	distal	stage11	stage11	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0141	0.0287	0.0138	0.0032	0.0131	0.0242	0.0153	0.0032	0.006	0.0209	0.006	0.0077	0.0038	0.009	0.0038	0.0057
chr3R	23023692	23023901	chr3R:23023693-23023901	distal	distal	none	none	Ser_I-7.5	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0251	0.0191	0.033	0.0231	0.0106	0.0175	0.0342	0.014	0.0106	0.0151	0.0283	0.0151	0.0116	0.0061	0.0161	0.0061	0.0104
chr3R	23030221	23030372	chr3R:23030222-23030372	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0163	0.0382	0.0233	0.0064	0.018	0.0247	0.0167	0.0064	0.0091	0.082	0.0091	0.0116	0.0038	0.0896	0.0038	0.0068
chr3R	23030620	23030795	chr3R:23030621-23030795	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0344	0.0136	0.0528	0.0373	0.0095	0.017	0.016	0.016	0.0095	0.0175	0.1129	0.0175	0.0132	0.0054	0.1438	0.0054	0.0094
chr3R	23031057	23031406	chr3R:23031058-23031406	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0652	0.0278	0.1102	0.0577	0.0064	0.0413	0.029	0.0393	0.0064	0.0477	0.2219	0.0477	0.031	0.0138	0.2025	0.0138	0.0177
chr3R	23031907	23032058	chr3R:23031908-23032058	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0158	0.0272	0.0162	0.0117	0.0214	0.0212	0.0133	0.0117	0.0181	0.0482	0.0181	0.0132	0.0084	0.0503	0.0084	0.0063
chr3R	23032078	23032229	chr3R:23032079-23032229	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0188	0.019	0.0077	0.0095	0.0262	0.0255	0.016	0.0095	0.0127	0.0299	0.0127	0.0101	0.0054	0.0174	0.0054	0.0042
chr3R	23034526	23034782	chr3R:23034527-23034782	distal	distal	stage5	stage5	Ser_II-1.3	Ser_II-1.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0339	0.0284	0.01	0.0106	0.0461	0.0316	0.052	0.0106	0.0109	0.0543	0.0109	0.0186	0.0023	0.0368	0.0023	0.0021
chr3R	23040375	23040526	chr3R:23040376-23040526	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.013	0.0168	0.0136	0.0021	0.015	0.0173	0.0207	0.0021	0.0072	0.0302	0.0072	0.0124	0.0031	0.0451	0.0031	0.0057
chr3R	23041103	23041254	chr3R:23041104-23041254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0112	0.0222	0.0082	0.0127	0.0102	0.0156	0.012	0.0127	0.0133	0.0405	0.0133	0.0124	0.0023	0.0277	0.0023	0.0036
chr3R	23042310	23042461	chr3R:23042311-23042461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0164	0.0122	0.027	0.0093	0.0021	0.0107	0.0242	0.012	0.0021	0.0109	0.0527	0.0109	0.0108	8e-04	0.029	8e-04	0.0073
chr3R	23042910	23043061	chr3R:23042911-23043061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0194	0.0218	0.022	0.0138	0.0042	0.0165	0.0411	0.0253	0.0042	0.0072	0.0431	0.0072	0.0039	0.0054	0.0432	0.0054	0.0047
chr3R	23043080	23043260	chr3R:23043081-23043260	FBgn0054006	CG34006	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0278	0.0233	0.0344	0.0255	0.0085	0.0228	0.0376	0.0286	0.0085	0.0121	0.0688	0.0121	0.0116	0.0046	0.0941	0.0046	0.0068
chr3R	23043494	23043728	chr3R:23043495-23043728	FBgn0054006	CG34006	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0386	0.0197	0.0515	0.0455	0.0032	0.0214	0.0342	0.018	0.0032	0.0211	0.1045	0.0211	0.0108	0.0038	0.1779	0.0038	0.0135
chr3R	23044665	23044929	chr3R:23044666-23044929	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0354	0.029	0.0398	0.0377	0.0095	0.0233	0.051	0.0353	0.0095	0.0151	0.0794	0.0151	0.0163	0.0084	0.1399	0.0084	0.0089
chr3R	23046570	23046734	chr3R:23046571-23046734	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0329	0.0177	0.0567	0.0237	0.0095	0.0194	0.0247	0.0207	0.0095	0.0127	0.1254	0.0127	0.0132	0.0077	0.0883	0.0077	0.0078
chr3R	23047371	23047522	chr3R:23047372-23047522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0131	0.0341	0.0135	0.0042	0.018	0.0173	0.0133	0.0042	0.0163	0.064	0.0163	0.0132	0.0031	0.0406	0.0031	0.0068
chr3R	23047625	23047776	chr3R:23047626-23047776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0153	0.0307	0.0135	0.0074	0.0155	0.0251	0.014	0.0074	0.0151	0.0592	0.0151	0.0116	0.0046	0.038	0.0046	0.0115
chr3R	23048240	23048391	chr3R:23048241-23048391	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0155	0.028	0.0095	0.0095	0.0136	0.0264	0.0167	0.0095	0.0115	0.0553	0.0115	0.0116	0.0015	0.0277	0.0015	0.0073
chr3R	23051852	23052023	chr3R:23051853-23052023	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0379	0.0374	0.0495	0.0259	0.035	0.032	0.0593	0.038	0.035	0.0519	0.0662	0.0519	0.0395	0.0176	0.0406	0.0176	0.0297
chr3R	23052170	23052369	chr3R:23052171-23052369	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0238	0.0211	0.033	0.0169	0.0085	0.0189	0.0402	0.0173	0.0085	0.0296	0.0543	0.0296	0.0155	0.0069	0.0374	0.0069	0.0125
chr3R	23052857	23053042	chr3R:23052858-23053042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0221	0.0186	0.0266	0.021	0.0074	0.016	0.032	0.018	0.0074	0.0284	0.036	0.0284	0.0256	0.0161	0.0477	0.0161	0.0109
chr3R	23054198	23054351	chr3R:23054199-23054351	FBgn0261995	CG42813	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0247	0.0112	0.0164	0.049	0.0095	0.0112	0.0177	0.0093	0.0095	0.0097	0.0154	0.0097	0.0372	0.0268	0.0632	0.0268	0.0698
chr3R	23063092	23063249	chr3R:23063093-23063249	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0187	0.0278	0.0216	0.0064	0.0155	0.0281	0.028	0.0064	0.035	0.0325	0.035	0.0124	0.0084	0.0155	0.0084	0.0089
chr3R	23063772	23063923	chr3R:23063773-23063923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0226	0.0174	0.0184	0.0329	0.0117	0.0146	0.0251	0.026	0.0117	0.0211	0.0225	0.0211	0.0178	0.0092	0.009	0.0092	0.0234
chr3R	23064297	23064612	chr3R:23064298-23064612	FBgn0005696,FBgn0051064	CG31064,DNApol-alpha73	stage5	none	DNApol-alpha73_-302/+12	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0766	0.0614	0.092	0.0767	0.0318	0.0631	0.08	0.0873	0.0318	0.1069	0.1084	0.1069	0.0736	0.0636	0.0716	0.0636	0.0709
chr3R	23064751	23064933	chr3R:23064752-23064933	FBgn0005696,FBgn0051064	CG31064,DNApol-alpha73	stage11,stage14,stage5	none	DNApol-alpha73_-302/+12	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1385	0.1252	0.1676	0.1213	0.0848	0.1437	0.1488	0.1712	0.0848	0.1733	0.209	0.1733	0.1689	0.1348	0.1231	0.1348	0.1339
chr3R	23065068	23065219	chr3R:23065069-23065219	FBgn0005696,FBgn0051064	CG31064,DNApol-alpha73	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0518	0.065	0.0351	0.0276	0.0558	0.0644	0.0753	0.0276	0.0713	0.083	0.0713	0.062	0.0436	0.0355	0.0436	0.0406
chr3R	23070392	23070543	chr3R:23070393-23070543	FBgn0042111	CG18766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1083	0.0842	0.139	0.1015	0.0573	0.1073	0.0969	0.1033	0.0573	0.2271	0.1457	0.2271	0.1193	0.0934	0.1257	0.0934	0.1308
chr3R	23070566	23070784	chr3R:23070567-23070784	FBgn0042111	CG18766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1988	0.1397	0.2593	0.1986	0.0912	0.1966	0.1311	0.1945	0.0912	0.3829	0.2836	0.3829	0.2277	0.1838	0.2405	0.1838	0.2371
chr3R	23070896	23071091	chr3R:23070897-23071091	FBgn0042111	CG18766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2371	0.1755	0.2944	0.243	0.1209	0.2369	0.1717	0.2452	0.1209	0.3829	0.3283	0.3829	0.2874	0.2603	0.2772	0.2603	0.2887
chr3R	23071218	23071417	chr3R:23071219-23071417	FBgn0042111	CG18766	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.12	0.0526	0.1577	0.154	0.0233	0.0845	0.0528	0.0626	0.0233	0.1842	0.1762	0.1842	0.2246	0.1662	0.1657	0.1662	0.2262
chr3R	23073367	23073518	chr3R:23073368-23073518	FBgn0039500	CG5984	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0231	0.0131	0.0218	0.0356	0.0064	0.0165	0.0173	0.0153	0.0064	0.0399	0.0161	0.0399	0.0263	0.1409	0.0135	0.1409	0.0162
chr3R	23078552	23078703	chr3R:23078553-23078703	FBgn0010441	pll	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0474	0.065	0.0448	0.0223	0.0563	0.0601	0.058	0.0223	0.0743	0.0711	0.0743	0.0744	0.0536	0.0496	0.0536	0.0568
chr3R	23078793	23078975	chr3R:23078794-23078975	FBgn0010441	pll	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1723	0.1539	0.2075	0.1543	0.123	0.1791	0.1752	0.2019	0.123	0.2609	0.2248	0.2609	0.2045	0.1539	0.1651	0.1539	0.1902
chr3R	23079052	23079242	chr3R:23079053-23079242	FBgn0010441	pll	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2272	0.2111	0.2638	0.205	0.176	0.2524	0.2409	0.2592	0.176	0.3345	0.2801	0.3345	0.2773	0.2052	0.2044	0.2052	0.2533
chr3R	23079471	23079720	chr3R:23079472-23079720	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.119	0.1238	0.1377	0.0933	0.0817	0.1495	0.1548	0.1486	0.0817	0.1667	0.1395	0.1667	0.1689	0.1003	0.0999	0.1003	0.1256
chr3R	23082375	23082567	chr3R:23082376-23082567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.0714	0.0562	0.0267	0.0477	0.082	0.0908	0.0886	0.0477	0.061	0.0588	0.061	0.0682	0.0214	0.0226	0.0214	0.036
chr3R	23082648	23082863	chr3R:23082649-23082863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0432	0.0566	0.0503	0.0206	0.0297	0.0646	0.0835	0.0613	0.0297	0.0616	0.0473	0.0616	0.0542	0.0161	0.0155	0.0161	0.0354
chr3R	23089194	23089427	chr3R:23089195-23089427	FBgn0010328	woc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1998	0.1631	0.2562	0.1789	0.1177	0.1937	0.1838	0.2179	0.1177	0.3164	0.283	0.3164	0.2494	0.1884	0.1902	0.1884	0.2262
chr3R	23089473	23089898	chr3R:23089474-23089898	FBgn0010328	woc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2418	0.222	0.2912	0.2099	0.158	0.268	0.2621	0.2745	0.158	0.3575	0.3148	0.3575	0.2781	0.2328	0.2173	0.2328	0.2595
chr3R	23096615	23096766	chr3R:23096616-23096766	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0465	0.0366	0.0527	0.0507	0.0191	0.0369	0.0588	0.034	0.0191	0.0459	0.0553	0.0459	0.0922	0.0628	0.0529	0.0628	0.0839
chr3R	23097515	23097698	chr3R:23097516-23097698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0894	0.0851	0.1057	0.0762	0.0361	0.0825	0.1259	0.1086	0.0361	0.1244	0.1145	0.1244	0.1131	0.0704	0.0767	0.0704	0.1037
chr3R	23097759	23097999	chr3R:23097760-23097999	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.1283	0.1395	0.1406	0.1024	0.0785	0.1233	0.215	0.1672	0.0785	0.1709	0.1556	0.1709	0.1549	0.1011	0.0986	0.1011	0.1339
chr3R	23098124	23098566	chr3R:23098125-23098566	FBgn0002441	l(3)mbt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1825	0.205	0.1994	0.1387	0.158	0.1879	0.2946	0.2412	0.158	0.253	0.2232	0.253	0.2122	0.1485	0.136	0.1485	0.1813
chr3R	23098601	23098817	chr3R:23098602-23098817	FBgn0002441	l(3)mbt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1722	0.1273	0.0692	0.1569	0.1296	0.2863	0.1759	0.1569	0.1431	0.1527	0.1431	0.1286	0.0766	0.0754	0.0766	0.0803
chr3R	23098896	23099085	chr3R:23098897-23099085	FBgn0002441,FBgn0039505	CG5934,l(3)mbt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.138	0.1571	0.1216	0.1029	0.1398	0.1881	0.1699	0.1029	0.2011	0.1781	0.2011	0.1526	0.1462	0.1289	0.1462	0.1371
chr3R	23099319	23099494	chr3R:23099320-23099494	FBgn0002441,FBgn0039505	CG5934,l(3)mbt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1494	0.1346	0.1739	0.1393	0.106	0.1549	0.1626	0.1686	0.106	0.2246	0.1852	0.2246	0.1743	0.1562	0.1515	0.1562	0.148
chr3R	23100239	23100405	chr3R:23100240-23100405	FBgn0046247	CG5938	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0846	0.0751	0.106	0.0717	0.052	0.0752	0.106	0.0919	0.052	0.1401	0.1167	0.1401	0.1038	0.0827	0.0619	0.0827	0.0902
chr3R	23100456	23100803	chr3R:23100457-23100803	FBgn0046247	CG5938	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1883	0.1661	0.2315	0.1659	0.1166	0.1903	0.2085	0.2105	0.1166	0.2935	0.2566	0.2935	0.2471	0.2098	0.1715	0.2098	0.2032
chr3R	23100872	23101076	chr3R:23100873-23101076	FBgn0046247	CG5938	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1226	0.097	0.1586	0.1117	0.0615	0.1243	0.1116	0.1219	0.0615	0.2005	0.1772	0.2005	0.1766	0.1462	0.1109	0.1462	0.1532
chr3R	23105406	23105557	chr3R:23105407-23105557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0161	0.0202	0.027	0.0042	0.015	0.029	0.0167	0.0042	0.0169	0.0235	0.0169	0.0178	0.0161	0.0116	0.0161	0.0177
chr3R	23106142	23106556	chr3R:23106143-23106556	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0544	0.0309	0.0557	0.0792	0.0106	0.0398	0.0411	0.0366	0.0106	0.0441	0.0669	0.0441	0.0759	0.0314	0.1044	0.0314	0.1032
chr3R	23106606	23106912	chr3R:23106607-23106912	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.096	0.0413	0.1202	0.1306	0.0106	0.0748	0.0381	0.046	0.0106	0.1184	0.1257	0.1184	0.1882	0.0712	0.107	0.0712	0.2121
chr3R	23107086	23107276	chr3R:23107087-23107276	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.0957	0.1788	0.1315	0.0456	0.1481	0.0869	0.1332	0.0456	0.2289	0.2103	0.2289	0.182	0.0942	0.1683	0.0942	0.1704
chr3R	23107367	23107585	chr3R:23107368-23107585	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2068	0.1785	0.2518	0.1892	0.1188	0.2291	0.1951	0.2358	0.1188	0.2717	0.31	0.2717	0.2843	0.1302	0.2373	0.1302	0.2444
chr3R	23107826	23108019	chr3R:23107827-23108019	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0541	0.0621	0.0632	0.0308	0.0568	0.0683	0.0786	0.0308	0.0477	0.0791	0.0477	0.0852	0.0322	0.0722	0.0322	0.0813
chr3R	23108231	23108382	chr3R:23108232-23108382	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0293	0.0475	0.0542	0.0095	0.033	0.0402	0.0426	0.0095	0.0326	0.0643	0.0326	0.0596	0.0168	0.0722	0.0168	0.0672
chr3R	23108481	23108731	chr3R:23108482-23108731	FBgn0039507	mrt	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0284	0.0435	0.0581	0.0127	0.0325	0.0402	0.0353	0.0127	0.0393	0.0495	0.0393	0.0457	0.0115	0.0961	0.0115	0.049
chr3R	23109415	23109600	chr3R:23109416-23109600	FBgn0039507,FBgn0039508	CG3368,mrt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0764	0.051	0.0942	0.0852	0.0297	0.068	0.0532	0.07	0.0297	0.1117	0.1061	0.1117	0.1123	0.0812	0.0916	0.0812	0.1167
chr3R	23114133	23114333	chr3R:23114134-23114333	FBgn0015737,FBgn0039509	Hmu,bigmax	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1484	0.1319	0.1825	0.1295	0.0817	0.1563	0.1652	0.1612	0.0817	0.2198	0.1968	0.2198	0.2084	0.1217	0.1341	0.1217	0.1939
chr3R	23114406	23114592	chr3R:23114407-23114592	FBgn0015737,FBgn0039509	Hmu,bigmax	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1248	0.0985	0.157	0.1189	0.0562	0.1209	0.1077	0.1372	0.0562	0.1751	0.1759	0.1751	0.1572	0.1164	0.1244	0.1164	0.1569
chr3R	23114645	23114834	chr3R:23114646-23114834	FBgn0015737,FBgn0039509	Hmu,bigmax	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.04	0.0731	0.0493	0.0159	0.0476	0.0515	0.054	0.0159	0.0803	0.0759	0.0803	0.0736	0.0444	0.0548	0.0444	0.0558
chr3R	23115375	23115526	chr3R:23115376-23115526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0212	0.0278	0.0224	0.0095	0.0262	0.026	0.0286	0.0095	0.0163	0.0421	0.0163	0.0271	0.0054	0.06	0.0054	0.0188
chr3R	23115633	23115804	chr3R:23115634-23115804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0287	0.0217	0.0373	0.027	0.0074	0.0257	0.0298	0.0273	0.0074	0.0229	0.0601	0.0229	0.0271	0.0092	0.0716	0.0092	0.0266
chr3R	23126321	23126539	chr3R:23126322-23126539	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0316	0.0231	0.039	0.033	0.018	0.0277	0.0285	0.0286	0.018	0.0368	0.0389	0.0368	0.0666	0.049	0.0322	0.049	0.0511
chr3R	23126611	23126834	chr3R:23126612-23126834	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0377	0.0319	0.0482	0.0326	0.0191	0.0311	0.0433	0.044	0.0191	0.0622	0.0486	0.0622	0.0651	0.0368	0.0374	0.0368	0.0526
chr3R	23126919	23127085	chr3R:23126920-23127085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0673	0.0896	0.0744	0.0435	0.0772	0.08	0.0919	0.0435	0.1208	0.0977	0.1208	0.1123	0.0988	0.0954	0.0988	0.1162
chr3R	23127201	23127363	chr3R:23127202-23127363	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.074	0.0614	0.0874	0.0734	0.0403	0.068	0.0709	0.0899	0.0403	0.1135	0.1003	0.1135	0.1022	0.1003	0.0935	0.1003	0.1105
chr3R	23203365	23203516	chr3R:23203366-23203516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0084	0.0076	0.0099	0.0078	0.0021	0.0068	0.0173	0.0033	0.0021	0.0066	0.0048	0.0066	0.0085	0.0054	0.0026	0.0054	0.0026
chr3R	23212124	23212275	chr3R:23212125-23212275	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.006	0.0081	0.0084	0.0032	0.0049	0.0121	0.0047	0.0032	0.0091	0.0061	0.0091	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0047
chr3R	23227865	23228016	chr3R:23227866-23228016	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0106	0.0051	0.007	0.0207	0.0032	0.0063	0.0078	0.0047	0.0032	0.0115	0.0055	0.0115	0.0023	0.0842	0.0077	0.0842	0.0073
chr3R	23232783	23232934	chr3R:23232784-23232934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0113	0.0085	0.0148	0.0106	0.0032	0.0107	0.0117	0.008	0.0032	0.0187	0.0116	0.0187	0.0132	0.0314	0.0039	0.0314	0.0063
chr3R	23233011	23233162	chr3R:23233012-23233162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0125	0.0097	0.0136	0.0145	0.0042	0.0092	0.013	0.0127	0.0042	0.026	0.0096	0.026	0.0077	0.0429	0.0039	0.0429	0.0104
chr3R	23234940	23235091	chr3R:23234941-23235091	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0065	0.0051	0.0051	0.0097	0.0011	0.0049	0.0087	0.0053	0.0011	0.0085	0.0032	0.0085	0.0062	0.0268	0.0045	0.0268	0.0073
chr3R	23235146	23235297	chr3R:23235147-23235297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0081	0.0071	0.0086	0.0088	0.0042	0.0068	0.0112	0.0067	0.0042	0.0127	0.0064	0.0127	0.0085	0.026	0.0077	0.026	0.0036
chr3R	23237641	23237792	chr3R:23237642-23237792	distal	distal	none	none	VT48331.1	VT48331.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0066	0.0133	0.0116	0.0032	0.0063	0.0112	0.0067	0.0032	0.0199	0.0122	0.0199	0.0023	0.0038	0.0071	0.0038	0.0036
chr3R	23238263	23238414	chr3R:23238264-23238414	distal	distal	none	none	VT48331.1	VT48331.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0094	0.0072	0.009	0.0121	0	0.0068	0.0156	0.0047	0	0.0109	0.0077	0.0109	0.0039	0.0031	0.0084	0.0031	0.0057
chr3R	23240838	23240989	chr3R:23240839-23240989	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0137	0.0083	0.0142	0.0192	0.0021	0.0131	0.0104	0.008	0.0021	0.0205	0.0093	0.0205	0.0163	0.0574	0.0116	0.0574	0.0094
chr3R	23241311	23241482	chr3R:23241312-23241482	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0178	0.0077	0.0151	0.032	0.0042	0.0117	0.0095	0.0067	0.0042	0.0405	0.0071	0.0405	0.0093	0.1133	0.0161	0.1133	0.0141
chr3R	23242090	23242241	chr3R:23242091-23242241	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0168	0.0079	0.0171	0.0263	0.0042	0.0102	0.0125	0.0053	0.0042	0.0308	0.0129	0.0308	0.0178	0.0766	0.0174	0.0766	0.0135
chr3R	23243861	23244057	chr3R:23243862-23244057	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0138	0.0199	0.0142	0.0085	0.0107	0.0186	0.024	0.0085	0.0139	0.017	0.0139	0.0062	0.0107	0.0052	0.0107	0.0073
chr3R	23245124	23245333	chr3R:23245125-23245333	distal	distal	stage11	stage11	VT48335.1	VT48335.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0096	0.0236	0.0196	0.0053	0.0078	0.0182	0.0087	0.0053	0.0157	0.0132	0.0157	0.0116	0.0092	0.009	0.0092	0.0109
chr3R	23245385	23245537	chr3R:23245386-23245537	distal	distal	stage11	stage11	VT48335.1	VT48335.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0095	0.0239	0.0157	0.0032	0.0131	0.0125	0.01	0.0032	0.0127	0.0148	0.0127	0.0178	0.0069	0.0058	0.0069	0.0089
chr3R	23247794	23247945	chr3R:23247795-23247945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0083	0.0113	0.0135	0.0053	0.0087	0.0125	0.008	0.0053	0.0205	0.0074	0.0205	0.0093	0.036	0.0045	0.036	0.0089
chr3R	23251820	23251981	chr3R:23251821-23251981	distal	distal	none	none	VT48339.1	VT48339.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0147	0.0152	0.0159	0.013	0.0085	0.0209	0.0208	0.012	0.0085	0.0242	0.0093	0.0242	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chr3R	23252140	23252309	chr3R:23252141-23252309	distal	distal	none	none	VT48339.1	VT48339.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0148	0.0209	0.0241	0.0095	0.0141	0.0242	0.0133	0.0095	0.0217	0.0132	0.0217	0.0124	0.01	0.0058	0.01	0.0073
chr3R	23252400	23252561	chr3R:23252401-23252561	distal	distal	none	none	VT48339.1	VT48339.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0085	0.0183	0.021	0.0032	0.0131	0.0099	0.0093	0.0032	0.0163	0.0119	0.0163	0.0031	0.01	0.0039	0.01	0.0057
chr3R	23252698	23252881	chr3R:23252699-23252881	distal	distal	none	none	VT48339.1	VT48339.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.019	0.0115	0.0226	0.0235	0.0021	0.0141	0.0156	0.0147	0.0021	0.0163	0.0138	0.0163	0.0085	0.0115	0.0071	0.0115	0.0078
chr3R	23253001	23253152	chr3R:23253002-23253152	distal	distal	none	none	VT48339.1,VT48340.1	VT48339.1,VT48340.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0062	0.008	0.0114	0.0053	0.0058	0.0099	0.0053	0.0053	0.0036	0.0048	0.0036	0.0046	0.0054	0.0045	0.0054	0.0026
chr3R	23253908	23254059	chr3R:23253909-23254059	distal	distal	none	none	VT48340.1	VT48340.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0112	0.0105	0.0108	0.0124	0.0053	0.0117	0.0182	0.0073	0.0053	0.0169	0.0087	0.0169	0.0093	0.0314	0.009	0.0314	0.0068
chr3R	23254532	23254683	chr3R:23254533-23254683	distal	distal	none	none	VT48340.1	VT48340.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0126	0.0117	0.0143	0.0118	0.0021	0.0155	0.019	0.0073	0.0021	0.0272	0.0119	0.0272	0.0093	0.0345	0.0039	0.0345	0.0047
chr3R	23263122	23263391	chr3R:23263123-23263391	FBgn0016061	side	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1395	0.1547	0.1454	0.116	0.1029	0.2155	0.1462	0.2179	0.1029	0.2023	0.1199	0.2023	0.0829	0.1026	0.0683	0.1026	0.1032
chr3R	23264210	23264385	chr3R:23264211-23264385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0649	0.0754	0.0599	0.0339	0.0859	0.0679	0.0906	0.0339	0.1008	0.0772	0.1008	0.0682	0.0689	0.0509	0.0689	0.0662
chr3R	23266235	23266431	chr3R:23266236-23266431	FBgn0263401	CG43447	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0379	0.0231	0.0492	0.0422	0.0117	0.0359	0.0268	0.0233	0.0117	0.0543	0.0363	0.0543	0.0333	0.0168	0.009	0.0168	0.036
chr3R	23266559	23266796	chr3R:23266560-23266796	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0525	0.0322	0.073	0.0526	0.0127	0.0549	0.0303	0.0393	0.0127	0.0984	0.0469	0.0984	0.0488	0.0268	0.0135	0.0268	0.0349
chr3R	23267074	23267501	chr3R:23267075-23267501	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0947	0.134	0.1107	0.0334	0.0562	0.2282	0.0861	0.2139	0.0562	0.1679	0.1093	0.1679	0.0418	0.0138	0.0168	0.0138	0.0245
chr3R	23267885	23268134	chr3R:23267886-23268134	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0534	0.097	0.0444	0.0146	0.0297	0.1573	0.0493	0.1905	0.0297	0.0429	0.0395	0.0429	0.0139	0.0023	0.0077	0.0023	0.0057
chr3R	23268304	23268537	chr3R:23268305-23268537	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0645	0.1173	0.0557	0.015	0.0382	0.2024	0.0554	0.2199	0.0382	0.0447	0.0627	0.0447	0.0093	0.0061	0.0084	0.0061	0.0026
chr3R	23270971	23271122	chr3R:23270972-23271122	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT48350.1	VT48350.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0192	0.0219	0.0279	0.0067	0.0042	0.035	0.0199	0.0333	0.0042	0.0181	0.0132	0.0181	0.0108	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chr3R	23271186	23271372	chr3R:23271187-23271372	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT48350.1	VT48350.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0303	0.045	0.0331	0.0109	0.0106	0.066	0.035	0.0806	0.0106	0.0187	0.0209	0.0187	0.0139	0.0054	0.0039	0.0054	0.0031
chr3R	23272189	23272340	chr3R:23272190-23272340	distal	distal	none	none	VT48350.1,VT48351.1	VT48350.1,VT48351.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.02	0.0184	0.0319	0.0086	0.0053	0.0282	0.0195	0.0253	0.0053	0.0163	0.0193	0.0163	0.0163	0.0031	0.0032	0.0031	0.0057
chr3R	23288805	23288956	chr3R:23288806-23288956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0097	0.0081	0.016	0.0032	0.0097	0.0164	0.0093	0.0032	0.0085	0.0096	0.0085	0.0046	8e-04	0.0045	8e-04	0.0042
chr3R	23343993	23344144	chr3R:23343994-23344144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0192	0.0157	0.0254	0.0163	0.0127	0.0199	0.0247	0.0093	0.0127	0.064	0.0177	0.064	0.0085	0.026	0.009	0.026	0.0125
chr3R	23345586	23345737	chr3R:23345587-23345737	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0137	0.0097	0.0221	0.0091	0.0011	0.0155	0.0125	0.0107	0.0011	0.0574	0.0151	0.0574	0.0077	0.0069	0.0097	0.0069	0.0042
chr3R	23345906	23346057	chr3R:23345907-23346057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.018	0.016	0.0273	0.01	0.0074	0.0267	0.0173	0.0127	0.0074	0.067	0.0219	0.067	0.0101	0.0145	0.0103	0.0145	0.0036
chr3R	23346247	23346406	chr3R:23346248-23346406	FBgn0039523	CG12885	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0162	0.0131	0.0239	0.0111	0.0053	0.0228	0.0134	0.0133	0.0053	0.0405	0.0257	0.0405	0.0139	0.0077	0.0116	0.0077	0.0047
chr3R	23346577	23346728	chr3R:23346578-23346728	FBgn0039523	CG12885	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0119	0.0125	0.0176	0.0049	0.0011	0.0199	0.0169	0.0113	0.0011	0.0507	0.0096	0.0507	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0016
chr3R	23356570	23356721	chr3R:23356571-23356721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0087	0.0076	0.0155	0.0024	0.0042	0.0073	0.0125	0.006	0.0042	0.0441	0.0093	0.0441	0.0077	0.0031	0.0026	0.0031	0.0021
chr3R	23357155	23357306	chr3R:23357156-23357306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0101	0.009	0.017	0.0038	0.0074	0.0092	0.0138	0.0073	0.0074	0.0477	0.008	0.0477	0.0163	0.0038	0.0058	0.0038	0.0031
chr3R	23357838	23357989	chr3R:23357839-23357989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.009	0.0087	0.0145	0.0032	0.0074	0.0112	0.0108	0.0087	0.0074	0.0435	0.0093	0.0435	0.007	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr3R	23373189	23373484	chr3R:23373190-23373484	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1088	0.0927	0.1251	0.1088	0.0488	0.1102	0.1077	0.1292	0.0488	0.1473	0.1399	0.1473	0.1317	0.1156	0.1251	0.1156	0.1438
chr3R	23373568	23373998	chr3R:23373569-23373998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0705	0.0633	0.0841	0.0635	0.0255	0.0684	0.0822	0.0866	0.0255	0.0857	0.1042	0.0857	0.0968	0.0567	0.0916	0.0567	0.0766
chr3R	23374261	23374412	chr3R:23374262-23374412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0283	0.0259	0.017	0.0106	0.0238	0.048	0.0313	0.0106	0.026	0.0325	0.026	0.0294	0.0161	0.0239	0.0161	0.0219
chr3R	23374559	23374710	chr3R:23374560-23374710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0201	0.0217	0.0207	0.0177	0.0127	0.0223	0.0363	0.018	0.0127	0.0175	0.028	0.0175	0.0256	0.0138	0.0193	0.0138	0.0287
chr3R	23380635	23380814	chr3R:23380636-23380814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0365	0.0246	0.051	0.034	0.0074	0.0398	0.032	0.0207	0.0074	0.07	0.0476	0.07	0.0883	0.0881	0.038	0.0881	0.024
chr3R	23381419	23381570	chr3R:23381420-23381570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0141	0.0322	0.0281	0.0095	0.0214	0.0169	0.012	0.0095	0.0344	0.046	0.0344	0.0287	0.0467	0.0419	0.0467	0.0281
chr3R	23381759	23381964	chr3R:23381760-23381964	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.061	0.0277	0.0945	0.0614	0.0064	0.0481	0.0281	0.0326	0.0064	0.0694	0.1621	0.0694	0.0581	0.0812	0.1103	0.0812	0.0641
chr3R	23382205	23382454	chr3R:23382206-23382454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0476	0.0192	0.0541	0.0721	0.0032	0.032	0.0242	0.018	0.0032	0.0471	0.0685	0.0471	0.0767	0.0727	0.0619	0.0727	0.1496
chr3R	23384027	23384191	chr3R:23384028-23384191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0393	0.0255	0.043	0.0507	0.0138	0.033	0.0281	0.034	0.0138	0.0447	0.0476	0.0447	0.0372	0.0306	0.04	0.0306	0.0271
chr3R	23384787	23384971	chr3R:23384788-23384971	FBgn0004387	Klp98A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1812	0.1672	0.2118	0.1632	0.1209	0.2053	0.186	0.2199	0.1209	0.2651	0.2299	0.2651	0.2115	0.1738	0.1734	0.1738	0.1985
chr3R	23389988	23390139	chr3R:23389989-23390139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0252	0.0252	0.0277	0.0226	0.0127	0.0262	0.035	0.0346	0.0127	0.0308	0.0296	0.0308	0.0256	0.0276	0.0123	0.0276	0.0156
chr3R	23391209	23391454	chr3R:23391210-23391454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0303	0.0382	0.0159	0.0148	0.0306	0.0398	0.0433	0.0148	0.0537	0.0437	0.0537	0.0271	0.0199	0.0116	0.0199	0.0203
chr3R	23394393	23394550	chr3R:23394394-23394550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0199	0.0254	0.0142	0.0191	0.0248	0.0247	0.02	0.0191	0.0242	0.0257	0.0242	0.0457	0.0084	0.009	0.0084	0.0271
chr3R	23396257	23396764	chr3R:23396258-23396764	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT48415.1	VT48415.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0522	0.0695	0.0466	0.0391	0.0435	0.0597	0.1038	0.0873	0.0435	0.0507	0.0482	0.0507	0.0651	0.026	0.0303	0.026	0.0516
chr3R	23406198	23406446	chr3R:23406199-23406446	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0779	0.0491	0.0923	0.0943	0.0265	0.0782	0.0489	0.0553	0.0265	0.1443	0.1042	0.1443	0.0844	0.1616	0.1251	0.1616	0.0792
chr3R	23406483	23406702	chr3R:23406484-23406702	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1096	0.0941	0.1206	0.1147	0.0562	0.1481	0.0913	0.1119	0.0562	0.2156	0.1103	0.2156	0.1201	0.2144	0.1173	0.2144	0.1136
chr3R	23406956	23407147	chr3R:23406957-23407147	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1808	0.1671	0.2128	0.161	0.141	0.2097	0.1752	0.2179	0.141	0.2814	0.2116	0.2814	0.2184	0.1983	0.1663	0.1983	0.1871
chr3R	23407287	23407537	chr3R:23407288-23407537	FBgn0027492	wdb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2909	0.253	0.3393	0.2802	0.1718	0.3335	0.2569	0.3391	0.1718	0.4167	0.3531	0.4167	0.3323	0.2979	0.2869	0.2979	0.3273
chr3R	23407870	23408036	chr3R:23407871-23408036	FBgn0027492	wdb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1847	0.1497	0.2218	0.183	0.105	0.1951	0.1518	0.2059	0.105	0.2778	0.2453	0.2778	0.1944	0.1868	0.1921	0.1868	0.2199
chr3R	23408451	23408636	chr3R:23408452-23408636	FBgn0027492,FBgn0040080	raps,wdb	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1026	0.0804	0.1241	0.1037	0.0509	0.1034	0.0822	0.1173	0.0509	0.1522	0.1344	0.1522	0.1239	0.1325	0.1051	0.1325	0.1178
chr3R	23418515	23418666	chr3R:23418516-23418666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0135	0.0131	0.0084	0.0011	0.0131	0.0212	0.0193	0.0011	0.0066	0.0235	0.0066	0.0062	0.0015	0.0284	0.0015	0.0042
chr3R	23419474	23419625	chr3R:23419475-23419625	FBgn0039527	CG5639	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.012	0.0088	0.0104	0.0064	0.0107	0.0216	0.0113	0.0064	0.0072	0.0129	0.0072	0.007	8e-04	0.0309	8e-04	0.0073
chr3R	23419833	23419984	chr3R:23419834-23419984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0126	0.0207	0.0089	0.0075	0.0127	0.0121	0.0415	0.0187	0.0127	0.0042	0.0141	0.0042	0.0046	0.0046	0.02	0.0046	0.0031
chr3R	23421908	23422059	chr3R:23421909-23422059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0122	0.0151	0.017	0.0021	0.0083	0.0203	0.0187	0.0021	0.0072	0.0248	0.0072	0.0101	0.0054	0.0464	0.0054	0.0099
chr3R	23423084	23423235	chr3R:23423085-23423235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0154	0.0142	0.0164	0.0156	0.0074	0.0136	0.0242	0.014	0.0074	0.0211	0.019	0.0211	0.0139	0.0038	0.0451	0.0038	0.0078
chr3R	23430295	23430446	chr3R:23430296-23430446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0228	0.0279	0.0358	0.0159	0.0272	0.0294	0.026	0.0159	0.0344	0.0264	0.0344	0.0465	0.0153	0.0206	0.0153	0.0896
chr3R	23430822	23430973	chr3R:23430823-23430973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0162	0.0222	0.04	0.0064	0.0189	0.026	0.0147	0.0064	0.0229	0.0164	0.0229	0.0511	0.0161	0.0342	0.0161	0.0943
chr3R	23431183	23431373	chr3R:23431184-23431373	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.029	0.0153	0.0321	0.0409	0.0042	0.017	0.0251	0.014	0.0042	0.0278	0.0289	0.0278	0.072	0.0115	0.0406	0.0115	0.0974
chr3R	23431461	23431612	chr3R:23431462-23431612	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0147	0.0273	0.0274	0.0053	0.0165	0.0242	0.0133	0.0053	0.0217	0.028	0.0217	0.0542	0.0115	0.0355	0.0115	0.0505
chr3R	23432192	23432343	chr3R:23432193-23432343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0141	0.0241	0.0256	0.0127	0.0141	0.0216	0.0127	0.0127	0.0163	0.0383	0.0163	0.0147	0.01	0.0683	0.01	0.0182
chr3R	23433025	23433212	chr3R:23433026-23433212	FBgn0039528	dsd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1349	0.1112	0.1633	0.1302	0.0848	0.1398	0.1142	0.1559	0.0848	0.1872	0.1878	0.1872	0.1665	0.1294	0.1489	0.1294	0.1574
chr3R	23433469	23433657	chr3R:23433470-23433657	FBgn0039528,FBgn0039530	Tusp,dsd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1062	0.0819	0.1226	0.1154	0.0679	0.0981	0.0848	0.1166	0.0679	0.1099	0.1531	0.1099	0.1224	0.0658	0.1212	0.0658	0.1193
chr3R	23433767	23434052	chr3R:23433768-23434052	FBgn0039530	Tusp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1085	0.0673	0.1236	0.1379	0.0509	0.0893	0.0792	0.0746	0.0509	0.1733	0.117	0.1733	0.1309	0.1355	0.0928	0.1355	0.0907
chr3R	23435442	23435593	chr3R:23435443-23435593	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0128	0.0222	0.0326	0.0042	0.0184	0.0173	0.0107	0.0042	0.0248	0.0241	0.0248	0.0256	0.0658	0.0142	0.0658	0.024
chr3R	23436378	23436672	chr3R:23436379-23436672	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0229	0.0106	0.0142	0.0462	0.0021	0.0092	0.0195	0.012	0.0021	0.0139	0.0125	0.0139	0.0124	0.0567	0.0174	0.0567	0.0255
chr3R	23440640	23440791	chr3R:23440641-23440791	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0132	0.0089	0.0198	0.0064	0.0073	0.0255	0.016	0.0064	0.0085	0.0106	0.0085	0.007	0.0038	0.0039	0.0038	0.0104
chr3R	23442381	23442532	chr3R:23442382-23442532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0101	0.0104	0.0201	0.0053	0.0117	0.0147	0.0107	0.0053	0.0097	0.009	0.0097	0.0101	0.0092	0.0032	0.0092	0.0068
chr3R	23442987	23443138	chr3R:23442988-23443138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0107	0.0069	0.0146	0.0085	0.0087	0.0195	0.0087	0.0085	0.0097	0.0058	0.0097	0.0054	0.0061	0.0045	0.0061	0.0057
chr3R	23444269	23444420	chr3R:23444270-23444420	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0158	0.0174	0.026	0.0095	0.0146	0.0268	0.016	0.0095	0.0169	0.0193	0.0169	0.0186	0.0115	0.0187	0.0115	0.0422
chr3R	23447269	23447420	chr3R:23447270-23447420	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.01	0.0079	0.0134	0.0053	0.0087	0.0164	0.0113	0.0053	0.0072	0.008	0.0072	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chr3R	23448174	23448325	chr3R:23448175-23448325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.012	0.0082	0.0114	0.0064	0.0092	0.0203	0.0113	0.0064	0.0079	0.0068	0.0079	0.0031	0.0031	0.0032	0.0031	0.0057
chr3R	23448836	23449020	chr3R:23448837-23449020	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0106	0.0217	0.0372	0.0064	0.0092	0.0169	0.0107	0.0064	0.0109	0.0141	0.0109	0.0093	0.0077	0.0039	0.0077	0.0078
chr3R	23461684	23461854	chr3R:23461685-23461854	FBgn0039531,FBgn0039532	CG5611,Mtl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0969	0.0659	0.1155	0.111	0.0382	0.0947	0.064	0.0899	0.0382	0.1341	0.1293	0.1341	0.1185	0.1202	0.1135	0.1202	0.148
chr3R	23461928	23462103	chr3R:23461929-23462103	FBgn0039531,FBgn0039532	CG5611,Mtl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.199	0.1484	0.2447	0.2055	0.0923	0.201	0.1557	0.1939	0.0923	0.3134	0.2588	0.3134	0.2293	0.209	0.2282	0.209	0.2434
chr3R	23462201	23462371	chr3R:23462202-23462371	FBgn0039531,FBgn0039532	CG5611,Mtl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1747	0.1324	0.2249	0.1668	0.0795	0.1903	0.1246	0.1779	0.0795	0.2899	0.2428	0.2899	0.2053	0.1845	0.1786	0.1845	0.1845
chr3R	23462439	23462727	chr3R:23462440-23462727	FBgn0039531,FBgn0039532	CG5611,Mtl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.1043	0.0784	0.128	0.1072	0.0467	0.0995	0.0822	0.1099	0.0467	0.1479	0.1389	0.1479	0.1108	0.1662	0.0922	0.1662	0.11
chr3R	23468479	23468774	chr3R:23468480-23468774	FBgn0262286	mir-1001	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0375	0.0474	0.0386	0.0252	0.0244	0.0505	0.0662	0.0606	0.0244	0.055	0.0386	0.055	0.0279	0.0276	0.0174	0.0276	0.0417
chr3R	23471255	23471406	chr3R:23471256-23471406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0294	0.0214	0.023	0.0085	0.0374	0.0359	0.04	0.0085	0.0193	0.0244	0.0193	0.0263	0.026	0.0239	0.026	0.0266
chr3R	23471477	23471677	chr3R:23471478-23471677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0349	0.0343	0.0344	0.0127	0.0461	0.0333	0.0566	0.0127	0.0284	0.0418	0.0284	0.0434	0.0482	0.0342	0.0482	0.0422
chr3R	23477528	23477722	chr3R:23477529-23477722	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0641	0.0441	0.0661	0.0843	0.0244	0.0505	0.0519	0.0626	0.0244	0.0694	0.0682	0.0694	0.0852	0.0789	0.0664	0.0789	0.0912
chr3R	23477876	23478136	chr3R:23477877-23478136	FBgn0027494	RpS10a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0405	0.0221	0.0287	0.0739	0.0085	0.0238	0.0337	0.0247	0.0085	0.0272	0.0241	0.0272	0.0302	0.0345	0.0284	0.0345	0.0344
chr3R	23482148	23482299	chr3R:23482149-23482299	FBgn0051057	tau	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.009	0.0088	0.0248	0.0042	0.0083	0.0147	0.0113	0.0042	0.0072	0.0093	0.0072	0.0085	0.0153	0.0052	0.0153	0.0125
chr3R	23482496	23482647	chr3R:23482497-23482647	FBgn0051057	tau	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0239	0.0131	0.0152	0.0455	0.0042	0.0131	0.0199	0.0173	0.0042	0.0097	0.0161	0.0097	0.0279	0.0406	0.0277	0.0406	0.0453
chr3R	23482767	23482970	chr3R:23482768-23482970	FBgn0051057	tau	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0715	0.0365	0.066	0.1166	0.0223	0.051	0.0385	0.048	0.0223	0.067	0.0633	0.067	0.103	0.1562	0.1077	0.1562	0.1245
chr3R	23484912	23485063	chr3R:23484913-23485063	distal	distal	stage14	stage14	VT48458.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0189	0.0121	0.0093	0.0372	0.0064	0.0102	0.0247	0.0087	0.0064	0.0169	0.0074	0.0169	0.0085	0.147	0.0142	0.147	0.0125
chr3R	23485288	23485439	chr3R:23485289-23485439	FBgn0002772	Mlc1	none	none	VT48458.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0121	0.0076	0.0081	0.0214	0	0.0073	0.0125	0.0093	0	0.0121	0.0077	0.0121	0.0116	0.0896	0.0077	0.0896	0.0052
chr3R	23485877	23486028	chr3R:23485878-23486028	FBgn0002772	Mlc1	stage14	none	VT48458.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0165	0.0079	0.0098	0.0337	0.0053	0.0049	0.0182	0.0027	0.0053	0.0169	0.0084	0.0169	0.0101	0.1455	0.0077	0.1455	0.0089
chr3R	23486102	23486253	chr3R:23486103-23486253	FBgn0002772	Mlc1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0177	0.0077	0.0113	0.0358	0.0032	0.0087	0.0138	0.0047	0.0032	0.0169	0.0093	0.0169	0.0147	0.1539	0.011	0.1539	0.0089
chr3R	23486714	23486865	chr3R:23486715-23486865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0124	0.0088	0.0072	0.022	0.0042	0.0087	0.0143	0.0087	0.0042	0.0109	0.0068	0.0109	0.007	0.0911	0.0039	0.0911	0.0063
chr3R	23487253	23487404	chr3R:23487254-23487404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0087	0.0076	0.0164	0.0021	0.0068	0.019	0.0053	0.0021	0.0079	0.0064	0.0079	0.0101	0.0191	0.0013	0.0191	0.0021
chr3R	23487957	23488108	chr3R:23487958-23488108	FBgn0039536	CG18437	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0088	0.0075	0.0123	0.0032	0.0073	0.0195	0.0053	0.0032	0.0115	0.0042	0.0115	0.0093	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr3R	23488623	23488774	chr3R:23488624-23488774	FBgn0039536	CG18437	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0062	0.006	0.0102	0.0021	0.0029	0.0138	0.0047	0.0021	0.003	0.0068	0.003	0.0023	0.0038	0.0013	0.0038	0.0021
chr3R	23502833	23503009	chr3R:23502834-23503009	FBgn0039537	CG5590	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.0988	0.1569	0.1032	0.0657	0.1165	0.112	0.1392	0.0657	0.1848	0.1826	0.1848	0.1596	0.1095	0.1161	0.1095	0.1334
chr3R	23503127	23503318	chr3R:23503128-23503318	FBgn0039537	CG5590	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1424	0.1127	0.1873	0.1263	0.0764	0.1359	0.1298	0.1519	0.0764	0.2252	0.2161	0.2252	0.182	0.1263	0.1348	0.1263	0.1772
chr3R	23504597	23504761	chr3R:23504598-23504761	FBgn0039538	CG12883	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0418	0.0339	0.0528	0.0384	0.0233	0.0388	0.035	0.0553	0.0233	0.0507	0.0669	0.0507	0.0697	0.0421	0.0406	0.0421	0.0542
chr3R	23504853	23505040	chr3R:23504854-23505040	FBgn0039538	CG12883	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.08	0.0759	0.0904	0.0731	0.0477	0.0791	0.0934	0.1086	0.0477	0.0851	0.117	0.0851	0.1139	0.0735	0.078	0.0735	0.1079
chr3R	23506015	23506166	chr3R:23506016-23506166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0308	0.0319	0.0226	0.0159	0.0272	0.0493	0.0393	0.0159	0.0362	0.0357	0.0362	0.0325	0.023	0.0226	0.023	0.0313
chr3R	23507451	23507602	chr3R:23507452-23507602	FBgn0003330	Sce	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0446	0.0596	0.0376	0.0286	0.0515	0.0575	0.0573	0.0286	0.0779	0.0627	0.0779	0.0643	0.0459	0.0438	0.0459	0.0396
chr3R	23507678	23507865	chr3R:23507679-23507865	FBgn0003330	Sce	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1079	0.1059	0.1259	0.0905	0.0753	0.118	0.1354	0.1346	0.0753	0.1757	0.1344	0.1757	0.1216	0.1018	0.0993	0.1018	0.1047
chr3R	23508017	23508168	chr3R:23508018-23508168	FBgn0003330	Sce	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.035	0.0419	0.0269	0.0159	0.0379	0.048	0.044	0.0159	0.0598	0.0463	0.0598	0.0403	0.0322	0.0232	0.0322	0.0344
chr3R	23511092	23511243	chr3R:23511093-23511243	FBgn0046258	CG12880	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.0059	0.0119	0.016	0.0011	0.0092	0.0078	0.0053	0.0011	0.0163	0.0158	0.0163	0.0085	0.0031	0.049	0.0031	0.0073
chr3R	23511566	23511717	chr3R:23511567-23511717	FBgn0046258	CG12880	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0214	0.014	0.026	0.0246	0.0053	0.0184	0.0199	0.0147	0.0053	0.0465	0.0254	0.0465	0.0232	0.0153	0.0548	0.0153	0.0219
chr3R	23515031	23515295	chr3R:23515032-23515295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0246	0.0174	0.0391	0.0169	0.0074	0.0272	0.0199	0.016	0.0074	0.09	0.0363	0.09	0.0209	0.0061	0.0335	0.0061	0.0203
chr3R	23520848	23521026	chr3R:23520849-23521026	FBgn0263025,FBgn0263597	Acp98AB,CG43320	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0666	0.0508	0.0876	0.0611	0.0276	0.0752	0.0476	0.0726	0.0276	0.1033	0.101	0.1033	0.0937	0.0582	0.0625	0.0582	0.0724
chr3R	23525257	23525531	chr3R:23525258-23525531	FBgn0086346	ALiX	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.045	0.069	0.0657	0.0212	0.0534	0.048	0.0673	0.0212	0.0761	0.0797	0.0761	0.0751	0.0628	0.0825	0.0628	0.086
chr3R	23525624	23525906	chr3R:23525625-23525906	FBgn0045862,FBgn0086346	ALiX,btz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1226	0.0951	0.1495	0.1239	0.0488	0.1277	0.0986	0.1332	0.0488	0.1757	0.1659	0.1757	0.1696	0.1424	0.1612	0.1424	0.1464
chr3R	23525977	23526148	chr3R:23525978-23526148	FBgn0045862,FBgn0086346	ALiX,btz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1408	0.1148	0.172	0.1358	0.0806	0.1466	0.1319	0.1412	0.0806	0.2198	0.1894	0.2198	0.1665	0.1646	0.1496	0.1646	0.1569
chr3R	23526220	23526371	chr3R:23526221-23526371	FBgn0045862,FBgn0086346	ALiX,btz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0365	0.0654	0.0544	0.018	0.0451	0.0463	0.0473	0.018	0.0809	0.0691	0.0809	0.0744	0.0528	0.0567	0.0528	0.075
chr3R	23531544	23531695	chr3R:23531545-23531695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0166	0.0209	0.0181	0.0053	0.0189	0.0238	0.02	0.0053	0.0254	0.0196	0.0254	0.0279	0.0184	0.0123	0.0184	0.0334
chr3R	23531770	23531921	chr3R:23531771-23531921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.021	0.0168	0.0245	0.0219	0.0095	0.0209	0.0195	0.0227	0.0095	0.0356	0.0196	0.0356	0.0364	0.0253	0.0155	0.0253	0.0349
chr3R	23531978	23532248	chr3R:23531979-23532248	FBgn0039543	CG12428	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0491	0.032	0.0593	0.0571	0.0148	0.0447	0.0424	0.032	0.0148	0.0719	0.0556	0.0719	0.0798	0.0505	0.0548	0.0505	0.0834
chr3R	23532411	23532601	chr3R:23532412-23532601	FBgn0039543,FBgn0039544	CG12428,CG12877	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1306	0.0935	0.1714	0.1274	0.0414	0.1306	0.096	0.1326	0.0414	0.2192	0.1781	0.2192	0.1805	0.1309	0.1399	0.1309	0.1443
chr3R	23532716	23532909	chr3R:23532717-23532909	FBgn0039543,FBgn0039544	CG12428,CG12877	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1247	0.094	0.1664	0.1132	0.0477	0.1311	0.093	0.1339	0.0477	0.215	0.1775	0.215	0.1518	0.1194	0.1064	0.1194	0.1313
chr3R	23540542	23540693	chr3R:23540543-23540693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0069	0.0075	0.0117	0.0074	0.0044	0.0125	0.0053	0.0074	0.0072	0.0071	0.0072	0.0093	0.0023	0.0019	0.0023	0.0063
chr3R	23557616	23557767	chr3R:23557617-23557767	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0061	0.0074	0.0091	0.0064	0.0034	0.0125	0.004	0.0064	0.0048	0.0061	0.0048	0.0046	0.0038	6e-04	0.0038	5e-04
chr3R	23562215	23562366	chr3R:23562216-23562366	FBgn0005659	Ets98B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0269	0.0216	0.0239	0.0363	0.0127	0.0184	0.0372	0.0187	0.0127	0.0248	0.0334	0.0248	0.0248	0.0077	0.1122	0.0077	0.0276
chr3R	23562529	23562680	chr3R:23562530-23562680	FBgn0005659	Ets98B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0252	0.027	0.0218	0.0267	0.0244	0.0233	0.0424	0.026	0.0244	0.0236	0.0248	0.0236	0.0279	0.0107	0.0683	0.0107	0.0208
chr3R	23562845	23562996	chr3R:23562846-23562996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0152	0.0163	0.0133	0.0162	0.0138	0.016	0.0255	0.0147	0.0138	0.0157	0.0135	0.0157	0.0209	0.0115	0.02	0.0115	0.0292
chr3R	23571324	23571475	chr3R:23571325-23571475	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0085	0.011	0.0159	0.0042	0.0078	0.016	0.006	0.0042	0.0091	0.0177	0.0091	0.0046	0.0046	0.0548	0.0046	0.0063
chr3R	23571570	23571721	chr3R:23571571-23571721	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0092	0.0077	0.008	0.0121	0.0074	0.0044	0.0147	0.006	0.0074	0.0109	0.01	0.0109	0.0039	0.0015	0.0426	0.0015	0.0036
chr3R	23579967	23580118	chr3R:23579968-23580118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0086	0.008	0.0126	0.005	0.0064	0.0107	0.0121	0.0027	0.0064	0.038	0.0068	0.038	0.0054	0.0054	0.0013	0.0054	0.0073
chr3R	23596395	23596546	chr3R:23596396-23596546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0269	0.0109	0.0063	0.0106	0.018	0.0528	0.0286	0.0106	0.0145	0.0122	0.0145	0.007	0.0084	0.0058	0.0084	0.0052
chr3R	23600828	23600979	chr3R:23600829-23600979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0138	0.0265	0.0099	0.0038	0.0095	0.0102	0.0601	0.0253	0.0095	0.0109	0.0093	0.0109	0.0116	0.0038	0.0026	0.0038	0.0026
chr3R	23631337	23631488	chr3R:23631338-23631488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0113	0.0098	0.0085	0.0053	0.0073	0.0186	0.0167	0.0053	0.0085	0.0103	0.0085	0.0054	0.0023	0.0019	0.0023	0.001
chr3R	23644091	23644242	chr3R:23644092-23644242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0069	0.0082	0.0159	0.0064	0.0063	0.0112	0.006	0.0064	0.0066	0.0061	0.0066	0.0077	0.0077	0.0019	0.0077	0.0036
chr3R	23645759	23645910	chr3R:23645760-23645910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0072	0.0079	0.0127	0.0053	0.0044	0.0138	0.006	0.0053	0.0085	0.0061	0.0085	0.007	0.0031	0.0026	0.0031	0.0021
chr3R	23646220	23646371	chr3R:23646221-23646371	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0093	0.0096	0.015	0.0053	0.0121	0.0138	0.008	0.0053	0.0121	0.009	0.0121	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0042
chr3R	23651644	23651936	chr3R:23651645-23651936	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0527	0.0288	0.0728	0.0572	0.0074	0.0447	0.0303	0.0353	0.0074	0.0405	0.036	0.0405	0.0178	0.0084	0.0168	0.0084	0.0125
chr3R	23652238	23652393	chr3R:23652239-23652393	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0125	0.0346	0.0267	0.0021	0.018	0.0199	0.008	0.0021	0.0199	0.0151	0.0199	0.0132	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chr3R	23660026	23660177	chr3R:23660027-23660177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0104	0.0193	0.0082	0.0029	0.0127	0.015	0.0216	0.0373	0.0127	0.0091	0.0084	0.0091	0.007	0.0015	0.0019	0.0015	0.0016
chr3R	23661865	23662017	chr3R:23661866-23662017	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0097	0.0133	0.0155	0.0032	0.0087	0.0182	0.0087	0.0032	0.006	0.0093	0.006	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr3R	23682214	23682365	chr3R:23682215-23682365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0097	0.01	0.0121	0.007	0.0042	0.0068	0.0147	0.0167	0.0042	0.006	0.0106	0.006	0.0023	0.0031	0.0026	0.0031	0.001
chr3R	23686987	23687138	chr3R:23686988-23687138	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0042	0.0052	0.0082	0.0011	0.0019	0.0095	0.004	0.0011	0.0054	0.0042	0.0054	0.0054	0.0023	0.0019	0.0023	0.0021
chr3R	23713998	23714149	chr3R:23713999-23714149	distal	distal	stage14	stage14	VT48569.1	VT48569.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0113	0.007	0.0104	0.0074	0.0087	0.0169	0.018	0.0074	0.0066	0.0061	0.0066	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0036
chr3R	23731546	23731846	chr3R:23731547-23731846	FBgn0085382	CG34353	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0959	0.1267	0.0835	0.0749	0.1071	0.1228	0.1661	0.1652	0.1071	0.1407	0.0695	0.1407	0.0496	0.0383	0.0406	0.0383	0.0615
chr3R	23732053	23732204	chr3R:23732054-23732204	FBgn0085382	CG34353	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0118	0.0112	0.0216	0.0074	0.0141	0.0169	0.0113	0.0074	0.0109	0.0113	0.0109	0.0093	0.0069	0.011	0.0069	0.0156
chr3R	23742162	23742326	chr3R:23742163-23742326	FBgn0039554,FBgn0039555	CG5003,mRpS22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1254	0.1117	0.1538	0.1095	0.0689	0.1335	0.1289	0.1592	0.0689	0.2029	0.1688	0.2029	0.1448	0.1271	0.1096	0.1271	0.1308
chr3R	23742572	23742757	chr3R:23742573-23742757	FBgn0039554,FBgn0039555	CG5003,mRpS22	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.11	0.0933	0.1381	0.0978	0.0445	0.1112	0.1133	0.1339	0.0445	0.1636	0.1473	0.1636	0.1348	0.108	0.1012	0.108	0.1235
chr3R	23744876	23745027	chr3R:23744877-23745027	FBgn0053213	CG33213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0541	0.0553	0.0654	0.0405	0.035	0.0675	0.0644	0.0733	0.035	0.09	0.0592	0.09	0.0744	0.0383	0.0277	0.0383	0.05
chr3R	23745105	23745287	chr3R:23745106-23745287	FBgn0053213	CG33213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0908	0.0866	0.1055	0.0795	0.0594	0.1112	0.0913	0.1193	0.0594	0.1365	0.1045	0.1365	0.1162	0.0712	0.0754	0.0712	0.1027
chr3R	23745302	23745543	chr3R:23745303-23745543	FBgn0053213	CG33213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0795	0.0729	0.0944	0.0705	0.0541	0.0869	0.0804	0.1013	0.0541	0.1051	0.0974	0.1051	0.1084	0.0766	0.0638	0.0766	0.0964
chr3R	23747787	23747950	chr3R:23747788-23747950	FBgn0039558	CG4980	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0628	0.0836	0.0536	0.0382	0.0767	0.0817	0.0753	0.0382	0.0948	0.0926	0.0948	0.0945	0.059	0.0529	0.059	0.0651
chr3R	23748005	23748176	chr3R:23748006-23748176	FBgn0003279,FBgn0039558	CG4980,RpL4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.111	0.1043	0.1208	0.1078	0.071	0.1286	0.1207	0.1399	0.071	0.1425	0.1315	0.1425	0.1278	0.1172	0.1109	0.1172	0.1266
chr3R	23748388	23748590	chr3R:23748389-23748590	FBgn0003279,FBgn0039558	CG4980,RpL4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1689	0.1476	0.1947	0.1646	0.1113	0.1874	0.1557	0.1992	0.1113	0.2579	0.2042	0.2579	0.1867	0.1945	0.1663	0.1945	0.1991
chr3R	23748740	23748891	chr3R:23748741-23748891	FBgn0003279	RpL4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0769	0.0632	0.101	0.0657	0.0392	0.0767	0.0722	0.0866	0.0392	0.1425	0.1023	0.1425	0.1007	0.0965	0.0542	0.0965	0.0902
chr3R	23750637	23750873	chr3R:23750638-23750873	FBgn0027579	CG5508	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0638	0.0976	0.0746	0.0382	0.0757	0.0822	0.0793	0.0382	0.1274	0.0894	0.1274	0.1526	0.0911	0.0496	0.0911	0.1532
chr3R	23751147	23751459	chr3R:23751148-23751459	FBgn0027579	CG5508	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0815	0.057	0.0972	0.0916	0.0233	0.0806	0.0631	0.072	0.0233	0.1292	0.0952	0.1292	0.1263	0.1294	0.0516	0.1294	0.1688
chr3R	23751790	23752011	chr3R:23751791-23752011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0418	0.0313	0.0451	0.0501	0.017	0.0413	0.0385	0.036	0.017	0.064	0.0405	0.064	0.0635	0.0842	0.0309	0.0842	0.0823
chr3R	23754609	23754760	chr3R:23754610-23754760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0262	0.0323	0.0181	0.0283	0.0244	0.0325	0.0489	0.034	0.0244	0.0211	0.0196	0.0211	0.0256	0.0214	0.0129	0.0214	0.0698
chr3R	23755377	23755531	chr3R:23755378-23755531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.0666	0.0566	0.0361	0.0467	0.068	0.0913	0.0866	0.0467	0.0707	0.0588	0.0707	0.0682	0.0628	0.0264	0.0628	0.0276
chr3R	23756581	23756958	chr3R:23756582-23756958	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0754	0.1446	0.0452	0.0312	0.1453	0.1277	0.205	0.1692	0.1453	0.0519	0.0514	0.0519	0.0387	0.0375	0.0245	0.0375	0.0422
chr3R	23757108	23757401	chr3R:23757109-23757401	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0741	0.1591	0.0369	0.0198	0.1962	0.101	0.2496	0.1792	0.1962	0.032	0.0492	0.032	0.0232	0.0314	0.0161	0.0314	0.0208
chr3R	23758084	23758519	chr3R:23758085-23758519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0611	0.1019	0.0534	0.0238	0.0626	0.1073	0.1354	0.1392	0.0626	0.0628	0.0605	0.0628	0.0511	0.0237	0.0206	0.0237	0.0354
chr3R	23763094	23763376	chr3R:23763095-23763376	FBgn0039559	Mes-4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0694	0.0735	0.0783	0.0551	0.0361	0.1015	0.0817	0.0953	0.0361	0.0857	0.0823	0.0857	0.0852	0.059	0.0522	0.059	0.0829
chr3R	23763529	23763713	chr3R:23763530-23763713	FBgn0039559,FBgn0039560	CG5514,Mes-4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1588	0.1439	0.198	0.1326	0.0944	0.1913	0.1579	0.1865	0.0944	0.2518	0.199	0.2518	0.2084	0.1363	0.1277	0.1363	0.1673
chr3R	23763832	23764030	chr3R:23763833-23764030	FBgn0039559,FBgn0039560	CG5514,Mes-4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0904	0.0819	0.1155	0.0723	0.0435	0.1049	0.0995	0.1013	0.0435	0.1383	0.1228	0.1383	0.1208	0.0666	0.0671	0.0666	0.0943
chr3R	23764179	23764359	chr3R:23764180-23764359	FBgn0039560	CG5514	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1508	0.1244	0.1943	0.1327	0.0626	0.1869	0.1207	0.1646	0.0626	0.2428	0.2158	0.2428	0.1944	0.1378	0.1393	0.1378	0.1569
chr3R	23764449	23764600	chr3R:23764450-23764600	FBgn0039560	CG5514	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0492	0.0411	0.0657	0.04	0.0201	0.0621	0.0463	0.044	0.0201	0.0755	0.0797	0.0755	0.0612	0.0413	0.0406	0.0413	0.0459
chr3R	23771959	23772110	chr3R:23771960-23772110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0291	0.0263	0.031	0.0301	0.0127	0.0364	0.0368	0.0227	0.0127	0.0368	0.0238	0.0368	0.0635	0.0153	0.011	0.0153	0.0808
chr3R	23772427	23772583	chr3R:23772428-23772583	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0494	0.0576	0.047	0.0429	0.0339	0.0893	0.074	0.044	0.0339	0.0568	0.0354	0.0568	0.0999	0.0322	0.0251	0.0322	0.1016
chr3R	23772623	23772822	chr3R:23772624-23772822	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0567	0.0492	0.0628	0.0583	0.0212	0.0728	0.064	0.0446	0.0212	0.0749	0.0486	0.0749	0.1448	0.0398	0.0258	0.0398	0.1496
chr3R	23772928	23773079	chr3R:23772929-23773079	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0361	0.0295	0.0439	0.035	0.0095	0.0398	0.0428	0.0286	0.0095	0.0525	0.036	0.0525	0.0852	0.0314	0.0155	0.0314	0.0787
chr3R	23773370	23773545	chr3R:23773371-23773545	FBgn0039561	mfrn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0659	0.0699	0.0736	0.0529	0.0498	0.0723	0.1016	0.0746	0.0498	0.0882	0.0678	0.0882	0.1038	0.0475	0.0484	0.0475	0.0792
chr3R	23773658	23773863	chr3R:23773659-23773863	FBgn0039561	mfrn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1657	0.1689	0.177	0.1497	0.1135	0.2039	0.2158	0.1899	0.1135	0.2029	0.1929	0.2029	0.1975	0.1577	0.1457	0.1577	0.1902
chr3R	23774324	23774537	chr3R:23774325-23774537	FBgn0039562	Gp93	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2047	0.1954	0.2372	0.1795	0.14	0.2252	0.2409	0.2485	0.14	0.2947	0.2514	0.2947	0.2494	0.1769	0.1928	0.1769	0.2272
chr3R	23779558	23779709	chr3R:23779559-23779709	FBgn0039563	CG4951	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0414	0.0572	0.035	0.0265	0.0466	0.0575	0.0466	0.0265	0.0676	0.0637	0.0676	0.0527	0.0375	0.0309	0.0375	0.0427
chr3R	23779759	23779941	chr3R:23779760-23779941	FBgn0039563	CG4951	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.116	0.1099	0.134	0.1032	0.0647	0.1417	0.1272	0.1432	0.0647	0.1745	0.1431	0.1745	0.1394	0.108	0.0903	0.108	0.1397
chr3R	23780179	23780489	chr3R:23780180-23780489	FBgn0039563,FBgn0039564	CG4951,CG5527	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0489	0.0505	0.0513	0.0447	0.0233	0.0451	0.0904	0.0486	0.0233	0.0628	0.054	0.0628	0.0682	0.0383	0.0277	0.0383	0.0839
chr3R	23780697	23780848	chr3R:23780698-23780848	FBgn0039564	CG5527	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0247	0.035	0.0212	0.0171	0.0127	0.0267	0.0735	0.0233	0.0127	0.0356	0.0177	0.0356	0.0256	0.0153	0.0097	0.0153	0.0328
chr3R	23783260	23783411	chr3R:23783261-23783411	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0244	0.019	0.0134	0.0127	0.018	0.0433	0.0273	0.0127	0.0181	0.0232	0.0181	0.0232	0.01	0.011	0.01	0.0208
chr3R	23783538	23783728	chr3R:23783539-23783728	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0355	0.0371	0.0294	0.0138	0.0379	0.0562	0.0386	0.0138	0.0362	0.0463	0.0362	0.0356	0.0368	0.0277	0.0368	0.0391
chr3R	23783793	23783967	chr3R:23783794-23783967	FBgn0039565	CG4884	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0696	0.068	0.0831	0.0565	0.0255	0.0859	0.0869	0.0846	0.0255	0.1051	0.0897	0.1051	0.0922	0.0666	0.0535	0.0666	0.0787
chr3R	23784066	23784403	chr3R:23784067-23784403	FBgn0039565	CG4884	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0433	0.0558	0.0433	0.0292	0.0286	0.0539	0.0878	0.06	0.0286	0.058	0.0421	0.058	0.0465	0.0299	0.0219	0.0299	0.0453
chr3R	23789938	23790089	chr3R:23789939-23790089	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0181	0.0278	0.0171	0.0084	0.0106	0.0248	0.0519	0.026	0.0106	0.0169	0.0183	0.0169	0.0194	0.0153	0.0019	0.0153	0.0104
chr3R	23790312	23790463	chr3R:23790313-23790463	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.0277	0.0169	0.0088	0.0117	0.0257	0.0454	0.0286	0.0117	0.0217	0.0154	0.0217	0.0201	0.0077	0.0077	0.0077	0.0125
chr3R	23790778	23790929	chr3R:23790779-23790929	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0257	0.0176	0.0106	0.0127	0.0199	0.042	0.0326	0.0127	0.026	0.0177	0.026	0.0124	0.0107	0.0084	0.0107	0.0151
chr3R	23792012	23792163	chr3R:23792013-23792163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0124	0.0201	0.01	0.0065	0.0148	0.0087	0.0398	0.0227	0.0148	0.0127	0.0087	0.0127	0.0124	0.0084	0.0058	0.0084	0.0099
chr3R	23792227	23792378	chr3R:23792228-23792378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0132	0.0204	0.0123	0.006	0.0095	0.0184	0.0368	0.0173	0.0095	0.0163	0.0129	0.0163	0.0124	0.0107	0.0013	0.0107	0.0099
chr3R	23792828	23792979	chr3R:23792829-23792979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.013	0.0224	0.0118	0.0038	0.017	0.0136	0.0411	0.0247	0.017	0.0103	0.0116	0.0103	0.0155	0.0031	0.0052	0.0031	0.0026
chr3R	23793415	23793566	chr3R:23793416-23793566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0135	0.0223	0.0118	0.0056	0.0148	0.018	0.042	0.02	0.0148	0.0145	0.01	0.0145	0.017	0.0046	0.0045	0.0046	0.0078
chr3R	23793621	23793772	chr3R:23793622-23793772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0148	0.0241	0.0121	0.0074	0.0148	0.018	0.045	0.024	0.0148	0.0103	0.0135	0.0103	0.0155	0.0084	0.0032	0.0084	0.0115
chr3R	23793861	23794057	chr3R:23793862-23794057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0411	0.0147	0.0127	0.0212	0.0379	0.0588	0.058	0.0212	0.0151	0.0164	0.0151	0.0163	0.0153	0.0064	0.0153	0.0203
chr3R	23812680	23812910	chr3R:23812681-23812910	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.012	0.0245	0.0397	0.0064	0.015	0.019	0.0093	0.0064	0.0193	0.0212	0.0193	0.062	0.026	0.0393	0.026	0.087
chr3R	23813010	23813161	chr3R:23813011-23813161	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.012	0.0062	0.0108	0.0199	0.0011	0.0058	0.0112	0.0053	0.0011	0.0066	0.0116	0.0066	0.0232	0.0115	0.038	0.0115	0.0297
chr3R	23813361	23813512	chr3R:23813362-23813512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0107	0.0067	0.0085	0.0174	0.0021	0.0053	0.013	0.0067	0.0021	0.0103	0.0077	0.0103	0.0163	0.0199	0.0329	0.0199	0.0177
chr3R	23813603	23813811	chr3R:23813604-23813811	FBgn0003890	betaTub97EF	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.024	0.0071	0.0187	0.0489	0.0032	0.0073	0.0117	0.008	0.0032	0.0163	0.0193	0.0163	0.0403	0.0911	0.0671	0.0911	0.0495
chr3R	23813984	23814171	chr3R:23813985-23814171	FBgn0003890	betaTub97EF	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0401	0.0105	0.025	0.0898	0.0021	0.0146	0.0177	0.0067	0.0021	0.0169	0.0277	0.0169	0.0534	0.1493	0.1302	0.1493	0.1094
chr3R	23814759	23815026	chr3R:23814760-23815026	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0509	0.0157	0.0457	0.0958	0.0021	0.0243	0.0221	0.0127	0.0021	0.0386	0.0524	0.0386	0.0883	0.1577	0.1541	0.1577	0.1027
chr3R	23829056	23829207	chr3R:23829057-23829207	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.006	0.0051	0.0091	0.0011	0.0034	0.0117	0.0073	0.0011	0.0054	0.0039	0.0054	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0021
chr3R	23829385	23829536	chr3R:23829386-23829536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0079	0.0056	0.0077	0.0074	0.0053	0.0147	0.006	0.0074	0.0048	0.0071	0.0048	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0042
chr3R	23860688	23860839	chr3R:23860689-23860839	distal	distal	none	none	VT48649.1	VT48649.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0063	0.0065	0.0044	0.0082	0.0074	0.0049	0.0134	0.002	0.0074	0.0054	0.0055	0.0054	0	8e-04	0.0032	8e-04	0.001
chr3R	23861376	23861527	chr3R:23861377-23861527	distal	distal	none	none	VT48649.1	VT48649.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0066	0.0064	0.0041	0.0096	0.0021	0.0044	0.0134	0.0047	0.0021	0.0018	0.0042	0.0018	0.0062	0.0038	0.0019	0.0038	0.0057
chr3R	23868534	23868685	chr3R:23868535-23868685	distal	distal	stage14	stage14	VT48653.1,VT48654.1	VT48653.1,VT48654.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0059	0.0069	0.0175	0	0.0034	0.013	0.006	0	0.0066	0.0055	0.0066	0.0031	0.0015	0.0045	0.0015	0.0042
chr3R	23870154	23870305	chr3R:23870155-23870305	distal	distal	none	none	VT48654.1,VT48655.1	VT48654.1,VT48655.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0092	0.0075	0.0069	0.0138	0.0032	0.0034	0.0177	0.004	0.0032	0.0066	0.0068	0.0066	0.0023	0.0015	0.0026	0.0015	0.0078
chr3R	23871001	23871152	chr3R:23871002-23871152	distal	distal	stage14	stage14	VT48655.1	VT48655.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0101	0.0076	0.0082	0.015	0.0053	0.0068	0.0151	0.004	0.0053	0.0072	0.0068	0.0072	0.0062	0.0115	6e-04	0.0115	0.0068
chr3R	23872657	23872808	chr3R:23872658-23872808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.009	0.0087	0.0066	0.012	0.0042	0.0034	0.019	0.01	0.0042	0.0085	0.0048	0.0085	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0047
chr3R	23872997	23873266	chr3R:23872998-23873266	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.035	0.0437	0.018	0.0437	0.0265	0.033	0.0627	0.068	0.0265	0.0139	0.0151	0.0139	0.0116	0.0031	0.0064	0.0031	0.0057
chr3R	23886977	23887128	chr3R:23886978-23887128	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0095	0.0042	0.0139	0.0042	0.0063	0.0169	0.0087	0.0042	0.0048	0.0032	0.0048	0.0023	0.0023	0.0026	0.0023	0.0021
chr3R	23889564	23889721	chr3R:23889565-23889721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0201	0.0087	0.0161	0.0373	0.0064	0.0083	0.0169	0.0033	0.0064	0.0072	0.0087	0.0072	0.0077	0.0031	0.0071	0.0031	0.0104
chr3R	23889939	23890090	chr3R:23889940-23890090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0105	0.0072	0.008	0.0169	0.0042	0.0044	0.0147	0.0067	0.0042	0.0066	0.0058	0.0066	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chr3R	23905541	23905692	chr3R:23905542-23905692	distal	distal	none	none	VT48672.1	VT48672.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0071	0.0067	0.0057	0.0089	0.0042	0.0049	0.0151	0.0013	0.0042	0.0066	0.0055	0.0066	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0042
chr3R	23910216	23910367	chr3R:23910217-23910367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0088	0.0132	0.0079	0.0032	0.0068	0.0164	0.0093	0.0032	0.0097	0.0148	0.0097	0.0085	0.0031	0.0026	0.0031	0.0063
chr3R	23910539	23910690	chr3R:23910540-23910690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0095	0.0102	0.0112	0.0068	0.0011	0.0107	0.016	0.0133	0.0011	0.0079	0.009	0.0079	0.0093	0.0038	0.0045	0.0038	0.0036
chr3R	23911832	23912029	chr3R:23911833-23912029	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0552	0.058	0.0255	0.0445	0.0568	0.0774	0.062	0.0445	0.0725	0.0621	0.0725	0.0418	0.0245	0.0213	0.0245	0.0281
chr3R	23934824	23934975	chr3R:23934825-23934975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0065	0.0047	0.0091	0.0042	0.0049	0.0125	0.0047	0.0042	0.006	0.0042	0.006	0.0046	0.0061	6e-04	0.0061	0.0031
chr3R	23943587	23943738	chr3R:23943588-23943738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0083	0.0067	0.0093	0.0095	0.0049	0.016	0.0073	0.0095	0.0054	0.0064	0.0054	0.0085	0.0038	0.0045	0.0038	0.0063
chr3R	23944148	23944299	chr3R:23944149-23944299	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0061	0.0061	0.0095	0.0064	0.0049	0.0121	0.002	0.0064	0.006	0.0061	0.006	0.007	8e-04	0.0019	8e-04	0.0036
chr3R	23971832	23971983	chr3R:23971833-23971983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0097	0.0061	0.0114	0.0053	0.0078	0.016	0.012	0.0053	0.0115	0.0064	0.0115	0.0015	0.0023	6e-04	0.0023	0.0047
chr3R	23972200	23972351	chr3R:23972201-23972351	FBgn0085383	CG34354	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0108	0.009	0.0067	0.0174	0.0021	0.0068	0.019	0.0073	0.0021	0.0085	0.0048	0.0085	0.0015	0.0023	0.0045	0.0023	0.001
chr3R	23994981	23995132	chr3R:23994982-23995132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0088	0.0057	0.0077	0.0021	0.0068	0.0164	0.0067	0.0021	0.0097	0.0051	0.0097	0.0046	0	0.0019	0	0.0031
chr3R	24020026	24020177	chr3R:24020027-24020177	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0052	0.0042	0.0032	0.0084	0.0032	0.001	0.0091	0.004	0.0032	0.0042	0.0019	0.0042	0.0023	8e-04	0.0026	8e-04	0.0021
chr3R	24026837	24026988	chr3R:24026838-24026988	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0064	0.0064	0.006	0.0068	0.0032	0.0039	0.0138	0.004	0.0032	0.0085	0.0048	0.0085	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.001
chr3R	24040070	24040221	chr3R:24040071-24040221	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0105	0.0093	0.0102	0.0123	0.0042	0.0053	0.0199	0.008	0.0042	0.0115	0.0064	0.0115	0.0062	0.0031	0.0013	0.0031	0.0031
chr3R	24086726	24086877	chr3R:24086727-24086877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0135	0.0288	0.0072	0.0033	0.018	0.0087	0.0666	0.0233	0.018	0.0085	0.009	0.0085	0.0031	0.0023	0.0026	0.0023	0.0016
chr3R	24093390	24093597	chr3R:24093391-24093597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0176	0.0283	0.0184	0.0047	0.0286	0.0155	0.0541	0.0213	0.0286	0.0181	0.0267	0.0181	0.0101	0.0031	0.0019	0.0031	0.0063
chr3R	24099741	24099892	chr3R:24099742-24099892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0065	0.0072	0.0121	0.0032	0.0053	0.0117	0.006	0.0032	0.0115	0.0048	0.0115	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chr3R	24104067	24104218	chr3R:24104068-24104218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0072	0.0051	0.0089	0.0011	0.0073	0.0151	0.0047	0.0011	0.0042	0.0051	0.0042	0.0077	0.0023	0.0039	0.0023	0.0042
chr3R	24109285	24109436	chr3R:24109286-24109436	FBgn0085466	CG34437	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0097	0.0123	0.0157	0.0042	0.0083	0.0164	0.0127	0.0042	0.0097	0.0119	0.0097	0.0248	0.0054	0.0026	0.0054	0.0469
chr3R	24123002	24123153	chr3R:24123003-24123153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0116	0.0142	0.0192	0.0085	0.0121	0.019	0.0093	0.0085	0.0157	0.0132	0.0157	0.0263	0.0153	0.0123	0.0153	0.038
chr3R	24128265	24128416	chr3R:24128266-24128416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0211	0.0196	0.0195	0.0244	0.0064	0.0184	0.0307	0.024	0.0064	0.0223	0.0219	0.0223	0.0225	0.0268	0.0271	0.0268	0.0427
chr3R	24143529	24143706	chr3R:24143530-24143706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0254	0.0235	0.026	0.0095	0.0306	0.032	0.0366	0.0095	0.0338	0.0206	0.0338	0.0287	0.0482	0.0161	0.0482	0.036
chr3R	24144388	24144573	chr3R:24144389-24144573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0374	0.0311	0.0153	0.0233	0.0388	0.0471	0.0533	0.0233	0.0447	0.0325	0.0447	0.0333	0.0207	0.0155	0.0207	0.0224
chr3R	24146343	24146575	chr3R:24146344-24146575	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0326	0.0496	0.0322	0.0139	0.0308	0.0422	0.0666	0.0793	0.0308	0.0441	0.0309	0.0441	0.0403	0.0161	0.0148	0.0161	0.0214
chr3R	24150661	24150865	chr3R:24150662-24150865	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0747	0.0907	0.078	0.0531	0.0647	0.1214	0.0839	0.1406	0.0647	0.1335	0.0855	0.1335	0.0542	0.0919	0.0587	0.0919	0.0479
chr3R	24151187	24151491	chr3R:24151188-24151491	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0779	0.0811	0.0862	0.0652	0.0456	0.0932	0.0926	0.1233	0.0456	0.1371	0.0984	0.1371	0.0558	0.1133	0.0748	0.1133	0.0703
chr3R	24151552	24151755	chr3R:24151553-24151755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0675	0.0745	0.0817	0.044	0.0424	0.0883	0.0796	0.1159	0.0424	0.0894	0.0974	0.0894	0.0643	0.0536	0.0574	0.0536	0.0459
chr3R	24152015	24152237	chr3R:24152016-24152237	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2169	0.2247	0.2504	0.1716	0.1994	0.2612	0.2275	0.3318	0.1994	0.2506	0.3254	0.2506	0.1929	0.1332	0.2211	0.1332	0.1985
chr3R	24152409	24152597	chr3R:24152410-24152597	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2376	0.2242	0.2827	0.203	0.1813	0.267	0.2301	0.3205	0.1813	0.3279	0.3444	0.3279	0.213	0.1968	0.2573	0.1968	0.2017
chr3R	24152689	24152907	chr3R:24152690-24152907	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1694	0.1753	0.1948	0.1349	0.1357	0.2204	0.1847	0.2312	0.1357	0.2277	0.2286	0.2277	0.1565	0.1348	0.1676	0.1348	0.1245
chr3R	24156537	24156741	chr3R:24156538-24156741	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1609	0.1545	0.1846	0.1419	0.0986	0.1913	0.1877	0.1839	0.0986	0.221	0.1923	0.221	0.22	0.1455	0.1425	0.1455	0.1996
chr3R	24158645	24158820	chr3R:24158646-24158820	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.0789	0.1477	0.079	0.0244	0.1335	0.0696	0.1066	0.0244	0.1667	0.1768	0.1667	0.1859	0.0521	0.1348	0.0521	0.1146
chr3R	24161266	24161465	chr3R:24161267-24161465	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2404	0.2035	0.2935	0.2232	0.1389	0.2709	0.2163	0.2658	0.1389	0.3484	0.3267	0.3484	0.2851	0.2297	0.2366	0.2297	0.2741
chr3R	24161551	24161756	chr3R:24161552-24161756	FBgn0261618	larp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2566	0.2301	0.3081	0.2296	0.1813	0.2903	0.2552	0.2831	0.1813	0.3514	0.3466	0.3514	0.2835	0.2351	0.2631	0.2351	0.2788
chr3R	24161809	24161992	chr3R:24161810-24161992	FBgn0261618	larp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2253	0.2014	0.2659	0.2074	0.1485	0.2597	0.2232	0.2472	0.1485	0.3025	0.2994	0.3025	0.2486	0.2014	0.2205	0.2014	0.259
chr3R	24162118	24162280	chr3R:24162119-24162280	FBgn0261618	larp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1787	0.1575	0.2159	0.1617	0.106	0.2024	0.1734	0.2065	0.106	0.2548	0.2441	0.2548	0.2014	0.1547	0.1644	0.1547	0.2022
chr3R	24165451	24165637	chr3R:24165452-24165637	FBgn0039580,FBgn0039581	Gfat2,Moca-cyp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1933	0.1763	0.2335	0.1681	0.1156	0.2121	0.2137	0.2199	0.1156	0.2844	0.2431	0.2844	0.2432	0.1669	0.1689	0.1669	0.2105
chr3R	24165977	24166260	chr3R:24165978-24166260	FBgn0039580,FBgn0039581	Gfat2,Moca-cyp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1851	0.169	0.2145	0.1707	0.1347	0.2039	0.202	0.2059	0.1347	0.244	0.226	0.244	0.1998	0.1623	0.1657	0.1623	0.1975
chr3R	24166263	24166551	chr3R:24166264-24166551	FBgn0039581	Moca-cyp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.156	0.1563	0.1714	0.1388	0.1018	0.1835	0.1782	0.2239	0.1018	0.1842	0.1775	0.1842	0.1565	0.121	0.1186	0.121	0.1428
chr3R	24171103	24171318	chr3R:24171104-24171318	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1006	0.0978	0.1244	0.0776	0.0753	0.1092	0.1259	0.1219	0.0753	0.1606	0.1376	0.1606	0.0906	0.0658	0.0664	0.0658	0.0855
chr3R	24171513	24171743	chr3R:24171514-24171743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.038	0.0441	0.0425	0.0262	0.0382	0.0471	0.0631	0.0446	0.0382	0.0586	0.0457	0.0586	0.031	0.0184	0.0181	0.0184	0.0287
chr3R	24174294	24174445	chr3R:24174295-24174445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0117	0.0126	0.0113	0.0042	0.0136	0.0177	0.012	0.0042	0.0193	0.0119	0.0193	0.0101	0.0046	0.0026	0.0046	0.0057
chr3R	24180556	24180707	chr3R:24180557-24180707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0069	0.0071	0.0052	0.0086	0	0.0058	0.0169	0.004	0	0.0072	0.0042	0.0072	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0031
chr3R	24201033	24201184	chr3R:24201034-24201184	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT48827.1	VT48827.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0189	0.0214	0.0258	0.0085	0.0117	0.0262	0.0294	0.0247	0.0117	0.0441	0.027	0.0441	0.0116	0.0046	0.0045	0.0046	0.0052
chr3R	24203180	24203331	chr3R:24203181-24203331	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0121	0.0126	0.0103	0.0136	0.0042	0.0112	0.0229	0.012	0.0042	0.0169	0.0084	0.0169	0.0039	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chr3R	24205357	24205508	chr3R:24205358-24205508	distal	distal	none	none	VT48829.1	VT48829.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0104	0.0174	0.0089	0.0042	0.0074	0.0068	0.0402	0.0133	0.0074	0.0133	0.009	0.0133	0.0093	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chr3R	24243736	24244001	chr3R:24243737-24244001	FBgn0039584	beat-VI	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.027	0.0444	0.0161	0.0196	0.0382	0.0286	0.0688	0.0633	0.0382	0.0236	0.0148	0.0236	0.007	0.0015	0.0019	0.0015	0.0057
chr3R	24310262	24310623	chr3R:24310263-24310623	FBgn0039585	CG1894	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0497	0.0516	0.0116	0.0361	0.0296	0.0978	0.0453	0.0361	0.0658	0.0563	0.0658	0.0511	0.01	0.011	0.01	0.0141
chr3R	24310644	24310941	chr3R:24310645-24310941	FBgn0039585	CG1894	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.036	0.0366	0.0581	0.0109	0.0223	0.0214	0.0675	0.04	0.0223	0.0803	0.0601	0.0803	0.0565	0.0115	0.0135	0.0115	0.0109
chr3R	24310950	24311347	chr3R:24310951-24311347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.044	0.0446	0.0698	0.015	0.0233	0.0286	0.0835	0.046	0.0233	0.0912	0.0746	0.0912	0.0643	0.0115	0.0123	0.0115	0.0162
chr3R	24311358	24311576	chr3R:24311359-24311576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0272	0.0279	0.0433	0.0089	0.0127	0.0175	0.0567	0.0253	0.0127	0.0507	0.0489	0.0507	0.0418	0.0145	0.0077	0.0145	0.0068
chr3R	24311632	24311799	chr3R:24311633-24311799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0234	0.027	0.0343	0.0074	0.0201	0.0175	0.0523	0.024	0.0201	0.0471	0.035	0.0471	0.0341	0.013	0.0052	0.013	0.0057
chr3R	24344091	24344242	chr3R:24344092-24344242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0124	0.0111	0.0107	0.0159	0.0042	0.0117	0.0177	0.0107	0.0042	0.0151	0.0077	0.0151	0.0186	0.0092	0.0032	0.0092	0.0427
chr3R	24344362	24344513	chr3R:24344363-24344513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0113	0.0082	0.0109	0.015	0.0021	0.0078	0.016	0.0053	0.0021	0.0115	0.0074	0.0115	0.0209	0.0031	0.0019	0.0031	0.0443
chr3R	24344878	24345029	chr3R:24344879-24345029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.017	0.0142	0.0154	0.022	0.0064	0.0136	0.0255	0.0127	0.0064	0.0151	0.0122	0.0151	0.0333	0.01	0.0052	0.01	0.0537
chr3R	24345503	24345654	chr3R:24345504-24345654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0086	0.0121	0.0231	0.0053	0.0102	0.016	0.0033	0.0053	0.0091	0.0103	0.0091	0.024	0.0046	0.0058	0.0046	0.0646
chr3R	24345888	24346039	chr3R:24345889-24346039	FBgn0051051	CG31051	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0082	0.0124	0.0262	0.0021	0.0083	0.0121	0.012	0.0021	0.0127	0.0093	0.0127	0.0271	0.0061	0.0026	0.0061	0.062
chr3R	24346235	24346386	chr3R:24346236-24346386	FBgn0051051	CG31051	none	none	VT48907.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0198	0.0093	0.0145	0.0373	0.0021	0.0087	0.0156	0.0107	0.0021	0.0139	0.009	0.0139	0.0279	0.0077	0.0032	0.0077	0.0485
chr3R	24346565	24346716	chr3R:24346566-24346716	FBgn0051051	CG31051	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0157	0.0102	0.0156	0.0219	0.0074	0.0097	0.0173	0.008	0.0074	0.0169	0.009	0.0169	0.0372	0.0046	0.0039	0.0046	0.0438
chr3R	24346849	24347000	chr3R:24346850-24347000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0106	0.0168	0.0249	0.0053	0.0107	0.0164	0.0093	0.0053	0.0133	0.0093	0.0133	0.0449	0.013	0.0058	0.013	0.0537
chr3R	24359254	24359405	chr3R:24359255-24359405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0201	0.015	0.0194	0.0267	0.0021	0.017	0.0277	0.0127	0.0021	0.032	0.0141	0.032	0.031	0.0222	0.009	0.0222	0.0698
chr3R	24359792	24359943	chr3R:24359793-24359943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0157	0.0102	0.0157	0.0219	0.0042	0.0107	0.0156	0.0107	0.0042	0.0284	0.0138	0.0284	0.017	0.0322	0.0019	0.0322	0.0537
chr3R	24365912	24366230	chr3R:24365913-24366230	FBgn0003137	Ppn	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0556	0.0964	0.078	0.0106	0.1252	0.0467	0.0366	0.0106	0.2482	0.045	0.2482	0.1247	0.1026	0.0239	0.1026	0.1881
chr3R	24366553	24366751	chr3R:24366554-24366751	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.04	0.0465	0.0511	0.0206	0.0233	0.0961	0.0385	0.03	0.0233	0.1316	0.0248	0.1316	0.0426	0.0291	0.0116	0.0291	0.0417
chr3R	24367837	24368064	chr3R:24367838-24368064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0388	0.0323	0.0449	0.0394	0.0138	0.0422	0.0446	0.032	0.0138	0.0604	0.0318	0.0604	0.0868	0.0184	0.0123	0.0184	0.111
chr3R	24370237	24370388	chr3R:24370238-24370388	FBgn0039588	CG12413	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0854	0.0622	0.1099	0.0844	0.0392	0.0835	0.0679	0.0799	0.0392	0.1377	0.1186	0.1377	0.1046	0.0881	0.0922	0.0881	0.1011
chr3R	24370472	24370639	chr3R:24370473-24370639	FBgn0039588	CG12413	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1562	0.1074	0.2091	0.1525	0.0604	0.1437	0.1246	0.1339	0.0604	0.2645	0.2228	0.2645	0.1898	0.1462	0.1721	0.1462	0.1819
chr3R	24370826	24371012	chr3R:24370827-24371012	FBgn0039588	CG12413	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1673	0.1415	0.2049	0.155	0.0965	0.1641	0.1773	0.1772	0.0965	0.2591	0.2119	0.2591	0.1905	0.1524	0.1612	0.1524	0.1866
chr3R	24372961	24373235	chr3R:24372962-24373235	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1575	0.1758	0.1718	0.1214	0.1357	0.2141	0.1817	0.2525	0.1357	0.2186	0.2051	0.2186	0.1472	0.1891	0.1154	0.1891	0.0881
chr3R	24374192	24374410	chr3R:24374193-24374410	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT48921.1	VT48921.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0515	0.0917	0.0481	0.0102	0.0647	0.0835	0.1324	0.1146	0.0647	0.032	0.0653	0.032	0.0503	0.0054	0.0181	0.0054	0.0104
chr3R	24380685	24380836	chr3R:24380686-24380836	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0183	0.0287	0.0208	0.004	0.0064	0.0427	0.0229	0.052	0.0064	0.0254	0.0232	0.0254	0.0163	0.0054	0.0013	0.0054	0.0047
chr3R	24381075	24381319	chr3R:24381076-24381319	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0337	0.068	0.026	0.0038	0.017	0.0869	0.0368	0.1659	0.017	0.0163	0.0264	0.0163	0.0132	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chr3R	24381346	24381497	chr3R:24381347-24381497	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0204	0.0338	0.0209	0.0047	0.0085	0.0413	0.0238	0.0793	0.0085	0.0139	0.0164	0.0139	0.0201	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chr3R	24382362	24382606	chr3R:24382363-24382606	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0326	0.0621	0.0245	0.0086	0.0392	0.049	0.0822	0.1006	0.0392	0.0163	0.0328	0.0163	0.0256	0.0046	0.0123	0.0046	0.012
chr3R	24384604	24384755	chr3R:24384605-24384755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.012	0.0138	0.0179	0.0035	0.0042	0.0189	0.0173	0.0153	0.0042	0.0079	0.0161	0.0079	0.0411	0.0023	0.0052	0.0023	0.0016
chr3R	24387220	24387484	chr3R:24387221-24387484	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT48928.1	VT48928.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0413	0.0338	0.0438	0.0469	0.0074	0.0495	0.0381	0.046	0.0074	0.0187	0.0264	0.0187	0.0232	0.0061	0.0052	0.0061	0.0104
chr3R	24387705	24387908	chr3R:24387706-24387908	distal	distal	stage5	stage5	VT48928.1	VT48928.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0238	0.0328	0.0265	0.0109	0.0095	0.0515	0.0316	0.048	0.0095	0.0217	0.0196	0.0217	0.0341	0.0031	0.0052	0.0031	0.0083
chr3R	24388777	24388996	chr3R:24388778-24388996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0311	0.0334	0.0415	0.017	0.0138	0.0451	0.0385	0.0406	0.0138	0.0332	0.0492	0.0332	0.0488	0.0115	0.0329	0.0115	0.0172
chr3R	24390881	24391032	chr3R:24390882-24391032	distal	distal	stage5	stage5	VT48930.1	VT48930.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0212	0.0309	0.0237	0.0077	0.0191	0.0549	0.0229	0.0373	0.0191	0.0278	0.0183	0.0278	0.0318	0.0054	0.0058	0.0054	0.0063
chr3R	24393584	24394099	chr3R:24393585-24394099	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT48932.1	VT48932.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0692	0.0598	0.0996	0.0462	0.0138	0.1252	0.0541	0.046	0.0138	0.0652	0.0582	0.0652	0.3362	0.0276	0.0232	0.0276	0.1105
chr3R	24395274	24395438	chr3R:24395275-24395438	distal	distal	none	none	VT48932.1,VT48933.1	VT48932.1,VT48933.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0201	0.0155	0.033	0.011	0.0011	0.0214	0.0229	0.0147	0.0011	0.0163	0.0299	0.0163	0.093	0.0145	0.0116	0.0145	0.0135
chr3R	24398061	24398228	chr3R:24398062-24398228	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT48934.1,fkh_HZSpBg	VT48934.1,fkh_HZSpBg	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0375	0.0226	0.0421	0.0492	0.0085	0.0282	0.0294	0.0273	0.0085	0.0193	0.0244	0.0193	0.0318	0.0054	0.0174	0.0054	0.0156
chr3R	24398767	24398973	chr3R:24398768-24398973	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT48934.1,VT48935.1,fkh_HZSpBg	VT48934.1,VT48935.1,fkh_HZSpBg	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0789	0.0715	0.0901	0.0748	0.0297	0.0908	0.061	0.1346	0.0297	0.0489	0.0714	0.0489	0.0403	0.0092	0.0258	0.0092	0.0151
chr3R	24399134	24399285	chr3R:24399135-24399285	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT48935.1,fkh_HZSpBg	VT48935.1,fkh_HZSpBg	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0392	0.029	0.0431	0.0464	0.018	0.0359	0.0333	0.0413	0.018	0.0193	0.0331	0.0193	0.0217	0.0061	0.0168	0.0061	0.0099
chr3R	24399722	24399927	chr3R:24399723-24399927	distal	distal	none	none	VT48935.1,fkh_HZSpBg	VT48935.1,fkh_HZSpBg	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.031	0.0431	0.0332	0.0149	0.0244	0.0437	0.0562	0.0633	0.0244	0.0193	0.0383	0.0193	0.048	0.0061	0.0116	0.0061	0.0162
chr3R	24400033	24400184	chr3R:24400034-24400184	distal	distal	stage5	stage5	VT48935.1,fkh_HZSpBg	VT48935.1,fkh_HZSpBg	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0324	0.0216	0.01	0.018	0.0306	0.0407	0.052	0.018	0.0139	0.0203	0.0139	0.0333	0.0054	0.0052	0.0054	0.0073
chr3R	24400262	24400483	chr3R:24400263-24400483	distal	distal	stage5	stage5	VT48935.1,VT48936.1,fkh_HZSpBg	VT48935.1,VT48936.1,fkh_HZSpBg	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0271	0.0476	0.0239	0.0078	0.0318	0.0481	0.0545	0.0746	0.0318	0.0193	0.0293	0.0193	0.0248	0.0077	0.0064	0.0077	0.0042
chr3R	24405356	24405592	chr3R:24405357-24405592	distal	distal	none	none	VT48938.1,VT48939.1,fkh_HZPSp	VT48938.1,VT48939.1,fkh_HZPSp	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0335	0.0179	0.0392	0.0446	0.0053	0.0209	0.0225	0.0247	0.0053	0.0302	0.0273	0.0302	0.0767	0.0069	0.0123	0.0069	0.0375
chr3R	24405751	24406008	chr3R:24405752-24406008	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT48938.1,VT48939.1,fkh_HZPSp	VT48938.1,VT48939.1,fkh_HZPSp	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0446	0.032	0.0646	0.0368	0.0138	0.051	0.0359	0.0333	0.0138	0.0465	0.0489	0.0465	0.1696	0.0214	0.0219	0.0214	0.0735
chr3R	24406059	24406411	chr3R:24406060-24406411	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT48939.1,fkh_HZPSp	VT48939.1,fkh_HZPSp	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0641	0.0507	0.0989	0.0408	0.0201	0.0888	0.0536	0.046	0.0201	0.0513	0.0743	0.0513	0.2874	0.0191	0.0174	0.0191	0.0943
chr3R	24406412	24406591	chr3R:24406413-24406591	distal	distal	stage11	stage11	VT48939.1,fkh_HZPSp	VT48939.1,fkh_HZPSp	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0439	0.0375	0.0629	0.0302	0.0212	0.0655	0.0372	0.034	0.0212	0.0284	0.0428	0.0284	0.196	0.013	0.0097	0.013	0.0719
chr3R	24411130	24411329	chr3R:24411131-24411329	FBgn0000659,FBgn0262741	MRE23,fkh	stage11,stage14,stage5	none	fkh_BgXl	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2811	0.2608	0.3668	0.2099	0.2025	0.3383	0.2617	0.3458	0.2025	0.4058	0.4035	0.4058	0.3648	0.1462	0.2605	0.1462	0.1866
chr3R	24412061	24412281	chr3R:24412062-24412281	FBgn0262741	MRE23	stage5	none	fkh_-2_construct,fkh_BgXl	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0704	0.1378	0.0508	0.0166	0.1145	0.0942	0.2552	0.1246	0.1145	0.0405	0.0579	0.0405	0.0728	0.0077	0.0226	0.0077	0.0182
chr3R	24414253	24414427	chr3R:24414254-24414427	distal	distal	stage5	stage5	VT48942.1,VT48943.1,fkh_HZXbBg,fkh_distal_-4kb	VT48942.1,VT48943.1,fkh_HZXbBg,fkh_distal_-4kb	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0405	0.0689	0.036	0.0136	0.0668	0.0432	0.1224	0.068	0.0668	0.032	0.0383	0.032	0.0612	0.0153	0.0116	0.0153	0.0172
chr3R	24414755	24414906	chr3R:24414756-24414906	distal	distal	none	none	VT48942.1,VT48943.1,fkh_HZXbBg,fkh_distal_-4kb	VT48942.1,VT48943.1,fkh_HZXbBg,fkh_distal_-4kb	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0368	0.0349	0.0575	0.0163	0.0117	0.0602	0.0402	0.0306	0.0117	0.0429	0.0389	0.0429	0.1572	0.0092	0.011	0.0092	0.0328
chr3R	24415598	24415749	chr3R:24415599-24415749	distal	distal	none	none	VT48943.1,VT48944.1	VT48943.1,VT48944.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0309	0.0268	0.0456	0.0194	0.0106	0.0403	0.0307	0.03	0.0106	0.0127	0.0759	0.0127	0.0434	0.0084	0.0348	0.0084	0.0229
chr3R	24415999	24416419	chr3R:24416000-24416419	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT48943.1,VT48944.1	VT48943.1,VT48944.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0563	0.0359	0.0727	0.061	0.0074	0.0529	0.0523	0.0273	0.0074	0.0386	0.0698	0.0386	0.1875	0.0207	0.0503	0.0207	0.1412
chr3R	24416779	24416930	chr3R:24416780-24416930	distal	distal	stage14	stage14	VT48944.1	VT48944.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0222	0.0181	0.0288	0.0196	0.0042	0.0228	0.0247	0.0213	0.0042	0.0242	0.0379	0.0242	0.038	0.0245	0.0368	0.0245	0.0182
chr3R	24419296	24419447	chr3R:24419297-24419447	FBgn0263388	CG43440	none	none	VT48946.1,fkh_frag1-308	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0251	0.0318	0.0287	0.0138	0.018	0.0257	0.0446	0.0486	0.018	0.029	0.0334	0.029	0.0372	0.0054	0.011	0.0054	0.0177
chr3R	24420206	24420357	chr3R:24420207-24420357	distal	distal	none	none	VT48946.1,VT48947.1	VT48947.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0191	0.0177	0.0207	0.0191	0.0074	0.0214	0.0247	0.0207	0.0074	0.0151	0.0248	0.0151	0.0263	0.0046	0.0032	0.0046	0.0115
chr3R	24420630	24420781	chr3R:24420631-24420781	distal	distal	none	none	VT48946.1,VT48947.1	VT48947.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0173	0.0198	0.0237	0.0138	0.015	0.026	0.0213	0.0138	0.0121	0.0164	0.0121	0.0186	0.0038	0.0084	0.0038	0.0083
chr3R	24423326	24423477	chr3R:24423327-24423477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0438	0.0422	0.0614	0.0262	0.0191	0.0762	0.0381	0.0446	0.0191	0.0568	0.0502	0.0568	0.1301	0.0199	0.0251	0.0199	0.0318
chr3R	24424947	24425112	chr3R:24424948-24425112	FBgn0001215,FBgn0026400	Hrb98DE,Noa36	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1407	0.1139	0.1651	0.1439	0.0689	0.1573	0.1215	0.1452	0.0689	0.2017	0.1778	0.2017	0.1867	0.1539	0.1476	0.1539	0.1912
chr3R	24425444	24425649	chr3R:24425445-24425649	FBgn0001215,FBgn0026400	Hrb98DE,Noa36	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2331	0.1997	0.2734	0.2264	0.14	0.2553	0.2137	0.2612	0.14	0.3442	0.2955	0.3442	0.2688	0.2259	0.2328	0.2259	0.2731
chr3R	24425997	24426188	chr3R:24425998-24426188	FBgn0001215	Hrb98DE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2288	0.2154	0.2671	0.2018	0.1729	0.2631	0.2336	0.2798	0.1729	0.3357	0.292	0.3357	0.2355	0.2289	0.2089	0.2289	0.2298
chr3R	24426262	24426450	chr3R:24426263-24426450	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1485	0.1355	0.1811	0.1271	0.0912	0.1641	0.1553	0.1772	0.0912	0.2204	0.1936	0.2204	0.1789	0.121	0.1173	0.121	0.1569
chr3R	24427031	24427205	chr3R:24427032-24427205	FBgn0082959,FBgn0082960,FBgn0082976	snoRNA:Psi28S-3305a,snoRNA:Psi28S-3405a,snoRNA:Psi28S-3405b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0766	0.0703	0.0933	0.0655	0.0583	0.0845	0.0835	0.0853	0.0583	0.0978	0.0791	0.0978	0.103	0.0413	0.0277	0.0413	0.1006
chr3R	24429993	24430144	chr3R:24429994-24430144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0639	0.066	0.0366	0.0371	0.0718	0.0856	0.0806	0.0371	0.0737	0.0704	0.0737	0.0713	0.0505	0.0277	0.0505	0.0542
chr3R	24430984	24431139	chr3R:24430985-24431139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0656	0.0881	0.0451	0.0339	0.0748	0.0792	0.0953	0.0339	0.1165	0.091	0.1165	0.0906	0.0544	0.0322	0.0544	0.0589
chr3R	24431191	24431450	chr3R:24431192-24431450	FBgn0039589	CG9986	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.103	0.1038	0.1326	0.0695	0.0636	0.1369	0.1055	0.1452	0.0636	0.18	0.1354	0.18	0.134	0.0681	0.0716	0.0681	0.0938
chr3R	24431664	24431857	chr3R:24431665-24431857	FBgn0039589	CG9986	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1375	0.1338	0.1655	0.1108	0.0965	0.1752	0.1401	0.1859	0.0965	0.2053	0.1772	0.2053	0.1758	0.1256	0.1122	0.1256	0.1376
chr3R	24432015	24432166	chr3R:24432016-24432166	FBgn0039589	CG9986	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0474	0.0511	0.0556	0.0343	0.0255	0.0636	0.0588	0.0733	0.0255	0.0592	0.0588	0.0592	0.0751	0.0482	0.0271	0.0482	0.0474
chr3R	24442544	24442695	chr3R:24442545-24442695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0158	0.0199	0.0145	0.0125	0.0127	0.0175	0.0242	0.0306	0.0127	0.0121	0.0164	0.0121	0.0178	0.0237	0.0077	0.0237	0.0104
chr3R	24446916	24447067	chr3R:24446917-24447067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0186	0.0307	0.0155	0.0086	0.0265	0.0257	0.0489	0.032	0.0265	0.0169	0.0186	0.0169	0.0093	0.0061	0.0071	0.0061	0.0047
chr3R	24448960	24449111	chr3R:24448961-24449111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0184	0.0185	0.0174	0.0095	0.0189	0.0281	0.0213	0.0095	0.0248	0.0177	0.0248	0.0194	0.0191	0.0129	0.0191	0.0245
chr3R	24454463	24454740	chr3R:24454464-24454740	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0388	0.0255	0.0291	0.0642	0.0148	0.0316	0.026	0.04	0.0148	0.0362	0.0318	0.0362	0.0341	0.1746	0.0284	0.1746	0.0651
chr3R	24455111	24455321	chr3R:24455112-24455321	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0493	0.0277	0.0434	0.0801	0.0148	0.035	0.0268	0.046	0.0148	0.0441	0.0421	0.0441	0.0689	0.2029	0.029	0.2029	0.0943
chr3R	24455627	24455778	chr3R:24455628-24455778	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0413	0.034	0.0397	0.0511	0.0074	0.0408	0.0376	0.0566	0.0074	0.0465	0.0498	0.0465	0.031	0.157	0.0393	0.157	0.0313
chr3R	24455805	24455956	chr3R:24455806-24455956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.036	0.0255	0.0339	0.0499	0.0085	0.0335	0.0268	0.0393	0.0085	0.0471	0.0399	0.0471	0.0287	0.1677	0.0361	0.1677	0.024
chr3R	24456348	24456499	chr3R:24456349-24456499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.036	0.0247	0.0388	0.0457	0.0117	0.033	0.0264	0.0353	0.0117	0.064	0.0463	0.064	0.024	0.1508	0.0342	0.1508	0.024
chr3R	24457354	24457644	chr3R:24457355-24457644	distal	distal	stage5	stage5	GJ4550	GJ4550	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.1917	0.0822	0.0312	0.1421	0.2199	0.1877	0.3078	0.1421	0.0954	0.1035	0.0954	0.0798	0.0345	0.0426	0.0345	0.0328
chr3R	24460191	24460652	chr3R:24460192-24460652	FBgn0039590	CG10011	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2669	0.2157	0.3442	0.2394	0.1506	0.2845	0.2223	0.2818	0.1506	0.4124	0.3611	0.4124	0.3431	0.2228	0.2463	0.2228	0.2777
chr3R	24460710	24460910	chr3R:24460711-24460910	FBgn0039590	CG10011	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1879	0.1513	0.2331	0.1792	0.0954	0.1976	0.16	0.2045	0.0954	0.2911	0.2521	0.2911	0.2355	0.1708	0.176	0.1708	0.2288
chr3R	24461023	24461192	chr3R:24461024-24461192	FBgn0039590	CG10011	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1643	0.125	0.2076	0.1606	0.0817	0.1621	0.1241	0.1805	0.0817	0.2476	0.236	0.2476	0.1975	0.1792	0.1709	0.1792	0.1923
chr3R	24461345	24461530	chr3R:24461346-24461530	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1683	0.1395	0.2071	0.1581	0.1166	0.1786	0.1432	0.1845	0.1166	0.2488	0.2241	0.2488	0.2161	0.1845	0.167	0.1845	0.1787
chr3R	24466681	24466832	chr3R:24466682-24466832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0141	0.0089	0.0099	0.0053	0.015	0.0234	0.0133	0.0053	0.0079	0.009	0.0079	0.0101	0.0046	0.0013	0.0046	0.0083
chr3R	24467039	24467190	chr3R:24467040-24467190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0095	0.0112	0.0067	0.0107	0.0032	0.0107	0.0221	0.0093	0.0032	0.0121	0.0064	0.0121	0.0023	0.0061	0.0084	0.0061	0.0094
chr3R	24471033	24471184	chr3R:24471034-24471184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0116	0.0143	0.0151	0.0047	0.0095	0.0112	0.0225	0.018	0.0095	0.0103	0.0125	0.0103	0.0062	0	0.0019	0	0.0026
chr3R	24480418	24480569	chr3R:24480419-24480569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0098	0.0076	0.0124	0.0106	0.0073	0.0156	0.0107	0.0106	0.0042	0.0077	0.0042	0.007	0.0015	0.0039	0.0015	0.0036
chr3R	24494716	24494867	chr3R:24494717-24494867	FBgn0053346	CG33346	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0091	0.0098	0.0067	0.0107	0.0021	0.0092	0.0203	0.0053	0.0021	0.0054	0.0087	0.0054	0.0077	0.0077	0.0039	0.0077	0.0287
chr3R	24496291	24496442	chr3R:24496292-24496442	FBgn0039593	CG9989	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0123	0.0096	0.0105	0.0173	0.0064	0.0058	0.0182	0.0107	0.0064	0.0127	0.0106	0.0127	0.0155	0.0123	0.0103	0.0123	0.0396
chr3R	24497991	24498195	chr3R:24497992-24498195	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1252	0.0769	0.158	0.1433	0.0435	0.1233	0.0714	0.0919	0.0435	0.2017	0.1733	0.2017	0.1727	0.1608	0.1534	0.1608	0.1782
chr3R	24500635	24500786	chr3R:24500636-24500786	FBgn0039594	CG9990	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0083	0.0124	0.0256	0.0074	0.0083	0.0134	0.008	0.0074	0.0091	0.0199	0.0091	0.0093	0.013	0.0954	0.013	0.0042
chr3R	24503520	24503689	chr3R:24503521-24503689	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0186	0.0056	0.0093	0.0434	0.0042	0.0053	0.0112	0.0027	0.0042	0.0054	0.0093	0.0054	0.0217	0.0031	0.0683	0.0031	0.0563
chr3R	24507918	24508069	chr3R:24507919-24508069	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0192	0.0098	0.0156	0.0336	0.0021	0.0073	0.0203	0.0087	0.0021	0.0072	0.0257	0.0072	0.0132	8e-04	0.1341	8e-04	0.0083
chr3R	24509475	24509626	chr3R:24509476-24509626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0119	0.0081	0.0112	0.0169	0.0053	0.0063	0.0151	0.008	0.0053	0.0109	0.0193	0.0109	0.0023	0.0046	0.0638	0.0046	0.0036
chr3R	24513829	24513980	chr3R:24513830-24513980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0136	0.0165	0.0131	0.0111	0.0127	0.0126	0.0324	0.012	0.0127	0.0109	0.019	0.0109	0.0108	0	0.0438	0	0.0036
chr3R	24517372	24517523	chr3R:24517373-24517523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0078	0.0065	0.0071	0.0102	0.0021	0.0053	0.0117	0.0073	0.0021	0.0042	0.0093	0.0042	0.0077	0.0046	0.0335	0.0046	0.0057
chr3R	24521365	24521516	chr3R:24521366-24521516	FBgn0027655	htt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0209	0.0187	0.0175	0.0085	0.0209	0.0303	0.028	0.0085	0.0193	0.0209	0.0193	0.0232	0.0092	0.0277	0.0092	0.0234
chr3R	24521855	24522024	chr3R:24521856-24522024	FBgn0027655	htt	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0969	0.0753	0.118	0.0979	0.0456	0.0917	0.0826	0.1099	0.0456	0.1123	0.1486	0.1123	0.1394	0.1095	0.1019	0.1095	0.136
chr3R	24522117	24522304	chr3R:24522118-24522304	FBgn0027655	htt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0334	0.053	0.0455	0.0212	0.0379	0.0398	0.048	0.0212	0.0646	0.0646	0.0646	0.0488	0.0582	0.0432	0.0582	0.062
chr3R	24529418	24529569	chr3R:24529419-24529569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0133	0.0207	0.0109	0.0077	0.0117	0.032	0.0238	0.0173	0.0117	0.0193	0.008	0.0193	0.0132	0.0123	0.0052	0.0123	0.0104
chr3R	24536776	24536927	chr3R:24536777-24536927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0119	0.0227	0.008	0.0042	0.0148	0.0131	0.0463	0.0193	0.0148	0.0115	0.0087	0.0115	0.0062	0.0023	0.0084	0.0023	0.0052
chr3R	24554945	24555096	chr3R:24554946-24555096	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.0057	0.0077	0.0138	0.0021	0.0034	0.0112	0.0067	0.0021	0.006	0.0045	0.006	0.0023	0.0015	0.0032	0.0015	0.0042
chr3R	24561371	24561522	chr3R:24561372-24561522	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0135	0.0127	0.0162	0.0074	0.0121	0.0238	0.0133	0.0074	0.0236	0.01	0.0236	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr3R	24570050	24570201	chr3R:24570051-24570201	FBgn0039595	AR-2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.011	0.0222	0.0066	0.0033	0.0064	0.0131	0.0208	0.0586	0.0064	0.0066	0.0077	0.0066	0.0046	0.0031	0.0052	0.0031	0.0016
chr3R	24571823	24571974	chr3R:24571824-24571974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0171	0.0126	0.0208	0.0181	0.0053	0.0107	0.0195	0.018	0.0053	0.029	0.0228	0.029	0.0225	0.0191	0.0148	0.0191	0.036
chr3R	24579616	24579767	chr3R:24579617-24579767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0117	0.0113	0.017	0.0063	0.0032	0.0087	0.0199	0.0113	0.0032	0.0471	0.0109	0.0471	0.0101	0.0031	0.0032	0.0031	0.0063
chr3R	24627626	24627823	chr3R:24627627-24627823	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0701	0.0951	0.0693	0.0432	0.0668	0.1092	0.0999	0.1472	0.0668	0.093	0.0669	0.093	0.0186	0.0145	0.0232	0.0145	0.0162
chr3R	24631876	24632053	chr3R:24631877-24632053	FBgn0261289	CheB98a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0232	0.0274	0.0159	0.0053	0.0257	0.035	0.028	0.0053	0.0254	0.0225	0.0254	0.0232	0.0123	0.0077	0.0123	0.0141
chr3R	24636724	24636907	chr3R:24636725-24636907	FBgn0005642	wdn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0995	0.087	0.126	0.0844	0.0509	0.1141	0.1029	0.1039	0.0509	0.157	0.136	0.157	0.1348	0.1095	0.0845	0.1095	0.0995
chr3R	24636998	24637170	chr3R:24636999-24637170	FBgn0005642	wdn	stage11,stage14,stage5	none	wdn_pqp-HN_NR	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1796	0.1621	0.2123	0.1632	0.105	0.2039	0.1851	0.2119	0.105	0.2736	0.2341	0.2736	0.1851	0.1792	0.1689	0.1792	0.1886
chr3R	24637500	24637693	chr3R:24637501-24637693	FBgn0005642,FBgn0039600	CG1646,wdn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1354	0.116	0.1662	0.1231	0.0795	0.1272	0.1375	0.1592	0.0795	0.1999	0.1817	0.1999	0.1549	0.1271	0.1193	0.1271	0.1595
chr3R	24637719	24637923	chr3R:24637720-24637923	FBgn0039600,FBgn0065070	CG1646,snoRNA:291	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.169	0.1586	0.1992	0.1473	0.1135	0.167	0.2063	0.2005	0.1135	0.2252	0.219	0.2252	0.1905	0.1524	0.1593	0.1524	0.1756
chr3R	24637985	24638136	chr3R:24637986-24638136	FBgn0039600,FBgn0065070	CG1646,snoRNA:291	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.0814	0.0971	0.0664	0.0604	0.0927	0.109	0.0879	0.0604	0.1123	0.109	0.1123	0.0899	0.0674	0.0658	0.0674	0.0823
chr3R	24645278	24645452	chr3R:24645279-24645452	FBgn0039601,FBgn0039602	CG1523,CG1647	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0869	0.0744	0.1056	0.0802	0.0361	0.1053	0.0779	0.1033	0.0361	0.1099	0.1293	0.1099	0.1061	0.085	0.0729	0.085	0.1162
chr3R	24645543	24645721	chr3R:24645544-24645721	FBgn0039601,FBgn0039602	CG1523,CG1647	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.074	0.0685	0.086	0.067	0.035	0.0888	0.0675	0.1079	0.035	0.0851	0.1029	0.0851	0.0914	0.0743	0.0567	0.0743	0.0886
chr3R	24645853	24646033	chr3R:24645854-24646033	FBgn0039601,FBgn0039602	CG1523,CG1647	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.08	0.1056	0.0838	0.0562	0.1005	0.0692	0.1312	0.0562	0.1389	0.1129	0.1389	0.1007	0.0812	0.0858	0.0812	0.1063
chr3R	24646093	24646304	chr3R:24646094-24646304	FBgn0039602	CG1647	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0587	0.054	0.073	0.0483	0.0265	0.0675	0.0523	0.0859	0.0265	0.1099	0.0791	0.1099	0.0596	0.0551	0.0438	0.0551	0.0594
chr3R	24655270	24655489	chr3R:24655271-24655489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0233	0.0405	0.0265	0.0064	0.0306	0.035	0.024	0.0064	0.029	0.0254	0.029	0.1263	0.0191	0.0155	0.0191	0.0578
chr3R	24656874	24657517	chr3R:24656875-24657517	FBgn0024273	WASp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1186	0.0862	0.1433	0.1278	0.0286	0.1087	0.099	0.1292	0.0286	0.1733	0.1489	0.1733	0.1611	0.1409	0.1341	0.1409	0.1391
chr3R	24657695	24657885	chr3R:24657696-24657885	FBgn0024273	WASp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.1067	0.1594	0.1439	0.07	0.1306	0.1267	0.1386	0.07	0.2065	0.1621	0.2065	0.1782	0.1501	0.1451	0.1501	0.173
chr3R	24658574	24658725	chr3R:24658575-24658725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0264	0.026	0.0339	0.0187	0.0127	0.0311	0.0355	0.032	0.0127	0.0368	0.0405	0.0368	0.0356	0.0168	0.0116	0.0168	0.0313
chr3R	24668344	24668495	chr3R:24668345-24668495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0158	0.0289	0.023	0.0064	0.0204	0.0238	0.0127	0.0064	0.0242	0.0267	0.0242	0.0635	0.0153	0.0123	0.0153	0.05
chr3R	24669652	24669803	chr3R:24669653-24669803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0501	0.037	0.0664	0.0468	0.0064	0.049	0.0446	0.0526	0.0064	0.099	0.0605	0.099	0.0759	0.0352	0.0426	0.0352	0.0667
chr3R	24669908	24670098	chr3R:24669909-24670098	FBgn0015589	Apc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1068	0.1582	0.1122	0.0573	0.1374	0.1176	0.1486	0.0573	0.2403	0.1495	0.2403	0.1758	0.1179	0.0858	0.1179	0.1371
chr3R	24670158	24670343	chr3R:24670159-24670343	FBgn0015589	Apc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1401	0.1306	0.1754	0.112	0.0838	0.167	0.1458	0.1692	0.0838	0.2452	0.181	0.2452	0.1712	0.1217	0.1077	0.1217	0.1329
chr3R	24670414	24670589	chr3R:24670415-24670589	FBgn0015589,FBgn0264324	Apc,spg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2006	0.1684	0.2397	0.1936	0.105	0.2092	0.1929	0.2172	0.105	0.3188	0.2466	0.3188	0.2486	0.1975	0.185	0.1975	0.2324
chr3R	24670784	24671013	chr3R:24670785-24671013	FBgn0015589,FBgn0264324	Apc,spg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2638	0.2314	0.3048	0.255	0.1686	0.2854	0.2695	0.2818	0.1686	0.3641	0.3315	0.3641	0.2812	0.2588	0.2508	0.2588	0.2887
chr3R	24671182	24671356	chr3R:24671183-24671356	FBgn0264324	spg	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1137	0.1398	0.1141	0.0841	0.0838	0.1704	0.1613	0.1959	0.0838	0.1159	0.1241	0.1159	0.0976	0.0636	0.0683	0.0636	0.0823
chr3R	24671726	24671934	chr3R:24671727-24671934	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0365	0.0204	0.0336	0.0575	0.0085	0.0209	0.0307	0.0266	0.0085	0.0332	0.0222	0.0332	0.0217	0.0375	0.0129	0.0375	0.0354
chr3R	24672854	24673005	chr3R:24672855-24673005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0332	0.0234	0.035	0.0422	0.0106	0.0257	0.0311	0.032	0.0106	0.0405	0.0354	0.0405	0.0418	0.0306	0.0155	0.0306	0.0808
chr3R	24673425	24673576	chr3R:24673426-24673576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0304	0.0182	0.0299	0.0446	0.0074	0.0223	0.0238	0.0227	0.0074	0.0314	0.0212	0.0314	0.0287	0.0222	0.0174	0.0222	0.0563
chr3R	24674513	24674664	chr3R:24674514-24674664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0339	0.0202	0.04	0.0425	0.0074	0.0257	0.029	0.02	0.0074	0.0254	0.0434	0.0254	0.0744	0.0161	0.02	0.0161	0.0902
chr3R	24675895	24676046	chr3R:24675896-24676046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0215	0.0132	0.0234	0.0288	0.0064	0.0141	0.0221	0.0107	0.0064	0.0266	0.0277	0.0266	0.0248	0.0184	0.0193	0.0184	0.0604
chr3R	24677422	24677678	chr3R:24677423-24677678	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0589	0.0379	0.0561	0.0854	0.0223	0.0374	0.0575	0.048	0.0223	0.0694	0.0637	0.0694	0.0558	0.1715	0.0548	0.1715	0.0865
chr3R	24678220	24678639	chr3R:24678221-24678639	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0791	0.0844	0.0925	0.0583	0.0732	0.0767	0.1285	0.0859	0.0732	0.1413	0.108	0.1413	0.0821	0.1149	0.0606	0.1149	0.0552
chr3R	24678652	24679078	chr3R:24678653-24679078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0686	0.1023	0.0664	0.0333	0.0965	0.066	0.176	0.1106	0.0965	0.0622	0.0887	0.0622	0.072	0.0391	0.0496	0.0391	0.0438
chr3R	24679554	24679705	chr3R:24679555-24679705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0418	0.0649	0.0373	0.021	0.0573	0.0451	0.1112	0.0666	0.0573	0.0405	0.0463	0.0405	0.0403	0.0123	0.0245	0.0123	0.0396
chr3R	24683025	24683176	chr3R:24683026-24683176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0564	0.0684	0.0537	0.0458	0.0445	0.0539	0.112	0.0779	0.0445	0.0477	0.0611	0.0477	0.086	0.0176	0.0458	0.0176	0.1011
chr3R	24683323	24683556	chr3R:24683324-24683556	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0987	0.1034	0.0947	0.0978	0.0817	0.0903	0.1583	0.1153	0.0817	0.0749	0.1006	0.0749	0.1758	0.0314	0.1006	0.0314	0.2183
chr3R	24683571	24683722	chr3R:24683572-24683722	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0788	0.0795	0.0801	0.0766	0.0647	0.0655	0.1237	0.0906	0.0647	0.0719	0.092	0.0719	0.1247	0.0276	0.1186	0.0276	0.1449
chr3R	24684011	24684213	chr3R:24684012-24684213	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2001	0.205	0.243	0.1476	0.1601	0.2286	0.2444	0.2618	0.1601	0.3013	0.2833	0.3013	0.2246	0.1172	0.2153	0.1172	0.2194
chr3R	24684416	24684601	chr3R:24684417-24684601	FBgn0028373	inx3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1109	0.1229	0.1395	0.0661	0.087	0.1257	0.1683	0.1519	0.087	0.151	0.1814	0.151	0.1146	0.036	0.1161	0.036	0.0954
chr3R	24684789	24685036	chr3R:24684790-24685036	FBgn0028373	inx3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2966	0.3279	0.3695	0.1817	0.2694	0.3296	0.4105	0.4257	0.2694	0.4348	0.4215	0.4348	0.3532	0.1041	0.294	0.1041	0.283
chr3R	24686407	24686600	chr3R:24686408-24686600	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1011	0.1063	0.1383	0.0546	0.0753	0.1141	0.1449	0.1266	0.0753	0.0628	0.2244	0.0628	0.1448	0.0161	0.127	0.0161	0.0646
chr3R	24687025	24687395	chr3R:24687026-24687395	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2292	0.2868	0.269	0.121	0.2238	0.233	0.3988	0.4031	0.2238	0.1679	0.4476	0.1679	0.1836	0.0528	0.3063	0.0528	0.1214
chr3R	24688135	24688286	chr3R:24688136-24688286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0233	0.0234	0.0254	0.0207	0.0106	0.018	0.0402	0.0273	0.0106	0.0145	0.0424	0.0145	0.0201	0.0444	0.0316	0.0444	0.0162
chr3R	24701190	24701367	chr3R:24701191-24701367	FBgn0039611	CG14528	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0162	0.0244	0.0214	0.0053	0.0189	0.0268	0.0147	0.0053	0.0187	0.019	0.0187	0.0658	0.0077	0.011	0.0077	0.0563
chr3R	24705769	24705920	chr3R:24705770-24705920	FBgn0039612	CG14523	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0108	0.0204	0.0356	0.0021	0.0126	0.0195	0.0087	0.0021	0.0223	0.0174	0.0223	0.0449	0.0107	0.009	0.0107	0.11
chr3R	24706050	24706202	chr3R:24706051-24706202	FBgn0039612,FBgn0039613	CG14523,CG14527	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0234	0.0137	0.024	0.0337	0.0064	0.0141	0.0195	0.0167	0.0064	0.0163	0.0232	0.0163	0.0558	0.0077	0.0103	0.0077	0.1063
chr3R	24706367	24706518	chr3R:24706368-24706518	FBgn0039612,FBgn0039613	CG14523,CG14527	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0147	0.0116	0.0133	0.0198	0.0074	0.0117	0.019	0.0113	0.0074	0.0157	0.0154	0.0157	0.0186	0.0069	0.011	0.0069	0.0568
chr3R	24713361	24713534	chr3R:24713362-24713534	FBgn0259220	Doa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0771	0.0715	0.0829	0.0771	0.0509	0.0874	0.0779	0.0986	0.0509	0.0876	0.0871	0.0876	0.11	0.0368	0.0696	0.0368	0.0985
chr3R	24713678	24713869	chr3R:24713679-24713869	FBgn0259220	Doa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1703	0.1656	0.1945	0.149	0.1442	0.2044	0.1778	0.2112	0.1442	0.2343	0.2122	0.2343	0.1898	0.1271	0.1534	0.1271	0.173
chr3R	24713939	24714270	chr3R:24713940-24714270	FBgn0053203,FBgn0259220	CG33203,Doa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1831	0.1725	0.227	0.1466	0.1304	0.1995	0.189	0.2438	0.1304	0.2699	0.2482	0.2699	0.2161	0.1554	0.1573	0.1554	0.1537
chr3R	24714332	24714513	chr3R:24714333-24714513	FBgn0053203	CG33203	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1702	0.1508	0.2013	0.1578	0.0986	0.1976	0.1622	0.1919	0.0986	0.2729	0.217	0.2729	0.1905	0.1547	0.1741	0.1547	0.186
chr3R	24714648	24714817	chr3R:24714649-24714817	FBgn0053203	CG33203	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2212	0.2036	0.2576	0.2009	0.1601	0.249	0.2292	0.2558	0.1601	0.3188	0.283	0.3188	0.2347	0.2205	0.207	0.2205	0.2251
chr3R	24714886	24715070	chr3R:24714887-24715070	FBgn0053203	CG33203	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1411	0.1296	0.1759	0.1159	0.0912	0.1563	0.1548	0.1606	0.0912	0.2071	0.1775	0.2071	0.1851	0.1294	0.1019	0.1294	0.1407
chr3R	24715166	24715344	chr3R:24715167-24715344	FBgn0053203	CG33203	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2253	0.2215	0.2439	0.209	0.1835	0.2607	0.2747	0.2485	0.1835	0.2832	0.2389	0.2832	0.2641	0.2312	0.156	0.2312	0.2647
chr3R	24717443	24717694	chr3R:24717444-24717694	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1532	0.152	0.1764	0.129	0.14	0.1369	0.1851	0.2219	0.14	0.1902	0.2418	0.1902	0.1905	0.1133	0.1992	0.1133	0.2131
chr3R	24717905	24718056	chr3R:24717906-24718056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0473	0.0419	0.049	0.0514	0.035	0.0364	0.0532	0.0626	0.035	0.0399	0.0611	0.0399	0.0751	0.0214	0.0722	0.0214	0.0959
chr3R	24722971	24723122	chr3R:24722972-24723122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0189	0.0219	0.0178	0.0169	0.0127	0.0184	0.0389	0.02	0.0127	0.0163	0.0232	0.0163	0.0163	0.0107	0.0309	0.0107	0.0224
chr3R	24723841	24723992	chr3R:24723842-24723992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0223	0.0293	0.0206	0.0163	0.0127	0.0369	0.0311	0.0466	0.0127	0.0254	0.0283	0.0254	0.0132	0.0107	0.0342	0.0107	0.0167
chr3R	24724312	24724613	chr3R:24724313-24724613	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0502	0.0274	0.0181	0.0233	0.0684	0.0497	0.0773	0.0233	0.0217	0.0315	0.0217	0.0294	0.0161	0.0193	0.0161	0.024
chr3R	24724826	24724977	chr3R:24724827-24724977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0235	0.0259	0.0223	0.022	0.0159	0.0252	0.0333	0.042	0.0159	0.0199	0.0193	0.0199	0.0387	0.0145	0.0206	0.0145	0.0406
chr3R	24727344	24727559	chr3R:24727345-24727559	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0417	0.0323	0.0385	0.0557	0.0085	0.0461	0.0372	0.0413	0.0085	0.0604	0.0264	0.0604	0.0705	0.0299	0.0103	0.0299	0.1662
chr3R	24728906	24729115	chr3R:24728907-24729115	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0463	0.0315	0.0396	0.0702	0.0117	0.0393	0.0394	0.0426	0.0117	0.0646	0.0347	0.0646	0.0411	0.2412	0.0309	0.2412	0.0474
chr3R	24729204	24729400	chr3R:24729205-24729400	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0418	0.027	0.0416	0.0585	0.0085	0.0383	0.0285	0.0413	0.0085	0.0809	0.0344	0.0809	0.0395	0.1975	0.038	0.1975	0.0375
chr3R	24729900	24730051	chr3R:24729901-24730051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.022	0.0221	0.0218	0.0221	0.0117	0.0248	0.0268	0.0306	0.0117	0.0302	0.0238	0.0302	0.0186	0.0697	0.0116	0.0697	0.0162
chr3R	24730260	24730411	chr3R:24730261-24730411	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0252	0.0268	0.0458	0.0074	0.0364	0.0303	0.03	0.0074	0.0471	0.0244	0.0471	0.0232	0.1677	0.0232	0.1677	0.0208
chr3R	24730705	24730856	chr3R:24730706-24730856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0209	0.0234	0.0173	0.0221	0.017	0.0277	0.0294	0.0266	0.017	0.0284	0.0154	0.0284	0.0201	0.0758	0.009	0.0758	0.013
chr3R	24736970	24737121	chr3R:24736971-24737121	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0245	0.0169	0.0216	0.0361	0.0053	0.0209	0.0186	0.028	0.0053	0.0374	0.0151	0.0374	0.0256	0.1447	0.0193	0.1447	0.0135
chr3R	24737503	24737654	chr3R:24737504-24737654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0299	0.0269	0.0273	0.0362	0.018	0.0238	0.0363	0.0386	0.018	0.0556	0.0196	0.0556	0.0279	0.1447	0.0168	0.1447	0.013
chr3R	24737721	24737975	chr3R:24737722-24737975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.048	0.0444	0.0416	0.059	0.017	0.0524	0.0545	0.066	0.017	0.0803	0.0286	0.0803	0.0457	0.2228	0.0251	0.2228	0.0271
chr3R	24738054	24738296	chr3R:24738055-24738296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0363	0.0346	0.0358	0.0386	0.0106	0.0447	0.0424	0.0486	0.0106	0.0628	0.0305	0.0628	0.0325	0.134	0.0193	0.134	0.0234
chr3R	24738646	24738855	chr3R:24738647-24738855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0349	0.0294	0.0216	0.0191	0.0359	0.051	0.0406	0.0191	0.0568	0.0215	0.0568	0.0217	0.0421	0.011	0.0421	0.0328
chr3R	24740204	24740381	chr3R:24740205-24740381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0237	0.0309	0.0208	0.0187	0.0148	0.0461	0.0381	0.0293	0.0148	0.0411	0.0174	0.0411	0.0201	0.0482	0.0155	0.0482	0.013
chr3R	24741575	24741726	chr3R:24741576-24741726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0219	0.0223	0.0195	0.0241	0.0095	0.0228	0.0324	0.0306	0.0095	0.0242	0.0215	0.0242	0.0194	0.0804	0.0135	0.0804	0.0156
chr3R	24745056	24745207	chr3R:24745057-24745207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.018	0.0191	0.0207	0.0138	0.0159	0.0233	0.0186	0.0293	0.0159	0.0217	0.019	0.0217	0.0194	0.0214	0.0064	0.0214	0.0162
chr3R	24745872	24746023	chr3R:24745873-24746023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0307	0.0204	0.0109	0.0191	0.0311	0.0454	0.034	0.0191	0.0242	0.0241	0.0242	0.017	0.013	0.0084	0.013	0.0146
chr3R	24746658	24746809	chr3R:24746659-24746809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0237	0.0319	0.0226	0.0156	0.0223	0.032	0.0437	0.0386	0.0223	0.032	0.0193	0.032	0.0194	0.0245	0.0097	0.0245	0.0214
chr3R	24746930	24747081	chr3R:24746931-24747081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0287	0.0253	0.0134	0.0148	0.0286	0.0407	0.0353	0.0148	0.0338	0.0254	0.0338	0.0194	0.0168	0.0039	0.0168	0.0208
chr3R	24747162	24747313	chr3R:24747163-24747313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0289	0.0247	0.0136	0.0201	0.0311	0.0346	0.0373	0.0201	0.0308	0.0283	0.0308	0.0225	0.0199	0.0116	0.0199	0.0135
chr3R	24747512	24747663	chr3R:24747513-24747663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0313	0.0237	0.0146	0.0191	0.0364	0.0359	0.0433	0.0191	0.0278	0.026	0.0278	0.0279	0.0222	0.0116	0.0222	0.0203
chr3R	24747676	24747837	chr3R:24747677-24747837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.0348	0.0298	0.0189	0.0191	0.034	0.0476	0.0493	0.0191	0.0344	0.0341	0.0344	0.031	0.0214	0.0181	0.0214	0.0271
chr3R	24748041	24748192	chr3R:24748042-24748192	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0254	0.0251	0.021	0.0117	0.0262	0.0359	0.036	0.0117	0.0326	0.0257	0.0326	0.0271	0.0276	0.0232	0.0276	0.0323
chr3R	24748958	24749109	chr3R:24748959-24749109	FBgn0039616	CG11828	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0197	0.0267	0.0206	0.0109	0.0201	0.0282	0.0333	0.0353	0.0201	0.0272	0.0235	0.0272	0.0201	0.0107	0.0097	0.0107	0.0167
chr3R	24749193	24749344	chr3R:24749194-24749344	FBgn0039616	CG11828	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0299	0.0237	0.0138	0.0148	0.0335	0.0346	0.044	0.0148	0.0308	0.0264	0.0308	0.0217	0.0176	0.0135	0.0176	0.0188
chr3R	24749883	24750034	chr3R:24749884-24750034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0184	0.0202	0.0104	0.0085	0.018	0.0238	0.0293	0.0085	0.0236	0.0267	0.0236	0.0124	0.0123	0.0084	0.0123	0.0125
chr3R	24757079	24757230	chr3R:24757080-24757230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.0088	0.0069	0.0085	0.0042	0.0053	0.0182	0.0093	0.0042	0.0079	0.0061	0.0079	0.0039	8e-04	0.0013	8e-04	0.0036
chr3R	24776604	24776755	chr3R:24776605-24776755	distal	distal	none	none	VT49118.1	VT49118.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.006	0.0034	0.0079	0.0053	0.0044	0.0108	0.0053	0.0053	0.003	0.0048	0.003	0.0031	8e-04	0.0013	8e-04	0.0016
chr3R	24785334	24785485	chr3R:24785335-24785485	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0052	0.0047	0.0043	0.0068	0.0053	0.0039	0.0087	0.0033	0.0053	0.006	0.0035	0.006	0.0062	0.0015	0.0019	0.0015	0.0042
chr3R	24796230	24796381	chr3R:24796231-24796381	FBgn0039617	CG14521	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0087	0.0065	0.0055	0.0148	0.0021	0.0044	0.0143	0.004	0.0021	0.0079	0.0048	0.0079	0.0031	0.0031	0	0.0031	0.0042
chr3R	24804237	24804388	chr3R:24804238-24804388	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0036	0.0033	0.011	0.0021	0.0015	0.0099	7e-04	0.0021	0.003	0.0026	0.003	0.0023	0.0023	0.0058	0.0023	0.0031
chr3R	24806904	24807055	chr3R:24806905-24807055	distal	distal	none	none	VT49135.1	VT49135.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0061	0.006	0.011	0.0032	0.0044	0.0091	0.0093	0.0032	0.0079	0.0055	0.0079	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chr3R	24815926	24816077	chr3R:24815927-24816077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0173	0.0151	0.0175	0.0195	0.0064	0.0112	0.026	0.018	0.0064	0.0266	0.0125	0.0266	0.017	0.0054	0.0052	0.0054	0.0073
chr3R	24816439	24816612	chr3R:24816440-24816612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0166	0.0178	0.035	0.0159	0.0131	0.029	0.0127	0.0159	0.0223	0.0119	0.0223	0.0101	0.01	0.0071	0.01	0.0109
chr3R	24817536	24817687	chr3R:24817537-24817687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0072	0.0074	0.01	0.0053	0.0063	0.0125	0.0073	0.0053	0.0085	0.0064	0.0085	0.0062	0.0054	0.0019	0.0054	0.0047
chr3R	24825918	24826069	chr3R:24825919-24826069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0103	0.0085	0.0082	0.0145	0.0011	0.0073	0.0199	0.0033	0.0011	0.0097	0.0087	0.0097	0.0108	0.0245	0.0077	0.0245	0.0177
chr3R	24832548	24832699	chr3R:24832549-24832699	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.014	0.0108	0.0122	0.0196	0.0053	0.0097	0.0203	0.0087	0.0053	0.0145	0.0119	0.0145	0.0178	0.0069	0.0161	0.0069	0.0433
chr3R	24832865	24833016	chr3R:24832866-24833016	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0098	0.0071	0.0131	0.0042	0.0063	0.0164	0.0153	0.0042	0.0066	0.0061	0.0066	0.0124	0.0031	0.0084	0.0031	0.0109
chr3R	24838156	24838307	chr3R:24838157-24838307	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0102	0.0096	0.0103	0.0053	0.0092	0.0186	0.008	0.0053	0.0066	0.0129	0.0066	0.0093	0.0054	0.0251	0.0054	0.0094
chr3R	24840246	24840397	chr3R:24840247-24840397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0131	0.015	0.0121	0.0123	0.0117	0.0083	0.0303	0.012	0.0117	0.0193	0.0125	0.0193	0.0108	0.0245	0.0103	0.0245	0.013
chr3R	24845585	24845736	chr3R:24845586-24845736	FBgn0039620	CG1443	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0294	0.0082	0.0063	0.017	0.015	0.0627	0.024	0.017	0.0072	0.0113	0.0072	0.0093	0.0054	0.0071	0.0054	0.0063
chr3R	24846088	24846239	chr3R:24846089-24846239	FBgn0039620	CG1443	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0116	0.0192	0.0091	0.0058	0.0095	0.0107	0.0389	0.02	0.0095	0.0079	0.0116	0.0079	0.0108	0.0038	0.011	0.0038	0.0057
chr3R	24852598	24852753	chr3R:24852599-24852753	FBgn0039622,FBgn0039623	CG1951,eIF4E-6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0398	0.0544	0.0409	0.0265	0.0383	0.0493	0.058	0.0265	0.0707	0.0588	0.0707	0.0573	0.0482	0.0438	0.0482	0.0542
chr3R	24852858	24853054	chr3R:24852859-24853054	FBgn0039622,FBgn0039623	CG1951,eIF4E-6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1067	0.0977	0.1254	0.0964	0.0753	0.1015	0.1103	0.1499	0.0753	0.1504	0.1428	0.1504	0.1309	0.1026	0.0986	0.1026	0.1251
chr3R	24857539	24857690	chr3R:24857540-24857690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.022	0.0328	0.0226	0.0095	0.018	0.0189	0.061	0.04	0.018	0.0236	0.0283	0.0236	0.0186	0.01	0.0084	0.01	0.0115
chr3R	24859626	24859827	chr3R:24859627-24859827	FBgn0027873,FBgn0039625	Cpsf100,beta4GalNAcTB	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0804	0.0698	0.0996	0.071	0.0361	0.0883	0.083	0.0913	0.0361	0.1262	0.1122	0.1262	0.0922	0.0735	0.0722	0.0735	0.0943
chr3R	24859942	24860098	chr3R:24859943-24860098	FBgn0027873,FBgn0039625	Cpsf100,beta4GalNAcTB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0612	0.0632	0.0718	0.0473	0.0308	0.082	0.0701	0.0906	0.0308	0.0882	0.072	0.0882	0.0937	0.0444	0.0451	0.0444	0.0745
chr3R	24860197	24860380	chr3R:24860198-24860380	FBgn0027873,FBgn0039625	Cpsf100,beta4GalNAcTB	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1241	0.118	0.1447	0.1083	0.071	0.1558	0.128	0.1599	0.071	0.1866	0.1505	0.1866	0.1588	0.1072	0.1057	0.1072	0.1423
chr3R	24864464	24864632	chr3R:24864465-24864632	FBgn0003093,FBgn0039626	Pkc98E,Slu7	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0515	0.0414	0.0692	0.0436	0.017	0.0583	0.0454	0.05	0.017	0.0888	0.0736	0.0888	0.0658	0.049	0.0445	0.049	0.05
chr3R	24864755	24864955	chr3R:24864756-24864955	FBgn0003093,FBgn0039626	Pkc98E,Slu7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1883	0.1543	0.2305	0.1801	0.0933	0.2209	0.1561	0.1912	0.0933	0.2693	0.2505	0.2693	0.2324	0.1922	0.1747	0.1922	0.2011
chr3R	24865021	24865227	chr3R:24865022-24865227	FBgn0003093,FBgn0039626	Pkc98E,Slu7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1689	0.1236	0.2049	0.1799	0.0636	0.1927	0.1029	0.1726	0.0636	0.2524	0.2244	0.2524	0.1952	0.1784	0.1702	0.1784	0.1839
chr3R	24865545	24865760	chr3R:24865546-24865760	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1777	0.1756	0.2099	0.1447	0.0679	0.234	0.1925	0.2505	0.0679	0.2403	0.2547	0.2403	0.1588	0.1508	0.1406	0.1508	0.1574
chr3R	24865786	24865946	chr3R:24865787-24865946	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0712	0.0887	0.0794	0.0159	0.1005	0.0817	0.0946	0.0159	0.0936	0.1093	0.0936	0.079	0.0995	0.0774	0.0995	0.0943
chr3R	24865974	24866353	chr3R:24865975-24866353	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.088	0.0936	0.0956	0.0735	0.0233	0.116	0.1112	0.1392	0.0233	0.1147	0.1132	0.1147	0.0775	0.0835	0.0832	0.0835	0.0776
chr3R	24874811	24875047	chr3R:24874812-24875047	FBgn0039627	CG11837	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0708	0.0866	0.0801	0.0429	0.0583	0.0835	0.1077	0.1292	0.0583	0.1238	0.083	0.1238	0.0697	0.0513	0.0393	0.0513	0.0438
chr3R	24875106	24875270	chr3R:24875107-24875270	FBgn0039627	CG11837	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.1136	0.1229	0.1317	0.0833	0.0891	0.1311	0.1414	0.1805	0.0891	0.192	0.1415	0.192	0.1146	0.0896	0.0864	0.0896	0.0974
chr3R	24875397	24875644	chr3R:24875398-24875644	FBgn0039627	CG11837	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0488	0.053	0.0574	0.0348	0.0265	0.0539	0.0748	0.0706	0.0265	0.0888	0.0595	0.0888	0.0442	0.0413	0.0406	0.0413	0.036
chr3R	24879351	24879502	chr3R:24879352-24879502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0225	0.032	0.0232	0.0111	0.017	0.0209	0.0627	0.0313	0.017	0.0362	0.0215	0.0362	0.0263	0.013	0.0129	0.013	0.012
chr3R	24881275	24881432	chr3R:24881276-24881432	FBgn0039631	Sirt7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.0395	0.0511	0.0242	0.0191	0.0359	0.0623	0.0486	0.0191	0.067	0.0585	0.067	0.0387	0.0306	0.0226	0.0306	0.0203
chr3R	24881529	24881706	chr3R:24881530-24881706	FBgn0039631	Sirt7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0707	0.0933	0.0553	0.0361	0.0714	0.0939	0.0999	0.0361	0.1214	0.1016	0.1214	0.0837	0.0613	0.0516	0.0613	0.0604
chr3R	24881785	24882193	chr3R:24881786-24882193	FBgn0039631	Sirt7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0644	0.0708	0.0792	0.0409	0.0361	0.0762	0.0947	0.0959	0.0361	0.099	0.0891	0.099	0.0736	0.0406	0.0335	0.0406	0.0422
chr3R	24888642	24888840	chr3R:24888643-24888840	FBgn0039632,FBgn0039633	CG11873,Cul-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1908	0.1808	0.2277	0.1615	0.1612	0.2049	0.2154	0.2305	0.1612	0.2844	0.2476	0.2844	0.2107	0.1608	0.1728	0.1608	0.1897
chr3R	24888941	24889127	chr3R:24888942-24889127	FBgn0039632,FBgn0039633	CG11873,Cul-5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2352	0.2013	0.2783	0.2259	0.1601	0.2403	0.2288	0.2598	0.1601	0.3478	0.3035	0.3478	0.2742	0.219	0.2527	0.219	0.2574
chr3R	24889440	24889634	chr3R:24889441-24889634	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2259	0.2097	0.2685	0.197	0.1665	0.2471	0.2444	0.2638	0.1665	0.3321	0.2891	0.3321	0.2688	0.1799	0.2186	0.1799	0.2402
chr3R	24889677	24889883	chr3R:24889678-24889883	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2016	0.1739	0.2496	0.1801	0.1368	0.2058	0.1977	0.2278	0.1368	0.3243	0.2765	0.3243	0.2316	0.193	0.1992	0.193	0.2121
chr3R	24889959	24890136	chr3R:24889960-24890136	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.166	0.1552	0.1968	0.1441	0.1156	0.185	0.1756	0.2105	0.1156	0.2711	0.2235	0.2711	0.1766	0.1761	0.1444	0.1761	0.1605
chr3R	24890386	24890612	chr3R:24890387-24890612	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1527	0.1542	0.1671	0.1354	0.1103	0.1883	0.1752	0.1992	0.1103	0.3321	0.1543	0.3321	0.11	0.2167	0.1032	0.2167	0.1344
chr3R	24890705	24890874	chr3R:24890706-24890874	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0914	0.1028	0.0943	0.0755	0.0817	0.1175	0.1324	0.1186	0.0817	0.189	0.0875	0.189	0.062	0.1424	0.0703	0.1424	0.0657
chr3R	24891354	24891505	chr3R:24891355-24891505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0527	0.0566	0.0602	0.0401	0.0244	0.0631	0.0731	0.0819	0.0244	0.1214	0.0527	0.1214	0.0442	0.0881	0.0297	0.0881	0.0438
chr3R	24893776	24893927	chr3R:24893777-24893927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0328	0.036	0.0277	0.0191	0.033	0.0428	0.0453	0.0191	0.0332	0.0402	0.0332	0.0186	0.0191	0.0129	0.0191	0.0151
chr3R	24894333	24894591	chr3R:24894334-24894591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.081	0.089	0.1033	0.0475	0.0594	0.0942	0.112	0.1226	0.0594	0.1365	0.1174	0.1365	0.0488	0.0375	0.0329	0.0375	0.0318
chr3R	24894950	24895184	chr3R:24894951-24895184	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1398	0.168	0.1709	0.0741	0.1135	0.1694	0.1903	0.2718	0.1135	0.2621	0.1949	0.2621	0.0434	0.0436	0.0509	0.0436	0.0214
chr3R	24895436	24895663	chr3R:24895437-24895663	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1051	0.1112	0.1392	0.0609	0.0732	0.1233	0.138	0.1446	0.0732	0.2482	0.1556	0.2482	0.0519	0.0965	0.0393	0.0965	0.0255
chr3R	24895977	24896128	chr3R:24895978-24896128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.034	0.046	0.036	0.0185	0.0308	0.0364	0.0783	0.0493	0.0308	0.032	0.0344	0.032	0.0186	0.0138	0.0155	0.0138	0.0109
chr3R	24898313	24898464	chr3R:24898314-24898464	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0483	0.089	0.0388	0.0132	0.0753	0.0471	0.1471	0.1286	0.0753	0.0284	0.0559	0.0284	0.0232	0.0077	0.0174	0.0077	0.0094
chr3R	24898868	24899208	chr3R:24898869-24899208	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1133	0.2323	0.0746	0.0227	0.2195	0.1306	0.3456	0.3451	0.2195	0.0531	0.1238	0.0531	0.0356	0.0145	0.038	0.0145	0.0162
chr3R	24899839	24900143	chr3R:24899840-24900143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1864	0.283	0.1753	0.0908	0.2927	0.2024	0.3906	0.3877	0.2927	0.1153	0.3045	0.1153	0.1022	0.124	0.1908	0.124	0.0521
chr3R	24901091	24901242	chr3R:24901092-24901242	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0236	0.0285	0.0242	0.0174	0.0127	0.0189	0.0497	0.0373	0.0127	0.0223	0.0344	0.0223	0.0147	0.0077	0.0277	0.0077	0.0089
chr3R	24901281	24901432	chr3R:24901282-24901432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.037	0.032	0.0195	0.0255	0.0282	0.0575	0.0446	0.0255	0.0248	0.045	0.0248	0.0186	0.0123	0.0335	0.0123	0.012
chr3R	24901608	24901759	chr3R:24901609-24901759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.033	0.0497	0.0291	0.0187	0.0339	0.0335	0.0839	0.0593	0.0339	0.0242	0.0418	0.0242	0.0139	0.0107	0.029	0.0107	0.013
chr3R	24904829	24904980	chr3R:24904830-24904980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0299	0.0364	0.0368	0.0152	0.0286	0.035	0.0497	0.0453	0.0286	0.0634	0.0395	0.0634	0.024	0.0107	0.0135	0.0107	0.0146
chr3R	24906548	24906765	chr3R:24906549-24906765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0399	0.0429	0.0524	0.0227	0.0329	0.0476	0.0558	0.054	0.0329	0.0513	0.0691	0.0513	0.0279	0.0138	0.0219	0.0138	0.0193
chr3R	24906846	24907085	chr3R:24906847-24907085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0382	0.0386	0.0494	0.0256	0.0297	0.0311	0.0558	0.0546	0.0297	0.0332	0.0759	0.0332	0.0271	0.0115	0.0348	0.0115	0.0151
chr3R	24907662	24907873	chr3R:24907663-24907873	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0396	0.0388	0.0504	0.0288	0.0265	0.035	0.0567	0.0486	0.0265	0.0429	0.072	0.0429	0.0395	0.0184	0.0413	0.0184	0.0172
chr3R	24909709	24910123	chr3R:24909710-24910123	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1428	0.1245	0.1829	0.1193	0.07	0.1694	0.1419	0.1499	0.07	0.3684	0.1556	0.3684	0.158	0.2113	0.0722	0.2113	0.1892
chr3R	24912702	24912894	chr3R:24912703-24912894	distal	distal	stage5	stage5	CG11873_NRE	CG11873_NRE	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1111	0.1499	0.1102	0.0688	0.1209	0.116	0.2232	0.1965	0.1209	0.1298	0.1453	0.1298	0.0643	0.0605	0.0999	0.0605	0.0537
chr3R	24913002	24913409	chr3R:24913003-24913409	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1943	0.172	0.2467	0.1617	0.123	0.166	0.234	0.2225	0.123	0.3092	0.2855	0.3092	0.1565	0.1149	0.1979	0.1149	0.111
chr3R	24913619	24913813	chr3R:24913620-24913813	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1766	0.2079	0.2119	0.1029	0.1697	0.2121	0.2686	0.2645	0.1697	0.3164	0.2412	0.3164	0.1278	0.1003	0.0922	0.1003	0.0756
chr3R	24913858	24914248	chr3R:24913859-24914248	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2616	0.301	0.3072	0.1677	0.2566	0.3325	0.378	0.3604	0.2566	0.4432	0.3428	0.4432	0.2208	0.1776	0.1534	0.1776	0.1407
chr3R	24914992	24915408	chr3R:24914993-24915408	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1503	0.1173	0.194	0.1391	0.0594	0.1403	0.1419	0.1599	0.0594	0.2246	0.2672	0.2246	0.1425	0.2175	0.2063	0.2175	0.1105
chr3R	24915695	24915846	chr3R:24915696-24915846	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0484	0.0405	0.0747	0.0284	0.0201	0.0388	0.0562	0.058	0.0201	0.0592	0.1199	0.0592	0.0341	0.036	0.0451	0.036	0.0167
chr3R	24917857	24918008	chr3R:24917858-24918008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0361	0.0471	0.0444	0.0148	0.0223	0.0437	0.0489	0.0973	0.0223	0.0447	0.0611	0.0447	0.0139	0.0184	0.0116	0.0184	0.0135
chr3R	24918081	24918232	chr3R:24918082-24918232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0408	0.0623	0.0439	0.0134	0.0424	0.0583	0.0649	0.1173	0.0424	0.0429	0.0566	0.0429	0.0232	0.0153	0.011	0.0153	0.0115
chr3R	24920352	24920503	chr3R:24920353-24920503	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0234	0.015	0.0175	0.0233	0.0194	0.029	0.0313	0.0233	0.0151	0.0164	0.0151	0.0101	0.0038	0.0045	0.0038	0.0115
chr3R	24921152	24921443	chr3R:24921153-24921443	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0431	0.0528	0.0491	0.0256	0.0414	0.0529	0.0649	0.0753	0.0414	0.0513	0.0675	0.0513	0.0302	0.0168	0.0245	0.0168	0.0188
chr3R	24922414	24922629	chr3R:24922415-24922629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0329	0.0411	0.0297	0.0201	0.032	0.0446	0.0446	0.0201	0.032	0.0669	0.032	0.0217	0.0123	0.0716	0.0123	0.0193
chr3R	24929888	24930039	chr3R:24929889-24930039	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0455	0.0231	0.0082	0.0467	0.0272	0.08	0.046	0.0467	0.0278	0.0277	0.0278	0.0155	0.0107	0.0064	0.0107	0.0063
chr3R	24930571	24930722	chr3R:24930572-24930722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0244	0.0384	0.0245	0.0086	0.0233	0.0233	0.0657	0.0513	0.0233	0.032	0.0293	0.032	0.0217	0.0107	0.0058	0.0107	0.0094
chr3R	24936637	24936788	chr3R:24936638-24936788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0295	0.0322	0.0178	0.0148	0.0262	0.0398	0.046	0.0148	0.0254	0.0318	0.0254	0.062	0.0199	0.0155	0.0199	0.0292
chr3R	24937732	24937883	chr3R:24937733-24937883	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0293	0.0345	0.0318	0.017	0.032	0.0394	0.0366	0.017	0.0326	0.0338	0.0326	0.0627	0.0138	0.0213	0.0138	0.0771
chr3R	24938184	24938362	chr3R:24938185-24938362	FBgn0039634,FBgn0039635	CG11874,CG11876	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0694	0.0619	0.0754	0.071	0.035	0.0762	0.0766	0.0793	0.035	0.0906	0.0749	0.0906	0.1077	0.0766	0.0651	0.0766	0.1094
chr3R	24938421	24938605	chr3R:24938422-24938605	FBgn0039634,FBgn0039635	CG11874,CG11876	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1102	0.0916	0.1332	0.1056	0.0583	0.1155	0.1051	0.1159	0.0583	0.1715	0.1444	0.1715	0.1394	0.1256	0.1077	0.1256	0.1428
chr3R	24938696	24938884	chr3R:24938697-24938884	FBgn0039634,FBgn0039635	CG11874,CG11876	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1799	0.1545	0.216	0.1686	0.1092	0.1956	0.1691	0.1985	0.1092	0.2844	0.236	0.2844	0.2153	0.183	0.1593	0.183	0.2215
chr3R	24938990	24939361	chr3R:24938991-24939361	FBgn0039634,FBgn0039635	CG11874,CG11876	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1028	0.0833	0.1251	0.1003	0.0435	0.1005	0.1021	0.1039	0.0435	0.1437	0.1296	0.1437	0.1627	0.1149	0.0967	0.1149	0.1334
chr3R	24941981	24942171	chr3R:24941982-24942171	FBgn0039636	CG11877	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1129	0.1142	0.123	0.1004	0.0774	0.1354	0.1393	0.1406	0.0774	0.1473	0.1402	0.1473	0.1394	0.1018	0.1019	0.1018	0.1219
chr3R	24942208	24942359	chr3R:24942209-24942359	FBgn0039636	CG11877	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0609	0.0675	0.0356	0.0361	0.067	0.0865	0.0706	0.0361	0.0851	0.0749	0.0851	0.0651	0.0306	0.0329	0.0306	0.0412
chr3R	24943163	24943314	chr3R:24943164-24943314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0345	0.0675	0.023	0.0103	0.0329	0.0301	0.1557	0.0413	0.0329	0.0314	0.0222	0.0314	0.0248	0.0115	0.0077	0.0115	0.0162
chr3R	24948005	24948228	chr3R:24948006-24948228	FBgn0005596	yemalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0718	0.0571	0.1009	0.0563	0.0085	0.0898	0.0523	0.0839	0.0085	0.1135	0.1138	0.1135	0.1038	0.0704	0.0516	0.0704	0.0542
chr3R	24948238	24948420	chr3R:24948239-24948420	FBgn0005596	yemalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0576	0.0399	0.0746	0.0588	0.0106	0.0626	0.0411	0.0546	0.0106	0.0773	0.0752	0.0773	0.0976	0.059	0.0548	0.059	0.075
chr3R	24948541	24948719	chr3R:24948542-24948719	FBgn0005596,FBgn0039637	CG11880,yemalpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1324	0.0894	0.1604	0.1498	0.0403	0.1112	0.0995	0.1326	0.0403	0.1812	0.1563	0.1812	0.2099	0.1577	0.1341	0.1577	0.1845
chr3R	24948970	24949158	chr3R:24948971-24949158	FBgn0005596,FBgn0039637	CG11880,yemalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1903	0.1109	0.2377	0.2271	0.0562	0.1699	0.0982	0.1526	0.0562	0.2862	0.2453	0.2862	0.282	0.2573	0.2224	0.2573	0.2892
chr3R	24949392	24949641	chr3R:24949393-24949641	FBgn0039637	CG11880	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0554	0.026	0.0673	0.0753	0.0117	0.0427	0.029	0.0227	0.0117	0.0749	0.0704	0.0749	0.1092	0.0819	0.0877	0.0819	0.1157
chr3R	24949817	24950081	chr3R:24949818-24950081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0526	0.0381	0.0688	0.0511	0.0138	0.0553	0.0476	0.0393	0.0138	0.0604	0.0859	0.0604	0.1061	0.0429	0.0877	0.0429	0.061
chr3R	24956394	24956545	chr3R:24956395-24956545	FBgn0028671,FBgn0039638	Vha100-1,dgt6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0401	0.0315	0.0527	0.0358	0.0159	0.0374	0.0368	0.046	0.0159	0.058	0.0595	0.058	0.0581	0.0345	0.0355	0.0345	0.0443
chr3R	24956602	24956772	chr3R:24956603-24956772	FBgn0028671,FBgn0039638	Vha100-1,dgt6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0774	0.114	0.0902	0.0445	0.0942	0.0809	0.1186	0.0445	0.1413	0.1244	0.1413	0.1201	0.1011	0.0858	0.1011	0.1183
chr3R	24956828	24957013	chr3R:24956829-24957013	FBgn0028671,FBgn0039638	Vha100-1,dgt6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1082	0.09	0.1301	0.1044	0.0477	0.1087	0.0969	0.1379	0.0477	0.1661	0.1373	0.1661	0.1441	0.1057	0.098	0.1057	0.148
chr3R	24957042	24957270	chr3R:24957043-24957270	FBgn0028671,FBgn0039638	Vha100-1,dgt6	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.067	0.0531	0.0775	0.0709	0.0191	0.0612	0.0696	0.072	0.0191	0.0948	0.0791	0.0948	0.1038	0.0704	0.0606	0.0704	0.1032
chr3R	24963066	24963217	chr3R:24963067-24963217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0213	0.0266	0.0149	0.0106	0.0223	0.0277	0.0313	0.0106	0.0229	0.0367	0.0229	0.0263	0.0199	0.0142	0.0199	0.0156
chr3R	24963535	24963686	chr3R:24963536-24963686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.025	0.0272	0.0235	0.0117	0.0311	0.0281	0.0373	0.0117	0.0242	0.0325	0.0242	0.0349	0.023	0.0239	0.023	0.0297
chr3R	24963690	24964105	chr3R:24963691-24964105	FBgn0039639,FBgn0039640	CG14512,CG14516	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0674	0.057	0.0745	0.0712	0.0255	0.0699	0.0696	0.0786	0.0255	0.0646	0.0891	0.0646	0.1007	0.0597	0.0845	0.0597	0.0933
chr3R	24964224	24964411	chr3R:24964225-24964411	FBgn0039639,FBgn0039640	CG14512,CG14516	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.089	0.068	0.0992	0.1012	0.0318	0.0883	0.0731	0.1019	0.0318	0.0894	0.1196	0.0894	0.1332	0.0789	0.1231	0.0789	0.1412
chr3R	24964532	24964734	chr3R:24964533-24964734	FBgn0039639,FBgn0039640	CG14512,CG14516	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.0425	0.0511	0.0561	0.0223	0.0413	0.0554	0.064	0.0223	0.0495	0.0637	0.0495	0.0627	0.0421	0.0799	0.0421	0.0797
chr3R	24964764	24964987	chr3R:24964765-24964987	FBgn0039639,FBgn0039640	CG14512,CG14516	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0737	0.0476	0.0318	0.0414	0.0675	0.1107	0.0933	0.0414	0.0525	0.0531	0.0525	0.0465	0.0306	0.0406	0.0306	0.0386
chr3R	24972580	24972741	chr3R:24972581-24972741	FBgn0039641	CG14511	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0604	0.049	0.0717	0.0609	0.0339	0.0563	0.0558	0.0693	0.0339	0.0864	0.0814	0.0864	0.0759	0.062	0.0638	0.062	0.0693
chr3R	24973844	24974067	chr3R:24973845-24974067	FBgn0014869,FBgn0039642	CG11882,Pglym78	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2123	0.1771	0.2574	0.2022	0.1251	0.2107	0.2029	0.2385	0.1251	0.3273	0.2842	0.3273	0.2727	0.2343	0.2244	0.2343	0.2361
chr3R	24977346	24977581	chr3R:24977347-24977581	FBgn0041588	ligatin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1063	0.1405	0.1069	0.0677	0.1135	0.1689	0.1648	0.1692	0.1135	0.1588	0.1055	0.1588	0.1108	0.075	0.0767	0.075	0.0818
chr3R	24977679	24977856	chr3R:24977680-24977856	FBgn0041588	ligatin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0973	0.1665	0.0893	0.0287	0.1474	0.1704	0.2063	0.2212	0.1474	0.151	0.101	0.151	0.048	0.026	0.0271	0.026	0.0302
chr3R	24977956	24978192	chr3R:24977957-24978192	FBgn0041588	ligatin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0732	0.115	0.0749	0.0245	0.1071	0.118	0.1388	0.1606	0.1071	0.1226	0.0833	0.1226	0.0488	0.0306	0.0251	0.0306	0.0287
chr3R	24978872	24979088	chr3R:24978873-24979088	FBgn0028692,FBgn0041186	Rpn2,Slbp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1898	0.2135	0.2207	0.1294	0.1983	0.2359	0.253	0.2652	0.1983	0.3074	0.2405	0.3074	0.2053	0.144	0.1219	0.144	0.1662
chr3R	24979133	24979315	chr3R:24979134-24979315	FBgn0028692,FBgn0041186	Rpn2,Slbp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1489	0.1508	0.1791	0.1138	0.1209	0.1752	0.1804	0.1865	0.1209	0.2307	0.199	0.2307	0.1712	0.1317	0.1083	0.1317	0.1397
chr3R	24983051	24983204	chr3R:24983052-24983204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.052	0.0492	0.0594	0.0471	0.0265	0.0558	0.0601	0.07	0.0265	0.0809	0.0637	0.0809	0.0658	0.0735	0.0413	0.0735	0.0672
chr3R	24983430	24983616	chr3R:24983431-24983616	FBgn0039644	CG11897	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1381	0.118	0.1718	0.1235	0.0774	0.1485	0.1362	0.1512	0.0774	0.2349	0.1897	0.2349	0.1929	0.1631	0.1289	0.1631	0.1641
chr3R	24983707	24983902	chr3R:24983708-24983902	FBgn0039644	CG11897	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1874	0.177	0.2214	0.1617	0.1251	0.1995	0.2128	0.2405	0.1251	0.3068	0.245	0.3068	0.2432	0.1991	0.1844	0.1991	0.2043
chr3R	24984005	24984271	chr3R:24984006-24984271	FBgn0039644	CG11897	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0827	0.085	0.093	0.0689	0.0477	0.1034	0.1055	0.1093	0.0477	0.1329	0.0984	0.1329	0.0953	0.0689	0.0858	0.0689	0.086
chr3R	24984350	24984623	chr3R:24984351-24984623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0448	0.0485	0.0515	0.0333	0.0223	0.0602	0.067	0.056	0.0223	0.0743	0.0543	0.0743	0.0527	0.0314	0.0387	0.0314	0.0511
chr3R	25014379	25014530	chr3R:25014380-25014530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.011	0.0102	0.0169	0.0056	0.0053	0.0121	0.0177	0.0067	0.0053	0.0513	0.0093	0.0513	0.0062	0.0038	0.0058	0.0038	0.0052
chr3R	25014980	25015131	chr3R:25014981-25015131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0094	0.0071	0.016	0.0046	0.0021	0.0087	0.0112	0.0073	0.0021	0.0435	0.008	0.0435	0.0101	0.0038	0.0019	0.0038	0.0063
chr3R	25019245	25019396	chr3R:25019246-25019396	distal	distal	stage14	stage14	VT49248.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.008	0.008	0.0116	0.0032	0.0073	0.0156	0.0067	0.0032	0.0127	0.0071	0.0127	0.0062	0.0077	0.0039	0.0077	0.0042
chr3R	25020107	25020258	chr3R:25020108-25020258	FBgn0039647	CG14509	none	none	VT49248.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0126	0.0118	0.0115	0.0146	0.0064	0.0073	0.0242	0.0107	0.0064	0.0169	0.0122	0.0169	0.0108	0.0046	0.0103	0.0046	0.0156
chr3R	25020701	25020852	chr3R:25020702-25020852	FBgn0039647	CG14509	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0065	0.0107	0.0201	0.0053	0.0078	0.0095	0.0053	0.0053	0.0109	0.0087	0.0109	0.0093	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chr3R	25022618	25022769	chr3R:25022619-25022769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0095	0.0164	0.0169	0.0053	0.0112	0.0143	0.008	0.0053	0.0163	0.0222	0.0163	0.0147	0.0046	0.0529	0.0046	0.012
chr3R	25023119	25023270	chr3R:25023120-25023270	FBgn0039648	CG14515	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.007	0.0152	0.016	0.0021	0.0092	0.0104	0.0067	0.0021	0.0175	0.0203	0.0175	0.0147	0.0046	0.0509	0.0046	0.0104
chr3R	25025879	25026030	chr3R:25025880-25026030	FBgn0014427	CG11899	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0117	0.015	0.0164	0.0042	0.0121	0.0186	0.0133	0.0042	0.0127	0.017	0.0127	0.0201	0.013	0.0168	0.013	0.0287
chr3R	25028231	25028407	chr3R:25028232-25028407	FBgn0039650	Mesh1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0742	0.0624	0.0819	0.079	0.0339	0.0733	0.064	0.1033	0.0339	0.0731	0.0974	0.0731	0.1108	0.0773	0.1025	0.0773	0.0969
chr3R	25028511	25028662	chr3R:25028512-25028662	FBgn0039650	Mesh1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0285	0.04	0.0305	0.0223	0.0296	0.0342	0.04	0.0223	0.0374	0.0505	0.0374	0.0503	0.0184	0.04	0.0184	0.0443
chr3R	25030326	25030477	chr3R:25030327-25030477	FBgn0039651	CG14508	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0305	0.0206	0.0308	0.0411	0.0064	0.0218	0.0281	0.0286	0.0064	0.0254	0.0392	0.0254	0.0333	0.0061	0.1244	0.0061	0.0297
chr3R	25030615	25030766	chr3R:25030616-25030766	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0302	0.0248	0.0327	0.0336	0.018	0.0286	0.0316	0.0273	0.018	0.035	0.0424	0.035	0.0248	0.0069	0.0928	0.0069	0.0255
chr3R	25030816	25031060	chr3R:25030817-25031060	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0663	0.0614	0.0787	0.0581	0.053	0.0689	0.0722	0.074	0.053	0.122	0.081	0.122	0.0403	0.0268	0.1251	0.0268	0.0485
chr3R	25031194	25031345	chr3R:25031195-25031345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0257	0.0216	0.0324	0.023	0.0117	0.0277	0.0272	0.026	0.0117	0.0471	0.0379	0.0471	0.0155	0.0115	0.049	0.0115	0.0229
chr3R	25031868	25032135	chr3R:25031869-25032135	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0603	0.036	0.0954	0.0487	0.0148	0.0553	0.0355	0.0466	0.0148	0.1159	0.1331	0.1159	0.0612	0.0306	0.1148	0.0306	0.0479
chr3R	25032469	25032681	chr3R:25032470-25032681	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0476	0.0389	0.0593	0.0446	0.018	0.0476	0.0446	0.0586	0.018	0.0598	0.0659	0.0598	0.0744	0.0276	0.0548	0.0276	0.0829
chr3R	25032900	25033051	chr3R:25032901-25033051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0148	0.0288	0.0237	0.0085	0.017	0.016	0.024	0.0085	0.0254	0.0399	0.0254	0.0294	0.01	0.0374	0.01	0.0448
chr3R	25036215	25036482	chr3R:25036216-25036482	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0578	0.0222	0.0858	0.0668	0.0042	0.0301	0.0303	0.024	0.0042	0.0314	0.1743	0.0314	0.0333	0.0115	0.2347	0.0115	0.0245
chr3R	25039495	25039647	chr3R:25039496-25039647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.044	0.0339	0.0518	0.0468	0.017	0.0413	0.0471	0.038	0.017	0.0447	0.0585	0.0447	0.0356	0.0153	0.0451	0.0153	0.0479
chr3R	25039905	25040131	chr3R:25039906-25040131	FBgn0051044	CR31044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1269	0.1063	0.1725	0.0998	0.07	0.1451	0.0952	0.1659	0.07	0.1999	0.1987	0.1999	0.1813	0.0567	0.1283	0.0567	0.1793
chr3R	25040188	25040406	chr3R:25040189-25040406	FBgn0051044	CR31044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1938	0.1695	0.2726	0.1347	0.105	0.233	0.1566	0.2538	0.105	0.3357	0.3116	0.3357	0.2789	0.0858	0.2037	0.0858	0.2267
chr3R	25040736	25041001	chr3R:25040737-25041001	FBgn0051044,FBgn0262448	CR31044,mir-279	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.2133	0.2319	0.2595	0.1416	0.1569	0.2961	0.2292	0.3378	0.1569	0.2844	0.2878	0.2844	0.2998	0.0835	0.1754	0.0835	0.248
chr3R	25041052	25041203	chr3R:25041053-25041203	FBgn0262448	mir-279	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1086	0.1132	0.1348	0.0746	0.0774	0.134	0.1151	0.1726	0.0774	0.1413	0.1463	0.1413	0.1774	0.0383	0.0606	0.0383	0.1636
chr3R	25041204	25041447	chr3R:25041205-25041447	FBgn0262448	mir-279	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1016	0.1006	0.1388	0.062	0.0615	0.1194	0.0917	0.1799	0.0615	0.1564	0.1666	0.1564	0.158	0.0283	0.0696	0.0283	0.1282
chr3R	25041472	25041649	chr3R:25041473-25041649	FBgn0262448	mir-279	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1028	0.1037	0.1476	0.0525	0.0626	0.1049	0.1125	0.1825	0.0626	0.1467	0.2084	0.1467	0.1565	0.0276	0.0864	0.0276	0.0844
chr3R	25041771	25041922	chr3R:25041772-25041922	FBgn0262448	mir-279	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0632	0.0658	0.0824	0.0391	0.0361	0.0621	0.0744	0.1139	0.0361	0.0815	0.1106	0.0815	0.096	0.0184	0.0554	0.0184	0.0693
chr3R	25044284	25044435	chr3R:25044285-25044435	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0506	0.0393	0.073	0.0386	0.0148	0.0466	0.0549	0.048	0.0148	0.0972	0.0852	0.0972	0.0403	0.0398	0.0613	0.0398	0.0365
chr3R	25045374	25045557	chr3R:25045375-25045557	FBgn0029176	Ef1gamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1159	0.1004	0.1473	0.0986	0.0817	0.1184	0.1038	0.1472	0.0817	0.1812	0.1582	0.1812	0.1325	0.1217	0.1109	0.1217	0.1318
chr3R	25045638	25045977	chr3R:25045639-25045977	FBgn0029176	Ef1gamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.212	0.1974	0.264	0.1711	0.1538	0.2325	0.2253	0.2545	0.1538	0.3339	0.2762	0.3339	0.2618	0.193	0.1928	0.193	0.2225
chr3R	25046279	25046430	chr3R:25046280-25046430	FBgn0029176	Ef1gamma	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0511	0.0515	0.0308	0.0297	0.0427	0.08	0.0653	0.0297	0.0713	0.0534	0.0713	0.0542	0.0421	0.0284	0.0421	0.0417
chr3R	25047650	25047941	chr3R:25047651-25047941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.069	0.0648	0.0836	0.0577	0.0403	0.0801	0.0718	0.0899	0.0403	0.1069	0.0846	0.1069	0.1154	0.0796	0.04	0.0796	0.1079
chr3R	25048060	25048635	chr3R:25048061-25048635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1068	0.1057	0.1302	0.0824	0.0583	0.1248	0.1375	0.1259	0.0583	0.1751	0.1241	0.1751	0.1696	0.1011	0.0696	0.1011	0.1318
chr3R	25048654	25048805	chr3R:25048655-25048805	FBgn0039654,FBgn0062442	Brd8,CG1458	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.043	0.0359	0.0525	0.0405	0.0233	0.0422	0.0489	0.038	0.0233	0.0628	0.0553	0.0628	0.0705	0.0413	0.0451	0.0413	0.0573
chr3R	25048808	25048959	chr3R:25048809-25048959	FBgn0039654,FBgn0062442	Brd8,CG1458	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0731	0.0592	0.0964	0.0629	0.0265	0.0796	0.0649	0.0799	0.0265	0.125	0.1061	0.125	0.0968	0.0643	0.0625	0.0643	0.0849
chr3R	25049085	25049269	chr3R:25049086-25049269	FBgn0039654,FBgn0062442	Brd8,CG1458	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.144	0.1277	0.1746	0.1287	0.0721	0.1607	0.1518	0.1706	0.0721	0.2041	0.2019	0.2041	0.1751	0.1279	0.1386	0.1279	0.1683
chr3R	25054474	25054674	chr3R:25054475-25054674	FBgn0028476	CG15817	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0622	0.052	0.0791	0.0551	0.0297	0.0636	0.0584	0.0713	0.0297	0.0924	0.0814	0.0924	0.0999	0.0666	0.0625	0.0666	0.0776
chr3R	25054788	25054952	chr3R:25054789-25054952	FBgn0028476	CG15817	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1615	0.1218	0.216	0.1462	0.0732	0.1636	0.1215	0.1785	0.0732	0.2693	0.2264	0.2693	0.2231	0.1646	0.1586	0.1646	0.1699
chr3R	25054996	25055210	chr3R:25054997-25055210	FBgn0028476	CG15817	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1329	0.1027	0.1758	0.1196	0.0467	0.1471	0.1021	0.1472	0.0467	0.2204	0.1849	0.2204	0.1836	0.1256	0.1289	0.1256	0.1407
chr3R	25055307	25055556	chr3R:25055308-25055556	FBgn0028476	CG15817	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.057	0.065	0.0518	0.0286	0.0646	0.0718	0.0779	0.0286	0.0737	0.0711	0.0737	0.0744	0.0505	0.0606	0.0505	0.0641
chr3R	25055602	25055753	chr3R:25055603-25055753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.025	0.0238	0.0273	0.0238	0.0064	0.0223	0.0411	0.026	0.0064	0.0211	0.0302	0.0211	0.0387	0.0207	0.0219	0.0207	0.0365
chr3R	25055794	25055945	chr3R:25055795-25055945	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.0249	0.0291	0.0228	0.0074	0.0228	0.0376	0.0333	0.0074	0.026	0.0296	0.026	0.0496	0.0222	0.0174	0.0222	0.0412
chr3R	25064347	25064498	chr3R:25064348-25064498	FBgn0039656	CG11951	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0153	0.0136	0.0145	0.0182	0.0021	0.0141	0.0199	0.0193	0.0021	0.0127	0.0199	0.0127	0.017	0.0161	0.0393	0.0161	0.0182
chr3R	25076092	25076344	chr3R:25076093-25076344	FBgn0263236	SP1029	none	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0455	0.0257	0.0458	0.0674	0.0053	0.0427	0.0255	0.0313	0.0053	0.0423	0.0588	0.0423	0.0418	0.0544	0.1038	0.0544	0.0532
chr3R	25076506	25076661	chr3R:25076507-25076661	FBgn0263236	SP1029	none	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0413	0.0322	0.0442	0.0485	0.0064	0.0612	0.0234	0.042	0.0064	0.0374	0.0534	0.0374	0.0418	0.0605	0.0548	0.0605	0.0594
chr3R	25076761	25076912	chr3R:25076762-25076912	distal	distal	none	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0377	0.0288	0.0451	0.0395	0.0032	0.05	0.0203	0.0406	0.0032	0.0411	0.0585	0.0411	0.0403	0.0551	0.0477	0.0551	0.0453
chr3R	25077311	25077515	chr3R:25077312-25077515	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1422	0.1178	0.1879	0.1192	0.0467	0.1874	0.0891	0.1865	0.0467	0.2397	0.2032	0.2397	0.1844	0.1263	0.1251	0.1263	0.1511
chr3R	25077608	25077759	chr3R:25077609-25077759	distal	distal	none	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0607	0.0548	0.0807	0.0453	0.018	0.0961	0.0329	0.0886	0.018	0.0882	0.091	0.0882	0.0806	0.0574	0.0329	0.0574	0.0719
chr3R	25078320	25078527	chr3R:25078321-25078527	distal	distal	none	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0661	0.0881	0.0441	0.0148	0.1354	0.0264	0.1053	0.0148	0.0954	0.1016	0.0954	0.0875	0.0597	0.0464	0.0597	0.0594
chr3R	25078592	25079092	chr3R:25078593-25079092	distal	distal	none	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1083	0.1052	0.1419	0.0748	0.0117	0.2112	0.0536	0.1619	0.0117	0.1479	0.172	0.1479	0.1185	0.1187	0.0787	0.1187	0.0922
chr3R	25079668	25079884	chr3R:25079669-25079884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.118	0.1033	0.1651	0.0826	0.0339	0.1786	0.0619	0.1692	0.0339	0.2579	0.155	0.2579	0.0984	0.1126	0.0819	0.1126	0.0896
chr3R	25080581	25080773	chr3R:25080582-25080773	distal	distal	none	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.0963	0.1206	0.0707	0.0392	0.151	0.0766	0.1452	0.0392	0.1304	0.1421	0.1304	0.11	0.0904	0.0935	0.0904	0.0808
chr3R	25080939	25081197	chr3R:25080940-25081197	FBgn0003525	stg	stage11,stage14,stage5	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2502	0.2393	0.3284	0.1764	0.1845	0.3437	0.1994	0.3391	0.1845	0.3979	0.3788	0.3979	0.2843	0.2144	0.2257	0.2144	0.2236
chr3R	25081431	25081608	chr3R:25081432-25081608	FBgn0003525	stg	stage14	none	stg_STG6.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0666	0.0434	0.0736	0.0848	0.0074	0.0655	0.0337	0.0786	0.0074	0.0827	0.0974	0.0827	0.0682	0.0972	0.0974	0.0972	0.1496
chr3R	25083653	25083886	chr3R:25083654-25083886	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	stg_b-E4.9	stg_b-E4.9	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0996	0.1419	0.1316	0.0171	0.0509	0.2291	0.0843	0.2572	0.0509	0.1999	0.1592	0.1999	0.0418	0.013	0.0251	0.013	0.0099
chr3R	25084016	25084167	chr3R:25084017-25084167	distal	distal	stage5	stage5	stg_b-E4.9	stg_b-E4.9	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0663	0.1002	0.0816	0.0117	0.0201	0.1748	0.0394	0.2079	0.0201	0.1359	0.0942	0.1359	0.0287	0.0115	0.0161	0.0115	0.0125
chr3R	25085009	25085200	chr3R:25085010-25085200	distal	distal	none	none	stg_b-E4.9	stg_b-E4.9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.038	0.0412	0.0416	0.0117	0.0573	0.0381	0.0513	0.0117	0.0332	0.0447	0.0332	0.0658	0.023	0.0187	0.023	0.1016
chr3R	25086073	25086224	chr3R:25086074-25086224	distal	distal	none	none	stg_b-E4.9	stg_b-E4.9	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0518	0.0201	0.0085	0.0127	0.0961	0.0242	0.0933	0.0127	0.0272	0.0199	0.0272	0.017	0.0107	0.009	0.0107	0.012
chr3R	25088417	25088569	chr3R:25088418-25088569	distal	distal	none	none	VT49279.1	VT49279.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0589	0.0362	0.0085	0.0339	0.0947	0.0441	0.0866	0.0339	0.0308	0.055	0.0308	0.0147	0.0061	0.0168	0.0061	0.0073
chr3R	25088869	25089060	chr3R:25088870-25089060	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT49279.1,stg_HZ-BEa1.2	VT49279.1,stg_HZ-BEa1.2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0923	0.128	0.1183	0.024	0.105	0.1311	0.1215	0.2312	0.105	0.1051	0.2045	0.1051	0.0387	0.0207	0.069	0.0207	0.012
chr3R	25089211	25089496	chr3R:25089212-25089496	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT49279.1,stg_HZ-BEa1.2	VT49279.1,stg_HZ-BEa1.2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1263	0.162	0.1633	0.0457	0.1198	0.1612	0.1518	0.3098	0.1198	0.154	0.2791	0.154	0.0573	0.0383	0.1348	0.0383	0.0193
chr3R	25090150	25090332	chr3R:25090151-25090332	distal	distal	none	none	VT49279.1,VT49280.1	VT49279.1,VT49280.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.034	0.046	0.0407	0.0134	0.0339	0.0519	0.0506	0.0706	0.0339	0.0284	0.0405	0.0284	0.0077	0.0061	0.0077	0.0061	0.0073
chr3R	25090527	25090678	chr3R:25090528-25090678	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT49279.1,VT49280.1,stg_CRM1	VT49279.1,VT49280.1,stg_CRM1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0369	0.0351	0.0464	0.0283	0.0233	0.05	0.029	0.056	0.0233	0.0193	0.0305	0.0193	0.0101	0.0069	0.0071	0.0069	0.0052
chr3R	25090750	25090930	chr3R:25090751-25090930	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT49280.1,stg_CRM1	VT49280.1,stg_CRM1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0448	0.0239	0.0607	0.0508	0.0138	0.0354	0.0247	0.03	0.0138	0.0205	0.0312	0.0205	0.024	0.0092	0.0206	0.0092	0.0162
chr3R	25091136	25091296	chr3R:25091137-25091296	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT49280.1,stg_CRM1	VT49280.1,stg_CRM1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0414	0.0208	0.0585	0.0457	0.0127	0.0301	0.0208	0.0247	0.0127	0.026	0.0322	0.026	0.0225	0.0107	0.0097	0.0107	0.0182
chr3R	25092009	25092160	chr3R:25092010-25092160	distal	distal	none	none	VT49280.1,VT49281.1	VT49280.1,VT49281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0303	0.0326	0.0099	0.0042	0.0393	0.0225	0.066	0.0042	0.0296	0.0283	0.0296	0.007	0.0054	0.0064	0.0054	0.0047
chr3R	25092624	25092775	chr3R:25092625-25092775	distal	distal	none	none	VT49281.1	VT49281.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0258	0.0223	0.0442	0.0096	0.0064	0.033	0.0212	0.0333	0.0064	0.0622	0.0405	0.0622	0.0232	0.0061	0.0052	0.0061	0.0089
chr3R	25093320	25093471	chr3R:25093321-25093471	distal	distal	none	none	VT49281.1	VT49281.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0204	0.0152	0.0278	0.0182	0.0106	0.0257	0.0156	0.0133	0.0106	0.0284	0.0232	0.0284	0.0457	0.023	0.0142	0.023	0.0328
chr3R	25093802	25093971	chr3R:25093803-25093971	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT49281.1,VT49282.1	VT49281.1,VT49282.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0479	0.0178	0.0693	0.0581	0.0074	0.0311	0.0199	0.0167	0.0074	0.1075	0.0421	0.1075	0.1232	0.075	0.02	0.075	0.1251
chr3R	25094029	25094234	chr3R:25094030-25094234	distal	distal	none	none	VT49281.1,VT49282.1	VT49281.1,VT49282.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0428	0.0122	0.0711	0.0461	0.0021	0.0272	0.0078	0.012	0.0021	0.1063	0.0534	0.1063	0.1061	0.0551	0.029	0.0551	0.0834
chr3R	25096916	25097067	chr3R:25096917-25097067	distal	distal	stage11	stage11	stg_b-E2.6	stg_b-E2.6	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0132	0.016	0.018	0.0049	0.0074	0.018	0.0182	0.0247	0.0074	0.0085	0.0167	0.0085	0.0108	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chr3R	25097657	25097808	chr3R:25097658-25097808	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0173	0.0143	0.0254	0.0117	0.0032	0.017	0.0225	0.0147	0.0032	0.0139	0.019	0.0139	0.0287	0.0038	0.0084	0.0038	0.0167
chr3R	25098687	25098838	chr3R:25098688-25098838	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0182	0.0116	0.0316	0.0109	0.0032	0.0184	0.0112	0.016	0.0032	0.0405	0.0421	0.0405	0.0132	0.0138	0.0116	0.0138	0.0099
chr3R	25099069	25099220	chr3R:25099070-25099220	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0206	0.0174	0.0332	0.0103	0.0021	0.0291	0.0212	0.0173	0.0021	0.0543	0.035	0.0543	0.0132	0.01	0.0084	0.01	0.0083
chr3R	25099311	25099565	chr3R:25099312-25099565	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0555	0.0543	0.0841	0.0255	0.0011	0.1131	0.0389	0.0633	0.0011	0.1926	0.0592	0.1926	0.031	0.0329	0.0226	0.0329	0.0182
chr3R	25099943	25100125	chr3R:25099944-25100125	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0269	0.0179	0.0373	0.0255	0.0064	0.0316	0.0182	0.0187	0.0064	0.0682	0.0347	0.0682	0.0248	0.0115	0.029	0.0115	0.049
chr3R	25100153	25100370	chr3R:25100154-25100370	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0357	0.0176	0.0385	0.0531	0.0053	0.0316	0.0199	0.016	0.0053	0.0628	0.0412	0.0628	0.0333	0.0222	0.0413	0.0222	0.1344
chr3R	25100554	25100788	chr3R:25100555-25100788	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0321	0.0142	0.0315	0.0529	0.0074	0.0223	0.0143	0.0167	0.0074	0.0386	0.0373	0.0386	0.0263	0.0329	0.0477	0.0329	0.1251
chr3R	25100894	25101045	chr3R:25100895-25101045	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0235	0.0121	0.028	0.0313	0.0064	0.0155	0.0138	0.016	0.0064	0.026	0.036	0.026	0.031	0.0214	0.04	0.0214	0.0625
chr3R	25101270	25101421	chr3R:25101271-25101421	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.019	0.013	0.0235	0.0207	0.0032	0.018	0.0177	0.0147	0.0032	0.0236	0.0286	0.0236	0.0194	0.0153	0.0393	0.0153	0.0266
chr3R	25102398	25102549	chr3R:25102399-25102549	distal	distal	none	none	stg_b-E5.3	stg_b-E5.3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0152	0.0093	0.0221	0.0143	0.0011	0.0131	0.0082	0.016	0.0011	0.0598	0.0125	0.0598	0.0178	0.0413	0.0097	0.0413	0.013
chr3R	25104957	25105108	chr3R:25104958-25105108	distal	distal	none	none	stg_b-E6.7	stg_b-E6.7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0172	0.0221	0.0173	0.0116	0.0085	0.0398	0.0169	0.028	0.0085	0.029	0.0164	0.029	0.0132	0.0237	0.0103	0.0237	0.0135
chr3R	25105736	25105887	chr3R:25105737-25105887	distal	distal	none	none	stg_b-E6.7	stg_b-E6.7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0274	0.0298	0.033	0.0187	0.0106	0.0563	0.0212	0.0386	0.0106	0.038	0.0408	0.038	0.0318	0.0391	0.0219	0.0391	0.0182
chr3R	25106272	25106482	chr3R:25106273-25106482	distal	distal	none	none	stg_b-E6.7	stg_b-E6.7	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0449	0.0192	0.056	0.0616	0.0074	0.0345	0.0182	0.02	0.0074	0.0918	0.0553	0.0918	0.0612	0.098	0.0613	0.098	0.0985
chr3R	25106687	25106895	chr3R:25106688-25106895	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	stg_b-E6.7	stg_b-E6.7	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0697	0.0208	0.0977	0.0937	0.0021	0.0432	0.0208	0.016	0.0021	0.1522	0.1151	0.1522	0.0984	0.1294	0.0961	0.1294	0.1615
chr3R	25107037	25107269	chr3R:25107038-25107269	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	stg_b-E6.7	stg_b-E6.7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0973	0.031	0.1538	0.1093	0.0042	0.0602	0.0238	0.0406	0.0042	0.2802	0.1884	0.2802	0.072	0.2412	0.1244	0.2412	0.112
chr3R	25111771	25111945	chr3R:25111772-25111945	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0436	0.0703	0.0462	0.011	0.0159	0.1068	0.0363	0.1492	0.0159	0.0483	0.0765	0.0483	0.0201	0.0138	0.0129	0.0138	0.0094
chr3R	25112056	25112207	chr3R:25112057-25112207	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0447	0.0479	0.0687	0.0148	0.0074	0.0563	0.0255	0.1266	0.0074	0.0513	0.1277	0.0513	0.0209	0.0199	0.0232	0.0199	0.0156
chr3R	25113277	25113471	chr3R:25113278-25113471	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1666	0.0643	0.2632	0.1748	0.0053	0.1602	0.0247	0.0693	0.0053	0.3406	0.2836	0.3406	0.2889	0.2343	0.1825	0.2343	0.1959
chr3R	25113827	25114055	chr3R:25113828-25114055	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0302	0.1003	0.1024	0.0064	0.0578	0.0186	0.044	0.0064	0.1298	0.0942	0.1298	0.1565	0.1531	0.0838	0.1531	0.1782
chr3R	25115021	25115231	chr3R:25115022-25115231	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0579	0.0857	0.0689	0.0148	0.0244	0.1403	0.0454	0.1659	0.0244	0.1184	0.0746	0.1184	0.0581	0.0214	0.0142	0.0214	0.0188
chr3R	25115306	25115527	chr3R:25115307-25115527	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0493	0.0744	0.0582	0.0116	0.0159	0.1447	0.032	0.1259	0.0159	0.1021	0.0627	0.1021	0.0496	0.0153	0.009	0.0153	0.0182
chr3R	25116275	25116426	chr3R:25116276-25116426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0347	0.0315	0.0551	0.0159	0.0011	0.0617	0.0298	0.0313	0.0011	0.0386	0.0434	0.0386	0.1627	0.0168	0.0135	0.0168	0.0281
chr3R	25117004	25117157	chr3R:25117005-25117157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0357	0.0213	0.0482	0.0379	0.0042	0.0451	0.0173	0.0187	0.0042	0.0308	0.0437	0.0308	0.1286	0.0184	0.0181	0.0184	0.1021
chr3R	25118032	25118351	chr3R:25118033-25118351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0606	0.0656	0.0897	0.023	0.0414	0.0626	0.0826	0.1066	0.0414	0.0513	0.1556	0.0513	0.0635	0.0153	0.0413	0.0153	0.0255
chr3R	25118417	25118568	chr3R:25118418-25118568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0273	0.0345	0.0396	0.0058	0.0095	0.0403	0.029	0.0726	0.0095	0.0236	0.0704	0.0236	0.0217	0.0038	0.009	0.0038	0.0057
chr3R	25119357	25119528	chr3R:25119358-25119528	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0455	0.0776	0.0435	0.0118	0.0403	0.1073	0.0601	0.1379	0.0403	0.064	0.0527	0.064	0.024	0.013	0.0129	0.013	0.0083
chr3R	25120033	25120261	chr3R:25120034-25120261	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0398	0.0555	0.049	0.0121	0.0297	0.0782	0.0437	0.0953	0.0297	0.0471	0.0614	0.0471	0.0178	0.0115	0.0129	0.0115	0.0083
chr3R	25120426	25120671	chr3R:25120427-25120671	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0402	0.048	0.0609	0.0089	0.0255	0.0481	0.0562	0.0799	0.0255	0.0332	0.1135	0.0332	0.0225	0.0077	0.0129	0.0077	0.0068
chr3R	25121022	25121173	chr3R:25121023-25121173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0253	0.0206	0.047	0.007	0.0053	0.0282	0.0212	0.0333	0.0053	0.0205	0.0952	0.0205	0.0139	0.0054	0.0142	0.0054	0.0052
chr3R	25123526	25123739	chr3R:25123527-25123739	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0337	0.0732	0.0193	0.0054	0.0636	0.0447	0.0874	0.1446	0.0636	0.0066	0.0312	0.0066	0.0147	0.0069	0.0077	0.0069	0.0052
chr3R	25123903	25124200	chr3R:25123904-25124200	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0669	0.0346	0.0114	0.052	0.0558	0.077	0.1219	0.052	0.029	0.0489	0.029	0.0186	0.0092	0.0161	0.0092	0.0068
chr3R	25124824	25125238	chr3R:25124825-25125238	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0684	0.0442	0.1004	0.0604	0.0148	0.0607	0.0532	0.0526	0.0148	0.0525	0.1656	0.0525	0.0736	0.0467	0.1431	0.0467	0.0234
chr3R	25125456	25125607	chr3R:25125457-25125607	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0637	0.0294	0.1183	0.0421	0.0085	0.051	0.0216	0.0433	0.0085	0.0676	0.2148	0.0676	0.0798	0.0329	0.1225	0.0329	0.0156
chr3R	25125632	25125863	chr3R:25125633-25125863	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0892	0.0403	0.1643	0.0616	0.0159	0.0723	0.0294	0.0546	0.0159	0.1322	0.2675	0.1322	0.1441	0.0636	0.176	0.0636	0.0234
chr3R	25126068	25126430	chr3R:25126069-25126430	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0882	0.0416	0.1602	0.0614	0.0106	0.0718	0.0385	0.0553	0.0106	0.0984	0.273	0.0984	0.1301	0.0436	0.1921	0.0436	0.0224
chr3R	25127383	25127553	chr3R:25127384-25127553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0409	0.0633	0.047	0.0092	0.0148	0.1184	0.0381	0.0986	0.0148	0.0507	0.0707	0.0507	0.0271	0.0054	0.0148	0.0054	0.0078
chr3R	25127622	25127773	chr3R:25127623-25127773	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0362	0.0598	0.0381	0.0078	0.0212	0.085	0.0454	0.1113	0.0212	0.0405	0.0563	0.0405	0.0217	0.0054	0.0135	0.0054	0.0078
chr3R	25128456	25128607	chr3R:25128457-25128607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0444	0.0249	0.0086	0.0403	0.0461	0.0536	0.062	0.0403	0.0175	0.037	0.0175	0.0194	0.0069	0.0135	0.0069	0.0063
chr3R	25129907	25130255	chr3R:25129908-25130255	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1601	0.1793	0.2339	0.0578	0.1082	0.1782	0.1713	0.3504	0.1082	0.1347	0.4158	0.1347	0.1766	0.026	0.1941	0.026	0.0193
chr3R	25130810	25130961	chr3R:25130811-25130961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0386	0.0358	0.0645	0.0132	0.0138	0.0602	0.0277	0.0506	0.0138	0.0519	0.118	0.0519	0.0178	0.0092	0.038	0.0092	0.0083
chr3R	25131178	25131329	chr3R:25131179-25131329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0346	0.0505	0.0451	0.0053	0.018	0.0971	0.0368	0.06	0.018	0.0761	0.0614	0.0761	0.0108	0.0038	0.0135	0.0038	0.0031
chr3R	25131332	25131483	chr3R:25131333-25131483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0351	0.0508	0.0462	0.0054	0.0201	0.1087	0.035	0.0486	0.0201	0.0918	0.0543	0.0918	0.0163	0.0031	0.0123	0.0031	0.0026
chr3R	25132216	25132367	chr3R:25132217-25132367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0356	0.0548	0.0433	0.0057	0.0191	0.0752	0.0471	0.0933	0.0191	0.0471	0.0711	0.0471	0.0178	0.0077	0.0129	0.0077	0.0016
chr3R	25132721	25133041	chr3R:25132722-25133041	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0512	0.1134	0.0303	0.0047	0.0488	0.1121	0.0861	0.2658	0.0488	0.0248	0.0495	0.0248	0.0124	0.0046	0.0052	0.0046	0.0031
chr3R	25133431	25133594	chr3R:25133432-25133594	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0451	0.0845	0.0415	0.005	0.052	0.0704	0.0904	0.1659	0.052	0.0531	0.0576	0.0531	0.0178	0.0046	0.0077	0.0046	0.0026
chr3R	25133705	25133856	chr3R:25133706-25133856	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0626	0.0515	0.0117	0.0244	0.0825	0.0562	0.1066	0.0244	0.0773	0.064	0.0773	0.0232	0.0161	0.0187	0.0161	0.0099
chr3R	25134741	25135037	chr3R:25134742-25135037	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0626	0.095	0.065	0.0238	0.0265	0.2005	0.061	0.1066	0.0265	0.0797	0.0592	0.0797	0.0186	0.0077	0.0219	0.0077	0.0109
chr3R	25135240	25135567	chr3R:25135241-25135567	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0678	0.0578	0.1109	0.0318	0.0159	0.115	0.0376	0.074	0.0159	0.1153	0.1534	0.1153	0.0372	0.0153	0.0554	0.0153	0.0151
chr3R	25136029	25136203	chr3R:25136030-25136203	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0456	0.0434	0.0718	0.0192	0.0127	0.0704	0.0402	0.0586	0.0127	0.0393	0.1309	0.0393	0.0318	0.013	0.0361	0.013	0.0115
chr3R	25138226	25138377	chr3R:25138227-25138377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0207	0.0229	0.0249	0.0135	0.0095	0.0398	0.0251	0.0207	0.0095	0.0199	0.0334	0.0199	0.0139	0.0077	0.0226	0.0077	0.0099
chr3R	25138628	25138792	chr3R:25138629-25138792	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0505	0.0738	0.0522	0.0226	0.0488	0.0937	0.0787	0.1053	0.0488	0.0411	0.0682	0.0411	0.0271	0.0123	0.0181	0.0123	0.0083
chr3R	25138932	25139117	chr3R:25138933-25139117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.057	0.069	0.0518	0.0493	0.0488	0.0883	0.0813	0.0826	0.0488	0.0562	0.0579	0.0562	0.0449	0.0467	0.0445	0.0467	0.049
chr3R	25139609	25139760	chr3R:25139610-25139760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0197	0.0246	0.0262	0.0053	0.0209	0.0277	0.0273	0.0053	0.0217	0.028	0.0217	0.0287	0.0191	0.0135	0.0191	0.0219
chr3R	25139870	25140021	chr3R:25139871-25140021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0181	0.0225	0.022	0.0053	0.0218	0.0251	0.0227	0.0053	0.0217	0.0222	0.0217	0.0256	0.0153	0.0161	0.0153	0.0214
chr3R	25141273	25141456	chr3R:25141274-25141456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0439	0.0383	0.0487	0.0286	0.0558	0.0489	0.0613	0.0286	0.0441	0.0331	0.0441	0.0496	0.0636	0.0264	0.0636	0.0688
chr3R	25142136	25142317	chr3R:25142137-25142317	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0338	0.0521	0.0299	0.0177	0.0318	0.0364	0.0753	0.0853	0.0318	0.0302	0.0331	0.0302	0.0356	0.0123	0.0148	0.0123	0.024
chr3R	25143615	25143767	chr3R:25143616-25143767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.03	0.0212	0.034	0.0355	0.0117	0.0233	0.029	0.0253	0.0117	0.0417	0.0283	0.0417	0.0403	0.0214	0.0135	0.0214	0.0563
chr3R	25144338	25144521	chr3R:25144339-25144521	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.046	0.0283	0.0551	0.056	0.0117	0.0374	0.0303	0.0426	0.0117	0.0483	0.0556	0.0483	0.0945	0.0459	0.0535	0.0459	0.0969
chr3R	25144636	25144925	chr3R:25144637-25144925	FBgn0015622	Cnx99A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0572	0.036	0.0702	0.0667	0.0085	0.05	0.0394	0.0533	0.0085	0.067	0.0723	0.067	0.1053	0.0559	0.0716	0.0559	0.099
chr3R	25145009	25145160	chr3R:25145010-25145160	FBgn0015622	Cnx99A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0889	0.071	0.1084	0.0876	0.0318	0.0947	0.0804	0.0979	0.0318	0.1141	0.1177	0.1141	0.11	0.0842	0.0903	0.0842	0.1079
chr3R	25145269	25145440	chr3R:25145270-25145440	FBgn0015622	Cnx99A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2033	0.1783	0.2459	0.1845	0.1092	0.2282	0.2029	0.2285	0.1092	0.2868	0.2659	0.2868	0.2486	0.2021	0.1941	0.2021	0.222
chr3R	25145844	25146031	chr3R:25145845-25146031	FBgn0015622	Cnx99A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1263	0.115	0.1519	0.1107	0.0541	0.149	0.1319	0.1499	0.0541	0.1679	0.1749	0.1679	0.141	0.1256	0.1225	0.1256	0.1324
chr3R	25166021	25166172	chr3R:25166022-25166172	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0056	0.0053	0.0071	0.0011	0.0058	0.0104	0.004	0.0011	0.0072	0.0045	0.0072	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr3R	25169851	25170002	chr3R:25169852-25170002	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0051	0.0056	0.0117	0.0011	0.0044	0.0095	0.006	0.0011	0.0024	0.0048	0.0024	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.0016
chr3R	25170315	25170466	chr3R:25170316-25170466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0065	0.0088	0.0164	0.0021	0.0058	0.0104	0.008	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0077	0.0015	0.0058	0.0015	0.0031
chr3R	25170534	25170685	chr3R:25170535-25170685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.008	0.011	0.0196	0.0011	0.0058	0.0143	0.0113	0.0011	0.0091	0.0074	0.0091	0.0054	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr3R	25171359	25171545	chr3R:25171360-25171545	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0327	0.0311	0.0224	0.0212	0.0364	0.0458	0.0346	0.0212	0.0308	0.0334	0.0308	0.0279	0.0061	0.011	0.0061	0.0109
chr3R	25171657	25171844	chr3R:25171658-25171844	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0909	0.1082	0.1009	0.0606	0.0785	0.1233	0.1267	0.1406	0.0785	0.0815	0.1267	0.0815	0.079	0.0199	0.0554	0.0199	0.037
chr3R	25171925	25172104	chr3R:25171926-25172104	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.038	0.0399	0.0451	0.0283	0.0265	0.0388	0.0484	0.0626	0.0265	0.0278	0.0595	0.0278	0.0403	0.013	0.0342	0.013	0.0151
chr3R	25176991	25177142	chr3R:25176992-25177142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0111	0.0072	0.0097	0.0074	0.0092	0.0225	0.0073	0.0074	0.0079	0.0058	0.0079	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0057
chr3R	25177259	25177410	chr3R:25177260-25177410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0072	0.0057	0.0116	0.0064	0.0049	0.0138	0.0047	0.0064	0.0054	0.0058	0.0054	0.0054	0.0061	0.0026	0.0061	0.0047
chr3R	25179401	25179552	chr3R:25179402-25179552	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0086	0.0075	0.0076	0.0109	0.0021	0.0039	0.0156	0.008	0.0021	0.0085	0.0071	0.0085	0.007	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chr3R	25198228	25198401	chr3R:25198229-25198401	distal	distal	stage14	stage14	VT49340.1	VT49340.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0115	0.0246	0.022	0.0053	0.0131	0.0186	0.0107	0.0053	0.0091	0.0129	0.0091	0.007	0.0046	0.0045	0.0046	0.0063
chr3R	25198743	25198911	chr3R:25198744-25198911	distal	distal	stage11	stage11	VT49340.1,VT49341.1	VT49340.1,VT49341.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0136	0.0282	0.021	0.0064	0.0126	0.0242	0.0133	0.0064	0.0109	0.0138	0.0109	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0047
chr3R	25200146	25200344	chr3R:25200147-25200344	distal	distal	none	none	VT49341.1	VT49341.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0136	0.0208	0.0269	0.0042	0.016	0.0221	0.012	0.0042	0.0072	0.009	0.0072	0.0046	0.0031	0.0045	0.0031	0.0068
chr3R	25200452	25200603	chr3R:25200453-25200603	distal	distal	none	none	VT49341.1	VT49341.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0098	0.0176	0.0221	0.0053	0.0092	0.016	0.01	0.0053	0.0085	0.0106	0.0085	0.0046	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr3R	25201492	25201664	chr3R:25201493-25201664	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.0227	0.039	0.0313	0.0074	0.0199	0.0337	0.0326	0.0074	0.0181	0.019	0.0181	0.0039	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr3R	25201956	25202107	chr3R:25201957-25202107	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.037	0.0288	0.0287	0.0233	0.0456	0.0471	0.0393	0.0233	0.0308	0.0286	0.0308	0.0178	0.0191	0.0219	0.0191	0.0234
chr3R	25202215	25202405	chr3R:25202216-25202405	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0899	0.0928	0.1075	0.0674	0.0562	0.115	0.0999	0.1299	0.0562	0.1008	0.1305	0.1008	0.0813	0.0475	0.06	0.0475	0.0599
chr3R	25202424	25202637	chr3R:25202425-25202637	FBgn0004369	Ptp99A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0669	0.0633	0.0819	0.0546	0.0329	0.0767	0.067	0.0959	0.0329	0.067	0.1	0.067	0.0635	0.0291	0.0458	0.0291	0.0453
chr3R	25202940	25203254	chr3R:25202941-25203254	FBgn0004369	Ptp99A	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0568	0.0424	0.0556	0.0744	0.0244	0.0447	0.0562	0.0506	0.0244	0.0489	0.0453	0.0489	0.0356	0.01	0.0135	0.01	0.0245
chr3R	25235454	25235605	chr3R:25235455-25235605	distal	distal	none	none	VT49360.1,VT49361.1	VT49360.1,VT49361.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0076	0.0059	0.007	0.0103	0.0032	0.0039	0.0125	0.004	0.0032	0.0066	0.0055	0.0066	0.0085	0.0023	0.0019	0.0023	0.0063
chr3R	25238488	25238639	chr3R:25238489-25238639	distal	distal	stage14	stage14	VT49363.1	VT49363.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0079	0.0074	0.0092	0.0053	0.0049	0.0138	0.0073	0.0053	0.0109	0.0077	0.0109	0.0054	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr3R	25238905	25239056	chr3R:25238906-25239056	distal	distal	stage14	stage14	VT49363.1	VT49363.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0136	0.008	0.0153	0.0106	0.0112	0.0212	0.0167	0.0106	0.0072	0.0055	0.0072	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr3R	25240321	25240472	chr3R:25240322-25240472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.008	0.0128	0.0155	0.0053	0.0053	0.0151	0.0073	0.0053	0.0109	0.0064	0.0109	0.0046	0.0023	0.0045	0.0023	0.0104
chr3R	25240491	25240759	chr3R:25240492-25240759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0103	0.0145	0.0188	0.0042	0.0068	0.0203	0.0107	0.0042	0.0085	0.0106	0.0085	0.007	0.0023	0.0045	0.0023	0.0115
chr3R	25282154	25282305	chr3R:25282155-25282305	distal	distal	stage5	stage5	VT49388.1	VT49388.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.019	0.0313	0.0161	0.0085	0.0127	0.0209	0.0653	0.0253	0.0127	0.0151	0.0177	0.0151	0.0147	0.0054	0.0052	0.0054	0.0078
chr3R	25282408	25282559	chr3R:25282409-25282559	distal	distal	stage5	stage5	VT49388.1	VT49388.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0222	0.0369	0.0193	0.0091	0.0297	0.0243	0.0701	0.0326	0.0297	0.0223	0.0199	0.0223	0.0201	0.0077	0.0097	0.0077	0.0063
chr3R	25283130	25283325	chr3R:25283131-25283325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT49388.1	VT49388.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2117	0.1928	0.2546	0.1856	0.122	0.2515	0.2054	0.2572	0.122	0.3176	0.2833	0.3176	0.227	0.1991	0.1908	0.1991	0.2084
chr3R	25283443	25283645	chr3R:25283444-25283645	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT49388.1	VT49388.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.0902	0.1226	0.0866	0.0456	0.1141	0.0956	0.1346	0.0456	0.1407	0.1486	0.1407	0.0767	0.0888	0.0986	0.0888	0.0834
chr3R	25283786	25284009	chr3R:25283787-25284009	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT49388.1,VT49389.1	VT49388.1,VT49389.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.135	0.1415	0.1484	0.1132	0.1007	0.1544	0.1657	0.2012	0.1007	0.1504	0.1765	0.1504	0.1332	0.0819	0.1309	0.0819	0.1016
chr3R	25284234	25284439	chr3R:25284235-25284439	distal	distal	none	none	VT49388.1,VT49389.1	VT49388.1,VT49389.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0575	0.0562	0.0581	0.0582	0.0308	0.0655	0.0644	0.0813	0.0308	0.064	0.0563	0.064	0.0449	0.0138	0.0309	0.0138	0.0334
chr3R	25284701	25284852	chr3R:25284702-25284852	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT49389.1	VT49389.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0297	0.026	0.0343	0.0288	0.0064	0.0417	0.0242	0.036	0.0064	0.0592	0.0344	0.0592	0.0364	0.0413	0.0226	0.0413	0.0287
chr3R	25285388	25285552	chr3R:25285389-25285552	distal	distal	stage5	stage5	VT49389.1	VT49389.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0497	0.0241	0.0227	0.0127	0.0917	0.0337	0.0733	0.0127	0.0362	0.0248	0.0362	0.0217	0.0276	0.0245	0.0276	0.0234
chr3R	25285565	25285716	chr3R:25285566-25285716	distal	distal	none	none	VT49389.1	VT49389.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0288	0.0411	0.0258	0.0184	0.0106	0.082	0.029	0.0513	0.0106	0.0568	0.0174	0.0568	0.0194	0.0299	0.0206	0.0299	0.0177
chr3R	25285826	25286007	chr3R:25285827-25286007	distal	distal	none	none	VT49389.1	VT49389.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0364	0.0314	0.0429	0.0348	0.0085	0.0655	0.0264	0.0286	0.0085	0.1087	0.0232	0.1087	0.0434	0.072	0.0232	0.072	0.0386
chr3R	25286844	25286995	chr3R:25286845-25286995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0229	0.027	0.0206	0.0209	0.0042	0.0558	0.0255	0.0227	0.0042	0.0308	0.0177	0.0308	0.0155	0.0345	0.011	0.0345	0.0125
chr3R	25292524	25292675	chr3R:25292525-25292675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.016	0.0123	0.0135	0.0228	0.0021	0.0248	0.0121	0.01	0.0021	0.0187	0.0122	0.0187	0.0132	0.01	0.0064	0.01	0.0115
chr3R	25295641	25295792	chr3R:25295642-25295792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0101	0.0108	0.0125	0	0.0117	0.0156	0.0127	0	0.0121	0.0113	0.0121	0.0054	0.0038	0.0045	0.0038	0.0068
chr3R	25296306	25296457	chr3R:25296307-25296457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0113	0.0114	0.0081	0.0021	0.017	0.016	0.0107	0.0021	0.0121	0.0129	0.0121	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chr3R	25302180	25302331	chr3R:25302181-25302331	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0118	0.012	0.0108	0.0128	0.0074	0.015	0.0156	0.0133	0.0074	0.0109	0.0145	0.0109	0.0108	0.036	0.0052	0.036	0.0047
chr3R	25304932	25305136	chr3R:25304933-25305136	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0126	0.0156	0.0539	0.0011	0.016	0.0199	0.012	0.0011	0.0091	0.0161	0.0091	0.0325	0.0398	0.0309	0.0398	0.1381
chr3R	25305624	25305775	chr3R:25305625-25305775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.017	0.0135	0.0152	0.0228	0.0074	0.015	0.0186	0.0167	0.0074	0.0187	0.0132	0.0187	0.024	0.0191	0.0155	0.0191	0.0495
chr3R	25309943	25310094	chr3R:25309944-25310094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.015	0.0236	0.0126	0.0082	0.0127	0.0218	0.0415	0.0207	0.0127	0.0133	0.0145	0.0133	0.007	0.0061	0.0097	0.0061	0.0094
chr3R	25314686	25314837	chr3R:25314687-25314837	FBgn0039663,FBgn0039664	CG2006,CG2321	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0494	0.0422	0.0645	0.0409	0.0212	0.0519	0.0515	0.0586	0.0212	0.0785	0.0711	0.0785	0.0604	0.0322	0.0368	0.0322	0.0464
chr3R	25314996	25315189	chr3R:25314997-25315189	FBgn0039663,FBgn0039664	CG2006,CG2321	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1666	0.15	0.1958	0.1529	0.1082	0.1883	0.1618	0.2052	0.1082	0.2518	0.2055	0.2518	0.1797	0.1417	0.1715	0.1417	0.1829
chr3R	25315336	25315487	chr3R:25315337-25315487	FBgn0039663,FBgn0039664	CG2006,CG2321	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0552	0.086	0.0511	0.0286	0.0748	0.0536	0.0819	0.0286	0.1159	0.091	0.1159	0.0829	0.0498	0.0587	0.0498	0.0646
chr3R	25316531	25316702	chr3R:25316532-25316702	FBgn0040623	Spase12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.0785	0.1048	0.0742	0.0498	0.0927	0.0917	0.1066	0.0498	0.131	0.1161	0.131	0.0945	0.0727	0.0832	0.0727	0.0969
chr3R	25316762	25316946	chr3R:25316763-25316946	FBgn0040623	Spase12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1367	0.1262	0.1637	0.1188	0.0965	0.1539	0.144	0.1619	0.0965	0.2138	0.1807	0.2138	0.151	0.1225	0.1135	0.1225	0.1553
chr3R	25318826	25319033	chr3R:25318827-25319033	FBgn0039665	CG2310	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.168	0.1586	0.2164	0.1255	0.1092	0.1961	0.1639	0.2305	0.1092	0.256	0.2585	0.256	0.2161	0.1746	0.1857	0.1746	0.1423
chr3R	25319117	25319294	chr3R:25319118-25319294	FBgn0039665,FBgn0039666	CG2310,Diedel	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2211	0.1922	0.2907	0.1771	0.1294	0.2456	0.2076	0.2632	0.1294	0.349	0.336	0.349	0.2951	0.2435	0.2386	0.2435	0.2293
chr3R	25321489	25321640	chr3R:25321490-25321640	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0351	0.034	0.0354	0.0361	0.0106	0.0432	0.0471	0.038	0.0106	0.0646	0.0338	0.0646	0.0287	0.098	0.0309	0.098	0.025
chr3R	25322121	25322273	chr3R:25322122-25322273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0355	0.0214	0.0339	0.0529	0.0117	0.0301	0.0234	0.0273	0.0117	0.0851	0.0257	0.0851	0.0225	0.2006	0.0239	0.2006	0.0261
chr3R	25329208	25329391	chr3R:25329209-25329391	FBgn0039668	Trc8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1656	0.1234	0.2212	0.1518	0.0795	0.165	0.1254	0.1659	0.0795	0.276	0.2405	0.276	0.213	0.16	0.1586	0.16	0.1808
chr3R	25329578	25329753	chr3R:25329579-25329753	FBgn0039668	Trc8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1276	0.1067	0.1603	0.1152	0.0774	0.132	0.1168	0.1439	0.0774	0.2047	0.1817	0.2047	0.134	0.1156	0.1341	0.1156	0.1334
chr3R	25329859	25330010	chr3R:25329860-25330010	FBgn0039668	Trc8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0313	0.0313	0.0376	0.0245	0.0223	0.0316	0.0355	0.0506	0.0223	0.0501	0.0418	0.0501	0.0271	0.0253	0.0303	0.0253	0.0255
chr3R	25334932	25335132	chr3R:25334933-25335132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0111	0.0293	0.0148	0.0011	0.015	0.0143	0.0153	0.0011	0.0223	0.0505	0.0223	0.0116	0.0084	0.0426	0.0084	0.0094
chr3R	25335976	25336127	chr3R:25335977-25336127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0161	0.008	0.0217	0.0189	0.0021	0.0097	0.0112	0.0093	0.0021	0.0556	0.017	0.0556	0.007	0.0567	0.0168	0.0567	0.0146
chr3R	25336171	25336322	chr3R:25336172-25336322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0087	0.0268	0.0221	0.0021	0.0117	0.0099	0.0113	0.0021	0.0785	0.0154	0.0785	0.0108	0.0597	0.02	0.0597	0.0151
chr3R	25336488	25336749	chr3R:25336489-25336749	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0416	0.0196	0.0532	0.0536	0.0032	0.0282	0.0234	0.0247	0.0032	0.1467	0.0328	0.1467	0.0279	0.1577	0.0387	0.1577	0.0412
chr3R	25337143	25337467	chr3R:25337144-25337467	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0718	0.045	0.1187	0.0503	0.0074	0.0772	0.0355	0.066	0.0074	0.2639	0.0987	0.2639	0.038	0.1501	0.0322	0.1501	0.0375
chr3R	25338052	25338203	chr3R:25338053-25338203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0131	0.028	0.0201	0.0053	0.0184	0.0151	0.0147	0.0053	0.0393	0.037	0.0393	0.0217	0.0176	0.0484	0.0176	0.0156
chr3R	25338355	25338558	chr3R:25338356-25338558	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.014	0.0353	0.029	0.0064	0.0223	0.0173	0.0113	0.0064	0.0386	0.0527	0.0386	0.0194	0.0138	0.0896	0.0138	0.0182
chr3R	25342405	25342584	chr3R:25342406-25342584	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.032	0.0577	0.0322	0.0029	0.0339	0.051	0.0558	0.1226	0.0339	0.0465	0.0463	0.0465	0.0054	0.0038	0.0064	0.0038	0
chr3R	25342586	25342935	chr3R:25342587-25342935	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0472	0.0816	0.0494	0.0064	0.0467	0.0786	0.08	0.1606	0.0467	0.0489	0.081	0.0489	0.0093	0.0069	0.0123	0.0069	0.0047
chr3R	25343481	25343632	chr3R:25343482-25343632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0227	0.0207	0.0358	0.0107	0.0085	0.017	0.0285	0.0353	0.0085	0.0284	0.0547	0.0284	0.0147	0.0084	0.0174	0.0084	0.0099
chr3R	25343787	25343943	chr3R:25343788-25343943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0298	0.0199	0.0467	0.0224	0.0042	0.0204	0.0221	0.0393	0.0042	0.0296	0.0859	0.0296	0.0139	0.0268	0.0445	0.0268	0.0214
chr3R	25344097	25344248	chr3R:25344098-25344248	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0143	0.0307	0.0181	0.0095	0.0165	0.0199	0.0167	0.0095	0.0223	0.0559	0.0223	0.0108	0.0184	0.049	0.0184	0.0109
chr3R	25344253	25344404	chr3R:25344254-25344404	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0136	0.0292	0.0196	0.0085	0.016	0.0182	0.0147	0.0085	0.0175	0.054	0.0175	0.0077	0.0107	0.0651	0.0107	0.0083
chr3R	25346110	25346294	chr3R:25346111-25346294	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.047	0.049	0.0567	0.034	0.0223	0.051	0.0683	0.0686	0.0223	0.0543	0.0817	0.0543	0.0364	0.036	0.0567	0.036	0.0438
chr3R	25346474	25346712	chr3R:25346475-25346712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0456	0.0454	0.057	0.0334	0.0233	0.0437	0.0627	0.0653	0.0233	0.0507	0.0904	0.0507	0.0256	0.0436	0.0651	0.0436	0.0307
chr3R	25346719	25346919	chr3R:25346720-25346919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0344	0.0293	0.0462	0.0272	0.0127	0.0291	0.042	0.0406	0.0127	0.0399	0.0797	0.0399	0.0124	0.0513	0.0503	0.0513	0.0167
chr3R	25348207	25348358	chr3R:25348208-25348358	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0136	0.0299	0.0155	0.0074	0.018	0.0169	0.016	0.0074	0.0175	0.0585	0.0175	0.0077	0.0084	0.0471	0.0084	0.0109
chr3R	25348728	25348921	chr3R:25348729-25348921	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0433	0.0224	0.0746	0.0323	0.0064	0.0354	0.0238	0.028	0.0064	0.07	0.128	0.07	0.0263	0.0168	0.0935	0.0168	0.0255
chr3R	25349348	25349499	chr3R:25349349-25349499	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0131	0.0204	0.0145	0.0032	0.015	0.0156	0.022	0.0032	0.0175	0.0363	0.0175	0.007	0.0038	0.0387	0.0038	0.0156
chr3R	25349679	25349830	chr3R:25349680-25349830	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0219	0.0167	0.0306	0.0181	0.0074	0.0233	0.0177	0.0213	0.0074	0.0356	0.0489	0.0356	0.0093	0.0176	0.0413	0.0176	0.0141
chr3R	25349868	25350079	chr3R:25349869-25350079	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0324	0.0437	0.0322	0.0117	0.0437	0.0337	0.0473	0.0117	0.0646	0.0617	0.0646	0.0147	0.0544	0.0632	0.0544	0.0177
chr3R	25352405	25352567	chr3R:25352406-25352567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0135	0.0266	0.0259	0.0042	0.0126	0.0212	0.018	0.0042	0.0097	0.0486	0.0097	0.0139	0.0054	0.0935	0.0054	0.0078
chr3R	25357987	25358138	chr3R:25357988-25358138	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0098	0.025	0.0124	0.0042	0.0131	0.0151	0.0073	0.0042	0.0254	0.0434	0.0254	0.0093	0.0061	0.0342	0.0061	0.0089
chr3R	25358162	25358399	chr3R:25358163-25358399	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.016	0.0386	0.0162	0.0053	0.0194	0.0229	0.0173	0.0053	0.0362	0.0669	0.0362	0.0108	0.013	0.0451	0.013	0.0104
chr3R	25361904	25362118	chr3R:25361905-25362118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0171	0.0354	0.015	0.0085	0.0214	0.0199	0.0247	0.0085	0.0242	0.0611	0.0242	0.0163	0.0123	0.0361	0.0123	0.0135
chr3R	25365589	25365740	chr3R:25365590-25365740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0276	0.0237	0.0433	0.0148	0.0064	0.0364	0.0247	0.028	0.0064	0.0477	0.0505	0.0477	0.0139	0.0107	0.0129	0.0107	0.0135
chr3R	25366674	25367117	chr3R:25366675-25367117	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0848	0.0602	0.1552	0.035	0.0191	0.0903	0.0471	0.1053	0.0191	0.1721	0.1704	0.1721	0.0225	0.0184	0.0219	0.0184	0.0177
chr3R	25367407	25367639	chr3R:25367408-25367639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0514	0.0353	0.086	0.0313	0.0127	0.0442	0.035	0.0606	0.0127	0.0634	0.0759	0.0634	0.0186	0.0077	0.0168	0.0077	0.013
chr3R	25368339	25368568	chr3R:25368340-25368568	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0399	0.0378	0.066	0.0136	0.0074	0.0583	0.0402	0.0493	0.0074	0.1232	0.0759	0.1232	0.0124	0.01	0.0174	0.01	0.0188
chr3R	25369887	25370038	chr3R:25369888-25370038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0215	0.0202	0.0308	0.0127	0.0095	0.0248	0.0242	0.028	0.0095	0.0604	0.0289	0.0604	0.0139	0.0061	0.0064	0.0061	0.0292
chr3R	25370053	25370204	chr3R:25370054-25370204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0254	0.0196	0.036	0.0203	0.0106	0.0272	0.0212	0.0233	0.0106	0.0646	0.0363	0.0646	0.024	0.0145	0.0045	0.0145	0.0485
chr3R	25370392	25370601	chr3R:25370393-25370601	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0428	0.0277	0.0557	0.0455	0.0117	0.0379	0.0311	0.0353	0.0117	0.0882	0.0531	0.0882	0.0596	0.0245	0.0174	0.0245	0.1178
chr3R	25370942	25371302	chr3R:25370943-25371302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0518	0.0975	0.0357	0.0184	0.0795	0.0621	0.0926	0.2258	0.0795	0.0344	0.0469	0.0344	0.0163	0.0092	0.0168	0.0092	0.0349
chr3R	25372214	25372414	chr3R:25372215-25372414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0307	0.044	0.0339	0.0123	0.0148	0.0374	0.0545	0.0853	0.0148	0.0393	0.0463	0.0393	0.0132	0.0077	0.0142	0.0077	0.0172
chr3R	25373027	25373223	chr3R:25373028-25373223	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0467	0.0328	0.0782	0.0279	0.0127	0.0413	0.0329	0.0506	0.0127	0.0664	0.1305	0.0664	0.0341	0.0123	0.0464	0.0123	0.0427
chr3R	25373576	25373727	chr3R:25373577-25373727	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0358	0.058	0.0313	0.016	0.0201	0.0791	0.0316	0.1292	0.0201	0.029	0.0518	0.029	0.0062	0.0061	0.0374	0.0061	0.0135
chr3R	25373753	25374024	chr3R:25373754-25374024	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0567	0.1155	0.0376	0.0118	0.0403	0.1655	0.0593	0.2525	0.0403	0.0483	0.0511	0.0483	0.0124	0.0069	0.0213	0.0069	0.0099
chr3R	25376562	25376713	chr3R:25376563-25376713	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0093	0.0123	0.0185	0.0021	0.0131	0.0099	0.0127	0.0021	0.0127	0.0096	0.0127	0.007	0.0054	0.0032	0.0054	0.0047
chr3R	25377683	25377834	chr3R:25377684-25377834	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0228	0.0165	0.0261	0.0263	0.0053	0.0199	0.0182	0.026	0.0053	0.0187	0.0254	0.0187	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0073
chr3R	25378614	25378874	chr3R:25378615-25378874	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.069	0.0409	0.0886	0.0791	0.0233	0.0544	0.0463	0.0526	0.0233	0.0839	0.0531	0.0839	0.0194	0.0199	0.0251	0.0199	0.0297
chr3R	25381905	25382131	chr3R:25381906-25382131	FBgn0000492	Dr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3057	0.286	0.3742	0.2523	0.2121	0.3485	0.298	0.3984	0.2121	0.4601	0.4225	0.4601	0.3114	0.2917	0.2695	0.2917	0.2715
chr3R	25384087	25384238	chr3R:25384088-25384238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0183	0.0131	0.0234	0.0187	0.0053	0.016	0.0151	0.02	0.0053	0.0236	0.0267	0.0236	0.0194	0.0123	0.0148	0.0123	0.0401
chr3R	25385165	25385316	chr3R:25385166-25385316	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0504	0.0548	0.0664	0.0279	0.0255	0.065	0.0528	0.0959	0.0255	0.0972	0.0868	0.0972	0.0279	0.0421	0.0361	0.0421	0.0261
chr3R	25385338	25385597	chr3R:25385339-25385597	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0854	0.1093	0.1091	0.0327	0.0647	0.1092	0.1112	0.2072	0.0647	0.1395	0.1608	0.1395	0.0411	0.0406	0.0522	0.0406	0.0313
chr3R	25385912	25386074	chr3R:25385913-25386074	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0336	0.0502	0.0354	0.0131	0.0308	0.0422	0.0606	0.0893	0.0308	0.0278	0.0489	0.0278	0.0256	0.0107	0.0174	0.0107	0.0162
chr3R	25388343	25388494	chr3R:25388344-25388494	distal	distal	stage14	stage14	VT49445.1	VT49445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0153	0.0214	0.0164	0.0064	0.0141	0.0177	0.0266	0.0064	0.0151	0.0344	0.0151	0.0116	0.013	0.0477	0.013	0.0078
chr3R	25388582	25388733	chr3R:25388583-25388733	distal	distal	stage14	stage14	VT49445.1	VT49445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0166	0.0156	0.0204	0.0135	0.0064	0.0146	0.0225	0.022	0.0064	0.0163	0.0286	0.0163	0.0186	0.0046	0.0361	0.0046	0.0109
chr3R	25392755	25392906	chr3R:25392756-25392906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0156	0.0203	0.0157	0.0053	0.015	0.0203	0.0273	0.0053	0.0175	0.0302	0.0175	0.0163	0.0054	0.0335	0.0054	0.0208
chr3R	25393087	25393321	chr3R:25393088-25393321	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0237	0.059	0.0643	0.0095	0.0257	0.0281	0.038	0.0095	0.0447	0.0836	0.0447	0.072	0.0398	0.1096	0.0398	0.0907
chr3R	25396294	25396445	chr3R:25396295-25396445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0153	0.0118	0.0169	0.0175	0.0064	0.0126	0.0134	0.0193	0.0064	0.0157	0.0164	0.0157	0.0232	0.0306	0.0135	0.0306	0.0255
chr3R	25397423	25397574	chr3R:25397424-25397574	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0219	0.0233	0.0236	0.0184	0.0042	0.0204	0.0368	0.034	0.0042	0.0229	0.0286	0.0229	0.0147	0.0123	0.0129	0.0123	0.0109
chr3R	25397641	25397825	chr3R:25397642-25397825	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0439	0.0381	0.051	0.0425	0.0191	0.0388	0.0489	0.0573	0.0191	0.0719	0.0421	0.0719	0.0287	0.0153	0.0148	0.0153	0.0146
chr3R	25397932	25398164	chr3R:25397933-25398164	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.083	0.0533	0.1221	0.0734	0.0223	0.0714	0.0484	0.0879	0.0223	0.1957	0.1177	0.1957	0.0449	0.0498	0.0245	0.0498	0.024
chr3R	25398319	25398470	chr3R:25398320-25398470	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0388	0.0237	0.0602	0.0323	0.0074	0.032	0.0281	0.0333	0.0074	0.093	0.0621	0.093	0.0232	0.0199	0.0161	0.0199	0.0167
chr3R	25399263	25399414	chr3R:25399264-25399414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0148	0.0112	0.0231	0.0097	0.0053	0.0131	0.0156	0.0127	0.0053	0.0205	0.0331	0.0205	0.0139	0.01	0.0097	0.01	0.013
chr3R	25401837	25402103	chr3R:25401838-25402103	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0497	0.0571	0.0614	0.0285	0.0212	0.0665	0.0541	0.1059	0.0212	0.0513	0.0608	0.0513	0.0124	0.0046	0.0097	0.0046	0.0052
chr3R	25407108	25407268	chr3R:25407109-25407268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0216	0.032	0.0287	0.0074	0.0248	0.0298	0.0266	0.0074	0.0254	0.0209	0.0254	0.0108	0.0061	0.0077	0.0061	0.012
chr3R	25407477	25407634	chr3R:25407478-25407634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0275	0.0312	0.0351	0.0148	0.0243	0.0398	0.0366	0.0148	0.0193	0.0228	0.0193	0.0077	0.0069	0.0116	0.0069	0.0083
chr3R	25407784	25407935	chr3R:25407785-25407935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0095	0.0122	0.0201	0.0064	0.0058	0.0177	0.01	0.0064	0.0054	0.008	0.0054	0.0046	0.0015	0.0052	0.0015	0.0052
chr3R	25408626	25408853	chr3R:25408627-25408853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0495	0.0304	0.0617	0.0574	0.017	0.0325	0.0372	0.0433	0.017	0.0562	0.0592	0.0562	0.0248	0.0153	0.0219	0.0153	0.0532
chr3R	25409102	25409290	chr3R:25409103-25409290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.035	0.0234	0.0419	0.0402	0.0138	0.0272	0.032	0.0253	0.0138	0.0229	0.0395	0.0229	0.0225	0.0107	0.0187	0.0107	0.024
chr3R	25409567	25409718	chr3R:25409568-25409718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0122	0.0251	0.0135	0.0021	0.0184	0.0117	0.0187	0.0021	0.0151	0.0437	0.0151	0.0124	0.0046	0.0309	0.0046	0.0073
chr3R	25411639	25412041	chr3R:25411640-25412041	distal	distal	stage11	stage11	VT49458.1	VT49458.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0489	0.0464	0.082	0.0155	0.0212	0.0413	0.0532	0.0893	0.0212	0.0471	0.1473	0.0471	0.0395	0.0084	0.0258	0.0084	0.0198
chr3R	25412489	25412716	chr3R:25412490-25412716	distal	distal	stage5	stage5	VT49458.1	VT49458.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0431	0.0735	0.0426	0.0097	0.0392	0.049	0.0839	0.1599	0.0392	0.0236	0.0759	0.0236	0.0178	0.0054	0.0097	0.0054	0.0099
chr3R	25417410	25417599	chr3R:25417411-25417599	FBgn0086361	alph	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1862	0.175	0.2225	0.1589	0.1273	0.2092	0.202	0.2225	0.1273	0.2657	0.2363	0.2657	0.2231	0.1677	0.1625	0.1677	0.1772
chr3R	25417710	25417920	chr3R:25417711-25417920	FBgn0086361	alph	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1124	0.1745	0.1252	0.0806	0.1316	0.138	0.1352	0.0806	0.2192	0.1913	0.2192	0.1704	0.1371	0.1257	0.1371	0.148
chr3R	25418209	25418456	chr3R:25418210-25418456	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0567	0.0515	0.0728	0.0448	0.0297	0.0641	0.0601	0.0666	0.0297	0.0773	0.0817	0.0773	0.0713	0.0429	0.0432	0.0429	0.0511
chr3R	25426365	25426516	chr3R:25426366-25426516	FBgn0039673	CG7568	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0165	0.0184	0.022	0.0085	0.0085	0.0204	0.0255	0.024	0.0085	0.0362	0.0238	0.0362	0.0163	0.0069	0.0123	0.0069	0.0078
chr3R	25444368	25444577	chr3R:25444369-25444577	FBgn0039674	CG1907	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1196	0.1135	0.1419	0.1019	0.07	0.1505	0.1081	0.1672	0.07	0.1329	0.1756	0.1329	0.1541	0.1172	0.0896	0.1172	0.1365
chr3R	25444660	25444829	chr3R:25444661-25444829	FBgn0039674	CG1907	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.126	0.1646	0.132	0.0954	0.1689	0.125	0.1699	0.0954	0.1546	0.2013	0.1546	0.1898	0.1455	0.1244	0.1455	0.1709
chr3R	25444952	25445119	chr3R:25444953-25445119	FBgn0039674	CG1907	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0511	0.0471	0.0544	0.0519	0.0286	0.0602	0.0554	0.062	0.0286	0.0477	0.0637	0.0477	0.0728	0.0605	0.0522	0.0605	0.0662
chr3R	25446768	25446925	chr3R:25446769-25446925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.0127	0.0187	0.0223	0.0042	0.0184	0.0173	0.0133	0.0042	0.0199	0.0106	0.0199	0.055	0.0054	0.0052	0.0054	0.0594
chr3R	25451406	25451557	chr3R:25451407-25451557	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0051	0.0046	0.0036	0.0074	0.0021	0.0049	0.0082	0.0033	0.0021	0.006	0.0023	0.006	0.0039	0.0046	0.0019	0.0046	0.0031
chr3R	25452005	25452156	chr3R:25452006-25452156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0095	0.0099	0.0086	0.0053	0.0078	0.0169	0.0093	0.0053	0.0139	0.01	0.0139	0.0085	0.0054	0.0026	0.0054	0.0042
chr3R	25454439	25454590	chr3R:25454440-25454590	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0085	0.006	0.0104	0.0032	0.0058	0.0164	0.0093	0.0032	0.0091	0.0048	0.0091	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.0036
chr3R	25485897	25486048	chr3R:25485898-25486048	FBgn0015129	DopR2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0138	0.0124	0.0295	0.0064	0.0112	0.0221	0.018	0.0064	0.0103	0.0145	0.0103	0.0054	0.0046	0.0032	0.0046	0.0052
chr3R	25492993	25493211	chr3R:25492994-25493211	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT49502.1	VT49502.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0605	0.0754	0.0883	0.0132	0.035	0.0558	0.112	0.1193	0.035	0.0278	0.1945	0.0278	0.0124	0.0107	0.0277	0.0107	0.0068
chr3R	25496540	25496778	chr3R:25496541-25496778	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Obp99a_prom,VT49505.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0687	0.0715	0.1004	0.0308	0.0255	0.0515	0.0835	0.1566	0.0255	0.0278	0.219	0.0278	0.017	0.0153	0.1025	0.0153	0.0099
chr3R	25497312	25497510	chr3R:25497313-25497510	FBgn0039678	Obp99a	stage11,stage14	none	Obp99a_prom,VT49505.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0595	0.0482	0.0985	0.0294	0.0191	0.0359	0.058	0.0993	0.0191	0.0368	0.2048	0.0368	0.0225	0.01	0.0986	0.01	0.013
chr3R	25497785	25497936	chr3R:25497786-25497936	FBgn0039678,FBgn0039679	Obp99a,ppk19	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0197	0.0496	0.0139	0.0064	0.0209	0.0247	0.032	0.0064	0.0229	0.1	0.0229	0.0163	0.0046	0.0438	0.0046	0.0052
chr3R	25498237	25498388	chr3R:25498238-25498388	FBgn0039679	ppk19	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0191	0.0467	0.0104	0.0064	0.0199	0.0247	0.0293	0.0064	0.0163	0.1	0.0163	0.0077	0.0038	0.0322	0.0038	0.0031
chr3R	25500837	25501005	chr3R:25500838-25501005	FBgn0025457,FBgn0039680	Bub3,CAP-D2	stage5	none	VT49508.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0466	0.0707	0.04	0.0414	0.0442	0.0601	0.064	0.0414	0.0827	0.0842	0.0827	0.0511	0.036	0.0471	0.036	0.0516
chr3R	25501087	25501469	chr3R:25501088-25501469	FBgn0025457,FBgn0039680	Bub3,CAP-D2	stage11,stage5	none	VT49508.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.162	0.1568	0.2039	0.1218	0.105	0.1835	0.1778	0.2232	0.105	0.2428	0.2376	0.2428	0.1658	0.1263	0.1348	0.1263	0.149
chr3R	25501697	25501848	chr3R:25501698-25501848	FBgn0039680	CAP-D2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0446	0.0471	0.0149	0.0286	0.0495	0.0554	0.0593	0.0286	0.0604	0.0547	0.0604	0.0294	0.0153	0.0142	0.0153	0.0193
chr3R	25507323	25507474	chr3R:25507324-25507474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0082	0.0117	0.0248	0.0021	0.0097	0.0108	0.0113	0.0021	0.0091	0.0129	0.0091	0.0116	0.0168	0.011	0.0168	0.0151
chr3R	25507725	25507876	chr3R:25507726-25507876	FBgn0013972,FBgn0039681	CG7582,Gycalpha99B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0145	0.0201	0.0492	0.0032	0.0184	0.0182	0.0167	0.0032	0.0169	0.0244	0.0169	0.017	0.0505	0.069	0.0505	0.0349
chr3R	25507896	25508174	chr3R:25507897-25508174	FBgn0013972,FBgn0039681	CG7582,Gycalpha99B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0581	0.0218	0.0396	0.1191	0.0085	0.0311	0.0277	0.024	0.0085	0.026	0.0495	0.026	0.0449	0.1179	0.1502	0.1179	0.0829
chr3R	25508203	25508458	chr3R:25508204-25508458	FBgn0013972,FBgn0039681	CG7582,Gycalpha99B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.0354	0.0503	0.0965	0.018	0.0403	0.0446	0.0506	0.018	0.0344	0.0653	0.0344	0.0658	0.0758	0.1064	0.0758	0.1251
chr3R	25512490	25512681	chr3R:25512491-25512681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0266	0.0234	0.0268	0.0299	0.0053	0.0277	0.0337	0.028	0.0053	0.0254	0.0277	0.0254	0.0387	0.0153	0.0161	0.0153	0.073
chr3R	25513267	25513418	chr3R:25513268-25513418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0216	0.0145	0.0244	0.0265	0.0042	0.015	0.0195	0.022	0.0042	0.0187	0.0196	0.0187	0.0201	0.0084	0.0168	0.0084	0.049
chr3R	25513465	25513618	chr3R:25513466-25513618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0285	0.0206	0.0365	0.0284	0.0085	0.0296	0.0247	0.024	0.0085	0.0193	0.0289	0.0193	0.0201	0.0084	0.0161	0.0084	0.0292
chr3R	25516037	25516267	chr3R:25516038-25516267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0171	0.0496	0.0461	0.0032	0.0228	0.0242	0.02	0.0032	0.0386	0.0624	0.0386	0.0372	0.0475	0.0464	0.0475	0.05
chr3R	25516779	25517101	chr3R:25516780-25517101	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1568	0.1528	0.2118	0.101	0.088	0.1806	0.1492	0.2632	0.088	0.1969	0.301	0.1969	0.1053	0.1187	0.1186	0.1187	0.0776
chr3R	25517628	25518285	chr3R:25517629-25518285	FBgn0039683	dmrt99B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2081	0.1588	0.2874	0.176	0.0944	0.1757	0.1721	0.2598	0.0944	0.3164	0.3447	0.3164	0.1092	0.1853	0.1483	0.1853	0.1073
chr3R	25520960	25521147	chr3R:25520961-25521147	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0261	0.0431	0.0269	0.0061	0.0223	0.0291	0.0575	0.0846	0.0223	0.0266	0.0424	0.0266	0.0085	0.0031	0.0097	0.0031	0.0031
chr3R	25523355	25523530	chr3R:25523356-25523530	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.036	0.0363	0.0088	0.0085	0.0534	0.0281	0.0653	0.0085	0.0284	0.0437	0.0284	0.0093	0.0069	0.0064	0.0069	0.0036
chr3R	25523660	25523844	chr3R:25523661-25523844	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0355	0.0451	0.0476	0.0114	0.0085	0.0587	0.0311	0.0966	0.0085	0.0236	0.0746	0.0236	0.0062	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr3R	25524835	25525000	chr3R:25524836-25525000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0201	0.0153	0.0306	0.0139	0.0042	0.0189	0.0216	0.0193	0.0042	0.0483	0.0392	0.0483	0.0132	0.0214	0.0232	0.0214	0.0104
chr3R	25525309	25525576	chr3R:25525310-25525576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0239	0.0186	0.0336	0.0191	0.0042	0.0291	0.0234	0.018	0.0042	0.0489	0.0408	0.0489	0.0163	0.0299	0.0348	0.0299	0.0089
chr3R	25527158	25527322	chr3R:25527159-25527322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0151	0.0263	0.0143	0.0074	0.0209	0.0169	0.0193	0.0074	0.0229	0.0228	0.0229	0.0023	8e-04	0.0058	8e-04	0.0021
chr3R	25527524	25527675	chr3R:25527525-25527675	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0168	0.0216	0.0114	0.0064	0.0214	0.0225	0.0187	0.0064	0.0211	0.0235	0.0211	0.007	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chr3R	25529984	25530135	chr3R:25529985-25530135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0155	0.0152	0.0222	0.0085	0.0064	0.0199	0.0195	0.018	0.0064	0.0163	0.0315	0.0163	0.007	0.0054	0.0097	0.0054	0.0073
chr3R	25531378	25531529	chr3R:25531379-25531529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.008	0.0141	0.0202	0.0021	0.0097	0.0117	0.008	0.0021	0.0133	0.0148	0.0133	0.007	0.0046	0.0019	0.0046	0.0073
chr3R	25531872	25532023	chr3R:25531873-25532023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0087	0.0148	0.0234	0.0021	0.0083	0.0143	0.0113	0.0021	0.0066	0.0148	0.0066	0.0093	0.0046	0.0077	0.0046	0.0073
chr3R	25532310	25532497	chr3R:25532311-25532497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0198	0.0322	0.0302	0.0021	0.0277	0.0208	0.0313	0.0021	0.0193	0.0293	0.0193	0.0093	0.0038	0.011	0.0038	0.0052
chr3R	25532994	25533234	chr3R:25532995-25533234	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0321	0.0528	0.0275	0.0141	0.0329	0.0519	0.0649	0.0839	0.0329	0.0211	0.0309	0.0211	0.0093	0.0038	0.0052	0.0038	0.0057
chr3R	25534173	25534324	chr3R:25534174-25534324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0288	0.0209	0.0131	0.0159	0.0291	0.0333	0.0473	0.0159	0.0254	0.0164	0.0254	0.0163	0.0069	0.0084	0.0069	0.0109
chr3R	25540067	25540243	chr3R:25540068-25540243	FBgn0039684	Obp99d	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0184	0.0352	0.0167	0.0032	0.017	0.0264	0.03	0.0032	0.0223	0.0646	0.0223	0.0108	0.01	0.0413	0.01	0.0115
chr3R	25541828	25542005	chr3R:25541829-25542005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0368	0.0295	0.0485	0.032	0.0085	0.0379	0.0359	0.0426	0.0085	0.0586	0.0559	0.0586	0.0442	0.0245	0.0277	0.0245	0.0542
chr3R	25542138	25542289	chr3R:25542139-25542289	FBgn0039685	Obp99b	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0165	0.0218	0.0148	0.0042	0.0175	0.0238	0.022	0.0042	0.0242	0.0257	0.0242	0.0201	0.0115	0.0084	0.0115	0.0292
chr3R	25542493	25542644	chr3R:25542494-25542644	FBgn0039685	Obp99b	stage11	none	Obp99b_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0301	0.0253	0.0374	0.0273	0.0117	0.0291	0.0359	0.0293	0.0117	0.0399	0.0463	0.0399	0.0318	0.0207	0.0245	0.0207	0.0469
chr3R	25542761	25542950	chr3R:25542762-25542950	FBgn0039685	Obp99b	stage11,stage5	none	Obp99b_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0744	0.0589	0.091	0.0734	0.0265	0.0709	0.0722	0.0806	0.0265	0.0924	0.1096	0.0924	0.0829	0.0513	0.0793	0.0513	0.1251
chr3R	25543144	25543321	chr3R:25543145-25543321	distal	distal	none	none	Obp99b_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0278	0.0228	0.0312	0.0295	0.0064	0.0243	0.0394	0.02	0.0064	0.0332	0.0334	0.0332	0.0341	0.0115	0.0348	0.0115	0.0604
chr3R	25548776	25548956	chr3R:25548777-25548956	FBgn0024841	Pcd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.15	0.1125	0.1874	0.1507	0.0488	0.1481	0.1159	0.1699	0.0488	0.2216	0.2135	0.2216	0.1696	0.1462	0.1702	0.1462	0.1793
chr3R	25549021	25549199	chr3R:25549022-25549199	FBgn0024841	Pcd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0755	0.0527	0.0873	0.0879	0.0223	0.066	0.0571	0.0786	0.0223	0.0918	0.0952	0.0918	0.093	0.0689	0.1051	0.0689	0.0964
chr3R	25550337	25550535	chr3R:25550338-25550535	FBgn0039687,FBgn0042213	CG18731,CG7593	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0498	0.0413	0.0687	0.0387	0.0201	0.0437	0.048	0.0666	0.0201	0.0827	0.0749	0.0827	0.0705	0.0329	0.0413	0.0329	0.0563
chr3R	25550611	25550789	chr3R:25550612-25550789	FBgn0039687,FBgn0042213	CG18731,CG7593	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0885	0.0702	0.1142	0.0809	0.0297	0.0874	0.0783	0.1073	0.0297	0.131	0.1267	0.131	0.1201	0.075	0.0916	0.075	0.1058
chr3R	25550957	25551284	chr3R:25550958-25551284	FBgn0039687,FBgn0039688,FBgn0042213	CG18731,CG7593,Kul	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0892	0.0679	0.123	0.076	0.0297	0.0767	0.0722	0.1133	0.0297	0.1522	0.1405	0.1522	0.1162	0.0544	0.0928	0.0544	0.1021
chr3R	25551407	25551596	chr3R:25551408-25551596	FBgn0039688	Kul	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1478	0.1158	0.1999	0.1266	0.0604	0.1277	0.1311	0.1859	0.0604	0.2041	0.2489	0.2041	0.1774	0.0666	0.1844	0.0666	0.1339
chr3R	25551710	25551869	chr3R:25551711-25551869	FBgn0039688	Kul	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0658	0.0489	0.0862	0.0622	0.0191	0.0456	0.0623	0.0833	0.0191	0.0598	0.1357	0.0598	0.0542	0.0268	0.1399	0.0268	0.036
chr3R	25551918	25552069	chr3R:25551919-25552069	FBgn0039688	Kul	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0344	0.0274	0.0353	0.0411	0.018	0.0233	0.0407	0.0366	0.018	0.0254	0.0547	0.0254	0.0279	0.0253	0.0832	0.0253	0.0219
chr3R	25552141	25552330	chr3R:25552142-25552330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0463	0.0528	0.0412	0.0444	0.0371	0.0398	0.0666	0.0946	0.0371	0.0338	0.0585	0.0338	0.0364	0.036	0.0825	0.036	0.0391
chr3R	25554318	25554469	chr3R:25554319-25554469	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0149	0.0196	0.0155	0.0091	0.0074	0.0117	0.0221	0.0473	0.0074	0.0085	0.0267	0.0085	0.0116	0.0069	0.0155	0.0069	0.0109
chr3R	25554485	25554636	chr3R:25554486-25554636	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0147	0.0193	0.0164	0.0078	0.0064	0.0107	0.0225	0.048	0.0064	0.0109	0.0273	0.0109	0.0116	0.0061	0.0116	0.0061	0.0094
chr3R	25562368	25562571	chr3R:25562369-25562571	FBgn0027583,FBgn0039689	CG7598,CG7601	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0774	0.0616	0.0957	0.0751	0.0456	0.0869	0.0523	0.0933	0.0456	0.1208	0.1006	0.1208	0.1015	0.0827	0.0683	0.0827	0.1063
chr3R	25562575	25562758	chr3R:25562576-25562758	FBgn0027583,FBgn0039689	CG7598,CG7601	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0914	0.0786	0.1077	0.0877	0.0615	0.1136	0.0735	0.1026	0.0615	0.1425	0.1148	0.1425	0.1108	0.0911	0.0832	0.0911	0.1225
chr3R	25562862	25563013	chr3R:25562863-25563013	FBgn0027583,FBgn0039689	CG7598,CG7601	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0304	0.0527	0.0322	0.017	0.0388	0.0381	0.0393	0.017	0.07	0.0556	0.07	0.0488	0.0345	0.0297	0.0345	0.0453
chr3R	25563130	25563332	chr3R:25563131-25563332	FBgn0039689	CG7598	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.029	0.0307	0.0378	0.0175	0.0117	0.0354	0.0402	0.0406	0.0117	0.0556	0.0386	0.0556	0.0325	0.0145	0.0219	0.0145	0.0188
chr3R	25563370	25563521	chr3R:25563371-25563521	FBgn0039690	CG1969	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.031	0.0393	0.0209	0.0148	0.0379	0.042	0.036	0.0148	0.0537	0.0466	0.0537	0.0325	0.0161	0.0226	0.0161	0.0302
chr3R	25563621	25563826	chr3R:25563622-25563826	FBgn0039690	CG1969	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0598	0.0503	0.082	0.0461	0.0191	0.0709	0.051	0.0713	0.0191	0.1075	0.0974	0.1075	0.0759	0.0322	0.0625	0.0322	0.061
chr3R	25563830	25564012	chr3R:25563831-25564012	FBgn0039690	CG1969	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0674	0.0562	0.0844	0.0613	0.0308	0.0714	0.0593	0.0853	0.0308	0.0912	0.109	0.0912	0.0883	0.0352	0.0993	0.0352	0.0849
chr3R	25565549	25565715	chr3R:25565550-25565715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0264	0.0431	0.0369	0.0085	0.0267	0.0368	0.038	0.0085	0.0272	0.0621	0.0272	0.0565	0.0207	0.0516	0.0207	0.062
chr3R	25565934	25566094	chr3R:25565935-25566094	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0213	0.0594	0.0382	0.0053	0.0325	0.0268	0.0233	0.0053	0.0302	0.1058	0.0302	0.0496	0.0176	0.1122	0.0176	0.024
chr3R	25570489	25570662	chr3R:25570490-25570662	FBgn0027518,FBgn0039691	CG7609,IntS11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0485	0.046	0.0602	0.0384	0.0191	0.0568	0.0536	0.0653	0.0191	0.087	0.0595	0.087	0.0573	0.0551	0.0342	0.0551	0.0427
chr3R	25570704	25570912	chr3R:25570705-25570912	FBgn0027518,FBgn0039691	CG7609,IntS11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1166	0.1022	0.1454	0.1011	0.052	0.1451	0.1133	0.1266	0.052	0.1806	0.1572	0.1806	0.1441	0.1156	0.0883	0.1156	0.1371
chr3R	25570957	25571128	chr3R:25570958-25571128	FBgn0027518,FBgn0039691	CG7609,IntS11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1331	0.116	0.1706	0.1111	0.0774	0.1461	0.1375	0.1506	0.0774	0.2077	0.1801	0.2077	0.1805	0.121	0.0993	0.121	0.1527
chr3R	25571272	25571423	chr3R:25571273-25571423	FBgn0027518,FBgn0039691	CG7609,IntS11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0451	0.0572	0.0382	0.0212	0.0563	0.0554	0.06	0.0212	0.0743	0.0633	0.0743	0.0604	0.0398	0.038	0.0398	0.0552
chr3R	25574497	25574696	chr3R:25574498-25574696	FBgn0020235,FBgn0260990	ATPsyn-gamma,yata	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1645	0.1352	0.1967	0.1618	0.0923	0.1597	0.1609	0.1759	0.0923	0.2319	0.2122	0.2319	0.2045	0.1608	0.1657	0.1608	0.209
chr3R	25574825	25575008	chr3R:25574826-25575008	FBgn0020235,FBgn0260990	ATPsyn-gamma,yata	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1478	0.1239	0.1792	0.1401	0.0753	0.1451	0.1453	0.1699	0.0753	0.2071	0.191	0.2071	0.1944	0.147	0.1354	0.147	0.1803
chr3R	25575057	25575237	chr3R:25575058-25575237	FBgn0020235,FBgn0260990	ATPsyn-gamma,yata	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0961	0.0775	0.1218	0.0887	0.0498	0.0845	0.1008	0.1039	0.0498	0.1401	0.1334	0.1401	0.1394	0.0926	0.0916	0.0926	0.1094
chr3R	25575290	25575463	chr3R:25575291-25575463	FBgn0020235,FBgn0260990	ATPsyn-gamma,yata	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0904	0.0753	0.1105	0.0852	0.0551	0.0854	0.09	0.1013	0.0551	0.1316	0.1219	0.1316	0.1363	0.1011	0.0845	0.1011	0.112
chr3R	25581393	25581615	chr3R:25581394-25581615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0178	0.0138	0.0216	0.0182	0.0085	0.0131	0.0255	0.0107	0.0085	0.026	0.0151	0.026	0.0465	0.0337	0.009	0.0337	0.0323
chr3R	25583234	25583392	chr3R:25583235-25583392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0118	0.0156	0.0184	0.0021	0.0126	0.0203	0.0133	0.0021	0.0103	0.0145	0.0103	0.0341	0.0069	0.0135	0.0069	0.0459
chr3R	25585016	25585167	chr3R:25585017-25585167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0141	0.0171	0.014	0.011	0.0265	0.0126	0.0229	0.016	0.0265	0.0145	0.0145	0.0145	0.0217	0.0153	0.0123	0.0153	0.013
chr3R	25585829	25585998	chr3R:25585830-25585998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0229	0.0255	0.0401	0.017	0.0209	0.0298	0.0346	0.017	0.0187	0.0347	0.0187	0.0341	0.0727	0.0567	0.0727	0.0307
chr3R	25587457	25587671	chr3R:25587458-25587671	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0277	0.0193	0.0311	0.0333	0.0053	0.0209	0.0255	0.0293	0.0053	0.0284	0.0437	0.0284	0.0364	0.0628	0.0451	0.0628	0.0245
chr3R	25589949	25590100	chr3R:25589950-25590100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.1095	0.0234	0.0132	0.1198	0.0626	0.1648	0.1519	0.1198	0.0169	0.0299	0.0169	0.0217	0.0161	0.0129	0.0161	0.0156
chr3R	25590116	25590305	chr3R:25590117-25590305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0723	0.1538	0.0393	0.0173	0.1919	0.0782	0.2375	0.2052	0.1919	0.0314	0.0482	0.0314	0.0333	0.013	0.0245	0.013	0.0182
chr3R	25590376	25590527	chr3R:25590377-25590527	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0313	0.0597	0.0211	0.0109	0.0636	0.0301	0.1029	0.0726	0.0636	0.0163	0.0244	0.0163	0.0147	0.0092	0.0148	0.0092	0.0135
chr3R	25591071	25591251	chr3R:25591072-25591251	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0444	0.0346	0.032	0.0382	0.0248	0.0757	0.056	0.0382	0.032	0.045	0.032	0.0364	0.0391	0.0426	0.0391	0.0516
chr3R	25591297	25591448	chr3R:25591298-25591448	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0617	0.0244	0.0149	0.053	0.0277	0.1138	0.074	0.053	0.0211	0.0277	0.0211	0.0318	0.0184	0.0193	0.0184	0.0229
chr3R	25591548	25591753	chr3R:25591549-25591753	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0702	0.1153	0.0605	0.0305	0.0901	0.0602	0.208	0.1392	0.0901	0.0646	0.073	0.0646	0.0875	0.036	0.038	0.036	0.0511
chr3R	25596737	25596946	chr3R:25596738-25596946	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT49563.1	VT49563.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0593	0.0897	0.0713	0.0123	0.0329	0.0985	0.0796	0.1839	0.0329	0.0399	0.1206	0.0399	0.0581	0.0077	0.0193	0.0077	0.0104
chr3R	25597762	25597976	chr3R:25597763-25597976	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2406	0.1775	0.3164	0.2281	0.0795	0.283	0.1315	0.2778	0.0795	0.3907	0.3431	0.3907	0.3114	0.2366	0.2398	0.2366	0.2751
chr3R	25598418	25598661	chr3R:25598419-25598661	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2375	0.1502	0.3122	0.2532	0.0764	0.2301	0.1176	0.2372	0.0764	0.3448	0.3621	0.3448	0.3246	0.255	0.2863	0.255	0.2856
chr3R	25598754	25598935	chr3R:25598755-25598935	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1402	0.051	0.185	0.1906	0.0106	0.0947	0.032	0.0773	0.0106	0.1914	0.2039	0.1914	0.2355	0.1662	0.2295	0.1662	0.2256
chr3R	25599103	25599331	chr3R:25599104-25599331	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1021	0.0497	0.1272	0.133	0.0117	0.083	0.0372	0.0806	0.0117	0.1111	0.1486	0.1111	0.189	0.1401	0.1567	0.1401	0.1782
chr3R	25599465	25599616	chr3R:25599466-25599616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.05	0.0282	0.0687	0.054	0.0085	0.0403	0.0285	0.0433	0.0085	0.067	0.073	0.067	0.1069	0.0513	0.0567	0.0513	0.0875
chr3R	25599947	25600098	chr3R:25599948-25600098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0401	0.065	0.0504	0.017	0.0553	0.0415	0.0553	0.017	0.0652	0.0785	0.0652	0.0627	0.0276	0.0761	0.0276	0.0698
chr3R	25600302	25600500	chr3R:25600303-25600500	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1741	0.1332	0.2406	0.1466	0.0647	0.2039	0.1116	0.1965	0.0647	0.2772	0.2814	0.2772	0.2285	0.1394	0.185	0.1394	0.1803
chr3R	25600643	25600794	chr3R:25600644-25600794	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0562	0.0707	0.04	0.0276	0.0714	0.0601	0.0866	0.0276	0.0851	0.0814	0.0851	0.0519	0.0329	0.0361	0.0329	0.0516
chr3R	25604375	25604567	chr3R:25604376-25604567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0325	0.0174	0.0352	0.0465	0.0032	0.0272	0.0216	0.02	0.0032	0.0284	0.0505	0.0284	0.0387	0.0505	0.0799	0.0505	0.0453
chr3R	25606481	25606632	chr3R:25606482-25606632	FBgn0039694	fig	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0115	0.0236	0.0191	0.0032	0.0136	0.016	0.0147	0.0032	0.0169	0.0183	0.0169	0.0635	0.0138	0.0142	0.0138	0.0443
chr3R	25607669	25607820	chr3R:25607670-25607820	distal	distal	stage14	stage14	VT49570.1	VT49570.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0216	0.01	0.0204	0.0359	0.0032	0.0126	0.016	0.0087	0.0032	0.0079	0.0177	0.0079	0.0666	0.0138	0.0419	0.0138	0.0813
chr3R	25608192	25608424	chr3R:25608193-25608424	distal	distal	stage14	stage14	VT49570.1	VT49570.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0338	0.0673	0.139	0.0085	0.0524	0.0324	0.0466	0.0085	0.0393	0.0746	0.0393	0.1394	0.1279	0.1573	0.1279	0.2194
chr3R	25609029	25609228	chr3R:25609030-25609228	distal	distal	none	none	VT49570.1	VT49570.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0136	0.0198	0.0263	0.0032	0.0189	0.0156	0.0173	0.0032	0.0157	0.0167	0.0157	0.0473	0.0123	0.0181	0.0123	0.0677
chr3R	25619898	25620275	chr3R:25619899-25620275	FBgn0262112	sro	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0795	0.16	0.0468	0.0255	0.1888	0.084	0.2734	0.1752	0.1888	0.038	0.0633	0.038	0.0558	0.0375	0.038	0.0375	0.0281
chr3R	25624734	25624906	chr3R:25624735-25624906	FBgn0019972,FBgn0039696	CG7837,Ice	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1294	0.1135	0.1638	0.1095	0.0732	0.1354	0.1371	0.1439	0.0732	0.2053	0.1823	0.2053	0.141	0.1225	0.1225	0.1225	0.1209
chr3R	25625005	25625173	chr3R:25625006-25625173	FBgn0019972,FBgn0039696	CG7837,Ice	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1776	0.1488	0.2166	0.1668	0.1039	0.1796	0.1704	0.1952	0.1039	0.2772	0.2363	0.2772	0.1936	0.1616	0.1883	0.1616	0.1939
chr3R	25625300	25625474	chr3R:25625301-25625474	FBgn0019972,FBgn0039696	CG7837,Ice	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.1138	0.1647	0.1333	0.0817	0.1335	0.1302	0.1499	0.0817	0.1999	0.1823	0.1999	0.1689	0.1386	0.1457	0.1386	0.1595
chr3R	25628611	25628782	chr3R:25628612-25628782	FBgn0039697,FBgn0039698	CG7789,CG7834	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1238	0.1103	0.158	0.1015	0.0573	0.1374	0.122	0.1632	0.0573	0.1981	0.1826	0.1981	0.1611	0.1133	0.1051	0.1133	0.1438
chr3R	25628841	25628992	chr3R:25628842-25628992	FBgn0039697,FBgn0039698	CG7789,CG7834	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.076	0.0659	0.1006	0.0602	0.0361	0.0777	0.0688	0.1119	0.0361	0.1365	0.1177	0.1365	0.1038	0.0597	0.0774	0.0597	0.0875
chr3R	25632086	25632287	chr3R:25632087-25632287	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0583	0.0893	0.039	0.0191	0.0714	0.067	0.0926	0.0191	0.1141	0.1003	0.1141	0.0728	0.0368	0.0471	0.0368	0.0396
chr3R	25632393	25632585	chr3R:25632394-25632585	FBgn0000247,FBgn0002924	ca,ncd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1767	0.1488	0.2272	0.1523	0.0848	0.1966	0.1605	0.1965	0.0848	0.2832	0.2502	0.2832	0.2122	0.1577	0.1567	0.1577	0.1746
chr3R	25632810	25633027	chr3R:25632811-25633027	FBgn0000247,FBgn0002924	ca,ncd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1405	0.1115	0.1796	0.1299	0.0573	0.1524	0.1159	0.1592	0.0573	0.2186	0.1955	0.2186	0.1712	0.1355	0.127	0.1355	0.1522
chr3R	25641873	25642024	chr3R:25641874-25642024	FBgn0039702	Vps16B	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0262	0.0433	0.0284	0.0064	0.0374	0.0264	0.04	0.0064	0.0453	0.0572	0.0453	0.0488	0.0306	0.0335	0.0306	0.0422
chr3R	25642101	25642286	chr3R:25642102-25642286	FBgn0039702	Vps16B	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0603	0.0525	0.0716	0.0567	0.0255	0.0646	0.0623	0.0733	0.0255	0.0833	0.0926	0.0833	0.0666	0.0597	0.0671	0.0597	0.0849
chr3R	25644066	25644217	chr3R:25644067-25644217	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0207	0.0135	0.0273	0.0216	0.0032	0.0102	0.0264	0.0147	0.0032	0.0109	0.0521	0.0109	0.0217	0.0077	0.0703	0.0077	0.013
chr3R	25644507	25644723	chr3R:25644508-25644723	FBgn0039704	neo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0856	0.0518	0.1348	0.0695	0.0212	0.0602	0.0441	0.1066	0.0212	0.0356	0.2675	0.0356	0.0968	0.0314	0.2347	0.0314	0.0292
chr3R	25644745	25644927	chr3R:25644746-25644927	FBgn0039704	neo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0732	0.0391	0.1175	0.0627	0.0117	0.0524	0.0376	0.0666	0.0117	0.0326	0.2325	0.0326	0.0852	0.0237	0.2199	0.0237	0.0245
chr3R	25654541	25654773	chr3R:25654542-25654773	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0199	0.0354	0.0155	0.0042	0.0228	0.0316	0.0213	0.0042	0.0284	0.0514	0.0284	0.038	0.0077	0.0432	0.0077	0.0115
chr3R	25655036	25655387	chr3R:25655037-25655387	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.067	0.0375	0.1062	0.0568	0.0106	0.0393	0.0489	0.058	0.0106	0.0326	0.2084	0.0326	0.0806	0.0092	0.2089	0.0092	0.0214
chr3R	25660042	25660193	chr3R:25660043-25660193	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.021	0.0322	0.0202	0.0095	0.0191	0.0277	0.058	0.03	0.0191	0.0248	0.0196	0.0248	0.0287	0.01	0.0077	0.01	0.0125
chr3R	25660464	25660615	chr3R:25660465-25660615	FBgn0039705	CG31033	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0457	0.04	0.0558	0.0409	0.0244	0.0456	0.0523	0.048	0.0244	0.0646	0.0669	0.0646	0.0612	0.0375	0.0374	0.0375	0.0604
chr3R	25660717	25660898	chr3R:25660718-25660898	FBgn0039705	CG31033	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1158	0.0976	0.1409	0.1086	0.0573	0.1121	0.1198	0.1292	0.0573	0.1582	0.1743	0.1582	0.1472	0.121	0.1109	0.121	0.1329
chr3R	25660919	25661070	chr3R:25660920-25661070	FBgn0039705	CG31033	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0818	0.0673	0.1037	0.0739	0.0339	0.0752	0.0787	0.1026	0.0339	0.1153	0.1302	0.1153	0.1007	0.0827	0.0767	0.0827	0.0896
chr3R	25661173	25661340	chr3R:25661174-25661340	FBgn0039705,FBgn0039707	CG15510,CG31033	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1267	0.1019	0.1613	0.1163	0.0742	0.1184	0.1112	0.1526	0.0742	0.1944	0.1884	0.1944	0.165	0.1233	0.127	0.1233	0.1407
chr3R	25666657	25666808	chr3R:25666658-25666808	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0361	0.0293	0.0571	0.0207	0.0159	0.0214	0.0446	0.0433	0.0159	0.0314	0.1019	0.0314	0.0449	0.0115	0.0613	0.0115	0.0104
chr3R	25667040	25667450	chr3R:25667041-25667450	FBgn0039709	Cad99C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.2117	0.1535	0.3322	0.1444	0.0806	0.1524	0.1349	0.3231	0.0806	0.2361	0.5399	0.2361	0.2812	0.0727	0.4075	0.0727	0.1047
chr3R	25667836	25667987	chr3R:25667837-25667987	FBgn0039709	Cad99C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0291	0.0252	0.0439	0.0171	0.0095	0.0262	0.0264	0.0486	0.0095	0.0223	0.0791	0.0223	0.0318	0.0107	0.0445	0.0107	0.0141
chr3R	25673754	25673905	chr3R:25673755-25673905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.014	0.0217	0.0054	0.0106	0.0107	0.0221	0.0187	0.0106	0.0205	0.0296	0.0205	0.0186	0.0046	0.0084	0.0046	0.0057
chr3R	25683166	25683348	chr3R:25683167-25683348	FBgn0039710	dgt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1613	0.1468	0.1978	0.1374	0.106	0.1709	0.1765	0.1885	0.106	0.2554	0.2161	0.2554	0.1913	0.1531	0.1444	0.1531	0.1589
chr3R	25684389	25684540	chr3R:25684390-25684540	FBgn0039711	CG7824	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0645	0.0556	0.0879	0.0487	0.0255	0.0646	0.0666	0.0806	0.0255	0.1105	0.1003	0.1105	0.0922	0.0544	0.0516	0.0544	0.0573
chr3R	25684609	25684775	chr3R:25684610-25684775	FBgn0039711	CG7824	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1108	0.1584	0.099	0.053	0.1335	0.1393	0.1452	0.053	0.189	0.1807	0.189	0.1495	0.1126	0.1057	0.1126	0.1188
chr3R	25685312	25685500	chr3R:25685313-25685500	FBgn0051032	CR31032	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0751	0.0734	0.099	0.0508	0.0339	0.0913	0.0856	0.0959	0.0339	0.125	0.1106	0.125	0.0899	0.0452	0.0735	0.0452	0.0589
chr3R	25685547	25685728	chr3R:25685548-25685728	FBgn0051032	CR31032	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1214	0.1176	0.1515	0.0926	0.0689	0.132	0.1445	0.1586	0.0689	0.2029	0.1669	0.2029	0.1487	0.0873	0.1057	0.0873	0.1209
chr3R	25687155	25687329	chr3R:25687156-25687329	FBgn0039712,FBgn0039713	CG15514,RpS8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1911	0.168	0.2294	0.1748	0.1315	0.201	0.1929	0.2172	0.1315	0.2802	0.2421	0.2802	0.2301	0.1776	0.1883	0.1776	0.2074
chr3R	25687482	25687656	chr3R:25687483-25687656	FBgn0039712,FBgn0039713	CG15514,RpS8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2055	0.1833	0.2428	0.1895	0.1357	0.2272	0.202	0.2418	0.1357	0.3116	0.2572	0.3116	0.2409	0.1937	0.2057	0.1937	0.2308
chr3R	25687904	25688055	chr3R:25687905-25688055	FBgn0039713,FBgn0086061	RpS8,snoRNA:Or-CD8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.065	0.0618	0.0778	0.0546	0.0361	0.0772	0.0714	0.0853	0.0361	0.1063	0.0752	0.1063	0.0751	0.0643	0.0548	0.0643	0.0667
chr3R	25693309	25693460	chr3R:25693310-25693460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0314	0.0239	0.0365	0.0343	0.0064	0.0354	0.0294	0.0273	0.0064	0.038	0.0376	0.038	0.0643	0.0184	0.0329	0.0184	0.0698
chr3R	25693586	25693863	chr3R:25693587-25693863	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0741	0.067	0.0863	0.0687	0.0297	0.0903	0.0843	0.0786	0.0297	0.0876	0.0945	0.0876	0.1286	0.0444	0.1032	0.0444	0.1016
chr3R	25694144	25694451	chr3R:25694145-25694451	FBgn0039714	CG7816	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0964	0.0943	0.1076	0.0863	0.0647	0.1155	0.1142	0.1166	0.0647	0.1322	0.1164	0.1322	0.117	0.0712	0.0954	0.0712	0.1157
chr3R	25694609	25694806	chr3R:25694610-25694806	FBgn0039714,FBgn0083969	CG34133,CG7816	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1973	0.1727	0.2348	0.1835	0.1241	0.2126	0.1933	0.2272	0.1241	0.2862	0.254	0.2862	0.2324	0.1876	0.1934	0.1876	0.2183
chr3R	25694962	25695150	chr3R:25694963-25695150	FBgn0039714,FBgn0083969	CG34133,CG7816	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1666	0.1357	0.2063	0.1576	0.088	0.1641	0.1535	0.1852	0.088	0.2409	0.2302	0.2409	0.2153	0.1646	0.1786	0.1646	0.185
chr3R	25702035	25702275	chr3R:25702036-25702275	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0298	0.0457	0.0698	0.0127	0.0345	0.0433	0.0326	0.0127	0.038	0.0605	0.038	0.0581	0.1003	0.1373	0.1003	0.0552
chr3R	25702668	25702902	chr3R:25702669-25702902	FBgn0051038	CG31038	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.21	0.1857	0.2524	0.1906	0.1442	0.2422	0.1726	0.2705	0.1442	0.3158	0.3061	0.3158	0.2742	0.2611	0.274	0.2611	0.246
chr3R	25717403	25717554	chr3R:25717404-25717554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0172	0.0155	0.0221	0.0139	0.0074	0.0146	0.0177	0.0286	0.0074	0.0338	0.0222	0.0338	0.0201	0.0191	0.0251	0.0191	0.0094
chr3R	25718760	25718911	chr3R:25718761-25718911	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0125	0.018	0.0281	0	0.0165	0.0225	0.008	0	0.0272	0.0212	0.0272	0.0163	0.0459	0.0632	0.0459	0.0109
chr3R	25719122	25719273	chr3R:25719123-25719273	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0185	0.0122	0.0184	0.0255	0.0053	0.0141	0.0225	0.008	0.0053	0.0326	0.0206	0.0326	0.0132	0.0406	0.0613	0.0406	0.0104
chr3R	25719870	25720134	chr3R:25719871-25720134	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG31038_intronicCRM	CG31038_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0469	0.0216	0.0556	0.0657	0.0021	0.0325	0.0298	0.02	0.0021	0.157	0.0354	0.157	0.0294	0.2351	0.049	0.2351	0.0266
chr3R	25720479	25720630	chr3R:25720480-25720630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0188	0.0126	0.0222	0.0219	0.0042	0.0175	0.0173	0.012	0.0042	0.0501	0.0174	0.0501	0.017	0.0858	0.0123	0.0858	0.0099
chr3R	25729800	25729978	chr3R:25729801-25729978	FBgn0039718	CG15517	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0659	0.0562	0.0756	0.0661	0.0308	0.067	0.0766	0.0666	0.0308	0.1093	0.0759	0.1093	0.0651	0.0873	0.0619	0.0873	0.073
chr3R	25730007	25730208	chr3R:25730008-25730208	FBgn0039718	CG15517	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0465	0.0541	0.046	0.0329	0.0451	0.0627	0.0633	0.0329	0.0658	0.0592	0.0658	0.0573	0.0582	0.0432	0.0582	0.0688
chr3R	25730258	25730409	chr3R:25730259-25730409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.027	0.0334	0.0259	0.0191	0.0218	0.0394	0.038	0.0191	0.0471	0.0367	0.0471	0.0248	0.0291	0.0361	0.0291	0.0339
chr3R	25732399	25732550	chr3R:25732400-25732550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.0103	0.0093	0.012	0.0021	0.0097	0.0182	0.0107	0.0021	0.0085	0.0113	0.0085	0.0093	0.0069	0.0284	0.0069	0.0078
chr3R	25733496	25733657	chr3R:25733497-25733657	FBgn0051036	CG31036	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0086	0.0151	0.0486	0.0032	0.0097	0.0156	0.0067	0.0032	0.006	0.018	0.006	0.0248	0.0077	0.0819	0.0077	0.0651
chr3R	25758648	25758838	chr3R:25758649-25758838	FBgn0051040,FBgn0260759,FBgn0260760	CG42557,CG42558,Cog7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.072	0.0916	0.0638	0.0403	0.0981	0.0748	0.0986	0.0403	0.1117	0.1035	0.1117	0.0891	0.075	0.0658	0.075	0.0808
chr3R	25758942	25759113	chr3R:25758943-25759113	FBgn0051040,FBgn0260759,FBgn0260760	CG42557,CG42558,Cog7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0743	0.0905	0.076	0.0392	0.0947	0.0848	0.1019	0.0392	0.1093	0.1055	0.1093	0.0868	0.0858	0.0741	0.0858	0.1016
chr3R	25759179	25759404	chr3R:25759180-25759404	FBgn0051040,FBgn0260759,FBgn0260760	CG42557,CG42558,Cog7	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0445	0.0669	0.0454	0.0201	0.0539	0.0562	0.058	0.0201	0.0749	0.0804	0.0749	0.0666	0.0482	0.0464	0.0482	0.0589
chr3R	25760789	25760940	chr3R:25760790-25760940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0246	0.0303	0.0152	0.0095	0.0243	0.0363	0.0326	0.0095	0.0284	0.0405	0.0284	0.0232	0.0145	0.0161	0.0145	0.0188
chr3R	25761154	25761451	chr3R:25761155-25761451	FBgn0039726,FBgn0039727	CG15523,eIF2B-alpha	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0648	0.0631	0.0821	0.0479	0.0392	0.0733	0.0761	0.0859	0.0392	0.1135	0.0913	0.1135	0.0813	0.0505	0.0567	0.0505	0.0511
chr3R	25761549	25761737	chr3R:25761550-25761737	FBgn0039726,FBgn0039727	CG15523,eIF2B-alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0962	0.093	0.1152	0.079	0.0604	0.1073	0.106	0.1359	0.0604	0.1594	0.1286	0.1594	0.0976	0.0858	0.0858	0.0858	0.0881
chr3R	25761905	25762056	chr3R:25761906-25762056	FBgn0039726,FBgn0039727	CG15523,eIF2B-alpha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0305	0.0373	0.0267	0.0159	0.0277	0.0454	0.042	0.0159	0.0441	0.0428	0.0441	0.0349	0.0199	0.0258	0.0199	0.0344
chr3R	25772082	25772307	chr3R:25772083-25772307	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0158	0.0299	0.0104	0.0058	0.0117	0.0218	0.0489	0.0433	0.0117	0.0103	0.0122	0.0103	0.0101	0.0084	0.0084	0.0084	0.0063
chr3R	25795503	25795654	chr3R:25795504-25795654	FBgn0004622	Takr99D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0154	0.0111	0.0126	0.0233	0.0053	0.0107	0.0173	0.0133	0.0053	0.0139	0.0093	0.0139	0.0186	0.0207	0.0103	0.0207	0.0229
chr3R	25808699	25808867	chr3R:25808700-25808867	FBgn0039728	CG7896	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0082	0.0207	0.0348	0.0011	0.0087	0.0156	0.0067	0.0011	0.0085	0.0379	0.0085	0.0163	0.0123	0.1289	0.0123	0.0089
chr3R	25809054	25809220	chr3R:25809055-25809220	FBgn0039728	CG7896	stage14	none	VT49668.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0093	0.0288	0.0492	0.0032	0.0112	0.0169	0.0067	0.0032	0.0115	0.0553	0.0115	0.0201	0.0061	0.1966	0.0061	0.0094
chr3R	25809791	25809942	chr3R:25809792-25809942	distal	distal	stage14	none	VT49668.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0166	0.01	0.0155	0.0253	0.0032	0.0126	0.0143	0.0113	0.0032	0.0109	0.0228	0.0109	0.0139	0.0069	0.0903	0.0069	0.0109
chr3R	25810326	25810477	chr3R:25810327-25810477	distal	distal	none	none	VT49668.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0178	0.0169	0.0195	0.0085	0.017	0.0316	0.0167	0.0085	0.0151	0.0251	0.0151	0.0147	0.01	0.0613	0.01	0.0109
chr3R	25816256	25816407	chr3R:25816257-25816407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0199	0.0189	0.0227	0.0178	0.0127	0.0155	0.0281	0.0273	0.0127	0.0151	0.0338	0.0151	0.0294	0.01	0.0509	0.01	0.0115
chr3R	25818800	25819016	chr3R:25818801-25819016	FBgn0000032	Acph-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0344	0.0363	0.0416	0.0191	0.0296	0.0523	0.0446	0.0191	0.032	0.0402	0.032	0.0503	0.0276	0.0664	0.0276	0.0672
chr3R	25819048	25819216	chr3R:25819049-25819216	FBgn0000032	Acph-1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0408	0.0334	0.0392	0.051	0.0117	0.0306	0.0528	0.0433	0.0117	0.0272	0.0447	0.0272	0.0604	0.0207	0.0819	0.0207	0.0787
chr3R	25820884	25821063	chr3R:25820885-25821063	FBgn0039730,FBgn0039731	CG7903,sas-6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.0936	0.1193	0.0759	0.0604	0.1107	0.1077	0.1339	0.0604	0.1492	0.1273	0.1492	0.1247	0.0743	0.087	0.0743	0.0959
chr3R	25821125	25821304	chr3R:25821126-25821304	FBgn0039730,FBgn0039731	CG7903,sas-6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.055	0.0711	0.0379	0.0308	0.067	0.0696	0.0686	0.0308	0.0966	0.0765	0.0966	0.0751	0.0375	0.0387	0.0375	0.05
chr3R	25823068	25823241	chr3R:25823069-25823241	FBgn0039732,FBgn0039733	CG11504,CG15525	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0426	0.059	0.032	0.0286	0.0505	0.0532	0.0553	0.0286	0.0803	0.0614	0.0803	0.0534	0.0329	0.029	0.0329	0.0417
chr3R	25823331	25823517	chr3R:25823332-25823517	FBgn0039732,FBgn0039733	CG11504,CG15525	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1021	0.0973	0.1203	0.0876	0.0657	0.1214	0.1081	0.1352	0.0657	0.157	0.1293	0.157	0.1092	0.0842	0.0903	0.0842	0.1084
chr3R	25823536	25823730	chr3R:25823537-25823730	FBgn0039732,FBgn0039733	CG11504,CG15525	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1342	0.124	0.1619	0.1153	0.0795	0.1539	0.1388	0.1699	0.0795	0.2065	0.1762	0.2065	0.1433	0.134	0.1103	0.134	0.1339
chr3R	25823811	25823962	chr3R:25823812-25823962	FBgn0039732,FBgn0039733	CG11504,CG15525	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0583	0.0495	0.0766	0.0482	0.0339	0.0621	0.0601	0.0566	0.0339	0.0972	0.0772	0.0972	0.0689	0.0704	0.0368	0.0704	0.0615
chr3R	25825891	25826042	chr3R:25825892-25826042	FBgn0039734,FBgn0085327	CG34298,Tace	none	none	VT49678.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0483	0.0611	0.0525	0.0292	0.0318	0.068	0.0766	0.0859	0.0318	0.0622	0.0547	0.0622	0.0271	0.0115	0.0161	0.0115	0.0224
chr3R	25826154	25826316	chr3R:25826155-25826316	FBgn0039734	Tace	stage5	none	VT49678.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0751	0.1105	0.0725	0.0384	0.0817	0.115	0.1371	0.1559	0.0817	0.0845	0.0778	0.0845	0.0349	0.0115	0.0213	0.0115	0.0266
chr3R	25829152	25829303	chr3R:25829153-25829303	distal	distal	none	none	VT49680.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0552	0.0346	0.0153	0.0329	0.0675	0.0614	0.0819	0.0329	0.0531	0.0322	0.0531	0.0434	0.0115	0.0135	0.0115	0.0219
chr3R	25830062	25830213	chr3R:25830063-25830213	FBgn0016685,FBgn0039735	CG7911,Nlp	stage11,stage5	none	VT49680.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0689	0.0831	0.0441	0.0329	0.083	0.0861	0.0933	0.0329	0.1153	0.0788	0.1153	0.079	0.0436	0.0335	0.0436	0.0584
chr3R	25830325	25830509	chr3R:25830326-25830509	FBgn0016685,FBgn0039735	CG7911,Nlp	stage11,stage5	none	VT49680.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1449	0.1422	0.1763	0.1134	0.0742	0.1854	0.1548	0.2025	0.0742	0.2409	0.1791	0.2409	0.1766	0.1286	0.0993	0.1286	0.1496
chr3R	25830566	25830743	chr3R:25830567-25830743	FBgn0016685,FBgn0039735	CG7911,Nlp	stage11,stage5	none	VT49680.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1607	0.157	0.2018	0.1198	0.0859	0.1951	0.1713	0.2298	0.0859	0.2488	0.2135	0.2488	0.2037	0.1248	0.1025	0.1248	0.1522
chr3R	25830826	25831476	chr3R:25830827-25831476	FBgn0016685,FBgn0039735	CG7911,Nlp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1543	0.1401	0.1973	0.123	0.0732	0.1966	0.1449	0.1939	0.0732	0.2198	0.2228	0.2198	0.1782	0.1049	0.1225	0.1049	0.1126
chr3R	25833945	25834096	chr3R:25833946-25834096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0272	0.0385	0.0286	0.0132	0.017	0.0617	0.0385	0.0453	0.017	0.0483	0.0254	0.0483	0.0287	0.023	0.0123	0.023	0.0125
chr3R	25838825	25838976	chr3R:25838826-25838976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0227	0.0263	0.032	0.0074	0.0272	0.0281	0.032	0.0074	0.0302	0.0219	0.0302	0.0519	0.0276	0.0181	0.0276	0.0657
chr3R	25839670	25840024	chr3R:25839671-25840024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0677	0.048	0.0662	0.0914	0.0223	0.066	0.0528	0.062	0.0223	0.0767	0.0717	0.0767	0.096	0.0743	0.0761	0.0743	0.1892
chr3R	25840031	25840484	chr3R:25840032-25840484	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0712	0.047	0.084	0.0841	0.0212	0.0665	0.0515	0.062	0.0212	0.0857	0.09	0.0857	0.1247	0.0781	0.0658	0.0781	0.1553
chr3R	25840672	25840969	chr3R:25840673-25840969	FBgn0039737	CG7920	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0952	0.0538	0.1091	0.1262	0.0255	0.0704	0.0627	0.068	0.0255	0.1214	0.1087	0.1214	0.1418	0.1348	0.098	0.1348	0.1584
chr3R	25841071	25841256	chr3R:25841072-25841256	FBgn0039737	CG7920	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1283	0.1023	0.158	0.1248	0.0647	0.1296	0.1103	0.1426	0.0647	0.1691	0.1791	0.1691	0.1844	0.1217	0.118	0.1217	0.1548
chr3R	25841339	25841490	chr3R:25841340-25841490	FBgn0039737	CG7920	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0577	0.0827	0.0553	0.0392	0.068	0.0701	0.0773	0.0392	0.0888	0.0932	0.0888	0.0968	0.0521	0.0509	0.0521	0.0703
chr3R	25846092	25846243	chr3R:25846093-25846243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0273	0.0244	0.0277	0.0302	0.0106	0.0277	0.0424	0.0187	0.0106	0.0296	0.0293	0.0296	0.0302	0.0168	0.0193	0.0168	0.0672
chr3R	25847801	25848017	chr3R:25847802-25848017	FBgn0039738,FBgn0039739	Mgat2,RpS28a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2801	0.2588	0.3286	0.2505	0.2195	0.3097	0.2984	0.3145	0.2195	0.3913	0.3543	0.3913	0.3277	0.2749	0.2714	0.2749	0.3059
chr3R	25848416	25848607	chr3R:25848417-25848607	FBgn0026597,FBgn0039738,FBgn0039739	Axn,Mgat2,RpS28a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2433	0.211	0.2997	0.2174	0.1654	0.2481	0.2431	0.2718	0.1654	0.3581	0.3325	0.3581	0.2727	0.2374	0.2328	0.2374	0.2574
chr3R	25848816	25848967	chr3R:25848817-25848967	FBgn0026597,FBgn0039739	Axn,RpS28a	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0503	0.0492	0.0588	0.0422	0.0297	0.0422	0.0753	0.062	0.0297	0.0809	0.0579	0.0809	0.0612	0.0444	0.0438	0.0444	0.0516
chr3R	25852940	25853091	chr3R:25852941-25853091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0261	0.0279	0.0302	0.0196	0.0201	0.0233	0.048	0.0273	0.0201	0.0205	0.0257	0.0205	0.0147	0.0077	0.009	0.0077	0.0089
chr3R	25853278	25853620	chr3R:25853279-25853620	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0425	0.0603	0.0448	0.0202	0.0435	0.035	0.1142	0.064	0.0435	0.0254	0.0569	0.0254	0.0201	0.01	0.0206	0.01	0.0135
chr3R	25855138	25855317	chr3R:25855139-25855317	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0208	0.0278	0.024	0.0053	0.0184	0.0346	0.024	0.0053	0.0211	0.0248	0.0211	0.0101	0.0054	0.0116	0.0054	0.012
chr3R	25855852	25856102	chr3R:25855853-25856102	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0668	0.0583	0.0755	0.0666	0.0276	0.0612	0.0783	0.0826	0.0276	0.0531	0.0656	0.0531	0.0186	0.0138	0.0213	0.0138	0.0135
chr3R	25858113	25858264	chr3R:25858114-25858264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.026	0.0297	0.0294	0.0182	0.017	0.0262	0.051	0.0286	0.017	0.0272	0.026	0.0272	0.0449	0.0161	0.0142	0.0161	0.0323
chr3R	25862260	25862411	chr3R:25862261-25862411	FBgn0039740	CG7928	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0393	0.0537	0.037	0.035	0.0383	0.0519	0.05	0.035	0.0604	0.0666	0.0604	0.0519	0.0436	0.0413	0.0436	0.0412
chr3R	25862503	25862670	chr3R:25862504-25862670	FBgn0039740	CG7928	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0999	0.0912	0.119	0.0887	0.0573	0.1039	0.1194	0.1139	0.0573	0.1365	0.1322	0.1365	0.1317	0.111	0.0812	0.111	0.112
chr3R	25864963	25865115	chr3R:25864964-25865115	FBgn0001280,FBgn0003511	Sry-beta,janA	stage11,stage5	none	Sry-beta_-324,VT49703.1,janA_JA-56	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.0576	0.0577	0.0425	0.0297	0.0612	0.0856	0.0686	0.0297	0.0719	0.0637	0.0719	0.0527	0.049	0.0406	0.049	0.0558
chr3R	25865181	25865531	chr3R:25865182-25865531	FBgn0001280,FBgn0003511	Sry-beta,janA	stage11,stage14,stage5	none	Sry-beta_-117,Sry-beta_-324,VT49703.1,janA_JA-56	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1505	0.1562	0.1761	0.116	0.1188	0.1709	0.2132	0.1819	0.1188	0.2126	0.1907	0.2126	0.1727	0.1172	0.1103	0.1172	0.1397
chr3R	25865622	25865773	chr3R:25865623-25865773	FBgn0001280,FBgn0003511	Sry-beta,janA	stage5	none	VT49703.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0548	0.0641	0.064	0.0343	0.0414	0.0607	0.106	0.066	0.0414	0.0779	0.0695	0.0779	0.0643	0.0268	0.0316	0.0268	0.0386
chr3R	25866566	25866717	chr3R:25866567-25866717	FBgn0003510	Sry-alpha	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0598	0.1285	0.0291	0.0169	0.1729	0.0461	0.2708	0.0753	0.1729	0.0393	0.0293	0.0393	0.0194	0.0145	0.0142	0.0145	0.0234
chr3R	25866856	25867106	chr3R:25866857-25867106	FBgn0003510	Sry-alpha	stage5	none	Sry-alpha_CANBG	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0946	0.215	0.039	0.0212	0.3128	0.0704	0.4472	0.1199	0.3128	0.0429	0.0415	0.0429	0.0349	0.0199	0.0226	0.0199	0.0276
chr3R	25868193	25868344	chr3R:25868194-25868344	distal	distal	none	none	Sry-delta_SDL1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0936	0.0346	0.0135	0.0817	0.0481	0.2067	0.0486	0.0817	0.0356	0.0376	0.0356	0.0356	0.0145	0.0077	0.0145	0.0188
chr3R	25868421	25868572	chr3R:25868422-25868572	FBgn0003512	Sry-delta	none	none	Sry-delta_SDL1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0998	0.0462	0.0224	0.1092	0.0529	0.2024	0.0633	0.1092	0.055	0.0486	0.055	0.0457	0.0268	0.0213	0.0268	0.025
chr3R	25868957	25869126	chr3R:25868958-25869126	FBgn0003512	Sry-delta	stage11,stage14,stage5	none	Sry-delta_SDL1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1555	0.1611	0.1819	0.1202	0.1273	0.15	0.2405	0.1712	0.1273	0.2162	0.19	0.2162	0.1952	0.1317	0.127	0.1317	0.1454
chr3R	25871307	25871458	chr3R:25871308-25871458	FBgn0002626	RpL32	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0577	0.0557	0.0755	0.0404	0.0308	0.0714	0.064	0.0713	0.0308	0.0942	0.0801	0.0942	0.0813	0.0551	0.04	0.0551	0.0511
chr3R	25871559	25871710	chr3R:25871560-25871710	FBgn0002626,FBgn0039741	CG7943,RpL32	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0854	0.0657	0.1162	0.0735	0.0361	0.0835	0.0718	0.0939	0.0361	0.1516	0.1193	0.1516	0.1239	0.0858	0.0793	0.0858	0.0902
chr3R	25871817	25871999	chr3R:25871818-25871999	FBgn0002626,FBgn0039741	CG7943,RpL32	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1893	0.1557	0.2453	0.1654	0.105	0.1879	0.1799	0.2085	0.105	0.3074	0.2495	0.3074	0.2587	0.1792	0.1883	0.1792	0.1787
chr3R	25872059	25872256	chr3R:25872060-25872256	FBgn0002626,FBgn0039741	CG7943,RpL32	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1954	0.1644	0.2373	0.1841	0.1145	0.1981	0.1856	0.2225	0.1145	0.3213	0.2415	0.3213	0.2254	0.2006	0.1921	0.2006	0.211
chr3R	25872326	25872497	chr3R:25872327-25872497	FBgn0002626,FBgn0039741	CG7943,RpL32	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1981	0.1695	0.2484	0.1748	0.1166	0.2184	0.1968	0.2059	0.1166	0.3164	0.2701	0.3164	0.2177	0.1868	0.1741	0.1868	0.2126
chr3R	25872510	25872704	chr3R:25872511-25872704	FBgn0039741	CG7943	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.156	0.1401	0.1834	0.1437	0.0965	0.1728	0.1704	0.1686	0.0965	0.2204	0.1974	0.2204	0.1766	0.144	0.1483	0.144	0.1881
chr3R	25875374	25875525	chr3R:25875375-25875525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0354	0.0232	0.0121	0.035	0.0184	0.0744	0.022	0.035	0.0284	0.0238	0.0284	0.0263	0.0145	0.0123	0.0145	0.0162
chr3R	25877836	25878048	chr3R:25877837-25878048	FBgn0039742,FBgn0039743	CG15528,CG7946	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.1008	0.0595	0.0348	0.0774	0.0845	0.1449	0.1346	0.0774	0.0767	0.0653	0.0767	0.0635	0.0429	0.0419	0.0429	0.0391
chr3R	25878287	25878471	chr3R:25878288-25878471	FBgn0039742,FBgn0039743	CG15528,CG7946	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1553	0.1429	0.1852	0.1362	0.0965	0.1631	0.1778	0.1892	0.0965	0.2144	0.2058	0.2144	0.2022	0.1447	0.1483	0.1447	0.1683
chr3R	25878552	25878703	chr3R:25878553-25878703	FBgn0039743	CG7946	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0642	0.0649	0.0764	0.05	0.0371	0.0704	0.0874	0.0839	0.0371	0.0888	0.0801	0.0888	0.0837	0.0582	0.0471	0.0582	0.0709
chr3R	25881722	25881901	chr3R:25881723-25881901	FBgn0003479,FBgn0039744	CG15526,spn-A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1143	0.0978	0.1511	0.0923	0.052	0.1248	0.1189	0.1226	0.052	0.2041	0.1453	0.2041	0.165	0.1263	0.1038	0.1263	0.1386
chr3R	25882014	25882396	chr3R:25882015-25882396	FBgn0003479,FBgn0039744,FBgn0085346,FBgn0260468	CG15526,CG34317,CG7950,spn-A	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.168	0.1402	0.2216	0.1402	0.07	0.1796	0.1596	0.1905	0.07	0.2748	0.2299	0.2748	0.2603	0.1547	0.1399	0.1547	0.2178
chr3R	25882486	25882654	chr3R:25882487-25882654	FBgn0085346,FBgn0260468	CG34317,CG7950	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1218	0.1003	0.1518	0.1129	0.0551	0.1223	0.1168	0.1386	0.0551	0.1884	0.1624	0.1884	0.1696	0.1332	0.1109	0.1332	0.1443
chr3R	25883612	25883803	chr3R:25883613-25883803	FBgn0015542	sima	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0685	0.0577	0.0942	0.0525	0.0308	0.0723	0.0753	0.066	0.0308	0.1027	0.0949	0.1027	0.1363	0.049	0.0574	0.049	0.0683
chr3R	25883905	25884082	chr3R:25883906-25884082	FBgn0015542	sima	stage11,stage14,stage5	none	VT49716.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1635	0.1489	0.1937	0.1468	0.0891	0.185	0.186	0.1765	0.0891	0.2343	0.2177	0.2343	0.1944	0.1462	0.1631	0.1462	0.1897
chr3R	25884189	25884587	chr3R:25884190-25884587	FBgn0015542	sima	stage11,stage14,stage5	none	VT49716.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1385	0.1292	0.1532	0.1329	0.0774	0.1592	0.1583	0.1652	0.0774	0.1727	0.1698	0.1727	0.1851	0.1309	0.1509	0.1309	0.1954
chr3R	25884608	25884767	chr3R:25884609-25884767	distal	distal	stage11	none	VT49716.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0554	0.0435	0.0685	0.0544	0.0201	0.0578	0.058	0.0466	0.0201	0.0682	0.0778	0.0682	0.0991	0.0452	0.0716	0.0452	0.0891
chr3R	25885811	25885962	chr3R:25885812-25885962	distal	distal	none	none	VT49716.1,VT49717.1	VT49717.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.036	0.0224	0.0481	0.0377	0.0064	0.0374	0.0247	0.0213	0.0064	0.0664	0.0675	0.0664	0.024	0.0383	0.0954	0.0383	0.0255
chr3R	25886352	25886503	chr3R:25886353-25886503	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT49717.1	VT49717.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0427	0.0439	0.0365	0.0482	0.0233	0.0427	0.0735	0.0433	0.0233	0.0435	0.0434	0.0435	0.0372	0.0681	0.0677	0.0681	0.062
chr3R	25886675	25886886	chr3R:25886676-25886886	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT49717.1	VT49717.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0674	0.0556	0.0534	0.0958	0.035	0.0612	0.0861	0.05	0.035	0.0791	0.0473	0.0791	0.055	0.1593	0.0916	0.1593	0.1407
chr3R	25887051	25887202	chr3R:25887052-25887202	distal	distal	stage14	stage14	VT49717.1	VT49717.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0264	0.0289	0.0538	0.0117	0.0257	0.0458	0.024	0.0117	0.0356	0.0344	0.0356	0.0263	0.0926	0.0477	0.0926	0.0818
chr3R	25889511	25889662	chr3R:25889512-25889662	distal	distal	none	none	VT49719.1	VT49719.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0178	0.0211	0.0192	0.0085	0.0214	0.0238	0.0213	0.0085	0.0157	0.0196	0.0157	0.0503	0.0115	0.0213	0.0115	0.036
chr3R	25902167	25902429	chr3R:25902168-25902429	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT49726.1	VT49726.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0421	0.0396	0.0448	0.0419	0.0201	0.0408	0.0588	0.0446	0.0201	0.0513	0.0341	0.0513	0.0403	0.0368	0.0213	0.0368	0.0485
chr3R	25902562	25902756	chr3R:25902563-25902756	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT49726.1	VT49726.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.034	0.0298	0.0308	0.0233	0.0383	0.0476	0.0366	0.0233	0.0374	0.0254	0.0374	0.0356	0.0383	0.0297	0.0383	0.0412
chr3R	25916013	25916373	chr3R:25916014-25916373	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0397	0.0219	0.0264	0.0741	0.0095	0.034	0.0272	0.0187	0.0095	0.026	0.0244	0.026	0.031	0.0605	0.0522	0.0605	0.0542
chr3R	25917732	25917883	chr3R:25917733-25917883	distal	distal	none	none	VT49734.1	VT49734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0128	0.0085	0.0093	0.0216	0.0064	0.0083	0.0125	0.01	0.0064	0.0109	0.0106	0.0109	0.0108	0.0597	0.011	0.0597	0.0198
chr3R	25918005	25918156	chr3R:25918006-25918156	distal	distal	none	none	VT49734.1	VT49734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0169	0.0106	0.0118	0.0295	0.0053	0.0107	0.019	0.0073	0.0053	0.0127	0.0129	0.0127	0.0132	0.0819	0.0213	0.0819	0.024
chr3R	25918343	25918494	chr3R:25918344-25918494	distal	distal	stage14	stage14	VT49734.1	VT49734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0206	0.0101	0.0148	0.0386	0.0011	0.0136	0.016	0.01	0.0011	0.0139	0.0174	0.0139	0.0178	0.1179	0.0232	0.1179	0.0292
chr3R	25918592	25918790	chr3R:25918593-25918790	distal	distal	stage14	stage14	VT49734.1	VT49734.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0128	0.0194	0.0437	0.0053	0.0175	0.0182	0.0113	0.0053	0.0169	0.0238	0.0169	0.0194	0.1225	0.0303	0.1225	0.0276
chr3R	25921482	25921633	chr3R:25921483-25921633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0174	0.0166	0.0166	0.0095	0.0136	0.0277	0.0253	0.0095	0.0169	0.0215	0.0169	0.0139	0.0145	0.0277	0.0145	0.0193
chr3R	25924019	25924238	chr3R:25924020-25924238	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0253	0.0336	0.0185	0.0235	0.018	0.0252	0.0554	0.0393	0.018	0.026	0.0183	0.026	0.0178	0.0138	0.0148	0.0138	0.0156
chr3R	25925034	25925212	chr3R:25925035-25925212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0509	0.0125	0.0336	0.1127	0.0032	0.0204	0.0169	0.01	0.0032	0.0217	0.0312	0.0217	0.0806	0.1639	0.0935	0.1639	0.1464
chr3R	25928579	25928878	chr3R:25928580-25928878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0401	0.0204	0.0368	0.0656	0.0106	0.0252	0.0277	0.0193	0.0106	0.0362	0.0289	0.0362	0.086	0.0965	0.0226	0.0965	0.1423
chr3R	25931851	25932002	chr3R:25931852-25932002	distal	distal	none	none	VT49741.1,VT49742.1	VT49741.1,VT49742.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0157	0.0076	0.0141	0.0266	0.0032	0.0087	0.0099	0.01	0.0032	0.0199	0.01	0.0199	0.0271	0.0643	0.0174	0.0643	0.0344
chr3R	25932301	25932452	chr3R:25932302-25932452	distal	distal	none	none	VT49741.1,VT49742.1	VT49741.1,VT49742.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0086	0.0118	0.017	0.0042	0.0107	0.0134	0.008	0.0042	0.0121	0.0087	0.0121	0.0248	0.0176	0.0071	0.0176	0.036
chr3R	25932663	25932814	chr3R:25932664-25932814	distal	distal	stage14	stage14	VT49742.1	VT49742.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0193	0.0111	0.0162	0.0319	0.0032	0.0121	0.019	0.0073	0.0032	0.0115	0.0174	0.0115	0.0287	0.0329	0.0239	0.0329	0.0662
chr3R	25936722	25936892	chr3R:25936723-25936892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0266	0.0168	0.0217	0.043	0.0085	0.0194	0.0242	0.0167	0.0085	0.0386	0.0199	0.0386	0.024	0.1501	0.0206	0.1501	0.0281
chr3R	25940287	25940438	chr3R:25940288-25940438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0131	0.0128	0.0267	0.0021	0.015	0.0212	0.0147	0.0021	0.0121	0.0158	0.0121	0.0093	0.0253	0.0155	0.0253	0.0151
chr3R	25941697	25941848	chr3R:25941698-25941848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0136	0.0145	0.0194	0.0042	0.0092	0.0234	0.018	0.0042	0.0115	0.0186	0.0115	0.0194	0.0191	0.0206	0.0191	0.0281
chr3R	25947551	25947727	chr3R:25947552-25947727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0591	0.0872	0.0648	0.0297	0.0694	0.074	0.0799	0.0297	0.1008	0.0958	0.1008	0.0837	0.0773	0.0716	0.0773	0.0667
chr3R	25947857	25948008	chr3R:25947858-25948008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0283	0.0255	0.0354	0.0237	0.0159	0.0286	0.0389	0.0266	0.0159	0.0405	0.0412	0.0405	0.0341	0.0368	0.02	0.0368	0.025
chr3R	25960011	25960192	chr3R:25960012-25960192	FBgn0086355	Tpi	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0509	0.0127	0.0325	0.1136	0.0064	0.0189	0.0199	0.006	0.0064	0.0248	0.0325	0.0248	0.0689	0.1041	0.1154	0.1041	0.1605
chr3R	25960334	25960512	chr3R:25960335-25960512	FBgn0086355	Tpi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0345	0.0093	0.0189	0.0797	0.0042	0.0117	0.0143	0.008	0.0042	0.0199	0.017	0.0199	0.0364	0.085	0.0825	0.085	0.1094
chr3R	25971781	25971932	chr3R:25971782-25971932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0116	0.0085	0.0098	0.017	0.0021	0.0097	0.016	0.0053	0.0021	0.0127	0.0106	0.0127	0.0101	0.0605	0.0123	0.0605	0.0057
chr3R	25975965	25976116	chr3R:25975966-25976116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0138	0.0117	0.0132	0.0169	0.0042	0.0117	0.0225	0.0087	0.0042	0.0157	0.0138	0.0157	0.0186	0.0176	0.0148	0.0176	0.0302
chr3R	25976132	25976283	chr3R:25976133-25976283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0148	0.0174	0.0244	0.0064	0.016	0.0255	0.0133	0.0064	0.0169	0.017	0.0169	0.0302	0.026	0.0245	0.026	0.0401
chr3R	25976400	25976564	chr3R:25976401-25976564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0299	0.0155	0.0237	0.0529	0.0095	0.016	0.0251	0.0153	0.0095	0.0193	0.0209	0.0193	0.0527	0.0674	0.0529	0.0674	0.0766
chr3R	25979689	25979896	chr3R:25979690-25979896	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0583	0.0528	0.068	0.0539	0.0392	0.0529	0.0701	0.0693	0.0392	0.0676	0.0768	0.0676	0.096	0.0574	0.0613	0.0574	0.0714
chr3R	25980362	25980569	chr3R:25980363-25980569	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0262	0.0278	0.0251	0.0256	0.0095	0.0267	0.0454	0.034	0.0095	0.0278	0.0315	0.0278	0.0225	0.0314	0.0458	0.0314	0.0287
chr3R	25983099	25983332	chr3R:25983100-25983332	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.053	0.0154	0.0111	0.0488	0.0228	0.0839	0.0819	0.0488	0.0054	0.0244	0.0054	0.0139	0.0092	0.0297	0.0092	0.0052
chr3R	25983589	25983740	chr3R:25983590-25983740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0184	0.0206	0.0176	0.0167	0.0074	0.0184	0.0342	0.0253	0.0074	0.0181	0.0209	0.0181	0.017	0.0168	0.0348	0.0168	0.0099
chr3R	25986128	25986303	chr3R:25986129-25986303	FBgn0039749	CG11498	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0385	0.0409	0.0457	0.0223	0.033	0.0606	0.0486	0.0223	0.0217	0.0646	0.0217	0.0473	0.0184	0.1444	0.0184	0.0307
chr3R	25989551	25989702	chr3R:25989552-25989702	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0077	0.0119	0.0167	0.0053	0.0087	0.0138	0.0047	0.0053	0.0115	0.0151	0.0115	0.0085	0.0138	0.0355	0.0138	0.0109
chr3R	25989754	25989905	chr3R:25989755-25989905	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0096	0.014	0.0166	0.0042	0.0107	0.0173	0.0073	0.0042	0.0157	0.0158	0.0157	0.0124	0.0077	0.0413	0.0077	0.0104
chr3R	25992125	25992325	chr3R:25992126-25992325	FBgn0051030	CG31030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0568	0.0361	0.0619	0.0742	0.0117	0.0636	0.0342	0.0406	0.0117	0.09	0.0354	0.09	0.048	0.1072	0.0245	0.1072	0.0526
chr3R	25996293	25996444	chr3R:25996294-25996444	FBgn0051028	CG31028	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0161	0.0095	0.0168	0.0227	0.0042	0.0117	0.0147	0.008	0.0042	0.0187	0.0232	0.0187	0.017	0.0322	0.0561	0.0322	0.0099
chr3R	25996880	25997141	chr3R:25996881-25997141	FBgn0051028	CG31028	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.058	0.0248	0.0618	0.0911	0.0106	0.0354	0.0311	0.026	0.0106	0.0272	0.1145	0.0272	0.0341	0.059	0.2624	0.059	0.0339
chr3R	25997355	25997523	chr3R:25997356-25997523	FBgn0051028	CG31028	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0283	0.0196	0.0275	0.0389	0.0074	0.0223	0.0316	0.018	0.0074	0.0187	0.0431	0.0187	0.0271	0.0413	0.0999	0.0413	0.024
chr3R	25999838	25999989	chr3R:25999839-25999989	FBgn0002773	Mlc2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0148	0.0162	0.0334	0.0074	0.0189	0.0216	0.0127	0.0074	0.0302	0.0125	0.0302	0.0132	0.1279	0.0161	0.1279	0.0135
chr3R	26000158	26000309	chr3R:26000159-26000309	FBgn0002773	Mlc2	stage14	none	Mlc2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0303	0.0181	0.0241	0.0508	0.0042	0.0252	0.0272	0.016	0.0042	0.0447	0.0199	0.0447	0.0256	0.1983	0.0226	0.1983	0.0182
chr3R	26000334	26000510	chr3R:26000335-26000510	FBgn0002773	Mlc2	stage14	none	Mlc2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.033	0.0196	0.0274	0.054	0.0042	0.0311	0.0251	0.0173	0.0042	0.0435	0.0267	0.0435	0.0271	0.2083	0.0271	0.2083	0.0182
chr3R	26000667	26000908	chr3R:26000668-26000908	FBgn0002773	Mlc2	stage14	none	Mlc2	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.044	0.0288	0.0404	0.065	0.0191	0.0359	0.0363	0.0333	0.0191	0.0616	0.0412	0.0616	0.0372	0.255	0.0335	0.255	0.0208
chr3R	26002161	26002312	chr3R:26002162-26002312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0231	0.0151	0.0218	0.0334	0.0095	0.017	0.0234	0.0133	0.0095	0.0326	0.0199	0.0326	0.0248	0.1011	0.0239	0.1011	0.0234
chr3R	26003092	26003243	chr3R:26003093-26003243	FBgn0039751,FBgn0039752	CG15530,CG1983	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0418	0.0277	0.0536	0.0447	0.0159	0.032	0.0333	0.0386	0.0159	0.0604	0.0605	0.0604	0.0713	0.0544	0.0413	0.0544	0.0677
chr3R	26003329	26003500	chr3R:26003330-26003500	FBgn0039751,FBgn0039752	CG15530,CG1983	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0556	0.0862	0.0706	0.0403	0.067	0.0562	0.0866	0.0403	0.1045	0.0958	0.1045	0.0984	0.0865	0.0677	0.0865	0.0954
chr3R	26003615	26003766	chr3R:26003616-26003766	FBgn0039751,FBgn0039752	CG15530,CG1983	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0264	0.0407	0.0316	0.0148	0.0301	0.0355	0.032	0.0148	0.0332	0.0527	0.0332	0.0511	0.0375	0.0316	0.0375	0.0448
chr3R	26005577	26005763	chr3R:26005578-26005763	FBgn0260860	Bet5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0421	0.0635	0.0446	0.0244	0.0427	0.0558	0.0593	0.0244	0.0767	0.0743	0.0767	0.0782	0.0559	0.0522	0.0559	0.05
chr3R	26005841	26006025	chr3R:26005842-26006025	FBgn0260860	Bet5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1025	0.0909	0.1269	0.0887	0.0615	0.101	0.109	0.1272	0.0615	0.151	0.1437	0.151	0.141	0.0919	0.0954	0.0919	0.1126
chr3R	26006259	26006410	chr3R:26006260-26006410	FBgn0260860	Bet5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0309	0.0353	0.0241	0.0201	0.034	0.0463	0.032	0.0201	0.0393	0.0392	0.0393	0.0349	0.0237	0.0284	0.0237	0.0302
chr3R	26016892	26017145	chr3R:26016893-26017145	FBgn0039754	CG9747	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.035	0.0234	0.0321	0.051	0.0085	0.0233	0.0368	0.0286	0.0085	0.0181	0.0511	0.0181	0.0341	0.0153	0.1541	0.0153	0.0386
chr3R	26017470	26017621	chr3R:26017471-26017621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0184	0.0116	0.0179	0.0266	0.0042	0.0087	0.0199	0.0147	0.0042	0.0157	0.0248	0.0157	0.0186	0.0153	0.0677	0.0153	0.024
chr3R	26018016	26018167	chr3R:26018017-26018167	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.009	0.0112	0.0169	0.0032	0.0078	0.0169	0.0087	0.0032	0.0109	0.0154	0.0109	0.0085	0.0107	0.0535	0.0107	0.0078
chr3R	26021333	26021531	chr3R:26021334-26021531	FBgn0039755	CG15531	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0555	0.0201	0.0447	0.1071	0.0074	0.0257	0.0268	0.02	0.0074	0.038	0.0437	0.038	0.0953	0.1692	0.1032	0.1692	0.1485
chr3R	26023422	26023646	chr3R:26023423-26023646	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0465	0.0239	0.0439	0.0745	0.0053	0.0335	0.0303	0.03	0.0053	0.0779	0.0347	0.0779	0.0534	0.1991	0.0271	0.1991	0.0933
chr3R	26028644	26029077	chr3R:26028645-26029077	FBgn0039756	CG9743	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.111	0.0465	0.1023	0.1926	0.0201	0.0646	0.0558	0.054	0.0201	0.0719	0.0704	0.0719	0.3052	0.1799	0.1954	0.1799	0.3762
chr3R	26029265	26029537	chr3R:26029266-26029537	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.077	0.0365	0.0701	0.1298	0.0148	0.0539	0.0433	0.042	0.0148	0.0525	0.0563	0.0525	0.1758	0.1034	0.1651	0.1034	0.2397
chr3R	26029859	26030010	chr3R:26029860-26030010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0294	0.013	0.0291	0.048	0.0011	0.0199	0.0151	0.0153	0.0011	0.0344	0.0209	0.0344	0.0713	0.075	0.0387	0.075	0.0849
chr3R	26030044	26030198	chr3R:26030045-26030198	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0343	0.0172	0.036	0.0514	0.0032	0.0233	0.0255	0.018	0.0032	0.032	0.0309	0.032	0.0899	0.0521	0.0329	0.0521	0.1136
chr3R	26032337	26032532	chr3R:26032338-26032532	FBgn0083047,FBgn0083048,FBgn0086664	snoRNA:Psi18S-1377d,snoRNA:Psi18S-1377e,snoRNA:Psi28S-2149	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0441	0.0481	0.0506	0.0326	0.0414	0.0413	0.0744	0.0546	0.0414	0.0688	0.0486	0.0688	0.0813	0.0413	0.0342	0.0413	0.0479
chr3R	26032553	26032704	chr3R:26032554-26032704	FBgn0083047,FBgn0083048,FBgn0083049,FBgn0086664	snoRNA:Psi18S-1377c,snoRNA:Psi18S-1377d,snoRNA:Psi18S-1377e,snoRNA:Psi28S-2149	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0358	0.0365	0.0435	0.0265	0.0318	0.0345	0.0519	0.042	0.0318	0.0664	0.0457	0.0664	0.0457	0.0352	0.0239	0.0352	0.0401
chr3R	26032790	26032977	chr3R:26032791-26032977	FBgn0083047,FBgn0083048,FBgn0083049,FBgn0083050,FBgn0086664	snoRNA:Psi18S-1377b,snoRNA:Psi18S-1377c,snoRNA:Psi18S-1377d,snoRNA:Psi18S-1377e,snoRNA:Psi28S-2149	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0462	0.0429	0.0569	0.0382	0.0382	0.0427	0.0623	0.044	0.0382	0.0857	0.0566	0.0857	0.0682	0.0406	0.0322	0.0406	0.0631
chr3R	26033546	26033697	chr3R:26033547-26033697	FBgn0082983,FBgn0083049,FBgn0083050,FBgn0086665	snoRNA:Psi18S-1377a,snoRNA:Psi18S-1377b,snoRNA:Psi18S-1377c,snoRNA:Psi28S-2626	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0278	0.0227	0.0365	0.0238	0.0159	0.0267	0.0281	0.0293	0.0159	0.0556	0.0367	0.0556	0.0403	0.026	0.0142	0.026	0.0396
chr3R	26034181	26034500	chr3R:26034182-26034500	FBgn0039757,FBgn0082983	RpS7,snoRNA:Psi28S-2626	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0887	0.0675	0.1199	0.078	0.035	0.084	0.0792	0.0906	0.035	0.1492	0.1315	0.1492	0.1278	0.0942	0.0729	0.0942	0.1032
chr3R	26034579	26034755	chr3R:26034580-26034755	FBgn0039757	RpS7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1393	0.1148	0.1723	0.1305	0.0806	0.1481	0.1298	0.1419	0.0806	0.2023	0.1926	0.2023	0.1813	0.1547	0.1277	0.1547	0.1662
chr3R	26035054	26035223	chr3R:26035055-26035223	FBgn0000094,FBgn0039757	Anp,RpS7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0825	0.1217	0.0959	0.0541	0.1015	0.0939	0.1106	0.0541	0.1413	0.1441	0.1413	0.1084	0.1095	0.1012	0.1095	0.11
chr3R	26040455	26040606	chr3R:26040456-26040606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0176	0.0236	0.0192	0.0092	0.0138	0.0184	0.0446	0.022	0.0138	0.0139	0.0254	0.0139	0.0217	0.0061	0.0097	0.0061	0.0115
chr3R	26040789	26041034	chr3R:26040790-26041034	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0422	0.0339	0.0139	0.0201	0.0345	0.0675	0.054	0.0201	0.0133	0.045	0.0133	0.0565	0.0138	0.0168	0.0138	0.0172
chr3R	26041657	26041907	chr3R:26041658-26041907	FBgn0000279	CecC	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0178	0.0289	0.024	0.0053	0.0117	0.0281	0.0266	0.0053	0.0248	0.0219	0.0248	0.0046	0.0092	0.009	0.0092	0.0104
chr3R	26042430	26042581	chr3R:26042431-26042581	FBgn0000279	CecC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.009	0.0131	0.011	0.0064	0.0044	0.016	0.0107	0.0064	0.0109	0.0096	0.0109	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0031
chr3R	26042619	26042770	chr3R:26042620-26042770	FBgn0000279	CecC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.013	0.0164	0.0127	0.0064	0.0117	0.0199	0.0173	0.0064	0.0139	0.0109	0.0139	0.0085	0.0069	0.0032	0.0069	0.0052
chr3R	26042847	26042998	chr3R:26042848-26042998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0125	0.0126	0.0145	0.0042	0.015	0.016	0.0173	0.0042	0.0054	0.008	0.0054	0.0108	0.0046	0.0019	0.0046	0.0047
chr3R	26044746	26044912	chr3R:26044747-26044912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0274	0.0302	0.0156	0.0106	0.0189	0.0437	0.04	0.0106	0.0193	0.0379	0.0193	0.0077	0.0061	0.0161	0.0061	0.0109
chr3R	26047015	26047166	chr3R:26047016-26047166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0174	0.0211	0.0093	0.0053	0.0233	0.0199	0.0227	0.0053	0.0211	0.0289	0.0211	0.017	0.0069	0.0039	0.0069	0.0083
chr3R	26049817	26049968	chr3R:26049818-26049968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.011	0.011	0.0128	0.0053	0.0102	0.0169	0.0147	0.0053	0.0127	0.009	0.0127	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.0063
chr3R	26050130	26050281	chr3R:26050131-26050281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.007	0.0089	0.0127	0.0042	0.0097	0.0082	0.0073	0.0042	0.0103	0.008	0.0103	0.007	0.0015	0.0026	0.0015	0.0021
chr3R	26050563	26050714	chr3R:26050564-26050714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0149	0.0127	0.0136	0.0187	0.0032	0.0209	0.0134	0.0153	0.0032	0.0121	0.008	0.0121	0.0116	0.0054	0.0019	0.0054	0.0031
chr3R	26053900	26054051	chr3R:26053901-26054051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0112	0.0145	0.0146	0.0021	0.0136	0.0203	0.0073	0.0021	0.0133	0.0158	0.0133	0.007	0.0077	0.0058	0.0077	0.0063
chr3R	26055053	26055263	chr3R:26055054-26055263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0198	0.0197	0.0254	0.0136	0.0095	0.0194	0.0216	0.034	0.0095	0.0024	0.0183	0.0024	0.007	0.0015	0.0013	0.0015	5e-04
chr3R	26058156	26058307	chr3R:26058157-26058307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0139	0.0203	0.0113	0.0096	0.0064	0.0141	0.026	0.042	0.0064	0.0042	0.0103	0.0042	0.0085	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chr3R	26059223	26059374	chr3R:26059224-26059374	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0191	0.0269	0.0198	0.0097	0.017	0.0218	0.0346	0.0453	0.017	0.0097	0.0273	0.0097	0.0031	0.0061	0.0077	0.0061	0.0042
chr3R	26059670	26059855	chr3R:26059671-26059855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0135	0.0188	0.0138	0.0064	0.0131	0.0199	0.0153	0.0064	0.0109	0.0145	0.0109	0.007	0.0023	0.0064	0.0023	0.0036
chr3R	26060579	26060730	chr3R:26060580-26060730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0156	0.0191	0.0175	0.0095	0.0042	0.0146	0.0355	0.0207	0.0042	0.0139	0.0151	0.0139	0.0085	0.0015	0.0084	0.0015	0.0016
chr3R	26061316	26061473	chr3R:26061317-26061473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0138	0.0197	0.028	0.0053	0.0155	0.0238	0.01	0.0053	0.0085	0.0116	0.0085	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0063
chr3R	26062846	26062997	chr3R:26062847-26062997	FBgn0263402	CG43448	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0235	0.0214	0.0266	0.0223	0.0127	0.0252	0.0329	0.0187	0.0127	0.0248	0.0296	0.0248	0.0333	0.01	0.0181	0.01	0.0433
chr3R	26063746	26063897	chr3R:26063747-26063897	FBgn0263402	CG43448	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0155	0.0118	0.0138	0.0074	0.0141	0.0281	0.0133	0.0074	0.0103	0.0116	0.0103	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0.0089
chr3R	26069284	26069463	chr3R:26069285-26069463	FBgn0039758	CG9737	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0202	0.0107	0.0152	0.0362	0.0021	0.0102	0.0208	0.0087	0.0021	0.0066	0.0225	0.0066	0.0225	0.0123	0.0993	0.0123	0.036
chr3R	26073395	26073546	chr3R:26073396-26073546	FBgn0051383	tRNA:CR31383	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0391	0.0452	0.0401	0.0311	0.0382	0.0447	0.0567	0.0593	0.0382	0.0489	0.0373	0.0489	0.0325	0.0268	0.0264	0.0268	0.0354
chr3R	26073651	26073893	chr3R:26073652-26073893	FBgn0051383	tRNA:CR31383	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1056	0.1171	0.1074	0.0907	0.106	0.1218	0.1371	0.1606	0.106	0.1673	0.0942	0.1673	0.1177	0.1194	0.0729	0.1194	0.1371
chr3R	26074323	26074535	chr3R:26074324-26074535	FBgn0051023	tRNA:CR31023	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1272	0.1215	0.1377	0.122	0.0848	0.1306	0.154	0.1612	0.0848	0.154	0.1441	0.154	0.1448	0.1172	0.1193	0.1172	0.149
chr3R	26074690	26074926	chr3R:26074691-26074926	FBgn0051023,FBgn0085328	CG34299,tRNA:CR31023	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.039	0.0323	0.0434	0.0416	0.017	0.033	0.045	0.046	0.017	0.0411	0.0431	0.0411	0.0496	0.0276	0.0297	0.0276	0.0401
chr3R	26078039	26078276	chr3R:26078040-26078276	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.103	0.1087	0.1343	0.0622	0.0689	0.1199	0.1207	0.1659	0.0689	0.1963	0.1518	0.1963	0.0837	0.1003	0.0722	0.1003	0.0782
chr3R	26081503	26081654	chr3R:26081504-26081654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0197	0.0191	0.0266	0.0127	0.0042	0.0175	0.026	0.034	0.0042	0.0217	0.0395	0.0217	0.0139	0.0191	0.0161	0.0191	0.0094
chr3R	26085099	26085250	chr3R:26085100-26085250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0178	0.0176	0.0159	0.0085	0.0199	0.0255	0.02	0.0085	0.026	0.018	0.026	0.0124	0.0452	0.0135	0.0452	0.0083
chr3R	26085653	26085804	chr3R:26085654-26085804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0154	0.0128	0.0169	0.0167	0.0053	0.0146	0.0186	0.0153	0.0053	0.0332	0.0125	0.0332	0.0178	0.0544	0.0052	0.0544	0.0151
chr3R	26085870	26086021	chr3R:26085871-26086021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0127	0.0096	0.0137	0.015	0.0011	0.0102	0.0173	0.0087	0.0011	0.0272	0.0119	0.0272	0.0108	0.0391	0.0116	0.0391	0.0125
chr3R	26089110	26089522	chr3R:26089111-26089522	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0467	0.044	0.065	0.0297	0.0191	0.035	0.0657	0.0686	0.0191	0.0308	0.0939	0.0308	0.062	0.0176	0.0696	0.0176	0.0208
chr3R	26089703	26089859	chr3R:26089704-26089859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0222	0.0204	0.0319	0.0135	0.0095	0.017	0.0303	0.0313	0.0095	0.0109	0.0556	0.0109	0.0333	0.0115	0.0316	0.0115	0.0078
chr3R	26090567	26090773	chr3R:26090568-26090773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0215	0.0192	0.0206	0.0251	0.0042	0.0243	0.0281	0.0207	0.0042	0.0181	0.0232	0.0181	0.0225	0.0482	0.0187	0.0482	0.0292
chr3R	26091016	26091167	chr3R:26091017-26091167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0123	0.0098	0.0104	0.0171	0	0.0107	0.0169	0.0107	0	0.0109	0.0096	0.0109	0.0139	0.0337	0.0103	0.0337	0.0203
chr3R	26091418	26091569	chr3R:26091419-26091569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.0111	0.0121	0.0196	0.0032	0.0112	0.016	0.016	0.0032	0.0175	0.009	0.0175	0.0155	0.0551	0.0123	0.0551	0.0135
chr3R	26096183	26096334	chr3R:26096184-26096334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.025	0.0232	0.023	0.0292	0.0095	0.0228	0.0324	0.034	0.0095	0.0266	0.0228	0.0266	0.0294	0.0712	0.0148	0.0712	0.0151
chr3R	26096624	26096775	chr3R:26096625-26096775	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.038	0.0148	0.0428	0.0588	0.0032	0.0238	0.0156	0.018	0.0032	0.0725	0.0363	0.0725	0.0527	0.1401	0.0335	0.1401	0.0292
chr3R	26096840	26097148	chr3R:26096841-26097148	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.093	0.0329	0.1221	0.1283	0.0074	0.051	0.0355	0.0393	0.0074	0.1655	0.1135	0.1655	0.127	0.2113	0.0522	0.2113	0.0464
chr3R	26098609	26098842	chr3R:26098610-26098842	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1373	0.1066	0.1975	0.1057	0.0679	0.1345	0.1341	0.1226	0.0679	0.3098	0.1955	0.3098	0.1851	0.1937	0.0741	0.1937	0.099
chr3R	26098985	26099136	chr3R:26098986-26099136	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0536	0.0359	0.0219	0.0371	0.0471	0.0856	0.062	0.0371	0.0453	0.0373	0.0453	0.0294	0.0413	0.0103	0.0413	0.0151
chr3R	26099598	26099925	chr3R:26099599-26099925	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1017	0.1542	0.0989	0.0462	0.123	0.1228	0.2219	0.2145	0.123	0.0779	0.1219	0.0779	0.0713	0.0276	0.0348	0.0276	0.0281
chr3R	26101773	26102016	chr3R:26101774-26102016	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0856	0.1428	0.0892	0.0175	0.0827	0.1155	0.2223	0.1819	0.0827	0.0755	0.1383	0.0755	0.0488	0.0145	0.0309	0.0145	0.012
chr3R	26102783	26102977	chr3R:26102784-26102977	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1446	0.1236	0.176	0.1335	0.0901	0.1403	0.1596	0.1506	0.0901	0.1981	0.1942	0.1981	0.1704	0.1378	0.1115	0.1378	0.1532
chr3R	26103474	26103725	chr3R:26103475-26103725	FBgn0010113	hdc	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1764	0.1383	0.2197	0.1714	0.0891	0.1665	0.167	0.1765	0.0891	0.2675	0.219	0.2675	0.2223	0.1899	0.1431	0.1899	0.1777
chr3R	26103868	26104040	chr3R:26103869-26104040	FBgn0010113	hdc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0534	0.0505	0.0673	0.0415	0.0265	0.0612	0.067	0.0593	0.0265	0.0761	0.0711	0.0761	0.0697	0.0536	0.0393	0.0536	0.0412
chr3R	26107774	26107925	chr3R:26107775-26107925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0135	0.0136	0.0238	0.0064	0.0097	0.0225	0.0167	0.0064	0.0133	0.0122	0.0133	0.0062	0.0077	0.009	0.0077	0.0099
chr3R	26108498	26108649	chr3R:26108499-26108649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0199	0.0199	0.0196	0.0095	0.0248	0.029	0.02	0.0095	0.0242	0.0158	0.0242	0.0349	0.0161	0.0142	0.0161	0.0328
chr3R	26108950	26109119	chr3R:26108951-26109119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0125	0.026	0.0295	0.0042	0.015	0.019	0.0127	0.0042	0.0284	0.0158	0.0284	0.0612	0.0184	0.0258	0.0184	0.0537
chr3R	26112562	26112713	chr3R:26112563-26112713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.0207	0.0192	0.0132	0.0042	0.0257	0.0303	0.0227	0.0042	0.0284	0.0177	0.0284	0.0263	0.0084	0.0071	0.0084	0.0125
chr3R	26120214	26120365	chr3R:26120215-26120365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0109	0.0086	0.0118	0.0125	0.0021	0.0092	0.016	0.0067	0.0021	0.0127	0.0096	0.0127	0.0201	0.0061	0.0039	0.0061	0.0271
chr3R	26122521	26122672	chr3R:26122522-26122672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0122	0.0087	0.0108	0.0175	0.0074	0.0087	0.0151	0.0067	0.0074	0.0091	0.0093	0.0091	0.0147	0.01	0.0103	0.01	0.0334
chr3R	26123501	26123652	chr3R:26123502-26123652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0176	0.0101	0.0138	0.0302	0.0074	0.0102	0.0164	0.0073	0.0074	0.0133	0.0154	0.0133	0.0217	0.0191	0.0309	0.0191	0.062
chr3R	26123815	26123966	chr3R:26123816-26123966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0143	0.0152	0.0223	0.0074	0.0102	0.0251	0.0167	0.0074	0.0145	0.0196	0.0145	0.0147	0.01	0.0471	0.01	0.0198
chr3R	26133829	26133980	chr3R:26133830-26133980	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0105	0.0054	0.0105	0.0162	0.0042	0.0058	0.0074	0.0047	0.0042	0.0079	0.0071	0.0079	0.0263	0.0092	0.0064	0.0092	0.038
chr3R	26135677	26135880	chr3R:26135678-26135880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0263	0.0121	0.0325	0.0354	0.0053	0.0189	0.0138	0.0127	0.0053	0.0386	0.0334	0.0386	0.0473	0.0322	0.0277	0.0322	0.073
chr3R	26135903	26136163	chr3R:26135904-26136163	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0161	0.0376	0.0326	0.0064	0.0175	0.0216	0.0227	0.0064	0.0417	0.0431	0.0417	0.0496	0.0253	0.0329	0.0253	0.0578
chr3R	26137039	26137190	chr3R:26137040-26137190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0093	0.0113	0.0124	0.0032	0.0097	0.0138	0.0113	0.0032	0.0109	0.0116	0.0109	0.0093	0.0069	0.009	0.0069	0.012
chr3R	26138558	26138719	chr3R:26138559-26138719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0263	0.0279	0.0289	0.0216	0.0127	0.0369	0.0363	0.0306	0.0127	0.0537	0.027	0.0537	0.0232	0.0299	0.0174	0.0299	0.0261
chr3R	26139332	26139500	chr3R:26139333-26139500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0388	0.0667	0.0331	0.0138	0.0445	0.066	0.0887	0.0906	0.0445	0.0447	0.0415	0.0447	0.0163	0.0084	0.0103	0.0084	0.0146
chr3R	26141409	26141560	chr3R:26141410-26141560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0205	0.0138	0.0232	0.0251	0.0042	0.0146	0.0225	0.012	0.0042	0.0338	0.0225	0.0338	0.0201	0.0214	0.0226	0.0214	0.0386
chr3R	26141600	26141751	chr3R:26141601-26141751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0137	0.0197	0.0242	0.0064	0.0141	0.0247	0.008	0.0064	0.0217	0.0225	0.0217	0.0201	0.0268	0.0232	0.0268	0.0344
chr3R	26151622	26151773	chr3R:26151623-26151773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0076	0.0107	0.0106	0.0011	0.0083	0.0151	0.0047	0.0011	0.0163	0.0113	0.0163	0.0085	0.0069	0.0084	0.0069	0.0047
chr3R	26157548	26157728	chr3R:26157549-26157728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0253	0.0325	0.0288	0.0135	0.0233	0.0194	0.0493	0.0526	0.0233	0.0193	0.0405	0.0193	0.0209	0.01	0.0103	0.01	0.0073
chr3R	26157745	26157955	chr3R:26157746-26157955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.024	0.0277	0.0284	0.015	0.0159	0.0194	0.0359	0.0533	0.0159	0.0242	0.0395	0.0242	0.0132	0.0077	0.0123	0.0077	0.0083
chr3R	26158291	26158442	chr3R:26158292-26158442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0169	0.0191	0.0213	0.0097	0.0064	0.0189	0.0199	0.04	0.0064	0.0163	0.0254	0.0163	0.0108	0.0046	0.0071	0.0046	0.0047
chr3R	26160367	26160588	chr3R:26160368-26160588	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0529	0.0319	0.0938	0.0315	0.0085	0.032	0.0337	0.0646	0.0085	0.064	0.1614	0.064	0.0279	0.0145	0.0864	0.0145	0.0146
chr3R	26160796	26160968	chr3R:26160797-26160968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0156	0.0425	0.0187	0.0064	0.0175	0.0216	0.022	0.0064	0.0362	0.0685	0.0362	0.0217	0.01	0.0451	0.01	0.0125
chr3R	26162193	26162344	chr3R:26162194-26162344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0291	0.0241	0.0346	0.0287	0.0106	0.0238	0.0346	0.0326	0.0106	0.0447	0.035	0.0447	0.0411	0.0207	0.0219	0.0207	0.0344
chr3R	26163798	26164151	chr3R:26163799-26164151	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.155	0.0965	0.1943	0.1773	0.0541	0.1369	0.1064	0.1159	0.0541	0.2603	0.2087	0.2603	0.2556	0.2734	0.1773	0.2734	0.2559
chr3R	26164257	26164503	chr3R:26164258-26164503	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0643	0.0339	0.0678	0.0944	0.0201	0.0388	0.0433	0.0406	0.0201	0.0809	0.0688	0.0809	0.1115	0.1417	0.0716	0.1417	0.1574
chr3R	26169204	26169355	chr3R:26169205-26169355	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0114	0.0082	0.014	0.0123	0.0011	0.0112	0.0108	0.0093	0.0011	0.0133	0.0109	0.0133	0.0263	0.0038	0.0116	0.0038	0.0266
chr3R	26170041	26170346	chr3R:26170042-26170346	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0699	0.0795	0.0839	0.0439	0.0498	0.1102	0.0869	0.0933	0.0498	0.1322	0.0495	0.1322	0.1433	0.0421	0.0284	0.0421	0.0839
chr3R	26170605	26170854	chr3R:26170606-26170854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0251	0.0323	0.0251	0.0171	0.0106	0.0447	0.0458	0.03	0.0106	0.0356	0.0209	0.0356	0.0364	0.0214	0.0168	0.0214	0.0172
chr3R	26171374	26171568	chr3R:26171375-26171568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0204	0.0128	0.0179	0.0318	0.0064	0.0131	0.0212	0.012	0.0064	0.0193	0.0167	0.0193	0.031	0.0482	0.0303	0.0482	0.0401
chr3R	26172515	26172666	chr3R:26172516-26172666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0095	0.0104	0.0156	0.0053	0.0126	0.0117	0.0093	0.0053	0.0133	0.0125	0.0133	0.007	0.0322	0.0155	0.0322	0.0115
chr3R	26177548	26177699	chr3R:26177549-26177699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0167	0.0138	0.0226	0.0135	0.0042	0.0184	0.0173	0.018	0.0042	0.0399	0.0183	0.0399	0.0248	0.0107	0.011	0.0107	0.0188
chr3R	26178506	26178674	chr3R:26178507-26178674	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0261	0.013	0.0327	0.0334	0.0064	0.0204	0.0169	0.0093	0.0064	0.0248	0.0167	0.0248	0.1139	0.01	0.0116	0.01	0.0912
chr3R	26178858	26179009	chr3R:26178859-26179009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0152	0.0112	0.0164	0.0184	0.0042	0.0087	0.0212	0.012	0.0042	0.0236	0.0106	0.0236	0.0349	0.0084	0.0116	0.0084	0.0391
chr3R	26181722	26181873	chr3R:26181723-26181873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0091	0.0108	0.0113	0.0011	0.0049	0.0195	0.01	0.0011	0.0163	0.0116	0.0163	0.0077	0.0069	0.0077	0.0069	0.0063
chr3R	26182236	26182387	chr3R:26182237-26182387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0111	0.0093	0.0081	0.0064	0.0112	0.0177	0.012	0.0064	0.0133	0.01	0.0133	0.0054	0.0038	0.0045	0.0038	0.0057
chr3R	26182851	26183139	chr3R:26182852-26183139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0153	0.0175	0.0167	0.0085	0.0126	0.0251	0.0173	0.0085	0.0145	0.0199	0.0145	0.0155	0.01	0.0103	0.01	0.0115
chr3R	26183272	26183423	chr3R:26183273-26183423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0143	0.0154	0.0114	0.0074	0.0112	0.0247	0.0173	0.0074	0.0181	0.0164	0.0181	0.0093	0.0023	0.0123	0.0023	0.0063
chr3R	26183463	26183614	chr3R:26183464-26183614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.0155	0.0154	0.0123	0.0042	0.0131	0.0272	0.02	0.0042	0.0205	0.0177	0.0205	0.0062	0.0054	0.0161	0.0054	0.0068
chr3R	26194294	26194445	chr3R:26194295-26194445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0206	0.0297	0.0223	0.0085	0.0106	0.0267	0.0411	0.0473	0.0106	0.0272	0.0267	0.0272	0.0147	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr3R	26198157	26198308	chr3R:26198158-26198308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0233	0.0173	0.0082	0.0074	0.0189	0.0363	0.034	0.0074	0.0217	0.0196	0.0217	0.0116	0.0077	0.0071	0.0077	0.0073
chr3R	26209047	26209263	chr3R:26209048-26209263	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0548	0.0981	0.0495	0.0121	0.0223	0.1383	0.0502	0.2338	0.0223	0.0399	0.0669	0.0399	0.0124	0.0031	0.0103	0.0031	0.0063
chr3R	26212630	26212845	chr3R:26212631-26212845	distal	distal	stage14,stage5	stage5	VT49895.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1134	0.1179	0.1076	0.1146	0.0604	0.1306	0.1315	0.1959	0.0604	0.0912	0.117	0.0912	0.1387	0.0804	0.1115	0.0804	0.1563
chr3R	26212966	26213155	chr3R:26212967-26213155	FBgn0015221	Fer2LCH	stage11,stage14,stage5	none	VT49895.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1424	0.1176	0.1617	0.149	0.0583	0.1621	0.1172	0.1719	0.0583	0.1606	0.2077	0.1606	0.1596	0.134	0.1779	0.134	0.1725
chr3R	26213505	26213744	chr3R:26213506-26213744	FBgn0015221,FBgn0015222	Fer1HCH,Fer2LCH	stage11,stage14,stage5	none	VT49895.1,VT49896.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1743	0.1219	0.219	0.1838	0.071	0.1806	0.1151	0.1592	0.071	0.2476	0.2524	0.2476	0.2641	0.1845	0.1941	0.1845	0.247
chr3R	26213787	26213983	chr3R:26213788-26213983	FBgn0015221,FBgn0015222	Fer1HCH,Fer2LCH	stage11,stage14,stage5	none	VT49895.1,VT49896.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1498	0.1195	0.1821	0.148	0.0615	0.166	0.1202	0.1679	0.0615	0.2204	0.2138	0.2204	0.1805	0.1738	0.1425	0.1738	0.1944
chr3R	26214369	26214553	chr3R:26214370-26214553	FBgn0015222	Fer1HCH	stage11,stage14,stage5	none	VT49896.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2204	0.1821	0.2648	0.2143	0.1262	0.2602	0.1739	0.2418	0.1262	0.34	0.2952	0.34	0.2432	0.2389	0.2315	0.2389	0.26
chr3R	26214911	26215102	chr3R:26214912-26215102	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT49896.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1711	0.1555	0.1959	0.1613	0.0891	0.2121	0.1574	0.2199	0.0891	0.2325	0.2267	0.2325	0.1836	0.1822	0.1715	0.1822	0.1871
chr3R	26216351	26216502	chr3R:26216352-26216502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0372	0.0348	0.0411	0.0355	0.0106	0.0617	0.0342	0.0333	0.0106	0.0556	0.0338	0.0556	0.0705	0.026	0.0181	0.026	0.0844
chr3R	26219390	26219585	chr3R:26219391-26219585	distal	distal	stage14	stage14	VT49899.1	VT49899.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.014	0.0197	0.0187	0.0117	0.0102	0.0212	0.0173	0.0117	0.0127	0.0109	0.0127	0.0124	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chr3R	26219608	26219759	chr3R:26219609-26219759	distal	distal	none	none	VT49899.1	VT49899.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0128	0.0195	0.0164	0.0053	0.0131	0.0208	0.012	0.0053	0.0157	0.0106	0.0157	0.0101	0.0031	0.0013	0.0031	0.0063
chr3R	26219967	26220236	chr3R:26219968-26220236	distal	distal	none	none	VT49899.1	VT49899.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0186	0.0192	0.0238	0.0074	0.0214	0.0268	0.02	0.0074	0.0133	0.0119	0.0133	0.0077	0.0031	0.0064	0.0031	0.012
chr3R	26221064	26221215	chr3R:26221065-26221215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.014	0.0117	0.0114	0.0085	0.0117	0.0242	0.014	0.0085	0.0091	0.0125	0.0091	0.0116	0.0046	0.0064	0.0046	0.0073
chr3R	26234002	26234253	chr3R:26234003-26234253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0187	0.0209	0.0195	0.0064	0.018	0.029	0.0233	0.0064	0.0163	0.0148	0.0163	0.0108	0.0054	0.0052	0.0054	0.0047
chr3R	26237310	26237519	chr3R:26237311-26237519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.026	0.0394	0.0217	0.0157	0.0361	0.033	0.0606	0.0446	0.0361	0.0248	0.0177	0.0248	0.0101	0.0054	0.0077	0.0054	0.0047
chr3R	26237835	26237986	chr3R:26237836-26237986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0207	0.0207	0.012	0.0106	0.0214	0.035	0.0187	0.0106	0.0157	0.0154	0.0157	0.0124	0.0077	0.0026	0.0077	0.0073
chr3R	26239092	26239243	chr3R:26239093-26239243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0185	0.0272	0.0204	0.0065	0.0085	0.0388	0.0368	0.0273	0.0085	0.0211	0.0251	0.0211	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chr3R	26240870	26241032	chr3R:26240871-26241032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0292	0.0313	0.0195	0.0159	0.033	0.0394	0.0366	0.0159	0.032	0.0293	0.032	0.0116	0.0153	0.0064	0.0153	0.0068
chr3R	26242056	26242287	chr3R:26242057-26242287	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0489	0.068	0.0595	0.016	0.0212	0.1282	0.0554	0.0806	0.0212	0.087	0.065	0.087	0.0209	0.0069	0.0052	0.0069	0.0094
chr3R	26242345	26242870	chr3R:26242346-26242870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0743	0.0813	0.092	0.0471	0.0329	0.1277	0.0813	0.1019	0.0329	0.0948	0.0891	0.0948	0.0325	0.013	0.0232	0.013	0.0281
chr3R	26245716	26245882	chr3R:26245717-26245882	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0192	0.0258	0.0198	0.0095	0.0165	0.0324	0.02	0.0095	0.0181	0.0164	0.0181	0.0124	0.0061	0.0052	0.0061	0.0057
chr3R	26245995	26246146	chr3R:26245996-26246146	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0187	0.0181	0.0159	0.0106	0.015	0.032	0.02	0.0106	0.0175	0.0113	0.0175	0.0124	0.0054	0.0032	0.0054	0.0047
chr3R	26249311	26249482	chr3R:26249312-26249482	FBgn0039764,FBgn0039765	CG15535,mRpS18C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0732	0.0728	0.0854	0.0603	0.0445	0.0951	0.0926	0.0813	0.0445	0.1051	0.0984	0.1051	0.0728	0.0658	0.0535	0.0658	0.074
chr3R	26249563	26249731	chr3R:26249564-26249731	FBgn0039764,FBgn0039765	CG15535,mRpS18C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1439	0.133	0.1711	0.1264	0.1082	0.1568	0.1583	0.1692	0.1082	0.2295	0.1936	0.2295	0.1356	0.1309	0.1231	0.1309	0.1542
chr3R	26249802	26249996	chr3R:26249803-26249996	FBgn0039764,FBgn0039765	CG15535,mRpS18C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0677	0.0664	0.0808	0.0547	0.0445	0.0752	0.083	0.0866	0.0445	0.1232	0.0807	0.1232	0.0767	0.062	0.0651	0.062	0.062
chr3R	26250391	26250589	chr3R:26250392-26250589	FBgn0039766	CG15536	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0639	0.0591	0.0281	0.035	0.0646	0.0887	0.0839	0.035	0.0791	0.0624	0.0791	0.0558	0.0283	0.0284	0.0283	0.0339
chr3R	26250637	26250788	chr3R:26250638-26250788	FBgn0039766	CG15536	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0825	0.0922	0.1004	0.0519	0.0689	0.1078	0.1237	0.0993	0.0689	0.1232	0.1151	0.1232	0.086	0.0582	0.0503	0.0582	0.0573
chr3R	26250863	26251039	chr3R:26250864-26251039	FBgn0039766	CG15536	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.14	0.1442	0.1621	0.1113	0.1039	0.1675	0.1817	0.1732	0.1039	0.1999	0.1746	0.1999	0.1572	0.1194	0.1154	0.1194	0.1157
chr3R	26251322	26251552	chr3R:26251323-26251552	FBgn0039766	CG15536	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.0815	0.0777	0.0575	0.0445	0.0782	0.1159	0.1106	0.0445	0.09	0.0916	0.09	0.0635	0.0689	0.0432	0.0689	0.0782
chr3R	26253586	26253990	chr3R:26253587-26253990	FBgn0039767	CG2218	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1725	0.1953	0.1872	0.131	0.1506	0.2015	0.2517	0.2572	0.1506	0.2307	0.2026	0.2307	0.1836	0.1508	0.136	0.1508	0.1641
chr3R	26257824	26257975	chr3R:26257825-26257975	FBgn0039769	CG15534	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0162	0.0298	0.0129	0.0047	0.0201	0.0214	0.0567	0.026	0.0201	0.0109	0.0167	0.0109	0.0108	0.0054	0.0045	0.0054	0.0042
chr3R	26262188	26262339	chr3R:26262189-26262339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.0091	0.008	0.0071	0.0053	0.0107	0.0147	0.0067	0.0053	0.0079	0.0087	0.0079	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0026
chr3R	26262490	26262641	chr3R:26262491-26262641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0097	0.0085	0.011	0.0095	0	0.0039	0.0186	0.0093	0	0.0115	0.0084	0.0115	0.0093	0.0054	0.0052	0.0054	0.0042
chr3R	26275272	26275423	chr3R:26275273-26275423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0147	0.0131	0.015	0.0162	0.0053	0.0136	0.0225	0.0127	0.0053	0.0103	0.0132	0.0103	0.0287	0.0054	0.0084	0.0054	0.0453
chr3R	26276066	26276267	chr3R:26276067-26276267	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0392	0.0143	0.0443	0.0616	0.0117	0.0184	0.019	0.0133	0.0117	0.0175	0.045	0.0175	0.1115	0.0145	0.0974	0.0145	0.1219
chr3R	26276537	26276688	chr3R:26276538-26276688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0134	0.0112	0.0113	0.0181	0.0042	0.0073	0.026	0.0067	0.0042	0.0103	0.0119	0.0103	0.0232	0.0069	0.0271	0.0069	0.0349
chr3R	26281710	26281866	chr3R:26281711-26281866	FBgn0028646	aralar1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0264	0.0288	0.0235	0.027	0.018	0.0291	0.0385	0.038	0.018	0.0103	0.028	0.0103	0.0163	0.0092	0.0103	0.0092	0.0141
chr3R	26281990	26282141	chr3R:26281991-26282141	FBgn0028646	aralar1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0308	0.0202	0.0219	0.017	0.0267	0.042	0.0453	0.017	0.0109	0.026	0.0109	0.0147	0.0107	0.0084	0.0107	0.0156
chr3R	26284446	26284643	chr3R:26284447-26284643	FBgn0039773	CG2224	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0672	0.0332	0.021	0.0594	0.0325	0.125	0.0713	0.0594	0.026	0.0402	0.026	0.0387	0.0222	0.0187	0.0222	0.0281
chr3R	26284649	26284800	chr3R:26284650-26284800	FBgn0039773,FBgn0039774	CDase,CG2224	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0495	0.048	0.0379	0.035	0.0393	0.0779	0.0593	0.035	0.038	0.0608	0.038	0.0558	0.0352	0.0458	0.0352	0.0469
chr3R	26284911	26285089	chr3R:26284912-26285089	FBgn0039773,FBgn0039774	CDase,CG2224	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1003	0.0918	0.1138	0.0948	0.0657	0.0913	0.1254	0.1146	0.0657	0.0857	0.1473	0.0857	0.1503	0.0919	0.1096	0.0919	0.1193
chr3R	26285420	26285571	chr3R:26285421-26285571	FBgn0039773,FBgn0039774	CDase,CG2224	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0239	0.034	0.0227	0.0138	0.0228	0.0389	0.0253	0.0138	0.0296	0.0373	0.0296	0.0496	0.0145	0.0309	0.0145	0.0344
chr3R	26286060	26286251	chr3R:26286061-26286251	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0751	0.0421	0.1061	0.078	0.018	0.0578	0.0454	0.0573	0.018	0.0598	0.1389	0.0598	0.189	0.0214	0.1412	0.0214	0.1381
chr3R	26287568	26287719	chr3R:26287569-26287719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0394	0.0408	0.0472	0.0294	0.0127	0.0568	0.0368	0.07	0.0127	0.0193	0.0563	0.0193	0.0868	0.0077	0.0393	0.0077	0.0625
chr3R	26291607	26291837	chr3R:26291608-26291837	FBgn0039776	PH4alphaEFB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1958	0.1586	0.2425	0.1862	0.1188	0.2146	0.1414	0.2365	0.1188	0.3043	0.2611	0.3043	0.2455	0.2175	0.1921	0.2175	0.2209
chr3R	26291953	26292167	chr3R:26291954-26292167	FBgn0039776	PH4alphaEFB	stage11,stage14,stage5	none	PH4alpha	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1118	0.0856	0.141	0.1092	0.0403	0.1257	0.0792	0.1239	0.0403	0.1739	0.1576	0.1739	0.1541	0.0957	0.0928	0.0957	0.1626
chr3R	26292220	26292483	chr3R:26292221-26292483	FBgn0039776	PH4alphaEFB	stage11,stage14,stage5	none	PH4alpha	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.108	0.0717	0.1405	0.1131	0.0329	0.1092	0.0727	0.0893	0.0329	0.1793	0.1441	0.1793	0.1828	0.0819	0.087	0.0819	0.2116
chr3R	26292536	26292705	chr3R:26292537-26292705	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1175	0.12	0.1572	0.0712	0.0764	0.1466	0.1302	0.1739	0.0764	0.2101	0.1714	0.2101	0.1092	0.0345	0.0464	0.0345	0.0948
chr3R	26292828	26293046	chr3R:26292829-26293046	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1466	0.1775	0.1829	0.0724	0.1389	0.1942	0.2206	0.2232	0.1389	0.2373	0.1984	0.2373	0.1177	0.0184	0.0748	0.0184	0.0735
chr3R	26298129	26298341	chr3R:26298130-26298341	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.0197	0.0349	0.0348	0.0064	0.0262	0.0247	0.026	0.0064	0.0272	0.054	0.0272	0.0232	0.0168	0.0916	0.0168	0.0287
chr3R	26299352	26299503	chr3R:26299353-26299503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0168	0.0187	0.0165	0.0149	0.0032	0.0131	0.0398	0.0153	0.0032	0.0199	0.0161	0.0199	0.0147	0.0054	0.0232	0.0054	0.0177
chr3R	26300557	26300864	chr3R:26300558-26300864	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	spdo_954bp_CRM,spdo_spdoCRM3	spdo_954bp_CRM,spdo_spdoCRM3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0751	0.0702	0.11	0.0423	0.0244	0.0956	0.0826	0.0939	0.0244	0.1588	0.0939	0.1588	0.0759	0.0337	0.0496	0.0337	0.0386
chr3R	26300875	26301107	chr3R:26300876-26301107	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	spdo_954bp_CRM,spdo_spdoCRM3	spdo_954bp_CRM,spdo_spdoCRM3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0618	0.0697	0.0853	0.0272	0.0318	0.0937	0.083	0.0919	0.0318	0.1147	0.0672	0.1147	0.0457	0.0107	0.0258	0.0107	0.024
chr3R	26301267	26301510	chr3R:26301268-26301510	distal	distal	none	none	spdo_954bp_CRM,spdo_spdoCRM3	spdo_954bp_CRM,spdo_spdoCRM3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0502	0.0413	0.075	0.0331	0.0159	0.0694	0.0424	0.046	0.0159	0.0682	0.0617	0.0682	0.0666	0.01	0.0368	0.01	0.0276
chr3R	26301994	26302445	chr3R:26301995-26302445	FBgn0260440	spdo	stage11,stage14,stage5	none	spdo_spdoCRM4	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1071	0.0661	0.1826	0.07	0.0106	0.1374	0.0519	0.0693	0.0106	0.2192	0.1386	0.2192	0.141	0.0283	0.0574	0.0283	0.0771
chr3R	26308685	26308836	chr3R:26308686-26308836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0117	0.0237	0.0205	0.0032	0.0131	0.0151	0.018	0.0032	0.0248	0.0273	0.0248	0.031	0.0199	0.0264	0.0199	0.0334
chr3R	26309250	26309433	chr3R:26309251-26309433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0301	0.0226	0.0398	0.0279	0.0074	0.0228	0.0337	0.03	0.0074	0.0314	0.0508	0.0314	0.0465	0.023	0.0322	0.023	0.0433
chr3R	26311777	26311976	chr3R:26311778-26311976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0543	0.0533	0.0607	0.0485	0.0276	0.0519	0.0774	0.0666	0.0276	0.0676	0.0611	0.0676	0.086	0.0528	0.0587	0.0528	0.0808
chr3R	26320218	26320369	chr3R:26320219-26320369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0095	0.0087	0.0099	0.01	0.0032	0.0087	0.0138	0.01	0.0032	0.0115	0.0138	0.0115	0.0039	0.01	0.0245	0.01	0.0036
chr3R	26322290	26322441	chr3R:26322291-26322441	FBgn0026190	PH4alphaMP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0175	0.0123	0.0183	0.0224	0.0064	0.0146	0.0208	0.01	0.0064	0.0115	0.0264	0.0115	0.0194	0.0054	0.0671	0.0054	0.0167
chr3R	26329111	26329262	chr3R:26329112-26329262	FBgn0051371	CG31371	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0161	0.0095	0.0154	0.0242	0.0042	0.0083	0.0177	0.0073	0.0042	0.0175	0.0196	0.0175	0.0163	0.0092	0.0754	0.0092	0.0188
chr3R	26339986	26340137	chr3R:26339987-26340137	FBgn0039784,FBgn0051524	CG31524,CG9698	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0095	0.0156	0.0173	0.0021	0.0068	0.0177	0.01	0.0021	0.0115	0.0267	0.0115	0.0093	0.0038	0.0593	0.0038	0.0078
chr3R	26340352	26340521	chr3R:26340353-26340521	FBgn0039784,FBgn0051524	CG31524,CG9698	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0357	0.0138	0.0491	0.0453	0.0011	0.0189	0.019	0.0167	0.0011	0.0145	0.0968	0.0145	0.024	0.0138	0.1567	0.0138	0.0203
chr3R	26352736	26352917	chr3R:26352737-26352917	FBgn0027654	jdp	stage14	none	VT49978.1,VT49979.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0271	0.0071	0.0136	0.0642	0.0032	0.0092	0.013	0.0027	0.0032	0.0103	0.0151	0.0103	0.0271	0.0153	0.0967	0.0153	0.0969
chr3R	26353146	26353315	chr3R:26353147-26353315	FBgn0027654	jdp	stage14	none	VT49979.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0188	0.0037	0.0102	0.0453	0	0.0058	0.0048	0.0033	0	0.0072	0.0103	0.0072	0.0201	0.0253	0.06	0.0253	0.0662
chr3R	26355875	26356026	chr3R:26355876-26356026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0166	0.0079	0.0147	0.0285	0.0042	0.0073	0.0117	0.0113	0.0042	0.029	0.0122	0.029	0.0116	0.0666	0.0058	0.0666	0.037
chr3R	26356526	26356734	chr3R:26356527-26356734	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0246	0.0102	0.0236	0.0418	0.0032	0.0112	0.0169	0.01	0.0032	0.0604	0.0161	0.0604	0.0186	0.1585	0.0174	0.1585	0.0188
chr3R	26357060	26357211	chr3R:26357061-26357211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0186	0.0065	0.0135	0.0377	0	0.0083	0.0117	0.0033	0	0.032	0.0093	0.032	0.0108	0.1593	0.0135	0.1593	0.0115
chr3R	26357444	26357650	chr3R:26357445-26357650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0271	0.0108	0.0227	0.05	0.0085	0.0165	0.0164	0.0047	0.0085	0.0507	0.0141	0.0507	0.0178	0.1746	0.0213	0.1746	0.0349
chr3R	26358063	26358245	chr3R:26358064-26358245	FBgn0082582	tmod	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0649	0.0179	0.0704	0.1114	0.0064	0.0316	0.0208	0.014	0.0064	0.1208	0.064	0.1208	0.1046	0.2634	0.1012	0.2634	0.1371
chr3R	26358461	26358612	chr3R:26358462-26358612	FBgn0082582	tmod	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0214	0.0142	0.0211	0.0299	0.0074	0.0136	0.0242	0.0127	0.0074	0.0405	0.0164	0.0405	0.0256	0.0881	0.0155	0.0881	0.0318
chr3R	26365879	26366030	chr3R:26365880-26366030	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0052	0.0067	0.015	0.0032	0.0053	0.0099	0.002	0.0032	0.0079	0.0064	0.0079	0.0093	0.0452	0.0116	0.0452	0.0047
chr3R	26366216	26366499	chr3R:26366217-26366499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0103	0.0079	0.0063	0.0174	0.0011	0.0063	0.0173	0.004	0.0011	0.0091	0.0058	0.0091	0.0085	0.0597	0.0097	0.0597	0.0068
chr3R	26370011	26370162	chr3R:26370012-26370162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0158	0.0098	0.0108	0.0279	0.0011	0.0126	0.0143	0.01	0.0011	0.0248	0.0077	0.0248	0.007	0.1018	0.0129	0.1018	0.0115
chr3R	26370988	26371139	chr3R:26370989-26371139	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0129	0.0098	0.0089	0.0206	0.0032	0.0102	0.0177	0.008	0.0032	0.0097	0.0119	0.0097	0.0108	0.0796	0.0135	0.0796	0.0047
chr3R	26371462	26371613	chr3R:26371463-26371613	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0072	0.0098	0.028	0.0011	0.0078	0.0121	0.0073	0.0011	0.0223	0.0061	0.0223	0.0085	0.1271	0.0039	0.1271	0.0068
chr3R	26378441	26378592	chr3R:26378442-26378592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0101	0.0102	0.0053	0.0152	0.0021	0.0073	0.0216	0.01	0.0021	0.0079	0.0042	0.0079	0.007	0.0452	0.0097	0.0452	0.012
chr3R	26388486	26388696	chr3R:26388487-26388696	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1072	0.1206	0.1329	0.0641	0.0732	0.1301	0.154	0.1652	0.0732	0.16	0.1531	0.16	0.1077	0.0268	0.0774	0.0268	0.0615
chr3R	26388789	26388965	chr3R:26388790-26388965	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2122	0.2092	0.2629	0.1599	0.1718	0.233	0.2465	0.2791	0.1718	0.3043	0.2923	0.3043	0.2525	0.0674	0.2102	0.0674	0.1975
chr3R	26389052	26389256	chr3R:26389053-26389256	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1499	0.1395	0.1811	0.1274	0.1198	0.1607	0.1687	0.1692	0.1198	0.2089	0.192	0.2089	0.1867	0.0911	0.1393	0.0911	0.1641
chr3R	26389281	26389460	chr3R:26389282-26389460	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1526	0.1338	0.183	0.1402	0.0933	0.1752	0.1419	0.1759	0.0933	0.2186	0.2019	0.2186	0.1704	0.1179	0.136	0.1179	0.16
chr3R	26389552	26389743	chr3R:26389553-26389743	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0749	0.0879	0.0666	0.0403	0.0883	0.0978	0.0919	0.0403	0.0918	0.0859	0.0918	0.1007	0.0459	0.0451	0.0459	0.0886
chr3R	26394107	26394258	chr3R:26394108-26394258	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0742	0.0156	0.0107	0.0954	0.0427	0.1237	0.0766	0.0954	0.0103	0.0219	0.0103	0.0147	0.01	0.0187	0.01	0.0078
chr3R	26394339	26394567	chr3R:26394340-26394567	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.1074	0.0183	0.0128	0.1304	0.0665	0.1661	0.1306	0.1304	0.0145	0.0228	0.0145	0.0139	0.0115	0.0168	0.0115	0.0125
chr3R	26395017	26395214	chr3R:26395018-26395214	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.079	0.0256	0.0166	0.105	0.0379	0.1259	0.0973	0.105	0.0193	0.0322	0.0193	0.0333	0.0161	0.0251	0.0161	0.0151
chr3R	26395905	26396107	chr3R:26395906-26396107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0277	0.0302	0.0264	0.0263	0.0265	0.0257	0.048	0.034	0.0265	0.0169	0.0421	0.0169	0.017	0.01	0.0767	0.01	0.0151
chr3R	26396223	26396374	chr3R:26396224-26396374	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0177	0.0166	0.021	0.0138	0.0126	0.0303	0.02	0.0138	0.0127	0.0264	0.0127	0.0093	0.0084	0.06	0.0084	0.0104
chr3R	26396621	26396772	chr3R:26396622-26396772	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0251	0.0269	0.0227	0.0258	0.0308	0.0214	0.0372	0.0353	0.0308	0.0151	0.0331	0.0151	0.017	0.0107	0.0696	0.0107	0.0193
chr3R	26403038	26403274	chr3R:26403039-26403274	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0316	0.0356	0.0297	0.0291	0.0255	0.0359	0.0502	0.0446	0.0255	0.0314	0.0325	0.0314	0.0279	0.0291	0.0297	0.0291	0.0453
chr3R	26403865	26404016	chr3R:26403866-26404016	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0193	0.0263	0.0181	0.0128	0.0339	0.0223	0.0398	0.0247	0.0339	0.0242	0.0158	0.0242	0.0178	0.0107	0.0155	0.0107	0.0177
chr3R	26412946	26413097	chr3R:26412947-26413097	FBgn0039789	CG9717	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0098	0.0085	0.0082	0.0131	0.0053	0.0092	0.0134	0.008	0.0053	0.0091	0.0064	0.0091	0.0194	0.0069	0.0097	0.0069	0.0297
chr3R	26418740	26418922	chr3R:26418741-26418922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.035	0.0261	0.0285	0.018	0.0306	0.0545	0.0446	0.018	0.0229	0.0296	0.0229	0.0403	0.0314	0.0258	0.0314	0.0537
chr3R	26419031	26419182	chr3R:26419032-26419182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.015	0.0198	0.0114	0.0136	0.0074	0.016	0.032	0.0273	0.0074	0.0091	0.0122	0.0091	0.0209	0.0161	0.0135	0.0161	0.0255
chr3R	26419254	26419405	chr3R:26419255-26419405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0131	0.0176	0.0105	0.011	0.0085	0.0121	0.0337	0.0167	0.0085	0.0121	0.0093	0.0121	0.0186	0.01	0.0084	0.01	0.0224
chr3R	26425423	26425880	chr3R:26425424-26425880	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1419	0.1006	0.1685	0.1588	0.0424	0.1631	0.1008	0.1126	0.0424	0.1812	0.1701	0.1812	0.244	0.1753	0.1283	0.1753	0.2408
chr3R	26425983	26426167	chr3R:26425984-26426167	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1563	0.1134	0.1956	0.1613	0.053	0.1816	0.1138	0.1332	0.053	0.2355	0.2135	0.2355	0.2068	0.1593	0.1528	0.1593	0.2053
chr3R	26426432	26426627	chr3R:26426433-26426627	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1341	0.0899	0.173	0.1408	0.0456	0.1485	0.0722	0.1179	0.0456	0.2434	0.1772	0.2434	0.1696	0.1692	0.147	0.1692	0.1537
chr3R	26426679	26426903	chr3R:26426680-26426903	FBgn0039790	CG2246	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0969	0.08	0.1159	0.0951	0.0456	0.1083	0.0856	0.1006	0.0456	0.1492	0.1232	0.1492	0.1131	0.1118	0.1109	0.1118	0.0954
chr3R	26427183	26427366	chr3R:26427184-26427366	FBgn0039790	CG2246	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1525	0.1431	0.1802	0.1326	0.1039	0.1699	0.1708	0.1812	0.1039	0.2222	0.1926	0.2222	0.1797	0.1378	0.138	0.1378	0.1615
chr3R	26427541	26427713	chr3R:26427542-26427713	FBgn0039790,FBgn0051021	CG2246,CG31021	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.1417	0.1888	0.132	0.0838	0.1617	0.1778	0.1899	0.0838	0.2289	0.1984	0.2289	0.1882	0.144	0.1373	0.144	0.1506
chr3R	26435499	26435650	chr3R:26435500-26435650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0096	0.0051	0.0086	0.0032	0.0078	0.0186	0.01	0.0032	0.0042	0.0042	0.0042	0.0062	8e-04	0.0013	8e-04	0.0021
chr3R	26437900	26438051	chr3R:26437901-26438051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0074	0.0056	0.0118	0.0011	0.0068	0.0151	0.0053	0.0011	0.0066	0.0048	0.0066	0.0046	0.0031	0.0039	0.0031	0.0026
chr3R	26440028	26440179	chr3R:26440029-26440179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0067	0.0071	0.01	0.0011	0.0053	0.0125	0.0073	0.0011	0.0133	0.0077	0.0133	0.0039	0.0023	0.0058	0.0023	0.0036
chr3R	26441982	26442220	chr3R:26441983-26442220	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0414	0.0353	0.0178	0.0741	0.0117	0.0204	0.0826	0.0153	0.0117	0.0169	0.0164	0.0169	0.0201	0.1271	0.0735	0.1271	0.024
chr3R	26442359	26442529	chr3R:26442360-26442529	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.03	0.025	0.0165	0.0504	0.0106	0.0126	0.058	0.0167	0.0106	0.0079	0.0222	0.0079	0.0178	0.0528	0.0754	0.0528	0.0177
chr3R	26457917	26458068	chr3R:26457918-26458068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0108	0.0142	0.008	0.01	0.0064	0.0107	0.0268	0.0147	0.0064	0.0085	0.0074	0.0085	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0047
chr3R	26458356	26458507	chr3R:26458357-26458507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0106	0.0084	0.0127	0.0053	0.0083	0.0199	0.0093	0.0053	0.0085	0.008	0.0085	0.0054	0.0038	0.0052	0.0038	0.0063
chr3R	26458588	26458739	chr3R:26458589-26458739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0106	0.0091	0.0107	0.0085	0.0092	0.0177	0.01	0.0085	0.0109	0.0087	0.0109	0.0046	0.0054	0.0019	0.0054	0.0036
chr3R	26458818	26459089	chr3R:26458819-26459089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0128	0.0141	0.0174	0.0074	0.0107	0.0234	0.0107	0.0074	0.0163	0.0109	0.0163	0.0101	0.0077	0.0084	0.0077	0.0109
chr3R	26464231	26464382	chr3R:26464232-26464382	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0054	0.0081	0.0107	0.0021	0.0024	0.0104	0.0067	0.0021	0.0091	0.0071	0.0091	0.0046	0.0023	0.0045	0.0023	0.0047
chr3R	26468321	26468472	chr3R:26468322-26468472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.0167	0.0138	0.0124	0.0127	0.0194	0.0238	0.0153	0.0127	0.0151	0.0145	0.0151	0.0101	0.0092	0.0064	0.0092	0.0042
chr3R	26475877	26476028	chr3R:26475878-26476028	FBgn0085462	CG34433	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0148	0.03	0.0093	0.0039	0.0223	0.0112	0.0683	0.0187	0.0223	0.0121	0.01	0.0121	0.007	0.0061	0.0026	0.0061	0.0036
chr3R	26476122	26476273	chr3R:26476123-26476273	FBgn0085462	CG34433	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0123	0.0254	0.0067	0.0039	0.018	0.0097	0.0584	0.0167	0.018	0.006	0.0077	0.006	0.0062	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr3R	26476919	26477070	chr3R:26476920-26477070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0099	0.0155	0.0075	0.0063	0.0021	0.0092	0.0346	0.012	0.0021	0.006	0.0068	0.006	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chr3R	26484050	26484201	chr3R:26484051-26484201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0077	0.008	0.0082	0.0053	0.0097	0.0117	0.0053	0.0053	0.0097	0.0042	0.0097	0.0039	0.0031	0.0013	0.0031	0.0036
chr3R	26487773	26487924	chr3R:26487774-26487924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0077	0.0057	0.007	0.0064	0.0039	0.0117	0.0133	0.0064	0.0048	0.0055	0.0048	0.0054	0	0.0019	0	0.0031
chr3R	26489496	26489647	chr3R:26489497-26489647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0066	0.0066	0.0145	0.0032	0.0053	0.0099	0.0093	0.0032	0.0097	0.0061	0.0097	0.007	0.0123	0.011	0.0123	0.0042
chr3R	26492931	26493082	chr3R:26492932-26493082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.008	0.0156	0.0037	0.0042	0.0106	0.0063	0.0372	0.008	0.0106	0.006	0.0039	0.006	0.0023	8e-04	0.0032	8e-04	0.0031
chr3R	26495025	26495176	chr3R:26495026-26495176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0074	0.0063	0.0146	0.0021	0.0063	0.0138	0.0067	0.0021	0.0097	0.0051	0.0097	0.0046	0.0038	6e-04	0.0038	0.0047
chr3R	26502484	26502772	chr3R:26502485-26502772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.014	0.01	0.0141	0.0053	0.0146	0.0247	0.012	0.0053	0.0097	0.009	0.0097	0.0085	0.0084	0.0064	0.0084	0.0042
chr3R	26502840	26502991	chr3R:26502841-26502991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0113	0.01	0.0113	0.0053	0.0107	0.0186	0.012	0.0053	0.0097	0.0093	0.0097	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr3R	26503358	26503509	chr3R:26503359-26503509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.01	0.0076	0.011	0.0021	0.0073	0.0177	0.012	0.0021	0.0085	0.0061	0.0085	0.0101	0	0.0045	0	0.0052
chr3R	26503740	26503891	chr3R:26503741-26503891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.0148	0.0123	0.0123	0.0064	0.0107	0.0268	0.014	0.0064	0.0163	0.0125	0.0163	0.0077	0.0038	0.0032	0.0038	0.0068
chr3R	26504758	26504909	chr3R:26504759-26504909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0086	0.0102	0.0139	0.0021	0.0097	0.0164	0.006	0.0021	0.006	0.0096	0.006	0.0108	0.0038	0.0071	0.0038	0.0115
chr3R	26516132	26516283	chr3R:26516133-26516283	FBgn0039795	Spn100A	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0176	0.0081	0.0152	0.0309	0.0032	0.0078	0.0164	0.0047	0.0032	0.0072	0.0241	0.0072	0.0139	0.0077	0.1103	0.0077	0.0115
chr3R	26517046	26517197	chr3R:26517047-26517197	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0061	0.0098	0.0086	0.0032	0.0044	0.0087	0.0073	0.0032	0.0115	0.0106	0.0115	0.0046	0.0046	0.029	0.0046	0.0026
chr3R	26518547	26518698	chr3R:26518548-26518698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0066	0.0132	0.0123	0.0032	0.0044	0.0121	0.008	0.0032	0.0097	0.008	0.0097	0.0062	0.0015	0.0084	0.0015	0.0036
chr3R	26518742	26518893	chr3R:26518743-26518893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0069	0.0105	0.0114	0.0053	0.0073	0.0112	0.006	0.0053	0.0091	0.0055	0.0091	0.0093	0.0038	0.0064	0.0038	0.0042
chr3R	26524787	26524981	chr3R:26524788-26524981	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.035	0.0227	0.0437	0.0391	0.0064	0.034	0.0307	0.0207	0.0064	0.0121	0.0164	0.0121	0.0155	0.0061	0.011	0.0061	0.0089
chr3R	26525433	26525584	chr3R:26525434-26525584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0135	0.0179	0.0131	0.0064	0.018	0.019	0.014	0.0064	0.0085	0.0106	0.0085	0.0101	0.0054	0.0052	0.0054	0.0016
chr3R	26525953	26526160	chr3R:26525954-26526160	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0143	0.0284	0.0318	0.0074	0.0131	0.0247	0.0133	0.0074	0.0109	0.0109	0.0109	0.0077	0.0046	0.0071	0.0046	0.0089
chr3R	26530135	26530286	chr3R:26530136-26530286	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0062	0.0057	0.0113	0.0032	0.0049	0.0125	0.004	0.0032	0.0036	0.0042	0.0036	0.0054	0.0015	0.0013	0.0015	0.0052
chr3R	26535367	26535518	chr3R:26535368-26535518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0079	0.0104	0.0093	0.0053	0.0053	0.0151	0.008	0.0053	0.0079	0.0071	0.0079	0.0062	0.0015	6e-04	0.0015	0.0021
chr3R	26535626	26535777	chr3R:26535627-26535777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0083	0.0089	0.0086	0.0032	0.0078	0.0156	0.0067	0.0032	0.0085	0.0051	0.0085	0.0031	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr3R	26536238	26536428	chr3R:26536239-26536428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0231	0.0111	0.0299	0.029	0.0053	0.0141	0.0169	0.0107	0.0053	0.0097	0.0077	0.0097	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chr3R	26538159	26538310	chr3R:26538160-26538310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0136	0.0121	0.0212	0.0095	0.0117	0.0195	0.0173	0.0095	0.0103	0.0055	0.0103	0.0039	0.0054	0.0045	0.0054	0.0089
chr3R	26544108	26544327	chr3R:26544109-26544327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0215	0.0167	0.0232	0.0251	0.0042	0.0214	0.026	0.0167	0.0042	0.0344	0.0141	0.0344	0.0101	0.0107	0.009	0.0107	0.0089
chr3R	26544469	26544645	chr3R:26544470-26544645	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0201	0.0204	0.0217	0.0095	0.0233	0.0268	0.0247	0.0095	0.0236	0.0138	0.0236	0.0108	0.0107	0.0039	0.0107	0.0094
chr3R	26544742	26544893	chr3R:26544743-26544893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0113	0.0143	0.0131	0.0042	0.0126	0.0173	0.0127	0.0042	0.0175	0.0093	0.0175	0.0085	0.0061	0.0026	0.0061	0.0063
chr3R	26546232	26546383	chr3R:26546233-26546383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0145	0.011	0.0184	0.0141	0.0032	0.017	0.016	0.0067	0.0032	0.0417	0.0135	0.0417	0.0132	0.0345	0.0097	0.0345	0.0146
chr3R	26546448	26546669	chr3R:26546449-26546669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0214	0.0161	0.0242	0.0241	0.0053	0.0223	0.0234	0.014	0.0053	0.0574	0.0151	0.0574	0.0186	0.0697	0.0103	0.0697	0.0224
chr3R	26546768	26546919	chr3R:26546769-26546919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.016	0.0122	0.0197	0.0163	0.0021	0.0194	0.0182	0.008	0.0021	0.0471	0.0122	0.0471	0.0108	0.0467	0.0045	0.0467	0.012
chr3R	26547460	26547637	chr3R:26547461-26547637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0267	0.0206	0.0358	0.0235	0.0021	0.0354	0.0268	0.0147	0.0021	0.1033	0.0164	0.1033	0.0186	0.0536	0.0129	0.0536	0.0266
chr3R	26547757	26547908	chr3R:26547758-26547908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.023	0.0237	0.0298	0.0146	0.0042	0.0481	0.0216	0.022	0.0042	0.0827	0.0193	0.0827	0.0124	0.0291	0.011	0.0291	0.0162
chr3R	26549653	26549947	chr3R:26549654-26549947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0345	0.0319	0.0386	0.0329	0.0148	0.0408	0.0428	0.0333	0.0148	0.0393	0.0209	0.0393	0.0178	0.01	0.0135	0.01	0.0292
chr3R	26549954	26550195	chr3R:26549955-26550195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0219	0.0305	0.0234	0.0127	0.0282	0.0285	0.0213	0.0127	0.0266	0.0141	0.0266	0.0108	0.0069	0.0058	0.0069	0.0156
chr3R	26550496	26550647	chr3R:26550497-26550647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.009	0.0108	0.013	0.0032	0.0117	0.0121	0.0093	0.0032	0.0115	0.0071	0.0115	0.007	0.0046	0.0045	0.0046	0.0182
chr3R	26557970	26558121	chr3R:26557971-26558121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0161	0.0183	0.0201	0.0092	0.0011	0.0408	0.0195	0.0087	0.0011	0.0435	0.0116	0.0435	0.0108	0.0145	0.0026	0.0145	0.0052
chr3R	26558624	26558836	chr3R:26558625-26558836	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0171	0.0305	0.0226	0.0053	0.0228	0.0255	0.0153	0.0053	0.0236	0.0141	0.0236	0.0101	0.0061	0.0052	0.0061	0.0073
chr3R	26559108	26559501	chr3R:26559109-26559501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0404	0.0287	0.0572	0.0351	0.0085	0.0408	0.0355	0.0346	0.0085	0.0676	0.0367	0.0676	0.0225	0.0314	0.0084	0.0314	0.0307
chr3R	26560255	26560406	chr3R:26560256-26560406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0182	0.0131	0.0247	0.0166	0.0053	0.018	0.0173	0.0147	0.0053	0.0634	0.0122	0.0634	0.0139	0.0291	0.0071	0.0291	0.0156
chr3R	26560824	26561115	chr3R:26560825-26561115	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0492	0.0241	0.0725	0.0518	0.0074	0.0403	0.0298	0.0173	0.0074	0.2083	0.0338	0.2083	0.0426	0.1003	0.0213	0.1003	0.0636
chr3R	26561696	26561847	chr3R:26561697-26561847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0095	0.0127	0.0124	0.0011	0.0136	0.0143	0.0087	0.0011	0.0205	0.0074	0.0205	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr3R	26562076	26562227	chr3R:26562077-26562227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0132	0.0168	0.0104	0.0064	0.0175	0.0186	0.0127	0.0064	0.0205	0.0068	0.0205	0.0101	0.0054	0.0019	0.0054	0.0047
chr3R	26566524	26566710	chr3R:26566525-26566710	FBgn0039798	CG11313	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0246	0.0177	0.0275	0.0291	0.0021	0.034	0.019	0.0127	0.0021	0.0308	0.0138	0.0308	0.0728	0.0115	0.0045	0.0115	0.0865
chr3R	26566941	26567092	chr3R:26566942-26567092	FBgn0039798	CG11313	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0168	0.0166	0.0157	0.0182	0.0042	0.0204	0.0255	0.0133	0.0042	0.0187	0.0093	0.0187	0.0395	0.0077	0.0052	0.0077	0.0505
chr3R	26567468	26567619	chr3R:26567469-26567619	FBgn0039798	CG11313	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0145	0.0152	0.0127	0.0157	0.0095	0.0126	0.029	0.01	0.0095	0.0193	0.0084	0.0193	0.0225	0.0054	0.0013	0.0054	0.0469
chr3R	26568844	26568995	chr3R:26568845-26568995	FBgn0039799	CG15543	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.012	0.0135	0.0071	0.0021	0.0131	0.0203	0.0107	0.0021	0.0151	0.0096	0.0151	0.0093	0.0038	0.0013	0.0038	0.0063
chr3R	26569089	26569240	chr3R:26569090-26569240	FBgn0039799	CG15543	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0107	0.0111	0.0138	0.007	0.0106	0.0107	0.016	0.0107	0.0106	0.0163	0.0106	0.0163	0.0093	0.0046	0.0013	0.0046	0.0094
chr3R	26569648	26570006	chr3R:26569649-26570006	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0272	0.0187	0.0329	0.0304	0.0074	0.0291	0.0251	0.0133	0.0074	0.0604	0.0219	0.0604	0.0503	0.0253	0.011	0.0253	0.0709
chr3R	26570061	26570212	chr3R:26570062-26570212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0164	0.0092	0.016	0.0249	0.0021	0.0136	0.0138	0.006	0.0021	0.026	0.0119	0.026	0.0271	0.0168	0.009	0.0168	0.0636
chr3R	26570461	26570612	chr3R:26570462-26570612	FBgn0039800	Npc2g	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0131	0.0092	0.0145	0.0159	0.0021	0.0117	0.0138	0.0107	0.0021	0.0205	0.0096	0.0205	0.0201	0.0092	0.0045	0.0092	0.038
chr3R	26570972	26571152	chr3R:26570973-26571152	FBgn0039800	Npc2g	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0225	0.0151	0.024	0.0292	0.0032	0.0233	0.0208	0.0127	0.0032	0.0326	0.0135	0.0326	0.0581	0.0077	0.0032	0.0077	0.0891
chr3R	26572427	26572578	chr3R:26572428-26572578	FBgn0039801,FBgn0262883	CR43238,Npc2h	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0172	0.0165	0.0245	0.0099	0.0085	0.0291	0.016	0.0173	0.0085	0.058	0.009	0.058	0.0201	0.0092	0.0045	0.0092	0.0151
chr3R	26572656	26572864	chr3R:26572657-26572864	FBgn0262883	CR43238	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0206	0.0157	0.0353	0.01	0.0011	0.0267	0.019	0.0153	0.0011	0.0984	0.0138	0.0984	0.0139	0.0069	0.0026	0.0069	0.0109
chr3R	26574402	26574553	chr3R:26574403-26574553	distal	distal	none	none	VT50101.1	VT50101.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0131	0.013	0.0157	0.0103	0.0053	0.0112	0.0251	0.0113	0.0053	0.0187	0.01	0.0187	0.0093	0.0054	0.0026	0.0054	0.0146
chr3R	26575053	26575204	chr3R:26575054-26575204	distal	distal	none	none	VT50101.1	VT50101.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0201	0.0211	0.017	0.0074	0.0257	0.0264	0.0253	0.0074	0.0393	0.0109	0.0393	0.0294	0.0084	0.0045	0.0084	0.038
chr3R	26575974	26576194	chr3R:26575975-26576194	distal	distal	stage5	stage5	VT50101.1,VT50102.1	VT50101.1,VT50102.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0214	0.0265	0.0226	0.0143	0.0053	0.0471	0.026	0.03	0.0053	0.0399	0.0193	0.0399	0.0116	0.0038	0.0064	0.0038	0.0073
chr3R	26580622	26580880	chr3R:26580623-26580880	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_3407,VT50105.1	Unspecified_3407,VT50105.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0577	0.1199	0.0404	0.0071	0.0668	0.2049	0.0878	0.1672	0.0668	0.0755	0.0215	0.0755	0.0116	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chr3R	26580920	26581206	chr3R:26580921-26581206	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_3407,VT50105.1	Unspecified_3407,VT50105.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0576	0.1259	0.0334	0.0078	0.0933	0.1689	0.1042	0.2059	0.0933	0.0556	0.0206	0.0556	0.0101	0.0069	0.0052	0.0069	0.0057
chr3R	26584658	26584956	chr3R:26584659-26584956	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50107.1	VT50107.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0581	0.0406	0.0812	0.0524	0.0117	0.0563	0.0441	0.058	0.0117	0.0435	0.0415	0.0435	0.0217	0.0077	0.0148	0.0077	0.0167
chr3R	26586613	26586774	chr3R:26586614-26586774	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50108.1	VT50108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0412	0.0252	0.0543	0.0447	0.0085	0.0398	0.026	0.0313	0.0085	0.0223	0.0277	0.0223	0.0101	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chr3R	26586874	26587025	chr3R:26586875-26587025	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50108.1	VT50108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0451	0.0319	0.0581	0.0457	0.0106	0.035	0.0368	0.0526	0.0106	0.0278	0.054	0.0278	0.0132	0.0031	0.0174	0.0031	0.0125
chr3R	26588011	26588217	chr3R:26588012-26588217	distal	distal	stage5	stage5	VT50108.1,VT50109.1	VT50108.1,VT50109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0904	0.1793	0.0659	0.0181	0.1718	0.1617	0.2314	0.2418	0.1718	0.0894	0.0415	0.0894	0.0287	0.013	0.0071	0.013	0.013
chr3R	26588763	26588969	chr3R:26588764-26588969	distal	distal	none	none	VT50109.1	VT50109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0513	0.0368	0.0707	0.0462	0.018	0.0704	0.032	0.034	0.018	0.195	0.0283	0.195	0.0333	0.0926	0.0161	0.0926	0.0552
chr3R	26589936	26590139	chr3R:26589937-26590139	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1607	0.1473	0.191	0.1425	0.0965	0.1777	0.1977	0.1512	0.0965	0.2814	0.2122	0.2814	0.158	0.2121	0.1799	0.2121	0.1683
chr3R	26591241	26591601	chr3R:26591242-26591601	FBgn0004606	zfh1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3042	0.3126	0.3077	0.291	0.281	0.384	0.3456	0.3651	0.281	0.532	0.1932	0.532	0.2827	0.353	0.1322	0.353	0.3585
chr3R	26592757	26593075	chr3R:26592758-26593075	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT50111.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1504	0.2129	0.1548	0.0758	0.1495	0.1748	0.2976	0.3105	0.1495	0.1051	0.2582	0.1051	0.096	0.0643	0.1476	0.0643	0.0552
chr3R	26595532	26595683	chr3R:26595533-26595683	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT50113.1	VT50113.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0468	0.0614	0.0495	0.0274	0.0223	0.1316	0.0506	0.0446	0.0223	0.1467	0.0209	0.1467	0.0186	0.0636	0.0097	0.0636	0.024
chr3R	26595768	26595941	chr3R:26595769-26595941	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT50113.1	VT50113.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0628	0.068	0.0801	0.0379	0.0106	0.1641	0.0493	0.0426	0.0106	0.256	0.0299	0.256	0.024	0.1057	0.0116	0.1057	0.0344
chr3R	26596045	26596210	chr3R:26596046-26596210	distal	distal	stage11	stage11	VT50113.1	VT50113.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0548	0.0638	0.069	0.0291	0.0127	0.1612	0.0437	0.036	0.0127	0.2101	0.0251	0.2101	0.0333	0.0605	0.0103	0.0605	0.0354
chr3R	26598579	26598817	chr3R:26598580-26598817	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50115.1	VT50115.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.091	0.0658	0.101	0.1081	0.0223	0.1257	0.0536	0.074	0.0223	0.1643	0.0891	0.1643	0.1356	0.1516	0.0999	0.1516	0.1813
chr3R	26600836	26601018	chr3R:26600837-26601018	distal	distal	none	none	VT50116.1	VT50116.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0312	0.0199	0.0367	0.0377	0.0095	0.0345	0.0221	0.0167	0.0095	0.0694	0.0161	0.0694	0.0589	0.0222	0.009	0.0222	0.0995
chr3R	26601315	26601474	chr3R:26601316-26601474	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50116.1	VT50116.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0396	0.0207	0.0467	0.0529	0.0042	0.0466	0.0143	0.0187	0.0042	0.0658	0.0267	0.0658	0.11	0.0191	0.011	0.0191	0.148
chr3R	26601613	26601889	chr3R:26601614-26601889	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50116.1,VT50117.1	VT50116.1,VT50117.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0605	0.0406	0.0755	0.0661	0.0053	0.0893	0.0268	0.0446	0.0053	0.1153	0.0498	0.1153	0.1402	0.0605	0.02	0.0605	0.1459
chr3R	26603944	26604095	chr3R:26603945-26604095	distal	distal	none	none	VT50118.1	VT50118.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0311	0.0258	0.0437	0.0231	0.0032	0.0573	0.0221	0.0213	0.0032	0.1455	0.0129	0.1455	0.0186	0.0368	0.0052	0.0368	0.0401
chr3R	26606395	26606636	chr3R:26606396-26606636	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0468	0.0501	0.0506	0.039	0.017	0.0777	0.0606	0.0493	0.017	0.0996	0.0277	0.0996	0.0635	0.0322	0.0181	0.0322	0.0829
chr3R	26606876	26607061	chr3R:26606877-26607061	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0514	0.0492	0.0624	0.0416	0.0095	0.0927	0.0541	0.0426	0.0095	0.122	0.0453	0.122	0.0604	0.0352	0.0206	0.0352	0.0797
chr3R	26607080	26607477	chr3R:26607081-26607477	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1189	0.1127	0.143	0.0994	0.0551	0.1519	0.1263	0.1492	0.0551	0.2234	0.1395	0.2234	0.1627	0.0651	0.1064	0.0651	0.1855
chr3R	26607619	26607835	chr3R:26607620-26607835	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_3418,VT50121.1	Unspecified_3418,VT50121.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1894	0.205	0.2327	0.1245	0.1389	0.2146	0.2344	0.3138	0.1389	0.2609	0.3016	0.2609	0.261	0.0536	0.2218	0.0536	0.1787
chr3R	26608397	26608565	chr3R:26608398-26608565	distal	distal	none	none	VT50121.1	VT50121.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0389	0.0476	0.0374	0.0309	0.0201	0.083	0.0515	0.0433	0.0201	0.0694	0.0289	0.0694	0.0356	0.0459	0.0135	0.0459	0.0412
chr3R	26614483	26614682	chr3R:26614484-26614682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0423	0.0333	0.0449	0.0496	0.0095	0.0583	0.0346	0.0313	0.0095	0.0604	0.0331	0.0604	0.0674	0.0413	0.0284	0.0413	0.0985
chr3R	26615090	26615278	chr3R:26615091-26615278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0843	0.0758	0.0953	0.0816	0.0445	0.1029	0.0904	0.0859	0.0445	0.1322	0.1	0.1322	0.0837	0.0873	0.0793	0.0873	0.112
chr3R	26615405	26615708	chr3R:26615406-26615708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0667	0.0656	0.0765	0.0571	0.0382	0.0966	0.0774	0.0666	0.0382	0.1051	0.082	0.1051	0.0844	0.0605	0.0587	0.0605	0.0818
chr3R	26620495	26620781	chr3R:26620496-26620781	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1783	0.0859	0.2984	0.1498	0.0191	0.1626	0.0601	0.1113	0.0191	0.4819	0.3524	0.4819	0.2409	0.291	0.2134	0.291	0.1433
chr3R	26622179	26622330	chr3R:26622180-26622330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0337	0.0275	0.0411	0.0324	0.0074	0.0398	0.0381	0.0273	0.0074	0.0918	0.035	0.0918	0.0279	0.0934	0.0245	0.0934	0.0208
chr3R	26622609	26622768	chr3R:26622610-26622768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0412	0.0317	0.0553	0.0363	0.0117	0.0427	0.0407	0.0353	0.0117	0.1238	0.0498	0.1238	0.0333	0.1187	0.029	0.1187	0.0214
chr3R	26623364	26623566	chr3R:26623365-26623566	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0373	0.0239	0.0149	0.0159	0.0379	0.0567	0.0413	0.0159	0.032	0.0273	0.032	0.0217	0.023	0.0187	0.023	0.0151
chr3R	26623643	26623794	chr3R:26623644-26623794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0203	0.0315	0.0181	0.0102	0.0191	0.0291	0.048	0.0366	0.0191	0.0296	0.0215	0.0296	0.0108	0.0123	0.009	0.0123	0.0104
chr3R	26625901	26626052	chr3R:26625902-26626052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0294	0.0223	0.0372	0.0288	0.0117	0.0262	0.032	0.024	0.0117	0.0519	0.0363	0.0519	0.0387	0.0276	0.0251	0.0276	0.0563
chr3R	26629006	26629242	chr3R:26629007-26629242	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1051	0.0986	0.1416	0.0724	0.0339	0.1369	0.09	0.1632	0.0339	0.218	0.118	0.218	0.1479	0.1049	0.0683	0.1049	0.098
chr3R	26629295	26629481	chr3R:26629296-26629481	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0943	0.088	0.1201	0.073	0.0371	0.1257	0.0787	0.1439	0.0371	0.1643	0.0932	0.1643	0.1131	0.0995	0.078	0.0995	0.0813
chr3R	26629850	26630048	chr3R:26629851-26630048	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0778	0.0692	0.1004	0.0628	0.0297	0.0825	0.0856	0.0966	0.0297	0.1244	0.1061	0.1244	0.1286	0.1187	0.0754	0.1187	0.0703
chr3R	26631552	26631752	chr3R:26631553-26631752	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1803	0.1513	0.2335	0.1544	0.071	0.2068	0.1458	0.2358	0.071	0.3213	0.2524	0.3213	0.22	0.1784	0.1741	0.1784	0.1954
chr3R	26631765	26631970	chr3R:26631766-26631970	FBgn0011739	wts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1715	0.1538	0.2157	0.1429	0.0912	0.1971	0.1497	0.2385	0.0912	0.2814	0.237	0.2814	0.2029	0.144	0.1747	0.144	0.1772
chr3R	26632276	26632455	chr3R:26632277-26632455	FBgn0011739,FBgn0039802	dj-1beta,wts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1896	0.1593	0.2288	0.1806	0.106	0.1995	0.1821	0.2019	0.106	0.2802	0.2489	0.2802	0.2239	0.1815	0.2018	0.1815	0.2189
chr3R	26632747	26632932	chr3R:26632748-26632932	FBgn0011739,FBgn0039802	dj-1beta,wts	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1653	0.1336	0.2109	0.1508	0.0785	0.1718	0.1445	0.1865	0.0785	0.2663	0.228	0.2663	0.1975	0.1585	0.1534	0.1585	0.1813
chr3R	26632986	26633207	chr3R:26632987-26633207	FBgn0039802	dj-1beta	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0996	0.0829	0.1251	0.0904	0.0424	0.1029	0.096	0.1106	0.0424	0.1576	0.1344	0.1576	0.1177	0.1034	0.0864	0.1034	0.1094
chr3R	26634201	26634384	chr3R:26634202-26634384	FBgn0027598	cindr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2311	0.2107	0.2797	0.2004	0.141	0.2553	0.2331	0.2891	0.141	0.3527	0.3051	0.3527	0.2696	0.2136	0.1941	0.2136	0.2355
chr3R	26634900	26635051	chr3R:26634901-26635051	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0718	0.0751	0.0924	0.0454	0.0382	0.0981	0.067	0.1266	0.0382	0.0857	0.1277	0.0857	0.072	0.0222	0.0593	0.0222	0.0453
chr3R	26635217	26635476	chr3R:26635218-26635476	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1248	0.1471	0.1458	0.077	0.0986	0.1782	0.1272	0.2585	0.0986	0.1014	0.1781	0.1014	0.1387	0.0207	0.0877	0.0207	0.0552
chr3R	26636273	26636424	chr3R:26636274-26636424	distal	distal	none	none	VT50134.1	VT50134.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.0169	0.0344	0.0458	0.0064	0.0199	0.0195	0.024	0.0064	0.0193	0.0373	0.0193	0.0736	0.0161	0.0522	0.0161	0.11
chr3R	26637695	26637883	chr3R:26637696-26637883	distal	distal	stage11	stage11	VT50134.1	VT50134.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0406	0.0238	0.0519	0.0471	0.0032	0.0374	0.029	0.024	0.0032	0.038	0.0418	0.038	0.1332	0.0214	0.0297	0.0214	0.1219
chr3R	26638038	26638189	chr3R:26638039-26638189	distal	distal	stage11	stage11	VT50134.1	VT50134.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0289	0.0138	0.0331	0.0411	0.0032	0.0233	0.0182	0.0107	0.0032	0.0272	0.0293	0.0272	0.0759	0.0222	0.0277	0.0222	0.099
chr3R	26639968	26640119	chr3R:26639969-26640119	distal	distal	stage14	stage14	VT50136.1	VT50136.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0222	0.0131	0.0283	0.0258	0.0053	0.0165	0.0156	0.0173	0.0053	0.0181	0.0386	0.0181	0.0356	0.0077	0.0651	0.0077	0.0229
chr3R	26640423	26640621	chr3R:26640424-26640621	distal	distal	none	none	VT50136.1	VT50136.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0323	0.0345	0.0332	0.0287	0.0138	0.0427	0.0454	0.0433	0.0138	0.0248	0.0389	0.0248	0.0449	0.0191	0.0484	0.0191	0.0302
chr3R	26642971	26643123	chr3R:26642972-26643123	distal	distal	stage14	stage14	VT50137.1	VT50137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.013	0.0291	0.0338	0.0053	0.0136	0.0203	0.014	0.0053	0.0266	0.0199	0.0266	0.024	0.0107	0.0193	0.0107	0.0229
chr3R	26643272	26643459	chr3R:26643273-26643459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0138	0.0261	0.0287	0.0021	0.0165	0.0208	0.016	0.0021	0.0187	0.0267	0.0187	0.0248	0.0092	0.0187	0.0092	0.024
chr3R	26646199	26646646	chr3R:26646200-26646646	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0794	0.0449	0.1207	0.0727	0.0159	0.0689	0.0506	0.0526	0.0159	0.0851	0.1778	0.0851	0.1503	0.049	0.1754	0.049	0.074
chr3R	26646676	26646870	chr3R:26646677-26646870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0621	0.0317	0.0961	0.0588	0.0064	0.0529	0.0303	0.0433	0.0064	0.0411	0.1643	0.0411	0.0968	0.023	0.1728	0.023	0.0427
chr3R	26647951	26648107	chr3R:26647952-26648107	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50140.1	VT50140.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0165	0.0435	0.0343	0.0053	0.016	0.0199	0.0293	0.0053	0.0048	0.0932	0.0048	0.0201	0.01	0.1206	0.01	0.013
chr3R	26652082	26652233	chr3R:26652083-26652233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0209	0.0231	0.0223	0.017	0.0095	0.0209	0.0346	0.0306	0.0095	0.0175	0.0264	0.0175	0.0271	0.0069	0.0226	0.0069	0.0318
chr3R	26652502	26652676	chr3R:26652503-26652676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0302	0.0282	0.0355	0.0266	0.0064	0.0408	0.0311	0.0393	0.0064	0.0248	0.0424	0.0248	0.0457	0.0161	0.0387	0.0161	0.038
chr3R	26652738	26652889	chr3R:26652739-26652889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.03	0.0231	0.0391	0.0279	0.0106	0.0306	0.029	0.03	0.0106	0.0338	0.0424	0.0338	0.048	0.0191	0.0342	0.0191	0.0422
chr3R	26652912	26653097	chr3R:26652913-26653097	FBgn0039804	CG15544	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0336	0.0505	0.0393	0.0148	0.0403	0.045	0.0453	0.0148	0.0441	0.0579	0.0441	0.0581	0.0322	0.0548	0.0322	0.049
chr3R	26653261	26653412	chr3R:26653262-26653412	FBgn0039804	CG15544	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0174	0.0254	0.0182	0.0042	0.018	0.026	0.024	0.0042	0.0193	0.0338	0.0193	0.0209	0.0123	0.0387	0.0123	0.0146
chr3R	26653427	26653578	chr3R:26653428-26653578	FBgn0039804	CG15544	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0188	0.015	0.0227	0.0188	0.0053	0.0136	0.0234	0.0187	0.0053	0.0169	0.0296	0.0169	0.0217	0.0084	0.049	0.0084	0.0135
chr3R	26668699	26668939	chr3R:26668700-26668939	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0277	0.0375	0.0308	0.0134	0.017	0.0359	0.061	0.042	0.017	0.0791	0.0203	0.0791	0.0163	0.0161	0.0129	0.0161	0.0203
chr3R	26670616	26670789	chr3R:26670617-26670789	distal	distal	none	none	VT50151.1	VT50151.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0437	0.0486	0.0496	0.0316	0.0286	0.0495	0.0649	0.0686	0.0286	0.064	0.0508	0.064	0.0411	0.0406	0.0393	0.0406	0.0375
chr3R	26671177	26671463	chr3R:26671178-26671463	distal	distal	stage5	stage5	VT50151.1,VT50152.1	VT50151.1,VT50152.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0468	0.081	0.0367	0.0196	0.0573	0.0529	0.1138	0.1372	0.0573	0.0242	0.0331	0.0242	0.0101	0.0054	0.011	0.0054	0.0073
chr3R	26671663	26671814	chr3R:26671664-26671814	distal	distal	none	none	VT50152.1	VT50152.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0205	0.0341	0.0202	0.0057	0.0201	0.0238	0.0506	0.054	0.0201	0.0139	0.028	0.0139	0.0077	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr3R	26671938	26672089	chr3R:26671939-26672089	distal	distal	none	none	VT50152.1	VT50152.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0164	0.0217	0.0208	0.0056	0.0117	0.016	0.035	0.0286	0.0117	0.0193	0.0312	0.0193	0.0062	0.0061	0.011	0.0061	0.0021
chr3R	26675214	26675407	chr3R:26675215-26675407	distal	distal	none	none	tll_K10	tll_K10	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0839	0.0138	0.0075	0.0912	0.032	0.1782	0.0593	0.0912	0.0115	0.0199	0.0115	0.0108	0.0046	0.0135	0.0046	0.0052
chr3R	26675640	26675794	chr3R:26675641-26675794	distal	distal	none	none	tll_K10,tll_TM	tll_K10,tll_TM	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0415	0.1042	0.0121	0.0038	0.1251	0.0282	0.2301	0.0673	0.1251	0.0054	0.0177	0.0054	0.0077	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr3R	26676327	26676478	chr3R:26676328-26676478	distal	distal	none	none	tll_TM	tll_TM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0261	0.0435	0.0227	0.0103	0.0297	0.0233	0.0817	0.0533	0.0297	0.0145	0.0174	0.0145	0.0155	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr3R	26677674	26678037	chr3R:26677675-26678037	FBgn0003720	tll	stage11,stage14,stage5	none	tll_P3	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1806	0.3276	0.1452	0.055	0.2672	0.2801	0.465	0.4217	0.2672	0.1902	0.1379	0.1902	0.0248	0.0092	0.029	0.0092	0.0089
chr3R	26680913	26681301	chr3R:26680914-26681301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50157.1	VT50157.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0628	0.1112	0.0445	0.0287	0.0986	0.0602	0.1371	0.2225	0.0986	0.0314	0.0392	0.0314	0.0093	0.0038	0.0064	0.0038	0.0052
chr3R	26682250	26682437	chr3R:26682251-26682437	distal	distal	stage5	stage5	VT50158.1,tll_O-E	VT50158.1,tll_O-E	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0386	0.0912	0.0165	0.004	0.0901	0.0432	0.1514	0.1226	0.0901	0.0133	0.0183	0.0133	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0026
chr3R	26685584	26685735	chr3R:26685585-26685735	distal	distal	none	none	VT50160.1	VT50160.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0259	0.0277	0.0297	0.0198	0.0085	0.0379	0.0346	0.0353	0.0085	0.0272	0.028	0.0272	0.017	0.0123	0.0148	0.0123	0.0099
chr3R	26685780	26685982	chr3R:26685781-26685982	distal	distal	none	none	VT50160.1	VT50160.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0363	0.0434	0.035	0.0299	0.0117	0.0617	0.0519	0.0553	0.0117	0.035	0.0309	0.035	0.024	0.0115	0.0206	0.0115	0.0141
chr3R	26686203	26686381	chr3R:26686204-26686381	distal	distal	none	none	VT50160.1,VT50161.1	VT50160.1,VT50161.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0282	0.0262	0.0298	0.0287	0.0106	0.032	0.035	0.0293	0.0106	0.0157	0.027	0.0157	0.0232	0.0061	0.0193	0.0061	0.0115
chr3R	26686544	26686698	chr3R:26686545-26686698	distal	distal	stage14	stage14	VT50160.1,VT50161.1	VT50160.1,VT50161.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0257	0.0379	0.0333	0.0095	0.0277	0.0333	0.0353	0.0095	0.0223	0.0196	0.0223	0.0178	0.013	0.0142	0.013	0.0135
chr3R	26687411	26687730	chr3R:26687412-26687730	distal	distal	stage5	stage5	VT50161.1	VT50161.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0339	0.0652	0.025	0.0088	0.0477	0.0456	0.0804	0.1213	0.0477	0.0242	0.0315	0.0242	0.0108	0.0054	0.0071	0.0054	0.0094
chr3R	26688448	26688685	chr3R:26688449-26688685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0275	0.0328	0.0336	0.0148	0.0159	0.0267	0.0437	0.058	0.0159	0.0175	0.0579	0.0175	0.0217	0.01	0.0316	0.01	0.0094
chr3R	26690553	26690704	chr3R:26690554-26690704	distal	distal	stage11	stage11	VT50163.1	VT50163.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0231	0.0245	0.0146	0.0095	0.0228	0.0294	0.0373	0.0095	0.0217	0.0267	0.0217	0.0085	0.0038	0.011	0.0038	0.0078
chr3R	26690758	26690909	chr3R:26690759-26690909	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50163.1	VT50163.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0299	0.0313	0.0348	0.023	0.018	0.0316	0.0402	0.0446	0.018	0.0193	0.0325	0.0193	0.0085	0.0031	0.0103	0.0031	0.0078
chr3R	26690931	26691298	chr3R:26690932-26691298	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50163.1	VT50163.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0696	0.0748	0.0749	0.0579	0.0551	0.0631	0.1112	0.0959	0.0551	0.0465	0.0527	0.0465	0.0194	0.0115	0.0129	0.0115	0.0135
chr3R	26691442	26691664	chr3R:26691443-26691664	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50163.1	VT50163.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0516	0.0636	0.048	0.0423	0.0403	0.0578	0.0783	0.1073	0.0403	0.035	0.0334	0.035	0.0124	0.0115	0.0116	0.0115	0.0083
chr3R	26696334	26696500	chr3R:26696335-26696500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0894	0.0789	0.1038	0.0854	0.0339	0.0864	0.1086	0.1033	0.0339	0.1093	0.1248	0.1093	0.1084	0.085	0.089	0.085	0.0933
chr3R	26696681	26696832	chr3R:26696682-26696832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.028	0.032	0.0244	0.0201	0.0272	0.0424	0.032	0.0201	0.035	0.0383	0.035	0.0287	0.0268	0.0284	0.0268	0.0281
chr3R	26698731	26698882	chr3R:26698732-26698882	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0145	0.0152	0.0258	0.0085	0.015	0.0229	0.0133	0.0085	0.0109	0.0264	0.0109	0.0077	0.0038	0.0845	0.0038	0.0141
chr3R	26700613	26700764	chr3R:26700614-26700764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0195	0.0177	0.0168	0.0246	0.0064	0.015	0.0329	0.018	0.0064	0.0127	0.019	0.0127	0.0201	0.0161	0.0426	0.0161	0.0219
chr3R	26702409	26702560	chr3R:26702410-26702560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0117	0.0111	0.0094	0.0148	0.0053	0.0117	0.0199	0.008	0.0053	0.0103	0.0106	0.0103	0.0108	0.0107	0.0368	0.0107	0.0057
chr3R	26705874	26706080	chr3R:26705875-26706080	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.0097	0.0169	0.0508	0.0021	0.0136	0.0121	0.0107	0.0021	0.0066	0.0119	0.0066	0.0124	0.0054	0.0071	0.0054	0.025
chr3R	26706279	26706430	chr3R:26706280-26706430	FBgn0039808	CG12071	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0101	0.011	0.0281	0.0042	0.0092	0.0143	0.0153	0.0042	0.0091	0.0106	0.0091	0.0085	0.0084	0.0064	0.0084	0.0156
chr3R	26706792	26706994	chr3R:26706793-26706994	FBgn0039808	CG12071	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0336	0.0233	0.024	0.0557	0.0117	0.0238	0.0311	0.0333	0.0117	0.0163	0.026	0.0163	0.0287	0.0176	0.0284	0.0176	0.0406
chr3R	26709512	26709663	chr3R:26709513-26709663	FBgn0039809	CG15547	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0246	0.0207	0.0103	0.0191	0.0214	0.0411	0.024	0.0191	0.0254	0.0232	0.0254	0.0147	0.0069	0.0084	0.0069	0.0146
chr3R	26709680	26709831	chr3R:26709681-26709831	FBgn0039809	CG15547	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.0247	0.0189	0.0096	0.017	0.0204	0.0394	0.0306	0.017	0.0254	0.0199	0.0254	0.0139	0.0061	0.009	0.0061	0.0115
chr3R	26713628	26713901	chr3R:26713629-26713901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.059	0.05	0.0659	0.0617	0.0233	0.0718	0.0532	0.06	0.0233	0.0646	0.0621	0.0646	0.1162	0.0398	0.038	0.0398	0.1485
chr3R	26713925	26714076	chr3R:26713926-26714076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0393	0.0366	0.0468	0.034	0.0201	0.051	0.0424	0.042	0.0201	0.0483	0.0437	0.0483	0.0736	0.0245	0.02	0.0245	0.0787
chr3R	26714092	26714391	chr3R:26714093-26714391	FBgn0000416	Sap-r	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0692	0.0634	0.0754	0.0689	0.0403	0.0796	0.0722	0.0846	0.0403	0.0906	0.074	0.0906	0.0999	0.0482	0.0503	0.0482	0.1344
chr3R	26714491	26714642	chr3R:26714492-26714642	FBgn0000416	Sap-r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0898	0.0805	0.1044	0.0841	0.0456	0.1039	0.093	0.1053	0.0456	0.119	0.1125	0.119	0.1162	0.0827	0.0793	0.0827	0.123
chr3R	26714738	26714991	chr3R:26714739-26714991	FBgn0000416	Sap-r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2083	0.1806	0.2495	0.1941	0.1156	0.2413	0.2029	0.2232	0.1156	0.3025	0.2666	0.3025	0.2502	0.1998	0.205	0.1998	0.2319
chr3R	26715142	26715293	chr3R:26715143-26715293	FBgn0000416	Sap-r	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0303	0.04	0.0302	0.0117	0.033	0.045	0.0346	0.0117	0.0537	0.0408	0.0537	0.0411	0.0337	0.0348	0.0337	0.025
chr3R	26718375	26718526	chr3R:26718376-26718526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0126	0.0256	0.0221	0.0032	0.0112	0.0208	0.0147	0.0032	0.0139	0.046	0.0139	0.0201	0.0061	0.0683	0.0061	0.0141
chr3R	26721440	26721591	chr3R:26721441-26721591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.0108	0.0113	0.0143	0.0053	0.0097	0.0182	0.0113	0.0053	0.0079	0.0177	0.0079	0.0132	0.0031	0.0516	0.0031	0.0036
chr3R	26721880	26722054	chr3R:26721881-26722054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0292	0.0199	0.0443	0.0231	0.0085	0.0218	0.0203	0.0366	0.0085	0.0157	0.0887	0.0157	0.0186	0.0038	0.078	0.0038	0.0083
chr3R	26724445	26724622	chr3R:26724446-26724622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0512	0.0475	0.0638	0.0414	0.0212	0.0641	0.0541	0.0633	0.0212	0.0815	0.0759	0.0815	0.0658	0.0436	0.0638	0.0436	0.0558
chr3R	26724806	26724957	chr3R:26724807-26724957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0125	0.0175	0.0135	0.0032	0.0121	0.016	0.0193	0.0032	0.0205	0.0196	0.0205	0.0132	0.0069	0.009	0.0069	0.012
chr3R	26729121	26729293	chr3R:26729122-26729293	distal	distal	none	none	VT50183.1	VT50183.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0208	0.0147	0.0212	0.0273	0.0042	0.0204	0.0242	0.0093	0.0042	0.0169	0.0116	0.0169	0.0077	0.0077	0.009	0.0077	0.0073
chr3R	26729625	26729776	chr3R:26729626-26729776	distal	distal	stage14	stage14	VT50183.1	VT50183.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0202	0.0114	0.0213	0.0095	0.0204	0.0329	0.02	0.0095	0.0066	0.0074	0.0066	0.0085	0.0031	0.0045	0.0031	0.0042
chr3R	26729915	26730066	chr3R:26729916-26730066	distal	distal	stage14	stage14	VT50183.1	VT50183.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0166	0.01	0.0227	0.0064	0.0218	0.0186	0.0233	0.0064	0.0091	0.0058	0.0091	0.0015	0.0031	0.0045	0.0031	0.0057
chr3R	26732737	26732888	chr3R:26732738-26732888	distal	distal	none	none	VT50185.1	VT50185.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0191	0.0214	0.0258	0.0091	0.0095	0.0296	0.0294	0.02	0.0095	0.0229	0.0209	0.0229	0.0527	0.0054	0.0064	0.0054	0.0104
chr3R	26732911	26733062	chr3R:26732912-26733062	distal	distal	none	none	VT50185.1	VT50185.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0214	0.0269	0.0263	0.0097	0.0117	0.0398	0.0337	0.0266	0.0117	0.0254	0.0228	0.0254	0.0411	0.0092	0.0084	0.0092	0.0115
chr3R	26734840	26735042	chr3R:26734841-26735042	distal	distal	stage5	stage5	VT50186.1,VT50187.1	VT50186.1,VT50187.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0713	0.0589	0.0961	0.0581	0.0159	0.1126	0.0394	0.0833	0.0159	0.1395	0.0711	0.1395	0.11	0.0528	0.0303	0.0528	0.049
chr3R	26738201	26738411	chr3R:26738202-26738411	FBgn0020912	Ptx1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2466	0.217	0.3148	0.2048	0.1686	0.2723	0.2457	0.2672	0.1686	0.3702	0.3289	0.3702	0.2789	0.2075	0.1896	0.2075	0.1959
chr3R	26743186	26743375	chr3R:26743187-26743375	distal	distal	none	none	VT50191.1	VT50191.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0328	0.0305	0.0481	0.0185	0.0042	0.0553	0.0311	0.0313	0.0042	0.1135	0.0228	0.1135	0.038	0.0176	0.0077	0.0176	0.0115
chr3R	26744534	26744781	chr3R:26744535-26744781	distal	distal	none	none	VT50192.1	VT50192.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0356	0.0386	0.0514	0.0149	0.0117	0.0689	0.0446	0.03	0.0117	0.0465	0.0305	0.0465	0.1479	0.0191	0.0077	0.0191	0.0156
chr3R	26745773	26745924	chr3R:26745774-26745924	distal	distal	none	none	VT50192.1,VT50193.1	VT50192.1,VT50193.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0131	0.0157	0.0123	0.0042	0.017	0.019	0.0133	0.0042	0.0187	0.01	0.0187	0.0201	0.0054	0.0026	0.0054	0.0052
chr3R	26746201	26746352	chr3R:26746202-26746352	distal	distal	none	none	VT50192.1,VT50193.1	VT50192.1,VT50193.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0167	0.0211	0.013	0.0064	0.0204	0.0221	0.0227	0.0064	0.0157	0.018	0.0157	0.0186	0.0054	0.0077	0.0054	0.0104
chr3R	26746690	26747112	chr3R:26746691-26747112	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT50193.1	VT50193.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0584	0.0659	0.0831	0.023	0.0318	0.1034	0.0584	0.0926	0.0318	0.0948	0.0752	0.0948	0.0496	0.0161	0.0077	0.0161	0.0125
chr3R	26747392	26747543	chr3R:26747393-26747543	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT50193.1	VT50193.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0219	0.03	0.0256	0.0088	0.0159	0.0369	0.029	0.0506	0.0159	0.035	0.026	0.035	0.0194	0.0107	0.0084	0.0107	0.0078
chr3R	26748296	26748459	chr3R:26748297-26748459	distal	distal	none	none	VT50194.1	VT50194.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0253	0.03	0.0343	0.0103	0.0064	0.0665	0.0229	0.024	0.0064	0.099	0.019	0.099	0.017	0.0207	0.0071	0.0207	0.0073
chr3R	26749397	26749548	chr3R:26749398-26749548	distal	distal	none	none	VT50194.1,VT50195.1	VT50194.1,VT50195.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.012	0.0115	0.0142	0.0103	0.0064	0.0117	0.0182	0.012	0.0064	0.0103	0.0119	0.0103	0.0271	0.0046	0.0039	0.0046	0.0203
chr3R	26749613	26749764	chr3R:26749614-26749764	distal	distal	none	none	VT50194.1,VT50195.1	VT50194.1,VT50195.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.014	0.012	0.0173	0.0127	0.0085	0.0117	0.0169	0.014	0.0085	0.0145	0.0119	0.0145	0.0279	0.0077	0.0064	0.0077	0.0245
chr3R	26750717	26750868	chr3R:26750718-26750868	distal	distal	none	none	VT50195.1	VT50195.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0151	0.0137	0.0218	0.0093	0.0042	0.0199	0.0203	0.0113	0.0042	0.0163	0.0174	0.0163	0.0356	0.0061	0.0045	0.0061	0.0125
chr3R	26751284	26751435	chr3R:26751285-26751435	distal	distal	none	none	VT50195.1,VT50196.1	VT50195.1,VT50196.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0241	0.0191	0.0385	0.0141	0.0064	0.0296	0.0238	0.0167	0.0064	0.0205	0.027	0.0205	0.093	0.0092	0.0084	0.0092	0.0188
chr3R	26751889	26752161	chr3R:26751890-26752161	distal	distal	stage11	stage11	VT50196.1	VT50196.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0409	0.028	0.0603	0.0341	0.0074	0.035	0.0428	0.0266	0.0074	0.0435	0.0347	0.0435	0.0434	0.0222	0.0071	0.0222	0.0224
chr3R	26752828	26752986	chr3R:26752829-26752986	distal	distal	none	none	VT50196.1,VT50197.1	VT50196.1,VT50197.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0311	0.0303	0.0443	0.0177	0.0064	0.049	0.0329	0.0386	0.0064	0.0393	0.0331	0.0393	0.0837	0.0184	0.0116	0.0184	0.0234
chr3R	26754476	26754627	chr3R:26754477-26754627	distal	distal	none	none	VT50197.1	VT50197.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.007	0.0132	0.0347	0.0021	0.0078	0.0117	0.006	0.0021	0.0103	0.0064	0.0103	0.017	0.0306	0.0045	0.0306	0.013
chr3R	26756768	26756923	chr3R:26756769-26756923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0113	0.0234	0.0203	0.0032	0.0175	0.0169	0.006	0.0032	0.0151	0.0119	0.0151	0.0132	0.0092	0.0077	0.0092	0.0099
chr3R	26757826	26758102	chr3R:26757827-26758102	distal	distal	stage11	stage11	VT50199.1	VT50199.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0295	0.0184	0.0385	0.032	0.0053	0.0248	0.0251	0.0207	0.0053	0.0586	0.037	0.0586	0.031	0.0796	0.0116	0.0796	0.0193
chr3R	26759755	26759921	chr3R:26759756-26759921	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT50199.1,VT50200.1	VT50199.1,VT50200.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0286	0.0127	0.027	0.048	0.0042	0.0165	0.0182	0.012	0.0042	0.0109	0.0119	0.0109	0.0201	0.0046	0.0039	0.0046	0.0115
chr3R	26766077	26766228	chr3R:26766078-26766228	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.015	0.0184	0.012	0.0064	0.0146	0.0234	0.0167	0.0064	0.0223	0.017	0.0223	0.0186	0.0107	0.0052	0.0107	0.0052
chr3R	26770154	26770443	chr3R:26770155-26770443	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0295	0.0209	0.0352	0.0329	0.0074	0.0354	0.0264	0.0167	0.0074	0.0809	0.0248	0.0809	0.0217	0.0957	0.0155	0.0957	0.0162
chr3R	26770719	26770943	chr3R:26770720-26770943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.023	0.0169	0.0306	0.0214	0.0064	0.0257	0.0216	0.0147	0.0064	0.0628	0.0251	0.0628	0.0101	0.0528	0.0071	0.0528	0.0177
chr3R	26772129	26772449	chr3R:26772130-26772449	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1862	0.1849	0.2264	0.1434	0.1559	0.2272	0.2054	0.2318	0.1559	0.3098	0.2376	0.3098	0.1789	0.1907	0.109	0.1907	0.1251
chr3R	26830431	26830582	chr3R:26830432-26830582	distal	distal	stage14	stage14	VT50235.1	VT50235.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0085	0.011	0.0138	0.0064	0.0092	0.016	0.0027	0.0064	0.0109	0.0103	0.0109	0.0139	0.0023	0.0052	0.0023	0.0031
chr3R	26830753	26830904	chr3R:26830754-26830904	distal	distal	none	none	VT50235.1	VT50235.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0074	0.0072	0.0093	0.0064	0.0053	0.0134	0.0053	0.0064	0.0066	0.0074	0.0066	0.007	8e-04	0.0039	8e-04	0.0052
chr3R	26831385	26831536	chr3R:26831386-26831536	distal	distal	none	none	VT50235.1	VT50235.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.0091	0.0063	0.0096	0.0042	0.0029	0.0186	0.012	0.0042	0.0066	0.0074	0.0066	0.0031	0.0061	0.0026	0.0061	0.0094
chr3R	26835887	26836038	chr3R:26835888-26836038	distal	distal	stage14	stage14	VT50238.1	VT50238.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0133	0.0036	0.0065	0.0315	0.0011	0.0058	0.0056	0.0013	0.0011	0.0036	0.0023	0.0036	0.0263	0.0054	0.0058	0.0054	0.1037
chr3R	26836650	26836801	chr3R:26836651-26836801	distal	distal	none	none	VT50238.1	VT50238.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0084	0.007	0.0049	0.0138	0.0074	0.0044	0.0156	0.0027	0.0074	0.0042	0.0055	0.0042	0.0077	0.0115	0.0026	0.0115	0.0375
chr3R	26842595	26842773	chr3R:26842596-26842773	FBgn0004573	5-HT7	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0279	0.0131	0.0201	0.0529	0.0032	0.0194	0.0182	0.0093	0.0032	0.0181	0.0125	0.0181	0.0542	0.0283	0.04	0.0283	0.0875
chr3R	26868549	26868702	chr3R:26868550-26868702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0188	0.0181	0.0218	0.0162	0.0095	0.0209	0.0268	0.0187	0.0095	0.0664	0.0084	0.0664	0.017	0.059	0.0097	0.059	0.0063
chr3R	26874543	26874696	chr3R:26874544-26874696	FBgn0016123	Aph-4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.021	0.0322	0.0174	0.0125	0.0276	0.0199	0.0619	0.0293	0.0276	0.0193	0.0177	0.0193	0.0294	0.01	0.0155	0.01	0.0188
chr3R	26879564	26879742	chr3R:26879565-26879742	FBgn0010808	l(3)03670	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1602	0.1569	0.1852	0.1366	0.1336	0.1757	0.1864	0.1999	0.1336	0.2349	0.1955	0.2349	0.1936	0.1784	0.1315	0.1784	0.1631
chr3R	26879874	26880100	chr3R:26879875-26880100	FBgn0010808	l(3)03670	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1096	0.1107	0.1234	0.0933	0.0976	0.1398	0.1185	0.1392	0.0976	0.1944	0.1151	0.1944	0.1387	0.144	0.0845	0.144	0.1094
chr3R	26880193	26880643	chr3R:26880194-26880643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0903	0.0895	0.1028	0.0776	0.07	0.116	0.0969	0.1133	0.07	0.1498	0.1051	0.1498	0.1108	0.0949	0.0812	0.0949	0.1105
chr3R	26885023	26885174	chr3R:26885024-26885174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0593	0.0425	0.0671	0.0696	0.0212	0.0617	0.042	0.0613	0.0212	0.0604	0.0707	0.0604	0.1247	0.0421	0.098	0.0421	0.1204
chr3R	26885296	26885500	chr3R:26885297-26885500	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1339	0.1	0.1638	0.139	0.0403	0.1413	0.0995	0.1452	0.0403	0.1854	0.1878	0.1854	0.2068	0.1371	0.1779	0.1371	0.2126
chr3R	26885961	26886122	chr3R:26885962-26886122	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0632	0.038	0.0763	0.0769	0.0148	0.0612	0.0359	0.0493	0.0148	0.0821	0.0788	0.0821	0.1092	0.0628	0.0761	0.0628	0.1053
chr3R	26886225	26886406	chr3R:26886226-26886406	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1095	0.0668	0.1359	0.1283	0.0255	0.1068	0.0623	0.0853	0.0255	0.1661	0.1482	0.1661	0.1441	0.1225	0.1238	0.1225	0.1657
chr3R	26886538	26886708	chr3R:26886539-26886708	FBgn0002413	dco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2637	0.213	0.3204	0.2582	0.1368	0.2869	0.2124	0.2925	0.1368	0.401	0.3434	0.401	0.3207	0.2665	0.2637	0.2665	0.3059
chr3R	26886838	26887024	chr3R:26886839-26887024	FBgn0002413	dco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2411	0.2085	0.2911	0.2227	0.1198	0.2612	0.2305	0.2931	0.1198	0.3611	0.3158	0.3611	0.2905	0.2443	0.2244	0.2443	0.2501
chr3R	26887098	26887279	chr3R:26887099-26887279	FBgn0002413	dco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2156	0.1816	0.2615	0.203	0.1113	0.2262	0.2059	0.2432	0.1113	0.3134	0.2936	0.3134	0.2448	0.2037	0.2186	0.2037	0.2335
chr3R	26888144	26888353	chr3R:26888145-26888353	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1229	0.1509	0.1404	0.0726	0.1273	0.1699	0.1704	0.2152	0.1273	0.119	0.2071	0.119	0.1503	0.026	0.156	0.026	0.1021
chr3R	26890309	26890460	chr3R:26890310-26890460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0301	0.0252	0.0495	0.0143	0.0053	0.0388	0.0251	0.034	0.0053	0.0948	0.0566	0.0948	0.0263	0.023	0.0161	0.023	0.0193
chr3R	26892263	26892414	chr3R:26892264-26892414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0172	0.0105	0.0251	0.0159	0.0011	0.0165	0.0125	0.0113	0.0011	0.0193	0.0251	0.0193	0.0589	0.0077	0.0084	0.0077	0.0412
chr3R	26893373	26893607	chr3R:26893374-26893607	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0326	0.0221	0.0471	0.0285	0.0064	0.0403	0.0264	0.018	0.0064	0.0356	0.0347	0.0356	0.1472	0.0184	0.0232	0.0184	0.0662
chr3R	26896390	26896581	chr3R:26896391-26896581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0227	0.0229	0.0311	0.0134	0.0064	0.0383	0.029	0.0173	0.0064	0.0272	0.0357	0.0272	0.0581	0.0123	0.0161	0.0123	0.0198
chr3R	26896688	26896839	chr3R:26896689-26896839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0169	0.0179	0.0221	0.0099	0.0032	0.0291	0.0225	0.0167	0.0032	0.0199	0.0248	0.0199	0.0372	0.0199	0.0142	0.0199	0.0083
chr3R	26897971	26898122	chr3R:26897972-26898122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0192	0.0187	0.0251	0.0134	0.0021	0.0214	0.0264	0.022	0.0021	0.0199	0.027	0.0199	0.0527	0.0077	0.0116	0.0077	0.024
chr3R	26899661	26899812	chr3R:26899662-26899812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0104	0.0087	0.0105	0.0123	0	0.0087	0.0169	0.0073	0	0.0133	0.0125	0.0133	0.0139	0.0061	0.0097	0.0061	0.0266
chr3R	26912179	26912367	chr3R:26912180-26912367	distal	distal	stage11	stage11	VT50273.1	VT50273.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0774	0.0652	0.1013	0.0648	0.0361	0.0854	0.077	0.0813	0.0361	0.1262	0.1125	0.1262	0.1084	0.0904	0.0787	0.0904	0.0912
chr3R	26923010	26923161	chr3R:26923011-26923161	FBgn0039816	CG11317	none	none	VT50279.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0079	0.0058	0.013	0.0053	0.0068	0.0151	0.006	0.0053	0.0091	0.0032	0.0091	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0063
chr3R	26945646	26945797	chr3R:26945647-26945797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0077	0.0049	0.0095	0.0085	0.0034	0.0156	0.0067	0.0085	0.0048	0.0045	0.0048	0.0015	0.0046	0.0013	0.0046	0.0021
chr3R	26953159	26953343	chr3R:26953160-26953343	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0202	0.0071	0.0128	0.0429	0.0064	0.0073	0.0121	0.004	0.0064	0.0066	0.0164	0.0066	0.0217	0.0084	0.0683	0.0084	0.062
chr3R	26959890	26960147	chr3R:26959891-26960147	FBgn0013973	Gycbeta100B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0249	0.0121	0.0189	0.0458	0.0064	0.0097	0.0251	0.008	0.0064	0.0169	0.017	0.0169	0.0302	0.0245	0.0303	0.0245	0.0427
chr3R	26994289	26994450	chr3R:26994290-26994450	FBgn0086704	stops	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0331	0.014	0.0249	0.0634	0.0032	0.0117	0.026	0.014	0.0032	0.0272	0.0132	0.0272	0.0581	0.0812	0.0322	0.0812	0.0964
chr3R	26994728	26994908	chr3R:26994729-26994908	FBgn0086704	stops	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0492	0.0244	0.0383	0.0887	0.0159	0.0277	0.0398	0.018	0.0159	0.0399	0.0277	0.0399	0.0751	0.1233	0.0496	0.1233	0.1245
chr3R	27018928	27019232	chr3R:27018929-27019232	FBgn0004389	bnk	stage5	none	Unspecified_HC_22	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0683	0.1816	0.0105	0.005	0.2185	0.0374	0.4317	0.068	0.2185	0.0079	0.0135	0.0079	0.0101	0.0031	0.0052	0.0031	0.0073
chr3R	27019499	27019650	chr3R:27019500-27019650	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0373	0.0981	0.0061	0.0038	0.0859	0.0214	0.2539	0.028	0.0859	0.0079	0.0061	0.0079	0.0077	0.0015	0.0013	0.0015	0.0089
chr3R	27019730	27019968	chr3R:27019731-27019968	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0463	0.1191	0.0079	0.007	0.0986	0.0131	0.3253	0.0306	0.0986	0.0072	0.0084	0.0072	0.0116	0.0069	0.0032	0.0069	0.0135
chr3R	27020262	27020413	chr3R:27020263-27020413	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0296	0.0673	0.0085	0.0107	0.0594	0.0112	0.1756	0.024	0.0594	0.0072	0.0068	0.0072	0.0201	0.0069	0.0045	0.0069	0.0224
chr3R	27020423	27020718	chr3R:27020424-27020718	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0497	0.0991	0.0197	0.0276	0.0795	0.0248	0.2565	0.0313	0.0795	0.0127	0.0164	0.0127	0.0519	0.0084	0.0148	0.0084	0.0709
chr3R	27021492	27021669	chr3R:27021493-27021669	FBgn0051004	CG31004	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0188	0.0192	0.0147	0.0227	0.0106	0.0107	0.048	0.006	0.0106	0.0169	0.0103	0.0169	0.0364	0.0084	0.0077	0.0084	0.0662
chr3R	27022446	27022688	chr3R:27022447-27022688	FBgn0039827	CG1544	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0957	0.0854	0.1065	0.0954	0.0721	0.0903	0.1181	0.0946	0.0721	0.125	0.0965	0.125	0.2169	0.0712	0.0845	0.0712	0.2173
chr3R	27022848	27023052	chr3R:27022849-27023052	FBgn0039827	CG1544	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0464	0.0543	0.0444	0.0395	0.0477	0.0471	0.0965	0.038	0.0477	0.0344	0.0389	0.0344	0.1146	0.0253	0.0245	0.0253	0.1001
chr3R	27039060	27039227	chr3R:27039061-27039227	FBgn0039828,FBgn0061476	CG1542,zwilch	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1315	0.1234	0.164	0.1049	0.087	0.1476	0.1531	0.1519	0.087	0.2059	0.1704	0.2059	0.1805	0.124	0.107	0.124	0.1318
chr3R	27039346	27039497	chr3R:27039347-27039497	FBgn0039828,FBgn0061476	CG1542,zwilch	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0515	0.0647	0.0369	0.035	0.0553	0.074	0.0626	0.035	0.0713	0.073	0.0713	0.0728	0.0398	0.0419	0.0398	0.0505
chr3R	27041373	27041524	chr3R:27041374-27041524	FBgn0039829	CG15561	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0586	0.0935	0.0579	0.0329	0.0718	0.0701	0.0786	0.0329	0.1214	0.1032	0.1214	0.1092	0.0689	0.0477	0.0689	0.0771
chr3R	27041638	27041810	chr3R:27041639-27041810	FBgn0039829	CG15561	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1489	0.1898	0.1413	0.0901	0.1767	0.1739	0.2079	0.0901	0.2415	0.2019	0.2415	0.2138	0.1899	0.1225	0.1899	0.173
chr3R	27044241	27044392	chr3R:27044242-27044392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0657	0.0531	0.0725	0.0724	0.0201	0.0592	0.0701	0.0733	0.0201	0.0749	0.0759	0.0749	0.1084	0.0942	0.0613	0.0942	0.1126
chr3R	27044421	27044593	chr3R:27044422-27044593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1024	0.0856	0.1181	0.1039	0.0498	0.1141	0.0982	0.1086	0.0498	0.1528	0.126	0.1528	0.141	0.1409	0.1083	0.1409	0.147
chr3R	27045260	27045520	chr3R:27045261-27045520	FBgn0039830,FBgn0263544	CG1746,mir-4949	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3104	0.2779	0.3631	0.289	0.2227	0.3413	0.3019	0.3578	0.2227	0.4233	0.3881	0.4233	0.3586	0.2925	0.2785	0.2925	0.3392
chr3R	27046326	27046497	chr3R:27046327-27046497	FBgn0039831	CG12054	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2249	0.1891	0.2753	0.2096	0.1145	0.2481	0.2063	0.2452	0.1145	0.3388	0.301	0.3388	0.2424	0.2243	0.2166	0.2243	0.2267
chr3R	27046595	27046773	chr3R:27046596-27046773	FBgn0039831	CG12054	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.245	0.2079	0.2973	0.2291	0.1336	0.2864	0.2163	0.2625	0.1336	0.3551	0.3161	0.3551	0.2866	0.2159	0.2366	0.2159	0.2579
chr3R	27046859	27047031	chr3R:27046860-27047031	FBgn0039831	CG12054	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2685	0.2355	0.323	0.2455	0.1972	0.2859	0.2578	0.3078	0.1972	0.372	0.3463	0.372	0.3098	0.2466	0.2656	0.2466	0.285
chr3R	27047164	27047385	chr3R:27047165-27047385	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1729	0.1821	0.2043	0.1283	0.1516	0.1903	0.2253	0.2438	0.1516	0.2258	0.2402	0.2258	0.1844	0.1325	0.1309	0.1325	0.1537
chr3R	27047474	27047687	chr3R:27047475-27047687	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2116	0.2402	0.2463	0.1415	0.1909	0.2427	0.2781	0.3604	0.1909	0.2784	0.3119	0.2784	0.1828	0.1194	0.1979	0.1194	0.1527
chr3R	27048035	27048186	chr3R:27048036-27048186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0794	0.075	0.0813	0.0822	0.0456	0.0694	0.1003	0.1153	0.0456	0.0658	0.0778	0.0658	0.055	0.0459	0.0335	0.0459	0.0568
chr3R	27048389	27048621	chr3R:27048390-27048621	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.1321	0.1547	0.1251	0.1145	0.1039	0.1398	0.2115	0.2252	0.1039	0.1141	0.1103	0.1141	0.1053	0.0421	0.049	0.0421	0.0818
chr3R	27048926	27049094	chr3R:27048927-27049094	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0768	0.1515	0.0409	0.0326	0.1379	0.0684	0.2418	0.2338	0.1379	0.0362	0.0492	0.0362	0.038	0.0092	0.0213	0.0092	0.0203
chr3R	27050899	27051050	chr3R:27050900-27051050	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0319	0.0303	0.0326	0.0329	0.017	0.0291	0.0407	0.0446	0.017	0.0211	0.0273	0.0211	0.0689	0.0176	0.0193	0.0176	0.0808
chr3R	27055745	27055956	chr3R:27055746-27055956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0384	0.0469	0.0329	0.0351	0.0265	0.0456	0.0593	0.074	0.0265	0.0356	0.0328	0.0356	0.0349	0.0689	0.0193	0.0689	0.0464
chr3R	27056170	27056461	chr3R:27056171-27056461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0446	0.0536	0.0445	0.0347	0.0318	0.0568	0.0662	0.0819	0.0318	0.0435	0.0527	0.0435	0.0511	0.0475	0.0329	0.0475	0.0412
chr3R	27056702	27056924	chr3R:27056703-27056924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0516	0.0516	0.0383	0.0339	0.05	0.067	0.0759	0.0339	0.055	0.0611	0.055	0.0534	0.0444	0.0335	0.0444	0.0469
chr3R	27056945	27057157	chr3R:27056946-27057157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0654	0.0703	0.0714	0.0532	0.0414	0.0689	0.0891	0.1099	0.0414	0.0791	0.083	0.0791	0.0736	0.0597	0.058	0.0597	0.0641
chr3R	27057277	27057428	chr3R:27057278-27057428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0319	0.0231	0.0196	0.0127	0.0335	0.0467	0.0413	0.0127	0.0278	0.0248	0.0278	0.0178	0.0161	0.0219	0.0161	0.0255
chr3R	27066779	27066930	chr3R:27066780-27066930	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.0152	0.0155	0.0169	0.0053	0.0155	0.0264	0.0153	0.0053	0.0133	0.0206	0.0133	0.0194	0.0107	0.0516	0.0107	0.0083
chr3R	27067182	27067352	chr3R:27067183-27067352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0156	0.016	0.0194	0.0109	0.0021	0.0155	0.0264	0.022	0.0021	0.0157	0.0215	0.0157	0.0387	0.0069	0.0322	0.0069	0.0063
chr3R	27067415	27067566	chr3R:27067416-27067566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0131	0.015	0.0146	0.0093	0.0042	0.0184	0.0229	0.0167	0.0042	0.0133	0.0141	0.0133	0.031	0.0061	0.0181	0.0061	0.0099
chr3R	27073251	27073402	chr3R:27073252-27073402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0118	0.0119	0.016	0.0042	0.0117	0.0195	0.0127	0.0042	0.0103	0.0164	0.0103	0.0124	0.0015	0.0613	0.0015	0.0052
chr3R	27073743	27073894	chr3R:27073744-27073894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0219	0.0123	0.0164	0.0386	0.0053	0.0107	0.0169	0.02	0.0053	0.0079	0.027	0.0079	0.0147	0.0038	0.1431	0.0038	0.013
chr3R	27077919	27078156	chr3R:27077920-27078156	FBgn0039835,FBgn0051005	mRpL32,qless	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1199	0.09	0.1618	0.1072	0.0562	0.1112	0.099	0.1326	0.0562	0.1842	0.2061	0.1842	0.1518	0.0781	0.1741	0.0781	0.1339
chr3R	27078271	27078439	chr3R:27078272-27078439	FBgn0039835,FBgn0051005	mRpL32,qless	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.172	0.1295	0.2227	0.1638	0.0732	0.182	0.1215	0.1905	0.0732	0.2663	0.2627	0.2663	0.2084	0.1715	0.2012	0.1715	0.1912
chr3R	27078480	27078665	chr3R:27078481-27078665	FBgn0039835,FBgn0051005	mRpL32,qless	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1268	0.0967	0.1636	0.12	0.0647	0.1388	0.08	0.1499	0.0647	0.2107	0.1836	0.2107	0.1603	0.1325	0.1348	0.1325	0.1454
chr3R	27078739	27078890	chr3R:27078740-27078890	FBgn0039835,FBgn0051005	mRpL32,qless	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0497	0.0734	0.0501	0.0212	0.0655	0.0536	0.072	0.0212	0.0882	0.0801	0.0882	0.0868	0.059	0.0542	0.059	0.0625
chr3R	27080243	27080464	chr3R:27080244-27080464	FBgn0039836,FBgn0086362	CG1750,spn-F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.048	0.066	0.0444	0.0244	0.0515	0.0662	0.062	0.0244	0.067	0.0804	0.067	0.0689	0.049	0.0393	0.049	0.0568
chr3R	27080542	27080717	chr3R:27080543-27080717	FBgn0039836,FBgn0086362	CG1750,spn-F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1162	0.0968	0.1457	0.1054	0.0668	0.1092	0.1146	0.1312	0.0668	0.1818	0.1611	0.1818	0.1634	0.1118	0.1032	0.1118	0.1376
chr3R	27080741	27080927	chr3R:27080742-27080927	FBgn0039836,FBgn0086362	CG1750,spn-F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1014	0.081	0.1282	0.0948	0.0583	0.1005	0.0947	0.0979	0.0583	0.1667	0.1469	0.1667	0.1363	0.108	0.1025	0.108	0.124
chr3R	27089778	27089956	chr3R:27089779-27089956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0563	0.0674	0.0478	0.0329	0.0612	0.0787	0.068	0.0329	0.0785	0.0752	0.0785	0.0775	0.0452	0.0651	0.0452	0.0709
chr3R	27096234	27096385	chr3R:27096235-27096385	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0061	0.0067	0.0109	0.0011	0.0078	0.0095	0.0053	0.0011	0.0085	0.0064	0.0085	0.0031	0.0046	0.0045	0.0046	0.0104
chr3R	27097765	27097916	chr3R:27097766-27097916	distal	distal	none	none	VT50378.1	VT50378.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.012	0.0142	0.0077	0.0143	0.0053	0.0214	0.0203	0.0093	0.0053	0.0133	0.0071	0.0133	0.0062	0.0383	0.0116	0.0383	0.0094
chr3R	27098994	27099150	chr3R:27098995-27099150	distal	distal	stage5	stage5	VT50378.1	VT50378.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0206	0.0422	0.0123	0.0054	0.0201	0.0752	0.0467	0.032	0.0201	0.0217	0.008	0.0217	0.0077	0.0054	0.0039	0.0054	0.0026
chr3R	27121725	27121876	chr3R:27121726-27121876	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0115	0.0092	0.0113	0.0143	0.0042	0.0087	0.0151	0.01	0.0042	0.0181	0.01	0.0181	0.0108	0.0276	0.009	0.0276	0.0151
chr3R	27126192	27126386	chr3R:27126193-27126386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0281	0.0142	0.0322	0.0391	0.0021	0.018	0.0234	0.0107	0.0021	0.0791	0.0209	0.0791	0.0318	0.1118	0.0206	0.1118	0.0396
chr3R	27126790	27126981	chr3R:27126791-27126981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0123	0.0214	0.0281	0.0085	0.0136	0.0195	0.012	0.0085	0.0368	0.0193	0.0368	0.0294	0.0513	0.0284	0.0513	0.0344
chr3R	27127298	27127450	chr3R:27127299-27127450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.017	0.0102	0.0218	0.0192	0.0032	0.015	0.013	0.0093	0.0032	0.0229	0.017	0.0229	0.0434	0.013	0.0193	0.013	0.0354
chr3R	27131828	27131979	chr3R:27131829-27131979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0201	0.0204	0.0183	0.0217	0.0064	0.0218	0.0277	0.0293	0.0064	0.0338	0.0125	0.0338	0.0225	0.0322	0.0123	0.0322	0.0188
chr3R	27135182	27135391	chr3R:27135183-27135391	distal	distal	none	none	CG34347_CG11339_EVIII	CG34347_CG11339_EVIII	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0323	0.0209	0.0435	0.0326	0.0064	0.0252	0.0363	0.0153	0.0064	0.0525	0.0373	0.0525	0.0891	0.0161	0.0613	0.0161	0.0433
chr3R	27136131	27136453	chr3R:27136132-27136453	FBgn0085376	CG34347	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0904	0.0272	0.1204	0.128	0.0085	0.0592	0.0255	0.012	0.0085	0.2476	0.0904	0.2476	0.1286	0.1899	0.1135	0.1899	0.1339
chr3R	27136728	27136908	chr3R:27136729-27136908	FBgn0085376	CG34347	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1262	0.0336	0.1656	0.1865	0.017	0.0646	0.0359	0.0187	0.017	0.2506	0.1611	0.2506	0.2409	0.2182	0.2308	0.2182	0.2428
chr3R	27136930	27137081	chr3R:27136931-27137081	FBgn0085376	CG34347	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0253	0.0725	0.0817	0.0127	0.0325	0.0385	0.02	0.0127	0.1099	0.0704	0.1099	0.1046	0.0865	0.1109	0.0865	0.1079
chr3R	27141728	27141964	chr3R:27141729-27141964	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0131	0.0225	0.0341	0.0064	0.018	0.0229	0.0053	0.0064	0.035	0.0254	0.035	0.0209	0.0681	0.0606	0.0681	0.0162
chr3R	27141965	27142116	chr3R:27141966-27142116	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0145	0.0087	0.0141	0.0213	0.0032	0.0146	0.013	0.004	0.0032	0.0266	0.0138	0.0266	0.0116	0.049	0.0387	0.049	0.0099
chr3R	27142873	27143062	chr3R:27142874-27143062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0178	0.013	0.0188	0.0221	0.0085	0.0131	0.0221	0.0107	0.0085	0.0471	0.0125	0.0471	0.0147	0.0628	0.029	0.0628	0.0057
chr3R	27147361	27147512	chr3R:27147362-27147512	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0052	0.0112	0.023	0.0042	0.0029	0.0125	0.002	0.0042	0.0103	0.0174	0.0103	0.0101	0.0092	0.0793	0.0092	0.0068
chr3R	27147768	27147919	chr3R:27147769-27147919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.012	0.0074	0.0105	0.0187	0.0011	0.0049	0.0173	0.0047	0.0011	0.006	0.0145	0.006	0.0139	0.0145	0.0464	0.0145	0.0068
chr3R	27148178	27148329	chr3R:27148179-27148329	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0158	0.0103	0.0154	0.0223	0.0021	0.0068	0.0242	0.006	0.0021	0.0091	0.0235	0.0091	0.017	0.01	0.0606	0.01	0.0156
chr3R	27150278	27150429	chr3R:27150279-27150429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0141	0.0086	0.0171	0.017	0.0042	0.0078	0.0169	0.0053	0.0042	0.0139	0.0209	0.0139	0.0248	0.0107	0.0484	0.0107	0.0104
chr3R	27153684	27153835	chr3R:27153685-27153835	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0152	0.0102	0.0138	0.0223	0.0032	0.0044	0.0251	0.0053	0.0032	0.0103	0.0225	0.0103	0.0101	0.01	0.0754	0.01	0.0068
chr3R	27154058	27154209	chr3R:27154059-27154209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0115	0.0115	0.0105	0.0125	0.0064	0.0063	0.0268	0.006	0.0064	0.0127	0.0129	0.0127	0.0116	0.013	0.0303	0.013	0.0057
chr3R	27155026	27155189	chr3R:27155027-27155189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0528	0.0114	0.0097	0.0594	0.018	0.1246	0.0193	0.0594	0.0187	0.0109	0.0187	0.0116	0.0107	0.011	0.0107	0.0089
chr3R	27155364	27155515	chr3R:27155365-27155515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0383	0.0151	0.0116	0.0371	0.016	0.0882	0.0133	0.0371	0.0151	0.0154	0.0151	0.0209	0.0138	0.0161	0.0138	0.0083
chr3R	27163218	27163369	chr3R:27163219-27163369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0083	0.0082	0.0106	0.0021	0.0053	0.0164	0.0107	0.0021	0.0097	0.0077	0.0097	0.0132	0.0061	0.0123	0.0061	0.0063
chr3R	27163550	27163701	chr3R:27163551-27163701	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0062	0.0065	0.01	0.0021	0.0034	0.0134	0.0053	0.0021	0.0048	0.0061	0.0048	0.0093	0.0031	0.0097	0.0031	0.0036
chr3R	27169802	27169953	chr3R:27169803-27169953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0124	0.011	0.0119	0.0145	0.0085	0.0073	0.0216	0.01	0.0085	0.0151	0.0141	0.0151	0.0132	0.0084	0.0329	0.0084	0.0078
chr3R	27176040	27176191	chr3R:27176041-27176191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.012	0.0106	0.0113	0.0143	0.0042	0.0058	0.0247	0.006	0.0042	0.0091	0.0138	0.0091	0.0155	0.0123	0.0129	0.0123	0.0063
chr3R	27176289	27176440	chr3R:27176290-27176440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.009	0.0083	0.0089	0.0099	0.0053	0.0044	0.0182	0.0073	0.0053	0.0085	0.009	0.0085	0.0124	0.0077	0.0045	0.0077	0.0036
chr3R	27179354	27179505	chr3R:27179355-27179505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0134	0.0093	0.0133	0.018	0.0106	0.0068	0.016	0.0073	0.0106	0.0145	0.0113	0.0145	0.0209	0.0291	0.011	0.0291	0.0162
chr3R	27179517	27179668	chr3R:27179518-27179668	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0151	0.0077	0.0161	0.0223	0.0064	0.0083	0.0138	0.004	0.0064	0.0157	0.0122	0.0157	0.0333	0.0268	0.0129	0.0268	0.0198
chr3R	27179745	27179936	chr3R:27179746-27179936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0204	0.0117	0.0185	0.032	0.0032	0.0107	0.0242	0.0073	0.0032	0.0163	0.0158	0.0163	0.0294	0.0352	0.0258	0.0352	0.0208
chr3R	27180098	27180249	chr3R:27180099-27180249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0081	0.0102	0.015	0.0042	0.0058	0.0147	0.0073	0.0042	0.0163	0.0064	0.0163	0.0139	0.0145	0.0064	0.0145	0.0078
chr3R	27189740	27189891	chr3R:27189741-27189891	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.005	0.005	0.0034	0.0067	0.0053	0.0053	0.0091	0.0013	0.0053	0.0042	0.0026	0.0042	0.0054	0.0038	0.0058	0.0038	0.0031
chr3R	27195257	27195408	chr3R:27195258-27195408	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0072	0.0047	0.0066	0.0106	0.0011	0.0039	0.0074	0.006	0.0011	0.0079	0.0045	0.0079	0.0147	0.0061	0.009	0.0061	0.0047
chr3R	27206949	27207154	chr3R:27206950-27207154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0921	0.0766	0.1107	0.089	0.0551	0.0908	0.0882	0.1046	0.0551	0.1117	0.126	0.1117	0.1185	0.0842	0.0883	0.0842	0.1021
chr3R	27207305	27207456	chr3R:27207306-27207456	FBgn0039844	CG1607	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.025	0.0282	0.037	0.018	0.0248	0.0372	0.0273	0.018	0.029	0.0309	0.029	0.0279	0.0161	0.0264	0.0161	0.0214
chr3R	27207691	27207842	chr3R:27207692-27207842	FBgn0039844	CG1607	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0115	0.015	0.0163	0.0053	0.0107	0.0182	0.0133	0.0053	0.0157	0.017	0.0157	0.0217	0.0084	0.0161	0.0084	0.0182
chr3R	27209097	27209248	chr3R:27209098-27209248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0167	0.0135	0.0194	0.0173	0.0032	0.0107	0.0268	0.0107	0.0032	0.0109	0.0338	0.0109	0.0155	0.0077	0.0419	0.0077	0.0214
chr3R	27209724	27209926	chr3R:27209725-27209926	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0611	0.0334	0.0702	0.082	0.0233	0.0388	0.0424	0.04	0.0233	0.0223	0.1296	0.0223	0.0596	0.0199	0.1721	0.0199	0.1235
chr3R	27209997	27210186	chr3R:27209998-27210186	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0625	0.033	0.0643	0.0934	0.0233	0.0461	0.0398	0.0353	0.0233	0.038	0.1	0.038	0.0697	0.0375	0.1741	0.0375	0.1454
chr3R	27213985	27214136	chr3R:27213986-27214136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0144	0.0136	0.0143	0.0155	0.0021	0.0126	0.0221	0.018	0.0021	0.0097	0.0151	0.0097	0.0294	0.013	0.0071	0.013	0.0386
chr3R	27221086	27221237	chr3R:27221087-27221237	FBgn0019990,FBgn0051002	CG31002,Gcn2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0368	0.0439	0.0334	0.0223	0.05	0.0415	0.044	0.0223	0.0399	0.0489	0.0399	0.0713	0.0352	0.0355	0.0352	0.0573
chr3R	27221272	27221445	chr3R:27221273-27221445	FBgn0019990,FBgn0051002	CG31002,Gcn2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0811	0.0722	0.0963	0.0745	0.0392	0.0869	0.08	0.1059	0.0392	0.1105	0.1103	0.1105	0.1193	0.0934	0.0806	0.0934	0.1027
chr3R	27221531	27221698	chr3R:27221532-27221698	FBgn0019990	Gcn2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.036	0.0492	0.033	0.0191	0.0379	0.0463	0.054	0.0191	0.0574	0.0588	0.0574	0.0589	0.0413	0.0361	0.0413	0.0427
chr3R	27230423	27230611	chr3R:27230424-27230611	FBgn0261988	Gprk2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1299	0.0891	0.1671	0.1347	0.0498	0.1335	0.0934	0.1059	0.0498	0.2174	0.1862	0.2174	0.1805	0.1455	0.1341	0.1455	0.174
chr3R	27230855	27231056	chr3R:27230856-27231056	FBgn0039846,FBgn0261988	CG11337,Gprk2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2285	0.1853	0.2878	0.2118	0.1368	0.2519	0.1959	0.2365	0.1368	0.3575	0.3196	0.3575	0.3036	0.2404	0.2244	0.2404	0.2689
chr3R	27231159	27231332	chr3R:27231160-27231332	FBgn0039846,FBgn0261988	CG11337,Gprk2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1661	0.1386	0.2032	0.1561	0.0923	0.1981	0.1285	0.1925	0.0923	0.253	0.2277	0.253	0.2208	0.1891	0.1728	0.1891	0.1834
chr3R	27231436	27231631	chr3R:27231437-27231631	FBgn0039846,FBgn0261988	CG11337,Gprk2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0731	0.0735	0.0827	0.062	0.0477	0.0927	0.0861	0.0919	0.0477	0.1021	0.0817	0.1021	0.1115	0.0758	0.0516	0.0758	0.0834
chr3R	27231762	27231913	chr3R:27231763-27231913	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.047	0.0462	0.0351	0.0233	0.0519	0.0683	0.0526	0.0233	0.0616	0.0441	0.0616	0.0666	0.0513	0.0181	0.0513	0.0552
chr3R	27231917	27232080	chr3R:27231918-27232080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0403	0.0348	0.0452	0.0412	0.0191	0.0466	0.0428	0.04	0.0191	0.0688	0.0392	0.0688	0.0682	0.0735	0.0245	0.0735	0.0662
chr3R	27232580	27233109	chr3R:27232581-27233109	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0955	0.0756	0.109	0.1029	0.0138	0.1296	0.067	0.1026	0.0138	0.1534	0.1003	0.1534	0.151	0.1141	0.0722	0.1141	0.1699
chr3R	27233164	27233315	chr3R:27233165-27233315	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0304	0.0305	0.034	0.0262	0.0042	0.0544	0.0285	0.0393	0.0042	0.0537	0.035	0.0537	0.0217	0.0138	0.0181	0.0138	0.0219
chr3R	27236850	27237001	chr3R:27236851-27237001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0184	0.0242	0.0207	0.0095	0.0127	0.0165	0.0433	0.0286	0.0127	0.0302	0.0238	0.0302	0.0155	0.0084	0.009	0.0084	0.0104
chr3R	27237461	27237612	chr3R:27237462-27237612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0196	0.0327	0.0169	0.0079	0.0117	0.0233	0.0619	0.0313	0.0117	0.0242	0.0196	0.0242	0.0116	0.0077	0.0071	0.0077	0.0094
chr3R	27246421	27246762	chr3R:27246422-27246762	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0323	0.0244	0.0364	0.0366	0.0053	0.0301	0.0394	0.0227	0.0053	0.0604	0.0376	0.0604	0.0403	0.036	0.0593	0.036	0.0474
chr3R	27247905	27248056	chr3R:27247906-27248056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0177	0.0171	0.0155	0.0064	0.0243	0.019	0.0253	0.0064	0.0199	0.0174	0.0199	0.0132	0.0084	0.0071	0.0084	0.0167
chr3R	27251203	27251354	chr3R:27251204-27251354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.011	0.0152	0.0114	0.0042	0.0141	0.0138	0.0147	0.0042	0.0199	0.0122	0.0199	0.0201	0.0069	0.0084	0.0069	0.0094
chr3R	27260113	27260341	chr3R:27260114-27260341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0243	0.0168	0.0282	0.0283	0.0053	0.0228	0.0251	0.016	0.0053	0.0368	0.0238	0.0368	0.0465	0.0138	0.0097	0.0138	0.0552
chr3R	27261456	27261824	chr3R:27261457-27261824	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0458	0.0303	0.0509	0.0575	0.0106	0.0388	0.0441	0.0266	0.0106	0.0598	0.0363	0.0598	0.11	0.0222	0.0219	0.0222	0.148
chr3R	27261830	27262229	chr3R:27261831-27262229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0369	0.0248	0.0378	0.0494	0.0064	0.0311	0.0355	0.026	0.0064	0.0429	0.0331	0.0429	0.0674	0.0176	0.0135	0.0176	0.1271
chr3R	27283399	27283550	chr3R:27283400-27283550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.051	0.0459	0.0633	0.0432	0.0286	0.0553	0.0532	0.0593	0.0286	0.0851	0.0691	0.0851	0.0627	0.0559	0.0335	0.0559	0.0683
chr3R	27283664	27283848	chr3R:27283665-27283848	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1708	0.1532	0.2152	0.1416	0.0933	0.1845	0.1795	0.2039	0.0933	0.2856	0.2376	0.2856	0.2122	0.1861	0.1586	0.1861	0.2017
chr3R	27283935	27284178	chr3R:27283936-27284178	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2317	0.21	0.2916	0.1902	0.1389	0.2553	0.2452	0.2738	0.1389	0.3635	0.3215	0.3635	0.2928	0.2542	0.2308	0.2542	0.2418
chr3R	27288246	27288576	chr3R:27288247-27288576	FBgn0039849,FBgn0039850	CG11333,CG11334	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0726	0.0361	0.0924	0.0918	0.0064	0.0583	0.0329	0.0526	0.0064	0.1075	0.1035	0.1075	0.1263	0.0988	0.1025	0.0988	0.1407
chr3R	27288640	27289027	chr3R:27288641-27289027	FBgn0039849,FBgn0039850	CG11333,CG11334	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1223	0.0666	0.1599	0.1434	0.017	0.1058	0.0597	0.0979	0.017	0.1812	0.1929	0.1812	0.1813	0.1761	0.1618	0.1761	0.1912
chr3R	27289119	27289270	chr3R:27289120-27289270	FBgn0039849,FBgn0039850	CG11333,CG11334	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0198	0.0431	0.0316	0.0064	0.0252	0.0229	0.028	0.0064	0.0405	0.0537	0.0405	0.0527	0.0268	0.0503	0.0268	0.0427
chr3R	27294446	27294597	chr3R:27294447-27294597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0115	0.0093	0.0104	0.015	0.0032	0.0073	0.0138	0.016	0.0032	0.0072	0.0151	0.0072	0.0116	0.0077	0.0477	0.0077	0.0083
chr3R	27303254	27303405	chr3R:27303255-27303405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.011	0.0164	0.0092	0.0021	0.0126	0.0199	0.0093	0.0021	0.0121	0.0264	0.0121	0.0147	0.0038	0.0284	0.0038	0.0052
chr3R	27308107	27308258	chr3R:27308108-27308258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0105	0.0082	0.0121	0.0113	0.0032	0.0058	0.0186	0.0047	0.0032	0.0103	0.0174	0.0103	0.0108	0.0031	0.0277	0.0031	0.012
chr3R	27308989	27309140	chr3R:27308990-27309140	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0149	0.0111	0.0151	0.0189	0.0085	0.0097	0.0177	0.0113	0.0085	0.0169	0.0206	0.0169	0.0116	0.0031	0.0587	0.0031	0.0156
chr3R	27324389	27324540	chr3R:27324390-27324540	FBgn0039851	mey	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0086	0.0148	0.018	0.0021	0.0083	0.0164	0.008	0.0021	0.0103	0.0228	0.0103	0.0132	0.0061	0.0658	0.0061	0.0052
chr3R	27324839	27324995	chr3R:27324840-27324995	FBgn0039851	mey	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0122	0.0273	0.0377	0.0053	0.0131	0.0182	0.0147	0.0053	0.0097	0.0524	0.0097	0.0178	8e-04	0.1483	8e-04	0.0104
chr3R	27325826	27326046	chr3R:27325827-27326046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0161	0.0258	0.0192	0.0106	0.0165	0.0225	0.0213	0.0106	0.0121	0.0479	0.0121	0.0101	0.0077	0.0613	0.0077	0.0078
chr3R	27328629	27328780	chr3R:27328630-27328780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0127	0.019	0.0118	0.0064	0.0102	0.0225	0.0147	0.0064	0.0109	0.0302	0.0109	0.0163	0.0061	0.0322	0.0061	0.0073
chr3R	27330737	27330912	chr3R:27330738-27330912	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0244	0.0178	0.0344	0.0207	0.0053	0.0199	0.0268	0.0213	0.0053	0.0242	0.054	0.0242	0.0279	0.0023	0.0729	0.0023	0.0115
chr3R	27331260	27331411	chr3R:27331261-27331411	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0238	0.0312	0.0077	0.0117	0.0306	0.026	0.0353	0.0117	0.0242	0.0463	0.0242	0.0194	0.0046	0.0174	0.0046	0.0063
chr3R	27338475	27338626	chr3R:27338476-27338626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0127	0.008	0.0131	0.0177	0.0042	0.0083	0.0134	0.0073	0.0042	0.0072	0.0212	0.0072	0.0124	0.0023	0.0625	0.0023	0.0057
chr3R	27340465	27340616	chr3R:27340466-27340616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0179	0.0141	0.0184	0.0117	0.0126	0.0307	0.0213	0.0117	0.0079	0.0232	0.0079	0.007	0.0069	0.0645	0.0069	0.0063
chr3R	27340754	27340905	chr3R:27340755-27340905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0113	0.0095	0.0113	0.0135	0.0053	0.0083	0.0169	0.0067	0.0053	0.0072	0.0206	0.0072	0.0077	0.0015	0.0471	0.0015	0.0073
chr3R	27353620	27353947	chr3R:27353621-27353947	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0367	0.049	0.0415	0.0178	0.0339	0.0257	0.0973	0.046	0.0339	0.0169	0.0743	0.0169	0.0209	0.0015	0.0638	0.0015	0.0068
chr3R	27363658	27363809	chr3R:27363659-27363809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0165	0.0258	0.0155	0.0072	0.0117	0.0209	0.0463	0.0247	0.0117	0.0121	0.0219	0.0121	0.0139	0.0038	0.0135	0.0038	0.0073
chr3R	27366066	27366217	chr3R:27366067-27366217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0147	0.0262	0.0119	0.0049	0.0138	0.0141	0.0541	0.0213	0.0138	0.0079	0.0186	0.0079	0.0101	0.0061	0.0077	0.0061	0.0026
chr3R	27366403	27366554	chr3R:27366404-27366554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0138	0.0196	0.0151	0.0058	0.0053	0.0146	0.0376	0.02	0.0053	0.0103	0.0222	0.0103	0.0147	0.0046	0.0116	0.0046	0.0042
chr3R	27367837	27367988	chr3R:27367838-27367988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0111	0.019	0.0125	0.0042	0.0087	0.0208	0.0113	0.0042	0.0139	0.0341	0.0139	0.0093	0.0069	0.0393	0.0069	0.0063
chr3R	27368511	27368763	chr3R:27368512-27368763	FBgn0039852	nyo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0438	0.0186	0.0609	0.0533	0.0064	0.0218	0.0303	0.018	0.0064	0.0338	0.1045	0.0338	0.0627	0.0161	0.1876	0.0161	0.0182
chr3R	27373316	27373467	chr3R:27373317-27373467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0105	0.0225	0.0114	0.0042	0.0136	0.0156	0.01	0.0042	0.0145	0.0386	0.0145	0.0163	0.0046	0.0303	0.0046	0.0089
chr3R	27374753	27374994	chr3R:27374754-27374994	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0204	0.0204	0.0284	0.0114	0.0074	0.0243	0.0324	0.0207	0.0074	0.0181	0.0379	0.0181	0.0411	0.0077	0.029	0.0077	0.0094
chr3R	27376789	27376992	chr3R:27376790-27376992	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0389	0.041	0.0594	0.0141	0.0191	0.0636	0.0441	0.048	0.0191	0.0205	0.0878	0.0205	0.1061	0.0038	0.0406	0.0038	0.0073
chr3R	27378663	27378814	chr3R:27378664-27378814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0166	0.0225	0.0132	0.0117	0.0184	0.0234	0.0187	0.0117	0.0127	0.0344	0.0127	0.0248	0.0038	0.0348	0.0038	0.0089
chr3R	27381489	27381672	chr3R:27381490-27381672	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0174	0.0376	0.0164	0.0042	0.0209	0.0229	0.0247	0.0042	0.0097	0.0765	0.0097	0.0186	0.0077	0.0471	0.0077	0.0089
chr3R	27381884	27382104	chr3R:27381885-27382104	distal	distal	none	none	VT50523.1	VT50523.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0196	0.0298	0.0141	0.0053	0.0194	0.0294	0.0266	0.0053	0.0121	0.0592	0.0121	0.0108	0.0046	0.0471	0.0046	0.0052
chr3R	27384586	27384816	chr3R:27384587-27384816	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0179	0.0221	0.0212	0.0085	0.0175	0.0307	0.0167	0.0085	0.0091	0.0418	0.0091	0.0085	0.0015	0.0799	0.0015	0.0068
chr3R	27389773	27390084	chr3R:27389774-27390084	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0231	0.0577	0.0422	0.0032	0.032	0.0268	0.034	0.0032	0.0314	0.0997	0.0314	0.0534	0.0176	0.0928	0.0176	0.0532
chr3R	27390305	27390471	chr3R:27390306-27390471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0228	0.0135	0.0273	0.0284	0.0032	0.0146	0.0199	0.0167	0.0032	0.0145	0.0437	0.0145	0.0318	0.0069	0.0509	0.0069	0.0521
chr3R	27392022	27392225	chr3R:27392023-27392225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.0204	0.0293	0.0322	0.0074	0.0306	0.0303	0.0147	0.0074	0.0242	0.0421	0.0242	0.0287	0.0145	0.069	0.0145	0.038
chr3R	27392462	27392619	chr3R:27392463-27392619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0179	0.0283	0.0291	0.0053	0.0257	0.0268	0.014	0.0053	0.0242	0.0424	0.0242	0.0279	0.0123	0.0671	0.0123	0.0334
chr3R	27392784	27392935	chr3R:27392785-27392935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0173	0.0259	0.0198	0.0095	0.0209	0.0251	0.0167	0.0095	0.0175	0.0399	0.0175	0.0232	0.01	0.0458	0.01	0.0234
chr3R	27397189	27397371	chr3R:27397190-27397371	FBgn0028968	gammaCop	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0431	0.0461	0.0212	0.0414	0.0437	0.0549	0.052	0.0414	0.0429	0.0518	0.0429	0.0511	0.0222	0.0226	0.0222	0.0261
chr3R	27397537	27397713	chr3R:27397538-27397713	FBgn0028968	gammaCop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1028	0.0859	0.1277	0.0944	0.0498	0.1199	0.0926	0.1086	0.0498	0.1449	0.1469	0.1449	0.1247	0.0904	0.1044	0.0904	0.1084
chr3R	27397776	27397943	chr3R:27397777-27397943	FBgn0028968	gammaCop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1314	0.1054	0.1665	0.122	0.0488	0.1422	0.1224	0.1366	0.0488	0.189	0.1875	0.189	0.1797	0.1187	0.1309	0.1187	0.1527
chr3R	27400812	27400989	chr3R:27400813-27400989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0404	0.0386	0.0135	0.0191	0.0369	0.061	0.054	0.0191	0.0338	0.0524	0.0338	0.038	0.0145	0.0168	0.0145	0.0162
chr3R	27405682	27406222	chr3R:27405683-27406222	FBgn0003268,FBgn0043900	pygo,rod	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1409	0.153	0.1674	0.0982	0.105	0.168	0.1998	0.1912	0.105	0.1957	0.1884	0.1957	0.1665	0.1049	0.1128	0.1049	0.1167
chr3R	27406320	27406511	chr3R:27406321-27406511	FBgn0003268,FBgn0043900	pygo,rod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1515	0.1427	0.1806	0.1295	0.0859	0.1709	0.1752	0.1819	0.0859	0.2107	0.1932	0.2107	0.1913	0.1401	0.1367	0.1401	0.1542
chr3R	27406554	27406705	chr3R:27406555-27406705	FBgn0003268,FBgn0043900	pygo,rod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.0911	0.116	0.0823	0.0477	0.1083	0.1099	0.1259	0.0477	0.1365	0.1296	0.1365	0.117	0.0942	0.0799	0.0942	0.099
chr3R	27406785	27406985	chr3R:27406786-27406985	FBgn0003268,FBgn0043900	pygo,rod	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0622	0.0618	0.029	0.035	0.0675	0.0865	0.0759	0.035	0.0785	0.065	0.0785	0.0534	0.0276	0.0322	0.0276	0.0313
chr3R	27407086	27407237	chr3R:27407087-27407237	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0288	0.0293	0.0142	0.0106	0.0272	0.0441	0.038	0.0106	0.0386	0.0341	0.0386	0.0225	0.013	0.0168	0.013	0.0156
chr3R	27414071	27414264	chr3R:27414072-27414264	FBgn0039854	CG1635	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0425	0.037	0.033	0.0589	0.018	0.0369	0.0489	0.0533	0.018	0.0302	0.0363	0.0302	0.0589	0.0651	0.0729	0.0651	0.0844
chr3R	27414288	27414470	chr3R:27414289-27414470	FBgn0039854	CG1635	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0506	0.0429	0.0437	0.067	0.0255	0.0461	0.0536	0.0626	0.0255	0.0477	0.0489	0.0477	0.0728	0.0789	0.0858	0.0789	0.0928
chr3R	27420112	27420263	chr3R:27420113-27420263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0277	0.0252	0.04	0.0171	0.0138	0.0364	0.0277	0.028	0.0138	0.0694	0.0383	0.0694	0.0488	0.0237	0.0123	0.0237	0.0313
chr3R	27421380	27421531	chr3R:27421381-27421531	FBgn0039857	RpL6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.047	0.043	0.0626	0.0344	0.0212	0.0602	0.0506	0.052	0.0212	0.0749	0.0675	0.0749	0.0697	0.036	0.0284	0.036	0.0573
chr3R	27421850	27422039	chr3R:27421851-27422039	FBgn0039857	RpL6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.2066	0.1747	0.2569	0.187	0.1135	0.2277	0.2016	0.2119	0.1135	0.3092	0.272	0.3092	0.2703	0.2006	0.1902	0.2006	0.2418
chr3R	27422100	27422283	chr3R:27422101-27422283	FBgn0039857	RpL6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1642	0.1375	0.1999	0.155	0.071	0.1806	0.1557	0.1825	0.071	0.2349	0.2109	0.2349	0.2169	0.1493	0.1702	0.1493	0.1985
chr3R	27422400	27422648	chr3R:27422401-27422648	FBgn0039857	RpL6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0948	0.074	0.1093	0.1021	0.0329	0.1049	0.0835	0.0926	0.0329	0.1214	0.1161	0.1214	0.1394	0.0888	0.1128	0.0888	0.1527
chr3R	27422820	27422971	chr3R:27422821-27422971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0416	0.0293	0.0509	0.0453	0.0095	0.0442	0.0311	0.04	0.0095	0.0652	0.0486	0.0652	0.0596	0.0368	0.0548	0.0368	0.075
chr3R	27422991	27423166	chr3R:27422992-27423166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0437	0.0294	0.0525	0.05	0.0127	0.0417	0.0376	0.032	0.0127	0.0634	0.0543	0.0634	0.0581	0.0482	0.0587	0.0482	0.0834
chr3R	27429218	27429369	chr3R:27429219-27429369	distal	distal	none	none	VT50545.1	VT50545.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0231	0.0324	0.0376	0.0053	0.0277	0.0329	0.0293	0.0053	0.0429	0.035	0.0429	0.0387	0.0528	0.0297	0.0528	0.0662
chr3R	27429507	27429671	chr3R:27429508-27429671	distal	distal	stage14	stage14	VT50545.1,VT50546.1	VT50545.1,VT50546.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0445	0.0254	0.0468	0.0632	0.0106	0.0379	0.026	0.034	0.0106	0.058	0.045	0.058	0.072	0.0651	0.0406	0.0651	0.1402
chr3R	27429841	27429992	chr3R:27429842-27429992	distal	distal	none	none	VT50545.1,VT50546.1	VT50545.1,VT50546.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0381	0.0302	0.0463	0.0379	0.0106	0.051	0.0333	0.03	0.0106	0.0815	0.0328	0.0815	0.0565	0.049	0.0284	0.049	0.0719
chr3R	27431348	27431499	chr3R:27431349-27431499	distal	distal	none	none	VT50546.1	VT50546.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.037	0.0512	0.033	0.0255	0.0329	0.0325	0.0813	0.0779	0.0329	0.0248	0.0344	0.0248	0.0473	0.0145	0.0303	0.0145	0.0412
chr3R	27432123	27432528	chr3R:27432124-27432528	distal	distal	none	none	VT50548.1	VT50548.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1021	0.1784	0.1142	0.0223	0.1451	0.0843	0.1892	0.0223	0.1528	0.2125	0.1528	0.1634	0.0544	0.0935	0.0544	0.1725
chr3R	27432579	27432755	chr3R:27432580-27432755	distal	distal	none	none	VT50548.1	VT50548.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0762	0.0591	0.0986	0.0706	0.0191	0.1019	0.0458	0.0873	0.0191	0.0833	0.1019	0.0833	0.1588	0.0276	0.0516	0.0276	0.1615
chr3R	27433045	27433403	chr3R:27433046-27433403	distal	distal	stage11	stage11	VT50548.1	VT50548.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0935	0.0715	0.1199	0.0891	0.0191	0.1087	0.0683	0.1039	0.0191	0.0942	0.0936	0.0942	0.2285	0.0421	0.058	0.0421	0.1918
chr3R	27433912	27434158	chr3R:27433913-27434158	distal	distal	none	none	VT50548.1	VT50548.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0984	0.0674	0.1253	0.1035	0.0339	0.0811	0.0835	0.0906	0.0339	0.1437	0.1402	0.1437	0.1356	0.0743	0.1225	0.0743	0.1365
chr3R	27434361	27434544	chr3R:27434362-27434544	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50548.1	VT50548.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2003	0.1413	0.267	0.1931	0.0721	0.2078	0.1414	0.1832	0.0721	0.3364	0.2814	0.3364	0.2804	0.2274	0.2128	0.2274	0.2251
chr3R	27434695	27434897	chr3R:27434696-27434897	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2262	0.1619	0.2879	0.2302	0.0859	0.2316	0.1648	0.2105	0.0859	0.3665	0.3087	0.3665	0.2572	0.2611	0.2482	0.2611	0.2522
chr3R	27434994	27435253	chr3R:27434995-27435253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1304	0.1129	0.1633	0.1139	0.0615	0.1471	0.1272	0.1532	0.0615	0.1932	0.1797	0.1932	0.1526	0.1141	0.1212	0.1141	0.1219
chr3R	27435277	27435428	chr3R:27435278-27435428	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50550.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1149	0.1027	0.1386	0.1026	0.0806	0.1252	0.1151	0.1359	0.0806	0.1818	0.1521	0.1818	0.1139	0.0827	0.1032	0.0827	0.1209
chr3R	27435501	27435687	chr3R:27435502-27435687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50550.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2184	0.2085	0.2492	0.1955	0.1654	0.2505	0.2284	0.2838	0.1654	0.3074	0.2752	0.3074	0.2285	0.1922	0.2031	0.1922	0.2454
chr3R	27436166	27436339	chr3R:27436167-27436339	FBgn0011655	Med	stage11,stage14	none	VT50550.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1145	0.0613	0.1561	0.1283	0.0127	0.1053	0.0489	0.0933	0.0127	0.215	0.1678	0.215	0.1634	0.144	0.1489	0.144	0.1485
chr3R	27436397	27436558	chr3R:27436398-27436558	FBgn0011655	Med	stage11,stage14,stage5	none	VT50550.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1279	0.0842	0.1684	0.1323	0.0265	0.1291	0.0826	0.1173	0.0265	0.2138	0.1785	0.2138	0.1836	0.1325	0.1418	0.1325	0.1574
chr3R	27436659	27436825	chr3R:27436660-27436825	FBgn0011655	Med	stage11,stage14,stage5	none	VT50550.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1928	0.1548	0.2388	0.1848	0.0764	0.2044	0.1747	0.2065	0.0764	0.279	0.255	0.279	0.2479	0.1983	0.185	0.1983	0.2142
chr3R	27436927	27437121	chr3R:27436928-27437121	FBgn0011655	Med	stage11,stage14,stage5	none	VT50550.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1272	0.095	0.1589	0.1285	0.0414	0.1301	0.0947	0.1446	0.0414	0.1896	0.1588	0.1896	0.1766	0.1394	0.1044	0.1394	0.1344
chr3R	27441670	27441898	chr3R:27441671-27441898	FBgn0039859,FBgn0039860	CG11539,CG1792	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0854	0.0614	0.1094	0.0859	0.0445	0.0704	0.0683	0.0899	0.0445	0.1322	0.1148	0.1322	0.1325	0.0926	0.0819	0.0926	0.1167
chr3R	27441919	27442111	chr3R:27441920-27442111	FBgn0039859,FBgn0039860	CG11539,CG1792	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.0946	0.1373	0.1072	0.0679	0.1272	0.0973	0.1252	0.0679	0.1679	0.1534	0.1679	0.1518	0.1225	0.1019	0.1225	0.1542
chr3R	27443267	27443519	chr3R:27443268-27443519	FBgn0039861	pasha	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0523	0.0858	0.0539	0.0223	0.0578	0.0705	0.07	0.0223	0.0996	0.0942	0.0996	0.0891	0.0643	0.058	0.0643	0.0698
chr3R	27443610	27443787	chr3R:27443611-27443787	FBgn0039861	pasha	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0811	0.0688	0.1051	0.0685	0.0361	0.0762	0.0809	0.1086	0.0361	0.1316	0.1161	0.1316	0.1007	0.0781	0.0658	0.0781	0.0886
chr3R	27447571	27447850	chr3R:27447572-27447850	FBgn0039862	kek6	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0633	0.0653	0.0566	0.0684	0.0403	0.0675	0.08	0.0993	0.0403	0.0652	0.0588	0.0652	0.0395	0.0597	0.0181	0.0597	0.0255
chr3R	27452300	27452451	chr3R:27452301-27452451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0096	0.008	0.0118	0.0021	0.0083	0.0182	0.0093	0.0021	0.0072	0.009	0.0072	0.007	0.0046	0.0045	0.0046	0.0036
chr3R	27457051	27457202	chr3R:27457052-27457202	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0054	0.0046	0.0038	0.0081	0.0032	0.0049	0.0087	0.002	0.0032	0.003	0.0042	0.003	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0042
chr3R	27488537	27488847	chr3R:27488538-27488847	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0394	0.0415	0.0425	0.0138	0.0495	0.0541	0.044	0.0138	0.07	0.0331	0.07	0.0596	0.0743	0.0264	0.0743	0.0646
chr3R	27494557	27494708	chr3R:27494558-27494708	FBgn0039863	CG1815	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0285	0.0297	0.0317	0.0235	0.0053	0.0306	0.0523	0.0293	0.0053	0.0393	0.0328	0.0393	0.031	0.0184	0.0297	0.0184	0.0323
chr3R	27494827	27495022	chr3R:27494828-27495022	FBgn0039863	CG1815	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1115	0.0988	0.1354	0.0994	0.0551	0.101	0.1358	0.1272	0.0551	0.1425	0.1614	0.1425	0.1479	0.1095	0.1077	0.1095	0.124
chr3R	27495083	27495274	chr3R:27495084-27495274	FBgn0039863	CG1815	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1601	0.1365	0.1978	0.1452	0.0806	0.1583	0.1696	0.1759	0.0806	0.2271	0.2273	0.2271	0.2006	0.1776	0.1489	0.1776	0.1569
chr3R	27495322	27495503	chr3R:27495323-27495503	FBgn0039863	CG1815	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.092	0.0785	0.1133	0.0836	0.0414	0.0951	0.0956	0.1059	0.0414	0.1347	0.1186	0.1347	0.1216	0.0812	0.0941	0.0812	0.0933
chr3R	27495630	27496010	chr3R:27495631-27496010	FBgn0039863	CG1815	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0697	0.0703	0.0439	0.0467	0.0767	0.0878	0.0939	0.0467	0.0815	0.0759	0.0815	0.0751	0.0459	0.0393	0.0459	0.0542
chr3R	27498085	27498236	chr3R:27498086-27498236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0248	0.0249	0.0282	0.021	0.0201	0.0228	0.0368	0.028	0.0201	0.0272	0.0309	0.0272	0.0387	0.0145	0.0161	0.0145	0.0464
chr3R	27498488	27498703	chr3R:27498489-27498703	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0419	0.0329	0.0452	0.0483	0.0223	0.0393	0.0463	0.0333	0.0223	0.0332	0.0457	0.0332	0.0937	0.0191	0.0645	0.0191	0.1021
chr3R	27498810	27499126	chr3R:27498811-27499126	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0408	0.032	0.0462	0.0447	0.0148	0.033	0.0497	0.0353	0.0148	0.0356	0.045	0.0356	0.0899	0.0214	0.0741	0.0214	0.0771
chr3R	27502972	27503186	chr3R:27502973-27503186	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0242	0.0434	0.0176	0.0099	0.0308	0.0228	0.0865	0.0433	0.0308	0.0163	0.026	0.0163	0.0155	0.0061	0.0142	0.0061	0.0083
chr3R	27503478	27503629	chr3R:27503479-27503629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.026	0.017	0.015	0.017	0.0214	0.0437	0.0286	0.017	0.0163	0.0206	0.0163	0.0225	0.0184	0.0129	0.0184	0.024
chr3R	27503690	27503875	chr3R:27503691-27503875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0424	0.0336	0.0237	0.0286	0.0359	0.0623	0.0573	0.0286	0.035	0.0418	0.035	0.0403	0.036	0.0271	0.036	0.036
chr3R	27504131	27504282	chr3R:27504132-27504282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0275	0.024	0.011	0.0074	0.0267	0.0381	0.0446	0.0074	0.0229	0.0312	0.0229	0.0194	0.0123	0.0148	0.0123	0.0115
chr3R	27504294	27504761	chr3R:27504295-27504761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0611	0.061	0.0241	0.0435	0.0505	0.0947	0.0746	0.0435	0.055	0.0804	0.055	0.048	0.0168	0.0348	0.0168	0.0281
chr3R	27508778	27508953	chr3R:27508779-27508953	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0326	0.0207	0.0605	0.0152	0.0053	0.0262	0.0247	0.0306	0.0053	0.0374	0.0965	0.0374	0.0124	0.0115	0.0181	0.0115	0.0057
chr3R	27509065	27509267	chr3R:27509066-27509267	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.047	0.0315	0.09	0.0171	0.0074	0.0369	0.0242	0.0693	0.0074	0.0507	0.163	0.0507	0.0194	0.0107	0.0284	0.0107	0.0109
chr3R	27509282	27509578	chr3R:27509283-27509578	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0623	0.0445	0.1152	0.0242	0.0191	0.0568	0.0298	0.0946	0.0191	0.1002	0.1768	0.1002	0.0364	0.0199	0.0355	0.0199	0.0151
chr3R	27512314	27512465	chr3R:27512315-27512465	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0552	0.0239	0.0864	0.0558	0.0064	0.0325	0.0251	0.0366	0.0064	0.0405	0.1691	0.0405	0.038	0.0168	0.176	0.0168	0.0354
chr3R	27512471	27512695	chr3R:27512472-27512695	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0629	0.0196	0.0945	0.0766	0.0053	0.032	0.0234	0.0173	0.0053	0.0471	0.1781	0.0471	0.0651	0.0299	0.2308	0.0299	0.0568
chr3R	27512975	27513126	chr3R:27512976-27513126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0105	0.0319	0.0398	0.0064	0.0155	0.0134	0.0087	0.0064	0.0151	0.0576	0.0151	0.0271	0.0145	0.1309	0.0145	0.0224
chr3R	27513524	27513675	chr3R:27513525-27513675	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0251	0.0103	0.0308	0.0354	0.0021	0.0126	0.0151	0.0127	0.0021	0.026	0.0463	0.026	0.0325	0.0031	0.1154	0.0031	0.0255
chr3R	27515006	27515370	chr3R:27515007-27515370	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.233	0.13	0.3563	0.2128	0.0573	0.2359	0.0904	0.1752	0.0573	0.4511	0.4617	0.4511	0.3548	0.1608	0.3688	0.1608	0.3147
chr3R	27515791	27516143	chr3R:27515792-27516143	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1377	0.0783	0.2599	0.0699	0.0148	0.1675	0.0523	0.0873	0.0148	0.3412	0.3537	0.3412	0.1967	0.0643	0.1657	0.0643	0.0604
chr3R	27516172	27516457	chr3R:27516173-27516457	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1621	0.1029	0.2926	0.0849	0.0265	0.2058	0.0562	0.1459	0.0265	0.3744	0.3981	0.3744	0.244	0.0597	0.2057	0.0597	0.0834
chr3R	27516891	27517151	chr3R:27516892-27517151	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0566	0.0254	0.1132	0.0294	0.0095	0.0451	0.0212	0.0346	0.0095	0.0815	0.1887	0.0815	0.1092	0.0161	0.0754	0.0161	0.0234
chr3R	27522076	27522227	chr3R:27522077-27522227	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.01	0.0369	0.0114	0.0032	0.0141	0.0138	0.0093	0.0032	0.0217	0.0666	0.0217	0.0256	0.0046	0.0335	0.0046	0.0068
chr3R	27522364	27522663	chr3R:27522365-27522663	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0197	0.064	0.0219	0.0074	0.0301	0.026	0.018	0.0074	0.067	0.0997	0.067	0.0426	0.013	0.0522	0.013	0.0229
chr3R	27522907	27523163	chr3R:27522908-27523163	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.0304	0.0727	0.0188	0.0085	0.0408	0.0324	0.0466	0.0085	0.0622	0.1299	0.0622	0.0271	0.0092	0.0516	0.0092	0.0109
chr3R	27523288	27523465	chr3R:27523289-27523465	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0365	0.0288	0.0657	0.013	0.0074	0.049	0.0281	0.0366	0.0074	0.0652	0.108	0.0652	0.0356	0.0084	0.029	0.0084	0.0078
chr3R	27523647	27523917	chr3R:27523648-27523917	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0434	0.0242	0.0865	0.0174	0.0042	0.0359	0.0294	0.028	0.0042	0.1014	0.1212	0.1014	0.0744	0.0176	0.029	0.0176	0.0135
chr3R	27524299	27524556	chr3R:27524300-27524556	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0379	0.0196	0.0736	0.0192	0.0064	0.0277	0.0264	0.0213	0.0064	0.1443	0.0833	0.1443	0.0372	0.0429	0.029	0.0429	0.012
chr3R	27527694	27527965	chr3R:27527695-27527965	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1003	0.0628	0.2069	0.0253	0.0106	0.1131	0.0363	0.1106	0.0106	0.2705	0.3254	0.2705	0.0689	0.0145	0.0619	0.0145	0.0115
chr3R	27528050	27528211	chr3R:27528051-27528211	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0627	0.0417	0.1293	0.0131	0.0095	0.0791	0.0251	0.0653	0.0095	0.1932	0.1807	0.1932	0.0558	0.0069	0.0316	0.0069	0.0073
chr3R	27528673	27528842	chr3R:27528674-27528842	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0689	0.0307	0.1524	0.0199	0.0074	0.066	0.0216	0.0293	0.0074	0.3478	0.1444	0.3478	0.0891	0.0444	0.0277	0.0444	0.0109
chr3R	27529074	27529312	chr3R:27529075-27529312	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0681	0.0319	0.148	0.0209	0.0095	0.0597	0.0242	0.0406	0.0095	0.3261	0.1601	0.3261	0.0465	0.0413	0.0329	0.0413	0.0141
chr3R	27529407	27529587	chr3R:27529408-27529587	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.074	0.0414	0.1516	0.0252	0.0212	0.0733	0.0333	0.0493	0.0212	0.3056	0.1807	0.3056	0.055	0.0567	0.0368	0.0567	0.0115
chr3R	27529678	27529886	chr3R:27529679-27529886	distal	distal	stage11	stage11	ttk(late)	ttk(late)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0619	0.0561	0.1074	0.0184	0.0414	0.0733	0.0545	0.0793	0.0414	0.2101	0.1264	0.2101	0.0387	0.0436	0.0219	0.0436	0.0099
chr3R	27530197	27530354	chr3R:27530198-27530354	distal	distal	none	none	ttk(late)	ttk(late)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0447	0.0312	0.0877	0.0125	0.0159	0.0456	0.0307	0.0433	0.0159	0.1963	0.081	0.1963	0.0302	0.023	0.0103	0.023	0.0094
chr3R	27530640	27530938	chr3R:27530641-27530938	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.131	0.1565	0.2053	0.0209	0.1092	0.2015	0.1237	0.2738	0.1092	0.3424	0.2682	0.3424	0.0697	0.0199	0.0438	0.0199	0.0099
chr3R	27531422	27531573	chr3R:27531423-27531573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.03	0.0192	0.056	0.0135	0.0074	0.0291	0.0225	0.02	0.0074	0.0688	0.0556	0.0688	0.0511	0.013	0.0148	0.013	0.013
chr3R	27531778	27531971	chr3R:27531779-27531971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0451	0.0219	0.0858	0.0262	0.0053	0.0432	0.0203	0.0213	0.0053	0.1093	0.0846	0.1093	0.1363	0.0383	0.0355	0.0383	0.0292
chr3R	27532341	27532525	chr3R:27532342-27532525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0509	0.0328	0.0911	0.0272	0.0042	0.0782	0.0242	0.024	0.0042	0.0906	0.0614	0.0906	0.2448	0.0245	0.0174	0.0245	0.0594
chr3R	27532877	27533061	chr3R:27532878-27533061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0327	0.033	0.0505	0.0127	0.0127	0.0714	0.0242	0.028	0.0127	0.0525	0.0309	0.0525	0.1402	0.0031	0.0116	0.0031	0.025
chr3R	27536454	27536605	chr3R:27536455-27536605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0313	0.0165	0.0365	0.0421	0.0021	0.0272	0.0221	0.0127	0.0021	0.0332	0.0592	0.0332	0.0256	0.0115	0.1406	0.0115	0.0198
chr3R	27537068	27537219	chr3R:27537069-27537219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0153	0.0325	0.0386	0.0064	0.0238	0.019	0.014	0.0064	0.0302	0.0505	0.0302	0.0287	0.0199	0.1128	0.0199	0.0245
chr3R	27538139	27538438	chr3R:27538140-27538438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0592	0.0284	0.082	0.0687	0.0053	0.0476	0.0363	0.0253	0.0053	0.0779	0.081	0.0779	0.1735	0.0398	0.1103	0.0398	0.1209
chr3R	27538517	27538774	chr3R:27538518-27538774	distal	distal	stage11,stage14	stage11	ttk(early),ttk_SVM2	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.059	0.0198	0.0665	0.0946	0.0021	0.0403	0.0216	0.014	0.0021	0.0773	0.0698	0.0773	0.1154	0.0773	0.1464	0.0773	0.1527
chr3R	27539010	27539422	chr3R:27539011-27539422	FBgn0003870	ttk	stage11,stage14,stage5	none	ttk(early),ttk_SVM2	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2032	0.0718	0.2836	0.2619	0.0191	0.1519	0.0571	0.0626	0.0191	0.3907	0.3058	0.3907	0.3865	0.3155	0.3662	0.3155	0.3799
chr3R	27539590	27539741	chr3R:27539591-27539741	FBgn0003870	ttk	stage11,stage14	none	ttk(early),ttk_SVM2	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0833	0.0277	0.1105	0.1156	0.0085	0.0524	0.0247	0.0253	0.0085	0.1552	0.1203	0.1552	0.1541	0.0773	0.1954	0.0773	0.1897
chr3R	27543352	27543503	chr3R:27543353-27543503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.017	0.0072	0.0169	0.0281	0.0021	0.0087	0.0108	0.0087	0.0021	0.0157	0.0199	0.0157	0.0248	0.0436	0.0284	0.0436	0.0281
chr3R	27543612	27543763	chr3R:27543613-27543763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0074	0.0143	0.0372	0.0011	0.0102	0.0112	0.006	0.0011	0.0145	0.0132	0.0145	0.0232	0.0498	0.0277	0.0498	0.0495
chr3R	27544448	27544599	chr3R:27544449-27544599	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0187	0.0071	0.0199	0.0302	0.0021	0.0097	0.0099	0.0073	0.0021	0.0272	0.0167	0.0272	0.0356	0.0712	0.0239	0.0712	0.037
chr3R	27544790	27544992	chr3R:27544791-27544992	distal	distal	stage14	stage14	VT50606.1	VT50606.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0355	0.0153	0.0435	0.0492	0.0021	0.0238	0.0177	0.0173	0.0021	0.0393	0.0309	0.0393	0.117	0.0413	0.04	0.0413	0.1136
chr3R	27547081	27547232	chr3R:27547082-27547232	distal	distal	none	none	VT50607.1	VT50607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0248	0.0101	0.0259	0.0401	0.0021	0.0121	0.0151	0.0107	0.0021	0.0236	0.0363	0.0236	0.0263	0.023	0.1206	0.023	0.0276
chr3R	27547651	27547802	chr3R:27547652-27547802	distal	distal	stage14	stage14	VT50607.1	VT50607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0122	0.0401	0.0507	0.0021	0.0155	0.0169	0.0127	0.0021	0.0362	0.0572	0.0362	0.0403	0.0398	0.1322	0.0398	0.0349
chr3R	27548724	27548890	chr3R:27548725-27548890	distal	distal	stage14	stage14	VT50608.1	VT50608.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0577	0.0295	0.0623	0.0843	0.0064	0.0456	0.0316	0.038	0.0064	0.0574	0.0756	0.0574	0.093	0.0651	0.1309	0.0651	0.1344
chr3R	27549394	27549624	chr3R:27549395-27549624	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50608.1	VT50608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1422	0.076	0.2115	0.1401	0.0244	0.1252	0.0593	0.1186	0.0244	0.2168	0.2756	0.2168	0.2223	0.1317	0.276	0.1317	0.1464
chr3R	27550240	27550391	chr3R:27550241-27550391	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0914	0.039	0.1313	0.1061	0.0117	0.0704	0.0363	0.044	0.0117	0.1238	0.172	0.1238	0.1479	0.098	0.1805	0.098	0.1402
chr3R	27550492	27550736	chr3R:27550493-27550736	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.229	0.1178	0.3374	0.2344	0.0498	0.2102	0.0939	0.1499	0.0498	0.4457	0.3904	0.4457	0.3571	0.3124	0.2953	0.3124	0.3299
chr3R	27551307	27551513	chr3R:27551308-27551513	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT50610.1	VT50610.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2395	0.1927	0.3407	0.1806	0.1251	0.2883	0.1622	0.2638	0.1251	0.4481	0.3566	0.4481	0.3207	0.2619	0.1954	0.2619	0.2225
chr3R	27551696	27551987	chr3R:27551697-27551987	distal	distal	stage14	stage14	VT50610.1	VT50610.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1251	0.0795	0.1747	0.1216	0.0339	0.1383	0.0679	0.0999	0.0339	0.2289	0.191	0.2289	0.2184	0.1753	0.1399	0.1753	0.1819
chr3R	27552265	27552487	chr3R:27552266-27552487	distal	distal	stage11	stage11	VT50610.1	VT50610.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1025	0.0513	0.1602	0.0964	0.0191	0.0966	0.0415	0.056	0.0191	0.2295	0.1759	0.2295	0.1603	0.147	0.1135	0.147	0.1318
chr3R	27561330	27561511	chr3R:27561331-27561511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0398	0.0278	0.0569	0.0345	0.0191	0.035	0.0368	0.0293	0.0191	0.0622	0.0752	0.0622	0.0581	0.0268	0.0658	0.0268	0.037
chr3R	27561876	27562317	chr3R:27561877-27562317	FBgn0039867,FBgn0039868	CG11563,CstF-50	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.069	0.054	0.0929	0.0596	0.0265	0.0646	0.0761	0.0626	0.0265	0.093	0.1141	0.093	0.11	0.0551	0.0916	0.0551	0.0698
chr3R	27562360	27562538	chr3R:27562361-27562538	FBgn0039867,FBgn0039868	CG11563,CstF-50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0721	0.0608	0.0939	0.0607	0.035	0.0748	0.0809	0.0673	0.035	0.1208	0.099	0.1208	0.0953	0.072	0.0613	0.072	0.0766
chr3R	27562638	27562815	chr3R:27562639-27562815	FBgn0039867,FBgn0039868	CG11563,CstF-50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1501	0.1378	0.1796	0.1316	0.0806	0.167	0.1752	0.1639	0.0806	0.2367	0.19	0.2367	0.1813	0.1539	0.1167	0.1539	0.174
chr3R	27562910	27563104	chr3R:27562911-27563104	FBgn0039867,FBgn0039868	CG11563,CstF-50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0699	0.0647	0.0845	0.0596	0.0382	0.0728	0.0865	0.0786	0.0382	0.1159	0.0929	0.1159	0.0759	0.0658	0.0516	0.0658	0.0719
chr3R	27563749	27563970	chr3R:27563750-27563970	FBgn0000557	Ef1alpha100E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0632	0.0799	0.0643	0.0433	0.0573	0.0762	0.1125	0.1019	0.0573	0.0833	0.0653	0.0833	0.0519	0.0314	0.0335	0.0314	0.0365
chr3R	27564105	27564269	chr3R:27564106-27564269	FBgn0000557	Ef1alpha100E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0675	0.0857	0.0651	0.0499	0.0626	0.0786	0.1259	0.1033	0.0626	0.096	0.0611	0.096	0.0581	0.0406	0.0277	0.0406	0.0427
chr3R	27564527	27564678	chr3R:27564528-27564678	FBgn0000557	Ef1alpha100E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0349	0.0506	0.0279	0.0249	0.0371	0.0388	0.0817	0.0553	0.0371	0.0368	0.0299	0.0368	0.0256	0.0222	0.0071	0.0222	0.0177
chr3R	27564865	27565045	chr3R:27564866-27565045	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0599	0.0909	0.0466	0.0398	0.0626	0.0757	0.1484	0.1033	0.0626	0.067	0.0379	0.067	0.0364	0.0253	0.0129	0.0253	0.0229
chr3R	27565223	27565435	chr3R:27565224-27565435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0507	0.0764	0.042	0.0315	0.0583	0.0592	0.122	0.0899	0.0583	0.0495	0.045	0.0495	0.0387	0.0191	0.0148	0.0191	0.0162
chr3R	27568822	27568987	chr3R:27568823-27568987	FBgn0039869	CG1890	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0688	0.0638	0.0824	0.0595	0.0403	0.0738	0.0835	0.0759	0.0403	0.1014	0.0942	0.1014	0.0883	0.059	0.0716	0.059	0.0745
chr3R	27569089	27569258	chr3R:27569090-27569258	FBgn0039869	CG1890	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1464	0.12	0.1832	0.1355	0.0742	0.1549	0.125	0.1706	0.0742	0.2228	0.2116	0.2228	0.1813	0.1462	0.1412	0.1462	0.1793
chr3R	27571617	27571826	chr3R:27571618-27571826	FBgn0000150,FBgn0022349	CG1910,awd	stage11,stage14,stage5	none	VT50620.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1508	0.1423	0.1813	0.1269	0.0806	0.1879	0.1488	0.2052	0.0806	0.2283	0.1942	0.2283	0.2138	0.1577	0.1096	0.1577	0.174
chr3R	27573232	27573478	chr3R:27573233-27573478	FBgn0261479	nero	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.259	0.256	0.2957	0.222	0.2174	0.2995	0.295	0.3251	0.2174	0.3714	0.3225	0.3714	0.2688	0.2435	0.2308	0.2435	0.2647
chr3R	27573537	27573721	chr3R:27573538-27573721	FBgn0261479	nero	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1674	0.1543	0.1992	0.1472	0.1135	0.1811	0.1873	0.1872	0.1135	0.2397	0.2244	0.2397	0.1766	0.1623	0.156	0.1623	0.1761
chr3R	27573758	27574275	chr3R:27573759-27574275	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3682	0.317	0.439	0.3479	0.2269	0.4189	0.3339	0.4144	0.2269	0.5429	0.455	0.5429	0.4586	0.4012	0.3553	0.4012	0.4221
chr3R	27597225	27597376	chr3R:27597226-27597376	FBgn0039874	CG2135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0616	0.0817	0.0553	0.0371	0.0728	0.0748	0.0866	0.0371	0.099	0.0907	0.099	0.0829	0.0467	0.0509	0.0467	0.0756
chr3R	27597481	27597648	chr3R:27597482-27597648	FBgn0039874,FBgn0039875	CG2135,sip3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1271	0.1107	0.1504	0.1199	0.0657	0.1422	0.1298	0.1419	0.0657	0.1908	0.1605	0.1908	0.1495	0.1187	0.1212	0.1187	0.1496
chr3R	27597836	27598014	chr3R:27597837-27598014	FBgn0039874,FBgn0039875	CG2135,sip3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.1196	0.176	0.1323	0.0647	0.1403	0.1419	0.1686	0.0647	0.2162	0.1955	0.2162	0.182	0.1394	0.136	0.1394	0.1579
chr3R	27598099	27598260	chr3R:27598100-27598260	FBgn0039875	sip3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.089	0.0704	0.1161	0.0799	0.0371	0.0854	0.0783	0.1039	0.0371	0.128	0.1363	0.128	0.1162	0.0865	0.0812	0.0865	0.0995
chr3R	27598315	27598513	chr3R:27598316-27598513	FBgn0039875	sip3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0587	0.0598	0.0702	0.0448	0.0329	0.0621	0.0817	0.0766	0.0329	0.0845	0.0785	0.0845	0.0635	0.0467	0.0387	0.0467	0.0646
chr3R	27602100	27602443	chr3R:27602101-27602443	FBgn0005632,FBgn0039876	CG2126,faf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.0781	0.1065	0.0948	0.0477	0.0981	0.0865	0.1133	0.0477	0.1353	0.1177	0.1353	0.1162	0.1072	0.0858	0.1072	0.1261
chr3R	27602603	27602845	chr3R:27602604-27602845	FBgn0005632,FBgn0039876	CG2126,faf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1024	0.0683	0.1091	0.1333	0.0403	0.0772	0.0887	0.0886	0.0403	0.1087	0.1244	0.1087	0.134	0.1363	0.1289	0.1363	0.1756
chr3R	27602918	27603072	chr3R:27602919-27603072	FBgn0005632	faf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0452	0.0303	0.0407	0.0667	0.017	0.0325	0.0437	0.0353	0.017	0.0296	0.0402	0.0296	0.0682	0.049	0.0613	0.049	0.0839
chr3R	27603326	27603491	chr3R:27603327-27603491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0112	0.0193	0.0414	0.0085	0.0117	0.0147	0.0133	0.0085	0.0133	0.0193	0.0133	0.0186	0.0153	0.0193	0.0153	0.0422
chr3R	27603632	27603805	chr3R:27603633-27603805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0178	0.0237	0.0542	0.0074	0.0209	0.0242	0.022	0.0074	0.0211	0.0225	0.0211	0.0403	0.0375	0.0271	0.0375	0.0724
chr3R	27612046	27612300	chr3R:27612047-27612300	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0281	0.0495	0.0192	0.0139	0.0339	0.0243	0.0934	0.0573	0.0339	0.0133	0.0238	0.0133	0.0271	0.0084	0.0142	0.0084	0.0193
chr3R	27612363	27612514	chr3R:27612364-27612514	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0207	0.0319	0.0193	0.0099	0.0191	0.018	0.061	0.0386	0.0191	0.0193	0.0244	0.0193	0.0194	0.01	0.0077	0.01	0.0125
chr3R	27619077	27619228	chr3R:27619078-27619228	FBgn0039877	CG2118	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0434	0.0403	0.0529	0.0363	0.0223	0.0485	0.0471	0.0553	0.0223	0.0507	0.0582	0.0507	0.0713	0.0551	0.038	0.0551	0.0537
chr3R	27619600	27619778	chr3R:27619601-27619778	FBgn0027620,FBgn0039877	Acf1,CG2118	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1719	0.1611	0.208	0.1444	0.1113	0.1903	0.183	0.2172	0.1113	0.2277	0.2277	0.2277	0.2262	0.1616	0.1586	0.1616	0.1824
chr3R	27619869	27620043	chr3R:27619870-27620043	FBgn0027620,FBgn0039877	Acf1,CG2118	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1003	0.0955	0.1231	0.0806	0.0679	0.1184	0.0982	0.1392	0.0679	0.1347	0.1318	0.1347	0.1332	0.0827	0.0941	0.0827	0.099
chr3R	27620310	27620497	chr3R:27620311-27620497	FBgn0027620	Acf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1879	0.163	0.2357	0.1632	0.1103	0.2083	0.1687	0.2325	0.1103	0.2723	0.2585	0.2723	0.2192	0.1715	0.1721	0.1715	0.1866
chr3R	27625925	27626076	chr3R:27625926-27626076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0359	0.0234	0.0084	0.0233	0.0335	0.0484	0.0513	0.0233	0.0248	0.027	0.0248	0.0225	0.01	0.011	0.01	0.0073
chr3R	27630763	27630914	chr3R:27630764-27630914	FBgn0039881,FBgn0250755	CG1971,CG42233	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0444	0.0395	0.0558	0.0372	0.0201	0.0461	0.0506	0.0533	0.0201	0.0664	0.0643	0.0664	0.0643	0.0345	0.0432	0.0345	0.0542
chr3R	27631006	27631190	chr3R:27631007-27631190	FBgn0039881,FBgn0250755	CG1971,CG42233	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0957	0.0963	0.115	0.0738	0.0594	0.1189	0.1021	0.1452	0.0594	0.1238	0.1421	0.1238	0.1294	0.0712	0.0986	0.0712	0.1011
chr3R	27631316	27631512	chr3R:27631317-27631512	FBgn0039881,FBgn0250755	CG1971,CG42233	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.0525	0.0529	0.0297	0.0233	0.0597	0.0683	0.0713	0.0233	0.0525	0.0678	0.0525	0.062	0.0345	0.0387	0.0345	0.0344
chr3R	27631522	27631673	chr3R:27631523-27631673	FBgn0039881	CG1971	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.03	0.0305	0.0171	0.0095	0.0364	0.0411	0.0366	0.0095	0.0266	0.0392	0.0266	0.0372	0.0191	0.0206	0.0191	0.0214
chr3R	27635259	27635410	chr3R:27635260-27635410	FBgn0039882	CG11576	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0268	0.0224	0.0289	0.0292	0.0106	0.0214	0.0363	0.026	0.0106	0.0217	0.0373	0.0217	0.0411	0.0176	0.0464	0.0176	0.0412
chr3R	27635831	27636016	chr3R:27635832-27636016	FBgn0039882	CG11576	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0895	0.0737	0.0966	0.0993	0.0329	0.0927	0.0891	0.0999	0.0329	0.1171	0.1042	0.1171	0.1332	0.1011	0.0832	0.1011	0.1339
chr3R	27636290	27636441	chr3R:27636291-27636441	FBgn0039882	CG11576	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0358	0.026	0.0363	0.0462	0.0106	0.0335	0.0337	0.0306	0.0106	0.0393	0.0386	0.0393	0.0426	0.0391	0.0251	0.0391	0.0448
chr3R	27637406	27637557	chr3R:27637407-27637557	FBgn0024891	ferrochelatase	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0344	0.0332	0.0276	0.017	0.0379	0.051	0.036	0.017	0.0374	0.0367	0.0374	0.0364	0.0314	0.0271	0.0314	0.0334
chr3R	27637597	27637748	chr3R:27637598-27637748	FBgn0024891	ferrochelatase	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0414	0.0574	0.0419	0.0233	0.0485	0.0523	0.056	0.0233	0.0767	0.0588	0.0767	0.0604	0.0459	0.0458	0.0459	0.0427
chr3R	27637946	27638120	chr3R:27637947-27638120	FBgn0024891,FBgn0039883	RhoGAP100F,ferrochelatase	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1436	0.1243	0.1628	0.144	0.087	0.149	0.1535	0.1539	0.087	0.2053	0.1765	0.2053	0.1603	0.1455	0.1489	0.1455	0.1709
chr3R	27638190	27638382	chr3R:27638191-27638382	FBgn0024891,FBgn0039883	RhoGAP100F,ferrochelatase	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1097	0.0608	0.1108	0.1631	0.0382	0.0772	0.083	0.0593	0.0382	0.1262	0.1048	0.1262	0.134	0.2014	0.1006	0.2014	0.1423
chr3R	27638516	27638704	chr3R:27638517-27638704	FBgn0024891,FBgn0039883	RhoGAP100F,ferrochelatase	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0693	0.0285	0.0721	0.1117	0.0148	0.0422	0.035	0.0266	0.0148	0.0755	0.0608	0.0755	0.0914	0.1164	0.0548	0.1164	0.086
chr3R	27648466	27648617	chr3R:27648467-27648617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0145	0.0097	0.0072	0.0277	0.0032	0.0078	0.0212	0.0053	0.0032	0.0024	0.0061	0.0024	0.0062	0.0046	0.0032	0.0046	0.0099
chr3R	27650040	27650191	chr3R:27650041-27650191	distal	distal	none	none	VT50662.1	VT50662.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0088	0.0081	0.0192	0.0011	0.0078	0.0173	0.008	0.0011	0.0103	0.0077	0.0103	0.007	0.0038	0.0039	0.0038	0.0188
chr3R	27651421	27651572	chr3R:27651422-27651572	distal	distal	stage14	stage14	VT50662.1,VT50663.1	VT50662.1,VT50663.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0137	0.009	0.0089	0.0244	0.0032	0.0068	0.019	0.0067	0.0032	0.0097	0.0058	0.0097	0.0147	0.0031	0.0026	0.0031	0.013
chr3R	27652292	27652443	chr3R:27652293-27652443	distal	distal	stage14	stage14	VT50663.1	VT50663.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0083	0.0067	0.015	0.0011	0.0087	0.0164	0.0053	0.0011	0.0079	0.0045	0.0079	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0063
chr3R	27668238	27668421	chr3R:27668239-27668421	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.045	0.0174	0.0109	0.0276	0.0427	0.0623	0.0626	0.0276	0.0115	0.0219	0.0115	0.0271	0.0061	0.0077	0.0061	0.0167
chr3R	27674411	27674562	chr3R:27674412-27674562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0237	0.0254	0.0237	0.0219	0.0127	0.0408	0.0238	0.0326	0.0127	0.0242	0.0254	0.0242	0.0279	0.0176	0.0174	0.0176	0.0349
chr3R	27674635	27674907	chr3R:27674636-27674907	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0436	0.0487	0.044	0.0375	0.0212	0.0743	0.0454	0.066	0.0212	0.0423	0.0527	0.0423	0.0534	0.0276	0.0368	0.0276	0.0604
chr3R	27674982	27675264	chr3R:27674983-27675264	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0371	0.0424	0.0359	0.0324	0.0138	0.0573	0.0411	0.0686	0.0138	0.0308	0.045	0.0308	0.0426	0.0268	0.0309	0.0268	0.0537
chr3R	27677918	27678357	chr3R:27677919-27678357	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.06	0.0808	0.0626	0.034	0.0233	0.1015	0.0519	0.1859	0.0233	0.029	0.0624	0.029	0.0225	0.0123	0.0322	0.0123	0.0135
chr3R	27688925	27689187	chr3R:27688926-27689187	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.05	0.0547	0.0138	0.0212	0.0782	0.0446	0.0693	0.0212	0.0664	0.0688	0.0664	0.0271	0.0084	0.0232	0.0084	0.0057
chr3R	27692834	27692985	chr3R:27692835-27692985	distal	distal	none	none	VT50682.1	VT50682.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0102	0.0137	0.0114	0.0053	0.0112	0.0108	0.0153	0.0053	0.0103	0.0196	0.0103	0.0155	0.0069	0.0097	0.0069	0.0047
chr3R	27695481	27695695	chr3R:27695482-27695695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0254	0.0324	0.0298	0.0128	0.0074	0.0447	0.0411	0.0393	0.0074	0.0272	0.0331	0.0272	0.0356	0.0054	0.0123	0.0054	0.0073
chr3R	27696979	27697130	chr3R:27696980-27697130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.0132	0.0159	0.0169	0.0032	0.0136	0.0203	0.018	0.0032	0.0115	0.0215	0.0115	0.0093	0.0031	0.011	0.0031	0.0089
chr3R	27697297	27697448	chr3R:27697298-27697448	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0173	0.0166	0.0192	0.0162	0.0021	0.0199	0.0255	0.018	0.0021	0.0103	0.0286	0.0103	0.0093	0.0038	0.0103	0.0038	0.0052
chr3R	27698386	27698890	chr3R:27698387-27698890	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0665	0.0604	0.0872	0.0504	0.0191	0.0626	0.0666	0.1106	0.0191	0.035	0.1498	0.035	0.038	0.0168	0.0645	0.0168	0.0167
chr3R	27702715	27702980	chr3R:27702716-27702980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0115	0.018	0.0221	0.0042	0.0102	0.0164	0.0167	0.0042	0.0103	0.027	0.0103	0.0132	0.013	0.0387	0.013	0.0219
chr3R	27707377	27707583	chr3R:27707378-27707583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0227	0.028	0.0274	0.0117	0.0138	0.0257	0.0437	0.034	0.0138	0.0127	0.046	0.0127	0.0147	0.0084	0.0148	0.0084	0.0047
chr3R	27708628	27708779	chr3R:27708629-27708779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0152	0.0199	0.0288	0.0064	0.0165	0.026	0.0113	0.0064	0.0097	0.0257	0.0097	0.0178	0.0061	0.0206	0.0061	0.0115
chr3R	27709224	27709375	chr3R:27709225-27709375	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.013	0.0165	0.0265	0.0032	0.0102	0.0221	0.0153	0.0032	0.0079	0.018	0.0079	0.0178	0.0092	0.0181	0.0092	0.0208
chr3R	27709748	27709899	chr3R:27709749-27709899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0213	0.025	0.0277	0.0064	0.0277	0.0251	0.0313	0.0064	0.0151	0.0302	0.0151	0.0147	0.0077	0.0155	0.0077	0.0083
chr3R	27710205	27710372	chr3R:27710206-27710372	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0311	0.0168	0.0339	0.0441	0.0011	0.0257	0.0203	0.0213	0.0011	0.0229	0.0264	0.0229	0.0139	0.0054	0.0161	0.0054	0.0068
chr3R	27710771	27710924	chr3R:27710772-27710924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0142	0.0241	0.0308	0.0053	0.0107	0.0229	0.0213	0.0053	0.0139	0.0238	0.0139	0.0093	0.0061	0.0116	0.0061	0.0073
chr3R	27711011	27711162	chr3R:27711012-27711162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0141	0.0192	0.0213	0.0064	0.0117	0.0216	0.02	0.0064	0.0091	0.0235	0.0091	0.0108	0.0054	0.0193	0.0054	0.013
chr3R	27711569	27711745	chr3R:27711570-27711745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0234	0.0324	0.0205	0.0106	0.0262	0.0337	0.0273	0.0106	0.0175	0.0338	0.0175	0.017	0.01	0.0155	0.01	0.0115
chr3R	27712869	27713106	chr3R:27712870-27713106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0296	0.0219	0.0348	0.0326	0.0085	0.0316	0.0307	0.0193	0.0085	0.0272	0.0463	0.0272	0.0232	0.0161	0.0226	0.0161	0.0156
chr3R	27723171	27723365	chr3R:27723172-27723365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0209	0.0176	0.0217	0.0238	0.0074	0.0136	0.0329	0.016	0.0074	0.0079	0.026	0.0079	0.0163	0.0115	0.0135	0.0115	0.0109
chr3R	27723576	27723727	chr3R:27723577-27723727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.013	0.0105	0.0127	0.0032	0.0126	0.0221	0.014	0.0032	0.0036	0.0132	0.0036	0.0101	0.0038	0.0052	0.0038	0.0063
chr3R	27725591	27725957	chr3R:27725592-27725957	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0211	0.0292	0.0358	0.0064	0.0218	0.0268	0.0366	0.0064	0.0121	0.0357	0.0121	0.0217	0.0054	0.029	0.0054	0.0109
chr3R	27726576	27726727	chr3R:27726577-27726727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0213	0.0218	0.026	0.0155	0.0085	0.0296	0.0264	0.0247	0.0085	0.0223	0.0347	0.0223	0.017	0.0115	0.0174	0.0115	0.0073
chr3R	27727097	27727386	chr3R:27727098-27727386	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0554	0.0558	0.0651	0.0444	0.0042	0.0888	0.0549	0.0759	0.0042	0.064	0.0727	0.064	0.0287	0.0161	0.0271	0.0161	0.0177
chr3R	27728429	27728586	chr3R:27728430-27728586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0262	0.015	0.0074	0.0148	0.0325	0.0355	0.0253	0.0148	0.006	0.0222	0.006	0.0077	0.0069	0.0077	0.0069	0.0042
chr3R	27736446	27736621	chr3R:27736447-27736621	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0224	0.0348	0.022	0.0092	0.0223	0.0306	0.0437	0.0586	0.0223	0.0133	0.0341	0.0133	0.0124	0.0084	0.0103	0.0084	0.0042
chr3R	27736879	27737030	chr3R:27736880-27737030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0163	0.0234	0.01	0.0117	0.017	0.0208	0.0233	0.0117	0.0139	0.0293	0.0139	0.0178	0.0069	0.0097	0.0069	0.0052
chr3R	27740164	27740315	chr3R:27740165-27740315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0184	0.0184	0.0181	0.0185	0.0064	0.016	0.0264	0.0293	0.0064	0.0139	0.0244	0.0139	0.0108	0.0046	0.0135	0.0046	0.0068
chr3R	27740650	27740801	chr3R:27740651-27740801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.0138	0.0141	0.0121	0.0064	0.0131	0.0164	0.024	0.0064	0.0133	0.0196	0.0133	0.0085	0.0084	0.011	0.0084	0.0052
chr3R	27742010	27742161	chr3R:27742011-27742161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0108	0.0132	0.0132	0.0053	0.0131	0.0156	0.012	0.0053	0.0066	0.0164	0.0066	0.0108	0.0031	0.0084	0.0031	0.0068
chr3R	27742197	27742348	chr3R:27742198-27742348	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0133	0.0138	0.0148	0.0064	0.0131	0.0195	0.0187	0.0064	0.0103	0.0196	0.0103	0.0101	0.0054	0.0116	0.0054	0.0083
chr3R	27743246	27743397	chr3R:27743247-27743397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0263	0.0299	0.0233	0.0106	0.0286	0.0311	0.0433	0.0106	0.0254	0.0395	0.0254	0.031	0.0299	0.0297	0.0299	0.0261
chr3R	27743443	27743594	chr3R:27743444-27743594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.029	0.0236	0.0185	0.0148	0.0296	0.0389	0.0433	0.0148	0.0187	0.0331	0.0187	0.0271	0.0222	0.0245	0.0222	0.0188
chr3R	27752645	27752915	chr3R:27752646-27752915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0222	0.0305	0.0203	0.015	0.0127	0.0218	0.0471	0.046	0.0127	0.0187	0.0254	0.0187	0.0132	0.0084	0.0116	0.0084	0.0073
chr3R	27754212	27754442	chr3R:27754213-27754442	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0546	0.0736	0.0606	0.0308	0.0689	0.045	0.1019	0.0308	0.0634	0.0961	0.0634	0.0999	0.0712	0.0787	0.0712	0.087
chr3R	27754611	27754762	chr3R:27754612-27754762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0145	0.0161	0.0142	0.0064	0.0136	0.0234	0.0173	0.0064	0.0163	0.0203	0.0163	0.0132	0.0084	0.0161	0.0084	0.0083
chr3R	27757365	27757516	chr3R:27757366-27757516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0288	0.0264	0.017	0.0148	0.0306	0.0363	0.0446	0.0148	0.0151	0.0437	0.0151	0.0163	0.01	0.0342	0.01	0.0141
chr3R	27761719	27762096	chr3R:27761720-27762096	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1227	0.16	0.1369	0.0653	0.1241	0.1097	0.2145	0.2705	0.1241	0.0405	0.283	0.0405	0.0426	0.0161	0.2076	0.0161	0.0224
chr3R	27762154	27762337	chr3R:27762155-27762337	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0697	0.0739	0.0909	0.0419	0.0509	0.05	0.0904	0.1452	0.0509	0.0181	0.1942	0.0181	0.0263	0.0061	0.1522	0.0061	0.0089
chr3R	27762797	27763049	chr3R:27762798-27763049	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1198	0.0935	0.1723	0.0915	0.0477	0.0951	0.0939	0.1825	0.0477	0.0725	0.3241	0.0725	0.0728	0.026	0.2521	0.026	0.0307
chr3R	27763101	27763515	chr3R:27763102-27763515	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1814	0.2261	0.2123	0.0976	0.2036	0.1655	0.285	0.3844	0.2036	0.0543	0.4264	0.0543	0.0759	0.0184	0.2734	0.0184	0.0328
chr3R	27763625	27763884	chr3R:27763626-27763884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0955	0.1341	0.0937	0.0544	0.1071	0.0854	0.1881	0.2199	0.1071	0.0236	0.1759	0.0236	0.0372	0.01	0.0974	0.01	0.0271
chr3R	27764031	27764307	chr3R:27764032-27764307	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0442	0.0383	0.0373	0.0585	0.0297	0.0272	0.0523	0.0646	0.0297	0.0121	0.0592	0.0121	0.0248	0.0054	0.0567	0.0054	0.0307
chr3R	27769698	27769979	chr3R:27769699-27769979	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0407	0.0212	0.0448	0.0579	0.0021	0.0252	0.0285	0.0326	0.0021	0.0133	0.0772	0.0133	0.0349	0.013	0.1264	0.013	0.0234
chr3R	27770290	27770551	chr3R:27770291-27770551	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.027	0.0278	0.0263	0.0269	0.0095	0.0243	0.0368	0.048	0.0095	0.0175	0.0418	0.0175	0.017	0.0123	0.0735	0.0123	0.0135
chr3R	27770696	27770904	chr3R:27770697-27770904	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0314	0.035	0.0331	0.0255	0.0127	0.0345	0.0363	0.0673	0.0127	0.0254	0.054	0.0254	0.0178	0.0145	0.0645	0.0145	0.0167
chr3R	27771457	27771665	chr3R:27771458-27771665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1124	0.1012	0.1358	0.0993	0.0541	0.1252	0.1189	0.1366	0.0541	0.1842	0.1531	0.1842	0.1232	0.1478	0.1135	0.1478	0.1058
chr3R	27771725	27771921	chr3R:27771726-27771921	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0593	0.0508	0.068	0.0592	0.0286	0.0684	0.0571	0.066	0.0286	0.122	0.0543	0.122	0.0643	0.1126	0.0342	0.1126	0.0474
chr3R	27772108	27772259	chr3R:27772109-27772259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0182	0.0217	0.0173	0.0155	0.0106	0.017	0.0303	0.0386	0.0106	0.0187	0.019	0.0187	0.0163	0.0153	0.009	0.0153	0.0104
chr3R	27775562	27775713	chr3R:27775563-27775713	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0081	0.0079	0.0157	0.0032	0.0083	0.0125	0.0093	0.0032	0.0097	0.0068	0.0097	0.007	0.0046	0.0032	0.0046	0.0078
chr3R	27776508	27776659	chr3R:27776509-27776659	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0126	0.0126	0.0164	0.0042	0.0121	0.0208	0.0133	0.0042	0.0097	0.0129	0.0097	0.0093	0.0061	0.009	0.0061	0.0063
chr3R	27780203	27780634	chr3R:27780204-27780634	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0588	0.0851	0.0575	0.0309	0.0753	0.0728	0.1038	0.1392	0.0753	0.0411	0.0878	0.0411	0.0387	0.0153	0.0567	0.0153	0.0224
chr3R	27781435	27781623	chr3R:27781436-27781623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0323	0.0385	0.0402	0.0167	0.0255	0.034	0.0506	0.0613	0.0255	0.0296	0.0662	0.0296	0.0271	0.0115	0.0245	0.0115	0.0115
chr3R	27781680	27781923	chr3R:27781681-27781923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0399	0.0594	0.0415	0.0164	0.052	0.0437	0.083	0.0893	0.052	0.0332	0.0605	0.0332	0.0356	0.0115	0.0251	0.0115	0.0099
chr3R	27782235	27782386	chr3R:27782236-27782386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0168	0.0236	0.0165	0.0095	0.017	0.0194	0.0363	0.028	0.017	0.0085	0.0238	0.0085	0.0155	0.0077	0.0135	0.0077	0.0073
chr3R	27783917	27784068	chr3R:27783918-27784068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0172	0.026	0.0128	0.0064	0.0175	0.0251	0.0233	0.0064	0.0266	0.027	0.0266	0.031	0.0031	0.0032	0.0031	0.0109
chr3R	27788811	27788962	chr3R:27788812-27788962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0185	0.0302	0.0184	0.0056	0.018	0.0194	0.0627	0.0233	0.018	0.0139	0.0244	0.0139	0.0163	0.0015	0.0064	0.0015	0.0031
chr3R	27790292	27790443	chr3R:27790293-27790443	distal	distal	none	none	VT50732.1	VT50732.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0254	0.0378	0.016	0.0148	0.0325	0.0264	0.04	0.0148	0.0248	0.0627	0.0248	0.031	0.01	0.0413	0.01	0.012
chr3R	27790542	27790763	chr3R:27790543-27790763	distal	distal	stage11	stage11	VT50732.1	VT50732.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0651	0.046	0.1015	0.0465	0.0212	0.0607	0.0554	0.058	0.0212	0.0495	0.1884	0.0495	0.0736	0.0184	0.138	0.0184	0.0313
chr3R	27790861	27791046	chr3R:27790862-27791046	distal	distal	stage11	stage11	VT50732.1	VT50732.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0496	0.0393	0.0765	0.0315	0.0191	0.0553	0.0471	0.044	0.0191	0.0453	0.1277	0.0453	0.0767	0.0153	0.078	0.0153	0.0287
chr3R	27791184	27791335	chr3R:27791185-27791335	distal	distal	none	none	VT50732.1	VT50732.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0264	0.0373	0.0138	0.0053	0.032	0.0342	0.036	0.0053	0.0236	0.0624	0.0236	0.0341	0.0176	0.0277	0.0176	0.0099
chr3R	27791614	27791794	chr3R:27791615-27791794	distal	distal	stage5	stage5	VT50732.1	VT50732.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0273	0.0405	0.0294	0.0102	0.0191	0.0252	0.0549	0.0793	0.0191	0.0187	0.0498	0.0187	0.0147	0.0092	0.0206	0.0092	0.0073
chr3R	27794001	27794154	chr3R:27794002-27794154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.032	0.0221	0.0106	0.0138	0.0238	0.0528	0.0473	0.0138	0.0205	0.0315	0.0205	0.0225	0.0123	0.0064	0.0123	0.0094
chr3R	27800548	27800699	chr3R:27800549-27800699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0157	0.0155	0.0156	0.016	0.0053	0.0117	0.0264	0.022	0.0053	0.0223	0.0135	0.0223	0.0263	0.0299	0.0116	0.0299	0.0188
chr3R	27801205	27801356	chr3R:27801206-27801356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0163	0.0137	0.0184	0.017	0.0011	0.0136	0.0182	0.0207	0.0011	0.0248	0.019	0.0248	0.0232	0.0398	0.0135	0.0398	0.0156
chr3R	27801540	27801744	chr3R:27801541-27801744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0226	0.0182	0.0261	0.0237	0.0053	0.0218	0.0272	0.0167	0.0053	0.0429	0.0225	0.0429	0.0318	0.0605	0.0142	0.0605	0.0208
chr3R	27802026	27802177	chr3R:27802027-27802177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0097	0.0162	0.0202	0.0011	0.0141	0.0147	0.0087	0.0011	0.026	0.0186	0.026	0.0155	0.0574	0.011	0.0574	0.0156
chr3R	27802664	27802874	chr3R:27802665-27802874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0305	0.0288	0.035	0.0276	0.0159	0.0383	0.0402	0.0266	0.0159	0.0501	0.0383	0.0501	0.0364	0.0467	0.0348	0.0467	0.0334
chr3R	27803114	27803300	chr3R:27803115-27803300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0234	0.0201	0.028	0.0221	0.0064	0.0243	0.0255	0.028	0.0064	0.0278	0.0373	0.0278	0.0225	0.01	0.049	0.01	0.0281
chr3R	27803659	27803879	chr3R:27803660-27803879	FBgn0039886	CG2003	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0461	0.0184	0.0516	0.071	0.0042	0.032	0.0212	0.018	0.0042	0.0308	0.0646	0.0308	0.0906	0.0222	0.1096	0.0222	0.1402
chr3R	27804181	27804332	chr3R:27804182-27804332	FBgn0039886	CG2003	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0167	0.0112	0.0165	0.0231	0.0032	0.0175	0.0134	0.0113	0.0032	0.0127	0.0154	0.0127	0.0302	0.0077	0.0161	0.0077	0.0568
chr3R	27811158	27811337	chr3R:27811159-27811337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.042	0.0327	0.0464	0.0476	0.0244	0.0359	0.0476	0.0326	0.0244	0.0489	0.0453	0.0489	0.0736	0.0536	0.0542	0.0536	0.0657
chr3R	27811445	27811628	chr3R:27811446-27811628	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1109	0.0891	0.1348	0.1089	0.0551	0.1117	0.1159	0.0973	0.0551	0.18	0.1363	0.18	0.1456	0.1286	0.118	0.1286	0.161
chr3R	27812593	27812845	chr3R:27812594-27812845	distal	distal	stage14	stage14	VT50742.1	VT50742.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0455	0.0258	0.0509	0.0617	0.0117	0.0354	0.0346	0.0253	0.0117	0.0924	0.0418	0.0924	0.0697	0.1057	0.0271	0.1057	0.1209
chr3R	27813116	27813320	chr3R:27813117-27813320	distal	distal	none	none	VT50742.1	VT50742.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0415	0.0314	0.0487	0.045	0.0138	0.0442	0.045	0.0266	0.0138	0.0942	0.028	0.0942	0.0875	0.0697	0.0251	0.0697	0.0855
chr3R	27813333	27813761	chr3R:27813334-27813761	distal	distal	none	none	VT50742.1	VT50742.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0506	0.0426	0.0563	0.0531	0.0191	0.0694	0.0506	0.038	0.0191	0.1395	0.0331	0.1395	0.0682	0.0919	0.02	0.0919	0.0985
chr3R	27817206	27817392	chr3R:27817207-27817392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.0197	0.0345	0.0351	0.0106	0.0199	0.0311	0.0213	0.0106	0.0495	0.0347	0.0495	0.0434	0.0436	0.0329	0.0436	0.061
chr3R	27817406	27817607	chr3R:27817407-27817607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0182	0.0387	0.0294	0.0085	0.0175	0.0298	0.0187	0.0085	0.0652	0.0315	0.0652	0.0519	0.0421	0.0206	0.0421	0.0464
chr3R	27820277	27820428	chr3R:27820278-27820428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0192	0.0284	0.0213	0.0065	0.0212	0.0223	0.0463	0.032	0.0212	0.0284	0.0174	0.0284	0.0356	0.0077	0.0052	0.0077	0.0063
chr3R	27821316	27821467	chr3R:27821317-27821467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0211	0.0242	0.0283	0.0097	0.0106	0.0325	0.0298	0.0286	0.0106	0.0531	0.0222	0.0531	0.0325	0.0145	0.0039	0.0145	0.0135
chr3R	27821696	27821847	chr3R:27821697-27821847	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0163	0.0191	0.0217	0.0074	0.0085	0.0248	0.0264	0.0207	0.0085	0.0483	0.0116	0.0483	0.0279	0.013	0.0045	0.013	0.0083
chr3R	27822164	27822323	chr3R:27822165-27822323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.029	0.0358	0.0385	0.0111	0.0117	0.0505	0.042	0.046	0.0117	0.0761	0.0302	0.0761	0.0325	0.0123	0.0077	0.0123	0.0109
chr3R	27822431	27822582	chr3R:27822432-27822582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0238	0.0279	0.032	0.0103	0.0085	0.0398	0.0311	0.0366	0.0085	0.0737	0.0215	0.0737	0.0302	0.0176	0.0058	0.0176	0.0109
chr3R	27823405	27823627	chr3R:27823406-27823627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0258	0.0161	0.0472	0.0131	0.0042	0.0301	0.0199	0.008	0.0042	0.0966	0.0235	0.0966	0.0937	0.0153	0.0058	0.0153	0.0255
chr3R	27831476	27831831	chr3R:27831477-27831831	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.047	0.0518	0.0684	0.0182	0.0223	0.0709	0.0588	0.0666	0.0223	0.1443	0.0473	0.1443	0.096	0.0276	0.0135	0.0276	0.0224
chr3R	27832030	27832322	chr3R:27832031-27832322	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1011	0.1327	0.1326	0.0313	0.0901	0.1529	0.1466	0.1945	0.0901	0.1944	0.1508	0.1944	0.1309	0.036	0.0348	0.036	0.0469
chr3R	27834979	27835325	chr3R:27834980-27835325	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0474	0.0728	0.0487	0.0177	0.0276	0.0937	0.0895	0.0913	0.0276	0.067	0.0595	0.067	0.0364	0.0107	0.0206	0.0107	0.0167
chr3R	27836838	27837140	chr3R:27836839-27837140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.062	0.0694	0.0734	0.0414	0.0297	0.1	0.0614	0.1073	0.0297	0.0888	0.0759	0.0888	0.0829	0.0184	0.0284	0.0184	0.0417
chr3R	27838026	27838262	chr3R:27838027-27838262	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0403	0.041	0.0423	0.0373	0.0095	0.0684	0.0398	0.0506	0.0095	0.058	0.0379	0.058	0.055	0.0291	0.0213	0.0291	0.0631
chr3R	27838336	27838540	chr3R:27838337-27838540	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0332	0.0313	0.0388	0.0292	0.0064	0.0529	0.0337	0.0326	0.0064	0.0628	0.0354	0.0628	0.0418	0.0299	0.0193	0.0299	0.0412
chr3R	27838787	27838938	chr3R:27838788-27838938	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0168	0.0208	0.0171	0.012	0.0042	0.0257	0.0277	0.0286	0.0042	0.0229	0.0093	0.0229	0.0209	0.0107	0.0052	0.0107	0.0162
chr3R	27839529	27839800	chr3R:27839530-27839800	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0348	0.0292	0.0425	0.0326	0.0064	0.0437	0.0346	0.0346	0.0064	0.0676	0.0424	0.0676	0.0473	0.0429	0.0239	0.0429	0.0516
chr3R	27840006	27840157	chr3R:27840007-27840157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0248	0.032	0.0125	0.0106	0.0296	0.0281	0.0393	0.0106	0.0326	0.0412	0.0326	0.0279	0.0153	0.0142	0.0153	0.0146
chr3R	27840590	27840812	chr3R:27840591-27840812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0206	0.0374	0.0285	0.0032	0.0272	0.0307	0.0213	0.0032	0.0574	0.0299	0.0574	0.0565	0.0444	0.0219	0.0444	0.0396
chr3R	27841204	27841384	chr3R:27841205-27841384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0592	0.0336	0.067	0.0791	0.0233	0.0388	0.0463	0.0353	0.0233	0.061	0.0762	0.061	0.0968	0.0812	0.0748	0.0812	0.0756
chr3R	27841539	27841699	chr3R:27841540-27841699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0313	0.0193	0.0293	0.0469	0.0095	0.0218	0.029	0.0187	0.0095	0.0272	0.0305	0.0272	0.0372	0.0482	0.0258	0.0482	0.0323
chr3R	27847902	27848139	chr3R:27847903-27848139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0243	0.0428	0.0322	0.0117	0.0301	0.032	0.0286	0.0117	0.0242	0.0765	0.0242	0.0248	0.0077	0.0896	0.0077	0.0151
chr3R	27848748	27848899	chr3R:27848749-27848899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0186	0.0174	0.0204	0.0178	0.0095	0.0141	0.0316	0.0187	0.0095	0.0151	0.0302	0.0151	0.0201	0.0092	0.0284	0.0092	0.0104
chr3R	27849722	27849914	chr3R:27849723-27849914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0222	0.0167	0.0216	0.0291	0.0064	0.0175	0.029	0.014	0.0064	0.0157	0.0196	0.0157	0.0248	0.0092	0.0129	0.0092	0.0386
chr3R	27852311	27852495	chr3R:27852312-27852495	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0328	0.0273	0.0451	0.0256	0.0085	0.0374	0.0376	0.03	0.0085	0.035	0.073	0.035	0.0271	0.0184	0.0593	0.0184	0.0172
chr3R	27852722	27852893	chr3R:27852723-27852893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0249	0.0321	0.0217	0.0138	0.0354	0.0264	0.0333	0.0138	0.0229	0.0486	0.0229	0.0201	0.0123	0.0361	0.0123	0.0172
chr3R	27853293	27853602	chr3R:27853294-27853602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0327	0.0283	0.0438	0.0253	0.0106	0.0335	0.0381	0.0326	0.0106	0.0477	0.0473	0.0477	0.0442	0.0245	0.02	0.0245	0.0203
chr3R	27862316	27862467	chr3R:27862317-27862467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0123	0.0098	0.0115	0.0159	0.0032	0.0092	0.0199	0.006	0.0032	0.0097	0.0145	0.0097	0.0093	0.0069	0.0116	0.0069	0.0172
chr3R	27866102	27866345	chr3R:27866103-27866345	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0342	0.0447	0.0291	0.0281	0.0127	0.0694	0.0519	0.0473	0.0127	0.035	0.0289	0.035	0.024	0.023	0.0206	0.023	0.0172
chr3R	27867017	27867168	chr3R:27867018-27867168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0227	0.0259	0.0273	0.0141	0.0106	0.0364	0.0307	0.0313	0.0106	0.0284	0.0318	0.0284	0.0232	0.0054	0.0155	0.0054	0.0115
chr3R	27868458	27868609	chr3R:27868459-27868609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0227	0.0193	0.0264	0.0223	0.0074	0.0238	0.0277	0.0193	0.0074	0.0193	0.0331	0.0193	0.0263	0.0145	0.0219	0.0145	0.0099
chr3R	27869599	27869809	chr3R:27869600-27869809	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0444	0.0365	0.0216	0.0361	0.034	0.074	0.0466	0.0361	0.0386	0.0476	0.0386	0.0294	0.0268	0.02	0.0268	0.0219
chr3R	27870296	27870549	chr3R:27870297-27870549	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.032	0.0319	0.0363	0.0274	0.0138	0.033	0.045	0.042	0.0138	0.0411	0.045	0.0411	0.0271	0.0406	0.0258	0.0406	0.0219
chr3R	27876517	27876668	chr3R:27876518-27876668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0425	0.0499	0.0501	0.0258	0.0212	0.065	0.0631	0.0626	0.0212	0.0447	0.0656	0.0447	0.0403	0.0276	0.0251	0.0276	0.0344
chr3R	27877218	27877552	chr3R:27877219-27877552	FBgn0002780,FBgn0040206	krz,mod	stage11,stage14,stage5	none	mod_5_regulatory_1050	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1071	0.0921	0.1336	0.0948	0.052	0.1155	0.1073	0.1186	0.052	0.183	0.1312	0.183	0.1472	0.1087	0.0954	0.1087	0.112
chr3R	27877634	27877818	chr3R:27877635-27877818	FBgn0002780,FBgn0040206	krz,mod	stage11,stage14,stage5	none	mod_5_regulatory_1050	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1577	0.1423	0.1893	0.1402	0.1092	0.1699	0.1635	0.1812	0.1092	0.2421	0.2	0.2421	0.196	0.1547	0.1406	0.1547	0.16
chr3R	27877935	27878087	chr3R:27877936-27878087	FBgn0002780,FBgn0040206	krz,mod	stage5	none	mod_5_regulatory_1050	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.0624	0.082	0.0497	0.0467	0.0743	0.0692	0.0826	0.0467	0.1087	0.0855	0.1087	0.0868	0.0613	0.06	0.0613	0.0542
chr3R	27878253	27878455	chr3R:27878254-27878455	FBgn0002780	mod	stage11,stage14,stage5	none	mod_5_regulatory_1050	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1605	0.1518	0.1898	0.1381	0.1092	0.1888	0.1683	0.1999	0.1092	0.2464	0.2013	0.2464	0.1758	0.1577	0.136	0.1577	0.1756
chr3R	27878547	27878755	chr3R:27878548-27878755	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1044	0.0977	0.1331	0.0804	0.071	0.1243	0.1138	0.1186	0.071	0.1872	0.1373	0.1872	0.1061	0.111	0.0812	0.111	0.0928
chr3R	27880603	27880754	chr3R:27880604-27880754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0376	0.0391	0.0476	0.0251	0.0212	0.0456	0.0484	0.0506	0.0212	0.07	0.0453	0.07	0.0643	0.0475	0.0187	0.0475	0.0297
chr3R	27886058	27886252	chr3R:27886059-27886252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0281	0.0206	0.0286	0.0359	0.0074	0.0223	0.029	0.0273	0.0074	0.0356	0.027	0.0356	0.0364	0.0704	0.0432	0.0704	0.0271
chr3R	27886620	27886771	chr3R:27886621-27886771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0204	0.0279	0.028	0.0085	0.0238	0.029	0.0227	0.0085	0.0296	0.0357	0.0296	0.0248	0.0436	0.04	0.0436	0.0156
chr3R	27889474	27889639	chr3R:27889475-27889639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0358	0.027	0.041	0.04	0.0117	0.034	0.0385	0.0313	0.0117	0.0857	0.0293	0.0857	0.0372	0.1271	0.0239	0.1271	0.0224
chr3R	27891506	27891657	chr3R:27891507-27891657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0318	0.032	0.026	0.0148	0.0335	0.0389	0.0513	0.0148	0.0417	0.0289	0.0417	0.0178	0.0268	0.0129	0.0268	0.0177
chr3R	27893573	27893748	chr3R:27893574-27893748	FBgn0002645	Map205	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0447	0.0454	0.0547	0.033	0.0329	0.0427	0.0631	0.0593	0.0329	0.0592	0.0621	0.0592	0.0488	0.026	0.029	0.026	0.0276
chr3R	27893833	27894009	chr3R:27893834-27894009	FBgn0002645	Map205	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1104	0.11	0.1345	0.0844	0.071	0.1306	0.1311	0.1452	0.071	0.1679	0.1402	0.1679	0.1232	0.0727	0.0806	0.0727	0.0896
chr3R	27894117	27894409	chr3R:27894118-27894409	FBgn0002645	Map205	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2449	0.2453	0.2722	0.2146	0.1824	0.2791	0.2976	0.3038	0.1824	0.3273	0.282	0.3273	0.2665	0.2175	0.2179	0.2175	0.2402
chr3R	27894634	27894819	chr3R:27894635-27894819	FBgn0002645	Map205	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0548	0.0732	0.0572	0.0265	0.0607	0.0688	0.0793	0.0265	0.0785	0.0788	0.0785	0.0806	0.0559	0.0509	0.0559	0.073
chr3RHet	67373	67524	chr3RHet:67374-67524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0259	0.0236	0.0392	0.0141	0.0201	0.0311	0.0225	0.024	0.0201	0.0664	0.0322	0.0664	0.031	0.0145	0.0129	0.0145	0.0115
chr3RHet	67830	68036	chr3RHet:67831-68036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0269	0.0437	0.0099	0.0117	0.0296	0.0359	0.0266	0.0117	0.0646	0.0428	0.0646	0.0341	0.0069	0.0097	0.0069	0.0115
chr3RHet	104084	104235	chr3RHet:104085-104235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0084	0.0209	0.0028	4e-04	0.0117	0.0053	0.0441	0.0167	0.0117	0.0036	0.0032	0.0036	0.0031	0	6e-04	0	5e-04
chr3RHet	104470	104647	chr3RHet:104471-104647	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0149	0.0379	0.0039	0.0011	0.0403	0.0136	0.0727	0.0233	0.0403	0.003	0.0055	0.003	0.0031	0	0.0039	0	5e-04
chr3RHet	116113	116264	chr3RHet:116114-116264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0093	0.0218	0.0036	0.0017	0.0106	0.0117	0.0506	0.0073	0.0106	0.0048	0.0035	0.0048	0.0031	8e-04	0.0019	8e-04	5e-04
chr3RHet	117568	117719	chr3RHet:117569-117719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0109	0.0211	0.0081	0.0025	0.0127	0.0102	0.0454	0.0107	0.0127	0.0072	0.008	0.0072	0.0101	0.0023	0.0039	0.0023	0.0026
chr3RHet	165472	165674	chr3RHet:165473-165674	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0114	0.029	0.0027	0.0014	0.035	0.0083	0.0536	0.022	0.035	0.0036	0.0023	0.0036	0.0031	8e-04	0.0019	8e-04	0.0016
chr3RHet	197004	197155	chr3RHet:197005-197155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0153	0.0314	0.0088	0.0045	0.017	0.0228	0.0467	0.034	0.017	0.0121	0.008	0.0121	0.0101	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chr3RHet	197259	197429	chr3RHet:197260-197429	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0312	0.0697	0.0129	0.0082	0.052	0.0539	0.0839	0.0853	0.052	0.0139	0.0129	0.0139	0.0194	0.0084	0.0077	0.0084	0.0115
chr3RHet	197609	197760	chr3RHet:197610-197760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0171	0.0379	0.0067	0.0053	0.0265	0.0257	0.0502	0.0506	0.0265	0.0091	0.0074	0.0091	0.0039	0.0046	0.0052	0.0046	0.0057
chr3RHet	200943	201094	chr3RHet:200944-201094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0146	0.0319	0.008	0.0025	0.017	0.018	0.0623	0.022	0.017	0.0085	0.0103	0.0085	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chr3RHet	220331	220528	chr3RHet:220332-220528	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0414	0.0749	0.0299	0.0164	0.0382	0.0757	0.0848	0.0893	0.0382	0.035	0.0302	0.035	0.0457	0.0123	0.02	0.0123	0.0245
chr3RHet	220628	220814	chr3RHet:220629-220814	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0464	0.0892	0.0292	0.0175	0.0594	0.0908	0.0943	0.1053	0.0594	0.0314	0.0315	0.0314	0.0395	0.0161	0.0232	0.0161	0.025
chr3RHet	220949	221214	chr3RHet:220950-221214	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0443	0.0753	0.0338	0.0212	0.0445	0.0845	0.077	0.0973	0.0445	0.0399	0.0363	0.0399	0.0519	0.0245	0.029	0.0245	0.0245
chr3RHet	221244	221464	chr3RHet:221245-221464	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0418	0.0749	0.0312	0.0166	0.0647	0.0816	0.0748	0.0999	0.0647	0.029	0.037	0.029	0.0465	0.0145	0.0206	0.0145	0.025
chr3RHet	221528	221793	chr3RHet:221529-221793	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0491	0.0834	0.0391	0.0219	0.052	0.0922	0.0701	0.1312	0.052	0.0405	0.0489	0.0405	0.0503	0.023	0.02	0.023	0.036
chr3RHet	221872	222023	chr3RHet:221873-222023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0194	0.0322	0.0152	0.0099	0.0117	0.0364	0.0311	0.0473	0.0117	0.0121	0.0174	0.0121	0.0256	0.0115	0.011	0.0115	0.0141
chr3RHet	262753	262904	chr3RHet:262754-262904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0104	0.0268	0.0019	0.0013	0.0127	0.0068	0.0705	0.01	0.0127	0.003	0.0016	0.003	0.0015	0.0015	6e-04	0.0015	0.0016
chr3RHet	382323	382474	chr3RHet:382324-382474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0108	0.025	0.0046	0.0017	0.018	0.0126	0.0407	0.0253	0.018	0.0036	0.0064	0.0036	0.0031	0	0.0013	0	0.001
chr3RHet	432306	432502	chr3RHet:432307-432502	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0129	0.0335	0.0029	8e-04	0.0297	0.0141	0.0649	0.0286	0.0297	0.0054	0.0026	0.0054	0.0015	8e-04	0.0032	8e-04	0
chr3RHet	572040	572191	chr3RHet:572041-572191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0124	0.0267	0.0056	0.004	0.0201	0.0146	0.0497	0.0173	0.0201	0.006	0.0045	0.006	0.0132	0.0015	0.0032	0.0015	0.0057
chr3RHet	640915	641089	chr3RHet:640916-641089	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0366	0.0763	0.0203	0.01	0.0573	0.0549	0.1107	0.0853	0.0573	0.0175	0.0203	0.0175	0.0403	0.0077	0.009	0.0077	0.0182
chr3RHet	781700	781908	chr3RHet:781701-781908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0208	0.0356	0.0168	0.0088	0.0148	0.0257	0.0636	0.03	0.0148	0.0187	0.0177	0.0187	0.0263	0.0038	0.0116	0.0038	0.0104
chr3RHet	782461	782612	chr3RHet:782462-782612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0111	0.0199	0.0074	0.0054	0.0032	0.0175	0.0294	0.02	0.0032	0.003	0.008	0.003	0.0139	0.0046	0.0045	0.0046	0.0078
chr3RHet	787739	787890	chr3RHet:787740-787890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0114	0.0231	0.007	0.0032	0.0148	0.0097	0.0471	0.014	0.0148	0.0085	0.0064	0.0085	0.0101	0.0031	0.0045	0.0031	0.0021
chr3RHet	812033	812184	chr3RHet:812034-812184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0146	0.0294	0.0075	0.0057	0.0148	0.0189	0.0545	0.0273	0.0148	0.0079	0.0068	0.0079	0.0132	0.0077	0.0064	0.0077	0.0057
chr3RHet	813288	813478	chr3RHet:813289-813478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0403	0.0136	0.012	0.0361	0.0311	0.0545	0.044	0.0361	0.0103	0.0145	0.0103	0.0163	0.0107	0.0142	0.0107	0.0146
chr3RHet	813626	813845	chr3RHet:813627-813845	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0482	0.0769	0.0385	0.0267	0.0551	0.0806	0.0835	0.0919	0.0551	0.0272	0.0444	0.0272	0.0612	0.0222	0.0316	0.0222	0.0401
chr3RHet	814007	814187	chr3RHet:814008-814187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0448	0.0649	0.0393	0.0283	0.0435	0.0718	0.067	0.0833	0.0435	0.0242	0.0498	0.0242	0.0542	0.0199	0.0348	0.0199	0.0412
chr3RHet	820265	820416	chr3RHet:820266-820416	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.012	0.0221	0.0075	0.0058	0.0159	0.0175	0.0294	0.0247	0.0159	0.0079	0.0071	0.0079	0.0108	0.0038	0.0058	0.0038	0.0104
chr3RHet	836942	837107	chr3RHet:836943-837107	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0279	0.0663	0.0103	0.0042	0.0626	0.032	0.1337	0.036	0.0626	0.0085	0.0077	0.0085	0.0256	0.0023	0.0058	0.0023	0.0052
chr3RHet	871841	871992	chr3RHet:871842-871992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade1	0.0121	0.0255	0.0057	0.0042	0.0159	0.0165	0.0359	0.0286	0.0159	0.006	0.0061	0.006	0.007	0.0054	0.0039	0.0054	0.0042
chr3RHet	872461	872650	chr3RHet:872462-872650	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.024	0.0536	0.0104	0.0057	0.0435	0.0403	0.0683	0.062	0.0435	0.0097	0.0122	0.0097	0.0139	8e-04	0.0052	8e-04	0.0104
chr3RHet	887013	887164	chr3RHet:887014-887164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0088	0.0212	0.0034	0.001	0.0191	0.0053	0.0545	0.0047	0.0191	0.0042	0.0042	0.0042	0.0023	8e-04	0	8e-04	0.001
chr3RHet	900910	901127	chr3RHet:900911-901127	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0269	0.0551	0.0168	0.0067	0.0456	0.0262	0.0973	0.052	0.0456	0.0157	0.0167	0.0157	0.0279	0.0031	0.0071	0.0031	0.0115
chr3RHet	912744	912895	chr3RHet:912745-912895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0105	0.0244	0.0044	0.0017	0.0212	0.0068	0.0597	0.01	0.0212	0.006	0.0048	0.006	0.0046	0.0038	0.0013	0.0038	0.001
chr3RHet	1017476	1017627	chr3RHet:1017477-1017627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0132	0.0302	0.0065	0.0017	0.0265	0.0189	0.0463	0.0326	0.0265	0.0018	0.0074	0.0018	0.0116	0.0015	0.0026	0.0015	0.001
chr3RHet	1017720	1017929	chr3RHet:1017721-1017929	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0247	0.0599	0.0077	0.0039	0.052	0.0466	0.0882	0.0573	0.052	0.006	0.01	0.006	0.0116	0.0054	0.0013	0.0054	0.0063
chr3RHet	1096082	1096233	chr3RHet:1096083-1096233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0108	0.0202	0.0072	0.0043	0.0127	0.0092	0.0467	0.0073	0.0127	0.0103	0.0058	0.0103	0.0085	0.0046	0.0039	0.0046	0.0036
chr3RHet	1129078	1129229	chr3RHet:1129079-1129229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0132	0.0236	0.0117	0.0033	0.0085	0.0136	0.0489	0.0193	0.0085	0.0103	0.0132	0.0103	0.0155	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr3RHet	1142129	1142280	chr3RHet:1142130-1142280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0364	0.0181	0.0116	0.0255	0.033	0.0536	0.036	0.0255	0.0193	0.0183	0.0193	0.0287	0.0061	0.0097	0.0061	0.0203
chr3RHet	1142670	1142886	chr3RHet:1142671-1142886	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0452	0.0745	0.0387	0.0196	0.0636	0.067	0.0982	0.0693	0.0636	0.032	0.0444	0.032	0.0589	0.01	0.0219	0.01	0.0334
chr3RHet	1144514	1144665	chr3RHet:1144515-1144665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0115	0.0269	0.0046	0.0018	0.0191	0.0087	0.0627	0.0147	0.0191	0.0048	0.0061	0.0048	0.0031	0.0015	0.0039	0.0015	0.0016
chr3RHet	1201367	1201518	chr3RHet:1201368-1201518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0112	0.0236	0.0065	0.0025	0.0106	0.0136	0.0523	0.012	0.0106	0.0072	0.0077	0.0072	0.0062	0.0015	0.0026	0.0015	0.0016
chr3RHet	1205677	1205828	chr3RHet:1205678-1205828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0094	0.0237	0.0027	0.001	0.0265	0.0068	0.0584	0.0047	0.0265	0.0036	0.0026	0.0036	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.001
chr3RHet	1206936	1207087	chr3RHet:1206937-1207087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0143	0.0345	0.0051	0.0019	0.0392	0.0073	0.0792	0.0167	0.0392	0.0066	0.0045	0.0066	0.007	0.0015	0	0.0015	0.0021
chr3RHet	1380923	1381074	chr3RHet:1380924-1381074	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0099	0.0233	0.0037	0.0017	0.0159	0.0107	0.0424	0.0247	0.0159	0.0048	0.0029	0.0048	0.0031	8e-04	0	8e-04	0.0021
chr3RHet	1384991	1385219	chr3RHet:1384992-1385219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0237	0.0445	0.0188	0.006	0.0382	0.0291	0.0705	0.0406	0.0382	0.0193	0.0209	0.0193	0.0271	0.0061	0.0039	0.0061	0.0109
chr3RHet	1385965	1386116	chr3RHet:1385966-1386116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0135	0.0242	0.0121	0.0032	0.0148	0.0155	0.0454	0.018	0.0148	0.0133	0.0145	0.0133	0.0108	0.0038	0	0.0038	0.0057
chr3RHet	1387915	1388066	chr3RHet:1387916-1388066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0125	0.0206	0.0119	0.0042	0.0085	0.0121	0.0407	0.02	0.0085	0.0103	0.0154	0.0103	0.0108	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr3RHet	1388765	1388916	chr3RHet:1388766-1388916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0133	0.0226	0.0126	0.0039	0.0127	0.0107	0.0489	0.0113	0.0127	0.0115	0.0154	0.0115	0.0147	0.0038	0.0071	0.0038	0.0042
chr3RHet	1388981	1389132	chr3RHet:1388982-1389132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0149	0.0253	0.0136	0.0046	0.0148	0.0121	0.0502	0.018	0.0148	0.0121	0.0158	0.0121	0.0155	0.0061	0.0052	0.0061	0.0057
chr3RHet	1389572	1389777	chr3RHet:1389573-1389777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0301	0.0511	0.025	0.0124	0.0403	0.0388	0.0731	0.0513	0.0403	0.0169	0.0315	0.0169	0.0387	0.0107	0.0116	0.0107	0.0188
chr3RHet	1403920	1404185	chr3RHet:1403921-1404185	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade1	0.0211	0.0444	0.0117	0.0054	0.0212	0.0345	0.064	0.0506	0.0212	0.0115	0.0122	0.0115	0.0178	0.0023	0.0064	0.0023	0.0083
chr3RHet	1405293	1405444	chr3RHet:1405294-1405444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0095	0.0204	0.0052	0.0021	0.0042	0.0107	0.0428	0.0167	0.0042	0.0066	0.0048	0.0066	0.0085	0.0015	0.0013	0.0015	0.0026
chr3RHet	1425175	1425408	chr3RHet:1425176-1425408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.052	0.0175	0.0074	0.0615	0.0393	0.0766	0.04	0.0615	0.0193	0.0186	0.0193	0.0256	0.0077	0.0103	0.0077	0.0089
chr3RHet	1426172	1426323	chr3RHet:1426173-1426323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0104	0.0206	0.007	0.0028	0.0191	0.0117	0.0415	0.01	0.0191	0.0072	0.0058	0.0072	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chr3RHet	1427304	1427461	chr3RHet:1427305-1427461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.014	0.0343	0.0038	0.0025	0.0371	0.0199	0.0545	0.032	0.0371	0.0042	0.0048	0.0042	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.0031
chr3RHet	1438076	1438232	chr3RHet:1438077-1438232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0156	0.0369	0.0066	0.0017	0.0382	0.0102	0.0861	0.0153	0.0382	0.006	0.0061	0.006	0.0132	0.0031	0.0026	0.0031	5e-04
chr3RHet	1441509	1441660	chr3RHet:1441510-1441660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0093	0.0214	0.0034	0.0021	0.017	0.0063	0.0458	0.0167	0.017	0.0042	0.0048	0.0042	8e-04	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr3RHet	1441919	1442077	chr3RHet:1441920-1442077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0162	0.042	0.0036	0.0013	0.0509	0.017	0.0887	0.018	0.0509	0.0066	0.0035	0.0066	8e-04	0.0015	6e-04	0.0015	0.0016
chr3RHet	1459389	1459540	chr3RHet:1459390-1459540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0085	0.0202	0.0028	0.0017	0.0074	0.0058	0.0497	0.0127	0.0074	0.0024	0.0032	0.0024	0.0039	0	0.0013	0	0.0036
chr3RHet	1516943	1517179	chr3RHet:1516944-1517179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0265	0.0672	0.0065	0.0029	0.0806	0.0209	0.1263	0.054	0.0806	0.0072	0.0055	0.0072	0.0108	0.0046	0.0013	0.0046	0.0031
chr3RHet	1525749	1525900	chr3RHet:1525750-1525900	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0118	0.0269	0.0042	0.0033	0.0201	0.0165	0.0471	0.02	0.0201	0.0048	0.0045	0.0048	0.0046	8e-04	0.0045	8e-04	0.0052
chr3RHet	1552705	1552856	chr3RHet:1552706-1552856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0128	0.031	0.0041	0.0021	0.0244	0.0102	0.0718	0.0173	0.0244	0.0054	0.0051	0.0054	0.0023	0.0015	0.0032	0.0015	0.0021
chr3RHet	1582407	1582558	chr3RHet:1582408-1582558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0108	0.0228	0.0071	0.0015	0.0053	0.0107	0.0532	0.014	0.0053	0.0097	0.0068	0.0097	0.0077	8e-04	0.0013	8e-04	0.001
chr3RHet	1582757	1582908	chr3RHet:1582758-1582908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0121	0.0249	0.0072	0.0031	0.0053	0.0097	0.0567	0.02	0.0053	0.0103	0.0093	0.0103	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr3RHet	1583041	1583192	chr3RHet:1583042-1583192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0099	0.0203	0.006	0.0026	0.0042	0.0049	0.0515	0.014	0.0042	0.0072	0.0071	0.0072	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chr3RHet	1583800	1583951	chr3RHet:1583801-1583951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0085	0.0187	0.0042	0.0018	0.0064	0.0073	0.042	0.0147	0.0064	0.0024	0.0042	0.0024	0.0054	0.0031	0.0019	0.0031	0.001
chr3RHet	1584089	1584240	chr3RHet:1584090-1584240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0081	0.0172	0.0036	0.0029	0.0106	0.0058	0.0394	0.0127	0.0106	0.0018	0.0055	0.0018	0.0031	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chr3RHet	1584363	1584514	chr3RHet:1584364-1584514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0118	0.0264	0.0056	0.0024	0.0201	0.0073	0.0623	0.0173	0.0201	0.0079	0.0064	0.0079	0.0054	0.0031	0.0019	0.0031	0.0021
chr3RHet	1584552	1584703	chr3RHet:1584553-1584703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0101	0.0233	0.0041	0.0019	0.018	0.0068	0.0506	0.0147	0.018	0.0054	0.0048	0.0054	0.0039	0.0031	0.0026	0.0031	5e-04
chr3RHet	1584858	1585009	chr3RHet:1584859-1585009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0126	0.0303	0.0039	0.0022	0.0276	0.0097	0.0636	0.0173	0.0276	0.0048	0.0051	0.0048	0.0015	8e-04	0.0026	8e-04	0.0021
chr3RHet	1585132	1585393	chr3RHet:1585133-1585393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0254	0.0658	0.0057	0.0019	0.0912	0.017	0.1406	0.0293	0.0912	0.0066	0.0071	0.0066	0.0039	0.0038	0.0013	0.0038	0.0026
chr3RHet	1585744	1585895	chr3RHet:1585745-1585895	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.013	0.0318	0.0042	0.0018	0.0318	0.0087	0.0705	0.0153	0.0318	0.006	0.0051	0.006	0.0031	8e-04	0.0019	8e-04	0.0016
chr3RHet	1604507	1604658	chr3RHet:1604508-1604658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0119	0.0242	0.0062	0.0045	0.0159	0.0068	0.0562	0.0153	0.0159	0.0066	0.0087	0.0066	8e-04	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr3RHet	1689414	1689565	chr3RHet:1689415-1689565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0134	0.0249	0.0085	0.006	0.017	0.0136	0.051	0.0193	0.017	0.0054	0.0109	0.0054	0.0093	0.0046	0.0097	0.0046	0.0057
chr3RHet	1689852	1690003	chr3RHet:1689853-1690003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0143	0.0359	0.0037	0.0018	0.0255	0.016	0.0774	0.0207	0.0255	0.0048	0.0026	0.0048	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0026
chr3RHet	1690073	1690243	chr3RHet:1690074-1690243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0189	0.0437	0.007	0.0043	0.0308	0.0204	0.093	0.026	0.0308	0.006	0.0064	0.006	0.0077	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chr3RHet	1690403	1690554	chr3RHet:1690404-1690554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0127	0.0263	0.0063	0.0046	0.018	0.0107	0.0515	0.022	0.018	0.006	0.0064	0.006	0.0062	0.0046	0.0052	0.0046	0.0036
chr3RHet	1693397	1693548	chr3RHet:1693398-1693548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0134	0.0218	0.0102	0.0075	0.0074	0.0121	0.0502	0.0107	0.0074	0.0097	0.0132	0.0097	0.0101	0.01	0.0064	0.01	0.0104
chr3RHet	1702653	1702804	chr3RHet:1702654-1702804	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0217	0.0348	0.0175	0.0117	0.0201	0.0388	0.0484	0.03	0.0201	0.0217	0.0193	0.0217	0.0163	0.0222	0.009	0.0222	0.0156
chr3RHet	1705459	1705642	chr3RHet:1705460-1705642	FBgn0039955	CG41099	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0623	0.0631	0.0673	0.0561	0.0414	0.0684	0.0705	0.0753	0.0414	0.0694	0.082	0.0694	0.0674	0.0436	0.0664	0.0436	0.0782
chr3RHet	1705681	1705834	chr3RHet:1705682-1705834	FBgn0039955	CG41099	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.075	0.0704	0.0877	0.0661	0.053	0.0796	0.077	0.0786	0.053	0.0894	0.1045	0.0894	0.0953	0.0651	0.0812	0.0651	0.0776
chr3RHet	1705960	1706161	chr3RHet:1705961-1706161	FBgn0039955	CG41099	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1506	0.1496	0.169	0.1315	0.1092	0.1757	0.1518	0.1739	0.1092	0.1679	0.21	0.1679	0.172	0.1325	0.1412	0.1325	0.1683
chr3RHet	1706526	1706915	chr3RHet:1706527-1706915	FBgn0039955	CG41099	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0633	0.0658	0.0688	0.0546	0.0371	0.0631	0.0766	0.0806	0.0371	0.0652	0.0868	0.0652	0.0697	0.0697	0.0613	0.0697	0.062
chr3RHet	1707325	1707476	chr3RHet:1707326-1707476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0212	0.0303	0.0284	0.0117	0.0267	0.0199	0.028	0.0117	0.0296	0.035	0.0296	0.0387	0.0291	0.0309	0.0291	0.0406
chr3RHet	1708475	1708857	chr3RHet:1708476-1708857	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0781	0.0371	0.0237	0.0594	0.0621	0.1116	0.0806	0.0594	0.0254	0.0434	0.0254	0.0457	0.0237	0.0277	0.0237	0.0271
chr3RHet	1709515	1709775	chr3RHet:1709516-1709775	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0593	0.0658	0.0637	0.0473	0.0509	0.067	0.0701	0.0853	0.0509	0.0447	0.0781	0.0447	0.0589	0.0222	0.0625	0.0222	0.0474
chr3RHet	1768339	1768519	chr3RHet:1768340-1768519	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0824	0.0759	0.0934	0.0777	0.0562	0.0869	0.0701	0.1026	0.0562	0.0978	0.118	0.0978	0.0829	0.0804	0.0845	0.0804	0.0938
chr3RHet	1768589	1768749	chr3RHet:1768590-1768749	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0441	0.0515	0.0415	0.0392	0.0461	0.0454	0.06	0.0392	0.0507	0.0672	0.0507	0.0442	0.0475	0.0438	0.0475	0.0505
chr3RHet	1769047	1769376	chr3RHet:1769048-1769376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0711	0.0662	0.0806	0.0661	0.0392	0.0694	0.0766	0.0853	0.0392	0.087	0.0875	0.087	0.0906	0.0689	0.0677	0.0689	0.0771
chr3RHet	1771857	1772120	chr3RHet:1771858-1772120	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0353	0.0439	0.0357	0.0253	0.0191	0.0451	0.0554	0.0473	0.0191	0.0374	0.0418	0.0374	0.031	0.0276	0.0239	0.0276	0.0208
chr3RHet	1792362	1792513	chr3RHet:1792363-1792513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0096	0.0192	0.0041	0.005	0.0095	0.0097	0.042	0.01	0.0095	0.0048	0.0039	0.0048	0.0039	0.0046	0.0045	0.0046	0.0073
chr3RHet	1807499	1807650	chr3RHet:1807500-1807650	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.0267	0.0359	0.0266	0.0191	0.0354	0.0247	0.0346	0.0191	0.0386	0.0444	0.0386	0.0263	0.0214	0.0206	0.0214	0.0292
chr3RHet	1808117	1808379	chr3RHet:1808118-1808379	FBgn0069923	CG41128	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.0839	0.1156	0.094	0.0541	0.0966	0.096	0.0866	0.0541	0.1383	0.1286	0.1383	0.1092	0.1049	0.0896	0.1049	0.1152
chr3RHet	1808457	1808645	chr3RHet:1808458-1808645	FBgn0069923	CG41128	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1499	0.1295	0.1812	0.1384	0.1071	0.1524	0.1393	0.1452	0.1071	0.221	0.1981	0.221	0.1813	0.1585	0.1373	0.1585	0.1589
chr3RHet	1809108	1809314	chr3RHet:1809109-1809314	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0538	0.0671	0.0512	0.0339	0.0583	0.067	0.058	0.0339	0.0767	0.083	0.0767	0.0658	0.0521	0.0593	0.0521	0.0641
chr3RHet	1809798	1810241	chr3RHet:1809799-1810241	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1046	0.1169	0.1188	0.0752	0.087	0.118	0.1419	0.1386	0.087	0.1292	0.1412	0.1292	0.1077	0.0689	0.0896	0.0689	0.0855
chr3RHet	1811459	1811610	chr3RHet:1811460-1811610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0398	0.0523	0.0273	0.0201	0.05	0.0476	0.04	0.0201	0.0441	0.0691	0.0441	0.0565	0.0306	0.0316	0.0306	0.0313
chr3RHet	1813691	1813842	chr3RHet:1813692-1813842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0243	0.0344	0.0225	0.0149	0.0297	0.0243	0.051	0.0353	0.0297	0.0163	0.0273	0.0163	0.0333	0.0199	0.0148	0.0199	0.0182
chr3RHet	1815466	1815630	chr3RHet:1815467-1815630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0318	0.0464	0.0308	0.0167	0.0329	0.0354	0.0817	0.0346	0.0329	0.029	0.0386	0.029	0.0248	0.0184	0.0116	0.0184	0.0167
chr3RHet	1823227	1823378	chr3RHet:1823228-1823378	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.039	0.0556	0.0355	0.0265	0.0447	0.0428	0.0506	0.0265	0.0652	0.064	0.0652	0.0519	0.0467	0.0368	0.0467	0.036
chr3RHet	1823455	1823658	chr3RHet:1823456-1823658	FBgn0263977	Tim17b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0941	0.081	0.1171	0.0834	0.052	0.0985	0.0835	0.0973	0.052	0.1498	0.1318	0.1498	0.1061	0.0896	0.0819	0.0896	0.0922
chr3RHet	1823927	1824135	chr3RHet:1823928-1824135	FBgn0263977	Tim17b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1652	0.1433	0.2009	0.1505	0.0954	0.1738	0.1406	0.1732	0.0954	0.2548	0.217	0.2548	0.2029	0.1531	0.156	0.1531	0.1866
chr3RHet	1824568	1824770	chr3RHet:1824569-1824770	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0976	0.1049	0.0984	0.0884	0.0976	0.1083	0.1254	0.1079	0.0976	0.1099	0.108	0.1099	0.1115	0.0965	0.0974	0.0965	0.1193
chr3RHet	1835943	1836094	chr3RHet:1835944-1836094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0292	0.0063	0.0042	0.0255	0.0112	0.0554	0.0286	0.0255	0.0036	0.009	0.0036	0.007	0.0023	0.0026	0.0023	0.0057
chr3RHet	1836201	1836389	chr3RHet:1836202-1836389	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0206	0.0491	0.0067	0.004	0.0498	0.0272	0.0817	0.044	0.0498	0.0066	0.0068	0.0066	0.0085	0.0038	0.0019	0.0038	0.0052
chr3RHet	1837442	1837593	chr3RHet:1837443-1837593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0105	0.0222	0.0056	0.0029	0.0053	0.0146	0.0446	0.0127	0.0053	0.0072	0.0074	0.0072	0.0031	8e-04	0.0039	8e-04	0.0026
chr3RHet	1837684	1837835	chr3RHet:1837685-1837835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0099	0.0189	0.0061	0.0039	0.0106	0.0121	0.035	0.014	0.0106	0.0054	0.0071	0.0054	0.0077	0.0023	0.0045	0.0023	0.0042
chr3RHet	1853056	1853207	chr3RHet:1853057-1853207	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0135	0.025	0.0089	0.0057	0.0117	0.0223	0.035	0.0293	0.0117	0.0072	0.0122	0.0072	0.0062	0.0061	0.0058	0.0061	0.0063
chr3RHet	1881474	1881625	chr3RHet:1881475-1881625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0111	0.0253	0.0049	0.0019	0.0286	0.0112	0.051	0.014	0.0286	0.0054	0.0045	0.0054	0.0054	0	0.0032	0	0.0021
chr3RHet	1892220	1892371	chr3RHet:1892221-1892371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0179	0.0282	0.0142	0.0106	0.0201	0.0155	0.0519	0.0253	0.0201	0.0139	0.0161	0.0139	0.0139	0.0061	0.0161	0.0061	0.0172
chr3RHet	1893971	1894122	chr3RHet:1893972-1894122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.03	0.0245	0.0156	0.0159	0.0282	0.0441	0.0326	0.0159	0.0175	0.0331	0.0175	0.0302	0.0168	0.0161	0.0168	0.0224
chr3RHet	1898200	1898744	chr3RHet:1898201-1898744	FBgn0086378	Alg-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1053	0.0978	0.1259	0.0911	0.0498	0.1078	0.1293	0.1026	0.0498	0.1341	0.1453	0.1341	0.1425	0.0873	0.1044	0.0873	0.1157
chr3RHet	1898819	1899252	chr3RHet:1898820-1899252	FBgn0086378	Alg-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1664	0.1457	0.1984	0.1544	0.087	0.1796	0.1527	0.1679	0.087	0.2089	0.2318	0.2089	0.2122	0.1524	0.1773	0.1524	0.1928
chr3RHet	1899378	1899734	chr3RHet:1899379-1899734	FBgn0086378	Alg-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0646	0.0933	0.0734	0.0392	0.0728	0.0718	0.0779	0.0392	0.0912	0.1154	0.0912	0.0991	0.0712	0.0838	0.0712	0.0907
chr3RHet	1900962	1901171	chr3RHet:1900963-1901171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.043	0.0406	0.0548	0.0327	0.0265	0.0417	0.0502	0.0473	0.0265	0.0435	0.0765	0.0435	0.0697	0.036	0.0361	0.036	0.0516
chr3RHet	1901386	1901537	chr3RHet:1901387-1901537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0187	0.028	0.0184	0.0085	0.017	0.0204	0.0476	0.0247	0.017	0.0115	0.026	0.0115	0.0201	0.0046	0.0103	0.0046	0.0156
chr3RHet	1926326	1926477	chr3RHet:1926327-1926477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0092	0.0196	0.0042	0.0031	0.0138	0.0141	0.0398	0.008	0.0138	0.0042	0.0055	0.0042	0.0031	0.0023	0.0052	0.0023	0.0031
chr3RHet	1934568	1934913	chr3RHet:1934569-1934913	FBgn0010247	Parp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0581	0.052	0.0675	0.0546	0.0308	0.051	0.0666	0.06	0.0308	0.0749	0.0801	0.0749	0.0728	0.0459	0.0683	0.0459	0.062
chr3RHet	1935020	1935269	chr3RHet:1935021-1935269	FBgn0010247	Parp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.0737	0.0952	0.0788	0.0467	0.0869	0.0753	0.0873	0.0467	0.0942	0.1196	0.0942	0.1053	0.0613	0.0928	0.0613	0.1058
chr3RHet	1935281	1935730	chr3RHet:1935282-1935730	FBgn0010247	Parp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0915	0.0779	0.1131	0.0831	0.0329	0.0937	0.0839	0.0979	0.0329	0.1286	0.135	0.1286	0.1123	0.0842	0.0974	0.0842	0.1146
chr3RHet	1939582	1939733	chr3RHet:1939583-1939733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0269	0.0159	0.0086	0.0212	0.0184	0.0493	0.014	0.0212	0.0115	0.0206	0.0115	0.0132	0.0054	0.0084	0.0054	0.012
chr3RHet	1949601	1949752	chr3RHet:1949602-1949752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0253	0.0115	0.0095	0.0265	0.0146	0.0428	0.0233	0.0265	0.0097	0.0145	0.0097	0.0147	0.0084	0.0084	0.0084	0.0156
chr3RHet	1979756	1979939	chr3RHet:1979757-1979939	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0279	0.0571	0.0135	0.0111	0.0615	0.0209	0.1129	0.0453	0.0615	0.0236	0.0129	0.0236	0.017	0.0268	0.0084	0.0268	0.0078
chr3RHet	1980571	1980729	chr3RHet:1980572-1980729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0176	0.0398	0.0071	0.0045	0.0392	0.0107	0.0904	0.02	0.0392	0.0097	0.0058	0.0097	0.0108	0.0061	0.0064	0.0061	0.0026
chr3RHet	1980874	1981025	chr3RHet:1980875-1981025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0114	0.0228	0.0069	0.0038	0.0117	0.0083	0.0519	0.0167	0.0117	0.0048	0.008	0.0048	0.0108	0.0061	0.0039	0.0061	0.0042
chr3RHet	1999229	1999427	chr3RHet:1999230-1999427	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0295	0.0695	0.0105	0.0057	0.0594	0.0388	0.1324	0.0493	0.0594	0.0109	0.0116	0.0109	0.0155	0.0038	0.0077	0.0038	0.0047
chr3RHet	2000787	2000938	chr3RHet:2000788-2000938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0139	0.0259	0.0079	0.0071	0.0191	0.0126	0.0519	0.02	0.0191	0.006	0.0093	0.006	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0073
chr3RHet	2029766	2029917	chr3RHet:2029767-2029917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.011	0.0196	0.0067	0.0063	0.0148	0.0068	0.0433	0.0127	0.0148	0.0072	0.0061	0.0072	0.0101	0.0092	0.0052	0.0092	0.0089
chr3RHet	2100320	2100507	chr3RHet:2100321-2100507	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0222	0.0552	0.0062	0.0028	0.0329	0.0189	0.1332	0.028	0.0329	0.0079	0.0055	0.0079	0.0077	0.0054	0.0019	0.0054	0.0031
chr3RHet	2107106	2107303	chr3RHet:2107107-2107303	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1183	0.1138	0.1418	0.0976	0.0668	0.1223	0.1375	0.1233	0.0668	0.1606	0.1605	0.1606	0.1448	0.1049	0.0999	0.1049	0.1016
chr3RHet	2123339	2123490	chr3RHet:2123340-2123490	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0152	0.03	0.0102	0.004	0.0223	0.0228	0.0471	0.026	0.0223	0.0097	0.0125	0.0097	0.0116	0.0031	0.0052	0.0031	0.0057
chr3RHet	2126181	2126332	chr3RHet:2126182-2126332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0114	0.0218	0.0071	0.0045	0.0117	0.0136	0.0389	0.0193	0.0117	0.0079	0.0093	0.0079	0.0046	0.0069	0.0071	0.0069	0.0031
chr3RHet	2126385	2126578	chr3RHet:2126386-2126578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0128	0.0258	0.0063	0.0053	0.018	0.0165	0.0454	0.0193	0.018	0.0097	0.0071	0.0097	0.0039	0.0123	0.0058	0.0123	0.0047
chr3RHet	2183985	2184179	chr3RHet:2183986-2184179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0293	0.0666	0.0123	0.0063	0.0604	0.0345	0.1246	0.048	0.0604	0.0109	0.0135	0.0109	0.0201	0.0038	0.0077	0.0038	0.0068
chr3RHet	2210448	2210599	chr3RHet:2210449-2210599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0118	0.0259	0.0051	0.0033	0.0201	0.0112	0.0484	0.0227	0.0201	0.0042	0.0048	0.0042	0.0085	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr3RHet	2210737	2210946	chr3RHet:2210738-2210946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0163	0.0405	0.0038	0.0031	0.0424	0.0194	0.0731	0.034	0.0424	0.0048	0.0039	0.0048	0.0046	0.0046	0.0026	0.0046	0.0021
chr3RHet	2282464	2282615	chr3RHet:2282465-2282615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0109	0.0199	0.0084	0.0036	0.0095	0.0121	0.0415	0.0107	0.0095	0.0091	0.01	0.0091	0.0085	0.0046	0.0039	0.0046	0.0036
chr3RHet	2341727	2341878	chr3RHet:2341728-2341878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0155	0.0363	0.0057	0.0031	0.0276	0.0165	0.0757	0.026	0.0276	0.0054	0.0064	0.0054	0.0077	0.0031	0.0013	0.0031	0.0042
chr3RHet	2346630	2346781	chr3RHet:2346631-2346781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0141	0.0259	0.0131	0.0019	0.0244	0.0165	0.0476	0.0193	0.0244	0.0127	0.0186	0.0127	0.0093	0.0015	0.0019	0.0015	0.0026
chr3RHet	2349057	2349208	chr3RHet:2349058-2349208	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0333	0.0341	0.0382	0.027	0.0223	0.0316	0.0446	0.044	0.0223	0.0441	0.0431	0.0441	0.0442	0.023	0.0316	0.023	0.0297
chr3RHet	2349246	2349460	chr3RHet:2349247-2349460	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0654	0.0677	0.0713	0.0564	0.053	0.0597	0.0835	0.0873	0.053	0.0803	0.0839	0.0803	0.0775	0.0528	0.0496	0.0528	0.0683
chr3RHet	2349580	2349922	chr3RHet:2349581-2349922	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0655	0.0669	0.0753	0.0531	0.0541	0.0612	0.0869	0.072	0.0541	0.0839	0.082	0.0839	0.093	0.0329	0.0561	0.0329	0.0631
chr3RHet	2349983	2350134	chr3RHet:2349984-2350134	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0232	0.0259	0.0167	0.0138	0.0184	0.0398	0.018	0.0138	0.038	0.0248	0.038	0.0325	0.0107	0.0206	0.0107	0.0203
chr3RHet	2352997	2353148	chr3RHet:2352998-2353148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0176	0.0209	0.0212	0.0099	0.0053	0.0214	0.0337	0.018	0.0053	0.0079	0.017	0.0079	0.0635	0.0077	0.0116	0.0077	0.0162
chr3RHet	2365516	2365667	chr3RHet:2365517-2365667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0122	0.0105	0.014	0.0121	0.0042	0.0087	0.0173	0.0087	0.0042	0.0115	0.0109	0.0115	0.0411	0.0046	0.0135	0.0046	0.0229
chr3RHet	2374270	2374421	chr3RHet:2374271-2374421	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0176	0.01	0.0113	0.0331	0.0032	0.0097	0.0151	0.012	0.0032	0.0085	0.0122	0.0085	0.0155	0.0176	0.0258	0.0176	0.0297
chr3RHet	2378368	2378572	chr3RHet:2378369-2378572	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0874	0.0673	0.0919	0.105	0.0392	0.0728	0.0848	0.0766	0.0392	0.0876	0.1048	0.0876	0.1278	0.0789	0.1406	0.0789	0.1204
chr3RHet	2380381	2380532	chr3RHet:2380382-2380532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.009	0.0124	0.0256	0.0032	0.0102	0.0134	0.008	0.0032	0.0127	0.0138	0.0127	0.007	0.0069	0.009	0.0069	0.0057
chr3RHet	2380724	2380875	chr3RHet:2380725-2380875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0079	0.0102	0.0114	0.0032	0.0102	0.0112	0.0047	0.0032	0.0151	0.0096	0.0151	0.0085	0.0031	0.0058	0.0031	0.0036
chr3RHet	2446336	2446487	chr3RHet:2446337-2446487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0086	0.0165	0.0192	0.0032	0.0058	0.016	0.0073	0.0032	0.0169	0.0145	0.0169	0.0232	0.0077	0.0097	0.0077	0.0188
chr3RHet	2471347	2471527	chr3RHet:2471348-2471527	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0171	0.0223	0.0251	0.0085	0.0112	0.0255	0.0213	0.0085	0.0079	0.0428	0.0079	0.0124	0.0031	0.0883	0.0031	0.0099
chr3RHet	2474128	2474324	chr3RHet:2474129-2474324	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0312	0.0161	0.0308	0.0486	0.0064	0.0092	0.0316	0.0153	0.0064	0.0163	0.0492	0.0163	0.0341	0.0084	0.1625	0.0084	0.0287
chr3RHet	2474617	2474768	chr3RHet:2474618-2474768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0117	0.0206	0.028	0.0085	0.0087	0.0208	0.01	0.0085	0.0145	0.0331	0.0145	0.0194	0.0077	0.0961	0.0077	0.0135
chr3RHet	2505018	2505169	chr3RHet:2505019-2505169	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.009	0.0105	0.0104	0.0042	0.0073	0.0138	0.008	0.0042	0.0103	0.0161	0.0103	0.007	0.0023	0.0342	0.0023	0.0057
chr3RHet	2505927	2506078	chr3RHet:2505928-2506078	FBgn0058198	CG40198	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0142	0.0179	0.0182	0.0053	0.0131	0.0225	0.0147	0.0053	0.0121	0.0244	0.0121	0.0232	0.0054	0.0322	0.0054	0.0208
chr3RHet	2513915	2514066	chr3RHet:2513916-2514066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.0127	0.0074	0.0152	0.0042	0.0121	0.0221	0.0093	0.0042	0.0072	0.0068	0.0072	0.0139	0.0031	0.0097	0.0031	0.0375
chr4	62147	62325	chr4:62148-62325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0724	0.0464	0.0288	0.0562	0.0612	0.1246	0.0446	0.0562	0.0634	0.0437	0.0634	0.055	0.0368	0.0342	0.0368	0.0323
chr4	63119	63270	chr4:63120-63270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0623	0.0539	0.0408	0.0308	0.0733	0.0796	0.0646	0.0308	0.0688	0.0588	0.0688	0.0527	0.0636	0.0368	0.0636	0.0542
chr4	63524	63754	chr4:63525-63754	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0941	0.1018	0.1013	0.0776	0.0604	0.1102	0.1267	0.1159	0.0604	0.131	0.1077	0.131	0.0937	0.0743	0.0935	0.0743	0.1001
chr4	63847	64105	chr4:63848-64105	FBgn0025740	plexB	stage11,stage14,stage5	none	VT51446.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1148	0.1142	0.1292	0.0998	0.0742	0.1223	0.1328	0.1332	0.0742	0.151	0.1412	0.151	0.1224	0.108	0.0993	0.108	0.136
chr4	64331	64524	chr4:64332-64524	FBgn0025740	plexB	stage11,stage14,stage5	none	VT51446.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1729	0.1564	0.2114	0.149	0.1198	0.1762	0.1708	0.1719	0.1198	0.2397	0.2367	0.2397	0.2107	0.1723	0.1483	0.1723	0.1829
chr4	65386	65817	chr4:65387-65817	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1654	0.1917	0.1803	0.1198	0.1432	0.2078	0.2102	0.2258	0.1432	0.1902	0.2177	0.1902	0.1704	0.1118	0.1399	0.1118	0.1428
chr4	67204	67384	chr4:67205-67384	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.1023	0.0675	0.0448	0.1007	0.0898	0.1168	0.1239	0.1007	0.0942	0.0868	0.0942	0.0519	0.0597	0.0458	0.0597	0.0568
chr4	70149	70300	chr4:70150-70300	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.072	0.0412	0.0224	0.0562	0.0539	0.09	0.0966	0.0562	0.058	0.055	0.058	0.0294	0.0314	0.0258	0.0314	0.0287
chr4	76962	77214	chr4:76963-77214	FBgn0004859,FBgn0264617	CR43957,ci	stage11,stage14,stage5	none	ci_1.2prx	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2434	0.2744	0.2722	0.1771	0.2503	0.301	0.2729	0.3251	0.2503	0.3901	0.3122	0.3901	0.2595	0.2511	0.2076	0.2511	0.2449
chr4	77428	77680	chr4:77429-77680	FBgn0004859,FBgn0264617	CR43957,ci	none	none	ci_1.2prx	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.109	0.1271	0.125	0.0712	0.0965	0.1427	0.1514	0.1292	0.0965	0.1473	0.1376	0.1473	0.127	0.0911	0.0703	0.0911	0.0912
chr4	79565	79880	chr4:79566-79880	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT51452.1,ci_1.3dis	VT51452.1,ci_1.3dis	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2794	0.3478	0.2929	0.1883	0.3457	0.368	0.3711	0.3844	0.3457	0.401	0.327	0.401	0.2541	0.2381	0.2025	0.2381	0.209
chr4	80673	81045	chr4:80674-81045	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT51452.1,ci_1.3dis	VT51452.1,ci_1.3dis	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.202	0.2021	0.2358	0.1647	0.1622	0.2126	0.2228	0.2412	0.1622	0.3098	0.2871	0.3098	0.1905	0.1769	0.2141	0.1769	0.1965
chr4	81157	81410	chr4:81158-81410	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT51452.1	VT51452.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1346	0.1476	0.1443	0.1096	0.123	0.1617	0.1838	0.1399	0.123	0.1963	0.1582	0.1963	0.141	0.1309	0.1244	0.1309	0.1277
chr4	87359	87587	chr4:87360-87587	FBgn0017545	RpS3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1046	0.1082	0.1223	0.081	0.0774	0.1131	0.1375	0.1133	0.0774	0.1516	0.1309	0.1516	0.1301	0.072	0.0935	0.072	0.1058
chr4	87782	87982	chr4:87783-87982	FBgn0017545	RpS3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2117	0.2029	0.2471	0.1828	0.1559	0.2306	0.234	0.2199	0.1559	0.3074	0.2653	0.3074	0.2332	0.1983	0.1986	0.1983	0.2204
chr4	88985	89136	chr4:88986-89136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.07	0.0734	0.0803	0.055	0.052	0.0714	0.0835	0.0879	0.052	0.0864	0.0977	0.0864	0.0852	0.0582	0.0574	0.0582	0.0599
chr4	89271	89630	chr4:89272-89630	FBgn0085432	pan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3154	0.3065	0.3553	0.2814	0.2333	0.3369	0.3482	0.3331	0.2333	0.407	0.3952	0.407	0.3447	0.307	0.3108	0.307	0.3262
chr4	89883	90060	chr4:89884-90060	FBgn0085432	pan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1974	0.1882	0.2207	0.1823	0.1453	0.2083	0.2171	0.2032	0.1453	0.2566	0.2457	0.2566	0.2502	0.1975	0.2308	0.1975	0.223
chr4	90183	90391	chr4:90184-90391	FBgn0085432	pan	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1843	0.1761	0.2066	0.1689	0.1379	0.1908	0.2072	0.1952	0.1379	0.2264	0.2408	0.2264	0.2471	0.209	0.2153	0.209	0.234
chr4	90463	90632	chr4:90464-90632	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0972	0.1029	0.1112	0.0753	0.0774	0.1044	0.1306	0.1079	0.0774	0.1341	0.128	0.1341	0.1115	0.0804	0.1064	0.0804	0.0969
chr4	90757	90962	chr4:90758-90962	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1511	0.1791	0.1693	0.0997	0.1368	0.1733	0.2145	0.2112	0.1368	0.2053	0.201	0.2053	0.1634	0.16	0.1231	0.16	0.1079
chr4	90987	91200	chr4:90988-91200	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1317	0.1993	0.1232	0.0655	0.21	0.1398	0.2751	0.2125	0.21	0.1208	0.1653	0.1208	0.1247	0.0858	0.0986	0.0858	0.0657
chr4	93742	93998	chr4:93743-93998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0715	0.1122	0.0675	0.0305	0.1124	0.0728	0.1639	0.1139	0.1124	0.0477	0.1061	0.0477	0.0496	0.0291	0.0464	0.0291	0.0328
chr4	95938	96313	chr4:95939-96313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0572	0.0874	0.0519	0.0292	0.0764	0.0578	0.1306	0.0893	0.0764	0.0477	0.0627	0.0477	0.0411	0.0345	0.0271	0.0345	0.0349
chr4	96435	96593	chr4:96436-96593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0343	0.0464	0.0311	0.0242	0.0392	0.035	0.0714	0.0386	0.0392	0.026	0.0299	0.026	0.0256	0.0214	0.0129	0.0214	0.0224
chr4	96709	96860	chr4:96710-96860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0229	0.0312	0.0188	0.0182	0.0424	0.0189	0.0437	0.032	0.0424	0.0169	0.0251	0.0169	0.0155	0.0245	0.0123	0.0245	0.0167
chr4	96917	97083	chr4:96918-97083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.028	0.0329	0.0253	0.0256	0.0392	0.0291	0.0433	0.032	0.0392	0.0205	0.0273	0.0205	0.0248	0.0276	0.02	0.0276	0.0188
chr4	103069	103220	chr4:103070-103220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.018	0.026	0.0162	0.011	0.0191	0.0131	0.045	0.0266	0.0191	0.0121	0.0203	0.0121	0.0217	0.0107	0.0064	0.0107	0.0182
chr4	103683	103834	chr4:103684-103834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0242	0.031	0.0254	0.0152	0.0212	0.0199	0.0493	0.034	0.0212	0.0236	0.0235	0.0236	0.017	0.0161	0.0168	0.0161	0.0141
chr4	103892	104100	chr4:103893-104100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0383	0.0469	0.0405	0.0265	0.0361	0.0335	0.0727	0.048	0.0361	0.0266	0.0334	0.0266	0.0217	0.0161	0.0226	0.0161	0.0266
chr4	104694	104859	chr4:104695-104859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0226	0.0237	0.0223	0.0159	0.0194	0.0333	0.0207	0.0159	0.0145	0.0199	0.0145	0.0116	0.0084	0.0135	0.0084	0.0188
chr4	105589	105875	chr4:105590-105875	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0538	0.0584	0.0566	0.0454	0.0467	0.0451	0.0978	0.0513	0.0467	0.0356	0.0531	0.0356	0.0387	0.0283	0.0342	0.0283	0.0354
chr4	106325	106476	chr4:106326-106476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0374	0.0217	0.0152	0.0265	0.0223	0.0649	0.0353	0.0265	0.0217	0.028	0.0217	0.0201	0.0161	0.0148	0.0161	0.0188
chr4	108032	108196	chr4:108033-108196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0438	0.0513	0.0338	0.0464	0.0445	0.0335	0.0926	0.0333	0.0445	0.0296	0.0334	0.0296	0.0263	0.0444	0.0232	0.0444	0.0302
chr4	110409	110818	chr4:110410-110818	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1133	0.1046	0.1244	0.1108	0.0657	0.1068	0.1423	0.1026	0.0657	0.1431	0.1421	0.1431	0.117	0.1263	0.1257	0.1263	0.1162
chr4	110854	111102	chr4:110855-111102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.058	0.0688	0.0561	0.0479	0.0668	0.0553	0.1012	0.0613	0.0668	0.07	0.0605	0.07	0.0449	0.0482	0.0374	0.0482	0.0443
chr4	112722	113020	chr4:112723-113020	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0523	0.0773	0.0481	0.029	0.0679	0.067	0.1086	0.0746	0.0679	0.0574	0.0508	0.0574	0.0674	0.0276	0.0297	0.0276	0.038
chr4	113064	113292	chr4:113065-113292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0517	0.0754	0.0475	0.0299	0.0679	0.0636	0.1003	0.0813	0.0679	0.0574	0.0514	0.0574	0.0589	0.0199	0.0316	0.0199	0.0443
chr4	113372	113625	chr4:113373-113625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0467	0.067	0.0448	0.0262	0.0647	0.051	0.1003	0.068	0.0647	0.0423	0.0527	0.0423	0.0604	0.0184	0.04	0.0184	0.0334
chr4	113647	113876	chr4:113648-113876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0394	0.0583	0.036	0.022	0.0573	0.0422	0.0921	0.0506	0.0573	0.029	0.0457	0.029	0.048	0.0207	0.0368	0.0207	0.0261
chr4	114341	114492	chr4:114342-114492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0234	0.0384	0.0204	0.0099	0.0445	0.0194	0.0666	0.03	0.0445	0.0175	0.0286	0.0175	0.0194	0.0077	0.011	0.0077	0.012
chr4	114595	114746	chr4:114596-114746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0425	0.0204	0.0131	0.0456	0.0252	0.0709	0.0346	0.0456	0.0181	0.0248	0.0181	0.0263	0.0115	0.0161	0.0115	0.0146
chr4	119997	120148	chr4:119998-120148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0343	0.015	0.0125	0.0318	0.0209	0.0541	0.036	0.0318	0.0115	0.0167	0.0115	0.0194	0.0184	0.0097	0.0184	0.0125
chr4	121480	122664	chr4:121481-122664	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1232	0.1707	0.0991	0.0966	0.1538	0.132	0.2266	0.1739	0.1538	0.0966	0.1241	0.0966	0.1077	0.1409	0.1057	0.1409	0.1094
chr4	122909	123060	chr4:122910-123060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.027	0.0395	0.0203	0.0203	0.0329	0.0311	0.0601	0.0366	0.0329	0.0175	0.027	0.0175	0.0217	0.0337	0.0142	0.0337	0.0229
chr4	124733	124884	chr4:124734-124884	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0332	0.0254	0.0203	0.0297	0.0228	0.048	0.032	0.0297	0.0169	0.0354	0.0169	0.0225	0.0207	0.029	0.0207	0.0266
chr4	126479	126630	chr4:126480-126630	distal	distal	none	none	VT51473.1	VT51473.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0328	0.0442	0.0306	0.0224	0.0297	0.0383	0.064	0.0386	0.0297	0.0205	0.0334	0.0205	0.0496	0.023	0.0174	0.023	0.0255
chr4	127742	127893	chr4:127743-127893	distal	distal	none	none	VT51473.1	VT51473.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0439	0.0218	0.0163	0.0424	0.0248	0.0666	0.0453	0.0424	0.0236	0.0257	0.0236	0.0232	0.0191	0.0123	0.0191	0.0224
chr4	128298	128476	chr4:128299-128476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.038	0.0261	0.0205	0.0276	0.0233	0.0588	0.034	0.0276	0.0229	0.0318	0.0229	0.024	0.0176	0.0161	0.0176	0.0318
chr4	128848	128999	chr4:128849-128999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.024	0.0363	0.0187	0.0162	0.0255	0.0267	0.0515	0.038	0.0255	0.0163	0.0238	0.0163	0.017	0.0145	0.0187	0.0145	0.024
chr4	132355	132560	chr4:132356-132560	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0381	0.0658	0.028	0.0181	0.0657	0.0461	0.1012	0.054	0.0657	0.0163	0.0386	0.0163	0.0356	0.0161	0.0226	0.0161	0.025
chr4	134657	135056	chr4:134658-135056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0625	0.0682	0.0642	0.0542	0.0445	0.0631	0.0804	0.0806	0.0445	0.0574	0.0814	0.0574	0.0798	0.0689	0.0535	0.0689	0.0839
chr4	135227	135459	chr4:135228-135459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.039	0.0442	0.0379	0.0344	0.0276	0.0427	0.0549	0.0446	0.0276	0.0284	0.0463	0.0284	0.0527	0.049	0.0355	0.049	0.0427
chr4	136149	136300	chr4:136150-136300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0229	0.0229	0.0251	0.0205	0.0148	0.018	0.0277	0.0286	0.0148	0.0236	0.0338	0.0236	0.0279	0.0191	0.0277	0.0191	0.0271
chr4	136398	136549	chr4:136399-136549	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0265	0.0297	0.0287	0.0205	0.0201	0.0267	0.0372	0.034	0.0201	0.0229	0.0412	0.0229	0.0279	0.0214	0.0232	0.0214	0.0313
chr4	136567	136718	chr4:136568-136718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0257	0.029	0.0277	0.0199	0.018	0.0291	0.0372	0.032	0.018	0.0229	0.0383	0.0229	0.0279	0.0276	0.0193	0.0276	0.0245
chr4	137701	137852	chr4:137702-137852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0259	0.034	0.0231	0.0198	0.0201	0.0248	0.0523	0.034	0.0201	0.0205	0.028	0.0205	0.0271	0.0306	0.0168	0.0306	0.0271
chr4	137979	138200	chr4:137980-138200	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0342	0.051	0.0287	0.0216	0.0477	0.0393	0.0753	0.0413	0.0477	0.0254	0.036	0.0254	0.031	0.0245	0.0168	0.0245	0.0349
chr4	139244	139395	chr4:139245-139395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0374	0.0268	0.0207	0.0233	0.0316	0.0597	0.034	0.0233	0.0302	0.0318	0.0302	0.0279	0.0276	0.0148	0.0276	0.0245
chr4	149539	149690	chr4:149540-149690	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.0643	0.0717	0.0589	0.0371	0.0782	0.0727	0.068	0.0371	0.0821	0.0846	0.0821	0.0666	0.0666	0.0567	0.0666	0.074
chr4	149704	150041	chr4:149705-150041	FBgn0011747	Ank	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1407	0.1329	0.1563	0.1322	0.0732	0.1558	0.1574	0.1412	0.0732	0.1836	0.173	0.1836	0.1379	0.1554	0.1386	0.1554	0.1574
chr4	150313	150505	chr4:150314-150505	FBgn0011747	Ank	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1404	0.122	0.1689	0.1296	0.0774	0.1519	0.1211	0.1412	0.0774	0.195	0.1887	0.195	0.1603	0.1409	0.1354	0.1409	0.1605
chr4	150625	150776	chr4:150626-150776	FBgn0011747	Ank	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0654	0.1006	0.0635	0.0329	0.0854	0.0606	0.0873	0.0329	0.1238	0.1158	0.1238	0.0868	0.0743	0.0729	0.0743	0.0766
chr4	151282	151488	chr4:151283-151488	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0735	0.0785	0.0953	0.044	0.053	0.0825	0.0804	0.1006	0.053	0.0972	0.1141	0.0972	0.103	0.0436	0.0445	0.0436	0.0636
chr4	152656	152913	chr4:152657-152913	FBgn0052000	CG32000	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.2287	0.2223	0.2665	0.1944	0.1877	0.2413	0.2362	0.2592	0.1877	0.34	0.2871	0.34	0.2486	0.2481	0.1773	0.2481	0.2319
chr4	152969	153166	chr4:152970-153166	FBgn0052000,FBgn0264616	CG32000,CR43956	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.124	0.1266	0.1383	0.1054	0.1092	0.1432	0.1367	0.1432	0.1092	0.1745	0.1473	0.1745	0.1348	0.1447	0.1051	0.1447	0.1131
chr4	153282	153436	chr4:153283-153436	FBgn0052000,FBgn0264616	CG32000,CR43956	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0751	0.0803	0.0575	0.0498	0.0864	0.0783	0.0939	0.0498	0.087	0.0926	0.087	0.0806	0.0681	0.0671	0.0681	0.0662
chr4	156647	156892	chr4:156648-156892	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0752	0.0801	0.0687	0.0769	0.0657	0.0845	0.1107	0.062	0.0657	0.0652	0.0768	0.0652	0.0868	0.1325	0.0587	0.1325	0.1152
chr4	156937	157188	chr4:156938-157188	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.05	0.049	0.0471	0.0543	0.0308	0.0471	0.0701	0.0466	0.0308	0.0453	0.0479	0.0453	0.0697	0.0674	0.0509	0.0674	0.0907
chr4	157587	157738	chr4:157588-157738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0344	0.0395	0.035	0.028	0.0233	0.035	0.0458	0.0593	0.0233	0.0296	0.0489	0.0296	0.0318	0.0253	0.0393	0.0253	0.038
chr4	157900	158175	chr4:157901-158175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0664	0.043	0.0295	0.0594	0.0505	0.0947	0.0686	0.0594	0.0386	0.0518	0.0386	0.0426	0.0383	0.0303	0.0383	0.0406
chr4	158534	158685	chr4:158535-158685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0389	0.0283	0.0216	0.0212	0.0243	0.0675	0.0366	0.0212	0.0368	0.0293	0.0368	0.0256	0.0283	0.0232	0.0283	0.0255
chr4	159652	159806	chr4:159653-159806	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0543	0.0326	0.0177	0.0477	0.0374	0.0856	0.0486	0.0477	0.0368	0.0367	0.0368	0.0333	0.0214	0.0174	0.0214	0.024
chr4	160072	160223	chr4:160073-160223	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.04	0.0269	0.0156	0.0276	0.0291	0.0627	0.036	0.0276	0.0272	0.0325	0.0272	0.0302	0.0237	0.0123	0.0237	0.0219
chr4	164392	164543	chr4:164393-164543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0262	0.0261	0.021	0.0106	0.0272	0.0368	0.028	0.0106	0.0302	0.0328	0.0302	0.0248	0.0314	0.0174	0.0314	0.0307
chr4	164630	164781	chr4:164631-164781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0222	0.0251	0.0191	0.0095	0.0218	0.0307	0.0266	0.0095	0.0217	0.0341	0.0217	0.0294	0.0245	0.0129	0.0245	0.0276
chr4	171046	171389	chr4:171047-171389	FBgn0052006	CG32006	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0445	0.0613	0.0404	0.0304	0.0244	0.0534	0.0839	0.0793	0.0244	0.0272	0.055	0.0272	0.0287	0.0138	0.0335	0.0138	0.0208
chr4	176706	176877	chr4:176707-176877	FBgn0051997	CG31997	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0253	0.0292	0.0188	0.0283	0.0255	0.0218	0.0415	0.026	0.0255	0.0163	0.0215	0.0163	0.0248	0.0168	0.0561	0.0168	0.0344
chr4	177401	177552	chr4:177402-177552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0246	0.029	0.0228	0.0217	0.0148	0.0238	0.0446	0.0306	0.0148	0.0229	0.0257	0.0229	0.0287	0.0237	0.0181	0.0237	0.036
chr4	178690	178841	chr4:178691-178841	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0246	0.0361	0.0174	0.0196	0.0201	0.0306	0.051	0.0346	0.0201	0.0133	0.0199	0.0133	0.0217	0.0199	0.0213	0.0199	0.0224
chr4	180026	180220	chr4:180027-180220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0354	0.0622	0.0268	0.0149	0.035	0.0515	0.0865	0.0686	0.035	0.032	0.0322	0.032	0.0287	0.0222	0.0142	0.0222	0.0188
chr4	181746	181913	chr4:181747-181913	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0433	0.0573	0.0416	0.0294	0.0371	0.0631	0.0593	0.0686	0.0371	0.0543	0.0492	0.0543	0.0418	0.0383	0.0335	0.0383	0.0401
chr4	182109	182292	chr4:182110-182292	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0453	0.0608	0.044	0.0292	0.0424	0.0617	0.0701	0.072	0.0424	0.0543	0.0527	0.0543	0.0403	0.0398	0.0355	0.0398	0.0339
chr4	188012	188763	chr4:188013-188763	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0839	0.1013	0.0777	0.0713	0.0679	0.1029	0.1319	0.1006	0.0679	0.0531	0.1093	0.0531	0.0689	0.0436	0.1115	0.0436	0.0844
chr4	191665	191917	chr4:191666-191917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0386	0.0401	0.0404	0.0348	0.0233	0.0364	0.058	0.0413	0.0233	0.0296	0.0624	0.0296	0.0318	0.0199	0.0741	0.0199	0.0349
chr4	192763	192914	chr4:192764-192914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0232	0.0175	0.0219	0.0106	0.0223	0.0342	0.02	0.0106	0.0169	0.0228	0.0169	0.0178	0.013	0.0342	0.013	0.0328
chr4	193156	193307	chr4:193157-193307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0201	0.0222	0.019	0.0189	0.0117	0.0228	0.0316	0.0247	0.0117	0.0175	0.0241	0.0175	0.0194	0.0145	0.0232	0.0145	0.0318
chr4	195110	195261	chr4:195111-195261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0214	0.0231	0.0187	0.0227	0.0117	0.0184	0.0285	0.0306	0.0117	0.0127	0.027	0.0127	0.0232	0.013	0.0554	0.013	0.0167
chr4	195736	195887	chr4:195737-195887	FBgn0053978	CG33978	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0276	0.0237	0.0232	0.0366	0.0138	0.0223	0.0337	0.0247	0.0138	0.0169	0.0331	0.0169	0.0232	0.0222	0.0767	0.0222	0.038
chr4	196164	196315	chr4:196165-196315	FBgn0053978	CG33978	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0237	0.0189	0.022	0.0309	0.0064	0.017	0.0247	0.0233	0.0064	0.0169	0.0305	0.0169	0.0217	0.0161	0.0677	0.0161	0.0307
chr4	199328	199479	chr4:199329-199479	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.056	0.0598	0.0365	0.0371	0.0524	0.0597	0.0753	0.0371	0.0616	0.0704	0.0616	0.0542	0.0291	0.04	0.0291	0.0401
chr4	199652	199872	chr4:199653-199872	FBgn0039889	CG2219	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1137	0.1115	0.1362	0.0915	0.0795	0.1214	0.122	0.1246	0.0795	0.1564	0.1453	0.1564	0.1433	0.0896	0.0999	0.0896	0.1084
chr4	199991	200179	chr4:199992-200179	FBgn0039889	CG2219	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1671	0.1535	0.1948	0.1519	0.1251	0.1767	0.1592	0.1732	0.1251	0.2494	0.2161	0.2494	0.1975	0.1654	0.1522	0.1654	0.1933
chr4	200323	200545	chr4:200324-200545	FBgn0039889	CG2219	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0862	0.0982	0.0712	0.0753	0.0888	0.0982	0.0966	0.0753	0.1081	0.1167	0.1081	0.1038	0.0735	0.0806	0.0735	0.0844
chr4	200604	200818	chr4:200605-200818	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0626	0.0803	0.066	0.0509	0.0689	0.0714	0.0693	0.0509	0.0785	0.0984	0.0785	0.0829	0.0681	0.0812	0.0681	0.0766
chr4	200820	200971	chr4:200821-200971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.0511	0.0588	0.0467	0.035	0.0515	0.058	0.0693	0.035	0.058	0.072	0.058	0.0612	0.0413	0.0574	0.0413	0.0532
chr4	201430	201620	chr4:201431-201620	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0954	0.111	0.0911	0.0826	0.0732	0.1194	0.1215	0.1226	0.0732	0.0785	0.1068	0.0785	0.1115	0.0758	0.0877	0.0758	0.1152
chr4	201745	201896	chr4:201746-201896	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0512	0.0576	0.0414	0.0549	0.0308	0.0602	0.074	0.0586	0.0308	0.029	0.045	0.029	0.0658	0.0406	0.0567	0.0406	0.0865
chr4	202363	202574	chr4:202364-202574	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.1352	0.083	0.0799	0.1103	0.1374	0.1531	0.1572	0.1103	0.0954	0.0965	0.0954	0.0922	0.0926	0.0922	0.0926	0.1199
chr4	212888	213039	chr4:212889-213039	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0436	0.0496	0.0471	0.033	0.0297	0.0505	0.0696	0.048	0.0297	0.0453	0.0556	0.0453	0.0488	0.0337	0.0251	0.0337	0.0516
chr4	213098	213367	chr4:213099-213367	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0741	0.0761	0.0846	0.0603	0.0488	0.0782	0.0995	0.0819	0.0488	0.0948	0.1	0.0948	0.072	0.0681	0.0554	0.0681	0.0761
chr4	213472	213695	chr4:213473-213695	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0652	0.0591	0.0753	0.061	0.0361	0.0689	0.0649	0.07	0.0361	0.0894	0.0904	0.0894	0.0558	0.085	0.0613	0.085	0.0672
chr4	213755	213926	chr4:213756-213926	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0695	0.0627	0.0759	0.0702	0.0467	0.0733	0.0727	0.0673	0.0467	0.093	0.0862	0.093	0.0635	0.0796	0.0696	0.0796	0.0907
chr4	214040	214259	chr4:214041-214259	FBgn0039890	CG2316	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1162	0.0985	0.1352	0.1153	0.0604	0.1131	0.1112	0.1113	0.0604	0.1679	0.1508	0.1679	0.1278	0.1248	0.118	0.1248	0.147
chr4	214396	214594	chr4:214397-214594	FBgn0039890	CG2316	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1431	0.1306	0.1695	0.1281	0.0901	0.1481	0.1475	0.1446	0.0901	0.1878	0.1949	0.1878	0.1681	0.1462	0.1225	0.1462	0.1641
chr4	214749	214916	chr4:214750-214916	FBgn0039890	CG2316	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0653	0.0659	0.0736	0.0554	0.0403	0.0752	0.0757	0.074	0.0403	0.0797	0.0871	0.0797	0.0813	0.062	0.0683	0.062	0.0636
chr4	219994	220156	chr4:219995-220156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0348	0.0439	0.0372	0.0221	0.0339	0.0413	0.0597	0.0453	0.0339	0.0399	0.0453	0.0399	0.0325	0.0322	0.0193	0.0322	0.0234
chr4	220184	220335	chr4:220185-220335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0356	0.045	0.0378	0.0227	0.0308	0.0383	0.0631	0.0426	0.0308	0.0441	0.0424	0.0441	0.0356	0.0283	0.0193	0.0283	0.0297
chr4	221015	221166	chr4:221016-221166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0354	0.0455	0.0377	0.0216	0.0318	0.0369	0.0588	0.05	0.0318	0.0465	0.0479	0.0465	0.0279	0.0291	0.0232	0.0291	0.0281
chr4	226275	226449	chr4:226276-226449	FBgn0051998	CG31998	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.1074	0.1234	0.0916	0.0753	0.1223	0.1181	0.1252	0.0753	0.1552	0.1424	0.1552	0.0914	0.1095	0.0928	0.1095	0.0974
chr4	226542	226721	chr4:226543-226721	FBgn0051998	CG31998	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1849	0.1834	0.2156	0.1529	0.1347	0.2053	0.2024	0.2112	0.1347	0.2736	0.2415	0.2736	0.1836	0.17	0.1676	0.17	0.1652
chr4	226902	227180	chr4:226903-227180	FBgn0051998	CG31998	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0966	0.1154	0.1063	0.0648	0.0923	0.1078	0.1522	0.1259	0.0923	0.1184	0.1244	0.1184	0.0891	0.0674	0.0819	0.0674	0.0683
chr4	227705	227911	chr4:227706-227911	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0874	0.0966	0.107	0.0557	0.0657	0.1044	0.1068	0.1219	0.0657	0.1153	0.1334	0.1153	0.0999	0.059	0.0619	0.059	0.061
chr4	230289	230553	chr4:230290-230553	FBgn0024811	Crk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0994	0.1056	0.122	0.0677	0.0668	0.1126	0.122	0.1259	0.0668	0.1413	0.1367	0.1413	0.1255	0.0666	0.0761	0.0666	0.0829
chr4	230746	230928	chr4:230747-230928	FBgn0024811	Crk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1916	0.1897	0.222	0.1606	0.1527	0.2189	0.1894	0.2258	0.1527	0.2808	0.2434	0.2808	0.1944	0.1945	0.1689	0.1945	0.1793
chr4	231106	231423	chr4:231107-231423	FBgn0024811	Crk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1245	0.1216	0.1445	0.1057	0.088	0.1325	0.1272	0.1539	0.088	0.163	0.1627	0.163	0.1518	0.1202	0.1109	0.1202	0.1266
chr4	239384	239535	chr4:239385-239535	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0299	0.0239	0.0145	0.018	0.033	0.0407	0.0306	0.018	0.0211	0.0286	0.0211	0.0294	0.0184	0.0155	0.0184	0.0162
chr4	239692	240185	chr4:239693-240185	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0531	0.0743	0.0484	0.0347	0.0551	0.0655	0.1025	0.0806	0.0551	0.0507	0.0556	0.0507	0.055	0.0559	0.0284	0.0559	0.0365
chr4	240488	240702	chr4:240489-240702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0328	0.0194	0.0143	0.0233	0.0291	0.0441	0.0366	0.0233	0.0242	0.0215	0.0242	0.0155	0.0222	0.0116	0.0222	0.012
chr4	240827	240978	chr4:240828-240978	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0312	0.0193	0.0153	0.0127	0.0238	0.0467	0.0373	0.0127	0.0229	0.0235	0.0229	0.0155	0.023	0.0142	0.023	0.0167
chr4	246553	246767	chr4:246554-246767	FBgn0051999	CG31999	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1049	0.1149	0.1154	0.0822	0.0944	0.15	0.1194	0.1073	0.0944	0.2264	0.0881	0.2264	0.1325	0.1746	0.0812	0.1746	0.0818
chr4	246865	247135	chr4:246866-247135	FBgn0051999	CG31999	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0793	0.0938	0.0862	0.0556	0.0657	0.1155	0.106	0.0913	0.0657	0.1534	0.0743	0.1534	0.0891	0.0988	0.0522	0.0988	0.0709
chr4	247211	247362	chr4:247212-247362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0234	0.0265	0.0254	0.0178	0.018	0.0359	0.0337	0.016	0.018	0.0501	0.0219	0.0501	0.0178	0.0322	0.0148	0.0322	0.0203
chr4	248364	248515	chr4:248365-248515	FBgn0039896	yellow-h	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0198	0.0181	0.0161	0.0259	0.0095	0.0131	0.0255	0.018	0.0095	0.0211	0.0193	0.0211	0.0186	0.0329	0.0335	0.0329	0.0328
chr4	251913	252141	chr4:251914-252141	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0501	0.0487	0.0415	0.061	0.0276	0.0573	0.0593	0.0453	0.0276	0.0598	0.0424	0.0598	0.055	0.1493	0.0322	0.1493	0.074
chr4	255112	255263	chr4:255113-255263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0358	0.0126	0.0123	0.0297	0.0238	0.0523	0.038	0.0297	0.0115	0.0132	0.0115	0.017	0.0222	0.0103	0.0222	0.0162
chr4	259944	260095	chr4:259945-260095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0154	0.016	0.0126	0.0178	0.0127	0.016	0.0238	0.0127	0.0127	0.0217	0.0119	0.0217	0.0108	0.0681	0.0058	0.0681	0.0083
chr4	260289	260472	chr4:260290-260472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.028	0.025	0.0228	0.0369	0.0127	0.0311	0.029	0.0293	0.0127	0.0519	0.0167	0.0519	0.0186	0.1409	0.0168	0.1409	0.0156
chr4	265760	266177	chr4:265761-266177	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0945	0.0315	0.0265	0.1326	0.0529	0.1544	0.0713	0.1326	0.0236	0.0389	0.0236	0.0356	0.0383	0.0219	0.0383	0.0219
chr4	267460	267611	chr4:267461-267611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0211	0.0219	0.0184	0.0233	0.0106	0.015	0.0389	0.0227	0.0106	0.0205	0.0225	0.0205	0.0201	0.0436	0.0174	0.0436	0.0261
chr4	268500	268652	chr4:268501-268652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0286	0.0388	0.0283	0.0177	0.018	0.0345	0.0541	0.0406	0.018	0.0344	0.036	0.0344	0.0217	0.0184	0.0213	0.0184	0.0162
chr4	268676	268841	chr4:268677-268841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0311	0.0388	0.031	0.0226	0.0212	0.035	0.0528	0.0426	0.0212	0.0326	0.0399	0.0326	0.0279	0.023	0.029	0.023	0.0234
chr4	273611	273762	chr4:273612-273762	FBgn0053481	dpr7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0226	0.0112	0.0219	0.0159	0.0204	0.0333	0.02	0.0159	0.0109	0.0093	0.0109	0.0046	0.0153	0.0052	0.0153	0.0115
chr4	273880	274124	chr4:273881-274124	FBgn0053481	dpr7	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0487	0.0218	0.0457	0.0424	0.0374	0.0753	0.0413	0.0424	0.0193	0.0164	0.0193	0.0077	0.0306	0.0084	0.0306	0.0125
chr4	275107	275389	chr4:275108-275389	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0372	0.0561	0.0282	0.0259	0.0498	0.0471	0.0792	0.0566	0.0498	0.0393	0.0283	0.0393	0.0256	0.062	0.0148	0.062	0.0146
chr4	275465	275616	chr4:275466-275616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.021	0.0247	0.0176	0.0206	0.0148	0.0238	0.0359	0.0227	0.0148	0.0223	0.0196	0.0223	0.017	0.0681	0.0084	0.0681	0.0078
chr4	275780	275931	chr4:275781-275931	FBgn0259216	RhoGAP102A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0169	0.0208	0.0113	0.0188	0.0148	0.0184	0.032	0.02	0.0148	0.0133	0.0138	0.0133	0.0093	0.0536	0.0097	0.0536	0.0115
chr4	280084	280235	chr4:280085-280235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.027	0.0457	0.0194	0.0145	0.0329	0.0345	0.0753	0.042	0.0329	0.0242	0.0215	0.0242	0.0209	0.026	0.0142	0.026	0.0146
chr4	280609	280801	chr4:280610-280801	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0416	0.0851	0.0249	0.0113	0.0795	0.051	0.1315	0.0859	0.0795	0.0193	0.0363	0.0193	0.0256	0.0199	0.0142	0.0199	0.0089
chr4	280920	281071	chr4:280921-281071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0217	0.0419	0.0133	0.0084	0.0286	0.035	0.0709	0.032	0.0286	0.0163	0.0154	0.0163	0.0093	0.01	0.0103	0.01	0.0099
chr4	281152	281303	chr4:281153-281303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0401	0.0176	0.0102	0.0201	0.0277	0.0679	0.0413	0.0201	0.0175	0.0228	0.0175	0.0155	0.0115	0.0103	0.0115	0.0125
chr4	282169	282358	chr4:282170-282358	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.056	0.0885	0.0546	0.0213	0.0689	0.0845	0.1172	0.0859	0.0689	0.0658	0.0627	0.0658	0.0705	0.036	0.0206	0.036	0.0307
chr4	282378	282600	chr4:282379-282600	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0747	0.1155	0.0768	0.0267	0.0764	0.1175	0.1449	0.1213	0.0764	0.0924	0.0923	0.0924	0.0837	0.0398	0.0239	0.0398	0.0422
chr4	282806	282971	chr4:282807-282971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.0567	0.0308	0.0095	0.0445	0.051	0.0779	0.0526	0.0445	0.0405	0.037	0.0405	0.031	0.0153	0.0135	0.0153	0.0109
chr4	286371	286522	chr4:286372-286522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0401	0.0109	0.0114	0.0308	0.0325	0.0497	0.0573	0.0308	0.0079	0.0151	0.0079	0.0155	0.0161	0.0077	0.0161	0.0182
chr4	287011	287162	chr4:287012-287162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0168	0.0278	0.0129	0.0086	0.0138	0.0291	0.0389	0.0247	0.0138	0.0139	0.0148	0.0139	0.0132	0.0161	0.0064	0.0161	0.0104
chr4	293239	293413	chr4:293240-293413	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0507	0.0225	0.0124	0.0435	0.0408	0.0692	0.0506	0.0435	0.032	0.0206	0.032	0.0263	0.0191	0.0123	0.0191	0.0151
chr4	293458	293638	chr4:293459-293638	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0303	0.0491	0.0254	0.0146	0.035	0.0447	0.0718	0.0433	0.035	0.0266	0.0289	0.0266	0.024	0.0168	0.0174	0.0168	0.0177
chr4	293809	293960	chr4:293810-293960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0344	0.0164	0.0128	0.018	0.0272	0.0536	0.0353	0.018	0.0157	0.0206	0.0157	0.0178	0.0153	0.0123	0.0153	0.0146
chr4	294036	294187	chr4:294037-294187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0332	0.0208	0.0136	0.0212	0.0325	0.0476	0.0326	0.0212	0.0181	0.0257	0.0181	0.0248	0.0145	0.011	0.0145	0.0167
chr4	297054	297241	chr4:297055-297241	FBgn0042696	NfI	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.048	0.0436	0.0415	0.0599	0.0244	0.051	0.048	0.0486	0.0244	0.0755	0.0347	0.0755	0.0473	0.1026	0.0322	0.1026	0.061
chr4	297681	297870	chr4:297682-297870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0622	0.0251	0.0166	0.0488	0.051	0.0856	0.072	0.0488	0.0308	0.0289	0.0308	0.024	0.0145	0.0161	0.0145	0.0162
chr4	297909	298112	chr4:297910-298112	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0347	0.0513	0.0311	0.0199	0.0403	0.0388	0.0679	0.0686	0.0403	0.035	0.0383	0.035	0.0271	0.0199	0.0181	0.0199	0.013
chr4	298146	298375	chr4:298147-298375	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0428	0.0556	0.0437	0.0277	0.0414	0.0442	0.0761	0.0673	0.0414	0.0411	0.0608	0.0411	0.024	0.0199	0.0258	0.0199	0.0182
chr4	298441	298661	chr4:298442-298661	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0312	0.038	0.0329	0.0219	0.017	0.0374	0.0541	0.0393	0.017	0.0302	0.0486	0.0302	0.017	0.0184	0.0271	0.0184	0.0125
chr4	303665	303920	chr4:303666-303920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0341	0.0398	0.0382	0.0234	0.0286	0.0408	0.0567	0.0373	0.0286	0.0489	0.0322	0.0489	0.0705	0.0253	0.0148	0.0253	0.0396
chr4	310085	310236	chr4:310086-310236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0166	0.0174	0.0174	0.0148	0.0138	0.0199	0.0251	0.0093	0.0138	0.0229	0.0132	0.0229	0.038	0.0161	0.0097	0.0161	0.0234
chr4	311452	311675	chr4:311453-311675	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0269	0.0507	0.016	0.0123	0.0382	0.0354	0.0861	0.042	0.0382	0.0236	0.019	0.0236	0.0155	0.0145	0.0135	0.0145	0.0104
chr4	312140	312291	chr4:312141-312291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0159	0.0344	0.0079	0.004	0.0223	0.0233	0.0545	0.0366	0.0223	0.0109	0.01	0.0109	0.0039	0.0054	6e-04	0.0054	0.0047
chr4	315243	315394	chr4:315244-315394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0213	0.0223	0.0212	0.0085	0.0228	0.0268	0.0266	0.0085	0.0308	0.0235	0.0308	0.0287	0.0191	0.0329	0.0191	0.024
chr4	323061	323212	chr4:323062-323212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0364	0.0264	0.0143	0.0212	0.0257	0.0575	0.0406	0.0212	0.029	0.0296	0.029	0.031	0.013	0.0123	0.013	0.0151
chr4	326423	326574	chr4:326424-326574	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0437	0.0398	0.0429	0.0489	0.0233	0.0359	0.051	0.0506	0.0233	0.0501	0.0498	0.0501	0.0232	0.0368	0.0271	0.0368	0.0479
chr4	326696	326847	chr4:326697-326847	FBgn0039900	Syt7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0353	0.0379	0.0343	0.0337	0.0265	0.0359	0.0433	0.046	0.0265	0.0338	0.0421	0.0338	0.0302	0.0299	0.0193	0.0299	0.0334
chr4	327135	327299	chr4:327136-327299	FBgn0039900	Syt7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0645	0.0801	0.0613	0.0506	0.0615	0.083	0.0956	0.0886	0.0615	0.0737	0.0646	0.0737	0.0705	0.0421	0.0445	0.0421	0.0578
chr4	327305	327501	chr4:327306-327501	FBgn0039900	Syt7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0885	0.0734	0.0603	0.0657	0.0937	0.1042	0.1026	0.0657	0.0785	0.0801	0.0785	0.0914	0.0467	0.0683	0.0467	0.0657
chr4	328270	328483	chr4:328271-328483	FBgn0026777	Rad23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0926	0.1062	0.0938	0.0762	0.0817	0.1248	0.1155	0.1153	0.0817	0.1075	0.1071	0.1075	0.0868	0.075	0.0799	0.075	0.0907
chr4	328624	328807	chr4:328625-328807	FBgn0026777	Rad23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2055	0.2038	0.2308	0.1795	0.1676	0.2296	0.2154	0.2405	0.1676	0.2905	0.2521	0.2905	0.2169	0.1899	0.1973	0.1899	0.2189
chr4	328989	329280	chr4:328990-329280	FBgn0026777	Rad23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.115	0.1345	0.1198	0.0879	0.1124	0.1238	0.1804	0.1452	0.1124	0.1522	0.1277	0.1522	0.1224	0.0865	0.0928	0.0865	0.1256
chr4	329355	329664	chr4:329356-329664	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0983	0.1562	0.085	0.0482	0.1516	0.0985	0.2552	0.1499	0.1516	0.0984	0.0965	0.0984	0.0906	0.0452	0.0535	0.0452	0.0646
chr4	333868	334326	chr4:333869-334326	FBgn0039902	CG2177	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1129	0.1511	0.1111	0.0647	0.1272	0.1172	0.1399	0.0647	0.1932	0.1608	0.1932	0.165	0.144	0.1032	0.144	0.1532
chr4	334458	334673	chr4:334459-334673	FBgn0039902	CG2177	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1544	0.1483	0.1845	0.1281	0.1071	0.1621	0.1488	0.1859	0.1071	0.2325	0.2026	0.2325	0.1882	0.1455	0.1406	0.1455	0.1704
chr4	335415	335593	chr4:335416-335593	FBgn0052850	CG32850	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1623	0.1672	0.1797	0.1376	0.1251	0.1767	0.1881	0.2012	0.1251	0.218	0.1997	0.218	0.1696	0.1531	0.1464	0.1531	0.1647
chr4	335707	336353	chr4:335708-336353	FBgn0052850	CG32850	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1825	0.2001	0.1939	0.1501	0.1516	0.2223	0.2284	0.2272	0.1516	0.2355	0.2154	0.2355	0.1851	0.1761	0.1515	0.1761	0.1668
chr4	336440	336609	chr4:336441-336609	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0594	0.0798	0.052	0.0447	0.0562	0.0888	0.0917	0.0853	0.0562	0.061	0.0614	0.061	0.0457	0.0436	0.0348	0.0436	0.0391
chr4	338846	338997	chr4:338847-338997	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0295	0.0429	0.0368	0.0127	0.0398	0.0311	0.032	0.0127	0.0417	0.0495	0.0417	0.0527	0.0314	0.0413	0.0314	0.036
chr4	349850	350078	chr4:349851-350078	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0764	0.1371	0.0591	0.0276	0.141	0.1209	0.176	0.1419	0.141	0.0537	0.082	0.0537	0.0519	0.036	0.0342	0.036	0.0307
chr4	350207	350358	chr4:350208-350358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.038	0.0213	0.0156	0.0392	0.0345	0.0437	0.0393	0.0392	0.0223	0.0235	0.0223	0.0194	0.0199	0.0135	0.0199	0.0224
chr4	350588	350834	chr4:350589-350834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0435	0.0286	0.0188	0.0339	0.0466	0.0536	0.0426	0.0339	0.0278	0.0389	0.0278	0.0256	0.0214	0.0187	0.0214	0.0245
chr4	350858	351053	chr4:350859-351053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0471	0.0317	0.0201	0.0361	0.0481	0.0627	0.0453	0.0361	0.026	0.0418	0.026	0.031	0.0214	0.0168	0.0214	0.0292
chr4	352404	352581	chr4:352405-352581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0207	0.0288	0.0301	0.0138	0.0184	0.0303	0.02	0.0138	0.0278	0.0341	0.0278	0.0341	0.023	0.02	0.023	0.0443
chr4	353310	353461	chr4:353311-353461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0222	0.0181	0.0157	0.0148	0.0218	0.0294	0.0227	0.0148	0.0175	0.0264	0.0175	0.0116	0.0245	0.0135	0.0245	0.0177
chr4	353663	353814	chr4:353664-353814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0292	0.038	0.028	0.0205	0.0233	0.0398	0.0541	0.0346	0.0233	0.0368	0.0357	0.0368	0.0201	0.0345	0.0226	0.0345	0.0214
chr4	354046	354370	chr4:354047-354370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0465	0.0418	0.034	0.0297	0.0466	0.0597	0.0506	0.0297	0.0495	0.0498	0.0495	0.038	0.0398	0.0387	0.0398	0.0438
chr4	362455	362606	chr4:362456-362606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0368	0.0189	0.0097	0.017	0.0262	0.0649	0.032	0.017	0.0169	0.0251	0.0169	0.0217	0.01	0.011	0.01	0.013
chr4	363975	364192	chr4:363976-364192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0291	0.0264	0.0317	0.0291	0.0106	0.0267	0.0467	0.0153	0.0106	0.0308	0.0273	0.0308	0.0751	0.0352	0.0219	0.0352	0.0532
chr4	364325	364476	chr4:364326-364476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0207	0.0224	0.0216	0.0178	0.0095	0.0175	0.0385	0.0167	0.0095	0.0248	0.0222	0.0248	0.0341	0.0345	0.0084	0.0345	0.0276
chr4	364648	364799	chr4:364649-364799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0166	0.0182	0.0142	0.0174	0.0085	0.0146	0.0324	0.0107	0.0085	0.0175	0.0132	0.0175	0.0256	0.0222	0.0077	0.0222	0.0328
chr4	368447	368598	chr4:368448-368598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0237	0.0249	0.0237	0.0221	0.0117	0.0277	0.0363	0.0233	0.0117	0.0248	0.0241	0.0248	0.0403	0.0283	0.0161	0.0283	0.0386
chr4	369620	369992	chr4:369621-369992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0576	0.0472	0.0568	0.0265	0.0481	0.0939	0.0546	0.0265	0.0435	0.0579	0.0435	0.0503	0.0766	0.0529	0.0766	0.0792
chr4	370071	370636	chr4:370072-370636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0597	0.0662	0.0548	0.0578	0.0339	0.0607	0.0869	0.0839	0.0339	0.0519	0.0598	0.0519	0.0705	0.0674	0.0471	0.0674	0.0922
chr4	371248	371475	chr4:371249-371475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0376	0.0302	0.0276	0.0233	0.0359	0.048	0.046	0.0233	0.0332	0.0331	0.0332	0.0356	0.0314	0.0271	0.0314	0.0412
chr4	372383	372534	chr4:372384-372534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0288	0.035	0.027	0.0237	0.0223	0.0316	0.0467	0.0346	0.0223	0.0266	0.0289	0.0266	0.0349	0.0237	0.0232	0.0237	0.0323
chr4	372551	373030	chr4:372552-373030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0611	0.0707	0.0604	0.0512	0.0361	0.066	0.0973	0.0819	0.0361	0.0568	0.0743	0.0568	0.072	0.062	0.0477	0.062	0.0683
chr4	378417	378704	chr4:378418-378704	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0843	0.0884	0.0907	0.0726	0.0604	0.0854	0.1103	0.0993	0.0604	0.1202	0.0965	0.1202	0.086	0.1041	0.0625	0.1041	0.0813
chr4	378812	379100	chr4:378813-379100	FBgn0259214	PMCA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1538	0.1534	0.1714	0.1348	0.123	0.1777	0.1587	0.1739	0.123	0.2011	0.1887	0.2011	0.1758	0.1554	0.1289	0.1554	0.1662
chr4	379225	379433	chr4:379226-379433	FBgn0259214	PMCA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.177	0.1781	0.1973	0.1536	0.1548	0.1985	0.1847	0.2099	0.1548	0.2246	0.2235	0.2246	0.1929	0.1623	0.1638	0.1623	0.1871
chr4	379506	379709	chr4:379507-379709	FBgn0259214	PMCA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.131	0.1421	0.153	0.0943	0.1177	0.168	0.1535	0.1526	0.1177	0.1793	0.1653	0.1793	0.1681	0.0972	0.087	0.0972	0.1407
chr4	379817	380013	chr4:379818-380013	FBgn0259214	PMCA	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0864	0.1002	0.1025	0.0532	0.0732	0.1034	0.1189	0.1206	0.0732	0.1123	0.1138	0.1123	0.0953	0.0513	0.0516	0.0513	0.0776
chr4	380059	380280	chr4:380060-380280	FBgn0039904	Hcf	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1098	0.1226	0.1307	0.0724	0.0965	0.118	0.1505	0.1432	0.0965	0.1498	0.1479	0.1498	0.127	0.0827	0.0677	0.0827	0.087
chr4	380450	380636	chr4:380451-380636	FBgn0039904	Hcf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2189	0.2115	0.2506	0.1925	0.1654	0.2316	0.2422	0.2392	0.1654	0.3062	0.2749	0.3062	0.2277	0.2037	0.187	0.2037	0.2308
chr4	380754	380939	chr4:380755-380939	FBgn0039904	Hcf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2078	0.2051	0.2321	0.1842	0.1845	0.216	0.2388	0.2245	0.1845	0.282	0.2527	0.282	0.2215	0.1891	0.187	0.1891	0.2199
chr4	390602	390764	chr4:390603-390764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0298	0.033	0.0358	0.0195	0.0201	0.034	0.0428	0.0393	0.0201	0.0495	0.0386	0.0495	0.0325	0.0191	0.0077	0.0191	0.0412
chr4	395134	395360	chr4:395135-395360	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0632	0.0463	0.0362	0.0541	0.0587	0.0701	0.0773	0.0541	0.0501	0.0527	0.0501	0.0434	0.0421	0.0458	0.0421	0.0401
chr4	395979	396156	chr4:395980-396156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.031	0.0371	0.0358	0.0189	0.0148	0.0364	0.051	0.038	0.0148	0.035	0.0498	0.035	0.0279	0.0237	0.0206	0.0237	0.0229
chr4	396761	396949	chr4:396762-396949	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0334	0.032	0.0468	0.0202	0.0138	0.0374	0.0381	0.0426	0.0138	0.0441	0.0531	0.0441	0.0364	0.026	0.0226	0.026	0.0151
chr4	397142	397293	chr4:397143-397293	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0203	0.0277	0.0177	0.0032	0.0218	0.026	0.0266	0.0032	0.0332	0.028	0.0332	0.017	0.0199	0.0174	0.0199	0.0125
chr4	401115	401363	chr4:401116-401363	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0622	0.0506	0.0925	0.0421	0.0138	0.065	0.0467	0.0766	0.0138	0.0447	0.1711	0.0447	0.0511	0.013	0.1057	0.013	0.0323
chr4	401411	401562	chr4:401412-401562	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0308	0.0269	0.0428	0.0221	0.0148	0.0262	0.0337	0.0373	0.0148	0.0205	0.0752	0.0205	0.0271	0.01	0.0406	0.01	0.0162
chr4	405278	405485	chr4:405279-405485	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.0845	0.0673	0.0291	0.0467	0.0961	0.0817	0.1226	0.0467	0.0743	0.0836	0.0743	0.0387	0.0383	0.0432	0.0383	0.0229
chr4	405507	405869	chr4:405508-405869	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0712	0.0923	0.0802	0.0376	0.0604	0.1189	0.0861	0.1166	0.0604	0.099	0.0894	0.099	0.0364	0.0475	0.0471	0.0475	0.0292
chr4	405945	406287	chr4:405946-406287	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1507	0.1778	0.1924	0.0748	0.1113	0.216	0.1652	0.2472	0.1113	0.2476	0.2068	0.2476	0.0891	0.085	0.0625	0.085	0.0443
chr4	407432	407682	chr4:407433-407682	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.1041	0.1048	0.0341	0.0488	0.1369	0.1068	0.1252	0.0488	0.1636	0.1019	0.1636	0.062	0.0444	0.0271	0.0444	0.0443
chr4	409447	409653	chr4:409448-409653	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0372	0.0252	0.0313	0.0571	0.0095	0.0267	0.0333	0.0306	0.0095	0.0181	0.0235	0.0181	0.0201	0.0145	0.0129	0.0145	0.0115
chr4	411016	411167	chr4:411017-411167	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0384	0.0254	0.0099	0.0127	0.0364	0.0346	0.074	0.0127	0.0181	0.036	0.0181	0.0186	0.0123	0.009	0.0123	0.0094
chr4	413954	414411	chr4:413955-414411	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0781	0.1041	0.0786	0.0486	0.0668	0.0874	0.1341	0.1306	0.0668	0.1033	0.0884	0.1033	0.0689	0.0735	0.0361	0.0735	0.0443
chr4	416214	416365	chr4:416215-416365	FBgn0262636	Lin29	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0165	0.0195	0.0175	0.0085	0.0189	0.0186	0.016	0.0085	0.0217	0.0193	0.0217	0.0147	0.0467	0.009	0.0467	0.0156
chr4	416764	417042	chr4:416765-417042	FBgn0262636	Lin29	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0694	0.0699	0.0885	0.0479	0.0201	0.1053	0.0631	0.0833	0.0201	0.0797	0.073	0.0797	0.055	0.0666	0.0355	0.0666	0.0651
chr4	417152	417535	chr4:417153-417535	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0779	0.1157	0.0761	0.0377	0.0742	0.1218	0.1228	0.1546	0.0742	0.0737	0.0807	0.0737	0.0581	0.0528	0.0393	0.0528	0.0401
chr4	418454	418698	chr4:418455-418698	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0467	0.0719	0.0418	0.0241	0.0445	0.0801	0.0986	0.062	0.0445	0.055	0.0434	0.055	0.0473	0.0299	0.0251	0.0299	0.0318
chr4	419444	419595	chr4:419445-419595	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0272	0.0415	0.0249	0.0139	0.0255	0.05	0.0571	0.0286	0.0255	0.0405	0.0222	0.0405	0.0225	0.0237	0.0084	0.0237	0.0167
chr4	420144	420295	chr4:420145-420295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0477	0.0126	0.0074	0.0445	0.0335	0.0869	0.0247	0.0445	0.0145	0.0141	0.0145	0.0108	0.0077	0.011	0.0077	0.0073
chr4	421616	421849	chr4:421617-421849	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0464	0.0637	0.0496	0.0235	0.0403	0.051	0.1042	0.0613	0.0403	0.0393	0.0637	0.0393	0.031	0.0107	0.0277	0.0107	0.0177
chr4	421881	422071	chr4:421882-422071	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0771	0.0362	0.0173	0.0615	0.0471	0.1367	0.0673	0.0615	0.0272	0.0508	0.0272	0.0232	0.0077	0.0245	0.0077	0.0125
chr4	422579	422730	chr4:422580-422730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0222	0.0227	0.0185	0.0258	0.0117	0.0228	0.035	0.0173	0.0117	0.0157	0.0119	0.0157	0.0256	0.0061	0.0116	0.0061	0.0135
chr4	422851	423002	chr4:422852-423002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0226	0.0194	0.0191	0.0117	0.0194	0.0342	0.022	0.0117	0.0169	0.0203	0.0169	0.0209	0.0107	0.0135	0.0107	0.0162
chr4	425026	425237	chr4:425027-425237	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0926	0.1017	0.0967	0.0778	0.0689	0.1015	0.1189	0.1272	0.0689	0.0924	0.1154	0.0924	0.1007	0.0559	0.0864	0.0559	0.1047
chr4	425359	425545	chr4:425360-425545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0554	0.0641	0.0582	0.0425	0.0509	0.0631	0.0856	0.066	0.0509	0.0453	0.0778	0.0453	0.0589	0.0329	0.0426	0.0329	0.0547
chr4	427012	427358	chr4:427013-427358	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1162	0.1882	0.1118	0.0407	0.1782	0.1646	0.2119	0.2552	0.1782	0.0948	0.1592	0.0948	0.0906	0.0368	0.0548	0.0368	0.0474
chr4	427512	427776	chr4:427513-427776	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1378	0.1486	0.1619	0.0994	0.087	0.1709	0.1574	0.1912	0.087	0.1842	0.1904	0.1842	0.1479	0.1187	0.1219	0.1187	0.1214
chr4	430540	430707	chr4:430541-430707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0162	0.0261	0.0175	0.0074	0.016	0.0229	0.0167	0.0074	0.0223	0.0199	0.0223	0.0186	0.013	0.0116	0.013	0.0115
chr4	431719	431870	chr4:431720-431870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.029	0.0444	0.0259	0.0153	0.0201	0.0631	0.0437	0.0513	0.0201	0.0477	0.0228	0.0477	0.0263	0.0207	0.0123	0.0207	0.0172
chr4	432271	432506	chr4:432272-432506	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0486	0.0571	0.0566	0.0302	0.0191	0.082	0.0623	0.0573	0.0191	0.122	0.0399	0.122	0.0434	0.0513	0.0174	0.0513	0.0255
chr4	432543	432694	chr4:432544-432694	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0274	0.0278	0.0355	0.0181	0.0064	0.0369	0.0255	0.036	0.0064	0.0604	0.0322	0.0604	0.0279	0.0306	0.009	0.0306	0.0125
chr4	432726	432877	chr4:432727-432877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0233	0.0176	0.0291	0.0235	0.0085	0.0267	0.0177	0.02	0.0085	0.0423	0.028	0.0423	0.0248	0.026	0.009	0.026	0.013
chr4	436192	436379	chr4:436193-436379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0903	0.0783	0.1178	0.0737	0.0361	0.101	0.083	0.0953	0.0361	0.1661	0.1264	0.1661	0.1046	0.0911	0.0896	0.0911	0.0959
chr4	436445	436685	chr4:436446-436685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0542	0.0445	0.0645	0.0538	0.0276	0.0422	0.0502	0.056	0.0276	0.0839	0.0695	0.0839	0.0627	0.0528	0.0625	0.0528	0.0641
chr4	436870	437055	chr4:436871-437055	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0554	0.0234	0.0508	0.0961	0.0117	0.0267	0.0264	0.0247	0.0117	0.0374	0.0518	0.0374	0.0875	0.0926	0.1012	0.0926	0.1183
chr4	437129	437338	chr4:437130-437338	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0827	0.0637	0.0881	0.098	0.0403	0.0767	0.0567	0.0793	0.0403	0.0894	0.0987	0.0894	0.1115	0.1064	0.1032	0.1064	0.1115
chr4	438911	439325	chr4:438912-439325	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0646	0.0613	0.0692	0.0632	0.0265	0.067	0.064	0.0866	0.0265	0.0694	0.0823	0.0694	0.0565	0.0459	0.069	0.0459	0.0625
chr4	439420	439683	chr4:439421-439683	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0606	0.0434	0.0854	0.0528	0.0127	0.0617	0.042	0.0533	0.0127	0.1039	0.0955	0.1039	0.0496	0.0528	0.0432	0.0528	0.0406
chr4	440435	440586	chr4:440436-440586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0312	0.0398	0.0249	0.0117	0.0383	0.0342	0.0406	0.0117	0.0453	0.0527	0.0453	0.0318	0.0176	0.0368	0.0176	0.0229
chr4	442509	442660	chr4:442510-442660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0369	0.0356	0.051	0.0227	0.0233	0.0456	0.0311	0.0466	0.0233	0.0676	0.0614	0.0676	0.0372	0.0391	0.0251	0.0391	0.0229
chr4	444036	444261	chr4:444037-444261	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0687	0.0644	0.0923	0.0478	0.0392	0.0869	0.0541	0.0853	0.0392	0.1407	0.1084	0.1407	0.0689	0.0727	0.0567	0.0727	0.05
chr4	444805	444956	chr4:444806-444956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0324	0.033	0.0424	0.0206	0.0127	0.0325	0.0389	0.0426	0.0127	0.0495	0.0489	0.0495	0.0457	0.0245	0.0206	0.0245	0.0214
chr4	445317	445510	chr4:445318-445510	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1382	0.1255	0.1656	0.1224	0.0753	0.1592	0.1202	0.1492	0.0753	0.2114	0.174	0.2114	0.1518	0.1417	0.1199	0.1417	0.1475
chr4	446786	446937	chr4:446787-446937	FBgn0263385	CR43437	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0231	0.0212	0.024	0.0244	0.0117	0.0165	0.0333	0.022	0.0117	0.0217	0.0196	0.0217	0.0209	0.013	0.0084	0.013	0.0125
chr4	447648	447799	chr4:447649-447799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.027	0.0322	0.0321	0.0157	0.0117	0.0364	0.0381	0.0453	0.0117	0.0266	0.0441	0.0266	0.0132	0.0123	0.0174	0.0123	0.0068
chr4	448985	449185	chr4:448986-449185	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0706	0.1044	0.0661	0.0376	0.0615	0.0913	0.1432	0.1286	0.0615	0.061	0.064	0.061	0.031	0.0145	0.0155	0.0145	0.0208
chr4	449379	449552	chr4:449380-449552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0326	0.0537	0.0265	0.0157	0.0361	0.0437	0.0804	0.0593	0.0361	0.0205	0.0254	0.0205	0.0186	0.0061	0.0077	0.0061	0.0115
chr4	450429	450580	chr4:450430-450580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0265	0.0353	0.0283	0.0148	0.0138	0.0466	0.0424	0.0353	0.0138	0.0302	0.0331	0.0302	0.0217	0.0184	0.02	0.0184	0.0162
chr4	452459	452669	chr4:452460-452669	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0604	0.0363	0.022	0.0318	0.0558	0.0696	0.0826	0.0318	0.0519	0.0395	0.0519	0.0248	0.0329	0.0187	0.0329	0.0182
chr4	454901	455052	chr4:454902-455052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0197	0.0168	0.0208	0.0217	0.0042	0.018	0.0272	0.0127	0.0042	0.0242	0.0199	0.0242	0.0256	0.0253	0.0142	0.0253	0.0406
chr4	455725	455892	chr4:455726-455892	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0481	0.0232	0.0121	0.0456	0.0354	0.0766	0.0386	0.0456	0.0205	0.028	0.0205	0.0248	0.0115	0.0103	0.0115	0.0125
chr4	455976	456178	chr4:455977-456178	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0637	0.0374	0.0245	0.0604	0.0461	0.0952	0.0613	0.0604	0.0362	0.0457	0.0362	0.0333	0.0299	0.02	0.0299	0.0177
chr4	456740	456891	chr4:456741-456891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0271	0.0297	0.027	0.0242	0.0148	0.0267	0.0415	0.0306	0.0148	0.0248	0.0312	0.0248	0.0302	0.0268	0.0193	0.0268	0.0396
chr4	457368	457519	chr4:457369-457519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0205	0.0232	0.0214	0.0166	0.0138	0.0223	0.0303	0.0286	0.0138	0.0223	0.0283	0.0223	0.0186	0.0107	0.0155	0.0107	0.0318
chr4	457997	458148	chr4:457998-458148	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.023	0.0258	0.0212	0.022	0.0106	0.0243	0.0385	0.0233	0.0106	0.0145	0.0267	0.0145	0.0279	0.0161	0.0142	0.0161	0.0448
chr4	458242	458486	chr4:458243-458486	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0404	0.0362	0.0248	0.0095	0.0413	0.0593	0.0446	0.0095	0.0332	0.0453	0.0332	0.0333	0.0291	0.0232	0.0291	0.0349
chr4	458618	458769	chr4:458619-458769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.025	0.0261	0.0145	0.0127	0.0301	0.0355	0.022	0.0127	0.0248	0.0328	0.0248	0.0232	0.0222	0.0123	0.0222	0.0156
chr4	463605	463756	chr4:463606-463756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0305	0.031	0.0348	0.0252	0.0053	0.0398	0.0359	0.0406	0.0053	0.0344	0.0376	0.0344	0.038	0.0222	0.02	0.0222	0.0469
chr4	464452	464655	chr4:464453-464655	FBgn0039907	lgs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1815	0.1918	0.2001	0.1497	0.1379	0.2223	0.2145	0.2085	0.1379	0.2518	0.219	0.2518	0.1758	0.1531	0.1554	0.1531	0.1871
chr4	464843	465059	chr4:464844-465059	FBgn0039907	lgs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.0865	0.1029	0.0695	0.0541	0.0976	0.1047	0.0926	0.0541	0.1214	0.1148	0.1214	0.0937	0.0743	0.0741	0.0743	0.0771
chr4	466027	466227	chr4:466028-466227	FBgn0016126	CaMKI	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1145	0.1007	0.1454	0.0959	0.0594	0.117	0.1068	0.1199	0.0594	0.1751	0.1682	0.1751	0.1309	0.0942	0.0999	0.0942	0.1292
chr4	466237	466456	chr4:466238-466456	FBgn0016126	CaMKI	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1002	0.0879	0.125	0.0868	0.0498	0.1078	0.0969	0.1026	0.0498	0.1558	0.1402	0.1558	0.1154	0.0697	0.0858	0.0697	0.1219
chr4	466637	466838	chr4:466638-466838	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1342	0.1168	0.1596	0.1259	0.0764	0.1413	0.1215	0.1452	0.0764	0.212	0.1752	0.212	0.141	0.1095	0.1341	0.1095	0.1407
chr4	466942	467109	chr4:466943-467109	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0742	0.0689	0.0874	0.0655	0.0445	0.0723	0.0792	0.0826	0.0445	0.119	0.0961	0.119	0.0759	0.0636	0.0787	0.0636	0.0771
chr4	474411	474562	chr4:474412-474562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0359	0.0193	0.0177	0.0318	0.0257	0.0541	0.034	0.0318	0.0211	0.0222	0.0211	0.0232	0.0123	0.0226	0.0123	0.0198
chr4	475985	476136	chr4:475986-476136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0197	0.0188	0.0204	0.0199	0.0106	0.016	0.0242	0.0266	0.0106	0.0193	0.0222	0.0193	0.0263	0.0176	0.0148	0.0176	0.0328
chr4	476753	476904	chr4:476754-476904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.034	0.0393	0.0299	0.0148	0.032	0.0476	0.038	0.0148	0.0362	0.0469	0.0362	0.0442	0.0329	0.0277	0.0329	0.0328
chr4	476996	477147	chr4:476997-477147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0339	0.034	0.0404	0.0266	0.0201	0.032	0.0467	0.0386	0.0201	0.0471	0.0489	0.0471	0.0426	0.0291	0.0213	0.0291	0.024
chr4	478861	479057	chr4:478862-479057	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.1009	0.1302	0.1228	0.0441	0.088	0.1218	0.1622	0.1532	0.088	0.1401	0.1569	0.1401	0.0821	0.0429	0.0477	0.0429	0.0495
chr4	479132	479294	chr4:479133-479294	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.084	0.1012	0.1043	0.0423	0.0657	0.1068	0.1215	0.1159	0.0657	0.1123	0.136	0.1123	0.0868	0.036	0.0548	0.036	0.0521
chr4	479325	479531	chr4:479326-479531	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.114	0.1256	0.149	0.0625	0.0817	0.1422	0.138	0.1492	0.0817	0.1806	0.1785	0.1806	0.1456	0.085	0.0664	0.085	0.0776
chr4	479652	479941	chr4:479653-479941	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0941	0.0954	0.0464	0.0732	0.1019	0.106	0.1079	0.0732	0.0851	0.127	0.0851	0.1092	0.0559	0.0477	0.0559	0.0604
chr4	480143	480377	chr4:480144-480377	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0571	0.0814	0.0577	0.0292	0.0721	0.0718	0.1008	0.0886	0.0721	0.0586	0.0733	0.0586	0.0643	0.0291	0.0322	0.0291	0.0443
chr4	480708	480967	chr4:480709-480967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0532	0.0733	0.051	0.033	0.0467	0.068	0.1086	0.0706	0.0467	0.0531	0.063	0.0531	0.0511	0.0436	0.0374	0.0436	0.0422
chr4	481022	481241	chr4:481023-481241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0656	0.0492	0.0301	0.0477	0.0505	0.1077	0.0593	0.0477	0.0507	0.0569	0.0507	0.0449	0.026	0.0309	0.026	0.0391
chr4	481417	481568	chr4:481418-481568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0494	0.028	0.0191	0.0382	0.0359	0.0774	0.0533	0.0382	0.0338	0.0325	0.0338	0.024	0.0199	0.0219	0.0199	0.025
chr4	487118	487317	chr4:487119-487317	FBgn0026262	bip2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1348	0.1347	0.1596	0.1076	0.0944	0.1485	0.1497	0.1592	0.0944	0.189	0.1788	0.189	0.158	0.1087	0.1006	0.1087	0.1355
chr4	487353	487541	chr4:487354-487541	FBgn0026262	bip2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.168	0.1706	0.1937	0.1369	0.1135	0.1898	0.1886	0.2125	0.1135	0.2289	0.218	0.2289	0.1828	0.147	0.1322	0.147	0.1694
chr4	487675	487886	chr4:487676-487886	FBgn0026262,FBgn0262731	bip2,pncr013:4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0646	0.0871	0.0682	0.0445	0.0728	0.074	0.0733	0.0445	0.0972	0.101	0.0972	0.0775	0.0658	0.0722	0.0658	0.0881
chr4	488026	488483	chr4:488027-488483	FBgn0262731	pncr013:4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1388	0.1397	0.1626	0.1117	0.1029	0.1539	0.1583	0.1546	0.1029	0.1793	0.1913	0.1793	0.1572	0.0949	0.1451	0.0949	0.1397
chr4	488540	489003	chr4:488541-489003	FBgn0262731	pncr013:4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1479	0.1491	0.1685	0.1241	0.1018	0.1646	0.1631	0.1799	0.1018	0.1649	0.1997	0.1649	0.1402	0.1041	0.1399	0.1041	0.1172
chr4	489394	489618	chr4:489395-489618	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0682	0.0837	0.0721	0.0465	0.0467	0.0942	0.0956	0.1019	0.0467	0.1033	0.0759	0.1033	0.0596	0.0804	0.0393	0.0804	0.0464
chr4	489629	489795	chr4:489630-489795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0609	0.0795	0.0621	0.0389	0.0541	0.082	0.0926	0.0939	0.0541	0.0882	0.0588	0.0882	0.0534	0.0743	0.0297	0.0743	0.0453
chr4	494811	494999	chr4:494812-494999	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0633	0.0204	0.0118	0.0467	0.0519	0.0947	0.058	0.0467	0.0296	0.0212	0.0296	0.017	0.0184	0.0084	0.0184	0.0104
chr4	495175	495326	chr4:495176-495326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0376	0.0199	0.0123	0.0286	0.0267	0.0631	0.032	0.0286	0.0199	0.027	0.0199	0.0201	0.0123	0.0103	0.0123	0.0135
chr4	496066	496263	chr4:496067-496263	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0285	0.0325	0.0306	0.018	0.0291	0.0394	0.0273	0.018	0.0242	0.0399	0.0242	0.0395	0.0237	0.0342	0.0237	0.0323
chr4	496279	496597	chr4:496280-496597	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0493	0.0501	0.0506	0.0468	0.0382	0.0505	0.0666	0.0513	0.0382	0.0435	0.065	0.0435	0.0411	0.0345	0.0438	0.0345	0.0495
chr4	497388	497539	chr4:497389-497539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0186	0.0178	0.0174	0.0207	0.0106	0.0204	0.0238	0.0173	0.0106	0.0163	0.0209	0.0163	0.0186	0.0191	0.0355	0.0191	0.013
chr4	502061	502431	chr4:502062-502431	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1138	0.1023	0.1468	0.0902	0.0594	0.1184	0.1233	0.1166	0.0594	0.1733	0.1579	0.1733	0.1193	0.0804	0.0986	0.0804	0.1053
chr4	502529	502719	chr4:502530-502719	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1306	0.1255	0.1603	0.1039	0.0806	0.1558	0.1337	0.1432	0.0806	0.1963	0.1842	0.1963	0.1603	0.1087	0.1302	0.1087	0.1417
chr4	502975	503186	chr4:502976-503186	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1162	0.1148	0.14	0.0916	0.0636	0.1451	0.1129	0.1352	0.0636	0.192	0.1521	0.192	0.1495	0.085	0.1032	0.085	0.1303
chr4	503344	503555	chr4:503345-503555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1606	0.1599	0.1931	0.1256	0.106	0.1985	0.1566	0.1932	0.106	0.2609	0.2148	0.2609	0.1774	0.1401	0.1244	0.1401	0.1631
chr4	503602	503786	chr4:503603-503786	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0837	0.078	0.1024	0.0695	0.0445	0.099	0.0856	0.0839	0.0445	0.1528	0.1074	0.1528	0.0813	0.0636	0.0671	0.0636	0.0782
chr4	504417	504568	chr4:504418-504568	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0366	0.0179	0.0293	0.0656	0.0106	0.0248	0.0169	0.0227	0.0106	0.0284	0.0283	0.0284	0.0318	0.0283	0.0451	0.0283	0.0646
chr4	506643	506794	chr4:506644-506794	FBgn0039908	Asator	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.064	0.0578	0.0709	0.0632	0.0318	0.0646	0.0657	0.064	0.0318	0.0827	0.0852	0.0827	0.0643	0.1417	0.0613	0.1417	0.0495
chr4	506983	507160	chr4:506984-507160	FBgn0039908	Asator	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0922	0.0938	0.0992	0.0827	0.0488	0.1228	0.1021	0.1006	0.0488	0.1238	0.1016	0.1238	0.103	0.1294	0.0799	0.1294	0.0766
chr4	507297	507492	chr4:507298-507492	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1889	0.1749	0.2232	0.1668	0.1113	0.2073	0.1929	0.1959	0.1113	0.2621	0.2473	0.2621	0.2107	0.183	0.1812	0.183	0.1746
chr4	507618	507769	chr4:507619-507769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0792	0.0739	0.0981	0.0645	0.0594	0.085	0.0809	0.0826	0.0594	0.1087	0.1141	0.1087	0.0883	0.0574	0.0754	0.0574	0.0615
chr4	508121	508272	chr4:508122-508272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0466	0.0376	0.0558	0.0464	0.0201	0.0461	0.0497	0.0313	0.0201	0.0646	0.0521	0.0646	0.0356	0.0253	0.0232	0.0253	0.0302
chr4	508472	508623	chr4:508473-508623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0498	0.0536	0.0614	0.0327	0.0297	0.0558	0.0666	0.0573	0.0297	0.0876	0.064	0.0876	0.0411	0.0299	0.0187	0.0299	0.0193
chr4	509509	509915	chr4:509510-509915	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1971	0.1628	0.2501	0.1773	0.0997	0.2155	0.1639	0.1785	0.0997	0.3345	0.2672	0.3345	0.1464	0.2198	0.1509	0.2198	0.1167
chr4	509962	510181	chr4:509963-510181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1495	0.1186	0.1952	0.134	0.053	0.1578	0.1207	0.1452	0.053	0.2663	0.1846	0.2663	0.096	0.1263	0.078	0.1263	0.0719
chr4	510317	510552	chr4:510318-510552	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0843	0.0862	0.0977	0.0675	0.0583	0.1029	0.0891	0.0986	0.0583	0.1093	0.0945	0.1093	0.0612	0.0505	0.0361	0.0505	0.0464
chr4	510869	511031	chr4:510870-511031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0711	0.0668	0.0826	0.0634	0.0403	0.0801	0.0692	0.0799	0.0403	0.1063	0.09	0.1063	0.0798	0.0789	0.0767	0.0789	0.0818
chr4	511650	511801	chr4:511651-511801	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0538	0.0533	0.0642	0.0428	0.0297	0.0568	0.064	0.068	0.0297	0.0459	0.0691	0.0459	0.0604	0.0245	0.0393	0.0245	0.0401
chr4	513194	513345	chr4:513195-513345	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0342	0.0572	0.0274	0.0159	0.0488	0.0519	0.0753	0.062	0.0488	0.0229	0.0286	0.0229	0.0248	0.0092	0.011	0.0092	0.0167
chr4	513422	513591	chr4:513423-513591	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.042	0.074	0.0311	0.0181	0.0647	0.0578	0.1021	0.0799	0.0647	0.0199	0.0305	0.0199	0.0225	0.0115	0.0116	0.0115	0.0167
chr4	516450	516601	chr4:516451-516601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0209	0.0243	0.0217	0.0163	0.0127	0.0233	0.0385	0.0173	0.0127	0.0163	0.028	0.0163	0.0194	0.0092	0.038	0.0092	0.0089
chr4	516950	517181	chr4:516951-517181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0289	0.0313	0.0338	0.021	0.0148	0.0291	0.0476	0.0293	0.0148	0.0205	0.0505	0.0205	0.0356	0.013	0.0438	0.013	0.0162
chr4	518466	518705	chr4:518467-518705	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0507	0.0609	0.0622	0.0266	0.0212	0.0801	0.077	0.054	0.0212	0.0399	0.0695	0.0399	0.1263	0.013	0.0509	0.013	0.0307
chr4	519841	519992	chr4:519842-519992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0502	0.0386	0.0272	0.0308	0.0495	0.0796	0.0386	0.0308	0.035	0.0479	0.035	0.0442	0.01	0.0387	0.01	0.0266
chr4	522229	522462	chr4:522230-522462	FBgn0004607	zfh2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2366	0.2185	0.2877	0.2008	0.1421	0.2757	0.2137	0.2585	0.1421	0.3315	0.3219	0.3315	0.2804	0.1049	0.2424	0.1049	0.2496
chr4	522695	522846	chr4:522696-522846	FBgn0004607	zfh2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0829	0.0917	0.1001	0.054	0.0594	0.1073	0.0839	0.1213	0.0594	0.1165	0.1113	0.1165	0.0759	0.0406	0.0645	0.0406	0.0568
chr4	522990	523176	chr4:522991-523176	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1248	0.1568	0.1411	0.071	0.1113	0.1786	0.1605	0.1965	0.1113	0.1812	0.1386	0.1812	0.0976	0.0505	0.0606	0.0505	0.0532
chr4	523284	523551	chr4:523285-523551	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1314	0.1446	0.1428	0.1042	0.1092	0.1762	0.1553	0.1526	0.1092	0.1969	0.1289	0.1969	0.086	0.108	0.0645	0.108	0.0683
chr4	525862	526013	chr4:525863-526013	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0263	0.0518	0.0659	0.0148	0.0296	0.0359	0.0253	0.0148	0.0314	0.0498	0.0314	0.0806	0.0138	0.0832	0.0138	0.087
chr4	526316	526523	chr4:526317-526523	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0413	0.0766	0.0891	0.0053	0.0568	0.042	0.0506	0.0053	0.0574	0.0836	0.0574	0.0891	0.0322	0.1083	0.0322	0.1235
chr4	526896	527089	chr4:526897-527089	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1188	0.0955	0.1749	0.0834	0.0255	0.1505	0.0727	0.1286	0.0255	0.2041	0.2119	0.2041	0.1503	0.0505	0.1225	0.0505	0.0552
chr4	527403	527638	chr4:527404-527638	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1193	0.1009	0.168	0.0863	0.035	0.1602	0.0774	0.1319	0.035	0.2814	0.1711	0.2814	0.1232	0.0881	0.0709	0.0881	0.0688
chr4	527709	528545	chr4:527710-528545	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2173	0.1381	0.2429	0.2778	0.053	0.1971	0.1189	0.1899	0.053	0.3188	0.2215	0.3188	0.1936	0.2412	0.3166	0.2412	0.2366
chr4	528648	528908	chr4:528649-528908	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0855	0.0521	0.0824	0.1263	0.0191	0.0748	0.0593	0.0506	0.0191	0.0912	0.0717	0.0912	0.0751	0.0781	0.1283	0.0781	0.1266
chr4	528998	529310	chr4:528999-529310	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1307	0.0601	0.1373	0.2025	0.0212	0.0951	0.0623	0.056	0.0212	0.1818	0.1068	0.1818	0.1619	0.2542	0.1386	0.2542	0.2215
chr4	530487	530843	chr4:530488-530843	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0847	0.1053	0.0945	0.051	0.0594	0.1432	0.1051	0.1119	0.0594	0.064	0.1293	0.064	0.093	0.0322	0.0683	0.0322	0.0427
chr4	531977	532128	chr4:531978-532128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0315	0.0431	0.0287	0.0217	0.0265	0.0442	0.067	0.0353	0.0265	0.0199	0.0331	0.0199	0.0333	0.0107	0.0245	0.0107	0.0229
chr4	537002	537202	chr4:537003-537202	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.028	0.0585	0.0253	0.0159	0.0238	0.0277	0.0473	0.0159	0.029	0.1068	0.029	0.031	0.0123	0.0458	0.0123	0.0281
chr4	537791	538664	chr4:537792-538664	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0884	0.0923	0.106	0.0646	0.0467	0.0835	0.1224	0.1166	0.0467	0.0737	0.1566	0.0737	0.0689	0.0444	0.0877	0.0444	0.0547
chr4	540201	540478	chr4:540202-540478	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.04	0.0299	0.0452	0.0455	0.0138	0.035	0.0385	0.032	0.0138	0.026	0.0534	0.026	0.038	0.0191	0.0438	0.0191	0.0375
chr4	543244	543395	chr4:543245-543395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0201	0.0256	0.0171	0.0117	0.0175	0.0307	0.0193	0.0117	0.0199	0.0334	0.0199	0.0209	0.01	0.0123	0.01	0.0141
chr4	543688	543868	chr4:543689-543868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0223	0.0322	0.0241	0.0148	0.0233	0.0333	0.018	0.0148	0.0272	0.0357	0.0272	0.0256	0.0084	0.02	0.0084	0.0234
chr4	544380	544531	chr4:544381-544531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0222	0.0216	0.0209	0.0148	0.0248	0.029	0.0193	0.0148	0.0169	0.0244	0.0169	0.0232	0.0145	0.0148	0.0145	0.0307
chr4	544658	544809	chr4:544659-544809	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0214	0.0207	0.0227	0.017	0.0223	0.026	0.0233	0.017	0.0193	0.0257	0.0193	0.0186	0.0123	0.0206	0.0123	0.0349
chr4	548205	548438	chr4:548206-548438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.031	0.0336	0.0175	0.0127	0.0388	0.0389	0.0313	0.0127	0.0296	0.046	0.0296	0.0201	0.01	0.0258	0.01	0.0162
chr4	548622	548773	chr4:548623-548773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0228	0.0301	0.0189	0.0053	0.0286	0.0337	0.0193	0.0053	0.0326	0.0386	0.0326	0.0263	0.0123	0.0271	0.0123	0.0214
chr4	559274	559425	chr4:559275-559425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0208	0.0188	0.0152	0.018	0.0199	0.0264	0.0187	0.018	0.0163	0.0215	0.0163	0.0124	0.0168	0.0187	0.0168	0.0135
chr4	562101	562252	chr4:562102-562252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0246	0.0225	0.0246	0.0191	0.0267	0.032	0.0213	0.0191	0.0205	0.0286	0.0205	0.024	0.023	0.0284	0.023	0.0287
chr4	562318	562583	chr4:562319-562583	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0404	0.0436	0.0368	0.0408	0.0223	0.0442	0.061	0.0433	0.0223	0.032	0.0447	0.032	0.048	0.0375	0.0484	0.0375	0.0469
chr4	562591	562801	chr4:562592-562801	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0287	0.0286	0.0363	0.0138	0.0291	0.0402	0.03	0.0138	0.026	0.036	0.026	0.0248	0.0391	0.0445	0.0391	0.0323
chr4	563052	563203	chr4:563053-563203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0228	0.0193	0.0193	0.0305	0.0117	0.0184	0.0247	0.02	0.0117	0.0145	0.0244	0.0145	0.0225	0.0237	0.0613	0.0237	0.0224
chr4	567002	567153	chr4:567003-567153	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0174	0.0216	0.026	0.0021	0.0175	0.0277	0.0187	0.0021	0.0217	0.0225	0.0217	0.0225	0.0253	0.0258	0.0253	0.0354
chr4	567329	567480	chr4:567330-567480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0153	0.0183	0.0231	0.0053	0.0107	0.0268	0.0173	0.0053	0.0193	0.0209	0.0193	0.0124	0.0268	0.02	0.0268	0.0323
chr4	569404	569555	chr4:569405-569555	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0254	0.0096	0.0088	0.0138	0.0136	0.0458	0.022	0.0138	0.0109	0.0116	0.0109	0.0062	0.01	0.009	0.01	0.0109
chr4	570854	571031	chr4:570855-571031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0307	0.0218	0.0196	0.0117	0.0209	0.0506	0.034	0.0117	0.0187	0.0296	0.0187	0.0201	0.0291	0.0258	0.0291	0.0151
chr4	571222	571373	chr4:571223-571373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0217	0.0159	0.0152	0.0053	0.0141	0.0424	0.018	0.0053	0.0139	0.0209	0.0139	0.0139	0.0214	0.0168	0.0214	0.0156
chr4	571570	571721	chr4:571571-571721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0225	0.0229	0.0216	0.0231	0.0074	0.0238	0.0333	0.0213	0.0074	0.0187	0.0277	0.0187	0.017	0.0345	0.0239	0.0345	0.0276
chr4	577129	577286	chr4:577130-577286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0517	0.0522	0.0626	0.0391	0.0223	0.0539	0.0657	0.0586	0.0223	0.0912	0.073	0.0912	0.0372	0.049	0.0451	0.049	0.0365
chr4	577516	577667	chr4:577517-577667	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0579	0.0552	0.0612	0.0574	0.0403	0.0655	0.0571	0.0626	0.0403	0.0797	0.0669	0.0797	0.0465	0.0827	0.0535	0.0827	0.0672
chr4	577876	578160	chr4:577877-578160	FBgn0022361,FBgn0026869,FBgn0264618	CR43958,Pur-alpha,Thd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1884	0.1801	0.1968	0.1886	0.1209	0.2471	0.1531	0.2199	0.1209	0.2959	0.1994	0.2959	0.1588	0.245	0.1921	0.245	0.2001
chr4	578482	578691	chr4:578483-578691	FBgn0022361,FBgn0026869,FBgn0264618	CR43958,Pur-alpha,Thd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1763	0.1128	0.1956	0.2262	0.0668	0.1578	0.1012	0.1299	0.0668	0.2385	0.2141	0.2385	0.1936	0.2565	0.2405	0.2565	0.2939
chr4	578776	578927	chr4:578777-578927	FBgn0022361,FBgn0026869,FBgn0264618	CR43958,Pur-alpha,Thd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1086	0.0689	0.1301	0.1294	0.0371	0.1083	0.0567	0.0779	0.0371	0.163	0.136	0.163	0.1387	0.1194	0.1573	0.1194	0.172
chr4	578963	579114	chr4:578964-579114	FBgn0022361,FBgn0026869,FBgn0264618	CR43958,Pur-alpha,Thd1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0785	0.0591	0.0852	0.0929	0.0286	0.082	0.0601	0.0653	0.0286	0.1045	0.0862	0.1045	0.096	0.0957	0.0993	0.0957	0.123
chr4	579244	579462	chr4:579245-579462	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1346	0.1528	0.1288	0.1206	0.1326	0.1684	0.1652	0.1652	0.1326	0.16	0.1296	0.16	0.1348	0.1271	0.1206	0.1271	0.1475
chr4	579563	579740	chr4:579564-579740	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0942	0.0674	0.0564	0.0848	0.0932	0.1099	0.1019	0.0848	0.0876	0.0698	0.0876	0.0705	0.0613	0.0587	0.0613	0.0683
chr4	580355	580544	chr4:580356-580544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.0646	0.0491	0.0341	0.0541	0.0597	0.0887	0.0606	0.0541	0.0682	0.0537	0.0682	0.0503	0.0352	0.0374	0.0352	0.0396
chr4	585821	585972	chr4:585822-585972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0194	0.0305	0.0152	0.0116	0.018	0.0233	0.0446	0.034	0.018	0.0115	0.0186	0.0115	0.0186	0.0138	0.0103	0.0138	0.0135
chr4	586004	586155	chr4:586005-586155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.029	0.0178	0.0111	0.0159	0.0214	0.045	0.0333	0.0159	0.0151	0.0203	0.0151	0.0225	0.0107	0.0129	0.0107	0.0135
chr4	590986	591257	chr4:590987-591257	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1119	0.1218	0.1227	0.089	0.0668	0.1485	0.1302	0.1459	0.0668	0.1661	0.1322	0.1661	0.117	0.0881	0.0999	0.0881	0.1053
chr4	591374	591561	chr4:591375-591561	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.1514	0.1744	0.1329	0.1177	0.1796	0.1514	0.1805	0.1177	0.215	0.1916	0.215	0.172	0.1355	0.1425	0.1355	0.1657
chr4	591687	592053	chr4:591688-592053	FBgn0039909,FBgn0040324	CG1970,Ephrin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1258	0.1203	0.1491	0.1064	0.0859	0.1282	0.1388	0.1372	0.0859	0.183	0.1624	0.183	0.158	0.1072	0.118	0.1072	0.1225
chr4	592266	592475	chr4:592267-592475	FBgn0039909,FBgn0040324	CG1970,Ephrin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1536	0.1514	0.1701	0.1381	0.1336	0.1602	0.1696	0.1726	0.1336	0.2162	0.1846	0.2162	0.1681	0.1531	0.1431	0.1531	0.161
chr4	592653	592880	chr4:592654-592880	FBgn0039909,FBgn0040324	CG1970,Ephrin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1546	0.16	0.167	0.1351	0.122	0.1646	0.1834	0.1839	0.122	0.2174	0.1814	0.2174	0.1503	0.157	0.1341	0.157	0.1516
chr4	592965	593375	chr4:592966-593375	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1148	0.1321	0.1228	0.0868	0.087	0.1374	0.1609	0.1506	0.087	0.1582	0.1334	0.1582	0.1162	0.0988	0.0922	0.0988	0.0974
chr4	598295	598446	chr4:598296-598446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0401	0.0223	0.0174	0.0297	0.0262	0.0722	0.0306	0.0297	0.0242	0.0277	0.0242	0.0201	0.0176	0.0174	0.0176	0.0177
chr4	599766	599971	chr4:599767-599971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.045	0.0386	0.0272	0.035	0.0398	0.0606	0.0513	0.035	0.038	0.0505	0.038	0.0294	0.0291	0.029	0.0291	0.0302
chr4	600032	600313	chr4:600033-600313	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0556	0.0463	0.0305	0.0435	0.0466	0.0744	0.0606	0.0435	0.0393	0.0621	0.0393	0.0372	0.0352	0.0264	0.0352	0.038
chr4	601081	601260	chr4:601082-601260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.045	0.0355	0.0223	0.0329	0.049	0.0506	0.0546	0.0329	0.0362	0.0424	0.0362	0.0341	0.0283	0.0232	0.0283	0.0245
chr4	603107	603294	chr4:603108-603294	FBgn0039911	CG1909	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0375	0.0358	0.027	0.0201	0.035	0.0523	0.0413	0.0201	0.0302	0.0482	0.0302	0.031	0.0237	0.0297	0.0237	0.0287
chr4	603358	603547	chr4:603359-603547	FBgn0039911	CG1909	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.04	0.0501	0.0411	0.0276	0.0297	0.05	0.0627	0.0573	0.0297	0.0368	0.0572	0.0368	0.0318	0.0168	0.0361	0.0168	0.0261
chr4	603620	603812	chr4:603621-603812	FBgn0039911	CG1909	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0457	0.0518	0.0528	0.0309	0.0212	0.0563	0.0593	0.0693	0.0212	0.0513	0.0746	0.0513	0.0356	0.0191	0.0374	0.0191	0.0271
chr4	603909	604090	chr4:603910-604090	FBgn0039911	CG1909	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0343	0.0413	0.0386	0.0217	0.0191	0.0398	0.0528	0.0546	0.0191	0.0338	0.0508	0.0338	0.0395	0.0161	0.0181	0.0161	0.0271
chr4	609217	609662	chr4:609218-609662	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0446	0.0525	0.0447	0.0358	0.0286	0.0408	0.0666	0.0779	0.0286	0.0296	0.0688	0.0296	0.0387	0.0513	0.0671	0.0513	0.0281
chr4	609747	610003	chr4:609748-610003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0356	0.0293	0.0182	0.017	0.0248	0.0454	0.0533	0.017	0.0193	0.0434	0.0193	0.0263	0.0107	0.0419	0.0107	0.0135
chr4	610440	610591	chr4:610441-610591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0243	0.0195	0.0182	0.0085	0.0228	0.0398	0.0207	0.0085	0.0181	0.0238	0.0181	0.0163	0.0161	0.0374	0.0161	0.0125
chr4	611007	611158	chr4:611008-611158	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0232	0.0206	0.0223	0.0106	0.0141	0.0398	0.0253	0.0106	0.0115	0.0328	0.0115	0.0178	0.0038	0.0703	0.0038	0.0109
chr4	618298	618517	chr4:618299-618517	distal	distal	stage5	stage5	VT51707.1	VT51707.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0457	0.0533	0.0532	0.0288	0.035	0.05	0.0614	0.0746	0.035	0.0393	0.0569	0.0393	0.0279	0.013	0.0245	0.013	0.0245
chr4	618615	618841	chr4:618616-618841	distal	distal	stage5	stage5	VT51707.1	VT51707.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0342	0.0426	0.0374	0.0213	0.0265	0.0345	0.0562	0.054	0.0265	0.0236	0.0469	0.0236	0.0201	0.0123	0.0174	0.0123	0.0203
chr4	621581	621821	chr4:621582-621821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0307	0.0191	0.0288	0.0457	0.0095	0.0175	0.0307	0.0193	0.0095	0.0217	0.0296	0.0217	0.0534	0.0306	0.0419	0.0306	0.0974
chr4	625212	625660	chr4:625213-625660	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0547	0.0957	0.0382	0.0269	0.0721	0.0806	0.1272	0.1026	0.0721	0.0453	0.0376	0.0453	0.0341	0.0452	0.0174	0.0452	0.0203
chr4	625734	625911	chr4:625735-625911	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0319	0.0515	0.0249	0.0178	0.0318	0.0451	0.0679	0.0633	0.0318	0.0314	0.028	0.0314	0.0186	0.023	0.0142	0.023	0.0188
chr4	627591	627768	chr4:627592-627768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.05	0.0538	0.0509	0.0447	0.0318	0.0544	0.0696	0.0533	0.0318	0.0362	0.0357	0.0362	0.0442	0.0191	0.0258	0.0191	0.0354
chr4	628116	628463	chr4:628117-628463	FBgn0028996	onecut	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.1254	0.1238	0.1209	0.132	0.0753	0.132	0.1696	0.1179	0.0753	0.0894	0.0958	0.0894	0.1007	0.085	0.0554	0.085	0.0902
chr4	628659	628810	chr4:628660-628810	FBgn0028996	onecut	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0422	0.0405	0.0409	0.0201	0.0403	0.0601	0.046	0.0201	0.0314	0.0379	0.0314	0.0349	0.0291	0.0239	0.0291	0.0339
chr4	628848	628999	chr4:628849-628999	FBgn0028996	onecut	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0432	0.0464	0.044	0.0389	0.0159	0.0432	0.0662	0.0533	0.0159	0.0399	0.046	0.0399	0.0364	0.0214	0.0284	0.0214	0.0318
chr4	630949	631107	chr4:630950-631107	FBgn0025936	Eph	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0856	0.0978	0.0721	0.0753	0.0937	0.0969	0.0879	0.0753	0.1117	0.1109	0.1117	0.1053	0.0858	0.0709	0.0858	0.0891
chr4	631185	631390	chr4:631186-631390	FBgn0025936	Eph	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1642	0.1601	0.1873	0.1434	0.1082	0.1777	0.1799	0.1852	0.1082	0.2277	0.2026	0.2277	0.1859	0.1639	0.1528	0.1639	0.1694
chr4	631642	631812	chr4:631643-631812	FBgn0025936	Eph	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1582	0.1669	0.1751	0.1301	0.1463	0.1704	0.1964	0.1712	0.1463	0.2023	0.1887	0.2023	0.1758	0.1378	0.1386	0.1378	0.1496
chr4	631994	632145	chr4:631995-632145	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0537	0.0638	0.0594	0.0362	0.0382	0.0631	0.0856	0.068	0.0382	0.0628	0.0714	0.0628	0.0519	0.036	0.0458	0.036	0.0349
chr4	632975	633126	chr4:632976-633126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0576	0.0407	0.024	0.0424	0.0432	0.0843	0.062	0.0424	0.0519	0.0418	0.0519	0.0395	0.023	0.0232	0.023	0.0261
chr4	637695	637846	chr4:637696-637846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0316	0.04	0.0352	0.0182	0.0265	0.0316	0.0614	0.046	0.0265	0.0368	0.0428	0.0368	0.0318	0.0245	0.0174	0.0245	0.0167
chr4	644423	644574	chr4:644424-644574	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.032	0.0314	0.0338	0.0308	0.0138	0.033	0.0437	0.0353	0.0138	0.0254	0.0479	0.0254	0.0302	0.0383	0.0303	0.0383	0.0422
chr4	646003	646179	chr4:646004-646179	FBgn0039914	mav	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0519	0.0516	0.0623	0.0407	0.0318	0.0422	0.0619	0.0799	0.0318	0.0604	0.0913	0.0604	0.048	0.0452	0.0619	0.0452	0.0375
chr4	646277	646481	chr4:646278-646481	FBgn0039914,FBgn0262302	mav,mir-954	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1028	0.1129	0.1188	0.0739	0.0615	0.1141	0.1202	0.1592	0.0615	0.1316	0.173	0.1316	0.0782	0.1049	0.1173	0.1049	0.0631
chr4	646595	646868	chr4:646596-646868	FBgn0039914,FBgn0262302	mav,mir-954	stage11,stage14,stage5	none	VT51721.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1816	0.193	0.2217	0.1248	0.1103	0.2068	0.205	0.2698	0.1103	0.2766	0.3116	0.2766	0.1363	0.2198	0.1651	0.2198	0.0813
chr4	647082	647300	chr4:647083-647300	FBgn0039914,FBgn0262302	mav,mir-954	stage11,stage5	none	VT51721.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0634	0.078	0.0769	0.0323	0.0594	0.0782	0.0826	0.1099	0.0594	0.0676	0.1305	0.0676	0.0356	0.0521	0.0542	0.0521	0.0203
chr4	650214	650365	chr4:650215-650365	FBgn0039915	CG1732	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0213	0.0214	0.0206	0.0106	0.0233	0.0268	0.0247	0.0106	0.0181	0.0273	0.0181	0.024	0.0199	0.0251	0.0199	0.0302
chr4	652387	652550	chr4:652388-652550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.048	0.0175	0.0086	0.0467	0.0248	0.0887	0.0326	0.0467	0.0151	0.0254	0.0151	0.0163	0.01	0.0071	0.01	0.0089
chr4	652849	653030	chr4:652850-653030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0381	0.0217	0.0162	0.0191	0.0228	0.0623	0.0473	0.0191	0.0211	0.0273	0.0211	0.0209	0.0153	0.02	0.0153	0.0162
chr4	666791	667013	chr4:666792-667013	FBgn0039916	CG9935	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0503	0.0545	0.0553	0.0401	0.0286	0.0592	0.0636	0.0626	0.0286	0.055	0.0698	0.055	0.0589	0.0214	0.069	0.0214	0.0412
chr4	667124	667333	chr4:667125-667333	FBgn0039916	CG9935	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1037	0.1223	0.1119	0.0741	0.0785	0.1369	0.1246	0.1526	0.0785	0.1069	0.1476	0.1069	0.1154	0.0567	0.1083	0.0567	0.0813
chr4	667442	667652	chr4:667443-667652	FBgn0039916	CG9935	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.08	0.0678	0.0439	0.0477	0.0898	0.0917	0.0833	0.0477	0.0646	0.0868	0.0646	0.072	0.0482	0.0522	0.0482	0.049
chr4	667708	667924	chr4:667709-667924	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0532	0.0658	0.0541	0.0383	0.035	0.0636	0.083	0.0733	0.035	0.0556	0.0678	0.0556	0.0589	0.0421	0.0387	0.0421	0.0453
chr4	668123	668726	chr4:668124-668726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0848	0.0839	0.0948	0.0749	0.0414	0.0913	0.1042	0.0939	0.0414	0.0978	0.1135	0.0978	0.1108	0.0727	0.0986	0.0727	0.099
chr4	669445	669661	chr4:669446-669661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0452	0.0557	0.0466	0.0319	0.0371	0.0641	0.067	0.052	0.0371	0.0405	0.063	0.0405	0.0473	0.0306	0.0355	0.0306	0.0433
chr4	669729	669890	chr4:669730-669890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0408	0.0479	0.0415	0.0323	0.0276	0.05	0.058	0.05	0.0276	0.0435	0.054	0.0435	0.038	0.0368	0.0303	0.0368	0.0412
chr4	680015	680194	chr4:680016-680194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1365	0.1542	0.1391	0.1138	0.1251	0.1612	0.1795	0.1632	0.1251	0.1775	0.1376	0.1775	0.1301	0.1187	0.0999	0.1187	0.1334
chr4	680282	680461	chr4:680283-680461	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.1805	0.1803	0.1961	0.1636	0.1357	0.1961	0.218	0.1925	0.1357	0.2409	0.2103	0.2409	0.1867	0.1968	0.1715	0.1968	0.1912
chr4	680511	680685	chr4:680512-680685	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1934	0.1896	0.2145	0.1746	0.1283	0.2121	0.2189	0.2179	0.1283	0.2705	0.2312	0.2705	0.2045	0.1983	0.1921	0.1983	0.1939
chr4	680778	680969	chr4:680779-680969	FBgn0051992	gw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2101	0.2156	0.2209	0.1922	0.175	0.2359	0.2435	0.2452	0.175	0.2832	0.2367	0.2832	0.22	0.2129	0.1992	0.2129	0.2225
chr4	681158	681359	chr4:681159-681359	FBgn0051992	gw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2301	0.2372	0.2537	0.1965	0.1909	0.2573	0.2751	0.2618	0.1909	0.3176	0.2855	0.3176	0.2239	0.2029	0.2141	0.2029	0.2241
chr4	681478	681629	chr4:681479-681629	FBgn0051992	gw	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0926	0.0995	0.1084	0.0675	0.0891	0.1083	0.1142	0.1059	0.0891	0.1371	0.1257	0.1371	0.093	0.0689	0.0799	0.0689	0.0787
chr4	681675	681831	chr4:681676-681831	FBgn0051992	gw	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.1135	0.0929	0.0603	0.0901	0.118	0.141	0.1213	0.0901	0.1063	0.1013	0.1063	0.0875	0.0613	0.0658	0.0613	0.0818
chr4	682933	683346	chr4:682934-683346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1926	0.2024	0.2137	0.1585	0.1739	0.2214	0.234	0.2145	0.1739	0.2156	0.2508	0.2156	0.2347	0.16	0.1812	0.16	0.2204
chr4	683435	683654	chr4:683436-683654	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1759	0.1711	0.1984	0.1567	0.1347	0.2	0.1968	0.1752	0.1347	0.2228	0.2325	0.2228	0.1844	0.1685	0.187	0.1685	0.1834
chr4	683695	683922	chr4:683696-683922	FBgn0024728	Slip1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1978	0.1904	0.2228	0.1787	0.1548	0.2005	0.224	0.2005	0.1548	0.2663	0.2469	0.2663	0.2184	0.1968	0.1947	0.1968	0.2038
chr4	684132	684332	chr4:684133-684332	FBgn0024728	Slip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.1582	0.1713	0.1329	0.1315	0.1704	0.1864	0.1672	0.1315	0.2132	0.1897	0.2132	0.1588	0.1424	0.1451	0.1424	0.147
chr4	684514	684665	chr4:684515-684665	FBgn0024728	Slip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0764	0.0935	0.0848	0.048	0.0626	0.0913	0.1146	0.1139	0.0626	0.1014	0.0913	0.1014	0.0736	0.0513	0.0458	0.0513	0.0526
chr4	684889	685083	chr4:684890-685083	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.093	0.1327	0.0949	0.0465	0.1135	0.1233	0.1713	0.1446	0.1135	0.096	0.1032	0.096	0.0906	0.0383	0.0542	0.0383	0.0568
chr4	689848	690186	chr4:689849-690186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0694	0.0814	0.0694	0.056	0.0551	0.0864	0.1029	0.0853	0.0551	0.0556	0.0859	0.0556	0.0705	0.0406	0.0658	0.0406	0.0714
chr4	690368	690627	chr4:690369-690627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.059	0.0737	0.0566	0.0454	0.0414	0.0777	0.0882	0.0839	0.0414	0.0519	0.0717	0.0519	0.0589	0.0383	0.0503	0.0383	0.0558
chr4	690640	690899	chr4:690641-690899	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0866	0.1125	0.0845	0.06	0.088	0.1063	0.138	0.1193	0.088	0.0785	0.0971	0.0785	0.0844	0.0429	0.069	0.0429	0.0771
chr4	690906	691289	chr4:690907-691289	FBgn0039920	CG11360	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1357	0.1619	0.1418	0.0997	0.1336	0.1597	0.1869	0.1872	0.1336	0.1304	0.1621	0.1304	0.1526	0.0911	0.1141	0.0911	0.1256
chr4	691621	691802	chr4:691622-691802	FBgn0039920	CG11360	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1608	0.1567	0.1815	0.1427	0.0997	0.1714	0.1769	0.1885	0.0997	0.2059	0.2035	0.2059	0.1673	0.1332	0.1502	0.1332	0.1761
chr4	691870	692061	chr4:691871-692061	FBgn0039920	CG11360	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.144	0.1299	0.1739	0.1271	0.0679	0.1524	0.1497	0.1486	0.0679	0.1824	0.1923	0.1824	0.1464	0.1057	0.1283	0.1057	0.1235
chr4	692099	692262	chr4:692100-692262	FBgn0039920	CG11360	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0844	0.0732	0.1038	0.0756	0.0435	0.0869	0.0774	0.0839	0.0435	0.0948	0.1148	0.0948	0.079	0.0551	0.0683	0.0551	0.0719
chr4	700848	702055	chr4:700849-702055	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.1306	0.1461	0.1411	0.1019	0.0986	0.1437	0.1817	0.1599	0.0986	0.1335	0.1466	0.1335	0.1216	0.0942	0.1006	0.0942	0.0954
chr4	702242	702479	chr4:702243-702479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.041	0.0543	0.0402	0.0269	0.0424	0.0539	0.0709	0.054	0.0424	0.0586	0.0379	0.0586	0.0318	0.0459	0.0226	0.0459	0.0276
chr4	702666	702838	chr4:702667-702838	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0345	0.0415	0.0349	0.0262	0.0233	0.0451	0.0502	0.0453	0.0233	0.061	0.0299	0.061	0.0256	0.0689	0.0155	0.0689	0.0177
chr4	703023	703174	chr4:703024-703174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0298	0.0244	0.0189	0.0244	0.0325	0.0346	0.0326	0.0244	0.0272	0.0264	0.0272	0.0201	0.0314	0.0103	0.0314	0.0188
chr4	706288	706451	chr4:706289-706451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0267	0.0376	0.0245	0.0169	0.018	0.0379	0.0571	0.034	0.018	0.0205	0.0248	0.0205	0.0294	0.0276	0.011	0.0276	0.0172
chr4	706455	706606	chr4:706456-706606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0313	0.0232	0.0163	0.0159	0.0325	0.0454	0.0333	0.0159	0.032	0.0219	0.032	0.0217	0.0184	0.0148	0.0184	0.0193
chr4	707378	707529	chr4:707379-707529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.018	0.0243	0.0159	0.0134	0.0117	0.0214	0.0402	0.0233	0.0117	0.0145	0.0151	0.0145	0.017	0.0168	0.0123	0.0168	0.0177
chr4	715677	715828	chr4:715678-715828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0378	0.0364	0.0365	0.0408	0.018	0.0335	0.0484	0.0413	0.018	0.0399	0.0395	0.0399	0.0527	0.0559	0.0368	0.0559	0.0636
chr4	715923	716099	chr4:715924-716099	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.086	0.077	0.0839	0.0983	0.0477	0.0816	0.0986	0.0826	0.0477	0.087	0.0923	0.087	0.1177	0.1095	0.1044	0.1095	0.1553
chr4	716131	716292	chr4:716132-716292	FBgn0026199	myo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0803	0.0753	0.0764	0.0901	0.0583	0.0738	0.1025	0.0746	0.0583	0.0767	0.0897	0.0767	0.103	0.111	0.098	0.111	0.1386
chr4	716368	716519	chr4:716369-716519	FBgn0026199	myo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0544	0.0575	0.05	0.0557	0.0445	0.0592	0.0727	0.052	0.0445	0.0658	0.0531	0.0658	0.0604	0.0743	0.0548	0.0743	0.0912
chr4	716588	716757	chr4:716589-716757	FBgn0026199	myo	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0929	0.0952	0.0871	0.0966	0.0764	0.0947	0.1081	0.1099	0.0764	0.096	0.0981	0.096	0.1123	0.1309	0.107	0.1309	0.1475
chr4	717131	717282	chr4:717132-717282	FBgn0026199	myo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0566	0.0669	0.0588	0.0426	0.0498	0.0709	0.0813	0.0733	0.0498	0.0664	0.0656	0.0664	0.0651	0.0368	0.049	0.0368	0.0709
chr4	717430	717602	chr4:717431-717602	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.1624	0.1741	0.1761	0.1341	0.1315	0.1859	0.2046	0.1945	0.1315	0.2077	0.2029	0.2077	0.1689	0.1355	0.156	0.1355	0.1829
chr4	717787	718086	chr4:717788-718086	FBgn0005558	ey	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1255	0.1494	0.1336	0.09	0.1294	0.1485	0.1977	0.1406	0.1294	0.163	0.1437	0.163	0.1309	0.0995	0.0967	0.0995	0.111
chr4	718187	718359	chr4:718188-718359	FBgn0005558	ey	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.168	0.1705	0.1852	0.1464	0.122	0.1932	0.2054	0.1792	0.122	0.2379	0.1945	0.2379	0.1704	0.1654	0.1496	0.1654	0.1673
chr4	723581	723732	chr4:723582-723732	distal	distal	none	none	VT51758.1	VT51758.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.031	0.0275	0.0369	0.0283	0.0053	0.0296	0.0355	0.0366	0.0053	0.0429	0.0347	0.0429	0.0325	0.0184	0.0193	0.0184	0.0177
chr4	724592	724886	chr4:724593-724886	distal	distal	stage5	stage5	VT51758.1,ey_UE0.9	VT51758.1,ey_UE0.9	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0434	0.065	0.0409	0.0117	0.0655	0.045	0.0466	0.0117	0.0767	0.0666	0.0767	0.0767	0.0391	0.0374	0.0391	0.0464
chr4	725061	725255	chr4:725062-725255	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT51758.1,ey_UE0.9	VT51758.1,ey_UE0.9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1926	0.1864	0.2407	0.1468	0.122	0.2335	0.1778	0.2425	0.122	0.2778	0.2733	0.2778	0.1844	0.1409	0.1483	0.1409	0.1376
chr4	726886	727037	chr4:726887-727037	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0309	0.0505	0.0263	0.0142	0.0371	0.0374	0.0727	0.0526	0.0371	0.0242	0.0347	0.0242	0.017	0.0046	0.0206	0.0046	0.0182
chr4	729179	729368	chr4:729180-729368	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT51761.1	VT51761.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0415	0.0555	0.047	0.0199	0.0361	0.0578	0.0528	0.0833	0.0361	0.0447	0.0559	0.0447	0.0225	0.026	0.0193	0.026	0.0188
chr4	729413	729806	chr4:729414-729806	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT51761.1	VT51761.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0723	0.0911	0.091	0.0306	0.0329	0.0966	0.0761	0.1626	0.0329	0.0719	0.1035	0.0719	0.0411	0.0329	0.0355	0.0329	0.0287
chr4	729916	730067	chr4:729917-730067	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT51761.1	VT51761.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0287	0.0358	0.0388	0.0097	0.0117	0.0311	0.0407	0.0573	0.0117	0.0272	0.0492	0.0272	0.0155	0.0077	0.0161	0.0077	0.0073
chr4	730464	730615	chr4:730465-730615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0248	0.0297	0.0277	0.0162	0.017	0.0282	0.0489	0.024	0.017	0.026	0.0309	0.026	0.0217	0.0138	0.0239	0.0138	0.0135
chr4	730784	730935	chr4:730785-730935	distal	distal	none	none	ey_5D11,ey_DO2	ey_5D11,ey_DO2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0202	0.0191	0.0214	0.0202	0.0053	0.0165	0.0298	0.0227	0.0053	0.0157	0.0273	0.0157	0.0194	0.0138	0.0413	0.0138	0.012
chr4	731230	731391	chr4:731231-731391	distal	distal	none	none	ey_5D11	ey_5D11	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0286	0.0262	0.0352	0.0241	0.0064	0.034	0.0247	0.0386	0.0064	0.0447	0.0389	0.0447	0.0225	0.026	0.0303	0.026	0.0146
chr4	733507	733658	chr4:733508-733658	distal	distal	none	none	VT51763.1	VT51763.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0269	0.032	0.026	0.0095	0.0291	0.0359	0.0333	0.0095	0.026	0.0241	0.026	0.0248	0.01	0.0142	0.01	0.0141
chr4	733720	733905	chr4:733721-733905	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT51763.1	VT51763.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0476	0.0507	0.0537	0.0373	0.0265	0.0592	0.0571	0.0586	0.0265	0.0399	0.0486	0.0399	0.0473	0.01	0.0219	0.01	0.0229
chr4	736254	736426	chr4:736255-736426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0238	0.0145	0.0277	0.0301	0.0042	0.0126	0.0242	0.012	0.0042	0.0248	0.0267	0.0248	0.0163	0.0123	0.0181	0.0123	0.0141
chr4	736505	736735	chr4:736506-736735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0275	0.0221	0.0335	0.027	0.0074	0.0257	0.032	0.022	0.0074	0.0465	0.0302	0.0465	0.0209	0.0138	0.0219	0.0138	0.0224
chr4	738376	738589	chr4:738377-738589	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0352	0.0516	0.0397	0.012	0.017	0.0748	0.0502	0.0626	0.017	0.0833	0.0376	0.0833	0.0124	0.0214	0.0097	0.0214	0.0063
chr4	739374	739534	chr4:739375-739534	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0337	0.0416	0.0407	0.0173	0.0276	0.0388	0.0558	0.0426	0.0276	0.0543	0.0492	0.0543	0.0341	0.0214	0.0193	0.0214	0.0162
chr4	741406	741563	chr4:741407-741563	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0321	0.031	0.0424	0.022	0.0095	0.0505	0.0359	0.0213	0.0095	0.0851	0.0341	0.0851	0.0325	0.0314	0.0206	0.0314	0.0219
chr4	742528	742728	chr4:742529-742728	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1235	0.1203	0.1412	0.1075	0.1007	0.1519	0.1337	0.1119	0.1007	0.1902	0.1576	0.1902	0.1348	0.1386	0.1096	0.1386	0.1318
chr4	742833	742984	chr4:742834-742984	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.05	0.046	0.0615	0.0419	0.0318	0.0592	0.0532	0.0426	0.0318	0.0749	0.0711	0.0749	0.0596	0.0567	0.0471	0.0567	0.0464
chr4	743037	743239	chr4:743038-743239	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.093	0.087	0.1016	0.0902	0.0615	0.117	0.0943	0.0879	0.0615	0.1329	0.1071	0.1329	0.1108	0.1194	0.098	0.1194	0.1068
chr4	744921	745072	chr4:744922-745072	FBgn0005666	bt	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0367	0.0222	0.0329	0.0572	0.0032	0.033	0.0272	0.016	0.0032	0.0483	0.0305	0.0483	0.0457	0.1953	0.0355	0.1953	0.0334
chr4	745446	745609	chr4:745447-745609	FBgn0005666	bt	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0243	0.0272	0.0347	0.0053	0.0335	0.0303	0.024	0.0053	0.061	0.0235	0.061	0.0124	0.1072	0.0187	0.1072	0.0234
chr4	745736	745889	chr4:745737-745889	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.028	0.0213	0.0296	0.0337	0.0042	0.0286	0.0285	0.018	0.0042	0.0731	0.0225	0.0731	0.017	0.1126	0.0148	0.1126	0.0193
chr4	746268	746419	chr4:746269-746419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0165	0.0137	0.0148	0.0216	0.0032	0.0087	0.0238	0.0147	0.0032	0.0181	0.0138	0.0181	0.0147	0.0345	0.0135	0.0345	0.0115
chr4	752263	752424	chr4:752264-752424	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0331	0.0451	0.0365	0.0157	0.0191	0.0359	0.0554	0.0713	0.0191	0.026	0.0588	0.026	0.024	0.0191	0.0245	0.0191	0.0099
chr4	752533	752684	chr4:752534-752684	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0272	0.035	0.0317	0.0136	0.0138	0.0248	0.0497	0.0506	0.0138	0.0236	0.0489	0.0236	0.0201	0.0222	0.0116	0.0222	0.0063
chr4	756225	756376	chr4:756226-756376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0139	0.0214	0.0112	0.0085	0.017	0.017	0.0372	0.0173	0.017	0.0163	0.0132	0.0163	0.0101	0.0145	0.0071	0.0145	0.0073
chr4	757347	757561	chr4:757348-757561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0333	0.0355	0.0315	0.017	0.0422	0.0411	0.03	0.017	0.0459	0.0376	0.0459	0.0271	0.0482	0.0103	0.0482	0.0198
chr4	759440	759617	chr4:759441-759617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0208	0.0242	0.0277	0.0074	0.0218	0.0303	0.0213	0.0074	0.0332	0.0228	0.0332	0.0155	0.0758	0.0103	0.0758	0.0109
chr4	759777	760062	chr4:759778-760062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0288	0.0253	0.0272	0.0345	0.0148	0.0301	0.0381	0.0207	0.0148	0.0501	0.0238	0.0501	0.0209	0.1049	0.0181	0.1049	0.0167
chr4	762717	762874	chr4:762718-762874	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0393	0.0171	0.0102	0.0233	0.0296	0.0575	0.0486	0.0233	0.0139	0.0219	0.0139	0.0201	0.0123	0.0116	0.0123	0.0104
chr4	763000	763184	chr4:763001-763184	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0421	0.0586	0.0431	0.0224	0.035	0.0471	0.0895	0.0633	0.035	0.038	0.0643	0.038	0.0232	0.0398	0.0187	0.0398	0.0182
chr4	763324	763519	chr4:763325-763519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.03	0.0384	0.0317	0.0188	0.0297	0.0277	0.0549	0.0486	0.0297	0.0308	0.0453	0.0308	0.0225	0.0306	0.0226	0.0306	0.0146
chr4	776086	776270	chr4:776087-776270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0173	0.0263	0.0143	0.0106	0.0127	0.0155	0.0489	0.0233	0.0127	0.0072	0.0203	0.0072	0.0124	0.0199	0.0174	0.0199	0.0057
chr4	787764	787915	chr4:787765-787915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0181	0.0178	0.0208	0.0155	0.0042	0.0204	0.0277	0.0147	0.0042	0.0187	0.0315	0.0187	0.0108	0.0237	0.0303	0.0237	0.0083
chr4	790710	790861	chr4:790711-790861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.021	0.0243	0.0193	0.0191	0.0117	0.0248	0.0381	0.0207	0.0117	0.0236	0.0212	0.0236	0.0194	0.0436	0.0148	0.0436	0.0177
chr4	791851	792095	chr4:791852-792095	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0403	0.0331	0.023	0.0233	0.032	0.0649	0.044	0.0233	0.0411	0.0405	0.0411	0.0178	0.0322	0.0148	0.0322	0.0146
chr4	795709	795939	chr4:795710-795939	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0577	0.0976	0.0485	0.0231	0.088	0.0786	0.1289	0.1106	0.088	0.0495	0.063	0.0495	0.0349	0.0352	0.0213	0.0352	0.0203
chr4	796005	796482	chr4:796006-796482	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0981	0.1426	0.0879	0.0596	0.1124	0.1306	0.1734	0.1692	0.1124	0.0803	0.1109	0.0803	0.0891	0.0812	0.0548	0.0812	0.074
chr4	796526	796677	chr4:796527-796677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0434	0.0364	0.0298	0.0297	0.0442	0.0528	0.05	0.0297	0.0411	0.0418	0.0411	0.0387	0.0391	0.0251	0.0391	0.0453
chr4	797733	798181	chr4:797734-798181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0557	0.0523	0.0613	0.0533	0.0265	0.0476	0.0761	0.048	0.0265	0.0634	0.0611	0.0634	0.0713	0.0704	0.049	0.0704	0.0787
chr4	798330	798481	chr4:798331-798481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0252	0.0295	0.0277	0.0175	0.018	0.033	0.0381	0.03	0.018	0.0229	0.0312	0.0229	0.0232	0.0314	0.0181	0.0314	0.0182
chr4	800856	801007	chr4:800857-801007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0546	0.0223	0.0166	0.0509	0.035	0.0874	0.0413	0.0509	0.0205	0.0248	0.0205	0.0248	0.0168	0.0181	0.0168	0.0208
chr4	801413	801604	chr4:801414-801604	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0455	0.079	0.0324	0.0224	0.0944	0.0485	0.125	0.068	0.0944	0.0302	0.0402	0.0302	0.0403	0.0337	0.0142	0.0337	0.0292
chr4	803208	803359	chr4:803209-803359	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0401	0.0607	0.0348	0.023	0.0573	0.0481	0.0926	0.0533	0.0573	0.038	0.037	0.038	0.0465	0.0291	0.0213	0.0291	0.0334
chr4	807666	807864	chr4:807667-807864	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0634	0.075	0.0683	0.045	0.0573	0.0806	0.0965	0.0786	0.0573	0.0731	0.0768	0.0731	0.0798	0.0513	0.0496	0.0513	0.0604
chr4	807907	808058	chr4:807908-808058	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0875	0.0864	0.0985	0.0767	0.0541	0.0913	0.1016	0.0993	0.0541	0.1159	0.1061	0.1159	0.1022	0.0858	0.0877	0.0858	0.0891
chr4	808190	808365	chr4:808191-808365	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1642	0.166	0.1822	0.1423	0.141	0.1738	0.186	0.1825	0.141	0.218	0.2016	0.218	0.1766	0.1677	0.1496	0.1677	0.161
chr4	808504	808694	chr4:808505-808694	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.0725	0.0865	0.0572	0.0371	0.0811	0.0748	0.0933	0.0371	0.1051	0.0974	0.1051	0.0837	0.0681	0.0625	0.0681	0.0604
chr4	808708	808939	chr4:808709-808939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.0833	0.0934	0.0655	0.0636	0.0932	0.0913	0.0959	0.0636	0.1087	0.1051	0.1087	0.0837	0.0835	0.0606	0.0835	0.0771
chr4	809064	809263	chr4:809065-809263	FBgn0039923	MED26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.154	0.1519	0.1777	0.1305	0.1177	0.1602	0.1674	0.1779	0.1177	0.2295	0.1945	0.2295	0.1565	0.1394	0.1341	0.1394	0.1527
chr4	809369	809607	chr4:809370-809607	FBgn0039923	MED26	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1271	0.1267	0.1482	0.1044	0.0944	0.1417	0.1362	0.1506	0.0944	0.1963	0.1669	0.1963	0.1278	0.1478	0.1032	0.1478	0.1073
chr4	817228	817419	chr4:817229-817419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0387	0.0518	0.0376	0.0252	0.0318	0.0471	0.0714	0.0566	0.0318	0.0411	0.045	0.0411	0.0442	0.0214	0.0258	0.0214	0.0276
chr4	817659	817810	chr4:817660-817810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0222	0.0334	0.0178	0.0146	0.0201	0.0267	0.0407	0.044	0.0201	0.0109	0.0212	0.0109	0.0248	0.0038	0.0174	0.0038	0.0198
chr4	822467	822838	chr4:822468-822838	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0447	0.047	0.0608	0.0245	0.0191	0.0553	0.0571	0.0506	0.0191	0.0731	0.0881	0.0731	0.0287	0.0299	0.0393	0.0299	0.0229
chr4	823257	823408	chr4:823258-823408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0198	0.0183	0.0287	0.0116	0.0074	0.0199	0.026	0.018	0.0074	0.0543	0.028	0.0543	0.0147	0.0161	0.0116	0.0161	0.0047
chr4	823475	823626	chr4:823476-823626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0272	0.0255	0.0371	0.0182	0.0095	0.032	0.0272	0.03	0.0095	0.0737	0.0344	0.0737	0.0132	0.0314	0.0155	0.0314	0.0099
chr4	827583	828063	chr4:827584-828063	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1713	0.1527	0.2145	0.1448	0.0795	0.2131	0.1358	0.1852	0.0795	0.276	0.2367	0.276	0.206	0.1799	0.1186	0.1799	0.1772
chr4	828453	828659	chr4:828454-828659	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1629	0.0872	0.2194	0.1854	0.0223	0.1437	0.0692	0.1126	0.0223	0.3086	0.2495	0.3086	0.1758	0.2221	0.1889	0.2221	0.2178
chr4	828821	829064	chr4:828822-829064	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1421	0.1542	0.1577	0.1114	0.0944	0.1757	0.1501	0.2252	0.0944	0.195	0.1855	0.195	0.0914	0.1164	0.1109	0.1164	0.1027
chr4	829206	829357	chr4:829207-829357	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0496	0.0637	0.0553	0.0276	0.0318	0.0612	0.0727	0.0859	0.0318	0.064	0.074	0.064	0.0302	0.0299	0.0303	0.0299	0.025
chr4	833808	833959	chr4:833809-833959	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0241	0.0386	0.018	0.0145	0.0265	0.0393	0.0454	0.0446	0.0265	0.0223	0.017	0.0223	0.0093	0.0084	0.0071	0.0084	0.0094
chr4	833987	834675	chr4:833988-834675	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.083	0.1265	0.0745	0.0436	0.0838	0.118	0.1626	0.1532	0.0838	0.0731	0.0859	0.0731	0.062	0.0352	0.0271	0.0352	0.0302
chr4	835047	835198	chr4:835048-835198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0213	0.0285	0.0201	0.0145	0.0159	0.0214	0.0381	0.0386	0.0159	0.0284	0.0222	0.0284	0.0124	0.0107	0.0084	0.0107	0.0089
chr4	835277	835428	chr4:835278-835428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0244	0.0204	0.0149	0.0127	0.0165	0.0381	0.032	0.0127	0.0266	0.0196	0.0266	0.0225	0.0092	0.011	0.0092	0.0115
chr4	838525	838765	chr4:838526-838765	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0537	0.072	0.0491	0.0383	0.0488	0.0733	0.0965	0.0673	0.0488	0.1141	0.0428	0.1141	0.0279	0.1133	0.0297	0.1133	0.0208
chr4	838968	839130	chr4:838969-839130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0333	0.0379	0.0315	0.0302	0.0318	0.0466	0.0497	0.032	0.0318	0.061	0.0312	0.061	0.0201	0.0528	0.0438	0.0528	0.0234
chr4	839220	839407	chr4:839221-839407	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0488	0.0669	0.0443	0.0336	0.052	0.0675	0.0939	0.0593	0.052	0.0851	0.0434	0.0851	0.0325	0.0873	0.0258	0.0873	0.0292
chr4	839431	839625	chr4:839432-839625	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0613	0.0862	0.0515	0.044	0.0774	0.0806	0.1112	0.0859	0.0774	0.1051	0.0489	0.1051	0.0333	0.1286	0.0316	0.1286	0.0307
chr4	839671	839863	chr4:839672-839863	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0401	0.0646	0.0297	0.0242	0.052	0.0573	0.0792	0.072	0.052	0.0477	0.0305	0.0477	0.0225	0.0697	0.0226	0.0697	0.0141
chr4	841595	841746	chr4:841596-841746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0228	0.0203	0.0128	0.0106	0.0199	0.0359	0.0247	0.0106	0.0242	0.0167	0.0242	0.0124	0.0084	0.0103	0.0084	0.0089
chr4	842961	843159	chr4:842962-843159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0423	0.05	0.048	0.0274	0.0445	0.0417	0.067	0.0533	0.0445	0.0779	0.0473	0.0779	0.0356	0.0513	0.0309	0.0513	0.0188
chr4	844791	844985	chr4:844792-844985	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0512	0.0491	0.0363	0.0318	0.0515	0.0692	0.0566	0.0318	0.0652	0.0444	0.0652	0.0325	0.0444	0.0219	0.0444	0.0344
chr4	845386	845546	chr4:845387-845546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0305	0.051	0.0272	0.0113	0.0233	0.0359	0.0817	0.066	0.0233	0.0205	0.0447	0.0205	0.0132	0.0115	0.0123	0.0115	0.0083
chr4	845747	846053	chr4:845748-846053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0442	0.0709	0.0412	0.0177	0.0297	0.0563	0.1107	0.0813	0.0297	0.0308	0.0614	0.0308	0.0248	0.0191	0.0206	0.0191	0.0109
chr4	846939	847109	chr4:846940-847109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0332	0.0394	0.0468	0.0114	0.0191	0.0301	0.0471	0.068	0.0191	0.0344	0.0801	0.0344	0.0194	0.0107	0.0168	0.0107	0.013
chr4	847387	847538	chr4:847388-847538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0294	0.0299	0.0141	0.0095	0.0296	0.0346	0.038	0.0095	0.0266	0.0367	0.0266	0.0186	0.013	0.0097	0.013	0.0083
chr4	847684	847870	chr4:847685-847870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0308	0.0333	0.0398	0.018	0.0117	0.0291	0.0415	0.0506	0.0117	0.0441	0.0505	0.0441	0.0209	0.0145	0.0116	0.0145	0.0125
chr4	847903	848054	chr4:847904-848054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0276	0.027	0.0341	0.0212	0.0074	0.0286	0.0337	0.0353	0.0074	0.0344	0.0479	0.0344	0.0163	0.013	0.0103	0.013	0.012
chr4	849124	849275	chr4:849125-849275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.0257	0.0183	0.0099	0.0074	0.0442	0.0307	0.0133	0.0074	0.0266	0.0232	0.0266	0.0116	0.0176	0.0077	0.0176	0.0109
chr4	850484	850635	chr4:850485-850635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0351	0.0355	0.0434	0.0256	0.0159	0.0476	0.0463	0.0333	0.0159	0.058	0.046	0.058	0.0488	0.0222	0.0239	0.0222	0.049
chr4	853646	853836	chr4:853647-853836	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0492	0.031	0.078	0.0379	0.0127	0.0369	0.0363	0.038	0.0127	0.067	0.1315	0.067	0.0395	0.0276	0.107	0.0276	0.0214
chr4	854899	855132	chr4:854900-855132	FBgn0039938	Sox102F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2156	0.2173	0.251	0.1749	0.1835	0.2451	0.2193	0.2618	0.1835	0.349	0.281	0.349	0.2208	0.2106	0.205	0.2106	0.1845
chr4	855587	855771	chr4:855588-855771	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1792	0.1582	0.21	0.1689	0.105	0.183	0.1743	0.1825	0.105	0.2729	0.2289	0.2729	0.1905	0.183	0.1812	0.183	0.1923
chr4	856128	856320	chr4:856129-856320	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1918	0.1609	0.2284	0.1862	0.1156	0.2034	0.16	0.1905	0.1156	0.311	0.2367	0.311	0.2084	0.2029	0.2012	0.2029	0.1965
chr4	856448	856743	chr4:856449-856743	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2502	0.2577	0.2888	0.1996	0.1909	0.2859	0.2833	0.3125	0.1909	0.3798	0.3151	0.3798	0.244	0.2312	0.1979	0.2312	0.1923
chr4	865169	865357	chr4:865170-865357	FBgn0039937	fd102C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1594	0.1762	0.1995	0.0966	0.1559	0.1903	0.186	0.2032	0.1559	0.2657	0.2344	0.2657	0.0798	0.0858	0.1051	0.0858	0.0641
chr4	866815	867179	chr4:866816-867179	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0676	0.1248	0.052	0.0207	0.1188	0.0845	0.1834	0.1346	0.1188	0.0465	0.0682	0.0465	0.0395	0.0245	0.0232	0.0245	0.0203
chr4	871009	871189	chr4:871010-871189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0381	0.0545	0.039	0.0189	0.0445	0.0524	0.0714	0.0553	0.0445	0.029	0.0492	0.029	0.0356	0.0168	0.0116	0.0168	0.0188
chr4	871870	872444	chr4:871871-872444	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0947	0.1365	0.0872	0.0561	0.0689	0.1369	0.1345	0.2119	0.0689	0.0876	0.1039	0.0876	0.0689	0.0536	0.0451	0.0536	0.0532
chr4	873049	873255	chr4:873050-873255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0372	0.0314	0.047	0.033	0.0127	0.0364	0.0381	0.0366	0.0127	0.035	0.073	0.035	0.0263	0.0283	0.0419	0.0283	0.0375
chr4	874030	874359	chr4:874031-874359	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.054	0.0649	0.056	0.0397	0.0456	0.066	0.0817	0.068	0.0456	0.0537	0.0788	0.0537	0.0496	0.0413	0.0606	0.0413	0.0448
chr4	875418	875569	chr4:875419-875569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0276	0.0414	0.0255	0.0146	0.0551	0.033	0.058	0.0293	0.0551	0.0266	0.0235	0.0266	0.0333	0.0145	0.0135	0.0145	0.012
chr4	875808	875989	chr4:875809-875989	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0562	0.0805	0.0496	0.0363	0.087	0.067	0.1103	0.0726	0.087	0.0429	0.045	0.0429	0.038	0.0222	0.0232	0.0222	0.036
chr4	877973	878124	chr4:877974-878124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0363	0.0247	0.0132	0.018	0.0296	0.0484	0.0493	0.018	0.026	0.0286	0.026	0.0248	0.0107	0.0135	0.0107	0.0188
chr4	879672	879932	chr4:879673-879932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0407	0.0457	0.0434	0.032	0.018	0.0485	0.0588	0.05	0.018	0.0586	0.0473	0.0586	0.0434	0.0383	0.0329	0.0383	0.0469
chr4	880318	880469	chr4:880319-880469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0282	0.0282	0.0205	0.0117	0.0262	0.0411	0.03	0.0117	0.0223	0.035	0.0223	0.0333	0.0322	0.0161	0.0322	0.0292
chr4	880843	880994	chr4:880844-880994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0306	0.0366	0.0326	0.0216	0.0159	0.0393	0.0497	0.0346	0.0159	0.0314	0.0399	0.0314	0.0372	0.0276	0.0161	0.0276	0.0328
chr4	881011	881162	chr4:881012-881162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.033	0.0299	0.0226	0.0191	0.035	0.0441	0.032	0.0191	0.0296	0.0363	0.0296	0.0302	0.0276	0.0226	0.0276	0.0318
chr4	887258	887485	chr4:887259-887485	FBgn0039936	CG11148	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1189	0.1036	0.1398	0.1131	0.0573	0.134	0.1077	0.1146	0.0573	0.1709	0.1498	0.1709	0.1425	0.1225	0.1109	0.1225	0.1443
chr4	887609	887796	chr4:887610-887796	FBgn0039936	CG11148	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2102	0.1973	0.2451	0.1863	0.1506	0.2403	0.1912	0.2365	0.1506	0.2947	0.273	0.2947	0.2324	0.2106	0.1889	0.2106	0.21
chr4	888437	888805	chr4:888438-888805	FBgn0263344	CR43425	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0793	0.1	0.0816	0.0538	0.0626	0.1078	0.1073	0.1259	0.0626	0.07	0.101	0.07	0.0782	0.0482	0.0696	0.0482	0.0469
chr4	888875	889106	chr4:888876-889106	FBgn0263344	CR43425	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0627	0.07	0.0728	0.0433	0.0424	0.0743	0.074	0.0893	0.0424	0.064	0.0913	0.064	0.062	0.0337	0.0477	0.0337	0.0412
chr4	889468	889619	chr4:889469-889619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0439	0.0513	0.0481	0.0309	0.0382	0.0573	0.0554	0.06	0.0382	0.0598	0.0537	0.0598	0.0395	0.0452	0.0245	0.0452	0.0334
chr4	897492	897643	chr4:897493-897643	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0383	0.0253	0.012	0.0297	0.0277	0.0627	0.0393	0.0297	0.0169	0.0347	0.0169	0.031	0.0123	0.0135	0.0123	0.0141
chr4	899382	899813	chr4:899383-899813	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1052	0.1378	0.1176	0.0551	0.0838	0.1442	0.1795	0.1486	0.0838	0.1606	0.1344	0.1606	0.0875	0.0865	0.04	0.0865	0.0724
chr4	899968	900206	chr4:899969-900206	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1386	0.1649	0.1475	0.0994	0.123	0.1937	0.1869	0.1719	0.123	0.2174	0.1489	0.2174	0.1371	0.124	0.0774	0.124	0.16
chr4	900310	900507	chr4:900311-900507	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1021	0.1152	0.11	0.079	0.0954	0.1311	0.1298	0.1179	0.0954	0.1636	0.1138	0.1636	0.0968	0.0766	0.0671	0.0766	0.1303
chr4	900792	900943	chr4:900793-900943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.031	0.0303	0.0237	0.018	0.0345	0.0407	0.0266	0.018	0.0386	0.0334	0.0386	0.031	0.0207	0.0219	0.0207	0.038
chr4	906398	906549	chr4:906399-906549	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0191	0.0269	0.018	0.0114	0.018	0.0243	0.0398	0.024	0.018	0.0181	0.0219	0.0181	0.017	0.0077	0.0129	0.0077	0.0078
chr4	907139	907290	chr4:907140-907290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0294	0.015	0.012	0.0191	0.0184	0.0502	0.0293	0.0191	0.0145	0.018	0.0145	0.0201	0.01	0.0123	0.01	0.0151
chr4	908742	908893	chr4:908743-908893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0241	0.0209	0.0221	0.0299	0.0106	0.0204	0.032	0.0187	0.0106	0.0181	0.0257	0.0181	0.0318	0.0222	0.0213	0.0222	0.062
chr4	911828	912010	chr4:911829-912010	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.03	0.0411	0.0303	0.0171	0.0318	0.0252	0.0696	0.0406	0.0318	0.0266	0.0447	0.0266	0.0194	0.0115	0.0213	0.0115	0.0135
chr4	912049	912276	chr4:912050-912276	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0338	0.0278	0.0173	0.0223	0.0262	0.0532	0.0346	0.0223	0.0242	0.0428	0.0242	0.0139	0.0107	0.0219	0.0107	0.0162
chr4	913602	913753	chr4:913603-913753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0138	0.0117	0.0156	0.0011	0.0097	0.0225	0.0207	0.0011	0.0145	0.0129	0.0145	0.0101	0.013	0.0123	0.013	0.0094
chr4	914192	914346	chr4:914193-914346	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0206	0.0103	0.0136	0.0398	0.0042	0.0117	0.0138	0.01	0.0042	0.0066	0.0151	0.0066	0.0201	0.0245	0.0226	0.0245	0.0334
chr4	916852	917095	chr4:916853-917095	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0346	0.0447	0.0357	0.0221	0.0361	0.0374	0.058	0.0533	0.0361	0.032	0.0492	0.032	0.0341	0.0184	0.0206	0.0184	0.0307
chr4	917104	917255	chr4:917105-917255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0265	0.0264	0.0192	0.0191	0.0296	0.026	0.0353	0.0191	0.0284	0.0273	0.0284	0.0287	0.0176	0.0226	0.0176	0.0271
chr4	917619	917779	chr4:917620-917779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0234	0.0379	0.0206	0.0138	0.0189	0.0359	0.0247	0.0138	0.0187	0.0495	0.0187	0.0403	0.0123	0.0232	0.0123	0.0287
chr4	919258	919409	chr4:919259-919409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0221	0.0174	0.0159	0.0095	0.0175	0.0346	0.0207	0.0095	0.0157	0.0222	0.0157	0.017	0.01	0.0187	0.01	0.0182
chr4	924546	925340	chr4:924547-925340	FBgn0025726	unc-13	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1542	0.1582	0.1844	0.1167	0.1007	0.1864	0.176	0.1792	0.1007	0.2162	0.2141	0.2162	0.1588	0.108	0.0896	0.108	0.098
chr4	925399	925603	chr4:925400-925603	FBgn0025726	unc-13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1294	0.1235	0.169	0.0925	0.0933	0.1417	0.1289	0.1412	0.0933	0.2053	0.1932	0.2053	0.1472	0.0789	0.087	0.0789	0.0855
chr4	925866	926091	chr4:925867-926091	FBgn0025726	unc-13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0752	0.0758	0.0959	0.0519	0.0403	0.0854	0.0813	0.0966	0.0403	0.1039	0.118	0.1039	0.0875	0.0559	0.0638	0.0559	0.0474
chr4	926169	926320	chr4:926170-926320	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0321	0.0413	0.0379	0.0156	0.0212	0.0364	0.0549	0.0506	0.0212	0.0399	0.0489	0.0399	0.0263	0.0176	0.0148	0.0176	0.0109
chr4	926623	926774	chr4:926624-926774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.0298	0.0356	0.0354	0.017	0.0201	0.0316	0.0493	0.036	0.0201	0.0332	0.0505	0.0332	0.0194	0.026	0.0193	0.026	0.0156
chr4	930280	930431	chr4:930281-930431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0189	0.0262	0.0169	0.0131	0.018	0.0262	0.0298	0.028	0.018	0.0169	0.0193	0.0169	0.0209	0.0115	0.0213	0.0115	0.0162
chr4	930537	930688	chr4:930538-930688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0368	0.0231	0.0167	0.0361	0.0296	0.0446	0.046	0.0361	0.0242	0.026	0.0242	0.0318	0.0184	0.0264	0.0184	0.0198
chr4	930765	930964	chr4:930766-930964	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0699	0.0363	0.0334	0.0636	0.0578	0.0895	0.0799	0.0636	0.0459	0.0405	0.0459	0.0395	0.0337	0.0561	0.0337	0.0469
chr4	931060	931279	chr4:931061-931279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0281	0.0404	0.0251	0.0177	0.0308	0.0359	0.051	0.0446	0.0308	0.0338	0.0267	0.0338	0.0302	0.0199	0.0264	0.0199	0.0266
chr4	934019	934410	chr4:934020-934410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0551	0.0659	0.0542	0.0439	0.0562	0.0694	0.0848	0.0606	0.0562	0.0586	0.0675	0.0586	0.0589	0.049	0.0426	0.049	0.0745
chr4	934857	935076	chr4:934858-935076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0357	0.0391	0.0379	0.0294	0.0223	0.0374	0.0528	0.0386	0.0223	0.0344	0.0466	0.0344	0.0473	0.0352	0.0335	0.0352	0.0433
chr4	935132	935526	chr4:935133-935526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0463	0.0487	0.0489	0.0407	0.0297	0.0481	0.061	0.0553	0.0297	0.0465	0.0579	0.0465	0.072	0.0482	0.0451	0.0482	0.0573
chr4	936666	936968	chr4:936667-936968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0347	0.04	0.0352	0.0283	0.0223	0.035	0.058	0.0446	0.0223	0.0507	0.0395	0.0507	0.0356	0.0306	0.0251	0.0306	0.0464
chr4	940775	940926	chr4:940776-940926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0369	0.0207	0.0146	0.0212	0.0291	0.0606	0.0293	0.0212	0.0211	0.0238	0.0211	0.0178	0.0145	0.0148	0.0145	0.024
chr4	941043	941319	chr4:941044-941319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0617	0.027	0.0184	0.0435	0.0471	0.093	0.06	0.0435	0.0296	0.0318	0.0296	0.0263	0.0168	0.0193	0.0168	0.0287
chr4	943173	944007	chr4:943174-944007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0851	0.1105	0.0751	0.0675	0.0795	0.0966	0.157	0.1113	0.0795	0.0815	0.0894	0.0815	0.0798	0.0896	0.0638	0.0896	0.0964
chr4	944111	944357	chr4:944112-944357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0461	0.0367	0.027	0.0276	0.0466	0.0666	0.042	0.0276	0.0393	0.045	0.0393	0.038	0.0299	0.0271	0.0299	0.036
chr4	950463	950802	chr4:950464-950802	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0887	0.0893	0.057	0.053	0.1019	0.1116	0.0846	0.053	0.1111	0.0949	0.1111	0.1015	0.059	0.0754	0.059	0.0662
chr4	950852	951181	chr4:950853-951181	FBgn0023213	eIF4G	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1301	0.124	0.1528	0.1121	0.0774	0.1432	0.1471	0.1312	0.0774	0.1824	0.1736	0.1824	0.1503	0.1072	0.1367	0.1072	0.1334
chr4	951250	951431	chr4:951251-951431	FBgn0023213	eIF4G	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1315	0.118	0.1525	0.1235	0.0753	0.1296	0.1388	0.1379	0.0753	0.1721	0.1707	0.1721	0.1681	0.1225	0.1438	0.1225	0.1412
chr4	951618	951843	chr4:951619-951843	FBgn0023213	eIF4G	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0954	0.086	0.1204	0.0784	0.0732	0.0888	0.1021	0.0959	0.0732	0.1395	0.136	0.1395	0.1208	0.0819	0.0832	0.0819	0.1047
chr4	951892	952480	chr4:951893-952480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1123	0.1064	0.1431	0.0849	0.0721	0.1223	0.1263	0.1106	0.0721	0.16	0.1646	0.16	0.1456	0.0881	0.0993	0.0881	0.0948
chr4	956229	956380	chr4:956230-956380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0461	0.035	0.0269	0.0361	0.0379	0.0705	0.0413	0.0361	0.0411	0.0408	0.0411	0.0302	0.0322	0.0284	0.0322	0.0224
chr4	956440	956678	chr4:956441-956678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.0651	0.0509	0.0393	0.0424	0.0592	0.0952	0.066	0.0424	0.0634	0.0556	0.0634	0.0473	0.0513	0.0458	0.0513	0.0287
chr4	956776	956979	chr4:956777-956979	FBgn0019985	mGluRA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.08	0.0602	0.0402	0.0626	0.0646	0.1142	0.0839	0.0626	0.0694	0.073	0.0694	0.0527	0.0467	0.0509	0.0467	0.0302
chr4	957063	957278	chr4:957064-957278	FBgn0019985	mGluRA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade2	0.1112	0.1214	0.1225	0.0876	0.0912	0.1136	0.1583	0.1266	0.0912	0.1407	0.1585	0.1407	0.0991	0.0804	0.1064	0.0804	0.0511
chr4	957807	957958	chr4:957808-957958	FBgn0019985	mGluRA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0262	0.0203	0.0211	0.0383	0.0191	0.0141	0.0294	0.024	0.0191	0.0187	0.0264	0.0187	0.0201	0.0268	0.0277	0.0268	0.0193
chr4	962098	962249	chr4:962099-962249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0556	0.031	0.0221	0.0297	0.0563	0.0692	0.0686	0.0297	0.0423	0.0309	0.0423	0.0325	0.036	0.0226	0.036	0.0328
chr4	962498	962695	chr4:962499-962695	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0745	0.0406	0.0221	0.0689	0.0636	0.0891	0.0939	0.0689	0.0519	0.046	0.0519	0.0349	0.0299	0.0309	0.0299	0.0281
chr4	962735	962937	chr4:962736-962937	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0739	0.0387	0.0191	0.0604	0.0592	0.1021	0.0873	0.0604	0.0429	0.0521	0.0429	0.0263	0.0184	0.0226	0.0184	0.0255
chr4	963514	963694	chr4:963515-963694	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0352	0.0668	0.0254	0.0107	0.0371	0.0524	0.096	0.0773	0.0371	0.0278	0.0347	0.0278	0.0155	0.0115	0.0148	0.0115	0.0078
chr4	963904	964055	chr4:963905-964055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0466	0.0259	0.016	0.0361	0.035	0.0683	0.0493	0.0361	0.0272	0.0367	0.0272	0.0178	0.0199	0.0168	0.0199	0.0172
chr4	964139	964832	chr4:964140-964832	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0888	0.1479	0.0709	0.0425	0.123	0.0995	0.2067	0.1772	0.123	0.0634	0.0974	0.0634	0.0674	0.0375	0.0432	0.0375	0.0412
chr4	966921	967073	chr4:966922-967073	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0311	0.0344	0.0357	0.0226	0.0148	0.035	0.0433	0.044	0.0148	0.0441	0.0434	0.0441	0.0318	0.0314	0.0232	0.0314	0.024
chr4	970084	970235	chr4:970085-970235	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0281	0.0451	0.0214	0.0164	0.0339	0.0364	0.0666	0.0453	0.0339	0.0217	0.0254	0.0217	0.0232	0.0184	0.0155	0.0184	0.0214
chr4	971403	971554	chr4:971404-971554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0289	0.035	0.0307	0.0201	0.0212	0.0306	0.0502	0.0346	0.0212	0.0332	0.035	0.0332	0.0248	0.0222	0.0219	0.0222	0.0276
chr4	971574	971725	chr4:971575-971725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0213	0.0236	0.0249	0.0148	0.0138	0.0194	0.0337	0.0213	0.0138	0.026	0.0305	0.026	0.0232	0.0168	0.0174	0.0168	0.0203
chr4	978980	979183	chr4:978981-979183	FBgn0052016	CG32016	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1603	0.1488	0.1907	0.1397	0.087	0.1689	0.1622	0.1899	0.087	0.2325	0.2129	0.2325	0.1797	0.1639	0.1277	0.1639	0.1803
chr4	980118	980393	chr4:980119-980393	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1221	0.1178	0.1707	0.0735	0.0891	0.1218	0.1475	0.1352	0.0891	0.2228	0.1707	0.2228	0.1782	0.0812	0.0793	0.0812	0.0834
chr4	980452	980768	chr4:980453-980768	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2067	0.2014	0.2495	0.1657	0.1845	0.2282	0.2124	0.2325	0.1845	0.3255	0.2592	0.3255	0.2401	0.1953	0.1747	0.1953	0.1839
chr4	980862	981064	chr4:980863-981064	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1575	0.1305	0.2094	0.1306	0.0785	0.1631	0.1337	0.1652	0.0785	0.2796	0.2196	0.2796	0.2169	0.1616	0.1322	0.1616	0.1537
chr4	981699	982124	chr4:981700-982124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1123	0.1168	0.1282	0.0898	0.0764	0.1277	0.1375	0.1372	0.0764	0.1697	0.1405	0.1697	0.1278	0.111	0.1315	0.111	0.0855
chr4	983876	984096	chr4:983877-984096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0425	0.0717	0.0289	0.0249	0.0498	0.0578	0.0973	0.0753	0.0498	0.0393	0.0273	0.0393	0.0356	0.026	0.0251	0.026	0.0396
chr4	984459	984687	chr4:984460-984687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0543	0.055	0.0566	0.051	0.0329	0.0592	0.0636	0.0633	0.0329	0.099	0.0486	0.099	0.0697	0.0674	0.0387	0.0674	0.0792
chr4	985934	986085	chr4:985935-986085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.02	0.0202	0.0242	0.015	0.0127	0.0126	0.0337	0.0213	0.0127	0.0266	0.0251	0.0266	0.0194	0.0168	0.009	0.0168	0.012
chr4	987899	988056	chr4:987900-988056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0374	0.0286	0.0125	0.0191	0.0345	0.0528	0.0433	0.0191	0.0338	0.0376	0.0338	0.0186	0.0123	0.0187	0.0123	0.012
chr4	988058	988308	chr4:988059-988308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0349	0.0467	0.0353	0.0212	0.0286	0.0466	0.0597	0.0533	0.0286	0.0417	0.0463	0.0417	0.0225	0.0253	0.02	0.0253	0.0198
chr4	988383	988534	chr4:988384-988534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0338	0.0199	0.0127	0.0212	0.0282	0.0506	0.0333	0.0212	0.0284	0.0238	0.0284	0.0124	0.0161	0.011	0.0161	0.0156
chr4	990275	990426	chr4:990276-990426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.024	0.0252	0.0299	0.0163	0.0127	0.0233	0.0407	0.0213	0.0127	0.0489	0.0354	0.0489	0.0186	0.0199	0.0135	0.0199	0.0167
chr4	994262	994452	chr4:994263-994452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.039	0.0273	0.0231	0.0159	0.0296	0.0623	0.04	0.0159	0.0278	0.0257	0.0278	0.0201	0.0077	0.0103	0.0077	0.0193
chr4	994479	994876	chr4:994480-994876	distal	distal	none	none	sphinx_1067bp_5_fragment	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0587	0.0717	0.0604	0.0425	0.0371	0.067	0.1034	0.072	0.0371	0.0688	0.0569	0.0688	0.0465	0.0383	0.0297	0.0383	0.0365
chr4	994980	995162	chr4:994981-995162	distal	distal	stage5	none	sphinx_1067bp_5_fragment	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0343	0.0567	0.0263	0.018	0.0424	0.0471	0.0748	0.064	0.0424	0.0248	0.0283	0.0248	0.0256	0.0222	0.0181	0.0222	0.0162
chr4	995292	995518	chr4:995293-995518	FBgn0083990	sphinx	stage11,stage5	none	sphinx_1067bp_5_fragment	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0609	0.0931	0.049	0.0382	0.0721	0.0704	0.1345	0.1053	0.0721	0.0465	0.0376	0.0465	0.0418	0.0291	0.0129	0.0291	0.0349
chr4	995723	995874	chr4:995724-995874	FBgn0083990	sphinx	none	none	sphinx_1067bp_5_fragment	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0511	0.0213	0.0148	0.0382	0.0354	0.0757	0.0506	0.0382	0.0187	0.0196	0.0187	0.0271	0.0138	0.0123	0.0138	0.0151
chr4	996642	996803	chr4:996643-996803	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0383	0.0768	0.0259	0.0091	0.0647	0.0481	0.1133	0.0866	0.0647	0.0314	0.0283	0.0314	0.0271	0.0161	0.0084	0.0161	0.0057
chr4	999275	999426	chr4:999276-999426	FBgn0039932	CG11093	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0562	0.0566	0.0633	0.048	0.0424	0.05	0.0874	0.0466	0.0424	0.0833	0.072	0.0833	0.0333	0.049	0.0271	0.049	0.0198
chr4	1000389	1000791	chr4:1000390-1000791	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2707	0.2402	0.3093	0.2625	0.1771	0.2772	0.2513	0.2851	0.1771	0.3635	0.3402	0.3635	0.2905	0.2703	0.2721	0.2703	0.2882
chr4	1001727	1002042	chr4:1001728-1002042	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	toy_EEP	toy_EEP	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.11	0.1301	0.142	0.0525	0.0626	0.1354	0.1259	0.2085	0.0626	0.1534	0.1768	0.1534	0.0573	0.0329	0.0522	0.0329	0.0526
chr4	1003645	1003807	chr4:1003646-1003807	distal	distal	none	none	toy_R9G09	toy_R9G09	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0577	0.055	0.0576	0.0607	0.0276	0.0675	0.067	0.056	0.0276	0.0755	0.0569	0.0755	0.0426	0.0674	0.0419	0.0674	0.0287
chr4	1004006	1004157	chr4:1004007-1004157	distal	distal	stage5	stage5	toy_R9G09	toy_R9G09	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0534	0.0814	0.0489	0.027	0.0573	0.0563	0.1215	0.0966	0.0573	0.0429	0.0646	0.0429	0.0434	0.0237	0.0297	0.0237	0.0214
chr4	1004649	1004800	chr4:1004650-1004800	distal	distal	none	none	toy_R9G09	toy_R9G09	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0314	0.0485	0.0313	0.0124	0.0382	0.0296	0.0813	0.0486	0.0382	0.029	0.0521	0.029	0.0139	0.013	0.0148	0.013	0.0089
chr4	1005495	1005683	chr4:1005496-1005683	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	toy_R9G09	toy_R9G09	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0752	0.0847	0.099	0.0383	0.0477	0.0937	0.0882	0.1246	0.0477	0.0978	0.1293	0.0978	0.0356	0.0199	0.0264	0.0199	0.0208
chr4	1007056	1007207	chr4:1007057-1007207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0346	0.0397	0.0175	0.0148	0.0437	0.0437	0.0353	0.0148	0.055	0.0376	0.055	0.0519	0.0176	0.0123	0.0176	0.0208
chr4	1009144	1009345	chr4:1009145-1009345	distal	distal	stage14	stage14	toy_R9A02	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0307	0.0443	0.0422	0.0064	0.0417	0.0303	0.0413	0.0064	0.0338	0.0498	0.0338	0.0248	0.0253	0.0232	0.0253	0.0214
chr4	1010106	1010294	chr4:1010107-1010294	FBgn0019650	toy	stage11,stage14,stage5	none	toy_R9A02	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1972	0.2166	0.2218	0.1486	0.1495	0.2345	0.2435	0.2625	0.1495	0.2947	0.2441	0.2947	0.206	0.1799	0.1464	0.1799	0.1548
chr4	1016053	1016204	chr4:1016054-1016204	distal	distal	none	none	VT51885.1	VT51885.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0563	0.0305	0.0142	0.0371	0.0471	0.0843	0.052	0.0371	0.0308	0.0389	0.0308	0.0271	0.0123	0.0193	0.0123	0.0099
chr4	1016605	1016887	chr4:1016606-1016887	distal	distal	stage5	stage5	VT51885.1	VT51885.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0561	0.0733	0.0548	0.0383	0.0657	0.0636	0.0878	0.0873	0.0657	0.061	0.0621	0.061	0.0434	0.0222	0.0348	0.0222	0.025
chr4	1016902	1017109	chr4:1016903-1017109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0396	0.0538	0.0405	0.0227	0.0339	0.0553	0.0696	0.0626	0.0339	0.0441	0.0498	0.0441	0.0279	0.0153	0.0174	0.0153	0.0172
chr4	1017229	1017380	chr4:1017230-1017380	distal	distal	stage5	stage5	toy_R9H03	toy_R9H03	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0265	0.0249	0.0153	0.0117	0.0262	0.032	0.0373	0.0117	0.0266	0.0273	0.0266	0.0132	0.0092	0.0129	0.0092	0.0125
chr4	1017482	1017633	chr4:1017483-1017633	distal	distal	none	none	toy_R9H03	toy_R9H03	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0279	0.0259	0.0162	0.0201	0.0248	0.0363	0.032	0.0201	0.0223	0.0286	0.0223	0.007	0.0115	0.0129	0.0115	0.0162
chr4	1017991	1018142	chr4:1017992-1018142	distal	distal	none	none	toy_R9H03	toy_R9H03	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0449	0.0283	0.0124	0.0297	0.0379	0.0584	0.058	0.0297	0.0338	0.0328	0.0338	0.024	0.01	0.0135	0.01	0.012
chr4	1018905	1019096	chr4:1018906-1019096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0703	0.018	0.0106	0.0541	0.0534	0.1016	0.066	0.0541	0.0169	0.0241	0.0169	0.0147	0.013	0.0097	0.013	0.013
chr4	1020420	1020766	chr4:1020421-1020766	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0349	0.032	0.0431	0.0291	0.0117	0.032	0.0428	0.0433	0.0117	0.0851	0.0367	0.0851	0.0248	0.0322	0.0168	0.0322	0.0219
chr4	1022947	1023098	chr4:1022948-1023098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0183	0.0157	0.018	0.0138	0.0204	0.0247	0.018	0.0138	0.0193	0.0116	0.0193	0.0155	0.0092	0.0064	0.0092	0.0083
chr4	1023261	1023412	chr4:1023262-1023412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0241	0.034	0.0263	0.0106	0.0159	0.0364	0.0368	0.044	0.0159	0.0477	0.0244	0.0477	0.0194	0.0107	0.0123	0.0107	0.0115
chr4	1023469	1023630	chr4:1023470-1023630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0279	0.0375	0.0329	0.0117	0.0148	0.0379	0.0484	0.048	0.0148	0.061	0.0305	0.061	0.0225	0.0092	0.0116	0.0092	0.0141
chr4	1025071	1025229	chr4:1025072-1025229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0309	0.0322	0.0358	0.0242	0.0297	0.0379	0.0415	0.0247	0.0297	0.0507	0.0357	0.0507	0.0178	0.0168	0.0123	0.0168	0.0182
chr4	1026473	1026675	chr4:1026474-1026675	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0407	0.0541	0.0482	0.0175	0.0371	0.0505	0.0619	0.0726	0.0371	0.061	0.055	0.061	0.0248	0.0176	0.0155	0.0176	0.0193
chr4	1026717	1027015	chr4:1026718-1027015	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0598	0.0837	0.0646	0.0277	0.0551	0.0835	0.0939	0.1086	0.0551	0.1014	0.072	0.1014	0.0356	0.0429	0.0232	0.0429	0.0261
chr4	1028638	1029018	chr4:1028639-1029018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0602	0.0692	0.0624	0.0478	0.0339	0.0801	0.0891	0.0706	0.0339	0.0936	0.0643	0.0936	0.0635	0.0789	0.0387	0.0789	0.0594
chr4	1029147	1029338	chr4:1029148-1029338	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0647	0.0751	0.06	0.0582	0.0403	0.0859	0.0934	0.0786	0.0403	0.0936	0.0489	0.0936	0.0852	0.1103	0.0374	0.1103	0.0875
chr4	1036803	1036954	chr4:1036804-1036954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.041	0.027	0.0198	0.053	0.0306	0.051	0.042	0.053	0.0278	0.0312	0.0278	0.031	0.0191	0.0232	0.0191	0.0245
chr4	1037167	1037361	chr4:1037168-1037361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0351	0.0482	0.0325	0.0233	0.0403	0.0417	0.0601	0.0593	0.0403	0.0411	0.036	0.0411	0.0341	0.0306	0.0226	0.0306	0.0224
chr4	1038307	1038670	chr4:1038308-1038670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.0638	0.0487	0.0297	0.0371	0.051	0.0999	0.0673	0.0371	0.0574	0.054	0.0574	0.0418	0.0368	0.029	0.0368	0.0339
chr4	1040054	1040205	chr4:1040055-1040205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0292	0.039	0.0325	0.0148	0.0244	0.0345	0.0506	0.0473	0.0244	0.0429	0.0367	0.0429	0.0271	0.0153	0.0174	0.0153	0.0188
chr4	1046566	1046728	chr4:1046567-1046728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0684	0.0845	0.0728	0.0457	0.0583	0.0898	0.1112	0.0833	0.0583	0.0912	0.0833	0.0912	0.0627	0.059	0.0419	0.059	0.0558
chr4	1046832	1047257	chr4:1046833-1047257	FBgn0025741	plexA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.154	0.181	0.1619	0.115	0.1336	0.1777	0.2465	0.1819	0.1336	0.2186	0.1756	0.2186	0.1379	0.1432	0.1148	0.1432	0.1339
chr4	1047668	1047865	chr4:1047669-1047865	FBgn0025741	plexA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2145	0.2187	0.2341	0.1881	0.1739	0.2529	0.2483	0.2325	0.1739	0.2905	0.2514	0.2905	0.2246	0.1983	0.1973	0.1983	0.2189
chr4	1047928	1048152	chr4:1047929-1048152	FBgn0025741	plexA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1706	0.164	0.192	0.1546	0.106	0.1947	0.186	0.1746	0.106	0.2566	0.2048	0.2566	0.1844	0.1654	0.1683	0.1654	0.1845
chr4	1048171	1048322	chr4:1048172-1048322	FBgn0025741	plexA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.111	0.1115	0.1247	0.0954	0.0551	0.1238	0.1354	0.1259	0.0551	0.1667	0.1296	0.1667	0.1232	0.1018	0.0896	0.1018	0.1204
chr4	1048359	1048574	chr4:1048360-1048574	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1297	0.1296	0.1428	0.1154	0.0785	0.1544	0.1324	0.1486	0.0785	0.1733	0.1502	0.1733	0.1487	0.121	0.0877	0.121	0.1298
chr4	1049728	1049879	chr4:1049729-1049879	FBgn0039930	CG11077	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0618	0.0591	0.0796	0.0454	0.035	0.0728	0.0662	0.0633	0.035	0.0972	0.0788	0.0972	0.1053	0.0574	0.0355	0.0574	0.0662
chr4	1051447	1051652	chr4:1051448-1051652	FBgn0010217	ATPsyn-beta	stage11,stage14,stage5	none	ATPsyn-beta_F1ATPase-p1000	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1641	0.1659	0.1939	0.1295	0.1071	0.1932	0.1951	0.1779	0.1071	0.25	0.2174	0.25	0.1913	0.1401	0.127	0.1401	0.1662
chr4	1052344	1052534	chr4:1052345-1052534	FBgn0010217,FBgn0039929	ATPsyn-beta,CG11076	stage11,stage14,stage5	none	ATPsyn-beta_F1ATPase-p1000	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2169	0.2122	0.2524	0.1833	0.1516	0.2505	0.2154	0.2472	0.1516	0.3122	0.2621	0.3122	0.2533	0.206	0.1844	0.206	0.2147
chr4	1053625	1053776	chr4:1053626-1053776	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0662	0.0717	0.0772	0.048	0.0371	0.0704	0.0939	0.0806	0.0371	0.09	0.0878	0.09	0.093	0.0505	0.0567	0.0505	0.062
chr4	1061311	1061565	chr4:1061312-1061565	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0449	0.0582	0.0435	0.0315	0.0308	0.0529	0.0796	0.064	0.0308	0.0417	0.0514	0.0417	0.0473	0.026	0.0368	0.026	0.0474
chr4	1061659	1062235	chr4:1061660-1062235	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0745	0.1149	0.0638	0.0411	0.0785	0.1034	0.1449	0.1299	0.0785	0.058	0.0791	0.058	0.062	0.0306	0.0496	0.0306	0.0547
chr4	1062879	1063061	chr4:1062880-1063061	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0643	0.0288	0.0121	0.0382	0.0602	0.0748	0.0886	0.0382	0.0356	0.0331	0.0356	0.0263	0.0161	0.0116	0.0161	0.0135
chr4	1063069	1063371	chr4:1063070-1063371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0488	0.0811	0.0423	0.0199	0.0477	0.0811	0.0956	0.0993	0.0477	0.0471	0.0531	0.0471	0.0387	0.026	0.011	0.026	0.0261
chr4	1071042	1071193	chr4:1071043-1071193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0309	0.0453	0.0283	0.018	0.0359	0.0342	0.036	0.018	0.0483	0.0553	0.0483	0.0527	0.0383	0.0322	0.0383	0.0365
chr4	1071361	1071580	chr4:1071362-1071580	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.0682	0.0949	0.0713	0.0509	0.0772	0.074	0.0839	0.0509	0.1099	0.1071	0.1099	0.1108	0.0781	0.0754	0.0781	0.0964
chr4	1071971	1072153	chr4:1071972-1072153	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT51912.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1761	0.1909	0.194	0.1398	0.1442	0.2087	0.2111	0.2185	0.1442	0.2373	0.2141	0.2373	0.1975	0.1531	0.1496	0.1531	0.1886
chr4	1072450	1072658	chr4:1072451-1072658	distal	distal	none	none	VT51912.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0689	0.0859	0.0742	0.044	0.0615	0.0879	0.109	0.0933	0.0615	0.0857	0.082	0.0857	0.0728	0.0467	0.0458	0.0467	0.0495
chr4	1073319	1073470	chr4:1073320-1073470	distal	distal	none	none	VT51912.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.038	0.0435	0.0392	0.0305	0.0286	0.0437	0.0606	0.0393	0.0286	0.0423	0.0521	0.0423	0.0294	0.0199	0.029	0.0199	0.0203
chr4	1073956	1074107	chr4:1073957-1074107	FBgn0264607	CaMKII	none	none	VT51912.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.037	0.0413	0.036	0.0334	0.0265	0.0374	0.0562	0.042	0.0265	0.0477	0.0405	0.0477	0.0256	0.0322	0.0168	0.0322	0.038
chr4	1074268	1074475	chr4:1074269-1074475	FBgn0264607	CaMKII	stage14	none	VT51912.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0497	0.0396	0.0401	0.0716	0.0191	0.0476	0.0446	0.0426	0.0191	0.035	0.0463	0.035	0.0511	0.0605	0.0516	0.0605	0.0782
chr4	1074504	1074671	chr4:1074505-1074671	FBgn0264607	CaMKII	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0425	0.0572	0.0593	0.0276	0.0481	0.045	0.052	0.0276	0.0622	0.0701	0.0622	0.0627	0.0597	0.0625	0.0597	0.0667
chr4	1080836	1081218	chr4:1080837-1081218	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.111	0.1216	0.1212	0.0879	0.0923	0.1146	0.1557	0.1392	0.0923	0.154	0.1283	0.154	0.1232	0.0911	0.0928	0.0911	0.1105
chr4	1081450	1081641	chr4:1081451-1081641	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1646	0.1614	0.1893	0.1411	0.1283	0.1592	0.1903	0.1979	0.1283	0.2428	0.2119	0.2428	0.1828	0.1531	0.1522	0.1531	0.1829
chr4	1081933	1082139	chr4:1081934-1082139	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0948	0.127	0.0893	0.0648	0.0954	0.1233	0.1657	0.1372	0.0954	0.1111	0.1003	0.1111	0.0906	0.0605	0.0696	0.0605	0.0855
chr4	1082176	1082327	chr4:1082177-1082327	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0428	0.0596	0.0387	0.0287	0.0435	0.0568	0.0727	0.0626	0.0435	0.0471	0.0415	0.0471	0.0473	0.0291	0.0342	0.0291	0.0323
chr4	1083689	1083840	chr4:1083690-1083840	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0411	0.0474	0.0393	0.0361	0.0308	0.0432	0.0606	0.0606	0.0308	0.0411	0.0428	0.0411	0.0565	0.0184	0.0309	0.0184	0.074
chr4	1084009	1084201	chr4:1084010-1084201	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0628	0.0894	0.0563	0.0402	0.0817	0.0825	0.1116	0.1006	0.0817	0.0562	0.0627	0.0562	0.0689	0.0368	0.029	0.0368	0.0719
chr4	1085310	1085490	chr4:1085311-1085490	FBgn0011642,FBgn0087002	Rfabg,Zyx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0709	0.0785	0.0824	0.0497	0.0594	0.0869	0.09	0.0806	0.0594	0.1105	0.0859	0.1105	0.096	0.0337	0.0484	0.0337	0.0902
chr4	1085520	1085730	chr4:1085521-1085730	FBgn0087002	Rfabg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0815	0.1046	0.0911	0.0453	0.0827	0.1063	0.1254	0.1119	0.0827	0.1304	0.0958	0.1304	0.0852	0.0306	0.0438	0.0306	0.0724
chr4	1086993	1087144	chr4:1086994-1087144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0255	0.0309	0.0244	0.0207	0.0159	0.0272	0.0467	0.024	0.0159	0.0296	0.0232	0.0296	0.0325	0.0123	0.0258	0.0123	0.0297
chr4	1095123	1095274	chr4:1095124-1095274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.025	0.0241	0.0293	0.0213	0.0117	0.0218	0.0285	0.032	0.0117	0.0453	0.0312	0.0453	0.0318	0.0115	0.0187	0.0115	0.0401
chr4	1097269	1097487	chr4:1097270-1097487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0305	0.0279	0.0423	0.0205	0.0148	0.034	0.0394	0.0233	0.0148	0.0918	0.0302	0.0918	0.0488	0.0406	0.0103	0.0406	0.0271
chr4	1097497	1097926	chr4:1097498-1097926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0544	0.0455	0.0754	0.0412	0.0201	0.067	0.0567	0.0353	0.0201	0.1793	0.0476	0.1793	0.0868	0.0712	0.0264	0.0712	0.0532
chr4	1098409	1098662	chr4:1098410-1098662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0305	0.0262	0.0415	0.0234	0.0127	0.0427	0.0285	0.0173	0.0127	0.1027	0.0241	0.1027	0.0442	0.0329	0.0116	0.0329	0.0406
chr4	1098862	1099013	chr4:1098863-1099013	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0244	0.0198	0.0303	0.0231	0.0138	0.0175	0.0311	0.0147	0.0138	0.0556	0.0228	0.0556	0.0341	0.0199	0.0161	0.0199	0.0417
chr4	1104187	1104338	chr4:1104188-1104338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0211	0.016	0.0274	0.0198	0.0032	0.0204	0.019	0.0193	0.0032	0.0465	0.0225	0.0465	0.031	0.0153	0.0123	0.0153	0.0344
chr4	1104536	1104716	chr4:1104537-1104716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.035	0.0283	0.0476	0.0288	0.0095	0.0291	0.035	0.0373	0.0095	0.0809	0.0457	0.0809	0.0364	0.0253	0.0206	0.0253	0.0334
chr4	1104975	1105181	chr4:1104976-1105181	FBgn0024913	Actbeta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0628	0.0494	0.0727	0.0668	0.018	0.068	0.0584	0.0506	0.018	0.0845	0.081	0.0845	0.0589	0.0413	0.0445	0.0413	0.0563
chr4	1105383	1105604	chr4:1105384-1105604	FBgn0024913	Actbeta	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0787	0.0672	0.0683	0.1029	0.0435	0.0714	0.0895	0.066	0.0435	0.0628	0.0785	0.0628	0.0945	0.1026	0.0961	0.1026	0.1136
chr4	1105765	1105916	chr4:1105766-1105916	FBgn0024913	Actbeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0353	0.0193	0.0217	0.0339	0.0233	0.058	0.0313	0.0339	0.0187	0.0254	0.0187	0.0225	0.0184	0.0213	0.0184	0.0287
chr4	1107737	1107902	chr4:1107738-1107902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0366	0.0444	0.0468	0.0166	0.0265	0.0369	0.0679	0.0506	0.0265	0.0284	0.0804	0.0284	0.0318	0.0138	0.0206	0.0138	0.0172
chr4	1108283	1108487	chr4:1108284-1108487	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.039	0.0507	0.0424	0.0223	0.035	0.0388	0.0722	0.0546	0.035	0.0543	0.0518	0.0543	0.0434	0.0306	0.0277	0.0306	0.0266
chr4	1109231	1109432	chr4:1109232-1109432	FBgn0005561	sv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0766	0.0806	0.0905	0.0568	0.0467	0.068	0.0852	0.1279	0.0467	0.0374	0.1733	0.0374	0.0488	0.013	0.1838	0.013	0.0297
chr4	1111201	1111352	chr4:1111202-1111352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0263	0.0298	0.039	0.0086	0.0095	0.0316	0.0407	0.0326	0.0095	0.0181	0.074	0.0181	0.0178	0.0069	0.0135	0.0069	0.0094
chr4	1112959	1113140	chr4:1112960-1113140	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0416	0.0482	0.0509	0.0241	0.018	0.0553	0.0597	0.0486	0.018	0.0827	0.0608	0.0827	0.0287	0.0253	0.0303	0.0253	0.024
chr4	1118366	1118542	chr4:1118367-1118542	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1437	0.1241	0.1819	0.1238	0.0848	0.1539	0.1064	0.1579	0.0848	0.2585	0.2116	0.2585	0.1596	0.1286	0.1225	0.1286	0.135
chr4	1118713	1118916	chr4:1118714-1118916	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1466	0.1251	0.1981	0.1142	0.07	0.1748	0.0986	0.1646	0.07	0.2947	0.2238	0.2947	0.172	0.1072	0.1173	0.1072	0.1204
chr4	1119128	1119395	chr4:1119129-1119395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.0615	0.0614	0.0791	0.0423	0.035	0.0641	0.0813	0.0606	0.035	0.1111	0.091	0.1111	0.0689	0.0345	0.0432	0.0345	0.0448
chr4	1124614	1124843	chr4:1124615-1124843	distal	distal	stage5	stage5	VT51936.1,VT51937.1	VT51936.1,VT51937.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0433	0.0551	0.04	0.0338	0.0308	0.0515	0.0757	0.058	0.0308	0.0477	0.045	0.0477	0.0364	0.0199	0.0187	0.0199	0.0193
chr4	1124904	1125149	chr4:1124905-1125149	distal	distal	stage5	stage5	VT51936.1,VT51937.1	VT51936.1,VT51937.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0395	0.0606	0.0344	0.0216	0.0498	0.0549	0.0835	0.054	0.0498	0.0399	0.0418	0.0399	0.024	0.0123	0.0219	0.0123	0.0151
chr4	1125262	1125726	chr4:1125263-1125726	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT51937.1	VT51937.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0732	0.1014	0.0694	0.0457	0.0626	0.1223	0.1198	0.0906	0.0626	0.1039	0.0576	0.1039	0.0279	0.0268	0.0206	0.0268	0.0281
chr4	1125870	1126021	chr4:1125871-1126021	distal	distal	stage5	stage5	VT51937.1	VT51937.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0295	0.043	0.0282	0.0157	0.0201	0.05	0.0536	0.0473	0.0201	0.035	0.0286	0.035	0.0209	0.0161	0.0123	0.0161	0.0083
chr4	1126321	1126472	chr4:1126322-1126472	distal	distal	none	none	VT51937.1	VT51937.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0253	0.0309	0.0306	0.0131	0.0117	0.0335	0.0411	0.032	0.0117	0.0562	0.0289	0.0562	0.0194	0.0184	0.009	0.0184	0.0125
chr4	1126841	1127244	chr4:1126842-1127244	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT51937.1	VT51937.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0808	0.0892	0.0933	0.0578	0.0551	0.1092	0.1047	0.0859	0.0551	0.1673	0.0765	0.1673	0.0953	0.108	0.0284	0.108	0.0573
chr4	1127369	1127760	chr4:1127370-1127760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0591	0.0724	0.0609	0.0422	0.0435	0.068	0.099	0.0753	0.0435	0.0688	0.0614	0.0688	0.0689	0.0444	0.02	0.0444	0.0479
chr4	1133482	1133831	chr4:1133483-1133831	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1167	0.1027	0.1357	0.1114	0.0785	0.118	0.099	0.1173	0.0785	0.1588	0.1595	0.1588	0.1658	0.108	0.1438	0.108	0.1798
chr4	1134023	1134216	chr4:1134024-1134216	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0527	0.0434	0.0698	0.0443	0.0329	0.0505	0.0394	0.054	0.0329	0.0918	0.0849	0.0918	0.0744	0.0521	0.0664	0.0521	0.0625
chr4	1143053	1143356	chr4:1143054-1143356	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0895	0.0889	0.0994	0.0794	0.0488	0.0927	0.1081	0.1053	0.0488	0.1256	0.1103	0.1256	0.0968	0.098	0.0793	0.098	0.0912
chr4	1143535	1143727	chr4:1143536-1143727	FBgn0039928	cals	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1333	0.1277	0.1433	0.1285	0.0859	0.151	0.1397	0.1406	0.0859	0.1793	0.1566	0.1793	0.1472	0.1639	0.1431	0.1639	0.1454
chr4	1143899	1144078	chr4:1143900-1144078	FBgn0039928	cals	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1676	0.1689	0.1848	0.1475	0.1357	0.1888	0.1877	0.1965	0.1357	0.2361	0.1997	0.2361	0.1704	0.1815	0.1599	0.1815	0.1569
chr4	1144142	1144319	chr4:1144143-1144319	FBgn0013749,FBgn0039928	Arf102F,cals	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0742	0.0781	0.0806	0.0628	0.053	0.0854	0.0887	0.0939	0.053	0.0984	0.0887	0.0984	0.0728	0.0689	0.078	0.0689	0.0667
chr4	1144593	1144792	chr4:1144594-1144792	FBgn0013749	Arf102F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1586	0.1586	0.1755	0.1401	0.106	0.1806	0.1674	0.1925	0.106	0.2295	0.1897	0.2295	0.1627	0.1432	0.1515	0.1432	0.1647
chr4	1144951	1145268	chr4:1144952-1145268	FBgn0013749	Arf102F	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.1073	0.135	0.106	0.0562	0.1248	0.1099	0.1399	0.0562	0.1709	0.1505	0.1709	0.1177	0.1072	0.107	0.1072	0.123
chr4	1147128	1147279	chr4:1147129-1147279	FBgn0039927	CG11155	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0143	0.0154	0.0326	0.0074	0.0175	0.0177	0.0127	0.0074	0.0121	0.0167	0.0121	0.0217	0.023	0.0206	0.023	0.0297
chr4	1147682	1147874	chr4:1147683-1147874	FBgn0039927	CG11155	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0445	0.0738	0.0358	0.0214	0.0636	0.0723	0.0757	0.0999	0.0636	0.0386	0.0447	0.0386	0.0356	0.0168	0.0181	0.0168	0.0167
chr4	1156115	1156266	chr4:1156116-1156266	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0413	0.0145	0.0086	0.0297	0.034	0.064	0.036	0.0297	0.0163	0.018	0.0163	0.0093	0.0069	0.0058	0.0069	0.0094
chr4	1159195	1159364	chr4:1159196-1159364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0314	0.039	0.0277	0.0269	0.0233	0.0345	0.0567	0.038	0.0233	0.0266	0.0331	0.0266	0.0349	0.0222	0.0342	0.0222	0.0396
chr4	1165124	1165438	chr4:1165125-1165438	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0551	0.0759	0.0525	0.0348	0.0647	0.0694	0.0895	0.0919	0.0647	0.0411	0.0727	0.0411	0.0503	0.0207	0.0554	0.0207	0.0318
chr4	1165580	1165778	chr4:1165581-1165778	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0683	0.0341	0.0173	0.0541	0.0617	0.0796	0.0839	0.0541	0.0302	0.046	0.0302	0.0333	0.0191	0.02	0.0191	0.0177
chr4	1166702	1166853	chr4:1166703-1166853	FBgn0052017	CG32017	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0082	0.0105	0.0231	0.0085	0.0058	0.0125	0.0093	0.0085	0.0091	0.0125	0.0091	0.0116	0.0138	0.0129	0.0138	0.0198
chr4	1167104	1167381	chr4:1167105-1167381	FBgn0052017	CG32017	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.1005	0.0867	0.0902	0.127	0.0509	0.0806	0.1029	0.1046	0.0509	0.0694	0.1186	0.0694	0.1022	0.0957	0.1283	0.0957	0.1355
chr4	1167498	1167825	chr4:1167499-1167825	FBgn0039925,FBgn0052017	CG32017,Kif3C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0587	0.0682	0.0528	0.0544	0.0403	0.0592	0.0852	0.0833	0.0403	0.0501	0.0695	0.0501	0.0558	0.0567	0.058	0.0567	0.0589
chr4	1168496	1168900	chr4:1168497-1168900	FBgn0039925	Kif3C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0859	0.1073	0.0885	0.059	0.0901	0.1053	0.1263	0.1252	0.0901	0.0761	0.1203	0.0761	0.0991	0.0475	0.0825	0.0475	0.0662
chr4	1169742	1170019	chr4:1169743-1170019	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0421	0.0628	0.0359	0.0258	0.0467	0.0461	0.093	0.0686	0.0467	0.0314	0.0502	0.0314	0.0287	0.0207	0.0309	0.0207	0.0276
chr4	1170044	1170195	chr4:1170045-1170195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0332	0.018	0.0152	0.0265	0.0286	0.0467	0.0366	0.0265	0.0175	0.0251	0.0175	0.0163	0.0161	0.011	0.0161	0.0172
chr4	1177150	1177301	chr4:1177151-1177301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0359	0.0236	0.0302	0.0191	0.0267	0.0575	0.0353	0.0191	0.0157	0.0302	0.0157	0.0325	0.0329	0.0329	0.0329	0.0375
chr4	1178928	1179111	chr4:1178929-1179111	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0301	0.0589	0.0169	0.0123	0.0392	0.0408	0.0848	0.0666	0.0392	0.0175	0.019	0.0175	0.0178	0.01	0.0135	0.01	0.012
chr4	1180661	1180812	chr4:1180662-1180812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0283	0.0138	0.0097	0.0117	0.0117	0.0549	0.0293	0.0117	0.0109	0.018	0.0109	0.0139	0.0084	0.011	0.0084	0.0115
chr4	1181153	1181413	chr4:1181154-1181413	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0725	0.0287	0.0166	0.052	0.0354	0.1311	0.0713	0.052	0.0193	0.0457	0.0193	0.0194	0.0168	0.0322	0.0168	0.0135
chr4	1188480	1188631	chr4:1188481-1188631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0268	0.0297	0.025	0.0256	0.0138	0.032	0.0389	0.0353	0.0138	0.0326	0.026	0.0326	0.031	0.0513	0.0258	0.0513	0.0261
chr4	1189319	1189559	chr4:1189320-1189559	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0421	0.0503	0.0372	0.0384	0.0265	0.0563	0.0675	0.0473	0.0265	0.0622	0.0376	0.0622	0.0271	0.0896	0.0271	0.0896	0.0339
chr4	1201436	1201587	chr4:1201437-1201587	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0507	0.0484	0.0287	0.0244	0.0573	0.0683	0.05	0.0244	0.0598	0.0527	0.0598	0.0488	0.0253	0.038	0.0253	0.0396
chr4	1201733	1202098	chr4:1201734-1202098	FBgn0002521	pho	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1252	0.1337	0.139	0.1005	0.0817	0.15	0.1583	0.1546	0.0817	0.1576	0.1598	0.1576	0.1356	0.098	0.1096	0.098	0.1235
chr4	1202214	1202391	chr4:1202215-1202391	FBgn0002521	pho	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1732	0.1737	0.1895	0.1549	0.1198	0.1971	0.1869	0.2119	0.1198	0.2089	0.2148	0.2089	0.1936	0.1447	0.1618	0.1447	0.1923
chr4	1202539	1202755	chr4:1202540-1202755	FBgn0002521	pho	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1736	0.1707	0.1872	0.162	0.123	0.1985	0.1838	0.1979	0.123	0.2295	0.2125	0.2295	0.1844	0.1662	0.1921	0.1662	0.1813
chr4	1202915	1203066	chr4:1202916-1203066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0662	0.0405	0.0283	0.052	0.0597	0.0869	0.0673	0.052	0.0453	0.0441	0.0453	0.0426	0.0283	0.0368	0.0283	0.0266
chr4	1203144	1203379	chr4:1203145-1203379	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0657	0.0931	0.0599	0.0414	0.07	0.0835	0.1176	0.1079	0.07	0.061	0.073	0.061	0.0635	0.0268	0.0477	0.0268	0.0521
chr4	1203485	1203669	chr4:1203486-1203669	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0735	0.1006	0.0721	0.0448	0.0689	0.099	0.1116	0.1332	0.0689	0.0531	0.0929	0.0531	0.0813	0.0214	0.06	0.0214	0.0547
chr4	1206136	1206287	chr4:1206137-1206287	FBgn0250819	CG33521	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0257	0.0267	0.0241	0.0263	0.0127	0.0286	0.0337	0.0266	0.0127	0.0217	0.0325	0.0217	0.0248	0.0666	0.0193	0.0666	0.0188
chr4	1207541	1207798	chr4:1207542-1207798	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0403	0.0533	0.0346	0.032	0.0445	0.0437	0.0753	0.0533	0.0445	0.0284	0.0412	0.0284	0.0457	0.0314	0.0554	0.0314	0.0323
chr4	1207879	1208030	chr4:1207880-1208030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0293	0.0364	0.0275	0.0233	0.0223	0.035	0.048	0.0346	0.0223	0.0217	0.0338	0.0217	0.0333	0.0291	0.0303	0.0291	0.0276
chr4	1209778	1209929	chr4:1209779-1209929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0246	0.0258	0.0264	0.0212	0.0127	0.0204	0.0359	0.0313	0.0127	0.0242	0.0347	0.0242	0.0271	0.0283	0.0232	0.0283	0.0255
chr4	1210207	1210358	chr4:1210208-1210358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0248	0.032	0.0221	0.0198	0.017	0.0248	0.0433	0.036	0.017	0.0205	0.0264	0.0205	0.0279	0.0237	0.0245	0.0237	0.0208
chr4	1216280	1216497	chr4:1216281-1216497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0379	0.0409	0.0431	0.029	0.0308	0.0359	0.0523	0.0466	0.0308	0.0531	0.0559	0.0531	0.031	0.0436	0.0245	0.0436	0.0323
chr4	1216631	1216805	chr4:1216632-1216805	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0444	0.0481	0.0499	0.0343	0.0371	0.0466	0.0536	0.0573	0.0371	0.0568	0.0563	0.0568	0.0542	0.0421	0.0361	0.0421	0.0401
chr4	1216898	1217091	chr4:1216899-1217091	FBgn0039924	CG17471	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0568	0.0561	0.0607	0.0533	0.0392	0.0573	0.0662	0.0633	0.0392	0.0767	0.0698	0.0767	0.0519	0.0597	0.0593	0.0597	0.0631
chr4	1217187	1217612	chr4:1217188-1217612	FBgn0039924	CG17471	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1657	0.1584	0.1773	0.1613	0.1209	0.1811	0.1613	0.1879	0.1209	0.2252	0.2026	0.2252	0.165	0.1907	0.1715	0.1907	0.1975
chr4	1217709	1217932	chr4:1217710-1217932	FBgn0039924	CG17471	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0804	0.0766	0.0906	0.0734	0.0615	0.084	0.08	0.0933	0.0615	0.1147	0.1016	0.1147	0.0953	0.0842	0.0761	0.0842	0.0891
chr4	1218018	1218252	chr4:1218019-1218252	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0426	0.0421	0.0297	0.0286	0.05	0.0471	0.0486	0.0286	0.0513	0.0466	0.0513	0.0473	0.0237	0.038	0.0237	0.0422
chr4	1218511	1218732	chr4:1218512-1218732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0404	0.0341	0.0226	0.0212	0.0413	0.0554	0.0433	0.0212	0.035	0.0428	0.035	0.0372	0.0253	0.0271	0.0253	0.0276
chr4	1219391	1219587	chr4:1219392-1219587	FBgn0263112	Mitf	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0439	0.0214	0.039	0.0745	0.0085	0.0262	0.0247	0.0253	0.0085	0.0302	0.0466	0.0302	0.0589	0.0681	0.0806	0.0681	0.1235
chr4	1219687	1219838	chr4:1219688-1219838	FBgn0263112	Mitf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0402	0.0221	0.0381	0.0628	0.0106	0.0228	0.0303	0.0227	0.0106	0.0296	0.0482	0.0296	0.0534	0.0605	0.0606	0.0605	0.1042
chr4	1219866	1220062	chr4:1219867-1220062	FBgn0263112	Mitf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0535	0.0314	0.0523	0.0797	0.0148	0.0369	0.0407	0.032	0.0148	0.0501	0.0592	0.0501	0.0674	0.0835	0.0767	0.0835	0.1131
chr4	1223150	1223301	chr4:1223151-1223301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0304	0.0287	0.0207	0.0148	0.0345	0.0342	0.0386	0.0148	0.0296	0.036	0.0296	0.0248	0.026	0.0264	0.026	0.0234
chr4	1223474	1223625	chr4:1223475-1223625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0252	0.0272	0.0217	0.0127	0.0267	0.0324	0.0326	0.0127	0.029	0.0334	0.029	0.0186	0.0214	0.0271	0.0214	0.0287
chr4	1224102	1224253	chr4:1224103-1224253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0255	0.0269	0.0216	0.0085	0.0199	0.0389	0.034	0.0085	0.0223	0.0325	0.0223	0.0256	0.023	0.0181	0.023	0.0208
chr4	1226218	1226474	chr4:1226219-1226474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0462	0.053	0.0452	0.0398	0.0424	0.0539	0.0593	0.0653	0.0424	0.0471	0.0531	0.0471	0.0565	0.0521	0.038	0.0521	0.0479
chr4	1226588	1226739	chr4:1226589-1226739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.028	0.0338	0.026	0.0237	0.0255	0.0325	0.0368	0.0446	0.0255	0.0181	0.036	0.0181	0.0263	0.0276	0.0206	0.0276	0.0334
chr4	1228001	1228152	chr4:1228002-1228152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.03	0.029	0.0324	0.0285	0.0201	0.0306	0.0324	0.0293	0.0201	0.0332	0.0367	0.0332	0.0395	0.0375	0.0232	0.0375	0.0401
chr4	1228160	1228372	chr4:1228161-1228372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0347	0.0371	0.0359	0.0305	0.0276	0.0282	0.0471	0.046	0.0276	0.0332	0.0437	0.0332	0.0403	0.0398	0.0232	0.0398	0.0417
chr4	1234128	1234279	chr4:1234129-1234279	FBgn0027101,FBgn0053653	Caps,Dyrk3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0948	0.0876	0.1051	0.0915	0.0626	0.0981	0.0943	0.1039	0.0626	0.122	0.1241	0.122	0.0875	0.0942	0.0928	0.0942	0.1032
chr4	1234391	1234568	chr4:1234392-1234568	FBgn0027101,FBgn0053653	Caps,Dyrk3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2113	0.2056	0.2467	0.1787	0.1559	0.2413	0.2223	0.2272	0.1559	0.3037	0.2711	0.3037	0.2393	0.1815	0.1941	0.1815	0.211
chr4	1234783	1235409	chr4:1234784-1235409	FBgn0027101,FBgn0053653	Caps,Dyrk3	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1559	0.1739	0.1745	0.1154	0.1007	0.1985	0.1869	0.2092	0.1007	0.1854	0.2032	0.1854	0.1588	0.1248	0.1225	0.1248	0.1225
chr4	1235493	1235667	chr4:1235494-1235667	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1375	0.1432	0.1516	0.1156	0.0986	0.1597	0.1652	0.1559	0.0986	0.154	0.1868	0.154	0.1332	0.0819	0.1412	0.0819	0.1225
chr4	1235811	1236030	chr4:1235812-1236030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.1082	0.1003	0.1231	0.1005	0.0679	0.1092	0.1168	0.1126	0.0679	0.1268	0.136	0.1268	0.1239	0.0758	0.1077	0.0758	0.1032
chr4	1236130	1236281	chr4:1236131-1236281	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0529	0.0593	0.0572	0.0411	0.0467	0.0583	0.0722	0.0713	0.0467	0.0483	0.0662	0.0483	0.0604	0.0299	0.0464	0.0299	0.0464
chr4	1236315	1236701	chr4:1236316-1236701	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0878	0.1041	0.0911	0.0659	0.0679	0.099	0.1375	0.1186	0.0679	0.09	0.1048	0.09	0.0922	0.049	0.0709	0.049	0.0698
chr4	1237739	1237976	chr4:1237740-1237976	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.1012	0.0544	0.0285	0.088	0.0942	0.1453	0.0899	0.088	0.0417	0.0678	0.0417	0.0635	0.0291	0.029	0.0291	0.038
chr4	1242179	1242366	chr4:1242180-1242366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0391	0.0511	0.0368	0.0281	0.0255	0.0752	0.0532	0.0506	0.0255	0.0483	0.0363	0.0483	0.0387	0.0498	0.0258	0.0498	0.0297
chr4	1242473	1242624	chr4:1242474-1242624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0248	0.0313	0.0222	0.0203	0.0201	0.0374	0.0372	0.0313	0.0201	0.0296	0.0219	0.0296	0.0263	0.0383	0.0219	0.0383	0.0193
chr4	1242637	1242788	chr4:1242638-1242788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0159	0.0187	0.015	0.0138	0.0117	0.0184	0.026	0.02	0.0117	0.0187	0.017	0.0187	0.0139	0.0276	0.0116	0.0276	0.0125
chr4	1243065	1243489	chr4:1243066-1243489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0506	0.0552	0.0523	0.0436	0.0255	0.0544	0.0766	0.0626	0.0255	0.067	0.0605	0.067	0.0511	0.0712	0.0419	0.0712	0.0479
chr4	1244669	1244877	chr4:1244670-1244877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.047	0.0247	0.0185	0.0191	0.0568	0.0636	0.038	0.0191	0.038	0.0264	0.038	0.017	0.0253	0.0213	0.0253	0.0167
chr4	1245107	1245353	chr4:1245108-1245353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0266	0.0421	0.0227	0.0135	0.018	0.0393	0.0619	0.0373	0.018	0.0223	0.0248	0.0223	0.0232	0.0145	0.0142	0.0145	0.0109
chr4	1251982	1252133	chr4:1251983-1252133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.023	0.0365	0.0165	0.0149	0.0138	0.0325	0.0528	0.0406	0.0138	0.0157	0.0174	0.0157	0.0178	0.013	0.0097	0.013	0.0115
chr4	1254804	1254995	chr4:1254805-1254995	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0448	0.0422	0.0398	0.0532	0.0276	0.0374	0.0627	0.0393	0.0276	0.0217	0.0566	0.0217	0.0511	0.0375	0.0606	0.0375	0.0792
chr4	1256970	1257358	chr4:1256971-1257358	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0686	0.0849	0.0695	0.0494	0.0435	0.0864	0.1055	0.1046	0.0435	0.0779	0.081	0.0779	0.0697	0.0643	0.04	0.0643	0.0641
chr4	1257425	1257701	chr4:1257426-1257701	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0803	0.1026	0.0835	0.0519	0.0594	0.1063	0.128	0.1193	0.0594	0.1075	0.0929	0.1075	0.0829	0.0735	0.0451	0.0735	0.0698
chr4	1257744	1258003	chr4:1257745-1258003	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0799	0.1133	0.0735	0.0496	0.0954	0.115	0.1315	0.1206	0.0954	0.0894	0.0801	0.0894	0.0806	0.0666	0.0419	0.0666	0.0803
chr4	1258159	1258355	chr4:1258160-1258355	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.071	0.041	0.0318	0.053	0.0631	0.0973	0.0779	0.053	0.0495	0.0463	0.0495	0.0465	0.0398	0.0303	0.0398	0.0464
chr4	1258675	1258826	chr4:1258676-1258826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0393	0.0273	0.0242	0.0308	0.0383	0.0519	0.0393	0.0308	0.0242	0.0331	0.0242	0.0325	0.0268	0.0232	0.0268	0.0307
chr4	1259564	1259715	chr4:1259565-1259715	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.043	0.0193	0.0136	0.0244	0.0354	0.067	0.038	0.0244	0.0223	0.0203	0.0223	0.0225	0.013	0.009	0.013	0.0219
chr4	1260155	1260337	chr4:1260156-1260337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.0366	0.0303	0.0223	0.0255	0.0345	0.0493	0.0366	0.0255	0.0314	0.0277	0.0314	0.0488	0.0184	0.0116	0.0184	0.0396
chr4	1260464	1260615	chr4:1260465-1260615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0319	0.0278	0.0196	0.0265	0.0306	0.0446	0.0293	0.0265	0.0266	0.0244	0.0266	0.0434	0.0153	0.0168	0.0153	0.0276
chr4	1260826	1260981	chr4:1260827-1260981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0405	0.0305	0.0184	0.0265	0.0398	0.0549	0.0406	0.0265	0.0254	0.027	0.0254	0.0511	0.0084	0.0123	0.0084	0.0255
chr4	1264167	1264389	chr4:1264168-1264389	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0596	0.0771	0.0674	0.0316	0.0477	0.0782	0.0917	0.0899	0.0477	0.0719	0.0743	0.0719	0.0829	0.0352	0.0251	0.0352	0.0412
chr4	1264573	1264768	chr4:1264574-1264768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0327	0.0457	0.0316	0.0195	0.0308	0.0403	0.0631	0.0433	0.0308	0.0338	0.0373	0.0338	0.0372	0.0207	0.0135	0.0207	0.0302
chr4	1264835	1265094	chr4:1264836-1265094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0442	0.0279	0.0175	0.0403	0.0374	0.0662	0.036	0.0403	0.0332	0.0325	0.0332	0.0256	0.023	0.0161	0.023	0.0198
chr4	1265138	1265289	chr4:1265139-1265289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0323	0.0126	0.0127	0.0318	0.0282	0.0458	0.0247	0.0318	0.0145	0.0135	0.0145	0.0155	0.0168	0.0135	0.0168	0.0135
chr4	1271978	1272129	chr4:1271979-1272129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.016	0.0273	0.0196	0.0085	0.0199	0.0203	0.012	0.0085	0.0507	0.0199	0.0507	0.0356	0.0283	0.0123	0.0283	0.0287
chr4	1272235	1272468	chr4:1272236-1272468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0575	0.0608	0.0472	0.0276	0.0714	0.0774	0.0413	0.0276	0.1111	0.0408	0.1111	0.0875	0.0636	0.0348	0.0636	0.0698
chr4	1275475	1275652	chr4:1275476-1275652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0351	0.0373	0.0369	0.0308	0.0233	0.0277	0.0588	0.0366	0.0233	0.0453	0.0421	0.0453	0.0302	0.0237	0.0303	0.0237	0.0292
chr4	1276076	1276266	chr4:1276077-1276266	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1254	0.1537	0.1294	0.0895	0.0923	0.151	0.2137	0.1572	0.0923	0.131	0.1415	0.131	0.1464	0.0827	0.0864	0.0827	0.0959
chr4	1276405	1276612	chr4:1276406-1276612	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0797	0.1004	0.0901	0.0453	0.0541	0.0961	0.1462	0.1019	0.0541	0.0827	0.1026	0.0827	0.1015	0.0413	0.0406	0.0413	0.0469
chr4	1276713	1276864	chr4:1276714-1276864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0361	0.0334	0.0156	0.0159	0.0388	0.0519	0.0346	0.0159	0.029	0.0412	0.029	0.0372	0.0084	0.0181	0.0084	0.0177
chrX	20265	20474	chrX:20266-20474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0766	0.0637	0.0975	0.0681	0.035	0.0864	0.0696	0.0813	0.035	0.1069	0.1238	0.1069	0.0891	0.0582	0.0716	0.0582	0.0902
chrX	20787	20938	chrX:20788-20938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0153	0.0317	0.0199	0.0085	0.0189	0.0212	0.0147	0.0085	0.0308	0.0392	0.0308	0.0333	0.0161	0.0219	0.0161	0.0287
chrX	23255	23406	chrX:23256-23406	FBgn0025836,FBgn0025837	CG17636,RhoGAP1A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0183	0.0294	0.0274	0.0159	0.0194	0.0247	0.02	0.0159	0.0296	0.0302	0.0296	0.0403	0.0299	0.0232	0.0299	0.0349
chrX	23738	23933	chrX:23739-23933	FBgn0025836,FBgn0025837	CG17636,RhoGAP1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0958	0.0828	0.1137	0.0907	0.0668	0.1024	0.0973	0.1019	0.0668	0.1335	0.1228	0.1335	0.1139	0.0919	0.0928	0.0919	0.1141
chrX	23964	24169	chrX:23965-24169	FBgn0025836	RhoGAP1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.0742	0.1011	0.0802	0.0604	0.0888	0.0861	0.0919	0.0604	0.1244	0.1106	0.1244	0.1069	0.0904	0.0948	0.0904	0.0933
chrX	24263	24620	chrX:24264-24620	FBgn0025836	RhoGAP1A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0649	0.0588	0.0753	0.0604	0.0445	0.0641	0.0748	0.0733	0.0445	0.0966	0.0836	0.0966	0.072	0.0858	0.0651	0.0858	0.0631
chrX	26930	27081	chrX:26931-27081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.036	0.0237	0.016	0.0244	0.0383	0.0519	0.0413	0.0244	0.0151	0.0203	0.0151	0.0651	0.0084	0.0142	0.0084	0.0344
chrX	27210	27430	chrX:27211-27430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0337	0.0332	0.0392	0.0284	0.017	0.0456	0.0415	0.0346	0.017	0.0296	0.0277	0.0296	0.11	0.0145	0.0181	0.0145	0.0703
chrX	28238	28479	chrX:28239-28479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0508	0.0409	0.0235	0.0233	0.0515	0.0714	0.0686	0.0233	0.0417	0.0489	0.0417	0.0349	0.0191	0.0284	0.0191	0.0302
chrX	28569	28761	chrX:28570-28761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0689	0.0486	0.0205	0.0509	0.0675	0.0978	0.0839	0.0509	0.0477	0.0588	0.0477	0.0534	0.0176	0.0258	0.0176	0.0255
chrX	37742	37985	chrX:37743-37985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.034	0.0397	0.0249	0.018	0.0379	0.0415	0.0513	0.018	0.0338	0.0424	0.0338	0.0465	0.0237	0.0226	0.0237	0.0271
chrX	38066	38426	chrX:38067-38426	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0844	0.0896	0.0948	0.0671	0.0647	0.1039	0.096	0.1372	0.0647	0.0954	0.1048	0.0954	0.1092	0.0681	0.049	0.0681	0.0875
chrX	38488	38679	chrX:38489-38679	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0894	0.0911	0.0632	0.0742	0.1146	0.0908	0.1252	0.0742	0.1057	0.0987	0.1057	0.096	0.0658	0.06	0.0658	0.0735
chrX	38860	39091	chrX:38861-39091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0414	0.0421	0.0462	0.0352	0.0233	0.0476	0.0467	0.0673	0.0233	0.0537	0.0537	0.0537	0.0511	0.0291	0.04	0.0291	0.0422
chrX	39122	39273	chrX:39123-39273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0242	0.0251	0.0216	0.0095	0.0311	0.0294	0.032	0.0095	0.0302	0.0296	0.0302	0.024	0.0253	0.0219	0.0253	0.0266
chrX	46138	46289	chrX:46139-46289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0171	0.0135	0.0179	0.0203	0.0042	0.0165	0.0203	0.0133	0.0042	0.0181	0.0206	0.0181	0.024	0.013	0.0258	0.013	0.0422
chrX	71860	72048	chrX:71861-72048	FBgn0029128	tyn	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0512	0.0263	0.0731	0.0551	0.0117	0.0408	0.0264	0.0326	0.0117	0.0664	0.1042	0.0664	0.0736	0.0184	0.1277	0.0184	0.0709
chrX	72258	72531	chrX:72259-72531	FBgn0029128	tyn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1098	0.0864	0.1434	0.099	0.0583	0.1112	0.0882	0.1213	0.0583	0.1467	0.2055	0.1467	0.1162	0.0459	0.1921	0.0459	0.1443
chrX	76963	77118	chrX:76964-77118	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0317	0.0246	0.0426	0.0276	0.0191	0.0248	0.0303	0.0326	0.0191	0.0326	0.0711	0.0326	0.0287	0.0123	0.0793	0.0123	0.0172
chrX	77598	77801	chrX:77599-77801	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0249	0.0273	0.0265	0.0203	0.0074	0.0345	0.029	0.0466	0.0074	0.0139	0.0498	0.0139	0.0132	0.0054	0.0632	0.0054	0.012
chrX	78527	78703	chrX:78528-78703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0234	0.0283	0.0221	0.017	0.0311	0.0264	0.0306	0.017	0.0163	0.0453	0.0163	0.024	0.0115	0.0529	0.0115	0.0182
chrX	80262	80413	chrX:80263-80413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0158	0.0189	0.0187	0.0085	0.0184	0.0229	0.0187	0.0085	0.0157	0.0305	0.0157	0.0147	0.0061	0.0587	0.0061	0.012
chrX	81845	82034	chrX:81846-82034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0261	0.0233	0.0334	0.0212	0.0095	0.0417	0.0238	0.02	0.0095	0.0827	0.0264	0.0827	0.0178	0.0444	0.0277	0.0444	0.0141
chrX	82640	82791	chrX:82641-82791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0217	0.0259	0.0192	0.0053	0.0272	0.0324	0.0227	0.0053	0.032	0.0344	0.032	0.0217	0.0054	0.0329	0.0054	0.0323
chrX	85865	86042	chrX:85866-86042	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.03	0.031	0.0201	0.0138	0.0432	0.0324	0.0386	0.0138	0.0284	0.0441	0.0284	0.0194	0.0123	0.0393	0.0123	0.0188
chrX	87307	87542	chrX:87308-87542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.027	0.0442	0.0223	0.0128	0.0233	0.0549	0.0502	0.0633	0.0233	0.0223	0.0305	0.0223	0.0124	0.0123	0.0297	0.0123	0.0078
chrX	87826	87977	chrX:87827-87977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0184	0.0185	0.0141	0.0117	0.0204	0.0264	0.0207	0.0117	0.0175	0.0286	0.0175	0.0108	0.0046	0.0445	0.0046	0.0083
chrX	139323	139474	chrX:139324-139474	FBgn0040373	CG3038	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0343	0.0389	0.0391	0.024	0.0233	0.0369	0.0545	0.0506	0.0233	0.0435	0.0437	0.0435	0.0442	0.023	0.0258	0.023	0.0344
chrX	139514	139740	chrX:139515-139740	FBgn0040372,FBgn0040373	CG3038,G9a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0869	0.0795	0.1016	0.0791	0.0445	0.0937	0.1029	0.0933	0.0445	0.1165	0.108	0.1165	0.1069	0.0743	0.0825	0.0743	0.0907
chrX	139884	140077	chrX:139885-140077	FBgn0040372,FBgn0040373	CG3038,G9a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1798	0.157	0.2155	0.1661	0.1198	0.1917	0.1769	0.2025	0.1198	0.2657	0.2289	0.2657	0.2169	0.17	0.1844	0.17	0.1902
chrX	140176	140386	chrX:140177-140386	FBgn0040372,FBgn0040373	CG3038,G9a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1111	0.0902	0.1376	0.1054	0.0509	0.1194	0.0969	0.1272	0.0509	0.1673	0.1495	0.1673	0.1479	0.1133	0.1103	0.1133	0.1256
chrX	140470	140635	chrX:140471-140635	FBgn0040372	G9a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0422	0.0293	0.0538	0.044	0.0074	0.0456	0.0281	0.04	0.0074	0.0574	0.065	0.0574	0.0565	0.0544	0.0445	0.0544	0.05
chrX	140890	141044	chrX:140891-141044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0312	0.0293	0.036	0.028	0.0095	0.034	0.0381	0.0413	0.0095	0.0429	0.0344	0.0429	0.0318	0.0276	0.0264	0.0276	0.0297
chrX	141471	141670	chrX:141472-141670	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.0398	0.0735	0.0544	0.0191	0.0534	0.0411	0.0606	0.0191	0.0827	0.0887	0.0827	0.0906	0.0406	0.0774	0.0406	0.0834
chrX	148586	148737	chrX:148587-148737	FBgn0000316,FBgn0259722	CG42376,cin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.0345	0.0316	0.0233	0.0212	0.034	0.0368	0.06	0.0212	0.0344	0.0322	0.0344	0.0449	0.0276	0.0206	0.0276	0.0245
chrX	148817	149000	chrX:148818-149000	FBgn0000316,FBgn0259722	CG42376,cin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0754	0.0871	0.0746	0.0583	0.0767	0.0861	0.1166	0.0583	0.1069	0.0894	0.1069	0.0991	0.0827	0.069	0.0827	0.098
chrX	149099	149473	chrX:149100-149473	FBgn0000316,FBgn0259722	CG42376,cin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.0857	0.1135	0.0943	0.0636	0.0976	0.0986	0.1219	0.0636	0.1304	0.1251	0.1304	0.1247	0.1018	0.0832	0.1018	0.1126
chrX	149611	149815	chrX:149612-149815	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0838	0.0846	0.0921	0.0738	0.0806	0.0937	0.0934	0.1159	0.0806	0.125	0.0936	0.125	0.103	0.0819	0.0613	0.0819	0.1073
chrX	149856	150021	chrX:149857-150021	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0519	0.0507	0.0626	0.0416	0.0371	0.0636	0.058	0.064	0.0371	0.0779	0.0656	0.0779	0.079	0.0368	0.0413	0.0368	0.0599
chrX	154874	155099	chrX:154875-155099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0313	0.0247	0.0391	0.0301	0.0148	0.0291	0.0307	0.032	0.0148	0.0447	0.0441	0.0447	0.0325	0.0314	0.0232	0.0314	0.0281
chrX	157600	157751	chrX:157601-157751	FBgn0261446	CG13377	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0107	0.0206	0.0249	0.0042	0.0087	0.0134	0.02	0.0042	0.0163	0.0302	0.0163	0.017	0.01	0.0819	0.01	0.0125
chrX	157974	158136	chrX:157975-158136	FBgn0261446	CG13377	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.035	0.0204	0.0419	0.0439	0.0095	0.0204	0.0311	0.0247	0.0095	0.0338	0.0659	0.0338	0.0325	0.0115	0.1476	0.0115	0.0234
chrX	159848	160027	chrX:159849-160027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0406	0.0404	0.0475	0.0333	0.0159	0.0534	0.0476	0.054	0.0159	0.0719	0.0508	0.0719	0.0442	0.0536	0.0432	0.0536	0.0344
chrX	162095	162246	chrX:162096-162246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0233	0.0176	0.0292	0.0234	0.0074	0.0204	0.026	0.0187	0.0074	0.0374	0.0273	0.0374	0.031	0.0176	0.0368	0.0176	0.0214
chrX	162305	162456	chrX:162306-162456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0166	0.0263	0.0195	0.0032	0.017	0.0229	0.0253	0.0032	0.0368	0.0203	0.0368	0.031	0.0138	0.0232	0.0138	0.0177
chrX	165510	165661	chrX:165511-165661	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0193	0.0267	0.0204	0.0097	0.0106	0.0199	0.0502	0.0286	0.0106	0.0308	0.017	0.0308	0.0232	0.0084	0.0058	0.0084	0.0125
chrX	170185	170379	chrX:170186-170379	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1044	0.0622	0.1372	0.1156	0.0223	0.1005	0.0554	0.0813	0.0223	0.2186	0.0949	0.2186	0.1549	0.098	0.0548	0.098	0.149
chrX	170518	170900	chrX:170519-170900	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1036	0.0651	0.1415	0.105	0.0286	0.0976	0.0653	0.0846	0.0286	0.2222	0.0913	0.2222	0.1286	0.0812	0.0516	0.0812	0.0875
chrX	172135	172361	chrX:172136-172361	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1118	0.0748	0.1431	0.1189	0.0286	0.1345	0.0744	0.0733	0.0286	0.2095	0.1203	0.2095	0.1526	0.0858	0.0799	0.0858	0.1501
chrX	172527	173131	chrX:172528-173131	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.192	0.1507	0.2362	0.1898	0.0721	0.2034	0.1765	0.1879	0.0721	0.2711	0.2174	0.2711	0.2153	0.1478	0.1386	0.1478	0.186
chrX	173189	173403	chrX:173190-173403	FBgn0005427,FBgn0024989	CG3777,ewg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.142	0.1135	0.1749	0.1379	0.0562	0.1447	0.1176	0.1765	0.0562	0.2114	0.1862	0.2114	0.1611	0.16	0.1167	0.16	0.1459
chrX	173521	173699	chrX:173522-173699	FBgn0005427,FBgn0024989	CG3777,ewg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.128	0.1087	0.1484	0.1274	0.0583	0.1359	0.1215	0.1586	0.0583	0.1745	0.1585	0.1745	0.1518	0.1378	0.1161	0.1378	0.1605
chrX	174384	174535	chrX:174385-174535	FBgn0262266	mir-980	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0203	0.0169	0.0222	0.0219	0.0064	0.0199	0.0225	0.0227	0.0064	0.0223	0.0228	0.0223	0.0333	0.0092	0.0084	0.0092	0.0552
chrX	185817	185968	chrX:185818-185968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0155	0.0379	0.0202	0.0053	0.0233	0.0199	0.0147	0.0053	0.0344	0.054	0.0344	0.0341	0.023	0.0206	0.023	0.025
chrX	187257	187414	chrX:187258-187414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0095	0.0151	0.0196	0.0021	0.0126	0.0134	0.01	0.0021	0.0157	0.0103	0.0157	0.0403	0.013	0.0116	0.013	0.0448
chrX	189121	189272	chrX:189122-189272	FBgn0040370	CG13375	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0062	0.008	0.0192	0.0032	0.0063	0.0108	0.0047	0.0032	0.0066	0.0055	0.0066	0.0093	0.0084	0.0058	0.0084	0.0057
chrX	199454	199622	chrX:199455-199622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0183	0.032	0.0159	0.0057	0.0138	0.0461	0.0433	0.0266	0.0138	0.0163	0.0174	0.0163	0.0209	0.0069	0.0064	0.0069	0.0047
chrX	200283	200434	chrX:200284-200434	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0061	0.007	0.0142	0.0011	0.0087	0.0099	0.0047	0.0011	0.0048	0.0077	0.0048	0.0116	0.0031	0.009	0.0031	0.013
chrX	228785	228961	chrX:228786-228961	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0207	0.0077	0.0159	0.0404	0.0032	0.0078	0.0156	0.0047	0.0032	0.0079	0.0203	0.0079	0.024	0.0115	0.0741	0.0115	0.038
chrX	230547	230698	chrX:230548-230698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0093	0.0209	0.0277	0.0053	0.0141	0.0143	0.0053	0.0053	0.0199	0.0228	0.0199	0.0302	0.0191	0.0406	0.0191	0.0339
chrX	230804	230977	chrX:230805-230977	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0544	0.0192	0.061	0.0865	0.0117	0.0262	0.0225	0.0207	0.0117	0.038	0.0887	0.038	0.079	0.1018	0.1006	0.1018	0.1084
chrX	231113	231275	chrX:231114-231275	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0302	0.0698	0.092	0.0148	0.0393	0.0324	0.0446	0.0148	0.0495	0.0977	0.0495	0.0899	0.1018	0.1154	0.1018	0.1136
chrX	231366	231628	chrX:231367-231628	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT54783.1	VT54783.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0451	0.0351	0.0525	0.0479	0.0201	0.0364	0.0402	0.0593	0.0201	0.0344	0.0781	0.0344	0.0604	0.0406	0.089	0.0406	0.0443
chrX	233707	233874	chrX:233708-233874	distal	distal	stage11	stage11	VT54784.1	VT54784.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0173	0.034	0.021	0.0074	0.016	0.0277	0.0193	0.0074	0.0229	0.055	0.0229	0.0279	0.0145	0.0477	0.0145	0.0156
chrX	234223	234451	chrX:234224-234451	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT54784.1	VT54784.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.034	0.0209	0.0416	0.0404	0.0148	0.0223	0.0333	0.0173	0.0148	0.0266	0.0572	0.0266	0.0643	0.023	0.0928	0.023	0.0433
chrX	236859	237038	chrX:236860-237038	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0251	0.029	0.0264	0.0192	0.0223	0.0199	0.0446	0.0426	0.0223	0.0181	0.0408	0.0181	0.0232	0.0077	0.0567	0.0077	0.0141
chrX	239140	239291	chrX:239141-239291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0101	0.0087	0.0115	0.0102	0.0053	0.0063	0.0138	0.012	0.0053	0.0072	0.019	0.0072	0.0085	0.0061	0.0297	0.0061	0.0042
chrX	244368	244519	chrX:244369-244519	FBgn0262810	CG43181	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0112	0.0081	0.0085	0.0175	0.0021	0.0073	0.0147	0.0073	0.0021	0.0048	0.0113	0.0048	0.0132	0.0145	0.0206	0.0145	0.0266
chrX	244601	244752	chrX:244602-244752	FBgn0262810	CG43181	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0144	0.0106	0.0126	0.0207	0.0042	0.0092	0.0186	0.01	0.0042	0.0115	0.0135	0.0115	0.0178	0.0184	0.0187	0.0184	0.0328
chrX	245104	245290	chrX:245105-245290	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0262	0.009	0.0192	0.0531	0.0032	0.0068	0.016	0.012	0.0032	0.0115	0.0177	0.0115	0.0418	0.0513	0.0574	0.0513	0.0724
chrX	250399	250619	chrX:250400-250619	FBgn0004034	y	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0261	0.0396	0.0258	0.0114	0.035	0.0243	0.0753	0.0326	0.035	0.0211	0.0421	0.0211	0.0132	0.0115	0.0193	0.0115	0.0083
chrX	251258	251409	chrX:251259-251409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0139	0.0249	0.0107	0.0053	0.0286	0.0112	0.0497	0.0213	0.0286	0.0103	0.0138	0.0103	0.0062	0.0038	0.0084	0.0038	0.0063
chrX	255567	255764	chrX:255568-255764	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0788	0.0728	0.098	0.0645	0.0583	0.0913	0.0783	0.0986	0.0583	0.125	0.1164	0.125	0.1092	0.0781	0.087	0.0781	0.0964
chrX	255866	256061	chrX:255867-256061	FBgn0261559	yar	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0365	0.0308	0.0442	0.0344	0.017	0.0447	0.032	0.04	0.017	0.0604	0.0482	0.0604	0.0527	0.0444	0.0445	0.0444	0.0552
chrX	256309	256460	chrX:256310-256460	FBgn0261559	yar	none	none	sc_Dm_DCE	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0129	0.0091	0.0136	0.0164	0.0021	0.0092	0.0147	0.0113	0.0021	0.0139	0.0161	0.0139	0.0225	0.0107	0.0097	0.0107	0.0365
chrX	257400	257646	chrX:257401-257646	distal	distal	none	none	VT54796.1,sc_Dm_DCE	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0315	0.0391	0.039	0.0149	0.0127	0.0383	0.0528	0.0633	0.0127	0.0199	0.0669	0.0199	0.031	0.0107	0.0206	0.0107	0.0167
chrX	257929	258142	chrX:257930-258142	distal	distal	none	none	VT54796.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0163	0.0263	0.0213	0.0064	0.018	0.0229	0.0207	0.0064	0.0211	0.0418	0.0211	0.0217	0.0184	0.0542	0.0184	0.0146
chrX	258513	258681	chrX:258514-258681	distal	distal	none	none	VT54796.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0302	0.0284	0.0145	0.018	0.0335	0.0394	0.04	0.018	0.0248	0.0434	0.0248	0.0163	0.0107	0.0348	0.0107	0.0099
chrX	258700	258851	chrX:258701-258851	distal	distal	none	none	VT54796.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.029	0.023	0.0141	0.0117	0.0311	0.0385	0.0426	0.0117	0.0163	0.0344	0.0163	0.017	0.0107	0.0258	0.0107	0.0135
chrX	263078	263378	chrX:263079-263378	distal	distal	stage5	stage5	VT54799.1,ac_0.8	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0335	0.0506	0.039	0.0085	0.0106	0.05	0.0484	0.1173	0.0106	0.0205	0.0749	0.0205	0.0108	0.0077	0.0168	0.0077	0.0047
chrX	263733	264122	chrX:263734-264122	FBgn0000022	ac	stage11,stage5	none	VT54799.1,ac_0.8	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1217	0.1849	0.1437	0.027	0.1739	0.1282	0.2552	0.2898	0.1739	0.0664	0.2862	0.0664	0.0542	0.0168	0.0858	0.0168	0.0089
chrX	269321	269528	chrX:269322-269528	distal	distal	stage5	stage5	VT54802.1,ac_101R3.2	VT54802.1,ac_101R3.2	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0301	0.0546	0.0255	0.0079	0.0286	0.0388	0.0683	0.1059	0.0286	0.0163	0.0447	0.0163	0.0101	0.0061	0.0123	0.0061	0.0073
chrX	269542	269755	chrX:269543-269755	distal	distal	stage5	stage5	VT54802.1,ac_101R3.2	VT54802.1,ac_101R3.2	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0281	0.0471	0.0278	0.0072	0.0276	0.0442	0.0571	0.0799	0.0276	0.0163	0.0482	0.0163	0.0116	0.0069	0.0103	0.0069	0.0068
chrX	270485	270636	chrX:270486-270636	distal	distal	none	none	VT54802.1,VT54803.1,ac_101R3.2	VT54802.1,VT54803.1,ac_101R3.2	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0107	0.012	0.0157	0.0036	0.0106	0.0121	0.0147	0.0173	0.0106	0.0097	0.0293	0.0097	0.0054	0.0046	0.0032	0.0046	0.0042
chrX	271532	271761	chrX:271533-271761	distal	distal	none	none	VT54803.1,ac_101R3.2	VT54803.1,ac_101R3.2	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0304	0.0572	0.0254	0.006	0.0594	0.0282	0.1042	0.062	0.0594	0.0211	0.0431	0.0211	0.0124	0.0077	0.0071	0.0077	0.0057
chrX	274614	274821	chrX:274615-274821	distal	distal	stage5	stage5	VT54805.1,ac_101R3.2	VT54805.1,ac_101R3.2	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0262	0.0597	0.0124	0.0039	0.052	0.0442	0.0744	0.1059	0.052	0.0115	0.0206	0.0115	0.0023	0	0.0032	0	0.0026
chrX	275765	275997	chrX:275766-275997	distal	distal	stage5	stage5	VT54805.1,ac_101R3.2	VT54805.1,ac_101R3.2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0737	0.0345	0.0081	0.0626	0.05	0.0943	0.1306	0.0626	0.0278	0.0547	0.0278	0.0116	0.0054	0.02	0.0054	0.0021
chrX	277026	277270	chrX:277027-277270	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0424	0.0674	0.0501	0.0058	0.0318	0.0903	0.08	0.0879	0.0318	0.0767	0.0646	0.0767	0.0325	0.0084	0.0084	0.0084	0.0052
chrX	278816	278967	chrX:278817-278967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0167	0.0223	0.0099	0.0032	0.018	0.026	0.02	0.0032	0.0187	0.0376	0.0187	0.0108	0.0046	0.0226	0.0046	0.0094
chrX	286422	286580	chrX:286423-286580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0312	0.0373	0.0071	0.0127	0.0388	0.0407	0.038	0.0127	0.0242	0.0646	0.0242	0.0124	0.0031	0.0155	0.0031	0.0057
chrX	287112	287272	chrX:287113-287272	distal	distal	none	none	sc_SMC	sc_SMC	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0241	0.0202	0.0406	0.0103	0.0042	0.0233	0.0251	0.032	0.0042	0.0163	0.0714	0.0163	0.0139	0.0046	0.0135	0.0046	0.0094
chrX	289884	290090	chrX:289885-290090	FBgn0004170	sc	stage11,stage14,stage5	none	sc_L3/TSM	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1163	0.1692	0.1336	0.038	0.1453	0.117	0.2565	0.2272	0.1453	0.0386	0.2392	0.0386	0.1216	0.0253	0.1103	0.0253	0.0182
chrX	290412	290621	chrX:290413-290621	FBgn0004170	sc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0349	0.05	0.0406	0.0117	0.0318	0.0383	0.0761	0.068	0.0318	0.0205	0.0701	0.0205	0.0302	0.01	0.0258	0.01	0.0099
chrX	292288	292439	chrX:292289-292439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0198	0.0233	0.0293	0.0054	0.0074	0.0165	0.0324	0.0446	0.0074	0.0133	0.0527	0.0133	0.0163	0.0061	0.009	0.0061	0.0026
chrX	293795	294027	chrX:293796-294027	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0497	0.1123	0.0275	0.0042	0.122	0.0456	0.2124	0.1166	0.122	0.0085	0.055	0.0085	0.0116	0.0069	0.0052	0.0069	0.0031
chrX	296502	296653	chrX:296503-296653	distal	distal	none	none	VT54817.1	VT54817.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0124	0.0254	0.0085	0.0022	0.0042	0.0204	0.0337	0.05	0.0042	0.0036	0.0135	0.0036	0.0023	0.0023	6e-04	0.0023	0.001
chrX	297588	297739	chrX:297589-297739	distal	distal	none	none	VT54817.1,sc_pTG	VT54817.1,sc_pTG	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0171	0.0178	0.0289	0.0032	0.0032	0.0204	0.0242	0.026	0.0032	0.0097	0.0601	0.0097	0.0085	0.0015	0.0039	0.0015	0.0036
chrX	297767	297918	chrX:297768-297918	distal	distal	none	none	VT54817.1,sc_pTG	VT54817.1,sc_pTG	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.017	0.0161	0.0292	0.0047	0.0021	0.0209	0.0182	0.0253	0.0021	0.0127	0.0563	0.0127	0.0101	0.0023	0.0058	0.0023	0.0057
chrX	301256	301407	chrX:301257-301407	distal	distal	none	none	sc_pTG	sc_pTG	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0283	0.0314	0.0445	0.0071	0.0148	0.0354	0.0411	0.0446	0.0148	0.0374	0.0656	0.0374	0.031	0.0054	0.0103	0.0054	0.0063
chrX	301617	301807	chrX:301618-301807	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT54820.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0858	0.0998	0.1346	0.0166	0.0424	0.1311	0.1012	0.1559	0.0424	0.1703	0.1675	0.1703	0.0899	0.0077	0.0284	0.0077	0.0151
chrX	302929	303111	chrX:302930-303111	distal	distal	none	none	VT54820.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0476	0.0506	0.0181	0.0308	0.0549	0.0554	0.064	0.0308	0.0519	0.0759	0.0519	0.0155	0.0153	0.0342	0.0153	0.0162
chrX	303521	303752	chrX:303522-303752	FBgn0002561	l(1)sc	stage11,stage5	none	VT54820.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1343	0.2289	0.1475	0.0142	0.1877	0.2286	0.2824	0.3098	0.1877	0.2192	0.1797	0.2192	0.0302	0.01	0.0297	0.01	0.0052
chrX	305418	305569	chrX:305419-305569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.023	0.0299	0.0288	0.0089	0.0085	0.0277	0.0337	0.0613	0.0085	0.0326	0.0302	0.0326	0.0093	0.0054	0.0064	0.0054	0.0052
chrX	306199	306350	chrX:306200-306350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0273	0.0441	0.0305	0.0052	0.0318	0.051	0.0454	0.0686	0.0318	0.0676	0.0318	0.0676	0.0116	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chrX	306486	306637	chrX:306487-306637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0232	0.0289	0.0299	0.0093	0.017	0.0413	0.0324	0.0306	0.017	0.0556	0.0318	0.0556	0.0108	0.0077	0.0084	0.0077	0.0068
chrX	306929	307080	chrX:306930-307080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0251	0.0259	0.0354	0.013	0.0138	0.0267	0.0316	0.042	0.0138	0.0272	0.0566	0.0272	0.0132	0.0161	0.0071	0.0161	0.0078
chrX	309237	309463	chrX:309238-309463	distal	distal	none	none	VT54823.1	VT54823.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0313	0.0664	0.019	0.0056	0.0498	0.0451	0.0861	0.1199	0.0498	0.0175	0.028	0.0175	0.0116	0.0092	0.0032	0.0092	0.0057
chrX	311229	311551	chrX:311230-311551	distal	distal	stage5	stage5	VT54824.1	VT54824.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.1245	0.028	0.0072	0.1156	0.0864	0.1462	0.2345	0.1156	0.0242	0.0389	0.0242	0.0147	0.0077	0.0064	0.0077	0.0052
chrX	313045	313196	chrX:313046-313196	distal	distal	none	none	VT54825.1	VT54825.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0269	0.0359	0.0365	0.0061	0.0074	0.0282	0.0528	0.0646	0.0074	0.029	0.0585	0.029	0.0124	0.0061	0.0058	0.0061	0.0042
chrX	313237	313388	chrX:313238-313388	distal	distal	none	none	VT54825.1	VT54825.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0218	0.0304	0.0275	0.0058	0.0106	0.0301	0.0368	0.0553	0.0106	0.0217	0.0453	0.0217	0.0077	0.0038	0.0123	0.0038	0.0047
chrX	317209	317473	chrX:317210-317473	distal	distal	stage11	stage11	VT54827.1,VT54828.1	VT54827.1,VT54828.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0251	0.0248	0.0319	0.0181	0.0074	0.0335	0.0372	0.022	0.0074	0.026	0.0296	0.026	0.0658	0.0069	0.0123	0.0069	0.0453
chrX	317478	317651	chrX:317479-317651	distal	distal	stage11	stage11	VT54828.1	VT54828.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0214	0.0231	0.0269	0.0136	0.0064	0.0345	0.032	0.0193	0.0064	0.0199	0.0264	0.0199	0.0596	0.0061	0.0103	0.0061	0.0313
chrX	317729	317880	chrX:317730-317880	distal	distal	none	none	VT54828.1	VT54828.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0164	0.0201	0.0218	0.0064	0.0064	0.033	0.0225	0.02	0.0064	0.0193	0.0225	0.0193	0.0418	0.0031	0.0077	0.0031	0.0135
chrX	318680	318946	chrX:318681-318946	distal	distal	stage5	stage5	VT54828.1	VT54828.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0337	0.0376	0.0466	0.015	0.0265	0.0427	0.0437	0.056	0.0265	0.0205	0.0733	0.0205	0.0232	0.0038	0.0387	0.0038	0.012
chrX	332530	332713	chrX:332531-332713	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT54832.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0281	0.0334	0.039	0.0102	0.0138	0.0291	0.0324	0.0759	0.0138	0.0435	0.0579	0.0435	0.0201	0.0184	0.0129	0.0184	0.0094
chrX	332819	333003	chrX:332820-333003	distal	distal	none	none	VT54832.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0262	0.0292	0.0373	0.0107	0.0106	0.0354	0.0247	0.0566	0.0106	0.0562	0.0492	0.0562	0.017	0.0207	0.0084	0.0207	0.0083
chrX	337210	337361	chrX:337211-337361	distal	distal	none	none	VT54835.1	VT54835.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0143	0.0233	0.014	0.0045	0.0053	0.0209	0.0242	0.0533	0.0053	0.0151	0.0164	0.0151	0.0077	0.0061	0.0045	0.0061	0.0042
chrX	345303	345454	chrX:345304-345454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0145	0.0116	0.0272	0.0038	0.0032	0.0141	0.0147	0.0173	0.0032	0.0211	0.0502	0.0211	0.0077	0.0061	0.0032	0.0061	0.0036
chrX	345856	346007	chrX:345857-346007	distal	distal	stage11	stage11	VT54840.1	VT54840.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0309	0.0242	0.0537	0.0135	0.0074	0.0209	0.0281	0.0493	0.0074	0.0344	0.1003	0.0344	0.0147	0.0107	0.0251	0.0107	0.0151
chrX	348288	348451	chrX:348289-348451	distal	distal	stage5	stage5	VT54841.1	VT54841.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0265	0.0541	0.0193	0.0036	0.0117	0.0777	0.0294	0.1206	0.0117	0.0211	0.026	0.0211	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0016
chrX	351018	351352	chrX:351019-351352	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT54843.1	VT54843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0921	0.0907	0.1494	0.0306	0.0445	0.1325	0.0839	0.1326	0.0445	0.1878	0.1486	0.1878	0.0263	0.0153	0.0342	0.0153	0.0125
chrX	351585	351911	chrX:351586-351911	distal	distal	stage11	stage11	VT54843.1	VT54843.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.071	0.0599	0.1274	0.0214	0.0223	0.0898	0.0458	0.0999	0.0223	0.1105	0.1788	0.1105	0.0519	0.0176	0.0335	0.0176	0.0151
chrX	352131	352285	chrX:352132-352285	distal	distal	stage5	stage5	VT54843.1	VT54843.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0464	0.0492	0.0737	0.0131	0.0297	0.0602	0.0441	0.0879	0.0297	0.064	0.1071	0.064	0.0418	0.023	0.0193	0.023	0.0094
chrX	352827	352978	chrX:352828-352978	distal	distal	none	none	VT54844.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0211	0.0191	0.0378	0.005	0.0053	0.0437	0.0112	0.018	0.0053	0.1063	0.0225	0.1063	0.0062	0.0015	0.0013	0.0015	0.0026
chrX	353423	353574	chrX:353424-353574	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT54844.1,ase_H:1.4	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0219	0.0243	0.0327	0.0072	0.0074	0.0354	0.0212	0.0386	0.0074	0.0694	0.0244	0.0694	0.0077	0.0023	0.0064	0.0023	0.0031
chrX	354605	354779	chrX:354606-354779	FBgn0000137	ase	stage11,stage14	none	ase_F:560	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0491	0.0474	0.0737	0.024	0.018	0.0782	0.0303	0.0806	0.018	0.1045	0.0537	0.1045	0.0256	0.0123	0.0142	0.0123	0.0089
chrX	357796	357957	chrX:357797-357957	distal	distal	none	none	VT54845.1	VT54845.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0335	0.0402	0.0182	0.0148	0.0456	0.0316	0.052	0.0148	0.0399	0.0347	0.0399	0.0139	0.0023	0.0097	0.0023	0.0057
chrX	358134	358349	chrX:358135-358349	distal	distal	none	none	VT54845.1,VT54846.1	VT54845.1,VT54846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0449	0.0512	0.0598	0.0214	0.0255	0.0573	0.051	0.0879	0.0255	0.0447	0.0531	0.0447	0.0201	0.0123	0.0084	0.0123	0.0109
chrX	359196	359434	chrX:359197-359434	distal	distal	stage5	stage5	VT54845.1,VT54846.1	VT54845.1,VT54846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0351	0.0633	0.0302	0.0091	0.0244	0.1029	0.0584	0.0833	0.0244	0.0489	0.0296	0.0489	0.0108	0.0092	0.0064	0.0092	0.0057
chrX	359570	359839	chrX:359571-359839	distal	distal	stage5	stage5	VT54846.1	VT54846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0438	0.0715	0.0464	0.0099	0.018	0.1218	0.0614	0.1019	0.018	0.1051	0.0389	0.1051	0.0108	0.0107	0.0039	0.0107	0.0104
chrX	360161	360504	chrX:360162-360504	distal	distal	stage5	stage5	VT54846.1	VT54846.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0411	0.0869	0.0254	0.0071	0.0657	0.0762	0.1211	0.1179	0.0657	0.0326	0.0286	0.0326	0.007	0.0069	0.0045	0.0069	0.0047
chrX	363878	364032	chrX:363879-364032	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0588	0.0241	0.0096	0.0424	0.033	0.0978	0.0859	0.0424	0.0151	0.0325	0.0151	0.0186	0.0092	0.0097	0.0092	0.0089
chrX	366837	366997	chrX:366838-366997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0332	0.0552	0.0294	0.0085	0.0427	0.0346	0.0526	0.0085	0.0694	0.065	0.0694	0.0527	0.0337	0.0368	0.0337	0.038
chrX	370230	370381	chrX:370231-370381	FBgn0001337	Exp6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0349	0.0443	0.0284	0.0159	0.0427	0.045	0.0446	0.0159	0.0531	0.0476	0.0531	0.048	0.0383	0.029	0.0383	0.036
chrX	370509	370693	chrX:370510-370693	FBgn0001337,FBgn0029522	CG13373,Exp6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0725	0.0693	0.0897	0.0571	0.0318	0.0898	0.0865	0.0866	0.0318	0.1093	0.1003	0.1093	0.079	0.072	0.0625	0.072	0.0615
chrX	370900	371109	chrX:370901-371109	FBgn0001337,FBgn0029522	CG13373,Exp6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0656	0.085	0.0482	0.0308	0.0903	0.0692	0.0906	0.0308	0.1051	0.0926	0.1051	0.093	0.062	0.0645	0.062	0.0631
chrX	371176	371397	chrX:371177-371397	FBgn0029522	CG13373	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0522	0.0784	0.0444	0.0138	0.0748	0.0532	0.0773	0.0138	0.0978	0.0833	0.0978	0.0891	0.0582	0.0567	0.0582	0.0625
chrX	373037	373222	chrX:373038-373222	FBgn0029523,FBgn0052817	CG32817,CR18275	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0279	0.0386	0.0317	0.0118	0.0201	0.0495	0.0372	0.0653	0.0201	0.0296	0.0322	0.0296	0.0287	0.0107	0.0129	0.0107	0.013
chrX	375367	375667	chrX:375368-375667	FBgn0029524,FBgn0029526	CG3176,CR18166	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0431	0.0474	0.0553	0.0248	0.0212	0.0544	0.0493	0.0826	0.0212	0.0568	0.0572	0.0568	0.062	0.023	0.0226	0.023	0.0266
chrX	375782	375964	chrX:375783-375964	FBgn0029524,FBgn0029526	CG3176,CR18166	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0275	0.0395	0.0255	0.0163	0.0127	0.0374	0.0407	0.0813	0.0127	0.0163	0.0222	0.0163	0.0294	0.0115	0.0077	0.0115	0.0135
chrX	381293	381474	chrX:381294-381474	FBgn0023536,FBgn0029525	CG18273,CG3156	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0632	0.0565	0.0831	0.0489	0.0276	0.065	0.0748	0.0693	0.0276	0.1129	0.0839	0.1129	0.0798	0.0528	0.0522	0.0528	0.0547
chrX	381563	381966	chrX:381564-381966	FBgn0023536,FBgn0029525	CG18273,CG3156	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1724	0.1712	0.2103	0.132	0.1156	0.2107	0.1968	0.2272	0.1156	0.2391	0.237	0.2391	0.2115	0.1271	0.147	0.1271	0.1558
chrX	382063	382262	chrX:382064-382262	FBgn0023536,FBgn0029525	CG18273,CG3156	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0422	0.0632	0.0412	0.0233	0.049	0.0567	0.0513	0.0233	0.0725	0.0733	0.0725	0.0542	0.0314	0.0426	0.0314	0.0505
chrX	386845	386996	chrX:386846-386996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0214	0.0145	0.0253	0.0248	0.0053	0.0233	0.0151	0.0167	0.0053	0.0181	0.0248	0.0181	0.0457	0.0161	0.0181	0.0161	0.049
chrX	387137	387318	chrX:387138-387318	FBgn0023537	CG17896	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0429	0.0294	0.0501	0.0501	0.0074	0.0515	0.0337	0.0273	0.0074	0.0326	0.0524	0.0326	0.0922	0.0544	0.0432	0.0544	0.0813
chrX	387338	387998	chrX:387339-387998	FBgn0023537	CG17896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1361	0.0915	0.1579	0.162	0.0297	0.1403	0.093	0.1213	0.0297	0.1431	0.1675	0.1431	0.2285	0.1861	0.2037	0.1861	0.2043
chrX	388062	388223	chrX:388063-388223	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0409	0.0308	0.0449	0.0479	0.0138	0.0417	0.0363	0.038	0.0138	0.0556	0.0402	0.0556	0.0589	0.0643	0.0522	0.0643	0.0568
chrX	388323	388474	chrX:388324-388474	FBgn0023534	CG17778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.0265	0.0329	0.0411	0.0085	0.033	0.0307	0.0386	0.0085	0.0338	0.0318	0.0338	0.0457	0.0498	0.0432	0.0498	0.0594
chrX	388835	389050	chrX:388836-389050	FBgn0023534	CG17778	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0503	0.0545	0.0478	0.0483	0.035	0.0626	0.0584	0.0839	0.035	0.061	0.0534	0.061	0.0395	0.0314	0.0342	0.0314	0.0542
chrX	390387	390553	chrX:390388-390553	FBgn0004648	svr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1145	0.1056	0.1433	0.0929	0.0668	0.1379	0.1163	0.1406	0.0668	0.1745	0.1588	0.1745	0.1402	0.1118	0.1122	0.1118	0.1162
chrX	390619	390828	chrX:390620-390828	FBgn0004648	svr	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0753	0.0624	0.1	0.0627	0.0286	0.0806	0.0735	0.0813	0.0286	0.128	0.1084	0.128	0.1022	0.0888	0.0793	0.0888	0.0776
chrX	392620	392771	chrX:392621-392771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0192	0.0266	0.0195	0.0053	0.0267	0.0182	0.0306	0.0053	0.0169	0.0222	0.0169	0.0271	0.0061	0.011	0.0061	0.0177
chrX	393132	393531	chrX:393133-393531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0727	0.0515	0.0725	0.0968	0.0159	0.0816	0.0562	0.062	0.0159	0.0682	0.0582	0.0682	0.1084	0.0521	0.0355	0.0521	0.1188
chrX	393573	393770	chrX:393574-393770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0534	0.0353	0.0596	0.0667	0.0138	0.0534	0.0363	0.0473	0.0138	0.0773	0.0428	0.0773	0.1022	0.0567	0.0361	0.0567	0.0849
chrX	393871	394068	chrX:393872-394068	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0607	0.0409	0.0654	0.0778	0.0191	0.0583	0.0446	0.0493	0.0191	0.0791	0.0498	0.0791	0.1053	0.036	0.0348	0.036	0.1146
chrX	403258	403502	chrX:403259-403502	FBgn0023535	arg	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0189	0.0357	0.0511	0.0064	0.0252	0.0234	0.0253	0.0064	0.026	0.0305	0.026	0.0442	0.0168	0.0239	0.0168	0.1037
chrX	403571	403722	chrX:403572-403722	FBgn0023535	arg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.024	0.0138	0.0264	0.0329	0.0042	0.0146	0.0177	0.0227	0.0042	0.0181	0.0264	0.0181	0.0318	0.0123	0.0174	0.0123	0.0464
chrX	403931	404336	chrX:403932-404336	FBgn0023535	arg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0417	0.0298	0.0516	0.0441	0.0117	0.035	0.0407	0.0373	0.0117	0.0441	0.0479	0.0441	0.0651	0.0291	0.0251	0.0291	0.0495
chrX	404594	404780	chrX:404595-404780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0248	0.0396	0.0372	0.0053	0.032	0.0342	0.0293	0.0053	0.0308	0.035	0.0308	0.072	0.0306	0.0174	0.0306	0.0521
chrX	406463	406802	chrX:406464-406802	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.048	0.0485	0.0569	0.0376	0.0329	0.0636	0.0528	0.0626	0.0329	0.0471	0.0524	0.0471	0.0527	0.0605	0.0251	0.0605	0.0323
chrX	407809	407973	chrX:407810-407973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0399	0.041	0.0508	0.0266	0.0191	0.0534	0.045	0.0553	0.0191	0.0628	0.0502	0.0628	0.0341	0.0345	0.0258	0.0345	0.0229
chrX	408495	408666	chrX:408496-408666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0403	0.0355	0.0442	0.0414	0.0233	0.0466	0.0424	0.0406	0.0233	0.0495	0.0434	0.0495	0.0349	0.0766	0.0226	0.0766	0.0443
chrX	409265	409416	chrX:409266-409416	distal	distal	none	none	VT54875.1	VT54875.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.022	0.0182	0.0228	0.0252	0.0106	0.0228	0.0203	0.026	0.0106	0.0242	0.0186	0.0242	0.0178	0.0498	0.0168	0.0498	0.025
chrX	410100	410251	chrX:410101-410251	distal	distal	none	none	VT54875.1	VT54875.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0277	0.0333	0.0306	0.0182	0.0159	0.0306	0.0471	0.0473	0.0159	0.0248	0.0296	0.0248	0.0201	0.0145	0.0155	0.0145	0.0219
chrX	414389	414578	chrX:414390-414578	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.06	0.0378	0.0655	0.079	0.018	0.0432	0.0467	0.0533	0.018	0.0489	0.0412	0.0489	0.0341	0.0153	0.0316	0.0153	0.0375
chrX	414650	414801	chrX:414651-414801	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0516	0.0336	0.0563	0.0664	0.0159	0.0447	0.0394	0.0433	0.0159	0.0362	0.0379	0.0362	0.0271	0.0161	0.029	0.0161	0.0313
chrX	415527	415737	chrX:415528-415737	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.086	0.1002	0.0943	0.0611	0.0594	0.1238	0.1073	0.1472	0.0594	0.1413	0.0859	0.1413	0.0581	0.0398	0.0413	0.0398	0.0427
chrX	415782	416216	chrX:415783-416216	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1662	0.2005	0.177	0.116	0.1665	0.2383	0.2422	0.2378	0.1665	0.218	0.1846	0.218	0.1642	0.121	0.1186	0.121	0.1105
chrX	416471	416680	chrX:416472-416680	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2	0.195	0.2254	0.1778	0.1824	0.2505	0.2003	0.2385	0.1824	0.3092	0.2293	0.3092	0.2184	0.209	0.1805	0.209	0.1996
chrX	417236	417429	chrX:417237-417429	FBgn0260400	elav	stage11,stage14,stage5	none	elav_construct_L	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2062	0.1833	0.2504	0.1834	0.1432	0.2369	0.1955	0.2392	0.1432	0.2977	0.2633	0.2977	0.2386	0.2029	0.1805	0.2029	0.1991
chrX	417581	417768	chrX:417582-417768	FBgn0260400	elav	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1453	0.1125	0.1852	0.1383	0.0838	0.15	0.1125	0.1539	0.0838	0.2077	0.2039	0.2077	0.1665	0.1309	0.1496	0.1309	0.1485
chrX	418023	418197	chrX:418024-418197	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0689	0.0611	0.0768	0.0689	0.0308	0.0684	0.0766	0.0873	0.0308	0.058	0.0605	0.058	0.0442	0.0337	0.0335	0.0337	0.0334
chrX	418371	418559	chrX:418372-418559	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0564	0.0447	0.0627	0.0624	0.0223	0.0456	0.0597	0.0666	0.0223	0.0374	0.0428	0.0374	0.0341	0.0237	0.0226	0.0237	0.0297
chrX	419798	419949	chrX:419799-419949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0491	0.0528	0.0685	0.0235	0.0212	0.0563	0.0623	0.0926	0.0212	0.0568	0.0592	0.0568	0.017	0.0069	0.0213	0.0069	0.0078
chrX	420828	421030	chrX:420829-421030	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0743	0.1077	0.0916	0.0181	0.0753	0.1228	0.122	0.1599	0.0753	0.0719	0.1093	0.0719	0.0248	0.0123	0.0245	0.0123	0.0104
chrX	421075	421226	chrX:421076-421226	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0536	0.0687	0.0713	0.0174	0.0456	0.0709	0.0783	0.1119	0.0456	0.0477	0.0707	0.0477	0.0201	0.013	0.0213	0.013	0.012
chrX	423890	424058	chrX:423891-424058	FBgn0000108,FBgn0024983	Appl,CG4293	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1819	0.1625	0.2222	0.1593	0.1018	0.199	0.1916	0.2099	0.1018	0.2651	0.2441	0.2651	0.2029	0.1723	0.1644	0.1723	0.1866
chrX	424198	424440	chrX:424199-424440	FBgn0000108,FBgn0024983	Appl,CG4293	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1689	0.1454	0.2006	0.1603	0.088	0.185	0.1626	0.1959	0.088	0.2373	0.2106	0.2373	0.1735	0.157	0.1289	0.157	0.1516
chrX	424909	425060	chrX:424910-425060	FBgn0000108	Appl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0407	0.0292	0.0439	0.0501	0.0223	0.0374	0.0337	0.0353	0.0223	0.0495	0.046	0.0495	0.0279	0.0337	0.0219	0.0337	0.0224
chrX	425246	425418	chrX:425247-425418	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0601	0.0601	0.0745	0.0443	0.0276	0.0908	0.0588	0.0839	0.0276	0.1033	0.0842	0.1033	0.0527	0.0352	0.0271	0.0352	0.024
chrX	425886	426068	chrX:425887-426068	distal	distal	none	none	VT54883.1	VT54883.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1256	0.1321	0.164	0.0762	0.0954	0.1471	0.1553	0.1759	0.0954	0.2156	0.1859	0.2156	0.1309	0.0911	0.0696	0.0911	0.0672
chrX	426269	426474	chrX:426270-426474	distal	distal	none	none	VT54883.1	VT54883.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0808	0.0943	0.0995	0.0453	0.0615	0.1097	0.1142	0.1226	0.0615	0.1473	0.0977	0.1473	0.0891	0.0666	0.0213	0.0666	0.0391
chrX	427569	427725	chrX:427570-427725	distal	distal	none	none	VT54883.1	VT54883.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.025	0.0214	0.027	0.0269	0.0085	0.0214	0.0298	0.0286	0.0085	0.0169	0.0225	0.0169	0.0139	0.0092	0.0071	0.0092	0.0104
chrX	428198	428349	chrX:428199-428349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0095	0.0132	0.024	0.0042	0.0073	0.0173	0.0093	0.0042	0.0127	0.01	0.0127	0.0039	0.0077	0.0052	0.0077	0.0052
chrX	429022	429173	chrX:429023-429173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0204	0.0242	0.0246	0.0085	0.0204	0.0281	0.0286	0.0085	0.0272	0.0238	0.0272	0.0108	0.0092	0.0071	0.0092	0.0089
chrX	429449	429600	chrX:429450-429600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0175	0.0237	0.017	0.0111	0.0148	0.0189	0.0216	0.0546	0.0148	0.0139	0.0215	0.0139	0.0101	0.0054	0.0039	0.0054	0.0068
chrX	435866	436017	chrX:435867-436017	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0069	0.0093	0.0237	0.0011	0.0078	0.0108	0.008	0.0011	0.0097	0.01	0.0097	0.0108	0.0107	0.0116	0.0107	0.0198
chrX	436472	436623	chrX:436473-436623	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0046	0.0067	0.0202	0.0011	0.0049	0.0087	0.004	0.0011	0.0024	0.0071	0.0024	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0089
chrX	437112	437263	chrX:437113-437263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0072	0.0081	0.0148	0.0011	0.0078	0.013	0.0067	0.0011	0.006	0.008	0.006	0.0062	0.0046	0.0032	0.0046	0.0083
chrX	440499	441065	chrX:440500-441065	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1059	0.0753	0.1236	0.1206	0.0445	0.085	0.1125	0.0706	0.0445	0.1498	0.1437	0.1498	0.1418	0.1133	0.1605	0.1133	0.1793
chrX	442325	442579	chrX:442326-442579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0243	0.047	0.0453	0.0085	0.0282	0.0359	0.0266	0.0085	0.0489	0.0514	0.0489	0.0558	0.0605	0.0522	0.0605	0.0542
chrX	442702	442853	chrX:442703-442853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0117	0.0075	0.0118	0.0164	0.0011	0.0039	0.016	0.008	0.0011	0.0103	0.0106	0.0103	0.0155	0.0138	0.0097	0.0138	0.0094
chrX	442946	443097	chrX:442947-443097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0075	0.0082	0.0142	0.0011	0.0044	0.0143	0.0107	0.0011	0.0072	0.0068	0.0072	0.0108	0.01	0.0103	0.01	0.0104
chrX	443248	443399	chrX:443249-443399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.007	0.0088	0.011	0.0021	0.0092	0.0095	0.0087	0.0021	0.0066	0.009	0.0066	0.0101	0.0061	0.0058	0.0061	0.0052
chrX	469515	469715	chrX:469516-469715	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0288	0.0328	0.0289	0.0244	0.0233	0.033	0.0489	0.0346	0.0233	0.0302	0.037	0.0302	0.0201	0.0237	0.0393	0.0237	0.0261
chrX	469939	470342	chrX:469940-470342	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0592	0.0566	0.037	0.0318	0.065	0.0796	0.0759	0.0318	0.0616	0.0695	0.0616	0.0581	0.0314	0.0535	0.0314	0.0469
chrX	470407	470607	chrX:470408-470607	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0393	0.0566	0.036	0.0235	0.0392	0.0529	0.0792	0.07	0.0392	0.0326	0.0405	0.0326	0.0542	0.0222	0.0316	0.0222	0.0281
chrX	471011	471162	chrX:471012-471162	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.02	0.0295	0.0171	0.0124	0.0117	0.0228	0.0372	0.058	0.0117	0.0139	0.0186	0.0139	0.0263	0.01	0.0142	0.01	0.0135
chrX	473669	473820	chrX:473670-473820	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0176	0.013	0.0207	0.0195	0.0032	0.0199	0.0164	0.0133	0.0032	0.0187	0.0186	0.0187	0.0442	0.0115	0.0174	0.0115	0.0344
chrX	473827	474049	chrX:473828-474049	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0217	0.0132	0.0246	0.0279	0.0011	0.0209	0.0177	0.0127	0.0011	0.0211	0.0222	0.0211	0.0558	0.0168	0.0155	0.0168	0.0542
chrX	474688	475033	chrX:474689-475033	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0448	0.0226	0.0579	0.0554	0.0106	0.0335	0.0255	0.024	0.0106	0.0386	0.0376	0.0386	0.1751	0.036	0.0187	0.036	0.1407
chrX	475255	475406	chrX:475256-475406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0193	0.0101	0.0286	0.0195	0.0021	0.015	0.0134	0.0107	0.0021	0.0163	0.0164	0.0163	0.0899	0.0092	0.011	0.0092	0.0485
chrX	475914	476144	chrX:475915-476144	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0353	0.0298	0.0459	0.0298	0.0117	0.0417	0.0389	0.032	0.0117	0.0223	0.0367	0.0223	0.1232	0.0184	0.0129	0.0184	0.0662
chrX	477029	477180	chrX:477030-477180	FBgn0261930	vnd	none	none	VT54905.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0178	0.0305	0.0138	0.0079	0.0276	0.0121	0.0593	0.034	0.0276	0.0054	0.0135	0.0054	0.0178	0.0069	0.0045	0.0069	0.0146
chrX	478092	478294	chrX:478093-478294	distal	distal	stage5	stage5	VT54905.1,vnd-vNE	vnd-vNE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0405	0.0837	0.0256	0.0086	0.105	0.0481	0.1246	0.1113	0.105	0.0097	0.0293	0.0097	0.0318	0.0046	0.0045	0.0046	0.0115
chrX	480301	480452	chrX:480302-480452	distal	distal	stage5	stage5	VT54907.1,vnd-mc,vnd_-4.7/-2.8,vnd_A	VT54907.1,vnd-mc,vnd_-4.7/-2.8,vnd_A	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0256	0.0515	0.017	0.006	0.0201	0.0534	0.0424	0.1193	0.0201	0.0103	0.0212	0.0103	0.0155	0.0046	0.0052	0.0046	0.0068
chrX	481570	481788	chrX:481571-481788	distal	distal	stage11	stage11	VT54907.1,vnd_-4.7/-2.8	VT54907.1,vnd_-4.7/-2.8	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0367	0.0431	0.0501	0.0148	0.017	0.0466	0.0484	0.0726	0.017	0.026	0.0624	0.026	0.0333	0.0084	0.0187	0.0084	0.0141
chrX	481815	482100	chrX:481816-482100	distal	distal	stage11	stage11	VT54907.1,vnd_-4.7/-2.8	VT54907.1,vnd_-4.7/-2.8	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0517	0.0651	0.0655	0.0216	0.052	0.0592	0.0848	0.0919	0.052	0.0441	0.0727	0.0441	0.0473	0.0253	0.0161	0.0253	0.0162
chrX	483049	483274	chrX:483050-483274	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1259	0.1204	0.1703	0.0833	0.0817	0.1437	0.1375	0.1639	0.0817	0.2144	0.1904	0.2144	0.1402	0.0812	0.058	0.0812	0.0719
chrX	484472	484957	chrX:484473-484957	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2421	0.2942	0.2945	0.1263	0.2736	0.3282	0.324	0.3997	0.2736	0.3979	0.3132	0.3979	0.1247	0.0842	0.0851	0.0842	0.0599
chrX	486790	487100	chrX:486791-487100	distal	distal	stage5	stage5	VT54910.1,vnd,vnd_348	VT54910.1,vnd,vnd_348	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0661	0.1498	0.0319	0.01	0.1485	0.0966	0.2301	0.1892	0.1485	0.0296	0.0395	0.0296	0.0201	0.0069	0.0071	0.0069	0.0083
chrX	487231	487382	chrX:487232-487382	distal	distal	stage5	stage5	VT54910.1,vnd	VT54910.1,vnd	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0337	0.0755	0.0175	0.0046	0.0573	0.032	0.1189	0.1292	0.0573	0.0091	0.0222	0.0091	0.0085	0.0046	0.0013	0.0046	0.0047
chrX	489777	490038	chrX:489778-490038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0597	0.0891	0.0701	0.0155	0.071	0.0699	0.1207	0.1392	0.071	0.0356	0.0621	0.0356	0.0248	0.0092	0.0103	0.0092	0.0099
chrX	492665	492816	chrX:492666-492816	distal	distal	none	none	VT54912.1	VT54912.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0164	0.0168	0.0204	0.0114	0.0106	0.0141	0.0255	0.0247	0.0106	0.0199	0.0203	0.0199	0.0271	0.01	0.009	0.01	0.0198
chrX	493136	493287	chrX:493137-493287	distal	distal	none	none	VT54912.1	VT54912.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0174	0.0147	0.0193	0.0184	0.0074	0.0146	0.0234	0.0173	0.0074	0.0181	0.0199	0.0181	0.0225	0.0199	0.0129	0.0199	0.0328
chrX	493504	493655	chrX:493505-493655	distal	distal	none	none	VT54912.1	VT54912.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0186	0.016	0.0254	0.0142	0.0042	0.0141	0.0242	0.0227	0.0042	0.0254	0.0277	0.0254	0.024	0.0061	0.009	0.0061	0.0281
chrX	493823	494035	chrX:493824-494035	distal	distal	stage14	stage14	VT54912.1	VT54912.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0235	0.0177	0.0282	0.0248	0.0032	0.0184	0.0264	0.0253	0.0032	0.0229	0.0235	0.0229	0.055	0.0077	0.0245	0.0077	0.0474
chrX	495787	495966	chrX:495788-495966	distal	distal	stage14	stage14	VT54914.1	VT54914.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0132	0.0282	0.0258	0.0032	0.018	0.0195	0.0127	0.0032	0.0139	0.017	0.0139	0.0139	0.0077	0.0064	0.0077	0.0099
chrX	496096	496274	chrX:496097-496274	distal	distal	none	none	VT54914.1	VT54914.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0148	0.0244	0.0283	0.0042	0.0146	0.0186	0.024	0.0042	0.0151	0.0183	0.0151	0.0108	0.0046	0.0071	0.0046	0.0094
chrX	497586	497737	chrX:497587-497737	distal	distal	none	none	VT54915.1	VT54915.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0167	0.0344	0.0109	0.0042	0.016	0.0225	0.03	0.0042	0.0175	0.0457	0.0175	0.0341	0.0077	0.0084	0.0077	0.0104
chrX	497950	498101	chrX:497951-498101	distal	distal	none	none	VT54915.1	VT54915.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0178	0.0168	0.0241	0.0118	0.0021	0.0175	0.0247	0.0247	0.0021	0.0121	0.0354	0.0121	0.0124	0.0054	0.0097	0.0054	0.0073
chrX	500680	500879	chrX:500681-500879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.0202	0.0315	0.0235	0.0042	0.0228	0.026	0.0313	0.0042	0.0284	0.0286	0.0284	0.0209	0.0061	0.0084	0.0061	0.0115
chrX	501376	501544	chrX:501377-501544	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0226	0.0253	0.0303	0.0111	0.0095	0.0267	0.0234	0.0506	0.0095	0.0175	0.0486	0.0175	0.0186	0.0061	0.0103	0.0061	0.013
chrX	502323	502474	chrX:502324-502474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0214	0.0246	0.0159	0.0053	0.0199	0.0376	0.0247	0.0053	0.0151	0.0347	0.0151	0.0248	0.0107	0.0232	0.0107	0.0094
chrX	503532	503683	chrX:503533-503683	distal	distal	none	none	VT54918.1	VT54918.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0257	0.0283	0.0124	0.0138	0.0335	0.0311	0.032	0.0138	0.0223	0.0389	0.0223	0.0186	0.0061	0.0181	0.0061	0.013
chrX	503809	503960	chrX:503810-503960	distal	distal	none	none	VT54918.1	VT54918.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0257	0.0264	0.0141	0.0148	0.0301	0.0337	0.03	0.0148	0.0211	0.0357	0.0211	0.0132	0.0054	0.0213	0.0054	0.012
chrX	504158	504321	chrX:504159-504321	distal	distal	none	none	VT54918.1	VT54918.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.0244	0.0416	0.0354	0.0117	0.0286	0.0268	0.0393	0.0117	0.032	0.0357	0.032	0.0364	0.0046	0.0155	0.0046	0.0193
chrX	509942	510093	chrX:509943-510093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.038	0.0308	0.0506	0.0322	0.0117	0.0456	0.0337	0.0386	0.0117	0.038	0.0621	0.038	0.0643	0.0161	0.0393	0.0161	0.0573
chrX	510128	510279	chrX:510129-510279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0406	0.0319	0.0579	0.0315	0.0117	0.0369	0.0428	0.0413	0.0117	0.0453	0.0723	0.0453	0.0697	0.0207	0.0335	0.0207	0.0526
chrX	510438	510609	chrX:510439-510609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0555	0.049	0.0747	0.0418	0.018	0.0684	0.0528	0.0673	0.018	0.0713	0.0675	0.0713	0.1053	0.0329	0.0419	0.0329	0.0521
chrX	510989	511188	chrX:510990-511188	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1676	0.1656	0.198	0.1363	0.1251	0.2146	0.1752	0.2179	0.1251	0.2615	0.1997	0.2615	0.1975	0.1516	0.1631	0.1516	0.1782
chrX	511299	511491	chrX:511300-511491	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.141	0.1235	0.1849	0.1122	0.0923	0.1549	0.1371	0.1579	0.0923	0.2379	0.1994	0.2379	0.1743	0.1156	0.1367	0.1156	0.1553
chrX	511561	511741	chrX:511562-511741	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1482	0.2107	0.1251	0.0901	0.1903	0.1648	0.1972	0.0901	0.2585	0.2299	0.2585	0.2045	0.1072	0.158	0.1072	0.1866
chrX	513882	514081	chrX:513883-514081	FBgn0025633	CG13366	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0748	0.0713	0.0845	0.068	0.0371	0.0869	0.0878	0.0899	0.0371	0.1238	0.0817	0.1238	0.0666	0.0995	0.0561	0.0995	0.0761
chrX	514179	514359	chrX:514180-514359	FBgn0025633	CG13366	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1492	0.1361	0.1772	0.1333	0.0912	0.1665	0.1548	0.1865	0.0912	0.2162	0.1891	0.2162	0.1774	0.1371	0.1386	0.1371	0.1636
chrX	514470	514639	chrX:514471-514639	FBgn0025633	CG13366	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.076	0.0578	0.1024	0.0673	0.0318	0.0772	0.0657	0.0753	0.0318	0.1244	0.1109	0.1244	0.0991	0.075	0.0761	0.075	0.0761
chrX	515171	515348	chrX:515172-515348	FBgn0016038,FBgn0029529	CG13365,mod(r)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.122	0.0907	0.1527	0.1234	0.0445	0.1214	0.1034	0.1233	0.0445	0.1938	0.1695	0.1938	0.1503	0.1317	0.1322	0.1317	0.1579
chrX	515479	515647	chrX:515480-515647	FBgn0016038,FBgn0029529	CG13365,mod(r)	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.0834	0.1527	0.1166	0.0456	0.115	0.0921	0.1119	0.0456	0.1824	0.1749	0.1824	0.1549	0.1279	0.1322	0.1279	0.1397
chrX	517457	517625	chrX:517458-517625	FBgn0025640	CG13369	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0383	0.0518	0.0536	0.0201	0.051	0.0467	0.0453	0.0201	0.058	0.0585	0.058	0.0658	0.0727	0.0522	0.0727	0.086
chrX	519154	519326	chrX:519155-519326	FBgn0025635,FBgn0026879	CG13364,CG17829	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1038	0.0859	0.1372	0.0872	0.0435	0.1189	0.0969	0.1133	0.0435	0.1745	0.1537	0.1745	0.1356	0.0911	0.0928	0.0911	0.1126
chrX	523162	523313	chrX:523163-523313	FBgn0002579	RpL36	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.079	0.0692	0.0978	0.0692	0.0403	0.0835	0.0826	0.0939	0.0403	0.128	0.1055	0.128	0.0937	0.0781	0.0812	0.0781	0.0865
chrX	523403	523579	chrX:523404-523579	FBgn0001341,FBgn0002579	RpL36,l(1)1Bi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1733	0.1565	0.2119	0.1497	0.1188	0.1932	0.167	0.2119	0.1188	0.2681	0.2273	0.2681	0.1929	0.1516	0.1605	0.1516	0.1782
chrX	523688	523871	chrX:523689-523871	FBgn0001341,FBgn0002579	RpL36,l(1)1Bi	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1249	0.1071	0.1582	0.1083	0.0657	0.1291	0.1228	0.1466	0.0657	0.2041	0.1736	0.2041	0.1572	0.1133	0.1193	0.1133	0.124
chrX	529502	529677	chrX:529503-529677	FBgn0003575,FBgn0020381	Dredd,su(s)	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1326	0.1196	0.1666	0.1096	0.0806	0.1427	0.144	0.1512	0.0806	0.2095	0.1871	0.2095	0.1526	0.1256	0.1251	0.1256	0.148
chrX	529817	530214	chrX:529818-530214	FBgn0003575,FBgn0020381	Dredd,su(s)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2515	0.2382	0.2905	0.2236	0.1898	0.2801	0.2794	0.2958	0.1898	0.3611	0.3058	0.3611	0.2765	0.232	0.2302	0.232	0.2767
chrX	530254	530455	chrX:530255-530455	FBgn0003575,FBgn0020381	Dredd,su(s)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1423	0.1382	0.1641	0.1228	0.1262	0.1718	0.1518	0.1699	0.1262	0.2252	0.1733	0.2252	0.1611	0.1217	0.1251	0.1217	0.1631
chrX	530610	530801	chrX:530611-530801	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1591	0.1517	0.1843	0.1398	0.1071	0.2063	0.1561	0.1892	0.1071	0.2458	0.2048	0.2458	0.1681	0.124	0.138	0.124	0.185
chrX	531039	531244	chrX:531040-531244	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2035	0.1927	0.2395	0.1762	0.1538	0.2311	0.2193	0.2445	0.1538	0.3146	0.2627	0.3146	0.2208	0.1991	0.1857	0.1991	0.2272
chrX	531658	531885	chrX:531659-531885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0703	0.0565	0.097	0.0565	0.0233	0.0835	0.0575	0.074	0.0233	0.1419	0.0913	0.1419	0.1317	0.0582	0.0554	0.0582	0.0959
chrX	537842	537993	chrX:537843-537993	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.036	0.0283	0.05	0.0291	0.0106	0.0398	0.035	0.032	0.0106	0.0531	0.0572	0.0531	0.0527	0.0276	0.029	0.0276	0.0365
chrX	540473	540680	chrX:540474-540680	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0998	0.0981	0.1154	0.0845	0.0636	0.1218	0.1103	0.1332	0.0636	0.1443	0.127	0.1443	0.1185	0.0904	0.0806	0.0904	0.1146
chrX	540743	540924	chrX:540744-540924	FBgn0025638	Roc1a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1175	0.1133	0.132	0.1063	0.0848	0.1432	0.1224	0.1526	0.0848	0.1576	0.1441	0.1576	0.1301	0.1126	0.1115	0.1126	0.1324
chrX	541225	541448	chrX:541226-541448	FBgn0025638	Roc1a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1467	0.1367	0.183	0.1181	0.0954	0.1665	0.1544	0.1752	0.0954	0.2083	0.2	0.2083	0.1789	0.1248	0.1109	0.1248	0.1371
chrX	541508	541679	chrX:541509-541679	FBgn0025638	Roc1a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0774	0.0864	0.0911	0.0522	0.0541	0.0908	0.112	0.1146	0.0541	0.1027	0.1068	0.1027	0.0806	0.0544	0.0503	0.0544	0.0599
chrX	542043	542194	chrX:542044-542194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0352	0.0413	0.0411	0.0219	0.0255	0.0451	0.0515	0.0573	0.0255	0.038	0.055	0.038	0.0318	0.0161	0.0168	0.0161	0.0344
chrX	542292	542445	chrX:542293-542445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0528	0.0499	0.0246	0.0435	0.0534	0.0657	0.0746	0.0435	0.0489	0.0656	0.0489	0.0341	0.023	0.0213	0.023	0.0318
chrX	542608	542759	chrX:542609-542759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.051	0.0448	0.0263	0.0382	0.0505	0.0657	0.0713	0.0382	0.0435	0.0592	0.0435	0.0349	0.0299	0.0271	0.0299	0.0334
chrX	542809	542960	chrX:542810-542960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0464	0.039	0.0246	0.0308	0.051	0.0545	0.0686	0.0308	0.0453	0.0421	0.0453	0.0356	0.0237	0.0245	0.0237	0.0344
chrX	543086	543237	chrX:543087-543237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0502	0.043	0.0248	0.0329	0.0578	0.0597	0.0706	0.0329	0.0447	0.0476	0.0447	0.0473	0.0245	0.0258	0.0245	0.0313
chrX	548231	548459	chrX:548232-548459	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1099	0.1168	0.1138	0.0978	0.0827	0.1257	0.1518	0.1519	0.0827	0.1256	0.1318	0.1256	0.1007	0.0835	0.1109	0.0835	0.0834
chrX	548487	548671	chrX:548488-548671	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1153	0.1093	0.1288	0.1071	0.0668	0.1316	0.1354	0.1379	0.0668	0.125	0.1534	0.125	0.134	0.098	0.1225	0.098	0.1089
chrX	548965	549192	chrX:548966-549192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1306	0.1391	0.1398	0.1108	0.1029	0.1549	0.1704	0.1899	0.1029	0.1486	0.1621	0.1486	0.127	0.1118	0.1103	0.1118	0.1047
chrX	549211	549408	chrX:549212-549408	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1233	0.1134	0.1516	0.1032	0.0774	0.1286	0.1384	0.1506	0.0774	0.1781	0.1711	0.1781	0.1394	0.0888	0.1296	0.0888	0.1053
chrX	549687	549900	chrX:549688-549900	FBgn0025637,FBgn0025639	Hmt4-20,skpA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2047	0.1739	0.2456	0.1944	0.1421	0.2136	0.1955	0.2145	0.1421	0.3019	0.2592	0.3019	0.2308	0.1914	0.1992	0.1914	0.2267
chrX	549967	550165	chrX:549968-550165	FBgn0025637,FBgn0025639	Hmt4-20,skpA	stage11,stage14,stage5	none	skpA_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1959	0.1816	0.2326	0.1717	0.1357	0.2194	0.2054	0.2405	0.1357	0.2874	0.2508	0.2874	0.2231	0.1761	0.1683	0.1761	0.2064
chrX	550307	550485	chrX:550308-550485	FBgn0025637,FBgn0025639	Hmt4-20,skpA	stage11,stage14,stage5	none	skpA_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1643	0.1452	0.1962	0.1508	0.1166	0.185	0.1605	0.1832	0.1166	0.2566	0.2096	0.2566	0.1805	0.1493	0.1496	0.1493	0.1907
chrX	550544	550736	chrX:550545-550736	FBgn0025637,FBgn0025639	Hmt4-20,skpA	stage11,stage14,stage5	none	skpA_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0966	0.0778	0.1193	0.0929	0.035	0.1073	0.077	0.1146	0.035	0.1594	0.1283	0.1594	0.103	0.0949	0.0851	0.0949	0.123
chrX	552195	552346	chrX:552196-552346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.035	0.0176	0.0313	0.0585	0.0074	0.0243	0.0212	0.0213	0.0074	0.0266	0.0283	0.0266	0.0596	0.0658	0.0522	0.0658	0.0818
chrX	554085	554236	chrX:554086-554236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0171	0.0297	0.0184	0.0148	0.0204	0.0182	0.024	0.0148	0.0272	0.0209	0.0272	0.0147	0.013	0.0077	0.013	0.0115
chrX	554637	554788	chrX:554638-554788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0182	0.0121	0.0209	0.0221	0.0021	0.0165	0.0186	0.0107	0.0021	0.0441	0.0161	0.0441	0.0124	0.0574	0.0142	0.0574	0.0141
chrX	554998	555173	chrX:554999-555173	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0235	0.0148	0.0296	0.0266	0.0011	0.0199	0.0225	0.016	0.0011	0.0719	0.0232	0.0719	0.0147	0.0773	0.0123	0.0773	0.0151
chrX	555495	555646	chrX:555496-555646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0194	0.0176	0.0209	0.0198	0.0053	0.0238	0.0229	0.0207	0.0053	0.0308	0.0215	0.0308	0.0194	0.0398	0.0097	0.0398	0.0266
chrX	556424	556575	chrX:556425-556575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0138	0.0137	0.0169	0.0104	0.0053	0.018	0.0177	0.0167	0.0053	0.0187	0.0151	0.0187	0.0101	0.0054	0.0071	0.0054	0.0047
chrX	556737	556922	chrX:556738-556922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0097	0.0155	0.0146	0.0021	0.0107	0.0143	0.0133	0.0021	0.0091	0.0141	0.0091	0.0062	0.0061	0.0039	0.0061	0.0083
chrX	557074	557225	chrX:557075-557225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0079	0.0123	0.0104	0.0011	0.0083	0.0121	0.0107	0.0011	0.0054	0.0119	0.0054	0.0031	0.0077	0.0052	0.0077	0.0073
chrX	562035	562256	chrX:562036-562256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0091	0.0118	0.0109	0.0032	0.0097	0.0151	0.01	0.0032	0.0103	0.0103	0.0103	0.0077	0.0031	0.0026	0.0031	0.0052
chrX	562265	562416	chrX:562266-562416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0103	0.0143	0.0103	0.0032	0.0112	0.0173	0.0087	0.0032	0.0157	0.0135	0.0157	0.0101	0.0046	0.0045	0.0046	0.0036
chrX	567310	567461	chrX:567311-567461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0152	0.0252	0.0121	0.0075	0.0074	0.0155	0.0532	0.0227	0.0074	0.0085	0.0161	0.0085	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0036
chrX	575369	575520	chrX:575370-575520	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0179	0.031	0.0129	0.0086	0.0074	0.0204	0.0355	0.0733	0.0074	0.0048	0.0241	0.0048	0.0031	0.0054	0.0174	0.0054	0.0057
chrX	575770	575921	chrX:575771-575921	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0179	0.0327	0.0133	0.0065	0.0053	0.0248	0.0333	0.0819	0.0053	0.0151	0.0148	0.0151	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0063
chrX	578976	579127	chrX:578977-579127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0187	0.0173	0.0117	0.0064	0.0214	0.0277	0.0213	0.0064	0.0181	0.0196	0.0181	0.0093	0.0054	0.009	0.0054	0.0089
chrX	580399	580577	chrX:580400-580577	FBgn0021764	sdk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1035	0.0852	0.1256	0.0996	0.0467	0.1204	0.0696	0.1432	0.0467	0.1486	0.1354	0.1486	0.1356	0.1126	0.1109	0.1126	0.1454
chrX	580749	581031	chrX:580750-581031	FBgn0021764	sdk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1919	0.1849	0.2341	0.1533	0.1474	0.2155	0.1955	0.2751	0.1474	0.2669	0.2733	0.2669	0.2177	0.1815	0.1928	0.1815	0.1912
chrX	581260	581556	chrX:581261-581556	FBgn0021764	sdk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1819	0.1893	0.2313	0.1195	0.1548	0.1908	0.2072	0.3045	0.1548	0.2216	0.3129	0.2216	0.2006	0.1355	0.2218	0.1355	0.0959
chrX	581712	581912	chrX:581713-581912	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1547	0.1494	0.2001	0.1107	0.1082	0.184	0.1544	0.2199	0.1082	0.2313	0.2563	0.2313	0.1875	0.1011	0.1605	0.1011	0.1527
chrX	586835	587112	chrX:586836-587112	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0593	0.0533	0.0849	0.0377	0.0159	0.0786	0.061	0.0646	0.0159	0.0761	0.1296	0.0761	0.055	0.0222	0.0883	0.0222	0.0287
chrX	587137	587288	chrX:587138-587288	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.052	0.0508	0.0775	0.0253	0.0212	0.0704	0.0519	0.0753	0.0212	0.1008	0.1084	0.1008	0.0604	0.013	0.0606	0.013	0.024
chrX	587508	587776	chrX:587509-587776	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1648	0.2068	0.2114	0.0668	0.1622	0.2481	0.231	0.2725	0.1622	0.2711	0.2765	0.2711	0.1658	0.036	0.1573	0.036	0.0724
chrX	587987	588280	chrX:587988-588280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0656	0.0737	0.0865	0.0336	0.0477	0.0859	0.0965	0.0859	0.0477	0.0912	0.1125	0.0912	0.0868	0.0176	0.0664	0.0176	0.0396
chrX	588547	588823	chrX:588548-588823	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0604	0.0654	0.0858	0.0269	0.0223	0.1058	0.0666	0.0826	0.0223	0.0809	0.1154	0.0809	0.0914	0.0115	0.0477	0.0115	0.0339
chrX	588974	589125	chrX:588975-589125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0301	0.0334	0.0405	0.015	0.0085	0.0602	0.0311	0.0406	0.0085	0.0429	0.0521	0.0429	0.0503	0.013	0.0277	0.013	0.0177
chrX	589207	589457	chrX:589208-589457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0532	0.0588	0.0688	0.0299	0.0191	0.1184	0.0428	0.066	0.0191	0.0543	0.0923	0.0543	0.1123	0.0168	0.0529	0.0168	0.0422
chrX	594405	594556	chrX:594406-594556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0193	0.0167	0.0226	0.0187	0.0011	0.0228	0.0208	0.0227	0.0011	0.0242	0.0241	0.0242	0.0325	0.0168	0.0161	0.0168	0.0375
chrX	596082	596233	chrX:596083-596233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.021	0.0241	0.0223	0.016	0.0074	0.035	0.029	0.0306	0.0074	0.0332	0.0286	0.0332	0.0108	0.0283	0.0226	0.0283	0.013
chrX	596404	596714	chrX:596405-596714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0504	0.0422	0.0669	0.0415	0.0159	0.067	0.0437	0.0526	0.0159	0.0906	0.0929	0.0906	0.0411	0.0819	0.0503	0.0819	0.0417
chrX	596786	597015	chrX:596787-597015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0274	0.0443	0.0177	0.0095	0.0398	0.032	0.0333	0.0095	0.0537	0.0656	0.0537	0.0217	0.0237	0.0335	0.0237	0.0162
chrX	597318	597509	chrX:597319-597509	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0249	0.0437	0.0196	0.0117	0.035	0.0251	0.0353	0.0117	0.0344	0.0746	0.0344	0.0232	0.01	0.0529	0.01	0.0125
chrX	602291	602442	chrX:602292-602442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.025	0.0209	0.0298	0.0244	0.0127	0.0301	0.0199	0.0286	0.0127	0.0326	0.0379	0.0326	0.0279	0.0352	0.0155	0.0352	0.0422
chrX	602565	602786	chrX:602566-602786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0331	0.0222	0.0405	0.0373	0.0064	0.0291	0.0272	0.026	0.0064	0.0435	0.0466	0.0435	0.0558	0.0636	0.0226	0.0636	0.0651
chrX	603292	603443	chrX:603293-603443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0207	0.0219	0.0236	0.016	0.0106	0.0311	0.0212	0.0326	0.0106	0.0254	0.0305	0.0254	0.0194	0.0191	0.0077	0.0191	0.0292
chrX	603735	603892	chrX:603736-603892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0238	0.025	0.0316	0.0138	0.0117	0.0398	0.0264	0.0293	0.0117	0.035	0.0312	0.035	0.0271	0.0054	0.0174	0.0054	0.0208
chrX	604269	604420	chrX:604270-604420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0213	0.026	0.0239	0.0131	0.0074	0.0456	0.0247	0.0293	0.0074	0.0302	0.027	0.0302	0.0178	0.0199	0.0148	0.0199	0.0146
chrX	607058	607209	chrX:607059-607209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0126	0.0198	0.0195	0.0042	0.016	0.0147	0.0193	0.0042	0.0217	0.0186	0.0217	0.0287	0.013	0.0161	0.013	0.0453
chrX	607538	607722	chrX:607539-607722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0169	0.0113	0.0207	0.0191	0.0042	0.0165	0.0112	0.0167	0.0042	0.0405	0.0167	0.0405	0.0232	0.0207	0.0135	0.0207	0.0391
chrX	610444	610610	chrX:610445-610610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0301	0.0338	0.0315	0.0244	0.0138	0.0481	0.0398	0.0413	0.0138	0.0537	0.0293	0.0537	0.0232	0.0666	0.0174	0.0666	0.0219
chrX	611274	611462	chrX:611275-611462	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0406	0.055	0.0447	0.0201	0.0308	0.0709	0.0787	0.0466	0.0308	0.0423	0.0508	0.0423	0.0589	0.023	0.0187	0.023	0.0255
chrX	611737	611949	chrX:611738-611949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0297	0.0354	0.0307	0.0221	0.0127	0.0563	0.042	0.0346	0.0127	0.0338	0.0305	0.0338	0.0395	0.0306	0.0271	0.0306	0.0255
chrX	612934	613380	chrX:612935-613380	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0666	0.1038	0.0661	0.0256	0.0467	0.1971	0.0796	0.1066	0.0467	0.1051	0.0614	0.1051	0.0534	0.0421	0.0232	0.0421	0.0334
chrX	619041	619228	chrX:619042-619228	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0204	0.0272	0.0255	0.0072	0.0106	0.051	0.0238	0.028	0.0106	0.0501	0.0241	0.0501	0.0194	0.0107	0.009	0.0107	0.0042
chrX	623394	623545	chrX:623395-623545	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0238	0.0225	0.0099	0.0074	0.0345	0.0229	0.036	0.0074	0.0266	0.0277	0.0266	0.0155	0.0061	0.0135	0.0061	0.0167
chrX	633711	633862	chrX:633712-633862	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0192	0.0173	0.0204	0.0199	0.0085	0.0228	0.0173	0.0253	0.0085	0.0199	0.0248	0.0199	0.0194	0.0444	0.0226	0.0444	0.0135
chrX	635755	635980	chrX:635756-635980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0361	0.0272	0.0153	0.0138	0.0447	0.0394	0.058	0.0138	0.0199	0.0415	0.0199	0.0217	0.0207	0.0155	0.0207	0.0182
chrX	636238	636458	chrX:636239-636458	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.033	0.0518	0.0311	0.0141	0.0456	0.0422	0.0627	0.0826	0.0456	0.0296	0.0444	0.0296	0.0232	0.0145	0.0219	0.0145	0.0151
chrX	642196	642347	chrX:642197-642347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.0246	0.0209	0.0088	0.0064	0.032	0.0307	0.0313	0.0064	0.0229	0.0235	0.0229	0.024	0.0123	0.0097	0.0123	0.0109
chrX	645344	645520	chrX:645345-645520	FBgn0029531	CG13362	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0151	0.0306	0.0242	0.0032	0.0184	0.0195	0.0207	0.0032	0.0223	0.0463	0.0223	0.024	0.0107	0.0638	0.0107	0.0214
chrX	645645	645837	chrX:645646-645837	FBgn0029531	CG13362	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0148	0.0294	0.0237	0	0.0218	0.0182	0.0173	0	0.0187	0.0473	0.0187	0.024	0.0115	0.0561	0.0115	0.0307
chrX	645862	646154	chrX:645863-646154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0284	0.0194	0.0336	0.0326	0.0053	0.0233	0.0255	0.0266	0.0053	0.0254	0.0479	0.0254	0.038	0.0191	0.049	0.0191	0.061
chrX	650904	651116	chrX:650905-651116	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0538	0.0264	0.0647	0.0724	0.0085	0.0442	0.0268	0.028	0.0085	0.058	0.0614	0.058	0.1379	0.0643	0.0484	0.0643	0.1584
chrX	652961	653207	chrX:652962-653207	FBgn0040382	CG5273	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2294	0.1846	0.3108	0.1901	0.1156	0.2612	0.1713	0.2565	0.1156	0.3732	0.3338	0.3732	0.292	0.2029	0.2295	0.2029	0.2569
chrX	653238	653606	chrX:653239-653606	FBgn0040382	CG5273	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2675	0.2129	0.3482	0.2401	0.1304	0.2922	0.205	0.2865	0.1304	0.43	0.3775	0.43	0.3207	0.2473	0.2772	0.2473	0.3002
chrX	656009	656160	chrX:656010-656160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0383	0.0772	0.055	0.017	0.0583	0.0337	0.0573	0.017	0.1033	0.073	0.1033	0.1092	0.0643	0.058	0.0643	0.0792
chrX	659109	659307	chrX:659110-659307	FBgn0015288	RpL22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1964	0.1702	0.2439	0.1734	0.123	0.2252	0.1938	0.2059	0.123	0.2977	0.2624	0.2977	0.2479	0.1983	0.1805	0.1983	0.2152
chrX	659439	659610	chrX:659440-659610	FBgn0015288	RpL22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0894	0.0743	0.1179	0.0749	0.0392	0.1058	0.08	0.0939	0.0392	0.1479	0.1309	0.1479	0.1201	0.108	0.0741	0.108	0.0922
chrX	662783	663078	chrX:662784-663078	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0767	0.0375	0.1306	0.0613	0.0074	0.067	0.0307	0.052	0.0074	0.1467	0.1749	0.1467	0.1255	0.1003	0.0832	0.1003	0.0761
chrX	663648	663825	chrX:663649-663825	FBgn0027343	fz3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0477	0.1051	0.0524	0.0117	0.0684	0.048	0.0733	0.0117	0.1365	0.1206	0.1365	0.1022	0.0766	0.0716	0.0766	0.0584
chrX	663962	664139	chrX:663963-664139	FBgn0027343	fz3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1425	0.1154	0.1881	0.1228	0.0668	0.1568	0.1025	0.1885	0.0668	0.2077	0.2264	0.2077	0.1828	0.1547	0.1567	0.1547	0.1412
chrX	665169	665406	chrX:665170-665406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.039	0.0552	0.0292	0.0106	0.0495	0.0294	0.0813	0.0106	0.0477	0.09	0.0477	0.0356	0.0207	0.0683	0.0207	0.0281
chrX	665564	665815	chrX:665565-665815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0595	0.0598	0.0806	0.0361	0.0244	0.0854	0.0515	0.0993	0.0244	0.0556	0.1344	0.0556	0.0565	0.023	0.069	0.023	0.0417
chrX	665922	666153	chrX:665923-666153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0529	0.0485	0.073	0.0358	0.0148	0.0748	0.045	0.0686	0.0148	0.0568	0.1096	0.0568	0.0705	0.0153	0.0793	0.0153	0.0448
chrX	666244	666443	chrX:666245-666443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0247	0.0485	0.0306	0.0064	0.0369	0.0186	0.04	0.0064	0.0314	0.081	0.0314	0.0418	0.0184	0.0799	0.0184	0.0261
chrX	666546	666697	chrX:666547-666697	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0178	0.0343	0.0285	0.0021	0.0306	0.016	0.026	0.0021	0.0223	0.0524	0.0223	0.0356	0.0237	0.069	0.0237	0.0276
chrX	666744	666895	chrX:666745-666895	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0259	0.0202	0.0315	0.0262	0.0085	0.0359	0.0182	0.0233	0.0085	0.0229	0.0444	0.0229	0.0395	0.023	0.0625	0.023	0.0266
chrX	667032	667183	chrX:667033-667183	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0281	0.0223	0.0379	0.0237	0.0106	0.0354	0.0225	0.028	0.0106	0.0211	0.0434	0.0211	0.0829	0.0145	0.0484	0.0145	0.0297
chrX	668432	668638	chrX:668433-668638	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0617	0.0769	0.0713	0.0341	0.0467	0.0782	0.1003	0.1073	0.0467	0.0308	0.081	0.0308	0.1456	0.0069	0.0496	0.0069	0.0651
chrX	672976	673127	chrX:672977-673127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.013	0.0259	0.0206	0.0032	0.0155	0.0134	0.0247	0.0032	0.0127	0.0463	0.0127	0.0178	0.0084	0.0477	0.0084	0.0261
chrX	673134	673285	chrX:673135-673285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0135	0.0227	0.0192	0.0064	0.0117	0.019	0.022	0.0064	0.0109	0.0386	0.0109	0.0139	0.0084	0.0413	0.0084	0.024
chrX	673696	673873	chrX:673697-673873	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0447	0.046	0.0593	0.0273	0.0297	0.0388	0.0554	0.0799	0.0297	0.0254	0.117	0.0254	0.0279	0.0145	0.0754	0.0145	0.0156
chrX	674127	674278	chrX:674128-674278	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0314	0.0263	0.0529	0.0135	0.0117	0.0291	0.0329	0.0413	0.0117	0.0145	0.1103	0.0145	0.0186	0.0061	0.0426	0.0061	0.0073
chrX	674386	674663	chrX:674387-674663	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0432	0.0546	0.0548	0.0177	0.0403	0.0476	0.0804	0.074	0.0403	0.0199	0.11	0.0199	0.0248	0.0107	0.0451	0.0107	0.013
chrX	678196	678347	chrX:678197-678347	FBgn0086368	tw	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.0243	0.0406	0.0223	0.0085	0.0388	0.0242	0.0333	0.0085	0.038	0.0608	0.038	0.031	0.0145	0.058	0.0145	0.0208
chrX	678509	678821	chrX:678510-678821	FBgn0086368	tw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.07	0.0633	0.0871	0.0589	0.0329	0.0709	0.0623	0.1193	0.0329	0.0755	0.1318	0.0755	0.0674	0.0406	0.1509	0.0406	0.0573
chrX	684582	684733	chrX:684583-684733	FBgn0025620	CG13360	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0199	0.0305	0.0145	0.0074	0.0248	0.0264	0.0247	0.0074	0.0284	0.0441	0.0284	0.0279	0.0077	0.0316	0.0077	0.0177
chrX	686750	686901	chrX:686751-686901	FBgn0025621	CG16989	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0298	0.0426	0.0259	0.0212	0.0369	0.0372	0.036	0.0212	0.038	0.0498	0.038	0.0534	0.0299	0.0284	0.0299	0.0328
chrX	687049	687242	chrX:687050-687242	FBgn0025621	CG16989	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1064	0.0834	0.1325	0.1036	0.0488	0.1058	0.0943	0.1153	0.0488	0.1546	0.1482	0.1546	0.1541	0.1141	0.109	0.1141	0.1417
chrX	689976	690304	chrX:689977-690304	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.073	0.0489	0.1075	0.0622	0.0138	0.0772	0.0558	0.0526	0.0138	0.1353	0.1151	0.1353	0.1061	0.0911	0.0735	0.0911	0.0683
chrX	690472	690827	chrX:690473-690827	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2313	0.1681	0.3143	0.2107	0.07	0.2524	0.1587	0.2318	0.07	0.3804	0.3502	0.3804	0.3029	0.2757	0.2469	0.2757	0.2402
chrX	695084	695307	chrX:695085-695307	FBgn0015799	Rbf	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0672	0.0562	0.0811	0.0643	0.0297	0.0699	0.0619	0.0839	0.0297	0.0888	0.0878	0.0888	0.0937	0.0658	0.0658	0.0658	0.0881
chrX	695436	695629	chrX:695437-695629	FBgn0015799	Rbf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.174	0.1535	0.2127	0.1543	0.0933	0.201	0.17	0.1992	0.0933	0.2627	0.2244	0.2627	0.2122	0.1539	0.1515	0.1539	0.1912
chrX	695636	695892	chrX:695637-695892	FBgn0015799	Rbf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1479	0.1307	0.1813	0.1305	0.07	0.1641	0.1462	0.1825	0.07	0.2373	0.1926	0.2373	0.1603	0.1378	0.1257	0.1378	0.1615
chrX	699740	699891	chrX:699741-699891	FBgn0260855	Sec22	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.042	0.0364	0.0588	0.0298	0.0244	0.0432	0.0372	0.058	0.0244	0.0634	0.0675	0.0634	0.0565	0.023	0.0277	0.023	0.0349
chrX	700011	700195	chrX:700012-700195	FBgn0260855	Sec22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1101	0.0941	0.1451	0.0897	0.0657	0.1184	0.0943	0.1359	0.0657	0.1473	0.1659	0.1473	0.1588	0.0773	0.0986	0.0773	0.1131
chrX	701063	701464	chrX:701064-701464	FBgn0026874	CG13358	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0473	0.0545	0.052	0.034	0.0244	0.0544	0.0817	0.066	0.0244	0.0483	0.0543	0.0483	0.0581	0.0276	0.0309	0.0276	0.0438
chrX	702107	702403	chrX:702108-702403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0392	0.0543	0.039	0.0226	0.0424	0.0515	0.0761	0.0666	0.0424	0.0278	0.0437	0.0278	0.0426	0.0237	0.0251	0.0237	0.0266
chrX	705652	705803	chrX:705653-705803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0273	0.0206	0.0143	0.0138	0.0204	0.0467	0.0313	0.0138	0.0205	0.0267	0.0205	0.0155	0.0107	0.0116	0.0107	0.0167
chrX	716504	716655	chrX:716505-716655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0118	0.0132	0.0138	0.0021	0.0092	0.0212	0.0153	0.0021	0.0157	0.0129	0.0157	0.0101	0.0046	0.0052	0.0046	0.0073
chrX	718504	718734	chrX:718505-718734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0132	0.0206	0.0174	0.0032	0.0165	0.0182	0.0167	0.0032	0.0229	0.0148	0.0229	0.0194	0.0207	0.0129	0.0207	0.0068
chrX	719119	719423	chrX:719120-719423	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0486	0.0211	0.0735	0.0519	0.0053	0.034	0.026	0.02	0.0053	0.1522	0.0514	0.1522	0.086	0.121	0.0245	0.121	0.0276
chrX	720768	720992	chrX:720769-720992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0178	0.0136	0.0211	0.0191	0.0053	0.0141	0.0225	0.0133	0.0053	0.026	0.0186	0.026	0.0163	0.0345	0.0116	0.0345	0.0109
chrX	730136	730362	chrX:730137-730362	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0755	0.0528	0.1173	0.0549	0.018	0.0767	0.0463	0.0839	0.018	0.0936	0.126	0.0936	0.079	0.0306	0.0574	0.0306	0.0422
chrX	730473	730689	chrX:730474-730689	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1197	0.0933	0.1641	0.1005	0.0498	0.1248	0.0969	0.1312	0.0498	0.1775	0.1588	0.1775	0.1487	0.0827	0.0741	0.0827	0.0995
chrX	731912	732063	chrX:731913-732063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0151	0.0079	0.0138	0.0245	0	0.0141	0.0104	0.0067	0	0.0236	0.0109	0.0236	0.0116	0.0827	0.0181	0.0827	0.0094
chrX	732437	732588	chrX:732438-732588	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0142	0.0055	0.0114	0.027	0.0042	0.0073	0.0091	0.002	0.0042	0.0145	0.0103	0.0145	0.0178	0.0881	0.0142	0.0881	0.012
chrX	734558	734733	chrX:734559-734733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0344	0.0518	0.0499	0.0201	0.0383	0.0424	0.05	0.0201	0.0242	0.0463	0.0242	0.0519	0.0084	0.0251	0.0084	0.0188
chrX	735125	735455	chrX:735126-735455	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.083	0.0692	0.0924	0.088	0.0403	0.0772	0.0839	0.1006	0.0403	0.0562	0.0904	0.0562	0.0442	0.023	0.0593	0.023	0.0427
chrX	735956	736107	chrX:735957-736107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0128	0.0192	0.0343	0.0032	0.0126	0.0234	0.0127	0.0032	0.0187	0.017	0.0187	0.0116	0.0115	0.011	0.0115	0.0099
chrX	736369	736520	chrX:736370-736520	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0102	0.0174	0.0348	0.0053	0.0092	0.0125	0.0167	0.0053	0.0211	0.0145	0.0211	0.0147	0.0069	0.011	0.0069	0.0141
chrX	737484	737655	chrX:737485-737655	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0842	0.0601	0.1137	0.0788	0.0329	0.082	0.0588	0.0919	0.0329	0.1335	0.128	0.1335	0.103	0.0888	0.0709	0.0888	0.0896
chrX	737765	737935	chrX:737766-737935	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1103	0.0854	0.1439	0.1012	0.0392	0.1223	0.0848	0.1272	0.0392	0.1902	0.1588	0.1902	0.1193	0.1095	0.1012	0.1095	0.1152
chrX	742507	742808	chrX:742508-742808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0395	0.0313	0.0596	0.0266	0.0117	0.0403	0.0359	0.0473	0.0117	0.1093	0.0646	0.1093	0.0333	0.0513	0.0406	0.0513	0.0146
chrX	743134	743285	chrX:743135-743285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0159	0.0216	0.0169	0.0085	0.0074	0.0136	0.0402	0.028	0.0074	0.0314	0.018	0.0314	0.0077	0.013	0.0045	0.013	0.0083
chrX	743396	743674	chrX:743397-743674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0239	0.0327	0.0254	0.0125	0.017	0.0199	0.0506	0.0533	0.017	0.0429	0.0251	0.0429	0.017	0.013	0.0097	0.013	0.0125
chrX	754340	754491	chrX:754341-754491	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0037	0.0075	0.017	0	0.0053	0.0048	0.0053	0	0.0079	0.0032	0.0079	0.0039	0.0023	0.0058	0.0023	0.0089
chrX	754664	754815	chrX:754665-754815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0071	0.0093	0.0149	0.0011	0.0117	0.0087	0.006	0.0011	0.0121	0.0048	0.0121	0.0062	0.0015	0.0019	0.0015	0.0068
chrX	758791	758942	chrX:758792-758942	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.0076	0.0081	0.0111	0.0042	0.0087	0.0104	0.01	0.0042	0.0066	0.0064	0.0066	0.0039	0.0046	0.0019	0.0046	0.0042
chrX	759405	759588	chrX:759406-759588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0111	0.0181	0.0235	0.0042	0.015	0.0164	0.01	0.0042	0.0157	0.0125	0.0157	0.0101	0.0046	0.0077	0.0046	0.0063
chrX	761115	761266	chrX:761116-761266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.0069	0.0071	0.0107	0.0042	0.0078	0.0121	0.004	0.0042	0.0066	0.0071	0.0066	0.0046	8e-04	0.0058	8e-04	0.0036
chrX	761479	761710	chrX:761480-761710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.0131	0.0165	0.0136	0.0095	0.017	0.0169	0.014	0.0095	0.0236	0.0148	0.0236	0.0108	0.0046	0.0097	0.0046	0.0036
chrX	767603	767754	chrX:767604-767754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.01	0.0077	0.0107	0.0021	0.0068	0.0208	0.01	0.0021	0.0127	0.0055	0.0127	0.0039	8e-04	0.0039	8e-04	0.0042
chrX	769110	769261	chrX:769111-769261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0093	0.0117	0.0149	0.0011	0.0126	0.0169	0.004	0.0011	0.0193	0.009	0.0193	0.0093	0.0077	0.0058	0.0077	0.0094
chrX	778489	778725	chrX:778490-778725	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0417	0.0441	0.0388	0.0421	0.0276	0.0476	0.0558	0.0626	0.0276	0.0725	0.027	0.0725	0.0147	0.0046	0.0077	0.0046	0.0083
chrX	778861	779047	chrX:778862-779047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0276	0.0282	0.0349	0.0191	0.0085	0.034	0.0363	0.0373	0.0085	0.0574	0.0305	0.0574	0.0108	0.0038	0.0077	0.0038	0.0057
chrX	791672	791853	chrX:791673-791853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.016	0.0111	0.0208	0.0162	0.0042	0.0136	0.0177	0.008	0.0042	0.0453	0.0206	0.0453	0.0101	0.0406	0.02	0.0406	0.0089
chrX	792282	792433	chrX:792283-792433	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0187	0.0105	0.024	0.022	0.0053	0.0102	0.0186	0.0067	0.0053	0.0417	0.0305	0.0417	0.0132	0.0436	0.0368	0.0436	0.0125
chrX	792506	792689	chrX:792507-792689	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0331	0.0115	0.0456	0.0437	0.0032	0.017	0.0156	0.0093	0.0032	0.0851	0.0534	0.0851	0.0271	0.0881	0.0838	0.0881	0.0219
chrX	793336	793498	chrX:793337-793498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0113	0.0284	0.0283	0.0042	0.0136	0.0156	0.0133	0.0042	0.0193	0.0498	0.0193	0.0155	0.0176	0.0864	0.0176	0.0104
chrX	793902	794053	chrX:793903-794053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0155	0.0131	0.0178	0.0156	0.0064	0.0146	0.0186	0.0153	0.0064	0.0211	0.0267	0.0211	0.0093	0.0092	0.0419	0.0092	0.0094
chrX	795011	795199	chrX:795012-795199	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0666	0.0614	0.0645	0.0746	0.0509	0.0772	0.0597	0.0933	0.0509	0.0417	0.0868	0.0417	0.0798	0.0322	0.0974	0.0322	0.0938
chrX	795269	795466	chrX:795270-795466	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0294	0.0306	0.0391	0.0212	0.0374	0.029	0.0473	0.0212	0.026	0.0354	0.026	0.038	0.026	0.0297	0.026	0.0578
chrX	795554	795714	chrX:795555-795714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0174	0.0107	0.0164	0.0259	0.0053	0.0136	0.0151	0.0107	0.0053	0.0145	0.0129	0.0145	0.0232	0.0222	0.0135	0.0222	0.0292
chrX	802893	803128	chrX:802894-803128	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0575	0.0429	0.0408	0.0361	0.0743	0.0597	0.0839	0.0361	0.0429	0.0553	0.0429	0.038	0.0383	0.0471	0.0383	0.0365
chrX	803269	803469	chrX:803270-803469	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1008	0.0824	0.107	0.1146	0.053	0.1078	0.08	0.1246	0.053	0.1286	0.1225	0.1286	0.1131	0.1317	0.1315	0.1317	0.1298
chrX	816556	816707	chrX:816557-816707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0163	0.0192	0.0128	0.0042	0.0199	0.0208	0.0227	0.0042	0.0236	0.0209	0.0236	0.0155	0.0077	0.0058	0.0077	0.0109
chrX	821558	821733	chrX:821559-821733	FBgn0040339,FBgn0040344,FBgn0264449	CG3711,CG43867,MED22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.123	0.1072	0.1506	0.1103	0.0827	0.1354	0.1142	0.1352	0.0827	0.2059	0.1566	0.2059	0.1394	0.1141	0.1186	0.1141	0.1386
chrX	822041	822228	chrX:822042-822228	FBgn0040339,FBgn0040344,FBgn0264449	CG3711,CG43867,MED22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1445	0.1195	0.1783	0.1354	0.0806	0.1451	0.1358	0.1592	0.0806	0.2077	0.2045	0.2077	0.1743	0.1371	0.1515	0.1371	0.16
chrX	822307	822471	chrX:822308-822471	FBgn0040339,FBgn0264449	CG43867,MED22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0502	0.0734	0.0471	0.0329	0.0631	0.0554	0.068	0.0329	0.0821	0.0881	0.0821	0.062	0.0368	0.0561	0.0368	0.0584
chrX	827025	827176	chrX:827026-827176	FBgn0040342,FBgn0052815	CG32815,CG3706	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0212	0.0151	0.0234	0.0095	0.0277	0.0225	0.0346	0.0095	0.0145	0.0148	0.0145	0.0139	0.0077	0.0077	0.0077	0.0073
chrX	829151	829594	chrX:829152-829594	FBgn0040340	TRAM	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2622	0.2099	0.3364	0.2394	0.1304	0.2874	0.1907	0.3145	0.1304	0.4082	0.373	0.4082	0.3153	0.2703	0.2515	0.2703	0.2731
chrX	829686	829892	chrX:829687-829892	FBgn0040340	TRAM	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1052	0.0698	0.1476	0.0983	0.0392	0.1058	0.0541	0.1099	0.0392	0.1787	0.1701	0.1787	0.134	0.1072	0.1135	0.1072	0.1089
chrX	834761	835168	chrX:834762-835168	FBgn0040346,FBgn0040347	CG3704,mus81	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1219	0.096	0.1426	0.1283	0.0583	0.1282	0.0947	0.1412	0.0583	0.1528	0.1611	0.1528	0.1518	0.1256	0.1064	0.1256	0.1527
chrX	839729	839915	chrX:839730-839915	FBgn0040348	CG3703	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0174	0.0076	0.0115	0.0348	0.0021	0.0097	0.013	0.0053	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0201	0.0077	0.0077	0.0077	0.0313
chrX	839996	840147	chrX:839997-840147	FBgn0040348	CG3703	stage11,stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0064	0.0089	0.0318	0.0042	0.0078	0.0091	0.0053	0.0042	0.0054	0.0051	0.0054	0.0155	0.0038	0.0052	0.0038	0.0313
chrX	840295	840566	chrX:840296-840566	FBgn0040348	CG3703	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0189	0.012	0.0181	0.0274	0.0042	0.0165	0.016	0.01	0.0042	0.0139	0.0154	0.0139	0.0449	0.0115	0.0123	0.0115	0.0521
chrX	841482	841633	chrX:841483-841633	FBgn0040349	CG3699	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0108	0.0086	0.0115	0.0125	0.0011	0.0092	0.0143	0.01	0.0011	0.0103	0.0087	0.0103	0.0302	0.0061	0.0064	0.0061	0.0328
chrX	848256	848407	chrX:848257-848407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0072	0.0077	0.0055	0.0086	0.0011	0.0034	0.0186	0.0073	0.0011	0.0054	0.0048	0.0054	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chrX	849837	849988	chrX:849838-849988	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0065	0.004	0.0067	0.0092	0	0.0034	0.0074	0.004	0	0.0066	0.0051	0.0066	0.007	0.0038	6e-04	0.0038	0.0036
chrX	850256	850407	chrX:850257-850407	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0075	0.0071	0.0135	0.0011	0.0053	0.0134	0.01	0.0011	0.0066	0.0048	0.0066	0.0023	0.0031	0.0019	0.0031	0.0068
chrX	850711	850862	chrX:850712-850862	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.005	0.0054	0.0039	0.0057	0	0.0044	0.0121	0.004	0	0.003	0.0032	0.003	0.0054	8e-04	0	8e-04	0.0026
chrX	854315	854466	chrX:854316-854466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0087	0.0128	0.0062	0.0067	0.0064	0.0073	0.026	0.0127	0.0064	0.0048	0.0068	0.0048	0.0046	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chrX	856704	856880	chrX:856705-856880	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0422	0.0146	0.0081	0.0477	0.0233	0.083	0.0333	0.0477	0.0169	0.0193	0.0169	0.0085	0.0046	0.009	0.0046	0.0073
chrX	860306	860457	chrX:860307-860457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0081	0.0086	0.0056	0.0104	0.0042	0.0058	0.019	0.006	0.0042	0.006	0.0055	0.006	0.0039	0.0054	0.0058	0.0054	0.0042
chrX	860631	860782	chrX:860632-860782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0122	0.0084	0.0155	0.0053	0.0097	0.0212	0.0147	0.0053	0.0115	0.0084	0.0115	0.0093	0.0069	0.0084	0.0069	0.0177
chrX	861241	861392	chrX:861242-861392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.007	0.0042	0.0084	0.0021	0.0058	0.0121	0.0093	0.0021	0.0042	0.0048	0.0042	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0026
chrX	867430	867581	chrX:867431-867581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0094	0.0165	0.0067	0.0043	0.0085	0.0049	0.0433	0.008	0.0085	0.0042	0.0087	0.0042	0.0046	0	0.0019	0	0.0063
chrX	870089	870240	chrX:870090-870240	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.006	0.0055	0.0106	0.0011	0.0044	0.0147	0.0013	0.0011	0.0036	0.0055	0.0036	0.0031	0.0031	0.0032	0.0031	0.0026
chrX	880103	880254	chrX:880104-880254	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.005	0.0048	0.0111	0.0011	0.0034	0.0087	0.008	0.0011	0.006	0.0029	0.006	0.0031	0.0031	0.0013	0.0031	0.0021
chrX	880566	880717	chrX:880567-880717	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0044	0.007	0.0114	0.0021	0.0024	0.0087	0.0047	0.0021	0.0085	0.0068	0.0085	0.0062	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chrX	894573	894724	chrX:894574-894724	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0056	0.0076	0.0104	0.0011	0.0049	0.0117	0.0033	0.0011	0.003	0.0045	0.003	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0026
chrX	903670	903859	chrX:903671-903859	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0553	0.032	0.0558	0.0808	0.0127	0.049	0.0329	0.0406	0.0127	0.0411	0.0559	0.0411	0.0914	0.0727	0.0741	0.0727	0.087
chrX	904027	904216	chrX:904028-904216	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0728	0.0459	0.0746	0.1008	0.0212	0.0709	0.042	0.062	0.0212	0.0664	0.0814	0.0664	0.1022	0.0919	0.0986	0.0919	0.1141
chrX	907133	907506	chrX:907134-907506	FBgn0003638	su(w[a])	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0202	0.0152	0.0216	0.0242	0.0032	0.0141	0.0298	0.0127	0.0032	0.0151	0.0138	0.0151	0.0147	0.0069	0.009	0.0069	0.012
chrX	920341	920492	chrX:920342-920492	FBgn0040337,FBgn0040351,FBgn0052814	CG11638,CG3021,CG32814	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0273	0.0243	0.0284	0.0294	0.0095	0.0267	0.0368	0.0273	0.0095	0.029	0.0283	0.029	0.0434	0.036	0.0161	0.036	0.0307
chrX	920661	920860	chrX:920662-920860	FBgn0040337,FBgn0040351,FBgn0052814	CG11638,CG3021,CG32814	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1068	0.0818	0.1201	0.1203	0.0467	0.1112	0.0917	0.1039	0.0467	0.1335	0.1277	0.1335	0.1541	0.1248	0.107	0.1248	0.1501
chrX	924245	924433	chrX:924246-924433	FBgn0026143,FBgn0053082	CDC45L,CG33082	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.04	0.061	0.038	0.0191	0.0505	0.0407	0.0666	0.0191	0.0688	0.065	0.0688	0.0643	0.0391	0.0406	0.0391	0.0474
chrX	924501	924689	chrX:924502-924689	FBgn0026143,FBgn0053082	CDC45L,CG33082	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0761	0.1052	0.071	0.0456	0.1078	0.0709	0.1106	0.0456	0.125	0.1084	0.125	0.1177	0.0704	0.0716	0.0704	0.087
chrX	924710	924869	chrX:924711-924869	FBgn0026143,FBgn0053082	CDC45L,CG33082	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.063	0.0548	0.072	0.0622	0.0233	0.0767	0.0484	0.0893	0.0233	0.0888	0.074	0.0888	0.096	0.0674	0.0606	0.0674	0.0792
chrX	925392	925543	chrX:925393-925543	FBgn0014903	CG14630	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.0155	0.0207	0.0156	0.0032	0.0204	0.0199	0.022	0.0032	0.0193	0.0209	0.0193	0.0372	0.01	0.0058	0.01	0.038
chrX	926372	926542	chrX:926373-926542	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0249	0.025	0.0308	0.0182	0.0064	0.0335	0.029	0.0346	0.0064	0.0356	0.0305	0.0356	0.0341	0.0123	0.0181	0.0123	0.0318
chrX	927207	927371	chrX:927208-927371	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0975	0.0876	0.1235	0.0801	0.0636	0.1209	0.0887	0.1146	0.0636	0.1552	0.127	0.1552	0.1317	0.0842	0.0922	0.0842	0.0969
chrX	935099	935311	chrX:935100-935311	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0418	0.0403	0.0527	0.0318	0.0212	0.0583	0.0385	0.0546	0.0212	0.0622	0.0582	0.0622	0.0503	0.0368	0.0329	0.0368	0.036
chrX	935436	935649	chrX:935437-935649	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0827	0.0842	0.0928	0.07	0.0573	0.1092	0.0882	0.1159	0.0573	0.1153	0.0984	0.1153	0.0999	0.098	0.0858	0.098	0.0844
chrX	935783	935957	chrX:935784-935957	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0775	0.0761	0.0893	0.066	0.0477	0.0985	0.0822	0.1079	0.0477	0.1081	0.0994	0.1081	0.096	0.0873	0.0845	0.0873	0.0803
chrX	936208	936373	chrX:936209-936373	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0248	0.0222	0.0325	0.0194	0.0074	0.0301	0.0277	0.0286	0.0074	0.0356	0.0328	0.0356	0.0465	0.023	0.0232	0.023	0.0245
chrX	936752	936903	chrX:936753-936903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0207	0.0292	0.0177	0.0106	0.0228	0.0255	0.03	0.0106	0.0326	0.0309	0.0326	0.0325	0.0176	0.0174	0.0176	0.0224
chrX	937002	937201	chrX:937003-937201	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.037	0.032	0.0491	0.0291	0.0159	0.0456	0.035	0.04	0.0159	0.0543	0.0524	0.0543	0.0519	0.0368	0.0329	0.0368	0.0313
chrX	941091	941281	chrX:941092-941281	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0278	0.0221	0.0274	0.0345	0.0053	0.0296	0.0247	0.0353	0.0053	0.026	0.0257	0.026	0.0449	0.0245	0.0342	0.0245	0.0688
chrX	942507	942658	chrX:942508-942658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0178	0.0223	0.0222	0.0081	0.0106	0.034	0.0229	0.028	0.0106	0.0157	0.0183	0.0157	0.0519	0.0038	0.0045	0.0038	0.0151
chrX	944873	945061	chrX:944874-945061	FBgn0040398	CG14629	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0245	0.0158	0.0241	0.0347	0.0042	0.0238	0.0212	0.0167	0.0042	0.0193	0.0148	0.0193	0.0744	0.0184	0.0161	0.0184	0.0948
chrX	945401	945575	chrX:945402-945575	FBgn0040398	CG14629	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0406	0.0176	0.0438	0.0629	0.0011	0.0306	0.0208	0.0173	0.0011	0.0242	0.0244	0.0242	0.1549	0.0283	0.02	0.0283	0.1902
chrX	945874	946025	chrX:945875-946025	FBgn0040398	CG14629	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0092	0.0123	0.0207	0.0011	0.0073	0.0169	0.012	0.0011	0.0103	0.0077	0.0103	0.0356	0.0069	0.0026	0.0069	0.0651
chrX	946694	946845	chrX:946695-946845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0098	0.0202	0.0231	0.0032	0.0107	0.0125	0.0147	0.0032	0.0151	0.0164	0.0151	0.0511	0.0061	0.0187	0.0061	0.0604
chrX	947047	947229	chrX:947048-947229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0275	0.0127	0.0288	0.0426	0.0042	0.0204	0.0169	0.0093	0.0042	0.0223	0.0232	0.0223	0.0767	0.0138	0.0232	0.0138	0.1214
chrX	947468	947619	chrX:947469-947619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0082	0.0138	0.0288	0	0.0107	0.0125	0.0093	0	0.0115	0.0093	0.0115	0.0364	0.0084	0.0142	0.0084	0.0844
chrX	955857	956090	chrX:955858-956090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0255	0.0175	0.0146	0.0042	0.0369	0.0234	0.044	0.0042	0.0115	0.0209	0.0115	0.0186	0.0123	0.0142	0.0123	0.0073
chrX	956099	956250	chrX:956100-956250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0184	0.0138	0.0139	0.0074	0.0248	0.0156	0.034	0.0074	0.0121	0.0148	0.0121	0.017	0.0115	0.0116	0.0115	0.0078
chrX	956913	957090	chrX:956914-957090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0278	0.0306	0.0169	0.0148	0.035	0.0329	0.0373	0.0148	0.0314	0.0405	0.0314	0.0302	0.0153	0.0264	0.0153	0.0224
chrX	957248	957579	chrX:957249-957579	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0886	0.0921	0.0543	0.0488	0.1184	0.0878	0.1326	0.0488	0.0894	0.1151	0.0894	0.1092	0.0459	0.0748	0.0459	0.0938
chrX	970217	970368	chrX:970218-970368	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0146	0.0213	0.0152	0.0065	0.0053	0.0194	0.0203	0.05	0.0053	0.0109	0.0206	0.0109	0.0116	0.0038	0.0142	0.0038	0.0063
chrX	970479	970630	chrX:970480-970630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0136	0.0162	0.0174	0.0065	0.0021	0.015	0.0173	0.036	0.0021	0.0139	0.0215	0.0139	0.0201	0.0038	0.0116	0.0038	0.0078
chrX	972110	972261	chrX:972111-972261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0179	0.0225	0.0148	0.0011	0.0252	0.0177	0.03	0.0011	0.0242	0.0212	0.0242	0.0209	0.0077	0.0168	0.0077	0.0073
chrX	973560	973812	chrX:973561-973812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0221	0.0359	0.0242	0.0127	0.0194	0.0324	0.03	0.0127	0.0217	0.0627	0.0217	0.0279	0.0084	0.0774	0.0084	0.0125
chrX	973984	974272	chrX:973985-974272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0193	0.0286	0.0194	0.0106	0.018	0.0311	0.0213	0.0106	0.0242	0.0479	0.0242	0.0178	0.0084	0.0606	0.0084	0.0099
chrX	974332	974523	chrX:974333-974523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0132	0.0216	0.0178	0.0064	0.0117	0.0216	0.0167	0.0064	0.0127	0.0354	0.0127	0.0194	0.0138	0.0509	0.0138	0.0073
chrX	977495	977646	chrX:977496-977646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0131	0.0237	0.0082	0.0042	0.0175	0.0134	0.0193	0.0042	0.0157	0.0415	0.0157	0.0116	0.0023	0.0161	0.0023	0.0057
chrX	979505	979656	chrX:979506-979656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0108	0.015	0.0174	0.0053	0.016	0.0112	0.014	0.0053	0.0085	0.0244	0.0085	0.0155	0.0031	0.058	0.0031	0.0089
chrX	981329	981480	chrX:981330-981480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0111	0.0092	0.0114	0.013	0.0053	0.0131	0.013	0.0073	0.0053	0.0079	0.0174	0.0079	0.0108	0.0176	0.0271	0.0176	0.0068
chrX	986802	986953	chrX:986803-986953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0118	0.0218	0.0106	0.0011	0.0175	0.0143	0.0153	0.0011	0.0103	0.0379	0.0103	0.0155	0.0077	0.0219	0.0077	0.0094
chrX	988793	988944	chrX:988794-988944	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0097	0.0188	0.0207	0.0032	0.016	0.0121	0.0073	0.0032	0.0121	0.0309	0.0121	0.0194	0.0077	0.0561	0.0077	0.0219
chrX	989285	989436	chrX:989286-989436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0145	0.011	0.0169	0.0159	0.0021	0.017	0.0134	0.0133	0.0021	0.0169	0.0219	0.0169	0.0201	0.0061	0.029	0.0061	0.0281
chrX	989616	989767	chrX:989617-989767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0171	0.011	0.0239	0.0166	0.0021	0.015	0.0138	0.014	0.0021	0.0151	0.0264	0.0151	0.0465	0.0069	0.029	0.0069	0.025
chrX	990016	990167	chrX:990017-990167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0125	0.0217	0.0167	0.0053	0.0175	0.016	0.0127	0.0053	0.0163	0.0312	0.0163	0.024	0.0069	0.0387	0.0069	0.0219
chrX	993791	994000	chrX:993792-994000	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0216	0.0407	0.0253	0.0042	0.0277	0.0251	0.0306	0.0042	0.0229	0.0717	0.0229	0.017	0.0046	0.0806	0.0046	0.012
chrX	995981	996195	chrX:995982-996195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0202	0.0152	0.0279	0.0173	0.0021	0.0228	0.0125	0.026	0.0021	0.0211	0.0434	0.0211	0.0085	0.0115	0.0522	0.0115	0.0068
chrX	997150	997312	chrX:997151-997312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0118	0.0293	0.0212	0.0032	0.0209	0.0125	0.012	0.0032	0.0163	0.0521	0.0163	0.017	0.0161	0.0567	0.0161	0.0089
chrX	998011	998162	chrX:998012-998162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0182	0.012	0.0272	0.0153	0.0011	0.0194	0.013	0.0153	0.0011	0.0109	0.0447	0.0109	0.0132	0.0031	0.0355	0.0031	0.0083
chrX	1000161	1000493	chrX:1000162-1000493	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0367	0.0263	0.0635	0.0189	0.0064	0.0267	0.0216	0.056	0.0064	0.0266	0.0846	0.0266	0.0139	0.0077	0.02	0.0077	0.012
chrX	1001424	1001575	chrX:1001425-1001575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0105	0.0171	0.0198	0.0042	0.0155	0.0121	0.0127	0.0042	0.0145	0.0196	0.0145	0.0201	0.0452	0.0232	0.0452	0.0146
chrX	1001733	1001884	chrX:1001734-1001884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0152	0.0113	0.0165	0.0182	0.0021	0.0155	0.0138	0.0147	0.0021	0.0175	0.0186	0.0175	0.0155	0.0237	0.0335	0.0237	0.0125
chrX	1003440	1003737	chrX:1003441-1003737	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0374	0.0263	0.0478	0.0384	0.0106	0.0369	0.0298	0.0346	0.0106	0.0435	0.0441	0.0435	0.0232	0.0237	0.0193	0.0237	0.0109
chrX	1006424	1006575	chrX:1006425-1006575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0113	0.007	0.0169	0.0102	0	0.0117	0.0099	0.006	0	0.0066	0.0283	0.0066	0.0132	0.0031	0.0026	0.0031	0.0052
chrX	1007012	1007163	chrX:1007013-1007163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0104	0.0086	0.0127	0.0097	0.0011	0.0141	0.0099	0.0093	0.0011	0.0091	0.0167	0.0091	0.0132	0.0046	0.0064	0.0046	0.0083
chrX	1013714	1013865	chrX:1013715-1013865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0094	0.0092	0.0091	0.01	0.0011	0.0136	0.0108	0.012	0.0011	0.0079	0.0093	0.0079	0.0132	0.0038	0.0077	0.0038	0.0224
chrX	1013956	1014107	chrX:1013957-1014107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0128	0.0083	0.016	0.0143	0.0021	0.0126	0.0095	0.0113	0.0021	0.0091	0.0203	0.0091	0.0256	0.0046	0.0084	0.0046	0.0349
chrX	1014407	1014796	chrX:1014408-1014796	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0366	0.0297	0.0513	0.0281	0.0085	0.0451	0.0337	0.0373	0.0085	0.0229	0.0367	0.0229	0.1774	0.0054	0.0155	0.0054	0.0766
chrX	1016913	1017153	chrX:1016914-1017153	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0262	0.0297	0.0254	0.0231	0.0021	0.0413	0.0372	0.0386	0.0021	0.0193	0.0293	0.0193	0.0333	0.0092	0.0613	0.0092	0.0135
chrX	1020032	1020183	chrX:1020033-1020183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0107	0.0113	0.01	0.0021	0.0155	0.0117	0.0147	0.0021	0.0115	0.0135	0.0115	0.0101	0.0069	0.0271	0.0069	0.0073
chrX	1023412	1023563	chrX:1023413-1023563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0146	0.0133	0.0146	0.0159	0.0042	0.0194	0.0186	0.0133	0.0042	0.0181	0.0141	0.0181	0.017	0.0276	0.011	0.0276	0.0104
chrX	1028174	1028341	chrX:1028175-1028341	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.1439	0.1867	0.0749	0.1071	0.1748	0.1427	0.2225	0.1071	0.2518	0.2405	0.2518	0.1363	0.0858	0.1489	0.0858	0.0667
chrX	1028508	1028694	chrX:1028509-1028694	FBgn0040397	CG3655	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.084	0.0788	0.1192	0.0511	0.0435	0.1117	0.0701	0.1246	0.0435	0.1546	0.1556	0.1546	0.0829	0.0498	0.1032	0.0498	0.0521
chrX	1028902	1029075	chrX:1028903-1029075	FBgn0040397	CG3655	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1984	0.1863	0.2447	0.161	0.1294	0.2364	0.2011	0.2518	0.1294	0.3176	0.2704	0.3176	0.2347	0.1685	0.2005	0.1685	0.1959
chrX	1029242	1029448	chrX:1029243-1029448	FBgn0040397	CG3655	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1887	0.1834	0.2305	0.1487	0.1251	0.2316	0.2011	0.2512	0.1251	0.2736	0.263	0.2736	0.2192	0.144	0.1883	0.144	0.1871
chrX	1036510	1036661	chrX:1036511-1036661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0285	0.0293	0.012	0.0148	0.0272	0.0407	0.0393	0.0148	0.0278	0.0357	0.0278	0.0372	0.0077	0.0206	0.0077	0.0162
chrX	1036979	1037130	chrX:1036980-1037130	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0194	0.0277	0.0193	0.0104	0.0159	0.0306	0.0298	0.046	0.0159	0.0151	0.0244	0.0151	0.0248	0.0077	0.0168	0.0077	0.0182
chrX	1042177	1042471	chrX:1042178-1042471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0161	0.0336	0.0121	0.0032	0.0146	0.0242	0.024	0.0032	0.032	0.0457	0.032	0.0101	0.0107	0.0193	0.0107	0.0089
chrX	1056043	1056271	chrX:1056044-1056271	FBgn0040368	eIF4E-7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0381	0.0365	0.0496	0.0272	0.0117	0.0408	0.0433	0.06	0.0117	0.0471	0.0611	0.0471	0.0627	0.0398	0.0297	0.0398	0.0375
chrX	1057197	1057371	chrX:1057198-1057371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0499	0.0416	0.0103	0.0212	0.0578	0.0471	0.0973	0.0212	0.0477	0.0508	0.0477	0.0163	0.0038	0.0123	0.0038	0.0057
chrX	1063604	1063856	chrX:1063605-1063856	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0294	0.0251	0.0209	0.0032	0.0306	0.0337	0.056	0.0032	0.0242	0.028	0.0242	0.0411	0.0161	0.0181	0.0161	0.0453
chrX	1064066	1064496	chrX:1064067-1064496	FBgn0040364	CG11378	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0326	0.047	0.0334	0.0156	0.0223	0.0466	0.061	0.072	0.0223	0.0217	0.035	0.0217	0.062	0.0061	0.0116	0.0061	0.0307
chrX	1064978	1065129	chrX:1064979-1065129	FBgn0040364	CG11378	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.0122	0.0132	0.0141	0.0053	0.0121	0.0225	0.0093	0.0053	0.0085	0.0113	0.0085	0.0302	0.0092	0.0071	0.0092	0.0318
chrX	1065333	1065484	chrX:1065334-1065484	FBgn0040364	CG11378	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0126	0.0111	0.0132	0.0135	0.0032	0.0107	0.019	0.01	0.0032	0.0072	0.0119	0.0072	0.0318	0.0077	0.009	0.0077	0.0318
chrX	1066966	1067186	chrX:1066967-1067186	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0425	0.0422	0.0527	0.0318	0.0223	0.0529	0.0471	0.0593	0.0223	0.061	0.0521	0.061	0.0852	0.0352	0.0284	0.0352	0.0646
chrX	1077328	1077568	chrX:1077329-1077568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0299	0.0294	0.0445	0.0143	0.0074	0.0612	0.0242	0.0293	0.0074	0.0272	0.0376	0.0272	0.1278	0.0123	0.0168	0.0123	0.0224
chrX	1078736	1078887	chrX:1078737-1078887	FBgn0040360	CG14626	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0086	0.0124	0.0128	0.0042	0.0102	0.0117	0.0107	0.0042	0.0109	0.0164	0.0109	0.0147	0.0077	0.0316	0.0077	0.0125
chrX	1081137	1081288	chrX:1081138-1081288	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0093	0.0052	0.0062	0.0173	0.0021	0.0073	0.0087	0.0033	0.0021	0.0018	0.0084	0.0018	0.0101	0.0054	0.0419	0.0054	0.0115
chrX	1083574	1083725	chrX:1083575-1083725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0091	0.0199	0.0104	0.0053	0.0102	0.0138	0.0087	0.0053	0.0091	0.0302	0.0091	0.024	0.0054	0.0219	0.0054	0.0135
chrX	1090387	1090538	chrX:1090388-1090538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0273	0.0237	0.0339	0.0241	0.0117	0.0257	0.0342	0.0293	0.0117	0.0314	0.0392	0.0314	0.0534	0.0314	0.0309	0.0314	0.0375
chrX	1094840	1095010	chrX:1094841-1095010	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.0487	0.0756	0.0391	0.0286	0.0621	0.0532	0.0706	0.0286	0.0857	0.0961	0.0857	0.079	0.0475	0.0548	0.0475	0.0615
chrX	1095021	1095247	chrX:1095022-1095247	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0454	0.0421	0.0643	0.0283	0.0212	0.0612	0.0446	0.0553	0.0212	0.0749	0.0826	0.0749	0.0627	0.0245	0.0387	0.0245	0.0474
chrX	1102319	1102470	chrX:1102320-1102470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.013	0.0197	0.0137	0.0047	0.0064	0.017	0.0203	0.0453	0.0064	0.0103	0.019	0.0103	0.0116	0.0031	0.0077	0.0031	0.0031
chrX	1103093	1103258	chrX:1103094-1103258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0289	0.0289	0.0079	0.018	0.0286	0.0433	0.0333	0.018	0.0356	0.0367	0.0356	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0063
chrX	1103393	1103566	chrX:1103394-1103566	FBgn0040367	CG11382	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0491	0.0491	0.0132	0.0212	0.0602	0.0601	0.0686	0.0212	0.0586	0.0656	0.0586	0.0232	0.0184	0.0116	0.0184	0.013
chrX	1103720	1104039	chrX:1103721-1104039	FBgn0040367	CG11382	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0858	0.1231	0.0952	0.0338	0.0838	0.1447	0.1397	0.1739	0.0838	0.154	0.1132	0.154	0.0465	0.0406	0.0522	0.0406	0.0292
chrX	1106709	1106860	chrX:1106710-1106860	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0211	0.0245	0.0156	0.0117	0.0199	0.0277	0.032	0.0117	0.0223	0.0389	0.0223	0.0124	0.0123	0.0303	0.0123	0.0156
chrX	1106969	1107121	chrX:1106970-1107121	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0153	0.0251	0.0199	0.0106	0.018	0.0195	0.0187	0.0106	0.0127	0.0376	0.0127	0.0232	0.0107	0.0426	0.0107	0.0203
chrX	1108672	1108823	chrX:1108673-1108823	FBgn0040366	CG11398	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0309	0.0406	0.0252	0.0191	0.033	0.0402	0.0426	0.0191	0.0477	0.0463	0.0477	0.0341	0.0291	0.0245	0.0291	0.0276
chrX	1108832	1108993	chrX:1108833-1108993	FBgn0040366	CG11398	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0391	0.0519	0.0347	0.0265	0.0461	0.0476	0.0513	0.0265	0.0598	0.0585	0.0598	0.0473	0.0459	0.0322	0.0459	0.0443
chrX	1109115	1109296	chrX:1109116-1109296	FBgn0040366	CG11398	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0965	0.0794	0.1241	0.0852	0.052	0.1034	0.0856	0.1079	0.052	0.1588	0.1299	0.1588	0.1348	0.1026	0.0896	0.1026	0.1089
chrX	1109410	1109612	chrX:1109411-1109612	FBgn0040366	CG11398	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0449	0.0354	0.0542	0.0453	0.0191	0.0495	0.0363	0.0486	0.0191	0.0676	0.0592	0.0676	0.0596	0.0544	0.0509	0.0544	0.0688
chrX	1110376	1110756	chrX:1110377-1110756	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0753	0.0887	0.0763	0.0592	0.0626	0.1005	0.1016	0.1259	0.0626	0.087	0.0727	0.087	0.0837	0.0605	0.0542	0.0605	0.0829
chrX	1110804	1111044	chrX:1110805-1111044	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0486	0.0607	0.0477	0.0361	0.0414	0.0636	0.0701	0.0913	0.0414	0.0501	0.0508	0.0501	0.0527	0.0314	0.0368	0.0314	0.0516
chrX	1112653	1112810	chrX:1112654-1112810	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0435	0.0503	0.0287	0.0329	0.0553	0.0476	0.0586	0.0329	0.0495	0.0643	0.0495	0.0465	0.0299	0.0258	0.0299	0.0422
chrX	1118860	1119011	chrX:1118861-1119011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0133	0.0129	0.0135	0.0053	0.0175	0.0151	0.018	0.0053	0.0085	0.0148	0.0085	0.0201	0.0054	0.0058	0.0054	0.0177
chrX	1120036	1120344	chrX:1120037-1120344	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0446	0.0256	0.0141	0.0276	0.0495	0.0575	0.0586	0.0276	0.0272	0.0289	0.0272	0.0302	0.0107	0.0148	0.0107	0.0203
chrX	1122884	1123035	chrX:1122885-1123035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.019	0.0117	0.0206	0.0255	0.0042	0.0204	0.0134	0.01	0.0042	0.0097	0.0225	0.0097	0.0457	0.0107	0.0432	0.0107	0.0422
chrX	1123112	1123309	chrX:1123113-1123309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0373	0.0174	0.0515	0.0437	0.0127	0.0291	0.019	0.0113	0.0127	0.0399	0.0354	0.0399	0.151	0.0145	0.0522	0.0145	0.0948
chrX	1123390	1123634	chrX:1123391-1123634	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0527	0.0244	0.0711	0.0641	0.0106	0.0437	0.0264	0.0187	0.0106	0.0857	0.0675	0.0857	0.1247	0.0658	0.0825	0.0658	0.1047
chrX	1126703	1127015	chrX:1126704-1127015	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1634	0.1731	0.1966	0.1161	0.106	0.2617	0.1388	0.2552	0.106	0.2784	0.1814	0.2784	0.1875	0.1539	0.0948	0.1539	0.1214
chrX	1127194	1127345	chrX:1127195-1127345	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0737	0.077	0.1001	0.0409	0.0392	0.1282	0.0614	0.1026	0.0392	0.2041	0.0855	0.2041	0.0697	0.059	0.0529	0.059	0.037
chrX	1127653	1127804	chrX:1127654-1127804	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0704	0.0849	0.0843	0.039	0.0636	0.1238	0.0735	0.1146	0.0636	0.1335	0.0859	0.1335	0.0565	0.0513	0.0464	0.0513	0.036
chrX	1127993	1128325	chrX:1127994-1128325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2282	0.2373	0.2754	0.1663	0.2163	0.3078	0.2141	0.3338	0.2163	0.3768	0.2955	0.3768	0.1905	0.2067	0.1225	0.2067	0.1277
chrX	1128742	1128937	chrX:1128743-1128937	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0937	0.0891	0.125	0.0645	0.0647	0.1248	0.0774	0.1299	0.0647	0.1479	0.1322	0.1479	0.1053	0.0406	0.069	0.0406	0.0615
chrX	1129014	1129208	chrX:1129015-1129208	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1739	0.1461	0.2193	0.1551	0.1082	0.2034	0.1449	0.1905	0.1082	0.2711	0.2395	0.2711	0.2138	0.1371	0.1812	0.1371	0.1845
chrX	1129365	1129551	chrX:1129366-1129551	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1472	0.1115	0.1871	0.1432	0.052	0.1592	0.1099	0.1632	0.052	0.2234	0.2135	0.2234	0.1867	0.1271	0.1683	0.1271	0.1767
chrX	1129612	1129805	chrX:1129613-1129805	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1191	0.0785	0.1528	0.1276	0.0361	0.1228	0.0753	0.1086	0.0361	0.1655	0.1775	0.1655	0.1766	0.0965	0.1683	0.0965	0.1673
chrX	1130177	1130328	chrX:1130178-1130328	FBgn0261444	CG3638	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0447	0.0315	0.0548	0.0482	0.0244	0.0476	0.0316	0.0366	0.0244	0.0616	0.0569	0.0616	0.0782	0.0314	0.0535	0.0314	0.0818
chrX	1130671	1130905	chrX:1130672-1130905	FBgn0261444	CG3638	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.167	0.1422	0.2066	0.1512	0.0912	0.1869	0.1522	0.1899	0.0912	0.2542	0.2257	0.2542	0.206	0.1784	0.1547	0.1784	0.1761
chrX	1133830	1134037	chrX:1133831-1134037	FBgn0026876	CG11403	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.086	0.1277	0.0758	0.0424	0.1024	0.0995	0.1279	0.0424	0.1504	0.1457	0.1504	0.1232	0.0827	0.0793	0.0827	0.0896
chrX	1134094	1134263	chrX:1134095-1134263	FBgn0026876	CG11403	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0765	0.1206	0.0771	0.0488	0.0903	0.0891	0.1106	0.0488	0.1431	0.1373	0.1431	0.1193	0.0796	0.0812	0.0796	0.0902
chrX	1136067	1136414	chrX:1136068-1136414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0332	0.0278	0.0325	0.0401	0.0095	0.0267	0.0446	0.034	0.0095	0.0368	0.0354	0.0368	0.0411	0.0413	0.0477	0.0413	0.062
chrX	1139562	1139713	chrX:1139563-1139713	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0293	0.0123	0.0082	0.0265	0.0238	0.0554	0.0173	0.0265	0.0121	0.0174	0.0121	0.0108	0.0061	0.0148	0.0061	0.0073
chrX	1146020	1146171	chrX:1146021-1146171	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0125	0.0101	0.0135	0.0142	0.0064	0.0102	0.0203	0.004	0.0064	0.0109	0.0129	0.0109	0.017	0.0161	0.0077	0.0161	0.025
chrX	1147045	1147222	chrX:1147046-1147222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0077	0.0162	0.023	0.0032	0.0092	0.0138	0.0047	0.0032	0.0079	0.0116	0.0079	0.0085	0.0069	0.0084	0.0069	0.0104
chrX	1148985	1149136	chrX:1148986-1149136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0077	0.0122	0.0207	0.0032	0.0097	0.0121	0.0073	0.0032	0.0133	0.0109	0.0133	0.0155	0.01	0.0116	0.01	0.0203
chrX	1149337	1149488	chrX:1149338-1149488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0157	0.0076	0.0123	0.0284	0.0021	0.0068	0.0156	0.0053	0.0021	0.0109	0.0093	0.0109	0.0132	0.0061	0.0052	0.0061	0.013
chrX	1150027	1150178	chrX:1150028-1150178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0061	0.0075	0.0246	0.0011	0.0063	0.0112	0.0053	0.0011	0.0054	0.0048	0.0054	0.0046	0.0038	0.0052	0.0038	0.0099
chrX	1150497	1150760	chrX:1150498-1150760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.01	0.0201	0.034	0.0074	0.0117	0.0156	0.008	0.0074	0.0193	0.0154	0.0193	0.0163	0.0092	0.011	0.0092	0.0224
chrX	1155627	1155778	chrX:1155628-1155778	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0089	0.0054	0.0075	0.0145	0.0032	0.0053	0.0095	0.0047	0.0032	0.0115	0.0071	0.0115	0.0077	0.0061	0.0206	0.0061	0.0302
chrX	1156525	1156676	chrX:1156526-1156676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0085	0.0093	0.0117	0.0064	0.0068	0.0156	0.008	0.0064	0.0079	0.0106	0.0079	0.0085	0.0038	0.0251	0.0038	0.0083
chrX	1157252	1157434	chrX:1157253-1157434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0097	0.0146	0.0121	0.0011	0.0146	0.0138	0.01	0.0011	0.0085	0.0109	0.0085	0.0418	0.0038	0.0142	0.0038	0.0245
chrX	1161347	1161498	chrX:1161348-1161498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0088	0.019	0.0235	0.0032	0.0097	0.0143	0.0093	0.0032	0.0199	0.0254	0.0199	0.0108	0.0145	0.0522	0.0145	0.0135
chrX	1161620	1161771	chrX:1161621-1161771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0123	0.0086	0.0119	0.0167	0.0042	0.0087	0.016	0.0053	0.0042	0.0115	0.0154	0.0115	0.007	0.0069	0.0458	0.0069	0.0078
chrX	1161994	1162145	chrX:1161995-1162145	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.011	0.0092	0.0081	0.0162	0.0032	0.0063	0.0199	0.0073	0.0032	0.0072	0.01	0.0072	0.007	0.0107	0.0368	0.0107	0.0083
chrX	1163741	1163892	chrX:1163742-1163892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0165	0.0093	0.0157	0.0255	0.0032	0.0097	0.0164	0.008	0.0032	0.0103	0.0129	0.0103	0.0046	0.0123	0.0335	0.0123	0.0109
chrX	1163951	1164112	chrX:1163952-1164112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0117	0.0212	0.0299	0.0011	0.0097	0.0195	0.016	0.0011	0.0151	0.0141	0.0151	0.0093	0.0115	0.02	0.0115	0.013
chrX	1164929	1165080	chrX:1164930-1165080	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0366	0.027	0.0382	0.0308	0.0311	0.0601	0.04	0.0308	0.0217	0.0296	0.0217	0.0387	0.0329	0.0374	0.0329	0.0453
chrX	1167428	1167601	chrX:1167429-1167601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0082	0.0165	0.0391	0.0106	0.0068	0.0125	0.008	0.0106	0.0103	0.0071	0.0103	0.0147	0.0115	0.0103	0.0115	0.0224
chrX	1169148	1169423	chrX:1169149-1169423	FBgn0028550	Atf3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.086	0.0257	0.0803	0.1596	0.0095	0.0427	0.0281	0.026	0.0095	0.0731	0.0633	0.0731	0.1588	0.1485	0.1206	0.1485	0.2262
chrX	1169563	1169818	chrX:1169564-1169818	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0562	0.0174	0.0505	0.1057	0.0053	0.0238	0.0216	0.0227	0.0053	0.0495	0.035	0.0495	0.11	0.0835	0.0716	0.0835	0.1694
chrX	1169873	1170092	chrX:1169874-1170092	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0539	0.0209	0.0445	0.101	0.0127	0.0282	0.0268	0.0227	0.0127	0.0386	0.0347	0.0386	0.0953	0.0658	0.0825	0.0658	0.1553
chrX	1170481	1170805	chrX:1170482-1170805	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1061	0.0363	0.0982	0.1929	0.018	0.0544	0.0415	0.0373	0.018	0.0966	0.0836	0.0966	0.1905	0.2152	0.1915	0.2152	0.2757
chrX	1171303	1171473	chrX:1171304-1171473	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.0103	0.0254	0.0738	0.0032	0.0117	0.0169	0.0093	0.0032	0.0157	0.0215	0.0157	0.0682	0.0452	0.0735	0.0452	0.148
chrX	1173399	1173550	chrX:1173400-1173550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0128	0.0075	0.0113	0.0205	0.0032	0.0078	0.0125	0.0073	0.0032	0.0115	0.0138	0.0115	0.0147	0.0115	0.0574	0.0115	0.0188
chrX	1175395	1175546	chrX:1175396-1175546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0071	0.0098	0.0113	0.0053	0.0068	0.0099	0.008	0.0053	0.0121	0.0122	0.0121	0.0054	0.0046	0.0058	0.0046	0.0083
chrX	1175886	1176037	chrX:1175887-1176037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.009	0.0074	0.01	0.0053	0.0087	0.0147	0.0093	0.0053	0.0066	0.0071	0.0066	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0094
chrX	1176578	1176729	chrX:1176579-1176729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0162	0.0098	0.0133	0.0266	0.0011	0.0112	0.0208	0.004	0.0011	0.0079	0.0109	0.0079	0.0341	0.0084	0.0084	0.0084	0.0766
chrX	1180288	1180489	chrX:1180289-1180489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0808	0.0603	0.1133	0.0681	0.0308	0.0757	0.0623	0.0973	0.0308	0.1407	0.1228	0.1407	0.11	0.0475	0.0961	0.0475	0.0907
chrX	1181026	1181237	chrX:1181027-1181237	FBgn0025642	CG32812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.0627	0.1228	0.0849	0.0212	0.0869	0.0657	0.0946	0.0212	0.1413	0.1492	0.1413	0.1356	0.0521	0.1186	0.0521	0.1266
chrX	1181335	1181548	chrX:1181336-1181548	FBgn0025642	CG32812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0662	0.0522	0.0944	0.0508	0.0223	0.066	0.0571	0.0799	0.0223	0.1063	0.1232	0.1063	0.0875	0.0352	0.069	0.0352	0.0693
chrX	1182973	1183314	chrX:1182974-1183314	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1401	0.1213	0.1774	0.1202	0.0668	0.1607	0.1362	0.1552	0.0668	0.2198	0.2023	0.2198	0.165	0.1164	0.1547	0.1164	0.1318
chrX	1183397	1183548	chrX:1183398-1183548	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0451	0.0368	0.0608	0.037	0.0117	0.0544	0.0415	0.0446	0.0117	0.0676	0.0695	0.0676	0.0565	0.0276	0.0387	0.0276	0.0438
chrX	1198192	1198390	chrX:1198193-1198390	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0087	0.0218	0.0163	0	0.0107	0.0147	0.008	0	0.0133	0.035	0.0133	0.0163	0.0031	0.049	0.0031	0.0115
chrX	1202555	1202708	chrX:1202556-1202708	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0179	0.0088	0.0223	0.0231	0.0042	0.0058	0.019	0.0067	0.0042	0.0085	0.0441	0.0085	0.0108	8e-04	0.0845	8e-04	0.0073
chrX	1204660	1204811	chrX:1204661-1204811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0201	0.029	0.0193	0.0111	0.0159	0.0184	0.0558	0.0313	0.0159	0.0151	0.0299	0.0151	0.0147	0.0031	0.0284	0.0031	0.0031
chrX	1206727	1206878	chrX:1206728-1206878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0085	0.0113	0.0117	0.0032	0.0097	0.0134	0.0087	0.0032	0.0121	0.0158	0.0121	0.0054	0.0046	0.0348	0.0046	0.0052
chrX	1209535	1209714	chrX:1209536-1209714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0322	0.0203	0.0421	0.0345	0.0053	0.0311	0.0225	0.0253	0.0053	0.0537	0.0469	0.0537	0.0511	0.0521	0.0438	0.0521	0.0448
chrX	1209999	1210150	chrX:1210000-1210150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0115	0.0225	0.0214	0.0032	0.0175	0.0164	0.01	0.0032	0.035	0.0215	0.035	0.0209	0.023	0.0284	0.023	0.0287
chrX	1210284	1210472	chrX:1210285-1210472	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.033	0.0179	0.0434	0.0384	0.0117	0.032	0.0151	0.0207	0.0117	0.0791	0.0379	0.0791	0.0403	0.0544	0.0464	0.0544	0.0568
chrX	1210678	1210829	chrX:1210679-1210829	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0164	0.0092	0.0217	0.0187	0.0021	0.0146	0.013	0.008	0.0021	0.0471	0.0174	0.0471	0.0132	0.0337	0.0142	0.0337	0.0271
chrX	1211954	1212105	chrX:1211955-1212105	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0165	0.0107	0.024	0.0146	0.0032	0.016	0.013	0.0113	0.0032	0.0574	0.0141	0.0574	0.017	0.0475	0.0084	0.0475	0.0078
chrX	1212216	1212453	chrX:1212217-1212453	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0237	0.0151	0.0306	0.0258	0.0011	0.0252	0.0164	0.018	0.0011	0.0743	0.0193	0.0743	0.017	0.0881	0.0155	0.0881	0.0151
chrX	1215742	1216179	chrX:1215743-1216179	FBgn0004650,FBgn0025641	DAAM,fs(1)N	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1036	0.1133	0.1112	0.0845	0.0795	0.1403	0.1194	0.1692	0.0795	0.0996	0.1141	0.0996	0.0643	0.0544	0.0664	0.0544	0.0584
chrX	1216297	1216533	chrX:1216298-1216533	FBgn0004650,FBgn0025641	DAAM,fs(1)N	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1232	0.1098	0.1412	0.1184	0.0742	0.1442	0.1146	0.1526	0.0742	0.1516	0.1553	0.1516	0.1139	0.0972	0.1251	0.0972	0.1214
chrX	1232149	1232321	chrX:1232150-1232321	FBgn0024366	CG11409	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0224	0.0317	0.0318	0.0127	0.0204	0.0329	0.032	0.0127	0.0072	0.0701	0.0072	0.0085	0.0077	0.1199	0.0077	0.0083
chrX	1232584	1232735	chrX:1232585-1232735	FBgn0024366	CG11409	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0211	0.0227	0.0198	0.0095	0.0175	0.0359	0.026	0.0095	0.0157	0.0412	0.0157	0.0116	0.0115	0.06	0.0115	0.0083
chrX	1233008	1233159	chrX:1233009-1233159	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.0208	0.031	0.0245	0.0074	0.0218	0.0316	0.024	0.0074	0.0175	0.0563	0.0175	0.017	0.013	0.0858	0.013	0.0089
chrX	1233205	1233356	chrX:1233206-1233356	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0196	0.0306	0.0223	0.0032	0.0218	0.0303	0.0233	0.0032	0.0223	0.0537	0.0223	0.0132	0.0168	0.0664	0.0168	0.0115
chrX	1235667	1235818	chrX:1235668-1235818	FBgn0024362	CG11412	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.032	0.0414	0.0345	0.0159	0.033	0.0471	0.0386	0.0159	0.0393	0.0537	0.0393	0.0403	0.0413	0.0509	0.0413	0.0354
chrX	1236050	1236429	chrX:1236051-1236429	FBgn0024362	CG11412	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1302	0.1105	0.1621	0.1171	0.0668	0.1447	0.1194	0.1486	0.0668	0.1914	0.1817	0.1914	0.1673	0.1294	0.1206	0.1294	0.149
chrX	1236752	1236903	chrX:1236753-1236903	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0231	0.0246	0.0284	0.0157	0.0127	0.0257	0.0355	0.03	0.0127	0.0374	0.027	0.0374	0.0411	0.0237	0.0123	0.0237	0.0214
chrX	1240466	1240617	chrX:1240467-1240617	FBgn0024361	Tsp2A	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0184	0.0118	0.022	0.0217	0.0042	0.0102	0.0156	0.022	0.0042	0.0181	0.019	0.0181	0.0519	0.0123	0.0187	0.0123	0.05
chrX	1243284	1243469	chrX:1243285-1243469	FBgn0024360	CG11418	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0953	0.0637	0.1256	0.0973	0.0308	0.0922	0.0666	0.0853	0.0308	0.1492	0.1328	0.1492	0.1503	0.1049	0.1019	0.1049	0.1245
chrX	1243499	1243687	chrX:1243500-1243687	FBgn0024360	CG11418	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0784	0.0543	0.1046	0.0767	0.0265	0.0743	0.0606	0.0733	0.0265	0.1214	0.1106	0.1214	0.1309	0.0804	0.087	0.0804	0.0928
chrX	1245031	1245182	chrX:1245032-1245182	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.015	0.0379	0.024	0.0042	0.0199	0.0186	0.0187	0.0042	0.0423	0.0469	0.0423	0.0395	0.0253	0.0251	0.0253	0.0349
chrX	1247695	1247846	chrX:1247696-1247846	FBgn0024364,FBgn0024365	CG11417,CG12773	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0382	0.0214	0.0548	0.0387	0.0053	0.0262	0.0298	0.0266	0.0053	0.0616	0.0605	0.0616	0.0744	0.0345	0.0413	0.0345	0.0604
chrX	1247927	1248117	chrX:1247928-1248117	FBgn0024364,FBgn0024365	CG11417,CG12773	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0869	0.0678	0.1209	0.071	0.0255	0.0976	0.0675	0.0999	0.0255	0.1649	0.1293	0.1649	0.1317	0.0812	0.0722	0.0812	0.0954
chrX	1263988	1264139	chrX:1263989-1264139	FBgn0024987	ssx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0186	0.0387	0.027	0.0064	0.0194	0.0255	0.028	0.0064	0.0393	0.0457	0.0393	0.048	0.0322	0.038	0.0322	0.0318
chrX	1264244	1264427	chrX:1264245-1264427	FBgn0024987	ssx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1065	0.0861	0.1373	0.0954	0.0435	0.1121	0.0926	0.1239	0.0435	0.1733	0.1511	0.1733	0.1286	0.1172	0.1115	0.1172	0.1146
chrX	1264499	1264677	chrX:1264500-1264677	FBgn0024987	ssx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1368	0.1124	0.1751	0.122	0.0594	0.1476	0.1194	0.1599	0.0594	0.215	0.1894	0.215	0.1735	0.1524	0.1141	0.1524	0.1605
chrX	1264741	1264932	chrX:1264742-1264932	FBgn0024987	ssx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0584	0.1095	0.0854	0.0265	0.0801	0.0597	0.0839	0.0265	0.1407	0.1251	0.1407	0.0976	0.0988	0.078	0.0988	0.1157
chrX	1268746	1268953	chrX:1268747-1268953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.067	0.0556	0.0877	0.0571	0.0339	0.0689	0.0644	0.0753	0.0339	0.1045	0.0971	0.1045	0.0798	0.0536	0.0613	0.0536	0.0719
chrX	1269089	1269327	chrX:1269090-1269327	FBgn0023169	SNF1A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0568	0.0966	0.0586	0.0329	0.0733	0.0619	0.0779	0.0329	0.1153	0.1074	0.1153	0.0968	0.0582	0.0651	0.0582	0.0735
chrX	1269435	1269604	chrX:1269436-1269604	FBgn0023169	SNF1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1391	0.1129	0.1782	0.1256	0.0689	0.132	0.1263	0.1672	0.0689	0.2168	0.1929	0.2168	0.1774	0.1317	0.1251	0.1317	0.1542
chrX	1269728	1269888	chrX:1269729-1269888	FBgn0023169	SNF1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0546	0.041	0.0712	0.0515	0.0265	0.0495	0.0493	0.054	0.0265	0.0803	0.0746	0.0803	0.0968	0.0482	0.0516	0.0482	0.0703
chrX	1273698	1273849	chrX:1273699-1273849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0364	0.0227	0.0466	0.0407	0.0053	0.0364	0.0251	0.0266	0.0053	0.0489	0.0428	0.0489	0.0829	0.0299	0.0413	0.0299	0.0646
chrX	1273884	1274130	chrX:1273885-1274130	FBgn0024986	CG3719	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0545	0.0277	0.0707	0.0667	0.0064	0.0427	0.0303	0.036	0.0064	0.0743	0.0788	0.0743	0.0868	0.049	0.0838	0.049	0.0594
chrX	1274181	1274332	chrX:1274182-1274332	FBgn0024986	CG3719	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0269	0.0584	0.0444	0.0053	0.0456	0.0277	0.0326	0.0053	0.0658	0.0682	0.0658	0.0666	0.0482	0.0522	0.0482	0.0427
chrX	1274465	1274642	chrX:1274466-1274642	FBgn0024986,FBgn0052813	CG32813,CG3719	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1329	0.0904	0.1789	0.1298	0.035	0.1398	0.0817	0.1352	0.035	0.2301	0.1904	0.2301	0.1844	0.1531	0.1373	0.1531	0.1433
chrX	1274821	1275011	chrX:1274822-1275011	FBgn0024986,FBgn0052813	CG32813,CG3719	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1393	0.0708	0.2016	0.1473	0.018	0.1359	0.0497	0.0939	0.018	0.2856	0.1984	0.2856	0.213	0.2029	0.1393	0.2029	0.1485
chrX	1275329	1275582	chrX:1275330-1275582	FBgn0052813	CG32813	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0681	0.0288	0.094	0.0834	0.0021	0.0505	0.0307	0.0333	0.0021	0.1347	0.0685	0.1347	0.0991	0.0842	0.0355	0.0842	0.0422
chrX	1276485	1276718	chrX:1276486-1276718	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0397	0.0135	0.0522	0.0553	0.0011	0.0257	0.0164	0.008	0.0011	0.125	0.0193	0.125	0.0821	0.1907	0.0155	0.1907	0.0417
chrX	1276872	1277023	chrX:1276873-1277023	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0204	0.0077	0.0226	0.0323	0.0021	0.0165	0.0078	0.004	0.0021	0.0562	0.01	0.0562	0.0318	0.1279	0.009	0.1279	0.013
chrX	1277568	1277719	chrX:1277569-1277719	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0176	0.0075	0.0161	0.0305	0.0021	0.0102	0.0099	0.0073	0.0021	0.0326	0.0087	0.0326	0.0263	0.1164	0.0084	0.1164	0.0162
chrX	1278157	1278308	chrX:1278158-1278308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0107	0.0195	0.0318	0.0042	0.0141	0.0143	0.012	0.0042	0.032	0.0145	0.032	0.0294	0.0995	0.0103	0.0995	0.0219
chrX	1278534	1278685	chrX:1278535-1278685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0212	0.0147	0.0207	0.0291	0.0021	0.0189	0.0225	0.0133	0.0021	0.0386	0.0122	0.0386	0.0341	0.0881	0.0135	0.0881	0.0261
chrX	1279419	1279570	chrX:1279420-1279570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0244	0.0121	0.0335	0.0281	0.0032	0.0199	0.0134	0.014	0.0032	0.029	0.0177	0.029	0.1061	0.0368	0.0155	0.0368	0.0526
chrX	1281326	1281674	chrX:1281327-1281674	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0573	0.0221	0.082	0.0695	0.0064	0.0359	0.0272	0.018	0.0064	0.0984	0.0412	0.0984	0.2378	0.0521	0.0438	0.0521	0.1621
chrX	1282074	1282470	chrX:1282075-1282470	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0947	0.0323	0.1113	0.1462	0.0106	0.0539	0.032	0.0353	0.0106	0.1938	0.0662	0.1938	0.1913	0.1057	0.0896	0.1057	0.2491
chrX	1282631	1282946	chrX:1282632-1282946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0553	0.0136	0.0504	0.1074	0.0032	0.0175	0.0234	0.01	0.0032	0.0707	0.0209	0.0707	0.1294	0.0881	0.0406	0.0881	0.1944
chrX	1283242	1283393	chrX:1283243-1283393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0083	0.0228	0.0405	0.0032	0.0092	0.0125	0.0093	0.0032	0.0284	0.0158	0.0284	0.048	0.0475	0.0206	0.0475	0.0766
chrX	1286614	1286811	chrX:1286615-1286811	FBgn0024985	CG11448	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0496	0.0363	0.0614	0.0515	0.0138	0.0432	0.048	0.0486	0.0138	0.0713	0.0601	0.0713	0.0759	0.0796	0.0393	0.0796	0.0641
chrX	1286941	1287130	chrX:1286942-1287130	FBgn0024985	CG11448	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1309	0.1036	0.1602	0.1292	0.0668	0.133	0.1146	0.1392	0.0668	0.195	0.1659	0.195	0.1681	0.1662	0.1148	0.1662	0.1537
chrX	1287262	1287526	chrX:1287263-1287526	FBgn0024985	CG11448	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0487	0.0544	0.0454	0.035	0.0481	0.0653	0.066	0.035	0.0725	0.0527	0.0725	0.0503	0.0582	0.0316	0.0582	0.037
chrX	1291971	1292122	chrX:1291972-1292122	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0138	0.0244	0.0421	0.0032	0.0155	0.019	0.02	0.0032	0.032	0.0206	0.032	0.0194	0.023	0.0161	0.023	0.0276
chrX	1292194	1292345	chrX:1292195-1292345	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0255	0.0137	0.0288	0.035	0.0064	0.0184	0.0151	0.0193	0.0064	0.0362	0.026	0.0362	0.0248	0.0214	0.0148	0.0214	0.0255
chrX	1292647	1292863	chrX:1292648-1292863	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0769	0.0303	0.0812	0.1242	0.0159	0.0442	0.0303	0.042	0.0159	0.1021	0.0884	0.1021	0.0953	0.1776	0.1173	0.1776	0.1329
chrX	1293001	1293541	chrX:1293002-1293541	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2775	0.136	0.3572	0.3481	0.0594	0.2374	0.0904	0.2019	0.0594	0.4529	0.3884	0.4529	0.4121	0.4449	0.3604	0.4449	0.4075
chrX	1293555	1293916	chrX:1293556-1293916	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.24	0.1408	0.2963	0.2891	0.0806	0.2087	0.1163	0.2145	0.0806	0.3466	0.3251	0.3466	0.3548	0.3277	0.3063	0.3277	0.334
chrX	1294078	1294229	chrX:1294079-1294229	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.044	0.0278	0.0494	0.0563	0.0053	0.0364	0.0311	0.0453	0.0053	0.0501	0.0486	0.0501	0.0821	0.062	0.0677	0.062	0.0646
chrX	1299054	1299205	chrX:1299055-1299205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0079	0.0093	0.0131	0.0021	0.0073	0.0134	0.0087	0.0021	0.0091	0.0096	0.0091	0.0085	0.0038	0.0064	0.0038	0.0057
chrX	1299891	1300042	chrX:1299892-1300042	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0083	0.0057	0.0075	0.012	0.0011	0.0049	0.0117	0.0047	0.0011	0.003	0.0084	0.003	0.0077	0.0054	0.0019	0.0054	0.0031
chrX	1301552	1301711	chrX:1301553-1301711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0111	0.0288	0.0216	0.0053	0.0126	0.0173	0.0113	0.0053	0.0483	0.0209	0.0483	0.0147	0.0184	0.0161	0.0184	0.0146
chrX	1303035	1303344	chrX:1303036-1303344	FBgn0259108	futsch	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0335	0.0233	0.0288	0.05	0.0095	0.0277	0.0342	0.0247	0.0095	0.0272	0.0219	0.0272	0.0341	0.023	0.0342	0.023	0.0391
chrX	1305713	1305864	chrX:1305714-1305864	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0074	0.0088	0.0234	0.0011	0.0087	0.0087	0.0113	0.0011	0.006	0.0096	0.006	0.0085	0.0084	0.0084	0.0084	0.0042
chrX	1306624	1306775	chrX:1306625-1306775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0072	0.0099	0.0162	0.0011	0.0073	0.0143	0.006	0.0011	0.0072	0.01	0.0072	0.0085	0.0069	0.0026	0.0069	0.0073
chrX	1306845	1306996	chrX:1306846-1306996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0076	0.0103	0.0134	0.0032	0.0068	0.0143	0.006	0.0032	0.0085	0.01	0.0085	0.0093	0.0046	0.0045	0.0046	0.0042
chrX	1317283	1317434	chrX:1317284-1317434	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0076	0.0081	0.0082	0.0063	0.0021	0.0073	0.0134	0.01	0.0021	0.0072	0.0064	0.0072	0.0124	0.0023	0.0019	0.0023	0.0016
chrX	1345572	1345731	chrX:1345573-1345731	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0284	0.0323	0.0329	0.0192	0.0191	0.0447	0.0298	0.044	0.0191	0.0308	0.037	0.0308	0.0372	0.0306	0.0174	0.0306	0.0208
chrX	1345782	1345966	chrX:1345783-1345966	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0419	0.0404	0.0212	0.0244	0.0568	0.0376	0.0646	0.0244	0.0393	0.0453	0.0393	0.038	0.0245	0.0187	0.0245	0.0261
chrX	1349019	1349170	chrX:1349020-1349170	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0177	0.0268	0.0095	0.0032	0.0233	0.0216	0.0253	0.0032	0.0242	0.0373	0.0242	0.0178	0.0077	0.0142	0.0077	0.0094
chrX	1350434	1350585	chrX:1350435-1350585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0132	0.0123	0.0184	0.0085	0.0053	0.017	0.0151	0.016	0.0053	0.0169	0.0154	0.0169	0.0364	0.0084	0.0071	0.0084	0.0162
chrX	1354622	1354810	chrX:1354623-1354810	FBgn0027794	CG14786	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0726	0.0565	0.0973	0.0635	0.0435	0.0728	0.0584	0.0799	0.0435	0.1298	0.1084	0.1298	0.1022	0.085	0.0645	0.085	0.073
chrX	1354919	1355227	chrX:1354920-1355227	FBgn0027793,FBgn0027794	CG14786,CG14787	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.054	0.046	0.078	0.0366	0.0329	0.0631	0.0506	0.056	0.0329	0.1057	0.0891	0.1057	0.0883	0.0475	0.0355	0.0475	0.0469
chrX	1355336	1355487	chrX:1355337-1355487	FBgn0027793	CG14787	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0275	0.0219	0.0398	0.0201	0.0095	0.0306	0.0247	0.028	0.0095	0.061	0.0418	0.061	0.048	0.026	0.0161	0.026	0.0328
chrX	1355647	1355926	chrX:1355648-1355926	FBgn0027793	CG14787	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0433	0.0413	0.053	0.035	0.017	0.0549	0.0493	0.0546	0.017	0.0821	0.0553	0.0821	0.0596	0.0521	0.0245	0.0521	0.0578
chrX	1357923	1358094	chrX:1357924-1358094	FBgn0028274	ns3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0624	0.0596	0.0741	0.0526	0.0509	0.0675	0.0675	0.0826	0.0509	0.0996	0.0855	0.0996	0.0658	0.062	0.0516	0.062	0.0693
chrX	1358200	1358377	chrX:1358201-1358377	FBgn0028274	ns3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1265	0.1149	0.1565	0.1067	0.0923	0.1471	0.1172	0.1592	0.0923	0.2132	0.1714	0.2132	0.1472	0.1233	0.1077	0.1233	0.1287
chrX	1358477	1358645	chrX:1358478-1358645	FBgn0028274	ns3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0533	0.0787	0.0455	0.0265	0.0665	0.0623	0.0759	0.0265	0.1081	0.0881	0.1081	0.0705	0.0498	0.0484	0.0498	0.0547
chrX	1359994	1360196	chrX:1359995-1360196	FBgn0027791	O-fut2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0511	0.0792	0.0582	0.0233	0.0825	0.0411	0.0766	0.0233	0.0978	0.0865	0.0978	0.0875	0.0636	0.0606	0.0636	0.0787
chrX	1360604	1360755	chrX:1360605-1360755	FBgn0026872,FBgn0027791	CG14777,O-fut2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0282	0.0192	0.0273	0.0391	0.0095	0.0243	0.0216	0.026	0.0095	0.0284	0.0277	0.0284	0.0426	0.0291	0.0348	0.0291	0.0474
chrX	1360914	1361154	chrX:1360915-1361154	FBgn0026872,FBgn0027791,FBgn0029580	CG14777,CG14778,O-fut2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0437	0.0272	0.0492	0.056	0.0138	0.0364	0.026	0.0413	0.0138	0.0562	0.0473	0.0562	0.0728	0.0505	0.0613	0.0505	0.0797
chrX	1364567	1364797	chrX:1364568-1364797	FBgn0013720	pck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0834	0.0672	0.1085	0.0739	0.0361	0.0898	0.0744	0.0926	0.0361	0.1383	0.1222	0.1383	0.1007	0.0689	0.0941	0.0689	0.0912
chrX	1364808	1365003	chrX:1364809-1365003	FBgn0013720	pck	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.0622	0.1185	0.0813	0.0265	0.0888	0.0619	0.0933	0.0265	0.1546	0.135	0.1546	0.1108	0.0827	0.0967	0.0827	0.1089
chrX	1370659	1370810	chrX:1370660-1370810	FBgn0025382,FBgn0260986	Rab27,mei-38	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0382	0.0265	0.0543	0.0337	0.0148	0.0325	0.0337	0.0333	0.0148	0.055	0.0672	0.055	0.0418	0.0306	0.0277	0.0306	0.0302
chrX	1370978	1371156	chrX:1370979-1371156	FBgn0025382,FBgn0260986	Rab27,mei-38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.1068	0.1525	0.0985	0.0551	0.1461	0.1038	0.1586	0.0551	0.1944	0.1704	0.1944	0.1348	0.1072	0.0916	0.1072	0.1146
chrX	1372481	1372656	chrX:1372482-1372656	FBgn0025381	rush	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1472	0.1191	0.1916	0.1298	0.0774	0.1558	0.1224	0.1686	0.0774	0.2579	0.2006	0.2579	0.1967	0.1355	0.1425	0.1355	0.1626
chrX	1372719	1372923	chrX:1372720-1372923	FBgn0025381	rush	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1135	0.0938	0.1411	0.105	0.0657	0.1204	0.0995	0.1299	0.0657	0.1685	0.1576	0.1685	0.1487	0.1072	0.1115	0.1072	0.1282
chrX	1372985	1373151	chrX:1372986-1373151	FBgn0025381	rush	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0776	0.0582	0.0967	0.0784	0.0339	0.0748	0.064	0.0793	0.0339	0.1286	0.1074	0.1286	0.0991	0.0881	0.0986	0.0881	0.1037
chrX	1374650	1374833	chrX:1374651-1374833	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0531	0.0432	0.0629	0.0533	0.0233	0.0684	0.0394	0.0566	0.0233	0.0797	0.054	0.0797	0.1053	0.0337	0.0368	0.0337	0.1167
chrX	1375503	1375701	chrX:1375504-1375701	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1235	0.127	0.1472	0.0936	0.0965	0.1728	0.1328	0.1539	0.0965	0.1993	0.1498	0.1993	0.1565	0.1187	0.0864	0.1187	0.1376
chrX	1375798	1376032	chrX:1375799-1376032	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.094	0.0906	0.1222	0.067	0.0541	0.1291	0.0835	0.1306	0.0541	0.16	0.127	0.16	0.1425	0.0926	0.0625	0.0926	0.0917
chrX	1376172	1376421	chrX:1376173-1376421	FBgn0044508,FBgn0086042	snoRNA:M,snoRNA:Me28S-G980	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0735	0.0589	0.1023	0.0582	0.035	0.0854	0.0549	0.0826	0.035	0.1389	0.1006	0.1389	0.1325	0.0666	0.0613	0.0666	0.0891
chrX	1376605	1376756	chrX:1376606-1376756	FBgn0044508,FBgn0086042	snoRNA:M,snoRNA:Me28S-G980	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0512	0.045	0.066	0.0418	0.0276	0.0607	0.0433	0.0666	0.0276	0.1002	0.0656	0.1002	0.0697	0.0536	0.0374	0.0536	0.0584
chrX	1376900	1377051	chrX:1376901-1377051	FBgn0003517,FBgn0044508,FBgn0086042	snoRNA:M,snoRNA:Me28S-G980,sta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0781	0.0588	0.1063	0.0688	0.0286	0.0879	0.0593	0.0786	0.0286	0.1498	0.1103	0.1498	0.1146	0.0835	0.0651	0.0835	0.0974
chrX	1377281	1377575	chrX:1377282-1377575	FBgn0003517	sta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2544	0.2316	0.301	0.2288	0.1665	0.2927	0.2556	0.2965	0.1665	0.3816	0.3177	0.3816	0.2851	0.258	0.2418	0.258	0.2642
chrX	1377762	1377930	chrX:1377763-1377930	FBgn0003517	sta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0679	0.0676	0.0405	0.0403	0.0801	0.0878	0.0799	0.0403	0.0827	0.0704	0.0827	0.0767	0.0345	0.0503	0.0345	0.0547
chrX	1394319	1394470	chrX:1394320-1394470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0083	0.0085	0.0075	0.0089	0.0042	0.0058	0.0151	0.0093	0.0042	0.0054	0.0084	0.0054	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chrX	1397808	1397959	chrX:1397809-1397959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.007	0.0067	0.0156	0.0011	0.0078	0.0112	0.006	0.0011	0.0066	0.0058	0.0066	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chrX	1401059	1401210	chrX:1401060-1401210	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0081	0.0067	0.0153	0	0.0097	0.0164	0.004	0	0.0072	0.0048	0.0072	0.007	0.0046	0.0026	0.0046	0.0026
chrX	1401316	1401467	chrX:1401317-1401467	FBgn0053513	Nmdar2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0106	0.0097	0.0069	0.0157	0.0011	0.0053	0.0208	0.0113	0.0011	0.0066	0.0074	0.0066	0.0023	0.0031	0.0013	0.0031	0.0042
chrX	1402092	1402243	chrX:1402093-1402243	FBgn0053513	Nmdar2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0139	0.0088	0.009	0.0251	0.0042	0.0049	0.0186	0.008	0.0042	0.0079	0.0074	0.0079	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0057
chrX	1402465	1402616	chrX:1402466-1402616	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.009	0.0113	0.0274	0.0011	0.0073	0.0151	0.0127	0.0011	0.0079	0.0093	0.0079	0.0132	0.0077	0.0052	0.0077	0.0063
chrX	1406935	1407127	chrX:1406936-1407127	FBgn0025393,FBgn0025394	CG14795,inc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1079	0.1773	0.1262	0.071	0.1481	0.112	0.1432	0.071	0.2204	0.1862	0.2204	0.1828	0.1378	0.1431	0.1378	0.1339
chrX	1407247	1407400	chrX:1407248-1407400	FBgn0025393,FBgn0025394	CG14795,inc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0542	0.0431	0.0683	0.0511	0.017	0.0602	0.0458	0.0613	0.017	0.0833	0.0707	0.0833	0.0736	0.0674	0.0522	0.0674	0.0547
chrX	1411226	1411378	chrX:1411227-1411378	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0364	0.0206	0.0376	0.0528	0.0117	0.0291	0.0199	0.0306	0.0117	0.0411	0.0386	0.0411	0.0364	0.0253	0.029	0.0253	0.0287
chrX	1411670	1412029	chrX:1411671-1412029	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1821	0.1218	0.2576	0.1666	0.0732	0.1913	0.1012	0.1712	0.0732	0.3237	0.2932	0.3237	0.2494	0.1845	0.2192	0.1845	0.2189
chrX	1417456	1417607	chrX:1417457-1417607	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0203	0.0373	0.0249	0.0148	0.0243	0.0268	0.0227	0.0148	0.0459	0.0399	0.0459	0.0356	0.0276	0.0258	0.0276	0.0375
chrX	1418845	1419464	chrX:1418846-1419464	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.0214	0.0415	0.0297	0.0053	0.0243	0.0333	0.0247	0.0053	0.07	0.0322	0.07	0.017	0.0375	0.0142	0.0375	0.0198
chrX	1420246	1420397	chrX:1420247-1420397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0096	0.0112	0.013	0.0053	0.0097	0.0156	0.01	0.0053	0.0109	0.0125	0.0109	0.007	0.0046	0.0064	0.0046	0.0089
chrX	1429608	1429759	chrX:1429609-1429759	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0055	0.006	0.0037	0.007	0.0032	0.0053	0.0125	0.0033	0.0032	0.0054	0.0023	0.0054	0.0023	8e-04	0	8e-04	0.0031
chrX	1432663	1432814	chrX:1432664-1432814	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0061	0.0055	0.0081	0.0021	0.0029	0.0147	0.0047	0.0021	0.0036	0.0051	0.0036	0.0062	0.0023	0.0013	0.0023	0.0026
chrX	1437147	1437298	chrX:1437148-1437298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0121	0.0264	0.0066	0.0022	0.0212	0.0141	0.0493	0.0293	0.0212	0.0091	0.0051	0.0091	0.0062	0.0031	0.0013	0.0031	0.0031
chrX	1439733	1439884	chrX:1439734-1439884	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0044	0.0042	0.0089	0.0011	0.0044	0.0074	0.0053	0.0011	0.003	0.0042	0.003	0.0023	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chrX	1444435	1444586	chrX:1444436-1444586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.0086	0.0062	0.0103	0.0032	0.0063	0.0177	0.0067	0.0032	0.0091	0.0058	0.0091	0.0046	0.0031	0.0039	0.0031	0.0073
chrX	1444736	1444887	chrX:1444737-1444887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0081	0.0066	0.0103	0.0053	0.0073	0.0143	0.0067	0.0053	0.0048	0.008	0.0048	0.0093	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chrX	1444981	1445132	chrX:1444982-1445132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0077	0.0069	0.0082	0.0021	0.0039	0.0143	0.0127	0.0021	0.0054	0.0068	0.0054	0.0085	0.0038	0.0019	0.0038	0.0016
chrX	1453771	1453922	chrX:1453772-1453922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0158	0.0126	0.0168	0.0184	0.0053	0.0121	0.0208	0.0133	0.0053	0.0193	0.0203	0.0193	0.0194	0.0184	0.0309	0.0184	0.0203
chrX	1454167	1454344	chrX:1454168-1454344	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0475	0.0231	0.0566	0.0649	0.0074	0.0296	0.032	0.026	0.0074	0.0483	0.0614	0.0483	0.1061	0.0919	0.0928	0.0919	0.0834
chrX	1454767	1454918	chrX:1454768-1454918	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0061	0.008	0.0128	0.0032	0.0063	0.0095	0.0067	0.0032	0.006	0.0084	0.006	0.0101	0.01	0.0045	0.01	0.0063
chrX	1455413	1455564	chrX:1455414-1455564	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.006	0.0066	0.0113	0.0011	0.0034	0.0147	0.004	0.0011	0.003	0.0071	0.003	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0042
chrX	1457033	1457184	chrX:1457034-1457184	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0076	0.0113	0.0207	0.0021	0.0078	0.0143	0.0067	0.0021	0.0066	0.0077	0.0066	0.0093	0.0031	0.0026	0.0031	0.0057
chrX	1457778	1457929	chrX:1457779-1457929	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0054	0.0058	0.0164	0	0.0034	0.0108	0.0073	0	0.0048	0.0064	0.0048	8e-04	0.0046	0.0013	0.0046	0.0047
chrX	1458305	1458456	chrX:1458306-1458456	distal	distal	stage14	stage14	VT55382.1	VT55382.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0138	0.0077	0.0126	0.022	0.0042	0.0049	0.0156	0.0073	0.0042	0.0097	0.0087	0.0097	0.0101	0.0031	0.0064	0.0031	0.0104
chrX	1458464	1458615	chrX:1458465-1458615	distal	distal	stage14	stage14	VT55382.1	VT55382.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0071	0.0151	0.0202	0.0042	0.0053	0.0125	0.008	0.0042	0.0079	0.009	0.0079	0.0093	0.0031	0.0052	0.0031	0.0083
chrX	1466294	1466445	chrX:1466295-1466445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0085	0.0093	0.0122	0.0036	0.0042	0.0078	0.0182	0.0087	0.0042	0.0151	0.0106	0.0151	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.0036
chrX	1473021	1473196	chrX:1473022-1473196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0175	0.0118	0.0178	0.0237	0.0053	0.0121	0.0182	0.0147	0.0053	0.0205	0.0148	0.0205	0.0333	0.0459	0.0071	0.0459	0.0412
chrX	1473993	1474144	chrX:1473994-1474144	distal	distal	none	none	VT55390.1	VT55390.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0055	0.0047	0.0111	0.0032	0.0034	0.0104	0.0053	0.0032	0.006	0.0026	0.006	0.0046	0.0031	0.0039	0.0031	0.0063
chrX	1474830	1474981	chrX:1474831-1474981	distal	distal	none	none	VT55390.1	VT55390.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.004	0.0038	0.0125	0.0011	0.0015	0.0082	0.006	0.0011	0.0036	0.0042	0.0036	0.0031	0.0069	0.0032	0.0069	0.0063
chrX	1475325	1475479	chrX:1475326-1475479	distal	distal	stage14	stage14	VT55390.1	VT55390.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0027	0.0091	0.0352	0	0.0019	0.0052	0.0033	0	0.0054	0.0039	0.0054	0.0062	0.01	0.0084	0.01	0.0208
chrX	1481183	1481334	chrX:1481184-1481334	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0072	0.0077	0.0206	0.0032	0.0063	0.0121	0.008	0.0032	0.0066	0.0074	0.0066	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chrX	1481483	1481634	chrX:1481484-1481634	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0067	0.0086	0.0178	0.0053	0.0049	0.0125	0.0053	0.0053	0.0097	0.0071	0.0097	0.0077	0.0023	6e-04	0.0023	0.0042
chrX	1481695	1481846	chrX:1481696-1481846	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0075	0.0088	0.0164	0.0042	0.0078	0.0121	0.006	0.0042	0.0085	0.0077	0.0085	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chrX	1482441	1482592	chrX:1482442-1482592	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0088	0.0099	0.0181	0.0021	0.0117	0.0151	0.006	0.0021	0.0048	0.0093	0.0048	0.0039	0.0031	0.0052	0.0031	0.0052
chrX	1482602	1482842	chrX:1482603-1482842	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0107	0.0137	0.0241	0.0032	0.0112	0.0156	0.014	0.0032	0.0091	0.0087	0.0091	0.0093	0.0023	0.0071	0.0023	0.0063
chrX	1483661	1483812	chrX:1483662-1483812	distal	distal	none	none	VT55395.1	VT55395.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0046	0.0058	0.017	0.0032	0.0019	0.0099	0.0047	0.0032	0.003	0.0051	0.003	8e-04	0.0015	0.0019	0.0015	0.0057
chrX	1487537	1487698	chrX:1487538-1487698	distal	distal	none	none	VT55397.1	VT55397.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0046	0.0147	0.0194	0	0.0034	0.0087	0.006	0	0.0085	0.0122	0.0085	8e-04	0.0069	0.0032	0.0069	0.0068
chrX	1487790	1488070	chrX:1487791-1488070	distal	distal	none	none	VT55397.1	VT55397.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0098	0.0247	0.0281	0.0042	0.0141	0.013	0.0107	0.0042	0.0157	0.0203	0.0157	0.007	0.0084	0.0058	0.0084	0.0068
chrX	1488940	1489091	chrX:1488941-1489091	distal	distal	none	none	VT55398.1	VT55398.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0047	0.0089	0.0231	0.0032	0.0029	0.0087	0.0047	0.0032	0.0121	0.0068	0.0121	0.0023	0.0115	0.0026	0.0115	0.0057
chrX	1489256	1489407	chrX:1489257-1489407	distal	distal	stage14	stage14	VT55398.1	VT55398.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0035	0.0088	0.0344	0.0011	0.0039	0.0052	0.0047	0.0011	0.0085	0.0035	0.0085	0.0031	0.0077	0.0032	0.0077	0.0068
chrX	1489639	1489790	chrX:1489640-1489790	distal	distal	none	none	VT55398.1	VT55398.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0047	0.0074	0.0203	0.0053	0.0039	0.0078	0.004	0.0053	0.006	0.0035	0.006	0.0031	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chrX	1490174	1490325	chrX:1490175-1490325	distal	distal	none	none	VT55398.1,VT55399.1	VT55398.1,VT55399.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.005	0.0071	0.0196	0.0021	0.0058	0.0091	0.0027	0.0021	0.006	0.0042	0.006	0.0116	0.0054	0.0032	0.0054	0.0042
chrX	1492462	1492613	chrX:1492463-1492613	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0081	0.01	0.0246	0.0021	0.0078	0.0138	0.0093	0.0021	0.0079	0.0071	0.0079	0.0101	0.0046	0.0026	0.0046	0.0104
chrX	1493077	1493263	chrX:1493078-1493263	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0085	0.0169	0.0301	0.0011	0.0102	0.0147	0.006	0.0011	0.0115	0.0106	0.0115	0.0163	0.0084	0.0032	0.0084	0.012
chrX	1493329	1493514	chrX:1493330-1493514	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0045	0.0109	0.0266	0.0032	0.0039	0.0091	0.002	0.0032	0.0109	0.0048	0.0109	0.0062	0.0046	0.0052	0.0046	0.0104
chrX	1500169	1500320	chrX:1500170-1500320	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0054	0.0063	0.0116	0.0011	0.0053	0.0091	0.006	0.0011	0.0115	0.0039	0.0115	0.0046	0.0015	6e-04	0.0015	0.0031
chrX	1500453	1500604	chrX:1500454-1500604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0052	0.0072	0.0185	0.0021	0.0044	0.0112	0.0027	0.0021	0.0079	0.0058	0.0079	0.0015	0.0015	0.0026	0.0015	0.0063
chrX	1501294	1501445	chrX:1501295-1501445	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0075	0.0142	0.0221	0.0011	0.0068	0.0147	0.0067	0.0011	0.0091	0.0071	0.0091	0.0101	8e-04	0.0071	8e-04	0.0057
chrX	1501650	1501840	chrX:1501651-1501840	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0059	0.0127	0.0382	0.0032	0.0092	0.0078	0.0027	0.0032	0.0066	0.0055	0.0066	0.0046	0.0046	0.0039	0.0046	0.0068
chrX	1502102	1502301	chrX:1502103-1502301	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0093	0.0136	0.0398	0.0053	0.0078	0.0151	0.01	0.0053	0.0054	0.0093	0.0054	0.0031	0.0038	0.0052	0.0038	0.0063
chrX	1502363	1502514	chrX:1502364-1502514	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0092	0.0112	0.0251	0.0042	0.0078	0.0173	0.0087	0.0042	0.0066	0.0084	0.0066	0.0046	0.0015	0.0026	0.0015	0.0057
chrX	1502632	1502796	chrX:1502633-1502796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0093	0.0103	0.0295	0.0032	0.0073	0.0173	0.0107	0.0032	0.0079	0.0058	0.0079	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chrX	1502850	1503001	chrX:1502851-1503001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0079	0.0085	0.021	0.0053	0.0063	0.0134	0.0087	0.0053	0.0048	0.0051	0.0048	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chrX	1511232	1511423	chrX:1511233-1511423	distal	distal	none	none	VT55410.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.014	0.009	0.0123	0.0216	0.0011	0.0078	0.0156	0.012	0.0011	0.0085	0.008	0.0085	0.0364	0.0115	0.009	0.0115	0.0573
chrX	1512397	1512548	chrX:1512398-1512548	FBgn0025390	Mur2B	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0075	0.0037	0.0062	0.0132	0.0011	0.0058	0.0056	0.0027	0.0011	0.0054	0.0039	0.0054	0.017	0.0069	0.0077	0.0069	0.0323
chrX	1512969	1513120	chrX:1512970-1513120	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.0086	0.0118	0.035	0.0042	0.0102	0.0112	0.0093	0.0042	0.0091	0.0109	0.0091	0.0263	0.0345	0.0232	0.0345	0.0756
chrX	1513883	1514034	chrX:1513884-1514034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0113	0.011	0.0213	0.0011	0.0112	0.0195	0.014	0.0011	0.0109	0.0077	0.0109	0.0186	0.0145	0.0148	0.0145	0.0453
chrX	1534167	1534318	chrX:1534168-1534318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.0217	0.0123	0.0058	0.0085	0.0199	0.0376	0.0233	0.0085	0.0163	0.0109	0.0163	0.0101	0.0031	0.0045	0.0031	0.0042
chrX	1540512	1540692	chrX:1540513-1540692	distal	distal	stage5	stage5	VT55422.1	VT55422.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.036	0.0472	0.041	0.018	0.035	0.0519	0.061	0.0566	0.035	0.0393	0.0466	0.0393	0.0488	0.0153	0.0226	0.0153	0.0198
chrX	1541306	1541457	chrX:1541307-1541457	distal	distal	none	none	VT55422.1	VT55422.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.013	0.0136	0.0161	0.0089	0.0106	0.0165	0.0143	0.018	0.0106	0.0133	0.0103	0.0133	0.0457	0.0061	0.0077	0.0061	0.0109
chrX	1549886	1550063	chrX:1549887-1550063	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0359	0.0166	0.0072	0.0276	0.0282	0.0606	0.0386	0.0276	0.0199	0.0177	0.0199	0.0155	0.0061	0.0071	0.0061	0.0083
chrX	1550475	1550646	chrX:1550476-1550646	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0566	0.0156	0.0099	0.0509	0.0471	0.096	0.05	0.0509	0.0211	0.0158	0.0211	0.0155	0.0054	0.0058	0.0054	0.0151
chrX	1551559	1551797	chrX:1551560-1551797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0256	0.0345	0.0245	0.017	0.0286	0.0364	0.0497	0.0366	0.0286	0.0338	0.0177	0.0338	0.0108	0.0115	0.0058	0.0115	0.0141
chrX	1552818	1552969	chrX:1552819-1552969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0098	0.0105	0.0082	0.0042	0.0083	0.019	0.0087	0.0042	0.0066	0.01	0.0066	0.0046	0.0038	0.0032	0.0038	0.0021
chrX	1558651	1558862	chrX:1558652-1558862	FBgn0000482	dor	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0431	0.033	0.0543	0.0419	0.0159	0.0325	0.0463	0.048	0.0159	0.0592	0.055	0.0592	0.0496	0.0391	0.0342	0.0391	0.0537
chrX	1558970	1559148	chrX:1558971-1559148	FBgn0000482	dor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.0644	0.1042	0.0777	0.0244	0.0762	0.0783	0.0966	0.0244	0.1244	0.1106	0.1244	0.0999	0.0704	0.0832	0.0704	0.0954
chrX	1562986	1563210	chrX:1562987-1563210	FBgn0001189,FBgn0023530	CG3740,hfw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0586	0.0494	0.0722	0.054	0.0233	0.0626	0.064	0.0566	0.0233	0.0857	0.0823	0.0857	0.0635	0.0658	0.0426	0.0658	0.0672
chrX	1563249	1563428	chrX:1563250-1563428	FBgn0001189,FBgn0023530	CG3740,hfw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1107	0.0855	0.1381	0.1088	0.0626	0.1189	0.0947	0.0959	0.0626	0.1769	0.1511	0.1769	0.1301	0.1217	0.1154	0.1217	0.1303
chrX	1563504	1563679	chrX:1563505-1563679	FBgn0001189,FBgn0023530	CG3740,hfw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1383	0.1138	0.1706	0.1303	0.0732	0.1592	0.1194	0.1479	0.0732	0.2192	0.1814	0.2192	0.1681	0.1325	0.1444	0.1325	0.1605
chrX	1563889	1564112	chrX:1563890-1564112	FBgn0001189	hfw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0745	0.0608	0.0939	0.0684	0.0392	0.085	0.0623	0.0799	0.0392	0.1268	0.0945	0.1268	0.1046	0.0919	0.0735	0.0919	0.0865
chrX	1567973	1568124	chrX:1567974-1568124	distal	distal	none	none	VT55435.1	VT55435.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0274	0.0343	0.031	0.0159	0.018	0.0354	0.0458	0.0493	0.018	0.0266	0.0405	0.0266	0.0302	0.0291	0.0123	0.0291	0.0162
chrX	1568923	1569074	chrX:1568924-1569074	distal	distal	none	none	VT55435.1	VT55435.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0227	0.0218	0.0288	0.0171	0.0042	0.0286	0.0221	0.0333	0.0042	0.038	0.0338	0.038	0.0256	0.0283	0.0135	0.0283	0.0198
chrX	1569084	1569235	chrX:1569085-1569235	distal	distal	none	none	VT55435.1	VT55435.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0217	0.0221	0.0265	0.0159	0.0053	0.0257	0.029	0.0293	0.0053	0.0374	0.0305	0.0374	0.0178	0.0291	0.0168	0.0291	0.0135
chrX	1569314	1569465	chrX:1569315-1569465	distal	distal	none	none	VT55435.1	VT55435.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0223	0.0233	0.025	0.0181	0.0085	0.0257	0.0298	0.036	0.0085	0.0447	0.0241	0.0447	0.0232	0.0322	0.0187	0.0322	0.0188
chrX	1571210	1571404	chrX:1571211-1571404	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0154	0.0117	0.0152	0.0198	0.0064	0.0136	0.0108	0.022	0.0064	0.032	0.0141	0.032	0.0108	0.0628	0.0142	0.0628	0.0115
chrX	1571793	1571944	chrX:1571794-1571944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0217	0.0224	0.0231	0.0195	0.0159	0.0272	0.0285	0.0247	0.0159	0.0368	0.0219	0.0368	0.0178	0.0429	0.0232	0.0429	0.013
chrX	1579139	1579454	chrX:1579140-1579454	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0356	0.0496	0.0367	0.0188	0.0286	0.0388	0.0709	0.0759	0.0286	0.0248	0.037	0.0248	0.0341	0.0214	0.0258	0.0214	0.012
chrX	1581885	1582036	chrX:1581886-1582036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.0107	0.0113	0.0125	0.0032	0.0107	0.0182	0.012	0.0032	0.0091	0.0177	0.0091	0.0062	0.0138	0.0303	0.0138	0.0057
chrX	1586282	1586433	chrX:1586283-1586433	FBgn0023531,FBgn0029588	CG14798,CG32809	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0142	0.0208	0.0156	0.0053	0.0175	0.0182	0.0193	0.0053	0.0163	0.0264	0.0163	0.0194	0.0092	0.0084	0.0092	0.0083
chrX	1586603	1586890	chrX:1586604-1586890	FBgn0023531,FBgn0029588	CG14798,CG32809	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0491	0.0429	0.0563	0.0482	0.0148	0.0544	0.0376	0.0813	0.0148	0.0598	0.0682	0.0598	0.0457	0.0299	0.0206	0.0299	0.0281
chrX	1587226	1587377	chrX:1587227-1587377	FBgn0029588	CG14798	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0211	0.0213	0.028	0.0134	0.0074	0.0223	0.0255	0.038	0.0074	0.0278	0.0344	0.0278	0.0232	0.0138	0.0148	0.0138	0.0172
chrX	1587689	1587855	chrX:1587690-1587855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.0233	0.0343	0.0237	0.0085	0.0286	0.0247	0.0393	0.0085	0.0411	0.0399	0.0411	0.0372	0.0245	0.0232	0.0245	0.0297
chrX	1587886	1588142	chrX:1587887-1588142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0328	0.0551	0.0394	0.0106	0.0451	0.032	0.0526	0.0106	0.0725	0.0617	0.0725	0.0434	0.0383	0.0297	0.0383	0.05
chrX	1589555	1589772	chrX:1589556-1589772	FBgn0023130	a6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.047	0.0329	0.0651	0.0428	0.0159	0.0413	0.0398	0.0433	0.0159	0.0821	0.0675	0.0821	0.0635	0.0475	0.0387	0.0475	0.0625
chrX	1589840	1590045	chrX:1589841-1590045	FBgn0023130	a6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0972	0.073	0.1221	0.0969	0.0329	0.0879	0.0839	0.1126	0.0329	0.1365	0.1309	0.1365	0.134	0.1057	0.087	0.1057	0.1245
chrX	1590147	1590342	chrX:1590148-1590342	FBgn0023130	a6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0306	0.0203	0.0293	0.0436	0.0106	0.0218	0.0242	0.0293	0.0106	0.0296	0.0293	0.0296	0.0356	0.0429	0.029	0.0429	0.0464
chrX	1607619	1607770	chrX:1607620-1607770	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0055	0.0053	0.0127	0.0021	0.0034	0.0108	0.004	0.0021	0.0036	0.0071	0.0036	0.0039	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chrX	1607865	1608016	chrX:1607866-1608016	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0042	0.0056	0.0085	0.0021	0.0039	0.0078	0.0033	0.0021	0.0054	0.0048	0.0054	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chrX	1609826	1609977	chrX:1609827-1609977	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.006	0.0056	0.0089	0.0032	0.0039	0.0121	0.006	0.0032	0.0066	0.0048	0.0066	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.001
chrX	1621472	1621623	chrX:1621473-1621623	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0077	0.0051	0.0085	0.0064	0.0053	0.0125	0.01	0.0064	0.0018	0.0058	0.0018	0.0046	0.0038	6e-04	0.0038	0.0047
chrX	1621974	1622125	chrX:1621975-1622125	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0049	0.0047	0.0077	0.0011	0.0044	0.0078	0.0073	0.0011	0.0048	0.0048	0.0048	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0021
chrX	1628774	1628925	chrX:1628775-1628925	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0072	0.006	0.0067	0.0091	0.0042	0.0039	0.0099	0.008	0.0042	0.0091	0.0061	0.0091	0.0077	0.0314	0.0019	0.0314	0.0036
chrX	1645399	1645550	chrX:1645400-1645550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.011	0.0092	0.01	0.0142	0.0085	0.0068	0.0156	0.0093	0.0085	0.0199	0.0084	0.0199	0.0093	0.0528	0.0064	0.0528	0.0052
chrX	1645710	1645861	chrX:1645711-1645861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0124	0.0102	0.0127	0.0146	0.0032	0.0107	0.0164	0.0113	0.0032	0.0223	0.0151	0.0223	0.0062	0.0551	0.0058	0.0551	0.0078
chrX	1648102	1648253	chrX:1648103-1648253	FBgn0025391	Scgdelta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0086	0.008	0.0169	0.0032	0.0097	0.0143	0.008	0.0032	0.0066	0.0077	0.0066	0.0116	0.0145	0.0032	0.0145	0.0104
chrX	1666766	1666947	chrX:1666767-1666947	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1568	0.1274	0.1892	0.1542	0.0838	0.1636	0.1272	0.1879	0.0838	0.2228	0.201	0.2228	0.1952	0.1723	0.1631	0.1723	0.1569
chrX	1667378	1667529	chrX:1667379-1667529	FBgn0026086,FBgn0261548	Adar,CG42666	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0447	0.0651	0.0436	0.0233	0.0578	0.048	0.066	0.0233	0.0731	0.0756	0.0731	0.0612	0.0406	0.0438	0.0406	0.0505
chrX	1667648	1667820	chrX:1667649-1667820	FBgn0026086,FBgn0261548	Adar,CG42666	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1125	0.1504	0.1149	0.0806	0.149	0.1129	0.1566	0.0806	0.1703	0.1653	0.1703	0.1673	0.1156	0.1231	0.1156	0.1209
chrX	1667903	1668102	chrX:1667904-1668102	FBgn0026086,FBgn0261548	Adar,CG42666	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1108	0.0845	0.1338	0.1149	0.0562	0.1155	0.0813	0.1193	0.0562	0.1443	0.1418	0.1443	0.1627	0.1202	0.1193	0.1202	0.1318
chrX	1668168	1668375	chrX:1668169-1668375	FBgn0026086,FBgn0261548	Adar,CG42666	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0668	0.0893	0.0723	0.0403	0.0903	0.0657	0.0966	0.0403	0.1014	0.0945	0.1014	0.1007	0.0766	0.0683	0.0766	0.0823
chrX	1668519	1668727	chrX:1668520-1668727	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0513	0.0525	0.0609	0.0395	0.0445	0.0636	0.0584	0.0673	0.0445	0.0664	0.0669	0.0664	0.0542	0.0375	0.038	0.0375	0.0459
chrX	1669087	1669238	chrX:1669088-1669238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0254	0.0322	0.0266	0.0164	0.0148	0.0325	0.0476	0.0406	0.0148	0.0199	0.0328	0.0199	0.0201	0.0214	0.0123	0.0214	0.0188
chrX	1679030	1679213	chrX:1679031-1679213	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.045	0.0344	0.026	0.0361	0.0529	0.0502	0.0586	0.0361	0.0302	0.0389	0.0302	0.0457	0.0245	0.0271	0.0245	0.0344
chrX	1683997	1684148	chrX:1683998-1684148	FBgn0052806	CG32806	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.0146	0.0148	0.0134	0.0074	0.015	0.019	0.0213	0.0074	0.0205	0.0148	0.0205	0.0116	0.0352	0.0097	0.0352	0.0073
chrX	1687942	1688179	chrX:1687943-1688179	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.034	0.0223	0.026	0.056	0.0159	0.0209	0.0337	0.026	0.0159	0.0211	0.0167	0.0211	0.0186	0.0222	0.0213	0.0222	0.0307
chrX	1689295	1689446	chrX:1689296-1689446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0081	0.0103	0.0139	0.0021	0.0053	0.0121	0.014	0.0021	0.0103	0.01	0.0103	0.0093	0.0077	0.0039	0.0077	0.0052
chrX	1691901	1692052	chrX:1691902-1692052	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0168	0.0279	0.0143	0.007	0.0201	0.0189	0.0497	0.0313	0.0201	0.0157	0.0186	0.0157	0.0163	0.0069	0.0077	0.0069	0.0057
chrX	1713094	1713279	chrX:1713095-1713279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0277	0.0237	0.0231	0.0372	0.0095	0.0291	0.0389	0.02	0.0095	0.0205	0.0228	0.0205	0.0457	0.0368	0.0522	0.0368	0.0448
chrX	1713366	1713517	chrX:1713367-1713517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0153	0.0136	0.0132	0.0195	0.0042	0.0155	0.0221	0.0147	0.0042	0.0109	0.0141	0.0109	0.0248	0.0191	0.0342	0.0191	0.0224
chrX	1715162	1715325	chrX:1715163-1715325	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0169	0.0077	0.0117	0.0329	0.0021	0.0063	0.0151	0.0073	0.0021	0.0054	0.0135	0.0054	0.0178	0.0069	0.0361	0.0069	0.0547
chrX	1717378	1717544	chrX:1717379-1717544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0199	0.0409	0.0117	0.0056	0.0276	0.0257	0.0696	0.0546	0.0276	0.0121	0.0122	0.0121	0.0147	0.0054	0.0058	0.0054	0.0083
chrX	1717941	1718123	chrX:1717942-1718123	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0554	0.1302	0.0209	0.0096	0.1368	0.0694	0.2271	0.1446	0.1368	0.0169	0.0305	0.0169	0.0209	0.0054	0.0129	0.0054	0.013
chrX	1718383	1718534	chrX:1718384-1718534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0301	0.0487	0.0181	0.0224	0.0339	0.0282	0.0882	0.0573	0.0339	0.0181	0.0193	0.0181	0.0294	0.023	0.0206	0.023	0.0422
chrX	1718566	1718717	chrX:1718567-1718717	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0233	0.0341	0.0147	0.0205	0.0286	0.0175	0.0709	0.028	0.0286	0.0181	0.0132	0.0181	0.0271	0.0291	0.0187	0.0291	0.036
chrX	1718777	1719033	chrX:1718778-1719033	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.034	0.0384	0.0269	0.0369	0.0223	0.0233	0.0787	0.0333	0.0223	0.0248	0.0248	0.0248	0.0565	0.0513	0.0264	0.0513	0.0703
chrX	1722154	1722305	chrX:1722155-1722305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0087	0.0058	0.0125	0.0042	0.0068	0.0164	0.0067	0.0042	0.0048	0.0058	0.0048	0.0085	0.0123	0.0032	0.0123	0.012
chrX	1723597	1723748	chrX:1723598-1723748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0143	0.0093	0.022	0.0074	0.0117	0.0268	0.0127	0.0074	0.0097	0.0077	0.0097	0.007	0.0123	0.009	0.0123	0.012
chrX	1724331	1724497	chrX:1724332-1724497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0182	0.0115	0.0108	0.034	0.0053	0.0073	0.0234	0.0107	0.0053	0.0097	0.0106	0.0097	0.0232	0.0536	0.0309	0.0536	0.0568
chrX	1724806	1724999	chrX:1724807-1724999	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0368	0.0146	0.0216	0.0784	0.0074	0.0121	0.026	0.0127	0.0074	0.0151	0.0232	0.0151	0.0473	0.1095	0.0974	0.1095	0.1204
chrX	1725208	1725372	chrX:1725209-1725372	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0431	0.0145	0.0282	0.0915	0.0074	0.017	0.0225	0.0113	0.0074	0.0217	0.0315	0.0217	0.0604	0.1271	0.1038	0.1271	0.1459
chrX	1726774	1726925	chrX:1726775-1726925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0146	0.0123	0.0114	0.0205	0.0074	0.0092	0.0216	0.0127	0.0074	0.0133	0.0125	0.0133	0.0186	0.0444	0.011	0.0444	0.0307
chrX	1729031	1729182	chrX:1729032-1729182	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.011	0.0098	0.0089	0.0148	0.0032	0.0112	0.0156	0.01	0.0032	0.0085	0.0138	0.0085	0.0062	0.0069	0.0477	0.0069	0.0052
chrX	1737007	1737233	chrX:1737008-1737233	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0179	0.0138	0.0157	0.0248	0.0053	0.0112	0.0272	0.0113	0.0053	0.0072	0.0186	0.0072	0.0364	0.0138	0.0477	0.0138	0.0386
chrX	1742875	1743129	chrX:1742876-1743129	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0301	0.0302	0.0308	0.0291	0.0106	0.051	0.0385	0.022	0.0106	0.0217	0.0302	0.0217	0.0697	0.0145	0.0368	0.0145	0.0578
chrX	1743935	1744086	chrX:1743936-1744086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0125	0.0171	0.0142	0.0064	0.0146	0.0199	0.0107	0.0064	0.0109	0.0119	0.0109	0.0503	0.0115	0.0077	0.0115	0.0318
chrX	1744176	1744329	chrX:1744177-1744329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0271	0.0232	0.031	0.0272	0.0106	0.0238	0.0363	0.0266	0.0106	0.0217	0.0219	0.0217	0.0968	0.0176	0.0142	0.0176	0.0625
chrX	1750759	1750910	chrX:1750760-1750910	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0165	0.0245	0.0281	0.0064	0.0223	0.0203	0.0207	0.0064	0.0133	0.037	0.0133	0.0294	0.0138	0.0683	0.0138	0.025
chrX	1752650	1752801	chrX:1752651-1752801	FBgn0026090	CG14812	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0338	0.0558	0.0397	0.0138	0.0466	0.0411	0.0406	0.0138	0.061	0.0653	0.061	0.062	0.0375	0.0329	0.0375	0.0558
chrX	1752928	1753100	chrX:1752929-1753100	FBgn0026090	CG14812	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0945	0.0793	0.1171	0.0866	0.0308	0.1	0.0934	0.1119	0.0308	0.1298	0.1363	0.1298	0.1201	0.0842	0.0909	0.0842	0.1162
chrX	1753523	1753674	chrX:1753524-1753674	FBgn0026090	CG14812	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0352	0.0278	0.0506	0.0265	0.0117	0.0354	0.0346	0.0333	0.0117	0.0586	0.0608	0.0586	0.0488	0.0291	0.0316	0.0291	0.038
chrX	1753768	1753919	chrX:1753769-1753919	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0305	0.0257	0.044	0.0209	0.0074	0.0354	0.0307	0.0333	0.0074	0.0429	0.0527	0.0429	0.0403	0.0168	0.0271	0.0168	0.0287
chrX	1753926	1754131	chrX:1753927-1754131	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0398	0.03	0.0594	0.0292	0.0106	0.0417	0.029	0.0486	0.0106	0.0604	0.0727	0.0604	0.0527	0.0268	0.029	0.0268	0.0354
chrX	1755481	1755664	chrX:1755482-1755664	FBgn0028969	deltaCOP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.051	0.0937	0.0607	0.0297	0.066	0.0497	0.0786	0.0297	0.1111	0.1074	0.1111	0.0991	0.0773	0.0671	0.0773	0.075
chrX	1755744	1755912	chrX:1755745-1755912	FBgn0028969	deltaCOP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1359	0.1052	0.1698	0.1331	0.0573	0.1558	0.0934	0.1519	0.0573	0.2035	0.1904	0.2035	0.1867	0.157	0.1412	0.157	0.1813
chrX	1756010	1756180	chrX:1756011-1756180	FBgn0028969	deltaCOP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1069	0.0758	0.1305	0.1157	0.0414	0.1068	0.0692	0.1199	0.0414	0.1425	0.1476	0.1425	0.1642	0.147	0.1231	0.147	0.149
chrX	1759816	1759983	chrX:1759817-1759983	FBgn0023515,FBgn0026873	CG14814,MED18	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0773	0.0653	0.099	0.067	0.0244	0.0816	0.0731	0.1026	0.0244	0.1159	0.119	0.1159	0.0875	0.0697	0.0671	0.0697	0.0855
chrX	1762773	1762957	chrX:1762774-1762957	FBgn0023513,FBgn0023516	CG14803,Pex5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0879	0.0673	0.1146	0.0816	0.0318	0.0917	0.0714	0.0946	0.0318	0.131	0.1212	0.131	0.127	0.0896	0.0799	0.0896	0.1073
chrX	1763020	1763178	chrX:1763021-1763178	FBgn0023513,FBgn0023516	CG14803,Pex5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0379	0.0755	0.0485	0.0138	0.05	0.0424	0.0553	0.0138	0.0894	0.0839	0.0894	0.0697	0.0513	0.049	0.0513	0.062
chrX	1767545	1767723	chrX:1767546-1767723	FBgn0014411,FBgn0023517	Pgam5,Vps26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1509	0.1314	0.1827	0.1377	0.1029	0.167	0.1488	0.1606	0.1029	0.2192	0.2003	0.2192	0.1766	0.1447	0.1406	0.1447	0.1631
chrX	1767774	1767964	chrX:1767775-1767964	FBgn0014411,FBgn0023517	Pgam5,Vps26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.152	0.1333	0.1855	0.1359	0.105	0.1621	0.151	0.1752	0.105	0.2343	0.2003	0.2343	0.1704	0.1401	0.1212	0.1401	0.1626
chrX	1768042	1768193	chrX:1768043-1768193	FBgn0014411,FBgn0023517	Pgam5,Vps26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0649	0.0576	0.0801	0.0564	0.0371	0.0597	0.0722	0.0853	0.0371	0.1021	0.0839	0.1021	0.086	0.0613	0.0438	0.0613	0.0771
chrX	1771223	1771427	chrX:1771224-1771427	FBgn0023514,FBgn0026089	CG14805,CG14817	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1065	0.0925	0.1312	0.095	0.0615	0.1189	0.099	0.1286	0.0615	0.1661	0.1511	0.1661	0.1301	0.0911	0.0974	0.0911	0.1292
chrX	1773283	1773474	chrX:1773284-1773474	FBgn0026088	CG14818	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0447	0.0797	0.0542	0.0244	0.0573	0.0489	0.064	0.0244	0.0912	0.092	0.0912	0.0837	0.0628	0.0554	0.0628	0.0829
chrX	1773544	1773721	chrX:1773545-1773721	FBgn0026088	CG14818	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1049	0.0774	0.1377	0.0996	0.0668	0.1024	0.0761	0.1073	0.0668	0.1606	0.1527	0.1606	0.1371	0.1118	0.1025	0.1118	0.1324
chrX	1773799	1774030	chrX:1773800-1774030	FBgn0026088,FBgn0029594	CG14806,CG14818	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1218	0.0828	0.1572	0.1264	0.0604	0.1252	0.0735	0.1113	0.0604	0.1944	0.1662	0.1944	0.165	0.1164	0.1296	0.1164	0.1704
chrX	1774182	1774416	chrX:1774183-1774416	FBgn0026088,FBgn0029594	CG14806,CG14818	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1113	0.0745	0.1434	0.1171	0.0435	0.1058	0.0774	0.0966	0.0435	0.163	0.1572	0.163	0.1557	0.1217	0.1244	0.1217	0.1475
chrX	1774467	1774635	chrX:1774468-1774635	FBgn0029594	CG14806	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.09	0.1543	0.1111	0.0541	0.1306	0.0904	0.1226	0.0541	0.1769	0.1736	0.1769	0.1758	0.1325	0.1238	0.1325	0.149
chrX	1774904	1775132	chrX:1774905-1775132	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0749	0.0632	0.0933	0.0677	0.0233	0.083	0.074	0.0866	0.0233	0.1008	0.1106	0.1008	0.0899	0.0766	0.0683	0.0766	0.0902
chrX	1783904	1784113	chrX:1783905-1784113	FBgn0023518,FBgn0023519	mRpL16,trr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1537	0.1397	0.1817	0.1387	0.0944	0.1728	0.1613	0.1739	0.0944	0.2138	0.1955	0.2138	0.1774	0.1524	0.1425	0.1524	0.1574
chrX	1784185	1784355	chrX:1784186-1784355	FBgn0023518,FBgn0023519	mRpL16,trr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1751	0.1579	0.2079	0.1585	0.1145	0.2019	0.1769	0.1972	0.1145	0.2669	0.2257	0.2669	0.189	0.17	0.1709	0.17	0.185
chrX	1784458	1784609	chrX:1784459-1784609	FBgn0023519	mRpL16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0825	0.1004	0.0698	0.0488	0.1005	0.0917	0.1166	0.0488	0.128	0.1158	0.128	0.0844	0.0743	0.0793	0.0743	0.0844
chrX	1784683	1785329	chrX:1784684-1785329	FBgn0023519	mRpL16	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1248	0.1452	0.1367	0.0888	0.1315	0.1553	0.1791	0.1825	0.1315	0.1594	0.1656	0.1594	0.1348	0.1064	0.1044	0.1064	0.1053
chrX	1787454	1787620	chrX:1787455-1787620	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0635	0.0891	0.0636	0.0348	0.0806	0.0927	0.1176	0.1053	0.0806	0.07	0.0723	0.07	0.0627	0.0345	0.0451	0.0345	0.0318
chrX	1787675	1787872	chrX:1787676-1787872	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0939	0.1114	0.0999	0.0678	0.0912	0.1248	0.1436	0.1326	0.0912	0.1184	0.1084	0.1184	0.0984	0.0697	0.0729	0.0697	0.0948
chrX	1788218	1788369	chrX:1788219-1788369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0661	0.0444	0.024	0.0467	0.0665	0.0917	0.0826	0.0467	0.0423	0.0531	0.0423	0.0449	0.0237	0.0277	0.0237	0.0365
chrX	1791951	1792102	chrX:1791952-1792102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0364	0.0432	0.0381	0.027	0.0403	0.0408	0.0588	0.0586	0.0403	0.0429	0.037	0.0429	0.0302	0.0123	0.0135	0.0123	0.025
chrX	1792548	1792796	chrX:1792549-1792796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0699	0.0793	0.0755	0.0533	0.0498	0.0733	0.1099	0.1146	0.0498	0.0737	0.0746	0.0737	0.0558	0.0329	0.0451	0.0329	0.0433
chrX	1792923	1793208	chrX:1792924-1793208	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1358	0.1578	0.1425	0.1037	0.14	0.1485	0.2167	0.1939	0.14	0.1624	0.1756	0.1624	0.1108	0.0965	0.1264	0.0965	0.1068
chrX	1793302	1793748	chrX:1793303-1793748	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2927	0.3187	0.3189	0.2348	0.2778	0.349	0.3763	0.4117	0.2778	0.3986	0.3685	0.3986	0.3091	0.255	0.2669	0.255	0.2736
chrX	1793837	1794023	chrX:1793838-1794023	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1773	0.1502	0.222	0.1588	0.0965	0.184	0.1687	0.2032	0.0965	0.2621	0.2379	0.2621	0.2324	0.173	0.1534	0.173	0.1839
chrX	1794118	1794286	chrX:1794119-1794286	FBgn0000117	arm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1521	0.138	0.1801	0.1373	0.0986	0.168	0.1583	0.1752	0.0986	0.221	0.2074	0.221	0.1696	0.1478	0.1348	0.1478	0.1631
chrX	1794351	1794528	chrX:1794352-1794528	FBgn0000117	arm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1316	0.1149	0.1575	0.1217	0.088	0.1437	0.1362	0.1372	0.088	0.1878	0.172	0.1878	0.1735	0.1256	0.1406	0.1256	0.1324
chrX	1794587	1794760	chrX:1794588-1794760	FBgn0000117	arm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1403	0.1397	0.1596	0.1198	0.1103	0.1684	0.1618	0.1765	0.1103	0.1914	0.1727	0.1914	0.1751	0.1355	0.1322	0.1355	0.136
chrX	1794821	1794986	chrX:1794822-1794986	FBgn0000117	arm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0829	0.0888	0.0458	0.0668	0.0913	0.1068	0.1026	0.0668	0.1135	0.0997	0.1135	0.0875	0.049	0.0516	0.049	0.0542
chrX	1795891	1796042	chrX:1795892-1796042	FBgn0052803,FBgn0264446	CG32803,CR43864	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0628	0.0545	0.0789	0.0543	0.0318	0.0743	0.0601	0.0686	0.0318	0.1051	0.0871	0.1051	0.0829	0.0827	0.0451	0.0827	0.0761
chrX	1801675	1801892	chrX:1801676-1801892	FBgn0023509	mip130	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0668	0.0538	0.0871	0.0592	0.0276	0.0723	0.061	0.072	0.0276	0.1087	0.0855	0.1087	0.1123	0.0712	0.0496	0.0712	0.0823
chrX	1801918	1802119	chrX:1801919-1802119	FBgn0023509	mip130	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1015	0.0926	0.131	0.0792	0.0583	0.1218	0.1042	0.1173	0.0583	0.1594	0.1441	0.1594	0.1356	0.0934	0.0709	0.0934	0.1084
chrX	1802162	1802345	chrX:1802163-1802345	FBgn0023509	mip130	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1374	0.1189	0.1701	0.1223	0.087	0.1583	0.1345	0.1446	0.087	0.2156	0.1907	0.2156	0.172	0.1462	0.1238	0.1462	0.1522
chrX	1802486	1802742	chrX:1802487-1802742	FBgn0023509,FBgn0023510,FBgn0023511	Edem1,Rbcn-3B,mip130	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1046	0.0914	0.1294	0.092	0.052	0.1097	0.1081	0.1259	0.052	0.1588	0.1331	0.1588	0.1433	0.0934	0.1006	0.0934	0.1126
chrX	1802816	1803008	chrX:1802817-1803008	FBgn0023510,FBgn0023511	Edem1,Rbcn-3B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.0962	0.1377	0.105	0.0583	0.1248	0.1021	0.1352	0.0583	0.1661	0.1405	0.1661	0.1472	0.1003	0.0974	0.1003	0.1355
chrX	1803021	1803256	chrX:1803022-1803256	FBgn0023510,FBgn0023511	Edem1,Rbcn-3B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0995	0.0914	0.1128	0.094	0.0615	0.1262	0.0926	0.1213	0.0615	0.1238	0.1212	0.1238	0.1123	0.0995	0.0806	0.0995	0.1251
chrX	1803372	1803613	chrX:1803373-1803613	FBgn0023510	Rbcn-3B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0476	0.0517	0.0522	0.038	0.0339	0.065	0.0571	0.0706	0.0339	0.0483	0.0543	0.0483	0.072	0.0306	0.0438	0.0306	0.0552
chrX	1803707	1804005	chrX:1803708-1804005	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0477	0.047	0.0536	0.0421	0.0191	0.065	0.0584	0.0566	0.0191	0.0562	0.0463	0.0562	0.0883	0.0299	0.0368	0.0299	0.075
chrX	1816900	1817072	chrX:1816901-1817072	FBgn0023508,FBgn0023512	Ocrl,eIF2B-epsilon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1627	0.1314	0.2077	0.1484	0.0668	0.1932	0.1319	0.1686	0.0668	0.2657	0.2228	0.2657	0.2037	0.1677	0.1502	0.1677	0.1886
chrX	1817184	1817399	chrX:1817185-1817399	FBgn0023508,FBgn0023512	Ocrl,eIF2B-epsilon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.0813	0.1628	0.1216	0.0265	0.1364	0.0662	0.1146	0.0265	0.2071	0.1646	0.2071	0.1991	0.1371	0.1231	0.1371	0.1668
chrX	1817423	1817661	chrX:1817424-1817661	FBgn0023508	Ocrl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0698	0.0457	0.0862	0.0787	0.0053	0.0825	0.0415	0.058	0.0053	0.1274	0.0685	0.1274	0.1309	0.1126	0.0593	0.1126	0.1313
chrX	1821239	1821420	chrX:1821240-1821420	FBgn0023522	CG11596	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0591	0.0517	0.0709	0.0544	0.0244	0.0709	0.0549	0.074	0.0244	0.0815	0.0788	0.0815	0.0767	0.0513	0.0529	0.0513	0.0756
chrX	1821601	1821779	chrX:1821602-1821779	FBgn0023522	CG11596	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1508	0.1333	0.1816	0.1366	0.0965	0.1767	0.1432	0.1726	0.0965	0.2446	0.1926	0.2446	0.1743	0.1547	0.1393	0.1547	0.1714
chrX	1821981	1822199	chrX:1821982-1822199	FBgn0023522	CG11596	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1106	0.0931	0.1387	0.0993	0.0615	0.1087	0.1086	0.1252	0.0615	0.1866	0.1408	0.1866	0.1503	0.1309	0.098	0.1309	0.1256
chrX	1822260	1822492	chrX:1822261-1822492	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0662	0.0618	0.0843	0.0512	0.0403	0.0743	0.0688	0.0893	0.0403	0.1033	0.0871	0.1033	0.0999	0.0536	0.049	0.0536	0.0766
chrX	1832416	1832567	chrX:1832417-1832567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0293	0.0348	0.0185	0.0138	0.0354	0.0337	0.042	0.0138	0.0429	0.0373	0.0429	0.0356	0.026	0.0193	0.026	0.0203
chrX	1832839	1833022	chrX:1832840-1833022	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0405	0.0491	0.0466	0.0242	0.0286	0.0485	0.0588	0.0813	0.0286	0.0501	0.0585	0.0501	0.0465	0.0245	0.0284	0.0245	0.0281
chrX	1833994	1834165	chrX:1833995-1834165	FBgn0023520,FBgn0023521	CG3587,CG3857	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1028	0.0886	0.1291	0.0898	0.0615	0.115	0.0895	0.1266	0.0615	0.1649	0.1367	0.1649	0.1387	0.0957	0.1109	0.0957	0.1053
chrX	1834239	1834406	chrX:1834240-1834406	FBgn0023520,FBgn0023521	CG3587,CG3857	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.1083	0.1603	0.1188	0.0679	0.1403	0.1094	0.1566	0.0679	0.2017	0.1711	0.2017	0.1603	0.1363	0.136	0.1363	0.1428
chrX	1835845	1836017	chrX:1835846-1836017	FBgn0264562	Hr4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1095	0.0385	0.1547	0.1391	0.0106	0.0714	0.0316	0.0486	0.0106	0.1763	0.1695	0.1763	0.1712	0.1685	0.1393	0.1685	0.1595
chrX	1837423	1837649	chrX:1837424-1837649	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1383	0.0859	0.169	0.1631	0.0414	0.1194	0.0843	0.1286	0.0414	0.1781	0.181	0.1781	0.1844	0.1562	0.1689	0.1562	0.1871
chrX	1837988	1838185	chrX:1837989-1838185	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0229	0.0661	0.1167	0.0095	0.0311	0.0329	0.022	0.0095	0.0477	0.0534	0.0477	0.1123	0.1141	0.1025	0.1141	0.1423
chrX	1838702	1838956	chrX:1838703-1838956	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0497	0.0183	0.0561	0.0777	0.0064	0.0218	0.0234	0.0253	0.0064	0.0326	0.0395	0.0326	0.0442	0.0413	0.0406	0.0413	0.0631
chrX	1839397	1839664	chrX:1839398-1839664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0461	0.0244	0.0509	0.0652	0.0064	0.0316	0.0324	0.0273	0.0064	0.0374	0.0325	0.0374	0.1146	0.0345	0.0297	0.0345	0.1443
chrX	1841408	1841699	chrX:1841409-1841699	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1456	0.0875	0.1693	0.1845	0.0392	0.1335	0.0675	0.1486	0.0392	0.1727	0.1881	0.1727	0.2006	0.2044	0.1966	0.2044	0.2199
chrX	1841857	1842044	chrX:1841858-1842044	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1084	0.0771	0.131	0.1186	0.0392	0.1107	0.0623	0.1332	0.0392	0.1365	0.1588	0.1365	0.1177	0.1256	0.1257	0.1256	0.1245
chrX	1842101	1842340	chrX:1842102-1842340	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1603	0.1271	0.1959	0.1583	0.0838	0.1762	0.122	0.1799	0.0838	0.2083	0.2293	0.2083	0.1913	0.1493	0.1625	0.1493	0.185
chrX	1844352	1844540	chrX:1844353-1844540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0352	0.0113	0.0404	0.0561	0.0021	0.0214	0.0112	0.01	0.0021	0.0229	0.0293	0.0229	0.0991	0.0222	0.0451	0.0222	0.1016
chrX	1845205	1845397	chrX:1845206-1845397	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0706	0.0308	0.1088	0.0732	0.0064	0.05	0.0268	0.046	0.0064	0.1051	0.1068	0.1051	0.0891	0.111	0.0509	0.111	0.0881
chrX	1845630	1845837	chrX:1845631-1845837	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1223	0.0565	0.1895	0.1223	0.0138	0.0956	0.0424	0.0886	0.0138	0.218	0.2	0.218	0.1596	0.1884	0.0909	0.1884	0.1475
chrX	1845960	1846177	chrX:1845961-1846177	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0315	0.1148	0.1115	0.0074	0.0544	0.0238	0.0466	0.0074	0.1492	0.1219	0.1492	0.1154	0.1914	0.0761	0.1914	0.1407
chrX	1847011	1847231	chrX:1847012-1847231	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1468	0.0857	0.2077	0.1483	0.0265	0.1316	0.0848	0.1153	0.0265	0.2415	0.2283	0.2415	0.2208	0.1485	0.1573	0.1485	0.1668
chrX	1847406	1847557	chrX:1847407-1847557	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.042	0.0287	0.0495	0.0487	0.0085	0.0374	0.0372	0.0366	0.0085	0.0519	0.0569	0.0519	0.048	0.0337	0.0458	0.0337	0.0636
chrX	1857216	1857465	chrX:1857217-1857465	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0498	0.0314	0.0409	0.0801	0.0148	0.0408	0.0363	0.042	0.0148	0.0405	0.0424	0.0405	0.0682	0.0972	0.0651	0.0972	0.1438
chrX	1857519	1857924	chrX:1857520-1857924	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0762	0.0263	0.0458	0.1654	0.0117	0.0364	0.0303	0.0333	0.0117	0.0296	0.0412	0.0296	0.1108	0.1685	0.1386	0.1685	0.3179
chrX	1858178	1858453	chrX:1858179-1858453	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0657	0.0229	0.0433	0.1381	0.0064	0.0311	0.0277	0.0293	0.0064	0.0278	0.0479	0.0278	0.0829	0.1746	0.1676	0.1746	0.2121
chrX	1858877	1859075	chrX:1858878-1859075	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0339	0.015	0.0208	0.0695	0.0032	0.0184	0.0212	0.018	0.0032	0.0115	0.0199	0.0115	0.0527	0.0835	0.0754	0.0835	0.1188
chrX	1860321	1860498	chrX:1860322-1860498	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0386	0.0115	0.0195	0.0897	0.0021	0.0155	0.0177	0.0113	0.0021	0.0121	0.017	0.0121	0.0519	0.1294	0.109	0.1294	0.1391
chrX	1862807	1863030	chrX:1862808-1863030	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0382	0.0133	0.022	0.084	0.0064	0.016	0.0208	0.012	0.0064	0.0121	0.0235	0.0121	0.0442	0.1133	0.0858	0.1133	0.1496
chrX	1864610	1864899	chrX:1864611-1864899	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0684	0.0125	0.035	0.1675	0.0032	0.0223	0.0138	0.0107	0.0032	0.0175	0.0383	0.0175	0.0744	0.2152	0.2186	0.2152	0.259
chrX	1865779	1865930	chrX:1865780-1865930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0081	0.0156	0.0496	0.0053	0.0102	0.0121	0.0067	0.0053	0.0066	0.0196	0.0066	0.0256	0.0276	0.0832	0.0276	0.0709
chrX	1866100	1866314	chrX:1866101-1866314	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0323	0.0065	0.0199	0.0748	0.0021	0.0083	0.0082	0.0093	0.0021	0.0115	0.026	0.0115	0.0318	0.0551	0.1502	0.0551	0.0823
chrX	1866421	1866666	chrX:1866422-1866666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0066	0.018	0.0855	0.0011	0.0112	0.0082	0.0053	0.0011	0.0097	0.0212	0.0097	0.0364	0.0957	0.1399	0.0957	0.1073
chrX	1867519	1867957	chrX:1867520-1867957	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0561	0.0179	0.0288	0.1287	0.0095	0.0243	0.0251	0.0153	0.0095	0.0133	0.0209	0.0133	0.079	0.1202	0.0851	0.1202	0.2934
chrX	1868275	1868426	chrX:1868276-1868426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0265	0.0118	0.0171	0.0532	0.0032	0.0146	0.0203	0.0087	0.0032	0.0133	0.0151	0.0133	0.0372	0.0482	0.0226	0.0482	0.1318
chrX	1869062	1869213	chrX:1869063-1869213	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0211	0.0059	0.0114	0.0487	0.0064	0.0097	0.0065	0.0027	0.0064	0.0066	0.0106	0.0066	0.0263	0.0842	0.04	0.0842	0.0803
chrX	1870127	1870364	chrX:1870128-1870364	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0708	0.0142	0.0396	0.1682	0.0074	0.0233	0.0182	0.0087	0.0074	0.0326	0.0373	0.0326	0.0899	0.2067	0.1986	0.2067	0.2762
chrX	1875846	1875997	chrX:1875847-1875997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0069	0.01	0.0235	0.0042	0.0073	0.0117	0.0047	0.0042	0.0085	0.008	0.0085	0.0139	0.0176	0.011	0.0176	0.0198
chrX	1876957	1877108	chrX:1876958-1877108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0138	0.0127	0.0123	0.0166	0.0085	0.0112	0.0234	0.01	0.0085	0.0097	0.0132	0.0097	0.0209	0.0145	0.0413	0.0145	0.0146
chrX	1878131	1878310	chrX:1878132-1878310	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0247	0.0102	0.0185	0.0478	0.0085	0.0097	0.0156	0.01	0.0085	0.0127	0.0161	0.0127	0.0426	0.0735	0.0368	0.0735	0.0875
chrX	1878448	1878599	chrX:1878449-1878599	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0177	0.0039	0.0128	0.0386	0.0011	0.0039	0.0056	0.0047	0.0011	0.0079	0.0093	0.0079	0.0325	0.0521	0.0309	0.0521	0.0735
chrX	1878711	1878933	chrX:1878712-1878933	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0155	0.0044	0.0096	0.0344	0.0011	0.0078	0.0069	7e-04	0.0011	0.0042	0.0068	0.0042	0.0302	0.0513	0.0239	0.0513	0.0589
chrX	1879839	1879990	chrX:1879840-1879990	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0117	0.0052	0.0067	0.0245	0.0011	0.0083	0.0052	0.008	0.0011	0.003	0.0055	0.003	0.0163	0.0306	0.0232	0.0306	0.0438
chrX	1879995	1880146	chrX:1879996-1880146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0155	0.0079	0.0109	0.029	0.0021	0.0112	0.0108	0.0087	0.0021	0.0115	0.0087	0.0115	0.0186	0.0237	0.0258	0.0237	0.0594
chrX	1885576	1885755	chrX:1885577-1885755	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0351	0.0065	0.0228	0.0805	0.0032	0.0107	0.0099	0.002	0.0032	0.0157	0.019	0.0157	0.0534	0.1126	0.0619	0.1126	0.1553
chrX	1885921	1886298	chrX:1885922-1886298	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0854	0.0165	0.0608	0.1894	0.0053	0.0316	0.0186	0.0093	0.0053	0.0338	0.0666	0.0338	0.1379	0.2397	0.2321	0.2397	0.3153
chrX	1888302	1888644	chrX:1888303-1888644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0107	0.0162	0.0515	0.0053	0.0107	0.0177	0.0107	0.0053	0.0121	0.0084	0.0121	0.0194	0.0375	0.0232	0.0375	0.0469
chrX	1889580	1889996	chrX:1889581-1889996	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0835	0.0265	0.0566	0.1766	0.0117	0.0379	0.0372	0.0227	0.0117	0.0344	0.0508	0.0344	0.1495	0.2312	0.1863	0.2312	0.3012
chrX	1898893	1899044	chrX:1898894-1899044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0245	0.0199	0.0265	0.0273	0.0106	0.0252	0.0229	0.0273	0.0106	0.0205	0.0222	0.0205	0.0581	0.0253	0.0271	0.0253	0.049
chrX	1899937	1900127	chrX:1899938-1900127	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0837	0.0682	0.0911	0.0929	0.0308	0.0835	0.0761	0.1073	0.0308	0.1069	0.1003	0.1069	0.0922	0.0911	0.0941	0.0911	0.1329
chrX	1903317	1903489	chrX:1903318-1903489	FBgn0023545	CG4406	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1138	0.1113	0.1275	0.1015	0.0806	0.1248	0.1285	0.1526	0.0806	0.1582	0.1434	0.1582	0.1193	0.1194	0.1019	0.1194	0.1235
chrX	1903918	1904096	chrX:1903919-1904096	FBgn0262297	mir-2496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1553	0.1351	0.1852	0.1452	0.0923	0.1597	0.157	0.1852	0.0923	0.2186	0.2158	0.2186	0.1704	0.1554	0.1302	0.1554	0.1761
chrX	1904234	1904425	chrX:1904235-1904425	FBgn0261954,FBgn0262297	east,mir-2496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1673	0.1371	0.1995	0.1657	0.0795	0.1791	0.1501	0.1832	0.0795	0.2482	0.2235	0.2482	0.1875	0.1692	0.1754	0.1692	0.1996
chrX	1904442	1904688	chrX:1904443-1904688	FBgn0261954,FBgn0262297	east,mir-2496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1636	0.128	0.1991	0.1645	0.0785	0.1714	0.1337	0.1785	0.0785	0.2349	0.2096	0.2349	0.2107	0.183	0.187	0.183	0.2157
chrX	1905456	1905723	chrX:1905457-1905723	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0609	0.0627	0.0551	0.0655	0.0361	0.0636	0.0796	0.0933	0.0361	0.0429	0.0476	0.0429	0.0442	0.0314	0.0426	0.0314	0.0453
chrX	1906186	1906393	chrX:1906187-1906393	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1826	0.1848	0.2091	0.151	0.1527	0.218	0.215	0.2365	0.1527	0.2482	0.2161	0.2482	0.1952	0.1547	0.1431	0.1547	0.1657
chrX	1906611	1906836	chrX:1906612-1906836	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1353	0.1463	0.1511	0.1057	0.106	0.167	0.1713	0.2072	0.106	0.1685	0.1547	0.1685	0.1456	0.1263	0.078	0.1263	0.1027
chrX	1906992	1907177	chrX:1906993-1907177	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1082	0.1366	0.1195	0.0641	0.105	0.1587	0.1553	0.1839	0.105	0.1256	0.1186	0.1256	0.1216	0.0597	0.058	0.0597	0.061
chrX	1907467	1907636	chrX:1907468-1907636	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0538	0.042	0.0755	0.043	0.0159	0.0549	0.0424	0.0673	0.0159	0.0519	0.1273	0.0519	0.0349	0.0222	0.1103	0.0222	0.0323
chrX	1912618	1912769	chrX:1912619-1912769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0288	0.019	0.0106	0.0148	0.0301	0.0415	0.036	0.0148	0.0181	0.0212	0.0181	0.0225	0.0069	0.0116	0.0069	0.0146
chrX	1913382	1913533	chrX:1913383-1913533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0277	0.0206	0.0103	0.0117	0.0335	0.0368	0.034	0.0117	0.0187	0.0235	0.0187	0.0232	0.0107	0.0116	0.0107	0.0115
chrX	1918063	1918214	chrX:1918064-1918214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0259	0.032	0.0275	0.0171	0.0212	0.0282	0.0389	0.0553	0.0212	0.0266	0.028	0.0266	0.0356	0.0168	0.0271	0.0168	0.0156
chrX	1918285	1918710	chrX:1918286-1918710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0553	0.0612	0.0645	0.0386	0.0445	0.0646	0.0649	0.0993	0.0445	0.0628	0.0682	0.0628	0.0821	0.0421	0.0548	0.0421	0.0391
chrX	1918856	1919079	chrX:1918857-1919079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0576	0.0707	0.0416	0.0382	0.0694	0.0571	0.0966	0.0382	0.0628	0.0788	0.0628	0.0806	0.0467	0.0438	0.0467	0.0558
chrX	1922763	1922914	chrX:1922764-1922914	FBgn0263542	mir-4954	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0189	0.0208	0.0174	0.0138	0.0238	0.0247	0.022	0.0138	0.0193	0.0251	0.0193	0.0271	0.0069	0.0226	0.0069	0.0334
chrX	1926056	1926248	chrX:1926057-1926248	distal	distal	stage14	stage14	VT55602.1	VT55602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0216	0.0341	0.0348	0.0095	0.0262	0.026	0.0313	0.0095	0.0362	0.0514	0.0362	0.0256	0.0207	0.1077	0.0207	0.0167
chrX	1926505	1926729	chrX:1926506-1926729	distal	distal	stage14	stage14	VT55602.1,VT55603.1	VT55602.1,VT55603.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0323	0.043	0.0451	0.0138	0.033	0.0428	0.0473	0.0138	0.026	0.0727	0.026	0.0287	0.0276	0.1322	0.0276	0.0307
chrX	1926983	1927232	chrX:1926984-1927232	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT55603.1	VT55603.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0369	0.0361	0.0308	0.0444	0.0138	0.0451	0.0502	0.042	0.0138	0.0429	0.0305	0.0429	0.0349	0.0865	0.0774	0.0865	0.0307
chrX	1928308	1928459	chrX:1928309-1928459	distal	distal	none	none	VT55603.1,VT55604.1	VT55603.1,VT55604.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.019	0.0103	0.0147	0.0334	0.0032	0.0121	0.0151	0.0127	0.0032	0.0217	0.0183	0.0217	0.0093	0.0949	0.0271	0.0949	0.025
chrX	1929081	1929268	chrX:1929082-1929268	distal	distal	stage5	stage5	VT55604.1	VT55604.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0343	0.0366	0.0376	0.028	0.0212	0.0383	0.0493	0.0493	0.0212	0.0616	0.0418	0.0616	0.0263	0.062	0.0348	0.062	0.0224
chrX	1930478	1930670	chrX:1930479-1930670	distal	distal	stage14	stage14	VT55605.1	VT55605.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0452	0.0141	0.0335	0.0929	0.0053	0.0228	0.0143	0.018	0.0053	0.0471	0.035	0.0471	0.0387	0.1953	0.1115	0.1953	0.1001
chrX	1930743	1930894	chrX:1930744-1930894	distal	distal	stage14	stage14	VT55605.1	VT55605.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0363	0.016	0.026	0.0703	0.0095	0.0233	0.0212	0.0133	0.0095	0.0344	0.0244	0.0344	0.0395	0.1539	0.0716	0.1539	0.0667
chrX	1931180	1931331	chrX:1931181-1931331	distal	distal	stage14	stage14	VT55605.1	VT55605.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0321	0.0223	0.0354	0.0394	0.0085	0.0345	0.0251	0.0247	0.0085	0.07	0.0293	0.07	0.0248	0.0636	0.0413	0.0636	0.038
chrX	1931998	1932164	chrX:1931999-1932164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0366	0.026	0.0454	0.0387	0.0085	0.0398	0.0247	0.0386	0.0085	0.0882	0.0383	0.0882	0.0349	0.1095	0.0219	0.1095	0.0245
chrX	1935266	1935450	chrX:1935267-1935450	distal	distal	stage11,stage5	none	VT55607.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1345	0.1083	0.1703	0.1245	0.0615	0.1447	0.1133	0.1566	0.0615	0.2023	0.1974	0.2023	0.134	0.1263	0.1451	0.1263	0.148
chrX	1935483	1935663	chrX:1935484-1935663	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT55607.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1306	0.1054	0.1651	0.1209	0.0573	0.1296	0.112	0.1626	0.0573	0.2071	0.1871	0.2071	0.1301	0.1225	0.1367	0.1225	0.1464
chrX	1935732	1935925	chrX:1935733-1935925	FBgn0000667,FBgn0003964	Actn,usp	stage11,stage14,stage5	none	VT55607.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1404	0.1165	0.1784	0.1255	0.0636	0.1422	0.1168	0.1939	0.0636	0.2216	0.1891	0.2216	0.1565	0.1325	0.1322	0.1325	0.1516
chrX	1936086	1936242	chrX:1936087-1936242	FBgn0000667,FBgn0003964	Actn,usp	stage11,stage14,stage5	none	VT55607.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0714	0.0728	0.0801	0.0603	0.0456	0.0811	0.0761	0.1219	0.0456	0.0942	0.0785	0.0942	0.0844	0.062	0.0567	0.062	0.0808
chrX	1936262	1936473	chrX:1936263-1936473	FBgn0000667,FBgn0003964	Actn,usp	stage11,stage14,stage5	none	VT55607.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1377	0.1281	0.1637	0.1198	0.0742	0.1539	0.1436	0.1852	0.0742	0.1866	0.192	0.1866	0.1247	0.1095	0.1141	0.1095	0.1443
chrX	1937826	1938000	chrX:1937827-1938000	FBgn0026878	CG4325	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0325	0.0222	0.0405	0.0354	0.0042	0.0296	0.019	0.0433	0.0042	0.0405	0.0328	0.0405	0.086	0.0276	0.0303	0.0276	0.074
chrX	1941453	1941604	chrX:1941454-1941604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0269	0.0171	0.0319	0.0326	0.0053	0.0218	0.0225	0.0207	0.0053	0.0447	0.017	0.0447	0.0775	0.026	0.0103	0.026	0.0881
chrX	1943043	1943245	chrX:1943044-1943245	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.0283	0.0549	0.0455	0.0117	0.0408	0.0346	0.0313	0.0117	0.0513	0.0424	0.0513	0.1332	0.0391	0.0406	0.0391	0.1011
chrX	1943266	1943750	chrX:1943267-1943750	FBgn0025631	moody	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0863	0.0446	0.1204	0.0955	0.0148	0.0816	0.0467	0.0406	0.0148	0.1081	0.1154	0.1081	0.2572	0.1064	0.1212	0.1064	0.1631
chrX	1944145	1944891	chrX:1944146-1944891	FBgn0025631	moody	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1957	0.091	0.2604	0.2416	0.0286	0.1801	0.0826	0.0793	0.0286	0.3231	0.2296	0.3231	0.4895	0.3017	0.2631	0.3017	0.4273
chrX	1945451	1945670	chrX:1945452-1945670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0391	0.0274	0.0511	0.039	0.0064	0.051	0.0294	0.024	0.0064	0.0417	0.0428	0.0417	0.1208	0.0498	0.0374	0.0498	0.0693
chrX	1955016	1955214	chrX:1955017-1955214	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0495	0.0206	0.042	0.09	0.0042	0.0354	0.0203	0.0253	0.0042	0.035	0.0395	0.035	0.0899	0.0949	0.0645	0.0949	0.1595
chrX	1955363	1955554	chrX:1955364-1955554	FBgn0025625	Sik2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0573	0.026	0.0536	0.0964	0.0085	0.0422	0.0277	0.03	0.0085	0.0568	0.0514	0.0568	0.0852	0.1049	0.0658	0.1049	0.1371
chrX	1955825	1956184	chrX:1955826-1956184	FBgn0025625	Sik2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.056	0.0309	0.0543	0.0859	0.0127	0.0432	0.0316	0.0433	0.0127	0.061	0.0482	0.061	0.0806	0.0697	0.0413	0.0697	0.0907
chrX	1956378	1956599	chrX:1956379-1956599	FBgn0025625	Sik2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.0314	0.0577	0.0401	0.0106	0.0471	0.0242	0.056	0.0106	0.0767	0.0656	0.0767	0.0596	0.0406	0.0413	0.0406	0.0526
chrX	1956714	1956865	chrX:1956715-1956865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0188	0.0294	0.0167	0.0021	0.0248	0.0251	0.0253	0.0021	0.0435	0.0338	0.0435	0.0217	0.0214	0.0129	0.0214	0.0219
chrX	1959098	1959282	chrX:1959099-1959282	FBgn0025626	CG4281	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.0874	0.1414	0.0948	0.0467	0.1209	0.0839	0.1226	0.0467	0.1818	0.1521	0.1818	0.1433	0.0904	0.1019	0.0904	0.1131
chrX	1959335	1959524	chrX:1959336-1959524	FBgn0025626	CG4281	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0887	0.076	0.1168	0.072	0.0339	0.1044	0.0779	0.1066	0.0339	0.1498	0.1232	0.1498	0.1193	0.0704	0.0677	0.0704	0.0823
chrX	1959659	1959810	chrX:1959660-1959810	FBgn0025626	CG4281	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0188	0.0308	0.0178	0.0042	0.0209	0.0264	0.0266	0.0042	0.035	0.0334	0.035	0.0356	0.0161	0.0239	0.0161	0.0156
chrX	1962464	1962666	chrX:1962465-1962666	FBgn0025627	CG4194	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0488	0.0395	0.075	0.0305	0.0148	0.0534	0.0277	0.0819	0.0148	0.0157	0.1373	0.0157	0.0914	0.0069	0.0832	0.0069	0.0276
chrX	1964555	1964732	chrX:1964556-1964732	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0421	0.0247	0.0577	0.0443	0.0042	0.0354	0.0225	0.0433	0.0042	0.0266	0.0936	0.0266	0.0627	0.0306	0.1219	0.0306	0.0297
chrX	1964917	1965108	chrX:1964918-1965108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0312	0.0279	0.034	0.0319	0.0085	0.0296	0.0251	0.0613	0.0085	0.0229	0.0547	0.0229	0.0333	0.0138	0.0909	0.0138	0.0245
chrX	1965984	1966178	chrX:1965985-1966178	FBgn0025630	CG4061	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0516	0.0219	0.0588	0.0769	0.0021	0.0383	0.0229	0.026	0.0021	0.0441	0.0669	0.0441	0.1069	0.0444	0.1025	0.0444	0.1073
chrX	1966346	1966782	chrX:1966347-1966782	FBgn0025630	CG4061	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0834	0.0657	0.1051	0.0795	0.0297	0.0981	0.0696	0.0839	0.0297	0.0779	0.1164	0.0779	0.2053	0.0605	0.1167	0.0605	0.1146
chrX	1966941	1967092	chrX:1966942-1967092	FBgn0025628,FBgn0025630	CG4061,CG4199	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0433	0.0411	0.0569	0.0308	0.018	0.0583	0.0437	0.0573	0.018	0.0477	0.0572	0.0477	0.1092	0.0214	0.0322	0.0214	0.0453
chrX	1967202	1967353	chrX:1967203-1967353	FBgn0025628	CG4199	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0562	0.0508	0.0716	0.0454	0.0223	0.0641	0.0567	0.0786	0.0223	0.0791	0.0833	0.0791	0.0906	0.0421	0.0503	0.0421	0.0683
chrX	1967437	1967632	chrX:1967438-1967632	FBgn0025628	CG4199	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1126	0.095	0.1428	0.0993	0.0594	0.1131	0.1081	0.1372	0.0594	0.1793	0.1701	0.1793	0.1619	0.1156	0.1109	0.1156	0.1397
chrX	1967797	1967948	chrX:1967798-1967948	FBgn0025628	CG4199	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0302	0.0541	0.0283	0.0201	0.0393	0.0311	0.0433	0.0201	0.0725	0.0614	0.0725	0.0658	0.036	0.0322	0.036	0.0401
chrX	1967961	1968112	chrX:1967962-1968112	FBgn0025628	CG4199	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0232	0.0442	0.0226	0.0117	0.0301	0.0281	0.028	0.0117	0.0622	0.0486	0.0622	0.0565	0.0329	0.0193	0.0329	0.0323
chrX	1969847	1970004	chrX:1969848-1970004	FBgn0025629	CG4045	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0723	0.0527	0.0912	0.0732	0.0297	0.068	0.0614	0.0693	0.0297	0.1208	0.0984	0.1208	0.0984	0.0865	0.0819	0.0865	0.0928
chrX	1970267	1970418	chrX:1970268-1970418	FBgn0025629	CG4045	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.0375	0.0664	0.0546	0.0223	0.0437	0.0428	0.0546	0.0223	0.0719	0.0781	0.0719	0.0674	0.0375	0.0593	0.0375	0.0688
chrX	1970568	1970773	chrX:1970569-1970773	FBgn0025624	CG4025	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0674	0.0511	0.0857	0.0655	0.0233	0.0655	0.0657	0.062	0.0233	0.1039	0.099	0.1039	0.0844	0.059	0.0729	0.059	0.0797
chrX	1970879	1971050	chrX:1970880-1971050	FBgn0025624	CG4025	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0996	0.0669	0.1301	0.1028	0.0371	0.0888	0.0718	0.0919	0.0371	0.1564	0.1447	0.1564	0.1309	0.1187	0.109	0.1187	0.1324
chrX	1974492	1974722	chrX:1974493-1974722	FBgn0040394,FBgn0040395	CG16903,Unc-76	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1925	0.168	0.2321	0.1766	0.1209	0.2126	0.1912	0.2165	0.1209	0.2893	0.2376	0.2893	0.2246	0.1769	0.1734	0.1769	0.1975
chrX	1974880	1975031	chrX:1974881-1975031	FBgn0040394,FBgn0040395	CG16903,Unc-76	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.059	0.0325	0.0751	0.0707	0.0201	0.049	0.0324	0.0386	0.0201	0.0936	0.074	0.0936	0.072	0.0475	0.038	0.0475	0.0615
chrX	1976040	1976213	chrX:1976041-1976213	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0296	0.0117	0.0249	0.0549	0.0032	0.0165	0.0169	0.0113	0.0032	0.0248	0.0148	0.0248	0.0147	0.0153	0.0135	0.0153	0.0302
chrX	1976465	1976651	chrX:1976466-1976651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0352	0.0249	0.0334	0.0487	0.0201	0.0262	0.0376	0.0213	0.0201	0.038	0.028	0.038	0.0387	0.0368	0.0155	0.0368	0.0719
chrX	1977796	1977998	chrX:1977797-1977998	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1109	0.0446	0.1645	0.1262	0.0191	0.0908	0.0346	0.0413	0.0191	0.2917	0.1666	0.2917	0.151	0.1983	0.1438	0.1983	0.1522
chrX	1979466	1979618	chrX:1979467-1979618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0108	0.0274	0.0267	0.0021	0.0141	0.0147	0.0147	0.0021	0.0254	0.018	0.0254	0.0116	0.0214	0.0123	0.0214	0.0109
chrX	1981365	1981516	chrX:1981366-1981516	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.029	0.016	0.0286	0.0441	0.0042	0.0233	0.0247	0.012	0.0042	0.0604	0.0186	0.0604	0.0372	0.1417	0.0258	0.1417	0.0292
chrX	1981696	1981894	chrX:1981697-1981894	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0373	0.0222	0.0363	0.0554	0.0074	0.0262	0.0389	0.014	0.0074	0.0519	0.0315	0.0519	0.0573	0.1217	0.0413	0.1217	0.0641
chrX	1983870	1984021	chrX:1983871-1984021	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0298	0.0153	0.0311	0.0444	0.0085	0.0199	0.0199	0.0167	0.0085	0.0688	0.0186	0.0688	0.0411	0.0482	0.0232	0.0482	0.1006
chrX	1984254	1984405	chrX:1984255-1984405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0198	0.0126	0.0198	0.0279	0.0042	0.0199	0.016	0.0107	0.0042	0.0308	0.0148	0.0308	0.031	0.0368	0.0174	0.0368	0.0521
chrX	1986368	1986519	chrX:1986369-1986519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0227	0.0265	0.0206	0.0206	0.0074	0.0252	0.0394	0.0393	0.0074	0.0308	0.017	0.0308	0.0248	0.0406	0.0168	0.0406	0.0203
chrX	1987844	1987995	chrX:1987845-1987995	FBgn0000382	csw	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0429	0.0355	0.0508	0.0425	0.017	0.0413	0.0433	0.0506	0.017	0.0622	0.0566	0.0622	0.0503	0.0605	0.0329	0.0605	0.05
chrX	1988113	1988294	chrX:1988114-1988294	FBgn0000382	csw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1546	0.1142	0.2039	0.1458	0.0583	0.1558	0.1276	0.1472	0.0583	0.2579	0.2315	0.2579	0.189	0.1608	0.1541	0.1608	0.1678
chrX	1988414	1988619	chrX:1988415-1988619	FBgn0000382	csw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1359	0.0943	0.1826	0.1312	0.0392	0.134	0.0965	0.1299	0.0392	0.253	0.2016	0.253	0.1634	0.1447	0.1393	0.1447	0.1558
chrX	1990506	1990671	chrX:1990507-1990671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0436	0.0325	0.0659	0.0316	0.0117	0.0393	0.0398	0.044	0.0117	0.0809	0.0778	0.0809	0.0728	0.0406	0.0419	0.0406	0.0323
chrX	1992506	1992657	chrX:1992507-1992657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0191	0.0253	0.0208	0.0103	0.0138	0.0388	0.0298	0.0233	0.0138	0.0302	0.0219	0.0302	0.0194	0.013	0.0135	0.013	0.012
chrX	1994607	1994758	chrX:1994608-1994758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.0085	0.0155	0.0162	0.0021	0.0112	0.0138	0.0067	0.0021	0.0211	0.0177	0.0211	0.0139	0.0444	0.0148	0.0444	0.0115
chrX	1996410	1996561	chrX:1996411-1996561	FBgn0086043	snoRNA:Me18S-C1024	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0163	0.011	0.018	0.0205	0.0042	0.0126	0.0143	0.0147	0.0042	0.026	0.0174	0.026	0.0271	0.0107	0.02	0.0107	0.0433
chrX	2000510	2000902	chrX:2000511-2000902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0535	0.0581	0.0589	0.0425	0.0329	0.0675	0.0848	0.058	0.0329	0.0815	0.063	0.0815	0.0519	0.1049	0.0393	0.1049	0.0339
chrX	2006541	2006712	chrX:2006542-2006712	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0673	0.0809	0.0778	0.0407	0.0509	0.1097	0.0835	0.1139	0.0509	0.1087	0.081	0.1087	0.0767	0.0459	0.0342	0.0459	0.0568
chrX	2006802	2006984	chrX:2006803-2006984	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1382	0.1346	0.1656	0.1121	0.0986	0.167	0.1445	0.1859	0.0986	0.2029	0.1823	0.2029	0.1518	0.098	0.1141	0.098	0.1438
chrX	2007159	2007329	chrX:2007160-2007329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0421	0.0604	0.0447	0.018	0.05	0.048	0.064	0.018	0.0761	0.0656	0.0761	0.0573	0.0421	0.0471	0.0421	0.0589
chrX	2007806	2008027	chrX:2007807-2008027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0336	0.0484	0.0343	0.0095	0.0495	0.0324	0.0506	0.0095	0.058	0.0527	0.058	0.0496	0.0283	0.0335	0.0283	0.0459
chrX	2008688	2008906	chrX:2008689-2008906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0378	0.048	0.0259	0.0138	0.0437	0.0446	0.0586	0.0138	0.0634	0.0476	0.0634	0.0534	0.0237	0.0297	0.0237	0.0313
chrX	2008977	2009139	chrX:2008978-2009139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0333	0.0429	0.0196	0.017	0.0408	0.0441	0.04	0.017	0.0495	0.0505	0.0495	0.0403	0.0176	0.0251	0.0176	0.0182
chrX	2015801	2016061	chrX:2015802-2016061	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1129	0.0542	0.1699	0.116	0.0159	0.0985	0.0394	0.0746	0.0159	0.2554	0.1907	0.2554	0.1813	0.1799	0.1354	0.1799	0.148
chrX	2016297	2016498	chrX:2016298-2016498	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0992	0.0774	0.1274	0.0925	0.0329	0.1238	0.0683	0.1113	0.0329	0.18	0.1495	0.18	0.1053	0.1524	0.0935	0.1524	0.0703
chrX	2016670	2016937	chrX:2016671-2016937	FBgn0004860	ph-d	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1548	0.139	0.1896	0.1344	0.0912	0.1898	0.1285	0.2139	0.0912	0.2077	0.2469	0.2077	0.1325	0.1501	0.1451	0.1501	0.0964
chrX	2017266	2017629	chrX:2017267-2017629	FBgn0004860	ph-d	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3533	0.3122	0.4154	0.3312	0.2577	0.4005	0.3196	0.4111	0.2577	0.4934	0.4408	0.4934	0.4005	0.327	0.3449	0.327	0.3721
chrX	2017685	2018001	chrX:2017686-2018001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2772	0.2474	0.3284	0.2544	0.2057	0.3155	0.237	0.3484	0.2057	0.4046	0.3617	0.4046	0.2742	0.2657	0.2669	0.2657	0.2606
chrX	2018356	2018526	chrX:2018357-2018526	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1689	0.1674	0.1956	0.1413	0.1135	0.2092	0.1951	0.2085	0.1135	0.2615	0.2138	0.2615	0.1596	0.1654	0.127	0.1654	0.1683
chrX	2018627	2018791	chrX:2018628-2018791	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0959	0.1117	0.1086	0.0645	0.087	0.1311	0.1341	0.1399	0.087	0.1304	0.1225	0.1304	0.093	0.0704	0.058	0.0704	0.0662
chrX	2019636	2019843	chrX:2019637-2019843	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.219	0.1964	0.2697	0.1886	0.1463	0.2481	0.205	0.2665	0.1463	0.3273	0.2894	0.3273	0.2432	0.2029	0.2205	0.2029	0.1881
chrX	2028011	2028193	chrX:2028012-2028193	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0589	0.1051	0.044	0.0237	0.0944	0.084	0.1393	0.1599	0.0944	0.0374	0.0421	0.0374	0.0248	0.0145	0.011	0.0145	0.0151
chrX	2028730	2029290	chrX:2028731-2029290	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1686	0.1265	0.2053	0.1755	0.0668	0.184	0.1194	0.1799	0.0668	0.2029	0.2048	0.2029	0.1634	0.1478	0.1541	0.1478	0.1001
chrX	2029497	2029737	chrX:2029498-2029737	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1637	0.1573	0.1952	0.1362	0.0997	0.1898	0.1583	0.2552	0.0997	0.2391	0.2109	0.2391	0.1022	0.1547	0.127	0.1547	0.0855
chrX	2030330	2030534	chrX:2030331-2030534	FBgn0004861	ph-p	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1405	0.1219	0.1727	0.1259	0.0838	0.1757	0.125	0.1452	0.0838	0.2168	0.1936	0.2168	0.1526	0.157	0.136	0.157	0.1371
chrX	2030918	2031204	chrX:2030919-2031204	FBgn0004861	ph-p	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.313	0.2876	0.3518	0.2988	0.2641	0.3519	0.3106	0.3538	0.2641	0.4396	0.3666	0.4396	0.3284	0.2994	0.3114	0.2994	0.3408
chrX	2031440	2031853	chrX:2031441-2031853	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.3125	0.2876	0.3596	0.2884	0.2566	0.3485	0.3023	0.3897	0.2566	0.3859	0.4116	0.3859	0.3168	0.2795	0.3069	0.2795	0.3012
chrX	2032014	2032228	chrX:2032015-2032228	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1727	0.1297	0.1921	0.1993	0.0933	0.165	0.1276	0.1912	0.0933	0.2083	0.209	0.2083	0.1952	0.2121	0.2057	0.2121	0.2387
chrX	2032371	2032522	chrX:2032372-2032522	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0697	0.0525	0.0629	0.0965	0.0201	0.0626	0.0701	0.0653	0.0201	0.0688	0.0592	0.0688	0.0689	0.1057	0.0658	0.1057	0.1079
chrX	2032544	2032793	chrX:2032545-2032793	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1179	0.1496	0.108	0.0933	0.1166	0.132	0.2167	0.1845	0.1166	0.09	0.1174	0.09	0.1154	0.0842	0.0638	0.0842	0.1209
chrX	2033841	2033992	chrX:2033842-2033992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.045	0.0309	0.0629	0.0411	0.0074	0.0393	0.0407	0.0406	0.0074	0.0658	0.0547	0.0658	0.0232	0.0161	0.0187	0.0161	0.0203
chrX	2034681	2034870	chrX:2034682-2034870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.138	0.1118	0.1788	0.1224	0.071	0.1524	0.1099	0.1599	0.071	0.186	0.2138	0.186	0.1557	0.1126	0.1373	0.1126	0.1298
chrX	2036407	2036599	chrX:2036408-2036599	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.1095	0.0305	0.0207	0.1188	0.0602	0.1864	0.1259	0.1188	0.0272	0.0405	0.0272	0.0232	0.0168	0.0155	0.0168	0.0323
chrX	2037054	2037214	chrX:2037055-2037214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0378	0.0265	0.0494	0.0376	0.0095	0.0311	0.032	0.04	0.0095	0.038	0.0322	0.038	0.0248	0.0222	0.0168	0.0222	0.0198
chrX	2039247	2039422	chrX:2039248-2039422	FBgn0004654	Pgd	stage14	none	Pgd_-121.lacZ,Pgd_-421.lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0435	0.0209	0.0329	0.0805	0.0074	0.0257	0.026	0.0306	0.0074	0.0236	0.0344	0.0236	0.0705	0.0873	0.0948	0.0873	0.1381
chrX	2039758	2039932	chrX:2039759-2039932	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0496	0.0464	0.0594	0.0426	0.0297	0.0515	0.0484	0.0799	0.0297	0.0459	0.0794	0.0459	0.0689	0.0345	0.0754	0.0345	0.0594
chrX	2040002	2040191	chrX:2040003-2040191	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.086	0.0898	0.0524	0.0668	0.085	0.1038	0.1346	0.0668	0.0737	0.1183	0.0737	0.1108	0.0299	0.0948	0.0299	0.0823
chrX	2040308	2040492	chrX:2040309-2040492	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.1296	0.1084	0.061	0.1018	0.1136	0.1639	0.2045	0.1018	0.0815	0.1476	0.0815	0.1418	0.0459	0.1006	0.0459	0.0964
chrX	2043599	2043797	chrX:2043600-2043797	FBgn0013432	bcn92	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1177	0.1099	0.1433	0.0982	0.0785	0.1252	0.1371	0.1406	0.0785	0.163	0.1534	0.163	0.1487	0.0942	0.0941	0.0942	0.1318
chrX	2044205	2044585	chrX:2044206-2044585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.069	0.0586	0.0891	0.0588	0.0297	0.0772	0.0675	0.0766	0.0297	0.1039	0.1035	0.1039	0.0813	0.0513	0.0613	0.0513	0.0891
chrX	2050021	2050223	chrX:2050022-2050223	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1565	0.1422	0.2016	0.123	0.0923	0.2015	0.1332	0.1965	0.0923	0.2651	0.2164	0.2651	0.1967	0.1631	0.1605	0.1631	0.1668
chrX	2051804	2051955	chrX:2051805-2051955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0419	0.0434	0.0551	0.0258	0.0223	0.0578	0.0519	0.0533	0.0223	0.0646	0.0624	0.0646	0.0527	0.0253	0.0277	0.0253	0.0354
chrX	2052042	2052233	chrX:2052043-2052233	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1539	0.1281	0.2029	0.1288	0.0742	0.1757	0.1285	0.1792	0.0742	0.2591	0.2132	0.2591	0.2107	0.1401	0.1418	0.1401	0.1527
chrX	2052364	2052538	chrX:2052365-2052538	FBgn0004655	wapl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1724	0.1522	0.2133	0.1503	0.1145	0.201	0.1587	0.2059	0.1145	0.2711	0.2296	0.2711	0.1998	0.1807	0.1605	0.1807	0.174
chrX	2052662	2052842	chrX:2052663-2052842	FBgn0004655	wapl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1599	0.1372	0.19	0.1523	0.0965	0.1845	0.1375	0.1905	0.0965	0.2319	0.2045	0.2319	0.1596	0.1708	0.1373	0.1708	0.1845
chrX	2052980	2053155	chrX:2052981-2053155	FBgn0004655	wapl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1809	0.1564	0.2152	0.1707	0.1092	0.2058	0.1635	0.2172	0.1092	0.2717	0.2347	0.2717	0.1882	0.1876	0.1676	0.1876	0.2006
chrX	2053299	2053450	chrX:2053300-2053450	FBgn0004655	wapl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.037	0.0539	0.0361	0.0095	0.0461	0.045	0.052	0.0095	0.0731	0.054	0.0731	0.0519	0.0352	0.0335	0.0352	0.0438
chrX	2056788	2056939	chrX:2056789-2056939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0116	0.0072	0.0103	0.018	0	0.0112	0.0104	0.0073	0	0.0109	0.01	0.0109	0.0132	0.0666	0.0052	0.0666	0.0135
chrX	2060166	2060317	chrX:2060167-2060317	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0108	0.0129	0.0206	0.0011	0.0131	0.0173	0.012	0.0011	0.0145	0.0138	0.0145	0.0178	0.0207	0.0606	0.0207	0.0083
chrX	2060662	2060869	chrX:2060663-2060869	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0312	0.0116	0.0258	0.0592	0	0.016	0.0164	0.0133	0	0.0236	0.0322	0.0236	0.0356	0.1432	0.0864	0.1432	0.0334
chrX	2061538	2061689	chrX:2061539-2061689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0106	0.0083	0.0091	0.0146	0.0032	0.0078	0.0147	0.0087	0.0032	0.0097	0.0093	0.0097	0.0139	0.0145	0.0387	0.0145	0.0078
chrX	2064360	2064551	chrX:2064361-2064551	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0585	0.0401	0.0702	0.0663	0.0223	0.0529	0.048	0.0493	0.0223	0.0803	0.083	0.0803	0.0713	0.062	0.0664	0.062	0.0985
chrX	2064606	2064772	chrX:2064607-2064772	FBgn0263630	mir-3641	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0601	0.1069	0.0865	0.035	0.0772	0.0679	0.0819	0.035	0.1135	0.1341	0.1135	0.0937	0.0743	0.0935	0.0743	0.1136
chrX	2066454	2066640	chrX:2066455-2066640	FBgn0025839	CG3621	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1032	0.0904	0.1258	0.0927	0.0477	0.116	0.1068	0.1226	0.0477	0.1437	0.1437	0.1437	0.1255	0.0942	0.0922	0.0942	0.1204
chrX	2069943	2070094	chrX:2069944-2070094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0249	0.0258	0.0246	0.017	0.0218	0.0346	0.036	0.017	0.0254	0.0344	0.0254	0.0256	0.0184	0.0413	0.0184	0.0365
chrX	2072791	2073022	chrX:2072792-2073022	FBgn0015036	Cyp4ae1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0657	0.072	0.0714	0.0522	0.053	0.0879	0.0835	0.0913	0.053	0.0864	0.0765	0.0864	0.0829	0.059	0.0503	0.059	0.0631
chrX	2074776	2074957	chrX:2074777-2074957	FBgn0003116	pn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0821	0.075	0.1028	0.0674	0.053	0.0932	0.074	0.1153	0.053	0.1455	0.1135	0.1455	0.0991	0.0911	0.0632	0.0911	0.0782
chrX	2075162	2075389	chrX:2075163-2075389	FBgn0003116	pn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0543	0.0461	0.0656	0.0511	0.0233	0.0718	0.0428	0.0606	0.0233	0.0803	0.0765	0.0803	0.0728	0.0689	0.0458	0.0689	0.0724
chrX	2078362	2078513	chrX:2078363-2078513	FBgn0023542,FBgn0040899	CG17776,Nmd3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0418	0.0333	0.0565	0.0354	0.0159	0.0447	0.0368	0.0466	0.0159	0.0809	0.0569	0.0809	0.0674	0.0536	0.0303	0.0536	0.0464
chrX	2078597	2078780	chrX:2078598-2078780	FBgn0023542,FBgn0040899	CG17776,Nmd3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0997	0.0872	0.1245	0.0863	0.0488	0.1136	0.0878	0.1359	0.0488	0.1703	0.1334	0.1703	0.1387	0.1156	0.0922	0.1156	0.1037
chrX	2078821	2079011	chrX:2078822-2079011	FBgn0023542,FBgn0040899	CG17776,Nmd3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0858	0.0748	0.1051	0.0769	0.0392	0.0947	0.0787	0.1166	0.0392	0.1304	0.1164	0.1304	0.1177	0.098	0.0832	0.098	0.0948
chrX	2081731	2081882	chrX:2081732-2081882	FBgn0024984	CG3457	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0201	0.0148	0.0275	0.0177	0.0021	0.0146	0.0212	0.0233	0.0021	0.0254	0.0283	0.0254	0.0488	0.0123	0.0348	0.0123	0.0234
chrX	2085991	2086171	chrX:2085992-2086171	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0127	0.0227	0.0194	0.0064	0.0146	0.0164	0.018	0.0064	0.0175	0.0132	0.0175	0.0736	0.0161	0.0071	0.0161	0.0479
chrX	2088426	2088601	chrX:2088427-2088601	FBgn0023549	Mct1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0404	0.0168	0.0477	0.0586	0.0064	0.0233	0.0242	0.016	0.0064	0.0326	0.027	0.0326	0.1696	0.0681	0.0213	0.0681	0.1433
chrX	2089276	2089473	chrX:2089277-2089473	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0324	0.0138	0.0368	0.0482	0.0021	0.0238	0.0169	0.0127	0.0021	0.029	0.0325	0.029	0.0999	0.1294	0.0361	0.1294	0.0532
chrX	2090490	2090658	chrX:2090491-2090658	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0215	0.0098	0.0237	0.032	0	0.0126	0.0138	0.0113	0	0.0157	0.0087	0.0157	0.0914	0.0214	0.0039	0.0214	0.0969
chrX	2091447	2091657	chrX:2091448-2091657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0098	0.0185	0.0273	0.0011	0.0107	0.0182	0.0087	0.0011	0.0133	0.0129	0.0133	0.0542	0.0176	0.0077	0.0176	0.0735
chrX	2101138	2101289	chrX:2101139-2101289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0126	0.0097	0.0127	0.0157	0.0064	0.0092	0.016	0.01	0.0064	0.0133	0.0103	0.0133	0.0287	0.0459	0.0103	0.0459	0.0125
chrX	2102595	2102757	chrX:2102596-2102757	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0166	0.0057	0.0102	0.0358	0.0021	0.0073	0.0091	0.0047	0.0021	0.0151	0.0058	0.0151	0.0232	0.1164	0.011	0.1164	0.0339
chrX	2106272	2106522	chrX:2106273-2106522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0183	0.0115	0.0165	0.028	0.0021	0.0107	0.0199	0.0127	0.0021	0.0115	0.0145	0.0115	0.0387	0.0368	0.0155	0.0368	0.0568
chrX	2106750	2106901	chrX:2106751-2106901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0125	0.0102	0.0122	0.0153	0.0053	0.0092	0.0177	0.0093	0.0053	0.0121	0.0113	0.0121	0.0248	0.0444	0.0064	0.0444	0.0188
chrX	2108168	2108354	chrX:2108169-2108354	FBgn0053548	msta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0262	0.0244	0.0226	0.0322	0.0095	0.0243	0.0385	0.0266	0.0095	0.0175	0.026	0.0175	0.0387	0.0505	0.0284	0.0505	0.0542
chrX	2113755	2113906	chrX:2113756-2113906	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0154	0.0131	0.0133	0.0203	0.0053	0.0136	0.019	0.0173	0.0053	0.0145	0.0141	0.0145	0.0194	0.072	0.0161	0.072	0.0078
chrX	2115413	2115564	chrX:2115414-2115564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0238	0.0198	0.0184	0.0343	0.018	0.0194	0.0272	0.024	0.018	0.0229	0.0222	0.0229	0.0178	0.0888	0.0251	0.0888	0.0375
chrX	2115735	2116114	chrX:2115736-2116114	FBgn0004397	Vinc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0878	0.0981	0.0793	0.0855	0.0604	0.1087	0.1103	0.1532	0.0604	0.064	0.1129	0.064	0.0821	0.1332	0.1096	0.1332	0.1146
chrX	2116231	2116408	chrX:2116232-2116408	FBgn0004397	Vinc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0853	0.0295	0.0926	0.1397	0.0106	0.0515	0.0247	0.0406	0.0106	0.0857	0.1087	0.0857	0.1603	0.2006	0.1586	0.2006	0.2189
chrX	2116588	2116819	chrX:2116589-2116819	FBgn0004397	Vinc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0946	0.0531	0.1108	0.1231	0.035	0.0777	0.051	0.0726	0.035	0.1129	0.1331	0.1129	0.1727	0.1708	0.1425	0.1708	0.1939
chrX	2116912	2117063	chrX:2116913-2117063	FBgn0004397	Vinc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0301	0.0206	0.0336	0.037	0.0085	0.0243	0.026	0.0286	0.0085	0.0332	0.0376	0.0332	0.0558	0.0475	0.0413	0.0475	0.0636
chrX	2119181	2119388	chrX:2119182-2119388	FBgn0003048	pcx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.073	0.075	0.0855	0.057	0.0679	0.0777	0.0952	0.0979	0.0679	0.1184	0.0894	0.1184	0.0844	0.0735	0.058	0.0735	0.0698
chrX	2119455	2119606	chrX:2119456-2119606	FBgn0003048	pcx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0476	0.0497	0.0546	0.0376	0.0392	0.0427	0.0714	0.0686	0.0392	0.0688	0.0559	0.0688	0.0666	0.0528	0.0361	0.0528	0.0427
chrX	2119751	2119945	chrX:2119752-2119945	FBgn0003048	pcx	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0785	0.0259	0.0156	0.0901	0.0359	0.151	0.072	0.0901	0.0302	0.0283	0.0302	0.031	0.0207	0.0148	0.0207	0.0198
chrX	2125608	2125844	chrX:2125609-2125844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0288	0.0448	0.0273	0.0095	0.0354	0.0385	0.0366	0.0095	0.0471	0.0524	0.0471	0.0558	0.0306	0.0251	0.0306	0.0349
chrX	2125914	2126090	chrX:2125915-2126090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0386	0.0388	0.0456	0.0309	0.0212	0.0466	0.0446	0.0553	0.0212	0.0495	0.0518	0.0495	0.0465	0.0314	0.029	0.0314	0.0459
chrX	2131408	2131640	chrX:2131409-2131640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0304	0.0353	0.0355	0.0192	0.017	0.0413	0.045	0.0473	0.017	0.0429	0.036	0.0429	0.0527	0.0329	0.0142	0.0329	0.024
chrX	2136022	2136198	chrX:2136023-2136198	FBgn0000810,FBgn0001330	fs(1)K10,kz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1119	0.1006	0.1359	0.0983	0.0774	0.1374	0.1064	0.1206	0.0774	0.1878	0.1531	0.1878	0.1185	0.1072	0.1044	0.1072	0.1167
chrX	2138871	2139086	chrX:2138872-2139086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0373	0.0395	0.0434	0.028	0.0148	0.0461	0.0519	0.054	0.0148	0.0634	0.0479	0.0634	0.0411	0.0345	0.0284	0.0345	0.0375
chrX	2143914	2144100	chrX:2143915-2144100	FBgn0000377	crn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0592	0.0571	0.0753	0.044	0.0265	0.0791	0.0606	0.0799	0.0265	0.0797	0.0875	0.0797	0.0744	0.0505	0.0445	0.0505	0.0526
chrX	2144241	2144448	chrX:2144242-2144448	FBgn0000377	crn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0424	0.0533	0.0284	0.0191	0.0539	0.0433	0.0693	0.0191	0.0622	0.063	0.0622	0.048	0.0291	0.0297	0.0291	0.038
chrX	2148415	2148566	chrX:2148416-2148566	FBgn0029608	CG3091	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0113	0.0173	0.0156	0.0042	0.0146	0.0143	0.0153	0.0042	0.0175	0.0209	0.0175	0.0194	0.0115	0.0277	0.0115	0.0156
chrX	2148861	2149012	chrX:2148862-2149012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0155	0.024	0.0206	0.0064	0.0146	0.0216	0.0233	0.0064	0.0205	0.0315	0.0205	0.0232	0.0168	0.0309	0.0168	0.0229
chrX	2149172	2149362	chrX:2149173-2149362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0462	0.0358	0.0546	0.0486	0.0159	0.0466	0.0433	0.0453	0.0159	0.0489	0.0698	0.0489	0.0635	0.0436	0.0619	0.0436	0.074
chrX	2153977	2154128	chrX:2153978-2154128	FBgn0023524	CG3078	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0272	0.0168	0.0266	0.0395	0.0042	0.0243	0.0199	0.022	0.0042	0.0242	0.0286	0.0242	0.0294	0.0161	0.0135	0.0161	0.0219
chrX	2156468	2156636	chrX:2156469-2156636	FBgn0023527,FBgn0027296	CG3071,l(1)G0144	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1311	0.1108	0.16	0.122	0.0689	0.1442	0.1129	0.1592	0.0689	0.2041	0.1704	0.2041	0.1642	0.1256	0.1309	0.1256	0.1527
chrX	2156767	2156953	chrX:2156768-2156953	FBgn0023527,FBgn0027296	CG3071,l(1)G0144	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1532	0.1386	0.1863	0.1333	0.0891	0.1704	0.1466	0.2039	0.0891	0.2397	0.1955	0.2397	0.2053	0.1554	0.1354	0.1554	0.1558
chrX	2162098	2162307	chrX:2162099-2162307	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0438	0.0518	0.0528	0.0248	0.0201	0.0636	0.0597	0.0806	0.0201	0.0543	0.0727	0.0543	0.0387	0.0291	0.0329	0.0291	0.0339
chrX	2163515	2163712	chrX:2163516-2163712	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0795	0.0773	0.1066	0.0524	0.0255	0.1024	0.0731	0.1326	0.0255	0.1389	0.1428	0.1389	0.0705	0.0536	0.0812	0.0536	0.0386
chrX	2163837	2164032	chrX:2163838-2164032	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1272	0.1153	0.1612	0.1032	0.0721	0.1383	0.125	0.1779	0.0721	0.2264	0.2	0.2264	0.1208	0.124	0.1335	0.124	0.1058
chrX	2164252	2164569	chrX:2164253-2164569	FBgn0023528	CG2924	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1006	0.1556	0.1135	0.0583	0.1301	0.1094	0.1399	0.0583	0.1793	0.1633	0.1793	0.1681	0.1087	0.1167	0.1087	0.136
chrX	2164753	2165008	chrX:2164754-2165008	FBgn0023528	CG2924	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2047	0.1906	0.2515	0.1692	0.14	0.2296	0.2223	0.2465	0.14	0.3237	0.2624	0.3237	0.2587	0.1746	0.1799	0.1746	0.2027
chrX	2168798	2168949	chrX:2168799-2168949	FBgn0023529	CG2918	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0858	0.0735	0.1104	0.0724	0.0488	0.0903	0.0856	0.0973	0.0488	0.1286	0.1254	0.1286	0.0899	0.0796	0.0638	0.0796	0.075
chrX	2169036	2169220	chrX:2169037-2169220	FBgn0023529	CG2918	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.155	0.1351	0.1895	0.1395	0.0838	0.1655	0.1548	0.1812	0.0838	0.2319	0.2106	0.2319	0.1727	0.1524	0.1496	0.1524	0.1652
chrX	2169347	2169519	chrX:2169348-2169519	FBgn0023529,FBgn0085362	CG2918,Vml	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0536	0.0702	0.0568	0.0361	0.0612	0.0601	0.0779	0.0361	0.0833	0.0794	0.0833	0.0705	0.0697	0.0677	0.0697	0.0631
chrX	2173992	2174204	chrX:2173993-2174204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0227	0.0194	0.0236	0.0255	0.0085	0.0238	0.0225	0.0306	0.0085	0.026	0.0286	0.026	0.024	0.0452	0.0251	0.0452	0.0328
chrX	2176783	2176978	chrX:2176784-2176978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0178	0.0203	0.0163	0.0053	0.0233	0.0272	0.0167	0.0053	0.0169	0.0215	0.0169	0.0194	0.0077	0.0064	0.0077	0.012
chrX	2177499	2177650	chrX:2177500-2177650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0213	0.0192	0.0217	0.0233	0.0085	0.0233	0.0225	0.0293	0.0085	0.0205	0.0248	0.0205	0.0194	0.0145	0.0251	0.0145	0.0151
chrX	2177722	2177873	chrX:2177723-2177873	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0191	0.0156	0.0193	0.0227	0.0074	0.0238	0.0169	0.018	0.0074	0.0169	0.026	0.0169	0.0155	0.0245	0.0419	0.0245	0.012
chrX	2178299	2178450	chrX:2178300-2178450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0208	0.0217	0.0159	0.0148	0.0238	0.0247	0.0293	0.0148	0.0139	0.0296	0.0139	0.017	0.0069	0.0297	0.0069	0.0115
chrX	2180709	2180860	chrX:2180710-2180860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0373	0.0208	0.0102	0.0286	0.0291	0.061	0.0426	0.0286	0.0223	0.0228	0.0223	0.0194	0.0092	0.0097	0.0092	0.0125
chrX	2181150	2181332	chrX:2181151-2181332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0297	0.0332	0.028	0.0233	0.0364	0.0415	0.0253	0.0233	0.0314	0.0334	0.0314	0.0457	0.0368	0.0148	0.0368	0.0339
chrX	2181533	2181809	chrX:2181534-2181809	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0392	0.056	0.0353	0.0246	0.0339	0.0587	0.0631	0.0919	0.0339	0.0417	0.0424	0.0417	0.031	0.023	0.0271	0.023	0.036
chrX	2182073	2182311	chrX:2182074-2182311	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0712	0.0357	0.0187	0.0604	0.0752	0.1012	0.0746	0.0604	0.0513	0.0328	0.0513	0.0325	0.0176	0.0155	0.0176	0.0203
chrX	2183198	2183374	chrX:2183199-2183374	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0587	0.042	0.0312	0.0339	0.0752	0.0558	0.0946	0.0339	0.058	0.0495	0.058	0.0387	0.0459	0.0303	0.0459	0.0453
chrX	2186900	2187051	chrX:2186901-2187051	FBgn0023526	CG2865	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.065	0.0784	0.0711	0.0434	0.0679	0.0893	0.0969	0.0959	0.0679	0.0972	0.0772	0.0972	0.0604	0.036	0.0342	0.036	0.062
chrX	2187421	2187636	chrX:2187422-2187636	FBgn0023526	CG2865	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2091	0.1906	0.2499	0.1849	0.1495	0.232	0.2098	0.2452	0.1495	0.314	0.2617	0.314	0.2564	0.1799	0.1792	0.1799	0.2282
chrX	2187822	2188007	chrX:2187823-2188007	FBgn0023526	CG2865	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1084	0.1024	0.1143	0.1086	0.0944	0.1083	0.1246	0.1252	0.0944	0.1498	0.1061	0.1498	0.1185	0.1126	0.0806	0.1126	0.1308
chrX	2188310	2188461	chrX:2188311-2188461	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0536	0.0735	0.0501	0.0352	0.0467	0.0859	0.09	0.0973	0.0467	0.0634	0.0534	0.0634	0.0395	0.0329	0.0368	0.0329	0.0412
chrX	2188592	2188780	chrX:2188593-2188780	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0862	0.1269	0.0784	0.0492	0.0774	0.1549	0.1618	0.1546	0.0774	0.1099	0.0643	0.1099	0.0883	0.0521	0.0432	0.0521	0.0677
chrX	2189677	2189877	chrX:2189678-2189877	FBgn0003079	phl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1022	0.1093	0.1263	0.068	0.0859	0.115	0.1488	0.1292	0.0859	0.1467	0.1685	0.1467	0.1162	0.1026	0.0864	0.1026	0.0745
chrX	2190055	2190245	chrX:2190056-2190245	FBgn0003079	phl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1173	0.0973	0.1462	0.1081	0.0488	0.1262	0.1133	0.1259	0.0488	0.192	0.1714	0.192	0.1433	0.1501	0.1206	0.1501	0.1178
chrX	2190491	2190739	chrX:2190492-2190739	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1203	0.0734	0.1456	0.1448	0.0297	0.1267	0.0714	0.0793	0.0297	0.1733	0.1563	0.1733	0.2022	0.183	0.1522	0.183	0.1808
chrX	2193140	2193405	chrX:2193141-2193405	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1524	0.1216	0.2044	0.1295	0.0838	0.1762	0.1142	0.1579	0.0838	0.2355	0.2418	0.2355	0.1952	0.1516	0.1773	0.1516	0.1834
chrX	2194466	2194674	chrX:2194467-2194674	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1099	0.1059	0.1339	0.088	0.071	0.1427	0.1112	0.1426	0.071	0.1232	0.1633	0.1232	0.1526	0.085	0.1167	0.085	0.1047
chrX	2194685	2195000	chrX:2194686-2195000	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1266	0.1179	0.1499	0.1108	0.0891	0.1413	0.1427	0.1459	0.0891	0.1673	0.1695	0.1673	0.1611	0.1156	0.1406	0.1156	0.1152
chrX	2195105	2195315	chrX:2195106-2195315	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1361	0.0958	0.1694	0.1445	0.0657	0.1272	0.1055	0.1219	0.0657	0.2035	0.1797	0.2035	0.1921	0.1378	0.1554	0.1378	0.16
chrX	2195479	2195630	chrX:2195480-2195630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0465	0.0243	0.0579	0.0588	0.0106	0.0374	0.0247	0.0306	0.0106	0.0767	0.055	0.0767	0.072	0.049	0.0606	0.049	0.0615
chrX	2195889	2196040	chrX:2195890-2196040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0849	0.0718	0.1103	0.0717	0.0329	0.1029	0.0709	0.1033	0.0329	0.1582	0.1199	0.1582	0.0999	0.1164	0.0741	0.1164	0.074
chrX	2196369	2196558	chrX:2196370-2196558	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0941	0.0825	0.1164	0.0827	0.0329	0.133	0.0688	0.1219	0.0329	0.1534	0.1418	0.1534	0.0984	0.1217	0.0986	0.1217	0.0881
chrX	2197879	2198064	chrX:2197880-2198064	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1633	0.1459	0.1887	0.1547	0.1082	0.1631	0.1877	0.1805	0.1082	0.2349	0.2087	0.2349	0.1642	0.1838	0.1573	0.1838	0.1454
chrX	2198222	2198576	chrX:2198223-2198576	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1326	0.0852	0.1721	0.142	0.0498	0.1214	0.096	0.1026	0.0498	0.2289	0.2016	0.2289	0.1402	0.2152	0.1599	0.2152	0.1417
chrX	2199968	2200153	chrX:2199969-2200153	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1963	0.1761	0.2409	0.1699	0.1336	0.2209	0.1881	0.2412	0.1336	0.2886	0.265	0.2886	0.22	0.1746	0.1934	0.1746	0.1902
chrX	2200320	2200509	chrX:2200321-2200509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0946	0.0815	0.1284	0.0721	0.0318	0.1087	0.0826	0.1266	0.0318	0.163	0.1367	0.163	0.0945	0.0559	0.0632	0.0559	0.074
chrX	2200619	2200842	chrX:2200620-2200842	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0734	0.1123	0.0709	0.0276	0.0976	0.0597	0.1392	0.0276	0.1027	0.1193	0.1027	0.1448	0.0528	0.0632	0.0528	0.0902
chrX	2201650	2201887	chrX:2201651-2201887	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0939	0.0794	0.1447	0.0544	0.0488	0.0995	0.0869	0.1046	0.0488	0.1739	0.1659	0.1739	0.0899	0.0459	0.0406	0.0459	0.0443
chrX	2201911	2202110	chrX:2201912-2202110	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0535	0.0495	0.0797	0.0291	0.0286	0.0631	0.0502	0.0759	0.0286	0.0845	0.0775	0.0845	0.0457	0.0107	0.0181	0.0107	0.0198
chrX	2202154	2202305	chrX:2202155-2202305	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0438	0.0442	0.0623	0.023	0.0297	0.0563	0.0519	0.054	0.0297	0.0628	0.0685	0.0628	0.0434	0.0123	0.0239	0.0123	0.0182
chrX	2202490	2202708	chrX:2202491-2202708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.094	0.1168	0.1264	0.0329	0.106	0.115	0.1462	0.1626	0.106	0.1365	0.1797	0.1365	0.0744	0.0253	0.0496	0.0253	0.0313
chrX	2211506	2211867	chrX:2211507-2211867	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1883	0.1256	0.2645	0.1746	0.071	0.1752	0.1328	0.1652	0.071	0.343	0.292	0.343	0.261	0.209	0.1812	0.209	0.2324
chrX	2212345	2212818	chrX:2212346-2212818	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0895	0.0845	0.098	0.0858	0.0498	0.0845	0.1034	0.1392	0.0498	0.0966	0.0977	0.0966	0.0635	0.0735	0.0413	0.0735	0.0547
chrX	2213697	2213934	chrX:2213698-2213934	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1008	0.0901	0.1442	0.0653	0.0414	0.134	0.0731	0.1439	0.0414	0.2089	0.1637	0.2089	0.0589	0.0804	0.0393	0.0804	0.0266
chrX	2213974	2214192	chrX:2213975-2214192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1341	0.1888	0.0843	0.0732	0.1932	0.1172	0.2059	0.0732	0.2572	0.2164	0.2572	0.0798	0.1141	0.0567	0.1141	0.0391
chrX	2214998	2215178	chrX:2214999-2215178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0534	0.0318	0.0852	0.0428	0.0106	0.0549	0.0182	0.056	0.0106	0.1014	0.0981	0.1014	0.0666	0.0498	0.0413	0.0498	0.0354
chrX	2215434	2215585	chrX:2215435-2215585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0448	0.0345	0.0741	0.0242	0.0095	0.0451	0.0264	0.0726	0.0095	0.0556	0.1093	0.0556	0.055	0.023	0.0303	0.023	0.0214
chrX	2216246	2216502	chrX:2216247-2216502	FBgn0054052	CR34052	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.0861	0.1137	0.0419	0.0382	0.1243	0.0636	0.1606	0.0382	0.1455	0.1502	0.1455	0.0751	0.0383	0.0503	0.0383	0.037
chrX	2217778	2218236	chrX:2217779-2218236	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1002	0.0972	0.1466	0.0525	0.053	0.1364	0.0779	0.1646	0.053	0.1793	0.1569	0.1793	0.0837	0.0429	0.0471	0.0429	0.0339
chrX	2219748	2220076	chrX:2219749-2220076	FBgn0040392	CG14050	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.105	0.1319	0.1164	0.0624	0.1273	0.133	0.1804	0.1466	0.1273	0.0996	0.1363	0.0996	0.11	0.0329	0.0941	0.0329	0.0787
chrX	2220147	2220360	chrX:2220148-2220360	FBgn0040392	CG14050	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0802	0.0926	0.102	0.0425	0.052	0.1306	0.1103	0.1039	0.052	0.1492	0.0891	0.1492	0.0697	0.0391	0.0361	0.0391	0.0625
chrX	2220419	2220570	chrX:2220420-2220570	FBgn0040392	CG14050	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0337	0.0354	0.0438	0.0207	0.0148	0.0553	0.0428	0.0353	0.0148	0.0694	0.0341	0.0694	0.031	0.0214	0.0168	0.0214	0.0292
chrX	2220722	2220914	chrX:2220723-2220914	FBgn0040391,FBgn0040392	CG14050,CG2854	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0415	0.0451	0.0495	0.0287	0.0276	0.0626	0.0536	0.0486	0.0276	0.0525	0.0341	0.0525	0.0542	0.0161	0.0213	0.0161	0.0401
chrX	2223306	2223459	chrX:2223307-2223459	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0111	0.0277	0.0302	0.0085	0.0117	0.016	0.012	0.0085	0.0205	0.0174	0.0205	0.0132	0.0069	0.0064	0.0069	0.0083
chrX	2223648	2223810	chrX:2223649-2223810	FBgn0053218	CR33218	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0098	0.0199	0.0344	0.0021	0.0112	0.016	0.0113	0.0021	0.0157	0.0087	0.0157	0.0093	0.0015	0.0045	0.0015	0.013
chrX	2225151	2225324	chrX:2225152-2225324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0169	0.026	0.0324	0.0042	0.0228	0.0203	0.0233	0.0042	0.0211	0.0141	0.0211	0.0232	0.0145	0.0045	0.0145	0.0234
chrX	2226417	2226941	chrX:2226418-2226941	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1015	0.0518	0.1249	0.1313	0.0095	0.1189	0.0342	0.042	0.0095	0.2458	0.065	0.2458	0.2455	0.2443	0.0374	0.2443	0.2392
chrX	2227910	2228134	chrX:2227911-2228134	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0705	0.0773	0.0854	0.0465	0.053	0.1092	0.0874	0.0866	0.053	0.1504	0.0746	0.1504	0.093	0.0636	0.0213	0.0636	0.0938
chrX	2228187	2228386	chrX:2228188-2228386	FBgn0044047	Ilp6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1172	0.1272	0.147	0.0732	0.088	0.1762	0.1367	0.1506	0.088	0.2657	0.1373	0.2657	0.1456	0.1141	0.0477	0.1141	0.1277
chrX	2228694	2228878	chrX:2228695-2228878	FBgn0044047	Ilp6	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.0704	0.0916	0.0412	0.0339	0.0888	0.0835	0.0946	0.0339	0.122	0.1006	0.122	0.1084	0.0521	0.038	0.0521	0.0646
chrX	2228921	2229126	chrX:2228922-2229126	FBgn0044047	Ilp6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0514	0.0422	0.0638	0.048	0.0233	0.0505	0.0523	0.0566	0.0233	0.0713	0.0704	0.0713	0.0945	0.049	0.0374	0.049	0.0995
chrX	2229602	2229753	chrX:2229603-2229753	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0408	0.0297	0.0463	0.0473	0.0127	0.0422	0.0346	0.0366	0.0127	0.0779	0.0386	0.0779	0.0713	0.0459	0.0329	0.0459	0.1068
chrX	2230185	2230336	chrX:2230186-2230336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0228	0.0123	0.0253	0.0319	0.0021	0.0238	0.0104	0.014	0.0021	0.0368	0.0151	0.0368	0.0604	0.0314	0.0116	0.0314	0.0787
chrX	2230408	2230629	chrX:2230409-2230629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0472	0.0327	0.0636	0.0454	0.0117	0.0617	0.0333	0.0253	0.0117	0.1105	0.0444	0.1105	0.1115	0.0674	0.0161	0.0674	0.0943
chrX	2232183	2232334	chrX:2232184-2232334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0065	0.0062	0.0145	0	0.0058	0.0099	0.0107	0	0.0079	0.0039	0.0079	0.0085	0.0069	0.0052	0.0069	0.0068
chrX	2234022	2234197	chrX:2234023-2234197	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	phl_promoter_region	phl_promoter_region	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0986	0.0816	0.1302	0.083	0.0435	0.0981	0.0969	0.1106	0.0435	0.1679	0.1441	0.1679	0.1216	0.0942	0.0845	0.0942	0.1073
chrX	2234232	2234435	chrX:2234233-2234435	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	phl_promoter_region	phl_promoter_region	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1358	0.1294	0.1651	0.1107	0.0912	0.1549	0.1518	0.1672	0.0912	0.2101	0.1884	0.2101	0.1565	0.1202	0.1135	0.1202	0.1298
chrX	2234467	2234658	chrX:2234468-2234658	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	phl_promoter_region	phl_promoter_region	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.113	0.1195	0.1353	0.0812	0.0954	0.1374	0.1406	0.1519	0.0954	0.1806	0.1611	0.1806	0.1115	0.1003	0.0735	0.1003	0.074
chrX	2235039	2235190	chrX:2235040-2235190	distal	distal	stage5	stage5	phl_promoter_region	phl_promoter_region	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0272	0.0354	0.0291	0.0162	0.0244	0.0311	0.0597	0.0346	0.0244	0.0459	0.0283	0.0459	0.0225	0.0268	0.0161	0.0268	0.0146
chrX	2237527	2237725	chrX:2237528-2237725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.08	0.0926	0.0944	0.05	0.071	0.1034	0.106	0.1239	0.071	0.1214	0.0984	0.1214	0.1022	0.0505	0.0451	0.0505	0.061
chrX	2238064	2238574	chrX:2238065-2238574	FBgn0040389	mRpL14	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1034	0.1052	0.1228	0.0799	0.0657	0.1218	0.1215	0.1539	0.0657	0.1329	0.1373	0.1329	0.1301	0.0835	0.0683	0.0835	0.1011
chrX	2238632	2238799	chrX:2238633-2238799	FBgn0040389	mRpL14	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1121	0.11	0.1313	0.0932	0.07	0.1262	0.1328	0.1492	0.07	0.154	0.1402	0.154	0.1394	0.1026	0.0922	0.1026	0.1126
chrX	2244056	2244245	chrX:2244057-2244245	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0209	0.0319	0.0195	0.0102	0.017	0.0374	0.0394	0.0446	0.017	0.0157	0.0206	0.0157	0.0325	0.0092	0.009	0.0092	0.0156
chrX	2248333	2248529	chrX:2248334-2248529	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0332	0.0628	0.0189	0.0157	0.0509	0.0553	0.0813	0.0939	0.0509	0.0121	0.0219	0.0121	0.0201	0.0107	0.0193	0.0107	0.0172
chrX	2249892	2250043	chrX:2249893-2250043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0181	0.0132	0.022	0.0192	0.0042	0.0165	0.019	0.0147	0.0042	0.0254	0.0273	0.0254	0.0217	0.0214	0.0142	0.0214	0.0307
chrX	2255058	2255209	chrX:2255059-2255209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0102	0.0069	0.0128	0.0111	0.0032	0.0073	0.0099	0.0073	0.0032	0.0066	0.0193	0.0066	0.0147	0.01	0.0309	0.01	0.0063
chrX	2256339	2256490	chrX:2256340-2256490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0133	0.0083	0.0129	0.0194	0.0021	0.0087	0.0112	0.012	0.0021	0.0066	0.0141	0.0066	0.0186	0.0222	0.0277	0.0222	0.0104
chrX	2256517	2256668	chrX:2256518-2256668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.0116	0.0193	0.0206	0.0021	0.0117	0.0173	0.016	0.0021	0.0121	0.0254	0.0121	0.0217	0.0184	0.0393	0.0184	0.012
chrX	2257246	2257614	chrX:2257247-2257614	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0212	0.0484	0.0606	0.0053	0.0262	0.0324	0.0233	0.0053	0.0332	0.0723	0.0332	0.0581	0.1179	0.0864	0.1179	0.0532
chrX	2257767	2258018	chrX:2257768-2258018	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0375	0.0214	0.0547	0.0365	0.0042	0.0243	0.0225	0.0413	0.0042	0.0199	0.0907	0.0199	0.062	0.0551	0.0645	0.0551	0.0318
chrX	2260005	2260186	chrX:2260006-2260186	FBgn0003159	ptr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0214	0.0191	0.0259	0.0189	0.0106	0.0204	0.029	0.0213	0.0106	0.0187	0.0415	0.0187	0.0217	0.0092	0.0413	0.0092	0.0167
chrX	2260317	2260504	chrX:2260318-2260504	FBgn0003159	ptr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0415	0.0319	0.05	0.0428	0.0159	0.0398	0.0394	0.0406	0.0159	0.0326	0.0817	0.0326	0.0333	0.023	0.0941	0.023	0.0469
chrX	2276510	2276661	chrX:2276511-2276661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0115	0.0106	0.0122	0.0117	0.0042	0.0068	0.0138	0.022	0.0042	0.0091	0.0129	0.0091	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chrX	2277256	2277440	chrX:2277257-2277440	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0734	0.0818	0.0821	0.0546	0.0498	0.083	0.1012	0.1226	0.0498	0.0978	0.0846	0.0978	0.0689	0.0368	0.0406	0.0368	0.0479
chrX	2277539	2277690	chrX:2277540-2277690	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.032	0.0247	0.0319	0.0404	0.0127	0.0267	0.0298	0.036	0.0127	0.0278	0.035	0.0278	0.0279	0.0069	0.011	0.0069	0.0156
chrX	2277866	2278017	chrX:2277867-2278017	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0137	0.0154	0.0175	0.0021	0.0141	0.0234	0.0153	0.0021	0.0121	0.0154	0.0121	0.0155	0.0077	0.0026	0.0077	0.0042
chrX	2280713	2280864	chrX:2280714-2280864	distal	distal	stage5	none	gt_distal-most	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0237	0.0455	0.0194	0.004	0.0329	0.0383	0.048	0.0899	0.0329	0.0127	0.0199	0.0127	0.0085	0.0038	0.0039	0.0038	5e-04
chrX	2280889	2281278	chrX:2280890-2281278	FBgn0264598	PsGEF	stage5	none	gt_distal-most	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0583	0.0933	0.0618	0.0152	0.0583	0.0908	0.1003	0.1672	0.0583	0.0537	0.0714	0.0537	0.0349	0.0084	0.0142	0.0084	0.0063
chrX	2281285	2281506	chrX:2281286-2281506	FBgn0264598	PsGEF	stage11	none	gt_distal-most	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0448	0.0598	0.0595	0.012	0.0456	0.0592	0.0714	0.0913	0.0456	0.0441	0.0698	0.0441	0.0565	0.0054	0.0155	0.0054	0.0078
chrX	2281661	2281891	chrX:2281662-2281891	FBgn0264598	PsGEF	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1306	0.1746	0.1603	0.0489	0.1463	0.166	0.2141	0.2532	0.1463	0.1914	0.1723	0.1914	0.1402	0.0268	0.0671	0.0268	0.0386
chrX	2282086	2282342	chrX:2282087-2282342	FBgn0264598	PsGEF	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.1474	0.1175	0.0181	0.1145	0.1214	0.1847	0.2405	0.1145	0.1262	0.1495	0.1262	0.0728	0.0115	0.0251	0.0115	0.0156
chrX	2287118	2287415	chrX:2287119-2287415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.022	0.029	0.028	0.0074	0.018	0.0228	0.0424	0.0426	0.018	0.0121	0.0244	0.0121	0.0232	0.0077	0.0058	0.0077	0.0063
chrX	2288613	2288764	chrX:2288614-2288764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.012	0.0148	0.0084	0.0042	0.0146	0.0177	0.014	0.0042	0.0042	0.0084	0.0042	0.0093	0.0023	0.0052	0.0023	0.0026
chrX	2290372	2290662	chrX:2290373-2290662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0559	0.058	0.0615	0.0475	0.0318	0.0612	0.0796	0.0786	0.0318	0.0435	0.0556	0.0435	0.0434	0.0138	0.0368	0.0138	0.0287
chrX	2290754	2290980	chrX:2290755-2290980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0356	0.043	0.0285	0.018	0.0316	0.0523	0.05	0.018	0.0302	0.0399	0.0302	0.0442	0.01	0.0219	0.01	0.0188
chrX	2290990	2291141	chrX:2290991-2291141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.014	0.0228	0.0173	0.0032	0.0155	0.019	0.0193	0.0032	0.0187	0.0203	0.0187	0.0194	0.0054	0.0064	0.0054	0.0073
chrX	2291493	2291646	chrX:2291494-2291646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0138	0.0235	0.0156	0.0021	0.0175	0.0164	0.022	0.0021	0.0145	0.0206	0.0145	0.0124	0.0023	0.0142	0.0023	0.012
chrX	2291774	2292022	chrX:2291775-2292022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0303	0.0261	0.0135	0.0148	0.0257	0.0428	0.05	0.0148	0.0151	0.0267	0.0151	0.0093	0.0061	0.0116	0.0061	0.0135
chrX	2293606	2293842	chrX:2293607-2293842	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0418	0.0521	0.0584	0.012	0.0255	0.034	0.0601	0.1146	0.0255	0.0266	0.1164	0.0266	0.0147	0.0054	0.0239	0.0054	0.0078
chrX	2302285	2302450	chrX:2302286-2302450	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0408	0.0849	0.0298	0.0035	0.0795	0.051	0.1029	0.1639	0.0795	0.0199	0.0537	0.0199	0.007	0.0015	0.0032	0.0015	0.0026
chrX	2302733	2302938	chrX:2302734-2302938	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0619	0.1287	0.0449	0.0058	0.1092	0.0898	0.1557	0.2392	0.1092	0.0332	0.0807	0.0332	0.0132	0.0038	0.0077	0.0038	0.0031
chrX	2304869	2305040	chrX:2304870-2305040	FBgn0040385	CG12496	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0723	0.0743	0.1105	0.0281	0.0318	0.1131	0.051	0.1359	0.0318	0.1564	0.1019	0.1564	0.0294	0.0115	0.0187	0.0115	0.0068
chrX	2306892	2307043	chrX:2306893-2307043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0197	0.0339	0.0184	0.0053	0.0244	0.0306	0.0528	0.0373	0.0244	0.0296	0.018	0.0296	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0016
chrX	2308101	2308274	chrX:2308102-2308274	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0217	0.0373	0.0208	0.0052	0.018	0.0383	0.0238	0.0913	0.018	0.0145	0.0254	0.0145	0.0062	0.0023	0.0045	0.0023	0.0042
chrX	2311556	2311707	chrX:2311557-2311707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.012	0.0132	0.0159	0.0064	0.0053	0.0131	0.019	0.0153	0.0053	0.0097	0.0122	0.0097	0.0085	0.0038	0.0058	0.0038	0.0042
chrX	2311955	2312106	chrX:2311956-2312106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0142	0.0145	0.0208	0.0067	0.0021	0.016	0.026	0.0127	0.0021	0.0085	0.017	0.0085	0.0077	0.0046	0.0045	0.0046	0.0063
chrX	2313050	2313201	chrX:2313051-2313201	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0229	0.0246	0.0162	0.0106	0.0238	0.0298	0.0286	0.0106	0.026	0.017	0.026	0.0178	0.0092	0.0084	0.0092	0.0089
chrX	2313260	2313492	chrX:2313261-2313492	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0465	0.0455	0.0547	0.0387	0.0191	0.0442	0.0662	0.0586	0.0191	0.0604	0.054	0.0604	0.0542	0.0268	0.0387	0.0268	0.0344
chrX	2313654	2313831	chrX:2313655-2313831	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.079	0.1082	0.0824	0.0477	0.0966	0.0921	0.1073	0.0477	0.1268	0.1174	0.1268	0.1038	0.0972	0.0858	0.0972	0.0922
chrX	2321313	2321616	chrX:2321314-2321616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0332	0.0629	0.0264	0.0075	0.0647	0.0456	0.106	0.0613	0.0647	0.032	0.0289	0.032	0.0217	0.0123	0.0097	0.0123	0.0073
chrX	2321743	2321894	chrX:2321744-2321894	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.022	0.0446	0.0165	0.0026	0.0477	0.0248	0.0835	0.0413	0.0477	0.0169	0.0183	0.0169	0.0116	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chrX	2322029	2322302	chrX:2322030-2322302	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0687	0.0278	0.0088	0.0636	0.0456	0.1138	0.0799	0.0636	0.0308	0.0334	0.0308	0.0155	0.0092	0.009	0.0092	0.0073
chrX	2322976	2323218	chrX:2322977-2323218	FBgn0001150	gt	stage11,stage5	none	VT55790.1,gt_-1_construct	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1292	0.1925	0.1405	0.0461	0.1813	0.1801	0.2526	0.2445	0.1813	0.1612	0.183	0.1612	0.0418	0.0253	0.0406	0.0253	0.0172
chrX	2324757	2325056	chrX:2324758-2325056	distal	distal	none	none	VT55790.1,VT55791.1,gt_-3_construct_NR	VT55791.1,gt_-3_construct_NR	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0426	0.0956	0.0216	0.0065	0.0997	0.051	0.1869	0.0706	0.0997	0.0236	0.0267	0.0236	0.0147	0.0069	0.009	0.0069	0.0047
chrX	2325331	2325482	chrX:2325332-2325482	distal	distal	none	none	VT55790.1,VT55791.1,gt_-3_construct_NR	VT55791.1,gt_-3_construct_NR	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0211	0.0457	0.0122	0.0035	0.0488	0.0165	0.0952	0.038	0.0488	0.0151	0.0148	0.0151	0.0085	0.0015	0.0052	0.0015	0.0036
chrX	2329050	2329272	chrX:2329051-2329272	distal	distal	stage11	stage11	VT55793.1	VT55793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0789	0.068	0.126	0.0394	0.0318	0.0801	0.0783	0.1033	0.0318	0.1335	0.174	0.1335	0.0449	0.0123	0.04	0.0123	0.0162
chrX	2331134	2331285	chrX:2331135-2331285	distal	distal	stage5	stage5	VT55794.1,VT55795.1	VT55794.1,VT55795.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0171	0.0327	0.0128	0.0043	0.0223	0.0466	0.035	0.0373	0.0223	0.0103	0.017	0.0103	0.0101	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chrX	2331587	2331738	chrX:2331588-2331738	distal	distal	none	none	VT55794.1,VT55795.1	VT55794.1,VT55795.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0169	0.0285	0.0154	0.0056	0.0106	0.0442	0.0333	0.0326	0.0106	0.0175	0.0161	0.0175	0.0155	0.0069	0.0032	0.0069	0.0078
chrX	2332319	2332511	chrX:2332320-2332511	distal	distal	stage5	stage5	VT55795.1,gt_gt23	VT55795.1,gt_gt23	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0303	0.0683	0.0136	0.0063	0.0636	0.0393	0.1133	0.0873	0.0636	0.0157	0.0161	0.0157	0.007	0.0046	0.0077	0.0046	0.0052
chrX	2332590	2332751	chrX:2332591-2332751	distal	distal	stage5	stage5	VT55795.1,gt_gt23	VT55795.1,gt_gt23	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0247	0.0567	0.0107	0.0043	0.0583	0.0233	0.1142	0.0493	0.0583	0.0115	0.0122	0.0115	0.0093	0.0046	0.0045	0.0046	0.0036
chrX	2333775	2333926	chrX:2333776-2333926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0233	0.041	0.0217	0.0052	0.0148	0.0461	0.0337	0.0899	0.0148	0.0175	0.0248	0.0175	0.0124	0.0031	0.0071	0.0031	0.0031
chrX	2334328	2334508	chrX:2334329-2334508	distal	distal	none	none	VT55797.1	VT55797.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0207	0.0338	0.0365	0.0085	0.0233	0.0251	0.0313	0.0085	0.0175	0.0254	0.0175	0.0077	0.0069	0.0103	0.0069	0.0094
chrX	2335313	2335464	chrX:2335314-2335464	distal	distal	none	none	VT55797.1	VT55797.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.021	0.0381	0.0168	0.0064	0.0191	0.0282	0.048	0.0733	0.0191	0.0127	0.0222	0.0127	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0036
chrX	2337633	2337822	chrX:2337634-2337822	FBgn0003714	tko	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0404	0.0787	0.0538	0.0095	0.0505	0.0528	0.052	0.0095	0.0894	0.0891	0.0894	0.0821	0.0482	0.0574	0.0482	0.0636
chrX	2337964	2338144	chrX:2337965-2338144	FBgn0003714	tko	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.1108	0.1745	0.1225	0.0583	0.1398	0.1293	0.1499	0.0583	0.1938	0.199	0.1938	0.1751	0.1286	0.1251	0.1286	0.1381
chrX	2341640	2341807	chrX:2341641-2341807	FBgn0004050	z	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0989	0.0879	0.1202	0.088	0.0562	0.1068	0.1077	0.1079	0.0562	0.1401	0.1412	0.1401	0.1015	0.1003	0.0793	0.1003	0.1016
chrX	2341898	2342084	chrX:2341899-2342084	FBgn0004050	z	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1818	0.1677	0.2136	0.1628	0.1209	0.2083	0.1894	0.2119	0.1209	0.2681	0.2305	0.2681	0.1936	0.1662	0.1792	0.1662	0.1787
chrX	2342145	2342313	chrX:2342146-2342313	FBgn0004050	z	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1426	0.1296	0.1712	0.1257	0.105	0.1617	0.1484	0.1586	0.105	0.2222	0.183	0.2222	0.1619	0.1172	0.1193	0.1172	0.1532
chrX	2347773	2347963	chrX:2347774-2347963	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT55804.1	VT55804.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0621	0.0992	0.0614	0.0213	0.07	0.0903	0.1073	0.1819	0.07	0.0411	0.0981	0.0411	0.0434	0.0176	0.0297	0.0176	0.0172
chrX	2348000	2348214	chrX:2348001-2348214	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT55804.1	VT55804.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0733	0.114	0.0739	0.0273	0.0806	0.1112	0.1263	0.1912	0.0806	0.0537	0.1177	0.0537	0.0503	0.0268	0.0387	0.0268	0.0276
chrX	2349693	2349955	chrX:2349694-2349955	distal	distal	none	none	VT55804.1,VT55805.1	VT55804.1,VT55805.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0232	0.0211	0.0273	0.0212	0.0021	0.0204	0.0229	0.044	0.0021	0.0145	0.0466	0.0145	0.0248	0.0077	0.0709	0.0077	0.012
chrX	2350824	2350975	chrX:2350825-2350975	distal	distal	none	none	VT55805.1	VT55805.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0164	0.0142	0.0178	0.0174	0.0074	0.0165	0.0173	0.0207	0.0074	0.0181	0.0235	0.0181	0.024	0.0498	0.0181	0.0498	0.0109
chrX	2351393	2351544	chrX:2351394-2351544	distal	distal	none	none	VT55805.1,VT55806.1	VT55805.1,VT55806.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0107	0.0083	0.0096	0.0146	0.0011	0.0053	0.0147	0.0133	0.0011	0.0024	0.0129	0.0024	0.0194	0.0345	0.0135	0.0345	0.0125
chrX	2355535	2355686	chrX:2355536-2355686	distal	distal	none	none	VT55808.1	VT55808.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.011	0.0274	0.0234	0.0064	0.015	0.0125	0.014	0.0064	0.0109	0.0347	0.0109	0.0581	0.0391	0.0316	0.0391	0.0292
chrX	2355981	2356149	chrX:2355982-2356149	distal	distal	stage11	stage11	VT55808.1	VT55808.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0115	0.0376	0.0224	0.0011	0.0146	0.0173	0.0133	0.0011	0.0133	0.0463	0.0133	0.0868	0.0145	0.0258	0.0145	0.0464
chrX	2356253	2356413	chrX:2356254-2356413	distal	distal	stage11	stage11	VT55808.1	VT55808.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0215	0.0093	0.0383	0.0167	0.0032	0.0218	0.0056	0.008	0.0032	0.0103	0.0543	0.0103	0.0782	0.0077	0.0187	0.0077	0.036
chrX	2356416	2356631	chrX:2356417-2356631	distal	distal	stage11	stage11	VT55808.1	VT55808.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0282	0.0143	0.0492	0.0205	0.0064	0.0204	0.0156	0.016	0.0064	0.0145	0.0659	0.0145	0.1162	0.01	0.0251	0.01	0.0412
chrX	2357250	2357433	chrX:2357251-2357433	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT55809.1	VT55809.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0477	0.029	0.0755	0.038	0.018	0.0277	0.0268	0.0613	0.018	0.0187	0.1566	0.0187	0.0372	0.0077	0.1296	0.0077	0.0198
chrX	2357459	2357731	chrX:2357460-2357731	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT55809.1	VT55809.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0601	0.0508	0.0854	0.0426	0.0339	0.0383	0.0567	0.1066	0.0339	0.0229	0.1794	0.0229	0.0426	0.0145	0.1289	0.0145	0.0287
chrX	2359662	2360247	chrX:2359663-2360247	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT55810.1,VT55811.1	VT55810.1,VT55811.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1308	0.1853	0.1538	0.0447	0.1983	0.1248	0.2496	0.2845	0.1983	0.0435	0.2495	0.0435	0.2393	0.023	0.0864	0.023	0.0604
chrX	2361356	2361507	chrX:2361357-2361507	distal	distal	none	none	VT55811.1	VT55811.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0238	0.0196	0.0294	0.0224	0.0127	0.0146	0.0311	0.0273	0.0127	0.0139	0.0508	0.0139	0.0302	0.0345	0.0393	0.0345	0.0188
chrX	2361853	2362004	chrX:2361854-2362004	distal	distal	stage11	stage11	VT55811.1,VT55812.1	VT55811.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0316	0.0188	0.0575	0.0174	0.0106	0.017	0.0212	0.036	0.0106	0.0157	0.1058	0.0157	0.0573	0.0123	0.0432	0.0123	0.0156
chrX	2362066	2362588	chrX:2362067-2362588	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT55811.1,VT55812.1	VT55811.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0968	0.084	0.1476	0.0553	0.0615	0.0743	0.0843	0.1606	0.0615	0.0393	0.2887	0.0393	0.0984	0.0283	0.1567	0.0283	0.0339
chrX	2362859	2363018	chrX:2362860-2363018	distal	distal	none	none	VT55812.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0355	0.0242	0.0553	0.0265	0.0106	0.0257	0.0277	0.0406	0.0106	0.0272	0.0968	0.0272	0.0534	0.0498	0.0458	0.0498	0.0234
chrX	2363572	2363860	chrX:2363573-2363860	FBgn0040388	boi	stage14,stage5	none	VT55812.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0823	0.0739	0.1088	0.0628	0.0509	0.084	0.0796	0.1179	0.0509	0.1196	0.1431	0.1196	0.1108	0.0873	0.0845	0.0873	0.0766
chrX	2364007	2364184	chrX:2364008-2364184	FBgn0040388	boi	stage11,stage14,stage5	none	VT55812.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1491	0.1456	0.1827	0.1161	0.122	0.1612	0.1605	0.2125	0.122	0.218	0.2267	0.218	0.1696	0.1432	0.1386	0.1432	0.16
chrX	2366565	2366716	chrX:2366566-2366716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.017	0.03	0.0138	0.0058	0.0117	0.0194	0.0636	0.0247	0.0117	0.0157	0.0141	0.0157	0.0132	0.0038	0.0032	0.0038	0.0125
chrX	2375322	2375473	chrX:2375323-2375473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0189	0.0103	0.0063	0.0085	0.0078	0.045	0.0133	0.0085	0.0091	0.0151	0.0091	0.007	0.0069	0.0064	0.0069	0.0094
chrX	2390026	2390177	chrX:2390027-2390177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0303	0.0161	0.0136	0.0127	0.0175	0.0506	0.046	0.0127	0.0187	0.019	0.0187	0.0139	0.013	0.0174	0.013	0.0182
chrX	2390453	2390604	chrX:2390454-2390604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0166	0.0288	0.0133	0.0065	0.0085	0.017	0.0519	0.04	0.0085	0.0133	0.0154	0.0133	0.017	0.0084	0.0103	0.0084	0.0068
chrX	2393154	2393320	chrX:2393155-2393320	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0217	0.0379	0.0195	0.0061	0.0244	0.032	0.0623	0.0426	0.0244	0.0157	0.0241	0.0157	0.0132	0.0061	0.0019	0.0061	0.0099
chrX	2394335	2394486	chrX:2394336-2394486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.013	0.0226	0.0102	0.0056	0.018	0.0126	0.0463	0.0173	0.018	0.0103	0.0113	0.0103	0.0093	0.0031	0.0045	0.0031	0.0094
chrX	2394771	2394922	chrX:2394772-2394922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0126	0.0226	0.0085	0.0061	0.0117	0.0155	0.0433	0.022	0.0117	0.0115	0.008	0.0115	0.0039	0.0077	0.0039	0.0077	0.0083
chrX	2403171	2403322	chrX:2403172-2403322	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0065	0.0031	0.0062	0.0106	0	0.0034	0.0061	0.0027	0	0.006	0.0039	0.006	0.0155	0.0038	0.0039	0.0038	0.0307
chrX	2403355	2403506	chrX:2403356-2403506	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0076	0.0046	0.0057	0.0131	0	0.0044	0.0078	0.0067	0	0.0054	0.0055	0.0054	0.0101	0.01	0.0064	0.01	0.0344
chrX	2410525	2410676	chrX:2410526-2410676	distal	distal	none	none	VT55834.1	VT55834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0151	0.0095	0.0161	0.0202	0.0032	0.0112	0.0186	0.0033	0.0032	0.038	0.0103	0.038	0.0163	0.0743	0.0084	0.0743	0.0115
chrX	2411651	2411865	chrX:2411652-2411865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0571	0.0621	0.0561	0.0526	0.0414	0.0524	0.0874	0.0866	0.0414	0.0586	0.0678	0.0586	0.0511	0.0727	0.0606	0.0727	0.0422
chrX	2412039	2412220	chrX:2412040-2412220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0677	0.0828	0.0668	0.0521	0.0615	0.0825	0.1064	0.1133	0.0615	0.064	0.0875	0.064	0.0503	0.0421	0.0651	0.0421	0.0365
chrX	2418617	2418796	chrX:2418618-2418796	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT55839.1	VT55839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0601	0.047	0.0656	0.0688	0.0286	0.0481	0.0657	0.06	0.0286	0.0767	0.0688	0.0767	0.079	0.0727	0.0683	0.0727	0.0985
chrX	2418968	2419257	chrX:2418969-2419257	distal	distal	none	none	VT55839.1	VT55839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0278	0.0177	0.0256	0.0415	0.0095	0.0199	0.0238	0.022	0.0095	0.0242	0.0228	0.0242	0.0457	0.0337	0.0413	0.0337	0.0803
chrX	2419520	2419671	chrX:2419521-2419671	distal	distal	none	none	VT55839.1	VT55839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0133	0.0101	0.0113	0.0191	0.0042	0.0087	0.0186	0.01	0.0042	0.0103	0.0119	0.0103	0.0186	0.0092	0.0084	0.0092	0.0464
chrX	2424938	2425089	chrX:2424939-2425089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0125	0.0093	0.0096	0.0191	0.0053	0.0097	0.0151	0.0087	0.0053	0.0097	0.0103	0.0097	0.017	0.0459	0.009	0.0459	0.025
chrX	2425219	2425408	chrX:2425220-2425408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0145	0.0093	0.0109	0.0242	0.0064	0.0117	0.0134	0.0073	0.0064	0.0097	0.0116	0.0097	0.0201	0.0398	0.0123	0.0398	0.0474
chrX	2425500	2425651	chrX:2425501-2425651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0121	0.0091	0.0099	0.018	0.0085	0.0068	0.0169	0.0067	0.0085	0.0097	0.0084	0.0097	0.0201	0.0245	0.0103	0.0245	0.0354
chrX	2426046	2426197	chrX:2426047-2426197	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0075	0.0041	0.0057	0.0131	0	0.0015	0.0104	0.0033	0	0.0091	0.0032	0.0091	0.0085	0.0306	0.0097	0.0306	0.0094
chrX	2430464	2430615	chrX:2430465-2430615	distal	distal	none	none	VT55846.1	VT55846.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0133	0.0072	0.0145	0.0187	0.0032	0.0078	0.0108	0.0087	0.0032	0.0229	0.0113	0.0229	0.0217	0.0375	0.0297	0.0375	0.0172
chrX	2430812	2430963	chrX:2430813-2430963	distal	distal	none	none	VT55846.1	VT55846.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0105	0.0213	0.0216	0.0032	0.0121	0.0177	0.008	0.0032	0.0254	0.0244	0.0254	0.0256	0.0291	0.0335	0.0291	0.0224
chrX	2431518	2431669	chrX:2431519-2431669	distal	distal	none	none	VT55846.1	VT55846.1	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0098	0.005	0.0089	0.0162	0	0.0039	0.0095	0.004	0	0.0079	0.0113	0.0079	0.0124	0.0214	0.0264	0.0214	0.0172
chrX	2432562	2432713	chrX:2432563-2432713	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT55847.1	VT55847.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0091	0.0178	0.0276	0.0032	0.0092	0.0173	0.006	0.0032	0.0139	0.0241	0.0139	0.0232	0.0161	0.06	0.0161	0.037
chrX	2432750	2432903	chrX:2432751-2432903	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT55847.1	VT55847.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0214	0.0141	0.0234	0.0274	0.0074	0.0184	0.0177	0.0147	0.0074	0.0163	0.0225	0.0163	0.0589	0.0184	0.0368	0.0184	0.0516
chrX	2436015	2436166	chrX:2436016-2436166	distal	distal	none	none	VT55849.1	VT55849.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.009	0.0066	0.0062	0.0148	0.0021	0.0049	0.0151	0.004	0.0021	0.0066	0.0048	0.0066	0.0139	0.0352	0.0103	0.0352	0.0193
chrX	2437395	2437546	chrX:2437396-2437546	distal	distal	none	none	VT55849.1	VT55849.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0142	0.006	0.0089	0.0292	0.0011	0.0053	0.0121	0.0053	0.0011	0.0085	0.0064	0.0085	0.0271	0.0107	0.0129	0.0107	0.0865
chrX	2437722	2437873	chrX:2437723-2437873	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0106	0.0045	0.0076	0.0206	0.0032	0.0073	0.0069	7e-04	0.0032	0.006	0.0051	0.006	0.0217	0.0069	0.0084	0.0069	0.0604
chrX	2439444	2439649	chrX:2439445-2439649	FBgn0261451	trol	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0624	0.0268	0.0555	0.1097	0.0106	0.033	0.0433	0.0193	0.0106	0.0791	0.0444	0.0791	0.1092	0.1761	0.0999	0.1761	0.173
chrX	2441214	2441379	chrX:2441215-2441379	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0067	0.0141	0.0412	0.0011	0.0102	0.0121	0.002	0.0011	0.0103	0.018	0.0103	0.0201	0.0505	0.0554	0.0505	0.0354
chrX	2448010	2448161	chrX:2448011-2448161	FBgn0260753	Pdfr	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0054	0.0038	0.0088	0.0032	0.0019	0.0134	0.002	0.0032	0.0024	0.0045	0.0024	0.0031	0.0046	0.0019	0.0046	0.0026
chrX	2471838	2472102	chrX:2471839-2472102	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0572	0.0431	0.0469	0.0424	0.0563	0.0869	0.062	0.0424	0.0562	0.0453	0.0562	0.0519	0.0651	0.0574	0.0651	0.0615
chrX	2474449	2474600	chrX:2474450-2474600	FBgn0040376,FBgn0040377	CG13759,Vha36-3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0146	0.0092	0.0102	0.0255	0.0011	0.0107	0.0169	0.0067	0.0011	0.0115	0.009	0.0115	0.0186	0.085	0.0142	0.085	0.0135
chrX	2476023	2476174	chrX:2476024-2476174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0118	0.0145	0.0145	0.0021	0.0136	0.0195	0.01	0.0021	0.0175	0.0145	0.0175	0.0147	0.0145	0.0077	0.0145	0.0104
chrX	2479241	2479436	chrX:2479242-2479436	FBgn0040375	CG13760	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0632	0.0446	0.0832	0.062	0.0127	0.0592	0.0562	0.056	0.0127	0.1087	0.0894	0.1087	0.0728	0.0567	0.0703	0.0567	0.0672
chrX	2479730	2480083	chrX:2479731-2480083	FBgn0040066,FBgn0040375	CG13760,wds	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1699	0.1392	0.2169	0.1525	0.07	0.1845	0.1613	0.1799	0.07	0.2772	0.2248	0.2772	0.1975	0.1669	0.1476	0.1669	0.1579
chrX	2482444	2482620	chrX:2482445-2482620	FBgn0001404	egh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1356	0.1239	0.1602	0.1217	0.0901	0.1495	0.1449	0.1619	0.0901	0.2017	0.1765	0.2017	0.1487	0.1309	0.1167	0.1309	0.1615
chrX	2482665	2482863	chrX:2482666-2482863	FBgn0001404	egh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1303	0.1089	0.1643	0.117	0.0732	0.1359	0.1349	0.1252	0.0732	0.2095	0.1733	0.2095	0.1549	0.1286	0.1193	0.1286	0.1298
chrX	2482938	2483115	chrX:2482939-2483115	FBgn0001404	egh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0686	0.0556	0.0885	0.0614	0.0361	0.0757	0.0606	0.0693	0.0361	0.1057	0.0881	0.1057	0.0899	0.0681	0.0574	0.0681	0.0651
chrX	2483192	2483557	chrX:2483193-2483557	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0768	0.081	0.0845	0.0635	0.0339	0.1058	0.0973	0.1039	0.0339	0.09	0.0788	0.09	0.1084	0.0881	0.0664	0.0881	0.0625
chrX	2483609	2483845	chrX:2483610-2483845	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0564	0.0663	0.0657	0.0352	0.0255	0.0976	0.074	0.0826	0.0255	0.064	0.0592	0.064	0.079	0.0253	0.0271	0.0253	0.0417
chrX	2484745	2484917	chrX:2484746-2484917	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0436	0.0359	0.0522	0.0429	0.0085	0.0757	0.0311	0.0326	0.0085	0.0302	0.0379	0.0302	0.1479	0.0176	0.0155	0.0176	0.0995
chrX	2487743	2487902	chrX:2487744-2487902	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0294	0.0236	0.0372	0.0273	0.0064	0.0374	0.0316	0.02	0.0064	0.0284	0.0244	0.0284	0.1015	0.01	0.0123	0.01	0.0756
chrX	2488053	2488252	chrX:2488054-2488252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0333	0.028	0.0418	0.0299	0.0095	0.0461	0.0337	0.024	0.0095	0.0308	0.0363	0.0308	0.0984	0.0222	0.02	0.0222	0.0693
chrX	2489301	2489452	chrX:2489302-2489452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0214	0.0179	0.0246	0.0216	0.0064	0.0189	0.0251	0.0227	0.0064	0.0217	0.0177	0.0217	0.0473	0.013	0.0155	0.013	0.0505
chrX	2492041	2492192	chrX:2492042-2492192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0193	0.0231	0.0247	0.0091	0.0159	0.0209	0.026	0.042	0.0159	0.0248	0.0283	0.0248	0.0294	0.0069	0.009	0.0069	0.0099
chrX	2493032	2493183	chrX:2493033-2493183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0401	0.035	0.0128	0.0159	0.0481	0.045	0.068	0.0159	0.0453	0.0347	0.0453	0.0333	0.0123	0.0097	0.0123	0.0162
chrX	2493329	2493480	chrX:2493330-2493480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0358	0.0409	0.0163	0.0085	0.0432	0.0385	0.0653	0.0085	0.0483	0.0421	0.0483	0.0442	0.0138	0.0103	0.0138	0.0208
chrX	2497811	2498042	chrX:2497812-2498042	FBgn0004643,FBgn0011606	Klp3A,mit(1)15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.1198	0.1368	0.0628	0.0764	0.1612	0.125	0.1639	0.0764	0.1709	0.1537	0.1709	0.1193	0.0804	0.0729	0.0804	0.0948
chrX	2498131	2498315	chrX:2498132-2498315	FBgn0004643,FBgn0011606	Klp3A,mit(1)15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.1115	0.1354	0.077	0.0604	0.1568	0.1094	0.1566	0.0604	0.1661	0.1514	0.1661	0.1247	0.0881	0.0928	0.0881	0.1152
chrX	2502847	2503022	chrX:2502848-2503022	FBgn0011566	Bzd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0761	0.074	0.0867	0.0668	0.0445	0.0883	0.0913	0.0993	0.0445	0.0906	0.0981	0.0906	0.096	0.0804	0.069	0.0804	0.0865
chrX	2503081	2503291	chrX:2503082-2503291	FBgn0011566	Bzd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0502	0.0617	0.0366	0.0244	0.0607	0.0558	0.0766	0.0244	0.0676	0.0701	0.0676	0.062	0.0406	0.0368	0.0406	0.0505
chrX	2503328	2503489	chrX:2503329-2503489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0348	0.0344	0.0428	0.0265	0.0148	0.035	0.0437	0.0553	0.0148	0.0525	0.0489	0.0525	0.0411	0.0276	0.0309	0.0276	0.0334
chrX	2503495	2503660	chrX:2503496-2503660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0293	0.0346	0.0177	0.0148	0.0272	0.0381	0.048	0.0148	0.0429	0.0383	0.0429	0.0395	0.0184	0.0219	0.0184	0.0214
chrX	2504070	2504221	chrX:2504071-2504221	FBgn0029629	CG8636	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0385	0.0562	0.0404	0.0244	0.0427	0.0506	0.05	0.0244	0.0616	0.0653	0.0616	0.0604	0.0421	0.04	0.0421	0.0547
chrX	2504292	2504464	chrX:2504293-2504464	FBgn0029629	CG8636	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0737	0.093	0.0656	0.0562	0.0864	0.0895	0.0926	0.0562	0.1014	0.108	0.1014	0.0953	0.0743	0.0632	0.0743	0.0803
chrX	2511861	2512069	chrX:2511862-2512069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.053	0.0622	0.0421	0.0233	0.0626	0.0644	0.0759	0.0233	0.0839	0.0656	0.0839	0.0627	0.0521	0.0477	0.0521	0.0505
chrX	2512307	2512458	chrX:2512308-2512458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0261	0.0288	0.0313	0.0173	0.018	0.0388	0.0385	0.0273	0.018	0.0417	0.0325	0.0417	0.0395	0.0184	0.0155	0.0184	0.025
chrX	2512545	2512696	chrX:2512546-2512696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0236	0.0259	0.0153	0.0106	0.0291	0.032	0.0266	0.0106	0.0272	0.0289	0.0272	0.0349	0.0138	0.0142	0.0138	0.0245
chrX	2513490	2513666	chrX:2513491-2513666	FBgn0040334,FBgn0040336	Seipin,Tsp3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0553	0.0482	0.0721	0.0448	0.0276	0.0563	0.0601	0.0653	0.0276	0.096	0.0756	0.096	0.0713	0.0513	0.0413	0.0513	0.0657
chrX	2513739	2513934	chrX:2513740-2513934	FBgn0040334,FBgn0040336	Seipin,Tsp3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1069	0.087	0.1331	0.1003	0.0456	0.115	0.0969	0.1219	0.0456	0.1806	0.1482	0.1806	0.1309	0.1133	0.1044	0.1133	0.1397
chrX	2518727	2518910	chrX:2518728-2518910	FBgn0040333,FBgn0261922	PI4KIIIalpha,brv3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0988	0.0845	0.1241	0.087	0.0456	0.1097	0.1029	0.1039	0.0456	0.1534	0.1415	0.1534	0.1162	0.0926	0.087	0.0926	0.1261
chrX	2519027	2519178	chrX:2519028-2519178	FBgn0040333,FBgn0261922	PI4KIIIalpha,brv3	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0338	0.053	0.0365	0.0191	0.0432	0.0389	0.0446	0.0191	0.0604	0.063	0.0604	0.0442	0.0352	0.0342	0.0352	0.0479
chrX	2519425	2519576	chrX:2519426-2519576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0198	0.0192	0.0256	0.0139	0.0127	0.018	0.0277	0.0247	0.0127	0.026	0.0264	0.026	0.0248	0.0138	0.0148	0.0138	0.0156
chrX	2520612	2520763	chrX:2520613-2520763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0221	0.0284	0.0171	0.0074	0.0277	0.0238	0.0333	0.0074	0.0272	0.0334	0.0272	0.0325	0.0145	0.0142	0.0145	0.024
chrX	2527884	2528077	chrX:2527885-2528077	FBgn0003371	sgg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1566	0.1452	0.1871	0.1359	0.106	0.1743	0.1765	0.1772	0.106	0.2234	0.2055	0.2234	0.182	0.1516	0.1431	0.1516	0.148
chrX	2528144	2528338	chrX:2528145-2528338	FBgn0003371	sgg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1454	0.123	0.1787	0.134	0.0933	0.1461	0.141	0.1639	0.0933	0.2071	0.2061	0.2071	0.1689	0.1462	0.1438	0.1462	0.1511
chrX	2528396	2528567	chrX:2528397-2528567	FBgn0003371	sgg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1444	0.1259	0.1765	0.1298	0.088	0.1519	0.1453	0.1686	0.088	0.2271	0.1945	0.2271	0.1611	0.1485	0.1406	0.1485	0.1501
chrX	2528666	2528836	chrX:2528667-2528836	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1449	0.1352	0.1782	0.1192	0.088	0.1597	0.1683	0.1712	0.088	0.2367	0.192	0.2367	0.1751	0.1409	0.1167	0.1409	0.1449
chrX	2528978	2529137	chrX:2528979-2529137	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0614	0.0685	0.0753	0.0383	0.0382	0.0777	0.0882	0.0859	0.0382	0.1057	0.083	0.1057	0.0705	0.0406	0.0348	0.0406	0.0422
chrX	2530071	2530338	chrX:2530072-2530338	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1026	0.1125	0.1306	0.0607	0.0679	0.1388	0.1345	0.1439	0.0679	0.1987	0.1302	0.1987	0.1108	0.0666	0.0522	0.0666	0.0495
chrX	2530406	2530620	chrX:2530407-2530620	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0896	0.1143	0.1022	0.0483	0.0785	0.1296	0.1466	0.1452	0.0785	0.1564	0.1199	0.1564	0.0674	0.026	0.0368	0.026	0.0281
chrX	2530989	2531217	chrX:2530990-2531217	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.091	0.1235	0.0976	0.0473	0.0817	0.1379	0.1535	0.1646	0.0817	0.1461	0.1087	0.1461	0.0465	0.026	0.0316	0.026	0.0245
chrX	2531290	2531492	chrX:2531291-2531492	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0565	0.0742	0.0613	0.0316	0.0477	0.0777	0.0921	0.1073	0.0477	0.0827	0.0778	0.0827	0.0263	0.0306	0.029	0.0306	0.0318
chrX	2536005	2536285	chrX:2536006-2536285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0735	0.0718	0.039	0.0435	0.083	0.0934	0.0986	0.0435	0.09	0.0791	0.09	0.062	0.0444	0.038	0.0444	0.0386
chrX	2536638	2536820	chrX:2536639-2536820	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1504	0.1373	0.1712	0.1422	0.1039	0.1631	0.1553	0.1845	0.1039	0.2101	0.1723	0.2101	0.1836	0.147	0.1425	0.147	0.1647
chrX	2536949	2537149	chrX:2536950-2537149	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1151	0.1001	0.144	0.1003	0.0732	0.1325	0.106	0.1312	0.0732	0.1872	0.1505	0.1872	0.1433	0.0965	0.107	0.0965	0.1042
chrX	2537267	2537489	chrX:2537268-2537489	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1282	0.1043	0.1614	0.1185	0.07	0.1345	0.1176	0.1299	0.07	0.2095	0.1669	0.2095	0.1712	0.1217	0.1109	0.1217	0.1496
chrX	2537537	2537728	chrX:2537538-2537728	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0556	0.0436	0.0684	0.055	0.0308	0.0456	0.0627	0.048	0.0308	0.0803	0.0778	0.0803	0.079	0.0658	0.0651	0.0658	0.0719
chrX	2539721	2539872	chrX:2539722-2539872	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0389	0.034	0.0388	0.0443	0.0159	0.0379	0.0398	0.0533	0.0159	0.0513	0.0383	0.0513	0.0442	0.0505	0.0535	0.0505	0.0719
chrX	2540089	2540357	chrX:2540090-2540357	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0941	0.0497	0.0873	0.1512	0.0308	0.0617	0.0588	0.066	0.0308	0.1063	0.0823	0.1063	0.1441	0.2144	0.1625	0.2144	0.2194
chrX	2540540	2540735	chrX:2540541-2540735	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1259	0.088	0.1392	0.1536	0.0594	0.1044	0.1003	0.1213	0.0594	0.1697	0.1405	0.1697	0.1913	0.1799	0.1612	0.1799	0.2298
chrX	2546111	2546414	chrX:2546112-2546414	distal	distal	stage14	stage14	VT55906.1	VT55906.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0451	0.0361	0.0506	0.049	0.0201	0.0466	0.0433	0.048	0.0201	0.055	0.055	0.055	0.0751	0.0521	0.0535	0.0521	0.0709
chrX	2546594	2546781	chrX:2546595-2546781	distal	distal	stage14	stage14	VT55906.1	VT55906.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0739	0.0319	0.0811	0.1131	0.017	0.049	0.0346	0.036	0.017	0.0984	0.0936	0.0984	0.1069	0.1715	0.1412	0.1715	0.1412
chrX	2547685	2547836	chrX:2547686-2547836	distal	distal	none	none	VT55906.1,VT55907.1	VT55906.1,VT55907.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0193	0.0199	0.0276	0.0138	0.0228	0.026	0.0207	0.0138	0.0211	0.0206	0.0211	0.0302	0.013	0.0187	0.013	0.0709
chrX	2549186	2549337	chrX:2549187-2549337	distal	distal	none	none	VT55907.1	VT55907.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0233	0.0189	0.022	0.018	0.0209	0.0298	0.034	0.018	0.0223	0.0183	0.0223	0.0201	0.0123	0.0135	0.0123	0.0281
chrX	2549594	2549889	chrX:2549595-2549889	distal	distal	none	none	VT55907.1	VT55907.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0371	0.047	0.0324	0.0312	0.0435	0.0393	0.0709	0.054	0.0435	0.0356	0.0363	0.0356	0.0465	0.0145	0.0245	0.0145	0.0631
chrX	2550151	2550323	chrX:2550152-2550323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0434	0.0372	0.0253	0.0318	0.0529	0.0545	0.0493	0.0318	0.0453	0.0392	0.0453	0.0442	0.0299	0.02	0.0299	0.0276
chrX	2551516	2551705	chrX:2551517-2551705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.03	0.0254	0.034	0.0306	0.0159	0.0214	0.0316	0.0413	0.0159	0.0423	0.0331	0.0423	0.0356	0.0184	0.0226	0.0184	0.0271
chrX	2552536	2552822	chrX:2552537-2552822	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1149	0.0687	0.1225	0.1583	0.0403	0.0995	0.0644	0.0939	0.0403	0.1232	0.109	0.1232	0.2533	0.2129	0.1489	0.2129	0.2439
chrX	2553578	2553754	chrX:2553579-2553754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0375	0.0323	0.0515	0.028	0.0148	0.0369	0.042	0.044	0.0148	0.0725	0.0479	0.0725	0.062	0.0291	0.0226	0.0291	0.0495
chrX	2555403	2555639	chrX:2555404-2555639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0376	0.0339	0.0398	0.0393	0.0148	0.0505	0.0389	0.036	0.0148	0.0362	0.0289	0.0362	0.1146	0.0268	0.0168	0.0268	0.1021
chrX	2555794	2555970	chrX:2555795-2555970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0188	0.0255	0.0354	0.0064	0.0262	0.0225	0.0227	0.0064	0.0272	0.0161	0.0272	0.0736	0.0115	0.0155	0.0115	0.1053
chrX	2556830	2556981	chrX:2556831-2556981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0174	0.0162	0.0241	0.0127	0.0218	0.0199	0.0207	0.0127	0.0242	0.0154	0.0242	0.0155	0.0521	0.0116	0.0521	0.0365
chrX	2557846	2558049	chrX:2557847-2558049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0407	0.0327	0.0476	0.0422	0.0212	0.0408	0.0389	0.04	0.0212	0.0513	0.0553	0.0513	0.0651	0.0559	0.0522	0.0559	0.0667
chrX	2563397	2563548	chrX:2563398-2563548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.019	0.0206	0.0231	0.0128	0.0095	0.0306	0.0186	0.0286	0.0095	0.0393	0.0225	0.0393	0.0232	0.0153	0.0097	0.0153	0.0193
chrX	2563576	2563727	chrX:2563577-2563727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0215	0.0219	0.0274	0.0146	0.0148	0.0301	0.0225	0.0286	0.0148	0.0423	0.0286	0.0423	0.024	0.0161	0.0135	0.0161	0.0219
chrX	2567156	2567307	chrX:2567157-2567307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0152	0.0172	0.0195	0.0084	0.0074	0.017	0.0247	0.024	0.0074	0.0223	0.018	0.0223	0.0318	0.01	0.009	0.01	0.012
chrX	2569347	2569561	chrX:2569348-2569561	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0418	0.0512	0.044	0.029	0.0392	0.0549	0.0575	0.072	0.0392	0.0507	0.0547	0.0507	0.0426	0.0475	0.0297	0.0475	0.036
chrX	2571335	2571548	chrX:2571336-2571548	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0275	0.0339	0.028	0.0196	0.017	0.0398	0.0324	0.0606	0.017	0.0399	0.0293	0.0399	0.0256	0.0184	0.0174	0.0184	0.0261
chrX	2573046	2573197	chrX:2573047-2573197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0196	0.0208	0.0181	0.0085	0.0209	0.0255	0.0293	0.0085	0.0302	0.0203	0.0302	0.0186	0.0299	0.0116	0.0299	0.0261
chrX	2573295	2573446	chrX:2573296-2573446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0173	0.0258	0.0255	0.0085	0.0228	0.0195	0.022	0.0085	0.0356	0.0244	0.0356	0.0287	0.0345	0.0206	0.0345	0.0412
chrX	2573553	2573710	chrX:2573554-2573710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0317	0.0377	0.0338	0.0212	0.0403	0.0359	0.0413	0.0212	0.0459	0.0421	0.0459	0.0349	0.0482	0.0361	0.0482	0.05
chrX	2575715	2575881	chrX:2575716-2575881	FBgn0011276	HLH3B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0216	0.0566	0.038	0.0053	0.0286	0.0229	0.036	0.0053	0.0713	0.0431	0.0713	0.0163	0.0214	0.0103	0.0214	0.0151
chrX	2577280	2577431	chrX:2577281-2577431	FBgn0025838	CG2652	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0122	0.0192	0.0276	0.0042	0.015	0.0177	0.014	0.0042	0.0223	0.0145	0.0223	0.0101	0.0176	0.0071	0.0176	0.0083
chrX	2577823	2578067	chrX:2577824-2578067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0176	0.015	0.0192	0.0189	0.0042	0.0136	0.0277	0.014	0.0042	0.0163	0.0154	0.0163	0.0139	0.0107	0.0039	0.0107	0.0151
chrX	2578109	2578260	chrX:2578110-2578260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0101	0.016	0.0171	0.0011	0.0146	0.0143	0.0107	0.0011	0.0193	0.0132	0.0193	0.0155	0.0084	0.0052	0.0084	0.0151
chrX	2578620	2578771	chrX:2578621-2578771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.019	0.0222	0.0178	0.0169	0.0106	0.0228	0.0333	0.0273	0.0106	0.0223	0.0174	0.0223	0.0194	0.0123	0.0097	0.0123	0.0141
chrX	2580144	2580295	chrX:2580145-2580295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0108	0.0136	0.0094	0.0093	0.0042	0.0121	0.0195	0.0207	0.0042	0.0121	0.0103	0.0121	0.0108	0.0276	0.0045	0.0276	0.0073
chrX	2586385	2586536	chrX:2586386-2586536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0181	0.0193	0.0223	0.0121	0.0085	0.0204	0.0311	0.02	0.0085	0.0459	0.018	0.0459	0.017	0.0268	0.0052	0.0268	0.0135
chrX	2586596	2586857	chrX:2586597-2586857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0276	0.0343	0.0311	0.0164	0.0159	0.034	0.0515	0.0413	0.0159	0.0489	0.0312	0.0489	0.0256	0.0268	0.0123	0.0268	0.0203
chrX	2586963	2587131	chrX:2586964-2587131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0279	0.0293	0.0135	0.0127	0.0272	0.0411	0.04	0.0127	0.0302	0.0363	0.0302	0.0271	0.0115	0.0193	0.0115	0.0151
chrX	2588238	2588389	chrX:2588239-2588389	FBgn0000092	CG2650	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0207	0.0218	0.0239	0.0162	0.0074	0.0194	0.032	0.0333	0.0074	0.0266	0.0309	0.0266	0.0225	0.0153	0.0329	0.0153	0.0151
chrX	2588502	2588653	chrX:2588503-2588653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0192	0.0193	0.023	0.015	0.0064	0.0252	0.0242	0.026	0.0064	0.026	0.0286	0.026	0.0225	0.0092	0.0309	0.0092	0.0156
chrX	2591934	2592114	chrX:2591935-2592114	FBgn0024992	CG2658	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0444	0.0435	0.0562	0.0326	0.0233	0.0549	0.0567	0.048	0.0233	0.067	0.0637	0.067	0.0558	0.0406	0.0316	0.0406	0.038
chrX	2592186	2592364	chrX:2592187-2592364	FBgn0024992,FBgn0024993	CG2658,CG2662	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1033	0.096	0.127	0.0855	0.0498	0.1199	0.1133	0.1286	0.0498	0.1649	0.1392	0.1649	0.1131	0.0904	0.0864	0.0904	0.1021
chrX	2592473	2592792	chrX:2592474-2592792	FBgn0024992,FBgn0024993	CG2658,CG2662	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1253	0.1178	0.1558	0.1003	0.0594	0.1456	0.1354	0.1679	0.0594	0.1854	0.1711	0.1854	0.1565	0.0972	0.0974	0.0972	0.1277
chrX	2597103	2597327	chrX:2597104-2597327	FBgn0024994	Csat	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0182	0.0345	0.0386	0.0053	0.0209	0.0264	0.0207	0.0053	0.032	0.0389	0.032	0.0496	0.0337	0.0471	0.0337	0.0604
chrX	2597713	2597916	chrX:2597714-2597916	FBgn0024994	Csat	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0745	0.0386	0.0793	0.1092	0.0159	0.0587	0.0376	0.052	0.0159	0.0821	0.0871	0.0821	0.1131	0.1064	0.1302	0.1064	0.16
chrX	2597932	2598152	chrX:2597933-2598152	FBgn0024994,FBgn0024996	Csat,eIF2B-beta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0944	0.0674	0.1036	0.1146	0.0435	0.0864	0.0692	0.0986	0.0435	0.1039	0.1141	0.1039	0.1402	0.1156	0.127	0.1156	0.1542
chrX	2598560	2598764	chrX:2598561-2598764	FBgn0024996	eIF2B-beta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0845	0.0805	0.1014	0.0705	0.0604	0.1	0.0939	0.1053	0.0604	0.128	0.1113	0.128	0.103	0.0666	0.0774	0.0666	0.0928
chrX	2601451	2601602	chrX:2601452-2601602	FBgn0024995	CG2680	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0287	0.026	0.0307	0.0294	0.0117	0.032	0.0316	0.0346	0.0117	0.0266	0.035	0.0266	0.0364	0.0276	0.0181	0.0276	0.0302
chrX	2601856	2602030	chrX:2601857-2602030	FBgn0024995	CG2680	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.047	0.0495	0.0397	0.0308	0.0534	0.0558	0.0666	0.0308	0.0429	0.0592	0.0429	0.0612	0.0406	0.0348	0.0406	0.0526
chrX	2607607	2607758	chrX:2607608-2607758	FBgn0024991,FBgn0024998	CG2685,CG2694	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0325	0.0274	0.0428	0.027	0.0085	0.033	0.0385	0.032	0.0085	0.0574	0.0431	0.0574	0.0426	0.0299	0.0264	0.0299	0.0287
chrX	2607936	2608131	chrX:2607937-2608131	FBgn0024991,FBgn0024998	CG2685,CG2694	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1145	0.1062	0.1442	0.0914	0.0594	0.133	0.1151	0.1512	0.0594	0.1751	0.1572	0.1751	0.1448	0.0988	0.087	0.0988	0.1162
chrX	2608259	2608410	chrX:2608260-2608410	FBgn0024991,FBgn0024998	CG2685,CG2694	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0523	0.0576	0.0235	0.035	0.0587	0.0623	0.0733	0.035	0.0652	0.0701	0.0652	0.0542	0.0337	0.0251	0.0337	0.0255
chrX	2608707	2608895	chrX:2608708-2608895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0487	0.0323	0.0585	0.0564	0.0159	0.0393	0.0337	0.0553	0.0159	0.0664	0.0621	0.0664	0.0782	0.0658	0.0593	0.0658	0.0797
chrX	2608989	2609158	chrX:2608990-2609158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0219	0.0393	0.0373	0.0042	0.0267	0.029	0.032	0.0042	0.0405	0.0473	0.0405	0.0465	0.0429	0.0426	0.0429	0.0526
chrX	2614041	2614192	chrX:2614042-2614192	FBgn0000928,FBgn0024973	CG2701,fs(1)Yb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0395	0.0576	0.0375	0.0159	0.049	0.0523	0.048	0.0159	0.0719	0.064	0.0719	0.0666	0.0436	0.0284	0.0436	0.0401
chrX	2614276	2614456	chrX:2614277-2614456	FBgn0000928,FBgn0024973	CG2701,fs(1)Yb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1034	0.095	0.1263	0.0876	0.0583	0.1218	0.1125	0.1239	0.0583	0.1461	0.1399	0.1461	0.1425	0.1026	0.0819	0.1026	0.111
chrX	2614547	2614741	chrX:2614548-2614741	FBgn0000928,FBgn0024973	CG2701,fs(1)Yb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0373	0.0336	0.0492	0.0283	0.0159	0.0417	0.0484	0.0353	0.0159	0.0731	0.0511	0.0731	0.0496	0.0398	0.0264	0.0398	0.0328
chrX	2620584	2620744	chrX:2620585-2620744	FBgn0024977	CG2709	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0224	0.0288	0.0283	0.0074	0.0238	0.0324	0.028	0.0074	0.0278	0.0315	0.0278	0.0403	0.0436	0.0213	0.0436	0.0401
chrX	2621352	2621537	chrX:2621353-2621537	FBgn0000520	dwg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0378	0.0317	0.0456	0.0362	0.0148	0.0422	0.042	0.032	0.0148	0.0519	0.0469	0.0519	0.0542	0.0406	0.0432	0.0406	0.0427
chrX	2621608	2621797	chrX:2621609-2621797	FBgn0000520	dwg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0876	0.0818	0.106	0.0739	0.0541	0.0985	0.1021	0.1033	0.0541	0.1365	0.1177	0.1365	0.096	0.0812	0.0754	0.0812	0.0948
chrX	2623196	2623347	chrX:2623197-2623347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0272	0.0319	0.032	0.0169	0.017	0.0534	0.0285	0.038	0.017	0.0356	0.0363	0.0356	0.0387	0.026	0.0161	0.026	0.0245
chrX	2625898	2626065	chrX:2625899-2626065	FBgn0024975,FBgn0250874	CG2712,ttm50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0494	0.0714	0.0416	0.0382	0.0583	0.0549	0.0633	0.0382	0.093	0.0765	0.093	0.0658	0.0436	0.0471	0.0436	0.0526
chrX	2626156	2626341	chrX:2626157-2626341	FBgn0024975,FBgn0250874	CG2712,ttm50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1421	0.1294	0.1765	0.1186	0.1071	0.149	0.144	0.1746	0.1071	0.2132	0.1916	0.2132	0.1867	0.1294	0.1309	0.1294	0.1397
chrX	2626413	2626604	chrX:2626414-2626604	FBgn0024975,FBgn0250874	CG2712,ttm50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1114	0.0968	0.1438	0.092	0.0721	0.1126	0.1042	0.1399	0.0721	0.1727	0.1582	0.1727	0.1448	0.1087	0.0967	0.1087	0.1115
chrX	2628527	2628678	chrX:2628528-2628678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0406	0.0288	0.0484	0.0453	0.0159	0.0417	0.0234	0.046	0.0159	0.0604	0.0489	0.0604	0.0573	0.0329	0.0445	0.0329	0.0813
chrX	2632773	2632943	chrX:2632774-2632943	FBgn0000376	crm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1278	0.1084	0.1565	0.1181	0.0742	0.1427	0.1107	0.1526	0.0742	0.1999	0.1646	0.1999	0.1611	0.1217	0.1206	0.1217	0.149
chrX	2633192	2633405	chrX:2633193-2633405	FBgn0000376	crm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0287	0.0203	0.0326	0.0338	0.0085	0.0243	0.0298	0.0233	0.0085	0.0332	0.0341	0.0332	0.0496	0.0429	0.0361	0.0429	0.0396
chrX	2633621	2633772	chrX:2633622-2633772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.025	0.0307	0.0274	0.0095	0.0282	0.035	0.032	0.0095	0.035	0.0318	0.035	0.0403	0.0383	0.0361	0.0383	0.0307
chrX	2634151	2634302	chrX:2634152-2634302	FBgn0028369	kirre	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0238	0.0253	0.0217	0.0117	0.0296	0.0316	0.028	0.0117	0.0344	0.0219	0.0344	0.0318	0.0291	0.0226	0.0291	0.0307
chrX	2637711	2637878	chrX:2637712-2637878	FBgn0024980	Syx4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0193	0.0131	0.0157	0.0301	0.0011	0.0121	0.0272	0.0087	0.0011	0.006	0.0096	0.006	0.0488	0.0107	0.0097	0.0107	0.0797
chrX	2638066	2638217	chrX:2638067-2638217	FBgn0024980	Syx4	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0057	0.0117	0.0308	0.0011	0.0044	0.0117	0.006	0.0011	0.0097	0.0087	0.0097	0.0325	0.0145	0.0097	0.0145	0.0875
chrX	2638277	2638428	chrX:2638278-2638428	FBgn0024980	Syx4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.014	0.0081	0.0107	0.0242	0	0.0121	0.0108	0.0093	0	0.0085	0.0087	0.0085	0.0263	0.0115	0.0097	0.0115	0.0683
chrX	2658238	2658450	chrX:2658239-2658450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0118	0.0143	0.0195	0.0053	0.0121	0.0186	0.0127	0.0053	0.0109	0.0071	0.0109	0.007	0.0031	0.0052	0.0031	0.0057
chrX	2659419	2659810	chrX:2659420-2659810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0334	0.0202	0.042	0.0386	0.0159	0.0248	0.0298	0.0167	0.0159	0.0562	0.0363	0.0562	0.0411	0.036	0.02	0.036	0.0365
chrX	2681795	2682059	chrX:2681796-2682059	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0187	0.0269	0.0305	0.0074	0.0311	0.0242	0.014	0.0074	0.0199	0.0248	0.0199	0.0627	0.0145	0.0174	0.0145	0.0709
chrX	2682535	2682686	chrX:2682536-2682686	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0274	0.0161	0.0299	0.0373	0.0064	0.0204	0.0247	0.012	0.0064	0.0423	0.0241	0.0423	0.0403	0.0421	0.0355	0.0421	0.061
chrX	2683111	2683262	chrX:2683112-2683262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0283	0.0167	0.0331	0.0361	0.0042	0.0277	0.0199	0.014	0.0042	0.0423	0.0312	0.0423	0.0333	0.0567	0.0335	0.0567	0.036
chrX	2683442	2683733	chrX:2683443-2683733	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0748	0.0578	0.0881	0.0791	0.035	0.0816	0.0506	0.0879	0.035	0.1165	0.101	0.1165	0.0837	0.1049	0.0735	0.1049	0.0881
chrX	2683851	2684073	chrX:2683852-2684073	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.0927	0.1481	0.1171	0.071	0.1194	0.0921	0.1306	0.071	0.1854	0.1678	0.1854	0.1503	0.1447	0.1032	0.1447	0.1496
chrX	2684305	2684493	chrX:2684306-2684493	FBgn0040384	CG32795	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2043	0.2009	0.21	0.2019	0.1506	0.2583	0.221	0.2532	0.1506	0.2434	0.2373	0.2434	0.2053	0.2251	0.2205	0.2251	0.2475
chrX	2684615	2684882	chrX:2684616-2684882	FBgn0040384	CG32795	stage11	none	w_B4hsp-W	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0676	0.0738	0.0701	0.0579	0.0361	0.1	0.0882	0.0893	0.0361	0.0876	0.0791	0.0876	0.0689	0.0658	0.0645	0.0658	0.0745
chrX	2685077	2685228	chrX:2685078-2685228	FBgn0040384	CG32795	none	none	w_B4hsp-W	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0332	0.0187	0.0148	0.0148	0.0417	0.048	0.0346	0.0148	0.0223	0.0212	0.0223	0.0217	0.0176	0.0135	0.0176	0.0219
chrX	2690197	2690348	chrX:2690198-2690348	FBgn0003996	w	none	none	VT55977.1,w_B4hsp-W,w_Pst-W	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0229	0.0336	0.0173	0.017	0.0255	0.0529	0.0415	0.0233	0.0255	0.0266	0.0141	0.0266	0.0232	0.026	0.02	0.026	0.0151
chrX	2690457	2690671	chrX:2690458-2690671	FBgn0003996	w	none	none	VT55977.1,w_B4hsp-W,w_Pst-W	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0623	0.0345	0.0269	0.0467	0.0981	0.0779	0.0406	0.0467	0.055	0.0338	0.055	0.0449	0.0329	0.0297	0.0329	0.0354
chrX	2699454	2699605	chrX:2699455-2699605	distal	distal	none	none	VT55983.1	VT55983.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0045	0.0056	0.0107	0.0011	0.0034	0.0087	0.0047	0.0011	0.0091	0.0026	0.0091	0.0062	0.0046	0.0019	0.0046	0.0068
chrX	2705914	2706065	chrX:2705915-2706065	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0086	0.0055	0.0089	0.0117	0	0.0068	0.0117	0.0013	0	0.0121	0.0093	0.0121	0.0101	0.0368	0.0077	0.0368	0.0026
chrX	2754205	2754356	chrX:2754206-2754356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0103	0.0097	0.0082	0.0131	0.0064	0.0117	0.0151	0.0087	0.0064	0.0133	0.0058	0.0133	0.0108	0.0054	0.0026	0.0054	0.0276
chrX	2754904	2755055	chrX:2754905-2755055	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0056	0.0072	0.0167	0.0021	0.0053	0.0099	0.0053	0.0021	0.0133	0.0055	0.0133	0.0046	0.0191	0.0045	0.0191	0.0109
chrX	2755718	2755887	chrX:2755719-2755887	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0116	0.0039	0.0086	0.0234	0	0.0029	0.0095	0.002	0	0.0085	0.0071	0.0085	0.0147	0.0459	0.0097	0.0459	0.0219
chrX	2763587	2763738	chrX:2763588-2763738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.014	0.0087	0.0133	0.0206	0.0053	0.0078	0.0138	0.0093	0.0053	0.0066	0.019	0.0066	0.0201	0.0168	0.0271	0.0168	0.036
chrX	2772115	2772266	chrX:2772116-2772266	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0042	0.0044	0.0088	0.0021	0.0015	0.0091	0.0047	0.0021	0.0036	0.0045	0.0036	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0016
chrX	2776628	2776876	chrX:2776629-2776876	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0251	0.0233	0.0302	0.0216	0.017	0.018	0.0398	0.0273	0.017	0.0483	0.0315	0.0483	0.0263	0.0214	0.0393	0.0214	0.0214
chrX	2782361	2782512	chrX:2782362-2782512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0064	0.0104	0.0224	0.0085	0.0068	0.0117	0.0013	0.0085	0.0163	0.0084	0.0163	0.0062	0.0191	0.0064	0.0191	0.0057
chrX	2793066	2793217	chrX:2793067-2793217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0091	0.0077	0.0147	0.0045	0.0042	0.0112	0.0095	0.006	0.0042	0.035	0.0096	0.035	0.0155	0.0054	0.0013	0.0054	0.0068
chrX	2806433	2806584	chrX:2806434-2806584	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0045	0.0037	0.0032	0.007	0.0021	0.0029	0.0069	0.0027	0.0021	0.0036	0.0023	0.0036	0.0039	8e-04	0.0026	8e-04	0.0016
chrX	2807151	2807302	chrX:2807152-2807302	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0059	0.0043	0.0085	0.0021	0.0058	0.0112	0.0047	0.0021	0.0054	0.0039	0.0054	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.001
chrX	2812131	2812282	chrX:2812132-2812282	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0041	0.009	0.0214	0.0032	0.0039	0.0074	0.0027	0.0032	0.0066	0.0096	0.0066	0.0132	0.0084	0.0509	0.0084	0.0219
chrX	2812492	2812643	chrX:2812493-2812643	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0044	0.0099	0.0155	0.0042	0.0058	0.0056	0.002	0.0042	0.006	0.0148	0.006	0.0124	0.0077	0.0464	0.0077	0.0089
chrX	2813476	2813627	chrX:2813477-2813627	FBgn0025643	CG3588	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0102	0.004	0.009	0.0184	0.0032	0.0029	0.0082	0.0027	0.0032	0.0072	0.0148	0.0072	0.0085	0.0031	0.0619	0.0031	0.0099
chrX	2826935	2827086	chrX:2826936-2827086	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0072	0.0046	0.0055	0.012	0.0011	0.0034	0.0095	0.0033	0.0011	0.0036	0.0087	0.0036	0.0077	8e-04	0.0438	8e-04	0.0052
chrX	2841541	2841746	chrX:2841542-2841746	FBgn0029647,FBgn0029648	CG17959,CG3603	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0188	0.0277	0.0414	0.0085	0.0233	0.0208	0.0293	0.0085	0.026	0.0302	0.026	0.0542	0.0567	0.0509	0.0567	0.062
chrX	2841897	2842064	chrX:2841898-2842064	FBgn0029648	CG3603	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0376	0.016	0.0279	0.0726	0.0085	0.0243	0.0151	0.0213	0.0085	0.0193	0.0299	0.0193	0.0635	0.0881	0.1032	0.0881	0.1094
chrX	2842696	2842847	chrX:2842697-2842847	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0148	0.0199	0.0242	0.0053	0.016	0.0208	0.0207	0.0053	0.0193	0.0257	0.0193	0.0186	0.0429	0.0251	0.0429	0.0307
chrX	2842998	2843149	chrX:2842999-2843149	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0243	0.0209	0.0286	0.0234	0.017	0.0218	0.0242	0.0313	0.017	0.0314	0.0347	0.0314	0.0287	0.0268	0.0309	0.0268	0.0313
chrX	2843352	2844045	chrX:2843353-2844045	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.0864	0.1228	0.1246	0.0626	0.1146	0.0848	0.1199	0.0626	0.1649	0.1473	0.1649	0.0906	0.1723	0.1612	0.1723	0.1235
chrX	2844485	2844636	chrX:2844486-2844636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0162	0.0106	0.0161	0.0227	0.0074	0.0165	0.0108	0.0107	0.0074	0.0205	0.0199	0.0205	0.007	0.0329	0.0187	0.0329	0.0177
chrX	2845562	2845713	chrX:2845563-2845713	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0056	0.0112	0.0217	0.0011	0.0078	0.0069	0.0067	0.0011	0.0121	0.0109	0.0121	0.0101	0.0123	0.0161	0.0123	0.0135
chrX	2845967	2846118	chrX:2845968-2846118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.008	0.0168	0.0246	0.0021	0.0097	0.0074	0.016	0.0021	0.0272	0.0167	0.0272	0.007	0.0176	0.0258	0.0176	0.0146
chrX	2853809	2853960	chrX:2853810-2853960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0116	0.0236	0.0188	0.0011	0.016	0.0147	0.0167	0.0011	0.0205	0.0379	0.0205	0.0124	0.0161	0.0464	0.0161	0.0125
chrX	2857579	2857891	chrX:2857580-2857891	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0166	0.0451	0.0454	0.0074	0.0233	0.016	0.0247	0.0074	0.0284	0.0849	0.0284	0.0163	0.0237	0.1393	0.0237	0.0167
chrX	2858016	2858167	chrX:2858017-2858167	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.008	0.0241	0.027	0.0032	0.0136	0.0082	0.0073	0.0032	0.0121	0.0428	0.0121	0.0132	0.0054	0.0928	0.0054	0.0099
chrX	2858842	2859183	chrX:2858843-2859183	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0616	0.0234	0.0973	0.065	0.0064	0.0383	0.0238	0.0293	0.0064	0.0568	0.181	0.0568	0.0457	0.0513	0.1838	0.0513	0.0313
chrX	2859233	2859384	chrX:2859234-2859384	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.01	0.0374	0.0343	0.0053	0.0121	0.013	0.0113	0.0053	0.029	0.0624	0.029	0.0248	0.023	0.0799	0.023	0.0302
chrX	2860977	2861177	chrX:2860978-2861177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0233	0.0087	0.0254	0.0372	0.0021	0.0155	0.0087	0.0087	0.0021	0.0272	0.0241	0.0272	0.0364	0.023	0.0374	0.023	0.0313
chrX	2861537	2861706	chrX:2861538-2861706	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0253	0.0125	0.0232	0.0419	0.0032	0.0189	0.0134	0.0147	0.0032	0.0163	0.0219	0.0163	0.0225	0.0107	0.0161	0.0107	0.0156
chrX	2863217	2863368	chrX:2863218-2863368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0151	0.0192	0.0238	0.0053	0.0194	0.0177	0.0213	0.0053	0.029	0.0199	0.029	0.0124	0.023	0.0187	0.023	0.0167
chrX	2867749	2867995	chrX:2867750-2867995	FBgn0003285	rst	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1813	0.1636	0.2221	0.1562	0.1198	0.2097	0.1769	0.2085	0.1198	0.2808	0.2495	0.2808	0.1991	0.1891	0.1734	0.1891	0.1793
chrX	2868982	2869380	chrX:2868983-2869380	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_6874	Unspecified_6874	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0641	0.029	0.099	0.0649	0.0053	0.0558	0.0234	0.0353	0.0053	0.2065	0.0778	0.2065	0.1177	0.1631	0.0387	0.1631	0.0855
chrX	2869834	2869985	chrX:2869835-2869985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0159	0.0097	0.0166	0.022	0.0042	0.0175	0.0121	0.0053	0.0042	0.0423	0.0113	0.0423	0.0101	0.075	0.0064	0.075	0.0151
chrX	2873299	2873450	chrX:2873300-2873450	distal	distal	none	none	rst_F5p	rst_F5p	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0149	0.0086	0.018	0.0187	0.0032	0.015	0.0069	0.0127	0.0032	0.0399	0.0132	0.0399	0.0201	0.0199	0.0168	0.0199	0.037
chrX	2873997	2874254	chrX:2873998-2874254	distal	distal	stage11	stage11	rst_F5p	rst_F5p	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0346	0.0131	0.0315	0.062	0.0011	0.0189	0.0203	0.0113	0.0011	0.0592	0.0341	0.0592	0.0256	0.1394	0.0471	0.1394	0.0808
chrX	2874663	2874938	chrX:2874664-2874938	distal	distal	none	none	rst_F5p	rst_F5p	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0332	0.0151	0.0275	0.0596	0.0053	0.0228	0.0212	0.0113	0.0053	0.058	0.0212	0.058	0.0318	0.1378	0.0445	0.1378	0.0724
chrX	2876477	2876732	chrX:2876478-2876732	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	rst_9540	rst_9540	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1052	0.1289	0.1376	0.0432	0.0944	0.1714	0.1211	0.1819	0.0944	0.2784	0.1714	0.2784	0.024	0.1309	0.0542	0.1309	0.0146
chrX	2876899	2877118	chrX:2876900-2877118	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	rst_9540	rst_9540	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0759	0.0847	0.109	0.0295	0.0647	0.1029	0.0783	0.1412	0.0647	0.16	0.1627	0.16	0.0287	0.0605	0.0496	0.0605	0.0151
chrX	2877201	2877394	chrX:2877202-2877394	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0725	0.0934	0.0301	0.0456	0.0869	0.064	0.1319	0.0456	0.1365	0.127	0.1365	0.0426	0.062	0.0451	0.062	0.0203
chrX	2878779	2879278	chrX:2878780-2879278	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	rst_F6d	rst_F6d	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1229	0.1377	0.168	0.0567	0.07	0.2029	0.0956	0.2432	0.07	0.2862	0.2158	0.2862	0.0651	0.1631	0.0535	0.1631	0.0328
chrX	2879459	2879719	chrX:2879460-2879719	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	rst_F6d	rst_F6d	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0728	0.1137	0.09	0.0082	0.0498	0.1306	0.0822	0.2532	0.0498	0.0471	0.1656	0.0471	0.0333	0.0092	0.0174	0.0092	0.0042
chrX	2879930	2880081	chrX:2879931-2880081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0322	0.0355	0.0515	0.0074	0.0233	0.034	0.0311	0.0773	0.0233	0.026	0.1029	0.026	0.0116	0.0069	0.0148	0.0069	0.0052
chrX	2881368	2881640	chrX:2881369-2881640	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0512	0.0663	0.0529	0.0323	0.0308	0.067	0.0675	0.1352	0.0308	0.0664	0.0543	0.0664	0.0194	0.0107	0.0135	0.0107	0.0073
chrX	2882575	2882800	chrX:2882576-2882800	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0314	0.0644	0.0209	0.0061	0.052	0.0515	0.0757	0.1119	0.052	0.0272	0.0264	0.0272	0.0062	0.0069	0.0077	0.0069	0.0031
chrX	2883479	2883663	chrX:2883480-2883663	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0402	0.0538	0.048	0.0166	0.0255	0.0733	0.0411	0.0999	0.0255	0.0815	0.055	0.0815	0.0333	0.0237	0.0219	0.0237	0.0146
chrX	2885209	2885360	chrX:2885210-2885360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0144	0.0111	0.0185	0.0136	0.0053	0.015	0.0087	0.0187	0.0053	0.0127	0.0238	0.0127	0.0302	0.0031	0.0322	0.0031	0.0182
chrX	2895728	2895879	chrX:2895729-2895879	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0097	0.0055	0.007	0.0175	0.0042	0.0063	0.0065	0.006	0.0042	0.0091	0.0074	0.0091	0.0054	0.0498	0.0103	0.0498	0.0146
chrX	2899722	2899873	chrX:2899723-2899873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0127	0.0083	0.017	0.013	0.0021	0.0126	0.0108	0.0087	0.0021	0.0151	0.0277	0.0151	0.0093	0.0069	0.0426	0.0069	0.0047
chrX	2900122	2900273	chrX:2900123-2900273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0131	0.0085	0.0171	0.0138	0.0064	0.0068	0.0173	0.004	0.0064	0.0163	0.027	0.0163	0.0108	0.0084	0.0406	0.0084	0.0052
chrX	2900754	2900905	chrX:2900755-2900905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0071	0.0148	0.0153	0.0053	0.0063	0.0095	0.0093	0.0053	0.0103	0.0264	0.0103	0.0039	0.0191	0.0361	0.0191	0.0073
chrX	2901695	2901846	chrX:2901696-2901846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0297	0.0241	0.0135	0.0339	0.0272	0.0372	0.0393	0.0339	0.026	0.035	0.026	0.0101	0.0153	0.0251	0.0153	0.0094
chrX	2902928	2903079	chrX:2902929-2903079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0133	0.017	0.015	0.0074	0.0136	0.0212	0.0127	0.0074	0.0145	0.026	0.0145	0.0093	0.0191	0.0348	0.0191	0.0057
chrX	2903839	2903990	chrX:2903840-2903990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0072	0.007	0.0104	0.0021	0.0058	0.0151	0.006	0.0021	0.006	0.0058	0.006	0.0062	0.0054	0.0039	0.0054	0.0031
chrX	2907682	2907833	chrX:2907683-2907833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0143	0.0108	0.0247	0.0067	0.0042	0.0121	0.0125	0.018	0.0042	0.0199	0.0408	0.0199	0.0124	0.0023	0.0148	0.0023	0.0031
chrX	2910431	2910582	chrX:2910432-2910582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.013	0.0102	0.0221	0.006	0.0021	0.0121	0.0099	0.02	0.0021	0.0157	0.0383	0.0157	0.0108	0.01	0.0103	0.01	0.0026
chrX	2912692	2912875	chrX:2912693-2912875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0098	0.0258	0.0121	0.0021	0.0097	0.016	0.0133	0.0021	0.0072	0.0534	0.0072	0.0101	0.0023	0.0438	0.0023	0.0042
chrX	2913007	2913195	chrX:2913008-2913195	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0187	0.0404	0.0209	0.0042	0.0189	0.0251	0.032	0.0042	0.0163	0.0823	0.0163	0.0116	0.0038	0.0806	0.0038	0.0073
chrX	2915077	2915247	chrX:2915078-2915247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0111	0.0199	0.0106	0.0011	0.017	0.0108	0.0187	0.0011	0.0139	0.0167	0.0139	0.0062	0.0031	0.0077	0.0031	0.0047
chrX	2915666	2915918	chrX:2915667-2915918	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0419	0.0287	0.0662	0.0301	0.0106	0.0447	0.0238	0.0433	0.0106	0.0574	0.0553	0.0574	0.0263	0.013	0.0148	0.013	0.012
chrX	2916194	2916345	chrX:2916195-2916345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0219	0.015	0.034	0.0163	0.0053	0.0243	0.0125	0.02	0.0053	0.0223	0.0486	0.0223	0.0178	0.013	0.0239	0.013	0.0156
chrX	2916462	2916613	chrX:2916463-2916613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0143	0.0232	0.0224	0.0074	0.017	0.0173	0.02	0.0074	0.0205	0.0299	0.0205	0.0139	0.0191	0.0213	0.0191	0.0271
chrX	2916689	2916917	chrX:2916690-2916917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0371	0.0319	0.043	0.0363	0.0212	0.0403	0.0342	0.044	0.0212	0.0338	0.0457	0.0338	0.0178	0.0398	0.0245	0.0398	0.0292
chrX	2918188	2918443	chrX:2918189-2918443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0265	0.0386	0.0261	0.0134	0.0286	0.0359	0.0454	0.0646	0.0286	0.0193	0.0277	0.0193	0.0294	0.01	0.0193	0.01	0.0089
chrX	2919971	2920159	chrX:2919972-2920159	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.092	0.0644	0.1268	0.0845	0.0233	0.0985	0.0606	0.0919	0.0233	0.1643	0.1457	0.1643	0.1232	0.1271	0.1096	0.1271	0.1063
chrX	2920584	2920779	chrX:2920585-2920779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0311	0.0177	0.0491	0.0262	0.0106	0.0194	0.0208	0.0273	0.0106	0.0827	0.0476	0.0827	0.0465	0.059	0.0309	0.059	0.0156
chrX	2921809	2921986	chrX:2921810-2921986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.0415	0.0766	0.0609	0.0148	0.0631	0.0402	0.0573	0.0148	0.0978	0.0855	0.0978	0.0751	0.0651	0.0593	0.0651	0.075
chrX	2922136	2922287	chrX:2922137-2922287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.013	0.0235	0.0221	0.0064	0.017	0.0156	0.0167	0.0064	0.0254	0.0251	0.0254	0.0132	0.0107	0.0129	0.0107	0.0193
chrX	2922426	2922577	chrX:2922427-2922577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0066	0.0131	0.015	0.0032	0.0068	0.0108	0.0053	0.0032	0.0115	0.0167	0.0115	0.007	0.0031	0.0097	0.0031	0.0094
chrX	2925728	2925884	chrX:2925729-2925884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0163	0.0126	0.0199	0.0166	0.0042	0.0112	0.019	0.0193	0.0042	0.0133	0.0251	0.0133	0.007	0.0092	0.0148	0.0092	0.0109
chrX	2926397	2926548	chrX:2926398-2926548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0085	0.006	0.0093	0.0042	0.0078	0.0151	0.008	0.0042	0.0066	0.0058	0.0066	0.0031	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chrX	2933704	2933855	chrX:2933705-2933855	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0115	0.0051	0.0151	0.0148	0	0.0058	0.0099	0.0033	0	0.0236	0.0186	0.0236	0.0085	0.0345	0.0206	0.0345	0.0099
chrX	2936783	2937033	chrX:2936784-2937033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0151	0.0326	0.0277	0.0064	0.0243	0.0151	0.0167	0.0064	0.0205	0.0492	0.0205	0.038	0.0123	0.0619	0.0123	0.036
chrX	2937252	2937403	chrX:2937253-2937403	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.0086	0.0141	0.0167	0.0042	0.0107	0.0112	0.0107	0.0042	0.0115	0.0219	0.0115	0.0132	0.0168	0.0393	0.0168	0.0135
chrX	2939870	2940060	chrX:2939871-2940060	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0131	0.033	0.0318	0.0042	0.016	0.0195	0.0147	0.0042	0.0193	0.0643	0.0193	0.0124	0.0276	0.0993	0.0276	0.0099
chrX	2940253	2940417	chrX:2940254-2940417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.009	0.0234	0.0284	0.0011	0.0117	0.0138	0.0093	0.0011	0.0175	0.0431	0.0175	0.007	0.0237	0.0819	0.0237	0.0151
chrX	2941540	2941691	chrX:2941541-2941691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0111	0.007	0.0141	0.0124	0.0053	0.0044	0.0125	0.0087	0.0053	0.0175	0.0158	0.0175	0.0093	0.0383	0.0097	0.0383	0.0057
chrX	2943855	2944006	chrX:2943856-2944006	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0099	0.0045	0.0103	0.0156	0.0011	0.0058	0.0074	0.0027	0.0011	0.0091	0.0164	0.0091	0.0077	0.0061	0.0426	0.0061	0.0089
chrX	2944324	2944503	chrX:2944325-2944503	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0079	0.0254	0.0226	0.0021	0.0087	0.0125	0.0093	0.0021	0.0181	0.0447	0.0181	0.0163	0.0138	0.0619	0.0138	0.0135
chrX	2951708	2951979	chrX:2951709-2951979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0199	0.009	0.0204	0.0316	0.0021	0.0141	0.0121	0.008	0.0021	0.0338	0.0193	0.0338	0.0201	0.0605	0.0406	0.0605	0.037
chrX	2953988	2954139	chrX:2953989-2954139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.013	0.0077	0.017	0.0143	0.0042	0.0063	0.0138	0.008	0.0042	0.0151	0.0109	0.0151	0.0349	0.013	0.0148	0.013	0.0208
chrX	2955330	2955481	chrX:2955331-2955481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0128	0.0096	0.0114	0.018	0.0032	0.0121	0.0156	0.0073	0.0032	0.0175	0.008	0.0175	0.0101	0.0245	0.0077	0.0245	0.0135
chrX	2957946	2958097	chrX:2957947-2958097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0074	0.0117	0.0135	0.0032	0.0107	0.0091	0.008	0.0032	0.0175	0.0141	0.0175	0.0077	0.0061	0.0374	0.0061	0.0063
chrX	2958674	2958829	chrX:2958675-2958829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0183	0.014	0.0244	0.0164	0.0095	0.0199	0.0138	0.018	0.0095	0.0604	0.0167	0.0604	0.0194	0.0413	0.0148	0.0413	0.0068
chrX	2962260	2962499	chrX:2962261-2962499	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0146	0.0057	0.0206	0.018	0.0042	0.0087	0.0065	0.0033	0.0042	0.0616	0.0119	0.0616	0.0093	0.0444	0.0097	0.0444	0.0094
chrX	2962587	2962738	chrX:2962588-2962738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0136	0.0093	0.0209	0.0103	0.0064	0.0112	0.013	0.0093	0.0064	0.0658	0.0122	0.0658	0.0062	0.0214	0.0039	0.0214	0.0078
chrX	2964123	2964274	chrX:2964124-2964274	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.009	0.0047	0.0145	0.0077	0	0.0078	0.0074	0.0033	0	0.0447	0.0061	0.0447	0.0108	0.0191	0.0058	0.0191	0.0068
chrX	2967517	2967701	chrX:2967518-2967701	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0304	0.0087	0.0437	0.04	0.0011	0.0209	0.0069	0.006	0.0011	0.1371	0.017	0.1371	0.0364	0.144	0.0181	0.144	0.0198
chrX	2967914	2968082	chrX:2967915-2968082	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0221	0.0088	0.0258	0.0329	0.0032	0.018	0.0095	0.006	0.0032	0.0851	0.0132	0.0851	0.0108	0.1317	0.011	0.1317	0.012
chrX	2976598	2976861	chrX:2976599-2976861	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0375	0.036	0.061	0.0134	0.0053	0.0864	0.0264	0.02	0.0053	0.2005	0.0347	0.2005	0.0108	0.0268	0.0135	0.0268	0.0089
chrX	2977107	2977398	chrX:2977108-2977398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0276	0.0193	0.0421	0.0207	0.0053	0.0432	0.0169	0.012	0.0053	0.1075	0.0379	0.1075	0.0108	0.0436	0.0342	0.0436	0.0094
chrX	2977593	2977744	chrX:2977594-2977744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0189	0.0133	0.0222	0.0216	0.0053	0.0223	0.0134	0.014	0.0053	0.0453	0.0212	0.0453	0.0085	0.0605	0.0232	0.0605	0.013
chrX	2979823	2979974	chrX:2979824-2979974	distal	distal	none	none	kirre_-14-15	kirre_-14-15	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0126	0.0069	0.0171	0.0142	0.0032	0.0126	0.0091	0.0027	0.0032	0.0236	0.0244	0.0236	0.0101	0.0077	0.0348	0.0077	0.0146
chrX	2980160	2980311	chrX:2980161-2980311	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.015	0.0077	0.0185	0.0194	0.0053	0.0102	0.0108	0.0073	0.0053	0.0223	0.0219	0.0223	0.0217	0.0077	0.0496	0.0077	0.0193
chrX	2980597	2980748	chrX:2980598-2980748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0114	0.0072	0.0131	0.0142	0.0042	0.0097	0.0104	0.0053	0.0042	0.0248	0.0164	0.0248	0.0023	0.0077	0.0335	0.0077	0.0057
chrX	2980992	2981147	chrX:2980993-2981147	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0182	0.0081	0.0269	0.0199	0.0032	0.0087	0.0138	0.0067	0.0032	0.0682	0.0206	0.0682	0.0085	0.0222	0.0187	0.0222	0.0099
chrX	2983060	2983211	chrX:2983061-2983211	distal	distal	none	none	VT56121.1	VT56121.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0113	0.0102	0.017	0.0061	0.0085	0.017	0.0108	0.0067	0.0085	0.0411	0.0125	0.0411	0.0093	0.0046	0.0064	0.0046	0.0063
chrX	2984687	2984838	chrX:2984688-2984838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0167	0.0122	0.0206	0.0174	0.0064	0.015	0.0186	0.0107	0.0064	0.0169	0.0196	0.0169	0.0434	0.01	0.0193	0.01	0.0141
chrX	2984843	2985021	chrX:2984844-2985021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0185	0.0116	0.0266	0.0171	0.0085	0.0189	0.0125	0.0113	0.0085	0.0169	0.0283	0.0169	0.0573	0.0092	0.0284	0.0092	0.0141
chrX	2990028	2990179	chrX:2990029-2990179	distal	distal	none	none	kirre_-4.6-3.8	kirre_-4.6-3.8	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.022	0.008	0.0305	0.0283	0.0021	0.0141	0.0095	0.006	0.0021	0.0713	0.0215	0.0713	0.0256	0.0314	0.0393	0.0314	0.0417
chrX	2990294	2990453	chrX:2990295-2990453	distal	distal	none	none	kirre_-4.6-3.8	kirre_-4.6-3.8	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0302	0.01	0.0387	0.0434	0.0064	0.0155	0.0095	0.012	0.0064	0.0803	0.0341	0.0803	0.0271	0.0597	0.0548	0.0597	0.062
chrX	2990637	2990788	chrX:2990638-2990788	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0327	0.0125	0.0499	0.0366	0.0042	0.0233	0.0108	0.014	0.0042	0.128	0.0383	0.128	0.0256	0.0536	0.0477	0.0536	0.0474
chrX	2990936	2991102	chrX:2990937-2991102	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0623	0.0246	0.0957	0.0678	0.0042	0.0573	0.0164	0.0193	0.0042	0.2621	0.074	0.2621	0.0395	0.1179	0.0819	0.1179	0.0792
chrX	2991326	2991497	chrX:2991327-2991497	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0487	0.0183	0.0656	0.0642	0.0021	0.05	0.0117	0.0073	0.0021	0.1963	0.0434	0.1963	0.0256	0.1064	0.0799	0.1064	0.0776
chrX	2993247	2993582	chrX:2993248-2993582	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	kirre_-1.0	kirre_-1.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0995	0.0297	0.125	0.1496	0.0074	0.067	0.0234	0.0207	0.0074	0.3484	0.0759	0.3484	0.0806	0.2726	0.1418	0.2726	0.1485
chrX	3015943	3016094	chrX:3015944-3016094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0066	0.009	0.0097	0.0021	0.0083	0.0108	0.0047	0.0021	0.0151	0.0055	0.0151	0.0054	0.0069	0.0052	0.0069	0.0036
chrX	3016772	3016923	chrX:3016773-3016923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0093	0.0069	0.0133	0.0075	0	0.0107	0.0108	0.0053	0	0.0399	0.0058	0.0399	0.0062	0.0161	0.0058	0.0161	0.0063
chrX	3019136	3019287	chrX:3019137-3019287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0093	0.0079	0.0157	0.0038	0.0032	0.0121	0.0108	0.0047	0.0032	0.0483	0.009	0.0483	0.0023	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chrX	3019626	3019777	chrX:3019627-3019777	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0182	0.0147	0.0289	0.0102	0	0.0248	0.0143	0.0193	0	0.07	0.0251	0.07	0.007	0.0161	0.0064	0.0161	0.0057
chrX	3020006	3020157	chrX:3020007-3020157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0122	0.0111	0.0159	0.0095	0.0011	0.0155	0.0186	0.008	0.0011	0.038	0.0109	0.038	0.0046	0.0138	0.0052	0.0138	0.0073
chrX	3022268	3022472	chrX:3022269-3022472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0169	0.0125	0.0212	0.017	0.0021	0.0257	0.0112	0.0113	0.0021	0.0453	0.0141	0.0453	0.0124	0.0084	0.0058	0.0084	0.0115
chrX	3025337	3025488	chrX:3025338-3025488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0181	0.0151	0.0213	0.018	0.0042	0.015	0.0238	0.0187	0.0042	0.032	0.0219	0.032	0.0186	0.0115	0.0135	0.0115	0.0375
chrX	3028700	3029021	chrX:3028701-3029021	FBgn0004647	N	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2548	0.2369	0.3277	0.195	0.1898	0.2854	0.2716	0.2958	0.1898	0.3967	0.354	0.3967	0.323	0.2213	0.2463	0.2213	0.2324
chrX	3029119	3029333	chrX:3029120-3029333	FBgn0004647	N	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.1864	0.2059	0.2467	0.0986	0.1676	0.2257	0.2513	0.2585	0.1676	0.3146	0.2723	0.3146	0.2053	0.0888	0.1464	0.0888	0.1016
chrX	3029606	3029871	chrX:3029607-3029871	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1132	0.1518	0.1371	0.0439	0.1389	0.1374	0.1929	0.2112	0.1389	0.1008	0.1807	0.1008	0.0837	0.0161	0.0864	0.0161	0.0339
chrX	3030539	3030767	chrX:3030540-3030767	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1395	0.1508	0.1968	0.0639	0.122	0.1665	0.1747	0.2125	0.122	0.247	0.2511	0.247	0.1518	0.072	0.1328	0.072	0.0474
chrX	3031980	3032206	chrX:3031981-3032206	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1331	0.1654	0.1678	0.059	0.1145	0.2136	0.1613	0.2398	0.1145	0.2633	0.1678	0.2633	0.0682	0.0268	0.0542	0.0268	0.0255
chrX	3033346	3033517	chrX:3033347-3033517	distal	distal	stage5	stage5	VT56148.1	VT56148.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0633	0.1179	0.0532	0.0135	0.1273	0.0903	0.1397	0.1885	0.1273	0.0411	0.0839	0.0411	0.0194	0.0084	0.029	0.0084	0.0104
chrX	3033880	3034088	chrX:3033881-3034088	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56148.1	VT56148.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1	0.1264	0.123	0.0453	0.1007	0.1311	0.1328	0.2099	0.1007	0.0743	0.2219	0.0743	0.0573	0.0207	0.1476	0.0207	0.0208
chrX	3034359	3034510	chrX:3034360-3034510	distal	distal	none	none	VT56148.1	VT56148.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0211	0.0434	0.0245	0.0159	0.0267	0.0156	0.04	0.0159	0.035	0.0723	0.035	0.0325	0.0054	0.0883	0.0054	0.0089
chrX	3034831	3035135	chrX:3034832-3035135	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1005	0.1028	0.1471	0.0469	0.0647	0.1354	0.0978	0.1579	0.0647	0.1902	0.2264	0.1902	0.048	0.0329	0.1348	0.0329	0.025
chrX	3035525	3035680	chrX:3035526-3035680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0493	0.0623	0.0695	0.0124	0.0392	0.1063	0.0493	0.0773	0.0392	0.1576	0.0714	0.1576	0.0217	0.0123	0.0213	0.0123	0.012
chrX	3036160	3036684	chrX:3036161-3036684	distal	distal	stage11	stage11	VT56150.1	VT56150.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1395	0.15	0.1942	0.0678	0.0923	0.2345	0.1358	0.1899	0.0923	0.337	0.1772	0.337	0.1193	0.0544	0.0651	0.0544	0.0646
chrX	3037346	3037558	chrX:3037347-3037558	distal	distal	none	none	VT56150.1	VT56150.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0544	0.0384	0.077	0.0475	0.0223	0.0549	0.0372	0.0553	0.0223	0.096	0.0977	0.096	0.072	0.0398	0.0922	0.0398	0.0526
chrX	3044647	3044860	chrX:3044648-3044860	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0746	0.0828	0.1014	0.0361	0.0657	0.0859	0.0783	0.1512	0.0657	0.064	0.1797	0.064	0.055	0.0161	0.1199	0.0161	0.0104
chrX	3045004	3045304	chrX:3045005-3045304	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.069	0.0698	0.0945	0.04	0.0573	0.0718	0.0727	0.1179	0.0573	0.0543	0.173	0.0543	0.0418	0.0184	0.1251	0.0184	0.0177
chrX	3045602	3045753	chrX:3045603-3045753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0325	0.0401	0.0162	0.0308	0.0316	0.0385	0.0486	0.0308	0.0272	0.0704	0.0272	0.0209	0.0084	0.0529	0.0084	0.0078
chrX	3045906	3046057	chrX:3045907-3046057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0374	0.0359	0.0136	0.0265	0.0383	0.0484	0.0533	0.0265	0.0199	0.0617	0.0199	0.0302	0.0023	0.0509	0.0023	0.0047
chrX	3046313	3046728	chrX:3046314-3046728	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1548	0.2117	0.1937	0.0486	0.2195	0.183	0.2478	0.3245	0.2195	0.0797	0.3386	0.0797	0.1619	0.01	0.1631	0.01	0.0214
chrX	3047227	3047378	chrX:3047228-3047378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0294	0.0332	0.0414	0.0121	0.0191	0.0325	0.0476	0.044	0.0191	0.032	0.0511	0.032	0.0542	0.0046	0.0213	0.0046	0.0172
chrX	3050128	3050279	chrX:3050129-3050279	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0385	0.031	0.0077	0.0286	0.0277	0.048	0.07	0.0286	0.029	0.0479	0.029	0.0186	0.0038	0.0168	0.0038	0.0073
chrX	3052839	3052990	chrX:3052840-3052990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0223	0.0431	0.0238	0.0106	0.0262	0.0268	0.0313	0.0106	0.0242	0.0833	0.0242	0.0186	0.0069	0.0812	0.0069	0.0094
chrX	3053639	3053930	chrX:3053640-3053930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0605	0.0497	0.0821	0.0489	0.035	0.0592	0.0515	0.0753	0.035	0.055	0.1395	0.055	0.0434	0.0199	0.1289	0.0199	0.038
chrX	3055684	3055839	chrX:3055685-3055839	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0648	0.0628	0.0915	0.0379	0.0435	0.1068	0.0467	0.0799	0.0435	0.1256	0.1103	0.1256	0.0674	0.0199	0.0593	0.0199	0.0537
chrX	3056266	3056472	chrX:3056267-3056472	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2026	0.1603	0.2843	0.1604	0.1018	0.2272	0.138	0.2398	0.1018	0.3647	0.318	0.3647	0.2634	0.1424	0.205	0.1424	0.2366
chrX	3056679	3057260	chrX:3056680-3057260	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3643	0.3526	0.4557	0.2771	0.3181	0.4262	0.3633	0.4577	0.3181	0.535	0.4997	0.535	0.4431	0.173	0.383	0.173	0.3872
chrX	3057437	3057588	chrX:3057438-3057588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0565	0.0613	0.0305	0.0329	0.0641	0.0666	0.0813	0.0329	0.0779	0.0675	0.0779	0.0565	0.0283	0.0387	0.0283	0.0422
chrX	3066688	3067067	chrX:3066689-3067067	FBgn0028746	CG18508	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1089	0.1078	0.1415	0.0745	0.0583	0.1471	0.1021	0.1612	0.0583	0.1733	0.1659	0.1733	0.127	0.0674	0.0986	0.0674	0.087
chrX	3067153	3067335	chrX:3067154-3067335	FBgn0028746	CG18508	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1288	0.1163	0.1602	0.1083	0.0721	0.1461	0.1254	0.1632	0.0721	0.2053	0.1814	0.2053	0.1433	0.1187	0.1186	0.1187	0.1329
chrX	3067431	3067639	chrX:3067432-3067639	FBgn0028746	CG18508	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.062	0.054	0.0815	0.0496	0.0223	0.0655	0.0735	0.0606	0.0223	0.1051	0.0884	0.1051	0.0782	0.0551	0.0522	0.0551	0.0693
chrX	3068909	3069065	chrX:3068910-3069065	FBgn0000644,FBgn0040396	CG3939,Fcp3C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0892	0.0781	0.1036	0.0859	0.0498	0.1024	0.0839	0.1059	0.0498	0.1117	0.1164	0.1117	0.1038	0.1018	0.0838	0.1018	0.1016
chrX	3069122	3069291	chrX:3069123-3069291	FBgn0040396	CG3939	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1521	0.1265	0.1826	0.1473	0.0806	0.166	0.1362	0.1719	0.0806	0.2156	0.2016	0.2156	0.1782	0.1715	0.1483	0.1715	0.1803
chrX	3069379	3069530	chrX:3069380-3069530	FBgn0040396	CG3939	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.049	0.0356	0.0605	0.0512	0.0159	0.0553	0.0402	0.0393	0.0159	0.0731	0.0662	0.0731	0.0705	0.0505	0.0574	0.0505	0.074
chrX	3069569	3069814	chrX:3069570-3069814	FBgn0040396	CG3939	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0778	0.0547	0.0958	0.0838	0.017	0.0816	0.0523	0.0819	0.017	0.1051	0.1077	0.1051	0.1201	0.0934	0.087	0.0934	0.1235
chrX	3069926	3070077	chrX:3069927-3070077	FBgn0000479	dnc	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0361	0.0284	0.0433	0.0369	0.0117	0.033	0.0389	0.0373	0.0117	0.0429	0.0498	0.0429	0.0465	0.0291	0.0374	0.0291	0.0443
chrX	3070222	3070555	chrX:3070223-3070555	FBgn0000479	dnc	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0799	0.0469	0.0912	0.1043	0.0339	0.0549	0.0571	0.062	0.0339	0.0833	0.0942	0.0833	0.1286	0.098	0.1025	0.098	0.1131
chrX	3080633	3080784	chrX:3080634-3080784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0119	0.0097	0.0168	0.0091	0.0021	0.0126	0.0104	0.0173	0.0021	0.0103	0.0145	0.0103	0.0426	0.0069	0.0052	0.0069	0.0177
chrX	3081717	3081868	chrX:3081718-3081868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0341	0.0214	0.0173	0.0255	0.0296	0.0454	0.052	0.0255	0.0145	0.0264	0.0145	0.0294	0.0092	0.0258	0.0092	0.0261
chrX	3082523	3082674	chrX:3082524-3082674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0148	0.0226	0.0131	0.0074	0.0204	0.0203	0.012	0.0074	0.0127	0.0235	0.0127	0.0519	0.0092	0.0135	0.0092	0.0261
chrX	3083804	3083984	chrX:3083805-3083984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0258	0.0167	0.0221	0.04	0.0064	0.0282	0.0156	0.0207	0.0064	0.0175	0.0209	0.0175	0.0318	0.0383	0.0342	0.0383	0.0292
chrX	3084558	3084709	chrX:3084559-3084709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0064	0.0091	0.0228	0.0021	0.0058	0.0117	0.0067	0.0021	0.0042	0.01	0.0042	0.007	0.0138	0.0148	0.0138	0.012
chrX	3084913	3085107	chrX:3084914-3085107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0417	0.0325	0.0331	0.0613	0.0159	0.0388	0.0433	0.04	0.0159	0.0211	0.0338	0.0211	0.031	0.0559	0.0477	0.0559	0.0391
chrX	3085214	3085428	chrX:3085215-3085428	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0411	0.0308	0.0354	0.0588	0.0127	0.0461	0.0294	0.0433	0.0127	0.0229	0.037	0.0229	0.0434	0.0513	0.0593	0.0513	0.0417
chrX	3088592	3088772	chrX:3088593-3088772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0146	0.0202	0.0174	0.0053	0.0146	0.0212	0.02	0.0053	0.0236	0.0167	0.0236	0.0186	0.0145	0.0064	0.0145	0.0135
chrX	3088834	3089009	chrX:3088835-3089009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0161	0.0142	0.019	0.015	0.0064	0.0126	0.0156	0.0293	0.0064	0.0133	0.0161	0.0133	0.0217	0.0077	0.0077	0.0077	0.0094
chrX	3089892	3090043	chrX:3089893-3090043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0176	0.0123	0.0131	0.0117	0.0199	0.0203	0.0266	0.0117	0.0145	0.0119	0.0145	0.0085	0.0031	0.0013	0.0031	0.0052
chrX	3099911	3100062	chrX:3099912-3100062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0085	0.0103	0.0202	0.0042	0.0073	0.0134	0.0107	0.0042	0.0097	0.0116	0.0097	0.0062	0.0084	0.0045	0.0084	0.0078
chrX	3100244	3100395	chrX:3100245-3100395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0142	0.0125	0.0093	0.0216	0.0074	0.0068	0.0169	0.0247	0.0074	0.0085	0.0071	0.0085	0.0093	0.0061	0.0026	0.0061	0.0057
chrX	3122523	3122674	chrX:3122524-3122674	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0054	0.0041	0.0039	0.0085	0.0011	0.0029	0.0091	0.002	0.0011	0.0024	0.0039	0.0024	0.0039	0.0015	0.0052	0.0015	0.0026
chrX	3146706	3146945	chrX:3146707-3146945	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0129	0.0066	0.0099	0.0231	0.0053	0.0053	0.0108	0.0073	0.0053	0.0066	0.0087	0.0066	0.0217	0.0115	0.011	0.0115	0.0401
chrX	3149973	3150174	chrX:3149974-3150174	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0427	0.0151	0.0398	0.0766	0.0127	0.0189	0.0173	0.0187	0.0127	0.029	0.046	0.029	0.0666	0.0559	0.0851	0.0559	0.1162
chrX	3179443	3179640	chrX:3179444-3179640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0235	0.0054	0.0109	0.0577	0.0032	0.0053	0.0104	0.0033	0.0032	0.0036	0.008	0.0036	0.0248	0.0436	0.0342	0.0436	0.0995
chrX	3182334	3182499	chrX:3182335-3182499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0116	0.0265	0.0549	0.0042	0.0165	0.0138	0.0133	0.0042	0.0272	0.0199	0.0272	0.0565	0.059	0.0361	0.059	0.0808
chrX	3182584	3182773	chrX:3182585-3182773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0422	0.0168	0.0315	0.0823	0.0064	0.0257	0.019	0.0187	0.0064	0.0284	0.0232	0.0284	0.0744	0.0995	0.0464	0.0995	0.1021
chrX	3182837	3183046	chrX:3182838-3183046	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0363	0.0151	0.0261	0.071	0.0074	0.0199	0.0234	0.01	0.0074	0.0284	0.018	0.0284	0.0635	0.085	0.0303	0.085	0.1027
chrX	3183285	3183484	chrX:3183286-3183484	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0765	0.0376	0.0723	0.1244	0.0191	0.0544	0.048	0.0366	0.0191	0.0984	0.0585	0.0984	0.1208	0.1937	0.0774	0.1937	0.1532
chrX	3185175	3185371	chrX:3185176-3185371	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0283	0.0075	0.024	0.0564	0.0032	0.0117	0.0108	0.0053	0.0032	0.029	0.017	0.029	0.0589	0.085	0.0342	0.085	0.0943
chrX	3185436	3185597	chrX:3185437-3185597	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0252	0.0082	0.0234	0.0462	0.0032	0.0112	0.0125	0.0067	0.0032	0.0223	0.0209	0.0223	0.0542	0.0812	0.0355	0.0812	0.0688
chrX	3188749	3188957	chrX:3188750-3188957	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.039	0.0183	0.0265	0.0758	0.0148	0.0233	0.0225	0.0167	0.0148	0.0368	0.0196	0.0368	0.0426	0.1462	0.0251	0.1462	0.1058
chrX	3189094	3189296	chrX:3189095-3189296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0439	0.0638	0.0994	0.0265	0.0544	0.0562	0.0506	0.0265	0.0954	0.0585	0.0954	0.0821	0.1547	0.0632	0.1547	0.1334
chrX	3189494	3189681	chrX:3189495-3189681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.0313	0.033	0.0565	0.0244	0.0335	0.0476	0.03	0.0244	0.0447	0.0299	0.0447	0.0449	0.0934	0.0335	0.0934	0.0526
chrX	3191504	3191655	chrX:3191505-3191655	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0142	0.0059	0.0133	0.0244	0.0042	0.0058	0.0082	0.006	0.0042	0.0205	0.0129	0.0205	0.0186	0.0467	0.0187	0.0467	0.0323
chrX	3191756	3191907	chrX:3191757-3191907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0157	0.0079	0.015	0.0252	0.0042	0.0063	0.0138	0.0073	0.0042	0.0169	0.0109	0.0169	0.0318	0.049	0.0174	0.049	0.0396
chrX	3192196	3192347	chrX:3192197-3192347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0128	0.0076	0.0122	0.0194	0.0042	0.0073	0.0134	0.0067	0.0042	0.0103	0.0109	0.0103	0.024	0.0237	0.0097	0.0237	0.036
chrX	3193070	3193221	chrX:3193071-3193221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.0074	0.0127	0.0414	0.0042	0.0097	0.0104	0.0067	0.0042	0.0115	0.0109	0.0115	0.0302	0.0704	0.0277	0.0704	0.0631
chrX	3200862	3201013	chrX:3200863-3201013	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0156	0.0148	0.015	0.0173	0.0095	0.016	0.0229	0.0133	0.0095	0.0169	0.017	0.0169	0.0155	0.0123	0.011	0.0123	0.0177
chrX	3204828	3205014	chrX:3204829-3205014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.017	0.01	0.0203	0.0212	0.0042	0.015	0.0112	0.0113	0.0042	0.0453	0.0145	0.0453	0.0124	0.0528	0.0103	0.0528	0.0078
chrX	3205077	3205240	chrX:3205078-3205240	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0172	0.0128	0.0193	0.0196	0.0064	0.016	0.0156	0.0153	0.0064	0.0471	0.0125	0.0471	0.0139	0.0383	0.0071	0.0383	0.0099
chrX	3205241	3205392	chrX:3205242-3205392	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0155	0.0131	0.0132	0.0206	0.0074	0.015	0.0164	0.0147	0.0074	0.0296	0.01	0.0296	0.0062	0.0253	0.0032	0.0253	0.0089
chrX	3226686	3226874	chrX:3226687-3226874	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0331	0.0232	0.0383	0.0384	0.0159	0.0277	0.0281	0.0286	0.0159	0.0441	0.0296	0.0441	0.0488	0.0475	0.0103	0.0475	0.061
chrX	3237885	3238066	chrX:3237886-3238066	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0851	0.0785	0.1104	0.0648	0.0361	0.115	0.0804	0.1033	0.0361	0.1655	0.119	0.1655	0.0945	0.0827	0.0703	0.0827	0.0844
chrX	3238161	3238435	chrX:3238162-3238435	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0781	0.0705	0.1122	0.0493	0.0233	0.1238	0.0532	0.0999	0.0233	0.1902	0.1312	0.1902	0.0767	0.0681	0.0529	0.0681	0.0703
chrX	3238594	3238810	chrX:3238595-3238810	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0428	0.033	0.0716	0.0221	0.0021	0.0748	0.019	0.036	0.0021	0.1528	0.0785	0.1528	0.0325	0.0322	0.0142	0.0322	0.0349
chrX	3239098	3239504	chrX:3239099-3239504	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0736	0.0614	0.1148	0.0419	0.0244	0.1257	0.0441	0.06	0.0244	0.2609	0.1039	0.2609	0.0767	0.0666	0.0387	0.0666	0.0625
chrX	3239638	3239928	chrX:3239639-3239928	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.066	0.081	0.0926	0.0201	0.0498	0.1437	0.0619	0.0979	0.0498	0.2645	0.0611	0.2645	0.0333	0.0268	0.0168	0.0268	0.0255
chrX	3241717	3241868	chrX:3241718-3241868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0227	0.0308	0.0074	0.0064	0.0345	0.0264	0.0266	0.0064	0.0326	0.0434	0.0326	0.0178	0.0107	0.0064	0.0107	0.0089
chrX	3242545	3242721	chrX:3242546-3242721	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0355	0.0601	0.0336	0.01	0.0318	0.0655	0.0679	0.0959	0.0318	0.0356	0.0373	0.0356	0.0364	0.0138	0.0064	0.0138	0.0115
chrX	3243062	3243283	chrX:3243063-3243283	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0392	0.0756	0.0277	0.011	0.0414	0.0874	0.0783	0.1279	0.0414	0.0284	0.0302	0.0284	0.0209	0.0207	0.009	0.0207	0.0135
chrX	3243530	3243727	chrX:3243531-3243727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0193	0.0102	0.0242	0.024	0.0011	0.0214	0.0078	0.0107	0.0011	0.0393	0.0183	0.0393	0.0442	0.062	0.0135	0.062	0.0313
chrX	3243868	3244204	chrX:3243869-3244204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0468	0.0218	0.0637	0.0563	0.0032	0.049	0.016	0.02	0.0032	0.0978	0.0492	0.0978	0.1278	0.0926	0.0438	0.0926	0.0943
chrX	3245609	3245813	chrX:3245610-3245813	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_BN106-sm	Unspecified_BN106-sm	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0375	0.0571	0.0391	0.0139	0.0265	0.1078	0.0515	0.0573	0.0265	0.0845	0.0354	0.0845	0.0248	0.0214	0.0129	0.0214	0.0156
chrX	3248497	3248648	chrX:3248498-3248648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0211	0.0174	0.033	0.012	0.0021	0.034	0.016	0.0173	0.0021	0.032	0.0277	0.032	0.0798	0.0145	0.0193	0.0145	0.0151
chrX	3248850	3249001	chrX:3248851-3249001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0194	0.0141	0.0324	0.011	0.0021	0.0291	0.0099	0.016	0.0021	0.026	0.0466	0.026	0.048	0.0069	0.0297	0.0069	0.0109
chrX	3249177	3249335	chrX:3249178-3249335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0177	0.0473	0.0195	0.0042	0.0286	0.013	0.03	0.0042	0.029	0.0836	0.029	0.0434	0.0069	0.0645	0.0069	0.012
chrX	3249446	3249597	chrX:3249447-3249597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0113	0.0293	0.0131	0.0032	0.0141	0.0125	0.018	0.0032	0.0133	0.0537	0.0133	0.0256	0.0069	0.0361	0.0069	0.0115
chrX	3250132	3250311	chrX:3250133-3250311	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0257	0.013	0.0368	0.0277	0.0032	0.0267	0.0121	0.0093	0.0032	0.0417	0.0363	0.0417	0.079	0.013	0.0174	0.013	0.0703
chrX	3251155	3251319	chrX:3251156-3251319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.021	0.0082	0.0327	0.0224	0.0032	0.015	0.0074	0.0067	0.0032	0.0368	0.0418	0.0368	0.0449	0.0123	0.0419	0.0123	0.0344
chrX	3251567	3251941	chrX:3251568-3251941	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0488	0.0289	0.0799	0.0369	0.0074	0.0592	0.0247	0.0247	0.0074	0.0441	0.1003	0.0441	0.1634	0.0268	0.0567	0.0268	0.0636
chrX	3252118	3252292	chrX:3252119-3252292	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0282	0.0165	0.0448	0.0231	0.0011	0.0316	0.016	0.016	0.0011	0.0368	0.0479	0.0368	0.0976	0.0145	0.0348	0.0145	0.0448
chrX	3252520	3252723	chrX:3252521-3252723	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0493	0.0288	0.0829	0.0354	0.0064	0.0607	0.0238	0.0273	0.0064	0.0857	0.0971	0.0857	0.1332	0.026	0.049	0.026	0.0651
chrX	3253092	3253388	chrX:3253093-3253388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.032	0.0269	0.0496	0.0184	0.0106	0.049	0.0272	0.0227	0.0106	0.0731	0.0508	0.0731	0.0751	0.0306	0.0213	0.0306	0.0234
chrX	3257055	3257257	chrX:3257056-3257257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0313	0.0151	0.0392	0.0408	0.0053	0.0311	0.0138	0.012	0.0053	0.0405	0.036	0.0405	0.0883	0.0161	0.0432	0.0161	0.0938
chrX	3260562	3260713	chrX:3260563-3260713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0239	0.0135	0.0288	0.0301	0.0053	0.0252	0.0143	0.01	0.0053	0.058	0.0232	0.058	0.0341	0.1072	0.0168	0.1072	0.0193
chrX	3260937	3261158	chrX:3260938-3261158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0869	0.0715	0.128	0.059	0.0212	0.1612	0.051	0.0586	0.0212	0.2325	0.1129	0.2325	0.1774	0.1616	0.038	0.1616	0.0625
chrX	3261164	3261371	chrX:3261165-3261371	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.094	0.0717	0.149	0.0588	0.0106	0.1782	0.0398	0.0613	0.0106	0.2705	0.1341	0.2705	0.1867	0.1516	0.0413	0.1516	0.0662
chrX	3261588	3261764	chrX:3261589-3261764	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0538	0.0322	0.0973	0.0304	0.0032	0.0777	0.0186	0.0306	0.0032	0.2077	0.0916	0.2077	0.0844	0.1003	0.0135	0.1003	0.0261
chrX	3263452	3263649	chrX:3263453-3263649	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0632	0.0573	0.0753	0.0567	0.0265	0.0777	0.0558	0.0853	0.0265	0.1051	0.0797	0.1051	0.0806	0.0904	0.0509	0.0904	0.0594
chrX	3266817	3267042	chrX:3266818-3267042	FBgn0262656	dm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0915	0.0732	0.1154	0.0858	0.0339	0.1165	0.0536	0.1139	0.0339	0.1751	0.1206	0.1751	0.1123	0.1248	0.0928	0.1248	0.1032
chrX	3267090	3267294	chrX:3267091-3267294	FBgn0262656	dm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1128	0.0948	0.1459	0.0966	0.0594	0.1515	0.0822	0.1173	0.0594	0.2071	0.1534	0.2071	0.1503	0.1386	0.0986	0.1386	0.1204
chrX	3269348	3269509	chrX:3269349-3269509	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0306	0.0384	0.0369	0.0149	0.0159	0.0738	0.0324	0.0406	0.0159	0.0713	0.0267	0.0713	0.0558	0.0207	0.011	0.0207	0.0276
chrX	3269659	3269810	chrX:3269660-3269810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0279	0.0345	0.0339	0.0138	0.0127	0.0602	0.0307	0.042	0.0127	0.055	0.0293	0.055	0.0534	0.023	0.0071	0.023	0.025
chrX	3270810	3270963	chrX:3270811-3270963	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0292	0.0188	0.0235	0.0472	0.0095	0.0345	0.0182	0.0173	0.0095	0.0326	0.0174	0.0326	0.0403	0.0459	0.0142	0.0459	0.0417
chrX	3272612	3272925	chrX:3272613-3272925	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0635	0.0586	0.0689	0.0632	0.0244	0.0922	0.0493	0.0866	0.0244	0.0833	0.064	0.0833	0.1115	0.062	0.0322	0.062	0.1027
chrX	3273656	3273807	chrX:3273657-3273807	distal	distal	stage14	stage14	dm_Myc1-NRE	dm_Myc1-NRE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0253	0.0166	0.0239	0.0366	0.0064	0.0272	0.0212	0.0113	0.0064	0.0266	0.0203	0.0266	0.0449	0.0214	0.0123	0.0214	0.0479
chrX	3274379	3274588	chrX:3274380-3274588	distal	distal	stage5	stage5	dm_Myc1-NRE	dm_Myc1-NRE	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0327	0.0456	0.0336	0.0171	0.0233	0.0874	0.0372	0.0453	0.0233	0.0562	0.0277	0.0562	0.0519	0.0214	0.0116	0.0214	0.0271
chrX	3275563	3275718	chrX:3275564-3275718	distal	distal	none	none	dm_Myc1-NRE	dm_Myc1-NRE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0358	0.0329	0.0434	0.0306	0.0106	0.0558	0.0311	0.0386	0.0106	0.0568	0.054	0.0568	0.0364	0.0345	0.0503	0.0345	0.0334
chrX	3275869	3276063	chrX:3275870-3276063	distal	distal	stage14	stage14	dm_Myc1-NRE	dm_Myc1-NRE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0407	0.034	0.0499	0.0382	0.018	0.0471	0.0372	0.044	0.018	0.0489	0.065	0.0489	0.0542	0.0283	0.0587	0.0283	0.0469
chrX	3276148	3276355	chrX:3276149-3276355	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0476	0.0358	0.0615	0.0454	0.0138	0.0524	0.0355	0.052	0.0138	0.0411	0.0958	0.0411	0.062	0.0253	0.1032	0.0253	0.0375
chrX	3277915	3278140	chrX:3277916-3278140	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0282	0.0176	0.0316	0.0363	0.0032	0.0252	0.0225	0.0193	0.0032	0.0423	0.0312	0.0423	0.0449	0.0475	0.0271	0.0475	0.0542
chrX	3279959	3280110	chrX:3279960-3280110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0183	0.0299	0.0109	0.0074	0.0335	0.0134	0.024	0.0074	0.0278	0.0473	0.0278	0.0271	0.01	0.0148	0.01	0.0182
chrX	3281367	3281518	chrX:3281368-3281518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0211	0.0263	0.023	0.0132	0.0148	0.0442	0.0255	0.0286	0.0148	0.038	0.0219	0.038	0.0287	0.0145	0.0129	0.0145	0.0219
chrX	3281754	3281905	chrX:3281755-3281905	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0191	0.0247	0.0201	0.0117	0.017	0.0379	0.0277	0.0227	0.017	0.0344	0.0141	0.0344	0.0341	0.0161	0.0058	0.0161	0.0224
chrX	3283394	3284117	chrX:3283395-3284117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0559	0.056	0.0685	0.0421	0.0276	0.0937	0.0627	0.0506	0.0276	0.1002	0.0633	0.1002	0.0984	0.0689	0.0213	0.0689	0.0688
chrX	3284144	3284338	chrX:3284145-3284338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.021	0.0208	0.0273	0.0142	0.0074	0.0354	0.0173	0.0293	0.0074	0.0411	0.0215	0.0411	0.0434	0.023	0.0071	0.023	0.0224
chrX	3287952	3288205	chrX:3287953-3288205	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0364	0.0738	0.0244	0.0078	0.0721	0.0311	0.1151	0.1193	0.0721	0.0133	0.0395	0.0133	0.0201	0.0115	0.0064	0.0115	0.0083
chrX	3288456	3288607	chrX:3288457-3288607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0208	0.0293	0.0212	0.0109	0.0159	0.0218	0.0458	0.0413	0.0159	0.0115	0.0251	0.0115	0.0163	0.0123	0.0077	0.0123	0.0115
chrX	3288874	3289025	chrX:3288875-3289025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0201	0.0325	0.0188	0.0077	0.0201	0.0165	0.0597	0.0406	0.0201	0.0121	0.0277	0.0121	0.0132	0.0069	0.0084	0.0069	0.0068
chrX	3290668	3291016	chrX:3290669-3291016	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0619	0.1012	0.0555	0.0252	0.0827	0.0956	0.1419	0.1246	0.0827	0.0731	0.0566	0.0731	0.0503	0.0636	0.0155	0.0636	0.0167
chrX	3291195	3291606	chrX:3291196-3291606	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0588	0.09	0.0637	0.0187	0.07	0.0777	0.1324	0.1146	0.07	0.055	0.0907	0.055	0.0465	0.0276	0.0245	0.0276	0.0151
chrX	3291870	3292147	chrX:3291871-3292147	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0785	0.1256	0.0849	0.0188	0.1209	0.085	0.1838	0.1785	0.1209	0.0368	0.1688	0.0368	0.0256	0.023	0.0484	0.023	0.0104
chrX	3298915	3299116	chrX:3298916-3299116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0169	0.0121	0.0203	0.0184	0.0064	0.015	0.016	0.0147	0.0064	0.0103	0.0273	0.0103	0.038	0.0184	0.0348	0.0184	0.0214
chrX	3301869	3302032	chrX:3301870-3302032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0275	0.0138	0.031	0.039	0.0053	0.0175	0.0156	0.0213	0.0053	0.0326	0.0302	0.0326	0.0449	0.0521	0.0226	0.0521	0.0443
chrX	3316268	3316470	chrX:3316269-3316470	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0382	0.0713	0.0315	0.0088	0.0541	0.0383	0.1293	0.0833	0.0541	0.0163	0.0553	0.0163	0.0271	0.0084	0.0155	0.0084	0.0083
chrX	3319277	3319428	chrX:3319278-3319428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0099	0.0077	0.0133	0.0086	0.0021	0.0141	0.0082	0.008	0.0021	0.0091	0.019	0.0091	0.0124	0.0092	0.0174	0.0092	0.0073
chrX	3321181	3321371	chrX:3321182-3321371	FBgn0052493	tRNA:CR32493	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0331	0.0217	0.0485	0.0291	0.0085	0.0408	0.0186	0.0227	0.0085	0.0308	0.0341	0.0308	0.1402	0.0107	0.0309	0.0107	0.0625
chrX	3321489	3321698	chrX:3321490-3321698	FBgn0052493	tRNA:CR32493	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.088	0.1107	0.0443	0.0647	0.1267	0.0779	0.1252	0.0647	0.1872	0.0875	0.1872	0.1325	0.0528	0.0348	0.0528	0.0818
chrX	3321850	3322035	chrX:3321851-3322035	FBgn0052493	tRNA:CR32493	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0457	0.0565	0.0612	0.0166	0.0329	0.0854	0.0402	0.0966	0.0329	0.0942	0.0527	0.0942	0.0589	0.0184	0.0123	0.0184	0.0276
chrX	3322292	3322537	chrX:3322293-3322537	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0419	0.0507	0.0575	0.015	0.0276	0.0743	0.0428	0.0793	0.0276	0.0447	0.0556	0.0447	0.0844	0.0153	0.0129	0.0153	0.0214
chrX	3322991	3323291	chrX:3322992-3323291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0305	0.0253	0.0449	0.0206	0.0053	0.0354	0.029	0.0353	0.0053	0.0193	0.0424	0.0193	0.0511	0.0038	0.0161	0.0038	0.036
chrX	3323462	3323613	chrX:3323463-3323613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0143	0.0259	0.0142	0.0032	0.015	0.0195	0.0233	0.0032	0.0133	0.0363	0.0133	0.0333	0.0023	0.0213	0.0023	0.0276
chrX	3323965	3324190	chrX:3323966-3324190	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0231	0.0145	0.0311	0.024	0.0053	0.0248	0.0143	0.0153	0.0053	0.0175	0.0196	0.0175	0.0868	0.0138	0.0116	0.0138	0.0589
chrX	3335889	3336040	chrX:3335890-3336040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.011	0.0088	0.0133	0.011	0.0053	0.0053	0.0151	0.0113	0.0053	0.0121	0.0087	0.0121	0.0387	0.0107	0.0026	0.0107	0.0281
chrX	3336746	3337026	chrX:3336747-3337026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0148	0.0117	0.0171	0.0157	0.0011	0.0131	0.0164	0.018	0.0011	0.0121	0.0122	0.0121	0.0333	0.013	0.009	0.013	0.0365
chrX	3342117	3342268	chrX:3342118-3342268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.017	0.0295	0.015	0.0052	0.0191	0.0364	0.032	0.044	0.0191	0.0121	0.0132	0.0121	0.031	0.0046	0.0026	0.0046	0.0083
chrX	3342387	3342559	chrX:3342388-3342559	FBgn0029657	CG12535	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0177	0.0307	0.0168	0.0042	0.018	0.0437	0.0234	0.0533	0.018	0.0163	0.0113	0.0163	0.0418	0.0023	0.0045	0.0023	0.0063
chrX	3343097	3343333	chrX:3343098-3343333	FBgn0029657	CG12535	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0453	0.0789	0.0382	0.0156	0.0742	0.0845	0.0973	0.1006	0.0742	0.0483	0.0286	0.0483	0.0759	0.0199	0.011	0.0199	0.0266
chrX	3343416	3343574	chrX:3343417-3343574	FBgn0029657	CG12535	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0282	0.0499	0.0231	0.0095	0.0392	0.0573	0.0606	0.064	0.0392	0.0272	0.0199	0.0272	0.0395	0.0077	0.0084	0.0077	0.0162
chrX	3345162	3345327	chrX:3345163-3345327	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.035	0.0333	0.0424	0.0287	0.0191	0.0476	0.0368	0.0413	0.0191	0.0574	0.0473	0.0574	0.0434	0.0337	0.0232	0.0337	0.0297
chrX	3345429	3345622	chrX:3345430-3345622	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0778	0.0755	0.091	0.0657	0.0329	0.1078	0.0813	0.0993	0.0329	0.1135	0.1003	0.1135	0.0999	0.0766	0.0767	0.0766	0.0662
chrX	3346309	3346506	chrX:3346310-3346506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0285	0.031	0.033	0.0207	0.0106	0.0335	0.0415	0.044	0.0106	0.0368	0.0408	0.0368	0.0287	0.0237	0.0342	0.0237	0.0219
chrX	3347270	3347421	chrX:3347271-3347421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.0158	0.017	0.0123	0.0074	0.0175	0.0225	0.02	0.0074	0.0193	0.0222	0.0193	0.0116	0.01	0.0303	0.01	0.0073
chrX	3347487	3347638	chrX:3347488-3347638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0147	0.0147	0.0134	0.0053	0.0209	0.0195	0.0147	0.0053	0.0109	0.0238	0.0109	0.0124	0.0153	0.0355	0.0153	0.0068
chrX	3347700	3347851	chrX:3347701-3347851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0116	0.0091	0.0117	0.0142	0.0042	0.0112	0.013	0.0093	0.0042	0.0054	0.0199	0.0054	0.0108	0.0191	0.0342	0.0191	0.0063
chrX	3349282	3349433	chrX:3349283-3349433	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0155	0.0064	0.0117	0.0299	0.0042	0.0097	0.0078	0.0033	0.0042	0.0242	0.0096	0.0242	0.0116	0.1263	0.0148	0.1263	0.0089
chrX	3349793	3349944	chrX:3349794-3349944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0128	0.009	0.0086	0.0216	0	0.0117	0.0125	0.0107	0	0.0097	0.0113	0.0097	0.0085	0.0743	0.0135	0.0743	0.0089
chrX	3359637	3359812	chrX:3359638-3359812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.025	0.0404	0.0386	0.0191	0.033	0.0242	0.036	0.0191	0.0453	0.0508	0.0453	0.0465	0.0536	0.0335	0.0536	0.0677
chrX	3365307	3365458	chrX:3365308-3365458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0086	0.0086	0.0065	0.0109	0	0.0107	0.0134	0.0107	0	0.0054	0.0074	0.0054	0.0062	0.0306	0.0123	0.0306	0.0042
chrX	3367950	3368101	chrX:3367951-3368101	FBgn0029662	CG12206	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0066	0.0165	0.0191	0	0.0092	0.0112	0.0053	0	0.0085	0.0302	0.0085	0.0132	0.0092	0.0613	0.0092	0.0057
chrX	3368499	3368671	chrX:3368500-3368671	FBgn0029662	CG12206	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0093	0.0302	0.0245	0.0011	0.0097	0.0121	0.0167	0.0011	0.0181	0.0518	0.0181	0.0225	0.0054	0.0883	0.0054	0.0104
chrX	3369054	3369321	chrX:3369055-3369321	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0637	0.0532	0.0862	0.0507	0.0191	0.0607	0.0415	0.1219	0.0191	0.0628	0.1421	0.0628	0.0682	0.0138	0.1534	0.0138	0.0375
chrX	3375104	3375292	chrX:3375105-3375292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0456	0.0687	0.0451	0.0265	0.0544	0.0571	0.0566	0.0265	0.0839	0.0723	0.0839	0.0829	0.0406	0.0471	0.0406	0.0589
chrX	3375913	3376064	chrX:3375914-3376064	FBgn0029663	CG10804	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0277	0.0264	0.0324	0.0241	0.0138	0.0335	0.032	0.034	0.0138	0.0399	0.0338	0.0399	0.0287	0.0168	0.02	0.0168	0.0193
chrX	3376323	3376592	chrX:3376324-3376592	FBgn0029663,FBgn0029664	CG10802,CG10804	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0979	0.1129	0.1051	0.0731	0.0467	0.1447	0.1081	0.1952	0.0467	0.1208	0.109	0.1208	0.0767	0.0421	0.0554	0.0421	0.0521
chrX	3376639	3376856	chrX:3376640-3376856	FBgn0029663,FBgn0029664	CG10802,CG10804	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0962	0.0927	0.1156	0.0788	0.0604	0.1112	0.0978	0.1459	0.0604	0.1371	0.1289	0.1371	0.1077	0.075	0.0819	0.075	0.0928
chrX	3376880	3377075	chrX:3376881-3377075	FBgn0029664	CG10802	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1034	0.0968	0.1208	0.0916	0.0785	0.1126	0.1029	0.1492	0.0785	0.1371	0.1379	0.1371	0.1154	0.0873	0.0864	0.0873	0.1162
chrX	3379084	3379235	chrX:3379085-3379235	FBgn0029665,FBgn0029666	CG10803,CG14270	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0516	0.0735	0.0508	0.0318	0.0631	0.0597	0.0706	0.0318	0.0803	0.0807	0.0803	0.0751	0.0574	0.0509	0.0574	0.0677
chrX	3379295	3379485	chrX:3379296-3379485	FBgn0029665,FBgn0029666	CG10803,CG14270	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0953	0.0906	0.111	0.0833	0.0583	0.1107	0.1116	0.1113	0.0583	0.128	0.1238	0.128	0.1084	0.0881	0.0832	0.0881	0.0969
chrX	3379607	3379777	chrX:3379608-3379777	FBgn0029665,FBgn0029666	CG10803,CG14270	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0926	0.0879	0.1121	0.0765	0.0636	0.1121	0.0913	0.1226	0.0636	0.1443	0.1254	0.1443	0.093	0.0796	0.078	0.0796	0.087
chrX	3379857	3380130	chrX:3379858-3380130	FBgn0029665,FBgn0029666	CG10803,CG14270	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0749	0.0652	0.0967	0.062	0.035	0.0879	0.0649	0.0953	0.035	0.1316	0.0971	0.1316	0.0883	0.0697	0.0606	0.0697	0.0698
chrX	3384665	3384840	chrX:3384666-3384840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0329	0.0338	0.0234	0.0191	0.0408	0.0346	0.05	0.0191	0.0386	0.0376	0.0386	0.0395	0.0375	0.0239	0.0375	0.0318
chrX	3399117	3399268	chrX:3399118-3399268	FBgn0029667	Gas8	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0123	0.01	0.0122	0.0152	0.0011	0.015	0.0121	0.0113	0.0011	0.0139	0.0106	0.0139	0.0101	0.0199	0.0071	0.0199	0.0109
chrX	3408660	3408811	chrX:3408661-3408811	FBgn0029669	CG13021	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0136	0.0174	0.0123	0.0109	0.0085	0.0223	0.0221	0.0227	0.0085	0.0199	0.0141	0.0199	0.0108	0.0276	0.0077	0.0276	0.0063
chrX	3424808	3424992	chrX:3424809-3424992	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.029	0.0256	0.0295	0.0148	0.0379	0.0268	0.048	0.0148	0.0332	0.0235	0.0332	0.0062	0.0023	0.0064	0.0023	0.0057
chrX	3439760	3439911	chrX:3439761-3439911	FBgn0085364	CR34335	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0343	0.0353	0.0345	0.0329	0.0191	0.0427	0.0428	0.0433	0.0191	0.0356	0.0408	0.0356	0.0356	0.036	0.0374	0.036	0.049
chrX	3440046	3440250	chrX:3440047-3440250	FBgn0085364	CR34335	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.092	0.0707	0.1082	0.0979	0.0551	0.0864	0.0675	0.1033	0.0551	0.1196	0.1212	0.1196	0.1208	0.1217	0.1148	0.1217	0.136
chrX	3440407	3440610	chrX:3440408-3440610	FBgn0085364	CR34335	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0332	0.0629	0.0653	0.0265	0.0456	0.0298	0.0506	0.0265	0.0676	0.0749	0.0676	0.072	0.0926	0.0806	0.0926	0.0886
chrX	3442493	3442644	chrX:3442494-3442644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0111	0.007	0.0143	0.0053	0.0112	0.0164	0.014	0.0053	0.0115	0.0051	0.0115	0.0101	0.0092	0.0071	0.0092	0.0172
chrX	3442971	3443122	chrX:3442972-3443122	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0056	0.0052	0.011	0.0021	0.0068	0.0091	0.0047	0.0021	0.006	0.0039	0.006	0.0046	0.0061	0.0064	0.0061	0.0047
chrX	3445877	3446028	chrX:3445878-3446028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0106	0.011	0.0095	0.0032	0.0102	0.016	0.0153	0.0032	0.0163	0.0106	0.0163	0.0093	0.0046	0.0019	0.0046	0.0021
chrX	3451099	3451250	chrX:3451100-3451250	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0139	0.0249	0.0103	0.0057	0.0042	0.0209	0.0186	0.072	0.0042	0.0151	0.0129	0.0151	0.007	0.0046	0.0032	0.0046	0.0047
chrX	3452499	3452678	chrX:3452500-3452678	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0169	0.0229	0.0128	0.0146	0.0117	0.0325	0.0285	0.0253	0.0117	0.0157	0.0132	0.0157	0.0147	0.0276	0.0148	0.0276	0.0188
chrX	3458408	3458559	chrX:3458409-3458559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0134	0.0224	0.0098	0.0074	0.0064	0.0461	0.0208	0.016	0.0064	0.0163	0.009	0.0163	0.0108	0.0069	0.0032	0.0069	0.0057
chrX	3459659	3459810	chrX:3459660-3459810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0117	0.0212	0.0095	0.0036	0.0032	0.0544	0.0143	0.0133	0.0032	0.0187	0.0068	0.0187	0.0093	0.0092	0.0026	0.0092	0.0021
chrX	3464400	3464666	chrX:3464401-3464666	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0627	0.0284	0.0539	0.1107	0.0085	0.049	0.0307	0.03	0.0085	0.0513	0.0553	0.0513	0.0984	0.1149	0.1348	0.1149	0.1449
chrX	3467329	3467500	chrX:3467330-3467500	FBgn0029672	CG2875	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0385	0.0542	0.0348	0.0244	0.0422	0.0476	0.0533	0.0244	0.0634	0.0547	0.0634	0.055	0.0398	0.04	0.0398	0.0453
chrX	3467602	3467786	chrX:3467603-3467786	FBgn0029672	CG2875	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.0909	0.1274	0.1	0.053	0.1141	0.0956	0.1359	0.053	0.1461	0.1331	0.1461	0.1433	0.0957	0.1141	0.0957	0.1225
chrX	3467911	3468108	chrX:3467912-3468108	FBgn0028961,FBgn0029672	AlstR,CG2875	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0534	0.0512	0.0501	0.0595	0.0159	0.0704	0.0528	0.0806	0.0159	0.0658	0.0473	0.0658	0.062	0.0528	0.0658	0.0528	0.0672
chrX	3468469	3468650	chrX:3468470-3468650	FBgn0028961	AlstR	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0288	0.0594	0.0164	0.0081	0.0435	0.0549	0.0787	0.0893	0.0435	0.0314	0.0151	0.0314	0.0093	0.0054	0.0045	0.0054	0.0026
chrX	3527383	3527534	chrX:3527384-3527534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0097	0.0228	0.0029	0.0025	0.017	0.0078	0.0502	0.0187	0.017	0.0018	0.0032	0.0018	0.007	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chrX	3565442	3565642	chrX:3565443-3565642	FBgn0023215,FBgn0023216	Mnt,Parg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0905	0.089	0.1049	0.0763	0.0583	0.0956	0.112	0.1233	0.0583	0.1214	0.1148	0.1214	0.1201	0.0727	0.0864	0.0727	0.0896
chrX	3565684	3565868	chrX:3565685-3565868	FBgn0023215,FBgn0023216	Mnt,Parg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1212	0.111	0.1297	0.1231	0.0774	0.1248	0.1401	0.1399	0.0774	0.1419	0.1479	0.1419	0.1425	0.1378	0.1264	0.1378	0.1381
chrX	3566154	3566381	chrX:3566155-3566381	FBgn0023215	Mnt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0716	0.0501	0.0608	0.1076	0.0318	0.0471	0.0709	0.0673	0.0318	0.0519	0.0727	0.0519	0.0643	0.121	0.1064	0.121	0.1032
chrX	3570772	3570925	chrX:3570773-3570925	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0602	0.035	0.0448	0.1053	0.0212	0.0515	0.0342	0.0413	0.0212	0.0272	0.0518	0.0272	0.0736	0.0995	0.118	0.0995	0.1188
chrX	3570993	3571249	chrX:3570994-3571249	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0954	0.0429	0.0758	0.1757	0.017	0.0636	0.0402	0.0606	0.017	0.0501	0.0807	0.0501	0.1201	0.1753	0.2057	0.1753	0.1897
chrX	3571477	3571862	chrX:3571478-3571862	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1309	0.077	0.1069	0.2175	0.052	0.1005	0.0869	0.0966	0.052	0.0948	0.0955	0.0948	0.1503	0.2243	0.2224	0.2243	0.2465
chrX	3572248	3572435	chrX:3572249-3572435	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0583	0.032	0.0651	0.0802	0.0138	0.0442	0.0355	0.0386	0.0138	0.0598	0.0749	0.0598	0.086	0.0735	0.1006	0.0735	0.086
chrX	3574170	3574346	chrX:3574171-3574346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0435	0.0459	0.0505	0.0331	0.0201	0.0558	0.0515	0.072	0.0201	0.0326	0.0502	0.0326	0.1077	0.0276	0.0258	0.0276	0.049
chrX	3576177	3576328	chrX:3576178-3576328	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0209	0.0237	0.0324	0.0074	0.0262	0.0311	0.022	0.0074	0.0248	0.018	0.0248	0.0496	0.0306	0.0348	0.0306	0.0578
chrX	3576548	3576722	chrX:3576549-3576722	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0438	0.0297	0.0433	0.0603	0.0106	0.034	0.0471	0.0306	0.0106	0.0429	0.0395	0.0429	0.079	0.0727	0.0748	0.0727	0.0933
chrX	3579033	3579198	chrX:3579034-3579198	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.032	0.0201	0.0378	0.0389	0.0117	0.0282	0.0199	0.0253	0.0117	0.0163	0.0637	0.0163	0.0186	0.0115	0.0509	0.0115	0.012
chrX	3579540	3579691	chrX:3579541-3579691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0198	0.0263	0.0352	0.0095	0.0243	0.0238	0.0273	0.0095	0.0163	0.0315	0.0163	0.017	0.0054	0.0258	0.0054	0.012
chrX	3580648	3580799	chrX:3580649-3580799	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0402	0.0187	0.0352	0.0699	0.0053	0.033	0.0151	0.024	0.0053	0.0338	0.037	0.0338	0.031	0.0689	0.0877	0.0689	0.0657
chrX	3580892	3581095	chrX:3580893-3581095	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.0369	0.0901	0.1225	0.0117	0.066	0.026	0.0546	0.0117	0.1117	0.0859	0.1117	0.0736	0.1325	0.1431	0.1325	0.1235
chrX	3581221	3581415	chrX:3581222-3581415	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0931	0.0447	0.1128	0.1255	0.0085	0.0782	0.035	0.0686	0.0085	0.1304	0.101	0.1304	0.0984	0.1378	0.1193	0.1378	0.1245
chrX	3582075	3582268	chrX:3582076-3582268	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1374	0.0911	0.1739	0.1493	0.0551	0.1165	0.0917	0.1379	0.0551	0.1969	0.1849	0.1969	0.1844	0.1669	0.1399	0.1669	0.1845
chrX	3582803	3582954	chrX:3582804-3582954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0374	0.0179	0.0458	0.05	0.0085	0.0277	0.0199	0.018	0.0085	0.0604	0.0338	0.0604	0.0751	0.0475	0.0477	0.0475	0.0709
chrX	3583192	3583397	chrX:3583193-3583397	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1022	0.0604	0.1168	0.1329	0.0276	0.0888	0.0575	0.0899	0.0276	0.1226	0.119	0.1226	0.1464	0.1424	0.1354	0.1424	0.1589
chrX	3584574	3584725	chrX:3584575-3584725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0303	0.0166	0.0393	0.0356	0.0042	0.0199	0.0234	0.022	0.0042	0.0199	0.0318	0.0199	0.0217	0.0123	0.0168	0.0123	0.0172
chrX	3584937	3585198	chrX:3584938-3585198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.06	0.0491	0.0647	0.0668	0.0212	0.0505	0.0666	0.07	0.0212	0.0393	0.0537	0.0393	0.0442	0.0345	0.0406	0.0345	0.0391
chrX	3585782	3586155	chrX:3585783-3586155	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1015	0.0395	0.1383	0.1303	0.0159	0.0665	0.0398	0.0426	0.0159	0.1473	0.1498	0.1473	0.1441	0.1455	0.1057	0.1455	0.1235
chrX	3586458	3586668	chrX:3586459-3586668	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0785	0.035	0.1154	0.0868	0.0117	0.0699	0.0285	0.0373	0.0117	0.1745	0.1328	0.1745	0.0775	0.0911	0.0922	0.0911	0.0922
chrX	3588209	3588366	chrX:3588210-3588366	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0743	0.0576	0.1077	0.0563	0.0265	0.0757	0.0476	0.1053	0.0265	0.0833	0.1627	0.0833	0.0829	0.0375	0.0993	0.0375	0.0547
chrX	3588707	3589069	chrX:3588708-3589069	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1138	0.0951	0.1496	0.0954	0.0445	0.135	0.0822	0.1559	0.0445	0.1667	0.1984	0.1667	0.1177	0.1279	0.1277	0.1279	0.0688
chrX	3589315	3589466	chrX:3589316-3589466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.037	0.0237	0.0501	0.0373	0.0053	0.0301	0.0216	0.0446	0.0053	0.07	0.0572	0.07	0.0411	0.0513	0.0464	0.0513	0.0323
chrX	3589604	3589788	chrX:3589605-3589788	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1269	0.0896	0.1674	0.1241	0.0392	0.1291	0.0757	0.1512	0.0392	0.1902	0.1949	0.1902	0.1642	0.1417	0.1418	0.1417	0.1464
chrX	3590938	3591131	chrX:3590939-3591131	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0231	0.0324	0.0596	0.0085	0.032	0.0255	0.0346	0.0085	0.0254	0.0357	0.0254	0.0426	0.0689	0.0548	0.0689	0.073
chrX	3598202	3598561	chrX:3598203-3598561	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1386	0.158	0.1412	0.1141	0.1188	0.1801	0.16	0.2538	0.1188	0.1793	0.1547	0.1793	0.151	0.108	0.1315	0.108	0.1657
chrX	3608008	3608159	chrX:3608009-3608159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0108	0.0096	0.0175	0.0053	0.0141	0.0143	0.0107	0.0053	0.0054	0.0129	0.0054	0.0101	0.0115	0.0187	0.0115	0.0135
chrX	3608322	3608473	chrX:3608323-3608473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.0186	0.0171	0.018	0.0042	0.018	0.0285	0.0253	0.0042	0.0121	0.0215	0.0121	0.0155	0.0092	0.0193	0.0092	0.0109
chrX	3612746	3612951	chrX:3612747-3612951	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1407	0.1251	0.1739	0.1216	0.088	0.1694	0.1194	0.1852	0.088	0.1896	0.1842	0.1896	0.1975	0.0995	0.1219	0.0995	0.1371
chrX	3613002	3613208	chrX:3613003-3613208	FBgn0015286	Rala	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1064	0.158	0.1134	0.0594	0.1413	0.099	0.1752	0.0594	0.1993	0.1691	0.1993	0.1472	0.1172	0.1193	0.1172	0.1188
chrX	3613274	3613484	chrX:3613275-3613484	FBgn0015286	Rala	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1076	0.0956	0.1321	0.0941	0.0615	0.1267	0.1038	0.1306	0.0615	0.1606	0.1441	0.1606	0.1177	0.0858	0.0903	0.0858	0.1016
chrX	3614169	3614330	chrX:3614170-3614330	FBgn0086899	tlk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0241	0.0404	0.0524	0.0085	0.0316	0.0272	0.0346	0.0085	0.0386	0.0441	0.0386	0.048	0.0559	0.0522	0.0559	0.0662
chrX	3614475	3614634	chrX:3614476-3614634	FBgn0086899	tlk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0193	0.0354	0.0473	0.0032	0.0286	0.016	0.034	0.0032	0.0284	0.0315	0.0284	0.048	0.0475	0.0438	0.0475	0.0594
chrX	3614635	3614884	chrX:3614636-3614884	distal	distal	stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.0353	0.0416	0.0436	0.0148	0.0437	0.0342	0.058	0.0148	0.0332	0.0469	0.0332	0.0542	0.0421	0.0477	0.0421	0.0547
chrX	3614897	3615060	chrX:3614898-3615060	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0365	0.0321	0.0297	0.0138	0.0451	0.0355	0.0606	0.0138	0.026	0.0434	0.026	0.0318	0.0314	0.0374	0.0314	0.0349
chrX	3617124	3617309	chrX:3617125-3617309	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.079	0.0616	0.0897	0.0866	0.0308	0.0757	0.0774	0.0773	0.0308	0.0743	0.0939	0.0743	0.1278	0.0666	0.0941	0.0666	0.1053
chrX	3620027	3620243	chrX:3620028-3620243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0463	0.0234	0.0605	0.0563	0.0085	0.033	0.0277	0.03	0.0085	0.0839	0.063	0.0839	0.0565	0.0666	0.0335	0.0666	0.0443
chrX	3620457	3620608	chrX:3620458-3620608	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.015	0.0083	0.0148	0.0227	0.0032	0.0092	0.0138	0.0087	0.0032	0.0181	0.0164	0.0181	0.017	0.0199	0.0071	0.0199	0.013
chrX	3634825	3635345	chrX:3634826-3635345	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2836	0.2327	0.3495	0.2681	0.141	0.3257	0.2401	0.2991	0.141	0.4203	0.3817	0.4203	0.33	0.2603	0.2714	0.2603	0.3174
chrX	3635769	3635998	chrX:3635770-3635998	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1311	0.0952	0.168	0.1308	0.0573	0.1413	0.0826	0.1392	0.0573	0.1932	0.1875	0.1932	0.1619	0.1363	0.1373	0.1363	0.147
chrX	3636009	3636214	chrX:3636010-3636214	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1696	0.1203	0.2199	0.1695	0.0774	0.1869	0.0943	0.1679	0.0774	0.2693	0.2418	0.2693	0.2014	0.1784	0.1889	0.1784	0.1803
chrX	3636326	3636549	chrX:3636327-3636549	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2355	0.1782	0.3055	0.2228	0.1273	0.2699	0.1605	0.2272	0.1273	0.3883	0.3293	0.3883	0.2742	0.2236	0.2282	0.2236	0.2538
chrX	3636550	3636828	chrX:3636551-3636828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2242	0.1624	0.2869	0.2243	0.1283	0.2403	0.1423	0.2152	0.1283	0.3841	0.2977	0.3841	0.2727	0.2335	0.2205	0.2335	0.2564
chrX	3636889	3637102	chrX:3636890-3637102	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1645	0.117	0.2099	0.1677	0.0901	0.1777	0.1021	0.1519	0.0901	0.2893	0.227	0.2893	0.1867	0.1899	0.1831	0.1899	0.1933
chrX	3637221	3637548	chrX:3637222-3637548	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.199	0.0841	0.2666	0.2532	0.0276	0.1558	0.0692	0.0939	0.0276	0.3822	0.2643	0.3822	0.2905	0.2933	0.2689	0.2933	0.3059
chrX	3637823	3638025	chrX:3637824-3638025	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.132	0.0511	0.1657	0.1854	0.0191	0.082	0.0515	0.0593	0.0191	0.1993	0.1659	0.1993	0.2146	0.206	0.1883	0.206	0.2355
chrX	3638617	3638832	chrX:3638618-3638832	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1882	0.1329	0.2207	0.2145	0.0848	0.1811	0.1371	0.1765	0.0848	0.2343	0.2486	0.2343	0.2355	0.2021	0.2495	0.2021	0.259
chrX	3641071	3641259	chrX:3641072-3641259	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0659	0.0319	0.0774	0.0914	0.0085	0.0456	0.0298	0.0526	0.0085	0.1111	0.09	0.1111	0.0511	0.1554	0.0625	0.1554	0.0912
chrX	3642123	3642274	chrX:3642124-3642274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0142	0.0255	0.0318	0.0053	0.0175	0.0173	0.0187	0.0053	0.0187	0.0286	0.0187	0.017	0.0176	0.0129	0.0176	0.0146
chrX	3642649	3642800	chrX:3642650-3642800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0126	0.0324	0.0678	0.0042	0.0121	0.0173	0.0187	0.0042	0.0248	0.0273	0.0248	0.0403	0.0827	0.0309	0.0827	0.0646
chrX	3642852	3643104	chrX:3642853-3643104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0895	0.0573	0.1108	0.1019	0.0329	0.0772	0.0558	0.0866	0.0329	0.1335	0.1077	0.1335	0.0891	0.1279	0.0812	0.1279	0.0995
chrX	3644526	3644941	chrX:3644527-3644941	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0502	0.0211	0.0396	0.0946	0.0053	0.0291	0.0225	0.0326	0.0053	0.0223	0.0421	0.0223	0.0829	0.1018	0.1231	0.1018	0.0954
chrX	3645264	3645528	chrX:3645265-3645528	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0576	0.0244	0.0623	0.0895	0.0074	0.0466	0.0294	0.0133	0.0074	0.0423	0.0495	0.0423	0.1503	0.0919	0.1038	0.0919	0.1178
chrX	3645922	3646094	chrX:3645923-3646094	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0326	0.013	0.0322	0.055	0.0042	0.0184	0.0173	0.014	0.0042	0.0205	0.0273	0.0205	0.0868	0.0207	0.0709	0.0207	0.1021
chrX	3655287	3655494	chrX:3655288-3655494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0241	0.0272	0.0279	0.0127	0.0296	0.0329	0.0273	0.0127	0.0229	0.0219	0.0229	0.0449	0.013	0.011	0.013	0.024
chrX	3655530	3655696	chrX:3655531-3655696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0183	0.0133	0.0249	0.0167	0.0064	0.0199	0.013	0.0187	0.0064	0.0193	0.0151	0.0193	0.0705	0.0199	0.0058	0.0199	0.024
chrX	3655889	3656040	chrX:3655890-3656040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0106	0.0156	0.0111	0.0032	0.015	0.0121	0.014	0.0032	0.0121	0.0106	0.0121	0.0411	0.0107	0.0045	0.0107	0.0219
chrX	3657095	3657297	chrX:3657096-3657297	distal	distal	none	none	VT56445.1	VT56445.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0309	0.0338	0.036	0.022	0.0159	0.0403	0.0441	0.0433	0.0159	0.0386	0.0354	0.0386	0.0527	0.023	0.0168	0.023	0.0302
chrX	3658296	3658447	chrX:3658297-3658447	distal	distal	none	none	VT56445.1	VT56445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0131	0.0151	0.0156	0.0085	0.015	0.0177	0.0153	0.0085	0.0115	0.0141	0.0115	0.0163	0.013	0.0084	0.013	0.0115
chrX	3660883	3661034	chrX:3660884-3661034	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0046	0.0037	0.0092	0.0011	0.0034	0.0091	0.0053	0.0011	0.0085	0.0035	0.0085	0	0.0061	0.0039	0.0061	0.0042
chrX	3661334	3661512	chrX:3661335-3661512	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0131	0.0166	0.037	0.0053	0.017	0.0186	0.0113	0.0053	0.0145	0.0151	0.0145	0.0325	0.0436	0.0251	0.0436	0.049
chrX	3663382	3663533	chrX:3663383-3663533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.014	0.015	0.0177	0.0032	0.0165	0.0208	0.018	0.0032	0.0133	0.0116	0.0133	0.0155	0.0161	0.011	0.0161	0.0089
chrX	3664925	3665076	chrX:3664926-3665076	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0212	0.0287	0.0272	0.0064	0.0282	0.029	0.0227	0.0064	0.0211	0.0244	0.0211	0.0596	0.0237	0.029	0.0237	0.0427
chrX	3665155	3665328	chrX:3665156-3665328	distal	distal	stage11	stage11	VT56450.1	VT56450.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0327	0.0224	0.041	0.035	0.0074	0.0306	0.0277	0.026	0.0074	0.0308	0.0363	0.0308	0.079	0.0222	0.0303	0.0222	0.0589
chrX	3665627	3665780	chrX:3665628-3665780	distal	distal	none	none	VT56450.1	VT56450.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0301	0.0201	0.0377	0.033	0.0074	0.034	0.0242	0.0133	0.0074	0.029	0.0312	0.029	0.0922	0.0283	0.0251	0.0283	0.0657
chrX	3666916	3667132	chrX:3666917-3667132	distal	distal	stage5	stage5	VT56450.1	VT56450.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0683	0.0943	0.0632	0.0361	0.0956	0.064	0.1033	0.0361	0.1322	0.0904	0.1322	0.1146	0.0636	0.0683	0.0636	0.0703
chrX	3667236	3667469	chrX:3667237-3667469	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56450.1	VT56450.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1385	0.1198	0.1708	0.1239	0.0795	0.1675	0.1116	0.1719	0.0795	0.2476	0.1859	0.2476	0.1681	0.1539	0.1367	0.1539	0.1553
chrX	3669989	3670198	chrX:3669990-3670198	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1471	0.1206	0.1854	0.1345	0.088	0.1602	0.1207	0.1639	0.088	0.2464	0.1939	0.2464	0.1774	0.16	0.1283	0.16	0.1641
chrX	3670503	3670695	chrX:3670504-3670695	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1625	0.1461	0.1996	0.1402	0.0923	0.1971	0.144	0.2119	0.0923	0.2476	0.218	0.2476	0.1944	0.1593	0.1567	0.1593	0.1636
chrX	3671302	3671562	chrX:3671303-3671562	FBgn0263532	mir-4962	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.223	0.2137	0.2618	0.1908	0.1824	0.2655	0.2349	0.2665	0.1824	0.3219	0.2826	0.3219	0.2393	0.1968	0.1863	0.1968	0.2303
chrX	3672186	3672391	chrX:3672187-3672391	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1778	0.1786	0.2079	0.144	0.1273	0.2233	0.2016	0.2305	0.1273	0.2899	0.2055	0.2899	0.1882	0.1838	0.1296	0.1838	0.1542
chrX	3672760	3672911	chrX:3672761-3672911	distal	distal	none	none	VT56454.1	VT56454.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0963	0.0826	0.056	0.0583	0.116	0.1129	0.1332	0.0583	0.1111	0.0868	0.1111	0.0589	0.0704	0.0426	0.0704	0.0459
chrX	3673839	3674067	chrX:3673840-3674067	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56454.1,VT56455.1	VT56454.1,VT56455.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1744	0.1468	0.2231	0.1518	0.0732	0.1859	0.1548	0.2179	0.0732	0.2736	0.236	0.2736	0.1805	0.1524	0.1464	0.1524	0.1511
chrX	3674268	3674540	chrX:3674269-3674540	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT56454.1,VT56455.1	VT56454.1,VT56455.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1477	0.161	0.1708	0.1074	0.0997	0.1947	0.1795	0.2212	0.0997	0.2059	0.1846	0.2059	0.1387	0.1233	0.0999	0.1233	0.0928
chrX	3674954	3675194	chrX:3674955-3675194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56455.1	VT56455.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2214	0.2025	0.2619	0.1982	0.1273	0.2408	0.2284	0.2838	0.1273	0.3309	0.283	0.3309	0.2208	0.2083	0.2199	0.2083	0.2105
chrX	3680292	3680525	chrX:3680293-3680525	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0311	0.0427	0.0294	0.0201	0.0276	0.035	0.0696	0.0506	0.0276	0.0284	0.0305	0.0284	0.0318	0.0161	0.0213	0.0161	0.0328
chrX	3680645	3680942	chrX:3680646-3680942	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.047	0.0496	0.0541	0.0363	0.0308	0.0553	0.067	0.0606	0.0308	0.0616	0.0553	0.0616	0.0496	0.0245	0.0438	0.0245	0.0589
chrX	3682303	3682454	chrX:3682304-3682454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0246	0.0169	0.0145	0.017	0.0194	0.0355	0.0353	0.017	0.0163	0.0193	0.0163	0.0194	0.013	0.0142	0.013	0.0219
chrX	3682562	3682751	chrX:3682563-3682751	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0501	0.0589	0.0509	0.0394	0.0467	0.0665	0.0753	0.0726	0.0467	0.0519	0.0595	0.0519	0.0581	0.0299	0.0426	0.0299	0.0563
chrX	3683470	3683648	chrX:3683471-3683648	FBgn0029676	HIP-R	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0431	0.0307	0.0448	0.055	0.0095	0.0325	0.0394	0.0453	0.0095	0.0344	0.0486	0.0344	0.0728	0.0322	0.0574	0.0322	0.0834
chrX	3683888	3684084	chrX:3683889-3684084	FBgn0029676	HIP-R	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0675	0.0547	0.0792	0.0691	0.0329	0.0723	0.0606	0.072	0.0329	0.0857	0.0881	0.0857	0.0868	0.0613	0.0645	0.0613	0.0917
chrX	3699563	3699714	chrX:3699564-3699714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0067	0.009	0.0118	0.0021	0.0053	0.0121	0.0067	0.0021	0.003	0.0084	0.003	0.0085	0.0031	0.0052	0.0031	0.0026
chrX	3701512	3701808	chrX:3701513-3701808	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0433	0.0649	0.0411	0.0216	0.0647	0.0427	0.0986	0.0873	0.0647	0.0254	0.0553	0.0254	0.038	0.0145	0.0251	0.0145	0.0198
chrX	3702599	3702764	chrX:3702600-3702764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0137	0.0284	0.0255	0.0042	0.0184	0.019	0.0147	0.0042	0.0157	0.0222	0.0157	0.0155	0.0054	0.0071	0.0054	0.0162
chrX	3703219	3703370	chrX:3703220-3703370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0151	0.0245	0.0213	0.0064	0.0199	0.0173	0.0207	0.0064	0.0127	0.0264	0.0127	0.017	0.013	0.0103	0.013	0.0146
chrX	3704989	3705214	chrX:3704990-3705214	FBgn0000542	ec	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0473	0.0359	0.064	0.0419	0.0095	0.0568	0.0342	0.0486	0.0095	0.0694	0.0711	0.0694	0.055	0.059	0.0387	0.059	0.0469
chrX	3705359	3705585	chrX:3705360-3705585	FBgn0000542	ec	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.0943	0.1496	0.1074	0.0594	0.1301	0.093	0.1292	0.0594	0.1854	0.1666	0.1854	0.134	0.1256	0.1315	0.1256	0.1324
chrX	3705611	3705798	chrX:3705612-3705798	FBgn0000542	ec	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1365	0.0922	0.1876	0.1299	0.035	0.1505	0.0709	0.1446	0.035	0.2518	0.208	0.2518	0.1867	0.1547	0.167	0.1547	0.1819
chrX	3705988	3706139	chrX:3705989-3706139	FBgn0000542	ec	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0281	0.0197	0.0393	0.0251	0.0159	0.0262	0.0199	0.0273	0.0159	0.0399	0.0521	0.0399	0.0442	0.0222	0.0445	0.0222	0.0307
chrX	3708413	3708613	chrX:3708414-3708613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0332	0.0257	0.0468	0.0266	0.0064	0.049	0.0238	0.024	0.0064	0.0604	0.046	0.0604	0.0635	0.0582	0.0219	0.0582	0.0323
chrX	3709715	3709866	chrX:3709716-3709866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0184	0.0252	0.0208	0.0081	0.0095	0.0495	0.0203	0.0273	0.0095	0.0531	0.0177	0.0531	0.0031	0.0153	0.009	0.0153	0.0073
chrX	3713173	3713349	chrX:3713174-3713349	FBgn0052785	tRNA:CR32785	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0101	0.0217	0.0127	0.0011	0.0146	0.0125	0.0133	0.0011	0.0097	0.0408	0.0097	0.0077	0.01	0.0368	0.01	0.0078
chrX	3713459	3713826	chrX:3713460-3713826	FBgn0052785	tRNA:CR32785	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0433	0.0551	0.0461	0.027	0.0308	0.066	0.0597	0.0833	0.0308	0.0525	0.0621	0.0525	0.0403	0.0406	0.0426	0.0406	0.0266
chrX	3718524	3718865	chrX:3718525-3718865	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0283	0.0315	0.0213	0.0117	0.0257	0.0407	0.0433	0.0117	0.0151	0.0579	0.0151	0.017	0.0092	0.0748	0.0092	0.0083
chrX	3719202	3719423	chrX:3719203-3719423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0162	0.0242	0.0157	0.0042	0.0141	0.0251	0.024	0.0042	0.0115	0.0437	0.0115	0.0101	0.0031	0.0484	0.0031	0.0089
chrX	3721621	3721787	chrX:3721622-3721787	FBgn0025118,FBgn0029679	CG2901,tRNA:P:3E	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0295	0.0563	0.0211	0.0089	0.035	0.05	0.0696	0.0933	0.035	0.0229	0.0222	0.0229	0.0232	0.0115	0.0084	0.0115	0.012
chrX	3729496	3729730	chrX:3729497-3729730	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1219	0.0993	0.165	0.0998	0.0467	0.1282	0.1073	0.1459	0.0467	0.1673	0.2232	0.1673	0.1565	0.0245	0.1902	0.0245	0.1162
chrX	3729942	3730180	chrX:3729943-3730180	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1797	0.1833	0.2352	0.1147	0.1262	0.215	0.2076	0.2578	0.1262	0.2699	0.2913	0.2699	0.2208	0.0459	0.187	0.0459	0.1459
chrX	3730290	3730489	chrX:3730291-3730489	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0676	0.072	0.0897	0.0383	0.0488	0.0675	0.0895	0.1159	0.0488	0.09	0.1257	0.09	0.0697	0.0107	0.0819	0.0107	0.0386
chrX	3730858	3731009	chrX:3730859-3731009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0288	0.0427	0.0321	0.0095	0.0297	0.0316	0.0748	0.044	0.0297	0.0254	0.0547	0.0254	0.0194	0.0054	0.0232	0.0054	0.0047
chrX	3731910	3732129	chrX:3731911-3732129	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1103	0.179	0.123	0.0196	0.1506	0.1748	0.2119	0.2658	0.1506	0.099	0.2206	0.099	0.0418	0.0069	0.0477	0.0069	0.0167
chrX	3735120	3735548	chrX:3735121-3735548	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1639	0.1535	0.216	0.1184	0.105	0.1573	0.1734	0.2465	0.105	0.1582	0.3518	0.1582	0.117	0.0919	0.2592	0.0919	0.1037
chrX	3735648	3736272	chrX:3735649-3736272	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1492	0.1863	0.1716	0.0831	0.1707	0.1568	0.2366	0.2878	0.1707	0.1383	0.2543	0.1383	0.1108	0.0781	0.147	0.0781	0.0766
chrX	3736929	3737185	chrX:3736930-3737185	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0962	0.0841	0.1444	0.0568	0.0329	0.0981	0.0735	0.1652	0.0329	0.0531	0.2791	0.0531	0.079	0.0268	0.1831	0.0268	0.0271
chrX	3737211	3737362	chrX:3737212-3737362	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0665	0.053	0.1028	0.0416	0.0212	0.0602	0.0502	0.0973	0.0212	0.0459	0.1926	0.0459	0.0705	0.01	0.1309	0.01	0.0214
chrX	3737904	3738055	chrX:3737905-3738055	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0505	0.0664	0.0602	0.0221	0.0551	0.065	0.0839	0.0906	0.0551	0.0272	0.1064	0.0272	0.055	0.0161	0.0464	0.0161	0.0245
chrX	3739217	3739397	chrX:3739218-3739397	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0625	0.0823	0.0664	0.0361	0.087	0.0617	0.1163	0.1093	0.087	0.0223	0.1283	0.0223	0.0403	0.0069	0.1032	0.0069	0.0245
chrX	3739602	3739891	chrX:3739603-3739891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1514	0.209	0.1624	0.0751	0.2068	0.1553	0.2764	0.3078	0.2068	0.0489	0.2781	0.0489	0.1619	0.0161	0.2031	0.0161	0.0578
chrX	3740428	3740685	chrX:3740429-3740685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0628	0.088	0.0659	0.0312	0.07	0.0519	0.1414	0.1226	0.07	0.0272	0.1244	0.0272	0.0426	0.0077	0.1044	0.0077	0.0162
chrX	3741410	3741576	chrX:3741411-3741576	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0522	0.1014	0.0386	0.012	0.105	0.0524	0.1522	0.1526	0.105	0.0248	0.0688	0.0248	0.0209	0.0069	0.0309	0.0069	0.0078
chrX	3750200	3750478	chrX:3750201-3750478	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0489	0.0692	0.0562	0.0182	0.0488	0.0558	0.1003	0.1019	0.0488	0.0248	0.1019	0.0248	0.0248	0.0107	0.0361	0.0107	0.0177
chrX	3750987	3751138	chrX:3750988-3751138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0563	0.0371	0.0141	0.0594	0.0393	0.077	0.0893	0.0594	0.0121	0.0666	0.0121	0.0248	0.01	0.0271	0.01	0.0125
chrX	3753450	3753601	chrX:3753451-3753601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0532	0.0902	0.047	0.0188	0.0965	0.0621	0.1497	0.0953	0.0965	0.0296	0.0688	0.0296	0.0318	0.0145	0.0335	0.0145	0.0177
chrX	3754609	3754760	chrX:3754610-3754760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.0786	0.0445	0.0233	0.0657	0.0583	0.1315	0.0866	0.0657	0.0326	0.0633	0.0326	0.0271	0.0222	0.0335	0.0222	0.0214
chrX	3755280	3755486	chrX:3755281-3755486	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1736	0.1739	0.2201	0.1224	0.1389	0.1947	0.2193	0.2005	0.1389	0.2373	0.2633	0.2373	0.1944	0.1179	0.138	0.1179	0.1449
chrX	3755986	3756309	chrX:3755987-3756309	FBgn0019661	roX1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1835	0.2623	0.2056	0.0713	0.2407	0.265	0.3274	0.3284	0.2407	0.1479	0.2936	0.1479	0.1224	0.0605	0.1186	0.0605	0.0709
chrX	3756428	3756597	chrX:3756429-3756597	FBgn0019661	roX1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1151	0.0899	0.1567	0.0975	0.0509	0.1238	0.1016	0.1106	0.0509	0.1902	0.1656	0.1902	0.1596	0.0873	0.1148	0.0873	0.1214
chrX	3756695	3756862	chrX:3756696-3756862	FBgn0019661	roX1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1413	0.1347	0.1681	0.1191	0.0774	0.1558	0.1683	0.1719	0.0774	0.1926	0.1897	0.1926	0.1634	0.1217	0.1386	0.1217	0.1397
chrX	3760337	3760488	chrX:3760338-3760488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0118	0.017	0.0199	0.0074	0.0141	0.0156	0.0147	0.0074	0.0103	0.027	0.0103	0.017	0.0092	0.0548	0.0092	0.0146
chrX	3760689	3760840	chrX:3760690-3760840	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0076	0.0091	0.0206	0.0021	0.0078	0.013	0.0067	0.0021	0.0066	0.0119	0.0066	0.0147	0.0077	0.0567	0.0077	0.0224
chrX	3762777	3762928	chrX:3762778-3762928	FBgn0015565	yin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0165	0.0235	0.0305	0.0074	0.0204	0.0264	0.0133	0.0074	0.0157	0.0212	0.0157	0.0612	0.0184	0.0168	0.0184	0.0808
chrX	3763168	3763516	chrX:3763169-3763516	FBgn0085365	CG34336	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0419	0.0709	0.0354	0.0166	0.0604	0.0806	0.1159	0.0413	0.0604	0.026	0.0267	0.026	0.1069	0.0123	0.0097	0.0123	0.0396
chrX	3766285	3766527	chrX:3766286-3766527	FBgn0028491	CG2930	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0417	0.0479	0.0437	0.0327	0.0223	0.0602	0.0692	0.0453	0.0223	0.0248	0.045	0.0248	0.103	0.0138	0.0471	0.0138	0.0631
chrX	3768768	3768919	chrX:3768769-3768919	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0165	0.0162	0.0179	0.0152	0.0074	0.0252	0.019	0.0147	0.0074	0.0097	0.0212	0.0097	0.038	0.0054	0.0187	0.0054	0.0287
chrX	3768993	3769190	chrX:3768994-3769190	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0246	0.0259	0.0259	0.0217	0.0053	0.0393	0.0316	0.0273	0.0053	0.0175	0.0248	0.0175	0.0527	0.0115	0.0239	0.0115	0.0443
chrX	3769534	3769685	chrX:3769535-3769685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0121	0.0114	0.013	0.0021	0.017	0.0156	0.0133	0.0021	0.0091	0.0132	0.0091	0.024	0.01	0.0077	0.01	0.0292
chrX	3774661	3775088	chrX:3774662-3775088	FBgn0028665	VhaAC39-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1967	0.181	0.2334	0.1741	0.1315	0.215	0.2137	0.2298	0.1315	0.2796	0.255	0.2796	0.2393	0.1631	0.1844	0.1631	0.2178
chrX	3775133	3775316	chrX:3775134-3775316	FBgn0028665	VhaAC39-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0884	0.069	0.1159	0.0799	0.0371	0.0845	0.0804	0.0979	0.0371	0.1286	0.1299	0.1286	0.1325	0.0628	0.0851	0.0628	0.1214
chrX	3776765	3776916	chrX:3776766-3776916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0269	0.0257	0.0306	0.0242	0.0127	0.0277	0.0394	0.0266	0.0127	0.029	0.036	0.029	0.0418	0.0161	0.0271	0.0161	0.0438
chrX	3777698	3777849	chrX:3777699-3777849	FBgn0029681	CG15239	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0284	0.0233	0.0298	0.0326	0.0138	0.0243	0.0337	0.0273	0.0138	0.0266	0.0402	0.0266	0.0318	0.0199	0.0664	0.0199	0.0339
chrX	3778056	3778241	chrX:3778057-3778241	FBgn0029681	CG15239	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0269	0.0298	0.033	0.017	0.0257	0.0428	0.0313	0.017	0.026	0.0444	0.026	0.0232	0.0138	0.0858	0.0138	0.0281
chrX	3780935	3781086	chrX:3780936-3781086	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0137	0.0086	0.0124	0.0207	0.0032	0.0092	0.0173	0.004	0.0032	0.0072	0.0167	0.0072	0.0178	0.0054	0.0632	0.0054	0.012
chrX	3781514	3781665	chrX:3781515-3781665	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0089	0.0051	0.0093	0.0127	0.0011	0.0049	0.0112	0.0027	0.0011	0.0085	0.0158	0.0085	0.0054	0	0.0445	0	0.0057
chrX	3781795	3781946	chrX:3781796-3781946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.01	0.0062	0.0095	0.0148	0.0011	0.0063	0.0104	0.0067	0.0011	0.0042	0.0167	0.0042	0.007	0.0023	0.0458	0.0023	0.0068
chrX	3806257	3806408	chrX:3806258-3806408	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0046	0.0056	0.0085	0.0011	0.0029	0.0095	0.0053	0.0011	0.0072	0.0061	0.0072	0.0031	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chrX	3812770	3812921	chrX:3812771-3812921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0081	0.0075	0.0091	0.0053	0.0078	0.0117	0.0093	0.0053	0.0072	0.008	0.0072	0.0085	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chrX	3817043	3817194	chrX:3817044-3817194	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.005	0.0032	0.0038	0.0082	0.0011	0.0049	0.003	0.0047	0.0011	0.0024	0.0026	0.0024	0.0062	0.0015	0.0013	0.0015	0.0083
chrX	3825010	3825161	chrX:3825011-3825161	FBgn0260658	CG42541	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0046	0.006	0.0233	0.0021	0.0058	0.0074	0.004	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0054	0.0077	0.0026	0.0077	0.0156
chrX	3829203	3829354	chrX:3829204-3829354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0182	0.0172	0.0212	0.016	0.0085	0.0267	0.0182	0.0193	0.0085	0.0236	0.0199	0.0236	0.0372	0.0168	0.0129	0.0168	0.0234
chrX	3829739	3829992	chrX:3829740-3829992	FBgn0029685	CG2938	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0257	0.0412	0.035	0.018	0.0296	0.0316	0.0346	0.018	0.0501	0.0441	0.0501	0.0465	0.0421	0.0355	0.0421	0.0427
chrX	3830168	3830362	chrX:3830169-3830362	FBgn0029685,FBgn0029686	CG2938,CG2941	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0916	0.0653	0.1197	0.0901	0.0339	0.0864	0.0774	0.0826	0.0339	0.1389	0.1302	0.1389	0.1278	0.0835	0.1012	0.0835	0.1131
chrX	3830404	3830598	chrX:3830405-3830598	FBgn0029685,FBgn0029686	CG2938,CG2941	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0999	0.0833	0.1305	0.0851	0.0509	0.1058	0.0943	0.1093	0.0509	0.1751	0.1386	0.1751	0.1232	0.0858	0.0974	0.0858	0.1073
chrX	3830683	3830882	chrX:3830684-3830882	FBgn0029685,FBgn0029686	CG2938,CG2941	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0605	0.0588	0.0764	0.0448	0.0329	0.0709	0.067	0.0813	0.0329	0.1129	0.082	0.1129	0.0604	0.0544	0.0548	0.0544	0.05
chrX	3830906	3831075	chrX:3830907-3831075	FBgn0029685,FBgn0029686	CG2938,CG2941	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0312	0.0297	0.0437	0.0192	0.0148	0.0301	0.0394	0.0413	0.0148	0.0574	0.0482	0.0574	0.0349	0.0245	0.02	0.0245	0.0224
chrX	3834074	3834243	chrX:3834075-3834243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0324	0.0294	0.0104	0.0138	0.0364	0.0389	0.05	0.0138	0.0302	0.0347	0.0302	0.0279	0.0145	0.0116	0.0145	0.0078
chrX	3834291	3834507	chrX:3834292-3834507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0305	0.0388	0.0372	0.0139	0.0265	0.0364	0.0471	0.0633	0.0265	0.0435	0.0405	0.0435	0.0411	0.0222	0.0155	0.0222	0.0135
chrX	3842942	3843119	chrX:3842943-3843119	FBgn0029687	Vap-33-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0709	0.107	0.0758	0.0456	0.0825	0.0852	0.0993	0.0456	0.1304	0.1132	0.1304	0.1015	0.0835	0.0838	0.0835	0.0792
chrX	3843163	3843348	chrX:3843164-3843348	FBgn0029687	Vap-33-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.0662	0.115	0.082	0.0498	0.0854	0.0727	0.0846	0.0498	0.1347	0.1235	0.1347	0.1193	0.0904	0.0916	0.0904	0.0917
chrX	3843557	3843751	chrX:3843558-3843751	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0772	0.0677	0.0978	0.0653	0.0201	0.0956	0.0735	0.0966	0.0201	0.1135	0.1077	0.1135	0.0875	0.0643	0.0651	0.0643	0.0839
chrX	3843806	3843983	chrX:3843807-3843983	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.093	0.0818	0.1164	0.0801	0.0414	0.1053	0.0926	0.1113	0.0414	0.1147	0.1344	0.1147	0.0953	0.0911	0.0825	0.0911	0.0912
chrX	3844029	3844202	chrX:3844030-3844202	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0687	0.0628	0.0822	0.0603	0.0297	0.0777	0.0666	0.0973	0.0297	0.0725	0.0949	0.0725	0.0798	0.0636	0.0561	0.0636	0.0599
chrX	3844522	3844750	chrX:3844523-3844750	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0381	0.0477	0.0375	0.0233	0.0413	0.0502	0.0513	0.0233	0.0543	0.0428	0.0543	0.0349	0.0268	0.0271	0.0268	0.0344
chrX	3859050	3859223	chrX:3859051-3859223	FBgn0029688	lva	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0968	0.0725	0.127	0.0908	0.0541	0.0888	0.0718	0.1133	0.0541	0.1498	0.1469	0.1498	0.1247	0.0949	0.1038	0.0949	0.1209
chrX	3859296	3859468	chrX:3859297-3859468	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1118	0.0985	0.139	0.0968	0.0806	0.1175	0.1051	0.1406	0.0806	0.1775	0.1582	0.1775	0.127	0.1026	0.1199	0.1026	0.1162
chrX	3859577	3859736	chrX:3859578-3859736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0403	0.0449	0.0294	0.0297	0.0471	0.0433	0.062	0.0297	0.0592	0.0508	0.0592	0.0457	0.0245	0.0309	0.0245	0.038
chrX	3862218	3862499	chrX:3862219-3862499	FBgn0029689	CG6428	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.056	0.0465	0.0621	0.06	0.0095	0.0524	0.0606	0.0693	0.0095	0.0785	0.0624	0.0785	0.0844	0.0559	0.0516	0.0559	0.0995
chrX	3862501	3862694	chrX:3862502-3862694	FBgn0029689	CG6428	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0509	0.0406	0.0511	0.0621	0.0148	0.05	0.0493	0.0573	0.0148	0.064	0.0511	0.064	0.0728	0.0582	0.049	0.0582	0.1073
chrX	3862841	3863008	chrX:3862842-3863008	FBgn0029689	CG6428	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.046	0.0749	0.0815	0.0223	0.0568	0.0562	0.062	0.0223	0.09	0.0814	0.09	0.0906	0.0727	0.0877	0.0727	0.1027
chrX	3869042	3869284	chrX:3869043-3869284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0093	0.0155	0.0164	0.0042	0.0107	0.0125	0.0107	0.0042	0.0157	0.0116	0.0157	0.0116	0.0077	0.0045	0.0077	0.0083
chrX	3871936	3872197	chrX:3871937-3872197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0079	0.0071	0.0074	0.0093	0.0042	0.0053	0.0112	0.01	0.0042	0.006	0.0071	0.006	0.0023	0.0015	0	0.0015	0.0036
chrX	3872200	3872351	chrX:3872201-3872351	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0049	0.0037	0.0043	0.007	0.0021	0.0029	0.0074	0.0027	0.0021	0.0036	0.0029	0.0036	0.0023	8e-04	0	8e-04	0.0031
chrX	3874111	3874262	chrX:3874112-3874262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.0062	0.0049	0.0071	0	0.0053	0.0134	0.0053	0	0.0036	0.0042	0.0036	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chrX	3875661	3875812	chrX:3875662-3875812	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0059	0.0047	0.011	0.0032	0.0053	0.0091	0.0067	0.0032	0.0042	0.0042	0.0042	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0042
chrX	3880633	3880784	chrX:3880634-3880784	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.005	0.0043	0.0082	0.0011	0.0063	0.0082	0.0047	0.0011	0.006	0.0051	0.006	8e-04	0.0023	0.0019	0.0023	0.001
chrX	3897789	3897980	chrX:3897790-3897980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0148	0.0085	0.0114	0.0256	0.0042	0.0078	0.0143	0.008	0.0042	0.0109	0.01	0.0109	0.024	0.0337	0.0206	0.0337	0.0443
chrX	3899381	3899532	chrX:3899382-3899532	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0045	0.0022	0.003	0.0086	0.0021	0.0029	0.0026	0.0027	0.0021	0.0018	0.0032	0.0018	0.0015	0	6e-04	0	0.0052
chrX	3899776	3899927	chrX:3899777-3899927	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0046	0.0061	0.01	0.0021	0.0053	0.0065	0.0053	0.0021	0.0054	0.0042	0.0054	0.0031	0	6e-04	0	0.0036
chrX	3904278	3904429	chrX:3904279-3904429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0126	0.0075	0.0137	0.017	0.0021	0.0073	0.013	0.0087	0.0021	0.0127	0.0106	0.0127	0.0294	0.0015	0.0058	0.0015	0.0318
chrX	3904550	3904701	chrX:3904551-3904701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0105	0.0064	0.0091	0.0167	0.0032	0.0053	0.0117	0.006	0.0032	0.0091	0.0064	0.0091	0.0194	0.0023	0.0026	0.0023	0.0234
chrX	3904902	3905053	chrX:3904903-3905053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0072	0.0066	0.0121	0.0021	0.0107	0.013	0.0027	0.0021	0.006	0.0045	0.006	0.0116	0.0038	6e-04	0.0038	0.0146
chrX	3905160	3905322	chrX:3905161-3905322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0137	0.0096	0.0123	0.0198	0.0021	0.0112	0.0177	0.0073	0.0021	0.0072	0.008	0.0072	0.0325	0.0061	0.0019	0.0061	0.0339
chrX	3906415	3906566	chrX:3906416-3906566	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0094	0.0055	0.0108	0.0124	0	0.0087	0.0091	0.0027	0	0.0091	0.0061	0.0091	0.0302	0.0054	0.0039	0.0054	0.0281
chrX	3906836	3906995	chrX:3906837-3906995	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.0061	0.0174	0.0234	0.0032	0.0117	0.0061	0.0033	0.0032	0.0139	0.0055	0.0139	0.0651	0.0046	0.0052	0.0046	0.0703
chrX	3907225	3907388	chrX:3907226-3907388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0075	0.0169	0.0209	0.0053	0.0097	0.0117	0.004	0.0053	0.0085	0.0084	0.0085	0.0581	0.0046	0.0039	0.0046	0.0573
chrX	3911606	3911757	chrX:3911607-3911757	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0046	0.0057	0.011	0.0021	0.0044	0.0091	0.0033	0.0021	0.003	0.0048	0.003	0.0062	8e-04	0.0026	8e-04	0.0052
chrX	3913958	3914109	chrX:3913959-3914109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0106	0.015	0.0156	0.0064	0.0126	0.0164	0.0087	0.0064	0.0079	0.0141	0.0079	0.0194	0.0038	0.0039	0.0038	0.0078
chrX	3914232	3914383	chrX:3914233-3914383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.01	0.0128	0.0143	0.0074	0.0102	0.0177	0.0067	0.0074	0.0066	0.0145	0.0066	0.0147	0.0054	0.0026	0.0054	0.0125
chrX	3914776	3914927	chrX:3914777-3914927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.011	0.0111	0.0114	0.0104	0.0011	0.0194	0.0151	0.0073	0.0011	0.0097	0.0087	0.0097	0.0108	0.0023	0.0026	0.0023	0.0057
chrX	3922290	3922441	chrX:3922291-3922441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0082	0.01	0.0149	0.0032	0.0044	0.0147	0.0127	0.0032	0.0091	0.0106	0.0091	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0063
chrX	3922676	3922827	chrX:3922677-3922827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0111	0.01	0.0125	0.0053	0.0121	0.0164	0.0133	0.0053	0.0097	0.01	0.0097	0.0062	0.0031	0.0045	0.0031	0.0052
chrX	3926902	3927053	chrX:3926903-3927053	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0131	0.0115	0.0185	0.0095	0.0121	0.0212	0.012	0.0095	0.0145	0.0116	0.0145	0.0046	0.0092	0.0097	0.0092	0.0162
chrX	3932752	3932903	chrX:3932753-3932903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0107	0.009	0.0088	0.0042	0.0087	0.0147	0.0173	0.0042	0.0079	0.0103	0.0079	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chrX	3951224	3951375	chrX:3951225-3951375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.008	0.0096	0.0086	0.0021	0.0097	0.013	0.006	0.0021	0.0091	0.0125	0.0091	0.0108	0.0023	0.0039	0.0023	0.0026
chrX	3953030	3953181	chrX:3953031-3953181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0085	0.0056	0.0118	0.0042	0.0063	0.0169	0.0053	0.0042	0.0079	0.0045	0.0079	0.0039	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chrX	3955585	3955736	chrX:3955586-3955736	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0049	0.0107	0.0142	0.0032	0.0034	0.0099	0.004	0.0032	0.0145	0.0103	0.0145	0.0039	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chrX	3969562	3969728	chrX:3969563-3969728	FBgn0263772	CG43689	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0083	0.0132	0.0331	0.0032	0.0112	0.0138	0.0053	0.0032	0.0091	0.0093	0.0091	0.0085	0.0092	0.0039	0.0092	0.0099
chrX	3983031	3983249	chrX:3983032-3983249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0347	0.0247	0.0501	0.0291	0.0074	0.0417	0.0208	0.0326	0.0074	0.0525	0.0418	0.0525	0.0225	0.0138	0.011	0.0138	0.0162
chrX	3983402	3983616	chrX:3983403-3983616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0297	0.0141	0.0434	0.0322	0.0042	0.0262	0.016	0.0093	0.0042	0.0719	0.0428	0.0719	0.0302	0.0253	0.0174	0.0253	0.025
chrX	3989047	3989234	chrX:3989048-3989234	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0138	0.0138	0.0109	0.0032	0.0126	0.0216	0.02	0.0032	0.0115	0.0125	0.0115	0.0046	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chrX	3994987	3995171	chrX:3994988-3995171	FBgn0029693,FBgn0029694	CG15375,CG6379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.0859	0.1166	0.0881	0.0551	0.1044	0.0904	0.1306	0.0551	0.1238	0.1405	0.1238	0.1069	0.0865	0.0896	0.0865	0.1157
chrX	3998408	3998599	chrX:3998409-3998599	FBgn0000221,FBgn0004832	Xpac,brn	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0778	0.0586	0.1016	0.0732	0.0308	0.085	0.0493	0.0899	0.0308	0.1159	0.118	0.1159	0.1046	0.0988	0.0593	0.0988	0.0891
chrX	3999582	3999737	chrX:3999583-3999737	FBgn0026084	cib	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0597	0.0802	0.0506	0.0255	0.0772	0.0662	0.0879	0.0255	0.0978	0.0904	0.0978	0.0767	0.0574	0.049	0.0574	0.0615
chrX	3999903	4000178	chrX:3999904-4000178	FBgn0026084	cib	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2457	0.1842	0.3117	0.2419	0.105	0.2583	0.1791	0.2492	0.105	0.407	0.3257	0.407	0.2688	0.2305	0.2566	0.2305	0.2783
chrX	4000454	4000605	chrX:4000455-4000605	FBgn0026084	cib	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0442	0.0242	0.0544	0.0554	0.0053	0.033	0.0264	0.036	0.0053	0.0531	0.0579	0.0531	0.055	0.0391	0.0664	0.0391	0.0573
chrX	4000627	4000844	chrX:4000628-4000844	FBgn0026084	cib	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0771	0.0457	0.0949	0.0926	0.0074	0.0816	0.0368	0.062	0.0074	0.1178	0.092	0.1178	0.0837	0.059	0.0941	0.059	0.0985
chrX	4001019	4001181	chrX:4001020-4001181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0588	0.041	0.0803	0.0551	0.0106	0.0738	0.0333	0.056	0.0106	0.1141	0.0717	0.1141	0.0697	0.0329	0.0477	0.0329	0.0552
chrX	4001263	4001482	chrX:4001264-4001482	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0904	0.057	0.1223	0.0926	0.0127	0.0908	0.0515	0.0839	0.0127	0.1709	0.1267	0.1709	0.0953	0.0674	0.0838	0.0674	0.0974
chrX	4001551	4001702	chrX:4001552-4001702	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0516	0.0348	0.0609	0.0602	0.0095	0.051	0.0359	0.0493	0.0095	0.0719	0.0672	0.0719	0.0589	0.0398	0.0729	0.0398	0.0667
chrX	4001719	4001870	chrX:4001720-4001870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0241	0.0407	0.0532	0.0032	0.0316	0.0298	0.0326	0.0032	0.0459	0.0431	0.0459	0.0496	0.0352	0.069	0.0352	0.0688
chrX	4002675	4002882	chrX:4002676-4002882	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0798	0.1087	0.099	0.0266	0.0668	0.1388	0.1142	0.1559	0.0668	0.1117	0.1141	0.1117	0.0689	0.0115	0.0258	0.0115	0.0354
chrX	4002920	4003158	chrX:4002921-4003158	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1107	0.1496	0.1435	0.0313	0.088	0.2068	0.1471	0.2139	0.088	0.1938	0.1563	0.1938	0.1069	0.0123	0.0355	0.0123	0.0365
chrX	4003241	4003396	chrX:4003242-4003396	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0735	0.068	0.0169	0.0467	0.085	0.0796	0.1133	0.0467	0.0833	0.0791	0.0833	0.0558	0.0115	0.0219	0.0115	0.0182
chrX	4007675	4007856	chrX:4007676-4007856	FBgn0026079,FBgn0026085	Nsun2,dgt4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0781	0.0695	0.099	0.0648	0.0445	0.0971	0.0727	0.0899	0.0445	0.1232	0.1135	0.1232	0.1007	0.0628	0.0716	0.0628	0.0912
chrX	4008082	4008263	chrX:4008083-4008263	FBgn0026079,FBgn0026085	Nsun2,dgt4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0744	0.0667	0.0942	0.0613	0.0445	0.084	0.0688	0.0959	0.0445	0.1123	0.1087	0.1123	0.103	0.0674	0.078	0.0674	0.0709
chrX	4008344	4008495	chrX:4008345-4008495	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.034	0.0524	0.0283	0.017	0.0417	0.0355	0.0546	0.017	0.0598	0.0588	0.0598	0.0596	0.0291	0.0368	0.0291	0.0302
chrX	4010655	4010806	chrX:4010656-4010806	FBgn0026083	tyf	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0501	0.0467	0.0635	0.0393	0.0308	0.0597	0.0528	0.0593	0.0308	0.0791	0.0704	0.0791	0.0496	0.0436	0.0419	0.0436	0.0375
chrX	4010947	4011121	chrX:4010948-4011121	FBgn0026080,FBgn0026083	Tip60,tyf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1644	0.1419	0.198	0.1528	0.106	0.185	0.1548	0.1732	0.106	0.2464	0.2183	0.2464	0.1875	0.1593	0.158	0.1593	0.1787
chrX	4011223	4011417	chrX:4011224-4011417	FBgn0026080,FBgn0026083	Tip60,tyf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1484	0.1173	0.1879	0.1398	0.0838	0.1529	0.1241	0.1572	0.0838	0.2373	0.1949	0.2373	0.1859	0.1508	0.1489	0.1508	0.1574
chrX	4011491	4011688	chrX:4011492-4011688	FBgn0026080,FBgn0026083	Tip60,tyf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1203	0.1139	0.1471	0.098	0.088	0.1422	0.1129	0.1739	0.088	0.1781	0.1514	0.1781	0.1456	0.1018	0.0935	0.1018	0.1172
chrX	4021040	4021191	chrX:4021041-4021191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0259	0.0265	0.0162	0.0074	0.0301	0.0324	0.036	0.0074	0.0272	0.0312	0.0272	0.0201	0.0115	0.0187	0.0115	0.0234
chrX	4021716	4021920	chrX:4021717-4021920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0481	0.0496	0.058	0.0355	0.0212	0.0592	0.0532	0.0806	0.0212	0.0586	0.0682	0.0586	0.062	0.0345	0.0335	0.0345	0.0406
chrX	4021984	4022135	chrX:4021985-4022135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0253	0.0282	0.0148	0.0095	0.0291	0.0307	0.0413	0.0095	0.035	0.0283	0.035	0.0294	0.0123	0.02	0.0123	0.0156
chrX	4023400	4023551	chrX:4023401-4023551	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0231	0.0292	0.0221	0.0053	0.032	0.0238	0.038	0.0053	0.0332	0.0296	0.0332	0.0364	0.0306	0.0161	0.0306	0.0266
chrX	4025132	4025316	chrX:4025133-4025316	FBgn0066114	GlcAT-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.0616	0.1109	0.0732	0.0244	0.0956	0.051	0.0973	0.0244	0.1322	0.1296	0.1322	0.117	0.085	0.0864	0.085	0.0912
chrX	4025392	4025607	chrX:4025393-4025607	FBgn0066114	GlcAT-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0381	0.0727	0.0428	0.0159	0.0583	0.0333	0.058	0.0159	0.0743	0.0878	0.0743	0.0868	0.0459	0.0496	0.0459	0.0453
chrX	4031849	4032000	chrX:4031850-4032000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0209	0.0277	0.0234	0.0106	0.0106	0.0223	0.0541	0.024	0.0106	0.0145	0.0318	0.0145	0.0232	0.0061	0.0155	0.0061	0.0083
chrX	4033180	4033501	chrX:4033181-4033501	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.061	0.0808	0.0736	0.0252	0.0467	0.0825	0.1254	0.0846	0.0467	0.0936	0.0778	0.0936	0.0837	0.0214	0.0251	0.0214	0.024
chrX	4033638	4033789	chrX:4033639-4033789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0295	0.0277	0.0135	0.0138	0.0374	0.042	0.03	0.0138	0.0326	0.0318	0.0326	0.0318	0.0176	0.0123	0.0176	0.0104
chrX	4034008	4034192	chrX:4034009-4034192	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0423	0.0484	0.0508	0.0262	0.0244	0.0714	0.0662	0.0366	0.0244	0.0809	0.0479	0.0809	0.0542	0.0436	0.0142	0.0436	0.0224
chrX	4035604	4035755	chrX:4035605-4035755	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0227	0.0333	0.0235	0.0099	0.0148	0.0306	0.0515	0.0413	0.0148	0.0229	0.0241	0.0229	0.0372	0.01	0.0103	0.01	0.0141
chrX	4041541	4041692	chrX:4041542-4041692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0194	0.0218	0.0244	0.0111	0.0148	0.0282	0.0303	0.018	0.0148	0.0157	0.0302	0.0157	0.0372	0.01	0.0129	0.01	0.0083
chrX	4051670	4051821	chrX:4051671-4051821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0162	0.0138	0.0255	0.0088	0.0042	0.0228	0.0182	0.0113	0.0042	0.0248	0.0248	0.0248	0.0488	0.0061	0.0123	0.0061	0.0109
chrX	4060024	4060175	chrX:4060025-4060175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0143	0.0092	0.0234	0.01	0.0032	0.0175	0.0099	0.0073	0.0032	0.0308	0.0293	0.0308	0.0178	0.0054	0.0123	0.0054	0.0078
chrX	4060193	4060393	chrX:4060194-4060393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0187	0.0121	0.0306	0.013	0.0021	0.0209	0.0138	0.0127	0.0021	0.0417	0.0379	0.0417	0.0217	0.0054	0.0174	0.0054	0.0099
chrX	4063271	4063424	chrX:4063272-4063424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.009	0.0164	0.0164	0.0021	0.0136	0.0117	0.0093	0.0021	0.0054	0.0312	0.0054	0.0132	0.0038	0.0509	0.0038	0.0073
chrX	4064154	4064542	chrX:4064155-4064542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0301	0.0211	0.0369	0.0327	0.0053	0.0277	0.0337	0.0187	0.0053	0.0217	0.0466	0.0217	0.048	0.0199	0.0554	0.0199	0.0396
chrX	4065316	4065486	chrX:4065317-4065486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0146	0.0226	0.0148	0.0053	0.0204	0.0173	0.018	0.0053	0.0157	0.019	0.0157	0.0318	0.0054	0.0213	0.0054	0.0146
chrX	4066061	4066212	chrX:4066062-4066212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0173	0.0108	0.0225	0.0188	0.0053	0.0146	0.0121	0.0153	0.0053	0.0187	0.026	0.0187	0.0325	0.0199	0.0181	0.0199	0.0292
chrX	4066326	4066477	chrX:4066327-4066477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.014	0.0093	0.0169	0.0162	0.0053	0.0121	0.0108	0.0133	0.0053	0.0163	0.0164	0.0163	0.0209	0.0329	0.0155	0.0329	0.0146
chrX	4071847	4072071	chrX:4071848-4072071	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0445	0.0364	0.0308	0.0339	0.0495	0.0606	0.0453	0.0339	0.0441	0.0421	0.0441	0.0349	0.0276	0.029	0.0276	0.0427
chrX	4075984	4076135	chrX:4075985-4076135	distal	distal	none	none	VT56647.1	VT56647.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0067	0.0128	0.0139	0.0011	0.0112	0.0087	0.0053	0.0011	0.0066	0.0132	0.0066	0.017	0.0084	0.0058	0.0084	0.0073
chrX	4076262	4076413	chrX:4076263-4076413	distal	distal	none	none	VT56647.1	VT56647.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0109	0.0082	0.0135	0.0111	0.0032	0.0131	0.0091	0.0087	0.0032	0.0091	0.0158	0.0091	0.0225	0.0084	0.0071	0.0084	0.0057
chrX	4077736	4077887	chrX:4077737-4077887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0147	0.0097	0.0187	0.0159	0.0021	0.0117	0.0143	0.012	0.0021	0.0175	0.0215	0.0175	0.0248	0.0291	0.0097	0.0291	0.0172
chrX	4080802	4080953	chrX:4080803-4080953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0164	0.0096	0.0228	0.017	0.0053	0.0126	0.0099	0.0147	0.0053	0.0248	0.0293	0.0248	0.024	0.023	0.0219	0.023	0.0182
chrX	4083307	4083458	chrX:4083308-4083458	distal	distal	stage14	stage14	VT56651.1	VT56651.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0163	0.0081	0.0157	0.026	0.0042	0.0112	0.0108	0.008	0.0042	0.0133	0.0203	0.0133	0.0194	0.0827	0.0213	0.0827	0.0094
chrX	4084181	4084637	chrX:4084182-4084637	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56651.1,VT56652.1	VT56651.1,VT56652.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0677	0.093	0.0514	0.0424	0.0845	0.077	0.0919	0.0424	0.0996	0.109	0.0996	0.1084	0.0812	0.0787	0.0812	0.0255
chrX	4085371	4085522	chrX:4085372-4085522	distal	distal	none	none	VT56652.1	VT56652.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0074	0.0183	0.0148	0.0021	0.0097	0.0104	0.0087	0.0021	0.0121	0.0177	0.0121	0.0139	0.0107	0.0045	0.0107	0.0063
chrX	4085538	4085813	chrX:4085539-4085813	distal	distal	none	none	VT56652.1	VT56652.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0095	0.0188	0.0213	0	0.0073	0.0164	0.014	0	0.0139	0.0177	0.0139	0.0116	0.0145	0.0084	0.0145	0.0073
chrX	4086705	4086856	chrX:4086706-4086856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0144	0.0065	0.0189	0.0184	0	0.0083	0.0082	0.01	0	0.0284	0.0183	0.0284	0.0178	0.0551	0.0129	0.0551	0.0099
chrX	4087885	4088066	chrX:4087886-4088066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0219	0.0148	0.0289	0.0221	0.0032	0.0204	0.0186	0.02	0.0032	0.0272	0.0299	0.0272	0.0318	0.0429	0.0135	0.0429	0.012
chrX	4088696	4088901	chrX:4088697-4088901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0083	0.0212	0.0185	0.0011	0.0131	0.0091	0.0113	0.0011	0.0127	0.0122	0.0127	0.0132	0.01	0.0039	0.01	0.0063
chrX	4091289	4091440	chrX:4091290-4091440	distal	distal	none	none	VT56655.1	VT56655.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.0085	0.0198	0.012	0.0021	0.0117	0.013	0.0073	0.0021	0.0139	0.0289	0.0139	0.024	0.0077	0.0264	0.0077	0.0068
chrX	4092620	4092771	chrX:4092621-4092771	distal	distal	stage11	stage11	VT56657.1	VT56657.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0284	0.0244	0.0463	0.0132	0.0042	0.0277	0.0342	0.0346	0.0042	0.0121	0.0849	0.0121	0.0325	0.0038	0.0219	0.0038	0.0078
chrX	4092790	4093060	chrX:4092791-4093060	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT56657.1	VT56657.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0532	0.0583	0.075	0.0235	0.0244	0.0553	0.0809	0.0913	0.0244	0.0193	0.1267	0.0193	0.0581	0.0069	0.0451	0.0069	0.013
chrX	4093076	4093251	chrX:4093077-4093251	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT56657.1	VT56657.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0553	0.0735	0.0723	0.0162	0.0329	0.0544	0.1107	0.1213	0.0329	0.0169	0.1354	0.0169	0.0442	0.0077	0.0309	0.0077	0.0068
chrX	4094582	4094851	chrX:4094583-4094851	distal	distal	stage11	stage11	VT56657.1,VT56658.1	VT56657.1,VT56658.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0516	0.0465	0.0775	0.029	0.018	0.0592	0.0458	0.0779	0.018	0.0284	0.1521	0.0284	0.0287	0.0115	0.0812	0.0115	0.0115
chrX	4096512	4096872	chrX:4096513-4096872	distal	distal	none	none	VT56658.1	VT56658.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0505	0.0632	0.0602	0.0256	0.0265	0.0932	0.0714	0.0733	0.0265	0.0278	0.0653	0.0278	0.1425	0.0161	0.038	0.0161	0.0323
chrX	4098017	4098172	chrX:4098018-4098172	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0231	0.0184	0.0298	0.021	0.0042	0.0296	0.0195	0.022	0.0042	0.0109	0.0318	0.0109	0.0705	0.0115	0.0245	0.0115	0.0334
chrX	4099461	4099628	chrX:4099462-4099628	FBgn0000635	Fas2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0275	0.0613	0.0365	0.0138	0.0345	0.0229	0.054	0.0138	0.0169	0.119	0.0169	0.0418	0.0237	0.0941	0.0237	0.013
chrX	4100015	4100208	chrX:4100016-4100208	FBgn0000635	Fas2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1498	0.1186	0.183	0.1482	0.0689	0.15	0.1246	0.1799	0.0689	0.1564	0.2328	0.1564	0.2053	0.1639	0.1979	0.1639	0.1574
chrX	4100425	4100576	chrX:4100426-4100576	FBgn0000635	Fas2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.028	0.0428	0.0338	0.0138	0.0291	0.0372	0.042	0.0138	0.0356	0.0547	0.0356	0.0465	0.026	0.0451	0.026	0.0459
chrX	4100768	4101007	chrX:4100769-4101007	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0554	0.0659	0.0594	0.0393	0.0477	0.0689	0.0835	0.0933	0.0477	0.0417	0.0765	0.0417	0.0542	0.0253	0.0393	0.0253	0.0292
chrX	4101144	4101295	chrX:4101145-4101295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0206	0.0204	0.026	0.0148	0.0148	0.0233	0.0221	0.0333	0.0148	0.0157	0.0309	0.0157	0.0132	0.0184	0.0129	0.0184	0.0115
chrX	4103230	4103428	chrX:4103231-4103428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0285	0.0233	0.0371	0.0248	0.0074	0.0345	0.019	0.0406	0.0074	0.0133	0.0232	0.0133	0.0263	0.0069	0.0071	0.0069	0.0104
chrX	4105189	4105368	chrX:4105190-4105368	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0619	0.0232	0.0092	0.0382	0.084	0.0506	0.1079	0.0382	0.0193	0.0251	0.0193	0.0124	0.0054	0.0052	0.0054	0.0036
chrX	4106595	4106746	chrX:4106596-4106746	FBgn0262980	CG43288	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0165	0.0203	0.0203	0.0079	0.0127	0.0301	0.0186	0.0266	0.0127	0.0109	0.0232	0.0109	0.0318	0.0031	0.0161	0.0031	0.0047
chrX	4107553	4107704	chrX:4107554-4107704	distal	distal	none	none	VT56665.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0183	0.0227	0.0201	0.0114	0.0106	0.0214	0.0242	0.0433	0.0106	0.0139	0.0277	0.0139	0.0101	0.0046	0.009	0.0046	0.0078
chrX	4108095	4108246	chrX:4108096-4108246	distal	distal	none	none	VT56665.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0136	0.0171	0.0196	0.0021	0.0121	0.0186	0.0247	0.0021	0.0115	0.0199	0.0115	0.017	0.0092	0.0161	0.0092	0.0151
chrX	4108494	4108688	chrX:4108495-4108688	distal	distal	none	none	VT56665.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0416	0.0421	0.0519	0.0298	0.0244	0.0451	0.0476	0.07	0.0244	0.0477	0.0559	0.0477	0.0658	0.0268	0.0329	0.0268	0.0438
chrX	4108987	4109138	chrX:4108988-4109138	distal	distal	none	none	VT56665.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0148	0.0168	0.0135	0.0106	0.0131	0.0221	0.0193	0.0106	0.0072	0.0183	0.0072	0.0116	0.0115	0.0058	0.0115	0.0109
chrX	4109473	4109624	chrX:4109474-4109624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0143	0.017	0.0174	0.0053	0.0175	0.0182	0.0167	0.0053	0.0103	0.0167	0.0103	0.0217	0.0054	0.009	0.0054	0.0167
chrX	4115168	4115319	chrX:4115169-4115319	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0333	0.0259	0.0072	0.0276	0.0345	0.0433	0.044	0.0276	0.0278	0.0322	0.0278	0.0256	0.0046	0.0097	0.0046	0.0115
chrX	4118679	4118830	chrX:4118680-4118830	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.02	0.014	0.0203	0.0263	0.0053	0.0189	0.0143	0.0227	0.0053	0.0217	0.0228	0.0217	0.024	0.0199	0.0193	0.0199	0.024
chrX	4118939	4119090	chrX:4118940-4119090	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.008	0.0121	0.0201	0.0085	0.0058	0.0125	0.01	0.0085	0.0115	0.0135	0.0115	0.0062	0.0046	0.0064	0.0046	0.0068
chrX	4122099	4122250	chrX:4122100-4122250	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0046	0.0051	0.0128	0.0021	0.0053	0.0074	0.004	0.0021	0.0042	0.0048	0.0042	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0021
chrX	4126553	4126704	chrX:4126554-4126704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0069	0.0057	0.0106	0.0032	0.0053	0.0143	0.0047	0.0032	0.006	0.0048	0.006	0.0054	8e-04	0.0026	8e-04	0.0042
chrX	4128603	4128754	chrX:4128604-4128754	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0045	0.0046	0.0156	0.0053	0.001	0.0099	0.004	0.0053	0.0072	0.0026	0.0072	0.0031	0.0031	0.0026	0.0031	0.0021
chrX	4129571	4129722	chrX:4129572-4129722	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0037	0.0039	0.0117	0.0021	0.0015	0.0069	0.0053	0.0021	0.0024	0.0032	0.0024	0.0039	0.0046	0.0013	0.0046	0.0042
chrX	4134244	4134416	chrX:4134245-4134416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0108	0.0133	0.0311	0.0064	0.0092	0.019	0.0113	0.0064	0.0085	0.0141	0.0085	0.031	0.0237	0.0393	0.0237	0.0547
chrX	4143071	4143222	chrX:4143072-4143222	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0052	0.006	0.0102	0.0021	0.0049	0.0082	0.0067	0.0021	0.0079	0.0048	0.0079	0.0093	0.0015	0.0032	0.0015	0.0057
chrX	4143312	4143463	chrX:4143313-4143463	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0051	0.0075	0.0103	0.0011	0.0039	0.0087	0.0067	0.0011	0.0085	0.0064	0.0085	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chrX	4143527	4143678	chrX:4143528-4143678	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0051	0.0084	0.0146	0.0021	0.0034	0.0112	0.0033	0.0021	0.0066	0.0068	0.0066	0.0062	0.0069	0.0026	0.0069	0.0063
chrX	4143928	4144079	chrX:4143929-4144079	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0051	0.0055	0.0111	0.0011	0.0053	0.0095	0.0047	0.0011	0.0048	0.0023	0.0048	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chrX	4145297	4145448	chrX:4145298-4145448	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0046	0.0061	0.0097	0.0021	0.0029	0.0095	0.0047	0.0021	0.0048	0.0068	0.0048	0.0039	8e-04	0.0058	8e-04	0.0057
chrX	4145768	4145919	chrX:4145769-4145919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0094	0.0066	0.0093	0.0128	0.0032	0.0044	0.0147	0.004	0.0032	0.0072	0.0096	0.0072	0.0093	0.0038	0.0064	0.0038	0.0042
chrX	4145940	4146091	chrX:4145941-4146091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0067	0.0071	0.0104	0.0053	0.0053	0.0125	0.004	0.0053	0.0048	0.0096	0.0048	0.0039	0.0023	0.0039	0.0023	0.0052
chrX	4150817	4150968	chrX:4150818-4150968	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0041	0.0022	0.0036	0.0068	0.0021	5e-04	0.0043	0.0033	0.0021	0.003	0.0026	0.003	0.0054	8e-04	0.0039	8e-04	0.0021
chrX	4151572	4151723	chrX:4151573-4151723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0062	0.0079	0.01	0.0011	0.0049	0.013	0.006	0.0011	0.0085	0.0064	0.0085	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chrX	4156677	4156828	chrX:4156678-4156828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0102	0.0084	0.0153	0.0042	0.0112	0.0177	0.0067	0.0042	0.0054	0.0077	0.0054	0.0085	0.0015	0.0039	0.0015	0.0063
chrX	4157092	4157243	chrX:4157093-4157243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0064	0.007	0.0136	0.0021	0.0063	0.0117	0.0047	0.0021	0.0048	0.0077	0.0048	0.0062	0.0023	0.0045	0.0023	0.0068
chrX	4158254	4158405	chrX:4158255-4158405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0072	0.0074	0.0102	0.0032	0.0078	0.0138	0.004	0.0032	0.0091	0.0051	0.0091	0.0116	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chrX	4159310	4159461	chrX:4159311-4159461	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0037	0.0049	0.0095	0.0042	0.0034	0.0074	7e-04	0.0042	0.0036	0.0035	0.0036	0.007	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chrX	4159657	4159808	chrX:4159658-4159808	FBgn0029701	CG12691	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0049	0.0041	0.0116	0.0042	0.0029	0.0095	0.0033	0.0042	0.006	0.0039	0.006	0.0023	0.0031	0.0013	0.0031	0.0021
chrX	4167619	4167838	chrX:4167620-4167838	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0228	0.0166	0.0293	0.0226	0.0117	0.0189	0.0216	0.02	0.0117	0.0489	0.0183	0.0489	0.0232	0.0207	0.0052	0.0207	0.0167
chrX	4167844	4167995	chrX:4167845-4167995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0091	0.0145	0.0171	0.0021	0.0117	0.0134	0.01	0.0021	0.0151	0.0145	0.0151	0.0077	0.0107	0.0039	0.0107	0.0078
chrX	4168244	4168395	chrX:4168245-4168395	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0065	0.0102	0.0143	0.0011	0.0078	0.0095	0.006	0.0011	0.0139	0.0077	0.0139	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0026
chrX	4174959	4175150	chrX:4174960-4175150	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0567	0.0411	0.0279	0.0339	0.0597	0.0735	0.0786	0.0339	0.055	0.046	0.055	0.0217	0.0145	0.011	0.0145	0.0078
chrX	4177293	4177444	chrX:4177294-4177444	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0036	0.0017	0.0018	0.0077	0.0011	0	0.0048	0.0013	0.0011	6e-04	0.0016	6e-04	0.0031	0.0015	6e-04	0.0015	0.0021
chrX	4212068	4212263	chrX:4212069-4212263	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0413	0.0391	0.0322	0.0191	0.0481	0.0506	0.06	0.0191	0.0338	0.0434	0.0338	0.0473	0.0329	0.0271	0.0329	0.0412
chrX	4213423	4213607	chrX:4213424-4213607	FBgn0029704	CG2982	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0452	0.0425	0.0528	0.0398	0.0255	0.0432	0.0502	0.07	0.0255	0.0411	0.0627	0.0411	0.0658	0.049	0.04	0.049	0.0516
chrX	4215932	4216098	chrX:4215933-4216098	FBgn0040907	mRpL33	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0436	0.0304	0.0527	0.0485	0.0117	0.0432	0.0307	0.0446	0.0117	0.0441	0.0621	0.0441	0.0751	0.0521	0.0477	0.0521	0.0719
chrX	4216187	4216381	chrX:4216188-4216381	FBgn0040907,FBgn0262738	mRpL33,norpA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0875	0.0631	0.0989	0.1025	0.0392	0.0893	0.0631	0.0859	0.0392	0.0924	0.1087	0.0924	0.127	0.1103	0.1019	0.1103	0.1271
chrX	4216458	4216640	chrX:4216459-4216640	FBgn0040907,FBgn0262738	mRpL33,norpA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1199	0.091	0.1308	0.1404	0.0721	0.1155	0.0978	0.1226	0.0721	0.1075	0.1424	0.1075	0.1766	0.144	0.1528	0.144	0.149
chrX	4216966	4217167	chrX:4216967-4217167	FBgn0262738	norpA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0324	0.0201	0.0283	0.0508	0.0085	0.0218	0.0272	0.0266	0.0085	0.0169	0.0277	0.0169	0.0658	0.0528	0.0471	0.0528	0.0703
chrX	4218796	4218988	chrX:4218797-4218988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.016	0.0168	0.043	0.0085	0.0189	0.0212	0.016	0.0085	0.0127	0.0129	0.0127	0.0449	0.0383	0.0213	0.0383	0.1027
chrX	4219083	4219250	chrX:4219084-4219250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.013	0.0159	0.037	0.0053	0.0146	0.0186	0.0147	0.0053	0.0115	0.0132	0.0115	0.0418	0.0268	0.0258	0.0268	0.0823
chrX	4248491	4248642	chrX:4248492-4248642	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0159	0.0303	0.0104	0.0057	0.0201	0.0184	0.061	0.026	0.0201	0.0133	0.0116	0.0133	0.0077	0.0046	0.0064	0.0046	0.0052
chrX	4254705	4254856	chrX:4254706-4254856	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0199	0.0386	0.0127	0.0068	0.0201	0.0248	0.0779	0.0366	0.0201	0.0163	0.0135	0.0163	0.0093	0.0054	0.0045	0.0054	0.0109
chrX	4254955	4255106	chrX:4254956-4255106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0351	0.0135	0.0074	0.0276	0.0252	0.0657	0.03	0.0276	0.0145	0.0167	0.0145	0.0093	0.0061	0.0064	0.0061	0.012
chrX	4255550	4255701	chrX:4255551-4255701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0182	0.0258	0.016	0.0121	0.0127	0.0204	0.0484	0.0227	0.0127	0.0193	0.0135	0.0193	0.0132	0.0115	0.0071	0.0115	0.0146
chrX	4255792	4255943	chrX:4255793-4255943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0183	0.0242	0.017	0.0131	0.0095	0.0175	0.0502	0.0187	0.0095	0.0199	0.0158	0.0199	0.0194	0.0123	0.0077	0.0123	0.0141
chrX	4257442	4257666	chrX:4257443-4257666	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0533	0.0637	0.0552	0.0397	0.0456	0.0728	0.0722	0.0946	0.0456	0.0731	0.0656	0.0731	0.0581	0.0827	0.0264	0.0827	0.0412
chrX	4257761	4257912	chrX:4257762-4257912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.026	0.0255	0.0292	0.0231	0.0148	0.0325	0.0311	0.0313	0.0148	0.0405	0.0273	0.0405	0.0364	0.0498	0.0123	0.0498	0.0229
chrX	4259982	4260133	chrX:4259983-4260133	FBgn0029706,FBgn0262339,FBgn0262390	CG3626,mir-303,mir-982	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0294	0.0362	0.0235	0.018	0.0306	0.0385	0.0413	0.018	0.0326	0.0441	0.0326	0.0364	0.0237	0.0322	0.0237	0.0271
chrX	4260293	4260500	chrX:4260294-4260500	FBgn0029706,FBgn0262339,FBgn0262390	CG3626,mir-303,mir-982	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1022	0.1473	0.1147	0.0509	0.1238	0.1246	0.1372	0.0509	0.1745	0.1711	0.1745	0.1526	0.1179	0.127	0.1179	0.1261
chrX	4268921	4269072	chrX:4268922-4269072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0083	0.01	0.0185	0.0042	0.0078	0.0138	0.0093	0.0042	0.0054	0.009	0.0054	0.007	0.0038	0.0019	0.0038	0.0063
chrX	4269767	4269938	chrX:4269768-4269938	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0055	0.0162	0.0305	0.0032	0.0083	0.0078	0.0027	0.0032	0.0085	0.0074	0.0085	0.007	0.0023	0.0077	0.0023	0.0083
chrX	4270186	4270338	chrX:4270187-4270338	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0102	0.0126	0.0214	0.0032	0.0155	0.0112	0.012	0.0032	0.0091	0.0077	0.0091	0.007	0.0077	0.0084	0.0077	0.0109
chrX	4271621	4271772	chrX:4271622-4271772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0105	0.0099	0.013	0.0042	0.0155	0.0091	0.016	0.0042	0.0079	0.009	0.0079	0.0077	8e-04	0.0064	8e-04	0.0047
chrX	4271965	4272116	chrX:4271966-4272116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0074	0.0098	0.013	0.0011	0.0083	0.0121	0.008	0.0011	0.0066	0.0068	0.0066	0.0062	0.0015	0.0045	0.0015	0.0063
chrX	4274122	4274273	chrX:4274123-4274273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0167	0.0135	0.0212	0.0153	0.0074	0.017	0.0169	0.016	0.0074	0.0163	0.0318	0.0163	0.0178	0.0145	0.0232	0.0145	0.0234
chrX	4274307	4274458	chrX:4274308-4274458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0158	0.0133	0.0198	0.0142	0.0032	0.0218	0.013	0.018	0.0032	0.0199	0.0254	0.0199	0.0201	0.0145	0.0303	0.0145	0.0146
chrX	4275026	4275177	chrX:4275027-4275177	FBgn0029707	CG12688	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0154	0.0133	0.0162	0.0169	0.0064	0.0223	0.0125	0.016	0.0064	0.0169	0.0183	0.0169	0.024	0.0161	0.0309	0.0161	0.0224
chrX	4282024	4282256	chrX:4282025-4282256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0108	0.0148	0.0198	0.0095	0.0107	0.0169	0.0107	0.0095	0.0103	0.0113	0.0103	0.0077	0.0038	0.0071	0.0038	0.0063
chrX	4282797	4283063	chrX:4282798-4283063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0116	0.0332	0.0361	0.0074	0.0131	0.0121	0.016	0.0074	0.029	0.0264	0.029	0.0225	0.0069	0.0123	0.0069	0.0339
chrX	4283825	4284002	chrX:4283826-4284002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0215	0.0135	0.0357	0.015	0.0064	0.0155	0.0156	0.0213	0.0064	0.0187	0.0579	0.0187	0.0341	0.0069	0.0335	0.0069	0.0135
chrX	4284046	4284197	chrX:4284047-4284197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0194	0.0128	0.033	0.0118	0.0021	0.0199	0.0117	0.0193	0.0021	0.0175	0.0514	0.0175	0.0434	0.0023	0.0226	0.0023	0.0156
chrX	4284455	4284610	chrX:4284456-4284610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0115	0.027	0.0077	0.0042	0.0136	0.0156	0.014	0.0042	0.0127	0.0408	0.0127	0.0426	0.0031	0.0148	0.0031	0.0068
chrX	4289603	4289754	chrX:4289604-4289754	distal	distal	none	none	VT56756.1,VT56757.1	VT56756.1,VT56757.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0171	0.0207	0.0145	0.0117	0.0126	0.0251	0.0247	0.0117	0.0109	0.0203	0.0109	0.0132	0.0046	0.0103	0.0046	0.0078
chrX	4289791	4290047	chrX:4289792-4290047	distal	distal	none	none	VT56757.1	VT56757.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0214	0.027	0.0166	0.0191	0.0184	0.0311	0.0233	0.0191	0.0175	0.0222	0.0175	0.0232	0.01	0.0097	0.01	0.0047
chrX	4290497	4290746	chrX:4290498-4290746	distal	distal	none	none	VT56757.1	VT56757.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0263	0.0319	0.0352	0.0104	0.0159	0.0252	0.0389	0.0606	0.0159	0.0175	0.0556	0.0175	0.0155	0.0061	0.0168	0.0061	0.0073
chrX	4293005	4293156	chrX:4293006-4293156	distal	distal	none	none	VT56758.1	VT56758.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0122	0.0083	0.0141	0.0143	0.0011	0.0131	0.0117	0.008	0.0011	0.0115	0.0186	0.0115	0.0225	0.0069	0.0135	0.0069	0.0302
chrX	4293729	4294043	chrX:4293730-4294043	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0097	0.0218	0.0327	0.0064	0.0136	0.0134	0.0087	0.0064	0.0121	0.0331	0.0121	0.0271	0.0368	0.0529	0.0368	0.037
chrX	4294106	4294257	chrX:4294107-4294257	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0141	0.0057	0.0147	0.0227	0	0.0083	0.0082	0.0067	0	0.0079	0.0264	0.0079	0.0077	0.0222	0.0561	0.0222	0.0172
chrX	4297837	4297988	chrX:4297838-4297988	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0129	0.0193	0.0124	0.0061	0.0085	0.0286	0.0169	0.0306	0.0085	0.0072	0.0109	0.0072	0.0062	0.0038	0.0058	0.0038	0.0047
chrX	4305418	4305698	chrX:4305419-4305698	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2295	0.1944	0.285	0.2078	0.1336	0.2563	0.2016	0.2612	0.1336	0.3496	0.3286	0.3496	0.2409	0.232	0.2321	0.232	0.222
chrX	4306659	4306882	chrX:4306660-4306882	FBgn0000179	bi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1347	0.1314	0.1745	0.0948	0.0891	0.1675	0.1293	0.1979	0.0891	0.192	0.2064	0.192	0.1387	0.0842	0.1109	0.0842	0.0969
chrX	4307190	4307386	chrX:4307191-4307386	FBgn0000179	bi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.032	0.0216	0.0396	0.0352	0.0032	0.0257	0.0329	0.0266	0.0032	0.029	0.0524	0.029	0.0449	0.0207	0.0542	0.0207	0.038
chrX	4309057	4309208	chrX:4309058-4309208	distal	distal	none	none	VT56768.1	VT56768.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0289	0.028	0.0121	0.0191	0.0248	0.0467	0.032	0.0191	0.0217	0.0357	0.0217	0.0194	0.0061	0.0103	0.0061	0.0094
chrX	4309461	4309612	chrX:4309462-4309612	distal	distal	none	none	VT56768.1	VT56768.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0269	0.0217	0.0362	0.0224	0.0148	0.0296	0.0208	0.03	0.0148	0.0362	0.0379	0.0362	0.0132	0.0061	0.0103	0.0061	0.0141
chrX	4309650	4309801	chrX:4309651-4309801	distal	distal	stage14	stage14	VT56768.1	VT56768.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0284	0.0227	0.0386	0.0237	0.0095	0.0359	0.0203	0.0326	0.0095	0.0459	0.0386	0.0459	0.0093	0.0077	0.0052	0.0077	0.0068
chrX	4309878	4310041	chrX:4309879-4310041	distal	distal	stage14	stage14	VT56768.1	VT56768.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0165	0.0273	0.0308	0.0053	0.0223	0.0195	0.0227	0.0053	0.029	0.0232	0.029	0.0108	0.0031	0.0077	0.0031	0.0094
chrX	4314242	4314434	chrX:4314243-4314434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0328	0.0187	0.0534	0.0259	0.0042	0.0316	0.0182	0.024	0.0042	0.0888	0.0579	0.0888	0.0426	0.0544	0.0206	0.0544	0.0135
chrX	4316124	4316275	chrX:4316125-4316275	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.04	0.041	0.0572	0.0199	0.0127	0.0631	0.0342	0.0626	0.0127	0.064	0.0717	0.064	0.0581	0.0168	0.0316	0.0168	0.0214
chrX	4317907	4318079	chrX:4317908-4318079	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56773.1	VT56773.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1083	0.096	0.1357	0.0922	0.0541	0.1311	0.0895	0.1472	0.0541	0.1636	0.1752	0.1636	0.1077	0.1271	0.1186	0.1271	0.0907
chrX	4318258	4318409	chrX:4318259-4318409	distal	distal	stage14	stage14	VT56773.1	VT56773.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0473	0.0431	0.049	0.05	0.0329	0.0481	0.051	0.0593	0.0329	0.0429	0.0675	0.0429	0.0473	0.0482	0.087	0.0482	0.0474
chrX	4319070	4319365	chrX:4319071-4319365	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56773.1	VT56773.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2061	0.1416	0.2775	0.1998	0.0742	0.2024	0.1289	0.2125	0.0742	0.3351	0.3222	0.3351	0.2773	0.1891	0.2379	0.1891	0.2486
chrX	4320860	4321126	chrX:4320861-4321126	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2642	0.2268	0.3251	0.2392	0.1665	0.282	0.2461	0.3118	0.1665	0.3841	0.3669	0.3841	0.2912	0.2458	0.2708	0.2458	0.2767
chrX	4328633	4328784	chrX:4328634-4328784	distal	distal	none	none	VT56779.1	VT56779.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0229	0.0222	0.0319	0.0138	0.0085	0.0228	0.026	0.0386	0.0085	0.0187	0.0466	0.0187	0.0349	0.0061	0.0213	0.0061	0.0125
chrX	4328917	4329068	chrX:4328918-4329068	distal	distal	none	none	VT56779.1	VT56779.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0172	0.0138	0.0277	0.0095	0.0032	0.0233	0.0099	0.022	0.0032	0.0217	0.0418	0.0217	0.0209	0.0092	0.0135	0.0092	0.0078
chrX	4329204	4329363	chrX:4329205-4329363	distal	distal	none	none	VT56779.1	VT56779.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0266	0.0213	0.0445	0.0127	0.0053	0.0369	0.0147	0.0346	0.0053	0.0556	0.0611	0.0556	0.0287	0.0145	0.0187	0.0145	0.0089
chrX	4329653	4329974	chrX:4329654-4329974	distal	distal	none	none	VT56779.1	VT56779.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0368	0.034	0.0511	0.0241	0.0095	0.049	0.0272	0.0626	0.0095	0.0658	0.0704	0.0658	0.0279	0.0291	0.0438	0.0291	0.0198
chrX	4334059	4334486	chrX:4334060-4334486	distal	distal	stage11	stage11	VT56781.1,VT56782.1,bi_pomb29	VT56781.1,VT56782.1,bi_pomb29	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0458	0.0431	0.0711	0.0212	0.0127	0.0442	0.042	0.0906	0.0127	0.0266	0.1248	0.0266	0.0302	0.0123	0.0232	0.0123	0.0141
chrX	4335012	4335194	chrX:4335013-4335194	distal	distal	stage11	stage11	VT56782.1,bi_pomb29	VT56782.1,bi_pomb29	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0141	0.036	0.018	0.0085	0.0194	0.0138	0.0207	0.0085	0.0193	0.0643	0.0193	0.0225	0.0199	0.0419	0.0199	0.0083
chrX	4339384	4339535	chrX:4339385-4339535	distal	distal	none	none	VT56785.1,bi_pomb29	VT56785.1,bi_pomb29	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0188	0.0142	0.0217	0.0206	0.0074	0.0209	0.0125	0.0207	0.0074	0.0181	0.0257	0.0181	0.0294	0.0161	0.0116	0.0161	0.0469
chrX	4339808	4339996	chrX:4339809-4339996	distal	distal	none	none	VT56785.1,bi_pomb23,bi_pomb29	VT56785.1,bi_pomb23,bi_pomb29	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0224	0.0096	0.0286	0.0298	0.0053	0.0155	0.0074	0.0147	0.0053	0.0175	0.028	0.0175	0.0573	0.013	0.0148	0.013	0.0745
chrX	4340113	4340284	chrX:4340114-4340284	distal	distal	none	none	VT56785.1,bi_pomb23	VT56785.1,bi_pomb23	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0037	0.0232	0.0184	0	0.0073	0.0035	0.0047	0	0.0103	0.0254	0.0103	0.0573	0.0069	0.0077	0.0069	0.0537
chrX	4340615	4340766	chrX:4340616-4340766	distal	distal	stage11	stage11	VT56785.1,bi_pomb23	VT56785.1,bi_pomb23	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.023	0.0152	0.0395	0.0135	0.0042	0.0136	0.0212	0.0247	0.0042	0.0193	0.074	0.0193	0.0186	0.0061	0.0148	0.0061	0.0234
chrX	4341738	4341889	chrX:4341739-4341889	distal	distal	none	none	bi_pomb23	bi_pomb23	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0139	0.0117	0.0246	0.0045	0.0021	0.0107	0.0169	0.0193	0.0021	0.0109	0.0469	0.0109	0.0108	8e-04	0.0052	8e-04	0.0057
chrX	4347035	4347186	chrX:4347036-4347186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0233	0.028	0.017	0.0053	0.0277	0.032	0.0306	0.0053	0.0193	0.028	0.0193	0.0201	0.0054	0.0103	0.0054	0.0146
chrX	4347194	4347361	chrX:4347195-4347361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0271	0.0226	0.0352	0.0233	0.0074	0.0257	0.0294	0.0333	0.0074	0.0181	0.028	0.0181	0.0163	0.0061	0.0058	0.0061	0.0146
chrX	4347758	4347909	chrX:4347759-4347909	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0242	0.0322	0.0272	0.0121	0.0138	0.0257	0.0363	0.068	0.0138	0.0187	0.0431	0.0187	0.0108	0.0061	0.011	0.0061	0.0089
chrX	4347959	4348193	chrX:4347960-4348193	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT56790.1	VT56790.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.059	0.0968	0.0599	0.0159	0.0679	0.0694	0.1051	0.2032	0.0679	0.0362	0.1003	0.0362	0.0155	0.0069	0.0187	0.0069	0.0089
chrX	4348634	4348985	chrX:4348635-4348985	distal	distal	stage11	stage11	VT56790.1	VT56790.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0526	0.0542	0.0754	0.0258	0.0138	0.0617	0.0614	0.0926	0.0138	0.0326	0.0926	0.0326	0.0473	0.0107	0.0219	0.0107	0.0156
chrX	4350732	4351125	chrX:4350733-4351125	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT56791.1	VT56791.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0551	0.0692	0.0764	0.0162	0.0488	0.0427	0.1021	0.1113	0.0488	0.0278	0.1437	0.0278	0.0201	0.0077	0.0271	0.0077	0.0083
chrX	4351205	4351356	chrX:4351206-4351356	distal	distal	stage11	stage11	VT56791.1	VT56791.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0259	0.0166	0.0511	0.0088	0.0042	0.016	0.0138	0.0393	0.0042	0.026	0.1023	0.026	0.0108	0.0038	0.0168	0.0038	0.0047
chrX	4351983	4352370	chrX:4351984-4352370	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0366	0.0294	0.0522	0.0274	0.0106	0.0432	0.0355	0.036	0.0106	0.0278	0.0781	0.0278	0.0643	0.0168	0.0696	0.0168	0.0182
chrX	4352656	4352807	chrX:4352657-4352807	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0233	0.0193	0.0353	0.0146	0.0053	0.0306	0.0199	0.0266	0.0053	0.0163	0.0514	0.0163	0.0488	0.013	0.0219	0.013	0.0177
chrX	4354606	4354788	chrX:4354607-4354788	distal	distal	none	none	VT56793.1	VT56793.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0213	0.0107	0.0352	0.018	0.0042	0.0146	0.0087	0.0173	0.0042	0.0097	0.0711	0.0097	0.0093	0.01	0.0426	0.01	0.0104
chrX	4357694	4357845	chrX:4357695-4357845	distal	distal	none	none	VT56795.1	VT56795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0092	0.018	0.0156	0.0021	0.0117	0.0104	0.0147	0.0021	0.0091	0.0325	0.0091	0.007	0.0084	0.0458	0.0084	0.0057
chrX	4357968	4358119	chrX:4357969-4358119	distal	distal	none	none	VT56795.1	VT56795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0172	0.0141	0.0237	0.0136	0.0032	0.0121	0.0182	0.0266	0.0032	0.0103	0.0469	0.0103	0.0085	0.0077	0.0303	0.0077	0.013
chrX	4358724	4358933	chrX:4358725-4358933	distal	distal	stage11	stage11	VT56795.1	VT56795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0187	0.0459	0.0228	0.0106	0.0218	0.0212	0.0286	0.0106	0.0217	0.0894	0.0217	0.0178	0.0092	0.0664	0.0092	0.0089
chrX	4359016	4359182	chrX:4359017-4359182	distal	distal	stage11	stage11	VT56795.1	VT56795.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0241	0.0153	0.0359	0.0209	0.0032	0.015	0.0164	0.0306	0.0032	0.0127	0.0688	0.0127	0.0194	0.0107	0.0567	0.0107	0.0109
chrX	4363391	4363542	chrX:4363392-4363542	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0168	0.0079	0.0279	0.0146	0.0042	0.0092	0.0091	0.012	0.0042	0.0109	0.0537	0.0109	0.0124	0.0031	0.0322	0.0031	0.0115
chrX	4363976	4364182	chrX:4363977-4364182	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT56799.1	VT56799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0167	0.0453	0.0276	0.0032	0.0228	0.0138	0.0326	0.0032	0.0193	0.0887	0.0193	0.0186	0.0123	0.0632	0.0123	0.0261
chrX	4364201	4364352	chrX:4364202-4364352	distal	distal	stage14	stage14	VT56799.1	VT56799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0105	0.0278	0.0203	0.0021	0.0141	0.0095	0.0173	0.0021	0.0157	0.0498	0.0157	0.0163	0.0061	0.0426	0.0061	0.0271
chrX	4364617	4364768	chrX:4364618-4364768	distal	distal	none	none	VT56799.1	VT56799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0082	0.018	0.018	0.0042	0.0068	0.0117	0.0133	0.0042	0.0103	0.0283	0.0103	0.0139	0.0038	0.038	0.0038	0.0219
chrX	4365674	4365825	chrX:4365675-4365825	distal	distal	none	none	VT56799.1	VT56799.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0116	0.025	0.0127	0.0011	0.0126	0.0173	0.016	0.0011	0.0103	0.0437	0.0103	0.0163	0.0015	0.029	0.0015	0.0109
chrX	4366550	4366701	chrX:4366551-4366701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0107	0.0269	0.0134	0.0032	0.0141	0.0134	0.014	0.0032	0.0115	0.0457	0.0115	0.017	0.0038	0.029	0.0038	0.0135
chrX	4367827	4367978	chrX:4367828-4367978	distal	distal	stage14	stage14	VT56801.1	VT56801.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0072	0.0195	0.0171	0.0021	0.0087	0.0108	0.008	0.0021	0.0072	0.0399	0.0072	0.0054	0.0046	0.0554	0.0046	0.0089
chrX	4368109	4368273	chrX:4368110-4368273	distal	distal	stage14	stage14	VT56801.1	VT56801.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0125	0.0332	0.0202	0.0021	0.0117	0.0225	0.0133	0.0021	0.0103	0.0704	0.0103	0.0046	0.0038	0.0671	0.0038	0.0109
chrX	4368399	4368550	chrX:4368400-4368550	distal	distal	none	none	VT56801.1	VT56801.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0155	0.0319	0.0139	0.0032	0.016	0.0216	0.0213	0.0032	0.0151	0.0621	0.0151	0.0085	0.0046	0.0387	0.0046	0.0094
chrX	4370888	4371039	chrX:4370889-4371039	distal	distal	none	none	VT56802.1	VT56802.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.013	0.0077	0.017	0.0143	0.0032	0.0087	0.0112	0.0093	0.0032	0.0091	0.0238	0.0091	0.0101	0.0054	0.0206	0.0054	0.0052
chrX	4371183	4371343	chrX:4371184-4371343	distal	distal	none	none	VT56802.1	VT56802.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0151	0.011	0.0188	0.0156	0.0021	0.0146	0.0117	0.0167	0.0021	0.0103	0.0318	0.0103	0.0139	0.0046	0.0329	0.0046	0.0089
chrX	4373475	4373626	chrX:4373476-4373626	distal	distal	none	none	VT56804.1	VT56804.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.006	0.0108	0.0102	0.0021	0.0044	0.0087	0.01	0.0021	0.006	0.0122	0.006	0.0101	0.0038	0.009	0.0038	0.0031
chrX	4375202	4375353	chrX:4375203-4375353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0083	0.0077	0.0099	0.0032	0.0097	0.0134	0.0087	0.0032	0.0066	0.0109	0.0066	0.0031	0.0015	0.0077	0.0015	0.0057
chrX	4380673	4380903	chrX:4380674-4380903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0193	0.0115	0.028	0.0184	0.0021	0.0107	0.019	0.0147	0.0021	0.0145	0.0437	0.0145	0.0163	0.0084	0.0232	0.0084	0.012
chrX	4388131	4388334	chrX:4388132-4388334	distal	distal	none	none	VT56810.1	VT56810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0075	0.0161	0.0203	0.0011	0.0112	0.0099	0.0073	0.0011	0.0103	0.0164	0.0103	0.0093	0.0069	0.0116	0.0069	0.0177
chrX	4388861	4389117	chrX:4388862-4389117	distal	distal	stage11	stage11	VT56810.1	VT56810.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0411	0.0294	0.0772	0.0146	0.0042	0.0515	0.0251	0.0426	0.0042	0.0707	0.1228	0.0707	0.0318	0.0107	0.0219	0.0107	0.0141
chrX	4392188	4392425	chrX:4392189-4392425	distal	distal	none	none	VT56812.1	VT56812.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0085	0.0197	0.0294	0.0021	0.0107	0.0125	0.0093	0.0021	0.0139	0.0129	0.0139	0.0163	0.0046	0.0064	0.0046	0.0203
chrX	4392615	4392766	chrX:4392616-4392766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.007	0.0126	0.0153	0.0021	0.0087	0.0108	0.0067	0.0021	0.0054	0.0103	0.0054	0.0155	0.0031	0.0064	0.0031	0.0115
chrX	4393983	4394134	chrX:4393984-4394134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0071	0.0113	0.0134	0.0021	0.0049	0.0143	0.008	0.0021	0.0079	0.0122	0.0079	0.0124	0.0046	0.0077	0.0046	0.0115
chrX	4396781	4396932	chrX:4396782-4396932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0116	0.0259	0.0128	0.0074	0.0102	0.0173	0.014	0.0074	0.0121	0.0402	0.0121	0.0349	0.0038	0.0193	0.0038	0.0203
chrX	4398922	4399077	chrX:4398923-4399077	distal	distal	stage11	stage11	VT56816.1,VT56817.1	VT56816.1,VT56817.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0246	0.0206	0.0319	0.021	0.0064	0.0257	0.0229	0.0326	0.0064	0.0266	0.0293	0.0266	0.0077	0.0054	0.0058	0.0054	0.0078
chrX	4401269	4401474	chrX:4401270-4401474	distal	distal	none	none	VT56818.1	VT56818.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0681	0.0606	0.0871	0.0556	0.0371	0.0655	0.077	0.0819	0.0371	0.1014	0.0945	0.1014	0.0782	0.0368	0.0464	0.0368	0.0485
chrX	4401827	4401978	chrX:4401828-4401978	distal	distal	stage5	stage5	VT56818.1	VT56818.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0198	0.0231	0.0221	0.0135	0.018	0.0282	0.0251	0.0313	0.018	0.0368	0.0183	0.0368	0.0108	0.0054	0.0123	0.0054	0.0162
chrX	4402142	4402362	chrX:4402143-4402362	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56818.1,VT56819.1	VT56818.1,VT56819.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1203	0.1474	0.142	0.0661	0.1135	0.1825	0.1432	0.2219	0.1135	0.2005	0.1421	0.2005	0.0473	0.0222	0.0342	0.0222	0.025
chrX	4402372	4402523	chrX:4402373-4402523	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56818.1,VT56819.1	VT56818.1,VT56819.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0678	0.0794	0.0825	0.0389	0.0541	0.1058	0.0761	0.1106	0.0541	0.1141	0.081	0.1141	0.0186	0.0077	0.0155	0.0077	0.0083
chrX	4408181	4408332	chrX:4408182-4408332	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0061	0.0112	0.0102	0	0.0092	0.0082	0.0067	0	0.0072	0.008	0.0072	0.0085	8e-04	0.0026	8e-04	0.0052
chrX	4408592	4408757	chrX:4408593-4408757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0127	0.0165	0.0148	0.0042	0.0165	0.0177	0.014	0.0042	0.0181	0.0145	0.0181	0.0046	0.0023	0.0052	0.0023	0.0073
chrX	4411230	4411689	chrX:4411231-4411689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0533	0.029	0.0513	0.0826	0.0085	0.0417	0.0363	0.034	0.0085	0.0477	0.0392	0.0477	0.0635	0.0536	0.0355	0.0536	0.1126
chrX	4411764	4411915	chrX:4411765-4411915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0186	0.0123	0.0206	0.0235	0.0032	0.015	0.0164	0.0153	0.0032	0.0199	0.0141	0.0199	0.0364	0.0268	0.0174	0.0268	0.0375
chrX	4413964	4414263	chrX:4413965-4414263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0275	0.032	0.028	0.0217	0.0106	0.0413	0.0415	0.04	0.0106	0.0284	0.0228	0.0284	0.0093	0.0145	0.0116	0.0145	0.0182
chrX	4414355	4414554	chrX:4414356-4414554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0251	0.0269	0.0278	0.0202	0.0127	0.0301	0.0355	0.0346	0.0127	0.0254	0.0248	0.0254	0.0093	0.0084	0.011	0.0084	0.0156
chrX	4415004	4415162	chrX:4415005-4415162	distal	distal	none	none	VT56826.1	VT56826.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0108	0.0223	0.0273	0.0021	0.0146	0.0156	0.0113	0.0021	0.0115	0.0116	0.0115	0.0155	0.01	0.0071	0.01	0.0104
chrX	4420906	4421068	chrX:4420907-4421068	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0233	0.0379	0.0355	0.017	0.0267	0.029	0.0306	0.017	0.0248	0.0228	0.0248	0.0217	0.0061	0.0084	0.0061	0.0146
chrX	4423763	4423914	chrX:4423764-4423914	FBgn0029708	CG3556	none	none	VT56830.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0199	0.0292	0.0142	0.0064	0.0243	0.0268	0.0233	0.0064	0.038	0.0305	0.038	0.024	0.0145	0.0123	0.0145	0.0156
chrX	4424027	4424262	chrX:4424028-4424262	FBgn0029708	CG3556	stage11,stage14,stage5	none	VT56830.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0722	0.0507	0.0849	0.0823	0.0361	0.0655	0.0593	0.0613	0.0361	0.0876	0.0949	0.0876	0.0829	0.0858	0.069	0.0858	0.098
chrX	4424405	4424556	chrX:4424406-4424556	FBgn0029708	CG3556	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0218	0.0168	0.0217	0.0276	0.0085	0.0165	0.0234	0.024	0.0085	0.0193	0.0244	0.0193	0.0263	0.0138	0.0168	0.0138	0.0255
chrX	4424702	4424853	chrX:4424703-4424853	FBgn0029708	CG3556	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.013	0.0188	0.0386	0.0074	0.0092	0.0212	0.0187	0.0074	0.0109	0.0206	0.0109	0.0139	0.0084	0.009	0.0084	0.0198
chrX	4425047	4425198	chrX:4425048-4425198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0131	0.0128	0.0175	0.0042	0.0146	0.019	0.016	0.0042	0.0103	0.0154	0.0103	0.0077	0.0054	0.011	0.0054	0.0104
chrX	4427974	4428139	chrX:4427975-4428139	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0379	0.0249	0.0163	0.0265	0.0403	0.0476	0.052	0.0265	0.0284	0.0293	0.0284	0.0201	0.0115	0.0193	0.0115	0.0229
chrX	4428196	4428368	chrX:4428197-4428368	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0487	0.0321	0.0219	0.0286	0.0539	0.0623	0.0646	0.0286	0.029	0.0402	0.029	0.0279	0.0176	0.0329	0.0176	0.0271
chrX	4428441	4428592	chrX:4428442-4428592	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0302	0.0268	0.0153	0.0095	0.033	0.0424	0.0406	0.0095	0.0217	0.0344	0.0217	0.0248	0.0115	0.0168	0.0115	0.0177
chrX	4428756	4428907	chrX:4428757-4428907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0255	0.0275	0.0286	0.0198	0.0127	0.0316	0.0359	0.0373	0.0127	0.0229	0.0322	0.0229	0.038	0.0123	0.0174	0.0123	0.0313
chrX	4428963	4429114	chrX:4428964-4429114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0198	0.0235	0.0194	0.0042	0.0218	0.029	0.026	0.0042	0.0199	0.0286	0.0199	0.0256	0.01	0.0193	0.01	0.0281
chrX	4434583	4434767	chrX:4434584-4434767	FBgn0003210,FBgn0029709	CHOp24,rb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1037	0.0798	0.1316	0.1	0.0435	0.1121	0.083	0.1033	0.0435	0.157	0.1447	0.157	0.1294	0.111	0.0974	0.111	0.1235
chrX	4434849	4435015	chrX:4434850-4435015	FBgn0003210,FBgn0029709	CHOp24,rb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1247	0.1002	0.1558	0.118	0.0551	0.1379	0.1064	0.1332	0.0551	0.1697	0.1865	0.1697	0.1472	0.1187	0.127	0.1187	0.1522
chrX	4438406	4438557	chrX:4438407-4438557	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.034	0.0416	0.0295	0.0191	0.0364	0.0407	0.0546	0.0191	0.0362	0.0431	0.0362	0.0635	0.026	0.0277	0.026	0.0474
chrX	4439034	4439240	chrX:4439035-4439240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.061	0.0578	0.068	0.0568	0.0498	0.0646	0.0731	0.0653	0.0498	0.0821	0.0723	0.0821	0.079	0.0597	0.0587	0.0597	0.0948
chrX	4440260	4440411	chrX:4440261-4440411	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0288	0.0236	0.0355	0.0274	0.0095	0.0388	0.0212	0.0306	0.0095	0.0417	0.0357	0.0417	0.0519	0.023	0.0206	0.023	0.0526
chrX	4442721	4442902	chrX:4442722-4442902	FBgn0029711,FBgn0029712	CG15912,Usf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.1132	0.1497	0.1063	0.0859	0.1408	0.1285	0.1446	0.0859	0.2029	0.1531	0.2029	0.134	0.1164	0.1019	0.1164	0.1381
chrX	4442998	4443170	chrX:4442999-4443170	FBgn0029711,FBgn0029712	CG15912,Usf	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0917	0.0836	0.1141	0.0763	0.0551	0.0985	0.0921	0.1206	0.0551	0.1486	0.118	0.1486	0.1077	0.0873	0.069	0.0873	0.0938
chrX	4445872	4446061	chrX:4445873-4446061	FBgn0029713,FBgn0029714	CG11436,CG3527	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.113	0.1098	0.1379	0.0891	0.0838	0.1345	0.1272	0.1386	0.0838	0.1866	0.1444	0.1866	0.1371	0.1141	0.0916	0.1141	0.111
chrX	4446155	4446306	chrX:4446156-4446306	FBgn0029713,FBgn0029714	CG11436,CG3527	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.044	0.0389	0.0555	0.037	0.0255	0.0471	0.0502	0.046	0.0255	0.0815	0.0579	0.0815	0.0596	0.0521	0.0316	0.0521	0.0511
chrX	4448173	4448346	chrX:4448174-4448346	FBgn0029715	CG11444	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1446	0.1304	0.1731	0.1291	0.0838	0.1655	0.1518	0.1626	0.0838	0.2144	0.1846	0.2144	0.1735	0.1401	0.1206	0.1401	0.1641
chrX	4448858	4449051	chrX:4448859-4449051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0794	0.0851	0.1042	0.046	0.0467	0.0927	0.096	0.1366	0.0467	0.1033	0.1553	0.1033	0.0736	0.0436	0.0954	0.0436	0.0459
chrX	4449663	4449814	chrX:4449664-4449814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0262	0.025	0.0329	0.0202	0.0148	0.0345	0.0272	0.0293	0.0148	0.0284	0.0386	0.0284	0.0534	0.0253	0.0148	0.0253	0.0396
chrX	4449896	4450107	chrX:4449897-4450107	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0476	0.049	0.0584	0.0341	0.0244	0.0806	0.0502	0.0493	0.0244	0.0519	0.0576	0.0519	0.1216	0.0268	0.0193	0.0268	0.0797
chrX	4451792	4451943	chrX:4451793-4451943	FBgn0029716	CG3546	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0131	0.0117	0.0141	0.0136	0.0042	0.0155	0.0177	0.0107	0.0042	0.0097	0.0222	0.0097	0.0132	0.0031	0.0413	0.0031	0.0078
chrX	4456048	4456316	chrX:4456049-4456316	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.0236	0.0551	0.0072	0.0021	0.0388	0.0234	0.0293	0.0021	0.0483	0.0878	0.0483	0.0395	0.0038	0.0097	0.0038	0.0094
chrX	4457106	4457336	chrX:4457107-4457336	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0331	0.0295	0.0613	0.006	0.0064	0.0345	0.0303	0.058	0.0064	0.038	0.119	0.038	0.0124	0.0038	0.0116	0.0038	0.0057
chrX	4457963	4458319	chrX:4457964-4458319	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0739	0.0485	0.1397	0.0299	0.0085	0.0709	0.0346	0.0979	0.0085	0.1184	0.2286	0.1184	0.0852	0.0345	0.0619	0.0345	0.0198
chrX	4458962	4459145	chrX:4458963-4459145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0194	0.0182	0.0331	0.0057	0.0053	0.0306	0.0156	0.024	0.0053	0.0157	0.0463	0.0157	0.0558	0.0046	0.0064	0.0046	0.0063
chrX	4459322	4459581	chrX:4459323-4459581	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0314	0.0239	0.0503	0.0191	0.0042	0.0471	0.0156	0.034	0.0042	0.0223	0.0521	0.0223	0.1325	0.0061	0.0174	0.0061	0.0396
chrX	4460831	4460982	chrX:4460832-4460982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0144	0.0112	0.0208	0.011	0.0021	0.0136	0.0177	0.0107	0.0021	0.0091	0.0196	0.0091	0.0263	0.0054	0.0155	0.0054	0.0094
chrX	4463107	4463258	chrX:4463108-4463258	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0134	0.0221	0.0138	0.0032	0.0042	0.0209	0.0199	0.052	0.0042	0.0115	0.0183	0.0115	0.007	0.0023	0.0045	0.0023	0.001
chrX	4464018	4464291	chrX:4464019-4464291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0183	0.0204	0.0251	0.0084	0.0032	0.0175	0.0195	0.048	0.0032	0.0169	0.0389	0.0169	0.0163	0.0054	0.0168	0.0054	0.0057
chrX	4467855	4468107	chrX:4467856-4468107	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0471	0.0386	0.0779	0.0228	0.0223	0.0553	0.0428	0.0466	0.0223	0.0664	0.091	0.0664	0.1448	0.0207	0.0245	0.0207	0.0448
chrX	4468348	4468719	chrX:4468349-4468719	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0406	0.0353	0.0637	0.0212	0.017	0.0621	0.0394	0.0273	0.017	0.0417	0.0579	0.0417	0.1751	0.0123	0.0193	0.0123	0.0464
chrX	4470154	4470374	chrX:4470155-4470374	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0244	0.0126	0.0416	0.0188	0.0011	0.0199	0.0151	0.012	0.0011	0.0199	0.0605	0.0199	0.0674	0.0069	0.0451	0.0069	0.0219
chrX	4470932	4471083	chrX:4470933-4471083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0138	0.0227	0.0091	0.0074	0.0209	0.0143	0.016	0.0074	0.0139	0.0408	0.0139	0.0132	0.0092	0.02	0.0092	0.0089
chrX	4471820	4471971	chrX:4471821-4471971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0124	0.0087	0.022	0.0061	0.0011	0.0112	0.0095	0.0133	0.0011	0.0097	0.0392	0.0097	0.0124	0.0061	0.009	0.0061	0.0057
chrX	4472375	4472526	chrX:4472376-4472526	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0162	0.0147	0.0277	0.0053	0.0053	0.0199	0.0173	0.02	0.0053	0.0115	0.0524	0.0115	0.0132	0.0031	0.0084	0.0031	0.0047
chrX	4472546	4472697	chrX:4472547-4472697	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0168	0.0301	0.0042	0.0064	0.0248	0.0186	0.022	0.0064	0.0145	0.0559	0.0145	0.0201	8e-04	0.0064	8e-04	0.0042
chrX	4475693	4475893	chrX:4475694-4475893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.0188	0.0386	0.0187	0.0042	0.0272	0.0229	0.0233	0.0042	0.0193	0.0662	0.0193	0.0294	0.0061	0.0574	0.0061	0.0115
chrX	4476078	4476229	chrX:4476079-4476229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0126	0.0231	0.0156	0.0053	0.0141	0.0173	0.016	0.0053	0.0175	0.0363	0.0175	0.0178	0.0092	0.04	0.0092	0.0109
chrX	4476912	4477063	chrX:4476913-4477063	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0117	0.026	0.0173	0.0074	0.015	0.0164	0.0093	0.0074	0.0181	0.0376	0.0181	0.0294	0.0138	0.0361	0.0138	0.0167
chrX	4478158	4478309	chrX:4478159-4478309	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0172	0.0143	0.0305	0.006	0.0053	0.0141	0.0186	0.0247	0.0053	0.026	0.045	0.026	0.0139	0.0031	0.011	0.0031	0.0063
chrX	4478489	4478640	chrX:4478490-4478640	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.021	0.0193	0.0345	0.0079	0.0053	0.0277	0.0203	0.03	0.0053	0.0254	0.0534	0.0254	0.0178	0.0077	0.0084	0.0077	0.0073
chrX	4479303	4479454	chrX:4479304-4479454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0232	0.035	0.0167	0.0085	0.0413	0.0264	0.0187	0.0085	0.0278	0.0389	0.0278	0.062	0.0145	0.0123	0.0145	0.0214
chrX	4479526	4479677	chrX:4479527-4479677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.031	0.0262	0.0451	0.0209	0.0127	0.0417	0.0272	0.0313	0.0127	0.0314	0.0486	0.0314	0.0806	0.0138	0.0181	0.0138	0.0261
chrX	4481437	4481601	chrX:4481438-4481601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.014	0.0313	0.0199	0.0042	0.0189	0.019	0.0153	0.0042	0.0272	0.0225	0.0272	0.0868	0.01	0.0064	0.01	0.0547
chrX	4482798	4483117	chrX:4482799-4483117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0392	0.0403	0.0448	0.0319	0.0318	0.0388	0.0631	0.0413	0.0318	0.0344	0.0473	0.0344	0.0434	0.01	0.0335	0.01	0.0328
chrX	4483918	4484174	chrX:4483919-4484174	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1433	0.1439	0.1665	0.1173	0.1336	0.1481	0.1786	0.1805	0.1336	0.2367	0.1836	0.2367	0.1069	0.1401	0.087	0.1401	0.0855
chrX	4484267	4484494	chrX:4484268-4484494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1346	0.1063	0.1736	0.1234	0.0785	0.1345	0.1138	0.1452	0.0785	0.2228	0.2003	0.2228	0.1495	0.121	0.1199	0.121	0.1381
chrX	4484950	4485101	chrX:4484951-4485101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.022	0.0187	0.0291	0.0181	0.0127	0.0209	0.0272	0.0187	0.0127	0.0175	0.0431	0.0175	0.0395	0.0038	0.0361	0.0038	0.0193
chrX	4489280	4489518	chrX:4489281-4489518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0283	0.027	0.042	0.0146	0.0085	0.0325	0.0359	0.0346	0.0085	0.0417	0.0611	0.0417	0.0294	0.0207	0.0206	0.0207	0.0177
chrX	4490205	4490424	chrX:4490206-4490424	distal	distal	none	none	VT56866.1	VT56866.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0326	0.0332	0.041	0.0228	0.0148	0.0359	0.0467	0.0433	0.0148	0.0634	0.0466	0.0634	0.0271	0.0368	0.0264	0.0368	0.0271
chrX	4490651	4490875	chrX:4490652-4490875	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT56866.1	VT56866.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1203	0.1016	0.1537	0.1047	0.0679	0.1451	0.1042	0.1259	0.0679	0.2681	0.1711	0.2681	0.1077	0.1861	0.1373	0.1861	0.1251
chrX	4493988	4494166	chrX:4493989-4494166	distal	distal	stage14	stage14	VT56867.1	VT56867.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0128	0.0324	0.046	0.0064	0.0131	0.0216	0.0127	0.0064	0.0163	0.0164	0.0163	0.0147	0.0038	0.009	0.0038	0.0141
chrX	4495382	4495533	chrX:4495383-4495533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0091	0.0146	0.017	0.0011	0.0117	0.0125	0.0107	0.0011	0.0109	0.0132	0.0109	0.0147	0.0054	0.0123	0.0054	0.0104
chrX	4497290	4497454	chrX:4497291-4497454	distal	distal	none	none	VT56870.1	VT56870.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.0244	0.0336	0.0143	0.0106	0.0238	0.0376	0.0313	0.0106	0.0211	0.0408	0.0211	0.0612	0.0084	0.0187	0.0084	0.0219
chrX	4500582	4500805	chrX:4500583-4500805	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0505	0.0253	0.0784	0.048	0.0042	0.0398	0.0272	0.0333	0.0042	0.0779	0.083	0.0779	0.1433	0.0559	0.04	0.0559	0.0886
chrX	4501334	4501485	chrX:4501335-4501485	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0118	0.008	0.0145	0.0131	0.0021	0.0102	0.0121	0.008	0.0021	0.0109	0.0125	0.0109	0.0349	0.0031	0.0097	0.0031	0.0307
chrX	4502639	4502834	chrX:4502640-4502834	distal	distal	none	none	VT56873.1	VT56873.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0256	0.0162	0.0423	0.018	0.0032	0.0272	0.0164	0.02	0.0032	0.026	0.0453	0.026	0.0968	0.0107	0.02	0.0107	0.0396
chrX	4503834	4504130	chrX:4503835-4504130	distal	distal	stage11	stage11	VT56873.1	VT56873.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0324	0.0473	0.0231	0.0085	0.0631	0.0255	0.0366	0.0085	0.026	0.0463	0.026	0.1232	0.01	0.0206	0.01	0.0396
chrX	4505022	4505173	chrX:4505023-4505173	FBgn0052773	CG32773	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0267	0.0381	0.0254	0.0153	0.0223	0.0408	0.051	0.0506	0.0223	0.0326	0.0273	0.0326	0.0225	0.023	0.0103	0.023	0.0125
chrX	4505467	4505642	chrX:4505468-4505642	FBgn0052773	CG32773	none	none	VT56875.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0313	0.0398	0.0316	0.0214	0.0201	0.0408	0.0541	0.0546	0.0201	0.0574	0.0254	0.0574	0.0209	0.049	0.0155	0.049	0.0156
chrX	4507716	4507889	chrX:4507717-4507889	distal	distal	stage5	stage5	VT56875.1,VT56876.1	VT56876.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0323	0.0516	0.0316	0.0114	0.0477	0.0524	0.0709	0.0566	0.0477	0.0229	0.0399	0.0229	0.0519	0.0145	0.0116	0.0145	0.013
chrX	4510758	4510988	chrX:4510759-4510988	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1129	0.1255	0.14	0.0692	0.1071	0.1665	0.1332	0.1519	0.1071	0.192	0.1714	0.192	0.1162	0.1187	0.0851	0.1187	0.0677
chrX	4511246	4511681	chrX:4511247-4511681	FBgn0003053	peb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2319	0.2151	0.2811	0.1968	0.1676	0.2578	0.2496	0.2818	0.1676	0.3569	0.3228	0.3569	0.3044	0.2366	0.225	0.2366	0.2355
chrX	4512667	4512930	chrX:4512668-4512930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0386	0.0338	0.0562	0.0246	0.0117	0.0471	0.0454	0.0346	0.0117	0.035	0.0502	0.035	0.0999	0.0115	0.0297	0.0115	0.0365
chrX	4513012	4513199	chrX:4513013-4513199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0444	0.045	0.0562	0.0306	0.017	0.0689	0.0476	0.056	0.017	0.0435	0.0585	0.0435	0.1061	0.0214	0.0232	0.0214	0.0683
chrX	4521304	4521476	chrX:4521305-4521476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0254	0.0423	0.0377	0.0106	0.0383	0.0277	0.0306	0.0106	0.0314	0.0469	0.0314	0.0806	0.0413	0.0406	0.0413	0.0646
chrX	4521581	4521749	chrX:4521582-4521749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.023	0.0183	0.0286	0.0223	0.0042	0.0262	0.0229	0.0207	0.0042	0.0151	0.0334	0.0151	0.0558	0.0168	0.0309	0.0168	0.036
chrX	4522564	4522758	chrX:4522565-4522758	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0249	0.0411	0.0125	0.0074	0.0374	0.0216	0.0393	0.0074	0.0459	0.0463	0.0459	0.0333	0.0115	0.011	0.0115	0.0135
chrX	4526677	4526895	chrX:4526678-4526895	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.035	0.0319	0.0522	0.0196	0.0117	0.0427	0.035	0.0446	0.0117	0.0586	0.0608	0.0586	0.0418	0.0207	0.011	0.0207	0.0214
chrX	4529966	4530154	chrX:4529967-4530154	FBgn0025388,FBgn0025739	CG12179,pon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.0932	0.1278	0.0802	0.053	0.134	0.0947	0.1246	0.053	0.1449	0.1473	0.1449	0.1131	0.075	0.0961	0.075	0.0902
chrX	4530234	4530436	chrX:4530235-4530436	FBgn0025388,FBgn0025739	CG12179,pon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1266	0.1153	0.1586	0.1042	0.0732	0.1549	0.1142	0.1639	0.0732	0.1963	0.174	0.1963	0.1278	0.098	0.1206	0.098	0.1016
chrX	4530482	4530689	chrX:4530483-4530689	FBgn0025388,FBgn0025739	CG12179,pon	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0583	0.0434	0.0836	0.0473	0.018	0.0617	0.0407	0.064	0.018	0.1051	0.0752	0.1051	0.0519	0.0337	0.0406	0.0337	0.0261
chrX	4536515	4536691	chrX:4536516-4536691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0103	0.0273	0.0209	0.0011	0.016	0.013	0.012	0.0011	0.0266	0.0235	0.0266	0.0271	0.0092	0.0058	0.0092	0.0141
chrX	4537073	4537224	chrX:4537074-4537224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0146	0.0197	0.0156	0.0032	0.0194	0.0203	0.018	0.0032	0.0175	0.0167	0.0175	0.0132	0.0061	0.0084	0.0061	0.0073
chrX	4537423	4537591	chrX:4537424-4537591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0128	0.0268	0.023	0.0011	0.0141	0.0216	0.0127	0.0011	0.0175	0.019	0.0175	0.0217	0.0092	0.0058	0.0092	0.0094
chrX	4541469	4541703	chrX:4541470-4541703	FBgn0011277,FBgn0029718	HLH4C,mRpL30	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0567	0.036	0.0769	0.0577	0.0159	0.0495	0.032	0.0626	0.0159	0.0622	0.0695	0.0622	0.0364	0.0237	0.0335	0.0237	0.0365
chrX	4541787	4541953	chrX:4541788-4541953	FBgn0011277,FBgn0029718	HLH4C,mRpL30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0975	0.0818	0.1211	0.0893	0.0477	0.1126	0.0761	0.1219	0.0477	0.1407	0.1273	0.1407	0.1053	0.0904	0.0793	0.0904	0.0974
chrX	4542037	4542208	chrX:4542038-4542208	FBgn0029718	mRpL30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0447	0.0368	0.0581	0.039	0.0276	0.051	0.0389	0.0426	0.0276	0.0737	0.0627	0.0737	0.0534	0.0452	0.0406	0.0452	0.0469
chrX	4543000	4543353	chrX:4543001-4543353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0495	0.0507	0.0613	0.0352	0.0212	0.0558	0.0575	0.0833	0.0212	0.0731	0.0669	0.0731	0.0666	0.0306	0.0329	0.0306	0.0464
chrX	4543493	4543698	chrX:4543494-4543698	FBgn0022942,FBgn0025615	Cbp80,Torsin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0626	0.0548	0.0768	0.0557	0.0244	0.0699	0.0575	0.0873	0.0244	0.0906	0.0875	0.0906	0.0782	0.0505	0.049	0.0505	0.0818
chrX	4543750	4544134	chrX:4543751-4544134	FBgn0022942,FBgn0025615	Cbp80,Torsin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1263	0.1134	0.1527	0.1118	0.0668	0.1485	0.1068	0.1819	0.0668	0.1896	0.1621	0.1896	0.1627	0.1141	0.0903	0.1141	0.1475
chrX	4544205	4544356	chrX:4544206-4544356	FBgn0022942,FBgn0025615	Cbp80,Torsin	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.04	0.0361	0.0518	0.0315	0.018	0.0383	0.0424	0.0606	0.018	0.0713	0.0572	0.0713	0.0449	0.0391	0.0245	0.0391	0.038
chrX	4552041	4552218	chrX:4552042-4552218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.031	0.0282	0.0329	0.032	0.0159	0.0393	0.0298	0.0373	0.0159	0.0417	0.0402	0.0417	0.0372	0.0413	0.0368	0.0413	0.0542
chrX	4558068	4558219	chrX:4558069-4558219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0097	0.0159	0.0184	0.0032	0.0117	0.0138	0.0113	0.0032	0.0072	0.0244	0.0072	0.0132	0.0107	0.0477	0.0107	0.0104
chrX	4558338	4558490	chrX:4558339-4558490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0072	0.0231	0.0234	0.0021	0.0097	0.0091	0.008	0.0021	0.0097	0.0395	0.0097	0.0194	0.0107	0.0741	0.0107	0.0104
chrX	4560802	4560953	chrX:4560803-4560953	FBgn0029720	CG3009	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0318	0.0183	0.0338	0.0446	0.0138	0.0228	0.0229	0.018	0.0138	0.032	0.0434	0.032	0.0302	0.0429	0.0883	0.0429	0.0287
chrX	4561134	4561383	chrX:4561135-4561383	FBgn0029720	CG3009	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1165	0.0725	0.1506	0.1283	0.0382	0.0995	0.0757	0.1013	0.0382	0.1926	0.1678	0.1926	0.1634	0.1524	0.156	0.1524	0.1569
chrX	4561499	4561674	chrX:4561500-4561674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.0399	0.0608	0.0429	0.0223	0.0529	0.0402	0.062	0.0223	0.0779	0.0662	0.0779	0.062	0.0567	0.0438	0.0567	0.0526
chrX	4561691	4561842	chrX:4561692-4561842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0352	0.0312	0.0438	0.0302	0.018	0.0442	0.0346	0.0393	0.018	0.0459	0.0502	0.0459	0.0442	0.0368	0.0342	0.0368	0.0344
chrX	4561895	4562114	chrX:4561896-4562114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0339	0.047	0.0276	0.0138	0.0437	0.0428	0.044	0.0138	0.0471	0.0531	0.0471	0.0589	0.036	0.038	0.036	0.0292
chrX	4565440	4565591	chrX:4565441-4565591	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0194	0.0127	0.0235	0.0226	0.0042	0.0146	0.0195	0.0133	0.0042	0.0109	0.0395	0.0109	0.0209	0.0069	0.0722	0.0069	0.0125
chrX	4567149	4567318	chrX:4567150-4567318	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0398	0.027	0.0596	0.0322	0.0095	0.0481	0.0264	0.0273	0.0095	0.0272	0.0913	0.0272	0.0813	0.0283	0.0561	0.0283	0.0339
chrX	4567401	4567737	chrX:4567402-4567737	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0726	0.0421	0.1187	0.0561	0.0074	0.0728	0.0389	0.0533	0.0074	0.0441	0.2023	0.0441	0.1278	0.0291	0.1483	0.0291	0.0438
chrX	4571577	4571762	chrX:4571578-4571762	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0674	0.0875	0.0755	0.0359	0.053	0.0772	0.1393	0.0993	0.053	0.0411	0.0884	0.0411	0.1503	0.0214	0.04	0.0214	0.0589
chrX	4572190	4572403	chrX:4572191-4572403	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0967	0.0776	0.1332	0.078	0.0339	0.1107	0.0774	0.1086	0.0339	0.1667	0.146	0.1667	0.1177	0.1133	0.0722	0.1133	0.0766
chrX	4572449	4572870	chrX:4572450-4572870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1517	0.11	0.2013	0.144	0.0371	0.1879	0.1025	0.1299	0.0371	0.3098	0.1842	0.3098	0.1967	0.2343	0.1128	0.2343	0.1756
chrX	4573003	4573211	chrX:4573004-4573211	FBgn0262699	rap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1579	0.1505	0.1902	0.1305	0.0944	0.1874	0.1648	0.2065	0.0944	0.2204	0.2032	0.2204	0.1735	0.1332	0.127	0.1332	0.1605
chrX	4573472	4573677	chrX:4573473-4573677	FBgn0262699	rap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2069	0.2048	0.2329	0.1808	0.1389	0.2689	0.224	0.2538	0.1389	0.2772	0.2444	0.2772	0.2029	0.1945	0.1825	0.1945	0.1954
chrX	4573816	4574011	chrX:4573817-4574011	FBgn0262699	rap	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1141	0.1163	0.1319	0.0923	0.0838	0.1558	0.1237	0.1452	0.0838	0.1667	0.1383	0.1667	0.1208	0.0911	0.0948	0.0911	0.1167
chrX	4578515	4578700	chrX:4578516-4578700	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2425	0.2292	0.2786	0.2178	0.1909	0.2762	0.2569	0.2845	0.1909	0.3297	0.2968	0.3297	0.2548	0.2243	0.2224	0.2243	0.2423
chrX	4580075	4580301	chrX:4580076-4580301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1186	0.0962	0.1523	0.1067	0.0594	0.1461	0.0843	0.1286	0.0594	0.1836	0.173	0.1836	0.1495	0.1217	0.1141	0.1217	0.124
chrX	4580368	4580548	chrX:4580369-4580548	FBgn0022768	Pp2C1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1728	0.1412	0.2096	0.1675	0.1029	0.1932	0.141	0.1845	0.1029	0.2585	0.2302	0.2585	0.2115	0.1646	0.1825	0.1646	0.1944
chrX	4580855	4581026	chrX:4580856-4581026	FBgn0022768	Pp2C1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1345	0.1235	0.1579	0.121	0.0827	0.1519	0.1475	0.1572	0.0827	0.1914	0.1768	0.1914	0.1448	0.1217	0.1335	0.1217	0.1303
chrX	4581795	4581970	chrX:4581796-4581970	FBgn0011760	ctp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.133	0.1184	0.1607	0.1189	0.0923	0.1413	0.128	0.1592	0.0923	0.1963	0.1695	0.1963	0.1557	0.1271	0.1373	0.1271	0.1266
chrX	4582058	4582277	chrX:4582059-4582277	FBgn0011760	ctp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2534	0.2246	0.3074	0.2264	0.1718	0.285	0.2301	0.3011	0.1718	0.3678	0.3315	0.3678	0.299	0.232	0.2489	0.232	0.2543
chrX	4584919	4585137	chrX:4584920-4585137	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0599	0.0617	0.0737	0.0426	0.0308	0.0767	0.0783	0.0726	0.0308	0.1021	0.0785	0.1021	0.0418	0.0613	0.0348	0.0613	0.0307
chrX	4587355	4587506	chrX:4587356-4587506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0151	0.0197	0.0167	0.0064	0.0165	0.0225	0.0173	0.0064	0.0193	0.0206	0.0193	0.0163	0.0107	0.0103	0.0107	0.0141
chrX	4588012	4588391	chrX:4588013-4588391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0428	0.05	0.0508	0.0259	0.0212	0.0631	0.0484	0.0846	0.0212	0.0537	0.0592	0.0537	0.0333	0.026	0.02	0.026	0.0214
chrX	4592913	4593162	chrX:4592914-4593162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0322	0.0453	0.0206	0.0106	0.0388	0.0376	0.0486	0.0106	0.055	0.0572	0.055	0.0279	0.0207	0.0161	0.0207	0.0224
chrX	4593506	4593692	chrX:4593507-4593692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0522	0.0432	0.0591	0.0547	0.0191	0.0558	0.0502	0.06	0.0191	0.0652	0.0698	0.0652	0.0581	0.0436	0.0509	0.0436	0.087
chrX	4593720	4593943	chrX:4593721-4593943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.033	0.0279	0.0391	0.0319	0.0085	0.0374	0.0316	0.0393	0.0085	0.0435	0.0431	0.0435	0.038	0.0253	0.0335	0.0253	0.0479
chrX	4596249	4596441	chrX:4596250-4596441	FBgn0028325	l(1)G0334	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0729	0.0902	0.0923	0.0392	0.0937	0.0843	0.0966	0.0392	0.0815	0.0942	0.0815	0.1115	0.0919	0.0877	0.0919	0.1219
chrX	4596484	4596883	chrX:4596485-4596883	FBgn0028325	l(1)G0334	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1	0.0905	0.1067	0.1032	0.0594	0.1063	0.109	0.1193	0.0594	0.087	0.1093	0.087	0.1464	0.0995	0.0948	0.0995	0.1292
chrX	4596962	4597229	chrX:4596963-4597229	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0862	0.0852	0.0957	0.077	0.0488	0.1063	0.0986	0.1113	0.0488	0.0809	0.1003	0.0809	0.1418	0.0697	0.0619	0.0697	0.1193
chrX	4601308	4601497	chrX:4601309-4601497	FBgn0029723	Proc-R	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0075	0.0127	0.0362	0.0042	0.0107	0.0087	0.0073	0.0042	0.0066	0.0132	0.0066	0.0232	0.0421	0.0232	0.0421	0.0542
chrX	4601613	4601764	chrX:4601614-4601764	FBgn0029723	Proc-R	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.018	0.0079	0.0156	0.032	0.0011	0.0107	0.013	0.0067	0.0011	0.0066	0.0132	0.0066	0.0442	0.0436	0.0213	0.0436	0.0453
chrX	4601769	4602001	chrX:4601770-4602001	FBgn0029723	Proc-R	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0233	0.0153	0.0235	0.0322	0.0074	0.0194	0.0195	0.02	0.0074	0.0175	0.0296	0.0175	0.0395	0.0651	0.0264	0.0651	0.038
chrX	4734794	4734945	chrX:4734795-4734945	FBgn0260971	CG42594	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0167	0.0125	0.0141	0.0242	0.0074	0.015	0.0186	0.0107	0.0074	0.0133	0.01	0.0133	0.0225	0.0077	0.0052	0.0077	0.0099
chrX	4735410	4735561	chrX:4735411-4735561	FBgn0260971	CG42594	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.01	0.0105	0.0118	0.0077	0.0074	0.0063	0.0234	0.004	0.0074	0.0066	0.008	0.0066	0.0333	0.0023	0.0064	0.0023	0.0167
chrX	4735926	4736077	chrX:4735927-4736077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0082	0.0097	0.0105	0.0039	0.0064	0.0092	0.0177	0.0067	0.0064	0.006	0.0035	0.006	0.0411	8e-04	0.0019	8e-04	0.0099
chrX	4746829	4746980	chrX:4746830-4746980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0189	0.0226	0.0199	0.0117	0.0175	0.0268	0.0247	0.0117	0.0278	0.0199	0.0278	0.0287	0.0322	0.0181	0.0322	0.0224
chrX	4747060	4747234	chrX:4747061-4747234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.0398	0.0437	0.0309	0.0339	0.0354	0.0545	0.0533	0.0339	0.0604	0.0392	0.0604	0.0565	0.0421	0.0387	0.0421	0.0396
chrX	4800610	4800802	chrX:4800611-4800802	FBgn0029733	CG6927	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0954	0.086	0.1185	0.0805	0.0583	0.0956	0.1034	0.1206	0.0583	0.1407	0.1383	0.1407	0.11	0.0758	0.0928	0.0758	0.0985
chrX	4800831	4801031	chrX:4800832-4801031	FBgn0029733	CG6927	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.0661	0.0871	0.0645	0.0456	0.0714	0.0835	0.0906	0.0456	0.1111	0.0952	0.1111	0.0806	0.0613	0.0722	0.0613	0.0813
chrX	4802987	4803167	chrX:4802988-4803167	FBgn0052772	CG32772	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1413	0.1167	0.1728	0.1342	0.0764	0.1524	0.122	0.1652	0.0764	0.2246	0.1974	0.2246	0.151	0.1394	0.1496	0.1394	0.1485
chrX	4803264	4803468	chrX:4803265-4803468	FBgn0052772	CG32772	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0888	0.072	0.1095	0.0848	0.0329	0.0898	0.0727	0.1159	0.0329	0.1534	0.1151	0.1534	0.1046	0.0957	0.0883	0.0957	0.1027
chrX	4803926	4804111	chrX:4803927-4804111	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0469	0.0176	0.0561	0.0695	0.0053	0.034	0.0138	0.0213	0.0053	0.0918	0.0521	0.0918	0.0759	0.1026	0.0696	0.1026	0.0834
chrX	4804156	4804412	chrX:4804157-4804412	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0889	0.0497	0.1145	0.1046	0.0233	0.0801	0.0372	0.0766	0.0233	0.1727	0.1206	0.1727	0.127	0.1424	0.1115	0.1424	0.1397
chrX	4804548	4804836	chrX:4804549-4804836	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1969	0.1689	0.2448	0.1756	0.106	0.2461	0.1419	0.2525	0.106	0.317	0.2817	0.317	0.2378	0.2389	0.187	0.2389	0.2074
chrX	4804843	4805056	chrX:4804844-4805056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1126	0.0788	0.1528	0.1064	0.0392	0.1214	0.0675	0.1146	0.0392	0.2144	0.1669	0.2144	0.1503	0.1868	0.109	0.1868	0.1204
chrX	4805169	4805320	chrX:4805170-4805320	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0561	0.0469	0.0694	0.0517	0.0265	0.066	0.0502	0.0586	0.0265	0.1159	0.0714	0.1159	0.0643	0.0858	0.0496	0.0858	0.0584
chrX	4812192	4812343	chrX:4812193-4812343	FBgn0029736,FBgn0029737	CG4041,CG6903	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.033	0.029	0.0411	0.0284	0.0127	0.0335	0.0324	0.0486	0.0127	0.0447	0.0405	0.0447	0.0473	0.0283	0.0284	0.0283	0.0339
chrX	4812449	4812692	chrX:4812450-4812692	FBgn0029736,FBgn0029737	CG4041,CG6903	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0818	0.1251	0.093	0.0361	0.1044	0.096	0.1133	0.0361	0.1492	0.1399	0.1492	0.1123	0.098	0.0877	0.098	0.1146
chrX	4812800	4812983	chrX:4812801-4812983	FBgn0029736,FBgn0029737	CG4041,CG6903	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1347	0.1129	0.1642	0.1266	0.0679	0.1476	0.122	0.1566	0.0679	0.1975	0.181	0.1975	0.1681	0.134	0.136	0.134	0.1553
chrX	4813205	4813383	chrX:4813206-4813383	FBgn0029737	CG6903	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0881	0.0811	0.1119	0.0696	0.0456	0.0762	0.1073	0.1279	0.0456	0.1147	0.1322	0.1147	0.1038	0.0796	0.0896	0.0796	0.0552
chrX	4813478	4813727	chrX:4813479-4813727	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0552	0.0517	0.0671	0.0461	0.0361	0.0515	0.0692	0.072	0.0361	0.0707	0.081	0.0707	0.0604	0.0498	0.0548	0.0498	0.0573
chrX	4813819	4813970	chrX:4813820-4813970	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0301	0.0299	0.0371	0.0226	0.0148	0.0282	0.0428	0.0446	0.0148	0.0423	0.0457	0.0423	0.0333	0.0184	0.0297	0.0184	0.0349
chrX	4814108	4814259	chrX:4814109-4814259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0205	0.0188	0.0241	0.0185	0.0095	0.0189	0.0234	0.0286	0.0095	0.0266	0.0283	0.0266	0.0263	0.0153	0.0142	0.0153	0.0396
chrX	4814546	4814697	chrX:4814547-4814697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0253	0.027	0.0159	0.0106	0.0277	0.0355	0.032	0.0106	0.035	0.0286	0.035	0.0287	0.0199	0.0187	0.0199	0.0193
chrX	4814829	4814986	chrX:4814830-4814986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0282	0.0299	0.0125	0.0064	0.034	0.0355	0.0406	0.0064	0.0368	0.0373	0.0368	0.0217	0.0138	0.0135	0.0138	0.0135
chrX	4815222	4815400	chrX:4815223-4815400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0298	0.0291	0.0113	0.018	0.0316	0.0346	0.048	0.018	0.0386	0.0344	0.0386	0.024	0.0092	0.0129	0.0092	0.0141
chrX	4830276	4830502	chrX:4830277-4830502	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1683	0.1436	0.203	0.1579	0.1039	0.199	0.1319	0.2039	0.1039	0.2337	0.2225	0.2337	0.1944	0.183	0.1541	0.183	0.1636
chrX	4830801	4831022	chrX:4830802-4831022	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1165	0.1032	0.1359	0.1102	0.0562	0.1432	0.0947	0.1566	0.0562	0.189	0.1386	0.189	0.1317	0.1669	0.0935	0.1669	0.1209
chrX	4831168	4831346	chrX:4831169-4831346	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0654	0.0685	0.0734	0.0532	0.0361	0.0859	0.058	0.1266	0.0361	0.0845	0.0781	0.0845	0.0682	0.0567	0.0554	0.0567	0.0459
chrX	4831420	4831741	chrX:4831421-4831741	FBgn0029738	CG4068	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1267	0.1168	0.1468	0.1157	0.0689	0.1602	0.1155	0.1646	0.0689	0.1673	0.1723	0.1673	0.1371	0.1271	0.1341	0.1271	0.1193
chrX	4831824	4831995	chrX:4831825-4831995	FBgn0029738	CG4068	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1365	0.1169	0.1732	0.118	0.0954	0.1553	0.1181	0.1539	0.0954	0.2101	0.1852	0.2101	0.1789	0.1141	0.1289	0.1141	0.1287
chrX	4832067	4832245	chrX:4832068-4832245	FBgn0029738	CG4068	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1565	0.1479	0.1855	0.1341	0.1198	0.1806	0.1548	0.1965	0.1198	0.2283	0.2013	0.2283	0.1805	0.1225	0.1464	0.1225	0.1454
chrX	4832408	4832559	chrX:4832409-4832559	FBgn0029738	CG4068	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0538	0.0779	0.049	0.0318	0.0587	0.0649	0.074	0.0318	0.0978	0.0871	0.0978	0.0612	0.0452	0.0529	0.0452	0.049
chrX	4833068	4833254	chrX:4833069-4833254	FBgn0004368	Ptp4E	stage11,stage14,stage5	none	VT57022.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1517	0.1433	0.1803	0.1296	0.1113	0.1728	0.1566	0.1912	0.1113	0.2458	0.1881	0.2458	0.1766	0.1562	0.1451	0.1562	0.16
chrX	4833516	4833733	chrX:4833517-4833733	FBgn0004368	Ptp4E	stage11,stage5	none	VT57022.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1376	0.1262	0.1754	0.1088	0.0785	0.1762	0.1311	0.1646	0.0785	0.2428	0.1814	0.2428	0.1766	0.1057	0.1128	0.1057	0.1574
chrX	4833780	4833931	chrX:4833781-4833931	distal	distal	stage11	none	VT57022.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.067	0.073	0.0772	0.0492	0.0583	0.0898	0.0809	0.0946	0.0583	0.1208	0.0772	0.1208	0.0775	0.0521	0.0451	0.0521	0.0839
chrX	4834072	4834272	chrX:4834073-4834272	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT57022.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1186	0.1438	0.0964	0.0859	0.1481	0.1224	0.1692	0.0859	0.2331	0.135	0.2331	0.1627	0.1179	0.1019	0.1179	0.1615
chrX	4834385	4834561	chrX:4834386-4834561	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT57022.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0828	0.1017	0.0886	0.0553	0.0859	0.1078	0.1112	0.1559	0.0859	0.1093	0.0887	0.1093	0.1077	0.0467	0.0574	0.0467	0.1032
chrX	4834605	4834810	chrX:4834606-4834810	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT57022.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0993	0.1519	0.0964	0.0436	0.1336	0.151	0.1721	0.2312	0.1336	0.0912	0.1003	0.0912	0.1077	0.0306	0.0554	0.0306	0.0657
chrX	4837059	4837210	chrX:4837060-4837210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0165	0.0181	0.0168	0.0145	0.0106	0.0107	0.026	0.0293	0.0106	0.0193	0.0212	0.0193	0.0116	0.0391	0.0097	0.0391	0.0115
chrX	4840325	4840476	chrX:4840326-4840476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0246	0.0415	0.0235	0.0071	0.0414	0.0364	0.0558	0.0566	0.0414	0.0211	0.0248	0.0211	0.024	0.0077	0.0045	0.0077	0.012
chrX	4840571	4840772	chrX:4840572-4840772	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0483	0.0892	0.0388	0.0131	0.0838	0.0927	0.1142	0.1086	0.0838	0.0447	0.0424	0.0447	0.0294	0.0191	0.0116	0.0191	0.0156
chrX	4840822	4840973	chrX:4840823-4840973	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.0503	0.0324	0.0132	0.0392	0.0529	0.0662	0.064	0.0392	0.0326	0.0386	0.0326	0.024	0.0161	0.0155	0.0161	0.0151
chrX	4841116	4841267	chrX:4841117-4841267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0234	0.0339	0.0242	0.0107	0.0191	0.0291	0.045	0.0553	0.0191	0.026	0.028	0.026	0.0186	0.013	0.0187	0.013	0.0073
chrX	4849085	4849236	chrX:4849086-4849236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0191	0.0197	0.0212	0.016	0.0148	0.015	0.0359	0.0167	0.0148	0.0284	0.0209	0.0284	0.0248	0.0222	0.0193	0.0222	0.0162
chrX	4849267	4849418	chrX:4849268-4849418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0284	0.032	0.0185	0.0233	0.0223	0.0458	0.032	0.0233	0.0368	0.0367	0.0368	0.0372	0.0191	0.0181	0.0191	0.0266
chrX	4849499	4849650	chrX:4849500-4849650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0323	0.0345	0.0341	0.0244	0.0325	0.0381	0.05	0.0244	0.0374	0.0402	0.0374	0.0442	0.0429	0.0361	0.0429	0.0459
chrX	4849710	4849913	chrX:4849711-4849913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0546	0.044	0.0579	0.0629	0.0371	0.0544	0.0441	0.0633	0.0371	0.0682	0.0662	0.0682	0.0689	0.0697	0.0729	0.0697	0.0875
chrX	4850045	4850513	chrX:4850046-4850513	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1706	0.1017	0.2013	0.214	0.07	0.1379	0.1025	0.1359	0.07	0.218	0.2257	0.218	0.2703	0.2718	0.2469	0.2718	0.2751
chrX	4853238	4853389	chrX:4853239-4853389	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.013	0.0162	0.0152	0.0074	0.0136	0.0199	0.014	0.0074	0.0248	0.0161	0.0248	0.0139	0.0138	0.0123	0.0138	0.0156
chrX	4853662	4853824	chrX:4853663-4853824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0184	0.0123	0.0225	0.0206	0.0021	0.0204	0.0112	0.0173	0.0021	0.0211	0.0193	0.0211	0.0503	0.0084	0.0181	0.0084	0.0485
chrX	4861162	4861313	chrX:4861163-4861313	distal	distal	none	none	ovo_DG2	ovo_DG2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0081	0.0194	0.0121	0.0042	0.0063	0.0121	0.01	0.0042	0.0272	0.0283	0.0272	0.0085	0.0069	0.0361	0.0069	0.0063
chrX	4861508	4861702	chrX:4861509-4861702	distal	distal	none	none	ovo_DG2	ovo_DG2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0122	0.026	0.011	0.0032	0.0117	0.0186	0.018	0.0032	0.0223	0.0441	0.0223	0.017	0.0061	0.0342	0.0061	0.0042
chrX	4862286	4862437	chrX:4862287-4862437	distal	distal	none	none	ovo_DG2	ovo_DG2	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0169	0.0269	0.0187	0.0039	0.0117	0.0146	0.0554	0.0253	0.0117	0.0217	0.0264	0.0217	0.0077	0.0031	0.0064	0.0031	0.0026
chrX	4863465	4863640	chrX:4863466-4863640	distal	distal	none	none	ovo_DG2	ovo_DG2	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0239	0.0369	0.0256	0.0075	0.0276	0.0267	0.0515	0.0593	0.0276	0.032	0.037	0.032	0.0163	0.0069	0.009	0.0069	0.0073
chrX	4863805	4863995	chrX:4863806-4863995	distal	distal	stage5	stage5	ovo_DG2	ovo_DG2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0424	0.0618	0.0475	0.0152	0.0424	0.0519	0.0731	0.1106	0.0424	0.0356	0.0833	0.0356	0.0248	0.013	0.0355	0.013	0.0109
chrX	4864386	4864789	chrX:4864387-4864789	distal	distal	stage5	stage5	ovo_DG2	ovo_DG2	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.065	0.1274	0.0486	0.0132	0.1166	0.0811	0.1752	0.2032	0.1166	0.0483	0.0823	0.0483	0.0163	0.01	0.0264	0.01	0.0089
chrX	4865993	4866144	chrX:4865994-4866144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0218	0.0213	0.0255	0.0184	0.0053	0.0223	0.0294	0.0326	0.0053	0.0447	0.0299	0.0447	0.0163	0.0253	0.0258	0.0253	0.025
chrX	4866600	4866751	chrX:4866601-4866751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0204	0.0243	0.0225	0.0139	0.0095	0.0248	0.0363	0.032	0.0095	0.0423	0.0248	0.0423	0.0139	0.0153	0.0206	0.0153	0.0224
chrX	4868502	4868653	chrX:4868503-4868653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0082	0.015	0.0136	0	0.0083	0.0138	0.0113	0	0.0199	0.0193	0.0199	0.0116	0.0054	0.0432	0.0054	0.0063
chrX	4868828	4868979	chrX:4868829-4868979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0113	0.0062	0.0129	0.015	0.0053	0.0063	0.0095	0.0067	0.0053	0.0145	0.019	0.0145	0.0093	0.0115	0.0464	0.0115	0.0063
chrX	4882614	4882765	chrX:4882615-4882765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0096	0.0082	0.0136	0.0067	0.0042	0.0102	0.0112	0.008	0.0042	0.0393	0.0103	0.0393	0.0062	0.0054	0.0123	0.0054	0.0089
chrX	4883270	4883421	chrX:4883271-4883421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.01	0.0074	0.0155	0.0068	0	0.0097	0.0117	0.0073	0	0.0393	0.0122	0.0393	0.0101	0.0038	0.0116	0.0038	0.0115
chrX	4883563	4883865	chrX:4883564-4883865	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0198	0.0143	0.0292	0.0155	0.0011	0.0228	0.0195	0.012	0.0011	0.0779	0.0193	0.0779	0.024	0.01	0.0168	0.01	0.0334
chrX	4891334	4891485	chrX:4891335-4891485	FBgn0029740	CG12680	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0189	0.0113	0.0348	0.0099	0.0042	0.018	0.0125	0.012	0.0042	0.0761	0.0305	0.0761	0.0263	0.0069	0.0142	0.0069	0.0162
chrX	4894798	4894949	chrX:4894799-4894949	distal	distal	none	none	VT57051.1,ovo_DmA	VT57051.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.008	0.0085	0.008	0.0075	0.0032	0.0073	0.0134	0.012	0.0032	0.0091	0.0106	0.0091	0.0085	0.0023	0.0219	0.0023	0.0057
chrX	4894960	4895111	chrX:4894961-4895111	distal	distal	none	none	VT57051.1,ovo_DmA	VT57051.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0096	0.0082	0.0104	0.0103	0.0021	0.0087	0.0134	0.0093	0.0021	0.0151	0.0132	0.0151	0.0116	0.0046	0.0316	0.0046	0.0052
chrX	4895347	4895498	chrX:4895348-4895498	distal	distal	none	none	VT57051.1,ovo_DmA	VT57051.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0075	0.0093	0.0127	0.0021	0.0083	0.0143	0.004	0.0021	0.0072	0.0145	0.0072	0.0054	0.0061	0.04	0.0061	0.0036
chrX	4897788	4897992	chrX:4897789-4897992	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0325	0.0334	0.0378	0.0256	0.0233	0.0456	0.0376	0.0413	0.0233	0.055	0.0437	0.055	0.0263	0.0498	0.0361	0.0498	0.0229
chrX	4898710	4898861	chrX:4898711-4898861	distal	distal	none	none	VT57054.1	VT57054.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.014	0.0111	0.0159	0.0153	0.0064	0.0146	0.0134	0.012	0.0064	0.0236	0.019	0.0236	0.0132	0.0199	0.029	0.0199	0.013
chrX	4902748	4902899	chrX:4902749-4902899	distal	distal	none	none	VT57056.1	VT57056.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0158	0.0239	0.0121	0.0042	0.018	0.026	0.016	0.0042	0.0163	0.0389	0.0163	0.0209	0.0077	0.0303	0.0077	0.0099
chrX	4915395	4915546	chrX:4915396-4915546	distal	distal	none	none	VT57063.1,ovo_E3	VT57063.1,ovo_E3	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0086	0.0124	0.0089	0	0.0068	0.0151	0.0127	0	0.0085	0.019	0.0085	0.0139	0.0015	0.0271	0.0015	0.0052
chrX	4933393	4933544	chrX:4933394-4933544	distal	distal	none	none	VT57074.1,ovo_Dm7	VT57074.1,ovo_Dm7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0105	0.0071	0.0108	0.0139	0.0032	0.0053	0.0125	0.008	0.0032	0.0072	0.0167	0.0072	0.0116	0.0061	0.0451	0.0061	0.0073
chrX	4934057	4934208	chrX:4934058-4934208	distal	distal	stage14	stage14	VT57074.1,ovo_Dm7	VT57074.1,ovo_Dm7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0111	0.009	0.0114	0.0131	0.0053	0.0063	0.0151	0.01	0.0053	0.0097	0.018	0.0097	0.0077	0.0031	0.0471	0.0031	0.0063
chrX	4934335	4934486	chrX:4934336-4934486	distal	distal	stage14	stage14	VT57074.1,ovo_Dm7	VT57074.1,ovo_Dm7	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0098	0.0136	0.0125	0.0021	0.0087	0.0173	0.01	0.0021	0.0085	0.0251	0.0085	0.0077	0.0031	0.0445	0.0031	0.0047
chrX	4936230	4936381	chrX:4936231-4936381	distal	distal	stage5	stage5	VT57075.1,ovo_Dm7	VT57075.1,ovo_Dm7	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0194	0.0339	0.0164	0.0067	0.0308	0.018	0.0324	0.0839	0.0308	0.0109	0.0293	0.0109	0.0054	0.0046	0.0155	0.0046	0.0031
chrX	4936485	4936649	chrX:4936486-4936649	distal	distal	stage5	stage5	VT57075.1,ovo_Dm7	VT57075.1,ovo_Dm7	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0305	0.0646	0.0179	0.0064	0.0477	0.035	0.0554	0.1752	0.0477	0.0097	0.0318	0.0097	0.0077	0.0046	0.0168	0.0046	0.0036
chrX	4938910	4939079	chrX:4938911-4939079	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0693	0.081	0.0937	0.0294	0.0477	0.0626	0.1068	0.1399	0.0477	0.0157	0.2026	0.0157	0.0395	0.0015	0.1141	0.0015	0.0068
chrX	4940493	4940666	chrX:4940494-4940666	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0733	0.0555	0.1168	0.0457	0.0308	0.0583	0.0493	0.1113	0.0308	0.0344	0.2273	0.0344	0.0891	0.0061	0.1657	0.0061	0.0141
chrX	4940946	4941306	chrX:4940947-4941306	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1947	0.244	0.2398	0.0901	0.2121	0.217	0.2911	0.3744	0.2121	0.1159	0.4106	0.1159	0.1952	0.0245	0.2676	0.0245	0.0485
chrX	4941349	4941500	chrX:4941350-4941500	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0731	0.0996	0.0892	0.0259	0.0774	0.0811	0.1285	0.1592	0.0774	0.0368	0.1633	0.0368	0.0573	0.0069	0.0916	0.0069	0.0083
chrX	4941975	4942347	chrX:4941976-4942347	FBgn0003028	ovo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1778	0.2303	0.2122	0.0813	0.21	0.1879	0.2937	0.3518	0.21	0.0676	0.3588	0.0676	0.182	0.0322	0.2502	0.0322	0.0469
chrX	4946821	4947169	chrX:4946822-4947169	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT57081.1,VT57082.1	VT57081.1,VT57082.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1526	0.2125	0.1901	0.0444	0.1803	0.2073	0.2474	0.3111	0.1803	0.1461	0.3125	0.1461	0.1448	0.0138	0.1534	0.0138	0.0083
chrX	4947355	4947506	chrX:4947356-4947506	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT57081.1,VT57082.1	VT57081.1,VT57082.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.059	0.0637	0.0891	0.0206	0.0339	0.0757	0.0627	0.1039	0.0339	0.0658	0.1521	0.0658	0.0604	0.01	0.0735	0.01	0.0068
chrX	4949434	4949652	chrX:4949435-4949652	distal	distal	stage5	stage5	VT57083.1	VT57083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0359	0.052	0.0373	0.0163	0.0329	0.05	0.064	0.0846	0.0329	0.0205	0.0691	0.0205	0.0163	0.0054	0.0522	0.0054	0.0109
chrX	4950184	4950335	chrX:4950185-4950335	distal	distal	none	none	VT57083.1	VT57083.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0137	0.0227	0.0116	0.0042	0.0121	0.019	0.022	0.0042	0.0072	0.045	0.0072	0.0093	8e-04	0.0445	8e-04	0.0031
chrX	4955192	4955343	chrX:4955193-4955343	distal	distal	none	none	VT57086.1	VT57086.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0155	0.018	0.01	0.0042	0.017	0.0221	0.0187	0.0042	0.0127	0.0289	0.0127	0.0132	0.0077	0.0264	0.0077	0.0078
chrX	4955963	4956114	chrX:4955964-4956114	distal	distal	none	none	VT57086.1	VT57086.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0147	0.0155	0.0113	0.0011	0.018	0.0203	0.0207	0.0011	0.0133	0.0235	0.0133	0.0108	0.01	0.0284	0.01	0.0057
chrX	4957461	4957719	chrX:4957462-4957719	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0467	0.0703	0.0462	0.0209	0.0594	0.0617	0.0865	0.1053	0.0594	0.0302	0.0598	0.0302	0.0589	0.0123	0.0432	0.0123	0.0255
chrX	4957821	4958007	chrX:4957822-4958007	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0391	0.051	0.0433	0.0213	0.0339	0.0466	0.0692	0.0713	0.0339	0.032	0.0576	0.032	0.0519	0.0184	0.0361	0.0184	0.0271
chrX	4958093	4958273	chrX:4958094-4958273	distal	distal	none	none	ovo_lacZdel-ap-del-6	ovo_lacZdel-ap-del-6	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0409	0.0338	0.0152	0.0201	0.0369	0.0584	0.0573	0.0201	0.026	0.0482	0.026	0.0325	0.0115	0.0258	0.0115	0.0198
chrX	4963035	4963186	chrX:4963036-4963186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0138	0.0142	0.019	0.0075	0.0032	0.0121	0.0177	0.028	0.0032	0.0157	0.0309	0.0157	0.0101	0.0061	0.0161	0.0061	0.0073
chrX	4968002	4968226	chrX:4968003-4968226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0328	0.0221	0.0146	0.0212	0.0398	0.0381	0.0446	0.0212	0.0175	0.0267	0.0175	0.0225	0.01	0.02	0.01	0.0135
chrX	4969922	4970117	chrX:4969923-4970117	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0638	0.0592	0.0813	0.0497	0.0308	0.0767	0.0575	0.0973	0.0308	0.0954	0.091	0.0954	0.0868	0.0628	0.0477	0.0628	0.0604
chrX	4970179	4970401	chrX:4970180-4970401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.039	0.041	0.0468	0.0281	0.0201	0.0539	0.0424	0.0646	0.0201	0.0568	0.0492	0.0568	0.0496	0.0329	0.0277	0.0329	0.0307
chrX	4970678	4970829	chrX:4970679-4970829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0224	0.0207	0.0284	0.0178	0.0148	0.0262	0.0221	0.0286	0.0148	0.0447	0.0277	0.0447	0.0271	0.0199	0.0187	0.0199	0.0214
chrX	4975906	4976116	chrX:4975907-4976116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0742	0.0604	0.076	0.0875	0.0371	0.083	0.0614	0.0839	0.0371	0.0767	0.0926	0.0767	0.0806	0.1187	0.1077	0.1187	0.1006
chrX	4976406	4976607	chrX:4976407-4976607	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0966	0.0624	0.1179	0.1113	0.0361	0.0908	0.0606	0.0846	0.0361	0.154	0.1338	0.154	0.1177	0.1685	0.1109	0.1685	0.124
chrX	4976712	4976899	chrX:4976713-4976899	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1241	0.1039	0.1508	0.1173	0.0679	0.133	0.109	0.1419	0.0679	0.1884	0.1627	0.1884	0.1526	0.1363	0.1077	0.1363	0.1178
chrX	4976953	4977133	chrX:4976954-4977133	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1579	0.1317	0.1924	0.1493	0.1018	0.1612	0.1384	0.1832	0.1018	0.2361	0.2148	0.2361	0.172	0.157	0.1464	0.157	0.1584
chrX	4977584	4977785	chrX:4977585-4977785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1359	0.0928	0.1766	0.1393	0.0403	0.1417	0.0856	0.1286	0.0403	0.2452	0.1977	0.2452	0.1464	0.2014	0.1399	0.2014	0.1318
chrX	4977816	4978623	chrX:4977817-4978623	FBgn0052767	CG32767	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2724	0.1977	0.3357	0.2865	0.1198	0.2728	0.2054	0.2618	0.1198	0.4215	0.3624	0.4215	0.2874	0.3407	0.2792	0.3407	0.2658
chrX	4978737	4978938	chrX:4978738-4978938	FBgn0052767	CG32767	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.188	0.1585	0.2278	0.1773	0.1326	0.2039	0.1639	0.2065	0.1326	0.2796	0.2412	0.2796	0.1975	0.1914	0.2025	0.1914	0.1876
chrX	4979187	4979367	chrX:4979188-4979367	FBgn0052767,FBgn0086911	CG32767,rg	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1402	0.1112	0.1742	0.1352	0.0721	0.1529	0.1151	0.1439	0.0721	0.2053	0.1939	0.2053	0.1487	0.157	0.136	0.157	0.1553
chrX	4979687	4979868	chrX:4979688-4979868	FBgn0086911	rg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1197	0.0895	0.1464	0.1241	0.0583	0.1199	0.0908	0.1193	0.0583	0.1866	0.1585	0.1866	0.1363	0.1371	0.1193	0.1371	0.1355
chrX	4980461	4980715	chrX:4980462-4980715	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1498	0.1123	0.2117	0.1237	0.0361	0.1743	0.0934	0.1732	0.0361	0.218	0.2685	0.218	0.1472	0.1355	0.1779	0.1355	0.0948
chrX	4980775	4980987	chrX:4980776-4980987	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0643	0.1497	0.0973	0.0106	0.0913	0.0541	0.1159	0.0106	0.1057	0.2254	0.1057	0.0798	0.0766	0.1515	0.0766	0.0505
chrX	4985980	4986132	chrX:4985981-4986132	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0191	0.0143	0.0254	0.0177	0.0042	0.0233	0.0164	0.0133	0.0042	0.0097	0.019	0.0097	0.086	0.0031	0.0142	0.0031	0.0375
chrX	4986328	4986479	chrX:4986329-4986479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0158	0.0142	0.0165	0.0167	0.0021	0.0223	0.0182	0.014	0.0021	0.0103	0.0164	0.0103	0.0395	0.0061	0.0148	0.0061	0.0261
chrX	4987525	4987676	chrX:4987526-4987676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0124	0.0118	0.0137	0.0117	0.0042	0.0204	0.0143	0.0093	0.0042	0.0066	0.0093	0.0066	0.0349	0.0023	0.009	0.0023	0.0125
chrX	4987886	4988037	chrX:4987887-4988037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.0105	0.0156	0.0287	0.0021	0.0131	0.0117	0.0167	0.0021	0.0066	0.0116	0.0066	0.0271	0.0038	0.0103	0.0038	0.0146
chrX	4988535	4988722	chrX:4988536-4988722	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0644	0.0581	0.0783	0.0561	0.0318	0.0796	0.0636	0.0753	0.0318	0.0882	0.0695	0.0882	0.0612	0.0184	0.0168	0.0184	0.0208
chrX	4989263	4989435	chrX:4989264-4989435	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0262	0.0204	0.0246	0.0344	0.0095	0.0282	0.0247	0.0233	0.0095	0.0175	0.0183	0.0175	0.0163	0.0069	0.0077	0.0069	0.0089
chrX	4989485	4989636	chrX:4989486-4989636	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0147	0.0166	0.0308	0.0042	0.0214	0.0208	0.012	0.0042	0.0133	0.0138	0.0133	0.0116	0.0077	0.0045	0.0077	0.0115
chrX	4989959	4990162	chrX:4989960-4990162	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.01	0.0183	0.0323	0.0021	0.0146	0.0151	0.0073	0.0021	0.0127	0.0122	0.0127	0.007	0.0038	0.011	0.0038	0.0083
chrX	4998088	4998239	chrX:4998089-4998239	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0055	0.0084	0.013	0.0011	0.0073	0.0078	0.0067	0.0011	0.006	0.0045	0.006	0.0085	0.0031	0.0052	0.0031	0.0052
chrX	4998893	4999110	chrX:4998894-4999110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0131	0.016	0.021	0.0042	0.0107	0.0186	0.022	0.0042	0.0103	0.0138	0.0103	0.0093	0.0054	0.0045	0.0054	0.0078
chrX	5029884	5030035	chrX:5029885-5030035	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0044	0.0063	0.0106	0.0032	0.0049	0.0078	0.0027	0.0032	0.0054	0.0058	0.0054	0.0062	0.0031	0.0026	0.0031	0.0047
chrX	5036608	5036759	chrX:5036609-5036759	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0041	0.0075	0.0195	0.0032	0.0024	0.0074	0.0033	0.0032	0.003	0.0077	0.003	0.0046	0.0031	0.0064	0.0031	0.0073
chrX	5036961	5037112	chrX:5036962-5037112	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.006	0.0085	0.0189	0.0053	0.0053	0.0095	0.0053	0.0053	0.0085	0.008	0.0085	0.0077	0.0046	0.0097	0.0046	0.0094
chrX	5037524	5037706	chrX:5037525-5037706	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0085	0.0119	0.0333	0.0011	0.0117	0.0099	0.0093	0.0011	0.0085	0.0093	0.0085	0.0124	0.0061	0.0071	0.0061	0.0115
chrX	5038149	5038300	chrX:5038150-5038300	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0057	0.0071	0.0153	0.0042	0.0053	0.0099	0.0053	0.0042	0.0042	0.0077	0.0042	0.007	0.0031	0.0084	0.0031	0.0089
chrX	5044470	5044621	chrX:5044471-5044621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0066	0.0066	0.0123	0.0074	0.0029	0.013	0.0067	0.0074	0.0085	0.0048	0.0085	0.0046	0.0054	0.0071	0.0054	0.0063
chrX	5047033	5047184	chrX:5047034-5047184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0075	0.0155	0.0219	0.0106	0.0102	0.0082	0.0067	0.0106	0.0181	0.0122	0.0181	0.017	0.0161	0.011	0.0161	0.0073
chrX	5047293	5047444	chrX:5047294-5047444	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0051	0.0105	0.0188	0.0064	0.0058	0.0065	0.0053	0.0064	0.0139	0.0077	0.0139	0.0062	0.0115	0.0064	0.0115	0.0057
chrX	5058425	5058576	chrX:5058426-5058576	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0046	0.0062	0.0169	0.0064	0.0019	0.0082	0.0047	0.0064	0.0036	0.0061	0.0036	0.0054	0.0031	0.0077	0.0031	0.0057
chrX	5059098	5059249	chrX:5059099-5059249	FBgn0029746	CG15465	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0076	0.0099	0.0258	0.0042	0.0039	0.0147	0.01	0.0042	0.0054	0.009	0.0054	0.017	0.0061	0.0084	0.0061	0.012
chrX	5062836	5062987	chrX:5062837-5062987	distal	distal	none	none	VT57138.1	VT57138.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0096	0.0087	0.0105	0.0095	0.0074	0.0107	0.0121	0.008	0.0074	0.0085	0.0093	0.0085	0.0186	0.0031	0.0045	0.0031	0.0057
chrX	5067154	5067305	chrX:5067155-5067305	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0059	0.0076	0.0103	0	0.0053	0.0125	0.0033	0	0.0054	0.0093	0.0054	0.0054	0.0015	0.0052	0.0015	0.0089
chrX	5067318	5067469	chrX:5067319-5067469	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0045	0.0076	0.0088	0.0021	0.0039	0.0091	0.002	0.0021	0.0066	0.0093	0.0066	0.0054	8e-04	0.0045	8e-04	0.0047
chrX	5072725	5072876	chrX:5072726-5072876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.011	0.0107	0.0153	0.0085	0.0087	0.019	0.0093	0.0085	0.0054	0.0145	0.0054	0.0101	0.0038	0.0045	0.0038	0.0057
chrX	5073087	5073238	chrX:5073088-5073238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.015	0.0112	0.0103	0.0074	0.0092	0.0268	0.0187	0.0074	0.0066	0.0125	0.0066	0.0062	0.0054	0.0019	0.0054	0.0042
chrX	5077863	5078014	chrX:5077864-5078014	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.006	0.0055	0.0103	0.0011	0.0078	0.0099	0.0047	0.0011	0.0018	0.0074	0.0018	0.0093	0.0023	0.0058	0.0023	0.0021
chrX	5078223	5078374	chrX:5078224-5078374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0083	0.0083	0.0067	0.0099	0.0021	0.0068	0.0182	0.0053	0.0021	0.003	0.0084	0.003	0.007	0.0038	0.0077	0.0038	0.0052
chrX	5081296	5081447	chrX:5081297-5081447	FBgn0029748	CG15464	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0196	0.0222	0.0199	0.0164	0.0117	0.016	0.0493	0.012	0.0117	0.0181	0.0212	0.0181	0.0256	0.0138	0.0181	0.0138	0.0109
chrX	5086885	5087036	chrX:5086886-5087036	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0056	0.0095	0.0139	0.0053	0.0024	0.0117	0.0047	0.0053	0.006	0.0051	0.006	0.0093	0	0.0039	0	0.0073
chrX	5087991	5088142	chrX:5087992-5088142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0103	0.0082	0.0091	0.0139	0.0085	0.0053	0.0156	0.006	0.0085	0.0109	0.01	0.0109	0.0062	0.0038	0.0064	0.0038	0.0052
chrX	5096203	5096354	chrX:5096204-5096354	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.007	0.0035	0.0071	0.0109	0.0011	0.0034	0.0065	0.0033	0.0011	0.003	0.0026	0.003	0.0093	0	0.0013	0	0.0021
chrX	5101580	5101731	chrX:5101581-5101731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0092	0.0118	0.0118	0.0042	0.0078	0.0177	0.0087	0.0042	0.0066	0.0145	0.0066	0.0124	0.0038	0.009	0.0038	0.0078
chrX	5106630	5106790	chrX:5106631-5106790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0083	0.0198	0.0251	0.0074	0.0092	0.0112	0.0093	0.0074	0.0127	0.0158	0.0127	0.0108	0.0038	0.009	0.0038	0.0073
chrX	5107013	5107192	chrX:5107014-5107192	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0113	0.016	0.0288	0.0085	0.0126	0.0177	0.0093	0.0085	0.0109	0.0119	0.0109	0.0139	0.0054	0.0064	0.0054	0.0104
chrX	5107202	5107469	chrX:5107203-5107469	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0228	0.0194	0.0189	0.0309	0.0138	0.0209	0.0311	0.0173	0.0138	0.0163	0.0154	0.0163	0.0139	0.0061	0.0103	0.0061	0.0109
chrX	5107561	5107712	chrX:5107562-5107712	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0072	0.0118	0.0191	0.0042	0.0058	0.0121	0.0073	0.0042	0.0109	0.0096	0.0109	0.0101	0.0046	0.0052	0.0046	0.0026
chrX	5111058	5111273	chrX:5111059-5111273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0177	0.0183	0.0266	0.0159	0.018	0.0225	0.0227	0.0159	0.0139	0.0193	0.0139	0.0155	0.01	0.0161	0.01	0.012
chrX	5112127	5112278	chrX:5112128-5112278	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0039	0.009	0.0219	0.0011	0.0019	0.0099	0.002	0.0011	0.0036	0.0077	0.0036	0.0132	0.0054	0.0045	0.0054	0.0057
chrX	5115898	5116049	chrX:5115899-5116049	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0036	0.007	0.016	0.0032	0.0024	0.0069	0.0027	0.0032	0.0036	0.0077	0.0036	0.0101	0.0046	0.0077	0.0046	0.012
chrX	5120769	5120920	chrX:5120770-5120920	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0041	0.0062	0.01	0.0032	0.0039	0.0087	0.0013	0.0032	0.0036	0.0051	0.0036	0.0054	8e-04	0.0026	8e-04	0.0063
chrX	5139164	5139315	chrX:5139165-5139315	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0113	0.0135	0.0242	0.0021	0.0117	0.0216	0.01	0.0021	0.0109	0.0119	0.0109	0.0163	0.01	0.0129	0.01	0.0162
chrX	5162307	5162458	chrX:5162308-5162458	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0051	0.0026	0.0037	0.0095	0	0.0019	0.0069	7e-04	0	0.0024	0.0045	0.0024	0.0015	0.0069	0.0045	0.0069	0.0021
chrX	5163140	5163291	chrX:5163141-5163291	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0031	0.0056	0.0177	0	0.0029	0.0069	0.002	0	0.0048	0.0045	0.0048	0.007	0.0038	0.0019	0.0038	0.0036
chrX	5163350	5163501	chrX:5163351-5163501	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0041	0.0052	0.0164	0.0021	0.0034	0.0065	0.0033	0.0021	0.0036	0.0061	0.0036	0.0031	0.0015	0.0013	0.0015	0.0026
chrX	5172419	5172570	chrX:5172420-5172570	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0047	0.0039	0.0041	0.0064	0.0021	0.0024	0.0087	0.0027	0.0021	0.0048	0.0042	0.0048	0.0046	0.0031	6e-04	0.0031	0.0026
chrX	5176101	5176252	chrX:5176102-5176252	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0053	0.0046	0.0028	0.0089	0.0032	0.0053	0.0074	0.004	0.0032	0.0024	0.0029	0.0024	8e-04	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chrX	5178586	5178737	chrX:5178587-5178737	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0045	0.0061	0.0091	0.0032	0.0039	0.0078	0.0047	0.0032	0.0036	0.0048	0.0036	0.0101	0.0015	0.0019	0.0015	0.0052
chrX	5178880	5179031	chrX:5178881-5179031	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0049	0.0065	0.0086	0	0.0034	0.0108	0.0047	0	0.0036	0.0042	0.0036	0.0139	0.0015	0.0026	0.0015	0.0057
chrX	5183844	5184002	chrX:5183845-5184002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0322	0.0137	0.0367	0.048	0.0021	0.0189	0.0173	0.0167	0.0021	0.038	0.0379	0.038	0.0558	0.0436	0.0548	0.0436	0.0563
chrX	5188351	5188502	chrX:5188352-5188502	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.003	0.0048	0.0132	0.0011	0.0044	0.0039	0.0027	0.0011	0.0036	0.0035	0.0036	0.0031	0.0061	0.0026	0.0061	0.0047
chrX	5196602	5196753	chrX:5196603-5196753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0217	0.0299	0.0213	0.0128	0.018	0.0223	0.0532	0.0313	0.018	0.0284	0.0238	0.0284	0.0186	0.0161	0.0148	0.0161	0.0135
chrX	5202699	5202850	chrX:5202700-5202850	FBgn0003449,FBgn0263237	Cdk7,snf	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0258	0.0301	0.0269	0.0148	0.0252	0.0346	0.0366	0.0148	0.0386	0.0302	0.0386	0.0333	0.0253	0.0251	0.0253	0.0302
chrX	5202928	5203146	chrX:5202929-5203146	FBgn0003449,FBgn0263237	Cdk7,snf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.0922	0.1168	0.0883	0.0604	0.1228	0.0995	0.1219	0.0604	0.1443	0.1254	0.1443	0.1131	0.0896	0.089	0.0896	0.1105
chrX	5203185	5203364	chrX:5203186-5203364	FBgn0003449,FBgn0263237	Cdk7,snf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1246	0.1085	0.1539	0.1104	0.0657	0.1413	0.1181	0.1486	0.0657	0.192	0.1608	0.192	0.1479	0.1202	0.1044	0.1202	0.1365
chrX	5203466	5203652	chrX:5203467-5203652	FBgn0003449,FBgn0263237	Cdk7,snf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0468	0.0427	0.0584	0.0387	0.0286	0.0505	0.0493	0.058	0.0286	0.0658	0.063	0.0658	0.062	0.0444	0.0297	0.0444	0.05
chrX	5206023	5206264	chrX:5206024-5206264	FBgn0011761,FBgn0029752	TrxT,dhd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0903	0.0578	0.1043	0.1111	0.0255	0.0903	0.0532	0.0779	0.0255	0.1377	0.1032	0.1377	0.134	0.1156	0.1264	0.1156	0.1313
chrX	5211304	5211507	chrX:5211305-5211507	FBgn0029754,FBgn0029755	CG15930,Sas10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.05	0.1003	0.0766	0.0117	0.0709	0.0536	0.0733	0.0117	0.1202	0.1199	0.1202	0.1053	0.0865	0.0741	0.0865	0.0985
chrX	5211740	5211891	chrX:5211741-5211891	FBgn0029754,FBgn0029755	CG15930,Sas10	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0183	0.0133	0.0268	0.0146	0.0032	0.0204	0.0117	0.022	0.0032	0.0399	0.028	0.0399	0.0302	0.0168	0.0155	0.0168	0.0172
chrX	5216709	5216890	chrX:5216710-5216890	FBgn0014024	Rnp4F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.1067	0.1332	0.09	0.071	0.1233	0.1241	0.1446	0.071	0.1624	0.1463	0.1624	0.1193	0.1026	0.089	0.1026	0.112
chrX	5217783	5218014	chrX:5217784-5218014	FBgn0024332	Mcm3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.0951	0.0766	0.0496	0.0785	0.1039	0.1103	0.1352	0.0785	0.0833	0.09	0.0833	0.0604	0.0498	0.0432	0.0498	0.0646
chrX	5223259	5223468	chrX:5223260-5223468	FBgn0026751,FBgn0029756	CG3309,XRCC1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0537	0.0909	0.0709	0.0223	0.0699	0.0614	0.0733	0.0223	0.1202	0.0987	0.1202	0.0744	0.0658	0.0812	0.0658	0.0792
chrX	5223534	5223746	chrX:5223535-5223746	FBgn0026751,FBgn0029756	CG3309,XRCC1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0861	0.0636	0.0996	0.0965	0.0371	0.0898	0.067	0.0793	0.0371	0.1238	0.1135	0.1238	0.0775	0.1011	0.1077	0.1011	0.0974
chrX	5223779	5223961	chrX:5223780-5223961	FBgn0026751,FBgn0029756	CG3309,XRCC1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.0965	0.1296	0.1064	0.0753	0.1209	0.109	0.1226	0.0753	0.1455	0.1447	0.1455	0.1162	0.1202	0.1077	0.1202	0.112
chrX	5226436	5226809	chrX:5226437-5226809	FBgn0010014	CanB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0813	0.0946	0.0737	0.0748	0.0573	0.0976	0.1155	0.1492	0.0573	0.0876	0.0852	0.0876	0.0473	0.0613	0.058	0.0613	0.0625
chrX	5234147	5234357	chrX:5234148-5234357	FBgn0029761	SK	stage14	none	VT57227.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0521	0.0312	0.0286	0.1014	0.0212	0.0311	0.0519	0.0247	0.0212	0.0199	0.0212	0.0199	0.0744	0.1302	0.0961	0.1302	0.1443
chrX	5235408	5235559	chrX:5235409-5235559	distal	distal	none	none	VT57227.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0126	0.0191	0.006	0.0128	0.0064	0.0126	0.0402	0.0153	0.0064	0.0091	0.0055	0.0091	0.0085	0.0283	0.0103	0.0283	0.013
chrX	5237949	5238100	chrX:5237950-5238100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0078	0.0075	0.0053	0.0107	0.0021	0.0068	0.0112	0.0107	0.0021	0.0085	0.0035	0.0085	0.007	0.0337	0.0058	0.0337	0.0057
chrX	5244251	5244402	chrX:5244252-5244402	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0051	0.0034	0.0036	0.0086	0	0.0058	0.0043	0.0027	0	0.006	0.0035	0.006	0.0023	0.0291	0.0052	0.0291	0.0026
chrX	5258116	5258267	chrX:5258117-5258267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0146	0.0174	0.0114	0.0148	0.0117	0.0121	0.0346	0.0133	0.0117	0.0157	0.0116	0.0157	0.0085	0.0153	0.0084	0.0153	0.0057
chrX	5267100	5267251	chrX:5267101-5267251	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0045	0.0041	0.0095	0.0032	0.0044	0.0082	0.0027	0.0032	0.003	0.0042	0.003	0.0046	8e-04	6e-04	8e-04	0.0031
chrX	5305505	5305656	chrX:5305506-5305656	distal	distal	none	none	VT57264.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0191	0.0226	0.0214	0.0125	0.0064	0.0311	0.0281	0.0286	0.0064	0.032	0.0238	0.032	0.0225	0.0161	0.0174	0.0161	0.0156
chrX	5305700	5305851	chrX:5305701-5305851	distal	distal	none	none	VT57264.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0204	0.0256	0.0128	0.0117	0.0282	0.0234	0.0247	0.0117	0.0344	0.0273	0.0344	0.0294	0.0145	0.0161	0.0145	0.0151
chrX	5308461	5308658	chrX:5308462-5308658	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0344	0.0295	0.0405	0.033	0.0127	0.0413	0.0355	0.0346	0.0127	0.0441	0.0415	0.0441	0.0635	0.0391	0.0329	0.0391	0.0589
chrX	5312070	5312268	chrX:5312071-5312268	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1031	0.1031	0.1004	0.106	0.0668	0.117	0.1254	0.1412	0.0668	0.1304	0.0897	0.1304	0.1154	0.1669	0.0967	0.1669	0.123
chrX	5312657	5312833	chrX:5312658-5312833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0543	0.038	0.0461	0.0816	0.0244	0.05	0.0437	0.0466	0.0244	0.0489	0.036	0.0489	0.0798	0.1172	0.0748	0.1172	0.1001
chrX	5313056	5313219	chrX:5313057-5313219	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0412	0.0292	0.0368	0.0593	0.0201	0.0335	0.0389	0.0333	0.0201	0.0393	0.0373	0.0393	0.0573	0.0498	0.0709	0.0498	0.1042
chrX	5313515	5313666	chrX:5313516-5313666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0288	0.0343	0.0494	0.0212	0.0296	0.0337	0.044	0.0212	0.0242	0.0453	0.0242	0.0503	0.0352	0.0806	0.0352	0.073
chrX	5313743	5313969	chrX:5313744-5313969	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0866	0.0729	0.0986	0.0887	0.053	0.083	0.0813	0.1093	0.053	0.0906	0.1289	0.0906	0.1185	0.0881	0.1522	0.0881	0.087
chrX	5314013	5314291	chrX:5314014-5314291	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1059	0.0977	0.1183	0.1015	0.0848	0.1223	0.1038	0.1233	0.0848	0.1389	0.1367	0.1389	0.1286	0.1133	0.1257	0.1133	0.1162
chrX	5314323	5314560	chrX:5314324-5314560	FBgn0263987	spoon	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0963	0.091	0.1142	0.0827	0.0732	0.1092	0.1038	0.1146	0.0732	0.1564	0.1222	0.1564	0.103	0.0934	0.0909	0.0934	0.0907
chrX	5314596	5314773	chrX:5314597-5314773	FBgn0263987	spoon	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1365	0.1243	0.1679	0.1156	0.0838	0.1432	0.1527	0.1592	0.0838	0.2095	0.1859	0.2095	0.1526	0.1256	0.1167	0.1256	0.1245
chrX	5314858	5315055	chrX:5314859-5315055	FBgn0263987	spoon	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1634	0.1441	0.1992	0.1458	0.087	0.1723	0.1743	0.1892	0.087	0.2434	0.2215	0.2434	0.1905	0.1508	0.1489	0.1508	0.1657
chrX	5315480	5315652	chrX:5315481-5315652	FBgn0029763	CG4165	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1307	0.1092	0.1643	0.118	0.071	0.1456	0.1263	0.1266	0.071	0.2029	0.1781	0.2029	0.1689	0.1325	0.1161	0.1325	0.1485
chrX	5315874	5316111	chrX:5315875-5316111	FBgn0029763	CG4165	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1265	0.1155	0.1539	0.1086	0.07	0.1515	0.1311	0.1459	0.07	0.18	0.1768	0.18	0.1611	0.1118	0.1154	0.1118	0.135
chrX	5316119	5316320	chrX:5316120-5316320	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0885	0.0738	0.1168	0.0741	0.0392	0.101	0.0835	0.0926	0.0392	0.1498	0.1235	0.1498	0.1139	0.0704	0.0632	0.0704	0.0917
chrX	5321321	5321524	chrX:5321322-5321524	FBgn0029765	CG16756	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0201	0.028	0.0251	0.0064	0.0223	0.026	0.0286	0.0064	0.0296	0.0283	0.0296	0.0496	0.026	0.0193	0.026	0.0443
chrX	5321600	5321751	chrX:5321601-5321751	FBgn0029765	CG16756	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0178	0.0142	0.0195	0.0201	0.0042	0.0184	0.0177	0.018	0.0042	0.0193	0.0212	0.0193	0.0325	0.0222	0.0251	0.0222	0.0307
chrX	5322389	5322567	chrX:5322390-5322567	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0336	0.0135	0.0232	0.0674	0.0085	0.0189	0.0156	0.0147	0.0085	0.0157	0.0257	0.0157	0.0488	0.0735	0.0741	0.0735	0.124
chrX	5322771	5322922	chrX:5322772-5322922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0163	0.009	0.018	0.0226	0.0011	0.0112	0.0121	0.0113	0.0011	0.0181	0.0228	0.0181	0.0248	0.0145	0.0368	0.0145	0.0386
chrX	5326778	5326934	chrX:5326779-5326934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0095	0.0199	0.0191	0.0021	0.0121	0.0147	0.0087	0.0021	0.0151	0.019	0.0151	0.0434	0.0123	0.0155	0.0123	0.036
chrX	5326986	5327151	chrX:5326987-5327151	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0255	0.0324	0.0471	0.0095	0.035	0.0277	0.036	0.0095	0.0296	0.0325	0.0296	0.0565	0.0314	0.0529	0.0314	0.0662
chrX	5327237	5327436	chrX:5327238-5327436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0398	0.0284	0.0362	0.0564	0.018	0.0359	0.032	0.036	0.018	0.0314	0.0357	0.0314	0.0635	0.0352	0.0542	0.0352	0.0813
chrX	5328703	5328856	chrX:5328704-5328856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0137	0.0171	0.029	0.0042	0.015	0.0182	0.0193	0.0042	0.0157	0.0212	0.0157	0.0256	0.0314	0.0413	0.0314	0.0453
chrX	5330818	5330972	chrX:5330819-5330972	distal	distal	none	none	VT57276.1	VT57276.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0098	0.0169	0.0319	0.0032	0.0102	0.0164	0.01	0.0032	0.0193	0.018	0.0193	0.0217	0.0253	0.0509	0.0253	0.0479
chrX	5340257	5340487	chrX:5340258-5340487	FBgn0029768	SPR	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0157	0.006	0.0113	0.0315	0.0011	0.0068	0.0095	0.006	0.0011	0.0097	0.0167	0.0097	0.0054	0.0168	0.0832	0.0168	0.0052
chrX	5340528	5340679	chrX:5340529-5340679	FBgn0029768	SPR	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.011	0.0041	0.0067	0.0233	0.0021	0.0053	0.0061	0.002	0.0021	0.0042	0.01	0.0042	0.0039	0.0176	0.0342	0.0176	0.0057
chrX	5405127	5405278	chrX:5405128-5405278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.009	0.0051	0.0113	0.0095	0.0049	0.0156	0.0107	0.0095	0.0024	0.0051	0.0024	0.007	0.0023	0.0026	0.0023	0.0073
chrX	5406965	5407118	chrX:5406966-5407118	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0244	0.0152	0.0146	0.0117	0.0301	0.0346	0.0253	0.0117	0.0139	0.0116	0.0139	0.031	0.0054	0.0077	0.0054	0.037
chrX	5409960	5410111	chrX:5409961-5410111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0102	0.0164	0.0269	0.0032	0.016	0.0104	0.012	0.0032	0.0163	0.0151	0.0163	0.0302	0.0161	0.0135	0.0161	0.0698
chrX	5410618	5410948	chrX:5410619-5410948	FBgn0029771	CG12730	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0486	0.0329	0.0471	0.068	0.0138	0.0456	0.0407	0.0373	0.0138	0.0374	0.0495	0.0374	0.0821	0.0475	0.0845	0.0475	0.1188
chrX	5411143	5411356	chrX:5411144-5411356	FBgn0029771	CG12730	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1311	0.1198	0.1476	0.1256	0.0848	0.1505	0.1272	0.1666	0.0848	0.1383	0.1733	0.1383	0.1875	0.147	0.1322	0.147	0.198
chrX	5411456	5411670	chrX:5411457-5411670	FBgn0029771	CG12730	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.089	0.0987	0.0919	0.0749	0.0827	0.0981	0.1207	0.1399	0.0827	0.0719	0.1206	0.0719	0.0991	0.0727	0.1025	0.0727	0.1105
chrX	5412187	5412373	chrX:5412188-5412373	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0592	0.098	0.0965	0.0339	0.0752	0.0675	0.0813	0.0339	0.0622	0.1354	0.0622	0.1418	0.0498	0.1554	0.0498	0.161
chrX	5412441	5412627	chrX:5412442-5412627	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0403	0.0614	0.0622	0.0255	0.051	0.0424	0.06	0.0255	0.0386	0.0836	0.0386	0.0937	0.0306	0.0864	0.0306	0.1219
chrX	5418473	5418772	chrX:5418474-5418772	FBgn0086667	snoRNA:Psi28S-3342	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2097	0.1949	0.2506	0.1815	0.176	0.218	0.2284	0.2458	0.176	0.3056	0.2553	0.3056	0.2912	0.2129	0.1728	0.2129	0.21
chrX	5424651	5424902	chrX:5424652-5424902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0222	0.0218	0.0135	0.0117	0.0262	0.0329	0.0207	0.0117	0.0157	0.0183	0.0157	0.007	0.0069	0.0052	0.0069	0.0068
chrX	5426151	5426350	chrX:5426152-5426350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0157	0.0214	0.0124	0.0064	0.016	0.0177	0.0286	0.0064	0.0157	0.0138	0.0157	0.0062	0.0015	0.0032	0.0015	0.0047
chrX	5427601	5427752	chrX:5427602-5427752	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0172	0.0283	0.0157	0.0063	0.0191	0.0262	0.0355	0.0433	0.0191	0.0115	0.0177	0.0115	0.0062	0.0046	0.0052	0.0046	0.0031
chrX	5431008	5431285	chrX:5431009-5431285	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.03	0.0449	0.0284	0.015	0.0223	0.034	0.0727	0.06	0.0223	0.0175	0.0232	0.0175	0.0116	0.0038	0.0052	0.0038	0.0052
chrX	5432551	5432702	chrX:5432552-5432702	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.0061	0.009	0.011	0.0042	0.0073	0.0095	0.0053	0.0042	0.0091	0.0055	0.0091	0.0046	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chrX	5434737	5434888	chrX:5434738-5434888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0158	0.0123	0.0228	0.012	0.0053	0.0165	0.0173	0.012	0.0053	0.0181	0.0283	0.0181	0.0372	0.01	0.0168	0.01	0.0162
chrX	5435686	5435904	chrX:5435687-5435904	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0241	0.0242	0.0211	0.0273	0.0095	0.0316	0.0234	0.0406	0.0095	0.0145	0.0138	0.0145	0.007	0.0046	0.009	0.0046	0.0057
chrX	5436553	5436744	chrX:5436554-5436744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0239	0.0198	0.032	0.0196	0.0042	0.0223	0.0242	0.032	0.0042	0.0543	0.036	0.0543	0.0186	0.0337	0.0413	0.0337	0.0083
chrX	5436781	5436938	chrX:5436782-5436938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0229	0.0176	0.0336	0.0171	0.0053	0.0223	0.0173	0.03	0.0053	0.0489	0.0453	0.0489	0.0209	0.0191	0.0471	0.0191	0.0068
chrX	5437099	5437275	chrX:5437100-5437275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0179	0.0138	0.025	0.0146	0.0074	0.016	0.0151	0.022	0.0074	0.026	0.0367	0.026	0.0178	0.0145	0.04	0.0145	0.0042
chrX	5439892	5440055	chrX:5439893-5440055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0162	0.019	0.0145	0.0042	0.017	0.0264	0.0187	0.0042	0.0127	0.0154	0.0127	0.0116	0.0031	0.0058	0.0031	0.0073
chrX	5441215	5441366	chrX:5441216-5441366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0098	0.0085	0.0166	0.0039	0.0032	0.0126	0.0125	0.0067	0.0032	0.032	0.0167	0.032	0.0108	0.0031	0.0064	0.0031	0.0036
chrX	5445066	5445221	chrX:5445067-5445221	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0494	0.0278	0.0074	0.0297	0.0529	0.0601	0.0759	0.0297	0.0284	0.0325	0.0284	0.0101	0.0046	0.0071	0.0046	0.0036
chrX	5446684	5446879	chrX:5446685-5446879	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0229	0.0193	0.0117	0.0117	0.0238	0.0264	0.0386	0.0117	0.0169	0.0193	0.0169	0.007	0.0038	0.0123	0.0038	0.0036
chrX	5454647	5454857	chrX:5454648-5454857	FBgn0263512	Vsx2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2314	0.1892	0.2846	0.22	0.1368	0.2466	0.1804	0.2712	0.1368	0.3617	0.3109	0.3617	0.2579	0.2221	0.236	0.2221	0.2329
chrX	5457542	5457693	chrX:5457543-5457693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0257	0.0206	0.012	0.0106	0.0252	0.0346	0.0386	0.0106	0.0193	0.0145	0.0193	0.0077	0.0046	0.0045	0.0046	0.0031
chrX	5458316	5458548	chrX:5458317-5458548	distal	distal	none	none	VT57339.1	VT57339.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0348	0.0356	0.0456	0.0221	0.0117	0.0485	0.0372	0.056	0.0117	0.0465	0.037	0.0465	0.0209	0.0107	0.0135	0.0107	0.0089
chrX	5462965	5463116	chrX:5462966-5463116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0115	0.0202	0.0104	0.0029	0.0085	0.0184	0.0186	0.0446	0.0085	0.0193	0.0109	0.0193	0.0031	0.0031	0.0013	0.0031	0.0031
chrX	5467551	5467702	chrX:5467552-5467702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0141	0.0108	0.0102	0.0011	0.0136	0.0203	0.024	0.0011	0.0139	0.008	0.0139	0.0046	8e-04	0.0052	8e-04	0.0036
chrX	5473383	5473548	chrX:5473384-5473548	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0187	0.0292	0.0249	0.0042	0.0243	0.0225	0.0266	0.0042	0.0344	0.0286	0.0344	0.0101	0.0046	0.0097	0.0046	0.0078
chrX	5473692	5473874	chrX:5473693-5473874	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0797	0.0697	0.1037	0.0648	0.0371	0.0908	0.0649	0.1119	0.0371	0.131	0.0968	0.131	0.0511	0.0383	0.0277	0.0383	0.0459
chrX	5481286	5481437	chrX:5481287-5481437	distal	distal	none	none	VT57351.1	VT57351.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0082	0.0124	0.0142	0.0032	0.0107	0.0099	0.0113	0.0032	0.0193	0.008	0.0193	0.0031	0.0069	0.0058	0.0069	0.0099
chrX	5482001	5482152	chrX:5482002-5482152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.013	0.0148	0.0162	0.0072	0.0042	0.0165	0.0221	0.0187	0.0042	0.0411	0.0093	0.0411	0.0077	0.0023	0.0071	0.0023	0.0078
chrX	5482595	5482746	chrX:5482596-5482746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0127	0.0122	0.0185	0.0074	0.0165	0.0156	0.0153	0.0074	0.0199	0.0074	0.0199	0.0077	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chrX	5483906	5484074	chrX:5483907-5484074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0206	0.0209	0.0348	0.0046	0.0053	0.0296	0.0195	0.034	0.0053	0.058	0.0434	0.058	0.0139	0.0054	0.009	0.0054	0.0026
chrX	5487987	5488183	chrX:5487988-5488183	FBgn0263511	Vsx1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1531	0.1292	0.2006	0.1276	0.0891	0.1563	0.144	0.1832	0.0891	0.2941	0.2177	0.2941	0.1387	0.1516	0.118	0.1516	0.135
chrX	5488380	5488541	chrX:5488381-5488541	FBgn0263511	Vsx1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0231	0.0283	0.0194	0.0053	0.0282	0.032	0.0293	0.0053	0.0386	0.0334	0.0386	0.0132	0.0214	0.0219	0.0214	0.0156
chrX	5490523	5490818	chrX:5490524-5490818	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0865	0.0464	0.0117	0.0318	0.1383	0.0683	0.1379	0.0318	0.0568	0.0611	0.0568	0.0294	0.0092	0.0135	0.0092	0.013
chrX	5491196	5491523	chrX:5491197-5491523	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0364	0.0581	0.0383	0.0102	0.018	0.082	0.0376	0.1179	0.018	0.0447	0.0547	0.0447	0.0194	0.0077	0.0123	0.0077	0.0042
chrX	5491633	5491784	chrX:5491634-5491784	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0212	0.0318	0.0239	0.0065	0.0106	0.0398	0.0255	0.0646	0.0106	0.0248	0.0341	0.0248	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0042
chrX	5492887	5493141	chrX:5492888-5493141	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT57358.1	VT57358.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0306	0.0277	0.0506	0.0118	0.0085	0.0456	0.026	0.0366	0.0085	0.0996	0.0563	0.0996	0.0232	0.0222	0.0174	0.0222	0.0057
chrX	5494253	5494538	chrX:5494254-5494538	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT57358.1	VT57358.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0364	0.0472	0.0355	0.0253	0.0329	0.0587	0.0549	0.0613	0.0329	0.029	0.0299	0.029	0.0124	0.0092	0.0129	0.0092	0.0115
chrX	5496053	5496204	chrX:5496054-5496204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0098	0.0076	0.0095	0.0032	0.0126	0.0091	0.0187	0.0032	0.0091	0.0058	0.0091	0.0054	0.0038	0.0052	0.0038	0.0026
chrX	5496413	5496564	chrX:5496414-5496564	distal	distal	stage14	stage14	VT57360.1	VT57360.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0054	0.0067	0.024	0.0011	0.0087	0.0052	0.0073	0.0011	0.0042	0.0071	0.0042	0.0046	0.0054	0.0013	0.0054	0.0047
chrX	5498678	5498829	chrX:5498679-5498829	distal	distal	none	none	VT57361.1	VT57361.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0178	0.0198	0.0211	0.012	0.0117	0.0218	0.026	0.0273	0.0117	0.0157	0.0203	0.0157	0.017	0.0214	0.0077	0.0214	0.0151
chrX	5499301	5499452	chrX:5499302-5499452	distal	distal	none	none	VT57361.1	VT57361.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0165	0.0269	0.0154	0.0061	0.0233	0.0238	0.029	0.0506	0.0233	0.0169	0.0161	0.0169	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0031
chrX	5499460	5499611	chrX:5499461-5499611	distal	distal	none	none	VT57361.1	VT57361.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0165	0.0264	0.0164	0.0057	0.0212	0.0267	0.0268	0.0486	0.0212	0.0205	0.0186	0.0205	0.0046	0.0031	0.0052	0.0031	0.0036
chrX	5501821	5502002	chrX:5501822-5502002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0305	0.0194	0.011	0.0148	0.0398	0.0385	0.038	0.0148	0.0187	0.0238	0.0187	0.017	0.0176	0.0097	0.0176	0.0104
chrX	5504424	5504575	chrX:5504425-5504575	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.007	0.0041	0.0072	0.01	0.0011	0.0049	0.0052	0.006	0.0011	0.0042	0.0061	0.0042	0.0039	0.0046	0.0026	0.0046	0.0026
chrX	5506777	5506928	chrX:5506778-5506928	distal	distal	none	none	VT57365.1	VT57365.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0324	0.0388	0.0266	0.017	0.0383	0.0389	0.0446	0.017	0.055	0.0379	0.055	0.0387	0.0329	0.0258	0.0329	0.0276
chrX	5507161	5507373	chrX:5507162-5507373	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT57365.1	VT57365.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0637	0.0895	0.0667	0.0435	0.0646	0.0787	0.0926	0.0435	0.1117	0.0987	0.1117	0.0775	0.0727	0.0754	0.0727	0.073
chrX	5507477	5507636	chrX:5507478-5507636	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT57365.1	VT57365.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0236	0.0429	0.0246	0.0138	0.0223	0.032	0.0306	0.0138	0.0501	0.0489	0.0501	0.0364	0.0222	0.0309	0.0222	0.0271
chrX	5512776	5512931	chrX:5512777-5512931	FBgn0029778	RhoGAP5A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0341	0.0233	0.0391	0.0407	0.0127	0.0291	0.0234	0.0393	0.0127	0.0326	0.0424	0.0326	0.0604	0.0597	0.0426	0.0597	0.0516
chrX	5516056	5516427	chrX:5516057-5516427	FBgn0004687,FBgn0026702,FBgn0263631	Mlc-c,l(1)G0045,mir-3645	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.135	0.1066	0.1619	0.1372	0.053	0.149	0.122	0.1299	0.053	0.1878	0.1746	0.1878	0.196	0.1631	0.1528	0.1631	0.197
chrX	5516519	5516694	chrX:5516520-5516694	FBgn0004687,FBgn0026702,FBgn0263631	Mlc-c,l(1)G0045,mir-3645	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1265	0.1053	0.1584	0.1153	0.0668	0.1325	0.1142	0.1479	0.0668	0.2059	0.1646	0.2059	0.1611	0.1348	0.1154	0.1348	0.135
chrX	5530349	5530500	chrX:5530350-5530500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0229	0.0326	0.0142	0.0106	0.0252	0.0303	0.0313	0.0106	0.0495	0.0315	0.0495	0.0178	0.0314	0.0032	0.0314	0.0063
chrX	5530652	5531140	chrX:5530653-5531140	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1055	0.0751	0.1467	0.0943	0.0276	0.1165	0.0666	0.1113	0.0276	0.2295	0.1302	0.2295	0.0627	0.1547	0.0348	0.1547	0.0479
chrX	5531651	5531837	chrX:5531652-5531837	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0596	0.0513	0.0787	0.0479	0.0286	0.0694	0.0506	0.0779	0.0286	0.1014	0.0704	0.1014	0.0225	0.0245	0.0187	0.0245	0.012
chrX	5532619	5532770	chrX:5532620-5532770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0116	0.0221	0.0326	0.0032	0.0131	0.0147	0.0187	0.0032	0.0205	0.0138	0.0205	0.0077	0.0061	0.009	0.0061	0.0099
chrX	5532875	5533141	chrX:5532876-5533141	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0551	0.0386	0.0648	0.0628	0.0117	0.0612	0.0359	0.0526	0.0117	0.0664	0.0395	0.0664	0.0232	0.0145	0.02	0.0145	0.0156
chrX	5533409	5533560	chrX:5533410-5533560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0108	0.0192	0.023	0.0053	0.0117	0.0169	0.0127	0.0053	0.0115	0.0125	0.0115	0.0039	0.0069	0.0058	0.0069	0.0047
chrX	5540613	5540764	chrX:5540614-5540764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0082	0.0185	0.0233	0.0032	0.0053	0.0169	0.008	0.0032	0.0139	0.0096	0.0139	0.0124	0.0115	0.0103	0.0115	0.0151
chrX	5540795	5540946	chrX:5540796-5540946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0081	0.023	0.022	0.0021	0.0102	0.0151	0.004	0.0021	0.0163	0.0113	0.0163	0.0108	0.01	0.009	0.01	0.0109
chrX	5541188	5541339	chrX:5541189-5541339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0098	0.0168	0.0091	0.0032	0.0092	0.0151	0.0133	0.0032	0.0169	0.0177	0.0169	0.0054	0.0061	0.009	0.0061	0.0042
chrX	5542302	5542453	chrX:5542303-5542453	FBgn0259994	CG42492	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0184	0.014	0.0201	0.0216	0.0064	0.0092	0.026	0.0153	0.0064	0.0139	0.0177	0.0139	0.0209	0.0084	0.0123	0.0084	0.013
chrX	5542530	5542719	chrX:5542531-5542719	FBgn0259994	CG42492	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.046	0.0257	0.0504	0.0638	0.018	0.0252	0.0372	0.03	0.018	0.0465	0.0495	0.0465	0.0519	0.0574	0.0451	0.0574	0.0427
chrX	5542886	5543037	chrX:5542887-5543037	FBgn0259994	CG42492	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0083	0.015	0.0219	0.0064	0.0092	0.0112	0.0107	0.0064	0.0115	0.017	0.0115	0.0108	0.0107	0.0187	0.0107	0.0104
chrX	5543343	5543625	chrX:5543344-5543625	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0158	0.0209	0.0522	0.0053	0.015	0.0234	0.0233	0.0053	0.0151	0.019	0.0151	0.0101	0.01	0.0135	0.01	0.013
chrX	5544027	5544190	chrX:5544028-5544190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0217	0.0156	0.0274	0.0223	0.0095	0.015	0.0169	0.0293	0.0095	0.0175	0.0325	0.0175	0.007	0.0084	0.0116	0.0084	0.0068
chrX	5556068	5556219	chrX:5556069-5556219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0242	0.0178	0.0245	0.0311	0.0053	0.0194	0.026	0.024	0.0053	0.0278	0.0232	0.0278	0.0085	0.0107	0.0084	0.0107	0.013
chrX	5556382	5556553	chrX:5556383-5556553	FBgn0259150	CG42265	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0156	0.0264	0.0398	0.0021	0.0204	0.0221	0.0193	0.0021	0.0302	0.0219	0.0302	0.0116	0.0191	0.0142	0.0191	0.0104
chrX	5556867	5557100	chrX:5556868-5557100	FBgn0259150	CG42265	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0646	0.0459	0.0632	0.087	0.0223	0.0549	0.0558	0.0626	0.0223	0.0942	0.0524	0.0942	0.0519	0.0896	0.0542	0.0896	0.0646
chrX	5558353	5558504	chrX:5558354-5558504	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.015	0.0187	0.0281	0.0085	0.0126	0.0212	0.0227	0.0085	0.0254	0.0154	0.0254	0.0155	0.0191	0.0077	0.0191	0.0125
chrX	5559943	5560129	chrX:5559944-5560129	FBgn0028474,FBgn0029783	CG4119,Sirt4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.151	0.1249	0.1876	0.14	0.0764	0.1709	0.1423	0.1519	0.0764	0.2385	0.2061	0.2385	0.1681	0.1547	0.1464	0.1547	0.161
chrX	5560213	5560381	chrX:5560214-5560381	FBgn0028474,FBgn0029783	CG4119,Sirt4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0902	0.068	0.1156	0.087	0.0435	0.0859	0.0766	0.0966	0.0435	0.1431	0.1241	0.1431	0.1084	0.0942	0.0806	0.0942	0.1105
chrX	5565762	5565946	chrX:5565763-5565946	FBgn0015794	Rab-RP4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1503	0.1228	0.1798	0.1486	0.0806	0.151	0.1397	0.1639	0.0806	0.2138	0.1884	0.2138	0.2068	0.1547	0.1464	0.1547	0.1793
chrX	5566404	5566580	chrX:5566405-5566580	FBgn0029785	RpL35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1387	0.1218	0.1713	0.1217	0.0859	0.1379	0.1436	0.1659	0.0859	0.2083	0.1862	0.2083	0.1611	0.1279	0.1315	0.1279	0.1428
chrX	5566659	5566837	chrX:5566660-5566837	FBgn0029785	RpL35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1397	0.1205	0.1794	0.1175	0.0764	0.1335	0.1548	0.1572	0.0764	0.224	0.1945	0.224	0.1689	0.1256	0.118	0.1256	0.1527
chrX	5567740	5567891	chrX:5567741-5567891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0318	0.0381	0.0357	0.0203	0.0138	0.0427	0.0497	0.056	0.0138	0.0405	0.0392	0.0405	0.0465	0.0191	0.0206	0.0191	0.0344
chrX	5568007	5568158	chrX:5568008-5568158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0381	0.0486	0.0411	0.023	0.0223	0.0447	0.0675	0.0733	0.0223	0.055	0.0463	0.055	0.0395	0.0214	0.0193	0.0214	0.0443
chrX	5568788	5568939	chrX:5568789-5568939	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.029	0.0371	0.0335	0.0149	0.0297	0.0306	0.0619	0.0366	0.0297	0.0447	0.0305	0.0447	0.0488	0.0161	0.0142	0.0161	0.0261
chrX	5571058	5571267	chrX:5571059-5571267	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0435	0.0297	0.0489	0.0531	0.0138	0.0374	0.0411	0.03	0.0138	0.0543	0.0408	0.0543	0.0999	0.0222	0.0406	0.0222	0.1344
chrX	5571733	5572198	chrX:5571734-5572198	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0837	0.0511	0.1074	0.0941	0.0233	0.0694	0.0606	0.0593	0.0233	0.1437	0.1039	0.1437	0.1642	0.085	0.1296	0.085	0.1542
chrX	5572723	5572874	chrX:5572724-5572874	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0344	0.0223	0.0428	0.0387	0.0095	0.0301	0.0251	0.0293	0.0095	0.0423	0.0431	0.0423	0.0596	0.0245	0.0419	0.0245	0.0662
chrX	5572889	5573040	chrX:5572890-5573040	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0325	0.0191	0.0414	0.0379	0.0095	0.0262	0.0173	0.0293	0.0095	0.0411	0.0412	0.0411	0.0426	0.023	0.0368	0.023	0.0516
chrX	5573350	5573648	chrX:5573351-5573648	FBgn0046687	Tre1	stage11,stage14,stage5	none	Tre_short_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1191	0.1305	0.1371	0.0868	0.105	0.149	0.1354	0.1999	0.105	0.1564	0.1543	0.1564	0.0852	0.0689	0.0909	0.0689	0.0902
chrX	5573918	5574113	chrX:5573919-5574113	FBgn0046687	Tre1	stage11,stage14,stage5	none	Tre_short_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1538	0.1543	0.1934	0.1097	0.1177	0.1913	0.1674	0.2059	0.1177	0.2216	0.2312	0.2216	0.1634	0.0858	0.1464	0.0858	0.1584
chrX	5574324	5574475	chrX:5574325-5574475	FBgn0003747,FBgn0046687	Gr5a,Tre1	none	none	Tre_short_promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0367	0.0323	0.0511	0.0258	0.0244	0.0451	0.0337	0.04	0.0244	0.0616	0.0585	0.0616	0.055	0.0207	0.0316	0.0207	0.0375
chrX	5583447	5583621	chrX:5583448-5583621	FBgn0000394,FBgn0029789	CG3160,cv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1228	0.1027	0.1632	0.101	0.0764	0.1223	0.1133	0.1472	0.0764	0.1969	0.1913	0.1969	0.1588	0.1263	0.1154	0.1263	0.1261
chrX	5583933	5584129	chrX:5583934-5584129	FBgn0000394,FBgn0029789	CG3160,cv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1549	0.1388	0.2117	0.1107	0.1177	0.1495	0.1596	0.1939	0.1177	0.2228	0.2617	0.2228	0.2068	0.0972	0.1831	0.0972	0.149
chrX	5584180	5584556	chrX:5584181-5584556	FBgn0000394	cv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1858	0.1863	0.2386	0.1273	0.1442	0.2155	0.1985	0.2685	0.1442	0.2524	0.3071	0.2524	0.2138	0.0743	0.2411	0.0743	0.1615
chrX	5584690	5584867	chrX:5584691-5584867	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0485	0.1043	0.0606	0.0233	0.0723	0.0433	0.0686	0.0233	0.1304	0.1286	0.1304	0.1038	0.0467	0.1012	0.0467	0.0943
chrX	5585122	5585299	chrX:5585123-5585299	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0857	0.0623	0.1207	0.0734	0.0286	0.0883	0.0683	0.0786	0.0286	0.122	0.1572	0.122	0.1425	0.0391	0.1283	0.0391	0.1146
chrX	5588949	5589100	chrX:5588950-5589100	FBgn0027564	CG3149	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0497	0.0494	0.0608	0.0379	0.0361	0.0602	0.0558	0.066	0.0361	0.0598	0.0817	0.0598	0.0558	0.0398	0.0432	0.0398	0.0453
chrX	5589168	5589352	chrX:5589169-5589352	FBgn0027564	CG3149	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0941	0.1311	0.0844	0.0679	0.1087	0.1073	0.1366	0.0679	0.1588	0.1556	0.1588	0.1247	0.0972	0.1025	0.0972	0.1073
chrX	5589873	5590123	chrX:5589874-5590123	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1046	0.0603	0.1689	0.0834	0.018	0.0981	0.0515	0.0886	0.018	0.2754	0.209	0.2754	0.1069	0.1539	0.1328	0.1539	0.0745
chrX	5590292	5590480	chrX:5590293-5590480	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0853	0.053	0.1299	0.0724	0.0212	0.0879	0.0437	0.0706	0.0212	0.1993	0.1633	0.1993	0.093	0.1049	0.1277	0.1049	0.0756
chrX	5590622	5590803	chrX:5590623-5590803	FBgn0261927	CG42794	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.108	0.0664	0.1556	0.1024	0.0265	0.1126	0.0545	0.0906	0.0265	0.2409	0.174	0.2409	0.1541	0.1646	0.1373	0.1646	0.1298
chrX	5590933	5591125	chrX:5590934-5591125	FBgn0261927	CG42794	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0637	0.0277	0.0992	0.0649	0.0064	0.0519	0.0208	0.0373	0.0064	0.1679	0.1077	0.1679	0.0922	0.1378	0.0658	0.1378	0.0761
chrX	5592112	5592294	chrX:5592113-5592294	FBgn0029791	CG4096	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0963	0.1077	0.1293	0.0475	0.0764	0.118	0.1129	0.1686	0.0764	0.119	0.2003	0.119	0.0728	0.0398	0.127	0.0398	0.0255
chrX	5592490	5592699	chrX:5592491-5592699	FBgn0029791	CG4096	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1098	0.1284	0.1406	0.0551	0.0976	0.1539	0.1324	0.1879	0.0976	0.1745	0.1839	0.1745	0.0999	0.072	0.107	0.072	0.0485
chrX	5592926	5593077	chrX:5592927-5593077	FBgn0029791	CG4096	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0202	0.0319	0.0193	0.0081	0.018	0.0233	0.0523	0.042	0.018	0.0205	0.026	0.0205	0.0139	0.0092	0.0168	0.0092	0.0047
chrX	5593964	5594183	chrX:5593965-5594183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.027	0.0079	0.0212	0.0547	0.0021	0.0131	0.0074	0.0113	0.0021	0.0284	0.0215	0.0284	0.0287	0.1417	0.0509	0.1417	0.0532
chrX	5594438	5594589	chrX:5594439-5594589	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.0081	0.0154	0.0408	0	0.0121	0.0121	0.008	0	0.0211	0.018	0.0211	0.0201	0.1194	0.04	0.1194	0.0255
chrX	5599685	5599836	chrX:5599686-5599836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0133	0.0095	0.0118	0.0194	0.0021	0.0097	0.0143	0.0127	0.0021	0.0115	0.0145	0.0115	0.0132	0.0123	0.029	0.0123	0.0365
chrX	5607567	5607718	chrX:5607568-5607718	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0117	0.0054	0.0094	0.0212	0.0011	0.0034	0.0121	0.0033	0.0011	0.0133	0.0087	0.0133	0.0139	0.0077	0.0077	0.0077	0.0636
chrX	5610078	5610229	chrX:5610079-5610229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0215	0.0246	0.0193	0.0205	0.0117	0.0252	0.035	0.0333	0.0117	0.0205	0.0232	0.0205	0.0225	0.0222	0.0239	0.0222	0.0349
chrX	5617239	5617390	chrX:5617240-5617390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.018	0.0202	0.0194	0.0139	0.0074	0.016	0.0294	0.034	0.0074	0.0181	0.0251	0.0181	0.0225	0.0123	0.0264	0.0123	0.0146
chrX	5617445	5617596	chrX:5617446-5617596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0157	0.016	0.0175	0.0134	0.0042	0.0136	0.0238	0.0266	0.0042	0.0223	0.0193	0.0223	0.0163	0.013	0.0239	0.013	0.0156
chrX	5618425	5618576	chrX:5618426-5618576	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0085	0.014	0.0177	0.0021	0.0083	0.0134	0.01	0.0021	0.0103	0.0238	0.0103	0.0116	0.0222	0.0464	0.0222	0.0073
chrX	5619618	5619769	chrX:5619619-5619769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.013	0.0157	0.0169	0.0032	0.015	0.0182	0.0173	0.0032	0.0199	0.0164	0.0199	0.0178	0.013	0.0322	0.013	0.0099
chrX	5629645	5629796	chrX:5629646-5629796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0225	0.0182	0.0209	0.029	0.0159	0.0175	0.0229	0.0247	0.0159	0.0199	0.0215	0.0199	0.0302	0.013	0.0226	0.013	0.0631
chrX	5630457	5630608	chrX:5630458-5630608	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0136	0.0213	0.0231	0.0021	0.0184	0.0195	0.014	0.0021	0.0223	0.0228	0.0223	0.0287	0.0123	0.0187	0.0123	0.0229
chrX	5631396	5631647	chrX:5631397-5631647	FBgn0052758	CG32758	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0409	0.0919	0.0817	0.0212	0.0583	0.0394	0.0613	0.0212	0.122	0.0878	0.122	0.0945	0.0697	0.0567	0.0697	0.1016
chrX	5631651	5631828	chrX:5631652-5631828	FBgn0052758	CG32758	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0976	0.0756	0.1282	0.0886	0.0467	0.0971	0.0804	0.1119	0.0467	0.1739	0.1347	0.1739	0.127	0.1034	0.0858	0.1034	0.1053
chrX	5631944	5632136	chrX:5631945-5632136	FBgn0052758	CG32758	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2112	0.1778	0.2645	0.1899	0.1379	0.2301	0.1912	0.2285	0.1379	0.3321	0.2797	0.3321	0.2595	0.2075	0.1954	0.2075	0.2178
chrX	5632423	5632685	chrX:5632424-5632685	FBgn0052758	CG32758	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0583	0.0461	0.0727	0.0563	0.0201	0.0612	0.0549	0.058	0.0201	0.0761	0.0768	0.0761	0.093	0.0597	0.0587	0.0597	0.0709
chrX	5638473	5638783	chrX:5638474-5638783	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1302	0.1122	0.1764	0.0996	0.0668	0.1432	0.1103	0.1752	0.0668	0.2101	0.2129	0.2101	0.2045	0.144	0.1509	0.144	0.1042
chrX	5639084	5639282	chrX:5639085-5639282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1068	0.0436	0.156	0.1235	0.018	0.0704	0.045	0.0506	0.018	0.1884	0.1923	0.1884	0.1557	0.1907	0.1638	0.1907	0.1292
chrX	5639579	5639764	chrX:5639580-5639764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1157	0.0525	0.1713	0.1253	0.0191	0.084	0.0528	0.0626	0.0191	0.2077	0.1865	0.2077	0.1766	0.1807	0.1593	0.1807	0.1454
chrX	5639816	5640010	chrX:5639817-5640010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0869	0.0533	0.1176	0.0905	0.0308	0.0791	0.0545	0.0693	0.0308	0.1383	0.1164	0.1383	0.141	0.1233	0.1096	0.1233	0.1058
chrX	5640075	5640265	chrX:5640076-5640265	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0992	0.0646	0.1246	0.11	0.0403	0.0922	0.0731	0.0746	0.0403	0.1407	0.1347	0.1407	0.1332	0.1394	0.1225	0.1394	0.1235
chrX	5640464	5640657	chrX:5640465-5640657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1083	0.0729	0.132	0.122	0.0403	0.1019	0.0787	0.0913	0.0403	0.1516	0.1447	0.1516	0.1317	0.134	0.1193	0.134	0.1459
chrX	5640959	5641316	chrX:5640960-5641316	FBgn0029798,FBgn0261383	CG4078,IntS6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3344	0.2894	0.3975	0.3154	0.2142	0.3636	0.3019	0.3884	0.2142	0.4897	0.4248	0.4897	0.3834	0.3178	0.3301	0.3178	0.3601
chrX	5641467	5641669	chrX:5641468-5641669	FBgn0029798,FBgn0261383	CG4078,IntS6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1269	0.1063	0.1591	0.1146	0.071	0.1393	0.1168	0.1352	0.071	0.1969	0.1814	0.1969	0.165	0.1355	0.1309	0.1355	0.1376
chrX	5641717	5641900	chrX:5641718-5641900	FBgn0029798,FBgn0261383	CG4078,IntS6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1292	0.1155	0.1574	0.1135	0.088	0.1447	0.128	0.1506	0.088	0.2089	0.172	0.2089	0.1603	0.134	0.1186	0.134	0.1417
chrX	5648483	5648634	chrX:5648484-5648634	FBgn0029800	lin-52	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0388	0.0336	0.0496	0.0327	0.0265	0.0461	0.035	0.042	0.0265	0.0622	0.0518	0.0622	0.0558	0.0352	0.0374	0.0352	0.0438
chrX	5648680	5648855	chrX:5648681-5648855	FBgn0029800	lin-52	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0527	0.0734	0.049	0.0403	0.0573	0.0627	0.0726	0.0403	0.0882	0.0865	0.0882	0.0558	0.0475	0.0561	0.0475	0.062
chrX	5648946	5649144	chrX:5648947-5649144	FBgn0029800	lin-52	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1654	0.1437	0.2008	0.1508	0.0923	0.1913	0.1626	0.1785	0.0923	0.2373	0.2322	0.2373	0.1836	0.1562	0.147	0.1562	0.173
chrX	5649239	5649420	chrX:5649240-5649420	FBgn0029800,FBgn0029801	CG15771,lin-52	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1974	0.141	0.2541	0.1984	0.0785	0.2194	0.1254	0.1885	0.0785	0.317	0.2807	0.317	0.2448	0.2152	0.2192	0.2152	0.2236
chrX	5649546	5649789	chrX:5649547-5649789	FBgn0029801	CG15771	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1591	0.0733	0.2184	0.1899	0.0212	0.1277	0.0644	0.0913	0.0212	0.2699	0.2434	0.2699	0.2502	0.2412	0.2115	0.2412	0.2121
chrX	5650313	5650478	chrX:5650314-5650478	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0329	0.0193	0.0374	0.043	0.0074	0.0354	0.0195	0.0193	0.0074	0.0405	0.0344	0.0405	0.0751	0.0597	0.0445	0.0597	0.0505
chrX	5657571	5657771	chrX:5657572-5657771	FBgn0013987	MAPk-Ak2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0973	0.0852	0.1198	0.0861	0.0573	0.1053	0.0995	0.1113	0.0573	0.1383	0.1331	0.1383	0.1177	0.0988	0.0993	0.0988	0.1016
chrX	5657807	5658021	chrX:5657808-5658021	FBgn0013987	MAPk-Ak2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.139	0.1167	0.1801	0.1188	0.0679	0.1602	0.1211	0.1579	0.0679	0.2041	0.2051	0.2041	0.1828	0.1172	0.1451	0.1172	0.1522
chrX	5658129	5658361	chrX:5658130-5658361	FBgn0013987,FBgn0261610	CG42699,MAPk-Ak2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1982	0.1757	0.2367	0.1812	0.1273	0.2165	0.1881	0.2405	0.1273	0.2959	0.2582	0.2959	0.2339	0.2006	0.1863	0.2006	0.2157
chrX	5658490	5658687	chrX:5658491-5658687	FBgn0013987,FBgn0261610	CG42699,MAPk-Ak2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1485	0.1165	0.1849	0.1441	0.071	0.1505	0.1198	0.1712	0.071	0.2295	0.2032	0.2295	0.1673	0.1692	0.1425	0.1692	0.1522
chrX	5658758	5658909	chrX:5658759-5658909	FBgn0261610	CG42699	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.047	0.0323	0.0588	0.0506	0.0127	0.0466	0.0337	0.0453	0.0127	0.0767	0.0662	0.0767	0.0519	0.0919	0.0503	0.0919	0.0526
chrX	5663108	5663279	chrX:5663109-5663279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0162	0.0617	0.0258	0.0053	0.0228	0.0151	0.0273	0.0053	0.0471	0.1077	0.0471	0.0403	0.0138	0.0703	0.0138	0.0198
chrX	5664449	5664600	chrX:5664450-5664600	FBgn0029804	CG3097	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0328	0.0328	0.0388	0.0263	0.0191	0.0417	0.0368	0.0426	0.0191	0.0537	0.0466	0.0537	0.0426	0.0345	0.0303	0.0345	0.0433
chrX	5664861	5665099	chrX:5664862-5665099	FBgn0029804	CG3097	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1573	0.1208	0.2192	0.1303	0.0753	0.1874	0.1064	0.1592	0.0753	0.3309	0.2711	0.3309	0.1627	0.193	0.1754	0.193	0.1824
chrX	5666573	5666737	chrX:5666574-5666737	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0184	0.008	0.0154	0.0334	0.0021	0.0087	0.0099	0.0127	0.0021	0.0103	0.0209	0.0103	0.0279	0.0253	0.069	0.0253	0.0433
chrX	5666861	5667039	chrX:5666862-5667039	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0303	0.0133	0.0313	0.048	0.0053	0.0146	0.0182	0.018	0.0053	0.0284	0.0363	0.0284	0.055	0.0505	0.0858	0.0505	0.0677
chrX	5670790	5670941	chrX:5670791-5670941	FBgn0259149	CG42264	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.0106	0.0114	0.0127	0.0053	0.0126	0.0151	0.012	0.0053	0.0085	0.0183	0.0085	0.0077	0.01	0.0316	0.01	0.0104
chrX	5675763	5675914	chrX:5675764-5675914	FBgn0029807	CG3108	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.0086	0.0171	0.0132	0.0032	0.0058	0.0151	0.0127	0.0032	0.0163	0.0257	0.0163	0.0124	0.0046	0.0393	0.0046	0.0073
chrX	5677690	5677841	chrX:5677691-5677841	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0168	0.0171	0.0149	0.0074	0.0194	0.0234	0.0207	0.0074	0.0115	0.0235	0.0115	0.0132	0.0069	0.0451	0.0069	0.0063
chrX	5678021	5678172	chrX:5678022-5678172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0128	0.015	0.0156	0.0064	0.0155	0.0177	0.0153	0.0064	0.0097	0.0225	0.0097	0.0147	0.0031	0.0509	0.0031	0.0083
chrX	5687211	5687362	chrX:5687212-5687362	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0158	0.0246	0.0169	0.0047	0.0148	0.0291	0.0281	0.0326	0.0148	0.0284	0.0164	0.0284	0.0124	0.0061	0.0058	0.0061	0.0047
chrX	5694917	5695068	chrX:5694918-5695068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0091	0.0103	0.0127	0.0038	0.0042	0.0165	0.0125	0.0093	0.0042	0.0121	0.0087	0.0121	0.0093	0.0046	0.0026	0.0046	0.0042
chrX	5709861	5710012	chrX:5709862-5710012	FBgn0029813	CG15766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0118	0.0062	0.0114	0.0184	0.0021	0.0073	0.0099	0.006	0.0021	0.0115	0.0106	0.0115	0.0194	0.0184	0.0161	0.0184	0.0339
chrX	5712597	5712748	chrX:5712598-5712748	FBgn0029814	CG15765	none	none	VT57463.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0061	0.0072	0.0167	0.0032	0.0049	0.0112	0.0067	0.0032	0.006	0.0074	0.006	0.0039	0	0.0026	0	0.001
chrX	5760039	5760253	chrX:5760040-5760253	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0294	0.0265	0.0141	0.017	0.0388	0.0355	0.0366	0.017	0.0211	0.0267	0.0211	0.0279	0.0084	0.0161	0.0084	0.0083
chrX	5767286	5767463	chrX:5767287-5767463	FBgn0029818	CG3033	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0784	0.1003	0.061	0.0488	0.0966	0.0874	0.1113	0.0488	0.128	0.1029	0.128	0.1007	0.0704	0.0496	0.0704	0.0776
chrX	5767674	5767932	chrX:5767675-5767932	FBgn0029818	CG3033	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0456	0.0557	0.034	0.0201	0.0563	0.0541	0.0653	0.0201	0.0646	0.0614	0.0646	0.0589	0.0421	0.0297	0.0421	0.0459
chrX	5770798	5770973	chrX:5770799-5770973	FBgn0014340	mof	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0884	0.1129	0.0792	0.052	0.1087	0.1047	0.1153	0.052	0.1322	0.1203	0.1322	0.1185	0.0873	0.0812	0.0873	0.087
chrX	5773557	5773745	chrX:5773558-5773745	FBgn0029819,FBgn0029820	CG16721,CG3016	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1233	0.1081	0.151	0.11	0.0742	0.1432	0.1194	0.1379	0.0742	0.2005	0.1662	0.2005	0.1247	0.1141	0.1154	0.1141	0.1329
chrX	5773803	5773965	chrX:5773804-5773965	FBgn0029819,FBgn0029820	CG16721,CG3016	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1432	0.1256	0.175	0.1278	0.0785	0.1612	0.1388	0.1699	0.0785	0.2331	0.1939	0.2331	0.1487	0.1371	0.1373	0.1371	0.1527
chrX	5774136	5774387	chrX:5774137-5774387	FBgn0029819,FBgn0029820	CG16721,CG3016	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1492	0.1422	0.1792	0.1242	0.0965	0.1607	0.157	0.2132	0.0965	0.2355	0.2006	0.2355	0.1727	0.1455	0.127	0.1455	0.1433
chrX	5774481	5774656	chrX:5774482-5774656	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1131	0.0911	0.1494	0.0978	0.0392	0.1131	0.0934	0.1459	0.0392	0.1944	0.1711	0.1944	0.1611	0.1118	0.1083	0.1118	0.1152
chrX	5777524	5777698	chrX:5777525-5777698	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0794	0.1179	0.0838	0.0276	0.0961	0.0982	0.1099	0.0276	0.1316	0.1379	0.1316	0.1115	0.0934	0.0909	0.0934	0.0922
chrX	5778910	5779061	chrX:5778911-5779061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0432	0.0446	0.044	0.0407	0.0361	0.0495	0.0515	0.0593	0.0361	0.0314	0.0469	0.0314	0.0511	0.036	0.0329	0.036	0.0459
chrX	5779727	5779916	chrX:5779728-5779916	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0908	0.0963	0.0871	0.0886	0.0647	0.1015	0.1241	0.1286	0.0647	0.0809	0.0736	0.0809	0.0651	0.0919	0.0496	0.0919	0.0646
chrX	5780253	5780427	chrX:5780254-5780427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0561	0.0293	0.0542	0.0883	0.0148	0.0466	0.0307	0.032	0.0148	0.0713	0.0482	0.0713	0.062	0.1187	0.0445	0.1187	0.1136
chrX	5780948	5781194	chrX:5780949-5781194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.133	0.08	0.1435	0.1806	0.0467	0.1034	0.0921	0.0959	0.0467	0.1268	0.1569	0.1268	0.1983	0.1983	0.1844	0.1983	0.2345
chrX	5781355	5781588	chrX:5781356-5781588	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0699	0.0456	0.0883	0.0769	0.0308	0.0466	0.0705	0.0413	0.0308	0.0628	0.126	0.0628	0.0821	0.1126	0.0864	0.1126	0.0974
chrX	5781607	5781791	chrX:5781608-5781791	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0586	0.0374	0.0695	0.0702	0.0233	0.0471	0.0502	0.0393	0.0233	0.0483	0.092	0.0483	0.0627	0.0773	0.0658	0.0773	0.1047
chrX	5782237	5782388	chrX:5782238-5782388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0379	0.0208	0.0475	0.0464	0.0095	0.034	0.0238	0.02	0.0095	0.0459	0.045	0.0459	0.0403	0.0398	0.02	0.0398	0.0511
chrX	5782554	5782705	chrX:5782555-5782705	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0429	0.0265	0.0527	0.0506	0.0085	0.0471	0.026	0.0266	0.0085	0.0556	0.0415	0.0556	0.0449	0.0421	0.0219	0.0421	0.0782
chrX	5782795	5783171	chrX:5782796-5783171	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.099	0.0571	0.1145	0.129	0.0233	0.0913	0.0593	0.0626	0.0233	0.09	0.0611	0.09	0.1108	0.0574	0.0413	0.0574	0.1454
chrX	5783217	5783368	chrX:5783218-5783368	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0482	0.0378	0.0556	0.0518	0.0159	0.051	0.0437	0.0466	0.0159	0.0356	0.026	0.0356	0.0372	0.0184	0.0142	0.0184	0.0323
chrX	5784779	5785051	chrX:5784780-5785051	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.05	0.0618	0.0497	0.0372	0.0477	0.0602	0.0956	0.0613	0.0477	0.0501	0.0518	0.0501	0.048	0.0413	0.0548	0.0413	0.036
chrX	5787248	5787506	chrX:5787249-5787506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0372	0.0239	0.044	0.0444	0.0074	0.0403	0.0255	0.026	0.0074	0.0338	0.0357	0.0338	0.0767	0.0222	0.0155	0.0222	0.11
chrX	5788286	5788437	chrX:5788287-5788437	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0257	0.0147	0.0322	0.0308	0.0042	0.0214	0.0177	0.0167	0.0042	0.0302	0.028	0.0302	0.0496	0.0314	0.0174	0.0314	0.0615
chrX	5788903	5789143	chrX:5788904-5789143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0966	0.0809	0.1067	0.103	0.035	0.1505	0.077	0.0726	0.035	0.0948	0.0878	0.0948	0.0991	0.1386	0.0658	0.1386	0.1021
chrX	5789978	5790129	chrX:5789979-5790129	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0372	0.0299	0.0349	0.0479	0.0148	0.0345	0.0402	0.04	0.0148	0.0344	0.0363	0.0344	0.0341	0.1164	0.0529	0.1164	0.0297
chrX	5790253	5790404	chrX:5790254-5790404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0408	0.0269	0.0434	0.0536	0.0159	0.0388	0.0281	0.0353	0.0159	0.0519	0.0428	0.0519	0.0364	0.1363	0.0438	0.1363	0.037
chrX	5793381	5793561	chrX:5793382-5793561	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1047	0.0636	0.15	0.101	0.0255	0.1068	0.0597	0.0793	0.0255	0.1981	0.1723	0.1981	0.1541	0.0429	0.1431	0.0429	0.1339
chrX	5793620	5793844	chrX:5793621-5793844	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.127	0.1081	0.1706	0.1003	0.0647	0.1519	0.1142	0.1419	0.0647	0.2089	0.1916	0.2089	0.1727	0.0421	0.1289	0.0421	0.1266
chrX	5793962	5794128	chrX:5793963-5794128	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1668	0.1382	0.2231	0.137	0.088	0.1913	0.1423	0.1872	0.088	0.2657	0.2492	0.2657	0.1952	0.049	0.1767	0.049	0.1782
chrX	5794252	5794435	chrX:5794253-5794435	FBgn0000042	Act5C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1367	0.1016	0.1886	0.1189	0.0679	0.1442	0.0926	0.1459	0.0679	0.2132	0.2238	0.2132	0.1549	0.0375	0.1721	0.0375	0.1449
chrX	5794631	5794933	chrX:5794632-5794933	FBgn0000042	Act5C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1634	0.0978	0.2234	0.1707	0.0467	0.1612	0.0701	0.1432	0.0467	0.2126	0.2498	0.2126	0.2804	0.0544	0.2263	0.0544	0.2329
chrX	5795784	5796100	chrX:5795785-5796100	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Act5C_-62	Act5C_-62	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2584	0.248	0.3041	0.2199	0.2131	0.2951	0.2747	0.3258	0.2131	0.2645	0.3598	0.2645	0.3269	0.1194	0.2605	0.1194	0.2757
chrX	5796218	5796420	chrX:5796219-5796420	distal	distal	none	none	Act5C_-62	Act5C_-62	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1125	0.0972	0.135	0.1047	0.0551	0.1223	0.1107	0.1279	0.0551	0.1147	0.1585	0.1147	0.1487	0.0613	0.109	0.0613	0.1579
chrX	5796820	5796971	chrX:5796821-5796971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0546	0.0461	0.0694	0.0479	0.0223	0.0675	0.0411	0.0693	0.0223	0.0519	0.0701	0.0519	0.0868	0.026	0.0329	0.026	0.0928
chrX	5798511	5798694	chrX:5798512-5798694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.1112	0.1282	0.119	0.0836	0.1039	0.1495	0.1458	0.1699	0.1039	0.1147	0.1177	0.1147	0.1309	0.0475	0.0928	0.0475	0.1287
chrX	5798810	5799003	chrX:5798811-5799003	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1255	0.1385	0.0944	0.0785	0.1597	0.1371	0.1666	0.0785	0.1353	0.145	0.1353	0.1565	0.0436	0.1186	0.0436	0.1449
chrX	5799054	5799241	chrX:5799055-5799241	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0758	0.07	0.0888	0.0678	0.035	0.0937	0.0701	0.1019	0.035	0.0839	0.1003	0.0839	0.093	0.0398	0.0993	0.0398	0.0933
chrX	5802022	5802212	chrX:5802023-5802212	FBgn0029822	CG12236	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.1155	0.1655	0.1202	0.0689	0.1422	0.1358	0.1532	0.0689	0.1981	0.1817	0.1981	0.1627	0.1294	0.118	0.1294	0.1423
chrX	5809193	5809344	chrX:5809194-5809344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0102	0.0204	0.0189	0.0021	0.0112	0.0121	0.0187	0.0021	0.0175	0.0161	0.0175	0.0527	0.01	0.0116	0.01	0.0479
chrX	5809827	5809978	chrX:5809828-5809978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0198	0.0245	0.0323	0.0095	0.0257	0.026	0.0193	0.0095	0.0223	0.0238	0.0223	0.0465	0.026	0.0413	0.026	0.0563
chrX	5810007	5810158	chrX:5810008-5810158	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0189	0.0254	0.0395	0.0042	0.0243	0.0229	0.0266	0.0042	0.0217	0.0248	0.0217	0.0488	0.0268	0.0477	0.0268	0.0714
chrX	5810282	5810544	chrX:5810283-5810544	FBgn0029823	CG3011	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.052	0.0203	0.0376	0.1032	0.0021	0.0335	0.0229	0.022	0.0021	0.0193	0.0412	0.0193	0.0767	0.0482	0.1496	0.0482	0.1584
chrX	5810650	5810880	chrX:5810651-5810880	FBgn0029823,FBgn0029824	CG3011,CG3726	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0556	0.0307	0.0484	0.0915	0.0127	0.0451	0.032	0.04	0.0127	0.0296	0.0508	0.0296	0.093	0.0773	0.1006	0.0773	0.1329
chrX	5811045	5811233	chrX:5811046-5811233	FBgn0029823,FBgn0029824	CG3011,CG3726	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0827	0.0562	0.0772	0.1184	0.0318	0.0738	0.0567	0.0833	0.0318	0.058	0.0881	0.058	0.1201	0.1363	0.1212	0.1363	0.1563
chrX	5812732	5813147	chrX:5812733-5813147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0686	0.0318	0.0673	0.1111	0.0106	0.0539	0.0277	0.0413	0.0106	0.0676	0.0688	0.0676	0.1077	0.1478	0.1019	0.1478	0.1381
chrX	5815956	5816107	chrX:5815957-5816107	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0041	0.0058	0.0107	0.0011	0.0034	0.0091	0.002	0.0011	0.0079	0.0039	0.0079	0.0062	0.0031	0.0019	0.0031	0.0089
chrX	5818231	5818474	chrX:5818232-5818474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.02	0.0117	0.0193	0.0301	0.0042	0.0214	0.0117	0.0113	0.0042	0.026	0.0225	0.026	0.0178	0.0551	0.0342	0.0551	0.0188
chrX	5829506	5829682	chrX:5829507-5829682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0245	0.0156	0.0217	0.0375	0.0032	0.0199	0.0234	0.0153	0.0032	0.0187	0.0186	0.0187	0.0403	0.062	0.0148	0.062	0.0328
chrX	5830529	5830680	chrX:5830530-5830680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0115	0.0079	0.0131	0.0032	0.0146	0.0177	0.0107	0.0032	0.0072	0.0084	0.0072	0.0101	0.0138	0.0064	0.0138	0.0063
chrX	5835594	5835860	chrX:5835595-5835860	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0572	0.0603	0.0735	0.0359	0.0435	0.0699	0.0714	0.0766	0.0435	0.1045	0.0759	0.1045	0.0643	0.036	0.0471	0.036	0.038
chrX	5835953	5836134	chrX:5835954-5836134	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1148	0.1044	0.1442	0.0941	0.0785	0.1354	0.1159	0.1286	0.0785	0.1836	0.1588	0.1836	0.1224	0.1003	0.1122	0.1003	0.1094
chrX	5836318	5836480	chrX:5836319-5836480	FBgn0029825	CG12728	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0307	0.0323	0.0387	0.0202	0.0233	0.0388	0.0433	0.036	0.0233	0.0441	0.046	0.0441	0.0294	0.0161	0.0213	0.0161	0.0229
chrX	5838778	5839000	chrX:5838779-5839000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.053	0.0487	0.0214	0.0318	0.0597	0.0636	0.0753	0.0318	0.058	0.054	0.058	0.0488	0.0161	0.0193	0.0161	0.0297
chrX	5839125	5839331	chrX:5839126-5839331	FBgn0052756	CG32756	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.0624	0.0635	0.0258	0.0636	0.0641	0.0722	0.0839	0.0636	0.0713	0.0727	0.0713	0.062	0.0237	0.0348	0.0237	0.0328
chrX	5839531	5839754	chrX:5839532-5839754	FBgn0052756	CG32756	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0591	0.0601	0.0735	0.0423	0.0456	0.0621	0.0718	0.0846	0.0456	0.093	0.0878	0.093	0.0511	0.0406	0.0471	0.0406	0.0521
chrX	5842244	5842395	chrX:5842245-5842395	FBgn0029826	CG6041	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0243	0.027	0.0117	0.0148	0.0286	0.0303	0.0293	0.0148	0.0278	0.0312	0.0278	0.0294	0.0153	0.0103	0.0153	0.0156
chrX	5844703	5844854	chrX:5844704-5844854	FBgn0052755	CG32755	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0143	0.0179	0.0169	0.0074	0.0074	0.0316	0.0199	0.0133	0.0074	0.0157	0.0215	0.0157	0.0186	0.0069	0.0064	0.0069	0.012
chrX	5848249	5848440	chrX:5848250-5848440	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0415	0.0398	0.0499	0.0343	0.0159	0.0476	0.0446	0.0606	0.0159	0.0731	0.0469	0.0731	0.0573	0.049	0.0303	0.049	0.0563
chrX	5848464	5848847	chrX:5848465-5848847	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0496	0.0499	0.0604	0.0373	0.017	0.0607	0.0631	0.066	0.017	0.0713	0.0621	0.0713	0.0806	0.0521	0.0329	0.0521	0.0568
chrX	5858401	5858708	chrX:5858402-5858708	FBgn0005390	fs(1)M3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0703	0.0515	0.0796	0.0813	0.018	0.082	0.0506	0.0653	0.018	0.1081	0.0878	0.1081	0.0945	0.1516	0.0799	0.1516	0.1042
chrX	5859751	5860013	chrX:5859752-5860013	FBgn0029830	Grip	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0956	0.0553	0.1086	0.1263	0.0361	0.0767	0.0597	0.066	0.0361	0.1171	0.1254	0.1171	0.1371	0.1738	0.1328	0.1738	0.1261
chrX	5860236	5860415	chrX:5860237-5860415	FBgn0029830	Grip	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0902	0.0668	0.1055	0.0997	0.052	0.0811	0.0792	0.0799	0.052	0.1316	0.1193	0.1316	0.1185	0.16	0.1083	0.16	0.1178
chrX	5860847	5860998	chrX:5860848-5860998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0217	0.013	0.0254	0.0276	0.0085	0.015	0.0203	0.0107	0.0085	0.0459	0.0193	0.0459	0.0341	0.0613	0.0213	0.0613	0.0271
chrX	5862564	5862846	chrX:5862565-5862846	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0353	0.0157	0.053	0.0376	0.0095	0.0252	0.0173	0.014	0.0095	0.0779	0.0476	0.0779	0.0767	0.0475	0.0606	0.0475	0.0485
chrX	5863866	5864074	chrX:5863867-5864074	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0275	0.0162	0.0374	0.0292	0.0064	0.0325	0.0169	0.0107	0.0064	0.0972	0.0199	0.0972	0.0395	0.0712	0.0148	0.0712	0.0313
chrX	5864207	5864419	chrX:5864208-5864419	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0362	0.0223	0.0537	0.0326	0.0042	0.0568	0.0125	0.016	0.0042	0.1141	0.026	0.1141	0.0899	0.085	0.011	0.085	0.0339
chrX	5864689	5864840	chrX:5864690-5864840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0178	0.0092	0.0255	0.0188	0.0032	0.017	0.0104	0.0073	0.0032	0.0616	0.0113	0.0616	0.0325	0.0322	0.0064	0.0322	0.0261
chrX	5866037	5866255	chrX:5866038-5866255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.025	0.0112	0.0312	0.0336	0.0021	0.0184	0.0134	0.0093	0.0021	0.0827	0.0177	0.0827	0.0271	0.1172	0.0135	0.1172	0.025
chrX	5866929	5867080	chrX:5866930-5867080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0199	0.0118	0.0246	0.0238	0.0053	0.018	0.0143	0.0133	0.0053	0.0423	0.0183	0.0423	0.0333	0.0214	0.0135	0.0214	0.0479
chrX	5867142	5867352	chrX:5867143-5867352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.027	0.0143	0.035	0.0323	0.0042	0.0257	0.0177	0.0107	0.0042	0.0652	0.0238	0.0652	0.0473	0.0237	0.0213	0.0237	0.0709
chrX	5874702	5874853	chrX:5874703-5874853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0136	0.01	0.0124	0.0191	0.0053	0.015	0.0134	0.0087	0.0053	0.0205	0.0093	0.0205	0.0108	0.0291	0.0077	0.0291	0.0302
chrX	5874969	5875278	chrX:5874970-5875278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0128	0.0197	0.0337	0.0074	0.0136	0.0173	0.016	0.0074	0.0254	0.0167	0.0254	0.0287	0.0436	0.0077	0.0436	0.0667
chrX	5882305	5882456	chrX:5882306-5882456	FBgn0029831	CG5966	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0234	0.0097	0.0193	0.0433	0.0053	0.0117	0.016	0.0073	0.0053	0.0199	0.0183	0.0199	0.0341	0.0138	0.0432	0.0138	0.1058
chrX	5882687	5882847	chrX:5882688-5882847	FBgn0029831	CG5966	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.021	0.0088	0.0147	0.0414	0.0042	0.0092	0.0138	0.0093	0.0042	0.0109	0.0196	0.0109	0.0256	0.0153	0.0638	0.0153	0.0881
chrX	5885981	5886132	chrX:5885982-5886132	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0276	0.025	0.0357	0.0214	0.0095	0.0325	0.0337	0.03	0.0095	0.0568	0.0357	0.0568	0.0287	0.0222	0.0206	0.0222	0.0255
chrX	5886297	5886504	chrX:5886298-5886504	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1088	0.0825	0.1448	0.0986	0.0424	0.1068	0.09	0.1146	0.0424	0.1818	0.1601	0.1818	0.1255	0.1034	0.1025	0.1034	0.1303
chrX	5886711	5887035	chrX:5886712-5887035	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0434	0.0194	0.0605	0.0515	0.0085	0.0204	0.0212	0.034	0.0085	0.0568	0.0865	0.0568	0.0596	0.0345	0.1032	0.0345	0.0542
chrX	5887057	5887256	chrX:5887058-5887256	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0117	0.0405	0.029	0.0085	0.0136	0.0143	0.016	0.0085	0.0266	0.0678	0.0266	0.0294	0.0145	0.0741	0.0145	0.0208
chrX	5888025	5888205	chrX:5888026-5888205	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0291	0.0203	0.0434	0.0233	0.0085	0.0286	0.0182	0.034	0.0085	0.0217	0.0823	0.0217	0.0085	0.0123	0.0748	0.0123	0.0099
chrX	5889065	5889282	chrX:5889066-5889282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0305	0.0135	0.0392	0.0401	0.0042	0.0204	0.016	0.0167	0.0042	0.0737	0.045	0.0737	0.0139	0.1194	0.0445	0.1194	0.0177
chrX	5890640	5890791	chrX:5890641-5890791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0086	0.0165	0.013	0.0021	0.0102	0.0147	0.008	0.0021	0.0169	0.0148	0.0169	0.0046	0.0054	0.0058	0.0054	0.0063
chrX	5891944	5892273	chrX:5891945-5892273	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0438	0.0591	0.049	0.0209	0.0255	0.0539	0.0701	0.1113	0.0255	0.0435	0.0547	0.0435	0.0232	0.0092	0.0174	0.0092	0.0094
chrX	5894841	5895055	chrX:5894842-5895055	FBgn0027546	CG4766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1081	0.0785	0.159	0.0852	0.0477	0.1189	0.0701	0.1046	0.0477	0.2379	0.1887	0.2379	0.1123	0.1149	0.1128	0.1149	0.0834
chrX	5895250	5895424	chrX:5895251-5895424	FBgn0027546	CG4766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1516	0.1178	0.2006	0.1355	0.0891	0.1602	0.1073	0.1706	0.0891	0.2699	0.2135	0.2699	0.172	0.1677	0.1457	0.1677	0.1292
chrX	5895538	5895745	chrX:5895539-5895745	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0651	0.0538	0.0883	0.0521	0.0435	0.0665	0.0653	0.062	0.0435	0.1051	0.0974	0.1051	0.0589	0.0505	0.0561	0.0505	0.0349
chrX	5896769	5896950	chrX:5896770-5896950	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0342	0.0191	0.0648	0.0174	0.0085	0.0296	0.0177	0.0247	0.0085	0.0399	0.1248	0.0399	0.0217	0.0046	0.0542	0.0046	0.0094
chrX	5898527	5898709	chrX:5898528-5898709	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.0216	0.0429	0.0188	0.0064	0.0238	0.0294	0.0313	0.0064	0.0254	0.0814	0.0254	0.0178	0.0145	0.0522	0.0145	0.0057
chrX	5904901	5905161	chrX:5904902-5905161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.0112	0.0425	0.0238	0.0064	0.015	0.013	0.0133	0.0064	0.0187	0.0688	0.0187	0.0473	0.0123	0.0535	0.0123	0.0271
chrX	5906875	5907026	chrX:5906876-5907026	FBgn0029003	mab-21	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0253	0.013	0.0391	0.0238	0.0064	0.0204	0.0147	0.0127	0.0064	0.0441	0.0534	0.0441	0.0302	0.0199	0.0393	0.0199	0.0172
chrX	5907200	5907422	chrX:5907201-5907422	FBgn0029003	mab-21	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1473	0.0507	0.2185	0.177	0.018	0.0976	0.0355	0.064	0.018	0.3019	0.2624	0.3019	0.2014	0.2006	0.2153	0.2006	0.21
chrX	5907516	5907697	chrX:5907517-5907697	FBgn0029003	mab-21	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1259	0.0673	0.1744	0.1383	0.0276	0.1136	0.0502	0.0933	0.0276	0.2222	0.1961	0.2222	0.158	0.1401	0.1567	0.1401	0.1454
chrX	5910465	5910616	chrX:5910466-5910616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0176	0.0101	0.0303	0.012	0.0042	0.0097	0.0104	0.0207	0.0042	0.0199	0.0556	0.0199	0.0147	0.0038	0.0374	0.0038	0.0057
chrX	5910650	5910801	chrX:5910651-5910801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.008	0.0292	0.0114	0.0042	0.0068	0.0104	0.0133	0.0042	0.0199	0.0527	0.0199	0.0132	0.0054	0.0368	0.0054	0.0021
chrX	5910841	5911072	chrX:5910842-5911072	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0111	0.0326	0.0185	0.0042	0.0121	0.0121	0.0187	0.0042	0.0205	0.0572	0.0205	0.0201	0.0054	0.0554	0.0054	0.0078
chrX	5916011	5916165	chrX:5916012-5916165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.01	0.0278	0.0095	0.0032	0.0097	0.016	0.012	0.0032	0.0163	0.0482	0.0163	0.0108	0.0046	0.0277	0.0046	0.0047
chrX	5916652	5916803	chrX:5916653-5916803	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0117	0.0464	0.0111	0.0032	0.0175	0.0108	0.02	0.0032	0.0109	0.0997	0.0109	0.0155	0.0061	0.0355	0.0061	0.0052
chrX	5916825	5916976	chrX:5916826-5916976	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.013	0.0536	0.0097	0.0053	0.017	0.0112	0.024	0.0053	0.0163	0.1145	0.0163	0.0225	0.0084	0.0284	0.0084	0.0031
chrX	5918494	5918838	chrX:5918495-5918838	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0464	0.0408	0.0668	0.0304	0.0159	0.0437	0.0407	0.0766	0.0159	0.0217	0.137	0.0217	0.024	0.0245	0.0806	0.0245	0.0188
chrX	5918988	5919196	chrX:5918989-5919196	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0333	0.0206	0.0522	0.0269	0.0095	0.0272	0.0216	0.0306	0.0095	0.0405	0.0945	0.0405	0.017	0.026	0.0716	0.026	0.0162
chrX	5919219	5919370	chrX:5919220-5919370	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0231	0.0135	0.0383	0.0171	0.0064	0.0189	0.016	0.016	0.0064	0.0338	0.0678	0.0338	0.0132	0.026	0.0374	0.026	0.0078
chrX	5919872	5920023	chrX:5919873-5920023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.013	0.011	0.0194	0.0081	0.0042	0.0121	0.0108	0.0207	0.0042	0.0079	0.0283	0.0079	0.007	0.0061	0.0097	0.0061	0.0052
chrX	5920646	5920820	chrX:5920647-5920820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0214	0.0367	0.0224	0.0064	0.0296	0.0264	0.0273	0.0064	0.0223	0.0588	0.0223	0.0186	0.0115	0.0213	0.0115	0.0083
chrX	5922907	5923058	chrX:5922908-5923058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0113	0.0069	0.018	0.0091	0	0.0102	0.0082	0.0087	0	0.0079	0.035	0.0079	0.0062	0.0038	0.0258	0.0038	0.0052
chrX	5923373	5923524	chrX:5923374-5923524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.009	0.0165	0.0116	0.0042	0.0083	0.0138	0.0127	0.0042	0.0181	0.0257	0.0181	0.0077	0.0077	0.0335	0.0077	0.0047
chrX	5925608	5925799	chrX:5925609-5925799	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0122	0.032	0.0405	0.0032	0.0175	0.0125	0.018	0.0032	0.0332	0.0206	0.0332	0.007	0.0061	0.0077	0.0061	0.0073
chrX	5926070	5926221	chrX:5926071-5926221	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0091	0.0211	0.028	0.0032	0.0126	0.0125	0.008	0.0032	0.0254	0.0167	0.0254	0.0101	0.0031	0.0026	0.0031	0.0073
chrX	5926904	5927140	chrX:5926905-5927140	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0388	0.0217	0.0536	0.0416	0.0042	0.0379	0.0216	0.0247	0.0042	0.0851	0.0363	0.0851	0.0124	0.0176	0.0097	0.0176	0.0141
chrX	5929496	5929681	chrX:5929497-5929681	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1245	0.1052	0.1519	0.1159	0.0604	0.133	0.1138	0.1526	0.0604	0.1793	0.174	0.1793	0.1448	0.1187	0.1186	0.1187	0.135
chrX	5929768	5929919	chrX:5929769-5929919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0429	0.0741	0.0568	0.0265	0.0476	0.0515	0.06	0.0265	0.0851	0.0804	0.0851	0.0751	0.0712	0.0587	0.0712	0.061
chrX	5931137	5931353	chrX:5931138-5931353	FBgn0003302	rux	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.115	0.0895	0.149	0.1061	0.0626	0.1146	0.0952	0.1239	0.0626	0.1926	0.1627	0.1926	0.1379	0.1103	0.1077	0.1103	0.1376
chrX	5931410	5931590	chrX:5931411-5931590	FBgn0003302,FBgn0029833	CG5941,rux	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1702	0.1442	0.2122	0.1533	0.105	0.1757	0.1553	0.2052	0.105	0.2742	0.217	0.2742	0.2053	0.1616	0.1509	0.1616	0.1787
chrX	5931821	5931997	chrX:5931822-5931997	FBgn0003302,FBgn0029833	CG5941,rux	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1469	0.1321	0.1891	0.1171	0.0954	0.1636	0.1432	0.1819	0.0954	0.2349	0.2055	0.2349	0.1797	0.1133	0.1103	0.1133	0.1537
chrX	5933628	5933979	chrX:5933629-5933979	FBgn0029834	CG5937	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0901	0.0695	0.1015	0.1004	0.0467	0.0888	0.0792	0.0933	0.0467	0.1582	0.0907	0.1582	0.1007	0.0995	0.0496	0.0995	0.1094
chrX	5934322	5934527	chrX:5934323-5934527	FBgn0029834	CG5937	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0516	0.053	0.0591	0.0418	0.0297	0.0699	0.0597	0.0693	0.0297	0.0936	0.0514	0.0936	0.0403	0.036	0.0206	0.036	0.0365
chrX	5934604	5934823	chrX:5934605-5934823	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0632	0.0844	0.0675	0.0347	0.0626	0.082	0.0999	0.1332	0.0626	0.0628	0.0801	0.0628	0.0488	0.0138	0.0206	0.0138	0.0234
chrX	5943843	5943994	chrX:5943844-5943994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0169	0.0161	0.0188	0.0117	0.0175	0.0247	0.0173	0.0117	0.0175	0.0219	0.0175	0.0139	0.023	0.0142	0.023	0.0334
chrX	5944369	5944553	chrX:5944370-5944553	FBgn0029835	CG5921	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0295	0.0239	0.0222	0.0436	0.0117	0.0228	0.0346	0.03	0.0117	0.0151	0.0241	0.0151	0.0403	0.013	0.0767	0.013	0.0657
chrX	5944674	5944868	chrX:5944675-5944868	FBgn0029835	CG5921	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0261	0.0101	0.0162	0.0549	0.0032	0.0155	0.0104	0.012	0.0032	0.0066	0.0212	0.0066	0.0248	0.01	0.1077	0.01	0.0615
chrX	5950693	5950890	chrX:5950694-5950890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0157	0.0207	0.0121	0.0127	0.0175	0.0208	0.0193	0.0127	0.0169	0.0334	0.0169	0.0116	0.0015	0.0368	0.0015	0.0068
chrX	5950892	5951101	chrX:5950893-5951101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0213	0.024	0.0132	0.0106	0.0311	0.0247	0.0247	0.0106	0.0211	0.0386	0.0211	0.0132	0.0038	0.038	0.0038	0.0094
chrX	5962585	5962736	chrX:5962586-5962736	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0187	0.0258	0.0195	0.0099	0.0159	0.0282	0.0272	0.0433	0.0159	0.0085	0.0299	0.0085	0.0232	0.0092	0.0193	0.0092	0.0073
chrX	5962804	5963111	chrX:5962805-5963111	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0439	0.0414	0.0411	0.0497	0.0244	0.051	0.0402	0.0653	0.0244	0.0302	0.0514	0.0302	0.0689	0.0322	0.0696	0.0322	0.0803
chrX	5963219	5963370	chrX:5963220-5963370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0188	0.0174	0.0201	0.0085	0.0257	0.0221	0.022	0.0085	0.0121	0.019	0.0121	0.0349	0.0092	0.0251	0.0092	0.0422
chrX	5963518	5963747	chrX:5963519-5963747	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0388	0.0173	0.0116	0.0297	0.0291	0.0541	0.0566	0.0297	0.0157	0.0212	0.0157	0.0186	0.01	0.0174	0.01	0.0151
chrX	5968834	5969002	chrX:5968835-5969002	FBgn0029837	Tsp5D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0302	0.0168	0.0247	0.0511	0.0074	0.0228	0.0247	0.0133	0.0074	0.0465	0.0193	0.0465	0.0356	0.1355	0.04	0.1355	0.0495
chrX	5969114	5969315	chrX:5969115-5969315	FBgn0029837	Tsp5D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0271	0.0117	0.0206	0.0514	0.0053	0.0131	0.0195	0.0107	0.0053	0.0308	0.0164	0.0308	0.0364	0.1248	0.049	0.1248	0.0526
chrX	5971367	5971546	chrX:5971368-5971546	FBgn0029838	CG4666	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0195	0.0148	0.0157	0.0288	0.0095	0.0136	0.0216	0.0193	0.0095	0.0121	0.0177	0.0121	0.0217	0.0153	0.0606	0.0153	0.0313
chrX	5974708	5974892	chrX:5974709-5974892	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0365	0.0183	0.0162	0.0244	0.0296	0.0523	0.0546	0.0244	0.0072	0.0151	0.0072	0.0062	0.0023	0.0084	0.0023	0.0068
chrX	5975012	5975220	chrX:5975013-5975220	FBgn0029839	CG4660	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0325	0.0195	0.017	0.0148	0.032	0.0441	0.05	0.0148	0.0127	0.0183	0.0127	0.0077	0.0054	0.0084	0.0054	0.0068
chrX	5975443	5975595	chrX:5975444-5975595	FBgn0029839	CG4660	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0219	0.0187	0.0345	0.0095	0.0218	0.0342	0.0273	0.0095	0.0109	0.0228	0.0109	0.0124	0.013	0.0129	0.013	0.013
chrX	5975602	5975753	chrX:5975603-5975753	FBgn0029839	CG4660	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0216	0.0246	0.0192	0.0209	0.0106	0.0165	0.0437	0.0326	0.0106	0.0157	0.0225	0.0157	0.0147	0.0138	0.0148	0.0138	0.0104
chrX	5976932	5977180	chrX:5976933-5977180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0394	0.0379	0.026	0.0255	0.0417	0.0467	0.056	0.0255	0.0459	0.0412	0.0459	0.0395	0.0329	0.0245	0.0329	0.0292
chrX	5977205	5977403	chrX:5977206-5977403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0436	0.0411	0.0519	0.0372	0.0191	0.0578	0.0424	0.0566	0.0191	0.0688	0.0559	0.0688	0.0527	0.0582	0.0284	0.0582	0.0375
chrX	5983648	5983860	chrX:5983649-5983860	FBgn0029840	raptor	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0374	0.0305	0.0428	0.0393	0.0127	0.033	0.0398	0.0466	0.0127	0.0568	0.0402	0.0568	0.0558	0.0436	0.0387	0.0436	0.0568
chrX	5983940	5984163	chrX:5983941-5984163	FBgn0029840	raptor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0658	0.0565	0.0755	0.0655	0.035	0.0723	0.0653	0.0753	0.035	0.0924	0.0791	0.0924	0.0968	0.0681	0.0761	0.0681	0.0928
chrX	5984222	5984412	chrX:5984223-5984412	FBgn0029840	raptor	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1141	0.1066	0.1293	0.1058	0.0742	0.1257	0.1267	0.1426	0.0742	0.1624	0.1437	0.1624	0.1239	0.1164	0.107	0.1164	0.1438
chrX	5984519	5984670	chrX:5984520-5984670	FBgn0029840	raptor	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0422	0.0489	0.0504	0.0259	0.0286	0.0583	0.0606	0.062	0.0286	0.0562	0.0601	0.0562	0.0457	0.0199	0.0219	0.0199	0.0391
chrX	5984795	5984992	chrX:5984796-5984992	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0776	0.0764	0.0909	0.0645	0.0541	0.0869	0.0852	0.1193	0.0541	0.128	0.0961	0.128	0.0922	0.0743	0.0606	0.0743	0.0792
chrX	5985081	5985304	chrX:5985082-5985304	FBgn0026060,FBgn0029843	Mipp2,Nep1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0882	0.0779	0.1039	0.0826	0.0509	0.1005	0.0813	0.1086	0.0509	0.1431	0.1042	0.1431	0.1224	0.0888	0.0799	0.0888	0.11
chrX	5985428	5985602	chrX:5985429-5985602	FBgn0026060,FBgn0029843	Mipp2,Nep1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0754	0.0588	0.0948	0.0727	0.035	0.0796	0.0631	0.0779	0.035	0.1226	0.1051	0.1226	0.0984	0.0727	0.078	0.0727	0.1021
chrX	5991596	5991792	chrX:5991597-5991792	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0202	0.0214	0.024	0.0148	0.0053	0.0257	0.0238	0.0373	0.0053	0.038	0.0212	0.038	0.0325	0.0069	0.0071	0.0069	0.0255
chrX	5991853	5992004	chrX:5991854-5992004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0137	0.0157	0.0143	0.0032	0.0165	0.0186	0.0193	0.0032	0.0217	0.0125	0.0217	0.0271	0.0092	0.0052	0.0092	0.0318
chrX	5992493	5992644	chrX:5992494-5992644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0158	0.011	0.0176	0.0192	0.0021	0.0121	0.0164	0.0133	0.0021	0.0272	0.0183	0.0272	0.0163	0.0329	0.0219	0.0329	0.0156
chrX	5994188	5994339	chrX:5994189-5994339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0145	0.0141	0.0217	0.007	0.0032	0.0214	0.0195	0.0127	0.0032	0.0537	0.0119	0.0537	0.0271	0.0077	0.0032	0.0077	0.0156
chrX	5998901	5999091	chrX:5998902-5999091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0474	0.0508	0.0514	0.0391	0.0361	0.0515	0.0696	0.0613	0.0361	0.0791	0.055	0.0791	0.0403	0.0888	0.0335	0.0888	0.036
chrX	5999403	5999554	chrX:5999404-5999554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.013	0.0156	0.0131	0.0102	0.0074	0.017	0.0216	0.0207	0.0074	0.0302	0.01	0.0302	0.0062	0.036	0.0032	0.036	0.0083
chrX	5999572	5999723	chrX:5999573-5999723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0124	0.0143	0.0122	0.0104	0.0085	0.0189	0.019	0.0133	0.0085	0.0193	0.009	0.0193	0.0178	0.0375	0.0052	0.0375	0.0063
chrX	6000019	6000234	chrX:6000020-6000234	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0296	0.0375	0.0299	0.0203	0.0201	0.0563	0.0484	0.032	0.0201	0.0604	0.0238	0.0604	0.0387	0.0482	0.0148	0.0482	0.0208
chrX	6003733	6003884	chrX:6003734-6003884	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0264	0.0293	0.0353	0.0135	0.0085	0.034	0.0385	0.0413	0.0085	0.058	0.0357	0.058	0.0201	0.013	0.0129	0.013	0.0104
chrX	6003951	6004189	chrX:6003952-6004189	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0882	0.0879	0.11	0.0648	0.0488	0.1029	0.1086	0.1199	0.0488	0.1419	0.1196	0.1419	0.0868	0.0628	0.06	0.0628	0.0547
chrX	6011257	6011408	chrX:6011258-6011408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0178	0.0363	0.0096	0.0063	0.0308	0.0184	0.0757	0.0293	0.0308	0.0151	0.008	0.0151	0.0077	0.0061	0.0064	0.0061	0.0057
chrX	6013458	6013625	chrX:6013459-6013625	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0406	0.0831	0.0212	0.0145	0.0732	0.067	0.1397	0.0766	0.0732	0.0278	0.0177	0.0278	0.038	0.0123	0.0116	0.0123	0.025
chrX	6013872	6014023	chrX:6013873-6014023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.042	0.0137	0.0102	0.0318	0.0311	0.0744	0.04	0.0318	0.0205	0.0119	0.0205	0.0201	0.0123	0.011	0.0123	0.013
chrX	6020511	6020662	chrX:6020512-6020662	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0182	0.0332	0.0119	0.0082	0.0223	0.0233	0.058	0.0366	0.0223	0.0169	0.0122	0.0169	0.0101	0.0092	0.0032	0.0092	0.0125
chrX	6032613	6032764	chrX:6032614-6032764	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0052	0.0037	0.0089	0.0074	0.0024	0.0099	0.0033	0.0074	0.0054	0.0035	0.0054	0.0015	0.0023	0.0026	0.0023	0.0016
chrX	6059755	6059906	chrX:6059756-6059906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0135	0.0258	0.0085	0.0053	0.017	0.0204	0.0454	0.024	0.017	0.0151	0.0061	0.0151	0.007	0.0031	0.0019	0.0031	0.0063
chrX	6086456	6086607	chrX:6086457-6086607	FBgn0264386	Ca-alpha1T	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0049	0.0039	0.0174	0.0032	0.0049	0.0091	0.0027	0.0032	0.0042	0.0035	0.0042	0.0046	0.0191	0.0071	0.0191	0.0115
chrX	6087555	6087706	chrX:6087556-6087706	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0104	0.0047	0.0071	0.0205	0.0011	0.0029	0.0099	0.0047	0.0011	0.0079	0.0058	0.0079	0.0101	0.026	0.0187	0.026	0.0083
chrX	6110833	6110984	chrX:6110834-6110984	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0046	0.0028	0.0109	0.0021	0.0044	0.0095	0.0027	0.0021	0.0024	0.0016	0.0024	0.0031	0.0015	0.0026	0.0015	0.0026
chrX	6113885	6114064	chrX:6113886-6114064	FBgn0029849	Efr	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0447	0.0187	0.0278	0.0922	0.0117	0.018	0.0294	0.022	0.0117	0.0133	0.0289	0.0133	0.0635	0.0697	0.1006	0.0697	0.1449
chrX	6114137	6114307	chrX:6114138-6114307	FBgn0029849	Efr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0524	0.0369	0.0452	0.0776	0.0233	0.0408	0.0545	0.0393	0.0233	0.0344	0.0469	0.0344	0.0883	0.0743	0.0832	0.0743	0.1318
chrX	6118172	6118375	chrX:6118173-6118375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0695	0.0492	0.0871	0.073	0.035	0.0723	0.0493	0.0593	0.035	0.1437	0.0788	0.1437	0.1046	0.1126	0.0825	0.1126	0.0985
chrX	6118532	6118715	chrX:6118533-6118715	FBgn0003514	sqh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.166	0.1396	0.1999	0.1582	0.105	0.1966	0.1293	0.1885	0.105	0.2687	0.2132	0.2687	0.206	0.1899	0.1715	0.1899	0.2209
chrX	6118884	6119229	chrX:6118885-6119229	FBgn0003514,FBgn0262730	CG14446,sqh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.184	0.1534	0.2242	0.1741	0.1103	0.1922	0.1661	0.2005	0.1103	0.2645	0.2492	0.2645	0.2316	0.1891	0.2031	0.1891	0.2058
chrX	6119517	6119693	chrX:6119518-6119693	FBgn0003514,FBgn0262730	CG14446,sqh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1654	0.1616	0.1843	0.1489	0.1326	0.1893	0.1786	0.2119	0.1326	0.224	0.2035	0.224	0.1751	0.1539	0.1515	0.1539	0.172
chrX	6119808	6119992	chrX:6119809-6119992	FBgn0262730	CG14446	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1619	0.156	0.1855	0.1425	0.1092	0.1908	0.1708	0.2065	0.1092	0.2373	0.201	0.2373	0.1572	0.1562	0.1425	0.1562	0.147
chrX	6120180	6120331	chrX:6120181-6120331	FBgn0262730	CG14446	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0272	0.0306	0.0319	0.018	0.0301	0.032	0.0366	0.018	0.0411	0.0286	0.0411	0.024	0.0398	0.0264	0.0398	0.0214
chrX	6125282	6125554	chrX:6125283-6125554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0345	0.0523	0.0288	0.018	0.0432	0.0407	0.0473	0.018	0.0592	0.0588	0.0592	0.0612	0.0329	0.0277	0.0329	0.0344
chrX	6125577	6125820	chrX:6125578-6125820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.054	0.0489	0.0711	0.0409	0.0361	0.0743	0.0463	0.0606	0.0361	0.0761	0.0804	0.0761	0.072	0.0559	0.0393	0.0559	0.0479
chrX	6125904	6126108	chrX:6125905-6126108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0774	0.0666	0.0985	0.0664	0.0414	0.0956	0.0593	0.0959	0.0414	0.1051	0.1158	0.1051	0.0937	0.0827	0.0664	0.0827	0.0813
chrX	6127585	6127736	chrX:6127586-6127736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0191	0.0227	0.0213	0.0125	0.0053	0.0165	0.0285	0.048	0.0053	0.0254	0.0254	0.0254	0.0194	0.0199	0.0135	0.0199	0.013
chrX	6127830	6127981	chrX:6127831-6127981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.017	0.0173	0.0201	0.0132	0	0.0155	0.0199	0.038	0	0.0272	0.0235	0.0272	0.0155	0.0207	0.0116	0.0207	0.0162
chrX	6134281	6134519	chrX:6134282-6134519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0254	0.0222	0.0272	0.0272	0.0117	0.0214	0.032	0.0266	0.0117	0.032	0.0299	0.032	0.0364	0.026	0.029	0.026	0.0354
chrX	6147081	6147232	chrX:6147082-6147232	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0179	0.025	0.0189	0.0053	0.0218	0.0242	0.0213	0.0053	0.0242	0.0215	0.0242	0.0573	0.0199	0.0135	0.0199	0.0349
chrX	6147851	6148094	chrX:6147852-6148094	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0368	0.0364	0.0402	0.0334	0.0148	0.0524	0.0467	0.0366	0.0148	0.0501	0.0402	0.0501	0.0465	0.0337	0.0284	0.0337	0.05
chrX	6148638	6148847	chrX:6148639-6148847	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0354	0.0463	0.0391	0.0148	0.0422	0.045	0.044	0.0148	0.058	0.0537	0.058	0.0426	0.0413	0.0445	0.0413	0.0438
chrX	6149051	6149308	chrX:6149052-6149308	FBgn0023458	Rbcn-3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0956	0.083	0.1237	0.0788	0.0361	0.1068	0.09	0.1226	0.0361	0.1449	0.135	0.1449	0.1325	0.0873	0.087	0.0873	0.0922
chrX	6149447	6149623	chrX:6149448-6149623	FBgn0015818,FBgn0023458	Rbcn-3A,Spx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.0874	0.1478	0.1121	0.0445	0.1029	0.1038	0.1206	0.0445	0.1818	0.1521	0.1818	0.1704	0.1294	0.1154	0.1294	0.1277
chrX	6149758	6149998	chrX:6149759-6149998	FBgn0015818,FBgn0023458	Rbcn-3A,Spx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0981	0.0795	0.1217	0.0929	0.0445	0.1005	0.093	0.1046	0.0445	0.1528	0.1267	0.1528	0.1363	0.0965	0.0909	0.0965	0.1136
chrX	6150001	6150152	chrX:6150002-6150152	FBgn0015818	Spx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0519	0.0425	0.0659	0.0471	0.0201	0.0549	0.0558	0.052	0.0201	0.0821	0.0656	0.0821	0.079	0.0337	0.0445	0.0337	0.0709
chrX	6150171	6150322	chrX:6150172-6150322	FBgn0015818	Spx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.029	0.0365	0.0219	0.0148	0.0379	0.0389	0.0306	0.0148	0.0495	0.0318	0.0495	0.0403	0.0191	0.0187	0.0191	0.0328
chrX	6154747	6154898	chrX:6154748-6154898	FBgn0029853	CG3781	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0308	0.0312	0.0344	0.0263	0.0265	0.0345	0.0342	0.0466	0.0265	0.0374	0.0341	0.0374	0.0411	0.0283	0.0264	0.0283	0.0433
chrX	6155044	6155226	chrX:6155045-6155226	FBgn0029853	CG3781	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.0754	0.1022	0.066	0.052	0.0888	0.0826	0.1106	0.052	0.1226	0.1196	0.1226	0.0868	0.0735	0.0761	0.0735	0.0839
chrX	6159981	6160194	chrX:6159982-6160194	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0937	0.0678	0.1179	0.0959	0.0414	0.1092	0.0662	0.072	0.0414	0.1576	0.1135	0.1576	0.1332	0.1493	0.087	0.1493	0.0985
chrX	6160240	6160463	chrX:6160241-6160463	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0936	0.0586	0.1189	0.1049	0.0233	0.0976	0.051	0.0773	0.0233	0.1298	0.1132	0.1298	0.1348	0.0972	0.0974	0.0972	0.1047
chrX	6160787	6160968	chrX:6160788-6160968	FBgn0040918	schlank	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0647	0.0916	0.0739	0.035	0.0927	0.0666	0.0886	0.035	0.1105	0.0923	0.1105	0.0968	0.0666	0.0825	0.0666	0.0839
chrX	6161157	6161333	chrX:6161158-6161333	FBgn0040918	schlank	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1816	0.1646	0.2128	0.1664	0.1103	0.2078	0.1916	0.2065	0.1103	0.2542	0.2238	0.2542	0.2045	0.1861	0.1605	0.1861	0.1777
chrX	6161667	6161843	chrX:6161668-6161843	FBgn0028982,FBgn0040918	Spt6,schlank	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1954	0.1802	0.2255	0.1792	0.1474	0.2238	0.2003	0.2252	0.1474	0.2784	0.2453	0.2784	0.1998	0.1884	0.185	0.1884	0.2027
chrX	6161928	6162163	chrX:6161929-6162163	FBgn0028982	Spt6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.1104	0.1527	0.1246	0.0838	0.1209	0.1332	0.1492	0.0838	0.1775	0.1701	0.1775	0.1464	0.1179	0.1354	0.1179	0.1542
chrX	6162197	6162398	chrX:6162198-6162398	FBgn0028982	Spt6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1063	0.0941	0.1302	0.0937	0.0827	0.1131	0.1068	0.1179	0.0827	0.1461	0.137	0.1461	0.1487	0.0972	0.1186	0.0972	0.1235
chrX	6162413	6162564	chrX:6162414-6162564	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0612	0.0638	0.0699	0.0487	0.0657	0.0607	0.0878	0.074	0.0657	0.0803	0.0752	0.0803	0.0806	0.0521	0.0516	0.0521	0.0667
chrX	6169317	6169468	chrX:6169318-6169468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0305	0.0249	0.0396	0.0267	0.0117	0.0267	0.0329	0.0366	0.0117	0.0386	0.0363	0.0386	0.0349	0.0268	0.0193	0.0268	0.0261
chrX	6170684	6170860	chrX:6170685-6170860	FBgn0029854	CG3566	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.081	0.0522	0.1081	0.0834	0.0233	0.0782	0.048	0.0779	0.0233	0.1329	0.1357	0.1329	0.1084	0.0934	0.1019	0.0934	0.1006
chrX	6173234	6173404	chrX:6173235-6173404	FBgn0086558	Ubi-p5E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2034	0.1862	0.2445	0.1774	0.14	0.2286	0.2033	0.2532	0.14	0.3019	0.2704	0.3019	0.2231	0.1815	0.1838	0.1815	0.2017
chrX	6173542	6173722	chrX:6173543-6173722	FBgn0086558	Ubi-p5E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2227	0.2056	0.2624	0.1983	0.1569	0.2471	0.2314	0.2652	0.1569	0.3237	0.2859	0.3237	0.2401	0.2052	0.2089	0.2052	0.2246
chrX	6173833	6174013	chrX:6173834-6174013	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1089	0.096	0.1241	0.1065	0.0742	0.133	0.0969	0.1193	0.0742	0.1745	0.1264	0.1745	0.1115	0.1332	0.1077	0.1332	0.1152
chrX	6176138	6176321	chrX:6176139-6176321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0424	0.0577	0.0465	0.0308	0.0519	0.0489	0.056	0.0308	0.067	0.0711	0.067	0.0542	0.0712	0.0664	0.0712	0.0313
chrX	6177568	6177759	chrX:6177569-6177759	FBgn0029856	CG11700	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1005	0.11	0.1151	0.0738	0.1018	0.1126	0.1254	0.1586	0.1018	0.0725	0.1688	0.0725	0.1061	0.0628	0.1586	0.0628	0.0719
chrX	6181952	6182173	chrX:6181953-6182173	FBgn0026015,FBgn0029857	Top3beta,wuho	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.185	0.1797	0.2188	0.1537	0.14	0.217	0.2024	0.2352	0.14	0.2844	0.2373	0.2844	0.2014	0.1685	0.1631	0.1685	0.1933
chrX	6185215	6185393	chrX:6185216-6185393	FBgn0028685,FBgn0029858	CG15896,Rpt4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1267	0.111	0.1618	0.1057	0.071	0.1437	0.1328	0.1346	0.071	0.1999	0.1733	0.1999	0.158	0.121	0.1077	0.121	0.1287
chrX	6189085	6189264	chrX:6189086-6189264	FBgn0029859,FBgn0029860,FBgn0029861	CG15891,CG15892,CG3815	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.124	0.1016	0.1623	0.1071	0.0604	0.1388	0.1051	0.1372	0.0604	0.212	0.1749	0.212	0.1425	0.1187	0.107	0.1187	0.1318
chrX	6189301	6189513	chrX:6189302-6189513	FBgn0029859,FBgn0029860,FBgn0029861	CG15891,CG15892,CG3815	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1573	0.1239	0.2032	0.1444	0.0721	0.168	0.1259	0.1759	0.0721	0.2615	0.2228	0.2615	0.1983	0.1616	0.1373	0.1616	0.1866
chrX	6194986	6195161	chrX:6194987-6195161	FBgn0043796	CG12219	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0369	0.0651	0.0464	0.0233	0.0476	0.0428	0.0446	0.0233	0.0864	0.0675	0.0864	0.0635	0.0536	0.0554	0.0536	0.0573
chrX	6195245	6195424	chrX:6195246-6195424	FBgn0043796	CG12219	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.107	0.0834	0.134	0.1039	0.0509	0.1146	0.0917	0.1053	0.0509	0.1733	0.1434	0.1733	0.1193	0.1095	0.1103	0.1095	0.1261
chrX	6199573	6199724	chrX:6199574-6199724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0128	0.0121	0.0129	0.0135	0.0032	0.0146	0.0182	0.014	0.0032	0.0097	0.0167	0.0097	0.0132	0.0054	0.0316	0.0054	0.0083
chrX	6203045	6203259	chrX:6203046-6203259	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0268	0.0226	0.0398	0.0148	0.0218	0.0424	0.0353	0.0148	0.0115	0.0299	0.0115	0.024	0.0138	0.0606	0.0138	0.0287
chrX	6204191	6204342	chrX:6204192-6204342	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0079	0.0061	0.0072	0.0106	0.0021	0.0049	0.0117	0.006	0.0021	0.0085	0.0035	0.0085	0.0077	0.0023	0.0026	0.0023	0.0057
chrX	6204876	6205027	chrX:6204877-6205027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0129	0.0107	0.0094	0.0191	0.0011	0.0053	0.0234	0.012	0.0011	0.0066	0.0084	0.0066	0.0116	0.01	0.0077	0.01	0.0089
chrX	6210521	6210672	chrX:6210522-6210672	FBgn0029864	CG15894	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.006	0.0052	0.0139	0.0021	0.0044	0.0125	0.0047	0.0021	0.006	0.0039	0.006	0.0039	0.0031	6e-04	0.0031	0.0063
chrX	6211352	6211531	chrX:6211353-6211531	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0275	0.0174	0.0154	0.0519	0.0095	0.0194	0.0255	0.0187	0.0095	0.0193	0.009	0.0193	0.0209	0.0161	0.0161	0.0161	0.0323
chrX	6211741	6211892	chrX:6211742-6211892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0125	0.0118	0.0248	0.0032	0.0141	0.0208	0.012	0.0032	0.0121	0.01	0.0121	0.0116	0.0084	0.0064	0.0084	0.0078
chrX	6222921	6223072	chrX:6222922-6223072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.009	0.01	0.0207	0.0032	0.0073	0.016	0.0093	0.0032	0.0079	0.0119	0.0079	0.0116	0.0138	0.0484	0.0138	0.0156
chrX	6224360	6224541	chrX:6224361-6224541	FBgn0250869	CG42240	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0333	0.039	0.0776	0.0191	0.0461	0.0316	0.0486	0.0191	0.0453	0.0428	0.0453	0.0442	0.1003	0.0986	0.1003	0.0662
chrX	6224767	6224962	chrX:6224768-6224962	FBgn0250869	CG42240	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0727	0.0545	0.0665	0.1	0.0339	0.0777	0.0489	0.0799	0.0339	0.064	0.0875	0.064	0.072	0.1286	0.1386	0.1286	0.0933
chrX	6226077	6226228	chrX:6226078-6226228	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0204	0.0257	0.022	0.0128	0.0074	0.0301	0.0251	0.05	0.0074	0.029	0.0286	0.029	0.0132	0.0115	0.0226	0.0115	0.0083
chrX	6227186	6227356	chrX:6227187-6227356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.021	0.0133	0.0189	0.0319	0.0032	0.0189	0.0151	0.016	0.0032	0.0272	0.017	0.0272	0.0271	0.0781	0.0335	0.0781	0.0261
chrX	6232944	6233117	chrX:6232945-6233117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0243	0.0238	0.0178	0.0319	0.0074	0.0209	0.0359	0.032	0.0074	0.0121	0.0148	0.0121	0.0271	0.01	0.0239	0.01	0.0281
chrX	6233336	6233487	chrX:6233337-6233487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0144	0.0107	0.0118	0.0213	0	0.0117	0.0182	0.0133	0	0.0097	0.0096	0.0097	0.0194	0.01	0.0161	0.01	0.0375
chrX	6233702	6233853	chrX:6233703-6233853	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0135	0.006	0.0121	0.0234	0	0.0073	0.0099	0.0067	0	0.0103	0.0129	0.0103	0.0132	0.0046	0.0322	0.0046	0.0162
chrX	6234387	6234581	chrX:6234388-6234581	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.0146	0.0201	0.0489	0.0064	0.0117	0.0268	0.0147	0.0064	0.0103	0.0315	0.0103	0.0217	0.013	0.1393	0.013	0.0386
chrX	6235049	6235200	chrX:6235050-6235200	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0092	0.0107	0.0331	0.0074	0.0092	0.0156	0.0073	0.0074	0.0054	0.0193	0.0054	0.0077	0.0153	0.0961	0.0153	0.024
chrX	6235945	6236096	chrX:6235946-6236096	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.013	0.0081	0.0121	0.0194	0.0011	0.0097	0.0169	0.002	0.0011	0.0066	0.0177	0.0066	0.0132	0.0015	0.058	0.0015	0.0156
chrX	6237935	6238111	chrX:6237936-6238111	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0442	0.0173	0.0421	0.0766	0.0095	0.0248	0.0216	0.0167	0.0095	0.0326	0.0563	0.0326	0.0596	0.1202	0.1296	0.1202	0.0797
chrX	6238222	6238392	chrX:6238223-6238392	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0258	0.0132	0.0212	0.045	0.0053	0.0126	0.0251	0.0113	0.0053	0.0199	0.0219	0.0199	0.0279	0.0743	0.0767	0.0743	0.0401
chrX	6241002	6241242	chrX:6241003-6241242	FBgn0029867	CG3847	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1903	0.1677	0.2254	0.1769	0.1145	0.2	0.1851	0.2325	0.1145	0.2699	0.2482	0.2699	0.2084	0.1891	0.1728	0.1891	0.2178
chrX	6244103	6244254	chrX:6244104-6244254	FBgn0029868,FBgn0261955	CG3446,kdn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0562	0.0723	0.0483	0.0329	0.066	0.0657	0.0793	0.0329	0.0954	0.0765	0.0954	0.0596	0.0513	0.0477	0.0513	0.0604
chrX	6244328	6244501	chrX:6244329-6244501	FBgn0029868,FBgn0261955	CG3446,kdn	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1051	0.1008	0.1274	0.0854	0.053	0.1214	0.1194	0.1392	0.053	0.1643	0.1421	0.1643	0.1077	0.0842	0.0883	0.0842	0.1084
chrX	6245892	6246076	chrX:6245893-6246076	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.11	0.0967	0.1364	0.0959	0.0764	0.1291	0.1008	0.1292	0.0764	0.1703	0.1444	0.1703	0.1418	0.1141	0.1006	0.1141	0.1053
chrX	6246195	6246366	chrX:6246196-6246366	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1861	0.1537	0.2324	0.1716	0.1166	0.1976	0.1743	0.1892	0.1166	0.2977	0.2505	0.2977	0.2339	0.196	0.1618	0.196	0.2178
chrX	6246531	6246902	chrX:6246532-6246902	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1705	0.1639	0.194	0.1519	0.1092	0.2102	0.1799	0.2145	0.1092	0.2343	0.2154	0.2343	0.2029	0.1225	0.1631	0.1225	0.1912
chrX	6247068	6247284	chrX:6247069-6247284	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1218	0.1203	0.1306	0.1139	0.0838	0.1427	0.1388	0.1626	0.0838	0.157	0.1547	0.157	0.1278	0.0934	0.1277	0.0934	0.1235
chrX	6247419	6247619	chrX:6247420-6247619	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0825	0.0935	0.0864	0.0659	0.0604	0.1083	0.1138	0.1246	0.0604	0.122	0.0875	0.122	0.0658	0.0459	0.0445	0.0459	0.0422
chrX	6250768	6250952	chrX:6250769-6250952	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0348	0.0221	0.0383	0.0453	0.0032	0.0345	0.0238	0.0273	0.0032	0.0344	0.0267	0.0344	0.1092	0.0199	0.0148	0.0199	0.1261
chrX	6255384	6255546	chrX:6255385-6255546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0309	0.0368	0.0325	0.0226	0.0244	0.0451	0.0376	0.056	0.0244	0.032	0.0312	0.032	0.0589	0.023	0.0219	0.023	0.0334
chrX	6259441	6259592	chrX:6259442-6259592	FBgn0003655,FBgn0029870	Marf,swa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0236	0.0372	0.0273	0.0085	0.0306	0.0277	0.034	0.0085	0.0417	0.0408	0.0417	0.0403	0.0291	0.0271	0.0291	0.038
chrX	6259648	6259835	chrX:6259649-6259835	FBgn0003655,FBgn0029870	Marf,swa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0631	0.0515	0.0827	0.0544	0.0223	0.0684	0.0593	0.0673	0.0223	0.096	0.091	0.096	0.0914	0.0597	0.0535	0.0597	0.074
chrX	6259885	6260069	chrX:6259886-6260069	FBgn0003655,FBgn0029870	Marf,swa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0929	0.0747	0.1113	0.093	0.0329	0.0985	0.0796	0.1093	0.0329	0.1413	0.1148	0.1413	0.1255	0.1049	0.0858	0.1049	0.1334
chrX	6260182	6260545	chrX:6260183-6260545	FBgn0003655,FBgn0029870	Marf,swa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0649	0.0557	0.0678	0.0721	0.0286	0.0694	0.0584	0.0826	0.0286	0.0791	0.0704	0.0791	0.086	0.0743	0.0625	0.0743	0.1188
chrX	6264958	6265127	chrX:6264959-6265127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0354	0.0584	0.0318	0.0191	0.051	0.0324	0.0533	0.0191	0.0694	0.0733	0.0694	0.0542	0.0352	0.0271	0.0352	0.0406
chrX	6265221	6265372	chrX:6265222-6265372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0304	0.0272	0.041	0.0223	0.0117	0.0388	0.0298	0.0366	0.0117	0.0501	0.0527	0.0501	0.0372	0.0191	0.02	0.0191	0.0287
chrX	6265575	6265765	chrX:6265576-6265765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0327	0.0313	0.0415	0.0245	0.0148	0.0422	0.0389	0.034	0.0148	0.0453	0.0473	0.0453	0.0449	0.0329	0.0245	0.0329	0.0323
chrX	6266864	6267239	chrX:6266865-6267239	FBgn0003139	PpV	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1696	0.1477	0.2023	0.1582	0.105	0.1733	0.16	0.2119	0.105	0.2536	0.2129	0.2536	0.2006	0.1669	0.185	0.1669	0.1668
chrX	6267461	6267612	chrX:6267462-6267612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.026	0.0195	0.0182	0.0148	0.0325	0.035	0.028	0.0148	0.0223	0.0196	0.0223	0.0225	0.0199	0.0168	0.0199	0.0172
chrX	6270075	6270226	chrX:6270076-6270226	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0036	0.0047	0.0171	0	0.0058	0.0043	0.0033	0	0.0072	0.0026	0.0072	0.0062	0.0077	0.0052	0.0077	0.0193
chrX	6270329	6270480	chrX:6270330-6270480	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0074	0.0039	0.0042	0.0149	0.0011	0.0034	0.0074	0.0033	0.0011	0.0036	0.0045	0.0036	0.0077	0.0077	0.0058	0.0077	0.0318
chrX	6271257	6271408	chrX:6271258-6271408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0137	0.0097	0.0107	0.0214	0.0042	0.0107	0.0164	0.0093	0.0042	0.0109	0.0077	0.0109	0.0194	0.013	0.0064	0.013	0.0459
chrX	6317744	6317895	chrX:6317745-6317895	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0105	0.0062	0.0095	0.0074	0.0102	0.0173	0.0087	0.0074	0.0097	0.0039	0.0097	0.007	0.0023	0.0077	0.0023	0.0031
chrX	6402401	6402552	chrX:6402402-6402552	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0062	0.0053	0.0078	0.0021	0.0053	0.0104	0.0067	0.0021	0.0054	0.0064	0.0054	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.001
chrX	6406333	6406484	chrX:6406334-6406484	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0075	0.0074	0.0046	0.0107	0.0053	0.0063	0.0151	0.0033	0.0053	0.0042	0.0048	0.0042	0.0031	0.0046	0.0013	0.0046	0.0036
chrX	6406583	6406734	chrX:6406584-6406734	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.007	0.0067	0.0106	0.0032	0.0068	0.0125	0.0053	0.0032	0.0054	0.0048	0.0054	0.0062	0.0054	6e-04	0.0054	0.0052
chrX	6417172	6417323	chrX:6417173-6417323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0163	0.0148	0.0207	0.0032	0.0184	0.019	0.0293	0.0032	0.0127	0.0186	0.0127	0.0108	0.0184	0.02	0.0184	0.0292
chrX	6417986	6418188	chrX:6417987-6418188	FBgn0029873,FBgn0259242	CG3918,CG42340	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0499	0.0419	0.0546	0.0536	0.018	0.0529	0.0528	0.05	0.018	0.0531	0.0691	0.0531	0.0457	0.0444	0.0774	0.0444	0.0453
chrX	6418329	6418535	chrX:6418330-6418535	FBgn0029873,FBgn0259242	CG3918,CG42340	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1864	0.1567	0.2282	0.1737	0.0923	0.1951	0.1652	0.2298	0.0923	0.2856	0.2424	0.2856	0.2339	0.1738	0.1954	0.1738	0.1965
chrX	6426750	6427030	chrX:6426751-6427030	FBgn0014026	RpL7A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0631	0.0854	0.0585	0.0276	0.0796	0.0705	0.0919	0.0276	0.1129	0.0852	0.1129	0.0953	0.0613	0.0625	0.0613	0.0714
chrX	6427244	6427418	chrX:6427245-6427418	FBgn0014026	RpL7A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1712	0.1454	0.2112	0.1561	0.1039	0.1801	0.1544	0.2045	0.1039	0.2669	0.228	0.2669	0.1921	0.1769	0.1599	0.1769	0.173
chrX	6427557	6427743	chrX:6427558-6427743	FBgn0000524,FBgn0014026	RpL7A,dx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1829	0.1525	0.2147	0.1819	0.1145	0.1956	0.1574	0.2105	0.1145	0.2669	0.2408	0.2669	0.1905	0.2029	0.1986	0.2029	0.2116
chrX	6427916	6428085	chrX:6427917-6428085	FBgn0000524	dx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1552	0.1233	0.1905	0.1522	0.0838	0.1568	0.1202	0.1865	0.0838	0.2409	0.2035	0.2409	0.1789	0.1616	0.1825	0.1616	0.1871
chrX	6428216	6428385	chrX:6428217-6428385	FBgn0000524	dx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.129	0.1132	0.1593	0.1134	0.0604	0.1558	0.1068	0.1732	0.0604	0.2114	0.1659	0.2114	0.1433	0.1172	0.1464	0.1172	0.1506
chrX	6434067	6434218	chrX:6434068-6434218	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0457	0.0259	0.0123	0.0233	0.0534	0.0471	0.0773	0.0233	0.0217	0.0338	0.0217	0.0201	0.0107	0.0193	0.0107	0.0162
chrX	6434233	6434422	chrX:6434234-6434422	FBgn0085446	CG34417	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0396	0.0538	0.0414	0.0217	0.0255	0.0612	0.0614	0.0879	0.0255	0.0453	0.0498	0.0453	0.0442	0.0145	0.0406	0.0145	0.024
chrX	6434528	6434831	chrX:6434529-6434831	FBgn0085446	CG34417	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0452	0.0532	0.0501	0.0309	0.018	0.0631	0.061	0.0853	0.018	0.0386	0.0707	0.0386	0.0465	0.0184	0.0664	0.0184	0.0334
chrX	6437932	6438181	chrX:6437933-6438181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0541	0.0432	0.0595	0.0603	0.0223	0.0427	0.061	0.0573	0.0223	0.0495	0.0836	0.0495	0.0496	0.0253	0.0877	0.0253	0.0823
chrX	6440029	6440209	chrX:6440030-6440209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0252	0.0481	0.059	0.0085	0.0311	0.0333	0.0313	0.0085	0.0326	0.0611	0.0326	0.0875	0.0176	0.1083	0.0176	0.1042
chrX	6442234	6442385	chrX:6442235-6442385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0122	0.0083	0.0121	0.0166	0.0042	0.0112	0.0117	0.008	0.0042	0.0079	0.0132	0.0079	0.0209	0.0123	0.04	0.0123	0.0135
chrX	6443643	6443853	chrX:6443644-6443853	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0459	0.0368	0.0602	0.0404	0.0138	0.05	0.0394	0.054	0.0138	0.061	0.0871	0.061	0.0496	0.0329	0.0838	0.0329	0.0433
chrX	6443913	6444157	chrX:6443914-6444157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0303	0.043	0.0272	0.017	0.0427	0.0307	0.04	0.017	0.035	0.0688	0.035	0.0325	0.013	0.0548	0.013	0.037
chrX	6445487	6445638	chrX:6445488-6445638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0076	0.0138	0.0149	0.0053	0.0053	0.0108	0.0127	0.0053	0.0115	0.0222	0.0115	0.0085	0.0145	0.0393	0.0145	0.0089
chrX	6465415	6465601	chrX:6465416-6465601	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0691	0.0268	0.0909	0.0925	0.0085	0.0485	0.0281	0.0227	0.0085	0.1975	0.0949	0.1975	0.0534	0.1876	0.1109	0.1876	0.0756
chrX	6465797	6465982	chrX:6465798-6465982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0529	0.0218	0.0619	0.0778	0.0095	0.033	0.0264	0.0213	0.0095	0.1467	0.0566	0.1467	0.0372	0.1953	0.0935	0.1953	0.0584
chrX	6466145	6466296	chrX:6466146-6466296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0116	0.0195	0.0333	0.0042	0.0175	0.0182	0.0073	0.0042	0.0393	0.0186	0.0393	0.0163	0.0827	0.04	0.0827	0.025
chrX	6466628	6466858	chrX:6466629-6466858	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0198	0.0057	0.0204	0.0347	0.0011	0.0107	0.0056	0.006	0.0011	0.0604	0.0096	0.0604	0.0155	0.1317	0.0174	0.1317	0.0172
chrX	6469550	6469701	chrX:6469551-6469701	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0068	0.004	0.0024	0.0149	0.0011	0.0053	0.0065	0.0027	0.0011	0.0024	0.0026	0.0024	0.0039	0.0643	0.0058	0.0643	0.0031
chrX	6484395	6484569	chrX:6484396-6484569	FBgn0029878	Pat1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0496	0.0415	0.0621	0.0448	0.017	0.0558	0.0428	0.06	0.017	0.0894	0.065	0.0894	0.0581	0.0697	0.0438	0.0697	0.0495
chrX	6484741	6484962	chrX:6484742-6484962	FBgn0029878	Pat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1684	0.1345	0.214	0.1562	0.0732	0.1772	0.1419	0.1879	0.0732	0.2591	0.2367	0.2591	0.2146	0.1723	0.1631	0.1723	0.197
chrX	6485051	6485271	chrX:6485052-6485271	FBgn0029878	Pat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1002	0.0747	0.132	0.0939	0.0318	0.1044	0.0683	0.1233	0.0318	0.1407	0.155	0.1407	0.1534	0.0926	0.1096	0.0926	0.1292
chrX	6493289	6493461	chrX:6493290-6493461	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1265	0.1095	0.156	0.1131	0.0594	0.1393	0.1202	0.1552	0.0594	0.1751	0.1797	0.1751	0.158	0.1248	0.1096	0.1248	0.1386
chrX	6493535	6493694	chrX:6493536-6493694	FBgn0029881	pigs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0843	0.0708	0.099	0.0834	0.0467	0.0947	0.0709	0.0999	0.0467	0.1069	0.1125	0.1069	0.1061	0.0789	0.089	0.0789	0.1141
chrX	6493960	6494156	chrX:6493961-6494156	FBgn0029881	pigs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1279	0.1097	0.1525	0.1213	0.0848	0.1413	0.1202	0.1406	0.0848	0.2089	0.154	0.2089	0.1758	0.1294	0.1128	0.1294	0.1688
chrX	6494650	6494874	chrX:6494651-6494874	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0569	0.0481	0.0613	0.062	0.0106	0.0864	0.051	0.0473	0.0106	0.0857	0.0434	0.0857	0.1255	0.0482	0.0213	0.0482	0.1501
chrX	6495423	6495581	chrX:6495424-6495581	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0475	0.0384	0.0621	0.0416	0.0138	0.0636	0.035	0.0493	0.0138	0.0978	0.0473	0.0978	0.0976	0.0291	0.0271	0.0291	0.0662
chrX	6495757	6495958	chrX:6495758-6495958	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1373	0.1071	0.1648	0.1408	0.0551	0.1879	0.1038	0.0993	0.0551	0.2621	0.1453	0.2621	0.1836	0.1141	0.1083	0.1141	0.1886
chrX	6496092	6496428	chrX:6496093-6496428	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0865	0.0785	0.092	0.0893	0.0498	0.1053	0.0926	0.0899	0.0498	0.1304	0.0688	0.1304	0.0976	0.0337	0.0271	0.0337	0.0943
chrX	6497223	6497374	chrX:6497224-6497374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0277	0.0199	0.0319	0.0318	0.0106	0.0335	0.0208	0.0193	0.0106	0.0501	0.0212	0.0501	0.0581	0.0345	0.0148	0.0345	0.0625
chrX	6498209	6498382	chrX:6498210-6498382	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0402	0.0769	0.025	0.016	0.0541	0.0709	0.0973	0.1179	0.0541	0.0187	0.0257	0.0187	0.038	0.0107	0.0123	0.0107	0.0172
chrX	6498955	6499186	chrX:6498956-6499186	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0321	0.0285	0.0423	0.0249	0.0074	0.0495	0.0346	0.024	0.0074	0.0326	0.0486	0.0326	0.0829	0.023	0.029	0.023	0.0396
chrX	6499238	6499389	chrX:6499239-6499389	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0167	0.011	0.0228	0.0164	0.0032	0.0223	0.0095	0.0093	0.0032	0.0199	0.0264	0.0199	0.0418	0.0153	0.0245	0.0153	0.0255
chrX	6503365	6503590	chrX:6503366-6503590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0294	0.0211	0.0499	0.0162	0.0074	0.0243	0.0216	0.0353	0.0074	0.0453	0.0605	0.0453	0.0674	0.0207	0.02	0.0207	0.0234
chrX	6504474	6504625	chrX:6504475-6504625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0133	0.0105	0.0166	0.013	0.0021	0.0121	0.013	0.0127	0.0021	0.0163	0.0174	0.0163	0.0209	0.0115	0.009	0.0115	0.0266
chrX	6505221	6505378	chrX:6505222-6505378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0196	0.0161	0.0242	0.0185	0.0074	0.0209	0.0216	0.016	0.0074	0.0217	0.018	0.0217	0.0325	0.0153	0.0116	0.0153	0.0396
chrX	6506314	6506465	chrX:6506315-6506465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0169	0.014	0.0255	0.0109	0.0053	0.0175	0.016	0.018	0.0053	0.0236	0.037	0.0236	0.0186	0.0168	0.0155	0.0168	0.0104
chrX	6506627	6506778	chrX:6506628-6506778	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0241	0.0165	0.0345	0.0212	0.0064	0.0257	0.016	0.0207	0.0064	0.0471	0.0473	0.0471	0.0209	0.023	0.0413	0.023	0.0214
chrX	6506802	6507020	chrX:6506803-6507020	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0305	0.0166	0.0476	0.0273	0.0074	0.0306	0.0138	0.018	0.0074	0.0634	0.0659	0.0634	0.0325	0.0245	0.0619	0.0245	0.0224
chrX	6507679	6507943	chrX:6507680-6507943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0317	0.0203	0.0416	0.0336	0.0064	0.0306	0.0268	0.018	0.0064	0.0417	0.0257	0.0417	0.1193	0.0368	0.0213	0.0368	0.0693
chrX	6508287	6508508	chrX:6508288-6508508	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0318	0.0193	0.0433	0.033	0.0117	0.0277	0.0195	0.0213	0.0117	0.0374	0.0338	0.0374	0.1092	0.0498	0.0335	0.0498	0.0391
chrX	6509097	6509248	chrX:6509098-6509248	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0102	0.0211	0.0231	0.0011	0.0141	0.0138	0.0113	0.0011	0.0254	0.0209	0.0254	0.0186	0.0337	0.0174	0.0337	0.0271
chrX	6509269	6509468	chrX:6509270-6509468	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0121	0.0296	0.0336	0.0011	0.0165	0.0138	0.0167	0.0011	0.0356	0.027	0.0356	0.0356	0.0613	0.0245	0.0613	0.0297
chrX	6509744	6509948	chrX:6509745-6509948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0116	0.0306	0.0246	0.0074	0.0155	0.0108	0.018	0.0074	0.0356	0.0248	0.0356	0.0225	0.0237	0.0071	0.0237	0.0135
chrX	6510339	6510490	chrX:6510340-6510490	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0127	0.0069	0.0127	0.0192	0.0011	0.0078	0.0121	0.006	0.0011	0.0121	0.0122	0.0121	0.0139	0.0191	0.009	0.0191	0.0328
chrX	6512192	6512343	chrX:6512193-6512343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0091	0.0089	0.0124	0.0032	0.0121	0.0117	0.0113	0.0032	0.0145	0.0068	0.0145	0.0093	0.0092	0.0077	0.0092	0.0068
chrX	6512559	6512961	chrX:6512560-6512961	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0358	0.0408	0.0325	0.034	0.0212	0.0617	0.0333	0.064	0.0212	0.032	0.028	0.032	0.0333	0.0306	0.0148	0.0306	0.0287
chrX	6514166	6514541	chrX:6514167-6514541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0214	0.0355	0.0358	0.0074	0.0364	0.0208	0.0233	0.0074	0.0362	0.0486	0.0362	0.0318	0.0812	0.0529	0.0812	0.0234
chrX	6514999	6515150	chrX:6515000-6515150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0232	0.0145	0.0223	0.034	0.0042	0.0194	0.0156	0.0207	0.0042	0.0386	0.0209	0.0386	0.0248	0.1202	0.0213	0.1202	0.0203
chrX	6515392	6515686	chrX:6515393-6515686	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0303	0.0374	0.0348	0.0148	0.0427	0.0264	0.0446	0.0148	0.0453	0.0479	0.0453	0.0395	0.0658	0.0529	0.0658	0.0297
chrX	6515856	6516074	chrX:6515857-6516074	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0176	0.0308	0.0333	0.0032	0.0233	0.0221	0.022	0.0032	0.0242	0.0418	0.0242	0.0457	0.059	0.0503	0.059	0.0276
chrX	6518258	6518455	chrX:6518259-6518455	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.016	0.0398	0.0462	0.0032	0.0209	0.0225	0.0187	0.0032	0.026	0.0643	0.026	0.0426	0.0184	0.1309	0.0184	0.0318
chrX	6518641	6518792	chrX:6518642-6518792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0178	0.0145	0.0133	0.0263	0.0064	0.0165	0.0199	0.0173	0.0064	0.0121	0.0167	0.0121	0.0155	0.0199	0.0735	0.0199	0.0156
chrX	6519041	6519211	chrX:6519042-6519211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0213	0.0171	0.024	0.023	0.0074	0.0223	0.0203	0.0207	0.0074	0.0163	0.0228	0.0163	0.0527	0.0123	0.0329	0.0123	0.0339
chrX	6519239	6519441	chrX:6519240-6519441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0288	0.0181	0.0331	0.0361	0.0095	0.0262	0.0208	0.0187	0.0095	0.0326	0.0322	0.0326	0.0596	0.0214	0.0438	0.0214	0.0547
chrX	6522528	6522679	chrX:6522529-6522679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0122	0.0093	0.0138	0.0136	0.0064	0.0117	0.0121	0.0093	0.0064	0.0127	0.0103	0.0127	0.0325	0.0092	0.0071	0.0092	0.0334
chrX	6525951	6526102	chrX:6525952-6526102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0173	0.0133	0.0185	0.0203	0.0053	0.015	0.0156	0.0233	0.0053	0.0308	0.0199	0.0308	0.0147	0.0436	0.0213	0.0436	0.0203
chrX	6526137	6526288	chrX:6526138-6526288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0186	0.0152	0.0208	0.0199	0.0053	0.0141	0.0173	0.0293	0.0053	0.0374	0.0222	0.0374	0.0147	0.0505	0.02	0.0505	0.0141
chrX	6526666	6526817	chrX:6526667-6526817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0104	0.008	0.0118	0.0114	0.0032	0.0117	0.0095	0.0093	0.0032	0.0163	0.0113	0.0163	0.017	0.0322	0.0071	0.0322	0.0109
chrX	6535975	6536162	chrX:6535976-6536162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.02	0.0237	0.0185	0.0175	0.0074	0.0345	0.0324	0.0213	0.0074	0.0223	0.0193	0.0223	0.0279	0.0176	0.0084	0.0176	0.037
chrX	6536318	6536469	chrX:6536319-6536469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0154	0.0142	0.0178	0.0141	0.0021	0.0218	0.0195	0.0127	0.0021	0.0205	0.0206	0.0205	0.0248	0.0107	0.0103	0.0107	0.0281
chrX	6536636	6536787	chrX:6536637-6536787	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0136	0.0199	0.0255	0.0032	0.0175	0.0156	0.02	0.0032	0.0193	0.0222	0.0193	0.0333	0.023	0.0271	0.023	0.0422
chrX	6536825	6536976	chrX:6536826-6536976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0216	0.0153	0.0226	0.0274	0.0053	0.0175	0.019	0.022	0.0053	0.0211	0.0277	0.0211	0.0356	0.0207	0.0503	0.0207	0.0323
chrX	6537191	6537665	chrX:6537192-6537665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0516	0.0496	0.0501	0.0554	0.0233	0.0578	0.058	0.068	0.0233	0.0507	0.0579	0.0507	0.0674	0.0513	0.0986	0.0513	0.0662
chrX	6547978	6548129	chrX:6547979-6548129	FBgn0029882	CG3226	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.06	0.053	0.073	0.0538	0.0223	0.0718	0.0636	0.0653	0.0223	0.0845	0.0794	0.0845	0.0806	0.0697	0.0458	0.0697	0.0724
chrX	6548228	6548398	chrX:6548229-6548398	FBgn0028360,FBgn0029882	CG3226,l(1)G0148	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1543	0.1378	0.1807	0.1437	0.1007	0.1704	0.1522	0.1832	0.1007	0.2264	0.1904	0.2264	0.1967	0.144	0.1373	0.144	0.1871
chrX	6548570	6548750	chrX:6548571-6548750	FBgn0028360,FBgn0029882	CG3226,l(1)G0148	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1815	0.1584	0.2222	0.1625	0.122	0.2107	0.1592	0.2105	0.122	0.2838	0.2379	0.2838	0.2192	0.1639	0.1683	0.1639	0.1991
chrX	6550014	6550166	chrX:6550015-6550166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0364	0.0503	0.0293	0.0287	0.0541	0.0447	0.0757	0.0493	0.0541	0.0284	0.0235	0.0284	0.0325	0.0176	0.0148	0.0176	0.0281
chrX	6550400	6550591	chrX:6550401-6550591	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0576	0.0743	0.051	0.0461	0.0679	0.0762	0.1016	0.0806	0.0679	0.0531	0.0447	0.0531	0.0581	0.0299	0.0232	0.0299	0.0433
chrX	6550698	6550849	chrX:6550699-6550849	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.041	0.0469	0.0362	0.0397	0.035	0.0539	0.0584	0.0566	0.035	0.035	0.0289	0.035	0.0364	0.0291	0.0226	0.0291	0.0417
chrX	6550908	6551138	chrX:6550909-6551138	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0793	0.0902	0.0765	0.0702	0.0732	0.0981	0.112	0.1213	0.0732	0.0839	0.0643	0.0839	0.0906	0.059	0.0361	0.059	0.0886
chrX	6551264	6551416	chrX:6551265-6551416	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0634	0.07	0.0598	0.0599	0.0583	0.0801	0.0839	0.0906	0.0583	0.0694	0.0579	0.0694	0.0775	0.0643	0.0458	0.0643	0.0667
chrX	6554052	6554232	chrX:6554053-6554232	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0771	0.0813	0.091	0.0572	0.0551	0.1068	0.0861	0.1099	0.0551	0.1008	0.1026	0.1008	0.1201	0.0658	0.0632	0.0658	0.087
chrX	6555388	6555583	chrX:6555389-6555583	FBgn0029885,FBgn0062413	CG3224,Ctr1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1114	0.0906	0.1352	0.1086	0.0668	0.1102	0.1029	0.1193	0.0668	0.1733	0.1437	0.1733	0.1402	0.121	0.1115	0.121	0.1308
chrX	6555636	6555831	chrX:6555637-6555831	FBgn0029885,FBgn0062413	CG3224,Ctr1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1086	0.0879	0.122	0.117	0.0456	0.1131	0.096	0.1199	0.0456	0.1479	0.1238	0.1479	0.1534	0.1332	0.109	0.1332	0.1558
chrX	6555852	6556034	chrX:6555853-6556034	FBgn0029885,FBgn0062413	CG3224,Ctr1A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.075	0.0599	0.0831	0.0829	0.0339	0.0811	0.0627	0.0819	0.0339	0.099	0.0862	0.099	0.0976	0.085	0.087	0.085	0.1136
chrX	6556192	6556805	chrX:6556193-6556805	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1103	0.0977	0.1221	0.1114	0.0498	0.1291	0.1012	0.1406	0.0498	0.131	0.1177	0.131	0.1588	0.1164	0.098	0.1164	0.1464
chrX	6557148	6557299	chrX:6557149-6557299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0203	0.0155	0.0222	0.0237	0.0064	0.0136	0.0212	0.0247	0.0064	0.0163	0.0293	0.0163	0.0271	0.0123	0.0503	0.0123	0.0234
chrX	6563137	6563341	chrX:6563138-6563341	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0606	0.0706	0.0433	0.0445	0.0733	0.0662	0.0833	0.0445	0.0815	0.0865	0.0815	0.0782	0.0513	0.0625	0.0513	0.0563
chrX	6563426	6563577	chrX:6563427-6563577	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0286	0.0293	0.032	0.0241	0.018	0.0345	0.0359	0.0353	0.018	0.0356	0.0386	0.0356	0.0356	0.0276	0.0477	0.0276	0.0219
chrX	6563652	6563803	chrX:6563653-6563803	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0273	0.0236	0.0345	0.0237	0.0064	0.0345	0.0294	0.0253	0.0064	0.0368	0.0405	0.0368	0.0395	0.0314	0.0342	0.0314	0.0214
chrX	6563914	6564091	chrX:6563915-6564091	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0363	0.0603	0.0373	0.0106	0.0524	0.032	0.058	0.0106	0.0616	0.0743	0.0616	0.0658	0.0467	0.0445	0.0467	0.0438
chrX	6564508	6564705	chrX:6564509-6564705	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0404	0.0396	0.048	0.033	0.0159	0.05	0.0446	0.06	0.0159	0.0459	0.0543	0.0459	0.0643	0.0322	0.0374	0.0322	0.0448
chrX	6564717	6564949	chrX:6564718-6564949	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0353	0.0437	0.0274	0.0191	0.0403	0.0424	0.0513	0.0191	0.0429	0.046	0.0429	0.0643	0.023	0.0251	0.023	0.0417
chrX	6566025	6566176	chrX:6566026-6566176	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0161	0.0192	0.0214	0.0042	0.0189	0.0195	0.024	0.0042	0.0115	0.0193	0.0115	0.0364	0.0084	0.0116	0.0084	0.0563
chrX	6567910	6568095	chrX:6567911-6568095	FBgn0025815,FBgn0029887	CG3198,Mcm6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0759	0.0629	0.0968	0.0674	0.0414	0.0704	0.0731	0.0939	0.0414	0.1123	0.1061	0.1123	0.1007	0.0773	0.0587	0.0773	0.0881
chrX	6568317	6568503	chrX:6568318-6568503	FBgn0025815,FBgn0029887	CG3198,Mcm6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1063	0.0907	0.1341	0.0932	0.0467	0.1175	0.1012	0.1252	0.0467	0.1552	0.1521	0.1552	0.1224	0.108	0.0896	0.108	0.1167
chrX	6571678	6571829	chrX:6571679-6571829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0312	0.0307	0.041	0.0212	0.0138	0.0398	0.035	0.0413	0.0138	0.0386	0.0469	0.0386	0.0527	0.0329	0.0135	0.0329	0.0287
chrX	6572087	6572281	chrX:6572088-6572281	FBgn0028336	l(1)G0255	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1189	0.1018	0.1473	0.1068	0.0583	0.1364	0.1176	0.1266	0.0583	0.1769	0.1569	0.1769	0.165	0.1164	0.1019	0.1164	0.1402
chrX	6572366	6572533	chrX:6572367-6572533	FBgn0028336	l(1)G0255	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1348	0.1199	0.1635	0.1202	0.0679	0.1544	0.138	0.1619	0.0679	0.1963	0.1775	0.1963	0.1704	0.1286	0.1148	0.1286	0.1584
chrX	6572792	6572983	chrX:6572793-6572983	FBgn0028336,FBgn0029888	CG3192,l(1)G0255	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0778	0.0815	0.098	0.0517	0.0286	0.1034	0.0921	0.1226	0.0286	0.1238	0.1039	0.1238	0.0914	0.0536	0.0303	0.0536	0.0834
chrX	6573472	6573675	chrX:6573473-6573675	FBgn0029888	CG3192	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0487	0.029	0.0456	0.0741	0.0127	0.0471	0.0298	0.032	0.0127	0.0429	0.0421	0.0429	0.0883	0.0812	0.0232	0.0812	0.1662
chrX	6577477	6577683	chrX:6577478-6577683	FBgn0029891	Pink1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0499	0.044	0.0638	0.0412	0.0223	0.0563	0.0515	0.0586	0.0223	0.0749	0.0752	0.0749	0.0658	0.0459	0.038	0.0459	0.0563
chrX	6577760	6577947	chrX:6577761-6577947	FBgn0029891	Pink1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1064	0.0967	0.1254	0.0965	0.0636	0.116	0.1116	0.1339	0.0636	0.1528	0.1421	0.1528	0.1177	0.1064	0.0999	0.1064	0.1136
chrX	6577987	6578460	chrX:6577988-6578460	FBgn0029891	Pink1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1235	0.1402	0.1139	0.0753	0.1466	0.1419	0.1799	0.0753	0.1576	0.1437	0.1576	0.1565	0.1309	0.0974	0.1309	0.1433
chrX	6578641	6578792	chrX:6578642-6578792	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.026	0.0322	0.0163	0.0074	0.0277	0.0372	0.036	0.0074	0.0332	0.0341	0.0332	0.0333	0.0184	0.0155	0.0184	0.0234
chrX	6581415	6581594	chrX:6581416-6581594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0503	0.0563	0.0426	0.0223	0.0607	0.0593	0.072	0.0223	0.0598	0.0624	0.0598	0.0658	0.0544	0.0355	0.0544	0.0573
chrX	6582720	6582905	chrX:6582721-6582905	FBgn0029892	CG3184	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0769	0.0793	0.0561	0.0382	0.0966	0.0861	0.1106	0.0382	0.0839	0.0916	0.0839	0.0868	0.0559	0.0587	0.0559	0.0703
chrX	6583151	6583329	chrX:6583152-6583329	FBgn0029892	CG3184	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.068	0.0646	0.0444	0.0414	0.0811	0.0856	0.0853	0.0414	0.0682	0.0778	0.0682	0.0612	0.0513	0.0406	0.0513	0.0594
chrX	6588113	6588319	chrX:6588114-6588319	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0795	0.0859	0.0981	0.0521	0.0615	0.1126	0.0926	0.1166	0.0615	0.1359	0.1087	0.1359	0.0759	0.0842	0.0542	0.0842	0.0448
chrX	6588547	6588717	chrX:6588548-6588717	FBgn0029893	CG14442	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1526	0.1306	0.1876	0.1387	0.0795	0.1733	0.1349	0.1859	0.0795	0.2403	0.2006	0.2403	0.1704	0.1685	0.1212	0.1685	0.1589
chrX	6588971	6589140	chrX:6588972-6589140	FBgn0029893	CG14442	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1478	0.1276	0.1753	0.1402	0.088	0.1646	0.1362	0.1752	0.088	0.2373	0.182	0.2373	0.1627	0.1455	0.1367	0.1455	0.172
chrX	6589249	6589455	chrX:6589250-6589455	FBgn0029893	CG14442	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1065	0.0859	0.1173	0.1177	0.0594	0.1146	0.0835	0.1233	0.0594	0.1371	0.1254	0.1371	0.1193	0.1309	0.1161	0.1309	0.1412
chrX	6590486	6590637	chrX:6590487-6590637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0106	0.0222	0.0324	0.0021	0.0107	0.0177	0.0127	0.0021	0.0254	0.0238	0.0254	0.017	0.026	0.0161	0.026	0.0208
chrX	6592507	6592671	chrX:6592508-6592671	FBgn0029894	CG14440	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0388	0.0125	0.0277	0.0804	0.0064	0.0184	0.0147	0.012	0.0064	0.0211	0.0286	0.0211	0.0519	0.0559	0.0896	0.0559	0.111
chrX	6593140	6593318	chrX:6593141-6593318	FBgn0029895	CG14441	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1099	0.0705	0.1444	0.116	0.0297	0.1029	0.0614	0.1139	0.0297	0.1703	0.1666	0.1703	0.1472	0.1225	0.1438	0.1225	0.1376
chrX	6593429	6593634	chrX:6593430-6593634	FBgn0029895	CG14441	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1524	0.1196	0.1938	0.1434	0.0636	0.165	0.1055	0.1952	0.0636	0.2101	0.2347	0.2101	0.1975	0.1462	0.1663	0.1462	0.174
chrX	6593754	6593919	chrX:6593755-6593919	FBgn0029895	CG14441	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0666	0.1138	0.0593	0.0233	0.1058	0.0463	0.1133	0.0233	0.0906	0.1531	0.0906	0.1301	0.0368	0.0774	0.0368	0.0677
chrX	6594233	6594438	chrX:6594234-6594438	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0979	0.096	0.1168	0.0795	0.0456	0.1311	0.0934	0.1472	0.0456	0.093	0.1682	0.093	0.1294	0.0383	0.1064	0.0383	0.1042
chrX	6594535	6594762	chrX:6594536-6594762	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1167	0.1158	0.1414	0.0905	0.0583	0.1471	0.1142	0.1872	0.0583	0.1178	0.2019	0.1178	0.1588	0.0413	0.1302	0.0413	0.1261
chrX	6595048	6595344	chrX:6595049-6595344	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.0649	0.0736	0.038	0.018	0.1019	0.0653	0.0879	0.018	0.0501	0.1013	0.0501	0.0906	0.0237	0.0509	0.0237	0.0641
chrX	6596794	6596962	chrX:6596795-6596962	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0645	0.039	0.0797	0.0765	0.0159	0.0689	0.0368	0.0413	0.0159	0.0622	0.0907	0.0622	0.158	0.0796	0.0967	0.0796	0.1303
chrX	6597089	6597264	chrX:6597090-6597264	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0427	0.0222	0.0494	0.0582	0.0074	0.0383	0.0216	0.0227	0.0074	0.029	0.0572	0.029	0.1015	0.0796	0.0709	0.0796	0.0875
chrX	6597729	6597880	chrX:6597730-6597880	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0305	0.0201	0.0297	0.0429	0.0042	0.0233	0.0311	0.022	0.0042	0.0211	0.0325	0.0211	0.0604	0.0329	0.0625	0.0329	0.0714
chrX	6599052	6599203	chrX:6599053-6599203	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0339	0.0391	0.0376	0.0241	0.0286	0.0451	0.0506	0.046	0.0286	0.038	0.0283	0.038	0.0891	0.0168	0.0322	0.0168	0.0427
chrX	6599256	6599441	chrX:6599257-6599441	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0433	0.0482	0.0489	0.0318	0.0233	0.0646	0.0541	0.068	0.0233	0.0362	0.0412	0.0362	0.127	0.0161	0.038	0.0161	0.0657
chrX	6600060	6600211	chrX:6600061-6600211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0234	0.0147	0.0288	0.0272	0.0064	0.0252	0.016	0.0127	0.0064	0.0229	0.0251	0.0229	0.0806	0.0123	0.0322	0.0123	0.0542
chrX	6600887	6601103	chrX:6600888-6601103	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0506	0.0249	0.0557	0.0737	0.0042	0.0413	0.029	0.024	0.0042	0.0344	0.0579	0.0344	0.1332	0.0375	0.107	0.0375	0.1376
chrX	6602470	6602621	chrX:6602471-6602621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0204	0.0122	0.0185	0.0315	0.0064	0.0131	0.019	0.0133	0.0064	0.0223	0.0145	0.0223	0.0364	0.0544	0.029	0.0544	0.0396
chrX	6602797	6603220	chrX:6602798-6603220	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0709	0.0476	0.0819	0.0848	0.0159	0.0655	0.0515	0.0666	0.0159	0.058	0.0916	0.058	0.1572	0.0743	0.0851	0.0743	0.1464
chrX	6603377	6603585	chrX:6603378-6603585	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0585	0.048	0.0688	0.0589	0.018	0.0617	0.0606	0.0566	0.018	0.0646	0.074	0.0646	0.1177	0.0505	0.0619	0.0505	0.0959
chrX	6604968	6605119	chrX:6604969-6605119	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0287	0.0206	0.0324	0.0338	0.0074	0.0286	0.0242	0.022	0.0074	0.0193	0.0379	0.0193	0.0674	0.0199	0.0554	0.0199	0.0469
chrX	6605237	6605470	chrX:6605238-6605470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0389	0.0285	0.0411	0.0479	0.0138	0.0359	0.0333	0.0366	0.0138	0.026	0.0473	0.026	0.0806	0.0207	0.089	0.0207	0.0589
chrX	6605607	6605758	chrX:6605608-6605758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0284	0.0257	0.0274	0.0324	0.0244	0.0252	0.0342	0.0313	0.0244	0.0181	0.0283	0.0181	0.0503	0.0153	0.0587	0.0153	0.0401
chrX	6605875	6606057	chrX:6605876-6606057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0255	0.0501	0.014	0.0107	0.052	0.0447	0.0753	0.0526	0.052	0.0133	0.0174	0.0133	0.0132	0.0038	0.0129	0.0038	0.0115
chrX	6613229	6613380	chrX:6613230-6613380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0124	0.0087	0.0123	0.0166	0.0042	0.0078	0.013	0.0133	0.0042	0.0072	0.0135	0.0072	0.0263	0.0077	0.0168	0.0077	0.038
chrX	6613490	6613641	chrX:6613491-6613641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0132	0.0083	0.0123	0.0195	0.0042	0.0087	0.0125	0.0093	0.0042	0.0072	0.0125	0.0072	0.0279	0.0077	0.0213	0.0077	0.0433
chrX	6614068	6614219	chrX:6614069-6614219	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0192	0.0231	0.0204	0.0136	0.0064	0.0248	0.0368	0.0247	0.0064	0.0121	0.0251	0.0121	0.0372	0.01	0.0142	0.01	0.0234
chrX	6614807	6614958	chrX:6614808-6614958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0135	0.015	0.0115	0.0139	0.0021	0.018	0.0225	0.0167	0.0021	0.006	0.0135	0.006	0.0232	0.0107	0.0084	0.0107	0.0313
chrX	6615253	6615404	chrX:6615254-6615404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.012	0.0116	0.0117	0.0127	0.0053	0.0112	0.0195	0.0107	0.0053	0.0066	0.0125	0.0066	0.0271	0.0054	0.0064	0.0054	0.0323
chrX	6619265	6619430	chrX:6619266-6619430	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0302	0.0368	0.0359	0.0166	0.0191	0.0364	0.0588	0.038	0.0191	0.038	0.0399	0.038	0.0473	0.0107	0.0148	0.0107	0.0339
chrX	6621227	6621396	chrX:6621228-6621396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0203	0.0155	0.0245	0.0212	0.0074	0.0238	0.019	0.0133	0.0074	0.0211	0.0164	0.0211	0.062	0.01	0.0148	0.01	0.0485
chrX	6622625	6622776	chrX:6622626-6622776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0304	0.0263	0.0156	0.0127	0.0383	0.0372	0.04	0.0127	0.0296	0.0331	0.0296	0.0325	0.0191	0.0135	0.0191	0.0219
chrX	6622887	6623114	chrX:6622888-6623114	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.075	0.0733	0.0968	0.0529	0.035	0.1063	0.0753	0.0986	0.035	0.1087	0.1286	0.1087	0.093	0.0781	0.0567	0.0781	0.073
chrX	6625036	6625187	chrX:6625037-6625187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0199	0.0227	0.0251	0.011	0.0095	0.033	0.0303	0.0207	0.0095	0.0272	0.0264	0.0272	0.0341	0.013	0.0097	0.013	0.0156
chrX	6626683	6626866	chrX:6626684-6626866	FBgn0263415	CR43461	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0321	0.0381	0.0325	0.0249	0.0127	0.0563	0.0385	0.054	0.0127	0.0405	0.0334	0.0405	0.0387	0.0536	0.0264	0.0536	0.024
chrX	6627507	6627658	chrX:6627508-6627658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0094	0.0093	0.0137	0.0046	0	0.0126	0.0134	0.0113	0	0.0103	0.0122	0.0103	0.0318	0.0038	0.0058	0.0038	0.0078
chrX	6628030	6628181	chrX:6628031-6628181	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0114	0.0088	0.0141	0.0113	0.0032	0.0141	0.0099	0.0087	0.0032	0.0127	0.0116	0.0127	0.0318	0.0084	0.0064	0.0084	0.0255
chrX	6628869	6629020	chrX:6628870-6629020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0132	0.0096	0.0165	0.0136	0.0011	0.0107	0.0147	0.0133	0.0011	0.0133	0.0248	0.0133	0.0163	0.0145	0.0226	0.0145	0.0182
chrX	6632619	6632770	chrX:6632620-6632770	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0152	0.0118	0.0154	0.0188	0.0053	0.0146	0.0173	0.0113	0.0053	0.0272	0.0186	0.0272	0.0077	0.0505	0.02	0.0505	0.013
chrX	6634230	6634381	chrX:6634231-6634381	FBgn0029896	CG3168	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0155	0.0087	0.0159	0.0226	0.0032	0.0107	0.0125	0.01	0.0032	0.0163	0.018	0.0163	0.0225	0.0322	0.0148	0.0322	0.0427
chrX	6635253	6635447	chrX:6635254-6635447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1092	0.0904	0.1362	0.1007	0.0414	0.1286	0.0999	0.1126	0.0414	0.1908	0.135	0.1908	0.1402	0.1294	0.1032	0.1294	0.1449
chrX	6635529	6635760	chrX:6635530-6635760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0596	0.0417	0.085	0.0515	0.0106	0.068	0.042	0.052	0.0106	0.1141	0.0913	0.1141	0.0945	0.0574	0.0496	0.0574	0.0818
chrX	6635931	6636082	chrX:6635932-6636082	FBgn0086602	snoRNA:Psi28S-3436b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0367	0.0288	0.0548	0.0258	0.0074	0.0388	0.0333	0.036	0.0074	0.0791	0.0588	0.0791	0.0558	0.0314	0.0232	0.0314	0.0396
chrX	6636147	6636437	chrX:6636148-6636437	FBgn0086602,FBgn0086668	snoRNA:Psi28S-3436a,snoRNA:Psi28S-3436b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.042	0.0765	0.0337	0.017	0.049	0.0588	0.052	0.017	0.1021	0.0852	0.1021	0.0829	0.0391	0.0406	0.0391	0.0474
chrX	6637600	6637997	chrX:6637601-6637997	FBgn0029897,FBgn0082997	RpL17,snoRNA:Psi28S-1232	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1023	0.0938	0.1212	0.0911	0.0562	0.1204	0.1073	0.1206	0.0562	0.1473	0.126	0.1473	0.1317	0.0888	0.0896	0.0888	0.1146
chrX	6638244	6638568	chrX:6638245-6638568	FBgn0029897,FBgn0052740,FBgn0082997	RpL17,snoRNA:Psi28S-1232,tRNA:CR32740	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.161	0.1439	0.1928	0.1452	0.0965	0.185	0.1553	0.1912	0.0965	0.2325	0.2119	0.2325	0.1751	0.1508	0.1573	0.1508	0.1845
chrX	6641344	6641495	chrX:6641345-6641495	FBgn0029898	CG14439	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0081	0.0166	0.0198	0.0021	0.0087	0.0108	0.012	0.0021	0.0115	0.0251	0.0115	0.017	0.0092	0.0548	0.0092	0.0172
chrX	6650193	6650374	chrX:6650194-6650374	FBgn0029899	CG14438	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.087	0.128	0.1064	0.0414	0.1233	0.0878	0.1206	0.0414	0.157	0.1367	0.157	0.1239	0.1202	0.1025	0.1202	0.1172
chrX	6650493	6650701	chrX:6650494-6650701	FBgn0029899	CG14438	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1397	0.1022	0.1673	0.1514	0.0573	0.1422	0.0969	0.1492	0.0573	0.2198	0.1637	0.2198	0.1836	0.1983	0.1257	0.1983	0.1772
chrX	6650798	6650965	chrX:6650799-6650965	FBgn0029899	CG14438	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0434	0.0249	0.0451	0.0622	0.0127	0.0311	0.0316	0.032	0.0127	0.0471	0.0466	0.0471	0.0635	0.0858	0.0464	0.0858	0.0803
chrX	6652931	6653328	chrX:6652932-6653328	FBgn0263507	CR43496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1037	0.084	0.1234	0.1043	0.0435	0.1175	0.0926	0.1039	0.0435	0.1389	0.1299	0.1389	0.1572	0.1508	0.1167	0.1508	0.1355
chrX	6653403	6653584	chrX:6653404-6653584	FBgn0263507	CR43496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1374	0.1115	0.1718	0.1284	0.0689	0.1524	0.1107	0.1552	0.0689	0.2138	0.1907	0.2138	0.165	0.1455	0.1386	0.1455	0.1605
chrX	6653659	6653849	chrX:6653660-6653849	FBgn0263507	CR43496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0818	0.0702	0.108	0.0661	0.0297	0.1039	0.0696	0.0973	0.0297	0.1449	0.1164	0.1449	0.1053	0.0758	0.0645	0.0758	0.0782
chrX	6664179	6664412	chrX:6664180-6664412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.032	0.0299	0.0425	0.0228	0.0148	0.0461	0.0272	0.0386	0.0148	0.0513	0.0479	0.0513	0.0473	0.0314	0.0245	0.0314	0.0229
chrX	6664733	6664911	chrX:6664734-6664911	FBgn0029502	COQ7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0553	0.0687	0.048	0.0339	0.067	0.0597	0.0819	0.0339	0.0815	0.0768	0.0815	0.0813	0.0521	0.0471	0.0521	0.0672
chrX	6664939	6665124	chrX:6664940-6665124	FBgn0029502	COQ7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0926	0.0775	0.1126	0.0876	0.0551	0.1005	0.08	0.1099	0.0551	0.1407	0.1248	0.1407	0.1022	0.0942	0.0986	0.0942	0.1115
chrX	6665169	6665382	chrX:6665170-6665382	FBgn0029502	COQ7	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0939	0.0747	0.1179	0.0891	0.0435	0.099	0.0766	0.1053	0.0435	0.1582	0.1244	0.1582	0.1015	0.098	0.0896	0.098	0.1136
chrX	6665520	6665706	chrX:6665521-6665706	FBgn0029502	COQ7	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0272	0.0424	0.0267	0.0117	0.032	0.0372	0.0313	0.0117	0.0562	0.0486	0.0562	0.0372	0.0322	0.0284	0.0322	0.0354
chrX	6669586	6669796	chrX:6669587-6669796	distal	distal	stage11	stage11	shf_shf1	shf_shf1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0405	0.0391	0.0582	0.0226	0.0265	0.0374	0.0407	0.072	0.0265	0.0169	0.1196	0.0169	0.0248	0.0069	0.0606	0.0069	0.0182
chrX	6669917	6670086	chrX:6669918-6670086	distal	distal	stage11	stage11	shf_shf1	shf_shf1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0411	0.0351	0.0579	0.0292	0.0201	0.0335	0.0385	0.0633	0.0201	0.0169	0.118	0.0169	0.031	0.0115	0.0825	0.0115	0.0245
chrX	6670147	6670298	chrX:6670148-6670298	distal	distal	none	none	shf_shf1	shf_shf1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0233	0.0184	0.0321	0.0189	0.0064	0.0189	0.0264	0.0253	0.0064	0.0133	0.0588	0.0133	0.024	0.0069	0.0374	0.0069	0.0297
chrX	6671170	6671397	chrX:6671171-6671397	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0545	0.0426	0.0873	0.0319	0.0138	0.0553	0.0337	0.0839	0.0138	0.0284	0.1775	0.0284	0.0372	0.0184	0.0864	0.0184	0.0177
chrX	6671873	6672092	chrX:6671874-6672092	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0482	0.0558	0.0699	0.0157	0.0223	0.068	0.0593	0.0886	0.0223	0.0308	0.1177	0.0308	0.0798	0.01	0.0309	0.01	0.012
chrX	6672363	6672531	chrX:6672364-6672531	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0317	0.0199	0.0599	0.0138	0.0085	0.0282	0.0225	0.0266	0.0085	0.0386	0.0926	0.0386	0.072	0.0084	0.0309	0.0084	0.013
chrX	6673633	6673839	chrX:6673634-6673839	FBgn0003390	shf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0705	0.0626	0.0857	0.0627	0.0403	0.0728	0.074	0.0873	0.0403	0.0755	0.1199	0.0755	0.0868	0.0567	0.0851	0.0567	0.1037
chrX	6673964	6674160	chrX:6673965-6674160	FBgn0003390	shf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0763	0.0745	0.092	0.0611	0.0392	0.0888	0.0869	0.1053	0.0392	0.087	0.126	0.087	0.0899	0.0628	0.0806	0.0628	0.0954
chrX	6688802	6688953	chrX:6688803-6688953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0207	0.0155	0.0249	0.0219	0.0032	0.017	0.0212	0.02	0.0032	0.0211	0.037	0.0211	0.0201	0.01	0.0567	0.01	0.0172
chrX	6690383	6690551	chrX:6690384-6690551	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0192	0.0289	0.0337	0.0064	0.0194	0.0264	0.028	0.0064	0.0229	0.0405	0.0229	0.0372	0.0199	0.0574	0.0199	0.05
chrX	6694831	6695035	chrX:6694832-6695035	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0478	0.0344	0.051	0.0592	0.017	0.0422	0.0502	0.0333	0.017	0.0477	0.0482	0.0477	0.103	0.0551	0.0722	0.0551	0.1042
chrX	6696261	6696412	chrX:6696262-6696412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0405	0.0515	0.0466	0.0216	0.0255	0.0689	0.061	0.066	0.0255	0.0586	0.0537	0.0586	0.0457	0.0322	0.0193	0.0322	0.0203
chrX	6696565	6696770	chrX:6696566-6696770	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0998	0.0987	0.1402	0.0567	0.052	0.1524	0.0926	0.1239	0.052	0.2234	0.1537	0.2234	0.0782	0.1118	0.0516	0.1118	0.0334
chrX	6696785	6697151	chrX:6696786-6697151	FBgn0259228	C3G	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1397	0.1021	0.1947	0.1213	0.0477	0.1495	0.0978	0.1406	0.0477	0.3345	0.1894	0.3345	0.134	0.2083	0.1077	0.2083	0.1001
chrX	6697279	6697450	chrX:6697280-6697450	FBgn0029903,FBgn0259228	C3G,pod1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1456	0.1254	0.1751	0.1359	0.0933	0.1471	0.1466	0.1646	0.0933	0.2258	0.1852	0.2258	0.1541	0.1508	0.1406	0.1508	0.1558
chrX	6697576	6697759	chrX:6697577-6697759	FBgn0029903,FBgn0259228	C3G,pod1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1824	0.1595	0.2179	0.1691	0.1198	0.1922	0.1864	0.2025	0.1198	0.2657	0.2325	0.2657	0.2029	0.173	0.1792	0.173	0.1965
chrX	6697917	6698147	chrX:6697918-6698147	FBgn0029903,FBgn0259228	C3G,pod1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1138	0.0947	0.1374	0.1093	0.0541	0.117	0.1103	0.1252	0.0541	0.1612	0.1299	0.1612	0.1177	0.1026	0.0928	0.1026	0.1042
chrX	6698374	6698612	chrX:6698375-6698612	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1288	0.1474	0.1283	0.1086	0.1145	0.1481	0.1752	0.2152	0.1145	0.1848	0.1096	0.1848	0.0899	0.1401	0.0645	0.1401	0.0709
chrX	6698680	6698891	chrX:6698681-6698891	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1008	0.0966	0.1066	0.0992	0.07	0.0985	0.1155	0.1452	0.07	0.1486	0.1058	0.1486	0.0744	0.1325	0.0709	0.1325	0.0693
chrX	6698957	6699168	chrX:6698958-6699168	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0828	0.092	0.09	0.0646	0.0647	0.0917	0.1176	0.1306	0.0647	0.0966	0.0961	0.0966	0.0705	0.0712	0.0471	0.0712	0.049
chrX	6705636	6705952	chrX:6705637-6705952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0404	0.0496	0.0421	0.0281	0.0255	0.0539	0.0666	0.0653	0.0255	0.0483	0.0421	0.0483	0.0387	0.026	0.0206	0.026	0.0281
chrX	6706125	6706306	chrX:6706126-6706306	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0474	0.0548	0.0524	0.0337	0.0382	0.0607	0.0657	0.0766	0.0382	0.0634	0.0518	0.0634	0.0473	0.0375	0.0258	0.0375	0.0339
chrX	6706841	6707078	chrX:6706842-6707078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0242	0.0338	0.0223	0.0156	0.0148	0.0311	0.0593	0.0326	0.0148	0.0242	0.0206	0.0242	0.0248	0.0145	0.0174	0.0145	0.0167
chrX	6714597	6714760	chrX:6714598-6714760	FBgn0029905,FBgn0029906	CG4542,Nf-YC	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0575	0.0467	0.0749	0.0506	0.018	0.0602	0.058	0.0626	0.018	0.0719	0.0839	0.0719	0.0852	0.0521	0.0464	0.0521	0.062
chrX	6714880	6715133	chrX:6714881-6715133	FBgn0029905,FBgn0029906	CG4542,Nf-YC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1735	0.1547	0.2208	0.1426	0.0965	0.1956	0.1691	0.2119	0.0965	0.2729	0.237	0.2729	0.2239	0.1455	0.1418	0.1455	0.1631
chrX	6716936	6717173	chrX:6716937-6717173	FBgn0029907	Atx-1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.127	0.0209	0.0088	0.1453	0.0432	0.224	0.1566	0.1453	0.0223	0.0232	0.0223	0.0225	0.0069	0.0084	0.0069	0.012
chrX	6717991	6718142	chrX:6717992-6718142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.039	0.0368	0.0491	0.0304	0.0233	0.0427	0.0428	0.0506	0.0233	0.055	0.0592	0.055	0.0442	0.0391	0.0348	0.0391	0.036
chrX	6718213	6718599	chrX:6718214-6718599	FBgn0263968	nonC	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1418	0.1228	0.181	0.12	0.0732	0.1549	0.1349	0.1686	0.0732	0.2047	0.2061	0.2047	0.1944	0.1394	0.1328	0.1394	0.1454
chrX	6718655	6718991	chrX:6718656-6718991	FBgn0263968	nonC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0611	0.0747	0.0544	0.0255	0.0689	0.0843	0.0766	0.0255	0.0857	0.0794	0.0857	0.0906	0.0613	0.049	0.0613	0.0646
chrX	6734466	6734857	chrX:6734467-6734857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0294	0.0208	0.0367	0.0311	0.0042	0.0286	0.0264	0.0253	0.0042	0.0368	0.0289	0.0368	0.0689	0.0444	0.0239	0.0444	0.0453
chrX	6737912	6738082	chrX:6737913-6738082	FBgn0029911,FBgn0029912	CG14435,CG4557	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1174	0.0987	0.1461	0.1068	0.0647	0.1238	0.1146	0.1233	0.0647	0.1878	0.1598	0.1878	0.1356	0.1179	0.1161	0.1179	0.1355
chrX	6738285	6738459	chrX:6738286-6738459	FBgn0029911,FBgn0029912	CG14435,CG4557	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1083	0.088	0.1401	0.0962	0.0562	0.1248	0.0904	0.1139	0.0562	0.1896	0.1527	0.1896	0.1255	0.0995	0.1032	0.0995	0.124
chrX	6743460	6743674	chrX:6743461-6743674	FBgn0029913,FBgn0029914	CG4558,Cht11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0775	0.0553	0.1057	0.0712	0.0276	0.0796	0.048	0.0866	0.0276	0.1226	0.1158	0.1226	0.1208	0.0812	0.0703	0.0812	0.0964
chrX	6743692	6743899	chrX:6743693-6743899	FBgn0029913,FBgn0029914	CG4558,Cht11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0957	0.0724	0.1235	0.0912	0.0414	0.0951	0.0718	0.1053	0.0414	0.151	0.1325	0.151	0.1356	0.1049	0.0838	0.1049	0.123
chrX	6746647	6746808	chrX:6746648-6746808	FBgn0029915	CG14434	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0409	0.0717	0.0767	0.018	0.051	0.0463	0.064	0.018	0.0749	0.0727	0.0749	0.0899	0.0697	0.0787	0.0697	0.0974
chrX	6746893	6747050	chrX:6746894-6747050	FBgn0029915	CG14434	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0776	0.049	0.0906	0.0954	0.0286	0.068	0.0489	0.0673	0.0286	0.1045	0.0974	0.1045	0.0991	0.0911	0.0948	0.0911	0.1245
chrX	6747425	6747751	chrX:6747426-6747751	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2017	0.1634	0.2613	0.1792	0.1092	0.2296	0.1587	0.2132	0.1092	0.3599	0.2547	0.3599	0.2184	0.1953	0.1657	0.1953	0.1933
chrX	6748546	6748697	chrX:6748547-6748697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0536	0.0491	0.0588	0.0529	0.035	0.066	0.051	0.0646	0.035	0.0755	0.0531	0.0755	0.0534	0.0505	0.0277	0.0505	0.0578
chrX	6748880	6749067	chrX:6748881-6749067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.05	0.0341	0.0541	0.0634	0.0212	0.0456	0.0376	0.0413	0.0212	0.0513	0.0447	0.0513	0.0596	0.0582	0.0342	0.0582	0.0516
chrX	6749715	6750056	chrX:6749716-6750056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1628	0.1807	0.1758	0.1287	0.1389	0.2097	0.215	0.2365	0.1389	0.1606	0.2241	0.1606	0.1758	0.1133	0.1883	0.1133	0.1371
chrX	6751688	6752007	chrX:6751689-6752007	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1072	0.1604	0.1038	0.0515	0.1527	0.132	0.2426	0.1739	0.1527	0.1051	0.1257	0.1051	0.0883	0.0605	0.0516	0.0605	0.0584
chrX	6754226	6754463	chrX:6754227-6754463	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0761	0.0422	0.0824	0.1071	0.0148	0.0675	0.042	0.0546	0.0148	0.0725	0.0756	0.0725	0.1549	0.1026	0.0896	0.1026	0.1798
chrX	6754771	6754997	chrX:6754772-6754997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.0804	0.1141	0.0822	0.0626	0.0903	0.1021	0.0973	0.0626	0.1159	0.1113	0.1159	0.1479	0.0881	0.0671	0.0881	0.1073
chrX	6755567	6755812	chrX:6755568-6755812	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2358	0.2023	0.2934	0.21	0.1421	0.2723	0.2098	0.2665	0.1421	0.3841	0.3215	0.3841	0.2789	0.2374	0.2353	0.2374	0.248
chrX	6756771	6757015	chrX:6756772-6757015	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2301	0.2066	0.2839	0.1973	0.1569	0.2631	0.2189	0.2692	0.1569	0.3424	0.3145	0.3424	0.2587	0.2014	0.2192	0.2014	0.2152
chrX	6757997	6758148	chrX:6757998-6758148	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0643	0.0526	0.1091	0.0281	0.0117	0.0743	0.0528	0.0799	0.0117	0.1117	0.1592	0.1117	0.0627	0.0276	0.0464	0.0276	0.024
chrX	6760139	6760378	chrX:6760140-6760378	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.13	0.1119	0.1501	0.128	0.1018	0.1442	0.128	0.1219	0.1018	0.2035	0.1457	0.2035	0.1371	0.1194	0.1348	0.1194	0.1449
chrX	6761198	6761486	chrX:6761199-6761486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0636	0.036	0.0681	0.0894	0.0159	0.0461	0.0463	0.0426	0.0159	0.0707	0.0698	0.0707	0.0813	0.0812	0.1083	0.0812	0.0724
chrX	6761506	6761666	chrX:6761507-6761666	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.0304	0.0541	0.0859	0.0159	0.0393	0.0342	0.0393	0.0159	0.0622	0.0492	0.0622	0.0643	0.1003	0.0812	0.1003	0.0849
chrX	6762130	6762321	chrX:6762131-6762321	FBgn0263993	CG43736	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1999	0.1498	0.2541	0.1964	0.0817	0.216	0.1237	0.2272	0.0817	0.3074	0.2691	0.3074	0.2355	0.193	0.2199	0.193	0.2079
chrX	6762358	6762606	chrX:6762359-6762606	FBgn0263993	CG43736	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2271	0.2061	0.2701	0.2033	0.1347	0.2743	0.2093	0.2778	0.1347	0.3297	0.2942	0.3297	0.2541	0.2106	0.216	0.2106	0.2381
chrX	6762623	6762774	chrX:6762624-6762774	FBgn0263993	CG43736	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0912	0.1051	0.1006	0.0653	0.0891	0.1146	0.1276	0.1306	0.0891	0.1202	0.1158	0.1202	0.0883	0.0758	0.0632	0.0758	0.0829
chrX	6762898	6763072	chrX:6762899-6763072	FBgn0263993	CG43736	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1272	0.1294	0.1553	0.094	0.1071	0.1524	0.1622	0.1419	0.1071	0.1987	0.1707	0.1987	0.1433	0.1126	0.0941	0.1126	0.1245
chrX	6765899	6766050	chrX:6765900-6766050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0562	0.0499	0.0736	0.0443	0.0286	0.0631	0.0571	0.0633	0.0286	0.0827	0.0961	0.0827	0.0658	0.0498	0.0703	0.0498	0.0406
chrX	6768396	6768692	chrX:6768397-6768692	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0745	0.0789	0.0801	0.0634	0.0636	0.084	0.0956	0.1046	0.0636	0.1057	0.0865	0.1057	0.072	0.0643	0.0522	0.0643	0.0792
chrX	6769007	6769193	chrX:6769008-6769193	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0527	0.0508	0.0499	0.0579	0.0467	0.0573	0.064	0.0553	0.0467	0.0525	0.0524	0.0525	0.0589	0.0444	0.0387	0.0444	0.073
chrX	6769202	6769439	chrX:6769203-6769439	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0343	0.0283	0.031	0.0447	0.0223	0.035	0.0355	0.032	0.0223	0.0308	0.0328	0.0308	0.031	0.0245	0.0355	0.0245	0.0485
chrX	6769915	6770118	chrX:6769916-6770118	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0816	0.1051	0.0768	0.0607	0.0944	0.0961	0.1341	0.1486	0.0944	0.0616	0.0974	0.0616	0.0868	0.0452	0.0645	0.0452	0.0672
chrX	6770424	6770683	chrX:6770425-6770683	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0653	0.0914	0.0549	0.0475	0.0732	0.0806	0.1272	0.1206	0.0732	0.061	0.0646	0.061	0.0643	0.0314	0.0819	0.0314	0.0542
chrX	6771934	6772230	chrX:6771935-6772230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0961	0.033	0.0207	0.1135	0.0655	0.1302	0.1346	0.1135	0.0356	0.0399	0.0356	0.0209	0.0191	0.0277	0.0191	0.0219
chrX	6773727	6773878	chrX:6773728-6773878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0272	0.0302	0.0315	0.0192	0.0159	0.0301	0.0424	0.0426	0.0159	0.0386	0.0363	0.0386	0.0294	0.0107	0.0181	0.0107	0.0339
chrX	6775646	6775797	chrX:6775647-6775797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0176	0.0163	0.0132	0.0238	0.0138	0.016	0.0199	0.0233	0.0138	0.0139	0.0125	0.0139	0.0163	0.023	0.0148	0.023	0.0203
chrX	6776071	6776222	chrX:6776072-6776222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.019	0.0196	0.0227	0.0142	0.0117	0.0204	0.0255	0.0273	0.0117	0.0187	0.0289	0.0187	0.0217	0.0092	0.0103	0.0092	0.0151
chrX	6777867	6778018	chrX:6777868-6778018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0197	0.0305	0.0156	0.012	0.0265	0.0204	0.0523	0.034	0.0265	0.0205	0.0193	0.0205	0.0108	0.0184	0.0071	0.0184	0.013
chrX	6783474	6783625	chrX:6783475-6783625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0215	0.0259	0.022	0.016	0.0138	0.0233	0.0355	0.0386	0.0138	0.0272	0.0238	0.0272	0.017	0.0054	0.0123	0.0054	0.0109
chrX	6787826	6787977	chrX:6787827-6787977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0101	0.0091	0.0078	0.0053	0.0053	0.0195	0.012	0.0053	0.0127	0.0103	0.0127	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0047
chrX	6802221	6802421	chrX:6802222-6802421	FBgn0029922	CG14431	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.0213	0.053	0.0628	0.0064	0.0262	0.0342	0.018	0.0064	0.0513	0.0588	0.0513	0.0891	0.0214	0.1109	0.0214	0.0745
chrX	6834197	6834348	chrX:6834198-6834348	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.006	0.0051	0.0134	0.0021	0.0049	0.0121	0.0053	0.0021	0.0085	0.0035	0.0085	0.0023	8e-04	0.0039	8e-04	0.0099
chrX	6861183	6861570	chrX:6861184-6861570	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0364	0.0405	0.0365	0.0316	0.0159	0.0655	0.045	0.0433	0.0159	0.0604	0.0325	0.0604	0.0465	0.0949	0.0232	0.0949	0.0219
chrX	6862679	6862891	chrX:6862680-6862891	FBgn0052732	CG32732	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0588	0.0332	0.0447	0.1029	0.018	0.0422	0.0372	0.044	0.018	0.0399	0.0424	0.0399	0.0922	0.1172	0.107	0.1172	0.1464
chrX	6863080	6863231	chrX:6863081-6863231	FBgn0052732	CG32732	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0152	0.017	0.0343	0.0042	0.016	0.0182	0.0247	0.0042	0.0163	0.0151	0.0163	0.0349	0.0329	0.0277	0.0329	0.061
chrX	6863417	6863671	chrX:6863418-6863671	FBgn0029924	CG4586	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.033	0.0214	0.033	0.046	0.0127	0.0262	0.0272	0.0253	0.0127	0.0362	0.0318	0.0362	0.0589	0.0406	0.0432	0.0406	0.086
chrX	6867087	6867238	chrX:6867088-6867238	FBgn0029925	CG3040	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0449	0.0536	0.0383	0.0233	0.0553	0.0502	0.066	0.0233	0.0592	0.0608	0.0592	0.0573	0.0452	0.0432	0.0452	0.0427
chrX	6867385	6867562	chrX:6867386-6867562	FBgn0029925	CG3040	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1083	0.0976	0.1241	0.103	0.053	0.1282	0.1047	0.1326	0.053	0.1407	0.1399	0.1407	0.1286	0.1026	0.1186	0.1026	0.1261
chrX	6869684	6869835	chrX:6869685-6869835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0275	0.0286	0.0304	0.018	0.0354	0.0329	0.034	0.018	0.029	0.0383	0.029	0.0217	0.0329	0.0309	0.0329	0.0438
chrX	6873373	6873528	chrX:6873374-6873528	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0437	0.0431	0.0567	0.0299	0.0265	0.0612	0.0389	0.0613	0.0265	0.0568	0.0592	0.0568	0.031	0.0207	0.0271	0.0207	0.0266
chrX	6873908	6874059	chrX:6873909-6874059	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0429	0.0415	0.0594	0.0265	0.018	0.0655	0.0407	0.0506	0.018	0.0429	0.072	0.0429	0.038	0.01	0.0451	0.01	0.0318
chrX	6875675	6875864	chrX:6875676-6875864	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.17	0.1548	0.2254	0.1262	0.1135	0.2146	0.1384	0.2245	0.1135	0.2796	0.2495	0.2796	0.1998	0.085	0.1496	0.085	0.1636
chrX	6877645	6877904	chrX:6877646-6877904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0982	0.1149	0.1195	0.0563	0.0976	0.1107	0.1332	0.1805	0.0976	0.1033	0.1386	0.1033	0.0573	0.0544	0.0664	0.0544	0.0234
chrX	6878271	6878422	chrX:6878272-6878422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0543	0.0687	0.0641	0.0276	0.0604	0.0956	0.0727	0.0819	0.0604	0.1039	0.0688	0.1039	0.0232	0.075	0.0277	0.075	0.0156
chrX	6879199	6879380	chrX:6879200-6879380	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0865	0.0566	0.114	0.0898	0.0318	0.0767	0.0536	0.0839	0.0318	0.0851	0.1746	0.0851	0.1115	0.1149	0.1676	0.1149	0.0907
chrX	6879528	6879927	chrX:6879529-6879927	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1962	0.1975	0.2374	0.1496	0.1495	0.2049	0.2189	0.3045	0.1495	0.1552	0.3585	0.1552	0.2153	0.16	0.2734	0.16	0.1204
chrX	6880342	6880567	chrX:6880343-6880567	FBgn0261284	bou	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1611	0.1609	0.2074	0.1104	0.1294	0.2	0.1786	0.2099	0.1294	0.1999	0.2601	0.1999	0.1882	0.0536	0.1612	0.0536	0.1386
chrX	6880663	6880887	chrX:6880664-6880887	FBgn0261284	bou	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1416	0.1193	0.2006	0.1017	0.0668	0.1752	0.1163	0.1626	0.0668	0.2186	0.2203	0.2186	0.1611	0.059	0.1277	0.059	0.1094
chrX	6880896	6881078	chrX:6880897-6881078	FBgn0261284	bou	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.1248	0.1203	0.1717	0.0784	0.0668	0.166	0.1146	0.1772	0.0668	0.1872	0.1936	0.1872	0.134	0.0536	0.1161	0.0536	0.0787
chrX	6881238	6881418	chrX:6881239-6881418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1237	0.1248	0.1673	0.0746	0.0806	0.1558	0.1293	0.1852	0.0806	0.1715	0.2006	0.1715	0.1448	0.0521	0.1219	0.0521	0.0766
chrX	6882182	6882333	chrX:6882183-6882333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0413	0.036	0.0556	0.0315	0.0233	0.0558	0.0342	0.0453	0.0233	0.0634	0.0595	0.0634	0.0643	0.0306	0.0258	0.0306	0.0547
chrX	6882698	6883037	chrX:6882699-6883037	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1658	0.2126	0.1957	0.0806	0.1739	0.2699	0.2305	0.2745	0.1739	0.2838	0.2174	0.2838	0.0798	0.0681	0.0632	0.0681	0.0391
chrX	6883168	6883319	chrX:6883169-6883319	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0548	0.0788	0.048	0.0354	0.0689	0.0879	0.09	0.1059	0.0689	0.0519	0.0476	0.0519	0.0186	0.0092	0.0103	0.0092	0.0078
chrX	6884252	6884403	chrX:6884253-6884403	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0304	0.0217	0.0386	0.0312	0.0085	0.0267	0.0229	0.0373	0.0085	0.0199	0.0659	0.0199	0.0209	0.0191	0.0838	0.0191	0.0255
chrX	6885359	6885510	chrX:6885360-6885510	FBgn0004646	ogre	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0171	0.0278	0.0309	0.0074	0.0218	0.0242	0.0167	0.0074	0.0217	0.0441	0.0217	0.0201	0.0054	0.1083	0.0054	0.0141
chrX	6891089	6891249	chrX:6891090-6891249	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0794	0.0923	0.0996	0.0429	0.0647	0.1019	0.1185	0.1166	0.0647	0.0978	0.1318	0.0978	0.1208	0.0191	0.0535	0.0191	0.0823
chrX	6891371	6891800	chrX:6891372-6891800	FBgn0264385	CR43837	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2312	0.2884	0.2678	0.1271	0.2534	0.2563	0.3793	0.3891	0.2534	0.2597	0.3971	0.2597	0.2339	0.085	0.2508	0.085	0.1428
chrX	6891829	6892111	chrX:6891830-6892111	FBgn0264385	CR43837	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.194	0.1758	0.2546	0.1479	0.1082	0.2034	0.2054	0.2438	0.1082	0.317	0.3277	0.317	0.2215	0.108	0.2295	0.108	0.21
chrX	6892507	6892835	chrX:6892508-6892835	FBgn0027108	inx2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2675	0.2527	0.3168	0.2301	0.2481	0.2956	0.2811	0.3165	0.2481	0.3967	0.3482	0.3967	0.292	0.1723	0.2856	0.1723	0.2944
chrX	6894584	6894770	chrX:6894585-6894770	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1549	0.1638	0.1957	0.1004	0.1262	0.2019	0.1856	0.2039	0.1262	0.1564	0.2698	0.1564	0.1936	0.0383	0.1889	0.0383	0.1496
chrX	6895094	6895279	chrX:6895095-6895279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0858	0.0771	0.102	0.0776	0.0785	0.0898	0.0965	0.0793	0.0785	0.0924	0.1299	0.0924	0.1549	0.036	0.1257	0.036	0.1417
chrX	6895442	6895619	chrX:6895443-6895619	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0818	0.0688	0.0999	0.0766	0.0657	0.083	0.0774	0.0786	0.0657	0.1123	0.1003	0.1123	0.1875	0.0375	0.087	0.0375	0.1688
chrX	6898245	6898514	chrX:6898246-6898514	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0681	0.0754	0.0826	0.0441	0.0541	0.0971	0.0822	0.1013	0.0541	0.0374	0.0965	0.0374	0.1851	0.0222	0.0851	0.0222	0.0521
chrX	6898773	6899003	chrX:6898774-6899003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0558	0.069	0.0641	0.0319	0.0604	0.0801	0.0748	0.0913	0.0604	0.0531	0.0804	0.0531	0.0767	0.0115	0.0574	0.0115	0.0417
chrX	6902231	6902382	chrX:6902232-6902382	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.0213	0.0377	0.0302	0.0042	0.0291	0.0225	0.0346	0.0042	0.029	0.0611	0.029	0.0294	0.0153	0.0832	0.0153	0.0255
chrX	6902574	6902737	chrX:6902575-6902737	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0319	0.0163	0.0407	0.0397	0.0085	0.0233	0.0182	0.0207	0.0085	0.0175	0.0752	0.0175	0.0263	0.0069	0.1393	0.0069	0.0198
chrX	6902964	6903115	chrX:6902965-6903115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0293	0.0286	0.0263	0.0127	0.0296	0.0407	0.04	0.0127	0.0242	0.0418	0.0242	0.0302	0.0092	0.0806	0.0092	0.0193
chrX	6903221	6903372	chrX:6903222-6903372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0258	0.0299	0.0237	0.0234	0.0127	0.0316	0.0446	0.036	0.0127	0.0217	0.0315	0.0217	0.0201	0.0153	0.0574	0.0153	0.0198
chrX	6904873	6905024	chrX:6904874-6905024	FBgn0000330,FBgn0052736,FBgn0259204	CG32736,CG42308,cm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0454	0.0394	0.0569	0.0395	0.0329	0.0456	0.0471	0.0506	0.0329	0.0676	0.065	0.0676	0.0527	0.0329	0.0477	0.0329	0.0537
chrX	6905106	6905274	chrX:6905107-6905274	FBgn0000330,FBgn0052736,FBgn0259204	CG32736,CG42308,cm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0842	0.068	0.1065	0.0778	0.0488	0.0835	0.0757	0.0939	0.0488	0.1292	0.1193	0.1292	0.1077	0.0743	0.0961	0.0743	0.0922
chrX	6905286	6905471	chrX:6905287-6905471	FBgn0000330,FBgn0052736,FBgn0259204	CG32736,CG42308,cm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.0885	0.1223	0.089	0.0594	0.1092	0.1016	0.1213	0.0594	0.1455	0.1338	0.1455	0.1348	0.0796	0.1025	0.0796	0.1115
chrX	6905519	6905722	chrX:6905520-6905722	FBgn0000330,FBgn0052736,FBgn0259204	CG32736,CG42308,cm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0501	0.0704	0.0521	0.0191	0.0641	0.0575	0.0766	0.0191	0.0984	0.072	0.0984	0.0821	0.0528	0.0496	0.0528	0.0703
chrX	6907473	6907753	chrX:6907474-6907753	FBgn0029928,FBgn0029929	CG3032,CG4593	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0927	0.1056	0.1081	0.0613	0.0764	0.1214	0.1224	0.1472	0.0764	0.1153	0.1338	0.1153	0.1015	0.0658	0.0625	0.0658	0.0808
chrX	6907822	6908011	chrX:6907823-6908011	FBgn0029928,FBgn0029929	CG3032,CG4593	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1124	0.1114	0.134	0.0897	0.0901	0.133	0.1185	0.1539	0.0901	0.1576	0.1537	0.1576	0.1379	0.1003	0.0851	0.1003	0.1172
chrX	6908084	6908300	chrX:6908085-6908300	FBgn0029928,FBgn0029929	CG3032,CG4593	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0552	0.0722	0.0478	0.0456	0.0665	0.0662	0.064	0.0456	0.0876	0.0778	0.0876	0.0697	0.0559	0.0496	0.0559	0.0532
chrX	6909216	6909407	chrX:6909217-6909407	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1255	0.1204	0.1431	0.112	0.0891	0.1369	0.1488	0.1479	0.0891	0.1878	0.1527	0.1878	0.1332	0.1172	0.1219	0.1172	0.1355
chrX	6909552	6909703	chrX:6909553-6909703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0351	0.0343	0.0423	0.0283	0.0191	0.0398	0.0458	0.038	0.0191	0.0453	0.0473	0.0453	0.0473	0.0375	0.0232	0.0375	0.0344
chrX	6913425	6913576	chrX:6913426-6913576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0093	0.008	0.0106	0.0032	0.0073	0.016	0.0127	0.0032	0.0103	0.008	0.0103	0.007	0.0031	0.0058	0.0031	0.0042
chrX	6926365	6926516	chrX:6926366-6926516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0267	0.007	0.0035	0.0244	0.0155	0.0506	0.024	0.0244	0.0066	0.009	0.0066	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0031
chrX	6928794	6928945	chrX:6928795-6928945	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0204	0.0452	0.0084	0.0058	0.053	0.016	0.0869	0.0453	0.053	0.0079	0.01	0.0079	0.0046	0.0023	0.0052	0.0023	0.0026
chrX	6928962	6929141	chrX:6928963-6929141	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0243	0.0546	0.0096	0.0067	0.0689	0.0238	0.0908	0.0686	0.0689	0.0091	0.0119	0.0091	0.0046	8e-04	0.0064	8e-04	0.0036
chrX	6931208	6931397	chrX:6931209-6931397	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0486	0.1266	0.0095	0.0043	0.1506	0.0515	0.2336	0.1372	0.1506	0.0079	0.0161	0.0079	0.0031	0.0023	0.0052	0.0023	0.0042
chrX	6931516	6931667	chrX:6931517-6931667	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0264	0.0677	0.0065	0.0022	0.1007	0.0311	0.1146	0.074	0.1007	0.0048	0.009	0.0048	0.0046	0	0.0039	0	0.0031
chrX	6933318	6933469	chrX:6933319-6933469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0204	0.0471	0.0093	0.0026	0.0424	0.0379	0.0761	0.048	0.0424	0.0097	0.0116	0.0097	0.0108	0.0031	0.0039	0.0031	0.0031
chrX	6934038	6934268	chrX:6934039-6934268	FBgn0029931	CG14427	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0426	0.1079	0.0118	0.0035	0.1166	0.0461	0.2059	0.1059	0.1166	0.0115	0.0167	0.0115	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.001
chrX	6934425	6934760	chrX:6934426-6934760	FBgn0029931	CG14427	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0741	0.1927	0.0169	0.0043	0.2503	0.0772	0.3547	0.1832	0.2503	0.0163	0.0228	0.0163	0.0108	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chrX	6935419	6935583	chrX:6935420-6935583	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0328	0.082	0.0091	0.0038	0.1188	0.0272	0.167	0.056	0.1188	0.0103	0.0116	0.0103	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0052
chrX	6939531	6939682	chrX:6939532-6939682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0326	0.0528	0.0339	0.0086	0.0435	0.0388	0.0796	0.0686	0.0435	0.0604	0.0363	0.0604	0.0217	0.01	0.0071	0.01	0.0094
chrX	6941200	6941351	chrX:6941201-6941351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.0273	0.0052	0.0024	0.0159	0.0097	0.0601	0.026	0.0159	0.0042	0.0055	0.0042	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.001
chrX	6942563	6942714	chrX:6942564-6942714	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0167	0.0364	0.0079	0.0043	0.0318	0.0194	0.0731	0.0293	0.0318	0.0085	0.009	0.0085	0.0046	8e-04	0.0013	8e-04	0.0031
chrX	6943265	6943450	chrX:6943266-6943450	FBgn0004143	nullo	stage5	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.032	0.0826	0.0061	0.0039	0.0901	0.0175	0.1929	0.046	0.0901	0.0121	0.0055	0.0121	0.0015	0.0038	0.0019	0.0038	0.0021
chrX	6944054	6944205	chrX:6944055-6944205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0111	0.0234	0.0061	0.0029	0.0095	0.0039	0.0662	0.0093	0.0095	0.0066	0.0064	0.0066	0.0031	0.0038	0.0019	0.0038	0.0047
chrX	6952635	6952786	chrX:6952636-6952786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.017	0.033	0.0107	0.0061	0.0212	0.0155	0.0627	0.0406	0.0212	0.0066	0.0154	0.0066	0.0108	0.0077	0.0045	0.0077	0.0078
chrX	6953029	6953201	chrX:6953030-6953201	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0297	0.0747	0.0063	0.005	0.0477	0.0282	0.1466	0.0979	0.0477	0.003	0.008	0.003	0.0093	0.0015	0.0058	0.0015	0.0068
chrX	6960057	6960242	chrX:6960058-6960242	FBgn0029930	CG12541	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0275	0.0196	0.0256	0.0384	0.0117	0.016	0.0307	0.0253	0.0117	0.0248	0.027	0.0248	0.0333	0.0421	0.0361	0.0421	0.0344
chrX	6960394	6960560	chrX:6960395-6960560	FBgn0029930	CG12541	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0361	0.0264	0.0354	0.0476	0.0138	0.0286	0.0385	0.0333	0.0138	0.0338	0.0338	0.0338	0.0542	0.0536	0.0419	0.0536	0.049
chrX	6960800	6960969	chrX:6960801-6960969	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0568	0.075	0.0752	0.0297	0.0602	0.0779	0.0766	0.0297	0.0773	0.0891	0.0773	0.0736	0.0827	0.0845	0.0827	0.0823
chrX	6961188	6961339	chrX:6961189-6961339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0187	0.0131	0.0198	0.0237	0.0106	0.0146	0.0164	0.0153	0.0106	0.0145	0.0254	0.0145	0.0248	0.0176	0.0496	0.0176	0.0214
chrX	6962229	6962380	chrX:6962230-6962380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0106	0.0091	0.0086	0.0143	0.0042	0.0092	0.0164	0.008	0.0042	0.0097	0.01	0.0097	0.007	0.0161	0.0348	0.0161	0.0089
chrX	6967373	6967524	chrX:6967374-6967524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0197	0.0199	0.0145	0.0138	0.0209	0.0316	0.016	0.0138	0.0163	0.0174	0.0163	0.0449	0.0115	0.0148	0.0115	0.0261
chrX	6968463	6968629	chrX:6968464-6968629	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0499	0.0531	0.0548	0.0409	0.0361	0.0626	0.0601	0.0746	0.0361	0.0592	0.0701	0.0592	0.0565	0.0459	0.0496	0.0459	0.0651
chrX	6968700	6968880	chrX:6968701-6968880	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0442	0.0472	0.0366	0.0233	0.051	0.0489	0.0693	0.0233	0.0519	0.0617	0.0519	0.0473	0.0345	0.0509	0.0345	0.0568
chrX	6970358	6970518	chrX:6970359-6970518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0359	0.0261	0.0156	0.0318	0.0311	0.0554	0.04	0.0318	0.0242	0.0328	0.0242	0.0256	0.0237	0.0155	0.0237	0.0167
chrX	6972381	6972532	chrX:6972382-6972532	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.045	0.0237	0.0153	0.0445	0.0325	0.0731	0.0493	0.0445	0.0278	0.0251	0.0278	0.0256	0.0199	0.0174	0.0199	0.0167
chrX	6972705	6972856	chrX:6972706-6972856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0417	0.0212	0.0092	0.0382	0.0301	0.0666	0.0506	0.0382	0.0242	0.0238	0.0242	0.017	0.0084	0.011	0.0084	0.0125
chrX	6976498	6976755	chrX:6976499-6976755	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0849	0.1129	0.0849	0.0538	0.0976	0.1155	0.1458	0.1392	0.0976	0.1105	0.0675	0.1105	0.0767	0.0237	0.0419	0.0237	0.061
chrX	6978380	6978531	chrX:6978381-6978531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0304	0.0475	0.0255	0.0167	0.0498	0.032	0.0748	0.0553	0.0498	0.0302	0.0264	0.0302	0.024	0.026	0.0168	0.026	0.0219
chrX	6978642	6978845	chrX:6978643-6978845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0445	0.0675	0.0397	0.0241	0.0583	0.0476	0.1077	0.0799	0.0583	0.0362	0.0466	0.0362	0.0349	0.0375	0.0239	0.0375	0.0302
chrX	6979079	6979496	chrX:6979080-6979496	FBgn0263563	mir-4956	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.1064	0.0509	0.032	0.0976	0.0796	0.1674	0.1186	0.0976	0.0477	0.0614	0.0477	0.0426	0.0306	0.0464	0.0306	0.037
chrX	6979699	6979850	chrX:6979700-6979850	FBgn0263563	mir-4956	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0575	0.0256	0.0138	0.0636	0.0369	0.096	0.0533	0.0636	0.0242	0.0328	0.0242	0.0217	0.0176	0.0142	0.0176	0.0167
chrX	6985236	6985387	chrX:6985237-6985387	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0414	0.0776	0.0287	0.0149	0.0668	0.0626	0.1332	0.0713	0.0668	0.0284	0.0344	0.0284	0.0163	0.0138	0.0135	0.0138	0.013
chrX	6985823	6986125	chrX:6985824-6986125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0684	0.1027	0.0532	0.0469	0.0923	0.0752	0.1747	0.0999	0.0923	0.0525	0.0633	0.0525	0.0511	0.0727	0.0529	0.0727	0.0485
chrX	6986901	6987057	chrX:6986902-6987057	distal	distal	none	none	Sxl_early_embryonic_promoter	Sxl_early_embryonic_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.049	0.1079	0.0247	0.0099	0.1145	0.0495	0.2193	0.0793	0.1145	0.0236	0.0283	0.0236	0.0201	0.0107	0.0084	0.0107	0.0115
chrX	6988417	6988568	chrX:6988418-6988568	distal	distal	none	none	Sxl_early_embryonic_promoter	Sxl_early_embryonic_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0405	0.04	0.0332	0.0489	0.0233	0.0374	0.0506	0.0606	0.0233	0.026	0.037	0.026	0.0256	0.0352	0.0348	0.0352	0.0313
chrX	6989266	6989417	chrX:6989267-6989417	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Sxl_early_embryonic_promoter	Sxl_early_embryonic_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0632	0.0644	0.0607	0.0646	0.0541	0.0796	0.083	0.068	0.0541	0.0713	0.0617	0.0713	0.0736	0.0498	0.058	0.0498	0.1126
chrX	6989426	6989625	chrX:6989427-6989625	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Sxl_early_embryonic_promoter	Sxl_early_embryonic_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0921	0.0975	0.0996	0.0777	0.0742	0.1262	0.1198	0.1066	0.0742	0.1274	0.0971	0.1274	0.1061	0.0735	0.0761	0.0735	0.1329
chrX	6990061	6990375	chrX:6990062-6990375	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1829	0.2223	0.217	0.1015	0.1792	0.2485	0.2777	0.2725	0.1792	0.2579	0.2559	0.2579	0.1712	0.0995	0.1386	0.0995	0.1318
chrX	6990456	6990917	chrX:6990457-6990917	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2229	0.2588	0.2539	0.1486	0.2131	0.2883	0.3136	0.3178	0.2131	0.3007	0.2846	0.3007	0.237	0.1302	0.1941	0.1302	0.1839
chrX	6991121	6991527	chrX:6991122-6991527	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2519	0.2395	0.2914	0.2224	0.1888	0.3024	0.2517	0.3151	0.1888	0.372	0.3006	0.372	0.2758	0.2175	0.2366	0.2175	0.2663
chrX	6991732	6991932	chrX:6991733-6991932	FBgn0264270	Sxl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1519	0.1362	0.177	0.1419	0.0986	0.1748	0.1479	0.1746	0.0986	0.2343	0.1977	0.2343	0.151	0.1508	0.1547	0.1508	0.161
chrX	6991994	6992235	chrX:6991995-6992235	FBgn0264270	Sxl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.212	0.1918	0.2505	0.1925	0.14	0.2383	0.2089	0.2512	0.14	0.3219	0.2723	0.3219	0.2208	0.2014	0.1973	0.2014	0.2262
chrX	6995981	6996132	chrX:6995982-6996132	FBgn0029935	CG4615	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.036	0.0213	0.0497	0.0372	0.0095	0.0306	0.013	0.044	0.0095	0.0429	0.0695	0.0429	0.0496	0.0582	0.0509	0.0582	0.0328
chrX	6996264	6996436	chrX:6996265-6996436	FBgn0029935	CG4615	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0916	0.0704	0.1185	0.0858	0.0308	0.1019	0.0649	0.1019	0.0308	0.1389	0.1421	0.1389	0.1139	0.0957	0.0961	0.0957	0.0948
chrX	6998419	6998612	chrX:6998420-6998612	FBgn0029936,FBgn0029937	CG4617,CG8300	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0627	0.0525	0.0772	0.0583	0.0265	0.0709	0.0545	0.0759	0.0265	0.0851	0.0913	0.0851	0.0837	0.0681	0.0484	0.0681	0.075
chrX	6998767	6998990	chrX:6998768-6998990	FBgn0029936,FBgn0029937	CG4617,CG8300	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0521	0.0404	0.0638	0.0524	0.0223	0.0646	0.035	0.0533	0.0223	0.0688	0.0717	0.0688	0.0728	0.0597	0.0529	0.0597	0.0526
chrX	6999066	6999217	chrX:6999067-6999217	FBgn0029937	CG8300	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.025	0.0411	0.029	0.0095	0.0316	0.0303	0.036	0.0095	0.0465	0.0463	0.0465	0.038	0.0199	0.0342	0.0199	0.0307
chrX	7003828	7004187	chrX:7003829-7004187	FBgn0027342	fz4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1424	0.0894	0.1958	0.1432	0.052	0.1175	0.0882	0.1426	0.052	0.1787	0.2505	0.1787	0.2184	0.1325	0.2153	0.1325	0.1933
chrX	7004242	7004431	chrX:7004243-7004431	FBgn0027342	fz4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1104	0.0958	0.1308	0.1043	0.0689	0.1165	0.1086	0.1352	0.0689	0.1347	0.1498	0.1347	0.1402	0.1164	0.1173	0.1164	0.1308
chrX	7004612	7004795	chrX:7004613-7004795	FBgn0027342	fz4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0358	0.0424	0.0648	0.0212	0.0413	0.045	0.0466	0.0212	0.0525	0.0418	0.0525	0.0519	0.0812	0.0806	0.0812	0.0735
chrX	7004980	7005293	chrX:7004981-7005293	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1184	0.1649	0.1108	0.0748	0.1463	0.1874	0.2124	0.1825	0.1463	0.1618	0.0936	0.1618	0.0426	0.0406	0.04	0.0406	0.024
chrX	7006633	7006840	chrX:7006634-7006840	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.0588	0.0209	0.0092	0.0604	0.0437	0.1012	0.0546	0.0604	0.0266	0.0241	0.0266	0.0147	0.0107	0.0071	0.0107	0.0068
chrX	7011533	7011684	chrX:7011534-7011684	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0259	0.0348	0.0214	0.0207	0.0138	0.0495	0.0381	0.044	0.0138	0.0332	0.0177	0.0332	0.0116	0.0123	0.0045	0.0123	0.0052
chrX	7011763	7011949	chrX:7011764-7011949	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0617	0.084	0.0627	0.0356	0.053	0.118	0.0904	0.1006	0.053	0.1087	0.0463	0.1087	0.0341	0.0222	0.0168	0.0222	0.0146
chrX	7012234	7012385	chrX:7012235-7012385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0177	0.0182	0.022	0.0125	0.0085	0.0238	0.0216	0.024	0.0085	0.0411	0.019	0.0411	0.0155	0.0092	0.0077	0.0092	0.0104
chrX	7012816	7013230	chrX:7012817-7013230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0334	0.0429	0.0354	0.0207	0.017	0.0422	0.0653	0.052	0.017	0.0429	0.0299	0.0429	0.0209	0.0061	0.011	0.0061	0.0167
chrX	7015762	7015913	chrX:7015763-7015913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0087	0.0115	0.0106	0.0032	0.0102	0.0112	0.0127	0.0032	0.0066	0.01	0.0066	0.0039	0.0031	0.0052	0.0031	0.0052
chrX	7017295	7017446	chrX:7017296-7017446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0136	0.0162	0.0171	0.0068	0.0032	0.0199	0.0203	0.0227	0.0032	0.0121	0.0125	0.0121	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0047
chrX	7018704	7018859	chrX:7018705-7018859	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0148	0.0169	0.0313	0.0053	0.0209	0.0208	0.0153	0.0053	0.0133	0.0106	0.0133	0.0062	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chrX	7030735	7030886	chrX:7030736-7030886	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0051	0.0057	0.0095	0.0011	0.0034	0.0099	0.006	0.0011	0.0042	0.0035	0.0042	0.0039	0.0015	0.0019	0.0015	0.0042
chrX	7031064	7031215	chrX:7031065-7031215	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0046	0.0056	0.0102	0.0032	0.0044	0.0087	0.0013	0.0032	0.003	0.0035	0.003	0.0046	0.0031	0.0013	0.0031	0.0036
chrX	7031713	7031864	chrX:7031714-7031864	FBgn0029939	CG9650	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.027	0.0105	0.0078	0.0244	0.0136	0.0489	0.032	0.0244	0.0121	0.0103	0.0121	0.0093	0.0123	0.0039	0.0123	0.0078
chrX	7034099	7034258	chrX:7034100-7034258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0101	0.0126	0.0216	0.0074	0.0112	0.0147	0.01	0.0074	0.0079	0.0048	0.0079	0.0046	0.0046	0.0045	0.0046	0.0078
chrX	7041441	7041713	chrX:7041442-7041713	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0277	0.0315	0.0344	0.016	0.0085	0.0422	0.0298	0.0526	0.0085	0.0181	0.0203	0.0181	0.0101	0.0038	0.0103	0.0038	0.0083
chrX	7041952	7042141	chrX:7041953-7042141	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0375	0.0168	0.0102	0.0042	0.0621	0.0285	0.0626	0.0042	0.0127	0.0161	0.0127	0.007	0.0046	0.0064	0.0046	0.0063
chrX	7045383	7045583	chrX:7045384-7045583	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0238	0.0157	0.0165	0.0408	0.0074	0.0228	0.0156	0.02	0.0074	0.0181	0.0093	0.0181	0.0077	0.0092	0.0064	0.0092	0.012
chrX	7046738	7046889	chrX:7046739-7046889	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0107	0.0133	0.016	0.0053	0.0136	0.0125	0.0133	0.0053	0.0133	0.0135	0.0133	0.0101	0.0092	0.0058	0.0092	0.0089
chrX	7053255	7053476	chrX:7053256-7053476	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0706	0.1105	0.0631	0.0343	0.0859	0.1165	0.1324	0.1506	0.0859	0.0386	0.0669	0.0386	0.0294	0.013	0.0226	0.013	0.0162
chrX	7053537	7053731	chrX:7053538-7053731	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0609	0.0779	0.0651	0.0373	0.0488	0.0859	0.1029	0.0979	0.0488	0.0411	0.0884	0.0411	0.0356	0.0123	0.0335	0.0123	0.0182
chrX	7055828	7056175	chrX:7055829-7056175	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0689	0.0793	0.0636	0.0631	0.052	0.0854	0.0982	0.1099	0.052	0.0767	0.0502	0.0767	0.0356	0.026	0.0187	0.026	0.0328
chrX	7056291	7056482	chrX:7056292-7056482	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1132	0.1043	0.1509	0.0819	0.0573	0.1456	0.1021	0.1512	0.0573	0.224	0.1608	0.224	0.1263	0.1248	0.0935	0.1248	0.098
chrX	7056677	7056912	chrX:7056678-7056912	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1436	0.1133	0.2069	0.1079	0.0424	0.1801	0.0978	0.1639	0.0424	0.3086	0.2215	0.3086	0.1387	0.1256	0.087	0.1256	0.1042
chrX	7057321	7057472	chrX:7057322-7057472	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0326	0.0247	0.0602	0.0111	0.0064	0.0447	0.0221	0.0286	0.0064	0.1806	0.0415	0.1806	0.0139	0.023	0.0103	0.023	0.0094
chrX	7057516	7057667	chrX:7057517-7057667	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0374	0.0236	0.0764	0.01	0.0053	0.0485	0.0199	0.018	0.0053	0.2464	0.0434	0.2464	0.0124	0.0283	0.0052	0.0283	0.0078
chrX	7059462	7059613	chrX:7059463-7059613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0224	0.0253	0.0103	0.0159	0.0243	0.0281	0.03	0.0159	0.0399	0.0145	0.0399	0.0054	0.0207	0.0045	0.0207	0.0042
chrX	7060281	7060442	chrX:7060282-7060442	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0436	0.0201	0.0735	0.0372	0.0032	0.0451	0.0156	0.016	0.0032	0.2572	0.0235	0.2572	0.0333	0.1447	0.011	0.1447	0.0151
chrX	7060650	7060844	chrX:7060651-7060844	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.049	0.0198	0.0848	0.0425	0	0.0485	0.013	0.0147	0	0.2784	0.0325	0.2784	0.0442	0.1462	0.0181	0.1462	0.0188
chrX	7061039	7061214	chrX:7061040-7061214	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0431	0.0208	0.0763	0.0315	0.0032	0.0427	0.0199	0.018	0.0032	0.2639	0.0277	0.2639	0.0194	0.1049	0.0135	0.1049	0.0078
chrX	7061616	7061767	chrX:7061617-7061767	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0317	0.0191	0.0596	0.015	0.0021	0.0359	0.0199	0.0167	0.0021	0.1884	0.0299	0.1884	0.0178	0.0375	0.0071	0.0375	0.0078
chrX	7061862	7062013	chrX:7061863-7062013	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0273	0.0173	0.0452	0.0188	0.0042	0.0325	0.019	0.012	0.0042	0.1335	0.0248	0.1335	0.0108	0.0536	0.0064	0.0536	0.0099
chrX	7062319	7062525	chrX:7062320-7062525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0266	0.0242	0.0385	0.0163	0.0032	0.0374	0.0277	0.0266	0.0032	0.0652	0.0264	0.0652	0.0054	0.0184	0.0052	0.0184	0.012
chrX	7063332	7063548	chrX:7063333-7063548	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0532	0.1115	0.0374	0.0054	0.0721	0.1175	0.1129	0.1965	0.0721	0.0531	0.0511	0.0531	0.0062	0.0069	0.0071	0.0069	0.0031
chrX	7063764	7063928	chrX:7063765-7063928	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0318	0.0553	0.0319	0.0056	0.017	0.0718	0.0471	0.1046	0.017	0.058	0.0389	0.058	0.0093	0.0092	0.009	0.0092	0.0021
chrX	7069395	7069621	chrX:7069396-7069621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0217	0.0111	0.0319	0.0224	0.0011	0.0189	0.013	0.0107	0.0011	0.0833	0.0267	0.0833	0.007	0.049	0.0277	0.049	0.0229
chrX	7076520	7076671	chrX:7076521-7076671	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0099	0.0062	0.0085	0.0155	0.0032	0.0078	0.0069	0.0087	0.0032	0.0139	0.0077	0.0139	0.0093	0.0283	0.0148	0.0283	0.0198
chrX	7083239	7083478	chrX:7083240-7083478	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.044	0.0216	0.0716	0.0387	0.0042	0.0505	0.0177	0.0133	0.0042	0.2542	0.0254	0.2542	0.0209	0.134	0.0284	0.134	0.0198
chrX	7083602	7083817	chrX:7083603-7083817	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0454	0.0263	0.073	0.0363	0.0053	0.0714	0.0164	0.008	0.0053	0.2585	0.0296	0.2585	0.0186	0.1286	0.0245	0.1286	0.013
chrX	7084397	7084567	chrX:7084398-7084567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0212	0.0194	0.0359	0.007	0.0053	0.0466	0.013	0.0127	0.0053	0.1159	0.0206	0.1159	0.007	0.0168	0.0071	0.0168	0.0031
chrX	7087977	7088128	chrX:7087978-7088128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0069	0.0143	0.0258	0.0032	0.0107	0.0091	0.0053	0.0032	0.0217	0.0096	0.0217	0.0194	0.0207	0.0084	0.0207	0.0167
chrX	7088732	7088965	chrX:7088733-7088965	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0626	0.0192	0.0735	0.0992	0.0053	0.0354	0.0182	0.02	0.0053	0.0888	0.0849	0.0888	0.0844	0.1531	0.1019	0.1531	0.1141
chrX	7088990	7089208	chrX:7088991-7089208	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.06	0.0167	0.0536	0.1154	0.0011	0.0316	0.0203	0.0113	0.0011	0.0531	0.0595	0.0531	0.0744	0.1646	0.1109	0.1646	0.1334
chrX	7089795	7090007	chrX:7089796-7090007	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0462	0.0228	0.0343	0.0854	0.0064	0.0311	0.0346	0.0167	0.0064	0.0205	0.0215	0.0205	0.031	0.0467	0.04	0.0467	0.0578
chrX	7090130	7090382	chrX:7090131-7090382	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0845	0.0243	0.0605	0.1781	0.0085	0.0388	0.0329	0.0173	0.0085	0.0405	0.0553	0.0405	0.1154	0.1746	0.1644	0.1746	0.2053
chrX	7095651	7095802	chrX:7095652-7095802	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0046	0.0056	0.0155	0.0011	0.0053	0.0082	0.0033	0.0011	0.0042	0.0045	0.0042	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0057
chrX	7098084	7098261	chrX:7098085-7098261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0228	0.0088	0.0193	0.0423	0.0032	0.015	0.0108	0.006	0.0032	0.0242	0.0186	0.0242	0.0341	0.0299	0.0471	0.0299	0.087
chrX	7098568	7098856	chrX:7098569-7098856	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.059	0.0184	0.0662	0.0962	0.0064	0.0267	0.0182	0.026	0.0064	0.0495	0.0865	0.0495	0.1077	0.049	0.156	0.049	0.1798
chrX	7098894	7099133	chrX:7098895-7099133	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0546	0.0211	0.0633	0.0824	0.0074	0.034	0.0221	0.0213	0.0074	0.0435	0.0932	0.0435	0.0844	0.0322	0.1451	0.0322	0.1464
chrX	7099301	7099452	chrX:7099302-7099452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0118	0.0098	0.0096	0.0164	0.0021	0.0117	0.0147	0.01	0.0021	0.0091	0.0148	0.0091	0.007	0.0107	0.0335	0.0107	0.0182
chrX	7103739	7103890	chrX:7103740-7103890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0085	0.0129	0.0124	0.0042	0.0083	0.0112	0.0127	0.0042	0.0115	0.019	0.0115	0.0077	0.0046	0.0322	0.0046	0.0078
chrX	7107682	7108085	chrX:7107683-7108085	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0357	0.0471	0.0397	0.0185	0.0308	0.0524	0.0653	0.052	0.0308	0.0791	0.0389	0.0791	0.0209	0.0391	0.0129	0.0391	0.0125
chrX	7109426	7109577	chrX:7109427-7109577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0074	0.0093	0.0139	0.0032	0.0053	0.0121	0.0113	0.0032	0.0085	0.0116	0.0085	0.0124	0.0123	0.0245	0.0123	0.0089
chrX	7112958	7113220	chrX:7112959-7113220	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0137	0.0186	0.018	0.0036	0.0064	0.0126	0.0229	0.0373	0.0064	0.0139	0.0215	0.0139	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chrX	7115261	7115480	chrX:7115262-7115480	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0398	0.0836	0.0251	0.0068	0.0753	0.0791	0.099	0.1272	0.0753	0.0272	0.0277	0.0272	0.0139	0.0084	0.0039	0.0084	0.0052
chrX	7115964	7116115	chrX:7115965-7116115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0142	0.0245	0.0099	0.0106	0.016	0.0164	0.0207	0.0106	0.0115	0.0444	0.0115	0.007	0.0054	0.0251	0.0054	0.0052
chrX	7116654	7116864	chrX:7116655-7116864	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0428	0.0415	0.066	0.0188	0.0148	0.0641	0.0346	0.0646	0.0148	0.067	0.1074	0.067	0.0263	0.0153	0.0406	0.0153	0.0099
chrX	7118047	7118198	chrX:7118048-7118198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0186	0.0189	0.0127	0.0053	0.0189	0.0264	0.0266	0.0053	0.0199	0.0151	0.0199	0.0085	0.0069	0.0052	0.0069	0.0036
chrX	7118269	7118444	chrX:7118270-7118444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0232	0.0348	0.0225	0.0111	0.0233	0.0296	0.0441	0.0606	0.0233	0.0199	0.0151	0.0199	0.0039	0.0069	0.0032	0.0069	0.0052
chrX	7118973	7119177	chrX:7118974-7119177	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0421	0.025	0.0721	0.0283	0.0032	0.0461	0.0234	0.0266	0.0032	0.1697	0.0585	0.1697	0.017	0.0758	0.0148	0.0758	0.0125
chrX	7120139	7120686	chrX:7120140-7120686	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2084	0.1677	0.3161	0.1356	0.0657	0.3019	0.1073	0.2432	0.0657	0.4946	0.3383	0.4946	0.151	0.2198	0.0774	0.2198	0.0797
chrX	7121351	7121571	chrX:7121352-7121571	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0534	0.0314	0.084	0.0443	0.0053	0.0583	0.0307	0.0306	0.0053	0.1274	0.0669	0.1274	0.1278	0.0429	0.0335	0.0429	0.0808
chrX	7121637	7121871	chrX:7121638-7121871	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.043	0.0299	0.0669	0.0315	0.0095	0.0578	0.0242	0.0306	0.0095	0.1045	0.0489	0.1045	0.11	0.026	0.0251	0.026	0.0511
chrX	7122284	7122487	chrX:7122285-7122487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0387	0.034	0.0553	0.0256	0.0106	0.065	0.0307	0.0333	0.0106	0.0749	0.0437	0.0749	0.086	0.0222	0.0219	0.0222	0.0412
chrX	7124743	7124951	chrX:7124744-7124951	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0741	0.1054	0.0897	0.022	0.0817	0.085	0.1484	0.1446	0.0817	0.0628	0.1373	0.0628	0.0852	0.0123	0.0432	0.0123	0.0151
chrX	7125946	7126097	chrX:7125947-7126097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.009	0.0211	0.011	0.0042	0.0117	0.0117	0.0113	0.0042	0.0296	0.0148	0.0296	0.0077	0.0069	0.0013	0.0069	0.0083
chrX	7127864	7128062	chrX:7127865-7128062	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0233	0.0243	0.0296	0.0155	0.0138	0.0345	0.0255	0.0333	0.0138	0.0429	0.0264	0.0429	0.0108	0.0077	0.0103	0.0077	0.0089
chrX	7129918	7130069	chrX:7129919-7130069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0106	0.0254	0.0095	0.0042	0.0146	0.0117	0.0147	0.0042	0.0399	0.0235	0.0399	0.0101	0.0069	0.0032	0.0069	0.0063
chrX	7130577	7130728	chrX:7130578-7130728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.019	0.0202	0.026	0.01	0.0095	0.0388	0.0208	0.0133	0.0095	0.0501	0.0174	0.0501	0.0054	0.0069	0.0032	0.0069	0.0042
chrX	7135671	7135822	chrX:7135672-7135822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0286	0.0223	0.0445	0.0181	0.0074	0.0316	0.0264	0.0286	0.0074	0.0882	0.0395	0.0882	0.0287	0.0306	0.0161	0.0306	0.0182
chrX	7136044	7136248	chrX:7136045-7136248	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1164	0.1004	0.1576	0.0888	0.07	0.1291	0.1064	0.1346	0.07	0.2023	0.1643	0.2023	0.1441	0.1302	0.1051	0.1302	0.1037
chrX	7136390	7136612	chrX:7136391-7136612	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1133	0.1216	0.1313	0.0841	0.1018	0.1461	0.1423	0.1446	0.1018	0.1274	0.1428	0.1274	0.1348	0.0789	0.0787	0.0789	0.0964
chrX	7138253	7138526	chrX:7138254-7138526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0275	0.0285	0.0336	0.0196	0.0148	0.0277	0.032	0.052	0.0148	0.0483	0.0215	0.0483	0.0116	0.0107	0.0032	0.0107	0.0068
chrX	7144233	7144384	chrX:7144234-7144384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0103	0.008	0.0104	0.0128	0.0011	0.0063	0.0164	0.0067	0.0011	0.0079	0.008	0.0079	0.0031	0	0.0019	0	0.0021
chrX	7145325	7145476	chrX:7145326-7145476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0153	0.0169	0.0174	0.0064	0.017	0.0216	0.0187	0.0064	0.0163	0.0196	0.0163	0.007	0.0046	0.0052	0.0046	0.0036
chrX	7146108	7146259	chrX:7146109-7146259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0238	0.0294	0.0344	0.006	0.0127	0.0379	0.0324	0.0426	0.0127	0.0465	0.0338	0.0465	0.0054	0.0038	0.0039	0.0038	0.0021
chrX	7146566	7146757	chrX:7146567-7146757	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0554	0.074	0.0741	0.0141	0.035	0.1146	0.0536	0.1226	0.035	0.1039	0.0723	0.1039	0.0124	0.0038	0.0155	0.0038	0.0073
chrX	7150534	7150685	chrX:7150535-7150685	distal	distal	none	none	cluster_at_7A_CE8005	cluster_at_7A_CE8005	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.013	0.0196	0.0099	0.0089	0.0106	0.032	0.0208	0.0193	0.0106	0.0091	0.0084	0.0091	8e-04	0.0015	0.0026	0.0015	0.0021
chrX	7151834	7151985	chrX:7151835-7151985	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0147	0.0237	0.0145	0.0049	0.0053	0.034	0.0212	0.0406	0.0053	0.0133	0.0116	0.0133	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chrX	7152081	7152232	chrX:7152082-7152232	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0152	0.0198	0.0181	0.0067	0.0021	0.0218	0.0199	0.0426	0.0021	0.0042	0.018	0.0042	0.0031	0.0015	0.0039	0.0015	0.0016
chrX	7152272	7152423	chrX:7152273-7152423	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0169	0.0211	0.0221	0.0067	0.0042	0.0233	0.0229	0.0413	0.0042	0.0079	0.0209	0.0079	0.0054	0.0015	0.0013	0.0015	0.0021
chrX	7152899	7153133	chrX:7152900-7153133	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0238	0.0346	0.0251	0.0103	0.0297	0.0316	0.0428	0.0526	0.0297	0.0103	0.0167	0.0103	0.0093	0.0031	0.0019	0.0031	0.0026
chrX	7154272	7154423	chrX:7154273-7154423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0115	0.0107	0.0146	0.0053	0.0141	0.013	0.0173	0.0053	0.0097	0.008	0.0097	0.0093	0.0031	0.0019	0.0031	0.0083
chrX	7158551	7158734	chrX:7158552-7158734	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0149	0.0085	0.0141	0.0228	0.0032	0.0131	0.0091	0.0093	0.0032	0.0036	0.0096	0.0036	0.007	0.0015	0.0026	0.0015	0.0109
chrX	7159390	7159544	chrX:7159391-7159544	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0197	0.0156	0.0217	0.0221	0.0085	0.018	0.0255	0.014	0.0085	0.0097	0.0138	0.0097	0.0077	0.0046	0.0084	0.0046	0.0047
chrX	7160276	7160434	chrX:7160277-7160434	distal	distal	stage5	none	Unspecified_HC_58	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0222	0.0439	0.0142	0.0068	0.0414	0.0165	0.1003	0.026	0.0414	0.006	0.0096	0.006	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.0031
chrX	7164611	7164762	chrX:7164612-7164762	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.017	0.0258	0.0171	0.007	0.0042	0.0451	0.0247	0.032	0.0042	0.0145	0.0138	0.0145	0.0132	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chrX	7167040	7167199	chrX:7167041-7167199	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0265	0.0393	0.0324	0.0057	0.0106	0.0544	0.0272	0.0813	0.0106	0.0356	0.0399	0.0356	0.0077	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chrX	7167859	7168045	chrX:7167860-7168045	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0404	0.0608	0.0111	0.0064	0.0684	0.0298	0.0633	0.0064	0.0586	0.0746	0.0586	0.0186	0.0038	0.0103	0.0038	0.0068
chrX	7168062	7168270	chrX:7168063-7168270	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0396	0.0466	0.0586	0.011	0.0106	0.0655	0.0333	0.0926	0.0106	0.0543	0.0698	0.0543	0.0116	0.0038	0.0097	0.0038	0.0068
chrX	7168310	7168461	chrX:7168311-7168461	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0232	0.0324	0.0293	0.0063	0.0064	0.0379	0.0272	0.0686	0.0064	0.0205	0.0344	0.0205	0.0085	0.0023	0.0039	0.0023	0.0031
chrX	7168602	7168753	chrX:7168603-7168753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0169	0.0206	0.0217	0.0074	0.0106	0.0175	0.0247	0.0373	0.0106	0.0127	0.0167	0.0127	0.007	0.0031	0.0026	0.0031	5e-04
chrX	7169596	7169747	chrX:7169597-7169747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0176	0.0141	0.0109	0.0159	0.0136	0.0251	0.0227	0.0159	0.0091	0.0106	0.0091	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.0021
chrX	7169805	7170040	chrX:7169806-7170040	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0305	0.0507	0.025	0.0141	0.0339	0.0553	0.0696	0.0626	0.0339	0.0187	0.0193	0.0187	0.0132	0.0023	0.0058	0.0023	0.0073
chrX	7171033	7171184	chrX:7171034-7171184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0193	0.0172	0.0306	0.0092	0.0032	0.0354	0.0147	0.0173	0.0032	0.0302	0.027	0.0302	0.0604	0.0046	0.0019	0.0046	0.0042
chrX	7171337	7171488	chrX:7171338-7171488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0195	0.0186	0.0279	0.0114	0.0042	0.0316	0.0195	0.0213	0.0042	0.0236	0.0257	0.0236	0.0519	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chrX	7172019	7172201	chrX:7172020-7172201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.011	0.0164	0.022	0.0064	0.0068	0.0212	0.012	0.0064	0.0072	0.0074	0.0072	0.007	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chrX	7173824	7173975	chrX:7173825-7173975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0096	0.0129	0.0123	0.0053	0.0117	0.0104	0.0147	0.0053	0.0163	0.0109	0.0163	0.0093	0.0069	0.0032	0.0069	0.0078
chrX	7174370	7174545	chrX:7174371-7174545	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0357	0.036	0.0501	0.0194	0.0148	0.0563	0.0337	0.0473	0.0148	0.0598	0.0559	0.0598	0.0488	0.0153	0.011	0.0153	0.0261
chrX	7174778	7174971	chrX:7174779-7174971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0339	0.0289	0.0476	0.0245	0.0074	0.0413	0.0363	0.032	0.0074	0.0556	0.0473	0.0556	0.0511	0.0191	0.0213	0.0191	0.0198
chrX	7174975	7175126	chrX:7174976-7175126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0269	0.0239	0.0369	0.0191	0.0074	0.0306	0.0294	0.0326	0.0074	0.0368	0.0412	0.0368	0.0395	0.0168	0.0168	0.0168	0.0188
chrX	7179522	7179697	chrX:7179523-7179697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0906	0.0742	0.1129	0.0844	0.0286	0.0985	0.0804	0.1099	0.0286	0.1546	0.1145	0.1546	0.1022	0.0957	0.0851	0.0957	0.0797
chrX	7179929	7180080	chrX:7179930-7180080	FBgn0029942	CG2059	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1004	0.071	0.1292	0.1015	0.0339	0.099	0.0744	0.0993	0.0339	0.1582	0.1469	0.1582	0.1162	0.0965	0.1193	0.0965	0.1105
chrX	7180207	7180395	chrX:7180208-7180395	FBgn0029942	CG2059	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1929	0.1583	0.24	0.1801	0.0848	0.1913	0.186	0.2199	0.0848	0.2911	0.2624	0.2911	0.2215	0.1937	0.1947	0.1937	0.2079
chrX	7180731	7180919	chrX:7180732-7180919	FBgn0029942	CG2059	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1274	0.0933	0.1706	0.1181	0.052	0.1223	0.1034	0.1312	0.052	0.1944	0.1852	0.1944	0.1541	0.1233	0.1115	0.1233	0.1407
chrX	7184805	7184994	chrX:7184806-7184994	FBgn0025549	unc-119	stage5	none	VT58192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0811	0.1082	0.0709	0.0615	0.099	0.0913	0.1059	0.0615	0.1304	0.1238	0.1304	0.0914	0.059	0.0877	0.059	0.0693
chrX	7185021	7185213	chrX:7185022-7185213	FBgn0025549	unc-119	stage11,stage14,stage5	none	VT58192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.107	0.0951	0.1378	0.0863	0.0615	0.1291	0.1008	0.1272	0.0615	0.1793	0.1534	0.1793	0.096	0.0865	0.0858	0.0865	0.0808
chrX	7185278	7185465	chrX:7185279-7185465	FBgn0025549	unc-119	stage11,stage14,stage5	none	VT58192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1657	0.1458	0.2057	0.144	0.0976	0.2015	0.1548	0.1825	0.0976	0.2615	0.2219	0.2615	0.182	0.1485	0.1625	0.1485	0.1605
chrX	7185772	7185987	chrX:7185773-7185987	FBgn0025549	unc-119	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0771	0.057	0.1091	0.0646	0.0244	0.1199	0.0454	0.0413	0.0244	0.2343	0.0926	0.2343	0.0991	0.0636	0.0922	0.0636	0.0964
chrX	7186201	7186352	chrX:7186202-7186352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0472	0.0268	0.0744	0.0402	0.0085	0.0641	0.0156	0.0207	0.0085	0.157	0.0656	0.157	0.0674	0.0413	0.0529	0.0413	0.0636
chrX	7187059	7187228	chrX:7187060-7187228	distal	distal	stage14	stage14	VT58194.1	VT58194.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.087	0.0639	0.1169	0.0799	0.0159	0.1175	0.0471	0.0873	0.0159	0.1769	0.1132	0.1769	0.1518	0.0796	0.0864	0.0796	0.1412
chrX	7187453	7187664	chrX:7187454-7187664	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT58194.1	VT58194.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1492	0.1062	0.1949	0.1472	0.0445	0.1801	0.077	0.1592	0.0445	0.2591	0.2061	0.2591	0.2455	0.1524	0.1908	0.1524	0.2324
chrX	7188081	7188277	chrX:7188082-7188277	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT58194.1	VT58194.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1527	0.135	0.1859	0.1361	0.1145	0.1796	0.1345	0.1712	0.1145	0.2258	0.2109	0.2258	0.2091	0.1593	0.1567	0.1593	0.1965
chrX	7188472	7188695	chrX:7188473-7188695	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT58194.1	VT58194.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1419	0.1254	0.1692	0.1303	0.0912	0.1694	0.1138	0.1839	0.0912	0.1673	0.2077	0.1673	0.2246	0.1179	0.1786	0.1179	0.1996
chrX	7191037	7191210	chrX:7191038-7191210	distal	distal	stage5	stage5	VT58195.1,brk,brk_neurogenic_ectoderm	VT58195.1,brk,brk_neurogenic_ectoderm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0474	0.1058	0.0239	0.0079	0.1326	0.0437	0.2115	0.0779	0.1326	0.0181	0.0344	0.0181	0.0256	0.0046	0.0155	0.0046	0.0073
chrX	7193734	7194271	chrX:7193735-7194271	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	brk_S	brk_S	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2459	0.1524	0.3302	0.2579	0.088	0.2102	0.1527	0.2139	0.088	0.4324	0.3939	0.4324	0.3369	0.3331	0.3262	0.3331	0.3502
chrX	7194514	7194800	chrX:7194515-7194800	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT58198.1	VT58198.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1429	0.0477	0.1996	0.1872	0.0148	0.0879	0.0402	0.06	0.0148	0.2585	0.228	0.2585	0.2239	0.2466	0.2515	0.2466	0.1975
chrX	7194815	7195115	chrX:7194816-7195115	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT58198.1	VT58198.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1692	0.0457	0.2528	0.2156	0.0117	0.0947	0.0324	0.052	0.0117	0.3508	0.2855	0.3508	0.2881	0.2833	0.2579	0.2833	0.2741
chrX	7195722	7195876	chrX:7195723-7195876	distal	distal	none	none	VT58198.1	VT58198.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0598	0.0186	0.0695	0.0953	0.0064	0.0403	0.0156	0.0147	0.0064	0.0996	0.0736	0.0996	0.0968	0.1371	0.1186	0.1371	0.1339
chrX	7198845	7199057	chrX:7198846-7199057	distal	distal	stage11	stage11	VT58200.1	VT58200.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0816	0.0258	0.1313	0.0893	0.0053	0.0466	0.0247	0.028	0.0053	0.119	0.1981	0.119	0.1441	0.1524	0.1322	0.1524	0.0964
chrX	7200160	7200383	chrX:7200161-7200383	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1242	0.1157	0.1447	0.1114	0.088	0.149	0.1194	0.1546	0.088	0.2271	0.1608	0.2271	0.1356	0.1501	0.1464	0.1501	0.1563
chrX	7200518	7201066	chrX:7200519-7201066	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2289	0.1503	0.3006	0.238	0.0848	0.2267	0.1406	0.1992	0.0848	0.3865	0.3421	0.3865	0.3323	0.2979	0.3069	0.2979	0.3147
chrX	7201555	7201964	chrX:7201556-7201964	FBgn0024250	brk	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3363	0.2919	0.4049	0.3107	0.2641	0.365	0.3131	0.3611	0.2641	0.4921	0.4595	0.4921	0.4237	0.3338	0.3501	0.3338	0.3658
chrX	7202150	7202353	chrX:7202151-7202353	FBgn0024250	brk	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0967	0.0778	0.1206	0.0918	0.0615	0.0932	0.096	0.0906	0.0615	0.1486	0.1424	0.1486	0.1332	0.1164	0.1186	0.1164	0.1251
chrX	7210273	7210447	chrX:7210274-7210447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0372	0.0348	0.042	0.0347	0.0159	0.0427	0.0476	0.042	0.0159	0.032	0.0405	0.032	0.0875	0.0276	0.0174	0.0276	0.0844
chrX	7211330	7211582	chrX:7211331-7211582	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0668	0.03	0.0952	0.0767	0.0085	0.0466	0.0346	0.0326	0.0085	0.0972	0.1161	0.0972	0.141	0.1493	0.0954	0.1493	0.0902
chrX	7212619	7213021	chrX:7212620-7213021	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0975	0.0849	0.1438	0.0607	0.0424	0.1097	0.0705	0.1559	0.0424	0.0954	0.1974	0.0954	0.2091	0.0865	0.1173	0.0865	0.0511
chrX	7213046	7213238	chrX:7213047-7213238	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0852	0.07	0.1273	0.0558	0.0435	0.0937	0.0606	0.1159	0.0435	0.1027	0.1855	0.1027	0.1332	0.0888	0.0954	0.0888	0.05
chrX	7213492	7213664	chrX:7213493-7213664	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1012	0.0698	0.1509	0.0819	0.0308	0.1019	0.058	0.1153	0.0308	0.1649	0.2109	0.1649	0.127	0.1547	0.1244	0.1547	0.073
chrX	7214611	7214882	chrX:7214612-7214882	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	brk-shadow	brk-shadow	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1131	0.1974	0.0984	0.0352	0.2174	0.1549	0.2548	0.2785	0.2174	0.0857	0.1556	0.0857	0.0573	0.0505	0.0451	0.0505	0.0313
chrX	7214948	7215167	chrX:7214949-7215167	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	brk-shadow	brk-shadow	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1606	0.21	0.1766	0.0879	0.1888	0.2112	0.263	0.2658	0.1888	0.1957	0.2264	0.1957	0.1495	0.124	0.107	0.124	0.1032
chrX	7215797	7216307	chrX:7215798-7216307	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1345	0.1606	0.1749	0.0611	0.1262	0.1539	0.1548	0.3058	0.1262	0.1347	0.2746	0.1347	0.1061	0.072	0.1148	0.072	0.0537
chrX	7217410	7217636	chrX:7217411-7217636	FBgn0029943	Atg5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0682	0.0624	0.0869	0.0542	0.0286	0.0665	0.0826	0.0873	0.0286	0.1057	0.0994	0.1057	0.0837	0.0536	0.0522	0.0536	0.0651
chrX	7217728	7217896	chrX:7217729-7217896	FBgn0029943,FBgn0029944	Atg5,Dok	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1019	0.0808	0.1275	0.0973	0.0509	0.0845	0.0969	0.1179	0.0509	0.1546	0.1418	0.1546	0.1131	0.1018	0.0986	0.1018	0.1188
chrX	7218184	7218361	chrX:7218185-7218361	FBgn0029943,FBgn0029944	Atg5,Dok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1222	0.1044	0.1581	0.1028	0.0859	0.1296	0.1146	0.1359	0.0859	0.1781	0.1907	0.1781	0.1402	0.1194	0.1173	0.1194	0.1324
chrX	7218439	7218641	chrX:7218440-7218641	FBgn0029944	Dok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1611	0.154	0.2118	0.1135	0.1029	0.201	0.1605	0.2145	0.1029	0.253	0.2643	0.253	0.1851	0.1263	0.1631	0.1263	0.1402
chrX	7218818	7219002	chrX:7218819-7219002	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1539	0.1282	0.2074	0.1239	0.0785	0.1757	0.128	0.1739	0.0785	0.2802	0.2386	0.2802	0.1782	0.1792	0.1554	0.1792	0.1511
chrX	7219107	7219279	chrX:7219108-7219279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0963	0.0507	0.1428	0.0964	0.0244	0.0825	0.042	0.068	0.0244	0.2337	0.1437	0.2337	0.1348	0.1677	0.0993	0.1677	0.1162
chrX	7227444	7227595	chrX:7227445-7227595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0392	0.034	0.0516	0.0312	0.0106	0.0641	0.0307	0.0366	0.0106	0.0459	0.0534	0.0459	0.0906	0.0253	0.0303	0.0253	0.0578
chrX	7227997	7228169	chrX:7227998-7228169	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0537	0.0587	0.0668	0.0338	0.0297	0.0748	0.0575	0.0973	0.0297	0.1081	0.0688	0.1081	0.048	0.0391	0.0251	0.0391	0.0453
chrX	7228757	7228908	chrX:7228758-7228908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0492	0.0213	0.0695	0.0579	0.0085	0.0422	0.0177	0.022	0.0085	0.1202	0.0682	0.1202	0.0728	0.1011	0.0632	0.1011	0.0766
chrX	7229383	7229596	chrX:7229384-7229596	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0956	0.0639	0.1265	0.0969	0.0255	0.1049	0.0567	0.0853	0.0255	0.2011	0.1305	0.2011	0.1232	0.1608	0.1148	0.1608	0.1115
chrX	7229776	7230000	chrX:7229777-7230000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0985	0.046	0.1316	0.1209	0.018	0.0806	0.0428	0.048	0.018	0.2035	0.1318	0.2035	0.1541	0.209	0.1283	0.209	0.1574
chrX	7230159	7230339	chrX:7230160-7230339	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1085	0.054	0.1523	0.1214	0.0233	0.0971	0.0428	0.0693	0.0233	0.2234	0.1743	0.2234	0.1526	0.1746	0.1244	0.1746	0.1892
chrX	7230483	7230693	chrX:7230484-7230693	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1549	0.0844	0.2121	0.1709	0.0435	0.1558	0.0571	0.1099	0.0435	0.3249	0.235	0.3249	0.1967	0.2205	0.1683	0.2205	0.2616
chrX	7230797	7231023	chrX:7230798-7231023	FBgn0026144	CBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1883	0.1535	0.2374	0.1731	0.105	0.2189	0.1285	0.2285	0.105	0.308	0.2759	0.308	0.2254	0.1891	0.1779	0.1891	0.2189
chrX	7231205	7231382	chrX:7231206-7231382	FBgn0026144	CBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2013	0.1757	0.2466	0.1803	0.1251	0.2515	0.1514	0.2478	0.1251	0.3019	0.2714	0.3019	0.2463	0.1907	0.187	0.1907	0.2189
chrX	7231601	7231752	chrX:7231602-7231752	FBgn0026144	CBP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0627	0.0928	0.0556	0.0339	0.0922	0.0528	0.0966	0.0339	0.1141	0.1068	0.1141	0.0751	0.0459	0.0625	0.0459	0.0636
chrX	7231755	7231906	chrX:7231756-7231906	FBgn0026144	CBP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0593	0.0508	0.075	0.0515	0.0233	0.0743	0.0381	0.0913	0.0233	0.09	0.0778	0.09	0.0627	0.036	0.0522	0.036	0.0594
chrX	7232118	7232319	chrX:7232119-7232319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.094	0.0658	0.1251	0.0912	0.0286	0.1039	0.0584	0.0926	0.0286	0.1727	0.128	0.1727	0.1022	0.0835	0.0877	0.0835	0.1001
chrX	7233811	7234015	chrX:7233812-7234015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0791	0.0558	0.1098	0.0713	0.0244	0.0942	0.0476	0.0713	0.0244	0.122	0.1289	0.122	0.141	0.059	0.0896	0.059	0.0938
chrX	7234524	7234675	chrX:7234525-7234675	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0356	0.0237	0.0457	0.0377	0.0074	0.0354	0.0212	0.0386	0.0074	0.0513	0.0566	0.0513	0.0519	0.0345	0.0645	0.0345	0.0365
chrX	7234864	7235015	chrX:7234865-7235015	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0136	0.0188	0.0437	0.0074	0.0155	0.0186	0.016	0.0074	0.0163	0.0222	0.0163	0.0147	0.0115	0.0277	0.0115	0.0261
chrX	7236405	7236556	chrX:7236406-7236556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0194	0.0222	0.0208	0.0146	0.0053	0.0165	0.0251	0.0513	0.0053	0.0229	0.0232	0.0229	0.0263	0.0161	0.0123	0.0161	0.0229
chrX	7243693	7243993	chrX:7243694-7243993	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0323	0.0503	0.033	0.0113	0.0371	0.0587	0.0644	0.0593	0.0371	0.0453	0.0367	0.0453	0.0139	0.0054	0.0084	0.0054	0.0047
chrX	7244104	7244280	chrX:7244105-7244280	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0365	0.0541	0.0407	0.0123	0.0456	0.0607	0.0688	0.0653	0.0456	0.0338	0.0537	0.0338	0.0287	0.0038	0.011	0.0038	0.0073
chrX	7254755	7254906	chrX:7254756-7254906	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0103	0.0062	0.0096	0.0155	0	0.0068	0.0125	0.004	0	0.0072	0.0087	0.0072	0.0132	0.0077	0.0052	0.0077	0.024
chrX	7255390	7255541	chrX:7255391-7255541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0087	0.0115	0.0134	0.0042	0.0102	0.0156	0.0053	0.0042	0.0066	0.0116	0.0066	0.0108	0.0046	0.0039	0.0046	0.0078
chrX	7259217	7259368	chrX:7259218-7259368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0105	0.0106	0.0109	0.01	0.0021	0.0087	0.0225	0.008	0.0021	0.0133	0.0106	0.0133	0.0062	0.0069	0.0032	0.0069	0.0057
chrX	7262523	7262780	chrX:7262524-7262780	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0466	0.0477	0.0656	0.0244	0.0318	0.0733	0.0437	0.06	0.0318	0.1051	0.0662	0.1051	0.0178	0.0077	0.011	0.0077	0.0089
chrX	7263811	7264008	chrX:7263812-7264008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0389	0.032	0.0499	0.0347	0.018	0.0476	0.032	0.044	0.018	0.0731	0.0582	0.0731	0.0411	0.0551	0.0393	0.0551	0.0386
chrX	7265618	7265769	chrX:7265619-7265769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0158	0.0173	0.007	0.0074	0.0155	0.0212	0.0253	0.0074	0.0181	0.0199	0.0181	0.0046	0	0.0026	0	0.0042
chrX	7279264	7279415	chrX:7279265-7279415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0065	0.0055	0.0096	0.0053	0.0058	0.0108	0.0067	0.0053	0.0066	0.0064	0.0066	0.0023	0.0084	0.0045	0.0084	0.0052
chrX	7297029	7297180	chrX:7297030-7297180	FBgn0029949	CG15035	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0137	0.0247	0.0095	0.006	0.0138	0.0257	0.026	0.044	0.0138	0.0066	0.0141	0.0066	0.007	0.0069	0.0045	0.0069	0.0042
chrX	7326436	7326587	chrX:7326437-7326587	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0045	0.0061	0.0175	0	0.0044	0.0095	0.0033	0	0.0054	0.0032	0.0054	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0047
chrX	7327094	7327245	chrX:7327095-7327245	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0049	0.0029	0.0033	0.0091	0	0.0024	0.0052	0.004	0	0.0018	0.0026	0.0018	0.0031	0	0.0013	0	0.0031
chrX	7332638	7332789	chrX:7332639-7332789	distal	distal	none	none	VT58271.1	VT58271.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0055	0.0063	0.011	0.0032	0.0068	0.0069	0.0047	0.0032	0.006	0.0071	0.006	0.007	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chrX	7339185	7339389	chrX:7339186-7339389	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0885	0.0638	0.1164	0.0856	0.0361	0.0854	0.0489	0.1139	0.0361	0.1371	0.1296	0.1371	0.1038	0.1049	0.0935	0.1049	0.0756
chrX	7353301	7353452	chrX:7353302-7353452	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0057	0.0058	0.0082	0.0011	0.0039	0.0117	0.006	0.0011	0.0048	0.0051	0.0048	0.0039	0.0015	0.0039	0.0015	0.0042
chrX	7353623	7353774	chrX:7353624-7353774	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0049	0.0076	0.0118	0.0021	0.0034	0.0108	0.0027	0.0021	0.0066	0.0048	0.0066	0.0031	8e-04	0.0039	8e-04	0.0047
chrX	7356202	7356353	chrX:7356203-7356353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0086	0.0093	0.0128	0.0053	0.0058	0.0156	0.008	0.0053	0.0054	0.008	0.0054	0.0108	0.0061	0.0045	0.0061	0.0031
chrX	7357034	7357185	chrX:7357035-7357185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0067	0.0103	0.0106	0.0042	0.0058	0.0121	0.0053	0.0042	0.0097	0.0077	0.0097	0.0101	0.0054	0.0045	0.0054	0.0052
chrX	7357213	7357364	chrX:7357214-7357364	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0061	0.0091	0.0102	0	0.0063	0.0117	0.006	0	0.0066	0.0068	0.0066	0.0062	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chrX	7361925	7362127	chrX:7361926-7362127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0145	0.025	0.0115	0.006	0.0255	0.0136	0.0476	0.022	0.0255	0.0205	0.0071	0.0205	0.0124	0.01	0.0052	0.01	0.0036
chrX	7363302	7363453	chrX:7363303-7363453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0069	0.0122	0.0088	0.0042	0.0063	0.0099	0.0087	0.0042	0.006	0.0186	0.006	0.0046	8e-04	0.0013	8e-04	0.0021
chrX	7363516	7363717	chrX:7363517-7363717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0103	0.0151	0.0128	0.0053	0.0097	0.0164	0.0113	0.0053	0.0066	0.0135	0.0066	0.007	8e-04	0.0032	8e-04	0.0052
chrX	7363880	7364059	chrX:7363881-7364059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.01	0.019	0.0173	0.0064	0.0087	0.0182	0.0093	0.0064	0.0127	0.0154	0.0127	0.0046	0.0023	6e-04	0.0023	0.0057
chrX	7364130	7364281	chrX:7364131-7364281	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0085	0.0061	0.0093	0.0103	0.0021	0.0058	0.0112	0.006	0.0021	0.0054	0.0074	0.0054	0.0062	0.0038	0.0013	0.0038	0.0042
chrX	7364572	7364723	chrX:7364573-7364723	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0056	0.0098	0.0113	0	0.0058	0.0108	0.0053	0	0.0097	0.0064	0.0097	0.0085	0.0046	0.0013	0.0046	0.0052
chrX	7364852	7365003	chrX:7364853-7365003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.008	0.0102	0.0116	0.0053	0.0083	0.0125	0.0067	0.0053	0.0085	0.0103	0.0085	0.0046	0.0061	0.0052	0.0061	0.0047
chrX	7370706	7370857	chrX:7370707-7370857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0107	0.0102	0.0103	0.0053	0.0141	0.0108	0.0153	0.0053	0.0115	0.0064	0.0115	0.0077	0.0015	0.0032	0.0015	0.0047
chrX	7370909	7371155	chrX:7370910-7371155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0156	0.0156	0.0138	0.0177	0.0032	0.0223	0.0177	0.02	0.0032	0.0133	0.0087	0.0133	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0047
chrX	7373422	7373573	chrX:7373423-7373573	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.0062	0.0081	0.0103	0	0.0073	0.0108	0.0053	0	0.0054	0.0061	0.0054	0.007	0.0031	0.0045	0.0031	0.0016
chrX	7374103	7374254	chrX:7374104-7374254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0076	0.0066	0.0071	0.0093	0.0053	0.0087	0.0108	0.0027	0.0053	0.0103	0.0061	0.0103	0.0015	8e-04	0.0039	8e-04	0.0026
chrX	7380086	7380237	chrX:7380087-7380237	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0099	0.0061	0.0142	0.0095	0	0.0073	0.0117	0.0047	0	0.0091	0.0248	0.0091	0.0093	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chrX	7380312	7380463	chrX:7380313-7380463	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0059	0.0081	0.0104	0	0.0053	0.0117	0.006	0	0.0079	0.0093	0.0079	0.0085	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chrX	7380679	7380830	chrX:7380680-7380830	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0076	0.0037	0.0075	0.012	0	0.0039	0.0069	0.0027	0	0.0066	0.0084	0.0066	0.0023	0.0054	0.0019	0.0054	0.0078
chrX	7381613	7381764	chrX:7381614-7381764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0093	0.0211	0.0089	0.0032	0.0165	0.0099	0.008	0.0032	0.0103	0.035	0.0103	0.0155	0.0054	0.0071	0.0054	0.0078
chrX	7382273	7382424	chrX:7382274-7382424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0074	0.0091	0.0089	0.0011	0.0078	0.0134	0.006	0.0011	0.0097	0.0096	0.0097	0.0085	0.0038	0.0019	0.0038	0.0021
chrX	7387873	7388119	chrX:7387874-7388119	FBgn0262968	CR43279	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0241	0.0202	0.0348	0.0169	0.0085	0.0248	0.0342	0.014	0.0085	0.0628	0.0273	0.0628	0.017	0.0069	0.0077	0.0069	0.0063
chrX	7393415	7393566	chrX:7393416-7393566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0098	0.0088	0.0127	0.0074	0.0078	0.0177	0.0087	0.0074	0.0109	0.0093	0.0109	0.0046	0.0069	0.0058	0.0069	0.0151
chrX	7397078	7397229	chrX:7397079-7397229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0087	0.0083	0.0072	0.0107	0.0053	0.0053	0.0173	0.006	0.0053	0.0097	0.0064	0.0097	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chrX	7397684	7397835	chrX:7397685-7397835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0092	0.0082	0.008	0.0117	0.0021	0.0078	0.0169	0.004	0.0021	0.0042	0.0074	0.0042	0.0023	0	6e-04	0	5e-04
chrX	7400759	7400910	chrX:7400760-7400910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0106	0.0106	0.0098	0.0116	0.0064	0.0073	0.0221	0.0073	0.0064	0.0054	0.0077	0.0054	0.007	0.0031	0.0058	0.0031	0.0026
chrX	7406947	7407098	chrX:7406948-7407098	FBgn0052719	CG32719	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0118	0.0088	0.0096	0.0174	0.0021	0.0078	0.0182	0.0067	0.0021	0.0151	0.0074	0.0151	0.0139	0.0498	0.0052	0.0498	0.0109
chrX	7413717	7413868	chrX:7413718-7413868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0098	0.0082	0.011	0.0021	0.0097	0.0173	0.01	0.0021	0.0048	0.0074	0.0048	0.0031	0.0023	0.0039	0.0023	0.0057
chrX	7416060	7416261	chrX:7416061-7416261	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.0879	0.0614	0.0086	0.0615	0.0786	0.1276	0.1153	0.0615	0.038	0.0904	0.038	0.0434	0.0054	0.0116	0.0054	0.0115
chrX	7428608	7428759	chrX:7428609-7428759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0168	0.0138	0.023	0.0134	0.0095	0.0199	0.0195	0.0093	0.0095	0.0338	0.0257	0.0338	0.0232	0.0199	0.0116	0.0199	0.0162
chrX	7428792	7428943	chrX:7428793-7428943	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0193	0.0136	0.025	0.0194	0.0085	0.017	0.0173	0.016	0.0085	0.0296	0.0309	0.0296	0.0263	0.0375	0.0193	0.0375	0.0203
chrX	7431580	7431935	chrX:7431581-7431935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0276	0.0204	0.0386	0.0235	0.0127	0.0252	0.0277	0.0227	0.0127	0.0242	0.0659	0.0242	0.0209	0.0184	0.0522	0.0184	0.0245
chrX	7435904	7436055	chrX:7435905-7436055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0087	0.0096	0.0097	0.0053	0.0063	0.0125	0.0113	0.0053	0.0103	0.0132	0.0103	0.0039	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chrX	7436672	7436969	chrX:7436673-7436969	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0906	0.0414	0.0111	0.0901	0.0408	0.176	0.0826	0.0901	0.0151	0.0624	0.0151	0.062	0.0077	0.0193	0.0077	0.0115
chrX	7437740	7437891	chrX:7437741-7437891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0237	0.0286	0.0152	0.0074	0.0243	0.035	0.03	0.0074	0.029	0.0386	0.029	0.0287	0.023	0.0187	0.023	0.0177
chrX	7443107	7443258	chrX:7443108-7443258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0124	0.0188	0.0129	0.0047	0.0244	0.018	0.0255	0.02	0.0244	0.0066	0.0206	0.0066	0.0124	0.0038	0.009	0.0038	0.0036
chrX	7444721	7444872	chrX:7444722-7444872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0111	0.0113	0.0128	0.0042	0.015	0.013	0.0147	0.0042	0.0109	0.0109	0.0109	0.0085	8e-04	0.0032	8e-04	0.0036
chrX	7445012	7445163	chrX:7445013-7445163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0086	0.0096	0.0173	0.0032	0.0083	0.0134	0.01	0.0032	0.0091	0.008	0.0091	0.0085	0.0023	0.0013	0.0023	0.0083
chrX	7446111	7446305	chrX:7446112-7446305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0242	0.0252	0.0354	0.0107	0.0138	0.0252	0.0277	0.0473	0.0138	0.0187	0.0711	0.0187	0.0085	0.0077	0.0258	0.0077	0.0063
chrX	7446450	7446634	chrX:7446451-7446634	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0292	0.0309	0.0431	0.0118	0.0212	0.0252	0.032	0.0633	0.0212	0.0169	0.091	0.0169	0.0139	0.0077	0.0335	0.0077	0.0047
chrX	7446809	7446960	chrX:7446810-7446960	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0127	0.0315	0.0139	0.0042	0.0175	0.0125	0.0207	0.0042	0.0205	0.0579	0.0205	0.0186	0.0168	0.0355	0.0168	0.0057
chrX	7447282	7447433	chrX:7447283-7447433	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0215	0.0152	0.0341	0.0148	0.0011	0.0286	0.0173	0.014	0.0011	0.0338	0.046	0.0338	0.0364	0.0191	0.0271	0.0191	0.013
chrX	7447523	7447763	chrX:7447524-7447763	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0357	0.0201	0.0571	0.0295	0.0032	0.0451	0.0164	0.0173	0.0032	0.0531	0.0749	0.0531	0.0852	0.023	0.06	0.023	0.036
chrX	7450611	7450804	chrX:7450612-7450804	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0223	0.0178	0.0324	0.0162	0.0064	0.017	0.0199	0.034	0.0064	0.029	0.0492	0.029	0.0271	0.0375	0.0213	0.0375	0.0089
chrX	7453437	7453633	chrX:7453438-7453633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0194	0.0211	0.0272	0.0089	0.0064	0.0165	0.0182	0.0573	0.0064	0.0181	0.0418	0.0181	0.0101	0.0107	0.0181	0.0107	0.0052
chrX	7462550	7462713	chrX:7462551-7462713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0135	0.0317	0.0221	0.0064	0.0209	0.0173	0.012	0.0064	0.0302	0.0486	0.0302	0.031	0.0107	0.0426	0.0107	0.0334
chrX	7463645	7463796	chrX:7463646-7463796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.02	0.0152	0.0388	0.0046	0.0074	0.0228	0.0151	0.02	0.0074	0.0091	0.0826	0.0091	0.0139	0.0031	0.0084	0.0031	0.0042
chrX	7464056	7464207	chrX:7464057-7464207	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0142	0.0324	0.0078	0.0074	0.0233	0.0117	0.02	0.0074	0.0169	0.0582	0.0169	0.0093	0.0046	0.011	0.0046	0.0104
chrX	7464290	7464441	chrX:7464291-7464441	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0202	0.0145	0.0338	0.0118	0.0042	0.0233	0.0173	0.016	0.0042	0.0169	0.0547	0.0169	0.0186	0.0046	0.0148	0.0046	0.0167
chrX	7465655	7465854	chrX:7465656-7465854	distal	distal	stage14	stage14	ct_cutA1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0319	0.0224	0.0527	0.0198	0.0064	0.0345	0.0208	0.0326	0.0064	0.0495	0.0633	0.0495	0.0527	0.0084	0.0309	0.0084	0.0287
chrX	7467183	7467334	chrX:7467184-7467334	distal	distal	stage11	stage11	ct_cutA1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0244	0.0303	0.01	0.0106	0.0335	0.0272	0.034	0.0106	0.0205	0.0331	0.0205	0.0403	0.0069	0.0103	0.0069	0.012
chrX	7467337	7467496	chrX:7467338-7467496	distal	distal	stage11	stage11	ct_cutA1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0197	0.0194	0.0283	0.0104	0.0095	0.0282	0.0203	0.0247	0.0095	0.0145	0.0254	0.0145	0.0418	0.0061	0.011	0.0061	0.0094
chrX	7467742	7467893	chrX:7467743-7467893	FBgn0029951	CG11369	stage11	none	ct_cutA1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0203	0.0161	0.0344	0.0096	0.0064	0.0141	0.0229	0.026	0.0064	0.0181	0.0566	0.0181	0.0186	0.0061	0.011	0.0061	0.0094
chrX	7467902	7468145	chrX:7467903-7468145	FBgn0029951	CG11369	stage11	none	ct_cutA1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0319	0.0294	0.0532	0.0113	0.0106	0.0272	0.0346	0.056	0.0106	0.0193	0.1032	0.0193	0.0256	0.0069	0.0187	0.0069	0.0104
chrX	7473396	7473547	chrX:7473397-7473547	distal	distal	none	none	ct_cutA3,ct_cutB	ct_cutA3,ct_cutB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0139	0.0106	0.015	0.0166	0.0042	0.0175	0.0125	0.0093	0.0042	0.0109	0.0154	0.0109	0.0318	0.0107	0.0103	0.0107	0.0375
chrX	7473803	7474004	chrX:7473804-7474004	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT58346.1,ct_cutB	VT58346.1,ct_cutB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0303	0.0299	0.0395	0.0206	0.0127	0.0544	0.0234	0.0386	0.0127	0.0296	0.0383	0.0296	0.0914	0.0054	0.0155	0.0054	0.049
chrX	7474463	7474665	chrX:7474464-7474665	distal	distal	none	none	VT58346.1,ct_cutB	VT58346.1,ct_cutB	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.019	0.0118	0.0241	0.0214	0.0064	0.0126	0.0208	0.0087	0.0064	0.0223	0.0235	0.0223	0.0465	0.0168	0.0181	0.0168	0.0417
chrX	7475540	7475767	chrX:7475541-7475767	distal	distal	none	none	VT58346.1,ct_cutB	VT58346.1,ct_cutB	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0214	0.0374	0.0227	0.0053	0.0218	0.0333	0.028	0.0053	0.0338	0.0492	0.0338	0.0418	0.0352	0.0322	0.0352	0.0203
chrX	7476511	7476662	chrX:7476512-7476662	distal	distal	none	none	ct_cutB	ct_cutB	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0163	0.0284	0.0133	0.0061	0.0276	0.0252	0.0454	0.0266	0.0276	0.0066	0.0209	0.0066	0.0163	0.0077	0.0071	0.0077	0.0047
chrX	7487239	7487390	chrX:7487240-7487390	distal	distal	none	none	VT58352.1	VT58352.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0145	0.0174	0.0143	0.0021	0.015	0.0272	0.0133	0.0021	0.0145	0.0196	0.0145	0.0077	0.0031	0.0148	0.0031	0.0052
chrX	7490237	7490388	chrX:7490238-7490388	distal	distal	none	none	VT58354.1,ct_ct-14	VT58354.1,ct_ct-14	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.008	0.008	0.0104	0.0054	0.0032	0.0044	0.0138	0.012	0.0032	0.0079	0.0068	0.0079	0.0039	0.0023	0.0013	0.0023	0.0016
chrX	7497294	7497448	chrX:7497295-7497448	distal	distal	none	none	VT58358.1	VT58358.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0158	0.0222	0.0209	0.0074	0.0102	0.0251	0.024	0.0074	0.0109	0.0116	0.0109	0.0147	0.0054	0.0084	0.0054	0.0078
chrX	7497793	7497944	chrX:7497794-7497944	distal	distal	none	none	VT58358.1	VT58358.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0194	0.0344	0.016	0.0065	0.0148	0.034	0.0346	0.0686	0.0148	0.0133	0.0203	0.0133	0.0108	0.0061	0.0064	0.0061	0.0016
chrX	7498558	7498827	chrX:7498559-7498827	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1662	0.1437	0.1853	0.1704	0.1198	0.1728	0.1687	0.1706	0.1198	0.2277	0.2125	0.2277	0.1813	0.2029	0.176	0.2029	0.2032
chrX	7499760	7500020	chrX:7499761-7500020	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0549	0.034	0.0632	0.0692	0.0148	0.0437	0.042	0.0426	0.0148	0.0562	0.0842	0.0562	0.0689	0.0965	0.0696	0.0965	0.0537
chrX	7500469	7500653	chrX:7500470-7500653	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0558	0.0523	0.0662	0.0483	0.0371	0.0689	0.0593	0.0646	0.0371	0.0616	0.0862	0.0616	0.0697	0.0559	0.04	0.0559	0.0516
chrX	7501999	7502219	chrX:7502000-7502219	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1378	0.1159	0.1754	0.1209	0.0668	0.1495	0.1272	0.1532	0.0668	0.221	0.1958	0.221	0.165	0.1187	0.1225	0.1187	0.1282
chrX	7502305	7502518	chrX:7502306-7502518	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.181	0.1472	0.2278	0.1674	0.0764	0.1854	0.1535	0.2185	0.0764	0.2711	0.2627	0.2711	0.2099	0.1899	0.1799	0.1899	0.1839
chrX	7508050	7508201	chrX:7508051-7508201	distal	distal	none	none	VT58364.1	VT58364.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0164	0.0106	0.0282	0.01	0	0.0155	0.0117	0.0147	0	0.0193	0.0463	0.0193	0.017	0.01	0.0161	0.01	0.0078
chrX	7509542	7509718	chrX:7509543-7509718	distal	distal	none	none	VT58365.1	VT58365.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.016	0.0102	0.0208	0.0171	0.0021	0.0097	0.0169	0.0127	0.0021	0.0205	0.019	0.0205	0.0225	0.0092	0.011	0.0092	0.0104
chrX	7510209	7510593	chrX:7510210-7510593	distal	distal	stage11	stage11	VT58365.1,VT58366.1	VT58365.1,VT58366.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0491	0.026	0.0684	0.0536	0.0064	0.0451	0.0255	0.0286	0.0064	0.1389	0.0698	0.1389	0.0403	0.1202	0.0445	0.1202	0.0563
chrX	7510640	7511110	chrX:7510641-7511110	distal	distal	stage14	stage14	VT58366.1	VT58366.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0546	0.0249	0.0586	0.0833	0.0106	0.034	0.0316	0.0247	0.0106	0.0936	0.0605	0.0936	0.0604	0.1784	0.0651	0.1784	0.1027
chrX	7511204	7511355	chrX:7511205-7511355	distal	distal	stage14	stage14	VT58366.1	VT58366.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0302	0.0152	0.0313	0.0457	0.0042	0.0248	0.0186	0.012	0.0042	0.0574	0.026	0.0574	0.0349	0.1026	0.0309	0.1026	0.0573
chrX	7511421	7511810	chrX:7511422-7511810	distal	distal	stage14	stage14	VT58366.1	VT58366.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0606	0.0289	0.0731	0.0822	0.0064	0.0549	0.0298	0.026	0.0064	0.1498	0.054	0.1498	0.0821	0.17	0.049	0.17	0.1214
chrX	7512219	7512370	chrX:7512220-7512370	distal	distal	none	none	VT58367.1	VT58367.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0241	0.0147	0.0256	0.0329	0.0021	0.0214	0.0199	0.014	0.0021	0.0338	0.0286	0.0338	0.0279	0.0911	0.0239	0.0911	0.0323
chrX	7512480	7512697	chrX:7512481-7512697	distal	distal	stage14	stage14	VT58367.1	VT58367.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0314	0.0167	0.035	0.044	0.0053	0.0218	0.0242	0.018	0.0053	0.0447	0.046	0.0447	0.0263	0.1248	0.0374	0.1248	0.0334
chrX	7512719	7512870	chrX:7512720-7512870	distal	distal	stage14	stage14	VT58367.1	VT58367.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0222	0.0132	0.0231	0.0312	0.0085	0.0146	0.0195	0.014	0.0085	0.0254	0.0331	0.0254	0.0139	0.0873	0.0226	0.0873	0.0245
chrX	7512979	7513130	chrX:7512980-7513130	distal	distal	stage14	stage14	VT58367.1	VT58367.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0137	0.006	0.0112	0.0251	0.0021	0.0087	0.0082	0.006	0.0021	0.0097	0.0129	0.0097	0.017	0.0697	0.0206	0.0697	0.0193
chrX	7514199	7514404	chrX:7514200-7514404	distal	distal	none	none	VT58368.1	VT58368.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0379	0.0447	0.0426	0.0251	0.0223	0.0524	0.061	0.0526	0.0223	0.032	0.045	0.032	0.0364	0.0153	0.0213	0.0153	0.0208
chrX	7514486	7514662	chrX:7514487-7514662	distal	distal	none	none	VT58368.1	VT58368.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0323	0.0376	0.0346	0.0238	0.018	0.0519	0.0446	0.0446	0.018	0.0248	0.0299	0.0248	0.0356	0.0268	0.0123	0.0268	0.025
chrX	7515208	7515376	chrX:7515209-7515376	distal	distal	none	none	VT58368.1,VT58369.1	VT58368.1,VT58369.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0302	0.0364	0.0259	0.0159	0.0369	0.0355	0.0426	0.0159	0.0362	0.0476	0.0362	0.0279	0.0306	0.0155	0.0306	0.0307
chrX	7515484	7515635	chrX:7515485-7515635	distal	distal	none	none	VT58368.1,VT58369.1	VT58368.1,VT58369.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0214	0.0313	0.0267	0.0064	0.0282	0.0186	0.0413	0.0064	0.0362	0.0412	0.0362	0.0232	0.036	0.0161	0.036	0.0354
chrX	7517122	7517273	chrX:7517123-7517273	distal	distal	none	none	VT58369.1	VT58369.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0219	0.0113	0.0264	0.0287	0.0064	0.0136	0.0143	0.0153	0.0064	0.0242	0.0312	0.0242	0.0372	0.0084	0.0161	0.0084	0.0745
chrX	7517356	7517507	chrX:7517357-7517507	distal	distal	none	none	VT58369.1	VT58369.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0198	0.0095	0.0254	0.0251	0.0032	0.0097	0.0125	0.0133	0.0032	0.0223	0.0302	0.0223	0.038	0.0061	0.009	0.0061	0.0677
chrX	7519625	7519833	chrX:7519626-7519833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0369	0.032	0.0626	0.0141	0.0064	0.0534	0.0277	0.0473	0.0064	0.0779	0.0842	0.0779	0.0302	0.0092	0.0135	0.0092	0.0162
chrX	7520745	7520930	chrX:7520746-7520930	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.094	0.0894	0.1146	0.0766	0.0498	0.116	0.0822	0.1459	0.0498	0.1401	0.1203	0.1401	0.0984	0.1072	0.0567	0.1072	0.0563
chrX	7521069	7521514	chrX:7521070-7521514	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2794	0.2354	0.3357	0.2667	0.1739	0.3277	0.2145	0.3298	0.1739	0.3726	0.3859	0.3726	0.2951	0.2887	0.2785	0.2887	0.2777
chrX	7522387	7522708	chrX:7522388-7522708	distal	distal	none	none	VT58373.1	VT58373.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0693	0.0548	0.0935	0.0589	0.0201	0.0854	0.0532	0.0733	0.0201	0.1045	0.11	0.1045	0.0868	0.062	0.06	0.062	0.0651
chrX	7522828	7522979	chrX:7522829-7522979	distal	distal	none	none	VT58373.1	VT58373.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.025	0.013	0.0273	0.0361	0.0042	0.0204	0.0125	0.0167	0.0042	0.0326	0.0244	0.0326	0.0302	0.0222	0.011	0.0222	0.0328
chrX	7523268	7523475	chrX:7523269-7523475	distal	distal	stage14	stage14	VT58373.1	VT58373.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0421	0.0227	0.0532	0.0518	0.0117	0.0383	0.0203	0.028	0.0117	0.0562	0.0486	0.0562	0.0411	0.0498	0.0148	0.0498	0.0313
chrX	7524015	7524242	chrX:7524016-7524242	distal	distal	stage5	stage5	VT58373.1	VT58373.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.0688	0.0618	0.0372	0.0403	0.0835	0.077	0.0999	0.0403	0.07	0.0736	0.07	0.0519	0.0398	0.0245	0.0398	0.05
chrX	7524310	7524461	chrX:7524311-7524461	distal	distal	stage5	stage5	VT58373.1	VT58373.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.033	0.0429	0.0382	0.0163	0.0212	0.0519	0.0484	0.0613	0.0212	0.0574	0.0441	0.0574	0.0248	0.0176	0.011	0.0176	0.0198
chrX	7525259	7525619	chrX:7525260-7525619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0445	0.0328	0.058	0.0429	0.0117	0.0539	0.0337	0.0386	0.0117	0.0374	0.0392	0.0374	0.1642	0.0199	0.0226	0.0199	0.1068
chrX	7527851	7528002	chrX:7527852-7528002	distal	distal	none	none	VT58376.1	VT58376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0157	0.011	0.0165	0.0201	0.0032	0.0131	0.0173	0.01	0.0032	0.0091	0.0122	0.0091	0.0395	0.0153	0.0077	0.0153	0.0453
chrX	7528857	7529039	chrX:7528858-7529039	distal	distal	stage5	stage5	VT58376.1	VT58376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0258	0.0297	0.0253	0.0221	0.0095	0.0422	0.0272	0.0506	0.0095	0.0362	0.0244	0.0362	0.0294	0.0107	0.0123	0.0107	0.0297
chrX	7531087	7531238	chrX:7531088-7531238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0146	0.0198	0.028	0.0074	0.0189	0.0208	0.012	0.0074	0.0278	0.0158	0.0278	0.0287	0.0804	0.009	0.0804	0.0276
chrX	7531526	7531677	chrX:7531527-7531677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0145	0.0066	0.0128	0.0252	0.0011	0.0073	0.0108	0.008	0.0011	0.0229	0.0109	0.0229	0.0155	0.0674	0.0103	0.0674	0.0313
chrX	7532890	7533041	chrX:7532891-7533041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0079	0.0121	0.0166	0.0032	0.0092	0.0082	0.012	0.0032	0.0115	0.0119	0.0115	0.0155	0.0038	0.0129	0.0038	0.0193
chrX	7533683	7533834	chrX:7533684-7533834	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0082	0.0052	0.0128	0.0064	0	0.0092	0.0069	0.0047	0	0.0079	0.0084	0.0079	0.0426	0.0015	0.0032	0.0015	0.013
chrX	7534819	7535040	chrX:7534820-7535040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0302	0.0219	0.0381	0.0309	0.0106	0.0286	0.0225	0.034	0.0106	0.0411	0.0354	0.0411	0.0411	0.0291	0.0174	0.0291	0.0479
chrX	7535160	7535419	chrX:7535161-7535419	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0346	0.0287	0.052	0.0221	0.0138	0.0461	0.0264	0.0373	0.0138	0.0761	0.0566	0.0761	0.0395	0.0153	0.0155	0.0153	0.0245
chrX	7536506	7536667	chrX:7536507-7536667	distal	distal	none	none	VT58381.1	VT58381.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.011	0.0162	0.0166	0.0064	0.0155	0.0151	0.01	0.0064	0.0109	0.0109	0.0109	0.0186	0.0038	0.0077	0.0038	0.0125
chrX	7536827	7536978	chrX:7536828-7536978	distal	distal	none	none	VT58381.1	VT58381.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.008	0.0145	0.0162	0.0032	0.0131	0.0095	0.008	0.0032	0.0091	0.0135	0.0091	0.0147	0.0038	0.0052	0.0038	0.0151
chrX	7540782	7540974	chrX:7540783-7540974	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0316	0.0469	0.0329	0.0131	0.0286	0.0597	0.0515	0.064	0.0286	0.026	0.0447	0.026	0.0395	0.0107	0.011	0.0107	0.0167
chrX	7541611	7541850	chrX:7541612-7541850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0266	0.0219	0.0381	0.0192	0.0042	0.0408	0.0173	0.0293	0.0042	0.0429	0.0373	0.0429	0.0697	0.0107	0.0181	0.0107	0.0141
chrX	7541876	7542027	chrX:7541877-7542027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0165	0.014	0.022	0.0135	0.0021	0.0252	0.016	0.0127	0.0021	0.0272	0.0206	0.0272	0.0349	0.0031	0.0071	0.0031	0.0089
chrX	7544443	7544594	chrX:7544444-7544594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0107	0.0185	0.024	0.0032	0.015	0.0169	0.0053	0.0032	0.0151	0.0129	0.0151	0.0449	0.0077	0.0071	0.0077	0.0693
chrX	7544869	7545020	chrX:7544870-7545020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0165	0.0116	0.0199	0.0181	0.0032	0.0194	0.0138	0.012	0.0032	0.0344	0.0148	0.0344	0.0279	0.0299	0.0084	0.0299	0.0302
chrX	7545295	7545446	chrX:7545296-7545446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0178	0.0143	0.0194	0.0201	0.0032	0.0209	0.0225	0.0093	0.0032	0.0121	0.0154	0.0121	0.0465	0.0115	0.0077	0.0115	0.049
chrX	7545582	7545753	chrX:7545583-7545753	distal	distal	none	none	VT58385.1	VT58385.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0355	0.0243	0.0437	0.039	0.0064	0.0451	0.0268	0.02	0.0064	0.0272	0.027	0.0272	0.1139	0.0184	0.0097	0.0184	0.1063
chrX	7545912	7546103	chrX:7545913-7546103	distal	distal	stage11	stage11	VT58385.1	VT58385.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0486	0.0374	0.0624	0.0461	0.0159	0.0587	0.0415	0.0406	0.0159	0.0314	0.0441	0.0314	0.1356	0.0329	0.0155	0.0329	0.1053
chrX	7551031	7551182	chrX:7551032-7551182	distal	distal	none	none	VT58387.1,VT58388.1	VT58387.1,VT58388.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0049	0.008	0.0102	0.0021	0.0049	0.0069	0.006	0.0021	0.0054	0.0064	0.0054	0.0147	8e-04	0.0064	8e-04	0.0099
chrX	7560580	7560731	chrX:7560581-7560731	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0147	0.0074	0.0115	0.0263	0.0032	0.0068	0.0104	0.0107	0.0032	0.0109	0.0113	0.0109	0.0194	0.0881	0.0135	0.0881	0.0167
chrX	7561196	7561347	chrX:7561197-7561347	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0082	0.0042	0.0081	0.0127	0.0021	0.0024	0.0082	0.004	0.0021	0.0072	0.008	0.0072	0.0132	0.0345	0.0084	0.0345	0.0109
chrX	7561553	7561704	chrX:7561554-7561704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0126	0.0088	0.0142	0.015	0.0021	0.0107	0.0134	0.0093	0.0021	0.0151	0.0148	0.0151	0.0217	0.0368	0.0103	0.0368	0.0162
chrX	7571062	7571230	chrX:7571063-7571230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0448	0.031	0.06	0.0434	0.0106	0.05	0.0324	0.038	0.0106	0.0767	0.0605	0.0767	0.0844	0.0597	0.0374	0.0597	0.0714
chrX	7572969	7573181	chrX:7572970-7573181	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.083	0.0511	0.1044	0.0953	0.0265	0.0704	0.0584	0.0653	0.0265	0.1389	0.1103	0.1389	0.11	0.1118	0.0967	0.1118	0.1089
chrX	7584870	7585068	chrX:7584871-7585068	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0556	0.0472	0.0638	0.0558	0.0244	0.0675	0.0502	0.0606	0.0244	0.0785	0.0553	0.0785	0.1263	0.0674	0.0542	0.0674	0.1011
chrX	7585923	7586119	chrX:7585924-7586119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0163	0.025	0.0462	0.0032	0.0238	0.0203	0.0207	0.0032	0.0217	0.0186	0.0217	0.0635	0.0214	0.0413	0.0214	0.0928
chrX	7586588	7586824	chrX:7586589-7586824	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0723	0.0545	0.0679	0.0971	0.0414	0.0714	0.0575	0.0693	0.0414	0.064	0.0653	0.064	0.1402	0.0804	0.0993	0.0804	0.1516
chrX	7589044	7589216	chrX:7589045-7589216	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.048	0.0199	0.0395	0.0888	0.0042	0.033	0.0255	0.0173	0.0042	0.0471	0.0302	0.0471	0.0875	0.0995	0.0896	0.0995	0.1527
chrX	7589710	7589895	chrX:7589711-7589895	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0322	0.0112	0.0259	0.0625	0.0042	0.0214	0.0147	0.0047	0.0042	0.0266	0.0232	0.0266	0.0558	0.0781	0.0741	0.0781	0.0959
chrX	7590719	7590937	chrX:7590720-7590937	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0493	0.0096	0.0315	0.1134	0.0053	0.0184	0.0099	0.0053	0.0053	0.0254	0.0241	0.0254	0.0852	0.1386	0.1122	0.1386	0.1714
chrX	7591206	7591357	chrX:7591207-7591357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0196	0.0086	0.0137	0.0383	0.0032	0.0126	0.0104	0.0093	0.0032	0.0115	0.0122	0.0115	0.0287	0.0413	0.0368	0.0413	0.0495
chrX	7591421	7591572	chrX:7591422-7591572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0093	0.0174	0.0414	0.0042	0.0107	0.0177	0.0047	0.0042	0.0223	0.0167	0.0223	0.0256	0.0245	0.0535	0.0245	0.0578
chrX	7592758	7592913	chrX:7592759-7592913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0278	0.0095	0.0202	0.0565	0.0032	0.0204	0.0078	0.0087	0.0032	0.0223	0.0193	0.0223	0.0356	0.0896	0.0748	0.0896	0.062
chrX	7596660	7596862	chrX:7596661-7596862	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1065	0.0895	0.1206	0.11	0.053	0.1388	0.0882	0.1019	0.053	0.1516	0.1167	0.1516	0.1882	0.1317	0.1277	0.1317	0.1819
chrX	7597544	7597742	chrX:7597545-7597742	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.063	0.0263	0.0746	0.0914	0.0021	0.0655	0.0164	0.0207	0.0021	0.1232	0.0473	0.1232	0.1255	0.1417	0.0754	0.1417	0.1339
chrX	7598428	7598596	chrX:7598429-7598596	distal	distal	stage11	stage11	CHES-1-like_upstreamCRM	CHES-1-like_upstreamCRM	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0621	0.034	0.0784	0.0755	0.0064	0.0718	0.0277	0.0306	0.0064	0.1552	0.0486	0.1552	0.1309	0.1378	0.0587	0.1378	0.1021
chrX	7598957	7599146	chrX:7598958-7599146	distal	distal	stage5	stage5	CHES-1-like_upstreamCRM	CHES-1-like_upstreamCRM	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0897	0.0735	0.1056	0.0902	0.0371	0.1252	0.0584	0.0959	0.0371	0.1926	0.082	0.1926	0.1448	0.1309	0.0832	0.1309	0.1292
chrX	7599282	7599455	chrX:7599283-7599455	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CHES-1-like_upstreamCRM	CHES-1-like_upstreamCRM	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.124	0.1243	0.1324	0.1146	0.0859	0.1752	0.1151	0.1752	0.0859	0.224	0.1103	0.224	0.1572	0.1493	0.0993	0.1493	0.16
chrX	7599735	7599960	chrX:7599736-7599960	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.11	0.113	0.1086	0.1081	0.0817	0.1583	0.1138	0.1392	0.0817	0.2035	0.0772	0.2035	0.1503	0.1677	0.0948	0.1677	0.1433
chrX	7600177	7600495	chrX:7600178-7600495	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1053	0.0854	0.1098	0.1228	0.0286	0.1432	0.0692	0.1146	0.0286	0.1576	0.0949	0.1576	0.1859	0.1746	0.1451	0.1746	0.1787
chrX	7600743	7600925	chrX:7600744-7600925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0827	0.0294	0.1074	0.1153	0.0085	0.0675	0.0229	0.02	0.0085	0.1806	0.0878	0.1806	0.1774	0.1539	0.1386	0.1539	0.161
chrX	7601063	7601238	chrX:7601064-7601238	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0509	0.0181	0.0596	0.0781	0.0011	0.0374	0.0203	0.0127	0.0011	0.0833	0.0479	0.0833	0.1201	0.0697	0.0961	0.0697	0.1219
chrX	7601279	7601454	chrX:7601280-7601454	FBgn0262979	CG43287	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0454	0.0155	0.0415	0.083	0.0011	0.0286	0.0173	0.0153	0.0011	0.0477	0.037	0.0477	0.0852	0.0551	0.1115	0.0551	0.1178
chrX	7601959	7602493	chrX:7601960-7602493	FBgn0262979	CG43287	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0987	0.0576	0.1325	0.1076	0.0233	0.1005	0.0597	0.056	0.0233	0.1721	0.1183	0.1721	0.2355	0.1746	0.107	0.1746	0.1318
chrX	7602855	7603006	chrX:7602856-7603006	FBgn0029504	CHES-1-like	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0383	0.0212	0.0428	0.0525	0.0021	0.034	0.0229	0.0247	0.0021	0.067	0.0363	0.067	0.0604	0.1164	0.0535	0.1164	0.0521
chrX	7603369	7603536	chrX:7603370-7603536	FBgn0029504	CHES-1-like	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0501	0.0282	0.0524	0.072	0.0095	0.0495	0.0285	0.0253	0.0095	0.0688	0.0434	0.0688	0.0852	0.1447	0.0632	0.1447	0.0803
chrX	7604053	7604247	chrX:7604054-7604247	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0741	0.0481	0.086	0.0901	0.017	0.0772	0.0441	0.062	0.017	0.1184	0.091	0.1184	0.1123	0.1179	0.0954	0.1179	0.1292
chrX	7604886	7605082	chrX:7604887-7605082	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1158	0.0909	0.1443	0.1124	0.0477	0.1262	0.0956	0.1193	0.0477	0.1775	0.1553	0.1775	0.1596	0.1057	0.1244	0.1057	0.1386
chrX	7610500	7610709	chrX:7610501-7610709	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0165	0.0247	0.0329	0.0085	0.0175	0.0225	0.0207	0.0085	0.0187	0.0154	0.0187	0.017	0.0077	0.0123	0.0077	0.0167
chrX	7611054	7611205	chrX:7611055-7611205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0128	0.0185	0.0175	0.0042	0.0131	0.0221	0.0107	0.0042	0.0115	0.0116	0.0115	0.0124	0.0069	0.0064	0.0069	0.012
chrX	7612090	7612241	chrX:7612091-7612241	FBgn0029955	CG15478	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0082	0.0114	0.0184	0.0011	0.0102	0.0117	0.0093	0.0011	0.0103	0.008	0.0103	0.0093	0.0061	0.0103	0.0061	0.0057
chrX	7614058	7614290	chrX:7614059-7614290	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0157	0.0155	0.0308	0.0074	0.0194	0.0238	0.014	0.0074	0.0121	0.0077	0.0121	0.0132	0.0153	0.0064	0.0153	0.0162
chrX	7616015	7616192	chrX:7616016-7616192	FBgn0022786	Hira	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0928	0.0854	0.1122	0.0799	0.0467	0.1141	0.1042	0.0999	0.0467	0.1437	0.1212	0.1437	0.1139	0.0743	0.0812	0.0743	0.1016
chrX	7622306	7622498	chrX:7622307-7622498	FBgn0027553,FBgn0029957	CG12155,NELF-B	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1074	0.0835	0.1421	0.0961	0.0668	0.099	0.0947	0.1113	0.0668	0.1643	0.1666	0.1643	0.1325	0.0896	0.0961	0.0896	0.1225
chrX	7622720	7622909	chrX:7622721-7622909	FBgn0027553,FBgn0029957	CG12155,NELF-B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1106	0.085	0.1485	0.0976	0.0488	0.1097	0.0852	0.1279	0.0488	0.1872	0.1534	0.1872	0.1596	0.1057	0.098	0.1057	0.1188
chrX	7622928	7623107	chrX:7622929-7623107	FBgn0029957	CG12155	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1064	0.0839	0.1485	0.0855	0.0435	0.1155	0.0779	0.1292	0.0435	0.1975	0.1601	0.1975	0.1479	0.0865	0.0954	0.0865	0.1058
chrX	7628113	7628273	chrX:7628114-7628273	FBgn0029958	Pdp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0483	0.0385	0.0582	0.0485	0.0201	0.0563	0.0402	0.0473	0.0201	0.0876	0.0569	0.0876	0.0542	0.0827	0.0368	0.0827	0.0573
chrX	7628350	7628564	chrX:7628351-7628564	FBgn0029958,FBgn0029959	Pdp,Rab39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1013	0.0774	0.1298	0.0966	0.0467	0.1078	0.0887	0.0879	0.0467	0.1842	0.1305	0.1842	0.1309	0.1256	0.0935	0.1256	0.1172
chrX	7628625	7628795	chrX:7628626-7628795	FBgn0029958,FBgn0029959	Pdp,Rab39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1551	0.1279	0.1909	0.1462	0.0753	0.166	0.1518	0.1612	0.0753	0.2446	0.201	0.2446	0.1797	0.147	0.1612	0.147	0.1819
chrX	7628849	7629047	chrX:7628850-7629047	FBgn0029958,FBgn0029959	Pdp,Rab39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.1058	0.1547	0.1082	0.0647	0.1267	0.128	0.1399	0.0647	0.192	0.174	0.192	0.1317	0.1141	0.1277	0.1141	0.1287
chrX	7629254	7629669	chrX:7629255-7629669	FBgn0029959	Rab39	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1331	0.1698	0.1184	0.0657	0.1704	0.151	0.1785	0.0657	0.2065	0.1894	0.2065	0.1534	0.1478	0.1212	0.1478	0.1673
chrX	7630841	7630992	chrX:7630842-7630992	FBgn0016041	Tom40	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.0429	0.0443	0.0263	0.0371	0.0451	0.0532	0.0586	0.0371	0.0465	0.0556	0.0465	0.0511	0.0253	0.0239	0.0253	0.0391
chrX	7631034	7631209	chrX:7631035-7631209	FBgn0016041	Tom40	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0637	0.0688	0.0425	0.0498	0.0738	0.0744	0.0833	0.0498	0.0755	0.0791	0.0755	0.0697	0.0467	0.0387	0.0467	0.0542
chrX	7631286	7631467	chrX:7631287-7631467	FBgn0016041	Tom40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1207	0.1149	0.1388	0.1074	0.0817	0.1413	0.1241	0.1626	0.0817	0.1649	0.1505	0.1649	0.1425	0.1309	0.0974	0.1309	0.1454
chrX	7631637	7631878	chrX:7631638-7631878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0605	0.0465	0.0801	0.0547	0.0265	0.0602	0.0523	0.062	0.0265	0.0972	0.0759	0.0972	0.1061	0.075	0.0432	0.075	0.0761
chrX	7635872	7636030	chrX:7635873-7636030	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0336	0.0282	0.0124	0.0138	0.0383	0.0428	0.0473	0.0138	0.0356	0.0283	0.0356	0.0232	0.013	0.0116	0.013	0.0177
chrX	7654057	7654208	chrX:7654058-7654208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0087	0.0076	0.0116	0.0106	0.0073	0.0147	0.006	0.0106	0.0121	0.0074	0.0121	0.0046	0.0046	0.0052	0.0046	0.0047
chrX	7654762	7654913	chrX:7654763-7654913	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0082	0.0071	0.0065	0.0114	0.0064	0.0053	0.0134	0.0053	0.0064	0.0066	0.0061	0.0066	0.0031	0.0023	0.0013	0.0023	0.0057
chrX	7662316	7662467	chrX:7662317-7662467	FBgn0085367	CG34338	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0149	0.0145	0.0103	0.0206	0.0032	0.0209	0.0182	0.0167	0.0032	0.0091	0.008	0.0091	0.0101	0.0123	0.009	0.0123	0.0078
chrX	7664294	7664489	chrX:7664295-7664489	distal	distal	none	none	VT58443.1	VT58443.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.02	0.0327	0.009	0.0178	0.0201	0.0311	0.0463	0.0413	0.0201	0.0097	0.009	0.0097	0.0101	0.0176	0.0123	0.0176	0.0193
chrX	7664491	7664706	chrX:7664492-7664706	distal	distal	none	none	VT58443.1	VT58443.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0206	0.0346	0.01	0.0164	0.0191	0.0354	0.0489	0.0446	0.0191	0.0115	0.0109	0.0115	0.0101	0.0199	0.0103	0.0199	0.0104
chrX	7688147	7688298	chrX:7688148-7688298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0079	0.0076	0.0093	0.0021	0.0068	0.0125	0.0113	0.0021	0.0097	0.0077	0.0097	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0031
chrX	7688697	7688848	chrX:7688698-7688848	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0055	0.0079	0.0102	0.0032	0.0058	0.0095	0.004	0.0032	0.0121	0.0061	0.0121	0.0046	0.0015	0	0.0015	0.0031
chrX	7702436	7702587	chrX:7702437-7702587	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.0039	0.0037	0.0113	0	0.0029	0.0091	0.0027	0	0.0024	0.0029	0.0024	0.0046	0.0031	0.0013	0.0031	0.0021
chrX	7704237	7704388	chrX:7704238-7704388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0096	0.0079	0.0089	0.0021	0.0053	0.0173	0.014	0.0021	0.0085	0.0093	0.0085	0.0054	0	6e-04	0	0.0042
chrX	7706410	7706561	chrX:7706411-7706561	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0098	0.0051	0.0092	0.0011	0.0102	0.0199	0.0073	0.0011	0.0054	0.0045	0.0054	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0021
chrX	7719532	7719683	chrX:7719533-7719683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0186	0.0089	0.0195	0.0212	0.0155	0.0277	0.0193	0.0212	0.0121	0.0058	0.0121	0.0039	8e-04	0.0013	8e-04	0.0036
chrX	7720014	7720165	chrX:7720015-7720165	FBgn0029962	CG1402	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0241	0.0089	0.018	0.0244	0.0194	0.0389	0.024	0.0244	0.0103	0.0068	0.0103	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.0026
chrX	7722841	7722992	chrX:7722842-7722992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0094	0.0105	0.0072	0.0106	0.0095	0.0058	0.0212	0.0073	0.0095	0.006	0.0055	0.006	0.0039	0.0046	0.0071	0.0046	0.0031
chrX	7758362	7758513	chrX:7758363-7758513	distal	distal	none	none	VT58488.1	VT58488.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0056	0.0049	0.0042	0.0081	0.0021	0.0015	0.0117	0.004	0.0021	0.0024	0.0039	0.0024	0.0023	0.0031	6e-04	0.0031	0.0016
chrX	7782379	7782530	chrX:7782380-7782530	FBgn0029969	CG10932	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0295	0.0272	0.0217	0.0117	0.0325	0.0407	0.0366	0.0117	0.0242	0.0325	0.0242	0.0364	0.0245	0.0297	0.0245	0.0292
chrX	7782718	7782892	chrX:7782719-7782892	FBgn0029969	CG10932	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0759	0.0839	0.0815	0.0607	0.0488	0.0893	0.1012	0.1266	0.0488	0.0694	0.0977	0.0694	0.1069	0.062	0.0793	0.062	0.086
chrX	7785571	7785743	chrX:7785572-7785743	FBgn0029970	Nek2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1086	0.1554	0.1275	0.0355	0.123	0.15	0.186	0.2305	0.123	0.1486	0.2	0.1486	0.0589	0.0337	0.0729	0.0337	0.0328
chrX	7786019	7786289	chrX:7786020-7786289	FBgn0029970	Nek2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1634	0.2106	0.1996	0.0707	0.1548	0.2379	0.218	0.3284	0.1548	0.2579	0.2817	0.2579	0.0984	0.0873	0.1167	0.0873	0.0563
chrX	7786744	7786970	chrX:7786745-7786970	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0888	0.1272	0.1027	0.0306	0.1198	0.1126	0.1479	0.1992	0.1198	0.1002	0.1617	0.1002	0.0573	0.0322	0.0477	0.0322	0.0297
chrX	7787291	7787668	chrX:7787292-7787668	FBgn0029971,FBgn0040087	CG18624,p115	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0977	0.0948	0.1288	0.0667	0.0551	0.1136	0.1038	0.1379	0.0551	0.1618	0.1508	0.1618	0.1177	0.0789	0.0735	0.0789	0.0813
chrX	7787751	7787921	chrX:7787752-7787921	FBgn0029971,FBgn0040087	CG18624,p115	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1034	0.0956	0.1265	0.0866	0.0509	0.1189	0.1138	0.1246	0.0509	0.1582	0.1421	0.1582	0.1185	0.1018	0.0967	0.1018	0.1047
chrX	7787990	7788176	chrX:7787991-7788176	FBgn0029971,FBgn0040087	CG18624,p115	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0889	0.0834	0.1084	0.0737	0.0498	0.0985	0.1064	0.1019	0.0498	0.1298	0.1244	0.1298	0.1015	0.0743	0.0838	0.0743	0.0922
chrX	7794580	7794731	chrX:7794581-7794731	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0361	0.0467	0.0277	0.0223	0.0374	0.0506	0.046	0.0223	0.0537	0.0543	0.0537	0.0511	0.0299	0.0297	0.0299	0.038
chrX	7794776	7795095	chrX:7794777-7795095	FBgn0053222,FBgn0082924,FBgn0261592	CR33222,RpS6,snoRNA:Or-aca2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0875	0.1124	0.0808	0.0551	0.1039	0.1086	0.1139	0.0551	0.1298	0.1273	0.1298	0.11	0.0697	0.0825	0.0697	0.0974
chrX	7795244	7795451	chrX:7795245-7795451	FBgn0010292,FBgn0053222,FBgn0082924,FBgn0261592	CR33222,RpS6,bys,snoRNA:Or-aca2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1499	0.1259	0.1846	0.1387	0.0986	0.1476	0.1458	0.1659	0.0986	0.2295	0.1987	0.2295	0.1813	0.1378	0.1457	0.1378	0.1636
chrX	7795784	7795980	chrX:7795785-7795980	FBgn0010292,FBgn0053222,FBgn0261592	CR33222,RpS6,bys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.141	0.1203	0.1746	0.1274	0.0859	0.1485	0.1362	0.1532	0.0859	0.2107	0.1884	0.2107	0.1588	0.1294	0.1225	0.1294	0.1516
chrX	7796165	7796349	chrX:7796166-7796349	FBgn0010292	bys	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0437	0.0501	0.0338	0.0318	0.0515	0.0554	0.0526	0.0318	0.0634	0.0547	0.0634	0.0426	0.0253	0.0309	0.0253	0.049
chrX	7801783	7801934	chrX:7801784-7801934	FBgn0029974	dpr14	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0173	0.0133	0.0142	0.0251	0.0064	0.0146	0.019	0.0153	0.0064	0.0193	0.0113	0.0193	0.0147	0.0168	0.0039	0.0168	0.0188
chrX	7802370	7802708	chrX:7802371-7802708	FBgn0029974,FBgn0029975	CG1444,dpr14	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0938	0.051	0.0972	0.138	0.0117	0.0714	0.0644	0.0553	0.0117	0.1335	0.0646	0.1335	0.1255	0.1708	0.0529	0.1708	0.1725
chrX	7802796	7802977	chrX:7802797-7802977	FBgn0029974,FBgn0029975	CG1444,dpr14	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0963	0.0384	0.1166	0.1387	0.0095	0.0723	0.0337	0.044	0.0095	0.1733	0.0595	0.1733	0.151	0.1654	0.0484	0.1654	0.1782
chrX	7803065	7803251	chrX:7803066-7803251	FBgn0029975	CG1444	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0687	0.0283	0.0829	0.0985	0.0053	0.0515	0.0277	0.0313	0.0053	0.1141	0.0453	0.1141	0.1084	0.1271	0.0329	0.1271	0.1313
chrX	7806016	7806683	chrX:7806017-7806683	FBgn0029976	snz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1537	0.1208	0.1721	0.1704	0.0594	0.1529	0.1432	0.1606	0.0594	0.1793	0.1675	0.1793	0.2541	0.1447	0.1296	0.1447	0.2777
chrX	7813942	7814093	chrX:7813943-7814093	FBgn0029977,FBgn0260858	Ykt6,hdm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.032	0.0211	0.0464	0.0283	0.0042	0.0301	0.0242	0.0293	0.0042	0.0513	0.0521	0.0513	0.0527	0.0253	0.029	0.0253	0.0417
chrX	7814382	7814553	chrX:7814383-7814553	FBgn0029977,FBgn0260858	Ykt6,hdm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.112	0.0806	0.1433	0.1128	0.0414	0.1165	0.0766	0.1139	0.0414	0.1775	0.1559	0.1775	0.1534	0.124	0.0948	0.124	0.1636
chrX	7817191	7817404	chrX:7817192-7817404	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0714	0.0694	0.073	0.0719	0.0382	0.0782	0.0796	0.1053	0.0382	0.0948	0.0711	0.0948	0.1007	0.0842	0.0593	0.0842	0.1068
chrX	7819027	7819210	chrX:7819028-7819210	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0432	0.0575	0.0489	0.0212	0.0329	0.0607	0.0843	0.0626	0.0329	0.0767	0.0518	0.0767	0.0325	0.0199	0.0148	0.0199	0.0203
chrX	7824387	7824547	chrX:7824388-7824547	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0465	0.0934	0.1017	0.0223	0.066	0.0407	0.07	0.0223	0.1099	0.099	0.1099	0.1015	0.121	0.0825	0.121	0.1027
chrX	7824582	7824883	chrX:7824583-7824883	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1459	0.1002	0.169	0.1714	0.0498	0.1413	0.0943	0.1479	0.0498	0.2168	0.1778	0.2168	0.1789	0.2106	0.1599	0.2106	0.1793
chrX	7825063	7825256	chrX:7825064-7825256	FBgn0029979	CG10777	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1263	0.0911	0.1497	0.1398	0.0488	0.1286	0.0796	0.1372	0.0488	0.1588	0.1756	0.1588	0.1619	0.1524	0.147	0.1524	0.1574
chrX	7825326	7825555	chrX:7825327-7825555	FBgn0029979	CG10777	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1189	0.0909	0.1453	0.1213	0.0477	0.116	0.0947	0.1326	0.0477	0.163	0.1605	0.163	0.1526	0.1332	0.1238	0.1332	0.1428
chrX	7827037	7827188	chrX:7827038-7827188	FBgn0029980	CG10778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0661	0.0495	0.0832	0.0657	0.0265	0.0641	0.0523	0.07	0.0265	0.0984	0.0894	0.0984	0.0899	0.0628	0.0625	0.0628	0.0922
chrX	7827319	7827503	chrX:7827320-7827503	FBgn0004403,FBgn0029980	CG10778,RpS14a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1365	0.1933	0.1515	0.087	0.1723	0.1462	0.1859	0.087	0.2397	0.2051	0.2397	0.1789	0.1623	0.1599	0.1623	0.1746
chrX	7827665	7827825	chrX:7827666-7827825	FBgn0004403,FBgn0029980	CG10778,RpS14a	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.0992	0.168	0.1139	0.0583	0.1301	0.1008	0.1432	0.0583	0.2065	0.1817	0.2065	0.1642	0.1194	0.1244	0.1194	0.1303
chrX	7828785	7828957	chrX:7828786-7828957	FBgn0004404	RpS14b	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.124	0.1003	0.1614	0.1095	0.0509	0.1408	0.1008	0.1386	0.0509	0.2077	0.1785	0.2077	0.1425	0.1041	0.1096	0.1041	0.1402
chrX	7829862	7830045	chrX:7829863-7830045	FBgn0260970	CG42593	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1733	0.1515	0.2155	0.1512	0.1071	0.2053	0.1419	0.2132	0.1071	0.2645	0.237	0.2645	0.2146	0.1853	0.1515	0.1853	0.1589
chrX	7830048	7830316	chrX:7830049-7830316	FBgn0260970	CG42593	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1712	0.1464	0.2082	0.1581	0.0817	0.2112	0.1306	0.2132	0.0817	0.253	0.2331	0.253	0.2053	0.1914	0.1657	0.1914	0.1793
chrX	7831745	7831919	chrX:7831746-7831919	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1711	0.1689	0.209	0.1319	0.1251	0.1961	0.1795	0.2465	0.1251	0.244	0.2457	0.244	0.1859	0.1723	0.1896	0.1723	0.1271
chrX	7831969	7832247	chrX:7831970-7832247	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.1393	0.1892	0.1369	0.1135	0.1388	0.1622	0.2072	0.1135	0.1999	0.226	0.1999	0.1766	0.1616	0.1876	0.1616	0.1449
chrX	7832486	7832673	chrX:7832487-7832673	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1062	0.0967	0.1231	0.0983	0.0732	0.1049	0.1133	0.1392	0.0732	0.0857	0.1338	0.0857	0.1549	0.0582	0.1541	0.0582	0.1157
chrX	7832834	7832985	chrX:7832835-7832985	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0494	0.0562	0.0494	0.0418	0.0339	0.0617	0.0718	0.0759	0.0339	0.0465	0.0518	0.0465	0.0635	0.0329	0.0587	0.0329	0.0521
chrX	7838163	7838582	chrX:7838164-7838582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0785	0.0733	0.0907	0.071	0.0297	0.1005	0.0874	0.0886	0.0297	0.122	0.0881	0.122	0.0953	0.1049	0.0574	0.1049	0.0776
chrX	7838693	7838918	chrX:7838694-7838918	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.081	0.0558	0.0958	0.093	0.0244	0.0791	0.0545	0.0813	0.0244	0.1298	0.0945	0.1298	0.117	0.1294	0.0793	0.1294	0.1235
chrX	7839061	7839322	chrX:7839062-7839322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1296	0.1063	0.1582	0.1241	0.0414	0.1476	0.0887	0.1852	0.0414	0.2361	0.1643	0.2361	0.158	0.1784	0.1122	0.1784	0.1454
chrX	7839565	7839753	chrX:7839566-7839753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0373	0.0617	0.0476	0.0074	0.0437	0.0415	0.0653	0.0074	0.0876	0.0614	0.0876	0.0496	0.0429	0.0529	0.0429	0.0474
chrX	7840219	7840591	chrX:7840220-7840591	FBgn0027280	l(1)G0193	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.068	0.085	0.0514	0.0276	0.0835	0.0696	0.1146	0.0276	0.1105	0.0961	0.1105	0.0751	0.062	0.069	0.062	0.0537
chrX	7840592	7840750	chrX:7840593-7840750	FBgn0027280	l(1)G0193	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0468	0.0432	0.0614	0.0348	0.0148	0.0568	0.0407	0.0753	0.0148	0.0906	0.0592	0.0906	0.0604	0.036	0.0419	0.036	0.0396
chrX	7841015	7841250	chrX:7841016-7841250	FBgn0027280	l(1)G0193	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1539	0.1234	0.1971	0.1406	0.071	0.1714	0.0943	0.2085	0.071	0.279	0.2077	0.279	0.182	0.1394	0.1489	0.1394	0.2001
chrX	7847838	7847989	chrX:7847839-7847989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0211	0.0186	0.0239	0.0207	0.0064	0.0199	0.0251	0.0253	0.0064	0.0229	0.028	0.0229	0.0287	0.0207	0.0174	0.0207	0.0334
chrX	7848187	7848384	chrX:7848188-7848384	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0344	0.0442	0.0353	0.0224	0.0233	0.0461	0.0519	0.0693	0.0233	0.0423	0.0328	0.0423	0.0488	0.0214	0.0239	0.0214	0.0365
chrX	7853151	7853360	chrX:7853152-7853360	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1113	0.0977	0.1336	0.1019	0.0626	0.1282	0.1129	0.1193	0.0626	0.1842	0.1502	0.1842	0.1379	0.1539	0.1335	0.1539	0.1001
chrX	7853479	7853900	chrX:7853480-7853900	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1198	0.1169	0.1368	0.1043	0.071	0.1359	0.1553	0.1392	0.071	0.2089	0.1434	0.2089	0.1379	0.1394	0.1225	0.1394	0.135
chrX	7854101	7854252	chrX:7854102-7854252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0241	0.0275	0.0237	0.0074	0.0233	0.0363	0.0286	0.0074	0.0405	0.026	0.0405	0.0403	0.0299	0.02	0.0299	0.0406
chrX	7854555	7854730	chrX:7854556-7854730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0336	0.0369	0.0325	0.0311	0.0201	0.0442	0.0528	0.038	0.0201	0.0531	0.0322	0.0531	0.0349	0.049	0.0284	0.049	0.0433
chrX	7855079	7855230	chrX:7855080-7855230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.025	0.0234	0.0242	0.0277	0.0074	0.0301	0.0277	0.032	0.0074	0.0308	0.0248	0.0308	0.0302	0.026	0.0329	0.026	0.0469
chrX	7859671	7859822	chrX:7859672-7859822	distal	distal	stage5	stage5	VT58539.1	VT58539.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0501	0.0398	0.0355	0.0424	0.0461	0.064	0.0746	0.0424	0.0417	0.0379	0.0417	0.0759	0.0406	0.0335	0.0406	0.0631
chrX	7860134	7860285	chrX:7860135-7860285	distal	distal	none	none	VT58539.1	VT58539.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.044	0.0639	0.0433	0.0226	0.0382	0.0641	0.0878	0.0886	0.0382	0.0459	0.0492	0.0459	0.0411	0.0207	0.0161	0.0207	0.0401
chrX	7860411	7860562	chrX:7860412-7860562	distal	distal	none	none	VT58539.1	VT58539.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0258	0.0256	0.0291	0.0106	0.0286	0.0363	0.0326	0.0106	0.0205	0.0215	0.0205	0.0596	0.0107	0.0161	0.0107	0.0693
chrX	7861151	7861372	chrX:7861152-7861372	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1028	0.0992	0.1294	0.0774	0.0509	0.132	0.1038	0.1486	0.0509	0.1691	0.1386	0.1691	0.1038	0.0712	0.0716	0.0712	0.0662
chrX	7861494	7861653	chrX:7861495-7861653	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0633	0.0558	0.0766	0.0571	0.0212	0.082	0.0588	0.0753	0.0212	0.1008	0.0736	0.1008	0.0565	0.0597	0.0509	0.0597	0.0485
chrX	7861748	7861935	chrX:7861749-7861935	FBgn0003656	sws	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1353	0.1062	0.1678	0.1322	0.053	0.1383	0.099	0.1719	0.053	0.2035	0.1733	0.2035	0.1696	0.1478	0.138	0.1478	0.1459
chrX	7861936	7862237	chrX:7861937-7862237	FBgn0003656	sws	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1054	0.1448	0.12	0.071	0.1257	0.1077	0.1612	0.071	0.1745	0.1569	0.1745	0.1433	0.1378	0.1154	0.1378	0.1548
chrX	7862262	7862451	chrX:7862263-7862451	FBgn0003656	sws	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1227	0.1027	0.1425	0.1234	0.0785	0.1277	0.1172	0.1266	0.0785	0.1733	0.1547	0.1733	0.1534	0.1294	0.1309	0.1294	0.1558
chrX	7862745	7862896	chrX:7862746-7862896	FBgn0003656	sws	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0613	0.034	0.0661	0.0866	0.0201	0.0408	0.0433	0.0393	0.0201	0.0676	0.0756	0.0676	0.0767	0.0858	0.1025	0.0858	0.1032
chrX	7863320	7863489	chrX:7863321-7863489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1383	0.1083	0.1703	0.1366	0.0774	0.1393	0.1198	0.1386	0.0774	0.1806	0.1868	0.1806	0.2045	0.1386	0.1567	0.1386	0.1496
chrX	7863607	7863815	chrX:7863608-7863815	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1847	0.1488	0.2216	0.1842	0.105	0.1854	0.1561	0.2092	0.105	0.2482	0.2505	0.2482	0.2246	0.1975	0.1818	0.1975	0.2116
chrX	7864035	7864186	chrX:7864036-7864186	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0431	0.036	0.0509	0.0425	0.017	0.0403	0.0372	0.064	0.017	0.0405	0.0659	0.0405	0.0395	0.0352	0.0335	0.0352	0.0365
chrX	7866734	7866904	chrX:7866735-7866904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0352	0.0108	0.0398	0.0574	0	0.0209	0.0134	0.008	0	0.0429	0.0199	0.0429	0.0465	0.0536	0.011	0.0536	0.0662
chrX	7867313	7867485	chrX:7867314-7867485	distal	distal	none	none	VT58544.1	VT58544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0297	0.0105	0.0376	0.0425	0.0011	0.0204	0.0112	0.008	0.0011	0.0181	0.0424	0.0181	0.0713	0.0207	0.0322	0.0207	0.0761
chrX	7867953	7868104	chrX:7867954-7868104	distal	distal	stage11	stage11	VT58544.1	VT58544.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0262	0.0136	0.0299	0.0362	0.0042	0.0204	0.0173	0.0113	0.0042	0.0308	0.0248	0.0308	0.0511	0.0222	0.0193	0.0222	0.0907
chrX	7869393	7869544	chrX:7869394-7869544	distal	distal	none	none	VT58544.1,VT58545.1	VT58544.1,VT58545.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0231	0.0234	0.0198	0.0265	0.018	0.0204	0.0363	0.028	0.018	0.0163	0.0277	0.0163	0.017	0.0145	0.0438	0.0145	0.0287
chrX	7871065	7871216	chrX:7871066-7871216	distal	distal	none	none	VT58545.1,VT58546.1	VT58545.1,VT58546.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0347	0.0324	0.0402	0.0313	0.0255	0.0301	0.0471	0.0366	0.0255	0.064	0.0428	0.064	0.0457	0.0268	0.0522	0.0268	0.0438
chrX	7871313	7871563	chrX:7871314-7871563	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT58545.1,VT58546.1	VT58545.1,VT58546.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0716	0.0567	0.0961	0.0614	0.0488	0.0578	0.0766	0.0653	0.0488	0.1588	0.118	0.1588	0.0674	0.0482	0.118	0.0482	0.0745
chrX	7872438	7872602	chrX:7872439-7872602	distal	distal	stage14	stage14	VT58546.1	VT58546.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0227	0.0115	0.0275	0.0299	0.0021	0.017	0.0156	0.012	0.0021	0.0302	0.0334	0.0302	0.0333	0.0161	0.0671	0.0161	0.036
chrX	7880721	7880872	chrX:7880722-7880872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0199	0.0228	0.019	0.0177	0.0159	0.017	0.0385	0.0266	0.0159	0.0109	0.0238	0.0109	0.0256	0.0092	0.0135	0.0092	0.0266
chrX	7881049	7881330	chrX:7881050-7881330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0192	0.0173	0.0181	0.0226	0.0127	0.0141	0.0251	0.0233	0.0127	0.0145	0.0158	0.0145	0.0325	0.01	0.0103	0.01	0.0552
chrX	7889457	7889612	chrX:7889458-7889612	FBgn0010329	Tbh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0199	0.0103	0.0161	0.0348	0.0021	0.0073	0.0199	0.0113	0.0021	0.0157	0.0129	0.0157	0.0225	0.0153	0.0168	0.0153	0.0406
chrX	7931036	7931187	chrX:7931037-7931187	FBgn0029990	CG2233	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0196	0.0201	0.0274	0.0104	0.0053	0.0223	0.0234	0.0313	0.0053	0.0284	0.0296	0.0284	0.0194	0.0107	0.0084	0.0107	0.012
chrX	7932416	7932658	chrX:7932417-7932658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0347	0.0325	0.0466	0.0242	0.0085	0.0413	0.0381	0.0486	0.0085	0.0489	0.0505	0.0489	0.0403	0.0199	0.0161	0.0199	0.0375
chrX	7933094	7933357	chrX:7933095-7933357	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.086	0.0829	0.1313	0.0397	0.035	0.1204	0.0649	0.1392	0.035	0.1479	0.1447	0.1479	0.0953	0.0306	0.0368	0.0306	0.0599
chrX	7933381	7933585	chrX:7933382-7933585	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0604	0.0888	0.0306	0.0339	0.0816	0.0562	0.0913	0.0339	0.1129	0.0958	0.1129	0.0682	0.0306	0.0271	0.0306	0.0438
chrX	7933729	7933880	chrX:7933730-7933880	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0364	0.0438	0.0189	0.0223	0.0442	0.0385	0.0526	0.0223	0.0459	0.055	0.0459	0.038	0.0268	0.0161	0.0268	0.0219
chrX	7938856	7939049	chrX:7938857-7939049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0336	0.0297	0.0376	0.0336	0.0297	0.0301	0.0389	0.0373	0.0297	0.0344	0.0357	0.0344	0.0395	0.0421	0.0193	0.0421	0.0318
chrX	7940661	7940827	chrX:7940662-7940827	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0622	0.0995	0.056	0.0274	0.0859	0.0922	0.1289	0.1372	0.0859	0.0682	0.063	0.0682	0.0387	0.0168	0.0168	0.0168	0.0276
chrX	7943396	7943597	chrX:7943397-7943597	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.075	0.0861	0.0801	0.0571	0.0626	0.0961	0.1029	0.1179	0.0626	0.0906	0.0891	0.0906	0.0914	0.0383	0.0484	0.0383	0.0969
chrX	7950737	7950915	chrX:7950738-7950915	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1893	0.1788	0.2198	0.1674	0.141	0.2102	0.2011	0.2385	0.141	0.2808	0.2322	0.2808	0.2084	0.1822	0.1689	0.1822	0.1871
chrX	7951155	7951375	chrX:7951156-7951375	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.1419	0.1626	0.122	0.0986	0.1568	0.1687	0.2005	0.0986	0.2011	0.1743	0.2011	0.1371	0.121	0.1199	0.121	0.1324
chrX	7951659	7951829	chrX:7951660-7951829	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1188	0.1052	0.1412	0.1095	0.0721	0.1291	0.1233	0.1319	0.0721	0.1824	0.1495	0.1824	0.1224	0.1217	0.127	0.1217	0.1214
chrX	7951959	7952133	chrX:7951960-7952133	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.191	0.179	0.2206	0.1721	0.1315	0.2209	0.2033	0.2252	0.1315	0.279	0.2328	0.279	0.196	0.1876	0.185	0.1876	0.1714
chrX	7952530	7952719	chrX:7952531-7952719	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2296	0.2168	0.2714	0.198	0.1485	0.2689	0.2474	0.2692	0.1485	0.3466	0.2781	0.3466	0.2634	0.1891	0.2147	0.1891	0.2366
chrX	7954598	7954758	chrX:7954599-7954758	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1019	0.1688	0.1423	0.0742	0.132	0.1042	0.1379	0.0742	0.2107	0.1801	0.2107	0.1603	0.1485	0.1451	0.1485	0.1683
chrX	7955035	7955243	chrX:7955036-7955243	FBgn0004656,FBgn0004657	fs(1)h,mys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.267	0.245	0.3146	0.2394	0.1792	0.2995	0.2695	0.3218	0.1792	0.3665	0.3441	0.3665	0.3029	0.232	0.2444	0.232	0.2725
chrX	7955407	7955716	chrX:7955408-7955716	FBgn0004656,FBgn0004657	fs(1)h,mys	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2849	0.2643	0.3282	0.2604	0.1877	0.3417	0.2946	0.3271	0.1877	0.4016	0.3421	0.4016	0.3168	0.2588	0.2753	0.2588	0.296
chrX	7955867	7956052	chrX:7955868-7956052	FBgn0004656,FBgn0004657	fs(1)h,mys	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1282	0.0856	0.1685	0.1316	0.0456	0.1335	0.0757	0.1179	0.0456	0.1981	0.1852	0.1981	0.1611	0.1371	0.1335	0.1371	0.1511
chrX	7957014	7957165	chrX:7957015-7957165	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0525	0.0359	0.0528	0.0706	0.0117	0.065	0.0381	0.032	0.0117	0.0713	0.0476	0.0713	0.0697	0.1256	0.0625	0.1256	0.0688
chrX	7957267	7957532	chrX:7957268-7957532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0647	0.05	0.064	0.082	0.018	0.0752	0.0614	0.048	0.018	0.0694	0.0707	0.0694	0.0728	0.1141	0.0741	0.1141	0.074
chrX	7969036	7969378	chrX:7969037-7969378	FBgn0029992	Upf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0596	0.0562	0.0676	0.0544	0.0286	0.0704	0.0718	0.0666	0.0286	0.0809	0.0717	0.0809	0.0829	0.0574	0.0645	0.0574	0.0714
chrX	7969482	7969653	chrX:7969483-7969653	FBgn0029992,FBgn0029993	CG1571,Upf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1069	0.0945	0.126	0.0997	0.0721	0.1204	0.099	0.1279	0.0721	0.1528	0.1415	0.1528	0.1363	0.1103	0.1128	0.1103	0.1303
chrX	7969778	7969943	chrX:7969779-7969943	FBgn0029992,FBgn0029993	CG1571,Upf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0384	0.0492	0.0324	0.0276	0.0466	0.0411	0.054	0.0276	0.0646	0.0566	0.0646	0.0496	0.0314	0.04	0.0314	0.0427
chrX	7974137	7974288	chrX:7974138-7974288	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0156	0.0116	0.0154	0.0203	0.0032	0.0165	0.0156	0.0113	0.0032	0.0242	0.01	0.0242	0.0341	0.0145	0.009	0.0145	0.0511
chrX	7974697	7974894	chrX:7974698-7974894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0311	0.027	0.0369	0.0291	0.0074	0.0563	0.0242	0.0207	0.0074	0.0779	0.0193	0.0779	0.0658	0.062	0.0071	0.062	0.0542
chrX	7975037	7975439	chrX:7975038-7975439	FBgn0029994	CG2254	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0383	0.0318	0.0505	0.0322	0.0085	0.0553	0.0329	0.0333	0.0085	0.0833	0.0354	0.0833	0.0937	0.0536	0.0142	0.0536	0.0615
chrX	7975634	7975832	chrX:7975635-7975832	FBgn0029994	CG2254	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0539	0.0472	0.0636	0.0508	0.0191	0.0883	0.0398	0.05	0.0191	0.1232	0.0421	0.1232	0.1053	0.0988	0.0239	0.0988	0.0917
chrX	7979238	7979389	chrX:7979239-7979389	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0064	0.0113	0.0118	0	0.0097	0.0095	0.0047	0	0.0139	0.0077	0.0139	0.0178	0.0054	0.0052	0.0054	0.0089
chrX	7979450	7979601	chrX:7979451-7979601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0081	0.0084	0.013	0.0042	0.0097	0.013	0.0073	0.0042	0.0091	0.008	0.0091	0.0093	0.0084	0.0084	0.0084	0.0135
chrX	7983550	7983701	chrX:7983551-7983701	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0199	0.0298	0.0176	0.0114	0.0138	0.0286	0.0528	0.0266	0.0138	0.0115	0.0206	0.0115	0.0294	0.0123	0.0116	0.0123	0.0135
chrX	7984629	7985194	chrX:7984630-7985194	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0966	0.0541	0.0904	0.1511	0.0286	0.0811	0.0601	0.0613	0.0286	0.1202	0.0756	0.1202	0.151	0.1593	0.1238	0.1593	0.1918
chrX	7985288	7985471	chrX:7985289-7985471	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0784	0.0249	0.0817	0.1345	0.0201	0.0442	0.0255	0.0173	0.0201	0.125	0.0614	0.125	0.1565	0.1753	0.1457	0.1753	0.1965
chrX	7985536	7985731	chrX:7985537-7985731	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0668	0.0234	0.0666	0.1156	0.0138	0.0417	0.0234	0.016	0.0138	0.0966	0.0518	0.0966	0.1348	0.1516	0.1161	0.1516	0.1839
chrX	7986150	7986328	chrX:7986151-7986328	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0692	0.0199	0.0664	0.1274	0.0074	0.0359	0.0208	0.0173	0.0074	0.0719	0.0572	0.0719	0.1325	0.1577	0.1509	0.1577	0.1751
chrX	7986573	7986858	chrX:7986574-7986858	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.073	0.0275	0.0552	0.1433	0.0085	0.0432	0.0381	0.0233	0.0085	0.0531	0.0527	0.0531	0.0991	0.1891	0.1631	0.1891	0.1709
chrX	7987275	7987478	chrX:7987276-7987478	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0536	0.0322	0.0513	0.0802	0.017	0.0388	0.0433	0.038	0.017	0.0604	0.0405	0.0604	0.0682	0.0896	0.0587	0.0896	0.086
chrX	7987569	7987915	chrX:7987570-7987915	FBgn0029996	Ubc-E2H	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1293	0.0935	0.1506	0.1458	0.0541	0.1248	0.1055	0.1206	0.0541	0.1902	0.1579	0.1902	0.1696	0.1608	0.1348	0.1608	0.1621
chrX	7988005	7988188	chrX:7988006-7988188	FBgn0029996	Ubc-E2H	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1211	0.1066	0.1397	0.1168	0.0721	0.1316	0.1215	0.1439	0.0721	0.1733	0.1473	0.1733	0.1526	0.1355	0.1167	0.1355	0.1412
chrX	7994055	7994248	chrX:7994056-7994248	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0118	0.0142	0.039	0.0074	0.0165	0.0134	0.0147	0.0074	0.0127	0.0113	0.0127	0.0194	0.0322	0.0135	0.0322	0.0141
chrX	7994392	7994565	chrX:7994393-7994565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0368	0.0294	0.0367	0.0451	0.0159	0.0393	0.0329	0.0373	0.0159	0.0423	0.0367	0.0423	0.0294	0.0306	0.0206	0.0306	0.0188
chrX	7994712	7994947	chrX:7994713-7994947	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0328	0.0312	0.0354	0.0319	0.018	0.0437	0.0316	0.0386	0.018	0.0411	0.0412	0.0411	0.0201	0.0176	0.0142	0.0176	0.0172
chrX	7995194	7995345	chrX:7995195-7995345	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0132	0.0138	0.0198	0.0085	0.018	0.0151	0.0153	0.0085	0.0199	0.0116	0.0199	0.0132	0.0084	0.0103	0.0084	0.013
chrX	7995483	7995677	chrX:7995484-7995677	FBgn0029997	CG2258	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0121	0.0208	0.0394	0.0042	0.0141	0.0147	0.0173	0.0042	0.0266	0.0199	0.0266	0.0279	0.0544	0.0335	0.0544	0.0552
chrX	7995788	7995971	chrX:7995789-7995971	FBgn0029997	CG2258	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0404	0.0224	0.0341	0.0673	0.0085	0.0316	0.0277	0.0253	0.0085	0.0356	0.0354	0.0356	0.0573	0.0819	0.0625	0.0819	0.0985
chrX	7996056	7996251	chrX:7996057-7996251	FBgn0029997	CG2258	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0525	0.0335	0.0501	0.0765	0.017	0.0422	0.0428	0.0413	0.017	0.0441	0.0518	0.0441	0.0875	0.0842	0.0716	0.0842	0.1141
chrX	8000814	8000966	chrX:8000815-8000966	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0167	0.0101	0.0174	0.0234	0.0021	0.0146	0.0143	0.008	0.0021	0.0133	0.0138	0.0133	0.0449	0.0245	0.0116	0.0245	0.0532
chrX	8008847	8009123	chrX:8008848-8009123	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0604	0.0727	0.0457	0.0244	0.0879	0.0536	0.0919	0.0244	0.0833	0.0772	0.0833	0.0875	0.0421	0.0445	0.0421	0.0599
chrX	8009407	8009605	chrX:8009408-8009605	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0488	0.0348	0.0561	0.0565	0.0095	0.0451	0.0337	0.06	0.0095	0.067	0.0588	0.067	0.0751	0.059	0.06	0.059	0.0771
chrX	8009636	8009826	chrX:8009637-8009826	FBgn0040319	Gclc	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0425	0.0791	0.0783	0.0127	0.0587	0.0433	0.0646	0.0127	0.1021	0.081	0.1021	0.0937	0.0842	0.0928	0.0842	0.0943
chrX	8009891	8010069	chrX:8009892-8010069	FBgn0040319	Gclc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0955	0.0712	0.1183	0.0976	0.0318	0.0913	0.0787	0.1006	0.0318	0.1745	0.1241	0.1745	0.1177	0.1003	0.1161	0.1003	0.1089
chrX	8010105	8010276	chrX:8010106-8010276	FBgn0040319	Gclc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1119	0.0845	0.139	0.1129	0.0445	0.1087	0.0999	0.1059	0.0445	0.1624	0.1563	0.1624	0.1518	0.121	0.127	0.121	0.1454
chrX	8010678	8010853	chrX:8010679-8010853	FBgn0029999	CG1575	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0249	0.0407	0.0418	0.0138	0.0325	0.0238	0.038	0.0138	0.0543	0.0418	0.0543	0.0473	0.0375	0.0503	0.0375	0.0526
chrX	8010960	8011146	chrX:8010961-8011146	FBgn0029999	CG1575	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0627	0.046	0.0722	0.071	0.0201	0.067	0.0489	0.0613	0.0201	0.099	0.0762	0.099	0.0821	0.072	0.0825	0.072	0.0886
chrX	8015108	8015283	chrX:8015109-8015283	FBgn0030000	CG2260	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0823	0.0723	0.0985	0.0758	0.0297	0.0942	0.0796	0.1059	0.0297	0.1093	0.1145	0.1093	0.0976	0.0896	0.0664	0.0896	0.0995
chrX	8015370	8015538	chrX:8015371-8015538	FBgn0030000	CG2260	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0317	0.0456	0.0326	0.0127	0.0379	0.045	0.0353	0.0127	0.0429	0.0563	0.0429	0.0573	0.0429	0.0309	0.0429	0.0417
chrX	8018453	8018629	chrX:8018454-8018629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0425	0.0199	0.0106	0.0329	0.0369	0.0627	0.0546	0.0329	0.0272	0.0244	0.0272	0.0155	0.0107	0.0148	0.0107	0.0104
chrX	8019831	8019982	chrX:8019832-8019982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0186	0.0213	0.0185	0.0156	0.0064	0.0204	0.0272	0.0373	0.0064	0.0157	0.0293	0.0157	0.0147	0.0069	0.0419	0.0069	0.0099
chrX	8020543	8020694	chrX:8020544-8020694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0103	0.0109	0.0109	0.0053	0.0097	0.0173	0.01	0.0053	0.0121	0.0138	0.0121	0.0085	0.0054	0.0316	0.0054	0.0083
chrX	8023347	8023537	chrX:8023348-8023537	FBgn0030003	CG2116	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0764	0.0649	0.0984	0.065	0.0318	0.0762	0.0843	0.0853	0.0318	0.1081	0.1164	0.1081	0.0875	0.0513	0.0954	0.0513	0.0709
chrX	8023767	8023972	chrX:8023768-8023972	FBgn0030003	CG2116	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1191	0.1114	0.1456	0.0986	0.0668	0.1354	0.1354	0.1466	0.0668	0.1824	0.1621	0.1824	0.1433	0.111	0.1044	0.111	0.1157
chrX	8025809	8026144	chrX:8025810-8026144	FBgn0030004	CG10958	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0956	0.089	0.1131	0.0837	0.0541	0.1087	0.0917	0.1419	0.0541	0.1365	0.128	0.1365	0.1146	0.0842	0.0883	0.0842	0.1188
chrX	8026226	8026410	chrX:8026227-8026410	FBgn0030004	CG10958	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0452	0.0722	0.0563	0.0233	0.066	0.0368	0.0759	0.0233	0.093	0.0778	0.093	0.0767	0.059	0.0619	0.059	0.073
chrX	8029361	8029552	chrX:8029362-8029552	FBgn0030001,FBgn0030005	CG2120,cyr	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0224	0.0344	0.0246	0.0095	0.0238	0.0324	0.0266	0.0095	0.0302	0.0389	0.0302	0.0542	0.026	0.02	0.026	0.0422
chrX	8035287	8035476	chrX:8035288-8035476	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0755	0.0649	0.0901	0.0713	0.0286	0.084	0.0627	0.1106	0.0286	0.1027	0.1106	0.1027	0.0821	0.0858	0.0677	0.0858	0.099
chrX	8035618	8035829	chrX:8035619-8035829	FBgn0025800	Smox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1616	0.1341	0.2072	0.1422	0.0859	0.1709	0.1354	0.1992	0.0859	0.2766	0.2254	0.2766	0.1828	0.1761	0.1373	0.1761	0.1292
chrX	8035897	8036125	chrX:8035898-8036125	FBgn0025800	Smox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2187	0.1692	0.2746	0.2126	0.1082	0.2189	0.1795	0.2292	0.1082	0.3364	0.3032	0.3364	0.2649	0.2435	0.2095	0.2435	0.2387
chrX	8036220	8036388	chrX:8036221-8036388	FBgn0025800	Smox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1663	0.1452	0.2029	0.1498	0.1018	0.1864	0.1501	0.2039	0.1018	0.256	0.2174	0.256	0.1929	0.1593	0.156	0.1593	0.1725
chrX	8037770	8037945	chrX:8037771-8037945	FBgn0030006	CG17982	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.0628	0.1036	0.0735	0.0223	0.0835	0.061	0.1066	0.0223	0.1238	0.119	0.1238	0.1022	0.0881	0.0741	0.0881	0.0959
chrX	8039547	8039742	chrX:8039548-8039742	FBgn0030007,FBgn0030008	CG2129,CG2263	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0931	0.0732	0.1169	0.0893	0.0308	0.1136	0.0701	0.1019	0.0308	0.1316	0.137	0.1316	0.1193	0.0972	0.0916	0.0972	0.1167
chrX	8039769	8039997	chrX:8039770-8039997	FBgn0030007,FBgn0030008	CG2129,CG2263	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0637	0.0449	0.0789	0.068	0.0148	0.066	0.0476	0.0633	0.0148	0.099	0.0897	0.099	0.0751	0.0651	0.0651	0.0651	0.1006
chrX	8042483	8042634	chrX:8042484-8042634	FBgn0030010	CG10959	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0322	0.0242	0.0392	0.0336	0.0095	0.0325	0.0324	0.024	0.0095	0.0411	0.0502	0.0411	0.0426	0.0452	0.0258	0.0452	0.0438
chrX	8042726	8042897	chrX:8042727-8042897	FBgn0030010	CG10959	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0429	0.073	0.0532	0.0191	0.0539	0.045	0.0666	0.0191	0.0815	0.0862	0.0815	0.0728	0.0559	0.0496	0.0559	0.0709
chrX	8044825	8045106	chrX:8044826-8045106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0318	0.0282	0.0392	0.0276	0.0064	0.0432	0.0298	0.0366	0.0064	0.0405	0.0479	0.0405	0.0403	0.0299	0.0213	0.0299	0.0307
chrX	8046224	8046411	chrX:8046225-8046411	FBgn0030011	Gbeta5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0641	0.0668	0.0655	0.0595	0.0488	0.0709	0.0796	0.0933	0.0488	0.0749	0.0714	0.0749	0.0643	0.0666	0.0464	0.0666	0.0568
chrX	8046833	8047017	chrX:8046834-8047017	FBgn0030012	CG18262	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0555	0.0232	0.061	0.0855	0.0042	0.0417	0.0242	0.024	0.0042	0.0405	0.0556	0.0405	0.1131	0.0896	0.0741	0.0896	0.11
chrX	8051099	8051256	chrX:8051100-8051256	FBgn0026318,FBgn0030013	GIIIspla2,Traf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0395	0.0309	0.0527	0.0345	0.0138	0.0456	0.0311	0.0426	0.0138	0.0646	0.055	0.0646	0.0503	0.0436	0.0322	0.0436	0.0433
chrX	8051324	8051505	chrX:8051325-8051505	FBgn0026318,FBgn0030013	GIIIspla2,Traf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0883	0.0666	0.1105	0.0881	0.0339	0.0966	0.0631	0.0979	0.0339	0.1322	0.1215	0.1322	0.1193	0.0942	0.0922	0.0942	0.1157
chrX	8051548	8051733	chrX:8051549-8051733	FBgn0026318,FBgn0030013	GIIIspla2,Traf6	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0673	0.0425	0.0846	0.0759	0.017	0.0641	0.0424	0.058	0.017	0.1075	0.0891	0.1075	0.0968	0.0796	0.0799	0.0796	0.1016
chrX	8061487	8061638	chrX:8061488-8061638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0174	0.024	0.0138	0.0085	0.0238	0.0229	0.018	0.0085	0.0242	0.0296	0.0242	0.0248	0.0199	0.0142	0.0199	0.0156
chrX	8061724	8061889	chrX:8061725-8061889	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0314	0.0224	0.043	0.0285	0.0053	0.0345	0.0208	0.0346	0.0053	0.0562	0.0457	0.0562	0.0473	0.0329	0.0271	0.0329	0.0438
chrX	8070680	8070867	chrX:8070681-8070867	FBgn0030018	slpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0959	0.0872	0.111	0.089	0.0647	0.0981	0.1051	0.1206	0.0647	0.125	0.1267	0.125	0.1193	0.0896	0.1012	0.0896	0.1079
chrX	8070891	8071079	chrX:8070892-8071079	FBgn0030018	slpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1414	0.1337	0.1695	0.1192	0.0954	0.1631	0.1574	0.1712	0.0954	0.2132	0.1871	0.2132	0.1696	0.1164	0.1341	0.1164	0.1329
chrX	8071158	8071335	chrX:8071159-8071335	FBgn0030018	slpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1345	0.1255	0.156	0.1212	0.088	0.1485	0.1544	0.1599	0.088	0.2035	0.1688	0.2035	0.1448	0.1187	0.1199	0.1187	0.1313
chrX	8071847	8072045	chrX:8071848-8072045	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.0169	0.0274	0.0553	0.0085	0.0218	0.0255	0.0133	0.0085	0.0248	0.0254	0.0248	0.0279	0.023	0.02	0.023	0.024
chrX	8072583	8072734	chrX:8072584-8072734	FBgn0261873	sdt	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.0146	0.0202	0.0401	0.0011	0.015	0.026	0.014	0.0011	0.0314	0.0167	0.0314	0.0163	0.0276	0.0135	0.0276	0.0109
chrX	8072746	8072897	chrX:8072747-8072897	FBgn0261873	sdt	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0138	0.0226	0.0391	0.0032	0.0184	0.0208	0.0127	0.0032	0.0338	0.0174	0.0338	0.0256	0.036	0.0123	0.036	0.0162
chrX	8073995	8074146	chrX:8073996-8074146	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0208	0.0116	0.0161	0.0363	0.0011	0.0102	0.0234	0.01	0.0011	0.0157	0.0135	0.0157	0.0178	0.0191	0.011	0.0191	0.0172
chrX	8081130	8081281	chrX:8081131-8081281	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0042	0.0033	0.0128	0.0021	0.0039	0.0074	0.004	0.0021	0.003	0.0035	0.003	0.0031	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chrX	8081571	8081722	chrX:8081572-8081722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0072	0.0061	0.0107	0	0.0044	0.0147	0.008	0	0.0079	0.0048	0.0079	0.0062	8e-04	0.0039	8e-04	0.0073
chrX	8086373	8086561	chrX:8086374-8086561	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0355	0.0379	0.0281	0.0148	0.0398	0.0497	0.0453	0.0148	0.0344	0.0556	0.0344	0.0387	0.023	0.0561	0.023	0.0302
chrX	8086591	8086742	chrX:8086592-8086742	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0288	0.0315	0.0273	0.0117	0.034	0.0398	0.0353	0.0117	0.0302	0.0434	0.0302	0.0333	0.0199	0.0471	0.0199	0.0386
chrX	8087178	8087437	chrX:8087179-8087437	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0197	0.0669	0.1184	0.0117	0.0267	0.0272	0.0187	0.0117	0.0441	0.0945	0.0441	0.0984	0.062	0.2005	0.062	0.2027
chrX	8088665	8088918	chrX:8088666-8088918	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0137	0.0179	0.0483	0.0021	0.0155	0.0199	0.0173	0.0021	0.0042	0.028	0.0042	0.0248	0.0191	0.1354	0.0191	0.0214
chrX	8089685	8089836	chrX:8089686-8089836	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0123	0.0037	0.0086	0.0258	0.0011	0.0049	0.0052	0.0047	0.0011	0.0054	0.0161	0.0054	0.0039	0.01	0.0793	0.01	0.0115
chrX	8089972	8090176	chrX:8089973-8090176	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0088	0.0208	0.0419	0.0032	0.0102	0.0134	0.008	0.0032	0.0079	0.0386	0.0079	0.0116	0.0191	0.1257	0.0191	0.0162
chrX	8090706	8090896	chrX:8090707-8090896	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0095	0.023	0.0437	0.0021	0.0131	0.0151	0.008	0.0021	0.0127	0.0373	0.0127	0.0147	0.0123	0.1212	0.0123	0.0245
chrX	8093150	8093301	chrX:8093151-8093301	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0062	0.0036	0.0046	0.0109	0.0011	0.0044	0.0078	7e-04	0.0011	0.0018	0.0029	0.0018	0.0155	0.0046	0.0123	0.0046	0.0245
chrX	8096567	8096773	chrX:8096568-8096773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.018	0.0171	0.0129	0.0246	0.0064	0.017	0.0294	0.0173	0.0064	0.0091	0.0154	0.0091	0.0217	0.0161	0.0232	0.0161	0.0302
chrX	8104757	8104960	chrX:8104758-8104960	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0797	0.098	0.1046	0.032	0.0827	0.101	0.1237	0.1286	0.0827	0.1105	0.1505	0.1105	0.0744	0.0482	0.0522	0.0482	0.0281
chrX	8105039	8105232	chrX:8105040-8105232	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0576	0.0928	0.0599	0.0156	0.0912	0.085	0.125	0.1199	0.0912	0.061	0.0881	0.061	0.0449	0.0191	0.0277	0.0191	0.0135
chrX	8107088	8107271	chrX:8107089-8107271	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0602	0.0489	0.0948	0.035	0.0382	0.0461	0.0523	0.0846	0.0382	0.0574	0.1733	0.0574	0.0503	0.0092	0.078	0.0092	0.0193
chrX	8107906	8108352	chrX:8107907-8108352	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1609	0.1869	0.2048	0.0836	0.158	0.149	0.2574	0.2705	0.158	0.151	0.3569	0.151	0.1185	0.0605	0.2437	0.0605	0.0334
chrX	8109136	8109494	chrX:8109137-8109494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1732	0.2192	0.2072	0.0844	0.2015	0.1801	0.2881	0.3185	0.2015	0.1878	0.3386	0.1878	0.1301	0.0758	0.2153	0.0758	0.0433
chrX	8109901	8110184	chrX:8109902-8110184	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1808	0.2223	0.2303	0.0801	0.211	0.2184	0.2548	0.3258	0.211	0.2572	0.3206	0.2572	0.1665	0.0681	0.1838	0.0681	0.0505
chrX	8110333	8110607	chrX:8110334-8110607	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0969	0.1386	0.1109	0.0348	0.1262	0.1092	0.1998	0.1799	0.1262	0.0966	0.163	0.0966	0.093	0.0191	0.0819	0.0191	0.0266
chrX	8114395	8114560	chrX:8114396-8114560	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0365	0.0703	0.0258	0.0106	0.0456	0.0806	0.0787	0.1033	0.0456	0.0187	0.0408	0.0187	0.0178	0.0084	0.0168	0.0084	0.0078
chrX	8115082	8115233	chrX:8115083-8115233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0276	0.0368	0.0291	0.0156	0.0318	0.0267	0.0575	0.0433	0.0318	0.029	0.0392	0.029	0.024	0.0123	0.0123	0.0123	0.0167
chrX	8119102	8119296	chrX:8119103-8119296	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0346	0.0597	0.0256	0.0163	0.0732	0.0311	0.0895	0.0859	0.0732	0.0236	0.0386	0.0236	0.0147	0.0322	0.0213	0.0322	0.0115
chrX	8119586	8119904	chrX:8119587-8119904	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0374	0.0505	0.0353	0.0251	0.0297	0.0345	0.0852	0.0666	0.0297	0.0338	0.0537	0.0338	0.0201	0.0505	0.0348	0.0505	0.0182
chrX	8120049	8120266	chrX:8120050-8120266	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0546	0.0378	0.0302	0.0392	0.0485	0.0804	0.0706	0.0392	0.0417	0.0511	0.0417	0.0318	0.059	0.0413	0.059	0.0224
chrX	8121108	8121294	chrX:8121109-8121294	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0293	0.0472	0.0244	0.0148	0.0361	0.0437	0.0593	0.0706	0.0361	0.0169	0.0379	0.0169	0.0132	0.0138	0.0193	0.0138	0.012
chrX	8121752	8122008	chrX:8121753-8122008	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0533	0.0624	0.0595	0.0362	0.0583	0.0578	0.0848	0.0786	0.0583	0.0586	0.0781	0.0586	0.062	0.0337	0.0645	0.0337	0.0396
chrX	8122069	8122258	chrX:8122070-8122258	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0579	0.0587	0.0709	0.0426	0.0477	0.0587	0.0718	0.0859	0.0477	0.0682	0.091	0.0682	0.0844	0.0475	0.0709	0.0475	0.0453
chrX	8122850	8123001	chrX:8122851-8123001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0155	0.0153	0.0161	0.0149	0.0117	0.0073	0.0307	0.0147	0.0117	0.0072	0.0293	0.0072	0.0124	0.0031	0.0419	0.0031	0.0099
chrX	8124094	8124335	chrX:8124095-8124335	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0478	0.0527	0.0534	0.0361	0.0509	0.0447	0.0761	0.062	0.0509	0.0248	0.0601	0.0248	0.1038	0.0176	0.0361	0.0176	0.0547
chrX	8124418	8124603	chrX:8124419-8124603	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0404	0.0305	0.0557	0.0347	0.0276	0.033	0.0329	0.0426	0.0276	0.0211	0.0807	0.0211	0.0945	0.026	0.0658	0.026	0.0422
chrX	8124683	8124942	chrX:8124684-8124942	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0363	0.0468	0.0298	0.0297	0.0422	0.0424	0.0453	0.0297	0.0193	0.0627	0.0193	0.0899	0.0199	0.0477	0.0199	0.0443
chrX	8134330	8134481	chrX:8134331-8134481	FBgn0030025	CG2147	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0444	0.0455	0.0527	0.0343	0.0392	0.0393	0.0567	0.0666	0.0392	0.0501	0.0711	0.0501	0.0511	0.0306	0.0361	0.0306	0.0485
chrX	8134569	8134754	chrX:8134570-8134754	FBgn0030025	CG2147	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0682	0.0905	0.061	0.0562	0.0583	0.09	0.0959	0.0562	0.0996	0.1064	0.0996	0.096	0.0643	0.0683	0.0643	0.0834
chrX	8136129	8136280	chrX:8136130-8136280	FBgn0020653	Trxr-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0523	0.0594	0.0383	0.0361	0.0553	0.0636	0.074	0.0361	0.0779	0.0633	0.0779	0.0589	0.0352	0.0477	0.0352	0.0474
chrX	8136408	8136585	chrX:8136409-8136585	FBgn0020653	Trxr-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1118	0.0972	0.1364	0.1012	0.053	0.1112	0.1189	0.1366	0.053	0.157	0.1572	0.157	0.1526	0.1034	0.1141	0.1034	0.1381
chrX	8136667	8137214	chrX:8136668-8137214	FBgn0020653,FBgn0030026	Trxr-1,sni	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1152	0.1011	0.1431	0.1004	0.0583	0.1214	0.1198	0.1392	0.0583	0.1534	0.1598	0.1534	0.1673	0.1011	0.1109	0.1011	0.1464
chrX	8137255	8137689	chrX:8137256-8137689	FBgn0030026	sni	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.145	0.1606	0.1651	0.1056	0.1082	0.1859	0.1635	0.2585	0.1082	0.1908	0.1794	0.1908	0.1634	0.1202	0.118	0.1202	0.1188
chrX	8137794	8137947	chrX:8137795-8137947	FBgn0030026	sni	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0588	0.0677	0.0708	0.0358	0.0414	0.0743	0.0735	0.1053	0.0414	0.0912	0.0791	0.0912	0.0589	0.0475	0.0348	0.0475	0.0406
chrX	8138010	8138211	chrX:8138011-8138211	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1086	0.1199	0.1359	0.066	0.07	0.1437	0.1337	0.1686	0.07	0.1854	0.146	0.1854	0.0976	0.0949	0.0774	0.0949	0.0552
chrX	8138297	8138493	chrX:8138298-8138493	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0979	0.1056	0.119	0.066	0.0647	0.1194	0.1233	0.1479	0.0647	0.1534	0.1267	0.1534	0.1177	0.0896	0.0787	0.0896	0.0641
chrX	8142320	8142471	chrX:8142321-8142471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0299	0.0259	0.0378	0.0256	0.0106	0.035	0.0294	0.0366	0.0106	0.0338	0.0453	0.0338	0.0473	0.0268	0.0239	0.0268	0.0391
chrX	8142510	8142661	chrX:8142511-8142661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0437	0.0355	0.0534	0.0421	0.0138	0.05	0.0303	0.062	0.0138	0.0513	0.0582	0.0513	0.0689	0.0436	0.0419	0.0436	0.0651
chrX	8145424	8145575	chrX:8145425-8145575	FBgn0017566	ND75	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0396	0.0613	0.0416	0.0191	0.0451	0.0567	0.046	0.0191	0.0749	0.0656	0.0749	0.072	0.0383	0.0426	0.0383	0.0594
chrX	8145629	8146006	chrX:8145630-8146006	FBgn0017566	ND75	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1318	0.1094	0.1549	0.1313	0.053	0.1364	0.1298	0.1486	0.053	0.189	0.174	0.189	0.1495	0.1294	0.1489	0.1294	0.1626
chrX	8146290	8146441	chrX:8146291-8146441	FBgn0030027	CG1632	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0203	0.0253	0.0269	0.0032	0.0194	0.0307	0.0293	0.0032	0.0175	0.0395	0.0175	0.0194	0.0115	0.0729	0.0115	0.0182
chrX	8146616	8146773	chrX:8146617-8146773	FBgn0030027	CG1632	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0304	0.0166	0.0433	0.0318	0.0085	0.017	0.0251	0.02	0.0085	0.0175	0.0849	0.0175	0.0155	0.0054	0.1167	0.0054	0.0078
chrX	8153765	8153916	chrX:8153766-8153916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0105	0.015	0.0142	0.0032	0.0097	0.0164	0.014	0.0032	0.003	0.0289	0.003	0.0116	0.0092	0.0438	0.0092	0.0078
chrX	8154375	8154526	chrX:8154376-8154526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.0098	0.0212	0.0139	0.0011	0.0102	0.0147	0.0127	0.0011	0.0163	0.0334	0.0163	0.0116	0.0115	0.0348	0.0115	0.0083
chrX	8154693	8154844	chrX:8154694-8154844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0111	0.0174	0.0132	0.0011	0.0121	0.0169	0.014	0.0011	0.0115	0.0238	0.0115	0.0147	0.0084	0.0368	0.0084	0.0063
chrX	8155178	8155329	chrX:8155179-8155329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0113	0.0076	0.0142	0.0121	0.0021	0.0087	0.0134	0.0067	0.0021	0.0097	0.0193	0.0097	0.0163	0.0046	0.0335	0.0046	0.0068
chrX	8156031	8156182	chrX:8156032-8156182	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0087	0.0062	0.0094	0.0107	0.0032	0.0039	0.0117	0.006	0.0032	0.0048	0.0151	0.0048	0.007	0.0015	0.0322	0.0015	0.0078
chrX	8159415	8159593	chrX:8159416-8159593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0451	0.0481	0.0484	0.038	0.0201	0.0573	0.0562	0.0746	0.0201	0.0465	0.0563	0.0465	0.0596	0.0436	0.0322	0.0436	0.0563
chrX	8165366	8165765	chrX:8165367-8165765	FBgn0030028	Corp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1808	0.2247	0.223	0.0854	0.193	0.2379	0.2669	0.2998	0.193	0.2585	0.2582	0.2585	0.1448	0.0704	0.0954	0.0704	0.0615
chrX	8167317	8167553	chrX:8167318-8167553	FBgn0030029,FBgn0030030	CG15343,CG1636	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.12	0.1118	0.1491	0.0973	0.0562	0.1393	0.1272	0.1566	0.0562	0.1842	0.1598	0.1842	0.134	0.1095	0.0922	0.1095	0.111
chrX	8167610	8167981	chrX:8167611-8167981	FBgn0030029,FBgn0030030	CG15343,CG1636	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0898	0.0679	0.1175	0.0837	0.0329	0.0942	0.0722	0.0939	0.0329	0.1419	0.1193	0.1419	0.1022	0.0949	0.0703	0.0949	0.1027
chrX	8168195	8168346	chrX:8168196-8168346	FBgn0030029	CG15343	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0232	0.0222	0.0282	0.0188	0.0053	0.0252	0.0316	0.03	0.0053	0.0326	0.0299	0.0326	0.0256	0.013	0.0181	0.013	0.0318
chrX	8170152	8170303	chrX:8170153-8170303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0269	0.0302	0.0277	0.0226	0.0159	0.0388	0.0381	0.0326	0.0159	0.0338	0.0305	0.0338	0.031	0.026	0.02	0.026	0.036
chrX	8199723	8199874	chrX:8199724-8199874	distal	distal	none	none	VT58695.1	VT58695.1	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0097	0.0214	0.0046	0.0022	0.0159	0.0063	0.0454	0.0193	0.0159	0.0042	0.0058	0.0042	0.0046	0	0.0019	0	5e-04
chrX	8228008	8228159	chrX:8228009-8228159	distal	distal	stage14	stage14	VT58711.1	VT58711.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0107	0.007	0.0095	0.0163	0.0032	0.0058	0.0134	0.004	0.0032	0.0139	0.008	0.0139	0.0139	0.0123	0.0206	0.0123	0.025
chrX	8261244	8261416	chrX:8261245-8261416	distal	distal	stage5	stage5	VT58730.1	VT58730.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0291	0.0272	0.0254	0.0354	0.0233	0.0238	0.0359	0.038	0.0233	0.0399	0.0264	0.0399	0.0194	0.0406	0.0316	0.0406	0.0401
chrX	8282890	8283340	chrX:8282891-8283340	distal	distal	stage5	stage5	VT58742.1	VT58742.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0554	0.0659	0.0558	0.043	0.0467	0.0578	0.0943	0.0899	0.0467	0.0622	0.0592	0.0622	0.0813	0.0283	0.0561	0.0283	0.074
chrX	8292023	8292174	chrX:8292024-8292174	FBgn0040928	CG15345	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0327	0.029	0.0374	0.0315	0.0106	0.0345	0.0359	0.0393	0.0106	0.0447	0.0424	0.0447	0.0333	0.0291	0.0309	0.0291	0.0401
chrX	8292257	8292435	chrX:8292258-8292435	FBgn0040928	CG15345	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0628	0.0943	0.0826	0.0308	0.0777	0.0696	0.0899	0.0308	0.1214	0.1055	0.1214	0.0875	0.0919	0.089	0.0919	0.098
chrX	8292613	8292783	chrX:8292614-8292783	FBgn0030034,FBgn0040928	CG10555,CG15345	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1538	0.1299	0.1897	0.1411	0.1007	0.1485	0.1453	0.1805	0.1007	0.2428	0.2	0.2428	0.1813	0.1524	0.1509	0.1524	0.161
chrX	8292876	8293049	chrX:8292877-8293049	FBgn0030034	CG10555	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1615	0.1357	0.208	0.1393	0.1039	0.1675	0.1419	0.1885	0.1039	0.2591	0.217	0.2591	0.2045	0.1417	0.1618	0.1417	0.1615
chrX	8293156	8293337	chrX:8293157-8293337	FBgn0030034	CG10555	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1214	0.1062	0.15	0.1069	0.0817	0.1335	0.1129	0.1399	0.0817	0.1902	0.1627	0.1902	0.1448	0.1256	0.1109	0.1256	0.1313
chrX	8294515	8294721	chrX:8294516-8294721	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0358	0.0658	0.0268	0.0123	0.0403	0.0422	0.1332	0.0526	0.0403	0.0374	0.0296	0.0374	0.0248	0.0084	0.0135	0.0084	0.0208
chrX	8302906	8303069	chrX:8302907-8303069	FBgn0261793	Trf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1164	0.1014	0.1443	0.1024	0.0435	0.1364	0.1099	0.1439	0.0435	0.1655	0.1553	0.1655	0.1379	0.1087	0.1057	0.1087	0.1167
chrX	8303211	8303391	chrX:8303212-8303391	FBgn0261793	Trf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.193	0.1731	0.2329	0.1716	0.1188	0.2029	0.2098	0.2212	0.1188	0.2886	0.2386	0.2886	0.2293	0.1845	0.1941	0.1845	0.1866
chrX	8303998	8304258	chrX:8303999-8304258	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2802	0.2483	0.3364	0.2543	0.1813	0.2942	0.3015	0.3018	0.1813	0.41	0.3543	0.41	0.3354	0.258	0.2753	0.258	0.2824
chrX	8304458	8304703	chrX:8304459-8304703	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2559	0.2323	0.2992	0.2348	0.1792	0.2752	0.2747	0.2825	0.1792	0.3575	0.3186	0.3575	0.2936	0.232	0.2547	0.232	0.2731
chrX	8304865	8305016	chrX:8304866-8305016	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1064	0.1008	0.1234	0.0941	0.0604	0.1228	0.1185	0.1306	0.0604	0.1528	0.1312	0.1528	0.1139	0.098	0.1103	0.098	0.1058
chrX	8305073	8305244	chrX:8305074-8305244	FBgn0262976	lawc	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1429	0.1322	0.1632	0.1326	0.088	0.1631	0.1497	0.1719	0.088	0.1999	0.1752	0.1999	0.1503	0.1371	0.1354	0.1371	0.1589
chrX	8305458	8305899	chrX:8305459-8305899	FBgn0262976	lawc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2783	0.2378	0.3348	0.2617	0.1516	0.3223	0.2587	0.2978	0.1516	0.4149	0.3556	0.4149	0.3277	0.2611	0.2798	0.2611	0.3043
chrX	8306417	8306694	chrX:8306418-8306694	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1201	0.1261	0.1268	0.106	0.1039	0.1291	0.1527	0.1785	0.1039	0.1371	0.1312	0.1371	0.1603	0.1286	0.0954	0.1286	0.149
chrX	8306727	8307010	chrX:8306728-8307010	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1424	0.1967	0.1359	0.089	0.1792	0.1689	0.2535	0.2825	0.1792	0.1298	0.1521	0.1298	0.1549	0.0888	0.0909	0.0888	0.1251
chrX	8310783	8311008	chrX:8310784-8311008	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0582	0.0481	0.0702	0.0564	0.017	0.0631	0.0532	0.0673	0.017	0.0864	0.0752	0.0864	0.0844	0.0528	0.0522	0.0528	0.0896
chrX	8313584	8313874	chrX:8313585-8313874	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.086	0.0745	0.0952	0.0888	0.0626	0.0738	0.1042	0.0893	0.0626	0.122	0.1055	0.122	0.1185	0.1133	0.0896	0.1133	0.135
chrX	8314100	8314282	chrX:8314101-8314282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0586	0.0501	0.0479	0.0488	0.0481	0.099	0.06	0.0488	0.0598	0.0514	0.0598	0.0589	0.0582	0.0335	0.0582	0.0829
chrX	8314800	8314974	chrX:8314801-8314974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0499	0.0557	0.0532	0.04	0.035	0.0694	0.0545	0.0899	0.035	0.0676	0.0511	0.0676	0.0473	0.0391	0.0239	0.0391	0.0552
chrX	8315220	8315439	chrX:8315221-8315439	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.1461	0.1545	0.174	0.106	0.1103	0.165	0.183	0.2172	0.1103	0.2307	0.1788	0.2307	0.1689	0.0972	0.1083	0.0972	0.148
chrX	8315707	8315858	chrX:8315708-8315858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0313	0.042	0.0307	0.0201	0.0244	0.049	0.0519	0.0586	0.0244	0.038	0.0315	0.038	0.0418	0.0176	0.0206	0.0176	0.0354
chrX	8316266	8316540	chrX:8316267-8316540	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0696	0.1052	0.0651	0.0348	0.0997	0.1063	0.1306	0.1352	0.0997	0.0737	0.0653	0.0737	0.0689	0.0199	0.0329	0.0199	0.0631
chrX	8316584	8316764	chrX:8316585-8316764	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.09	0.12	0.0953	0.0506	0.0986	0.1393	0.1393	0.1572	0.0986	0.1129	0.1055	0.1129	0.0689	0.0337	0.0522	0.0337	0.0625
chrX	8316860	8317073	chrX:8316861-8317073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0613	0.0713	0.0692	0.0415	0.0541	0.0816	0.0835	0.0953	0.0541	0.0779	0.0797	0.0779	0.055	0.0268	0.0432	0.0268	0.0615
chrX	8330526	8330677	chrX:8330527-8330677	FBgn0030037,FBgn0030038	CG12125,CG1440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0405	0.0622	0.0441	0.0201	0.051	0.051	0.0493	0.0201	0.0827	0.0666	0.0827	0.062	0.0536	0.0445	0.0536	0.0584
chrX	8330767	8330961	chrX:8330768-8330961	FBgn0030037,FBgn0030038	CG12125,CG1440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.1134	0.1391	0.1117	0.0891	0.1243	0.1401	0.1446	0.0891	0.1697	0.1553	0.1697	0.1472	0.1149	0.1328	0.1149	0.1324
chrX	8330976	8331168	chrX:8330977-8331168	FBgn0030037,FBgn0030038	CG12125,CG1440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1318	0.1286	0.1453	0.1205	0.0986	0.1481	0.1522	0.1659	0.0986	0.1733	0.1656	0.1733	0.1433	0.1126	0.1489	0.1126	0.1423
chrX	8331373	8331568	chrX:8331374-8331568	FBgn0030038	CG1440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1102	0.1102	0.1251	0.0937	0.0764	0.134	0.1233	0.1492	0.0764	0.1353	0.1421	0.1353	0.1177	0.0858	0.1257	0.0858	0.1021
chrX	8331694	8331938	chrX:8331695-8331938	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1387	0.172	0.1442	0.0957	0.1326	0.1913	0.1912	0.2492	0.1326	0.1262	0.1788	0.1262	0.1301	0.0689	0.1547	0.0689	0.099
chrX	8336316	8336485	chrX:8336317-8336485	FBgn0030039	CG12123	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.033	0.0169	0.0272	0.0574	0.0074	0.0204	0.0195	0.0247	0.0074	0.0151	0.0283	0.0151	0.0573	0.062	0.0567	0.062	0.0776
chrX	8337075	8337258	chrX:8337076-8337258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0468	0.034	0.0536	0.0536	0.0095	0.0466	0.0446	0.0373	0.0095	0.0803	0.0498	0.0803	0.0658	0.0758	0.0477	0.0758	0.0719
chrX	8337329	8337665	chrX:8337330-8337665	distal	distal	none	none	org-1_HN39	org-1_HN39	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0561	0.0471	0.0697	0.0512	0.0148	0.0723	0.0497	0.0586	0.0148	0.125	0.0669	0.125	0.0627	0.1072	0.0451	0.1072	0.0537
chrX	8338316	8338482	chrX:8338317-8338482	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0392	0.0361	0.0704	0.0084	0.0053	0.0762	0.0268	0.038	0.0053	0.2083	0.0441	0.2083	0.0263	0.0115	0.0045	0.0115	0.013
chrX	8338665	8338865	chrX:8338666-8338865	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0454	0.0381	0.0775	0.0182	0.0085	0.0748	0.0186	0.0586	0.0085	0.1944	0.0505	0.1944	0.0775	0.0214	0.0181	0.0214	0.0344
chrX	8339228	8339547	chrX:8339229-8339547	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.069	0.0567	0.1024	0.0461	0.0095	0.1189	0.0424	0.0586	0.0095	0.2246	0.0733	0.2246	0.1224	0.0475	0.0355	0.0475	0.098
chrX	8339894	8340145	chrX:8339895-8340145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0264	0.0201	0.0324	0.0269	0.0095	0.0286	0.0221	0.0247	0.0095	0.0562	0.0199	0.0562	0.0604	0.0268	0.011	0.0268	0.0662
chrX	8341278	8341452	chrX:8341279-8341452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.028	0.0202	0.0382	0.0256	0.0138	0.0301	0.026	0.014	0.0138	0.07	0.0296	0.07	0.0596	0.0528	0.0155	0.0528	0.0422
chrX	8343538	8343689	chrX:8343539-8343689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0157	0.0108	0.0178	0.0188	0.0042	0.018	0.0125	0.01	0.0042	0.032	0.0135	0.032	0.0248	0.0444	0.0181	0.0444	0.0188
chrX	8344591	8344742	chrX:8344592-8344742	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0115	0.0064	0.0156	0.0128	0	0.0087	0.0082	0.008	0	0.0217	0.0074	0.0217	0.0434	0.0145	0.0071	0.0145	0.0287
chrX	8349027	8349192	chrX:8349028-8349192	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0454	0.0171	0.0679	0.0524	0.0011	0.0447	0.0108	0.0087	0.0011	0.215	0.0379	0.215	0.0318	0.1378	0.0471	0.1378	0.0532
chrX	8349210	8349445	chrX:8349211-8349445	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0696	0.0287	0.1004	0.0815	0.0011	0.0733	0.0199	0.0167	0.0011	0.2893	0.0656	0.2893	0.0558	0.206	0.0916	0.206	0.0745
chrX	8349505	8349700	chrX:8349506-8349700	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0553	0.0234	0.0749	0.0695	0	0.0529	0.0212	0.016	0	0.2095	0.0531	0.2095	0.0403	0.1838	0.0774	0.1838	0.0599
chrX	8354904	8355143	chrX:8354905-8355143	FBgn0023506,FBgn0030040	CG15347,Es2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0407	0.0348	0.0437	0.0441	0.017	0.0369	0.0502	0.042	0.017	0.0556	0.0469	0.0556	0.0542	0.0383	0.0393	0.0383	0.0834
chrX	8355196	8355385	chrX:8355197-8355385	FBgn0023506,FBgn0030040	CG15347,Es2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0716	0.0583	0.0877	0.0688	0.0392	0.0733	0.0683	0.0759	0.0392	0.1141	0.0961	0.1141	0.0968	0.085	0.0645	0.085	0.099
chrX	8355401	8355598	chrX:8355402-8355598	FBgn0023506,FBgn0030040	CG15347,Es2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0789	0.0641	0.0986	0.0739	0.0445	0.0772	0.0731	0.0879	0.0445	0.1274	0.1109	0.1274	0.0922	0.0858	0.0729	0.0858	0.1027
chrX	8355666	8355817	chrX:8355667-8355817	FBgn0023506	Es2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0339	0.0293	0.0431	0.029	0.0201	0.0291	0.0359	0.0426	0.0201	0.0495	0.0495	0.0495	0.0426	0.0322	0.0251	0.0322	0.038
chrX	8369798	8370223	chrX:8369799-8370223	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0276	0.0202	0.0269	0.0365	0.0117	0.0272	0.026	0.0173	0.0117	0.0248	0.0315	0.0248	0.0434	0.0245	0.0709	0.0245	0.0526
chrX	8379553	8379704	chrX:8379554-8379704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0091	0.0192	0.021	0.0011	0.0102	0.0147	0.0087	0.0011	0.0284	0.0219	0.0284	0.0209	0.049	0.0232	0.049	0.0224
chrX	8383743	8384009	chrX:8383744-8384009	FBgn0003023,FBgn0053181	CG33181,otu	stage14	none	otu_otu:lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0438	0.0361	0.0317	0.0657	0.0233	0.0316	0.0623	0.0333	0.0233	0.0211	0.0273	0.0211	0.0449	0.0176	0.0316	0.0176	0.0568
chrX	8384421	8384640	chrX:8384422-8384640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0305	0.0209	0.0261	0.046	0.0074	0.0238	0.0333	0.022	0.0074	0.0217	0.0251	0.0217	0.0473	0.0207	0.0406	0.0207	0.0552
chrX	8384875	8385058	chrX:8384876-8385058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.021	0.0122	0.0208	0.0309	0.0042	0.0146	0.0225	0.0067	0.0042	0.0199	0.019	0.0199	0.0426	0.01	0.0187	0.01	0.0683
chrX	8385244	8385432	chrX:8385245-8385432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0226	0.0148	0.019	0.0352	0.0064	0.017	0.0238	0.012	0.0064	0.0229	0.0196	0.0229	0.0263	0.0115	0.0419	0.0115	0.0641
chrX	8385547	8385708	chrX:8385548-8385708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0167	0.0317	0.0383	0.0021	0.0175	0.0264	0.0213	0.0021	0.0314	0.037	0.0314	0.0434	0.0283	0.0484	0.0283	0.0584
chrX	8385926	8386091	chrX:8385927-8386091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.035	0.0223	0.0414	0.0421	0.0053	0.0252	0.032	0.026	0.0053	0.0465	0.0463	0.0465	0.062	0.0352	0.0554	0.0352	0.0568
chrX	8404310	8404753	chrX:8404311-8404753	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0387	0.038	0.0454	0.0322	0.0212	0.0485	0.0506	0.04	0.0212	0.0471	0.0469	0.0471	0.0697	0.0352	0.0406	0.0352	0.0464
chrX	8404809	8405081	chrX:8404810-8405081	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0596	0.067	0.0726	0.0372	0.0414	0.0913	0.0761	0.0786	0.0414	0.0797	0.0733	0.0797	0.1115	0.0398	0.0451	0.0398	0.0542
chrX	8411277	8411530	chrX:8411278-8411530	FBgn0002968	Nrg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1839	0.1639	0.2199	0.1667	0.1241	0.218	0.1553	0.2352	0.1241	0.2585	0.2373	0.2585	0.2099	0.1524	0.2018	0.1524	0.1688
chrX	8411941	8412092	chrX:8411942-8412092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0466	0.0295	0.0659	0.0444	0.0106	0.0408	0.0324	0.0406	0.0106	0.0604	0.0859	0.0604	0.062	0.0306	0.0677	0.0306	0.0479
chrX	8412180	8412424	chrX:8412181-8412424	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0908	0.0587	0.1278	0.0862	0.018	0.0859	0.0502	0.0973	0.018	0.0972	0.1891	0.0972	0.1007	0.0544	0.1599	0.0544	0.0714
chrX	8412523	8412732	chrX:8412524-8412732	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0979	0.0619	0.1499	0.0809	0.0117	0.0995	0.0407	0.1139	0.0117	0.1335	0.2209	0.1335	0.1154	0.036	0.1934	0.036	0.0636
chrX	8414530	8414681	chrX:8414531-8414681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.02	0.0151	0.0232	0.0219	0.0042	0.0233	0.0173	0.0153	0.0042	0.0157	0.0296	0.0157	0.017	0.0421	0.0213	0.0421	0.0182
chrX	8417409	8417560	chrX:8417410-8417560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0105	0.0194	0.018	0.0064	0.0112	0.0138	0.014	0.0064	0.0066	0.0183	0.0066	0.0163	0.0092	0.0123	0.0092	0.0167
chrX	8417852	8418081	chrX:8417853-8418081	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0462	0.0348	0.0565	0.0478	0.0191	0.0505	0.0255	0.0586	0.0191	0.0248	0.037	0.0248	0.0232	0.0107	0.0142	0.0107	0.0292
chrX	8418459	8418610	chrX:8418460-8418610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0199	0.0135	0.0269	0.0195	0.0053	0.0218	0.0125	0.0153	0.0053	0.0109	0.0244	0.0109	0.0108	0.0046	0.0168	0.0046	0.0193
chrX	8419117	8419307	chrX:8419118-8419307	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0325	0.0204	0.0491	0.0277	0.0085	0.0252	0.0277	0.0253	0.0085	0.0236	0.0408	0.0236	0.0124	0.0115	0.0258	0.0115	0.0245
chrX	8419918	8420069	chrX:8419919-8420069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0219	0.0309	0.0241	0.0095	0.0212	0.0383	0.035	0.0426	0.0212	0.0109	0.0289	0.0109	0.0101	0.0077	0.0116	0.0077	0.0109
chrX	8424125	8424290	chrX:8424126-8424290	FBgn0024943	PIP82	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0245	0.034	0.0263	0.012	0.0148	0.032	0.0467	0.0533	0.0148	0.0199	0.0334	0.0199	0.0163	0.0046	0.0161	0.0046	0.0125
chrX	8426383	8426534	chrX:8426384-8426534	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0128	0.025	0.0235	0.0042	0.0141	0.0138	0.0213	0.0042	0.0242	0.0347	0.0242	0.0155	0.0643	0.0232	0.0643	0.0172
chrX	8427082	8427365	chrX:8427083-8427365	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0399	0.0307	0.0527	0.0363	0.0085	0.0379	0.0346	0.0506	0.0085	0.0356	0.0855	0.0356	0.0287	0.0812	0.0445	0.0812	0.0271
chrX	8427450	8427605	chrX:8427451-8427605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0275	0.0332	0.0206	0.0074	0.033	0.0329	0.0426	0.0074	0.0223	0.0479	0.0223	0.0186	0.0191	0.0309	0.0191	0.0198
chrX	8427891	8428267	chrX:8427892-8428267	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1056	0.1109	0.1334	0.0692	0.052	0.1417	0.1202	0.1686	0.052	0.0888	0.2138	0.0888	0.0844	0.0812	0.1476	0.0812	0.0453
chrX	8429851	8430142	chrX:8429852-8430142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0131	0.0249	0.0276	0.0042	0.0184	0.0156	0.016	0.0042	0.0109	0.0408	0.0109	0.0139	0.0069	0.0716	0.0069	0.0151
chrX	8430665	8430816	chrX:8430666-8430816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0098	0.0127	0.0189	0.0011	0.0146	0.0125	0.0113	0.0011	0.0072	0.0129	0.0072	0.0108	0.0069	0.0084	0.0069	0.0141
chrX	8430994	8431145	chrX:8430995-8431145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.012	0.0154	0.0223	0.0053	0.0136	0.0177	0.0133	0.0053	0.0091	0.017	0.0091	0.0155	0.0092	0.0187	0.0092	0.0141
chrX	8431252	8431403	chrX:8431253-8431403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0117	0.0129	0.0155	0.0074	0.0102	0.0173	0.0133	0.0074	0.0097	0.0141	0.0097	0.0139	0.0038	0.02	0.0038	0.0057
chrX	8436543	8436828	chrX:8436544-8436828	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0186	0.027	0.034	0.0032	0.0175	0.0251	0.032	0.0032	0.0169	0.0244	0.0169	0.0194	0.0092	0.0187	0.0092	0.0182
chrX	8437080	8437322	chrX:8437081-8437322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.012	0.0173	0.0213	0.0032	0.016	0.0177	0.0113	0.0032	0.0079	0.018	0.0079	0.0077	0.0054	0.0161	0.0054	0.0089
chrX	8437358	8437509	chrX:8437359-8437509	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0102	0.0138	0.017	0.0021	0.0097	0.0169	0.0133	0.0021	0.0048	0.0135	0.0048	0.0101	0.0031	0.009	0.0031	0.0063
chrX	8443085	8443448	chrX:8443086-8443448	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0801	0.0835	0.1082	0.0454	0.0551	0.0981	0.1025	0.1059	0.0551	0.1667	0.1222	0.1667	0.0364	0.0773	0.049	0.0773	0.0396
chrX	8443570	8443721	chrX:8443571-8443721	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0328	0.035	0.0171	0.0191	0.0325	0.0463	0.0426	0.0191	0.0399	0.0441	0.0399	0.0163	0.0184	0.0226	0.0184	0.0135
chrX	8448368	8448575	chrX:8448369-8448575	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0819	0.0876	0.0893	0.0673	0.0657	0.0937	0.1142	0.1126	0.0657	0.1105	0.1003	0.1105	0.096	0.0628	0.0812	0.0628	0.0974
chrX	8448642	8448818	chrX:8448643-8448818	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.054	0.0604	0.058	0.0423	0.0435	0.0709	0.08	0.0693	0.0435	0.0628	0.0617	0.0628	0.0728	0.0337	0.0445	0.0337	0.0688
chrX	8452733	8452919	chrX:8452734-8452919	FBgn0026679	IntS4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1123	0.1589	0.1056	0.0732	0.1456	0.1224	0.1512	0.0732	0.195	0.173	0.195	0.1619	0.1026	0.1161	0.1026	0.1303
chrX	8452993	8453203	chrX:8452994-8453203	FBgn0026679	IntS4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1085	0.0896	0.1365	0.0987	0.0594	0.1223	0.0913	0.1246	0.0594	0.1679	0.146	0.1679	0.1387	0.0919	0.1148	0.0919	0.123
chrX	8453819	8454043	chrX:8453820-8454043	FBgn0030048	CG12112	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0856	0.0809	0.1052	0.0695	0.0509	0.1019	0.0956	0.0979	0.0509	0.1304	0.1106	0.1304	0.117	0.0398	0.0754	0.0398	0.0891
chrX	8454164	8454358	chrX:8454165-8454358	FBgn0030048,FBgn0030049	CG12112,Trf4-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1467	0.1431	0.1784	0.1159	0.1156	0.1718	0.1661	0.1706	0.1156	0.2089	0.1855	0.2089	0.1851	0.098	0.1264	0.098	0.1449
chrX	8454548	8454723	chrX:8454549-8454723	FBgn0030048,FBgn0030049	CG12112,Trf4-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1859	0.1696	0.227	0.159	0.1198	0.2136	0.1968	0.1999	0.1198	0.2754	0.2434	0.2754	0.2014	0.1677	0.1825	0.1677	0.1808
chrX	8454873	8455072	chrX:8454874-8455072	FBgn0030049	Trf4-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2036	0.1826	0.2437	0.183	0.1273	0.2257	0.2046	0.2378	0.1273	0.3001	0.2704	0.3001	0.2316	0.1784	0.205	0.1784	0.1965
chrX	8455429	8455796	chrX:8455430-8455796	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2101	0.2075	0.2393	0.181	0.1442	0.2607	0.2383	0.2578	0.1442	0.3297	0.2611	0.3297	0.244	0.2067	0.2134	0.2067	0.2126
chrX	8455953	8456143	chrX:8455954-8456143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.1288	0.1418	0.1367	0.1057	0.1082	0.1534	0.1609	0.2079	0.1082	0.1866	0.1418	0.1866	0.1441	0.124	0.0999	0.124	0.124
chrX	8462622	8462773	chrX:8462623-8462773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0248	0.0212	0.027	0.0263	0.0064	0.0311	0.0272	0.0247	0.0064	0.0296	0.0267	0.0296	0.0356	0.0214	0.0309	0.0214	0.0464
chrX	8463005	8463399	chrX:8463006-8463399	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0835	0.051	0.0957	0.1065	0.0138	0.0767	0.0463	0.0779	0.0138	0.0731	0.108	0.0731	0.1766	0.0873	0.1406	0.0873	0.185
chrX	8463505	8463705	chrX:8463506-8463705	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0378	0.0412	0.051	0.0148	0.0524	0.0407	0.0486	0.0148	0.0393	0.0447	0.0393	0.0697	0.0352	0.0471	0.0352	0.1053
chrX	8468165	8468382	chrX:8468166-8468382	FBgn0030052	CG12065	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.099	0.0385	0.0815	0.1858	0.017	0.051	0.0528	0.04	0.017	0.0525	0.0778	0.0525	0.1487	0.1799	0.2005	0.1799	0.2157
chrX	8468406	8468557	chrX:8468407-8468557	FBgn0030052	CG12065	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0469	0.0313	0.0453	0.066	0.018	0.0296	0.0433	0.0433	0.018	0.0405	0.046	0.0405	0.0596	0.0605	0.0651	0.0605	0.0677
chrX	8468660	8468872	chrX:8468661-8468872	FBgn0030052	CG12065	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0672	0.0603	0.068	0.0741	0.0392	0.05	0.0843	0.0859	0.0392	0.0719	0.0688	0.0719	0.0844	0.062	0.0993	0.062	0.0902
chrX	8472878	8473029	chrX:8472879-8473029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0092	0.0122	0.0223	0.0032	0.0073	0.0143	0.0147	0.0032	0.0072	0.01	0.0072	0.0139	0.0153	0.0084	0.0153	0.012
chrX	8473962	8474262	chrX:8473963-8474262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.018	0.0158	0.0169	0.0217	0.0053	0.0165	0.029	0.0133	0.0053	0.0133	0.0167	0.0133	0.0302	0.0123	0.0206	0.0123	0.0354
chrX	8476745	8476896	chrX:8476746-8476896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0095	0.01	0.0134	0.0021	0.0087	0.0173	0.0107	0.0021	0.0085	0.01	0.0085	0.007	0.0031	0.0103	0.0031	0.0078
chrX	8476901	8477052	chrX:8476902-8477052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0076	0.0072	0.0139	0.0011	0.0087	0.0138	0.006	0.0011	0.0066	0.0084	0.0066	0.0046	0.0046	0.0123	0.0046	0.0099
chrX	8482766	8482960	chrX:8482767-8482960	FBgn0030053	CG12081	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.103	0.0947	0.1292	0.0834	0.0615	0.1184	0.112	0.1219	0.0615	0.157	0.1405	0.157	0.1387	0.0812	0.0858	0.0812	0.1162
chrX	8483137	8483288	chrX:8483138-8483288	FBgn0030053	CG12081	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0328	0.0396	0.0259	0.0138	0.0379	0.0471	0.038	0.0138	0.0477	0.0444	0.0477	0.0349	0.0253	0.0258	0.0253	0.037
chrX	8485187	8485649	chrX:8485188-8485649	FBgn0025864	Crag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0985	0.0937	0.119	0.0812	0.0541	0.1252	0.112	0.1099	0.0541	0.1298	0.1283	0.1298	0.1301	0.0865	0.0825	0.0865	0.1006
chrX	8485699	8485867	chrX:8485700-8485867	FBgn0025864	Crag	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.136	0.1125	0.1694	0.1256	0.0626	0.1354	0.1354	0.1499	0.0626	0.1902	0.1871	0.1902	0.1758	0.1309	0.1464	0.1309	0.1438
chrX	8485977	8486151	chrX:8485978-8486151	FBgn0025864,FBgn0040929	CG12659,Crag	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.123	0.1016	0.1471	0.1206	0.0689	0.1262	0.1155	0.1352	0.0689	0.151	0.1736	0.151	0.141	0.1179	0.1444	0.1179	0.1511
chrX	8486341	8486583	chrX:8486342-8486583	FBgn0025864,FBgn0040929	CG12659,Crag	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0875	0.0799	0.1008	0.0816	0.0435	0.1049	0.0826	0.1146	0.0435	0.0996	0.1219	0.0996	0.0976	0.0773	0.0986	0.0773	0.1068
chrX	8486598	8486782	chrX:8486599-8486782	FBgn0040929	CG12659	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0611	0.0726	0.0448	0.0371	0.0757	0.0679	0.0873	0.0371	0.0785	0.0859	0.0785	0.0751	0.0383	0.0593	0.0383	0.0568
chrX	8486859	8487071	chrX:8486860-8487071	FBgn0040929	CG12659	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0554	0.0587	0.0646	0.0418	0.0329	0.0694	0.0757	0.0746	0.0329	0.0628	0.0672	0.0628	0.0999	0.0237	0.0419	0.0237	0.0797
chrX	8487340	8487491	chrX:8487341-8487491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0219	0.0193	0.0244	0.0221	0.0032	0.0238	0.0255	0.0273	0.0032	0.0157	0.0219	0.0157	0.0581	0.0138	0.0193	0.0138	0.0474
chrX	8488303	8488454	chrX:8488304-8488454	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0209	0.0375	0.0154	0.0085	0.0053	0.032	0.0376	0.0886	0.0053	0.0145	0.0183	0.0145	0.0147	0.0084	0.0058	0.0084	0.0135
chrX	8495267	8495558	chrX:8495268-8495558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0328	0.043	0.0338	0.0205	0.017	0.0456	0.0554	0.0653	0.017	0.0362	0.0379	0.0362	0.0349	0.0184	0.0174	0.0184	0.0328
chrX	8500025	8500176	chrX:8500026-8500176	FBgn0030054	Caf1-180	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.04	0.0452	0.0227	0.0223	0.049	0.0476	0.0546	0.0223	0.0507	0.0495	0.0507	0.0534	0.0291	0.0271	0.0291	0.0344
chrX	8500313	8500560	chrX:8500314-8500560	FBgn0030054	Caf1-180	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1538	0.1719	0.1977	0.0854	0.1209	0.2053	0.1899	0.2358	0.1209	0.2687	0.2113	0.2687	0.1712	0.1026	0.118	0.1026	0.111
chrX	8501989	8502165	chrX:8501990-8502165	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0157	0.0292	0.037	0.0117	0.0199	0.0199	0.0167	0.0117	0.0217	0.0248	0.0217	0.0101	0.0092	0.011	0.0092	0.012
chrX	8503036	8503187	chrX:8503037-8503187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0086	0.0114	0.0196	0.0042	0.0083	0.0121	0.0127	0.0042	0.0072	0.0113	0.0072	0.007	0.0054	0.0052	0.0054	0.0063
chrX	8503650	8503884	chrX:8503651-8503884	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0371	0.0575	0.0372	0.0142	0.0392	0.0379	0.0856	0.0939	0.0392	0.0229	0.0678	0.0229	0.0108	0.0145	0.0213	0.0145	0.0063
chrX	8504012	8504274	chrX:8504013-8504274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0445	0.04	0.0128	0.0445	0.0301	0.0523	0.0813	0.0445	0.0211	0.0733	0.0211	0.0155	0.0145	0.0245	0.0145	0.0078
chrX	8505118	8505287	chrX:8505119-8505287	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0327	0.0457	0.0373	0.013	0.0191	0.0718	0.0424	0.06	0.0191	0.038	0.0367	0.038	0.0217	0.0184	0.0103	0.0184	0.0094
chrX	8505409	8505560	chrX:8505410-8505560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.023	0.0236	0.0338	0.0106	0.0095	0.0388	0.0203	0.0306	0.0095	0.0248	0.0286	0.0248	0.0139	0.0084	0.0052	0.0084	0.0083
chrX	8509899	8510050	chrX:8509900-8510050	distal	distal	none	none	VT58853.1	VT58853.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0153	0.0223	0.0111	0.0074	0.0184	0.0208	0.02	0.0074	0.0163	0.0267	0.0163	0.0108	0.0084	0.0097	0.0084	0.0083
chrX	8510268	8510419	chrX:8510269-8510419	distal	distal	none	none	VT58853.1	VT58853.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0232	0.0258	0.0305	0.0124	0.0095	0.0388	0.0238	0.038	0.0095	0.0338	0.0379	0.0338	0.0248	0.0107	0.0219	0.0107	0.0083
chrX	8510629	8510780	chrX:8510630-8510780	distal	distal	none	none	VT58853.1	VT58853.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0167	0.0236	0.018	0.0011	0.0238	0.0195	0.0247	0.0011	0.0236	0.026	0.0236	0.0349	0.0207	0.0219	0.0207	0.0261
chrX	8510963	8511149	chrX:8510964-8511149	distal	distal	none	none	VT58853.1,VT58854.1	VT58853.1,VT58854.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0086	0.0242	0.032	0.0032	0.0117	0.0095	0.0127	0.0032	0.0302	0.0267	0.0302	0.0325	0.0375	0.0522	0.0375	0.0438
chrX	8511477	8511628	chrX:8511478-8511628	distal	distal	none	none	VT58854.1	VT58854.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0093	0.0049	0.0114	0.012	0.0021	0.0063	0.0061	0.0053	0.0021	0.0097	0.0158	0.0097	0.0108	0.0077	0.0251	0.0077	0.0167
chrX	8511726	8511877	chrX:8511727-8511877	distal	distal	none	none	VT58854.1	VT58854.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0142	0.0258	0.0178	0.0064	0.0175	0.019	0.0147	0.0064	0.0254	0.0341	0.0254	0.0155	0.0222	0.0316	0.0222	0.0182
chrX	8512409	8512560	chrX:8512410-8512560	distal	distal	none	none	VT58854.1,oc_oc9	VT58854.1,oc_oc9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0101	0.0129	0.0106	0.0021	0.0117	0.0156	0.0113	0.0021	0.0127	0.0196	0.0127	0.0062	0.0046	0.0271	0.0046	0.0036
chrX	8512605	8512756	chrX:8512606-8512756	distal	distal	none	none	VT58854.1,oc_oc9	VT58854.1,oc_oc9	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0115	0.0143	0.0082	0.0011	0.0141	0.0169	0.0153	0.0011	0.0139	0.0193	0.0139	0.0101	0.0031	0.0258	0.0031	0.0042
chrX	8513624	8513775	chrX:8513625-8513775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0178	0.0177	0.0259	0.0092	0.0042	0.0233	0.0221	0.0227	0.0042	0.0272	0.0399	0.0272	0.0062	0.013	0.0116	0.013	0.0078
chrX	8516476	8516627	chrX:8516477-8516627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.009	0.0183	0.0106	0.0053	0.0121	0.0091	0.0133	0.0053	0.0103	0.0125	0.0103	0.007	0.0038	0.0058	0.0038	0.0068
chrX	8518051	8518243	chrX:8518052-8518243	distal	distal	none	none	VT58858.1	VT58858.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0317	0.0445	0.0359	0.0128	0.0297	0.0563	0.0528	0.0573	0.0297	0.0223	0.0383	0.0223	0.0194	0.0084	0.0084	0.0084	0.0094
chrX	8518983	8519161	chrX:8518984-8519161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT58858.1,VT58859.1	VT58858.1,VT58859.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1801	0.1447	0.2288	0.1661	0.1315	0.1864	0.1613	0.1726	0.1315	0.2796	0.2547	0.2796	0.2068	0.1891	0.1689	0.1891	0.1912
chrX	8521167	8521392	chrX:8521168-8521392	distal	distal	none	none	VT58860.1	VT58860.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.021	0.0126	0.0188	0.0327	0.0032	0.0155	0.0186	0.014	0.0032	0.0163	0.0196	0.0163	0.0155	0.0306	0.011	0.0306	0.0323
chrX	8521471	8521622	chrX:8521472-8521622	distal	distal	none	none	VT58860.1	VT58860.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0147	0.0222	0.0315	0.0053	0.0184	0.0195	0.0173	0.0053	0.0151	0.0196	0.0151	0.0194	0.0253	0.0116	0.0253	0.0287
chrX	8527474	8527625	chrX:8527475-8527625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.019	0.0264	0.0202	0.0095	0.017	0.0175	0.0437	0.036	0.017	0.0175	0.0286	0.0175	0.0124	0.0092	0.0135	0.0092	0.0099
chrX	8528846	8528997	chrX:8528847-8528997	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0218	0.0192	0.0198	0.027	0.0085	0.0175	0.0316	0.0207	0.0085	0.0223	0.0225	0.0223	0.0124	0.0237	0.0064	0.0237	0.0115
chrX	8529328	8529479	chrX:8529329-8529479	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0178	0.0203	0.0281	0.0095	0.017	0.0264	0.0213	0.0095	0.0115	0.0228	0.0115	0.0093	0.0069	0.0097	0.0069	0.0089
chrX	8530447	8530627	chrX:8530448-8530627	distal	distal	none	none	VT58863.1	VT58863.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0436	0.0364	0.0654	0.0277	0.0233	0.033	0.0523	0.0486	0.0233	0.0797	0.0656	0.0797	0.0341	0.0322	0.0251	0.0322	0.0167
chrX	8531003	8531321	chrX:8531004-8531321	distal	distal	stage11	stage11	VT58863.1,VT58864.1,oc_otd_eye_enhancer	VT58863.1,VT58864.1,oc_otd_eye_enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0823	0.0697	0.1131	0.0627	0.0339	0.1039	0.0536	0.1159	0.0339	0.1045	0.1148	0.1045	0.0937	0.0452	0.0445	0.0452	0.038
chrX	8531428	8531579	chrX:8531429-8531579	distal	distal	stage11	stage11	VT58863.1,VT58864.1,oc_otd_eye_enhancer	VT58863.1,VT58864.1,oc_otd_eye_enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0307	0.0289	0.0452	0.0169	0.0106	0.0311	0.0329	0.0486	0.0106	0.0272	0.0617	0.0272	0.0178	0.0092	0.0174	0.0092	0.0109
chrX	8533157	8533439	chrX:8533158-8533439	distal	distal	none	none	VT58864.1,VT58865.1,oc_otd_eye_enhancer	VT58864.1,VT58865.1,oc_otd_eye_enhancer	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0345	0.0413	0.0456	0.0149	0.0148	0.0534	0.0532	0.05	0.0148	0.0223	0.0524	0.0223	0.0689	0.0107	0.0174	0.0107	0.0089
chrX	8534661	8535131	chrX:8534662-8535131	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT58865.1	VT58865.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.108	0.0905	0.148	0.0837	0.0573	0.1073	0.096	0.1406	0.0573	0.1733	0.1556	0.1733	0.0589	0.0421	0.0754	0.0421	0.0375
chrX	8537269	8537520	chrX:8537270-8537520	distal	distal	stage5	stage5	VT58867.1,oc_intronic_distal	VT58867.1,oc_intronic_distal	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0708	0.0381	0.0116	0.0615	0.0456	0.1159	0.0833	0.0615	0.0417	0.0479	0.0417	0.0256	0.0069	0.02	0.0069	0.0094
chrX	8537546	8537742	chrX:8537547-8537742	distal	distal	stage5	stage5	VT58867.1,VT58868.1,oc_intronic_distal	VT58867.1,VT58868.1,oc_intronic_distal	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0326	0.0608	0.0283	0.0057	0.0498	0.0398	0.0956	0.0793	0.0498	0.0332	0.0325	0.0332	0.0163	0.0023	0.0097	0.0023	0.0042
chrX	8537892	8538043	chrX:8537893-8538043	distal	distal	stage5	stage5	VT58867.1,VT58868.1,oc_intronic_distal	VT58867.1,VT58868.1,oc_intronic_distal	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.019	0.0336	0.0161	0.0058	0.018	0.0228	0.0476	0.0573	0.018	0.0115	0.0193	0.0115	0.0101	0.0061	0.009	0.0061	0.0031
chrX	8538147	8538298	chrX:8538148-8538298	distal	distal	none	none	VT58867.1,VT58868.1,oc_intronic_distal	VT58867.1,VT58868.1,oc_intronic_distal	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0198	0.0242	0.027	0.007	0.0127	0.018	0.0346	0.0393	0.0127	0.0193	0.0309	0.0193	0.0124	0.0046	0.0064	0.0046	0.0042
chrX	8544555	8544773	chrX:8544556-8544773	FBgn0004102	oc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1401	0.1575	0.1557	0.1036	0.1495	0.1471	0.2024	0.2052	0.1495	0.1093	0.218	0.1093	0.1294	0.0789	0.1567	0.0789	0.111
chrX	8544884	8545104	chrX:8544885-8545104	FBgn0004102	oc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2719	0.2638	0.3165	0.2319	0.2386	0.3126	0.3036	0.3191	0.2386	0.3841	0.3521	0.3841	0.2703	0.2259	0.2682	0.2259	0.2522
chrX	8545359	8545660	chrX:8545360-8545660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0679	0.0609	0.0819	0.0604	0.0371	0.0675	0.0766	0.0819	0.0371	0.0797	0.0923	0.0797	0.0829	0.0643	0.0625	0.0643	0.0594
chrX	8548035	8548220	chrX:8548036-8548220	distal	distal	stage5	stage5	VT58873.1,oc_SBg	VT58873.1,oc_SBg	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0462	0.1057	0.0227	0.0056	0.1103	0.0447	0.1916	0.1199	0.1103	0.0248	0.0312	0.0248	0.0116	0.0084	0.0077	0.0084	0.0016
chrX	8548500	8548724	chrX:8548501-8548724	distal	distal	stage5	stage5	VT58873.1,VT58874.1,oc_RVH	VT58873.1,VT58874.1,oc_RVH	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0506	0.1213	0.0192	0.006	0.1379	0.0573	0.218	0.1279	0.1379	0.0181	0.0267	0.0181	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0031
chrX	8548732	8548896	chrX:8548733-8548896	distal	distal	stage5	stage5	VT58873.1,VT58874.1,oc_RVH	VT58873.1,VT58874.1,oc_RVH	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0436	0.1027	0.0181	0.0056	0.1135	0.0592	0.1769	0.1113	0.1135	0.0199	0.026	0.0199	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0036
chrX	8549249	8549400	chrX:8549250-8549400	distal	distal	none	none	VT58874.1,oc_RVH	VT58874.1,oc_RVH	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.032	0.0628	0.0201	0.0106	0.0594	0.0199	0.1393	0.0493	0.0594	0.0151	0.0299	0.0151	0.0085	0.0054	0.0148	0.0054	0.0057
chrX	8550489	8550698	chrX:8550490-8550698	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0355	0.0255	0.0514	0.0292	0.0117	0.0272	0.035	0.032	0.0117	0.0519	0.0871	0.0519	0.0217	0.0391	0.0683	0.0391	0.0141
chrX	8550858	8551019	chrX:8550859-8551019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0207	0.0115	0.028	0.0231	0.0032	0.0141	0.013	0.018	0.0032	0.0374	0.0402	0.0374	0.0155	0.0345	0.0516	0.0345	0.012
chrX	8551189	8551370	chrX:8551190-8551370	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0358	0.0178	0.0542	0.0358	0.0053	0.0286	0.0203	0.02	0.0053	0.0737	0.0788	0.0737	0.0232	0.0582	0.0683	0.0582	0.0302
chrX	8553375	8553595	chrX:8553376-8553595	distal	distal	none	none	VT58876.1	VT58876.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0234	0.0389	0.0225	0.0071	0.0191	0.0301	0.0402	0.0879	0.0191	0.0109	0.0232	0.0109	0.0046	0.0046	0.0077	0.0046	0.0047
chrX	8554427	8554691	chrX:8554428-8554691	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0415	0.0239	0.0514	0.0503	0.0032	0.0282	0.0329	0.0313	0.0032	0.0338	0.0502	0.0338	0.0217	0.0505	0.0432	0.0505	0.0271
chrX	8555086	8555343	chrX:8555087-8555343	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0444	0.0142	0.0519	0.0699	0.0032	0.0218	0.0195	0.0133	0.0032	0.0688	0.0707	0.0688	0.0349	0.0949	0.136	0.0949	0.0552
chrX	8555669	8555820	chrX:8555670-8555820	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0049	0.0089	0.0192	0.0011	0.0068	0.0061	0.0053	0.0011	0.0036	0.0174	0.0036	0.007	0.0046	0.0484	0.0046	0.0224
chrX	8556184	8556363	chrX:8556185-8556363	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0276	0.0141	0.0319	0.0379	0.0021	0.0121	0.0251	0.0167	0.0021	0.0223	0.0521	0.0223	0.0333	0.0245	0.0877	0.0245	0.0438
chrX	8558196	8558347	chrX:8558197-8558347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0116	0.0247	0.0114	0.0053	0.0112	0.0143	0.0193	0.0053	0.0127	0.0469	0.0127	0.0093	0.0031	0.0361	0.0031	0.0073
chrX	8560020	8560231	chrX:8560021-8560231	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0415	0.0383	0.064	0.0206	0.0106	0.0335	0.0441	0.0793	0.0106	0.0157	0.136	0.0157	0.0124	0.0092	0.0703	0.0092	0.0073
chrX	8560366	8560583	chrX:8560367-8560583	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0346	0.0349	0.0511	0.0162	0.0095	0.0316	0.0355	0.0773	0.0095	0.0211	0.1029	0.0211	0.0108	0.0077	0.0484	0.0077	0.0057
chrX	8565154	8565442	chrX:8565155-8565442	distal	distal	stage11	stage11	VT58883.1	VT58883.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0405	0.0156	0.0756	0.0297	0.0042	0.0189	0.0143	0.0306	0.0042	0.0205	0.1553	0.0205	0.0248	0.0161	0.0845	0.0161	0.0219
chrX	8565652	8565814	chrX:8565653-8565814	distal	distal	none	none	VT58883.1,VT58884.1	VT58883.1,VT58884.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.0055	0.0274	0.0162	0.0011	0.0097	0.0069	0.004	0.0011	0.0091	0.0592	0.0091	0.0046	0.01	0.0516	0.01	0.0094
chrX	8566328	8566479	chrX:8566329-8566479	distal	distal	stage11	stage11	VT58884.1	VT58884.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0332	0.0359	0.0113	0.0223	0.0427	0.0329	0.0506	0.0223	0.0169	0.0598	0.0169	0.0116	0.0038	0.0271	0.0038	0.0036
chrX	8568799	8569049	chrX:8568800-8569049	distal	distal	stage5	stage5	VT58885.1	VT58885.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0527	0.0862	0.0523	0.0157	0.0615	0.0879	0.0887	0.1499	0.0615	0.064	0.0643	0.064	0.0178	0.0276	0.011	0.0276	0.013
chrX	8570824	8571035	chrX:8570825-8571035	FBgn0030055	CG12772	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1901	0.1585	0.2376	0.1732	0.0954	0.2049	0.1799	0.2045	0.0954	0.2802	0.2736	0.2802	0.227	0.1899	0.1876	0.1899	0.1824
chrX	8571822	8571973	chrX:8571823-8571973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0287	0.0227	0.0373	0.026	0.0095	0.0238	0.0298	0.0326	0.0095	0.0477	0.0325	0.0477	0.0612	0.0222	0.0258	0.0222	0.0464
chrX	8575215	8575389	chrX:8575216-8575389	FBgn0030056	CG11284	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1133	0.0995	0.1423	0.0969	0.0817	0.1267	0.1081	0.1259	0.0817	0.1787	0.1572	0.1787	0.1456	0.1202	0.0986	0.1202	0.1266
chrX	8575485	8575655	chrX:8575486-8575655	FBgn0030056	CG11284	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1494	0.1324	0.183	0.1317	0.0933	0.1718	0.1388	0.1726	0.0933	0.215	0.1965	0.215	0.2029	0.1692	0.1373	0.1692	0.1579
chrX	8575839	8576271	chrX:8575840-8576271	FBgn0030056	CG11284	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1455	0.1326	0.1647	0.1388	0.0827	0.1908	0.1375	0.1652	0.0827	0.2367	0.1482	0.2367	0.1518	0.1975	0.1212	0.1975	0.1516
chrX	8576466	8576653	chrX:8576467-8576653	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.043	0.0512	0.0482	0.028	0.0244	0.0553	0.0666	0.0713	0.0244	0.0707	0.0469	0.0707	0.0403	0.026	0.0245	0.026	0.0334
chrX	8579443	8579594	chrX:8579444-8579594	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0226	0.0235	0.024	0.0106	0.0277	0.0303	0.0266	0.0106	0.0169	0.0222	0.0169	0.0534	0.0176	0.0168	0.0176	0.0532
chrX	8583003	8583154	chrX:8583004-8583154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0295	0.0274	0.0404	0.0198	0.0159	0.035	0.0285	0.0433	0.0159	0.0417	0.0498	0.0417	0.038	0.0299	0.0142	0.0299	0.0224
chrX	8583241	8583449	chrX:8583242-8583449	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0478	0.0452	0.064	0.0329	0.0233	0.0612	0.0437	0.0726	0.0233	0.0743	0.0759	0.0743	0.0635	0.0413	0.0322	0.0413	0.0438
chrX	8583535	8583686	chrX:8583536-8583686	FBgn0030057	Ppt1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0327	0.049	0.0198	0.0159	0.0393	0.0389	0.0453	0.0159	0.0562	0.0601	0.0562	0.0488	0.0237	0.02	0.0237	0.0271
chrX	8583762	8583934	chrX:8583763-8583934	FBgn0027864,FBgn0030057	Ogg1,Ppt1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0471	0.0596	0.0214	0.0191	0.0641	0.0497	0.072	0.0191	0.0682	0.0756	0.0682	0.0573	0.0222	0.0239	0.0222	0.025
chrX	8584037	8584211	chrX:8584038-8584211	FBgn0027864,FBgn0030057	Ogg1,Ppt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0877	0.0892	0.1062	0.0657	0.0626	0.1136	0.1029	0.1133	0.0626	0.1329	0.1235	0.1329	0.103	0.0781	0.0638	0.0781	0.0787
chrX	8584224	8584405	chrX:8584225-8584405	FBgn0027864,FBgn0030057	Ogg1,Ppt1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1321	0.1279	0.1563	0.1103	0.087	0.1665	0.138	0.1699	0.087	0.1969	0.1768	0.1969	0.1456	0.1233	0.1038	0.1233	0.1386
chrX	8584514	8584704	chrX:8584515-8584704	FBgn0027864,FBgn0030057	Ogg1,Ppt1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0554	0.0538	0.0661	0.0453	0.0286	0.067	0.0696	0.0653	0.0286	0.0839	0.0723	0.0839	0.0643	0.0482	0.0393	0.0482	0.0532
chrX	8588293	8588444	chrX:8588294-8588444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0171	0.0128	0.0159	0.0231	0.0074	0.0117	0.0177	0.018	0.0074	0.0163	0.0167	0.0163	0.0155	0.0115	0.0103	0.0115	0.0146
chrX	8589040	8589248	chrX:8589041-8589248	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0206	0.0077	0.0168	0.0391	0.0021	0.0107	0.0074	0.012	0.0021	0.0109	0.0106	0.0109	0.0054	0.0069	0.0077	0.0069	0.0057
chrX	8589317	8589468	chrX:8589318-8589468	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0075	0.0108	0.0298	0.0053	0.0097	0.0078	0.0093	0.0053	0.0066	0.0068	0.0066	0.0062	0.0031	0.0084	0.0031	0.0068
chrX	8590265	8590416	chrX:8590266-8590416	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0136	0.0113	0.027	0.0042	0.0141	0.0225	0.0153	0.0042	0.0085	0.0103	0.0085	0.0147	0.0107	0.0142	0.0107	0.0255
chrX	8598006	8598157	chrX:8598007-8598157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.009	0.0124	0.0131	0.0021	0.0107	0.013	0.012	0.0021	0.0205	0.0122	0.0205	0.0046	0.0046	0.0026	0.0046	0.0089
chrX	8601534	8601685	chrX:8601535-8601685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0185	0.0161	0.0212	0.0181	0.0053	0.0199	0.0203	0.0207	0.0053	0.0393	0.0151	0.0393	0.0186	0.0337	0.0097	0.0337	0.024
chrX	8601797	8602080	chrX:8601798-8602080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0449	0.0299	0.0491	0.0571	0.0138	0.0471	0.0307	0.0353	0.0138	0.0803	0.0405	0.0803	0.0473	0.0942	0.0258	0.0942	0.1016
chrX	8602667	8602826	chrX:8602668-8602826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0142	0.0192	0.0259	0.0085	0.0165	0.0169	0.0193	0.0085	0.0248	0.0161	0.0248	0.0271	0.0276	0.0097	0.0276	0.0563
chrX	8602920	8603071	chrX:8602921-8603071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0137	0.0192	0.0265	0.0053	0.0136	0.0186	0.02	0.0053	0.0223	0.017	0.0223	0.0271	0.0329	0.0103	0.0329	0.0511
chrX	8603251	8603423	chrX:8603252-8603423	FBgn0041629	Hexo2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0382	0.0202	0.0341	0.0629	0.0074	0.0296	0.0242	0.0213	0.0074	0.035	0.0186	0.035	0.0767	0.0482	0.0264	0.0482	0.1371
chrX	8603560	8603832	chrX:8603561-8603832	FBgn0041629	Hexo2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0496	0.0272	0.0487	0.0758	0.0064	0.0369	0.0337	0.032	0.0064	0.0459	0.0376	0.0459	0.093	0.0383	0.0232	0.0383	0.1777
chrX	8608553	8608785	chrX:8608554-8608785	FBgn0030060,FBgn0030061	CG1785,CG2004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1607	0.1252	0.2118	0.1441	0.0827	0.1524	0.1306	0.1932	0.0827	0.2458	0.2627	0.2458	0.2215	0.1562	0.2005	0.1562	0.16
chrX	8608863	8609036	chrX:8608864-8609036	FBgn0030060,FBgn0030061	CG1785,CG2004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1137	0.1803	0.1388	0.0817	0.1573	0.1077	0.1599	0.0817	0.2186	0.2045	0.2186	0.1983	0.1524	0.1489	0.1524	0.1662
chrX	8609138	8609289	chrX:8609139-8609289	FBgn0030060,FBgn0030061	CG1785,CG2004	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.056	0.0451	0.0758	0.0465	0.0276	0.0646	0.0458	0.0626	0.0276	0.1069	0.0846	0.1069	0.0705	0.0636	0.0432	0.0636	0.0542
chrX	8614047	8614383	chrX:8614048-8614383	FBgn0027330,FBgn0030063	CG1789,l(1)G0020	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0721	0.0647	0.0831	0.0682	0.0392	0.0913	0.0571	0.0999	0.0392	0.1075	0.0913	0.1075	0.0821	0.0766	0.0683	0.0766	0.0891
chrX	8614490	8614670	chrX:8614491-8614670	FBgn0027330,FBgn0030063	CG1789,l(1)G0020	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0599	0.0865	0.0677	0.035	0.0908	0.0476	0.0879	0.035	0.1135	0.091	0.1135	0.0945	0.0681	0.0645	0.0681	0.0886
chrX	8614725	8614881	chrX:8614726-8614881	FBgn0027330,FBgn0030063	CG1789,l(1)G0020	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0312	0.0569	0.0394	0.0233	0.0379	0.029	0.0493	0.0233	0.0761	0.0588	0.0761	0.0643	0.0459	0.0406	0.0459	0.0433
chrX	8615295	8615499	chrX:8615296-8615499	distal	distal	none	none	VT58911.1	VT58911.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0549	0.0388	0.0789	0.0467	0.0159	0.0617	0.0303	0.0606	0.0159	0.1081	0.0945	0.1081	0.0643	0.0582	0.0477	0.0582	0.0604
chrX	8615663	8615881	chrX:8615664-8615881	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT58911.1	VT58911.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1147	0.0852	0.1457	0.1138	0.0318	0.1398	0.064	0.1319	0.0318	0.1697	0.1621	0.1697	0.1309	0.1187	0.1135	0.1187	0.1204
chrX	8616290	8616488	chrX:8616291-8616488	distal	distal	stage11	stage11	VT58911.1	VT58911.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0367	0.0222	0.0518	0.0363	0.0064	0.0379	0.0216	0.0247	0.0064	0.0344	0.0354	0.0344	0.0263	0.0168	0.0245	0.0168	0.0188
chrX	8616537	8616688	chrX:8616538-8616688	distal	distal	stage11	stage11	VT58911.1	VT58911.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0277	0.0196	0.0352	0.0285	0.0064	0.0335	0.0169	0.0253	0.0064	0.0356	0.0244	0.0356	0.0101	0.026	0.0148	0.026	0.0167
chrX	8617421	8617722	chrX:8617422-8617722	distal	distal	stage14	stage14	VT58912.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0095	0.0202	0.0263	0.0011	0.0102	0.0108	0.0173	0.0011	0.0193	0.0183	0.0193	0.0108	0.0031	0.0103	0.0031	0.0104
chrX	8618811	8619191	chrX:8618812-8619191	FBgn0262989	CR43297	stage14	none	VT58912.1,VT58913.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0395	0.0305	0.0435	0.0453	0.0064	0.0325	0.0329	0.0626	0.0064	0.029	0.0334	0.029	0.0155	0.01	0.0148	0.01	0.0135
chrX	8619416	8619591	chrX:8619417-8619591	distal	distal	none	none	VT58913.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0147	0.0261	0.0297	0.0042	0.018	0.0173	0.0187	0.0042	0.0254	0.0183	0.0254	0.0132	0.01	0.0097	0.01	0.0162
chrX	8621124	8621275	chrX:8621125-8621275	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0059	0.0148	0.0206	0	0.0097	0.0061	0.0073	0	0.0091	0.0138	0.0091	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0047
chrX	8627881	8628032	chrX:8627882-8628032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0132	0.008	0.0099	0.0226	0.0032	0.0078	0.0121	0.0113	0.0032	0.0103	0.0119	0.0103	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.037
chrX	8628082	8628233	chrX:8628083-8628233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.019	0.0136	0.0202	0.0237	0.0064	0.0214	0.0147	0.0153	0.0064	0.0229	0.0254	0.0229	0.0116	0.0107	0.0219	0.0107	0.024
chrX	8628263	8628417	chrX:8628264-8628417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0214	0.0153	0.0298	0.0188	0.0106	0.0243	0.0134	0.0207	0.0106	0.0368	0.0405	0.0368	0.0124	0.0046	0.0193	0.0046	0.0151
chrX	8628625	8628776	chrX:8628626-8628776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0161	0.0138	0.024	0.01	0.0042	0.0214	0.0143	0.02	0.0042	0.0308	0.0328	0.0308	0.0101	0.0077	0.0071	0.0077	0.0063
chrX	8630559	8630710	chrX:8630560-8630710	distal	distal	stage14	stage14	VT58919.1	VT58919.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0111	0.0113	0.0153	0.0021	0.0117	0.016	0.0147	0.0021	0.0133	0.0087	0.0133	0.0077	0.0038	0.0052	0.0038	0.0063
chrX	8631286	8631538	chrX:8631287-8631538	distal	distal	stage14	stage14	VT58919.1	VT58919.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0324	0.0263	0.0363	0.0074	0.05	0.029	0.0493	0.0074	0.0181	0.0125	0.0181	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0068
chrX	8631839	8632009	chrX:8631840-8632009	distal	distal	none	none	VT58919.1	VT58919.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0256	0.0255	0.0255	0.0256	0.0053	0.0422	0.0268	0.0306	0.0053	0.0199	0.0145	0.0199	0.0116	0.0077	0.0077	0.0077	0.0047
chrX	8636856	8637007	chrX:8636857-8637007	distal	distal	none	none	VT58922.1	VT58922.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0051	0.0071	0.0093	0.0032	0.0053	0.0087	0.0033	0.0032	0.0091	0.0093	0.0091	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chrX	8637641	8637792	chrX:8637642-8637792	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0049	0.0072	0.0148	0.0042	0.0044	0.0087	0.0033	0.0042	0.0054	0.008	0.0054	0.0062	0.0153	0.009	0.0153	0.0104
chrX	8643657	8643808	chrX:8643658-8643808	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0056	0.0082	0.0092	0.0032	0.0053	0.0117	0.0027	0.0032	0.0085	0.0096	0.0085	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0057
chrX	8647844	8647996	chrX:8647845-8647996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0204	0.0107	0.031	0.0198	0.0021	0.0175	0.0112	0.014	0.0021	0.0296	0.0389	0.0296	0.031	0.013	0.0245	0.013	0.0214
chrX	8648488	8648728	chrX:8648489-8648728	distal	distal	none	none	VT58928.1	VT58928.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0152	0.0207	0.0134	0.0074	0.0184	0.0203	0.0187	0.0074	0.0223	0.018	0.0223	0.0101	0.0046	0.0077	0.0046	0.0036
chrX	8649166	8649486	chrX:8649167-8649486	distal	distal	stage5	stage5	VT58928.1	VT58928.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.034	0.0315	0.0444	0.0255	0.0117	0.051	0.0363	0.0306	0.0117	0.07	0.0479	0.07	0.0178	0.026	0.0148	0.026	0.0156
chrX	8649648	8649850	chrX:8649649-8649850	distal	distal	stage5	stage5	VT58928.1	VT58928.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0232	0.0236	0.028	0.0175	0.0106	0.035	0.0251	0.03	0.0106	0.0501	0.0235	0.0501	0.0186	0.0153	0.0135	0.0153	0.0104
chrX	8649937	8650163	chrX:8649938-8650163	distal	distal	none	none	VT58928.1	VT58928.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0176	0.0118	0.0264	0.0145	0.0032	0.0223	0.0112	0.0133	0.0032	0.0326	0.0254	0.0326	0.0209	0.0084	0.0116	0.0084	0.0125
chrX	8651904	8652125	chrX:8651905-8652125	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1257	0.1306	0.152	0.0914	0.1145	0.1481	0.151	0.1626	0.1145	0.1999	0.1627	0.1999	0.1394	0.1011	0.0916	0.1011	0.0881
chrX	8657602	8657753	chrX:8657603-8657753	distal	distal	none	none	VT58933.1	VT58933.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0155	0.0286	0.0127	0.0021	0.0214	0.0147	0.0266	0.0021	0.0217	0.0502	0.0217	0.0093	0.0046	0.0309	0.0046	0.0042
chrX	8657754	8657905	chrX:8657755-8657905	distal	distal	none	none	VT58933.1	VT58933.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0169	0.012	0.0254	0.0131	0.0021	0.015	0.0074	0.0286	0.0021	0.0181	0.0482	0.0181	0.0077	0.0061	0.0309	0.0061	0.0042
chrX	8658524	8658675	chrX:8658525-8658675	distal	distal	stage14	stage14	VT58933.1	VT58933.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0143	0.0088	0.0156	0.0188	0.0053	0.0141	0.0078	0.0107	0.0053	0.0199	0.0228	0.0199	0.007	0.0107	0.0477	0.0107	0.0099
chrX	8658858	8659009	chrX:8658859-8659009	distal	distal	none	none	VT58933.1	VT58933.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.019	0.0122	0.0227	0.0224	0.0042	0.0141	0.013	0.02	0.0042	0.0199	0.0376	0.0199	0.0101	0.0145	0.0613	0.0145	0.0115
chrX	8659360	8659541	chrX:8659361-8659541	distal	distal	stage14	stage14	VT58933.1,VT58934.1	VT58933.1,VT58934.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.026	0.0103	0.0265	0.0429	0.0021	0.0102	0.0169	0.012	0.0021	0.0278	0.0418	0.0278	0.0116	0.0888	0.0748	0.0888	0.0151
chrX	8659652	8659815	chrX:8659653-8659815	distal	distal	stage14	stage14	VT58933.1,VT58934.1	VT58933.1,VT58934.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0231	0.0115	0.026	0.0329	0.0021	0.0126	0.0173	0.0133	0.0021	0.0332	0.0415	0.0332	0.0031	0.0666	0.0632	0.0666	0.013
chrX	8659922	8660094	chrX:8659923-8660094	distal	distal	stage11	stage11	GJ10155,VT58934.1	GJ10155,VT58934.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0292	0.0182	0.0405	0.029	0.0032	0.0335	0.0147	0.0233	0.0032	0.0682	0.0531	0.0682	0.0116	0.0513	0.0529	0.0513	0.0156
chrX	8660176	8660467	chrX:8660177-8660467	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	GJ10155,VT58934.1	GJ10155,VT58934.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0548	0.0495	0.0844	0.0284	0.0117	0.0917	0.0346	0.0713	0.0117	0.1202	0.1318	0.1202	0.0116	0.0268	0.0683	0.0268	0.0094
chrX	8662119	8662270	chrX:8662120-8662270	distal	distal	none	none	VT58935.1	VT58935.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0156	0.0118	0.0261	0.0084	0.0021	0.0097	0.0138	0.0253	0.0021	0.0236	0.0412	0.0236	0.0085	0.0077	0.0123	0.0077	0.0073
chrX	8663416	8663567	chrX:8663417-8663567	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0081	0.0176	0.0273	0.0011	0.0078	0.0117	0.0127	0.0011	0.0151	0.0193	0.0151	0.0124	0.0061	0.0129	0.0061	0.0193
chrX	8664377	8664528	chrX:8664378-8664528	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0191	0.0157	0.0173	0.0248	0.0085	0.0238	0.019	0.012	0.0085	0.0115	0.0096	0.0115	0.0046	0.0046	0.0058	0.0046	0.0073
chrX	8664622	8664833	chrX:8664623-8664833	distal	distal	stage14	stage14	VT58937.1	VT58937.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0256	0.014	0.0273	0.0366	0.0074	0.0223	0.0134	0.016	0.0074	0.0169	0.0132	0.0169	0.0124	0.0061	0.0077	0.0061	0.0089
chrX	8665941	8666252	chrX:8665942-8666252	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT58937.1	VT58937.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0438	0.0248	0.0588	0.0485	0.0053	0.0422	0.0203	0.0353	0.0053	0.0876	0.0752	0.0876	0.0155	0.0345	0.0542	0.0345	0.0188
chrX	8667987	8668158	chrX:8667988-8668158	distal	distal	stage14	stage14	VT58938.1,VT58939.1	VT58938.1,VT58939.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0309	0.0357	0.0327	0.0138	0.0374	0.0264	0.058	0.0138	0.0399	0.0331	0.0399	0.0178	0.0191	0.0161	0.0191	0.012
chrX	8669022	8669337	chrX:8669023-8669337	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT58939.1	VT58939.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.068	0.1236	0.0524	0.023	0.0923	0.1248	0.1159	0.2332	0.0923	0.0429	0.0659	0.0429	0.0155	0.0123	0.0123	0.0123	0.0078
chrX	8670519	8670795	chrX:8670520-8670795	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0714	0.051	0.016	0.0498	0.067	0.106	0.0833	0.0498	0.0441	0.0749	0.0441	0.0147	0.0069	0.029	0.0069	0.0083
chrX	8670940	8671173	chrX:8670941-8671173	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0678	0.0763	0.0891	0.035	0.0583	0.0621	0.1142	0.0959	0.0583	0.0676	0.1502	0.0676	0.0318	0.0214	0.0999	0.0214	0.0177
chrX	8671418	8671604	chrX:8671419-8671604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0305	0.0275	0.0379	0.0256	0.0148	0.0223	0.0493	0.0293	0.0148	0.0326	0.0614	0.0326	0.0132	0.0138	0.0651	0.0138	0.0188
chrX	8672023	8672230	chrX:8672024-8672230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0459	0.0555	0.0594	0.0205	0.0329	0.0777	0.058	0.0733	0.0329	0.0489	0.0778	0.0489	0.0503	0.013	0.0393	0.013	0.0135
chrX	8674519	8674670	chrX:8674520-8674670	distal	distal	none	none	VT58942.1	VT58942.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0085	0.0105	0.0146	0.0021	0.0097	0.013	0.0093	0.0021	0.0181	0.0074	0.0181	0.0085	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chrX	8674866	8675017	chrX:8674867-8675017	distal	distal	stage14	stage14	VT58942.1	VT58942.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0067	0.0098	0.0198	0.0032	0.0068	0.0117	0.006	0.0032	0.0169	0.0068	0.0169	0.0108	0.0023	0.0039	0.0023	0.0047
chrX	8679859	8680050	chrX:8679860-8680050	distal	distal	none	none	VT58945.1	VT58945.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0324	0.0196	0.0282	0.0514	0.0138	0.0214	0.0251	0.0247	0.0138	0.0417	0.0254	0.0417	0.0232	0.023	0.029	0.023	0.0313
chrX	8689543	8689770	chrX:8689544-8689770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0191	0.007	0.0202	0.0315	0	0.0083	0.0112	0.008	0	0.0362	0.0228	0.0362	0.007	0.0429	0.0387	0.0429	0.0146
chrX	8689839	8689990	chrX:8689840-8689990	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.0046	0.0104	0.0297	0	0.0053	0.0078	0.0047	0	0.0115	0.0113	0.0115	0.0054	0.0176	0.0123	0.0176	0.0125
chrX	8692550	8692729	chrX:8692551-8692729	distal	distal	none	none	VT58953.1	VT58953.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0225	0.0121	0.0254	0.0309	0.0053	0.0146	0.016	0.0153	0.0053	0.0374	0.0167	0.0374	0.024	0.0046	0.0097	0.0046	0.0162
chrX	8693660	8693895	chrX:8693661-8693895	distal	distal	none	none	VT58953.1	VT58953.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0256	0.0157	0.0368	0.0242	0.0074	0.0262	0.0164	0.0167	0.0074	0.0598	0.046	0.0598	0.0248	0.0352	0.0355	0.0352	0.0266
chrX	8694110	8694364	chrX:8694111-8694364	distal	distal	none	none	VT58953.1	VT58953.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0298	0.0222	0.0433	0.0237	0.0042	0.0461	0.0169	0.0227	0.0042	0.0779	0.0486	0.0779	0.0232	0.0253	0.0342	0.0253	0.0292
chrX	8699285	8699436	chrX:8699286-8699436	FBgn0026411	Lim1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0231	0.0484	0.0382	0.017	0.0277	0.0285	0.026	0.017	0.0658	0.046	0.0658	0.055	0.0413	0.0426	0.0413	0.0474
chrX	8699770	8700093	chrX:8699771-8700093	FBgn0026411	Lim1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2438	0.2208	0.2967	0.2113	0.1729	0.2602	0.2535	0.2885	0.1729	0.3853	0.3164	0.3853	0.2548	0.2366	0.2153	0.2366	0.2267
chrX	8700689	8700873	chrX:8700690-8700873	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1366	0.1087	0.1699	0.1312	0.0615	0.1354	0.1198	0.1539	0.0615	0.2192	0.1968	0.2192	0.1472	0.1355	0.1612	0.1355	0.1391
chrX	8701426	8701645	chrX:8701427-8701645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0519	0.0364	0.0727	0.0464	0.0106	0.0481	0.0411	0.052	0.0106	0.0857	0.0778	0.0857	0.0844	0.0536	0.0342	0.0536	0.0474
chrX	8713655	8713819	chrX:8713656-8713819	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0124	0.0056	0.0136	0.0187	0.0021	0.0053	0.0104	0.0047	0.0021	0.0266	0.0122	0.0266	0.0132	0.0276	0.0187	0.0276	0.0229
chrX	8722992	8723143	chrX:8722993-8723143	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0165	0.0303	0.0099	0.0082	0.0191	0.0262	0.0381	0.0506	0.0191	0.0175	0.0074	0.0175	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0026
chrX	8723495	8723726	chrX:8723496-8723726	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0343	0.0593	0.0272	0.0141	0.0456	0.0495	0.0731	0.0966	0.0456	0.0755	0.0161	0.0755	0.0054	0.0015	0.0019	0.0015	0.0026
chrX	8724088	8724239	chrX:8724089-8724239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0137	0.011	0.0231	0.0065	0.0032	0.0131	0.0147	0.014	0.0032	0.0864	0.0087	0.0864	0.0023	0.0015	0.0019	0.0015	0.0016
chrX	8724408	8724559	chrX:8724409-8724559	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0139	0.0079	0.028	0.005	0.0011	0.0155	0.0074	0.0073	0.0011	0.1045	0.0103	0.1045	0.0046	0.0069	0.0026	0.0069	0.001
chrX	8725116	8725616	chrX:8725117-8725616	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0578	0.1209	0.0339	0.0136	0.1326	0.0665	0.1998	0.1406	0.1326	0.0616	0.0312	0.0616	0.0209	0.0191	0.0116	0.0191	0.013
chrX	8725974	8726145	chrX:8725975-8726145	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0582	0.0152	0.007	0.0456	0.0262	0.1042	0.0799	0.0456	0.0242	0.0167	0.0242	0.0077	0.0054	0.011	0.0054	0.0052
chrX	8729379	8729578	chrX:8729380-8729578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0227	0.0118	0.0254	0.032	0.0053	0.0121	0.0177	0.0153	0.0053	0.0386	0.0299	0.0386	0.0163	0.036	0.0548	0.036	0.0401
chrX	8731503	8731665	chrX:8731504-8731665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.013	0.0283	0.0341	0.0064	0.0175	0.0164	0.0147	0.0064	0.0326	0.028	0.0326	0.0333	0.0222	0.0374	0.0222	0.0453
chrX	8732044	8732250	chrX:8732045-8732250	FBgn0030065	CG12075	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0374	0.0926	0.083	0.0138	0.0583	0.032	0.058	0.0138	0.1027	0.099	0.1027	0.1092	0.072	0.109	0.072	0.1016
chrX	8732586	8732737	chrX:8732587-8732737	FBgn0030065	CG12075	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0181	0.0101	0.0203	0.0246	0.0011	0.0141	0.0151	0.01	0.0011	0.0254	0.0219	0.0254	0.024	0.0161	0.0496	0.0161	0.0182
chrX	8735598	8735749	chrX:8735599-8735749	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0069	0.003	0.0048	0.0135	0.0032	0.0024	0.0043	0.0033	0.0032	0.0012	0.008	0.0012	0.007	0.0145	0.0361	0.0145	0.0094
chrX	8749544	8749695	chrX:8749545-8749695	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0075	0.0057	0.0076	0.0093	0	0.0039	0.0117	0.006	0	0.0072	0.0093	0.0072	0.007	0.0015	0.0297	0.0015	0.0063
chrX	8751072	8751338	chrX:8751073-8751338	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.015	0.0081	0.0123	0.0256	0.0032	0.0078	0.0147	0.006	0.0032	0.0133	0.0145	0.0133	0.0147	0.0069	0.0664	0.0069	0.0276
chrX	8757350	8757532	chrX:8757351-8757532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0294	0.0127	0.0391	0.0373	0.0042	0.0165	0.0173	0.014	0.0042	0.0175	0.0688	0.0175	0.0372	0.0054	0.1341	0.0054	0.0188
chrX	8757688	8757851	chrX:8757689-8757851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0268	0.0105	0.0379	0.0329	0.0021	0.018	0.0108	0.0113	0.0021	0.0145	0.072	0.0145	0.0279	0.0046	0.1109	0.0046	0.0219
chrX	8758141	8758365	chrX:8758142-8758365	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0394	0.0125	0.0514	0.0564	0.0053	0.0218	0.013	0.01	0.0053	0.0181	0.0958	0.0181	0.0449	0.0077	0.1786	0.0077	0.0412
chrX	8760620	8760771	chrX:8760621-8760771	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0128	0.0072	0.015	0.0167	0.0011	0.0102	0.0082	0.0107	0.0011	0.0103	0.027	0.0103	0.0077	0.0046	0.0574	0.0046	0.0057
chrX	8764151	8764337	chrX:8764152-8764337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0197	0.0536	0.0287	0.0042	0.0296	0.0169	0.0333	0.0042	0.061	0.0768	0.061	0.0457	0.0337	0.0529	0.0337	0.0375
chrX	8766549	8766813	chrX:8766550-8766813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0439	0.0346	0.0496	0.0479	0.0159	0.0505	0.0385	0.0386	0.0159	0.0501	0.064	0.0501	0.0527	0.0536	0.0696	0.0536	0.0537
chrX	8766831	8767030	chrX:8766832-8767030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0528	0.0389	0.0613	0.059	0.0223	0.0553	0.0415	0.0466	0.0223	0.0622	0.0762	0.0622	0.0697	0.0643	0.0864	0.0643	0.0683
chrX	8767822	8768043	chrX:8767823-8768043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0186	0.0373	0.0365	0.0053	0.0257	0.0221	0.0253	0.0053	0.0338	0.0479	0.0338	0.0542	0.0352	0.0613	0.0352	0.0495
chrX	8771433	8771584	chrX:8771434-8771584	distal	distal	stage14	stage14	VT58996.1	VT58996.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0186	0.0111	0.0204	0.0251	0.0021	0.0141	0.0147	0.0127	0.0021	0.0097	0.0257	0.0097	0.0372	0.0115	0.0368	0.0115	0.0422
chrX	8772826	8772977	chrX:8772827-8772977	distal	distal	none	none	VT58996.1	VT58996.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0071	0.0171	0.0205	0.0053	0.0078	0.0121	0.004	0.0053	0.0121	0.0232	0.0121	0.0271	0.0107	0.049	0.0107	0.0261
chrX	8773016	8773167	chrX:8773017-8773167	distal	distal	none	none	VT58996.1	VT58996.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0146	0.0064	0.016	0.0224	0.0011	0.0087	0.0095	0.0053	0.0011	0.0072	0.0193	0.0072	0.0294	0.013	0.0413	0.013	0.0365
chrX	8773209	8773360	chrX:8773210-8773360	distal	distal	none	none	VT58996.1,VT58997.1	VT58996.1,VT58997.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.016	0.0067	0.0174	0.0248	0.0011	0.0083	0.0087	0.01	0.0011	0.0109	0.0199	0.0109	0.0372	0.0123	0.0516	0.0123	0.0344
chrX	8776805	8776956	chrX:8776806-8776956	distal	distal	none	none	VT58999.1	VT58999.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0114	0.0066	0.0133	0.0148	0.0053	0.0073	0.0095	0.006	0.0053	0.0079	0.0193	0.0079	0.0155	0.0061	0.0361	0.0061	0.0156
chrX	8777197	8777348	chrX:8777198-8777348	distal	distal	none	none	VT58999.1	VT58999.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0111	0.0074	0.0124	0.0139	0.0011	0.0083	0.0121	0.0087	0.0011	0.0079	0.0193	0.0079	0.0147	0.0084	0.0335	0.0084	0.0135
chrX	8779368	8779519	chrX:8779369-8779519	distal	distal	none	none	VT59000.1	VT59000.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0092	0.0185	0.012	0.0032	0.0073	0.019	0.008	0.0032	0.0085	0.0219	0.0085	0.038	0.0061	0.0116	0.0061	0.024
chrX	8781685	8781836	chrX:8781686-8781836	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT59001.1	VT59001.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0238	0.0278	0.0221	0.0127	0.0218	0.0394	0.0266	0.0127	0.0139	0.0405	0.0139	0.0418	0.0168	0.038	0.0168	0.0328
chrX	8785397	8785560	chrX:8785398-8785560	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT59003.1	VT59003.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0611	0.054	0.0801	0.0482	0.0318	0.0544	0.0657	0.0819	0.0318	0.0495	0.1251	0.0495	0.079	0.0237	0.0948	0.0237	0.0662
chrX	8785706	8785909	chrX:8785707-8785909	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1579	0.1387	0.2066	0.1257	0.0997	0.165	0.1484	0.1992	0.0997	0.2095	0.2601	0.2095	0.2169	0.0812	0.1792	0.0812	0.1991
chrX	8786476	8786627	chrX:8786477-8786627	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0297	0.0226	0.0319	0.0354	0.0117	0.0238	0.0311	0.0293	0.0117	0.0266	0.0347	0.0266	0.0534	0.0138	0.0258	0.0138	0.087
chrX	8787682	8788306	chrX:8787683-8788306	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1313	0.0834	0.1623	0.151	0.0435	0.1136	0.0848	0.1166	0.0435	0.1775	0.2084	0.1775	0.1828	0.1317	0.2527	0.1317	0.222
chrX	8788555	8788735	chrX:8788556-8788735	distal	distal	stage11	stage11	VT59006.1	VT59006.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0774	0.0499	0.1069	0.0758	0.0265	0.0689	0.0467	0.0746	0.0265	0.1202	0.1453	0.1202	0.0953	0.0528	0.1522	0.0528	0.0964
chrX	8791231	8791518	chrX:8791232-8791518	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT59007.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.094	0.0824	0.1109	0.0884	0.0403	0.1218	0.0822	0.1073	0.0403	0.0646	0.1466	0.0646	0.0953	0.0391	0.1515	0.0391	0.0771
chrX	8791611	8791864	chrX:8791612-8791864	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT59007.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0791	0.0638	0.0964	0.0773	0.035	0.0893	0.0593	0.0966	0.035	0.0622	0.1302	0.0622	0.093	0.0467	0.107	0.0467	0.087
chrX	8792040	8792212	chrX:8792041-8792212	FBgn0011661	Moe	stage11,stage14,stage5	none	VT59007.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1152	0.0748	0.149	0.1232	0.0467	0.1102	0.0675	0.1039	0.0467	0.1504	0.1736	0.1504	0.1518	0.1263	0.1309	0.1263	0.1417
chrX	8792292	8792478	chrX:8792293-8792478	FBgn0011661	Moe	stage11,stage14,stage5	none	VT59007.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.0745	0.1402	0.1086	0.0488	0.0942	0.0792	0.1073	0.0488	0.1715	0.1576	0.1715	0.1402	0.1103	0.1148	0.1103	0.1287
chrX	8794204	8794381	chrX:8794205-8794381	FBgn0030066	CG1885	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0745	0.1152	0.0922	0.0403	0.0937	0.0874	0.0999	0.0403	0.1449	0.1235	0.1449	0.1162	0.1072	0.0941	0.1072	0.1172
chrX	8795641	8795809	chrX:8795642-8795809	FBgn0030067	Rbm13	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0906	0.0759	0.119	0.0758	0.0403	0.1155	0.0735	0.0946	0.0403	0.1751	0.118	0.1751	0.1208	0.0858	0.087	0.0858	0.0865
chrX	8799362	8799550	chrX:8799363-8799550	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.07	0.0689	0.0888	0.0507	0.0392	0.0883	0.0735	0.1026	0.0392	0.1045	0.0955	0.1045	0.0953	0.0666	0.0645	0.0666	0.0584
chrX	8799702	8799877	chrX:8799703-8799877	FBgn0011586	e(r)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1444	0.1307	0.1831	0.1171	0.0859	0.1723	0.1349	0.1792	0.0859	0.2373	0.2045	0.2373	0.1572	0.134	0.1199	0.134	0.1417
chrX	8799928	8800093	chrX:8799929-8800093	FBgn0011586	e(r)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1436	0.1173	0.1849	0.1278	0.0785	0.1549	0.1189	0.1666	0.0785	0.2361	0.1949	0.2361	0.1696	0.1294	0.1315	0.1294	0.1589
chrX	8800197	8800369	chrX:8800198-8800369	FBgn0011586	e(r)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1365	0.116	0.1643	0.1287	0.0753	0.1325	0.1397	0.1586	0.0753	0.2029	0.1765	0.2029	0.1518	0.1447	0.1348	0.1447	0.1407
chrX	8800963	8801155	chrX:8800964-8801155	FBgn0261549	rdgA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1246	0.1076	0.1538	0.1117	0.0615	0.1408	0.1246	0.1312	0.0615	0.1944	0.1781	0.1944	0.1402	0.1394	0.1302	0.1394	0.1459
chrX	8801251	8801414	chrX:8801252-8801414	FBgn0261549	rdgA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.062	0.0518	0.0791	0.0547	0.0297	0.0738	0.0575	0.0613	0.0297	0.1014	0.0923	0.1014	0.0775	0.0735	0.078	0.0735	0.0683
chrX	8801509	8801707	chrX:8801510-8801707	FBgn0261549	rdgA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.079	0.1313	0.0661	0.0403	0.1121	0.0817	0.1059	0.0403	0.1818	0.1621	0.1818	0.1053	0.1011	0.107	0.1011	0.0698
chrX	8802259	8802467	chrX:8802260-8802467	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0566	0.1316	0.0454	0.0159	0.0903	0.0536	0.0806	0.0159	0.192	0.1775	0.192	0.0519	0.0773	0.0832	0.0773	0.0276
chrX	8818836	8819146	chrX:8818837-8819146	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0674	0.0571	0.0805	0.0615	0.0626	0.0999	0.0713	0.0615	0.0809	0.0514	0.0809	0.072	0.1654	0.0419	0.1654	0.0604
chrX	8830892	8831043	chrX:8830893-8831043	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0052	0.004	0.0042	0.0077	0.0011	0.0024	0.0099	0.002	0.0011	0.0079	0.0035	0.0079	0.0046	0.0268	0.0045	0.0268	0.0042
chrX	8868175	8868348	chrX:8868176-8868348	FBgn0030073	CG10962	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0142	0.0065	0.0143	0.0226	0.0032	0.0073	0.0104	0.0047	0.0032	0.0085	0.0103	0.0085	0.0449	0.0145	0.009	0.0145	0.0636
chrX	8868550	8868701	chrX:8868551-8868701	FBgn0030073	CG10962	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0072	0.0036	0.007	0.0114	0.0011	0.0044	0.0065	7e-04	0.0011	0.0066	0.0048	0.0066	0.0186	0.0061	0.0064	0.0061	0.0292
chrX	8901585	8901736	chrX:8901586-8901736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.013	0.0096	0.0142	0.0156	0.0064	0.0073	0.0151	0.0127	0.0064	0.0181	0.0122	0.0181	0.0271	0.0337	0.0129	0.0337	0.0141
chrX	8906920	8907071	chrX:8906921-8907071	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0103	0.0054	0.0105	0.0156	0.0021	0.0058	0.0078	0.0067	0.0021	0.0103	0.0103	0.0103	0.0217	0.0084	0.0213	0.0084	0.0302
chrX	8923513	8923666	chrX:8923514-8923666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0117	0.0183	0.0269	0.0064	0.0131	0.0112	0.0233	0.0064	0.0145	0.0209	0.0145	0.0325	0.0283	0.0419	0.0283	0.0422
chrX	8924050	8924222	chrX:8924051-8924222	FBgn0259734	CG42388	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0088	0.0161	0.0421	0.0042	0.0102	0.0108	0.0127	0.0042	0.0085	0.0141	0.0085	0.0473	0.0138	0.069	0.0138	0.0865
chrX	8929340	8929491	chrX:8929341-8929491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0122	0.0129	0.0146	0.0064	0.0107	0.016	0.0213	0.0064	0.0109	0.0199	0.0109	0.0116	0.0061	0.04	0.0061	0.0104
chrX	8934834	8935235	chrX:8934835-8935235	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.087	0.0729	0.0997	0.0887	0.0488	0.0859	0.09	0.0886	0.0488	0.1486	0.1109	0.1486	0.096	0.1225	0.0961	0.1225	0.1251
chrX	8935695	8935882	chrX:8935696-8935882	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0527	0.0452	0.0638	0.0489	0.0371	0.0592	0.0506	0.0533	0.0371	0.1443	0.0572	0.1443	0.0387	0.0643	0.0767	0.0643	0.0631
chrX	8936264	8936438	chrX:8936265-8936438	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1038	0.1061	0.1198	0.0837	0.0912	0.1049	0.1306	0.1466	0.0912	0.2301	0.1232	0.2301	0.0782	0.1233	0.1032	0.1233	0.1136
chrX	8936511	8936709	chrX:8936512-8936709	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1681	0.1631	0.2039	0.1342	0.1442	0.1714	0.1886	0.2245	0.1442	0.314	0.235	0.314	0.165	0.2029	0.1625	0.2029	0.1652
chrX	8936825	8937011	chrX:8936826-8937011	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0599	0.0561	0.0763	0.0461	0.0403	0.0578	0.0701	0.0773	0.0403	0.128	0.0862	0.128	0.0604	0.0735	0.0613	0.0735	0.0547
chrX	8938087	8938238	chrX:8938088-8938238	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0301	0.0126	0.0388	0.0402	0.0042	0.016	0.0169	0.0153	0.0042	0.0411	0.0617	0.0411	0.0302	0.0674	0.0928	0.0674	0.0229
chrX	8941568	8941824	chrX:8941569-8941824	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0524	0.0172	0.0859	0.0549	0.0042	0.0335	0.0169	0.0167	0.0042	0.09	0.1215	0.09	0.1046	0.0865	0.098	0.0865	0.0573
chrX	8942009	8942186	chrX:8942010-8942186	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0863	0.0226	0.1516	0.0859	0.0021	0.049	0.0177	0.0213	0.0021	0.151	0.2119	0.151	0.1929	0.1501	0.1483	0.1501	0.0797
chrX	8942207	8942546	chrX:8942208-8942546	FBgn0264384	CR43836	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1028	0.0378	0.1717	0.1	0.0074	0.0699	0.0346	0.042	0.0074	0.163	0.2479	0.163	0.1998	0.1753	0.187	0.1753	0.0803
chrX	8942786	8942937	chrX:8942787-8942937	FBgn0264384	CR43836	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0174	0.0414	0.0213	0.0021	0.0243	0.0251	0.0187	0.0021	0.0344	0.0585	0.0344	0.0589	0.0314	0.0309	0.0314	0.0271
chrX	8943068	8943245	chrX:8943069-8943245	FBgn0264384	CR43836	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0415	0.0167	0.0637	0.0447	0.0064	0.0262	0.0177	0.0193	0.0064	0.0495	0.0945	0.0495	0.0813	0.072	0.0716	0.072	0.0485
chrX	8952791	8953020	chrX:8952792-8953020	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0123	0.0083	0.0117	0.0174	0.0074	0.0058	0.0156	0.006	0.0074	0.0163	0.0129	0.0163	0.0139	0.0314	0.0322	0.0314	0.013
chrX	8953072	8953223	chrX:8953073-8953223	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0085	0.0067	0.0086	0.0104	0.0042	0.0073	0.0112	0.004	0.0042	0.0097	0.0129	0.0097	0.0054	0.0084	0.0277	0.0084	0.0068
chrX	8955333	8955484	chrX:8955334-8955484	distal	distal	none	none	VT59092.1	VT59092.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0106	0.0069	0.0112	0.0141	0.0021	0.0097	0.0078	0.0087	0.0021	0.0091	0.01	0.0091	0.0256	0.0077	0.0142	0.0077	0.0302
chrX	8961131	8961282	chrX:8961132-8961282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.012	0.0085	0.014	0.0138	0.0021	0.0078	0.0121	0.014	0.0021	0.0127	0.0212	0.0127	0.0132	0.0084	0.0322	0.0084	0.0135
chrX	8961940	8962107	chrX:8961941-8962107	FBgn0030077	CG15365	none	none	VT59097.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0306	0.0115	0.0217	0.0618	0.0053	0.0165	0.0164	0.0087	0.0053	0.0127	0.0222	0.0127	0.055	0.0329	0.0999	0.0329	0.1152
chrX	8962297	8962448	chrX:8962298-8962448	FBgn0030077	CG15365	none	none	VT59097.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0125	0.0122	0.0174	0.0032	0.0131	0.0199	0.0153	0.0032	0.0109	0.0125	0.0109	0.0263	0.0123	0.0219	0.0123	0.0302
chrX	8971753	8971968	chrX:8971754-8971968	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0307	0.013	0.0449	0.0348	0.0011	0.016	0.0104	0.0293	0.0011	0.0217	0.0814	0.0217	0.031	0.0107	0.1019	0.0107	0.0287
chrX	8972412	8972591	chrX:8972413-8972591	FBgn0030079	CG7267	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0362	0.0143	0.0359	0.0609	0.0064	0.0214	0.0164	0.0173	0.0064	0.0223	0.0514	0.0223	0.048	0.0475	0.1264	0.0475	0.0688
chrX	8974973	8975183	chrX:8974974-8975183	FBgn0030081,FBgn0030082	CG7246,HP1b	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0747	0.0557	0.0958	0.0727	0.0424	0.0767	0.0562	0.0693	0.0424	0.1359	0.1026	0.1359	0.0991	0.0835	0.0683	0.0835	0.0948
chrX	8975194	8975592	chrX:8975195-8975592	FBgn0030081,FBgn0030082	CG7246,HP1b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0844	0.0603	0.1115	0.0815	0.0329	0.0859	0.0631	0.0779	0.0329	0.1449	0.1212	0.1449	0.1115	0.0949	0.0806	0.0949	0.1037
chrX	8976085	8976310	chrX:8976086-8976310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0617	0.0583	0.075	0.051	0.0318	0.0675	0.0575	0.0993	0.0318	0.0948	0.0823	0.0948	0.0713	0.0406	0.0509	0.0406	0.073
chrX	8976500	8976678	chrX:8976501-8976678	FBgn0052707	APC4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.0801	0.1104	0.0765	0.0498	0.0976	0.0856	0.1186	0.0498	0.1329	0.1228	0.1329	0.1131	0.0789	0.0683	0.0789	0.0974
chrX	8976874	8977066	chrX:8976875-8977066	FBgn0052707	APC4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0846	0.0764	0.1028	0.0737	0.052	0.101	0.0757	0.1106	0.052	0.1377	0.1122	0.1377	0.1022	0.0881	0.0716	0.0881	0.086
chrX	8979872	8980046	chrX:8979873-8980046	FBgn0052708	CG32708	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0867	0.0729	0.1086	0.078	0.0392	0.0932	0.0826	0.0999	0.0392	0.1431	0.1241	0.1431	0.1022	0.0904	0.0799	0.0904	0.1021
chrX	8980193	8980388	chrX:8980194-8980388	FBgn0052708	CG32708	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0527	0.0406	0.0699	0.0473	0.0191	0.0485	0.0454	0.0626	0.0191	0.1045	0.0707	0.1045	0.0775	0.0505	0.0574	0.0505	0.0542
chrX	8983416	8983620	chrX:8983417-8983620	FBgn0030086	CG7033	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1366	0.1196	0.1674	0.1217	0.0795	0.1689	0.1319	0.1379	0.0795	0.221	0.1768	0.221	0.1526	0.134	0.1257	0.134	0.1496
chrX	8983685	8984121	chrX:8983686-8984121	FBgn0030086	CG7033	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1232	0.1032	0.1494	0.1167	0.0647	0.1408	0.1159	0.1259	0.0647	0.2029	0.1502	0.2029	0.1603	0.1386	0.1212	0.1386	0.1579
chrX	8987827	8987996	chrX:8987828-8987996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0361	0.0324	0.0477	0.0274	0.0148	0.0354	0.0407	0.0466	0.0148	0.055	0.0479	0.055	0.0589	0.0329	0.0161	0.0329	0.0464
chrX	8988070	8988244	chrX:8988071-8988244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0513	0.0404	0.0693	0.0439	0.0255	0.0534	0.0398	0.056	0.0255	0.0912	0.0714	0.0912	0.0713	0.0482	0.0432	0.0482	0.0636
chrX	8997395	8997622	chrX:8997396-8997622	FBgn0030087	CG7766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0636	0.0531	0.0756	0.0622	0.0286	0.0728	0.0619	0.0653	0.0286	0.1002	0.0765	0.1002	0.0906	0.072	0.058	0.072	0.0959
chrX	8997698	8997871	chrX:8997699-8997871	FBgn0030087	CG7766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0997	0.0834	0.1122	0.1043	0.0594	0.1087	0.0852	0.1133	0.0594	0.128	0.1145	0.128	0.1394	0.1072	0.1038	0.1072	0.1438
chrX	8997938	8998347	chrX:8997939-8998347	FBgn0030087	CG7766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0947	0.0783	0.1048	0.1021	0.0551	0.0981	0.0796	0.1113	0.0551	0.1027	0.1132	0.1027	0.1387	0.1172	0.0986	0.1172	0.1407
chrX	9000545	9000715	chrX:9000546-9000715	FBgn0004856,FBgn0030088	Bx42,CG7039	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0841	0.1348	0.0957	0.053	0.1063	0.0882	0.1233	0.053	0.1673	0.1505	0.1673	0.1208	0.1034	0.0961	0.1034	0.1188
chrX	9001014	9001192	chrX:9001015-9001192	FBgn0004856,FBgn0030088	Bx42,CG7039	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0789	0.0606	0.0997	0.0766	0.035	0.083	0.0692	0.074	0.035	0.1196	0.1151	0.1196	0.096	0.0766	0.0806	0.0766	0.1073
chrX	9002565	9002716	chrX:9002566-9002716	FBgn0030089	AP-1gamma	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0441	0.0318	0.0604	0.04	0.0117	0.0505	0.0342	0.0373	0.0117	0.0362	0.0566	0.0362	0.1572	0.0306	0.0393	0.0306	0.0756
chrX	9002748	9003033	chrX:9002749-9003033	FBgn0030089	AP-1gamma	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0869	0.069	0.1148	0.0762	0.0361	0.1	0.077	0.0773	0.0361	0.1069	0.1029	0.1069	0.2448	0.0727	0.0638	0.0727	0.1303
chrX	9003075	9003290	chrX:9003076-9003290	FBgn0030089	AP-1gamma	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1292	0.118	0.1646	0.1028	0.0721	0.15	0.1345	0.1466	0.0721	0.2126	0.1736	0.2126	0.1766	0.1149	0.1057	0.1149	0.1282
chrX	9003468	9003638	chrX:9003469-9003638	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1574	0.1403	0.1901	0.1405	0.0838	0.1782	0.1531	0.1899	0.0838	0.2542	0.1942	0.2542	0.1913	0.157	0.1457	0.157	0.1532
chrX	9003956	9004122	chrX:9003957-9004122	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0914	0.0871	0.108	0.0778	0.0541	0.1034	0.1047	0.1173	0.0541	0.1129	0.1373	0.1129	0.086	0.0881	0.0909	0.0881	0.0714
chrX	9004172	9004409	chrX:9004173-9004409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0726	0.0743	0.0859	0.0563	0.0392	0.0796	0.0965	0.1039	0.0392	0.0803	0.1119	0.0803	0.0744	0.062	0.0664	0.062	0.0604
chrX	9004598	9004814	chrX:9004599-9004814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0691	0.0776	0.0761	0.0518	0.0647	0.0573	0.112	0.1099	0.0647	0.0882	0.1029	0.0882	0.0674	0.0873	0.0619	0.0873	0.0532
chrX	9010391	9010542	chrX:9010392-9010542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0284	0.0272	0.0209	0.0138	0.0311	0.0389	0.0366	0.0138	0.0362	0.0318	0.0362	0.0287	0.0222	0.0174	0.0222	0.0302
chrX	9011985	9012363	chrX:9011986-9012363	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.068	0.0877	0.0803	0.0323	0.0445	0.1019	0.0973	0.1346	0.0445	0.1014	0.0929	0.1014	0.0442	0.0276	0.0251	0.0276	0.0271
chrX	9012512	9012663	chrX:9012513-9012663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0277	0.0256	0.018	0.0106	0.0413	0.0221	0.046	0.0106	0.0368	0.0273	0.0368	0.0147	0.0115	0.0129	0.0115	0.0156
chrX	9012691	9013135	chrX:9012692-9013135	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0522	0.0469	0.0572	0.0525	0.0117	0.0709	0.0346	0.0846	0.0117	0.0797	0.0617	0.0797	0.0256	0.0559	0.0226	0.0559	0.0307
chrX	9013151	9013350	chrX:9013152-9013350	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.014	0.0277	0.0487	0.0032	0.0175	0.0164	0.0213	0.0032	0.0362	0.0277	0.0362	0.0302	0.0911	0.029	0.0911	0.0417
chrX	9013861	9014012	chrX:9013862-9014012	distal	distal	none	none	VT59129.1	VT59129.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0047	0.0095	0.0178	0	0.0073	0.0065	0.004	0	0.0109	0.0077	0.0109	0.0101	0.0153	0.0077	0.0153	0.0109
chrX	9014429	9014580	chrX:9014430-9014580	distal	distal	none	none	VT59129.1	VT59129.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0045	0.0075	0.018	0.0042	0.0063	0.0061	0.002	0.0042	0.0066	0.0051	0.0066	0.0031	0.01	0.0103	0.01	0.0099
chrX	9014634	9014916	chrX:9014635-9014916	distal	distal	none	none	VT59129.1	VT59129.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0125	0.0216	0.0311	0.0085	0.0121	0.0177	0.0167	0.0085	0.0217	0.0196	0.0217	0.0194	0.0207	0.0116	0.0207	0.0365
chrX	9015156	9015307	chrX:9015157-9015307	distal	distal	none	none	VT59129.1	VT59129.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0138	0.0208	0.0238	0.0064	0.015	0.0169	0.0207	0.0064	0.0229	0.0248	0.0229	0.0217	0.0191	0.0135	0.0191	0.037
chrX	9016470	9016621	chrX:9016471-9016621	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0229	0.0141	0.0231	0.0324	0.0064	0.0248	0.0138	0.0133	0.0064	0.0296	0.0248	0.0296	0.0248	0.0444	0.029	0.0444	0.0365
chrX	9016626	9016779	chrX:9016627-9016779	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0212	0.011	0.0195	0.0344	0.0021	0.0209	0.0095	0.012	0.0021	0.0248	0.0203	0.0248	0.0201	0.0666	0.0329	0.0666	0.0271
chrX	9019144	9019295	chrX:9019145-9019295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0239	0.033	0.0139	0.0064	0.0364	0.0212	0.0393	0.0064	0.0507	0.0312	0.0507	0.0155	0.0161	0.011	0.0161	0.0125
chrX	9020505	9020656	chrX:9020506-9020656	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0358	0.0502	0.0429	0.012	0.0201	0.0587	0.0614	0.0713	0.0201	0.0562	0.0473	0.0562	0.0271	0.0107	0.0052	0.0107	0.0115
chrX	9021735	9022163	chrX:9021736-9022163	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1271	0.2029	0.1157	0.055	0.1548	0.2383	0.1959	0.3218	0.1548	0.0984	0.1389	0.0984	0.0395	0.026	0.049	0.026	0.0401
chrX	9023154	9023305	chrX:9023155-9023305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.036	0.0575	0.0289	0.0199	0.0371	0.0539	0.0692	0.0933	0.0371	0.0169	0.0386	0.0169	0.0101	0.0023	0.0168	0.0023	0.0052
chrX	9023396	9023768	chrX:9023397-9023768	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0888	0.1624	0.0679	0.0294	0.1548	0.1466	0.2111	0.2125	0.1548	0.0344	0.1071	0.0344	0.0263	0.013	0.0206	0.013	0.0182
chrX	9024438	9024596	chrX:9024439-9024596	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0327	0.0232	0.0368	0.0387	0.0138	0.0233	0.0333	0.0273	0.0138	0.0236	0.0251	0.0236	0.0155	0.0077	0.0142	0.0077	0.0135
chrX	9025280	9025431	chrX:9025281-9025431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0424	0.0391	0.0528	0.0347	0.0074	0.066	0.0355	0.0546	0.0074	0.0773	0.0566	0.0773	0.0349	0.0383	0.0432	0.0383	0.0422
chrX	9025810	9025961	chrX:9025811-9025961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0396	0.0292	0.0508	0.0391	0.0095	0.0422	0.032	0.04	0.0095	0.0749	0.0592	0.0749	0.038	0.0436	0.0484	0.0436	0.0584
chrX	9026669	9027143	chrX:9026670-9027143	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1765	0.2172	0.2246	0.0781	0.158	0.2218	0.2785	0.2891	0.158	0.1449	0.3431	0.1449	0.2029	0.0398	0.1534	0.0398	0.0823
chrX	9027723	9028074	chrX:9027724-9028074	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1003	0.0933	0.1504	0.0531	0.0424	0.1272	0.0904	0.1439	0.0424	0.1033	0.2186	0.1033	0.1828	0.0276	0.0651	0.0276	0.0844
chrX	9028308	9028522	chrX:9028309-9028522	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.0523	0.0912	0.0496	0.0329	0.0738	0.0433	0.0819	0.0329	0.1178	0.1135	0.1178	0.0837	0.0597	0.0484	0.0597	0.0631
chrX	9028620	9028779	chrX:9028621-9028779	FBgn0030090	fend	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0557	0.0687	0.0376	0.0308	0.0704	0.0549	0.0886	0.0308	0.0827	0.0743	0.0827	0.0736	0.0413	0.0438	0.0413	0.0422
chrX	9029013	9029218	chrX:9029014-9029218	FBgn0030090	fend	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2102	0.1923	0.2516	0.1848	0.1622	0.2296	0.1977	0.2685	0.1622	0.3146	0.2572	0.3146	0.251	0.1991	0.1908	0.1991	0.2048
chrX	9029388	9029589	chrX:9029389-9029589	FBgn0030090	fend	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1698	0.1329	0.2036	0.1739	0.0795	0.182	0.1332	0.1792	0.0795	0.2452	0.2164	0.2452	0.2107	0.1654	0.1863	0.1654	0.2011
chrX	9033339	9033490	chrX:9033340-9033490	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0151	0.0055	0.0136	0.0276	0.0021	0.0087	0.0078	0.004	0.0021	0.0097	0.0119	0.0097	0.0302	0.0191	0.02	0.0191	0.0646
chrX	9034759	9034910	chrX:9034760-9034910	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0294	0.0319	0.0322	0.0234	0.017	0.0417	0.0394	0.0386	0.017	0.0302	0.0244	0.0302	0.0271	0.0123	0.0129	0.0123	0.0245
chrX	9035173	9035944	chrX:9035174-9035944	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.166	0.1705	0.1902	0.1344	0.1156	0.2199	0.1856	0.2225	0.1156	0.2053	0.1817	0.2053	0.1588	0.1034	0.0883	0.1034	0.1235
chrX	9036144	9036338	chrX:9036145-9036338	FBgn0030091	CG7065	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0574	0.0586	0.0626	0.0503	0.0276	0.0743	0.0692	0.0793	0.0276	0.0743	0.0624	0.0743	0.0658	0.0391	0.0522	0.0391	0.0521
chrX	9036425	9036596	chrX:9036426-9036596	FBgn0030091	CG7065	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0899	0.1089	0.0749	0.0498	0.1097	0.1047	0.1246	0.0498	0.1184	0.1186	0.1184	0.1092	0.0597	0.0716	0.0597	0.0928
chrX	9042681	9042957	chrX:9042682-9042957	FBgn0030092,FBgn0030093	dalao,fh	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0697	0.0654	0.086	0.0564	0.0403	0.0772	0.0822	0.0866	0.0403	0.0888	0.1	0.0888	0.0914	0.0743	0.0477	0.0743	0.0615
chrX	9043037	9043223	chrX:9043038-9043223	FBgn0030092,FBgn0030093	dalao,fh	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1138	0.1085	0.1395	0.0915	0.0795	0.1277	0.1319	0.1352	0.0795	0.1679	0.1514	0.1679	0.1309	0.1187	0.0961	0.1187	0.1079
chrX	9043263	9043451	chrX:9043264-9043451	FBgn0030092,FBgn0030093	dalao,fh	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1172	0.1201	0.1423	0.0865	0.0838	0.1485	0.1471	0.1399	0.0838	0.1842	0.1508	0.1842	0.1278	0.0965	0.0903	0.0965	0.1053
chrX	9046269	9046572	chrX:9046270-9046572	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1584	0.1366	0.1824	0.1564	0.1018	0.1709	0.154	0.1719	0.1018	0.1848	0.1958	0.1848	0.2169	0.1562	0.1522	0.1562	0.2345
chrX	9049441	9049592	chrX:9049442-9049592	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0587	0.0528	0.0731	0.0496	0.0244	0.0835	0.0515	0.062	0.0244	0.1063	0.0814	0.1063	0.0519	0.0536	0.0542	0.0536	0.0547
chrX	9049736	9050081	chrX:9049737-9050081	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1772	0.1476	0.2079	0.1766	0.1029	0.1927	0.1544	0.1885	0.1029	0.2663	0.2244	0.2663	0.1936	0.2198	0.1799	0.2198	0.1928
chrX	9050294	9050484	chrX:9050295-9050484	FBgn0004828	His3.3B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1508	0.1282	0.1764	0.148	0.0838	0.1602	0.1458	0.1652	0.0838	0.244	0.1833	0.244	0.1735	0.1685	0.1476	0.1685	0.1589
chrX	9050630	9050809	chrX:9050631-9050809	FBgn0004828	His3.3B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1676	0.1562	0.1962	0.1489	0.1135	0.199	0.1765	0.1932	0.1135	0.2572	0.2045	0.2572	0.1805	0.1708	0.1464	0.1708	0.174
chrX	9051019	9051170	chrX:9051020-9051170	FBgn0004828	His3.3B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0581	0.0701	0.0443	0.0456	0.0718	0.0666	0.0726	0.0456	0.0864	0.0785	0.0864	0.0705	0.0444	0.0522	0.0444	0.0542
chrX	9052489	9052640	chrX:9052490-9052640	FBgn0014868,FBgn0040467	Dip1,Ost48	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0827	0.0735	0.1049	0.0684	0.0541	0.0879	0.0792	0.1033	0.0541	0.1322	0.1122	0.1322	0.1015	0.0735	0.0748	0.0735	0.0735
chrX	9053930	9054093	chrX:9053931-9054093	FBgn0040931	CG9034	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0934	0.0818	0.1148	0.0827	0.0371	0.1058	0.1038	0.0953	0.0371	0.1552	0.1193	0.1552	0.1301	0.0942	0.087	0.0942	0.1084
chrX	9056049	9056276	chrX:9056050-9056276	FBgn0030096	Zpr1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0912	0.09	0.1063	0.076	0.0594	0.1044	0.1224	0.0939	0.0594	0.1576	0.1103	0.1576	0.1139	0.0835	0.0709	0.0835	0.1037
chrX	9057184	9057357	chrX:9057185-9057357	FBgn0026206	mei-P26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1128	0.0918	0.14	0.1064	0.0562	0.1223	0.0965	0.1213	0.0562	0.1854	0.1502	0.1854	0.1317	0.1156	0.1064	0.1156	0.124
chrX	9057388	9057539	chrX:9057389-9057539	FBgn0026206	mei-P26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0815	0.0669	0.1014	0.076	0.0329	0.101	0.0631	0.0873	0.0329	0.1383	0.1129	0.1383	0.0906	0.0812	0.0716	0.0812	0.0745
chrX	9057642	9057874	chrX:9057643-9057874	FBgn0026206	mei-P26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0813	0.0796	0.091	0.0724	0.035	0.1068	0.08	0.1213	0.035	0.1365	0.0891	0.1365	0.0759	0.075	0.0567	0.075	0.0578
chrX	9058080	9058285	chrX:9058081-9058285	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1249	0.083	0.1439	0.151	0.0467	0.116	0.08	0.1193	0.0467	0.18	0.1473	0.18	0.1789	0.1623	0.1315	0.1623	0.1939
chrX	9058338	9058542	chrX:9058339-9058542	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.105	0.0723	0.1317	0.1122	0.0361	0.1092	0.0722	0.0953	0.0361	0.1981	0.1344	0.1981	0.1363	0.1286	0.1006	0.1286	0.135
chrX	9058629	9058856	chrX:9058630-9058856	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0909	0.0723	0.1047	0.0966	0.0339	0.0985	0.0792	0.0993	0.0339	0.1347	0.1103	0.1347	0.0875	0.0888	0.0548	0.0888	0.0907
chrX	9059350	9059501	chrX:9059351-9059501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.038	0.0424	0.0438	0.0267	0.018	0.0549	0.0489	0.0593	0.018	0.0417	0.0428	0.0417	0.0364	0.0276	0.0219	0.0276	0.0271
chrX	9060035	9060201	chrX:9060036-9060201	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0324	0.0414	0.0406	0.0135	0.0212	0.0388	0.051	0.0693	0.0212	0.0429	0.035	0.0429	0.0225	0.013	0.0058	0.013	0.0089
chrX	9066463	9066637	chrX:9066464-9066637	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0288	0.0369	0.031	0.0174	0.0233	0.0461	0.0454	0.0426	0.0233	0.0483	0.0325	0.0483	0.0256	0.0329	0.0129	0.0329	0.0172
chrX	9066701	9066852	chrX:9066702-9066852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0216	0.0275	0.0239	0.0125	0.0127	0.0408	0.0285	0.034	0.0127	0.0405	0.0215	0.0405	0.0248	0.0168	0.0084	0.0168	0.0193
chrX	9066854	9067005	chrX:9066855-9067005	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0238	0.0297	0.025	0.0159	0.0159	0.0471	0.032	0.03	0.0159	0.038	0.0215	0.038	0.0333	0.0199	0.0142	0.0199	0.025
chrX	9067367	9067542	chrX:9067368-9067542	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0378	0.0535	0.0391	0.0188	0.052	0.0646	0.0614	0.066	0.052	0.058	0.0395	0.058	0.0395	0.0199	0.0226	0.0199	0.0214
chrX	9067622	9067773	chrX:9067623-9067773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0344	0.0289	0.0148	0.0191	0.0447	0.0437	0.0386	0.0191	0.0417	0.0305	0.0417	0.0248	0.0199	0.0168	0.0199	0.0146
chrX	9068050	9068201	chrX:9068051-9068201	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0281	0.0313	0.0291	0.0235	0.0159	0.0335	0.0454	0.038	0.0159	0.0393	0.0338	0.0393	0.0349	0.0398	0.0155	0.0398	0.0313
chrX	9074334	9074522	chrX:9074335-9074522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.041	0.0505	0.0369	0.0348	0.0467	0.0519	0.067	0.0586	0.0467	0.0429	0.0415	0.0429	0.0442	0.0306	0.0406	0.0306	0.0542
chrX	9074536	9074730	chrX:9074537-9074730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0381	0.0316	0.0266	0.0244	0.0403	0.0506	0.048	0.0244	0.0344	0.0338	0.0344	0.0426	0.026	0.0329	0.026	0.038
chrX	9081236	9081387	chrX:9081237-9081387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0182	0.0242	0.0117	0.0187	0.0159	0.017	0.0433	0.0227	0.0159	0.0127	0.0116	0.0127	0.0201	0.0168	0.0168	0.0168	0.0323
chrX	9081611	9081794	chrX:9081612-9081794	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0425	0.0189	0.0338	0.0339	0.0335	0.067	0.0453	0.0339	0.0157	0.0212	0.0157	0.031	0.0329	0.0342	0.0329	0.0542
chrX	9086593	9086771	chrX:9086594-9086771	FBgn0030099	CG12056	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0705	0.0628	0.0869	0.0611	0.0382	0.0767	0.0675	0.0899	0.0382	0.0954	0.1116	0.0954	0.0844	0.0666	0.0799	0.0666	0.0761
chrX	9086841	9087077	chrX:9086842-9087077	FBgn0030099	CG12056	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0522	0.0398	0.0717	0.0448	0.017	0.0476	0.0458	0.06	0.017	0.0785	0.0916	0.0785	0.0658	0.0368	0.0619	0.0368	0.0589
chrX	9087085	9087236	chrX:9087086-9087236	FBgn0030099	CG12056	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0296	0.0234	0.0407	0.0242	0.0085	0.0243	0.0316	0.0326	0.0085	0.035	0.0559	0.035	0.0426	0.0207	0.0342	0.0207	0.0323
chrX	9087337	9087488	chrX:9087338-9087488	FBgn0030100	CG12106	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0329	0.0556	0.0279	0.0212	0.0388	0.0376	0.0473	0.0212	0.0646	0.0672	0.0646	0.0589	0.0345	0.0303	0.0345	0.0365
chrX	9087598	9087790	chrX:9087599-9087790	FBgn0030100	CG12106	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1039	0.0918	0.127	0.0919	0.0583	0.1112	0.1025	0.1292	0.0583	0.1455	0.1518	0.1455	0.1286	0.0949	0.1032	0.0949	0.1245
chrX	9087844	9088020	chrX:9087845-9088020	FBgn0030100	CG12106	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1079	0.0925	0.1335	0.0972	0.0573	0.1141	0.0956	0.1406	0.0573	0.1588	0.1569	0.1588	0.1348	0.111	0.1064	0.111	0.124
chrX	9088093	9088316	chrX:9088094-9088316	FBgn0030100	CG12106	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0428	0.0305	0.0565	0.0416	0.0127	0.034	0.0342	0.052	0.0127	0.0664	0.065	0.0664	0.0627	0.0498	0.0445	0.0498	0.0547
chrX	9090182	9090334	chrX:9090183-9090334	FBgn0030101	CG12118	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0413	0.0295	0.0513	0.0434	0.0127	0.0447	0.0303	0.0366	0.0127	0.0574	0.0614	0.0574	0.0581	0.049	0.0477	0.049	0.0589
chrX	9090357	9090563	chrX:9090358-9090563	FBgn0030101	CG12118	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.06	0.0417	0.0732	0.0659	0.0191	0.0563	0.0497	0.0526	0.0191	0.0821	0.0833	0.0821	0.0821	0.0766	0.0722	0.0766	0.0865
chrX	9090587	9090830	chrX:9090588-9090830	FBgn0030101	CG12118	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.046	0.0275	0.0544	0.0574	0.0148	0.0408	0.0268	0.0373	0.0148	0.061	0.0588	0.061	0.0596	0.0636	0.0632	0.0636	0.0771
chrX	9094362	9094575	chrX:9094363-9094575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0097	0.018	0.0299	0.0064	0.0121	0.0138	0.0087	0.0064	0.0211	0.0116	0.0211	0.0511	0.0176	0.0103	0.0176	0.0823
chrX	9095264	9095436	chrX:9095265-9095436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.008	0.0181	0.028	0	0.0107	0.0112	0.0087	0	0.0217	0.0109	0.0217	0.0473	0.0176	0.011	0.0176	0.0761
chrX	9095772	9095955	chrX:9095773-9095955	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0122	0.0042	0.0137	0.0195	0.0011	0.0049	0.0048	0.006	0.0011	0.0072	0.0084	0.0072	0.0465	0.0077	0.0084	0.0077	0.0563
chrX	9096337	9096518	chrX:9096338-9096518	FBgn0086450	su(r)	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0212	0.0107	0.0188	0.0356	0.0117	0.0136	0.0134	0.008	0.0117	0.0242	0.0132	0.0242	0.0473	0.026	0.0284	0.026	0.0813
chrX	9096634	9096809	chrX:9096635-9096809	FBgn0086450	su(r)	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0317	0.0198	0.0329	0.0437	0.0127	0.0267	0.0255	0.0173	0.0127	0.0423	0.0334	0.0423	0.055	0.0559	0.0361	0.0559	0.0865
chrX	9096865	9097019	chrX:9096866-9097019	FBgn0086450	su(r)	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0174	0.028	0.0333	0.0095	0.0233	0.0203	0.0193	0.0095	0.0411	0.0283	0.0411	0.0403	0.0436	0.0316	0.0436	0.0594
chrX	9117248	9117399	chrX:9117249-9117399	FBgn0086367	t	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0272	0.019	0.0298	0.0117	0.0277	0.0346	0.0446	0.0117	0.0211	0.0199	0.0211	0.0318	0.0153	0.0251	0.0153	0.0683
chrX	9118653	9118804	chrX:9118654-9118804	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0085	0.0119	0.0134	0.0064	0.0102	0.0138	0.0053	0.0064	0.0115	0.0135	0.0115	0.0201	0.0138	0.0297	0.0138	0.012
chrX	9125904	9126164	chrX:9125905-9126164	FBgn0030109	CG12121	none	none	VT59187.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0369	0.0305	0.0476	0.0322	0.0138	0.0393	0.035	0.0386	0.0138	0.0592	0.0537	0.0592	0.0527	0.0413	0.0277	0.0413	0.0459
chrX	9126358	9126534	chrX:9126359-9126534	FBgn0030109	CG12121	stage11,stage14,stage5	none	VT59187.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0989	0.0864	0.1198	0.0901	0.0551	0.1155	0.0952	0.1086	0.0551	0.1534	0.1299	0.1534	0.117	0.1194	0.0928	0.1194	0.1089
chrX	9130411	9130562	chrX:9130412-9130562	FBgn0052704,FBgn0263578	Ir8a,mir-4916	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0159	0.0172	0.0218	0.0079	0.0021	0.0223	0.0242	0.0187	0.0021	0.0217	0.0225	0.0217	0.0139	0.0069	0.0077	0.0069	0.0099
chrX	9137169	9137359	chrX:9137170-9137359	FBgn0260771,FBgn0260789	CG42569,mxc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0615	0.0591	0.0759	0.0483	0.0297	0.0801	0.0683	0.0779	0.0297	0.0954	0.0781	0.0954	0.0759	0.0459	0.0419	0.0459	0.061
chrX	9137444	9137625	chrX:9137445-9137625	FBgn0260771,FBgn0260789	CG42569,mxc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1706	0.1594	0.2043	0.1462	0.1039	0.2126	0.1622	0.2185	0.1039	0.2585	0.2106	0.2585	0.2029	0.1531	0.1315	0.1531	0.186
chrX	9137718	9137931	chrX:9137719-9137931	FBgn0260771,FBgn0260789	CG42569,mxc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1511	0.1444	0.1846	0.1216	0.0912	0.1888	0.1561	0.1872	0.0912	0.2337	0.1932	0.2337	0.1712	0.1271	0.1122	0.1271	0.1516
chrX	9138237	9138388	chrX:9138238-9138388	FBgn0260771	CG42569	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0359	0.0471	0.0277	0.0201	0.0398	0.0493	0.044	0.0201	0.0634	0.0514	0.0634	0.0364	0.0253	0.0303	0.0253	0.0391
chrX	9141076	9141255	chrX:9141077-9141255	FBgn0000077,FBgn0010269	Dsor1,amx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1053	0.0967	0.1312	0.0865	0.0657	0.1223	0.1133	0.1173	0.0657	0.16	0.146	0.16	0.11	0.098	0.0832	0.098	0.1021
chrX	9141318	9141509	chrX:9141319-9141509	FBgn0000077,FBgn0010269	Dsor1,amx	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.1012	0.1418	0.0993	0.0626	0.1252	0.1155	0.1319	0.0626	0.1781	0.1505	0.1781	0.1371	0.1034	0.1038	0.1034	0.1193
chrX	9141557	9141799	chrX:9141558-9141799	FBgn0000077,FBgn0010269	Dsor1,amx	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0876	0.0714	0.1056	0.0861	0.0318	0.0854	0.083	0.1033	0.0318	0.125	0.1151	0.125	0.117	0.0727	0.0993	0.0727	0.1178
chrX	9141875	9142026	chrX:9141876-9142026	FBgn0010269	Dsor1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0477	0.0594	0.0336	0.0265	0.0607	0.0545	0.062	0.0265	0.0646	0.0746	0.0646	0.055	0.0345	0.0322	0.0345	0.0427
chrX	9142087	9142256	chrX:9142088-9142256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0551	0.0708	0.0651	0.0266	0.0477	0.0777	0.0822	0.1013	0.0477	0.0664	0.0881	0.0664	0.0503	0.0322	0.0277	0.0322	0.0261
chrX	9144265	9144502	chrX:9144266-9144502	FBgn0030114	CG17754	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1043	0.1018	0.1183	0.0918	0.0742	0.1209	0.1155	0.1372	0.0742	0.1425	0.1238	0.1425	0.1162	0.0819	0.0948	0.0819	0.124
chrX	9144599	9144750	chrX:9144600-9144750	FBgn0030114	CG17754	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0446	0.0336	0.0575	0.0426	0.0233	0.0437	0.0381	0.04	0.0233	0.064	0.0543	0.064	0.0511	0.0322	0.0535	0.0322	0.0625
chrX	9145283	9145473	chrX:9145284-9145473	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0461	0.0267	0.0547	0.0583	0.0095	0.0374	0.0272	0.0366	0.0095	0.0543	0.0601	0.0543	0.086	0.0498	0.0787	0.0498	0.0907
chrX	9146135	9146464	chrX:9146136-9146464	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0592	0.0343	0.0765	0.068	0.0064	0.0447	0.0389	0.0526	0.0064	0.0616	0.108	0.0616	0.0837	0.0559	0.1373	0.0559	0.0829
chrX	9148881	9149060	chrX:9148882-9149060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0425	0.0651	0.051	0.0138	0.0558	0.0497	0.0626	0.0138	0.0779	0.0685	0.0779	0.0697	0.0536	0.0516	0.0536	0.0604
chrX	9149166	9149358	chrX:9149167-9149358	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1012	0.0914	0.1258	0.0852	0.0445	0.1243	0.1038	0.1173	0.0445	0.1914	0.1209	0.1914	0.1077	0.0995	0.0658	0.0995	0.1146
chrX	9149412	9149611	chrX:9149413-9149611	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0487	0.049	0.0569	0.0395	0.0244	0.065	0.0549	0.0693	0.0244	0.0821	0.0592	0.0821	0.0418	0.0475	0.0297	0.0475	0.0542
chrX	9149656	9149996	chrX:9149657-9149996	FBgn0028292	ric8a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0652	0.0642	0.0787	0.0517	0.0286	0.0869	0.0731	0.0859	0.0286	0.0948	0.081	0.0948	0.0697	0.0505	0.0496	0.0505	0.0672
chrX	9150105	9150276	chrX:9150106-9150276	FBgn0028292	ric8a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0933	0.0844	0.1138	0.0808	0.035	0.0966	0.1129	0.1066	0.035	0.1238	0.1328	0.1238	0.1046	0.0766	0.0935	0.0766	0.0959
chrX	9150377	9150535	chrX:9150378-9150535	FBgn0028292	ric8a	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0389	0.0585	0.0337	0.0148	0.0408	0.0597	0.0446	0.0148	0.0652	0.0675	0.0652	0.0558	0.0299	0.04	0.0299	0.0391
chrX	9153436	9153587	chrX:9153437-9153587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0147	0.0136	0.0174	0.0131	0.0085	0.015	0.0177	0.0187	0.0085	0.0332	0.0141	0.0332	0.0147	0.0329	0.0097	0.0329	0.0094
chrX	9159262	9159413	chrX:9159263-9159413	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0169	0.0269	0.0166	0.0058	0.0106	0.0194	0.0372	0.05	0.0106	0.0169	0.0222	0.0169	0.0163	0.0061	0.0103	0.0061	0.0057
chrX	9162562	9162758	chrX:9162563-9162758	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0338	0.015	0.0093	0.0255	0.0335	0.0554	0.0286	0.0255	0.0187	0.0148	0.0187	0.0232	0.0092	0.011	0.0092	0.0115
chrX	9166931	9167114	chrX:9166932-9167114	FBgn0030121,FBgn0030122	CG16892,Cfp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0797	0.0771	0.0951	0.0657	0.0498	0.0869	0.0965	0.0986	0.0498	0.1147	0.1048	0.1147	0.1077	0.0628	0.0741	0.0628	0.0803
chrX	9167331	9167529	chrX:9167332-9167529	FBgn0030121,FBgn0030122	CG16892,Cfp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0964	0.0918	0.1141	0.0822	0.0562	0.1019	0.1142	0.1266	0.0562	0.1395	0.1273	0.1395	0.1092	0.0842	0.0812	0.0842	0.1053
chrX	9167581	9167732	chrX:9167582-9167732	FBgn0030122	CG16892	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0447	0.0569	0.0348	0.0223	0.05	0.0549	0.0646	0.0223	0.0616	0.064	0.0616	0.0612	0.0398	0.0303	0.0398	0.0469
chrX	9176131	9176310	chrX:9176132-9176310	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.048	0.0693	0.0504	0.0217	0.0361	0.0757	0.0774	0.1093	0.0361	0.0525	0.0595	0.0525	0.0356	0.0184	0.0258	0.0184	0.0162
chrX	9176539	9176795	chrX:9176540-9176795	FBgn0040236	c11.1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0895	0.0896	0.1079	0.0691	0.0456	0.1218	0.1008	0.1093	0.0456	0.151	0.1032	0.151	0.1061	0.098	0.0529	0.098	0.0844
chrX	9176808	9177023	chrX:9176809-9177023	FBgn0040236	c11.1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1028	0.0867	0.1275	0.0936	0.052	0.1184	0.0934	0.1119	0.052	0.151	0.1238	0.151	0.1224	0.1095	0.0819	0.1095	0.1089
chrX	9177029	9177289	chrX:9177030-9177289	FBgn0040236	c11.1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1293	0.1132	0.1637	0.1097	0.087	0.1335	0.1328	0.1486	0.087	0.2083	0.1839	0.2083	0.1402	0.1233	0.0999	0.1233	0.1287
chrX	9177433	9177613	chrX:9177434-9177613	FBgn0040236	c11.1	none	none	lz_MinimalCrystalCellEnhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0516	0.0476	0.0693	0.0368	0.0265	0.0636	0.0597	0.054	0.0265	0.0888	0.0797	0.0888	0.062	0.0345	0.0368	0.0345	0.0485
chrX	9178085	9178263	chrX:9178086-9178263	FBgn0002576	lz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1636	0.13	0.2105	0.1497	0.0912	0.1534	0.1432	0.1845	0.0912	0.2482	0.2338	0.2482	0.1944	0.1508	0.1625	0.1508	0.1615
chrX	9178340	9178562	chrX:9178341-9178562	FBgn0002576	lz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1347	0.0991	0.1783	0.1267	0.0477	0.135	0.1081	0.1306	0.0477	0.2011	0.2019	0.2011	0.1782	0.1087	0.1444	0.1087	0.1412
chrX	9185366	9185530	chrX:9185367-9185530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.014	0.0259	0.0209	0.0064	0.016	0.019	0.016	0.0064	0.026	0.0215	0.026	0.0519	0.0138	0.0129	0.0138	0.0495
chrX	9188285	9188476	chrX:9188286-9188476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.022	0.0435	0.0151	0.0056	0.018	0.0393	0.0467	0.0859	0.018	0.0121	0.019	0.0121	0.0116	0.0084	0.0052	0.0084	0.0042
chrX	9188714	9188878	chrX:9188715-9188878	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0211	0.0376	0.018	0.0058	0.017	0.0277	0.048	0.07	0.017	0.0181	0.0244	0.0181	0.0093	0.0054	0.0064	0.0054	0.0052
chrX	9199865	9200102	chrX:9199866-9200102	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0465	0.0223	0.042	0.0785	0.0117	0.0252	0.0268	0.0293	0.0117	0.0211	0.0514	0.0211	0.0736	0.0391	0.0864	0.0391	0.0943
chrX	9200232	9200383	chrX:9200233-9200383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0197	0.0092	0.0175	0.0337	0.0021	0.0083	0.0138	0.0133	0.0021	0.0085	0.0193	0.0085	0.0302	0.0199	0.049	0.0199	0.0307
chrX	9209552	9209703	chrX:9209553-9209703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.011	0.0132	0.0149	0.0042	0.0136	0.0177	0.0087	0.0042	0.0115	0.019	0.0115	0.0093	0.0077	0.0438	0.0077	0.0057
chrX	9213222	9213406	chrX:9213223-9213406	FBgn0040234,FBgn0040235	c12.1,c12.2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1481	0.1326	0.1792	0.1315	0.0965	0.1524	0.1557	0.1825	0.0965	0.218	0.1942	0.218	0.1851	0.1378	0.1335	0.1378	0.1553
chrX	9213552	9213799	chrX:9213553-9213799	FBgn0040234,FBgn0040235	c12.1,c12.2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0566	0.0485	0.0718	0.049	0.0276	0.0558	0.0562	0.0746	0.0276	0.0978	0.0736	0.0978	0.0666	0.0505	0.0445	0.0505	0.0594
chrX	9225663	9225871	chrX:9225664-9225871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.038	0.0376	0.0415	0.0347	0.018	0.0432	0.0407	0.0606	0.018	0.0525	0.0463	0.0525	0.0457	0.0406	0.0432	0.0406	0.0438
chrX	9225956	9226107	chrX:9225957-9226107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0187	0.0145	0.0198	0.0221	0.0053	0.0194	0.0173	0.0167	0.0053	0.0242	0.0222	0.0242	0.0232	0.0199	0.0271	0.0199	0.038
chrX	9230939	9231091	chrX:9230940-9231091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0309	0.0193	0.0095	0.0212	0.0223	0.0458	0.046	0.0212	0.0211	0.0238	0.0211	0.0163	0.0138	0.0155	0.0138	0.0078
chrX	9232821	9232972	chrX:9232822-9232972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0182	0.0176	0.0221	0.0145	0.0117	0.0165	0.0238	0.0247	0.0117	0.0145	0.0248	0.0145	0.0194	0.0092	0.0245	0.0092	0.012
chrX	9233254	9233484	chrX:9233255-9233484	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0256	0.0199	0.0313	0.0258	0.0138	0.0199	0.0251	0.028	0.0138	0.0205	0.0402	0.0205	0.0217	0.0054	0.0503	0.0054	0.0182
chrX	9248625	9248840	chrX:9248626-9248840	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0301	0.052	0.0235	0.0131	0.0435	0.0413	0.0692	0.0773	0.0435	0.0157	0.0305	0.0157	0.024	0.0107	0.0226	0.0107	0.0115
chrX	9249667	9249818	chrX:9249668-9249818	FBgn0085478	CG34449	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0799	0.0747	0.0943	0.07	0.0594	0.0903	0.0904	0.0919	0.0594	0.1002	0.11	0.1002	0.086	0.0781	0.0864	0.0781	0.0792
chrX	9249896	9250078	chrX:9249897-9250078	FBgn0085478	CG34449	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.177	0.155	0.219	0.1553	0.1135	0.199	0.1674	0.1952	0.1135	0.2615	0.2379	0.2615	0.2161	0.1708	0.1734	0.1708	0.1694
chrX	9250267	9250452	chrX:9250268-9250452	FBgn0026149,FBgn0085478	BCL7-like,CG34449	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2072	0.1909	0.2456	0.1834	0.1389	0.2248	0.2171	0.2445	0.1389	0.2971	0.2611	0.2971	0.2301	0.2014	0.2076	0.2014	0.1954
chrX	9250556	9250738	chrX:9250557-9250738	FBgn0026149,FBgn0085478	BCL7-like,CG34449	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1345	0.123	0.1582	0.1214	0.0859	0.1515	0.1324	0.1672	0.0859	0.1993	0.1756	0.1993	0.1394	0.1286	0.1348	0.1286	0.1266
chrX	9250800	9251014	chrX:9250801-9251014	FBgn0026149	BCL7-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0562	0.0679	0.0448	0.0371	0.0655	0.064	0.0779	0.0371	0.0773	0.0759	0.0773	0.0697	0.0421	0.0516	0.0421	0.0406
chrX	9251512	9251663	chrX:9251513-9251663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0446	0.0404	0.0594	0.033	0.0244	0.0466	0.0471	0.0533	0.0244	0.0574	0.0814	0.0574	0.0534	0.0368	0.0484	0.0368	0.036
chrX	9334960	9335111	chrX:9334961-9335111	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0115	0.0174	0.011	0.0053	0.0085	0.0107	0.0186	0.0426	0.0085	0.0181	0.0125	0.0181	0.0054	0.0061	0.009	0.0061	0.0031
chrX	9341395	9341546	chrX:9341396-9341546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0099	0.0087	0.0082	0.013	0.0042	0.0073	0.0095	0.0173	0.0042	0.0054	0.0135	0.0054	0.0077	0.0031	0.0458	0.0031	0.0057
chrX	9344572	9344723	chrX:9344573-9344723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0106	0.0069	0.0085	0.0171	0.0032	0.0049	0.0104	0.012	0.0032	0.0054	0.0151	0.0054	0.0054	0.0015	0.0671	0.0015	0.0057
chrX	9344908	9345059	chrX:9344909-9345059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0109	0.0066	0.01	0.0167	0	0.0063	0.0095	0.0093	0	0.0079	0.0177	0.0079	0.0054	0.0054	0.0516	0.0054	0.0099
chrX	9348099	9348250	chrX:9348100-9348250	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0147	0.0241	0.0129	0.0061	0.0138	0.0189	0.0268	0.0433	0.0138	0.0139	0.0164	0.0139	0.0101	0.0046	0.0084	0.0046	0.0068
chrX	9360589	9360811	chrX:9360590-9360811	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.08	0.0946	0.0816	0.062	0.0732	0.0801	0.0999	0.1732	0.0732	0.0634	0.135	0.0634	0.0682	0.0681	0.1257	0.0681	0.0662
chrX	9362156	9362307	chrX:9362157-9362307	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0201	0.0304	0.0175	0.0113	0.0339	0.017	0.0402	0.0513	0.0339	0.0157	0.026	0.0157	0.0124	0.0077	0.0251	0.0077	0.0125
chrX	9364244	9364395	chrX:9364245-9364395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0161	0.0197	0.0201	0.0138	0.0146	0.0212	0.0233	0.0138	0.0181	0.0244	0.0181	0.0248	0.0145	0.0284	0.0145	0.0297
chrX	9365375	9365526	chrX:9365376-9365526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.015	0.0116	0.0162	0.0174	0.0085	0.0073	0.0169	0.0193	0.0085	0.0181	0.0164	0.0181	0.017	0.0115	0.0168	0.0115	0.0261
chrX	9377688	9377840	chrX:9377689-9377840	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0123	0.0259	0.0274	0.0042	0.0155	0.0156	0.016	0.0042	0.0229	0.0373	0.0229	0.0271	0.0145	0.0767	0.0145	0.0162
chrX	9380397	9380627	chrX:9380398-9380627	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0484	0.0363	0.0732	0.0347	0.0117	0.0471	0.0372	0.0533	0.0117	0.0779	0.0974	0.0779	0.0287	0.0168	0.0722	0.0168	0.0193
chrX	9380702	9380975	chrX:9380703-9380975	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0438	0.0338	0.0679	0.0287	0.0106	0.0422	0.0307	0.058	0.0106	0.0785	0.0675	0.0785	0.0302	0.0115	0.0477	0.0115	0.0167
chrX	9381066	9381237	chrX:9381067-9381237	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.023	0.0172	0.0383	0.0127	0.0074	0.0214	0.0138	0.0306	0.0074	0.0386	0.0389	0.0386	0.0101	0.0061	0.0193	0.0061	0.012
chrX	9388139	9388290	chrX:9388140-9388290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.015	0.013	0.0148	0.0174	0.0095	0.0131	0.0195	0.0107	0.0095	0.0181	0.0145	0.0181	0.024	0.0184	0.0206	0.0184	0.0302
chrX	9388405	9388556	chrX:9388406-9388556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0103	0.0131	0.0212	0.0053	0.0092	0.0164	0.0127	0.0053	0.0121	0.0138	0.0121	0.0225	0.0184	0.0148	0.0184	0.0443
chrX	9389713	9389932	chrX:9389714-9389932	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0811	0.1312	0.0777	0.0288	0.1135	0.1136	0.1743	0.1805	0.1135	0.07	0.1341	0.07	0.031	0.0161	0.0748	0.0161	0.0125
chrX	9390210	9390402	chrX:9390211-9390402	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.118	0.1554	0.1302	0.0629	0.1304	0.1408	0.1946	0.2265	0.1304	0.1256	0.2051	0.1256	0.072	0.0467	0.1483	0.0467	0.036
chrX	9391100	9391486	chrX:9391101-9391486	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1442	0.2021	0.1556	0.0668	0.176	0.1558	0.2868	0.2765	0.176	0.1087	0.2701	0.1087	0.0922	0.013	0.2128	0.013	0.0453
chrX	9394085	9394312	chrX:9394086-9394312	FBgn0261260	mgl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1791	0.164	0.2115	0.1604	0.14	0.1966	0.176	0.2092	0.14	0.2494	0.2421	0.2494	0.2122	0.1501	0.1941	0.1501	0.2121
chrX	9394518	9394719	chrX:9394519-9394719	FBgn0261260	mgl	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0934	0.0683	0.1103	0.1029	0.0445	0.0898	0.0757	0.0853	0.0445	0.1473	0.1228	0.1473	0.0999	0.1118	0.1115	0.1118	0.1266
chrX	9395060	9395266	chrX:9395061-9395266	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.0492	0.0994	0.0737	0.0201	0.0587	0.0627	0.064	0.0201	0.125	0.1103	0.125	0.11	0.0827	0.0825	0.0827	0.0969
chrX	9396505	9396701	chrX:9396506-9396701	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0224	0.0082	0.0119	0.0499	0.0032	0.0117	0.0117	0.008	0.0032	0.0036	0.0113	0.0036	0.031	0.0092	0.0735	0.0092	0.0526
chrX	9438547	9438727	chrX:9438548-9438727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0268	0.033	0.0283	0.0182	0.018	0.0408	0.0454	0.0326	0.018	0.0537	0.0286	0.0537	0.0163	0.0283	0.0187	0.0283	0.0167
chrX	9444795	9445063	chrX:9444796-9445063	FBgn0052700	CG32700	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0954	0.0748	0.093	0.1212	0.0509	0.0981	0.0796	0.0979	0.0509	0.0719	0.1148	0.0719	0.1294	0.1179	0.1206	0.1179	0.1553
chrX	9447348	9447544	chrX:9447349-9447544	FBgn0028327	l(1)G0320	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1083	0.0855	0.1392	0.0997	0.0562	0.1238	0.083	0.1086	0.0562	0.1516	0.1527	0.1516	0.1425	0.0926	0.1038	0.0926	0.1167
chrX	9447614	9447810	chrX:9447615-9447810	FBgn0028327	l(1)G0320	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.205	0.1722	0.2561	0.1856	0.141	0.2228	0.186	0.2119	0.141	0.32	0.2826	0.32	0.2347	0.2029	0.1902	0.2029	0.2303
chrX	9447925	9448303	chrX:9447926-9448303	FBgn0028327,FBgn0030136	RpS28b,l(1)G0320	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1699	0.1302	0.2132	0.1668	0.1007	0.1665	0.1393	0.1632	0.1007	0.2476	0.2444	0.2476	0.2045	0.1784	0.1754	0.1784	0.2001
chrX	9448555	9448737	chrX:9448556-9448737	FBgn0030136	RpS28b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1492	0.1272	0.1912	0.1277	0.0923	0.1573	0.1453	0.1572	0.0923	0.2264	0.208	0.2264	0.1921	0.1424	0.1257	0.1424	0.1506
chrX	9448838	9448989	chrX:9448839-9448989	FBgn0030136	RpS28b	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0686	0.0637	0.0891	0.0515	0.0456	0.0762	0.0705	0.0826	0.0456	0.1165	0.0968	0.1165	0.086	0.0544	0.0548	0.0544	0.0558
chrX	9450287	9450485	chrX:9450288-9450485	FBgn0030137	CG15317	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0652	0.0607	0.0854	0.048	0.0255	0.0796	0.0709	0.0786	0.0255	0.0864	0.0997	0.0864	0.0875	0.0521	0.0458	0.0521	0.0787
chrX	9450489	9450663	chrX:9450490-9450663	FBgn0030137	CG15317	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0765	0.0778	0.0963	0.0535	0.035	0.099	0.0874	0.1106	0.035	0.0996	0.1116	0.0996	0.0868	0.0697	0.0567	0.0697	0.073
chrX	9467475	9467626	chrX:9467476-9467626	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0168	0.014	0.0171	0.0196	0.0106	0.0126	0.0195	0.0187	0.0106	0.0187	0.0219	0.0187	0.0194	0.0222	0.0213	0.0222	0.0302
chrX	9472858	9473009	chrX:9472859-9473009	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0715	0.0634	0.0859	0.0648	0.0276	0.0908	0.0471	0.1119	0.0276	0.1135	0.099	0.1135	0.0906	0.1034	0.0696	0.1034	0.0865
chrX	9473013	9473325	chrX:9473014-9473325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.15	0.1073	0.1966	0.1466	0.0456	0.1718	0.0722	0.1712	0.0456	0.285	0.2151	0.285	0.1936	0.2106	0.1554	0.2106	0.2027
chrX	9473333	9473544	chrX:9473334-9473544	FBgn0052699	CG32699	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1008	0.0587	0.1388	0.106	0.0148	0.1063	0.0411	0.0813	0.0148	0.212	0.1473	0.212	0.134	0.1554	0.1309	0.1554	0.124
chrX	9473632	9473787	chrX:9473633-9473787	FBgn0052699	CG32699	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0555	0.0336	0.0694	0.0648	0.017	0.0515	0.0316	0.0446	0.017	0.0864	0.0781	0.0864	0.0775	0.0758	0.0722	0.0758	0.0766
chrX	9473944	9474129	chrX:9473945-9474129	FBgn0052699	CG32699	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1368	0.1099	0.1622	0.139	0.0689	0.135	0.1103	0.1639	0.0689	0.2059	0.173	0.2059	0.1704	0.1485	0.1657	0.1485	0.1584
chrX	9474281	9474432	chrX:9474282-9474432	FBgn0052699	CG32699	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.044	0.0325	0.0439	0.0568	0.0191	0.0379	0.0389	0.048	0.0191	0.0435	0.0569	0.0435	0.0473	0.0352	0.1115	0.0352	0.0568
chrX	9474452	9474603	chrX:9474453-9474603	FBgn0052699	CG32699	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0412	0.026	0.0451	0.0538	0.0117	0.0359	0.029	0.034	0.0117	0.0374	0.0617	0.0374	0.055	0.0322	0.1141	0.0322	0.0511
chrX	9476010	9476222	chrX:9476011-9476222	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0648	0.0214	0.0613	0.1171	0.0095	0.032	0.0234	0.0233	0.0095	0.0574	0.0801	0.0574	0.0744	0.1386	0.1747	0.1386	0.0928
chrX	9477717	9477868	chrX:9477718-9477868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0469	0.0126	0.0373	0.0957	0.0021	0.0218	0.0138	0.012	0.0021	0.0211	0.0424	0.0211	0.0782	0.1577	0.1122	0.1577	0.1141
chrX	9478058	9478217	chrX:9478059-9478217	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0628	0.0193	0.0561	0.1188	0.0053	0.0354	0.0195	0.0173	0.0053	0.0495	0.0627	0.0495	0.1069	0.1631	0.1663	0.1631	0.1527
chrX	9478467	9478827	chrX:9478468-9478827	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1027	0.0197	0.0907	0.2085	0.0042	0.0403	0.0203	0.0113	0.0042	0.0857	0.0871	0.0857	0.1828	0.2894	0.2714	0.2894	0.2783
chrX	9479197	9479356	chrX:9479198-9479356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0558	0.0107	0.0485	0.1141	0.0011	0.0223	0.0117	0.0067	0.0011	0.0531	0.0399	0.0531	0.1092	0.1432	0.1386	0.1432	0.172
chrX	9479695	9479931	chrX:9479696-9479931	FBgn0001186	Hex-A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1069	0.0322	0.1242	0.1713	0.0117	0.065	0.0264	0.0313	0.0117	0.1914	0.1084	0.1914	0.2068	0.2312	0.2057	0.2312	0.235
chrX	9480192	9480378	chrX:9480193-9480378	FBgn0001186	Hex-A	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0397	0.015	0.0445	0.0621	0.0042	0.0218	0.0186	0.0173	0.0042	0.0761	0.0386	0.0761	0.0612	0.1378	0.0606	0.1378	0.0646
chrX	9482582	9482733	chrX:9482583-9482733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0116	0.0145	0.0217	0.0032	0.0102	0.0177	0.0167	0.0032	0.0205	0.0154	0.0205	0.0124	0.0283	0.0213	0.0283	0.0167
chrX	9485267	9485418	chrX:9485268-9485418	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0094	0.0052	0.0071	0.0167	0.0011	0.0034	0.0104	0.0053	0.0011	0.0036	0.0064	0.0036	0.0186	0.0161	0.0142	0.0161	0.0313
chrX	9493437	9493741	chrX:9493438-9493741	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0394	0.0726	0.1026	0.0255	0.0471	0.0549	0.04	0.0255	0.0616	0.0878	0.0616	0.103	0.1003	0.109	0.1003	0.124
chrX	9493966	9494158	chrX:9493967-9494158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1255	0.0854	0.1591	0.1334	0.0562	0.1117	0.0809	0.1292	0.0562	0.1214	0.2357	0.1214	0.1425	0.1317	0.2005	0.1317	0.1183
chrX	9494342	9494789	chrX:9494343-9494789	FBgn0030141	Gga	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1636	0.1252	0.2024	0.1638	0.0848	0.1573	0.1371	0.1639	0.0848	0.2482	0.2415	0.2482	0.2022	0.1792	0.205	0.1792	0.1652
chrX	9494902	9495094	chrX:9494903-9495094	FBgn0030141	Gga	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1331	0.0988	0.1605	0.1413	0.0668	0.1238	0.1103	0.1272	0.0668	0.2011	0.1788	0.2011	0.1518	0.1547	0.1476	0.1547	0.1605
chrX	9495245	9495396	chrX:9495246-9495396	FBgn0030141	Gga	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0335	0.0202	0.0369	0.0447	0.0095	0.0252	0.0264	0.024	0.0095	0.035	0.0383	0.035	0.0534	0.0436	0.0445	0.0436	0.0495
chrX	9495446	9495597	chrX:9495447-9495597	FBgn0030141	Gga	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0293	0.0167	0.0272	0.0458	0.0085	0.0189	0.0242	0.0193	0.0085	0.0278	0.026	0.0278	0.0387	0.0413	0.0348	0.0413	0.0495
chrX	9499920	9500096	chrX:9499921-9500096	FBgn0264691	Lst8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0821	0.0687	0.1047	0.0723	0.0265	0.0879	0.083	0.0913	0.0265	0.122	0.1203	0.122	0.11	0.0842	0.0683	0.0842	0.0943
chrX	9502369	9502539	chrX:9502370-9502539	FBgn0027084,FBgn0261931	Aats-lys,CG42797	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0444	0.0309	0.0581	0.0444	0.0106	0.0471	0.0359	0.0313	0.0106	0.0797	0.0585	0.0797	0.0558	0.0536	0.0374	0.0536	0.0532
chrX	9502586	9502785	chrX:9502587-9502785	FBgn0027084,FBgn0261931	Aats-lys,CG42797	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0696	0.0479	0.0888	0.0728	0.0212	0.0699	0.051	0.0586	0.0212	0.1014	0.091	0.1014	0.0999	0.0926	0.069	0.0926	0.0902
chrX	9502855	9503071	chrX:9502856-9503071	FBgn0027084,FBgn0261931	Aats-lys,CG42797	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1284	0.0975	0.1586	0.1298	0.0498	0.1383	0.1103	0.1159	0.0498	0.183	0.1675	0.183	0.1813	0.1309	0.1328	0.1309	0.1506
chrX	9503120	9503350	chrX:9503121-9503350	FBgn0027084,FBgn0261931	Aats-lys,CG42797	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0695	0.0494	0.0895	0.07	0.018	0.0704	0.0601	0.0546	0.018	0.0936	0.0923	0.0936	0.11	0.059	0.0606	0.059	0.0881
chrX	9509220	9509496	chrX:9509221-9509496	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0379	0.0158	0.0495	0.0499	0	0.0238	0.0203	0.0187	0	0.0912	0.0344	0.0912	0.0697	0.0513	0.0387	0.0513	0.0995
chrX	9509794	9509971	chrX:9509795-9509971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0346	0.0157	0.0437	0.0457	0.0053	0.0238	0.0186	0.0187	0.0053	0.0682	0.035	0.0682	0.0736	0.0368	0.0309	0.0368	0.1089
chrX	9510243	9510442	chrX:9510244-9510442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0274	0.0172	0.0286	0.0375	0.0074	0.015	0.029	0.0207	0.0074	0.035	0.0206	0.035	0.0658	0.0291	0.0206	0.0291	0.0886
chrX	9511793	9511944	chrX:9511794-9511944	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0088	0.0064	0.0113	0.0089	0.0021	0.0121	0.0078	0.004	0.0021	0.0072	0.0071	0.0072	0.0395	0.0046	0.0045	0.0046	0.0208
chrX	9521233	9521384	chrX:9521234-9521384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0233	0.0194	0.0255	0.0251	0.0117	0.0209	0.026	0.0247	0.0117	0.029	0.028	0.029	0.0271	0.0452	0.0232	0.0452	0.0261
chrX	9526318	9526469	chrX:9526319-9526469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0095	0.0127	0.0116	0.0042	0.0107	0.0138	0.0107	0.0042	0.0103	0.0138	0.0103	0.017	0.0023	0.0116	0.0023	0.0104
chrX	9528382	9528546	chrX:9528383-9528546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0233	0.0209	0.0223	0.0272	0.0074	0.0272	0.0251	0.0293	0.0074	0.0211	0.0212	0.0211	0.0201	0.0283	0.0168	0.0283	0.0386
chrX	9532446	9532599	chrX:9532447-9532599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0107	0.0176	0.0189	0.0053	0.0126	0.0138	0.0147	0.0053	0.0115	0.0125	0.0115	0.0108	0.0054	0.0077	0.0054	0.012
chrX	9532709	9532863	chrX:9532710-9532863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0123	0.0266	0.0356	0.0053	0.015	0.0121	0.018	0.0053	0.0205	0.0132	0.0205	0.0209	0.0107	0.0155	0.0107	0.0224
chrX	9533035	9533399	chrX:9533036-9533399	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0775	0.0538	0.0857	0.0948	0.0276	0.0641	0.0593	0.0846	0.0276	0.0743	0.0617	0.0743	0.0442	0.0467	0.0496	0.0467	0.0568
chrX	9534628	9534821	chrX:9534629-9534821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0121	0.0169	0.0457	0.0064	0.015	0.0138	0.016	0.0064	0.0115	0.0158	0.0115	0.0341	0.0383	0.0522	0.0383	0.0797
chrX	9534919	9535154	chrX:9534920-9535154	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0404	0.0254	0.0315	0.0668	0.0117	0.0335	0.0311	0.032	0.0117	0.0296	0.0325	0.0296	0.0527	0.0567	0.0658	0.0567	0.1199
chrX	9540009	9540160	chrX:9540010-9540160	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0347	0.0198	0.0393	0.0461	0.0042	0.0345	0.0212	0.022	0.0042	0.0459	0.0379	0.0459	0.072	0.0513	0.0316	0.0513	0.0974
chrX	9540235	9540434	chrX:9540236-9540434	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0476	0.025	0.0569	0.0625	0.0053	0.0442	0.0285	0.0207	0.0053	0.0646	0.0498	0.0646	0.1162	0.0827	0.0413	0.0827	0.1277
chrX	9544035	9544267	chrX:9544036-9544267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0444	0.0373	0.0602	0.035	0.0223	0.0529	0.0415	0.0433	0.0223	0.1268	0.0624	0.1268	0.0356	0.0658	0.0651	0.0658	0.0214
chrX	9544401	9544642	chrX:9544402-9544642	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.07	0.067	0.0959	0.0447	0.0498	0.082	0.0679	0.0986	0.0498	0.1516	0.127	0.1516	0.0411	0.0444	0.0812	0.0444	0.0448
chrX	9544730	9544937	chrX:9544731-9544937	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.082	0.1589	0.0915	0.0445	0.1126	0.0792	0.1139	0.0445	0.247	0.1971	0.247	0.0899	0.1018	0.1373	0.1018	0.1157
chrX	9545052	9545255	chrX:9545053-9545255	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1106	0.0677	0.1621	0.1021	0.0212	0.1	0.067	0.0906	0.0212	0.2699	0.191	0.2699	0.1046	0.1179	0.1483	0.1179	0.1433
chrX	9545372	9545545	chrX:9545373-9545545	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0406	0.0247	0.0638	0.0329	0.0106	0.0369	0.0298	0.024	0.0106	0.1153	0.0711	0.1153	0.0488	0.0368	0.0484	0.0368	0.049
chrX	9549883	9550034	chrX:9549884-9550034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0101	0.0159	0.0202	0.0021	0.0136	0.013	0.01	0.0021	0.0139	0.0183	0.0139	0.0271	0.0115	0.0116	0.0115	0.0485
chrX	9552029	9552226	chrX:9552030-9552226	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0843	0.0742	0.1118	0.0656	0.0414	0.0913	0.0856	0.0973	0.0414	0.122	0.1251	0.122	0.1402	0.0658	0.0587	0.0658	0.1115
chrX	9552330	9552529	chrX:9552331-9552529	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1739	0.1462	0.2258	0.1479	0.0965	0.2024	0.1462	0.1932	0.0965	0.2669	0.2531	0.2669	0.2432	0.1662	0.1541	0.1662	0.2084
chrX	9552576	9552764	chrX:9552577-9552764	FBgn0028341	l(1)G0232	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1209	0.1064	0.1482	0.1069	0.0636	0.1262	0.1172	0.1566	0.0636	0.1715	0.1704	0.1715	0.1425	0.1095	0.1257	0.1095	0.1225
chrX	9552857	9553087	chrX:9552858-9553087	FBgn0028341	l(1)G0232	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.19	0.1663	0.2299	0.1725	0.1241	0.2019	0.186	0.2205	0.1241	0.2832	0.2482	0.2832	0.2192	0.1876	0.1818	0.1876	0.209
chrX	9558785	9558950	chrX:9558786-9558950	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.026	0.0305	0.0261	0.0207	0.0212	0.0374	0.0363	0.0366	0.0212	0.0284	0.0347	0.0284	0.0263	0.0406	0.0168	0.0406	0.0261
chrX	9560523	9560774	chrX:9560524-9560774	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0819	0.1009	0.0864	0.0556	0.0785	0.1126	0.1237	0.1206	0.0785	0.0797	0.101	0.0797	0.1177	0.026	0.0593	0.026	0.1079
chrX	9560838	9560989	chrX:9560839-9560989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0334	0.0528	0.0293	0.016	0.0498	0.0534	0.0709	0.06	0.0498	0.026	0.0325	0.026	0.0403	0.0107	0.0116	0.0107	0.0318
chrX	9561646	9561857	chrX:9561647-9561857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0458	0.0629	0.0518	0.0201	0.0509	0.066	0.08	0.0819	0.0509	0.0586	0.0592	0.0586	0.0442	0.0145	0.0187	0.0145	0.0292
chrX	9562053	9562296	chrX:9562054-9562296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0383	0.054	0.0418	0.0171	0.0371	0.0485	0.0709	0.0793	0.0371	0.0471	0.0457	0.0471	0.0395	0.0153	0.0148	0.0153	0.0214
chrX	9562411	9562562	chrX:9562412-9562562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0366	0.0272	0.0125	0.0286	0.0325	0.0515	0.05	0.0286	0.0278	0.0299	0.0278	0.0287	0.013	0.0148	0.013	0.0151
chrX	9566349	9566500	chrX:9566350-9566500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0341	0.0353	0.0249	0.0233	0.0364	0.0411	0.0513	0.0233	0.0417	0.0415	0.0417	0.0271	0.023	0.0258	0.023	0.036
chrX	9568792	9568973	chrX:9568793-9568973	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.065	0.0865	0.0699	0.0355	0.07	0.0801	0.1181	0.1119	0.07	0.0495	0.1048	0.0495	0.0651	0.0467	0.0548	0.0467	0.0365
chrX	9569026	9569298	chrX:9569027-9569298	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0975	0.121	0.1038	0.0643	0.0997	0.1078	0.1557	0.1759	0.0997	0.0682	0.1653	0.0682	0.0945	0.0965	0.0993	0.0965	0.0584
chrX	9578368	9578546	chrX:9578369-9578546	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1738	0.1634	0.2039	0.1523	0.1177	0.2	0.1739	0.2278	0.1177	0.2415	0.2222	0.2415	0.2006	0.1753	0.147	0.1753	0.1772
chrX	9578951	9579194	chrX:9578952-9579194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.224	0.1724	0.2783	0.2223	0.1336	0.2199	0.1916	0.2065	0.1336	0.3533	0.2907	0.3533	0.2835	0.2427	0.2237	0.2427	0.2559
chrX	9579715	9579953	chrX:9579716-9579953	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2806	0.2656	0.3277	0.2456	0.228	0.3301	0.2816	0.3351	0.228	0.3998	0.3408	0.3998	0.3044	0.2619	0.2515	0.2619	0.2777
chrX	9580311	9580504	chrX:9580312-9580504	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2236	0.2094	0.2624	0.1969	0.1803	0.2597	0.2245	0.2618	0.1803	0.3267	0.2875	0.3267	0.2239	0.2121	0.2031	0.2121	0.2256
chrX	9580710	9580883	chrX:9580711-9580883	FBgn0261617	nej	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2279	0.2021	0.2699	0.2106	0.141	0.268	0.2223	0.2412	0.141	0.3527	0.2881	0.3527	0.2223	0.2236	0.2237	0.2236	0.2267
chrX	9581059	9581224	chrX:9581060-9581224	FBgn0261617	nej	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1629	0.1469	0.1944	0.1461	0.1071	0.1942	0.1527	0.1899	0.1071	0.2307	0.2125	0.2307	0.1859	0.1501	0.1515	0.1501	0.1683
chrX	9581874	9582047	chrX:9581875-9582047	FBgn0261522	CG42657	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1231	0.0998	0.1544	0.1146	0.0498	0.1223	0.1142	0.1359	0.0498	0.1842	0.1672	0.1842	0.1433	0.1355	0.1173	0.1355	0.1292
chrX	9583053	9583204	chrX:9583054-9583204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0366	0.0609	0.0378	0.0081	0.0159	0.0845	0.0359	0.1372	0.0159	0.0495	0.0466	0.0495	0.0124	0.01	0.0103	0.01	0.0078
chrX	9584564	9584715	chrX:9584565-9584715	distal	distal	none	none	btd_Ss-Ns	btd_Ss-Ns	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0217	0.0507	0.0085	0.0038	0.0435	0.0146	0.1142	0.0406	0.0435	0.0145	0.0064	0.0145	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chrX	9586770	9586953	chrX:9586771-9586953	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1177	0.1098	0.1454	0.0961	0.0764	0.1316	0.1332	0.1332	0.0764	0.1806	0.1646	0.1806	0.1286	0.1026	0.107	0.1026	0.111
chrX	9587920	9588145	chrX:9587921-9588145	FBgn0000233	btd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2733	0.261	0.3268	0.2285	0.2078	0.3063	0.308	0.3185	0.2078	0.3829	0.3543	0.3829	0.3005	0.2665	0.2276	0.2665	0.2512
chrX	9592234	9592385	chrX:9592235-9592385	distal	distal	none	none	VT59417.1	VT59417.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0166	0.015	0.0185	0.0163	0.0117	0.0194	0.0182	0.0173	0.0117	0.0205	0.0206	0.0205	0.0108	0.0421	0.0155	0.0421	0.0099
chrX	9594096	9594332	chrX:9594097-9594332	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0329	0.0411	0.0492	0.0057	0.0021	0.0801	0.0264	0.0633	0.0021	0.1347	0.0415	0.1347	0.007	0.0084	0.0039	0.0084	0.0026
chrX	9594468	9594654	chrX:9594469-9594654	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0239	0.0318	0.0341	0.0039	0.0064	0.0524	0.0225	0.054	0.0064	0.0574	0.0441	0.0574	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chrX	9595217	9595432	chrX:9595218-9595432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0315	0.0343	0.0481	0.0103	0.0064	0.0626	0.0294	0.0406	0.0064	0.1002	0.0466	0.1002	0.0101	0.0077	0.0064	0.0077	0.0042
chrX	9599117	9599316	chrX:9599118-9599316	distal	distal	none	none	VT59421.1	VT59421.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0247	0.0265	0.0325	0.0141	0.0053	0.0403	0.0298	0.034	0.0053	0.0423	0.0463	0.0423	0.0147	0.0207	0.0251	0.0207	0.0068
chrX	9600786	9600937	chrX:9600787-9600937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0098	0.0094	0.0149	0.0032	0.0087	0.0147	0.014	0.0032	0.0103	0.0077	0.0103	0.0031	0.0061	0.0039	0.0061	0.0047
chrX	9601831	9602001	chrX:9601832-9602001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.0137	0.0206	0.0203	0.0042	0.0146	0.0225	0.016	0.0042	0.0229	0.0235	0.0229	0.0147	0.0268	0.0297	0.0268	0.0193
chrX	9602095	9602350	chrX:9602096-9602350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.0105	0.0157	0.0301	0	0.0155	0.0143	0.0113	0	0.0157	0.0199	0.0157	0.0101	0.0536	0.0419	0.0536	0.0266
chrX	9603771	9603922	chrX:9603772-9603922	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0086	0.01	0.0138	0.0032	0.0117	0.0143	0.0047	0.0032	0.0097	0.0087	0.0097	0.0046	0.0015	0.0026	0.0015	0.0063
chrX	9604424	9604575	chrX:9604425-9604575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0095	0.0104	0.0142	0.0042	0.0078	0.0156	0.012	0.0042	0.0103	0.0103	0.0103	0.0046	0.0031	0.0084	0.0031	0.0063
chrX	9609408	9609559	chrX:9609409-9609559	distal	distal	none	none	VT59426.1,VT59427.1	VT59426.1,VT59427.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0163	0.012	0.0284	0.0078	0.0032	0.0155	0.0099	0.024	0.0032	0.0127	0.0588	0.0127	0.0054	0.0023	0.0264	0.0023	0.0031
chrX	9610842	9610993	chrX:9610843-9610993	distal	distal	none	none	VT59427.1,VT59428.1	VT59427.1,VT59428.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0165	0.0273	0.0178	0.0032	0.0106	0.0248	0.019	0.07	0.0106	0.0205	0.0232	0.0205	0.0039	0.0031	0.0013	0.0031	0.0016
chrX	9614259	9614432	chrX:9614260-9614432	distal	distal	none	none	VT59429.1	VT59429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.009	0.0114	0.0213	0.0053	0.0097	0.0143	0.008	0.0053	0.0054	0.0074	0.0054	0.0054	0.0115	0.0052	0.0115	0.0083
chrX	9616151	9616302	chrX:9616152-9616302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0305	0.0362	0.007	0.0127	0.0286	0.0407	0.0473	0.0127	0.0465	0.0441	0.0465	0.0178	0.0077	0.0084	0.0077	0.0052
chrX	9618080	9618231	chrX:9618081-9618231	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0044	0.009	0.0078	0.0032	0.0039	0.0065	0.006	0.0032	0.0133	0.0096	0.0133	0.0039	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chrX	9621472	9621623	chrX:9621473-9621623	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0171	0.0116	0.0193	0.0207	0.0053	0.0121	0.0151	0.0173	0.0053	0.0211	0.017	0.0211	0.024	0.0084	0.011	0.0084	0.0182
chrX	9623127	9623572	chrX:9623128-9623572	FBgn0020378	Sp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2141	0.1424	0.2907	0.21	0.071	0.2029	0.1293	0.2125	0.071	0.3502	0.3389	0.3502	0.1944	0.2458	0.2392	0.2458	0.1631
chrX	9624177	9624495	chrX:9624178-9624495	FBgn0020378	Sp1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.036	0.0562	0.0374	0.012	0.0159	0.0573	0.0562	0.1159	0.0159	0.0489	0.0479	0.0489	0.0178	0.0069	0.0206	0.0069	0.0078
chrX	9624767	9624918	chrX:9624768-9624918	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0223	0.0312	0.0242	0.0103	0.0159	0.0354	0.0337	0.052	0.0159	0.0254	0.0325	0.0254	0.0101	0.01	0.009	0.01	0.0104
chrX	9625214	9625365	chrX:9625215-9625365	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0269	0.0344	0.032	0.0128	0.017	0.0524	0.029	0.0506	0.017	0.029	0.0367	0.029	0.0201	0.0153	0.011	0.0153	0.013
chrX	9625527	9625892	chrX:9625528-9625892	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0671	0.091	0.0871	0.0185	0.0562	0.0893	0.0874	0.1752	0.0562	0.0803	0.1161	0.0803	0.031	0.0138	0.029	0.0138	0.0109
chrX	9627300	9627451	chrX:9627301-9627451	distal	distal	none	none	VT59436.1	VT59436.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0113	0.0212	0.0143	0.0032	0.0141	0.0125	0.018	0.0032	0.0193	0.0318	0.0193	0.0124	0.0069	0.0432	0.0069	0.0073
chrX	9629033	9629245	chrX:9629034-9629245	distal	distal	none	none	VT59436.1,VT59437.1	VT59436.1,VT59437.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0244	0.0275	0.0307	0.0139	0.0138	0.0286	0.026	0.0546	0.0138	0.035	0.0412	0.035	0.0132	0.0115	0.0264	0.0115	0.0109
chrX	9630701	9630852	chrX:9630702-9630852	distal	distal	stage5	stage5	VT59437.1,VT59438.1	VT59437.1,VT59438.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0243	0.0358	0.0291	0.0064	0.017	0.0393	0.0333	0.0693	0.017	0.0417	0.0325	0.0417	0.0108	0.0038	0.0084	0.0038	0.0057
chrX	9630979	9631236	chrX:9630980-9631236	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT59437.1,VT59438.1	VT59437.1,VT59438.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0557	0.0774	0.0701	0.0156	0.0477	0.1	0.0584	0.1426	0.0477	0.0809	0.0981	0.0809	0.0302	0.0176	0.0193	0.0176	0.0099
chrX	9631294	9631445	chrX:9631295-9631445	distal	distal	stage5	stage5	VT59438.1	VT59438.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0359	0.0332	0.0102	0.0212	0.051	0.0316	0.0546	0.0212	0.0465	0.0399	0.0465	0.0256	0.0115	0.0103	0.0115	0.0089
chrX	9631857	9632008	chrX:9631858-9632008	distal	distal	none	none	VT59438.1	VT59438.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0158	0.015	0.0208	0.0111	0.0032	0.016	0.0173	0.024	0.0032	0.0405	0.0167	0.0405	0.0132	0.0176	0.0103	0.0176	0.0135
chrX	9634469	9634636	chrX:9634470-9634636	distal	distal	none	none	VT59439.1,VT59440.1	VT59439.1,VT59440.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.0239	0.0454	0.0187	0.0095	0.0354	0.0234	0.036	0.0095	0.035	0.0743	0.035	0.0201	0.0176	0.0355	0.0176	0.0109
chrX	9634643	9634794	chrX:9634644-9634794	distal	distal	none	none	VT59439.1,VT59440.1	VT59439.1,VT59440.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0222	0.0169	0.035	0.0139	0.0074	0.0199	0.0216	0.022	0.0074	0.0272	0.0534	0.0272	0.0155	0.0061	0.0232	0.0061	0.0125
chrX	9635996	9636147	chrX:9635997-9636147	distal	distal	none	none	VT59440.1	VT59440.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0153	0.0227	0.0117	0.0085	0.0199	0.0143	0.026	0.0085	0.0284	0.027	0.0284	0.0085	0.0054	0.0284	0.0054	0.0052
chrX	9638093	9638304	chrX:9638094-9638304	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0543	0.0922	0.0581	0.0077	0.0551	0.1068	0.0874	0.1619	0.0551	0.0658	0.0553	0.0658	0.0132	0.0015	0.0103	0.0015	0.0036
chrX	9638392	9638605	chrX:9638393-9638605	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0505	0.0664	0.0665	0.0152	0.0244	0.0786	0.0619	0.1266	0.0244	0.0664	0.0585	0.0664	0.0108	0.0123	0.0213	0.0123	0.0089
chrX	9638967	9639175	chrX:9638968-9639175	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0269	0.0216	0.039	0.0198	0.0106	0.0248	0.0208	0.0406	0.0106	0.0254	0.0633	0.0254	0.0147	0.0107	0.0548	0.0107	0.012
chrX	9640506	9640699	chrX:9640507-9640699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0115	0.0212	0.018	0.0085	0.0112	0.0143	0.0167	0.0085	0.0151	0.019	0.0151	0.0139	0.0023	0.0032	0.0023	0.0063
chrX	9641010	9641161	chrX:9641011-9641161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0085	0.0119	0.0107	0.0053	0.0121	0.0099	0.0093	0.0053	0.0109	0.0122	0.0109	0.0054	0.0054	0.0071	0.0054	0.0057
chrX	9643541	9643692	chrX:9643542-9643692	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Sp1_10271,VT59445.1	Sp1_10271,VT59445.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.041	0.0408	0.057	0.0237	0.0117	0.0539	0.0307	0.0833	0.0117	0.0417	0.0961	0.0417	0.0294	0.0306	0.0542	0.0306	0.0115
chrX	9643802	9644107	chrX:9643803-9644107	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Sp1_10271,VT59445.1	Sp1_10271,VT59445.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0908	0.0809	0.1335	0.0549	0.0244	0.0888	0.0627	0.1825	0.0244	0.0743	0.2341	0.0743	0.0844	0.0796	0.118	0.0796	0.0307
chrX	9650715	9650928	chrX:9650716-9650928	distal	distal	none	none	VT59447.1	VT59447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0237	0.0127	0.0316	0.0273	0.0021	0.0267	0.0078	0.0153	0.0021	0.029	0.0228	0.029	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0083
chrX	9651330	9651621	chrX:9651331-9651621	distal	distal	stage5	stage5	VT59447.1,VT59448.1	VT59447.1,VT59448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0338	0.0518	0.0369	0.0102	0.0085	0.1049	0.0216	0.0813	0.0085	0.1008	0.0222	0.1008	0.0093	0.0077	0.0058	0.0077	0.0026
chrX	9651871	9652022	chrX:9651872-9652022	distal	distal	none	none	VT59448.1	VT59448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0147	0.0105	0.0249	0.0084	0.0021	0.0184	0.0108	0.01	0.0021	0.0725	0.0154	0.0725	0.007	0.0222	0.009	0.0222	0.0047
chrX	9652406	9652557	chrX:9652407-9652557	distal	distal	none	none	VT59448.1	VT59448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0184	0.0151	0.0279	0.0116	0.0011	0.0243	0.0121	0.0233	0.0011	0.0592	0.0264	0.0592	0.0108	0.0199	0.0103	0.0199	0.0089
chrX	9652627	9652853	chrX:9652628-9652853	distal	distal	none	none	VT59448.1	VT59448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0311	0.0461	0.0352	0.0099	0.0095	0.0699	0.0225	0.0966	0.0095	0.0592	0.0379	0.0592	0.0093	0.013	0.0097	0.013	0.0036
chrX	9654230	9654381	chrX:9654231-9654381	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0144	0.0214	0.0173	0.0033	0	0.0252	0.0177	0.0486	0	0.0217	0.0228	0.0217	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0016
chrX	9657610	9658020	chrX:9657611-9658020	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT59451.1	VT59451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0522	0.0793	0.0636	0.0096	0.0636	0.0835	0.058	0.1679	0.0636	0.0465	0.0627	0.0465	0.0147	0.0031	0.0064	0.0031	0.0073
chrX	9658079	9658292	chrX:9658080-9658292	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT59451.1	VT59451.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0366	0.0462	0.053	0.0077	0.0138	0.0675	0.0212	0.0993	0.0138	0.032	0.0543	0.032	0.0155	0.0061	0.0064	0.0061	0.0068
chrX	9659686	9659866	chrX:9659687-9659866	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.043	0.0232	0.0754	0.0297	0.0074	0.0374	0.0195	0.0333	0.0074	0.0664	0.1068	0.0664	0.0604	0.0145	0.0625	0.0145	0.0198
chrX	9661069	9661220	chrX:9661070-9661220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0186	0.0275	0.0206	0.0065	0.017	0.0306	0.0303	0.042	0.017	0.0362	0.0186	0.0362	0.0054	0.0023	0.0058	0.0023	0.0021
chrX	9661588	9661739	chrX:9661589-9661739	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0152	0.0257	0.016	0.0028	0.0095	0.0316	0.0195	0.054	0.0095	0.0175	0.0154	0.0175	0.0039	0	0.0013	0	5e-04
chrX	9669271	9669422	chrX:9669272-9669422	distal	distal	none	none	VT59457.1	VT59457.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0091	0.0239	0.0046	0.0074	0.0126	0.0108	0.0087	0.0074	0.0115	0.037	0.0115	0.0046	8e-04	0.009	8e-04	0.0026
chrX	9669452	9669603	chrX:9669453-9669603	distal	distal	none	none	VT59457.1	VT59457.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0133	0.0096	0.0245	0.005	0.0042	0.016	0.0112	0.006	0.0042	0.0091	0.0325	0.0091	0.0046	0.0023	0.0097	0.0023	0.001
chrX	9672016	9672167	chrX:9672017-9672167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0174	0.0173	0.0256	0.0084	0.0042	0.0141	0.0234	0.0293	0.0042	0.0175	0.035	0.0175	0.0194	0.0054	0.0161	0.0054	0.0089
chrX	9672267	9672418	chrX:9672268-9672418	FBgn0030151	CG1354	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0312	0.0404	0.016	0.0064	0.0369	0.0471	0.0333	0.0064	0.0368	0.0479	0.0368	0.0418	0.0138	0.0258	0.0138	0.0172
chrX	9672640	9672822	chrX:9672641-9672822	FBgn0030151	CG1354	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.153	0.1194	0.2084	0.1296	0.07	0.1466	0.1362	0.1679	0.07	0.2579	0.2215	0.2579	0.1921	0.1485	0.1373	0.1485	0.1464
chrX	9672907	9673071	chrX:9672908-9673071	FBgn0030151	CG1354	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0765	0.0591	0.0986	0.0716	0.0382	0.0733	0.0636	0.0799	0.0382	0.1322	0.1006	0.1322	0.0984	0.1003	0.0799	0.1003	0.0771
chrX	9673161	9673312	chrX:9673162-9673312	FBgn0030151	CG1354	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0342	0.026	0.0452	0.0313	0.0127	0.0301	0.0342	0.032	0.0127	0.0598	0.0447	0.0598	0.0542	0.0505	0.0329	0.0505	0.0349
chrX	9683885	9684059	chrX:9683886-9684059	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.012	0.0242	0.0069	0.004	0.0032	0.0403	0.0203	0.0373	0.0032	0.0054	0.0055	0.0054	0.0085	0.0038	0.0039	0.0038	0.0031
chrX	9688428	9688579	chrX:9688429-9688579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0097	0.0116	0.0071	0.0103	0.0064	0.0063	0.0247	0.0093	0.0064	0.0072	0.0058	0.0072	0.0023	0	0	0	0.0026
chrX	9763046	9763197	chrX:9763047-9763197	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0192	0.0266	0.0348	0.0117	0.0165	0.0324	0.0207	0.0117	0.026	0.027	0.026	0.0565	0.0352	0.0342	0.0352	0.0724
chrX	9766566	9766717	chrX:9766567-9766717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0094	0.0066	0.0069	0.0153	0.0011	0.0073	0.0108	0.008	0.0011	0.0072	0.0074	0.0072	0.0108	0.0084	0.0116	0.0084	0.036
chrX	9767059	9767210	chrX:9767060-9767210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.013	0.0093	0.0103	0.0202	0.0032	0.0092	0.0177	0.0067	0.0032	0.0048	0.009	0.0048	0.0271	0.0176	0.0084	0.0176	0.0511
chrX	9768058	9768209	chrX:9768059-9768209	FBgn0052695	CG32695	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0105	0.0129	0.0182	0.0053	0.0107	0.0177	0.008	0.0053	0.0151	0.0109	0.0151	0.0256	0.0214	0.0116	0.0214	0.0375
chrX	9770279	9770673	chrX:9770280-9770673	FBgn0030156	CG15247	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0392	0.0153	0.0476	0.0568	0.0095	0.0204	0.0186	0.0173	0.0095	0.1051	0.037	0.1051	0.0473	0.1577	0.0587	0.1577	0.0448
chrX	9775877	9776028	chrX:9775878-9776028	FBgn0030159	CG9689	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.006	0.0135	0.0304	0.0021	0.0063	0.0108	0.0047	0.0021	0.0085	0.0232	0.0085	0.0108	0.0061	0.1154	0.0061	0.0089
chrX	9776998	9777149	chrX:9776999-9777149	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0083	0.0049	0.008	0.0125	0.0032	0.0053	0.0082	0.004	0.0032	0.006	0.0125	0.006	0.007	0.0046	0.0426	0.0046	0.0052
chrX	9778403	9778554	chrX:9778404-9778554	FBgn0030160	CG9691	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0097	0.0031	0.0074	0.0195	0.0032	0.0024	0.0056	0.002	0.0032	0.003	0.0148	0.003	0.0054	0.0023	0.0741	0.0023	0.0078
chrX	9793672	9793823	chrX:9793673-9793823	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0102	0.0062	0.0103	0.0146	0.0042	0.0073	0.0091	0.0053	0.0042	0.0066	0.0145	0.0066	0.0108	0.0046	0.0516	0.0046	0.0031
chrX	9794128	9794279	chrX:9794129-9794279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0134	0.0085	0.015	0.0173	0.0064	0.0039	0.0169	0.0073	0.0064	0.0097	0.0267	0.0097	0.0116	0.0015	0.0638	0.0015	0.0083
chrX	9824326	9824477	chrX:9824327-9824477	FBgn0086044	snoRNA:Me28S-U1688	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.01	0.0067	0.0089	0.0149	0.0021	0.0058	0.0112	0.0087	0.0021	0.0139	0.0068	0.0139	0.0163	0.0038	0.0181	0.0038	0.0344
chrX	9824974	9825155	chrX:9824975-9825155	FBgn0026415	Idgf4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0223	0.0077	0.0201	0.0411	0.0064	0.0058	0.0134	0.008	0.0064	0.0175	0.0244	0.0175	0.0325	0.0115	0.078	0.0115	0.0724
chrX	9826341	9826527	chrX:9826342-9826527	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0157	0.0062	0.0138	0.0283	0.0053	0.0087	0.0082	0.0047	0.0053	0.0139	0.0071	0.0139	0.0364	0.0046	0.0303	0.0046	0.0693
chrX	9826614	9826765	chrX:9826615-9826765	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0042	0.0107	0.0224	0.0032	0.0039	0.0082	0.0013	0.0032	0.0133	0.0077	0.0133	0.0217	0.0046	0.0245	0.0046	0.0537
chrX	9883507	9883658	chrX:9883508-9883658	FBgn0052694	CG32694	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0055	0.0035	0.0033	0.0103	0	0.0053	0.0065	0.0013	0	0.0024	0.0058	0.0024	0.0023	0.0015	0.038	0.0015	0.0036
chrX	9902882	9903033	chrX:9902883-9903033	FBgn0053557	CG33557	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0131	0.0199	0.0123	0.0064	0.0011	0.0495	0.0151	0.0107	0.0011	0.0187	0.0145	0.0187	0.007	0.0069	0.0071	0.0069	0.0063
chrX	9903684	9903835	chrX:9903685-9903835	FBgn0053557	CG33557	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0238	0.0321	0.0191	0.0117	0.032	0.032	0.026	0.0117	0.038	0.0383	0.038	0.0279	0.01	0.0277	0.01	0.0229
chrX	9903918	9904129	chrX:9903919-9904129	FBgn0030170	CG2990	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0658	0.116	0.0742	0.0361	0.0879	0.0696	0.0899	0.0361	0.1407	0.1331	0.1407	0.1061	0.0758	0.0767	0.0758	0.0954
chrX	9904164	9904354	chrX:9904165-9904354	FBgn0030170	CG2990	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1083	0.083	0.1419	0.0996	0.0477	0.1184	0.0804	0.1146	0.0477	0.1775	0.1582	0.1775	0.1216	0.1103	0.1012	0.1103	0.1287
chrX	9904414	9904589	chrX:9904415-9904589	FBgn0030170	CG2990	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.0856	0.131	0.0933	0.0509	0.1155	0.0895	0.1173	0.0509	0.1679	0.1412	0.1679	0.1224	0.1141	0.0961	0.1141	0.1131
chrX	9904652	9904822	chrX:9904653-9904822	FBgn0030170	CG2990	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0353	0.0317	0.0458	0.0279	0.0085	0.0461	0.0337	0.042	0.0085	0.055	0.0486	0.055	0.048	0.0337	0.0258	0.0337	0.0334
chrX	9908534	9908685	chrX:9908535-9908685	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0191	0.0228	0.0135	0.0074	0.0228	0.0238	0.0266	0.0074	0.0157	0.0392	0.0157	0.0116	0.0069	0.0322	0.0069	0.0104
chrX	9909357	9909508	chrX:9909358-9909508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0138	0.0116	0.0174	0.0124	0.0021	0.017	0.0082	0.024	0.0021	0.0103	0.0273	0.0103	0.0155	0.0031	0.0387	0.0031	0.0052
chrX	9910722	9910906	chrX:9910723-9910906	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0146	0.0316	0.0323	0.0085	0.0136	0.0169	0.0266	0.0085	0.0079	0.0656	0.0079	0.0093	0.0038	0.1103	0.0038	0.0073
chrX	9923578	9923729	chrX:9923579-9923729	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.01	0.0079	0.0088	0.0136	0.0032	0.0058	0.0164	0.006	0.0032	0.0048	0.0154	0.0048	0.007	0.0023	0.0471	0.0023	0.0063
chrX	9942005	9942156	chrX:9942006-9942156	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0181	0.0176	0.0137	0.0235	0.0148	0.0092	0.0363	0.0127	0.0148	0.0109	0.0235	0.0109	0.007	0.0069	0.0825	0.0069	0.0109
chrX	9942212	9942378	chrX:9942213-9942378	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0231	0.022	0.0326	0.0201	0.0146	0.0446	0.0173	0.0201	0.0133	0.0389	0.0133	0.0116	0.0145	0.1044	0.0145	0.0115
chrX	9957745	9957896	chrX:9957746-9957896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.008	0.0084	0.0116	0.0042	0.0092	0.0134	0.006	0.0042	0.0066	0.008	0.0066	0.0093	0.0031	0.0052	0.0031	0.0052
chrX	9958593	9958744	chrX:9958594-9958744	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0081	0.0058	0.0078	0.0011	0.0078	0.0138	0.0087	0.0011	0.0024	0.0058	0.0024	0.0039	0.0054	0.0013	0.0054	0.0026
chrX	9958862	9959013	chrX:9958863-9959013	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0039	0.0058	0.0103	0.0011	0.0039	0.0069	0.004	0.0011	0.0036	0.0061	0.0036	0.007	0.0046	0.0019	0.0046	0.0031
chrX	9964537	9964707	chrX:9964538-9964707	FBgn0030174	CG15312	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.0363	0.0312	0.0233	0.0244	0.0374	0.045	0.0513	0.0244	0.0374	0.0344	0.0374	0.0256	0.0054	0.0155	0.0054	0.0224
chrX	9964790	9965049	chrX:9964791-9965049	FBgn0030174	CG15312	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.06	0.0693	0.0553	0.0546	0.0467	0.0704	0.083	0.1073	0.0467	0.0592	0.0595	0.0592	0.0465	0.0276	0.0277	0.0276	0.0584
chrX	9965414	9965565	chrX:9965415-9965565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0158	0.0204	0.0246	0.0074	0.0155	0.0216	0.0213	0.0074	0.0223	0.0232	0.0223	0.017	0.0199	0.0135	0.0199	0.0198
chrX	9965581	9965749	chrX:9965582-9965749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0255	0.0204	0.0258	0.0308	0.0106	0.0204	0.0329	0.0213	0.0106	0.0296	0.0248	0.0296	0.0263	0.0352	0.0174	0.0352	0.0224
chrX	9966479	9966630	chrX:9966480-9966630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0255	0.0346	0.0224	0.0106	0.0301	0.0307	0.038	0.0106	0.035	0.0412	0.035	0.0349	0.0207	0.0187	0.0207	0.0271
chrX	9976038	9976372	chrX:9976039-9976372	FBgn0052685	ZAP3	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.091	0.0708	0.1197	0.082	0.0403	0.0816	0.0869	0.0979	0.0403	0.1443	0.1148	0.1443	0.1077	0.0758	0.0877	0.0758	0.0902
chrX	9976432	9976630	chrX:9976433-9976630	FBgn0052685	ZAP3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.1128	0.1656	0.1214	0.0742	0.1282	0.1337	0.1559	0.0742	0.2005	0.1849	0.2005	0.1611	0.1378	0.1315	0.1378	0.1417
chrX	9976878	9977046	chrX:9976879-9977046	FBgn0030177,FBgn0052685	CG2972,ZAP3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0399	0.081	0.0604	0.0318	0.0519	0.0428	0.0493	0.0318	0.0948	0.0945	0.0948	0.0736	0.0727	0.0625	0.0727	0.0745
chrX	9977098	9977274	chrX:9977099-9977274	FBgn0030177	CG2972	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0755	0.0587	0.0967	0.0709	0.0498	0.0704	0.0705	0.0693	0.0498	0.122	0.109	0.122	0.0806	0.0674	0.0748	0.0674	0.0922
chrX	9980149	9980361	chrX:9980150-9980361	FBgn0030178,FBgn0083940	CG2974,CG34104	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1251	0.1069	0.1541	0.1136	0.0488	0.1422	0.122	0.1386	0.0488	0.1824	0.172	0.1824	0.1534	0.1378	0.1315	0.1378	0.1402
chrX	9980407	9980650	chrX:9980408-9980650	FBgn0030178,FBgn0083940	CG2974,CG34104	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2065	0.1969	0.2552	0.1639	0.1336	0.2383	0.2327	0.2458	0.1336	0.3122	0.2772	0.3122	0.2455	0.1861	0.2037	0.1861	0.2105
chrX	9980759	9980910	chrX:9980760-9980910	FBgn0083940	CG34104	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0676	0.077	0.0774	0.0462	0.0657	0.0718	0.1051	0.0959	0.0657	0.1063	0.0868	0.1063	0.0643	0.0398	0.0587	0.0398	0.0646
chrX	9981682	9981833	chrX:9981683-9981833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0326	0.0588	0.0266	0.0099	0.0509	0.0388	0.1025	0.0653	0.0509	0.0127	0.0395	0.0127	0.0294	0.0046	0.0135	0.0046	0.0156
chrX	9982208	9982417	chrX:9982209-9982417	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1088	0.1797	0.1109	0.0273	0.1739	0.1117	0.2669	0.2505	0.1739	0.0236	0.1756	0.0236	0.1084	0.0115	0.0606	0.0115	0.0172
chrX	9982556	9982711	chrX:9982557-9982711	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0525	0.0946	0.0463	0.0124	0.0891	0.0553	0.1397	0.1366	0.0891	0.0127	0.0669	0.0127	0.055	0.0069	0.0187	0.0069	0.0177
chrX	9983104	9983281	chrX:9983105-9983281	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0431	0.0462	0.04	0.0429	0.0541	0.0408	0.0593	0.0586	0.0541	0.0199	0.0457	0.0199	0.0844	0.026	0.0232	0.026	0.1105
chrX	9983482	9983633	chrX:9983483-9983633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0362	0.0462	0.0335	0.028	0.0445	0.0291	0.0753	0.0566	0.0445	0.0157	0.0367	0.0157	0.079	0.0107	0.0232	0.0107	0.0735
chrX	9983662	9983871	chrX:9983663-9983871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.049	0.0811	0.0372	0.0262	0.088	0.0422	0.144	0.0859	0.088	0.0157	0.0466	0.0157	0.0705	0.013	0.0271	0.013	0.0573
chrX	9987948	9988290	chrX:9987949-9988290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0347	0.0469	0.0362	0.0194	0.0403	0.0335	0.0709	0.0606	0.0403	0.0211	0.0434	0.0211	0.0573	0.0054	0.0148	0.0054	0.0417
chrX	9995875	9996027	chrX:9995876-9996027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0295	0.0175	0.0145	0.0244	0.0228	0.0372	0.0426	0.0244	0.0187	0.0212	0.0187	0.0201	0.0176	0.0155	0.0176	0.0224
chrX	9999319	9999470	chrX:9999320-9999470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0198	0.0181	0.0109	0.0138	0.016	0.0285	0.0247	0.0138	0.0085	0.0312	0.0085	0.0155	0.0038	0.02	0.0038	0.013
chrX	10002442	10002734	chrX:10002443-10002734	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0247	0.0259	0.0208	0.0276	0.0308	0.0146	0.0402	0.034	0.0308	0.0048	0.0383	0.0048	0.0186	0.0084	0.0858	0.0084	0.0156
chrX	10005022	10005173	chrX:10005023-10005173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.0221	0.0272	0.0159	0.018	0.0214	0.0342	0.0213	0.018	0.0085	0.0399	0.0085	0.0496	0.01	0.038	0.01	0.0109
chrX	10007461	10007859	chrX:10007462-10007859	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0616	0.0971	0.061	0.0226	0.0965	0.0568	0.1306	0.1672	0.0965	0.0139	0.1222	0.0139	0.031	0.0077	0.0671	0.0077	0.0172
chrX	10008499	10008662	chrX:10008500-10008662	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0259	0.0313	0.0366	0.0138	0.0243	0.0333	0.042	0.0138	0.0145	0.0611	0.0145	0.0155	0.013	0.118	0.013	0.0234
chrX	10008737	10008930	chrX:10008738-10008930	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0336	0.0451	0.0423	0.0286	0.0291	0.0415	0.0506	0.0286	0.0181	0.0875	0.0181	0.0217	0.0199	0.1199	0.0199	0.0297
chrX	10008978	10009129	chrX:10008979-10009129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.031	0.0304	0.0348	0.0274	0.0212	0.0204	0.0407	0.054	0.0212	0.0145	0.0666	0.0145	0.0209	0.0145	0.0793	0.0145	0.0182
chrX	10009635	10009786	chrX:10009636-10009786	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0432	0.0401	0.0627	0.0252	0.0233	0.0316	0.0489	0.0759	0.0233	0.0157	0.1196	0.0157	0.0496	0.0061	0.0767	0.0061	0.0177
chrX	10009868	10010091	chrX:10009869-10010091	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0757	0.0867	0.1022	0.0344	0.0488	0.0684	0.0995	0.1692	0.0488	0.0344	0.1855	0.0344	0.0891	0.0061	0.0974	0.0061	0.0302
chrX	10010421	10010649	chrX:10010422-10010649	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.08	0.1181	0.0925	0.0235	0.0933	0.0743	0.144	0.2252	0.0933	0.0236	0.1849	0.0236	0.0364	0.0077	0.0613	0.0077	0.0193
chrX	10019228	10019518	chrX:10019229-10019518	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0246	0.0414	0.0221	0.0088	0.0509	0.0272	0.0588	0.056	0.0509	0.0121	0.035	0.0121	0.0178	0.0031	0.0155	0.0031	0.0094
chrX	10023156	10023307	chrX:10023157-10023307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0182	0.0254	0.0179	0.0104	0.018	0.0204	0.032	0.0426	0.018	0.0091	0.0328	0.0091	0.0077	0.0046	0.0155	0.0046	0.0167
chrX	10030623	10030794	chrX:10030624-10030794	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0188	0.0288	0.0181	0.0084	0.0191	0.0194	0.0229	0.074	0.0191	0.006	0.0318	0.006	0.0093	0.0031	0.011	0.0031	0.0078
chrX	10030931	10031132	chrX:10030932-10031132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0196	0.028	0.0214	0.0081	0.0191	0.0204	0.0277	0.0613	0.0191	0.0091	0.0399	0.0091	0.0062	0.0031	0.0116	0.0031	0.0104
chrX	10031232	10031682	chrX:10031233-10031682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0416	0.0355	0.013	0.0339	0.0306	0.0545	0.0673	0.0339	0.0133	0.0685	0.0133	0.0178	0.0054	0.0258	0.0054	0.012
chrX	10052434	10052585	chrX:10052435-10052585	FBgn0264503	CG43902	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0083	0.0061	0.0096	0.0053	0.0058	0.013	0.0113	0.0053	0.0042	0.0071	0.0042	0.0054	0	0.0019	0	0.0031
chrX	10103711	10103916	chrX:10103712-10103916	FBgn0264500	CR43899	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0683	0.0697	0.0819	0.0518	0.0339	0.0859	0.0722	0.1093	0.0339	0.122	0.0926	0.122	0.0627	0.0896	0.0432	0.0896	0.0584
chrX	10105642	10105884	chrX:10105643-10105884	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1767	0.1474	0.2081	0.1749	0.1029	0.1869	0.1479	0.2059	0.1029	0.2494	0.2289	0.2494	0.22	0.1891	0.176	0.1891	0.2038
chrX	10105999	10106221	chrX:10106000-10106221	FBgn0030183	CG15309	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1035	0.0988	0.1119	0.0996	0.0679	0.1194	0.0999	0.1499	0.0679	0.119	0.1254	0.119	0.0968	0.0873	0.1025	0.0873	0.0938
chrX	10106290	10106509	chrX:10106291-10106509	FBgn0028342,FBgn0030183	CG15309,l(1)G0230	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1512	0.1453	0.173	0.134	0.1039	0.1762	0.157	0.2065	0.1039	0.215	0.1836	0.215	0.158	0.1378	0.1418	0.1378	0.149
chrX	10106910	10107086	chrX:10106911-10107086	FBgn0028342	l(1)G0230	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0882	0.0744	0.1056	0.0845	0.0424	0.084	0.0913	0.1059	0.0424	0.125	0.1238	0.125	0.0999	0.1011	0.0832	0.1011	0.098
chrX	10114032	10114209	chrX:10114033-10114209	FBgn0085437	CG34408	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0879	0.0788	0.1027	0.082	0.0445	0.0942	0.093	0.1059	0.0445	0.1238	0.1174	0.1238	0.103	0.0789	0.0986	0.0789	0.1037
chrX	10114271	10114456	chrX:10114272-10114456	FBgn0085437	CG34408	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0537	0.0662	0.0475	0.0233	0.0612	0.0692	0.0773	0.0233	0.0682	0.0791	0.0682	0.0751	0.0475	0.0587	0.0475	0.0532
chrX	10118824	10119004	chrX:10118825-10119004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0482	0.0701	0.0524	0.0212	0.0602	0.0497	0.0779	0.0212	0.0755	0.0788	0.0755	0.0775	0.0505	0.0671	0.0505	0.0792
chrX	10126506	10126657	chrX:10126507-10126657	FBgn0030187	Ipod	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0102	0.0079	0.0102	0.013	0.0032	0.0073	0.0108	0.012	0.0032	0.0133	0.0145	0.0133	0.0054	0.0084	0.0368	0.0084	0.0083
chrX	10126946	10127097	chrX:10126947-10127097	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.01	0.01	0.0185	0.0064	0.0107	0.016	0.0073	0.0064	0.0127	0.0129	0.0127	0.0108	0.0031	0.0587	0.0031	0.0146
chrX	10127369	10127520	chrX:10127370-10127520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0108	0.01	0.0085	0.0143	0.0053	0.0083	0.0173	0.01	0.0053	0.0085	0.0113	0.0085	0.0085	0.0046	0.0419	0.0046	0.0104
chrX	10137705	10137856	chrX:10137706-10137856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.0072	0.0133	0.0266	0.0011	0.0078	0.0121	0.0087	0.0011	0.0127	0.0103	0.0127	0.0256	0.0283	0.0297	0.0283	0.0464
chrX	10139295	10139505	chrX:10139296-10139505	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0153	0.0087	0.0094	0.0292	0.0053	0.0112	0.0121	0.008	0.0053	0.0042	0.0087	0.0042	0.0256	0.0467	0.0361	0.0467	0.025
chrX	10140948	10141099	chrX:10140949-10141099	distal	distal	none	none	VT59695.1	VT59695.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0079	0.0052	0.0057	0.0134	0.0053	0.0039	0.0108	0.002	0.0053	0.0024	0.0077	0.0024	0.0085	0.0038	0.0413	0.0038	0.0073
chrX	10141502	10141719	chrX:10141503-10141719	distal	distal	stage14	stage14	VT59695.1,VT59696.1	VT59695.1,VT59696.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.028	0.0123	0.0286	0.0448	0.0042	0.0155	0.0177	0.0113	0.0042	0.0217	0.0367	0.0217	0.0473	0.0383	0.0825	0.0383	0.0396
chrX	10144634	10144785	chrX:10144635-10144785	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0061	0.0051	0.0042	0.0093	0.0032	0.0029	0.0078	0.0073	0.0032	0.0042	0.0035	0.0042	0.0046	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chrX	10146940	10147103	chrX:10146941-10147103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0168	0.0221	0.0299	0.0085	0.0189	0.0242	0.0213	0.0085	0.0193	0.0199	0.0193	0.0527	0.0299	0.0374	0.0299	0.0485
chrX	10149402	10149553	chrX:10149403-10149553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0132	0.0171	0.0171	0.0046	0.0106	0.0214	0.0234	0.016	0.0106	0.0103	0.0087	0.0103	0.0596	0.0046	0.0019	0.0046	0.0094
chrX	10152755	10152975	chrX:10152756-10152975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0184	0.0125	0.0286	0.0139	0.0053	0.0204	0.0143	0.0107	0.0053	0.0127	0.0167	0.0127	0.1038	0.0046	0.0097	0.0046	0.0318
chrX	10155444	10155595	chrX:10155445-10155595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0105	0.0086	0.0117	0.0053	0.0141	0.0151	0.008	0.0053	0.0054	0.0077	0.0054	0.0139	0.0061	0.0071	0.0061	0.0042
chrX	10157296	10157538	chrX:10157297-10157538	FBgn0263220	Hk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0258	0.0209	0.0311	0.0253	0.0064	0.0451	0.0182	0.0153	0.0064	0.0151	0.0193	0.0151	0.1146	0.0084	0.0258	0.0084	0.062
chrX	10158010	10158245	chrX:10158011-10158245	FBgn0263220	Hk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0328	0.0181	0.041	0.0404	0.0032	0.0383	0.0121	0.0207	0.0032	0.0199	0.0434	0.0199	0.11	0.0161	0.0606	0.0161	0.0797
chrX	10158382	10158533	chrX:10158383-10158533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0196	0.0111	0.0253	0.0228	0.0042	0.0184	0.0099	0.0147	0.0042	0.0103	0.0305	0.0103	0.0604	0.01	0.0426	0.01	0.036
chrX	10158894	10159052	chrX:10158895-10159052	FBgn0040942	CG12643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0235	0.0128	0.0305	0.0277	0.0042	0.0204	0.0138	0.0153	0.0042	0.0169	0.0331	0.0169	0.0689	0.0107	0.0445	0.0107	0.0459
chrX	10159213	10159439	chrX:10159214-10159439	FBgn0040942	CG12643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0674	0.0328	0.0796	0.0929	0.0117	0.0578	0.0229	0.0486	0.0117	0.0411	0.0942	0.0411	0.1627	0.0574	0.1289	0.0574	0.161
chrX	10159689	10159878	chrX:10159690-10159878	FBgn0040942	CG12643	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.0385	0.089	0.1217	0.0127	0.0607	0.0324	0.0566	0.0127	0.0525	0.1068	0.0525	0.1735	0.0896	0.1605	0.0896	0.1965
chrX	10160016	10160169	chrX:10160017-10160169	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0286	0.0131	0.0315	0.0429	0.0032	0.018	0.0156	0.016	0.0032	0.0217	0.0312	0.0217	0.0666	0.0322	0.0387	0.0322	0.0834
chrX	10160336	10160617	chrX:10160337-10160617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0146	0.0274	0.0397	0.0053	0.0175	0.019	0.0173	0.0053	0.0242	0.0293	0.0242	0.0434	0.0368	0.0348	0.0368	0.0714
chrX	10184183	10184334	chrX:10184184-10184334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0074	0.0066	0.0178	0.0032	0.0058	0.0112	0.01	0.0032	0.0066	0.0077	0.0066	0.007	0.0145	0.0193	0.0145	0.0135
chrX	10184766	10184929	chrX:10184767-10184929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0231	0.0176	0.0181	0.0348	0.0127	0.0141	0.0225	0.0286	0.0127	0.0205	0.0177	0.0205	0.031	0.0329	0.0342	0.0329	0.0386
chrX	10202102	10202285	chrX:10202103-10202285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0398	0.0356	0.0496	0.0336	0.0286	0.0301	0.0541	0.044	0.0286	0.0483	0.0659	0.0483	0.0519	0.0245	0.0561	0.0245	0.0453
chrX	10202355	10202506	chrX:10202356-10202506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0193	0.0173	0.0244	0.016	0.0085	0.0189	0.0264	0.018	0.0085	0.0223	0.0302	0.0223	0.0287	0.0123	0.0316	0.0123	0.0208
chrX	10202513	10202664	chrX:10202514-10202664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0174	0.0168	0.0198	0.0155	0.0117	0.0117	0.0238	0.0293	0.0117	0.0163	0.0248	0.0163	0.0225	0.013	0.0335	0.013	0.0162
chrX	10203089	10203322	chrX:10203090-10203322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0739	0.074	0.0824	0.0645	0.0594	0.0757	0.09	0.1039	0.0594	0.0423	0.1235	0.0423	0.1022	0.075	0.1057	0.075	0.0703
chrX	10212788	10212939	chrX:10212789-10212939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0088	0.0084	0.0173	0.0032	0.0049	0.0177	0.0107	0.0032	0.0109	0.0087	0.0109	0.0062	0.0161	0.0123	0.0161	0.0141
chrX	10213269	10213497	chrX:10213270-10213497	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.01	0.0184	0.0501	0.0021	0.0112	0.0182	0.0073	0.0021	0.0175	0.0167	0.0175	0.031	0.0352	0.0432	0.0352	0.0834
chrX	10214299	10214450	chrX:10214300-10214450	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0144	0.0103	0.0142	0.0192	0.0032	0.0078	0.0186	0.012	0.0032	0.0127	0.0145	0.0127	0.0248	0.0168	0.02	0.0168	0.0287
chrX	10216945	10217096	chrX:10216946-10217096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0131	0.0192	0.0217	0.0032	0.0136	0.0199	0.018	0.0032	0.0344	0.0129	0.0344	0.031	0.01	0.0103	0.01	0.0521
chrX	10218497	10218876	chrX:10218498-10218876	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0764	0.0803	0.085	0.0625	0.0445	0.0995	0.0865	0.1213	0.0445	0.0912	0.0939	0.0912	0.0736	0.0689	0.0664	0.0689	0.0521
chrX	10219272	10219490	chrX:10219273-10219490	FBgn0259170	alpha-Man-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0931	0.0938	0.1034	0.0809	0.0657	0.116	0.0956	0.1372	0.0657	0.1184	0.1125	0.1184	0.0798	0.0773	0.0877	0.0773	0.074
chrX	10219598	10219806	chrX:10219599-10219806	FBgn0259170	alpha-Man-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.167	0.1578	0.1981	0.1433	0.1177	0.1835	0.1596	0.2398	0.1177	0.2675	0.2219	0.2675	0.1263	0.1616	0.1412	0.1616	0.1209
chrX	10219918	10220077	chrX:10219919-10220077	FBgn0030189,FBgn0259170	CG2909,alpha-Man-I	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1683	0.1489	0.2005	0.1546	0.0997	0.1762	0.1648	0.2059	0.0997	0.2651	0.2158	0.2651	0.1712	0.1669	0.1702	0.1669	0.1688
chrX	10220165	10220338	chrX:10220166-10220338	FBgn0030189,FBgn0259170	CG2909,alpha-Man-I	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0852	0.0756	0.1051	0.0739	0.0498	0.0888	0.0792	0.1186	0.0498	0.1244	0.1196	0.1244	0.0953	0.0636	0.0787	0.0636	0.0886
chrX	10220369	10220574	chrX:10220370-10220574	FBgn0030189,FBgn0259170	CG2909,alpha-Man-I	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1092	0.1019	0.128	0.0968	0.0753	0.1189	0.112	0.1446	0.0753	0.1576	0.1386	0.1576	0.1371	0.0934	0.1083	0.0934	0.1204
chrX	10223800	10223960	chrX:10223801-10223960	FBgn0011770	Gip	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0311	0.0148	0.0237	0.0575	0.0064	0.0141	0.0199	0.024	0.0064	0.0199	0.0244	0.0199	0.0457	0.0299	0.069	0.0299	0.0985
chrX	10225297	10225574	chrX:10225298-10225574	FBgn0030191	CG15306	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0385	0.0406	0.0344	0.0223	0.0437	0.0454	0.0533	0.0223	0.0399	0.0486	0.0399	0.048	0.036	0.0503	0.036	0.038
chrX	10225892	10226060	chrX:10225893-10226060	FBgn0030191	CG15306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0322	0.0253	0.0231	0.018	0.0364	0.0385	0.0466	0.018	0.0242	0.0331	0.0242	0.0209	0.0245	0.0277	0.0245	0.0229
chrX	10226102	10226301	chrX:10226103-10226301	FBgn0030191	CG15306	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0484	0.0496	0.0416	0.035	0.0529	0.0549	0.072	0.035	0.0525	0.0572	0.0525	0.0589	0.0482	0.0393	0.0482	0.0438
chrX	10227494	10227732	chrX:10227495-10227732	FBgn0263997	CG43740	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0333	0.0382	0.0482	0.0233	0.0311	0.0493	0.038	0.0233	0.0211	0.0505	0.0211	0.0519	0.0666	0.0322	0.0666	0.0261
chrX	10227971	10228122	chrX:10227972-10228122	FBgn0263997	CG43740	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0163	0.0146	0.0138	0.0106	0.018	0.0272	0.0113	0.0106	0.0169	0.0148	0.0169	0.0108	0.0115	0.0039	0.0115	0.0109
chrX	10238459	10238610	chrX:10238460-10238610	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0148	0.0148	0.0236	0.0052	0.0042	0.015	0.0242	0.0173	0.0042	0.0127	0.0453	0.0127	0.0116	0.0046	0.0077	0.0046	5e-04
chrX	10239036	10239239	chrX:10239037-10239239	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0466	0.0485	0.0552	0.035	0.0297	0.0612	0.0571	0.0586	0.0297	0.058	0.0707	0.058	0.055	0.0306	0.0426	0.0306	0.0386
chrX	10242052	10242325	chrX:10242053-10242325	FBgn0065046	snoRNA:U3:9B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1063	0.1376	0.1028	0.0752	0.1124	0.1704	0.1471	0.1779	0.1124	0.1473	0.0839	0.1473	0.172	0.144	0.0348	0.144	0.112
chrX	10250557	10250743	chrX:10250558-10250743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0141	0.0211	0.0224	0.0053	0.018	0.019	0.0133	0.0053	0.0248	0.0238	0.0248	0.0294	0.0245	0.0206	0.0245	0.0354
chrX	10250928	10251153	chrX:10250929-10251153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0403	0.027	0.0419	0.0535	0.0074	0.0316	0.0381	0.0306	0.0074	0.0362	0.0582	0.0362	0.0589	0.0544	0.058	0.0544	0.0855
chrX	10251213	10251364	chrX:10251214-10251364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0185	0.014	0.0227	0.0191	0.0032	0.0175	0.0203	0.0147	0.0032	0.0109	0.0408	0.0109	0.0232	0.0191	0.0277	0.0191	0.0271
chrX	10257430	10257605	chrX:10257431-10257605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0151	0.0207	0.046	0.0085	0.018	0.0229	0.0133	0.0085	0.0109	0.0222	0.0109	0.0511	0.0214	0.0496	0.0214	0.1001
chrX	10259917	10260119	chrX:10259918-10260119	FBgn0028331	l(1)G0289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1489	0.1289	0.181	0.1361	0.0891	0.1801	0.1215	0.1746	0.0891	0.2095	0.2084	0.2095	0.1689	0.144	0.1651	0.144	0.1381
chrX	10260222	10260478	chrX:10260223-10260478	FBgn0028331	l(1)G0289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1682	0.1482	0.1982	0.1578	0.0976	0.1951	0.1626	0.1852	0.0976	0.224	0.2244	0.224	0.1913	0.1539	0.1754	0.1539	0.1777
chrX	10260554	10260739	chrX:10260555-10260739	FBgn0028331	l(1)G0289	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0632	0.0606	0.0806	0.0471	0.0361	0.0728	0.0701	0.0846	0.0361	0.0803	0.0949	0.0803	0.0682	0.0345	0.0509	0.0345	0.0485
chrX	10261761	10261956	chrX:10261762-10261956	FBgn0028480,FBgn0052679	CG17841,CG32679	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1091	0.0953	0.1338	0.0975	0.0636	0.1112	0.106	0.1379	0.0636	0.1636	0.1473	0.1636	0.1356	0.0926	0.1096	0.0926	0.1199
chrX	10261988	10262166	chrX:10261989-10262166	FBgn0028480,FBgn0052679	CG17841,CG32679	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.1109	0.172	0.1253	0.0689	0.1408	0.112	0.1659	0.0689	0.2132	0.1887	0.2132	0.1867	0.1194	0.1451	0.1194	0.1615
chrX	10264469	10264638	chrX:10264470-10264638	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0326	0.0199	0.0334	0.0458	0.0042	0.0286	0.0264	0.02	0.0042	0.0223	0.028	0.0223	0.096	0.0191	0.0322	0.0191	0.1131
chrX	10278778	10279091	chrX:10278779-10279091	FBgn0030196	Psf3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0694	0.0632	0.0864	0.0575	0.0392	0.0757	0.074	0.0859	0.0392	0.1208	0.0891	0.1208	0.0906	0.0551	0.0587	0.0551	0.0745
chrX	10279116	10279301	chrX:10279117-10279301	FBgn0030196	Psf3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1138	0.1018	0.1303	0.1089	0.0594	0.1262	0.1129	0.1406	0.0594	0.1775	0.1386	0.1775	0.1301	0.1172	0.1206	0.1172	0.1245
chrX	10279412	10279563	chrX:10279413-10279563	FBgn0000711,FBgn0030196	Psf3,flw	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0448	0.0472	0.0424	0.0448	0.0255	0.0646	0.0545	0.054	0.0255	0.0531	0.0463	0.0531	0.0457	0.0398	0.0496	0.0398	0.0584
chrX	10279870	10280047	chrX:10279871-10280047	FBgn0000711	flw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.134	0.1016	0.1638	0.1374	0.0573	0.1471	0.1051	0.1259	0.0573	0.1878	0.1768	0.1878	0.1751	0.1355	0.1502	0.1355	0.1631
chrX	10280159	10280564	chrX:10280160-10280564	FBgn0000711	flw	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.094	0.0771	0.1095	0.0957	0.0467	0.084	0.0878	0.1166	0.0467	0.1033	0.1228	0.1033	0.1309	0.0911	0.1173	0.0911	0.1162
chrX	10286590	10286741	chrX:10286591-10286741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0103	0.0086	0.0097	0.0064	0.0107	0.0164	0.0113	0.0064	0.0085	0.0103	0.0085	0.0077	0.0077	0.0026	0.0077	0.0026
chrX	10292976	10293130	chrX:10292977-10293130	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0132	0.005	0.0094	0.0265	0	0.0063	0.0099	0.0027	0	0.0109	0.0087	0.0109	0.0124	0.0842	0.0077	0.0842	0.0115
chrX	10293814	10293965	chrX:10293815-10293965	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.007	0.0055	0.0055	0.0104	0.0021	0.0039	0.0108	0.0053	0.0021	0.0085	0.0042	0.0085	0.0077	0.0375	0.0019	0.0375	0.0052
chrX	10304072	10304223	chrX:10304073-10304223	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0071	0.0045	0.0067	0.0106	0.0032	0.0058	0.0056	0.0047	0.0032	0.0072	0.0068	0.0072	0.0023	0.0061	0.0064	0.0061	0.0078
chrX	10354649	10354855	chrX:10354650-10354855	FBgn0083167	Neb-cGP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1485	0.1294	0.1803	0.1349	0.1018	0.1553	0.1462	0.1626	0.1018	0.2168	0.1949	0.2168	0.1859	0.1455	0.1509	0.1455	0.1485
chrX	10354946	10355153	chrX:10354947-10355153	FBgn0083167	Neb-cGP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0694	0.0656	0.082	0.0597	0.0456	0.0762	0.0809	0.0786	0.0456	0.0978	0.0884	0.0978	0.0968	0.0666	0.0625	0.0666	0.0683
chrX	10355220	10355371	chrX:10355221-10355371	FBgn0083167	Neb-cGP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0369	0.0369	0.0433	0.0298	0.0201	0.0427	0.042	0.056	0.0201	0.0465	0.0492	0.0465	0.0573	0.0337	0.0309	0.0337	0.036
chrX	10356104	10356279	chrX:10356105-10356279	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0565	0.0653	0.0624	0.0402	0.0371	0.0738	0.083	0.0826	0.0371	0.0719	0.065	0.0719	0.0651	0.0345	0.038	0.0345	0.0485
chrX	10357174	10357346	chrX:10357175-10357346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1337	0.127	0.1612	0.111	0.0976	0.1553	0.1466	0.1586	0.0976	0.1963	0.173	0.1963	0.1704	0.1217	0.1115	0.1217	0.1214
chrX	10357479	10357653	chrX:10357480-10357653	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0963	0.1043	0.1102	0.0721	0.0774	0.1267	0.1138	0.1379	0.0774	0.1498	0.1087	0.1498	0.11	0.0835	0.0658	0.0835	0.0844
chrX	10366718	10366897	chrX:10366719-10366897	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1523	0.1133	0.1985	0.1451	0.0509	0.1602	0.1077	0.1672	0.0509	0.2609	0.2074	0.2609	0.196	0.157	0.1348	0.157	0.1782
chrX	10367055	10367243	chrX:10367056-10367243	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1334	0.1033	0.1689	0.128	0.0562	0.1447	0.1029	0.1426	0.0562	0.2234	0.1891	0.2234	0.1588	0.147	0.1386	0.147	0.1449
chrX	10367315	10367526	chrX:10367316-10367526	FBgn0030206	CG2889	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1188	0.0993	0.1449	0.112	0.0477	0.1374	0.1003	0.1406	0.0477	0.1902	0.1601	0.1902	0.1371	0.1141	0.1302	0.1141	0.1371
chrX	10367549	10367735	chrX:10367550-10367735	FBgn0030206	CG2889	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1625	0.1373	0.1948	0.1553	0.088	0.1752	0.1475	0.1892	0.088	0.2609	0.21	0.2609	0.1627	0.1616	0.1715	0.1616	0.1761
chrX	10367788	10367987	chrX:10367789-10367987	FBgn0030206	CG2889	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.124	0.1046	0.1511	0.116	0.0742	0.132	0.1163	0.1272	0.0742	0.2011	0.1608	0.2011	0.134	0.1401	0.1354	0.1401	0.1256
chrX	10368008	10368209	chrX:10368009-10368209	FBgn0030206,FBgn0261710	CG2889,nocte	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1251	0.115	0.1435	0.1161	0.0859	0.1408	0.1176	0.1532	0.0859	0.1818	0.146	0.1818	0.1363	0.1095	0.1219	0.1095	0.124
chrX	10368319	10368498	chrX:10368320-10368498	FBgn0030206,FBgn0261710	CG2889,nocte	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1802	0.1699	0.2004	0.1695	0.1368	0.2024	0.1912	0.2145	0.1368	0.2186	0.2084	0.2186	0.2076	0.1669	0.1625	0.1669	0.1933
chrX	10368618	10368793	chrX:10368619-10368793	FBgn0261710	nocte	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1625	0.1458	0.1893	0.1517	0.1103	0.1777	0.1605	0.1879	0.1103	0.2186	0.2013	0.2186	0.1905	0.1493	0.1373	0.1493	0.1803
chrX	10368859	10369037	chrX:10368860-10369037	FBgn0261710	nocte	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1041	0.1004	0.1255	0.0848	0.0795	0.1136	0.1207	0.1279	0.0795	0.157	0.1312	0.157	0.1224	0.0827	0.0767	0.0827	0.1136
chrX	10372469	10372630	chrX:10372470-10372630	FBgn0030207,FBgn0030208	CG2887,PPP4R2r	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0647	0.0769	0.075	0.0398	0.0477	0.0908	0.0904	0.1079	0.0477	0.0785	0.0936	0.0785	0.0666	0.0444	0.0445	0.0444	0.0464
chrX	10372737	10372934	chrX:10372738-10372934	FBgn0030207,FBgn0030208	CG2887,PPP4R2r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1403	0.1453	0.1589	0.1142	0.1039	0.1626	0.1799	0.1865	0.1039	0.1842	0.1775	0.1842	0.1565	0.1286	0.1135	0.1286	0.1266
chrX	10373067	10373443	chrX:10373068-10373443	FBgn0030208	PPP4R2r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1213	0.151	0.1239	0.0852	0.0954	0.1495	0.1968	0.2125	0.0954	0.1105	0.1524	0.1105	0.1363	0.0957	0.1212	0.0957	0.0667
chrX	10380610	10380761	chrX:10380611-10380761	FBgn0052687	CG32687	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0106	0.0086	0.0181	0.0085	0.0102	0.0147	0.0133	0.0085	0.0103	0.0064	0.0103	0.0178	0.0153	0.011	0.0153	0.0427
chrX	10380984	10381135	chrX:10380985-10381135	FBgn0052687	CG32687	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0107	0.0113	0.0081	0.013	0.0021	0.0112	0.0199	0.012	0.0021	0.0066	0.008	0.0066	0.0178	0.0069	0.0064	0.0069	0.0302
chrX	10387812	10388105	chrX:10387813-10388105	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0608	0.1548	0.0131	0.0082	0.193	0.0583	0.3287	0.0926	0.193	0.0127	0.0132	0.0127	0.0225	0.0107	0.0064	0.0107	0.0099
chrX	10388659	10388810	chrX:10388660-10388810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0171	0.0307	0.0131	0.0064	0.017	0.016	0.0662	0.0227	0.017	0.0151	0.0113	0.0151	0.0217	0.0046	0.0071	0.0046	0.0083
chrX	10388839	10388990	chrX:10388840-10388990	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0159	0.0285	0.0102	0.0079	0.0148	0.015	0.0683	0.0113	0.0148	0.0103	0.0077	0.0103	0.0186	0.0046	0.0064	0.0046	0.0109
chrX	10389215	10389366	chrX:10389216-10389366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0168	0.0268	0.0129	0.0097	0.0148	0.018	0.0575	0.0173	0.0148	0.0133	0.0103	0.0133	0.0271	0.0069	0.009	0.0069	0.0188
chrX	10389498	10389649	chrX:10389499-10389649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0186	0.0226	0.0162	0.0167	0.0127	0.0228	0.0381	0.0207	0.0127	0.0145	0.0103	0.0145	0.0364	0.0046	0.0116	0.0046	0.0401
chrX	10389744	10390009	chrX:10389745-10390009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0287	0.0355	0.025	0.0252	0.0233	0.032	0.0619	0.0286	0.0233	0.0205	0.0158	0.0205	0.0705	0.0115	0.0129	0.0115	0.0584
chrX	10390478	10390629	chrX:10390479-10390629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0145	0.0106	0.0179	0.015	0.0032	0.0131	0.0182	0.0067	0.0032	0.0242	0.0148	0.0242	0.0325	0.0161	0.0077	0.0161	0.0354
chrX	10394732	10394883	chrX:10394733-10394883	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0239	0.0183	0.0201	0.0127	0.0214	0.0368	0.028	0.0127	0.0217	0.0138	0.0217	0.0271	0.0123	0.0116	0.0123	0.0354
chrX	10394980	10395131	chrX:10394981-10395131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0193	0.0202	0.0175	0.0202	0.0085	0.0214	0.032	0.0173	0.0085	0.0217	0.0135	0.0217	0.0256	0.0107	0.0071	0.0107	0.0323
chrX	10406842	10406993	chrX:10406843-10406993	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0054	0.0098	0.0123	0.0021	0.0063	0.0082	0.004	0.0021	0.0097	0.0061	0.0097	0.0155	0.0031	0.0013	0.0031	0.0036
chrX	10407552	10407703	chrX:10407553-10407703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0077	0.0118	0.0217	0.0032	0.0087	0.0134	0.006	0.0032	0.0211	0.0077	0.0211	0.0116	0.0092	0.0064	0.0092	0.0099
chrX	10408043	10408255	chrX:10408044-10408255	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0102	0.0143	0.0149	0.0064	0.0078	0.016	0.012	0.0064	0.0199	0.0106	0.0199	0.0209	0.0061	0.0097	0.0061	0.0073
chrX	10409312	10409517	chrX:10409313-10409517	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0395	0.0528	0.0467	0.0167	0.0371	0.068	0.0623	0.0633	0.0371	0.0912	0.0431	0.0912	0.024	0.0207	0.0129	0.0207	0.0109
chrX	10409608	10409803	chrX:10409609-10409803	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0499	0.0704	0.0562	0.0201	0.052	0.0937	0.0804	0.0813	0.052	0.1111	0.054	0.1111	0.0287	0.0322	0.0187	0.0322	0.0203
chrX	10409841	10410044	chrX:10409842-10410044	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.039	0.0602	0.0401	0.0141	0.0424	0.0772	0.0718	0.066	0.0424	0.0876	0.0363	0.0876	0.0201	0.0207	0.0148	0.0207	0.0146
chrX	10418734	10418885	chrX:10418735-10418885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0158	0.0077	0.0159	0.0246	0.0021	0.0146	0.0099	0.0033	0.0021	0.0296	0.0109	0.0296	0.0263	0.0276	0.011	0.0276	0.0485
chrX	10427638	10427818	chrX:10427639-10427818	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0222	0.0095	0.0187	0.0404	0.0042	0.0121	0.0143	0.0073	0.0042	0.0266	0.0103	0.0266	0.0395	0.0467	0.0129	0.0467	0.0865
chrX	10427915	10428101	chrX:10427916-10428101	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0247	0.0074	0.0246	0.0441	0.0021	0.0121	0.0087	0.0073	0.0021	0.0356	0.0164	0.0356	0.0318	0.0299	0.0129	0.0299	0.0578
chrX	10428697	10428857	chrX:10428698-10428857	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0192	0.0096	0.019	0.0302	0.0011	0.016	0.0121	0.008	0.0011	0.0229	0.0196	0.0229	0.0318	0.0283	0.0419	0.0283	0.0406
chrX	10429254	10429405	chrX:10429255-10429405	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0138	0.01	0.0146	0.0173	0.0011	0.0102	0.0151	0.012	0.0011	0.0181	0.0135	0.0181	0.0201	0.0191	0.0329	0.0191	0.0182
chrX	10430444	10430595	chrX:10430445-10430595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0095	0.0208	0.0177	0.0053	0.0136	0.0104	0.0093	0.0053	0.0199	0.0312	0.0199	0.0209	0.0168	0.0316	0.0168	0.0172
chrX	10431949	10432100	chrX:10431950-10432100	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0076	0.0171	0.0199	0	0.0121	0.0091	0.0093	0	0.0223	0.0186	0.0223	0.0186	0.0145	0.0419	0.0145	0.0214
chrX	10432951	10433102	chrX:10432952-10433102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0192	0.0187	0.0223	0.0163	0.0074	0.017	0.0225	0.0333	0.0074	0.0254	0.0293	0.0254	0.0209	0.0069	0.0368	0.0069	0.0156
chrX	10434508	10434732	chrX:10434509-10434732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0285	0.0177	0.0371	0.0313	0.0074	0.0199	0.0268	0.0187	0.0074	0.0393	0.0437	0.0393	0.0395	0.0283	0.0322	0.0283	0.0255
chrX	10437214	10437411	chrX:10437215-10437411	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0247	0.0115	0.0346	0.0287	0.0021	0.0184	0.0164	0.0053	0.0021	0.0223	0.0158	0.0223	0.1278	0.013	0.0168	0.013	0.0693
chrX	10437710	10437861	chrX:10437711-10437861	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.007	0.0241	0.0221	0.0021	0.0087	0.0104	0.0067	0.0021	0.0133	0.0116	0.0133	0.0914	0.0077	0.0116	0.0077	0.0542
chrX	10437871	10438022	chrX:10437872-10438022	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.021	0.0102	0.0287	0.0245	0.0011	0.016	0.0134	0.0087	0.0011	0.0193	0.017	0.0193	0.0922	0.0061	0.011	0.0061	0.0599
chrX	10439436	10439587	chrX:10439437-10439587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0161	0.0105	0.0154	0.0231	0.0011	0.0136	0.0147	0.0107	0.0011	0.029	0.0135	0.029	0.0201	0.0735	0.0161	0.0735	0.0115
chrX	10440771	10440970	chrX:10440772-10440970	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0937	0.0769	0.0765	0.1313	0.071	0.0752	0.1047	0.0899	0.071	0.0525	0.0733	0.0525	0.1255	0.1539	0.1534	0.1539	0.1511
chrX	10441252	10441425	chrX:10441253-10441425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0167	0.0208	0.0418	0.0127	0.0194	0.0238	0.016	0.0127	0.0175	0.0196	0.0175	0.0333	0.0789	0.06	0.0789	0.0354
chrX	10441613	10441875	chrX:10441614-10441875	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0424	0.0222	0.0302	0.0783	0.0085	0.0282	0.0307	0.0213	0.0085	0.0242	0.0318	0.0242	0.0496	0.1103	0.1341	0.1103	0.0928
chrX	10441915	10442066	chrX:10441916-10442066	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.0113	0.0162	0.0398	0.0042	0.0126	0.0173	0.0107	0.0042	0.0127	0.0183	0.0127	0.0225	0.0421	0.0883	0.0421	0.0354
chrX	10442836	10442987	chrX:10442837-10442987	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0055	0.0017	0.0071	0.0079	0	0.0044	0.0017	7e-04	0	0.006	0.0045	0.006	8e-04	0.0054	0.0045	0.0054	0.0057
chrX	10443957	10444108	chrX:10443958-10444108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.0076	0.014	0.0214	0.0032	0.0102	0.0099	0.0087	0.0032	0.0199	0.0113	0.0199	0.0225	0.0544	0.0103	0.0544	0.0255
chrX	10449421	10449572	chrX:10449422-10449572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.0069	0.0108	0.0149	0	0.0097	0.0112	0.006	0	0.0169	0.0093	0.0169	0.0124	0.0322	0.009	0.0322	0.0193
chrX	10451338	10451547	chrX:10451339-10451547	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0303	0.013	0.0239	0.0568	0.0074	0.017	0.0173	0.0127	0.0074	0.0525	0.0196	0.0525	0.0248	0.1953	0.0387	0.1953	0.037
chrX	10451786	10451937	chrX:10451787-10451937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0141	0.0161	0.0105	0.0159	0.0117	0.0165	0.0199	0.0207	0.0117	0.0193	0.0077	0.0193	0.0132	0.0613	0.011	0.0613	0.0036
chrX	10455346	10455501	chrX:10455347-10455501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0222	0.0313	0.0333	0.0191	0.0267	0.0251	0.0273	0.0191	0.0417	0.0293	0.0417	0.0503	0.0444	0.0342	0.0444	0.05
chrX	10455732	10455883	chrX:10455733-10455883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0196	0.0251	0.0302	0.017	0.0248	0.0199	0.0253	0.017	0.0356	0.026	0.0356	0.031	0.0375	0.0284	0.0375	0.0474
chrX	10467431	10467582	chrX:10467432-10467582	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0081	0.0055	0.0076	0.0114	0.0032	0.0049	0.0104	0.0047	0.0032	0.0085	0.0045	0.0085	0.0209	0.0069	0.0039	0.0069	0.0089
chrX	10468053	10468204	chrX:10468054-10468204	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0085	0.0093	0.0146	0.0021	0.0092	0.0108	0.0127	0.0021	0.0079	0.0064	0.0079	0.0139	0.0069	0.0077	0.0069	0.0078
chrX	10474309	10474460	chrX:10474310-10474460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0093	0.0165	0.0194	0.0053	0.0126	0.0143	0.0067	0.0053	0.0133	0.0138	0.0133	0.0418	0.0069	0.0264	0.0069	0.0427
chrX	10474623	10474808	chrX:10474624-10474808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0288	0.0141	0.0315	0.0422	0.0064	0.0233	0.0151	0.0133	0.0064	0.0223	0.0254	0.0223	0.0937	0.0145	0.0355	0.0145	0.1068
chrX	10475443	10475619	chrX:10475444-10475619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0343	0.0247	0.0473	0.0306	0.0095	0.0461	0.0216	0.024	0.0095	0.0435	0.0347	0.0435	0.1317	0.0253	0.0181	0.0253	0.0724
chrX	10475789	10475973	chrX:10475790-10475973	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0383	0.0211	0.0594	0.0345	0.0021	0.0476	0.0156	0.0193	0.0021	0.0628	0.0424	0.0628	0.1611	0.0383	0.0206	0.0383	0.0719
chrX	10476041	10476251	chrX:10476042-10476251	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0322	0.0257	0.0463	0.024	0.0064	0.0539	0.0247	0.018	0.0064	0.0507	0.0315	0.0507	0.1278	0.0329	0.0123	0.0329	0.0479
chrX	10476283	10476511	chrX:10476284-10476511	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0296	0.0258	0.0421	0.0202	0.0106	0.0437	0.0277	0.022	0.0106	0.0411	0.0296	0.0411	0.1177	0.023	0.0174	0.023	0.0365
chrX	10477596	10477756	chrX:10477597-10477756	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.031	0.048	0.0299	0.0131	0.0276	0.0451	0.0891	0.032	0.0276	0.0193	0.019	0.0193	0.1022	0.0084	0.0142	0.0084	0.0245
chrX	10478320	10478471	chrX:10478321-10478471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0152	0.0273	0.0114	0.006	0.0223	0.0204	0.0463	0.0266	0.0223	0.0097	0.0074	0.0097	0.031	0.0069	0.0052	0.0069	0.0068
chrX	10479336	10479538	chrX:10479337-10479538	FBgn0085443	spri	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0807	0.094	0.0852	0.061	0.0689	0.1058	0.1107	0.1233	0.0689	0.1093	0.0749	0.1093	0.1727	0.0467	0.0574	0.0467	0.1376
chrX	10489808	10490015	chrX:10489809-10490015	FBgn0001206,FBgn0030217	CG2124,Hmr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.103	0.0941	0.1236	0.0902	0.052	0.1199	0.0999	0.1319	0.052	0.151	0.137	0.151	0.1325	0.0743	0.1038	0.0743	0.1178
chrX	10490053	10490250	chrX:10490054-10490250	FBgn0001206,FBgn0030217	CG2124,Hmr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1328	0.1169	0.1589	0.1218	0.0679	0.1417	0.1328	0.1619	0.0679	0.1902	0.1785	0.1902	0.1619	0.1233	0.1393	0.1233	0.148
chrX	10490308	10490493	chrX:10490309-10490493	FBgn0001206,FBgn0030217	CG2124,Hmr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0459	0.0405	0.0569	0.0398	0.0276	0.0408	0.0523	0.0553	0.0276	0.064	0.0621	0.064	0.0635	0.0375	0.0471	0.0375	0.0526
chrX	10494353	10494575	chrX:10494354-10494575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0379	0.0226	0.0423	0.0503	0.0127	0.0282	0.0303	0.0227	0.0127	0.0435	0.0354	0.0435	0.0937	0.0835	0.0361	0.0835	0.0886
chrX	10494603	10494754	chrX:10494604-10494754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0254	0.0186	0.028	0.0301	0.0074	0.0204	0.0255	0.022	0.0074	0.0332	0.0238	0.0332	0.0589	0.0513	0.02	0.0513	0.0526
chrX	10495606	10495837	chrX:10495607-10495837	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0947	0.0426	0.1197	0.1255	0.0212	0.0757	0.0272	0.0566	0.0212	0.1298	0.1251	0.1298	0.1913	0.1822	0.1502	0.1822	0.1798
chrX	10496146	10496351	chrX:10496147-10496351	FBgn0030218	CG1628	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0839	0.0643	0.0944	0.0941	0.0371	0.0859	0.0718	0.0839	0.0371	0.1063	0.1077	0.1063	0.1356	0.1118	0.118	0.1118	0.1558
chrX	10496440	10496674	chrX:10496441-10496674	FBgn0030218	CG1628	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1116	0.069	0.1402	0.1277	0.0265	0.1184	0.061	0.0819	0.0265	0.1727	0.1511	0.1727	0.2115	0.1485	0.156	0.1485	0.2137
chrX	10507776	10507927	chrX:10507777-10507927	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0035	0.0062	0.0224	0.0021	0.0024	0.0074	0.0013	0.0021	0.0048	0.0048	0.0048	0.007	0.0054	0.0013	0.0054	0.0042
chrX	10513788	10513939	chrX:10513789-10513939	FBgn0263072	CG43347	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0034	0.0066	0.026	0.0011	0.0029	0.0065	0.0033	0.0011	0.0048	0.0023	0.0048	0.0039	0.0023	0.0052	0.0023	0.0047
chrX	10514472	10514669	chrX:10514473-10514669	FBgn0263072	CG43347	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0271	0.0141	0.0175	0.0521	0.0138	0.0107	0.0225	0.016	0.0138	0.0109	0.0129	0.0109	0.0163	0.0077	0.0129	0.0077	0.013
chrX	10514991	10515142	chrX:10514992-10515142	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.003	0.0053	0.0231	0.0032	0.0019	0.0052	0.002	0.0032	0.0036	0.0039	0.0036	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0042
chrX	10515300	10515472	chrX:10515301-10515472	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0061	0.0171	0.0443	0.0032	0.0053	0.0099	0.0067	0.0032	0.026	0.008	0.026	0.0101	0.0046	0.0116	0.0046	0.0094
chrX	10515612	10515848	chrX:10515613-10515848	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0425	0.0275	0.0387	0.0634	0.017	0.0262	0.0446	0.0273	0.017	0.0519	0.0244	0.0519	0.0248	0.0069	0.0206	0.0069	0.0188
chrX	10518877	10519028	chrX:10518878-10519028	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0054	0.0063	0.0256	0.0011	0.0039	0.0108	0.0053	0.0011	0.0036	0.0074	0.0036	0.0031	0.0023	0.0039	0.0023	0.0099
chrX	10521605	10521772	chrX:10521606-10521772	FBgn0030222,FBgn0052677	CG9806,X11Lbeta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.029	0.0168	0.0232	0.049	0.0138	0.0141	0.0251	0.018	0.0138	0.0103	0.0154	0.0103	0.0163	0.0084	0.0116	0.0084	0.0214
chrX	10521999	10522178	chrX:10522000-10522178	FBgn0052677	X11Lbeta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0137	0.0201	0.0323	0.0095	0.0121	0.0216	0.0147	0.0095	0.0151	0.0119	0.0151	0.0155	0.0061	0.0077	0.0061	0.0167
chrX	10522279	10522544	chrX:10522280-10522544	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0319	0.0179	0.0282	0.0515	0.0127	0.017	0.029	0.0173	0.0127	0.0302	0.0154	0.0302	0.0294	0.0283	0.0239	0.0283	0.0266
chrX	10522761	10522933	chrX:10522762-10522933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0466	0.03	0.0459	0.0659	0.0201	0.0374	0.0389	0.03	0.0201	0.0574	0.0395	0.0574	0.0364	0.0306	0.049	0.0306	0.05
chrX	10523175	10523426	chrX:10523176-10523426	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0521	0.0272	0.0549	0.0767	0.017	0.0325	0.0355	0.032	0.017	0.0634	0.0441	0.0634	0.0372	0.0222	0.0419	0.0222	0.0443
chrX	10523845	10524013	chrX:10523846-10524013	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0054	0.0194	0.0384	0.0032	0.0078	0.0061	0.0047	0.0032	0.0066	0.0084	0.0066	0.0093	0.0054	0.0071	0.0054	0.0135
chrX	10531640	10531791	chrX:10531641-10531791	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0067	0.0042	0.0072	0.0088	0	0.0015	0.0099	0.0047	0	0.0103	0.0061	0.0103	0.0031	0.0038	6e-04	0.0038	0.0057
chrX	10570474	10570625	chrX:10570475-10570625	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0065	0.0074	0.0088	0.0021	0.0049	0.0125	0.004	0.0021	0.0103	0.0058	0.0103	0.0093	0.0023	0.0052	0.0023	0.0026
chrX	10575822	10575973	chrX:10575823-10575973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0091	0.0103	0.0149	0.0032	0.0102	0.0117	0.0127	0.0032	0.0121	0.0087	0.0121	8e-04	0.0046	0.0026	0.0046	0.0052
chrX	10576063	10576214	chrX:10576064-10576214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0101	0.0119	0.0143	0.0042	0.0078	0.0186	0.0107	0.0042	0.0109	0.0119	0.0109	0.0031	0.0038	0.0045	0.0038	0.0052
chrX	10577317	10577486	chrX:10577318-10577486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.005	0.0131	0.0373	0.0032	0.0058	0.0078	0.004	0.0032	0.0097	0.0077	0.0097	0.0116	0.0092	0.0032	0.0092	0.0167
chrX	10578114	10578316	chrX:10578115-10578316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0293	0.0147	0.0213	0.0543	0.0074	0.016	0.0255	0.01	0.0074	0.0199	0.0145	0.0199	0.0263	0.0314	0.0135	0.0314	0.0448
chrX	10585529	10585680	chrX:10585530-10585680	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0068	0.0039	0.0072	0.0097	0.0011	0.0034	0.0091	0.0013	0.0011	0.003	0.0087	0.003	0.007	0.0061	0.0026	0.0061	0.0036
chrX	10586955	10587106	chrX:10586956-10587106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0075	0.0088	0.0173	0.0032	0.0063	0.013	0.0073	0.0032	0.006	0.0087	0.006	0.0054	0.0061	0.0045	0.0061	0.0104
chrX	10588268	10588419	chrX:10588269-10588419	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0129	0.0133	0.0093	0.0164	0.0053	0.0092	0.0277	0.0073	0.0053	0.0066	0.009	0.0066	0.0062	0.0015	0.0013	0.0015	0.0073
chrX	10588903	10589054	chrX:10588904-10589054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0087	0.0083	0.0067	0.0111	0.0042	0.0044	0.0177	0.0087	0.0042	0.006	0.0068	0.006	0.0031	0.0031	0.0019	0.0031	0.0026
chrX	10595299	10595450	chrX:10595300-10595450	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0061	0.008	0.0084	0.0021	0.0044	0.0112	0.008	0.0021	0.0103	0.0064	0.0103	0.0062	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chrX	10603530	10603681	chrX:10603531-10603681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0144	0.015	0.0142	0.0139	0.0032	0.0136	0.0264	0.016	0.0032	0.0217	0.0145	0.0217	0.0108	0.0115	0.0084	0.0115	0.0083
chrX	10604016	10604167	chrX:10604017-10604167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0168	0.0151	0.0175	0.0178	0.0053	0.0209	0.019	0.016	0.0053	0.0211	0.0199	0.0211	0.0155	0.0184	0.0123	0.0184	0.0099
chrX	10604290	10604441	chrX:10604291-10604441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0236	0.0191	0.027	0.0248	0.0117	0.0214	0.0251	0.0233	0.0117	0.0326	0.0312	0.0326	0.0248	0.0153	0.0213	0.0153	0.0208
chrX	10615148	10615299	chrX:10615149-10615299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0203	0.0192	0.0234	0.0181	0.0053	0.0228	0.0229	0.028	0.0053	0.0236	0.0289	0.0236	0.0232	0.01	0.0148	0.01	0.0297
chrX	10615643	10615799	chrX:10615644-10615799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0231	0.0162	0.0275	0.0259	0.0032	0.0238	0.0173	0.0227	0.0032	0.0302	0.026	0.0302	0.0364	0.0222	0.0181	0.0222	0.0406
chrX	10616050	10616254	chrX:10616051-10616254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0151	0.0259	0.0368	0.0011	0.016	0.019	0.024	0.0011	0.0248	0.0286	0.0248	0.031	0.0467	0.0206	0.0467	0.0307
chrX	10622593	10622797	chrX:10622594-10622797	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0943	0.1139	0.1098	0.0553	0.0817	0.1393	0.1328	0.1386	0.0817	0.1667	0.1196	0.1667	0.0821	0.0896	0.0683	0.0896	0.0552
chrX	10622843	10623017	chrX:10622844-10623017	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0632	0.0604	0.0784	0.0496	0.0424	0.0689	0.0774	0.074	0.0424	0.1075	0.0952	0.1075	0.0612	0.0704	0.0638	0.0704	0.0568
chrX	10623316	10623467	chrX:10623317-10623467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0418	0.0445	0.0504	0.0294	0.0212	0.0485	0.0679	0.0473	0.0212	0.0725	0.0588	0.0725	0.0356	0.0391	0.0393	0.0391	0.0313
chrX	10623515	10623880	chrX:10623516-10623880	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1472	0.1276	0.1877	0.1245	0.088	0.1631	0.1401	0.1632	0.088	0.2271	0.2315	0.2271	0.1851	0.1172	0.1863	0.1172	0.1438
chrX	10624071	10624268	chrX:10624072-10624268	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1726	0.1583	0.2122	0.1451	0.0933	0.2068	0.1696	0.2079	0.0933	0.2687	0.2508	0.2687	0.1875	0.1708	0.1979	0.1708	0.1292
chrX	10624511	10624722	chrX:10624512-10624722	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0936	0.0587	0.1147	0.1093	0.0212	0.0966	0.0437	0.0919	0.0212	0.1582	0.1296	0.1582	0.0937	0.1577	0.1109	0.1577	0.0756
chrX	10625279	10625831	chrX:10625280-10625831	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2189	0.2155	0.2963	0.1377	0.1251	0.3092	0.1747	0.3324	0.1251	0.4547	0.3482	0.4547	0.1518	0.1003	0.1064	0.1003	0.0646
chrX	10626110	10626312	chrX:10626111-10626312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0888	0.084	0.1197	0.0603	0.0329	0.1257	0.0679	0.1346	0.0329	0.18	0.1379	0.18	0.0852	0.0605	0.0406	0.0605	0.0344
chrX	10628152	10628303	chrX:10628153-10628303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0113	0.0208	0.0404	0.0042	0.0112	0.0177	0.0153	0.0042	0.0199	0.019	0.0199	0.0194	0.0138	0.011	0.0138	0.0261
chrX	10629763	10630011	chrX:10629764-10630011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0143	0.0319	0.0784	0.0053	0.0209	0.0147	0.0213	0.0053	0.0248	0.0347	0.0248	0.0442	0.0942	0.0368	0.0942	0.0886
chrX	10631419	10631570	chrX:10631420-10631570	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0303	0.0217	0.0247	0.046	0.0042	0.0272	0.0272	0.03	0.0042	0.0248	0.0228	0.0248	0.0232	0.0551	0.0264	0.0551	0.0182
chrX	10631790	10631941	chrX:10631791-10631941	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0278	0.0167	0.0291	0.0389	0.0074	0.0233	0.0208	0.0173	0.0074	0.0356	0.0322	0.0356	0.0217	0.0796	0.0148	0.0796	0.0188
chrX	10632346	10632541	chrX:10632347-10632541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.057	0.0345	0.085	0.0512	0.0117	0.0515	0.0251	0.0626	0.0117	0.0417	0.1469	0.0417	0.0434	0.0383	0.0587	0.0383	0.0281
chrX	10632975	10633146	chrX:10632976-10633146	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1284	0.0664	0.1821	0.1387	0.018	0.117	0.0528	0.0859	0.018	0.2017	0.2309	0.2017	0.1875	0.1401	0.1741	0.1401	0.161
chrX	10633269	10633546	chrX:10633270-10633546	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1135	0.0581	0.1706	0.1128	0.0148	0.1058	0.042	0.0813	0.0148	0.1286	0.2347	0.1286	0.1875	0.072	0.1593	0.072	0.1376
chrX	10633965	10634119	chrX:10633966-10634119	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0479	0.0223	0.0679	0.0546	0.0053	0.0388	0.0255	0.02	0.0053	0.0495	0.0852	0.0495	0.11	0.0268	0.0645	0.0268	0.0808
chrX	10635422	10635573	chrX:10635423-10635573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0313	0.016	0.0344	0.045	0.0032	0.0228	0.0203	0.02	0.0032	0.0362	0.0418	0.0362	0.0294	0.0306	0.0374	0.0306	0.0328
chrX	10635857	10636161	chrX:10635858-10636161	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.128	0.1062	0.1777	0.0978	0.0318	0.1893	0.0627	0.1765	0.0318	0.2307	0.2325	0.2307	0.1433	0.1217	0.1057	0.1217	0.1251
chrX	10636229	10636430	chrX:10636230-10636430	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1281	0.1599	0.0827	0.07	0.1854	0.1042	0.2052	0.07	0.1926	0.1904	0.1926	0.1441	0.108	0.0851	0.108	0.1162
chrX	10636583	10636753	chrX:10636584-10636753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1181	0.1081	0.1508	0.0934	0.0594	0.1617	0.0848	0.1659	0.0594	0.189	0.1775	0.189	0.1224	0.1087	0.1019	0.1087	0.1381
chrX	10637944	10638135	chrX:10637945-10638135	FBgn0003204	ras	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.095	0.1155	0.1048	0.0613	0.0859	0.1209	0.1298	0.1732	0.0859	0.1522	0.1186	0.1522	0.0798	0.0681	0.0838	0.0681	0.0558
chrX	10638353	10638582	chrX:10638354-10638582	FBgn0003204,FBgn0052676	CG32676,ras	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1995	0.2155	0.222	0.1571	0.1803	0.2432	0.2383	0.2918	0.1803	0.2989	0.2505	0.2989	0.1844	0.1868	0.1979	0.1868	0.1558
chrX	10638873	10639126	chrX:10638874-10639126	FBgn0003204,FBgn0052676	CG32676,ras	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2642	0.2251	0.3137	0.2537	0.1697	0.3044	0.2189	0.2925	0.1697	0.3925	0.3473	0.3925	0.2951	0.2787	0.2695	0.2787	0.2934
chrX	10639366	10639549	chrX:10639367-10639549	FBgn0052676	CG32676	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1648	0.1133	0.2	0.1837	0.0689	0.1592	0.1125	0.1526	0.0689	0.2603	0.2096	0.2603	0.2339	0.2129	0.1966	0.2129	0.2178
chrX	10645966	10646224	chrX:10645967-10646224	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0282	0.0426	0.024	0.0166	0.0138	0.035	0.0722	0.05	0.0138	0.0217	0.0302	0.0217	0.024	0.0115	0.0219	0.0115	0.0219
chrX	10649823	10649974	chrX:10649824-10649974	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0112	0.0109	0.0159	0.0085	0.0097	0.0177	0.0127	0.0085	0.0091	0.01	0.0091	0.017	0.0115	0.0116	0.0115	0.012
chrX	10650576	10650727	chrX:10650577-10650727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0117	0.0107	0.016	0.0053	0.0155	0.0169	0.0107	0.0053	0.0115	0.0122	0.0115	0.0147	0.0092	0.0045	0.0092	0.0162
chrX	10651305	10651456	chrX:10651306-10651456	FBgn0030230	Rph	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0192	0.0273	0.0159	0.0139	0.0159	0.0228	0.0476	0.0266	0.0159	0.0169	0.0129	0.0169	0.0163	0.0023	0.0058	0.0023	0.0141
chrX	10651592	10651867	chrX:10651593-10651867	FBgn0030230	Rph	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0428	0.0575	0.0332	0.0368	0.0509	0.05	0.0848	0.07	0.0509	0.0284	0.0244	0.0284	0.048	0.01	0.009	0.01	0.0287
chrX	10652024	10652175	chrX:10652025-10652175	FBgn0030230	Rph	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0183	0.0184	0.0276	0.0085	0.0165	0.0294	0.0213	0.0085	0.0181	0.017	0.0181	0.0194	0.0138	0.0064	0.0138	0.0146
chrX	10652457	10652629	chrX:10652458-10652629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0426	0.0481	0.0418	0.0375	0.0308	0.051	0.0683	0.0573	0.0308	0.0501	0.0441	0.0501	0.038	0.0391	0.0155	0.0391	0.0281
chrX	10656664	10656821	chrX:10656665-10656821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0375	0.0293	0.0372	0.0469	0.0117	0.0374	0.0372	0.0346	0.0117	0.0308	0.0328	0.0308	0.0782	0.0276	0.0348	0.0276	0.1037
chrX	10657346	10657576	chrX:10657347-10657576	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0921	0.0712	0.0912	0.1164	0.052	0.0893	0.0843	0.0873	0.052	0.0646	0.074	0.0646	0.172	0.0819	0.0896	0.0819	0.1834
chrX	10657764	10657938	chrX:10657765-10657938	FBgn0052675	Tango5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0652	0.0592	0.0602	0.0773	0.0414	0.0752	0.0679	0.0713	0.0414	0.0489	0.0498	0.0489	0.0705	0.0429	0.0484	0.0429	0.0886
chrX	10658158	10658524	chrX:10658159-10658524	FBgn0052675	Tango5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2208	0.216	0.2426	0.2022	0.1782	0.2631	0.2284	0.2925	0.1782	0.2699	0.2611	0.2699	0.2634	0.1953	0.2037	0.1953	0.2329
chrX	10661493	10661708	chrX:10661494-10661708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1495	0.1322	0.1714	0.1447	0.0827	0.1738	0.1302	0.1912	0.0827	0.2107	0.183	0.2107	0.172	0.1547	0.1567	0.1547	0.1615
chrX	10661865	10662097	chrX:10661866-10662097	FBgn0030228,FBgn0052672	Atg8a,CG1826	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1577	0.1276	0.1855	0.1608	0.0901	0.1816	0.1159	0.1699	0.0901	0.2331	0.1952	0.2331	0.189	0.1822	0.1773	0.1822	0.1834
chrX	10662169	10662619	chrX:10662170-10662619	FBgn0030228,FBgn0052672	Atg8a,CG1826	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3402	0.2922	0.4081	0.3192	0.2089	0.383	0.2816	0.3977	0.2089	0.4843	0.4421	0.4843	0.3974	0.3423	0.3243	0.3423	0.3674
chrX	10665868	10666056	chrX:10665869-10666056	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0717	0.0416	0.0773	0.0992	0.017	0.0592	0.0381	0.0633	0.017	0.0531	0.1039	0.0531	0.1061	0.0965	0.1651	0.0965	0.1386
chrX	10666361	10666614	chrX:10666362-10666614	FBgn0030234	CG15211	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0721	0.0216	0.0646	0.1369	0.0064	0.0383	0.0203	0.0233	0.0064	0.0465	0.0646	0.0465	0.1472	0.1539	0.2012	0.1539	0.2038
chrX	10667743	10667904	chrX:10667744-10667904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0295	0.0212	0.0374	0.0301	0.0021	0.0316	0.0298	0.0187	0.0021	0.0399	0.0273	0.0399	0.0922	0.0184	0.0251	0.0184	0.0646
chrX	10673353	10673504	chrX:10673354-10673504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0113	0.0255	0.0201	0.0011	0.0146	0.0173	0.0093	0.0011	0.0242	0.0283	0.0242	0.0364	0.0245	0.0213	0.0245	0.025
chrX	10677932	10678102	chrX:10677933-10678102	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0359	0.0163	0.0329	0.0611	0.0064	0.0184	0.0195	0.0233	0.0064	0.0272	0.0283	0.0272	0.0666	0.026	0.0709	0.026	0.0855
chrX	10678529	10678762	chrX:10678530-10678762	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1384	0.1527	0.1397	0.1209	0.1029	0.1718	0.173	0.2232	0.1029	0.16	0.1389	0.16	0.1898	0.1095	0.1231	0.1095	0.1641
chrX	10678889	10679101	chrX:10678890-10679101	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0838	0.0993	0.084	0.0661	0.053	0.117	0.1176	0.1419	0.053	0.1153	0.081	0.1153	0.1061	0.0873	0.0542	0.0873	0.0964
chrX	10679227	10679421	chrX:10679228-10679421	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1058	0.1097	0.1146	0.0918	0.0626	0.1218	0.1349	0.1526	0.0626	0.1461	0.119	0.1461	0.1441	0.1126	0.089	0.1126	0.1178
chrX	10679723	10679874	chrX:10679724-10679874	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0633	0.0697	0.0659	0.0533	0.0361	0.0767	0.0921	0.0879	0.0361	0.0628	0.0736	0.0628	0.0813	0.0413	0.0606	0.0413	0.0709
chrX	10679967	10680163	chrX:10679968-10680163	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1482	0.1621	0.1491	0.1316	0.1251	0.1752	0.2011	0.2099	0.1251	0.1443	0.1624	0.1443	0.1603	0.098	0.1425	0.098	0.1626
chrX	10680261	10680450	chrX:10680262-10680450	FBgn0003360,FBgn0025111	Ant2,sesB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1163	0.1223	0.1246	0.1005	0.0965	0.1364	0.1505	0.1539	0.0965	0.1184	0.1318	0.1184	0.1325	0.0896	0.0928	0.0896	0.1079
chrX	10680609	10680760	chrX:10680610-10680760	FBgn0003360,FBgn0025111	Ant2,sesB	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0437	0.0695	0.0561	0.018	0.0626	0.0446	0.0633	0.018	0.0634	0.0852	0.0634	0.0666	0.0482	0.0625	0.0482	0.0657
chrX	10680875	10681088	chrX:10680876-10681088	FBgn0003360,FBgn0025111	Ant2,sesB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1162	0.0866	0.1344	0.1294	0.035	0.1272	0.0878	0.1173	0.035	0.1238	0.1585	0.1238	0.1526	0.1447	0.1289	0.1447	0.1501
chrX	10684514	10684665	chrX:10684515-10684665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0338	0.0333	0.0325	0.0358	0.017	0.033	0.0411	0.052	0.017	0.0338	0.0367	0.0338	0.0349	0.0207	0.0316	0.0207	0.0584
chrX	10689298	10689449	chrX:10689299-10689449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0259	0.0292	0.0275	0.0206	0.0212	0.0272	0.0376	0.0453	0.0212	0.0272	0.0328	0.0272	0.0271	0.0107	0.0206	0.0107	0.0334
chrX	10689701	10689901	chrX:10689702-10689901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0408	0.0469	0.0447	0.0297	0.0467	0.0471	0.061	0.0553	0.0467	0.038	0.0495	0.038	0.0519	0.0283	0.0258	0.0283	0.049
chrX	10694023	10694174	chrX:10694024-10694174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0333	0.0323	0.0416	0.0252	0.0138	0.0485	0.0311	0.0453	0.0138	0.038	0.0415	0.038	0.0612	0.0069	0.0277	0.0069	0.0448
chrX	10695213	10695420	chrX:10695214-10695420	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.0444	0.1222	0.0791	0.0212	0.0718	0.0355	0.064	0.0212	0.1522	0.1588	0.1522	0.1115	0.1217	0.109	0.1217	0.0974
chrX	10695653	10695929	chrX:10695654-10695929	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0775	0.0844	0.0858	0.0607	0.0583	0.0888	0.0947	0.1292	0.0583	0.099	0.1096	0.099	0.062	0.072	0.0858	0.072	0.0771
chrX	10696086	10696447	chrX:10696087-10696447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1669	0.1963	0.1798	0.1198	0.1633	0.2058	0.2452	0.2478	0.1633	0.2536	0.2029	0.2536	0.1665	0.1975	0.1393	0.1975	0.1391
chrX	10696849	10697137	chrX:10696850-10697137	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.102	0.0836	0.1123	0.1113	0.0615	0.1155	0.0943	0.0926	0.0615	0.1473	0.1158	0.1473	0.1425	0.1914	0.0903	0.1914	0.1636
chrX	10697259	10697462	chrX:10697260-10697462	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.067	0.0633	0.0739	0.0635	0.0255	0.1034	0.0558	0.0846	0.0255	0.099	0.0752	0.099	0.086	0.0926	0.049	0.0926	0.1042
chrX	10699739	10699913	chrX:10699740-10699913	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0859	0.0571	0.1072	0.0947	0.0223	0.0947	0.0584	0.0613	0.0223	0.1341	0.118	0.1341	0.1495	0.1271	0.0877	0.1271	0.1636
chrX	10699970	10700143	chrX:10699971-10700143	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.0735	0.0939	0.0804	0.0445	0.0981	0.0761	0.0973	0.0445	0.1262	0.1029	0.1262	0.1193	0.1072	0.0935	0.1072	0.1261
chrX	10700844	10701077	chrX:10700845-10701077	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0883	0.1338	0.0713	0.0561	0.1007	0.135	0.1795	0.1659	0.1007	0.0785	0.0833	0.0785	0.0829	0.0398	0.0748	0.0398	0.0922
chrX	10702057	10702269	chrX:10702058-10702269	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0507	0.0846	0.0537	0.0096	0.0445	0.0728	0.1194	0.1292	0.0445	0.0501	0.0804	0.0501	0.0194	0.0054	0.0148	0.0054	0.0036
chrX	10702338	10702523	chrX:10702339-10702523	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0476	0.0745	0.0503	0.0146	0.0488	0.0728	0.1003	0.1033	0.0488	0.0519	0.0765	0.0519	0.0139	0.0176	0.0168	0.0176	0.012
chrX	10702681	10703096	chrX:10702682-10703096	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.199	0.152	0.0521	0.1591	0.216	0.231	0.2698	0.1591	0.1914	0.2193	0.1914	0.062	0.0697	0.1006	0.0697	0.0349
chrX	10703234	10703503	chrX:10703235-10703503	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0862	0.1735	0.0607	0.0166	0.1782	0.1024	0.2634	0.2432	0.1782	0.0628	0.0878	0.0628	0.0225	0.0191	0.0316	0.0191	0.0099
chrX	10703607	10703849	chrX:10703608-10703849	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.062	0.1176	0.0485	0.0148	0.1135	0.0811	0.1886	0.1339	0.1135	0.0568	0.0579	0.0568	0.0271	0.0123	0.0135	0.0123	0.0125
chrX	10704202	10704353	chrX:10704203-10704353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0266	0.0314	0.0379	0.0086	0.0117	0.0359	0.0311	0.0566	0.0117	0.0827	0.0328	0.0827	0.0186	0.0077	0.011	0.0077	0.0042
chrX	10708275	10708480	chrX:10708276-10708480	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0635	0.0336	0.0492	0.1127	0.0191	0.0495	0.0324	0.0453	0.0191	0.0447	0.0576	0.0447	0.0658	0.1233	0.1406	0.1233	0.1767
chrX	10708679	10708830	chrX:10708680-10708830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0317	0.0214	0.0313	0.0434	0.0106	0.0325	0.0203	0.03	0.0106	0.0302	0.0395	0.0302	0.0349	0.0475	0.0529	0.0475	0.0719
chrX	10708920	10709397	chrX:10708921-10709397	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.0942	0.1704	0.1491	0.0265	0.1631	0.0662	0.1452	0.0265	0.2283	0.2106	0.2283	0.1572	0.1975	0.1857	0.1975	0.2183
chrX	10709716	10709976	chrX:10709717-10709976	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1981	0.1724	0.2374	0.1837	0.122	0.2306	0.1488	0.2605	0.122	0.3285	0.2804	0.3285	0.2215	0.2083	0.2205	0.2083	0.2366
chrX	10710970	10711232	chrX:10710971-10711232	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1112	0.0572	0.1678	0.1095	0.0255	0.1034	0.0407	0.0773	0.0255	0.2524	0.1926	0.2524	0.1255	0.1233	0.127	0.1233	0.0756
chrX	10712432	10712583	chrX:10712433-10712583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.015	0.0256	0.0114	0.0042	0.0184	0.019	0.022	0.0042	0.0193	0.0196	0.0193	0.0093	0.0031	0.0052	0.0031	0.0026
chrX	10713272	10713423	chrX:10713273-10713423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0224	0.0166	0.022	0.0295	0	0.0238	0.019	0.024	0	0.0175	0.0141	0.0175	0.0101	0.0092	0.0103	0.0092	0.013
chrX	10714922	10715073	chrX:10714923-10715073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0223	0.0138	0.0246	0.0292	0.0053	0.0214	0.0143	0.0167	0.0053	0.0374	0.0225	0.0374	0.0186	0.0934	0.0148	0.0934	0.0151
chrX	10716235	10716435	chrX:10716236-10716435	FBgn0262735	Imp	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1432	0.1584	0.1565	0.1115	0.1135	0.1864	0.1795	0.2045	0.1135	0.1878	0.1666	0.1878	0.1177	0.0865	0.0916	0.0865	0.1021
chrX	10716744	10717073	chrX:10716745-10717073	FBgn0262735	Imp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.211	0.208	0.2862	0.132	0.1241	0.3058	0.1752	0.3005	0.1241	0.3943	0.3096	0.3943	0.1751	0.098	0.1148	0.098	0.0662
chrX	10717423	10717857	chrX:10717424-10717857	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2295	0.2165	0.3043	0.1618	0.1315	0.3068	0.1817	0.3318	0.1315	0.4046	0.3251	0.4046	0.1851	0.16	0.1367	0.16	0.1225
chrX	10718033	10718184	chrX:10718034-10718184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0531	0.0511	0.0689	0.038	0.0297	0.0757	0.045	0.0693	0.0297	0.0882	0.0662	0.0882	0.0434	0.0283	0.0309	0.0283	0.0323
chrX	10718280	10718687	chrX:10718281-10718687	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1327	0.1388	0.1536	0.1029	0.0679	0.2243	0.1029	0.2039	0.0679	0.1697	0.1277	0.1697	0.0844	0.0452	0.0471	0.0452	0.0464
chrX	10719097	10719374	chrX:10719098-10719374	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1041	0.1167	0.117	0.0758	0.0488	0.1864	0.0804	0.1919	0.0488	0.1661	0.0759	0.1661	0.0372	0.0168	0.0258	0.0168	0.0297
chrX	10719699	10719854	chrX:10719700-10719854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0325	0.0152	0.0429	0.0404	0.0021	0.0252	0.0117	0.0247	0.0021	0.0332	0.0257	0.0332	0.0132	0.0031	0.0135	0.0031	0.0109
chrX	10723934	10724179	chrX:10723935-10724179	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.033	0.045	0.0407	0.0111	0.0339	0.0461	0.0458	0.0779	0.0339	0.0248	0.0325	0.0248	0.0108	0.0069	0.0077	0.0069	0.0042
chrX	10726179	10726330	chrX:10726180-10726330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0141	0.0251	0.0182	0.0011	0.017	0.0208	0.0147	0.0011	0.032	0.0289	0.032	0.0232	0.0123	0.0148	0.0123	0.024
chrX	10726527	10726708	chrX:10726528-10726708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0914	0.0795	0.1124	0.0816	0.0573	0.0985	0.0878	0.1039	0.0573	0.1316	0.1238	0.1316	0.1007	0.0858	0.0845	0.0858	0.0886
chrX	10726901	10727194	chrX:10726902-10727194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0419	0.0443	0.0304	0.0286	0.0485	0.0502	0.052	0.0286	0.0513	0.0518	0.0513	0.0395	0.0237	0.0322	0.0237	0.0391
chrX	10729750	10729944	chrX:10729751-10729944	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0428	0.0348	0.0541	0.0394	0.0117	0.051	0.0398	0.0386	0.0117	0.0562	0.0588	0.0562	0.0434	0.0184	0.038	0.0184	0.0386
chrX	10731302	10731453	chrX:10731303-10731453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0227	0.0225	0.0178	0.0106	0.0306	0.0298	0.0227	0.0106	0.0266	0.0206	0.0266	0.0294	0.023	0.0129	0.023	0.0245
chrX	10735351	10735563	chrX:10735352-10735563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0266	0.0246	0.0259	0.0297	0.0127	0.0243	0.0372	0.0266	0.0127	0.0242	0.0228	0.0242	0.0496	0.0199	0.0174	0.0199	0.0714
chrX	10735691	10735845	chrX:10735692-10735845	FBgn0030237	CG15209	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0256	0.0224	0.0241	0.0309	0.0095	0.0291	0.0307	0.0247	0.0095	0.0284	0.0212	0.0284	0.0356	0.0322	0.0116	0.0322	0.074
chrX	10736067	10736256	chrX:10736068-10736256	FBgn0030237	CG15209	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0304	0.0218	0.0335	0.0365	0.0117	0.0267	0.0285	0.0207	0.0117	0.0441	0.0273	0.0441	0.0581	0.0513	0.0155	0.0513	0.0776
chrX	10740596	10740773	chrX:10740597-10740773	FBgn0003321	sbr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.056	0.0602	0.0411	0.053	0.0563	0.0688	0.0713	0.053	0.0743	0.065	0.0743	0.0519	0.0421	0.0361	0.0421	0.0573
chrX	10741067	10741238	chrX:10741068-10741238	FBgn0003321,FBgn0030239	CG17333,sbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1302	0.1211	0.1557	0.1124	0.0657	0.1451	0.1436	0.1639	0.0657	0.2023	0.1733	0.2023	0.1379	0.1026	0.1096	0.1026	0.1376
chrX	10741368	10741547	chrX:10741369-10741547	FBgn0003321,FBgn0030239	CG17333,sbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.107	0.0972	0.1348	0.0876	0.0573	0.1146	0.1051	0.1426	0.0573	0.1727	0.1437	0.1727	0.1433	0.0835	0.0832	0.0835	0.1058
chrX	10741594	10741752	chrX:10741595-10741752	FBgn0003321,FBgn0030239	CG17333,sbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0613	0.055	0.0799	0.0478	0.0308	0.0597	0.0623	0.0846	0.0308	0.0857	0.0945	0.0857	0.0875	0.0459	0.0587	0.0459	0.0558
chrX	10742080	10742231	chrX:10742081-10742231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0371	0.0366	0.0496	0.024	0.0148	0.0408	0.0502	0.0446	0.0148	0.0634	0.0576	0.0634	0.038	0.0268	0.0303	0.0268	0.0245
chrX	10742416	10742609	chrX:10742417-10742609	FBgn0030240	CG2202	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0637	0.0594	0.0755	0.0554	0.0382	0.0684	0.0727	0.0766	0.0382	0.093	0.0878	0.093	0.0666	0.0574	0.0542	0.0574	0.0688
chrX	10742684	10742857	chrX:10742685-10742857	FBgn0030240	CG2202	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1074	0.0975	0.1307	0.0929	0.0647	0.1214	0.1077	0.1339	0.0647	0.16	0.1418	0.16	0.1301	0.0957	0.0883	0.0957	0.1141
chrX	10742923	10743126	chrX:10742924-10743126	FBgn0030240	CG2202	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0565	0.052	0.0734	0.043	0.0265	0.0689	0.058	0.0706	0.0265	0.0882	0.0772	0.0882	0.0713	0.0459	0.0406	0.0459	0.0599
chrX	10745639	10745802	chrX:10745640-10745802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0557	0.0484	0.0787	0.0387	0.018	0.0655	0.048	0.0759	0.018	0.0936	0.0894	0.0936	0.072	0.0536	0.0342	0.0536	0.0505
chrX	10748847	10749041	chrX:10748848-10749041	FBgn0030241	feo	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1164	0.1119	0.1481	0.0866	0.0732	0.1296	0.1228	0.1612	0.0732	0.1914	0.1605	0.1914	0.1278	0.0873	0.089	0.0873	0.1016
chrX	10751372	10751560	chrX:10751373-10751560	FBgn0030242,FBgn0030243	CG2186,sofe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1552	0.1487	0.1878	0.1266	0.1039	0.1684	0.1734	0.1979	0.1039	0.2355	0.2026	0.2355	0.1665	0.1271	0.1412	0.1271	0.1438
chrX	10751601	10751864	chrX:10751602-10751864	FBgn0030242,FBgn0030243	CG2186,sofe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1712	0.1758	0.1972	0.1374	0.1357	0.2034	0.2119	0.2125	0.1357	0.2283	0.2151	0.2283	0.1805	0.1424	0.1431	0.1424	0.1501
chrX	10752035	10752259	chrX:10752036-10752259	FBgn0030243	CG2186	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0912	0.0808	0.1114	0.0806	0.0509	0.101	0.0882	0.1139	0.0509	0.1479	0.1248	0.1479	0.1046	0.108	0.0864	0.108	0.0917
chrX	10759237	10759429	chrX:10759238-10759429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0375	0.0357	0.0246	0.0244	0.0413	0.0493	0.046	0.0244	0.0393	0.0392	0.0393	0.0387	0.0337	0.02	0.0337	0.0313
chrX	10759719	10759913	chrX:10759720-10759913	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0796	0.0938	0.0868	0.0558	0.0594	0.116	0.1107	0.1219	0.0594	0.1027	0.0913	0.1027	0.0829	0.0727	0.0471	0.0727	0.0719
chrX	10760098	10760249	chrX:10760099-10760249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0248	0.0272	0.0268	0.0201	0.0159	0.0272	0.0337	0.0406	0.0159	0.0326	0.028	0.0326	0.0294	0.0329	0.0181	0.0329	0.0234
chrX	10760469	10760620	chrX:10760470-10760620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0211	0.0223	0.0236	0.0171	0.0106	0.0277	0.0238	0.0286	0.0106	0.0284	0.0238	0.0284	0.024	0.0368	0.009	0.0368	0.0193
chrX	10763200	10763351	chrX:10763201-10763351	FBgn0030244	CG2157	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0222	0.0243	0.0211	0.021	0.017	0.0252	0.029	0.036	0.017	0.0236	0.0264	0.0236	0.0194	0.0168	0.0355	0.0168	0.0151
chrX	10769912	10770063	chrX:10769913-10770063	distal	distal	none	none	VT59994.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0167	0.0209	0.0113	0.0053	0.018	0.0264	0.0167	0.0053	0.0187	0.0196	0.0187	0.0356	0.0107	0.0071	0.0107	0.0214
chrX	10770432	10770583	chrX:10770433-10770583	distal	distal	none	none	VT59994.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0171	0.0189	0.0153	0.0127	0.0189	0.0195	0.0253	0.0127	0.0163	0.0177	0.0163	0.0341	0.0107	0.0071	0.0107	0.036
chrX	10771517	10771686	chrX:10771518-10771686	FBgn0030245	CG1637	stage11,stage14,stage5	none	VT59994.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0652	0.0636	0.0775	0.0533	0.0414	0.0752	0.0692	0.0906	0.0414	0.0942	0.0772	0.0942	0.0976	0.0651	0.0535	0.0651	0.0693
chrX	10771747	10771945	chrX:10771748-10771945	FBgn0030245	CG1637	stage11,stage14,stage5	none	VT59994.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.1211	0.1558	0.0998	0.071	0.1422	0.1466	0.1572	0.071	0.1957	0.1688	0.1957	0.1549	0.1187	0.0999	0.1187	0.1287
chrX	10772041	10772306	chrX:10772042-10772306	FBgn0030245	CG1637	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0684	0.0707	0.0358	0.0551	0.0772	0.0843	0.0779	0.0551	0.0845	0.0781	0.0845	0.0689	0.0398	0.0432	0.0398	0.0406
chrX	10781705	10781919	chrX:10781706-10781919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0205	0.0165	0.0263	0.0187	0.0085	0.0112	0.0298	0.0167	0.0085	0.0242	0.0215	0.0242	0.0449	0.013	0.0116	0.013	0.037
chrX	10793191	10793390	chrX:10793192-10793390	FBgn0030246	CG1582	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1039	0.0921	0.127	0.0916	0.087	0.1039	0.1038	0.1219	0.087	0.1486	0.1453	0.1486	0.1433	0.1057	0.0909	0.1057	0.1178
chrX	10793458	10793643	chrX:10793459-10793643	FBgn0030246	CG1582	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1205	0.1029	0.144	0.1142	0.0764	0.1146	0.1176	0.1432	0.0764	0.1751	0.1559	0.1751	0.1526	0.1279	0.1283	0.1279	0.1355
chrX	10793709	10793860	chrX:10793710-10793860	FBgn0030246	CG1582	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.036	0.0324	0.0458	0.0291	0.0233	0.034	0.0368	0.048	0.0233	0.0592	0.0521	0.0592	0.0442	0.0299	0.0458	0.0299	0.0266
chrX	10798625	10798776	chrX:10798626-10798776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0168	0.019	0.0195	0.0053	0.015	0.0234	0.0286	0.0053	0.0079	0.0283	0.0079	0.0178	0.0069	0.0413	0.0069	0.0151
chrX	10798974	10799148	chrX:10798975-10799148	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0399	0.0517	0.036	0.0309	0.0498	0.0422	0.0536	0.0939	0.0498	0.0199	0.046	0.0199	0.0449	0.013	0.0593	0.013	0.0219
chrX	10799383	10799574	chrX:10799384-10799574	FBgn0264502	CG43901	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0322	0.043	0.0303	0.0223	0.0403	0.0286	0.0532	0.0759	0.0403	0.0163	0.0418	0.0163	0.0333	0.0054	0.0477	0.0054	0.0172
chrX	10799771	10799994	chrX:10799772-10799994	FBgn0264502	CG43901	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0319	0.0258	0.0173	0.0265	0.0257	0.0446	0.0486	0.0265	0.0109	0.0386	0.0109	0.017	0.0031	0.0277	0.0031	0.0104
chrX	10800284	10800436	chrX:10800285-10800436	FBgn0264502	CG43901	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0141	0.0176	0.0348	0.0064	0.0175	0.0173	0.02	0.0064	0.0169	0.0209	0.0169	0.0124	0.0069	0.0245	0.0069	0.0177
chrX	10800560	10800805	chrX:10800561-10800805	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0188	0.0231	0.0521	0.0064	0.0199	0.0234	0.0306	0.0064	0.0169	0.0206	0.0169	0.0201	0.01	0.0303	0.01	0.0219
chrX	10801860	10802011	chrX:10801861-10802011	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0072	0.0123	0.0178	0	0.0063	0.0117	0.01	0	0.0097	0.0135	0.0097	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0042
chrX	10802153	10802304	chrX:10802154-10802304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0096	0.0121	0.0189	0.0032	0.0087	0.0117	0.0153	0.0032	0.0066	0.0141	0.0066	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0016
chrX	10815736	10815919	chrX:10815737-10815919	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.068	0.082	0.0624	0.0583	0.0668	0.0835	0.1133	0.0953	0.0668	0.0882	0.0749	0.0882	0.048	0.0658	0.069	0.0658	0.0912
chrX	10816137	10816343	chrX:10816138-10816343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0316	0.0404	0.031	0.0224	0.0297	0.0354	0.0588	0.0493	0.0297	0.0356	0.0399	0.0356	0.0248	0.0214	0.0271	0.0214	0.036
chrX	10816387	10816560	chrX:10816388-10816560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0294	0.0375	0.0261	0.024	0.0191	0.0398	0.058	0.038	0.0191	0.0368	0.0296	0.0368	0.0232	0.0207	0.0258	0.0207	0.0391
chrX	10821343	10821646	chrX:10821344-10821646	FBgn0030251	CG2145	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0625	0.1211	0.0348	0.0273	0.1421	0.0583	0.2067	0.1366	0.1421	0.0217	0.0595	0.0217	0.024	0.0084	0.0793	0.0084	0.0234
chrX	10823799	10824014	chrX:10823800-10824014	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.0568	0.0773	0.0379	0.0339	0.0529	0.0774	0.0753	0.0339	0.0254	0.1428	0.0254	0.0612	0.0191	0.1012	0.0191	0.0307
chrX	10824717	10824940	chrX:10824718-10824940	FBgn0263705	Myo10A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1084	0.1133	0.148	0.0595	0.0679	0.1214	0.1198	0.1839	0.0679	0.035	0.2794	0.035	0.1208	0.0245	0.1896	0.0245	0.037
chrX	10825238	10825531	chrX:10825239-10825531	FBgn0263705	Myo10A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0898	0.0956	0.1192	0.0511	0.0636	0.0976	0.0952	0.1686	0.0636	0.0229	0.2331	0.0229	0.0922	0.0061	0.1831	0.0061	0.0266
chrX	10826561	10826727	chrX:10826562-10826727	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.011	0.0699	0.0285	0.0032	0.017	0.0104	0.014	0.0032	0.0139	0.1482	0.0139	0.0271	0.0038	0.1115	0.0038	0.0073
chrX	10829783	10829934	chrX:10829784-10829934	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0207	0.032	0.0201	0.0106	0.0223	0.0272	0.028	0.0106	0.0091	0.0672	0.0091	0.0101	0.0046	0.0716	0.0046	0.0052
chrX	10830508	10830693	chrX:10830509-10830693	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0381	0.0639	0.0279	0.0203	0.0541	0.0466	0.1021	0.0773	0.0541	0.0115	0.0534	0.0115	0.0147	0.0046	0.0741	0.0046	0.0073
chrX	10830889	10831085	chrX:10830890-10831085	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0303	0.0292	0.0362	0.0251	0.0138	0.0286	0.0454	0.0353	0.0138	0.0103	0.0752	0.0103	0.0194	0.0054	0.0916	0.0054	0.0073
chrX	10832969	10833120	chrX:10832970-10833120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0231	0.0207	0.0088	0.0106	0.0374	0.0242	0.0266	0.0106	0.0091	0.0344	0.0091	0.0217	0.0092	0.0232	0.0092	0.0047
chrX	10833245	10833396	chrX:10833246-10833396	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0185	0.0259	0.0216	0.0068	0.0095	0.0388	0.029	0.0293	0.0095	0.0242	0.0267	0.0242	0.0225	0.0084	0.0129	0.0084	0.0057
chrX	10834732	10835074	chrX:10834733-10835074	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0186	0.0425	0.0411	0.0074	0.0214	0.0277	0.0193	0.0074	0.0205	0.0849	0.0205	0.0178	0.0115	0.1489	0.0115	0.0109
chrX	10847914	10848065	chrX:10847915-10848065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.015	0.0074	0.0136	0.0251	0.0011	0.0044	0.016	0.0073	0.0011	0.0054	0.026	0.0054	0.0046	8e-04	0.0993	8e-04	0.0063
chrX	10861172	10861415	chrX:10861173-10861415	FBgn0021742	C901	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0101	0.0208	0.0337	0.0042	0.0087	0.0186	0.0093	0.0042	0.0079	0.0392	0.0079	0.0163	0.0038	0.1257	0.0038	0.0151
chrX	10861633	10861784	chrX:10861634-10861784	FBgn0021742	C901	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0075	0.0142	0.0167	0.0021	0.0083	0.0099	0.0093	0.0021	0.0091	0.0251	0.0091	0.0116	0.0054	0.0522	0.0054	0.0109
chrX	10861893	10862044	chrX:10861894-10862044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0121	0.0108	0.0117	0.0139	0.0053	0.0126	0.0164	0.0093	0.0053	0.0115	0.0167	0.0115	0.0108	0.0054	0.0438	0.0054	0.0078
chrX	10929011	10929162	chrX:10929012-10929162	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0056	0.0049	0.0077	0.0011	0.0029	0.0108	0.0087	0.0011	0.0042	0.0048	0.0042	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0042
chrX	10933880	10934090	chrX:10933881-10934090	FBgn0259241	CG42339	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0516	0.0982	0.0303	0.023	0.0785	0.0879	0.1349	0.1279	0.0785	0.0525	0.0244	0.0525	0.0085	0.0031	0.0077	0.0031	0.0036
chrX	10938607	10938758	chrX:10938608-10938758	FBgn0030257	CG11160	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.009	0.0076	0.0057	0.0142	0.0042	0.0063	0.0147	0.006	0.0042	0.0091	0.0045	0.0091	0.0054	0.0482	0.011	0.0482	0.0068
chrX	10939666	10939817	chrX:10939667-10939817	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0044	0.0039	0.0191	0.0032	0.0044	0.0087	0.002	0.0032	0.0085	0.0023	0.0085	0.0054	0.0766	0.0084	0.0766	0.0052
chrX	10975126	10975295	chrX:10975127-10975295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0176	0.0183	0.0267	0.0159	0.0141	0.0229	0.0253	0.0159	0.0181	0.0206	0.0181	0.0271	0.0375	0.0232	0.0375	0.0375
chrX	10975914	10976065	chrX:10975915-10976065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0297	0.034	0.0248	0.0159	0.0311	0.0424	0.0333	0.0159	0.0411	0.036	0.0411	0.0395	0.0314	0.0239	0.0314	0.0406
chrX	10980381	10980532	chrX:10980382-10980532	FBgn0003366	sev	stage14	none	sev_sev_prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0152	0.0142	0.0128	0.0189	0.0117	0.0131	0.0212	0.016	0.0117	0.0103	0.018	0.0103	0.0147	0.0153	0.0232	0.0153	0.0354
chrX	10984294	10984492	chrX:10984295-10984492	FBgn0030263	CG2076	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0564	0.0432	0.0627	0.0642	0.0201	0.0544	0.0515	0.0593	0.0201	0.0586	0.0701	0.0586	0.0953	0.0766	0.0587	0.0766	0.0855
chrX	10984591	10984778	chrX:10984592-10984778	FBgn0030263	CG2076	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0332	0.0249	0.0367	0.0386	0.0095	0.0296	0.0303	0.0346	0.0095	0.0393	0.0347	0.0393	0.0604	0.0459	0.0374	0.0459	0.0526
chrX	10986247	10986398	chrX:10986248-10986398	FBgn0027498	CG2061	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0217	0.0141	0.0206	0.0313	0.0064	0.0131	0.0225	0.016	0.0064	0.0091	0.026	0.0091	0.0318	0.0145	0.0419	0.0145	0.0438
chrX	11002134	11002298	chrX:11002135-11002298	FBgn0015245	Hsp60	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0568	0.0275	0.0674	0.0778	0.0201	0.033	0.0385	0.0286	0.0201	0.0604	0.0704	0.0604	0.0984	0.0942	0.0825	0.0942	0.1006
chrX	11002421	11002593	chrX:11002422-11002593	FBgn0015245	Hsp60	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.15	0.1127	0.177	0.162	0.0721	0.1447	0.1241	0.1459	0.0721	0.2077	0.19	0.2077	0.2091	0.1769	0.1792	0.1769	0.2011
chrX	11002676	11003051	chrX:11002677-11003051	FBgn0015245	Hsp60	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1498	0.1261	0.1798	0.1432	0.0827	0.1665	0.128	0.1719	0.0827	0.2198	0.1939	0.2198	0.2107	0.1547	0.1554	0.1547	0.1912
chrX	11003829	11003980	chrX:11003830-11003980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0108	0.0272	0.0354	0.0042	0.0121	0.0151	0.0147	0.0042	0.0332	0.0273	0.0332	0.048	0.0245	0.0213	0.0245	0.0844
chrX	11006522	11006773	chrX:11006523-11006773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0238	0.0151	0.0348	0.0216	0.0064	0.0218	0.019	0.016	0.0064	0.038	0.0289	0.038	0.0736	0.0283	0.0135	0.0283	0.0391
chrX	11017664	11017896	chrX:11017665-11017896	FBgn0030266	CG11122	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.092	0.1013	0.1173	0.0539	0.0679	0.1117	0.125	0.1352	0.0679	0.1479	0.1322	0.1479	0.1053	0.0628	0.0522	0.0628	0.0521
chrX	11017920	11018120	chrX:11017921-11018120	FBgn0030266	CG11122	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.074	0.0627	0.1001	0.0581	0.0297	0.0937	0.0636	0.0773	0.0297	0.125	0.1129	0.125	0.0844	0.0643	0.0606	0.0643	0.0573
chrX	11018255	11018506	chrX:11018256-11018506	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.116	0.0727	0.1581	0.1184	0.0265	0.1209	0.0571	0.1079	0.0265	0.1902	0.1637	0.1902	0.1565	0.1064	0.107	0.1064	0.1152
chrX	11018624	11018840	chrX:11018625-11018840	FBgn0028686	Rpt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1639	0.1356	0.202	0.1536	0.0891	0.1854	0.1289	0.1879	0.0891	0.2446	0.2145	0.2446	0.2045	0.1508	0.1721	0.1508	0.1657
chrX	11018914	11019085	chrX:11018915-11019085	FBgn0028686	Rpt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1053	0.088	0.1308	0.0966	0.053	0.1131	0.096	0.1133	0.053	0.1576	0.1431	0.1576	0.1247	0.085	0.1141	0.085	0.1193
chrX	11019107	11019306	chrX:11019108-11019306	FBgn0028686	Rpt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1422	0.129	0.1737	0.1224	0.0742	0.1646	0.1393	0.1779	0.0742	0.221	0.1849	0.221	0.1681	0.1064	0.1476	0.1064	0.1464
chrX	11029976	11030157	chrX:11029977-11030157	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0749	0.0724	0.1044	0.0454	0.035	0.0903	0.0874	0.0933	0.035	0.1377	0.1138	0.1377	0.0953	0.0329	0.0496	0.0329	0.0438
chrX	11030233	11030411	chrX:11030234-11030411	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1328	0.1115	0.183	0.1014	0.0604	0.149	0.1241	0.1426	0.0604	0.2301	0.1936	0.2301	0.1844	0.0972	0.1186	0.0972	0.11
chrX	11030490	11030670	chrX:11030491-11030670	FBgn0030268	Klp10A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1294	0.1029	0.1754	0.1086	0.053	0.15	0.1021	0.1352	0.053	0.2162	0.1846	0.2162	0.1797	0.1087	0.1141	0.1087	0.136
chrX	11030697	11030880	chrX:11030698-11030880	FBgn0030268	Klp10A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1269	0.0905	0.173	0.117	0.0424	0.1417	0.0804	0.1186	0.0424	0.224	0.1756	0.224	0.1859	0.111	0.1135	0.111	0.1589
chrX	11031004	11031181	chrX:11031005-11031181	FBgn0030268	Klp10A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1488	0.1138	0.1926	0.1397	0.0604	0.1636	0.1185	0.1486	0.0604	0.2458	0.21	0.2458	0.1797	0.1355	0.1406	0.1355	0.1756
chrX	11031232	11031653	chrX:11031233-11031653	FBgn0030268,FBgn0030269	CG18292,Klp10A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1491	0.1115	0.1948	0.1409	0.0626	0.1607	0.1125	0.1446	0.0626	0.2337	0.2167	0.2337	0.1875	0.1447	0.1373	0.1447	0.1761
chrX	11031765	11031958	chrX:11031766-11031958	FBgn0030269	CG18292	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1419	0.1173	0.1798	0.1278	0.0742	0.1573	0.1254	0.1506	0.0742	0.2192	0.1932	0.2192	0.1735	0.1172	0.1393	0.1172	0.1553
chrX	11032066	11032217	chrX:11032067-11032217	FBgn0030269	CG18292	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0569	0.0466	0.072	0.0518	0.0265	0.0617	0.0476	0.0653	0.0265	0.0731	0.0804	0.0731	0.0775	0.0467	0.0548	0.0467	0.0667
chrX	11040723	11040953	chrX:11040724-11040953	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1262	0.2514	0.0874	0.0288	0.2418	0.2403	0.3097	0.3231	0.2418	0.0767	0.0868	0.0767	0.0418	0.013	0.0239	0.013	0.0245
chrX	11041603	11041817	chrX:11041604-11041817	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0742	0.0899	0.0845	0.0453	0.0371	0.1005	0.1103	0.1366	0.0371	0.0954	0.0836	0.0954	0.0891	0.0551	0.049	0.0551	0.0495
chrX	11041829	11042043	chrX:11041830-11042043	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.0983	0.1066	0.0602	0.0509	0.117	0.1116	0.1466	0.0509	0.1443	0.0958	0.1443	0.1053	0.0735	0.0606	0.0735	0.0667
chrX	11042281	11042460	chrX:11042282-11042460	FBgn0020255	ran	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0802	0.0732	0.0972	0.0695	0.0392	0.099	0.0783	0.0966	0.0392	0.122	0.0974	0.122	0.0953	0.0727	0.0703	0.0727	0.0803
chrX	11042518	11042699	chrX:11042519-11042699	FBgn0020255	ran	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1267	0.1119	0.1608	0.106	0.07	0.1359	0.1371	0.1372	0.07	0.195	0.1672	0.195	0.1572	0.0965	0.109	0.0965	0.1292
chrX	11043187	11043347	chrX:11043188-11043347	FBgn0030274	CG1908	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0634	0.0621	0.0808	0.0457	0.0445	0.0762	0.0731	0.0753	0.0445	0.0888	0.0923	0.0888	0.0868	0.0444	0.0451	0.0444	0.0641
chrX	11043386	11043601	chrX:11043387-11043601	FBgn0030274	CG1908	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0971	0.1001	0.1135	0.0759	0.0923	0.1184	0.1207	0.1099	0.0923	0.1335	0.1248	0.1335	0.1177	0.0888	0.0761	0.0888	0.0985
chrX	11043646	11043880	chrX:11043647-11043880	FBgn0030274	CG1908	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0807	0.0837	0.0924	0.0645	0.0583	0.0956	0.1151	0.0899	0.0583	0.1057	0.1045	0.1057	0.0922	0.0781	0.0709	0.0781	0.0782
chrX	11047562	11047896	chrX:11047563-11047896	FBgn0261277	rtv	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0907	0.0722	0.1098	0.0905	0.0414	0.0937	0.0727	0.1086	0.0414	0.1045	0.1441	0.1045	0.1022	0.098	0.1167	0.098	0.098
chrX	11047987	11048168	chrX:11047988-11048168	FBgn0030276,FBgn0261277	Dlic,rtv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1434	0.1093	0.1838	0.1372	0.0615	0.1524	0.1116	0.1459	0.0615	0.221	0.2013	0.221	0.1805	0.1432	0.1412	0.1432	0.1584
chrX	11048320	11048522	chrX:11048321-11048522	FBgn0030276,FBgn0261277	Dlic,rtv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1975	0.1565	0.2509	0.1848	0.0976	0.2228	0.1414	0.2219	0.0976	0.3025	0.2749	0.3025	0.2417	0.1853	0.1786	0.1853	0.223
chrX	11048618	11048825	chrX:11048619-11048825	FBgn0030276	Dlic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1095	0.1966	0.1361	0.0541	0.1534	0.0986	0.1672	0.0541	0.2271	0.2212	0.2271	0.1805	0.1493	0.136	0.1493	0.1449
chrX	11048938	11049213	chrX:11048939-11049213	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1709	0.1451	0.2277	0.1376	0.0679	0.2039	0.1397	0.2059	0.0679	0.2742	0.2582	0.2742	0.189	0.1646	0.1444	0.1646	0.1188
chrX	11050093	11050330	chrX:11050094-11050330	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.051	0.0506	0.0697	0.0311	0.0223	0.068	0.0437	0.0839	0.0223	0.0568	0.0894	0.0568	0.0527	0.013	0.0329	0.013	0.0448
chrX	11090812	11090963	chrX:11090813-11090963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0203	0.029	0.0197	0.0111	0.0212	0.0243	0.0502	0.0213	0.0212	0.0278	0.0196	0.0278	0.0178	0.0161	0.0123	0.0161	0.0078
chrX	11091442	11091593	chrX:11091443-11091593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0174	0.0248	0.0169	0.0096	0.0138	0.015	0.048	0.0247	0.0138	0.0205	0.0203	0.0205	0.0155	0.013	0.0077	0.013	0.0115
chrX	11092175	11092326	chrX:11092176-11092326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0201	0.028	0.0197	0.0118	0.0148	0.0199	0.0541	0.0213	0.0148	0.0248	0.0228	0.0248	0.0178	0.0145	0.0084	0.0145	0.0151
chrX	11092588	11092804	chrX:11092589-11092804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.02	0.028	0.0204	0.0106	0.0117	0.0223	0.0497	0.0233	0.0117	0.0284	0.0219	0.0284	0.0225	0.0138	0.0103	0.0138	0.0104
chrX	11093382	11093533	chrX:11093383-11093533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0225	0.0359	0.0184	0.012	0.0339	0.0228	0.0623	0.034	0.0339	0.0266	0.0177	0.0266	0.0209	0.0115	0.0129	0.0115	0.0172
chrX	11162486	11162637	chrX:11162487-11162637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.01	0.0157	0.0203	0.0053	0.0092	0.0195	0.006	0.0053	0.0115	0.0141	0.0115	0.0372	0.0069	0.0116	0.0069	0.0469
chrX	11187795	11187946	chrX:11187796-11187946	FBgn0261569	CG42683	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0189	0.0098	0.018	0.0138	0.017	0.0277	0.024	0.0138	0.0127	0.0068	0.0127	0.0163	0.0145	0.0071	0.0145	0.0078
chrX	11188486	11188671	chrX:11188487-11188671	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0234	0.0366	0.0174	0.0153	0.0382	0.0243	0.0562	0.042	0.0382	0.0302	0.0138	0.0302	0.0139	0.0191	0.0116	0.0191	0.012
chrX	11197239	11197390	chrX:11197240-11197390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0096	0.0101	0.0069	0.012	0.0053	0.0117	0.0143	0.0107	0.0053	0.0097	0.0064	0.0097	0.0085	0.0352	0.0077	0.0352	0.0115
chrX	11214251	11214402	chrX:11214252-11214402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0254	0.0155	0.0153	0.017	0.0238	0.0346	0.0313	0.017	0.0139	0.017	0.0139	0.0256	0.01	0.0116	0.01	0.0344
chrX	11216378	11216650	chrX:11216379-11216650	FBgn0003411	sisA	stage5	none	Unspecified_HC_13	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.1842	0.0234	0.0109	0.1919	0.0786	0.3434	0.1865	0.1919	0.0205	0.0296	0.0205	0.0333	0.0115	0.0168	0.0115	0.012
chrX	11216822	11217077	chrX:11216823-11217077	FBgn0003411	sisA	stage11,stage5	none	Unspecified_HC_13	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0644	0.1368	0.0358	0.0148	0.1347	0.0684	0.2548	0.1332	0.1347	0.0181	0.035	0.0181	0.0937	0.0092	0.0155	0.0092	0.0229
chrX	11218746	11219178	chrX:11218747-11219178	FBgn0001491,FBgn0030286	CG1657,l(1)10Bb	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.0936	0.1056	0.0766	0.0467	0.0971	0.1319	0.1133	0.0467	0.1208	0.1087	0.1208	0.1247	0.0873	0.0774	0.0873	0.0974
chrX	11219289	11219475	chrX:11219290-11219475	FBgn0001491,FBgn0030286	CG1657,l(1)10Bb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1456	0.1264	0.1751	0.1348	0.0732	0.1597	0.1449	0.1586	0.0732	0.2198	0.183	0.2198	0.1789	0.1623	0.1451	0.1623	0.1464
chrX	11219562	11219951	chrX:11219563-11219951	FBgn0001491,FBgn0030286	CG1657,l(1)10Bb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1281	0.1054	0.1529	0.1263	0.0604	0.135	0.1215	0.1299	0.0604	0.1914	0.1518	0.1914	0.1588	0.1279	0.1244	0.1279	0.1532
chrX	11219976	11220149	chrX:11219977-11220149	FBgn0030286	CG1657	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0458	0.0361	0.0516	0.0501	0.0106	0.049	0.0385	0.0546	0.0106	0.0622	0.0437	0.0622	0.0488	0.0482	0.0342	0.0482	0.0594
chrX	11220232	11220401	chrX:11220233-11220401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0392	0.0322	0.0434	0.0425	0.0106	0.0451	0.0385	0.0386	0.0106	0.0393	0.0486	0.0393	0.0542	0.0299	0.04	0.0299	0.0641
chrX	11220563	11220726	chrX:11220564-11220726	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0304	0.0199	0.0379	0.0337	0.0053	0.0223	0.0268	0.0273	0.0053	0.0284	0.0457	0.0284	0.0589	0.0207	0.0374	0.0207	0.049
chrX	11227325	11227476	chrX:11227326-11227476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0204	0.0183	0.0254	0.0174	0.0053	0.0262	0.0221	0.0227	0.0053	0.0272	0.0273	0.0272	0.0318	0.0145	0.0148	0.0145	0.0313
chrX	11232245	11232396	chrX:11232246-11232396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0224	0.0125	0.0256	0.0299	0.0064	0.0146	0.0169	0.014	0.0064	0.0175	0.0347	0.0175	0.0302	0.0199	0.0664	0.0199	0.0297
chrX	11232704	11232855	chrX:11232705-11232855	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.033	0.0209	0.0419	0.0368	0.0074	0.0248	0.0238	0.0313	0.0074	0.0405	0.054	0.0405	0.0434	0.0291	0.069	0.0291	0.0412
chrX	11233074	11233382	chrX:11233075-11233382	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1239	0.0824	0.1462	0.1459	0.0392	0.1136	0.08	0.1226	0.0392	0.1751	0.1756	0.1751	0.1472	0.1815	0.1709	0.1815	0.1746
chrX	11233540	11233954	chrX:11233541-11233954	FBgn0028421,FBgn0085377	CG34348,Kap3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2334	0.2029	0.2816	0.2147	0.1389	0.2578	0.2141	0.2785	0.1389	0.3182	0.3206	0.3182	0.2657	0.2289	0.2431	0.2289	0.2465
chrX	11234485	11234686	chrX:11234486-11234686	FBgn0028421	Kap3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.0328	0.0711	0.0648	0.0148	0.0403	0.0385	0.0453	0.0148	0.0755	0.0862	0.0755	0.086	0.0789	0.0851	0.0789	0.0766
chrX	11234912	11235087	chrX:11234913-11235087	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0599	0.0305	0.0734	0.0778	0.0106	0.0466	0.0337	0.036	0.0106	0.0604	0.0971	0.0604	0.1053	0.1133	0.1057	0.1133	0.0886
chrX	11236292	11236443	chrX:11236293-11236443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0117	0.0246	0.032	0.0032	0.0136	0.0164	0.0133	0.0032	0.0205	0.026	0.0205	0.0488	0.0207	0.0232	0.0207	0.0709
chrX	11241957	11242127	chrX:11241958-11242127	FBgn0030289,FBgn0030290	CG11756,CG1597	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0936	0.0907	0.1157	0.0726	0.0477	0.1141	0.1073	0.1233	0.0477	0.1449	0.126	0.1449	0.103	0.0712	0.0877	0.0712	0.0818
chrX	11242316	11242467	chrX:11242317-11242467	FBgn0030289,FBgn0030290	CG11756,CG1597	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.0432	0.0643	0.0355	0.018	0.0583	0.0458	0.064	0.018	0.0761	0.0717	0.0761	0.0534	0.0352	0.0393	0.0352	0.0412
chrX	11243021	11243199	chrX:11243022-11243199	FBgn0030291	CG1738	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.097	0.0845	0.1283	0.0767	0.0435	0.1102	0.099	0.1086	0.0435	0.1703	0.1354	0.1703	0.1046	0.0835	0.0696	0.0835	0.0875
chrX	11243651	11243825	chrX:11243652-11243825	FBgn0030292	CG11752	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0633	0.0673	0.0816	0.0389	0.0488	0.0791	0.0865	0.0759	0.0488	0.1184	0.0768	0.1184	0.0713	0.0352	0.0284	0.0352	0.0552
chrX	11243924	11244099	chrX:11243925-11244099	FBgn0030292	CG11752	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1305	0.122	0.16	0.1076	0.0923	0.1485	0.1471	0.1446	0.0923	0.2089	0.1637	0.2089	0.1572	0.1172	0.107	0.1172	0.124
chrX	11244232	11244392	chrX:11244233-11244392	FBgn0030292,FBgn0030293	CG11752,CG1737	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0738	0.0582	0.102	0.0603	0.0297	0.0718	0.0696	0.0799	0.0297	0.1214	0.1145	0.1214	0.0899	0.0628	0.0677	0.0628	0.0735
chrX	11244520	11244691	chrX:11244521-11244691	FBgn0030292,FBgn0030293	CG11752,CG1737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1825	0.1553	0.2241	0.1674	0.1113	0.2034	0.16	0.2052	0.1113	0.276	0.2405	0.276	0.2053	0.1708	0.1754	0.1708	0.1829
chrX	11244819	11245013	chrX:11244820-11245013	FBgn0030293	CG1737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1905	0.1648	0.2319	0.1738	0.106	0.2073	0.1825	0.2159	0.106	0.2977	0.2469	0.2977	0.1936	0.1815	0.1818	0.1815	0.1834
chrX	11245068	11245254	chrX:11245069-11245254	FBgn0030293	CG1737	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1052	0.0931	0.1303	0.0911	0.0721	0.1131	0.1107	0.1146	0.0721	0.1715	0.1322	0.1715	0.1263	0.098	0.0935	0.098	0.1058
chrX	11245339	11245524	chrX:11245340-11245524	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1257	0.1176	0.1556	0.1019	0.0795	0.1471	0.1319	0.1566	0.0795	0.2005	0.1669	0.2005	0.1495	0.1378	0.0974	0.1378	0.1355
chrX	11249312	11249470	chrX:11249313-11249470	FBgn0000499	dsh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0537	0.0578	0.0628	0.0391	0.0297	0.0772	0.0649	0.0746	0.0297	0.1111	0.0527	0.1111	0.0612	0.0636	0.0226	0.0636	0.0584
chrX	11249593	11249744	chrX:11249594-11249744	FBgn0000499	dsh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0765	0.0745	0.0947	0.0588	0.0435	0.0908	0.0939	0.0939	0.0435	0.1268	0.0977	0.1268	0.0899	0.0628	0.0625	0.0628	0.073
chrX	11249832	11250063	chrX:11249833-11250063	FBgn0000499	dsh	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.127	0.1165	0.1541	0.1089	0.0859	0.1335	0.1406	0.1479	0.0859	0.2029	0.1675	0.2029	0.1441	0.1194	0.1148	0.1194	0.1277
chrX	11250068	11250262	chrX:11250069-11250262	FBgn0000499	dsh	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.0677	0.102	0.0751	0.0382	0.0801	0.0817	0.0926	0.0382	0.1268	0.1161	0.1268	0.0806	0.0689	0.087	0.0689	0.0823
chrX	11253060	11253311	chrX:11253061-11253311	FBgn0030294	Pa1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1255	0.114	0.1528	0.1085	0.0679	0.151	0.1272	0.1399	0.0679	0.2258	0.1566	0.2258	0.1247	0.17	0.0896	0.17	0.1193
chrX	11254712	11254885	chrX:11254713-11254885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0469	0.0454	0.0603	0.034	0.0138	0.0621	0.0476	0.0666	0.0138	0.0845	0.0656	0.0845	0.0519	0.0306	0.0361	0.0306	0.0453
chrX	11254966	11255133	chrX:11254967-11255133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0338	0.0428	0.0235	0.0159	0.0393	0.0372	0.05	0.0159	0.0519	0.0482	0.0519	0.0372	0.0237	0.0271	0.0237	0.0302
chrX	11259001	11259152	chrX:11259002-11259152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0197	0.0294	0.0228	0.0074	0.0223	0.0298	0.0213	0.0074	0.0338	0.0277	0.0338	0.048	0.0145	0.0071	0.0145	0.0599
chrX	11261862	11262013	chrX:11261863-11262013	FBgn0004864,FBgn0027359	Tim8,hop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0459	0.038	0.0572	0.0423	0.0255	0.0495	0.0415	0.0513	0.0255	0.064	0.0659	0.064	0.0581	0.0398	0.0406	0.0398	0.0625
chrX	11262072	11262253	chrX:11262073-11262253	FBgn0004864,FBgn0027359	Tim8,hop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1647	0.1319	0.2108	0.1508	0.088	0.1835	0.1324	0.1699	0.088	0.2494	0.228	0.2494	0.2208	0.1417	0.1522	0.1417	0.1813
chrX	11262359	11262549	chrX:11262360-11262549	FBgn0004864,FBgn0027359	Tim8,hop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1463	0.11	0.1886	0.1405	0.0668	0.1578	0.1077	0.1479	0.0668	0.2271	0.208	0.2271	0.2022	0.1508	0.1541	0.1508	0.1496
chrX	11262636	11262914	chrX:11262637-11262914	FBgn0027359	Tim8	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.0703	0.1305	0.0993	0.0297	0.1029	0.0701	0.0933	0.0297	0.1504	0.1421	0.1504	0.1464	0.1225	0.0986	0.1225	0.111
chrX	11263071	11263282	chrX:11263072-11263282	FBgn0001624	dlg1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0608	0.0386	0.0807	0.0636	0.0117	0.0539	0.0407	0.058	0.0117	0.1002	0.0814	0.1002	0.0883	0.0743	0.058	0.0743	0.0756
chrX	11263364	11263578	chrX:11263365-11263578	FBgn0001624	dlg1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0993	0.0778	0.1279	0.092	0.0339	0.1049	0.0774	0.1193	0.0339	0.1709	0.1309	0.1709	0.1317	0.1034	0.0961	0.1034	0.099
chrX	11263597	11263775	chrX:11263598-11263775	FBgn0001624	dlg1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.0874	0.1391	0.1167	0.0361	0.1218	0.0895	0.1259	0.0361	0.1763	0.1421	0.1763	0.1456	0.1325	0.1128	0.1325	0.1245
chrX	11264095	11264254	chrX:11264096-11264254	FBgn0001624	dlg1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0397	0.0343	0.0352	0.0508	0.0138	0.0379	0.0437	0.05	0.0138	0.0362	0.0296	0.0362	0.0287	0.0505	0.0264	0.0505	0.0349
chrX	11264360	11264511	chrX:11264361-11264511	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0356	0.0254	0.0313	0.0515	0.0148	0.0272	0.0359	0.0313	0.0148	0.0278	0.0305	0.0278	0.0302	0.0689	0.0348	0.0689	0.0453
chrX	11264718	11264869	chrX:11264719-11264869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.034	0.0303	0.0357	0.0363	0.0233	0.0272	0.0454	0.0366	0.0233	0.0453	0.0357	0.0453	0.0395	0.0582	0.0316	0.0582	0.0365
chrX	11266890	11267088	chrX:11266891-11267088	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.0737	0.039	0.0351	0.0414	0.0786	0.0956	0.1006	0.0414	0.0411	0.0469	0.0411	0.0318	0.0521	0.0496	0.0521	0.0261
chrX	11274087	11274276	chrX:11274088-11274276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.008	0.01	0.0227	0.0032	0.0097	0.0138	0.0053	0.0032	0.0121	0.0096	0.0121	0.0124	0.0406	0.009	0.0406	0.0234
chrX	11278106	11278257	chrX:11278107-11278257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0127	0.0058	0.0123	0.0074	0.0102	0.0208	0.0147	0.0074	0.006	0.0058	0.006	0.0046	0.0084	0.0039	0.0084	0.0026
chrX	11283361	11283541	chrX:11283362-11283541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.0442	0.0678	0.0529	0.0223	0.0519	0.0519	0.066	0.0223	0.0785	0.0778	0.0785	0.0759	0.0842	0.058	0.0842	0.0714
chrX	11283601	11283788	chrX:11283602-11283788	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.1238	0.1722	0.1134	0.0933	0.1563	0.138	0.1599	0.0933	0.2114	0.1884	0.2114	0.1867	0.1623	0.1393	0.1623	0.1485
chrX	11283912	11284114	chrX:11283913-11284114	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.197	0.1924	0.2398	0.1551	0.1633	0.2306	0.215	0.2392	0.1633	0.308	0.2553	0.308	0.2533	0.2198	0.1863	0.2198	0.1876
chrX	11284238	11284422	chrX:11284239-11284422	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0869	0.0912	0.1009	0.0668	0.0732	0.1092	0.1112	0.1053	0.0732	0.1165	0.1129	0.1165	0.1015	0.0681	0.0858	0.0681	0.087
chrX	11284602	11284849	chrX:11284603-11284849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.0618	0.0613	0.0457	0.0361	0.068	0.08	0.0799	0.0361	0.0713	0.0669	0.0713	0.0635	0.0567	0.0477	0.0567	0.0651
chrX	11285276	11285579	chrX:11285277-11285579	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0654	0.0688	0.0703	0.0561	0.035	0.0874	0.0727	0.0999	0.035	0.1111	0.0691	0.1111	0.0705	0.1018	0.0471	0.1018	0.0745
chrX	11291240	11291435	chrX:11291241-11291435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0396	0.0378	0.048	0.0326	0.0212	0.0451	0.0411	0.056	0.0212	0.0543	0.0572	0.0543	0.0496	0.0345	0.0368	0.0345	0.0505
chrX	11291490	11291709	chrX:11291491-11291709	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0565	0.0546	0.0662	0.0479	0.0329	0.0694	0.0567	0.0806	0.0329	0.0857	0.0717	0.0857	0.0666	0.0521	0.0496	0.0521	0.0672
chrX	11293972	11294123	chrX:11293973-11294123	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0361	0.0234	0.0159	0.0318	0.0325	0.0476	0.0473	0.0318	0.0248	0.0296	0.0248	0.0248	0.0138	0.0232	0.0138	0.0203
chrX	11295025	11295176	chrX:11295026-11295176	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0267	0.0409	0.0226	0.0155	0.0371	0.035	0.0623	0.044	0.0371	0.0308	0.0257	0.0308	0.0248	0.0237	0.0187	0.0237	0.0151
chrX	11295371	11295522	chrX:11295372-11295522	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0309	0.0245	0.0152	0.0223	0.0369	0.0368	0.0393	0.0223	0.0296	0.0289	0.0296	0.0232	0.0191	0.0187	0.0191	0.0156
chrX	11295661	11295933	chrX:11295662-11295933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0465	0.0414	0.0249	0.0403	0.0456	0.0575	0.064	0.0403	0.0393	0.0543	0.0393	0.0403	0.0467	0.0342	0.0467	0.0193
chrX	11296156	11296354	chrX:11296157-11296354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0447	0.0352	0.0187	0.0265	0.0481	0.058	0.0566	0.0265	0.0326	0.0434	0.0326	0.0372	0.0222	0.0245	0.0222	0.0193
chrX	11303153	11303304	chrX:11303154-11303304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0274	0.0235	0.0167	0.017	0.0291	0.0333	0.0373	0.017	0.026	0.0277	0.026	0.0263	0.0168	0.0187	0.0168	0.0234
chrX	11303471	11303689	chrX:11303472-11303689	FBgn0030296	CG15196	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0288	0.0327	0.0299	0.0234	0.0159	0.0374	0.0389	0.0506	0.0159	0.0344	0.0354	0.0344	0.0387	0.0245	0.029	0.0245	0.037
chrX	11303746	11303897	chrX:11303747-11303897	FBgn0030296	CG15196	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0279	0.031	0.0296	0.0227	0.0223	0.0345	0.035	0.044	0.0223	0.038	0.0341	0.038	0.031	0.0214	0.0271	0.0214	0.0396
chrX	11313799	11313950	chrX:11313800-11313950	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0081	0.0052	0.0063	0.0131	0.0011	0.0053	0.0091	0.0053	0.0011	0.006	0.0064	0.006	0.0101	0.0046	0.0045	0.0046	0.0328
chrX	11317651	11317872	chrX:11317652-11317872	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0118	0.0138	0.0384	0.0053	0.0146	0.0169	0.0107	0.0053	0.0085	0.009	0.0085	0.0442	0.0207	0.02	0.0207	0.1032
chrX	11321334	11321524	chrX:11321335-11321524	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0494	0.0278	0.0541	0.0685	0.0117	0.0388	0.0324	0.0353	0.0117	0.0423	0.0531	0.0423	0.1239	0.0452	0.0787	0.0452	0.1339
chrX	11324399	11324550	chrX:11324400-11324550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0098	0.0136	0.0242	0.0064	0.0112	0.0117	0.0127	0.0064	0.0109	0.01	0.0109	0.0333	0.0084	0.009	0.0084	0.0688
chrX	11328081	11328274	chrX:11328082-11328274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0115	0.0162	0.0318	0.0064	0.0083	0.0203	0.0127	0.0064	0.0072	0.0158	0.0072	0.0403	0.0291	0.0303	0.0291	0.061
chrX	11334414	11334720	chrX:11334415-11334720	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0282	0.0172	0.0218	0.0476	0.0074	0.0223	0.0268	0.0133	0.0074	0.0211	0.0251	0.0211	0.0302	0.0498	0.0567	0.0498	0.0849
chrX	11336420	11336573	chrX:11336421-11336573	FBgn0030300	Sk1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0162	0.0199	0.0207	0.0032	0.0218	0.0195	0.02	0.0032	0.0085	0.0225	0.0085	0.0426	0.0191	0.0193	0.0191	0.0391
chrX	11340825	11341192	chrX:11340826-11341192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0441	0.04	0.0447	0.048	0.018	0.0408	0.0536	0.0586	0.018	0.0266	0.0534	0.0266	0.0891	0.0245	0.0522	0.0245	0.1047
chrX	11342074	11342225	chrX:11342075-11342225	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0074	0.0089	0.0146	0.0042	0.0083	0.0125	0.0053	0.0042	0.0079	0.0125	0.0079	0.0101	0.0054	0.0438	0.0054	0.0104
chrX	11343902	11344165	chrX:11343903-11344165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0174	0.0255	0.043	0.0064	0.0189	0.0247	0.0213	0.0064	0.0151	0.0206	0.0151	0.0705	0.0207	0.02	0.0207	0.1209
chrX	11346900	11347085	chrX:11346901-11347085	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0876	0.0836	0.0938	0.0852	0.0573	0.0835	0.0978	0.1292	0.0573	0.1214	0.1055	0.1214	0.086	0.0957	0.0709	0.0957	0.0667
chrX	11347196	11347452	chrX:11347197-11347452	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0955	0.1026	0.0876	0.0964	0.0742	0.117	0.1125	0.1486	0.0742	0.0972	0.0932	0.0972	0.0759	0.0758	0.0696	0.0758	0.0646
chrX	11347693	11347958	chrX:11347694-11347958	FBgn0262740	CG11727	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.069	0.0434	0.0697	0.0971	0.0212	0.0597	0.048	0.0566	0.0212	0.0664	0.0749	0.0664	0.072	0.1363	0.1096	0.1363	0.0787
chrX	11348106	11348257	chrX:11348107-11348257	FBgn0262740	CG11727	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0762	0.0515	0.0887	0.0901	0.035	0.0704	0.0597	0.0586	0.035	0.0996	0.0961	0.0996	0.0813	0.0988	0.0903	0.0988	0.0959
chrX	11348313	11348540	chrX:11348314-11348540	FBgn0030301,FBgn0262740	CG11727,HP5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1678	0.1459	0.1855	0.1728	0.0965	0.1796	0.1609	0.1952	0.0965	0.2192	0.2016	0.2192	0.1867	0.1838	0.1812	0.1838	0.1949
chrX	11348731	11348930	chrX:11348732-11348930	FBgn0030301,FBgn0262740	CG11727,HP5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1185	0.1017	0.1448	0.1085	0.07	0.1238	0.1094	0.1419	0.07	0.1938	0.1617	0.1938	0.117	0.1011	0.1173	0.1011	0.1256
chrX	11353038	11353206	chrX:11353039-11353206	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0478	0.0304	0.0528	0.0618	0.017	0.0422	0.0359	0.0333	0.017	0.0495	0.063	0.0495	0.0728	0.085	0.0529	0.085	0.0938
chrX	11353475	11353650	chrX:11353476-11353650	FBgn0262685	CG43155	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0427	0.0172	0.0458	0.0677	0.0064	0.0252	0.0203	0.0193	0.0064	0.0453	0.0556	0.0453	0.0635	0.0957	0.0638	0.0957	0.099
chrX	11377420	11377594	chrX:11377421-11377594	FBgn0030305	CG1749	stage11,stage14,stage5	none	CG1751_spase25prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1237	0.0987	0.1461	0.127	0.0679	0.117	0.1133	0.1272	0.0679	0.1636	0.173	0.1636	0.1456	0.1401	0.1483	0.1401	0.1496
chrX	11377718	11378013	chrX:11377719-11378013	FBgn0030305	CG1749	stage11,stage14,stage5	none	CG1751_spase25prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0375	0.0654	0.0646	0.0159	0.0461	0.0502	0.0446	0.0159	0.0682	0.0762	0.0682	0.0728	0.0643	0.0851	0.0643	0.0829
chrX	11378157	11378308	chrX:11378158-11378308	distal	distal	none	none	CG1751_spase25prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0223	0.0143	0.0308	0.0217	0.0021	0.018	0.0199	0.016	0.0021	0.0314	0.035	0.0314	0.0341	0.0176	0.0264	0.0176	0.038
chrX	11378533	11378796	chrX:11378534-11378796	FBgn0030306	Spase25	none	none	CG1751_spase25prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0222	0.0395	0.035	0.0074	0.0248	0.0333	0.0253	0.0074	0.0386	0.0437	0.0386	0.048	0.0222	0.0477	0.0222	0.0615
chrX	11378810	11379084	chrX:11378811-11379084	FBgn0030306	Spase25	stage11	none	CG1751_spase25prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0292	0.0477	0.0478	0.0138	0.0383	0.0355	0.0333	0.0138	0.0471	0.0537	0.0471	0.055	0.0398	0.0645	0.0398	0.0693
chrX	11379169	11379343	chrX:11379170-11379343	FBgn0030306	Spase25	stage11,stage14,stage5	none	CG1751_spase25prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0814	0.0657	0.0964	0.0823	0.0297	0.0966	0.0619	0.0946	0.0297	0.1045	0.1158	0.1045	0.0914	0.0773	0.0877	0.0773	0.1094
chrX	11379416	11379595	chrX:11379417-11379595	FBgn0030306	Spase25	stage11,stage14,stage5	none	CG1751_spase25prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.0434	0.0642	0.0468	0.0159	0.0612	0.0407	0.0693	0.0159	0.0688	0.0765	0.0688	0.0627	0.0421	0.0503	0.0421	0.0657
chrX	11386515	11386726	chrX:11386516-11386726	FBgn0052666	Drak	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0523	0.0445	0.0593	0.0533	0.0212	0.0573	0.0476	0.0646	0.0212	0.0592	0.0653	0.0592	0.0852	0.0536	0.0613	0.0536	0.0662
chrX	11386773	11386972	chrX:11386774-11386972	FBgn0052666	Drak	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1082	0.1253	0.1085	0.0827	0.1233	0.1311	0.1359	0.0827	0.1298	0.1444	0.1298	0.1371	0.108	0.1231	0.108	0.135
chrX	11387054	11387259	chrX:11387055-11387259	FBgn0052666	Drak	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2011	0.1935	0.2287	0.1794	0.1633	0.2243	0.2249	0.2432	0.1633	0.2675	0.2489	0.2675	0.2293	0.1861	0.196	0.1861	0.2142
chrX	11387320	11387589	chrX:11387321-11387589	FBgn0052666	Drak	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1487	0.152	0.1769	0.1139	0.1209	0.1786	0.1817	0.1832	0.1209	0.221	0.1971	0.221	0.151	0.0957	0.1238	0.0957	0.1298
chrX	11387821	11388013	chrX:11387822-11388013	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0633	0.0684	0.084	0.035	0.0414	0.0748	0.0796	0.0986	0.0414	0.0996	0.108	0.0996	0.0651	0.0429	0.049	0.0429	0.0328
chrX	11388722	11388919	chrX:11388723-11388919	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0809	0.0971	0.084	0.0593	0.0668	0.1233	0.1012	0.1379	0.0668	0.0694	0.1212	0.0694	0.0635	0.0276	0.1257	0.0276	0.073
chrX	11388967	11389337	chrX:11388968-11389337	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1558	0.2218	0.15	0.0883	0.2142	0.2422	0.2608	0.2738	0.2142	0.1165	0.2023	0.1165	0.1255	0.0391	0.1812	0.0391	0.1131
chrX	11389537	11389692	chrX:11389538-11389692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0332	0.0363	0.0327	0.0304	0.0265	0.0417	0.0519	0.0353	0.0265	0.0205	0.0338	0.0205	0.0643	0.0153	0.0264	0.0153	0.0724
chrX	11389780	11389931	chrX:11389781-11389931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0302	0.0344	0.0306	0.0251	0.0223	0.0417	0.0471	0.0353	0.0223	0.0205	0.0286	0.0205	0.0643	0.0115	0.0187	0.0115	0.0615
chrX	11392150	11392301	chrX:11392151-11392301	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0221	0.0174	0.019	0.0306	0.0074	0.0189	0.0268	0.018	0.0074	0.0175	0.0154	0.0175	0.0287	0.023	0.0103	0.023	0.0302
chrX	11393408	11393559	chrX:11393409-11393559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0179	0.0151	0.023	0.0074	0.0194	0.0285	0.0187	0.0074	0.0145	0.0132	0.0145	0.0225	0.0145	0.0193	0.0145	0.0406
chrX	11393571	11393843	chrX:11393572-11393843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0279	0.0245	0.0333	0.0212	0.0286	0.0402	0.0313	0.0212	0.0175	0.0219	0.0175	0.031	0.0199	0.0168	0.0199	0.0537
chrX	11394078	11394252	chrX:11394079-11394252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0245	0.0211	0.0256	0.0272	0.017	0.0228	0.0285	0.024	0.017	0.0223	0.0119	0.0223	0.0271	0.0191	0.0116	0.0191	0.0193
chrX	11394386	11394705	chrX:11394387-11394705	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0408	0.034	0.0386	0.0507	0.0223	0.0379	0.0467	0.0366	0.0223	0.0211	0.0212	0.0211	0.0271	0.0398	0.0155	0.0398	0.0495
chrX	11396501	11396652	chrX:11396502-11396652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0209	0.0241	0.0194	0.0191	0.0127	0.0223	0.0359	0.03	0.0127	0.0181	0.0209	0.0181	0.0217	0.013	0.0142	0.013	0.0401
chrX	11400409	11400571	chrX:11400410-11400571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0227	0.0356	0.0184	0.0128	0.0233	0.034	0.0562	0.038	0.0233	0.0175	0.0232	0.0175	0.0155	0.0107	0.0329	0.0107	0.0078
chrX	11401640	11401791	chrX:11401641-11401791	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.0183	0.0132	0.0292	0.017	0.016	0.0234	0.026	0.017	0.0187	0.017	0.0187	0.0085	0.0881	0.0271	0.0881	0.013
chrX	11402136	11402287	chrX:11402137-11402287	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0158	0.0193	0.0103	0.018	0.0095	0.0175	0.0324	0.022	0.0095	0.0115	0.0135	0.0115	0.0077	0.0383	0.0264	0.0383	0.012
chrX	11402446	11402671	chrX:11402447-11402671	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0306	0.0277	0.0292	0.0354	0.0159	0.0311	0.0411	0.0306	0.0159	0.0199	0.0437	0.0199	0.0256	0.0467	0.0935	0.0467	0.0167
chrX	11402761	11402912	chrX:11402762-11402912	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0273	0.0208	0.0277	0.018	0.033	0.0363	0.0286	0.018	0.0211	0.0232	0.0211	0.0248	0.0475	0.0509	0.0475	0.0208
chrX	11404301	11404452	chrX:11404302-11404452	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.027	0.0216	0.0265	0.0337	0.0159	0.0233	0.0277	0.0266	0.0159	0.029	0.0338	0.029	0.0194	0.0873	0.0393	0.0873	0.0245
chrX	11405686	11405837	chrX:11405687-11405837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0315	0.0175	0.0142	0.0223	0.0383	0.0428	0.034	0.0223	0.0217	0.0148	0.0217	0.0256	0.0145	0.0187	0.0145	0.0229
chrX	11406474	11406629	chrX:11406475-11406629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0375	0.0203	0.0139	0.0265	0.0388	0.0549	0.0366	0.0265	0.0157	0.027	0.0157	0.0155	0.0107	0.0264	0.0107	0.0125
chrX	11407124	11407275	chrX:11407125-11407275	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0166	0.0195	0.016	0.0085	0.0214	0.0221	0.018	0.0085	0.0115	0.0322	0.0115	0.017	0.0123	0.0432	0.0123	0.0104
chrX	11407366	11407517	chrX:11407367-11407517	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0227	0.0279	0.0162	0.0117	0.0209	0.029	0.0353	0.0117	0.0163	0.0476	0.0163	0.017	0.0084	0.0458	0.0084	0.0094
chrX	11409789	11409985	chrX:11409790-11409985	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0308	0.0284	0.0346	0.0292	0.0297	0.0248	0.0329	0.0413	0.0297	0.0103	0.0691	0.0103	0.0163	0.0145	0.0851	0.0145	0.0198
chrX	11411561	11411712	chrX:11411562-11411712	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0155	0.0163	0.0142	0.016	0.0127	0.0131	0.0208	0.0273	0.0127	0.0127	0.0167	0.0127	0.0155	0.01	0.0438	0.01	0.0104
chrX	11414381	11414571	chrX:11414382-11414571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0624	0.078	0.0567	0.0512	0.0679	0.0743	0.099	0.1026	0.0679	0.0713	0.0653	0.0713	0.0527	0.0681	0.058	0.0681	0.0667
chrX	11414895	11415168	chrX:11414896-11415168	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0353	0.0427	0.0296	0.0333	0.0286	0.049	0.0523	0.0566	0.0286	0.0332	0.0309	0.0332	0.0356	0.0674	0.0226	0.0674	0.0375
chrX	11415530	11415694	chrX:11415531-11415694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0277	0.0223	0.0249	0.0368	0.018	0.0233	0.029	0.026	0.018	0.0193	0.0186	0.0193	0.0651	0.023	0.0148	0.023	0.1011
chrX	11415959	11416122	chrX:11415960-11416122	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0337	0.0246	0.0293	0.0489	0.0191	0.0345	0.0268	0.0286	0.0191	0.0181	0.0267	0.0181	0.0775	0.0291	0.0174	0.0291	0.1324
chrX	11416252	11416434	chrX:11416253-11416434	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0377	0.0369	0.0322	0.0447	0.0276	0.0447	0.0389	0.052	0.0276	0.0199	0.0299	0.0199	0.0775	0.0245	0.0245	0.0245	0.1152
chrX	11420357	11420549	chrX:11420358-11420549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0251	0.0408	0.0189	0.0145	0.0424	0.0277	0.0536	0.062	0.0424	0.0163	0.0257	0.0163	0.0147	0.0176	0.0168	0.0176	0.0172
chrX	11421228	11421439	chrX:11421229-11421439	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0417	0.0346	0.0506	0.0397	0.0286	0.0442	0.032	0.0493	0.0286	0.0513	0.0585	0.0513	0.0542	0.0804	0.0374	0.0804	0.049
chrX	11422215	11422481	chrX:11422216-11422481	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0469	0.0333	0.052	0.0565	0.0212	0.0451	0.0372	0.038	0.0212	0.061	0.0572	0.061	0.0689	0.1034	0.0342	0.1034	0.0875
chrX	11422585	11422761	chrX:11422586-11422761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0252	0.0349	0.0397	0.0138	0.0277	0.0329	0.0326	0.0138	0.0393	0.0383	0.0393	0.0403	0.059	0.0245	0.059	0.0615
chrX	11422975	11423126	chrX:11422976-11423126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0209	0.0159	0.0226	0.0106	0.0233	0.0298	0.026	0.0106	0.0193	0.0138	0.0193	0.0186	0.0199	0.011	0.0199	0.0255
chrX	11425019	11425170	chrX:11425020-11425170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0197	0.0194	0.0204	0.0191	0.0127	0.018	0.0234	0.0286	0.0127	0.0157	0.0254	0.0157	0.0248	0.0145	0.0361	0.0145	0.0245
chrX	11425248	11425399	chrX:11425249-11425399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0189	0.0181	0.0173	0.0159	0.0175	0.0242	0.0247	0.0159	0.0127	0.0225	0.0127	0.0209	0.0123	0.0342	0.0123	0.0203
chrX	11427680	11427850	chrX:11427681-11427850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0212	0.0245	0.0213	0.0191	0.0223	0.0285	0.0227	0.0191	0.0157	0.0379	0.0157	0.024	0.0107	0.0548	0.0107	0.0172
chrX	11428065	11428289	chrX:11428066-11428289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.029	0.0329	0.0315	0.022	0.0286	0.0379	0.0428	0.0346	0.0286	0.0272	0.0421	0.0272	0.0318	0.0253	0.0413	0.0253	0.0224
chrX	11428397	11428548	chrX:11428398-11428548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0282	0.0245	0.0159	0.0201	0.0335	0.0363	0.0313	0.0201	0.026	0.0305	0.026	0.0232	0.0207	0.0193	0.0207	0.0182
chrX	11428700	11428851	chrX:11428701-11428851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0249	0.0268	0.0188	0.0223	0.0262	0.0329	0.028	0.0223	0.0411	0.0296	0.0411	0.0194	0.0245	0.0239	0.0245	0.0245
chrX	11436037	11436188	chrX:11436038-11436188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0198	0.025	0.0188	0.0149	0.0244	0.0277	0.0277	0.034	0.0244	0.0127	0.0212	0.0127	0.0209	0.0123	0.02	0.0123	0.0167
chrX	11436308	11436506	chrX:11436309-11436506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.027	0.0355	0.0241	0.0206	0.0329	0.0374	0.0428	0.042	0.0329	0.0151	0.0244	0.0151	0.0271	0.0237	0.0213	0.0237	0.0193
chrX	11438402	11438628	chrX:11438403-11438628	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0764	0.0596	0.0991	0.0702	0.0329	0.0869	0.0606	0.0706	0.0329	0.1304	0.1103	0.1304	0.11	0.1225	0.0916	0.1225	0.0808
chrX	11438903	11439078	chrX:11438904-11439078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0292	0.0268	0.0332	0.0276	0.0127	0.034	0.0316	0.0353	0.0127	0.0411	0.0389	0.0411	0.0325	0.0643	0.0264	0.0643	0.0234
chrX	11442655	11442850	chrX:11442656-11442850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0244	0.0259	0.0264	0.0205	0.017	0.0296	0.0342	0.032	0.017	0.0145	0.0334	0.0145	0.0434	0.0299	0.0335	0.0299	0.0188
chrX	11443041	11443309	chrX:11443042-11443309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0249	0.0199	0.0279	0.027	0.0053	0.0223	0.0255	0.03	0.0053	0.0205	0.0293	0.0205	0.0565	0.0375	0.0458	0.0375	0.0234
chrX	11448027	11448193	chrX:11448028-11448193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.0319	0.0249	0.0216	0.0244	0.032	0.0385	0.044	0.0244	0.0278	0.0273	0.0278	0.0287	0.026	0.0187	0.026	0.0323
chrX	11449118	11449557	chrX:11449119-11449557	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0584	0.0651	0.0457	0.0339	0.0665	0.0692	0.0853	0.0339	0.0761	0.0701	0.0761	0.0736	0.059	0.0522	0.059	0.0677
chrX	11451733	11451884	chrX:11451734-11451884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0239	0.0263	0.027	0.0178	0.0148	0.0316	0.032	0.0333	0.0148	0.0193	0.0305	0.0193	0.0279	0.0123	0.0206	0.0123	0.0203
chrX	11452614	11452835	chrX:11452615-11452835	FBgn0030309	CG1572	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.025	0.0259	0.0214	0.0277	0.0159	0.0223	0.0333	0.04	0.0159	0.0139	0.0238	0.0139	0.0387	0.0184	0.038	0.0184	0.0334
chrX	11454018	11454415	chrX:11454019-11454415	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.025	0.0352	0.0359	0.0064	0.0311	0.032	0.034	0.0064	0.0284	0.0373	0.0284	0.055	0.0306	0.0445	0.0306	0.0526
chrX	11454640	11454816	chrX:11454641-11454816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0213	0.0194	0.024	0.0203	0.0064	0.0218	0.0268	0.0286	0.0064	0.0217	0.0219	0.0217	0.0449	0.013	0.0155	0.013	0.0443
chrX	11457514	11457930	chrX:11457515-11457930	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0614	0.0544	0.0237	0.0297	0.0553	0.0969	0.0766	0.0297	0.0676	0.0598	0.0676	0.0411	0.0322	0.0251	0.0322	0.0266
chrX	11457966	11458184	chrX:11457967-11458184	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0373	0.0322	0.012	0.0223	0.035	0.0584	0.0393	0.0223	0.0362	0.0354	0.0362	0.0248	0.0168	0.011	0.0168	0.0094
chrX	11463851	11464119	chrX:11463852-11464119	FBgn0003277	RpII215	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0759	0.0737	0.094	0.0583	0.0435	0.085	0.0822	0.1099	0.0435	0.125	0.1019	0.125	0.0775	0.0681	0.0529	0.0681	0.0646
chrX	11464219	11464439	chrX:11464220-11464439	FBgn0003277,FBgn0030311	CG11699,RpII215	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1696	0.1709	0.1976	0.1376	0.1622	0.1874	0.1946	0.2305	0.1622	0.2415	0.2141	0.2415	0.1844	0.147	0.147	0.147	0.1626
chrX	11464542	11464767	chrX:11464543-11464767	FBgn0003277,FBgn0030311	CG11699,RpII215	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.157	0.1424	0.1972	0.1292	0.1039	0.1665	0.1726	0.1779	0.1039	0.2391	0.21	0.2391	0.1921	0.124	0.1476	0.124	0.1407
chrX	11466163	11466327	chrX:11466164-11466327	FBgn0027259,FBgn0030313	CG11697,Kmn1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.0582	0.0788	0.0479	0.0265	0.0733	0.0696	0.0799	0.0265	0.0942	0.082	0.0942	0.0767	0.0567	0.0458	0.0567	0.0594
chrX	11466408	11466579	chrX:11466409-11466579	FBgn0027259,FBgn0030313	CG11697,Kmn1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0936	0.0854	0.1195	0.0744	0.0477	0.1068	0.0982	0.1179	0.0477	0.1588	0.1309	0.1588	0.1131	0.0865	0.0703	0.0865	0.0881
chrX	11467422	11467614	chrX:11467423-11467614	FBgn0030314	CG11696	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0624	0.0557	0.0878	0.0419	0.0286	0.0743	0.0593	0.0793	0.0286	0.1135	0.0949	0.1135	0.0759	0.0513	0.0361	0.0513	0.0532
chrX	11467694	11467871	chrX:11467695-11467871	FBgn0030314	CG11696	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0975	0.0851	0.1226	0.0838	0.0541	0.1141	0.0891	0.1166	0.0541	0.157	0.1357	0.157	0.1123	0.0949	0.0729	0.0949	0.1047
chrX	11470570	11470734	chrX:11470571-11470734	FBgn0000618,FBgn0030316	CG11695,e(y)2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0867	0.0753	0.1058	0.0784	0.0477	0.1015	0.0753	0.1073	0.0477	0.1262	0.1196	0.1262	0.0984	0.0689	0.0948	0.0689	0.1016
chrX	11470819	11470976	chrX:11470820-11470976	FBgn0000618,FBgn0030316	CG11695,e(y)2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0849	0.0661	0.1089	0.0797	0.0392	0.0893	0.0709	0.0873	0.0392	0.1335	0.1283	0.1335	0.0953	0.0674	0.0916	0.0674	0.099
chrX	11472979	11473151	chrX:11472980-11473151	FBgn0019660	roX2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1521	0.1306	0.1906	0.134	0.0774	0.166	0.1358	0.1905	0.0774	0.2403	0.2042	0.2403	0.1642	0.1631	0.136	0.1631	0.1428
chrX	11473358	11473563	chrX:11473359-11473563	FBgn0019660	roX2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0917	0.0708	0.1173	0.087	0.0318	0.1073	0.0748	0.0806	0.0318	0.1793	0.1106	0.1793	0.086	0.1164	0.0806	0.1164	0.0886
chrX	11473629	11473780	chrX:11473630-11473780	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0607	0.0482	0.0792	0.0544	0.017	0.0714	0.0532	0.0573	0.017	0.1105	0.0826	0.1105	0.0674	0.0704	0.0529	0.0704	0.0667
chrX	11473904	11474055	chrX:11473905-11474055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0605	0.046	0.0807	0.0544	0.0255	0.0665	0.0454	0.0613	0.0255	0.1147	0.082	0.1147	0.0682	0.0613	0.058	0.0613	0.0651
chrX	11474245	11474427	chrX:11474246-11474427	FBgn0002948	nod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1389	0.1057	0.1764	0.1348	0.0594	0.1568	0.1081	0.1279	0.0594	0.221	0.1833	0.221	0.1689	0.134	0.1438	0.134	0.1615
chrX	11474589	11474831	chrX:11474590-11474831	FBgn0002948	nod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1882	0.1603	0.2306	0.173	0.1209	0.2083	0.167	0.2079	0.1209	0.2886	0.2392	0.2886	0.213	0.1784	0.1831	0.1784	0.1954
chrX	11474977	11475157	chrX:11474978-11475157	FBgn0002948	nod	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0582	0.0452	0.0805	0.0483	0.0191	0.065	0.0463	0.0606	0.0191	0.0996	0.0807	0.0996	0.0798	0.0559	0.0542	0.0559	0.0573
chrX	11479156	11479339	chrX:11479157-11479339	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0295	0.052	0.0242	0.0103	0.0467	0.035	0.0917	0.052	0.0467	0.0272	0.0289	0.0272	0.0201	0.0069	0.0123	0.0069	0.0146
chrX	11493777	11493983	chrX:11493778-11493983	FBgn0030318	rho-4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0799	0.0627	0.1057	0.0707	0.0403	0.0825	0.0636	0.0879	0.0403	0.1335	0.1135	0.1335	0.1015	0.085	0.0735	0.085	0.0792
chrX	11494110	11494555	chrX:11494111-11494555	FBgn0030318	rho-4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.096	0.1329	0.0763	0.053	0.1121	0.1064	0.1452	0.053	0.1492	0.1514	0.1492	0.1263	0.0735	0.0993	0.0735	0.0938
chrX	11494800	11495014	chrX:11494801-11495014	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1021	0.0847	0.1237	0.0978	0.0657	0.0951	0.1073	0.1013	0.0657	0.1341	0.1482	0.1341	0.1108	0.121	0.1296	0.121	0.1287
chrX	11495411	11495608	chrX:11495412-11495608	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0204	0.0448	0.0315	0.0074	0.0257	0.0242	0.0286	0.0074	0.0266	0.0608	0.0266	0.0604	0.0153	0.0542	0.0153	0.0422
chrX	11499778	11499929	chrX:11499779-11499929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.033	0.0289	0.0209	0.017	0.0393	0.042	0.04	0.017	0.0308	0.0338	0.0308	0.0271	0.0276	0.0213	0.0276	0.0302
chrX	11502567	11502718	chrX:11502568-11502718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0361	0.0236	0.011	0.0223	0.0296	0.0571	0.0426	0.0223	0.0242	0.0296	0.0242	0.0194	0.0061	0.0161	0.0061	0.0167
chrX	11505135	11505346	chrX:11505136-11505346	FBgn0030320	CG2247	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0849	0.0751	0.099	0.0802	0.0371	0.0951	0.0804	0.1039	0.0371	0.1087	0.1003	0.1087	0.103	0.0827	0.0851	0.0827	0.1079
chrX	11505347	11505547	chrX:11505348-11505547	FBgn0030320	CG2247	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1012	0.0899	0.1168	0.0969	0.0594	0.1019	0.0969	0.1319	0.0594	0.1196	0.1277	0.1196	0.1247	0.0835	0.1135	0.0835	0.1235
chrX	11505574	11505781	chrX:11505575-11505781	FBgn0030320,FBgn0030321	CG1703,CG2247	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1575	0.14	0.1863	0.1454	0.1092	0.1757	0.1466	0.1839	0.1092	0.2059	0.2116	0.2059	0.1805	0.144	0.1567	0.144	0.1746
chrX	11505916	11506090	chrX:11505917-11506090	FBgn0030320,FBgn0030321	CG1703,CG2247	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1727	0.1505	0.2117	0.1546	0.1092	0.1801	0.1561	0.2212	0.1092	0.2681	0.2257	0.2681	0.1921	0.1462	0.1651	0.1462	0.1813
chrX	11509354	11509735	chrX:11509355-11509735	FBgn0002723,FBgn0030322	CG15220,Met	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0834	0.0776	0.1141	0.0561	0.0392	0.101	0.0813	0.1099	0.0392	0.1178	0.1338	0.1178	0.1239	0.049	0.0716	0.049	0.0745
chrX	11509780	11509974	chrX:11509781-11509974	FBgn0002723,FBgn0030322	CG15220,Met	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.0477	0.0872	0.0422	0.0286	0.0597	0.0532	0.0646	0.0286	0.093	0.0981	0.093	0.096	0.0444	0.049	0.0444	0.0599
chrX	11510058	11510379	chrX:11510059-11510379	FBgn0002723,FBgn0030322	CG15220,Met	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1153	0.0931	0.1481	0.104	0.0573	0.1204	0.0995	0.1272	0.0573	0.1552	0.1723	0.1552	0.1611	0.1126	0.1193	0.1126	0.1193
chrX	11510484	11510650	chrX:11510485-11510650	FBgn0002723	Met	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.106	0.0877	0.1315	0.0983	0.0477	0.1073	0.0982	0.1259	0.0477	0.1564	0.1444	0.1564	0.1286	0.1026	0.1103	0.1026	0.1183
chrX	11512275	11512426	chrX:11512276-11512426	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0221	0.0356	0.0188	0.0107	0.0276	0.0248	0.0601	0.042	0.0276	0.0217	0.0206	0.0217	0.0163	0.0138	0.0116	0.0138	0.0104
chrX	11515412	11515578	chrX:11515413-11515578	FBgn0004370	Ptp10D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1155	0.0902	0.1439	0.1125	0.0583	0.1146	0.1051	0.1126	0.0583	0.1661	0.1579	0.1661	0.1464	0.1187	0.1212	0.1187	0.1287
chrX	11515904	11516164	chrX:11515905-11516164	FBgn0004370	Ptp10D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1957	0.1386	0.2359	0.2153	0.0901	0.1796	0.1522	0.1759	0.0901	0.288	0.2383	0.288	0.2765	0.2243	0.2386	0.2243	0.2454
chrX	11516375	11516600	chrX:11516376-11516600	FBgn0004370	Ptp10D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0437	0.0239	0.0406	0.0692	0.0159	0.0306	0.0285	0.0253	0.0159	0.0435	0.0457	0.0435	0.0442	0.0812	0.0909	0.0812	0.0776
chrX	11516788	11516982	chrX:11516789-11516982	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0338	0.0325	0.0297	0.0397	0.0201	0.0301	0.0411	0.0493	0.0201	0.0187	0.0408	0.0187	0.0279	0.0536	0.0645	0.0536	0.0375
chrX	11520977	11521128	chrX:11520978-11521128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0113	0.0162	0.0214	0.0042	0.0112	0.0182	0.0133	0.0042	0.0066	0.0109	0.0066	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0089
chrX	11521385	11521567	chrX:11521386-11521567	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0156	0.0249	0.0294	0.0053	0.016	0.0225	0.02	0.0053	0.0205	0.0145	0.0205	0.0132	0.0084	0.0142	0.0084	0.0135
chrX	11522937	11523117	chrX:11522938-11523117	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0236	0.0092	0.0307	0.0319	0.0042	0.0141	0.0108	0.0093	0.0042	0.0199	0.018	0.0199	0.0132	0.0115	0.0129	0.0115	0.0109
chrX	11523253	11523466	chrX:11523254-11523466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0116	0.0346	0.0376	0.0053	0.0136	0.0151	0.016	0.0053	0.0254	0.0203	0.0254	0.0155	0.0161	0.0084	0.0161	0.0135
chrX	11525164	11525334	chrX:11525165-11525334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.009	0.0261	0.026	0.0042	0.0107	0.013	0.0107	0.0042	0.0091	0.0135	0.0091	0.0093	0.0123	0.0064	0.0123	0.0089
chrX	11525599	11525877	chrX:11525600-11525877	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0302	0.0171	0.0322	0.0426	0.0064	0.0306	0.0156	0.0193	0.0064	0.0205	0.0174	0.0205	0.0201	0.0368	0.02	0.0368	0.0234
chrX	11525943	11526118	chrX:11525944-11526118	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0087	0.0325	0.0393	0.0021	0.0107	0.0138	0.0087	0.0021	0.0163	0.0151	0.0163	0.0178	0.0222	0.0142	0.0222	0.0219
chrX	11534600	11534804	chrX:11534601-11534804	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0493	0.0452	0.0701	0.0312	0.0297	0.0495	0.0571	0.058	0.0297	0.0996	0.0669	0.0996	0.0674	0.0475	0.0206	0.0475	0.0401
chrX	11535726	11535877	chrX:11535727-11535877	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0049	0.0074	0.0114	0.0011	0.0053	0.0104	7e-04	0.0011	0.0066	0.0048	0.0066	0.0093	0.0069	0.0032	0.0069	0.0078
chrX	11536231	11536382	chrX:11536232-11536382	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0056	0.0103	0.0252	0	0.0058	0.0095	0.0073	0	0.0066	0.008	0.0066	0.0077	0.0054	0.0084	0.0054	0.0078
chrX	11536407	11536558	chrX:11536408-11536558	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0141	0.0065	0.0108	0.0263	0	0.0049	0.0147	0.0047	0	0.0054	0.0074	0.0054	0.0108	0.0077	0.0097	0.0077	0.0109
chrX	11536957	11537213	chrX:11536958-11537213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0097	0.0132	0.0145	0.0011	0.0087	0.0156	0.0147	0.0011	0.006	0.0145	0.006	0.0108	0.0023	0.0071	0.0023	0.0099
chrX	11537547	11537698	chrX:11537548-11537698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0123	0.011	0.0097	0.0064	0.0078	0.0208	0.0153	0.0064	0.0115	0.0077	0.0115	0.0062	0.0015	0.0129	0.0015	0.0068
chrX	11538755	11538906	chrX:11538756-11538906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0149	0.0102	0.0103	0.0252	0.0021	0.0083	0.0203	0.01	0.0021	0.0127	0.0051	0.0127	0.0093	0.0061	0.0097	0.0061	0.0099
chrX	11543123	11543274	chrX:11543124-11543274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0117	0.0138	0.0095	0.0118	0.0117	0.0087	0.0264	0.0113	0.0117	0.0054	0.0106	0.0054	0.0062	0.0046	0.0071	0.0046	0.0063
chrX	11549657	11549808	chrX:11549658-11549808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0065	0.0066	0.0106	0.0021	0.0053	0.0117	0.0073	0.0021	0.006	0.0064	0.006	0.0046	0.0069	0.0039	0.0069	0.0026
chrX	11551114	11551265	chrX:11551115-11551265	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.016	0.0129	0.0167	0.0074	0.0165	0.0238	0.0207	0.0074	0.0066	0.0141	0.0066	0.0108	0.0115	0.0187	0.0115	0.0089
chrX	11552332	11552483	chrX:11552333-11552483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0094	0.0065	0.0131	0.0088	0.0053	0.0068	0.0104	0.006	0.0053	0.0066	0.0206	0.0066	0.0147	0.0015	0.0245	0.0015	0.0068
chrX	11552901	11553052	chrX:11552902-11553052	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.014	0.0072	0.015	0.0205	0.0032	0.0073	0.0112	0.0073	0.0032	0.0091	0.0219	0.0091	0.0178	0.0084	0.0554	0.0084	0.0146
chrX	11559846	11559997	chrX:11559847-11559997	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0084	0.0052	0.0065	0.0142	0.0011	0.0034	0.0091	0.0087	0.0011	0.0042	0.0068	0.0042	0.0039	0	0.0045	0	0.0057
chrX	11560182	11560333	chrX:11560183-11560333	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0055	0.0037	0.0039	0.0093	0.0011	0.0039	0.0052	0.0053	0.0011	0.0024	0.0045	0.0024	0.0023	8e-04	0.0032	8e-04	0.0021
chrX	11572502	11572691	chrX:11572503-11572691	FBgn0014133,FBgn0030323	CG2371,bif	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0723	0.0657	0.0867	0.0639	0.0392	0.0864	0.0683	0.0926	0.0392	0.0845	0.1013	0.0845	0.0852	0.0613	0.0709	0.0613	0.0714
chrX	11572904	11573089	chrX:11572905-11573089	FBgn0014133,FBgn0030323	CG2371,bif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1333	0.1249	0.1565	0.1173	0.0838	0.1558	0.1345	0.1679	0.0838	0.1751	0.1691	0.1751	0.1588	0.1149	0.1167	0.1149	0.1376
chrX	11573292	11573584	chrX:11573293-11573584	FBgn0014133	bif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1214	0.1021	0.1585	0.1022	0.053	0.1291	0.1068	0.1439	0.053	0.2089	0.1614	0.2089	0.1448	0.0919	0.0851	0.0919	0.1344
chrX	11573596	11573818	chrX:11573597-11573818	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1254	0.0961	0.1636	0.1164	0.0435	0.1393	0.0999	0.1252	0.0435	0.1975	0.1466	0.1975	0.1681	0.1149	0.0735	0.1149	0.1298
chrX	11575527	11575735	chrX:11575528-11575735	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1053	0.0955	0.1353	0.0834	0.0732	0.1199	0.1051	0.1246	0.0732	0.1757	0.1482	0.1757	0.1456	0.0988	0.1012	0.0988	0.1053
chrX	11575881	11576101	chrX:11575882-11576101	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1998	0.1681	0.2547	0.1749	0.123	0.2175	0.1778	0.2159	0.123	0.3194	0.2846	0.3194	0.2773	0.2167	0.2173	0.2167	0.2475
chrX	11577610	11577764	chrX:11577611-11577764	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0365	0.0097	0.0426	0.0596	0.0021	0.0126	0.0134	0.0107	0.0021	0.0272	0.0277	0.0272	0.1325	0.0368	0.04	0.0368	0.1511
chrX	11578655	11578806	chrX:11578656-11578806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0261	0.0113	0.0256	0.043	0.0021	0.016	0.0099	0.0187	0.0021	0.0211	0.0248	0.0211	0.0519	0.059	0.0368	0.059	0.0818
chrX	11579660	11579834	chrX:11579661-11579834	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.043	0.0199	0.0522	0.0588	0.0053	0.0248	0.0247	0.0286	0.0053	0.035	0.0733	0.035	0.0581	0.036	0.1277	0.036	0.0703
chrX	11580325	11580537	chrX:11580326-11580537	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0877	0.0385	0.1151	0.1127	0.0085	0.0665	0.0355	0.0453	0.0085	0.0996	0.1299	0.0996	0.1929	0.0888	0.1818	0.0888	0.1621
chrX	11580771	11580988	chrX:11580772-11580988	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0295	0.0252	0.0321	0.0315	0.0053	0.0524	0.0186	0.0253	0.0053	0.0272	0.0334	0.0272	0.0558	0.013	0.0735	0.013	0.038
chrX	11581081	11581232	chrX:11581082-11581232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0209	0.0211	0.0242	0.0171	0.0032	0.0427	0.0195	0.018	0.0032	0.0242	0.0293	0.0242	0.031	0.0054	0.0361	0.0054	0.0203
chrX	11581679	11582328	chrX:11581680-11582328	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0917	0.0697	0.1223	0.0829	0.0212	0.1136	0.0644	0.0906	0.0212	0.1008	0.1084	0.1008	0.2781	0.059	0.1006	0.059	0.136
chrX	11583717	11583886	chrX:11583718-11583886	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0609	0.0703	0.0749	0.0352	0.0403	0.0995	0.077	0.0846	0.0403	0.0876	0.091	0.0876	0.0736	0.026	0.0496	0.026	0.0469
chrX	11588592	11588743	chrX:11588593-11588743	FBgn0011754	PhKgamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0359	0.0424	0.0345	0.0148	0.0388	0.0541	0.04	0.0148	0.0471	0.0495	0.0471	0.0356	0.0237	0.038	0.0237	0.0485
chrX	11589032	11589276	chrX:11589033-11589276	FBgn0011754	PhKgamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2098	0.1925	0.2462	0.1891	0.1474	0.2311	0.2206	0.2445	0.1474	0.3092	0.2633	0.3092	0.2184	0.196	0.2057	0.196	0.2147
chrX	11589362	11589576	chrX:11589363-11589576	FBgn0011754	PhKgamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.197	0.1879	0.2305	0.1703	0.1622	0.2252	0.2016	0.2472	0.1622	0.3019	0.2527	0.3019	0.2014	0.1998	0.1702	0.1998	0.1991
chrX	11589902	11590152	chrX:11589903-11590152	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0783	0.0722	0.0898	0.0726	0.0562	0.084	0.0869	0.0853	0.0562	0.1274	0.1003	0.1274	0.0922	0.1378	0.0471	0.1378	0.1094
chrX	11593433	11593607	chrX:11593434-11593607	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0553	0.0232	0.0103	0.0509	0.0374	0.0943	0.0553	0.0509	0.0248	0.0254	0.0248	0.0248	0.0107	0.0129	0.0107	0.0115
chrX	11595709	11595860	chrX:11595710-11595860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0265	0.0339	0.016	0.0095	0.0316	0.0355	0.036	0.0095	0.0308	0.0437	0.0308	0.0387	0.0161	0.0226	0.0161	0.0208
chrX	11596710	11596924	chrX:11596711-11596924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0338	0.0329	0.0202	0.0201	0.0374	0.0428	0.04	0.0201	0.038	0.0434	0.038	0.024	0.0222	0.0258	0.0222	0.0193
chrX	11597188	11597381	chrX:11597189-11597381	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0544	0.0687	0.0614	0.0308	0.0276	0.0816	0.08	0.0959	0.0276	0.0713	0.0695	0.0713	0.0581	0.0337	0.0335	0.0337	0.0386
chrX	11597646	11597829	chrX:11597647-11597829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0265	0.0386	0.0241	0.0148	0.0316	0.0359	0.0293	0.0148	0.0501	0.0453	0.0501	0.0387	0.0276	0.0329	0.0276	0.0318
chrX	11603932	11604106	chrX:11603933-11604106	FBgn0030327	FucT6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1456	0.1452	0.1662	0.1234	0.1135	0.1728	0.1587	0.1905	0.1135	0.1908	0.1878	0.1908	0.1495	0.1294	0.1328	0.1294	0.1558
chrX	11604278	11604429	chrX:11604279-11604429	FBgn0030327	FucT6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0693	0.0714	0.0801	0.055	0.0551	0.0956	0.0714	0.0973	0.0551	0.0924	0.0852	0.0924	0.0744	0.0521	0.0638	0.0521	0.0782
chrX	11604563	11604715	chrX:11604564-11604715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0656	0.0414	0.0768	0.0805	0.0223	0.0655	0.0368	0.0513	0.0223	0.0888	0.0707	0.0888	0.0984	0.1026	0.0709	0.1026	0.1068
chrX	11607849	11608051	chrX:11607850-11608051	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1734	0.1714	0.2086	0.1372	0.1389	0.2209	0.1817	0.2092	0.1389	0.2579	0.2196	0.2579	0.1975	0.1539	0.1367	0.1539	0.1662
chrX	11608210	11608392	chrX:11608211-11608392	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2264	0.2135	0.2593	0.2048	0.1782	0.2728	0.2236	0.2558	0.1782	0.3303	0.2733	0.3303	0.237	0.2167	0.216	0.2167	0.248
chrX	11608603	11609171	chrX:11608604-11609171	FBgn0030328	Amun	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.3656	0.3498	0.4346	0.3075	0.3022	0.4354	0.3651	0.4397	0.3022	0.5543	0.4592	0.5543	0.3741	0.3009	0.3327	0.3009	0.3283
chrX	11609434	11609608	chrX:11609435-11609608	FBgn0030328	Amun	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1013	0.1068	0.1193	0.0755	0.0891	0.1214	0.1293	0.1326	0.0891	0.1576	0.1125	0.1576	0.11	0.0666	0.0638	0.0666	0.0839
chrX	11609972	11610212	chrX:11609973-11610212	FBgn0030328	Amun	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1754	0.1909	0.2053	0.1253	0.158	0.2252	0.221	0.2372	0.158	0.2403	0.2199	0.2403	0.1875	0.1133	0.1457	0.1133	0.1308
chrX	11610331	11610533	chrX:11610332-11610533	FBgn0030329	prtp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1319	0.115	0.1669	0.1122	0.0764	0.135	0.1337	0.1526	0.0764	0.2138	0.1643	0.2138	0.1479	0.1187	0.1186	0.1187	0.1089
chrX	11610639	11610826	chrX:11610640-11610826	FBgn0030329	prtp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1881	0.1651	0.2273	0.1709	0.1177	0.2053	0.1817	0.2165	0.1177	0.279	0.2389	0.279	0.2099	0.1884	0.1754	0.1884	0.1912
chrX	11610957	11611165	chrX:11610958-11611165	FBgn0030329	prtp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1452	0.1362	0.1689	0.1292	0.1039	0.1655	0.1492	0.1805	0.1039	0.2114	0.1749	0.2114	0.1805	0.1271	0.1173	0.1271	0.1798
chrX	11614168	11614362	chrX:11614169-11614362	FBgn0030330	Tango10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1295	0.1219	0.1492	0.1164	0.0806	0.1383	0.1484	0.1592	0.0806	0.1848	0.1656	0.1848	0.1464	0.1156	0.1006	0.1156	0.1553
chrX	11614370	11614616	chrX:11614371-11614616	FBgn0030330	Tango10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1086	0.0963	0.1259	0.1035	0.0753	0.1102	0.1168	0.1233	0.0753	0.1522	0.1402	0.1522	0.1325	0.1133	0.0999	0.1133	0.1266
chrX	11616157	11616414	chrX:11616158-11616414	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0354	0.0576	0.0294	0.0173	0.0414	0.0437	0.1051	0.052	0.0414	0.0344	0.0325	0.0344	0.0333	0.0214	0.0193	0.0214	0.0229
chrX	11617040	11617191	chrX:11617041-11617191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0264	0.0284	0.0303	0.0199	0.0085	0.0388	0.0376	0.03	0.0085	0.0399	0.0379	0.0399	0.0271	0.0191	0.0284	0.0191	0.024
chrX	11617337	11617488	chrX:11617338-11617488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0274	0.0264	0.0317	0.0238	0.0085	0.0316	0.0368	0.032	0.0085	0.0332	0.0412	0.0332	0.0341	0.0207	0.0303	0.0207	0.0292
chrX	11623994	11624287	chrX:11623995-11624287	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0268	0.0275	0.0326	0.0138	0.0291	0.0342	0.038	0.0138	0.0332	0.027	0.0332	0.0426	0.0314	0.0496	0.0314	0.0479
chrX	11650940	11651091	chrX:11650941-11651091	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0085	0.0138	0.0244	0.0011	0.0117	0.013	0.006	0.0011	0.0103	0.0199	0.0103	0.0155	0.0084	0.0761	0.0084	0.0177
chrX	11658744	11658897	chrX:11658745-11658897	FBgn0030332	CG9360	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0171	0.0064	0.0142	0.0323	0.0011	0.0044	0.0108	0.0087	0.0011	0.0085	0.009	0.0085	0.0449	0.01	0.0187	0.01	0.0917
chrX	11670142	11670367	chrX:11670143-11670367	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0539	0.038	0.084	0.0386	0.0085	0.066	0.0342	0.048	0.0085	0.1419	0.0817	0.1419	0.0674	0.0467	0.0361	0.0467	0.0412
chrX	11670506	11670657	chrX:11670507-11670657	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0224	0.013	0.033	0.0214	0.0032	0.0218	0.0151	0.0127	0.0032	0.0435	0.0386	0.0435	0.0225	0.0184	0.0277	0.0184	0.0255
chrX	11672776	11672979	chrX:11672777-11672979	FBgn0004511	dy	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0195	0.0145	0.028	0.0159	0.0032	0.0199	0.019	0.0167	0.0032	0.0399	0.0383	0.0399	0.0209	0.013	0.04	0.013	0.0104
chrX	11676877	11677028	chrX:11676878-11677028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0137	0.0187	0.0123	0.0096	0.0085	0.0325	0.0203	0.016	0.0085	0.0175	0.0138	0.0175	0.0116	0.0115	0.0135	0.0115	0.0125
chrX	11681270	11681551	chrX:11681271-11681551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.027	0.0234	0.0313	0.0262	0.0117	0.0214	0.0303	0.034	0.0117	0.0242	0.0315	0.0242	0.0364	0.0253	0.0219	0.0253	0.0276
chrX	11681876	11682106	chrX:11681877-11682106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0265	0.0198	0.0346	0.0249	0.0106	0.0214	0.0277	0.0247	0.0106	0.0193	0.0248	0.0193	0.0449	0.0161	0.0123	0.0161	0.0307
chrX	11682154	11682331	chrX:11682155-11682331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0282	0.0193	0.0301	0.0362	0.0053	0.0252	0.0251	0.024	0.0053	0.0181	0.019	0.0181	0.0705	0.0253	0.0084	0.0253	0.0745
chrX	11682490	11682641	chrX:11682491-11682641	FBgn0030334	Karl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0248	0.0178	0.0236	0.034	0.0106	0.0214	0.0173	0.0253	0.0106	0.0139	0.0186	0.0139	0.0496	0.0207	0.0142	0.0207	0.0829
chrX	11682774	11682925	chrX:11682775-11682925	FBgn0030334	Karl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0123	0.0178	0.0267	0	0.0102	0.0199	0.0153	0	0.0121	0.0151	0.0121	0.0395	0.013	0.0155	0.013	0.0735
chrX	11685712	11685863	chrX:11685713-11685863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0174	0.0291	0.051	0.0074	0.0209	0.0216	0.02	0.0074	0.0278	0.0289	0.0278	0.0465	0.0398	0.0503	0.0398	0.1006
chrX	11686010	11686186	chrX:11686011-11686186	FBgn0000259	CkIIbeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0497	0.029	0.0499	0.0727	0.018	0.0286	0.0411	0.0346	0.018	0.0423	0.0492	0.0423	0.0829	0.0444	0.0696	0.0444	0.1277
chrX	11686254	11686418	chrX:11686255-11686418	FBgn0000259	CkIIbeta	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0727	0.0967	0.0843	0.0498	0.0733	0.0921	0.0999	0.0498	0.1202	0.0997	0.1202	0.1092	0.0881	0.0799	0.0881	0.1053
chrX	11686506	11686735	chrX:11686507-11686735	FBgn0000259	CkIIbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1995	0.174	0.2419	0.1816	0.1304	0.2087	0.1964	0.2239	0.1304	0.3068	0.2579	0.3068	0.2277	0.1868	0.2025	0.1868	0.2173
chrX	11686767	11686955	chrX:11686768-11686955	FBgn0000259	CkIIbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1762	0.1452	0.2187	0.1642	0.0965	0.182	0.1566	0.1912	0.0965	0.2729	0.2376	0.2729	0.196	0.17	0.1876	0.17	0.1813
chrX	11687064	11687215	chrX:11687065-11687215	FBgn0000259	CkIIbeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0562	0.0425	0.0734	0.0528	0.0233	0.0539	0.0454	0.0613	0.0233	0.0924	0.0804	0.0924	0.072	0.0459	0.0638	0.0459	0.0641
chrX	11687245	11687485	chrX:11687246-11687485	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.09	0.1104	0.0592	0.0583	0.101	0.1116	0.1226	0.0583	0.1371	0.117	0.1371	0.0968	0.0521	0.0587	0.0521	0.075
chrX	11687556	11687772	chrX:11687557-11687772	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0712	0.0707	0.0931	0.0476	0.0456	0.0806	0.093	0.0873	0.0456	0.1063	0.0968	0.1063	0.1084	0.0475	0.0503	0.0475	0.0651
chrX	11690869	11691210	chrX:11690870-11691210	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0969	0.1174	0.1161	0.0529	0.0848	0.1257	0.1492	0.1432	0.0848	0.18	0.1296	0.18	0.0868	0.0613	0.058	0.0613	0.0532
chrX	11692654	11692831	chrX:11692655-11692831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0536	0.0682	0.067	0.0227	0.0371	0.0752	0.0839	0.0993	0.0371	0.0996	0.0785	0.0996	0.0519	0.0329	0.0297	0.0329	0.0214
chrX	11692886	11693072	chrX:11692887-11693072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0495	0.0623	0.0627	0.0206	0.0265	0.0723	0.0774	0.0913	0.0265	0.0972	0.0743	0.0972	0.0434	0.026	0.0219	0.026	0.0245
chrX	11694020	11694390	chrX:11694021-11694390	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1244	0.1544	0.1475	0.0655	0.106	0.1767	0.1808	0.2065	0.106	0.2083	0.1846	0.2083	0.1131	0.0949	0.0819	0.0949	0.0667
chrX	11695091	11695348	chrX:11695092-11695348	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0596	0.0445	0.0716	0.0632	0.0191	0.0524	0.0523	0.066	0.0191	0.0417	0.1103	0.0417	0.0844	0.0383	0.1096	0.0383	0.0922
chrX	11695802	11695953	chrX:11695803-11695953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0377	0.0202	0.0508	0.043	0.0053	0.0316	0.0195	0.0293	0.0053	0.0374	0.072	0.0374	0.0666	0.0314	0.0593	0.0314	0.073
chrX	11699357	11699567	chrX:11699358-11699567	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.15	0.1114	0.1929	0.1461	0.0541	0.1583	0.083	0.1919	0.0541	0.1413	0.2733	0.1413	0.1921	0.1363	0.2057	0.1363	0.1563
chrX	11699641	11699841	chrX:11699642-11699841	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1165	0.0758	0.1414	0.1347	0.0329	0.1136	0.0722	0.1033	0.0329	0.1129	0.1875	0.1129	0.1642	0.134	0.1522	0.134	0.1402
chrX	11700077	11700228	chrX:11700078-11700228	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.063	0.0345	0.0827	0.0731	0.0117	0.0427	0.0398	0.05	0.0117	0.0652	0.108	0.0652	0.0891	0.0689	0.0864	0.0689	0.0886
chrX	11700335	11700546	chrX:11700336-11700546	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1263	0.0776	0.1599	0.1439	0.0414	0.1	0.0839	0.1059	0.0414	0.1461	0.1968	0.1461	0.1766	0.1325	0.1554	0.1325	0.1772
chrX	11701069	11701269	chrX:11701070-11701269	FBgn0001218	Hsc70-3	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0727	0.1005	0.1241	0.0541	0.085	0.0939	0.0819	0.0541	0.1027	0.117	0.1027	0.1247	0.1263	0.138	0.1263	0.1391
chrX	11701409	11701631	chrX:11701410-11701631	FBgn0001218	Hsc70-3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1093	0.0698	0.1118	0.1508	0.0456	0.0845	0.0839	0.0839	0.0456	0.1008	0.1293	0.1008	0.1627	0.1631	0.1644	0.1631	0.1777
chrX	11710503	11710674	chrX:11710504-11710674	FBgn0030336,FBgn0262684	CG1578,CG43154	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0945	0.0705	0.1066	0.1079	0.0371	0.0981	0.0657	0.1026	0.0371	0.1027	0.1248	0.1027	0.1123	0.1164	0.1122	0.1164	0.123
chrX	11710818	11710984	chrX:11710819-11710984	FBgn0030336,FBgn0262684	CG1578,CG43154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1592	0.1383	0.1846	0.1546	0.105	0.1762	0.1406	0.1859	0.105	0.2138	0.2119	0.2138	0.1541	0.1692	0.1709	0.1692	0.1579
chrX	11711100	11711285	chrX:11711101-11711285	FBgn0262684	CG43154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1145	0.1032	0.1322	0.1078	0.0647	0.1422	0.1008	0.1392	0.0647	0.1618	0.1453	0.1618	0.1146	0.1103	0.1206	0.1103	0.1068
chrX	11711332	11711512	chrX:11711333-11711512	FBgn0262684	CG43154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1695	0.1472	0.1976	0.1638	0.1103	0.1879	0.1436	0.2039	0.1103	0.256	0.2129	0.256	0.1797	0.1631	0.1838	0.1631	0.1881
chrX	11711773	11712035	chrX:11711774-11712035	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.209	0.1994	0.2344	0.1918	0.1622	0.2432	0.2033	0.2665	0.1622	0.2766	0.2611	0.2766	0.2223	0.1968	0.2205	0.1968	0.2157
chrX	11712402	11712565	chrX:11712403-11712565	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1711	0.1558	0.2055	0.1504	0.123	0.1859	0.1661	0.2105	0.123	0.2554	0.2212	0.2554	0.2084	0.183	0.1676	0.183	0.1886
chrX	11712698	11712898	chrX:11712699-11712898	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1802	0.1625	0.2217	0.1543	0.1326	0.2044	0.157	0.2338	0.1326	0.2615	0.2511	0.2615	0.2363	0.1953	0.1767	0.1953	0.2064
chrX	11717242	11717441	chrX:11717243-11717441	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.051	0.0547	0.0419	0.0568	0.0329	0.0631	0.0675	0.0713	0.0329	0.0441	0.0331	0.0441	0.0798	0.0873	0.0419	0.0873	0.1011
chrX	11722492	11722643	chrX:11722493-11722643	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0298	0.0262	0.0378	0.0251	0.0127	0.0301	0.029	0.042	0.0127	0.0302	0.0553	0.0302	0.0333	0.026	0.0361	0.026	0.0307
chrX	11722727	11722923	chrX:11722728-11722923	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0551	0.0415	0.0678	0.0565	0.0159	0.0515	0.042	0.0686	0.0159	0.0634	0.0913	0.0634	0.0643	0.0528	0.0696	0.0528	0.0766
chrX	11742552	11742703	chrX:11742553-11742703	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0133	0.0138	0.0135	0.0125	0.0085	0.0155	0.016	0.018	0.0085	0.0097	0.0177	0.0097	0.017	0.0092	0.0239	0.0092	0.0156
chrX	11746468	11746642	chrX:11746469-11746642	FBgn0030341	p24-1	stage11,stage14,stage5	none	CG1967_p24-1prom	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1204	0.096	0.1471	0.1184	0.0615	0.1282	0.0874	0.1412	0.0615	0.1775	0.1717	0.1775	0.1464	0.1325	0.1128	0.1325	0.1511
chrX	11748724	11748880	chrX:11748725-11748880	FBgn0030342,FBgn0030343	ATP7,CG10347	stage11,stage14,stage5	none	ATP7_5DAG4	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0673	0.1075	0.078	0.0445	0.0869	0.0666	0.0933	0.0445	0.1347	0.1219	0.1347	0.1084	0.0873	0.0858	0.0873	0.1001
chrX	11748962	11749145	chrX:11748963-11749145	FBgn0030342,FBgn0030343	ATP7,CG10347	stage11,stage14,stage5	none	ATP7_5DAG4	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1498	0.127	0.1887	0.1326	0.0827	0.151	0.1349	0.1819	0.0827	0.2349	0.2113	0.2349	0.1936	0.1539	0.1476	0.1539	0.1595
chrX	11749264	11749550	chrX:11749265-11749550	FBgn0030342,FBgn0030343	ATP7,CG10347	stage11,stage14,stage5	none	ATP7_5DAG4	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.0563	0.0805	0.0592	0.0255	0.0646	0.0683	0.0819	0.0255	0.0924	0.0913	0.0924	0.0813	0.0674	0.058	0.0674	0.0782
chrX	11751005	11751156	chrX:11751006-11751156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0234	0.0258	0.0329	0.0138	0.0214	0.0311	0.034	0.0138	0.0211	0.0257	0.0211	0.0542	0.0138	0.0193	0.0138	0.0849
chrX	11751507	11751663	chrX:11751508-11751663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0251	0.014	0.0296	0.0326	0.0053	0.0175	0.0216	0.0127	0.0053	0.0121	0.0289	0.0121	0.0689	0.0145	0.0219	0.0145	0.0813
chrX	11752656	11752807	chrX:11752657-11752807	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0187	0.0128	0.018	0.0259	0.0042	0.0204	0.0173	0.01	0.0042	0.0169	0.0141	0.0169	0.0457	0.0199	0.0148	0.0199	0.0615
chrX	11753523	11753674	chrX:11753524-11753674	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0191	0.027	0.0212	0.0021	0.0243	0.0285	0.0173	0.0021	0.0181	0.0244	0.0181	0.0651	0.0107	0.0226	0.0107	0.0453
chrX	11753742	11753893	chrX:11753743-11753893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0219	0.0174	0.0275	0.0206	0.0053	0.0286	0.0186	0.0173	0.0053	0.0169	0.0257	0.0169	0.0751	0.0115	0.0187	0.0115	0.0469
chrX	11760291	11760442	chrX:11760292-11760442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.032	0.0277	0.04	0.028	0.0095	0.0369	0.0281	0.0393	0.0095	0.0453	0.0457	0.0453	0.0434	0.0322	0.0251	0.0322	0.037
chrX	11762611	11762762	chrX:11762612-11762762	FBgn0030344,FBgn0030345	CG1847,CG2025	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0349	0.0463	0.0358	0.0201	0.0437	0.0372	0.048	0.0201	0.0531	0.0547	0.0531	0.0473	0.0306	0.0348	0.0306	0.0479
chrX	11762852	11763023	chrX:11762853-11763023	FBgn0030344,FBgn0030345	CG1847,CG2025	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0841	0.1322	0.0943	0.0509	0.1141	0.0839	0.1166	0.0509	0.1643	0.1511	0.1643	0.1325	0.0949	0.0941	0.0949	0.123
chrX	11763106	11763284	chrX:11763107-11763284	FBgn0030344,FBgn0030345	CG1847,CG2025	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0921	0.0728	0.116	0.0875	0.0414	0.0932	0.08	0.0979	0.0414	0.1395	0.1347	0.1395	0.1201	0.0865	0.0819	0.0865	0.1084
chrX	11763347	11763498	chrX:11763348-11763498	FBgn0030344,FBgn0030345	CG1847,CG2025	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0241	0.0362	0.0397	0.0117	0.0243	0.0329	0.0326	0.0117	0.0326	0.0469	0.0326	0.0387	0.0436	0.0438	0.0436	0.0474
chrX	11764744	11764895	chrX:11764745-11764895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0273	0.0292	0.0231	0.017	0.0267	0.0385	0.0366	0.017	0.0254	0.0344	0.0254	0.0333	0.0299	0.0161	0.0299	0.0297
chrX	11766729	11766923	chrX:11766730-11766923	FBgn0030346,FBgn0030347	CG11802,CG15739	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0671	0.0487	0.0687	0.0858	0.0201	0.0699	0.0502	0.0653	0.0201	0.058	0.0765	0.058	0.1115	0.0743	0.0858	0.0743	0.1271
chrX	11767027	11767178	chrX:11767028-11767178	FBgn0030346,FBgn0030347	CG11802,CG15739	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0208	0.0325	0.0557	0.0032	0.0277	0.0255	0.03	0.0032	0.0272	0.035	0.0272	0.0527	0.0513	0.0561	0.0513	0.0829
chrX	11767225	11767424	chrX:11767226-11767424	FBgn0030346,FBgn0030347	CG11802,CG15739	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0447	0.0208	0.0386	0.0783	0.0053	0.0301	0.0242	0.026	0.0053	0.0308	0.0367	0.0308	0.0775	0.0559	0.0664	0.0559	0.1678
chrX	11777440	11777591	chrX:11777441-11777591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0118	0.0107	0.0181	0.0042	0.0102	0.0182	0.018	0.0042	0.0169	0.009	0.0169	0.0155	0.013	0.009	0.013	0.0433
chrX	11778300	11778451	chrX:11778301-11778451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0192	0.0127	0.0178	0.0281	0.0021	0.0165	0.016	0.016	0.0021	0.0217	0.0164	0.0217	0.0287	0.0283	0.02	0.0283	0.0594
chrX	11780606	11780919	chrX:11780607-11780919	FBgn0030349,FBgn0030350	CG10353,SelG	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0586	0.0422	0.0671	0.0674	0.0201	0.0539	0.048	0.0573	0.0201	0.099	0.0711	0.099	0.0558	0.1363	0.078	0.1363	0.0537
chrX	11781151	11781335	chrX:11781152-11781335	FBgn0030349,FBgn0030350	CG10353,SelG	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1502	0.1373	0.1792	0.1329	0.0954	0.1723	0.141	0.1872	0.0954	0.2307	0.1855	0.2307	0.1758	0.1585	0.1425	0.1585	0.1516
chrX	11782293	11782480	chrX:11782294-11782480	FBgn0030351	CG1840	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.072	0.0576	0.0915	0.0668	0.0403	0.0723	0.0558	0.0846	0.0403	0.1008	0.1064	0.1008	0.0953	0.0697	0.0722	0.0697	0.0896
chrX	11782515	11782666	chrX:11782516-11782666	FBgn0030351	CG1840	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0309	0.06	0.0391	0.0159	0.0374	0.0346	0.0446	0.0159	0.0604	0.0727	0.0604	0.0658	0.0322	0.0471	0.0322	0.0479
chrX	11785926	11786109	chrX:11785927-11786109	FBgn0030352	CG15738	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1161	0.1	0.1379	0.1103	0.0604	0.1369	0.1068	0.1246	0.0604	0.163	0.1469	0.163	0.1448	0.1256	0.1012	0.1256	0.1475
chrX	11786179	11786394	chrX:11786180-11786394	FBgn0030352	CG15738	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0616	0.0575	0.0751	0.0514	0.0329	0.0723	0.0688	0.0759	0.0329	0.093	0.0804	0.093	0.0767	0.0513	0.0535	0.0513	0.073
chrX	11786468	11786619	chrX:11786469-11786619	FBgn0030352	CG15738	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0248	0.0238	0.0303	0.0199	0.017	0.0282	0.0264	0.0326	0.017	0.0356	0.0325	0.0356	0.0318	0.0123	0.0303	0.0123	0.024
chrX	11787858	11788077	chrX:11787859-11788077	FBgn0260780	wisp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0459	0.067	0.0476	0.0203	0.0435	0.0515	0.0865	0.1146	0.0435	0.0356	0.0688	0.0356	0.0418	0.0161	0.0258	0.0161	0.0271
chrX	11788305	11788497	chrX:11788306-11788497	FBgn0260780	wisp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0263	0.0358	0.0274	0.0146	0.0212	0.0316	0.0515	0.0433	0.0212	0.0223	0.0354	0.0223	0.0302	0.0107	0.0251	0.0107	0.0156
chrX	11788803	11788954	chrX:11788804-11788954	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0176	0.0254	0.0157	0.011	0.0127	0.0257	0.0398	0.0273	0.0127	0.0145	0.019	0.0145	0.0178	0.013	0.0103	0.013	0.0182
chrX	11789008	11789168	chrX:11789009-11789168	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.031	0.0227	0.0139	0.0318	0.0277	0.0467	0.03	0.0318	0.0187	0.0309	0.0187	0.031	0.0184	0.0206	0.0184	0.0162
chrX	11789293	11789444	chrX:11789294-11789444	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0338	0.0269	0.023	0.018	0.0311	0.0484	0.0453	0.018	0.0211	0.0341	0.0211	0.0364	0.0245	0.0303	0.0245	0.0344
chrX	11789458	11789609	chrX:11789459-11789609	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0211	0.0209	0.0131	0.0053	0.0204	0.0324	0.0273	0.0053	0.0157	0.027	0.0157	0.0279	0.0077	0.0142	0.0077	0.0255
chrX	11798884	11799232	chrX:11798885-11799232	FBgn0030354	Upf1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0761	0.0628	0.0981	0.0668	0.0435	0.0752	0.0688	0.0853	0.0435	0.1202	0.1051	0.1202	0.11	0.075	0.0671	0.075	0.0875
chrX	11799324	11799507	chrX:11799325-11799507	FBgn0030354	Upf1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.103	0.0911	0.1268	0.0901	0.0636	0.1175	0.0956	0.1206	0.0636	0.1479	0.1379	0.1479	0.1286	0.1041	0.098	0.1041	0.1001
chrX	11799746	11800020	chrX:11799747-11800020	FBgn0030354	Upf1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0382	0.036	0.0388	0.04	0.0191	0.0388	0.0398	0.0593	0.0191	0.0435	0.0418	0.0435	0.0403	0.0429	0.0535	0.0429	0.0386
chrX	11800162	11800313	chrX:11800163-11800313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0192	0.0222	0.0241	0.0117	0.0189	0.0251	0.0227	0.0117	0.0236	0.0238	0.0236	0.0287	0.0253	0.0348	0.0253	0.024
chrX	11808846	11809175	chrX:11808847-11809175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0784	0.0641	0.1102	0.0595	0.0467	0.0782	0.0644	0.0939	0.0467	0.0574	0.1887	0.0574	0.1061	0.0184	0.1728	0.0184	0.0365
chrX	11809393	11809572	chrX:11809394-11809572	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0623	0.0444	0.086	0.0563	0.0286	0.0437	0.0545	0.0666	0.0286	0.0423	0.1466	0.0423	0.0844	0.0145	0.1638	0.0145	0.0328
chrX	11811278	11811525	chrX:11811279-11811525	FBgn0250871	pot	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0391	0.0249	0.0426	0.051	0.0095	0.0311	0.029	0.0333	0.0095	0.0229	0.0759	0.0229	0.0341	0.0084	0.1689	0.0084	0.0302
chrX	11814936	11815087	chrX:11814937-11815087	FBgn0052660	CR32660	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.011	0.0236	0.0366	0.0032	0.0141	0.0117	0.018	0.0032	0.0091	0.0412	0.0091	0.024	0.0115	0.1012	0.0115	0.0323
chrX	11815281	11815432	chrX:11815282-11815432	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0176	0.0081	0.0126	0.0337	0.0032	0.0092	0.013	0.008	0.0032	0.006	0.0199	0.006	0.017	0.0138	0.089	0.0138	0.0313
chrX	11816829	11816980	chrX:11816830-11816980	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0125	0.0103	0.0096	0.018	0.0074	0.0097	0.0164	0.0087	0.0074	0.0103	0.0096	0.0103	0.0178	0.0567	0.0142	0.0567	0.0094
chrX	11824922	11825098	chrX:11824923-11825098	FBgn0030358	CG10362	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0115	0.0197	0.0284	0.0064	0.0136	0.0186	0.0087	0.0064	0.0254	0.0109	0.0254	0.0093	0.0077	0.0045	0.0077	0.0063
chrX	11830261	11830519	chrX:11830262-11830519	distal	distal	stage5	stage5	VT60500.1	VT60500.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.047	0.0336	0.0077	0.0339	0.0364	0.0731	0.06	0.0339	0.0435	0.0421	0.0435	0.0287	0.0077	0.0097	0.0077	0.0073
chrX	11837204	11837355	chrX:11837205-11837355	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0127	0.0259	0.0066	0.0047	0.0223	0.0155	0.0515	0.0207	0.0223	0.0072	0.0068	0.0072	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0057
chrX	11847975	11848185	chrX:11847976-11848185	distal	distal	stage5	stage5	VT60510.1	VT60510.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0218	0.0503	0.0084	0.0046	0.0467	0.0306	0.0852	0.056	0.0467	0.0048	0.0096	0.0048	0.0085	0.0061	0.0071	0.0061	0.0031
chrX	11848401	11848552	chrX:11848402-11848552	distal	distal	stage5	stage5	VT60510.1	VT60510.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0145	0.0288	0.0091	0.0045	0.0191	0.017	0.0476	0.038	0.0191	0.0091	0.0103	0.0091	0.0093	0.0038	0.0039	0.0038	0.0026
chrX	11849351	11849502	chrX:11849352-11849502	distal	distal	stage5	stage5	VT60510.1	VT60510.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0136	0.029	0.0069	0.0039	0.0265	0.0184	0.0441	0.04	0.0265	0.0042	0.0087	0.0042	0.0077	0.0023	0.0045	0.0023	0.0026
chrX	11849574	11849756	chrX:11849575-11849756	distal	distal	stage5	stage5	VT60510.1	VT60510.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0175	0.0365	0.0091	0.0056	0.035	0.0277	0.0493	0.0493	0.035	0.0079	0.0096	0.0079	0.0085	0.0054	0.0052	0.0054	0.0026
chrX	11854148	11854332	chrX:11854149-11854332	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0177	0.0323	0.0137	0.0057	0.0435	0.0189	0.0558	0.0266	0.0435	0.0175	0.0138	0.0175	0.0108	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chrX	11857976	11858127	chrX:11857977-11858127	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0134	0.0264	0.0079	0.005	0.017	0.015	0.0558	0.0207	0.017	0.0066	0.0096	0.0066	0.0101	0.0046	0.0077	0.0046	0.0036
chrX	11858357	11858508	chrX:11858358-11858508	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0108	0.0216	0.0056	0.0046	0.0276	0.0068	0.042	0.022	0.0276	0.0085	0.0071	0.0085	0.0031	0.0054	0.0039	0.0054	0.0047
chrX	11864732	11864883	chrX:11864733-11864883	distal	distal	none	none	VT60519.1	VT60519.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0086	0.0066	0.0085	0.0109	0.0042	0.0083	0.0095	0.0067	0.0042	0.0181	0.0068	0.0181	0.0031	0.0383	0.0019	0.0383	0.0047
chrX	11875362	11875513	chrX:11875363-11875513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.0086	0.0091	0.0155	0.0053	0.0102	0.0147	0.004	0.0053	0.006	0.0096	0.006	0.0093	0.0061	0.0103	0.0061	0.0068
chrX	11875680	11875831	chrX:11875681-11875831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0139	0.0108	0.0077	0.0241	0.0064	0.0068	0.019	0.0133	0.0064	0.0054	0.0074	0.0054	0.0077	0.0092	0.0097	0.0092	0.0094
chrX	11876023	11876174	chrX:11876024-11876174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.019	0.0233	0.0102	0.0238	0.0212	0.0117	0.0441	0.0266	0.0212	0.0109	0.0106	0.0109	0.0116	0.0084	0.0084	0.0084	0.0109
chrX	11877048	11877199	chrX:11877049-11877199	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0093	0.0074	0.0042	0.017	0.0032	0.0053	0.0156	0.0053	0.0032	0.003	0.0039	0.003	0.0039	0.0046	0.0045	0.0046	0.0052
chrX	11877581	11877732	chrX:11877582-11877732	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0044	0.0042	0.0132	0.0011	0.0034	0.0082	0.004	0.0011	0.0054	0.0035	0.0054	0.0031	0.0031	0.0026	0.0031	0.0021
chrX	11878018	11878169	chrX:11878019-11878169	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0046	0.0049	0.0285	0	0.0039	0.0074	0.0053	0	0.003	0.0045	0.003	0.0039	0.0023	0.0064	0.0023	0.0036
chrX	11878331	11878482	chrX:11878332-11878482	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.004	0.0025	0.0135	0	0.0019	0.0074	0.006	0	0.0012	0.0026	0.0012	0.0015	0.0046	0.0039	0.0046	0.0047
chrX	11882944	11883215	chrX:11882945-11883215	FBgn0003865	tsg	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0403	0.1029	0.0089	0.0047	0.1092	0.0296	0.2288	0.0633	0.1092	0.0097	0.0109	0.0097	0.0054	0.0046	0.0077	0.0046	0.0021
chrX	11887435	11887624	chrX:11887436-11887624	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0305	0.0582	0.0209	0.0102	0.0403	0.0442	0.0921	0.0673	0.0403	0.0326	0.0186	0.0326	0.0186	0.013	0.011	0.013	0.0146
chrX	11895150	11895301	chrX:11895151-11895301	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0134	0.0091	0.0136	0.0181	0.0032	0.0058	0.0143	0.0153	0.0032	0.0103	0.0196	0.0103	0.0163	0.0092	0.06	0.0092	0.0083
chrX	11897931	11898106	chrX:11897932-11898106	FBgn0001083	fw	stage11,stage14	none	VT60538.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0412	0.0327	0.0426	0.0492	0.0148	0.0277	0.061	0.0293	0.0148	0.0217	0.0691	0.0217	0.0418	0.0061	0.1509	0.0061	0.0276
chrX	11901008	11901228	chrX:11901009-11901228	FBgn0030360	CG1806	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1426	0.1725	0.1539	0.0969	0.1527	0.1485	0.2301	0.2312	0.1527	0.0912	0.2363	0.0912	0.1286	0.1447	0.1876	0.1447	0.0677
chrX	11901406	11901663	chrX:11901407-11901663	FBgn0030360	CG1806	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0897	0.0952	0.0978	0.0746	0.0721	0.0942	0.1151	0.1439	0.0721	0.0537	0.1569	0.0537	0.0899	0.1332	0.1283	0.1332	0.0563
chrX	11901673	11901864	chrX:11901674-11901864	FBgn0030360	CG1806	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0869	0.0915	0.1041	0.0629	0.0753	0.1015	0.1042	0.1326	0.0753	0.061	0.1659	0.061	0.0868	0.0697	0.1348	0.0697	0.0516
chrX	11906250	11906481	chrX:11906251-11906481	FBgn0030361,FBgn0030362	CG1492,regucalcin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2096	0.1937	0.2468	0.1865	0.1676	0.2199	0.2132	0.2545	0.1676	0.3164	0.2685	0.3164	0.2076	0.183	0.2083	0.183	0.2121
chrX	11906573	11906756	chrX:11906574-11906756	FBgn0030361,FBgn0030362	CG1492,regucalcin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1244	0.1173	0.1462	0.1085	0.0944	0.1408	0.1233	0.1599	0.0944	0.1751	0.1656	0.1751	0.1239	0.1118	0.1128	0.1118	0.1245
chrX	11906845	11907080	chrX:11906846-11907080	FBgn0030362	regucalcin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.055	0.0676	0.0517	0.035	0.0636	0.0683	0.0686	0.035	0.0743	0.0836	0.0743	0.0558	0.0567	0.0554	0.0567	0.0584
chrX	11909025	11909199	chrX:11909026-11909199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0406	0.0324	0.0438	0.0462	0.0127	0.0354	0.0433	0.0426	0.0127	0.0465	0.046	0.0465	0.0635	0.0306	0.0484	0.0306	0.0818
chrX	11911665	11911816	chrX:11911666-11911816	FBgn0043001	Chrac-16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0508	0.0622	0.0344	0.0201	0.065	0.0558	0.074	0.0201	0.0755	0.0707	0.0755	0.0434	0.0475	0.0284	0.0475	0.0464
chrX	11911899	11912113	chrX:11911900-11912113	FBgn0043001	Chrac-16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1326	0.1256	0.1655	0.1042	0.0679	0.1617	0.138	0.1726	0.0679	0.2138	0.1904	0.2138	0.1348	0.1018	0.1231	0.1018	0.1282
chrX	11912196	11912375	chrX:11912197-11912375	FBgn0030364,FBgn0043001	CG15735,Chrac-16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0905	0.0732	0.1147	0.0834	0.0414	0.0903	0.0813	0.1033	0.0414	0.1395	0.1318	0.1395	0.1061	0.0926	0.0928	0.0926	0.1027
chrX	11912577	11912753	chrX:11912578-11912753	FBgn0030364	CG15735	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.1302	0.1852	0.1224	0.0912	0.1515	0.151	0.1746	0.0912	0.215	0.2093	0.215	0.1751	0.1325	0.1418	0.1325	0.1271
chrX	11912836	11913068	chrX:11912837-11913068	FBgn0030364	CG15735	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1235	0.128	0.1572	0.0815	0.0986	0.1364	0.1622	0.1612	0.0986	0.1932	0.1846	0.1932	0.1162	0.0858	0.0864	0.0858	0.0714
chrX	11915008	11915230	chrX:11915009-11915230	FBgn0030365	Tango4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.09	0.0915	0.1069	0.0698	0.0689	0.1	0.1116	0.1126	0.0689	0.128	0.1141	0.128	0.1108	0.075	0.0774	0.075	0.0917
chrX	11915246	11915397	chrX:11915247-11915397	FBgn0030365	Tango4	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0453	0.0422	0.0584	0.0343	0.0212	0.05	0.0532	0.05	0.0212	0.0688	0.0598	0.0688	0.0596	0.0429	0.0374	0.0429	0.0474
chrX	11917219	11917370	chrX:11917220-11917370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0353	0.0396	0.032	0.0159	0.0495	0.0355	0.05	0.0159	0.0513	0.0434	0.0513	0.0418	0.036	0.0271	0.036	0.0459
chrX	11922317	11922583	chrX:11922318-11922583	FBgn0030366	Usp7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1034	0.1208	0.1088	0.078	0.0848	0.1359	0.1414	0.1599	0.0848	0.1498	0.1051	0.1498	0.1201	0.1018	0.0613	0.1018	0.0969
chrX	11922642	11922869	chrX:11922643-11922869	FBgn0030366	Usp7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1069	0.099	0.1232	0.0978	0.07	0.1189	0.1146	0.1272	0.07	0.1534	0.1219	0.1534	0.141	0.1194	0.0967	0.1194	0.1188
chrX	11922964	11923152	chrX:11922965-11923152	FBgn0030366	Usp7	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1578	0.1343	0.1873	0.1515	0.0891	0.1592	0.1618	0.1739	0.0891	0.2301	0.2084	0.2301	0.1758	0.1554	0.1541	0.1554	0.1704
chrX	11929311	11929501	chrX:11929312-11929501	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0234	0.0107	0.0154	0.0465	0.0021	0.015	0.0164	0.0067	0.0021	0.0085	0.0158	0.0085	0.0302	0.0436	0.0438	0.0436	0.0604
chrX	11944358	11944509	chrX:11944359-11944509	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0061	0.0065	0.0131	0.0042	0.0058	0.0082	0.0087	0.0042	0.0042	0.0077	0.0042	0.0039	0.0038	0.0026	0.0038	0.0047
chrX	11946454	11946605	chrX:11946455-11946605	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0046	0.0057	0.0085	0.0032	0.0083	0.0035	0.0053	0.0032	0.0042	0.0039	0.0042	0.0031	0.0038	0.0032	0.0038	0.0021
chrX	11968167	11968318	chrX:11968168-11968318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0062	0.0041	0.01	0.0021	0.0068	0.0099	0.0067	0.0021	0.006	0.0019	0.006	0.0023	0.0023	6e-04	0.0023	0.0026
chrX	11970169	11970332	chrX:11970170-11970332	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0092	0.0123	0.0256	0.0032	0.0112	0.0156	0.0073	0.0032	0.0133	0.0074	0.0133	0.0039	0.0031	0.0039	0.0031	0.0052
chrX	11970591	11970756	chrX:11970592-11970756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0222	0.0183	0.0274	0.0148	0.0209	0.0359	0.0207	0.0148	0.0157	0.0125	0.0157	0.0054	0.0061	0.0084	0.0061	0.0104
chrX	11971302	11971548	chrX:11971303-11971548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0125	0.0117	0.0181	0.0064	0.0126	0.0229	0.0087	0.0064	0.0085	0.0077	0.0085	0.0046	0.0069	0.0013	0.0069	0.0057
chrX	11972369	11972520	chrX:11972370-11972520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.011	0.0129	0.0091	0.0074	0.0087	0.0203	0.0093	0.0074	0.0109	0.0071	0.0109	0.0116	0.0031	0.0019	0.0031	0.0057
chrX	11976648	11976799	chrX:11976649-11976799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0115	0.0084	0.0096	0.0032	0.0155	0.0164	0.0113	0.0032	0.0163	0.0055	0.0163	0.0039	0.0038	6e-04	0.0038	0.0036
chrX	11979551	11979717	chrX:11979552-11979717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0215	0.0237	0.0259	0.0143	0.0117	0.0388	0.0255	0.0247	0.0117	0.0417	0.0196	0.0417	0.0194	0.0054	0.009	0.0054	0.0099
chrX	11979827	11980007	chrX:11979828-11980007	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0594	0.0688	0.0692	0.0382	0.0477	0.0985	0.0636	0.0953	0.0477	0.0894	0.073	0.0894	0.031	0.01	0.0181	0.01	0.0104
chrX	11980145	11980325	chrX:11980146-11980325	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.036	0.0341	0.0443	0.0291	0.0212	0.0476	0.0363	0.0433	0.0212	0.0604	0.045	0.0604	0.0155	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chrX	11984483	11984667	chrX:11984484-11984667	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0302	0.0212	0.0377	0.032	0.0074	0.0359	0.0212	0.024	0.0074	0.0731	0.0325	0.0731	0.0356	0.036	0.0174	0.036	0.0375
chrX	11989382	11989533	chrX:11989383-11989533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0085	0.0093	0.0104	0.0074	0.0087	0.0125	0.008	0.0074	0.0139	0.01	0.0139	0.0039	0.0069	0.0026	0.0069	0.0042
chrX	11992704	11992855	chrX:11992705-11992855	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0094	0.0052	0.0109	0.0124	0	0.0068	0.0078	0.006	0	0.0097	0.009	0.0097	0.0054	0.0038	0.0019	0.0038	0.0047
chrX	11994302	11994486	chrX:11994303-11994486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0207	0.0227	0.0237	0.0191	0.0189	0.029	0.0233	0.0191	0.0121	0.0174	0.0121	0.0101	0.0069	0.0058	0.0069	0.0026
chrX	11994849	11995224	chrX:11994850-11995224	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0377	0.0424	0.0418	0.028	0.0244	0.0505	0.0476	0.0646	0.0244	0.0399	0.0286	0.0399	0.0093	0.0046	0.0032	0.0046	0.0047
chrX	11995542	11995786	chrX:11995543-11995786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0208	0.024	0.0202	0.0106	0.0199	0.0294	0.03	0.0106	0.0211	0.0209	0.0211	0.0039	0.0038	0.0064	0.0038	0.0026
chrX	11998390	11998541	chrX:11998391-11998541	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0077	0.0077	0.0198	0.0064	0.0063	0.0138	0.0047	0.0064	0.0036	0.008	0.0036	0.0046	0.0092	0.0058	0.0092	0.0104
chrX	12022112	12022263	chrX:12022113-12022263	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0052	0.0042	0.0099	0.0032	0.0024	0.0099	0.0053	0.0032	0.0018	0.0048	0.0018	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chrX	12091032	12091183	chrX:12091033-12091183	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0045	0.0041	0.015	0.0011	0.0034	0.0074	0.0053	0.0011	0.0018	0.0029	0.0018	0.0023	0.0031	0.0032	0.0031	0.0031
chrX	12095098	12095264	chrX:12095099-12095264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0211	0.0358	0.0213	0.0053	0.0316	0.0186	0.0326	0.0053	0.0393	0.0576	0.0393	0.0139	0.0222	0.0445	0.0222	0.0203
chrX	12096163	12096314	chrX:12096164-12096314	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0303	0.0223	0.0405	0.028	0.0085	0.0398	0.0195	0.024	0.0085	0.0628	0.0444	0.0628	0.0341	0.0168	0.0477	0.0168	0.0459
chrX	12096479	12096661	chrX:12096480-12096661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0699	0.0634	0.0926	0.0521	0.0329	0.0917	0.0709	0.0726	0.0329	0.1286	0.0994	0.1286	0.0744	0.0276	0.0787	0.0276	0.0724
chrX	12096952	12097115	chrX:12096953-12097115	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0865	0.0922	0.1108	0.0536	0.071	0.1087	0.1064	0.1153	0.071	0.1558	0.1225	0.1558	0.062	0.026	0.0574	0.026	0.0417
chrX	12097559	12097949	chrX:12097560-12097949	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2956	0.3032	0.3368	0.2419	0.2641	0.3539	0.3369	0.3731	0.2641	0.4203	0.3421	0.4203	0.3253	0.2236	0.2585	0.2236	0.2647
chrX	12100521	12100697	chrX:12100522-12100697	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0714	0.1427	0.0525	0.0125	0.14	0.1083	0.1998	0.1919	0.14	0.0411	0.0817	0.0411	0.017	0.0092	0.0135	0.0092	0.0068
chrX	12101235	12101660	chrX:12101236-12101660	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1168	0.2231	0.0919	0.0255	0.2195	0.2083	0.2682	0.3145	0.2195	0.1298	0.1219	0.1298	0.024	0.0191	0.049	0.0191	0.0162
chrX	12102150	12102307	chrX:12102151-12102307	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.044	0.0707	0.0433	0.015	0.052	0.0641	0.0895	0.1059	0.052	0.035	0.0669	0.035	0.0217	0.0145	0.0271	0.0145	0.0109
chrX	12105579	12105730	chrX:12105580-12105730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0233	0.0198	0.0301	0.0199	0.0127	0.0204	0.0272	0.022	0.0127	0.032	0.0257	0.032	0.0217	0.0061	0.0155	0.0061	0.0172
chrX	12106757	12107002	chrX:12106758-12107002	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0669	0.0844	0.077	0.0363	0.071	0.0743	0.1224	0.0993	0.071	0.0393	0.0685	0.0393	0.0209	0.0046	0.0187	0.0046	0.0099
chrX	12107196	12107347	chrX:12107197-12107347	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0314	0.034	0.0155	0.0138	0.032	0.0424	0.0453	0.0138	0.0236	0.0376	0.0236	0.0101	0.0046	0.009	0.0046	0.0078
chrX	12109752	12109903	chrX:12109753-12109903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0173	0.0191	0.0183	0.0142	0.0127	0.017	0.0285	0.0207	0.0127	0.0169	0.0212	0.0169	0.017	0.0038	0.011	0.0038	0.0297
chrX	12110092	12110243	chrX:12110093-12110243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0207	0.0206	0.0212	0.0203	0.0159	0.018	0.0298	0.0253	0.0159	0.0205	0.0238	0.0205	0.0163	0.0084	0.02	0.0084	0.0365
chrX	12111158	12111359	chrX:12111159-12111359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0312	0.0378	0.033	0.022	0.0223	0.0485	0.0489	0.038	0.0223	0.0441	0.0267	0.0441	0.0411	0.0459	0.011	0.0459	0.0208
chrX	12111455	12111861	chrX:12111456-12111861	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0696	0.0754	0.0749	0.0572	0.053	0.0782	0.0804	0.1239	0.053	0.1111	0.0662	0.1111	0.0604	0.1279	0.0303	0.1279	0.0641
chrX	12111980	12112147	chrX:12111981-12112147	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0315	0.0532	0.025	0.0143	0.0477	0.0422	0.0644	0.0853	0.0477	0.0229	0.0209	0.0229	0.0186	0.0176	0.0129	0.0176	0.0172
chrX	12112637	12112925	chrX:12112638-12112925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0395	0.0409	0.0457	0.0311	0.0233	0.0539	0.045	0.056	0.0233	0.0682	0.0453	0.0682	0.0318	0.0444	0.0187	0.0444	0.0328
chrX	12115128	12115285	chrX:12115129-12115285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0224	0.0201	0.0275	0.0192	0.0138	0.0131	0.0355	0.0227	0.0138	0.0326	0.0347	0.0326	0.0155	0.0214	0.0464	0.0214	0.0094
chrX	12115353	12115504	chrX:12115354-12115504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0203	0.0221	0.0184	0.017	0.0136	0.0342	0.02	0.017	0.0223	0.0331	0.0223	0.0108	0.01	0.0529	0.01	0.0109
chrX	12115921	12116108	chrX:12115922-12116108	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0232	0.0377	0.0276	0.0148	0.0218	0.0333	0.026	0.0148	0.0386	0.054	0.0386	0.0186	0.0191	0.0722	0.0191	0.0141
chrX	12116735	12116979	chrX:12116736-12116979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0365	0.0284	0.0412	0.0402	0.0297	0.035	0.0324	0.0326	0.0297	0.0453	0.0453	0.0453	0.0534	0.0176	0.0812	0.0176	0.0495
chrX	12117172	12117343	chrX:12117173-12117343	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0289	0.0548	0.0507	0.0265	0.0345	0.0368	0.032	0.0265	0.0682	0.0569	0.0682	0.0689	0.0368	0.0883	0.0368	0.0693
chrX	12118350	12118519	chrX:12118351-12118519	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0282	0.0274	0.0335	0.0231	0.0223	0.0286	0.0398	0.026	0.0223	0.058	0.0367	0.058	0.0232	0.0467	0.0219	0.0467	0.0208
chrX	12118547	12118829	chrX:12118548-12118829	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.042	0.0389	0.0472	0.0398	0.0244	0.0398	0.0567	0.042	0.0244	0.0725	0.0492	0.0725	0.0341	0.0873	0.0458	0.0873	0.0334
chrX	12119768	12120008	chrX:12119769-12120008	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0521	0.0259	0.0549	0.0783	0.0212	0.0432	0.0268	0.0227	0.0212	0.0634	0.0733	0.0634	0.0465	0.1501	0.1219	0.1501	0.062
chrX	12122597	12122748	chrX:12122598-12122748	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0241	0.0236	0.0266	0.0219	0.0148	0.0262	0.0329	0.0293	0.0148	0.029	0.0347	0.029	0.017	0.0191	0.0477	0.0191	0.0141
chrX	12122809	12123179	chrX:12122810-12123179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0464	0.0472	0.0543	0.0368	0.0329	0.0505	0.0619	0.06	0.0329	0.0362	0.0871	0.0362	0.0271	0.0161	0.087	0.0161	0.0193
chrX	12125548	12125737	chrX:12125549-12125737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0283	0.0275	0.0131	0.0265	0.0267	0.0359	0.0393	0.0265	0.0411	0.037	0.0411	0.0062	0.0123	0.0181	0.0123	0.0135
chrX	12135388	12135539	chrX:12135389-12135539	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0157	0.0165	0.014	0.0167	0.0074	0.016	0.0251	0.02	0.0074	0.0127	0.0167	0.0127	0.0062	0.0115	0.0187	0.0115	0.0115
chrX	12137549	12137700	chrX:12137550-12137700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0197	0.0194	0.0198	0.0198	0.0191	0.0165	0.0234	0.026	0.0191	0.0163	0.0277	0.0163	0.0155	0.0054	0.0368	0.0054	0.0188
chrX	12140327	12140478	chrX:12140328-12140478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0164	0.0208	0.0173	0.0106	0.0159	0.0233	0.0212	0.0346	0.0159	0.0175	0.0203	0.0175	0.0147	0.01	0.0039	0.01	0.0083
chrX	12141358	12141808	chrX:12141359-12141808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0384	0.0385	0.0528	0.0224	0.0244	0.0364	0.0359	0.0766	0.0244	0.0356	0.0765	0.0356	0.0155	0.0077	0.0232	0.0077	0.0135
chrX	12142047	12142247	chrX:12142048-12142247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0188	0.0213	0.0178	0.0106	0.016	0.0216	0.0306	0.0106	0.0097	0.0186	0.0097	0.0062	0.0038	0.0084	0.0038	0.0078
chrX	12142430	12142588	chrX:12142431-12142588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0111	0.0199	0.0157	0.0095	0.0117	0.0117	0.0167	0.0095	0.0072	0.0122	0.0072	0.0062	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chrX	12143147	12143336	chrX:12143148-12143336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0208	0.0229	0.0225	0.0167	0.0117	0.0257	0.0234	0.04	0.0117	0.0163	0.0209	0.0163	0.0124	0.0031	0.0123	0.0031	0.0073
chrX	12147579	12147730	chrX:12147580-12147730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0161	0.0114	0.0164	0.0127	0.0141	0.0199	0.0233	0.0127	0.0121	0.0109	0.0121	0.0093	0.0031	0.0045	0.0031	0.0052
chrX	12149216	12149431	chrX:12149217-12149431	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0375	0.0314	0.0501	0.0305	0.017	0.0286	0.0329	0.0593	0.017	0.0453	0.0746	0.0453	0.0294	0.0268	0.0297	0.0268	0.0417
chrX	12149434	12149645	chrX:12149435-12149645	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0317	0.0233	0.0489	0.0223	0.0127	0.0257	0.0234	0.0406	0.0127	0.0411	0.0797	0.0411	0.0194	0.0214	0.0239	0.0214	0.0229
chrX	12150666	12150863	chrX:12150667-12150863	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0472	0.0781	0.0454	0.0145	0.0626	0.0573	0.0926	0.1426	0.0626	0.0127	0.0936	0.0127	0.0093	0.0031	0.0297	0.0031	0.0052
chrX	12151117	12151268	chrX:12151118-12151268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.03	0.0275	0.0114	0.0117	0.0316	0.0368	0.0473	0.0117	0.0121	0.0514	0.0121	0.0077	0.0038	0.0213	0.0038	0.0089
chrX	12152727	12152914	chrX:12152728-12152914	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.06	0.0987	0.0563	0.0207	0.0997	0.1024	0.096	0.1519	0.0997	0.0453	0.081	0.0453	0.0248	0.01	0.02	0.01	0.0109
chrX	12153418	12153578	chrX:12153419-12153578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0293	0.0279	0.0355	0.0241	0.0159	0.0291	0.0324	0.0446	0.0159	0.0254	0.0415	0.0254	0.0124	0.0046	0.0103	0.0046	0.0068
chrX	12153634	12153940	chrX:12153635-12153940	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0532	0.0526	0.0734	0.0316	0.018	0.0602	0.0597	0.0846	0.018	0.0543	0.1106	0.0543	0.0116	0.0077	0.0245	0.0077	0.0104
chrX	12154485	12154636	chrX:12154486-12154636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0187	0.0282	0.0139	0.0095	0.0214	0.0203	0.0273	0.0095	0.0133	0.0441	0.0133	0.0132	0.0054	0.0161	0.0054	0.0109
chrX	12154894	12155081	chrX:12154895-12155081	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0236	0.0409	0.0219	0.017	0.0272	0.0229	0.0353	0.017	0.0157	0.0646	0.0157	0.0124	0.0046	0.038	0.0046	0.0099
chrX	12158125	12158388	chrX:12158126-12158388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0363	0.0305	0.0245	0.0159	0.0432	0.0303	0.07	0.0159	0.0145	0.0235	0.0145	0.0124	0.01	0.0097	0.01	0.0109
chrX	12158909	12159276	chrX:12158910-12159276	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0553	0.0466	0.0582	0.0617	0.018	0.0699	0.0415	0.0626	0.018	0.032	0.0399	0.032	0.0217	0.0092	0.0174	0.0092	0.0182
chrX	12159725	12159998	chrX:12159726-12159998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0234	0.0274	0.0283	0.0064	0.0335	0.0195	0.04	0.0064	0.0145	0.018	0.0145	0.0077	0.0015	0.0064	0.0015	0.0094
chrX	12160123	12160329	chrX:12160124-12160329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0356	0.0287	0.0288	0.0106	0.049	0.0294	0.0633	0.0106	0.0187	0.0277	0.0187	0.0155	0.0054	0.0116	0.0054	0.0094
chrX	12161209	12161360	chrX:12161210-12161360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0147	0.018	0.0198	0.0074	0.0184	0.0138	0.0213	0.0074	0.0079	0.0129	0.0079	0.0093	0.0054	0.0058	0.0054	0.0068
chrX	12161582	12161733	chrX:12161583-12161733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.008	0.0086	0.0198	0.0032	0.0087	0.0082	0.0147	0.0032	0.0066	0.0048	0.0066	0.0054	0.0054	0.0039	0.0054	0.0063
chrX	12162369	12162520	chrX:12162370-12162520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0096	0.0138	0.0283	0.0064	0.0126	0.0078	0.016	0.0064	0.0085	0.0074	0.0085	0.0031	0.0015	0.0045	0.0015	0.0094
chrX	12163615	12163789	chrX:12163616-12163789	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0266	0.0419	0.0225	0.0141	0.0159	0.0573	0.0281	0.0826	0.0159	0.0109	0.0238	0.0109	0.017	0.0031	0.0084	0.0031	0.0104
chrX	12164793	12165106	chrX:12164794-12165106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0353	0.0349	0.0379	0.0329	0.0138	0.0388	0.0324	0.0666	0.0138	0.0332	0.0376	0.0332	0.0325	0.0145	0.0219	0.0145	0.0292
chrX	12167067	12167226	chrX:12167068-12167226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0384	0.0358	0.0192	0.018	0.0451	0.0355	0.068	0.018	0.0417	0.0379	0.0417	0.0411	0.0176	0.0219	0.0176	0.0224
chrX	12170626	12170789	chrX:12170627-12170789	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0445	0.0168	0.0077	0.0159	0.0578	0.0298	0.0906	0.0159	0.0115	0.0196	0.0115	0.0186	0.0015	0.0103	0.0015	0.0073
chrX	12171994	12172145	chrX:12171995-12172145	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0089	0.0101	0.0077	0.0089	0.0011	0.0097	0.0108	0.0227	0.0011	0.0091	0.0074	0.0091	0.0031	0.0038	0.0077	0.0038	0.0036
chrX	12172931	12173082	chrX:12172932-12173082	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0059	0.0048	0.0141	0.0011	0.0063	0.0074	0.0093	0.0011	0.0042	0.0045	0.0042	0.0015	0.0038	0.0039	0.0038	0.0052
chrX	12178768	12178919	chrX:12178769-12178919	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0126	0.0204	0.0096	0.0072	0.0106	0.018	0.0203	0.0406	0.0106	0.0079	0.0109	0.0079	0.0039	8e-04	0.0058	8e-04	0.0036
chrX	12184841	12184998	chrX:12184842-12184998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0124	0.0102	0.0156	0.0113	0.0053	0.0092	0.0087	0.022	0.0053	0.0085	0.0087	0.0085	0.0124	0.0038	0.0032	0.0038	0.0063
chrX	12186772	12186923	chrX:12186773-12186923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0087	0.009	0.0145	0.0021	0.0092	0.0091	0.0173	0.0021	0.0079	0.0084	0.0079	0.007	0.0046	0.0084	0.0046	0.0094
chrX	12188342	12188633	chrX:12188343-12188633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0211	0.0257	0.0166	0.0209	0.0032	0.0286	0.0238	0.054	0.0032	0.0091	0.019	0.0091	0.0101	0.0054	0.0103	0.0054	0.0094
chrX	12198173	12198324	chrX:12198174-12198324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0125	0.0189	0.0119	0.006	0.0032	0.033	0.013	0.0306	0.0032	0.0109	0.0109	0.0109	0.0124	0.0031	0.0064	0.0031	0.0036
chrX	12199753	12199904	chrX:12199754-12199904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0097	0.0086	0.0095	0.0113	0.0042	0.0078	0.0082	0.0187	0.0042	0.0079	0.01	0.0079	0.0054	0.0038	0.0129	0.0038	0.0063
chrX	12199933	12200084	chrX:12199934-12200084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0111	0.0102	0.0089	0.0064	0.0117	0.0125	0.018	0.0064	0.0097	0.0106	0.0097	0.0046	0.0031	0.0045	0.0031	0.0047
chrX	12208054	12208205	chrX:12208055-12208205	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0253	0.0108	0.0058	0.0095	0.032	0.0281	0.0386	0.0095	0.0103	0.0119	0.0103	0.0085	0.0023	0.0058	0.0023	0.0047
chrX	12208896	12209047	chrX:12208897-12209047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0145	0.0093	0.0104	0.0032	0.017	0.0195	0.018	0.0032	0.0127	0.0096	0.0127	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chrX	12209347	12209498	chrX:12209348-12209498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0277	0.0156	0.0141	0.0127	0.0218	0.0389	0.0406	0.0127	0.0157	0.0167	0.0157	0.0108	0.0084	0.0045	0.0084	0.0094
chrX	12214207	12214358	chrX:12214208-12214358	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0152	0.0258	0.0128	0.0058	0.0095	0.0311	0.0238	0.0466	0.0095	0.0145	0.0122	0.0145	0.0046	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chrX	12219130	12219281	chrX:12219131-12219281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0112	0.0113	0.0145	0.0053	0.0087	0.0134	0.02	0.0053	0.0133	0.0125	0.0133	0.0015	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chrX	12219565	12219716	chrX:12219566-12219716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0067	0.0105	0.015	0.0021	0.0063	0.0091	0.0093	0.0021	0.0091	0.0116	0.0091	0.007	0.0046	0.0045	0.0046	0.0063
chrX	12220302	12220453	chrX:12220303-12220453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0081	0.0079	0.0084	0.0082	0.0032	0.0092	0.0074	0.0153	0.0032	0.0085	0.0074	0.0085	0.007	0.0046	0.0013	0.0046	0.0052
chrX	12236769	12236920	chrX:12236770-12236920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0127	0.0095	0.013	0.0021	0.0175	0.0173	0.0127	0.0021	0.0072	0.0087	0.0072	0.0093	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chrX	12238781	12238932	chrX:12238782-12238932	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0054	0.0044	0.0081	0.0053	0.0034	0.0095	0.004	0.0053	0.0048	0.0039	0.0048	0.0023	0.0038	0.0026	0.0038	0.0026
chrX	12251478	12251629	chrX:12251479-12251629	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0057	0.0058	0.0118	0.0042	0.0049	0.0112	0.0033	0.0042	0.0036	0.0061	0.0036	0.0046	0.0015	0.0039	0.0015	0.0047
chrX	12252404	12252555	chrX:12252405-12252555	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0049	0.0041	0.0156	0.0032	0.0015	0.0121	0.0027	0.0032	0.0024	0.0032	0.0024	0.0015	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chrX	12263491	12263642	chrX:12263492-12263642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0136	0.0101	0.0147	0.0162	0.0085	0.0092	0.0151	0.0107	0.0085	0.0187	0.0154	0.0187	0.017	0.0299	0.0116	0.0299	0.0198
chrX	12282061	12282212	chrX:12282062-12282212	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0051	0.0044	0.0171	0.0074	0.0039	0.0078	0.0047	0.0074	0.006	0.0023	0.006	0.0039	0.0069	0.0058	0.0069	0.0057
chrX	12283242	12283406	chrX:12283243-12283406	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT60733.1	VT60733.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0265	0.0218	0.0251	0.0331	0.0117	0.0238	0.0268	0.0293	0.0117	0.0308	0.0241	0.0308	0.0225	0.0314	0.0116	0.0314	0.0156
chrX	12313361	12313512	chrX:12313362-12313512	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0064	0.0057	0.0075	0.0053	0.0053	0.0087	0.008	0.0053	0.0109	0.0048	0.0109	0.0015	0.0023	0.0013	0.0023	0.0031
chrX	12325993	12326282	chrX:12325994-12326282	FBgn0259680	Pkcdelta	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.0107	0.0107	0.0255	0.0042	0.0126	0.0173	0.0093	0.0042	0.0091	0.0106	0.0091	0.017	0.0773	0.0219	0.0773	0.0167
chrX	12340236	12340387	chrX:12340237-12340387	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0093	0.0132	0.0057	0.0088	0.0042	0.0083	0.0272	0.0133	0.0042	0.0085	0.0068	0.0085	0.0031	0.0322	0.0064	0.0322	0.0026
chrX	12348143	12348294	chrX:12348144-12348294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0098	0.0097	0.009	0.0107	0.0021	0.0083	0.0195	0.008	0.0021	0.0085	0.0125	0.0085	0.0085	0.0054	0.0355	0.0054	0.0052
chrX	12356521	12356672	chrX:12356522-12356672	FBgn0030391	Rab40	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0425	0.0299	0.0234	0.0212	0.0345	0.0649	0.06	0.0212	0.0338	0.035	0.0338	0.0225	0.0306	0.0232	0.0306	0.0229
chrX	12356807	12356989	chrX:12356808-12356989	FBgn0030391	Rab40	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0436	0.0622	0.0451	0.0265	0.0447	0.0606	0.0573	0.0265	0.0809	0.0682	0.0809	0.0596	0.0551	0.0529	0.0551	0.0584
chrX	12357076	12357244	chrX:12357077-12357244	FBgn0030391	Rab40	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.1023	0.1365	0.1036	0.0764	0.1165	0.1146	0.1426	0.0764	0.1739	0.1479	0.1739	0.1418	0.1018	0.109	0.1018	0.1318
chrX	12357446	12357659	chrX:12357447-12357659	FBgn0030391,FBgn0259143	CG42258,Rab40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1373	0.1185	0.1699	0.1224	0.0997	0.1393	0.1272	0.1566	0.0997	0.2162	0.1826	0.2162	0.1673	0.1401	0.1283	0.1401	0.1376
chrX	12357699	12357850	chrX:12357700-12357850	FBgn0259143	CG42258	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0663	0.0548	0.0826	0.0613	0.0509	0.0665	0.0597	0.0693	0.0509	0.1002	0.0868	0.1002	0.0875	0.0881	0.0574	0.0881	0.0672
chrX	12358058	12358333	chrX:12358059-12358333	FBgn0259143	CG42258	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0717	0.0715	0.0891	0.0529	0.0488	0.0704	0.0943	0.0946	0.0488	0.1238	0.0952	0.1238	0.0798	0.0658	0.0535	0.0658	0.0573
chrX	12361004	12361449	chrX:12361005-12361449	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1031	0.1186	0.0844	0.1061	0.0679	0.1214	0.16	0.1546	0.0679	0.0489	0.0855	0.0489	0.1162	0.026	0.1167	0.026	0.1225
chrX	12361721	12361872	chrX:12361722-12361872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0196	0.0148	0.0138	0.0313	0.0042	0.015	0.026	0.0133	0.0042	0.0133	0.0119	0.0133	0.0263	0.0291	0.0477	0.0291	0.0349
chrX	12364291	12364553	chrX:12364292-12364553	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0609	0.0332	0.0444	0.11	0.0191	0.0417	0.0376	0.0426	0.0191	0.032	0.046	0.032	0.0643	0.1478	0.1141	0.1478	0.0766
chrX	12365530	12365709	chrX:12365531-12365709	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.046	0.0167	0.0293	0.0969	0.0095	0.0238	0.0156	0.0253	0.0095	0.0145	0.0264	0.0145	0.0674	0.1064	0.0799	0.1064	0.1006
chrX	12365940	12366091	chrX:12365941-12366091	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0241	0.0156	0.0165	0.0421	0.0117	0.015	0.0186	0.022	0.0117	0.0097	0.0125	0.0097	0.0263	0.0299	0.0284	0.0299	0.0406
chrX	12366204	12366367	chrX:12366205-12366367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.0313	0.0269	0.0631	0.0212	0.0325	0.0415	0.0386	0.0212	0.0266	0.0158	0.0266	0.0503	0.0758	0.0438	0.0758	0.0683
chrX	12366575	12366814	chrX:12366576-12366814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0347	0.025	0.0266	0.0542	0.0212	0.0252	0.0333	0.0306	0.0212	0.0278	0.0235	0.0278	0.0434	0.085	0.0426	0.085	0.0594
chrX	12366886	12367037	chrX:12366887-12367037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0311	0.0178	0.026	0.0517	0.0106	0.0228	0.0225	0.018	0.0106	0.0338	0.0232	0.0338	0.0356	0.0904	0.0464	0.0904	0.0615
chrX	12367492	12367677	chrX:12367493-12367677	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0275	0.0303	0.0652	0.0138	0.0262	0.0433	0.0293	0.0138	0.032	0.0379	0.032	0.0418	0.0919	0.0838	0.0919	0.086
chrX	12367891	12368083	chrX:12367892-12368083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0262	0.0133	0.0189	0.0485	0.0053	0.0126	0.0164	0.0213	0.0053	0.0169	0.0225	0.0169	0.031	0.049	0.0696	0.049	0.0667
chrX	12368267	12368477	chrX:12368268-12368477	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0327	0.015	0.0274	0.0582	0.0095	0.017	0.0216	0.014	0.0095	0.0272	0.0232	0.0272	0.0658	0.0574	0.0774	0.0574	0.0964
chrX	12368498	12368649	chrX:12368499-12368649	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0192	0.0098	0.0183	0.0306	0.0032	0.0117	0.0138	0.012	0.0032	0.0151	0.0215	0.0151	0.0333	0.0245	0.0503	0.0245	0.0438
chrX	12371811	12371962	chrX:12371812-12371962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.007	0.0088	0.0136	0.0021	0.0058	0.0117	0.0073	0.0021	0.0115	0.0058	0.0115	0.0077	0.0077	0.0097	0.0077	0.0073
chrX	12374351	12374545	chrX:12374352-12374545	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0273	0.0197	0.0161	0.0482	0.0117	0.0199	0.0303	0.0213	0.0117	0.0157	0.0177	0.0157	0.0232	0.0429	0.0587	0.0429	0.0724
chrX	12374691	12374843	chrX:12374692-12374843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0165	0.0075	0.0123	0.0311	0.0021	0.0058	0.0134	0.008	0.0021	0.0121	0.0116	0.0121	0.0225	0.0283	0.0419	0.0283	0.0479
chrX	12376827	12376978	chrX:12376828-12376978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0088	0.0114	0.0156	0.0074	0.0063	0.0169	0.0053	0.0074	0.006	0.0183	0.006	0.0077	0.0077	0.0522	0.0077	0.0047
chrX	12377320	12377471	chrX:12377321-12377471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.0141	0.0142	0.017	0.0053	0.0136	0.0264	0.0107	0.0053	0.0109	0.0241	0.0109	0.0101	0.0145	0.0432	0.0145	0.0135
chrX	12380735	12380886	chrX:12380736-12380886	FBgn0030394	Cpr11A	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0082	0.0061	0.0058	0.0132	0.0032	0.0058	0.0112	0.0047	0.0032	0.0066	0.0077	0.0066	0.0031	0.0046	0.0451	0.0046	0.0068
chrX	12390686	12390858	chrX:12390687-12390858	FBgn0030395,FBgn0030396	CG15730,CG2556	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.054	0.0506	0.042	0.071	0.0308	0.0558	0.0631	0.0673	0.0308	0.0296	0.0524	0.0296	0.0643	0.062	0.0864	0.062	0.0974
chrX	12391052	12391251	chrX:12391053-12391251	FBgn0030395,FBgn0030396,FBgn0086047	CG15730,CG2556,snoRNA:Me18S-G894	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0714	0.0487	0.065	0.1039	0.0286	0.0568	0.067	0.0533	0.0286	0.0477	0.0772	0.0477	0.1053	0.1018	0.1302	0.1018	0.1402
chrX	12395478	12395629	chrX:12395479-12395629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.007	0.0061	0.0114	0.0032	0.0063	0.0138	0.004	0.0032	0.0054	0.0093	0.0054	0.0046	0.0023	0.0374	0.0023	0.0047
chrX	12396559	12396710	chrX:12396560-12396710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0064	0.0085	0.0095	0	0.0087	0.0112	0.0033	0	0.0079	0.0113	0.0079	0.0093	0.0061	0.0284	0.0061	0.0063
chrX	12404715	12404910	chrX:12404716-12404910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0229	0.0112	0.0283	0.0301	0.0064	0.0141	0.0156	0.0107	0.0064	0.0393	0.0354	0.0393	0.0271	0.023	0.0593	0.023	0.037
chrX	12404990	12405163	chrX:12404991-12405163	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0093	0.0382	0.0361	0.0042	0.0141	0.0112	0.008	0.0042	0.0453	0.0553	0.0453	0.0318	0.0345	0.0671	0.0345	0.0427
chrX	12428394	12428545	chrX:12428395-12428545	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.005	0.0043	0.011	0.0021	0.0034	0.0095	0.0047	0.0021	0.0042	0.0029	0.0042	0.0039	0.0015	6e-04	0.0015	0.0042
chrX	12429139	12429290	chrX:12429140-12429290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.0071	0.0069	0.0132	0.0032	0.0053	0.0117	0.01	0.0032	0.0048	0.0068	0.0048	0.007	0.0023	0.0039	0.0023	0.0036
chrX	12430473	12430624	chrX:12430474-12430624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0062	0.0061	0.0131	0.0042	0.0044	0.0108	0.008	0.0042	0.0054	0.0055	0.0054	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0016
chrX	12430869	12431020	chrX:12430870-12431020	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0032	0.0051	0.0113	0	0.0024	0.0056	0.0053	0	0.003	0.0035	0.003	0.0039	8e-04	6e-04	8e-04	0.001
chrX	12435469	12435620	chrX:12435470-12435620	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0167	0.0253	0.0107	0.0136	0.0106	0.0165	0.0476	0.0233	0.0106	0.0072	0.009	0.0072	0.0124	0.0061	0.0097	0.0061	0.0151
chrX	12440318	12440546	chrX:12440319-12440546	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0385	0.032	0.0265	0.0589	0.0201	0.0282	0.0463	0.0426	0.0201	0.0199	0.0238	0.0199	0.0356	0.0498	0.0264	0.0498	0.0495
chrX	12440969	12441193	chrX:12440970-12441193	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0574	0.032	0.0396	0.1054	0.0201	0.0417	0.0372	0.0366	0.0201	0.029	0.0302	0.029	0.048	0.1072	0.0361	0.1072	0.1073
chrX	12441402	12441759	chrX:12441403-12441759	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0421	0.0187	0.024	0.0881	0.0074	0.0223	0.0268	0.0147	0.0074	0.0199	0.0161	0.0199	0.0263	0.0544	0.0219	0.0544	0.0516
chrX	12441932	12442092	chrX:12441933-12442092	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.013	0.0175	0.0436	0.0074	0.0136	0.0203	0.012	0.0074	0.0163	0.0109	0.0163	0.017	0.0237	0.0084	0.0237	0.0219
chrX	12443247	12443398	chrX:12443248-12443398	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0044	0.0044	0.0125	0.0032	0.0024	0.0082	0.0047	0.0032	0.003	0.0039	0.003	0.0031	0.0015	6e-04	0.0015	0.0052
chrX	12450124	12450275	chrX:12450125-12450275	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0049	0.0015	0.0043	0.0093	0.0011	0.001	0.0026	0.002	0.0011	0.0012	0.0045	0.0012	0.0015	0.0054	6e-04	0.0054	0.0042
chrX	12453946	12454097	chrX:12453947-12454097	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0042	0.0021	0.0023	0.0085	0.0011	0.0019	0.0039	0.0013	0.0011	0.0012	0.0029	0.0012	0.0015	0.0031	0.0013	0.0031	0.0026
chrX	12461646	12461797	chrX:12461647-12461797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.009	0.0084	0.0156	0.0032	0.0068	0.0143	0.014	0.0032	0.0066	0.0051	0.0066	0.0155	0.0038	0.0026	0.0038	0.0078
chrX	12462000	12462151	chrX:12462001-12462151	FBgn0264542	CG43921	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0158	0.012	0.0131	0.0231	0.0021	0.015	0.0164	0.016	0.0021	0.0121	0.0093	0.0121	0.0225	0.01	0.0071	0.01	0.013
chrX	12462532	12462683	chrX:12462533-12462683	FBgn0264542	CG43921	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0189	0.0141	0.0269	0.0053	0.0233	0.029	0.02	0.0053	0.0115	0.0132	0.0115	0.0178	0.01	0.0052	0.01	0.0162
chrX	12462904	12463055	chrX:12462905-12463055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0225	0.0308	0.023	0.0127	0.0085	0.0417	0.0389	0.038	0.0085	0.026	0.028	0.026	0.0147	0.0069	0.0026	0.0069	0.0135
chrX	12468823	12469178	chrX:12468824-12469178	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2181	0.2298	0.2306	0.1912	0.1845	0.2709	0.2431	0.3091	0.1845	0.2886	0.2408	0.2886	0.2231	0.2067	0.1896	0.2067	0.1918
chrX	12469443	12469594	chrX:12469444-12469594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0585	0.0523	0.0609	0.0628	0.0265	0.0709	0.0519	0.0759	0.0265	0.0646	0.0563	0.0646	0.0875	0.0613	0.06	0.0613	0.0797
chrX	12469889	12470073	chrX:12469890-12470073	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1131	0.0747	0.1472	0.1185	0.018	0.1286	0.0657	0.0926	0.018	0.2144	0.1248	0.2144	0.1727	0.1907	0.0941	0.1907	0.1496
chrX	12470344	12470515	chrX:12470345-12470515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0686	0.0598	0.0789	0.0671	0.0297	0.1029	0.0554	0.0626	0.0297	0.1486	0.0482	0.1486	0.0999	0.1394	0.0413	0.1394	0.0886
chrX	12471823	12471979	chrX:12471824-12471979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0401	0.0233	0.0555	0.0419	0.0074	0.0442	0.0208	0.0233	0.0074	0.058	0.0322	0.058	0.1588	0.0253	0.0219	0.0253	0.098
chrX	12472478	12472710	chrX:12472479-12472710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0477	0.0289	0.0609	0.0542	0.0095	0.0481	0.0264	0.038	0.0095	0.0501	0.0434	0.0501	0.1619	0.0383	0.0387	0.0383	0.1214
chrX	12473111	12473381	chrX:12473112-12473381	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.162	0.1431	0.1651	0.1798	0.1029	0.1985	0.1484	0.1652	0.1029	0.1479	0.155	0.1479	0.2432	0.1891	0.1702	0.1891	0.2267
chrX	12473992	12474287	chrX:12473993-12474287	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.142	0.1434	0.159	0.1218	0.071	0.1893	0.1181	0.2505	0.071	0.1184	0.2068	0.1184	0.1658	0.0651	0.1425	0.0651	0.0948
chrX	12474355	12474582	chrX:12474356-12474582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.112	0.1216	0.1131	0.1	0.0721	0.1515	0.1345	0.1626	0.0721	0.0936	0.1103	0.0936	0.1356	0.0352	0.0722	0.0352	0.1042
chrX	12474634	12474863	chrX:12474635-12474863	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0873	0.0771	0.099	0.0859	0.0297	0.1218	0.0727	0.0966	0.0297	0.0815	0.0759	0.0815	0.2006	0.0398	0.0309	0.0398	0.1506
chrX	12477031	12477319	chrX:12477032-12477319	FBgn0030400	CG11138	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2976	0.2565	0.3501	0.2859	0.2025	0.333	0.2651	0.3145	0.2025	0.4553	0.374	0.4553	0.3191	0.2917	0.2959	0.2917	0.3142
chrX	12477672	12477934	chrX:12477673-12477934	FBgn0030400	CG11138	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1357	0.1047	0.1668	0.1362	0.052	0.1485	0.1025	0.1446	0.052	0.2512	0.1624	0.2512	0.1286	0.1041	0.1328	0.1041	0.1032
chrX	12485247	12485475	chrX:12485248-12485475	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1028	0.0892	0.1268	0.0916	0.0721	0.1078	0.0986	0.1099	0.0721	0.16	0.1421	0.16	0.1479	0.1026	0.1025	0.1026	0.1318
chrX	12485712	12485887	chrX:12485713-12485887	FBgn0041203	LIMK1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1179	0.1808	0.1313	0.0848	0.1383	0.1319	0.1646	0.0848	0.2246	0.2103	0.2246	0.1875	0.1386	0.1509	0.1386	0.1605
chrX	12486105	12486290	chrX:12486106-12486290	FBgn0041203	LIMK1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1208	0.1098	0.1406	0.1113	0.0912	0.1379	0.1241	0.1319	0.0912	0.1848	0.1585	0.1848	0.1255	0.1133	0.1135	0.1133	0.1397
chrX	12489329	12489497	chrX:12489330-12489497	FBgn0030403	CG1824	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0557	0.0441	0.0668	0.0565	0.0265	0.0447	0.0588	0.0606	0.0265	0.0797	0.0756	0.0797	0.0767	0.0781	0.0548	0.0781	0.0672
chrX	12489550	12489741	chrX:12489551-12489741	FBgn0030403,FBgn0052654	CG1824,Sec16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1263	0.1094	0.1485	0.1209	0.0859	0.1165	0.128	0.1539	0.0859	0.1739	0.1711	0.1739	0.1503	0.1309	0.1161	0.1309	0.1527
chrX	12489989	12490165	chrX:12489990-12490165	FBgn0030403,FBgn0052654	CG1824,Sec16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.1089	0.1674	0.1266	0.0795	0.1199	0.1324	0.1452	0.0795	0.1896	0.1939	0.1896	0.1642	0.1394	0.1373	0.1394	0.1459
chrX	12490224	12490404	chrX:12490225-12490404	FBgn0052654	Sec16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1357	0.1132	0.1684	0.1249	0.0795	0.1408	0.1207	0.1552	0.0795	0.1872	0.2003	0.1872	0.1634	0.1409	0.1451	0.1409	0.1339
chrX	12490419	12490627	chrX:12490420-12490627	FBgn0052654	Sec16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1096	0.0947	0.132	0.1017	0.0541	0.115	0.1086	0.1312	0.0541	0.1594	0.1447	0.1594	0.1325	0.0949	0.1038	0.0949	0.1063
chrX	12490710	12490891	chrX:12490711-12490891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0868	0.0774	0.1003	0.0826	0.0286	0.0922	0.0956	0.1106	0.0286	0.1171	0.1154	0.1171	0.1007	0.0628	0.0935	0.0628	0.0891
chrX	12494867	12495030	chrX:12494868-12495030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0516	0.0584	0.067	0.0272	0.0191	0.0578	0.0835	0.0833	0.0191	0.0664	0.0904	0.0664	0.0635	0.023	0.0348	0.023	0.0344
chrX	12495206	12495412	chrX:12495207-12495412	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.107	0.1297	0.1302	0.0563	0.0827	0.135	0.1618	0.1805	0.0827	0.1437	0.173	0.1437	0.1216	0.0605	0.0767	0.0605	0.0719
chrX	12495525	12495746	chrX:12495526-12495746	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0933	0.125	0.1058	0.044	0.0954	0.099	0.1622	0.1939	0.0954	0.0978	0.1531	0.0978	0.0906	0.0559	0.0767	0.0559	0.0438
chrX	12504404	12504555	chrX:12504405-12504555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.031	0.0482	0.0319	0.0191	0.0359	0.0372	0.0433	0.0191	0.0513	0.0569	0.0513	0.0581	0.0207	0.0464	0.0207	0.0422
chrX	12504621	12504772	chrX:12504622-12504772	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0271	0.0222	0.0355	0.0233	0.0127	0.0252	0.0238	0.0353	0.0127	0.0477	0.0399	0.0477	0.0387	0.013	0.0316	0.013	0.0354
chrX	12505539	12505723	chrX:12505540-12505723	FBgn0030406,FBgn0030407	CG1463,CG2543	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1238	0.1176	0.1491	0.1029	0.0848	0.1427	0.1215	0.1672	0.0848	0.186	0.1685	0.186	0.1611	0.1126	0.1161	0.1126	0.1167
chrX	12505821	12505999	chrX:12505822-12505999	FBgn0030406,FBgn0030407	CG1463,CG2543	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1334	0.1211	0.1671	0.1102	0.0901	0.1432	0.1367	0.1572	0.0901	0.2035	0.1904	0.2035	0.1673	0.1064	0.1212	0.1064	0.1329
chrX	12506059	12506264	chrX:12506060-12506264	FBgn0030406,FBgn0030407	CG1463,CG2543	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1028	0.1423	0.0959	0.0732	0.1228	0.1176	0.1352	0.0732	0.1733	0.1714	0.1733	0.1154	0.108	0.1025	0.108	0.1131
chrX	12506270	12506662	chrX:12506271-12506662	FBgn0030407	CG2543	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0865	0.0871	0.1066	0.0639	0.0604	0.0951	0.1047	0.1179	0.0604	0.0924	0.1219	0.0924	0.1588	0.0536	0.0774	0.0536	0.0928
chrX	12507307	12507503	chrX:12507308-12507503	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0492	0.0755	0.0463	0.0228	0.0573	0.085	0.0887	0.1019	0.0573	0.0326	0.0601	0.0326	0.048	0.0138	0.0374	0.0138	0.0245
chrX	12509846	12510049	chrX:12509847-12510049	FBgn0030408	CG11085	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.055	0.0634	0.0471	0.0542	0.0403	0.0549	0.093	0.0779	0.0403	0.026	0.0318	0.026	0.0201	0.0069	0.0219	0.0069	0.0193
chrX	12510202	12510353	chrX:12510203-12510353	FBgn0030408	CG11085	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0327	0.0194	0.0162	0.0233	0.0277	0.0554	0.0293	0.0233	0.0091	0.0167	0.0091	0.0132	0.0038	0.009	0.0038	0.0089
chrX	12515775	12515969	chrX:12515776-12515969	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0258	0.0363	0.0244	0.0156	0.0201	0.0451	0.0424	0.046	0.0201	0.0356	0.0193	0.0356	0.0077	0.0061	0.0058	0.0061	0.0052
chrX	12519431	12519637	chrX:12519432-12519637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0183	0.0147	0.0179	0.0227	0.0095	0.0146	0.0216	0.0167	0.0095	0.0121	0.0116	0.0121	0.0132	0.0054	0.009	0.0054	0.0182
chrX	12523550	12523728	chrX:12523551-12523728	FBgn0030410,FBgn0030411	Aven,CG2540	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0875	0.0808	0.0959	0.0859	0.0573	0.1015	0.0891	0.0973	0.0573	0.1135	0.1071	0.1135	0.0945	0.1011	0.0774	0.1011	0.0959
chrX	12523812	12524013	chrX:12523813-12524013	FBgn0030410,FBgn0030411	Aven,CG2540	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.073	0.0708	0.0766	0.0714	0.0509	0.0869	0.0839	0.0793	0.0509	0.0839	0.083	0.0839	0.0813	0.0819	0.0658	0.0819	0.0886
chrX	12525267	12525418	chrX:12525268-12525418	FBgn0030412	tomosyn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0386	0.0327	0.0398	0.0437	0.017	0.034	0.0381	0.0533	0.017	0.0417	0.0444	0.0417	0.0488	0.0482	0.0503	0.0482	0.0568
chrX	12525506	12525689	chrX:12525507-12525689	FBgn0030412	tomosyn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.0778	0.1046	0.1241	0.0371	0.0985	0.0878	0.1093	0.0371	0.1039	0.1196	0.1039	0.1216	0.1309	0.1193	0.1309	0.1496
chrX	12525764	12525915	chrX:12525765-12525915	FBgn0030412	tomosyn	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0506	0.0356	0.0481	0.0699	0.017	0.0442	0.0415	0.0513	0.017	0.0459	0.0556	0.0459	0.0503	0.0574	0.0683	0.0574	0.0818
chrX	12526132	12526348	chrX:12526133-12526348	FBgn0030412	tomosyn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0425	0.0557	0.0411	0.0294	0.0297	0.0675	0.0653	0.0759	0.0297	0.029	0.0537	0.029	0.0294	0.0237	0.0284	0.0237	0.0261
chrX	12527059	12527265	chrX:12527060-12527265	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0363	0.0467	0.0213	0.0409	0.0318	0.0417	0.0692	0.056	0.0318	0.0242	0.0174	0.0242	0.0132	0.0123	0.009	0.0123	0.0151
chrX	12527378	12527538	chrX:12527379-12527538	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0361	0.0603	0.0201	0.0267	0.0456	0.066	0.0683	0.0853	0.0456	0.0229	0.017	0.0229	0.0147	0.0107	0.0103	0.0107	0.0104
chrX	12528000	12528270	chrX:12528001-12528270	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0544	0.0765	0.0374	0.0482	0.0456	0.084	0.0926	0.1039	0.0456	0.0411	0.0293	0.0411	0.0333	0.0337	0.0206	0.0337	0.0375
chrX	12534820	12535016	chrX:12534821-12535016	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0393	0.0608	0.033	0.0223	0.0414	0.0544	0.0839	0.0833	0.0414	0.0495	0.0363	0.0495	0.0225	0.0413	0.0251	0.0413	0.0234
chrX	12535097	12535248	chrX:12535098-12535248	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0371	0.0222	0.0113	0.0255	0.032	0.0497	0.0533	0.0255	0.0302	0.0241	0.0302	0.017	0.0123	0.0103	0.0123	0.0141
chrX	12539212	12539363	chrX:12539213-12539363	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0341	0.0254	0.0164	0.0223	0.033	0.051	0.038	0.0223	0.0254	0.0299	0.0254	0.0201	0.0199	0.0135	0.0199	0.0188
chrX	12539391	12539634	chrX:12539392-12539634	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0551	0.0378	0.028	0.0445	0.0578	0.0753	0.0613	0.0445	0.0435	0.0389	0.0435	0.0356	0.0299	0.0213	0.0299	0.0281
chrX	12539969	12540120	chrX:12539970-12540120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0228	0.0198	0.0175	0.0138	0.0248	0.0285	0.0293	0.0138	0.0187	0.0235	0.0187	0.0155	0.0107	0.0142	0.0107	0.0198
chrX	12541095	12541246	chrX:12541096-12541246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0252	0.0197	0.0174	0.0127	0.0243	0.0381	0.028	0.0127	0.0211	0.0222	0.0211	0.0217	0.0191	0.0123	0.0191	0.0255
chrX	12542378	12542529	chrX:12542379-12542529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0292	0.0193	0.0134	0.0095	0.0306	0.042	0.038	0.0095	0.026	0.0225	0.026	0.0163	0.0191	0.0123	0.0191	0.0172
chrX	12543547	12543739	chrX:12543548-12543739	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0576	0.0566	0.0615	0.0544	0.0329	0.0796	0.0584	0.0726	0.0329	0.0562	0.0588	0.0562	0.0891	0.0636	0.0464	0.0636	0.0662
chrX	12547703	12547888	chrX:12547704-12547888	FBgn0015024	CkIalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1612	0.1461	0.1949	0.1412	0.105	0.1772	0.1678	0.1792	0.105	0.2458	0.2061	0.2458	0.1921	0.1577	0.1547	0.1577	0.1589
chrX	12548022	12548174	chrX:12548023-12548174	FBgn0015024	CkIalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0815	0.0592	0.1053	0.0804	0.0286	0.0767	0.0606	0.0886	0.0286	0.1214	0.117	0.1214	0.1038	0.0789	0.0941	0.0789	0.0933
chrX	12548296	12548532	chrX:12548297-12548532	FBgn0015024	CkIalpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2251	0.2014	0.2689	0.2036	0.1654	0.2485	0.2184	0.2512	0.1654	0.3261	0.2961	0.3261	0.2587	0.2466	0.2237	0.2466	0.2376
chrX	12548539	12548690	chrX:12548540-12548690	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1438	0.1411	0.1718	0.116	0.1039	0.1684	0.1661	0.1706	0.1039	0.2114	0.2051	0.2114	0.1557	0.1608	0.136	0.1608	0.1204
chrX	12552934	12553173	chrX:12552935-12553173	FBgn0011837,FBgn0053963	CR33963,Tis11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2	0.1901	0.2305	0.1776	0.1241	0.232	0.221	0.2412	0.1241	0.2814	0.2498	0.2814	0.2099	0.1945	0.1883	0.1945	0.2079
chrX	12553332	12553539	chrX:12553333-12553539	FBgn0011837,FBgn0053963	CR33963,Tis11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2308	0.2182	0.2735	0.198	0.1591	0.2709	0.2375	0.2791	0.1591	0.3128	0.3003	0.3128	0.2727	0.2106	0.2186	0.2106	0.2439
chrX	12554098	12554306	chrX:12554099-12554306	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1274	0.1441	0.1537	0.0801	0.1135	0.1888	0.1497	0.1825	0.1135	0.212	0.1598	0.212	0.182	0.0827	0.0774	0.0827	0.1214
chrX	12554308	12554539	chrX:12554309-12554539	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1348	0.1628	0.1626	0.0731	0.1357	0.2049	0.173	0.2032	0.1357	0.2192	0.1823	0.2192	0.1619	0.0643	0.078	0.0643	0.0922
chrX	12555708	12555926	chrX:12555709-12555926	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1323	0.1142	0.178	0.1025	0.0806	0.1578	0.1151	0.1392	0.0806	0.2325	0.2051	0.2325	0.1627	0.16	0.089	0.16	0.161
chrX	12557422	12557808	chrX:12557423-12557808	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1996	0.1663	0.2921	0.1354	0.0636	0.3019	0.1073	0.2265	0.0636	0.4149	0.3511	0.4149	0.275	0.206	0.1444	0.206	0.2032
chrX	12557899	12558181	chrX:12557900-12558181	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1676	0.1431	0.2475	0.1075	0.0498	0.234	0.1306	0.1772	0.0498	0.3484	0.308	0.3484	0.1859	0.1386	0.1464	0.1386	0.1443
chrX	12558439	12558674	chrX:12558440-12558674	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1376	0.1382	0.1879	0.0817	0.0551	0.2364	0.1051	0.1885	0.0551	0.2651	0.2296	0.2651	0.1448	0.0988	0.0838	0.0988	0.124
chrX	12559181	12559382	chrX:12559182-12559382	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1718	0.0995	0.251	0.1659	0.0297	0.1898	0.0696	0.1213	0.0297	0.3527	0.2756	0.3527	0.2618	0.2075	0.1805	0.2075	0.2267
chrX	12560169	12560490	chrX:12560170-12560490	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1747	0.1327	0.2604	0.1276	0.0594	0.2515	0.0826	0.1672	0.0594	0.3339	0.3061	0.3339	0.2471	0.1194	0.1831	0.1194	0.1897
chrX	12560735	12560932	chrX:12560736-12560932	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0875	0.0607	0.1343	0.0661	0.0212	0.1204	0.0346	0.0759	0.0212	0.1341	0.1797	0.1341	0.1332	0.0582	0.1057	0.0582	0.0964
chrX	12561636	12562081	chrX:12561637-12562081	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1149	0.0806	0.149	0.1159	0.0212	0.1684	0.0714	0.0613	0.0212	0.2271	0.1373	0.2271	0.2339	0.0819	0.0928	0.0819	0.2762
chrX	12562137	12562288	chrX:12562138-12562288	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.06	0.0521	0.0763	0.0511	0.018	0.0869	0.0636	0.0373	0.018	0.0984	0.083	0.0984	0.1084	0.0406	0.0426	0.0406	0.1105
chrX	12562741	12562923	chrX:12562742-12562923	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0775	0.0358	0.1132	0.0849	0.0042	0.0786	0.0251	0.0306	0.0042	0.1214	0.1154	0.1214	0.2184	0.0391	0.0845	0.0391	0.2001
chrX	12566881	12567193	chrX:12566882-12567193	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0884	0.0841	0.124	0.054	0.0498	0.1117	0.064	0.1472	0.0498	0.0707	0.218	0.0707	0.0875	0.0291	0.1457	0.0291	0.0485
chrX	12567853	12568126	chrX:12567854-12568126	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0927	0.0813	0.1288	0.0659	0.0392	0.1204	0.0597	0.1386	0.0392	0.1268	0.1945	0.1268	0.1092	0.0666	0.1257	0.0666	0.0792
chrX	12568163	12568365	chrX:12568164-12568365	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0775	0.0603	0.1201	0.0501	0.0191	0.0922	0.0441	0.1059	0.0191	0.131	0.1759	0.131	0.093	0.0459	0.0812	0.0459	0.0756
chrX	12570081	12570325	chrX:12570082-12570325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0509	0.0401	0.0632	0.0496	0.017	0.067	0.0337	0.0533	0.017	0.0707	0.0704	0.0707	0.0976	0.0207	0.0438	0.0207	0.1199
chrX	12570571	12570749	chrX:12570572-12570749	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0474	0.0253	0.0614	0.0567	0.0064	0.0393	0.0238	0.036	0.0064	0.0501	0.0756	0.0501	0.0821	0.0161	0.0851	0.0161	0.098
chrX	12570972	12571165	chrX:12570973-12571165	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0389	0.0178	0.0443	0.0564	0.0053	0.0267	0.0182	0.0233	0.0053	0.0254	0.0733	0.0254	0.0426	0.0092	0.1631	0.0092	0.05
chrX	12573265	12573416	chrX:12573266-12573416	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0221	0.0186	0.0329	0.0142	0.0053	0.0301	0.0186	0.0193	0.0053	0.0435	0.0386	0.0435	0.0318	0.013	0.011	0.013	0.0281
chrX	12573801	12573952	chrX:12573802-12573952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0241	0.0217	0.0319	0.0184	0.0053	0.0388	0.0186	0.0266	0.0053	0.0284	0.0408	0.0284	0.0442	0.0191	0.0187	0.0191	0.0307
chrX	12575491	12575642	chrX:12575492-12575642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0159	0.013	0.018	0.017	0.0042	0.017	0.0164	0.0133	0.0042	0.0181	0.0212	0.0181	0.0279	0.0084	0.0084	0.0084	0.0448
chrX	12575995	12576214	chrX:12575996-12576214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0266	0.0209	0.0325	0.0263	0.0085	0.0316	0.0195	0.0293	0.0085	0.035	0.0354	0.035	0.0511	0.0123	0.0116	0.0123	0.0693
chrX	12576639	12576790	chrX:12576640-12576790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0223	0.0186	0.0225	0.0262	0.0138	0.0228	0.0229	0.0193	0.0138	0.0242	0.026	0.0242	0.031	0.0161	0.0129	0.0161	0.0662
chrX	12578317	12578468	chrX:12578318-12578468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0179	0.0272	0.0241	0.0117	0.0252	0.0195	0.02	0.0117	0.0296	0.027	0.0296	0.0411	0.013	0.0181	0.013	0.0558
chrX	12590028	12590195	chrX:12590029-12590195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0263	0.0287	0.0329	0.0163	0.017	0.0306	0.0303	0.0486	0.017	0.0356	0.0424	0.0356	0.038	0.0237	0.0135	0.0237	0.0203
chrX	12590833	12590984	chrX:12590834-12590984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0128	0.0121	0.0145	0.0117	0.0011	0.0204	0.0121	0.014	0.0011	0.0205	0.0151	0.0205	0.0178	0.0145	0.0077	0.0145	0.0089
chrX	12591063	12591214	chrX:12591064-12591214	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.009	0.0151	0.0121	0.0032	0.0121	0.0104	0.012	0.0032	0.0242	0.0132	0.0242	0.017	0.0145	0.0058	0.0145	0.0099
chrX	12592711	12592864	chrX:12592712-12592864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0293	0.0289	0.017	0.0138	0.034	0.0333	0.042	0.0138	0.0278	0.0334	0.0278	0.0279	0.0168	0.0232	0.0168	0.0104
chrX	12592994	12593210	chrX:12592995-12593210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0199	0.0349	0.0189	0.0106	0.0218	0.0216	0.0333	0.0106	0.0362	0.0405	0.0362	0.0294	0.0207	0.0168	0.0207	0.0151
chrX	12593520	12593753	chrX:12593521-12593753	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0601	0.0568	0.0768	0.0454	0.0233	0.066	0.0606	0.0906	0.0233	0.0978	0.0785	0.0978	0.062	0.0299	0.0445	0.0299	0.0511
chrX	12597006	12597232	chrX:12597007-12597232	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0386	0.0494	0.0461	0.0184	0.0233	0.0563	0.0541	0.0746	0.0233	0.0435	0.063	0.0435	0.0271	0.0138	0.0226	0.0138	0.0172
chrX	12597387	12597538	chrX:12597388-12597538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0201	0.0257	0.023	0.0106	0.0117	0.0291	0.0255	0.0453	0.0117	0.0199	0.0273	0.0199	0.0232	0.01	0.0129	0.01	0.0099
chrX	12599046	12599221	chrX:12599047-12599221	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0216	0.0209	0.0236	0.0202	0.0095	0.0272	0.0238	0.028	0.0095	0.0169	0.0293	0.0169	0.0395	0.0123	0.0258	0.0123	0.0313
chrX	12599922	12600182	chrX:12599923-12600182	FBgn0030417	CG15725	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0373	0.0624	0.034	0.0128	0.0498	0.0738	0.0657	0.0839	0.0498	0.061	0.0312	0.061	0.0217	0.0092	0.0064	0.0092	0.0104
chrX	12600314	12600465	chrX:12600315-12600465	FBgn0030417	CG15725	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0298	0.0227	0.0103	0.0159	0.0306	0.0376	0.0433	0.0159	0.0338	0.0206	0.0338	0.0225	0.013	0.0103	0.013	0.0094
chrX	12602056	12602207	chrX:12602057-12602207	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0211	0.027	0.0227	0.0125	0.0233	0.0354	0.0277	0.0326	0.0233	0.0242	0.0248	0.0242	0.0287	0.0123	0.009	0.0123	0.0214
chrX	12602236	12602670	chrX:12602237-12602670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0444	0.0709	0.0388	0.021	0.0604	0.0752	0.0822	0.0986	0.0604	0.0423	0.0389	0.0423	0.0449	0.0214	0.0155	0.0214	0.037
chrX	12603934	12604085	chrX:12603935-12604085	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0071	0.0096	0.0248	0.0042	0.0087	0.0095	0.0073	0.0042	0.0079	0.0087	0.0079	0.0124	0.0107	0.0129	0.0107	0.0177
chrX	12608858	12609009	chrX:12608859-12609009	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.0254	0.0123	0.0162	0.0212	0.0141	0.0463	0.0286	0.0212	0.0145	0.0145	0.0145	0.0132	0.0145	0.0174	0.0145	0.0229
chrX	12610069	12610266	chrX:12610070-12610266	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1448	0.1226	0.1836	0.127	0.0742	0.1592	0.1289	0.1679	0.0742	0.2325	0.2103	0.2325	0.1557	0.1355	0.1231	0.1355	0.1579
chrX	12610884	12611079	chrX:12610885-12611079	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0953	0.0759	0.1225	0.087	0.0424	0.1019	0.077	0.1033	0.0424	0.1341	0.136	0.1341	0.1247	0.121	0.0916	0.121	0.098
chrX	12612721	12612921	chrX:12612722-12612921	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0431	0.0379	0.042	0.0501	0.0201	0.0617	0.0394	0.04	0.0201	0.0731	0.026	0.0731	0.0496	0.0413	0.0232	0.0413	0.0495
chrX	12613527	12613678	chrX:12613528-12613678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0197	0.0155	0.0174	0.0269	0.0085	0.0184	0.0164	0.024	0.0085	0.0145	0.0148	0.0145	0.024	0.0176	0.0097	0.0176	0.0193
chrX	12614195	12614418	chrX:12614196-12614418	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0508	0.0304	0.0647	0.0582	0.0117	0.0403	0.0316	0.046	0.0117	0.0658	0.0765	0.0658	0.0728	0.0475	0.0587	0.0475	0.0526
chrX	12615319	12615491	chrX:12615320-12615491	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0309	0.033	0.0358	0.0233	0.0244	0.0345	0.045	0.0366	0.0244	0.0278	0.0476	0.0278	0.0449	0.0222	0.038	0.0222	0.0234
chrX	12615651	12615802	chrX:12615652-12615802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0308	0.0329	0.023	0.018	0.0316	0.0428	0.0353	0.018	0.029	0.0376	0.029	0.0457	0.0214	0.0348	0.0214	0.0271
chrX	12617311	12617483	chrX:12617312-12617483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0243	0.0173	0.0299	0.026	0.0021	0.0272	0.0195	0.02	0.0021	0.0199	0.0212	0.0199	0.0899	0.0237	0.0168	0.0237	0.0568
chrX	12617644	12617798	chrX:12617645-12617798	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0314	0.0226	0.0368	0.0352	0.0053	0.0379	0.0247	0.0233	0.0053	0.0236	0.0212	0.0236	0.1208	0.0123	0.0271	0.0123	0.0881
chrX	12618376	12618911	chrX:12618377-12618911	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0762	0.0677	0.0812	0.0802	0.0329	0.0971	0.077	0.0766	0.0329	0.1002	0.073	0.1002	0.1015	0.0613	0.0754	0.0613	0.1391
chrX	12619106	12619362	chrX:12619107-12619362	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0644	0.0657	0.0701	0.0568	0.0371	0.082	0.0679	0.0886	0.0371	0.0954	0.0743	0.0954	0.0519	0.0513	0.0464	0.0513	0.0875
chrX	12621916	12622188	chrX:12621917-12622188	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0564	0.0785	0.0555	0.0327	0.0467	0.1078	0.0921	0.0866	0.0467	0.0658	0.0386	0.0658	0.0984	0.0299	0.0251	0.0299	0.0625
chrX	12623312	12623472	chrX:12623313-12623472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0222	0.0332	0.0202	0.0085	0.0262	0.0247	0.0373	0.0085	0.0302	0.0482	0.0302	0.0256	0.0084	0.0522	0.0084	0.0172
chrX	12627670	12627821	chrX:12627671-12627821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0474	0.0629	0.0496	0.0277	0.0467	0.0699	0.0826	0.074	0.0467	0.0634	0.0524	0.0634	0.0418	0.0314	0.0277	0.0314	0.0255
chrX	12627978	12628173	chrX:12627979-12628173	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1437	0.1655	0.1549	0.1071	0.1209	0.183	0.2128	0.1999	0.1209	0.2295	0.154	0.2295	0.1201	0.1325	0.0806	0.1325	0.0938
chrX	12628499	12628965	chrX:12628500-12628965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.133	0.1027	0.1452	0.1536	0.0668	0.1243	0.1267	0.1186	0.0668	0.1987	0.1347	0.1987	0.1479	0.2052	0.1128	0.2052	0.1704
chrX	12629155	12629562	chrX:12629156-12629562	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2476	0.1827	0.3199	0.2408	0.1082	0.25	0.1925	0.2305	0.1082	0.4523	0.3325	0.4523	0.3176	0.3155	0.2231	0.3155	0.2595
chrX	12629876	12630401	chrX:12629877-12630401	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.3287	0.3072	0.3832	0.2929	0.2513	0.3791	0.3292	0.3891	0.2513	0.5012	0.4109	0.5012	0.395	0.3407	0.2972	0.3407	0.3121
chrX	12630486	12630709	chrX:12630487-12630709	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0927	0.0852	0.1044	0.0883	0.0594	0.1	0.1081	0.1019	0.0594	0.1498	0.1135	0.1498	0.11	0.1332	0.0903	0.1332	0.087
chrX	12631191	12631403	chrX:12631192-12631403	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1514	0.1251	0.189	0.1394	0.0965	0.1437	0.1432	0.1646	0.0965	0.183	0.2543	0.183	0.1875	0.1792	0.1908	0.1792	0.1522
chrX	12631407	12631660	chrX:12631408-12631660	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.139	0.0936	0.178	0.1469	0.0541	0.1267	0.0939	0.1279	0.0541	0.1649	0.237	0.1649	0.2037	0.1891	0.2115	0.1891	0.1324
chrX	12631713	12631870	chrX:12631714-12631870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0789	0.0429	0.1138	0.0809	0.0233	0.0767	0.0329	0.05	0.0233	0.1171	0.1524	0.1171	0.1201	0.0842	0.0928	0.0842	0.0808
chrX	12633177	12633353	chrX:12633178-12633353	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0499	0.0336	0.0576	0.0597	0.0138	0.0534	0.0316	0.044	0.0138	0.0501	0.0563	0.0501	0.1146	0.0436	0.0516	0.0436	0.1152
chrX	12636138	12636339	chrX:12636139-12636339	FBgn0263865	Smr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0813	0.0748	0.1036	0.0641	0.0573	0.0859	0.0848	0.0993	0.0573	0.1304	0.1125	0.1304	0.1046	0.072	0.0632	0.072	0.0735
chrX	12636422	12636599	chrX:12636423-12636599	FBgn0263865	Smr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1447	0.1345	0.1808	0.1166	0.0848	0.1655	0.151	0.1825	0.0848	0.2107	0.2061	0.2107	0.1696	0.1248	0.1199	0.1248	0.1324
chrX	12636714	12636876	chrX:12636715-12636876	FBgn0263865	Smr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1258	0.1129	0.1615	0.101	0.0689	0.1403	0.1341	0.1419	0.0689	0.1993	0.1791	0.1993	0.1541	0.1103	0.0928	0.1103	0.1188
chrX	12638087	12638289	chrX:12638088-12638289	FBgn0030418	CG4004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1099	0.1041	0.1204	0.105	0.053	0.1282	0.1181	0.1412	0.053	0.1353	0.1299	0.1353	0.1348	0.1011	0.1077	0.1011	0.1209
chrX	12638345	12638559	chrX:12638346-12638559	FBgn0030418	CG4004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0947	0.0972	0.1121	0.073	0.0509	0.1272	0.1047	0.1299	0.0509	0.1214	0.1286	0.1214	0.1077	0.0651	0.0774	0.0651	0.0928
chrX	12638828	12638979	chrX:12638829-12638979	FBgn0030418	CG4004	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0407	0.0474	0.0492	0.0238	0.017	0.082	0.0441	0.0546	0.017	0.0634	0.0572	0.0634	0.0395	0.0161	0.0239	0.0161	0.0276
chrX	12641973	12642368	chrX:12641974-12642368	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0878	0.1269	0.0817	0.0508	0.0774	0.149	0.1159	0.2225	0.0774	0.0906	0.0974	0.0906	0.0852	0.0306	0.0451	0.0306	0.0547
chrX	12644351	12644545	chrX:12644352-12644545	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0968	0.1234	0.092	0.0724	0.0912	0.1097	0.1535	0.1872	0.0912	0.0755	0.1039	0.0755	0.0744	0.0582	0.0722	0.0582	0.05
chrX	12644744	12644946	chrX:12644745-12644946	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2004	0.1973	0.2315	0.1699	0.1516	0.2228	0.2193	0.2652	0.1516	0.2506	0.272	0.2506	0.2014	0.1562	0.1863	0.1562	0.1751
chrX	12645189	12645340	chrX:12645190-12645340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1057	0.1003	0.1226	0.0933	0.0838	0.1053	0.0986	0.1626	0.0838	0.1413	0.1527	0.1413	0.1046	0.0735	0.1167	0.0735	0.0875
chrX	12645612	12645763	chrX:12645613-12645763	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.143	0.1563	0.1527	0.1177	0.1559	0.1743	0.16	0.2125	0.1559	0.2234	0.1678	0.2234	0.1201	0.1263	0.1044	0.1263	0.1266
chrX	12645831	12646218	chrX:12645832-12646218	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2866	0.3081	0.3016	0.2461	0.2821	0.3767	0.3032	0.4071	0.2821	0.4058	0.3434	0.4058	0.2804	0.2749	0.2701	0.2749	0.2606
chrX	12646425	12646645	chrX:12646426-12646645	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1022	0.0986	0.1133	0.094	0.0604	0.1277	0.093	0.1512	0.0604	0.1479	0.126	0.1479	0.1232	0.1095	0.0819	0.1095	0.0943
chrX	12647699	12647933	chrX:12647700-12647933	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0555	0.0187	0.0618	0.0898	0.0095	0.0345	0.0151	0.0187	0.0095	0.0761	0.0611	0.0761	0.1053	0.1317	0.0741	0.1317	0.16
chrX	12648004	12648222	chrX:12648005-12648222	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.088	0.0496	0.1096	0.1071	0.0159	0.082	0.0407	0.0726	0.0159	0.1123	0.1309	0.1123	0.1572	0.1187	0.1225	0.1187	0.1824
chrX	12649083	12649267	chrX:12649084-12649267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0865	0.0727	0.1129	0.073	0.017	0.1087	0.0523	0.1312	0.017	0.0876	0.1666	0.0876	0.0945	0.0536	0.1264	0.0536	0.0907
chrX	12649726	12649925	chrX:12649727-12649925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0766	0.0481	0.0999	0.083	0.0159	0.0723	0.0394	0.0799	0.0159	0.1202	0.1029	0.1202	0.1278	0.072	0.0761	0.072	0.1115
chrX	12650438	12650621	chrX:12650439-12650621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0707	0.0479	0.067	0.1004	0.017	0.067	0.0523	0.064	0.017	0.0634	0.0637	0.0634	0.0976	0.0965	0.0916	0.0965	0.1511
chrX	12654503	12654804	chrX:12654504-12654804	FBgn0020513	ade5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1139	0.0761	0.1452	0.1218	0.0265	0.1218	0.0631	0.1113	0.0265	0.1685	0.1666	0.1685	0.182	0.1378	0.1528	0.1378	0.173
chrX	12655053	12655206	chrX:12655054-12655206	FBgn0020513	ade5	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0533	0.0394	0.077	0.0428	0.017	0.0592	0.0311	0.0633	0.017	0.1069	0.0923	0.1069	0.062	0.0628	0.0464	0.0628	0.0521
chrX	12657277	12657498	chrX:12657278-12657498	FBgn0030420	CG12717	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0608	0.0477	0.0806	0.0536	0.0191	0.0636	0.048	0.0753	0.0191	0.1105	0.0846	0.1105	0.0674	0.059	0.0606	0.059	0.0662
chrX	12657558	12657760	chrX:12657559-12657760	FBgn0030420	CG12717	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0908	0.0708	0.1187	0.0827	0.0265	0.0995	0.0631	0.1119	0.0265	0.1582	0.1347	0.1582	0.0968	0.0957	0.0877	0.0957	0.0985
chrX	12658560	12658711	chrX:12658561-12658711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0339	0.0478	0.0387	0.0212	0.0442	0.0402	0.0393	0.0212	0.0622	0.0537	0.0622	0.0434	0.0452	0.0432	0.0452	0.0469
chrX	12658767	12658938	chrX:12658768-12658938	FBgn0030421	CG3812	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0905	0.0679	0.1152	0.0886	0.0371	0.0854	0.0735	0.0959	0.0371	0.1443	0.1248	0.1443	0.0976	0.0865	0.0928	0.0865	0.0995
chrX	12659219	12659441	chrX:12659220-12659441	FBgn0030421	CG3812	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0838	0.0667	0.1006	0.0844	0.0339	0.0859	0.0817	0.0779	0.0339	0.1033	0.1084	0.1033	0.0852	0.062	0.078	0.062	0.0834
chrX	12659490	12659877	chrX:12659491-12659877	FBgn0030421	CG3812	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.071	0.0589	0.0871	0.067	0.0276	0.0752	0.0709	0.0726	0.0276	0.0882	0.0836	0.0882	0.0558	0.0352	0.0419	0.0352	0.0511
chrX	12671804	12671984	chrX:12671805-12671984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0116	0.0069	0.0094	0.0194	0.0032	0.0053	0.0143	0.0053	0.0032	0.0079	0.0103	0.0079	0.0139	0.0061	0.0077	0.0061	0.0302
chrX	12678947	12679140	chrX:12678948-12679140	FBgn0052647	CG32647	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0304	0.008	0.0152	0.0721	0.0032	0.0092	0.0104	0.0093	0.0032	0.0054	0.0138	0.0054	0.0356	0.0429	0.0625	0.0429	0.1277
chrX	12715735	12715886	chrX:12715736-12715886	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0137	0.0277	0.0058	0.0067	0.0223	0.0146	0.0549	0.0213	0.0223	0.0048	0.0068	0.0048	0.0054	0.0031	0.009	0.0031	0.0083
chrX	12732052	12732203	chrX:12732053-12732203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.009	0.0071	0.0118	0.0095	0.0083	0.0138	0.0073	0.0095	0.0115	0.0071	0.0115	0.0046	0.0084	0.0032	0.0084	0.0078
chrX	12742165	12742316	chrX:12742166-12742316	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0041	0.0066	0.0106	0.0032	0.001	0.0091	0.004	0.0032	0.0109	0.0055	0.0109	0.0046	0.0038	0.0032	0.0038	0.0078
chrX	12762798	12762949	chrX:12762799-12762949	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0046	0.0038	0.0109	0.0032	0.0049	0.0095	0.0013	0.0032	0.0024	0.001	0.0024	0.0062	0	6e-04	0	0.0083
chrX	12763559	12763710	chrX:12763560-12763710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.006	0.0051	0.0194	0.0032	0.0049	0.0112	0.0047	0.0032	0.0048	0.0035	0.0048	0.0046	0.0061	0.0032	0.0061	0.0109
chrX	12763816	12763967	chrX:12763817-12763967	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0052	0.0075	0.0198	0.0032	0.0029	0.0104	0.0033	0.0032	0.0066	0.0039	0.0066	0.0085	0.0084	0.0039	0.0084	0.0083
chrX	12783095	12783390	chrX:12783096-12783390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0186	0.012	0.0187	0.026	0.0064	0.0141	0.019	0.01	0.0064	0.0127	0.0174	0.0127	0.0496	0.0153	0.0613	0.0153	0.0261
chrX	12784040	12784191	chrX:12784041-12784191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0134	0.0085	0.0133	0.0189	0.0032	0.0102	0.0147	0.0067	0.0032	0.0115	0.0145	0.0115	0.0271	0.023	0.0297	0.023	0.0255
chrX	12784338	12784508	chrX:12784339-12784508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0182	0.0125	0.0176	0.0252	0.0064	0.0112	0.0212	0.014	0.0064	0.0157	0.0161	0.0157	0.0403	0.0306	0.0393	0.0306	0.0365
chrX	12784924	12785088	chrX:12784925-12785088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0137	0.0066	0.0121	0.0235	0.0053	0.0068	0.0125	0.002	0.0053	0.0085	0.0055	0.0085	0.0442	0.0077	0.02	0.0077	0.0631
chrX	12785262	12785413	chrX:12785263-12785413	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0093	0.0051	0.0077	0.0156	0.0011	0.0058	0.0087	0.0047	0.0011	0.0036	0.008	0.0036	0.0209	0.0107	0.0335	0.0107	0.0219
chrX	12785789	12785940	chrX:12785790-12785940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0112	0.015	0.0212	0.0095	0.0102	0.0177	0.0107	0.0095	0.0133	0.019	0.0133	0.0209	0.0153	0.0413	0.0153	0.0307
chrX	12789512	12789701	chrX:12789513-12789701	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0268	0.0196	0.0226	0.0394	0.0106	0.0199	0.0337	0.0153	0.0106	0.0121	0.0167	0.0121	0.0697	0.0368	0.0245	0.0368	0.0948
chrX	12790569	12790742	chrX:12790570-12790742	FBgn0259171	Pde9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0201	0.0254	0.0464	0.0148	0.0175	0.0329	0.0187	0.0148	0.0151	0.0235	0.0151	0.0596	0.0337	0.0413	0.0337	0.1006
chrX	12790833	12790984	chrX:12790834-12790984	FBgn0259171	Pde9	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0181	0.016	0.0345	0.0106	0.017	0.029	0.018	0.0106	0.0085	0.0141	0.0085	0.0411	0.0199	0.0277	0.0199	0.0839
chrX	12791328	12791525	chrX:12791329-12791525	FBgn0259171	Pde9	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0864	0.071	0.0924	0.0969	0.0498	0.0791	0.0861	0.0953	0.0498	0.0912	0.1032	0.0912	0.1286	0.1087	0.1238	0.1087	0.1496
chrX	12791633	12791784	chrX:12791634-12791784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0321	0.028	0.035	0.0333	0.0138	0.034	0.0342	0.0353	0.0138	0.0362	0.0399	0.0362	0.0457	0.0368	0.0419	0.0368	0.0495
chrX	12795119	12795270	chrX:12795120-12795270	FBgn0052649	CG32649	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0281	0.0177	0.0222	0.0461	0.0074	0.0257	0.0186	0.022	0.0074	0.0217	0.0212	0.0217	0.0403	0.062	0.0477	0.062	0.062
chrX	12797252	12797436	chrX:12797253-12797436	FBgn0030431	CG4407	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0722	0.0424	0.0694	0.1085	0.0223	0.0675	0.0437	0.0453	0.0223	0.07	0.0678	0.07	0.11	0.111	0.1206	0.111	0.1459
chrX	12797478	12797672	chrX:12797479-12797672	FBgn0030431	CG4407	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0788	0.0522	0.0827	0.1042	0.0286	0.0699	0.0584	0.0673	0.0286	0.087	0.083	0.087	0.1193	0.1118	0.1077	0.1118	0.1365
chrX	12799437	12799588	chrX:12799438-12799588	FBgn0030432	CG4404	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0264	0.0264	0.0245	0.0284	0.0117	0.0291	0.0342	0.0353	0.0117	0.0344	0.0235	0.0344	0.0256	0.0222	0.0161	0.0222	0.0255
chrX	12800524	12800717	chrX:12800525-12800717	FBgn0030432,FBgn0030433	CG4404,mRpL49	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0514	0.0389	0.0486	0.0684	0.0318	0.0417	0.0463	0.052	0.0318	0.0495	0.0511	0.0495	0.0627	0.059	0.0787	0.059	0.1105
chrX	12801042	12801211	chrX:12801043-12801211	FBgn0030433	mRpL49	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0669	0.0525	0.0801	0.0687	0.0403	0.065	0.0614	0.0626	0.0403	0.0864	0.0916	0.0864	0.0953	0.0674	0.0761	0.0674	0.0844
chrX	12803569	12803768	chrX:12803570-12803768	FBgn0030434,FBgn0030435	CG4400,CG4645	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.134	0.1223	0.158	0.1207	0.1029	0.1364	0.151	0.1406	0.1029	0.1848	0.1695	0.1848	0.1627	0.1217	0.1277	0.1217	0.1334
chrX	12803996	12804170	chrX:12803997-12804170	FBgn0030434,FBgn0030435	CG4400,CG4645	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1313	0.1085	0.164	0.1209	0.0965	0.1184	0.1315	0.1332	0.0965	0.2017	0.173	0.2017	0.1611	0.1141	0.1373	0.1141	0.1334
chrX	12804264	12804417	chrX:12804265-12804417	FBgn0030435	CG4645	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0317	0.0555	0.0361	0.017	0.0345	0.0411	0.0433	0.017	0.0634	0.0566	0.0634	0.0596	0.0352	0.0464	0.0352	0.0406
chrX	12804520	12804671	chrX:12804521-12804671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0237	0.0348	0.0241	0.0148	0.0286	0.032	0.024	0.0148	0.0417	0.0383	0.0417	0.0341	0.0153	0.0251	0.0153	0.0287
chrX	12804923	12805095	chrX:12804924-12805095	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0376	0.0566	0.0358	0.0127	0.0529	0.0346	0.0586	0.0127	0.0676	0.0605	0.0676	0.0635	0.0337	0.0342	0.0337	0.0485
chrX	12805166	12805317	chrX:12805167-12805317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.0274	0.04	0.029	0.0106	0.0383	0.0238	0.0426	0.0106	0.0459	0.0466	0.0459	0.031	0.0291	0.0258	0.0291	0.0349
chrX	12809063	12809214	chrX:12809064-12809214	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0051	0.0051	0.0086	0.0021	0.0078	0.0074	0.0033	0.0021	0.0036	0.0039	0.0036	0.0054	8e-04	6e-04	8e-04	0.0026
chrX	12809599	12809750	chrX:12809600-12809750	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0052	0.0063	0.0139	0.0021	0.0039	0.0082	0.008	0.0021	0.0054	0.0055	0.0054	0.0124	0.0015	0.0077	0.0015	0.0073
chrX	12815102	12815253	chrX:12815103-12815253	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0064	0.0095	0.0166	0.0011	0.0063	0.0108	0.0073	0.0011	0.0085	0.0087	0.0085	0.0085	0.0023	0.0064	0.0023	0.0052
chrX	12816518	12816669	chrX:12816519-12816669	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0059	0.0061	0.0234	0.0032	0.0039	0.0112	0.006	0.0032	0.0042	0.0023	0.0042	0.0039	0	0.0032	0	0.0036
chrX	12819623	12819870	chrX:12819624-12819870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0971	0.1094	0.1041	0.0756	0.0721	0.1238	0.1181	0.1619	0.0721	0.1159	0.1013	0.1159	0.0411	0.0329	0.0329	0.0329	0.0313
chrX	12820180	12820414	chrX:12820181-12820414	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0959	0.1221	0.0982	0.0642	0.0986	0.1126	0.1505	0.1765	0.0986	0.1274	0.1023	0.1274	0.017	0.0214	0.0355	0.0214	0.0182
chrX	12821220	12821371	chrX:12821221-12821371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0145	0.0116	0.0173	0.0148	0.0021	0.0131	0.0151	0.0193	0.0021	0.0091	0.0106	0.0091	0.0046	0.0054	0.0039	0.0054	0.0047
chrX	12821623	12821817	chrX:12821624-12821817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0166	0.026	0.0313	0.0064	0.017	0.0199	0.028	0.0064	0.0115	0.0158	0.0115	0.0101	0.0069	0.0032	0.0069	0.0078
chrX	12821882	12822033	chrX:12821883-12822033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0108	0.0189	0.0231	0.0053	0.0126	0.0143	0.0133	0.0053	0.0121	0.01	0.0121	0.0093	0.0069	0.0045	0.0069	0.0063
chrX	12824015	12824215	chrX:12824016-12824215	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0348	0.0334	0.0301	0.0415	0.0138	0.0364	0.0389	0.056	0.0138	0.0393	0.0235	0.0393	0.0054	0.01	0.0084	0.01	0.0083
chrX	12832285	12832533	chrX:12832286-12832533	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1175	0.159	0.1162	0.0726	0.1273	0.1752	0.1713	0.2298	0.1273	0.1769	0.1023	0.1769	0.0256	0.0153	0.0374	0.0153	0.0188
chrX	12832850	12833001	chrX:12832851-12833001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0209	0.018	0.0191	0.0127	0.0238	0.0255	0.0293	0.0127	0.0254	0.0154	0.0254	0.0039	0.0031	0.0058	0.0031	0.0078
chrX	12833065	12833323	chrX:12833066-12833323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0192	0.0237	0.023	0.0127	0.0238	0.0225	0.024	0.0127	0.0242	0.0222	0.0242	0.0085	0.01	0.0052	0.01	0.0115
chrX	12834278	12834645	chrX:12834279-12834645	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0729	0.0978	0.0717	0.0464	0.071	0.1146	0.0796	0.1719	0.071	0.0749	0.0588	0.0749	0.0232	0.0061	0.0219	0.0061	0.0094
chrX	12835226	12835377	chrX:12835227-12835377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0204	0.028	0.0279	0.0042	0.0277	0.0203	0.0313	0.0042	0.0181	0.0186	0.0181	0.0139	0.0023	0.0123	0.0023	0.0083
chrX	12841817	12841968	chrX:12841818-12841968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0219	0.0169	0.0152	0.0095	0.0194	0.035	0.0253	0.0095	0.0217	0.0145	0.0217	0.0085	0.0061	0.0039	0.0061	0.0068
chrX	12881101	12881252	chrX:12881102-12881252	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0059	0.0088	0.0121	0.0021	0.0034	0.0108	0.0067	0.0021	0.0175	0.0051	0.0175	0.0054	0.0038	0.0058	0.0038	0.0052
chrX	12882469	12882620	chrX:12882470-12882620	FBgn0261379	rad	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0117	0.0064	0.0132	0.0159	0.0053	0.0049	0.0121	0.0053	0.0053	0.0314	0.0068	0.0314	0.0093	0.0054	0.0045	0.0054	0.0115
chrX	12884831	12884982	chrX:12884832-12884982	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0162	0.006	0.0235	0.0196	0.0074	0.0078	0.0074	0.0053	0.0074	0.0556	0.0212	0.0556	0.0116	0.0521	0.0187	0.0521	0.0099
chrX	12906101	12906252	chrX:12906102-12906252	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0077	0.0062	0.0117	0.0085	0.0078	0.0117	0.0053	0.0085	0.0079	0.0074	0.0079	0.0031	0.0015	6e-04	0.0015	0.0063
chrX	12906372	12906523	chrX:12906373-12906523	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0059	0.0049	0.0148	0.0074	0.0044	0.0095	0.004	0.0074	0.0048	0.0039	0.0048	0.0023	0.0015	6e-04	0.0015	0.0031
chrX	12918846	12918997	chrX:12918847-12918997	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0056	0.0049	0.0048	0.0074	0.0074	0.0039	0.0065	0.0053	0.0074	0.0024	0.0045	0.0024	0.0046	0	0	0	0.0016
chrX	12919228	12919379	chrX:12919229-12919379	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0037	0.0048	0.0106	0.0053	0.0044	0.0061	7e-04	0.0053	0.0066	0.0032	0.0066	0.0046	0.0015	0.0013	0.0015	0.0026
chrX	12925329	12925480	chrX:12925330-12925480	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0039	0.0058	0.015	0.0011	0.0044	0.0082	0.0013	0.0011	0.0072	0.0045	0.0072	0.0046	0.0015	6e-04	0.0015	0.0026
chrX	12928475	12928626	chrX:12928476-12928626	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0056	0.0041	0.0152	0.0032	0.0053	0.0108	0.0027	0.0032	0.006	0.0026	0.006	0.0015	0.0015	0.0019	0.0015	0.0052
chrX	12928809	12928960	chrX:12928810-12928960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0088	0.0082	0.0146	0.0064	0.0117	0.0134	0.0053	0.0064	0.0103	0.0093	0.0103	0.0031	0.0054	0.0019	0.0054	0.0109
chrX	12933114	12933265	chrX:12933115-12933265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0076	0.0057	0.0077	0.0053	0.0053	0.0143	0.0073	0.0053	0.0079	0.0051	0.0079	0.0031	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chrX	12974553	12974745	chrX:12974554-12974745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0236	0.0461	0.0313	0.0064	0.0403	0.0177	0.036	0.0064	0.0531	0.054	0.0531	0.0465	0.0283	0.04	0.0283	0.0386
chrX	12974918	12975069	chrX:12974919-12975069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.014	0.0251	0.0138	0.0074	0.0155	0.0177	0.0193	0.0074	0.0266	0.0254	0.0266	0.0349	0.0123	0.0168	0.0123	0.0167
chrX	12981661	12981812	chrX:12981662-12981812	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0364	0.0261	0.0171	0.0159	0.0568	0.0316	0.0513	0.0159	0.0205	0.0206	0.0205	0.0589	0.0123	0.011	0.0123	0.0255
chrX	12982440	12982677	chrX:12982441-12982677	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0421	0.0201	0.0524	0.0553	0.0095	0.0316	0.0234	0.0207	0.0095	0.0326	0.0473	0.0326	0.1379	0.0291	0.0522	0.0291	0.0974
chrX	12983630	12983799	chrX:12983631-12983799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0324	0.0285	0.0411	0.027	0.0138	0.0398	0.0316	0.036	0.0138	0.0513	0.0412	0.0513	0.0349	0.026	0.0187	0.026	0.0302
chrX	12983894	12984286	chrX:12983895-12984286	FBgn0010303	hep	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1684	0.1292	0.2164	0.1596	0.0679	0.1723	0.1328	0.1819	0.0679	0.2808	0.2254	0.2808	0.1991	0.1685	0.1541	0.1685	0.1777
chrX	12984354	12984532	chrX:12984355-12984532	FBgn0010303	hep	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.0968	0.1552	0.1154	0.0541	0.1257	0.1012	0.1359	0.0541	0.1914	0.1756	0.1914	0.151	0.1087	0.1225	0.1087	0.1417
chrX	12984747	12984992	chrX:12984748-12984992	FBgn0010303,FBgn0261524	hep,lic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0853	0.0689	0.1003	0.0873	0.0403	0.0942	0.0722	0.0859	0.0403	0.1178	0.1151	0.1178	0.103	0.0873	0.0961	0.0873	0.098
chrX	12985047	12985236	chrX:12985048-12985236	FBgn0261524	lic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.0998	0.1424	0.1022	0.0604	0.1354	0.1055	0.1332	0.0604	0.1781	0.1595	0.1781	0.1425	0.1118	0.109	0.1118	0.1178
chrX	12988174	12988379	chrX:12988175-12988379	FBgn0030447	CG2200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0888	0.084	0.0987	0.0831	0.0615	0.0995	0.0826	0.1246	0.0615	0.1093	0.1129	0.1093	0.117	0.0842	0.1103	0.0842	0.1209
chrX	12988399	12988605	chrX:12988400-12988605	FBgn0030447	CG2200	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.059	0.043	0.0745	0.06	0.0265	0.0471	0.0467	0.0646	0.0265	0.0803	0.0826	0.0803	0.1053	0.062	0.0722	0.062	0.099
chrX	12994178	12994329	chrX:12994179-12994329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0173	0.0145	0.0213	0.0162	0.0074	0.017	0.019	0.0173	0.0074	0.0344	0.0215	0.0344	0.0194	0.0107	0.0322	0.0107	0.0188
chrX	12996000	12996168	chrX:12996001-12996168	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0253	0.0167	0.0336	0.0259	0.0074	0.0223	0.0195	0.02	0.0074	0.0743	0.0244	0.0743	0.0349	0.0436	0.0219	0.0436	0.0386
chrX	12998645	12998924	chrX:12998646-12998924	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0462	0.033	0.0258	0.0265	0.0519	0.0644	0.0493	0.0265	0.0344	0.0299	0.0344	0.0705	0.0199	0.0187	0.0199	0.0526
chrX	13000533	13000684	chrX:13000534-13000684	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0125	0.0128	0.0114	0.0132	0.0042	0.0078	0.0234	0.016	0.0042	0.0163	0.0122	0.0163	0.0132	0.0115	0.0135	0.0115	0.0255
chrX	13005611	13005762	chrX:13005612-13005762	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0408	0.0481	0.0167	0.0223	0.0466	0.0558	0.0473	0.0223	0.0519	0.0614	0.0519	0.0302	0.013	0.0239	0.013	0.0172
chrX	13005911	13006112	chrX:13005912-13006112	FBgn0263005	CG43313	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1355	0.1497	0.1695	0.0824	0.1007	0.1796	0.1696	0.2025	0.1007	0.2114	0.1997	0.2114	0.1278	0.1041	0.0909	0.1041	0.075
chrX	13006413	13006606	chrX:13006414-13006606	FBgn0263005	CG43313	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1504	0.1376	0.1879	0.1234	0.0901	0.168	0.1522	0.1819	0.0901	0.2385	0.2106	0.2385	0.1929	0.1708	0.1406	0.1708	0.1657
chrX	13006711	13006891	chrX:13006712-13006891	FBgn0263005	CG43313	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0712	0.0586	0.0924	0.0621	0.0297	0.0786	0.064	0.0706	0.0297	0.1196	0.108	0.1196	0.0922	0.0827	0.0832	0.0827	0.086
chrX	13006925	13007113	chrX:13006926-13007113	FBgn0263005	CG43313	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0414	0.0647	0.0422	0.0191	0.051	0.0506	0.0506	0.0191	0.0839	0.0772	0.0839	0.0635	0.0551	0.0587	0.0551	0.0599
chrX	13010635	13010786	chrX:13010636-13010786	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0085	0.0057	0.0085	0.0117	0.0042	0.0068	0.0061	0.008	0.0042	0.0079	0.0096	0.0079	0.0139	0.0054	0.0355	0.0054	0.0057
chrX	13014936	13015311	chrX:13014937-13015311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0351	0.0472	0.0364	0.0202	0.0191	0.0432	0.074	0.0586	0.0191	0.0562	0.0441	0.0562	0.0271	0.0429	0.0213	0.0429	0.0172
chrX	13015374	13015525	chrX:13015375-13015525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0202	0.0214	0.0226	0.0163	0.0064	0.0189	0.0333	0.0313	0.0064	0.0368	0.0264	0.0368	0.0186	0.0375	0.0213	0.0375	0.012
chrX	13015619	13015770	chrX:13015620-13015770	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0155	0.0157	0.0181	0.0124	0.0064	0.0165	0.0203	0.024	0.0064	0.035	0.017	0.035	0.0178	0.0268	0.0123	0.0268	0.0125
chrX	13015941	13016092	chrX:13015942-13016092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0194	0.0228	0.0211	0.0136	0.0106	0.0272	0.0311	0.0266	0.0106	0.0429	0.0209	0.0429	0.0155	0.0306	0.0161	0.0306	0.012
chrX	13016387	13016580	chrX:13016388-13016580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0223	0.0179	0.0299	0.0188	0.0064	0.0238	0.0225	0.022	0.0064	0.061	0.0283	0.061	0.0263	0.0391	0.0148	0.0391	0.024
chrX	13022220	13022428	chrX:13022221-13022428	FBgn0052638,FBgn0065101	CG32638,snmRNA:204	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1562	0.1046	0.2188	0.1454	0.0361	0.1646	0.09	0.1472	0.0361	0.3146	0.2421	0.3146	0.1905	0.2144	0.1709	0.2144	0.1683
chrX	13022535	13022718	chrX:13022536-13022718	FBgn0030451,FBgn0052638,FBgn0065101	CG15717,CG32638,snmRNA:204	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.154	0.1204	0.202	0.139	0.0647	0.1714	0.1094	0.1679	0.0647	0.2379	0.2289	0.2379	0.196	0.1554	0.147	0.1554	0.1694
chrX	13022832	13023085	chrX:13022833-13023085	FBgn0030451,FBgn0052638,FBgn0065101	CG15717,CG32638,snmRNA:204	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2194	0.1994	0.2683	0.188	0.1379	0.2553	0.2029	0.2785	0.1379	0.3418	0.2907	0.3418	0.2603	0.2343	0.2037	0.2343	0.2366
chrX	13024357	13024526	chrX:13024358-13024526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0587	0.0336	0.0848	0.0581	0.0064	0.0558	0.0389	0.0346	0.0064	0.1775	0.0704	0.1775	0.0565	0.075	0.0309	0.075	0.0568
chrX	13024736	13024917	chrX:13024737-13024917	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0896	0.0487	0.1214	0.1004	0.017	0.083	0.0402	0.064	0.017	0.2011	0.1196	0.2011	0.1201	0.1386	0.0928	0.1386	0.1146
chrX	13025101	13025574	chrX:13025102-13025574	FBgn0030452	MFS10	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.241	0.0866	0.3392	0.3058	0.0233	0.1748	0.0536	0.1093	0.0233	0.4607	0.3617	0.4607	0.3741	0.3499	0.3565	0.3499	0.3611
chrX	13031032	13031183	chrX:13031033-13031183	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0176	0.0148	0.0159	0.0226	0.0064	0.017	0.0199	0.0193	0.0064	0.0085	0.026	0.0085	0.0132	0.0084	0.0638	0.0084	0.0167
chrX	13031411	13031562	chrX:13031412-13031562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0227	0.0292	0.0202	0.0181	0.0159	0.034	0.032	0.0453	0.0159	0.0139	0.0228	0.0139	0.0263	0.0077	0.0335	0.0077	0.0156
chrX	13031961	13032190	chrX:13031962-13032190	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0399	0.0273	0.0167	0.0265	0.0383	0.0519	0.0586	0.0265	0.0229	0.0386	0.0229	0.0271	0.0115	0.0342	0.0115	0.0115
chrX	13032970	13033127	chrX:13032971-13033127	FBgn0052645	CG32645	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.016	0.0174	0.0421	0.0053	0.0146	0.0247	0.0213	0.0053	0.0091	0.0244	0.0091	0.0225	0.0092	0.1012	0.0092	0.0459
chrX	13035216	13035367	chrX:13035217-13035367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0078	0.007	0.0077	0.0089	0.0032	0.0063	0.0112	0.0073	0.0032	0.0079	0.01	0.0079	0.0054	8e-04	0.0329	8e-04	0.0036
chrX	13037409	13037560	chrX:13037410-13037560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0143	0.0274	0.0096	0.0046	0.0276	0.0165	0.042	0.0373	0.0276	0.006	0.0141	0.006	0.007	0	0.0148	0	0.0021
chrX	13048957	13049161	chrX:13048958-13049161	FBgn0030455,FBgn0030456	CG4318,CG4332	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0652	0.0528	0.0797	0.0632	0.0265	0.065	0.0588	0.072	0.0265	0.0894	0.0932	0.0894	0.0627	0.0574	0.0716	0.0574	0.0776
chrX	13050990	13051236	chrX:13050991-13051236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0403	0.0406	0.0192	0.0297	0.0519	0.0394	0.0573	0.0297	0.0531	0.0405	0.0531	0.0372	0.0153	0.0161	0.0153	0.0245
chrX	13053460	13053656	chrX:13053461-13053656	FBgn0025463,FBgn0030457	Bap60,CG12096	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1318	0.1153	0.16	0.1192	0.0891	0.1485	0.1207	0.1506	0.0891	0.2053	0.1717	0.2053	0.1549	0.1217	0.1264	0.1217	0.1381
chrX	13053736	13053959	chrX:13053737-13053959	FBgn0025463,FBgn0030457	Bap60,CG12096	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1228	0.0998	0.1552	0.1128	0.0615	0.1267	0.1086	0.1346	0.0615	0.1878	0.1727	0.1878	0.1634	0.1187	0.1167	0.1187	0.1277
chrX	13065963	13066114	chrX:13065964-13066114	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0127	0.0187	0.0131	0.0057	0.0032	0.0325	0.0225	0.012	0.0032	0.0163	0.0122	0.0163	0.0116	0.0054	0.0026	0.0054	0.0031
chrX	13067077	13067246	chrX:13067078-13067246	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0303	0.0422	0.0387	0.0077	0.0265	0.0369	0.061	0.052	0.0265	0.0386	0.0489	0.0386	0.0442	0.0084	0.0026	0.0084	0.0063
chrX	13083173	13083452	chrX:13083174-13083452	FBgn0085440	CG34411	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0281	0.0141	0.0142	0.059	0.0053	0.0228	0.016	0.0113	0.0053	0.0169	0.0096	0.0169	0.0302	0.1279	0.029	0.1279	0.0495
chrX	13088099	13088270	chrX:13088100-13088270	FBgn0030460	CG2453	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0272	0.0327	0.024	0.0095	0.0286	0.0368	0.04	0.0095	0.0465	0.0363	0.0465	0.0325	0.0329	0.0213	0.0329	0.0334
chrX	13088394	13088562	chrX:13088395-13088562	FBgn0030460	CG2453	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0381	0.0471	0.0395	0.0212	0.0539	0.0346	0.056	0.0212	0.0592	0.055	0.0592	0.0503	0.0475	0.0361	0.0475	0.0578
chrX	13094968	13095138	chrX:13094969-13095138	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.039	0.0429	0.0443	0.0288	0.0233	0.0558	0.0402	0.0633	0.0233	0.0483	0.0486	0.0483	0.048	0.0322	0.0303	0.0322	0.0328
chrX	13098870	13099021	chrX:13098871-13099021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0226	0.0293	0.0241	0.0134	0.0117	0.0291	0.0467	0.0333	0.0117	0.0229	0.028	0.0229	0.0225	0.0191	0.0103	0.0191	0.0198
chrX	13099033	13099184	chrX:13099034-13099184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0258	0.0159	0.011	0.017	0.0243	0.0394	0.0286	0.017	0.0211	0.017	0.0211	0.0108	0.0145	0.0097	0.0145	0.013
chrX	13101933	13102087	chrX:13101934-13102087	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0171	0.0212	0.0263	0.0064	0.0209	0.0247	0.0173	0.0064	0.0193	0.0161	0.0193	0.0147	0.0069	0.0064	0.0069	0.0104
chrX	13102670	13102821	chrX:13102671-13102821	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0069	0.0102	0.0182	0.0011	0.0083	0.0087	0.0093	0.0011	0.0079	0.0074	0.0079	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0047
chrX	13103704	13103855	chrX:13103705-13103855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0274	0.0241	0.0245	0.0032	0.0388	0.0268	0.0466	0.0032	0.0193	0.0248	0.0193	0.0194	0.0061	0.0077	0.0061	0.0089
chrX	13104634	13104858	chrX:13104635-13104858	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.071	0.0658	0.0865	0.0596	0.0318	0.0883	0.064	0.1019	0.0318	0.1021	0.0997	0.1021	0.0883	0.0926	0.069	0.0926	0.0459
chrX	13104920	13105284	chrX:13104921-13105284	FBgn0005410	sno	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0939	0.0983	0.1174	0.0631	0.0615	0.118	0.106	0.1426	0.0615	0.1341	0.1347	0.1341	0.1108	0.0743	0.0683	0.0743	0.0646
chrX	13105486	13105801	chrX:13105487-13105801	FBgn0005410	sno	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1835	0.1751	0.2132	0.1601	0.1347	0.2015	0.1959	0.2292	0.1347	0.256	0.227	0.256	0.2262	0.17	0.1747	0.17	0.1813
chrX	13105929	13106114	chrX:13105930-13106114	FBgn0005410,FBgn0029133	REG,sno	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0928	0.0737	0.1168	0.088	0.0456	0.0947	0.0804	0.0986	0.0456	0.1425	0.126	0.1425	0.117	0.0781	0.0935	0.0781	0.1037
chrX	13106287	13106465	chrX:13106288-13106465	FBgn0029133	REG	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0957	0.0881	0.1221	0.0753	0.0541	0.1053	0.1012	0.1199	0.0541	0.1546	0.1315	0.1546	0.1193	0.0666	0.0838	0.0666	0.0875
chrX	13108278	13108455	chrX:13108279-13108455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0638	0.0852	0.0561	0.0424	0.0743	0.0731	0.0913	0.0424	0.0936	0.0961	0.0936	0.0906	0.0651	0.0619	0.0651	0.0735
chrX	13113455	13113636	chrX:13113456-13113636	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0282	0.0288	0.0377	0.0173	0.017	0.0291	0.0298	0.0513	0.017	0.0181	0.0611	0.0181	0.0387	0.0115	0.0277	0.0115	0.0193
chrX	13114152	13114346	chrX:13114153-13114346	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0654	0.0253	0.0096	0.0541	0.051	0.08	0.1039	0.0541	0.0193	0.0338	0.0193	0.0178	0.0054	0.0135	0.0054	0.0109
chrX	13114466	13114628	chrX:13114467-13114628	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0351	0.0597	0.0265	0.017	0.0435	0.0519	0.0683	0.0966	0.0435	0.0139	0.0386	0.0139	0.0248	0.013	0.0258	0.013	0.0229
chrX	13115065	13115296	chrX:13115066-13115296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0241	0.0201	0.0298	0.0148	0.0252	0.0281	0.0326	0.0148	0.0151	0.0296	0.0151	0.0256	0.0383	0.0361	0.0383	0.0375
chrX	13115368	13115519	chrX:13115369-13115519	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0258	0.03	0.0213	0.0259	0.0276	0.0267	0.0385	0.0393	0.0276	0.0121	0.0347	0.0121	0.0201	0.0207	0.0426	0.0207	0.0313
chrX	13115535	13115714	chrX:13115536-13115714	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0238	0.0242	0.0242	0.017	0.0204	0.0324	0.0346	0.017	0.0127	0.0379	0.0127	0.024	0.0138	0.0574	0.0138	0.0203
chrX	13117376	13117537	chrX:13117377-13117537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0688	0.0246	0.0124	0.0541	0.0505	0.1168	0.0706	0.0541	0.0236	0.0309	0.0236	0.0256	0.0061	0.0148	0.0061	0.0167
chrX	13117671	13117822	chrX:13117672-13117822	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0629	0.0241	0.0091	0.052	0.0505	0.0995	0.07	0.052	0.0187	0.0305	0.0187	0.0287	0.0069	0.0058	0.0069	0.0151
chrX	13117849	13118010	chrX:13117850-13118010	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0778	0.0259	0.0109	0.07	0.0641	0.1163	0.0906	0.07	0.0272	0.0338	0.0272	0.0232	0.0115	0.011	0.0115	0.0156
chrX	13121703	13122002	chrX:13121704-13122002	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1016	0.1719	0.0854	0.0408	0.2142	0.0757	0.2682	0.2325	0.2142	0.029	0.1746	0.029	0.0364	0.0237	0.1064	0.0237	0.0297
chrX	13122577	13122728	chrX:13122578-13122728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0223	0.0183	0.0231	0.0259	0.017	0.0141	0.0264	0.0253	0.017	0.0163	0.035	0.0163	0.0248	0.0176	0.0245	0.0176	0.0578
chrX	13123319	13123788	chrX:13123320-13123788	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0844	0.0771	0.114	0.0602	0.0498	0.0714	0.1034	0.1119	0.0498	0.1268	0.1643	0.1268	0.0883	0.1194	0.058	0.1194	0.0657
chrX	13124051	13124349	chrX:13124052-13124349	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1081	0.1891	0.0994	0.0273	0.1803	0.1204	0.263	0.2838	0.1803	0.0374	0.1868	0.0374	0.0627	0.0268	0.0496	0.0268	0.0234
chrX	13124964	13125131	chrX:13124965-13125131	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0433	0.0304	0.0671	0.0316	0.0212	0.0306	0.0381	0.04	0.0212	0.0574	0.117	0.0574	0.0318	0.0429	0.058	0.0429	0.0323
chrX	13125253	13125404	chrX:13125254-13125404	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0262	0.0519	0.0274	0.0255	0.0311	0.0316	0.0293	0.0255	0.0326	0.0965	0.0326	0.0263	0.0214	0.0696	0.0214	0.0214
chrX	13126433	13126584	chrX:13126434-13126584	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0323	0.0288	0.0294	0.0212	0.033	0.0415	0.046	0.0212	0.0133	0.0415	0.0133	0.0418	0.0176	0.0471	0.0176	0.0453
chrX	13126754	13126905	chrX:13126755-13126905	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0275	0.0242	0.0278	0.0309	0.0159	0.0277	0.0298	0.0313	0.0159	0.0205	0.0399	0.0205	0.0333	0.013	0.0432	0.013	0.0589
chrX	13127602	13127953	chrX:13127603-13127953	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.118	0.113	0.1709	0.0656	0.0976	0.1136	0.1241	0.1699	0.0976	0.1165	0.2807	0.1165	0.1549	0.0735	0.1464	0.0735	0.049
chrX	13128089	13128292	chrX:13128090-13128292	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1146	0.1444	0.1491	0.0433	0.1368	0.1189	0.1674	0.2305	0.1368	0.0767	0.2598	0.0767	0.1325	0.0551	0.0967	0.0551	0.0229
chrX	13128452	13128676	chrX:13128453-13128676	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0938	0.09	0.1286	0.0599	0.0562	0.0961	0.0913	0.1539	0.0562	0.0894	0.2158	0.0894	0.1131	0.108	0.1109	0.108	0.0313
chrX	13128832	13128983	chrX:13128833-13128983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0256	0.0232	0.0358	0.0171	0.0148	0.0257	0.0247	0.0393	0.0148	0.0199	0.0514	0.0199	0.0573	0.0184	0.0239	0.0184	0.024
chrX	13131072	13131223	chrX:13131073-13131223	FBgn0052639	CG32639	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0231	0.0249	0.0268	0.0171	0.017	0.0301	0.032	0.0266	0.017	0.0199	0.0338	0.0199	0.0333	0.0145	0.0135	0.0145	0.0349
chrX	13131739	13131899	chrX:13131740-13131899	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0422	0.0633	0.0424	0.0185	0.0445	0.0607	0.0861	0.0833	0.0445	0.035	0.0505	0.035	0.0395	0.0138	0.0174	0.0138	0.0214
chrX	13133799	13133950	chrX:13133800-13133950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0298	0.0155	0.0084	0.0233	0.0257	0.0471	0.034	0.0233	0.0072	0.0193	0.0072	0.0217	0.0061	0.0084	0.0061	0.0094
chrX	13136840	13137043	chrX:13136841-13137043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0204	0.0269	0.0212	0.0121	0.0138	0.0189	0.0303	0.0566	0.0138	0.0079	0.026	0.0079	0.0108	0.0046	0.0058	0.0046	0.0104
chrX	13137780	13137956	chrX:13137781-13137956	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0193	0.033	0.0166	0.0106	0.0214	0.0298	0.0193	0.0106	0.0109	0.0608	0.0109	0.0333	0.01	0.0432	0.01	0.012
chrX	13141909	13142060	chrX:13141910-13142060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0183	0.0132	0.0239	0.0178	0.0085	0.0092	0.0203	0.0193	0.0085	0.0072	0.0412	0.0072	0.024	0.0161	0.0277	0.0161	0.0266
chrX	13142759	13142910	chrX:13142760-13142910	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0102	0.0032	0.0098	0.0185	0	0.0053	0.0039	0.0033	0	0.0042	0.0093	0.0042	0.0287	0.0092	0.0116	0.0092	0.0386
chrX	13143401	13143625	chrX:13143402-13143625	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0271	0.0155	0.0293	0.0376	0.0042	0.0189	0.0199	0.0213	0.0042	0.0175	0.0277	0.0175	0.0775	0.0199	0.0348	0.0199	0.0844
chrX	13144068	13144334	chrX:13144069-13144334	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0308	0.0304	0.0315	0.0306	0.017	0.0461	0.0316	0.0333	0.017	0.0242	0.0341	0.0242	0.0674	0.0253	0.0374	0.0253	0.0563
chrX	13144352	13144503	chrX:13144353-13144503	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0211	0.0247	0.023	0.015	0.0117	0.0364	0.0247	0.0293	0.0117	0.0223	0.0277	0.0223	0.0325	0.0199	0.0168	0.0199	0.0203
chrX	13145304	13145472	chrX:13145305-13145472	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0201	0.0231	0.0202	0.0074	0.0199	0.0238	0.034	0.0074	0.0103	0.0379	0.0103	0.0256	0.0084	0.0548	0.0084	0.0177
chrX	13145611	13145810	chrX:13145612-13145810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0255	0.0293	0.0299	0.0164	0.0074	0.035	0.0311	0.0506	0.0074	0.0127	0.0486	0.0127	0.0318	0.0084	0.0393	0.0084	0.0177
chrX	13147067	13147218	chrX:13147068-13147218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0163	0.0184	0.0169	0.0042	0.0194	0.0208	0.024	0.0042	0.026	0.0196	0.026	0.017	0.0413	0.0084	0.0413	0.012
chrX	13148019	13148170	chrX:13148020-13148170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0182	0.014	0.016	0.0252	0.0074	0.0165	0.0173	0.0167	0.0074	0.0121	0.0193	0.0121	0.0209	0.0138	0.0116	0.0138	0.0219
chrX	13150612	13150870	chrX:13150613-13150870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0498	0.0575	0.056	0.0344	0.0297	0.0597	0.067	0.0913	0.0297	0.0386	0.0762	0.0386	0.0643	0.036	0.0387	0.036	0.0417
chrX	13151148	13151356	chrX:13151149-13151356	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1689	0.1644	0.1954	0.145	0.1612	0.1752	0.186	0.2152	0.1612	0.2295	0.2264	0.2295	0.1859	0.1799	0.1605	0.1799	0.1662
chrX	13151566	13151960	chrX:13151567-13151960	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0722	0.0814	0.078	0.0554	0.0456	0.0864	0.1008	0.1093	0.0456	0.0827	0.0955	0.0827	0.0813	0.0605	0.0709	0.0605	0.0599
chrX	13152208	13152403	chrX:13152209-13152403	FBgn0004456,FBgn0030462	CG15742,mew	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0452	0.0307	0.051	0.055	0.0191	0.0388	0.0311	0.0433	0.0191	0.0495	0.0624	0.0495	0.0581	0.0505	0.0625	0.0505	0.0834
chrX	13152587	13152749	chrX:13152588-13152749	FBgn0000346,FBgn0004456,FBgn0030462	CG15742,comt,mew	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.0408	0.0585	0.0604	0.0233	0.0495	0.0428	0.0573	0.0233	0.0628	0.0714	0.0628	0.0635	0.0697	0.0651	0.0697	0.0745
chrX	13152959	13153110	chrX:13152960-13153110	FBgn0000346,FBgn0004456,FBgn0030462	CG15742,comt,mew	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0373	0.0272	0.042	0.0433	0.018	0.034	0.0294	0.036	0.018	0.0405	0.0492	0.0405	0.055	0.0459	0.0322	0.0459	0.0354
chrX	13157410	13157657	chrX:13157411-13157657	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.054	0.0901	0.0425	0.0262	0.0732	0.0752	0.1471	0.0886	0.0732	0.0513	0.0502	0.0513	0.0349	0.023	0.0264	0.023	0.0255
chrX	13165022	13165173	chrX:13165023-13165173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0186	0.0244	0.016	0.0149	0.0106	0.0262	0.0394	0.0233	0.0106	0.0205	0.0141	0.0205	0.0248	0.0092	0.0135	0.0092	0.0334
chrX	13166134	13166400	chrX:13166135-13166400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0263	0.04	0.0222	0.0153	0.0244	0.0481	0.0519	0.0446	0.0244	0.0368	0.0186	0.0368	0.0318	0.0283	0.0168	0.0283	0.0151
chrX	13166776	13167007	chrX:13166777-13167007	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0354	0.0322	0.0381	0.0361	0.0127	0.0456	0.035	0.0406	0.0127	0.0519	0.0328	0.0519	0.0682	0.0697	0.04	0.0697	0.0433
chrX	13167530	13167681	chrX:13167531-13167681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0175	0.0171	0.017	0.0185	0.0032	0.0189	0.0234	0.0227	0.0032	0.0254	0.0158	0.0254	0.0178	0.0643	0.0135	0.0643	0.0109
chrX	13168382	13168533	chrX:13168383-13168533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0126	0.0074	0.0115	0.0196	0.0021	0.0083	0.0104	0.0073	0.0021	0.0217	0.0113	0.0217	0.0077	0.0789	0.0019	0.0789	0.0115
chrX	13168785	13168936	chrX:13168786-13168936	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.0067	0.0122	0.0251	0	0.0049	0.0121	0.0073	0	0.0193	0.0116	0.0193	0.0132	0.1026	0.0103	0.1026	0.0089
chrX	13169026	13169177	chrX:13169027-13169177	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.007	0.0126	0.0212	0.0042	0.0092	0.0099	0.0047	0.0042	0.0193	0.0116	0.0193	0.0147	0.0766	0.0123	0.0766	0.0104
chrX	13169522	13169673	chrX:13169523-13169673	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.018	0.0107	0.0169	0.0273	0.0042	0.0146	0.0147	0.0107	0.0042	0.0314	0.0145	0.0314	0.0194	0.0881	0.0213	0.0881	0.0115
chrX	13171310	13171508	chrX:13171311-13171508	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0753	0.0797	0.0421	0.0265	0.1189	0.0653	0.1099	0.0265	0.0948	0.0942	0.0948	0.0844	0.0735	0.0316	0.0735	0.0625
chrX	13171740	13171949	chrX:13171741-13171949	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1019	0.0951	0.1292	0.0795	0.0371	0.1398	0.0904	0.1306	0.0371	0.2234	0.1338	0.2234	0.1247	0.1662	0.0638	0.1662	0.0985
chrX	13172522	13172696	chrX:13172523-13172696	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0381	0.0348	0.0325	0.048	0.0117	0.0471	0.0407	0.044	0.0117	0.0278	0.027	0.0278	0.0573	0.0459	0.0393	0.0459	0.0594
chrX	13172796	13173006	chrX:13172797-13173006	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0729	0.069	0.061	0.0902	0.0392	0.0869	0.0735	0.0919	0.0392	0.0459	0.0598	0.0459	0.0984	0.0888	0.0683	0.0888	0.1245
chrX	13174302	13174504	chrX:13174303-13174504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0444	0.0277	0.0456	0.0617	0.0095	0.0495	0.0329	0.0173	0.0095	0.0749	0.0264	0.0749	0.0891	0.0904	0.0297	0.0904	0.1011
chrX	13174573	13174724	chrX:13174574-13174724	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0301	0.0166	0.0287	0.0468	0.0074	0.032	0.019	0.0087	0.0074	0.038	0.0199	0.038	0.0558	0.0475	0.029	0.0475	0.0683
chrX	13178247	13178544	chrX:13178248-13178544	distal	distal	none	none	VT61192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0793	0.0815	0.0816	0.0744	0.035	0.1005	0.0869	0.1286	0.035	0.0839	0.1029	0.0839	0.096	0.0436	0.1083	0.0436	0.1266
chrX	13178686	13178937	chrX:13178687-13178937	FBgn0041210	HDAC4	stage11,stage14,stage5	none	VT61192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1393	0.1555	0.159	0.0996	0.0944	0.1874	0.1574	0.2325	0.0944	0.1987	0.1746	0.1987	0.1456	0.1095	0.1057	0.1095	0.1365
chrX	13178989	13179140	chrX:13178990-13179140	FBgn0041210	HDAC4	stage11,stage5	none	VT61192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.054	0.0669	0.0489	0.0233	0.0699	0.0545	0.0846	0.0233	0.0876	0.0727	0.0876	0.0697	0.0498	0.0522	0.0498	0.0641
chrX	13179277	13179478	chrX:13179278-13179478	FBgn0041210	HDAC4	none	none	VT61192.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0712	0.1014	0.0847	0.0382	0.0995	0.0653	0.1026	0.0382	0.1165	0.1148	0.1165	0.1007	0.072	0.0922	0.072	0.1032
chrX	13179535	13179730	chrX:13179536-13179730	FBgn0030465,FBgn0041210	CG15743,HDAC4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1357	0.1129	0.1638	0.1303	0.0679	0.1505	0.1172	0.1512	0.0679	0.1896	0.1942	0.1896	0.151	0.1378	0.1554	0.1378	0.1506
chrX	13179896	13180173	chrX:13179897-13180173	FBgn0030465	CG15743	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.092	0.0712	0.116	0.0888	0.0424	0.1024	0.0718	0.0919	0.0424	0.1353	0.1428	0.1353	0.11	0.0873	0.1257	0.0873	0.1042
chrX	13181597	13181822	chrX:13181598-13181822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.075	0.0589	0.0952	0.0707	0.0244	0.0816	0.0588	0.0806	0.0244	0.1081	0.1087	0.1081	0.0984	0.0628	0.0967	0.0628	0.0756
chrX	13181943	13182130	chrX:13181944-13182130	FBgn0030466	CG15744	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1575	0.1326	0.1872	0.1528	0.0806	0.1811	0.1337	0.1732	0.0806	0.2403	0.2084	0.2403	0.1735	0.1539	0.176	0.1539	0.174
chrX	13182244	13182434	chrX:13182245-13182434	FBgn0030466	CG15744	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0895	0.0556	0.1188	0.0951	0.018	0.0917	0.0528	0.0673	0.018	0.1606	0.1338	0.1606	0.1263	0.1202	0.1167	0.1202	0.1178
chrX	13187681	13187836	chrX:13187682-13187836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0252	0.0443	0.029	0.0053	0.0354	0.0203	0.046	0.0053	0.0495	0.0511	0.0495	0.0511	0.0329	0.0316	0.0329	0.0401
chrX	13190604	13190808	chrX:13190605-13190808	FBgn0030467,FBgn0030468	CG1622,CG1764	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0935	0.0647	0.1246	0.0916	0.0371	0.0898	0.0614	0.0866	0.0371	0.1594	0.1325	0.1594	0.1348	0.1026	0.0954	0.1026	0.1225
chrX	13191022	13191214	chrX:13191023-13191214	FBgn0030467,FBgn0030468	CG1622,CG1764	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0885	0.0659	0.1157	0.084	0.0435	0.085	0.0666	0.0906	0.0435	0.1395	0.1309	0.1395	0.1069	0.0835	0.0799	0.0835	0.1047
chrX	13191267	13191423	chrX:13191268-13191423	FBgn0030468	CG1622	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0462	0.0413	0.0582	0.0386	0.0127	0.0519	0.0446	0.0613	0.0127	0.0731	0.0717	0.0731	0.0457	0.0406	0.0361	0.0406	0.0438
chrX	13191516	13191667	chrX:13191517-13191667	FBgn0030468	CG1622	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0283	0.0385	0.0223	0.018	0.0335	0.0307	0.0393	0.018	0.0465	0.0383	0.0465	0.0418	0.0191	0.0168	0.0191	0.0344
chrX	13191751	13191902	chrX:13191752-13191902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0266	0.0287	0.0336	0.0164	0.0127	0.032	0.0303	0.0486	0.0127	0.0447	0.0328	0.0447	0.0387	0.0153	0.0174	0.0153	0.0203
chrX	13195187	13195338	chrX:13195188-13195338	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.0135	0.0141	0.0309	0.0074	0.0175	0.0156	0.0187	0.0074	0.0097	0.0177	0.0097	0.0209	0.0176	0.06	0.0176	0.0396
chrX	13196848	13197063	chrX:13196849-13197063	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.035	0.0102	0.0242	0.0745	0.0032	0.015	0.0134	0.0073	0.0032	0.0127	0.0167	0.0127	0.079	0.0544	0.0729	0.0544	0.1595
chrX	13197976	13198159	chrX:13197977-13198159	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0425	0.0161	0.0374	0.0777	0.0042	0.0248	0.0212	0.0147	0.0042	0.029	0.0267	0.029	0.1115	0.098	0.0806	0.098	0.1428
chrX	13198360	13198511	chrX:13198361-13198511	FBgn0030469	CG15745	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0155	0.0056	0.0132	0.029	0	0.0092	0.0074	0.0053	0	0.0139	0.0077	0.0139	0.0387	0.0398	0.0232	0.0398	0.0568
chrX	13198648	13198799	chrX:13198649-13198799	FBgn0030469	CG15745	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0079	0.0127	0.026	0.0011	0.0092	0.0112	0.008	0.0011	0.0097	0.0051	0.0097	0.0488	0.0237	0.0277	0.0237	0.0511
chrX	13199494	13199679	chrX:13199495-13199679	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.008	0.0253	0.0472	0.0021	0.0126	0.0104	0.006	0.0021	0.0103	0.0129	0.0103	0.0976	0.01	0.0316	0.01	0.1365
chrX	13201861	13202012	chrX:13201862-13202012	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0102	0.0188	0.0207	0.0053	0.0155	0.0112	0.0093	0.0053	0.0133	0.0106	0.0133	0.0627	0.0069	0.0103	0.0069	0.061
chrX	13202142	13202398	chrX:13202143-13202398	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.026	0.0131	0.0296	0.0366	0.0064	0.0204	0.0138	0.0133	0.0064	0.0175	0.0174	0.0175	0.0991	0.0115	0.0193	0.0115	0.1053
chrX	13204835	13205140	chrX:13204836-13205140	distal	distal	stage14	stage14	VT61204.1	VT61204.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0274	0.011	0.0289	0.044	0.0042	0.0126	0.0203	0.006	0.0042	0.0181	0.019	0.0181	0.0984	0.0214	0.0484	0.0214	0.1006
chrX	13209033	13209205	chrX:13209034-13209205	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0393	0.0177	0.0453	0.057	0.0042	0.0354	0.0147	0.0173	0.0042	0.0217	0.0431	0.0217	0.127	0.0161	0.1096	0.0161	0.1006
chrX	13209376	13209580	chrX:13209377-13209580	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.037	0.0227	0.0409	0.0489	0.0064	0.0427	0.026	0.0173	0.0064	0.0254	0.0421	0.0254	0.1007	0.0145	0.1096	0.0145	0.0688
chrX	13213327	13213483	chrX:13213328-13213483	distal	distal	none	none	VT61210.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0233	0.0079	0.015	0.0496	0.0021	0.0107	0.0099	0.0073	0.0021	0.0085	0.0161	0.0085	0.0341	0.0123	0.0774	0.0123	0.0922
chrX	13213647	13213804	chrX:13213648-13213804	distal	distal	stage14	stage14	VT61210.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0343	0.0162	0.0269	0.0627	0.0011	0.0248	0.019	0.0187	0.0011	0.0175	0.0344	0.0175	0.0465	0.0191	0.1115	0.0191	0.1115
chrX	13215277	13215471	chrX:13215278-13215471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0152	0.0069	0.0104	0.0298	0.0021	0.0092	0.0082	0.0093	0.0021	0.0091	0.0116	0.0091	0.0209	0.0069	0.0503	0.0069	0.062
chrX	13216413	13216564	chrX:13216414-13216564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0079	0.0127	0.0231	0.0053	0.0107	0.0099	0.0073	0.0053	0.0072	0.0148	0.0072	0.0232	0.0237	0.0245	0.0237	0.0427
chrX	13217774	13217925	chrX:13217775-13217925	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0093	0.0051	0.0089	0.0145	0.0032	0.0073	0.0069	0.004	0.0032	0.0066	0.0074	0.0066	0.0201	0.0069	0.0064	0.0069	0.0427
chrX	13218535	13218686	chrX:13218536-13218686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0112	0.016	0.0241	0.0042	0.0121	0.0199	0.008	0.0042	0.0127	0.0164	0.0127	0.0333	0.0092	0.0168	0.0092	0.0651
chrX	13218913	13219064	chrX:13218914-13219064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0097	0.0137	0.0201	0.0053	0.0117	0.0138	0.0093	0.0053	0.0133	0.0109	0.0133	0.0263	0.013	0.0232	0.013	0.0417
chrX	13223477	13223630	chrX:13223478-13223630	FBgn0040309	Jafrac1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0183	0.0077	0.0124	0.0365	0.0032	0.0092	0.0117	0.0067	0.0032	0.0054	0.0119	0.0054	0.0325	0.0383	0.0413	0.0383	0.0474
chrX	13223713	13223891	chrX:13223714-13223891	FBgn0040309	Jafrac1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0406	0.0194	0.0334	0.0721	0.0053	0.0214	0.0285	0.024	0.0053	0.0205	0.0296	0.0205	0.0821	0.0681	0.0696	0.0681	0.098
chrX	13226644	13226795	chrX:13226645-13226795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0253	0.0165	0.0256	0.0347	0.0053	0.0194	0.0247	0.0173	0.0053	0.0163	0.037	0.0163	0.0356	0.0123	0.0999	0.0123	0.0261
chrX	13228674	13228846	chrX:13228675-13228846	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0479	0.0355	0.0593	0.0492	0.0127	0.0471	0.0428	0.044	0.0127	0.0731	0.0675	0.0731	0.079	0.0536	0.0613	0.0536	0.0771
chrX	13228971	13229161	chrX:13228972-13229161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1048	0.0917	0.132	0.0895	0.053	0.1233	0.0934	0.1179	0.053	0.1721	0.1495	0.1721	0.1479	0.1263	0.1051	0.1263	0.1308
chrX	13229263	13229414	chrX:13229264-13229414	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.046	0.0366	0.0648	0.0359	0.0117	0.0539	0.0394	0.0473	0.0117	0.0918	0.0678	0.0918	0.0821	0.0459	0.0445	0.0459	0.049
chrX	13231009	13231436	chrX:13231010-13231436	FBgn0010198	RpS15Aa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0824	0.0737	0.102	0.0706	0.0414	0.0942	0.0809	0.0939	0.0414	0.1286	0.1048	0.1286	0.1146	0.0758	0.0625	0.0758	0.0943
chrX	13231642	13231884	chrX:13231643-13231884	FBgn0010198	RpS15Aa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1613	0.1226	0.207	0.1544	0.0817	0.165	0.1302	0.1459	0.0817	0.2488	0.2315	0.2488	0.2014	0.157	0.1631	0.157	0.1761
chrX	13232224	13232418	chrX:13232225-13232418	FBgn0030474	CG15747	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1168	0.1003	0.1393	0.1104	0.0679	0.1223	0.1099	0.1326	0.0679	0.1751	0.1537	0.1751	0.1247	0.1095	0.1251	0.1095	0.1245
chrX	13236087	13236238	chrX:13236088-13236238	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.028	0.0505	0.0302	0.0085	0.0403	0.026	0.0433	0.0085	0.0592	0.0566	0.0592	0.0589	0.0421	0.0309	0.0421	0.0427
chrX	13241601	13241752	chrX:13241602-13241752	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0103	0.0129	0.0223	0.0064	0.0141	0.0164	0.0053	0.0064	0.0145	0.0132	0.0145	0.0232	0.013	0.0181	0.013	0.0448
chrX	13252420	13252632	chrX:13252421-13252632	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0394	0.0282	0.0414	0.0497	0.0159	0.0422	0.0303	0.0293	0.0159	0.0598	0.0383	0.0598	0.0449	0.026	0.0406	0.026	0.0427
chrX	13253120	13253271	chrX:13253121-13253271	FBgn0261085	Syt12	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0083	0.0042	0.0037	0.0178	0.0042	0.0044	0.0052	0.0053	0.0042	0.0024	0.0026	0.0024	0.0039	0.0031	0.0064	0.0031	0.0083
chrX	13262205	13262370	chrX:13262206-13262370	FBgn0030477	dmrt11E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0219	0.0229	0.0255	0.0169	0.0064	0.0461	0.0216	0.0167	0.0064	0.0918	0.0103	0.0918	0.0039	0.0597	0.0064	0.0597	0.0073
chrX	13262463	13262677	chrX:13262464-13262677	FBgn0030477	dmrt11E	stage11,stage5	none	dmrt11E_10563	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0423	0.0404	0.0603	0.0246	0.0106	0.0932	0.0247	0.0306	0.0106	0.2283	0.0206	0.2283	0.0116	0.0949	0.009	0.0949	0.0099
chrX	13263471	13263736	chrX:13263472-13263736	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0403	0.0409	0.0593	0.0189	0.0095	0.101	0.0238	0.0313	0.0095	0.1763	0.0347	0.1763	0.017	0.0222	0.0368	0.0222	0.0167
chrX	13263820	13263971	chrX:13263821-13263971	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0218	0.0229	0.0283	0.0135	0.0042	0.0519	0.019	0.0133	0.0042	0.0797	0.0186	0.0797	0.0085	0.0145	0.0258	0.0145	0.0115
chrX	13264929	13265080	chrX:13264930-13265080	FBgn0030478	CG1640	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0292	0.0122	0.0211	0.0571	0.0032	0.0175	0.0182	0.0087	0.0032	0.0254	0.0151	0.0254	0.0434	0.0674	0.0535	0.0674	0.0896
chrX	13265170	13265321	chrX:13265171-13265321	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0301	0.0208	0.0221	0.0494	0.0053	0.0257	0.029	0.0233	0.0053	0.029	0.017	0.029	0.0364	0.0613	0.0413	0.0613	0.0735
chrX	13265437	13265588	chrX:13265438-13265588	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0338	0.03	0.0279	0.0446	0.0095	0.0364	0.0376	0.0406	0.0095	0.0399	0.0219	0.0399	0.0372	0.0498	0.0329	0.0498	0.0657
chrX	13266907	13267107	chrX:13266908-13267107	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0228	0.0364	0.0315	0.0106	0.0257	0.0311	0.0273	0.0106	0.0399	0.037	0.0399	0.0558	0.0191	0.0297	0.0191	0.061
chrX	13267241	13267436	chrX:13267242-13267436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0816	0.0611	0.1016	0.0826	0.0445	0.0767	0.0705	0.0713	0.0445	0.1093	0.1087	0.1093	0.1278	0.0704	0.0851	0.0704	0.1225
chrX	13267654	13267832	chrX:13267655-13267832	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1429	0.1229	0.1699	0.1356	0.0806	0.1578	0.1345	0.1559	0.0806	0.2174	0.1778	0.2174	0.1689	0.1194	0.1341	0.1194	0.172
chrX	13267947	13268135	chrX:13267948-13268135	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1423	0.1236	0.1699	0.1327	0.0742	0.1597	0.1406	0.1519	0.0742	0.2198	0.1804	0.2198	0.158	0.1271	0.1406	0.1271	0.1496
chrX	13268273	13268424	chrX:13268274-13268424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0455	0.0356	0.0538	0.0473	0.018	0.0408	0.0411	0.052	0.018	0.0507	0.0572	0.0507	0.0627	0.0291	0.0554	0.0291	0.05
chrX	13268488	13268639	chrX:13268489-13268639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0334	0.0269	0.0362	0.0377	0.0138	0.0325	0.0337	0.0326	0.0138	0.0296	0.0395	0.0296	0.0457	0.0184	0.0387	0.0184	0.0511
chrX	13269737	13269888	chrX:13269738-13269888	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0201	0.0136	0.0188	0.0287	0.0032	0.0209	0.0169	0.0153	0.0032	0.0163	0.0154	0.0163	0.0333	0.0161	0.0155	0.0161	0.0334
chrX	13273557	13273708	chrX:13273558-13273708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0235	0.0273	0.028	0.0142	0.0106	0.0267	0.045	0.026	0.0106	0.0296	0.0334	0.0296	0.0271	0.0153	0.0142	0.0153	0.0193
chrX	13277938	13278130	chrX:13277939-13278130	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1093	0.0911	0.1414	0.0946	0.0689	0.1272	0.0843	0.1193	0.0689	0.2005	0.1466	0.2005	0.1239	0.1064	0.0948	0.1064	0.0938
chrX	13278553	13278704	chrX:13278554-13278704	FBgn0030479	Rbp1-like	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.058	0.0492	0.078	0.0457	0.0265	0.0684	0.0502	0.064	0.0265	0.0978	0.0823	0.0978	0.0844	0.0628	0.0445	0.0628	0.0438
chrX	13278854	13279084	chrX:13278855-13279084	FBgn0030479,FBgn0030480	Rbp1-like,Tim9a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1783	0.1575	0.2137	0.1627	0.1124	0.1995	0.1739	0.1959	0.1124	0.2705	0.2357	0.2705	0.1967	0.1845	0.1676	0.1845	0.1829
chrX	13279166	13279375	chrX:13279167-13279375	FBgn0030479,FBgn0030480	Rbp1-like,Tim9a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1576	0.1518	0.1819	0.1374	0.1082	0.1888	0.167	0.1959	0.1082	0.2301	0.2026	0.2301	0.1619	0.1325	0.1393	0.1325	0.173
chrX	13279411	13279829	chrX:13279412-13279829	FBgn0030480	Tim9a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.108	0.1142	0.1277	0.0797	0.0933	0.1223	0.1445	0.1406	0.0933	0.1643	0.1431	0.1643	0.1232	0.0873	0.0858	0.0873	0.1006
chrX	13280116	13280267	chrX:13280117-13280267	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.0457	0.0489	0.0262	0.035	0.049	0.0614	0.0553	0.035	0.0628	0.0534	0.0628	0.0527	0.0329	0.0316	0.0329	0.0354
chrX	13280933	13281126	chrX:13280934-13281126	FBgn0026749	Yippee	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1044	0.0724	0.1459	0.0946	0.0403	0.0903	0.0779	0.1013	0.0403	0.1757	0.1605	0.1757	0.1782	0.1141	0.0993	0.1141	0.1266
chrX	13281315	13281528	chrX:13281316-13281528	FBgn0026749,FBgn0030481	CG1662,Yippee	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1441	0.1206	0.1742	0.1372	0.0986	0.1481	0.1189	0.1765	0.0986	0.2271	0.19	0.2271	0.1712	0.1493	0.1522	0.1493	0.1636
chrX	13281683	13281846	chrX:13281684-13281846	FBgn0026749,FBgn0030481	CG1662,Yippee	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.0695	0.0997	0.0765	0.0498	0.0762	0.0796	0.0993	0.0498	0.1159	0.1161	0.1159	0.0945	0.0773	0.0916	0.0773	0.0928
chrX	13289099	13289456	chrX:13289100-13289456	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0424	0.0408	0.0407	0.046	0.017	0.085	0.0398	0.0187	0.017	0.0622	0.0286	0.0622	0.0821	0.0704	0.0406	0.0704	0.0771
chrX	13290774	13290985	chrX:13290775-13290985	FBgn0030482	CG1673	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0669	0.0575	0.0661	0.0783	0.0382	0.1097	0.0554	0.0366	0.0382	0.1335	0.0312	0.1335	0.1294	0.1233	0.0883	0.1233	0.1225
chrX	13291724	13291897	chrX:13291725-13291897	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0327	0.0254	0.0346	0.0389	0.0148	0.0515	0.0225	0.018	0.0148	0.055	0.0164	0.055	0.0868	0.0597	0.0245	0.0597	0.0756
chrX	13295092	13295296	chrX:13295093-13295296	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0473	0.0426	0.0655	0.0327	0.035	0.0495	0.0502	0.05	0.035	0.096	0.0711	0.096	0.0635	0.0375	0.0484	0.0375	0.0479
chrX	13295386	13295563	chrX:13295387-13295563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0503	0.044	0.0702	0.0356	0.0382	0.0573	0.0433	0.0553	0.0382	0.0942	0.0797	0.0942	0.0682	0.0398	0.0426	0.0398	0.0578
chrX	13297560	13297711	chrX:13297561-13297711	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0418	0.028	0.0444	0.0544	0.0148	0.0451	0.0337	0.0227	0.0148	0.0411	0.0421	0.0411	0.0976	0.0383	0.0664	0.0383	0.1073
chrX	13297791	13298126	chrX:13297792-13298126	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0898	0.0592	0.0948	0.1185	0.0297	0.0951	0.0675	0.05	0.0297	0.0839	0.1006	0.0839	0.1936	0.0865	0.1509	0.0865	0.2329
chrX	13298339	13298522	chrX:13298340-13298522	FBgn0030484	CG1681	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.072	0.0275	0.0773	0.1159	0.0074	0.0403	0.0346	0.0266	0.0074	0.0761	0.0842	0.0761	0.1418	0.121	0.1567	0.121	0.2017
chrX	13298570	13298799	chrX:13298571-13298799	FBgn0030484	CG1681	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0925	0.0572	0.0931	0.1313	0.0233	0.0956	0.0649	0.0506	0.0233	0.0948	0.0929	0.0948	0.1689	0.1202	0.1818	0.1202	0.2319
chrX	13299092	13299304	chrX:13299093-13299304	FBgn0030484	CG1681	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0468	0.0317	0.047	0.0636	0.0117	0.0573	0.0316	0.0293	0.0117	0.0441	0.0585	0.0441	0.0589	0.0559	0.1077	0.0559	0.0964
chrX	13299377	13299528	chrX:13299378-13299528	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0327	0.029	0.031	0.0389	0.0127	0.0573	0.0294	0.02	0.0127	0.038	0.0309	0.038	0.0449	0.0306	0.0574	0.0306	0.0657
chrX	13303411	13303562	chrX:13303412-13303562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0175	0.0128	0.0192	0.0207	0.0032	0.0146	0.0216	0.01	0.0032	0.0193	0.0145	0.0193	0.0201	0.0123	0.0193	0.0123	0.0328
chrX	13306787	13306938	chrX:13306788-13306938	FBgn0030485,FBgn0030486	CG1998,Set2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0322	0.0334	0.0231	0.0297	0.0335	0.0441	0.034	0.0297	0.0447	0.0331	0.0447	0.0372	0.026	0.0193	0.026	0.0271
chrX	13307096	13307297	chrX:13307097-13307297	FBgn0030485,FBgn0030486	CG1998,Set2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1733	0.153	0.202	0.1645	0.0859	0.1874	0.1683	0.2132	0.0859	0.247	0.2238	0.247	0.1936	0.1815	0.1651	0.1815	0.1959
chrX	13314549	13314800	chrX:13314550-13314800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0334	0.032	0.0418	0.0259	0.0148	0.0422	0.0368	0.0393	0.0148	0.055	0.0476	0.055	0.0403	0.0199	0.0277	0.0199	0.0344
chrX	13314856	13315045	chrX:13314857-13315045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0409	0.0522	0.0338	0.0159	0.05	0.0441	0.0653	0.0159	0.0634	0.0582	0.0634	0.0565	0.0375	0.0322	0.0375	0.0401
chrX	13315176	13315370	chrX:13315177-13315370	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1028	0.134	0.1047	0.0615	0.1277	0.1064	0.1466	0.0615	0.1564	0.1469	0.1564	0.1418	0.0995	0.0916	0.0995	0.1298
chrX	13338833	13338987	chrX:13338834-13338987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.02	0.0161	0.0079	0.0376	0.017	0.017	0.0147	0.026	0.017	0.0079	0.0087	0.0079	0.0108	0.059	0.029	0.059	0.0391
chrX	13339829	13339980	chrX:13339830-13339980	FBgn0052635	Neto	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0134	0.0097	0.0069	0.0246	0.0064	0.0078	0.0147	0.0127	0.0064	0.0085	0.0051	0.0085	0.0116	0.0567	0.0174	0.0567	0.0219
chrX	13344566	13344717	chrX:13344567-13344717	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.009	0.0082	0.0074	0.0117	0.0053	0.0092	0.0117	0.0087	0.0053	0.0127	0.0058	0.0127	0.0093	0.0383	0.0077	0.0383	0.0063
chrX	13345285	13345436	chrX:13345286-13345436	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0188	0.014	0.008	0.0362	0.0042	0.0165	0.0173	0.0187	0.0042	0.0169	0.0074	0.0169	0.0023	0.1126	0.0309	0.1126	0.0255
chrX	13421324	13421475	chrX:13421325-13421475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.013	0.0097	0.0118	0.0178	0.0053	0.0087	0.0138	0.0147	0.0053	0.0115	0.0132	0.0115	0.0194	0.0123	0.0213	0.0123	0.0339
chrX	13457594	13457858	chrX:13457595-13457858	FBgn0086674	Tango13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2052	0.1221	0.272	0.2248	0.0657	0.1937	0.0978	0.1639	0.0657	0.3351	0.292	0.3351	0.275	0.2412	0.2534	0.2412	0.2496
chrX	13457997	13458276	chrX:13457998-13458276	FBgn0086674	Tango13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1346	0.0865	0.1769	0.142	0.0498	0.135	0.0666	0.1233	0.0498	0.2349	0.1923	0.2349	0.1797	0.1715	0.1547	0.1715	0.1621
chrX	13459827	13459978	chrX:13459828-13459978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0153	0.0074	0.0194	0.0196	0.0032	0.0117	0.0091	0.006	0.0032	0.0417	0.017	0.0417	0.0155	0.0605	0.0097	0.0605	0.0167
chrX	13469585	13469736	chrX:13469586-13469736	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0142	0.0106	0.0211	0.0106	0.0032	0.0121	0.0125	0.0167	0.0032	0.0302	0.0199	0.0302	0.0333	0.0115	0.0161	0.0115	0.0146
chrX	13494653	13494804	chrX:13494654-13494804	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.0086	0.0076	0.0334	0.0021	0.0112	0.0125	0.008	0.0021	0.0115	0.0058	0.0115	0.0124	0.1309	0.0064	0.1309	0.0177
chrX	13495638	13495789	chrX:13495639-13495789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0212	0.0118	0.01	0.044	0.0064	0.017	0.0121	0.016	0.0064	0.0181	0.008	0.0181	0.0108	0.1593	0.0181	0.1593	0.0167
chrX	13496546	13496697	chrX:13496547-13496697	FBgn0004169	up	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0192	0.0123	0.0123	0.0344	0.0127	0.0083	0.026	0.006	0.0127	0.0139	0.0113	0.0139	0.017	0.1294	0.0148	0.1294	0.0109
chrX	13498741	13498892	chrX:13498742-13498892	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0148	0.014	0.0115	0.0194	0.0106	0.0107	0.0277	0.008	0.0106	0.026	0.009	0.026	0.0093	0.0858	0.0039	0.0858	0.0052
chrX	13500060	13500238	chrX:13500061-13500238	FBgn0030499	CG11178	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0807	0.0754	0.0956	0.0705	0.0424	0.1005	0.0835	0.0966	0.0424	0.1135	0.1113	0.1135	0.0891	0.085	0.078	0.085	0.0865
chrX	13500268	13500541	chrX:13500269-13500541	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0646	0.0662	0.0813	0.0444	0.0297	0.083	0.0804	0.0839	0.0297	0.1039	0.0945	0.1039	0.0744	0.0613	0.0522	0.0613	0.0516
chrX	13506022	13506190	chrX:13506023-13506190	FBgn0030500,FBgn0030501	BthD,Ndc80	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0933	0.083	0.1208	0.0746	0.0594	0.1005	0.0839	0.1199	0.0594	0.1431	0.1383	0.1431	0.1185	0.0911	0.0832	0.0911	0.0797
chrX	13506270	13506427	chrX:13506271-13506427	FBgn0030500,FBgn0030501	BthD,Ndc80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0454	0.0373	0.0638	0.0343	0.0159	0.0524	0.0381	0.0506	0.0159	0.0725	0.0701	0.0725	0.0728	0.0406	0.0368	0.0406	0.0417
chrX	13510283	13510502	chrX:13510284-13510502	FBgn0030502	tth	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1457	0.1219	0.1787	0.1362	0.0817	0.1515	0.1375	0.1499	0.0817	0.2089	0.1949	0.2089	0.1797	0.1417	0.147	0.1417	0.1756
chrX	13510607	13510773	chrX:13510608-13510773	FBgn0030502,FBgn0030503	Tango2,tth	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1455	0.1301	0.1801	0.1246	0.0912	0.1617	0.1505	0.1606	0.0912	0.1957	0.2116	0.1957	0.1712	0.1095	0.1522	0.1095	0.1506
chrX	13510870	13511092	chrX:13510871-13511092	FBgn0030502,FBgn0030503	Tango2,tth	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0903	0.087	0.1117	0.0705	0.053	0.0995	0.0939	0.1279	0.053	0.0978	0.1395	0.0978	0.1325	0.0636	0.0922	0.0636	0.0954
chrX	13511157	13511322	chrX:13511158-13511322	FBgn0030503	Tango2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0489	0.0467	0.0576	0.0419	0.0244	0.0602	0.0467	0.068	0.0244	0.0598	0.0669	0.0598	0.0682	0.0345	0.0426	0.0345	0.073
chrX	13518351	13518522	chrX:13518352-13518522	FBgn0030504,FBgn0030505	CG2691,NFAT	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1194	0.1039	0.1482	0.105	0.0742	0.1374	0.1064	0.1339	0.0742	0.1987	0.1695	0.1987	0.1418	0.1271	0.1173	0.1271	0.123
chrX	13518646	13518816	chrX:13518647-13518816	FBgn0030504,FBgn0030505	CG2691,NFAT	stage11,stage14,stage5	none	VT61369.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1816	0.1601	0.2194	0.1642	0.0997	0.2034	0.1739	0.2079	0.0997	0.2705	0.2431	0.2705	0.2223	0.1776	0.1767	0.1776	0.1928
chrX	13518935	13519128	chrX:13518936-13519128	FBgn0030504,FBgn0030505	CG2691,NFAT	stage11,stage14,stage5	none	VT61369.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1747	0.1588	0.2099	0.1537	0.1092	0.2058	0.1691	0.1945	0.1092	0.2687	0.2334	0.2687	0.1851	0.1715	0.1721	0.1715	0.1709
chrX	13519463	13519737	chrX:13519464-13519737	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT61369.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0861	0.0512	0.117	0.0911	0.0095	0.0806	0.0493	0.064	0.0095	0.0936	0.174	0.0936	0.1092	0.0949	0.176	0.0949	0.0683
chrX	13520526	13520692	chrX:13520527-13520692	distal	distal	stage14	stage14	VT61369.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0527	0.0214	0.0518	0.0886	0.0085	0.0335	0.0229	0.024	0.0085	0.0622	0.0531	0.0622	0.0829	0.1417	0.1006	0.1417	0.0954
chrX	13526750	13526901	chrX:13526751-13526901	distal	distal	none	none	VT61373.1	VT61373.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0204	0.0151	0.0226	0.0241	0.0064	0.0175	0.0195	0.0213	0.0064	0.0157	0.0267	0.0157	0.0364	0.0276	0.0168	0.0276	0.0229
chrX	13527426	13527676	chrX:13527427-13527676	distal	distal	stage5	stage5	VT61373.1	VT61373.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0266	0.0317	0.0315	0.0156	0.0127	0.0447	0.0316	0.0426	0.0127	0.0127	0.0289	0.0127	0.0906	0.0184	0.0213	0.0184	0.0198
chrX	13527734	13527885	chrX:13527735-13527885	distal	distal	none	none	VT61373.1	VT61373.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0199	0.0222	0.0268	0.0099	0.0053	0.033	0.0208	0.03	0.0053	0.0175	0.0244	0.0175	0.0689	0.0145	0.0148	0.0145	0.012
chrX	13528266	13528417	chrX:13528267-13528417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0284	0.0424	0.0279	0.0134	0.0212	0.0456	0.0584	0.054	0.0212	0.029	0.026	0.029	0.0565	0.0176	0.0161	0.0176	0.0203
chrX	13528562	13529001	chrX:13528563-13529001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0682	0.1119	0.0561	0.0326	0.1039	0.1277	0.1436	0.1079	0.1039	0.061	0.0547	0.061	0.1022	0.0398	0.0342	0.0398	0.0505
chrX	13534304	13534496	chrX:13534305-13534496	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0678	0.0376	0.065	0.1046	0.0095	0.0641	0.0441	0.0326	0.0095	0.0513	0.0633	0.0513	0.1534	0.1003	0.1451	0.1003	0.1819
chrX	13534616	13534859	chrX:13534617-13534859	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT61378.1	VT61378.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0788	0.0336	0.0652	0.1443	0.0085	0.0544	0.0467	0.024	0.0085	0.0471	0.0543	0.0471	0.1836	0.1554	0.1921	0.1554	0.2449
chrX	13535301	13535494	chrX:13535302-13535494	distal	distal	none	none	VT61378.1	VT61378.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0527	0.0319	0.0581	0.07	0.0053	0.0563	0.0394	0.024	0.0053	0.0447	0.0534	0.0447	0.1433	0.049	0.078	0.049	0.1464
chrX	13535522	13535673	chrX:13535523-13535673	distal	distal	stage11	stage11	VT61378.1	VT61378.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0453	0.0309	0.0504	0.0557	0.0106	0.0471	0.0385	0.028	0.0106	0.058	0.0556	0.058	0.0767	0.0605	0.078	0.0605	0.0902
chrX	13535948	13536357	chrX:13535949-13536357	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT61378.1	VT61378.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1805	0.1416	0.2204	0.1802	0.0923	0.1777	0.1747	0.1519	0.0923	0.2899	0.2678	0.2899	0.2409	0.2198	0.2444	0.2198	0.2793
chrX	13541462	13541675	chrX:13541463-13541675	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0439	0.0923	0.022	0.0139	0.0997	0.049	0.1799	0.0666	0.0997	0.0181	0.0199	0.0181	0.0503	0.0123	0.0142	0.0123	0.0234
chrX	13542553	13542746	chrX:13542554-13542746	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0283	0.0233	0.0273	0.035	0.0085	0.035	0.0285	0.0207	0.0085	0.0296	0.0257	0.0296	0.0558	0.0153	0.0187	0.0153	0.0928
chrX	13542992	13543180	chrX:13542993-13543180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0273	0.0268	0.038	0.0191	0.0301	0.0381	0.0266	0.0191	0.029	0.0206	0.029	0.062	0.0214	0.0148	0.0214	0.1032
chrX	13547361	13547532	chrX:13547362-13547532	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.02	0.0299	0.0185	0.0106	0.0201	0.0141	0.0536	0.0393	0.0201	0.0193	0.0244	0.0193	0.0186	0.013	0.0123	0.013	0.0146
chrX	13551233	13551397	chrX:13551234-13551397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0242	0.0359	0.0214	0.0106	0.0282	0.0277	0.034	0.0106	0.0465	0.0402	0.0465	0.0449	0.0329	0.0174	0.0329	0.0318
chrX	13552764	13552953	chrX:13552765-13552953	distal	distal	none	none	VT61387.1	VT61387.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0361	0.0174	0.01	0.0255	0.0413	0.0558	0.03	0.0255	0.0211	0.0212	0.0211	0.0201	0.0107	0.0071	0.0107	0.013
chrX	13557899	13558050	chrX:13557900-13558050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.025	0.0219	0.0305	0.0224	0.0053	0.0306	0.0242	0.0273	0.0053	0.0362	0.0322	0.0362	0.038	0.0207	0.0303	0.0207	0.037
chrX	13558127	13558317	chrX:13558128-13558317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0463	0.0427	0.0534	0.0425	0.0244	0.0602	0.0458	0.052	0.0244	0.0676	0.0559	0.0676	0.0666	0.0421	0.0426	0.0421	0.0672
chrX	13558360	13558511	chrX:13558361-13558511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0195	0.0188	0.0217	0.0178	0.0074	0.0277	0.0186	0.024	0.0074	0.026	0.0232	0.026	0.0294	0.013	0.0187	0.013	0.0276
chrX	13561733	13561921	chrX:13561734-13561921	FBgn0030506,FBgn0030507	CG11164,Lig4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0378	0.0451	0.0256	0.017	0.049	0.0389	0.058	0.017	0.0423	0.0576	0.0423	0.0434	0.0214	0.0206	0.0214	0.0375
chrX	13561965	13562206	chrX:13561966-13562206	FBgn0030506,FBgn0030507	CG11164,Lig4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0367	0.0355	0.0487	0.0249	0.017	0.0403	0.0372	0.0566	0.017	0.0393	0.0608	0.0393	0.0565	0.0214	0.0232	0.0214	0.0354
chrX	13562708	13562859	chrX:13562709-13562859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0196	0.0176	0.0189	0.0226	0.0032	0.0218	0.0216	0.0253	0.0032	0.0254	0.0151	0.0254	0.017	0.0153	0.0097	0.0153	0.0172
chrX	13563349	13563524	chrX:13563350-13563524	FBgn0030508	CG15760	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.0332	0.0341	0.0531	0.0159	0.0408	0.0372	0.046	0.0159	0.0483	0.0309	0.0483	0.031	0.0658	0.0155	0.0658	0.0271
chrX	13563622	13563853	chrX:13563623-13563853	FBgn0030508	CG15760	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0489	0.0388	0.0435	0.0661	0.018	0.0427	0.0493	0.0533	0.018	0.0435	0.0392	0.0435	0.0302	0.0574	0.0116	0.0574	0.0281
chrX	13564151	13564337	chrX:13564152-13564337	FBgn0030508	CG15760	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0387	0.0343	0.048	0.0336	0.0127	0.0485	0.0329	0.052	0.0127	0.0713	0.0489	0.0713	0.024	0.0337	0.0135	0.0337	0.0188
chrX	13564448	13564679	chrX:13564449-13564679	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0508	0.0333	0.0747	0.044	0.0117	0.0558	0.0294	0.0446	0.0117	0.1576	0.0653	0.1576	0.0325	0.0429	0.0129	0.0429	0.0172
chrX	13565344	13565495	chrX:13565345-13565495	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.017	0.0244	0.0147	0.0113	0.0064	0.0383	0.0255	0.0313	0.0064	0.0193	0.01	0.0193	0.0163	0.01	0.0064	0.01	0.0188
chrX	13573622	13573773	chrX:13573623-13573773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0169	0.0209	0.018	0.0113	0.0085	0.0505	0.0147	0.0093	0.0085	0.0405	0.0119	0.0405	0.0201	0.023	0.0071	0.023	0.0135
chrX	13573944	13574617	chrX:13573945-13574617	FBgn0030510	CG12177	stage11,stage14,stage5	none	CG12177	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1219	0.1451	0.1211	0.0968	0.0827	0.2956	0.109	0.1133	0.0827	0.2627	0.0672	0.2627	0.1665	0.1631	0.0303	0.1631	0.186
chrX	13576083	13576266	chrX:13576084-13576266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.038	0.037	0.0362	0.0411	0.0159	0.0505	0.0467	0.0386	0.0159	0.0471	0.0328	0.0471	0.0558	0.0452	0.0277	0.0452	0.0766
chrX	13576934	13577155	chrX:13576935-13577155	FBgn0030511	CG11158	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0307	0.0234	0.0338	0.0355	0.0106	0.0306	0.0264	0.0286	0.0106	0.0338	0.0408	0.0338	0.0395	0.0697	0.0374	0.0697	0.0396
chrX	13590862	13591013	chrX:13590863-13591013	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0105	0.0178	0.026	0.0042	0.0136	0.0138	0.0113	0.0042	0.0248	0.0145	0.0248	0.0287	0.0115	0.0271	0.0115	0.0599
chrX	13593044	13593230	chrX:13593045-13593230	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0117	0.0071	0.0104	0.0181	0.0021	0.0053	0.0125	0.006	0.0021	0.0109	0.0096	0.0109	0.0178	0.0283	0.0129	0.0283	0.0302
chrX	13597323	13597474	chrX:13597324-13597474	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0072	0.0055	0.0121	0.0042	0.0097	0.0108	0.0027	0.0042	0.0048	0.0048	0.0048	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0036
chrX	13597930	13598081	chrX:13597931-13598081	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0052	0.0091	0.0123	0.0053	0.0044	0.0074	0.0073	0.0053	0.0121	0.0084	0.0121	0.0147	0.0291	0.0077	0.0291	0.012
chrX	13607732	13607909	chrX:13607733-13607909	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0472	0.0249	0.0123	0.0329	0.0422	0.0627	0.064	0.0329	0.0314	0.0244	0.0314	0.0333	0.0138	0.0116	0.0138	0.0188
chrX	13611975	13612172	chrX:13611976-13612172	FBgn0030512	CG9940	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0499	0.0388	0.0648	0.0461	0.0159	0.0524	0.0411	0.0553	0.0159	0.0821	0.063	0.0821	0.0697	0.0429	0.0348	0.0429	0.0464
chrX	13612237	13612404	chrX:13612238-13612404	FBgn0030512	CG9940	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0875	0.0685	0.1138	0.0797	0.0382	0.0888	0.0748	0.0913	0.0382	0.1359	0.1296	0.1359	0.093	0.0881	0.0651	0.0881	0.098
chrX	13612698	13612990	chrX:13612699-13612990	FBgn0030512	CG9940	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0712	0.0609	0.0878	0.0645	0.0424	0.0714	0.0731	0.0799	0.0424	0.0972	0.1032	0.0972	0.0852	0.0681	0.0632	0.0681	0.0776
chrX	13615878	13616099	chrX:13615879-13616099	FBgn0002878,FBgn0030514	CG9941,mus101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.0794	0.1231	0.0908	0.0371	0.1102	0.077	0.1153	0.0371	0.1437	0.1334	0.1437	0.1348	0.0904	0.1019	0.0904	0.1058
chrX	13616159	13616400	chrX:13616160-13616400	FBgn0002878,FBgn0030514	CG9941,mus101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.0761	0.1113	0.0799	0.0308	0.0985	0.0757	0.1186	0.0308	0.1304	0.1215	0.1304	0.1115	0.0643	0.0903	0.0643	0.1016
chrX	13625116	13625306	chrX:13625117-13625306	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0321	0.0421	0.0296	0.0238	0.0255	0.0427	0.0701	0.0353	0.0255	0.0266	0.0357	0.0266	0.0325	0.0207	0.0206	0.0207	0.0349
chrX	13629754	13630128	chrX:13629755-13630128	FBgn0001087	g	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1146	0.1076	0.1359	0.099	0.0456	0.133	0.1241	0.1439	0.0456	0.1455	0.1601	0.1455	0.1247	0.1049	0.1019	0.1049	0.1183
chrX	13630269	13630440	chrX:13630270-13630440	FBgn0001087	g	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1264	0.1002	0.1575	0.1217	0.0562	0.1252	0.1198	0.1299	0.0562	0.1938	0.1768	0.1938	0.1495	0.1279	0.1315	0.1279	0.1428
chrX	13632075	13632254	chrX:13632076-13632254	FBgn0030518	CG11134	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0781	0.0707	0.089	0.0746	0.0414	0.0879	0.0809	0.0926	0.0414	0.1093	0.0932	0.1093	0.1216	0.0827	0.0825	0.0827	0.1073
chrX	13633334	13633513	chrX:13633335-13633513	FBgn0030519	CG11151	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1562	0.1476	0.1803	0.1393	0.106	0.183	0.1557	0.1899	0.106	0.2258	0.2068	0.2258	0.172	0.1394	0.1418	0.1394	0.1761
chrX	13633658	13633835	chrX:13633659-13633835	FBgn0030519	CG11151	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2105	0.1863	0.2431	0.2018	0.1474	0.2209	0.1985	0.2432	0.1474	0.3134	0.2653	0.3134	0.2556	0.2282	0.207	0.2282	0.2444
chrX	13634138	13634347	chrX:13634139-13634347	FBgn0030519	CG11151	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0462	0.1115	0.0958	0.0255	0.0743	0.0394	0.0626	0.0255	0.1636	0.118	0.1636	0.1317	0.1202	0.0954	0.1202	0.1313
chrX	13638575	13638810	chrX:13638576-13638810	FBgn0001612,FBgn0262108	CR42861,l(1)dd4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1369	0.117	0.1808	0.1108	0.0795	0.149	0.1311	0.1426	0.0795	0.2277	0.1974	0.2277	0.1704	0.1286	0.1051	0.1286	0.1324
chrX	13638849	13639036	chrX:13638850-13639036	FBgn0001612,FBgn0262108	CR42861,l(1)dd4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0942	0.0799	0.1189	0.083	0.0435	0.1005	0.09	0.1073	0.0435	0.1467	0.1344	0.1467	0.1139	0.0804	0.0754	0.0804	0.098
chrX	13639170	13639321	chrX:13639171-13639321	FBgn0001612,FBgn0262108	CR42861,l(1)dd4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0275	0.0334	0.0226	0.0159	0.033	0.0333	0.0346	0.0159	0.0423	0.0347	0.0423	0.0294	0.0191	0.0264	0.0191	0.0208
chrX	13641073	13641224	chrX:13641074-13641224	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0381	0.0496	0.0346	0.0291	0.0297	0.0461	0.0631	0.0753	0.0297	0.0326	0.0286	0.0326	0.0442	0.0429	0.0161	0.0429	0.0354
chrX	13641292	13641510	chrX:13641293-13641510	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0762	0.0931	0.0675	0.0667	0.0551	0.1	0.1224	0.1206	0.0551	0.067	0.0569	0.067	0.0767	0.0934	0.0387	0.0934	0.0651
chrX	13642931	13643167	chrX:13642932-13643167	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0439	0.0511	0.047	0.0324	0.0371	0.0626	0.0601	0.0573	0.0371	0.0562	0.0437	0.0562	0.0767	0.0368	0.0393	0.0368	0.0485
chrX	13643187	13643338	chrX:13643188-13643338	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0259	0.025	0.0282	0.0242	0.0159	0.0282	0.0333	0.0293	0.0159	0.0314	0.0254	0.0314	0.0519	0.0276	0.0271	0.0276	0.0302
chrX	13643931	13644082	chrX:13643932-13644082	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0303	0.0272	0.0376	0.0259	0.0138	0.0291	0.0359	0.036	0.0138	0.0471	0.037	0.0471	0.0573	0.0444	0.0219	0.0444	0.0375
chrX	13646832	13646983	chrX:13646833-13646983	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0354	0.0295	0.0245	0.0539	0.0085	0.0335	0.0394	0.0386	0.0085	0.0211	0.0225	0.0211	0.0209	0.0283	0.0284	0.0283	0.0438
chrX	13647518	13647669	chrX:13647519-13647669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0414	0.0469	0.043	0.0334	0.0255	0.0534	0.0407	0.0839	0.0255	0.0423	0.0511	0.0423	0.0534	0.0352	0.0393	0.0352	0.0234
chrX	13648529	13648680	chrX:13648530-13648680	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0386	0.0317	0.0514	0.0324	0.0127	0.0476	0.0311	0.0446	0.0127	0.0562	0.0614	0.0562	0.0418	0.0436	0.0413	0.0436	0.0234
chrX	13648739	13649235	chrX:13648740-13649235	FBgn0030520,FBgn0264381	CR43833,Pdcd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1447	0.1289	0.1813	0.1223	0.0721	0.1917	0.1034	0.1932	0.0721	0.2198	0.2248	0.2198	0.1201	0.1271	0.1567	0.1271	0.1131
chrX	13649321	13649528	chrX:13649322-13649528	FBgn0030520,FBgn0264381	CR43833,Pdcd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1692	0.1486	0.1975	0.1611	0.1007	0.1981	0.1471	0.1945	0.1007	0.2246	0.2286	0.2246	0.1751	0.1723	0.1651	0.1723	0.1694
chrX	13649632	13649830	chrX:13649633-13649830	FBgn0030520,FBgn0264381	CR43833,Pdcd4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0511	0.0563	0.051	0.0453	0.0392	0.0704	0.064	0.0686	0.0392	0.0713	0.0598	0.0713	0.0403	0.0551	0.0503	0.0551	0.0526
chrX	13649884	13650035	chrX:13649885-13650035	FBgn0030520	Pdcd4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0449	0.0213	0.0326	0.0318	0.0466	0.0584	0.0566	0.0318	0.0296	0.0228	0.0296	0.0194	0.0406	0.0361	0.0406	0.025
chrX	13650828	13651039	chrX:13650829-13651039	FBgn0020909,FBgn0052625	CG32625,Rtc1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0847	0.0763	0.0968	0.0809	0.0541	0.0874	0.1068	0.07	0.0541	0.1347	0.0994	0.1347	0.0914	0.1087	0.0774	0.1087	0.0995
chrX	13651122	13651287	chrX:13651123-13651287	FBgn0020909,FBgn0052625	CG32625,Rtc1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0809	0.0703	0.0967	0.0755	0.0424	0.0782	0.0882	0.0846	0.0424	0.1322	0.1045	0.1322	0.0868	0.085	0.0774	0.085	0.0928
chrX	13655949	13656112	chrX:13655950-13656112	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.032	0.0173	0.0239	0.0572	0.0064	0.0189	0.0268	0.0193	0.0064	0.0187	0.019	0.0187	0.0434	0.0276	0.0445	0.0276	0.0641
chrX	13656253	13656429	chrX:13656254-13656429	FBgn0003218	rdgB	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.037	0.0197	0.0225	0.0724	0.0053	0.0257	0.0298	0.016	0.0053	0.0145	0.0206	0.0145	0.0364	0.0421	0.0477	0.0421	0.0818
chrX	13656655	13656866	chrX:13656656-13656866	FBgn0003218	rdgB	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0714	0.0487	0.0472	0.1232	0.0414	0.0466	0.0718	0.0493	0.0414	0.0284	0.0466	0.0284	0.0984	0.0812	0.1141	0.0812	0.172
chrX	13657006	13657157	chrX:13657007-13657157	FBgn0003218	rdgB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0288	0.0208	0.0207	0.0467	0.0159	0.0204	0.0307	0.0227	0.0159	0.0151	0.0215	0.0151	0.0356	0.0291	0.0593	0.0291	0.0578
chrX	13657204	13657409	chrX:13657205-13657409	FBgn0003218	rdgB	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0356	0.0277	0.0222	0.0592	0.0255	0.0257	0.0398	0.032	0.0255	0.0187	0.0219	0.0187	0.031	0.0352	0.0664	0.0352	0.0641
chrX	13658089	13658274	chrX:13658090-13658274	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0247	0.0227	0.0187	0.0336	0.0106	0.0199	0.0376	0.024	0.0106	0.0169	0.0241	0.0169	0.0217	0.0299	0.0529	0.0299	0.0313
chrX	13664767	13664952	chrX:13664768-13664952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0299	0.0212	0.0357	0.0333	0.0085	0.0257	0.026	0.0293	0.0085	0.0447	0.0379	0.0447	0.0503	0.0551	0.0206	0.0551	0.0412
chrX	13665032	13665183	chrX:13665033-13665183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0166	0.0131	0.0174	0.0196	0.0053	0.0175	0.0169	0.014	0.0053	0.0254	0.0161	0.0254	0.0201	0.0467	0.0103	0.0467	0.0208
chrX	13665251	13665402	chrX:13665252-13665402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0097	0.0087	0.0103	0.0102	0.0032	0.0107	0.0125	0.0087	0.0032	0.0151	0.0113	0.0151	0.007	0.026	0.0052	0.026	0.0099
chrX	13669342	13669513	chrX:13669343-13669513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0522	0.0715	0.0505	0.0323	0.0562	0.0718	0.096	0.0853	0.0562	0.1008	0.0389	0.1008	0.0349	0.0727	0.0155	0.0727	0.038
chrX	13669619	13669796	chrX:13669620-13669796	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0439	0.0586	0.0443	0.027	0.0265	0.0675	0.0822	0.07	0.0265	0.0785	0.0408	0.0785	0.031	0.0605	0.0155	0.0605	0.0261
chrX	13669904	13670078	chrX:13669905-13670078	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0502	0.0722	0.049	0.0272	0.0361	0.0733	0.1081	0.0839	0.0361	0.0827	0.0469	0.0827	0.0318	0.0521	0.0181	0.0521	0.0182
chrX	13676080	13676300	chrX:13676081-13676300	FBgn0030521,FBgn0030522	CG11103,CtsB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1712	0.1579	0.2028	0.1512	0.0986	0.2097	0.1531	0.2179	0.0986	0.224	0.2151	0.224	0.2301	0.1417	0.1444	0.1417	0.2084
chrX	13676380	13676567	chrX:13676381-13676567	FBgn0030521,FBgn0030522	CG11103,CtsB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1326	0.1145	0.1614	0.1213	0.0689	0.1466	0.1181	0.1612	0.0689	0.1981	0.1585	0.1981	0.1828	0.1225	0.1231	0.1225	0.1428
chrX	13677579	13677819	chrX:13677580-13677819	FBgn0261244	inaE	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0937	0.0553	0.0839	0.1473	0.0329	0.0738	0.0636	0.064	0.0329	0.0882	0.0884	0.0882	0.1053	0.1348	0.1509	0.1348	0.1751
chrX	13678073	13678547	chrX:13678074-13678547	FBgn0261244	inaE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1108	0.0905	0.0997	0.1455	0.0541	0.0854	0.138	0.0986	0.0541	0.0924	0.1219	0.0924	0.0891	0.1332	0.1573	0.1332	0.1292
chrX	13681591	13681754	chrX:13681592-13681754	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0061	0.017	0.0323	0.0021	0.0078	0.0091	0.0053	0.0021	0.0072	0.0074	0.0072	0.0093	0.0077	0.0058	0.0077	0.0099
chrX	13682910	13683102	chrX:13682911-13683102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0143	0.023	0.0448	0.0042	0.0155	0.0229	0.0127	0.0042	0.0133	0.0174	0.0133	0.0147	0.0115	0.0226	0.0115	0.0224
chrX	13683291	13683488	chrX:13683292-13683488	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.0278	0.0491	0.0653	0.0106	0.0325	0.0381	0.0313	0.0106	0.0193	0.0524	0.0193	0.0302	0.0237	0.0651	0.0237	0.0313
chrX	13699198	13699406	chrX:13699199-13699406	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT61458.1	VT61458.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0456	0.0274	0.0323	0.0297	0.0456	0.0701	0.042	0.0297	0.0266	0.0383	0.0266	0.0201	0.0306	0.0542	0.0306	0.038
chrX	13699572	13699846	chrX:13699573-13699846	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT61458.1	VT61458.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.102	0.1135	0.0901	0.1021	0.0912	0.1189	0.1544	0.1219	0.0912	0.0882	0.1125	0.0882	0.1084	0.1547	0.1496	0.1547	0.1037
chrX	13700008	13700175	chrX:13700009-13700175	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT61458.1	VT61458.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0351	0.053	0.0296	0.0212	0.0414	0.049	0.0753	0.0613	0.0414	0.0314	0.0412	0.0314	0.017	0.0291	0.0361	0.0291	0.0229
chrX	13702890	13703041	chrX:13702891-13703041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0148	0.0272	0.0085	0.0079	0.0095	0.0204	0.0532	0.026	0.0095	0.0103	0.0077	0.0103	0.0085	0.0061	0.0097	0.0061	0.0109
chrX	13705296	13705447	chrX:13705297-13705447	FBgn0030528	CG11095	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0353	0.0326	0.0287	0.0201	0.0393	0.0471	0.0446	0.0201	0.029	0.0399	0.029	0.0318	0.0337	0.0309	0.0337	0.0318
chrX	13705570	13705760	chrX:13705571-13705760	FBgn0030528	CG11095	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0956	0.0932	0.108	0.0848	0.052	0.1204	0.0999	0.1279	0.052	0.119	0.1215	0.119	0.11	0.0942	0.0916	0.0942	0.1042
chrX	13705867	13706018	chrX:13705868-13706018	FBgn0030528	CG11095	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0303	0.0452	0.0301	0.0085	0.0379	0.0359	0.0426	0.0085	0.0507	0.0534	0.0507	0.0418	0.0391	0.0303	0.0391	0.0349
chrX	13709222	13709373	chrX:13709223-13709373	distal	distal	none	none	VT61464.1	VT61464.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0164	0.0125	0.0236	0.013	0.0021	0.0126	0.0208	0.0147	0.0021	0.0248	0.0215	0.0248	0.0457	0.0115	0.0142	0.0115	0.0208
chrX	13710769	13710979	chrX:13710770-13710979	distal	distal	none	none	VT61464.1,VT61465.1	VT61464.1,VT61465.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0395	0.0216	0.0191	0.0191	0.0432	0.045	0.062	0.0191	0.0211	0.0235	0.0211	0.0263	0.0168	0.0239	0.0168	0.0266
chrX	13711124	13711323	chrX:13711125-13711323	distal	distal	stage5	stage5	VT61465.1	VT61465.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0336	0.0618	0.0188	0.0182	0.0562	0.0689	0.0627	0.0893	0.0562	0.0193	0.0232	0.0193	0.0201	0.0222	0.0155	0.0222	0.025
chrX	13711703	13711854	chrX:13711704-13711854	distal	distal	none	none	VT61465.1	VT61465.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0197	0.0173	0.0171	0.0252	0.0064	0.0189	0.0225	0.0233	0.0064	0.0199	0.0158	0.0199	0.031	0.0452	0.0103	0.0452	0.0443
chrX	13712011	13712249	chrX:13712012-13712249	distal	distal	none	none	VT61465.1	VT61465.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0253	0.0163	0.022	0.039	0.0064	0.0204	0.0199	0.0213	0.0064	0.0199	0.0206	0.0199	0.0395	0.059	0.02	0.059	0.074
chrX	13713725	13713876	chrX:13713726-13713876	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0133	0.0264	0.0365	0.0042	0.0199	0.0151	0.0147	0.0042	0.0157	0.0399	0.0157	0.031	0.0268	0.0986	0.0268	0.0245
chrX	13714487	13714638	chrX:13714488-13714638	distal	distal	none	none	VT61467.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0298	0.0181	0.0405	0.0312	0.0074	0.0282	0.0221	0.0173	0.0074	0.0332	0.0405	0.0332	0.0775	0.0322	0.0368	0.0322	0.0469
chrX	13715506	13716057	chrX:13715507-13716057	FBgn0030529	Clic	stage11,stage14,stage5	none	VT61467.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1191	0.1259	0.1391	0.0897	0.0806	0.1597	0.1181	0.1919	0.0806	0.1407	0.1563	0.1407	0.1394	0.0888	0.1173	0.0888	0.0938
chrX	13716243	13716455	chrX:13716244-13716455	FBgn0027537,FBgn0030529	CG11092,Clic	stage11,stage14,stage5	none	VT61467.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2137	0.2041	0.2437	0.1916	0.1686	0.2583	0.2042	0.2732	0.1686	0.2929	0.2653	0.2929	0.2401	0.2198	0.1883	0.2198	0.2267
chrX	13716745	13716923	chrX:13716746-13716923	FBgn0027537,FBgn0030529	CG11092,Clic	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1315	0.1225	0.153	0.118	0.0583	0.1558	0.1311	0.1739	0.0583	0.1957	0.1653	0.1957	0.1448	0.1386	0.1161	0.1386	0.1355
chrX	13722096	13722247	chrX:13722097-13722247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0268	0.0272	0.0321	0.0206	0.0095	0.0262	0.0394	0.0373	0.0095	0.0223	0.0441	0.0223	0.0302	0.01	0.0464	0.01	0.0208
chrX	13724040	13724213	chrX:13724041-13724213	FBgn0030530	jub	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0691	0.0491	0.0935	0.0646	0.0339	0.0602	0.0532	0.0686	0.0339	0.1256	0.1058	0.1256	0.0806	0.0789	0.0625	0.0789	0.0709
chrX	13724277	13724447	chrX:13724278-13724447	FBgn0030530	jub	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1139	0.0977	0.1387	0.1047	0.0742	0.1218	0.1099	0.1213	0.0742	0.1787	0.1498	0.1787	0.1418	0.1317	0.0928	0.1317	0.1219
chrX	13734230	13734381	chrX:13734231-13734381	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0068	0.0055	0.0052	0.01	0.0011	0.0073	0.0065	0.0087	0.0011	0.006	0.0058	0.006	0.007	0.026	0.0077	0.026	0.0089
chrX	13736418	13736569	chrX:13736419-13736569	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0132	0.0132	0.015	0.0113	0.0053	0.0165	0.0195	0.014	0.0053	0.0121	0.0132	0.0121	0.0279	0.0092	0.0077	0.0092	0.0162
chrX	13736769	13736925	chrX:13736770-13736925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.0172	0.0187	0.016	0.0053	0.0233	0.0229	0.0193	0.0053	0.0151	0.0103	0.0151	0.0565	0.0145	0.0135	0.0145	0.0266
chrX	13737322	13737473	chrX:13737323-13737473	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0107	0.0098	0.0143	0.0075	0	0.017	0.0121	0.0087	0	0.0036	0.01	0.0036	0.0534	0.0038	0.0064	0.0038	0.0156
chrX	13738567	13738718	chrX:13738568-13738718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.015	0.0177	0.0162	0.0106	0.0085	0.0199	0.0229	0.0233	0.0085	0.0121	0.0154	0.0121	0.0349	0.0092	0.0161	0.0092	0.0141
chrX	13739869	13740058	chrX:13739870-13740058	FBgn0052626	CG32626	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0496	0.0293	0.044	0.0785	0.018	0.032	0.0407	0.0326	0.018	0.0242	0.0463	0.0242	0.0914	0.0781	0.0845	0.0781	0.0995
chrX	13773402	13773555	chrX:13773403-13773555	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0133	0.005	0.0121	0.0241	0.0011	0.0049	0.0087	0.004	0.0011	0.0103	0.0135	0.0103	0.0232	0.0329	0.0342	0.0329	0.0349
chrX	13774314	13774465	chrX:13774315-13774465	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0121	0.0044	0.009	0.0241	0.0021	0.0053	0.0065	0.0033	0.0021	0.0109	0.0087	0.0109	0.017	0.0299	0.0219	0.0299	0.0459
chrX	13783514	13783665	chrX:13783515-13783665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0128	0.0093	0.0074	0.0227	0.0085	0.0058	0.0203	0.0033	0.0085	0.0054	0.0068	0.0054	0.0178	0.01	0.0174	0.01	0.0505
chrX	13783886	13784037	chrX:13783887-13784037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0109	0.0065	0.0061	0.0212	0.0032	0.0034	0.0147	0.004	0.0032	0.0048	0.0061	0.0048	0.0116	0.0061	0.0174	0.0061	0.0474
chrX	13784572	13784838	chrX:13784573-13784838	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0633	0.0206	0.0505	0.1251	0.0074	0.0277	0.0316	0.012	0.0074	0.0248	0.0524	0.0248	0.1092	0.1034	0.1838	0.1034	0.1537
chrX	13785178	13785332	chrX:13785179-13785332	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0222	0.0076	0.016	0.0454	0.0042	0.0097	0.0134	0.004	0.0042	0.0109	0.017	0.0109	0.0341	0.0191	0.0909	0.0191	0.0578
chrX	13800492	13800702	chrX:13800493-13800702	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0346	0.0351	0.036	0.0323	0.0159	0.0398	0.0342	0.0586	0.0159	0.0423	0.0434	0.0423	0.0302	0.0551	0.0335	0.0551	0.0391
chrX	13803525	13803775	chrX:13803526-13803775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0184	0.0214	0.0242	0.0117	0.017	0.0264	0.0247	0.0117	0.0278	0.0215	0.0278	0.0294	0.0436	0.0193	0.0436	0.036
chrX	13805145	13805296	chrX:13805146-13805296	distal	distal	none	none	VT61517.1	VT61517.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0073	0.0041	0.0071	0.0111	0.0011	0.0024	0.0069	0.0067	0.0011	0.0072	0.0116	0.0072	0.0039	0.0031	0.0348	0.0031	0.0057
chrX	13828003	13828228	chrX:13828004-13828228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0185	0.0075	0.0216	0.0274	0.0011	0.0073	0.0138	0.0067	0.0011	0.0169	0.0238	0.0169	0.0387	0.0291	0.0529	0.0291	0.0334
chrX	13848474	13848669	chrX:13848475-13848669	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0262	0.0398	0.0334	0.0191	0.0282	0.032	0.0293	0.0191	0.0332	0.0341	0.0332	0.0132	0.0123	0.0155	0.0123	0.0151
chrX	13880592	13880799	chrX:13880593-13880799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0535	0.034	0.0397	0.0905	0.0233	0.034	0.0415	0.0473	0.0233	0.0356	0.0399	0.0356	0.0798	0.1279	0.0999	0.1279	0.1412
chrX	13883117	13883274	chrX:13883118-13883274	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0181	0.0329	0.0132	0.0068	0.0223	0.0209	0.0428	0.0613	0.0223	0.0127	0.0158	0.0127	0.0062	0.0123	0.0071	0.0123	0.0031
chrX	13884773	13884924	chrX:13884774-13884924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0159	0.0307	0.0114	0.0045	0.0233	0.0131	0.0441	0.0586	0.0233	0.0036	0.0096	0.0036	0.0039	8e-04	0.0026	8e-04	0.0021
chrX	13888924	13889235	chrX:13888925-13889235	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2626	0.2484	0.317	0.2188	0.21	0.2942	0.2561	0.3258	0.21	0.4136	0.3486	0.4136	0.3207	0.2802	0.236	0.2802	0.283
chrX	13889998	13890167	chrX:13889999-13890167	FBgn0000173	ben	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1341	0.1082	0.1772	0.1157	0.0615	0.1461	0.1133	0.1339	0.0615	0.2228	0.1868	0.2228	0.1751	0.1332	0.1186	0.1332	0.1371
chrX	13890294	13890459	chrX:13890295-13890459	FBgn0000173	ben	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1483	0.1062	0.1909	0.1487	0.0626	0.1515	0.0895	0.1532	0.0626	0.2458	0.1977	0.2458	0.1813	0.1654	0.1476	0.1654	0.1641
chrX	13890590	13890768	chrX:13890591-13890768	FBgn0000173	ben	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0487	0.0989	0.0822	0.0212	0.0699	0.0355	0.0813	0.0212	0.1329	0.099	0.1329	0.093	0.098	0.0787	0.098	0.0896
chrX	13890863	13891035	chrX:13890864-13891035	FBgn0000173	ben	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0804	0.0618	0.0984	0.0815	0.0255	0.085	0.0549	0.0953	0.0255	0.1389	0.1029	0.1389	0.0891	0.0949	0.0928	0.0949	0.0829
chrX	13908734	13908943	chrX:13908735-13908943	FBgn0011952,FBgn0011975	tRNA:R:12Ee,tRNA:S4:12Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1172	0.1353	0.1316	0.0812	0.1251	0.1325	0.1626	0.1752	0.1251	0.1793	0.1328	0.1793	0.1371	0.1126	0.0729	0.1126	0.1193
chrX	13908987	13909179	chrX:13908988-13909179	FBgn0011952,FBgn0011975,FBgn0011976	tRNA:R:12Ee,tRNA:S4:12Ea,tRNA:S4:12Eb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.104	0.1214	0.11	0.078	0.1241	0.1311	0.1358	0.1512	0.1241	0.1546	0.1122	0.1546	0.1263	0.121	0.0645	0.121	0.1183
chrX	13909378	13909562	chrX:13909379-13909562	FBgn0011975,FBgn0011976	tRNA:S4:12Ea,tRNA:S4:12Eb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.1077	0.0877	0.0589	0.1071	0.1238	0.125	0.1206	0.1071	0.1159	0.1013	0.1159	0.0891	0.0949	0.0548	0.0949	0.0881
chrX	13913615	13913766	chrX:13913616-13913766	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0156	0.0309	0.0093	0.0054	0.0286	0.0248	0.0333	0.056	0.0286	0.0097	0.0106	0.0097	0.007	0	0.0013	0	0.0031
chrX	13919146	13919318	chrX:13919147-13919318	FBgn0011980,FBgn0011982	tRNA:S774:12Ec,tRNA:S7:12Ed	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0515	0.0663	0.0509	0.0358	0.0573	0.0718	0.0783	0.0846	0.0573	0.0725	0.0559	0.0725	0.0511	0.0681	0.0297	0.0681	0.0552
chrX	13919472	13919746	chrX:13919473-13919746	FBgn0011980,FBgn0011982	tRNA:S774:12Ec,tRNA:S7:12Ed	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0764	0.1007	0.0725	0.0536	0.1103	0.1024	0.1254	0.1133	0.1103	0.1081	0.0653	0.1081	0.0999	0.0926	0.0438	0.0926	0.0902
chrX	13923636	13923810	chrX:13923637-13923810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0307	0.0464	0.0344	0.0091	0.0233	0.0471	0.0575	0.0673	0.0233	0.0399	0.0505	0.0399	0.0155	0.0123	0.011	0.0123	0.0083
chrX	13924006	13924162	chrX:13924007-13924162	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0255	0.0404	0.0268	0.0074	0.017	0.0422	0.048	0.0633	0.017	0.032	0.0399	0.032	0.0101	0.0092	0.0129	0.0092	0.0036
chrX	13931820	13932051	chrX:13931821-13932051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0704	0.1171	0.0628	0.0266	0.0817	0.1136	0.1272	0.1965	0.0817	0.0501	0.0682	0.0501	0.0395	0.0176	0.0245	0.0176	0.0203
chrX	13932209	13932450	chrX:13932210-13932450	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1063	0.1173	0.1204	0.0785	0.088	0.134	0.1332	0.1592	0.088	0.1504	0.1228	0.1504	0.103	0.0781	0.0716	0.0781	0.0839
chrX	13937486	13937702	chrX:13937487-13937702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0315	0.0446	0.0326	0.0157	0.0201	0.0325	0.0471	0.0999	0.0201	0.0127	0.0421	0.0127	0.0054	0.0046	0.0052	0.0046	0.0047
chrX	13976821	13977057	chrX:13976822-13977057	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0181	0.0291	0.0597	0.0064	0.0214	0.0173	0.032	0.0064	0.0211	0.0286	0.0211	0.0666	0.0658	0.0716	0.0658	0.1063
chrX	13977726	13977921	chrX:13977727-13977921	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.014	0.0064	0.0102	0.0267	0.0042	0.0049	0.0091	0.0087	0.0042	0.0054	0.008	0.0054	0.0271	0.0329	0.0342	0.0329	0.0417
chrX	13996137	13996308	chrX:13996138-13996308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0134	0.0145	0.0124	0.0132	0.0032	0.0121	0.0255	0.018	0.0032	0.0121	0.0064	0.0121	0.007	0.0084	0.0052	0.0084	0.0078
chrX	13996812	13996963	chrX:13996813-13996963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0172	0.0183	0.0176	0.0153	0.0064	0.0218	0.0229	0.0247	0.0064	0.0193	0.017	0.0193	0.0225	0.026	0.0123	0.026	0.0151
chrX	13997351	13997538	chrX:13997352-13997538	FBgn0011953,FBgn0011977	tRNA:R:12Ef,tRNA:S4:12Ee	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0913	0.1287	0.0898	0.051	0.1251	0.135	0.1315	0.1885	0.1251	0.125	0.0884	0.125	0.0991	0.0658	0.0368	0.0658	0.0849
chrX	13997703	13997910	chrX:13997704-13997910	FBgn0011953,FBgn0011977	tRNA:R:12Ef,tRNA:S4:12Ee	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.1225	0.0966	0.0462	0.1082	0.135	0.1224	0.1819	0.1082	0.1244	0.1055	0.1244	0.0883	0.0582	0.0361	0.0582	0.0599
chrX	13997943	13998110	chrX:13997944-13998110	FBgn0011953,FBgn0011977	tRNA:R:12Ef,tRNA:S4:12Ee	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.04	0.049	0.0372	0.0223	0.0481	0.0342	0.0673	0.0223	0.0598	0.0537	0.0598	0.0457	0.0352	0.0387	0.0352	0.0516
chrX	13998329	13998507	chrX:13998330-13998507	FBgn0011981	tRNA:S774:12Ef	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0394	0.0471	0.035	0.0233	0.0471	0.0402	0.062	0.0233	0.0628	0.0553	0.0628	0.0449	0.0544	0.0284	0.0544	0.05
chrX	13998611	13998779	chrX:13998612-13998779	FBgn0011981	tRNA:S774:12Ef	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0451	0.0541	0.0482	0.0318	0.0361	0.0597	0.0528	0.0873	0.0361	0.0658	0.0531	0.0658	0.0589	0.0658	0.0226	0.0658	0.0464
chrX	14011242	14011451	chrX:14011243-14011451	FBgn0011983	tRNA:S7:12Eg	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0379	0.0594	0.0292	0.0234	0.0562	0.0597	0.0653	0.0826	0.0562	0.038	0.0273	0.038	0.048	0.0551	0.0148	0.0551	0.0276
chrX	14011651	14011897	chrX:14011652-14011897	FBgn0011983	tRNA:S7:12Eg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0795	0.1152	0.0651	0.0554	0.1177	0.1136	0.1263	0.1666	0.1177	0.0924	0.0537	0.0924	0.1077	0.1409	0.0342	0.1409	0.0646
chrX	14012075	14012226	chrX:14012076-14012226	FBgn0011983	tRNA:S7:12Eg	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0122	0.0102	0.0085	0.0184	0.0064	0.0107	0.0143	0.0127	0.0064	0.0109	0.0077	0.0109	0.0163	0.0498	0.0084	0.0498	0.0198
chrX	14032782	14032933	chrX:14032783-14032933	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.005	0.0072	0.0097	0.0021	0.0053	0.0087	0.0033	0.0021	0.0127	0.0064	0.0127	0.0046	0.0077	0.0026	0.0077	0.0016
chrX	14040811	14041026	chrX:14040812-14041026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0285	0.0108	0.0131	0.018	0.0218	0.0471	0.0313	0.018	0.0097	0.0113	0.0097	0.0054	0.0023	0.0064	0.0023	0.0068
chrX	14068629	14068780	chrX:14068630-14068780	FBgn0030539	CG1368	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0071	0.0055	0.0072	0.0088	0.0032	0.0044	0.0082	0.008	0.0032	0.0085	0.0093	0.0085	0.0077	0.0015	0.0348	0.0015	0.0021
chrX	14094106	14094291	chrX:14094107-14094291	FBgn0030545	CG11590	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.0973	0.1138	0.0858	0.0615	0.1078	0.1228	0.1199	0.0615	0.1371	0.1302	0.1371	0.096	0.0812	0.0883	0.0812	0.11
chrX	14094348	14094526	chrX:14094349-14094526	FBgn0030545	CG11590	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0558	0.047	0.0656	0.055	0.0191	0.0592	0.0545	0.064	0.0191	0.0809	0.0791	0.0809	0.0558	0.0544	0.0651	0.0544	0.0662
chrX	14094615	14094793	chrX:14094616-14094793	FBgn0030545	CG11590	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.039	0.0297	0.0462	0.0415	0.0095	0.0345	0.0411	0.036	0.0095	0.0616	0.0521	0.0616	0.0403	0.0383	0.0471	0.0383	0.0516
chrX	14095300	14095476	chrX:14095301-14095476	FBgn0026713	l(1)G0007	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.06	0.0553	0.0697	0.0547	0.0371	0.0714	0.058	0.072	0.0371	0.0888	0.0768	0.0888	0.0728	0.0574	0.0561	0.0574	0.0604
chrX	14102612	14102852	chrX:14102613-14102852	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1022	0.0722	0.1049	0.1327	0.0329	0.0971	0.0822	0.0913	0.0329	0.1298	0.0987	0.1298	0.1441	0.1279	0.1509	0.1279	0.1699
chrX	14103048	14103258	chrX:14103049-14103258	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.076	0.0285	0.0709	0.1345	0.0117	0.0442	0.029	0.034	0.0117	0.0598	0.0569	0.0598	0.1588	0.1279	0.1431	0.1279	0.1657
chrX	14105462	14105649	chrX:14105463-14105649	FBgn0040153	l(1)G0469	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1449	0.1153	0.1754	0.1447	0.0764	0.1563	0.1168	0.1452	0.0764	0.2186	0.1936	0.2186	0.2037	0.16	0.1683	0.16	0.1793
chrX	14105785	14105947	chrX:14105786-14105947	FBgn0040153	l(1)G0469	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0443	0.0395	0.0582	0.0344	0.0223	0.0524	0.045	0.0473	0.0223	0.0876	0.0601	0.0876	0.0496	0.0375	0.0419	0.0375	0.0433
chrX	14106236	14106442	chrX:14106237-14106442	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0809	0.1292	0.1012	0.035	0.1146	0.0779	0.1119	0.035	0.163	0.1434	0.163	0.117	0.1064	0.1186	0.1064	0.1245
chrX	14107546	14107697	chrX:14107547-14107697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0318	0.0298	0.0323	0.0212	0.0364	0.0407	0.04	0.0212	0.0332	0.0283	0.0332	0.0341	0.0145	0.0355	0.0145	0.0427
chrX	14107847	14108047	chrX:14107848-14108047	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0367	0.0171	0.0321	0.0636	0.0053	0.0262	0.0173	0.022	0.0053	0.0187	0.0315	0.0187	0.0674	0.0214	0.0729	0.0214	0.0954
chrX	14109946	14110097	chrX:14109947-14110097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0189	0.0156	0.0222	0.0191	0.0064	0.0228	0.0212	0.0133	0.0064	0.0199	0.017	0.0199	0.0534	0.0176	0.0123	0.0176	0.0401
chrX	14110721	14110872	chrX:14110722-14110872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0247	0.0209	0.0256	0.028	0.0148	0.0252	0.0255	0.024	0.0148	0.0236	0.0228	0.0236	0.0403	0.0123	0.0193	0.0123	0.0323
chrX	14112747	14112920	chrX:14112748-14112920	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0351	0.0451	0.0284	0.0313	0.0318	0.0311	0.0627	0.07	0.0318	0.0205	0.0225	0.0205	0.0209	0.0214	0.0213	0.0214	0.0208
chrX	14115417	14115739	chrX:14115418-14115739	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0992	0.1235	0.0929	0.0788	0.0838	0.132	0.173	0.1319	0.0838	0.0924	0.0743	0.0924	0.0906	0.0368	0.0619	0.0368	0.0803
chrX	14115781	14115979	chrX:14115782-14115979	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0444	0.0499	0.0384	0.0276	0.0553	0.0519	0.0546	0.0276	0.0562	0.0431	0.0562	0.0387	0.0168	0.0309	0.0168	0.0287
chrX	14116089	14116368	chrX:14116090-14116368	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1147	0.1346	0.128	0.078	0.0817	0.1626	0.1587	0.1659	0.0817	0.1781	0.1151	0.1781	0.0821	0.0436	0.0703	0.0436	0.0542
chrX	14120218	14120417	chrX:14120219-14120417	FBgn0030551,FBgn0030552	CG11674,mRpL38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0603	0.0518	0.068	0.0614	0.0201	0.068	0.0532	0.074	0.0201	0.0839	0.0736	0.0839	0.0775	0.0666	0.0606	0.0666	0.0886
chrX	14120659	14120810	chrX:14120660-14120810	FBgn0030552	mRpL38	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0171	0.0254	0.0203	0.0064	0.0194	0.0251	0.0173	0.0064	0.0236	0.0289	0.0236	0.0302	0.0237	0.0187	0.0237	0.0281
chrX	14121492	14121643	chrX:14121493-14121643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0191	0.0165	0.0239	0.0169	0.0117	0.0204	0.0199	0.016	0.0117	0.0229	0.0264	0.0229	0.031	0.0123	0.0161	0.0123	0.0292
chrX	14126511	14126670	chrX:14126512-14126670	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0322	0.0377	0.029	0.0106	0.0466	0.029	0.0466	0.0106	0.0368	0.0402	0.0368	0.0527	0.0299	0.0264	0.0299	0.0443
chrX	14127743	14127969	chrX:14127744-14127969	FBgn0259166	CG42271	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0684	0.0497	0.0956	0.0593	0.0233	0.0684	0.0476	0.074	0.0233	0.1105	0.1084	0.1105	0.0984	0.0513	0.0567	0.0513	0.0683
chrX	14127989	14128167	chrX:14127990-14128167	FBgn0259166	CG42271	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0754	0.052	0.1011	0.0732	0.0276	0.0631	0.0627	0.0693	0.0276	0.1208	0.1087	0.1208	0.1069	0.0727	0.0741	0.0727	0.0943
chrX	14128214	14128407	chrX:14128215-14128407	FBgn0259166	CG42271	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0593	0.098	0.062	0.0424	0.066	0.0718	0.0759	0.0424	0.1202	0.1113	0.1202	0.0837	0.0681	0.0645	0.0681	0.0761
chrX	14128574	14128807	chrX:14128575-14128807	FBgn0259166	CG42271	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0425	0.0567	0.0298	0.0233	0.049	0.0497	0.0586	0.0233	0.0676	0.0598	0.0676	0.0658	0.0276	0.0335	0.0276	0.037
chrX	14131910	14132105	chrX:14131911-14132105	FBgn0030554,FBgn0030555	CG1434,Fbxl4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.095	0.0912	0.109	0.0837	0.0573	0.1141	0.1029	0.1173	0.0573	0.1528	0.1151	0.1528	0.0953	0.0881	0.0838	0.0881	0.1021
chrX	14132234	14132421	chrX:14132235-14132421	FBgn0030554,FBgn0030555	CG1434,Fbxl4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0963	0.0697	0.1232	0.0965	0.052	0.0995	0.0692	0.0859	0.052	0.16	0.1376	0.16	0.1185	0.111	0.1019	0.111	0.1199
chrX	14136540	14136989	chrX:14136541-14136989	FBgn0030556	mRNA-cap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0976	0.0931	0.099	0.101	0.053	0.1146	0.1034	0.1233	0.053	0.1347	0.1048	0.1347	0.1015	0.1141	0.1006	0.1141	0.1261
chrX	14137086	14137270	chrX:14137087-14137270	FBgn0030556,FBgn0260482	CG32599,mRNA-cap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0658	0.0505	0.0702	0.0414	0.0738	0.0804	0.0853	0.0414	0.0713	0.0537	0.0713	0.0488	0.0812	0.0735	0.0812	0.0813
chrX	14140979	14141130	chrX:14140980-14141130	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.046	0.0435	0.0283	0.0339	0.0451	0.0649	0.0486	0.0339	0.0507	0.0431	0.0507	0.0511	0.0283	0.0387	0.0283	0.0349
chrX	14141192	14141371	chrX:14141193-14141371	FBgn0002873	mud	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0771	0.0796	0.0901	0.0599	0.0445	0.0893	0.1047	0.0999	0.0445	0.1069	0.0961	0.1069	0.0906	0.0605	0.0703	0.0605	0.0657
chrX	14141577	14141855	chrX:14141578-14141855	FBgn0002873	mud	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1603	0.1868	0.1846	0.104	0.1718	0.1752	0.2556	0.2105	0.1718	0.2367	0.2026	0.2367	0.1572	0.111	0.1154	0.111	0.1282
chrX	14142001	14142205	chrX:14142002-14142205	FBgn0002873	mud	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.0996	0.0708	0.0318	0.1103	0.0762	0.154	0.1019	0.1103	0.09	0.0765	0.09	0.0589	0.0276	0.0309	0.0276	0.0391
chrX	14142704	14142915	chrX:14142705-14142915	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0796	0.0308	0.0103	0.07	0.0437	0.1527	0.0726	0.07	0.0326	0.0383	0.0326	0.0209	0.0123	0.009	0.0123	0.0115
chrX	14143295	14143518	chrX:14143296-14143518	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.1307	0.0292	0.0114	0.1644	0.0447	0.2755	0.0873	0.1644	0.0314	0.0328	0.0314	0.0256	0.0069	0.011	0.0069	0.0177
chrX	14149420	14149571	chrX:14149421-14149571	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.058	0.019	0.0072	0.0604	0.0243	0.1198	0.0386	0.0604	0.0175	0.0232	0.0175	0.0178	0.0054	0.0064	0.0054	0.0089
chrX	14149789	14149940	chrX:14149790-14149940	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0618	0.0178	0.0086	0.0657	0.0277	0.1276	0.042	0.0657	0.0139	0.0244	0.0139	0.0124	0.0061	0.009	0.0061	0.0135
chrX	14150142	14150404	chrX:14150143-14150404	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.069	0.0198	0.0104	0.07	0.0408	0.1319	0.0526	0.07	0.0187	0.0264	0.0187	0.0116	0.0084	0.0123	0.0084	0.0162
chrX	14150453	14150604	chrX:14150454-14150604	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0456	0.0151	0.0084	0.0445	0.0238	0.0848	0.0433	0.0445	0.0139	0.019	0.0139	0.0163	0.0054	0.0103	0.0054	0.0135
chrX	14150638	14150789	chrX:14150639-14150789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0434	0.0143	0.007	0.0414	0.0257	0.0796	0.04	0.0414	0.0115	0.0193	0.0115	0.0147	0.0046	0.011	0.0046	0.0083
chrX	14150941	14151139	chrX:14150942-14151139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0295	0.0555	0.0239	0.0068	0.0498	0.0393	0.1025	0.04	0.0498	0.0199	0.0322	0.0199	0.0155	0.0077	0.0077	0.0077	0.0089
chrX	14151956	14152107	chrX:14151957-14152107	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0243	0.0462	0.0179	0.0067	0.0509	0.0257	0.09	0.0353	0.0509	0.0199	0.0241	0.0199	0.0101	0.0084	0.0064	0.0084	0.0083
chrX	14152818	14152969	chrX:14152819-14152969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0217	0.0421	0.014	0.0072	0.0498	0.0214	0.0796	0.0326	0.0498	0.0103	0.019	0.0103	0.0155	0.0038	0.0155	0.0038	0.0073
chrX	14160242	14160427	chrX:14160243-14160427	FBgn0002917,FBgn0030559	CG13404,na	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0141	0.0208	0.0376	0.0032	0.015	0.0242	0.012	0.0032	0.0103	0.0196	0.0103	0.0147	0.0115	0.0071	0.0115	0.0188
chrX	14160573	14160724	chrX:14160574-14160724	FBgn0002917,FBgn0030559	CG13404,na	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0108	0.0173	0.0182	0.0032	0.0136	0.0173	0.0073	0.0032	0.0115	0.0164	0.0115	0.0093	0.0077	0.0064	0.0077	0.0057
chrX	14160843	14160997	chrX:14160844-14160997	FBgn0002917	na	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0259	0.0176	0.0291	0.0318	0.0053	0.0204	0.0255	0.0173	0.0053	0.0278	0.0225	0.0278	0.0163	0.01	0.0077	0.01	0.0109
chrX	14183417	14183568	chrX:14183418-14183568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0118	0.0091	0.0129	0.0136	0.0064	0.0068	0.0151	0.0113	0.0064	0.0121	0.0222	0.0121	0.0031	0.0054	0.0406	0.0054	0.0063
chrX	14183882	14184033	chrX:14183883-14184033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.013	0.0096	0.0166	0.0128	0.0042	0.0107	0.0169	0.0067	0.0042	0.0121	0.0251	0.0121	0.0116	0.0023	0.04	0.0023	0.0083
chrX	14215156	14215307	chrX:14215157-14215307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0133	0.0104	0.0139	0.0095	0.0141	0.0225	0.008	0.0095	0.0145	0.0093	0.0145	0.0077	0.0084	0.0039	0.0084	0.012
chrX	14215441	14215592	chrX:14215442-14215592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.009	0.0097	0.0077	0.0096	0.0085	0.0083	0.0195	0.0047	0.0085	0.0109	0.0051	0.0109	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0068
chrX	14215878	14216029	chrX:14215879-14216029	FBgn0052600	dpr8	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0228	0.0142	0.0169	0.039	0.0074	0.0121	0.0298	0.0067	0.0074	0.0199	0.0138	0.0199	0.0101	0.0199	0.0084	0.0199	0.0151
chrX	14216035	14216223	chrX:14216036-14216223	FBgn0052600	dpr8	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0302	0.0236	0.0169	0.0524	0.0127	0.017	0.051	0.0113	0.0127	0.0163	0.0116	0.0163	0.0194	0.0237	0.0116	0.0237	0.024
chrX	14226288	14226439	chrX:14226289-14226439	distal	distal	none	none	VT61709.1	VT61709.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0057	0.0033	0.0084	0.0021	0.0053	0.0108	0.0047	0.0021	0.0036	0.0042	0.0036	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.0031
chrX	14291273	14291424	chrX:14291274-14291424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0113	0.0226	0.0082	0.0022	0.0127	0.0155	0.0394	0.024	0.0127	0.0157	0.009	0.0157	0.0015	0.0038	0.0032	0.0038	5e-04
chrX	14340749	14340908	chrX:14340750-14340908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0167	0.0121	0.0298	0.0074	0.0064	0.0087	0.0212	0.0153	0.0064	0.0501	0.0277	0.0501	0.0163	0.0084	0.0032	0.0084	0.0031
chrX	14375268	14375419	chrX:14375269-14375419	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0069	0.0032	0.0082	0.0095	0.0021	0.0039	0.0039	0.002	0.0021	0.0072	0.0116	0.0072	0.007	0.0031	0.0309	0.0031	0.0057
chrX	14377566	14377736	chrX:14377567-14377736	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0157	0.0362	0.0333	0.0106	0.0165	0.0242	0.014	0.0106	0.0223	0.0614	0.0223	0.0356	0.0153	0.0967	0.0153	0.0276
chrX	14377990	14378141	chrX:14377991-14378141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0097	0.0169	0.0206	0.0042	0.0083	0.016	0.01	0.0042	0.0187	0.0222	0.0187	0.0201	0.0107	0.0574	0.0107	0.0172
chrX	14388013	14388164	chrX:14388014-14388164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0135	0.007	0.0142	0.0199	0.0074	0.0058	0.0138	0.002	0.0074	0.0097	0.0232	0.0097	0.0155	0.0138	0.0632	0.0138	0.0094
chrX	14417995	14418146	chrX:14417996-14418146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0066	0.0047	0.0077	0.0011	0.0029	0.0134	0.0087	0.0011	0.0072	0.0042	0.0072	0.0046	0	0.0032	0	0.0016
chrX	14474488	14474675	chrX:14474489-14474675	FBgn0030571	CG14414	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.1103	0.1546	0.1042	0.053	0.1456	0.1211	0.1466	0.053	0.1957	0.1675	0.1957	0.1441	0.1095	0.1109	0.1095	0.1298
chrX	14474780	14475205	chrX:14474781-14475205	FBgn0030571	CG14414	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0883	0.0779	0.1146	0.0712	0.0361	0.0995	0.0913	0.0946	0.0361	0.1359	0.1325	0.1359	0.1007	0.0881	0.0696	0.0881	0.0855
chrX	14476445	14476659	chrX:14476446-14476659	FBgn0030572	mRpS25	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0552	0.0545	0.0697	0.0401	0.0286	0.0646	0.0657	0.0706	0.0286	0.0888	0.0743	0.0888	0.0612	0.0513	0.029	0.0513	0.0537
chrX	14476706	14476894	chrX:14476707-14476894	FBgn0030572	mRpS25	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0659	0.0626	0.0815	0.0525	0.0445	0.0767	0.0722	0.0759	0.0445	0.096	0.09	0.096	0.0852	0.0613	0.049	0.0613	0.0599
chrX	14476954	14477125	chrX:14476955-14477125	FBgn0030572	mRpS25	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1112	0.0927	0.1329	0.1079	0.0562	0.1121	0.1086	0.1193	0.0562	0.151	0.1498	0.151	0.1549	0.1271	0.1128	0.1271	0.1256
chrX	14477221	14477465	chrX:14477222-14477465	FBgn0030572,FBgn0030573	mRpS25,nmdyn-D6	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0839	0.0703	0.0964	0.0854	0.0583	0.0854	0.0748	0.0899	0.0583	0.1165	0.1058	0.1165	0.1038	0.0988	0.0877	0.0988	0.1053
chrX	14477534	14477768	chrX:14477535-14477768	FBgn0030573	nmdyn-D6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0776	0.0646	0.085	0.0841	0.0361	0.0777	0.0666	0.0959	0.0361	0.1069	0.0932	0.1069	0.0945	0.0957	0.0845	0.0957	0.1021
chrX	14482953	14483151	chrX:14482954-14483151	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0155	0.0112	0.0076	0.029	0.0053	0.0141	0.0173	0.008	0.0053	0.0066	0.008	0.0066	0.0093	0.0322	0.0303	0.0322	0.0276
chrX	14483536	14483687	chrX:14483537-14483687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0107	0.0091	0.0066	0.017	0.0064	0.0073	0.016	0.01	0.0064	0.0072	0.008	0.0072	0.0077	0.0352	0.0116	0.0352	0.0115
chrX	14484024	14484175	chrX:14484025-14484175	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0067	0.0057	0.0041	0.0107	0.0011	0.0053	0.0091	0.008	0.0011	0.0048	0.0045	0.0048	0.0023	0.026	0.0071	0.026	0.0047
chrX	14485574	14485725	chrX:14485575-14485725	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.0089	0.0045	0.0055	0.0177	0	0.0058	0.0056	0.0053	0	0.003	0.0035	0.003	0.0132	0.0245	0.0077	0.0245	0.0109
chrX	14493589	14493740	chrX:14493590-14493740	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0044	0.0039	0.017	0.0011	0.0034	0.0074	0.004	0.0011	0.0054	0.0026	0.0054	0.0031	0.0031	0	0.0031	0.0042
chrX	14496067	14496237	chrX:14496068-14496237	FBgn0030574	CG9413	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.027	0.0186	0.0179	0.0464	0.0117	0.0209	0.0285	0.0173	0.0117	0.0169	0.0183	0.0169	0.0201	0.0337	0.0226	0.0337	0.0438
chrX	14496582	14496836	chrX:14496583-14496836	FBgn0030574	CG9413	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0751	0.0597	0.0637	0.1047	0.0467	0.0641	0.0848	0.0613	0.0467	0.0737	0.0614	0.0737	0.0914	0.1187	0.0806	0.1187	0.1225
chrX	14497385	14497575	chrX:14497386-14497575	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0544	0.0487	0.0547	0.0603	0.0467	0.0617	0.0549	0.0506	0.0467	0.0598	0.0627	0.0598	0.0635	0.0712	0.0619	0.0712	0.0703
chrX	14497639	14497820	chrX:14497640-14497820	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.1004	0.1242	0.1141	0.0806	0.1282	0.1163	0.1059	0.0806	0.1461	0.1379	0.1461	0.1387	0.1371	0.1212	0.1371	0.1339
chrX	14497894	14498095	chrX:14497895-14498095	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.107	0.0995	0.1193	0.1021	0.0848	0.1083	0.1276	0.1126	0.0848	0.1425	0.1257	0.1425	0.1348	0.134	0.1019	0.134	0.1172
chrX	14498459	14498610	chrX:14498460-14498610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0288	0.0176	0.0092	0.0265	0.0209	0.0471	0.03	0.0265	0.0254	0.0186	0.0254	0.0101	0.0138	0.009	0.0138	0.0078
chrX	14507176	14507327	chrX:14507177-14507327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade5	0.0101	0.0155	0.0093	0.005	0.0233	0.0136	0.0203	0.0127	0.0233	0.0079	0.0103	0.0079	0.007	0.0038	0.0084	0.0038	0.0052
chrX	14510585	14510736	chrX:14510586-14510736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0093	0.006	0.0089	0.0064	0.0097	0.0121	0.0087	0.0064	0.0048	0.0064	0.0048	0.0039	0.0038	6e-04	0.0038	0.0026
chrX	14510864	14511015	chrX:14510865-14511015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0098	0.0075	0.0124	0.0053	0.0121	0.0117	0.01	0.0053	0.0072	0.0058	0.0072	0.0039	0.0084	0.0019	0.0084	0.0026
chrX	14516582	14516733	chrX:14516583-14516733	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0128	0.0151	0.0171	0.0106	0.015	0.0138	0.016	0.0106	0.0109	0.0225	0.0109	0.017	0.0092	0.0393	0.0092	0.0172
chrX	14516836	14516987	chrX:14516837-14516987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.015	0.015	0.0173	0.0138	0.0209	0.0173	0.014	0.0138	0.0091	0.0257	0.0091	0.0077	0.0061	0.0471	0.0061	0.0125
chrX	14520175	14520326	chrX:14520176-14520326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0139	0.0091	0.0202	0.0125	0.0074	0.0107	0.0095	0.0127	0.0074	0.0254	0.0289	0.0254	0.0054	0.0314	0.0187	0.0314	0.0042
chrX	14520525	14520688	chrX:14520526-14520688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0257	0.0177	0.0308	0.0291	0.0159	0.0204	0.0238	0.0187	0.0159	0.0435	0.0421	0.0435	0.0101	0.0842	0.0355	0.0842	0.0162
chrX	14521151	14521515	chrX:14521152-14521515	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1272	0.1499	0.1475	0.0797	0.1495	0.1437	0.1561	0.2372	0.1495	0.157	0.2383	0.157	0.0581	0.1355	0.1638	0.1355	0.0521
chrX	14521685	14521911	chrX:14521686-14521911	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0607	0.056	0.0789	0.046	0.0382	0.067	0.0554	0.0866	0.0382	0.1002	0.1193	0.1002	0.031	0.0628	0.0741	0.0628	0.0542
chrX	14522243	14522412	chrX:14522244-14522412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0245	0.0181	0.0315	0.024	0.0138	0.0223	0.0182	0.024	0.0138	0.0393	0.0447	0.0393	0.0186	0.0368	0.0335	0.0368	0.0297
chrX	14522928	14523233	chrX:14522929-14523233	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0453	0.088	0.0357	0.0082	0.0329	0.083	0.0727	0.1972	0.0329	0.0236	0.0482	0.0236	0.0132	0.0123	0.0077	0.0123	0.0063
chrX	14523374	14523538	chrX:14523375-14523538	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.033	0.0556	0.0334	0.0072	0.0212	0.0549	0.0437	0.1266	0.0212	0.0205	0.0318	0.0205	0.007	0.0145	0.0058	0.0145	0.0057
chrX	14523769	14523940	chrX:14523770-14523940	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0406	0.0798	0.0322	0.0061	0.0732	0.0689	0.1003	0.1166	0.0732	0.0157	0.0322	0.0157	0.0085	0.0077	0.0052	0.0077	0.0052
chrX	14524016	14524203	chrX:14524017-14524203	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.1074	0.0431	0.0095	0.1135	0.0723	0.1488	0.1512	0.1135	0.0199	0.0614	0.0199	0.0116	0.0038	0.0129	0.0038	0.0083
chrX	14524544	14524718	chrX:14524545-14524718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0406	0.0675	0.0415	0.0095	0.0647	0.0451	0.0939	0.0993	0.0647	0.0272	0.0749	0.0272	0.0046	0.0145	0.0161	0.0145	0.0057
chrX	14524800	14524951	chrX:14524801-14524951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0249	0.0406	0.0244	0.0079	0.035	0.0277	0.0571	0.0606	0.035	0.0205	0.0402	0.0205	0.0046	0.0084	0.0129	0.0084	0.0047
chrX	14526802	14526953	chrX:14526803-14526953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0153	0.0147	0.0152	0.016	0.0117	0.0175	0.0182	0.016	0.0117	0.0284	0.0164	0.0284	0.0085	0.0253	0.0181	0.0253	0.0188
chrX	14527188	14527339	chrX:14527189-14527339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0136	0.0121	0.0175	0.0138	0.0121	0.0186	0.0173	0.0138	0.0127	0.0148	0.0127	0.0132	0.0145	0.0103	0.0145	0.037
chrX	14527388	14527539	chrX:14527389-14527539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0154	0.0136	0.0119	0.0212	0.0117	0.0175	0.0173	0.0133	0.0117	0.0115	0.0164	0.0115	0.0132	0.0138	0.0142	0.0138	0.0495
chrX	14528671	14528822	chrX:14528672-14528822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0132	0.0171	0.0171	0.0138	0.0146	0.0169	0.014	0.0138	0.0091	0.0289	0.0091	0.0108	0.0077	0.0484	0.0077	0.013
chrX	14529041	14529194	chrX:14529042-14529194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0128	0.0184	0.0175	0.0106	0.0136	0.0203	0.0087	0.0106	0.0054	0.0367	0.0054	0.0031	0.0038	0.0561	0.0038	0.0068
chrX	14529444	14529742	chrX:14529445-14529742	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0307	0.0312	0.0373	0.023	0.017	0.035	0.045	0.036	0.017	0.0181	0.0685	0.0181	0.0116	0.0161	0.0471	0.0161	0.0089
chrX	14529972	14530215	chrX:14529973-14530215	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.022	0.0182	0.0244	0.0238	0.0127	0.0175	0.0272	0.0213	0.0127	0.0133	0.0293	0.0133	0.0124	0.0123	0.011	0.0123	0.0099
chrX	14543702	14544024	chrX:14543703-14544024	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.064	0.1102	0.0487	0.0292	0.1082	0.1495	0.1311	0.0879	0.1082	0.0302	0.0241	0.0302	0.0101	0.0084	0.0039	0.0084	0.0094
chrX	14544693	14545007	chrX:14544694-14545007	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0466	0.0592	0.0486	0.0302	0.0339	0.0752	0.0796	0.0533	0.0339	0.0248	0.0399	0.0248	0.0139	0.0123	0.0097	0.0123	0.0068
chrX	14545023	14545174	chrX:14545024-14545174	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0275	0.0388	0.0247	0.0178	0.0212	0.0422	0.0588	0.0366	0.0212	0.0175	0.0225	0.0175	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0052
chrX	14545418	14545591	chrX:14545419-14545591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0321	0.0654	0.0192	0.0091	0.071	0.0316	0.1194	0.0593	0.071	0.0223	0.0161	0.0223	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.001
chrX	14547765	14548070	chrX:14547766-14548070	FBgn0015773	NetA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1917	0.2085	0.2185	0.1434	0.1718	0.2466	0.2535	0.2378	0.1718	0.3068	0.2373	0.3068	0.1464	0.1669	0.1599	0.1669	0.1589
chrX	14548615	14548766	chrX:14548616-14548766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0192	0.0186	0.0231	0.0156	0.0053	0.0194	0.0272	0.0233	0.0053	0.0217	0.0328	0.0217	0.0201	0.0214	0.0329	0.0214	0.0099
chrX	14551712	14551863	chrX:14551713-14551863	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.008	0.0049	0.0065	0.0131	0	0.0068	0.0069	0.006	0	0.0054	0.0064	0.0054	0.007	0.0375	0.0097	0.0375	0.0083
chrX	14564537	14564688	chrX:14564538-14564688	distal	distal	none	none	VT61887.1	VT61887.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0049	0.0062	0.01	0.0011	0.0039	0.0082	0.0067	0.0011	0.0079	0.0045	0.0079	0.0108	0.0046	0.0032	0.0046	0.0063
chrX	14564722	14564873	chrX:14564723-14564873	distal	distal	none	none	VT61887.1	VT61887.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0046	0.0042	0.0091	0.0011	0.0044	0.0074	0.0053	0.0011	0.0066	0.0032	0.0066	0.0062	0.0061	0.0026	0.0061	0.0042
chrX	14565428	14565665	chrX:14565429-14565665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0088	0.0226	0.0149	0.0042	0.0073	0.0169	0.0073	0.0042	0.0145	0.0248	0.0145	0.0178	0.0069	0.0032	0.0069	0.0083
chrX	14568475	14568695	chrX:14568476-14568695	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0092	0.019	0.0166	0.0053	0.0102	0.0143	0.0067	0.0053	0.0217	0.0209	0.0217	0.0209	0.0268	0.0239	0.0268	0.0125
chrX	14573176	14573327	chrX:14573177-14573327	FBgn0030575	CG5321	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0129	0.0087	0.0094	0.0213	0.0032	0.0078	0.0143	0.01	0.0032	0.0115	0.0096	0.0115	0.0155	0.0123	0.0123	0.0123	0.0542
chrX	14573472	14573623	chrX:14573473-14573623	FBgn0030575	CG5321	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0141	0.0076	0.0121	0.0235	0.0042	0.0078	0.013	0.0067	0.0042	0.0163	0.0109	0.0163	0.0186	0.01	0.0135	0.01	0.0651
chrX	14576278	14576429	chrX:14576279-14576429	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0186	0.0239	0.0193	0.012	0.018	0.0233	0.026	0.038	0.018	0.0296	0.0206	0.0296	0.0139	0.0084	0.0071	0.0084	0.0094
chrX	14576463	14576649	chrX:14576464-14576649	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0312	0.0371	0.033	0.0226	0.017	0.0432	0.0402	0.0506	0.017	0.0574	0.0334	0.0574	0.024	0.0375	0.0181	0.0375	0.0234
chrX	14577238	14577389	chrX:14577239-14577389	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.009	0.0104	0.0099	0.0042	0.0078	0.016	0.0087	0.0042	0.0133	0.0096	0.0133	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chrX	14577976	14578127	chrX:14577977-14578127	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0067	0.0055	0.0188	0.0021	0.0058	0.013	0.0033	0.0021	0.0079	0.0042	0.0079	0.0031	0.0023	0.0052	0.0023	0.0057
chrX	14578210	14578361	chrX:14578211-14578361	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0062	0.0076	0.0194	0	0.0068	0.0121	0.0047	0	0.0072	0.0064	0.0072	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.0052
chrX	14579051	14579202	chrX:14579052-14579202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0093	0.0074	0.0079	0.0053	0.0078	0.0169	0.0087	0.0053	0.0127	0.0064	0.0127	0.0015	8e-04	0.0013	8e-04	0.0052
chrX	14582557	14582708	chrX:14582558-14582708	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.013	0.0111	0.0112	0.017	0.0021	0.0155	0.0151	0.01	0.0021	0.0151	0.0122	0.0151	0.0077	0.01	0.0393	0.01	0.0109
chrX	14588262	14588413	chrX:14588263-14588413	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0159	0.0156	0.014	0.0182	0.0095	0.0243	0.0186	0.014	0.0095	0.0127	0.0116	0.0127	0.0077	0.0046	0.0039	0.0046	0.0042
chrX	14588547	14588698	chrX:14588548-14588698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.013	0.0121	0.0108	0.0166	0.0032	0.0184	0.016	0.0107	0.0032	0.0175	0.0077	0.0175	0.0039	0.0023	0.0039	0.0023	0.0068
chrX	14605666	14605817	chrX:14605667-14605817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.008	0.008	0.0076	0.0084	0.0011	0.0121	0.0087	0.0093	0.0011	0.0072	0.0071	0.0072	0.0031	0.0054	0.0032	0.0054	0.0021
chrX	14615328	14615479	chrX:14615329-14615479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0079	0.0109	0.0117	0.0032	0.0117	0.0104	0.0067	0.0032	0.0091	0.0148	0.0091	0.0085	0.0054	0.029	0.0054	0.0057
chrX	14615580	14615731	chrX:14615581-14615731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0081	0.0123	0.0118	0.0032	0.0087	0.0121	0.008	0.0032	0.0115	0.0167	0.0115	0.0054	0.0038	0.0322	0.0038	0.0052
chrX	14621529	14621680	chrX:14621530-14621680	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.006	0.0053	0.0148	0.0032	0.0102	0.0099	7e-04	0.0032	0.006	0.0042	0.006	0.0023	0.0184	0.0071	0.0184	0.0083
chrX	14621897	14622048	chrX:14621898-14622048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.012	0.011	0.0146	0.0085	0.0155	0.0177	0.008	0.0085	0.0151	0.0084	0.0151	0.0124	0.0161	0.011	0.0161	0.0099
chrX	14632133	14632292	chrX:14632134-14632292	distal	distal	none	none	VT61923.1	VT61923.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0161	0.0137	0.0131	0.0221	0.0042	0.0199	0.0169	0.012	0.0042	0.0181	0.0125	0.0181	0.0093	0.0352	0.0316	0.0352	0.0104
chrX	14637604	14637903	chrX:14637605-14637903	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT61926.1	VT61926.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0747	0.0899	0.0779	0.0542	0.0445	0.1704	0.0675	0.0886	0.0445	0.0984	0.0572	0.0984	0.0333	0.0245	0.0168	0.0245	0.0349
chrX	14638094	14638365	chrX:14638095-14638365	distal	distal	none	none	VT61926.1	VT61926.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0518	0.0607	0.0594	0.0334	0.0265	0.1	0.0545	0.0686	0.0265	0.0531	0.0424	0.0531	0.0798	0.0123	0.0206	0.0123	0.0229
chrX	14642701	14642899	chrX:14642702-14642899	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0549	0.0646	0.0722	0.0251	0.0371	0.1044	0.061	0.0733	0.0371	0.1286	0.0733	0.1286	0.0411	0.0291	0.0297	0.0291	0.0208
chrX	14642905	14643056	chrX:14642906-14643056	FBgn0015774	NetB	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0631	0.0674	0.0835	0.0359	0.0339	0.1175	0.0515	0.0833	0.0339	0.1528	0.082	0.1528	0.0449	0.0429	0.0348	0.0429	0.0266
chrX	14643292	14643475	chrX:14643293-14643475	FBgn0015774	NetB	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1828	0.1609	0.2263	0.1594	0.1177	0.2165	0.1453	0.2252	0.1177	0.3219	0.2412	0.3219	0.1627	0.1853	0.1728	0.1853	0.1527
chrX	14643724	14643898	chrX:14643725-14643898	FBgn0015774	NetB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1072	0.0975	0.1239	0.0998	0.071	0.1291	0.093	0.1312	0.071	0.186	0.1322	0.186	0.0868	0.1149	0.1141	0.1149	0.1094
chrX	14644224	14644378	chrX:14644225-14644378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0397	0.0388	0.0449	0.0351	0.0212	0.0587	0.0407	0.0406	0.0212	0.0942	0.0392	0.0942	0.0341	0.0391	0.0451	0.0391	0.05
chrX	14644829	14645032	chrX:14644830-14645032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0242	0.03	0.0305	0.0109	0.0106	0.068	0.0208	0.022	0.0106	0.0906	0.0206	0.0906	0.0108	0.0168	0.0142	0.0168	0.0078
chrX	14647403	14647828	chrX:14647404-14647828	distal	distal	stage11	stage11	VT61931.1	VT61931.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0441	0.0253	0.0668	0.0404	0.0042	0.0519	0.0212	0.022	0.0042	0.1691	0.0408	0.1691	0.0612	0.0881	0.0348	0.0881	0.0396
chrX	14649123	14649274	chrX:14649124-14649274	distal	distal	none	none	VT61932.1	VT61932.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.01	0.0079	0.0181	0.0053	0.0117	0.0147	0.0107	0.0053	0.0085	0.0064	0.0085	0.0062	0.0092	0.0097	0.0092	0.0057
chrX	14659471	14659622	chrX:14659472-14659622	FBgn0030576	CG15890	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0131	0.0092	0.0168	0.0134	0.0021	0.0136	0.0134	0.006	0.0021	0.0169	0.0174	0.0169	0.0356	0.01	0.0206	0.01	0.0188
chrX	14659679	14659830	chrX:14659680-14659830	FBgn0030576	CG15890	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0126	0.0111	0.014	0.013	0.0053	0.0136	0.016	0.008	0.0053	0.0133	0.0122	0.0133	0.0349	0.0092	0.0168	0.0092	0.0219
chrX	14665697	14665848	chrX:14665698-14665848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0213	0.0162	0.0241	0.024	0.0117	0.018	0.0229	0.0173	0.0117	0.0362	0.0206	0.0362	0.0372	0.026	0.0271	0.026	0.0438
chrX	14666156	14666307	chrX:14666157-14666307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0236	0.0181	0.0253	0.028	0.0117	0.0184	0.0281	0.0173	0.0117	0.038	0.0219	0.038	0.0356	0.0283	0.0303	0.0283	0.05
chrX	14704521	14704672	chrX:14704522-14704672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0151	0.0105	0.0155	0.0198	0.0032	0.0131	0.0156	0.0113	0.0032	0.0169	0.0132	0.0169	0.031	0.0421	0.0168	0.0421	0.0224
chrX	14704806	14705004	chrX:14704807-14705004	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0181	0.0101	0.0204	0.0244	0.0021	0.016	0.0138	0.0087	0.0021	0.029	0.0158	0.029	0.0442	0.0628	0.0097	0.0628	0.0302
chrX	14712683	14712834	chrX:14712684-14712834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0112	0.01	0.0114	0.0123	0.0042	0.0165	0.0104	0.0107	0.0042	0.0205	0.0135	0.0205	0.0054	0.0406	0.0097	0.0406	0.0073
chrX	14718858	14719134	chrX:14718859-14719134	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.068	0.0628	0.0687	0.0731	0.0392	0.0714	0.0744	0.0799	0.0392	0.0592	0.1035	0.0592	0.0534	0.0674	0.1212	0.0674	0.0599
chrX	14719337	14719727	chrX:14719338-14719727	FBgn0003301	rut	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0906	0.0525	0.1047	0.1178	0.0191	0.0748	0.0545	0.0686	0.0191	0.0513	0.1826	0.0513	0.0875	0.1072	0.2237	0.1072	0.0829
chrX	14720005	14720220	chrX:14720006-14720220	FBgn0003301	rut	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.106	0.0437	0.097	0.1856	0.017	0.0689	0.0497	0.0406	0.017	0.0628	0.1106	0.0628	0.1735	0.2182	0.2012	0.2182	0.2262
chrX	14722186	14722337	chrX:14722187-14722337	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0254	0.0328	0.0239	0.0189	0.0117	0.0374	0.0458	0.0426	0.0117	0.026	0.0322	0.026	0.0163	0.0184	0.0219	0.0184	0.0193
chrX	14722480	14722650	chrX:14722481-14722650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0525	0.0491	0.0327	0.0276	0.0617	0.061	0.0786	0.0276	0.0568	0.0608	0.0568	0.0418	0.0352	0.029	0.0352	0.0422
chrX	14726020	14726292	chrX:14726021-14726292	FBgn0030581,FBgn0030582	CG14408,CG14411	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0557	0.037	0.0407	0.0929	0.0212	0.0437	0.0493	0.0426	0.0212	0.0362	0.0447	0.0362	0.0643	0.0796	0.0941	0.0796	0.11
chrX	14726572	14726760	chrX:14726573-14726760	FBgn0030581,FBgn0030582	CG14408,CG14411	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1473	0.1256	0.1751	0.1409	0.0912	0.1684	0.1354	0.1446	0.0912	0.2162	0.1923	0.2162	0.1844	0.1424	0.1451	0.1424	0.1756
chrX	14726852	14727031	chrX:14726853-14727031	FBgn0030582	CG14411	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0705	0.0596	0.0864	0.0653	0.0445	0.0738	0.0644	0.0766	0.0445	0.1027	0.1029	0.1027	0.0899	0.0773	0.0748	0.0773	0.086
chrX	14732149	14732326	chrX:14732150-14732326	FBgn0030584	CG14407	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0738	0.0664	0.0883	0.0661	0.0445	0.0786	0.0774	0.0819	0.0445	0.122	0.0891	0.122	0.0852	0.0804	0.0587	0.0804	0.0766
chrX	14732440	14732591	chrX:14732441-14732591	FBgn0030584	CG14407	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0391	0.0555	0.0292	0.0191	0.0461	0.0463	0.0486	0.0191	0.0791	0.0556	0.0791	0.0473	0.036	0.0258	0.036	0.0339
chrX	14732612	14733010	chrX:14732613-14733010	FBgn0030584,FBgn0052590,FBgn0264078	CG14407,CG32590,Flo-2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.0804	0.1047	0.0575	0.0583	0.0893	0.0956	0.1033	0.0583	0.1347	0.1068	0.1347	0.0984	0.0689	0.0516	0.0689	0.0563
chrX	14733061	14733249	chrX:14733062-14733249	FBgn0052590,FBgn0264078	CG32590,Flo-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1171	0.0993	0.1438	0.1076	0.0732	0.1092	0.1138	0.1372	0.0732	0.1793	0.1511	0.1793	0.1332	0.1179	0.1006	0.1179	0.1245
chrX	14733319	14733491	chrX:14733320-14733491	FBgn0052590,FBgn0264078	CG32590,Flo-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.1034	0.1584	0.1295	0.0583	0.1238	0.1151	0.1446	0.0583	0.1932	0.1736	0.1932	0.151	0.1401	0.1264	0.1401	0.1449
chrX	14733765	14734165	chrX:14733766-14734165	FBgn0264078	Flo-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1567	0.1072	0.1862	0.1798	0.0615	0.1345	0.1155	0.1419	0.0615	0.2488	0.172	0.2488	0.1836	0.1937	0.1451	0.1937	0.2001
chrX	14736143	14736301	chrX:14736144-14736301	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.0133	0.0306	0.051	0.0032	0.0165	0.0156	0.0213	0.0032	0.0139	0.0145	0.0139	0.0139	0.0077	0.0116	0.0077	0.0229
chrX	14740244	14740395	chrX:14740245-14740395	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0122	0.018	0.028	0.0032	0.0155	0.0151	0.0153	0.0032	0.0091	0.0296	0.0091	0.0132	0.0084	0.0993	0.0084	0.0073
chrX	14740732	14740883	chrX:14740733-14740883	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0082	0.0055	0.0065	0.0132	0.0042	0.0063	0.0082	0.0047	0.0042	0.0042	0.0068	0.0042	0.0054	0.0046	0.0361	0.0046	0.0068
chrX	14743064	14743215	chrX:14743065-14743215	FBgn0030587	CG9522	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0103	0.0114	0.0182	0.0064	0.0126	0.016	0.0073	0.0064	0.0127	0.0119	0.0127	0.0163	0.0054	0.038	0.0054	0.0193
chrX	14743688	14743890	chrX:14743689-14743890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0086	0.0162	0.0195	0.0053	0.0078	0.0125	0.01	0.0053	0.0127	0.0148	0.0127	0.0132	0.0069	0.0206	0.0069	0.0109
chrX	14744245	14744443	chrX:14744246-14744443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0164	0.0098	0.0115	0.029	0.0032	0.0083	0.0173	0.0093	0.0032	0.0085	0.0151	0.0085	0.0132	0.0138	0.0438	0.0138	0.0453
chrX	14756498	14756678	chrX:14756499-14756678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0169	0.0195	0.0315	0.0042	0.018	0.026	0.0193	0.0042	0.0181	0.0206	0.0181	0.0279	0.0237	0.0548	0.0237	0.0438
chrX	14761021	14761172	chrX:14761022-14761172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0131	0.0132	0.0131	0.0131	0.0053	0.0165	0.0203	0.0113	0.0053	0.0157	0.0164	0.0157	0.0124	0.0069	0.0335	0.0069	0.0052
chrX	14762481	14762632	chrX:14762482-14762632	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0057	0.0047	0.0051	0.0074	0.0011	0.0039	0.0104	0.0027	0.0011	0.0042	0.0071	0.0042	0.0054	0	0.0271	0	0.0016
chrX	14765109	14765346	chrX:14765110-14765346	FBgn0030590	CG9518	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.043	0.0187	0.012	0.0467	0.0282	0.0649	0.05	0.0467	0.0175	0.0196	0.0175	0.0256	0.0084	0.0148	0.0084	0.013
chrX	14768546	14768697	chrX:14768547-14768697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0238	0.0194	0.0273	0.0248	0.0106	0.0214	0.0277	0.0193	0.0106	0.0296	0.0315	0.0296	0.0333	0.023	0.0264	0.023	0.0313
chrX	14768765	14768935	chrX:14768766-14768935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0483	0.0396	0.0572	0.0482	0.0265	0.0364	0.0614	0.044	0.0265	0.0664	0.0672	0.0664	0.0627	0.0391	0.0522	0.0391	0.0719
chrX	14768975	14769126	chrX:14768976-14769126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0306	0.0233	0.0365	0.0322	0.0127	0.0209	0.0346	0.0286	0.0127	0.0429	0.0421	0.0429	0.0403	0.0222	0.0348	0.0222	0.05
chrX	14773432	14773583	chrX:14773433-14773583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0089	0.0075	0.0061	0.0135	0.0042	0.0053	0.0125	0.0093	0.0042	0.0042	0.0093	0.0042	0.0054	0.0031	0.0419	0.0031	0.0036
chrX	14774115	14774266	chrX:14774116-14774266	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0097	0.0112	0.013	0.0053	0.0102	0.0151	0.0087	0.0053	0.0115	0.0141	0.0115	0.0101	0.0084	0.0329	0.0084	0.0078
chrX	14776689	14776840	chrX:14776690-14776840	FBgn0030591	CG9517	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0061	0.0081	0.0155	0.0011	0.0044	0.0117	0.0067	0.0011	0.0048	0.0109	0.0048	0.0054	0.0046	0.0445	0.0046	0.0104
chrX	14777099	14777250	chrX:14777100-14777250	FBgn0030591	CG9517	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0115	0.0066	0.0082	0.0206	0.0032	0.0102	0.0087	0.0053	0.0032	0.0091	0.0109	0.0091	0.0062	0.0054	0.0645	0.0054	0.0125
chrX	14779711	14779862	chrX:14779712-14779862	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0086	0.004	0.0058	0.0169	0.0011	0.0039	0.0065	0.004	0.0011	0.0036	0.0064	0.0036	0.007	8e-04	0.0484	8e-04	0.0073
chrX	14788277	14788428	chrX:14788278-14788428	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0073	0.0041	0.0069	0.0114	0.0032	0.0039	0.0065	0.0033	0.0032	0.0042	0.0103	0.0042	0.0062	0.0015	0.0387	0.0015	0.0052
chrX	14790808	14791051	chrX:14790809-14791051	FBgn0030592	CG9514	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0372	0.0469	0.0376	0.026	0.0339	0.0437	0.0688	0.0526	0.0339	0.0314	0.0469	0.0314	0.0465	0.0084	0.0658	0.0084	0.0198
chrX	14791320	14791523	chrX:14791321-14791523	FBgn0030592	CG9514	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5	0.0391	0.078	0.025	0.0111	0.0689	0.0612	0.1116	0.0993	0.0689	0.0284	0.026	0.0284	0.0217	0.0084	0.0206	0.0084	0.0104
chrX	14791622	14791773	chrX:14791623-14791773	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0203	0.0375	0.0146	0.0074	0.0339	0.0286	0.0562	0.046	0.0339	0.0169	0.0158	0.0169	0.0132	0.0054	0.0103	0.0054	0.0073
chrX	14799792	14799956	chrX:14799793-14799956	FBgn0030593	CG9512	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0241	0.0153	0.0297	0.0277	0.0085	0.0218	0.0212	0.012	0.0085	0.0205	0.0186	0.0205	0.0991	0.0054	0.0264	0.0054	0.0641
chrX	14812670	14812847	chrX:14812671-14812847	FBgn0030597	Eo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0571	0.0676	0.0457	0.0233	0.0626	0.0757	0.0733	0.0233	0.0586	0.0871	0.0586	0.0837	0.0291	0.0896	0.0291	0.0615
chrX	14812937	14813106	chrX:14812938-14813106	FBgn0030597	Eo	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0506	0.0615	0.0407	0.0255	0.0476	0.0675	0.072	0.0255	0.0399	0.0804	0.0399	0.0837	0.0138	0.0812	0.0138	0.0584
chrX	14816375	14816526	chrX:14816376-14816526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0156	0.0126	0.0147	0.0199	0.0064	0.0112	0.0164	0.018	0.0064	0.0103	0.0206	0.0103	0.0155	0.0253	0.0426	0.0253	0.013
chrX	14816944	14817095	chrX:14816945-14817095	FBgn0030598	CG9503	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0081	0.0105	0.0136	0.0074	0.0073	0.0117	0.0073	0.0074	0.0042	0.0151	0.0042	0.0155	0.0061	0.0393	0.0061	0.0073
chrX	14817431	14817607	chrX:14817432-14817607	FBgn0030598	CG9503	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0349	0.0173	0.0402	0.0487	0.0095	0.0184	0.0225	0.0233	0.0095	0.0223	0.0534	0.0223	0.0682	0.0123	0.1315	0.0123	0.0516
chrX	14823954	14824118	chrX:14823955-14824118	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0177	0.0108	0.0206	0.0221	0.0021	0.0131	0.0173	0.0093	0.0021	0.0151	0.0161	0.0151	0.055	0.01	0.0097	0.01	0.0537
chrX	14841585	14841764	chrX:14841586-14841764	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0412	0.0218	0.0494	0.054	0.0106	0.0335	0.0221	0.0247	0.0106	0.0344	0.0511	0.0344	0.117	0.0482	0.0671	0.0482	0.099
chrX	14843251	14843503	chrX:14843252-14843503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0403	0.0265	0.0503	0.0448	0.0095	0.0413	0.0294	0.0273	0.0095	0.0326	0.0383	0.0326	0.1495	0.0199	0.0303	0.0199	0.1141
chrX	14844690	14844904	chrX:14844691-14844904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1557	0.1103	0.2079	0.1491	0.0615	0.1544	0.0861	0.1726	0.0615	0.2838	0.2518	0.2838	0.2301	0.1914	0.2218	0.1914	0.2142
chrX	14845090	14845271	chrX:14845091-14845271	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1043	0.0754	0.1345	0.1035	0.0392	0.118	0.0619	0.0993	0.0392	0.1655	0.1678	0.1655	0.1611	0.1462	0.1483	0.1462	0.1459
chrX	14845513	14845774	chrX:14845514-14845774	FBgn0027601	pdgy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0702	0.0467	0.0951	0.0691	0.017	0.0772	0.0446	0.056	0.017	0.1467	0.0929	0.1467	0.1348	0.0758	0.0774	0.0758	0.1172
chrX	14846182	14846472	chrX:14846183-14846472	FBgn0027601	pdgy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0989	0.0779	0.1209	0.098	0.0562	0.1097	0.0683	0.1093	0.0562	0.1884	0.1322	0.1884	0.1239	0.1593	0.1412	0.1593	0.1058
chrX	14846573	14846724	chrX:14846574-14846724	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0332	0.0627	0.0525	0.0201	0.0437	0.0333	0.046	0.0201	0.0797	0.0759	0.0797	0.0666	0.0735	0.0645	0.0735	0.0693
chrX	14847187	14847353	chrX:14847188-14847353	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0547	0.025	0.0801	0.0599	0.0053	0.0422	0.0242	0.0286	0.0053	0.0537	0.1357	0.0537	0.0612	0.0383	0.1238	0.0383	0.0469
chrX	14847545	14847749	chrX:14847546-14847749	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1143	0.0608	0.1624	0.1213	0.0223	0.0932	0.0502	0.0953	0.0223	0.2132	0.2203	0.2132	0.0953	0.1279	0.1754	0.1279	0.0881
chrX	14847997	14848213	chrX:14847998-14848213	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.089	0.0477	0.1143	0.1072	0.0233	0.0718	0.0424	0.0633	0.0233	0.1304	0.1383	0.1304	0.1146	0.1179	0.1161	0.1179	0.1277
chrX	14849289	14849501	chrX:14849290-14849501	FBgn0000535,FBgn0030599	CG9030,eag	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0833	0.0796	0.0802	0.0908	0.0392	0.0917	0.1021	0.1006	0.0392	0.0894	0.0929	0.0894	0.086	0.0712	0.0909	0.0712	0.0974
chrX	14855033	14855279	chrX:14855034-14855279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0425	0.031	0.0513	0.0457	0.0127	0.0369	0.0402	0.0373	0.0127	0.0604	0.0534	0.0604	0.0674	0.0429	0.0516	0.0429	0.0615
chrX	14855520	14855671	chrX:14855521-14855671	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0061	0.006	0.0107	0.0032	0.0078	0.0069	0.0087	0.0032	0.0085	0.0039	0.0085	0.0108	0.0038	0.0039	0.0038	0.0078
chrX	14875370	14875521	chrX:14875371-14875521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0118	0.0127	0.0168	0.0053	0.0085	0.0117	0.0216	0.0107	0.0085	0.0471	0.0093	0.0471	0.0147	0.0054	0.0039	0.0054	0.0047
chrX	14879374	14879630	chrX:14879375-14879630	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0228	0.048	0.0123	0.0063	0.0318	0.0189	0.1159	0.0247	0.0318	0.0254	0.0103	0.0254	0.0077	0.0038	0.0052	0.0038	0.0031
chrX	14901898	14902096	chrX:14901899-14902096	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0417	0.056	0.0415	0.026	0.035	0.0631	0.0761	0.062	0.035	0.0562	0.045	0.0562	0.0325	0.0314	0.0251	0.0314	0.037
chrX	14902990	14903157	chrX:14902991-14903157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0425	0.0279	0.022	0.0297	0.0422	0.0562	0.058	0.0297	0.0368	0.0296	0.0368	0.0225	0.0253	0.02	0.0253	0.0203
chrX	14903310	14903511	chrX:14903311-14903511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0374	0.0442	0.0386	0.0284	0.0255	0.0495	0.0558	0.056	0.0255	0.0543	0.0386	0.0543	0.0325	0.0268	0.0206	0.0268	0.0271
chrX	14913071	14913245	chrX:14913072-14913245	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62058.1	VT62058.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0462	0.0622	0.0503	0.024	0.0382	0.0806	0.0787	0.0626	0.0382	0.0393	0.0691	0.0393	0.0604	0.0161	0.0303	0.0161	0.0406
chrX	14913419	14913787	chrX:14913420-14913787	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT62058.1	VT62058.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1285	0.1641	0.1509	0.0642	0.0785	0.2282	0.1739	0.2099	0.0785	0.0882	0.2386	0.0882	0.1348	0.0413	0.0922	0.0413	0.0928
chrX	14914902	14915173	chrX:14914903-14915173	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT62059.1	VT62059.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0778	0.0328	0.1095	0.0933	0.0127	0.0578	0.029	0.036	0.0127	0.058	0.1556	0.058	0.1681	0.0727	0.1483	0.0727	0.1428
chrX	14915364	14915556	chrX:14915365-14915556	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT62059.1	VT62059.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.084	0.0254	0.1274	0.1017	0.0074	0.0544	0.0195	0.02	0.0074	0.1081	0.1646	0.1081	0.1983	0.1103	0.1354	0.1103	0.1584
chrX	14916161	14916351	chrX:14916162-14916351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0599	0.0268	0.0966	0.0565	0.0085	0.0524	0.019	0.0273	0.0085	0.0737	0.1161	0.0737	0.1154	0.0383	0.0535	0.0383	0.0959
chrX	14917858	14918032	chrX:14917859-14918032	FBgn0052594	be	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0917	0.0672	0.1148	0.0937	0.0424	0.1019	0.0657	0.0746	0.0424	0.1329	0.1354	0.1329	0.151	0.1156	0.1315	0.1156	0.1386
chrX	14918350	14918531	chrX:14918351-14918531	FBgn0052594	be	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1021	0.078	0.118	0.1115	0.0445	0.1248	0.0757	0.0773	0.0445	0.122	0.1511	0.122	0.1572	0.1501	0.1554	0.1501	0.1694
chrX	14919855	14920006	chrX:14919856-14920006	distal	distal	none	none	VT62062.1	VT62062.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0152	0.0339	0.0355	0.0011	0.0223	0.0216	0.0133	0.0011	0.0187	0.0556	0.0187	0.0302	0.0245	0.0877	0.0245	0.0302
chrX	14920845	14921061	chrX:14920846-14921061	distal	distal	none	none	VT62062.1,VT62063.1	VT62062.1,VT62063.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0421	0.0365	0.048	0.0421	0.0159	0.0811	0.029	0.0233	0.0159	0.0622	0.0389	0.0622	0.096	0.0413	0.0251	0.0413	0.0917
chrX	14921290	14921535	chrX:14921291-14921535	distal	distal	stage5	stage5	VT62063.1	VT62063.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0395	0.0455	0.0428	0.0291	0.0095	0.1005	0.0333	0.038	0.0095	0.0719	0.0318	0.0719	0.0689	0.0467	0.0206	0.0467	0.0474
chrX	14922287	14922543	chrX:14922288-14922543	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT62063.1	VT62063.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0473	0.0527	0.0473	0.0411	0.018	0.1189	0.0471	0.0213	0.018	0.067	0.0457	0.067	0.0643	0.0942	0.0245	0.0942	0.0526
chrX	14922686	14922837	chrX:14922687-14922837	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0264	0.0222	0.0258	0.0318	0.0095	0.0461	0.0208	0.0113	0.0095	0.0386	0.0199	0.0386	0.0349	0.0888	0.0181	0.0888	0.0328
chrX	14923083	14923278	chrX:14923084-14923278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0375	0.0354	0.0396	0.0376	0.0148	0.0689	0.0316	0.0313	0.0148	0.0646	0.0354	0.0646	0.0465	0.0812	0.0309	0.0812	0.0459
chrX	14923779	14924020	chrX:14923780-14924020	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0358	0.041	0.034	0.0319	0.0138	0.0879	0.0359	0.0286	0.0138	0.058	0.0289	0.058	0.0333	0.0505	0.0226	0.0505	0.0542
chrX	14924031	14924370	chrX:14924032-14924370	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0429	0.0413	0.0466	0.0407	0.0127	0.0869	0.0342	0.0333	0.0127	0.0797	0.0389	0.0797	0.0496	0.0804	0.0297	0.0804	0.0547
chrX	14927872	14928023	chrX:14927873-14928023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0142	0.0132	0.0145	0.015	0.0053	0.0155	0.0182	0.0133	0.0053	0.0157	0.0174	0.0157	0.0163	0.0184	0.0129	0.0184	0.0261
chrX	14937226	14937419	chrX:14937227-14937419	distal	distal	none	none	VT62066.1,VT62067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0216	0.013	0.0203	0.0327	0	0.0218	0.0173	0.0093	0	0.0139	0.017	0.0139	0.0519	0.023	0.0419	0.023	0.0625
chrX	14937704	14937900	chrX:14937705-14937900	FBgn0030603	CG5541	none	none	VT62066.1,VT62067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0418	0.0183	0.0371	0.0734	0.0042	0.0282	0.0251	0.0147	0.0042	0.026	0.0341	0.026	0.0906	0.0444	0.1096	0.0444	0.1397
chrX	14938032	14938192	chrX:14938033-14938192	FBgn0030603	CG5541	none	none	VT62066.1,VT62067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0356	0.0157	0.0307	0.0631	0.0042	0.0233	0.0221	0.012	0.0042	0.0236	0.0248	0.0236	0.0775	0.049	0.0696	0.049	0.1318
chrX	14939880	14940043	chrX:14939881-14940043	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0157	0.0125	0.0165	0.0184	0	0.0155	0.0173	0.0127	0	0.0085	0.0103	0.0085	0.0542	0.0061	0.0097	0.0061	0.0505
chrX	14942874	14943030	chrX:14942875-14943030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0269	0.0189	0.0344	0.0276	0.0138	0.0262	0.0221	0.0193	0.0138	0.0175	0.0232	0.0175	0.1154	0.0145	0.0258	0.0145	0.0615
chrX	14946138	14946323	chrX:14946139-14946323	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0347	0.0285	0.0452	0.0301	0.0042	0.0403	0.0329	0.0393	0.0042	0.0531	0.0428	0.0531	0.0534	0.0299	0.0239	0.0299	0.0344
chrX	14956736	14956976	chrX:14956737-14956976	FBgn0030600	hiw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0742	0.0457	0.1	0.0776	0.0212	0.0704	0.0411	0.0573	0.0212	0.1238	0.0714	0.1238	0.0627	0.0306	0.0406	0.0306	0.0422
chrX	14957404	14957590	chrX:14957405-14957590	FBgn0030600,FBgn0030605	CG5548,hiw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0951	0.0829	0.1121	0.0902	0.0689	0.0942	0.0973	0.0993	0.0689	0.1135	0.1016	0.1135	0.0953	0.0766	0.0632	0.0766	0.0537
chrX	14957813	14957994	chrX:14957814-14957994	FBgn0030600,FBgn0030605	CG5548,hiw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.122	0.1022	0.1463	0.1174	0.087	0.1214	0.1129	0.1246	0.087	0.183	0.1489	0.183	0.1402	0.1378	0.1141	0.1378	0.124
chrX	14958089	14958240	chrX:14958090-14958240	FBgn0030605	CG5548	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0388	0.0669	0.0411	0.0201	0.0481	0.0515	0.0413	0.0201	0.0773	0.0669	0.0773	0.079	0.0452	0.049	0.0452	0.0516
chrX	14960122	14960273	chrX:14960123-14960273	FBgn0264389	opm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0479	0.0396	0.059	0.0448	0.0191	0.0549	0.0484	0.038	0.0191	0.0864	0.0543	0.0864	0.0627	0.049	0.0451	0.049	0.0641
chrX	14960377	14960563	chrX:14960378-14960563	FBgn0030607,FBgn0264389	dob,opm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1188	0.1012	0.1398	0.1154	0.0795	0.1282	0.1103	0.1146	0.0795	0.1932	0.1405	0.1932	0.1448	0.1432	0.1161	0.1432	0.1532
chrX	14960657	14960883	chrX:14960658-14960883	FBgn0030607,FBgn0264389	dob,opm	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.086	0.07	0.1049	0.083	0.0445	0.082	0.0813	0.0893	0.0445	0.1359	0.1051	0.1359	0.1224	0.0919	0.0858	0.0919	0.1136
chrX	14963542	14963693	chrX:14963543-14963693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0096	0.0204	0.0301	0.0021	0.0136	0.0143	0.008	0.0021	0.0169	0.0164	0.0169	0.0589	0.0168	0.0187	0.0168	0.0771
chrX	14963713	14963864	chrX:14963714-14963864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0082	0.016	0.0276	0.0021	0.0131	0.0121	0.0047	0.0021	0.0139	0.0138	0.0139	0.0434	0.0084	0.02	0.0084	0.0766
chrX	14965234	14965397	chrX:14965235-14965397	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0303	0.0111	0.0357	0.0458	0.0032	0.0184	0.0117	0.012	0.0032	0.029	0.0161	0.029	0.1247	0.0253	0.0174	0.0253	0.1298
chrX	14968716	14968982	chrX:14968717-14968982	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0683	0.0325	0.0736	0.1025	0.0148	0.0432	0.0389	0.0393	0.0148	0.061	0.083	0.061	0.1387	0.1064	0.1167	0.1064	0.1845
chrX	14969087	14969279	chrX:14969088-14969279	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.069	0.0257	0.0789	0.1065	0.0085	0.0388	0.0272	0.0326	0.0085	0.0876	0.0907	0.0876	0.1177	0.1325	0.1554	0.1325	0.1522
chrX	14969884	14970067	chrX:14969885-14970067	FBgn0030608	Lsd-2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0523	0.0339	0.0537	0.0714	0.017	0.0485	0.0407	0.0353	0.017	0.064	0.0585	0.064	0.0829	0.0781	0.089	0.0781	0.124
chrX	14970185	14970377	chrX:14970186-14970377	FBgn0030608	Lsd-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1002	0.0573	0.108	0.1395	0.0435	0.082	0.0619	0.058	0.0435	0.1383	0.1051	0.1383	0.1813	0.209	0.1534	0.209	0.223
chrX	14970672	14970867	chrX:14970673-14970867	FBgn0030608	Lsd-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0539	0.028	0.0605	0.0756	0.0127	0.0447	0.026	0.0313	0.0127	0.0827	0.0595	0.0827	0.0999	0.1034	0.0806	0.1034	0.1318
chrX	14972514	14972665	chrX:14972515-14972665	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0231	0.015	0.0282	0.0267	0.0053	0.018	0.0251	0.01	0.0053	0.0193	0.0222	0.0193	0.0844	0.0322	0.0103	0.0322	0.0573
chrX	14974838	14975030	chrX:14974839-14975030	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0443	0.0263	0.0519	0.056	0.0095	0.0408	0.0316	0.024	0.0095	0.061	0.0466	0.061	0.0891	0.0766	0.0426	0.0766	0.1037
chrX	14975170	14975374	chrX:14975171-14975374	FBgn0053177	CG33177	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0696	0.056	0.083	0.07	0.0297	0.082	0.0558	0.0673	0.0297	0.0948	0.091	0.0948	0.1061	0.1164	0.0722	0.1164	0.0834
chrX	14978647	14978840	chrX:14978648-14978840	FBgn0030610	CG9065	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1012	0.0668	0.1221	0.1168	0.0424	0.0985	0.0636	0.0839	0.0424	0.1516	0.1254	0.1516	0.1472	0.144	0.1077	0.144	0.1475
chrX	14979024	14979204	chrX:14979025-14979204	FBgn0030610	CG9065	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1114	0.0849	0.1353	0.1149	0.0562	0.1184	0.0869	0.1046	0.0562	0.1673	0.1431	0.1673	0.1541	0.134	0.1161	0.134	0.1417
chrX	14979328	14979493	chrX:14979329-14979493	FBgn0030611	CG15027	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0502	0.0745	0.0458	0.0255	0.0621	0.0631	0.0566	0.0255	0.096	0.0804	0.096	0.0744	0.0467	0.0413	0.0467	0.0604
chrX	14979550	14979718	chrX:14979551-14979718	FBgn0030611,FBgn0030612	CG15027,CG5599	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0536	0.0461	0.0704	0.0434	0.0233	0.0587	0.0558	0.058	0.0233	0.0773	0.0778	0.0773	0.0852	0.0498	0.0451	0.0498	0.0594
chrX	14979797	14979964	chrX:14979798-14979964	FBgn0030611,FBgn0030612	CG15027,CG5599	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1189	0.1023	0.1506	0.1025	0.0742	0.1296	0.1073	0.1306	0.0742	0.1854	0.1688	0.1854	0.1557	0.1217	0.1161	0.1217	0.1376
chrX	14980082	14980256	chrX:14980083-14980256	FBgn0030611,FBgn0030612	CG15027,CG5599	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.147	0.1295	0.1867	0.123	0.0944	0.1684	0.1406	0.1506	0.0944	0.2446	0.2077	0.2446	0.1751	0.1753	0.1644	0.1753	0.1574
chrX	14980332	14980507	chrX:14980333-14980507	FBgn0030611,FBgn0030612	CG15027,CG5599	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0965	0.0796	0.1264	0.0826	0.0477	0.1107	0.0826	0.0959	0.0477	0.1703	0.1434	0.1703	0.1131	0.1156	0.1161	0.1156	0.1027
chrX	14983502	14983752	chrX:14983503-14983752	FBgn0030613	rab3-GEF	stage14,stage5	none	VT62088.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.04	0.0384	0.0332	0.0493	0.0223	0.0476	0.0584	0.0313	0.0223	0.0417	0.027	0.0417	0.0364	0.0191	0.0097	0.0191	0.0281
chrX	14984191	14984367	chrX:14984192-14984367	FBgn0030613	rab3-GEF	stage14	none	VT62088.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0383	0.0454	0.035	0.0341	0.0201	0.0451	0.0584	0.0673	0.0201	0.038	0.0331	0.038	0.0496	0.0207	0.011	0.0207	0.0307
chrX	14984767	14984918	chrX:14984768-14984918	distal	distal	none	none	VT62088.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0191	0.0143	0.0192	0.0106	0.0194	0.0277	0.0207	0.0106	0.0151	0.0106	0.0151	0.0186	0.0069	0.0077	0.0069	0.0188
chrX	14985309	14985479	chrX:14985310-14985479	distal	distal	none	none	VT62088.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0421	0.0254	0.0166	0.0361	0.0267	0.0718	0.0473	0.0361	0.0296	0.026	0.0296	0.0302	0.0176	0.011	0.0176	0.0198
chrX	14990397	14990548	chrX:14990398-14990548	FBgn0030614	CG9072	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0255	0.0184	0.0135	0.0148	0.0218	0.042	0.0266	0.0148	0.0175	0.0222	0.0175	0.0256	0.0038	0.0155	0.0038	0.0261
chrX	14990627	14990804	chrX:14990628-14990804	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0326	0.0441	0.0278	0.0249	0.0212	0.0432	0.0718	0.0413	0.0212	0.0272	0.0338	0.0272	0.0349	0.0123	0.0213	0.0123	0.0511
chrX	14998782	14998933	chrX:14998783-14998933	distal	distal	none	none	VT62094.1	VT62094.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0146	0.0292	0.0074	0.0064	0.0191	0.0189	0.0619	0.0153	0.0191	0.0079	0.0084	0.0079	0.0101	0.0069	0.0045	0.0069	0.0089
chrX	15001265	15001416	chrX:15001266-15001416	distal	distal	none	none	VT62096.1	VT62096.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0177	0.0302	0.0154	0.0064	0.0191	0.0238	0.0541	0.0286	0.0191	0.0205	0.0138	0.0205	0.0147	0.0054	0.0064	0.0054	0.0078
chrX	15007834	15007985	chrX:15007835-15007985	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0094	0.0061	0.0076	0.015	0.0021	0.0058	0.0108	0.0053	0.0021	0.0072	0.008	0.0072	0.0108	0.0084	0.0045	0.0084	0.0427
chrX	15015773	15015924	chrX:15015774-15015924	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0062	0.0045	0.0063	0.0079	0.0011	0.0034	0.0082	0.0047	0.0011	0.0054	0.0093	0.0054	0.0077	0.0015	0.0264	0.0015	0.0042
chrX	15016182	15016333	chrX:15016183-15016333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0088	0.0064	0.0082	0.012	0.0011	0.0053	0.0125	0.006	0.0011	0.0085	0.0125	0.0085	0.0039	0.0046	0.0406	0.0046	0.0052
chrX	15019610	15019771	chrX:15019611-15019771	FBgn0260006	drd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0298	0.0109	0.0127	0.0308	0.0131	0.0597	0.0207	0.0308	0.0048	0.0167	0.0048	0.0139	0.0061	0.0368	0.0061	0.0109
chrX	15031404	15031585	chrX:15031405-15031585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0576	0.0436	0.0735	0.0557	0.0244	0.0597	0.0433	0.058	0.0244	0.0839	0.0781	0.0839	0.1022	0.0559	0.0677	0.0559	0.0766
chrX	15032706	15032857	chrX:15032707-15032857	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0334	0.0223	0.0473	0.0306	0.0106	0.0311	0.0242	0.0266	0.0106	0.0682	0.045	0.0682	0.055	0.0337	0.0329	0.0337	0.0464
chrX	15033372	15033556	chrX:15033373-15033556	FBgn0030616	RpL37a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1926	0.1604	0.2377	0.1792	0.1039	0.1932	0.1717	0.2159	0.1039	0.2784	0.2736	0.2784	0.2246	0.1845	0.1773	0.1845	0.2147
chrX	15033697	15033877	chrX:15033698-15033877	FBgn0030616	RpL37a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.158	0.1261	0.1999	0.1478	0.07	0.1563	0.1375	0.1719	0.07	0.2319	0.2244	0.2319	0.1905	0.1485	0.1728	0.1485	0.1615
chrX	15034049	15034200	chrX:15034050-15034200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0375	0.0546	0.0461	0.0233	0.0461	0.0458	0.044	0.0233	0.0658	0.0659	0.0658	0.0465	0.0452	0.0548	0.0452	0.0552
chrX	15034205	15034356	chrX:15034206-15034356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0238	0.0325	0.026	0.0117	0.0286	0.0337	0.024	0.0117	0.0405	0.0344	0.0405	0.0372	0.0322	0.0342	0.0322	0.0281
chrX	15036151	15036302	chrX:15036152-15036302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0244	0.0353	0.0235	0.0134	0.0244	0.0257	0.0549	0.0433	0.0244	0.0242	0.0296	0.0242	0.0132	0.0092	0.0297	0.0092	0.0109
chrX	15037318	15037529	chrX:15037319-15037529	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0376	0.0422	0.0438	0.0256	0.0212	0.0374	0.0463	0.0773	0.0212	0.0254	0.0695	0.0254	0.0318	0.0253	0.0554	0.0253	0.0167
chrX	15037538	15037695	chrX:15037539-15037695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0362	0.037	0.0475	0.023	0.0201	0.0325	0.042	0.0626	0.0201	0.0314	0.0717	0.0314	0.0325	0.0191	0.0484	0.0191	0.0167
chrX	15041082	15041233	chrX:15041083-15041233	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0088	0.0138	0.0174	0.0021	0.0073	0.0169	0.0087	0.0021	0.0054	0.0238	0.0054	0.0132	0.0031	0.0651	0.0031	0.0047
chrX	15043098	15043249	chrX:15043099-15043249	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0075	0.0049	0.0077	0.01	0	0.0044	0.0104	0.004	0	0.0042	0.0122	0.0042	0.0085	8e-04	0.0355	8e-04	0.0042
chrX	15048845	15048996	chrX:15048846-15048996	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.008	0.0059	0.0057	0.0128	0.0042	0.0044	0.0112	0.0047	0.0042	0.006	0.0084	0.006	0.0054	0.0031	0.0477	0.0031	0.0047
chrX	15049966	15050117	chrX:15049967-15050117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0088	0.0076	0.0084	0.0106	0.0011	0.0083	0.0125	0.008	0.0011	0.0097	0.0119	0.0097	0.0062	0.0023	0.0387	0.0023	0.0047
chrX	15051137	15051288	chrX:15051138-15051288	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.011	0.007	0.0088	0.018	0.0053	0.0029	0.0134	0.008	0.0053	0.0042	0.017	0.0042	0.0039	8e-04	0.0754	8e-04	0.0026
chrX	15051574	15051725	chrX:15051575-15051725	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0101	0.0069	0.0108	0.013	0.0011	0.0063	0.0143	0.0047	0.0011	0.0066	0.0186	0.0066	0.0062	0.0038	0.0464	0.0038	0.0036
chrX	15055768	15055919	chrX:15055769-15055919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0076	0.0185	0.0184	0.0021	0.0097	0.0117	0.0073	0.0021	0.0115	0.0318	0.0115	0.0186	0.0031	0.069	0.0031	0.0063
chrX	15056535	15056705	chrX:15056536-15056705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0243	0.0169	0.0305	0.0258	0.0085	0.0184	0.0225	0.022	0.0085	0.0248	0.0453	0.0248	0.031	0.0061	0.0864	0.0061	0.0115
chrX	15056982	15057195	chrX:15056983-15057195	FBgn0030617	CG9095	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0419	0.0287	0.047	0.0512	0.0223	0.0272	0.0454	0.0247	0.0223	0.0278	0.0695	0.0278	0.0682	0.0107	0.1689	0.0107	0.0334
chrX	15062294	15062445	chrX:15062295-15062445	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0086	0.0049	0.0099	0.0114	0.0021	0.0044	0.0108	0.002	0.0021	0.0066	0.0158	0.0066	0.0062	8e-04	0.0413	8e-04	0.0042
chrX	15069255	15069469	chrX:15069256-15069469	FBgn0263994	CG43737	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0539	0.0485	0.0537	0.0602	0.0403	0.0461	0.0601	0.0626	0.0403	0.0622	0.064	0.0622	0.0449	0.0429	0.0638	0.0429	0.049
chrX	15076323	15076474	chrX:15076324-15076474	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0045	0.0042	0.0037	0.0057	0.0011	0.0034	0.0078	0.0047	0.0011	0.0024	0.0039	0.0024	0.0054	0	0	0	0.0016
chrX	15092769	15092920	chrX:15092770-15092920	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0054	0.0033	0.0103	0	0.0053	0.0108	0.004	0	0.0036	0.0032	0.0036	0.0015	0.0054	6e-04	0.0054	0.0031
chrX	15092933	15093084	chrX:15092934-15093084	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.005	0.0042	0.0102	0	0.0034	0.0095	0.0067	0	0.0042	0.0032	0.0042	0.0023	0.0023	0.0013	0.0023	0.0047
chrX	15093749	15093900	chrX:15093750-15093900	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0061	0.0057	0.0079	0.0032	0.0063	0.0104	0.0053	0.0032	0.0072	0.0061	0.0072	0.0039	8e-04	0.0045	8e-04	0.0057
chrX	15093959	15094110	chrX:15093960-15094110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.007	0.0049	0.0085	0.0032	0.0053	0.0134	0.0073	0.0032	0.0048	0.0042	0.0048	0.0077	8e-04	0.0019	8e-04	0.0073
chrX	15094153	15094304	chrX:15094154-15094304	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0055	0.0038	0.0084	0	0.0034	0.0134	0.0033	0	0.0048	0.0023	0.0048	0.0062	0	0.0039	0	0.0052
chrX	15185558	15185709	chrX:15185559-15185709	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0071	0.0099	0.0149	0.0053	0.0068	0.0117	0.0067	0.0053	0.0139	0.0087	0.0139	0.0093	0.0069	0.0032	0.0069	0.0078
chrX	15186577	15186773	chrX:15186578-15186773	FBgn0030625	CG5877	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0676	0.0484	0.0746	0.0813	0.0392	0.0602	0.0519	0.058	0.0392	0.0864	0.0884	0.0864	0.072	0.0926	0.087	0.0926	0.0829
chrX	15186972	15187140	chrX:15186973-15187140	FBgn0030625	CG5877	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0948	0.076	0.108	0.1014	0.0541	0.0927	0.0887	0.0886	0.0541	0.1329	0.1151	0.1329	0.11	0.1126	0.1077	0.1126	0.1136
chrX	15187292	15187528	chrX:15187293-15187528	FBgn0030625	CG5877	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.036	0.0459	0.0393	0.0233	0.0451	0.0476	0.0353	0.0233	0.0543	0.0502	0.0543	0.0411	0.0452	0.0361	0.0452	0.0505
chrX	15191501	15191652	chrX:15191502-15191652	FBgn0261703	gce	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0111	0.0156	0.0418	0.0032	0.0102	0.0182	0.012	0.0032	0.0127	0.0154	0.0127	0.0248	0.0352	0.0438	0.0352	0.0568
chrX	15192131	15192330	chrX:15192132-15192330	FBgn0261703	gce	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0428	0.01	0.0204	0.104	0.0021	0.0155	0.0108	0.0087	0.0021	0.0091	0.0183	0.0091	0.0534	0.0773	0.1154	0.0773	0.1834
chrX	15192652	15192885	chrX:15192653-15192885	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0503	0.0092	0.0236	0.1255	0	0.0165	0.0121	0.006	0	0.0121	0.0225	0.0121	0.0573	0.0796	0.1541	0.0796	0.2204
chrX	15195335	15195486	chrX:15195336-15195486	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0117	0.004	0.0081	0.0241	0.0011	0.0044	0.0061	0.0053	0.0011	0.0048	0.0084	0.0048	0.0194	0.0077	0.0542	0.0077	0.0334
chrX	15200405	15200575	chrX:15200406-15200575	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.0177	0.0154	0.0483	0.0095	0.017	0.0264	0.0213	0.0095	0.0091	0.0141	0.0091	0.0333	0.0467	0.0484	0.0467	0.0719
chrX	15201570	15201721	chrX:15201571-15201721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0089	0.0069	0.006	0.0143	0.0032	0.0092	0.0112	0.0033	0.0032	0.0024	0.0071	0.0024	0.0108	0.0054	0.0064	0.0054	0.0401
chrX	15205737	15205888	chrX:15205738-15205888	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0056	0.0046	0.0036	0.0089	0.0011	0.0024	0.0069	0.01	0.0011	0.0024	0.0042	0.0024	0.0062	0.0092	0.0026	0.0092	0.0229
chrX	15206158	15206309	chrX:15206159-15206309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0093	0.0079	0.0199	0.0064	0.0058	0.0169	0.01	0.0064	0.0054	0.0058	0.0054	0.0194	0.0184	0.0071	0.0184	0.0537
chrX	15206664	15206815	chrX:15206665-15206815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0117	0.0108	0.0069	0.0181	0.0074	0.0083	0.0177	0.0133	0.0074	0.0097	0.0058	0.0097	0.007	0.0176	0.0064	0.0176	0.0448
chrX	15213412	15213626	chrX:15213413-15213626	FBgn0004924,FBgn0263548	Top1,mir-4957	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1607	0.141	0.1912	0.1493	0.0901	0.1777	0.1505	0.1872	0.0901	0.2355	0.2122	0.2355	0.1898	0.1524	0.1438	0.1524	0.1876
chrX	15214062	15214542	chrX:15214063-15214542	FBgn0263548	mir-4957	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2773	0.2552	0.3313	0.2426	0.1994	0.3383	0.2569	0.3158	0.1994	0.4173	0.3466	0.4173	0.3308	0.2688	0.2373	0.2688	0.2736
chrX	15214680	15214831	chrX:15214681-15214831	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0567	0.0481	0.0723	0.0493	0.0329	0.0631	0.0484	0.066	0.0329	0.1069	0.0788	0.1069	0.0604	0.0597	0.0406	0.0597	0.0683
chrX	15214836	15215025	chrX:15214837-15215025	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0826	0.0758	0.1046	0.066	0.035	0.1024	0.0783	0.1053	0.035	0.1437	0.1093	0.1437	0.1077	0.0766	0.0503	0.0766	0.0969
chrX	15215033	15215257	chrX:15215034-15215257	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0796	0.0729	0.1051	0.059	0.0297	0.0917	0.0779	0.1019	0.0297	0.157	0.109	0.157	0.093	0.0697	0.0522	0.0697	0.0776
chrX	15217298	15217566	chrX:15217299-15217566	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1398	0.0597	0.1954	0.1682	0.0212	0.101	0.0597	0.062	0.0212	0.2911	0.1981	0.2911	0.2401	0.2037	0.1638	0.2037	0.2564
chrX	15221336	15221487	chrX:15221337-15221487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0299	0.0346	0.033	0.0212	0.017	0.0485	0.0402	0.038	0.017	0.0399	0.0392	0.0399	0.0341	0.0276	0.0181	0.0276	0.0292
chrX	15221495	15221664	chrX:15221496-15221664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0334	0.0323	0.0415	0.0259	0.0138	0.0471	0.0376	0.0366	0.0138	0.0556	0.0476	0.0556	0.0418	0.0306	0.0264	0.0306	0.038
chrX	15222259	15222433	chrX:15222260-15222433	FBgn0015926	dah	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0893	0.0796	0.1187	0.0678	0.0541	0.0961	0.093	0.0986	0.0541	0.1606	0.1286	0.1606	0.1084	0.0712	0.0574	0.0712	0.1011
chrX	15222518	15222669	chrX:15222519-15222669	FBgn0015926	dah	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0427	0.0369	0.0618	0.0281	0.0233	0.033	0.0463	0.0553	0.0233	0.0731	0.0669	0.0731	0.0627	0.023	0.029	0.023	0.0334
chrX	15226960	15227138	chrX:15226961-15227138	FBgn0026428,FBgn0030628	CG9114,HDAC6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0661	0.1121	0.0787	0.0329	0.0752	0.077	0.0939	0.0329	0.1377	0.1244	0.1377	0.1239	0.075	0.0825	0.075	0.1032
chrX	15227238	15227490	chrX:15227239-15227490	FBgn0026428,FBgn0030628	CG9114,HDAC6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1861	0.1358	0.2372	0.1862	0.0785	0.1684	0.1432	0.1879	0.0785	0.3068	0.2695	0.3068	0.2409	0.2098	0.2179	0.2098	0.2329
chrX	15227639	15227856	chrX:15227640-15227856	FBgn0026428	HDAC6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0903	0.0778	0.1071	0.0858	0.0573	0.0985	0.0809	0.1013	0.0573	0.1304	0.1212	0.1304	0.1255	0.1041	0.1025	0.1041	0.1001
chrX	15228153	15228304	chrX:15228154-15228304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0316	0.0244	0.0358	0.0351	0.0127	0.0306	0.0268	0.0326	0.0127	0.038	0.0441	0.038	0.0387	0.0329	0.0671	0.0329	0.0318
chrX	15238597	15238812	chrX:15238598-15238812	FBgn0030630,FBgn0030631	CG12608,CG6227	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0845	0.0764	0.1135	0.0618	0.0403	0.0947	0.0856	0.1013	0.0403	0.1455	0.1206	0.1455	0.1208	0.0781	0.0735	0.0781	0.0771
chrX	15239092	15239281	chrX:15239093-15239281	FBgn0030630,FBgn0030631	CG12608,CG6227	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1173	0.1102	0.1439	0.0959	0.0764	0.1306	0.1155	0.1592	0.0764	0.1866	0.1566	0.1866	0.134	0.1057	0.1044	0.1057	0.1172
chrX	15239427	15239642	chrX:15239428-15239642	FBgn0030631	CG6227	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0733	0.0753	0.0878	0.0551	0.0414	0.0951	0.0804	0.1033	0.0414	0.1165	0.0936	0.1165	0.0891	0.0766	0.0522	0.0766	0.0677
chrX	15245481	15245696	chrX:15245482-15245696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0389	0.0248	0.06	0.0316	0.0064	0.0379	0.0242	0.0333	0.0064	0.09	0.0662	0.09	0.0294	0.0436	0.0226	0.0436	0.0302
chrX	15245729	15245914	chrX:15245730-15245914	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0347	0.0318	0.0486	0.0226	0.0064	0.0403	0.032	0.0533	0.0064	0.0731	0.0521	0.0731	0.0325	0.023	0.0168	0.023	0.0151
chrX	15246518	15246713	chrX:15246519-15246713	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0364	0.0249	0.0561	0.0277	0.0127	0.0388	0.0199	0.0373	0.0127	0.0749	0.0643	0.0749	0.0511	0.0452	0.0219	0.0452	0.036
chrX	15246981	15247140	chrX:15246982-15247140	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62225.1	VT62225.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.02	0.0177	0.0307	0.0109	0.0042	0.0218	0.0147	0.0326	0.0042	0.0248	0.0408	0.0248	0.031	0.0084	0.0123	0.0084	0.0151
chrX	15247789	15247951	chrX:15247790-15247951	distal	distal	none	none	VT62225.1	VT62225.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0411	0.0399	0.0609	0.0206	0.0148	0.0519	0.0441	0.054	0.0148	0.0737	0.0711	0.0737	0.0318	0.0176	0.0071	0.0176	0.0135
chrX	15249812	15250001	chrX:15249813-15250001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0284	0.0254	0.0443	0.0143	0.0053	0.0369	0.026	0.0366	0.0053	0.0556	0.0376	0.0556	0.024	0.0107	0.0064	0.0107	0.0135
chrX	15250425	15250667	chrX:15250426-15250667	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0759	0.0606	0.097	0.0698	0.0223	0.0845	0.0536	0.0999	0.0223	0.1292	0.0659	0.1292	0.0209	0.0207	0.0213	0.0207	0.0287
chrX	15256397	15256549	chrX:15256398-15256549	distal	distal	none	none	VT62229.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.009	0.0185	0.0265	0.0011	0.0121	0.0147	0.0073	0.0011	0.0097	0.0074	0.0097	0.0031	0.0023	0.0032	0.0023	0.0078
chrX	15257511	15257662	chrX:15257512-15257662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0124	0.0087	0.0082	0.021	0.0042	0.0092	0.0147	0.008	0.0042	0.0054	0.0048	0.0054	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0073
chrX	15258112	15258263	chrX:15258113-15258263	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0106	0.0077	0.0192	0.0074	0.0107	0.0177	0.008	0.0074	0.0097	0.0032	0.0097	0.0031	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chrX	15258309	15258460	chrX:15258310-15258460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0121	0.0081	0.0173	0.0053	0.0087	0.0216	0.0127	0.0053	0.0097	0.0048	0.0097	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0083
chrX	15258966	15259136	chrX:15258967-15259136	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0081	0.0095	0.0262	0.0042	0.0068	0.0138	0.008	0.0042	0.0085	0.0039	0.0085	0.0046	0.0046	0.0013	0.0046	0.0052
chrX	15259322	15259573	chrX:15259323-15259573	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0101	0.0128	0.0223	0.0042	0.0097	0.0186	0.008	0.0042	0.0097	0.0064	0.0097	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chrX	15264294	15264512	chrX:15264295-15264512	distal	distal	none	none	VT62234.1	VT62234.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0111	0.0156	0.0143	0.0032	0.0141	0.0156	0.012	0.0032	0.0169	0.0109	0.0169	0.0101	0.0046	0.0045	0.0046	0.0031
chrX	15264728	15264879	chrX:15264729-15264879	distal	distal	none	none	VT62234.1	VT62234.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0076	0.0099	0.0111	0.0032	0.0068	0.0112	0.0087	0.0032	0.0121	0.0077	0.0121	0.0093	0.0054	0.0071	0.0054	0.0052
chrX	15268243	15268452	chrX:15268244-15268452	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0307	0.0528	0.0264	0.0107	0.0308	0.0456	0.0709	0.0766	0.0308	0.0386	0.0299	0.0386	0.0132	0.013	0.0052	0.013	0.0063
chrX	15268476	15268627	chrX:15268477-15268627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0241	0.0374	0.0212	0.0124	0.0223	0.0311	0.051	0.0553	0.0223	0.0374	0.018	0.0374	0.0101	0.0245	0.0084	0.0245	0.0083
chrX	15273246	15273403	chrX:15273247-15273403	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0253	0.016	0.0225	0.0389	0.0053	0.0209	0.0182	0.0193	0.0053	0.0314	0.0135	0.0314	0.007	0.0069	0.0032	0.0069	0.0083
chrX	15274432	15274583	chrX:15274433-15274583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0087	0.0084	0.0195	0.0053	0.0102	0.0117	0.0093	0.0053	0.0139	0.0051	0.0139	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0021
chrX	15277766	15277995	chrX:15277767-15277995	distal	distal	stage14	stage14	VT62240.1	VT62240.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0105	0.014	0.0358	0.0042	0.0097	0.0156	0.0127	0.0042	0.0097	0.0084	0.0097	0.0062	0.0069	0.0064	0.0069	0.0063
chrX	15279452	15279603	chrX:15279453-15279603	FBgn0030634	CG9164	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.005	0.0072	0.0368	0.0011	0.0049	0.0074	0.0073	0.0011	0.0079	0.0058	0.0079	0.0039	0.0161	0.0039	0.0161	0.0109
chrX	15279832	15279983	chrX:15279833-15279983	FBgn0030634	CG9164	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.007	0.0075	0.0297	0.0042	0.0058	0.0125	0.0067	0.0042	0.006	0.0035	0.006	0.0124	0.0138	0.0052	0.0138	0.0125
chrX	15300724	15300875	chrX:15300725-15300875	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0086	0.008	0.0077	0.0103	0.0011	0.0068	0.0147	0.006	0.0011	0.0066	0.0084	0.0066	0.0046	0.0054	0.0039	0.0054	0.0057
chrX	15301095	15301246	chrX:15301096-15301246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0091	0.006	0.0169	0.0095	0.0058	0.0186	0.004	0.0095	0.0048	0.0048	0.0048	0.007	0.0123	0.0045	0.0123	0.0214
chrX	15326375	15326526	chrX:15326376-15326526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.0067	0.0058	0.0079	0.0021	0.0039	0.0147	0.0047	0.0021	0.0066	0.0055	0.0066	0.0023	0.0054	0.0019	0.0054	0.0031
chrX	15328576	15328727	chrX:15328577-15328727	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0059	0.0051	0.0062	0.0065	0	0.0044	0.0099	0.004	0	0.0072	0.0071	0.0072	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	0.001
chrX	15331156	15331307	chrX:15331157-15331307	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0111	0.0055	0.0089	0.0053	0.0102	0.0212	0.0073	0.0053	0.003	0.0058	0.003	0.0054	0.0031	0.0013	0.0031	0.0016
chrX	15335242	15335393	chrX:15335243-15335393	FBgn0263257	cngl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0106	0.0085	0.0178	0.0053	0.0078	0.0186	0.0093	0.0053	0.0079	0.0068	0.0079	0.0054	0	0.0045	0	0.0052
chrX	15335708	15335859	chrX:15335709-15335859	FBgn0263257	cngl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0075	0.0063	0.0084	0.0021	0.0063	0.0112	0.0093	0.0021	0.0036	0.008	0.0036	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0042
chrX	15337408	15337559	chrX:15337409-15337559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0097	0.0085	0.0105	0.0102	0.0021	0.0087	0.0121	0.0127	0.0021	0.0145	0.0093	0.0145	0.0077	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chrX	15337595	15337746	chrX:15337596-15337746	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0036	0.0065	0.0079	0	0.0049	0.0065	0.0027	0	0.006	0.0039	0.006	0.0062	8e-04	0.0026	8e-04	0.0047
chrX	15342306	15342471	chrX:15342307-15342471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0253	0.0211	0.0306	0.0241	0.0074	0.0243	0.0281	0.026	0.0074	0.026	0.026	0.026	0.0674	0.0199	0.0135	0.0199	0.0516
chrX	15342975	15343172	chrX:15342976-15343172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0345	0.0273	0.0443	0.0318	0.0074	0.0422	0.0329	0.0293	0.0074	0.0477	0.0341	0.0477	0.0914	0.0283	0.0258	0.0283	0.0625
chrX	15343563	15343753	chrX:15343564-15343753	FBgn0040285	Scamp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1188	0.0905	0.1548	0.1108	0.0488	0.1359	0.0787	0.1213	0.0488	0.2071	0.1711	0.2071	0.1572	0.1348	0.1199	0.1348	0.1464
chrX	15343813	15343995	chrX:15343814-15343995	FBgn0014455,FBgn0040285	Ahcy13,Scamp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1426	0.1201	0.1723	0.1352	0.0764	0.1621	0.1073	0.1739	0.0764	0.2415	0.1849	0.2415	0.1665	0.1654	0.1425	0.1654	0.1662
chrX	15344186	15344400	chrX:15344187-15344400	FBgn0014455,FBgn0040285	Ahcy13,Scamp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.128	0.096	0.1678	0.1203	0.0445	0.1466	0.0865	0.1246	0.0445	0.253	0.1653	0.253	0.1875	0.1593	0.1025	0.1593	0.1668
chrX	15344454	15344605	chrX:15344455-15344605	FBgn0014455	Ahcy13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0615	0.0415	0.085	0.0581	0.0106	0.0767	0.0342	0.046	0.0106	0.1316	0.0759	0.1316	0.1115	0.0819	0.0406	0.0819	0.0917
chrX	15347326	15347522	chrX:15347327-15347522	FBgn0030638	CG11655	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0844	0.086	0.1041	0.0611	0.0509	0.099	0.0982	0.1233	0.0509	0.1467	0.1141	0.1467	0.1201	0.0743	0.0677	0.0743	0.0969
chrX	15356210	15356361	chrX:15356211-15356361	FBgn0004391,FBgn0030640,FBgn0030641	CG6294,CG6299,shtd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0309	0.0443	0.0285	0.0212	0.0296	0.0424	0.038	0.0212	0.0562	0.0441	0.0562	0.0434	0.0391	0.0303	0.0391	0.0297
chrX	15356432	15356630	chrX:15356433-15356630	FBgn0004391,FBgn0030640,FBgn0030641	CG6294,CG6299,shtd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0927	0.0844	0.1119	0.0809	0.0541	0.1097	0.099	0.0953	0.0541	0.1461	0.1113	0.1461	0.1263	0.1003	0.0954	0.1003	0.0839
chrX	15356647	15356822	chrX:15356648-15356822	FBgn0004391,FBgn0030640,FBgn0030641	CG6294,CG6299,shtd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1034	0.0866	0.1325	0.0901	0.0477	0.1223	0.099	0.0979	0.0477	0.1661	0.1363	0.1661	0.1363	0.0995	0.1122	0.0995	0.1037
chrX	15358703	15358854	chrX:15358704-15358854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0228	0.0173	0.0244	0.0273	0.0085	0.0184	0.0251	0.0187	0.0085	0.0145	0.0289	0.0145	0.0434	0.0084	0.04	0.0084	0.049
chrX	15359370	15359521	chrX:15359371-15359521	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0174	0.0146	0.016	0.0221	0.0032	0.017	0.0195	0.0187	0.0032	0.0072	0.0209	0.0072	0.0294	0.0031	0.0593	0.0031	0.025
chrX	15359638	15359789	chrX:15359639-15359789	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0191	0.0111	0.0193	0.028	0.0032	0.0092	0.0164	0.0147	0.0032	0.0169	0.0158	0.0169	0.0465	0.0054	0.0529	0.0054	0.05
chrX	15361549	15361722	chrX:15361550-15361722	FBgn0030642,FBgn0030643	CG15641,CG15642	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.042	0.0537	0.0523	0.0177	0.0361	0.0471	0.0683	0.0813	0.0361	0.0664	0.0579	0.0664	0.0325	0.0092	0.0155	0.0092	0.0156
chrX	15362201	15362352	chrX:15362202-15362352	FBgn0030643	CG15641	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0141	0.0223	0.0095	0.0032	0.017	0.0199	0.0153	0.0032	0.0151	0.0228	0.0151	0.0465	0.0069	0.0071	0.0069	0.0198
chrX	15366090	15366257	chrX:15366091-15366257	FBgn0026433,FBgn0030645	CG6308,Grip128	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0714	0.0543	0.0968	0.0625	0.0255	0.0772	0.0558	0.072	0.0255	0.119	0.109	0.119	0.0875	0.075	0.0658	0.075	0.075
chrX	15366325	15366476	chrX:15366326-15366476	FBgn0026433,FBgn0030645	CG6308,Grip128	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0338	0.0289	0.0475	0.0244	0.0117	0.0388	0.0337	0.0353	0.0117	0.0556	0.0556	0.0556	0.0395	0.0291	0.0213	0.0291	0.0287
chrX	15369164	15369315	chrX:15369165-15369315	FBgn0030646	CG9203	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0401	0.0477	0.0331	0.0191	0.0466	0.0489	0.052	0.0191	0.0598	0.0518	0.0598	0.0511	0.0345	0.04	0.0345	0.0396
chrX	15369376	15369561	chrX:15369377-15369561	FBgn0030646	CG9203	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0897	0.0723	0.1065	0.0908	0.0445	0.084	0.083	0.1026	0.0445	0.1214	0.1196	0.1214	0.1247	0.0865	0.0909	0.0865	0.1251
chrX	15369717	15369903	chrX:15369718-15369903	FBgn0030646,FBgn0030647	CG6324,CG9203	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0529	0.0341	0.066	0.0595	0.0148	0.0417	0.0368	0.05	0.0148	0.0833	0.072	0.0833	0.0806	0.0559	0.0574	0.0559	0.0855
chrX	15369978	15370156	chrX:15369979-15370156	FBgn0030647	CG6324	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0588	0.0485	0.0793	0.0479	0.0191	0.0587	0.0523	0.0759	0.0191	0.1075	0.0897	0.1075	0.0891	0.0689	0.0561	0.0689	0.0552
chrX	15376307	15376496	chrX:15376308-15376496	FBgn0030648	CG6340	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1099	0.1034	0.1244	0.1012	0.07	0.1272	0.1107	0.1452	0.07	0.163	0.1318	0.163	0.1185	0.1141	0.1032	0.1141	0.1162
chrX	15376556	15376762	chrX:15376557-15376762	FBgn0030648	CG6340	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1014	0.0972	0.1183	0.0875	0.0806	0.1107	0.1034	0.1372	0.0806	0.1492	0.128	0.1492	0.1185	0.1026	0.0935	0.1026	0.0969
chrX	15376884	15377093	chrX:15376885-15377093	FBgn0030648	CG6340	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0933	0.1165	0.1034	0.0561	0.1018	0.1214	0.1384	0.1512	0.1018	0.1196	0.1119	0.1196	0.086	0.049	0.0593	0.049	0.0636
chrX	15377275	15377620	chrX:15377276-15377620	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1464	0.1671	0.1753	0.0915	0.1198	0.2141	0.1817	0.2065	0.1198	0.2349	0.1797	0.2349	0.1433	0.1279	0.0883	0.1279	0.1037
chrX	15378626	15378913	chrX:15378627-15378913	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1039	0.1269	0.1095	0.0721	0.0923	0.1447	0.1566	0.1526	0.0923	0.1123	0.1183	0.1123	0.134	0.0972	0.0825	0.0972	0.1053
chrX	15380556	15380736	chrX:15380557-15380736	FBgn0027287	Gmap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0498	0.0481	0.057	0.0439	0.0329	0.0699	0.051	0.0533	0.0329	0.0707	0.063	0.0707	0.0697	0.0299	0.0593	0.0299	0.0688
chrX	15380820	15380989	chrX:15380821-15380989	FBgn0027287	Gmap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0878	0.0815	0.1018	0.0797	0.0615	0.1049	0.0913	0.0973	0.0615	0.1208	0.119	0.1208	0.1084	0.0804	0.0941	0.0804	0.1063
chrX	15381767	15381921	chrX:15381768-15381921	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.03	0.0282	0.0416	0.0192	0.0138	0.0495	0.0272	0.024	0.0138	0.0223	0.0267	0.0223	0.1363	0.0138	0.0155	0.0138	0.0401
chrX	15382271	15382422	chrX:15382272-15382422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0237	0.0204	0.0349	0.0149	0.0042	0.0291	0.0285	0.018	0.0042	0.0217	0.0257	0.0217	0.1069	0.0092	0.0135	0.0092	0.0307
chrX	15384677	15384846	chrX:15384678-15384846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0311	0.0289	0.0372	0.027	0.0117	0.0383	0.0363	0.0326	0.0117	0.0266	0.0421	0.0266	0.0689	0.0214	0.0277	0.0214	0.0459
chrX	15389330	15389481	chrX:15389331-15389481	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.022	0.0307	0.0234	0.011	0.0138	0.0442	0.0277	0.042	0.0138	0.0139	0.0286	0.0139	0.0449	0.0046	0.0174	0.0046	0.0182
chrX	15390602	15390753	chrX:15390603-15390753	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0204	0.0127	0.0234	0.0259	0.0053	0.0267	0.0104	0.0093	0.0053	0.0127	0.0196	0.0127	0.0736	0.01	0.0161	0.01	0.0672
chrX	15390803	15391102	chrX:15390804-15391102	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0377	0.0252	0.0534	0.0344	0.0074	0.0539	0.0216	0.0187	0.0074	0.0326	0.0466	0.0326	0.158	0.0184	0.0258	0.0184	0.0797
chrX	15391416	15391567	chrX:15391417-15391567	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.026	0.0201	0.0378	0.0198	0.0085	0.0466	0.016	0.01	0.0085	0.0229	0.0347	0.0229	0.103	0.0107	0.0232	0.0107	0.0422
chrX	15391769	15391955	chrX:15391770-15391955	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0422	0.0314	0.0635	0.0311	0.0064	0.0646	0.0234	0.0333	0.0064	0.0562	0.055	0.0562	0.1642	0.0214	0.038	0.0214	0.0625
chrX	15392113	15392310	chrX:15392114-15392310	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.05	0.0469	0.0656	0.0365	0.017	0.0704	0.0528	0.0506	0.017	0.0556	0.0588	0.0556	0.1627	0.0237	0.0458	0.0237	0.0693
chrX	15392433	15392584	chrX:15392434-15392584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0325	0.0353	0.0397	0.0216	0.017	0.0437	0.0528	0.0306	0.017	0.0338	0.0444	0.0338	0.0775	0.0153	0.0239	0.0153	0.0433
chrX	15392931	15393141	chrX:15392932-15393141	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1388	0.1919	0.0926	0.1209	0.1641	0.1605	0.1526	0.1209	0.2476	0.2113	0.2476	0.2479	0.0551	0.1348	0.0551	0.1746
chrX	15395672	15395823	chrX:15395673-15395823	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0233	0.0168	0.0329	0.0199	0.0032	0.0325	0.0169	0.0147	0.0032	0.0199	0.0302	0.0199	0.0968	0.0092	0.0148	0.0092	0.0516
chrX	15396062	15396226	chrX:15396063-15396226	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0352	0.0305	0.044	0.0306	0.0085	0.0587	0.026	0.0266	0.0085	0.029	0.0344	0.029	0.1363	0.0123	0.0226	0.0123	0.0808
chrX	15396862	15397022	chrX:15396863-15397022	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0279	0.0229	0.0374	0.023	0.0064	0.0364	0.0285	0.0193	0.0064	0.0278	0.0299	0.0278	0.1092	0.0054	0.0161	0.0054	0.0636
chrX	15403703	15403854	chrX:15403704-15403854	FBgn0262395	mir-12	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0108	0.0171	0.0085	0.0011	0.0165	0.0143	0.0113	0.0011	0.0121	0.0148	0.0121	0.048	0.0038	0.009	0.0038	0.0156
chrX	15405312	15405463	chrX:15405313-15405463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.0082	0.0113	0.0106	0.0021	0.0121	0.0091	0.0093	0.0021	0.0048	0.0103	0.0048	0.031	0.0023	0.0103	0.0023	0.0255
chrX	15405594	15405775	chrX:15405595-15405775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0227	0.015	0.0251	0.0287	0.0042	0.0243	0.0173	0.0147	0.0042	0.0097	0.0219	0.0097	0.0782	0.0123	0.0226	0.0123	0.0714
chrX	15405935	15406086	chrX:15405936-15406086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.015	0.0125	0.019	0.0135	0.0032	0.0199	0.0121	0.0153	0.0032	0.0097	0.0174	0.0097	0.0519	0.0092	0.0116	0.0092	0.0271
chrX	15416765	15416931	chrX:15416766-15416931	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.0093	0.0175	0.015	0.0064	0.0087	0.0147	0.0073	0.0064	0.0091	0.0122	0.0091	0.0604	0.0092	0.0058	0.0092	0.0386
chrX	15432932	15433083	chrX:15432933-15433083	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0123	0.0112	0.0091	0.0171	0.0053	0.0102	0.0212	0.0087	0.0053	0.0091	0.01	0.0091	0.0077	0.0214	0.0155	0.0214	0.0276
chrX	15434279	15434430	chrX:15434280-15434430	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0091	0.0057	0.0085	0.0135	0.0011	0.0063	0.0078	0.0067	0.0011	0.0066	0.0096	0.0066	0.0194	0.0031	0.0264	0.0031	0.024
chrX	15435560	15435711	chrX:15435561-15435711	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0128	0.0061	0.0102	0.0231	0.0021	0.0087	0.0082	0.0067	0.0021	0.0115	0.008	0.0115	0.0209	0.01	0.0064	0.01	0.0563
chrX	15437410	15437561	chrX:15437411-15437561	distal	distal	stage11	stage11	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0102	0.0062	0.0098	0.0152	0.0021	0.0044	0.0108	0.0087	0.0021	0.0091	0.0084	0.0091	0.0201	0.0077	0.0045	0.0077	0.0412
chrX	15437765	15437916	chrX:15437766-15437916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0104	0.0072	0.0103	0.0141	0.0032	0.0102	0.0087	0.0067	0.0032	0.0121	0.008	0.0121	0.0209	0.0077	0.0058	0.0077	0.038
chrX	15439745	15439994	chrX:15439746-15439994	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0202	0.0117	0.0194	0.0306	0.0011	0.0136	0.019	0.0127	0.0011	0.0109	0.0238	0.0109	0.0209	0.0459	0.038	0.0459	0.0438
chrX	15441814	15441965	chrX:15441815-15441965	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0068	0.0051	0.0049	0.0109	0	0.0058	0.0087	0.004	0	0.0072	0.0032	0.0072	0.007	0.0391	0.0058	0.0391	0.0052
chrX	15446336	15446487	chrX:15446337-15446487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0272	0.0275	0.0329	0.0207	0.0138	0.0296	0.0333	0.0406	0.0138	0.032	0.0489	0.032	0.0279	0.0191	0.0368	0.0191	0.0302
chrX	15446745	15446896	chrX:15446746-15446896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0295	0.0264	0.0371	0.0246	0.0148	0.0291	0.0272	0.0406	0.0148	0.0386	0.0524	0.0386	0.0271	0.0337	0.0413	0.0337	0.0281
chrX	15447630	15447800	chrX:15447631-15447800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0257	0.0221	0.0321	0.0227	0.0127	0.0291	0.0208	0.0333	0.0127	0.0344	0.0457	0.0344	0.0263	0.0237	0.0445	0.0237	0.0271
chrX	15447902	15448095	chrX:15447903-15448095	FBgn0022710	Ac13E	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0523	0.037	0.0662	0.0542	0.017	0.05	0.0303	0.06	0.017	0.0779	0.0814	0.0779	0.0674	0.0452	0.0774	0.0452	0.0875
chrX	15448232	15448427	chrX:15448233-15448427	FBgn0022710	Ac13E	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1216	0.0909	0.1515	0.123	0.0594	0.132	0.0714	0.1259	0.0594	0.2017	0.1685	0.2017	0.1665	0.124	0.1386	0.124	0.186
chrX	15448544	15448733	chrX:15448545-15448733	FBgn0022710	Ac13E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1365	0.118	0.1654	0.1253	0.0901	0.1534	0.1168	0.1499	0.0901	0.2138	0.1814	0.2138	0.1851	0.1348	0.1302	0.1348	0.1751
chrX	15450040	15450191	chrX:15450041-15450191	FBgn0259196	CG42300	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0189	0.0356	0.0122	0.0077	0.0276	0.0238	0.0679	0.0306	0.0276	0.0163	0.0113	0.0163	0.0178	0.0115	0.0039	0.0115	0.0057
chrX	15450338	15450489	chrX:15450339-15450489	FBgn0259196	CG42300	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0182	0.0344	0.0131	0.0058	0.0255	0.016	0.0735	0.0247	0.0255	0.0139	0.0154	0.0139	0.0186	0.0061	0.0052	0.0061	0.0068
chrX	15456936	15457087	chrX:15456937-15457087	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.008	0.006	0.0145	0.0032	0.0097	0.0099	0.01	0.0032	0.006	0.0048	0.006	0.0108	0.0061	0.0058	0.0061	0.0167
chrX	15462104	15462289	chrX:15462105-15462289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0232	0.0223	0.0174	0.0306	0.0085	0.0286	0.0311	0.0207	0.0085	0.0109	0.0164	0.0109	0.0279	0.023	0.0232	0.023	0.0302
chrX	15462580	15462765	chrX:15462581-15462765	FBgn0030653	CG7860	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0205	0.0157	0.0204	0.0259	0.0095	0.017	0.0212	0.02	0.0095	0.0109	0.0215	0.0109	0.0465	0.013	0.0258	0.013	0.0495
chrX	15463098	15463249	chrX:15463099-15463249	FBgn0030653	CG7860	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0156	0.0096	0.0185	0.0189	0.0053	0.0083	0.0151	0.0093	0.0053	0.0121	0.0215	0.0121	0.0333	0.0077	0.0258	0.0077	0.0375
chrX	15465881	15466032	chrX:15465882-15466032	FBgn0030654	CG15643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0274	0.0274	0.0311	0.0233	0.0201	0.0248	0.0372	0.036	0.0201	0.0344	0.036	0.0344	0.0411	0.0168	0.029	0.0168	0.0307
chrX	15466086	15466255	chrX:15466087-15466255	FBgn0030654	CG15643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0419	0.057	0.0419	0.0276	0.0471	0.0463	0.0573	0.0276	0.0682	0.0662	0.0682	0.0627	0.036	0.0471	0.036	0.0542
chrX	15466361	15466553	chrX:15466362-15466553	FBgn0030654	CG15643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0282	0.0379	0.0253	0.018	0.0286	0.032	0.042	0.018	0.0489	0.0415	0.0489	0.0395	0.0314	0.0213	0.0314	0.0281
chrX	15468518	15468690	chrX:15468519-15468690	FBgn0030655	CG9213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0508	0.0434	0.0636	0.045	0.0223	0.0626	0.0411	0.0573	0.0223	0.0604	0.0759	0.0604	0.072	0.0505	0.0445	0.0505	0.0547
chrX	15469785	15469936	chrX:15469786-15469936	FBgn0259195,FBgn0262163	CG42299,betaNACtes5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.04	0.0395	0.0316	0.0159	0.0437	0.0554	0.0486	0.0159	0.0284	0.0489	0.0284	0.0503	0.0199	0.0393	0.0199	0.0453
chrX	15471909	15472060	chrX:15471910-15472060	FBgn0030657,FBgn0030658	CG7872,cerv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0541	0.0487	0.0699	0.0426	0.0201	0.0655	0.0536	0.0666	0.0201	0.0767	0.082	0.0767	0.0697	0.0352	0.0542	0.0352	0.0594
chrX	15472171	15472361	chrX:15472172-15472361	FBgn0030657,FBgn0030658	CG7872,cerv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1221	0.1076	0.1513	0.1063	0.071	0.1277	0.1159	0.1512	0.071	0.1667	0.1762	0.1667	0.1549	0.0995	0.1425	0.0995	0.1386
chrX	15473642	15473799	chrX:15473643-15473799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0304	0.0228	0.0358	0.033	0.0106	0.0335	0.0225	0.0286	0.0106	0.0242	0.0566	0.0242	0.031	0.0191	0.0825	0.0191	0.0245
chrX	15476826	15477006	chrX:15476827-15477006	FBgn0030659,FBgn0030660	CG8097,CG9215	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1227	0.1118	0.1467	0.1085	0.0859	0.133	0.1228	0.1399	0.0859	0.1769	0.1595	0.1769	0.1379	0.124	0.1083	0.124	0.1287
chrX	15477101	15477306	chrX:15477102-15477306	FBgn0030659,FBgn0030660	CG8097,CG9215	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1338	0.126	0.1612	0.1124	0.0997	0.1544	0.1393	0.1559	0.0997	0.1932	0.1772	0.1932	0.1549	0.1194	0.1193	0.1194	0.1438
chrX	15477313	15477464	chrX:15477314-15477464	FBgn0030659,FBgn0030660	CG8097,CG9215	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0624	0.0565	0.0749	0.0554	0.0318	0.0709	0.0627	0.0786	0.0318	0.0894	0.0762	0.0894	0.1007	0.0636	0.0606	0.0636	0.0803
chrX	15477537	15477724	chrX:15477538-15477724	FBgn0030660	CG8097	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0457	0.0467	0.0547	0.0345	0.0265	0.0665	0.0497	0.058	0.0265	0.0731	0.0553	0.0731	0.0651	0.0521	0.0335	0.0521	0.0417
chrX	15477792	15478201	chrX:15477793-15478201	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0788	0.0856	0.0933	0.0554	0.0286	0.1617	0.0813	0.0733	0.0286	0.157	0.0807	0.157	0.11	0.0658	0.049	0.0658	0.0776
chrX	15478225	15478458	chrX:15478226-15478458	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.057	0.0575	0.0638	0.0489	0.0276	0.1049	0.0402	0.0706	0.0276	0.1063	0.0569	0.1063	0.0751	0.0658	0.0471	0.0658	0.0672
chrX	15484945	15485096	chrX:15484946-15485096	FBgn0030662	CG9220	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0172	0.0234	0.0203	0.0106	0.017	0.0242	0.0187	0.0106	0.035	0.0286	0.035	0.0163	0.0567	0.0174	0.0567	0.0172
chrX	15485433	15485584	chrX:15485434-15485584	FBgn0030662	CG9220	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0245	0.0187	0.035	0.0194	0.0053	0.0325	0.0208	0.016	0.0053	0.0634	0.036	0.0634	0.0271	0.0421	0.0245	0.0421	0.0146
chrX	15487188	15487394	chrX:15487189-15487394	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1036	0.1064	0.1425	0.0577	0.0604	0.1461	0.0921	0.1626	0.0604	0.2101	0.1498	0.2101	0.1294	0.1011	0.0651	0.1011	0.073
chrX	15487602	15487833	chrX:15487603-15487833	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1576	0.1613	0.2062	0.1003	0.1092	0.1917	0.1696	0.2265	0.1092	0.2766	0.227	0.2766	0.1844	0.1746	0.1315	0.1746	0.1157
chrX	15487919	15488070	chrX:15487920-15488070	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0507	0.0547	0.0263	0.0361	0.0519	0.0623	0.068	0.0361	0.0707	0.0614	0.0707	0.0558	0.0337	0.0374	0.0337	0.0318
chrX	15488222	15488404	chrX:15488223-15488404	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1054	0.1039	0.1402	0.0688	0.0753	0.1311	0.1051	0.1432	0.0753	0.195	0.1582	0.195	0.134	0.1164	0.0993	0.1164	0.0662
chrX	15488538	15488819	chrX:15488539-15488819	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.069	0.0679	0.0848	0.0528	0.053	0.0772	0.0817	0.0826	0.053	0.119	0.0942	0.119	0.0705	0.062	0.0619	0.062	0.0672
chrX	15498947	15499113	chrX:15498948-15499113	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0417	0.0475	0.0136	0.0371	0.0316	0.0567	0.06	0.0371	0.0483	0.0601	0.0483	0.0542	0.0222	0.0123	0.0222	0.0214
chrX	15502020	15502186	chrX:15502021-15502186	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0333	0.0598	0.0292	0.0081	0.0456	0.0296	0.0804	0.1059	0.0456	0.0127	0.0595	0.0127	0.0093	0.0061	0.0251	0.0061	0.0026
chrX	15502280	15502530	chrX:15502281-15502530	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0652	0.1279	0.0475	0.0146	0.1177	0.0621	0.1933	0.1885	0.1177	0.0187	0.0981	0.0187	0.0178	0.0092	0.0413	0.0092	0.0063
chrX	15503183	15503334	chrX:15503184-15503334	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0378	0.0309	0.0522	0.0297	0.0297	0.0175	0.051	0.0346	0.0297	0.0169	0.1084	0.0169	0.0217	0.01	0.1038	0.01	0.0099
chrX	15503465	15503697	chrX:15503466-15503697	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0568	0.0432	0.0799	0.0465	0.035	0.0301	0.0631	0.0626	0.035	0.0302	0.155	0.0302	0.048	0.0222	0.1496	0.0222	0.0266
chrX	15503960	15504222	chrX:15503961-15504222	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0572	0.0561	0.0761	0.0377	0.0498	0.0374	0.0882	0.0653	0.0498	0.0326	0.1318	0.0326	0.0674	0.013	0.109	0.013	0.0344
chrX	15504244	15504590	chrX:15504245-15504590	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0725	0.0695	0.1058	0.0391	0.0657	0.0466	0.0986	0.0919	0.0657	0.0368	0.1968	0.0368	0.0883	0.0138	0.1238	0.0138	0.024
chrX	15513118	15513449	chrX:15513119-15513449	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0274	0.033	0.0235	0.0253	0.0255	0.0121	0.0636	0.0366	0.0255	0.0097	0.0203	0.0097	0.0767	0.0123	0.0245	0.0123	0.0584
chrX	15513610	15513833	chrX:15513611-15513833	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.014	0.0181	0.0199	0.0106	0.0087	0.0238	0.018	0.0106	0.0042	0.0145	0.0042	0.0666	0.0054	0.0226	0.0054	0.0433
chrX	15513914	15514065	chrX:15513915-15514065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0185	0.0157	0.0165	0.0238	0.018	0.0102	0.026	0.0127	0.018	0.0048	0.0193	0.0048	0.0434	0.013	0.0503	0.013	0.0318
chrX	15514176	15514327	chrX:15514177-15514327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0237	0.0299	0.017	0.024	0.0297	0.0126	0.0541	0.0333	0.0297	0.0072	0.0244	0.0072	0.0248	0.0214	0.0451	0.0214	0.0313
chrX	15514340	15514491	chrX:15514341-15514491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0386	0.0202	0.0245	0.0371	0.0146	0.0727	0.042	0.0371	0.0103	0.0267	0.0103	0.0287	0.0237	0.04	0.0237	0.0339
chrX	15514745	15514896	chrX:15514746-15514896	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0278	0.0408	0.0211	0.0206	0.0456	0.0189	0.074	0.042	0.0456	0.0097	0.0277	0.0097	0.0333	0.0214	0.0342	0.0214	0.025
chrX	15517417	15517568	chrX:15517418-15517568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0241	0.014	0.0153	0.0233	0.0097	0.0458	0.026	0.0233	0.0121	0.0193	0.0121	0.0124	0.0245	0.0303	0.0245	0.0104
chrX	15517807	15517958	chrX:15517808-15517958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0141	0.0177	0.008	0.0167	0.018	0.0083	0.0307	0.0187	0.018	0.0042	0.0125	0.0042	0.0108	0.0459	0.0284	0.0459	0.0052
chrX	15518341	15518593	chrX:15518342-15518593	distal	distal	none	none	Unspecified_HC_42	Unspecified_HC_42	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0241	0.0501	0.0133	0.007	0.0583	0.0189	0.0956	0.048	0.0583	0.0079	0.018	0.0079	0.0178	0.0061	0.0142	0.0061	0.0068
chrX	15518766	15519165	chrX:15518767-15519165	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_42,sog_broad_lateral_neurogenic_ectoderm	Unspecified_HC_42,sog_broad_lateral_neurogenic_ectoderm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0678	0.138	0.0429	0.0167	0.158	0.0563	0.2392	0.1559	0.158	0.0254	0.0662	0.0254	0.0426	0.0107	0.0355	0.0107	0.0198
chrX	15519398	15519549	chrX:15519399-15519549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0403	0.0204	0.0088	0.0488	0.0146	0.0731	0.0426	0.0488	0.0109	0.0302	0.0109	0.0248	0.0077	0.0181	0.0077	0.0094
chrX	15519590	15519741	chrX:15519591-15519741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0217	0.0358	0.0197	0.0082	0.0403	0.0126	0.0644	0.04	0.0403	0.0103	0.0305	0.0103	0.024	0.0084	0.0116	0.0084	0.0109
chrX	15520431	15520674	chrX:15520432-15520674	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1267	0.1437	0.1372	0.0962	0.158	0.1282	0.189	0.1732	0.158	0.1298	0.1736	0.1298	0.1541	0.1309	0.1406	0.1309	0.1282
chrX	15525528	15525679	chrX:15525529-15525679	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.014	0.0142	0.015	0.0128	0.0032	0.0117	0.026	0.0147	0.0032	0.0187	0.0145	0.0187	0.017	0.0306	0.009	0.0306	0.0167
chrX	15527458	15527720	chrX:15527459-15527720	FBgn0003463	sog	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0275	0.0186	0.0218	0.0436	0.0064	0.016	0.0281	0.0233	0.0064	0.0127	0.0248	0.0127	0.038	0.0957	0.0445	0.0957	0.0511
chrX	15540869	15541124	chrX:15540870-15541124	distal	distal	stage5	stage5	sog-shadow	sog-shadow	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0569	0.1514	0.0102	0.0026	0.1962	0.0432	0.3101	0.1046	0.1962	0.0109	0.0132	0.0109	0.007	0.0046	0.0026	0.0046	0.0026
chrX	15541135	15541286	chrX:15541136-15541286	distal	distal	stage5	stage5	sog-shadow	sog-shadow	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0409	0.1085	0.0075	0.0019	0.1304	0.0325	0.231	0.0733	0.1304	0.0072	0.0096	0.0072	0.007	0.0031	0.0013	0.0031	0.0026
chrX	15547623	15547844	chrX:15547624-15547844	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1073	0.0996	0.1294	0.0916	0.07	0.1126	0.1237	0.1186	0.07	0.1473	0.1434	0.1473	0.1216	0.0995	0.0787	0.0995	0.123
chrX	15548117	15548268	chrX:15548118-15548268	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0199	0.0234	0.0251	0.0103	0.0138	0.0218	0.0329	0.026	0.0138	0.0254	0.0254	0.0254	0.0186	0.0084	0.0103	0.0084	0.013
chrX	15550928	15551079	chrX:15550929-15551079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0086	0.0088	0.0131	0.0033	0.0021	0.0087	0.0121	0.0147	0.0021	0.0079	0.0135	0.0079	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.001
chrX	15553187	15553395	chrX:15553188-15553395	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0165	0.0204	0.0241	0.0038	0.0085	0.0257	0.0177	0.0393	0.0085	0.0121	0.0437	0.0121	0.0077	0.0023	0.0052	0.0023	0.0016
chrX	15554044	15554195	chrX:15554045-15554195	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0185	0.0313	0.0197	0.0028	0.0223	0.0184	0.0359	0.064	0.0223	0.0145	0.0305	0.0145	0.007	8e-04	0.0026	8e-04	0.0021
chrX	15554506	15554657	chrX:15554507-15554657	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0205	0.025	0.0286	0.0067	0.0085	0.0155	0.0298	0.0553	0.0085	0.0115	0.0569	0.0115	0.007	0.0054	0.0213	0.0054	0.0026
chrX	15554667	15554818	chrX:15554668-15554818	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0193	0.0183	0.0321	0.0064	0.0064	0.0092	0.026	0.038	0.0064	0.0163	0.0646	0.0163	0.0077	0.0054	0.0206	0.0054	0.0021
chrX	15555604	15555755	chrX:15555605-15555755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0117	0.0162	0.0142	0.0038	0.0127	0.0112	0.029	0.0147	0.0127	0.0091	0.0148	0.0091	0.0054	0.0038	0.0045	0.0038	0.0016
chrX	15559264	15559415	chrX:15559265-15559415	FBgn0262991	CR43299	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0095	0.0096	0.0147	0.0038	0	0.016	0.0117	0.01	0	0.0368	0.0116	0.0368	0.0046	0.0046	0.0019	0.0046	0.0016
chrX	15565012	15565188	chrX:15565013-15565188	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0704	0.0713	0.1004	0.0365	0.0785	0.0655	0.0696	0.1179	0.0785	0.0562	0.1363	0.0562	0.0449	0.0107	0.0316	0.0107	0.0208
chrX	15565389	15565571	chrX:15565390-15565571	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0668	0.0682	0.0938	0.0355	0.053	0.065	0.0731	0.1093	0.053	0.0519	0.119	0.0519	0.038	0.0138	0.0297	0.0138	0.0162
chrX	15568288	15568439	chrX:15568289-15568439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0183	0.0334	0.0164	0.0035	0.0159	0.0228	0.0346	0.0746	0.0159	0.0103	0.0209	0.0103	0.0077	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chrX	15568673	15568918	chrX:15568674-15568918	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0438	0.0622	0.0548	0.0111	0.0244	0.0617	0.0653	0.1146	0.0244	0.0459	0.0797	0.0459	0.0225	0.0153	0.0148	0.0153	0.0068
chrX	15569390	15569564	chrX:15569391-15569564	FBgn0030666	CG12708	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.095	0.1108	0.1154	0.0549	0.1039	0.1228	0.1207	0.1446	0.1039	0.1105	0.1402	0.1105	0.0837	0.0413	0.0748	0.0413	0.0453
chrX	15572874	15573032	chrX:15572875-15573032	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0246	0.0355	0.0293	0.0074	0.0308	0.0277	0.0627	0.0313	0.0308	0.0175	0.0469	0.0175	0.0209	0.0031	0.0097	0.0031	0.0094
chrX	15574136	15574287	chrX:15574137-15574287	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0179	0.0314	0.0174	0.0033	0.0265	0.0257	0.0424	0.0413	0.0265	0.0079	0.0161	0.0079	0.0046	0.0015	0.0019	0.0015	0.0036
chrX	15578220	15578371	chrX:15578221-15578371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0395	0.0203	0.0071	0.0308	0.0155	0.067	0.06	0.0308	0.0133	0.0299	0.0133	0.0139	0.0046	0.0148	0.0046	0.0042
chrX	15578510	15578693	chrX:15578511-15578693	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0423	0.0855	0.0279	0.0099	0.0689	0.0301	0.141	0.1366	0.0689	0.0139	0.0505	0.0139	0.0139	0.0069	0.0232	0.0069	0.0073
chrX	15579318	15579469	chrX:15579319-15579469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0156	0.0184	0.0208	0.0068	0.0106	0.0165	0.0277	0.022	0.0106	0.0163	0.0367	0.0163	0.0085	0.0084	0.0129	0.0084	0.0031
chrX	15583865	15584064	chrX:15583866-15584064	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0369	0.04	0.0246	0.0308	0.033	0.0575	0.0366	0.0308	0.029	0.0498	0.029	0.0473	0.0306	0.0284	0.0306	0.0266
chrX	15585333	15585484	chrX:15585334-15585484	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0116	0.0142	0.0145	0.0054	0.0053	0.0112	0.0251	0.0173	0.0053	0.0072	0.0109	0.0072	0.0054	8e-04	0.0039	8e-04	0.0036
chrX	15586317	15586468	chrX:15586318-15586468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.013	0.0127	0.0194	0.0063	0.0032	0.0126	0.0225	0.0127	0.0032	0.0097	0.0177	0.0097	0.0108	0.0054	0.0045	0.0054	0.0068
chrX	15587293	15587444	chrX:15587294-15587444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0155	0.0246	0.0159	0.0049	0.0117	0.017	0.0497	0.0193	0.0117	0.0115	0.0141	0.0115	0.0093	0.0023	0.0032	0.0023	0.0042
chrX	15590909	15591309	chrX:15590910-15591309	FBgn0030668	CG8128	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.1214	0.1229	0.1471	0.0915	0.0795	0.1442	0.1423	0.1572	0.0795	0.1685	0.1576	0.1685	0.1371	0.0873	0.0845	0.0873	0.1225
chrX	15591414	15591593	chrX:15591415-15591593	FBgn0030668	CG8128	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.122	0.1082	0.1478	0.109	0.0679	0.1345	0.1194	0.1379	0.0679	0.1733	0.1637	0.1733	0.1441	0.1149	0.1115	0.1149	0.1287
chrX	15591785	15592040	chrX:15591786-15592040	FBgn0030668	CG8128	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0735	0.0535	0.0864	0.0817	0.0318	0.0655	0.0575	0.0746	0.0318	0.0888	0.1006	0.0888	0.0914	0.0727	0.0651	0.0727	0.111
chrX	15592057	15592208	chrX:15592058-15592208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0527	0.037	0.0651	0.0567	0.017	0.0408	0.0424	0.0613	0.017	0.0604	0.0859	0.0604	0.0736	0.0636	0.0516	0.0636	0.0818
chrX	15595196	15595366	chrX:15595197-15595366	FBgn0030669	CG9240	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.095	0.0882	0.1181	0.0773	0.053	0.1024	0.1012	0.1213	0.053	0.1455	0.1341	0.1455	0.1154	0.0896	0.0671	0.0896	0.0964
chrX	15597369	15597634	chrX:15597370-15597634	FBgn0030670	Pis	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0793	0.0872	0.0606	0.0488	0.0903	0.0973	0.0966	0.0488	0.0966	0.0897	0.0966	0.1007	0.0735	0.0683	0.0735	0.0703
chrX	15597731	15597907	chrX:15597732-15597907	FBgn0030670,FBgn0030671	CG8134,Pis	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1426	0.1398	0.1657	0.1203	0.105	0.1646	0.1652	0.1606	0.105	0.2047	0.1797	0.2047	0.1572	0.1363	0.1341	0.1363	0.1365
chrX	15598036	15598212	chrX:15598037-15598212	FBgn0030670,FBgn0030671	CG8134,Pis	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1348	0.1593	0.1245	0.0986	0.1534	0.1696	0.1486	0.0986	0.2005	0.1804	0.2005	0.1503	0.1256	0.1315	0.1256	0.1548
chrX	15598303	15598511	chrX:15598304-15598511	FBgn0030671	CG8134	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.0616	0.0784	0.0564	0.0414	0.0631	0.0861	0.0726	0.0414	0.0906	0.0852	0.0906	0.0945	0.0613	0.0651	0.0613	0.0714
chrX	15603872	15604105	chrX:15603873-15604105	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1148	0.1012	0.1549	0.0859	0.0689	0.1325	0.096	0.1419	0.0689	0.2246	0.164	0.2246	0.1464	0.1363	0.0896	0.1363	0.0985
chrX	15604129	15604314	chrX:15604130-15604314	FBgn0030672	CG9281	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1309	0.1301	0.1675	0.0916	0.1082	0.1539	0.1263	0.1852	0.1082	0.2204	0.1785	0.2204	0.1712	0.1378	0.1025	0.1378	0.0933
chrX	15604440	15604699	chrX:15604441-15604699	FBgn0030672,FBgn0030673	CG15601,CG9281	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2576	0.2421	0.3126	0.2146	0.1866	0.2976	0.2552	0.3051	0.1866	0.3913	0.3408	0.3913	0.3005	0.2634	0.2237	0.2634	0.2355
chrX	15604967	15605156	chrX:15604968-15605156	FBgn0030672,FBgn0030673	CG15601,CG9281	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1346	0.1234	0.1618	0.1173	0.0806	0.1374	0.1445	0.1632	0.0806	0.212	0.1714	0.212	0.172	0.1355	0.1096	0.1355	0.1574
chrX	15606558	15606750	chrX:15606559-15606750	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1719	0.1709	0.1902	0.153	0.1198	0.2039	0.1972	0.2085	0.1198	0.2319	0.1984	0.2319	0.1929	0.1585	0.1618	0.1585	0.1819
chrX	15606798	15606991	chrX:15606799-15606991	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.131	0.117	0.1511	0.1244	0.0679	0.1316	0.1371	0.1539	0.0679	0.1787	0.1605	0.1787	0.1503	0.144	0.1186	0.144	0.1589
chrX	15607069	15607560	chrX:15607070-15607560	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1544	0.1625	0.1674	0.1312	0.1156	0.1825	0.1804	0.2225	0.1156	0.1884	0.1801	0.1884	0.1766	0.1462	0.136	0.1462	0.1423
chrX	15626076	15626290	chrX:15626077-15626290	FBgn0030675	CG8191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1301	0.1358	0.1631	0.0876	0.1198	0.1408	0.1622	0.1772	0.1198	0.2144	0.1785	0.2144	0.182	0.1302	0.0922	0.1302	0.1308
chrX	15626406	15626588	chrX:15626407-15626588	FBgn0030675	CG8191	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0663	0.0791	0.0765	0.0408	0.071	0.0786	0.0978	0.1033	0.071	0.0996	0.0887	0.0996	0.0868	0.0574	0.0445	0.0574	0.0599
chrX	15627715	15627889	chrX:15627716-15627889	FBgn0026666,FBgn0030676	CG12379,l(1)G0136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1008	0.0967	0.1234	0.0806	0.0668	0.118	0.1051	0.1299	0.0668	0.1655	0.1347	0.1655	0.1247	0.108	0.0754	0.108	0.0985
chrX	15627927	15628106	chrX:15627928-15628106	FBgn0026666,FBgn0030676	CG12379,l(1)G0136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1157	0.1051	0.147	0.0934	0.07	0.1354	0.1016	0.1466	0.07	0.1908	0.164	0.1908	0.1371	0.1064	0.0967	0.1064	0.112
chrX	15628196	15628376	chrX:15628197-15628376	FBgn0026666,FBgn0030676	CG12379,l(1)G0136	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1204	0.1092	0.1468	0.1039	0.0912	0.1379	0.1181	0.1286	0.0912	0.192	0.1605	0.192	0.1379	0.124	0.0974	0.124	0.1318
chrX	15628509	15628660	chrX:15628510-15628660	FBgn0026666,FBgn0030676	CG12379,l(1)G0136	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.0537	0.0618	0.0423	0.0339	0.0612	0.0705	0.0593	0.0339	0.0803	0.0659	0.0803	0.062	0.0544	0.0413	0.0544	0.0511
chrX	15631000	15631215	chrX:15631001-15631215	FBgn0011741	Actr13E	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1269	0.1415	0.1397	0.0966	0.1018	0.1529	0.1631	0.1905	0.1018	0.1793	0.1543	0.1793	0.1263	0.0949	0.1077	0.0949	0.1047
chrX	15631304	15631476	chrX:15631305-15631476	FBgn0011741	Actr13E	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0909	0.0872	0.1075	0.0767	0.0636	0.0976	0.0995	0.1119	0.0636	0.1401	0.1199	0.1401	0.1015	0.0865	0.0928	0.0865	0.0834
chrX	15632682	15632833	chrX:15632683-15632833	FBgn0030678,FBgn0030679	CG11679,CG8206	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.034	0.0252	0.0429	0.034	0.0148	0.0296	0.0324	0.03	0.0148	0.055	0.0521	0.055	0.0418	0.0268	0.0193	0.0268	0.0412
chrX	15632893	15633085	chrX:15632894-15633085	FBgn0030678,FBgn0030679	CG11679,CG8206	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0874	0.0751	0.11	0.0762	0.0392	0.0937	0.0865	0.0979	0.0392	0.131	0.1193	0.131	0.1309	0.0766	0.0696	0.0766	0.1001
chrX	15633119	15633353	chrX:15633120-15633353	FBgn0030678,FBgn0030679	CG11679,CG8206	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1204	0.0983	0.1576	0.1043	0.0689	0.135	0.106	0.1093	0.0689	0.1872	0.1759	0.1872	0.1782	0.1156	0.1128	0.1156	0.1277
chrX	15640220	15640410	chrX:15640221-15640410	FBgn0027329,FBgn0030680	CG8944,Tcp-1zeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1277	0.1123	0.1622	0.1069	0.0795	0.1432	0.1181	0.1406	0.0795	0.1963	0.1836	0.1963	0.1418	0.1172	0.1083	0.1172	0.1157
chrX	15640573	15640754	chrX:15640574-15640754	FBgn0027329,FBgn0030680	CG8944,Tcp-1zeta	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1131	0.0976	0.1382	0.103	0.0679	0.1248	0.1047	0.1259	0.0679	0.1709	0.1582	0.1709	0.1239	0.1172	0.1122	0.1172	0.1105
chrX	15640856	15641136	chrX:15640857-15641136	FBgn0027329	Tcp-1zeta	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.0631	0.1114	0.0781	0.0255	0.0893	0.0601	0.0926	0.0255	0.1419	0.1251	0.1419	0.1146	0.0957	0.0799	0.0957	0.0917
chrX	15643064	15643249	chrX:15643065-15643249	FBgn0030683	CG8239	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1122	0.0759	0.1503	0.1111	0.0318	0.1	0.0839	0.1006	0.0318	0.1963	0.1711	0.1963	0.1704	0.1371	0.1244	0.1371	0.1516
chrX	15650446	15650597	chrX:15650447-15650597	FBgn0030684	CG8260	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0147	0.0274	0.0122	0.0032	0.0159	0.0131	0.0562	0.0253	0.0159	0.0133	0.0145	0.0133	0.0147	0.0038	0.0045	0.0038	0.0036
chrX	15653872	15654069	chrX:15653873-15654069	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0647	0.0608	0.0726	0.0603	0.0445	0.0874	0.0627	0.0653	0.0445	0.1057	0.0756	0.1057	0.0806	0.0827	0.0606	0.0827	0.073
chrX	15654174	15654381	chrX:15654175-15654381	FBgn0030685	Graf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0725	0.0651	0.0789	0.0738	0.0392	0.0864	0.0757	0.0713	0.0392	0.1045	0.0849	0.1045	0.0806	0.0926	0.0845	0.0926	0.0849
chrX	15654382	15654605	chrX:15654383-15654605	FBgn0030685	Graf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1032	0.0922	0.1209	0.0959	0.0626	0.1146	0.1138	0.0999	0.0626	0.1594	0.1338	0.1594	0.1154	0.1286	0.098	0.1286	0.1115
chrX	15654703	15654887	chrX:15654704-15654887	FBgn0030685,FBgn0030686	Graf,mRpL3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1735	0.1486	0.2089	0.1627	0.0965	0.1796	0.17	0.1792	0.0965	0.2633	0.2267	0.2633	0.2099	0.1746	0.1696	0.1746	0.186
chrX	15655159	15655334	chrX:15655160-15655334	FBgn0030685,FBgn0030686	Graf,mRpL3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1413	0.1186	0.1731	0.1316	0.0636	0.1388	0.1375	0.1619	0.0636	0.2192	0.1907	0.2192	0.1735	0.1325	0.1406	0.1325	0.1558
chrX	15656528	15656679	chrX:15656529-15656679	FBgn0030687	CG17209	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0373	0.0288	0.0514	0.0313	0.0148	0.033	0.0376	0.0353	0.0148	0.0634	0.0608	0.0634	0.0434	0.0452	0.0271	0.0452	0.038
chrX	15656828	15657038	chrX:15656829-15657038	FBgn0030687	CG17209	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1022	0.087	0.1353	0.0829	0.0498	0.1165	0.093	0.1099	0.0498	0.1727	0.1595	0.1727	0.1263	0.0827	0.0832	0.0827	0.1047
chrX	15663322	15663533	chrX:15663323-15663533	FBgn0053172	CG33172	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0386	0.0365	0.0467	0.032	0.0138	0.0388	0.0549	0.0426	0.0138	0.0598	0.0486	0.0598	0.0558	0.0391	0.0309	0.0391	0.0401
chrX	15663598	15663764	chrX:15663599-15663764	FBgn0053172	CG33172	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0764	0.0664	0.0972	0.0646	0.0339	0.0767	0.0856	0.0819	0.0339	0.1159	0.1109	0.1159	0.0984	0.0766	0.0619	0.0766	0.0823
chrX	15663847	15664019	chrX:15663848-15664019	FBgn0053172	CG33172	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0413	0.0566	0.0316	0.0308	0.0417	0.0545	0.0513	0.0308	0.0652	0.0669	0.0652	0.0596	0.0368	0.0297	0.0368	0.0417
chrX	15664094	15664245	chrX:15664095-15664245	FBgn0053172	CG33172	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0288	0.0335	0.0146	0.0159	0.032	0.0372	0.0366	0.0159	0.0411	0.036	0.0411	0.038	0.0184	0.0116	0.0184	0.0198
chrX	15679187	15679338	chrX:15679188-15679338	FBgn0025809	Paf-AHalpha	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0388	0.0369	0.0482	0.0305	0.0191	0.0505	0.0437	0.0406	0.0191	0.0682	0.0473	0.0682	0.0589	0.0306	0.0284	0.0306	0.0464
chrX	15679543	15679720	chrX:15679544-15679720	FBgn0025809,FBgn0030692	Paf-AHalpha,mRpS30	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1414	0.132	0.1659	0.1251	0.1039	0.165	0.1384	0.1666	0.1039	0.2083	0.1788	0.2083	0.1665	0.1279	0.1322	0.1279	0.16
chrX	15680001	15680182	chrX:15680002-15680182	FBgn0025809,FBgn0030692	Paf-AHalpha,mRpS30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1281	0.1241	0.1473	0.1114	0.0838	0.1524	0.1289	0.1692	0.0838	0.1806	0.1605	0.1806	0.1588	0.1394	0.1038	0.1394	0.1256
chrX	15682472	15682696	chrX:15682473-15682696	FBgn0026374	Rhp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.059	0.0649	0.0635	0.0473	0.0392	0.0626	0.0908	0.0859	0.0392	0.0386	0.0807	0.0386	0.0999	0.026	0.0619	0.026	0.0719
chrX	15682806	15682999	chrX:15682807-15682999	FBgn0026374	Rhp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1173	0.1262	0.1346	0.0883	0.0891	0.1189	0.1652	0.1692	0.0891	0.0586	0.2003	0.0586	0.1549	0.0314	0.1515	0.0314	0.1172
chrX	15683221	15683520	chrX:15683222-15683520	FBgn0026374	Rhp	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0616	0.0755	0.0639	0.0286	0.0689	0.0813	0.0753	0.0286	0.0543	0.1	0.0543	0.0914	0.0459	0.1032	0.0459	0.0917
chrX	15683588	15683739	chrX:15683589-15683739	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0342	0.0314	0.042	0.0287	0.0148	0.0432	0.0385	0.034	0.0148	0.029	0.0531	0.029	0.062	0.0184	0.049	0.0184	0.0386
chrX	15683838	15683989	chrX:15683839-15683989	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0331	0.0297	0.0415	0.0276	0.0106	0.0374	0.0355	0.0386	0.0106	0.0344	0.0531	0.0344	0.0519	0.026	0.0438	0.026	0.0323
chrX	15693511	15693662	chrX:15693512-15693662	FBgn0030694,FBgn0052581	CG15602,CG32581	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.016	0.0504	0.0156	0.0064	0.0214	0.0143	0.026	0.0064	0.061	0.0553	0.061	0.0534	0.0199	0.0181	0.0199	0.0188
chrX	15694706	15694895	chrX:15694707-15694895	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0411	0.0599	0.0327	0.0138	0.05	0.0489	0.0546	0.0138	0.0676	0.0717	0.0676	0.0596	0.0276	0.0355	0.0276	0.0453
chrX	15694950	15695154	chrX:15694951-15695154	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.0531	0.0669	0.0437	0.0318	0.0602	0.0601	0.0713	0.0318	0.0857	0.0762	0.0857	0.0666	0.0452	0.0477	0.0452	0.0568
chrX	15695336	15695487	chrX:15695337-15695487	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0249	0.0264	0.0303	0.0171	0.0191	0.0214	0.0329	0.04	0.0191	0.038	0.0386	0.038	0.0209	0.0191	0.02	0.0191	0.0208
chrX	15696776	15696927	chrX:15696777-15696927	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0483	0.0359	0.0593	0.0503	0.018	0.0456	0.0428	0.0446	0.018	0.0634	0.0691	0.0634	0.0651	0.0544	0.0587	0.0544	0.0735
chrX	15696959	15697157	chrX:15696960-15697157	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0807	0.0646	0.0935	0.0845	0.0329	0.0762	0.0744	0.0886	0.0329	0.1081	0.1045	0.1081	0.1115	0.1049	0.1012	0.1049	0.1167
chrX	15697447	15697718	chrX:15697448-15697718	FBgn0030695	PGRP-LE	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.049	0.0216	0.0461	0.083	0.0064	0.034	0.0272	0.0207	0.0064	0.0465	0.0492	0.0465	0.062	0.0789	0.0974	0.0789	0.0964
chrX	15697840	15698014	chrX:15697841-15698014	FBgn0003345,FBgn0030695	PGRP-LE,sd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.06	0.0349	0.0543	0.0944	0.0191	0.0471	0.0394	0.0406	0.0191	0.0537	0.0585	0.0537	0.0728	0.0957	0.1038	0.0957	0.1157
chrX	15698209	15698445	chrX:15698210-15698445	FBgn0003345,FBgn0030695	PGRP-LE,sd	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.106	0.0622	0.1152	0.1447	0.0308	0.0811	0.0675	0.0839	0.0308	0.1419	0.1206	0.1419	0.1363	0.1631	0.1444	0.1631	0.1673
chrX	15698633	15698852	chrX:15698634-15698852	FBgn0003345	sd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0402	0.0189	0.0416	0.0622	0.0064	0.0238	0.0272	0.02	0.0064	0.0429	0.0434	0.0429	0.0418	0.062	0.0477	0.062	0.0631
chrX	15705757	15706067	chrX:15705758-15706067	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT62445.1	VT62445.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2461	0.1939	0.3209	0.2223	0.1304	0.2733	0.1631	0.2685	0.1304	0.3955	0.3601	0.3955	0.2765	0.2634	0.2676	0.2634	0.2496
chrX	15706121	15706442	chrX:15706122-15706442	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT62445.1	VT62445.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1775	0.1262	0.2326	0.1743	0.053	0.1879	0.0973	0.1979	0.053	0.2464	0.3	0.2464	0.1898	0.2328	0.2534	0.2328	0.1423
chrX	15706762	15706919	chrX:15706763-15706919	distal	distal	none	none	VT62445.1,VT62446.1	VT62445.1,VT62446.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0557	0.0315	0.0731	0.0636	0.0085	0.0466	0.026	0.05	0.0085	0.0803	0.0916	0.0803	0.0697	0.1149	0.0916	0.1149	0.0552
chrX	15707368	15707626	chrX:15707369-15707626	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT62446.1	VT62446.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1487	0.1218	0.1886	0.1349	0.0689	0.1612	0.1172	0.1759	0.0689	0.2458	0.2283	0.2458	0.1565	0.1838	0.1915	0.1838	0.1496
chrX	15707702	15707853	chrX:15707703-15707853	distal	distal	none	none	VT62446.1	VT62446.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.048	0.0354	0.0617	0.0472	0.0191	0.0471	0.0389	0.0446	0.0191	0.0815	0.073	0.0815	0.0511	0.0666	0.0651	0.0666	0.0485
chrX	15708450	15708648	chrX:15708451-15708648	distal	distal	stage14	stage14	VT62446.1	VT62446.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0406	0.0216	0.0458	0.0561	0.0042	0.0417	0.0173	0.024	0.0042	0.0586	0.0518	0.0586	0.0395	0.0819	0.0941	0.0819	0.0547
chrX	15710808	15711169	chrX:15710809-15711169	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62448.1	VT62448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1166	0.118	0.1618	0.0653	0.0594	0.1553	0.1185	0.1672	0.0594	0.2542	0.1457	0.2542	0.0542	0.0521	0.0374	0.0521	0.038
chrX	15711194	15711441	chrX:15711195-15711441	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62448.1,VT62449.1	VT62448.1,VT62449.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0762	0.0582	0.1154	0.0533	0.017	0.0845	0.0536	0.0866	0.017	0.1667	0.0929	0.1667	0.0364	0.0406	0.0329	0.0406	0.0245
chrX	15711965	15712197	chrX:15711966-15712197	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62449.1	VT62449.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1059	0.0694	0.1595	0.0879	0.0138	0.1117	0.0454	0.1233	0.0138	0.2174	0.1736	0.2174	0.0473	0.1562	0.0496	0.1562	0.0349
chrX	15712877	15713029	chrX:15712878-15713029	distal	distal	none	none	VT62449.1	VT62449.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0452	0.0349	0.0596	0.0409	0.0159	0.0495	0.0342	0.0453	0.0159	0.0658	0.0508	0.0658	0.0217	0.0337	0.0264	0.0337	0.0099
chrX	15715374	15715525	chrX:15715375-15715525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0079	0.0113	0.0174	0.0011	0.0083	0.013	0.008	0.0011	0.0145	0.0109	0.0145	0.0093	0.0567	0.0084	0.0567	0.0031
chrX	15717362	15717530	chrX:15717363-15717530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0216	0.0123	0.0297	0.023	0.0053	0.0194	0.0138	0.0127	0.0053	0.0236	0.0296	0.0236	0.0178	0.023	0.0123	0.023	0.0115
chrX	15719003	15719154	chrX:15719004-15719154	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.025	0.0293	0.0142	0.0127	0.0238	0.0294	0.0406	0.0127	0.0338	0.0344	0.0338	0.024	0.0222	0.0181	0.0222	0.0109
chrX	15728365	15728623	chrX:15728366-15728623	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0762	0.0653	0.0864	0.0771	0.0371	0.0752	0.0714	0.0926	0.0371	0.096	0.0981	0.096	0.1007	0.0804	0.0722	0.0804	0.1146
chrX	15728751	15728924	chrX:15728752-15728924	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1398	0.1174	0.1714	0.1301	0.0795	0.15	0.1189	0.1546	0.0795	0.2403	0.1768	0.2403	0.1603	0.1417	0.1225	0.1417	0.1652
chrX	15729005	15729195	chrX:15729006-15729195	FBgn0000319,FBgn0052582	CG32582,Chc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1365	0.1104	0.1703	0.1285	0.0615	0.1597	0.1038	0.1426	0.0615	0.2168	0.1862	0.2168	0.1603	0.1363	0.1425	0.1363	0.1464
chrX	15729430	15729605	chrX:15729431-15729605	FBgn0000319,FBgn0052582	CG32582,Chc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1383	0.122	0.1713	0.1202	0.0689	0.1544	0.1276	0.1732	0.0689	0.2114	0.1897	0.2114	0.1572	0.1317	0.1277	0.1317	0.1449
chrX	15729683	15729938	chrX:15729684-15729938	FBgn0000319,FBgn0052582	CG32582,Chc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0804	0.1006	0.0582	0.035	0.099	0.0852	0.1206	0.035	0.1202	0.1158	0.1202	0.0922	0.0636	0.0664	0.0636	0.0646
chrX	15734168	15734375	chrX:15734169-15734375	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0398	0.0523	0.0497	0.0149	0.0148	0.0553	0.0523	0.1013	0.0148	0.0314	0.0759	0.0314	0.0411	0.0161	0.0219	0.0161	0.0146
chrX	15738093	15738283	chrX:15738094-15738283	FBgn0027093,FBgn0030699	Aats-arg,CG8578	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1464	0.1363	0.1735	0.128	0.0954	0.1767	0.1518	0.1592	0.0954	0.2065	0.1891	0.2065	0.1743	0.1462	0.1348	0.1462	0.1563
chrX	15738394	15738578	chrX:15738395-15738578	FBgn0027093,FBgn0030699	Aats-arg,CG8578	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1287	0.1178	0.1499	0.1175	0.071	0.1461	0.1306	0.1532	0.071	0.195	0.1637	0.195	0.1379	0.1164	0.1225	0.1164	0.1522
chrX	15738718	15738869	chrX:15738719-15738869	FBgn0030699	CG8578	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0304	0.0368	0.0313	0.0159	0.0379	0.0376	0.036	0.0159	0.0386	0.0373	0.0386	0.0488	0.0421	0.0277	0.0421	0.0417
chrX	15742615	15742766	chrX:15742616-15742766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0516	0.0566	0.0547	0.0428	0.0435	0.0578	0.0709	0.0673	0.0435	0.0592	0.0505	0.0592	0.0635	0.0421	0.0348	0.0421	0.0526
chrX	15742916	15743105	chrX:15742917-15743105	FBgn0014391	sun	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.072	0.0618	0.0865	0.0673	0.0392	0.0757	0.0718	0.0766	0.0392	0.1021	0.0952	0.1021	0.0922	0.075	0.0658	0.075	0.0875
chrX	15743226	15743408	chrX:15743227-15743408	FBgn0014391	sun	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1199	0.1152	0.1335	0.1104	0.0764	0.1442	0.1324	0.1426	0.0764	0.1715	0.1441	0.1715	0.1247	0.1263	0.1167	0.1263	0.1292
chrX	15746656	15746807	chrX:15746657-15746807	FBgn0026076	UBL3	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0396	0.053	0.0429	0.0233	0.0471	0.0519	0.046	0.0233	0.0707	0.0553	0.0707	0.0527	0.0544	0.0432	0.0544	0.0427
chrX	15746821	15747025	chrX:15746822-15747025	FBgn0026076,FBgn0030700	CG15914,UBL3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0956	0.0874	0.1131	0.0855	0.0689	0.099	0.1003	0.1086	0.0689	0.1516	0.1161	0.1516	0.117	0.1018	0.0922	0.1018	0.1053
chrX	15747103	15747297	chrX:15747104-15747297	FBgn0026076,FBgn0030700	CG15914,UBL3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1682	0.1481	0.1981	0.1581	0.1166	0.1825	0.1583	0.1812	0.1166	0.253	0.2096	0.253	0.1944	0.2014	0.1683	0.2014	0.1767
chrX	15747423	15747615	chrX:15747424-15747615	FBgn0026076,FBgn0030700	CG15914,UBL3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1462	0.1281	0.1759	0.1337	0.0965	0.1549	0.1354	0.1726	0.0965	0.2295	0.1929	0.2295	0.1665	0.1845	0.1451	0.1845	0.1496
chrX	15747774	15747925	chrX:15747775-15747925	FBgn0030700	CG15914	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0449	0.0421	0.0593	0.0323	0.0223	0.049	0.0441	0.0666	0.0223	0.0767	0.0662	0.0767	0.0573	0.0383	0.0297	0.0383	0.0443
chrX	15751737	15751961	chrX:15751738-15751961	FBgn0002914	Myb	stage11,stage14,stage5	none	VT62469.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1418	0.1373	0.1632	0.1232	0.1103	0.1534	0.1596	0.1719	0.1103	0.2264	0.1698	0.2264	0.141	0.124	0.1322	0.124	0.1371
chrX	15752858	15753044	chrX:15752859-15753044	FBgn0065035	AlkB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0657	0.0494	0.0853	0.0625	0.0117	0.0607	0.0493	0.0853	0.0117	0.1184	0.0907	0.1184	0.0875	0.085	0.0651	0.085	0.0735
chrX	15753085	15753236	chrX:15753086-15753236	FBgn0065035	AlkB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0532	0.0399	0.0697	0.05	0.017	0.0558	0.0385	0.056	0.017	0.099	0.0704	0.099	0.0713	0.0574	0.058	0.0574	0.061
chrX	15753298	15753461	chrX:15753299-15753461	FBgn0065035	AlkB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0773	0.0629	0.0951	0.0739	0.0255	0.0942	0.0653	0.0759	0.0255	0.1184	0.1016	0.1184	0.0976	0.0804	0.0774	0.0804	0.0985
chrX	15754055	15754241	chrX:15754056-15754241	FBgn0001105	Gbeta13F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1379	0.1043	0.176	0.1337	0.0551	0.1476	0.1021	0.1286	0.0551	0.2156	0.1926	0.2156	0.1681	0.1386	0.1393	0.1386	0.1569
chrX	15754252	15754486	chrX:15754253-15754486	FBgn0001105	Gbeta13F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1173	0.0894	0.1487	0.1139	0.0456	0.1316	0.0848	0.1139	0.0456	0.1733	0.1662	0.1733	0.1394	0.124	0.1167	0.124	0.1303
chrX	15754594	15754802	chrX:15754595-15754802	FBgn0001105	Gbeta13F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1596	0.0937	0.1978	0.1913	0.0583	0.134	0.0787	0.1346	0.0583	0.2295	0.2119	0.2295	0.2153	0.1998	0.1883	0.1998	0.2126
chrX	15758290	15758454	chrX:15758291-15758454	distal	distal	none	none	VT62473.1,VT62474.1	VT62473.1,VT62474.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0481	0.0359	0.0213	0.0414	0.0427	0.0644	0.062	0.0414	0.0393	0.0421	0.0393	0.0372	0.0283	0.0232	0.0283	0.0281
chrX	15761779	15761946	chrX:15761780-15761946	FBgn0001092	Gapdh2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.042	0.0233	0.031	0.0749	0.0117	0.0291	0.0316	0.0233	0.0117	0.0308	0.0283	0.0308	0.0457	0.0651	0.0761	0.0651	0.074
chrX	15762045	15762239	chrX:15762046-15762239	FBgn0001092	Gapdh2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.037	0.0171	0.0268	0.0706	0.0074	0.0199	0.0221	0.0207	0.0074	0.0205	0.0283	0.0205	0.0395	0.0582	0.0696	0.0582	0.073
chrX	15763858	15764059	chrX:15763859-15764059	FBgn0030701	CG16952	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1271	0.1031	0.1562	0.122	0.0626	0.1223	0.1163	0.1346	0.0626	0.186	0.1752	0.186	0.141	0.1271	0.1225	0.1271	0.1386
chrX	15764112	15764308	chrX:15764113-15764308	FBgn0030701	CG16952	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1445	0.1219	0.1773	0.1338	0.0806	0.151	0.1324	0.1566	0.0806	0.1963	0.1987	0.1963	0.1789	0.1455	0.1406	0.1455	0.1537
chrX	15764442	15764657	chrX:15764443-15764657	FBgn0030701	CG16952	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1023	0.09	0.1192	0.0976	0.0636	0.1087	0.1008	0.1099	0.0636	0.1413	0.1315	0.1413	0.1371	0.1149	0.0999	0.1149	0.1146
chrX	15764818	15765050	chrX:15764819-15765050	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1136	0.1244	0.1193	0.0954	0.0891	0.1369	0.1471	0.1559	0.0891	0.157	0.1257	0.157	0.1108	0.1018	0.1044	0.1018	0.1068
chrX	15765179	15765366	chrX:15765180-15765366	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0823	0.0961	0.0857	0.0631	0.0636	0.1029	0.1211	0.1166	0.0636	0.1147	0.0897	0.1147	0.0782	0.0544	0.0767	0.0544	0.0875
chrX	15769383	15769534	chrX:15769384-15769534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.038	0.0364	0.0166	0.0159	0.0388	0.0519	0.0513	0.0159	0.0405	0.0473	0.0405	0.0201	0.0207	0.0206	0.0207	0.0162
chrX	15769696	15769948	chrX:15769697-15769948	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0858	0.1149	0.0942	0.044	0.0817	0.1291	0.1406	0.1366	0.0817	0.1111	0.109	0.1111	0.0728	0.0444	0.0503	0.0444	0.0464
chrX	15770058	15770257	chrX:15770059-15770257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0427	0.0479	0.0523	0.0265	0.017	0.0728	0.0484	0.0566	0.017	0.0568	0.0646	0.0568	0.0434	0.0314	0.0245	0.0314	0.0297
chrX	15770299	15770646	chrX:15770300-15770646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0525	0.0489	0.0671	0.0405	0.0255	0.0621	0.0614	0.052	0.0255	0.0737	0.082	0.0737	0.0705	0.0482	0.0374	0.0482	0.0412
chrX	15780642	15780871	chrX:15780643-15780871	FBgn0260938	tay	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1669	0.1431	0.1957	0.1618	0.0859	0.1796	0.1475	0.2005	0.0859	0.2482	0.2222	0.2482	0.1727	0.1792	0.187	0.1792	0.1751
chrX	15780985	15781160	chrX:15780986-15781160	FBgn0260938	tay	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.166	0.1356	0.1976	0.1654	0.0923	0.1689	0.1393	0.1845	0.0923	0.2434	0.2129	0.2434	0.2037	0.1654	0.187	0.1654	0.1813
chrX	15781303	15781530	chrX:15781304-15781530	FBgn0260938	tay	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1874	0.1725	0.2195	0.1686	0.1209	0.2049	0.1873	0.2305	0.1209	0.2705	0.2402	0.2705	0.213	0.1577	0.1779	0.1577	0.1871
chrX	15783656	15783868	chrX:15783657-15783868	FBgn0030703	MSBP	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.074	0.0709	0.0898	0.06	0.0435	0.083	0.0839	0.0899	0.0435	0.1033	0.1048	0.1033	0.0782	0.0766	0.0658	0.0766	0.0604
chrX	15784069	15784272	chrX:15784070-15784272	FBgn0030703,FBgn0030704	CG15916,MSBP	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1286	0.1073	0.1529	0.1256	0.0732	0.1495	0.1038	0.1332	0.0732	0.1981	0.1646	0.1981	0.1464	0.1508	0.118	0.1508	0.1449
chrX	15784504	15784691	chrX:15784505-15784691	FBgn0030703,FBgn0030704	CG15916,MSBP	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.0928	0.1404	0.1154	0.0551	0.1252	0.0921	0.1252	0.0551	0.1769	0.1585	0.1769	0.127	0.1194	0.1193	0.1194	0.1438
chrX	15785728	15785916	chrX:15785729-15785916	FBgn0003392	shi	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0766	0.042	0.0773	0.1145	0.0201	0.0587	0.0484	0.0453	0.0201	0.0797	0.0862	0.0797	0.0875	0.124	0.1141	0.124	0.1256
chrX	15786029	15786238	chrX:15786030-15786238	FBgn0003392	shi	stage11,stage14,stage5	none	shi_10749	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1646	0.1216	0.1967	0.1773	0.0817	0.1592	0.128	0.1486	0.0817	0.2355	0.2106	0.2355	0.1952	0.1922	0.1902	0.1922	0.1991
chrX	15786527	15786732	chrX:15786528-15786732	FBgn0003392	shi	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.043	0.0871	0.062	0.0201	0.0583	0.0433	0.062	0.0201	0.1093	0.0891	0.1093	0.0937	0.072	0.0587	0.072	0.0724
chrX	15788135	15788286	chrX:15788136-15788286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0206	0.0137	0.0213	0.0274	0.0064	0.0131	0.0208	0.0173	0.0064	0.0121	0.0222	0.0121	0.0302	0.0077	0.0135	0.0077	0.0255
chrX	15803245	15803505	chrX:15803246-15803505	FBgn0010315	CycD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1041	0.1094	0.1234	0.0769	0.0923	0.1306	0.1228	0.1306	0.0923	0.154	0.137	0.154	0.1317	0.0842	0.1012	0.0842	0.1152
chrX	15803623	15803833	chrX:15803624-15803833	FBgn0010315	CycD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1737	0.1734	0.2142	0.1298	0.1453	0.2024	0.1674	0.2445	0.1453	0.2663	0.2424	0.2663	0.2153	0.1654	0.1721	0.1654	0.1813
chrX	15804067	15804277	chrX:15804068-15804277	FBgn0010315	CycD	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1652	0.1628	0.2004	0.1292	0.1156	0.1961	0.1665	0.2192	0.1156	0.2597	0.2254	0.2597	0.189	0.1677	0.1554	0.1677	0.1824
chrX	15804859	15805010	chrX:15804860-15805010	FBgn0030706	CG8909	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0216	0.0146	0.0203	0.0308	0.0074	0.016	0.0195	0.018	0.0074	0.0199	0.0232	0.0199	0.024	0.026	0.0219	0.026	0.0224
chrX	15805193	15805344	chrX:15805194-15805344	FBgn0030706	CG8909	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0186	0.0166	0.019	0.0203	0.0127	0.0199	0.0173	0.022	0.0127	0.0157	0.027	0.0157	0.0194	0.01	0.0135	0.01	0.0109
chrX	15805622	15805773	chrX:15805623-15805773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0169	0.0155	0.0147	0.0209	0.0064	0.0121	0.0225	0.02	0.0064	0.0145	0.019	0.0145	0.0101	0.0138	0.011	0.0138	0.012
chrX	15805910	15806109	chrX:15805911-15806109	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0405	0.0283	0.0371	0.0581	0.0074	0.0296	0.0294	0.0486	0.0074	0.0314	0.0489	0.0314	0.0248	0.0306	0.0477	0.0306	0.037
chrX	15818617	15818768	chrX:15818618-15818768	FBgn0010240	Lcch3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0077	0.0072	0.0116	0.0021	0.0073	0.0125	0.0093	0.0021	0.0066	0.0068	0.0066	0.007	0.0069	0.0039	0.0069	0.0052
chrX	15818943	15819094	chrX:15818944-15819094	FBgn0010240	Lcch3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0155	0.0123	0.0127	0.0221	0.0042	0.0131	0.0186	0.0133	0.0042	0.0133	0.0138	0.0133	0.0085	0.0092	0.0071	0.0092	0.0094
chrX	15827249	15827563	chrX:15827250-15827563	FBgn0053180	Ranbp16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0608	0.0584	0.0707	0.0525	0.035	0.0655	0.0722	0.072	0.035	0.07	0.0839	0.07	0.0713	0.0582	0.0567	0.0582	0.0677
chrX	15827666	15827852	chrX:15827667-15827852	FBgn0053180	Ranbp16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1031	0.0942	0.1206	0.0939	0.0573	0.1175	0.1094	0.1133	0.0573	0.1383	0.1434	0.1383	0.1185	0.1126	0.0954	0.1126	0.1178
chrX	15828211	15828397	chrX:15828212-15828397	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0992	0.1113	0.1113	0.0723	0.0859	0.1189	0.1328	0.1426	0.0859	0.1383	0.1209	0.1383	0.1115	0.0804	0.0754	0.0804	0.0954
chrX	15828542	15828746	chrX:15828543-15828746	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0659	0.0602	0.0408	0.0477	0.0602	0.0843	0.0913	0.0477	0.0652	0.0656	0.0652	0.0666	0.0452	0.0419	0.0452	0.0521
chrX	15834381	15834587	chrX:15834382-15834587	FBgn0045073	Stim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.117	0.0973	0.1382	0.1156	0.0594	0.1204	0.1129	0.1219	0.0594	0.1757	0.1473	0.1757	0.1387	0.1325	0.1012	0.1325	0.1397
chrX	15834991	15835191	chrX:15834992-15835191	FBgn0030710,FBgn0045073	CG8924,Stim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0996	0.0756	0.1312	0.0918	0.0392	0.1024	0.0835	0.0946	0.0392	0.1534	0.1444	0.1534	0.127	0.0972	0.0922	0.0972	0.0985
chrX	15835430	15835879	chrX:15835431-15835879	FBgn0030710	CG8924	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1334	0.1564	0.1491	0.0904	0.1209	0.1539	0.202	0.2039	0.1209	0.1739	0.1707	0.1739	0.1216	0.098	0.0793	0.098	0.0719
chrX	15838913	15839119	chrX:15838914-15839119	FBgn0030711	Rrp47	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.129	0.1474	0.1332	0.1036	0.123	0.1437	0.1942	0.1732	0.123	0.1709	0.1473	0.1709	0.1309	0.1179	0.1103	0.1179	0.1308
chrX	15839181	15839332	chrX:15839182-15839332	FBgn0030711	Rrp47	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0708	0.0877	0.0717	0.051	0.0657	0.0869	0.1181	0.0999	0.0657	0.0888	0.0775	0.0888	0.072	0.0436	0.0561	0.0436	0.0683
chrX	15839392	15839556	chrX:15839393-15839556	FBgn0030711	Rrp47	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0474	0.0561	0.0497	0.0351	0.0339	0.0549	0.0792	0.07	0.0339	0.0586	0.0505	0.0586	0.062	0.0283	0.0219	0.0283	0.0662
chrX	15850452	15850720	chrX:15850453-15850720	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0313	0.0307	0.0353	0.0277	0.0244	0.0383	0.0389	0.028	0.0244	0.0471	0.0447	0.0471	0.0287	0.0322	0.0438	0.0322	0.0292
chrX	15856965	15857116	chrX:15856966-15857116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0139	0.0155	0.0185	0.0072	0.0042	0.0238	0.0195	0.0133	0.0042	0.0374	0.0186	0.0374	0.0116	0.0107	0.0039	0.0107	0.0078
chrX	15864203	15864385	chrX:15864204-15864385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.022	0.015	0.0239	0.0279	0.0021	0.0248	0.0173	0.0167	0.0021	0.0393	0.0206	0.0393	0.0039	0.0084	0.0123	0.0084	0.0104
chrX	15865814	15865978	chrX:15865815-15865978	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0131	0.0155	0.0301	0.0095	0.015	0.0199	0.01	0.0095	0.0139	0.0132	0.0139	0.0062	0.0123	0.0058	0.0123	0.0042
chrX	15867268	15867419	chrX:15867269-15867419	FBgn0259110	mmd	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0108	0.0091	0.026	0.0064	0.0165	0.016	0.006	0.0064	0.0054	0.0106	0.0054	0.0062	0.0077	0.0039	0.0077	0.0057
chrX	15876431	15876582	chrX:15876432-15876582	FBgn0030716	CG9170	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.033	0.0318	0.041	0.0256	0.018	0.0403	0.0316	0.046	0.018	0.0417	0.0412	0.0417	0.0372	0.0161	0.0155	0.0161	0.0188
chrX	15876707	15877057	chrX:15876708-15877057	FBgn0030716	CG9170	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1044	0.1118	0.1274	0.0709	0.0721	0.1243	0.1155	0.1679	0.0721	0.1304	0.155	0.1304	0.0813	0.0459	0.049	0.0459	0.0375
chrX	15877707	15877893	chrX:15877708-15877893	FBgn0030717	CG8931	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0978	0.0885	0.1193	0.0847	0.0551	0.1068	0.1016	0.1133	0.0551	0.1407	0.1338	0.1407	0.1154	0.0988	0.0774	0.0988	0.1032
chrX	15877927	15878162	chrX:15877928-15878162	FBgn0030717	CG8931	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0624	0.052	0.076	0.059	0.0286	0.0612	0.0567	0.0733	0.0286	0.1027	0.0781	0.1027	0.0744	0.0827	0.0529	0.0827	0.0646
chrX	15880293	15880444	chrX:15880294-15880444	FBgn0030718	CG9172	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0332	0.032	0.0415	0.0253	0.0127	0.0345	0.0415	0.042	0.0127	0.0477	0.0476	0.0477	0.0418	0.0268	0.0226	0.0268	0.0406
chrX	15880467	15880618	chrX:15880468-15880618	FBgn0030718	CG9172	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0455	0.04	0.0572	0.0389	0.018	0.0408	0.0515	0.052	0.018	0.0725	0.0646	0.0725	0.0565	0.0383	0.0361	0.0383	0.0511
chrX	15880795	15880987	chrX:15880796-15880987	FBgn0030718	CG9172	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1295	0.1223	0.1567	0.1078	0.0795	0.1398	0.1579	0.1406	0.0795	0.1836	0.1768	0.1836	0.1634	0.1049	0.107	0.1049	0.136
chrX	15885674	15885851	chrX:15885675-15885851	FBgn0030719	eIF5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0629	0.0763	0.0617	0.0361	0.0694	0.0783	0.0786	0.0361	0.0924	0.0865	0.0924	0.0643	0.0666	0.0671	0.0666	0.0735
chrX	15885924	15886096	chrX:15885925-15886096	FBgn0000611,FBgn0030719	eIF5,exd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.129	0.1191	0.1475	0.1196	0.0912	0.1437	0.1375	0.1359	0.0912	0.2065	0.155	0.2065	0.134	0.1256	0.1354	0.1256	0.1344
chrX	15886368	15886541	chrX:15886369-15886541	FBgn0000611,FBgn0030719	eIF5,exd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.141	0.1231	0.16	0.1402	0.0891	0.1456	0.1388	0.1539	0.0891	0.2071	0.1727	0.2071	0.1541	0.1394	0.1599	0.1394	0.1548
chrX	15886654	15886846	chrX:15886655-15886846	FBgn0000611	exd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1267	0.1152	0.1473	0.1171	0.0944	0.134	0.1272	0.1472	0.0944	0.189	0.1576	0.189	0.1464	0.1087	0.1302	0.1087	0.1329
chrX	15886874	15887075	chrX:15886875-15887075	FBgn0000611	exd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0853	0.0739	0.0992	0.0826	0.0445	0.0859	0.0891	0.0926	0.0445	0.1232	0.1119	0.1232	0.0906	0.0873	0.087	0.0873	0.0943
chrX	15890547	15890704	chrX:15890548-15890704	FBgn0030720	CG8939	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.0555	0.0706	0.0418	0.0361	0.0641	0.0597	0.0819	0.0361	0.0815	0.0859	0.0815	0.062	0.0544	0.0387	0.0544	0.0459
chrX	15890934	15891125	chrX:15890935-15891125	FBgn0030720	CG8939	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1117	0.1099	0.1313	0.0922	0.0774	0.1204	0.1324	0.1359	0.0774	0.1667	0.1441	0.1667	0.1425	0.1133	0.0877	0.1133	0.11
chrX	15898705	15898924	chrX:15898706-15898924	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0403	0.0411	0.0431	0.0362	0.0276	0.0408	0.0571	0.046	0.0276	0.0411	0.0508	0.0411	0.0527	0.0306	0.0277	0.0306	0.0521
chrX	15899184	15899470	chrX:15899185-15899470	FBgn0003969	vap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1357	0.1184	0.1589	0.1296	0.088	0.1408	0.1436	0.1346	0.088	0.1866	0.1762	0.1866	0.1588	0.1286	0.1296	0.1286	0.1537
chrX	15899716	15899922	chrX:15899717-15899922	FBgn0003969,FBgn0030721	CG12698,vap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1384	0.133	0.1529	0.1284	0.1082	0.1461	0.1609	0.1639	0.1082	0.1818	0.1695	0.1818	0.1518	0.1394	0.1302	0.1394	0.1574
chrX	15900084	15900263	chrX:15900085-15900263	FBgn0003969,FBgn0030721	CG12698,vap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0406	0.0442	0.0368	0.017	0.0413	0.0606	0.0453	0.017	0.0435	0.0521	0.0435	0.0511	0.0368	0.0419	0.0368	0.0406
chrX	15900271	15900422	chrX:15900272-15900422	FBgn0003969,FBgn0030721	CG12698,vap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0265	0.0285	0.0278	0.0227	0.0085	0.0257	0.0454	0.0366	0.0085	0.0266	0.0312	0.0266	0.0333	0.0214	0.02	0.0214	0.0287
chrX	15956551	15956702	chrX:15956552-15956702	FBgn0030722	CG12395	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0234	0.0242	0.0274	0.0181	0.0074	0.0301	0.0342	0.028	0.0074	0.0266	0.0408	0.0266	0.024	0.0168	0.0206	0.0168	0.0188
chrX	15957035	15957347	chrX:15957036-15957347	FBgn0030722,FBgn0030723	CG12395,dpr18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1284	0.1092	0.1353	0.1425	0.0636	0.1359	0.0986	0.1692	0.0636	0.1147	0.1659	0.1147	0.1611	0.1409	0.1502	0.1409	0.1475
chrX	15957525	15957720	chrX:15957526-15957720	FBgn0030723	dpr18	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0753	0.027	0.0772	0.1271	0.0191	0.0345	0.0255	0.0373	0.0191	0.0405	0.0968	0.0405	0.1255	0.1263	0.1257	0.1263	0.1339
chrX	15961503	15961669	chrX:15961504-15961669	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0292	0.0507	0.0223	0.0127	0.035	0.0558	0.0688	0.0526	0.035	0.0338	0.0215	0.0338	0.0147	0.013	0.0103	0.013	0.012
chrX	15961769	15961947	chrX:15961770-15961947	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0435	0.0773	0.032	0.0184	0.0679	0.0762	0.1064	0.0846	0.0679	0.0477	0.0315	0.0477	0.0178	0.0191	0.0135	0.0191	0.0151
chrX	15962147	15962312	chrX:15962148-15962312	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0435	0.0666	0.0373	0.0246	0.0573	0.066	0.0869	0.0793	0.0573	0.0417	0.0383	0.0417	0.0356	0.0314	0.0161	0.0314	0.0281
chrX	15962458	15962691	chrX:15962459-15962691	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0501	0.0682	0.0472	0.033	0.0509	0.0684	0.0817	0.0899	0.0509	0.0507	0.0537	0.0507	0.0581	0.0475	0.0393	0.0475	0.0386
chrX	15966419	15966600	chrX:15966420-15966600	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0557	0.0679	0.0585	0.039	0.053	0.0689	0.0826	0.0879	0.053	0.1021	0.0592	0.1021	0.0418	0.0712	0.0458	0.0712	0.0365
chrX	15966934	15967118	chrX:15966935-15967118	FBgn0030724	Nipsnap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0657	0.0641	0.0789	0.0529	0.0361	0.0801	0.0709	0.0833	0.0361	0.1165	0.0842	0.1165	0.0767	0.0781	0.0683	0.0781	0.0511
chrX	15967201	15967389	chrX:15967202-15967389	FBgn0030724	Nipsnap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1015	0.0951	0.1181	0.0904	0.053	0.1155	0.1029	0.1339	0.053	0.1546	0.1264	0.1546	0.1332	0.1072	0.0999	0.1072	0.1016
chrX	15967476	15967673	chrX:15967477-15967673	FBgn0030724	Nipsnap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1348	0.1174	0.1539	0.1334	0.0742	0.1345	0.1328	0.1592	0.0742	0.1975	0.1595	0.1975	0.1673	0.1409	0.1522	0.1409	0.1595
chrX	15967988	15968187	chrX:15967989-15968187	FBgn0030724	Nipsnap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0613	0.0517	0.0636	0.0693	0.0339	0.0578	0.0709	0.0573	0.0339	0.0743	0.0678	0.0743	0.086	0.0429	0.0883	0.0429	0.1178
chrX	15980004	15980230	chrX:15980005-15980230	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0493	0.0317	0.0693	0.0469	0.0148	0.035	0.0385	0.0453	0.0148	0.1196	0.0666	0.1196	0.0496	0.0268	0.0438	0.0268	0.0412
chrX	15981585	15981804	chrX:15981586-15981804	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0564	0.0391	0.0579	0.0739	0.0201	0.049	0.0402	0.0566	0.0201	0.0779	0.0537	0.0779	0.0697	0.0689	0.0683	0.0689	0.0636
chrX	15983102	15983253	chrX:15983103-15983253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.044	0.0201	0.0603	0.0528	0.0085	0.0316	0.0216	0.022	0.0085	0.0882	0.0556	0.0882	0.0852	0.0804	0.0355	0.0804	0.0782
chrX	15983422	15983603	chrX:15983423-15983603	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0878	0.0312	0.122	0.1136	0.0053	0.0529	0.0255	0.0406	0.0053	0.1667	0.126	0.1667	0.1433	0.1524	0.1083	0.1524	0.1496
chrX	15983752	15983946	chrX:15983753-15983946	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0461	0.0203	0.0546	0.0656	0.0064	0.0364	0.0177	0.0227	0.0064	0.0713	0.0498	0.0713	0.0891	0.0904	0.0542	0.0904	0.0995
chrX	15984748	15984951	chrX:15984749-15984951	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0369	0.0115	0.0301	0.0728	0.0021	0.0175	0.0143	0.008	0.0021	0.032	0.0312	0.032	0.0496	0.0582	0.0774	0.0582	0.1042
chrX	15985546	15985770	chrX:15985547-15985770	FBgn0028397	Tob	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1332	0.0775	0.1558	0.1704	0.0382	0.1155	0.0731	0.1019	0.0382	0.2277	0.1563	0.2277	0.196	0.1975	0.1528	0.1975	0.2246
chrX	15986616	15986767	chrX:15986617-15986767	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0252	0.0131	0.025	0.0389	0.0042	0.0175	0.0156	0.0133	0.0042	0.0199	0.0315	0.0199	0.0248	0.0291	0.0264	0.0291	0.025
chrX	15988146	15988356	chrX:15988147-15988356	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0386	0.0456	0.0442	0.0245	0.0339	0.05	0.0571	0.0573	0.0339	0.0821	0.0437	0.0821	0.0318	0.0368	0.0258	0.0368	0.0323
chrX	15990194	15990345	chrX:15990195-15990345	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0232	0.0287	0.0432	0.0159	0.0267	0.0251	0.0313	0.0159	0.0386	0.0273	0.0386	0.0442	0.0475	0.0471	0.0475	0.0386
chrX	15990355	15990542	chrX:15990356-15990542	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0547	0.0482	0.0579	0.0585	0.0265	0.0592	0.0619	0.054	0.0265	0.0682	0.0627	0.0682	0.0744	0.075	0.0658	0.075	0.0672
chrX	15990672	15990854	chrX:15990673-15990854	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1222	0.1081	0.1421	0.1161	0.0753	0.134	0.1181	0.1366	0.0753	0.1896	0.1498	0.1896	0.1294	0.1424	0.1296	0.1424	0.1339
chrX	15990972	15991362	chrX:15990973-15991362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0676	0.0638	0.0812	0.0568	0.0329	0.068	0.0913	0.0686	0.0329	0.0966	0.09	0.0966	0.0775	0.0773	0.0593	0.0773	0.0615
chrX	15995023	15995201	chrX:15995024-15995201	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0277	0.0393	0.0468	0.017	0.034	0.0381	0.0247	0.017	0.058	0.0347	0.058	0.0581	0.0666	0.0445	0.0666	0.0709
chrX	15996954	15997105	chrX:15996955-15997105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.046	0.0545	0.0582	0.0233	0.0329	0.0621	0.0606	0.0786	0.0329	0.07	0.0611	0.07	0.0488	0.0191	0.0187	0.0191	0.0339
chrX	15997808	15997991	chrX:15997809-15997991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0333	0.0572	0.0426	0.0053	0.0515	0.0303	0.05	0.0053	0.055	0.055	0.055	0.0418	0.0283	0.0361	0.0283	0.0354
chrX	15998248	15998404	chrX:15998249-15998404	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0548	0.0436	0.0716	0.0489	0.017	0.0578	0.0398	0.068	0.017	0.058	0.0878	0.058	0.0627	0.026	0.06	0.026	0.0526
chrX	15998449	15998640	chrX:15998450-15998640	FBgn0259699,FBgn0259700	CG42353,CG42354	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0901	0.0383	0.1235	0.1114	0.0201	0.0573	0.0368	0.046	0.0201	0.1316	0.1331	0.1316	0.1448	0.0804	0.1296	0.0804	0.1298
chrX	15998920	15999174	chrX:15998921-15999174	FBgn0259699,FBgn0259700	CG42353,CG42354	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1938	0.1392	0.2391	0.205	0.0976	0.1864	0.1449	0.1659	0.0976	0.2736	0.2608	0.2736	0.2595	0.2021	0.2282	0.2021	0.234
chrX	15999333	15999502	chrX:15999334-15999502	FBgn0259699,FBgn0259700	CG42353,CG42354	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1149	0.0876	0.1423	0.1154	0.0647	0.1131	0.096	0.0993	0.0647	0.1715	0.1595	0.1715	0.1418	0.1141	0.1244	0.1141	0.1199
chrX	15999858	16000111	chrX:15999859-16000111	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0826	0.0722	0.0973	0.078	0.0509	0.0932	0.0809	0.0806	0.0509	0.1159	0.1103	0.1159	0.0953	0.0835	0.087	0.0835	0.0891
chrX	16018125	16018366	chrX:16018126-16018366	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0619	0.0268	0.0958	0.0641	0.0064	0.0442	0.0303	0.026	0.0064	0.1908	0.1077	0.1908	0.0442	0.0926	0.1161	0.0926	0.0615
chrX	16019339	16019501	chrX:16019340-16019501	distal	distal	none	none	VT62581.1	VT62581.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0122	0.023	0.0196	0.0042	0.0136	0.0156	0.018	0.0042	0.0193	0.0386	0.0193	0.0124	0.0207	0.0503	0.0207	0.013
chrX	16020243	16020394	chrX:16020244-16020394	distal	distal	none	none	VT62581.1	VT62581.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0103	0.0065	0.0132	0.0113	0.0011	0.0092	0.0074	0.008	0.0011	0.0151	0.0196	0.0151	0.0093	0.0092	0.0335	0.0092	0.0042
chrX	16020562	16020713	chrX:16020563-16020713	distal	distal	none	none	VT62581.1	VT62581.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0081	0.014	0.0162	0.0042	0.0117	0.0082	0.01	0.0042	0.0157	0.0222	0.0157	0.0054	0.013	0.0393	0.013	0.0135
chrX	16025347	16025498	chrX:16025348-16025498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0173	0.0173	0.0206	0.0136	0.0106	0.0141	0.0281	0.0187	0.0106	0.0193	0.0264	0.0193	0.0209	0.0276	0.0161	0.0276	0.0099
chrX	16028811	16028962	chrX:16028812-16028962	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0166	0.0273	0.0151	0.0064	0.0074	0.0214	0.0225	0.0653	0.0074	0.0103	0.0244	0.0103	0.0085	0.013	0.0077	0.013	0.0047
chrX	16032948	16033099	chrX:16032949-16033099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0207	0.0368	0.0171	0.0067	0.018	0.0282	0.0363	0.0826	0.018	0.0139	0.0264	0.0139	0.007	0.01	0.0123	0.01	0.0042
chrX	16034186	16034337	chrX:16034187-16034337	distal	distal	none	none	VT62589.1	VT62589.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0105	0.0164	0.0267	0.0053	0.0146	0.0125	0.0113	0.0053	0.0181	0.0228	0.0181	0.0155	0.0452	0.038	0.0452	0.0292
chrX	16034497	16034666	chrX:16034498-16034666	distal	distal	none	none	VT62589.1	VT62589.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0312	0.0113	0.022	0.0636	0.0011	0.0233	0.0112	0.01	0.0011	0.0217	0.0257	0.0217	0.0333	0.1164	0.0748	0.1164	0.0855
chrX	16034922	16035103	chrX:16034923-16035103	distal	distal	none	none	VT62589.1	VT62589.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0402	0.0238	0.0392	0.0596	0.0064	0.0374	0.0221	0.0273	0.0064	0.0562	0.0389	0.0562	0.0488	0.1141	0.0554	0.1141	0.0818
chrX	16035415	16035566	chrX:16035416-16035566	distal	distal	none	none	VT62589.1	VT62589.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0188	0.0192	0.0247	0.0118	0.0064	0.0218	0.0242	0.0233	0.0064	0.0175	0.0257	0.0175	0.0085	0.0161	0.0116	0.0161	0.0156
chrX	16036256	16036407	chrX:16036257-16036407	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0201	0.0341	0.0169	0.0079	0.0276	0.0277	0.042	0.0526	0.0276	0.0175	0.0232	0.0175	0.0139	0.013	0.0103	0.013	0.0083
chrX	16039097	16039248	chrX:16039098-16039248	distal	distal	none	none	VT62592.1	VT62592.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0364	0.0296	0.0124	0.0244	0.0262	0.0497	0.0573	0.0244	0.038	0.037	0.038	0.0132	0.0191	0.0155	0.0191	0.0099
chrX	16039336	16039516	chrX:16039337-16039516	distal	distal	stage5	stage5	VT62592.1	VT62592.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0477	0.0504	0.0184	0.0403	0.0374	0.0549	0.0806	0.0403	0.0459	0.0662	0.0459	0.0232	0.0199	0.0251	0.0199	0.013
chrX	16041695	16042129	chrX:16041696-16042129	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1812	0.1023	0.2343	0.2111	0.0498	0.1519	0.0904	0.1366	0.0498	0.2742	0.2781	0.2742	0.261	0.2534	0.2334	0.2534	0.2507
chrX	16042203	16042489	chrX:16042204-16042489	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0714	0.054	0.0857	0.0753	0.0212	0.0767	0.0562	0.0693	0.0212	0.1226	0.0971	0.1226	0.0782	0.098	0.0735	0.098	0.0599
chrX	16043152	16043350	chrX:16043153-16043350	FBgn0042650	disco-r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1763	0.1463	0.225	0.1565	0.0848	0.1956	0.1501	0.1925	0.0848	0.2494	0.2592	0.2494	0.2285	0.16	0.1876	0.16	0.1756
chrX	16044698	16044948	chrX:16044699-16044948	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1084	0.1566	0.079	0.0626	0.1277	0.1138	0.1539	0.0626	0.1866	0.1868	0.1866	0.093	0.0942	0.0961	0.0942	0.0542
chrX	16046840	16046991	chrX:16046841-16046991	distal	distal	none	none	VT62596.1	VT62596.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0248	0.028	0.0397	0.0049	0.0106	0.0277	0.019	0.0713	0.0106	0.0417	0.0685	0.0417	0.0108	0.0046	0.0084	0.0046	0.0052
chrX	16047137	16047288	chrX:16047138-16047288	distal	distal	none	none	VT62596.1	VT62596.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0185	0.0295	0.0203	0.004	0.018	0.0228	0.0281	0.0653	0.018	0.0169	0.0367	0.0169	0.0031	0.0015	0.0045	0.0015	0.0042
chrX	16048291	16048531	chrX:16048292-16048531	distal	distal	stage5	stage5	VT62597.1	VT62597.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.1001	0.0555	0.0142	0.0668	0.1092	0.1189	0.1372	0.0668	0.0284	0.0868	0.0284	0.0225	0.0115	0.0174	0.0115	0.0125
chrX	16048706	16049125	chrX:16048707-16049125	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	GJ10776,VT62597.1	GJ10776,VT62597.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0989	0.1488	0.1183	0.0217	0.1092	0.165	0.1324	0.2572	0.1092	0.0894	0.1958	0.0894	0.0325	0.0268	0.0368	0.0268	0.0125
chrX	16049419	16049570	chrX:16049420-16049570	distal	distal	stage11	stage11	GJ10776,VT62597.1	GJ10776,VT62597.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0275	0.0492	0.0175	0.0064	0.0398	0.0298	0.038	0.0064	0.038	0.0804	0.038	0.0325	0.0145	0.0419	0.0145	0.0146
chrX	16051507	16051782	chrX:16051508-16051782	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0363	0.0541	0.0234	0.018	0.0379	0.0515	0.0473	0.018	0.0411	0.091	0.0411	0.0364	0.0222	0.0574	0.0222	0.013
chrX	16052388	16052539	chrX:16052389-16052539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0131	0.0239	0.0182	0.0053	0.0175	0.0173	0.0127	0.0053	0.026	0.037	0.026	0.0132	0.0092	0.049	0.0092	0.0125
chrX	16053943	16054250	chrX:16053944-16054250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0305	0.0523	0.0128	0.0106	0.0451	0.0272	0.044	0.0106	0.0568	0.0672	0.0568	0.0178	0.0092	0.0148	0.0092	0.0109
chrX	16056891	16057042	chrX:16056892-16057042	distal	distal	none	none	VT62602.1	VT62602.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0137	0.0093	0.0155	0.0167	0.0032	0.0165	0.0095	0.0067	0.0032	0.0211	0.0196	0.0211	0.0116	0.0291	0.0142	0.0291	0.0198
chrX	16057353	16057589	chrX:16057354-16057589	distal	distal	none	none	VT62602.1	VT62602.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0166	0.0097	0.0226	0.0177	0.0032	0.018	0.0095	0.0073	0.0032	0.038	0.0219	0.038	0.0287	0.0329	0.0071	0.0329	0.0287
chrX	16062747	16062898	chrX:16062748-16062898	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0152	0.0148	0.0193	0.0113	0.0085	0.0184	0.0169	0.0207	0.0085	0.0338	0.0225	0.0338	0.007	0.0299	0.0045	0.0299	0.0094
chrX	16063063	16063294	chrX:16063064-16063294	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0195	0.0173	0.0208	0.0205	0.0117	0.0199	0.0251	0.0167	0.0117	0.0453	0.0186	0.0453	0.0108	0.0498	0.0123	0.0498	0.0115
chrX	16065032	16065206	chrX:16065033-16065206	distal	distal	none	none	VT62606.1,VT62607.1	VT62606.1,VT62607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0185	0.0173	0.0247	0.0131	0.0042	0.0199	0.0212	0.022	0.0042	0.0513	0.027	0.0513	0.0101	0.0391	0.0103	0.0391	0.0083
chrX	16065260	16065431	chrX:16065261-16065431	distal	distal	none	none	VT62606.1,VT62607.1	VT62606.1,VT62607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.017	0.0137	0.0218	0.0153	0.0042	0.0189	0.016	0.0167	0.0042	0.0525	0.0193	0.0525	0.0116	0.0459	0.0116	0.0459	0.0099
chrX	16065872	16066109	chrX:16065873-16066109	distal	distal	stage14	stage14	VT62607.1	VT62607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0193	0.0115	0.0269	0.0196	0.0021	0.0228	0.0112	0.01	0.0021	0.0676	0.0228	0.0676	0.0116	0.0636	0.0219	0.0636	0.0063
chrX	16066148	16066299	chrX:16066149-16066299	distal	distal	none	none	VT62607.1	VT62607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0136	0.008	0.0168	0.0166	0	0.0194	0.0048	0.008	0	0.035	0.0186	0.035	0.0085	0.0528	0.0213	0.0528	0.0031
chrX	16068283	16068438	chrX:16068284-16068438	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0141	0.0457	0.0152	0.0032	0.0218	0.0117	0.022	0.0032	0.0374	0.0817	0.0374	0.0139	0.0176	0.0374	0.0176	0.0063
chrX	16068890	16069068	chrX:16068891-16069068	distal	distal	none	none	VT62609.1	VT62609.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0161	0.028	0.0164	0.0021	0.0248	0.0134	0.0266	0.0021	0.0193	0.0502	0.0193	0.0139	0.0107	0.049	0.0107	0.0063
chrX	16069236	16069406	chrX:16069237-16069406	distal	distal	none	none	VT62609.1	VT62609.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0197	0.0406	0.0294	0.0053	0.0272	0.019	0.0306	0.0053	0.0199	0.0801	0.0199	0.0101	0.0054	0.0916	0.0054	0.0094
chrX	16070294	16070454	chrX:16070295-16070454	distal	distal	stage11	stage11	VT62609.1	VT62609.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0207	0.0116	0.0282	0.0226	0.0021	0.0112	0.0138	0.0193	0.0021	0.0157	0.0379	0.0157	0.0457	0.0253	0.0322	0.0253	0.0313
chrX	16070617	16070768	chrX:16070618-16070768	distal	distal	none	none	VT62609.1,VT62610.1	VT62609.1,VT62610.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0135	0.0125	0.0187	0.0089	0.0085	0.017	0.013	0.018	0.0085	0.0085	0.0328	0.0085	0.0124	0.0046	0.0193	0.0046	0.0094
chrX	16071030	16071181	chrX:16071031-16071181	distal	distal	none	none	VT62610.1	VT62610.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0207	0.0171	0.0312	0.0134	0.0074	0.0146	0.019	0.034	0.0074	0.0302	0.0489	0.0302	0.0163	0.0107	0.0329	0.0107	0.0089
chrX	16071556	16071707	chrX:16071557-16071707	distal	distal	stage5	stage5	VT62610.1	VT62610.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0323	0.0236	0.0078	0.0138	0.0345	0.0346	0.05	0.0138	0.0223	0.037	0.0223	0.017	0.0061	0.0148	0.0061	0.0047
chrX	16073779	16073930	chrX:16073780-16073930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0117	0.0086	0.0138	0.013	0.0032	0.0083	0.0151	0.008	0.0032	0.0115	0.018	0.0115	0.0147	0.0061	0.0135	0.0061	0.0287
chrX	16076254	16076422	chrX:16076255-16076422	distal	distal	none	none	VT62612.1,VT62613.1	VT62612.1,VT62613.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0196	0.0138	0.0228	0.0224	0.0053	0.0194	0.0164	0.0153	0.0053	0.0622	0.0151	0.0622	0.0108	0.0758	0.0077	0.0758	0.0141
chrX	16076996	16077195	chrX:16076997-16077195	distal	distal	none	none	VT62613.1	VT62613.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0264	0.0147	0.0344	0.0306	0.0064	0.0218	0.0169	0.014	0.0064	0.0839	0.0257	0.0839	0.0248	0.1018	0.0193	0.1018	0.0214
chrX	16077841	16078006	chrX:16077842-16078006	distal	distal	none	none	VT62613.1	VT62613.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0138	0.0279	0.0132	0.0021	0.0155	0.0164	0.022	0.0021	0.0181	0.0527	0.0181	0.0093	0.0168	0.0309	0.0168	0.0068
chrX	16080168	16080427	chrX:16080169-16080427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.013	0.0363	0.0274	0.0021	0.0218	0.0104	0.0173	0.0021	0.029	0.0579	0.029	0.0225	0.0077	0.0632	0.0077	0.0162
chrX	16081935	16082086	chrX:16081936-16082086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0125	0.0091	0.0207	0.0074	0.0042	0.0107	0.0082	0.0147	0.0042	0.0157	0.0338	0.0157	0.0101	0.0061	0.0097	0.0061	0.0031
chrX	16084010	16084295	chrX:16084011-16084295	distal	distal	stage14	stage14	VT62617.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.012	0.0199	0.0224	0.0011	0.0117	0.0195	0.016	0.0011	0.0217	0.0129	0.0217	0.0132	0.0077	0.0026	0.0077	0.0083
chrX	16086168	16086319	chrX:16086169-16086319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0136	0.0169	0.0107	0.0085	0.017	0.0177	0.0147	0.0085	0.0284	0.0164	0.0284	0.007	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chrX	16087860	16088011	chrX:16087861-16088011	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.0066	0.0031	0.0046	0.0128	0.0011	0.0039	0.0052	0.002	0.0011	0.0066	0.0051	0.0066	0.0015	0.026	0.0045	0.026	0.0068
chrX	16088078	16088229	chrX:16088079-16088229	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0104	0.0039	0.0093	0.0188	0.0021	0.0024	0.0056	0.006	0.0021	0.0145	0.0061	0.0145	0.0077	0.0253	0.0052	0.0253	0.0115
chrX	16088328	16088479	chrX:16088329-16088479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0092	0.0135	0.0159	0.0032	0.0102	0.0117	0.0107	0.0032	0.0254	0.0084	0.0254	0.0062	0.0138	0.0039	0.0138	0.0104
chrX	16088632	16088783	chrX:16088633-16088783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0137	0.0067	0.0164	0.0187	0.0011	0.0097	0.0087	0.006	0.0011	0.032	0.0119	0.032	0.0093	0.0061	0.0032	0.0061	0.0057
chrX	16090071	16090222	chrX:16090072-16090222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0147	0.013	0.0199	0.0109	0.0053	0.0223	0.0125	0.0113	0.0053	0.0453	0.0151	0.0453	0.0139	0.0306	0.0058	0.0306	0.0057
chrX	16090634	16090890	chrX:16090635-16090890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0272	0.0177	0.036	0.0283	0.0053	0.0267	0.0208	0.0167	0.0053	0.0864	0.028	0.0864	0.0279	0.0949	0.0123	0.0949	0.0125
chrX	16091435	16091600	chrX:16091436-16091600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0149	0.0112	0.0199	0.0136	0.0021	0.0214	0.0108	0.0107	0.0021	0.0501	0.0113	0.0501	0.0186	0.0482	0.0058	0.0482	0.0057
chrX	16092611	16092762	chrX:16092612-16092762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0143	0.0126	0.0239	0.0056	0.0042	0.018	0.0143	0.014	0.0042	0.0628	0.0138	0.0628	0.0163	0.0092	0.0058	0.0092	0.0063
chrX	16093036	16093187	chrX:16093037-16093187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0195	0.0186	0.0313	0.0077	0.0085	0.0223	0.0234	0.022	0.0085	0.0833	0.0219	0.0833	0.0194	0.0145	0.009	0.0145	0.0057
chrX	16096130	16096289	chrX:16096131-16096289	distal	distal	none	none	VT62624.1	VT62624.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0232	0.0385	0.0199	0.0096	0.035	0.034	0.0506	0.0493	0.035	0.0187	0.0296	0.0187	0.0155	0.0061	0.0168	0.0061	0.0094
chrX	16097483	16097845	chrX:16097484-16097845	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62624.1	VT62624.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0872	0.1102	0.1228	0.0226	0.0562	0.1796	0.0727	0.1672	0.0562	0.1588	0.1714	0.1588	0.0821	0.0222	0.049	0.0222	0.0182
chrX	16098665	16098980	chrX:16098666-16098980	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0705	0.0983	0.0821	0.0267	0.0594	0.1398	0.0921	0.1266	0.0594	0.0809	0.1055	0.0809	0.1069	0.0168	0.0277	0.0168	0.049
chrX	16099116	16099277	chrX:16099117-16099277	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0445	0.0401	0.0727	0.0184	0.0233	0.068	0.0316	0.0526	0.0233	0.0749	0.0932	0.0749	0.0821	0.0161	0.0206	0.0161	0.0198
chrX	16100001	16100152	chrX:16100002-16100152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0184	0.013	0.0292	0.0125	0.0053	0.0165	0.0186	0.0133	0.0053	0.0447	0.0315	0.0447	0.0364	0.0191	0.0174	0.0191	0.0141
chrX	16102799	16102972	chrX:16102800-16102972	distal	distal	stage11	stage11	VT62627.1,VT62628.1	VT62627.1,VT62628.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0447	0.0354	0.0768	0.0201	0.0053	0.0626	0.0316	0.0406	0.0053	0.2041	0.0643	0.2041	0.0225	0.0222	0.0277	0.0222	0.0104
chrX	16102977	16103256	chrX:16102978-16103256	distal	distal	stage11	stage11	VT62628.1	VT62628.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0447	0.0358	0.0773	0.0191	0.0095	0.0718	0.032	0.0286	0.0095	0.2065	0.0637	0.2065	0.0294	0.0184	0.0271	0.0184	0.0125
chrX	16103732	16104243	chrX:16103733-16104243	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62628.1	VT62628.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0778	0.0824	0.1043	0.0437	0.035	0.1267	0.0839	0.0913	0.035	0.1757	0.1148	0.1757	0.0705	0.0773	0.0567	0.0773	0.038
chrX	16110906	16111221	chrX:16110907-16111221	FBgn0000459	disco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.3129	0.3	0.3553	0.2807	0.2439	0.3568	0.3348	0.3511	0.2439	0.4517	0.3791	0.4517	0.3315	0.281	0.3114	0.281	0.321
chrX	16111232	16111474	chrX:16111233-16111474	FBgn0000459	disco	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2994	0.2914	0.3358	0.2685	0.2503	0.3505	0.3088	0.3478	0.2503	0.4263	0.3595	0.4263	0.3253	0.2711	0.305	0.2711	0.3106
chrX	16111620	16111819	chrX:16111621-16111819	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1589	0.1858	0.1402	0.1241	0.1903	0.1622	0.2052	0.1241	0.2156	0.2158	0.2156	0.1782	0.147	0.1451	0.147	0.1673
chrX	16115252	16115452	chrX:16115253-16115452	distal	distal	stage5	stage5	VT62633.1	VT62633.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0489	0.1053	0.0275	0.0092	0.1304	0.0451	0.1873	0.1033	0.1304	0.0187	0.0296	0.0187	0.017	0.0031	0.0077	0.0031	0.0099
chrX	16115639	16115790	chrX:16115640-16115790	distal	distal	stage5	stage5	VT62633.1	VT62633.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0271	0.0582	0.0154	0.0053	0.0679	0.0282	0.1125	0.0473	0.0679	0.0127	0.0199	0.0127	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chrX	16125425	16125631	chrX:16125426-16125631	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT62635.1	VT62635.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0697	0.0847	0.0914	0.029	0.0615	0.0995	0.1012	0.1006	0.0615	0.1546	0.0698	0.1546	0.0341	0.013	0.0168	0.013	0.0104
chrX	16129651	16129802	chrX:16129652-16129802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0064	0.0051	0.0075	0.0011	0.0063	0.0087	0.01	0.0011	0.0042	0.0051	0.0042	0.0023	0	0.0039	0	0.0021
chrX	16130329	16130530	chrX:16130330-16130530	distal	distal	stage5	stage5	VT62638.1	VT62638.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0303	0.0591	0.0217	0.0077	0.0276	0.0447	0.0588	0.1326	0.0276	0.0248	0.0264	0.0248	0.0116	0.0038	0.0058	0.0038	0.0047
chrX	16130622	16130773	chrX:16130623-16130773	distal	distal	none	none	VT62638.1	VT62638.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0268	0.0348	0.034	0.0099	0.0138	0.0311	0.0381	0.0673	0.0138	0.0356	0.0363	0.0356	0.0225	0.0092	0.009	0.0092	0.0073
chrX	16132629	16132808	chrX:16132630-16132808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0218	0.0235	0.0114	0.0085	0.0291	0.0247	0.0286	0.0085	0.0296	0.0206	0.0296	0.0101	0.0069	0.009	0.0069	0.0047
chrX	16136011	16136230	chrX:16136012-16136230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0573	0.1286	0.0312	0.0063	0.105	0.085	0.1501	0.2352	0.105	0.0187	0.0492	0.0187	0.007	0.0023	0.0064	0.0023	0.0042
chrX	16136606	16136773	chrX:16136607-16136773	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.025	0.0385	0.0278	0.0068	0.0201	0.0345	0.0342	0.0853	0.0201	0.0187	0.0463	0.0187	0.0194	0.0046	0.0129	0.0046	0.0042
chrX	16136817	16136989	chrX:16136818-16136989	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0394	0.0306	0.0097	0.0148	0.0476	0.0346	0.074	0.0148	0.0217	0.0502	0.0217	0.0194	0.0038	0.0213	0.0038	0.0057
chrX	16138063	16138405	chrX:16138064-16138405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0446	0.0399	0.0576	0.0355	0.0127	0.0563	0.0454	0.046	0.0127	0.0574	0.0605	0.0574	0.0341	0.049	0.0297	0.049	0.0307
chrX	16138844	16139024	chrX:16138845-16139024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0721	0.0664	0.0919	0.0568	0.0223	0.0879	0.0753	0.0873	0.0223	0.1159	0.1006	0.1159	0.0821	0.075	0.0613	0.075	0.0844
chrX	16146441	16146592	chrX:16146442-16146592	distal	distal	none	none	VT62646.1	VT62646.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.016	0.012	0.022	0.0139	0.0021	0.0189	0.0099	0.0173	0.0021	0.0181	0.0315	0.0181	0.0116	0.0161	0.0187	0.0161	0.0042
chrX	16146710	16146861	chrX:16146711-16146861	distal	distal	none	none	VT62646.1	VT62646.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0164	0.0165	0.0174	0.0152	0.0074	0.0214	0.0177	0.0227	0.0074	0.0169	0.0167	0.0169	0.0155	0.0069	0.011	0.0069	0.0068
chrX	16147428	16147695	chrX:16147429-16147695	FBgn0003933	snRNA:U5:14B	none	none	VT62647.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0315	0.0551	0.0261	0.011	0.0424	0.0466	0.0813	0.064	0.0424	0.0175	0.0238	0.0175	0.0178	0.0031	0.0064	0.0031	0.0068
chrX	16148071	16148300	chrX:16148072-16148300	FBgn0003920,FBgn0003933	snRNA:U2:14B,snRNA:U5:14B	stage5	none	VT62647.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0817	0.1699	0.0548	0.0127	0.1622	0.149	0.2228	0.2019	0.1622	0.0477	0.0518	0.0477	0.0473	0.0161	0.0155	0.0161	0.0094
chrX	16148553	16148757	chrX:16148554-16148757	FBgn0003920,FBgn0003933	snRNA:U2:14B,snRNA:U5:14B	stage5	none	VT62647.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0715	0.1488	0.049	0.0099	0.1538	0.1175	0.1929	0.1912	0.1538	0.0362	0.0495	0.0362	0.0457	0.0077	0.0084	0.0077	0.0068
chrX	16148910	16149118	chrX:16148911-16149118	FBgn0003920	snRNA:U2:14B	stage5	none	VT62647.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.051	0.1167	0.0241	0.0071	0.1294	0.1015	0.1514	0.1346	0.1294	0.0193	0.0203	0.0193	0.0201	0.0077	0.0052	0.0077	0.0057
chrX	16149720	16149942	chrX:16149721-16149942	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0193	0.0179	0.019	0.0212	0.0064	0.0194	0.0238	0.022	0.0064	0.0139	0.0138	0.0139	0.0093	0.0054	0.0077	0.0054	0.0083
chrX	16150466	16150617	chrX:16150467-16150617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0107	0.0129	0.0155	0.0074	0.0112	0.0138	0.012	0.0074	0.0121	0.0129	0.0121	0.0108	0.0046	0.0045	0.0046	0.0099
chrX	16155449	16155600	chrX:16155450-16155600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.01	0.0132	0.0123	0.0064	0.0107	0.0164	0.0073	0.0064	0.0085	0.0145	0.0085	0.007	0.0061	0.0039	0.0061	0.0052
chrX	16157446	16157597	chrX:16157447-16157597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0135	0.017	0.0192	0.0074	0.0131	0.0199	0.0173	0.0074	0.0145	0.0177	0.0145	0.0085	0.0191	0.0097	0.0191	0.0089
chrX	16157756	16158033	chrX:16157757-16158033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0418	0.0573	0.0364	0.0304	0.0392	0.066	0.0631	0.0799	0.0392	0.0332	0.0283	0.0332	0.0116	0.0123	0.0103	0.0123	0.0094
chrX	16164856	16165100	chrX:16164857-16165100	FBgn0030731	Mfe2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1505	0.1431	0.1807	0.1257	0.0997	0.1752	0.1605	0.1752	0.0997	0.2283	0.1881	0.2283	0.189	0.1187	0.1335	0.1187	0.1657
chrX	16165205	16165356	chrX:16165206-16165356	FBgn0030731	Mfe2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0673	0.0617	0.0812	0.0583	0.0414	0.0791	0.0631	0.0773	0.0414	0.0972	0.0826	0.0972	0.1077	0.0536	0.0554	0.0536	0.0912
chrX	16169328	16169576	chrX:16169329-16169576	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1385	0.1395	0.1468	0.1283	0.1029	0.1636	0.1501	0.1945	0.1029	0.1812	0.1669	0.1812	0.1356	0.1309	0.1541	0.1309	0.1558
chrX	16169651	16169802	chrX:16169652-16169802	FBgn0040207	kat80	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0913	0.0708	0.1128	0.0905	0.0414	0.0913	0.0783	0.0926	0.0414	0.1401	0.1225	0.1401	0.1131	0.1026	0.0967	0.1026	0.1053
chrX	16169852	16170026	chrX:16169853-16170026	FBgn0004066,FBgn0040207	Pros28.1,kat80	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.0915	0.1237	0.1174	0.0541	0.1044	0.1103	0.1193	0.0541	0.1492	0.1386	0.1492	0.1208	0.1417	0.1264	0.1417	0.1313
chrX	16170243	16170430	chrX:16170244-16170430	FBgn0004066,FBgn0040207	Pros28.1,kat80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1094	0.0925	0.1207	0.116	0.0562	0.1199	0.0999	0.1206	0.0562	0.1419	0.1302	0.1419	0.1247	0.1202	0.1283	0.1202	0.1412
chrX	16170465	16170616	chrX:16170466-16170616	FBgn0004066,FBgn0040207	Pros28.1,kat80	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0732	0.0602	0.0909	0.0684	0.0297	0.0704	0.0696	0.0799	0.0297	0.1184	0.0965	0.1184	0.0852	0.0651	0.0806	0.0651	0.0849
chrX	16171891	16172091	chrX:16171892-16172091	FBgn0000536	eas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0976	0.085	0.1206	0.0866	0.0424	0.1136	0.0878	0.1193	0.0424	0.151	0.1296	0.151	0.1208	0.0881	0.0954	0.0881	0.0974
chrX	16172234	16172438	chrX:16172235-16172438	FBgn0000536	eas	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1848	0.1548	0.2331	0.1654	0.0785	0.2117	0.1609	0.2059	0.0785	0.2893	0.2457	0.2893	0.2409	0.1692	0.167	0.1692	0.1975
chrX	16172793	16172973	chrX:16172794-16172973	FBgn0000536	eas	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0701	0.0516	0.0954	0.0631	0.0308	0.0723	0.051	0.0646	0.0308	0.1141	0.1048	0.1141	0.0891	0.0636	0.0625	0.0636	0.0578
chrX	16173032	16173245	chrX:16173033-16173245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0724	0.0653	0.0911	0.0599	0.0361	0.0854	0.0718	0.0806	0.0361	0.1202	0.1035	0.1202	0.0782	0.0781	0.0638	0.0781	0.061
chrX	16176295	16176474	chrX:16176296-16176474	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0462	0.029	0.0536	0.0574	0.0148	0.0359	0.035	0.0373	0.0148	0.0393	0.0495	0.0393	0.1255	0.0199	0.0303	0.0199	0.149
chrX	16179158	16179309	chrX:16179159-16179309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0334	0.0462	0.031	0.0216	0.0414	0.0398	0.0792	0.0326	0.0414	0.0284	0.0376	0.0284	0.0302	0.0168	0.0148	0.0168	0.0406
chrX	16180248	16180423	chrX:16180249-16180423	FBgn0030733	CG3560	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1279	0.126	0.1476	0.1085	0.1018	0.1529	0.1475	0.1406	0.1018	0.1812	0.1511	0.1812	0.1518	0.1164	0.0928	0.1164	0.1496
chrX	16180592	16180743	chrX:16180593-16180743	FBgn0030733	CG3560	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0601	0.0586	0.0384	0.0414	0.0655	0.0843	0.062	0.0414	0.0761	0.0614	0.0761	0.0558	0.0429	0.0335	0.0429	0.0474
chrX	16181850	16182001	chrX:16181851-16182001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0338	0.0388	0.0306	0.0159	0.0408	0.0458	0.0386	0.0159	0.0386	0.0428	0.0386	0.0403	0.036	0.0374	0.036	0.0365
chrX	16182078	16182363	chrX:16182079-16182363	FBgn0052576	CG32576	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0643	0.0543	0.0751	0.0636	0.0244	0.0684	0.0727	0.0613	0.0244	0.0918	0.0781	0.0918	0.0806	0.075	0.058	0.075	0.0881
chrX	16182481	16182682	chrX:16182482-16182682	FBgn0011571,FBgn0052576	CG32576,caz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1145	0.0915	0.1372	0.1154	0.0604	0.1204	0.0986	0.1099	0.0604	0.1612	0.1476	0.1612	0.1379	0.1172	0.1186	0.1172	0.148
chrX	16182739	16182940	chrX:16182740-16182940	FBgn0011571,FBgn0052576	CG32576,caz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.158	0.1403	0.1879	0.1448	0.1082	0.1791	0.1548	0.1592	0.1082	0.221	0.2061	0.221	0.1859	0.1401	0.1554	0.1401	0.1834
chrX	16182990	16183322	chrX:16182991-16183322	FBgn0011571,FBgn0052576	CG32576,caz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1281	0.115	0.156	0.1122	0.0817	0.1282	0.1432	0.1419	0.0817	0.186	0.163	0.186	0.1534	0.1194	0.1115	0.1194	0.1365
chrX	16183380	16183657	chrX:16183381-16183657	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0671	0.0842	0.0711	0.0436	0.0732	0.0791	0.1189	0.0953	0.0732	0.0803	0.0759	0.0803	0.0782	0.0459	0.0413	0.0459	0.0563
chrX	16189976	16190210	chrX:16189977-16190210	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0503	0.0385	0.0633	0.0492	0.0191	0.0466	0.0433	0.0526	0.0191	0.0634	0.0682	0.0634	0.0844	0.0475	0.0522	0.0475	0.0672
chrX	16190260	16190440	chrX:16190261-16190440	FBgn0030735	CG3632	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0595	0.0415	0.0717	0.0661	0.0212	0.0476	0.0506	0.0526	0.0212	0.0821	0.0727	0.0821	0.0922	0.0559	0.0819	0.0559	0.0803
chrX	16190578	16190761	chrX:16190579-16190761	FBgn0030735	CG3632	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.174	0.1562	0.2046	0.1603	0.1166	0.1893	0.1756	0.1879	0.1166	0.2421	0.2215	0.2421	0.196	0.1616	0.1651	0.1616	0.1944
chrX	16190888	16191072	chrX:16190889-16191072	FBgn0030735	CG3632	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1376	0.1211	0.159	0.1324	0.0795	0.1466	0.1397	0.1492	0.0795	0.2047	0.164	0.2047	0.151	0.1585	0.1328	0.1585	0.161
chrX	16191105	16191333	chrX:16191106-16191333	FBgn0030734,FBgn0030735	CG3632,CG9911	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1204	0.1175	0.1373	0.105	0.106	0.1408	0.1341	0.1352	0.106	0.1818	0.1441	0.1818	0.1456	0.1394	0.0986	0.1394	0.1412
chrX	16191383	16191633	chrX:16191384-16191633	FBgn0030734	CG9911	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0605	0.0567	0.0735	0.0504	0.0339	0.0689	0.067	0.0713	0.0339	0.0845	0.0756	0.0845	0.0999	0.062	0.0554	0.062	0.0709
chrX	16197094	16197245	chrX:16197095-16197245	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0258	0.023	0.0128	0.0191	0.0184	0.0428	0.0293	0.0191	0.0236	0.027	0.0236	0.0217	0.01	0.0181	0.01	0.012
chrX	16197826	16198026	chrX:16197827-16198026	FBgn0027521	CG3679	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0538	0.0653	0.0605	0.0337	0.053	0.0544	0.0843	0.0906	0.053	0.0332	0.0849	0.0332	0.0651	0.036	0.049	0.036	0.0281
chrX	16198070	16198330	chrX:16198071-16198330	FBgn0027521	CG3679	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0464	0.0561	0.0542	0.0272	0.0361	0.0471	0.0722	0.0839	0.0361	0.0308	0.0749	0.0308	0.0565	0.0253	0.0393	0.0253	0.0234
chrX	16201091	16201242	chrX:16201092-16201242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0166	0.0207	0.0141	0.0042	0.0097	0.026	0.0286	0.0042	0.0157	0.0241	0.0157	0.0341	0.0069	0.0123	0.0069	0.0339
chrX	16202419	16202651	chrX:16202420-16202651	FBgn0030737	CG9914	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0362	0.0255	0.0391	0.045	0.0106	0.035	0.0238	0.0393	0.0106	0.0272	0.0392	0.0272	0.0837	0.0191	0.0548	0.0191	0.0948
chrX	16202850	16203001	chrX:16202851-16203001	FBgn0030737	CG9914	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0179	0.0232	0.022	0.0085	0.0204	0.0221	0.0227	0.0085	0.0199	0.0289	0.0199	0.0318	0.0054	0.0393	0.0054	0.0391
chrX	16206745	16206968	chrX:16206746-16206968	FBgn0030738	CG9915	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0485	0.0547	0.0585	0.0305	0.0244	0.0602	0.0753	0.0693	0.0244	0.0658	0.0691	0.0658	0.0558	0.0291	0.0342	0.0291	0.038
chrX	16207099	16207287	chrX:16207100-16207287	FBgn0030738	CG9915	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1279	0.1229	0.153	0.1058	0.0795	0.1471	0.1514	0.1459	0.0795	0.1878	0.1672	0.1878	0.1588	0.1011	0.1025	0.1011	0.1381
chrX	16207401	16207552	chrX:16207402-16207552	FBgn0030738,FBgn0030739	CG13957,CG9915	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0575	0.0555	0.0712	0.0447	0.0361	0.0704	0.0666	0.064	0.0361	0.0845	0.0762	0.0845	0.0782	0.0383	0.0419	0.0383	0.0589
chrX	16207633	16207829	chrX:16207634-16207829	FBgn0030738,FBgn0030739	CG13957,CG9915	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0929	0.0875	0.1103	0.0798	0.0594	0.1015	0.1034	0.1099	0.0594	0.1316	0.1228	0.1316	0.1077	0.0758	0.0806	0.0758	0.0995
chrX	16212838	16213020	chrX:16212839-16213020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0659	0.0604	0.0428	0.0509	0.0777	0.0848	0.0713	0.0509	0.0864	0.0553	0.0864	0.062	0.0436	0.0432	0.0436	0.049
chrX	16213086	16213259	chrX:16213087-16213259	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0901	0.1083	0.0991	0.0599	0.0827	0.1413	0.1194	0.1259	0.0827	0.1341	0.1039	0.1341	0.0806	0.0582	0.0593	0.0582	0.0578
chrX	16213376	16213561	chrX:16213377-16213561	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1676	0.1643	0.2024	0.1331	0.14	0.2257	0.1631	0.1859	0.14	0.2385	0.2277	0.2385	0.1944	0.1516	0.1399	0.1516	0.148
chrX	16213669	16213929	chrX:16213670-16213929	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0947	0.0914	0.1131	0.0784	0.0509	0.1262	0.0978	0.1039	0.0509	0.1371	0.1093	0.1371	0.1232	0.0858	0.0587	0.0858	0.0922
chrX	16213930	16214081	chrX:16213931-16214081	FBgn0004432	Cyp1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0554	0.0476	0.0693	0.049	0.0148	0.0714	0.0528	0.0553	0.0148	0.0761	0.0768	0.0761	0.0682	0.0597	0.0464	0.0597	0.0573
chrX	16214282	16214479	chrX:16214283-16214479	FBgn0004432	Cyp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1404	0.1158	0.1849	0.1192	0.0647	0.1544	0.1215	0.1526	0.0647	0.224	0.2084	0.224	0.1712	0.1332	0.1148	0.1332	0.1475
chrX	16216901	16217052	chrX:16216902-16217052	FBgn0030740,FBgn0052579	CG32579,CG9917	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0411	0.0383	0.0544	0.0297	0.0127	0.0447	0.0528	0.0433	0.0127	0.0519	0.0598	0.0519	0.0534	0.0329	0.0297	0.0329	0.0391
chrX	16217169	16217381	chrX:16217170-16217381	FBgn0030740,FBgn0052579	CG32579,CG9917	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1256	0.1168	0.1552	0.1029	0.0668	0.1403	0.1436	0.1412	0.0668	0.1963	0.1611	0.1963	0.151	0.1225	0.1025	0.1225	0.148
chrX	16217502	16217668	chrX:16217503-16217668	FBgn0030740,FBgn0052579	CG32579,CG9917	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0627	0.0502	0.0848	0.0525	0.0276	0.0641	0.0597	0.0613	0.0276	0.1165	0.092	0.1165	0.0837	0.0651	0.0567	0.0651	0.0792
chrX	16219188	16219373	chrX:16219189-16219373	FBgn0260450	CalpC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0427	0.0571	0.0375	0.0403	0.0417	0.0575	0.0513	0.0403	0.0779	0.0659	0.0779	0.0511	0.0314	0.0606	0.0314	0.0552
chrX	16219630	16219837	chrX:16219631-16219837	FBgn0260450	CalpC	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0769	0.0416	0.117	0.0723	0.0212	0.0558	0.0441	0.0546	0.0212	0.1492	0.146	0.1492	0.117	0.0544	0.1122	0.0544	0.1146
chrX	16224767	16224918	chrX:16224768-16224918	FBgn0030742	CG9919	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0495	0.0497	0.0475	0.0514	0.0424	0.0456	0.0714	0.058	0.0424	0.0429	0.0559	0.0429	0.0349	0.0253	0.0251	0.0253	0.038
chrX	16225624	16225883	chrX:16225625-16225883	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.1287	0.1353	0.0927	0.0933	0.15	0.1635	0.1439	0.0933	0.1546	0.1334	0.1546	0.1534	0.0949	0.0883	0.0949	0.1037
chrX	16225988	16226158	chrX:16225989-16226158	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1229	0.1168	0.1485	0.1017	0.0785	0.1432	0.1341	0.1432	0.0785	0.1673	0.155	0.1673	0.1696	0.1118	0.1109	0.1118	0.1193
chrX	16226747	16226939	chrX:16226748-16226939	FBgn0030743	CG9921	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1958	0.1904	0.2222	0.173	0.1559	0.232	0.205	0.2318	0.1559	0.2754	0.2408	0.2754	0.2122	0.1753	0.1928	0.1753	0.1876
chrX	16227159	16227331	chrX:16227160-16227331	FBgn0011764,FBgn0030743	CG9921,Dsp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1597	0.1537	0.1813	0.1426	0.1241	0.1903	0.1544	0.2025	0.1241	0.2337	0.1904	0.2337	0.1603	0.1639	0.1399	0.1639	0.161
chrX	16227397	16227813	chrX:16227398-16227813	FBgn0011764,FBgn0030743	CG9921,Dsp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3447	0.3423	0.3873	0.3007	0.3234	0.3971	0.372	0.4097	0.3234	0.4734	0.4074	0.4734	0.3424	0.3101	0.3217	0.3101	0.3288
chrX	16228111	16228282	chrX:16228112-16228282	FBgn0011764	Dsp1	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1002	0.0976	0.1162	0.0856	0.0626	0.1175	0.1189	0.1146	0.0626	0.1473	0.1302	0.1473	0.1077	0.0904	0.0941	0.0904	0.0995
chrX	16228401	16228598	chrX:16228402-16228598	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1241	0.1191	0.1433	0.1088	0.0721	0.1228	0.1544	0.1512	0.0721	0.1721	0.1666	0.1721	0.134	0.1378	0.1328	0.1378	0.1193
chrX	16228744	16228895	chrX:16228745-16228895	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0713	0.0733	0.0799	0.0597	0.052	0.0738	0.0956	0.0939	0.052	0.1063	0.09	0.1063	0.055	0.059	0.06	0.059	0.0599
chrX	16229417	16229601	chrX:16229418-16229601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1028	0.0925	0.1197	0.0959	0.0615	0.1117	0.1086	0.1079	0.0615	0.1582	0.1241	0.1582	0.1208	0.1057	0.1044	0.1057	0.1225
chrX	16232984	16233142	chrX:16232985-16233142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0627	0.0464	0.0203	0.0551	0.0709	0.0718	0.0779	0.0551	0.0628	0.0514	0.0628	0.0349	0.023	0.0232	0.023	0.0224
chrX	16233203	16233853	chrX:16233204-16233853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1121	0.1478	0.1246	0.0585	0.1124	0.1519	0.1881	0.1792	0.1124	0.1407	0.146	0.1407	0.103	0.0567	0.0606	0.0567	0.0677
chrX	16234196	16234542	chrX:16234197-16234542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0743	0.0618	0.0356	0.0498	0.0816	0.0926	0.0946	0.0498	0.0604	0.074	0.0604	0.0519	0.0329	0.0368	0.0329	0.0412
chrX	16244237	16244422	chrX:16244238-16244422	FBgn0003416	sl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1148	0.1073	0.1402	0.0954	0.0562	0.1403	0.1241	0.1306	0.0562	0.1546	0.1672	0.1546	0.1371	0.0888	0.0954	0.0888	0.1271
chrX	16244763	16244914	chrX:16244764-16244914	FBgn0003416	sl	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0203	0.0311	0.0191	0.0095	0.0277	0.0229	0.0266	0.0095	0.0338	0.0331	0.0338	0.0442	0.0153	0.0181	0.0153	0.0287
chrX	16250484	16250751	chrX:16250485-16250751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0728	0.0786	0.0451	0.0498	0.0786	0.0926	0.0873	0.0498	0.0876	0.0913	0.0876	0.072	0.0444	0.0484	0.0444	0.0594
chrX	16252444	16252631	chrX:16252445-16252631	FBgn0005411	U2af50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.075	0.074	0.0929	0.0564	0.0435	0.0825	0.093	0.0926	0.0435	0.1316	0.1048	0.1316	0.0713	0.0835	0.0548	0.0835	0.0625
chrX	16252684	16252857	chrX:16252685-16252857	FBgn0005411,FBgn0086448	Gpi1,U2af50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1206	0.1124	0.1385	0.1102	0.0657	0.1354	0.138	0.1306	0.0657	0.1878	0.145	0.1878	0.1394	0.1363	0.1135	0.1363	0.1188
chrX	16252934	16253112	chrX:16252935-16253112	FBgn0005411,FBgn0086448	Gpi1,U2af50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1575	0.1432	0.1865	0.1418	0.1007	0.167	0.1743	0.1699	0.1007	0.2421	0.2026	0.2421	0.1712	0.1585	0.1457	0.1585	0.1574
chrX	16253222	16253410	chrX:16253223-16253410	FBgn0005411,FBgn0086448	Gpi1,U2af50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1062	0.0957	0.1292	0.0926	0.0583	0.1175	0.1129	0.1139	0.0583	0.1649	0.1466	0.1649	0.1108	0.0934	0.1025	0.0934	0.1001
chrX	16253413	16253660	chrX:16253414-16253660	FBgn0005411,FBgn0086448	Gpi1,U2af50	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.0833	0.094	0.055	0.0467	0.0951	0.1068	0.1006	0.0467	0.1111	0.1023	0.1111	0.0976	0.0544	0.0509	0.0544	0.0625
chrX	16255342	16255493	chrX:16255343-16255493	FBgn0004227	nonA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.064	0.0682	0.0693	0.0535	0.0541	0.0782	0.0839	0.0766	0.0541	0.0936	0.0785	0.0936	0.0542	0.059	0.0426	0.059	0.0662
chrX	16255530	16255711	chrX:16255531-16255711	FBgn0004227	nonA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1377	0.153	0.1022	0.1156	0.1573	0.1648	0.1559	0.1156	0.1872	0.1752	0.1872	0.1332	0.0957	0.0858	0.0957	0.1282
chrX	16255746	16256032	chrX:16255747-16256032	FBgn0004227	nonA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1158	0.1135	0.1362	0.0959	0.0944	0.1228	0.1432	0.1306	0.0944	0.1425	0.1473	0.1425	0.1084	0.0697	0.0825	0.0697	0.1016
chrX	16256270	16256421	chrX:16256271-16256421	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0587	0.0738	0.0626	0.0377	0.0657	0.0723	0.0973	0.0886	0.0657	0.0694	0.0707	0.0694	0.0527	0.0391	0.0387	0.0391	0.0412
chrX	16266277	16266539	chrX:16266278-16266539	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.0685	0.0532	0.0461	0.0445	0.0782	0.083	0.0853	0.0445	0.0598	0.0601	0.0598	0.0558	0.026	0.0632	0.026	0.0422
chrX	16266551	16266819	chrX:16266552-16266819	FBgn0004598	Fur2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0776	0.0713	0.0711	0.0919	0.0403	0.0845	0.0809	0.0966	0.0403	0.0713	0.0772	0.0713	0.0821	0.0391	0.1418	0.0391	0.0938
chrX	16266885	16267348	chrX:16266886-16267348	FBgn0004598	Fur2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1069	0.0945	0.0982	0.1303	0.0626	0.1092	0.1103	0.1206	0.0626	0.1238	0.1058	0.1238	0.096	0.059	0.1896	0.059	0.1256
chrX	16267373	16267696	chrX:16267374-16267696	FBgn0004598	Fur2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.1043	0.0911	0.0724	0.0732	0.1155	0.125	0.1319	0.0732	0.1292	0.0929	0.1292	0.0713	0.0567	0.089	0.0567	0.075
chrX	16267700	16267935	chrX:16267701-16267935	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0745	0.0841	0.0843	0.0531	0.052	0.1102	0.0908	0.1053	0.052	0.1322	0.0862	0.1322	0.0689	0.0628	0.0619	0.0628	0.0552
chrX	16267959	16268224	chrX:16267960-16268224	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0663	0.0719	0.0778	0.0473	0.0445	0.0995	0.0856	0.072	0.0445	0.1365	0.0788	0.1365	0.0589	0.0681	0.0496	0.0681	0.0433
chrX	16269343	16269508	chrX:16269344-16269508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0262	0.0197	0.0322	0.0267	0.0042	0.0286	0.0272	0.0167	0.0042	0.0652	0.0264	0.0652	0.0294	0.0636	0.0264	0.0636	0.0224
chrX	16277786	16277973	chrX:16277787-16277973	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.084	0.1203	0.0905	0.0363	0.0997	0.118	0.1505	0.1539	0.0997	0.122	0.1064	0.122	0.0558	0.0398	0.0413	0.0398	0.038
chrX	16278220	16278579	chrX:16278221-16278579	FBgn0030744	CG9992	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1618	0.1751	0.1806	0.1263	0.1315	0.1976	0.2011	0.2212	0.1315	0.2144	0.1945	0.2144	0.1673	0.1394	0.136	0.1394	0.1475
chrX	16278641	16278845	chrX:16278642-16278845	FBgn0030744	CG9992	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1278	0.1148	0.1589	0.1083	0.0742	0.1427	0.1272	0.1492	0.0742	0.1896	0.1685	0.1896	0.1681	0.1172	0.1096	0.1172	0.1318
chrX	16278866	16279060	chrX:16278867-16279060	FBgn0030744,FBgn0030745	CG4239,CG9992	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1815	0.1578	0.2131	0.1735	0.1071	0.1981	0.1678	0.2065	0.1071	0.2542	0.2334	0.2542	0.2122	0.1792	0.1741	0.1792	0.2053
chrX	16279127	16279364	chrX:16279128-16279364	FBgn0030744,FBgn0030745	CG4239,CG9992	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1225	0.0865	0.1343	0.1498	0.0541	0.1131	0.0934	0.1079	0.0541	0.1479	0.1476	0.1479	0.1487	0.1585	0.147	0.1585	0.1886
chrX	16279482	16279687	chrX:16279483-16279687	FBgn0030745	CG4239	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.07	0.0459	0.0745	0.0922	0.0212	0.0602	0.0515	0.058	0.0212	0.1014	0.0768	0.1014	0.0798	0.1692	0.0664	0.1692	0.1152
chrX	16279850	16280001	chrX:16279851-16280001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0404	0.0334	0.0439	0.0444	0.0106	0.0417	0.0454	0.0326	0.0106	0.067	0.0457	0.067	0.0403	0.0972	0.0251	0.0972	0.0516
chrX	16285110	16285330	chrX:16285111-16285330	FBgn0004367,FBgn0010416	TH1,mei-41	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.0369	0.0546	0.0292	0.017	0.033	0.0545	0.048	0.017	0.0652	0.0585	0.0652	0.0473	0.036	0.029	0.036	0.038
chrX	16285391	16285583	chrX:16285392-16285583	FBgn0004367,FBgn0010416	TH1,mei-41	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0741	0.0577	0.0939	0.0707	0.0382	0.0617	0.0662	0.0846	0.0382	0.1165	0.1013	0.1165	0.0922	0.0758	0.0709	0.0758	0.0881
chrX	16285594	16285838	chrX:16285595-16285838	FBgn0004367,FBgn0010416	TH1,mei-41	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.053	0.0806	0.0617	0.0414	0.0573	0.0606	0.074	0.0414	0.1063	0.0846	0.1063	0.0767	0.0689	0.049	0.0689	0.0823
chrX	16285875	16286026	chrX:16285876-16286026	FBgn0004367,FBgn0010416	TH1,mei-41	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.03	0.0265	0.0385	0.0246	0.018	0.0282	0.0342	0.036	0.018	0.0525	0.0363	0.0525	0.0356	0.0291	0.0187	0.0291	0.0276
chrX	16298048	16298199	chrX:16298049-16298199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0116	0.0114	0.0213	0.0032	0.0146	0.019	0.01	0.0032	0.0139	0.0093	0.0139	0.024	0.0046	0.0148	0.0046	0.0558
chrX	16298978	16299153	chrX:16298979-16299153	FBgn0030746	CG9981	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0155	0.0197	0.0198	0.0074	0.0165	0.0221	0.0173	0.0074	0.0145	0.0164	0.0145	0.0496	0.0054	0.0084	0.0054	0.0573
chrX	16300272	16300439	chrX:16300273-16300439	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.0137	0.0208	0.0194	0.0064	0.0117	0.0221	0.0193	0.0064	0.0133	0.0135	0.0133	0.0627	0.0077	0.0077	0.0077	0.0505
chrX	16300602	16300753	chrX:16300603-16300753	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0173	0.0128	0.0213	0.0178	0.0064	0.0199	0.0169	0.0093	0.0064	0.0157	0.0203	0.0157	0.0473	0.0123	0.0084	0.0123	0.0391
chrX	16300927	16301078	chrX:16300928-16301078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0158	0.0132	0.0198	0.0142	0.0021	0.0141	0.0216	0.0147	0.0021	0.0133	0.0219	0.0133	0.0403	0.0107	0.0077	0.0107	0.0328
chrX	16301099	16301304	chrX:16301100-16301304	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0163	0.0244	0.0182	0.0042	0.0204	0.0251	0.0153	0.0042	0.0163	0.0232	0.0163	0.0581	0.0168	0.0097	0.0168	0.0417
chrX	16307852	16308003	chrX:16307853-16308003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0168	0.0168	0.022	0.0111	0.0074	0.0165	0.0225	0.024	0.0074	0.0151	0.026	0.0151	0.0372	0.0046	0.0084	0.0046	0.025
chrX	16308218	16308369	chrX:16308219-16308369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0135	0.0118	0.0151	0.0136	0.0064	0.0117	0.019	0.01	0.0064	0.0115	0.0186	0.0115	0.0232	0.0038	0.011	0.0038	0.0339
chrX	16308493	16308644	chrX:16308494-16308644	FBgn0030748	Traf-like	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.0117	0.0169	0.0177	0.0064	0.0102	0.0182	0.012	0.0064	0.0115	0.019	0.0115	0.0325	0.0054	0.0116	0.0054	0.0474
chrX	16308850	16309020	chrX:16308851-16309020	FBgn0030748	Traf-like	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0147	0.026	0.0262	0.0042	0.0214	0.0173	0.018	0.0042	0.0163	0.0199	0.0163	0.0775	0.0092	0.0123	0.0092	0.073
chrX	16309204	16309355	chrX:16309205-16309355	FBgn0030748	Traf-like	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0208	0.0256	0.0235	0.0032	0.0267	0.0272	0.024	0.0032	0.0145	0.0212	0.0145	0.0767	0.0145	0.0103	0.0145	0.0594
chrX	16315817	16316089	chrX:16315818-16316089	FBgn0030749	Anxb11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.142	0.1265	0.1774	0.1206	0.0933	0.1549	0.1332	0.1686	0.0933	0.2077	0.2228	0.2077	0.1805	0.1286	0.1663	0.1286	0.1537
chrX	16316217	16316397	chrX:16316218-16316397	FBgn0026575,FBgn0030749	Anxb11,hang	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1673	0.153	0.2047	0.142	0.0997	0.1883	0.1592	0.2119	0.0997	0.2512	0.2486	0.2512	0.1882	0.1524	0.1625	0.1524	0.1756
chrX	16316714	16316899	chrX:16316715-16316899	FBgn0026575,FBgn0030749	Anxb11,hang	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2155	0.2095	0.2508	0.1834	0.1782	0.2393	0.2292	0.2658	0.1782	0.2899	0.2791	0.2899	0.2494	0.2014	0.1889	0.2014	0.2157
chrX	16317119	16317455	chrX:16317120-16317455	FBgn0026575	hang	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1438	0.1505	0.1676	0.11	0.1166	0.1694	0.1644	0.1965	0.1166	0.1993	0.1871	0.1993	0.1565	0.1286	0.1122	0.1286	0.1365
chrX	16318502	16318711	chrX:16318503-16318711	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1146	0.1228	0.1343	0.0838	0.0912	0.1607	0.0913	0.2152	0.0912	0.1383	0.1804	0.1383	0.1193	0.1034	0.1044	0.1034	0.0954
chrX	16319208	16319439	chrX:16319209-16319439	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.068	0.0675	0.0756	0.0602	0.0276	0.1102	0.0489	0.0926	0.0276	0.0531	0.1135	0.0531	0.0798	0.0605	0.0986	0.0605	0.0735
chrX	16319572	16319723	chrX:16319573-16319723	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0461	0.0543	0.0267	0.017	0.0704	0.0316	0.0799	0.017	0.0368	0.0884	0.0368	0.0426	0.0115	0.0548	0.0115	0.0271
chrX	16320593	16321005	chrX:16320594-16321005	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1373	0.1658	0.1662	0.0738	0.1018	0.216	0.1302	0.2758	0.1018	0.2204	0.2145	0.2204	0.0736	0.0505	0.0651	0.0505	0.0563
chrX	16321178	16321329	chrX:16321179-16321329	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0583	0.074	0.0709	0.027	0.0403	0.0961	0.0683	0.1193	0.0403	0.0833	0.0984	0.0833	0.0279	0.0115	0.0226	0.0115	0.0219
chrX	16321424	16321710	chrX:16321425-16321710	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0766	0.077	0.1121	0.0373	0.0318	0.1102	0.0722	0.1146	0.0318	0.157	0.1514	0.157	0.0488	0.0207	0.0387	0.0207	0.0287
chrX	16321842	16322023	chrX:16321843-16322023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0749	0.0578	0.1124	0.0526	0.0223	0.0869	0.0519	0.0853	0.0223	0.1256	0.1508	0.1256	0.0999	0.0199	0.0806	0.0199	0.0573
chrX	16322327	16322686	chrX:16322328-16322686	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0816	0.089	0.0961	0.0575	0.0668	0.1019	0.0965	0.1226	0.0668	0.1002	0.1132	0.1002	0.079	0.0207	0.0554	0.0207	0.0354
chrX	16335233	16335432	chrX:16335234-16335432	FBgn0030752,FBgn0030753	CG9947,rngo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1158	0.0837	0.1503	0.1138	0.0392	0.1252	0.0761	0.1179	0.0392	0.1793	0.1653	0.1793	0.1673	0.1103	0.1219	0.1103	0.1589
chrX	16335499	16335680	chrX:16335500-16335680	FBgn0030752,FBgn0030753	CG9947,rngo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.129	0.1021	0.1714	0.1127	0.0551	0.1451	0.0969	0.1432	0.0551	0.2156	0.1855	0.2156	0.1712	0.121	0.1199	0.121	0.136
chrX	16335693	16335846	chrX:16335694-16335846	FBgn0030752,FBgn0030753	CG9947,rngo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0842	0.0679	0.1053	0.0792	0.0318	0.0966	0.0631	0.1013	0.0318	0.1298	0.1161	0.1298	0.0945	0.0835	0.0819	0.0835	0.0943
chrX	16335963	16336124	chrX:16335964-16336124	FBgn0030753	rngo	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0336	0.0709	0.0436	0.0085	0.0519	0.0337	0.048	0.0085	0.0803	0.082	0.0803	0.0705	0.0413	0.0477	0.0413	0.0438
chrX	16340754	16340905	chrX:16340755-16340905	FBgn0261609	eIF-2alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0507	0.0749	0.0485	0.0286	0.0587	0.0649	0.058	0.0286	0.1002	0.0804	0.1002	0.0651	0.0459	0.0516	0.0459	0.0604
chrX	16340972	16341143	chrX:16340973-16341143	FBgn0261609	eIF-2alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1335	0.124	0.1575	0.1178	0.071	0.1495	0.1505	0.1459	0.071	0.1842	0.1727	0.1842	0.1487	0.1263	0.1199	0.1263	0.1308
chrX	16342258	16342429	chrX:16342259-16342429	FBgn0054015,FBgn0262734	CG34015,Rbp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1411	0.1709	0.1291	0.0912	0.1583	0.1626	0.1979	0.0912	0.2077	0.1926	0.2077	0.1596	0.1271	0.136	0.1271	0.1558
chrX	16342579	16342782	chrX:16342580-16342782	FBgn0054015,FBgn0262734	CG34015,Rbp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2055	0.1893	0.2429	0.1826	0.1559	0.232	0.2046	0.2358	0.1559	0.2965	0.263	0.2965	0.2208	0.1769	0.1902	0.1769	0.2173
chrX	16342918	16343083	chrX:16342919-16343083	FBgn0262734	Rbp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1773	0.1483	0.2155	0.1677	0.1156	0.1883	0.1488	0.1985	0.1156	0.2554	0.2412	0.2554	0.1929	0.1784	0.1754	0.1784	0.1777
chrX	16350116	16350374	chrX:16350117-16350374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.041	0.0388	0.0435	0.0408	0.018	0.0529	0.042	0.0453	0.018	0.0447	0.0521	0.0447	0.0418	0.0444	0.0632	0.0444	0.0438
chrX	16350483	16350644	chrX:16350484-16350644	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0502	0.0441	0.0524	0.0544	0.0255	0.05	0.0584	0.0513	0.0255	0.0374	0.0746	0.0374	0.0488	0.0391	0.1051	0.0391	0.0479
chrX	16350774	16350992	chrX:16350775-16350992	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1142	0.1108	0.1175	0.1143	0.0848	0.1238	0.1354	0.1319	0.0848	0.0936	0.1492	0.0936	0.1348	0.1011	0.1876	0.1011	0.111
chrX	16351345	16351536	chrX:16351346-16351536	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0258	0.0359	0.0568	0.0106	0.0306	0.0368	0.026	0.0106	0.0284	0.0431	0.0284	0.0434	0.0628	0.0658	0.0628	0.0771
chrX	16352705	16352879	chrX:16352706-16352879	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0414	0.0464	0.0387	0.0389	0.0233	0.0524	0.064	0.0533	0.0233	0.0411	0.0376	0.0411	0.0465	0.0375	0.0342	0.0375	0.0547
chrX	16361522	16361673	chrX:16361523-16361673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0217	0.0375	0.0192	0.007	0.018	0.0345	0.0588	0.0406	0.018	0.0157	0.0273	0.0157	0.0101	8e-04	0.0064	8e-04	0.0078
chrX	16378694	16378860	chrX:16378695-16378860	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.038	0.0179	0.0072	0.0424	0.034	0.0631	0.0227	0.0424	0.0175	0.0225	0.0175	0.0186	0.0054	0.011	0.0054	0.0089
chrX	16385193	16385344	chrX:16385194-16385344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0151	0.0145	0.0127	0.0184	0.0074	0.0092	0.0268	0.014	0.0074	0.0163	0.0116	0.0163	0.0163	0.0161	0.0084	0.0161	0.0068
chrX	16419708	16419859	chrX:16419709-16419859	FBgn0264077	Cnx14D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0151	0.0153	0.0103	0.0202	0.0085	0.0121	0.0298	0.012	0.0085	0.0151	0.0071	0.0151	0.0046	0.0031	0.009	0.0031	0.0068
chrX	16420237	16420402	chrX:16420238-16420402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0244	0.0263	0.019	0.0281	0.0244	0.0243	0.0368	0.0293	0.0244	0.0229	0.0164	0.0229	0.0077	0.01	0.0077	0.01	0.0094
chrX	16421312	16421538	chrX:16421313-16421538	FBgn0264255	para	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0277	0.0137	0.0187	0.0255	0.0165	0.0506	0.0233	0.0255	0.0175	0.0125	0.0175	0.017	0.0107	0.0335	0.0107	0.0125
chrX	16422756	16422907	chrX:16422757-16422907	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0101	0.0057	0.0175	0.0053	0.0068	0.0199	0.008	0.0053	0.0072	0.0029	0.0072	0.0054	0.0023	0.0013	0.0023	0.0016
chrX	16425297	16425448	chrX:16425298-16425448	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0052	0.0056	0.0081	0.0042	0.0039	0.0112	0.0013	0.0042	0.0042	0.0061	0.0042	0.0039	8e-04	6e-04	8e-04	0.0031
chrX	16425650	16425801	chrX:16425651-16425801	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0043	0.0026	0.0023	0.0084	0.0011	0.0029	0.0052	0.0013	0.0011	0.003	0.0019	0.003	0	0.0023	6e-04	0.0023	0.001
chrX	16434814	16434965	chrX:16434815-16434965	FBgn0030756	CG9903	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0103	0.0107	0.0117	0.0082	0.0042	0.0097	0.019	0.01	0.0042	0.0079	0.0071	0.0079	0.038	0.0077	0.0116	0.0077	0.0109
chrX	16440011	16440162	chrX:16440012-16440162	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0165	0.0161	0.0132	0.0206	0.0021	0.0175	0.0242	0.0207	0.0021	0.0066	0.0196	0.0066	0.0108	0.0145	0.0471	0.0145	0.0172
chrX	16440623	16440781	chrX:16440624-16440781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0162	0.0237	0.0171	0.0053	0.0165	0.0264	0.0173	0.0053	0.0223	0.0212	0.0223	0.0132	0.0077	0.0187	0.0077	0.012
chrX	16441052	16441426	chrX:16441053-16441426	FBgn0030757	CG9902	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0512	0.047	0.0585	0.0478	0.0244	0.0558	0.0593	0.0566	0.0244	0.0586	0.0637	0.0586	0.0573	0.0337	0.0484	0.0337	0.0448
chrX	16441544	16441736	chrX:16441545-16441736	FBgn0030757	CG9902	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1077	0.0953	0.124	0.1036	0.0604	0.1024	0.1094	0.1319	0.0604	0.1425	0.135	0.1425	0.1348	0.1049	0.1109	0.1049	0.1219
chrX	16441829	16442026	chrX:16441830-16442026	FBgn0030757	CG9902	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0534	0.0531	0.059	0.0476	0.0244	0.0636	0.0614	0.0713	0.0244	0.0694	0.0627	0.0694	0.0713	0.0582	0.0496	0.0582	0.0662
chrX	16447025	16447358	chrX:16447026-16447358	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1802	0.1666	0.2018	0.1716	0.1241	0.2097	0.1881	0.1919	0.1241	0.2289	0.2203	0.2289	0.2417	0.1394	0.1657	0.1394	0.2496
chrX	16447663	16447843	chrX:16447664-16447843	FBgn0011742	Arp14D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1138	0.0892	0.1386	0.1141	0.0551	0.1233	0.0869	0.1173	0.0551	0.154	0.1566	0.154	0.1348	0.1149	0.1115	0.1149	0.1407
chrX	16447859	16448084	chrX:16447860-16448084	FBgn0011742	Arp14D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.0933	0.1299	0.1159	0.07	0.1087	0.1003	0.1246	0.07	0.1504	0.1444	0.1504	0.1286	0.1348	0.1096	0.1348	0.1386
chrX	16448286	16448444	chrX:16448287-16448444	FBgn0011742	Arp14D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0545	0.0449	0.0589	0.0604	0.0233	0.0612	0.0528	0.048	0.0233	0.0658	0.0666	0.0658	0.0666	0.0628	0.0638	0.0628	0.0797
chrX	16453573	16453801	chrX:16453574-16453801	FBgn0011826	Pp2B-14D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1317	0.1022	0.1428	0.1525	0.0647	0.1437	0.099	0.1379	0.0647	0.1486	0.1669	0.1486	0.1782	0.1424	0.1741	0.1424	0.2038
chrX	16453971	16454165	chrX:16453972-16454165	FBgn0011826	Pp2B-14D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1021	0.0776	0.1091	0.1217	0.0488	0.1015	0.0882	0.0899	0.0488	0.0978	0.127	0.0978	0.141	0.1156	0.1373	0.1156	0.1454
chrX	16454220	16454435	chrX:16454221-16454435	FBgn0011826	Pp2B-14D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0441	0.046	0.0419	0.0446	0.0329	0.049	0.0575	0.0613	0.0329	0.0374	0.0469	0.0374	0.0457	0.0429	0.0471	0.0429	0.0521
chrX	16454530	16454681	chrX:16454531-16454681	FBgn0011826	Pp2B-14D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0205	0.0165	0.0189	0.0267	0.0095	0.018	0.0238	0.0167	0.0095	0.0133	0.0225	0.0133	0.0232	0.026	0.0271	0.026	0.0281
chrX	16456400	16456617	chrX:16456401-16456617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0481	0.0548	0.0372	0.0223	0.0558	0.0588	0.068	0.0223	0.0658	0.0569	0.0658	0.062	0.0436	0.0303	0.0436	0.0443
chrX	16470654	16470912	chrX:16470655-16470912	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.02	0.0096	0.0132	0.0391	0.0021	0.0107	0.0147	0.012	0.0021	0.0139	0.01	0.0139	0.0287	0.1126	0.0193	0.1126	0.0354
chrX	16473532	16473683	chrX:16473533-16473683	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0055	0.006	0.0156	0.0011	0.0034	0.0112	0.006	0.0011	0.0024	0.0061	0.0024	0.0077	0.0054	0.0077	0.0054	0.0057
chrX	16473880	16474031	chrX:16473881-16474031	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0117	0.0086	0.0061	0.0214	0.0032	0.0039	0.0173	0.0093	0.0032	0.0042	0.0048	0.0042	0.0077	0.0138	0.0071	0.0138	0.0109
chrX	16474565	16474716	chrX:16474566-16474716	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.0095	0.0113	0.0242	0.0021	0.0107	0.013	0.0127	0.0021	0.0079	0.0109	0.0079	0.007	0.0084	0.0045	0.0084	0.0073
chrX	16476209	16476360	chrX:16476210-16476360	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0087	0.006	0.0188	0.0011	0.0087	0.0156	0.0093	0.0011	0.003	0.0061	0.003	0.0046	0.0061	0.0123	0.0061	0.0078
chrX	16476427	16476578	chrX:16476428-16476578	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0083	0.0062	0.0145	0.0011	0.0087	0.0121	0.0127	0.0011	0.0042	0.0068	0.0042	0.0054	0.0077	0.0052	0.0077	0.0068
chrX	16480006	16480247	chrX:16480007-16480247	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0317	0.0189	0.027	0.051	0.0095	0.0214	0.0272	0.0193	0.0095	0.0278	0.0296	0.0278	0.031	0.0329	0.0438	0.0329	0.0297
chrX	16480318	16480482	chrX:16480319-16480482	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0429	0.037	0.0359	0.0572	0.0159	0.0466	0.0463	0.0466	0.0159	0.0393	0.036	0.0393	0.0418	0.0475	0.0632	0.0475	0.0552
chrX	16480653	16480855	chrX:16480654-16480855	FBgn0030758	CanA-14F	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0714	0.048	0.0783	0.0901	0.0223	0.0675	0.0497	0.0646	0.0223	0.0948	0.0868	0.0948	0.0906	0.0689	0.1083	0.0689	0.1027
chrX	16481165	16481350	chrX:16481166-16481350	FBgn0030758	CanA-14F	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1315	0.1104	0.153	0.1315	0.0647	0.1485	0.1194	0.1372	0.0647	0.1866	0.1611	0.1866	0.1619	0.1386	0.1328	0.1386	0.161
chrX	16481456	16481650	chrX:16481457-16481650	FBgn0030758,FBgn0030759	CG13014,CanA-14F	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.0965	0.1117	0.0595	0.052	0.1277	0.099	0.1279	0.052	0.1371	0.1286	0.1371	0.0984	0.0551	0.0683	0.0551	0.0745
chrX	16481771	16481961	chrX:16481772-16481961	FBgn0030759	CG13014	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0964	0.0901	0.1099	0.0887	0.0509	0.1228	0.09	0.1226	0.0509	0.1359	0.1273	0.1359	0.117	0.0827	0.0974	0.0827	0.1068
chrX	16482175	16482326	chrX:16482176-16482326	FBgn0030759	CG13014	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0262	0.0336	0.0205	0.0064	0.0223	0.0355	0.0433	0.0064	0.0374	0.0389	0.0374	0.0349	0.0207	0.0219	0.0207	0.0224
chrX	16487390	16487570	chrX:16487391-16487570	FBgn0015374,FBgn0015615	Cap,crl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1017	0.0887	0.1272	0.0883	0.052	0.1039	0.1029	0.1179	0.052	0.1467	0.1469	0.1467	0.1208	0.0819	0.098	0.0819	0.0922
chrX	16487670	16487848	chrX:16487671-16487848	FBgn0015374,FBgn0015615	Cap,crl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1052	0.092	0.1269	0.0961	0.0498	0.1083	0.1051	0.1233	0.0498	0.1564	0.1405	0.1564	0.1224	0.0919	0.0948	0.0919	0.1136
chrX	16492461	16492656	chrX:16492462-16492656	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1328	0.1228	0.1567	0.1177	0.0848	0.1442	0.1423	0.1546	0.0848	0.2023	0.1723	0.2023	0.1441	0.1279	0.1302	0.1279	0.1532
chrX	16492822	16493023	chrX:16492823-16493023	FBgn0030761,FBgn0061200	CG9784,Nup153	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1542	0.1396	0.1893	0.1319	0.0891	0.1816	0.1531	0.1759	0.0891	0.2633	0.2042	0.2633	0.1805	0.1424	0.1631	0.1424	0.1506
chrX	16493180	16493355	chrX:16493181-16493355	FBgn0030761,FBgn0061200	CG9784,Nup153	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1603	0.1392	0.1986	0.1419	0.1039	0.1738	0.151	0.1719	0.1039	0.2446	0.2109	0.2446	0.206	0.1378	0.1657	0.1378	0.1699
chrX	16493441	16493595	chrX:16493442-16493595	FBgn0030761,FBgn0061200	CG9784,Nup153	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0868	0.0756	0.109	0.0749	0.0562	0.0888	0.0878	0.0939	0.0562	0.131	0.1193	0.131	0.11	0.0689	0.0793	0.0689	0.0943
chrX	16493857	16494089	chrX:16493858-16494089	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1056	0.1073	0.1272	0.0799	0.0657	0.1262	0.1202	0.1472	0.0657	0.157	0.1363	0.157	0.1193	0.108	0.0838	0.108	0.0688
chrX	16500913	16501064	chrX:16500914-16501064	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0386	0.0557	0.0355	0.0228	0.0477	0.0398	0.0835	0.07	0.0477	0.0356	0.0386	0.0356	0.038	0.036	0.0232	0.036	0.025
chrX	16501577	16501759	chrX:16501578-16501759	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0604	0.0603	0.0671	0.0531	0.0223	0.0752	0.0709	0.0799	0.0223	0.0984	0.0669	0.0984	0.0658	0.1034	0.04	0.1034	0.0604
chrX	16501994	16502193	chrX:16501995-16502193	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1239	0.1198	0.1457	0.1047	0.0944	0.1252	0.154	0.1386	0.0944	0.2089	0.145	0.2089	0.1418	0.1654	0.0986	0.1654	0.1131
chrX	16503156	16503307	chrX:16503157-16503307	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0495	0.0258	0.0138	0.0392	0.0417	0.0796	0.054	0.0392	0.0332	0.0251	0.0332	0.0279	0.0191	0.0135	0.0191	0.013
chrX	16504154	16504305	chrX:16504155-16504305	FBgn0025743	mbt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.0503	0.05	0.0269	0.0308	0.0558	0.0631	0.0633	0.0308	0.0707	0.0489	0.0707	0.0558	0.0352	0.0335	0.0352	0.0255
chrX	16504615	16504794	chrX:16504616-16504794	FBgn0025743	mbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1801	0.1765	0.2165	0.1441	0.1241	0.2097	0.2059	0.2105	0.1241	0.2627	0.2421	0.2627	0.2006	0.1677	0.1638	0.1677	0.1641
chrX	16504886	16505072	chrX:16504887-16505072	FBgn0025743	mbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1692	0.1601	0.2015	0.1437	0.122	0.2029	0.1752	0.1892	0.122	0.2609	0.2228	0.2609	0.1905	0.1953	0.1651	0.1953	0.1683
chrX	16510975	16511137	chrX:16510976-16511137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0296	0.0298	0.034	0.0245	0.018	0.0277	0.0411	0.0406	0.018	0.0187	0.0585	0.0187	0.0194	0.0077	0.0716	0.0077	0.0177
chrX	16511463	16511635	chrX:16511464-16511635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0215	0.0258	0.0221	0.0162	0.017	0.0218	0.0303	0.044	0.017	0.0066	0.0437	0.0066	0.0062	0.0054	0.0535	0.0054	0.0052
chrX	16511801	16511952	chrX:16511802-16511952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0143	0.0187	0.0116	0.0042	0.0107	0.0234	0.0193	0.0042	0.0091	0.0334	0.0091	0.0077	0.0023	0.038	0.0023	0.0047
chrX	16512762	16512913	chrX:16512763-16512913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0167	0.027	0.0137	0.0084	0.0138	0.0121	0.0541	0.0306	0.0138	0.0127	0.0183	0.0127	0.0108	0.0023	0.0239	0.0023	0.0063
chrX	16515601	16515752	chrX:16515602-16515752	FBgn0030763	CG9782	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0195	0.0121	0.0202	0.027	0.0095	0.0112	0.0164	0.0153	0.0095	0.0157	0.0325	0.0157	0.0147	0.0054	0.0986	0.0054	0.0104
chrX	16518419	16518570	chrX:16518420-16518570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.029	0.0203	0.0163	0.0159	0.0238	0.048	0.0313	0.0159	0.0139	0.0286	0.0139	0.0248	0.01	0.0258	0.01	0.0219
chrX	16518641	16518816	chrX:16518642-16518816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0426	0.0336	0.0242	0.0244	0.0398	0.0688	0.0406	0.0244	0.0284	0.0453	0.0284	0.0387	0.0237	0.0342	0.0237	0.0344
chrX	16518898	16519097	chrX:16518899-16519097	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0284	0.0399	0.0263	0.0178	0.0255	0.033	0.0571	0.054	0.0255	0.0242	0.0322	0.0242	0.0294	0.0168	0.0168	0.0168	0.0307
chrX	16519521	16519672	chrX:16519522-16519672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0179	0.0208	0.0202	0.0123	0.0095	0.0228	0.032	0.02	0.0095	0.0236	0.0212	0.0236	0.0333	0.0084	0.0168	0.0084	0.0188
chrX	16527493	16527884	chrX:16527494-16527884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0452	0.0322	0.0462	0.0588	0.0106	0.0432	0.0471	0.0266	0.0106	0.0368	0.0373	0.0368	0.1077	0.0436	0.0239	0.0436	0.148
chrX	16531067	16531241	chrX:16531068-16531241	FBgn0026181	rok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0854	0.0588	0.1184	0.0788	0.0371	0.0665	0.0692	0.0793	0.0371	0.1419	0.1399	0.1419	0.1046	0.0896	0.0954	0.0896	0.0964
chrX	16531392	16531590	chrX:16531393-16531590	FBgn0010412,FBgn0026181	RpS19a,rok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1412	0.12	0.1799	0.1223	0.0817	0.1451	0.1453	0.1379	0.0817	0.2126	0.1923	0.2126	0.1828	0.1187	0.127	0.1187	0.1433
chrX	16531782	16531995	chrX:16531783-16531995	FBgn0010412,FBgn0026181	RpS19a,rok	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1654	0.1388	0.21	0.1461	0.0944	0.1738	0.1522	0.1746	0.0944	0.25	0.2347	0.25	0.1952	0.147	0.1573	0.147	0.1688
chrX	16532053	16532248	chrX:16532054-16532248	FBgn0010412	RpS19a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1135	0.0947	0.1445	0.1005	0.07	0.1141	0.1125	0.1133	0.07	0.1661	0.1633	0.1661	0.1301	0.1049	0.1038	0.1049	0.1225
chrX	16533936	16534281	chrX:16533937-16534281	FBgn0261791	SmG	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1132	0.1093	0.1433	0.0845	0.0806	0.1165	0.1272	0.1519	0.0806	0.1775	0.1482	0.1775	0.1472	0.1049	0.0741	0.1049	0.1001
chrX	16534376	16534578	chrX:16534377-16534578	FBgn0030766,FBgn0261791	SmG,mthl1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1496	0.1432	0.1763	0.1276	0.1092	0.1636	0.1661	0.1712	0.1092	0.2174	0.1842	0.2174	0.1681	0.1424	0.1244	0.1424	0.1417
chrX	16534847	16535041	chrX:16534848-16535041	FBgn0030766,FBgn0261791	SmG,mthl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2039	0.1887	0.243	0.1778	0.1432	0.232	0.2098	0.2305	0.1432	0.3001	0.2662	0.3001	0.2301	0.1937	0.1928	0.1937	0.2199
chrX	16538226	16538689	chrX:16538227-16538689	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	mthl1_10845	mthl1_10845	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1287	0.1595	0.1553	0.0652	0.1251	0.2024	0.1946	0.1599	0.1251	0.0894	0.2074	0.0894	0.1363	0.0276	0.0877	0.0276	0.0714
chrX	16538715	16539089	chrX:16538716-16539089	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	mthl1_10845	mthl1_10845	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.099	0.1154	0.1187	0.059	0.1039	0.1621	0.1375	0.0906	0.1039	0.0839	0.128	0.0839	0.1913	0.0291	0.0587	0.0291	0.111
chrX	16539533	16539726	chrX:16539534-16539726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0468	0.0576	0.0593	0.0212	0.0424	0.0825	0.0683	0.0486	0.0424	0.0326	0.0756	0.0326	0.0503	0.01	0.0284	0.01	0.0318
chrX	16540014	16540165	chrX:16540015-16540165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0295	0.0415	0.0358	0.0091	0.0276	0.0485	0.0575	0.042	0.0276	0.0199	0.0293	0.0199	0.024	0.0092	0.0071	0.0092	0.0135
chrX	16541964	16542115	chrX:16541965-16542115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.037	0.0413	0.0415	0.0274	0.018	0.0549	0.0528	0.042	0.018	0.0423	0.0424	0.0423	0.0511	0.026	0.0271	0.026	0.0438
chrX	16542210	16542467	chrX:16542211-16542467	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0671	0.0839	0.067	0.0485	0.0488	0.1083	0.106	0.0899	0.0488	0.0719	0.0675	0.0719	0.0689	0.0858	0.0484	0.0858	0.0558
chrX	16542475	16542742	chrX:16542476-16542742	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0655	0.0738	0.0651	0.0567	0.0339	0.0995	0.0904	0.0813	0.0339	0.0912	0.065	0.0912	0.062	0.1194	0.0567	0.1194	0.0568
chrX	16545233	16545407	chrX:16545234-16545407	FBgn0052573,FBgn0260238	CG32573,CG42512	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.111	0.1057	0.1308	0.0951	0.0785	0.1359	0.1181	0.1106	0.0785	0.1612	0.1441	0.1612	0.1294	0.0896	0.1044	0.0896	0.1167
chrX	16548976	16549160	chrX:16548977-16549160	FBgn0003189,FBgn0030768	CG9723,r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1175	0.1826	0.133	0.0742	0.1471	0.1259	0.1546	0.0742	0.218	0.2045	0.218	0.1689	0.1531	0.1438	0.1531	0.1391
chrX	16549259	16549445	chrX:16549260-16549445	FBgn0003189,FBgn0030768	CG9723,r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.1057	0.1844	0.1386	0.0562	0.1374	0.1172	0.1406	0.0562	0.2162	0.2145	0.2162	0.1797	0.1179	0.1593	0.1179	0.1647
chrX	16549543	16549710	chrX:16549544-16549710	FBgn0003189,FBgn0030768	CG9723,r	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0829	0.0538	0.1091	0.0865	0.0127	0.0777	0.0606	0.0626	0.0127	0.1147	0.1302	0.1147	0.1294	0.0459	0.1225	0.0459	0.1136
chrX	16549817	16550127	chrX:16549818-16550127	FBgn0003189	r	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1689	0.1527	0.2175	0.1335	0.07	0.2189	0.1548	0.1919	0.07	0.2723	0.2412	0.2723	0.2277	0.075	0.196	0.075	0.1834
chrX	16564811	16565059	chrX:16564812-16565059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0307	0.0481	0.0441	0.0159	0.0359	0.0428	0.032	0.0159	0.0453	0.0569	0.0453	0.0612	0.0337	0.0677	0.0337	0.0584
chrX	16571596	16571747	chrX:16571597-16571747	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0075	0.0034	0.0084	0.0111	0.0021	0.0068	0.0039	0.0013	0.0021	0.0097	0.0051	0.0097	0.0225	0.013	0.0045	0.013	0.0261
chrX	16573220	16573395	chrX:16573221-16573395	FBgn0030770,FBgn0261245	CG13010,sing	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.045	0.0231	0.073	0.0387	0.0042	0.0485	0.0208	0.014	0.0042	0.2627	0.0222	0.2627	0.0279	0.1539	0.011	0.1539	0.0198
chrX	16573802	16573953	chrX:16573803-16573953	FBgn0261245	sing	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.016	0.0138	0.0237	0.01	0.0032	0.016	0.0182	0.0173	0.0032	0.0713	0.01	0.0713	0.0178	0.0237	0.0039	0.0237	0.0125
chrX	16577236	16577484	chrX:16577237-16577484	FBgn0000152	Axs	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0431	0.0471	0.0542	0.0263	0.0255	0.05	0.0636	0.0586	0.0255	0.0851	0.0502	0.0851	0.0534	0.049	0.0193	0.049	0.0344
chrX	16577502	16577740	chrX:16577503-16577740	FBgn0000152	Axs	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0765	0.094	0.0844	0.0483	0.0764	0.0932	0.1163	0.1266	0.0764	0.1208	0.0823	0.1208	0.0852	0.0658	0.0535	0.0658	0.0615
chrX	16577891	16578096	chrX:16577892-16578096	FBgn0000152	Axs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0787	0.0855	0.0854	0.0638	0.0573	0.101	0.0956	0.1146	0.0573	0.1141	0.0932	0.1141	0.0806	0.0681	0.0574	0.0681	0.0849
chrX	16581176	16581327	chrX:16581177-16581327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0159	0.0136	0.014	0.0205	0.0095	0.015	0.0195	0.0133	0.0095	0.0145	0.0087	0.0145	0.0124	0.0084	0.0064	0.0084	0.0115
chrX	16581587	16581946	chrX:16581588-16581946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0549	0.052	0.0407	0.0737	0.0329	0.0481	0.077	0.0546	0.0329	0.0248	0.0267	0.0248	0.0294	0.0199	0.0193	0.0199	0.0287
chrX	16582095	16582325	chrX:16582096-16582325	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0533	0.053	0.0466	0.0611	0.0339	0.0573	0.074	0.054	0.0339	0.0386	0.026	0.0386	0.0279	0.013	0.0245	0.013	0.0214
chrX	16583375	16583557	chrX:16583376-16583557	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.0087	0.0123	0.0354	0.0053	0.0097	0.013	0.0073	0.0053	0.0157	0.0093	0.0157	0.0147	0.0544	0.0297	0.0544	0.0412
chrX	16583613	16583830	chrX:16583614-16583830	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0189	0.0082	0.015	0.0352	0.0021	0.0092	0.0143	0.006	0.0021	0.0211	0.0132	0.0211	0.0178	0.072	0.0226	0.072	0.0417
chrX	16584363	16584532	chrX:16584364-16584532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0179	0.0074	0.0114	0.0368	0.0042	0.0121	0.0082	0.0053	0.0042	0.0193	0.0113	0.0193	0.0101	0.0949	0.0451	0.0949	0.0224
chrX	16584839	16584990	chrX:16584840-16584990	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0218	0.0079	0.0152	0.0446	0.0042	0.0087	0.0138	0.0047	0.0042	0.0254	0.0164	0.0254	0.0101	0.1401	0.0393	0.1401	0.0193
chrX	16585513	16585664	chrX:16585514-16585664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0238	0.0143	0.0178	0.0411	0.0042	0.0146	0.0251	0.0127	0.0042	0.029	0.0161	0.029	0.0201	0.1072	0.0361	0.1072	0.0365
chrX	16587948	16588099	chrX:16587949-16588099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0206	0.0152	0.0244	0.0226	0.0074	0.0155	0.0247	0.0147	0.0074	0.0223	0.0219	0.0223	0.0217	0.036	0.0187	0.036	0.0198
chrX	16588788	16589013	chrX:16588789-16589013	FBgn0259923	Sep4	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0427	0.0345	0.0433	0.0511	0.0201	0.0364	0.0484	0.0413	0.0201	0.0411	0.0402	0.0411	0.0341	0.0674	0.0406	0.0674	0.0558
chrX	16589132	16589319	chrX:16589133-16589319	FBgn0259923	Sep4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0995	0.0768	0.1043	0.1195	0.0573	0.0816	0.0973	0.0913	0.0573	0.1208	0.1048	0.1208	0.1162	0.1577	0.118	0.1577	0.1214
chrX	16589761	16589946	chrX:16589762-16589946	FBgn0030778	CG4678	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0613	0.0933	0.1043	0.0435	0.0646	0.0804	0.0726	0.0435	0.1057	0.1023	0.1057	0.0945	0.1057	0.1322	0.1057	0.1141
chrX	16590066	16590258	chrX:16590067-16590258	FBgn0030778	CG4678	none	none	VT62855.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0389	0.0242	0.0382	0.056	0.018	0.0248	0.0333	0.0273	0.018	0.0374	0.0428	0.0374	0.0457	0.0574	0.0832	0.0574	0.0594
chrX	16590873	16591024	chrX:16590874-16591024	distal	distal	none	none	VT62855.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.0121	0.0142	0.0199	0.0053	0.0107	0.0195	0.012	0.0053	0.0193	0.0138	0.0193	0.0132	0.0199	0.0213	0.0199	0.0094
chrX	16591666	16591817	chrX:16591667-16591817	distal	distal	stage14	stage14	VT62855.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0116	0.008	0.0118	0.0155	0.0032	0.0044	0.0151	0.01	0.0032	0.0151	0.0138	0.0151	0.0124	0.01	0.038	0.01	0.0104
chrX	16617572	16617795	chrX:16617573-16617795	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0428	0.0166	0.0501	0.0642	0.0074	0.0257	0.0138	0.0213	0.0074	0.0664	0.0556	0.0664	0.0697	0.1462	0.0696	0.1462	0.0563
chrX	16638475	16638677	chrX:16638476-16638677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0422	0.0452	0.0462	0.0345	0.0308	0.0505	0.0567	0.0553	0.0308	0.0537	0.055	0.0537	0.0488	0.0482	0.0477	0.0482	0.0474
chrX	16640944	16641127	chrX:16640945-16641127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0399	0.0454	0.0482	0.0246	0.0265	0.0451	0.0575	0.0613	0.0265	0.0773	0.0482	0.0773	0.0372	0.0429	0.0264	0.0429	0.0266
chrX	16642694	16642845	chrX:16642695-16642845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0171	0.0266	0.0269	0.0085	0.0218	0.0199	0.0213	0.0085	0.032	0.0299	0.032	0.0163	0.0115	0.0155	0.0115	0.0229
chrX	16644885	16645077	chrX:16644886-16645077	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0801	0.0831	0.1074	0.0467	0.0573	0.1058	0.08	0.1206	0.0573	0.0815	0.1627	0.0815	0.0875	0.0406	0.1109	0.0406	0.0339
chrX	16645302	16645552	chrX:16645303-16645552	FBgn0027528	CG9634	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1466	0.1419	0.1948	0.099	0.0997	0.1704	0.1293	0.2239	0.0997	0.1884	0.265	0.1884	0.158	0.0459	0.1979	0.0459	0.098
chrX	16645600	16645792	chrX:16645601-16645792	FBgn0027528	CG9634	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1037	0.0941	0.1332	0.0822	0.053	0.1301	0.0982	0.1193	0.053	0.1546	0.1572	0.1546	0.1201	0.0666	0.1251	0.0666	0.0834
chrX	16645867	16646068	chrX:16645868-16646068	FBgn0027528	CG9634	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1465	0.1333	0.1774	0.1274	0.0923	0.165	0.1479	0.1732	0.0923	0.221	0.2013	0.221	0.1658	0.1187	0.1651	0.1187	0.1397
chrX	16647250	16647434	chrX:16647251-16647434	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0817	0.074	0.1043	0.0655	0.0339	0.0966	0.0826	0.0953	0.0339	0.1479	0.1167	0.1479	0.0984	0.0819	0.0806	0.0819	0.0813
chrX	16651509	16651660	chrX:16651510-16651660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.023	0.0253	0.0241	0.0192	0.0095	0.0359	0.0298	0.0273	0.0095	0.0374	0.0225	0.0374	0.0271	0.0214	0.0174	0.0214	0.0339
chrX	16651796	16651947	chrX:16651797-16651947	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0251	0.0278	0.0255	0.0216	0.0127	0.0403	0.0333	0.0286	0.0127	0.0399	0.0244	0.0399	0.0194	0.0245	0.0232	0.0245	0.0344
chrX	16654392	16654543	chrX:16654393-16654543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0201	0.0228	0.0251	0.0116	0.0117	0.0306	0.026	0.0286	0.0117	0.0248	0.0354	0.0248	0.0108	0.0161	0.0174	0.0161	0.0115
chrX	16655903	16656054	chrX:16655904-16656054	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0107	0.0247	0.0156	0.0032	0.0218	0.0078	0.01	0.0032	0.0169	0.0428	0.0169	0.0155	0.0184	0.0239	0.0184	0.0151
chrX	16656188	16656339	chrX:16656189-16656339	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0191	0.0161	0.0277	0.0131	0.0106	0.0228	0.0173	0.0173	0.0106	0.0187	0.0466	0.0187	0.0178	0.0199	0.02	0.0199	0.013
chrX	16657291	16657442	chrX:16657292-16657442	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.023	0.0197	0.0166	0.0338	0.0117	0.0296	0.0242	0.0153	0.0117	0.0332	0.0154	0.0332	0.0108	0.124	0.0206	0.124	0.0115
chrX	16657607	16657758	chrX:16657608-16657758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0172	0.0143	0.0136	0.0244	0.0053	0.0296	0.0147	0.0067	0.0053	0.0266	0.01	0.0266	0.0124	0.0881	0.0161	0.0881	0.0109
chrX	16658491	16658642	chrX:16658492-16658642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0182	0.013	0.0228	0.0189	0.0095	0.015	0.0147	0.016	0.0095	0.0338	0.0296	0.0338	0.017	0.0475	0.0213	0.0475	0.0115
chrX	16663085	16663236	chrX:16663086-16663236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0126	0.0168	0.0155	0.0064	0.0204	0.0151	0.0073	0.0064	0.0163	0.0251	0.0163	0.0147	0.0184	0.0316	0.0184	0.0146
chrX	16666268	16666435	chrX:16666269-16666435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0263	0.0258	0.0322	0.0202	0.0127	0.0456	0.0251	0.024	0.0127	0.0417	0.0286	0.0417	0.0147	0.0168	0.0071	0.0168	0.0214
chrX	16666860	16667012	chrX:16666861-16667012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0169	0.0142	0.0168	0.0202	0.0064	0.0243	0.0156	0.0107	0.0064	0.0157	0.0096	0.0157	0.0132	0.0138	0.0077	0.0138	0.0177
chrX	16667271	16667422	chrX:16667272-16667422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0141	0.014	0.0154	0.013	0.0042	0.0272	0.0134	0.0093	0.0042	0.0199	0.0167	0.0199	0.007	0.0107	0.0103	0.0107	0.0146
chrX	16667515	16667666	chrX:16667516-16667666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0158	0.012	0.0193	0.0162	0.0053	0.0209	0.0143	0.0073	0.0053	0.0248	0.0267	0.0248	0.0093	0.0207	0.0271	0.0207	0.0135
chrX	16668190	16668735	chrX:16668191-16668735	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1076	0.1248	0.1515	0.0402	0.0817	0.2175	0.1185	0.0979	0.0817	0.346	0.1386	0.346	0.0534	0.0643	0.0342	0.0643	0.0318
chrX	16669117	16669325	chrX:16669118-16669325	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.09	0.1	0.1334	0.0313	0.0477	0.1786	0.083	0.1033	0.0477	0.195	0.1479	0.195	0.0968	0.0459	0.0477	0.0459	0.0276
chrX	16669376	16669527	chrX:16669377-16669527	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0534	0.0651	0.0756	0.0159	0.0265	0.116	0.0554	0.0653	0.0265	0.0978	0.0923	0.0978	0.0511	0.0222	0.0219	0.0222	0.0177
chrX	16670134	16670285	chrX:16670135-16670285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0277	0.0299	0.0369	0.0152	0.0042	0.0568	0.0307	0.0253	0.0042	0.0894	0.0273	0.0894	0.0132	0.0253	0.0142	0.0253	0.0203
chrX	16671057	16671226	chrX:16671058-16671226	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0301	0.0396	0.0327	0.0167	0.0233	0.0403	0.0536	0.0486	0.0233	0.0537	0.037	0.0537	0.024	0.0184	0.0187	0.0184	0.0203
chrX	16672706	16672914	chrX:16672707-16672914	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0333	0.0252	0.0352	0.0402	0.0085	0.0529	0.0238	0.0153	0.0085	0.0368	0.0341	0.0368	0.0651	0.0184	0.0226	0.0184	0.1063
chrX	16674432	16674603	chrX:16674433-16674603	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0592	0.0678	0.061	0.0476	0.0424	0.101	0.08	0.054	0.0424	0.1051	0.0572	0.1051	0.0589	0.0926	0.0567	0.0926	0.0547
chrX	16676077	16676228	chrX:16676078-16676228	distal	distal	none	none	If	If	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.024	0.0244	0.0209	0.027	0.0117	0.0413	0.0294	0.0133	0.0117	0.0429	0.0145	0.0429	0.0256	0.0942	0.0161	0.0942	0.0162
chrX	16676517	16676668	chrX:16676518-16676668	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0316	0.0257	0.0331	0.0366	0.0127	0.0442	0.0311	0.0153	0.0127	0.067	0.0273	0.067	0.0248	0.0896	0.0226	0.0896	0.0386
chrX	16677411	16677600	chrX:16677412-16677600	FBgn0001250,FBgn0030786	if,mRpL22	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1376	0.1265	0.1571	0.1285	0.0859	0.1617	0.1574	0.1239	0.0859	0.2295	0.1563	0.2295	0.1518	0.1516	0.1289	0.1516	0.161
chrX	16677887	16678067	chrX:16677888-16678067	FBgn0001250,FBgn0030786	if,mRpL22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1477	0.1317	0.1751	0.1354	0.0848	0.1612	0.1544	0.1552	0.0848	0.2343	0.1804	0.2343	0.1751	0.1524	0.1315	0.1524	0.16
chrX	16678140	16678291	chrX:16678141-16678291	FBgn0030786	mRpL22	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0568	0.0527	0.0709	0.046	0.0286	0.0689	0.0619	0.0593	0.0286	0.087	0.0775	0.087	0.0612	0.0452	0.0451	0.0452	0.0589
chrX	16681008	16681203	chrX:16681009-16681203	FBgn0030787	CG9609	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1485	0.1477	0.169	0.1267	0.0986	0.183	0.1613	0.1925	0.0986	0.2011	0.1884	0.2011	0.1565	0.1348	0.1077	0.1348	0.1542
chrX	16681430	16681608	chrX:16681431-16681608	FBgn0030787,FBgn0030788	CG9609,Sap30	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1432	0.1223	0.1779	0.1284	0.0679	0.1587	0.1324	0.1499	0.0679	0.2222	0.2013	0.2222	0.1526	0.1371	0.1289	0.1371	0.1423
chrX	16681711	16681884	chrX:16681712-16681884	FBgn0030788	Sap30	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1216	0.1062	0.1505	0.1072	0.0657	0.1369	0.1142	0.1346	0.0657	0.1812	0.1678	0.1812	0.1379	0.124	0.1212	0.124	0.1152
chrX	16685180	16685340	chrX:16685181-16685340	FBgn0030789	Rrp45	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0934	0.0915	0.1209	0.0653	0.0636	0.1097	0.0978	0.1312	0.0636	0.157	0.1322	0.157	0.1193	0.0781	0.0671	0.0781	0.075
chrX	16686084	16686522	chrX:16686085-16686522	FBgn0030790	CG4768	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2081	0.1953	0.2585	0.167	0.1516	0.217	0.2085	0.2718	0.1516	0.3255	0.2894	0.3255	0.244	0.2075	0.1612	0.2075	0.2095
chrX	16686816	16687146	chrX:16686817-16687146	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1203	0.1018	0.1542	0.1039	0.0467	0.1529	0.0856	0.1486	0.0467	0.2295	0.1621	0.2295	0.127	0.173	0.0883	0.173	0.124
chrX	16687224	16687517	chrX:16687225-16687517	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1292	0.1424	0.1423	0.1001	0.123	0.15	0.1501	0.2032	0.123	0.1624	0.1559	0.1624	0.1596	0.1493	0.0774	0.1493	0.1417
chrX	16687535	16687747	chrX:16687536-16687747	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0967	0.1629	0.0836	0.0372	0.1474	0.1374	0.1955	0.2358	0.1474	0.0821	0.1141	0.0821	0.0674	0.0352	0.0374	0.0352	0.0438
chrX	16692301	16692469	chrX:16692302-16692469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0689	0.083	0.0547	0.035	0.0796	0.0809	0.0973	0.035	0.099	0.0907	0.099	0.0883	0.072	0.0522	0.072	0.0693
chrX	16694416	16694567	chrX:16694417-16694567	FBgn0030791,FBgn0030792	CG4789,CG9132	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0319	0.0218	0.0313	0.0437	0.0085	0.0272	0.0277	0.0266	0.0085	0.0314	0.0363	0.0314	0.0349	0.0383	0.0496	0.0383	0.0683
chrX	16694638	16694828	chrX:16694639-16694828	FBgn0030791,FBgn0030792	CG4789,CG9132	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0812	0.0618	0.0841	0.0997	0.0297	0.0782	0.0714	0.074	0.0297	0.0827	0.0971	0.0827	0.1038	0.098	0.1083	0.098	0.1365
chrX	16694879	16695084	chrX:16694880-16695084	FBgn0030791,FBgn0030792	CG4789,CG9132	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0647	0.0588	0.0701	0.0655	0.0414	0.0714	0.0644	0.0779	0.0414	0.0676	0.082	0.0676	0.086	0.0689	0.0722	0.0689	0.0896
chrX	16696694	16696845	chrX:16696695-16696845	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0297	0.0362	0.0226	0.0191	0.0306	0.0394	0.038	0.0191	0.0471	0.0367	0.0471	0.0349	0.0268	0.0213	0.0268	0.0292
chrX	16697009	16697220	chrX:16697010-16697220	FBgn0030793,FBgn0030794	CG13005,CG9125	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0549	0.0515	0.0657	0.0468	0.0276	0.067	0.0614	0.0606	0.0276	0.0616	0.0723	0.0616	0.0813	0.049	0.0484	0.049	0.0568
chrX	16697310	16697503	chrX:16697311-16697503	FBgn0030793,FBgn0030794	CG13005,CG9125	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.0985	0.1197	0.1001	0.0509	0.1223	0.1099	0.1286	0.0509	0.1256	0.1408	0.1256	0.1263	0.1011	0.1103	0.1011	0.1235
chrX	16697562	16697744	chrX:16697563-16697744	FBgn0030793,FBgn0030794	CG13005,CG9125	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0934	0.0845	0.1056	0.0898	0.0424	0.1068	0.0978	0.1046	0.0424	0.1238	0.1203	0.1238	0.1077	0.0896	0.0916	0.0896	0.1193
chrX	16702742	16703015	chrX:16702743-16703015	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0612	0.028	0.0228	0.07	0.0466	0.096	0.0533	0.07	0.032	0.0296	0.032	0.0333	0.0291	0.0187	0.0291	0.0266
chrX	16703232	16703425	chrX:16703233-16703425	distal	distal	none	none	VT62915.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0545	0.0649	0.0558	0.0414	0.0562	0.065	0.077	0.0833	0.0562	0.064	0.0605	0.064	0.0565	0.0413	0.0348	0.0413	0.0396
chrX	16703462	16703613	chrX:16703463-16703613	distal	distal	none	none	VT62915.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0309	0.0291	0.022	0.0255	0.0286	0.0389	0.038	0.0255	0.0338	0.0312	0.0338	0.031	0.0291	0.0148	0.0291	0.0245
chrX	16703616	16703767	chrX:16703617-16703767	distal	distal	none	none	VT62915.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0191	0.0188	0.0217	0.0106	0.0204	0.0251	0.0193	0.0106	0.0199	0.0222	0.0199	0.0186	0.0276	0.0155	0.0276	0.0198
chrX	16704053	16704314	chrX:16704054-16704314	distal	distal	none	none	VT62915.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0284	0.0191	0.0307	0.0362	0.0042	0.0272	0.0212	0.022	0.0042	0.0507	0.0209	0.0507	0.0302	0.0475	0.0187	0.0475	0.0245
chrX	16704341	16704580	chrX:16704342-16704580	distal	distal	none	none	VT62915.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0202	0.0148	0.0225	0.0238	0.0074	0.016	0.0208	0.014	0.0074	0.0465	0.0135	0.0465	0.0232	0.0567	0.011	0.0567	0.0182
chrX	16705476	16705627	chrX:16705477-16705627	FBgn0030796	CG4829	none	none	VT62915.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.017	0.0112	0.0181	0.0223	0.0053	0.0117	0.0199	0.0093	0.0053	0.032	0.0116	0.032	0.0217	0.0528	0.011	0.0528	0.0146
chrX	16706882	16707039	chrX:16706883-16707039	distal	distal	stage14	stage14	VT62916.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0191	0.0127	0.0221	0.023	0.0011	0.015	0.0203	0.012	0.0011	0.0459	0.0132	0.0459	0.0341	0.0574	0.0142	0.0574	0.0109
chrX	16710267	16710418	chrX:16710268-16710418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0224	0.0192	0.0226	0.0159	0.0228	0.0311	0.0247	0.0159	0.0229	0.0158	0.0229	0.0395	0.0138	0.0168	0.0138	0.0532
chrX	16710776	16710959	chrX:16710777-16710959	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0544	0.0644	0.0494	0.0486	0.053	0.0694	0.0792	0.0779	0.053	0.0459	0.0437	0.0459	0.1022	0.026	0.0419	0.026	0.1053
chrX	16712367	16712528	chrX:16712368-16712528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0325	0.0218	0.0365	0.04	0.0138	0.035	0.0251	0.016	0.0138	0.0332	0.0228	0.0332	0.1046	0.0199	0.0135	0.0199	0.1162
chrX	16712633	16712864	chrX:16712634-16712864	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.036	0.0227	0.0379	0.0489	0.0085	0.032	0.0303	0.0147	0.0085	0.038	0.0251	0.038	0.1007	0.023	0.0213	0.023	0.1386
chrX	16716083	16716234	chrX:16716084-16716234	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0106	0.0051	0.0098	0.0177	0.0021	0.0049	0.0099	0.002	0.0021	0.0054	0.0084	0.0054	0.0232	0.0199	0.0077	0.0199	0.0417
chrX	16716378	16716529	chrX:16716379-16716529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0108	0.0132	0.0194	0.0042	0.0117	0.0156	0.01	0.0042	0.0115	0.0129	0.0115	0.0248	0.0207	0.0103	0.0207	0.0459
chrX	16723784	16723935	chrX:16723785-16723935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0116	0.0118	0.0061	0.0173	0.0148	0.0112	0.019	0.0067	0.0148	0.006	0.0068	0.006	0.0101	0.0061	0.0123	0.0061	0.0459
chrX	16727129	16727280	chrX:16727130-16727280	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0102	0.011	0.0265	0.0021	0.0107	0.0177	0.0073	0.0021	0.0109	0.0148	0.0109	0.0132	0.0505	0.0239	0.0505	0.036
chrX	16727584	16727873	chrX:16727585-16727873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.011	0.0122	0.0295	0.0011	0.0146	0.0186	0.0073	0.0011	0.0139	0.0129	0.0139	0.0194	0.0421	0.0413	0.0421	0.0334
chrX	16729482	16729700	chrX:16729483-16729700	FBgn0030797	CG13004	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0302	0.0184	0.0256	0.0483	0.0159	0.0233	0.0238	0.0153	0.0159	0.0296	0.0251	0.0296	0.0511	0.059	0.0638	0.059	0.0818
chrX	16730195	16730401	chrX:16730196-16730401	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0192	0.0292	0.0457	0.0106	0.0238	0.0264	0.018	0.0106	0.0223	0.0312	0.0223	0.0643	0.0467	0.0561	0.0467	0.0865
chrX	16731717	16731868	chrX:16731718-16731868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0132	0.0085	0.0098	0.0223	0.0021	0.0063	0.016	0.006	0.0021	0.0079	0.0084	0.0079	0.0194	0.0077	0.0135	0.0077	0.0547
chrX	16732993	16733194	chrX:16732994-16733194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0403	0.0292	0.0294	0.0201	0.0466	0.0536	0.0413	0.0201	0.0447	0.0264	0.0447	0.0418	0.0482	0.0303	0.0482	0.0417
chrX	16733952	16734216	chrX:16733953-16734216	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0481	0.0499	0.0489	0.0454	0.035	0.049	0.074	0.048	0.035	0.0393	0.0576	0.0393	0.079	0.0513	0.0651	0.0513	0.061
chrX	16735063	16735230	chrX:16735064-16735230	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0349	0.0118	0.0056	0.0382	0.0204	0.0588	0.0306	0.0382	0.0163	0.0135	0.0163	0.0124	0.0038	0.0064	0.0038	0.0057
chrX	16738446	16738597	chrX:16738447-16738597	FBgn0024941	RSG7	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0215	0.0211	0.0152	0.0288	0.0064	0.0184	0.0342	0.0233	0.0064	0.0223	0.0119	0.0223	0.0085	0.0031	0.0077	0.0031	0.0057
chrX	16743486	16743769	chrX:16743487-16743769	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0284	0.0181	0.033	0.035	0.0106	0.0189	0.032	0.0133	0.0106	0.0634	0.0251	0.0634	0.0356	0.0651	0.0432	0.0651	0.0412
chrX	16768822	16769016	chrX:16768823-16769016	FBgn0030798	CG13003	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0285	0.0338	0.0286	0.0226	0.0233	0.0301	0.0562	0.0253	0.0233	0.0248	0.0273	0.0248	0.0534	0.0207	0.0348	0.0207	0.0334
chrX	16770504	16770655	chrX:16770505-16770655	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0092	0.0067	0.0069	0.0146	0.0021	0.0063	0.0121	0.0033	0.0021	0.0048	0.0119	0.0048	0.0054	0.0054	0.0451	0.0054	0.0078
chrX	16774720	16774871	chrX:16774721-16774871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0168	0.0146	0.017	0.0189	0.0074	0.0117	0.0216	0.0207	0.0074	0.0199	0.017	0.0199	0.0248	0.0176	0.0232	0.0176	0.0323
chrX	16775054	16775205	chrX:16775055-16775205	FBgn0030799	CG4872	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0214	0.022	0.0234	0.0095	0.0214	0.0303	0.028	0.0095	0.0097	0.0312	0.0097	0.0318	0.0107	0.0355	0.0107	0.0391
chrX	16778314	16778509	chrX:16778315-16778509	FBgn0030800,FBgn0030801	CG9104,Rcp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0802	0.0733	0.0933	0.0737	0.0562	0.0898	0.077	0.0919	0.0562	0.1153	0.1023	0.1153	0.0976	0.0865	0.0748	0.0865	0.0954
chrX	16778749	16779051	chrX:16778750-16779051	FBgn0030800,FBgn0030801	CG9104,Rcp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.0484	0.0643	0.0379	0.0339	0.0534	0.064	0.052	0.0339	0.0833	0.0669	0.0833	0.0596	0.0413	0.0426	0.0413	0.0485
chrX	16779913	16780161	chrX:16779914-16780161	FBgn0030802	CG9099	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0452	0.048	0.0294	0.018	0.0573	0.058	0.0513	0.018	0.0574	0.0492	0.0574	0.0503	0.0291	0.0251	0.0291	0.0386
chrX	16780253	16780459	chrX:16780254-16780459	FBgn0030802,FBgn0030803	CG4880,CG9099	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.067	0.0813	0.056	0.0392	0.0762	0.0843	0.0799	0.0392	0.0954	0.09	0.0954	0.0744	0.0605	0.0587	0.0605	0.0724
chrX	16780487	16780667	chrX:16780488-16780667	FBgn0030802,FBgn0030803	CG4880,CG9099	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.0968	0.1154	0.0925	0.0668	0.1146	0.1103	0.1159	0.0668	0.1371	0.1322	0.1371	0.1146	0.0995	0.1006	0.0995	0.112
chrX	16780743	16780933	chrX:16780744-16780933	FBgn0030802,FBgn0030803	CG4880,CG9099	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0875	0.0824	0.0986	0.0812	0.0615	0.0908	0.0934	0.1006	0.0615	0.1256	0.1077	0.1256	0.1022	0.0911	0.0838	0.0911	0.0938
chrX	16780996	16781187	chrX:16780997-16781187	FBgn0030802,FBgn0030803	CG4880,CG9099	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0452	0.0459	0.0534	0.0354	0.018	0.0466	0.0571	0.066	0.018	0.0664	0.0582	0.0664	0.055	0.0398	0.0284	0.0398	0.0474
chrX	16806117	16806268	chrX:16806118-16806268	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.0081	0.0045	0.0057	0.0146	0.0021	0.0044	0.0082	0.0033	0.0021	0.0042	0.008	0.0042	0.0077	0.0222	0.0316	0.0222	0.0104
chrX	16807087	16807238	chrX:16807088-16807238	FBgn0027556	CG4928	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.016	0.0091	0.0118	0.0283	0.0053	0.0092	0.016	0.008	0.0053	0.0109	0.0148	0.0109	0.017	0.0237	0.0741	0.0237	0.0224
chrX	16807357	16807594	chrX:16807358-16807594	FBgn0027556	CG4928	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0247	0.016	0.0166	0.0434	0.017	0.0092	0.0303	0.012	0.017	0.0133	0.0199	0.0133	0.0294	0.0383	0.0877	0.0383	0.0563
chrX	16822679	16822830	chrX:16822680-16822830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0086	0.0089	0.0149	0.0011	0.0073	0.0156	0.0073	0.0011	0.0042	0.0158	0.0042	0.007	0.0038	0.0529	0.0038	0.0052
chrX	16823945	16824096	chrX:16823946-16824096	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0045	0.006	0.0146	0.0011	0.0039	0.0091	0.002	0.0011	0.0048	0.0096	0.0048	0.0023	0.0015	0.0484	0.0015	0.0083
chrX	16824364	16824515	chrX:16824365-16824515	distal	distal	none	none	VT62982.1	VT62982.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0101	0.0057	0.0089	0.0164	0.0032	0.0058	0.0091	0.006	0.0032	0.006	0.0132	0.006	0.0101	0.0023	0.0554	0.0023	0.0089
chrX	16824805	16825023	chrX:16824806-16825023	distal	distal	stage14	stage14	VT62982.1	VT62982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0434	0.0253	0.0437	0.0635	0.0127	0.0388	0.0234	0.0333	0.0127	0.0465	0.0547	0.0465	0.0604	0.0536	0.1451	0.0536	0.0552
chrX	16825235	16825386	chrX:16825236-16825386	distal	distal	stage14	stage14	VT62982.1	VT62982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0108	0.0169	0.0355	0.0053	0.0126	0.0164	0.01	0.0053	0.0085	0.0293	0.0085	0.017	0.0046	0.1115	0.0046	0.0234
chrX	16830861	16831029	chrX:16830862-16831029	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0377	0.0404	0.0369	0.0355	0.0212	0.0422	0.0597	0.0433	0.0212	0.0435	0.0408	0.0435	0.0418	0.0322	0.0509	0.0322	0.0511
chrX	16831159	16831310	chrX:16831160-16831310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0187	0.0279	0.0157	0.0117	0.017	0.0209	0.0463	0.032	0.017	0.0163	0.0151	0.0163	0.0186	0.0077	0.0213	0.0077	0.0156
chrX	16834550	16834704	chrX:16834551-16834704	FBgn0030805	wus	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0485	0.0304	0.059	0.0572	0.0127	0.033	0.0454	0.0326	0.0127	0.0562	0.0759	0.0562	0.0705	0.0375	0.1051	0.0375	0.0688
chrX	16834846	16835017	chrX:16834847-16835017	FBgn0030805	wus	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0967	0.0865	0.1052	0.0987	0.0541	0.0922	0.1107	0.1059	0.0541	0.1262	0.1235	0.1262	0.1015	0.0896	0.1302	0.0896	0.112
chrX	16835182	16835352	chrX:16835183-16835352	FBgn0030805	wus	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0535	0.0513	0.0553	0.054	0.0424	0.0515	0.0644	0.066	0.0424	0.0719	0.0579	0.0719	0.0534	0.0697	0.0432	0.0697	0.0672
chrX	16835577	16835728	chrX:16835578-16835728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0284	0.0278	0.0335	0.0234	0.0191	0.0311	0.0346	0.036	0.0191	0.0483	0.0296	0.0483	0.0333	0.0306	0.0284	0.0306	0.0271
chrX	16836548	16836755	chrX:16836549-16836755	FBgn0030806	CG13001	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0621	0.0552	0.0747	0.056	0.0265	0.0665	0.0753	0.06	0.0265	0.1093	0.0781	0.1093	0.0651	0.0689	0.0619	0.0689	0.0662
chrX	16836838	16837020	chrX:16836839-16837020	FBgn0030806	CG13001	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1316	0.1173	0.1571	0.1195	0.0753	0.1354	0.1362	0.1419	0.0753	0.1999	0.1723	0.1999	0.1425	0.1348	0.1386	0.1348	0.1313
chrX	16837247	16837438	chrX:16837248-16837438	FBgn0030806,FBgn0030808	CG13001,RhoGAP15B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1666	0.1686	0.1904	0.1383	0.141	0.1898	0.1856	0.2125	0.141	0.2277	0.2087	0.2277	0.1867	0.1662	0.1689	0.1662	0.1662
chrX	16837672	16837888	chrX:16837673-16837888	FBgn0030808	RhoGAP15B	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1042	0.1077	0.1241	0.0784	0.071	0.1112	0.1375	0.1346	0.071	0.1449	0.1543	0.1449	0.1177	0.0919	0.1057	0.0919	0.112
chrX	16837966	16838198	chrX:16837967-16838198	FBgn0030808	RhoGAP15B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0656	0.0643	0.0819	0.0493	0.0467	0.0714	0.0744	0.0819	0.0467	0.1141	0.092	0.1141	0.0852	0.0513	0.0645	0.0513	0.0761
chrX	16838346	16838532	chrX:16838347-16838532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0608	0.0802	0.0421	0.0424	0.0675	0.0748	0.0766	0.0424	0.1033	0.1029	0.1033	0.0744	0.0306	0.0593	0.0306	0.0615
chrX	16838987	16839459	chrX:16838988-16839459	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0751	0.0942	0.0745	0.0544	0.0604	0.0646	0.1635	0.0999	0.0604	0.0447	0.1212	0.0447	0.0643	0.0368	0.0967	0.0368	0.0818
chrX	16840354	16840505	chrX:16840355-16840505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0248	0.0239	0.0235	0.0273	0.0085	0.0199	0.0411	0.026	0.0085	0.0193	0.027	0.0193	0.038	0.0138	0.0142	0.0138	0.0703
chrX	16842464	16842615	chrX:16842465-16842615	FBgn0030807	CG13000	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.021	0.0431	0.0121	0.006	0.018	0.0184	0.0982	0.028	0.018	0.0127	0.0174	0.0127	0.0093	0.0061	0.0071	0.0061	0.0078
chrX	16844355	16844521	chrX:16844356-16844521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0202	0.0178	0.0258	0.0169	0.0042	0.0209	0.0272	0.0173	0.0042	0.0616	0.0193	0.0616	0.017	0.0597	0.0071	0.0597	0.0083
chrX	16850589	16851008	chrX:16850590-16851008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0536	0.0562	0.059	0.0448	0.0371	0.0612	0.074	0.0626	0.0371	0.0658	0.0688	0.0658	0.0643	0.0559	0.0516	0.0559	0.0537
chrX	16851159	16851310	chrX:16851160-16851310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0267	0.0242	0.0153	0.0117	0.0252	0.0402	0.0266	0.0117	0.0236	0.0293	0.0236	0.0256	0.023	0.0097	0.023	0.0198
chrX	16851514	16851931	chrX:16851515-16851931	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.059	0.1021	0.0466	0.0245	0.0594	0.0558	0.2067	0.0859	0.0594	0.0483	0.0592	0.0483	0.0449	0.026	0.0213	0.026	0.036
chrX	16852051	16852202	chrX:16852052-16852202	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0322	0.0274	0.0113	0.0138	0.0301	0.0532	0.032	0.0138	0.0278	0.0328	0.0278	0.0271	0.0115	0.0097	0.0115	0.0162
chrX	16852546	16852697	chrX:16852547-16852697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.0257	0.0244	0.0113	0.0106	0.0223	0.0458	0.022	0.0106	0.0423	0.026	0.0423	0.0194	0.01	0.0148	0.01	0.0167
chrX	16861565	16861793	chrX:16861566-16861793	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1207	0.0896	0.1942	0.0748	0.0477	0.1272	0.096	0.1099	0.0477	0.279	0.2248	0.279	0.1456	0.1217	0.0651	0.1217	0.0719
chrX	16861961	16862112	chrX:16861962-16862112	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0492	0.0449	0.0632	0.0387	0.0148	0.065	0.0506	0.05	0.0148	0.0936	0.0714	0.0936	0.0449	0.0536	0.029	0.0536	0.0448
chrX	16862174	16862343	chrX:16862175-16862343	FBgn0030809	CG9086	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0617	0.053	0.0732	0.0589	0.0318	0.0699	0.0614	0.0613	0.0318	0.0888	0.081	0.0888	0.0751	0.0804	0.0426	0.0804	0.0615
chrX	16862377	16862548	chrX:16862378-16862548	FBgn0030809	CG9086	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0714	0.0672	0.0846	0.0616	0.0626	0.0723	0.0822	0.0806	0.0626	0.1045	0.0987	0.1045	0.0674	0.072	0.0593	0.072	0.075
chrX	16862606	16862830	chrX:16862607-16862830	FBgn0030809	CG9086	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1491	0.1565	0.166	0.1223	0.1442	0.168	0.186	0.1885	0.1442	0.1975	0.1833	0.1975	0.1665	0.1401	0.1206	0.1401	0.1407
chrX	16881258	16881409	chrX:16881259-16881409	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0052	0.0055	0.0166	0.0032	0.0058	0.0078	0.0053	0.0032	0.006	0.0048	0.006	0.0046	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chrX	16881887	16882038	chrX:16881888-16882038	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0042	0.0024	0.0022	0.0086	0.0021	0.0019	0.0039	0.0027	0.0021	0.0018	0.0019	0.0018	0.0023	0.0015	0	0.0015	5e-04
chrX	16912465	16912616	chrX:16912466-16912616	FBgn0030810	CG9059	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0039	0.0034	0.0109	0.0042	0.0015	0.0065	0.0053	0.0042	0.0024	0.0029	0.0024	0.0023	0.0038	0.0013	0.0038	0.0057
chrX	16914148	16914299	chrX:16914149-16914299	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0051	0.0021	0.0028	0.011	0.0021	0.0019	0.0026	0.0027	0.0021	0.0036	0.0013	0.0036	0.0015	0.0015	6e-04	0.0015	0.0057
chrX	16915802	16915953	chrX:16915803-16915953	FBgn0030811	CG12433	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0036	0.0014	0.003	0.0068	0.0032	5e-04	0.0022	7e-04	0.0032	0.0018	0.0026	0.0018	0.0023	8e-04	0.0026	8e-04	0.001
chrX	16941774	16941925	chrX:16941775-16941925	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0042	9e-04	0.0027	0.0097	0.0021	0.0015	4e-04	7e-04	0.0021	0.0018	0.0016	0.0018	0.0039	8e-04	6e-04	8e-04	0.0026
chrX	16942046	16942197	chrX:16942047-16942197	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0024	0.0036	0.0173	0	5e-04	0.0052	0.0033	0	0.0024	0.0035	0.0024	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0047
chrX	16942325	16942476	chrX:16942326-16942476	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0035	0.0038	0.0111	0.0011	0.0034	0.0065	0.0027	0.0011	0.0024	0.0039	0.0024	0.0023	0.0023	0.0026	0.0023	0.0057
chrX	16960990	16961141	chrX:16960991-16961141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0117	0.0062	0.0085	0.0213	0	0.0034	0.0151	0.004	0	0.0079	0.0058	0.0079	0.0139	0.0077	0.011	0.0077	0.0162
chrX	16964442	16964593	chrX:16964443-16964593	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.022	0.0293	0.0232	0.0124	0.0233	0.0301	0.0342	0.0386	0.0233	0.0217	0.0264	0.0217	0.024	0.0145	0.0135	0.0145	0.013
chrX	16964661	16964834	chrX:16964662-16964834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0339	0.0256	0.0155	0.0318	0.0277	0.048	0.038	0.0318	0.0314	0.028	0.0314	0.0271	0.0222	0.0135	0.0222	0.0177
chrX	16970569	16970947	chrX:16970570-16970947	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1178	0.1062	0.1452	0.1008	0.0604	0.1257	0.125	0.1372	0.0604	0.1763	0.1662	0.1763	0.141	0.1156	0.1128	0.1156	0.124
chrX	16971001	16971191	chrX:16971002-16971191	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0974	0.0887	0.1284	0.073	0.0477	0.116	0.0934	0.1206	0.0477	0.1661	0.1415	0.1661	0.11	0.0758	0.0935	0.0758	0.0902
chrX	16971270	16971476	chrX:16971271-16971476	FBgn0030812	CG8949	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1691	0.1294	0.2228	0.1546	0.0774	0.1767	0.1311	0.1626	0.0774	0.2802	0.2469	0.2802	0.2091	0.1753	0.1992	0.1753	0.172
chrX	16971534	16971739	chrX:16971535-16971739	FBgn0030812	CG8949	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1406	0.1062	0.1817	0.134	0.0657	0.1451	0.1099	0.1346	0.0657	0.2289	0.1971	0.2289	0.1603	0.1378	0.1547	0.1378	0.1516
chrX	16971871	16972063	chrX:16971872-16972063	FBgn0030812	CG8949	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2253	0.1928	0.2668	0.2161	0.1198	0.2345	0.2301	0.2265	0.1198	0.3321	0.2881	0.3321	0.2486	0.209	0.2463	0.209	0.2418
chrX	16972255	16972458	chrX:16972256-16972458	FBgn0030812,FBgn0030813	CG4949,CG8949	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0861	0.0692	0.1025	0.087	0.0414	0.0782	0.0835	0.0859	0.0414	0.1165	0.1193	0.1165	0.0868	0.0873	0.0935	0.0873	0.0985
chrX	16972748	16972944	chrX:16972749-16972944	FBgn0030813	CG4949	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0972	0.0852	0.1197	0.0861	0.052	0.1117	0.0891	0.1119	0.052	0.1486	0.1363	0.1486	0.1193	0.0873	0.0967	0.0873	0.0995
chrX	16983514	16983665	chrX:16983515-16983665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0139	0.0125	0.0176	0.0113	0.0021	0.0131	0.0186	0.0167	0.0021	0.0314	0.0183	0.0314	0.0116	0.0299	0.0103	0.0299	0.0078
chrX	16984541	16984692	chrX:16984542-16984692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0146	0.012	0.0178	0.0139	0.0032	0.0126	0.0195	0.012	0.0032	0.0272	0.0183	0.0272	0.0155	0.0299	0.0135	0.0299	0.0125
chrX	16985246	16985436	chrX:16985247-16985436	FBgn0030816	CG16700	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0668	0.057	0.0935	0.0483	0.0297	0.0602	0.0666	0.0859	0.0297	0.1063	0.1415	0.1063	0.0697	0.0567	0.0935	0.0567	0.0526
chrX	16985757	16985922	chrX:16985758-16985922	FBgn0030816	CG16700	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0384	0.0277	0.0523	0.0352	0.0085	0.0291	0.0277	0.0473	0.0085	0.0465	0.0875	0.0465	0.0302	0.0352	0.0735	0.0352	0.0365
chrX	16999410	16999803	chrX:16999411-16999803	FBgn0065032	Arpc3B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0495	0.0452	0.0581	0.0448	0.0276	0.0529	0.0506	0.06	0.0276	0.058	0.0621	0.058	0.093	0.0383	0.0426	0.0383	0.0834
chrX	16999807	17000026	chrX:16999808-17000026	FBgn0065032	Arpc3B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0431	0.0383	0.0524	0.0384	0.0255	0.0485	0.0385	0.0506	0.0255	0.0501	0.0569	0.0501	0.0775	0.0291	0.0361	0.0291	0.0719
chrX	17000334	17000690	chrX:17000335-17000690	FBgn0065032	Arpc3B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0742	0.0643	0.09	0.068	0.0339	0.0733	0.0809	0.0786	0.0339	0.1045	0.1003	0.1045	0.1084	0.0773	0.089	0.0773	0.0954
chrX	17000903	17001271	chrX:17000904-17001271	FBgn0260748	CG5004	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0591	0.056	0.0714	0.049	0.0392	0.0646	0.0701	0.0626	0.0392	0.0833	0.0743	0.0833	0.0899	0.0643	0.0516	0.0643	0.0625
chrX	17001501	17001684	chrX:17001502-17001684	FBgn0260748	CG5004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1578	0.1659	0.1736	0.1315	0.1729	0.1854	0.1765	0.2052	0.1729	0.2126	0.1897	0.2126	0.1681	0.1309	0.1457	0.1309	0.1652
chrX	17001777	17002008	chrX:17001778-17002008	FBgn0260748	CG5004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.101	0.1114	0.1142	0.0748	0.1029	0.1306	0.1146	0.1432	0.1029	0.1226	0.1389	0.1226	0.0906	0.0605	0.0986	0.0605	0.0849
chrX	17002228	17002379	chrX:17002229-17002379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0282	0.0485	0.0212	0.0132	0.0382	0.0422	0.064	0.0646	0.0382	0.0169	0.0241	0.0169	0.0178	0.0107	0.0168	0.0107	0.0156
chrX	17005581	17005750	chrX:17005582-17005750	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0273	0.0264	0.0319	0.0233	0.0085	0.05	0.0251	0.0187	0.0085	0.0598	0.0248	0.0598	0.0294	0.0475	0.0174	0.0475	0.0302
chrX	17005911	17006098	chrX:17005912-17006098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0286	0.0325	0.0319	0.0207	0.018	0.051	0.0407	0.0233	0.018	0.0688	0.0222	0.0688	0.0271	0.0329	0.0226	0.0329	0.0287
chrX	17006451	17006699	chrX:17006452-17006699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0314	0.0308	0.0387	0.0241	0.0223	0.0379	0.0342	0.036	0.0223	0.061	0.027	0.061	0.0658	0.0375	0.0251	0.0375	0.0307
chrX	17015879	17016048	chrX:17015880-17016048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.0111	0.0183	0.0246	0.0106	0.015	0.0134	0.0087	0.0106	0.0205	0.0122	0.0205	0.0294	0.0582	0.0097	0.0582	0.0229
chrX	17016155	17016306	chrX:17016156-17016306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0218	0.0121	0.0218	0.0326	0.0117	0.0136	0.0164	0.0093	0.0117	0.026	0.0167	0.026	0.0356	0.0628	0.0168	0.0628	0.036
chrX	17016534	17016853	chrX:17016535-17016853	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0561	0.0273	0.0495	0.0954	0.0191	0.0413	0.0324	0.018	0.0191	0.038	0.0447	0.038	0.1208	0.1914	0.0825	0.1914	0.1266
chrX	17016863	17017014	chrX:17016864-17017014	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0313	0.0161	0.0232	0.0571	0.0148	0.0252	0.019	0.0093	0.0148	0.0163	0.0286	0.0163	0.038	0.1417	0.0554	0.1417	0.0537
chrX	17017641	17017942	chrX:17017642-17017942	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0194	0.0344	0.0632	0.0095	0.0306	0.0186	0.0213	0.0095	0.0266	0.0289	0.0266	0.0806	0.0873	0.0567	0.0873	0.1162
chrX	17018132	17018576	chrX:17018133-17018576	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.083	0.0755	0.0904	0.0834	0.0414	0.116	0.0796	0.0759	0.0414	0.0894	0.0598	0.0894	0.1975	0.0651	0.0567	0.0651	0.1876
chrX	17018685	17019124	chrX:17018686-17019124	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1501	0.181	0.161	0.1036	0.1357	0.2413	0.1812	0.2185	0.1357	0.218	0.1228	0.218	0.1603	0.1057	0.0838	0.1057	0.1652
chrX	17019262	17019451	chrX:17019263-17019451	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1276	0.1346	0.1312	0.1157	0.0891	0.1709	0.1367	0.1759	0.0891	0.1775	0.1042	0.1775	0.1495	0.0965	0.0896	0.0965	0.1839
chrX	17019827	17019978	chrX:17019828-17019978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.035	0.0376	0.036	0.0308	0.017	0.0549	0.0433	0.0393	0.017	0.0477	0.0299	0.0477	0.0465	0.023	0.0213	0.023	0.061
chrX	17023759	17024008	chrX:17023760-17024008	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0176	0.0265	0.0305	0.0095	0.0228	0.0247	0.016	0.0095	0.0103	0.0248	0.0103	0.0666	0.0107	0.0355	0.0107	0.0667
chrX	17024315	17024484	chrX:17024316-17024484	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0172	0.0332	0.0393	0.0064	0.0262	0.0199	0.014	0.0064	0.0157	0.0183	0.0157	0.1193	0.0138	0.0361	0.0138	0.0933
chrX	17030809	17031254	chrX:17030810-17031254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0516	0.0541	0.0622	0.0372	0.0255	0.0665	0.064	0.0653	0.0255	0.0713	0.0656	0.0713	0.0627	0.062	0.0387	0.062	0.0464
chrX	17031342	17031548	chrX:17031343-17031548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0466	0.0388	0.0604	0.0401	0.0085	0.0539	0.0424	0.0493	0.0085	0.0725	0.0614	0.0725	0.0697	0.0482	0.038	0.0482	0.0521
chrX	17031563	17031788	chrX:17031564-17031788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0324	0.0313	0.0379	0.0276	0.0138	0.0364	0.0346	0.0466	0.0138	0.0435	0.0415	0.0435	0.048	0.0268	0.0226	0.0268	0.038
chrX	17031890	17032041	chrX:17031891-17032041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0232	0.028	0.0143	0.0085	0.0267	0.029	0.032	0.0085	0.0302	0.0322	0.0302	0.0341	0.013	0.0168	0.013	0.0172
chrX	17036692	17036843	chrX:17036693-17036843	FBgn0002709,FBgn0028581	mei-217,mei-218	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0371	0.0516	0.0256	0.018	0.0398	0.0528	0.042	0.018	0.0646	0.0559	0.0646	0.048	0.0214	0.0258	0.0214	0.0365
chrX	17036921	17037158	chrX:17036922-17037158	FBgn0002709,FBgn0028581	mei-217,mei-218	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0969	0.1004	0.1204	0.067	0.0732	0.1146	0.1168	0.1233	0.0732	0.1606	0.1331	0.1606	0.1007	0.0681	0.0709	0.0681	0.0907
chrX	17037174	17037350	chrX:17037175-17037350	FBgn0002709,FBgn0028581	mei-217,mei-218	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1125	0.1093	0.1423	0.0833	0.0785	0.134	0.1267	0.1286	0.0785	0.186	0.1534	0.186	0.1317	0.0995	0.0916	0.0995	0.1141
chrX	17037449	17037674	chrX:17037450-17037674	FBgn0002709,FBgn0028581,FBgn0082998	mei-217,mei-218,snoRNA:Psi28S-1192d	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0698	0.0623	0.0909	0.055	0.0488	0.0782	0.067	0.0746	0.0488	0.1226	0.1	0.1226	0.0891	0.075	0.0548	0.075	0.075
chrX	17037701	17037884	chrX:17037702-17037884	FBgn0082998,FBgn0082999	snoRNA:Psi28S-1192c,snoRNA:Psi28S-1192d	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0525	0.047	0.0722	0.0372	0.0403	0.0636	0.048	0.0533	0.0403	0.1008	0.083	0.1008	0.0713	0.0444	0.0406	0.0444	0.0474
chrX	17041753	17041920	chrX:17041754-17041920	FBgn0002590	RpS5a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0811	0.0677	0.1008	0.0746	0.0445	0.0864	0.0757	0.0846	0.0445	0.1244	0.1141	0.1244	0.0976	0.0743	0.0851	0.0743	0.0839
chrX	17041988	17042171	chrX:17041989-17042171	FBgn0002590	RpS5a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1245	0.0955	0.1605	0.1173	0.0562	0.1282	0.106	0.1106	0.0562	0.1999	0.1781	0.1999	0.1518	0.1126	0.1302	0.1126	0.1376
chrX	17042210	17042405	chrX:17042211-17042405	FBgn0002590	RpS5a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1951	0.1623	0.249	0.1727	0.1113	0.2039	0.1708	0.2112	0.1113	0.3092	0.2736	0.3092	0.2332	0.1746	0.1883	0.1746	0.2032
chrX	17042526	17042701	chrX:17042527-17042701	FBgn0002590,FBgn0260747	CG5010,RpS5a	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1073	0.0847	0.1317	0.1058	0.053	0.1063	0.0843	0.1252	0.053	0.1703	0.145	0.1703	0.1216	0.1133	0.1083	0.1133	0.1303
chrX	17042950	17043147	chrX:17042951-17043147	FBgn0260747	CG5010	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1314	0.1014	0.1558	0.1381	0.0615	0.1248	0.112	0.1292	0.0615	0.1926	0.1637	0.1926	0.1758	0.1539	0.136	0.1539	0.1834
chrX	17043310	17043517	chrX:17043311-17043517	FBgn0260747	CG5010	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0729	0.0638	0.0879	0.0666	0.0403	0.0777	0.0705	0.0813	0.0403	0.1051	0.0945	0.1051	0.1022	0.0712	0.0722	0.0712	0.0839
chrX	17048730	17048907	chrX:17048731-17048907	FBgn0016080	xmas-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0304	0.0277	0.0386	0.0245	0.0011	0.0417	0.029	0.038	0.0011	0.0471	0.046	0.0471	0.0325	0.0253	0.0239	0.0253	0.037
chrX	17053014	17053165	chrX:17053015-17053165	FBgn0028974	xmas-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0443	0.043	0.0508	0.0386	0.0191	0.049	0.0545	0.0553	0.0191	0.0616	0.0495	0.0616	0.0635	0.0544	0.0432	0.0544	0.037
chrX	17053265	17053450	chrX:17053266-17053450	FBgn0028974	xmas-2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0948	0.0986	0.0763	0.0647	0.0985	0.1163	0.1279	0.0647	0.1087	0.1074	0.1087	0.0968	0.0819	0.078	0.0819	0.0912
chrX	17053646	17053803	chrX:17053647-17053803	FBgn0000163,FBgn0028974	baz,xmas-2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0751	0.0902	0.0639	0.0541	0.0806	0.0861	0.1026	0.0541	0.1039	0.1016	0.1039	0.0906	0.0758	0.0625	0.0758	0.0709
chrX	17053925	17054141	chrX:17053926-17054141	FBgn0000163	baz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1737	0.1721	0.2082	0.1376	0.1304	0.1903	0.2024	0.2125	0.1304	0.2385	0.2289	0.2385	0.2262	0.1394	0.156	0.1394	0.1569
chrX	17054445	17054839	chrX:17054446-17054839	FBgn0000163	baz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1948	0.249	0.2362	0.0888	0.228	0.2617	0.3019	0.2898	0.228	0.256	0.3019	0.256	0.165	0.0658	0.1586	0.0658	0.0792
chrX	17055044	17055213	chrX:17055045-17055213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0612	0.0987	0.0604	0.0201	0.0689	0.0903	0.1427	0.1159	0.0689	0.0628	0.0794	0.0628	0.0511	0.0191	0.0316	0.0191	0.0198
chrX	17056329	17056761	chrX:17056330-17056761	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0923	0.0606	0.1544	0.0595	0.0318	0.1034	0.0567	0.0613	0.0318	0.0749	0.2479	0.0749	0.2068	0.0237	0.1541	0.0237	0.0672
chrX	17059534	17059687	chrX:17059535-17059687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0402	0.0508	0.0537	0.0135	0.0339	0.0495	0.0545	0.0839	0.0339	0.0248	0.0894	0.0248	0.038	0.0077	0.0322	0.0077	0.0115
chrX	17059888	17060132	chrX:17059889-17060132	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0996	0.1246	0.1353	0.0324	0.0827	0.1131	0.1449	0.2012	0.0827	0.0628	0.2177	0.0628	0.1146	0.0115	0.0683	0.0115	0.025
chrX	17061564	17061715	chrX:17061565-17061715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0161	0.0157	0.0223	0.0097	0.0042	0.0209	0.0195	0.0207	0.0042	0.0229	0.0212	0.0229	0.0194	0.0077	0.0103	0.0077	0.0089
chrX	17064767	17065014	chrX:17064768-17065014	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0583	0.127	0.0335	0.0088	0.1135	0.0893	0.1713	0.1799	0.1135	0.0223	0.0482	0.0223	0.0248	0.0069	0.0168	0.0069	0.0073
chrX	17065903	17066097	chrX:17065904-17066097	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0454	0.0714	0.0444	0.0174	0.0848	0.0432	0.1094	0.0786	0.0848	0.0217	0.0736	0.0217	0.038	0.01	0.0374	0.01	0.0146
chrX	17067004	17067155	chrX:17067005-17067155	distal	distal	none	none	VT63106.1	VT63106.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0147	0.0145	0.018	0.0114	0.0074	0.0175	0.0182	0.018	0.0074	0.0079	0.0302	0.0079	0.0147	0.0023	0.038	0.0023	0.0063
chrX	17068070	17068221	chrX:17068071-17068221	distal	distal	stage11	stage11	VT63106.1	VT63106.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.03	0.0227	0.044	0.0227	0.0244	0.0252	0.0298	0.022	0.0244	0.0894	0.0482	0.0894	0.024	0.0199	0.0432	0.0199	0.024
chrX	17068501	17068652	chrX:17068502-17068652	distal	distal	stage14	stage14	VT63106.1	VT63106.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0276	0.0221	0.0359	0.0246	0.018	0.0199	0.0311	0.0247	0.018	0.0531	0.0399	0.0531	0.0364	0.0299	0.0406	0.0299	0.0302
chrX	17069423	17069607	chrX:17069424-17069607	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0453	0.0356	0.059	0.0411	0.0159	0.0495	0.0402	0.0386	0.0159	0.0634	0.0688	0.0634	0.0813	0.0322	0.0406	0.0322	0.0803
chrX	17069873	17070055	chrX:17069874-17070055	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1072	0.1013	0.1311	0.0875	0.0848	0.1097	0.1194	0.1286	0.0848	0.1498	0.154	0.1498	0.1394	0.1095	0.0948	0.1095	0.1209
chrX	17071745	17072114	chrX:17071746-17072114	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0653	0.1088	0.0633	0.0188	0.1113	0.0641	0.1423	0.1799	0.1113	0.0519	0.0932	0.0519	0.0488	0.0138	0.0284	0.0138	0.0177
chrX	17072448	17072663	chrX:17072449-17072663	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1097	0.129	0.1225	0.0742	0.1018	0.1136	0.1587	0.1932	0.1018	0.1238	0.1669	0.1238	0.127	0.0758	0.1193	0.0758	0.0917
chrX	17072795	17072982	chrX:17072796-17072982	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1279	0.1336	0.1565	0.0901	0.0965	0.1267	0.1605	0.1899	0.0965	0.1884	0.21	0.1884	0.1549	0.1263	0.1212	0.1263	0.1292
chrX	17073267	17073418	chrX:17073268-17073418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0364	0.0452	0.0489	0.013	0.035	0.0398	0.0515	0.072	0.035	0.0368	0.0807	0.0368	0.0349	0.0153	0.0174	0.0153	0.0182
chrX	17073676	17073879	chrX:17073677-17073879	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0546	0.078	0.069	0.0127	0.053	0.0481	0.1259	0.1039	0.053	0.0362	0.1277	0.0362	0.0341	0.0069	0.02	0.0069	0.0141
chrX	17075476	17075634	chrX:17075477-17075634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0331	0.0384	0.0367	0.0234	0.0244	0.032	0.0532	0.0513	0.0244	0.0236	0.0492	0.0236	0.0596	0.0138	0.0245	0.0138	0.0469
chrX	17079519	17079670	chrX:17079520-17079670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade5	0.0164	0.028	0.0156	0.0043	0.0276	0.0204	0.0381	0.0373	0.0276	0.0133	0.0228	0.0133	0.0147	0.0046	0.0064	0.0046	0.0031
chrX	17079744	17079920	chrX:17079745-17079920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.022	0.0379	0.0181	0.0084	0.0329	0.0301	0.0528	0.052	0.0329	0.0115	0.0283	0.0115	0.0217	0.0031	0.0148	0.0031	0.0057
chrX	17080253	17080404	chrX:17080254-17080404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0233	0.0232	0.01	0.017	0.0194	0.0316	0.0306	0.017	0.0151	0.0248	0.0151	0.0496	0.0084	0.0064	0.0084	0.0219
chrX	17080544	17080714	chrX:17080545-17080714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0251	0.0242	0.033	0.0175	0.0138	0.0233	0.0342	0.0266	0.0138	0.0175	0.028	0.0175	0.0922	0.0054	0.0135	0.0054	0.0433
chrX	17085683	17085994	chrX:17085684-17085994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0301	0.0379	0.0371	0.0139	0.0318	0.032	0.0515	0.0486	0.0318	0.0314	0.0508	0.0314	0.0349	0.0107	0.0219	0.0107	0.0177
chrX	17086112	17086263	chrX:17086113-17086263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0206	0.025	0.0092	0.0095	0.0189	0.0298	0.0273	0.0095	0.0248	0.0331	0.0248	0.0271	0.01	0.0142	0.01	0.0094
chrX	17087132	17087339	chrX:17087133-17087339	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0427	0.052	0.041	0.0343	0.0392	0.0612	0.0631	0.0593	0.0392	0.0417	0.0486	0.0417	0.048	0.0498	0.0277	0.0498	0.0443
chrX	17087377	17087528	chrX:17087378-17087528	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0264	0.0261	0.016	0.0117	0.0277	0.0368	0.032	0.0117	0.0248	0.0318	0.0248	0.0279	0.0176	0.0135	0.0176	0.0229
chrX	17095074	17095391	chrX:17095075-17095391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0276	0.0361	0.0343	0.0106	0.0297	0.0277	0.0441	0.0553	0.0297	0.0266	0.0505	0.0266	0.0294	0.0077	0.0168	0.0077	0.012
chrX	17095492	17095898	chrX:17095493-17095898	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0389	0.0382	0.0103	0.0403	0.0248	0.0532	0.0566	0.0403	0.0211	0.0608	0.0211	0.0294	0.0092	0.02	0.0092	0.0104
chrX	17123349	17123500	chrX:17123350-17123500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0104	0.0069	0.0113	0.0134	0.0032	0.0068	0.0117	0.0067	0.0032	0.0066	0.019	0.0066	0.0101	0.0015	0.0516	0.0015	0.0042
chrX	17123771	17123932	chrX:17123772-17123932	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0221	0.0126	0.0218	0.033	0.0085	0.016	0.0173	0.0093	0.0085	0.0079	0.0408	0.0079	0.0194	0.0046	0.1225	0.0046	0.0099
chrX	17124146	17124297	chrX:17124147-17124297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0175	0.0137	0.0152	0.0244	0.0074	0.0146	0.0186	0.0167	0.0074	0.0091	0.0257	0.0091	0.0132	0.0069	0.0832	0.0069	0.0109
chrX	17126710	17126861	chrX:17126711-17126861	FBgn0262111	f	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0199	0.0119	0.0157	0.0127	0.0165	0.0294	0.0253	0.0127	0.0036	0.0219	0.0036	0.0077	0.0031	0.058	0.0031	0.0063
chrX	17130628	17130779	chrX:17130629-17130779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0112	0.0086	0.0137	0.0113	0.0042	0.0063	0.0134	0.0113	0.0042	0.0121	0.0199	0.0121	0.0101	0.0046	0.0342	0.0046	0.0068
chrX	17138956	17139148	chrX:17138957-17139148	FBgn0030833	CG8915	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.0781	0.0849	0.0771	0.0657	0.0908	0.0982	0.0819	0.0657	0.0857	0.0987	0.0857	0.0968	0.0865	0.0858	0.0865	0.0954
chrX	17141549	17141700	chrX:17141550-17141700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0199	0.0214	0.0156	0.023	0.017	0.0184	0.029	0.028	0.017	0.0181	0.0167	0.0181	0.0225	0.0436	0.0142	0.0436	0.0255
chrX	17143210	17143361	chrX:17143211-17143361	FBgn0030834	CG8675	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0228	0.0406	0.0319	0.0127	0.0257	0.0268	0.034	0.0127	0.0568	0.0441	0.0568	0.0442	0.0345	0.0258	0.0345	0.0427
chrX	17143449	17143635	chrX:17143450-17143635	FBgn0030834	CG8675	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0842	0.0725	0.1009	0.079	0.0498	0.082	0.0913	0.0839	0.0498	0.1184	0.1148	0.1184	0.1084	0.0904	0.0741	0.0904	0.1032
chrX	17145493	17145644	chrX:17145494-17145644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0109	0.0102	0.0084	0.0145	0.0032	0.0112	0.0173	0.01	0.0032	0.0097	0.0096	0.0097	0.0093	0.0077	0.0445	0.0077	0.0068
chrX	17146103	17146360	chrX:17146104-17146360	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0323	0.0286	0.0313	0.0201	0.0301	0.0528	0.026	0.0201	0.0091	0.0531	0.0091	0.0256	0.0023	0.1186	0.0023	0.0125
chrX	17147297	17147479	chrX:17147298-17147479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0222	0.036	0.0199	0.0093	0.0318	0.0325	0.0493	0.0393	0.0318	0.0187	0.0257	0.0187	0.0163	0.0046	0.0245	0.0046	0.0083
chrX	17156279	17156441	chrX:17156280-17156441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0287	0.0313	0.0343	0.0198	0.0117	0.0354	0.0372	0.044	0.0117	0.0465	0.0412	0.0465	0.0294	0.0199	0.0329	0.0199	0.0219
chrX	17159099	17159250	chrX:17159100-17159250	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0125	0.0092	0.0155	0.0128	0.0042	0.0107	0.0125	0.0127	0.0042	0.0127	0.0251	0.0127	0.0155	0.0031	0.0438	0.0031	0.0057
chrX	17162099	17162250	chrX:17162100-17162250	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0097	0.0076	0.0094	0.0124	0.0011	0.0058	0.0143	0.0087	0.0011	0.0109	0.0125	0.0109	0.0062	0.0046	0.04	0.0046	0.0052
chrX	17172384	17172544	chrX:17172385-17172544	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0245	0.0437	0.022	0.0058	0.0255	0.051	0.0437	0.066	0.0255	0.0187	0.0277	0.0187	0.0232	0.0054	0.011	0.0054	0.0047
chrX	17172593	17172824	chrX:17172594-17172824	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0235	0.0404	0.0227	0.0054	0.0233	0.0461	0.045	0.0593	0.0233	0.0211	0.0273	0.0211	0.0209	0.0054	0.009	0.0054	0.0036
chrX	17178864	17179035	chrX:17178865-17179035	FBgn0030837	CG8661	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0279	0.0199	0.0343	0.0297	0.0042	0.0233	0.0294	0.024	0.0042	0.0332	0.0408	0.0332	0.0496	0.023	0.0438	0.023	0.0511
chrX	17179228	17179394	chrX:17179229-17179394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0195	0.0147	0.0234	0.0206	0.0085	0.015	0.0195	0.02	0.0085	0.032	0.0232	0.032	0.0364	0.0145	0.0193	0.0145	0.0375
chrX	17179498	17179649	chrX:17179499-17179649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0227	0.0203	0.0259	0.0217	0.0138	0.0248	0.0238	0.024	0.0138	0.0266	0.0344	0.0266	0.0248	0.0191	0.0213	0.0191	0.036
chrX	17179802	17179953	chrX:17179803-17179953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0292	0.027	0.0349	0.0253	0.0095	0.033	0.0346	0.0353	0.0095	0.0386	0.0437	0.0386	0.0372	0.0214	0.0193	0.0214	0.0433
chrX	17185688	17185849	chrX:17185689-17185849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0218	0.0301	0.0177	0.0106	0.0291	0.026	0.024	0.0106	0.0242	0.0235	0.0242	0.0782	0.0107	0.0135	0.0107	0.0344
chrX	17185977	17186128	chrX:17185978-17186128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0233	0.0275	0.0136	0.0117	0.0233	0.0277	0.0346	0.0117	0.0242	0.0293	0.0242	0.055	0.0061	0.0135	0.0061	0.0261
chrX	17188258	17188409	chrX:17188259-17188409	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0176	0.0101	0.0188	0.0248	0.0032	0.0126	0.0164	0.0047	0.0032	0.0205	0.0161	0.0205	0.0372	0.0153	0.0277	0.0153	0.0537
chrX	17188434	17188585	chrX:17188435-17188585	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0112	0.0242	0.0259	0.0095	0.0155	0.0138	0.008	0.0095	0.0272	0.0203	0.0272	0.0503	0.0153	0.0277	0.0153	0.0521
chrX	17190016	17190229	chrX:17190017-17190229	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0305	0.0499	0.0278	0.012	0.0498	0.0461	0.0649	0.058	0.0498	0.0266	0.028	0.0266	0.0333	0.0092	0.0064	0.0092	0.0198
chrX	17190413	17190597	chrX:17190414-17190597	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0345	0.044	0.0358	0.0226	0.0329	0.0422	0.0597	0.0546	0.0329	0.0393	0.0386	0.0393	0.0488	0.0161	0.0206	0.0161	0.0375
chrX	17192285	17192457	chrX:17192286-17192457	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0418	0.0355	0.0442	0.0464	0.0276	0.0369	0.0454	0.0413	0.0276	0.055	0.0421	0.055	0.072	0.0329	0.0638	0.0329	0.0834
chrX	17193782	17193933	chrX:17193783-17193933	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0171	0.0312	0.0411	0.0095	0.0248	0.0177	0.022	0.0095	0.0489	0.0264	0.0489	0.0426	0.0207	0.058	0.0207	0.0636
chrX	17194165	17194316	chrX:17194166-17194316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0282	0.0115	0.0278	0.0473	0.0032	0.0141	0.016	0.0133	0.0032	0.0386	0.0241	0.0386	0.0387	0.0306	0.04	0.0306	0.0542
chrX	17194624	17194822	chrX:17194625-17194822	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0641	0.0249	0.0716	0.0996	0.0042	0.0398	0.0298	0.028	0.0042	0.1129	0.0527	0.1129	0.1046	0.0773	0.0967	0.0773	0.1266
chrX	17195068	17195252	chrX:17195069-17195252	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0767	0.0324	0.1084	0.0915	0.0064	0.0524	0.0316	0.0433	0.0064	0.1896	0.0923	0.1896	0.117	0.0865	0.0819	0.0865	0.087
chrX	17195909	17196115	chrX:17195910-17196115	FBgn0024238,FBgn0030838	CG5445,Fim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1666	0.1439	0.1999	0.1554	0.1177	0.1757	0.1583	0.1679	0.1177	0.2633	0.219	0.2633	0.1859	0.1669	0.1779	0.1669	0.1782
chrX	17196423	17196615	chrX:17196424-17196615	FBgn0024238,FBgn0030838	CG5445,Fim	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1834	0.164	0.2162	0.1691	0.1326	0.1961	0.1756	0.2032	0.1326	0.2681	0.237	0.2681	0.2115	0.1784	0.1754	0.1784	0.209
chrX	17199686	17199899	chrX:17199687-17199899	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT63175.1	VT63175.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1196	0.1186	0.1378	0.1008	0.0933	0.1364	0.1362	0.1506	0.0933	0.1727	0.1505	0.1727	0.1154	0.1003	0.0974	0.1003	0.1188
chrX	17200056	17200207	chrX:17200057-17200207	distal	distal	none	none	VT63175.1	VT63175.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0353	0.0487	0.0357	0.0201	0.0297	0.0563	0.0627	0.056	0.0297	0.0326	0.0428	0.0326	0.0294	0.0222	0.0181	0.0222	0.013
chrX	17200735	17200888	chrX:17200736-17200888	distal	distal	none	none	VT63175.1	VT63175.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.013	0.0223	0.0157	0.0042	0.016	0.0134	0.022	0.0042	0.0139	0.0196	0.0139	0.0147	0.0038	0.009	0.0038	0.0099
chrX	17207482	17207702	chrX:17207483-17207702	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.113	0.1013	0.1522	0.0831	0.0297	0.1243	0.0887	0.1885	0.0297	0.1057	0.2318	0.1057	0.0705	0.0276	0.1554	0.0276	0.0453
chrX	17208305	17208565	chrX:17208306-17208565	FBgn0004854	B-H2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1215	0.1343	0.1462	0.0799	0.106	0.1184	0.1696	0.1932	0.106	0.0773	0.2579	0.0773	0.0891	0.036	0.2083	0.036	0.0417
chrX	17209743	17209930	chrX:17209744-17209930	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0389	0.0528	0.0491	0.012	0.0308	0.0505	0.067	0.0673	0.0308	0.032	0.0823	0.032	0.0271	0.01	0.0284	0.01	0.0052
chrX	17210720	17211033	chrX:17210721-17211033	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0439	0.0353	0.0768	0.0174	0.0127	0.0408	0.0307	0.0653	0.0127	0.0199	0.1553	0.0199	0.0209	0.0023	0.0535	0.0023	0.0052
chrX	17216085	17216241	chrX:17216086-17216241	distal	distal	none	none	VT63183.1	VT63183.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0163	0.0308	0.0131	0.0038	0.0085	0.0311	0.0234	0.0733	0.0085	0.0066	0.019	0.0066	0.0031	0.0023	0.0084	0.0023	0.001
chrX	17218217	17218414	chrX:17218218-17218414	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0299	0.0459	0.028	0.0142	0.0159	0.0568	0.0424	0.0753	0.0159	0.0242	0.0325	0.0242	0.007	0.0038	0.0071	0.0038	0.0047
chrX	17218466	17218638	chrX:17218467-17218638	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0389	0.0332	0.0235	0.0159	0.0437	0.0355	0.066	0.0159	0.0236	0.0302	0.0236	0.0139	0.0061	0.0116	0.0061	0.0063
chrX	17218969	17219251	chrX:17218970-17219251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0332	0.0329	0.0344	0.0322	0.0106	0.0388	0.0355	0.052	0.0106	0.0157	0.0315	0.0157	0.0139	0.0054	0.0148	0.0054	0.0073
chrX	17222238	17222499	chrX:17222239-17222499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0246	0.0234	0.0388	0.0102	0.0064	0.0301	0.0156	0.0506	0.0064	0.0139	0.0608	0.0139	0.007	0.0023	0.0064	0.0023	0.0042
chrX	17222930	17223083	chrX:17222931-17223083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0148	0.017	0.0103	0.0064	0.0184	0.0147	0.0227	0.0064	0.0133	0.0138	0.0133	0.0031	0.0046	0.0032	0.0046	0.0016
chrX	17223241	17223402	chrX:17223242-17223402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.031	0.0253	0.0123	0.0032	0.0485	0.0225	0.056	0.0032	0.0175	0.0222	0.0175	0.0062	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chrX	17225007	17225165	chrX:17225008-17225165	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0169	0.0092	0.0231	0.0187	0.0021	0.0092	0.0121	0.0113	0.0021	0.0091	0.0469	0.0091	0.0062	0.0069	0.0606	0.0069	0.0089
chrX	17226768	17227059	chrX:17226769-17227059	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0352	0.0329	0.0451	0.0269	0.0148	0.0388	0.0454	0.0346	0.0148	0.0417	0.0656	0.0417	0.0364	0.026	0.0464	0.026	0.0375
chrX	17227317	17227516	chrX:17227318-17227516	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0336	0.0222	0.0529	0.0252	0.0042	0.0296	0.0277	0.0306	0.0042	0.0272	0.1035	0.0272	0.0163	0.0107	0.0716	0.0107	0.0172
chrX	17227708	17227916	chrX:17227709-17227916	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0335	0.0163	0.0536	0.0306	0.0085	0.0214	0.0208	0.0173	0.0085	0.0344	0.0994	0.0344	0.0178	0.0123	0.0896	0.0123	0.0193
chrX	17229956	17230163	chrX:17229957-17230163	distal	distal	none	none	VT63190.1,VT63191.1	VT63190.1,VT63191.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0261	0.0349	0.0319	0.0099	0.0159	0.0272	0.0515	0.0526	0.0159	0.0079	0.0617	0.0079	0.0163	0.0038	0.0258	0.0038	0.0042
chrX	17230272	17230467	chrX:17230273-17230467	distal	distal	stage5	stage5	VT63190.1,VT63191.1	VT63190.1,VT63191.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0472	0.0616	0.0628	0.0139	0.0435	0.0505	0.08	0.0959	0.0435	0.0151	0.1331	0.0151	0.0124	0.0054	0.0348	0.0054	0.0063
chrX	17230561	17230817	chrX:17230562-17230817	distal	distal	stage5	stage5	VT63191.1	VT63191.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0652	0.0501	0.0102	0.0477	0.0592	0.0874	0.0859	0.0477	0.0145	0.1051	0.0145	0.0085	0.0046	0.0277	0.0046	0.0042
chrX	17230874	17231104	chrX:17230875-17231104	distal	distal	stage5	stage5	VT63191.1	VT63191.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0368	0.0465	0.0499	0.0116	0.0286	0.0461	0.0666	0.0573	0.0286	0.0163	0.1013	0.0163	0.0101	0.0038	0.0251	0.0038	0.0078
chrX	17233846	17233997	chrX:17233847-17233997	distal	distal	none	none	VT63193.1	VT63193.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0074	0.0102	0.0244	0.0042	0.0063	0.0125	0.0053	0.0042	0.0054	0.0084	0.0054	0.0116	0.0031	0.0039	0.0031	0.0042
chrX	17234881	17235116	chrX:17234882-17235116	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT63193.1,VT63194.1	VT63193.1,VT63194.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0334	0.0474	0.0428	0.0074	0.0223	0.049	0.0415	0.0913	0.0223	0.0199	0.0785	0.0199	0.0225	0.0061	0.009	0.0061	0.0068
chrX	17235858	17236009	chrX:17235859-17236009	distal	distal	none	none	VT63194.1	VT63194.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0164	0.0146	0.024	0.01	0.0032	0.017	0.0203	0.018	0.0032	0.0139	0.0424	0.0139	0.0101	0.0054	0.0297	0.0054	0.0031
chrX	17236278	17236457	chrX:17236279-17236457	distal	distal	stage11	stage11	VT63194.1	VT63194.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0318	0.0332	0.048	0.0125	0.0064	0.0325	0.0316	0.0706	0.0064	0.0266	0.0859	0.0266	0.0201	0.0061	0.0348	0.0061	0.0063
chrX	17237069	17237240	chrX:17237070-17237240	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT63195.1	VT63195.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0226	0.038	0.0225	0.0056	0.0191	0.0432	0.0359	0.0646	0.0191	0.0091	0.0389	0.0091	0.0039	0.0038	0.0129	0.0038	5e-04
chrX	17239543	17239758	chrX:17239544-17239758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0172	0.0218	0.0174	0.0064	0.0194	0.0242	0.0187	0.0064	0.0175	0.0199	0.0175	0.0139	0.0115	0.0116	0.0115	0.0089
chrX	17240094	17240296	chrX:17240095-17240296	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.111	0.0931	0.1423	0.0966	0.0424	0.1175	0.0934	0.1459	0.0424	0.1304	0.1923	0.1304	0.0914	0.085	0.1354	0.085	0.0714
chrX	17244968	17245119	chrX:17244969-17245119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0131	0.0083	0.0147	0.0166	0.0011	0.0073	0.0134	0.0107	0.0011	0.0054	0.0267	0.0054	0.0116	0.0184	0.0406	0.0184	0.0099
chrX	17245209	17245360	chrX:17245210-17245360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0106	0.0076	0.011	0.0134	0	0.0083	0.0112	0.0107	0	0.006	0.0174	0.006	0.0116	0.0245	0.0297	0.0245	0.0047
chrX	17247044	17247303	chrX:17247045-17247303	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT63200.1	VT63200.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0548	0.056	0.075	0.0315	0.0329	0.0728	0.0688	0.06	0.0329	0.0586	0.1116	0.0586	0.0697	0.0237	0.0935	0.0237	0.0146
chrX	17247619	17247770	chrX:17247620-17247770	distal	distal	none	none	VT63200.1	VT63200.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0187	0.0137	0.0294	0.0125	0.0085	0.0218	0.0151	0.0133	0.0085	0.0193	0.0424	0.0193	0.0364	0.0069	0.0342	0.0069	0.0104
chrX	17251205	17251356	chrX:17251206-17251356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.0113	0.0141	0.0117	0.0053	0.0102	0.019	0.0113	0.0053	0.0097	0.0251	0.0097	0.0039	0.0031	0.0342	0.0031	0.0094
chrX	17251941	17252234	chrX:17251942-17252234	distal	distal	none	none	VT63203.1	VT63203.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0162	0.0355	0.0242	0.0095	0.0175	0.0247	0.016	0.0095	0.0175	0.0646	0.0175	0.0232	0.0061	0.0509	0.0061	0.0323
chrX	17252259	17252461	chrX:17252260-17252461	distal	distal	none	none	VT63203.1	VT63203.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.012	0.0272	0.0173	0.0074	0.0131	0.0182	0.012	0.0074	0.0133	0.0508	0.0133	0.0194	0.0077	0.0451	0.0077	0.0141
chrX	17254101	17254252	chrX:17254102-17254252	distal	distal	none	none	VT63204.1	VT63204.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0116	0.0085	0.0157	0.0106	0.0021	0.0126	0.0112	0.008	0.0021	0.0109	0.0257	0.0109	0.0085	0.0061	0.029	0.0061	0.0057
chrX	17261942	17262093	chrX:17261943-17262093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0144	0.0117	0.0188	0.0125	0.0074	0.0121	0.0164	0.0133	0.0074	0.0205	0.0257	0.0205	0.0155	0.0061	0.0342	0.0061	0.0073
chrX	17262628	17262943	chrX:17262629-17262943	distal	distal	stage5	stage5	VT63209.1	VT63209.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0587	0.0698	0.0746	0.0288	0.0361	0.0733	0.0606	0.1386	0.0361	0.0694	0.1055	0.0694	0.0511	0.0153	0.0554	0.0153	0.0188
chrX	17264927	17265099	chrX:17264928-17265099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0106	0.0173	0.0106	0.0106	0.0092	0.0143	0.0113	0.0106	0.0127	0.0164	0.0127	0.0132	0.0031	0.0058	0.0031	0.0078
chrX	17269992	17270143	chrX:17269993-17270143	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0056	0.0079	0.01	0.0021	0.0083	0.0065	0.006	0.0021	0.0091	0.0071	0.0091	0.0039	0.0023	0.0039	0.0023	0.001
chrX	17273754	17273927	chrX:17273755-17273927	distal	distal	none	none	VT63215.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0117	0.0171	0.015	0.0021	0.0121	0.0169	0.0167	0.0021	0.0133	0.0125	0.0133	0.0139	0.0084	0.0058	0.0084	0.0063
chrX	17277186	17277337	chrX:17277187-17277337	distal	distal	none	none	VT63217.1	VT63217.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0016	0.003	0.0138	0	0.0019	0.0035	7e-04	0	0.0018	0.0029	0.0018	0.0023	8e-04	0.0026	8e-04	0.0026
chrX	17277462	17277613	chrX:17277463-17277613	distal	distal	none	none	VT63217.1	VT63217.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0069	0.0074	0.0131	0.0021	0.0078	0.0104	0.006	0.0021	0.0085	0.0068	0.0085	0.0015	8e-04	0.0039	8e-04	0.0063
chrX	17278355	17278506	chrX:17278356-17278506	distal	distal	none	none	VT63217.1	VT63217.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0075	0.0119	0.0095	0	0.0078	0.0143	0.006	0	0.0157	0.0109	0.0157	0.0077	0.0054	0.0064	0.0054	0.0016
chrX	17279615	17279850	chrX:17279616-17279850	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0173	0.0128	0.0259	0.013	0.0053	0.017	0.0156	0.0153	0.0053	0.0568	0.0183	0.0568	0.0132	0.0107	0.0052	0.0107	0.0089
chrX	17279897	17280110	chrX:17279898-17280110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0149	0.0111	0.0216	0.0117	0.0064	0.0121	0.0156	0.0113	0.0064	0.0489	0.018	0.0489	0.0101	0.0084	0.0045	0.0084	0.0063
chrX	17281257	17281446	chrX:17281258-17281446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0264	0.0211	0.0463	0.0106	0.0095	0.0282	0.0199	0.034	0.0095	0.0924	0.0482	0.0924	0.0209	0.0092	0.0226	0.0092	0.0042
chrX	17281559	17281835	chrX:17281560-17281835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0217	0.0182	0.0365	0.0092	0.0106	0.0209	0.0186	0.0293	0.0106	0.0658	0.0399	0.0658	0.0132	0.0069	0.011	0.0069	0.0057
chrX	17282341	17282562	chrX:17282342-17282562	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0175	0.0107	0.0284	0.013	0.0032	0.0112	0.016	0.014	0.0032	0.0386	0.037	0.0386	0.0124	0.0054	0.0264	0.0054	0.0099
chrX	17284622	17284773	chrX:17284623-17284773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0071	0.0154	0.0078	0.0032	0.0063	0.0108	0.008	0.0032	0.0133	0.0164	0.0133	0.0062	0.0015	0.009	0.0015	0.0052
chrX	17291227	17291422	chrX:17291228-17291422	FBgn0011758	B-H1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1485	0.1443	0.1909	0.1067	0.1103	0.151	0.1609	0.2019	0.1103	0.2053	0.2437	0.2053	0.1371	0.0812	0.1567	0.0812	0.0933
chrX	17299025	17299191	chrX:17299026-17299191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.011	0.0316	0.0246	0.0042	0.0165	0.0117	0.0113	0.0042	0.0217	0.0222	0.0217	0.0093	0.01	0.0058	0.01	0.0057
chrX	17301743	17301894	chrX:17301744-17301894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0193	0.0115	0.0113	0.0127	0.0141	0.0324	0.022	0.0127	0.0091	0.008	0.0091	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chrX	17302266	17302437	chrX:17302267-17302437	distal	distal	stage11	stage11	VT63230.1	VT63230.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0199	0.0367	0.0221	0.0095	0.015	0.0277	0.0306	0.0095	0.0151	0.0199	0.0151	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0047
chrX	17303933	17304101	chrX:17303934-17304101	distal	distal	stage14	stage14	VT63230.1	VT63230.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0054	0.0122	0.0202	0.0032	0.0063	0.0082	0.0053	0.0032	0.0042	0.008	0.0042	0.0023	0.0015	0.0032	0.0015	0.0031
chrX	17309379	17309530	chrX:17309380-17309530	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0204	0.0223	0.0089	0.0095	0.0233	0.0268	0.0266	0.0095	0.0362	0.0203	0.0362	0.0108	0.0084	0.0084	0.0084	0.0047
chrX	17310681	17310844	chrX:17310682-17310844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0147	0.0202	0.0213	0.0032	0.016	0.0221	0.0167	0.0032	0.0097	0.0141	0.0097	0.0163	0.0077	0.0039	0.0077	0.0052
chrX	17311440	17311591	chrX:17311441-17311591	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0223	0.0299	0.0244	0.0116	0.0117	0.0388	0.0424	0.026	0.0117	0.0326	0.0212	0.0326	0.0356	0.0123	0.011	0.0123	0.0099
chrX	17315867	17316039	chrX:17315868-17316039	FBgn0027602	CG8611	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0449	0.0373	0.0574	0.0397	0.0191	0.0432	0.0489	0.04	0.0191	0.0827	0.0605	0.0827	0.055	0.0436	0.0445	0.0436	0.049
chrX	17316127	17316309	chrX:17316128-17316309	FBgn0027602	CG8611	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1047	0.0918	0.1236	0.0985	0.0541	0.1102	0.1081	0.1146	0.0541	0.1588	0.1318	0.1588	0.1185	0.0919	0.107	0.0919	0.1162
chrX	17316462	17316613	chrX:17316463-17316613	FBgn0027602	CG8611	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0239	0.0338	0.0258	0.0085	0.0282	0.0285	0.0346	0.0085	0.0411	0.0347	0.0411	0.0356	0.0222	0.0271	0.0222	0.0318
chrX	17316923	17317382	chrX:17316924-17317382	FBgn0030839	CG5613	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0596	0.053	0.0754	0.0496	0.0255	0.0714	0.0657	0.0533	0.0255	0.099	0.082	0.099	0.0612	0.0574	0.0542	0.0574	0.0573
chrX	17317461	17317644	chrX:17317462-17317644	FBgn0030839	CG5613	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0995	0.089	0.1228	0.0855	0.0541	0.1107	0.0982	0.1133	0.0541	0.1455	0.1405	0.1455	0.1154	0.0873	0.0916	0.0873	0.1047
chrX	17317735	17317913	chrX:17317736-17317913	FBgn0030839	CG5613	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0952	0.0851	0.1166	0.083	0.0551	0.0995	0.093	0.1153	0.0551	0.1274	0.137	0.1274	0.1216	0.0934	0.0832	0.0934	0.1001
chrX	17343726	17343927	chrX:17343727-17343927	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0113	0.0431	0.0162	0.0064	0.0146	0.0147	0.0093	0.0064	0.0133	0.0823	0.0133	0.0372	0.0054	0.0426	0.0054	0.0151
chrX	17349975	17350168	chrX:17349976-17350168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0411	0.0718	0.0597	0.0201	0.0534	0.0398	0.0613	0.0201	0.0888	0.0849	0.0888	0.0744	0.0781	0.0741	0.0781	0.0766
chrX	17350270	17350450	chrX:17350271-17350450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0399	0.0274	0.0478	0.0451	0.0127	0.0369	0.0294	0.0353	0.0127	0.0531	0.0553	0.0531	0.0581	0.0551	0.0548	0.0551	0.0615
chrX	17350979	17351185	chrX:17350980-17351185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0174	0.0312	0.0273	0.0085	0.0228	0.0186	0.0193	0.0085	0.032	0.0363	0.032	0.0418	0.0352	0.0251	0.0352	0.0365
chrX	17357647	17357798	chrX:17357648-17357798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0141	0.0121	0.0166	0.0136	0.0021	0.0189	0.0182	0.0047	0.0021	0.0236	0.0186	0.0236	0.0124	0.0413	0.0097	0.0413	0.0094
chrX	17365410	17365659	chrX:17365411-17365659	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0447	0.0339	0.0571	0.0433	0.0117	0.0723	0.0255	0.0273	0.0117	0.1461	0.0418	0.1461	0.0403	0.157	0.0245	0.157	0.0203
chrX	17365988	17366227	chrX:17365989-17366227	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0414	0.0241	0.0569	0.0439	0.0032	0.0524	0.0225	0.016	0.0032	0.1558	0.0315	0.1558	0.0527	0.1723	0.0142	0.1723	0.0255
chrX	17367052	17367297	chrX:17367053-17367297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0358	0.025	0.0471	0.0355	0.0032	0.0524	0.0208	0.0193	0.0032	0.0435	0.0328	0.0435	0.1317	0.026	0.0245	0.026	0.0855
chrX	17367427	17367607	chrX:17367428-17367607	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0253	0.0183	0.0303	0.0274	0.0032	0.0413	0.0134	0.0133	0.0032	0.0211	0.0241	0.0211	0.0868	0.0176	0.0213	0.0176	0.0636
chrX	17369066	17369303	chrX:17369067-17369303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0284	0.0294	0.0354	0.0196	0.0095	0.0471	0.0372	0.022	0.0095	0.0314	0.0399	0.0314	0.062	0.0375	0.0219	0.0375	0.0203
chrX	17374733	17374884	chrX:17374734-17374884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.014	0.0128	0.0148	0.0145	0.0064	0.016	0.0156	0.0133	0.0064	0.0097	0.0215	0.0097	0.0108	0.0092	0.0303	0.0092	0.0151
chrX	17375264	17375415	chrX:17375265-17375415	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0153	0.0121	0.0145	0.0199	0.0032	0.0218	0.0117	0.0113	0.0032	0.0091	0.0206	0.0091	0.0194	0.0046	0.049	0.0046	0.0203
chrX	17375902	17376133	chrX:17375903-17376133	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0286	0.0294	0.0319	0.0241	0.0127	0.0398	0.0372	0.0233	0.0127	0.0223	0.0386	0.0223	0.0581	0.0138	0.0438	0.0138	0.0334
chrX	17376883	17377098	chrX:17376884-17377098	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0247	0.0322	0.0261	0.0148	0.0095	0.0626	0.0324	0.0233	0.0095	0.032	0.0257	0.032	0.0418	0.0184	0.0161	0.0184	0.0208
chrX	17378097	17378248	chrX:17378098-17378248	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0137	0.0116	0.0175	0.012	0.0021	0.0199	0.0134	0.008	0.0021	0.026	0.0225	0.026	0.0085	0.0092	0.0309	0.0092	0.0089
chrX	17378536	17378720	chrX:17378537-17378720	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0425	0.0576	0.0448	0.023	0.0297	0.0791	0.0787	0.0473	0.0297	0.064	0.0486	0.064	0.0442	0.0268	0.0342	0.0268	0.0219
chrX	17384436	17384587	chrX:17384437-17384587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.0113	0.0171	0.0177	0.0032	0.017	0.0156	0.01	0.0032	0.0199	0.0199	0.0199	0.0209	0.0452	0.011	0.0452	0.0193
chrX	17385480	17385631	chrX:17385481-17385631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0217	0.0254	0.0149	0.0159	0.0277	0.0225	0.0266	0.0159	0.0254	0.0354	0.0254	0.0232	0.0222	0.0155	0.0222	0.0146
chrX	17388776	17389205	chrX:17388777-17389205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0238	0.0518	0.051	0.0074	0.0316	0.0342	0.02	0.0074	0.0604	0.0347	0.0604	0.0806	0.0628	0.0193	0.0628	0.0969
chrX	17389211	17389399	chrX:17389212-17389399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0257	0.0174	0.0341	0.0258	0.0074	0.0228	0.0264	0.0133	0.0074	0.0302	0.0232	0.0302	0.0372	0.0237	0.0123	0.0237	0.0412
chrX	17389575	17390016	chrX:17389576-17390016	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0786	0.0414	0.1187	0.0762	0.0074	0.0733	0.0441	0.038	0.0074	0.0755	0.0932	0.0755	0.189	0.0391	0.0503	0.0391	0.1485
chrX	17391874	17392025	chrX:17391875-17392025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0136	0.0181	0.0132	0.0091	0.0032	0.015	0.0376	0.0127	0.0032	0.0121	0.0158	0.0121	0.017	0.0107	0.011	0.0107	0.0109
chrX	17395360	17395511	chrX:17395361-17395511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0176	0.015	0.0195	0.0185	0.0042	0.0243	0.0169	0.0167	0.0042	0.0187	0.0183	0.0187	0.0279	0.026	0.009	0.026	0.0318
chrX	17395579	17395730	chrX:17395580-17395730	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0158	0.0121	0.0165	0.0191	0.0021	0.0257	0.0125	0.0073	0.0021	0.0109	0.0148	0.0109	0.0294	0.0253	0.0135	0.0253	0.0307
chrX	17395902	17396084	chrX:17395903-17396084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0276	0.0207	0.0344	0.0279	0.0011	0.0354	0.0238	0.0173	0.0011	0.038	0.0318	0.038	0.0263	0.0337	0.0181	0.0337	0.0386
chrX	17396637	17396788	chrX:17396638-17396788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0208	0.0143	0.0227	0.026	0.0042	0.0296	0.0108	0.0127	0.0042	0.0229	0.0193	0.0229	0.0442	0.0268	0.0135	0.0268	0.0568
chrX	17397349	17397613	chrX:17397350-17397613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0438	0.0274	0.0635	0.0407	0.0095	0.0699	0.0164	0.0173	0.0095	0.1244	0.0588	0.1244	0.0565	0.111	0.0413	0.111	0.0297
chrX	17397990	17398141	chrX:17397991-17398141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0346	0.03	0.0503	0.0226	0.0117	0.0505	0.0333	0.0266	0.0117	0.1033	0.0383	0.1033	0.0519	0.0498	0.0239	0.0498	0.0167
chrX	17398492	17398828	chrX:17398493-17398828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0917	0.1128	0.1208	0.0363	0.0456	0.2218	0.0826	0.1119	0.0456	0.2464	0.1039	0.2464	0.0906	0.0735	0.0251	0.0735	0.0339
chrX	17400583	17400765	chrX:17400584-17400765	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0637	0.0511	0.0972	0.0411	0.0223	0.0709	0.0359	0.0933	0.0223	0.09	0.1479	0.09	0.0705	0.0398	0.0767	0.0398	0.0386
chrX	17401081	17401262	chrX:17401082-17401262	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1946	0.1857	0.2352	0.16	0.14	0.232	0.1942	0.2372	0.14	0.2886	0.2701	0.2886	0.206	0.1914	0.1844	0.1914	0.1839
chrX	17401547	17401755	chrX:17401548-17401755	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1742	0.1729	0.21	0.1365	0.123	0.2243	0.17	0.2258	0.123	0.2434	0.2421	0.2434	0.1805	0.1585	0.1554	0.1585	0.1511
chrX	17401875	17402026	chrX:17401876-17402026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0571	0.0589	0.0761	0.0341	0.035	0.0718	0.0636	0.0799	0.035	0.0857	0.0878	0.0857	0.0674	0.0306	0.0374	0.0306	0.0417
chrX	17402421	17402729	chrX:17402422-17402729	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1124	0.1771	0.106	0.0471	0.1506	0.1883	0.1734	0.2685	0.1506	0.1256	0.1113	0.1256	0.0775	0.036	0.0361	0.036	0.0459
chrX	17404082	17404261	chrX:17404083-17404261	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0511	0.0419	0.0765	0.0334	0.0159	0.0621	0.0251	0.0753	0.0159	0.0646	0.1273	0.0646	0.0411	0.0513	0.0651	0.0513	0.024
chrX	17404438	17404602	chrX:17404439-17404602	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.049	0.0374	0.0782	0.0301	0.0159	0.0515	0.0229	0.072	0.0159	0.0495	0.1418	0.0495	0.0372	0.0352	0.0619	0.0352	0.0208
chrX	17404820	17404975	chrX:17404821-17404975	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0471	0.0307	0.0836	0.0253	0.0021	0.0461	0.0216	0.0573	0.0021	0.0495	0.1524	0.0495	0.0449	0.0176	0.0658	0.0176	0.0146
chrX	17405137	17405288	chrX:17405138-17405288	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.04	0.025	0.075	0.0182	0.0032	0.0374	0.0156	0.0506	0.0032	0.0266	0.1395	0.0266	0.0496	0.0077	0.0413	0.0077	0.012
chrX	17406536	17406687	chrX:17406537-17406687	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0157	0.006	0.0244	0.017	0.0021	0.0073	0.0091	0.0047	0.0021	0.0091	0.0492	0.0091	0.007	0.0077	0.0509	0.0077	0.013
chrX	17408886	17409115	chrX:17408887-17409115	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0179	0.0306	0.0181	0.0042	0.0209	0.0195	0.03	0.0042	0.0151	0.0566	0.0151	0.0116	0.0107	0.0438	0.0107	0.0135
chrX	17410169	17410320	chrX:17410170-17410320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0075	0.0095	0.0107	0	0.0107	0.0095	0.0093	0	0.0097	0.0116	0.0097	0.0085	0.0077	0.0045	0.0077	0.0068
chrX	17413410	17413587	chrX:17413411-17413587	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0199	0.0151	0.0319	0.0121	0.0032	0.0228	0.0186	0.0147	0.0032	0.0109	0.0437	0.0109	0.0132	0.013	0.0168	0.013	0.0125
chrX	17413814	17413965	chrX:17413815-17413965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.015	0.0123	0.0225	0.0099	0.0042	0.0189	0.0156	0.0087	0.0042	0.0054	0.0302	0.0054	0.0093	0.0084	0.0129	0.0084	0.0089
chrX	17414043	17414194	chrX:17414044-17414194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0123	0.0283	0.0106	0.0021	0.0146	0.0169	0.0173	0.0021	0.0115	0.046	0.0115	0.0054	0.0092	0.0187	0.0092	0.0057
chrX	17414779	17414931	chrX:17414780-17414931	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0097	0.0349	0.032	0.0021	0.0117	0.0164	0.006	0.0021	0.0157	0.0235	0.0157	0.0163	0.0031	0.0103	0.0031	0.0167
chrX	17415541	17415692	chrX:17415542-17415692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.011	0.0091	0.0117	0.0123	0.0042	0.0092	0.0143	0.01	0.0042	0.0085	0.0116	0.0085	0.007	0.01	0.0052	0.01	0.0089
chrX	17423271	17423422	chrX:17423272-17423422	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0118	0.0061	0.0094	0.0209	0.0021	0.0073	0.0091	0.0047	0.0021	0.0091	0.0109	0.0091	0.0085	0.023	0.009	0.023	0.05
chrX	17424484	17424635	chrX:17424485-17424635	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0135	0.0079	0.0108	0.0227	0.0042	0.0073	0.0121	0.008	0.0042	0.0127	0.0119	0.0127	0.0139	0.0727	0.0129	0.0727	0.0167
chrX	17425494	17425645	chrX:17425495-17425645	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0215	0.0062	0.0171	0.0434	0.0032	0.0087	0.0095	0.0027	0.0032	0.0157	0.0161	0.0157	0.0271	0.0674	0.0419	0.0674	0.0719
chrX	17425675	17425826	chrX:17425676-17425826	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0407	0.0189	0.0393	0.0664	0.0042	0.0262	0.0221	0.0173	0.0042	0.0435	0.0421	0.0435	0.0364	0.098	0.06	0.098	0.1001
chrX	17425990	17426194	chrX:17425991-17426194	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.1544	0.0998	0.1982	0.1674	0.0445	0.1417	0.0999	0.1246	0.0445	0.2289	0.2141	0.2289	0.1944	0.2021	0.1709	0.2021	0.1866
chrX	17426360	17426546	chrX:17426361-17426546	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1302	0.0897	0.1651	0.1372	0.0445	0.1257	0.0848	0.1259	0.0445	0.2065	0.1768	0.2065	0.1596	0.1562	0.1335	0.1562	0.1548
chrX	17426680	17426862	chrX:17426681-17426862	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0365	0.0279	0.0459	0.0358	0.0148	0.0417	0.0311	0.0293	0.0148	0.0664	0.0431	0.0664	0.0387	0.0283	0.0335	0.0283	0.0339
chrX	17429868	17430114	chrX:17429869-17430114	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0319	0.028	0.0541	0.0118	0.0074	0.0558	0.0203	0.032	0.0074	0.1624	0.0373	0.1624	0.0093	0.0276	0.0103	0.0276	0.0063
chrX	17431045	17431196	chrX:17431046-17431196	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.01	0.0057	0.0082	0.0167	0.0042	0.0083	0.0087	0.002	0.0042	0.0115	0.0068	0.0115	0.0039	0.0199	0.0045	0.0199	0.0083
chrX	17443313	17443464	chrX:17443314-17443464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0102	0.0107	0.0155	0.0039	0.0042	0.0136	0.0138	0.0113	0.0042	0.0435	0.0113	0.0435	0.0046	0.01	0.0032	0.01	0.0016
chrX	17471821	17472014	chrX:17471822-17472014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0416	0.0325	0.0514	0.0409	0.017	0.0461	0.0385	0.0346	0.017	0.0471	0.0698	0.0471	0.055	0.026	0.0748	0.026	0.0511
chrX	17472394	17472637	chrX:17472395-17472637	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0932	0.0981	0.1122	0.0668	0.0657	0.1083	0.1064	0.1406	0.0657	0.1238	0.1315	0.1238	0.1084	0.0513	0.1006	0.0513	0.0818
chrX	17472811	17473085	chrX:17472812-17473085	FBgn0028343	l(1)G0222	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1217	0.1155	0.15	0.0975	0.0848	0.1291	0.1163	0.1752	0.0848	0.186	0.1672	0.186	0.1394	0.1064	0.1161	0.1064	0.1141
chrX	17473128	17473352	chrX:17473129-17473352	FBgn0028343	l(1)G0222	stage11,stage14,stage5	none	VT63322.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1448	0.1256	0.1819	0.1255	0.0954	0.1583	0.1194	0.1832	0.0954	0.2228	0.2006	0.2228	0.1867	0.1455	0.1476	0.1455	0.1339
chrX	17473468	17473677	chrX:17473469-17473677	FBgn0028343,FBgn0030847	CG12991,l(1)G0222	stage11,stage14,stage5	none	VT63322.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1544	0.1199	0.1948	0.1487	0.0689	0.1558	0.1194	0.1699	0.0689	0.2162	0.2209	0.2162	0.1967	0.1501	0.1792	0.1501	0.1641
chrX	17473744	17473972	chrX:17473745-17473972	FBgn0028343,FBgn0030847	CG12991,l(1)G0222	stage11,stage14,stage5	none	VT63322.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.148	0.0983	0.1928	0.1543	0.053	0.1301	0.093	0.1406	0.053	0.1787	0.255	0.1787	0.1774	0.121	0.1992	0.121	0.1662
chrX	17474118	17474322	chrX:17474119-17474322	FBgn0030847	CG12991	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0593	0.0502	0.0787	0.0482	0.0191	0.0553	0.0454	0.0999	0.0191	0.0453	0.1315	0.0453	0.0403	0.0314	0.0477	0.0314	0.0276
chrX	17475690	17475934	chrX:17475691-17475934	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0735	0.0814	0.0902	0.0464	0.0414	0.0578	0.1176	0.1252	0.0414	0.0236	0.182	0.0236	0.048	0.0115	0.1438	0.0115	0.025
chrX	17476249	17476400	chrX:17476250-17476400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.0158	0.0475	0.0221	0.0042	0.017	0.0195	0.0266	0.0042	0.0133	0.0971	0.0133	0.0209	0.0107	0.0683	0.0107	0.0083
chrX	17481909	17482066	chrX:17481910-17482066	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0112	0.0247	0.0173	0.0085	0.0131	0.0143	0.0127	0.0085	0.0103	0.0482	0.0103	0.0155	0.0046	0.049	0.0046	0.0135
chrX	17493293	17493444	chrX:17493294-17493444	FBgn0026313	X11L	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0474	0.0444	0.0539	0.0436	0.0265	0.0481	0.0502	0.058	0.0265	0.0568	0.0592	0.0568	0.0689	0.0467	0.0406	0.0467	0.0537
chrX	17493516	17493705	chrX:17493517-17493705	FBgn0026313	X11L	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1083	0.0932	0.1301	0.1011	0.0541	0.1112	0.1038	0.1239	0.0541	0.1643	0.1441	0.1643	0.1286	0.1141	0.1006	0.1141	0.1245
chrX	17494023	17494176	chrX:17494024-17494176	FBgn0026313	X11L	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0314	0.0237	0.0341	0.037	0.018	0.0267	0.0307	0.0253	0.018	0.0429	0.0402	0.0429	0.0209	0.0314	0.0161	0.0314	0.0349
chrX	17494254	17494405	chrX:17494255-17494405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0208	0.0172	0.0235	0.022	0.0085	0.018	0.0212	0.0207	0.0085	0.0338	0.0257	0.0338	0.0132	0.0329	0.0142	0.0329	0.0193
chrX	17500291	17500442	chrX:17500292-17500442	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0285	0.0263	0.0319	0.0272	0.0117	0.0262	0.0281	0.044	0.0117	0.0368	0.0331	0.0368	0.0387	0.0383	0.0232	0.0383	0.0271
chrX	17505618	17505769	chrX:17505619-17505769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0076	0.0103	0.0272	0.0011	0.0053	0.0138	0.0087	0.0011	0.0079	0.009	0.0079	0.0116	0.0115	0.0058	0.0115	0.0099
chrX	17518558	17518709	chrX:17518559-17518709	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0156	0.0126	0.0121	0.023	0.0042	0.0141	0.0177	0.0133	0.0042	0.0091	0.017	0.0091	0.0116	0.0421	0.0181	0.0421	0.0302
chrX	17518887	17519038	chrX:17518888-17519038	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0178	0.0123	0.0141	0.0281	0.0032	0.0189	0.0177	0.0073	0.0032	0.0109	0.0183	0.0109	0.0163	0.0498	0.0309	0.0498	0.0339
chrX	17519186	17519363	chrX:17519187-17519363	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0403	0.0217	0.043	0.0582	0.0011	0.033	0.0303	0.02	0.0011	0.0284	0.063	0.0284	0.0511	0.0643	0.0948	0.0643	0.0709
chrX	17521345	17521545	chrX:17521346-17521545	FBgn0030850	CG8408	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0784	0.0658	0.0933	0.0762	0.0297	0.0874	0.0705	0.0853	0.0297	0.1304	0.0842	0.1304	0.1201	0.0689	0.0632	0.0689	0.1235
chrX	17521584	17521770	chrX:17521585-17521770	FBgn0030850	CG8408	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.094	0.0811	0.1123	0.0884	0.0371	0.1034	0.0861	0.1059	0.0371	0.1643	0.1145	0.1643	0.1077	0.0995	0.0883	0.0995	0.1204
chrX	17521848	17522024	chrX:17521849-17522024	FBgn0030850	CG8408	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1297	0.118	0.1557	0.1143	0.0626	0.149	0.1215	0.1652	0.0626	0.2029	0.1614	0.2029	0.1565	0.1217	0.1154	0.1217	0.1449
chrX	17523226	17523384	chrX:17523227-17523384	FBgn0030851	CG8326	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0467	0.0439	0.0596	0.0358	0.0191	0.0549	0.0532	0.056	0.0191	0.0719	0.0678	0.0719	0.0604	0.0368	0.0393	0.0368	0.049
chrX	17523446	17523625	chrX:17523447-17523625	FBgn0030851	CG8326	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0774	0.0739	0.0924	0.0649	0.035	0.0888	0.0856	0.0966	0.035	0.1135	0.0971	0.1135	0.1069	0.0727	0.0606	0.0727	0.0875
chrX	17526025	17526212	chrX:17526026-17526212	FBgn0030852,FBgn0030853	CG5703,CG8316	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0798	0.0558	0.0943	0.0907	0.0308	0.0641	0.0662	0.0726	0.0308	0.09	0.1051	0.09	0.1162	0.0957	0.1044	0.0957	0.1146
chrX	17526245	17526485	chrX:17526246-17526485	FBgn0030852,FBgn0030853	CG5703,CG8316	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1033	0.0851	0.1247	0.1	0.0668	0.1005	0.0908	0.1126	0.0668	0.1461	0.1428	0.1461	0.1224	0.1041	0.1051	0.1041	0.1167
chrX	17526579	17526730	chrX:17526580-17526730	FBgn0030853	CG5703	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0418	0.0388	0.0539	0.032	0.0201	0.0524	0.0415	0.0473	0.0201	0.0622	0.0601	0.0622	0.0534	0.0352	0.0329	0.0352	0.0406
chrX	17529766	17529923	chrX:17529767-17529923	FBgn0030854,FBgn0030855	CG5800,CG8289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0574	0.0562	0.0734	0.0414	0.0276	0.0704	0.0593	0.0733	0.0276	0.0978	0.0762	0.0978	0.0666	0.0406	0.0387	0.0406	0.0537
chrX	17529929	17530147	chrX:17529930-17530147	FBgn0030854,FBgn0030855	CG5800,CG8289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1048	0.0981	0.1293	0.0854	0.0615	0.1097	0.1163	0.1226	0.0615	0.1618	0.1383	0.1618	0.1216	0.0965	0.0799	0.0965	0.0985
chrX	17530235	17530421	chrX:17530236-17530421	FBgn0030854,FBgn0030855	CG5800,CG8289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0876	0.0809	0.1094	0.0712	0.0467	0.0956	0.0999	0.0953	0.0467	0.1377	0.1209	0.1377	0.0999	0.0781	0.0613	0.0781	0.0865
chrX	17534969	17535120	chrX:17534970-17535120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0135	0.0081	0.0155	0.0173	0.0021	0.0087	0.0099	0.012	0.0021	0.0175	0.0151	0.0175	0.0201	0.0306	0.0084	0.0306	0.0208
chrX	17535415	17535566	chrX:17535416-17535566	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0223	0.0269	0.0235	0.0159	0.0127	0.0403	0.0277	0.034	0.0127	0.0278	0.0273	0.0278	0.0232	0.0253	0.011	0.0253	0.0188
chrX	17539734	17539929	chrX:17539735-17539929	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0373	0.0395	0.0439	0.0277	0.0138	0.0534	0.0454	0.0513	0.0138	0.0531	0.045	0.0531	0.0449	0.0368	0.029	0.0368	0.0297
chrX	17544948	17545099	chrX:17544949-17545099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0502	0.0516	0.0546	0.044	0.0477	0.0539	0.0558	0.074	0.0477	0.0876	0.0556	0.0876	0.0387	0.0436	0.0335	0.0436	0.0302
chrX	17545347	17545577	chrX:17545348-17545577	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1621	0.1859	0.1704	0.1263	0.1506	0.2243	0.1964	0.2372	0.1506	0.2482	0.1875	0.2482	0.1294	0.1485	0.1257	0.1485	0.1204
chrX	17545671	17546146	chrX:17545672-17546146	FBgn0026375	RhoGAPp190	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2908	0.2917	0.3268	0.2501	0.2312	0.3413	0.3045	0.3784	0.2312	0.4547	0.3395	0.4547	0.3176	0.2864	0.2592	0.2864	0.2923
chrX	17546229	17546435	chrX:17546230-17546435	FBgn0026375	RhoGAPp190	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1911	0.1727	0.2321	0.1666	0.1347	0.2165	0.1756	0.2212	0.1347	0.2917	0.2569	0.2917	0.1983	0.1616	0.1979	0.1616	0.1813
chrX	17546542	17546747	chrX:17546543-17546747	FBgn0026375	RhoGAPp190	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1692	0.1629	0.1991	0.1436	0.1421	0.183	0.1786	0.2105	0.1421	0.2391	0.217	0.2391	0.1905	0.1279	0.1657	0.1279	0.1694
chrX	17550773	17551010	chrX:17550774-17551010	FBgn0030858,FBgn0250788	IntS2,beta-Spec	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.1128	0.1363	0.1047	0.0891	0.1214	0.1367	0.1399	0.0891	0.1673	0.1389	0.1673	0.1549	0.1225	0.1057	0.1225	0.1324
chrX	17551309	17551512	chrX:17551310-17551512	FBgn0030858,FBgn0250788	IntS2,beta-Spec	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1773	0.1613	0.207	0.1627	0.1251	0.1898	0.1834	0.1932	0.1251	0.2615	0.2193	0.2615	0.1944	0.1639	0.1683	0.1639	0.2043
chrX	17551593	17551796	chrX:17551594-17551796	FBgn0250788	beta-Spec	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1421	0.1317	0.1674	0.126	0.0933	0.1515	0.1475	0.1712	0.0933	0.1854	0.1929	0.1854	0.1634	0.1302	0.1425	0.1302	0.147
chrX	17551868	17552047	chrX:17551869-17552047	FBgn0250788	beta-Spec	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1233	0.1022	0.1466	0.1213	0.0679	0.1218	0.1259	0.1186	0.0679	0.1715	0.1579	0.1715	0.1572	0.124	0.1412	0.124	0.1386
chrX	17552235	17552666	chrX:17552236-17552666	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.163	0.1188	0.1761	0.198	0.0795	0.1655	0.1263	0.1306	0.0795	0.2126	0.1592	0.2126	0.2153	0.2573	0.2218	0.2573	0.2001
chrX	17552719	17553214	chrX:17552720-17553214	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.207	0.1537	0.2082	0.2651	0.1039	0.185	0.173	0.1865	0.1039	0.2077	0.2264	0.2077	0.2014	0.2366	0.3398	0.2366	0.2699
chrX	17562016	17562203	chrX:17562017-17562203	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0285	0.027	0.0177	0.018	0.0296	0.0411	0.0266	0.018	0.0254	0.0357	0.0254	0.0232	0.0153	0.0181	0.0153	0.0245
chrX	17562404	17562555	chrX:17562405-17562555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0264	0.0241	0.0116	0.0138	0.0204	0.0363	0.038	0.0138	0.0266	0.0299	0.0266	0.0178	0.0145	0.0155	0.0145	0.0115
chrX	17562654	17562805	chrX:17562655-17562805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.025	0.0297	0.0272	0.0175	0.018	0.0248	0.0407	0.0406	0.018	0.0362	0.0318	0.0362	0.024	0.0207	0.0187	0.0207	0.0208
chrX	17563333	17563523	chrX:17563334-17563523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0447	0.0207	0.015	0.0403	0.0417	0.0519	0.0646	0.0403	0.0187	0.0257	0.0187	0.024	0.0199	0.0129	0.0199	0.0219
chrX	17563683	17563852	chrX:17563684-17563852	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0292	0.0315	0.0214	0.018	0.035	0.0329	0.0393	0.018	0.0326	0.0421	0.0326	0.0248	0.0176	0.0303	0.0176	0.0266
chrX	17563858	17564009	chrX:17563859-17564009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0259	0.0223	0.0325	0.0228	0.0085	0.0262	0.0294	0.0233	0.0085	0.0272	0.046	0.0272	0.0263	0.0237	0.0316	0.0237	0.0287
chrX	17564109	17564313	chrX:17564110-17564313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0226	0.0317	0.0238	0.0106	0.0243	0.0316	0.0266	0.0106	0.0272	0.0431	0.0272	0.0256	0.0291	0.0284	0.0291	0.0276
chrX	17574194	17574375	chrX:17574195-17574375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0179	0.0334	0.0359	0.0064	0.0204	0.026	0.0187	0.0064	0.0193	0.0566	0.0193	0.0248	0.0107	0.1025	0.0107	0.0292
chrX	17575176	17575342	chrX:17575177-17575342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0137	0.0232	0.0244	0.0085	0.0136	0.0169	0.0207	0.0085	0.0127	0.0373	0.0127	0.017	0.0054	0.0838	0.0054	0.0109
chrX	17575625	17575809	chrX:17575626-17575809	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0313	0.0236	0.0398	0.0305	0.0106	0.0238	0.0311	0.0306	0.0106	0.0121	0.0781	0.0121	0.0256	0.0023	0.1161	0.0023	0.0083
chrX	17576222	17576492	chrX:17576223-17576492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0262	0.0379	0.0272	0.0117	0.0277	0.0337	0.034	0.0117	0.0242	0.0656	0.0242	0.0217	0.0069	0.0838	0.0069	0.0167
chrX	17576647	17576864	chrX:17576648-17576864	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0393	0.04	0.0391	0.0191	0.0422	0.0467	0.0553	0.0191	0.0356	0.0563	0.0356	0.0442	0.0199	0.1006	0.0199	0.037
chrX	17576890	17577074	chrX:17576891-17577074	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0522	0.0255	0.0631	0.0702	0.0074	0.0335	0.0303	0.032	0.0074	0.058	0.0929	0.058	0.062	0.0406	0.1709	0.0406	0.0792
chrX	17577288	17577439	chrX:17577289-17577439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0135	0.0246	0.0324	0.0021	0.018	0.0199	0.0113	0.0021	0.0181	0.0418	0.0181	0.017	0.0161	0.0845	0.0161	0.0334
chrX	17577649	17577817	chrX:17577650-17577817	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0294	0.0118	0.0282	0.0503	0.0042	0.0136	0.0182	0.012	0.0042	0.0169	0.0476	0.0169	0.0271	0.0168	0.1257	0.0168	0.0651
chrX	17588802	17588953	chrX:17588803-17588953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0117	0.0113	0.015	0.0064	0.0121	0.0164	0.012	0.0064	0.0085	0.0177	0.0085	0.0085	0.0023	0.0406	0.0023	0.0125
chrX	17589467	17589618	chrX:17589468-17589618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0182	0.0275	0.0245	0.0095	0.0175	0.0264	0.0207	0.0095	0.026	0.0331	0.026	0.0263	0.023	0.0316	0.023	0.0344
chrX	17589767	17589961	chrX:17589768-17589961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0441	0.0576	0.051	0.0265	0.0476	0.0541	0.058	0.0265	0.0622	0.0662	0.0622	0.0558	0.0513	0.06	0.0513	0.0615
chrX	17591767	17591976	chrX:17591768-17591976	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0795	0.0805	0.0996	0.0564	0.0286	0.1068	0.0761	0.1292	0.0286	0.0888	0.1322	0.0888	0.0883	0.0643	0.0806	0.0643	0.0526
chrX	17592005	17592156	chrX:17592006-17592156	FBgn0263258	chas	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0459	0.0487	0.0566	0.0311	0.0223	0.0597	0.0476	0.074	0.0223	0.0489	0.0775	0.0489	0.0511	0.0329	0.0561	0.0329	0.0229
chrX	17592366	17592517	chrX:17592367-17592517	FBgn0263258	chas	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0189	0.0391	0.0272	0.0117	0.0267	0.019	0.0253	0.0117	0.0278	0.064	0.0278	0.0318	0.0253	0.0703	0.0253	0.0167
chrX	17592751	17592918	chrX:17592752-17592918	FBgn0263258	chas	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0435	0.0267	0.0629	0.0411	0.0074	0.0383	0.0186	0.0453	0.0074	0.0356	0.1013	0.0356	0.0697	0.0199	0.0838	0.0199	0.0578
chrX	17593191	17593428	chrX:17593192-17593428	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0694	0.056	0.0934	0.0581	0.0286	0.0709	0.0541	0.0839	0.0286	0.0556	0.1434	0.0556	0.0953	0.0337	0.1206	0.0337	0.0683
chrX	17596210	17596423	chrX:17596211-17596423	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0905	0.0775	0.1306	0.061	0.035	0.1136	0.0744	0.0986	0.035	0.1787	0.1482	0.1787	0.0922	0.059	0.0671	0.059	0.061
chrX	17596485	17596647	chrX:17596486-17596647	FBgn0030863	CG8188	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0714	0.0557	0.0985	0.0592	0.0297	0.0806	0.0545	0.0686	0.0297	0.1322	0.1048	0.1322	0.0829	0.062	0.0651	0.062	0.0651
chrX	17596692	17596881	chrX:17596693-17596881	FBgn0026192,FBgn0030863	CG8188,par-6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1436	0.1204	0.184	0.1252	0.0657	0.1587	0.1267	0.1486	0.0657	0.2301	0.1958	0.2301	0.1696	0.121	0.1438	0.121	0.1506
chrX	17596980	17597152	chrX:17596981-17597152	FBgn0026192,FBgn0030863	CG8188,par-6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1712	0.1496	0.2076	0.1554	0.0976	0.1922	0.1657	0.1765	0.0976	0.2621	0.2158	0.2621	0.1967	0.1685	0.1638	0.1685	0.1751
chrX	17597258	17597438	chrX:17597259-17597438	FBgn0026192,FBgn0030863	CG8188,par-6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1509	0.1376	0.1784	0.1356	0.0848	0.1825	0.1484	0.1586	0.0848	0.2144	0.192	0.2144	0.1766	0.1417	0.1438	0.1417	0.1584
chrX	17597518	17597713	chrX:17597519-17597713	FBgn0026192	par-6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0777	0.0728	0.0949	0.0642	0.0392	0.0913	0.0874	0.0826	0.0392	0.1159	0.1096	0.1159	0.0937	0.0689	0.0696	0.0689	0.0891
chrX	17603040	17603219	chrX:17603041-17603219	FBgn0030864	CG8173	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0605	0.0607	0.0819	0.0369	0.0329	0.0806	0.0571	0.0926	0.0329	0.1196	0.0752	0.1196	0.0473	0.0452	0.029	0.0452	0.0318
chrX	17603491	17603648	chrX:17603492-17603648	FBgn0030864	CG8173	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0959	0.0886	0.1176	0.0801	0.0467	0.117	0.0809	0.1332	0.0467	0.1455	0.1399	0.1455	0.0953	0.1003	0.0722	0.1003	0.0954
chrX	17603667	17603866	chrX:17603668-17603866	FBgn0030864,FBgn0261570	CG42684,CG8173	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1486	0.1326	0.1876	0.1238	0.0965	0.1704	0.1324	0.1719	0.0965	0.2289	0.2164	0.2289	0.172	0.1409	0.1277	0.1409	0.1423
chrX	17603997	17604196	chrX:17603998-17604196	FBgn0030864,FBgn0261570	CG42684,CG8173	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1993	0.1776	0.2348	0.1847	0.1241	0.2083	0.1782	0.2552	0.1241	0.279	0.254	0.279	0.2393	0.2037	0.1986	0.2037	0.2053
chrX	17604883	17605130	chrX:17604884-17605130	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.105	0.0744	0.131	0.1107	0.0329	0.0859	0.0766	0.1179	0.0329	0.1733	0.1296	0.1733	0.0868	0.1103	0.0806	0.1103	0.1068
chrX	17606270	17606478	chrX:17606271-17606478	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.1424	0.0782	0.0313	0.1389	0.0932	0.1765	0.2225	0.1389	0.0326	0.1016	0.0326	0.1154	0.0168	0.0355	0.0168	0.0401
chrX	17606940	17607105	chrX:17606941-17607105	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0626	0.0897	0.0699	0.0242	0.0594	0.0816	0.0917	0.1592	0.0594	0.0205	0.1006	0.0205	0.1053	0.0153	0.0406	0.0153	0.0208
chrX	17607114	17607368	chrX:17607115-17607368	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0833	0.1372	0.0786	0.0284	0.1113	0.1155	0.1362	0.2485	0.1113	0.0229	0.1244	0.0229	0.1015	0.0115	0.0632	0.0115	0.0203
chrX	17607766	17607917	chrX:17607767-17607917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0251	0.0308	0.0228	0.0212	0.0159	0.0296	0.0264	0.06	0.0159	0.0157	0.0334	0.0157	0.0248	0.0107	0.0606	0.0107	0.0094
chrX	17608063	17608214	chrX:17608064-17608214	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0204	0.022	0.0249	0.0064	0.0209	0.0221	0.034	0.0064	0.0115	0.0341	0.0115	0.0209	0.0084	0.0741	0.0084	0.0104
chrX	17609101	17609252	chrX:17609102-17609252	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0224	0.0151	0.028	0.0242	0.0011	0.0184	0.0173	0.0193	0.0011	0.0175	0.045	0.0175	0.0256	0.0222	0.0606	0.0222	0.0151
chrX	17613237	17613418	chrX:17613238-17613418	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0368	0.0222	0.0409	0.0487	0.0074	0.0301	0.0277	0.024	0.0074	0.0477	0.0505	0.0477	0.0387	0.0452	0.0413	0.0452	0.0974
chrX	17613507	17613671	chrX:17613508-17613671	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0395	0.0285	0.0484	0.0421	0.0138	0.0413	0.0303	0.034	0.0138	0.0586	0.0588	0.0586	0.0418	0.0482	0.0432	0.0482	0.0604
chrX	17613758	17613954	chrX:17613759-17613954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0282	0.0429	0.0448	0.0095	0.0388	0.0272	0.0413	0.0095	0.0465	0.0505	0.0465	0.0496	0.0391	0.0567	0.0391	0.0698
chrX	17614011	17614214	chrX:17614012-17614214	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0484	0.0431	0.0569	0.0451	0.0255	0.0476	0.0502	0.0593	0.0255	0.0694	0.0666	0.0694	0.0465	0.0375	0.049	0.0375	0.0558
chrX	17614330	17614530	chrX:17614331-17614530	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1142	0.0971	0.1387	0.1065	0.0604	0.1	0.1189	0.1339	0.0604	0.1504	0.1553	0.1504	0.1441	0.1018	0.1128	0.1018	0.1412
chrX	17614679	17614999	chrX:17614680-17614999	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0802	0.0652	0.1013	0.0739	0.0498	0.0646	0.0809	0.0826	0.0498	0.1057	0.1145	0.1057	0.1286	0.0697	0.0806	0.0697	0.112
chrX	17616306	17616472	chrX:17616307-17616472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0213	0.0166	0.0207	0.0273	0.0106	0.018	0.0251	0.016	0.0106	0.0175	0.0193	0.0175	0.0364	0.0482	0.0316	0.0482	0.0261
chrX	17617022	17617265	chrX:17617023-17617265	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0882	0.0552	0.1108	0.1004	0.0276	0.0748	0.064	0.064	0.0276	0.1123	0.1283	0.1123	0.1464	0.1164	0.1096	0.1164	0.136
chrX	17620018	17620305	chrX:17620019-17620305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0287	0.0246	0.0331	0.0284	0.0064	0.0243	0.0182	0.06	0.0064	0.0284	0.0444	0.0284	0.038	0.0291	0.0361	0.0291	0.0433
chrX	17626514	17626740	chrX:17626515-17626740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0336	0.0268	0.0402	0.0338	0.0106	0.0277	0.0285	0.048	0.0106	0.035	0.0592	0.035	0.0349	0.0467	0.049	0.0467	0.038
chrX	17627931	17628082	chrX:17627932-17628082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.036	0.0544	0.0391	0.017	0.0466	0.0394	0.046	0.017	0.0519	0.0646	0.0519	0.0488	0.0352	0.0593	0.0352	0.0537
chrX	17631137	17631567	chrX:17631138-17631567	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1215	0.1098	0.1513	0.1019	0.0679	0.1354	0.1112	0.1532	0.0679	0.1286	0.1826	0.1286	0.1549	0.0819	0.1373	0.0819	0.1433
chrX	17631705	17631856	chrX:17631706-17631856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.047	0.0345	0.0609	0.0457	0.017	0.0505	0.0346	0.038	0.017	0.0568	0.0746	0.0568	0.0635	0.026	0.0716	0.026	0.0604
chrX	17632074	17632272	chrX:17632075-17632272	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1252	0.1167	0.1678	0.088	0.0912	0.1413	0.1293	0.1419	0.0912	0.2186	0.1859	0.2186	0.1596	0.0681	0.1418	0.0681	0.1308
chrX	17632357	17632528	chrX:17632358-17632528	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1832	0.1888	0.2278	0.1281	0.158	0.2165	0.2098	0.2312	0.158	0.2995	0.2556	0.2995	0.2091	0.1577	0.1838	0.1577	0.1751
chrX	17632680	17632866	chrX:17632681-17632866	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1516	0.1604	0.1854	0.1046	0.1326	0.1801	0.1847	0.1879	0.1326	0.2591	0.2119	0.2591	0.1456	0.1677	0.1451	0.1677	0.1079
chrX	17633058	17633285	chrX:17633059-17633285	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1688	0.1873	0.2001	0.1138	0.1495	0.2112	0.2089	0.2398	0.1495	0.2711	0.2328	0.2711	0.1782	0.1761	0.1425	0.1761	0.1277
chrX	17635038	17635281	chrX:17635039-17635281	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0925	0.0661	0.147	0.0624	0.0265	0.0898	0.0653	0.0939	0.0265	0.1558	0.1543	0.1558	0.165	0.0597	0.0632	0.0597	0.0896
chrX	17635900	17636131	chrX:17635901-17636131	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0771	0.0499	0.1102	0.0712	0.0106	0.0806	0.0458	0.0633	0.0106	0.1045	0.127	0.1045	0.1487	0.0812	0.0896	0.0812	0.1094
chrX	17636745	17636972	chrX:17636746-17636972	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0937	0.0839	0.1258	0.0693	0.0361	0.1272	0.0653	0.1272	0.0361	0.0845	0.1823	0.0845	0.1464	0.0513	0.1032	0.0513	0.1199
chrX	17637320	17637516	chrX:17637321-17637516	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0761	0.0734	0.0961	0.0571	0.0212	0.1383	0.0532	0.0866	0.0212	0.1063	0.0916	0.1063	0.1789	0.0391	0.0516	0.0391	0.1287
chrX	17637684	17637920	chrX:17637685-17637920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0756	0.0598	0.1052	0.0609	0.0159	0.1136	0.0437	0.0666	0.0159	0.0942	0.1023	0.0942	0.2184	0.0406	0.0561	0.0406	0.1391
chrX	17639349	17639632	chrX:17639350-17639632	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0633	0.0523	0.0921	0.0439	0.0318	0.0495	0.0502	0.0999	0.0318	0.0568	0.1527	0.0568	0.086	0.0544	0.0858	0.0544	0.038
chrX	17639998	17640233	chrX:17639999-17640233	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0677	0.0839	0.0836	0.0323	0.0551	0.0723	0.0913	0.1532	0.0551	0.0399	0.1524	0.0399	0.055	0.0245	0.0703	0.0245	0.0292
chrX	17640452	17640603	chrX:17640453-17640603	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0333	0.0461	0.0383	0.0135	0.0339	0.0359	0.051	0.0839	0.0339	0.0175	0.0733	0.0175	0.0155	0.01	0.0309	0.01	0.0099
chrX	17645435	17645682	chrX:17645436-17645682	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0832	0.0786	0.097	0.0731	0.0541	0.0913	0.0856	0.1046	0.0541	0.1093	0.1087	0.1093	0.1015	0.0773	0.078	0.0773	0.0985
chrX	17645774	17645966	chrX:17645775-17645966	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1577	0.1466	0.1906	0.1341	0.123	0.1782	0.1518	0.1759	0.123	0.2186	0.2167	0.2186	0.1689	0.16	0.1431	0.16	0.1542
chrX	17646348	17646731	chrX:17646349-17646731	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0501	0.0335	0.0726	0.044	0.0148	0.0364	0.0359	0.0513	0.0148	0.0531	0.1199	0.0531	0.0519	0.0268	0.0993	0.0268	0.0354
chrX	17650217	17650399	chrX:17650218-17650399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0275	0.0229	0.0372	0.0219	0.0085	0.0257	0.0268	0.032	0.0085	0.0223	0.0264	0.0223	0.0132	0.0077	0.011	0.0077	0.0052
chrX	17650929	17651341	chrX:17650930-17651341	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0574	0.0573	0.0726	0.0409	0.0318	0.0752	0.0688	0.0633	0.0318	0.058	0.0627	0.058	0.0627	0.0161	0.0213	0.0161	0.0224
chrX	17651692	17651861	chrX:17651693-17651861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0205	0.0213	0.0242	0.0155	0.0074	0.0267	0.0238	0.0266	0.0074	0.026	0.0177	0.026	0.0178	0.0054	0.0097	0.0054	0.0057
chrX	17655045	17655223	chrX:17655046-17655223	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT63418.1	VT63418.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.038	0.0486	0.0551	0.0074	0.0233	0.0558	0.032	0.1006	0.0233	0.0308	0.0997	0.0308	0.0132	0.0038	0.0142	0.0038	0.0042
chrX	17655663	17655814	chrX:17655664-17655814	distal	distal	none	none	VT63418.1	VT63418.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0175	0.0165	0.0251	0.0102	0.0064	0.0189	0.0195	0.0233	0.0064	0.0169	0.0289	0.0169	0.0124	8e-04	0.0064	8e-04	0.0057
chrX	17656062	17656213	chrX:17656063-17656213	distal	distal	none	none	VT63418.1,VT63419.1	VT63418.1,VT63419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0107	0.0119	0.0136	0.0042	0.0078	0.016	0.0173	0.0042	0.0072	0.0103	0.0072	0.0101	0.0054	0.0032	0.0054	0.0031
chrX	17656804	17656955	chrX:17656805-17656955	distal	distal	none	none	VT63419.1	VT63419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0153	0.0138	0.0106	0.0053	0.0165	0.0199	0.0207	0.0053	0.0133	0.0164	0.0133	0.0085	8e-04	0.0039	8e-04	0.0021
chrX	17657558	17657709	chrX:17657559-17657709	distal	distal	stage5	stage5	VT63419.1	VT63419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0185	0.0303	0.0152	0.0089	0.0127	0.0291	0.026	0.0613	0.0127	0.0127	0.0186	0.0127	0.0139	0.0084	0.0077	0.0084	0.0047
chrX	17659113	17659307	chrX:17659114-17659307	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0681	0.0537	0.0944	0.0553	0.0286	0.0636	0.0562	0.0799	0.0286	0.1256	0.118	0.1256	0.0713	0.0658	0.0593	0.0658	0.061
chrX	17662151	17662493	chrX:17662152-17662493	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2529	0.2096	0.3115	0.237	0.1644	0.2466	0.2388	0.2505	0.1644	0.3551	0.3514	0.3551	0.2851	0.2703	0.2186	0.2703	0.2538
chrX	17668658	17668938	chrX:17668659-17668938	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0511	0.0641	0.029	0.0265	0.0549	0.0636	0.0726	0.0265	0.0423	0.0887	0.0423	0.0465	0.0222	0.0406	0.0222	0.025
chrX	17668942	17669190	chrX:17668943-17669190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0374	0.0475	0.0438	0.0192	0.0339	0.0476	0.0662	0.0553	0.0339	0.0374	0.0537	0.0374	0.0287	0.0214	0.0213	0.0214	0.0182
chrX	17674114	17674377	chrX:17674115-17674377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0274	0.0201	0.0388	0.0231	0.0095	0.0248	0.026	0.0213	0.0095	0.0223	0.0733	0.0223	0.0163	0.0054	0.0561	0.0054	0.0146
chrX	17674631	17674782	chrX:17674632-17674782	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0107	0.0239	0.0188	0.0032	0.0097	0.0143	0.0173	0.0032	0.0181	0.0399	0.0181	0.0124	0.0061	0.0522	0.0061	0.0094
chrX	17674871	17675022	chrX:17674872-17675022	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0098	0.0277	0.0182	0.0021	0.0126	0.0121	0.0133	0.0021	0.0121	0.0527	0.0121	0.0101	0.0069	0.0451	0.0069	0.0167
chrX	17675084	17675235	chrX:17675085-17675235	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.013	0.0297	0.0205	0.0032	0.0131	0.0177	0.018	0.0032	0.0139	0.0543	0.0139	0.0147	0.0061	0.049	0.0061	0.0177
chrX	17675495	17675849	chrX:17675496-17675849	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0629	0.0611	0.0836	0.0422	0.035	0.0602	0.0644	0.0986	0.035	0.0447	0.137	0.0447	0.0271	0.0123	0.0645	0.0123	0.0219
chrX	17675976	17676216	chrX:17675977-17676216	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0344	0.0224	0.0411	0.0404	0.0095	0.0277	0.0251	0.032	0.0095	0.0386	0.0476	0.0386	0.017	0.0138	0.0206	0.0138	0.0146
chrX	17676348	17676554	chrX:17676349-17676554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0392	0.0297	0.0467	0.0415	0.0148	0.0383	0.0346	0.0293	0.0148	0.0501	0.0434	0.0501	0.0279	0.023	0.0174	0.023	0.0292
chrX	17677643	17677794	chrX:17677644-17677794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.0095	0.0175	0.0212	0	0.0136	0.0117	0.0113	0	0.0205	0.0148	0.0205	0.0302	0.0092	0.0097	0.0092	0.049
chrX	17683092	17683299	chrX:17683093-17683299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0346	0.0269	0.0379	0.0395	0.0212	0.0335	0.0311	0.0326	0.0212	0.0441	0.045	0.0441	0.0248	0.0337	0.029	0.0337	0.0266
chrX	17683554	17683941	chrX:17683555-17683941	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.2244	0.1838	0.269	0.2209	0.1177	0.233	0.1998	0.2219	0.1177	0.3243	0.2997	0.3243	0.2665	0.2443	0.207	0.2443	0.2345
chrX	17684171	17684498	chrX:17684172-17684498	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0694	0.0685	0.0831	0.0553	0.053	0.068	0.0887	0.0866	0.053	0.0839	0.1129	0.0839	0.0798	0.0498	0.0703	0.0498	0.0724
chrX	17684567	17684718	chrX:17684568-17684718	FBgn0026058	OdsH	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.027	0.0262	0.0345	0.0198	0.0159	0.0286	0.0376	0.0273	0.0159	0.0447	0.0428	0.0447	0.0318	0.0191	0.0316	0.0191	0.024
chrX	17690346	17690497	chrX:17690347-17690497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0085	0.0256	0.0081	0.0032	0.0107	0.0091	0.014	0.0032	0.0157	0.0482	0.0157	0.0124	0.0046	0.0181	0.0046	0.0057
chrX	17690725	17690920	chrX:17690726-17690920	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0092	0.035	0.015	0.0021	0.0112	0.0112	0.0127	0.0021	0.0217	0.065	0.0217	0.0147	0.0038	0.0522	0.0038	0.0057
chrX	17691348	17691499	chrX:17691349-17691499	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0125	0.0064	0.0195	0.0116	0.0011	0.0058	0.0099	0.01	0.0011	0.0145	0.035	0.0145	0.0046	0.01	0.0297	0.01	0.0068
chrX	17693065	17693270	chrX:17693066-17693270	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0324	0.0227	0.0404	0.0347	0.017	0.0345	0.0199	0.0233	0.017	0.0646	0.035	0.0646	0.0101	0.0054	0.0135	0.0054	0.0104
chrX	17693550	17693802	chrX:17693551-17693802	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0498	0.0452	0.0595	0.0443	0.0191	0.0578	0.0376	0.0759	0.0191	0.0827	0.0569	0.0827	0.0232	0.0115	0.0077	0.0115	0.0146
chrX	17693863	17694032	chrX:17693864-17694032	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0266	0.0188	0.0291	0.0324	0.0042	0.0194	0.0169	0.04	0.0042	0.032	0.0299	0.032	0.0124	0.0046	0.0077	0.0046	0.0089
chrX	17696144	17696343	chrX:17696145-17696343	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0462	0.0557	0.0581	0.0226	0.0329	0.0515	0.0657	0.0866	0.0329	0.0242	0.0952	0.0242	0.0565	0.0161	0.0464	0.0161	0.0125
chrX	17696415	17696604	chrX:17696416-17696604	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0658	0.0659	0.0885	0.0407	0.0392	0.0617	0.0735	0.1139	0.0392	0.055	0.1453	0.055	0.072	0.0413	0.078	0.0413	0.0224
chrX	17697040	17697197	chrX:17697041-17697197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0163	0.0222	0.0191	0.0095	0.0184	0.0251	0.0147	0.0095	0.0121	0.0277	0.0121	0.0147	0.0077	0.0097	0.0077	0.0042
chrX	17698039	17698190	chrX:17698040-17698190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0232	0.026	0.0315	0.0109	0.0138	0.017	0.032	0.052	0.0138	0.0217	0.0502	0.0217	0.0217	0.01	0.0168	0.01	0.0104
chrX	17698844	17699007	chrX:17698845-17699007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0295	0.0467	0.0124	0.017	0.0306	0.0333	0.0453	0.017	0.0236	0.0768	0.0236	0.0457	0.0092	0.0219	0.0092	0.0135
chrX	17699082	17699249	chrX:17699083-17699249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.025	0.0223	0.0369	0.015	0.0117	0.0248	0.0303	0.0253	0.0117	0.0145	0.0585	0.0145	0.0395	0.0084	0.0226	0.0084	0.0182
chrX	17700031	17700225	chrX:17700032-17700225	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.0208	0.05	0.0156	0.0053	0.0228	0.026	0.0313	0.0053	0.0193	0.099	0.0193	0.0194	0.01	0.0406	0.01	0.0078
chrX	17702418	17702643	chrX:17702419-17702643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.012	0.0245	0.0163	0.0064	0.0102	0.0169	0.016	0.0064	0.0139	0.0183	0.0139	0.0108	0.0054	0.0097	0.0054	0.0068
chrX	17702977	17703133	chrX:17702978-17703133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.01	0.0128	0.0097	0.0021	0.0078	0.0138	0.0173	0.0021	0.0091	0.0135	0.0091	0.0054	8e-04	0.0052	8e-04	0.0031
chrX	17704041	17704192	chrX:17704042-17704192	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0188	0.0145	0.0278	0.0138	0.0011	0.0204	0.0156	0.0207	0.0011	0.0308	0.0347	0.0308	0.0101	0.0046	0.0058	0.0046	0.0068
chrX	17704253	17704498	chrX:17704254-17704498	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0313	0.0228	0.0443	0.0266	0.0032	0.0359	0.0203	0.0306	0.0032	0.0519	0.0492	0.0519	0.0108	0.0077	0.0097	0.0077	0.0068
chrX	17706352	17706575	chrX:17706353-17706575	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.028	0.0208	0.0438	0.0187	0.0053	0.0272	0.0298	0.02	0.0053	0.0465	0.0502	0.0465	0.0558	0.0138	0.0226	0.0138	0.0281
chrX	17708670	17708821	chrX:17708671-17708821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0127	0.0097	0.0221	0.0058	0.0032	0.0107	0.0125	0.012	0.0032	0.0205	0.0347	0.0205	0.0116	0	0.0142	0	0.0042
chrX	17711195	17711346	chrX:17711196-17711346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0113	0.0266	0.0169	0.0011	0.0146	0.0147	0.0147	0.0011	0.0181	0.0457	0.0181	0.0232	0.0123	0.0458	0.0123	0.0094
chrX	17711374	17711525	chrX:17711375-17711525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0131	0.0237	0.0181	0.0042	0.018	0.0177	0.014	0.0042	0.0169	0.0418	0.0169	0.0132	0.0115	0.0542	0.0115	0.0078
chrX	17713807	17714051	chrX:17713808-17714051	FBgn0030868	CG12986	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0731	0.1411	0.0486	0.0241	0.1347	0.0738	0.2292	0.1739	0.1347	0.0429	0.0691	0.0429	0.0457	0.026	0.0297	0.026	0.024
chrX	17714347	17714710	chrX:17714348-17714710	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1624	0.1375	0.201	0.1478	0.0976	0.1602	0.154	0.1672	0.0976	0.247	0.2215	0.247	0.2022	0.1623	0.1464	0.1623	0.1782
chrX	17714855	17715044	chrX:17714856-17715044	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0414	0.0305	0.0541	0.0395	0.018	0.0383	0.0285	0.0426	0.018	0.0471	0.0608	0.0471	0.079	0.0413	0.049	0.0413	0.0453
chrX	17715328	17715567	chrX:17715329-17715567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0559	0.0512	0.0711	0.0446	0.0201	0.066	0.0653	0.0586	0.0201	0.0815	0.0785	0.0815	0.0689	0.0383	0.0471	0.0383	0.0568
chrX	17715614	17715824	chrX:17715615-17715824	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0868	0.083	0.099	0.0776	0.0414	0.1	0.0865	0.1233	0.0414	0.0918	0.1138	0.0918	0.1069	0.0429	0.0812	0.0429	0.1089
chrX	17721032	17721349	chrX:17721033-17721349	FBgn0030869	Socs16D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2013	0.1543	0.2655	0.1834	0.0753	0.2238	0.1371	0.2252	0.0753	0.3261	0.3074	0.3261	0.2548	0.2274	0.2095	0.2274	0.2163
chrX	17721497	17721691	chrX:17721498-17721691	FBgn0030869	Socs16D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1708	0.1582	0.2096	0.1422	0.0965	0.1961	0.1799	0.1912	0.0965	0.2627	0.2412	0.2627	0.1851	0.1639	0.1547	0.1639	0.1704
chrX	17722875	17723159	chrX:17722876-17723159	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1247	0.1654	0.144	0.0579	0.1442	0.182	0.1743	0.2199	0.1442	0.1606	0.2148	0.1606	0.0837	0.0773	0.1173	0.0773	0.0469
chrX	17723435	17723700	chrX:17723436-17723700	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1646	0.2232	0.1819	0.0802	0.1622	0.2228	0.2907	0.2678	0.1622	0.2011	0.2775	0.2011	0.0922	0.098	0.185	0.098	0.05
chrX	17724134	17724365	chrX:17724135-17724365	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.1216	0.1721	0.1392	0.046	0.1612	0.1786	0.205	0.2085	0.1612	0.1063	0.227	0.1063	0.1007	0.0245	0.1438	0.0245	0.0224
chrX	17724738	17725039	chrX:17724739-17725039	FBgn0030870	CG6398	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1934	0.2669	0.2155	0.087	0.2492	0.2568	0.311	0.3518	0.2492	0.1763	0.3441	0.1763	0.1975	0.0421	0.2463	0.0421	0.0672
chrX	17725542	17725693	chrX:17725543-17725693	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0499	0.0568	0.0582	0.0331	0.0498	0.049	0.0835	0.0593	0.0498	0.0393	0.1006	0.0393	0.0442	0.0107	0.107	0.0107	0.0198
chrX	17726391	17726561	chrX:17726392-17726561	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0744	0.1021	0.0793	0.038	0.0901	0.082	0.1285	0.1519	0.0901	0.0211	0.1428	0.0211	0.0883	0.0123	0.1206	0.0123	0.0234
chrX	17728092	17728243	chrX:17728093-17728243	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0375	0.0384	0.0376	0.0365	0.0329	0.0291	0.0541	0.0486	0.0329	0.0121	0.0714	0.0121	0.0271	0.0038	0.1296	0.0038	0.012
chrX	17730519	17730670	chrX:17730520-17730670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0222	0.0249	0.0279	0.0128	0.0276	0.0199	0.0368	0.026	0.0276	0.0157	0.0518	0.0157	0.0147	0.0084	0.0322	0.0084	0.0104
chrX	17732363	17732514	chrX:17732364-17732514	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0313	0.0265	0.0206	0.018	0.0248	0.0506	0.036	0.018	0.0163	0.0457	0.0163	0.0178	0.0115	0.0587	0.0115	0.0156
chrX	17732638	17732882	chrX:17732639-17732882	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0347	0.0386	0.0352	0.0298	0.0392	0.032	0.0554	0.0433	0.0392	0.0223	0.0605	0.0223	0.0201	0.0245	0.0812	0.0245	0.0135
chrX	17733301	17733689	chrX:17733302-17733689	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.046	0.0764	0.0387	0.0199	0.0604	0.0723	0.0947	0.0979	0.0604	0.0362	0.0537	0.0362	0.0333	0.0207	0.0426	0.0207	0.0162
chrX	17736075	17736302	chrX:17736076-17736302	FBgn0000617	e(y)1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1193	0.1216	0.1357	0.0989	0.106	0.1248	0.1406	0.1632	0.106	0.1492	0.1527	0.1492	0.1425	0.098	0.1186	0.098	0.1199
chrX	17738666	17738839	chrX:17738667-17738839	FBgn0030871,FBgn0030872	CG8142,Ucp4A	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0891	0.0785	0.1093	0.0788	0.0573	0.0869	0.0904	0.1073	0.0573	0.1292	0.1235	0.1292	0.1131	0.085	0.0903	0.085	0.0985
chrX	17738919	17739106	chrX:17738920-17739106	FBgn0030871,FBgn0030872	CG8142,Ucp4A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0833	0.0705	0.099	0.0805	0.052	0.0859	0.0813	0.0853	0.052	0.1111	0.1196	0.1111	0.0953	0.0873	0.0812	0.0873	0.1136
chrX	17739969	17740166	chrX:17739970-17740166	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0312	0.0232	0.0346	0.0365	0.0042	0.0354	0.0221	0.03	0.0042	0.0278	0.0286	0.0278	0.0829	0.0214	0.0187	0.0214	0.0954
chrX	17744133	17744284	chrX:17744134-17744284	FBgn0030873,FBgn0030874	CG15814,CG6506	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0869	0.0783	0.1062	0.0753	0.0456	0.0981	0.0891	0.0926	0.0456	0.1371	0.1109	0.1371	0.1053	0.085	0.0793	0.085	0.086
chrX	17744321	17744516	chrX:17744322-17744516	FBgn0030873,FBgn0030874	CG15814,CG6506	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1446	0.1337	0.1784	0.1195	0.0753	0.1733	0.1522	0.1512	0.0753	0.2101	0.1977	0.2101	0.172	0.1225	0.1225	0.1225	0.1449
chrX	17746417	17746619	chrX:17746418-17746619	FBgn0052554	CG32554	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0298	0.0538	0.0333	0.0159	0.0306	0.032	0.0473	0.0159	0.0646	0.065	0.0646	0.0503	0.0398	0.0458	0.0398	0.0365
chrX	17746645	17746832	chrX:17746646-17746832	FBgn0052554	CG32554	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.0536	0.0815	0.05	0.0286	0.0612	0.0575	0.0786	0.0286	0.1014	0.0907	0.1014	0.0906	0.0574	0.0554	0.0574	0.062
chrX	17750584	17750750	chrX:17750585-17750750	FBgn0030876,FBgn0052557	CG32557,CG6762	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0697	0.0505	0.0803	0.0797	0.017	0.067	0.0554	0.0693	0.017	0.0864	0.0881	0.0864	0.1154	0.0949	0.0845	0.0949	0.1001
chrX	17750933	17751211	chrX:17750934-17751211	FBgn0030876	CG6762	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0741	0.0568	0.0792	0.0879	0.0212	0.0772	0.0614	0.0773	0.0212	0.0737	0.0852	0.0737	0.1224	0.0972	0.0909	0.0972	0.136
chrX	17751350	17751541	chrX:17751351-17751541	FBgn0030876	CG6762	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0661	0.0513	0.0773	0.0702	0.0276	0.0636	0.0575	0.0673	0.0276	0.0821	0.0801	0.0821	0.1092	0.0628	0.0806	0.0628	0.1027
chrX	17751958	17752132	chrX:17751959-17752132	FBgn0264713	CR43981	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0503	0.0436	0.0636	0.0433	0.018	0.0602	0.0493	0.0546	0.018	0.0725	0.0736	0.0725	0.0697	0.0605	0.0458	0.0605	0.0479
chrX	17754741	17754931	chrX:17754742-17754931	FBgn0030877,FBgn0030878	Arp8,CG6769	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0673	0.0669	0.082	0.0515	0.0371	0.0816	0.0735	0.0913	0.0371	0.1105	0.0897	0.1105	0.0806	0.0536	0.0503	0.0536	0.0693
chrX	17754963	17755139	chrX:17754964-17755139	FBgn0030877,FBgn0030878	Arp8,CG6769	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1	0.0917	0.1251	0.0816	0.0551	0.1136	0.0934	0.1306	0.0551	0.1612	0.1399	0.1612	0.1278	0.0896	0.0838	0.0896	0.1115
chrX	17759021	17759172	chrX:17759022-17759172	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0289	0.0446	0.0222	0.0188	0.018	0.0563	0.0619	0.0426	0.018	0.032	0.0238	0.032	0.0108	0.0237	0.0135	0.0237	0.0261
chrX	17759266	17759444	chrX:17759267-17759444	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0469	0.0713	0.041	0.026	0.0435	0.0728	0.1008	0.0733	0.0435	0.0501	0.0424	0.0501	0.0341	0.0199	0.0245	0.0199	0.0302
chrX	17761865	17762097	chrX:17761866-17762097	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0586	0.0582	0.032	0.0318	0.0694	0.0692	0.0733	0.0318	0.0713	0.0653	0.0713	0.0627	0.0391	0.0309	0.0391	0.0464
chrX	17764806	17764957	chrX:17764807-17764957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0218	0.0237	0.0148	0.0106	0.0267	0.0264	0.026	0.0106	0.0254	0.0293	0.0254	0.017	0.0153	0.0129	0.0153	0.0125
chrX	17765235	17765463	chrX:17765236-17765463	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0523	0.0351	0.0684	0.0538	0.0212	0.0485	0.0281	0.0513	0.0212	0.093	0.0814	0.093	0.0527	0.0398	0.0509	0.0398	0.0318
chrX	17766044	17766195	chrX:17766045-17766195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.018	0.0186	0.0234	0.0116	0.0074	0.0228	0.0268	0.0173	0.0074	0.0205	0.0222	0.0205	0.038	0.01	0.0155	0.01	0.0078
chrX	17766610	17766761	chrX:17766611-17766761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0224	0.0229	0.0301	0.0132	0.0138	0.0238	0.0337	0.024	0.0138	0.0223	0.0322	0.0223	0.0558	0.013	0.0239	0.013	0.0167
chrX	17769703	17769854	chrX:17769704-17769854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0168	0.0211	0.0119	0.0173	0.018	0.0194	0.0303	0.024	0.018	0.0127	0.0129	0.0127	0.0147	0.0092	0.011	0.0092	0.0401
chrX	17772088	17772287	chrX:17772089-17772287	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0399	0.0506	0.0352	0.0331	0.0329	0.0432	0.0657	0.066	0.0329	0.0368	0.0383	0.0368	0.0503	0.0467	0.0484	0.0467	0.0339
chrX	17772732	17773030	chrX:17772733-17773030	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1163	0.0931	0.1086	0.1505	0.0721	0.0898	0.128	0.1093	0.0721	0.0749	0.136	0.0749	0.1534	0.1677	0.1947	0.1677	0.1412
chrX	17773242	17773393	chrX:17773243-17773393	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0303	0.0485	0.0201	0.0212	0.0286	0.0359	0.0817	0.0553	0.0286	0.0157	0.027	0.0157	0.0147	0.0207	0.0226	0.0207	0.0198
chrX	17774324	17774475	chrX:17774325-17774475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.022	0.0227	0.0187	0.0249	0.0138	0.0233	0.032	0.026	0.0138	0.0248	0.0164	0.0248	0.0194	0.0544	0.02	0.0544	0.0266
chrX	17774604	17774810	chrX:17774605-17774810	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0477	0.0344	0.0374	0.0738	0.0223	0.035	0.0497	0.0393	0.0223	0.0374	0.0389	0.0374	0.0565	0.1217	0.0587	0.1217	0.0875
chrX	17775517	17775668	chrX:17775518-17775668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0386	0.0308	0.0388	0.0471	0.0191	0.0316	0.0446	0.0353	0.0191	0.035	0.0434	0.035	0.0627	0.0582	0.0613	0.0582	0.0724
chrX	17778658	17778838	chrX:17778659-17778838	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0594	0.0804	0.0661	0.0285	0.07	0.066	0.1228	0.0873	0.07	0.0833	0.0765	0.0833	0.0651	0.049	0.0438	0.049	0.0234
chrX	17779487	17779892	chrX:17779488-17779892	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1083	0.1527	0.0853	0.0841	0.1177	0.1791	0.1808	0.1772	0.1177	0.0966	0.0881	0.0966	0.1131	0.1156	0.0761	0.1156	0.0917
chrX	17780240	17780436	chrX:17780241-17780436	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.152	0.1585	0.1706	0.1244	0.1209	0.1893	0.1808	0.1865	0.1209	0.2101	0.1842	0.2101	0.1611	0.147	0.1225	0.147	0.1423
chrX	17780563	17780767	chrX:17780564-17780767	FBgn0259168	mnb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1956	0.1735	0.2397	0.1718	0.1166	0.2107	0.1856	0.2192	0.1166	0.305	0.263	0.305	0.2107	0.1776	0.1831	0.1776	0.1996
chrX	17780939	17781102	chrX:17780940-17781102	FBgn0259168	mnb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1215	0.0948	0.1468	0.1234	0.0668	0.1277	0.0908	0.1179	0.0668	0.1757	0.165	0.1757	0.1325	0.121	0.1483	0.121	0.135
chrX	17781131	17781329	chrX:17781132-17781329	FBgn0259168	mnb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1932	0.1681	0.2338	0.1769	0.123	0.2044	0.1808	0.2105	0.123	0.2886	0.2476	0.2886	0.2285	0.173	0.1966	0.173	0.197
chrX	17781471	17781637	chrX:17781472-17781637	FBgn0259168	mnb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.1281	0.1914	0.1404	0.0753	0.1442	0.1557	0.1672	0.0753	0.2234	0.2058	0.2234	0.1944	0.1355	0.1663	0.1355	0.1542
chrX	17781754	17781925	chrX:17781755-17781925	FBgn0030880	CG6788	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0499	0.0459	0.0636	0.0395	0.0329	0.0442	0.0593	0.06	0.0329	0.0676	0.0743	0.0676	0.0643	0.0436	0.0445	0.0436	0.0521
chrX	17800126	17800342	chrX:17800127-17800342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0283	0.0317	0.0313	0.0213	0.0159	0.033	0.0381	0.0493	0.0159	0.0344	0.0341	0.0344	0.0356	0.0199	0.0187	0.0199	0.0313
chrX	17800356	17800507	chrX:17800357-17800507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0223	0.0243	0.0255	0.0164	0.0148	0.0257	0.0307	0.0346	0.0148	0.0248	0.0267	0.0248	0.0333	0.0214	0.0103	0.0214	0.0255
chrX	17800854	17801154	chrX:17800855-17801154	FBgn0030883	CG7772	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0514	0.051	0.0613	0.0409	0.0276	0.0583	0.0666	0.0626	0.0276	0.0713	0.0717	0.0713	0.0519	0.0475	0.0445	0.0475	0.0516
chrX	17801295	17801479	chrX:17801296-17801479	FBgn0027605,FBgn0030883	CG7772,Vps4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0903	0.0826	0.1071	0.0804	0.0541	0.1019	0.0939	0.0966	0.0541	0.1316	0.1241	0.1316	0.0852	0.0949	0.0883	0.0949	0.0954
chrX	17801600	17801800	chrX:17801601-17801800	FBgn0027605,FBgn0030883	CG7772,Vps4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1229	0.1058	0.1484	0.1141	0.0742	0.135	0.1094	0.1306	0.0742	0.183	0.163	0.183	0.1371	0.1309	0.1173	0.1309	0.1318
chrX	17801860	17802260	chrX:17801861-17802260	FBgn0027605	Vps4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0828	0.0698	0.1008	0.0776	0.0392	0.085	0.083	0.0866	0.0392	0.1208	0.1093	0.1208	0.1015	0.0972	0.0793	0.0972	0.0886
chrX	17804883	17805034	chrX:17804884-17805034	FBgn0030884	CG6847	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0262	0.0191	0.0286	0.0316	0.0085	0.0233	0.0229	0.026	0.0085	0.029	0.0347	0.029	0.0395	0.026	0.0361	0.026	0.0625
chrX	17805339	17805670	chrX:17805340-17805670	FBgn0030884	CG6847	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0705	0.065	0.0762	0.053	0.0694	0.0878	0.0913	0.053	0.0634	0.0852	0.0634	0.0844	0.0521	0.1547	0.0521	0.0959
chrX	17806274	17806425	chrX:17806275-17806425	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0152	0.0171	0.0138	0.0159	0.0136	0.0186	0.0193	0.0159	0.0139	0.0277	0.0139	0.0093	0.0077	0.0432	0.0077	0.0073
chrX	17806668	17806819	chrX:17806669-17806819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0265	0.0286	0.0169	0.0212	0.0262	0.0368	0.03	0.0212	0.0193	0.0463	0.0193	0.017	0.0145	0.0374	0.0145	0.0151
chrX	17818157	17818352	chrX:17818158-17818352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0459	0.0556	0.0439	0.0276	0.0476	0.0649	0.0473	0.0276	0.0556	0.0675	0.0556	0.0658	0.0544	0.0438	0.0544	0.0594
chrX	17834564	17834715	chrX:17834565-17834715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0134	0.0141	0.0109	0.0153	0.0117	0.0087	0.0281	0.01	0.0117	0.0085	0.0096	0.0085	0.0046	0.0031	0.0071	0.0031	0.0099
chrX	17857358	17857509	chrX:17857359-17857509	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0184	0.0181	0.0135	0.0241	0.0106	0.0189	0.0285	0.0153	0.0106	0.0133	0.0135	0.0133	0.0108	0.0123	0.0058	0.0123	0.0057
chrX	17857859	17858010	chrX:17857860-17858010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0079	0.0057	0.013	0.0064	0.0039	0.0138	0.0093	0.0064	0.003	0.0045	0.003	0.0077	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chrX	17861336	17861487	chrX:17861337-17861487	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0056	0.0044	0.0089	0.0011	0.0049	0.0117	0.0047	0.0011	0.0042	0.0045	0.0042	0.0015	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chrX	17862323	17862474	chrX:17862324-17862474	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.003	0.0052	0.016	0.0021	0.0034	0.0052	7e-04	0.0021	0.0042	0.0048	0.0042	0.0054	0.0168	0.0097	0.0168	0.0094
chrX	17885986	17886137	chrX:17885987-17886137	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0031	0.0033	0.0185	0.0011	0.0019	0.0065	0.0013	0.0011	0.003	0.0029	0.003	0.0039	0.0061	0.011	0.0061	0.0109
chrX	17888651	17888802	chrX:17888652-17888802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0094	0.0101	0.0066	0.0117	0.0011	0.0092	0.0203	0.0073	0.0011	0.0139	0.0055	0.0139	0.0054	0.0283	0.0039	0.0283	0.0068
chrX	17889695	17889846	chrX:17889696-17889846	distal	distal	none	none	VT63545.1	VT63545.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0087	0.009	0.0065	0.0107	0.0053	0.0073	0.0177	0.006	0.0053	0.006	0.008	0.006	0.0046	0.0145	0.0026	0.0145	0.0036
chrX	17891316	17891467	chrX:17891317-17891467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.012	0.0135	0.0075	0.0153	0.0053	0.0097	0.0277	0.0113	0.0053	0.0151	0.0061	0.0151	0.0039	0.0237	0.0039	0.0237	0.0073
chrX	17894749	17894900	chrX:17894750-17894900	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.016	0.0126	0.011	0.0252	0.0042	0.0248	0.0156	0.0033	0.0042	0.0284	0.0077	0.0284	0.007	0.0942	0.0097	0.0942	0.0099
chrX	17894923	17895163	chrX:17894924-17895163	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0227	0.0236	0.0178	0.0272	0.0106	0.0466	0.0268	0.0093	0.0106	0.0471	0.0103	0.0471	0.0139	0.1011	0.0129	0.1011	0.012
chrX	17903534	17903685	chrX:17903535-17903685	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0088	0.0055	0.0066	0.0149	0.0021	0.0063	0.0104	0.0033	0.0021	0.0091	0.0051	0.0091	0.0085	0.0222	0.0071	0.0222	0.013
chrX	17908310	17908461	chrX:17908311-17908461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0091	0.0066	0.0076	0.0135	0.0021	0.0068	0.0125	0.004	0.0021	0.0109	0.009	0.0109	0.0077	0.0467	0.0116	0.0467	0.0047
chrX	17908668	17908819	chrX:17908669-17908819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0106	0.0072	0.008	0.0173	0.0042	0.0087	0.0112	0.004	0.0042	0.0121	0.0061	0.0121	0.0116	0.0613	0.0135	0.0613	0.0063
chrX	17908939	17909090	chrX:17908940-17909090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0122	0.0087	0.0091	0.0195	0.0042	0.0107	0.013	0.0073	0.0042	0.0175	0.0064	0.0175	0.0139	0.0697	0.0142	0.0697	0.0063
chrX	17912673	17912878	chrX:17912674-17912878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0238	0.0127	0.01	0.0512	0.0032	0.0146	0.0216	0.0107	0.0032	0.006	0.0077	0.006	0.0248	0.0735	0.0355	0.0735	0.0505
chrX	17917408	17917559	chrX:17917409-17917559	FBgn0030887	CG6867	none	none	VT63560.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0096	0.0031	0.0071	0.0195	0	0.0029	0.0052	0.0027	0	0.0079	0.0051	0.0079	0.0093	0.0352	0.0032	0.0352	0.0104
chrX	17917852	17918091	chrX:17917853-17918091	FBgn0030887	CG6867	stage11,stage14	none	VT63560.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0699	0.0264	0.0721	0.116	0.0148	0.0403	0.0333	0.0173	0.0148	0.0821	0.0633	0.0821	0.1433	0.2044	0.098	0.2044	0.1251
chrX	17923082	17923233	chrX:17923083-17923233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0069	0.0086	0.0124	0.0053	0.0039	0.013	0.0053	0.0053	0.0097	0.0048	0.0097	0.0039	0.01	0.0039	0.01	0.0052
chrX	17926462	17926613	chrX:17926463-17926613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0117	0.0082	0.015	0.0121	0.0053	0.0073	0.0151	0.006	0.0053	0.0163	0.0206	0.0163	0.0139	0.026	0.0142	0.026	0.0078
chrX	17946280	17946431	chrX:17946281-17946431	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0166	0.0131	0.015	0.0053	0.018	0.0285	0.0127	0.0053	0.0193	0.0145	0.0193	0.0116	0.026	0.0077	0.026	0.0078
chrX	17951530	17951681	chrX:17951531-17951681	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0064	0.0054	0.0036	0.0106	0.0042	0.0039	0.0112	0.0027	0.0042	0.0066	0.0035	0.0066	0.0023	0.0452	0.0045	0.0452	0.0021
chrX	17957443	17957594	chrX:17957444-17957594	FBgn0003380	Sh	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	none	0.0123	0.0044	0.0063	0.0279	0.0011	0.0019	0.0117	0.002	0.0011	0.0085	0.0029	0.0085	0.0093	0.0421	0.0058	0.0421	0.0182
chrX	17957673	17957824	chrX:17957674-17957824	FBgn0003380	Sh	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0112	0.0054	0.0053	0.0241	0	0.0044	0.013	0.002	0	0.006	0.0042	0.006	0.0039	0.0145	0.0026	0.0145	0.0094
chrX	17976704	17976855	chrX:17976705-17976855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0137	0.0166	0.0209	0.0032	0.0136	0.0242	0.012	0.0032	0.0139	0.0135	0.0139	0.0442	0.0123	0.0071	0.0123	0.0552
chrX	17978037	17978188	chrX:17978038-17978188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0214	0.0152	0.0264	0.0228	0.0042	0.0252	0.0173	0.014	0.0042	0.0145	0.0309	0.0145	0.055	0.0123	0.0258	0.0123	0.0453
chrX	17978874	17979045	chrX:17978875-17979045	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0277	0.0178	0.0326	0.0334	0.0064	0.0238	0.016	0.0286	0.0064	0.0229	0.0376	0.0229	0.0473	0.0237	0.0458	0.0237	0.0521
chrX	17979402	17979572	chrX:17979403-17979572	FBgn0030891	dik	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1653	0.1482	0.2055	0.1405	0.1092	0.1811	0.1505	0.1965	0.1092	0.2494	0.2219	0.2494	0.2146	0.1723	0.1599	0.1723	0.1954
chrX	17979686	17979876	chrX:17979687-17979876	FBgn0030891	dik	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1425	0.1345	0.1746	0.1161	0.0923	0.1568	0.1388	0.1892	0.0923	0.2168	0.1868	0.2168	0.1797	0.1325	0.1367	0.1325	0.1506
chrX	17979933	17980084	chrX:17979934-17980084	FBgn0030891	dik	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0329	0.0442	0.0299	0.0191	0.0316	0.048	0.0373	0.0191	0.0525	0.0502	0.0525	0.048	0.0245	0.0393	0.0245	0.0396
chrX	17984468	17984635	chrX:17984469-17984635	FBgn0030892	CG7206	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.065	0.0592	0.077	0.0583	0.0361	0.0709	0.0666	0.0813	0.0361	0.0888	0.0884	0.0888	0.0813	0.0613	0.058	0.0613	0.0818
chrX	17985219	17985407	chrX:17985220-17985407	FBgn0021765	scu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0806	0.0594	0.092	0.0918	0.0286	0.0806	0.0675	0.064	0.0286	0.1039	0.1039	0.1039	0.1061	0.0926	0.0922	0.0926	0.135
chrX	17985448	17985673	chrX:17985449-17985673	FBgn0021765	scu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0652	0.0552	0.0779	0.0625	0.0339	0.068	0.0644	0.0633	0.0339	0.0966	0.0862	0.0966	0.0829	0.0582	0.0567	0.0582	0.1073
chrX	17986561	17986731	chrX:17986562-17986731	FBgn0030893	RhoGAP16F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.043	0.0334	0.0551	0.0405	0.0159	0.0364	0.0359	0.054	0.0159	0.0779	0.0563	0.0779	0.0697	0.0482	0.0432	0.0482	0.0563
chrX	17986835	17987009	chrX:17986836-17987009	FBgn0030893	RhoGAP16F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.0715	0.1221	0.0831	0.053	0.0951	0.0627	0.0979	0.053	0.1516	0.1341	0.1516	0.1464	0.1064	0.0941	0.1064	0.1094
chrX	17987071	17987256	chrX:17987072-17987256	FBgn0030893	RhoGAP16F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0879	0.0745	0.1108	0.0778	0.0477	0.1097	0.0662	0.0933	0.0477	0.1449	0.1283	0.1449	0.1139	0.0911	0.0903	0.0911	0.1105
chrX	17988217	17988368	chrX:17988218-17988368	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0289	0.0197	0.0329	0.035	0.0064	0.0282	0.0212	0.022	0.0064	0.0284	0.0289	0.0284	0.0674	0.0322	0.0135	0.0322	0.0834
chrX	17988511	17988692	chrX:17988512-17988692	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0329	0.0217	0.0378	0.04	0.0053	0.033	0.0268	0.02	0.0053	0.0272	0.0235	0.0272	0.1146	0.0199	0.0155	0.0199	0.1126
chrX	17989192	17989352	chrX:17989193-17989352	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0262	0.0151	0.0273	0.0375	0.0074	0.016	0.0173	0.0227	0.0074	0.0157	0.0212	0.0157	0.0837	0.0145	0.0103	0.0145	0.1105
chrX	17994829	17994980	chrX:17994830-17994980	FBgn0030894	CG7192	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0478	0.026	0.0585	0.0603	0.0085	0.035	0.0277	0.0353	0.0085	0.0906	0.0559	0.0906	0.0751	0.1126	0.0574	0.1126	0.0724
chrX	17994981	17995197	chrX:17994982-17995197	FBgn0030894	CG7192	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0848	0.0556	0.1019	0.0987	0.0276	0.082	0.0519	0.0693	0.0276	0.1473	0.1074	0.1473	0.1007	0.1753	0.0986	0.1753	0.1136
chrX	17995261	17995472	chrX:17995262-17995472	FBgn0030894	CG7192	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1229	0.0951	0.1482	0.1263	0.0668	0.1214	0.0978	0.1266	0.0668	0.1872	0.1608	0.1872	0.1572	0.1623	0.1289	0.1623	0.1537
chrX	17995911	17996108	chrX:17995912-17996108	FBgn0022724	Taf8	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1027	0.0829	0.1322	0.0923	0.0562	0.1073	0.09	0.1013	0.0562	0.1691	0.1441	0.1691	0.1371	0.1003	0.0954	0.1003	0.1167
chrX	18004656	18004950	chrX:18004657-18004950	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0325	0.0577	0.0218	0.016	0.0445	0.0442	0.0939	0.06	0.0445	0.0187	0.0238	0.0187	0.0356	0.0268	0.0155	0.0268	0.0172
chrX	18008930	18009081	chrX:18008931-18009081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.015	0.0166	0.0105	0.0182	0.0074	0.0117	0.0285	0.0167	0.0074	0.0103	0.0113	0.0103	0.0116	0.072	0.0045	0.072	0.0078
chrX	18009811	18009962	chrX:18009812-18009962	distal	distal	stage14	stage14	wupA_IRE-0.89	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0097	0.0091	0.028	0.0064	0.0092	0.0147	0.0093	0.0064	0.0121	0.0096	0.0121	0.0093	0.1179	0.009	0.1179	0.0068
chrX	18010059	18010210	chrX:18010060-18010210	distal	distal	none	none	wupA_IRE-0.89	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0148	0.0086	0.0069	0.0305	0.0053	0.0092	0.0134	0.006	0.0053	0.0091	0.0064	0.0091	0.0046	0.1286	0.0116	0.1286	0.0057
chrX	18010930	18011081	chrX:18010931-18011081	FBgn0004028	wupA	stage14	none	TnI_URE2.0	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0189	0.0098	0.0102	0.0387	0.0021	0.0078	0.0195	0.0073	0.0021	0.0199	0.0071	0.0199	0.0147	0.1577	0.0116	0.1577	0.0156
chrX	18012631	18012782	chrX:18012632-18012782	distal	distal	stage14	stage14	TnI_URE2.0	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0042	0.0044	0.0258	0.0011	0.0078	0.0043	0.0047	0.0011	0.0091	0.0029	0.0091	0.0085	0.1141	0.0084	0.1141	0.0057
chrX	18023329	18023533	chrX:18023330-18023533	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0413	0.0394	0.0464	0.0379	0.0148	0.0451	0.0562	0.0353	0.0148	0.1051	0.037	0.1051	0.0302	0.1064	0.0219	0.1064	0.0323
chrX	18023810	18024006	chrX:18023811-18024006	FBgn0262607	CG43133	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0212	0.0196	0.0254	0.0184	0.0095	0.0209	0.0272	0.0207	0.0095	0.0471	0.0228	0.0471	0.0201	0.0406	0.0155	0.0406	0.0182
chrX	18030783	18031001	chrX:18030784-18031001	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT63621.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0752	0.0627	0.0925	0.0703	0.0414	0.0777	0.0636	0.0906	0.0414	0.1105	0.1	0.1105	0.1015	0.0636	0.0606	0.0636	0.1016
chrX	18031096	18031299	chrX:18031097-18031299	FBgn0017418	ari-1	stage11,stage14,stage5	none	VT63621.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.162	0.131	0.1938	0.1618	0.0891	0.1583	0.1484	0.1666	0.0891	0.2403	0.2071	0.2403	0.2029	0.1616	0.1631	0.1616	0.2001
chrX	18031406	18031557	chrX:18031407-18031557	FBgn0017418	ari-1	stage11,stage14,stage5	none	VT63621.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0756	0.0429	0.0916	0.0946	0.0201	0.0524	0.051	0.058	0.0201	0.1123	0.0984	0.1123	0.1069	0.1072	0.0999	0.1072	0.1131
chrX	18031645	18031827	chrX:18031646-18031827	FBgn0017418	ari-1	stage11,stage14,stage5	none	VT63621.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1428	0.0829	0.1784	0.1707	0.0435	0.117	0.0874	0.1019	0.0435	0.2132	0.2032	0.2132	0.1929	0.1853	0.1889	0.1853	0.1866
chrX	18031950	18032133	chrX:18031951-18032133	FBgn0017418,FBgn0262874	CG43229,ari-1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1015	0.0612	0.1308	0.1143	0.0286	0.0922	0.0562	0.0773	0.0286	0.1558	0.1508	0.1558	0.1363	0.111	0.1193	0.111	0.1292
chrX	18032383	18032578	chrX:18032384-18032578	FBgn0262874	CG43229	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0992	0.067	0.1266	0.1049	0.0498	0.0767	0.0757	0.0819	0.0498	0.1437	0.1424	0.1437	0.1425	0.1141	0.1128	0.1141	0.112
chrX	18032649	18032822	chrX:18032650-18032822	FBgn0262874	CG43229	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0346	0.0481	0.0331	0.0212	0.0359	0.0541	0.0313	0.0212	0.0634	0.0518	0.0634	0.0534	0.036	0.0413	0.036	0.0365
chrX	18049032	18049216	chrX:18049033-18049216	FBgn0030897	Frq1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0153	0.0083	0.0099	0.029	0.0042	0.0053	0.0177	0.0067	0.0042	0.0042	0.0093	0.0042	0.017	0.0199	0.0084	0.0199	0.0354
chrX	18053208	18053403	chrX:18053209-18053403	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.025	0.0246	0.0212	0.0295	0.0138	0.0233	0.0389	0.022	0.0138	0.0278	0.0154	0.0278	0.0387	0.0482	0.0142	0.0482	0.0255
chrX	18070132	18070283	chrX:18070133-18070283	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0042	0.0025	0.0023	0.0084	0.0011	0.0015	0.0048	0.0033	0.0011	0.0036	0.0013	0.0036	0.0023	0.0253	0.0052	0.0253	0.0052
chrX	18075244	18075395	chrX:18075245-18075395	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0059	0.0058	0.0082	0.0011	0.0049	0.0104	0.0067	0.0011	0.0066	0.0055	0.0066	0.007	0.0054	0.0019	0.0054	0.0042
chrX	18080029	18080180	chrX:18080030-18080180	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.004	0.0031	0.003	0.0061	0.0011	0.0024	0.0069	0.002	0.0011	0.0024	0.0026	0.0024	0.0023	0	0	0	0.0021
chrX	18100864	18101015	chrX:18100865-18101015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0197	0.0082	0.0284	0.023	0.0021	0.017	0.0091	0.002	0.0021	0.0888	0.0129	0.0888	0.0225	0.0636	0.009	0.0636	0.0271
chrX	18101152	18101517	chrX:18101153-18101517	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.065	0.034	0.1109	0.0493	0.0042	0.0864	0.0199	0.0187	0.0042	0.3315	0.0576	0.3315	0.0937	0.108	0.0251	0.108	0.0776
chrX	18101801	18101999	chrX:18101802-18101999	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_BN119-sm	Unspecified_BN119-sm	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0438	0.0231	0.0679	0.0407	0.0085	0.0539	0.0199	0.0087	0.0085	0.1926	0.0363	0.1926	0.0643	0.1187	0.0135	0.1187	0.0526
chrX	18102161	18102393	chrX:18102162-18102393	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	Unspecified_BN119-sm	Unspecified_BN119-sm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0882	0.0793	0.1154	0.0682	0.0445	0.1505	0.0683	0.0633	0.0445	0.3436	0.0537	0.3436	0.0968	0.2083	0.0245	0.2083	0.073
chrX	18102840	18102991	chrX:18102841-18102991	FBgn0030900	Him	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0468	0.0238	0.0688	0.0483	0.0053	0.0607	0.0156	0.0107	0.0053	0.2415	0.026	0.2415	0.0318	0.1623	0.0181	0.1623	0.0448
chrX	18103053	18103277	chrX:18103054-18103277	FBgn0030900	Him	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0652	0.0318	0.0984	0.066	0.0053	0.0908	0.0169	0.0107	0.0053	0.3605	0.0302	0.3605	0.038	0.2175	0.0213	0.2175	0.0646
chrX	18103389	18103546	chrX:18103390-18103546	FBgn0030900	Him	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.05	0.028	0.081	0.0407	0.0032	0.0777	0.016	0.012	0.0032	0.3104	0.0209	0.3104	0.0279	0.1424	0.0129	0.1424	0.0349
chrX	18108544	18108695	chrX:18108545-18108695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0091	0.0066	0.0088	0.0053	0.0078	0.0164	0.0087	0.0053	0.0139	0.0042	0.0139	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chrX	18122184	18122335	chrX:18122185-18122335	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.006	0.0052	0.0088	0.0032	0.0044	0.0108	0.006	0.0032	0.006	0.0055	0.006	0.0062	0.0046	0.0039	0.0046	0.0052
chrX	18133435	18133615	chrX:18133436-18133615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0891	0.0759	0.1185	0.0714	0.0424	0.0922	0.0926	0.0866	0.0424	0.1407	0.1428	0.1407	0.0953	0.0804	0.0703	0.0804	0.1001
chrX	18137468	18137678	chrX:18137469-18137678	FBgn0030904	upd2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1438	0.1562	0.172	0.099	0.1294	0.1845	0.1501	0.2272	0.1294	0.221	0.2338	0.221	0.11	0.1401	0.1515	0.1401	0.135
chrX	18137730	18138113	chrX:18137731-18138113	FBgn0030904	upd2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1385	0.181	0.1319	0.0985	0.1856	0.1767	0.2003	0.2418	0.1856	0.1087	0.1904	0.1087	0.1425	0.1034	0.1502	0.1034	0.1584
chrX	18139296	18139506	chrX:18139297-18139506	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0354	0.0249	0.0598	0.0205	0.0064	0.0481	0.019	0.0273	0.0064	0.0628	0.0633	0.0628	0.0837	0.0237	0.0129	0.0237	0.0422
chrX	18140912	18141255	chrX:18140913-18141255	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0307	0.0137	0.0273	0.0535	0.0042	0.0194	0.0169	0.0107	0.0042	0.0175	0.0302	0.0175	0.0519	0.0306	0.0426	0.0306	0.1266
chrX	18149933	18150087	chrX:18149934-18150087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0091	0.0292	0.0152	0.0011	0.0136	0.0104	0.0093	0.0011	0.0139	0.0569	0.0139	0.0155	0.0054	0.0374	0.0054	0.0182
chrX	18154216	18154442	chrX:18154217-18154442	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0629	0.1026	0.0721	0.0085	0.0689	0.0699	0.0817	0.2505	0.0689	0.029	0.1441	0.029	0.0101	0.0138	0.0123	0.0138	0.0057
chrX	18154570	18154850	chrX:18154571-18154850	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0454	0.0437	0.0713	0.0189	0.0106	0.0461	0.0363	0.0953	0.0106	0.0405	0.1431	0.0405	0.0139	0.0452	0.0245	0.0452	0.0083
chrX	18155618	18155802	chrX:18155619-18155802	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0229	0.0145	0.0291	0.0255	0.0074	0.0194	0.0164	0.016	0.0074	0.0223	0.0379	0.0223	0.0449	0.0237	0.0174	0.0237	0.0599
chrX	18155863	18156014	chrX:18155864-18156014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0128	0.0082	0.0194	0.0106	0.0032	0.0078	0.0125	0.0093	0.0032	0.0109	0.0312	0.0109	0.0139	0.0176	0.0142	0.0176	0.0109
chrX	18158194	18158345	chrX:18158195-18158345	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0279	0.0178	0.0576	0.0065	0	0.0243	0.0117	0.042	0	0.0139	0.127	0.0139	0.0077	0.0038	0.0213	0.0038	0.0021
chrX	18160851	18161002	chrX:18160852-18161002	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0194	0.0268	0.0239	0.0063	0.017	0.0228	0.0316	0.0433	0.017	0.0248	0.037	0.0248	0.0139	0.0038	0.0155	0.0038	0.0073
chrX	18161003	18161180	chrX:18161004-18161180	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0233	0.0258	0.0325	0.0106	0.0159	0.0282	0.0285	0.0373	0.0159	0.0308	0.0531	0.0308	0.0163	0.0015	0.0316	0.0015	0.0104
chrX	18164127	18164278	chrX:18164128-18164278	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0131	0.0093	0.0227	0.0067	0.0021	0.0102	0.0095	0.0173	0.0021	0.0145	0.0415	0.0145	0.0077	0.0092	0.0097	0.0092	0.0047
chrX	18164479	18164630	chrX:18164480-18164630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0098	0.0083	0.0164	0.0042	0.0021	0.0102	0.0108	0.012	0.0021	0.0097	0.0318	0.0097	0.0054	0.0061	0.0077	0.0061	0.001
chrX	18164937	18165088	chrX:18164938-18165088	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0123	0.0111	0.0201	0.005	0.0011	0.015	0.0112	0.0187	0.0011	0.0097	0.0399	0.0097	0.0085	0.0069	0.0064	0.0069	0.0057
chrX	18165109	18165260	chrX:18165110-18165260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0118	0.0096	0.0197	0.0057	0.0021	0.0092	0.0112	0.0173	0.0021	0.0097	0.0389	0.0097	0.0085	0.01	0.0064	0.01	0.0052
chrX	18176541	18176735	chrX:18176542-18176735	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0716	0.0353	0.0931	0.0886	0.0159	0.0573	0.0337	0.0386	0.0159	0.0749	0.1312	0.0749	0.1216	0.0819	0.1122	0.0819	0.1636
chrX	18179100	18179251	chrX:18179101-18179251	distal	distal	stage11	stage11	VT63702.1	VT63702.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0102	0.0487	0.0113	0.0042	0.017	0.0099	0.0093	0.0042	0.0181	0.0945	0.0181	0.0325	0.0046	0.0232	0.0046	0.0146
chrX	18179283	18179494	chrX:18179284-18179494	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT63702.1	VT63702.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0194	0.0688	0.0169	0.0074	0.0189	0.0242	0.0286	0.0074	0.0236	0.1334	0.0236	0.0411	0.0115	0.0329	0.0115	0.0219
chrX	18179582	18179912	chrX:18179583-18179912	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT63702.1	VT63702.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0543	0.0395	0.0978	0.0231	0.017	0.0471	0.045	0.052	0.017	0.0513	0.1759	0.0513	0.0519	0.0222	0.0509	0.0222	0.0203
chrX	18180193	18180344	chrX:18180194-18180344	distal	distal	none	none	VT63702.1,VT63703.1	VT63702.1,VT63703.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0163	0.0313	0.0079	0.0053	0.0155	0.0216	0.0253	0.0053	0.0181	0.0595	0.0181	0.0139	0.0069	0.0187	0.0069	0.0063
chrX	18181735	18181951	chrX:18181736-18181951	distal	distal	none	none	VT63703.1	VT63703.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0269	0.0323	0.04	0.0065	0.0117	0.0345	0.0268	0.0693	0.0117	0.0175	0.055	0.0175	0.0201	0.0023	0.0071	0.0023	0.0115
chrX	18182733	18182977	chrX:18182734-18182977	distal	distal	stage11	stage11	VT63704.1	VT63704.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0361	0.0403	0.0541	0.0117	0.0106	0.0723	0.0337	0.046	0.0106	0.035	0.0823	0.035	0.0372	0.013	0.0135	0.013	0.0115
chrX	18184800	18184995	chrX:18184801-18184995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0332	0.041	0.0445	0.0121	0.0191	0.0408	0.0515	0.0566	0.0191	0.0495	0.0675	0.0495	0.0294	0.013	0.0219	0.013	0.0167
chrX	18185111	18185357	chrX:18185112-18185357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0289	0.0273	0.0414	0.0171	0.0117	0.034	0.0303	0.036	0.0117	0.0622	0.0518	0.0622	0.0248	0.0429	0.0142	0.0429	0.0172
chrX	18186285	18186436	chrX:18186286-18186436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0151	0.0161	0.0208	0.0078	0.0064	0.0175	0.0216	0.0207	0.0064	0.0145	0.026	0.0145	0.0372	0.0069	0.0077	0.0069	0.0141
chrX	18188251	18188426	chrX:18188252-18188426	distal	distal	none	none	VT63707.1	VT63707.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0167	0.0325	0.0104	0.0058	0.0361	0.0204	0.0471	0.038	0.0361	0.0085	0.0129	0.0085	0.0039	0.0061	0.0064	0.0061	0.0047
chrX	18188511	18188662	chrX:18188512-18188662	distal	distal	none	none	VT63707.1	VT63707.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0155	0.0238	0.0147	0.0071	0.0138	0.0204	0.0359	0.0253	0.0138	0.0139	0.0177	0.0139	0.0163	0.0077	0.0058	0.0077	0.0073
chrX	18189997	18190148	chrX:18189998-18190148	distal	distal	stage14	stage14	VT63708.1	VT63708.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0117	0.0111	0.0136	0.0102	0.0074	0.0117	0.0151	0.0127	0.0074	0.0097	0.0228	0.0097	0.0101	0.0069	0.0297	0.0069	0.0047
chrX	18190759	18190918	chrX:18190760-18190918	distal	distal	stage5	stage5	VT63708.1	VT63708.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0298	0.0532	0.0247	0.0091	0.0127	0.0709	0.0294	0.1153	0.0127	0.0097	0.0453	0.0097	0.0139	0.0054	0.0226	0.0054	0.0073
chrX	18191088	18191239	chrX:18191089-18191239	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.022	0.0394	0.0188	0.0063	0.0064	0.0379	0.0285	0.0953	0.0064	0.0121	0.0331	0.0121	0.0093	0.0061	0.0129	0.0061	0.0042
chrX	18191333	18191484	chrX:18191334-18191484	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0311	0.0495	0.0321	0.0096	0.0117	0.0563	0.0484	0.0939	0.0117	0.0242	0.0511	0.0242	0.017	0.0084	0.0148	0.0084	0.0115
chrX	18191778	18192007	chrX:18191779-18192007	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0841	0.0716	0.0132	0.0361	0.1121	0.0761	0.1279	0.0361	0.0694	0.1055	0.0694	0.0232	0.0092	0.0219	0.0092	0.0099
chrX	18192011	18192569	chrX:18192012-18192569	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1144	0.1127	0.1679	0.0578	0.0488	0.1607	0.0969	0.1686	0.0488	0.1365	0.2704	0.1365	0.0968	0.0605	0.1231	0.0605	0.0479
chrX	18192754	18192905	chrX:18192755-18192905	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0271	0.0186	0.0458	0.0162	0.0106	0.0233	0.0203	0.024	0.0106	0.0272	0.083	0.0272	0.017	0.0161	0.0348	0.0161	0.0115
chrX	18192941	18193182	chrX:18192942-18193182	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0322	0.0712	0.0202	0.017	0.0442	0.0355	0.0393	0.017	0.0556	0.1257	0.0556	0.0209	0.0291	0.0348	0.0291	0.0167
chrX	18193344	18193728	chrX:18193345-18193728	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.06	0.0462	0.0867	0.0462	0.0212	0.0495	0.0584	0.0593	0.0212	0.0755	0.1379	0.0755	0.0519	0.1011	0.0587	0.1011	0.0412
chrX	18194407	18194583	chrX:18194408-18194583	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0576	0.1041	0.052	0.0117	0.1463	0.0558	0.1644	0.1059	0.1463	0.0501	0.0907	0.0501	0.0108	0.0214	0.0174	0.0214	0.0057
chrX	18194744	18195055	chrX:18194745-18195055	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1153	0.2069	0.1103	0.0184	0.2513	0.1248	0.2989	0.2405	0.2513	0.0755	0.2006	0.0755	0.0263	0.0207	0.0329	0.0207	0.0141
chrX	18197649	18197824	chrX:18197650-18197824	distal	distal	stage5	stage5	VT63713.1	VT63713.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0525	0.1321	0.0169	0.0025	0.1474	0.0626	0.1877	0.1972	0.1474	0.0127	0.0289	0.0127	0.0054	0.0046	6e-04	0.0046	0.0026
chrX	18197876	18198146	chrX:18197877-18198146	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_06,VT63713.1	Unspecified_HC_06,VT63713.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0834	0.2036	0.0321	0.0054	0.2375	0.0874	0.327	0.2485	0.2375	0.0187	0.0601	0.0187	0.0163	0.0038	0.0116	0.0038	0.0036
chrX	18198389	18198557	chrX:18198390-18198557	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_06,VT63713.1	Unspecified_HC_06,VT63713.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0407	0.0993	0.0146	0.0039	0.1241	0.0359	0.1856	0.0913	0.1241	0.0097	0.0254	0.0097	0.0054	0.0031	0.0077	0.0031	0.0031
chrX	18203392	18203620	chrX:18203393-18203620	FBgn0004956	os	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.165	0.2495	0.1816	0.0522	0.245	0.1835	0.3465	0.3098	0.245	0.1135	0.3164	0.1135	0.1162	0.0115	0.1941	0.0115	0.0141
chrX	18204747	18205015	chrX:18204748-18205015	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0551	0.1184	0.0357	0.0056	0.0573	0.1063	0.125	0.2165	0.0573	0.0393	0.0421	0.0393	0.0225	0.0046	0.0084	0.0046	0.0026
chrX	18205074	18205575	chrX:18205075-18205575	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1018	0.2284	0.0534	0.0134	0.2047	0.1956	0.2699	0.3351	0.2047	0.0562	0.0691	0.0562	0.0356	0.0115	0.0168	0.0115	0.0135
chrX	18206617	18206833	chrX:18206618-18206833	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1586	0.1436	0.2095	0.1195	0.1039	0.1413	0.1786	0.1912	0.1039	0.2506	0.2823	0.2506	0.2115	0.1508	0.1773	0.1508	0.1694
chrX	18209942	18210150	chrX:18209943-18210150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0181	0.0327	0.0407	0.0032	0.0214	0.0216	0.024	0.0032	0.0399	0.0334	0.0399	0.0488	0.0168	0.0393	0.0168	0.0964
chrX	18213999	18214177	chrX:18214000-18214177	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0105	0.0214	0.0515	0.0032	0.0121	0.0138	0.0133	0.0032	0.0133	0.0222	0.0133	0.0496	0.062	0.0741	0.062	0.0662
chrX	18214836	18214987	chrX:18214837-18214987	FBgn0030912	CG6023	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0176	0.0158	0.0176	0.0196	0.0032	0.0112	0.0311	0.0153	0.0032	0.0151	0.0209	0.0151	0.0263	0.0314	0.0348	0.0314	0.0141
chrX	18215065	18215364	chrX:18215066-18215364	FBgn0030912	CG6023	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0394	0.0393	0.0374	0.0416	0.0127	0.0379	0.0649	0.0393	0.0127	0.029	0.0508	0.029	0.0418	0.0521	0.0748	0.0521	0.036
chrX	18215478	18215677	chrX:18215479-18215677	FBgn0030912	CG6023	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0752	0.073	0.0805	0.0717	0.0297	0.0786	0.1012	0.0893	0.0297	0.0725	0.1019	0.0725	0.1015	0.0727	0.1025	0.0727	0.0818
chrX	18250210	18250412	chrX:18250211-18250412	FBgn0030913	CG6123	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0203	0.0196	0.0192	0.0223	0.0085	0.0214	0.032	0.016	0.0085	0.0513	0.0113	0.0513	0.0085	0.0084	0.0064	0.0084	0.0203
chrX	18251865	18252055	chrX:18251866-18252055	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.0379	0.0648	0.0941	0.0201	0.0466	0.045	0.0446	0.0201	0.0984	0.0527	0.0984	0.1092	0.1087	0.0974	0.1087	0.1355
chrX	18252433	18252584	chrX:18252434-18252584	FBgn0030914	CG6106	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0094	0.0061	0.0071	0.0156	0.0011	0.0044	0.0112	0.0067	0.0011	0.0085	0.0061	0.0085	0.0147	0.0345	0.0116	0.0345	0.0151
chrX	18252787	18252938	chrX:18252788-18252938	FBgn0030914	CG6106	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0153	0.0102	0.0132	0.0233	0.0042	0.0107	0.016	0.0093	0.0042	0.0199	0.0132	0.0199	0.0163	0.075	0.0148	0.075	0.0188
chrX	18258073	18258224	chrX:18258074-18258224	distal	distal	none	none	VT63747.1	VT63747.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0109	0.0037	0.0056	0.0248	0	0.0034	0.0056	0.0067	0	0.0036	0.0051	0.0036	0.0124	0.0115	0.0632	0.0115	0.0271
chrX	18260117	18260395	chrX:18260118-18260395	FBgn0014467	CrebB-17A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0715	0.0254	0.0457	0.1514	0.0095	0.0437	0.0311	0.0167	0.0095	0.0356	0.0434	0.0356	0.1022	0.2182	0.1792	0.2182	0.2319
chrX	18260424	18260642	chrX:18260425-18260642	FBgn0014467	CrebB-17A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0554	0.0138	0.0293	0.1306	0.0032	0.0252	0.0195	0.004	0.0032	0.0181	0.0235	0.0181	0.0798	0.1953	0.1367	0.1953	0.211
chrX	18261132	18261283	chrX:18261133-18261283	FBgn0014467	CrebB-17A	none	none	VT63749.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0267	0.0101	0.0174	0.0556	0.0011	0.016	0.016	0.0047	0.0011	0.0054	0.0125	0.0054	0.0558	0.0536	0.0554	0.0536	0.1084
chrX	18261472	18261623	chrX:18261473-18261623	distal	distal	none	none	VT63749.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0275	0.0106	0.0214	0.0529	0.0021	0.0126	0.0173	0.0067	0.0021	0.0115	0.0113	0.0115	0.0658	0.0536	0.0368	0.0536	0.1157
chrX	18262063	18262214	chrX:18262064-18262214	distal	distal	stage14	stage14	VT63749.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.0095	0.0175	0.0439	0.0032	0.0117	0.013	0.0093	0.0032	0.0072	0.0145	0.0072	0.0519	0.0207	0.04	0.0207	0.1063
chrX	18264829	18265029	chrX:18264830-18265029	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1781	0.1469	0.2239	0.1627	0.0944	0.1835	0.1527	0.1965	0.0944	0.2742	0.245	0.2742	0.2146	0.1792	0.1734	0.1792	0.1855
chrX	18265212	18265377	chrX:18265213-18265377	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2019	0.1714	0.247	0.1867	0.1071	0.2218	0.1674	0.2365	0.1071	0.3062	0.2701	0.3062	0.2324	0.1945	0.1902	0.1945	0.2095
chrX	18265482	18265688	chrX:18265483-18265688	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1701	0.1393	0.2077	0.1632	0.0859	0.1913	0.1362	0.1759	0.0859	0.2361	0.2428	0.2361	0.2076	0.1685	0.1818	0.1685	0.1892
chrX	18268544	18268756	chrX:18268545-18268756	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.072	0.0614	0.0869	0.0674	0.0212	0.0845	0.0584	0.0919	0.0212	0.0984	0.0974	0.0984	0.0937	0.0766	0.0503	0.0766	0.1063
chrX	18273796	18273979	chrX:18273797-18273979	FBgn0004957,FBgn0030915	CG6179,por	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1162	0.1123	0.1312	0.1042	0.0848	0.1369	0.1202	0.1466	0.0848	0.1661	0.1354	0.1661	0.1425	0.1072	0.1025	0.1072	0.1256
chrX	18274064	18274231	chrX:18274065-18274231	FBgn0004957,FBgn0030915	CG6179,por	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.0754	0.1016	0.0732	0.0551	0.0835	0.0874	0.1059	0.0551	0.1274	0.1055	0.1274	0.0968	0.072	0.0754	0.072	0.0902
chrX	18278958	18279109	chrX:18278959-18279109	FBgn0008635	betaCop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0511	0.0472	0.0633	0.0419	0.0276	0.0544	0.0545	0.0673	0.0276	0.0713	0.0746	0.0713	0.0674	0.0467	0.0419	0.0467	0.0604
chrX	18279186	18279370	chrX:18279187-18279370	FBgn0008635	betaCop	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1612	0.1343	0.2029	0.1454	0.088	0.1675	0.1488	0.1646	0.088	0.2361	0.2341	0.2361	0.196	0.1462	0.1625	0.1462	0.1793
chrX	18279451	18279602	chrX:18279452-18279602	FBgn0008635	betaCop	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0834	0.073	0.1019	0.0748	0.0403	0.0976	0.0792	0.0879	0.0403	0.122	0.117	0.122	0.0991	0.0681	0.0909	0.0681	0.0865
chrX	18279875	18280026	chrX:18279876-18280026	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0187	0.0168	0.0234	0.0157	0.0064	0.0165	0.0242	0.0193	0.0064	0.0193	0.0203	0.0193	0.0519	0.01	0.02	0.01	0.0229
chrX	18292315	18292466	chrX:18292316-18292466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0093	0.0087	0.0079	0.0116	0.0053	0.0092	0.0125	0.0113	0.0053	0.0079	0.009	0.0079	0.0116	0.0092	0.0077	0.0092	0.025
chrX	18298289	18298470	chrX:18298290-18298470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0065	0.0124	0.0343	0	0.0063	0.0117	0.0047	0	0.0054	0.009	0.0054	0.0403	0.026	0.0271	0.026	0.0808
chrX	18298666	18298847	chrX:18298667-18298847	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0536	0.0125	0.0355	0.1195	0.0011	0.0218	0.0151	0.01	0.0011	0.0205	0.0312	0.0205	0.096	0.1746	0.1393	0.1746	0.1949
chrX	18299217	18299410	chrX:18299218-18299410	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0382	0.0138	0.0246	0.0804	0.0042	0.0184	0.0164	0.0147	0.0042	0.0169	0.0203	0.0169	0.0674	0.1462	0.0709	0.1462	0.1292
chrX	18300376	18300527	chrX:18300377-18300527	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0163	0.019	0.0295	0.0053	0.0189	0.0225	0.0187	0.0053	0.0223	0.0148	0.0223	0.0403	0.0291	0.0206	0.0291	0.0657
chrX	18300598	18300749	chrX:18300599-18300749	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0196	0.0132	0.0154	0.0315	0.0074	0.0126	0.0195	0.016	0.0074	0.0157	0.0106	0.0157	0.0418	0.0168	0.0213	0.0168	0.0787
chrX	18303476	18303662	chrX:18303477-18303662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.034	0.0246	0.0327	0.0458	0.0117	0.0286	0.0346	0.0233	0.0117	0.0368	0.0354	0.0368	0.0534	0.0796	0.0413	0.0796	0.0646
chrX	18303718	18303920	chrX:18303719-18303920	FBgn0052549	CG32549	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0327	0.0207	0.0324	0.0467	0.0117	0.0243	0.0316	0.014	0.0117	0.0429	0.0309	0.0429	0.0527	0.0965	0.0303	0.0965	0.0589
chrX	18304123	18304328	chrX:18304124-18304328	FBgn0052549	CG32549	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.0373	0.0558	0.0741	0.0159	0.0466	0.0437	0.0446	0.0159	0.0779	0.055	0.0779	0.0806	0.1034	0.0671	0.1034	0.1016
chrX	18311846	18311997	chrX:18311847-18311997	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0128	0.0231	0.0093	0.0052	0.0223	0.0175	0.0337	0.0227	0.0223	0.0121	0.0093	0.0121	0.0132	0.0077	0.0058	0.0077	0.0047
chrX	18373667	18373900	chrX:18373668-18373900	FBgn0052547	CG32547	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0293	0.0092	0.0169	0.0655	0.0085	0.0097	0.0117	0.01	0.0085	0.0103	0.0113	0.0103	0.0457	0.0391	0.0542	0.0391	0.0844
chrX	18376692	18376843	chrX:18376693-18376843	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0097	0.0088	0.0072	0.0132	0.0064	0.0063	0.0151	0.0093	0.0064	0.0054	0.008	0.0054	0.0147	0.0046	0.0187	0.0046	0.0234
chrX	18377452	18377603	chrX:18377453-18377603	FBgn0030925	CG6361	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.015	0.0077	0.0141	0.0242	0.0011	0.0121	0.0099	0.0067	0.0011	0.0048	0.0167	0.0048	0.0325	0.0054	0.038	0.0054	0.0474
chrX	18377737	18378004	chrX:18377738-18378004	FBgn0030925	CG6361	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0293	0.0136	0.0287	0.0475	0.0021	0.0189	0.0156	0.0187	0.0021	0.0115	0.0492	0.0115	0.0302	0.0061	0.1302	0.0061	0.0599
chrX	18380898	18381049	chrX:18380899-18381049	FBgn0030926	psh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0131	0.0161	0.023	0.0053	0.016	0.0186	0.0133	0.0053	0.0091	0.0273	0.0091	0.0108	0.0069	0.0729	0.0069	0.0162
chrX	18383625	18383776	chrX:18383626-18383776	FBgn0030927	CG15046	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0056	0.0094	0.018	0.0011	0.0078	0.0082	0.004	0.0011	0.0036	0.0141	0.0036	0.0124	0.0061	0.0458	0.0061	0.0198
chrX	18387777	18387928	chrX:18387778-18387928	FBgn0030929	CG15043	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0175	0.0113	0.0214	0.0199	0.0021	0.0146	0.0143	0.0153	0.0021	0.0169	0.0251	0.0169	0.0333	0.0138	0.0277	0.0138	0.038
chrX	18388234	18388385	chrX:18388235-18388385	FBgn0030929	CG15043	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0109	0.0092	0.0118	0.0118	0.0042	0.0102	0.0117	0.0127	0.0042	0.0133	0.0148	0.0133	0.0108	0.0046	0.0103	0.0046	0.0271
chrX	18388545	18388696	chrX:18388546-18388696	FBgn0030929	CG15043	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0126	0.0098	0.0146	0.0135	0.0064	0.0107	0.0125	0.0133	0.0064	0.0121	0.0193	0.0121	0.0186	0.0077	0.0123	0.0077	0.0266
chrX	18389627	18389805	chrX:18389628-18389805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0481	0.0477	0.0654	0.0295	0.0106	0.0597	0.048	0.0806	0.0106	0.07	0.081	0.07	0.0527	0.0452	0.0329	0.0452	0.0292
chrX	18392774	18392925	chrX:18392775-18392925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.026	0.0246	0.0324	0.0206	0.0064	0.0291	0.0311	0.0333	0.0064	0.0284	0.0486	0.0284	0.0256	0.01	0.0484	0.01	0.0125
chrX	18393560	18393743	chrX:18393561-18393743	FBgn0030930,FBgn0030931	GalNAc-T2,Rad51D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0603	0.0486	0.0775	0.0543	0.0255	0.0621	0.0446	0.0773	0.0255	0.064	0.1064	0.064	0.062	0.0452	0.0948	0.0452	0.0615
chrX	18393803	18394003	chrX:18393804-18394003	FBgn0030930,FBgn0030931	GalNAc-T2,Rad51D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1362	0.123	0.1727	0.111	0.0668	0.1553	0.1215	0.1759	0.0668	0.1957	0.2051	0.1957	0.158	0.108	0.1367	0.108	0.1303
chrX	18394065	18394246	chrX:18394066-18394246	FBgn0030930,FBgn0030931	GalNAc-T2,Rad51D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.098	0.0874	0.1313	0.0732	0.0562	0.1102	0.0861	0.1186	0.0562	0.1371	0.1572	0.1371	0.1348	0.0743	0.0851	0.0743	0.0813
chrX	18398965	18399168	chrX:18398966-18399168	FBgn0010194	Wnt5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0763	0.0571	0.1022	0.0693	0.0276	0.082	0.0506	0.0806	0.0276	0.1039	0.1206	0.1039	0.0899	0.0689	0.0812	0.0689	0.0813
chrX	18399365	18399548	chrX:18399366-18399548	FBgn0010194	Wnt5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1718	0.1378	0.2189	0.1582	0.0785	0.1893	0.1116	0.2092	0.0785	0.2639	0.2408	0.2639	0.1952	0.1577	0.1644	0.1577	0.1813
chrX	18399735	18399886	chrX:18399736-18399886	FBgn0010194	Wnt5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0708	0.0641	0.1005	0.0458	0.0286	0.0927	0.0545	0.0946	0.0286	0.1232	0.1251	0.1232	0.0689	0.0413	0.0567	0.0413	0.0427
chrX	18400229	18400380	chrX:18400230-18400380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0315	0.0227	0.0462	0.0252	0.0053	0.0248	0.0255	0.0393	0.0053	0.0411	0.0675	0.0411	0.0302	0.0299	0.0419	0.0299	0.0182
chrX	18400494	18400645	chrX:18400495-18400645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0466	0.0378	0.0674	0.0336	0.0085	0.0456	0.0446	0.056	0.0085	0.0604	0.0929	0.0604	0.0503	0.0337	0.0393	0.0337	0.0323
chrX	18400736	18400923	chrX:18400737-18400923	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1303	0.1031	0.1704	0.1166	0.0318	0.1549	0.0908	0.1552	0.0318	0.2114	0.1994	0.2114	0.1418	0.1286	0.1341	0.1286	0.1178
chrX	18401068	18401291	chrX:18401069-18401291	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1704	0.1225	0.2175	0.1721	0.0477	0.1898	0.096	0.1839	0.0477	0.2772	0.2376	0.2772	0.1998	0.1953	0.207	0.1953	0.1761
chrX	18406432	18406714	chrX:18406433-18406714	FBgn0030932	Ggt-1	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0678	0.0637	0.064	0.0767	0.053	0.0587	0.0882	0.072	0.053	0.0483	0.0749	0.0483	0.0875	0.0337	0.1328	0.0337	0.1016
chrX	18409314	18409519	chrX:18409315-18409519	FBgn0027087,FBgn0030933,FBgn0030935	Aats-his,CG15048,CG6470	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.105	0.0854	0.1237	0.1065	0.0488	0.1053	0.0978	0.1079	0.0488	0.1377	0.1322	0.1377	0.1162	0.0972	0.098	0.0972	0.1261
chrX	18409726	18409971	chrX:18409727-18409971	FBgn0027087,FBgn0030935	Aats-his,CG15048	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1035	0.0747	0.1202	0.1175	0.0276	0.1092	0.0735	0.0959	0.0276	0.1153	0.1238	0.1153	0.1185	0.0957	0.0967	0.0957	0.1287
chrX	18410085	18410283	chrX:18410086-18410283	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.166	0.1608	0.1812	0.155	0.0986	0.1951	0.1765	0.2112	0.0986	0.1957	0.2058	0.1957	0.1572	0.1554	0.1663	0.1554	0.1787
chrX	18410376	18410577	chrX:18410377-18410577	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0785	0.0918	0.0858	0.0557	0.0604	0.1097	0.0999	0.1179	0.0604	0.0797	0.1077	0.0797	0.0798	0.0521	0.069	0.0521	0.0604
chrX	18410606	18410809	chrX:18410607-18410809	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0643	0.0332	0.0816	0.0801	0.0138	0.0481	0.0355	0.04	0.0138	0.0676	0.1061	0.0676	0.0806	0.0513	0.1354	0.0513	0.0922
chrX	18411347	18411498	chrX:18411348-18411498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0368	0.0255	0.0504	0.0344	0.0106	0.0369	0.0285	0.0306	0.0106	0.0501	0.0643	0.0501	0.048	0.0237	0.0503	0.0237	0.0459
chrX	18411582	18411741	chrX:18411583-18411741	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0827	0.054	0.1179	0.076	0.0191	0.0777	0.058	0.0686	0.0191	0.1389	0.1386	0.1389	0.1077	0.0957	0.0858	0.0957	0.1021
chrX	18414528	18414686	chrX:18414529-18414686	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0471	0.0375	0.0626	0.0408	0.0159	0.0451	0.0428	0.0513	0.0159	0.0731	0.0711	0.0731	0.0674	0.0559	0.0464	0.0559	0.0646
chrX	18416858	18417276	chrX:18416859-18417276	FBgn0030936	CG6481	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.056	0.0366	0.0764	0.0553	0.017	0.051	0.0363	0.0466	0.017	0.0725	0.0576	0.0725	0.055	0.0375	0.0258	0.0375	0.0474
chrX	18417657	18418037	chrX:18417658-18418037	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0677	0.051	0.0992	0.0518	0.0233	0.0675	0.0549	0.0646	0.0233	0.0803	0.0846	0.0803	0.0852	0.0337	0.0413	0.0337	0.0485
chrX	18418669	18418883	chrX:18418670-18418883	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0291	0.0179	0.0372	0.0327	0.0042	0.0282	0.0238	0.0147	0.0042	0.0223	0.0232	0.0223	0.0256	0.0222	0.009	0.0222	0.025
chrX	18419252	18419447	chrX:18419253-18419447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0126	0.0279	0.0292	0.0011	0.0155	0.0199	0.0107	0.0011	0.0181	0.0167	0.0181	0.0163	0.0161	0.0084	0.0161	0.0167
chrX	18423990	18424141	chrX:18423991-18424141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0128	0.0316	0.0149	0.0064	0.0146	0.0164	0.0173	0.0064	0.0242	0.0296	0.0242	0.0178	0.01	0.0071	0.01	0.0109
chrX	18424206	18424409	chrX:18424207-18424409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0145	0.0327	0.0217	0.0064	0.0199	0.0186	0.016	0.0064	0.026	0.0248	0.026	0.0349	0.0123	0.0123	0.0123	0.0151
chrX	18424889	18425084	chrX:18424890-18425084	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0295	0.0335	0.0416	0.0118	0.0138	0.0369	0.0316	0.0646	0.0138	0.0302	0.0437	0.0302	0.0465	0.0092	0.009	0.0092	0.0125
chrX	18425126	18425277	chrX:18425127-18425277	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0202	0.0221	0.0283	0.0093	0.0106	0.0248	0.0229	0.0373	0.0106	0.0169	0.026	0.0169	0.0263	0.0054	0.0084	0.0054	0.0068
chrX	18426252	18426403	chrX:18426253-18426403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0147	0.012	0.017	0.0153	0.0042	0.0146	0.0143	0.016	0.0042	0.0248	0.0154	0.0248	0.0108	0.0299	0.0077	0.0299	0.0089
chrX	18426768	18426919	chrX:18426769-18426919	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0081	0.0137	0.0152	0.0032	0.0068	0.0125	0.012	0.0032	0.0066	0.0103	0.0066	0.0077	0.01	0.0052	0.01	0.0052
chrX	18427685	18427864	chrX:18427686-18427864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0093	0.0272	0.0214	0.0042	0.0083	0.0134	0.0133	0.0042	0.0211	0.0264	0.0211	0.0163	0.0245	0.011	0.0245	0.013
chrX	18428441	18428764	chrX:18428442-18428764	FBgn0000242	Bx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1406	0.0722	0.207	0.1441	0.0403	0.0913	0.0692	0.1119	0.0403	0.2289	0.2624	0.2289	0.1782	0.1531	0.1528	0.1531	0.1417
chrX	18428904	18429097	chrX:18428905-18429097	FBgn0000242	Bx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0353	0.0359	0.0428	0.0266	0.035	0.0286	0.0467	0.0506	0.035	0.0344	0.0592	0.0344	0.0341	0.013	0.0368	0.013	0.0271
chrX	18429578	18429762	chrX:18429579-18429762	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0461	0.0254	0.0123	0.0339	0.0393	0.0623	0.0613	0.0339	0.026	0.028	0.026	0.0209	0.0138	0.011	0.0138	0.0156
chrX	18431261	18431412	chrX:18431262-18431412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0121	0.0313	0.011	0.0032	0.0155	0.0169	0.012	0.0032	0.0338	0.0457	0.0338	0.0201	0.0061	0.0245	0.0061	0.0083
chrX	18433343	18433494	chrX:18433344-18433494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0091	0.0066	0.0103	0.0106	0.0011	0.0058	0.0117	0.0067	0.0011	0.0145	0.0119	0.0145	0.0093	0.0383	0.0084	0.0383	0.0031
chrX	18438434	18438585	chrX:18438435-18438585	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0123	0.0075	0.0142	0.0157	0.0032	0.0053	0.0151	0.006	0.0032	0.0072	0.0232	0.0072	0.0093	0.0214	0.0303	0.0214	0.0078
chrX	18438876	18439081	chrX:18438877-18439081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0069	0.0199	0.0393	0.0021	0.0102	0.0117	0.0033	0.0021	0.0151	0.0277	0.0151	0.0217	0.1133	0.0516	0.1133	0.0125
chrX	18439166	18439346	chrX:18439167-18439346	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0204	0.008	0.0169	0.0382	0.0021	0.0121	0.0125	0.0047	0.0021	0.0145	0.0257	0.0145	0.0132	0.1103	0.049	0.1103	0.0115
chrX	18441125	18441276	chrX:18441126-18441276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0152	0.011	0.0168	0.0182	0	0.0146	0.0156	0.0133	0	0.0103	0.0122	0.0103	0.0124	0.0191	0.02	0.0191	0.0229
chrX	18441493	18441644	chrX:18441494-18441644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0176	0.0145	0.015	0.024	0.0042	0.0155	0.0199	0.0167	0.0042	0.0115	0.0174	0.0115	0.0093	0.0513	0.0213	0.0513	0.0177
chrX	18441888	18442084	chrX:18441889-18442084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0277	0.0242	0.0241	0.0355	0.018	0.0204	0.0415	0.0187	0.018	0.0151	0.0293	0.0151	0.024	0.0551	0.0419	0.0551	0.0406
chrX	18442226	18442377	chrX:18442227-18442377	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0138	0.0107	0.0127	0.0184	0.0042	0.0087	0.0203	0.0087	0.0042	0.0103	0.0158	0.0103	0.0124	0.0199	0.0316	0.0199	0.0167
chrX	18442639	18442790	chrX:18442640-18442790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.013	0.008	0.0124	0.0194	0	0.0087	0.0125	0.0093	0	0.0139	0.0074	0.0139	0.0256	0.0107	0.0148	0.0107	0.0453
chrX	18444230	18444394	chrX:18444231-18444394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0088	0.01	0.0082	0.0011	0.0063	0.0177	0.0067	0.0011	0.0048	0.0109	0.0048	0.0031	0.0061	0.0032	0.0061	0.0052
chrX	18444451	18444602	chrX:18444452-18444602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0108	0.0112	0.0115	0.0096	0.0011	0.0097	0.0242	0.0073	0.0011	0.0121	0.0096	0.0121	0.0062	0.0038	0.009	0.0038	0.0042
chrX	18459304	18459567	chrX:18459305-18459567	FBgn0052546	tRNA:CR32546	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0332	0.0434	0.0353	0.0195	0.0255	0.0442	0.051	0.0633	0.0255	0.0344	0.0344	0.0344	0.0341	0.0191	0.0213	0.0191	0.0287
chrX	18459739	18459931	chrX:18459740-18459931	FBgn0052546	tRNA:CR32546	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0729	0.1088	0.0726	0.0331	0.1082	0.1121	0.1163	0.1452	0.1082	0.0827	0.064	0.0827	0.1007	0.0306	0.0264	0.0306	0.0594
chrX	18459960	18460144	chrX:18459961-18460144	FBgn0052546	tRNA:CR32546	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0931	0.11	0.1056	0.0604	0.1018	0.1189	0.1185	0.1386	0.1018	0.1226	0.1042	0.1226	0.1224	0.0513	0.0696	0.0513	0.0964
chrX	18460246	18460419	chrX:18460247-18460419	FBgn0052546	tRNA:CR32546	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0279	0.0299	0.0316	0.0216	0.0191	0.0306	0.035	0.038	0.0191	0.0326	0.0315	0.0326	0.0449	0.0184	0.0213	0.0184	0.0365
chrX	18467086	18467352	chrX:18467087-18467352	distal	distal	none	none	VT63856.1	VT63856.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0071	0.014	0.0173	0.0021	0.0053	0.0117	0.0087	0.0021	0.0079	0.0145	0.0079	0.0046	0.0046	0.0052	0.0046	0.0104
chrX	18467554	18467705	chrX:18467555-18467705	distal	distal	none	none	VT63856.1	VT63856.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0071	0.0105	0.0132	0.0021	0.0068	0.0108	0.0093	0.0021	0.0097	0.0096	0.0097	0.0093	0.0069	0.0026	0.0069	0.0068
chrX	18469320	18469471	chrX:18469321-18469471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.0047	0.0061	0.017	0.0042	0.0029	0.0099	0.002	0.0042	0.0072	0.0048	0.0072	0.0023	0.0023	0.0032	0.0023	0.0073
chrX	18471700	18471851	chrX:18471701-18471851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0079	0.007	0.0099	0.0042	0.0083	0.0125	0.0053	0.0042	0.0103	0.0061	0.0103	0.0031	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chrX	18479336	18479487	chrX:18479337-18479487	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0172	0.0289	0.0154	0.0061	0.0297	0.0286	0.0324	0.0386	0.0297	0.0217	0.017	0.0217	0.0077	0.0015	0.0058	0.0015	0.0021
chrX	18480080	18480231	chrX:18480081-18480231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0117	0.0123	0.0108	0.012	0.0053	0.0107	0.0242	0.008	0.0053	0.0115	0.0074	0.0115	0.0031	0.0038	0.0019	0.0038	0.0021
chrX	18481420	18481619	chrX:18481421-18481619	FBgn0263503	CR43492	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.025	0.0267	0.0379	0.0091	0.0095	0.0374	0.0268	0.034	0.0095	0.0737	0.0434	0.0737	0.0085	0.0092	0.0045	0.0092	0.0036
chrX	18484013	18484164	chrX:18484014-18484164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.009	0.0081	0.0084	0.0107	0.0042	0.0078	0.0112	0.0093	0.0042	0.0169	0.0068	0.0169	0.0031	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chrX	18485364	18485515	chrX:18485365-18485515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.009	0.0074	0.0113	0.0084	0.0032	0.0092	0.0099	0.008	0.0032	0.0223	0.01	0.0223	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0021
chrX	18485802	18485953	chrX:18485803-18485953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0102	0.0124	0.01	0.0021	0.0136	0.0169	0.006	0.0021	0.0211	0.0071	0.0211	0.0101	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chrX	18507398	18507549	chrX:18507399-18507549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0095	0.0052	0.01	0.0053	0.0121	0.0117	0.0107	0.0053	0.0048	0.0061	0.0048	8e-04	8e-04	0.0013	8e-04	0.0026
chrX	18507806	18507957	chrX:18507807-18507957	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0075	0.0043	0.0078	0.0011	0.0078	0.0117	0.0093	0.0011	0.0036	0.0039	0.0036	0.0031	0.0046	0.0013	0.0046	0.001
chrX	18508325	18508476	chrX:18508326-18508476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.008	0.007	0.0121	0.0011	0.0092	0.0134	0.0073	0.0011	0.0079	0.0058	0.0079	0.0062	0.01	0.0039	0.01	0.0026
chrX	18515628	18515859	chrX:18515629-18515859	FBgn0262981	CG43289	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0995	0.0785	0.1263	0.0934	0.0477	0.1058	0.083	0.0866	0.0477	0.131	0.1502	0.131	0.1185	0.1126	0.0999	0.1126	0.0688
chrX	18515988	18516173	chrX:18515989-18516173	FBgn0262981	CG43289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.0961	0.1504	0.0901	0.0594	0.1311	0.0917	0.1339	0.0594	0.1932	0.1691	0.1932	0.1356	0.1118	0.0883	0.1118	0.0719
chrX	18517836	18517987	chrX:18517837-18517987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0215	0.0168	0.028	0.0196	0.0053	0.0209	0.0216	0.0187	0.0053	0.0507	0.0334	0.0507	0.0139	0.0429	0.0174	0.0429	0.0151
chrX	18519595	18519746	chrX:18519596-18519746	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0168	0.0308	0.0131	0.0053	0.0053	0.0684	0.0182	0.0326	0.0053	0.029	0.0145	0.029	0.0015	0.0123	0.0045	0.0123	0.0031
chrX	18521087	18521429	chrX:18521088-18521429	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0779	0.0733	0.1181	0.039	0.0382	0.1311	0.0519	0.0853	0.0382	0.1902	0.1466	0.1902	0.0674	0.1256	0.0361	0.1256	0.0141
chrX	18521480	18521631	chrX:18521481-18521631	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0272	0.0211	0.0445	0.015	0.0085	0.0369	0.0186	0.0233	0.0085	0.061	0.0608	0.061	0.0279	0.0413	0.0206	0.0413	0.0063
chrX	18522274	18522425	chrX:18522275-18522425	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0151	0.0125	0.0231	0.0092	0.0042	0.0184	0.016	0.0113	0.0042	0.0236	0.0357	0.0236	0.0108	0.0123	0.0168	0.0123	0.0063
chrX	18527184	18527343	chrX:18527185-18527343	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.037	0.0447	0.0466	0.0178	0.0233	0.0728	0.0372	0.0533	0.0233	0.0864	0.0473	0.0864	0.0333	0.0391	0.0161	0.0391	0.0162
chrX	18527403	18527610	chrX:18527404-18527610	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0369	0.04	0.0496	0.0195	0.0191	0.0689	0.0342	0.0433	0.0191	0.1105	0.0428	0.1105	0.0333	0.0436	0.0148	0.0436	0.0193
chrX	18528505	18528660	chrX:18528506-18528660	FBgn0030941	wgn	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0376	0.0351	0.0476	0.0294	0.0159	0.0553	0.032	0.042	0.0159	0.0719	0.0527	0.0719	0.0426	0.0375	0.049	0.0375	0.0349
chrX	18528821	18529065	chrX:18528822-18529065	FBgn0030941	wgn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1774	0.156	0.2266	0.1472	0.1188	0.218	0.1276	0.2079	0.1188	0.3152	0.2569	0.3152	0.2045	0.1983	0.1908	0.1983	0.2027
chrX	18529367	18529564	chrX:18529368-18529564	FBgn0030941	wgn	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1435	0.1266	0.1695	0.1337	0.0795	0.1519	0.138	0.1619	0.0795	0.2047	0.1884	0.2047	0.1479	0.1417	0.1444	0.1417	0.1668
chrX	18529688	18529875	chrX:18529689-18529875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0495	0.0471	0.0584	0.0425	0.0286	0.0631	0.0493	0.0553	0.0286	0.0676	0.0633	0.0676	0.0635	0.0391	0.049	0.0391	0.0521
chrX	18530452	18530656	chrX:18530453-18530656	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0498	0.0277	0.0589	0.0646	0.0064	0.0447	0.0268	0.036	0.0064	0.0652	0.0624	0.0652	0.0581	0.0658	0.0419	0.0658	0.0823
chrX	18534488	18534639	chrX:18534489-18534639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0158	0.0135	0.0168	0.0173	0.0053	0.0146	0.0229	0.012	0.0053	0.0229	0.0203	0.0229	0.0155	0.0092	0.0174	0.0092	0.0354
chrX	18534718	18534869	chrX:18534719-18534869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0177	0.0133	0.0179	0.0224	0.0042	0.0146	0.0182	0.0193	0.0042	0.0278	0.018	0.0278	0.0139	0.0115	0.0181	0.0115	0.0469
chrX	18536996	18537147	chrX:18536997-18537147	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0267	0.0218	0.0302	0.0283	0.0138	0.0228	0.0255	0.0313	0.0138	0.0187	0.0379	0.0187	0.0217	0.0398	0.0561	0.0398	0.0182
chrX	18537444	18537622	chrX:18537445-18537622	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0434	0.0206	0.0449	0.0671	0.0032	0.0301	0.0247	0.0213	0.0032	0.035	0.0675	0.035	0.0349	0.1332	0.1141	0.1332	0.0459
chrX	18538501	18538652	chrX:18538502-18538652	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0113	0.0272	0.0234	0.0064	0.0112	0.016	0.0127	0.0064	0.0187	0.0428	0.0187	0.0232	0.0153	0.0651	0.0153	0.0172
chrX	18539417	18539568	chrX:18539418-18539568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0342	0.0439	0.0359	0.0214	0.0223	0.0383	0.045	0.0839	0.0223	0.0229	0.054	0.0229	0.0372	0.0291	0.0342	0.0291	0.0146
chrX	18539975	18540172	chrX:18539976-18540172	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0607	0.0961	0.0551	0.0273	0.0817	0.085	0.1202	0.1319	0.0817	0.0616	0.0611	0.0616	0.0573	0.0291	0.0297	0.0291	0.0203
chrX	18540926	18541156	chrX:18540927-18541156	FBgn0027335	Rip11	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0685	0.0573	0.0858	0.062	0.0414	0.065	0.0631	0.0766	0.0414	0.0912	0.0936	0.0912	0.1208	0.0628	0.0799	0.0628	0.0823
chrX	18541207	18541452	chrX:18541208-18541452	FBgn0027335	Rip11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1444	0.1335	0.1959	0.1001	0.0923	0.1612	0.1414	0.1872	0.0923	0.276	0.2167	0.276	0.1658	0.1133	0.1251	0.1133	0.1089
chrX	18541472	18541694	chrX:18541473-18541694	FBgn0027335	Rip11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1845	0.1584	0.2296	0.1642	0.0976	0.1835	0.1765	0.2199	0.0976	0.2965	0.2514	0.2965	0.206	0.193	0.1805	0.193	0.1939
chrX	18541894	18542045	chrX:18541895-18542045	FBgn0027335,FBgn0030943	CG6540,Rip11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0594	0.067	0.0398	0.0276	0.0675	0.0792	0.0693	0.0276	0.0857	0.0746	0.0857	0.0581	0.0413	0.0496	0.0413	0.0401
chrX	18542144	18542307	chrX:18542145-18542307	FBgn0030943	CG6540	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.123	0.116	0.1472	0.1043	0.0689	0.1413	0.1401	0.1366	0.0689	0.1914	0.1669	0.1914	0.1356	0.1087	0.1212	0.1087	0.1146
chrX	18544414	18544587	chrX:18544415-18544587	FBgn0030944	CG6617	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1074	0.1083	0.1291	0.0827	0.087	0.1257	0.1189	0.1379	0.087	0.1715	0.1428	0.1715	0.1201	0.0972	0.0774	0.0972	0.1094
chrX	18547042	18547217	chrX:18547043-18547217	FBgn0030945	Ing3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1181	0.1079	0.1376	0.1081	0.0785	0.1262	0.1341	0.1199	0.0785	0.157	0.1556	0.157	0.1371	0.1118	0.1231	0.1118	0.123
chrX	18547513	18547715	chrX:18547514-18547715	FBgn0030945	Ing3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0575	0.0399	0.0562	0.0787	0.0138	0.0476	0.0549	0.0466	0.0138	0.055	0.0633	0.055	0.0751	0.0513	0.0767	0.0513	0.1079
chrX	18548426	18548603	chrX:18548427-18548603	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0517	0.0393	0.0754	0.0395	0.0064	0.0602	0.0324	0.058	0.0064	0.1081	0.0797	0.1081	0.0689	0.0383	0.0426	0.0383	0.05
chrX	18551240	18551416	chrX:18551241-18551416	FBgn0001079,FBgn0030946	CG6659,fu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1251	0.0976	0.1579	0.12	0.0594	0.1223	0.0952	0.1379	0.0594	0.2138	0.165	0.2138	0.1479	0.1279	0.1173	0.1279	0.1449
chrX	18551684	18551862	chrX:18551685-18551862	FBgn0001079,FBgn0030946	CG6659,fu	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1335	0.114	0.1596	0.1266	0.0806	0.1476	0.1112	0.1459	0.0806	0.2023	0.1775	0.2023	0.1479	0.1394	0.1251	0.1394	0.1579
chrX	18559970	18560188	chrX:18559971-18560188	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0392	0.0184	0.0539	0.0461	0.0074	0.0282	0.0177	0.0233	0.0074	0.0513	0.0743	0.0513	0.0705	0.0207	0.0748	0.0207	0.0912
chrX	18560224	18560375	chrX:18560225-18560375	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0278	0.0207	0.034	0.029	0.0127	0.0223	0.0255	0.0286	0.0127	0.0308	0.0424	0.0308	0.0519	0.0153	0.0393	0.0153	0.0584
chrX	18562321	18562579	chrX:18562322-18562579	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0452	0.0687	0.0376	0.0274	0.0551	0.0413	0.106	0.0906	0.0551	0.0157	0.0624	0.0157	0.0457	0.0069	0.0799	0.0069	0.0208
chrX	18564441	18564592	chrX:18564442-18564592	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0125	0.0115	0.0081	0.0185	0.0095	0.0092	0.0199	0.0113	0.0095	0.0048	0.0145	0.0048	0.0031	0.0038	0.0567	0.0038	0.0115
chrX	18567345	18567496	chrX:18567346-18567496	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0144	0.0107	0.0117	0.0216	0.0042	0.0087	0.0221	0.0073	0.0042	0.0048	0.0199	0.0048	0.0101	0.0077	0.0741	0.0077	0.0099
chrX	18567736	18567887	chrX:18567737-18567887	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0106	0.0081	0.0136	0.0021	0.0092	0.0199	0.01	0.0021	0.0024	0.0132	0.0024	0.0093	0.0031	0.0484	0.0031	0.0036
chrX	18569465	18569647	chrX:18569466-18569647	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0161	0.0216	0.0241	0.0053	0.018	0.0234	0.016	0.0053	0.0054	0.0408	0.0054	0.0155	0.0038	0.087	0.0038	0.0078
chrX	18570726	18570877	chrX:18570727-18570877	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0104	0.0069	0.0071	0.0178	0.0032	0.0063	0.0091	0.0107	0.0032	0.0036	0.0113	0.0036	0.007	0.0015	0.0677	0.0015	0.0078
chrX	18571603	18571754	chrX:18571604-18571754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0113	0.011	0.0085	0.0149	0.0021	0.0107	0.0208	0.01	0.0021	0.0012	0.0154	0.0012	0.0093	0.0023	0.0548	0.0023	0.0057
chrX	18577625	18577776	chrX:18577626-18577776	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0142	0.0121	0.0252	0.0064	0.0146	0.0234	0.0147	0.0064	0.0079	0.0129	0.0079	0.0248	0.0207	0.0239	0.0207	0.0505
chrX	18578964	18579481	chrX:18578965-18579481	FBgn0004959	phm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0928	0.2342	0.0244	0.01	0.28	0.133	0.3655	0.2505	0.28	0.0205	0.0325	0.0205	0.0186	0.0107	0.0142	0.0107	0.0109
chrX	18579557	18579751	chrX:18579558-18579751	FBgn0004959	phm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.1419	0.0168	0.0092	0.1919	0.0956	0.2059	0.1486	0.1919	0.0145	0.0193	0.0145	0.0147	0.0077	0.0155	0.0077	0.0083
chrX	18579802	18579953	chrX:18579803-18579953	FBgn0004959	phm	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0338	0.0819	0.0108	0.0054	0.1092	0.0626	0.1207	0.0713	0.1092	0.0109	0.0125	0.0109	0.0085	0.0046	0.0071	0.0046	0.0063
chrX	18583681	18583832	chrX:18583682-18583832	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0086	0.0085	0.0049	0.0127	0.0053	0.0034	0.0164	0.0093	0.0053	0.0066	0.0055	0.0066	0.0062	0.0031	0.0077	0.0031	0.0375
chrX	18586777	18587018	chrX:18586778-18587018	FBgn0010383	Cyp18a1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0337	0.0203	0.0396	0.0422	0.0138	0.0233	0.0272	0.0193	0.0138	0.0586	0.045	0.0586	0.0418	0.0291	0.0799	0.0291	0.0599
chrX	18587164	18587506	chrX:18587165-18587506	FBgn0010383	Cyp18a1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0608	0.0521	0.0709	0.0593	0.035	0.0549	0.064	0.0573	0.035	0.0882	0.0881	0.0882	0.0798	0.0413	0.1025	0.0413	0.0886
chrX	18589490	18589744	chrX:18589491-18589744	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0508	0.1043	0.0371	0.006	0.1198	0.0456	0.1319	0.1692	0.1198	0.0284	0.0695	0.0284	0.0093	0.0046	0.0135	0.0046	0.0031
chrX	18598005	18598228	chrX:18598006-18598228	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.0505	0.0675	0.0432	0.0308	0.0505	0.0757	0.0566	0.0308	0.0827	0.0862	0.0827	0.0689	0.0398	0.0851	0.0398	0.0563
chrX	18598335	18598486	chrX:18598336-18598486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.021	0.0244	0.0237	0.0142	0.0095	0.0199	0.0454	0.022	0.0095	0.0254	0.0305	0.0254	0.0256	0.0161	0.0297	0.0161	0.0109
chrX	18666144	18666302	chrX:18666145-18666302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0454	0.0351	0.0621	0.0384	0.0138	0.0544	0.0346	0.0433	0.0138	0.0882	0.0691	0.0882	0.0674	0.0551	0.0406	0.0551	0.0594
chrX	18667997	18668212	chrX:18667998-18668212	FBgn0030954	CCKLR-17D3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1165	0.1088	0.1571	0.0806	0.088	0.1252	0.1064	0.1519	0.088	0.2554	0.1682	0.2554	0.1418	0.1309	0.0593	0.1309	0.0902
chrX	18669083	18669297	chrX:18669084-18669297	FBgn0030955	CG6891	stage11,stage14,stage5	none	VT63961.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.143	0.0996	0.1926	0.1372	0.0679	0.1311	0.1047	0.1139	0.0679	0.3037	0.2199	0.3037	0.1867	0.1991	0.1844	0.1991	0.1918
chrX	18669498	18669935	chrX:18669499-18669935	FBgn0030955	CG6891	stage11,stage14	none	VT63961.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0941	0.0429	0.1286	0.1136	0.0106	0.0641	0.0502	0.0426	0.0106	0.2144	0.1299	0.2144	0.1441	0.1845	0.1515	0.1845	0.1324
chrX	18670168	18670343	chrX:18670169-18670343	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT63961.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0519	0.0184	0.0737	0.0655	0.0042	0.0296	0.0208	0.0213	0.0042	0.1347	0.0717	0.1347	0.0813	0.1049	0.0851	0.1049	0.0803
chrX	18670591	18670742	chrX:18670592-18670742	distal	distal	none	none	VT63961.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0231	0.01	0.0297	0.0305	0.0021	0.0165	0.0147	0.0067	0.0021	0.0543	0.0219	0.0543	0.0457	0.0544	0.0297	0.0544	0.0453
chrX	18677436	18677654	chrX:18677437-18677654	FBgn0030956	CG18259	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1371	0.125	0.1656	0.1195	0.0859	0.1393	0.1479	0.1599	0.0859	0.212	0.1801	0.212	0.1541	0.1279	0.1193	0.1279	0.1449
chrX	18677763	18677958	chrX:18677764-18677958	FBgn0030956	CG18259	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1919	0.1876	0.2258	0.1596	0.141	0.217	0.2115	0.2225	0.141	0.2905	0.2434	0.2905	0.2107	0.1738	0.1689	0.1738	0.1746
chrX	18682143	18682359	chrX:18682144-18682359	FBgn0004462,FBgn0030959	CG6961,Pk17E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1233	0.1201	0.1452	0.1029	0.0795	0.1442	0.1375	0.1426	0.0795	0.18	0.1621	0.18	0.134	0.1118	0.107	0.1118	0.1209
chrX	18682447	18682626	chrX:18682448-18682626	FBgn0004462,FBgn0030959	CG6961,Pk17E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.176	0.1658	0.2063	0.1543	0.1432	0.1859	0.1951	0.1865	0.1432	0.2633	0.2164	0.2633	0.2022	0.1769	0.1721	0.1769	0.1558
chrX	18683013	18683218	chrX:18683014-18683218	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.052	0.069	0.0431	0.0428	0.0636	0.0636	0.1086	0.0513	0.0636	0.0393	0.0418	0.0393	0.0627	0.0391	0.0348	0.0391	0.0448
chrX	18683579	18683750	chrX:18683580-18683750	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0603	0.051	0.0685	0.0617	0.0318	0.066	0.0623	0.0526	0.0318	0.0827	0.0624	0.0827	0.1177	0.0972	0.0529	0.0972	0.0938
chrX	18684025	18684329	chrX:18684026-18684329	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1118	0.1646	0.0985	0.0675	0.158	0.1456	0.2392	0.1639	0.158	0.1129	0.1042	0.1129	0.1363	0.0888	0.0754	0.0888	0.0964
chrX	18684370	18684521	chrX:18684371-18684521	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.052	0.0986	0.0367	0.0167	0.1135	0.0709	0.17	0.07	0.1135	0.0344	0.0412	0.0344	0.0503	0.0184	0.0181	0.0184	0.0245
chrX	18687731	18687933	chrX:18687732-18687933	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0968	0.0476	0.0344	0.1071	0.0641	0.173	0.066	0.1071	0.0556	0.0559	0.0556	0.055	0.0459	0.0374	0.0459	0.0193
chrX	18688010	18688161	chrX:18688011-18688161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0507	0.0928	0.0327	0.0234	0.1145	0.0597	0.1605	0.066	0.1145	0.0374	0.0473	0.0374	0.0194	0.036	0.0329	0.036	0.0135
chrX	18689309	18689490	chrX:18689310-18689490	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0442	0.0988	0.0195	0.0102	0.1336	0.0301	0.1994	0.0686	0.1336	0.0193	0.0264	0.0193	0.0178	0.0207	0.0116	0.0207	0.0099
chrX	18689992	18690170	chrX:18689993-18690170	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.1102	0.0226	0.0113	0.1495	0.0485	0.2219	0.0613	0.1495	0.0248	0.0289	0.0248	0.0294	0.0214	0.0193	0.0214	0.0089
chrX	18690611	18690793	chrX:18690612-18690793	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0564	0.119	0.025	0.021	0.1792	0.0529	0.2202	0.0766	0.1792	0.0284	0.035	0.0284	0.0201	0.0268	0.0426	0.0268	0.0141
chrX	18690950	18691101	chrX:18690951-18691101	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.1215	0.0344	0.0195	0.1654	0.066	0.1998	0.1073	0.1654	0.0423	0.0431	0.0423	0.0318	0.0291	0.0406	0.0291	0.0104
chrX	18691242	18691440	chrX:18691243-18691440	FBgn0001090	bnb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0746	0.1547	0.0391	0.0242	0.1983	0.0825	0.2608	0.1339	0.1983	0.0405	0.0518	0.0405	0.0364	0.0368	0.0419	0.0368	0.0198
chrX	18691601	18691908	chrX:18691602-18691908	FBgn0001090	bnb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1141	0.1628	0.1024	0.0724	0.1538	0.1248	0.2483	0.1712	0.1538	0.1486	0.1254	0.1486	0.0844	0.1455	0.1154	0.1455	0.0552
chrX	18692581	18692936	chrX:18692582-18692936	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0641	0.0628	0.0789	0.0492	0.0297	0.0612	0.1016	0.058	0.0297	0.1014	0.11	0.1014	0.0542	0.0965	0.0967	0.0965	0.0245
chrX	18693202	18693477	chrX:18693203-18693477	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0976	0.1517	0.0888	0.0469	0.123	0.1286	0.2262	0.1639	0.123	0.0924	0.1264	0.0924	0.086	0.0697	0.0864	0.0697	0.0417
chrX	18693487	18693765	chrX:18693488-18693765	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1252	0.2349	0.0926	0.0383	0.211	0.1869	0.3551	0.2552	0.211	0.099	0.1305	0.099	0.079	0.0444	0.0864	0.0444	0.0261
chrX	18694151	18694310	chrX:18694152-18694310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0419	0.0577	0.0475	0.0181	0.0392	0.0646	0.0796	0.0586	0.0392	0.0713	0.0633	0.0713	0.024	0.0299	0.0387	0.0299	0.0104
chrX	18695295	18695480	chrX:18695296-18695480	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.1128	0.0263	0.0099	0.1135	0.0738	0.1687	0.1332	0.1135	0.0362	0.0296	0.0362	0.0186	0.0107	0.0129	0.0107	0.0063
chrX	18698878	18699029	chrX:18698879-18699029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0293	0.0381	0.0327	0.0156	0.0233	0.0388	0.0558	0.0406	0.0233	0.038	0.0373	0.038	0.0449	0.0237	0.0258	0.0237	0.013
chrX	18699136	18699329	chrX:18699137-18699329	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0846	0.0769	0.0348	0.0594	0.0835	0.1051	0.1106	0.0594	0.0876	0.0913	0.0876	0.0906	0.0574	0.0516	0.0574	0.0349
chrX	18700546	18700765	chrX:18700547-18700765	FBgn0030961	CG7058	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0327	0.044	0.0249	0.0288	0.0244	0.0471	0.0532	0.0613	0.0244	0.0417	0.0238	0.0417	0.0124	8e-04	0.0058	8e-04	0.0073
chrX	18706253	18706404	chrX:18706254-18706404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0198	0.0216	0.0161	0.0219	0.0064	0.0155	0.0407	0.02	0.0064	0.0175	0.0148	0.0175	0.0194	0.0153	0.0077	0.0153	0.0162
chrX	18707108	18707437	chrX:18707109-18707437	FBgn0259927	CG42450	stage14	none	VT63980.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0452	0.0252	0.0402	0.073	0.0074	0.0306	0.0268	0.038	0.0074	0.0465	0.0392	0.0465	0.0426	0.0666	0.0277	0.0666	0.0547
chrX	18707682	18707833	chrX:18707683-18707833	FBgn0259927	CG42450	none	none	VT63980.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0183	0.0212	0.0152	0.0184	0.0095	0.0233	0.0216	0.0333	0.0095	0.0175	0.0164	0.0175	0.017	0.013	0.0103	0.013	0.0099
chrX	18708047	18708357	chrX:18708048-18708357	FBgn0259927	CG42450	stage14,stage5	none	VT63980.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0361	0.0444	0.0265	0.0375	0.0159	0.0641	0.0458	0.0546	0.0159	0.0211	0.0283	0.0211	0.0395	0.0459	0.0258	0.0459	0.0433
chrX	18708364	18708715	chrX:18708365-18708715	distal	distal	stage14,stage5	none	VT63980.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0487	0.038	0.0382	0.0721	0.0106	0.0534	0.042	0.0466	0.0106	0.0278	0.036	0.0278	0.0798	0.0888	0.0509	0.0888	0.1079
chrX	18717367	18717518	chrX:18717368-18717518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0183	0.0233	0.0235	0.007	0.0095	0.0243	0.032	0.0233	0.0095	0.0441	0.0273	0.0441	0.0116	0.0077	0.0148	0.0077	0.0068
chrX	18724516	18724707	chrX:18724517-18724707	FBgn0030963	CG7101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.076	0.0718	0.0801	0.0762	0.0477	0.0743	0.0947	0.0893	0.0477	0.0809	0.09	0.0809	0.1038	0.0881	0.0793	0.0881	0.0933
chrX	18724763	18724937	chrX:18724764-18724937	FBgn0030963	CG7101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.0317	0.0452	0.0408	0.0106	0.0345	0.0424	0.04	0.0106	0.0525	0.0486	0.0525	0.0527	0.049	0.0368	0.049	0.0594
chrX	18726218	18726400	chrX:18726219-18726400	FBgn0030964	Pvf1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0356	0.0299	0.0341	0.0434	0.0127	0.0369	0.0376	0.0366	0.0127	0.0356	0.0389	0.0356	0.0496	0.023	0.0806	0.023	0.0631
chrX	18726476	18726689	chrX:18726477-18726689	FBgn0030964	Pvf1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0684	0.0389	0.081	0.0876	0.018	0.049	0.045	0.048	0.018	0.0568	0.1125	0.0568	0.1108	0.0345	0.1857	0.0345	0.1261
chrX	18729204	18729489	chrX:18729205-18729489	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0397	0.037	0.0462	0.0355	0.017	0.0369	0.045	0.0566	0.017	0.0169	0.0688	0.0169	0.079	0.0199	0.0767	0.0199	0.0406
chrX	18730126	18730282	chrX:18730127-18730282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0214	0.0292	0.0252	0.0053	0.0286	0.0307	0.0193	0.0053	0.0344	0.0309	0.0344	0.0403	0.0436	0.0148	0.0436	0.0401
chrX	18730364	18730576	chrX:18730365-18730576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0395	0.0348	0.04	0.0444	0.0159	0.0485	0.045	0.0306	0.0159	0.0477	0.0405	0.0477	0.0651	0.0498	0.0322	0.0498	0.0896
chrX	18730985	18731136	chrX:18730986-18731136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0193	0.0181	0.0259	0.0135	0.0138	0.017	0.0234	0.0247	0.0138	0.0145	0.0447	0.0145	0.0209	0.0145	0.0258	0.0145	0.0135
chrX	18731441	18731592	chrX:18731442-18731592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0139	0.0111	0.0203	0.0099	0.0053	0.0126	0.0151	0.0093	0.0053	0.0085	0.0309	0.0085	0.0302	0.0077	0.0129	0.0077	0.0156
chrX	18737498	18737700	chrX:18737499-18737700	FBgn0085451	CG34422	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1738	0.1573	0.2075	0.1554	0.1018	0.1879	0.1773	0.1979	0.1018	0.2633	0.2151	0.2633	0.2107	0.157	0.1734	0.157	0.1631
chrX	18737806	18738276	chrX:18737807-18738276	FBgn0085451	CG34422	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1091	0.1067	0.1306	0.0883	0.0668	0.1209	0.1371	0.1213	0.0668	0.1697	0.137	0.1697	0.1294	0.0858	0.1006	0.0858	0.0969
chrX	18742544	18742721	chrX:18742545-18742721	FBgn0030966	CG7280	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0491	0.0277	0.0549	0.0666	0.0095	0.0359	0.0329	0.0353	0.0095	0.0531	0.0611	0.0531	0.0945	0.0842	0.0735	0.0842	0.1105
chrX	18742906	18743292	chrX:18742907-18743292	FBgn0030966	CG7280	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0757	0.0543	0.0784	0.0966	0.0265	0.0592	0.064	0.0779	0.0265	0.0888	0.0839	0.0888	0.1077	0.1263	0.1032	0.1263	0.1417
chrX	18743394	18743582	chrX:18743395-18743582	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.0234	0.0282	0.0437	0.0106	0.0262	0.0298	0.0326	0.0106	0.0272	0.0299	0.0272	0.0426	0.0498	0.038	0.0498	0.0719
chrX	18751436	18751970	chrX:18751437-18751970	FBgn0030968,FBgn0030969	CG7288,CG7322	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0684	0.0501	0.0764	0.0801	0.0212	0.0597	0.0575	0.0693	0.0212	0.0731	0.0891	0.0731	0.0945	0.0988	0.0716	0.0988	0.1308
chrX	18752120	18752327	chrX:18752121-18752327	FBgn0030969	CG7288	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0821	0.0962	0.0751	0.0583	0.0835	0.093	0.1146	0.0583	0.1135	0.1048	0.1135	0.103	0.0904	0.0716	0.0904	0.099
chrX	18752424	18752618	chrX:18752425-18752618	FBgn0030969	CG7288	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0474	0.0557	0.037	0.0276	0.05	0.0562	0.0646	0.0276	0.0719	0.0588	0.0719	0.0596	0.0406	0.0322	0.0406	0.0526
chrX	18754207	18754358	chrX:18754208-18754358	FBgn0052544	CG32544	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0272	0.0221	0.0284	0.0316	0.0127	0.0233	0.0272	0.032	0.0127	0.0326	0.028	0.0326	0.0248	0.013	0.0084	0.013	0.0167
chrX	18757835	18758016	chrX:18757836-18758016	FBgn0030970,FBgn0085430	CG34401,CG7326	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2168	0.2137	0.2453	0.1888	0.1633	0.2456	0.2344	0.2698	0.1633	0.3194	0.2617	0.3194	0.22	0.209	0.2005	0.209	0.1965
chrX	18758227	18758432	chrX:18758228-18758432	FBgn0030970,FBgn0085430	CG34401,CG7326	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.232	0.2144	0.2788	0.2003	0.175	0.2519	0.2228	0.2758	0.175	0.3563	0.299	0.3563	0.2424	0.209	0.205	0.209	0.2105
chrX	18758654	18758851	chrX:18758655-18758851	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1317	0.1002	0.167	0.1283	0.0541	0.1345	0.0973	0.1346	0.0541	0.2234	0.1981	0.2234	0.1433	0.1669	0.1315	0.1669	0.147
chrX	18758986	18759317	chrX:18758987-18759317	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1299	0.109	0.1674	0.112	0.0636	0.1471	0.0848	0.1805	0.0636	0.2301	0.2138	0.2301	0.1131	0.1692	0.1309	0.1692	0.1105
chrX	18760272	18760781	chrX:18760273-18760781	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1447	0.1904	0.1948	0.0387	0.1251	0.2248	0.1605	0.3085	0.1251	0.256	0.2691	0.256	0.0883	0.0375	0.06	0.0375	0.0281
chrX	18761129	18761350	chrX:18761130-18761350	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0869	0.096	0.1253	0.0347	0.0689	0.1243	0.0835	0.1466	0.0689	0.1818	0.1656	0.1818	0.0581	0.0299	0.0548	0.0299	0.0391
chrX	18762330	18762481	chrX:18762331-18762481	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0528	0.0761	0.0553	0.024	0.0679	0.0699	0.0999	0.0946	0.0679	0.0737	0.064	0.0737	0.0426	0.0237	0.0213	0.0237	0.0396
chrX	18764332	18764483	chrX:18764333-18764483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0253	0.0288	0.0251	0.0214	0.0138	0.0388	0.032	0.034	0.0138	0.0199	0.0286	0.0199	0.0496	0.0214	0.0245	0.0214	0.0276
chrX	18764577	18764728	chrX:18764578-18764728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0258	0.0338	0.0268	0.0159	0.0138	0.0481	0.0394	0.0346	0.0138	0.0169	0.0296	0.0169	0.0589	0.0176	0.0206	0.0176	0.0182
chrX	18772817	18772968	chrX:18772818-18772968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0212	0.0228	0.0258	0.0143	0.0138	0.0214	0.0294	0.03	0.0138	0.0266	0.0354	0.0266	0.0132	0.0153	0.0097	0.0153	0.0203
chrX	18773379	18773530	chrX:18773380-18773530	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0294	0.0379	0.0316	0.0174	0.0286	0.034	0.0545	0.0413	0.0286	0.032	0.0408	0.032	0.0271	0.0153	0.0206	0.0153	0.0292
chrX	18775023	18775174	chrX:18775024-18775174	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0285	0.0404	0.028	0.0156	0.035	0.0379	0.0463	0.0606	0.035	0.0296	0.0389	0.0296	0.0209	0.0115	0.0187	0.0115	0.0261
chrX	18778176	18778351	chrX:18778177-18778351	FBgn0030973	CG7332	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1143	0.1082	0.1349	0.0985	0.0785	0.1252	0.1276	0.1326	0.0785	0.1703	0.1457	0.1703	0.1255	0.1087	0.0909	0.1087	0.1079
chrX	18778441	18778626	chrX:18778442-18778626	FBgn0030973	CG7332	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1475	0.1355	0.1806	0.1245	0.0901	0.1626	0.1553	0.1686	0.0901	0.2295	0.1936	0.2295	0.1658	0.1363	0.1206	0.1363	0.1454
chrX	18778685	18778898	chrX:18778686-18778898	FBgn0030973	CG7332	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0611	0.0503	0.0777	0.0549	0.0233	0.0539	0.0735	0.0533	0.0233	0.1002	0.0794	0.1002	0.0782	0.0567	0.0458	0.0567	0.0813
chrX	18779316	18779467	chrX:18779317-18779467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0245	0.0228	0.0286	0.022	0.0074	0.0262	0.0324	0.0247	0.0074	0.0314	0.0318	0.0314	0.0287	0.0161	0.0187	0.0161	0.0375
chrX	18782162	18782329	chrX:18782163-18782329	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0754	0.0706	0.0423	0.0498	0.0714	0.1003	0.0913	0.0498	0.0936	0.0717	0.0936	0.0689	0.0475	0.0445	0.0475	0.0485
chrX	18782426	18782805	chrX:18782427-18782805	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0958	0.1238	0.1052	0.0542	0.1198	0.1131	0.1743	0.1252	0.1198	0.1226	0.1154	0.1226	0.103	0.0536	0.0542	0.0536	0.0667
chrX	18785850	18786088	chrX:18785851-18786088	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.1122	0.0299	0.0123	0.1633	0.0524	0.215	0.07	0.1633	0.0344	0.036	0.0344	0.0248	0.0145	0.0135	0.0145	0.0151
chrX	18787304	18787455	chrX:18787305-18787455	FBgn0030974	CG7358	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0378	0.0536	0.0376	0.0203	0.0583	0.0359	0.0852	0.0526	0.0583	0.0411	0.0428	0.0411	0.0349	0.0191	0.0168	0.0191	0.0224
chrX	18787544	18787792	chrX:18787545-18787792	FBgn0030974	CG7358	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1089	0.1419	0.1103	0.0706	0.1485	0.1252	0.1951	0.1519	0.1485	0.1383	0.1215	0.1383	0.1092	0.0766	0.0748	0.0766	0.0865
chrX	18792220	18792371	chrX:18792221-18792371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0191	0.0153	0.0258	0.0159	0.0085	0.016	0.0177	0.02	0.0085	0.0296	0.0395	0.0296	0.0155	0.0329	0.0239	0.0329	0.0089
chrX	18792428	18792587	chrX:18792429-18792587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0279	0.035	0.0169	0.0095	0.0296	0.0385	0.034	0.0095	0.0302	0.0572	0.0302	0.0178	0.0176	0.0284	0.0176	0.012
chrX	18794245	18794396	chrX:18794246-18794396	FBgn0030976	CG7378	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0102	0.0061	0.0062	0.0192	0.0021	0.0073	0.0074	0.008	0.0021	0.0024	0.0061	0.0024	0.0132	0.0077	0.0123	0.0077	0.0453
chrX	18799546	18799775	chrX:18799547-18799775	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0094	0.0041	0.0071	0.0177	0	0.0049	0.0082	0.002	0	0.0048	0.0093	0.0048	0.0124	0.0299	0.0142	0.0299	0.0281
chrX	18803584	18803735	chrX:18803585-18803735	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0282	0.0249	0.0106	0.0127	0.0272	0.0346	0.0453	0.0127	0.0181	0.0395	0.0181	0.0155	0.0069	0.0213	0.0069	0.0094
chrX	18804409	18804560	chrX:18804410-18804560	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0571	0.0634	0.0799	0.0251	0.0212	0.0553	0.0666	0.1199	0.0212	0.0278	0.1733	0.0278	0.0163	0.0061	0.0845	0.0061	0.012
chrX	18804561	18804874	chrX:18804562-18804874	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0971	0.119	0.1223	0.045	0.0573	0.1155	0.1254	0.2032	0.0573	0.0501	0.2534	0.0501	0.0279	0.0153	0.1515	0.0153	0.0198
chrX	18805147	18805468	chrX:18805148-18805468	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0439	0.0371	0.0608	0.0329	0.017	0.0519	0.0363	0.0493	0.017	0.0374	0.1074	0.0374	0.0225	0.0115	0.0941	0.0115	0.0182
chrX	18808013	18808164	chrX:18808014-18808164	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0106	0.0039	0.0086	0.0202	0	0.0063	0.0039	0.0033	0	0.0054	0.0138	0.0054	0.0108	0.0145	0.0258	0.0145	0.038
chrX	18809527	18809678	chrX:18809528-18809678	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0154	0.0126	0.019	0.0145	0.0032	0.0136	0.0138	0.022	0.0032	0.0109	0.0318	0.0109	0.0124	0.0123	0.0284	0.0123	0.013
chrX	18813315	18813466	chrX:18813316-18813466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0193	0.0098	0.0208	0.0283	0.0053	0.0136	0.0143	0.008	0.0053	0.0229	0.0254	0.0229	0.0248	0.0199	0.0219	0.0199	0.0584
chrX	18813867	18814207	chrX:18813868-18814207	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0236	0.0092	0.0179	0.046	0.0032	0.0117	0.0138	0.0087	0.0032	0.0127	0.0238	0.0127	0.0279	0.026	0.0451	0.026	0.1047
chrX	18814598	18815024	chrX:18814599-18815024	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0451	0.0233	0.0508	0.0631	0.0064	0.0243	0.0355	0.0273	0.0064	0.0574	0.0678	0.0574	0.0573	0.075	0.0677	0.075	0.111
chrX	18815235	18815396	chrX:18815236-18815396	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0098	0.0175	0.0274	0.0032	0.0112	0.0147	0.0107	0.0032	0.0193	0.0222	0.0193	0.0178	0.0383	0.0193	0.0383	0.0547
chrX	18817295	18817446	chrX:18817296-18817446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0119	0.0083	0.0132	0.0143	0.0032	0.0107	0.0099	0.0107	0.0032	0.0091	0.0222	0.0091	0.0077	0.0084	0.0406	0.0084	0.0094
chrX	18820116	18820267	chrX:18820117-18820267	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0232	0.026	0.0227	0.0095	0.0209	0.029	0.038	0.0095	0.0145	0.0453	0.0145	0.0201	0.0054	0.0735	0.0054	0.0146
chrX	18823168	18823411	chrX:18823169-18823411	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0586	0.1107	0.0486	0.0114	0.0795	0.1	0.106	0.2112	0.0795	0.0223	0.081	0.0223	0.0225	0.0084	0.0297	0.0084	0.0036
chrX	18823867	18824069	chrX:18823868-18824069	FBgn0264090	CG43759	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0964	0.1046	0.1132	0.0688	0.0615	0.1257	0.099	0.1559	0.0615	0.1153	0.1457	0.1153	0.0844	0.0559	0.1012	0.0559	0.0693
chrX	18824250	18824507	chrX:18824251-18824507	FBgn0264090	CG43759	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2121	0.2127	0.2602	0.1588	0.1686	0.2456	0.221	0.2845	0.1686	0.2995	0.3138	0.2995	0.227	0.1524	0.2147	0.1524	0.1652
chrX	18824997	18825223	chrX:18824998-18825223	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0832	0.1419	0.0763	0.0251	0.141	0.1233	0.1657	0.1872	0.141	0.0688	0.1087	0.0688	0.0496	0.0191	0.0503	0.0191	0.0214
chrX	18827656	18827807	chrX:18827657-18827807	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0247	0.0146	0.0308	0.0294	0.0042	0.0194	0.0138	0.0233	0.0042	0.0193	0.0457	0.0193	0.0279	0.0168	0.0445	0.0168	0.0438
chrX	18831199	18831378	chrX:18831200-18831378	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.026	0.0414	0.027	0.0077	0.0233	0.0466	0.0311	0.0766	0.0233	0.0127	0.0437	0.0127	0.0232	0.0046	0.0148	0.0046	0.0083
chrX	18831795	18831955	chrX:18831796-18831955	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0181	0.0636	0.0237	0.0042	0.0282	0.0138	0.0306	0.0042	0.0248	0.1206	0.0248	0.0473	0.0084	0.0722	0.0084	0.0156
chrX	18831997	18832168	chrX:18831998-18832168	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0232	0.0717	0.0245	0.0053	0.0383	0.0147	0.04	0.0053	0.0429	0.1309	0.0429	0.0473	0.0038	0.0864	0.0038	0.012
chrX	18832396	18832582	chrX:18832397-18832582	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0583	0.042	0.0931	0.0382	0.0138	0.0617	0.0329	0.066	0.0138	0.0737	0.1579	0.0737	0.0713	0.0245	0.1096	0.0245	0.0208
chrX	18832653	18832856	chrX:18832654-18832856	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0544	0.0404	0.0872	0.0341	0.0074	0.0626	0.0324	0.0633	0.0074	0.0694	0.1495	0.0694	0.0565	0.0291	0.0864	0.0291	0.0224
chrX	18833522	18833720	chrX:18833523-18833720	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0453	0.0345	0.064	0.0368	0.0127	0.0408	0.0303	0.0626	0.0127	0.0429	0.1129	0.0429	0.0364	0.0322	0.0845	0.0322	0.0313
chrX	18833765	18833921	chrX:18833766-18833921	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0262	0.0475	0.0252	0.0117	0.033	0.0238	0.0446	0.0117	0.0302	0.0884	0.0302	0.0225	0.0214	0.0632	0.0214	0.0177
chrX	18839816	18839967	chrX:18839817-18839967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0152	0.0127	0.0188	0.0139	0.0053	0.0189	0.0164	0.01	0.0053	0.0187	0.0299	0.0187	0.0077	0.01	0.0135	0.01	0.0115
chrX	18840758	18840965	chrX:18840759-18840965	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0646	0.111	0.0685	0.0085	0.07	0.1456	0.0934	0.1646	0.07	0.0568	0.1174	0.0568	0.0209	0.0038	0.0148	0.0038	0.0052
chrX	18841150	18841430	chrX:18841151-18841430	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1058	0.1654	0.124	0.0192	0.0997	0.2053	0.1337	0.2732	0.0997	0.1069	0.2183	0.1069	0.0395	0.01	0.0426	0.01	0.0078
chrX	18842221	18842372	chrX:18842222-18842372	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0167	0.0282	0.0156	0.0052	0.017	0.0286	0.0385	0.0326	0.017	0.0097	0.028	0.0097	0.007	0.0054	0.0052	0.0054	0.0047
chrX	18845099	18845291	chrX:18845100-18845291	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0415	0.0335	0.0547	0.0358	0.0064	0.0583	0.0277	0.0446	0.0064	0.0791	0.0695	0.0791	0.0411	0.0865	0.0413	0.0865	0.0281
chrX	18845316	18845549	chrX:18845317-18845549	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.0262	0.0518	0.0462	0.0085	0.0437	0.0229	0.034	0.0085	0.0664	0.0704	0.0664	0.0442	0.1172	0.0516	0.1172	0.0323
chrX	18845613	18845888	chrX:18845614-18845888	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0402	0.029	0.049	0.0429	0.0042	0.0427	0.0285	0.042	0.0042	0.0471	0.0688	0.0471	0.0511	0.1179	0.0458	0.1179	0.0245
chrX	18846844	18846995	chrX:18846845-18846995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0213	0.0228	0.0259	0.0146	0.0042	0.0262	0.0225	0.0426	0.0042	0.0374	0.0363	0.0374	0.0093	0.0245	0.0213	0.0245	0.0083
chrX	18848755	18848991	chrX:18848756-18848991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0282	0.033	0.0311	0.0195	0.0117	0.0427	0.035	0.0466	0.0117	0.0236	0.0418	0.0236	0.0294	0.0207	0.0181	0.0207	0.0266
chrX	18849045	18849318	chrX:18849046-18849318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0265	0.0317	0.0287	0.0184	0.0074	0.0422	0.0394	0.0386	0.0074	0.029	0.0376	0.029	0.0271	0.0176	0.0155	0.0176	0.024
chrX	18850341	18850649	chrX:18850342-18850649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0283	0.0264	0.0409	0.0166	0.0138	0.0422	0.0208	0.0346	0.0138	0.0713	0.0437	0.0713	0.0294	0.0115	0.0232	0.0115	0.0193
chrX	18860713	18860948	chrX:18860714-18860948	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0688	0.0599	0.0143	0.0403	0.0966	0.0541	0.1079	0.0403	0.0876	0.0682	0.0876	0.0217	0.0115	0.0226	0.0115	0.0167
chrX	18861083	18861316	chrX:18861084-18861316	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0517	0.07	0.0697	0.0116	0.0117	0.133	0.0329	0.1153	0.0117	0.125	0.0781	0.125	0.0194	0.0084	0.0187	0.0084	0.0083
chrX	18861599	18861814	chrX:18861600-18861814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0333	0.0497	0.0382	0.0095	0.0117	0.0859	0.0277	0.0766	0.0117	0.0616	0.0463	0.0616	0.0085	0.0038	0.0148	0.0038	0.0089
chrX	18862231	18862443	chrX:18862232-18862443	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0351	0.0395	0.0443	0.0201	0.0085	0.083	0.0238	0.044	0.0085	0.0507	0.0595	0.0507	0.024	0.01	0.0206	0.01	0.0078
chrX	18862464	18862615	chrX:18862465-18862615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0283	0.0267	0.0307	0.0274	0.0074	0.0515	0.0186	0.0333	0.0074	0.029	0.0428	0.029	0.0155	0.0077	0.0187	0.0077	0.0109
chrX	18862630	18862834	chrX:18862631-18862834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.024	0.0183	0.0253	0.029	0.0074	0.0325	0.0143	0.0233	0.0074	0.0175	0.0267	0.0175	0.0132	0.0092	0.0135	0.0092	0.012
chrX	18866990	18867141	chrX:18866991-18867141	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0332	0.0159	0.0127	0.0223	0.035	0.042	0.04	0.0223	0.0103	0.0206	0.0103	0.0147	0.0145	0.02	0.0145	0.0125
chrX	18867273	18867506	chrX:18867274-18867506	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0303	0.0298	0.0311	0.0299	0.0138	0.0413	0.0311	0.0353	0.0138	0.0266	0.0389	0.0266	0.0387	0.0375	0.0509	0.0375	0.0302
chrX	18869626	18870030	chrX:18869627-18870030	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0455	0.0678	0.0485	0.0174	0.0265	0.0942	0.0766	0.0786	0.0265	0.0405	0.0691	0.0405	0.0473	0.0153	0.0161	0.0153	0.0219
chrX	18870300	18870451	chrX:18870301-18870451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0172	0.0219	0.0185	0.0104	0.0074	0.0267	0.0264	0.026	0.0074	0.0121	0.0305	0.0121	0.0132	0.0069	0.0174	0.0069	0.0151
chrX	18871038	18871241	chrX:18871039-18871241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0265	0.0465	0.0206	0.0106	0.0265	0.035	0.0623	0.0759	0.0265	0.0169	0.0315	0.0169	0.0124	0.0046	0.0187	0.0046	0.0109
chrX	18871330	18871481	chrX:18871331-18871481	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0208	0.0338	0.018	0.0093	0.0233	0.0277	0.0402	0.0526	0.0233	0.0133	0.0273	0.0133	0.0108	0.0038	0.0071	0.0038	0.0162
chrX	18871606	18871893	chrX:18871607-18871893	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0403	0.0768	0.0282	0.0128	0.0636	0.0558	0.0934	0.1319	0.0636	0.0199	0.0482	0.0199	0.0139	0.0054	0.0129	0.0054	0.0188
chrX	18872174	18872410	chrX:18872175-18872410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0267	0.0341	0.0236	0.0219	0.0201	0.034	0.0376	0.0553	0.0201	0.0175	0.035	0.0175	0.0232	0.0145	0.0161	0.0145	0.0448
chrX	18872981	18873132	chrX:18872982-18873132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0241	0.0176	0.0111	0.0085	0.0209	0.0277	0.042	0.0085	0.0121	0.0241	0.0121	0.0178	0.0061	0.0181	0.0061	0.0104
chrX	18874460	18874611	chrX:18874461-18874611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.024	0.0234	0.0203	0.0285	0.0074	0.0282	0.0251	0.0353	0.0074	0.0193	0.0264	0.0193	0.0194	0.0528	0.0193	0.0528	0.037
chrX	18875101	18875293	chrX:18875102-18875293	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0155	0.024	0.0408	0.0032	0.0209	0.0156	0.02	0.0032	0.0187	0.0299	0.0187	0.0372	0.0245	0.0239	0.0245	0.1053
chrX	18877625	18877776	chrX:18877626-18877776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.01	0.0121	0.0178	0.0042	0.0136	0.0104	0.0127	0.0042	0.0054	0.0177	0.0054	0.0077	0.0077	0.0148	0.0077	0.0125
chrX	18879374	18879525	chrX:18879375-18879525	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0118	0.0178	0.0226	0	0.0117	0.016	0.0187	0	0.0109	0.0325	0.0109	0.0085	0.0092	0.0554	0.0092	0.0229
chrX	18880448	18880599	chrX:18880449-18880599	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0122	0.0143	0.0132	0.0064	0.018	0.0121	0.0173	0.0064	0.0127	0.018	0.0127	0.0054	0.0092	0.0142	0.0092	0.0094
chrX	18881697	18881928	chrX:18881698-18881928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0191	0.0272	0.0235	0.0064	0.0267	0.0164	0.0293	0.0064	0.0175	0.0318	0.0175	0.0194	0.0145	0.0168	0.0145	0.0214
chrX	18882785	18882936	chrX:18882786-18882936	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0182	0.0234	0.0195	0.0109	0.0074	0.0252	0.0203	0.0486	0.0074	0.0079	0.028	0.0079	0.017	0.0077	0.0116	0.0077	0.0135
chrX	18884582	18884928	chrX:18884583-18884928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0383	0.0221	0.047	0.0471	0.0064	0.0325	0.0225	0.0293	0.0064	0.0296	0.0624	0.0296	0.0744	0.0429	0.0845	0.0429	0.062
chrX	18885414	18885606	chrX:18885415-18885606	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0314	0.0191	0.0428	0.0327	0.0074	0.0316	0.0156	0.0233	0.0074	0.0181	0.0682	0.0181	0.055	0.0413	0.0632	0.0413	0.024
chrX	18888257	18888541	chrX:18888258-18888541	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0379	0.0211	0.0549	0.0379	0.0064	0.0277	0.0199	0.0326	0.0064	0.0809	0.0704	0.0809	0.0271	0.0697	0.0484	0.0697	0.0334
chrX	18895801	18895954	chrX:18895802-18895954	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0147	0.0217	0.0192	0.0053	0.0189	0.0138	0.0213	0.0053	0.0109	0.0267	0.0109	0.0101	0.0061	0.009	0.0061	0.0094
chrX	18896152	18896385	chrX:18896153-18896385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0256	0.0173	0.0359	0.0235	0.0011	0.0262	0.0121	0.028	0.0011	0.0193	0.0466	0.0193	0.0186	0.0092	0.0277	0.0092	0.0141
chrX	18898445	18898596	chrX:18898446-18898596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0102	0.0175	0.017	0.0021	0.0165	0.0087	0.0127	0.0021	0.0139	0.0273	0.0139	0.0139	0.013	0.0303	0.013	0.0167
chrX	18898836	18899260	chrX:18898837-18899260	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0393	0.0213	0.0419	0.0565	0.0064	0.033	0.019	0.0293	0.0064	0.029	0.0695	0.029	0.0225	0.026	0.1289	0.026	0.0464
chrX	18901099	18901250	chrX:18901100-18901250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0098	0.0135	0.0187	0.0064	0.0117	0.0099	0.0147	0.0064	0.0157	0.0151	0.0157	0.0085	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chrX	18903172	18903324	chrX:18903173-18903324	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0121	0.0208	0.0277	0.0032	0.0141	0.0151	0.0167	0.0032	0.0109	0.0315	0.0109	0.0225	0.0184	0.0529	0.0184	0.0203
chrX	18904466	18904617	chrX:18904467-18904617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0093	0.0054	0.008	0.0152	0.0011	0.0083	0.003	0.0093	0.0011	0.0085	0.0096	0.0085	0.0046	0.0276	0.0213	0.0276	0.0068
chrX	18904647	18904798	chrX:18904648-18904798	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.012	0.0091	0.009	0.0184	0	0.017	0.0078	0.0093	0	0.0072	0.0135	0.0072	0.0054	0.0253	0.0277	0.0253	0.0115
chrX	18907903	18908137	chrX:18907904-18908137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0289	0.0162	0.0301	0.0418	0.0021	0.0243	0.0164	0.0227	0.0021	0.0187	0.028	0.0187	0.0132	0.0161	0.0161	0.0161	0.0375
chrX	18908423	18908596	chrX:18908424-18908596	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0127	0.0181	0.0276	0.0053	0.0184	0.0121	0.0167	0.0053	0.0121	0.0122	0.0121	0.0062	0.0084	0.0097	0.0084	0.0188
chrX	18908914	18909073	chrX:18908915-18909073	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0243	0.0179	0.0237	0.0319	0.0074	0.0286	0.0156	0.022	0.0074	0.0145	0.017	0.0145	0.0046	0.0069	0.0129	0.0069	0.0115
chrX	18909439	18909795	chrX:18909440-18909795	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0404	0.0264	0.043	0.0531	0.0095	0.0359	0.0251	0.0386	0.0095	0.0368	0.0363	0.0368	0.0209	0.0283	0.0348	0.0283	0.0313
chrX	18912130	18912320	chrX:18912131-18912320	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.029	0.0166	0.0283	0.0437	0.0021	0.0238	0.0143	0.0266	0.0021	0.029	0.0206	0.029	0.0147	0.0115	0.009	0.0115	0.0125
chrX	18912360	18912511	chrX:18912361-18912511	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0275	0.0133	0.0291	0.0415	0.0011	0.0155	0.0112	0.0286	0.0011	0.0308	0.0238	0.0308	0.017	0.0069	0.0142	0.0069	0.0167
chrX	18915299	18915618	chrX:18915300-18915618	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0398	0.0365	0.0453	0.0375	0.0085	0.0451	0.0359	0.0586	0.0085	0.0368	0.0531	0.0368	0.024	0.0153	0.0303	0.0153	0.0172
chrX	18922399	18922563	chrX:18922400-18922563	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.032	0.0401	0.0251	0.0117	0.0325	0.0381	0.0486	0.0117	0.0344	0.0534	0.0344	0.0349	0.0199	0.0329	0.0199	0.0297
chrX	18922702	18922888	chrX:18922703-18922888	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1002	0.158	0.1015	0.0488	0.1121	0.1138	0.1412	0.0488	0.1691	0.1859	0.1691	0.1495	0.1179	0.1283	0.1179	0.1209
chrX	18925011	18925162	chrX:18925012-18925162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0145	0.0088	0.013	0.0148	0.0131	0.0216	0.0113	0.0148	0.0054	0.0093	0.0054	0.0093	0.0084	0.0058	0.0084	0.0115
chrX	18930010	18930161	chrX:18930011-18930161	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0057	0.008	0.0196	0.0011	0.0044	0.0095	0.0073	0.0011	0.0042	0.0051	0.0042	0.0046	0.0015	0.0013	0.0015	0.0042
chrX	18930738	18930889	chrX:18930739-18930889	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0058	0.0061	0.0048	0.0065	0.0021	0.0068	0.0091	0.0053	0.0021	0.006	0.0051	0.006	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.001
chrX	18939821	18939972	chrX:18939822-18939972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0083	0.0075	0.0109	0.0064	0.0078	0.0134	0.008	0.0064	0.0072	0.0077	0.0072	0.0062	0.0038	0.0039	0.0038	0.0063
chrX	18940168	18940319	chrX:18940169-18940319	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0059	0.007	0.0114	0.0053	0.0063	0.0078	0.006	0.0053	0.0079	0.0071	0.0079	0.0077	8e-04	0.0045	8e-04	0.0073
chrX	18940363	18940514	chrX:18940364-18940514	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0077	0.0062	0.0109	0.0064	0.0083	0.0117	0.0067	0.0064	0.0072	0.0045	0.0072	0.0085	8e-04	0.0045	8e-04	0.0057
chrX	18949241	18949392	chrX:18949242-18949392	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0079	0.0081	0.0209	0.0021	0.0078	0.0143	0.004	0.0021	0.0072	0.0055	0.0072	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0078
chrX	18949846	18949997	chrX:18949847-18949997	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0052	0.0042	0.0188	0	0.0034	0.0121	0.004	0	0.0042	0.0029	0.0042	0.0031	0.0031	0.0032	0.0031	0.0052
chrX	18950385	18950536	chrX:18950386-18950536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0062	0.0088	0.0085	0.0032	0.0068	0.0108	0.0053	0.0032	0.0091	0.0087	0.0091	0.0124	0.0023	0.0032	0.0023	0.0031
chrX	18968009	18968394	chrX:18968010-18968394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0148	0.0223	0.0309	0.0053	0.017	0.0234	0.0147	0.0053	0.0145	0.0138	0.0145	0.0527	0.0038	0.0142	0.0038	0.0594
chrX	18968979	18969130	chrX:18968980-18969130	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.009	0.005	0.006	0.0167	0.0042	0.0039	0.0078	0.0047	0.0042	0.0054	0.0026	0.0054	0.0031	0.0015	0.0045	0.0015	0.0099
chrX	18981777	18981928	chrX:18981778-18981928	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0063	0.0044	0.0061	0.0086	0.0021	0.0049	0.0052	0.0033	0.0021	0.0042	0.0068	0.0042	0.0015	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chrX	18983266	18983417	chrX:18983267-18983417	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0046	0.0051	0.0109	0.0053	0.0049	0.0061	0.0033	0.0053	0.0024	0.0045	0.0024	0.0046	0.0046	0.0052	0.0046	0.001
chrX	18986372	18986523	chrX:18986373-18986523	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.0052	0.0056	0.0034	0.0065	0.0021	0.0049	0.0108	0.0033	0.0021	0.003	0.0051	0.003	0.0031	8e-04	0.0013	8e-04	0.0021
chrX	18990304	18990455	chrX:18990305-18990455	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0143	0.016	0.0251	0.0074	0.0131	0.0212	0.0167	0.0074	0.0103	0.0177	0.0103	0.0124	0.023	0.0181	0.023	0.0156
chrX	18992275	18992426	chrX:18992276-18992426	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0093	0.0047	0.0057	0.0182	0.0011	0.0029	0.0099	0.004	0.0011	0.0054	0.0045	0.0054	0.0031	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chrX	18994043	18994194	chrX:18994044-18994194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0096	0.0112	0.0067	0.011	0.0064	0.0073	0.0208	0.012	0.0064	0.0109	0.0061	0.0109	0.0031	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chrX	18994818	18994969	chrX:18994819-18994969	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.0049	0.0037	0.0162	0.0021	0.0049	0.0078	0.006	0.0021	0.0018	0.0026	0.0018	0.0023	8e-04	6e-04	8e-04	0.0021
chrX	18998062	18998213	chrX:18998063-18998213	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0045	0.0049	0.0081	0.0021	0.0049	0.0048	0.0067	0.0021	0.0048	0.0048	0.0048	0.0046	8e-04	0.0013	8e-04	0.0016
chrX	19001185	19001344	chrX:19001186-19001344	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0145	0.0046	0.0132	0.027	0.0042	0.0044	0.0078	0.0033	0.0042	0.0175	0.0096	0.0175	0.0232	0.0107	0.0097	0.0107	0.0584
chrX	19029339	19029502	chrX:19029340-19029502	FBgn0030985	Obp18a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0131	0.0192	0.0206	0.0064	0.015	0.0182	0.01	0.0064	0.0103	0.0203	0.0103	0.0449	0.013	0.0161	0.013	0.0459
chrX	19029714	19029865	chrX:19029715-19029865	FBgn0030985	Obp18a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0143	0.0113	0.0156	0.0162	0.0064	0.0112	0.0156	0.014	0.0064	0.0127	0.017	0.0127	0.0263	0.0061	0.0161	0.0061	0.0344
chrX	19040749	19040926	chrX:19040750-19040926	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0434	0.0325	0.0492	0.0493	0.0106	0.0558	0.0355	0.0247	0.0106	0.035	0.0338	0.035	0.158	0.0184	0.0438	0.0184	0.1219
chrX	19042352	19042503	chrX:19042353-19042503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0126	0.0194	0.0231	0.0064	0.016	0.0182	0.0087	0.0064	0.0169	0.0145	0.0169	0.0511	0.0107	0.0245	0.0107	0.0505
chrX	19042509	19042724	chrX:19042510-19042724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0187	0.0284	0.0288	0.0053	0.0277	0.0234	0.018	0.0053	0.0326	0.0219	0.0326	0.0705	0.01	0.038	0.01	0.0615
chrX	19045979	19046217	chrX:19045980-19046217	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0303	0.057	0.0208	0.011	0.0414	0.0529	0.0718	0.0759	0.0414	0.0193	0.027	0.0193	0.0209	0.0077	0.0129	0.0077	0.0203
chrX	19047045	19047205	chrX:19047046-19047205	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0422	0.0603	0.0428	0.0255	0.0374	0.058	0.054	0.0255	0.0405	0.0871	0.0405	0.0798	0.0352	0.0664	0.0352	0.0688
chrX	19047393	19047820	chrX:19047394-19047820	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2166	0.1164	0.3052	0.2314	0.052	0.1704	0.0952	0.1619	0.052	0.3303	0.3887	0.3303	0.3447	0.3109	0.3243	0.3109	0.3257
chrX	19047991	19048314	chrX:19047992-19048314	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0943	0.0719	0.1388	0.0703	0.0392	0.0927	0.0657	0.1053	0.0392	0.1292	0.21	0.1292	0.1185	0.0858	0.1019	0.0858	0.099
chrX	19048424	19048575	chrX:19048425-19048575	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0415	0.0289	0.0647	0.0301	0.0127	0.0374	0.0285	0.0426	0.0127	0.0543	0.1003	0.0543	0.0581	0.0299	0.0419	0.0299	0.0495
chrX	19048983	19049144	chrX:19048984-19049144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0453	0.0238	0.0666	0.0458	0.0095	0.0379	0.0225	0.03	0.0095	0.0568	0.0881	0.0568	0.0984	0.0413	0.04	0.0413	0.1027
chrX	19049293	19049446	chrX:19049294-19049446	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0575	0.0345	0.0821	0.0563	0.0244	0.0437	0.0407	0.04	0.0244	0.0707	0.11	0.0707	0.1123	0.0452	0.0542	0.0452	0.1225
chrX	19049967	19050140	chrX:19049968-19050140	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0617	0.0322	0.1124	0.039	0.0095	0.0408	0.0316	0.052	0.0095	0.0368	0.2209	0.0368	0.0806	0.0077	0.1238	0.0077	0.0302
chrX	19050324	19050475	chrX:19050325-19050475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0493	0.0214	0.0973	0.0279	0.0053	0.0325	0.0186	0.032	0.0053	0.0405	0.1913	0.0405	0.0542	0.0054	0.0864	0.0054	0.0208
chrX	19052298	19052449	chrX:19052299-19052449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0348	0.0123	0.0335	0.0613	0.0032	0.0189	0.0134	0.012	0.0032	0.0199	0.0367	0.0199	0.0751	0.0299	0.0529	0.0299	0.1355
chrX	19052845	19053046	chrX:19052846-19053046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0425	0.0171	0.0411	0.0724	0.0053	0.0325	0.016	0.014	0.0053	0.0441	0.0383	0.0441	0.0658	0.0413	0.0445	0.0413	0.1501
chrX	19053876	19054044	chrX:19053877-19054044	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0346	0.0269	0.0437	0.0331	0.017	0.0354	0.0221	0.0433	0.017	0.0356	0.0572	0.0356	0.0589	0.0283	0.0316	0.0283	0.0724
chrX	19054504	19054670	chrX:19054505-19054670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0284	0.0155	0.033	0.0377	0.0042	0.0209	0.0208	0.0153	0.0042	0.029	0.0405	0.029	0.048	0.0276	0.0342	0.0276	0.0808
chrX	19055019	19055170	chrX:19055020-19055170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0215	0.0096	0.0255	0.0304	0.0064	0.0112	0.0112	0.0127	0.0064	0.0193	0.0363	0.0193	0.0325	0.0168	0.0206	0.0168	0.0771
chrX	19059321	19059472	chrX:19059322-19059472	FBgn0261461	RhoGAP18B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0193	0.0148	0.0245	0.0187	0.0032	0.018	0.0151	0.0253	0.0032	0.0163	0.0248	0.0163	0.0542	0.0092	0.0309	0.0092	0.025
chrX	19060277	19060447	chrX:19060278-19060447	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0324	0.0309	0.0321	0.0345	0.0159	0.0437	0.0368	0.034	0.0159	0.0242	0.0251	0.0242	0.0906	0.0107	0.0374	0.0107	0.0813
chrX	19061059	19061210	chrX:19061060-19061210	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.02	0.0113	0.0212	0.0284	0.0021	0.017	0.0156	0.0113	0.0021	0.0163	0.0254	0.0163	0.0356	0.0268	0.0496	0.0268	0.0396
chrX	19061352	19061516	chrX:19061353-19061516	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.047	0.0186	0.0574	0.0673	0.0042	0.0277	0.0225	0.0187	0.0042	0.038	0.0698	0.038	0.1154	0.1103	0.1006	0.1103	0.0797
chrX	19062123	19062322	chrX:19062124-19062322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0466	0.0248	0.0555	0.0611	0.0138	0.0364	0.0216	0.0313	0.0138	0.0417	0.0749	0.0417	0.086	0.1041	0.087	0.1041	0.0693
chrX	19064946	19065133	chrX:19064947-19065133	FBgn0030989	inx5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0469	0.0582	0.0319	0.0265	0.0563	0.0519	0.0633	0.0265	0.0682	0.0695	0.0682	0.0713	0.0391	0.0432	0.0391	0.0485
chrX	19066748	19066899	chrX:19066749-19066899	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.0218	0.0236	0.0128	0.0053	0.0204	0.0272	0.0333	0.0053	0.0127	0.0379	0.0127	0.0263	0.013	0.0226	0.013	0.0135
chrX	19068924	19069120	chrX:19068925-19069120	FBgn0047095	pncr004:X	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0327	0.0315	0.0362	0.0304	0.0117	0.0379	0.0342	0.0493	0.0117	0.0248	0.0598	0.0248	0.024	0.0069	0.0909	0.0069	0.0188
chrX	19069290	19069488	chrX:19069291-19069488	FBgn0047095	pncr004:X	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0305	0.0307	0.0369	0.0233	0.0117	0.0383	0.0346	0.0426	0.0117	0.0344	0.0511	0.0344	0.0372	0.0214	0.0413	0.0214	0.0276
chrX	19070267	19070418	chrX:19070268-19070418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0182	0.0235	0.0136	0.0127	0.0218	0.0199	0.0233	0.0127	0.0217	0.0273	0.0217	0.0333	0.0115	0.0155	0.0115	0.0208
chrX	19073449	19073600	chrX:19073450-19073600	FBgn0030990	CG7556	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0307	0.043	0.0305	0.0201	0.0325	0.0359	0.038	0.0201	0.0495	0.0447	0.0495	0.0527	0.0352	0.0303	0.0352	0.0365
chrX	19073751	19073923	chrX:19073752-19073923	FBgn0030990,FBgn0030991	CG7453,CG7556	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1243	0.1171	0.1478	0.1064	0.0891	0.1417	0.1224	0.1566	0.0891	0.192	0.1637	0.192	0.1526	0.1172	0.1193	0.1172	0.1318
chrX	19074127	19074304	chrX:19074128-19074304	FBgn0030990,FBgn0030991	CG7453,CG7556	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0977	0.0904	0.1133	0.0888	0.053	0.1044	0.1012	0.1239	0.053	0.1395	0.1341	0.1395	0.1131	0.098	0.098	0.098	0.1126
chrX	19076659	19076810	chrX:19076660-19076810	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.027	0.032	0.0275	0.0209	0.018	0.0359	0.0389	0.0406	0.018	0.0423	0.0312	0.0423	0.0225	0.0597	0.0116	0.0597	0.0167
chrX	19076820	19077003	chrX:19076821-19077003	FBgn0030992	CG33253	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.04	0.056	0.043	0.0188	0.0361	0.0617	0.0644	0.0779	0.0361	0.0743	0.046	0.0743	0.0294	0.0528	0.0116	0.0528	0.0162
chrX	19077348	19077540	chrX:19077349-19077540	FBgn0030992	CG33253	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0397	0.0607	0.042	0.0138	0.052	0.0772	0.0679	0.066	0.052	0.058	0.0489	0.058	0.0349	0.0253	0.0123	0.0253	0.013
chrX	19081692	19081843	chrX:19081693-19081843	FBgn0030993	Mec2	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0239	0.0197	0.0206	0.0322	0.0117	0.0286	0.0216	0.0213	0.0117	0.0229	0.018	0.0229	0.0426	0.0145	0.02	0.0145	0.0849
chrX	19081932	19082111	chrX:19081933-19082111	FBgn0030993	Mec2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0283	0.0209	0.0256	0.0395	0.0085	0.0306	0.026	0.0213	0.0085	0.0151	0.0209	0.0151	0.0713	0.0168	0.029	0.0168	0.1032
chrX	19084019	19084245	chrX:19084020-19084245	FBgn0030994	CG14193	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0545	0.0607	0.0572	0.0447	0.0435	0.0665	0.0662	0.0893	0.0435	0.0543	0.0762	0.0543	0.0674	0.0567	0.0522	0.0567	0.0516
chrX	19085539	19085690	chrX:19085540-19085690	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0302	0.0217	0.011	0.017	0.0277	0.0424	0.038	0.017	0.0223	0.0305	0.0223	0.0155	0.0092	0.011	0.0092	0.0156
chrX	19087462	19087649	chrX:19087463-19087649	FBgn0030995,FBgn0030996	CG14194,CG7914	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1102	0.1024	0.1365	0.0898	0.0615	0.1204	0.1202	0.1239	0.0615	0.1775	0.145	0.1775	0.1503	0.1011	0.1038	0.1011	0.112
chrX	19087702	19087892	chrX:19087703-19087892	FBgn0030995,FBgn0030996	CG14194,CG7914	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.0495	0.0656	0.0429	0.0297	0.05	0.0644	0.058	0.0297	0.0767	0.0678	0.0767	0.0782	0.0498	0.0548	0.0498	0.0474
chrX	19087974	19088188	chrX:19087975-19088188	FBgn0030995,FBgn0030996	CG14194,CG7914	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0386	0.0491	0.0302	0.0233	0.0398	0.0545	0.0386	0.0233	0.067	0.0492	0.067	0.0473	0.0391	0.04	0.0391	0.0354
chrX	19090365	19090543	chrX:19090366-19090543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0303	0.0454	0.0299	0.0127	0.0345	0.0316	0.044	0.0127	0.0537	0.0489	0.0537	0.0589	0.0345	0.0277	0.0345	0.0406
chrX	19094122	19094273	chrX:19094123-19094273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0096	0.0136	0.0199	0.0042	0.0078	0.0164	0.0107	0.0042	0.0187	0.0103	0.0187	0.0116	0.013	0.0026	0.013	0.0031
chrX	19094402	19094553	chrX:19094403-19094553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0092	0.0115	0.0188	0.0032	0.0083	0.0147	0.0107	0.0032	0.0103	0.0109	0.0103	0.0155	0.013	0.0032	0.013	0.0063
chrX	19094794	19094945	chrX:19094795-19094945	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0086	0.0115	0.0121	0.0011	0.0073	0.0147	0.0113	0.0011	0.0127	0.0125	0.0127	0.0093	0.013	0.0045	0.013	0.0057
chrX	19095157	19095314	chrX:19095158-19095314	FBgn0030997	CG7990	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0091	0.0162	0.0313	0.0064	0.0092	0.0108	0.012	0.0064	0.0163	0.0109	0.0163	0.0186	0.026	0.0103	0.026	0.0198
chrX	19095508	19095659	chrX:19095509-19095659	FBgn0030997	CG7990	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0194	0.0111	0.0203	0.0277	0.0064	0.0112	0.0138	0.0147	0.0064	0.0169	0.0228	0.0169	0.0217	0.0291	0.0148	0.0291	0.0224
chrX	19095762	19096011	chrX:19095763-19096011	FBgn0030997	CG7990	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0496	0.049	0.0392	0.0616	0.0286	0.0427	0.0692	0.064	0.0286	0.0284	0.0373	0.0284	0.0542	0.0413	0.0329	0.0413	0.0683
chrX	19101651	19101899	chrX:19101652-19101899	FBgn0027603	Ulp1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0367	0.046	0.0386	0.0244	0.0308	0.0471	0.0662	0.0473	0.0308	0.0374	0.0408	0.0374	0.0387	0.0283	0.0181	0.0283	0.0229
chrX	19102116	19102320	chrX:19102117-19102320	FBgn0027603	Ulp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.1335	0.1392	0.094	0.1018	0.1359	0.1696	0.1612	0.1018	0.1715	0.1502	0.1715	0.1348	0.0942	0.0877	0.0942	0.1225
chrX	19102511	19102899	chrX:19102512-19102899	FBgn0027603	Ulp1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0697	0.0842	0.075	0.0476	0.0562	0.0893	0.1047	0.1033	0.0562	0.0845	0.0916	0.0845	0.0744	0.0582	0.0477	0.0582	0.0568
chrX	19105618	19105784	chrX:19105619-19105784	FBgn0030998	CG14195	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0179	0.0187	0.0189	0.0159	0.0085	0.0228	0.0238	0.022	0.0085	0.0133	0.0209	0.0133	0.038	0.0184	0.0084	0.0184	0.0281
chrX	19106391	19106542	chrX:19106392-19106542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0164	0.0153	0.0148	0.0192	0.0053	0.0136	0.0238	0.0187	0.0053	0.0127	0.018	0.0127	0.024	0.0475	0.0148	0.0475	0.0229
chrX	19114530	19114770	chrX:19114531-19114770	FBgn0031001	CG7884	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.147	0.1974	0.1787	0.0558	0.1877	0.168	0.2582	0.2458	0.1877	0.1691	0.2543	0.1691	0.1348	0.0375	0.1399	0.0375	0.0453
chrX	19114982	19115297	chrX:19114983-19115297	FBgn0031001	CG7884	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1229	0.2087	0.119	0.0311	0.2301	0.1587	0.266	0.2685	0.2301	0.0864	0.2061	0.0864	0.0775	0.013	0.0916	0.013	0.0229
chrX	19116349	19116500	chrX:19116350-19116500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0288	0.0481	0.027	0.0093	0.0371	0.0228	0.0722	0.0799	0.0371	0.0139	0.0498	0.0139	0.0132	0.0069	0.02	0.0069	0.0099
chrX	19116636	19116936	chrX:19116637-19116936	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0402	0.0724	0.033	0.012	0.052	0.0481	0.1055	0.1079	0.052	0.0284	0.0505	0.0284	0.0217	0.0123	0.0219	0.0123	0.013
chrX	19119407	19119664	chrX:19119408-19119664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0203	0.0253	0.0171	0.0181	0.018	0.0102	0.0441	0.0346	0.018	0.0157	0.0254	0.0157	0.0132	0.013	0.0361	0.013	0.0203
chrX	19120564	19120715	chrX:19120565-19120715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0203	0.0327	0.0197	0.0072	0.0276	0.0262	0.0558	0.03	0.0276	0.0193	0.0305	0.0193	0.0155	0.0077	0.0058	0.0077	0.0099
chrX	19120796	19120973	chrX:19120797-19120973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0229	0.0389	0.0206	0.0077	0.0297	0.035	0.0636	0.038	0.0297	0.0248	0.028	0.0248	0.0132	0.0061	0.0084	0.0061	0.0109
chrX	19122106	19122257	chrX:19122107-19122257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0216	0.0368	0.0192	0.0072	0.0318	0.0233	0.0601	0.04	0.0318	0.0169	0.0299	0.0169	0.0139	0.0084	0.009	0.0084	0.0094
chrX	19122277	19122498	chrX:19122278-19122498	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.025	0.0431	0.0198	0.0103	0.035	0.0267	0.0705	0.0473	0.035	0.0157	0.0322	0.0157	0.0124	0.0054	0.0161	0.0054	0.0135
chrX	19131973	19132124	chrX:19131974-19132124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0176	0.0313	0.0155	0.0047	0.0212	0.0204	0.0515	0.034	0.0212	0.0139	0.0248	0.0139	0.0108	0.0061	0.0039	0.0061	0.0057
chrX	19132362	19132513	chrX:19132363-19132513	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0211	0.0343	0.019	0.0085	0.0244	0.0194	0.0554	0.0473	0.0244	0.0145	0.0286	0.0145	0.0132	0.0115	0.009	0.0115	0.012
chrX	19135532	19135683	chrX:19135533-19135683	FBgn0031002	CG14196	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0192	0.0219	0.0181	0.0173	0.0106	0.0257	0.0285	0.0247	0.0106	0.0242	0.0232	0.0242	0.017	0.0421	0.0181	0.0421	0.0146
chrX	19135820	19136059	chrX:19135821-19136059	FBgn0031002	CG14196	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0401	0.0415	0.0294	0.018	0.0495	0.0515	0.046	0.018	0.0447	0.0495	0.0447	0.0542	0.0482	0.0393	0.0482	0.0339
chrX	19136103	19136294	chrX:19136104-19136294	FBgn0031002	CG14196	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0647	0.0665	0.0556	0.0445	0.0806	0.0644	0.0913	0.0445	0.0791	0.0801	0.0791	0.0806	0.0727	0.0671	0.0727	0.0829
chrX	19137086	19137440	chrX:19137087-19137440	FBgn0031003	CG7889	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.076	0.0943	0.078	0.0532	0.0668	0.1005	0.1138	0.1206	0.0668	0.0809	0.0862	0.0809	0.11	0.0544	0.0496	0.0544	0.0745
chrX	19137543	19137738	chrX:19137544-19137738	FBgn0031003	CG7889	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1018	0.1042	0.1128	0.0872	0.0668	0.1257	0.1172	0.1292	0.0668	0.1486	0.1235	0.1486	0.1286	0.1118	0.0916	0.1118	0.1183
chrX	19139211	19139362	chrX:19139212-19139362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0194	0.0244	0.0178	0.0117	0.0267	0.0238	0.0187	0.0117	0.0151	0.0209	0.0151	0.062	0.01	0.0148	0.01	0.0396
chrX	19141258	19141434	chrX:19141259-19141434	FBgn0031004	CG7992	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0263	0.0253	0.0322	0.0207	0.0106	0.0354	0.026	0.0313	0.0106	0.0163	0.0264	0.0163	0.096	0.0061	0.011	0.0061	0.0417
chrX	19141645	19141840	chrX:19141646-19141840	FBgn0031004	CG7992	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0253	0.0222	0.027	0.0269	0.0127	0.033	0.026	0.0193	0.0127	0.0145	0.0238	0.0145	0.0736	0.0084	0.0135	0.0084	0.0479
chrX	19141941	19142092	chrX:19141942-19142092	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0151	0.0197	0.0337	0.0042	0.016	0.0221	0.0173	0.0042	0.0145	0.0145	0.0145	0.0442	0.0077	0.0142	0.0077	0.0417
chrX	19142695	19142848	chrX:19142696-19142848	FBgn0031005	Hs3st-B	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0217	0.0132	0.0169	0.0366	0.0064	0.0155	0.0186	0.0153	0.0064	0.0145	0.0151	0.0145	0.0232	0.0145	0.0064	0.0145	0.024
chrX	19152894	19153045	chrX:19152895-19153045	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0398	0.0288	0.0157	0.0201	0.0432	0.064	0.0346	0.0201	0.0362	0.0338	0.0362	0.0263	0.0207	0.0168	0.0207	0.0208
chrX	19153963	19154400	chrX:19153964-19154400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1536	0.1679	0.1689	0.1209	0.1145	0.1927	0.1765	0.2358	0.1145	0.2337	0.1772	0.2337	0.1782	0.1248	0.1412	0.1248	0.1876
chrX	19154535	19154999	chrX:19154536-19154999	FBgn0031006	rictor	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1191	0.1069	0.1438	0.1057	0.0498	0.1335	0.1133	0.1452	0.0498	0.1902	0.146	0.1902	0.1441	0.098	0.1032	0.098	0.135
chrX	19155250	19155441	chrX:19155251-19155441	FBgn0031006,FBgn0040068	rictor,vav	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1488	0.1398	0.1774	0.1276	0.0817	0.1796	0.1561	0.1599	0.0817	0.2361	0.1929	0.2361	0.151	0.1325	0.1418	0.1325	0.1501
chrX	19155722	19156016	chrX:19155723-19156016	FBgn0031006,FBgn0040068	rictor,vav	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1804	0.1836	0.1994	0.156	0.1548	0.2112	0.215	0.2105	0.1548	0.2403	0.2132	0.2403	0.2053	0.1692	0.1573	0.1692	0.1959
chrX	19158541	19158718	chrX:19158542-19158718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0768	0.047	0.098	0.087	0.018	0.0748	0.0471	0.0506	0.018	0.1347	0.0932	0.1347	0.141	0.1409	0.0729	0.1409	0.1386
chrX	19159949	19160120	chrX:19159950-19160120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0409	0.0242	0.0534	0.046	0.0117	0.0335	0.0298	0.0233	0.0117	0.0525	0.0415	0.0525	0.1108	0.0237	0.0232	0.0237	0.1167
chrX	19160215	19160399	chrX:19160216-19160399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0409	0.0222	0.0529	0.0486	0.0074	0.0301	0.0242	0.0273	0.0074	0.0495	0.0428	0.0495	0.117	0.0368	0.0329	0.0368	0.1094
chrX	19160740	19160900	chrX:19160741-19160900	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0395	0.0264	0.0444	0.0486	0.0106	0.035	0.0316	0.028	0.0106	0.0465	0.037	0.0465	0.0968	0.0329	0.029	0.0329	0.1152
chrX	19162409	19162560	chrX:19162410-19162560	FBgn0031008	CG8010	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0277	0.0284	0.0332	0.0209	0.018	0.0286	0.0368	0.036	0.018	0.0338	0.0405	0.0338	0.0387	0.0222	0.0187	0.0222	0.0318
chrX	19162869	19163044	chrX:19162870-19163044	FBgn0031008	CG8010	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1275	0.1133	0.158	0.11	0.071	0.134	0.1237	0.1526	0.071	0.1908	0.1746	0.1908	0.1603	0.1087	0.118	0.1087	0.1428
chrX	19163257	19163408	chrX:19163258-19163408	FBgn0031008	CG8010	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.0327	0.0398	0.0178	0.017	0.033	0.0446	0.0393	0.017	0.0411	0.0505	0.0411	0.038	0.0222	0.0213	0.0222	0.0203
chrX	19167069	19167252	chrX:19167070-19167252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0366	0.0304	0.0431	0.0362	0.0148	0.0345	0.0303	0.05	0.0148	0.0405	0.0511	0.0405	0.0503	0.0452	0.0413	0.0452	0.049
chrX	19167705	19167856	chrX:19167706-19167856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.025	0.0244	0.0282	0.022	0.0138	0.0252	0.0285	0.034	0.0138	0.0332	0.0318	0.0332	0.0302	0.026	0.02	0.026	0.0365
chrX	19170463	19170614	chrX:19170464-19170614	FBgn0052536,FBgn0052537	CG32536,CG32537	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0273	0.0293	0.0313	0.0207	0.0138	0.032	0.0372	0.0386	0.0138	0.0314	0.0318	0.0314	0.0426	0.0222	0.0206	0.0222	0.0281
chrX	19170853	19171033	chrX:19170854-19171033	FBgn0052536,FBgn0052537	CG32536,CG32537	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.097	0.0943	0.1115	0.084	0.0647	0.1121	0.1034	0.1226	0.0647	0.1377	0.119	0.1377	0.1216	0.0904	0.087	0.0904	0.1068
chrX	19175466	19175617	chrX:19175467-19175617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0182	0.016	0.019	0.0198	0.0032	0.0204	0.0199	0.0167	0.0032	0.0181	0.0235	0.0181	0.0279	0.0199	0.0219	0.0199	0.0365
chrX	19179646	19179854	chrX:19179647-19179854	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.017	0.0157	0.0203	0.0148	0.0064	0.0189	0.0225	0.0147	0.0064	0.0169	0.0164	0.0169	0.0503	0.0123	0.0064	0.0123	0.0365
chrX	19180898	19181086	chrX:19180899-19181086	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5	0.0214	0.0353	0.0161	0.0116	0.0339	0.0311	0.0528	0.032	0.0339	0.0205	0.018	0.0205	0.0186	0.0191	0.0123	0.0191	0.0125
chrX	19183538	19183689	chrX:19183539-19183689	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0092	0.0142	0.0209	0.0042	0.0107	0.0138	0.0087	0.0042	0.0085	0.0203	0.0085	0.0225	0.0153	0.0542	0.0153	0.0167
chrX	19184234	19184385	chrX:19184235-19184385	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0299	0.0176	0.0404	0.0322	0.0085	0.0262	0.0143	0.0247	0.0085	0.0242	0.0727	0.0242	0.024	0.0237	0.0922	0.0237	0.0188
chrX	19185847	19186060	chrX:19185848-19186060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0245	0.0224	0.023	0.0285	0.0127	0.0311	0.0307	0.018	0.0127	0.0242	0.0196	0.0242	0.0449	0.0406	0.0168	0.0406	0.0479
chrX	19187530	19187681	chrX:19187531-19187681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0205	0.029	0.0223	0.0091	0.0117	0.0301	0.0441	0.0333	0.0117	0.0151	0.0264	0.0151	0.0418	0.0077	0.0097	0.0077	0.0172
chrX	19190151	19190334	chrX:19190152-19190334	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.052	0.0385	0.0916	0.0237	0.0064	0.0641	0.0277	0.0613	0.0064	0.1147	0.146	0.1147	0.0279	0.049	0.04	0.049	0.012
chrX	19191246	19191397	chrX:19191247-19191397	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0405	0.0294	0.0468	0.0458	0.0085	0.0403	0.0272	0.0426	0.0085	0.0658	0.0553	0.0658	0.0356	0.1072	0.0516	0.1072	0.0318
chrX	19192029	19192270	chrX:19192030-19192270	FBgn0031011	CG8034	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1886	0.1453	0.2546	0.1646	0.0986	0.2112	0.1029	0.2232	0.0986	0.3454	0.2926	0.3454	0.2301	0.2297	0.2031	0.2297	0.1944
chrX	19192473	19192677	chrX:19192474-19192677	FBgn0031011	CG8034	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1536	0.1297	0.2077	0.121	0.0753	0.1864	0.0926	0.2012	0.0753	0.2796	0.2347	0.2796	0.2169	0.1692	0.1547	0.1692	0.1751
chrX	19192705	19192929	chrX:19192706-19192929	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1556	0.1441	0.2057	0.1135	0.087	0.1864	0.1198	0.2212	0.087	0.2657	0.2498	0.2657	0.1913	0.1593	0.1496	0.1593	0.1574
chrX	19193129	19193355	chrX:19193130-19193355	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0762	0.0864	0.1036	0.0348	0.0435	0.0811	0.0926	0.1472	0.0435	0.1202	0.1408	0.1202	0.0821	0.0467	0.0445	0.0467	0.0344
chrX	19198985	19199136	chrX:19198986-19199136	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0118	0.0137	0.0145	0.0011	0.0112	0.0199	0.0127	0.0011	0.0127	0.0125	0.0127	0.031	0.0092	0.0084	0.0092	0.036
chrX	19201943	19202143	chrX:19201944-19202143	FBgn0031012	CG8051	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0473	0.0413	0.0442	0.0575	0.0265	0.0505	0.0571	0.0353	0.0265	0.0435	0.0305	0.0435	0.1278	0.0865	0.0632	0.0865	0.0787
chrX	19202228	19202435	chrX:19202229-19202435	FBgn0031012	CG8051	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0486	0.04	0.0492	0.0577	0.0138	0.0519	0.0558	0.034	0.0138	0.0302	0.0277	0.0302	0.1813	0.0498	0.0438	0.0498	0.1256
chrX	19209041	19209192	chrX:19209042-19209192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0153	0.0105	0.0154	0.0206	0	0.017	0.0138	0.0093	0	0.0254	0.0148	0.0254	0.0155	0.0383	0.0168	0.0383	0.0318
chrX	19209546	19209845	chrX:19209547-19209845	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0333	0.0252	0.0349	0.0407	0.0053	0.0364	0.0329	0.0266	0.0053	0.0531	0.0299	0.0531	0.0581	0.0413	0.0426	0.0413	0.0771
chrX	19210888	19211093	chrX:19210889-19211093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0344	0.0227	0.0464	0.0344	0.0074	0.0403	0.0216	0.024	0.0074	0.0598	0.037	0.0598	0.1022	0.0498	0.0309	0.0498	0.0599
chrX	19211395	19211546	chrX:19211396-19211546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0181	0.0122	0.0216	0.0209	0.0064	0.0189	0.0143	0.0113	0.0064	0.029	0.0206	0.029	0.0325	0.0214	0.0116	0.0214	0.0448
chrX	19213079	19213306	chrX:19213080-19213306	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0579	0.0589	0.0683	0.0453	0.0074	0.1451	0.032	0.0433	0.0074	0.1479	0.0588	0.1479	0.0527	0.1401	0.0529	0.1401	0.0167
chrX	19213550	19213701	chrX:19213551-19213701	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.031	0.0275	0.0424	0.0224	0.0053	0.0665	0.0199	0.0187	0.0053	0.096	0.036	0.096	0.0263	0.049	0.0335	0.049	0.0141
chrX	19216035	19216256	chrX:19216036-19216256	FBgn0259834	out	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1355	0.1257	0.1633	0.1157	0.0721	0.1684	0.1073	0.1852	0.0721	0.2337	0.2048	0.2337	0.141	0.1371	0.1799	0.1371	0.1579
chrX	19216410	19216728	chrX:19216411-19216728	FBgn0259834	out	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1461	0.1434	0.0852	0.0838	0.1796	0.1384	0.2179	0.0838	0.1866	0.1929	0.1866	0.1131	0.0858	0.1464	0.0858	0.1105
chrX	19216985	19217175	chrX:19216986-19217175	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0823	0.1109	0.09	0.0419	0.0848	0.1044	0.1306	0.1612	0.0848	0.061	0.1579	0.061	0.0527	0.0436	0.0883	0.0436	0.0386
chrX	19217688	19217872	chrX:19217689-19217872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0401	0.0619	0.0649	0.0127	0.0495	0.0471	0.0533	0.0127	0.0489	0.0865	0.0489	0.0813	0.0727	0.0832	0.0727	0.0891
chrX	19218243	19218394	chrX:19218244-19218394	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.039	0.0586	0.0346	0.022	0.053	0.0505	0.0761	0.074	0.053	0.0338	0.0482	0.0338	0.031	0.0199	0.0303	0.0199	0.0234
chrX	19219873	19220057	chrX:19219874-19220057	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0673	0.0634	0.0855	0.0517	0.0371	0.0845	0.0727	0.0686	0.0371	0.0942	0.1061	0.0942	0.0837	0.062	0.0587	0.062	0.0625
chrX	19220156	19220307	chrX:19220157-19220307	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0326	0.0268	0.0416	0.0292	0.0223	0.0335	0.0303	0.0306	0.0223	0.0399	0.0559	0.0399	0.0356	0.0176	0.06	0.0176	0.0297
chrX	19220874	19221049	chrX:19220875-19221049	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.087	0.0749	0.1089	0.0766	0.0382	0.0937	0.0856	0.0846	0.0382	0.1377	0.1219	0.1377	0.093	0.0896	0.0909	0.0896	0.0834
chrX	19223732	19223883	chrX:19223733-19223883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0136	0.0299	0.0146	0.0053	0.0175	0.0203	0.012	0.0053	0.0356	0.0386	0.0356	0.017	0.0153	0.0161	0.0153	0.012
chrX	19231605	19231756	chrX:19231606-19231756	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0307	0.014	0.01	0.0297	0.0194	0.0519	0.0286	0.0297	0.0169	0.0174	0.0169	0.0116	0.0115	0.0123	0.0115	0.0125
chrX	19231965	19232153	chrX:19231966-19232153	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0247	0.0332	0.0207	0.0196	0.0329	0.0311	0.0437	0.0366	0.0329	0.0254	0.0241	0.0254	0.0225	0.0191	0.0174	0.0191	0.0328
chrX	19232892	19233043	chrX:19232893-19233043	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0172	0.0333	0.0107	0.0065	0.0191	0.0228	0.0575	0.03	0.0191	0.0157	0.0096	0.0157	0.0132	0.0069	0.0058	0.0069	0.0073
chrX	19242294	19242584	chrX:19242295-19242584	FBgn0086778	gfA	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0407	0.049	0.0419	0.0302	0.0191	0.0723	0.0428	0.07	0.0191	0.0719	0.0447	0.0719	0.0163	0.0123	0.0142	0.0123	0.0125
chrX	19243147	19243505	chrX:19243148-19243505	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0554	0.0285	0.04	0.1022	0.018	0.0369	0.032	0.026	0.018	0.0296	0.0389	0.0296	0.0558	0.075	0.0658	0.075	0.1271
chrX	19247135	19247366	chrX:19247136-19247366	FBgn0031016	kek5	stage11,stage14,stage5	none	VT64246.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.197	0.1702	0.243	0.1763	0.1135	0.2092	0.1864	0.2079	0.1135	0.3261	0.2682	0.3261	0.2215	0.2129	0.1715	0.2129	0.2069
chrX	19247639	19247900	chrX:19247640-19247900	FBgn0031016	kek5	stage11,stage14,stage5	none	VT64246.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1828	0.1706	0.2277	0.1472	0.1188	0.1883	0.1856	0.2352	0.1188	0.2862	0.2804	0.2862	0.1828	0.1593	0.2025	0.1593	0.1746
chrX	19248078	19248229	chrX:19248079-19248229	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT64246.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0616	0.0662	0.0783	0.038	0.0403	0.067	0.0852	0.0846	0.0403	0.0845	0.1109	0.0845	0.0473	0.0429	0.0651	0.0429	0.0328
chrX	19248339	19248547	chrX:19248340-19248547	distal	distal	none	none	VT64246.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.058	0.0784	0.058	0.0354	0.0615	0.0626	0.1176	0.0839	0.0615	0.0598	0.0762	0.0598	0.0426	0.0329	0.0651	0.0329	0.0302
chrX	19248571	19248722	chrX:19248572-19248722	distal	distal	none	none	VT64246.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.04	0.0482	0.0294	0.0159	0.0388	0.061	0.046	0.0159	0.035	0.0698	0.035	0.0395	0.0276	0.058	0.0276	0.0276
chrX	19248915	19249084	chrX:19248916-19249084	distal	distal	stage5	stage5	VT64246.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0517	0.0571	0.0641	0.0322	0.0201	0.0621	0.0683	0.0873	0.0201	0.0531	0.0939	0.0531	0.0511	0.0214	0.0632	0.0214	0.0323
chrX	19250540	19250691	chrX:19250541-19250691	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0269	0.0193	0.0386	0.0227	0.0042	0.0335	0.0208	0.0187	0.0042	0.0284	0.0367	0.0284	0.0829	0.013	0.0226	0.013	0.0365
chrX	19253084	19253349	chrX:19253085-19253349	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0732	0.07	0.0971	0.0506	0.0382	0.0879	0.0644	0.1113	0.0382	0.0405	0.1842	0.0405	0.0411	0.0153	0.1399	0.0153	0.024
chrX	19253627	19253854	chrX:19253628-19253854	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0507	0.0657	0.0558	0.0284	0.0361	0.0704	0.0783	0.0913	0.0361	0.055	0.0785	0.055	0.0364	0.0184	0.0574	0.0184	0.0198
chrX	19255007	19255158	chrX:19255008-19255158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0643	0.0623	0.0832	0.0457	0.0329	0.0728	0.067	0.0879	0.0329	0.0882	0.0968	0.0882	0.0868	0.0459	0.0542	0.0459	0.0636
chrX	19255284	19255494	chrX:19255285-19255494	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1835	0.1773	0.2195	0.1508	0.1124	0.2121	0.186	0.2412	0.1124	0.2905	0.2408	0.2905	0.1921	0.1524	0.196	0.1524	0.1886
chrX	19255904	19256055	chrX:19255905-19256055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0467	0.052	0.032	0.0318	0.0383	0.0666	0.0553	0.0318	0.0586	0.0685	0.0586	0.0403	0.0406	0.0387	0.0406	0.038
chrX	19257791	19257963	chrX:19257792-19257963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0378	0.0249	0.0572	0.0309	0.0138	0.0383	0.0251	0.0227	0.0138	0.125	0.0457	0.125	0.0256	0.0368	0.0226	0.0368	0.0151
chrX	19258193	19258394	chrX:19258194-19258394	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0798	0.0567	0.1088	0.0738	0.0244	0.0932	0.0515	0.0593	0.0244	0.2258	0.0823	0.2258	0.0279	0.0743	0.0438	0.0743	0.0448
chrX	19259730	19259881	chrX:19259731-19259881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0167	0.0097	0.0211	0.0198	0.0053	0.0117	0.0117	0.0067	0.0053	0.0344	0.0206	0.0344	0.0155	0.0436	0.0142	0.0436	0.0141
chrX	19265289	19265569	chrX:19265290-19265569	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0795	0.0287	0.1169	0.0954	0.0042	0.0563	0.0272	0.02	0.0042	0.2488	0.1122	0.2488	0.0868	0.17	0.0935	0.17	0.1355
chrX	19265933	19266178	chrX:19265934-19266178	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0848	0.036	0.1236	0.0966	0.0085	0.0665	0.0324	0.0373	0.0085	0.2723	0.0955	0.2723	0.1247	0.1669	0.0703	0.1669	0.1589
chrX	19266213	19266409	chrX:19266214-19266409	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0744	0.0378	0.1104	0.0758	0.0053	0.0738	0.0316	0.0413	0.0053	0.2403	0.0839	0.2403	0.1123	0.1256	0.0587	0.1256	0.1225
chrX	19269316	19269467	chrX:19269317-19269467	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0145	0.0301	0.0259	0.0085	0.0184	0.016	0.016	0.0085	0.029	0.027	0.029	0.0604	0.0245	0.029	0.0245	0.0396
chrX	19269537	19269804	chrX:19269538-19269804	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.04	0.0274	0.0533	0.0395	0.0053	0.0471	0.0277	0.0247	0.0053	0.0489	0.0383	0.0489	0.134	0.0268	0.0303	0.0268	0.0724
chrX	19274877	19275028	chrX:19274878-19275028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0141	0.0113	0.0184	0.0125	0.0032	0.0117	0.0164	0.0127	0.0032	0.0181	0.0199	0.0181	0.0163	0.0046	0.0077	0.0046	0.0135
chrX	19277041	19277244	chrX:19277042-19277244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0199	0.0223	0.0255	0.011	0.0064	0.0379	0.0195	0.028	0.0064	0.0175	0.0267	0.0175	0.0411	0.0092	0.0142	0.0092	0.0104
chrX	19278598	19278749	chrX:19278599-19278749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0118	0.0152	0.0128	0.0064	0.0136	0.0164	0.0133	0.0064	0.0157	0.0161	0.0157	0.0108	0.0061	0.0064	0.0061	0.0094
chrX	19280114	19280265	chrX:19280115-19280265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0171	0.0126	0.0258	0.0127	0.0032	0.017	0.0134	0.018	0.0032	0.0405	0.0277	0.0405	0.017	0.0123	0.0187	0.0123	0.0141
chrX	19280883	19281240	chrX:19280884-19281240	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0304	0.03	0.0382	0.0221	0.0053	0.05	0.0277	0.034	0.0053	0.0477	0.0418	0.0477	0.0209	0.0153	0.0232	0.0153	0.0208
chrX	19287635	19287786	chrX:19287636-19287786	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0062	0.0117	0.0131	0	0.0107	0.0078	0.004	0	0.0103	0.0148	0.0103	0.0077	0.0054	0.009	0.0054	0.0063
chrX	19289061	19289212	chrX:19289062-19289212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0148	0.0286	0.0206	0.0085	0.0204	0.0169	0.0127	0.0085	0.032	0.036	0.032	0.0209	0.0145	0.0181	0.0145	0.0318
chrX	19289247	19289528	chrX:19289248-19289528	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.028	0.0162	0.0393	0.0288	0.0064	0.0233	0.0195	0.016	0.0064	0.0374	0.046	0.0374	0.0356	0.013	0.0303	0.013	0.0438
chrX	19290845	19290996	chrX:19290846-19290996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0177	0.0284	0.0178	0.0074	0.0228	0.0186	0.026	0.0074	0.0175	0.0312	0.0175	0.0225	0.01	0.0168	0.01	0.0156
chrX	19293618	19294028	chrX:19293619-19294028	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0603	0.0332	0.0763	0.0732	0.0117	0.0573	0.0285	0.04	0.0117	0.1171	0.0675	0.1171	0.1022	0.0796	0.0445	0.0796	0.1303
chrX	19294699	19294870	chrX:19294700-19294870	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.028	0.0202	0.0325	0.0318	0.0117	0.0243	0.0177	0.032	0.0117	0.0332	0.0367	0.0332	0.0372	0.0168	0.029	0.0168	0.0287
chrX	19294956	19295107	chrX:19294957-19295107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0125	0.0197	0.0297	0.0011	0.017	0.0121	0.0173	0.0011	0.0229	0.0203	0.0229	0.0186	0.0123	0.0123	0.0123	0.0146
chrX	19295585	19295736	chrX:19295586-19295736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0101	0.0161	0.0263	0.0074	0.0083	0.0125	0.0147	0.0074	0.0181	0.0141	0.0181	0.0124	0.0077	0.0084	0.0077	0.0151
chrX	19295770	19295993	chrX:19295771-19295993	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0179	0.007	0.0136	0.0348	0.0021	0.0063	0.0104	0.008	0.0021	0.0145	0.0109	0.0145	0.0108	0.013	0.0058	0.013	0.0391
chrX	19297541	19297692	chrX:19297542-19297692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0217	0.0192	0.031	0.0145	0.0042	0.0282	0.0186	0.0247	0.0042	0.0308	0.0331	0.0308	0.0248	0.0069	0.0123	0.0069	0.0115
chrX	19303319	19303470	chrX:19303320-19303470	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0123	0.0085	0.0166	0.012	0.0064	0.0102	0.0087	0.0133	0.0064	0.0193	0.019	0.0193	0.0163	0.0092	0.0064	0.0092	0.0229
chrX	19309813	19309964	chrX:19309814-19309964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0148	0.0126	0.0209	0.0106	0.0021	0.017	0.0182	0.012	0.0021	0.0211	0.0232	0.0211	0.0163	0.0084	0.011	0.0084	0.0089
chrX	19310180	19310331	chrX:19310181-19310331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0177	0.0112	0.025	0.0169	0.0011	0.0155	0.0134	0.0153	0.0011	0.0236	0.0273	0.0236	0.0232	0.0138	0.0168	0.0138	0.0208
chrX	19315877	19316028	chrX:19315878-19316028	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0084	0.0059	0.0085	0.0113	0.0011	0.0063	0.0099	0.0053	0.0011	0.0115	0.0077	0.0115	0.0108	0.0069	0.0032	0.0069	0.0297
chrX	19316341	19316492	chrX:19316342-19316492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0131	0.0102	0.0147	0.0146	0.0021	0.0141	0.0108	0.016	0.0021	0.0181	0.0141	0.0181	0.0108	0.0107	0.0084	0.0107	0.0313
chrX	19318676	19318827	chrX:19318677-19318827	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.018	0.0204	0.0222	0.0106	0.0138	0.0189	0.0264	0.0286	0.0138	0.0163	0.0264	0.0163	0.0163	0.0092	0.0135	0.0092	0.0135
chrX	19323224	19323375	chrX:19323225-19323375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0161	0.0247	0.0143	0.0042	0.0214	0.0173	0.0213	0.0042	0.029	0.028	0.029	0.0085	0.013	0.0116	0.013	0.0089
chrX	19326188	19326357	chrX:19326189-19326357	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0316	0.0196	0.0501	0.0246	0.0053	0.0291	0.0147	0.0266	0.0053	0.0223	0.0283	0.0223	0.0194	0.0077	0.0097	0.0077	0.0109
chrX	19327882	19328185	chrX:19327883-19328185	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0313	0.0284	0.0367	0.0287	0.0042	0.0646	0.0229	0.0193	0.0042	0.0405	0.0286	0.0405	0.0387	0.0161	0.0103	0.0161	0.0412
chrX	19329846	19329997	chrX:19329847-19329997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.017	0.0105	0.0244	0.0163	0.0053	0.0155	0.0117	0.012	0.0053	0.0199	0.0251	0.0199	0.0302	0.0123	0.0103	0.0123	0.0334
chrX	19340045	19340196	chrX:19340046-19340196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0151	0.013	0.015	0.0177	0.0053	0.0165	0.016	0.016	0.0053	0.0163	0.0151	0.0163	0.0139	0.0482	0.0103	0.0482	0.0141
chrX	19343407	19343558	chrX:19343408-19343558	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0151	0.0115	0.0178	0.0163	0.0042	0.0136	0.0121	0.0133	0.0042	0.0169	0.019	0.0169	0.0108	0.0107	0.0064	0.0107	0.0146
chrX	19343958	19344112	chrX:19343959-19344112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0189	0.0113	0.0264	0.0192	0.0011	0.0189	0.0099	0.012	0.0011	0.0229	0.0206	0.0229	0.0201	0.0115	0.011	0.0115	0.0156
chrX	19347454	19347605	chrX:19347455-19347605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.01	0.0147	0.0173	0.0042	0.0126	0.0147	0.0067	0.0042	0.0163	0.0164	0.0163	0.007	0.01	0.0123	0.01	0.0135
chrX	19349591	19349742	chrX:19349592-19349742	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.011	0.0161	0.0113	0.0021	0.0146	0.0143	0.0133	0.0021	0.0151	0.0203	0.0151	0.0077	0.0015	0.0084	0.0015	0.0078
chrX	19350029	19350180	chrX:19350030-19350180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0106	0.0179	0.0135	0.0042	0.0092	0.0147	0.0153	0.0042	0.0169	0.0215	0.0169	0.0163	0.01	0.0103	0.01	0.0099
chrX	19368555	19368706	chrX:19368556-19368706	FBgn0031018	CG12200	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0233	0.0227	0.0315	0.015	0.0138	0.0257	0.0298	0.0247	0.0138	0.0314	0.037	0.0314	0.0395	0.0115	0.0181	0.0115	0.0208
chrX	19368736	19368887	chrX:19368737-19368887	FBgn0031018	CG12200	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0294	0.0372	0.0159	0.0233	0.0301	0.0441	0.0313	0.0233	0.0399	0.0444	0.0399	0.038	0.01	0.0181	0.01	0.025
chrX	19373288	19373502	chrX:19373289-19373502	FBgn0044030,FBgn0052533	CG32533,mRpS14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0961	0.0927	0.1142	0.0801	0.0636	0.1102	0.1025	0.1126	0.0636	0.1437	0.1277	0.1437	0.1084	0.085	0.0812	0.085	0.1053
chrX	19373539	19373754	chrX:19373540-19373754	FBgn0031020,FBgn0044030,FBgn0052533	CG32533,Nat1,mRpS14	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.079	0.0693	0.0994	0.0675	0.0392	0.0893	0.0753	0.0839	0.0392	0.1298	0.1048	0.1298	0.0991	0.0689	0.0696	0.0689	0.0823
chrX	19373887	19374072	chrX:19373888-19374072	FBgn0031020,FBgn0044030	Nat1,mRpS14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.165	0.1486	0.1992	0.1458	0.1294	0.1777	0.1449	0.2032	0.1294	0.2548	0.2129	0.2548	0.1905	0.157	0.1483	0.157	0.1772
chrX	19374205	19374401	chrX:19374206-19374401	FBgn0031020,FBgn0044030	Nat1,mRpS14	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2037	0.1849	0.244	0.1803	0.141	0.232	0.1726	0.2565	0.141	0.3194	0.2534	0.3194	0.2463	0.1914	0.1954	0.1914	0.2204
chrX	19374454	19374605	chrX:19374455-19374605	FBgn0031020	Nat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0777	0.07	0.0952	0.067	0.052	0.0893	0.0571	0.1013	0.052	0.1208	0.099	0.1208	0.11	0.0651	0.0703	0.0651	0.0896
chrX	19374843	19374994	chrX:19374844-19374994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0269	0.048	0.0395	0.0159	0.034	0.0272	0.036	0.0159	0.0676	0.0469	0.0676	0.0558	0.0551	0.0426	0.0551	0.0521
chrX	19385928	19386137	chrX:19385929-19386137	FBgn0020261,FBgn0031021	CG12203,pcm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1348	0.1356	0.1623	0.1039	0.0901	0.1602	0.1471	0.1852	0.0901	0.1938	0.1788	0.1938	0.1774	0.1141	0.1064	0.1141	0.1282
chrX	19386343	19386518	chrX:19386344-19386518	FBgn0020261,FBgn0031021	CG12203,pcm	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1381	0.1262	0.1717	0.1145	0.0891	0.1553	0.1341	0.1639	0.0891	0.2071	0.1875	0.2071	0.1797	0.1217	0.1206	0.1217	0.1365
chrX	19388394	19388566	chrX:19388395-19388566	FBgn0031022,FBgn0040890	CG12204,ksh	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1018	0.0809	0.1346	0.0891	0.0456	0.1068	0.0744	0.1113	0.0456	0.186	0.1441	0.186	0.1232	0.0819	0.0935	0.0819	0.1089
chrX	19388699	19388870	chrX:19388700-19388870	FBgn0031022,FBgn0040890	CG12204,ksh	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0734	0.0596	0.1067	0.0524	0.0414	0.0641	0.0597	0.0873	0.0414	0.1304	0.1215	0.1304	0.1007	0.0475	0.0606	0.0475	0.0615
chrX	19388931	19389114	chrX:19388932-19389114	FBgn0027621,FBgn0031022,FBgn0031023,FBgn0040890	CG12204,CG14200,Pfrx,ksh	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1249	0.1046	0.1586	0.1107	0.07	0.132	0.0969	0.1432	0.07	0.1926	0.1717	0.1926	0.1565	0.1141	0.1231	0.1141	0.1407
chrX	19389432	19389626	chrX:19389433-19389626	FBgn0027621,FBgn0031023,FBgn0040890	CG14200,Pfrx,ksh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1637	0.1269	0.1989	0.1661	0.071	0.1709	0.1298	0.1519	0.071	0.2748	0.2087	0.2748	0.1905	0.1891	0.1728	0.1891	0.1991
chrX	19389781	19389932	chrX:19389782-19389932	FBgn0027621,FBgn0031023	CG14200,Pfrx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1035	0.0597	0.1374	0.1152	0.0255	0.0966	0.0554	0.0706	0.0255	0.2101	0.1428	0.2101	0.1216	0.1662	0.1109	0.1662	0.1339
chrX	19389944	19390159	chrX:19389945-19390159	FBgn0027621,FBgn0031023	CG14200,Pfrx	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1819	0.1351	0.2188	0.1938	0.07	0.1888	0.1414	0.1612	0.07	0.2868	0.2347	0.2868	0.2254	0.2228	0.2108	0.2228	0.2251
chrX	19390253	19390445	chrX:19390254-19390445	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1524	0.1145	0.1766	0.1682	0.0583	0.1534	0.1146	0.1506	0.0583	0.2258	0.182	0.2258	0.1929	0.1753	0.1741	0.1753	0.1991
chrX	19390561	19390759	chrX:19390562-19390759	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1338	0.0947	0.1345	0.1767	0.0583	0.1262	0.099	0.1159	0.0583	0.1546	0.1203	0.1546	0.1789	0.1983	0.1483	0.1983	0.2147
chrX	19390911	19391112	chrX:19390912-19391112	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.136	0.0857	0.1286	0.2004	0.0594	0.1068	0.0952	0.0999	0.0594	0.1178	0.1309	0.1178	0.1836	0.2075	0.2089	0.2075	0.2241
chrX	19392276	19392427	chrX:19392277-19392427	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0277	0.0401	0.0246	0.0171	0.0276	0.0262	0.0731	0.042	0.0276	0.0308	0.0257	0.0308	0.0209	0.0184	0.0116	0.0184	0.0224
chrX	19399469	19399662	chrX:19399470-19399662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0492	0.0474	0.0605	0.0389	0.0329	0.0495	0.0666	0.048	0.0329	0.0664	0.0637	0.0664	0.0767	0.0398	0.0368	0.0398	0.0558
chrX	19399801	19400158	chrX:19399802-19400158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1979	0.2272	0.2303	0.1295	0.1941	0.25	0.2582	0.2771	0.1941	0.2959	0.2527	0.2959	0.2184	0.1685	0.1289	0.1685	0.161
chrX	19400403	19400554	chrX:19400404-19400554	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0369	0.0495	0.0405	0.0188	0.0403	0.0558	0.0523	0.064	0.0403	0.0646	0.0437	0.0646	0.0302	0.0268	0.0181	0.0268	0.0214
chrX	19401486	19401842	chrX:19401487-19401842	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0495	0.088	0.0396	0.0174	0.0551	0.0529	0.1276	0.1359	0.0551	0.0489	0.0437	0.0489	0.038	0.0268	0.0135	0.0268	0.0214
chrX	19401854	19402005	chrX:19401855-19402005	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.0429	0.0207	0.0078	0.0308	0.0306	0.0588	0.0666	0.0308	0.0199	0.027	0.0199	0.0225	0.0092	0.0084	0.0092	0.0089
chrX	19404359	19404552	chrX:19404360-19404552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0481	0.053	0.0504	0.0402	0.035	0.0578	0.0666	0.0606	0.035	0.0785	0.054	0.0785	0.0418	0.062	0.0303	0.062	0.0417
chrX	19414513	19414698	chrX:19414514-19414698	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.0522	0.0741	0.0578	0.0424	0.05	0.0714	0.062	0.0424	0.0851	0.0788	0.0851	0.0906	0.0597	0.0522	0.0597	0.0771
chrX	19415087	19415285	chrX:19415088-19415285	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.0938	0.0991	0.0762	0.0721	0.1097	0.1289	0.0866	0.0721	0.0966	0.0913	0.0966	0.1317	0.075	0.0574	0.075	0.1021
chrX	19415453	19415616	chrX:19415454-19415616	FBgn0027291,FBgn0261573	CoRest,l(1)G0156	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0425	0.0411	0.0505	0.0351	0.0244	0.0451	0.0554	0.0446	0.0244	0.0471	0.0531	0.0471	0.0527	0.0268	0.0342	0.0268	0.0386
chrX	19415756	19415941	chrX:19415757-19415941	FBgn0027291,FBgn0261573	CoRest,l(1)G0156	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1511	0.1386	0.1838	0.1291	0.0954	0.1573	0.1592	0.1739	0.0954	0.2319	0.191	0.2319	0.1712	0.1309	0.1328	0.1309	0.1563
chrX	19416016	19416235	chrX:19416017-19416235	FBgn0027291,FBgn0261573	CoRest,l(1)G0156	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1893	0.1763	0.2279	0.1615	0.1198	0.2175	0.1834	0.2179	0.1198	0.2832	0.2511	0.2832	0.213	0.1723	0.1631	0.1723	0.1912
chrX	19416292	19416474	chrX:19416293-19416474	FBgn0027291,FBgn0261573	CoRest,l(1)G0156	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1388	0.1147	0.1714	0.1299	0.0742	0.1451	0.1116	0.1426	0.0742	0.2035	0.1891	0.2035	0.1642	0.1401	0.1354	0.1401	0.1532
chrX	19416748	19416925	chrX:19416749-19416925	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1358	0.1053	0.1703	0.1319	0.0806	0.1471	0.0982	0.1159	0.0806	0.2216	0.1852	0.2216	0.1727	0.1462	0.1515	0.1462	0.1522
chrX	19421745	19421896	chrX:19421746-19421896	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0227	0.0213	0.0269	0.0195	0.0117	0.0252	0.0307	0.02	0.0117	0.0272	0.0289	0.0272	0.0364	0.0161	0.0103	0.0161	0.0433
chrX	19422221	19422412	chrX:19422222-19422412	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.035	0.0434	0.0362	0.0245	0.0191	0.0466	0.0528	0.0586	0.0191	0.0338	0.0424	0.0338	0.0527	0.0176	0.0103	0.0176	0.0615
chrX	19422470	19422621	chrX:19422471-19422621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0274	0.029	0.0312	0.0213	0.0148	0.0335	0.0376	0.032	0.0148	0.0405	0.0344	0.0405	0.0287	0.0184	0.0129	0.0184	0.0448
chrX	19425033	19425184	chrX:19425034-19425184	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0221	0.0241	0.0106	0.0053	0.0214	0.0333	0.0273	0.0053	0.026	0.0267	0.026	0.031	0.013	0.0084	0.013	0.0141
chrX	19429597	19429779	chrX:19429598-19429779	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0301	0.0135	0.0396	0.0384	0.0032	0.0204	0.0125	0.0173	0.0032	0.0501	0.0277	0.0501	0.0139	0.0092	0.0097	0.0092	0.0182
chrX	19431561	19431712	chrX:19431562-19431712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0113	0.019	0.0106	0.0032	0.0126	0.0169	0.0133	0.0032	0.0205	0.0129	0.0205	0.0116	0.0046	0.0064	0.0046	0.0068
chrX	19440020	19440416	chrX:19440021-19440416	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1708	0.1919	0.2214	0.0918	0.1336	0.2665	0.1622	0.2698	0.1336	0.3219	0.2289	0.3219	0.1046	0.0551	0.0503	0.0551	0.0464
chrX	19440778	19440958	chrX:19440779-19440958	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0853	0.0814	0.1256	0.0455	0.0308	0.1291	0.0528	0.1326	0.0308	0.1763	0.1428	0.1763	0.0643	0.0283	0.0335	0.0283	0.0193
chrX	19442496	19442712	chrX:19442497-19442712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0422	0.0432	0.0553	0.0267	0.0191	0.0602	0.0424	0.0606	0.0191	0.0634	0.0662	0.0634	0.0473	0.0452	0.0206	0.0452	0.0292
chrX	19446634	19446786	chrX:19446635-19446786	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0091	0.013	0.0074	0.0067	0.0011	0.0301	0.0095	0.0087	0.0011	0.0066	0.0058	0.0066	0.0046	0.0038	0.0013	0.0038	0.0016
chrX	19448104	19448312	chrX:19448105-19448312	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0176	0.0235	0.016	0.0053	0.0248	0.0186	0.0207	0.0053	0.0169	0.0154	0.0169	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0089
chrX	19448466	19448617	chrX:19448467-19448617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0152	0.0135	0.0197	0.0124	0.0064	0.0204	0.0134	0.014	0.0064	0.0205	0.0148	0.0205	0.007	0.0046	0.0013	0.0046	0.0047
chrX	19449805	19449956	chrX:19449806-19449956	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0105	0.0164	0.0095	0.0011	0.0131	0.013	0.014	0.0011	0.0229	0.0141	0.0229	0.0039	0.0054	0.0045	0.0054	0.0063
chrX	19450046	19450197	chrX:19450047-19450197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0107	0.0102	0.0141	0.0077	0.0042	0.0107	0.0138	0.0127	0.0042	0.0199	0.0113	0.0199	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0026
chrX	19456439	19456590	chrX:19456440-19456590	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0213	0.0242	0.0284	0.0103	0.0095	0.035	0.0329	0.0173	0.0095	0.0598	0.0212	0.0598	0.0256	0.0123	0.0045	0.0123	0.0172
chrX	19457915	19458066	chrX:19457916-19458066	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0234	0.0341	0.0253	0.0095	0.0212	0.0325	0.051	0.0306	0.0212	0.0525	0.0212	0.0525	0.0232	0.0107	0.0103	0.0107	0.0146
chrX	19458189	19458340	chrX:19458190-19458340	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0241	0.0366	0.0254	0.0086	0.0138	0.0345	0.0631	0.032	0.0138	0.0471	0.0225	0.0471	0.0194	0.0123	0.0135	0.0123	0.0089
chrX	19459377	19459652	chrX:19459378-19459652	FBgn0000257,FBgn0026430	Grip84,car	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.0684	0.0844	0.0538	0.0414	0.0811	0.083	0.074	0.0414	0.1027	0.0913	0.1027	0.0705	0.0521	0.069	0.0521	0.0651
chrX	19459737	19459934	chrX:19459738-19459934	FBgn0000257,FBgn0026430	Grip84,car	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1286	0.1329	0.1378	0.1138	0.1039	0.1471	0.1453	0.1719	0.1039	0.1401	0.1601	0.1401	0.1007	0.0873	0.1231	0.0873	0.1308
chrX	19460088	19460262	chrX:19460089-19460262	FBgn0000257,FBgn0026430	Grip84,car	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1501	0.1459	0.1648	0.1387	0.1145	0.1655	0.1592	0.1859	0.1145	0.1763	0.1878	0.1763	0.134	0.1309	0.1373	0.1309	0.1589
chrX	19463170	19463321	chrX:19463171-19463321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0366	0.0383	0.0463	0.0241	0.0244	0.0403	0.048	0.05	0.0244	0.0537	0.0428	0.0537	0.079	0.0306	0.0193	0.0306	0.037
chrX	19463489	19463640	chrX:19463490-19463640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0322	0.035	0.0377	0.023	0.0148	0.0359	0.0458	0.048	0.0148	0.0543	0.0389	0.0543	0.0511	0.0245	0.0245	0.0245	0.0328
chrX	19467871	19468022	chrX:19467872-19468022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0332	0.0279	0.0116	0.0138	0.0311	0.0502	0.0386	0.0138	0.035	0.0322	0.035	0.0225	0.0107	0.0123	0.0107	0.0172
chrX	19473737	19473908	chrX:19473738-19473908	FBgn0031030	Tao	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1291	0.1071	0.1602	0.1196	0.0785	0.135	0.1064	0.1412	0.0785	0.1999	0.1855	0.1999	0.1348	0.1332	0.1289	0.1332	0.1397
chrX	19473975	19474377	chrX:19473976-19474377	FBgn0031030	Tao	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1295	0.1125	0.1538	0.1218	0.0721	0.1451	0.1163	0.1332	0.0721	0.1842	0.1826	0.1842	0.1263	0.1378	0.1328	0.1378	0.1365
chrX	19479313	19479471	chrX:19479314-19479471	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0344	0.0341	0.0159	0.0138	0.0316	0.0502	0.0386	0.0138	0.0459	0.0408	0.0459	0.0279	0.0253	0.0232	0.0253	0.0172
chrX	19491684	19491869	chrX:19491685-19491869	FBgn0261593	RpS10b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1056	0.181	0.1369	0.053	0.1388	0.1042	0.1379	0.053	0.2258	0.1942	0.2258	0.1712	0.147	0.1476	0.147	0.1527
chrX	19491963	19492152	chrX:19491964-19492152	FBgn0261593	RpS10b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1577	0.1236	0.2029	0.1461	0.0636	0.1709	0.122	0.1539	0.0636	0.2536	0.217	0.2536	0.2107	0.1577	0.158	0.1577	0.1678
chrX	19492274	19492425	chrX:19492275-19492425	FBgn0261593	RpS10b	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0506	0.0327	0.0717	0.0476	0.0085	0.0563	0.0324	0.038	0.0085	0.1051	0.072	0.1051	0.0759	0.0551	0.0464	0.0551	0.0636
chrX	19495560	19495733	chrX:19495561-19495733	FBgn0031036	CG14220	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0655	0.0542	0.0849	0.0568	0.0244	0.0782	0.0606	0.0633	0.0244	0.1123	0.0971	0.1123	0.0744	0.0582	0.0651	0.0582	0.0761
chrX	19495803	19495984	chrX:19495804-19495984	FBgn0031036	CG14220	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1194	0.0962	0.1494	0.1125	0.0615	0.1257	0.1064	0.1073	0.0615	0.1938	0.1556	0.1938	0.1503	0.1325	0.1238	0.1325	0.1313
chrX	19498461	19498686	chrX:19498462-19498686	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0798	0.0593	0.0457	0.0477	0.0932	0.1025	0.0853	0.0477	0.0586	0.0717	0.0586	0.0705	0.0605	0.0838	0.0605	0.0349
chrX	19499113	19499338	chrX:19499114-19499338	FBgn0031037	CG14207	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0959	0.0587	0.0942	0.1393	0.0435	0.0738	0.0809	0.0446	0.0435	0.1371	0.0852	0.1371	0.103	0.1708	0.147	0.1708	0.1527
chrX	19499409	19499606	chrX:19499410-19499606	FBgn0031037	CG14207	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0699	0.0369	0.0693	0.1075	0.0159	0.049	0.0519	0.0293	0.0159	0.1051	0.0534	0.1051	0.0689	0.1325	0.0967	0.1325	0.11
chrX	19499838	19500140	chrX:19499839-19500140	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0687	0.0305	0.0629	0.1178	0.0095	0.0578	0.0307	0.0213	0.0095	0.1304	0.0383	0.1304	0.0596	0.2397	0.0845	0.2397	0.1047
chrX	19501542	19501693	chrX:19501543-19501693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0335	0.0389	0.0336	0.0273	0.0233	0.0364	0.058	0.0413	0.0233	0.0435	0.0344	0.0435	0.0426	0.0475	0.0335	0.0475	0.0229
chrX	19501810	19501967	chrX:19501811-19501967	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0395	0.0405	0.0456	0.0319	0.0148	0.0505	0.0558	0.0386	0.0148	0.07	0.0428	0.07	0.0558	0.0505	0.0438	0.0505	0.0318
chrX	19502078	19502322	chrX:19502079-19502322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0899	0.077	0.1038	0.089	0.0255	0.0947	0.1003	0.0819	0.0255	0.1534	0.1	0.1534	0.1286	0.1662	0.109	0.1662	0.0917
chrX	19502343	19502525	chrX:19502344-19502525	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0622	0.049	0.0656	0.0734	0.0265	0.0617	0.0636	0.0426	0.0265	0.0924	0.0621	0.0924	0.0837	0.1248	0.0896	0.1248	0.0808
chrX	19502584	19502796	chrX:19502585-19502796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0334	0.0264	0.0343	0.0404	0.0095	0.0354	0.0372	0.022	0.0095	0.055	0.0273	0.055	0.0519	0.0521	0.0477	0.0521	0.0516
chrX	19503988	19504162	chrX:19503989-19504162	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0391	0.0358	0.0516	0.0291	0.0127	0.0602	0.0411	0.0286	0.0127	0.1467	0.0312	0.1467	0.0217	0.0613	0.0226	0.0613	0.0302
chrX	19507369	19507551	chrX:19507370-19507551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0447	0.0415	0.0537	0.0383	0.0201	0.0481	0.045	0.06	0.0201	0.0815	0.0556	0.0815	0.0488	0.059	0.0348	0.059	0.0547
chrX	19507650	19507826	chrX:19507651-19507826	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1014	0.0879	0.1264	0.089	0.0541	0.1112	0.0934	0.1146	0.0541	0.1824	0.1289	0.1824	0.1286	0.1087	0.0967	0.1087	0.1115
chrX	19509874	19510025	chrX:19509875-19510025	FBgn0031040	CG14210	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0494	0.0419	0.0643	0.0415	0.0201	0.0558	0.042	0.0526	0.0201	0.0876	0.0666	0.0876	0.0736	0.0436	0.0419	0.0436	0.0604
chrX	19510107	19510291	chrX:19510108-19510291	FBgn0031040	CG14210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1103	0.092	0.142	0.0959	0.0424	0.118	0.096	0.1233	0.0424	0.195	0.145	0.195	0.1658	0.108	0.1051	0.108	0.1251
chrX	19510344	19510495	chrX:19510345-19510495	FBgn0031040	CG14210	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0541	0.0477	0.0678	0.0461	0.0233	0.0587	0.0536	0.0593	0.0233	0.1002	0.0727	0.1002	0.0635	0.0544	0.0477	0.0544	0.0641
chrX	19511169	19511320	chrX:19511170-19511320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0233	0.0321	0.0177	0.0085	0.0286	0.0298	0.0247	0.0085	0.0411	0.0331	0.0411	0.0442	0.0245	0.0148	0.0245	0.0245
chrX	19512242	19512432	chrX:19512243-19512432	FBgn0027358,FBgn0031041	CG12788,Tim9b	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0531	0.0496	0.0666	0.0421	0.0223	0.0689	0.0541	0.0573	0.0223	0.0882	0.0685	0.0882	0.0806	0.0582	0.0387	0.0582	0.0532
chrX	19512480	19512666	chrX:19512481-19512666	FBgn0027358,FBgn0031041	CG12788,Tim9b	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0789	0.1006	0.0738	0.0509	0.0937	0.0822	0.1066	0.0509	0.131	0.1051	0.131	0.1154	0.0942	0.0709	0.0942	0.0959
chrX	19516754	19516905	chrX:19516755-19516905	FBgn0031043,FBgn0031044	CG14222,MKP-4	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0445	0.0557	0.0326	0.0159	0.049	0.058	0.0553	0.0159	0.0761	0.0637	0.0761	0.0519	0.0406	0.0335	0.0406	0.0339
chrX	19517048	19517242	chrX:19517049-19517242	FBgn0031043,FBgn0031044	CG14222,MKP-4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1167	0.1144	0.14	0.0937	0.07	0.1306	0.1285	0.1519	0.07	0.1836	0.1547	0.1836	0.1317	0.1049	0.0896	0.1049	0.0912
chrX	19518608	19518788	chrX:19518609-19518788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0356	0.0591	0.0391	0.0064	0.0481	0.0394	0.0446	0.0064	0.0767	0.0617	0.0767	0.0643	0.0429	0.0477	0.0429	0.0474
chrX	19519864	19520015	chrX:19519865-19520015	FBgn0031045	CG14212	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0283	0.0412	0.0148	0.017	0.0291	0.0359	0.0386	0.017	0.0495	0.0521	0.0495	0.0349	0.0199	0.0142	0.0199	0.0188
chrX	19525126	19525277	chrX:19525127-19525277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0316	0.0406	0.0344	0.0184	0.0191	0.0388	0.0675	0.0353	0.0191	0.0362	0.0379	0.0362	0.0356	0.0222	0.0213	0.0222	0.0188
chrX	19525469	19525730	chrX:19525470-19525730	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1266	0.1245	0.139	0.1154	0.0721	0.1413	0.1544	0.1492	0.0721	0.1588	0.1653	0.1588	0.1541	0.144	0.1515	0.144	0.1037
chrX	19525877	19526160	chrX:19525878-19526160	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0587	0.0578	0.0706	0.0465	0.0371	0.0728	0.0709	0.0586	0.0371	0.0767	0.0797	0.0767	0.0798	0.062	0.049	0.062	0.0542
chrX	19532828	19533026	chrX:19532829-19533026	FBgn0031047,FBgn0087008	Rcd-1,e(y)3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1423	0.1834	0.1285	0.0986	0.1612	0.1618	0.1825	0.0986	0.2246	0.2003	0.2246	0.1797	0.121	0.1315	0.121	0.1438
chrX	19534798	19534973	chrX:19534799-19534973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1073	0.0988	0.1339	0.0877	0.0573	0.1165	0.1081	0.1312	0.0573	0.1818	0.1466	0.1818	0.1325	0.1057	0.0948	0.1057	0.1313
chrX	19535036	19535210	chrX:19535037-19535210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.112	0.0936	0.148	0.093	0.0488	0.115	0.1034	0.1233	0.0488	0.189	0.165	0.189	0.1425	0.1018	0.1051	0.1018	0.1204
chrX	19536764	19536970	chrX:19536765-19536970	FBgn0031048,FBgn0031049	CG12237,Sec61gamma	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0924	0.0973	0.1032	0.0751	0.052	0.1092	0.0995	0.1499	0.052	0.1347	0.1058	0.1347	0.1092	0.0949	0.0748	0.0949	0.0823
chrX	19537286	19537458	chrX:19537287-19537458	FBgn0031048,FBgn0031049	CG12237,Sec61gamma	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1381	0.0829	0.1907	0.142	0.0403	0.1282	0.0657	0.1106	0.0403	0.2409	0.2244	0.2409	0.1851	0.1539	0.1534	0.1539	0.1803
chrX	19537755	19537906	chrX:19537756-19537906	FBgn0031049	Sec61gamma	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0425	0.0268	0.0589	0.0422	0.0138	0.035	0.0216	0.0406	0.0138	0.0664	0.0662	0.0664	0.0713	0.0398	0.0477	0.0398	0.0636
chrX	19539997	19540181	chrX:19539998-19540181	FBgn0031050	Arp11	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.1071	0.1209	0.0891	0.0615	0.1121	0.128	0.1452	0.0615	0.1365	0.1299	0.1365	0.1348	0.1034	0.098	0.1034	0.1063
chrX	19540428	19540579	chrX:19540429-19540579	FBgn0031050	Arp11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0445	0.0404	0.0277	0.0286	0.0442	0.0597	0.0546	0.0286	0.0501	0.0469	0.0501	0.0426	0.0306	0.0232	0.0306	0.0391
chrX	19545606	19545757	chrX:19545607-19545757	FBgn0031051	Ranbp21	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0508	0.0588	0.0536	0.0389	0.035	0.0714	0.0657	0.0713	0.035	0.0604	0.0553	0.0604	0.0534	0.0551	0.0387	0.0551	0.0469
chrX	19545779	19545964	chrX:19545780-19545964	FBgn0031051,FBgn0031052	CG14215,Ranbp21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1008	0.1011	0.1143	0.0855	0.0795	0.1194	0.1094	0.1206	0.0795	0.1473	0.1116	0.1473	0.1162	0.098	0.0819	0.098	0.1094
chrX	19546011	19546191	chrX:19546012-19546191	FBgn0031051,FBgn0031052	CG14215,Ranbp21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.0916	0.118	0.0834	0.0456	0.1194	0.0965	0.1213	0.0456	0.1528	0.118	0.1528	0.1224	0.0904	0.0774	0.0904	0.1094
chrX	19546249	19546430	chrX:19546250-19546430	FBgn0031051,FBgn0031052	CG14215,Ranbp21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1388	0.1319	0.161	0.1223	0.0954	0.1689	0.1293	0.1692	0.0954	0.2144	0.1627	0.2144	0.1634	0.1462	0.1051	0.1462	0.1553
chrX	19554817	19554968	chrX:19554818-19554968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.01	0.0179	0.0132	0.0032	0.0102	0.0147	0.012	0.0032	0.0151	0.018	0.0151	0.0194	0.01	0.0097	0.01	0.0094
chrX	19555160	19555403	chrX:19555161-19555403	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0177	0.0313	0.0273	0.0064	0.0189	0.026	0.0213	0.0064	0.0308	0.0341	0.0308	0.024	0.0123	0.0342	0.0123	0.0162
chrX	19556982	19557175	chrX:19556983-19557175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0989	0.0614	0.1497	0.0849	0.0265	0.0816	0.0493	0.1079	0.0265	0.0767	0.2476	0.0767	0.1534	0.0942	0.1896	0.0942	0.0714
chrX	19557593	19557848	chrX:19557594-19557848	FBgn0031053	CG14223	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0953	0.0512	0.1327	0.1033	0.0276	0.0617	0.0471	0.0819	0.0276	0.0978	0.2042	0.0978	0.1301	0.0758	0.2121	0.0758	0.1001
chrX	19557954	19558129	chrX:19557955-19558129	FBgn0031053,FBgn0031054	CG14223,Ssu72	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1217	0.0917	0.1566	0.1168	0.052	0.1175	0.0869	0.1266	0.052	0.183	0.1891	0.183	0.1448	0.1194	0.1476	0.1194	0.136
chrX	19558231	19558384	chrX:19558232-19558384	FBgn0031053,FBgn0031054	CG14223,Ssu72	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0636	0.0556	0.0865	0.0473	0.0308	0.0728	0.0601	0.0686	0.0308	0.1165	0.0932	0.1165	0.0821	0.0459	0.0574	0.0459	0.0537
chrX	19558517	19558691	chrX:19558518-19558691	FBgn0031054	Ssu72	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0955	0.0734	0.1242	0.0886	0.0445	0.1024	0.0696	0.0873	0.0445	0.1612	0.1383	0.1612	0.1294	0.0904	0.0877	0.0904	0.1256
chrX	19559843	19560078	chrX:19559844-19560078	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0757	0.0404	0.0948	0.0941	0.0138	0.0592	0.035	0.0573	0.0138	0.0906	0.1019	0.0906	0.1658	0.072	0.1335	0.072	0.1641
chrX	19561135	19561419	chrX:19561136-19561419	FBgn0004057	Zw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1034	0.0618	0.1354	0.1149	0.0329	0.0971	0.0549	0.0733	0.0329	0.1304	0.1566	0.1304	0.2115	0.0926	0.1573	0.0926	0.2027
chrX	19561897	19562061	chrX:19561898-19562061	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0451	0.0198	0.0632	0.0536	0.0085	0.0301	0.0186	0.0253	0.0085	0.0326	0.0842	0.0326	0.1084	0.0283	0.1096	0.0283	0.073
chrX	19562371	19562600	chrX:19562372-19562600	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0497	0.0196	0.0782	0.0522	0.0042	0.0301	0.0177	0.0286	0.0042	0.0688	0.1042	0.0688	0.1123	0.0237	0.1077	0.0237	0.074
chrX	19562731	19562901	chrX:19562732-19562901	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0521	0.0324	0.0755	0.0485	0.0085	0.0456	0.0272	0.0493	0.0085	0.0809	0.0955	0.0809	0.1022	0.0436	0.069	0.0436	0.0803
chrX	19569844	19569995	chrX:19569845-19569995	FBgn0031055	et	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0209	0.0204	0.0192	0.0234	0.0148	0.0204	0.0247	0.026	0.0148	0.0145	0.0248	0.0145	0.0263	0.0191	0.0097	0.0191	0.0594
chrX	19575485	19575650	chrX:19575486-19575650	distal	distal	none	none	dome_dome-MESO	dome_dome-MESO	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0409	0.0343	0.0519	0.0362	0.017	0.0563	0.0355	0.03	0.017	0.1117	0.0367	0.1117	0.0573	0.1187	0.02	0.1187	0.0214
chrX	19577102	19577289	chrX:19577103-19577289	FBgn0031057,FBgn0043903	Ubqn,dome	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.199	0.1975	0.2343	0.1621	0.1453	0.2345	0.2093	0.2405	0.1453	0.2983	0.2627	0.2983	0.2153	0.1639	0.1863	0.1639	0.1793
chrX	19577401	19577617	chrX:19577402-19577617	FBgn0031057,FBgn0043903	Ubqn,dome	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2455	0.2384	0.2877	0.2072	0.1665	0.2937	0.253	0.2838	0.1665	0.3599	0.309	0.3599	0.2773	0.2136	0.2282	0.2136	0.248
chrX	19577720	19577913	chrX:19577721-19577913	FBgn0031057,FBgn0043903	Ubqn,dome	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.164	0.1537	0.1949	0.1415	0.1082	0.1859	0.1782	0.1659	0.1082	0.244	0.2058	0.244	0.1921	0.134	0.1515	0.134	0.1709
chrX	19578130	19578325	chrX:19578131-19578325	FBgn0031057	Ubqn	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0695	0.0663	0.0832	0.0579	0.0403	0.0791	0.083	0.0746	0.0403	0.1063	0.0862	0.1063	0.0782	0.0544	0.0464	0.0544	0.0948
chrX	19583370	19583543	chrX:19583371-19583543	FBgn0031058	CG14227	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0475	0.0507	0.0566	0.0338	0.0244	0.0466	0.064	0.0726	0.0244	0.0749	0.0656	0.0749	0.048	0.0383	0.04	0.0383	0.0386
chrX	19583709	19583910	chrX:19583710-19583910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0479	0.0642	0.0494	0.028	0.0361	0.0583	0.0839	0.0839	0.0361	0.0622	0.0569	0.0622	0.0465	0.0337	0.0348	0.0337	0.0318
chrX	19584127	19584356	chrX:19584128-19584356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0649	0.0774	0.0718	0.0434	0.0594	0.0684	0.0913	0.1086	0.0594	0.09	0.09	0.09	0.0473	0.0536	0.0651	0.0536	0.0516
chrX	19584430	19584594	chrX:19584431-19584594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0439	0.0513	0.0513	0.0274	0.0329	0.0481	0.067	0.064	0.0329	0.0604	0.0601	0.0604	0.0387	0.0322	0.0387	0.0322	0.0349
chrX	19587235	19587399	chrX:19587236-19587399	FBgn0086384	Mer	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0872	0.0674	0.1152	0.0787	0.0318	0.0913	0.0744	0.0779	0.0318	0.1467	0.1254	0.1467	0.1115	0.0789	0.0916	0.0789	0.0907
chrX	19587463	19587637	chrX:19587464-19587637	FBgn0086384	Mer	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1439	0.1254	0.1736	0.132	0.0827	0.1505	0.1466	0.1459	0.0827	0.2361	0.1791	0.2361	0.1611	0.1332	0.1605	0.1332	0.147
chrX	19587695	19587914	chrX:19587696-19587914	FBgn0086384	Mer	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1065	0.0941	0.1297	0.0948	0.07	0.1117	0.1077	0.1126	0.07	0.1721	0.1428	0.1721	0.1108	0.111	0.1135	0.111	0.0969
chrX	19587916	19588067	chrX:19587917-19588067	FBgn0086384	Mer	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0618	0.0777	0.0468	0.0371	0.0636	0.0761	0.0853	0.0371	0.1014	0.09	0.1014	0.0658	0.0544	0.049	0.0544	0.0521
chrX	19589006	19589186	chrX:19589007-19589186	FBgn0031059	CG14229	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1	0.0943	0.1228	0.0812	0.0689	0.1087	0.0986	0.1259	0.0689	0.1473	0.1447	0.1473	0.1139	0.0911	0.0851	0.0911	0.0912
chrX	19589268	19589419	chrX:19589269-19589419	FBgn0031059	CG14229	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.0461	0.0799	0.0521	0.0233	0.0607	0.0437	0.062	0.0233	0.1021	0.0932	0.1021	0.0767	0.0559	0.0548	0.0559	0.0693
chrX	19591008	19591201	chrX:19591009-19591201	FBgn0010341	Cdc42	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1686	0.1527	0.2048	0.1468	0.0954	0.1903	0.154	0.1992	0.0954	0.2736	0.2193	0.2736	0.1898	0.1585	0.1651	0.1585	0.1793
chrX	19591297	19591461	chrX:19591298-19591461	FBgn0010341	Cdc42	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1272	0.1047	0.1617	0.1145	0.0657	0.1485	0.0982	0.1213	0.0657	0.2204	0.1698	0.2204	0.1588	0.1286	0.1348	0.1286	0.1417
chrX	19591568	19591764	chrX:19591569-19591764	FBgn0010341	Cdc42	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1269	0.0978	0.1636	0.1191	0.0498	0.1471	0.0861	0.1233	0.0498	0.1999	0.1633	0.1999	0.2231	0.134	0.1283	0.134	0.1751
chrX	19591878	19592029	chrX:19591879-19592029	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0406	0.0283	0.0548	0.0387	0.0127	0.0379	0.0311	0.036	0.0127	0.0676	0.0521	0.0676	0.0813	0.0352	0.0316	0.0352	0.0568
chrX	19595695	19595872	chrX:19595696-19595872	FBgn0031060	CG14231	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0943	0.085	0.115	0.0819	0.0467	0.1068	0.0921	0.0973	0.0467	0.1437	0.1235	0.1437	0.1255	0.1018	0.0787	0.1018	0.1027
chrX	19598071	19598303	chrX:19598072-19598303	FBgn0031061,FBgn0031062	CG14230,CG14232	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0923	0.0794	0.1176	0.0788	0.0414	0.1044	0.0787	0.1126	0.0414	0.1437	0.1199	0.1437	0.1309	0.0957	0.0819	0.0957	0.0974
chrX	19598304	19598475	chrX:19598305-19598475	FBgn0031061,FBgn0031062	CG14230,CG14232	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.086	0.0781	0.1067	0.0721	0.0414	0.1078	0.0766	0.1006	0.0414	0.1486	0.1077	0.1486	0.1177	0.1011	0.069	0.1011	0.0902
chrX	19599662	19599813	chrX:19599663-19599813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0194	0.0167	0.0228	0.0185	0.0021	0.0291	0.0177	0.0133	0.0021	0.0483	0.0186	0.0483	0.0225	0.0544	0.0097	0.0544	0.0172
chrX	19600821	19600972	chrX:19600822-19600972	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0238	0.0246	0.0305	0.0157	0.0106	0.0388	0.0251	0.024	0.0106	0.0634	0.0254	0.0634	0.0294	0.0383	0.009	0.0383	0.0182
chrX	19606116	19606293	chrX:19606117-19606293	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0465	0.0604	0.0456	0.032	0.0414	0.0728	0.0653	0.0793	0.0414	0.0779	0.0492	0.0779	0.0356	0.0521	0.0309	0.0521	0.0448
chrX	19606692	19606971	chrX:19606693-19606971	FBgn0040089	meso18E	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0598	0.0502	0.0637	0.0663	0.0201	0.0922	0.0446	0.0466	0.0201	0.1492	0.0376	0.1492	0.0635	0.1424	0.0355	0.1424	0.0839
chrX	19607107	19607344	chrX:19607108-19607344	FBgn0040089	meso18E	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1125	0.0932	0.1378	0.1063	0.0445	0.1966	0.0623	0.07	0.0445	0.381	0.0691	0.381	0.1363	0.2358	0.0542	0.2358	0.1662
chrX	19607565	19607773	chrX:19607566-19607773	FBgn0040089	meso18E	stage11,stage14,stage5	none	Meso18E	Meso18E	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.077	0.0565	0.0945	0.0806	0.0117	0.1388	0.0376	0.0293	0.0117	0.314	0.0305	0.314	0.0705	0.209	0.0251	0.209	0.1115
chrX	19608764	19609029	chrX:19608765-19609029	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0493	0.0328	0.0562	0.0602	0.0064	0.0689	0.0268	0.0227	0.0064	0.125	0.0305	0.125	0.0821	0.0972	0.0303	0.0972	0.1225
chrX	19609062	19609377	chrX:19609063-19609377	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0749	0.0537	0.0807	0.0923	0.0064	0.1136	0.0441	0.0413	0.0064	0.2095	0.0473	0.2095	0.0844	0.2021	0.058	0.2021	0.1423
chrX	19609414	19609565	chrX:19609415-19609565	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0393	0.0268	0.0464	0.0455	0.0064	0.0485	0.0281	0.0233	0.0064	0.1165	0.0309	0.1165	0.0488	0.124	0.0329	0.124	0.05
chrX	19610377	19610621	chrX:19610378-19610621	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0755	0.0674	0.1041	0.0532	0.0286	0.132	0.058	0.054	0.0286	0.3031	0.0608	0.3031	0.0519	0.1593	0.0271	0.1593	0.0438
chrX	19610905	19611148	chrX:19610906-19611148	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0693	0.0603	0.0911	0.0554	0.0255	0.1126	0.0519	0.052	0.0255	0.2337	0.0588	0.2337	0.0558	0.1317	0.029	0.1317	0.0662
chrX	19611151	19611393	chrX:19611152-19611393	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0773	0.055	0.1095	0.067	0.017	0.115	0.0433	0.0406	0.017	0.2802	0.0701	0.2802	0.0728	0.1593	0.0335	0.1593	0.0829
chrX	19611407	19611694	chrX:19611408-19611694	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0915	0.0672	0.122	0.0854	0.0223	0.1369	0.0523	0.0546	0.0223	0.32	0.082	0.32	0.072	0.1861	0.0393	0.1861	0.073
chrX	19612152	19612303	chrX:19612153-19612303	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0367	0.0278	0.0397	0.0434	0.0138	0.0345	0.0346	0.0286	0.0138	0.0815	0.0325	0.0815	0.0225	0.0406	0.0135	0.0406	0.0208
chrX	19612392	19612645	chrX:19612393-19612645	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0872	0.0694	0.0997	0.0934	0.0308	0.1024	0.0705	0.0759	0.0308	0.2053	0.0736	0.2053	0.0565	0.0804	0.0419	0.0804	0.0474
chrX	19613145	19613296	chrX:19613146-19613296	FBgn0031064	CG12531	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0238	0.0157	0.026	0.0304	0.0032	0.0218	0.0203	0.0127	0.0032	0.07	0.0154	0.07	0.0085	0.0291	0.0026	0.0291	0.0083
chrX	19614003	19614235	chrX:19614004-19614235	FBgn0031064	CG12531	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0333	0.0156	0.0303	0.0563	0.0021	0.0238	0.0221	0.0127	0.0021	0.0743	0.017	0.0743	0.0217	0.1646	0.0123	0.1646	0.0203
chrX	19624642	19624825	chrX:19624643-19624825	FBgn0010380	Bap	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0671	0.0609	0.0848	0.0547	0.0329	0.0752	0.0675	0.0766	0.0329	0.1141	0.0887	0.1141	0.0914	0.0574	0.0542	0.0574	0.0604
chrX	19624921	19625102	chrX:19624922-19625102	FBgn0010380	Bap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1026	0.0901	0.1302	0.0863	0.0498	0.1083	0.1068	0.1053	0.0498	0.1673	0.1322	0.1673	0.1518	0.0881	0.0877	0.0881	0.1032
chrX	19625176	19625365	chrX:19625177-19625365	FBgn0010380	Bap	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.054	0.0425	0.0685	0.0508	0.0138	0.051	0.0528	0.0546	0.0138	0.0779	0.0669	0.0779	0.0906	0.0391	0.0477	0.0391	0.0745
chrX	19629044	19629195	chrX:19629045-19629195	FBgn0031065	CG14234	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0218	0.0158	0.0185	0.032	0.0064	0.018	0.0203	0.0207	0.0064	0.0187	0.0186	0.0187	0.0217	0.013	0.0213	0.013	0.0203
chrX	19629407	19629558	chrX:19629408-19629558	FBgn0031065	CG14234	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0211	0.0136	0.0176	0.0331	0.0074	0.0126	0.0229	0.0127	0.0074	0.0163	0.017	0.0163	0.0217	0.0061	0.0077	0.0061	0.0182
chrX	19630080	19630231	chrX:19630081-19630231	FBgn0031065	CG14234	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0155	0.0241	0.0117	0.0064	0.0155	0.0216	0.02	0.0064	0.0229	0.0283	0.0229	0.0178	0.0107	0.0064	0.0107	0.0141
chrX	19635317	19635468	chrX:19635318-19635468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0416	0.04	0.0477	0.0366	0.0212	0.0578	0.0359	0.0506	0.0212	0.0537	0.0521	0.0537	0.0604	0.0436	0.0413	0.0436	0.0469
chrX	19635604	19635755	chrX:19635605-19635755	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0392	0.0307	0.0481	0.0391	0.0127	0.0481	0.0264	0.0393	0.0127	0.0537	0.0527	0.0537	0.0604	0.0436	0.0335	0.0436	0.0547
chrX	19638073	19638232	chrX:19638074-19638232	FBgn0031066,FBgn0042132,FBgn0066303,FBgn0066304	CG18809,CG33932,CoVIb,Rpp20	stage11,stage14,stage5	none	VT64443.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0975	0.0775	0.1208	0.0943	0.0551	0.0981	0.0757	0.0979	0.0551	0.154	0.1186	0.154	0.1255	0.0988	0.0806	0.0988	0.1199
chrX	19638328	19638516	chrX:19638329-19638516	FBgn0031066,FBgn0042132,FBgn0066303,FBgn0066304	CG18809,CG33932,CoVIb,Rpp20	stage11,stage14,stage5	none	VT64443.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1975	0.1722	0.2412	0.1777	0.1336	0.2136	0.1795	0.2092	0.1336	0.2844	0.2659	0.2844	0.227	0.1899	0.1902	0.1899	0.2137
chrX	19640044	19640213	chrX:19640045-19640213	FBgn0052528	CG32528	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0915	0.0658	0.1194	0.0897	0.035	0.0942	0.0679	0.0779	0.035	0.1461	0.1386	0.1461	0.1263	0.1057	0.1019	0.1057	0.1204
chrX	19640450	19640645	chrX:19640451-19640645	FBgn0052528	CG32528	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0593	0.0355	0.0764	0.0673	0.0138	0.0573	0.032	0.0413	0.0138	0.0839	0.0868	0.0839	0.0991	0.0827	0.0664	0.0827	0.1032
chrX	19642608	19642779	chrX:19642609-19642779	FBgn0031068	Alr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1204	0.1053	0.1468	0.1083	0.0668	0.1383	0.1224	0.1086	0.0668	0.1709	0.1624	0.1709	0.1448	0.1294	0.1051	0.1294	0.1282
chrX	19642829	19643083	chrX:19642830-19643083	FBgn0031068	Alr	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0914	0.083	0.1113	0.0791	0.0498	0.1044	0.1003	0.0873	0.0498	0.1347	0.1244	0.1347	0.117	0.0812	0.078	0.0812	0.0985
chrX	19644742	19644922	chrX:19644743-19644922	FBgn0031069	Pmp70	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1828	0.1625	0.2197	0.1649	0.1039	0.2019	0.1791	0.1972	0.1039	0.2639	0.2463	0.2639	0.2153	0.1876	0.1773	0.1876	0.1845
chrX	19644978	19645221	chrX:19644979-19645221	FBgn0031069	Pmp70	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1806	0.1624	0.2301	0.1465	0.1113	0.184	0.1933	0.1865	0.1113	0.2651	0.264	0.2651	0.1905	0.1485	0.1541	0.1485	0.135
chrX	19647542	19647732	chrX:19647543-19647732	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0603	0.0699	0.0759	0.0326	0.035	0.066	0.0882	0.0959	0.035	0.0531	0.1183	0.0531	0.0651	0.0237	0.0735	0.0237	0.0188
chrX	19647754	19648051	chrX:19647755-19648051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0859	0.1038	0.102	0.0483	0.0668	0.0806	0.1384	0.1486	0.0668	0.0749	0.163	0.0749	0.0937	0.0391	0.1077	0.0391	0.0427
chrX	19648171	19648375	chrX:19648172-19648375	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1113	0.1422	0.1244	0.0625	0.106	0.1063	0.1985	0.1905	0.106	0.0882	0.1987	0.0882	0.1177	0.059	0.1231	0.059	0.0641
chrX	19656031	19656215	chrX:19656032-19656215	FBgn0031070	CG12702	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0513	0.0525	0.0688	0.0308	0.0318	0.0684	0.0554	0.068	0.0318	0.0761	0.0823	0.0761	0.0713	0.0368	0.038	0.0368	0.0365
chrX	19656299	19656483	chrX:19656300-19656483	FBgn0031070	CG12702	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0879	0.0891	0.1085	0.0641	0.0498	0.1044	0.0995	0.1226	0.0498	0.1353	0.1228	0.1353	0.1061	0.0888	0.0825	0.0888	0.0776
chrX	19657126	19657277	chrX:19657127-19657277	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0276	0.0292	0.0332	0.0198	0.0148	0.0408	0.032	0.0346	0.0148	0.0362	0.0441	0.0362	0.0248	0.0145	0.0168	0.0145	0.0135
chrX	19657727	19657944	chrX:19657728-19657944	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0431	0.0566	0.0433	0.028	0.0403	0.0767	0.0627	0.054	0.0403	0.0393	0.0579	0.0393	0.0341	0.0237	0.0232	0.0237	0.0156
chrX	19658592	19659048	chrX:19658593-19659048	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1059	0.1291	0.1433	0.0389	0.1007	0.1379	0.1211	0.2012	0.1007	0.064	0.2723	0.064	0.0627	0.0168	0.0845	0.0168	0.024
chrX	19659293	19659466	chrX:19659294-19659466	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0671	0.1034	0.0775	0.015	0.0901	0.1097	0.1055	0.1452	0.0901	0.0483	0.1395	0.0483	0.0356	0.0084	0.0329	0.0084	0.0063
chrX	19659749	19660224	chrX:19659750-19660224	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1196	0.167	0.1458	0.0377	0.122	0.1549	0.1925	0.2425	0.122	0.0652	0.2514	0.0652	0.0976	0.0161	0.0664	0.0161	0.0162
chrX	19660967	19661118	chrX:19660968-19661118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0364	0.0484	0.0382	0.0212	0.0329	0.0612	0.0441	0.0653	0.0329	0.0356	0.0621	0.0356	0.0217	0.0398	0.0251	0.0398	0.0141
chrX	19663897	19664048	chrX:19663898-19664048	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0348	0.0221	0.0581	0.0235	0.0085	0.0286	0.0212	0.0346	0.0085	0.0223	0.1068	0.0223	0.0194	0.0145	0.0638	0.0145	0.0083
chrX	19664059	19664217	chrX:19664060-19664217	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.046	0.0338	0.0759	0.0267	0.0127	0.0451	0.0281	0.056	0.0127	0.035	0.1437	0.035	0.0232	0.0145	0.0851	0.0145	0.0078
chrX	19666201	19666583	chrX:19666202-19666583	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.157	0.2621	0.1565	0.0402	0.2598	0.2369	0.2941	0.3584	0.2598	0.0737	0.291	0.0737	0.0511	0.0145	0.0735	0.0145	0.0156
chrX	19667352	19667723	chrX:19667353-19667723	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN121-sm	Unspecified_BN121-sm	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1076	0.1598	0.1282	0.0269	0.1315	0.1617	0.1869	0.2032	0.1315	0.1292	0.1974	0.1292	0.0705	0.0161	0.0619	0.0161	0.013
chrX	19667851	19668554	chrX:19667852-19668554	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2733	0.3347	0.3596	0.1097	0.299	0.3743	0.3503	0.4237	0.299	0.4372	0.4952	0.4372	0.2448	0.0965	0.2901	0.0965	0.0339
chrX	19669029	19669502	chrX:19669030-19669502	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1535	0.2815	0.1365	0.0291	0.2407	0.2947	0.3127	0.3631	0.2407	0.1848	0.1768	0.1848	0.0682	0.0337	0.0554	0.0337	0.0125
chrX	19669668	19669905	chrX:19669669-19669905	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0773	0.1484	0.0588	0.0182	0.1442	0.1374	0.1804	0.1852	0.1442	0.0628	0.0891	0.0628	0.031	0.0306	0.0322	0.0306	0.0094
chrX	19675638	19675789	chrX:19675639-19675789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0419	0.0775	0.0344	0.0103	0.0583	0.066	0.1129	0.0866	0.0583	0.0308	0.0543	0.0308	0.0178	0.0054	0.0142	0.0054	0.0099
chrX	19676785	19677089	chrX:19676786-19677089	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1232	0.1729	0.1497	0.0384	0.1824	0.1583	0.2176	0.1925	0.1824	0.2301	0.1701	0.2301	0.1146	0.0329	0.0606	0.0329	0.0328
chrX	19677095	19677341	chrX:19677096-19677341	FBgn0259789	vfl	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1034	0.1482	0.1174	0.0379	0.1485	0.1277	0.1981	0.1692	0.1485	0.1528	0.1312	0.1528	0.0883	0.0475	0.0529	0.0475	0.0354
chrX	19677502	19677772	chrX:19677503-19677772	FBgn0259789	vfl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.2305	0.2506	0.2839	0.1494	0.2163	0.2665	0.3032	0.2871	0.2163	0.3533	0.3257	0.3533	0.2262	0.1593	0.1902	0.1593	0.1318
chrX	19679399	19679550	chrX:19679400-19679550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0337	0.0335	0.041	0.0258	0.0223	0.0228	0.0644	0.026	0.0223	0.0598	0.0431	0.0598	0.0473	0.0345	0.0413	0.0345	0.0266
chrX	19680237	19680388	chrX:19680238-19680388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0333	0.0705	0.0193	0.007	0.052	0.034	0.1427	0.0613	0.052	0.0199	0.0299	0.0199	0.0116	0.0054	0.011	0.0054	0.0083
chrX	19680849	19681091	chrX:19680850-19681091	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0778	0.1429	0.0713	0.0123	0.0901	0.083	0.2141	0.2005	0.0901	0.032	0.1228	0.032	0.0457	0.0115	0.0251	0.0115	0.0057
chrX	19682117	19682339	chrX:19682118-19682339	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0991	0.1517	0.1029	0.0362	0.1304	0.1408	0.1998	0.1752	0.1304	0.1371	0.1174	0.1371	0.1208	0.036	0.0548	0.036	0.0396
chrX	19682392	19682668	chrX:19682393-19682668	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0945	0.1633	0.085	0.028	0.141	0.1592	0.2007	0.1912	0.141	0.1117	0.0942	0.1117	0.0844	0.0245	0.0432	0.0245	0.0334
chrX	19682725	19682998	chrX:19682726-19682998	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1055	0.1847	0.0947	0.029	0.1336	0.1961	0.2106	0.2358	0.1336	0.1365	0.1023	0.1365	0.0705	0.0314	0.0329	0.0314	0.0266
chrX	19686044	19686195	chrX:19686045-19686195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0134	0.0123	0.0096	0.0188	0.0032	0.0165	0.016	0.014	0.0032	0.0109	0.0087	0.0109	0.0093	0.0054	0.0064	0.0054	0.0078
chrX	19686566	19686717	chrX:19686567-19686717	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0083	0.0044	0.0067	0.0145	0	0.0068	0.0048	0.0033	0	0.0079	0.0055	0.0079	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0057
chrX	19687790	19687941	chrX:19687791-19687941	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.011	0.008	0.0192	0.0042	0.0117	0.0138	0.0167	0.0042	0.003	0.0058	0.003	0.0046	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chrX	19688386	19688537	chrX:19688387-19688537	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0136	0.0121	0.0099	0.0195	0.0074	0.0189	0.0134	0.0113	0.0074	0.0115	0.0087	0.0115	0.007	0.0046	0.0039	0.0046	0.0078
chrX	19688917	19689068	chrX:19688918-19689068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0156	0.0098	0.0152	0.0085	0.0146	0.0242	0.0167	0.0085	0.0091	0.0103	0.0091	0.0039	0.0046	0.0039	0.0046	0.0042
chrX	19689612	19689763	chrX:19689613-19689763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0095	0.0099	0.0141	0.0042	0.0073	0.0156	0.0127	0.0042	0.0097	0.0103	0.0097	0.0093	0.0054	0.0058	0.0054	0.0026
chrX	19690099	19690250	chrX:19690100-19690250	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0089	0.0076	0.0066	0.013	0.0032	0.0073	0.0125	0.0073	0.0032	0.0036	0.0058	0.0036	0.0023	0.0031	0.0039	0.0031	0.0036
chrX	19690879	19691030	chrX:19690880-19691030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0075	0.0067	0.0113	0.0021	0.0083	0.0108	0.0087	0.0021	0.0066	0.0071	0.0066	0.0046	0.0077	0.0032	0.0077	0.0026
chrX	19699569	19699720	chrX:19699570-19699720	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0044	0.0062	0.0096	0	0.0063	0.0061	0.004	0	0.0066	0.0061	0.0066	0.0039	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chrX	19700513	19700664	chrX:19700514-19700664	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0064	0.0061	0.0093	0.0032	0.0068	0.0121	0.0033	0.0032	0.0042	0.0071	0.0042	0.0039	0.0023	0.0039	0.0023	0.0026
chrX	19704732	19704883	chrX:19704733-19704883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0107	0.0089	0.0143	0.0053	0.0058	0.0195	0.0113	0.0053	0.0054	0.0064	0.0054	0.0039	0.0015	0.0045	0.0015	0.0052
chrX	19704968	19705119	chrX:19704969-19705119	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0128	0.0085	0.0102	0.0053	0.0112	0.0221	0.0113	0.0053	0.0091	0.0103	0.0091	0.0046	8e-04	0.0045	8e-04	0.0042
chrX	19705449	19705600	chrX:19705450-19705600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0114	0.0097	0.0084	0.0167	0.0021	0.0117	0.0143	0.0093	0.0021	0.0066	0.0084	0.0066	0.0031	0.0038	0	0.0038	0.0036
chrX	19705812	19705963	chrX:19705813-19705963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0105	0.0067	0.0104	0.0074	0.0078	0.0169	0.0113	0.0074	0.0048	0.0068	0.0048	0.0039	0.0015	6e-04	0.0015	0.0021
chrX	19706273	19706444	chrX:19706274-19706444	FBgn0026174	skpD	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0204	0.04	0.0137	0.0058	0.0276	0.0272	0.0683	0.0453	0.0276	0.0121	0.018	0.0121	0.0093	0.0023	0.0013	0.0023	0.0021
chrX	19706576	19706727	chrX:19706577-19706727	FBgn0026174	skpD	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.016	0.032	0.0112	0.0035	0.0201	0.018	0.0593	0.0353	0.0201	0.0127	0.0141	0.0127	0.0054	8e-04	0.0013	8e-04	0.0031
chrX	19711179	19711330	chrX:19711180-19711330	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.007	0.0086	0.0143	0.0032	0.0063	0.0121	0.008	0.0032	0.0048	0.0084	0.0048	0.0116	0.0069	0.0039	0.0069	0.0026
chrX	19711892	19712043	chrX:19711893-19712043	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0098	0.0111	0.009	0.0093	0.0011	0.0136	0.019	0.01	0.0011	0.0103	0.0119	0.0103	0.0062	8e-04	0.0039	8e-04	0.0052
chrX	19712138	19712289	chrX:19712139-19712289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.014	0.0086	0.0103	0.0064	0.0141	0.0212	0.014	0.0064	0.0097	0.009	0.0097	0.0085	0.0023	0.0077	0.0023	0.0042
chrX	19712452	19712603	chrX:19712453-19712603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0204	0.0159	0.0116	0.0095	0.016	0.0255	0.032	0.0095	0.0133	0.0135	0.0133	0.0178	8e-04	0.0052	8e-04	0.0031
chrX	19712976	19713127	chrX:19712977-19713127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0108	0.0101	0.0077	0.015	0.0021	0.0126	0.0138	0.012	0.0021	0.0066	0.009	0.0066	0.0046	0.0046	0.0039	0.0046	0.0042
chrX	19713350	19713501	chrX:19713351-19713501	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0102	0.0082	0.0113	0.0021	0.0117	0.0134	0.0127	0.0021	0.0109	0.0096	0.0109	0.0062	0.0038	0.0052	0.0038	0.0057
chrX	19718116	19718267	chrX:19718117-19718267	FBgn0031074	skpE	none	none	VT64483.1	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0174	0.0297	0.0148	0.0064	0.0095	0.0252	0.0489	0.0306	0.0095	0.0205	0.0174	0.0205	0.0085	0.0069	0.0045	0.0069	0.0068
chrX	19718745	19718896	chrX:19718746-19718896	distal	distal	none	none	VT64483.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0106	0.0077	0.0125	0.0042	0.0102	0.0151	0.0133	0.0042	0.0103	0.0071	0.0103	0.0054	0.0023	0.0019	0.0023	0.0063
chrX	19719004	19719155	chrX:19719005-19719155	distal	distal	none	none	VT64483.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0075	0.0052	0.0138	0.0021	0.0117	0.0104	0.0067	0.0021	0.0048	0.0048	0.0048	0.0077	0.0031	0.0045	0.0031	0.0031
chrX	19719200	19719351	chrX:19719201-19719351	distal	distal	none	none	VT64483.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0074	0.0046	0.0146	0.0032	0.0102	0.0108	0.0067	0.0032	0.0048	0.0035	0.0048	0.0054	0.0038	0.0045	0.0038	0.0026
chrX	19719779	19719930	chrX:19719780-19719930	distal	distal	none	none	VT64483.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0061	0.0079	0.0217	0	0.0063	0.0099	0.006	0	0.0054	0.009	0.0054	0.0031	0.0038	0.0019	0.0038	0.0068
chrX	19720480	19720631	chrX:19720481-19720631	distal	distal	none	none	VT64483.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0154	0.0171	0.0114	0.018	0.0042	0.0204	0.0251	0.0167	0.0042	0.0163	0.0125	0.0163	0.0085	0.0031	0.0039	0.0031	0.0094
chrX	19720660	19720811	chrX:19720661-19720811	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0161	0.0077	0.0138	0.0021	0.0165	0.0238	0.016	0.0021	0.0097	0.008	0.0097	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chrX	19721925	19722076	chrX:19721926-19722076	distal	distal	stage14	stage14	VT64485.1	VT64485.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0145	0.0129	0.0173	0.0042	0.016	0.0186	0.0213	0.0042	0.0121	0.0132	0.0121	0.0085	0.0038	0.0058	0.0038	0.0073
chrX	19722130	19722281	chrX:19722131-19722281	distal	distal	stage14	stage14	VT64485.1	VT64485.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0097	0.0088	0.0187	0.0011	0.0102	0.0143	0.0133	0.0011	0.0072	0.0074	0.0072	0.0054	0.0015	0.0026	0.0015	0.0078
chrX	19723382	19723533	chrX:19723383-19723533	distal	distal	none	none	VT64485.1	VT64485.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0087	0.0123	0.016	0.0021	0.0087	0.0087	0.0167	0.0021	0.0175	0.0141	0.0175	0.0054	0.0084	0.0077	0.0084	0.0099
chrX	19725269	19725420	chrX:19725270-19725420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.0238	0.0166	0.0127	0.0148	0.0228	0.0303	0.0286	0.0148	0.0254	0.017	0.0254	0.0155	0.01	0.011	0.01	0.0193
chrX	19725539	19725814	chrX:19725540-19725814	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0537	0.0348	0.0191	0.0244	0.0515	0.0761	0.064	0.0244	0.0477	0.0412	0.0477	0.0287	0.0191	0.0239	0.0191	0.0219
chrX	19731192	19731433	chrX:19731193-19731433	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.0287	0.0392	0.0259	0.0095	0.0316	0.0277	0.05	0.0095	0.0332	0.0473	0.0332	0.0558	0.01	0.0348	0.01	0.0453
chrX	19732601	19732752	chrX:19732602-19732752	distal	distal	none	none	VT64489.1	VT64489.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0249	0.0207	0.0335	0.0202	0.0064	0.0248	0.0255	0.0247	0.0064	0.032	0.0482	0.032	0.0279	0.013	0.0458	0.013	0.0162
chrX	19733033	19733281	chrX:19733034-19733281	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT64489.1	VT64489.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.037	0.028	0.0541	0.0281	0.0064	0.0422	0.0298	0.0326	0.0064	0.067	0.063	0.067	0.0682	0.0245	0.0529	0.0245	0.0307
chrX	19736521	19736759	chrX:19736522-19736759	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0922	0.0945	0.1424	0.0345	0.0329	0.1461	0.0489	0.1732	0.0329	0.1963	0.2077	0.1963	0.0488	0.026	0.0432	0.026	0.024
chrX	19736773	19736976	chrX:19736774-19736976	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1066	0.0978	0.1701	0.0469	0.0265	0.1684	0.0454	0.1666	0.0265	0.2681	0.2238	0.2681	0.0651	0.0383	0.0477	0.0383	0.0344
chrX	19737212	19737393	chrX:19737213-19737393	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0572	0.047	0.098	0.024	0.0127	0.0908	0.0285	0.06	0.0127	0.1884	0.101	0.1884	0.0581	0.0214	0.0142	0.0214	0.0276
chrX	19738514	19738665	chrX:19738515-19738665	distal	distal	stage14	stage14	VT64492.1	VT64492.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0322	0.0178	0.039	0.0408	0	0.0257	0.0117	0.03	0	0.0912	0.0354	0.0912	0.0225	0.1309	0.0239	0.1309	0.024
chrX	19739712	19739932	chrX:19739713-19739932	distal	distal	stage14	stage14	VT64492.1,VT64493.1	VT64492.1,VT64493.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0522	0.0322	0.0589	0.0671	0.0095	0.0427	0.0307	0.046	0.0095	0.0658	0.0588	0.0658	0.103	0.0919	0.0638	0.0919	0.0995
chrX	19740885	19741061	chrX:19740886-19741061	distal	distal	none	none	VT64493.1	VT64493.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0707	0.0469	0.0943	0.0713	0.0191	0.0689	0.0359	0.072	0.0191	0.1081	0.1277	0.1081	0.0674	0.1133	0.0896	0.1133	0.0724
chrX	19741390	19741541	chrX:19741391-19741541	distal	distal	none	none	VT64493.1	VT64493.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.042	0.0374	0.0447	0.0441	0.0159	0.0485	0.0277	0.066	0.0159	0.0465	0.0473	0.0465	0.0426	0.0299	0.0264	0.0299	0.0334
chrX	19742405	19742604	chrX:19742406-19742604	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2122	0.1959	0.2546	0.184	0.1474	0.233	0.2072	0.2412	0.1474	0.3406	0.2804	0.3406	0.2293	0.2198	0.1818	0.2198	0.2204
chrX	19743436	19743635	chrX:19743437-19743635	distal	distal	stage5	stage5	VT64495.1	VT64495.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.061	0.1093	0.0477	0.0216	0.0573	0.1214	0.1003	0.1732	0.0573	0.0676	0.0556	0.0676	0.0271	0.0276	0.0226	0.0276	0.0198
chrX	19744047	19744206	chrX:19744048-19744206	distal	distal	none	none	VT64495.1	VT64495.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0668	0.0497	0.0869	0.0636	0.0233	0.085	0.035	0.068	0.0233	0.1413	0.0942	0.1413	0.079	0.0904	0.0625	0.0904	0.087
chrX	19744837	19745186	chrX:19744838-19745186	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	VT64495.1,VT64496.1	VT64495.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2185	0.17	0.2858	0.1987	0.0774	0.2553	0.1289	0.2405	0.0774	0.4076	0.3129	0.4076	0.2874	0.258	0.205	0.258	0.2475
chrX	19745359	19745610	chrX:19745360-19745610	FBgn0261811	pico	stage11,stage14,stage5	none	VT64496.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.228	0.1781	0.2935	0.2118	0.0817	0.265	0.1414	0.2605	0.0817	0.3919	0.327	0.3919	0.2587	0.2358	0.2392	0.2358	0.2079
chrX	19745779	19745936	chrX:19745780-19745936	FBgn0031078,FBgn0261811	CG11943,pico	stage11,stage14,stage5	none	VT64496.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1172	0.0847	0.1525	0.1146	0.0414	0.1277	0.083	0.1006	0.0414	0.192	0.1675	0.192	0.1286	0.1279	0.1193	0.1279	0.124
chrX	19746046	19746254	chrX:19746047-19746254	FBgn0031078,FBgn0261811	CG11943,pico	stage11,stage14,stage5	none	VT64496.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2302	0.2105	0.2736	0.2047	0.1421	0.2578	0.2336	0.2405	0.1421	0.3442	0.2887	0.3442	0.2525	0.2175	0.2199	0.2175	0.2361
chrX	19746410	19746561	chrX:19746411-19746561	FBgn0031078,FBgn0261811	CG11943,pico	stage11,stage5	none	VT64496.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0746	0.0714	0.0934	0.0575	0.0477	0.0917	0.0817	0.0793	0.0477	0.1196	0.1023	0.1196	0.0806	0.0674	0.0587	0.0674	0.0667
chrX	19752988	19753270	chrX:19752989-19753270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.034	0.0433	0.0258	0.0148	0.0447	0.0337	0.0453	0.0148	0.0519	0.0505	0.0519	0.048	0.0283	0.0264	0.0283	0.0349
chrX	19753396	19753547	chrX:19753397-19753547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0276	0.0258	0.034	0.0227	0.0106	0.0388	0.0242	0.0326	0.0106	0.0483	0.035	0.0483	0.0356	0.0237	0.0219	0.0237	0.0307
chrX	19759493	19759693	chrX:19759494-19759693	FBgn0031077,FBgn0052529	CG15618,Hers	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.0942	0.1301	0.1021	0.0626	0.1223	0.1016	0.1013	0.0626	0.1431	0.1521	0.1431	0.1309	0.1011	0.1141	0.1011	0.1261
chrX	19759966	19760183	chrX:19759967-19760183	FBgn0031077,FBgn0052529	CG15618,Hers	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2216	0.1955	0.2602	0.2083	0.1336	0.2432	0.2089	0.2352	0.1336	0.3146	0.2891	0.3146	0.2184	0.2106	0.227	0.2106	0.2282
chrX	19760293	19760516	chrX:19760294-19760516	FBgn0052529	Hers	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.161	0.1262	0.203	0.1536	0.0838	0.1757	0.1181	0.1566	0.0838	0.2542	0.2148	0.2542	0.1952	0.1708	0.1702	0.1708	0.1662
chrX	19760588	19760807	chrX:19760589-19760807	FBgn0052529	Hers	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1438	0.0946	0.1836	0.155	0.0424	0.1354	0.09	0.1272	0.0424	0.2548	0.1958	0.2548	0.182	0.1884	0.1754	0.1884	0.1855
chrX	19761030	19761247	chrX:19761031-19761247	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0963	0.0415	0.1322	0.1182	0.0095	0.0762	0.0346	0.0453	0.0095	0.1812	0.1486	0.1812	0.1479	0.144	0.147	0.144	0.1522
chrX	19762182	19762333	chrX:19762183-19762333	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.014	0.0057	0.0255	0.0107	0	0.0097	0.0078	0.0047	0	0.0694	0.0196	0.0694	0.0077	0.0237	0.0116	0.0237	0.0047
chrX	19769011	19769162	chrX:19769012-19769162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0127	0.0168	0.0242	0.0053	0.016	0.019	0.012	0.0053	0.0236	0.019	0.0236	0.0163	0.0237	0.0206	0.0237	0.0344
chrX	19769363	19769514	chrX:19769364-19769514	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0123	0.0135	0.0267	0.0042	0.0165	0.019	0.0073	0.0042	0.0157	0.019	0.0157	0.0132	0.0245	0.0297	0.0245	0.0406
chrX	19771151	19771317	chrX:19771152-19771317	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0224	0.0132	0.0241	0.0308	0.0021	0.0175	0.0203	0.0113	0.0021	0.0386	0.0244	0.0386	0.0201	0.0429	0.0445	0.0429	0.0328
chrX	19773700	19773965	chrX:19773701-19773965	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.0117	0.0183	0.0219	0	0.0136	0.016	0.016	0	0.0066	0.018	0.0066	0.0155	0.0077	0.0064	0.0077	0.0109
chrX	19777952	19778114	chrX:19777953-19778114	distal	distal	none	none	VT64508.1	VT64508.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0086	0.0259	0.0295	0.0021	0.0117	0.0082	0.0147	0.0021	0.0236	0.0357	0.0236	0.0287	0.0115	0.0509	0.0115	0.049
chrX	19781007	19781423	chrX:19781008-19781423	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.2324	0.1705	0.2821	0.2469	0.0944	0.216	0.1994	0.1899	0.0944	0.3406	0.3264	0.3406	0.282	0.2458	0.2998	0.2458	0.2783
chrX	19782920	19783156	chrX:19782921-19783156	distal	distal	stage11,stage5	none	VT64511.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0532	0.0677	0.073	0.0152	0.0392	0.1092	0.0619	0.0746	0.0392	0.1498	0.0682	0.1498	0.0263	0.0107	0.0129	0.0107	0.0063
chrX	19783187	19783552	chrX:19783188-19783552	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	VT64511.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0917	0.1029	0.1264	0.0409	0.0456	0.1626	0.0865	0.1299	0.0456	0.2409	0.1225	0.2409	0.0395	0.0153	0.0361	0.0153	0.0109
chrX	19784069	19784280	chrX:19784070-19784280	FBgn0086782	amn	stage11,stage14,stage5	none	VT64511.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.062	0.068	0.0731	0.0432	0.0329	0.082	0.0934	0.0693	0.0329	0.1111	0.0678	0.1111	0.0496	0.0176	0.029	0.0176	0.0281
chrX	19784284	19784496	chrX:19784285-19784496	FBgn0086782	amn	stage11,stage14,stage5	none	VT64511.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0608	0.0779	0.0701	0.0316	0.0477	0.0816	0.1112	0.0779	0.0477	0.1117	0.0592	0.1117	0.0457	0.0153	0.029	0.0153	0.0266
chrX	19786038	19786189	chrX:19786039-19786189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.0093	0.0194	0.0205	0.0021	0.0107	0.0164	0.0067	0.0021	0.0278	0.0177	0.0278	0.0271	0.0138	0.0155	0.0138	0.0474
chrX	19786201	19786352	chrX:19786202-19786352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0164	0.0111	0.0193	0.0192	0	0.0117	0.0186	0.01	0	0.0308	0.0209	0.0308	0.0201	0.0153	0.0148	0.0153	0.038
chrX	19788848	19789129	chrX:19788849-19789129	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0451	0.0742	0.0434	0.0143	0.0329	0.0544	0.0943	0.1352	0.0329	0.0356	0.0695	0.0356	0.0302	0.0207	0.0232	0.0207	0.0057
chrX	19791280	19791463	chrX:19791281-19791463	distal	distal	none	none	VT64515.1	VT64515.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0377	0.0538	0.0405	0.0166	0.052	0.05	0.061	0.0713	0.052	0.0664	0.0469	0.0664	0.0318	0.0176	0.0219	0.0176	0.0151
chrX	19791641	19791952	chrX:19791642-19791952	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT64515.1	VT64515.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1395	0.1732	0.1588	0.0806	0.158	0.1772	0.1964	0.2105	0.158	0.2156	0.2023	0.2156	0.1162	0.1049	0.1206	0.1049	0.0839
chrX	19792128	19792309	chrX:19792129-19792309	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1308	0.1466	0.1454	0.0971	0.1209	0.1689	0.1609	0.1759	0.1209	0.1926	0.1859	0.1926	0.1247	0.1194	0.1354	0.1194	0.1079
chrX	19800873	19801290	chrX:19800874-19801290	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0538	0.0884	0.0503	0.0191	0.0562	0.1	0.1016	0.1146	0.0562	0.0833	0.054	0.0833	0.0248	0.0214	0.0161	0.0214	0.0203
chrX	19801421	19801572	chrX:19801422-19801572	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0191	0.0282	0.0199	0.0082	0.0138	0.0335	0.0307	0.0386	0.0138	0.0217	0.0238	0.0217	0.0132	0.0092	0.009	0.0092	0.0057
chrX	19855176	19855352	chrX:19855177-19855352	FBgn0031081	Nep3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.009	0.0146	0.0368	0.0042	0.0068	0.0143	0.012	0.0042	0.0115	0.0132	0.0115	0.0077	0.0077	0.0045	0.0077	0.0141
chrX	19855597	19855748	chrX:19855598-19855748	FBgn0031081	Nep3	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0182	0.0138	0.0309	0.0148	0.0155	0.0277	0.0187	0.0148	0.0103	0.0135	0.0103	0.0085	0.0061	0.0058	0.0061	0.0125
chrX	19888452	19888603	chrX:19888453-19888603	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0055	0.0037	0.0047	0.0082	0.0032	0.0024	0.0074	0.0013	0.0032	0.0042	0.0055	0.0042	0.0039	0.0015	0.0039	0.0015	0.0031
chrX	19917976	19918127	chrX:19917977-19918127	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0047	0.0053	0.0113	0.0042	0.0049	0.0082	0.0027	0.0042	0.006	0.0051	0.006	0.0046	0.0015	0.0026	0.0015	0.0026
chrX	19919066	19919287	chrX:19919067-19919287	FBgn0052826	tRNA:CR32826	none	none	VT64570.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0335	0.0204	0.0134	0.0286	0.0267	0.0368	0.052	0.0286	0.0181	0.0212	0.0181	0.0302	0.0184	0.0077	0.0184	0.0167
chrX	19938525	19938676	chrX:19938526-19938676	distal	distal	none	none	VT64579.1	VT64579.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0041	0.0044	0.0095	0.0011	0.0019	0.0104	0.0027	0.0011	0.0042	0.0026	0.0042	0.0046	8e-04	0.0019	8e-04	0.0021
chrX	19956756	19956907	chrX:19956757-19956907	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.006	0.0052	0.0042	0.0088	0.0053	0.0024	0.0095	0.0033	0.0053	0.0066	0.0035	0.0066	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chrX	19978014	19978165	chrX:19978015-19978165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0123	0.0108	0.0146	0.0106	0.0078	0.0208	0.012	0.0106	0.0151	0.0129	0.0151	0.0046	0.0038	0.0064	0.0038	0.0036
chrX	19986572	19986723	chrX:19986573-19986723	FBgn0031086	fd19B	none	none	CG9571_O-E	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0125	0.0277	0.0051	0.0036	0.0212	0.0068	0.0688	0.0113	0.0212	0.0066	0.0064	0.0066	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0042
chrX	20016316	20016467	chrX:20016317-20016467	FBgn0085360	CG34331	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0093	0.005	0.0081	0.0153	0.0032	0.0053	0.0087	0.0033	0.0032	0.0054	0.0029	0.0054	0.0318	0.0023	0.0045	0.0023	0.0474
chrX	20053113	20053299	chrX:20053114-20053299	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1277	0.0896	0.1567	0.1383	0.0371	0.1301	0.0787	0.1219	0.0371	0.186	0.1608	0.186	0.1921	0.1309	0.1425	0.1309	0.1855
chrX	20053585	20053979	chrX:20053586-20053979	FBgn0031090	Rab35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2027	0.1544	0.2468	0.2082	0.0891	0.1947	0.1609	0.1985	0.0891	0.2989	0.2653	0.2989	0.2595	0.209	0.2115	0.209	0.2449
chrX	20054007	20054227	chrX:20054008-20054227	FBgn0031090	Rab35	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.0917	0.1379	0.1192	0.053	0.1155	0.1008	0.1113	0.053	0.1612	0.1553	0.1612	0.134	0.1172	0.1231	0.1172	0.1324
chrX	20056699	20056930	chrX:20056700-20056930	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0656	0.0775	0.0597	0.0403	0.0733	0.0761	0.0833	0.0403	0.0833	0.0884	0.0833	0.0744	0.0674	0.0638	0.0674	0.0631
chrX	20059615	20059766	chrX:20059616-20059766	FBgn0031091	CG9576	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.031	0.0299	0.0392	0.0233	0.0138	0.0296	0.0424	0.0366	0.0138	0.0417	0.0473	0.0417	0.0403	0.0245	0.0258	0.0245	0.0334
chrX	20059924	20060143	chrX:20059925-20060143	FBgn0031091	CG9576	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1093	0.1009	0.1362	0.0893	0.0541	0.1165	0.1215	0.1226	0.0541	0.1745	0.1521	0.1745	0.1278	0.085	0.087	0.085	0.1146
chrX	20060225	20060376	chrX:20060226-20060376	FBgn0031091,FBgn0031092	CG9576,CG9577	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0582	0.0522	0.0711	0.0507	0.0318	0.0573	0.061	0.0666	0.0318	0.0936	0.0765	0.0936	0.0759	0.0536	0.0387	0.0536	0.073
chrX	20060560	20060792	chrX:20060561-20060792	FBgn0031092	CG9577	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0814	0.0667	0.1022	0.0751	0.0308	0.0854	0.0735	0.0859	0.0308	0.1298	0.1141	0.1298	0.1046	0.0858	0.0696	0.0858	0.1011
chrX	20063167	20063318	chrX:20063168-20063318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0163	0.0204	0.0178	0.0102	0.0106	0.015	0.0346	0.0207	0.0106	0.0236	0.0193	0.0236	0.0194	0.0092	0.0097	0.0092	0.0162
chrX	20063930	20064129	chrX:20063931-20064129	FBgn0031093,FBgn0031094	CG9578,CG9581	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0688	0.0714	0.0792	0.0544	0.0371	0.0791	0.0852	0.0919	0.0371	0.0839	0.0965	0.0839	0.0875	0.059	0.0509	0.059	0.0724
chrX	20064146	20064348	chrX:20064147-20064348	FBgn0031093,FBgn0031094	CG9578,CG9581	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0591	0.0515	0.0706	0.055	0.0201	0.0607	0.0619	0.0633	0.0201	0.0688	0.0817	0.0688	0.0875	0.0574	0.0496	0.0574	0.074
chrX	20067864	20068015	chrX:20067865-20068015	FBgn0000084	AnnX	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.011	0.0086	0.0075	0.0175	0.0032	0.0087	0.0138	0.0067	0.0032	0.0042	0.0064	0.0042	0.0163	0.0061	0.0084	0.0061	0.0375
chrX	20102065	20102278	chrX:20102066-20102278	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0807	0.0729	0.1154	0.0512	0.0445	0.0816	0.0779	0.1033	0.0445	0.1087	0.1772	0.1087	0.0891	0.0513	0.1032	0.0513	0.0464
chrX	20102555	20102751	chrX:20102556-20102751	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0688	0.0622	0.0961	0.0464	0.0212	0.0864	0.0666	0.0786	0.0212	0.1135	0.1296	0.1135	0.0705	0.0467	0.0632	0.0467	0.0552
chrX	20102841	20103054	chrX:20102842-20103054	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0592	0.0626	0.0755	0.0376	0.0297	0.0816	0.0696	0.0773	0.0297	0.0924	0.0929	0.0924	0.0604	0.0391	0.04	0.0391	0.0464
chrX	20107168	20107371	chrX:20107169-20107371	FBgn0003654	sw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.0703	0.1086	0.0774	0.0467	0.0922	0.0623	0.0926	0.0467	0.1214	0.1296	0.1214	0.1077	0.0689	0.0909	0.0689	0.0938
chrX	20107399	20107577	chrX:20107400-20107577	FBgn0003654	sw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0988	0.0849	0.1211	0.0898	0.0498	0.1039	0.083	0.1153	0.0498	0.1401	0.1431	0.1401	0.1154	0.0988	0.0967	0.0988	0.1079
chrX	20109160	20109311	chrX:20109161-20109311	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0126	0.0062	0.0133	0.0191	0.0032	0.0083	0.0087	0.0033	0.0032	0.0115	0.0222	0.0115	0.0062	0.0077	0.0651	0.0077	0.0094
chrX	20109952	20110118	chrX:20109953-20110118	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0277	0.0319	0.0324	0.0159	0.0291	0.0385	0.03	0.0159	0.0187	0.0566	0.0187	0.0248	0.0092	0.1051	0.0092	0.0208
chrX	20110613	20110871	chrX:20110614-20110871	FBgn0031097	obst-A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0151	0.035	0.045	0.0032	0.0209	0.0195	0.014	0.0032	0.0242	0.0563	0.0242	0.0217	0.0207	0.1373	0.0207	0.0198
chrX	20114628	20114882	chrX:20114629-20114882	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0551	0.0513	0.0618	0.0255	0.0607	0.0554	0.0839	0.0255	0.0386	0.0682	0.0386	0.0596	0.0421	0.0883	0.0421	0.0823
chrX	20114983	20115147	chrX:20114984-20115147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0318	0.0376	0.0294	0.028	0.0244	0.0374	0.042	0.0526	0.0244	0.0205	0.0415	0.0205	0.0302	0.0237	0.0419	0.0237	0.0328
chrX	20115219	20115449	chrX:20115220-20115449	FBgn0022770	Peritrophin-A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0477	0.0609	0.0402	0.0411	0.0509	0.0592	0.0627	0.0846	0.0509	0.0302	0.0553	0.0302	0.0449	0.0299	0.0651	0.0299	0.0526
chrX	20115651	20115807	chrX:20115652-20115807	FBgn0022770	Peritrophin-A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0255	0.0246	0.0232	0.029	0.0244	0.0243	0.0247	0.0366	0.0244	0.0133	0.0331	0.0133	0.0333	0.013	0.0593	0.013	0.0365
chrX	20116413	20116564	chrX:20116414-20116564	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0172	0.0189	0.0187	0.0053	0.0121	0.0277	0.0227	0.0053	0.0181	0.028	0.0181	0.0132	0.0115	0.0413	0.0115	0.0188
chrX	20116639	20116790	chrX:20116640-20116790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0185	0.0163	0.0199	0.0192	0.0053	0.015	0.0251	0.0193	0.0053	0.0151	0.0283	0.0151	0.0186	0.0046	0.0548	0.0046	0.0177
chrX	20122050	20122268	chrX:20122051-20122268	FBgn0015789,FBgn0031098	CG17068,Rab10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0981	0.0943	0.122	0.0762	0.0764	0.0981	0.1185	0.1133	0.0764	0.1624	0.1325	0.1624	0.1108	0.0796	0.0806	0.0796	0.0803
chrX	20122315	20122493	chrX:20122316-20122493	FBgn0015789,FBgn0031098	CG17068,Rab10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1434	0.1375	0.169	0.122	0.1124	0.1495	0.1535	0.1732	0.1124	0.2156	0.1849	0.2156	0.1549	0.1202	0.127	0.1202	0.1464
chrX	20122536	20122735	chrX:20122537-20122735	FBgn0015789,FBgn0031098	CG17068,Rab10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1444	0.1322	0.1769	0.1224	0.0912	0.165	0.1414	0.1566	0.0912	0.2234	0.1961	0.2234	0.1634	0.1225	0.1425	0.1225	0.1391
chrX	20122829	20123006	chrX:20122830-20123006	FBgn0015789,FBgn0031098	CG17068,Rab10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.175	0.1777	0.219	0.1235	0.1389	0.2126	0.1959	0.2032	0.1389	0.2832	0.2453	0.2832	0.196	0.1501	0.1322	0.1501	0.1204
chrX	20123105	20123289	chrX:20123106-20123289	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.099	0.0991	0.1255	0.0699	0.0774	0.1141	0.1151	0.1153	0.0774	0.1425	0.1457	0.1425	0.1356	0.0689	0.0799	0.0689	0.0912
chrX	20123360	20123577	chrX:20123361-20123577	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0629	0.0697	0.0416	0.0467	0.0646	0.0817	0.0726	0.0467	0.0725	0.0775	0.0725	0.0852	0.0452	0.0484	0.0452	0.0563
chrX	20127180	20127331	chrX:20127181-20127331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0233	0.0193	0.0272	0.0234	0.0095	0.0218	0.026	0.0187	0.0095	0.0284	0.0283	0.0284	0.0434	0.0207	0.011	0.0207	0.0521
chrX	20128110	20128333	chrX:20128111-20128333	FBgn0031099	CG17065	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.094	0.0811	0.111	0.0897	0.0488	0.1034	0.0766	0.1113	0.0488	0.1304	0.1257	0.1304	0.1224	0.0972	0.0928	0.0972	0.1105
chrX	20128376	20128578	chrX:20128377-20128578	FBgn0031099	CG17065	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1164	0.1066	0.1383	0.1035	0.07	0.1296	0.1159	0.1306	0.07	0.1697	0.1563	0.1697	0.1495	0.108	0.1128	0.108	0.1214
chrX	20194339	20194490	chrX:20194340-20194490	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0061	0.0043	0.0072	0.0032	0.0058	0.0078	0.0093	0.0032	0.0079	0.0023	0.0079	0.0062	0.0023	0.0026	0.0023	0.0016
chrX	20195800	20195951	chrX:20195801-20195951	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0061	0.007	0.0106	0.0021	0.0049	0.0125	0.0033	0.0021	0.0054	0.0064	0.0054	0.0062	0.0015	0.0019	0.0015	0.0057
chrX	20201441	20201677	chrX:20201442-20201677	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0566	0.0881	0.0495	0.0291	0.0679	0.082	0.1272	0.0833	0.0679	0.0815	0.0524	0.0815	0.0116	0.0069	0.0103	0.0069	0.0073
chrX	20223265	20223416	chrX:20223266-20223416	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0107	0.011	0.0173	0.0074	0.0136	0.0177	0.0053	0.0074	0.0133	0.009	0.0133	0.0062	0.0077	0.0058	0.0077	0.0083
chrX	20223419	20223622	chrX:20223420-20223622	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0235	0.0279	0.0192	0.0233	0.0148	0.0301	0.0424	0.0273	0.0148	0.0278	0.0177	0.0278	0.0093	0.013	0.0084	0.013	0.0135
chrX	20231692	20231843	chrX:20231693-20231843	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0231	0.0095	0.0192	0.0244	0.0194	0.0363	0.0193	0.0244	0.0066	0.0051	0.0066	0.0085	0.0038	0.0039	0.0038	0.0068
chrX	20262049	20262267	chrX:20262050-20262267	FBgn0027334,FBgn0031104	CG15460,l(1)G0004	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.0589	0.068	0.0415	0.0498	0.0597	0.0748	0.0606	0.0498	0.0809	0.0762	0.0809	0.0728	0.0398	0.0458	0.0398	0.0521
chrX	20262342	20262528	chrX:20262343-20262528	FBgn0027334	l(1)G0004	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.1254	0.148	0.1068	0.0976	0.1388	0.1484	0.1392	0.0976	0.1872	0.1585	0.1872	0.1627	0.111	0.098	0.111	0.135
chrX	20264093	20264244	chrX:20264094-20264244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0286	0.0231	0.0412	0.0209	0.0095	0.0296	0.0281	0.026	0.0095	0.0543	0.0441	0.0543	0.0534	0.0329	0.0187	0.0329	0.0261
chrX	20264264	20264415	chrX:20264265-20264415	FBgn0031106	Syx16	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0365	0.029	0.0519	0.028	0.0127	0.0393	0.035	0.0313	0.0127	0.0682	0.0556	0.0682	0.0651	0.0383	0.02	0.0383	0.0401
chrX	20264479	20264639	chrX:20264480-20264639	FBgn0031106	Syx16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.061	0.0482	0.0808	0.0535	0.0255	0.0738	0.0476	0.0513	0.0255	0.1027	0.0852	0.1027	0.0991	0.0651	0.0516	0.0651	0.0745
chrX	20264702	20264899	chrX:20264703-20264899	FBgn0031106	Syx16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1209	0.1049	0.1501	0.1067	0.0785	0.1252	0.1198	0.1186	0.0785	0.1878	0.1675	0.1878	0.1503	0.1126	0.1167	0.1126	0.1318
chrX	20264917	20265146	chrX:20264918-20265146	FBgn0031106,FBgn0031107	HERC2,Syx16	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.069	0.0759	0.0791	0.0501	0.0509	0.0728	0.1042	0.0886	0.0509	0.0954	0.0833	0.0954	0.0674	0.0475	0.0632	0.0475	0.0537
chrX	20265272	20265448	chrX:20265273-20265448	FBgn0031106,FBgn0031107	HERC2,Syx16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1339	0.1225	0.1624	0.1152	0.0838	0.1286	0.1484	0.1519	0.0838	0.195	0.1669	0.195	0.1704	0.1041	0.1141	0.1041	0.1412
chrX	20265599	20265750	chrX:20265600-20265750	FBgn0031107	HERC2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0424	0.0396	0.0482	0.0391	0.0233	0.0413	0.0437	0.0553	0.0233	0.0604	0.0469	0.0604	0.0465	0.0337	0.0413	0.0337	0.0365
chrX	20268019	20268170	chrX:20268020-20268170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0243	0.018	0.0082	0.0085	0.0199	0.0411	0.026	0.0085	0.0205	0.0199	0.0205	0.0155	0.0077	0.009	0.0077	0.0083
chrX	20282539	20282934	chrX:20282540-20282934	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0658	0.0597	0.0843	0.0522	0.0276	0.0738	0.0631	0.074	0.0276	0.0918	0.1013	0.0918	0.0821	0.0636	0.0496	0.0636	0.074
chrX	20293967	20294173	chrX:20293968-20294173	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0409	0.0479	0.0473	0.026	0.0286	0.0471	0.0709	0.0486	0.0286	0.0598	0.0572	0.0598	0.0349	0.0314	0.0251	0.0314	0.0334
chrX	20294465	20294680	chrX:20294466-20294680	FBgn0023177,FBgn0031114	Pp4-19C,cactin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.115	0.1454	0.0943	0.0848	0.1233	0.1354	0.1352	0.0848	0.183	0.155	0.183	0.1456	0.1103	0.089	0.1103	0.1204
chrX	20294697	20294902	chrX:20294698-20294902	FBgn0023177,FBgn0031114	Pp4-19C,cactin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1491	0.1447	0.1827	0.1173	0.1018	0.1621	0.1657	0.1799	0.1018	0.2379	0.19	0.2379	0.1905	0.1202	0.109	0.1202	0.1459
chrX	20294988	20295165	chrX:20294989-20295165	FBgn0023177,FBgn0031114	Pp4-19C,cactin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1199	0.1102	0.1467	0.1012	0.0774	0.1194	0.1237	0.1459	0.0774	0.1926	0.1556	0.1926	0.1503	0.1095	0.0941	0.1095	0.1256
chrX	20297582	20297733	chrX:20297583-20297733	FBgn0040650	CG15456	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0366	0.0413	0.0494	0.0174	0.0201	0.0553	0.0523	0.0406	0.0201	0.0713	0.0498	0.0713	0.0434	0.0184	0.0168	0.0184	0.0208
chrX	20297782	20297933	chrX:20297783-20297933	FBgn0040650	CG15456	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0429	0.0419	0.0615	0.0235	0.0297	0.0539	0.0515	0.0366	0.0297	0.0972	0.0643	0.0972	0.048	0.0214	0.0213	0.0214	0.0307
chrX	20297990	20298183	chrX:20297991-20298183	FBgn0040650	CG15456	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0852	0.0862	0.1113	0.0554	0.0573	0.0961	0.109	0.0919	0.0573	0.1546	0.1238	0.1546	0.1077	0.0658	0.0548	0.0658	0.061
chrX	20300407	20300590	chrX:20300408-20300590	FBgn0002641,FBgn0031115	CG11710,mal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0412	0.0328	0.0514	0.0394	0.0191	0.0437	0.0333	0.0406	0.0191	0.0568	0.054	0.0568	0.0627	0.0406	0.0368	0.0406	0.0469
chrX	20300613	20301005	chrX:20300614-20301005	FBgn0002641,FBgn0031115	CG11710,mal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.0693	0.1173	0.1177	0.0329	0.0937	0.0679	0.0873	0.0329	0.1492	0.1244	0.1492	0.1371	0.1325	0.1148	0.1325	0.1532
chrX	20301078	20301257	chrX:20301079-20301257	FBgn0002641,FBgn0031115	CG11710,mal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0536	0.0248	0.0546	0.0848	0.0127	0.032	0.0298	0.0227	0.0127	0.0531	0.0617	0.0531	0.0813	0.0835	0.0967	0.0835	0.1199
chrX	20304794	20304984	chrX:20304795-20304984	FBgn0031116	CG1695	stage5	none	VT64768.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0623	0.0501	0.0617	0.0766	0.0308	0.0602	0.0541	0.068	0.0308	0.0731	0.0576	0.0731	0.0844	0.062	0.0587	0.062	0.1084
chrX	20305062	20305277	chrX:20305063-20305277	FBgn0031116	CG1695	stage14	none	VT64768.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0475	0.0542	0.0717	0.0255	0.0568	0.0571	0.058	0.0255	0.0562	0.054	0.0562	0.0736	0.0559	0.0529	0.0559	0.0902
chrX	20305421	20305580	chrX:20305422-20305580	FBgn0031116	CG1695	stage14	none	VT64768.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0261	0.0197	0.0211	0.0389	0.0106	0.0218	0.0247	0.0233	0.0106	0.0145	0.0203	0.0145	0.0201	0.0199	0.0264	0.0199	0.0266
chrX	20308082	20308233	chrX:20308083-20308233	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.011	0.0127	0.0072	0.0134	0.0074	0.0087	0.0281	0.004	0.0074	0.0097	0.0064	0.0097	0.0031	0.0054	0.0026	0.0054	0.0042
chrX	20319143	20319294	chrX:20319144-20319294	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0079	0.0076	0.0253	0.0032	0.0068	0.0143	0.0067	0.0032	0.006	0.0068	0.006	0.0077	0.0107	0.0045	0.0107	0.0125
chrX	20319723	20319874	chrX:20319724-20319874	FBgn0052506	CG32506	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0252	0.0214	0.0164	0.0391	0.0212	0.0189	0.0234	0.0293	0.0212	0.0097	0.018	0.0097	0.0225	0.0214	0.0277	0.0214	0.0287
chrX	20320227	20320395	chrX:20320228-20320395	FBgn0052506	CG32506	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0364	0.0315	0.0282	0.0508	0.0191	0.0296	0.0389	0.0406	0.0191	0.0199	0.0331	0.0199	0.0395	0.0452	0.0368	0.0452	0.0422
chrX	20337013	20337164	chrX:20337014-20337164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0231	0.0308	0.0208	0.0171	0.0127	0.0335	0.0454	0.03	0.0127	0.0217	0.0244	0.0217	0.0271	0.0123	0.0168	0.0123	0.0234
chrX	20337507	20337658	chrX:20337508-20337658	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0299	0.0361	0.0288	0.0242	0.018	0.0427	0.0458	0.0433	0.018	0.0302	0.0367	0.0302	0.0356	0.0214	0.0168	0.0214	0.0396
chrX	20338238	20338389	chrX:20338239-20338389	FBgn0031117	CG1702	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0232	0.0263	0.0181	0.0095	0.018	0.0385	0.026	0.0095	0.0248	0.026	0.0248	0.0442	0.0207	0.0148	0.0207	0.0297
chrX	20338446	20338597	chrX:20338447-20338597	FBgn0031117	CG1702	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0207	0.0207	0.024	0.0171	0.0064	0.0228	0.0307	0.0213	0.0064	0.0266	0.0232	0.0266	0.038	0.0237	0.0155	0.0237	0.0224
chrX	20339303	20339470	chrX:20339304-20339470	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0278	0.0196	0.025	0.04	0.0074	0.0257	0.0238	0.0213	0.0074	0.0217	0.0232	0.0217	0.0488	0.0306	0.0316	0.0306	0.0865
chrX	20341810	20342024	chrX:20341811-20342024	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0755	0.0575	0.0366	0.0594	0.066	0.0878	0.1113	0.0594	0.0495	0.0688	0.0495	0.0612	0.0368	0.0368	0.0368	0.0391
chrX	20342180	20342331	chrX:20342181-20342331	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0254	0.032	0.0245	0.0189	0.0233	0.0301	0.0407	0.0406	0.0233	0.026	0.0264	0.026	0.0263	0.0176	0.0187	0.0176	0.0188
chrX	20350810	20350961	chrX:20350811-20350961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0148	0.0156	0.0152	0.0053	0.0194	0.0199	0.0107	0.0053	0.0139	0.0186	0.0139	0.0155	0.0092	0.0322	0.0092	0.0099
chrX	20352417	20352592	chrX:20352418-20352592	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0259	0.0244	0.0246	0.0288	0.017	0.0262	0.0316	0.024	0.017	0.0139	0.0183	0.0139	0.0635	0.013	0.0155	0.013	0.0578
chrX	20352702	20352879	chrX:20352703-20352879	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0287	0.027	0.0303	0.0287	0.0201	0.0301	0.0333	0.0286	0.0201	0.0254	0.0244	0.0254	0.0674	0.0115	0.02	0.0115	0.0636
chrX	20359607	20359861	chrX:20359608-20359861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0447	0.0366	0.0589	0.0383	0.0233	0.0413	0.0411	0.05	0.0233	0.0882	0.0598	0.0882	0.0643	0.0498	0.0638	0.0498	0.0391
chrX	20360052	20360255	chrX:20360053-20360255	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0523	0.0545	0.061	0.0402	0.0382	0.0592	0.0528	0.0799	0.0382	0.0864	0.0598	0.0864	0.062	0.049	0.0671	0.049	0.0453
chrX	20360748	20360925	chrX:20360749-20360925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.0437	0.0731	0.0528	0.0201	0.0549	0.0454	0.0573	0.0201	0.0918	0.0842	0.0918	0.0852	0.0835	0.0683	0.0835	0.0479
chrX	20361326	20361984	chrX:20361327-20361984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.0568	0.0756	0.062	0.0276	0.0665	0.0623	0.0779	0.0276	0.0924	0.0791	0.0924	0.0906	0.0965	0.0916	0.0965	0.0401
chrX	20365329	20365625	chrX:20365330-20365625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0335	0.037	0.0383	0.0242	0.0265	0.0291	0.0653	0.03	0.0265	0.0344	0.0325	0.0344	0.0914	0.0214	0.0206	0.0214	0.0474
chrX	20366355	20366908	chrX:20366356-20366908	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0947	0.0916	0.1046	0.0875	0.0583	0.118	0.1025	0.1019	0.0583	0.1159	0.0785	0.1159	0.2386	0.1371	0.0903	0.1371	0.1172
chrX	20366985	20367601	chrX:20366986-20367601	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0947	0.0957	0.1062	0.0809	0.0509	0.1204	0.1064	0.1073	0.0509	0.1274	0.0932	0.1274	0.1975	0.1371	0.0845	0.1371	0.0834
chrX	20370143	20370297	chrX:20370144-20370297	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0278	0.0322	0.0304	0.0127	0.0296	0.0333	0.0406	0.0127	0.0242	0.026	0.0242	0.0294	0.0054	0.0123	0.0054	0.0156
chrX	20370787	20371021	chrX:20370788-20371021	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.011	0.0181	0.0416	0.0053	0.0126	0.0173	0.0087	0.0053	0.0121	0.0096	0.0121	0.0186	0.0115	0.0071	0.0115	0.0141
chrX	20371102	20371253	chrX:20371103-20371253	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0122	0.024	0.0299	0.0074	0.0136	0.013	0.0193	0.0074	0.0127	0.0161	0.0127	0.0155	0.0038	0.0116	0.0038	0.0156
chrX	20371553	20371704	chrX:20371554-20371704	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0184	0.0228	0.0124	0.0095	0.0233	0.0225	0.0207	0.0095	0.0163	0.0174	0.0163	0.024	0.0077	0.0084	0.0077	0.0078
chrX	20372484	20372717	chrX:20372485-20372717	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0237	0.0383	0.0176	0.0141	0.0265	0.0282	0.0493	0.056	0.0265	0.0145	0.019	0.0145	0.0124	0.0115	0.0123	0.0115	0.0083
chrX	20373470	20373632	chrX:20373471-20373632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0151	0.0161	0.0235	0.0064	0.015	0.0212	0.0193	0.0064	0.0103	0.0164	0.0103	0.017	0.0115	0.0161	0.0115	0.0219
chrX	20374067	20374269	chrX:20374068-20374269	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0186	0.0256	0.0436	0.0106	0.0175	0.026	0.0207	0.0106	0.0211	0.026	0.0211	0.038	0.0222	0.0206	0.0222	0.0703
chrX	20374619	20374777	chrX:20374620-20374777	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.0145	0.0168	0.0422	0.0064	0.0121	0.0268	0.0113	0.0064	0.0121	0.0154	0.0121	0.0209	0.0115	0.0123	0.0115	0.0511
chrX	20380191	20380378	chrX:20380192-20380378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0429	0.048	0.0467	0.033	0.0329	0.0544	0.0484	0.0666	0.0329	0.0628	0.0531	0.0628	0.0449	0.049	0.0567	0.049	0.0255
chrX	20380563	20380753	chrX:20380564-20380753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0554	0.0566	0.069	0.0393	0.0329	0.0738	0.0532	0.07	0.0329	0.0803	0.0778	0.0803	0.0922	0.036	0.0554	0.036	0.0474
chrX	20380910	20381111	chrX:20380911-20381111	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1165	0.1076	0.1492	0.0905	0.0615	0.1422	0.1021	0.1439	0.0615	0.1938	0.1746	0.1938	0.151	0.1018	0.1199	0.1018	0.1136
chrX	20381146	20381357	chrX:20381147-20381357	FBgn0031118	RhoGAP19D	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.0783	0.0958	0.0709	0.052	0.0854	0.0908	0.0966	0.052	0.1196	0.1125	0.1196	0.0782	0.0873	0.0858	0.0873	0.0844
chrX	20381655	20381837	chrX:20381656-20381837	FBgn0031118	RhoGAP19D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1684	0.1595	0.1992	0.1445	0.1082	0.1913	0.1782	0.1905	0.1082	0.2343	0.2206	0.2343	0.1975	0.1547	0.1464	0.1547	0.1673
chrX	20382439	20382609	chrX:20382440-20382609	FBgn0031119	CG1812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0972	0.0824	0.1218	0.0866	0.0488	0.1053	0.0809	0.1146	0.0488	0.151	0.1293	0.151	0.1294	0.0812	0.1032	0.0812	0.1157
chrX	20382688	20382883	chrX:20382689-20382883	FBgn0031119	CG1812	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0964	0.0699	0.1207	0.0993	0.0371	0.0922	0.0709	0.0946	0.0371	0.1431	0.1212	0.1431	0.165	0.0888	0.1006	0.0888	0.1433
chrX	20390333	20390484	chrX:20390334-20390484	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0154	0.0138	0.0173	0.0152	0.0032	0.0155	0.019	0.016	0.0032	0.0236	0.0196	0.0236	0.0163	0.0268	0.0142	0.0268	0.0214
chrX	20390654	20390805	chrX:20390655-20390805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0126	0.0096	0.0148	0.0135	0.0064	0.0107	0.0117	0.0113	0.0064	0.0175	0.0167	0.0175	0.0178	0.0314	0.0097	0.0314	0.013
chrX	20395627	20395799	chrX:20395628-20395799	FBgn0026323	Tak1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0595	0.0451	0.0721	0.0617	0.0297	0.0549	0.051	0.056	0.0297	0.0791	0.081	0.0791	0.0775	0.0697	0.0658	0.0697	0.0594
chrX	20395857	20396057	chrX:20395858-20396057	FBgn0026323	Tak1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1197	0.1036	0.1425	0.1127	0.0817	0.1286	0.1099	0.1206	0.0817	0.1582	0.1601	0.1582	0.141	0.1133	0.118	0.1133	0.1298
chrX	20396088	20396286	chrX:20396089-20396286	FBgn0026323	Tak1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.149	0.1271	0.1817	0.1376	0.0965	0.1481	0.1384	0.1539	0.0965	0.2192	0.2003	0.2192	0.1727	0.1585	0.1341	0.1585	0.1631
chrX	20396409	20396560	chrX:20396410-20396560	FBgn0026323	Tak1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0368	0.0456	0.0425	0.0148	0.0408	0.048	0.0393	0.0148	0.0604	0.0466	0.0604	0.0387	0.0505	0.0438	0.0505	0.038
chrX	20404002	20404153	chrX:20404003-20404153	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.012	0.0117	0.0124	0.0117	0.0032	0.0117	0.0221	0.008	0.0032	0.0127	0.008	0.0127	0.0062	0.0077	0.0026	0.0077	0.0089
chrX	20407293	20407444	chrX:20407294-20407444	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.0186	0.023	0.0363	0.0212	0.0175	0.0229	0.0193	0.0212	0.0157	0.0116	0.0157	0.0186	0.0054	0.0097	0.0054	0.0177
chrX	20407463	20407626	chrX:20407464-20407626	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0258	0.0155	0.0237	0.0397	0.0095	0.017	0.0229	0.0127	0.0095	0.0115	0.0113	0.0115	0.0139	0.0077	0.0097	0.0077	0.0135
chrX	20407797	20407970	chrX:20407798-20407970	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0162	0.0157	0.0112	0.0221	0.0085	0.0112	0.029	0.0133	0.0085	0.0072	0.0061	0.0072	0.0031	0.0046	0.0058	0.0046	0.0042
chrX	20418545	20418696	chrX:20418546-20418696	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0069	0.005	0.0074	0.0086	0.0053	0.0044	0.0065	0.004	0.0053	0.0066	0.0029	0.0066	0.007	0.0015	0.0013	0.0015	0.0042
chrX	20419874	20420025	chrX:20419875-20420025	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.004	0.0041	0.0099	0.0032	0.0019	0.0091	0.0013	0.0032	0.006	0.0032	0.006	0.0023	8e-04	0	8e-04	0.001
chrX	20422191	20422342	chrX:20422192-20422342	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0059	0.0046	0.0043	0.0092	0.0032	0.0029	0.0095	0.0033	0.0032	0.0042	0.0029	0.0042	0.0039	0	0.0013	0	0.0021
chrX	20426155	20426306	chrX:20426156-20426306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0066	0.0095	0.0194	0.0021	0.0049	0.0121	0.0067	0.0021	0.0079	0.0064	0.0079	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0031
chrX	20428425	20428576	chrX:20428426-20428576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0064	0.0069	0.01	0.0021	0.0039	0.0117	0.0067	0.0021	0.0042	0.009	0.0042	0.0054	0.0023	0.0013	0.0023	0.0036
chrX	20430649	20430800	chrX:20430650-20430800	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0041	0.006	0.0266	0.0021	0.0058	0.0069	7e-04	0.0021	0.006	0.0039	0.006	0.0023	0.0107	0.0026	0.0107	0.012
chrX	20432656	20432807	chrX:20432657-20432807	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0049	0.007	0.0085	0.0021	0.0039	0.0108	0.002	0.0021	0.0097	0.0055	0.0097	0.0101	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chrX	20440514	20440665	chrX:20440515-20440665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0077	0.0079	0.0063	0.0089	0.0042	0.0053	0.0147	0.008	0.0042	0.0066	0.0061	0.0066	0.0031	0.0038	0.0039	0.0038	0.0021
chrX	20446393	20446544	chrX:20446394-20446544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0067	0.0044	0.0092	0.0021	0.0053	0.0121	0.0067	0.0021	0.0054	0.0039	0.0054	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.0026
chrX	20453982	20454169	chrX:20453983-20454169	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0446	0.0456	0.0433	0.0448	0.0286	0.0563	0.0567	0.0453	0.0286	0.0356	0.0273	0.0356	0.0302	0.0092	0.0129	0.0092	0.0115
chrX	20454473	20454624	chrX:20454474-20454624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.018	0.0146	0.0133	0.027	0.0095	0.0184	0.0221	0.0113	0.0095	0.0145	0.0116	0.0145	0.0062	0.0077	0.0026	0.0077	0.0115
chrX	20472976	20473127	chrX:20472977-20473127	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0049	0.0031	0.0033	0.0088	0.0032	0.0029	0.0056	0.0013	0.0032	0.0036	0.0032	0.0036	0.0015	8e-04	0.0013	8e-04	0.001
chrX	20473978	20474129	chrX:20473979-20474129	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0058	0.0054	0.0042	0.0079	0.0042	0.0039	0.0099	0.0053	0.0042	0.0048	0.0039	0.0048	0.0054	0.0046	0.0032	0.0046	0.0042
chrX	20500497	20500648	chrX:20500498-20500648	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0134	0.0079	0.0151	0.0177	0.0042	0.0097	0.0108	0.0067	0.0042	0.0193	0.0151	0.0193	0.0194	0.0413	0.0123	0.0413	0.0104
chrX	20502004	20502155	chrX:20502005-20502155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0062	0.0075	0.0188	0.0032	0.0107	0.0078	0.004	0.0032	0.0103	0.0064	0.0103	0.0093	0.0138	0.0052	0.0138	0.0214
chrX	20502473	20502624	chrX:20502474-20502624	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.012	0.0074	0.0102	0.0192	0.0032	0.0078	0.0095	0.0067	0.0032	0.0133	0.0084	0.0133	0.0147	0.0191	0.0045	0.0191	0.0219
chrX	20502726	20502877	chrX:20502727-20502877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0146	0.0118	0.0154	0.017	0.0074	0.0155	0.0112	0.0147	0.0074	0.0139	0.0161	0.0139	0.0132	0.0161	0.0071	0.0161	0.0151
chrX	20503066	20503260	chrX:20503067-20503260	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0554	0.041	0.0747	0.0503	0.0244	0.0549	0.0402	0.0546	0.0244	0.0936	0.0836	0.0936	0.0651	0.0804	0.0548	0.0804	0.0657
chrX	20503316	20503517	chrX:20503317-20503517	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.07	0.0612	0.0928	0.0547	0.0414	0.0714	0.0606	0.0926	0.0414	0.1202	0.1055	0.1202	0.0759	0.075	0.069	0.075	0.0766
chrX	20504650	20504892	chrX:20504651-20504892	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0262	0.0232	0.0467	0.007	0.0159	0.0286	0.0247	0.0293	0.0159	0.0839	0.0521	0.0839	0.0116	0.0061	0.0052	0.0061	0.0042
chrX	20507025	20507176	chrX:20507026-20507176	distal	distal	none	none	VT64878.1	VT64878.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0099	0.0163	0.0108	0.0017	0	0.0413	0.0095	0.012	0	0.0296	0.0087	0.0296	0.0015	8e-04	6e-04	8e-04	0.001
chrX	20509589	20509740	chrX:20509590-20509740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0141	0.0165	0.0192	0.0058	0.0053	0.017	0.0177	0.026	0.0053	0.0145	0.0322	0.0145	0.007	0.0084	0.0077	0.0084	0.0036
chrX	20510430	20510581	chrX:20510431-20510581	distal	distal	stage5	stage5	VT64880.1	VT64880.1	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.018	0.0295	0.0198	0.0032	0.0127	0.0262	0.0281	0.0573	0.0127	0.0133	0.0318	0.0133	0.0039	0	0.0045	0	0.0026
chrX	20513039	20513264	chrX:20513040-20513264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0257	0.0354	0.0316	0.0084	0.0148	0.0262	0.0324	0.0779	0.0148	0.0181	0.0563	0.0181	0.0077	0.0115	0.011	0.0115	0.0042
chrX	20514603	20514841	chrX:20514604-20514841	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1042	0.0444	0.1698	0.099	0.0085	0.0883	0.026	0.056	0.0085	0.2675	0.1855	0.2675	0.0496	0.1899	0.0664	0.1899	0.0709
chrX	20515297	20515502	chrX:20515298-20515502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0391	0.0199	0.0478	0.051	0.0064	0.0282	0.0199	0.0253	0.0064	0.0501	0.0608	0.0501	0.0155	0.1172	0.0303	0.1172	0.0287
chrX	20515705	20516137	chrX:20515706-20516137	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0444	0.0465	0.0671	0.0171	0.0223	0.051	0.0376	0.0879	0.0223	0.0537	0.0881	0.0537	0.0093	0.0161	0.0142	0.0161	0.0073
chrX	20517429	20517580	chrX:20517430-20517580	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.0027	0.0085	0.0277	0.0011	0.0019	0.0039	0.0033	0.0011	0.0042	0.0048	0.0042	0.0031	8e-04	0.0032	8e-04	0.0031
chrX	20522273	20522480	chrX:20522274-20522480	distal	distal	none	none	VT64886.1	VT64886.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0268	0.0407	0.0103	0.0085	0.0383	0.0294	0.0273	0.0085	0.0308	0.0765	0.0308	0.0085	0.0123	0.0219	0.0123	0.0063
chrX	20522836	20522987	chrX:20522837-20522987	distal	distal	none	none	VT64886.1	VT64886.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0207	0.0241	0.0246	0.0125	0.0148	0.0189	0.0424	0.02	0.0148	0.0272	0.0376	0.0272	0.0077	0.023	0.02	0.023	0.0068
chrX	20523147	20523314	chrX:20523148-20523314	distal	distal	none	none	VT64886.1,VT64887.1	VT64886.1,VT64887.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0175	0.0303	0.0145	0.0067	0.0308	0.0223	0.0558	0.0187	0.0308	0.0157	0.019	0.0157	0.0015	0.0077	0.0052	0.0077	0.0026
chrX	20523394	20523545	chrX:20523395-20523545	distal	distal	none	none	VT64887.1	VT64887.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0194	0.0363	0.016	0.0043	0.0361	0.0316	0.058	0.028	0.0361	0.0133	0.017	0.0133	0.0108	0.0061	0.0039	0.0061	0.0021
chrX	20523653	20523837	chrX:20523654-20523837	distal	distal	none	none	VT64887.1	VT64887.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0256	0.0505	0.0184	0.0058	0.0467	0.0345	0.0934	0.0346	0.0467	0.0163	0.0167	0.0163	0.0139	0.0046	0.0032	0.0046	0.0042
chrX	20524157	20524308	chrX:20524158-20524308	distal	distal	none	none	VT64887.1	VT64887.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.015	0.0267	0.0102	0.0072	0.018	0.017	0.0515	0.018	0.018	0.0097	0.0138	0.0097	0.0054	0.0046	0.0064	0.0046	0.0021
chrX	20524767	20524920	chrX:20524768-20524920	distal	distal	none	none	VT64887.1	VT64887.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0179	0.0333	0.0142	0.0047	0.0127	0.032	0.0515	0.034	0.0127	0.0163	0.0158	0.0163	0.0085	0.0046	0.0032	0.0046	0.0031
chrX	20525036	20525187	chrX:20525037-20525187	distal	distal	none	none	VT64887.1	VT64887.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0137	0.0246	0.0113	0.0043	0.0095	0.0301	0.0329	0.024	0.0095	0.0097	0.0119	0.0097	0.0054	0.0023	0.0052	0.0023	0.0016
chrX	20525895	20526190	chrX:20525896-20526190	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0285	0.0356	0.0279	0.021	0.0148	0.0461	0.0454	0.042	0.0148	0.0217	0.0209	0.0217	0.0488	0.0046	0.0129	0.0046	0.0208
chrX	20526417	20526568	chrX:20526418-20526568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0128	0.012	0.0142	0.0121	0.0032	0.0155	0.0177	0.012	0.0032	0.0085	0.0135	0.0085	0.0201	0.0023	0.0045	0.0023	0.0188
chrX	20527432	20527583	chrX:20527433-20527583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0163	0.011	0.0156	0.0085	0.0112	0.0221	0.0266	0.0085	0.0079	0.0148	0.0079	0.007	0.0184	0.0077	0.0184	0.0318
chrX	20528072	20528303	chrX:20528073-20528303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.02	0.0158	0.0147	0.0304	0.0117	0.0131	0.0264	0.0147	0.0117	0.0145	0.0158	0.0145	0.0178	0.0352	0.0135	0.0352	0.0698
chrX	20530937	20531116	chrX:20530938-20531116	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0194	0.0312	0.0211	0.0046	0.0138	0.0252	0.0428	0.0473	0.0138	0.0211	0.0315	0.0211	0.0077	0.0084	0.0045	0.0084	0.0042
chrX	20531218	20531369	chrX:20531219-20531369	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0149	0.0241	0.0145	0.0052	0.0117	0.0214	0.0316	0.038	0.0117	0.0181	0.0167	0.0181	0.0039	0.0038	6e-04	0.0038	0.0052
chrX	20532809	20532960	chrX:20532810-20532960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0122	0.0156	0.0297	0.0064	0.0126	0.0143	0.0153	0.0064	0.0103	0.0148	0.0103	0.0341	0.0176	0.0155	0.0176	0.0766
chrX	20534003	20534287	chrX:20534004-20534287	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.0603	0.0189	0.0078	0.0594	0.0437	0.1077	0.0386	0.0594	0.0181	0.0248	0.0181	0.0077	0.0015	0.0045	0.0015	0.0089
chrX	20534604	20534840	chrX:20534605-20534840	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0276	0.0503	0.0207	0.0099	0.0477	0.0432	0.0822	0.038	0.0477	0.0211	0.0309	0.0211	0.0093	0.0046	0.0142	0.0046	0.0078
chrX	20535360	20535597	chrX:20535361-20535597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0308	0.0313	0.0088	0.0191	0.0427	0.035	0.0353	0.0191	0.0278	0.046	0.0278	0.0108	0.0145	0.0071	0.0145	0.0078
chrX	20536057	20536235	chrX:20536058-20536235	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0401	0.0227	0.0075	0.0297	0.0422	0.0502	0.0486	0.0297	0.0199	0.0289	0.0199	0.0101	0.0092	0.0039	0.0092	0.0047
chrX	20536249	20536615	chrX:20536250-20536615	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0356	0.0571	0.033	0.0145	0.0392	0.0597	0.0722	0.068	0.0392	0.0278	0.0412	0.0278	0.0108	0.0084	0.0058	0.0084	0.0063
chrX	20537101	20537252	chrX:20537102-20537252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0131	0.0145	0.0107	0.0117	0.0131	0.0199	0.012	0.0117	0.0109	0.0103	0.0109	0.007	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chrX	20537340	20537491	chrX:20537341-20537491	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0252	0.0247	0.0302	0.0203	0.0106	0.0311	0.029	0.028	0.0106	0.0223	0.0186	0.0223	0.0046	0.0046	0.0071	0.0046	0.0063
chrX	20537526	20537791	chrX:20537527-20537791	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0414	0.0516	0.0419	0.0212	0.0403	0.0506	0.0533	0.0212	0.0284	0.0309	0.0284	0.0139	0.0107	0.0123	0.0107	0.0141
chrX	20538566	20538813	chrX:20538567-20538813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0292	0.0319	0.0123	0.0117	0.0345	0.0264	0.0486	0.0117	0.0248	0.0222	0.0248	0.0031	0.0031	0.0019	0.0031	0.0063
chrX	20548274	20548425	chrX:20548275-20548425	FBgn0031128	hydra	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0143	0.0312	0.0077	0.0026	0.0255	0.017	0.064	0.02	0.0255	0.0085	0.0071	0.0085	0.0039	0.0023	6e-04	0.0023	0.0021
chrX	20548492	20548643	chrX:20548493-20548643	FBgn0031128	hydra	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0156	0.0348	0.0072	0.0033	0.0318	0.0282	0.0575	0.0266	0.0318	0.0079	0.0064	0.0079	0.0062	0.0031	0.0013	0.0031	0.0021
chrX	20548650	20548872	chrX:20548651-20548872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0203	0.042	0.0124	0.0047	0.0403	0.0291	0.0653	0.0433	0.0403	0.0085	0.0135	0.0085	0.0085	0.0046	0.0026	0.0046	0.0021
chrX	20549184	20549406	chrX:20549185-20549406	distal	distal	stage5	stage5	run_neural_15GG	run_neural_15GG	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0285	0.0508	0.0231	0.0095	0.017	0.0587	0.0389	0.0973	0.017	0.0193	0.0222	0.0193	0.0116	0.0023	0.0019	0.0023	0.0078
chrX	20549421	20549652	chrX:20549422-20549652	distal	distal	stage5	stage5	run_neural_15GG	run_neural_15GG	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0285	0.0575	0.0175	0.0084	0.0276	0.065	0.0424	0.1133	0.0276	0.0163	0.0199	0.0163	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0063
chrX	20550315	20550521	chrX:20550316-20550521	distal	distal	none	none	run_neural_15GG	run_neural_15GG	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0161	0.0123	0.0103	0.0106	0.0112	0.0281	0.0153	0.0106	0.0085	0.0074	0.0085	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0036
chrX	20551206	20551616	chrX:20551207-20551616	distal	distal	stage5	stage5	run_stripe_5	run_stripe_5	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0474	0.1062	0.0251	0.0063	0.088	0.0524	0.1907	0.1013	0.088	0.0181	0.0305	0.0181	0.0077	0.0031	0.0026	0.0031	0.0042
chrX	20551623	20551774	chrX:20551624-20551774	distal	distal	stage5	stage5	run_stripe_5	run_stripe_5	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0213	0.0474	0.0113	0.0032	0.0424	0.0218	0.0865	0.0446	0.0424	0.0097	0.0129	0.0097	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chrX	20552368	20552519	chrX:20552369-20552519	distal	distal	none	none	run_stripe_5	run_stripe_5	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0139	0.0181	0.0169	0.0061	0.0106	0.018	0.0247	0.0233	0.0106	0.0072	0.0148	0.0072	0.0077	0.0038	0.0032	0.0038	0.0036
chrX	20552650	20552879	chrX:20552651-20552879	distal	distal	none	none	run_stripe_5	run_stripe_5	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0229	0.032	0.0251	0.0103	0.0159	0.0427	0.0342	0.0446	0.0159	0.0115	0.0151	0.0115	0.0124	0.0038	0.0013	0.0038	0.0026
chrX	20552985	20553136	chrX:20552986-20553136	distal	distal	none	none	run_stripe_5	run_stripe_5	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0171	0.0277	0.0156	0.0068	0.0064	0.0451	0.0281	0.03	0.0064	0.0133	0.0096	0.0133	0.0085	0.0046	0.0013	0.0046	0.0026
chrX	20556240	20556439	chrX:20556241-20556439	distal	distal	none	none	run_stripe3+7	run_stripe3+7	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.021	0.049	0.0086	0.0032	0.0339	0.032	0.0813	0.0553	0.0339	0.0103	0.0084	0.0103	0.0077	0.0046	0.0026	0.0046	0.0016
chrX	20556477	20556631	chrX:20556478-20556631	distal	distal	none	none	run_stripe3+7	run_stripe3+7	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0177	0.04	0.0088	0.0025	0.035	0.0223	0.0787	0.0313	0.035	0.0109	0.0084	0.0109	0.0054	0.0015	0.0032	0.0015	5e-04
chrX	20556753	20556904	chrX:20556754-20556904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0104	0.0201	0.008	0.0024	0.0244	0.0107	0.0333	0.0213	0.0244	0.0072	0.01	0.0072	0.0023	0.0038	0.0013	0.0038	5e-04
chrX	20558403	20558576	chrX:20558404-20558576	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0488	0.0359	0.0547	0.0568	0.0159	0.0461	0.045	0.0353	0.0159	0.0435	0.0405	0.0435	0.0186	0.0054	0.0142	0.0054	0.0115
chrX	20560396	20560927	chrX:20560397-20560927	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1233	0.1028	0.1878	0.0753	0.0329	0.1665	0.0692	0.1606	0.0329	0.2488	0.2273	0.2488	0.0968	0.0819	0.0535	0.0819	0.0474
chrX	20561598	20561777	chrX:20561599-20561777	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_HC_36	Unspecified_HC_36	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.081	0.0491	0.139	0.0532	0.0117	0.0888	0.0398	0.0546	0.0117	0.2361	0.1392	0.2361	0.0682	0.1118	0.0438	0.1118	0.0485
chrX	20562531	20562682	chrX:20562532-20562682	distal	distal	none	none	Unspecified_HC_36	Unspecified_HC_36	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0314	0.0675	0.0184	0.0052	0.0392	0.0291	0.1345	0.0606	0.0392	0.0175	0.0254	0.0175	0.0077	0.0069	0.0032	0.0069	0.0036
chrX	20562883	20563053	chrX:20562884-20563053	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_36	Unspecified_HC_36	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0397	0.0852	0.024	0.006	0.0827	0.051	0.1298	0.0959	0.0827	0.0314	0.0264	0.0314	0.0108	0.0046	0.0045	0.0046	0.0068
chrX	20564934	20565085	chrX:20564935-20565085	FBgn0003300	run	stage11,stage14,stage5	none	run_1.3G	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1175	0.1611	0.1228	0.0628	0.1485	0.1597	0.1812	0.2039	0.1485	0.154	0.1505	0.154	0.0697	0.1072	0.0355	0.1072	0.0229
chrX	20565144	20565385	chrX:20565145-20565385	FBgn0003300	run	stage11,stage14,stage5	none	run_1.3G	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2436	0.3065	0.2789	0.1347	0.2725	0.3078	0.3707	0.3491	0.2725	0.3744	0.3203	0.3744	0.1402	0.1907	0.0909	0.1907	0.0563
chrX	20565693	20565844	chrX:20565694-20565844	FBgn0003300	run	stage5	none	run_1.3G	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.045	0.0803	0.0367	0.0148	0.0742	0.0665	0.1034	0.0933	0.0742	0.0477	0.0466	0.0477	0.0147	0.0153	0.011	0.0153	0.0047
chrX	20573684	20573835	chrX:20573685-20573835	distal	distal	none	none	run_6stripe_+1EE	run_6stripe_+1EE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0148	0.0155	0.0203	0.0079	0.0032	0.018	0.0208	0.0193	0.0032	0.0229	0.0289	0.0229	0.0108	0.0161	0.0097	0.0161	0.0063
chrX	20573951	20574102	chrX:20573952-20574102	distal	distal	none	none	run_6stripe_+1EE	run_6stripe_+1EE	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0156	0.0208	0.0195	0.0056	0.0053	0.016	0.0221	0.0433	0.0053	0.0211	0.0273	0.0211	0.0077	0.0107	0.0064	0.0107	0.0026
chrX	20576183	20576334	chrX:20576184-20576334	distal	distal	none	none	run_6stripe_+1EE	run_6stripe_+1EE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.0076	0.0072	0.0182	0.0042	0.0083	0.0104	0.008	0.0042	0.003	0.0058	0.003	0.0062	0.0084	0.0039	0.0084	0.012
chrX	20580764	20580972	chrX:20580765-20580972	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	run_6stripe_+1EE	run_6stripe_+1EE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0161	0.0368	0.0347	0.0053	0.0209	0.0203	0.0153	0.0053	0.0157	0.0141	0.0157	0.007	0.0046	0.009	0.0046	0.0063
chrX	20581033	20581184	chrX:20581034-20581184	distal	distal	stage11	stage11	run_6stripe_+1EE	run_6stripe_+1EE	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0226	0.0122	0.0261	0.0304	0.0074	0.015	0.0125	0.016	0.0074	0.0109	0.0077	0.0109	0.0093	0.0023	0.0058	0.0023	0.0042
chrX	20584487	20584793	chrX:20584488-20584793	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0339	0.0765	0.0176	0.004	0.0742	0.0359	0.1427	0.0653	0.0742	0.0169	0.0232	0.0169	0.0077	0.0038	0.0013	0.0038	0.0042
chrX	20586268	20586419	chrX:20586269-20586419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0127	0.03	0.0049	0.0018	0.0191	0.018	0.0458	0.038	0.0191	0.0042	0.0048	0.0042	0.0023	0.0031	0.0019	0.0031	0.001
chrX	20588247	20588398	chrX:20588248-20588398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0273	0.0582	0.0157	0.0054	0.035	0.0539	0.0467	0.1026	0.035	0.0121	0.0135	0.0121	0.0085	0.0077	0.0026	0.0077	0.0031
chrX	20588420	20588707	chrX:20588421-20588707	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0508	0.116	0.0261	0.0049	0.0774	0.1112	0.106	0.1859	0.0774	0.0272	0.019	0.0272	0.0062	0.0015	0.0032	0.0015	5e-04
chrX	20588778	20589061	chrX:20588779-20589061	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0378	0.0849	0.0199	0.0047	0.0488	0.0835	0.0718	0.1479	0.0488	0.0236	0.0186	0.0236	0.0031	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chrX	20592625	20592785	chrX:20592626-20592785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0214	0.0121	0.0275	0.0251	0.0032	0.0204	0.0134	0.0107	0.0032	0.0755	0.0161	0.0755	0.0139	0.072	0.0142	0.072	0.013
chrX	20592984	20593194	chrX:20592985-20593194	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0204	0.0082	0.0197	0.035	0.0021	0.0107	0.0108	0.0093	0.0021	0.0592	0.0084	0.0592	0.0147	0.1256	0.009	0.1256	0.0224
chrX	20593298	20593449	chrX:20593299-20593449	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0136	0.0057	0.009	0.0274	0	0.0063	0.0082	0.0067	0	0.0193	0.0055	0.0193	0.0085	0.1011	0.0097	0.1011	0.013
chrX	20594171	20594322	chrX:20594172-20594322	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0141	0.0095	0.012	0.0106	0.0189	0.0147	0.0127	0.0106	0.0103	0.0084	0.0103	0.0054	8e-04	0.0064	8e-04	0.0052
chrX	20594578	20594754	chrX:20594579-20594754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0253	0.0253	0.0256	0.0249	0.0191	0.0252	0.0272	0.0386	0.0191	0.0175	0.0264	0.0175	0.0101	0.0084	0.0226	0.0084	0.0115
chrX	20595191	20595350	chrX:20595192-20595350	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0274	0.0222	0.0095	0.0117	0.0311	0.0311	0.0386	0.0117	0.0169	0.0293	0.0169	0.0054	0.0054	0.0019	0.0054	0.0026
chrX	20595655	20595879	chrX:20595656-20595879	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0387	0.0823	0.0199	0.0107	0.105	0.0437	0.1337	0.0799	0.105	0.0115	0.026	0.0115	0.0046	0.0038	0.0071	0.0038	0.0047
chrX	20596131	20596305	chrX:20596132-20596305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0494	0.0147	0.0084	0.0477	0.0306	0.0792	0.056	0.0477	0.0066	0.0174	0.0066	0.0046	0.0046	0.0045	0.0046	0.0016
chrX	20596472	20596682	chrX:20596473-20596682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0275	0.0324	0.0231	0.0159	0.0243	0.0333	0.0453	0.0159	0.0175	0.0318	0.0175	0.0077	0.0061	0.0123	0.0061	0.0042
chrX	20596733	20596884	chrX:20596734-20596884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0221	0.0243	0.0282	0.0131	0.0117	0.0238	0.0251	0.0453	0.0117	0.0193	0.0347	0.0193	0.0093	0.0031	0.0077	0.0031	0.0036
chrX	20600304	20600479	chrX:20600305-20600479	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0111	0.0189	0.0214	0.0042	0.0126	0.0177	0.0073	0.0042	0.0091	0.0113	0.0091	0.0062	0.0023	0.0039	0.0023	0.0031
chrX	20601125	20601276	chrX:20601126-20601276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0152	0.0151	0.0155	0.0149	0.0106	0.0117	0.0216	0.0187	0.0106	0.006	0.0119	0.006	0.0085	0.0046	0.0039	0.0046	0.0021
chrX	20601669	20601837	chrX:20601670-20601837	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0182	0.0155	0.0185	0.0209	0.0095	0.0102	0.0203	0.0247	0.0095	0.0103	0.0209	0.0103	0.0015	0.0023	0.0045	0.0023	0.0057
chrX	20601932	20602083	chrX:20601933-20602083	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0101	0.0117	0.0174	0.0053	0.0063	0.0151	0.0127	0.0053	0.0072	0.0106	0.0072	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0036
chrX	20602717	20602868	chrX:20602718-20602868	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0069	0.0121	0.0255	0.0021	0.0073	0.0117	0.004	0.0021	0.0066	0.0106	0.0066	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.0047
chrX	20603488	20603639	chrX:20603489-20603639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0137	0.0155	0.0168	0.0085	0.0064	0.0063	0.0234	0.0273	0.0064	0.0109	0.017	0.0109	0.0046	0.0023	0.0026	0.0023	0.0042
chrX	20604043	20604194	chrX:20604044-20604194	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0285	0.0258	0.0496	0.0085	0.0074	0.0252	0.0298	0.0433	0.0074	0.0157	0.0968	0.0157	0.0116	0.0031	0.0161	0.0031	0.0057
chrX	20604304	20604493	chrX:20604305-20604493	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0386	0.0341	0.0687	0.0106	0.0148	0.032	0.0316	0.068	0.0148	0.0229	0.1373	0.0229	0.0139	0.01	0.0187	0.01	0.0057
chrX	20604602	20604753	chrX:20604603-20604753	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0288	0.0201	0.0565	0.0084	0.0042	0.0199	0.0208	0.0373	0.0042	0.0217	0.1138	0.0217	0.0163	0.0084	0.0181	0.0084	0.0026
chrX	20605599	20605794	chrX:20605600-20605794	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0346	0.0825	0.0133	0.0043	0.0657	0.0369	0.1302	0.1153	0.0657	0.0097	0.0206	0.0097	0.0046	0.0038	0.0026	0.0038	0.0031
chrX	20607209	20607448	chrX:20607210-20607448	FBgn0031129	CG1324	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.022	0.0436	0.0146	0.0061	0.0297	0.0209	0.0965	0.0247	0.0297	0.0103	0.0151	0.0103	0.0046	0.0023	0.0045	0.0023	0.0026
chrX	20607662	20607813	chrX:20607663-20607813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.02	0.025	0.024	0.0099	0.0074	0.0194	0.045	0.0253	0.0074	0.0127	0.036	0.0127	0.0046	0.0046	0.0103	0.0046	0.0047
chrX	20607824	20607985	chrX:20607825-20607985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0216	0.0254	0.0245	0.0141	0.0095	0.0199	0.0402	0.0266	0.0095	0.0145	0.0322	0.0145	0.0046	0.0046	0.009	0.0046	0.0036
chrX	20608905	20609074	chrX:20608906-20609074	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0198	0.0241	0.0117	0.0053	0.0175	0.0212	0.0366	0.0053	0.0085	0.0431	0.0085	0.0015	0.0023	0.0193	0.0023	0.0042
chrX	20610569	20610905	chrX:20610570-20610905	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0441	0.0936	0.0272	0.0072	0.0265	0.1223	0.0493	0.1985	0.0265	0.0169	0.0457	0.0169	0.0116	0.0077	0.0064	0.0077	0.0036
chrX	20610959	20611110	chrX:20610960-20611110	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0272	0.0562	0.0187	0.0043	0.017	0.0743	0.0234	0.1166	0.017	0.0133	0.0277	0.0133	0.0093	0.0023	0.0052	0.0023	0.0031
chrX	20611288	20611439	chrX:20611289-20611439	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0236	0.0393	0.0244	0.0053	0.0074	0.0456	0.035	0.0713	0.0074	0.0097	0.0434	0.0097	0.0116	0.0046	0.0084	0.0046	0.0031
chrX	20611816	20611967	chrX:20611817-20611967	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.011	0.0136	0.0146	0.0042	0.0107	0.0134	0.0167	0.0042	0.0085	0.0161	0.0085	0.0077	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chrX	20612873	20613024	chrX:20612874-20613024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade4	0.0112	0.0103	0.018	0.0047	0.0032	0.0146	0.0112	0.014	0.0032	0.0109	0.0203	0.0109	0.0364	0.0031	0.0058	0.0031	0.0047
chrX	20618097	20618270	chrX:20618098-20618270	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0155	0.0317	0.0113	0.0021	0.0276	0.0146	0.0394	0.056	0.0276	0.0121	0.0138	0.0121	0.0054	0.0023	0.0026	0.0023	5e-04
chrX	20619290	20619441	chrX:20619291-20619441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0113	0.0141	0.0128	0.0064	0.0032	0.017	0.019	0.0133	0.0032	0.0139	0.0119	0.0139	8e-04	0.0015	0.0039	0.0015	5e-04
chrX	20619910	20620147	chrX:20619911-20620147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0201	0.0226	0.0228	0.0143	0.0085	0.032	0.0272	0.024	0.0085	0.0314	0.0174	0.0314	0.0054	0.0046	0.0019	0.0046	0.0026
chrX	20620337	20620587	chrX:20620338-20620587	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0224	0.0327	0.0261	0.0067	0.0074	0.068	0.0216	0.0333	0.0074	0.0628	0.0203	0.0628	0.0031	8e-04	0.0019	8e-04	0.0036
chrX	20622663	20622855	chrX:20622664-20622855	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.017	0.0305	0.0148	0.0042	0.0053	0.0442	0.0169	0.0593	0.0053	0.0097	0.0148	0.0097	0.0077	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chrX	20622930	20623125	chrX:20622931-20623125	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0187	0.0336	0.0151	0.006	0.0074	0.0471	0.0212	0.064	0.0074	0.0097	0.0122	0.0097	0.007	0.0031	0.0045	0.0031	0.0026
chrX	20624129	20624280	chrX:20624130-20624280	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0165	0.0294	0.0147	0.0039	0.0053	0.049	0.0212	0.044	0.0053	0.0175	0.0141	0.0175	0.007	0.0023	0.0058	0.0023	0.0021
chrX	20624445	20624625	chrX:20624446-20624625	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0209	0.0409	0.0169	0.0029	0.0138	0.0553	0.0303	0.072	0.0138	0.0266	0.017	0.0266	0.0046	0.0046	0.0032	0.0046	0.0016
chrX	20624870	20625021	chrX:20624871-20625021	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0136	0.0224	0.0147	0.0024	0.0053	0.0345	0.0203	0.0366	0.0053	0.0344	0.0119	0.0344	0.0023	0.0031	0.0013	0.0031	0.0021
chrX	20627383	20627534	chrX:20627384-20627534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0125	0.011	0.0126	0.0141	0.0021	0.0141	0.013	0.012	0.0021	0.0103	0.008	0.0103	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0042
chrX	20627962	20628362	chrX:20627963-20628362	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0642	0.0781	0.0745	0.0372	0.0414	0.0947	0.0679	0.1206	0.0414	0.0857	0.0707	0.0857	0.0116	0.0084	0.0103	0.0084	0.0031
chrX	20630915	20631066	chrX:20630916-20631066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.026	0.0329	0.0287	0.0155	0.0138	0.0354	0.0381	0.0453	0.0138	0.032	0.035	0.032	0.0155	0.0176	0.0155	0.0176	0.0141
chrX	20631466	20631708	chrX:20631467-20631708	FBgn0264390	CR43838	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.2026	0.1785	0.2481	0.1796	0.1304	0.2107	0.1881	0.2192	0.1304	0.3031	0.2743	0.3031	0.2231	0.2175	0.1921	0.2175	0.197
chrX	20636160	20636311	chrX:20636161-20636311	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0142	0.0248	0.008	0.0091	0.0223	0.0131	0.051	0.016	0.0223	0.0085	0.0084	0.0085	0.0077	0.0123	0.0045	0.0123	0.012
chrX	20650425	20650576	chrX:20650426-20650576	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0082	0.008	0.0076	0.0091	0.0032	0.0073	0.0143	0.0053	0.0032	0.0121	0.0064	0.0121	0.007	0.0283	0.0071	0.0283	0.0063
chrX	20650914	20651065	chrX:20650915-20651065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0123	0.0082	0.0086	0.0207	0.0042	0.0083	0.0147	0.0053	0.0042	0.0163	0.0068	0.0163	0.0062	0.0658	0.0077	0.0658	0.0151
chrX	20659225	20659376	chrX:20659226-20659376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0132	0.0106	0.0119	0.0174	0.0032	0.0092	0.0208	0.0073	0.0032	0.0145	0.0129	0.0145	0.0062	0.0459	0.0168	0.0459	0.0099
chrX	20661998	20662149	chrX:20661999-20662149	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0104	0.0044	0.006	0.0219	0.0011	0.0073	0.0048	0.0033	0.0011	0.0121	0.0035	0.0121	0.0046	0.0643	0.0097	0.0643	0.0224
chrX	20662931	20663100	chrX:20662932-20663100	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0181	0.006	0.0089	0.0416	0.0064	0.0063	0.0082	0.006	0.0064	0.0085	0.0074	0.0085	0.0116	0.0567	0.0297	0.0567	0.0375
chrX	20663200	20663378	chrX:20663201-20663378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0077	0.0113	0.0568	0.0074	0.0112	0.0099	0.0047	0.0074	0.0072	0.01	0.0072	0.0186	0.0704	0.0406	0.0704	0.0558
chrX	20665011	20665216	chrX:20665012-20665216	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0219	0.0254	0.0176	0.0227	0.0286	0.0141	0.048	0.0147	0.0286	0.0211	0.0138	0.0211	0.0116	0.01	0.0181	0.01	0.0453
chrX	20668264	20668415	chrX:20668265-20668415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0072	0.0076	0.0106	0.0053	0.0092	0.0095	0.006	0.0053	0.0145	0.0055	0.0145	0.0031	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chrX	20668458	20668609	chrX:20668459-20668609	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0066	0.008	0.011	0.0042	0.0053	0.0108	0.0053	0.0042	0.0115	0.0074	0.0115	0.0046	0.0061	6e-04	0.0061	0.0042
chrX	20669857	20670032	chrX:20669858-20670032	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0393	0.0168	0.0088	0.0308	0.0296	0.0497	0.052	0.0308	0.0187	0.0145	0.0187	0.0108	0.0069	0.0058	0.0069	0.0073
chrX	20670174	20670331	chrX:20670175-20670331	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1	0.0251	0.0457	0.0181	0.0097	0.0371	0.0413	0.0558	0.0526	0.0371	0.0254	0.018	0.0254	0.0147	0.0046	0.0103	0.0046	0.0073
chrX	20670844	20671204	chrX:20670845-20671204	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0286	0.0573	0.0108	0.016	0.0403	0.0432	0.0843	0.062	0.0403	0.0085	0.0084	0.0085	0.0085	0.013	0.0077	0.013	0.0094
chrX	20705493	20705644	chrX:20705494-20705644	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0055	0.0041	0.0051	0.0077	0.0032	0.0039	0.0074	0.0027	0.0032	0.0079	0.0045	0.0079	0.0046	0.0038	0.0019	0.0038	0.0016
chrX	20705840	20705991	chrX:20705841-20705991	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0053	0.004	0.0047	0.0074	0.0021	0.0024	0.0078	0.0033	0.0021	0.0091	0.0029	0.0091	0.0031	0.0015	0.0019	0.0015	0.0026
chrX	20706752	20706903	chrX:20706753-20706903	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0054	0.0041	0.0038	0.0086	0.0064	0.0024	0.0078	0.002	0.0064	0.0042	0.0023	0.0042	0.0046	0.0077	0.0019	0.0077	0.0016
chrX	20717683	20717834	chrX:20717684-20717834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0101	0.0148	0.006	0.0093	0.0127	0.0083	0.0298	0.0087	0.0127	0.0036	0.0058	0.0036	0.0046	0.0069	0.0032	0.0069	0.0036
chrX	20727329	20727480	chrX:20727330-20727480	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0049	0.0051	0.0113	0.0042	0.0034	0.0091	0.0047	0.0042	0.0109	0.0042	0.0109	0.0031	0.0038	0.0013	0.0038	0.0036
chrX	20745720	20745871	chrX:20745721-20745871	FBgn0031135	CR11235	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0067	0.0067	0.0143	0.0042	0.0063	0.013	0.0033	0.0042	0.0054	0.0042	0.0054	0.0031	0.0054	0.0026	0.0054	0.0068
chrX	20778766	20778917	chrX:20778767-20778917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0101	0.0074	0.0177	0.0053	0.0068	0.0195	0.01	0.0053	0.0109	0.0055	0.0109	0.0085	0.0069	0.0052	0.0069	0.0109
chrX	20787583	20787737	chrX:20787584-20787737	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0227	0.0125	0.0296	0.0267	0.0074	0.018	0.0143	0.0127	0.0074	0.0918	0.0154	0.0918	0.0124	0.0827	0.0129	0.0827	0.0234
chrX	20794932	20795132	chrX:20794933-20795132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0211	0.0191	0.0259	0.0181	0.0159	0.0165	0.0307	0.014	0.0159	0.0519	0.0203	0.0519	0.017	0.0268	0.0116	0.0268	0.013
chrX	20796048	20796269	chrX:20796049-20796269	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0442	0.0369	0.0424	0.0544	0.035	0.034	0.0597	0.0247	0.035	0.0851	0.0302	0.0851	0.0364	0.0888	0.0284	0.0888	0.0339
chrX	20796940	20797127	chrX:20796941-20797127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0195	0.0142	0.0225	0.0221	0.0127	0.0131	0.0203	0.0127	0.0127	0.0199	0.028	0.0199	0.0116	0.0084	0.0277	0.0084	0.0057
chrX	20840975	20841126	chrX:20840976-20841126	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	FALSE	none	0.005	0.0051	0.0036	0.0065	0	0.0029	0.0117	0.0033	0	0.0072	0.0029	0.0072	0.0023	0.0015	6e-04	0.0015	5e-04
chrX	20870014	20870165	chrX:20870015-20870165	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0104	0.0082	0.0084	0.015	0.0064	0.0053	0.0169	0.0033	0.0064	0.0079	0.008	0.0079	0.0031	0.0054	0.0045	0.0054	0.0042
chrX	20872138	20872289	chrX:20872139-20872289	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.012	0.0113	0.0105	0.0143	0.0085	0.0184	0.0121	0.0093	0.0085	0.0109	0.0093	0.0109	0.0139	0.0046	0.0019	0.0046	0.0083
chrX	20881966	20882117	chrX:20881967-20882117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0071	0.0047	0.017	0.0042	0.0034	0.016	0.004	0.0042	0.003	0.0032	0.003	0.0062	0.0046	0.009	0.0046	0.012
chrX	20888258	20888409	chrX:20888259-20888409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0107	0.0077	0.0118	0.0021	0.0087	0.019	0.01	0.0021	0.0097	0.0084	0.0097	0.0085	0.0054	0.0064	0.0054	0.0073
chrX	20898911	20899125	chrX:20898912-20899125	FBgn0031143	CG1532	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0515	0.0383	0.0588	0.0585	0.0255	0.0398	0.0433	0.0526	0.0255	0.0586	0.0698	0.0586	0.0736	0.0452	0.0632	0.0452	0.0855
chrX	20899258	20899473	chrX:20899259-20899473	FBgn0031143	CG1532	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0904	0.0654	0.0897	0.1189	0.0382	0.0738	0.0744	0.0839	0.0382	0.0779	0.1077	0.0779	0.1286	0.1225	0.138	0.1225	0.1595
chrX	20902904	20903104	chrX:20902905-20903104	FBgn0031144	CG1529	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.099	0.0985	0.115	0.0822	0.0679	0.1112	0.1081	0.1272	0.0679	0.1618	0.1286	0.1618	0.1177	0.0965	0.0941	0.0965	0.1204
chrX	20903491	20903642	chrX:20903492-20903642	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0545	0.0655	0.0316	0.0371	0.0583	0.0679	0.0646	0.0371	0.0773	0.0778	0.0773	0.055	0.0283	0.0374	0.0283	0.038
chrX	20904961	20905138	chrX:20904962-20905138	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0304	0.0409	0.0212	0.0148	0.0306	0.0368	0.0433	0.0148	0.0368	0.037	0.0368	0.0341	0.0115	0.0155	0.0115	0.0156
chrX	20905781	20905970	chrX:20905782-20905970	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1102	0.1052	0.1296	0.0946	0.0668	0.1291	0.1185	0.1186	0.0668	0.1534	0.1347	0.1534	0.1441	0.0896	0.0961	0.0896	0.1053
chrX	20906117	20906268	chrX:20906118-20906268	FBgn0031145	Ntf-2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0476	0.0507	0.0577	0.0331	0.0223	0.0563	0.0662	0.0586	0.0223	0.0779	0.0569	0.0779	0.0596	0.023	0.0329	0.023	0.0406
chrX	20906404	20906590	chrX:20906405-20906590	FBgn0031145	Ntf-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1413	0.1361	0.1661	0.1198	0.0986	0.1641	0.1544	0.1592	0.0986	0.2077	0.1752	0.2077	0.1619	0.1149	0.1348	0.1149	0.1407
chrX	20906662	20907087	chrX:20906663-20907087	FBgn0031145	Ntf-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1425	0.1472	0.1641	0.1136	0.1039	0.1631	0.1635	0.1979	0.1039	0.1993	0.1727	0.1993	0.165	0.1172	0.1219	0.1172	0.1214
chrX	20913431	20913815	chrX:20913432-20913815	FBgn0025814	Mgstl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0676	0.074	0.0679	0.06	0.053	0.068	0.0874	0.1106	0.053	0.0501	0.0904	0.0501	0.0953	0.0582	0.0683	0.0582	0.0907
chrX	20913944	20914352	chrX:20913945-20914352	FBgn0025814	Mgstl	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0467	0.0324	0.0442	0.0653	0.0148	0.0383	0.0329	0.0473	0.0148	0.0338	0.0505	0.0338	0.0736	0.062	0.0735	0.062	0.0974
chrX	20915448	20915607	chrX:20915449-20915607	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0252	0.0292	0.0416	0.0159	0.0359	0.0242	0.026	0.0159	0.0314	0.0354	0.0314	0.0325	0.0383	0.0658	0.0383	0.0563
chrX	20915677	20915846	chrX:20915678-20915846	FBgn0031148	Cbs	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0465	0.0436	0.051	0.0448	0.0223	0.0568	0.0381	0.062	0.0223	0.0405	0.0743	0.0405	0.0395	0.0337	0.0909	0.0337	0.0505
chrX	20916144	20916775	chrX:20916145-20916775	FBgn0031148	Cbs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1328	0.1038	0.1553	0.1405	0.0541	0.1587	0.0904	0.1193	0.0541	0.2228	0.1759	0.2228	0.1472	0.2006	0.1728	0.2006	0.174
chrX	20917184	20917335	chrX:20917185-20917335	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0245	0.0157	0.0272	0.0313	0.0085	0.0189	0.0195	0.02	0.0085	0.0326	0.027	0.0326	0.038	0.0322	0.0309	0.0322	0.0537
chrX	20921205	20921356	chrX:20921206-20921356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0545	0.046	0.072	0.0448	0.0191	0.0777	0.0324	0.0613	0.0191	0.1093	0.0762	0.1093	0.072	0.0528	0.0464	0.0528	0.0584
chrX	20924206	20924407	chrX:20924207-20924407	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1599	0.1332	0.2028	0.1427	0.0689	0.185	0.1354	0.1539	0.0689	0.2687	0.2145	0.2687	0.2045	0.1639	0.1412	0.1639	0.1912
chrX	20924549	20924772	chrX:20924550-20924772	FBgn0031149,FBgn0031150	CG1518,bves	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0948	0.0714	0.1235	0.0895	0.0371	0.0951	0.0774	0.0833	0.0371	0.1534	0.1338	0.1534	0.117	0.1064	0.0903	0.1064	0.1073
chrX	20924894	20925086	chrX:20924895-20925086	FBgn0031149,FBgn0031150	CG1518,bves	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1336	0.1019	0.1708	0.1281	0.0594	0.135	0.1038	0.1259	0.0594	0.2059	0.1823	0.2059	0.182	0.1447	0.1264	0.1447	0.1506
chrX	20925131	20925328	chrX:20925132-20925328	FBgn0031149,FBgn0031150	CG1518,bves	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1746	0.1395	0.2185	0.1656	0.0944	0.1752	0.1432	0.1726	0.0944	0.2808	0.2232	0.2808	0.2332	0.1746	0.1657	0.1746	0.1808
chrX	20925407	20925587	chrX:20925408-20925587	FBgn0031149,FBgn0031150	CG1518,bves	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.154	0.1185	0.1928	0.1511	0.0721	0.15	0.1116	0.1559	0.0721	0.2506	0.1977	0.2506	0.2084	0.1669	0.1541	0.1669	0.1751
chrX	20925789	20926011	chrX:20925790-20926011	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0875	0.0617	0.1093	0.0923	0.0286	0.0932	0.0545	0.0766	0.0286	0.1461	0.1113	0.1461	0.1232	0.1149	0.0832	0.1149	0.1167
chrX	20926097	20926488	chrX:20926098-20926488	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1431	0.0895	0.1835	0.1588	0.0318	0.1636	0.0731	0.0966	0.0318	0.2802	0.1727	0.2802	0.2153	0.2649	0.138	0.2649	0.2001
chrX	20927807	20927972	chrX:20927808-20927972	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0626	0.0744	0.0693	0.0421	0.0339	0.085	0.0874	0.1006	0.0339	0.0731	0.0797	0.0731	0.0666	0.0413	0.0361	0.0413	0.0688
chrX	20929950	20930105	chrX:20929951-20930105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0403	0.0278	0.044	0.0501	0.0106	0.0456	0.0294	0.028	0.0106	0.0562	0.0418	0.0562	0.0744	0.0337	0.0613	0.0337	0.0896
chrX	20930346	20930538	chrX:20930347-20930538	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0396	0.0163	0.049	0.0554	0.0042	0.0238	0.0225	0.0147	0.0042	0.0477	0.0585	0.0477	0.0713	0.0429	0.0793	0.0429	0.0797
chrX	20931651	20931981	chrX:20931652-20931981	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1256	0.1031	0.1635	0.1093	0.0583	0.1427	0.1051	0.1186	0.0583	0.2391	0.1662	0.2391	0.1448	0.1271	0.1212	0.1271	0.1131
chrX	20932460	20932611	chrX:20932461-20932611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0287	0.0243	0.0409	0.0202	0.0032	0.0413	0.0251	0.0266	0.0032	0.0857	0.0318	0.0857	0.0411	0.0391	0.02	0.0391	0.0214
chrX	20932786	20932948	chrX:20932787-20932948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0412	0.0385	0.0506	0.0337	0.0148	0.0718	0.0272	0.0453	0.0148	0.0978	0.0476	0.0978	0.0449	0.0521	0.0387	0.0521	0.0505
chrX	20936309	20936460	chrX:20936310-20936460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0169	0.0141	0.0209	0.0155	0.0032	0.018	0.0221	0.0093	0.0032	0.032	0.0116	0.032	0.0403	0.0092	0.0097	0.0092	0.036
chrX	20938629	20938780	chrX:20938630-20938780	FBgn0052512	CG32512	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0155	0.0111	0.0192	0.0164	0.0053	0.0146	0.016	0.0093	0.0053	0.026	0.0174	0.026	0.0333	0.0191	0.0181	0.0191	0.0287
chrX	20941820	20941971	chrX:20941821-20941971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.0165	0.0115	0.0148	0.0074	0.0141	0.0255	0.0167	0.0074	0.0145	0.0125	0.0145	0.0132	0.0329	0.0103	0.0329	0.0125
chrX	20942049	20942205	chrX:20942050-20942205	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0232	0.0323	0.0202	0.0164	0.0191	0.0325	0.0532	0.0227	0.0191	0.0254	0.0193	0.0254	0.0302	0.0322	0.0097	0.0322	0.0172
chrX	20942691	20943070	chrX:20942692-20943070	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0618	0.0543	0.0706	0.0606	0.0138	0.083	0.0506	0.0646	0.0138	0.0562	0.0714	0.0562	0.1526	0.0283	0.0877	0.0283	0.1204
chrX	20943953	20944104	chrX:20943954-20944104	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.016	0.0183	0.0177	0.0064	0.0184	0.0238	0.0147	0.0064	0.0229	0.0129	0.0229	0.0395	0.0153	0.0103	0.0153	0.0396
chrX	20944283	20944434	chrX:20944284-20944434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.0113	0.0147	0.0164	0.0085	0.0126	0.016	0.0107	0.0085	0.0127	0.0158	0.0127	0.0302	0.0123	0.0148	0.0123	0.0354
chrX	20950991	20951188	chrX:20950992-20951188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0305	0.0482	0.0239	0.0181	0.0403	0.0383	0.0688	0.0526	0.0403	0.0326	0.0228	0.0326	0.0279	0.0299	0.0148	0.0299	0.0172
chrX	20951425	20951607	chrX:20951426-20951607	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0567	0.0896	0.0451	0.0327	0.0742	0.0714	0.1315	0.0913	0.0742	0.0646	0.0389	0.0646	0.0558	0.0513	0.0277	0.0513	0.0438
chrX	20951966	20952117	chrX:20951967-20952117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0209	0.0388	0.0121	0.0107	0.0308	0.0257	0.0731	0.026	0.0308	0.0211	0.0087	0.0211	0.0124	0.0222	0.0052	0.0222	0.012
chrX	20952248	20952399	chrX:20952249-20952399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0173	0.0319	0.0103	0.0088	0.0265	0.0184	0.0614	0.024	0.0265	0.0151	0.0119	0.0151	0.0093	0.0176	0.0052	0.0176	0.0083
chrX	20954379	20954568	chrX:20954380-20954568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0394	0.0362	0.0285	0.0159	0.0388	0.0606	0.0406	0.0159	0.0513	0.0367	0.0513	0.0372	0.0452	0.0174	0.0452	0.0391
chrX	20958222	20958373	chrX:20958223-20958373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0113	0.0087	0.0104	0.0152	0.0074	0.0102	0.0125	0.006	0.0074	0.0223	0.0064	0.0223	0.0124	0.0383	0.0052	0.0383	0.0208
chrX	20973817	20974007	chrX:20973818-20974007	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0363	0.014	0.0117	0.0371	0.0257	0.0597	0.028	0.0371	0.0236	0.0116	0.0236	0.017	0.0191	0.0077	0.0191	0.0156
chrX	20987534	20987743	chrX:20987535-20987743	FBgn0003950,FBgn0031161	CG15445,unc	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0405	0.041	0.0495	0.0302	0.0286	0.0442	0.0545	0.046	0.0286	0.0441	0.0588	0.0441	0.0589	0.0329	0.0406	0.0329	0.0334
chrX	20987836	20988013	chrX:20987837-20988013	FBgn0003950,FBgn0031161	CG15445,unc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0558	0.0541	0.0579	0.0556	0.0308	0.0573	0.0705	0.0566	0.0308	0.0531	0.0688	0.0531	0.0767	0.0597	0.0664	0.0597	0.0677
chrX	20988047	20988248	chrX:20988048-20988248	FBgn0031161	CG15445	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0914	0.0766	0.1055	0.0926	0.035	0.0927	0.0917	0.0879	0.035	0.1202	0.1203	0.1202	0.1061	0.1011	0.1019	0.1011	0.1199
chrX	20988297	20988492	chrX:20988298-20988492	FBgn0031161	CG15445	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0609	0.0756	0.0636	0.0297	0.0772	0.0649	0.0759	0.0297	0.0912	0.0842	0.0912	0.0798	0.0835	0.0593	0.0835	0.0855
chrX	20994043	20994194	chrX:20994044-20994194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.014	0.0243	0.0095	0.0074	0.0106	0.0136	0.0519	0.0167	0.0106	0.0121	0.0129	0.0121	0.0054	0.0015	0.0161	0.0015	0.0083
chrX	20994283	20994434	chrX:20994284-20994434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0196	0.028	0.0181	0.0118	0.0265	0.0175	0.0471	0.0253	0.0265	0.0187	0.028	0.0187	0.0085	0.0115	0.0226	0.0115	0.0125
chrX	20994551	20994758	chrX:20994552-20994758	FBgn0083956	CG34120	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0521	0.0658	0.0534	0.0354	0.0403	0.0583	0.0869	0.0846	0.0403	0.0411	0.0839	0.0411	0.0473	0.023	0.0748	0.023	0.0417
chrX	20995142	20995293	chrX:20995143-20995293	FBgn0083956	CG34120	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0219	0.0162	0.0148	0.0074	0.0257	0.0285	0.0253	0.0074	0.0139	0.0248	0.0139	0.0124	0.0077	0.0445	0.0077	0.0073
chrX	20995454	20995605	chrX:20995455-20995605	FBgn0083956	CG34120	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0162	0.0195	0.0153	0.0095	0.0209	0.0208	0.016	0.0095	0.0157	0.0331	0.0157	0.0108	0.0069	0.0458	0.0069	0.0089
chrX	21045971	21046211	chrX:21045972-21046211	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0533	0.0358	0.0589	0.0667	0.0286	0.0379	0.0458	0.0373	0.0286	0.0616	0.0695	0.0616	0.0775	0.0674	0.0812	0.0674	0.0969
chrX	21097040	21097191	chrX:21097041-21097191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0091	0.0165	0.0067	0.0033	0.0074	0.0024	0.0437	0.0087	0.0074	0.0072	0.0077	0.0072	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chrX	21102355	21102550	chrX:21102356-21102550	FBgn0052518	tRNA:CR32518:Psi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0405	0.0084	0.0081	0.0244	0.0291	0.0575	0.0526	0.0244	0.0085	0.0068	0.0085	0.0116	0.0061	0.0064	0.0061	0.0104
chrX	21102999	21103195	chrX:21103000-21103195	FBgn0011954	tRNA:R:19F	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0321	0.0637	0.017	0.0135	0.0477	0.0471	0.09	0.0786	0.0477	0.0163	0.0174	0.0163	0.0256	0.0107	0.0129	0.0107	0.0182
chrX	21112507	21112699	chrX:21112508-21112699	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0101	0.0203	0.0409	0.0032	0.0141	0.0173	0.0053	0.0032	0.0217	0.0103	0.0217	0.0496	0.0306	0.0155	0.0306	0.0875
chrX	21113040	21113210	chrX:21113041-21113210	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0072	0.0155	0.0372	0.0032	0.0112	0.0095	0.0047	0.0032	0.0169	0.01	0.0169	0.0418	0.023	0.0097	0.023	0.086
chrX	21114147	21114298	chrX:21114148-21114298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0125	0.01	0.0099	0.0181	0.0095	0.0097	0.0125	0.006	0.0095	0.0145	0.0071	0.0145	0.0155	0.0214	0.0071	0.0214	0.0344
chrX	21134868	21135019	chrX:21134869-21135019	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0116	0.0085	0.0094	0.0174	0.0042	0.0058	0.0164	0.006	0.0042	0.0109	0.0103	0.0109	0.0132	0.0184	0.0148	0.0184	0.0323
chrX	21147776	21147927	chrX:21147777-21147927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0094	0.0069	0.0077	0.0141	0.0011	0.0068	0.0121	0.0053	0.0011	0.0079	0.0074	0.0079	0.0132	0.0176	0.0058	0.0176	0.0292
chrX	21152190	21152410	chrX:21152191-21152410	FBgn0052521	CG32521	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1025	0.0364	0.119	0.1582	0.0138	0.0636	0.0394	0.028	0.0138	0.1467	0.1408	0.1467	0.1588	0.2228	0.1973	0.2228	0.21
chrX	21152818	21152972	chrX:21152819-21152972	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.025	0.0147	0.0189	0.0433	0.0064	0.0165	0.0208	0.0153	0.0064	0.0193	0.0248	0.0193	0.0225	0.049	0.0799	0.049	0.0505
chrX	21153318	21153612	chrX:21153319-21153612	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0234	0.0166	0.0148	0.0404	0.0074	0.0141	0.029	0.0147	0.0074	0.0139	0.0135	0.0139	0.0256	0.0505	0.0503	0.0505	0.0573
chrX	21153993	21154144	chrX:21153994-21154144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0187	0.0241	0.0159	0.0157	0.017	0.0243	0.0329	0.024	0.017	0.0199	0.0141	0.0199	0.0217	0.0153	0.0103	0.0153	0.0172
chrX	21175470	21175621	chrX:21175471-21175621	FBgn0052520,FBgn0052525	tRNA:CR32520,tRNA:CR32525	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0182	0.0298	0.0148	0.0088	0.0255	0.0218	0.0433	0.0313	0.0255	0.0145	0.0154	0.0145	0.0271	0.0092	0.0123	0.0092	0.0125
chrX	21177228	21177518	chrX:21177229-21177518	FBgn0031170	CG1718	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0533	0.0481	0.0439	0.0695	0.0329	0.0427	0.0662	0.0506	0.0329	0.0356	0.0421	0.0356	0.0806	0.075	0.0645	0.075	0.1079
chrX	21177632	21177855	chrX:21177633-21177855	FBgn0031170	CG1718	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0977	0.0747	0.0874	0.1348	0.0509	0.0811	0.0761	0.0973	0.0509	0.0568	0.0965	0.0568	0.1704	0.1417	0.1464	0.1417	0.1761
chrX	21177956	21178160	chrX:21177957-21178160	FBgn0031170	CG1718	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0885	0.0718	0.0867	0.1092	0.0488	0.0816	0.0757	0.0899	0.0488	0.0646	0.1045	0.0646	0.1402	0.1194	0.1135	0.1194	0.1454
chrX	21178309	21178460	chrX:21178310-21178460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.0202	0.0208	0.026	0.0074	0.0218	0.0294	0.0233	0.0074	0.0187	0.0222	0.0187	0.0349	0.0245	0.0232	0.0245	0.0459
chrX	21186975	21187153	chrX:21186976-21187153	FBgn0020369	Pros45	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1077	0.1047	0.1302	0.0863	0.0753	0.116	0.1194	0.1266	0.0753	0.1504	0.1482	0.1504	0.1325	0.0965	0.0993	0.0965	0.1157
chrX	21188823	21188974	chrX:21188824-21188974	FBgn0031171	CG1801	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0394	0.0371	0.0494	0.0309	0.0127	0.0553	0.026	0.0513	0.0127	0.0556	0.054	0.0556	0.0658	0.0337	0.0284	0.0337	0.0495
chrX	21190238	21190431	chrX:21190239-21190431	FBgn0064116,FBgn0064117	CG33713,CG33714	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1262	0.0902	0.1605	0.1288	0.052	0.1233	0.0809	0.1166	0.052	0.2156	0.1759	0.2156	0.1758	0.1577	0.1393	0.1577	0.161
chrX	21190612	21190785	chrX:21190613-21190785	FBgn0064116,FBgn0064117	CG33713,CG33714	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1122	0.0921	0.1336	0.1111	0.0594	0.1107	0.0947	0.1179	0.0594	0.1793	0.1463	0.1793	0.151	0.1256	0.1167	0.1256	0.1433
chrX	21194336	21194546	chrX:21194337-21194546	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1122	0.1033	0.1256	0.1072	0.0764	0.1083	0.1298	0.1179	0.0764	0.1377	0.1283	0.1377	0.1549	0.121	0.1103	0.121	0.1522
chrX	21194625	21194845	chrX:21194626-21194845	FBgn0029067,FBgn0031174	CG1486,Dd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1114	0.1018	0.1291	0.1028	0.0764	0.1184	0.106	0.1292	0.0764	0.1522	0.1402	0.1522	0.1286	0.121	0.1096	0.121	0.1287
chrX	21194967	21195147	chrX:21194968-21195147	FBgn0029067,FBgn0031174	CG1486,Dd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1828	0.1619	0.2207	0.1647	0.105	0.1903	0.1847	0.1939	0.105	0.2729	0.2347	0.2729	0.2208	0.1677	0.1715	0.1677	0.1991
chrX	21195259	21195434	chrX:21195260-21195434	FBgn0029067,FBgn0031174	CG1486,Dd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1644	0.1433	0.194	0.1554	0.0933	0.1733	0.1587	0.1746	0.0933	0.2367	0.2141	0.2367	0.1867	0.1562	0.1779	0.1562	0.1845
chrX	21200419	21200592	chrX:21200420-21200592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0285	0.0354	0.0291	0.0201	0.0297	0.034	0.0463	0.0426	0.0297	0.0254	0.0383	0.0254	0.0287	0.0291	0.0271	0.0291	0.0208
chrX	21200786	21201025	chrX:21200787-21201025	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0421	0.0401	0.0442	0.0421	0.0201	0.0447	0.0515	0.0453	0.0201	0.035	0.055	0.035	0.0666	0.0704	0.0464	0.0704	0.0521
chrX	21203475	21203668	chrX:21203476-21203668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0458	0.0413	0.0548	0.0409	0.0233	0.0442	0.0441	0.0586	0.0233	0.0658	0.0582	0.0658	0.062	0.0383	0.0329	0.0383	0.0604
chrX	21208873	21209050	chrX:21208874-21209050	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0493	0.0567	0.0543	0.0354	0.035	0.0684	0.061	0.0733	0.035	0.0737	0.0514	0.0737	0.0418	0.0253	0.0174	0.0253	0.0344
chrX	21209240	21209790	chrX:21209241-21209790	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1191	0.1183	0.1326	0.1053	0.071	0.1398	0.1306	0.1466	0.071	0.157	0.1209	0.157	0.1123	0.0681	0.0542	0.0681	0.0776
chrX	21209941	21210163	chrX:21209942-21210163	FBgn0015558	tty	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1147	0.1492	0.1199	0.0705	0.1145	0.1689	0.1574	0.1872	0.1145	0.1679	0.1135	0.1679	0.0775	0.036	0.0471	0.036	0.0401
chrX	21210417	21210578	chrX:21210418-21210578	FBgn0000709,FBgn0015558	fliI,tty	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1031	0.1002	0.1202	0.0877	0.0604	0.1121	0.1133	0.1246	0.0604	0.1655	0.1219	0.1655	0.0922	0.0904	0.0806	0.0904	0.1011
chrX	21210647	21210823	chrX:21210648-21210823	FBgn0000709,FBgn0015558	fliI,tty	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1641	0.1559	0.1885	0.1465	0.0965	0.1864	0.1799	0.1746	0.0965	0.2446	0.199	0.2446	0.158	0.1539	0.1547	0.1539	0.1751
chrX	21215863	21216028	chrX:21215864-21216028	FBgn0015379	dod	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0491	0.0533	0.0508	0.0425	0.0339	0.0597	0.0705	0.0506	0.0339	0.0658	0.0511	0.0658	0.0496	0.0475	0.0355	0.0475	0.0573
chrX	21216244	21216436	chrX:21216245-21216436	FBgn0015379	dod	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1579	0.1545	0.1839	0.133	0.1304	0.1767	0.1765	0.1672	0.1304	0.2289	0.1955	0.2289	0.165	0.1394	0.1264	0.1394	0.1657
chrX	21216594	21216745	chrX:21216595-21216745	FBgn0015379	dod	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0583	0.0631	0.0683	0.0422	0.0403	0.065	0.0757	0.0813	0.0403	0.0948	0.0707	0.0948	0.0674	0.0528	0.0361	0.0528	0.0599
chrX	21220793	21220986	chrX:21220794-21220986	FBgn0003464,FBgn0015527	pen,sol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1354	0.1382	0.1552	0.1104	0.0933	0.1568	0.1657	0.1572	0.0933	0.1926	0.1775	0.1926	0.1348	0.1187	0.1199	0.1187	0.1282
chrX	21221201	21221382	chrX:21221202-21221382	FBgn0003464,FBgn0015527	pen,sol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1595	0.1489	0.1867	0.1415	0.0944	0.1723	0.1683	0.1925	0.0944	0.2234	0.2096	0.2234	0.1766	0.1256	0.1586	0.1256	0.1657
chrX	21221530	21221690	chrX:21221531-21221690	FBgn0003464	sol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0637	0.0466	0.0838	0.0607	0.0212	0.0641	0.0463	0.06	0.0212	0.1039	0.101	0.1039	0.0782	0.0835	0.0645	0.0835	0.0568
chrX	21221866	21222048	chrX:21221867-21222048	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1003	0.0584	0.1472	0.0955	0.0191	0.0888	0.0489	0.0826	0.0191	0.2011	0.1701	0.2011	0.1309	0.1332	0.1038	0.1332	0.0855
chrX	21222145	21222330	chrX:21222146-21222330	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0518	0.0299	0.0642	0.0625	0.0106	0.0374	0.0329	0.038	0.0106	0.0815	0.0669	0.0815	0.0705	0.0597	0.0593	0.0597	0.0698
chrX	21222447	21222613	chrX:21222448-21222613	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0995	0.0588	0.1326	0.1088	0.0191	0.0903	0.0545	0.0733	0.0191	0.1709	0.1421	0.1709	0.1472	0.1133	0.1128	0.1133	0.1214
chrX	21228706	21228918	chrX:21228707-21228918	FBgn0011710	Sep1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0621	0.0521	0.0784	0.0554	0.0265	0.0641	0.0571	0.0646	0.0265	0.0942	0.0894	0.0942	0.0837	0.0712	0.0561	0.0712	0.0662
chrX	21228932	21229112	chrX:21228933-21229112	FBgn0011710	Sep1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1029	0.1551	0.116	0.0626	0.1204	0.1207	0.1199	0.0626	0.1969	0.1682	0.1969	0.1603	0.1294	0.1206	0.1294	0.1365
chrX	21229215	21229395	chrX:21229216-21229395	FBgn0011710	Sep1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1512	0.1391	0.1806	0.1326	0.0933	0.1631	0.157	0.1726	0.0933	0.221	0.199	0.221	0.1751	0.1524	0.1283	0.1524	0.1735
chrX	21229488	21229715	chrX:21229489-21229715	FBgn0011710	Sep1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0653	0.0597	0.0829	0.0522	0.035	0.0718	0.0649	0.0746	0.035	0.1021	0.0929	0.1021	0.0759	0.062	0.0529	0.062	0.0651
chrX	21233649	21233828	chrX:21233650-21233828	FBgn0024182,FBgn0024251	bbx,waw	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0737	0.0717	0.0958	0.0518	0.0382	0.0762	0.0813	0.1026	0.0382	0.1208	0.1141	0.1208	0.0937	0.0459	0.0735	0.0459	0.0709
chrX	21233971	21234170	chrX:21233972-21234170	FBgn0024182,FBgn0024251	bbx,waw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1414	0.1388	0.1711	0.1118	0.0859	0.1743	0.1501	0.1632	0.0859	0.2144	0.1868	0.2144	0.1766	0.1325	0.1154	0.1325	0.1397
chrX	21234255	21234477	chrX:21234256-21234477	FBgn0024182,FBgn0024251	bbx,waw	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0599	0.0545	0.0714	0.0533	0.0361	0.0709	0.0636	0.0553	0.0361	0.0894	0.0698	0.0894	0.079	0.0689	0.0413	0.0689	0.0604
chrX	21237282	21237480	chrX:21237283-21237480	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0611	0.0319	0.0678	0.0863	0.0127	0.0422	0.0311	0.0446	0.0127	0.1105	0.0569	0.1105	0.0744	0.0896	0.0625	0.0896	0.1235
chrX	21237648	21237814	chrX:21237649-21237814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0496	0.0222	0.0543	0.0751	0.0095	0.0296	0.0242	0.0266	0.0095	0.093	0.0395	0.093	0.0635	0.0666	0.0542	0.0666	0.11
chrX	21238503	21238758	chrX:21238504-21238758	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0869	0.0551	0.0934	0.1152	0.0318	0.068	0.0619	0.07	0.0318	0.1196	0.1051	0.1196	0.1131	0.1485	0.1431	0.1485	0.1673
chrX	21238939	21239110	chrX:21238940-21239110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0651	0.0355	0.0734	0.089	0.0117	0.049	0.0385	0.044	0.0117	0.0906	0.0855	0.0906	0.0821	0.1003	0.107	0.1003	0.1277
chrX	21239235	21239399	chrX:21239236-21239399	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0571	0.083	0.0726	0.0361	0.0558	0.0735	0.0733	0.0361	0.0851	0.092	0.0851	0.0914	0.075	0.0928	0.075	0.0907
chrX	21239495	21239677	chrX:21239496-21239677	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1618	0.1613	0.1893	0.1322	0.1113	0.1825	0.1812	0.1852	0.1113	0.2313	0.2122	0.2313	0.1673	0.1501	0.1728	0.1501	0.1615
chrX	21239722	21239921	chrX:21239723-21239921	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.116	0.113	0.1348	0.0989	0.0679	0.1277	0.1337	0.1259	0.0679	0.1594	0.1486	0.1594	0.1278	0.1018	0.1173	0.1018	0.1334
chrX	21240148	21240357	chrX:21240149-21240357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0905	0.1068	0.1001	0.0618	0.0785	0.1131	0.1293	0.1193	0.0785	0.0996	0.1219	0.0996	0.0883	0.0513	0.0851	0.0513	0.0813
chrX	21240477	21240658	chrX:21240478-21240658	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1046	0.1257	0.1165	0.0678	0.0859	0.1354	0.1501	0.1479	0.0859	0.1558	0.1302	0.1558	0.0883	0.0789	0.0909	0.0789	0.0823
chrX	21244520	21244683	chrX:21244521-21244683	FBgn0003423	slgA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0718	0.0717	0.0827	0.06	0.0456	0.0723	0.0856	0.0913	0.0456	0.1021	0.0913	0.1021	0.0767	0.0743	0.0613	0.0743	0.0703
chrX	21244928	21245133	chrX:21244929-21245133	FBgn0003423	slgA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.139	0.1272	0.1605	0.1285	0.0774	0.1553	0.1427	0.1472	0.0774	0.192	0.1714	0.192	0.1766	0.1516	0.1212	0.1516	0.1459
chrX	21245193	21245357	chrX:21245194-21245357	FBgn0003423	slgA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0578	0.0417	0.0548	0.0791	0.0223	0.0466	0.0558	0.04	0.0223	0.0616	0.0569	0.0616	0.0534	0.0842	0.0509	0.0842	0.0641
chrX	21245725	21246106	chrX:21245726-21246106	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0665	0.085	0.0627	0.0499	0.052	0.0816	0.1034	0.1126	0.052	0.0725	0.065	0.0725	0.0434	0.0406	0.0284	0.0406	0.0344
chrX	21246271	21246470	chrX:21246272-21246470	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade1	0.0597	0.0815	0.0508	0.0451	0.0583	0.0675	0.1099	0.1039	0.0583	0.0435	0.0502	0.0435	0.0287	0.0299	0.0193	0.0299	0.0266
chrX	21246624	21246775	chrX:21246625-21246775	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0268	0.0239	0.0216	0.0358	0.0117	0.0199	0.0359	0.028	0.0117	0.0151	0.0235	0.0151	0.0178	0.0429	0.0251	0.0429	0.0182
chrX	21249217	21249368	chrX:21249218-21249368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0112	0.0212	0.0173	0.0011	0.0131	0.0134	0.0167	0.0011	0.0187	0.0334	0.0187	0.0155	0.013	0.0355	0.013	0.0109
chrX	21249534	21249704	chrX:21249535-21249704	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0261	0.0152	0.0426	0.0202	0.0053	0.0214	0.0169	0.0187	0.0053	0.0242	0.0846	0.0242	0.0147	0.0077	0.0613	0.0077	0.0109
chrX	21250852	21251003	chrX:21250853-21251003	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0197	0.0332	0.0151	0.0097	0.0212	0.0252	0.0536	0.034	0.0212	0.0115	0.0193	0.0115	0.0186	0.0038	0.0123	0.0038	0.0115
chrX	21256237	21256436	chrX:21256238-21256436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0326	0.03	0.0391	0.0283	0.0074	0.0437	0.0307	0.0366	0.0074	0.0483	0.0418	0.0483	0.0542	0.0283	0.0219	0.0283	0.0412
chrX	21258857	21259059	chrX:21258858-21259059	FBgn0001565	Hlc	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0711	0.0594	0.0915	0.0617	0.0233	0.0786	0.0558	0.0813	0.0233	0.1232	0.0977	0.1232	0.0906	0.0536	0.0703	0.0536	0.0776
chrX	21259250	21259851	chrX:21259251-21259851	FBgn0001565,FBgn0020272	Hlc,mst	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0793	0.075	0.0949	0.067	0.035	0.0903	0.0861	0.0946	0.035	0.1123	0.1061	0.1123	0.0899	0.0666	0.0671	0.0666	0.0834
chrX	21259898	21260099	chrX:21259899-21260099	FBgn0020272	mst	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0497	0.0707	0.0551	0.0276	0.0602	0.0567	0.062	0.0276	0.096	0.072	0.096	0.0775	0.0651	0.0574	0.0651	0.0615
chrX	21266592	21267021	chrX:21266593-21267021	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.0729	0.042	0.0274	0.0604	0.0743	0.0869	0.0839	0.0604	0.0399	0.0514	0.0399	0.0434	0.0375	0.0187	0.0375	0.037
chrX	21270414	21270632	chrX:21270415-21270632	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0386	0.0131	0.0153	0.0255	0.0223	0.0683	0.0393	0.0255	0.0103	0.0158	0.0103	0.0139	0.0161	0.011	0.0161	0.024
chrX	21270686	21270837	chrX:21270687-21270837	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0198	0.0295	0.0146	0.0145	0.0233	0.0194	0.0484	0.0306	0.0233	0.0103	0.0203	0.0103	0.0124	0.0145	0.0077	0.0145	0.0229
chrX	21292933	21293084	chrX:21292934-21293084	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.0113	0.0132	0.0285	0.0042	0.0087	0.0195	0.012	0.0042	0.0103	0.0164	0.0103	0.0225	0.0245	0.0329	0.0245	0.0558
chrX	21293383	21293534	chrX:21293384-21293534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0165	0.0117	0.0143	0.0241	0.0042	0.0126	0.0164	0.012	0.0042	0.0115	0.0158	0.0115	0.024	0.0276	0.0277	0.0276	0.0365
chrX	21304061	21304212	chrX:21304062-21304212	distal	distal	none	none	VT65290.1	VT65290.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0045	0.0055	0.0102	0.0053	0.0034	0.0069	0.004	0.0053	0.0079	0.0055	0.0079	0.0039	0.0107	0.0026	0.0107	0.0063
chrX	21306542	21306832	chrX:21306543-21306832	distal	distal	stage14	stage14	VT65291.1	VT65291.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.021	0.0153	0.0231	0.0251	0.0053	0.0155	0.026	0.0133	0.0053	0.0193	0.0248	0.0193	0.0108	0.0061	0.0084	0.0061	0.012
chrX	21308403	21308554	chrX:21308404-21308554	distal	distal	none	none	VT65293.1	VT65293.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0143	0.0204	0.0143	0.0072	0.0095	0.0136	0.0394	0.016	0.0095	0.0187	0.0132	0.0187	0.0132	0.0046	0.0032	0.0046	0.0089
chrX	21318936	21319087	chrX:21318937-21319087	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0054	0.0055	0.0095	0.0021	0.0053	0.0082	0.0067	0.0021	0.006	0.0061	0.006	0.0039	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chrX	21328804	21329000	chrX:21328805-21329000	FBgn0259245	CG42343	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0299	0.0145	0.018	0.0244	0.017	0.0471	0.03	0.0244	0.0169	0.0138	0.0169	0.0085	0.0038	0.0064	0.0038	0.0021
chrX	21346816	21346967	chrX:21346817-21346967	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0049	0.0074	0.0107	0.0032	0.0044	0.0082	0.004	0.0032	0.0066	0.0035	0.0066	0.0039	0.0077	0.0026	0.0077	0.0036
chrX	21347311	21347462	chrX:21347312-21347462	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0062	0.0062	0.0078	0.0032	0.0044	0.0125	0.004	0.0032	0.0072	0.0048	0.0072	0.0046	0.0054	0.0045	0.0054	0.0026
chrX	21355090	21355241	chrX:21355091-21355241	distal	distal	none	none	VT65313.1	VT65313.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0083	0.0064	0.0075	0.0114	0.0011	0.0068	0.0095	0.0053	0.0011	0.0103	0.0042	0.0103	0.0046	0.0031	0.0013	0.0031	0.0021
chrX	21367990	21368141	chrX:21367991-21368141	distal	distal	none	none	VT65322.1	VT65322.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0093	0.0085	0.0109	0.0085	0.0032	0.0068	0.0151	0.01	0.0032	0.0151	0.0109	0.0151	0.0039	8e-04	0.0032	8e-04	0.0021
chrX	21368411	21368562	chrX:21368412-21368562	distal	distal	none	none	VT65322.1	VT65322.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0157	0.0127	0.0141	0.0053	0.0146	0.0268	0.0133	0.0053	0.0133	0.0093	0.0133	0.007	0.0031	0.0058	0.0031	0.0036
chrX	21394899	21395050	chrX:21394900-21395050	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0122	0.0191	0.0117	0.005	0.0053	0.0306	0.0242	0.012	0.0053	0.0266	0.0106	0.0266	0.0077	0.0046	0.0097	0.0046	0.0031
chrX	21437841	21437992	chrX:21437842-21437992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0104	0.0093	0.0107	0.0114	0.0042	0.0068	0.0151	0.01	0.0042	0.0145	0.01	0.0145	0.0085	0.0046	0.0045	0.0046	0.0089
chrX	21438374	21438525	chrX:21438375-21438525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0103	0.0071	0.0112	0.013	0.0021	0.0107	0.0087	0.006	0.0021	0.0079	0.0096	0.0079	0.007	0.0054	0.0032	0.0054	0.0063
chrX	21438969	21439151	chrX:21438970-21439151	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0177	0.0242	0.0291	0.0085	0.0233	0.026	0.0127	0.0085	0.0139	0.0109	0.0139	0.007	0.0061	0.0084	0.0061	0.0068
chrX	21441214	21441365	chrX:21441215-21441365	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0032	0.0051	0.0091	0	0.0034	0.0061	0.0013	0	0.0024	0.0045	0.0024	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.001
chrX	21446817	21446968	chrX:21446818-21446968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0201	0.0239	0.0192	0.0169	0.0074	0.0218	0.0363	0.0253	0.0074	0.0266	0.0209	0.0266	0.0093	0.0046	0.0052	0.0046	0.0036
chrX	21447131	21447282	chrX:21447132-21447282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0087	0.0065	0.0117	0.0032	0.0083	0.0125	0.01	0.0032	0.006	0.0064	0.006	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0047
chrX	21450255	21450406	chrX:21450256-21450406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0067	0.007	0.0123	0.0032	0.0058	0.0108	0.008	0.0032	0.006	0.0077	0.006	0.0054	0.0054	0.0026	0.0054	0.0036
chrX	21451098	21451249	chrX:21451099-21451249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0128	0.0102	0.0125	0.0053	0.0131	0.0195	0.0147	0.0053	0.0085	0.0116	0.0085	0.0093	0.0046	0.0058	0.0046	0.0047
chrX	21451391	21451542	chrX:21451392-21451542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.009	0.0076	0.0099	0.0074	0.0063	0.0134	0.012	0.0074	0.0036	0.01	0.0036	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0047
chrX	21464909	21465105	chrX:21464910-21465105	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0383	0.0343	0.0433	0.0373	0.0085	0.0529	0.0307	0.0466	0.0085	0.0652	0.046	0.0652	0.0442	0.0735	0.0232	0.0735	0.0505
chrX	21465152	21465357	chrX:21465153-21465357	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0363	0.0288	0.0407	0.0398	0.0095	0.0485	0.0225	0.0393	0.0095	0.058	0.0447	0.058	0.0457	0.0873	0.0193	0.0873	0.0542
chrX	21465532	21465737	chrX:21465533-21465737	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0293	0.0141	0.0359	0.039	0.0074	0.0199	0.0151	0.0133	0.0074	0.0405	0.036	0.0405	0.062	0.075	0.0219	0.075	0.0594
chrX	21465828	21465979	chrX:21465829-21465979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0227	0.0181	0.0244	0.0259	0.0117	0.0204	0.0203	0.022	0.0117	0.0272	0.0277	0.0272	0.0395	0.036	0.0187	0.036	0.0443
chrX	21466355	21466696	chrX:21466356-21466696	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0465	0.0525	0.0513	0.0347	0.0223	0.0578	0.0593	0.0713	0.0223	0.0713	0.054	0.0713	0.0442	0.0329	0.0284	0.0329	0.0615
chrX	21475694	21475894	chrX:21475695-21475894	FBgn0027588	CG14476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0635	0.0592	0.0746	0.0561	0.0297	0.0723	0.0679	0.072	0.0297	0.0912	0.0836	0.0912	0.0806	0.0551	0.0645	0.0551	0.0625
chrX	21475924	21476121	chrX:21475925-21476121	FBgn0027588	CG14476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0913	0.0855	0.1098	0.0776	0.053	0.1034	0.1025	0.0939	0.053	0.1395	0.1177	0.1395	0.11	0.075	0.0974	0.075	0.0891
chrX	21476170	21476374	chrX:21476171-21476374	FBgn0027588	CG14476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1582	0.1503	0.1849	0.1379	0.0912	0.1782	0.1713	0.1792	0.0912	0.2246	0.1974	0.2246	0.1898	0.147	0.1483	0.147	0.161
chrX	21476707	21476882	chrX:21476708-21476882	FBgn0027588	CG14476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1409	0.1281	0.1685	0.1248	0.087	0.1563	0.1319	0.1606	0.087	0.2017	0.1894	0.2017	0.1526	0.1424	0.138	0.1424	0.1287
chrX	21495356	21495734	chrX:21495357-21495734	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0665	0.0768	0.0732	0.0478	0.0604	0.0718	0.1047	0.0853	0.0604	0.0731	0.0859	0.0731	0.0798	0.062	0.0458	0.062	0.0589
chrX	21495761	21495919	chrX:21495762-21495919	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0283	0.0351	0.0289	0.0199	0.0255	0.0345	0.0515	0.0333	0.0255	0.0344	0.0334	0.0344	0.0248	0.0268	0.0148	0.0268	0.0287
chrX	21500570	21500789	chrX:21500571-21500789	FBgn0024807	DIP1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0728	0.0563	0.0806	0.0826	0.0361	0.0723	0.0688	0.054	0.0361	0.0918	0.0775	0.0918	0.093	0.0804	0.078	0.0804	0.1193
chrX	21500845	21501024	chrX:21500846-21501024	FBgn0024807	DIP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0835	0.0694	0.0973	0.084	0.052	0.0811	0.077	0.0786	0.052	0.1322	0.0965	0.1322	0.0899	0.0911	0.0832	0.0911	0.1006
chrX	21501105	21501313	chrX:21501106-21501313	FBgn0024807	DIP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1407	0.1347	0.1588	0.1274	0.0944	0.1539	0.157	0.1479	0.0944	0.1884	0.1746	0.1884	0.1588	0.1363	0.1341	0.1363	0.1589
chrX	21501498	21501743	chrX:21501499-21501743	FBgn0024807	DIP1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1219	0.1239	0.1425	0.0972	0.0848	0.1316	0.1475	0.1492	0.0848	0.1546	0.1666	0.1546	0.1418	0.0972	0.1038	0.0972	0.1209
chrX	21501890	21502083	chrX:21501891-21502083	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0613	0.0675	0.0428	0.0424	0.0597	0.0757	0.0766	0.0424	0.0803	0.0759	0.0803	0.0658	0.0345	0.0535	0.0345	0.0485
chrX	21502124	21502370	chrX:21502125-21502370	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0773	0.0854	0.0845	0.0603	0.0657	0.085	0.1016	0.1019	0.0657	0.0918	0.0981	0.0918	0.0945	0.0567	0.0696	0.0567	0.0808
chrX	21502498	21502681	chrX:21502499-21502681	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0947	0.088	0.1044	0.0916	0.0594	0.0985	0.0943	0.1106	0.0594	0.1045	0.1154	0.1045	0.1448	0.1087	0.1128	0.1087	0.1204
chrX	21502818	21502999	chrX:21502819-21502999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0633	0.0535	0.0685	0.0687	0.0308	0.067	0.0554	0.0626	0.0308	0.0725	0.0775	0.0725	0.1053	0.0773	0.0883	0.0773	0.0886
chrX	21503368	21503519	chrX:21503369-21503519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0261	0.0237	0.0258	0.0292	0.0117	0.0238	0.0294	0.03	0.0117	0.029	0.0283	0.029	0.0333	0.0253	0.0509	0.0253	0.0339
chrX	21503915	21504066	chrX:21503916-21504066	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0267	0.0234	0.0199	0.0377	0.0159	0.0233	0.0277	0.0247	0.0159	0.0193	0.0215	0.0193	0.0325	0.023	0.0529	0.023	0.0657
chrX	21505237	21505432	chrX:21505238-21505432	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0486	0.0734	0.0386	0.032	0.0647	0.0733	0.0852	0.0853	0.0647	0.058	0.0379	0.058	0.0457	0.0628	0.0232	0.0628	0.0427
chrX	21681872	21682069	chrX:21681873-21682069	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0218	0.0327	0.0244	0.007	0.0329	0.017	0.0606	0.03	0.0329	0.0199	0.0309	0.0199	0.0263	0.0038	0.0077	0.0038	0.0057
chrX	21682697	21682848	chrX:21682698-21682848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0163	0.0285	0.0112	0.0082	0.0191	0.0184	0.0554	0.02	0.0191	0.0145	0.0119	0.0145	0.0046	0.0092	0.009	0.0092	0.0094
chrX	21683073	21683224	chrX:21683074-21683224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0152	0.0264	0.0123	0.0058	0.0117	0.0194	0.0541	0.0173	0.0117	0.0163	0.0113	0.0163	0.0139	0.0046	0.0052	0.0046	0.0063
chrX	21843846	21844125	chrX:21843847-21844125	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.068	0.0963	0.0553	0.0503	0.0912	0.0767	0.141	0.0946	0.0912	0.0628	0.0624	0.0628	0.0651	0.0597	0.0593	0.0597	0.0693
chrX	21845003	21845225	chrX:21845004-21845225	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0963	0.0922	0.1096	0.0861	0.0647	0.1112	0.1042	0.0986	0.0647	0.1552	0.1215	0.1552	0.0999	0.1003	0.1012	0.1003	0.1152
chrX	21845452	21845663	chrX:21845453-21845663	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1272	0.122	0.1501	0.1079	0.0997	0.1325	0.1375	0.1386	0.0997	0.2077	0.1605	0.2077	0.1286	0.1187	0.1154	0.1187	0.1256
chrX	21845869	21846103	chrX:21845870-21846103	FBgn0031183	CG14621	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0964	0.0991	0.1151	0.073	0.0774	0.101	0.1129	0.1266	0.0774	0.1449	0.1331	0.1449	0.103	0.0697	0.0754	0.0697	0.0943
chrX	21846109	21846353	chrX:21846110-21846353	FBgn0031183	CG14621	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0967	0.0923	0.1157	0.0808	0.0764	0.1019	0.1016	0.1066	0.0764	0.1437	0.1296	0.1437	0.1131	0.0881	0.0832	0.0881	0.1058
chrX	21846481	21846656	chrX:21846482-21846656	FBgn0031183	CG14621	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.1029	0.1294	0.0993	0.0859	0.118	0.1064	0.1173	0.0859	0.1618	0.1473	0.1618	0.1185	0.1041	0.1128	0.1041	0.1188
chrX	21846717	21846954	chrX:21846718-21846954	FBgn0031183	CG14621	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0736	0.0632	0.0869	0.0706	0.0308	0.0743	0.0696	0.0813	0.0308	0.1196	0.0936	0.1196	0.0922	0.0766	0.0767	0.0766	0.0829
chrX	21847002	21847153	chrX:21847003-21847153	FBgn0031183	CG14621	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0373	0.0419	0.0361	0.018	0.033	0.051	0.048	0.018	0.058	0.0441	0.058	0.0465	0.036	0.0432	0.036	0.0438
chrX	21850956	21851151	chrX:21850957-21851151	FBgn0014395,FBgn0031184	CG14615,tilB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0425	0.0395	0.0503	0.0375	0.0265	0.0422	0.048	0.0453	0.0265	0.0483	0.054	0.0483	0.0798	0.0352	0.0329	0.0352	0.0719
chrX	21851216	21851367	chrX:21851217-21851367	FBgn0014395,FBgn0031184	CG14615,tilB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0302	0.0292	0.0355	0.0256	0.0148	0.033	0.0324	0.0393	0.0148	0.035	0.0402	0.035	0.0534	0.0237	0.0226	0.0237	0.0469
chrX	21856725	21856876	chrX:21856726-21856876	FBgn0031186	CG14614	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.0515	0.0604	0.0506	0.0308	0.0573	0.0662	0.0553	0.0308	0.0688	0.064	0.0688	0.072	0.0521	0.058	0.0521	0.0599
chrX	21856926	21857117	chrX:21856927-21857117	FBgn0031186	CG14614	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1168	0.1081	0.1372	0.1043	0.071	0.1184	0.1432	0.1066	0.071	0.1818	0.1383	0.1818	0.134	0.1057	0.1083	0.1057	0.1172
chrX	21857185	21857357	chrX:21857186-21857357	FBgn0031186,FBgn0031187	CG14614,CG14619	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1477	0.1448	0.1645	0.1324	0.1071	0.1481	0.1856	0.1519	0.1071	0.2283	0.1614	0.2283	0.1549	0.124	0.1373	0.124	0.1506
chrX	21857520	21857699	chrX:21857521-21857699	FBgn0031186,FBgn0031187	CG14614,CG14619	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1605	0.1539	0.184	0.142	0.1124	0.168	0.1864	0.1672	0.1124	0.2277	0.1942	0.2277	0.1658	0.1524	0.1457	0.1524	0.161
chrX	21858053	21858222	chrX:21858054-21858222	FBgn0031187	CG14619	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1747	0.1643	0.2052	0.1529	0.1241	0.1835	0.1907	0.1812	0.1241	0.2681	0.2164	0.2681	0.1875	0.173	0.1431	0.173	0.1668
chrX	21858427	21858659	chrX:21858428-21858659	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade1,6to8_Clade3	0.1384	0.1512	0.1466	0.1152	0.1113	0.1655	0.1743	0.1659	0.1113	0.192	0.145	0.192	0.1526	0.1256	0.107	0.1256	0.1183
chrX	21863184	21863390	chrX:21863185-21863390	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1	0.0439	0.0401	0.0508	0.0405	0.0148	0.0456	0.0523	0.0393	0.0148	0.0688	0.0572	0.0688	0.0565	0.0253	0.04	0.0253	0.0714
chrX	21863464	21863618	chrX:21863465-21863618	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0329	0.0346	0.0329	0.0138	0.0408	0.0441	0.032	0.0138	0.0356	0.0383	0.0356	0.0426	0.0314	0.0232	0.0314	0.0459
chrX	21867110	21867261	chrX:21867111-21867261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0189	0.0223	0.022	0.0118	0.0117	0.0228	0.0298	0.024	0.0117	0.026	0.0277	0.026	0.0178	0.0191	0.0058	0.0191	0.0146
chrX	21867470	21867621	chrX:21867471-21867621	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0247	0.0198	0.0107	0.0127	0.0228	0.0398	0.0247	0.0127	0.0284	0.0228	0.0284	0.0155	0.0138	0.009	0.0138	0.0099
chrX	21873665	21873932	chrX:21873666-21873932	FBgn0031188	CG14613	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0632	0.048	0.0664	0.0769	0.0201	0.0519	0.0519	0.0673	0.0201	0.0664	0.0733	0.0664	0.0914	0.0842	0.0741	0.0842	0.1001
chrX	21874084	21874235	chrX:21874085-21874235	FBgn0031188	CG14613	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0191	0.0241	0.0331	0.0095	0.0238	0.0195	0.0286	0.0095	0.0229	0.0228	0.0229	0.0349	0.036	0.0232	0.036	0.0479
chrX	21875432	21875603	chrX:21875433-21875603	FBgn0031189	CG14618	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0778	0.0639	0.0901	0.0798	0.0403	0.0738	0.0606	0.0886	0.0403	0.1117	0.1023	0.1117	0.0953	0.1057	0.0767	0.1057	0.0974
chrX	21875729	21876209	chrX:21875730-21876209	FBgn0031189	CG14618	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0644	0.0545	0.0741	0.0649	0.0286	0.0607	0.0541	0.0793	0.0286	0.0978	0.0714	0.0978	0.0953	0.1026	0.058	0.1026	0.0776
chrX	21876235	21876386	chrX:21876236-21876386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.025	0.0335	0.0249	0.0074	0.0325	0.0255	0.0333	0.0074	0.0465	0.0328	0.0465	0.0403	0.0436	0.02	0.0436	0.036
chrX	21877089	21877243	chrX:21877090-21877243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0343	0.0305	0.0334	0.0395	0.0106	0.0374	0.0376	0.038	0.0106	0.0338	0.0309	0.0338	0.0697	0.0536	0.0219	0.0536	0.0808
chrX	21880103	21880254	chrX:21880104-21880254	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0303	0.0228	0.0273	0.0419	0.0138	0.0267	0.0307	0.022	0.0138	0.0254	0.0277	0.0254	0.0442	0.0521	0.0529	0.0521	0.0646
chrX	21881096	21881247	chrX:21881097-21881247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0267	0.0191	0.0288	0.033	0.0053	0.0233	0.0238	0.024	0.0053	0.026	0.0264	0.026	0.0581	0.0911	0.0232	0.0911	0.0234
chrX	21881530	21881681	chrX:21881531-21881681	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0252	0.0197	0.0227	0.034	0.0053	0.0175	0.0285	0.0253	0.0053	0.032	0.0228	0.032	0.0294	0.0965	0.0316	0.0965	0.0214
chrX	21882592	21882833	chrX:21882593-21882833	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0501	0.0477	0.0516	0.051	0.0212	0.0573	0.061	0.0573	0.0212	0.058	0.054	0.058	0.0503	0.0368	0.0393	0.0368	0.0438
chrX	21883019	21883208	chrX:21883020-21883208	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.0932	0.1152	0.0902	0.0456	0.1117	0.1038	0.1179	0.0456	0.1461	0.1286	0.1461	0.1115	0.1034	0.0838	0.1034	0.1042
chrX	21883247	21883503	chrX:21883248-21883503	FBgn0031190	CG12576	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0806	0.0851	0.0874	0.068	0.053	0.0956	0.0956	0.1059	0.053	0.1232	0.0916	0.1232	0.0759	0.0896	0.0632	0.0896	0.0829
chrX	21883535	21883686	chrX:21883536-21883686	FBgn0031190	CG12576	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0642	0.0713	0.0742	0.0454	0.0541	0.0854	0.0688	0.0826	0.0541	0.0857	0.0865	0.0857	0.0627	0.0498	0.0393	0.0498	0.0573
chrX	21883790	21883971	chrX:21883791-21883971	FBgn0031190,FBgn0031191	CG12576,Cp110	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1713	0.1721	0.1926	0.1471	0.1251	0.1913	0.1808	0.2225	0.1251	0.25	0.2023	0.25	0.1844	0.1784	0.1406	0.1784	0.1798
chrX	21884096	21884273	chrX:21884097-21884273	FBgn0031190,FBgn0031191	CG12576,Cp110	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1372	0.1265	0.1627	0.1213	0.0838	0.1456	0.1423	0.1472	0.0838	0.2144	0.1768	0.2144	0.1596	0.1455	0.1418	0.1455	0.1376
chrX	21884339	21884505	chrX:21884340-21884505	FBgn0031190,FBgn0031191	CG12576,Cp110	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0759	0.069	0.0891	0.0689	0.0297	0.0738	0.0796	0.0913	0.0297	0.1093	0.0997	0.1093	0.0968	0.0704	0.0948	0.0704	0.0813
chrX	21888894	21889068	chrX:21888895-21889068	FBgn0027279	l(1)G0196	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0092	0.0166	0.0716	0.0021	0.0136	0.0099	0.0107	0.0021	0.0097	0.0122	0.0097	0.0442	0.0597	0.0638	0.0597	0.0902
chrX	21889140	21889291	chrX:21889141-21889291	FBgn0027279	l(1)G0196	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0127	0.0155	0.0375	0.0064	0.0155	0.0134	0.018	0.0064	0.0091	0.0164	0.0091	0.0232	0.0314	0.029	0.0314	0.0479
chrX	21889502	21889653	chrX:21889503-21889653	FBgn0027279	l(1)G0196	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.0141	0.0164	0.024	0.0106	0.0175	0.0138	0.018	0.0106	0.0127	0.0186	0.0127	0.0178	0.0176	0.0174	0.0176	0.0287
chrX	21889939	21890141	chrX:21889940-21890141	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0317	0.0136	0.0173	0.0677	0.0042	0.015	0.0177	0.0167	0.0042	0.0127	0.0145	0.0127	0.0333	0.0452	0.0464	0.0452	0.0912
chrX	21892511	21892771	chrX:21892512-21892771	FBgn0263504	CR43493	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0395	0.0172	0.0358	0.0687	0.0042	0.0243	0.0247	0.0147	0.0042	0.0236	0.0302	0.0236	0.1022	0.0268	0.0696	0.0268	0.1579
chrX	21893267	21893456	chrX:21893268-21893456	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.011	0.0225	0.0517	0.0011	0.017	0.0169	0.0073	0.0011	0.0187	0.0183	0.0187	0.062	0.0329	0.0632	0.0329	0.1079
chrX	21901518	21901703	chrX:21901519-21901703	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0384	0.0533	0.0448	0.0148	0.0414	0.0636	0.064	0.0526	0.0414	0.061	0.0476	0.061	0.0457	0.0268	0.0123	0.0268	0.0151
chrX	21904274	21904464	chrX:21904275-21904464	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0292	0.0307	0.0196	0.0148	0.033	0.0411	0.0253	0.0148	0.0211	0.0434	0.0211	0.0294	0.0138	0.038	0.0138	0.0203
chrX	21914095	21914268	chrX:21914096-21914268	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0145	0.0082	0.0093	0.0273	0.0011	0.0112	0.0112	0.0067	0.0011	0.0012	0.0186	0.0012	0.007	0.0253	0.0671	0.0253	0.0245
chrX	21916917	21917068	chrX:21916918-21917068	FBgn0031195,FBgn0264677	CG17600,CR43962	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0122	0.0128	0.0276	0.0074	0.0107	0.0212	0.01	0.0074	0.0133	0.0141	0.0133	0.0178	0.0115	0.0851	0.0115	0.0162
chrX	21930864	21931376	chrX:21930865-21931376	FBgn0262866	S6kII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0587	0.0631	0.0643	0.0475	0.0382	0.0655	0.0939	0.0553	0.0382	0.0616	0.083	0.0616	0.0581	0.0406	0.06	0.0406	0.0422
chrX	21931470	21931657	chrX:21931471-21931657	FBgn0262866	S6kII	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0789	0.0795	0.091	0.065	0.0562	0.0874	0.0978	0.0933	0.0562	0.0737	0.1164	0.0737	0.0937	0.0467	0.0825	0.0467	0.0787
chrX	21931714	21931931	chrX:21931715-21931931	FBgn0262866	S6kII	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.09	0.0819	0.1104	0.0767	0.053	0.0937	0.1025	0.0859	0.053	0.1129	0.1232	0.1129	0.1317	0.072	0.0806	0.072	0.1016
chrX	21937464	21937615	chrX:21937465-21937615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0318	0.031	0.0381	0.0259	0.0127	0.0427	0.0298	0.042	0.0127	0.0441	0.045	0.0441	0.0387	0.0276	0.0258	0.0276	0.0349
chrX	21941468	21941619	chrX:21941469-21941619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0307	0.0423	0.0316	0.0117	0.0335	0.0368	0.0406	0.0117	0.0495	0.0463	0.0495	0.0387	0.0352	0.0297	0.0352	0.0417
chrX	21941630	21941781	chrX:21941631-21941781	FBgn0031194	CG17598	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0415	0.0339	0.0518	0.0386	0.018	0.0408	0.0402	0.036	0.018	0.0652	0.054	0.0652	0.0496	0.0368	0.0348	0.0368	0.0526
chrX	21941900	21942083	chrX:21941901-21942083	FBgn0031194	CG17598	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1244	0.1089	0.1505	0.1129	0.0742	0.1238	0.1267	0.1339	0.0742	0.1836	0.1617	0.1836	0.1464	0.1256	0.1148	0.1256	0.1303
chrX	21942145	21942324	chrX:21942146-21942324	FBgn0031194	CG17598	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1306	0.1183	0.1477	0.1257	0.088	0.1335	0.1354	0.1379	0.088	0.1902	0.1598	0.1902	0.1479	0.1485	0.1244	0.1485	0.1449
chrX	21942501	21942815	chrX:21942502-21942815	FBgn0031194	CG17598	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.057	0.0471	0.0676	0.0563	0.0244	0.05	0.061	0.0546	0.0244	0.0821	0.0688	0.0821	0.079	0.0567	0.0561	0.0567	0.0698
chrX	21961426	21961577	chrX:21961427-21961577	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0183	0.0221	0.0198	0.0124	0.0117	0.0126	0.0368	0.0253	0.0117	0.0175	0.0254	0.0175	0.0225	0.0092	0.0258	0.0092	0.0125
chrX	21961998	21962217	chrX:21961999-21962217	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0311	0.0348	0.0358	0.0219	0.0308	0.0345	0.0502	0.0253	0.0308	0.0386	0.0463	0.0386	0.0349	0.0123	0.0426	0.0123	0.0214
chrX	21965248	21965399	chrX:21965249-21965399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.009	0.008	0.0128	0.0064	0.0092	0.0125	0.0073	0.0064	0.0097	0.0048	0.0097	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0031
chrX	21977006	21977221	chrX:21977007-21977221	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0516	0.0697	0.058	0.0244	0.0382	0.0699	0.093	0.0713	0.0382	0.0809	0.065	0.0809	0.0627	0.0482	0.0271	0.0482	0.0234
chrX	21990530	21990681	chrX:21990531-21990681	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0151	0.0248	0.0135	0.0061	0.0138	0.0141	0.0497	0.0173	0.0138	0.0205	0.0154	0.0205	0.0116	0.01	0.009	0.01	0.0036
chrX	21994877	21995028	chrX:21994878-21995028	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0099	0.0106	0.0091	0.01	0.0064	0.0068	0.0169	0.0107	0.0064	0.0109	0.0087	0.0109	0.0031	0.0031	0.0077	0.0031	0.0052
chrX	22034554	22034705	chrX:22034555-22034705	FBgn0052499	Cda4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0111	0.0069	0.01	0.0171	0.0021	0.0058	0.013	0.006	0.0021	0.003	0.0167	0.003	0.0108	0.0046	0.0554	0.0046	0.0099
chrX	22035158	22035309	chrX:22035159-22035309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0094	0.0083	0.0093	0.0107	0.0011	0.0073	0.0151	0.0073	0.0011	0.006	0.0148	0.006	0.0077	0.0046	0.0329	0.0046	0.0089
chrX	22035841	22035993	chrX:22035842-22035993	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0242	0.0147	0.0321	0.026	0.0021	0.0175	0.0238	0.0113	0.0021	0.0145	0.0608	0.0145	0.0132	0.0092	0.0903	0.0092	0.0073
chrX	22054354	22054560	chrX:22054355-22054560	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0684	0.0728	0.0763	0.0547	0.0573	0.0641	0.1047	0.0713	0.0573	0.1081	0.0836	0.1081	0.0658	0.0796	0.0683	0.0796	0.0714
chrX	22054958	22055178	chrX:22054959-22055178	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0252	0.0318	0.0226	0.0206	0.0276	0.0233	0.0446	0.0366	0.0276	0.0423	0.0219	0.0423	0.0155	0.0337	0.0142	0.0337	0.0151
chrX	22058939	22059196	chrX:22058940-22059196	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0885	0.0669	0.0945	0.1058	0.0594	0.0728	0.0848	0.0593	0.0594	0.1854	0.0804	0.1854	0.072	0.2312	0.0664	0.2312	0.0735
chrX	22080398	22080549	chrX:22080399-22080549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0121	0.0118	0.0103	0.0145	0.0053	0.0117	0.0199	0.008	0.0053	0.0217	0.0071	0.0217	0.0085	0.0551	0.0071	0.0551	0.0047
chrX	22082721	22083134	chrX:22082722-22083134	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0412	0.0457	0.0334	0.0446	0.0201	0.0379	0.0861	0.028	0.0201	0.0326	0.028	0.0326	0.0767	0.0528	0.0271	0.0528	0.0808
chrX	22103955	22104168	chrX:22103956-22104168	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0368	0.0552	0.036	0.0171	0.0424	0.0466	0.0766	0.0613	0.0424	0.0495	0.0444	0.0495	0.0155	0.0115	0.0103	0.0115	0.0135
chrX	22114386	22114566	chrX:22114387-22114566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0191	0.013	0.0162	0.029	0.0095	0.0117	0.0212	0.014	0.0095	0.0115	0.0154	0.0115	0.0294	0.0222	0.0226	0.0222	0.0433
chrX	22115960	22116111	chrX:22115961-22116111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0092	0.0082	0.0085	0.0111	0.0021	0.0068	0.0147	0.006	0.0021	0.0085	0.0074	0.0085	0.0093	0.0069	0.0077	0.0069	0.0089
chrX	22134739	22134890	chrX:22134740-22134890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0121	0.0091	0.0079	0.0201	0.0074	0.0073	0.0182	0.0047	0.0074	0.0091	0.0077	0.0091	0.0085	0.01	0.0097	0.01	0.0089
chrX	22135352	22135503	chrX:22135353-22135503	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0123	0.0049	0.007	0.0265	0.0064	0.0044	0.0074	0.0027	0.0064	0.0048	0.0032	0.0048	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.013
chrX	22150809	22150960	chrX:22150810-22150960	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0115	0.0107	0.0077	0.0164	0.0085	0.0063	0.0216	0.0067	0.0085	0.006	0.0084	0.006	0.0054	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chrX	22151492	22151643	chrX:22151493-22151643	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0068	0.006	0.006	0.0088	0.0064	0.0024	0.0112	0.006	0.0064	0.0072	0.0051	0.0072	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0073
chrX	22172624	22172775	chrX:22172625-22172775	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0156	0.0232	0.0128	0.01	0.0276	0.0209	0.0333	0.0173	0.0276	0.0139	0.0164	0.0139	0.0139	0.0138	0.0161	0.0138	0.0104
chrX	22210179	22210330	chrX:22210180-22210330	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.012	0.0252	0.0063	0.0033	0.0148	0.017	0.0333	0.044	0.0148	0.0054	0.0077	0.0054	0.0023	0.0061	0.0013	0.0061	0.0016
chrX	22226343	22226494	chrX:22226344-22226494	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0363	0.0435	0.0267	0.0191	0.0505	0.0394	0.036	0.0191	0.061	0.046	0.061	0.0473	0.036	0.029	0.036	0.0386
chrX	22226601	22226771	chrX:22226602-22226771	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0885	0.0956	0.1038	0.0639	0.0626	0.1141	0.1081	0.1126	0.0626	0.1347	0.1232	0.1347	0.0945	0.0911	0.0574	0.0911	0.1063
chrX	22226885	22227073	chrX:22226886-22227073	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0391	0.05	0.0431	0.0226	0.0286	0.0573	0.0523	0.066	0.0286	0.0441	0.0534	0.0441	0.0473	0.026	0.0271	0.026	0.0328
chrX	22231981	22232308	chrX:22231982-22232308	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0716	0.0852	0.0739	0.0538	0.0742	0.0811	0.1155	0.0833	0.0742	0.0888	0.0801	0.0888	0.0984	0.0444	0.0587	0.0444	0.1016
chrX	22232314	22232591	chrX:22232315-22232591	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0733	0.0857	0.0797	0.0525	0.088	0.0767	0.125	0.0779	0.088	0.0839	0.0733	0.0839	0.1456	0.026	0.0464	0.026	0.1167
chrX	22233811	22233962	chrX:22233812-22233962	FBgn0259677	CG42346	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0115	0.0082	0.012	0.0064	0.0146	0.0108	0.0167	0.0064	0.0079	0.0109	0.0079	0.0062	0.0023	0.0077	0.0023	0.0115
chrX	22234754	22235223	chrX:22234755-22235223	FBgn0262237	mir-2491	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0541	0.0985	0.0362	0.0242	0.0795	0.0942	0.1237	0.1179	0.0795	0.0423	0.0389	0.0423	0.0287	0.0161	0.0181	0.0161	0.0469
chrX	22236474	22236625	chrX:22236475-22236625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0274	0.0432	0.0197	0.0181	0.0371	0.0408	0.0493	0.0586	0.0371	0.0193	0.0251	0.0193	0.024	0.0161	0.0245	0.0161	0.0214
chrX	22237686	22237837	chrX:22237687-22237837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade1	0.0174	0.0201	0.0197	0.0118	0.0117	0.0184	0.0264	0.0207	0.0117	0.0193	0.028	0.0193	0.0194	0.0069	0.0245	0.0069	0.0141
chrX	22238373	22238640	chrX:22238374-22238640	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.069	0.1324	0.0536	0.0153	0.1092	0.0922	0.1644	0.1965	0.1092	0.0296	0.0942	0.0296	0.0387	0.013	0.0258	0.013	0.0214
chrX	22239451	22239602	chrX:22239452-22239602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0288	0.026	0.0127	0.018	0.0345	0.0307	0.0333	0.018	0.0121	0.0344	0.0121	0.0496	0.0031	0.0213	0.0031	0.0208
chrX	22248724	22248875	chrX:22248725-22248875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0188	0.0172	0.0188	0.0205	0.0074	0.0243	0.016	0.0207	0.0074	0.0211	0.0222	0.0211	0.0232	0.0184	0.0168	0.0184	0.0438
chrX	22250862	22251096	chrX:22250863-22251096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0212	0.0253	0.0233	0.0095	0.0267	0.0251	0.0233	0.0095	0.0399	0.0328	0.0399	0.0116	0.0482	0.0348	0.0482	0.0177
chrX	22253146	22253297	chrX:22253147-22253297	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0136	0.0083	0.0128	0.0205	0.0053	0.0107	0.0104	0.0087	0.0053	0.0163	0.0167	0.0163	0.0093	0.0329	0.0168	0.0329	0.0182
chrX	22256445	22256596	chrX:22256446-22256596	FBgn0000719	fog	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0369	0.0312	0.0466	0.0327	0.0201	0.0471	0.0311	0.0286	0.0201	0.067	0.0559	0.067	0.0488	0.0383	0.0277	0.0383	0.0631
chrX	22257010	22257240	chrX:22257011-22257240	FBgn0000719	fog	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1673	0.1513	0.2193	0.1281	0.1188	0.2117	0.1289	0.1752	0.1188	0.3074	0.2566	0.3074	0.2006	0.1616	0.1709	0.1616	0.2001
chrX	22257829	22258157	chrX:22257830-22258157	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0954	0.1039	0.1204	0.0585	0.0679	0.1481	0.0804	0.1399	0.0679	0.1709	0.1637	0.1709	0.0798	0.0789	0.0832	0.0789	0.0787
chrX	22258186	22258337	chrX:22258187-22258337	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0391	0.0436	0.048	0.0242	0.0223	0.0607	0.0381	0.0526	0.0223	0.058	0.0688	0.058	0.031	0.0375	0.0335	0.0375	0.0292
chrX	22261119	22261509	chrX:22261120-22261509	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0623	0.0477	0.1	0.0373	0.0117	0.1112	0.035	0.0266	0.0117	0.1914	0.1064	0.1914	0.0651	0.0406	0.0548	0.0406	0.0547
chrX	22263736	22263957	chrX:22263737-22263957	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.036	0.032	0.0457	0.0298	0.0117	0.0408	0.032	0.0446	0.0117	0.038	0.0695	0.038	0.0263	0.0184	0.0516	0.0184	0.0422
chrX	22264084	22264261	chrX:22264085-22264261	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0237	0.0132	0.0286	0.0302	0.0053	0.0155	0.0173	0.0133	0.0053	0.0242	0.0408	0.0242	0.0287	0.0207	0.0503	0.0207	0.0443
chrX	22310691	22310842	chrX:22310692-22310842	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.0066	0.0039	0.0042	0.0124	0	0.0044	0.0069	0.0027	0	0.0042	0.0061	0.0042	0.0046	0.0046	0.0077	0.0046	0.0334
chrX	22319805	22320061	chrX:22319806-22320061	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0663	0.0709	0.0764	0.0501	0.0626	0.0762	0.0809	0.0793	0.0626	0.1365	0.0643	0.1365	0.0403	0.0551	0.0361	0.0551	0.0391
chrX	22320569	22320720	chrX:22320570-22320720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0075	0.009	0.0097	0.0042	0.0058	0.0121	0.0073	0.0042	0.0115	0.008	0.0115	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0052
chrX	22366884	22367131	chrX:22366885-22367131	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.021	0.0442	0.0094	0.0078	0.0414	0.0432	0.0766	0.0187	0.0414	0.0085	0.0096	0.0085	0.0101	0.0077	0.0084	0.0077	0.0052
chrX	22367668	22367819	chrX:22367669-22367819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0119	0.0265	0.0046	0.0036	0.0244	0.0223	0.0502	0.0127	0.0244	0.006	0.0045	0.006	0.0039	0.0023	0.0032	0.0023	0.0042
chrX	22368059	22368274	chrX:22368060-22368274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0149	0.0305	0.0079	0.0052	0.0318	0.0155	0.0575	0.02	0.0318	0.0066	0.0106	0.0066	0.007	0.0046	0.0084	0.0046	0.0057
chrX	22368399	22368550	chrX:22368400-22368550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0162	0.0313	0.0096	0.0064	0.0233	0.0199	0.0619	0.0213	0.0233	0.0079	0.0135	0.0079	0.0101	0.0084	0.0097	0.0084	0.0031
chrX	22383473	22383647	chrX:22383474-22383647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0204	0.0369	0.0136	0.0093	0.0339	0.0243	0.0714	0.0213	0.0339	0.0151	0.0164	0.0151	0.0132	0.0077	0.0071	0.0077	0.0078
chrX	22386485	22386704	chrX:22386486-22386704	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0206	0.0429	0.0107	0.0067	0.0339	0.0136	0.0908	0.036	0.0339	0.0121	0.0132	0.0121	0.007	0.0092	0.0058	0.0092	0.0047
chrX	22394276	22394521	chrX:22394277-22394521	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0176	0.0401	0.0062	0.005	0.0255	0.0155	0.0774	0.046	0.0255	0.0048	0.0074	0.0048	0.0054	0.0038	0.0032	0.0038	0.0047
chrX	22398003	22398154	chrX:22398004-22398154	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0047	0.0052	0.0145	0.0011	0.0039	0.0078	0.0067	0.0011	0.0036	0.0042	0.0036	0.0062	0.0054	0.0013	0.0054	0.0099
chrX	22406026	22406177	chrX:22406027-22406177	FBgn0016975,FBgn0016976	stnA,stnB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0117	0.0079	0.0095	0.0185	0.0042	0.0078	0.0099	0.008	0.0042	0.0103	0.008	0.0103	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0068
chrX	22406506	22406657	chrX:22406507-22406657	FBgn0016975,FBgn0016976	stnA,stnB	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0072	0.0091	0.027	0.0032	0.0063	0.013	0.0073	0.0032	0.0072	0.0077	0.0072	0.0085	0.0084	0.0052	0.0084	0.0099
chrX	22406942	22407093	chrX:22406943-22407093	FBgn0016975,FBgn0016976	stnA,stnB	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0141	0.0121	0.0281	0.0074	0.0126	0.0199	0.016	0.0074	0.0109	0.0116	0.0109	0.0124	0.0138	0.011	0.0138	0.0162
chrX	22408745	22408934	chrX:22408746-22408934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0432	0.0661	0.0666	0.0201	0.0505	0.0519	0.048	0.0201	0.087	0.0678	0.087	0.0821	0.0727	0.058	0.0727	0.0907
chrX	22408983	22409176	chrX:22408984-22409176	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0772	0.0628	0.0864	0.0833	0.0361	0.0762	0.067	0.0759	0.0361	0.1063	0.0945	0.1063	0.0968	0.0858	0.0825	0.0858	0.1141
chrX	22409420	22409620	chrX:22409421-22409620	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1243	0.1112	0.1421	0.1193	0.0795	0.1252	0.125	0.1306	0.0795	0.1745	0.1585	0.1745	0.1456	0.1118	0.1212	0.1118	0.1464
chrX	22409771	22410061	chrX:22409772-22410061	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0613	0.0591	0.0679	0.0564	0.0361	0.068	0.0696	0.0646	0.0361	0.0785	0.0749	0.0785	0.0837	0.0459	0.0625	0.0459	0.0761
chrX	22410655	22410815	chrX:22410656-22410815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0498	0.0445	0.0608	0.0437	0.0223	0.0481	0.0502	0.056	0.0223	0.0598	0.0624	0.0598	0.0922	0.0452	0.038	0.0452	0.0631
chrX	22412444	22412595	chrX:22412445-22412595	FBgn0044872	FucTC	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.033	0.0358	0.0213	0.0106	0.0515	0.0324	0.0346	0.0106	0.0223	0.0309	0.0223	0.0999	0.0123	0.0123	0.0123	0.0422
chrX	22412705	22412881	chrX:22412706-22412881	FBgn0044872	FucTC	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0383	0.0481	0.0263	0.0191	0.0534	0.0402	0.0433	0.0191	0.0344	0.0418	0.0344	0.1239	0.0253	0.0168	0.0253	0.0464
chrX	22414689	22414914	chrX:22414690-22414914	FBgn0039965,FBgn0039966	CG13865,Rab21	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.05	0.0687	0.0551	0.0286	0.0544	0.0662	0.052	0.0286	0.0857	0.0714	0.0857	0.0798	0.0452	0.0651	0.0452	0.0714
chrX	22415014	22415408	chrX:22415015-22415408	FBgn0039965,FBgn0039966	CG13865,Rab21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1825	0.1671	0.2121	0.1672	0.0976	0.1956	0.186	0.2072	0.0976	0.2784	0.2199	0.2784	0.2192	0.1746	0.1638	0.1746	0.2121
chrX	22415506	22415676	chrX:22415507-22415676	FBgn0039965,FBgn0039966	CG13865,Rab21	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0633	0.0598	0.0732	0.0564	0.0297	0.0646	0.0774	0.0713	0.0297	0.1051	0.0678	0.1051	0.0759	0.059	0.0542	0.059	0.0703
chrX	22415804	22416006	chrX:22415805-22416006	FBgn0039965	CG13865	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.04	0.042	0.0259	0.0255	0.0413	0.0523	0.042	0.0255	0.058	0.0489	0.058	0.0318	0.026	0.0309	0.026	0.0334
chrXHet	1792	1943	chrXHet:1793-1943	FBgn0040030	CG2893	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0129	0.0121	0.0089	0.0181	0.0064	0.0107	0.0177	0.0127	0.0064	0.0066	0.01	0.0066	0.0139	0.0168	0.0264	0.0168	0.0266
chrXHet	2589	2768	chrXHet:2590-2768	FBgn0040030	CG2893	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0571	0.0228	0.023	0.0498	0.0495	0.0757	0.0593	0.0498	0.0296	0.0206	0.0296	0.0318	0.036	0.0193	0.036	0.0339
chrXHet	5215	5366	chrXHet:5216-5366	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0185	0.0165	0.0183	0.0209	0.0095	0.0218	0.0216	0.0133	0.0095	0.0254	0.0151	0.0254	0.0232	0.0107	0.0245	0.0107	0.0417
chrXHet	5586	5737	chrXHet:5587-5737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0201	0.0197	0.0192	0.0216	0.0117	0.0194	0.0298	0.0167	0.0117	0.0254	0.019	0.0254	0.0256	0.0153	0.0219	0.0153	0.0427
chrXHet	6999	7281	chrXHet:7000-7281	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0458	0.0368	0.0434	0.0585	0.0159	0.049	0.0376	0.044	0.0159	0.0785	0.0344	0.0785	0.0682	0.036	0.0722	0.036	0.1256
chrXHet	11804	11955	chrXHet:11805-11955	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0152	0.026	0.0108	0.0079	0.0148	0.0184	0.0463	0.02	0.0148	0.0091	0.0132	0.0091	0.0186	0.0061	0.0097	0.0061	0.0094
chrXHet	13576	13779	chrXHet:13577-13779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0374	0.0627	0.0326	0.0145	0.0615	0.0524	0.0787	0.0773	0.0615	0.0344	0.0412	0.0344	0.031	0.0191	0.0116	0.0191	0.0203
chrXHet	13802	13978	chrXHet:13803-13978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0384	0.0586	0.0345	0.0202	0.053	0.0592	0.0688	0.066	0.053	0.0332	0.0421	0.0332	0.0387	0.0107	0.0258	0.0107	0.0302
chrXHet	14427	14614	chrXHet:14428-14614	FBgn0040031	CG12061	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0435	0.0715	0.0336	0.0231	0.0583	0.065	0.0926	0.0846	0.0583	0.0254	0.0473	0.0254	0.031	0.0222	0.0181	0.0222	0.0287
chrXHet	22844	22995	chrXHet:22845-22995	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.012	0.0213	0.0091	0.0049	0.0095	0.018	0.0394	0.0173	0.0095	0.0109	0.0109	0.0109	0.0093	0.0061	0.0058	0.0061	0.0057
chrXHet	23738	23906	chrXHet:23739-23906	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0178	0.0388	0.0075	0.0058	0.0445	0.0248	0.0627	0.0306	0.0445	0.0097	0.0084	0.0097	0.007	0.0107	0.0052	0.0107	0.0036
chrXHet	24019	24170	chrXHet:24020-24170	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0244	0.049	0.014	0.0084	0.0392	0.0311	0.083	0.0453	0.0392	0.0199	0.0164	0.0199	0.0116	0.01	0.0116	0.01	0.0083
chrXHet	25287	25438	chrXHet:25288-25438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0131	0.0236	0.0103	0.0045	0.0148	0.0131	0.0437	0.0233	0.0148	0.0085	0.0151	0.0085	0.0093	0.0061	0.0045	0.0061	0.0052
chrXHet	25731	25882	chrXHet:25732-25882	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0135	0.0257	0.0094	0.0043	0.0201	0.015	0.0454	0.0233	0.0201	0.0121	0.0132	0.0121	0.007	0.0054	0.0071	0.0054	0.0036
chrXHet	26171	26330	chrXHet:26172-26330	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0204	0.0379	0.0151	0.0067	0.0371	0.0286	0.0463	0.0526	0.0371	0.0127	0.0251	0.0127	0.0062	0.0092	0.0097	0.0092	0.0063
chrXHet	26684	26893	chrXHet:26685-26893	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0269	0.057	0.0152	0.0063	0.0541	0.0248	0.0722	0.0933	0.0541	0.0066	0.028	0.0066	0.0077	0.0054	0.0097	0.0054	0.0068
chrXHet	31599	31750	chrXHet:31600-31750	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0173	0.0299	0.0122	0.0089	0.0223	0.0228	0.0389	0.0373	0.0223	0.0121	0.0122	0.0121	0.0194	0.0077	0.0116	0.0077	0.0109
chrXHet	45175	45368	chrXHet:45176-45368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1,6to8_Clade4	0.0237	0.0429	0.017	0.0097	0.0233	0.0417	0.0541	0.0493	0.0233	0.0175	0.0161	0.0175	0.0318	0.0107	0.0129	0.0107	0.0156
chrXHet	46755	46906	chrXHet:46756-46906	FBgn0039941	CG17167	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0126	0.0158	0.0141	0.0075	0.0042	0.017	0.0277	0.0107	0.0042	0.0103	0.0132	0.0103	0.031	0.0046	0.0064	0.0046	0.0172
chrXHet	46976	47210	chrXHet:46977-47210	FBgn0039941	CG17167	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0209	0.0228	0.0217	0.0085	0.0262	0.0311	0.0173	0.0085	0.0175	0.0225	0.0175	0.0527	0.0253	0.0155	0.0253	0.038
chrXHet	49877	50028	chrXHet:49878-50028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0148	0.0097	0.0129	0.0226	0.0032	0.0083	0.0138	0.0127	0.0032	0.0054	0.0186	0.0054	0.0186	0.0046	0.0774	0.0046	0.0115
chrXHet	50360	50595	chrXHet:50361-50595	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0467	0.0399	0.0527	0.0478	0.0223	0.0466	0.048	0.044	0.0223	0.0193	0.0916	0.0193	0.0581	0.0145	0.1496	0.0145	0.0334
chrXHet	50677	50828	chrXHet:50678-50828	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0238	0.0316	0.0237	0.0095	0.0277	0.0277	0.028	0.0095	0.0181	0.0537	0.0181	0.031	0.0107	0.058	0.0107	0.0271
chrXHet	50931	51125	chrXHet:50932-51125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0267	0.025	0.0291	0.026	0.0106	0.0354	0.0264	0.0253	0.0106	0.0236	0.0338	0.0236	0.0573	0.0138	0.0471	0.0138	0.0433
chrXHet	52080	52231	chrXHet:52081-52231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0173	0.0186	0.0209	0.012	0.0053	0.0252	0.0264	0.014	0.0053	0.0169	0.019	0.0169	0.0519	0.0054	0.0148	0.0054	0.0261
chrXHet	52243	52415	chrXHet:52244-52415	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0197	0.0179	0.0246	0.0163	0.0064	0.0233	0.0247	0.0147	0.0064	0.0151	0.0212	0.0151	0.0658	0.0069	0.0187	0.0069	0.0365
chrXHet	56108	56259	chrXHet:56109-56259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0238	0.0231	0.0263	0.022	0.0138	0.0267	0.0311	0.02	0.0138	0.0423	0.0273	0.0423	0.0287	0.0207	0.0239	0.0207	0.0344
chrXHet	56401	56566	chrXHet:56402-56566	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0327	0.0247	0.0411	0.0326	0.0106	0.033	0.0303	0.026	0.0106	0.0501	0.0511	0.0501	0.0395	0.0398	0.0226	0.0398	0.05
chrXHet	57146	57400	chrXHet:57147-57400	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0683	0.07	0.09	0.0426	0.0382	0.0806	0.0727	0.0926	0.0382	0.1087	0.1084	0.1087	0.0806	0.0452	0.0438	0.0452	0.0631
chrXHet	57475	57706	chrXHet:57476-57706	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0865	0.0977	0.1147	0.0429	0.0626	0.1155	0.0947	0.1332	0.0626	0.1443	0.137	0.1443	0.0984	0.0482	0.0458	0.0482	0.0552
chrXHet	57863	58014	chrXHet:57864-58014	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0448	0.0507	0.0586	0.023	0.0265	0.0568	0.0588	0.0586	0.0265	0.0622	0.0752	0.0622	0.0527	0.0268	0.0271	0.0268	0.0261
chrXHet	60864	61630	chrXHet:60865-61630	FBgn0039942,FBgn0039943	CG17163,CG17168	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1845	0.195	0.2093	0.1455	0.122	0.2262	0.2202	0.2318	0.122	0.256	0.2383	0.256	0.2006	0.1554	0.156	0.1554	0.1662
chrXHet	61731	62097	chrXHet:61732-62097	FBgn0039942,FBgn0039943	CG17163,CG17168	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0842	0.0818	0.1006	0.0688	0.0467	0.0995	0.0947	0.0933	0.0467	0.1329	0.1061	0.1329	0.0976	0.0773	0.0709	0.0773	0.0907
chrXHet	67423	67616	chrXHet:67424-67616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0322	0.0227	0.0226	0.0127	0.035	0.0458	0.032	0.0127	0.0211	0.0315	0.0211	0.0225	0.0115	0.0316	0.0115	0.0344
chrXHet	67689	67840	chrXHet:67690-67840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0211	0.0236	0.0209	0.0184	0.0117	0.0228	0.035	0.0233	0.0117	0.0163	0.0254	0.0163	0.0294	0.0084	0.0226	0.0084	0.0318
chrXHet	67862	68017	chrXHet:67863-68017	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0239	0.0233	0.0242	0.0241	0.018	0.0184	0.0389	0.0213	0.018	0.0248	0.0264	0.0248	0.0387	0.0138	0.0239	0.0138	0.0474
chrXHet	68273	68481	chrXHet:68274-68481	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0515	0.079	0.0461	0.0267	0.0594	0.0573	0.1306	0.0819	0.0594	0.0326	0.0605	0.0326	0.0581	0.0161	0.0348	0.0161	0.037
chrXHet	68695	68914	chrXHet:68696-68914	FBgn0003559,FBgn0263457	CR43480,su(f)	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.058	0.0292	0.0139	0.0573	0.0277	0.1107	0.0466	0.0573	0.0199	0.0367	0.0199	0.0364	0.0153	0.0123	0.0153	0.0177
chrXHet	69437	69595	chrXHet:69438-69595	FBgn0003559,FBgn0263457	CR43480,su(f)	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.032	0.0536	0.0273	0.0131	0.0382	0.0383	0.0779	0.0593	0.0382	0.0308	0.0315	0.0308	0.0387	0.0153	0.0129	0.0153	0.0151
chrXHet	69686	70066	chrXHet:69687-70066	FBgn0003559	su(f)	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.1042	0.0522	0.0237	0.0891	0.0767	0.1384	0.1292	0.0891	0.0543	0.0678	0.0543	0.0503	0.0337	0.0251	0.0337	0.024
chrXHet	70132	70337	chrXHet:70133-70337	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0426	0.0704	0.0364	0.0184	0.0679	0.05	0.0978	0.0839	0.0679	0.038	0.0508	0.038	0.0271	0.0184	0.0239	0.0184	0.0224
chrXHet	75088	75365	chrXHet:75089-75365	FBgn0039944	CG17162	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1541	0.1589	0.1737	0.1271	0.1294	0.1694	0.1817	0.1839	0.1294	0.2071	0.1936	0.2071	0.1627	0.1332	0.1367	0.1332	0.1313
chrXHet	75443	75633	chrXHet:75444-75633	FBgn0039944	CG17162	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1456	0.1623	0.1227	0.0976	0.1641	0.1665	0.1679	0.0976	0.1969	0.1791	0.1969	0.1487	0.134	0.1322	0.134	0.1324
chrXHet	75793	75976	chrXHet:75794-75976	FBgn0039944	CG17162	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.0823	0.0845	0.0656	0.0551	0.0859	0.1021	0.0973	0.0551	0.1045	0.0939	0.1045	0.0697	0.072	0.0658	0.072	0.0761
chrXHet	76015	76436	chrXHet:76016-76436	FBgn0039944	CG17162	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.1516	0.1442	0.174	0.1352	0.1092	0.1553	0.1648	0.1686	0.1092	0.2005	0.199	0.2005	0.1758	0.1531	0.1451	0.1531	0.161
chrXHet	76504	76773	chrXHet:76505-76773	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0785	0.0682	0.098	0.0687	0.0488	0.0704	0.08	0.0779	0.0488	0.119	0.1068	0.119	0.1108	0.0773	0.0703	0.0773	0.0881
chrXHet	80739	80890	chrXHet:80740-80890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade1	0.0478	0.0489	0.0538	0.04	0.0276	0.0447	0.0606	0.058	0.0276	0.0682	0.0601	0.0682	0.0604	0.0559	0.0471	0.0559	0.0469
chrXHet	80970	81121	chrXHet:80971-81121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0371	0.0344	0.0327	0.0159	0.0374	0.0454	0.0513	0.0159	0.0441	0.0318	0.0441	0.0542	0.0352	0.0316	0.0352	0.0521
chrXHet	83462	83812	chrXHet:83463-83812	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0547	0.0786	0.048	0.0352	0.0583	0.0748	0.1012	0.0759	0.0583	0.0652	0.0511	0.0652	0.0473	0.0413	0.0329	0.0413	0.0417
chrXHet	84181	84367	chrXHet:84182-84367	FBgn0039946	ATbp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0699	0.0636	0.0469	0.0488	0.0709	0.0865	0.0819	0.0488	0.0604	0.0781	0.0604	0.0635	0.0391	0.0509	0.0391	0.0615
chrXHet	84408	84626	chrXHet:84409-84626	FBgn0039946	ATbp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.107	0.1089	0.1207	0.0898	0.0742	0.1194	0.1254	0.1246	0.0742	0.1353	0.1399	0.1353	0.1108	0.0789	0.0896	0.0789	0.1141
chrXHet	84698	84898	chrXHet:84699-84898	FBgn0039946	ATbp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1121	0.1067	0.1334	0.0947	0.0774	0.1223	0.1168	0.1186	0.0774	0.1673	0.1489	0.1673	0.1208	0.0888	0.0922	0.0888	0.1235
chrXHet	86008	86159	chrXHet:86009-86159	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0236	0.0193	0.011	0.0127	0.018	0.0389	0.0273	0.0127	0.0199	0.0215	0.0199	0.0209	0.013	0.0129	0.013	0.013
chrXHet	86647	86798	chrXHet:86648-86798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0221	0.0339	0.018	0.0134	0.0244	0.0296	0.0497	0.0313	0.0244	0.0211	0.019	0.0211	0.0178	0.0061	0.0168	0.0061	0.0208
chrXHet	86868	87041	chrXHet:86869-87041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0422	0.0202	0.0134	0.0371	0.0223	0.0675	0.0386	0.0371	0.0211	0.0225	0.0211	0.0155	0.0092	0.0168	0.0092	0.0135
chrXHet	87070	87340	chrXHet:87071-87340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade1	0.0246	0.0434	0.0169	0.012	0.0297	0.0296	0.0597	0.0473	0.0297	0.0133	0.0212	0.0133	0.0139	0.0069	0.0155	0.0069	0.012
chrYHet	215080	215231	chrYHet:215081-215231	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.012	0.027	0.0053	0.0026	0.018	0.0194	0.045	0.0266	0.018	0.0097	0.0039	0.0097	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chrYHet	215280	215475	chrYHet:215281-215475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0174	0.0353	0.0099	0.0056	0.0223	0.0282	0.0523	0.0333	0.0223	0.0145	0.0093	0.0145	0.0101	0.0015	0.0052	0.0015	0.0073